ES2971929T3 - Péptidos antigénicos para la prevención y el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B - Google Patents
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Abstract
La presente invención se refiere a inmunoterapia basada en antígenos, en particular inmunoterapia contra el cáncer. En particular, la presente invención proporciona péptidos antigénicos, que son distintos, pero que tienen similitud de aminoácidos, especialmente comparten la misma secuencia central con epítopos de antígenos tumorales humanos. La presente invención proporciona además compuestos inmunogénicos, nanopartículas, células y composiciones farmacéuticas que comprenden dichos péptidos antigénicos y ácidos nucleicos que codifican dichos péptidos antigénicos. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)
Description
DESCRIPCIÓN
Péptidos antigénicos para la prevención y el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B
La presente invención se relaciona con el campo de la terapia del cáncer, más particularmente mediante los métodos inmunoterapéuticos. En particular, la presente invención proporciona un péptido, que se usa en la inmunoterapia contra el cáncer, especialmente para impedir y tratar la neoplasia maligna de linfocitos B.
Entre todas las neoplasias malignas de linfocitos B, tales como linfomas de linfocitos B, el linfoma no Hodgkin (NHL) es la séptima causa principal de casos nuevos de cáncer y representa aproximadamente el 3 % de las muertes relacionadas con el cáncer en los Estados Unidos. Entre todos los NHL, el linfoma difuso de linfocitos B grandes (DLBCL) es el subtipo de linfoma más frecuente que comprende el 32,5 % de todos los casos recién diagnosticados, seguido de linfoma folicular (FL) con un 17,1 % y linfoma de células del manto (MCL) que representa del 3-5 %. Más de 25000 casos nuevos de DLBCL se diagnostican anualmente en los Estados Unidos, lo que representa una tasa de incidencia de 6,9 por cada 100000. La adición del anticuerpo monoclonal anti-CD20, específicamente rituximab, a la quimioterapia estándar, R-CHOP, dio como resultado una mejora significativa en las tasas de respuesta completa (CR), la supervivencia sin acontecimientos (EFS) y la supervivencia general (OS) en el DLBCL. Desafortunadamente, aproximadamente del 30-40 % de los casos presentan recidiva o progreso después de R-CHOP. Existen subgrupos específicos de pacientes que tendrán malas respuestas y resultados al R-CHOP estándar, como el DLBCL reordenado con MYC, linfomas de linfocitos B de grado alto con reordenamientos de MYC, BCL2 o BCL, DLBCL activado de linfocitos B (ABC) que podrían beneficiarse de enfoques novedosos (Chavez y otros, CAR T-cell therapy for B-cell lymphomas: clinical trial results of available products; Ther Adv Hematol. 2019).
Entre los nuevos enfoques, los linfocitos T receptores de antígeno quimérico (CAR), tales como los linfocitos T CAR dirigidos a CD19, representan el estándar de atención nuevo para pacientes con DLBCL que son resistentes al menos a dos líneas de tratamiento anteriores. Dos productos de linfocitos T CAR [axicabtagene ciloleucel (axi-cel) (KTE-019) y tisagenlecleucel (CTL019) han obtenido la aprobación de la Administración de Alimentos y Fármacos de los EE. UU. para el tratamiento del DLBCL resistente al tratamiento después de dos líneas de tratamiento. Aunque esto representa una adición significativa al armamentario de tratamiento del DLBCL, aproximadamente el 50 % de los casos seguirán sucumbiendo a su enfermedad. Como resultado, las investigaciones futuras deben centrarse en identificar factores relacionados con enfermedades, tratamientos o pacientes que puedan ayudar a predecir con éxito los resultados del tratamiento.
La vacunación basada en antígenos tumorales representa un enfoque único para la terapia del cáncer que ha ganado un interés considerable, ya que puede involucrar al propio sistema inmunitario del paciente para reconocer, atacar y destruir tumores, de una manera específica y duradera. De hecho, se sabe que las células tumorales expresan un gran número de antígenos peptídicos susceptibles de ser reconocidos por el sistema inmunitario. Las vacunas basadas en dichos antígenos proporcionan grandes oportunidades no solo para mejorar la supervivencia general del paciente, sino también para monitorear las respuestas inmunitarias y la preparación de productos de grado GMP gracias a la toxicidad baja y el peso molecular bajo de los antígenos tumorales. Los ejemplos de antígenos tumorales incluyen, entre otros, subproductos de proteínas transcritas a partir de genes normalmente silenciosos o genes sobreexpresados y de proteínas expresadas por oncovirus (Kvistborg y otros, Human cancer regression antigens. Curr Opin Immunol. Abril de 2013;25(2):284-90), y neoantígenos, resultantes de mutaciones puntuales de proteínas celulares. Por ejemplo, el documento WO 2019/197567 A2 describe péptidos antigénicos, que son distintos de, pero tienen similitud de aminoácidos con, fragmentos de antígenos tumorales humanos para tratar glioma, cáncer de riñón, cáncer de piel, en particular melanoma, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, cáncer de mama, cáncer colorrectal, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de cabeza y cuello, cáncer urotelial y cáncer de próstata. El documento WO 2019/072871 A2 describe variantes de secuencias de microbiota de secuencias de epítopos antigénicos relacionadas con el tumor y su uso en terapias contra el cáncer. Sin embargo, la mayoría de los antígenos asociados al tumor (TAA) y antígenos específicos del tumor (TSA) son proteínas humanas (existentes) y, por lo tanto, se consideran como autoantígenos. Durante el proceso de selección tímica, los linfocitos T que reconocen los complejos de péptidos/auto MHC con suficiente afinidad se agotan clonalmente. Tras ofrecer protección contra enfermedades autoinmunitarias, este mecanismo de selección del repertorio de linfocitos T también reduce la posibilidad de desarrollar inmunidad contra los TAA y los TSA. Esto se ejemplifica por el hecho de que los TCR reactivos al cáncer generalmente son de afinidad débil. Además, hasta ahora, la mayoría de los ensayos de vacunas realizados con TAA y TSA seleccionados con alta afinidad de unión por el MHC no han demostrado provocar una inmunidad fuerte, lo que probablemente refleje la consecuencia de la selección tímica. Una respuesta antitumoral potente dependerá, por tanto, de la presentación de péptidos inmunorreactivos y de la presencia de un número suficiente de células reactivas "entrenadas" para reconocer estos antígenos. Por lo tanto, existe la necesidad en la técnica de identificar péptidos antigénicos alternativos, que puedan superar las limitaciones encontradas en este campo.
La invención tiene por objetivo satisfacer las necesidades antes mencionadas. Este objetivo se logra por medio de la materia que se expone en las reivindicaciones adjuntas.
La invención se describe con más detalle más abajo.
Definiciones
A menos que se defina de cualquier otra manera en la presente descripción, los términos científicos y técnicos usados en la presente solicitud tendrán los significados que entienden comúnmente los expertos en la técnica. Además, a menos que el contexto lo requiera de cualquier otra manera, las nomenclaturas usadas en la presente descripción y las técnicas de cultivo de células y tejidos se conocen bien y son comúnmente usadas en la técnica.
Dichas técnicas se explican completamente en la literatura, como Owen y otros. (Kuby Immunology, 7ma edición, 2013 - W. H. Freeman) y Sambrook y otros. (Molecular cloning: A laboratory manual 4ta edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press - Cold Spring Harbor, NY, EE.UU., 2012).
Sin embargo, con respecto al uso de diferentes términos a lo largo de la descripción actual, se aplican más particularmente las siguientes definiciones.
Los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" y variaciones de estos términos se refieren a péptidos, oligopéptidos, polipéptidos o proteínas que comprenden al menos dos aminoácidos que se unen entre sí preferentemente por un enlace peptídico normal o, alternativamente, por un enlace peptídico modificado, tal como por ejemplo en el caso de los péptidos isotéricos. El término "(poli)péptido" se refiere a un péptido y/o a un polipéptido. En particular, los términos "péptido", "polipéptido" y "proteína" se refieren a una cadena secuencial de aminoácidos de cualquier longitud que se unen entre sí mediante enlaces peptídicos (-NHCO-). Los péptidos, polipéptidos y proteínas pueden desempeñar un papel estructural y/o funcional en una célulain vitroy/oin vivo.Los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" preferentemente abarcan cadenas de aminoácidos en un tamaño que está en un intervalo entre 2 y al menos aproximadamente 1000 residuos de aminoácidos. El término "péptido" en la presente descripción preferentemente abarca cadenas de aminoácidos con un tamaño de menos de aproximadamente 30 aminoácidos, mientras que los términos "polipéptido" y "proteína" preferentemente abarcan cadenas de aminoácidos con un tamaño de al menos 30 aminoácidos. Los términos "polipéptido" y "proteína" se usan en la presente descripción de manera intercambiable. En una modalidad preferida, los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" también incluyen "peptidomiméticos" que se definen como análogos peptídicos que contienen elementos estructurales no peptídicos, cuyos péptidos son capaces de imitar o antagonizar la(s) acción(es) biológica(s) de un péptido parental natural. Un peptidomimético carece de características peptídicas clásicas tales como enlaces peptídicos escindibles enzimáticamente. En particular, un péptido, polipéptido o proteína puede comprender aminoácidos distintos de los 20 aminoácidos definidos por el código genético además de estos aminoácidos, o puede estar compuesto por aminoácidos distintos de los 20 aminoácidos definidos por el código genético. En particular, un péptido, polipéptido o proteína en el contexto de la presente invención puede estar igualmente compuesto por aminoácidos modificados por procesos naturales, tales como procesos de maduración postraduccional o por procesos químicos, que se conocen bien por un experto en la técnica. Tales modificaciones se detallan completamente en la literatura. Estas modificaciones pueden aparecer en cualquier parte del polipéptido: en el esqueleto del péptido, en la cadena de aminoácidos o incluso en los extremos carboxilo o amino terminal. En particular, un péptido o polipéptido puede ramificarse después de una ubiquitinación o ser cíclico con o sin ramificación. Este tipo de modificación puede ser el resultado de procesos postraduccionales naturales o sintéticos que se conocen bien por el experto en la técnica. Los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" en el contexto de la presente invención en particular también incluyen péptidos, polipéptidos y proteínas modificados. Por ejemplo, las modificaciones de péptidos, polipéptidos o proteínas pueden incluir acetilación, acilación, ADP-ribosilación, amidación, fijación covalente de un nucleótido o de un derivado de nucleótido, fijación covalente de un lípido o de un derivado lipídico, fijación covalente de un fosfatidilinositol, reticulación covalente o no covalente, ciclación, formación de enlaces disulfuro, desmetilación, glicosilación que incluye la pegilación, hidroxilación, yodización, metilación, miristoilación, oxidación, procesos proteolíticos, fosforilación, prenilación, racemización, senelilación, sulfatación, adición de aminoácidos tales como la arginilación o ubiquitinación. Dichas modificaciones están completamente detalladas en la literatura (Proteins Structure and Molecular Properties (1993) 2da Ed., T. E. Creighton, New York; Post-translational Covalent Modifications of Proteins (1983) B. C. Johnson, Ed., Academic Press, New York; Seifter y otros. (1990) Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors, Meth. Enzymol. 182: 626-646 y Rattan y otros, (1992) Protein Synthesis: Post-translational Modifications and Aging, Ann<n>Y Acad Sci, 663: 48-62). En consecuencia, los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" incluyen preferentemente, por ejemplo, lipopéptidos, lipoproteínas, glicopéptidos y glicoproteínas.
En una modalidad preferida, un (poli)péptido o proteína es un (poli)péptido o proteína "clásico", de manera que un (poli)péptido o proteína "clásico" se compone típicamente de aminoácidos que se seleccionan de los 20 aminoácidos definidos por el código genético, que se unen entre sí por un enlace peptídico normal.
Como se conoce en la técnica, los ácidos nucleicos pueden codificar péptidos, polipéptidos y proteínas. Los términos "ácido nucleico", "molécula de ácido nucleico", "secuencia de ácido nucleico", "polinucleótido", "secuencia de nucleótidos" se usan en la presente descripción de manera intercambiable y se refieren a una sucesión precisa de nucleótidos naturales (por ejemplo, A, T, G, C y U), o nucleótidos sintéticos, es decir, a una cadena de al menos dos nucleótidos. En particular, los términos "ácido nucleico", "molécula de ácido nucleico", "secuencia de ácido nucleico", "polinucleótido", "secuencia de nucleótidos" se refieren a ADN o ARN. Los ácidos nucleicos comprenden preferentemente ADN o ARN monocatenario, bicatenario o parcialmente bicatenario, preferentemente se selecciona de ADN genómico (ADNg), ADN complementario (ADNc), ADN ribosómico (ADNr) y el producto de transcripción de dicho ADN, tal como ARN. Los ejemplos de ácidos nucleicos que se prefieren incluyen ARN ribosómico (ARNr), ARN mensajero (ARNm); ADN antisentido, ARN antisentido; secuencias de ARN y/o ADN complementarias, ribozima, secuencias de ARN/ADN (complementarias) con o sin elementos de expresión, un vector; un minigen, fragmentos de genes, elementos reguladores, promotores y sus combinaciones. Otros ejemplos de ácido nucleico que se prefieren (moléculas) y/o polinucleótidos incluyen, por ejemplo, un polinucleótido recombinante, un vector, un oligonucleótido, una molécula de ARN tal como un ARNr, un ARNm o un ARN de transferencia (ARNt) o una molécula de ADN como se describió anteriormente. Por lo tanto, se prefiere que el ácido nucleico (molécula) sea una molécula de ADN o una molécula de ARN; preferentemente se selecciona de ADNg; ADNc; ARNr; ARNm; ADN antisentido; ARN antisentido; secuencias complementarias de ARN y/o ADN; secuencias de ARN y/o ADN con o sin elementos de expresión, elementos reguladores y/o promotores; un vector; y sus combinaciones. Está dentro de la experiencia del experto en la técnica determinar las secuencias de nucleótidos que pueden codificar una secuencia de aminoácidos específica.
Los (poli)péptidos y/o ácidos nucleicos de acuerdo con la invención pueden prepararse mediante cualquier método conocido en la técnica, que incluye cualquier método sintético, cualquier método recombinante, cualquier método de generaciónex-vivoy cualquiera de sus combinaciones. Tales técnicas se explican completamente en la literatura como se mencionó anteriormente.
El término "péptido antigénico", como se usa en la presente descripción, se refiere a un péptido que es propenso a inducir/provocar, aumentar, prolongar o mantener una respuesta inmunitaria en un sujeto al que se administra. En particular, el péptido antigénico es una variante de secuencia de (un fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano). En otras palabras, el péptido antigénico es preferentemente distinto de (un fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano), pero tiene preferentemente una similitud de aminoácidos con (un fragmento/epítopo de) el antígeno tumoral (humano). Es importante destacar que el péptido antigénico comparte la misma secuencia central con el respectivo (fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano). Preferentemente, la respuesta inmunitaria inducida/provocada, aumentada, prolongada o mantenida por el péptido antigénico (también) se dirige al respectivo (fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano).
Como se usa en la presente descripción, el término "antígeno tumoral" comprende antígenos específicos de tumores (TSA) y antígenos asociados a tumores (TAA). En general, el término "antígeno tumoral" o "proteína tumoral" designa en la presente descripción una sustancia antigénica que se produce en células tumorales, ya veces también en células normales, y que puede desencadenar una respuesta inmunitaria tras su administración en un sujeto. En humanos, se han clasificado de acuerdo con su patrón de expresión, función u origen genético, e incluyen autoantígenos sobreexpresados (como BIRC5); antígenos de los testículos contra el cáncer (CT) (tales como MAGE-1); antígenos mutacionales, también conocidos como neoantígenos (tales como mutantes de p53); antígenos de diferenciación específicos de tejidos (tales como los antígenos del melanoma Melan A/MART-1); antígenos virales que se expresan por los oncovirus (tales como HPV, EBV); antígenos oncofetaletales (tales como alfa-fetoproteína AFP y antígeno carcinoembrionario CEA); y antígenos universales (telomerasa).
El término "antígeno tumoral de linfocitos B", como se usa en la presente descripción, se refiere a un antígeno asociado con y/o implicado en la etiología de la neoplasia maligna de linfocitos B, por ejemplo, está implicado o expresado en la neoplasia maligna de linfocitos B. En otras palabras, el antígeno se expresa por o en linfocitos B, que incluyen linfocitos B humanos, tales como cualquiera de un número de marcadores de linfocitos B conocidos. Preferentemente, el antígeno tumoral de linfocitos B se expresa altamente (se sobreexpresa) en linfomas de linfocitos B, tales como CD19, CD20, CD22, CD37 o TNFRSF13C. Un péptido antigénico "derivado de" un antígeno tumoral de linfocitos B habitualmente comparte la misma secuencia central que un epítopo (el "epítopo de referencia") de dicho antígeno tumoral de linfocitos B.
El término "secuencia central", como se usa en la presente descripción, se refiere a los aminoácidos en el medio de la secuencia (también denominados los "aminoácidos centrales" de la secuencia), por ejemplo, en el medio de un péptido antigénico y/o un epítopo (de referencia). En consecuencia, la secuencia central consiste en todos los aminoácidos excepto los dos aminoácidos más terminales del extremo N y los dos más terminales del extremo C. Por ejemplo, en un péptido de nueve aminoácidos (por ejemplo, un péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o el respectivo (fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano), los cinco aminoácidos medios representan la secuencia central y las alteraciones solo pueden ocurrir en cualquiera de las dos posiciones de los aminoácidos del extremo N y las dos del extremo C. En consecuencia, una "secuencia central compartida" (o una secuencia central "mantenida") habitualmente significa que las mutaciones/diferencias se permiten solo en los dos aminoácidos más terminales del extremo N y en los dos más terminales del extremo C del epítopo/secuencia (de referencia).
El término "prevalencia", como se usa en la presente descripción, se refiere a la frecuencia acumulativa de cada proteína de la microbiota humana en donde la secuencia central compartida con el respectivo (fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano)) se encuentra y está presente en un péptido antigénico. De hecho, una secuencia central de interés puede estar presente en uno o varios péptidos antigénicos distintos, cada uno de dichos péptidos antigénicos puede estar presente en una o distintas proteínas expresadas en la microbiota humana. En consecuencia, una prevalencia global de una secuencia central se deriva de la frecuencia de cada proteína de la microbiota humana en donde se encuentra la secuencia central compartida con el respectivo (fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano)) y tras considerar las frecuencias de cada proteína de la microbiota humana donde se encontraron péptidos similares (es decir, péptidos antigénicos distintos) que comparten la misma secuencia central.
El término "microbiota", como se usa en la presente descripción, se refiere a microorganismos comensales que se encuentran en y sobre todos los organismos multicelulares estudiados hasta la fecha, desde las plantas hasta los animales. En particular, se encontró que la microbiota es crucial para la homeostasis inmunológica, hormonal y metabólica de su huésped. La microbiota incluye bacterias, arqueas, protistas, hongos y virus. En consecuencia, una "variante de secuencia de microbiota" (o "variante de microbiota") es una variante de secuencia de una secuencia de referencia (humana) (en particular, un epítopo/un fragmento de un antígeno tumoral humano), que aparece en la microbiota, tal como una bacteria (por ejemplo, puede estar contenida en una proteína de la microbiota, tal como una proteína bacteriana). Preferentemente, el péptido antigénico de la invención es una variante de secuencia de microbiota (de un epítopo/fragmento de referencia de un antígeno tumoral de linfocitos B humanos). En consecuencia, el péptido antigénico está preferentemente presente (por ejemplo, comprendido en) en al menos una proteína expresada por la microbiota humana.
Una "variante de secuencia" típicamente comparte, en particular en toda la longitud de la secuencia, al menos un 50 % de identidad de secuencia con una secuencia de referencia, específicamente, un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral (de referencia). Preferentemente, la variante de secuencia comparte al menos el 60 %, preferentemente al menos el 70 %, preferentemente al menos el 75 %, con mayor preferencia al menos el 80 %, aún con mayor preferencia al menos el 85 %, todavía con mayor preferencia al menos el 90 %, particularmente preferentemente al menos el 95%, y con la máxima preferencia al menos el 99% de identidad de secuencia con la secuencia de referencia, específicamente, un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral (de referencia). La identidad de secuencia puede calcularse como se conoce en la técnica, en particular como se describe más abajo. Preferentemente, una variante de secuencia conserva la función específica de la secuencia de referencia, por ejemplo, su función como epítopo tumoral y/o su capacidad para provocar o mantener una respuesta inmunitaria. La variante de secuencia de microbiota se selecciona preferentemente del grupo que consiste en variantes de secuencia bacteriana, variantes de secuencia de arqueas, variantes de secuencia de protista, variantes de secuencia de hongos y variantes de secuencia viral. Con mayor preferencia, la variante de secuencia de microbiota es una variante de secuencia bacteriana.
Anatómicamente, la microbiota reside sobre o dentro de varios tejidos y biofluidos, que incluye la piel, la conjuntiva, las glándulas mamarias, la vagina, la placenta, el líquido seminal, el útero, los folículos ováricos, los pulmones, la saliva, la cavidad oral (en particular, la mucosa oral), y el tracto gastrointestinal, en particular el intestino. En el contexto de la presente invención, la variante de secuencia de microbiota es preferentemente una variante de secuencia de microbiota del tracto gastrointestinal (microorganismos que residen en el tracto gastrointestinal), con mayor preferencia una variante de secuencia de microbiota del intestino (microorganismos que residen en el intestino). En consecuencia, la máxima preferencia es que la variante de secuencia de microbiota sea una variante de secuencia bacteriana del intestino (humano) (es decir, una variante de secuencia de bacterias que residen en el intestino (humano)).
Mientras la microbiota puede encontrarse en y sobre muchos organismos multicelulares (todos los organismos multicelulares estudiados hasta la fecha, desde las plantas hasta los animales), se prefiere la microbiota que se encuentra en y sobre los humanos. Dicha microbiota se denomina en la presente descripción como "microbiota humana" (en donde el término humano se refiere específicamente a la localización/residencia de la microbiota). Dentro del contexto de la presente invención, la variante de secuencia de microbiota es una variante de secuencia de microbiota humana.
Preferentemente, el péptido antigénico como se describe en la presente descripción puede coadministrarse o unirse, por ejemplo, mediante un enlace covalente o no covalente, a una proteína/péptido que tenga propiedades inmunoadyuvantes, tales como proporcionar estimulación de linfocitos Th1 CD4+. Mientras que el péptido antigénico como se describe en la presente descripción se une preferentemente al MHC de clase I, los epítopos auxiliares CD4+ pueden usarse adicionalmente para proporcionar una respuesta inmunitaria eficiente. Los linfocitos Th1 auxiliares son capaces de mantener la activación eficiente de las células dendríticas (DC) y la activación específica de CTL tras secretar interferón gamma (IFN-y), factor de necrosis tumoral alfa (TNF-a) e interleucina-2 (IL-2) y mejorar la expresión de la señal coestimuladora en las DC y los linfocitos T (Galaine y otros, Interest of Tumor-Specific CD4 T Helper 1 Cells for Therapeutic Anticancer Vaccine. Vaccines (Basel). 30 de junio de 2015;3(3):490-502).
Por ejemplo, el péptido/proteína adyuvante puede ser preferentemente distinto del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Preferentemente, el péptido/proteína adyuvante es capaz de recuperar la memoria inmunitaria o proporciona una ayuda no específica o podría ser un péptido auxiliar específico. Se describen varios péptidos auxiliares en la literatura para proporcionar una ayuda inespecífica de las células T, tales como el péptido auxiliar del tétanos, el péptido de hemocianina de lapa californiana o el péptido PADRE (Adotévi y otros, Targeting antitumor CD4 helper T cells with universal tumor-reactive helper peptides derived from telomerase for cancer vaccine. Hum Vaccin Immunother. Mayo de 2013;9(5):1073-7, Slingluff CL, The present and future of peptide vaccines for cáncer: single or múltiple, long or short, alone or in combination? Cáncer J. Septiembre-octubre de 2011;17(5):343-50). En consecuencia, el péptido auxiliar del tétanos, el péptido de hemocianina de lapa californiana y el péptido PADRE son ejemplos que se prefieren de tales péptidos/proteínas adyuvantes. El péptido HHD-DR3 de la secuencia MAKTIAYd EeARRg Le RGLN (SEQ ID NO: 473). Este péptido representa otro ejemplo de péptido auxiliar (que tiene propiedades inmunoadyuvantes), que se prefiere en el contexto de la presente invención. Otro ejemplo preferido es h-pAg T13L (secuencia: TPPAYRPPNa PiL; SEQ ID NO: 474; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MHCBN: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides. Bioinformatics 19: 665-666). Otros ejemplos de péptidos auxiliares preferidos incluyen el péptido UCP2 (por ejemplo, como se describió en el documento WO 2013/135553 A1 o en Dosset M, Godet Y, Vauchy C, Beziaud L, Lone YC, Sedlik C, Liard C, Levionnois E, Clerc B, Sandoval F, Daguindau E, Wain-Hobson S, Tartour E, Langlade-Demoyen P, Borg C, Adotévi O: Universal cancer peptide-based therapeutic vaccine breaks tolerance against telomerase and eradicates established tumor. Clin Cancer Res. 15 de noviembre de 2012; 18(22):6284-95. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-12-0896. Epub 2 de octubre de 2012) y el péptido BIRC5 (por ejemplo, como se describió en el documento EP2119726 A1 o en Widenmeyer M, Griesemann H, Stevanovic S, Feyerabend S, Klein R, Attig S, Hennenlotter J, Wernet D, Kuprash DV, Sazykin AY, Pascolo S, Stenzl A, Gouttefangeas C, Rammensee HG: Promiscuous survivin peptide induces robust CD4+ T-cell responses in the majority of vaccinated cancer patients. Int J Cancer. 1 de julio de 2012;131(1):140-9. doi: 10.1002/ijc.26365. Epub 14 de septiembre de 2011). El péptido auxiliar con la máxima preferencia es el péptido UCP2 (secuencia de aminoácidos: KSVWSKLQSIGIRQH; SEQ ID NO: 475, por ejemplo, como se describió en el documento WO 2013/135553 A1 o en Dosset y otros, Clin Cancer Res. 15 de noviembre de 2012;18(22):6284-95. En particular, el péptido antigénico como se describió en la presente descripción, o un polipéptido que comprende el dicho péptido antigénico, puede unirse, por ejemplo, mediante un enlace covalente o no covalente, al péptido auxiliar.
Como se usa en la presente descripción, el término "composición inmunogénica" se refiere a una composición que es capaz de provocar, inducir, aumentar, prolongar o mantener una respuesta inmunitaria, en particular que provoca, induce, aumenta, prolonga o mantiene una respuesta inmunitaria, cuando se administra a un mamífero, y especialmente cuando se administra a un individuo humano. Preferentemente, una composición inmunogénica comprende además una o más sustancias inmunoadyuvantes.
Por "excipiente o portador farmacéuticamente aceptable" se entiende en la presente descripción un compuesto de calidad farmacéutica que mejora el suministro, la estabilidad o la biodisponibilidad de un agente activo, y que puede metabolizarse por un sujeto, para quien no es tóxico, a quien se administra. Los excipientes y portadores que se prefieren de acuerdo con la invención incluyen cualquiera de los excipientes o portadores comúnmente usados en productos farmacéuticos, tales como, por ejemplo, agua, solución salina, solución salina tamponada con fosfato, dextrosa, glicerol y etanol, así como también sus combinaciones. En muchos casos, será preferente incluir en la composición agentes isotónicos, por ejemplo, azúcares, polialcoholes tales como manitol, sorbitol o cloruro de sodio. Los excipientes o portadores farmacéuticamente aceptables pueden comprender además cantidades menores de sustancias auxiliares tales como agentes humectantes o emulsionantes o conservantes.
Por "vacuna", se entiende en la presente descripción una composición capaz de estimular el sistema inmunitario de un organismo vivo de modo que se proporciona protección contra un antígeno dañino, ya sea mediante profilaxis o mediante terapia. Se prefieren las vacunas profilácticas. Preferentemente, una vacuna o una composición de vacuna comprenden además una o más sustancias inmunoadyuvantes.
De acuerdo con los diferentes aspectos y modalidades de la invención que se describen en la presente descripción, un "sujeto" o "huésped" se refiere preferentemente a un mamífero, y con la máxima preferencia a un ser humano. Dicho sujeto puede tener, se sospecha que tiene, o puede estar en riesgo de desarrollar neoplasia maligna de linfocitos B.
El término "neoplasia maligna de linfocitos B" se refiere a enfermedades asociadas con la transformación de linfocitos B. Abarca, entre otros, linfomas de linfocitos B, leucemia linfocítica aguda (o linfoblástica) (ALL), leucemia linfocítica crónica (CLL, de Richter). En el contexto de la presente invención, se prefieren los linfomas de linfocitos B tales como el linfoma no Hodgkin (NHL). Por ejemplo, el NHL se selecciona del grupo que consiste en NHL inactivo (de crecimiento lento), NHL agresivo, linfoma difuso de linfocitos B grandes (DLBCL), NOS (de novo y transformado a partir de inactivo), linfoma de linfocitos B grandes mediastínico primario (PMBCL), linfoma de linfocitos T/linfocitos B grandes ricos en histocitos (TCHRBCL), linfoma de Burkitt, linfoma de células del manto (MCL) y/o linfoma folicular (FL), opcionalmente, linfoma folicular de grado 3B (FL3B).
Como se usa en la presente descripción, el término "impide", "prevención", "profilaxis" o "impedir" generalmente significa impedir o minimizar el inicio o desarrollo de una enfermedad o afección antes de su inicio, mientras que el término "tratar", "tratamiento" o "trata" abarca reducir, mejorar o curar una enfermedad o afección (o síntomas de una enfermedad o afección) después de su aparición. El término "impedir" abarca "reducir la posibilidad de ocurrencia de" o "reducir la posibilidad de que vuelva a ocurrir".
Una "cantidad efectiva" o "dosis efectiva" tal como se usa en la presente descripción es una cantidad que proporciona el efecto deseado. Para propósitos terapéuticos, una cantidad efectiva es una cantidad suficiente para proporcionar un resultado clínico beneficioso o que se desea. El experto en la técnica puede determinar fácilmente la cantidad efectiva que se prefiere para una aplicación determinada teniendo en cuenta, por ejemplo, la talla, la edad, el peso del sujeto, el tipo de enfermedad/trastorno a impedir o tratar y la cantidad de tiempo desde que comenzó la enfermedad/trastorno. En el contexto de la presente invención, en términos de prevención o tratamiento, una cantidad efectiva de la composición es una cantidad que es suficiente para inducir una respuesta inmune humoral y/o mediada por células dirigida contra la enfermedad/trastorno.
A lo largo de esta descripción y las reivindicaciones que siguen, a menos que el contexto requiera de cualquier otra manera, se entenderá que el término "comprende" y variaciones tales como "comprende" y "que comprende" implican la inclusión de un miembro, número entero o etapa declarada, pero no la exclusión de cualquier otro miembro, entero o etapa no declarada. El término "consiste de" es una modalidad particular del término "comprende", en donde se excluye cualquier otro miembro, número entero o etapa no declarada. En el contexto de la presente invención, el término "comprende" abarca el término "consiste de". El término "que comprende", por lo tanto, abarca tanto "que incluye" así como también "que consiste" por ejemplo, una composición que "comprende" X puede consistir exclusivamente en X o puede incluir algo adicional, por ejemplo, X Y.
Los términos "un" y "una" y "el" y referencias similares usadas en el contexto de la descripción de la invención (especialmente en el contexto de las reivindicaciones) debe interpretarse que cubren tanto el singular como el plural, a menos que se indique de otra forma en la presente descripción o se contradiga claramente por el contexto.
La palabra "sustancialmente" no excluye "completamente", por ejemplo, una composición que está "sustancialmente libre" de Y puede estar completamente libre de Y. Cuando sea necesario, la palabra "sustancialmente" puede omitirse de la definición de la invención.
El término "aproximadamente" en relación con un valor numérico x significa x ± 10 %.
Se proporcionan definiciones adicionales a lo largo de la descripción.
La presente invención puede entenderse más fácilmente por referencia a la siguiente descripción detallada, que incluye las modalidades de la invención preferidas y los ejemplos que se incluyen en la presente descripción.
Descripción detallada
Péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y péptidos antigénicos adicionales
En un primer aspecto, la presente invención proporciona un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO:65 de acuerdo con la reivindicación 1.
Además, la presente invención proporciona un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 usado en combinación con un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 8 que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 - 64, 66 - 257 y 476-500 en una composición farmacéutica. El péptido antigénico adicional de la composición farmacéutica consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1 - 64, 66 - 257 y 476-500 (sin mutaciones). Las secuencias de aminoácidos de acuerdo con las SEQ ID NO 1 - 257 y 476-500 son variantes de secuencias de microbiota (variantes de microbiota, en particular variantes de secuencias bacterianas) de epítopos de tumores humanos, en particular de epítopos/fragmentos de referencia de antígenos tumorales de linfocitos B humanos. En otras palabras, las secuencias de aminoácidos de acuerdo con las SEQ ID NO 1 - 64, 66 - 257 y 476-500 pueden encontrarse en proteínas bacterianas y muestran similitud de secuencia con epítopos/fragmentos de referencia de antígenos tumorales de linfocitos B humanos, como se ilustra en detalle en la Tabla 1A.
Los presentes inventores identificaron un conjunto de péptidos antigénicos que pueden usarse para inducir una respuesta inmunitaria específica contra las células tumorales. Esos péptidos antigénicos son distintos de, pero tienen similitud de aminoácidos con, (fragmentos de) antígenos tumorales humanos, especialmente antígenos tumorales altamente expresados en linfomas de linfocitos B tales como CD19, CD20, CD22, CD37 o TNFRSF13C, como se muestra en la Tabla 1A, la Tabla 1B y la Tabla 1C. Es importante destacar que el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción tienen una secuencia central idéntica a la secuencia central de la secuencia del epítopo (fragmento) del antígeno tumoral de referencia. Además, la secuencia central muestra una prevalencia alta sobre la base de la frecuencia de las proteínas presentes en la microbiota humana donde se encuentra la secuencia central.
En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción están comprendidos en polipéptidos y proteínas producidos por bacterias comensales del intestino humano. En consecuencia, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción no son secuencias humanas, sino secuencias bacterianas. Sin querer limitarse a ninguna teoría en particular, los inventores creen que el repertorio inmunitario humano contiene clones de linfocitos T que son reactivos contra péptidos bacterianos (que comprenden proteínas producidas por bacterias comensales del intestino), que tienen una similitud de aminoácidos con fragmentos de antígenos tumorales humanos. En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción pueden provocar una respuesta inmunitaria más fuerte que los péptidos humanos correspondientes, ya que los linfocitos T capaces de reconocer péptidos estrictamente humanos se agotaron para reconocer autoantígenos durante la maduración, lo que no es el caso del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción. Esto puede explicar por qué los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción son capaces de inducir una respuesta inmunitaria, y especialmente una respuesta de linfocitos T, cuando estos péptidos se administran a un individuo (humano).
En consecuencia, sin estar ligado a ninguna teoría, los inventores creen que las proteínas producidas por las bacterias comensales del intestino son capaces de "imitar" los antígenos tumorales y pueden usarse para desencadenar una respuesta inmunitaria específica contra las células tumorales. Estos hallazgos proporcionan evidencia adicional de que las bacterias comensales pueden contribuir a la erradicación de las células tumorales.
Los péptidos antigénicos descritos en la presente descripción pueden prepararse mediante el uso de técnicas bien conocidas. Por ejemplo, los péptidos pueden prepararse sintéticamente, mediante tecnología de ADN recombinante o síntesis química. Los péptidos descritos en la presente descripción pueden sintetizarse individualmente o como polipéptidos más largos que comprenden dos o más péptidos (por ejemplo, dos o más péptidos o un péptido y un no péptido). Los péptidos antigénicos se pueden aislar, es decir, purificar para que estén sustancialmente libres de otras proteínas de células huésped naturales y sus fragmentos, por ejemplo, al menos aproximadamente 70 %, 80 % o 90 % purificados. Preferentemente, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción son péptidos antigénicos aislados.
Por lo tanto, la secuencia central representa una característica importante del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción. Los inventores han identificado así secuencias centrales de alto interés con alta prevalencia ya que están presentes en varias variantes de secuencias de un fragmento de un antígeno tumoral (de referencia) y/o en varias proteínas de microbiota humanas con alta frecuencia en una porción significativa de la población humana general. Los inventores han seleccionado los péptidos antigénicos de la invención capaces de desencadenar la mejor respuesta inmunitaria de linfocitos T citotóxicos específicos del tumor con el fin de prevenir y tratar la neoplasia maligna de linfocitos B.
En general, la secuencia central compartida tiene una prevalencia alta en la microbiota humana, cuando la prevalencia es superior al 30 %, preferentemente superior al 40 %, preferentemente superior al 50 %, con mayor preferencia superior al 60 %, aún con mayor preferencia superior al 70 %, todavía con mayor preferencia superior al 80 %, particularmente preferentemente superior al 90 % y con la máxima preferencia superior al 95 %.
La prevalencia de una secuencia central se deriva de la frecuencia de cada proteína de la microbiota humana en donde la secuencia central compartida con el respectivo (fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano)) y tras considerar las frecuencias de cada proteína de la microbiota humana donde se encontraron péptidos similares (es decir, péptidos antigénicos distintos) que comparten la misma secuencia central. Por ejemplo, para evaluar si una secuencia central tiene alta prevalencia, la frecuencia de cada proteína presente en la microbiota humana en donde dicha secuencia central se encuentra se calcula a partir de una base de datos de secuencias de microbiota. La prevalencia se deriva entonces de la frecuencia acumulativa calculada para cada proteína de la microbiota humana donde se encuentra la secuencia central de interés y está presente en un péptido antigénico. Dicha base de datos puede comprender preferentemente datos de microbiota (secuencia) de múltiples individuos (sujetos). Un ejemplo de dicha base de datos es el "Integrated reference catalog of the human gut microbiome" (versión 1 .0, marzo de 2014; Li y otros MetaHIT Consortium. An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome. Nat Biotechnol. Agosto de 2014;32(8):834-41 URL: http://meta.genomics.cn/meta/home), que incluye datos de los principales esfuerzos de elaboración de perfiles de microbioma humano, el Proyecto de Microbioma Humano de los Institutos Nacionales Americanos de Salud (NIH-HMP) y la Iniciativa Europea de Metagenomas del Tracto Intestinal Humano (MetaHIT).
En consecuencia, la invención se refiere a péptidos antigénicos que tienen similitud de aminoácidos con un antígeno tumoral, ya que se derivan de este antígeno tumoral (o epítopo tumoral). La expresión "que tiene similitud de aminoácidos con un antígeno tumoral", como se usa en la presente descripción, se refiere en particular a una variante de secuencia de fragmentos de un antígeno tumoral humano (de referencia), tal como el CD22 o los otros antígenos tumorales humanos ejemplificados que se describen más abajo en las Tablas 1A, 1B y 1C. Una "variante de secuencia" típicamente comparte, en particular en toda la longitud de la secuencia, al menos un 50 % de identidad de secuencia con una secuencia de referencia, específicamente, un fragmento de un antígeno tumoral (de referencia). Preferentemente, la variante de secuencia comparte al menos el 55 %, preferentemente al menos el 60 %, preferentemente al menos el 66 %, preferentemente al menos el 70 %, preferentemente al menos el 77 %, con mayor preferencia al menos el 80 %, aún con mayor preferencia al menos el 88 %, todavía con mayor preferencia al menos el 90 % de identidad de secuencia con la secuencia de referencia, específicamente, un fragmento de un antígeno tumoral (de referencia). La identidad de secuencia puede calcularse como se conoce en la técnica, en particular como se describe más abajo. Preferentemente, una variante de secuencia conserva la función específica de la secuencia de referencia, por ejemplo, su función como epítopo tumoral y/o su capacidad para provocar o mantener una respuesta inmunitaria. En particular, una variante de la secuencia de aminoácidos tiene una secuencia alterada en la que uno o más de los aminoácidos de la secuencia de referencia están mutados, por ejemplo, eliminados o sustituidos, o uno o más aminoácidos se insertan en la secuencia de la secuencia de aminoácidos de referencia. Por ejemplo, las variantes de secuencias que son al menos un 90 % idénticas no tienen más de 10 alteraciones, es decir, cualquier combinación de deleciones, inserciones o sustituciones, por 100 aminoácidos de la secuencia de referencia.
Los métodos para comparar la identidad (similitud) de dos o más secuencias son se conocen bien en la técnica. El porcentaje en el que dos secuencias son idénticas puede determinarse, por ejemplo, mediante el uso de un algoritmo matemático. Un ejemplo preferido, pero no limitante, de un algoritmo matemático que puede usarse es el algoritmo de Karlin y otros (1993), PNAS USA, 90:5873-5877. Tal algoritmo está integrado en la familia de programas BLAST, por ejemplo, el programa BLAST o NBLAST (ver también Altschul y otros, 1990, J. Mol. Biol. 215, 403-410 o Altschul y otros (1997), Nucleic Acids Res, 25:3389-3402), accesible a través de la página de inicio del NCBI en el sitio web mundial ncbi.nlm.nih.gov) y FASTA (Pearson (1990), Methods Enzymol. 183, 63-98; Pearson y Lipman (1988), Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 85, 2444-2448). Las secuencias que son idénticas a otras secuencias hasta cierto punto pueden ser identificadas por estos programas. Además, los programas disponibles en el paquete de análisis de secuencia de Wisconsin, versión 9.1 (Devereux y otros, 1984, Nucleic Acids Res., 387-395), por ejemplo, los programas BESTFIT y GAP, pueden usarse además para determinar el % de identidad entre dos polinucleótidos y el % de identidad entre dos secuencias de (poli)péptidos. BESTFIT usa el algoritmo de "homología local" de Smith y Waterman (1981), J. Mol. Biol. 147, 195-197 y encuentra la mejor región única de similitud entre dos secuencias.
En general, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención se une a moléculas del MHC de clase I (complejo principal de histocompatibilidad de clase I, MHC I).
Las moléculas del MHC de clase I presentan epítopos para los linfocitos T citolíticos, también llamados linfocitos T citotóxicos (CTL). Un CTL expresa receptores de CD8, además de los TCR (receptores de linfocitos T). Cuando el receptor de CD8 de un CTL se acopla a una molécula de MHC de clase I, si el TCR del CTL se ajusta al epítopo dentro de la molécula de MHC de clase I, el CTL activa la célula para que experimente muerte celular programada por apoptosis. Esta vía es particularmente útil en la prevención y/o el tratamiento del cáncer, ya que las células cancerosas son atacadas directamente. En humanos, el MHC de clase I comprende moléculas h LA-A, HLA-B y HLA-C. Típicamente, los péptidos (epítopos) que tienen una longitud de 8 - 10, aminoácidos son presentados por el MHC I.
De manera similar, el "fragmento/epítopo" del antígeno tumoral (de referencia), que típicamente sirve como secuencia de referencia, comprende preferentemente 9 aminoácidos consecutivos del antígeno tumoral y eventualmente 10 aminoácidos. Se entiende que el "fragmento/epítopo" del antígeno tumoral (de referencia) no es el antígeno tumoral (proteína) de longitud completa.
Un "fragmento" (de una proteína o ácido nucleico (secuencia)), como se usa en la presente descripción, tiene preferentemente una longitud máxima de 95 %, 90 %, 85 %, 80 %, 75 %, 70 %, 65 %, 60 %, 55 %, 50 %, 45 %, 40 %, 35 %, 30 %, 25 %, 20 %, 19 %, 18 %, 17 %, 16 %, 15 %, 14 %, 13 %, 12 %, 11 %, 10 %, 9 %, 8 %, 7 %, 6 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 % o 1 % de la proteína/ácido nucleico/secuencia (de referencia). En algunas modalidades, la longitud del fragmento no supera el 50 % de la longitud de la proteína/ácido nucleico (de referencia) (de longitud completa). En otras modalidades, la longitud del fragmento de la proteína/ácido nucleico (de referencia) no supera el 20 % o el 10 % de la longitud de la proteína/ácido nucleico (de referencia) (de longitud completa).
En términos más generales, en la presente descripción se describe un péptido antigénico, que comprende o consiste en una variante de secuencia de un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral humano (de referencia), especialmente una variante de secuencia de microbiota de un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral humano. El antígeno tumoral humano puede seleccionarse del grupo que consiste en CD19, CD20, CD22, CD37 y TNFRSF13C. El fragmento/epítopo del antígeno tumoral humano (de referencia) puede seleccionarse del grupo que consiste en una cualquiera de las SEQ ID 258-280.
Por ejemplo, en la presente descripción se describe el péptido antigénico que comprende o consiste en una variante de microbiota de un péptido de referencia humano de acuerdo con una cualquiera de las SEQ ID NO 258 - 280. En particular, las SEQ ID NO 258 - 280 se refieren a epítopos tumorales humanos, en particular epítopos/fragmentos de referencia de antígenos tumorales de linfocitos B humanos. Los ejemplos de variantes de microbiota de péptidos de referencia humanos de acuerdo con una cualquiera de las SEQ ID NO 258 - 280 son péptidos de acuerdo con las SEQ ID NO 1 - 257 y 476-500 (como se ilustra en la Tabla 1A más abajo). Las variantes de secuencias de microbiota preferidas (variantes de microbiota) son variantes de secuencias bacterianas. En otras palabras, las secuencias de aminoácidos de acuerdo con las SEQ ID NO 1 - 257 y 476-500 pueden encontrarse en proteínas bacterianas y muestran similitud de secuencia con los epítopos/fragmentos de referencia de antígenos tumorales de linfocitos B humanos, como se ilustra en detalle en la Tabla 1A.
El péptido antigénico puede unirse de manera moderada, fuerte o muy fuerte a moléculas de MHC de clase I (complejo principal de histocompatibilidad de clase I, MHC I).
La unión del al menos un péptido antigénico a moléculas del MHC de clase I (complejo mayor de histocompatibilidad de clase I), puede analizarse mediante pruebas de unión del MHC Iin silicooin vitrocomo se describe en la presente descripción. En consecuencia, pueden seleccionarse aglutinantes fuertes y muy fuertes como se describió anteriormente. La unión al MHC I puede analizarse(in silicoy/oin vitrocomo se describe en la presente descripción) para el al menos un péptido antigénico a moléculas del MHC I y, adicionalmente, para el antígeno tumoral (referencia respectiva) (el fragmento/epítopo de un antígeno tumoral (de referencia)) a moléculas del MHC I, y las afinidades de unión se obtienen preferentemente para ambos (el fragmento/epítopo del antígeno tumoral y el péptido antigénico).
Después de la prueba de unión, pueden seleccionarse dichos péptidos antigénicos, que se unen de manera moderada, fuerte o muy fuerte al MHC I.
La predicción de la unión al MHC de clase I (prueba de unión al MHCin silico)puede realizarse mediante el uso de herramientas disponibles públicamente, tales como "NetMHCpan", por ejemplo, el "Servidor NetMHCpan 3.0" o el "Servidor NetMHCpan 4.0" (Centro para el análisis de secuencias biológicas, DTU de la Universidad Técnica de Dinamarca; URL: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan/). El método Net-MHCpan, en particular NetMHCpan 3.0 o una versión superior, se entrena en más de 180000 datos de unión cuantitativa que cubren 172 moléculas de MHC de seres humanos (HLA-A, B, C, E) y otras especies. En general, la afinidad puede predecirse tras dejar umbrales predeterminados para aglutinantes fuertes y débiles. Por ejemplo, para HLA-A*0201 una afinidad calculada por debajo de 50 nM puede indicar "aglutinantes fuertes", y una afinidad entre 50 y 300 nM puede indicar "aglutinantes moderados". En NetMHCpan, por ejemplo, en NetMHCpan 3.0 o en NetMHCpan 4.0, el intervalo de la afinidad predicha puede compararse con un conjunto de 400000 péptidos naturales aleatorios, que pueden usarse como una medida del % de afinidad de unión al intervalo. Este valor no se ve afectado por el sesgo inherente de ciertas moléculas hacia las afinidades medias predichas más altas o más bajas. Por ejemplo (por ejemplo, para HLA-A*0201), los aglutinantes muy fuertes pueden definirse como que tienen un % de intervalo < 0,5, los aglutinantes fuertes pueden definirse como que tienen un % de intervalo < 1,0, los aglutinantes moderados pueden definirse como que tienen un % de intervalo de 1,0 a 2,0, los aglutinantes débiles pueden definirse como que tienen un % de intervalo > 2,0. El experto en la técnica conoce bien un método para los análisis in vitro. Por ejemplo, el experto en la técnica puede usar el protocolo experimental que se validó para los péptidos presentados por el HLA-A*0201 en Tourdot y otros, A general strategy to enhance immunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides: implication in the identification of cryptic tumor epitopes. Eur J Immunol. dic. del 2000; 30(1 2):341 1 -21. En este contexto, un péptido de referencia, tal como HIV pol 589-597, puede usarse adicionalmente en la prueba. Esto permite el cálculo de la afinidad in vitro con relación a la unión observada con el péptido de referencia, por ejemplo, mediante la siguiente ecuación: Afinidad relativa = concentración de cada péptido que induce el 20 % de la expresión de HLA-A*0201 / concentración del péptido de referencia que induce el 20 % de la expresión de HLAA* 0201 (donde el 100 % es el nivel de expresión de HLA-A*0201 detectado con el péptido de referencia, por ejemplo, HIV pol 589-597, por ejemplo, usado a una concentración de 100 m). Por ejemplo, un péptido que muestra una afinidad relativa más abajo de 1 puede considerarse como un "aglutinante fuerte", un péptido que muestra afinidad relativa entre 1 y 2 puede considerarse como un "aglutinante moderado" y un péptido que muestra afinidad relativa de más de 3 puede considerarse como un "aglutinante débil".
En los seres humanos hay tres loci genéticos diferentes que codifican moléculas de MHC de clase I (las moléculas de MHC del ser humano también se designan antígenos de leucocitos humanos (HLA)): HLA-A, HLA-B y HLA-C. HLA-A*01, HLA-A*02, y HLAA* 24 y HLA-B*07 son ejemplos de diferentes alelos del MHC de clase I que pueden expresarse a partir de estos loci. Por ejemplo, el péptido antigénico de acuerdo con la invención puede unirse a las moléculas HLA-A*01, HLA-A*02, HLA-A*24 y HLA-B*07. En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la invención se une a HLA-A*02.
La localización celular, en particular si una proteína se secreta o comprende un dominio transmembrana, puede probarse in silico o in vitro mediante métodos bien conocidos por el experto en la técnica. Por ejemplo, puede usarse "Servidor SignalP 4.1" (Centro para el análisis de secuencias biológicas, DTU de la Universidad Técnica de Dinamarca; URL: www.cbs.dtu.dk/services/SignalP) y/o "Phobius" (Un predictor combinado de topología transmembrana y péptidos señal, Estocolmo, Centro de Bioinformática; URL: phobius.sbc.su.se). Preferentemente, pueden combinarse dos herramientas de predicción (por ejemplo, el servidor SignalP 4.1 y Phobius).
Por ejemplo, para probar si se secreta una proteína, puede evaluarse la presencia de un péptido señal. Los péptidos señal son señales ubicuas de clasificación de proteínas que se dirigen a su proteína pasajera (cargo) para la translocación a través de la membrana citoplasmática en procariotas. Para probar la presencia de un péptido señal, puede usarse, por ejemplo, "Servidor SignalP 4.1" (Centro para el análisis de secuencias biológicas, DTU de la Universidad Técnica de Dinamarca; URL: www.cbs.dtu.dk/services/SignalP) y/o "Phobius" (Un predictor combinado de topología transmembrana y péptidos señal, Estocolmo, Centro de Bioinformática; URL: phobius.sbc.su.se). Preferentemente, pueden combinarse dos herramientas de predicción (por ejemplo, el servidor SignalP 4.1 y Phobius).
Además, puede determinarse si una proteína comprende un dominio transmembrana. Ambos, los péptidos señal y los dominios transmembrana son hidrofóbicos, pero las hélices transmembrana típicamente tienen regiones hidrofóbicas más largas. Por ejemplo, el servidor SignalP 4.1 y Phobius tienen la capacidad de diferenciar péptidos señal de dominios transmembrana. Preferentemente, se establece un número mínimo de dos hélices transmembrana predichas para diferenciar entre las proteínas de membrana y citoplasmáticas para suministrar la lista de consenso final.
En una modalidad, la variante de secuencia de microbiota de un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral humano se presenta en su totalidad después de la escisión de la proteína bacteriana expresada en la microbiota humana. En este contexto, el término "escisión" se refiere al procesamiento del péptido para la presentación de MHC, en particular al procesamiento de MHC-I. Por ejemplo, la puntuación de predicción de escisión y/o afinidad puede usarse para predecir la escisión antigénica para una unión adecuada al MHC (para su presentación a los linfocitos T CD8). Dicha "puntuación de probabilidad de escisión" puede calcularse con el programa (preferentemente dicha puntuación es superior al 70 %, preferentemente superior al 80 %, con mayor preferencia superior al 90 %). Por ejemplo, puede usarse "IEDB" (Recurso de análisis y base de datos de epítopo inmunitario, Recurso de análisis de IEDB, soportado por un contrato del Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas, un componente de los Institutos Nacionales de Salud en el Departamento de Salud y Servicios Humanos), que proporciona, por ejemplo, predicciones de procesamiento de MHC-I (URL: http://tools.iedb.org/mhcnp/). En otro ejemplo, puede usarse NetChop3 (The role of the proteasome in generating cytotoxic T cell epitopes: Insights obtained from improved predictions of proteasomal cleavage. M. Nielsen, C. Lundegaard, O. Lund, y C. Kesmir. Immunogenetics., 57(1-2):33-41, 2005; Prediction of proteasome cleavage motifs by neural networks. C. Kesmir, A. Nussbaum, Hansjorg Schild, Vincent Detours y S. Brunak, Prot. Eng., 15(4): 287-296, 2002; URL: http:// www.cbs.dtu.dk/services/NetChop/) para la predicción de escisión. Este algoritmo se basa en una red neuronal entrenada en datos experimentales sobre la escisión de proteasomasin vitroy ligandos HLA conocidos. La salida de la red fue una puntuación entre 0,0 y 1,0. Un predictor aleatorio puntuaría con 0,5 y un predictor perfecto puntuaría con 1. En consecuencia, una puntuación alta para un péptido (por ejemplo, por encima de 0,7, preferentemente por encima de 0,8, con mayor preferencia por encima de 0,9, como se describió anteriormente) sugiere que se escinde efectivamente en su extremo N- y/o C-terminal (y no en su centro), mientras que una puntuación baja se asocia con péptidos escindidos en su centro. De esta manera, la información sobre la escisión proteasómica, el transporte TAP y las herramientas de análisis de MHC de clase 1 pueden combinarse para la predicción de la presentación de péptidos.
En una modalidad, el péptido antigénico induce reactividad cruzada de linfocitos T contra el epítopo humano de un antígeno tumoral (de referencia). La reactividad cruzada de linfocitos T es un fenómeno del sistema inmunitario definido como el reconocimiento de dos o más complejos péptidos-MHC (pMHC) por el receptor de linfocitos T (TCR).
El imitador de epítopo se refiere al concepto de similitud de secuencia y estructura entre antígenos extraños y autoantígenos como un mecanismo de activación para inducir una respuesta inmunitaria reactiva cruzada contra los autoantígenos. Curiosamente, dicha simulación de epítopo ofrece una posible forma de evitar la restricción del repertorio de linfocitos T humanos debido al agotamiento clonal de linfocitos T que reconocen autoantígenos.
En particular, los antígenos (es decir, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción) distintos de los autoantígenos (por ejemplo, el epítopo humano de un antígeno tumoral), pero que comparten la similitud de secuencia con el autoantígeno, (i) aún pueden reconocerse debido a la reactividad cruzada del receptor de linfocitos T y (ii) se espera que dichos antígenos sean reconocidos por los linfocitos T/TCR que no se han agotado durante el proceso de formación de linfocitos T. En consecuencia, dichos antígenos son capaces de provocar una respuesta inmunitaria fuerte que conduce a la expansión clonal de linfocitos T que albergan una posible reactividad cruzada con autoantígenos.
La reactividad cruzada del receptor de linfocitos T con el epítopo de un antígeno tumoral humano (de referencia) puede medirse como se muestra en la sección EJEMPLOS mediante el ensayo ELlSPOT-IFNy. Brevemente, los ratones transgénicos HLA-A2 (por ejemplo, ratones DR1 HHD que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR1 humano y que carecen de MHC H-2 de clase I y clase II murinos y/o ratones DR3 HHD que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humano) se inmunizan el día 0 (d0) con una inyección primaria, y el d14 con una inyección de refuerzo con un péptido antigénico de la presente invención y el epítopo de un antígeno tumoral humano (de referencia). Siete días después de la inyección de refuerzo (es decir, el d21), los ratones se sacrifican y los esplenocitos se estimulanin vitrocon el péptido antigénico de la presente invención para evaluar su capacidad de secretar IFN-gamma según lo evaluado por El ISPOT.
En particular, la presente invención proporciona un péptido antigénico en combinación con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, que es una variante de secuencia de microbiota de un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral humano, en donde el epítopo de un antígeno tumoral humano puede consistir en cualquiera de las SEQ ID NO 1-64, 66-257 y 476-500.
La Tabla 1A más abajo proporciona una descripción general del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o péptidos antigénicos adicionales como se describe en la presente descripción, con sus secuencias de aminoácidos y SEQ ID NO y con el fragmento/epítopo correspondiente de un antígeno tumoral humano (también denominado en la presente descripción como "péptido de referencia humano"). La Tabla 1A también proporciona información de con qué antígeno tumoral se relaciona cada péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Las SEQ ID NO 1 a 64, 66 a 257 y 476-500 se refieren a péptidos antigénicos HLA-A*02 como se describe en la presente descripción.
- * .
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La Tabla 1B más abajo proporciona una descripción general de las secuencias consenso (secuencia consenso de MHC de clase I) de los péptidos antigénicos descritos en la presente descripción con sus secuencias de aminoácidos y la SEQ ID NO y con el fragmento/epítopo correspondiente de un antígeno tumoral humano (también denominado en la presente descripción como "péptido de referencia humano"), así como también a su secuencia central.
T l 1B. ni n n l MH l I l i ni ni .
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La Tabla 1C más abajo proporciona una descripción general sobre las secuencias consenso HLA-A*02 de los péptidos antigénicos de una composición farmacéutica o usadas en combinación de acuerdo con la presente invención con sus secuencias de aminoácidos y SEQ ID NO y con la secuencia central correspondiente de un antígeno tumoral humano. La Tabla 1C también proporciona información de a qué secuencia central y secuencia consenso HLA-A*02 cada péptido antigénico.
Tabla 1C. Secuencias consenso HLA-A*02 del péptido antigénico de acuerdo con la invención o como se describe n l r n ri i n.
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Como puede recuperarse de las Tablas 1A-1C, los péptidos antigénicos descritos en la presente descripción y los de acuerdo con la presente invención pueden clasificarse de acuerdo con el antígeno tumoral humano respectivo, a la secuencia central respectiva y a las secuencias de consenso del MHC de clase I y/o HLA-A*02 respectivas.
En consecuencia, el péptido antigénico puede comprender una secuencia (central) de acuerdo con una cualquiera de las SEQ ID NO 281 - 303. Preferentemente, el péptido antigénico comprende una secuencia (central) de acuerdo con una cualquiera de las SEQ ID NO 281, 283 - 289, 293, 294, 302 y 303. Con mayor preferencia, el péptido antigénico comprende una secuencia (central) de acuerdo con una cualquiera de las SEQ ID N<o>283, 287, 293, 294, 302 y 303. Aún con mayor preferencia, el péptido antigénico comprende una secuencia (central) de acuerdo con una cualquiera de las SEQ ID N<o>287, 293, 294 y 302. El péptido antigénico usado en combinación o en la composición farmacéutica de la presente invención es una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral CD19, tal como péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1 - 40. Con mayor preferencia, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia del fragmento de CD19 (péptido de referencia humano) "FLLFLTPME" (SEQ ID NO: 258), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 1-12, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 10. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención sea una variante de secuencia del fragmento de CD19 (péptido de referencia humano) "KLSLGLPGL" (SEQ ID NO: 259), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 13-33. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD19 (péptido de referencia humano) "SLVGILHLQ" (SEQ ID NO: 260), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 34-35, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 34 o 35. Además, con mayor preferencia el antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD19 (péptido de referencia humano) 'TLAYLIFCL" (SEQ ID NO: 261), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 36-39, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 39. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD19 (péptido de referencia humano) "QQMGGFYLC" (SEQ ID NO: 262), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 40, por ejemplo, un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 40.
El péptido antigénico usado en combinación y en la composición farmacéutica de la presente invención es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD20 (MS4A1; péptido de referencia humano), tal como "IALGGLLMI" (SEQ ID NO: 263), "IMNSLSLFA" (SEQ ID NO: 264), "LMIPAGIYA" (SEQ ID NO: 265) o "SLFLGILSV" (SEQ ID NO: 266). Específicamente, el péptido antigénico de acuerdo con es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD20, tal como péptidos antigénicos que tienen una secuencia central que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 286 - 289. En consecuencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD20 que comprende o que consiste en una secuencia de consenso de MHC de clase I como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 309 -312. En una modalidad particular, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD20 que se une a una molécula HLA particular (HLA-A2*02), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de consenso HLA-A2*02 como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 347-374. Con mayor preferencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral CD20, tal como péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 41 - 87. Con mayor preferencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD20 (péptido de referencia humano) "IALGGLLMI" (SEQ ID NO: 263), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 41-64, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 61. El péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia del fragmento de CD20 (péptido de referencia humano) "IMNSLSLFA" (SEQ ID NO: 264), el péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 65. Los péptidos antigénicos adicionales usados en combinación o en la composición farmacéutica de la invención consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 70 y 476 - 484, por ejemplo, un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 68, 70 y 477. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico usado en combinación o en la composición farmacéutica es una variante de secuencia del fragmento de CD20 (péptido de referencia humano) "LMIPAGIYA" (SEQ ID NO: 265), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 71-80, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 72. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico de acuerdo es una variante de secuencia del fragmento de CD20 (péptido de referencia humano) "SLFLGILSV" (SEQ ID NO: 266), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 81-87, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 86.
En una modalidad, el péptido antigénico usado en combinación o en la composición farmacéutica de la presente invención es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD22 (péptido de referencia humano), tal como "FLSNDTVQL" (SEQ ID NO: 267), "HLLGPWLLL" (SEQ ID NO: 268), "ILILAICGL" (SEQ ID NO: 269) o "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270). En una modalidad preferida, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD22, tal como péptidos antigénicos que tienen una secuencia central que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 290 - 293. En consecuencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD22 que comprende o que consiste en una secuencia de consenso de MHC de clase I como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 313 - 316. Específicamente, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD22 que se une a una molécula HLA particular (HLA-A2*02), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de consenso HLA-A2*02 como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 375-390. Con mayor preferencia, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral CD22, tales como péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 88 - 110. Con mayor preferencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) FLSNDTVQL" (SEQ ID NO: 267), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 88-96. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "HLLGPWLLL" (SEQ ID NO: 268), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 97-101. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención sea una variante de secuencia del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "ILAICGL" (SEQ ID NO: 269), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 102-105. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 106-110 y 485 - 488, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 107, 108, 109 y 110.
El péptido antigénico usado en combinación o la composición farmacéutica de la presente invención es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD37 (péptido de referencia humano), tal como "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 271), "GLYFGMLLL" (SEQ ID NO: 272), "ILILAICGL" (SEQ ID NO: 273), "LLLLFATQI" (SEQ ID NO: 274), "SIVGICLGV" (SEQ ID NO: 275) o "SLIKYFLFV" (SEQ ID NO: 276). En una modalidad preferida, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD37, tal como péptidos antigénicos que tienen una secuencia central que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 294 - 299. En consecuencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD37 que comprende o que consiste en una secuencia de consenso de MHC de clase I como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 317 - 322. En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral CD37 que se une a una molécula HLA particular (HLA-A2*02), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de consenso HLA-A2*02 como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 391-425. Con mayor preferencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral CD37, tal como péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 111 - 162. Con mayor preferencia, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia del fragmento de<c>D37 (péptido de referencia humano) "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 271), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 111-130, 400-402 y 489-493, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 114, 117, 119, 120, 491 y 493. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "GLYFGMLLL" (SEQ ID NO: 272), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 131-136. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "ILILAICGL" (SEQ ID NO: 273), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 137-147. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "LLLLFATQI" (SEQ ID NO: 274), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 148-155. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "SIVGICLGV" (SEQ ID NO: 275), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 156-157. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "SLIKYFLFV" (SEQ ID NO: 276), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ iD NO: 158-162.
El péptido antigénico usado en combinación y en la composición farmacéutica de la presente invención es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral TNFRSF13C (péptido de referencia humano), tal como "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 277), "GLALVLALV" (SEQ ID NO: 278), "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), "PLPGLLFGA" o (SEQ ID NO: 280). En una modalidad preferida, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral TNFRSF13C, tal como péptidos antigénicos que tienen una secuencia central que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 300-303. En consecuencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral TNFRSF13C que comprende o que consiste en una secuencia de consenso de MHC de clase I como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 323 - 326. Particularmente, el péptido antigénico es una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral TNFRSF13C que se une a una molécula HLA particular (HLA-A2*02), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de consenso HLAA2* 02 como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 426-472. Con mayor preferencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral TNFRSF13C, tal como péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 163 - 257. Con mayor preferencia, el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 277), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 163-170. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia del fragmento de TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "GLALVLALV" (SEQ ID NO: 278), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 171-209. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico es una variante de secuencia del fragmento de TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 210-225, y 494 - 500, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 212, 217, 220 y 224. Además, con mayor preferencia el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia del fragmento de TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 226-257, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 227.
Preferentemente, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención comprende o consiste en una secuencia de consenso de clase I del MHC como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 304-312, 315 316 y 325. Con mayor preferencia, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención comprende o consiste en una secuencia de consenso HLA-A*02 como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO. 330, 332-333, 336, 341-344,346, 354-355, 360, 363-364, 367, 371-372, 374,387, 390, 392-393, 402 y 450.
En algunas modalidades, el péptido antigénico usado en combinación con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1 - 12, 34 - 35, 36 - 39, 40, 41 - 64, 65 - 70, 476 - 484, 71 - 80, 81 - 87, 106 - 110, 485 - 488, 111 - 130, 489 - 493, 210 - 225, 494 - 500 y 226 - 257; preferentemente, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 34 - 35, 65 - 70, 476 - 484, 106 - 110, 485 - 488, 111 - 130, 489 - 493, 210 - 225, 494 - 500 y 226 - 257; con mayor preferencia, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID nO 65 - 70, 476 - 484, 106 - 110, 485 - 488, 111 - 130, 489 - 493, 210 - 225 y 494 - 500.
En algunas modalidades, el péptido antigénico usado en combinación con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 34, 35, 39, 40, 61, 68, 70, 72, 86, 107 - 110, 114, 117, 119, 120, 212, 217, 220, 224, 227, 231, 477, 491 y 493. Aún con mayor preferencia, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 61, 65, 68, 72, 86, 110, 114 y 220. Todavía con mayor preferencia, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 110, 114 y 220. Con la máxima preferencia, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 110, 114 y 220. Todavía con mayor preferencia, los péptidos antigénicos consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 65, 110, 114 y 220. Un péptido antigénico de la invención que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 65. En algunas modalidades, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 110. En algunas modalidades, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 114. En algunas modalidades, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220.
Como se muestra en los ejemplos en la presente descripción, el péptido antigénico específico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, permiten el aumento de una respuesta inmunitaria fuerte contra ellos mismos y, lo que es más importante, permiten el aumento de una respuesta inmunitaria fuerte contra péptidos que tienen aminoácidos similares con los mismos que están comprendidos en el antígeno tumoral, que incluye si los péptidos humanos de referencia comprendidos en el antígeno tumoral pueden ser tolerogénicos.
Ventajosamente, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción pueden tener la forma de compuestos inmunogénicos, en particular para su uso en la prevención o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B.
Multímeros de péptido-MHC (pMHC) que comprenden el péptido antigénico
En un aspecto adicional, la presente invención también proporciona un multímero de péptido-MHC (pMHC) que comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
Como se usa en la presente descripción, el término "multímero de péptido-MHC" (pMHC) se refiere a un complejo multimérico estable compuesto por subunidades de proteína del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) cargadas con un péptido antigénico de la invención. En general, los "multímeros de MHC" son formas oligoméricas de moléculas de m Hc . La función principal de una molécula de MHC es unirse a un antígeno. De acuerdo con la invención, dicho antígeno es el péptido antigénico de acuerdo con la invención. En consecuencia, un complejo de proteínas de MHC "cargado" con el péptido antigénico de la invención típicamente significa que el péptido antigénico de la invención está enlazado a una o más de las proteínas de MHC. Los "multímeros de péptido-MHC" (pMHC) de la invención incluyen un dímero, trímero, tetrámero, pentámero, hexámero, heptámero u octámero de péptido-MHC. Se prefieren tetrámeros y pentámeros de MHC. El término "Complejo Principal de Histocompatibilidad" (MHC) es una designación genérica destinada a abarcar los sistemas de antígenos de histocompatibilidad que se describen en diferentes especies, que incluye los antígenos leucocitarios humanos (HLA). En los seres humanos, hay tres loci genéticos diferentes principales que codifican moléculas de MHC de clase I: HLA-A, HLA-B y HLA-C. HLA-A*01, HLA-A*02 y HLA-A*11 son ejemplos de diferentes alelos del MHC de clase I que se pueden expresar a partir de estos loci.
En una modalidad de la invención, el multímero de pMHC es un multímero de péptido/MHC de clase I. En otra modalidad particular, el multímero pMHC es un HLA correspondiente al multímero MHC clase I/péptido. En consecuencia, el multímero de pMHC puede ser un multímero de péptido HLA que se selecciona del grupo que consiste en multímero de péptido HLA-A, multímero de péptido HLA-B, multímero de péptido HLA-C, multímero de péptido HLA-E, multímero de péptido MICA y multímero de péptido MICB.
Los métodos para obtener multímeros de pHMC se conocen en la técnica y se describen, por ejemplo, en los documentos WO 96/26962 y WO 01/18053.
Además de la molécula de MHC y el péptido antigénico de la invención, el pMHC puede contener componentes adicionales, tal como un agente de multimerización y/o un marcador (por ejemplo, para visualización). Los ejemplos de marcadores incluyen marcadores fluorescentes, por ejemplo, proteínas marcadas con fluorescencia, como la estreptavidina. Los marcadores fluorescentes incluyen aloficocianina (APC), ficoeritrina (PE), R-ficoeritrina (R-PE) e isotiocianato de fluoresceína (FITC). Un marcador preferido es la biotina.
En una modalidad de la invención, dicho multímero pMHC puede usarse para visualizar poblaciones de linfocitos T que son específicas para el complejo peptídico MHC clase I o un HLA correspondiente al complejo peptídico MHC clase I como se describió aquí anteriormente. Por ejemplo, el multímero pMHC puede ser un multímero donde la cadena pesada del MHC está biotinilada, lo que permite la combinación como tetrámero con estreptavidina. Tal tetrámero de pMHC tiene una mayor avidez por los linfocitos T portadores de TCR apropiados y, por lo tanto, puede usarse para visualizar poblaciones reactivas por inmunofluorescencia. En otra modalidad de la invención, dicho multímero pMHC puede usarse para la detección y/o aislamiento mediante exploración (en citometría de flujo o mediante exploración inmunomagnética) de poblaciones de linfocitos T que son específicas para un complejo pMHC como se describió aquí anteriormente.
Linfocitos T citotóxicos (CTL) específicos de péptidos antigénicos
En un aspecto adicional, la presente invención también proporciona un linfocito T citotóxico (CTL) específico para un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, en particular un linfocito T citotóxico activado (CTL) específico para un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
En la presente descripción se describe además un método para producir linfocitos T citotóxicos (CTL) específicos para un péptido antigénico de acuerdo con la invención, en particular linfocitos T citotóxicos activados (CTL) específicos para un péptido antigénico de acuerdo con la invención, el método comprende poner en contactoin vitrouna CTL con una molécula de MHC humana de clase I o II cargada con antígeno expresada en la superficie de una célula presentadora de antígeno o un constructo artificial que imita una célula presentadora de antígeno, en donde dicho antígeno es un péptido antigénico de acuerdo con la invención. Las células presentadoras de antígeno preferidas incluyen células dendríticas. Un constructo artificial que imita una célula presentadora de antígeno puede ser, por ejemplo, un multímero péptido-MHC de acuerdo con la invención. La etapa de poner en contacto el CTL con la molécula de MHC humana de clase I o II cargada con antígeno expresada en la superficie de la célula presentadora de antígeno o el constructo artificial que imita una célula presentadora de antígeno puede llevarse a cabo durante un período de tiempo suficiente para activar dicho CTL de una manera específica de antígeno. Preferentemente, el péptido antigénico es un péptido antigénico preferido como se describió anteriormente, tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 65, 110, 114 y 220.
Los linfocitos T (activados) que se dirigen contra los péptidos antigénicos de la invención son útiles en la terapia. Los linfocitos T citotóxicos (CTL) (activados) de acuerdo con la presente invención, que son específicos para un péptido antigénico de la invención, pueden tener (exhibir/expresar) marcadores de memoria. Dichos marcadores de memoria son preferentemente marcadores de memoria de células de memoria intestinales, tales como CCR9, CXCR3, CD103, CX3CR1 y a4p7+.
Los linfocitos T citotóxicos (CTL) (activados) de acuerdo con la presente invención, que son específicos para un péptido antigénico de la invención, se amplifican preferentemente más/más fuerte después de la vacunación con el péptido antigénico de la invención (derivado de secuencias de microbiota humana) en comparación con la vacunación con péptidos no derivados de secuencias de microbiota, tal como la secuencia humana (de referencia) y/o un péptido sintético (por ejemplo, que incluye mutaciones, que fueron, por ejemplo., introducidas artificialmente). En otras palabras, la vacunación de sujetos con el péptido antigénico de la invención aumenta preferentemente el número de linfocitos T citotóxicos (CTL) (activados) de acuerdo con la presente invención, que son específicos para dicho péptido antigénico de la invención, más que la vacunación con los péptidos humanos respectivos o péptidos sintéticos (no derivados de la microbiota), que se refieren al mismo epítopo de referencia.
Los linfocitos T citotóxicos (CTL) (activados) de acuerdo con la presente invención, que son específicos para un péptido antigénico de la invención, son preferentemente más/más fuertes y/o más rápidos amplificados después de la vacunación en sujetos que tienen dicho péptido en el intestino (expresados por la microbiota del sujeto), por ejemplo., el péptido puede encontrarse en una muestra de heces del sujeto, en comparación con los sujetos que no tienen dicho péptido en el intestino (no expresado por la microbiota del sujeto), por ejemplo, sujetos donde dicho péptido no es detectable en muestras de heces. En particular, los sujetos que tienen dicho péptido en el intestino (expresado por la microbiota del sujeto), pueden responder más rápido (expansión más rápida de linfocitos T) y/o tener linfocitos T del tipo deseado de Tc1.
Células cargadas con el péptido antigénico
En un aspecto adicional, la presente invención también proporciona una célula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1. En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican a dicha célula de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el péptido antigénico cargado en la célula que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 preferentemente comprende o consiste en una secuencia consenso de MHC de clase I como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 304-326, tal como un péptido antigénico que comprende o consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO 1 a 64, 66 a 247 y 476-500. Por ejemplo, aún con mayor preferencia son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 61, 65, 68, 72, 86, 110, 114 y 220. Por ejemplo, aún con mayor preferencia son los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID<n>O 10, 21, 33, 35, 39, 40, 110, 114 y 220. Por ejemplo, aún con mayor preferencia son los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 10, 110, 114 y 220. Por ejemplo, aún con mayor preferencia es la composición de péptidos antigénicos de acuerdo con la reivindicación 9 que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 65, 110, 114 y 220. También se prefieren sus combinaciones, específicamente, las células cargadas con péptidos antigénicos distintos combinados con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
Una célula cargada preferida con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una célula presentadora de antígeno (APC), con mayor preferencia una célula dendrítica (DC).
Las APC son de particular interés, ya que su función principal es procesar antígenos y presentarlos en la superficie celular a los linfocitos T del sistema inmunitario, para iniciar y modular las respuestas de los linfocitos Tin vivo.En el contexto de la presente invención, se prefiere que las APC estén cargadas con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Esto se puede hacer mediante la exposición de las APCin vitrocon dicho péptido antigénico (como se describe en Rizzo M<m>, Alaniz L, Mazzolini G. Ex vivo loading of autologous dendritic cells with tumor antigens. Methods Mol Biol. 2014;1139:41-4; Rolinski J, Hus I. Breaking immunotolerance of tumors: a new perspective for dendritic cell therapy. J Immunotoxicol. Octubre de 2014; 11 (4):311 -8).
Las APC preferidas de acuerdo con la invención son las células dendríticas (DC). De hecho, puede ser ventajoso combinar al menos un péptido antigénico con las DC, ya que son las APC más potentes y se ha informado que son funcionalmente defectuosas con frecuencia en pacientes con cáncer. Los expertos en la técnica pueden obtener fácilmente las DC de donantes sanos compatibles (es decir, las DC están relacionadas con HLA) o del propio paciente, siempre y cuando sean funcionales (es decir, las DC son autólogas), por ejemplo, mediante aislamiento directo de la sangre periférica, o por derivación de células sanguíneas periféricas tales como monocitos CD14+ o precursores hematopoyéticos CD34+ (Figdor CG, de Vries IJ, Lesterhuis WJ, Melief CJ. Dendritic cell immunotherapy: mapping the way. Nat Med. Mayo de 2004;10(5):475-80). De hecho, las CD se pueden distinguir de otras células de la sangre periférica por sus marcadores de superficie, como S100, p55, CD83 y/o OX62, y por lo tanto se pueden aislar y purificar en base a dichos marcadores mediante el uso de técnicas de cultivos celulares que se conocen bien en la técnica.
Ácidos nucleicos que codifican los péptidos antigénicos y células huésped que comprenden ácidos nucleicos
En un aspecto adicional, la presente invención proporciona además un ácido nucleico que codifica el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1. En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican a dicho ácido nucleico de acuerdo con la presente invención.
Los ácidos nucleicos comprenden preferentemente ácidos nucleicos monocatenarios, bicatenarios o parcialmente bicatenarios, preferentemente se seleccionan de ADNg, ADNc, ARN, ADN antisentido, ARN antisentido, secuencias complementarias de ARN/ADN con o sin elementos de expresión, un minigen, fragmentos de genes, elementos reguladores, promotores y sus combinaciones. Otros ejemplos que se prefieren de ácido nucleico (moléculas) y/o polinucleótidos incluyen, por ejemplo, un polinucleótido recombinante, un vector, un oligonucleótido, una molécula de ARN tal como un ARNr, un ARNm o un ARNt o una molécula de ADN como se describió anteriormente. Por lo tanto, se prefiere que el ácido nucleico (molécula) sea una molécula de ADN o una molécula de ARN; preferentemente se selecciona de ADNg; ADNc; ARNr; ARNm; ADN antisentido; ARN antisentido; secuencias complementarias de ARN y/o ADN; secuencias de ARN y/o ADN con o sin elementos de expresión, elementos reguladores y/o promotores; un vector; y sus combinaciones.
Es de gran interés en los campos de la terapéutica, el diagnóstico, los reactivos y los ensayos biológicos poder administrar un ácido nucleico, por ejemplo, un ácido ribonucleico (ARN) dentro de una célula, ya sea in vitro, in vivo, in situ o ex vivo, tal como para provocar la traducción intracelular del ácido nucleico y la producción de un péptido codificado de interés. De particular importancia es el suministro y función de un polinucleótido no integrativo. En consecuencia, se prefieren los ácidos nucleicos, que no se integran en los cromosomas del huésped, tales como el ARNm. En general, los ácidos nucleicos, tales como el ARNm, pueden optimizarse para la expresión del péptido antigénico de la invención, por ejemplo, mediante métodos que se conocen en la técnica, como la optimización de codones. Además, el ácido nucleico puede modificarse, por ejemplo, para mejorar su estabilidad, prolongar su vida útil y/o aumentar la expresión del péptido antigénico de la invención. En consecuencia, se prefiere el ARNm optimizado o modificado (ARNm), que codifica el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. El ARNm se distingue del ARNm de tipo salvaje en sus características de diseño funcional y/o estructural para el suministro óptimo del ARNm y/o para la expresión óptima del péptido antigénico de la invención (por ejemplo, como se describe en los documentos WO 2013/151672 A2, WO 2013 /101690 A1, WO2013/052523 A). En general, los ácidos nucleicos pueden administrarse "desnudos" o asociados con un portador, por ejemplo, un portador catiónico. Los portadores catiónicos (cargados positivamente) típicamente se asocian fácilmente con los ácidos nucleicos, que están cargados negativamente. El portador puede ser de cualquier tipo, que incluye, por ejemplo, polímeros, proteínas, lípidos y nanopartículas. Se prefieren los lípidos catiónicos y las nanopartículas (en particular, las nanopartículas lipídicas, LNP) para el suministro de ácidos nucleicos. En consecuencia, la presente invención también proporciona un ácido nucleico como se describe en la presente descripción asociado con un portador (por ejemplo, un lípido, en particular un lípido catiónico o una LNP).
En algunas modalidades, la molécula de ácido nucleico puede ser un vector. El término "vector", como se usa en el contexto de la presente invención, se refiere a una molécula de ácido nucleico, preferentemente a una molécula de ácido nucleico artificial, es decir, una molécula de ácido nucleico que no existe en la naturaleza. Un vector en el contexto de la presente invención es adecuado para incorporar o albergar una secuencia de ácido nucleico que se desea. Dichos vectores pueden ser vectores de almacenamiento, vectores de expresión, vectores de clonación, vectores de transferencia, etc. Un vector de almacenamiento es un vector que permite el almacenamiento conveniente de una molécula de ácido nucleico. Así, el vector puede comprender una secuencia correspondiente, por ejemplo, a un péptido antigénico conveniente de acuerdo con la presente invención. Puede usarse un vector de expresión para la producción de productos de expresión tales como ARN, por ejemplo, ARNm, o péptidos, polipéptidos o proteínas. Por ejemplo, un vector de expresión puede comprender secuencias necesarias para la transcripción de una secuencia del vector, tal como una secuencia promotora. Un vector de clonación es típicamente un vector que contiene un sitio de clonación, que puede usarse para incorporar secuencias de ácido nucleico en el vector. Un vector de clonación puede ser, por ejemplo, un vector de plásmido o un vector de bacteriófago. Un vector de transferencia puede ser un vector que sea adecuado para transferir moléculas de ácido nucleico a células u organismos, por ejemplo, vectores virales. Un vector en el contexto de la presente invención puede ser, por ejemplo, un vector de ARN o un vector de ADN. Preferentemente, un vector es una molécula de ADN. Por ejemplo, un vector en el sentido de la presente solicitud comprende un sitio de clonación, un marcador de selección, tal como un factor de resistencia a antibióticos, y una secuencia adecuada para la multiplicación del vector, tal como un origen de replicación. Preferentemente, un vector en el contexto de la presente solicitud es un vector plasmídico. Preferentemente, un vector en el contexto de la presente solicitud es un vector de expresión. Un vector que se prefiere es un vector para expresión en células bacterianas. Con mayor preferencia, el vector es útil para la expresión en los llamados "vectores de vacunas bacterianas vivas", en donde las células bacterianas vivas (tales como bacterias o esporas bacterianas, por ejemplo, endosporas, exoesporas o quistes microbianos) pueden servir como vacunas. Los ejemplos que se prefieren de los mismos se describen en da Silva y otros, Live bacterial vaccine vectors: an overview; Braz J Microbiol. 4 de marzo de 2015; 45(4):1117-29.
Los ácidos nucleicos que codifican un péptido antigénico de acuerdo con la invención o los péptidos antigénicos como se describen en la presente descripción pueden estar en forma de ácidos nucleicos desnudos, o ácidos nucleicos clonados en plásmidos o vectores virales (Tregoning and Kinnear, Using Plasmids as DNA Vaccines for Infectious Diseases. Microbiol Spectr. Diciembre de 2014; 2(6). doi: 10.1128/micro-biolspec. PLAS-0028-2014), se prefiere particularmente este último. Los ejemplos de vectores virales adecuados de acuerdo con la invención incluyen vectores de retrovirus, adenovirus, virus adenoasociados (AAV), herpesvirus y poxvirus. Está dentro de las habilidades de la persona en la técnica clonar un ácido nucleico en un plásmido o vector viral, mediante el uso de técnicas recombinantes estándar en la técnica.
En un aspecto adicional, la presente invención también proporciona una célula huésped que comprende el ácido nucleico de acuerdo con la reivindicación 4. También se prefieren sus combinaciones, específicamente, células huésped que comprenden distintos ácidos nucleicos que codifican distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
Preferentemente, el ácido nucleico comprendido en la célula huésped es preferentemente un vector. Preferentemente, la célula huésped es una célula bacteriana. Dicha célula huésped se puede usar preferentemente para la producción del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Además, dicha célula huésped también puede ser un componente activo en una vacuna.
Preferentemente, la célula huésped es una célula bacteriana, con mayor preferencia una célula bacteriana intestinal. El término "célula bacteriana intestinal" se refiere a las bacterias que residen en el intestino (humano).
Dicha célula huésped bacteriana puede servir como "vector de vacuna bacteriana viva", en donde las células bacterianas vivas (tales como bacterias o esporas bacterianas, por ejemplo, endosporas, exoesporas o quistes microbianos) pueden servir como vacunas. Los ejemplos que se prefieren de los mismos se describen en da Silva y otros, Live bacterial vaccine vectors: an overview; Braz J Microbiol. 4 de marzo de 2015; 45(4):1117-29.
Las células bacterianas (tales como bacterias o esporas bacterianas, por ejemplo, endosporas, exosporas o quistes microbianos), en particular (todas) las especies bacterianas intestinales, pueden ser ventajosas, ya que tienen el potencial de desencadenar una respuesta inmunitaria mayor que los (poli)péptidos o ácidos nucleicos que contienen. Alternativamente, las células bacterianas, en particular las bacterias intestinales, de acuerdo con la invención pueden estar en forma de probióticos, es decir, bacterias intestinales vivas, que pueden usarse como aditivo alimentario debido a los beneficios para la salud que puede proporcionar. Éstos pueden ser, por ejemplo, liofilizados en gránulos, pastillas o cápsulas, o directamente mezclados con productos lácteos para consumo.
Nanopartículas que comprenden el péptido antigénico
En un aspecto adicional, la presente invención también proporciona una nanopartícula que comprende, en particular, una nanopartícula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1; y, opcionalmente, con un adyuvante.
En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican a dicha nanopartícula de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el péptido antigénico cargado en la nanopartícula en combinación con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 preferentemente comprende o consiste en una secuencia consenso de MHC de clase I como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 304-326, como un péptido antigénico que comprende o consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1-64, 66 a 247 y 476-500. Por ejemplo, aún con mayor preferencia son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SeQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 61, 68, 72, 86, 110, 114 y 220. Por ejemplo, con mayor preferencia son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SeQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 110, 114 y 220. Por ejemplo, con mayor preferencia son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 110, 114 y 220. Por ejemplo, se prefieren los péptidos antigénicos como se describen en la presente descripción usados en combinación con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 65, 110, 114 y 220. También se prefieren sus combinaciones, específicamente, nanopartículas cargadas con distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
Las nanopartículas, en particular para su uso como vacunas, son conocidas en la técnica y se describen, por ejemplo, en Shao y otros, Nanoparticle-based immunotherapy for cancer, ACS Nano 2015, 9(1):16-30; Zhao y otros, Nanoparticle vaccines, Vaccine 2014, 32(3):327-37; y Gregory y otros, Vaccine delivery using nanoparticles, Front Cell Infect Microbiol. 2013, 3:13, doi: 10.3389/fcimb.2013.00013. eCollection 2013, Review. En particular, la nanopartícula se usa para el suministro del péptido antigénico y, opcionalmente, también puede actuar como adyuvante. El péptido antigénico típicamente está encapsulado dentro de la nanopartícula o unido/enlazado a (decorado sobre) la superficie de la nanopartícula ("recubrimiento"). En comparación con los enfoques convencionales, las nanopartículas pueden proteger la carga útil (antígeno/adyuvante) del entorno biológico circundante, aumentar la vida media, minimizar la toxicidad sistémica, promover el suministro a las APC o incluso desencadenar directamente la activación de linfocitos T-específicos de TAA. Preferentemente, la nanopartícula tiene un tamaño (diámetro) de no más de 300 nm, con mayor preferencia de no más de 200 nm y con la máxima preferencia de no más de 100 nm. Tales nanopartículas están adecuadamente protegidas de la captación de fagocitos, con alta integridad estructural en la circulación y largos tiempos de circulación, capaces de acumularse en los sitios de crecimiento tumoral y capaces de penetrar profundamente en la masa tumoral.
Los ejemplos de nanopartículas incluyen nanopartículas poliméricas tales como poli(etilenglicol) (PEG) y poli(ácido D,L-láctico-coglicólico) (PLGA); nanopartículas inorgánicas tales como nanopartículas de oro, perlas de óxido de hierro, nanopartículas de óxido de hierro y óxido de zinc, nanotubos de carbono y nanopartículas de sílice mesoporosas; liposomas, tales como liposomas catiónicos; complejos inmunoestimulantes (ISCOM); partículas similares a virus (VLP); y proteínas autoensambladas.
Las nanopartículas poliméricas son nanopartículas que se basan en/que comprenden polímeros, tales como poli(D,L-láctido-co-glicólido) (PLG), poli(D,L-ácido láctico-coglicólico)(PLGA), poli(y-ácido glutámico) (y-PGA), poli(etilenglicol) (PEG) y poliestireno. Las nanopartículas poliméricas pueden atrapar un antígeno (por ejemplo, el péptido antigénico o un (poli)péptido que comprende el mismo) o unirse/conjugarse a un antígeno (por ejemplo, el péptido antigénico o un (poli)péptido que comprende el mismo). Las nanopartículas poliméricas pueden usarse para el suministro, por ejemplo, a ciertas células, o mantener la liberación de antígenos en virtud de su velocidad de biodegradación lenta. Por ejemplo, pueden usarse nanopartículas de g-PGA para encapsular antígenos hidrofóbicos. Las nanopartículas de poliestireno pueden conjugarse con una variedad de antígenos, ya que pueden modificarse en la superficie con varios grupos funcionales. Polímeros, tal como el poli(ácido L-láctico) (PLA), PLGA, PEG, y polímeros naturales tales como los polisacáridos también se pueden usar para sintetizar nanopartículas de hidrogel, que son un tipo de red polimérica tridimensional hidrofílica de tamaño nanométrico. Los nanogeles tienen propiedades favorables que incluyen un tamaño de malla flexible, una gran área superficial para la conjugación multivalente, un alto contenido de agua y una alta capacidad de carga para antígenos. En consecuencia, una nanopartícula que se prefiere es un nanogel, tal como un nanogel de quitosano. Las nanopartículas poliméricas que se prefieren son nanopartículas que se basan en/que comprenden PEG y PLGA.
Las nanopartículas inorgánicas son nanopartículas que se basan en/que comprenden sustancias inorgánicas, y ejemplos de dichas nanopartículas incluyen nanopartículas de oro, perlas de óxido de hierro, nanopartículas de óxido de hierro y óxido de zinc, nanopartículas de carbono (por ejemplo, nanotubos de carbono) y nanopartículas de sílice mesoporosas. Las nanopartículas inorgánicas proporcionan una estructura rígida y una síntesis controlable. Por ejemplo, las nanopartículas de oro se pueden producir fácilmente en diferentes formas, tales como esferas, barras, cubos. Las nanopartículas inorgánicas pueden modificarse en la superficie, por ejemplo, con carbohidratos. Las nanopartículas de carbono proporcionan una buena biocompatibilidad y pueden producirse, por ejemplo, como nanotubos o esferas (mesoporosas). Por ejemplo, se pueden conjugar múltiples copias del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención (o un (poli)péptido que comprende el mismo) en nanopartículas de carbono, por ejemplo, nanotubos de carbono. Se prefieren las nanopartículas de carbono mesoporosas para la administración oral. También se prefieren las nanopartículas que se basan en sílice (SiNP). Las SiNP son biocompatibles y muestran excelentes propiedades en el direccionamiento selectivo de tumores y el suministro de vacunas. Los abundantes grupos silanol en la superficie de las SiNP pueden usarse para modificaciones adicionales para introducir funcionalidad adicional, tales como el reconocimiento celular, la absorción de biomoléculas específicas, la mejora de la interacción con las células y la mejora de la captación celular. Se prefieren particularmente las nanopartículas de sílice mesoporosas.
Los liposomas típicamente están formados por fosfolípidos, tales como el 1,2-dioleoil-3-trimetilamonio propano (DO-TAP). En general, se prefieren los liposomas catiónicos. Los liposomas se autoensamblan con una cubierta de bicapa de fosfolípidos y un núcleo acuoso. Los liposomas se pueden generar como vesículas unilamelares (que tienen una sola bicapa de fosfolípidos) o como vesículas multilamelares (que tienen varias capas concéntricas de fosfolípidos separadas por capas de agua). En consecuencia, los antígenos se pueden encapsular en el núcleo o entre diferentes capas/cubiertas. Los sistemas de liposomas preferidos son los aprobados para uso humano, como Inflexal® V y Epaxal®.
Los complejos inmunoestimulantes (ISCOM) son partículas en forma de jaula de aproximadamente 40 nm (diámetro), que son micelas que contienen saponina coloidal, por ejemplo, hechas del adyuvante de saponina Quil-A, colesterol, fosfolípidos y el antígeno (poli)peptídico (tal como el péptido antigénico o un polipéptido que comprende el mismo). Estas partículas esféricas pueden atrapar el antígeno mediante interacciones apolares. Se han descrito dos tipos de ISCOM, los cuales consisten de colesterol, fosfolípidos (típicamente fosfatidiletanolamina o fosfatidilcolina) y saponina (tal como Quil-A).
Las partículas similares a virus (VLP) son nanopartículas autoensamblables formadas por el autoensamblaje de proteínas biocompatibles de la cápside. Debido al tamaño de nanopartícula optimizado de forma natural y al orden estructural repetitivo, las VLP pueden inducir potentes respuestas inmunitarias. Las VLP se pueden derivar de una variedad de virus con tamaños que van desde 20 nm a 800 nm, típicamente en el intervalo de 20 - 150 nm. Las VLP pueden diseñarse para expresar péptidos o proteínas adicionales mediante la fusión de estos péptidos/proteínas a la partícula o mediante la expresión de múltiples antígenos. Además, los antígenos pueden acoplarse químicamente a la superficie viral para producir VLP bioconjugadas.
Los ejemplos de proteínas autoensambladas incluyen ferritina y proteína de bóveda principal (MVP). La ferritina es una proteína que puede autoensamblarse en una estructura casi esférica de 10 nm. Noventa y seis unidades de MVP pueden autoensamblarse en una nanopartícula de bóveda en forma de barril, con un tamaño de aproximadamente 40 nm de ancho y 70 nm de largo. Los antígenos que se fusionan genéticamente con un dominio de interacción mínimo se pueden empaquetar dentro de las nanopartículas de bóveda mediante un proceso de autoensamblaje cuando se mezclan con las MVP. En consecuencia, el antígeno (tal como el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o un polipéptido que comprende el mismo) puede fusionarse con una proteína de autoensamblaje o con un fragmento/dominio de la misma, como el dominio de interacción mínima de la MVP. En consecuencia, la presente invención también proporciona una proteína de fusión que comprende una proteína de autoensamblaje (o un fragmento/dominio de la misma) y el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. En general, los ejemplos de nanopartículas (NP) preferidas incluyen perlas de óxido de hierro, microesferas de poliestireno, NP de poli(ácido y-glutámico) (<y>-PGA), NP de óxido de hierro-óxido de zinc, NP de gelatina cationizada, NP de sulfuro de polipropileno estabilizado con plurónico (PPS), NP de PLGA, liposomas (catiónicos), micelas poliméricas (sensibles al pH), PLGA, membrana de células cancerosas con recubrimiento de PLGA, NP de fosfato de calcio y lípidos (LCP), NP de liposoma-protamina-ácido hialurónico (LPH), perlas de látex de poliestireno, perlas magnéticas, partículas de hierro-dextrano y nanocristales de puntos cuánticos.
Preferentemente, la nanopartícula que comprende además un adyuvante, por ejemplo, un agonista del receptor de tipo toll (TLR). De esta manera, el péptido antigénico puede administrarse junto con un adyuvante, por ejemplo, a las células presentadoras de antígeno (APC), tales como las células dendríticas (DC). El adyuvante puede estar encapsulado por la nanopartícula o enlazado/conjugado a la superficie de la nanopartícula, preferentemente de manera similar al péptido antigénico.
Los adyuvantes particularmente preferidos son el ácido poliinosínico:policitidílico (también denominado "poli I:C") y/o su derivado poli-ICLC. El poli I:C es un ARN bicatenario no emparejado, una cadena es un polímero de ácido inosínico y la otra un polímero de ácido citidílico. El poli I:C es un inmunoestimulante que se conoce por interactuar con el receptor tipo toll 3 (TLR3). El poli I:C es estructuralmente similar al ARN bicatenario, que es el estimulante "natural" de TLR3. En consecuencia, el poli I:C puede considerarse un análogo sintético del ARN bicatenario. El poli-ICLC es un complejo sintético de carboximetilcelulosa, ácido poliinosínico-policitidílico y ARN bicatenario de poli-L-lisina. Similar al poli I:C, el poli-ICLC también es un ligando para TLR3. El poli I:C y poli-ICLC típicamente estimulan la liberación de citocinas citotóxicas. Un ejemplo de poli-ICLC preferido es Hiltonol®.
Composiciones farmacéuticas
En un aspecto adicional, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende al menos uno de los siguientes:
- el péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 65 de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,
- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,
- la célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción y, opcionalmente, uno o más excipientes o portadores farmacéuticamente aceptables.
En consecuencia, la presente invención proporciona una composición farmacéutica que comprende un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y, opcionalmente, al menos un péptido antigénico como se define en la reivindicación 8. Además, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende (al menos) una nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción. Además, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende (al menos) una célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.
En particular, en la composición farmacéutica que comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, la nanopartícula, la célula, preferentemente comprende además una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 64, 66 a 247 y 476-500. Por ejemplo, aún con mayor preferencia como componentes adicionales de composiciones farmacéuticas de acuerdo con la presente invención son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 61, 68, 72, 86, 110, 114 y 220. Por ejemplo, aún con mayor preferencia como componentes adicionales de composiciones farmacéuticas de acuerdo con la invención son los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 110, 114 y 220. Por ejemplo, aún con mayor preferencia como componentes adicionales de composiciones farmacéuticas de acuerdo con la presente invención son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 110, 114 y 220. Las composiciones farmacéuticas aún con mayor preferencia que comprenden el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y dos o tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 110, 114 y 220.
También se prefieren sus combinaciones, específicamente, las composiciones farmacéuticas que comprenden distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción. Por ejemplo, la composición farmacéutica puede comprender
(i) el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y al menos un péptido antigénico distinto como se describe en la presente descripción; o
(ii) al menos dos nanopartículas distintas de acuerdo con la presente invención.
En consecuencia, la composición farmacéutica puede comprender al menos "dos componentes distintos" (de una composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención), preferentemente tres o cuatro componentes distintos. En general, la expresión "componentes distintos", como se usa en la presente descripción, se refiere a
(1) un primer componente, tal como el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 como se describe en la presente descripción, la nanopartícula de acuerdo con la reivindicación 2 como se describe en la presente descripción, la célula de acuerdo con la reivindicación 3 como se describe en la presente descripción; y
(2) al menos otro componente (que es distinto del primer componente; mientras que en el caso de más de dos componentes distintos cada componente es distinto de otro componente), tal como el agente terapéutico anticancerígeno como se describió anteriormente, un péptido antigénico distinto como se describe en la presente descripción, un compuesto inmunogénico distinto como se describe en la presente descripción, una nanopartícula distinta de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, una célula distinta de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, un ácido nucleico distinto de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, una célula huésped distinta de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, un linfocito T citotóxico distinto de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, o uno o más (fragmentos de) antígenos tumorales humanos en cualquier forma ("desnudo"), como compuesto inmunogénico como se describe en la presente descripción, como nanopartículas como se describe en la presente descripción, como célula (huésped) como se describe en la presente descripción, o como ácido nucleico como se describe en la presente descripción).En consecuencia, los "componentes distintos" son preferentemente componentes activos (como se describió anteriormente) en el contexto de una enfermedad (neoplasia maligna de linfocitos B) a impedir y/o tratar. En otras palabras, cada uno de los componentes distintos también puede ser útil para impedir y/o tratar dicho cáncer, si se administra por separado (no en combinación como se describe en la presente descripción), aunque la combinación (es decir, la administración combinada) típicamente potencia su efecto preventivo y/o terapéutico (tal como la respuesta inmunitaria), preferentemente de manera sinérgica.
Preferentemente, los "componentes distintos" son del mismo tipo (por ejemplo, péptidos antigénicos distintos, nanopartículas distintas, células distintas, ácidos nucleicos distintos, células huésped distintas o linfocitos T citotóxicos distintos) y difieren entre sí solo en que se refieren a péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción.
Por ejemplo, los al menos tres o cuatro componentes activos distintos usados en combinación con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 son preferentemente del mismo tipo, pero difieren (solo) en que cada uno de ellos se refiere a un péptido antigénico distinto. Con mayor preferencia,
- un primer componente se refiere al péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22;
- un segundo componente (distinto) se refiere al péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD37;
- un tercer componente (distinto) se refiere al péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C; y
- un cuarto componente (distinto) se refiere al péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano MS4A1 (CD20).
La composición farmacéutica con la máxima preferencia comprende:
- un primer componente se refiere al péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 65;
- un segundo componente (distinto) se refiere al péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 114;
- un tercer componente (distinto) se refiere al péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220; y
- opcionalmente, un cuarto componente (distinto) se refiere al péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 110.
Preferentemente, la composición farmacéutica comprende al menos dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
Preferentemente, la composición farmacéutica comprende - incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 - un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22, y un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C. Preferentemente, el primer péptido antigénico comprende o consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 106-110 y 485-488, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 107, 108, 109 y 110, y el segundo péptido antigénico comprende o consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 210 225 y 494-500, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de la SEQ ID NO: 212, 217, 220 y 224, en particular como se establece en la SEQ ID NO: 220 y 450. Con mayor preferencia, el primer péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 110 y el segundo péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 220 y 450. Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende un péptido antigénico que consiste en la SEQ ID NO: 110 y un péptido antigénico que consiste en la SEQ ID NO: 220.
Con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende al menos tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
En particular, la composición farmacéutica puede comprender - incluir el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 - un primer péptido antigénico, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22, un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C y un tercer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD37. Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además un primer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 106-110, y 485 - 488, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 107, 108, 109 y 110, un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 210-225, 447-455 y 494-500, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 212, 217, 220 y 224, en particular como se establece en las SEQ ID NO: 220 y 450 y un tercer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de c D37 (péptido de referencia humano) "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 271), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 111-130 y 489-493, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 114, 117, 119, 120, 491 y 493, en particular como se establece en las SEQ ID NO: 113-116.
Todavía con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende al menos cuatro péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluyen el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
En particular, la composición farmacéutica puede comprender, incluir el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, un primer péptido antigénico, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22, un segundo péptido antigénico, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C, un tercer péptido antigénico, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD37, un cuarto péptido antigénico, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD19 o CD20. Preferentemente, la composición farmacéutica comprende - incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, un primer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 106-110 y 485-488, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de la SEQ ID NO:
107, 108, 109 y 110; un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de Tn FrSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO:
210-225 y 494-500, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO: 212, 217, 220 y 224, en particular como se establece en las SEQ ID
NO: 220 y 450; un tercer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 271), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 111-130 y
489-493, por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de la SEQ ID NO: 114, 117, 119, 120, 491 y 493, en particular como se establece en las SEQ ID NO:
113-116; y un cuarto péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de Cd20 (MS4A1) (péptido de referencia humano) "IMNSLSLFA" (SEQ ID NO: 264), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ
ID NO: 66-70, y 476 - 484, Por ejemplo, un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de la S<e>Q ID NO: 68, 70 y 477.
Preferentemente, la composición farmacéutica comprende incluir el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1:
- un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22,
- un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en
una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C,
- un tercer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD37, y
- opcionalmente, un cuarto péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD20.
Con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende - incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1:
- un primer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 106-110, - un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de<t>N<f>RSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 220 y 450,
- un tercer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 271), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 113-116, y - opcionalmente, un cuarto péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD20 (péptido de referencia humano) "IMNSLSLFA" (SEQ ID NO: 264), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 66
70.
Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO 110, 114, 220.
En algunas modalidades, la composición farmacéutica no comprende péptidos antigénicos adicionales (además de los péptidos antigénicos de la invención como se describió anteriormente).
Se entiende que la composición farmacéutica también puede contener, en lugar de las combinaciones de péptidos antigénicos preferidas descritas anteriormente, una combinación respectiva de nanopartículas de la invención.
Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además uno o más excipientes o portadores farmacéuticamente aceptables.
La composición farmacéutica de la invención puede estar en cualquier forma adecuada para los propósitos de la invención. Por ejemplo, dicha composición puede estar en una forma adecuada para la administración parenteral, enteral o tópica, tal como una suspensión líquida, una forma de dosificación sólida (gránulos, píldoras, cápsulas o tabletas), o una pasta o gel. Está dentro de las habilidades de la persona en la técnica seleccionar la forma apropiada de la composición para el propósito que se pretende.
La composición de acuerdo con la invención puede comprender además otros agentes activos, por ejemplo, tales, que pueden mejorar los efectos del péptido antigénico o el compuesto inmunogénico. Alternativamente, la composición puede no comprender ningún otro agente activo (es decir, que no sea el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, el compuesto inmunogénico acuerdo con la presente invención, la nanopartícula de acuerdo con la presente invención, la célula de acuerdo con la presente invención), el ácido nucleico de acuerdo con la presente invención; y/o la célula huésped de acuerdo con la presente invención.
La composición farmacéutica tal como se define en la presente descripción es preferentemente una composición inmunogénica, es decir, una composición que es capaz de inducir, aumentar, prolongar o mantener una respuesta inmunitaria. Esto puede lograrse mediante un péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o mediante un compuesto inmunogénico de acuerdo con la presente invención comprendido en dicha composición. Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además una o más sustancias inmunoadyuvantes. Una composición farmacéutica, en particular una composición inmunogénica, también puede denominarse "composición de vacuna" en la presente descripción.
Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además al menos un agente inmunoestimulador, en particular para aumentar, potenciar, prolongar o mantener la respuesta inmunitaria mediada por el péptido antigénico. Los agentes inmunoestimuladores que preferidos de acuerdo con la invención incluyen, pero no se limitan a, adyuvantes inmunitarios, células presentadoras de antígenos y sus combinaciones. Preferentemente, el agente inmunoestimulador es un adyuvante inmunitario o una célula presentadora de antígeno (APC).
Preferentemente, el agente inmunoestimulador es un adyuvante inmunitario. Algunos adyuvantes inmunitarios son capaces de favorecer y prolongar la duración de la interacción entre un antígeno y el sistema inmune, mientras que otros son capaces de reclutar y activar las células de la inmunidad natural para inducir una respuesta adaptativa. Los adyuvantes pertenecientes a la primera categoría incluyen, pero no se limitan a compuestos minerales tales como alumbre, hidróxido de aluminio, fosfato de aluminio, hidróxido de fosfato de calcio; y emulsiones oleosas, tales como aceite de parafina, aceite de almidón, adyuvante completo/incompleto de Freund (FCA/FIA), saponinas (por ejemplo, de las plantas Quillay, Soja, Polygala senega). Los adyuvantes pertenecientes a esta última categoría incluyen, pero no se limitan a complejos inmunoestimuladores (ISCOM) tales como citocinas (por ejemplo, GM-CSF; interleucinas tales como IL-1, IL-2, IL6, IL8 o IL12; factores de necrosis tumoral (TNF) tales como TNFa o TNFp; interferones IFNS tales como IFNa, IFNp, IFN<y>o IFN6, etcétera); ligandos de receptores tipo toll (TLR) tales como imiquimod, resiquimod o MPL; exosomas tales como exosomas derivados de células dendríticas (DC) o de células tumorales; productos bacterianos tales como proteínas de choque térmico (HSP tales como gp96, hsp90, hsp70, calreticulina, hsp110, hsp170), patrones moleculares asociados a patógenos (PAMP), dimicolato de trehalosa (TDM), muramildipéptido (MDP), polisacárido (PLS) tal como el polisacárido-K.
Con mayor preferencia, el adyuvante inmunitario es una proteína/un péptido que tiene propiedades inmunoadyuvantes, tales como proporcionar la estimulación de los linfocitos Th1 CD4+, como se describe en la presente descripción (péptidos auxiliares). Un ejemplo del mismo que se prefiere es un antígeno no tumoral que recuerda la memoria inmunitaria o proporciona una ayuda no específica o podría ser un péptido auxiliar que se deriva de un tumor específico, como el péptido auxiliar del tétanos, el péptido de hemocianina de lapa californiana o el péptido PADRE, como se describe en la presente descripción. Otro ejemplo es un péptido auxiliar derivado de un tumor específico, que puede ser presentado por MHC II, en particular por HLA-DR, HLA-DP o HLA-DQ, tal como fragmentos de antígenos tumorales sobreexpresados compartidos, por ejemplo, HER2, NY-ESO-1, hTERT o IL13RA2, como se describió anteriormente. En particular, el adyuvante inmunitario puede ser el péptido HHD-DR3 de secuencia MAKTIAYDEEARRGLERGLN (<s>E<q>ID NO: 473). Este péptido representa otro ejemplo de péptido auxiliar (que tiene propiedades inmunoadyuvantes). Otro ejemplo es h-pAg T13L (secuencia: TPPAYRPPNAPIL; SEQ ID NO: 474; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MH<c>B<n>: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides. Bioinformatics 19: 665-666). Otros ejemplos de adyuvantes inmunitarios, en particular de péptidos auxiliares, incluyen el péptido UCP2 (por ejemplo, como se describe en el documento WO 2013/135553 A1 o en Dosset y otros, Clin Cancer Res. 15 de noviembre de 2012;18(22):6284-95) y el péptido BIRC5 (por ejemplo, como se describe en el documento EP2119726 A1 o en Widenmeyer y otros, Int J Cancer. 1 de julio de 2012; 131(1):140-9). El péptido auxiliar con la máxima preferencia es el péptido UCP2 (secuencia de aminoácidos: KSVWSKLQSIGIRQH; SEQ ID NO: 475).
Preferentemente, la composición farmacéutica comprende al menos dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475).
En particular, la composición farmacéutica puede comprender además un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22, un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF1 3C y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475). Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además un primer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia del fragmento CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (s Eq ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 106-110; un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia del fragmento TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 220, 325 y 450 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475). Con mayor preferencia, el primer péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 110 y el segundo péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 220 y 450. Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende además un péptido antigénico que consiste en la SEQ ID No : 110; un péptido antigénico que consiste en la SeQ ID NO: 220; y el péptido auxiliar uCp2 (SEQ ID NO: 475).
Todavía con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende además al menos tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluyen el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475).
En particular, la composición farmacéutica puede comprender - incluir el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 - un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22, un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C, un tercer péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD37 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475). Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además un primer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 106-110; un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento TNFRSF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 220 y 450; y un tercer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento CD37 (péptido de referencia humano) "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 271), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 113-116, y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475)..
Con la máxima preferencia, la composición farmacéutica comprende al menos cuatro péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475).
En particular, la composición farmacéutica puede comprender - incluir el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 - un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22, un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C, un tercer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD37, un cuarto péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD19 o CD20 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475).
Preferentemente, la composición farmacéutica comprende, incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD22, un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano TNFRSF13C, un tercer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD37, (opcionalmente) un cuarto péptido antigénico como se describió en la presente descripción, que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) de un fragmento del antígeno tumoral humano CD20, y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475). Con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende - incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 - un primer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD22 (péptido de referencia humano) "WVFEHPETL" (SEQ ID NO: 270), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 106-110, un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de T<n>F<r>SF13C (péptido de referencia humano) "LLFGAPALL" (SEQ ID NO: 279), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 220 y 450, un tercer péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de CD37 (péptido de referencia humano) "GLAFVPLQI" (SEQ ID NO: 271), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 113-116, (opcionalmente) un cuarto péptido antigénico que comprende o que consiste en una variante de secuencia (microbiota) del fragmento de c D20 (péptido de referencia humano) "IMNSLSLFA" (SEQ ID NO: 264), tal como un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en las SEQ ID NO: 66-70, y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 475).
Los adyuvantes inmunitarios preferidos particularmente son el ácido poliinosínico:policitidílico (también denominado "poli I:C") y/o su derivado poli-ICLC. El poli I:C es un ARN bicatenario no emparejado, una cadena es un polímero de ácido inosínico y la otra un polímero de ácido citidílico. El poli I:C es un inmunoestimulante que se conoce por interactuar con el receptor tipo toll 3 (TLR3). El poli I:C es estructuralmente similar al ARN bicatenario, que es el estimulante "natural" de TLR3. En consecuencia, el poli I:C puede considerarse un análogo sintético del ARN bicatenario. El poli-ICLC es un complejo sintético de carboximetilcelulosa, ácido poliinosínico-policitidílico y ARN bicatenario de poli-L-lisina. Similar al poli I:C, el poli-ICLC también es un ligando para TLR3. El poli I:C y poli-ICLC típicamente estimulan la liberación de citocinas citotóxicas. Un ejemplo de poli-ICLC preferido es Hiltonol®.
Con la máxima preferencia, el adyuvante es Montanide, tal como Montanide ISA 51 VG y/o Montanide ISA 720 VG. Esos adyuvantes generan emulsiones de agua en aceite estables cuando se mezclan con medios antigénicos a base de agua. El Montanide ISA 51 VG se basa en una mezcla de surfactante monooleato de manida y aceite mineral, mientras que el Montanide ISA 720 VG usa un aceite no mineral (Aucouturier J, Dupuis L, Deville S, Ascarateil S, Ganne V. Montanide ISA 720 and 51: a new generation of water in oil emulsions as adjuvants for human vaccines. Expert Rev Vaccines. Junio de 2002; 1(1):111 -8; Ascarateil S, Puget A, Koziol M-E. Safety data of Montanide ISA 51 VG and Montanide ISA 720 VG, two adjuvants dedicated to human therapeutic vaccines. Journal for Immunotherapy of Cancer. 2015;3(Supl 2):P428. doi:10.1186/2051-1426-3-S2-P428).
También se prefiere que el agente inmunoestimulador sea una célula presentadora de antígeno (APC). Las APC también son de particular interés, ya que su función principal es procesar antígenos y presentarlos en la superficie celular a los linfocitos T del sistema inmunitario, para iniciar y modular las respuestas de los linfocitos Tin vivo.En la presente composición, se prefiere que las APC se carguen con el(los) péptido(s) antigénico(s) y/o compuesto(s) inmunogénico(s) de acuerdo con la invención, lo que puede hacerse tras exponer las APCin vitrocon dicho(s) péptido(s) antigénico(s) (Rizzo y otros, Methods Mol Biol. 2014;1139:41-4; Rolinski and Hus, J Immunotoxicol. Octubre de 2014;11(4):311-8).
Preferentemente, la APC es una célula dendrítica (DC). Las CD son las APC más potentes y se reportó que con frecuencia son funcionalmente defectuosas en pacientes con cáncer. Los expertos en la técnica pueden obtener fácilmente las CD de donantes sanos compatibles (es decir, las células dendríticas están relacionadas con HLA) o del propio paciente, siempre y cuando sean funcionales (es decir, las CD son autólogas), por ejemplo, mediante aislamiento directo de la sangre periférica, o mediante derivación de células de sangre periférica como monocitos CD14+ o precursores hematopoyéticos CD34+ (Emens y otros, 2008). De hecho, las CD se pueden distinguir de otras células de la sangre periférica por sus marcadores de superficie, como S100, p55, CD83 y/o OX62, y por lo tanto se pueden aislar y purificar en base a dichos marcadores mediante el uso de técnicas de cultivos celulares que se conocen bien en la técnica.
De acuerdo con una modalidad preferida, la composición farmacéutica puede comprender además al menos un agente terapéutico anticancerígeno. Dicho agente terapéutico es por lo tanto preferentemente capaz de impedir y/o tratar el mismo tipo de cáncer que aquel para el que se usa el péptido antigénico de acuerdo con la invención. Preferentemente, el agente terapéutico contra el cáncer se selecciona de anticuerpos, linfocitos T CAR, lisados de células tumorales, agentes quimioterapéuticos, agentes radioterapéuticos, moduladores de puntos de control inmunitarios y sus combinaciones.
Los anticuerpos son particularmente ventajosos en la terapia del cáncer, ya que pueden unirse a antígenos específicos en las superficies de las células cancerosas, de esta manera se dirige la terapia al tumor (es decir, estos se denominan anticuerpos dirigidos contra el tumor), o bloquear los puntos de control inmunitarios que están desregulados en el cáncer (es decir, estos se denominan en la presente descripción anticuerpos inmunomoduladores). El propósito de este último tipo de anticuerpos es inhibir la resistencia inmune del cáncer, que se puede observar en particular contra los linfocitos T que son específicos para los antígenos tumorales. De hecho, como se conoce bien en la técnica, en condiciones fisiológicas normales, los puntos de control inmunitarios son cruciales para el mantenimiento de la autotolerancia (es decir, la prevención de la autoinmunidad) y protegen los tejidos del daño cuando el sistema inmunitario responde a una infección patógena. Sin embargo, en el cáncer, la expresión de los puntos de control inmunitarios puede estar desregulada como un mecanismo importante de resistencia inmunitaria. Dicha resistencia se observa notablemente en los cánceres de melanoma, ovario, pulmón, glioblastoma, mama y páncreas con respecto al punto de control PD-L1 (Konishi y otros, B7-H1 expression on nonsmall cell lung cancer cells and its relationship with tumor-infiltrating lymphocytes and their PD-1 expression. Clin Cancer Res. 1 de agosto de 2004;10(15):5094-100; Ghebeh y otros, The B7-H1 (PD-L1) T lymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breast cancer patients with infiltrating ductal carcinoma: correlation with important high-risk prognostic factors. Neoplasia. Marzo de 2006;8(3):190-8; Hino y otros, Tumor cell expression of programmed cell death-1 ligand 1 is a prognostic factor for malignant melanoma. Cancer. 1 de abril de 2010;116(7):1757-66). Otros ejemplos de puntos de control inmunitarios incluyen, pero no se limitan a PD-L2, PD-1, CD80, CD86, CTLA-4, B7H3, B7H4, PVR, TIGIT, GAL9, LAG-3, GITR, CD137, TIM3, VISTA, VISTA-R (Pico de Coana y otros, Checkpoint blockade for cancer therapy: revitalizing a suppressed immune system. Trends Mol Med. Agosto de 2015;21(8):482-91; Pardoll DM. The blockade of immune checkpoints in cancer immunotherapy. Nat Rev Cancer. 22 de marzo de 2012;12(4):252-64).
Los anticuerpos se emplean habitualmente para los propósitos anteriores en forma de anticuerpos monoclonales desnudos (es decir, no conjugados) o conjugados con otra molécula que puede ser tóxica para las células o radiactiva.
Los ejemplos de anticuerpos monoclonales que se dirigen contra tumores usados en la inmunoterapia contra el cáncer se conocen bien, incluyen, pero no se limitan a alemtuzumab (leucemia linfocítica crónica), bevacizumab (cáncer colorrectal, glioblastoma multiforme, cáncer de cuello uterino, cáncer de pulmón, cáncer renal), brentuximab/vedotina (linfomas), blinatumumab (leucemia linfoblástica aguda), catumaxomab (ascitis maligna en cánceres EPCAM+), cetuximab (cáncer de cabeza y cuello, cáncer colorrectal), denosumab (cáncer de mama, próstata y hueso), Gemtuzumab/ozogamicina (leucemia mieloide aguda), ibritumomab/tiuxetan (linfoma no Hodgkin), panitumumab (cáncer colorrectal), pertuzumab (cáncer de mama), obinutuzumab (leucemia linfocítica crónica), ofatumumab (leucemia linfocítica crónica), opilimumab (melanoma), ramucirumab (cáncer gástrico y gastroesofágico), rituximab (leucemia linfocítica crónica y linfoma no Hodgkin), siltuximab (enfermedad de Catsleman multicéntrica), tositumomab (linfoma no Hodgkin) y trastuzumab (cáncer de mama, gástrico y gastroesofágico); mientras que los ejemplos de anticuerpos inmunomoduladores incluyen, pero no se limitan a ipilimumab (melanoma) que bloquea el punto de control inmunitario dependiente de CTLA4, nivolumab (melanoma, cáncer de pulmón) y prembrolizubmab (melanoma) que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PDCD1, así como también MPDL3280A, MEDI4736, MEDI0680, y MSB0010718C, que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PD-L1 (Sharma y Allison, The future of immune checkpoint therapy. Science. 3 de abril de 2015;348(6230):56-61).
Otros anticuerpos para la inmunoterapia del cáncer se describen en Buqué y otros, Trial Watch: Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncological indications. Oncoimmunology. 2 de marzo de 2015;4(4):e1008814. eCollection abril de 2015; Redman y otros, Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer. Mol Immunol. Octubre de 2015;67(2 Pt A):28-45; Simpson and Caballero, Monoclonal antibodies for the therapy of cancer MC Proc. 2014; 8 (Suplemento 4): 06, así como también en el sitio web de la sociedad de anticuerpos (listado de anticuerpos monoclonales terapéuticos aprobados o en revisión en la Unión Europea o Estados Unidos disponible en el enlace web http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php).
La inmunoterapia celular adoptiva con linfocitos T con receptores de antígeno quimérico (CAR) ha cambiado el panorama del tratamiento del linfoma no Hodgkin (NHL) de linfocitos B, especialmente para linfomas agresivos de linfocitos B. Por ejemplo, los linfocitos T CAR dirigidos a CD19 representan el nuevo estándar de atención para pacientes con DLBCL que son resistentes a al menos dos líneas de tratamiento anteriores. Dos productos de linfocitos T CAR axicabtagene ciloleucel (axi-cel) (KTE-019) (YESCARTA™) y tisagenlecleucel (CTL019) (KYMRIAH™) han obtenido la aprobación de la Administración de Alimentos y Fármacos de los EE. UU. para el tratamiento del DLBCL resistente al tratamiento después de dos líneas de tratamiento. Actualmente se está evaluando en ensayos clínicos un tercer producto, lisocabtagene maraleucel (liso-cel) (JCAR017). Otros linfocitos T CAR incluyen linfocitos T CAR CD20.
Los lisados de células tumorales también pueden combinarse con el(los) péptido(s) antigénico(s) de acuerdo con la invención. De hecho, las células tumorales son capaces de estimular la respuesta inmunitaria, mediante la presentación de complejos péptidos-MHC endógenos, así como también a través de células dendríticas (DC) del huésped que pueden procesar y presentar el antígeno que se administra por dichos lisados. De esta manera se aumenta la gama de antígenos contra los que se puede inducir una respuesta inmunitaria. Los lisados de células tumorales pueden obtenerse fácilmente mediante el tratamiento de las células tumorales con un choque térmico y/o un tratamiento químico, y pueden ser autólogos (es decir, aislados del paciente) o alogénicos (es decir, aislados de otro sujeto).
Los fármacos quimioterapéuticos estándar y los agentes radioterapéuticos no necesitan describirse en la presente descripción ya que se describen ampliamente en la literatura, especialmente por Baskar y otros. (Baskar y otros, Cancer and radiation therapy: current advances and future directions. Int J Med Sci. 2012;9(3):193-9), Paci y otros, (Paci y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics. Eur J Cancer. Agosto de 2014;50(12):2010-9) y Widmer y otros. (Widmer y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part twotargeted therapies. Eur J Cáncer. Agosto de 2014;50(12):2020-36). También se encuentra disponible un listado de dichos fármacos y agentes en el sitio web cancer.gov (http://www.cancer.gov/aboutcancer/treatment/drugs).
Preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción es un activador o un inhibidor de una o más molécula(s) del punto de control inmunitario que se seleccionan de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR, ICOS, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, GITR, TNFR y/o FasR/DcR3; o un activador o un inhibidor de uno o más de sus ligandos.
Con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un activador de una molécula (co)estimuladora del punto de control o un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control o sus combinaciones. En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia (i) un activador de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o (ii) un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o FasR /DcR3.
Aún con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control (pero preferentemente ningún inhibidor de una molécula estimuladora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es aún con mayor preferencia un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o DcR3 o de uno de sus ligandos.
También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario sea un activador de una molécula estimuladora o coestimuladora del punto de control (pero preferentemente no activador de una molécula inhibidora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia un activador de CD27, C<d>28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o de uno de sus ligandos.
Es aún con mayor preferencia que el modulador del punto de control inmunitario sea un modulador de la vía CD40, de la vía IDO, de la vía LAG3, de la vía CTLA-4 y/o de la vía PD-1. En particular, el modulador del punto de control inmunitario es preferentemente un modulador de CD40, LAG3, CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1 y/o IDO, con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1, LAG3 y/o IDO o un activador de CD40, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-1, LAG3 y/o IDO, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de LAG3, CTLA-4 y/o PD-1, y con la máxima preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4 y/o PD-1.
En consecuencia, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Preferentemente, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Particularmente preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de PD-1. Los inhibidores preferidos de la vía CTLA-4 y de la vía PD-1 incluyen los anticuerpos monoclonales Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune), así como también Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab, también se conoce como Lambrolizumab o MK-3475; Merck), Imfinzi® (Durvalumab, también se conoce como MEDI4736; MedImmune/Astra-Zeneca), Tecentriq® (Atezolizumab, también se conoce como MPDL3280A; Roche/Genentech), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), Bavencio® (Avelumab; Merck KGaA/Pfizer, también se conoce como MSB-0010718C), MIH1 (Affymetrix), LY3300054 (Eli Lilly) y Spartalizumab (también se conoce como PDR001; Novartis). Los inhibidores de puntos de control más preferidos incluyen los inhibidores de CTLA-4 Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune), así como también los inhibidores de PD-1 Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; Merck), Pidilizumab (CT-011; CureTech), Me Di0680 (AMP-514; AstraZeneca), AMP-224 (una proteína de fusión PD-L2 Fc; Medlmmune).
También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción se seleccione del grupo que consiste en Pembrolizumab, Ipilimumab, Nivolumab, Atezolizumab, Durvalumab, Tremelimumab, Avelumab, Spartalizumab, LAG525 (un anticuerpo monoclonal anti-LAG-3), Epacadostat (también se conoce como INCB24360; un inhibidor de IDO), Varlilumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD27), Urelumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD137), AMP-224 y CM-24 (un anticuerpo monoclonal anti-CEACAM1).
Está dentro de la habilidad del experto en la técnica seleccionar el agente terapéutico anticancerígeno inmunitario apropiado para los propósitos de la invención. Por ejemplo, si se desea impedir o tratar el melanoma, se puede usar preferentemente un lisado de células de melanoma y/o el anticuerpo Ipilimumab, junto con un péptido antigénico apropiado. Los péptidos antigénicos apropiados pueden seleccionarse tras (i) seleccionar un antígeno tumoral apropiado para un cierto tipo de cáncer como se conoce en la técnica y/o como se describe en la presente descripción en la Tabla 1B y (ii) seleccionar un péptido antigénico apropiado de acuerdo con la invención para el antígeno tumoral seleccionado, como se describió anteriormente, por ejemplo, en la Tabla 1A.
El agente terapéutico contra el cáncer también puede administrarse en combinación con la composición de la invención, ya sea simultáneamente, por separado o secuencialmente. En caso de que la composición y el agente terapéutico se administren de manera separada o secuencial, estos pueden administrarse en formas farmacéuticas distintas.
Por lo tanto, en otro aspecto, la invención se relaciona con una composición de la invención y al menos un agente terapéutico contra el cáncer como se describió anteriormente, como una preparación combinada para una administración simultánea, separada o secuencial. En otros términos, la invención propone un uso combinado de la composición de la invención y al menos un agente terapéutico anticancerígeno como se describió anteriormente, para una administración simultánea, separada o secuencial.
Tratamiento médico y usos
Como se indicó anteriormente, la composición de la invención puede ser particularmente útil para propósitos terapéuticos (como medicamento), especialmente para desencadenar una respuesta inmunitaria específica hacia un antígeno/proteína tumoral particular, por ejemplo, para impedir o tratar la neoplasia maligna de linfocitos B (tal como linfomas de linfocitos B) en un paciente que lo necesite.
En vista de ello, la presente invención proporciona
- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, - la nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,
- el linfocito T citotóxico (CTL) de acuerdo con la invención como se describe en la presente descripción,
- la célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,
- el ácido nucleico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,
- la célula huésped de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,
- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, o
- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción
para su uso en medicina, en particular en la prevención y/o en el tratamiento de una neoplasia maligna de linfocitos B.
En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 como se describió anteriormente también se aplican para el uso de acuerdo con la presente invención en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Por ejemplo, el péptido antigénico usado en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B o el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 comprendido en cualquiera de la nanopartícula, la célula, el ácido nucleico, la célula huésped o la composición farmacéutica usada en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer preferentemente en combinación con péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO SEQ ID NO 1 a 64, 66 a 257 y 476-500. En algunas modalidades, los péptidos antigénicos consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1 - 12, 34 - 35, 36 - 39, 40, 41 - 64, 65 - 70, 476 - 484, 71 - 80, 81 - 87, 106 - 110, 485 - 488, 111 - 130, 489 - 493, 210 - 225, 494 - 500 y 226 - 257; preferentemente, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 34 - 35, 65 - 70, 476 - 484, 106 - 110, 485 - 488, 111 - 130, 489 - 493, 210 - 225, 494 -500 y 226 - 257; con mayor preferencia, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 65 - 70, 476 - 484, 106 - 110, 485 - 488, 111 - 130, 489 - 493, 210 -225 y 494 - 500. Con mayor preferencia, el péptido antigénico consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 34, 35, 39, 40, 61, 68, 70, 72, 86, 107 - 110, 114, 117, 119, 120, 212, 217, 220, 224, 227, 231, 477, 491 y 493. Por ejemplo, aún con mayor preferencia son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 61, 65, 68, 72, 86, 110, 114 y 220. Por ejemplo, con mayor preferencia son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las s Eq ID NO 10, 21, 33, 35, 39, 40, 110, 114 y 220. Por ejemplo, con mayor preferencia son los péptidos antigénicos que consisten en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 10, 110, 114 y 220. Con mayor preferencia es una combinación de los péptidos antigénicos de acuerdo con la presente invención que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 65, 110, 114 y 220.
También se prefieren sus combinaciones, específicamente, péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción en combinación con un péptido antigénico de acuerdo con la presente invención para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. En particular, puede usarse más de uno de los componentes que se describieron anteriormente en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Por ejemplo, al menos dos péptidos antigénicos diferentes, al menos dos compuestos inmunogénicos diferentes, al menos dos nanopartículas diferentes, al menos dos células diferentes, al menos dos ácidos nucleicos diferentes, al menos dos células huésped diferentes y/o al menos dos composiciones farmacéuticas diferentes pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Preferentemente, dichos componentes diferentes usados en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B como se describió anteriormente difieren en los péptidos antigénicos como se describió en la presente descripción, por ejemplo, un componente relacionado con un primer péptido antigénico y un componente relacionado con un segundo péptido antigénico (distinto del primer péptido antigénico). Por ejemplo, al menos dos compuestos inmunogénicos distintos de acuerdo con la presente invención pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Por ejemplo, al menos dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción que incluyen un péptido antigénico de acuerdo con la presente invención pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Por ejemplo, al menos dos nanopartículas distintas de acuerdo con la presente invención pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Por ejemplo, al menos dos ácidos nucleicos distintos de acuerdo con la presente invención pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B.
En consecuencia, la presente invención proporciona (al menos un) péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también proporciona (al menos una) nanopartícula de acuerdo con la reivindicación 2 como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también proporciona (al menos una) célula de acuerdo con la reivindicación 3 como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también proporciona (al menos un) ácido nucleico de acuerdo con la reivindicación 4 como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también proporciona (al menos una) célula huésped de acuerdo con la reivindicación 5 como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también proporciona (al menos una) composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 7 como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B.
En consecuencia, la presente descripción (no reivindicada) describe un método para impedir (reducir la aparición de) y/o tratar una neoplasia maligna de linfocitos B o iniciar, mejorar o prolongar una respuesta antitumoral contra una neoplasia maligna de linfocitos B en un sujeto que lo necesita que comprende administrar al sujeto
- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,
- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención,
- la célula de acuerdo con la presente invención,
- el linfocito T citotóxico (CTL) de acuerdo con la invención como se describe en la presente descripción,
- el ácido nucleico de acuerdo con la presente invención,
- la célula huésped de acuerdo con la presente invención,
- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, o
- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.
Preferentemente, la neoplasia maligna de linfocitos B a tratar incluye leucemia y linfoma, por ejemplo., leucemia mieloide aguda (o mielógena) (AML), leucemia mieloide (o mielógena) crónica (<l>M<c>), leucemia linfocítica aguda (o linfoblástica) (LLA), leucemia linfocítica crónica tipo B (BCLL), leucemia linfocítica crónica (CLL, de Richter), leucemia de células pelosas (HCL), linfoma linfoplasmacítico (LPC) o macroglobulinemia de Waldenstrom, leucemia prolinfocítica (PLL), linfoma linfocítico de células pequeñas (SLL), linfoma de células del manto (MCL), linfoma de zona marginal (MZL), linfoma de Burkitt (BL), linfoma de Hodgkin (HL), linfoma no Hodgkin (NHL), linfoma anaplásico de células grandes (ALCL), linfoma folicular (FL), linfoma folicular resistente al tratamiento, linfoma difuso de linfocitos B grandes (DLBCL) y mieloma múltiple (MM). En algunas modalidades, la neoplasia maligna de linfocitos B se selecciona de leucemia linfoblástica aguda (ALL), ALL adulta, leucemia linfoblástica crónica (CLL), linfoma no Hodgkin (NHL) y linfoma difuso de linfocitos B grandes (DLBCL). En algunas modalidades, la enfermedad o afección es el NHL y el NHL se selecciona del grupo que consiste en NHL inactivo (de crecimiento lento), NHL agresivo, linfoma difuso de linfocitos B grandes (DLBCL), NOS (de novo y transformado de inactivo), linfoma mediastínico primario de linfocitos B grandes (PMBCL), linfoma de linfocitos T/linfoma de linfocitos B grandes rico en histocitos (TCHRBCL), linfoma de Burkitt, linfoma de células del manto (MCL) y/o linfoma folicular (FL), opcionalmente, linfoma folicular de grado 3B (FL3B).
Además, la presente descripción (no reivindicada) proporciona un método para obtener o mejorar, en un sujeto, una respuesta inmunitaria contra uno o múltiples epítopos que depende de los linfocitos T citotóxicos CD8+, en donde dicho método comprende administrar a dicho sujeto cualquiera de:
- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,
- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención,
- el linfocito T citotóxico (CTL) de acuerdo con la invención,
- la célula de acuerdo con la presente invención,
- el ácido nucleico de acuerdo con la presente invención,
- la célula huésped de acuerdo con la presente invención,
- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, o
- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.
Una respuesta inmunitaria que depende de la respuesta a CD8+ puede determinarse mediante la evaluación de una respuesta inflamatoria, una respuesta de citocinas proinflamatorias, que incluye un aumento en la expresión de uno o más de ARNm o proteína de IFN-y, TNF-a e IL-2 con relación al nivel antes de la administración de los compuestos de la invención. También puede medirse mediante un aumento en la frecuencia o número absoluto de linfocitos T específicos de antígeno después de la administración de los compuestos de la invención, medido mediante tinción con multímeros de péptidos HLA, ensayos ELISPOT y pruebas de hipersensibilidad de tipo retardado. También puede medirse indirectamente mediante un aumento de los anticuerpos séricos específicos de antígeno que dependen de los linfocitos T auxiliares específicos de antígeno.
La presente descripción (no reivindicada) también proporciona un método para obtener o mejorar, en un sujeto, una respuesta inmunitaria contra uno o múltiples antígenos o epítopos antigénicos que está restringida por múltiples moléculas de MHC de clase I, en donde dicho método comprende administrar a dicho sujeto cualquiera de:
- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,
- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención,
- el linfocito T citotóxico (CTL) de acuerdo con la invención,
- la célula de acuerdo con la presente invención,
- el ácido nucleico de acuerdo con la presente invención,
- la célula huésped de acuerdo con la presente invención,
- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, o
- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.
Un método para obtener o mejorar, en un sujeto, una respuesta inmunitaria contra múltiples epítopos como se describe en la presente descripción, que está restringido por múltiples moléculas de MHC de clase I puede determinarse tras evaluar una respuesta de citocinas, incluir un aumento en la expresión de uno o más de ARNm o proteína de IFN-<y>, TNF-a e IL-2 con relación al nivel antes de la administración de los compuestos de la invención, después de la estimulación in vitro de linfocitos T con péptidos individuales que se unen a moléculas discretas de MHC de clase I en células presentadoras de antígenos. La restricción a moléculas de MHC de clase I también puede validarse mediante el uso de células presentadoras de antígenos que expresan moléculas de MHC de clase I, o mediante el uso de anticuerpos de bloqueo de MHC de clase I. También puede medirse mediante un aumento en la frecuencia o número absoluto de linfocitos T específicos de antígeno después de la administración de los compuestos de la invención, medido mediante tinción con multímeros de HLA-péptidos, mediante el uso de multímeros ensamblados con moléculas de MHC de clase I.
Por lo tanto, en otro aspecto, la presente invención también proporciona
- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,
- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención,
- la célula de acuerdo con la presente invención,
- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, o
- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.
para su uso como medicamento.
La invención se refiere más particularmente a una composición como se definió anteriormente, para su uso como una vacuna para la inmunoterapia. Además,
- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,
- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención,
- el linfocito T citotóxico (CTL) de acuerdo con la invención,
- la célula de acuerdo con la presente invención,
- el ácido nucleico de acuerdo con la presente invención,
- la célula huésped de acuerdo con la presente invención,
- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, o
- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción
puede usarse como vacuna, en particular para la inmunoterapia (del cáncer).
Tal como se usa en el contexto de la presente invención, el término "vacuna" se refiere a una preparación (biológica) que proporciona inmunidad innata y/o adaptativa, típicamente a una enfermedad particular, preferentemente neoplasia maligna de linfocitos B. Así, una vacuna apoya en particular una respuesta inmunitaria innata y/o adaptativa del sistema inmunitario de un sujeto a tratar. Por ejemplo, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención conduce o apoya típicamente una respuesta inmunitaria adaptativa en el paciente que se va a tratar.
En el contexto de la presente invención, la (composición) de la vacuna puede inducir una respuesta inmunitaria específica contra un antígeno tumoral y, por lo tanto, se usa preferentemente para impedir o tratar neoplasia maligna de linfocitos B.
En consecuencia, en una modalidad preferida, la invención se refiere a una composición como se definió anteriormente, para su uso en la prevención y/o tratamiento del cáncer en un sujeto que la necesita. Con mayor preferencia, la composición de la invención puede usarse para fabricar un medicamento para impedir o tratar el cáncer en un sujeto que lo necesita. En otras palabras, la invención se refiere al uso en un método para impedir o tratar el cáncer en un sujeto que lo necesita, que comprende administrar una cantidad efectiva de la composición de la invención, a dicho sujeto.
Preferentemente, el cáncer a impedir y/o tratar mediante
- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,
- la célula de acuerdo con la presente invención,
- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, o
- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción
se refiere al antígeno tumoral (referencia) del péptido antigénico como se describe en la presente descripción. Los péptidos antigénicos apropiados pueden seleccionarse tras (i) seleccionar un antígeno tumoral apropiado para un cierto tipo de cáncer como se conoce en la técnica y (ii) seleccionar un péptido antigénico apropiado para el antígeno tumoral seleccionado, como se describió anteriormente, por ejemplo, en la Tabla 1A. Un experto en la técnica comprenderá fácilmente que un péptido antigénico de la invención puede seleccionarse sobre la base de la naturaleza de la neoplasia maligna de linfocitos B que se va a impedir o tratar, y/o en el gen humano/antígeno tumoral humano implicado en dicha neoplasia maligna de linfocitos B.
En general, los péptidos antigénicos pueden administrarse "desnudos" o en forma de compuestos inmunogénicos de acuerdo con la presente invención, células cargadas con los mismos de acuerdo con la presente invención, nanopartículas de acuerdo con la presente invención y/o composiciones farmacéuticas de acuerdo con la presente invención.
En una modalidad preferida, pueden administrarse en forma de un microorganismo tal como una especie de bacteria intestinal. Todas las especies de bacterias intestinales también pueden ser ventajosas, ya que tienen el potencial de desencadenar una respuesta inmunitaria mayor que los (poli)péptidos o ácidos nucleicos que contienen. Alternativamente, las bacterias intestinales de acuerdo con la invención pueden estar en forma de probióticos, es decir, de bacterias intestinales vivas, que pueden usarse como aditivo alimentario gracias a los beneficios para la salud que puede proporcionar. Éstos pueden ser, por ejemplo, liofilizados en gránulos, pastillas o cápsulas, o directamente mezclados con productos lácteos para consumo.
Los métodos de administración se conocen bien por los expertos en la técnica. Con respecto a la composición de la invención, puede administrarse directamente al sujeto, en el órgano afectado (es decir, administración local) o sistémicamente (es decir, administración enteral o parenteral), o incluso aplicarseex-vivoa células derivadas del sujeto o de una línea celular humana que subsecuentemente se administran al sujeto, o incluso se usanin vitropara seleccionar una subpoblación de células inmunitarias derivadas del sujeto, que luego se vuelven a administrar a dicho sujeto. Las administraciones enterales incluyen administraciones orales y rectales, así como también administraciones a través de sondas de alimentación gástrica, sondas de alimentación duodenales o gastrostomía, mientras que las administraciones parenterales incluyen, entre otras, inyecciones subcutáneas, intravenosas, intramusculares, intraarteriales, intradérmicas, intraóseas, intracerebrales, e intratecales. El método de administración a menudo dependerá del(de los) péptido(s) antigénico(s) y/o compuesto(s) inmunogénico(s) presente(s) en la composición y del tipo de cáncer a tratar y otros agentes activos que puedan contenerse en dicha composición. Por ejemplo, la administración es preferentemente una inyección intramuscular o intradérmica si el compuesto inmunogénico es un ácido nucleico como se definió anteriormente, la administración oral/nasal se prefiere particularmente si dicho ácido nucleico se clona en un vector viral. Alternativamente, la administración es preferentemente una administración intramuscular, intradérmica u oral si el péptido antigénico y/o el compuesto inmunogénico es un (poli)péptido como se definió anteriormente o si se carga en/sobre una nanopartícula como se describe en la presente descripción. Sin embargo, todavía alternativamente, la administración es preferentemente una administración oral si el péptido antigénico y/o el compuesto inmunogénico se suministra en forma de una bacteria intestinal como se definió anteriormente, especialmente si la bacteria intestinal está en forma de probióticos.
Los péptidos antigénicos y los ácidos nucleicos de acuerdo con la invención pueden además encapsularse para facilitar su administración al sujeto que los necesite. Por ejemplo, estos pueden encapsularse en nanoportadores peptídicos (se prefiere si el compuesto inmunogénico es un ácido nucleico o un (poli)péptido), en virosomas (se prefiere si el compuesto inmunogénico es un ácido nucleico o un (poli)péptido), o en sistemas portadores basados en lípidos, tales como el complejo liposoma-policatión-ADN (se prefiere si el compuesto inmunogénico es un ácido nucleico o un (poli)péptido) (Trovato M, De Berardinis P. Novel antigen delivery systems. World J Virol. 12 de agosto de 2015;4(3):156-68; Saade F, Petrovsky N. Technologies for enhanced efficacy of DNA vaccines. Expert Rev Vaccines. Febrero de 2012;11(2):189-209; Li y otros, Peptide Vaccine: Progress and Challenges. Vaccines (Basel). 2 de julio de 2014;2(3):515-36).
La composición también puede administrarse más de una vez para lograr el efecto conveniente. En una modalidad preferida, dicha composición se administra repetidamente, al menos dos veces, y preferentemente más de dos veces. Esto se puede hacer durante un período prolongado de tiempo, tal como semanalmente, cada dos semanas, mensualmente, anualmente o incluso varios años después de la primera administración para garantizar que el sujeto esté correctamente inmunizado.
Terapia de combinación
La administración del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, la célula de acuerdo con la presente invención y la composición farmacéutica de acuerdo con presente invención, en particular en los métodos y usos de acuerdo con la invención, puede llevarse a cabo solo o en combinación con un coagente útil para tratar y/o impedir el cáncer, tal como un agente terapéutico contra el cáncer.
Dicho agente terapéutico es así preferentemente capaz de impedir y/o tratar el mismo tipo de cáncer que aquel para el que se usa el péptido antigénico de acuerdo con la invención.
Los agentes terapéuticos contra el cáncer que se prefieren particularmente de acuerdo con la invención incluyen, pero no se limitan a, anticuerpos, linfocitos T cAr , lisados de células tumorales, agentes quimioterapéuticos, agentes radioterapéuticos, moduladores de puntos de control inmunitarios y sus combinaciones.
Los anticuerpos son particularmente ventajosos en la terapia del cáncer, ya que pueden unirse a antígenos específicos en las superficies de las células cancerosas, de esta manera se dirige la terapia al tumor (es decir, estos se denominan anticuerpos dirigidos contra el tumor), o bloquear los puntos de control inmunitarios que están desregulados en el cáncer (es decir, estos se denominan en la presente descripción anticuerpos inmunomoduladores). El propósito de este último tipo de anticuerpos es inhibir la resistencia inmunitaria del cáncer, que se puede observar en particular contra los linfocitos T que son específicos para los antígenos tumorales. De hecho, como se conoce bien en la técnica, en condiciones fisiológicas normales, los puntos de control inmunitarios son cruciales para el mantenimiento de la autotolerancia (es decir, la prevención de la autoinmunidad) y protegen los tejidos del daño cuando el sistema inmunitario responde a una infección patógena. Sin embargo, en el cáncer, la expresión de los puntos de control inmunitarios puede estar desregulada como un mecanismo importante de resistencia inmunitaria. Dicha resistencia se observa especialmente en los cánceres de melanoma, ovario, pulmón, glioblastoma, mama y páncreas con respecto al punto de control PD-L1 (Konishi y otros, B7-H1 expression on nonsmall cell lung cancer cells and its relationship with tumor-infiltrating lymphocytes and their PD-1 expression. Clin Cancer Res. 1 de agosto de 2004;10(15):5094-100; Ghebeh y otros, The B7-H1 (PD-L1) T lymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breast cancer patients with infiltrating ductal carcinoma: correlation with important high-risk prognostic factors. Neoplasia. Marzo de 2006;8(3):190-8; Hino y otros, Tumor cell expression of programmed cell death-1 ligand 1 is a prognostic factor for malignant melanoma. Cancer. 1 de abril de 2010;116(7):1757-66). Otros ejemplos de puntos de control inmunitarios incluyen, pero no se limitan a, PD-L2, PD-1, CD80, CD86, CTLA4, B7H3, B7H4, PVR, TIGIT, GAL9, LAG-3, GITR, CD137, TIM3, VISTA, VISTA-R (Pico de Coana y otros, Checkpoint blockade for cancer therapy: revitalizing a suppressed immune system. Trends Mol Med. Agosto de 2015;21(8):482-91; Pardoll DM1. The blockade of immune checkpoints in cancer immunotherapy. Nat Rev Cancer. 22 de marzo de 2012;12(4):252-64).
Los anticuerpos se emplean habitualmente para los propósitos anteriores en forma de anticuerpos monoclonales desnudos (es decir, no conjugados) o conjugados con otra molécula que puede ser tóxica para las células o radiactiva.
Los ejemplos de anticuerpos monoclonales que se dirigen contra tumores usados en la inmunoterapia contra el cáncer se conocen bien, incluyen, pero no se limitan a alemtuzumab (leucemia linfocítica crónica), bevacizumab (cáncer colorrectal, glioblastoma multiforme, cáncer de cuello uterino, cáncer de pulmón, cáncer renal), brentuximab/vedotina (linfomas), blinatumumab (leucemia linfoblástica aguda), catumaxomab (ascitis maligna en cánceres EPCAM+), cetuximab (cáncer de cabeza y cuello, cáncer colorrectal), denosumab (cáncer de mama, próstata y hueso), Gemtuzumab/ozogamicina (leucemia mieloide aguda), ibritumomab/tiuxetan (linfoma no Hodgkin), panitumumab (cáncer colorrectal), pertuzumab (cáncer de mama), obinutuzumab (leucemia linfocítica crónica), ofatumumab (leucemia linfocítica crónica), opilimumab (melanoma), ramucirumab (cáncer gástrico y gastroesofágico), rituximab (leucemia linfocítica crónica y linfoma no Hodgkin), siltuximab (enfermedad de Catsleman multicéntrica), tositumomab (linfoma no Hodgkin) y trastuzumab (cáncer de mama, gástrico y gastroesofágico); mientras que los ejemplos de anticuerpos inmunomoduladores incluyen, pero no se limitan a ipilimumab (melanoma) que bloquea el punto de control inmunitario dependiente de CTLA4, nivolumab (melanoma, cáncer de pulmón) y prembrolizubmab (melanoma) que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PDCD1, así como también MPDL3280A, MEDI4736, MEDI0680, y MSB0010718C, que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PD-L1 (Sharma y Allison, The future of immune checkpoint therapy. Science. 3 de abril de 2015;348(6230):56-61).
Otros anticuerpos para la inmunoterapia del cáncer se describen en Buqué y otros (Buqué y otros, Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncological indications. Oncoimmunology. 2 de marzo de 2015;4(4):e1008814. eCollection abril de 2015), Redman y otros. (Redman y otros, Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer. Mol Immunol. Octubre de 2015;67(2 Pt A):28-45), y en Simpson and Caballero, Monoclonal antibodies for the therapy of cancer MC Proc. 2014; 8 (Suplemento 4): 06, así como también en el sitio web de la sociedad de anticuerpos (listado de anticuerpos monoclonales terapéuticos aprobados o en revisión en la Unión Europea o Estados Unidos disponible en el enlace web http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php).
La inmunoterapia celular adoptiva con linfocitos T con receptores de antígeno quimérico (CAR) ha cambiado el panorama del tratamiento del linfoma no Hodgkin (NHL) de linfocitos B, especialmente para linfomas agresivos de linfocitos B. Por ejemplo, los linfocitos T CAR dirigidos a CD19 representan el nuevo estándar de atención para pacientes con DLBCL que son resistentes a al menos dos líneas de tratamiento anteriores. Dos productos de linfocitos T CAR axicabtagene ciloleucel (axi-cel) (KTE-019) (YESCARTA™) y tisagenlecleucel (CTL019) (KYMRIAH™) han obtenido la aprobación de la Administración de Alimentos y Fármacos de los EE. UU. para el tratamiento del DLBCL resistente al tratamiento después de dos líneas de tratamiento. Actualmente se está evaluando en ensayos clínicos un tercer producto, lisocabtagene maraleucel (liso-cel) (JCAR017). Otros linfocitos T CAR incluyen linfocitos T CAR CD20.
Los lisados de células tumorales también pueden combinarse con el(los) péptido(s) antigénico(s) de acuerdo con la invención. De hecho, las células tumorales son capaces de estimular la respuesta inmunitaria, mediante la presentación de complejos péptidos-MHC endógenos, así como también a través de células dendríticas (DC) del huésped que pueden procesar y presentar el antígeno que se administra por dichos lisados. De esta manera se aumenta la gama de antígenos contra los que se puede inducir una respuesta inmunitaria. Los lisados de células tumorales pueden obtenerse fácilmente mediante el tratamiento de las células tumorales con un choque térmico y/o un tratamiento químico, y pueden ser autólogos (es decir, aislados del paciente) o alogénicos (es decir, aislados de otro sujeto).
Los fármacos quimioterapéuticos estándar y los agentes radioterapéuticos no necesitan describirse en la presente descripción ya que se describen ampliamente en la literatura, especialmente por Baskar y otros. (Baskar y otros, Cancer and radiation therapy: current advances and future directions. Int J Med Sci. 2012;9(3):193-9), Paci y otros. (Paci y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics. Eur J Cancer. Agosto de 2014;50(12):2010-9) y Widmer y otros. (Widmer y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part twotargeted therapies. Eur J Cancer. Agosto de 2014;50(12):2020-36). También se encuentra disponible un listado de dichos fármacos y agentes en el sitio web cancer.gov (http://www.cancer.gov/aboutcancer/treatment/drugs).
Preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción es un activador o un inhibidor de una o más molécula(s) del punto de control inmunitario que se seleccionan de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR, ICOS, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, GITR, TNFR y/o FasR/DcR3; o un activador o un inhibidor de uno o más de sus ligandos.
Con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un activador de una molécula (co)estimuladora del punto de control o un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control o sus combinaciones. En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia (i) un activador de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o (ii) un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o FasR /DcR3.
Aún con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control (pero preferentemente ningún inhibidor de una molécula estimuladora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es aún con mayor preferencia un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o DcR3 o de uno de sus ligandos.
También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario sea un activador de una molécula estimuladora o coestimuladora del punto de control (pero preferentemente no activador de una molécula inhibidora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia un activador de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o de uno de sus ligandos.
Es aún con mayor preferencia que el modulador del punto de control inmunitario sea un modulador de la vía CD40, de la vía IDO, de la vía LAG3, de la vía CTLA-4 y/o de la vía PD-1. En particular, el modulador del punto de control inmunitario es preferentemente un modulador de CD40, LAG3, CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1 y/o IDO, con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1, LAG3 y/o IDO o un activador de CD40, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-1, LAG3 y/o IDO, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de LAG3, CTLA-4 y/o PD-1, y con la máxima preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4 y/o PD-1.
En consecuencia, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Preferentemente, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Particularmente preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de PD-1. Los inhibidores preferidos de la vía CTLA-4 y de la vía PD-1 incluyen los anticuerpos monoclonales Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune), así como también Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; también se conoce como Lambrolizumab o MK-3475; Merck), Imfinzi® (Durvalumab también se conoce como MEDI4736; Medlmmune/Astra-Zeneca), Tecentriq® (Atezolizumab también se conoce como MPDL3280A; Roche/Genentech), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), Bavencio® (Avelumab; Merck KGaA/Pfizer también se conoce como MSB-0010718C), MIH1 (Affymetrix), LY3300054 (Eli Lilly) y Spartalizumab (también se conoce como PDR001; Novartis). Los inhibidores de puntos de control incluyen con mayor preferencia los inhibidores de CTLA-4 Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune), así como también los inhibidores de PD-1 Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; Merck), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), AMP-224 (una proteína de fusión PD-L2 Fc; Medlmmune).
También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción se seleccione del grupo que consiste en Pembrolizumab, Ipilimumab, Nivolumab, Atezolizumab, MEDI4736, Tremelimumab, Avelumab, Spartalizumab, LAG525 (un anticuerpo monoclonal anti-LAG3), Epacadostat (anteriormente INCB24360; un inhibidor de IDO), Varlilumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD27), Urelumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD137), AMP-224 y CM-24 (un anticuerpo monoclonal anti-CEACAM1).
Está dentro de la habilidad del experto en la técnica seleccionar el agente terapéutico anticancerígeno inmunitario apropiado para los propósitos de la invención.
El agente terapéutico anticancerígeno también puede administrarse en asociación con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, la célula de acuerdo con la presente invención o la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, ya sea en aproximadamente al mismo tiempo o consecutivamente como se describe en la presente descripción y en las mismas formas farmacéuticas o distintas. Por lo tanto, la invención propone un uso combinado de la composición de la invención y al menos un agente terapéutico anticancerígeno como se describió anteriormente, para una administración simultánea, separada o secuencial como se describe en la presente descripción.
Además, la presente invención también se refiere a una combinación de al menos dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también se refiere a una combinación de al menos dos compuestos inmunogénicos distintos de acuerdo con la presente invención, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también se refiere a una combinación de al menos dos nanopartículas distintas de acuerdo con la presente invención, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B. Además, la presente invención también se refiere a una combinación de al menos dos ácidos nucleicos distintos de acuerdo con la presente invención, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B.
Por lo tanto, de acuerdo con una modalidad preferida, al menos dos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, pueden administrarse en combinación, por ejemplo, en la misma composición farmacéutica. Por ejemplo, al menos 3 péptidos antigénicos, al menos 4 péptidos antigénicos, al menos 5 péptidos antigénicos, al menos 6 péptidos antigénicos, al menos 7 péptidos antigénicos, al menos 8 péptidos antigénicos, al menos 9 péptidos antigénicos, al menos 10 péptidos antigénicos, al menos 11 péptidos antigénicos, al menos 12 péptidos antigénicos, al menos 13 péptidos antigénicos, al menos 14 péptidos antigénicos, al menos 15 péptidos antigénicos, al menos 20 péptidos antigénicos, al menos 25 péptidos antigénicos, al menos 50 péptidos antigénicos, al menos 100 péptidos antigénicos, se administran en combinación, por ejemplo en la misma composición farmacéutica. Está dentro de la habilidad de la persona en la técnica seleccionar la combinación de péptidos antigénicos que sea adecuada para el propósito que se pretende.
En una modalidad preferida particularmente, se combinan dos péptidos antigénicos distintos que incluyen el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 (por ejemplo, que se relacionan con el mismo tipo de neoplasia maligna de linfocitos B y/o con el mismo antígeno de referencia).
Por ejemplo, la presente invención proporciona una combinación de al menos dos péptidos antigénicos distintos que incluyen el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, en particular
(i) el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, y
(ii) un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción (distinto del primero) preferentemente para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B.
En las combinaciones de acuerdo con la presente invención, se prefieren dichas combinaciones de componentes, tales como péptidos antigénicos, de acuerdo con la presente invención, que corresponde a las combinaciones preferidas de componentes, tales como péptidos antigénicos, de acuerdo con la presente invención que se incluyen en la composición farmacéutica como se describió anteriormente.
Además, el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 también puede combinarse con el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente (como se describió anteriormente referido a las "familias" de péptidos). De esta manera, se obtiene/apoya la selección de clones de linfocitos T, que son muy eficaces contra el tumor. En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente pueden administrarse conjuntamente. Dicha coadministración puede ser aproximadamente al mismo tiempo (simultáneamente) o consecutivamente, de manera que se prefiere que en la administración consecutiva se administre primero el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y después se administre el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente. En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 puede administrarse primero, y el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente puede usarse como (re)refuerzo.
Los péptidos que se van a combinar, tales como (a) el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente o (b) dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluyen el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, pueden administrarse - (cargarse) en la misma célula de acuerdo con la presente invención o en células distintas de acuerdo con la presente invención,
- (comprendido) en la misma composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención o en una composición farmacéutica distinta de acuerdo con la presente invención.
En general, la expresión "dos componentes distintos" en el contexto de una combinación, por ejemplo, para su uso de acuerdo con la presente invención (una terapia de combinación), se define anteriormente (en el contexto de la composición farmacéutica). En particular, se refiere a
(1) un primer componente, tal como el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 como se describe en la presente descripción, la nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, la célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, o la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción; y (2) un segundo componente (que es distinto del primer componente), tal como el agente terapéutico contra el cáncer como se describió anteriormente, un péptido antigénico distinto de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, una célula distinta de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, una composición farmacéutica distinta de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, o uno o más (fragmentos de) antígenos tumorales humanos en cualquier forma ("desnudo"), como compuesto inmunogénico como se describe en la presente descripción, como nanopartícula como se describe en la presente descripción, como célula (huésped) como se describe en la presente descripción, como ácido nucleico como se describe en la presente descripción, o como composición farmacéutica como se describe en la presente descripción).
En consecuencia, los "dos componentes distintos", tal como se hace referencia en la presente descripción en el contexto de una combinación para su uso de acuerdo con la presente invención (una terapia de combinación), son preferentemente componentes activos en el contexto de la enfermedad (neoplasia maligna de linfocitos B) a impedir y/o tratar. En otras palabras, al menos cada uno de los dos componentes distintos también pueden ser útiles para impedir y/o tratar dicho cáncer, si se administran por separado (no en combinación como se describe en la presente descripción), aunque la combinación (es decir, la administración combinada) típicamente potencia su acción preventiva y/o efecto terapéutico (tal como la respuesta inmunitaria), en particular de manera sinérgica.
En consecuencia, la presente invención también proporciona la combinación de (al menos) dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 como se describe en la presente descripción. En este contexto, los (al menos) dos péptidos antigénicos distintos pueden estar en cualquier forma, por ejemplo, "desnudos", comprendidos en compuestos inmunogénicos, nanopartículas, composiciones (farmacéuticas) o células cargadas con los mismos, o codificadas por ácidos nucleicos (por ejemplo, vectores). En consecuencia, los (al menos) dos péptidos antigénicos distintos pueden estar comprendidos en (al menos) dos componentes distintos (para combinar). En una modalidad preferida, los al menos dos componentes distintos de la combinación de acuerdo con la presente invención son al menos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 (en cualquier forma, por ejemplo, comprendido en nanopartículas, células o composiciones farmacéuticas, codificados por ácidos nucleicos, etcétera).
Preferentemente, los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se relacionan con el mismo tipo de cáncer, por ejemplo, con los mismos o distintos antígenos asociados con este cáncer y/o con los mismos o distintos epítopos (de referencia) dentro de un antígeno asociado con este cáncer. Con mayor preferencia, al menos los dos componentes distintos se relacionan con el mismo antígeno tumoral.
En ciertas modalidades, los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención están comprendidos en la misma composición o en composiciones distintas. En ciertas modalidades, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran a través de la misma o distintas vías de administración. En ciertas modalidades, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran aproximadamente al mismo tiempo (simultáneamente) o consecutivamente.
Preferentemente, los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran aproximadamente al mismo tiempo. En términos más generales, se prefiere que el primer componente se administre aproximadamente al mismo tiempo que el segundo componente, en donde los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas, como composiciones farmacéuticas, etcétera).
"Aproximadamente al mismo tiempo", como se usa en la presente descripción, significa en particular, administración simultánea o que directamente después de la administración del primer componente, se administra el segundo componente o que directamente después de la administración del segundo componente, se administra el primer componente. El experto en la técnica entiende que "directamente después" incluye el tiempo necesario para preparar la segunda administración, en particular el tiempo necesario para exponer y desinfectar el lugar para la segunda administración, así como también la preparación adecuada del "dispositivo de administración" (por ejemplo, jeringa, bomba, etcétera). La administración simultánea también incluye si los períodos de administración del primer componente y del segundo componente se superponen o si, por ejemplo, un componente se administra durante un período de tiempo más largo, tal como 30 min, 1 h, 2 h o incluso más, por ejemplo, por infusión, y el otro componente se administra en algún momento durante un período tan largo. En particular, se prefiere la administración del primer componente y del segundo componente aproximadamente al mismo tiempo si se usan diferentes vías de administración y/o diferentes sitios de administración.
También se prefiere que los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administren consecutivamente. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente se administren consecutivamente, en donde los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente de la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas o como composiciones farmacéuticas, etcétera).
Esto significa que el primer componente se administra antes o después del segundo componente. En la administración consecutiva, el tiempo entre la administración del primer componente y la administración del segundo componente es preferentemente de no más de una semana, con mayor preferencia de no más de 3 días, aún con mayor preferencia de no más de 2 días y con la máxima preferencia de no más de 24 h. Se prefiere particularmente que el primer componente y el segundo componente se administren el mismo día donde el tiempo entre la administración del primer componente y la administración del segundo componente preferentemente no es más de 6 horas, con mayor preferencia no más de 3 horas, aún con mayor preferencia no más de 2 horas y con la máxima preferencia no más de 1 h.
Preferentemente, el primer componente y el segundo componente se administran por la misma vía de administración. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente se administren a través de la misma vía de administración, en donde los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente de la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas, como composiciones farmacéuticas, etcétera).
También se prefiere que los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administren a través de vías de administración distintas. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente se administren a través de vías de administración distintas, en donde los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas, como composiciones farmacéuticas, etcétera).
Preferentemente, los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención están comprendidos en la misma composición. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente estén comprendidos en la misma composición, en donde los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas, etcétera).
También se prefiere que los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención estén comprendidos en composiciones distintas. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente estén comprendidos en composiciones distintas, en donde los al menos dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas, etcétera).
En particular, la presente invención proporciona una composición farmacéutica que comprende un primer péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1, que comprende o consiste en una variante de secuencia de un fragmento del antígeno tumoral humano,
Con mayor preferencia, la combinación de acuerdo con la presente invención (por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B) comprende al menos tres componentes distintos como se describió anteriormente, en particular al menos tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción que incluye un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1. La descripción anterior con respecto a la combinación de dos componentes distintos se aplica en consecuencia para tres componentes distintos.
Con la máxima preferencia, la combinación de acuerdo con la presente invención (por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B) comprende al menos cuatro componentes distintos como se describió anteriormente, en particular al menos cuatro péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción que incluye un péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1. La descripción anterior con respecto a la combinación de dos componentes distintos se aplica en consecuencia para cuatro componentes distintos.
Se entiende que la combinación, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de la neoplasia maligna de linfocitos B, también puede contener, en lugar de las combinaciones de péptidos antigénicos preferidas descritas anteriormente, una combinación respectiva de compuestos inmunogénicos de la invención, una combinación respectiva de nanopartículas de la invención o una combinación respectiva de ácidos nucleicos de la invención.
Breve descripción de las figuras
A continuación, se dará una breve descripción de las figuras adjuntas. Las figuras pretenden ilustrar la presente invención con más detalle. Sin embargo, no pretenden limitar el tema de la invención de ninguna manera.
La Figura 1: muestra para el Ejemplo 1 la afinidadin vitropor el péptido antigénico CD22-B1 en comparación con el epítopo de CD22 humano correspondiente CD22-H1.
La Figura 2: muestra para el Ejemplo 1 la afinidadin vitropor el péptido antigénico CD37-B1 en comparación con el epítopo de CD37 humano correspondiente CD37-H1.
La Figura 3: muestra para el Ejemplo 1 la afinidadin vitropor el péptido antigénico CD19-B1 en comparación con el epítopo de CD19 humano correspondiente CD19-H1.
La Figura 4: muestra para el Ejemplo 1 la afinidadin vitropor el péptido antigénico CD19-B2 en comparación con el epítopo de CD19 humano correspondiente CD19-H2.
La Figura 5: muestra para el Ejemplo 1 la afinidadin vitropor el péptido antigénico TNFRSF13C-B1 en comparación con el epítopo de TNFRSF13C humano correspondiente TNFRSF13C-H1.
La Figura 6: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR1 vacunados con el péptido antigénico CD22-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente CD22-H1. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 7: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR1 vacunados con el péptido antigénico TNFRSF13C-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente TNFRSF13C-H1. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 8: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR1 vacunados con el péptido antigénico CD37-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente CD37-H1. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 9: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR1 vacunados con el péptido antigénico CD19-B2 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente CD19-H2. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 10: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR1 vacunados con el péptido antigénico CD19-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente CD19-H1. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 11: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR3 vacunados con el péptido antigénico CD22-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente CD22-H1. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 12: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR3 vacunados con el péptido antigénico TNFRSF13C-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente TNFRSF13C-H1. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 13: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR3 vacunados con el péptido antigénico CD37-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente CD37-H1. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 14: muestra para el Ejemplo 1 la afinidadin vitropor el péptido antigénico MS4A1-B4 en comparación con el epítopo MS4A1 humano correspondiente MS4A1-H4.
La Figura 15: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR1 vacunados con el péptido antigénico MS4A1-B4 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente MS4A1-H4. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 16: muestra para el Ejemplo 2 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 HHD DR3 vacunados con el péptido antigénico MS4A1-B4 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente MS4A1-H4. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales.
La Figura 17:muestra para el Ejemplo 3 la detección de linfocitos T CD8+ específicos de péptidos CD22-B1, CD37B1,
TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 detectados en sangre periférica de donantes sanos (positivo para HLA-A2).
La Figura 18: muestra para el Ejemplo 3 la capacidad citotóxica del clon de linfocitos T humanos específicos de péptidos CD22-B1,<c>D37B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 expandidoin vitromediante estimulación con péptidos derivados del microbioma. Los linfocitos T específicos de péptidos CD22-B1, CD37B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 tienen la capacidad de destruir linfocitos T2 cargados con péptidos bacterianos o humanos.
La Figura 19: muestra para el Ejemplo 4 la afinidadin vitropor los péptidos antigénicos CD22-B1, CD22-B12 y CD22-B13 en comparación con el epítopo CD22 humano correspondiente CD22-H1.
La Figura 20: muestra para el Ejemplo 4 la afinidadin vitropor los péptidos antigénicos CD37-B1, CD37-B12, CD37-B13, CD37-B14 y CD37-B15 en comparación con el epítopo CD37 humano correspondiente CD37-H1.
La Figura 21 muestra para el Ejemplo 4 la afinidadin vitropor los péptidos antigénicos TNFRSF13C-B1, TNFRSF13C-B11, TNFRSF13C-B12 y TNFRSF13C-B13 en comparación con el epítopo TNFRSF13C humano correspondiente TNFRSF13C-H1.
La Figura 22: muestra para el Ejemplo 4 la afinidadin vitropor el péptido antigénico MS4A1-B4, MS4A1-B42 y MS4A1-B43 en comparación con el epítopo MS4A1 humano correspondiente MS4A1-H4.
Ejemplos
A continuación, se presentan ejemplos particulares que ilustran diversas modalidades y aspectos de la invención.
Ejemplo 1: Los péptidos antigénicos tienen una afinidad superior al alelo HLA-A*0201.
A continuación, se confirmó in vitro la afinidad de unión de varios péptidos antigénicos que se seleccionaron y de los fragmentos de antígenos tumorales humanos correspondientes (péptidos de referencia humanos) al alelo HLA-A*0201. Específicamente, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 110 («YIFEHPELL» también se denomina en la presente descripción como CD22-B1) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD22 («WVFEHPETL», SEQ ID NO: 270, también se denomina en la presente descripción como CD22-H1). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 109 («YVFEHPELL» también se denomina en la presente descripción como CD22-B11) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD22 («WVFEHPETL», SEQ ID NO: 270, también se denomina en la presente descripción como CD22-H1). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 114 («FLAFVPLQL» también se denomina en la presente descripción como CD37-B1) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD37 («GLAFVPLQI», SEQ ID NO: 271, también se denomina en la presente descripción como CD37-H1). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 117 («GMAFVPLLL» también se denomina en la presente descripción como CD37-B11) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD37 («GLAFVPLQI», SEQ ID NO: 271, también se denomina en la presente descripción como CD37-H1). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 34 («LLVGILHLV» también se denomina en la presente descripción como CD19-B1) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD19 («SLVGILHLQ», SEQ ID NO: 260, también se denomina en la presente descripción como CD19-H1). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 10 («TLLFLTPML» también se denomina en la presente descripción como CD19-B2) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD19 («FLLFLTPME», SEQ ID NO: 258, también se denomina en la presente descripción como CD19-H2). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 39 («YLAYLIFEL» también se denomina en la presente descripción como CD19-B6) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD19 («TLAYLIFCL», SEQ ID NO: 261, también se denomina en la presente descripción como CD19-H6). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 40 («LQMGGFYLL» también se denomina en la presente descripción como CD19-B7) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CD19 («QQMGGFYLC», SEQ ID NO: 262, también se denomina en la presente descripción como CD19-H7). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 220 («LMFGAPALV» también se denomina en la presente descripción como TNFRSF13C-B1) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de TNFRSF13C («LLFGAPALL», SEQ ID NO: 279, también se denomina en la presente descripción como TNFRSF13C-H1). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 231 («ILPGLLFGL» también se denomina en la presente descripción como TNFRSF13C-B31) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de TN<f>R<s>F13C («PLPGLLFGA», SEQ ID NO: 280, también se denomina en la presente descripción como TNFRSF13C-H3). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 227 («FMPGLLFGA» también se denomina en la presente descripción como TNFRSF13C-B33) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de T<n>F<r>SF13C («PLPGLLFGA», SEQ ID N<o>: 280, también se denomina en la presente descripción como TNFRSF13C-H3). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 61 («YILGGLLMV» también denominado en la presente descripción MS4A1-B12) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de MS4A1 (también conocido como CD20) («IALGGLLMI», SEQ ID NO: 263, también denominado en la presente descripción MS4A1-H1). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 72 («ILIPAGIYL» también denominado en la presente descripción MS4A1-B3) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de MS4A1 (también conocido como CD20) («LMIPAGIYA», s Eq ID NO: 265, también denominado en la presente descripción MS4A1-H3). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 65 («AMNSLSLYI» también denominado en la presente descripción MS4A1-B4) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de MS4A1 (también conocido como CD20) («IMNSLSLFA», SEQ ID NO: 264, también denominado en la presente descripción MS4A1-H4). Además, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 86 («YLFLGILSL» también denominado en la presente descripción MS4A1-B5) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de MS4A1 (también conocido como CD20) («SLFLGILsV», SEQ ID NO: 266, también denominado en la presente descripción MS4A1-H5).
. aeraes y m o os
A1. Medición de la afinidad del péptido por la línea celular T2.
El protocolo experimental es similar al que se validó para los péptidos presentados p or el HLA-A*0201 (Tourdot y otros, A general strategy to enhance immunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides: implication in the identification of cryptic tumor epitopes. Eur J Immunol. Diciembre de 2000; 30(12):3411-21). La medición de la afinidad de los péptidos se logra con la célula tumoral humana T2 que expresa la molécula HLA-A*0201, pero que es TAP1/2 negativa e incapaz de presentar péptidos endógenos.
Los linfocitos T2 (5 104 células por pocillo) se incuban con concentraciones decrecientes de péptidos de 100 pM a 0,1 pM (4 puntos: 100 pM, 10 pM, 1 pM, 0,1 pM) en medio libre de suero (TexMacs) suplementado con 100 ng/pl de 2 microglobulinas a 37 °C durante 16 horas. A continuación, las células se lavaron dos veces y se marcaron con el anticuerpo anti-HLA-A2 acoplado a PE (clon BB7.2, BD Pharmagen).
El análisis se logra mediante FACS (analizador Macsquant 10- Miltenyi).
Para cada concentración de péptido, la media geométrica del marcaje asociado con el péptido de interés se resta del ruido de fondo y se reportó como un porcentaje de la media geométrica del marcaje de HLA-A*0202 que se obtuvo para el péptido de referencia HIV pol 589-597 en una concentración de 100 pM. La afinidad relativa se determinó entonces como sigue:
afinidad relativa = concentración de cada péptido que induce el 20 % de la expresión de HLA-A*0201 / concentración del péptido de referencia que induce el 20 % de la expresión de HLA-A*0201.
A2. Solubilización de péptidos
Cada péptido se solubiliza teniendo en cuenta la composición de aminoácidos. Para los péptidos que no incluyen cisteína, metionina o triptófano, es posible la adición de DMSO hasta en un 10 % del volumen total. Otros péptidos se resuspenden en agua o PBS pH 7,4.
B. Resultados
Los valores medios de intensidad de fluorescencia relativa (los datos se normalizan a la fluorescencia media del péptido del HIV, es decir, un valor de 100 es igual a la mejor unión que se observó con el péptido del HIV) de los linfocitos T2 obtenidos para las distintas concentraciones de cada péptido se muestran en la Tabla 2 más abajo:
Tabla 2.
(continuación)
La Tabla 3 a continuación resume para cada péptido probado la concentración requerida para inducir el 20%de la expresión de HLA-A2 y la afinidad de uniónin vitro(* normalizada contra la concentración de HIV-pol del péptido que induce el 20 % de la expresión de HLAA2 realizada durante el mismo experimento).
Tabla 3. ND - Indeterminable
(continuación)
Además, Las Figuras 1 - 5 y 14 ilustran los resultados para ejemplos seleccionados, específicamente para el péptido antigénico CD22-B1 en comparación con el fragmento CD22 humano correspondiente CD22-H1 (Figura 1), para el péptido antigénico CD37-B1, en comparación con el fragmento CD37 humano correspondiente CD37-H1 (Figura 2), para el péptido antigénico CD19-B1 en comparación con el fragmento CD19 humano correspondiente CD19-H1 (Figura 3), para el péptido antigénico CD19-B2 en comparación con el fragmento CD19 humano correspondiente CD19-H2 (Figura 4), para el péptido antigénico TNFRSF13C-B1 en comparación con el fragmento TNFRSF13C humano correspondiente TNFRSF13C-H1 (Figura 5) y el péptido antigénico MS4A1-B4 en comparación con el fragmento MS4A1 humano correspondiente MS4A1-B4 (Figura 14).
En resumen, los resultados muestran que los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción muestran una afinidad de unión por HLA-A*0201 al menos similar a la de los fragmentos de antígeno tumoral humano correspondientes. En la mayoría de los casos, la afinidad de unión observada por el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción fue más fuerte que la de los epítopos humanos correspondientes. Sin estar ligado a ninguna teoría, se supone que una afinidad de unión tan fuerte de los péptidos antigénicos de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción refleja su capacidad para generar una respuesta inmunitaria (es decir, su inmunogenicidad). Ejemplo 2: Inmunogenicidad de CD22-B1, CD19B1, CD19-B2, CD37B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 en ratones transgénicos HLA-A2 y reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente.
A. Materiales y métodos
A.1 Modelo de ratón
Brevemente, ratones humanizados HLA-A2 HHD-DR1 (C57BL/6JB2mtm1UnclAb-/-Tg(HLA-DRA,HLADRB1* 0101)#GjhTg(HLA-A/H2-D/B2M)1Bpe) o ratones humanizados HHD-DR3 (C57BL/6JB2mtm1UnclAb-/-Tg(HLADRA, HLA-DRB1*0301)#GjhTg(HLA-A/H2-D/B2M)1 Bpe) se asignaron aleatoriamente (en función del sexo y la edad del ratón) a grupos experimentales, en donde cada grupo se inmunizó con un péptido de vacunación específico (vaccpAg) combinado con un péptido auxiliar común (h-pAg UCP2; secuencia: KsVWSKLQSIGIRQH; SEQ ID NO: 475; para ratones DR1 HHD o hpAg DR3; secuencia MAKTIAYDEEARRGLERGLN; SEQ ID n° 473; para ratones HHD DR3) (como se describe en la Tabla 4 más abajo).
Tabla 4. Composición del grupo experimental. h-pAg: péptido 'auxiliar'; vacc-pAg: péptido de vacunación. El número in i n r f rz in i nr r n i .
(continuación)
Los péptidos se proporcionaron de la siguiente manera:
• vacc-pAg: CD22-B1, CD19-B1, CD19-B2, CD37-B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 todos producidos y proporcionados a una concentración de 4 mg/ml (4 mM);
• h-pAg: DR3 o UCP2 se resuspendió en agua destilada pura a una concentración de 10 mg/ml
La formulación peptídica a inyectar (emulsión) se preparó nuevamente cada día de inyección y para cada grupo. Se preparó una mezcla para 10 animales mediante el uso de jeringas luer lock de 2 ml (4606701V, B BRAUN) y conectores luer (Cole-Parmer, 45502-22): 500 ml de mezcla peptídica en la jeringa 1 se emulsionó con 500 ml de IFA contenido en la jeringa 2, a alta velocidad lo más rápido posible hasta formar una emulsión gruesa (espuma blanca). Cada emulsión se preparó en exceso para compensar los volúmenes muertos en la inyección.
Los animales se inmunizaron el día 0 (d0) con una inyección inicial y el día 14 con una inyección de refuerzo. Cada ratón se inyectó s.c. en la base de la cola 100 pl de una emulsión oleosa que contiene:
• 60 nMol de vacc-pAg; 105 nMol del péptido auxiliar de UCP2 (para ratones HHD-DR1) o 65 nMol del péptido auxiliar de DR3 (para ratones HHD-DR3)
• 10 pl de PBS para alcanzar un volumen total de 50 pl (por ratón);
• Se añadió adyuvante incompleto de Freund (IFA) en una relación 1:1 (v:v) (50 pl por ratón).
A.2 Análisis
Siete días después de la inyección de refuerzo (es decir, el día 21), se sacrificaron los animales y se extrajo el bazo. Los esplenocitos se prepararon mediante disrupción mecánica del órgano seguida de filtración por 70 mm y purificación en gradiente de densidad de Ficoll.
Las suspensiones celulares se usaron además en un ensayo ELISPOT-IFN (Tabla 5). Las células se cultivaron en 200 ml de medio completo de linfocitos T. Las condiciones experimentales (duplicados) fueron las siguientes: 2x105 células totales por pocillo cuando se cultivaron en presencia de varios pAg (10 pM) o solo medio; y 2x104 células totales cuando se cultivaron en presencia de partículas de perlas cargadas con CD3/CD28 (kit de activación/expansión de linfocitos T, 130-093-627, Miltenyi) (relación de perlas a células de 1:1). Los cultivos se evaluaron para determinar su capacidad para secretar IFN (Diaclone Kit Murine IFN ELISpot, 862.031-005PC), según las instrucciones del fabricante (~16-18 h de tiempo de incubación antes de realizar el ensayo). Los péptidos usados para la reestimulación se describen en la Tabla 5.
Tabla 5. Confi uración del ensa o ELISPOT-IFN .
(continuación)
Los puntos se contaron en un lector CTL ELISpot. El trazado de datos y el análisis estadístico se realizaron con el software Prism-5 (GraphPad Software Inc.).
B. Resultados
Todos los ratones tenían una edad de 8 a 13 semanas en la fecha de inicio del experimento. En el estudio se usaron tanto machos como hembras. Los animales se alojaron en grupos de 6 por jaula como máximo. En el momento del sacrificio, la población de linfocitos T del bazo se analizó mediante citometría de flujo, mostrando que la gran mayoría pertenecía al subconjunto de linfocitos T CD4+.
Después de sembrar e incubar con los estímulos apropiados, se revelaron y contaron las células productoras de IFN. Los datos se proporcionaron como un número de puntos por cada 1106 linfocitos T totales. Los valores promedio individuales (que se obtuvieron a partir de los triplicados) se usaron a continuación para trazar los valores promedio del grupo. El análisis estadístico para la comparación (con la condición media) se realizó mediante el uso de una prueba no paramétrica no pareada (Mann Whitney) (**: p<0,01; *: p<0,05).
En general, la vacunación con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción (CD19-B1, CD19-B2, CD22-B1, CD37-B1, TNFrSf 13C-B1 y MS4A1-B4) indujo respuestas significativas de linfocitos T en el ensayo ELISPOT-IFN<y>en ratones HHD DR1 (Figuras 6-10). La inmunogenicidad de CD22-B1, CD37-B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 se confirmó en ratones HHD DR1 (Figuras 11-13).
Los resultados muestran (Figura 6) que la inmunización de ratones HHD-DR1 con CD22-B1 permite inducir linfocitos T que pueden reaccionar fuertemente después del reto con CD22-B1 o con el péptido humano correspondiente CD22-H1. Por tanto, CD22-B2 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano correspondiente.
Estos resultados se confirmaron en ratones HHD DR3 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos (Figura 11).
Los resultados muestran (Figura 7) que la inmunización de ratones HHD-DR1 con TNFRSF13C-B1 permite inducir linfocitos T que pueden reaccionar fuertemente después del reto con TNFRSF13C-B1 o con el péptido humano correspondiente TNFRSF13-H1. Por tanto, TNFRSF13C-B1 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano correspondiente.
Estos resultados se confirmaron en ratones HHD DR3 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos (Figura 12).
Los resultados muestran (Figura 8) que la inmunización de ratones HHD-DR1 con CD37-B1 permite inducir linfocitos T que pueden reaccionar fuertemente después del reto con CD37-B1 o con el péptido humano correspondiente CD37-H1. Por tanto, CD37-B2 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano correspondiente.
Estos resultados se confirmaron en ratones HHD DR3 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos (Figura 13).
Los resultados muestran (Figura 9) que la inmunización de ratones HHD-DR1 con CD19-B2 permite inducir linfocitos T que pueden reaccionar fuertemente después del reto con CD19-B2 o con el péptido humano correspondiente CD19-H2. Por tanto, CD19-B2 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano correspondiente.
Los resultados muestran (Figura 10) que la inmunización de ratones HHD-DR1 con CD19-B1 permite inducir linfocitos T que pueden reaccionar fuertemente después del reto con CD19-B1 o con el péptido humano correspondiente CD19-H1. Por tanto, CD19-B1 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano correspondiente.
Los resultados muestran (Figura 15) que la inmunización de ratones HHD-DR1 con MS4A1-B4 permite inducir linfocitos T que pueden reaccionar fuertemente después del reto con MS4A1-B4 o con el péptido humano correspondiente MS4A1-H4. Por tanto, MS4A1-B4 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano correspondiente.
Estos resultados se confirmaron en ratones HHD DR3 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos (Figura 16).
En conjunto, estos estudios de inmunogenicidad que se describen en el Ejemplo 2 realizados en ratones HHD DR3 y HHD DR1 mostraron que los 6 péptidos antigénicos de la invención, CD19-B1, CD19-B2, CD22-B1, CD37-B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 indujeron respuestas inmunitarias fuertes. La reactividad cruzada de los linfocitos T generados contra CD19-B1, CD19-B2, CD22-B1, CD37-B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 para los péptidos humanos correspondientes se mostró en ratones HHD DR3 y HHD DR1.
En consecuencia, esos resultados proporcionan evidencia experimental de que la inmunoterapia basada en antígenos puede mejorar la respuesta de los linfocitos Tin vivoy que el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, son particularmente eficaces para ese propósito.
Ejemplo 3: Efectos citotóxicosex vivode linfocitos T humanos CD8 específicas de CD22-B1, CD37B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4.
Múltiples investigaciones respaldan la noción de presencia de un repertorio de linfocitos T específicos contra péptidos microbianos. Se espera que el número de linfocitos T microbianos específicos contra péptidos sea bajo, pero suficiente para ser reactivado por un reto con vacuna.
Para identificar y caracterizar funcionalmente los linfocitos T específicos de CD22-B1, CD37B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 circulantes en humanos, se ha desarrollado un protocolo de amplificaciónin vitrocon el fin de detectar linfocitos T específicos para cada péptido antigénico e investigar su capacidad citotóxica.
3.1 identificación de linfocitos T CD8 específicos del péptido antigénico en humanos
Se han usado métodos de amplificaciónin vitroy multímeros de pMHC específicos para la identificación de linfocitos T específicos CD22-B1, CD37-B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4. Se generaron multímeros de pMHC para todos los péptidos bacterianos y su respectiva contraparte humana. Se recogieron PBMC de varios donantes sanos de HLA-A*02 (hasta 19 donantes), se enriquecieron después de la selección de CD137 y CD8 y se sometieron a múltiples rondas de amplificaciónin vitrocon linfocitos T2 cargados con péptidos EO2463 para aumentar el número de clones de linfocitos T específicos. La detección de linfocitos T CD8 específicos del péptido OMP mediante el uso del análisis de citometría con el multímero fluorescente se realizó en poblaciones de linfocitos T CD8 enriquecidos
La Figura 17 ejemplifica los resultados obtenidos con un donante sano de HLA-A2. Para este donante, la amplificación celular permite la detección de células específicas MS4A1-B4 (19,7 %), células específicas TNFRSF13C-B1 (13 %), células específicas CD22-B1 (4,6 %) y células específicas CD37-B1 (2,5 %).
En conclusión, estos resultados demuestran la presencia de linfocitos T CD8 en la sangre de donantes sanos de HLA-A2 que pueden reconocer los péptidos derivados del microbioma y, lo que es más importante, también los péptidos homólogos humanos.
3.2 Funciones de citotoxicidad de T CD8 específicos del péptido antigénico
Los linfocitos T CD8+ expandidos según lo anterior se usaron para realizar ensayos citotóxicos en presencia de diferentes relaciones de células diana y efectoras para evaluar su capacidad citotóxica, mediante el uso de la lectura de citometría de flujo. Las células diana fueron líneas celulares T2 cargadas con el péptido bacteriano o el péptido homólogo humano. El control negativo fueron linfocitos T2 descargados y linfocitos T2 cargados con péptido irrelevante. Como se muestra en la Figura 18, el clon de linfocitos T humanos específicos del péptido antigénico expandidoin vitrotiene la capacidad de destruir linfocitos T2 cargados con todos los péptidos bacterianos, CD22-B1, CD37B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4. Más importante aún, los clones de linfocitos T humanos específicos de CD22-B1, CD37B1, TNFRSF13C-B1 y MS4A1-B4 expandidosin vitropudieron destruir linfocitos T2 cargados con el péptido de TNFR13C humano (BAFF-R) o MS4A1 (CD20) cuando se observa reactividad cruzada con la tinción (Figura 17).
En general, estos resultados demuestran la presencia de clones de linfocitos T en voluntarios sanos capaces de reconocer el péptido microbiano y destruir la diana con péptidos microbianos y homólogos humanos. Estos datos son particularmente alentadores ya que los clones de linfocitos T se han obtenido en donantes sanos, por lo que podríamos esperar que los clones de linfocitos T específicos puedan amplificarse eficientemente en pacientes expuestos a la inmunización por los péptidos antigénicos de la invención.
Ejemplo 4: Los péptidos antigénicos adicionales tienen una afinidad superior al alelo HLA-A*0201.
A continuación, se confirmó in vitro la afinidad de unión de varios péptidos antigénicos que se seleccionaron y de los fragmentos de antígenos tumorales humanos correspondientes (péptidos de referencia humanos) al alelo HLA-A*0201.
Específicamente, los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 110 («YIFEHPELL» también denominado en la presente descripción CD22-B1), de la secuencia SEQ ID NO: 107 («LIFEHPERV» también denominado en la presente descripción CD22-B12), y de la secuencia SEQ ID NO: 108 («RVFEHPELV» también denominado en la presente descripción CD22-B13) se compararon con los péptidos humanos de referencia correspondientes derivados de CD22 («WVFEHPETL», SEQ ID NO: 270, también se denomina en la presente descripción CD22-H1). Además, los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 114 («FLAFVPLQL» también denominado en la presente descripción CD37-B1), de la secuencia SEQ ID NO: 119 («ILAFVPLYL» también denominado en la presente descripción CD37-B12), de la secuencia SEQ ID NO: 120 («IMAFVPLAV» también denominado en la presente descripción CD37-B13), de la secuencia SEQ ID NO: 491 («FLAFVPLDV» también denominado en la presente descripción CD37-B14) y de la secuencia SEQ ID NO: 493 («VLAFVPLGV» también denominado en la presente descripción CD37-B15) se compararon con los péptidos humanos de referencia correspondientes derivados de CD37 («GLAFVPLQI», SEQ ID NO: 271, también se denomina en la presente descripción<c>D37-H1). Además, los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 220 («LMFGAPALV» también denominado en la presente descripción TNFRSF13C-B1), de la secuencia SEQ ID NO: 212 («FLFGAPASA» también denominado en la presente descripción TNFRSF13C-B11), de la secuencia SEQ ID NO: 217 («LLFGAPAGV» también denominado en la presente descripción TNFRSF13C-B12), y de la secuencia SEQ iD NO: 224 («VLFGAPAYL» también denominado en la presente descripción TNFRSF13C-B13) se compararon con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de TNFRSF13C («LLFGAPALL», SEQ ID NO: 279, también denominado en la presente descripción TNFRSF13C-H1).
Además, los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 65 («AMNSLSLYI» también denominado en la presente descripción MS4A1-B4), de la secuencia SEQ ID NO: 70 («YMNSLSLAL» también denominado en la presente descripción MS4A1-B42) y de la secuencia SEQ ID NO: 477 («AMNSLSLTV» también denominado en la presente descripción MS4A1-B43) se compararon con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de MS4A1 (también conocido como CD20) («IMNSLSLFA», SeQ ID NO: 264, también denominado en la presente descripción MS4A1-H4).
A. Materiales y métodos
A1. Medición de la afinidad del péptido por la línea celular T2.
El protocolo experimental es similar al que se validó para los péptidos presentados por el HLA-A*0201 (Tourdot y otros, A general strategy to enhance immunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides: implication in the identification of cryptic tumor epitopes. Eur J Immunol. Diciembre de 2000; 30(12):3411-21). La medición de la afinidad de los péptidos se logra con la célula tumoral humana T2 que expresa la molécula HLA-A*0201, pero que es TAP1/2 negativa e incapaz de presentar péptidos endógenos.
Los linfocitos T2 (5104 células por pocillo) se incubaron con concentraciones decrecientes de péptidos de 100 pM a 0,1 pM (4 puntos: 100 pM, 10 pM, 1 pM, 0,1 pM) en medio libre de suero (TexMacs) suplementado con 100 ng/pl de microglobulina p2 a 37 °C durante 16 horas. A continuación, las células se lavaron dos veces y se marcaron con el anticuerpo anti-HLA-A2 acoplado a PE (clon BB7.2, BD Pharmagen).
El análisis se logra mediante FACS (analizador Macsquant 10- Miltenyi).
Para cada concentración de péptido, la media geométrica del marcaje asociado con el péptido de interés se restó del ruido de fondo y se reportó como un porcentaje de la media geométrica del marcaje<h>LA-A*0202 que se obtuvo para el péptido de referencia HIV pol 589-597 en una concentración de 100 pM.
A2. Solubilización de péptidos
Cada péptido se solubiliza teniendo en cuenta la composición de aminoácidos. Para los péptidos que no incluyen cisteína, metionina o triptófano, es posible la adición de DMSO hasta en un 10 % del volumen total. Otros péptidos se resuspenden en agua o PBS pH 7,4.
B. Resultados
Los resultados también se muestran en las Figuras 19 - 22. Para cada uno de los epítopos de referencia humanos probados CD22-H1 (Figura 19), CD37-H1 (Figura 20), TNFRSF13C-H1 (Figura 21) y MS4A1-H4 (Figura 22), el péptido antigénico respectivo de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción muestran una mayor afinidad de unión a HLA-A*0201.
En resumen, los resultados muestran que el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción muestran una afinidad de unión más fuerte a HLA-A*0201 que los fragmentos de antígeno tumoral humano correspondientes. Sin estar ligado a ninguna teoría, se supone que una afinidad de unión tan fuerte del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción refleja su capacidad para generar una respuesta inmunitaria (es decir, su inmunogenicidad).
Claims (18)
1. Un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 65.
2. Una nanopartícula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
3. Una célula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
4. Un ácido nucleico que codifica el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
5. Una célula huésped que comprende el ácido nucleico de acuerdo con la reivindicación 4.
6. Un linfocito T citotóxico (CTL) específico para el péptido antigénico de acuerdo con una reivindicación 1.
7. Una composición farmacéutica que comprende
- el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1,
- la nanopartícula de acuerdo con la reivindicación 2, o
- la célula de acuerdo con la reivindicación 3.
8. La composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 7, en donde la composición comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y al menos un péptido antigénico distinto que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1 - 64, 66 - 257 y 476-500.
9. La composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 8 que comprende tres o cuatro péptidos antigénicos distintos que incluyen el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y dos o tres péptidos antigénicos distintos seleccionados del grupo que consiste en:
- el péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO:
110;
- el péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO:
114; y
- el péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220.
10. La composición farmacéutica de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 7 - 9 que comprende además un péptido auxiliar.
11. La composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 10, en donde el péptido auxiliar consiste en una secuencia de aminoácidos de acuerdo con la SEQ ID NO: 475.
12. La composición farmacéutica de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 7 a 11, en donde la composición comprende:
- el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1;
- el péptido antigénico que consiste en la SEQ ID NO: 110;
- el péptido antigénico que consiste en la SEQ ID NO: 114;
- el péptido antigénico que consiste en la SEQ ID NO: 220; y
- el péptido que consiste en una secuencia de aminoácidos de acuerdo con la SEQ ID NO: 475.
13. La composición farmacéutica de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 7 a 12 que comprende además un adyuvante, en donde el adyuvante es Montanide.
14. Una combinación del péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y un péptido antigénico que consiste en una secuencia de aminoácidos como se establece en una cualquiera de las SEQ ID NO 1 - 64, 66 - 257 y 476 - 500.
15. El péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1,
la nanopartícula de acuerdo con la reivindicación 2,
la célula de acuerdo con la reivindicación 3,
la composición farmacéutica de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 7 a 13, o
la combinación de acuerdo con la reivindicación 14
para su uso en medicina.
16. El péptido antigénico, la composición farmacéutica o la combinación para su uso de acuerdo con la reivindicación 15 en la prevención y/o el tratamiento de una neoplasia maligna de linfocitos B.
17. El péptido antigénico, la composición farmacéutica o la combinación para su uso de acuerdo con la reivindicación 16, en donde la neoplasia maligna de linfocitos B es un linfoma de linfocitos B seleccionado del grupo que consiste en linfoma no Hodgkin (NHL), linfoma difuso de linfocitos B grandes (DLBCL), NOS (de novo y transformado a partir de inactivo), linfoma mediastínico primario de linfocitos B grandes (PMBCL), linfoma de linfocitos T/linfocitos B grandes ricos en histocitos (TCHRBCL), Linfoma de Burkitt, linfoma de células del manto (MCL), linfoma de zona marginal (MZL), y linfoma folicular (FL).
18. Un multímero de péptido-MHC (pMHC) que comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.
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