ES2973364T3 - Biomarcadores para enfermedades neurodegenerativas - Google Patents

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Abstract

La presente divulgación se relaciona con el campo de los biomarcadores y su uso en métodos de diagnóstico y tratamiento de enfermedades neurodegenerativas. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN
Biomarcadores para enfermedades neurodegenerativas
Referencia cruzada a solicitudes relacionadas
La presente solicitud reivindica la prioridad de la solicitud de patente provisional australiana n. ° 2019903434, depositada el 16 de septiembre de 2019.
Campo técnico
La presente descripción se refiere al campo de los marcadores biológicos y su uso en procedimientos para diagnosticar enfermedades neurodegenerativas.
Antecedentes
Las enfermedades neurodegenerativas (EN) como la enfermedad de Alzheimer (EA), la enfermedad de Parkinson (EP), la esclerosis múltiple (EM), la esclerosis lateral amiotrófica (ELA) y la demencia plantean uno de los mayores desafíos de salud de este siglo. Las EN son un conjunto de enfermedades devastadoras y progresivas definidas por la pérdida de neuronas o una disfunción irreversible. Las EN esporádicas son aquellas con causas poco definidas o fisiopatología subyacente, que muestran una variabilidad extrema en la presentación y progresión de la enfermedad. Una importante necesidad insatisfecha es contar con técnicas de diagnóstico sensibles y precisas capaces de detectar precozmente estas EN, y hay una considerable falta de biomarcadores genómicos que permitan su detección con el fin de permitir una intervención temprana para facilitar la mejora de los resultados clínicos.
Joilin Greig y col ("An Overview of MicroRNAs as Biomarkers of ALS", Frontiers in Neurology, vol. 10, 7 de marzo de 2019) divulgan marcadores de microARN de ELA.
Resumen
La presente descripción se basa en el hallazgo sorprendente de que la expresión diferencial de un único biomarcador, hsa-miR-30b-5p se superpone entre la enfermedad de Alzheimer (EA), la enfermedad de Parkinson (EP), la esclerosis múltiple (EM) y la esclerosis lateral amiotrófica (ELA). Los inventores han demostrado que la expresión de hsa-miR-30b-5p está regulada positivamente en el líquido cefalorraquídeo (LCR) de pacientes con ELA. Sobre la base de estos hallazgos, los inventores han desarrollado nuevos procedimientos de diagnóstico de ELA como se define en las reivindicaciones.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para clasificar a un sujeto como que padece una de cuatro enfermedades neurodegenerativas, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsamiR-30b-5p en el sujeto, donde la desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en relación con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene una de cuatro enfermedades neurodegenerativas, donde las cuatro enfermedades neurodegenerativas son esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para reducir la cantidad de enfermedades neurodegenerativas potenciales que padece un sujeto en el diagnóstico de una enfermedad neurodegenerativa, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, donde la desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en relación con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano reduce la cantidad de enfermedades neurodegenerativas potenciales que padece el sujeto a un conjunto limitado de cuatro, donde dicho conjunto limitado de cuatro enfermedades consiste en esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento de selección de un sujeto para el diagnóstico de una de las cuatro enfermedades neurodegenerativas, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, donde la desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en relación con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano indica que el sujeto debe seleccionarse para un diagnóstico adicional como potencialmente afectado por una de las cuatro enfermedades neurodegenerativas, donde las cuatro enfermedades neurodegenerativas consisten en esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para diagnosticar esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson en un sujeto, que comprende medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, en el que la desregulación de la expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para diagnosticar la esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto, que comprende medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, en el que la desregulación de la expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para diagnosticar esclerosis múltiple en un sujeto, que comprende medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, en el que la desregulación de la expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene esclerosis múltiple.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para diagnosticar la enfermedad de Alzheimer en un sujeto, que comprende medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, en el que la desregulación de la expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene la enfermedad de Alzheimer.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para diagnosticar la enfermedad de Parkinson en un sujeto, que comprende medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, en el que la desregulación de la expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene la enfermedad de Parkinson.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona el uso de un único biomarcador para categorizar a un sujeto como que padece una cualquiera o más de un conjunto limitado de cuatro enfermedades neurodegenerativas, donde dicho conjunto limitado de cuatro enfermedades consiste en esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson, y en donde dicho único biomarcador es hsa-miR-30b-5p. El uso puede comprender además medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, donde la desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano indica que el sujeto padece una cualquiera o más de esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson.
En los procedimientos o los usos de la presente descripción, una disminución del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto con respecto a un sujeto sano puede ser indicativo de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson. Este nivel disminuido de expresión puede determinarse en una muestra de fluido corporal tomada del sujeto. Por ejemplo, la disminución del nivel de expresión puede determinarse en una muestra de sangre y/o suero.
Cualquiera de los procedimientos o los usos descritos en esta invención puede comprender medir la expresión de hsamiR-30b-5p en el fluido corporal de un sujeto. El fluido corporal puede ser sangre, suero, plasma, células mononucleares de sangre periférica (CMSP) o líquido cefalorraquídeo (LCR). En un ejemplo, el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p se mide en la sangre del sujeto. El nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p se puede medir en cualquier fluido corporal, excepto en el LCR. Los inventores han determinado que el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p puede disminuir en sangre y/o aumentar en LCR como un indicador de que el sujeto padece ELA. Por lo tanto, en un ejemplo, los procedimientos y usos descritos en esta invención pueden comprender medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el LCR de un sujeto (por ejemplo, en una muestra de LCR derivada del sujeto).
En los procedimientos o los usos de la presente descripción, un nivel aumentado de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto con respecto a un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis múltiple.
La presente invención proporciona un procedimiento para diagnosticar la esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el líquido cefalorraquídeo (LCR) del sujeto, en el que un aumento del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsamiR-30b-5p en el LCR de un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica. El nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el líquido cefalorraquídeo (LCR> se realizará en una muestra que comprende LCR tomada del sujeto.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento para diagnosticar la esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en la sangre del sujeto, donde un nivel disminuido de expresión de hsa-miR-30b-5p en relación con el nivel de expresión de hsamiR-30b-5p en la sangre de un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica. El nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en la sangre se puede realizar en una muestra que comprende sangre extraída del sujeto.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un procedimiento de tratamiento de esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson que comprende administrar a un sujeto un regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p. El regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p puede inhibir la expresión de hsa-miR-30b-5p. Por ejemplo, el regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p reduce el nivel de hsamiR-30b-5p en el líquido cefalorraquídeo (LCR) del sujeto. El procedimiento puede ser un procedimiento para tratar la esclerosis lateral amiotrófica. El regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p puede ser un oligonucleótido antisentido, una esponja de miARN, una máscara de miARN o un inhibidor de ARN pequeño. De manera alternativa, el regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p puede aumentar la expresión de hsa-miR-30b-5p.
Cualquiera de los procedimientos de diagnóstico descritos en esta solicitud puede combinarse con el procedimiento posterior de tratamiento de la EN diagnosticada como se describe en esta solicitud. Los procedimientos de tratamiento no forman parte de la presente invención.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona el uso de un inhibidor de la expresión de hsa-miR-30b-5p en la fabricación de un medicamento para tratar la esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto.
En otro aspecto, la presente descripción proporciona un inhibidor de la expresión de hsa-miR-30b-5p para su uso en el tratamiento de la esclerosis lateral amiotrófica.
El inhibidor puede seleccionarse del grupo que consiste en un oligonucleótido antisentido, una esponja de miARN, una máscara de miARN o un inhibidor de a Rn pequeño.
Breve descripción de los dibujos
Las siguientes figuras forman parte de la presente memoria descriptiva y se incluyen para demostrar adicionalmente determinados aspectos de la presente descripción. La descripción se puede entender mejor con referencia a una o más de estas figuras en combinación con la descripción detallada de realizaciones específicas presentadas en esta invención.
Figura 1. Proporción de miARN expresados diferencialmente de diversas fuentes.
Gráfico circular que muestra la proporción de miARN expresados diferencialmente (ED) derivados de cada fuente en diversos estudios de EN. El 49 % de los miARN ED se registraron en suero, el 27 % en LCR, el 11 % en plasma, el 9 % en CMSP y el 3 % en sangre completa.
Figura 2. Diagrama de Venn de los miARN ED en diferentes compartimentos.
(a)Se analizaron 346 miARN únicos de diversos compartimentos obtenidos de 72 estudios humanos diferentes sobre miARN en EA, EP, ELA (ELA familiar (fELA) y ELA esporádica (sELA)) y EM. No se descubrieron miARN ED en todos estos fluidos y los perfiles de expresión fueron en su mayoría únicos para cada fluido. El mayor cruce existe entre el LCR y el suero,(b)el diagrama de Venn que ilustra las relaciones entre 346 miARN expresados diferencialmente entre diversos EN. hsa-miR-30b-5p fue el único miARN que estaba desregulado en las cuatro enfermedades neurodegenerativas. La mayor superposición fue entre fELA y sELA, ya que estas son variantes clínicas de una sola patología. La siguiente superposición más grande fue entre EA y EP.
Figura 3. Dianas génicas de hsa-miR-30b-5p.
Se identificaron 105 genes para predecir dianas de miARN de al menos dos de 346 miARN que se expresaron diferencialmente en la misma dirección en los estudios. hsa-miR-30b- 5p se dirige a 13 de estos genes. Las vías dirigidas por hsa-miR-30b-5p incluyen la metilación de histonas, la señalización de ERBB2 y wnt, el plegamiento y la ubiquitinación de proteínas, la función mitocondrial en la apoptosis y la necroptosis, y el transporte de iones.
Figura 4. Funciones de las dianas del gen hsa-miR-30b-5p
Resultados del análisis de enriquecimiento de conjunto de genes (GSEA) de dianas de hsa-miR-30b-5p previstas. Las vías en gris son vías que están implicadas en la enfermedad neurodegenerativa.
Figura 5. miARN con mayor expresión en pacientes con ELA.
La expresión de 11 miARN que incluyen hsa-miR-30b-5p aumenta significativamente en el LCR de pacientes con ELA.
Figura 6. Análisis de componentes principales (ACP) de la expresión de hsa-miR-30b-5p en el LCR de pacientes con ELA.
El ACP de la expresión de hsa-miR-30b-5p muestra segregación entre pacientes con ELA (muestra 3, 4, 6, 8 y 9) y pacientes sanos (muestra 1, 2, 5, 7 y 10).
Figura 7. miARN con expresión diferencial en los pacientes con ELA plasmática.
Expresión diferencial de cinco miARN que incluyen hsa-miR-30b-5p en el plasma de pacientes con ELA.
Figura 8. Análisis de componentes principales (ACP) de la expresión de hsa-miR-30b-5p en el plasma de pacientes con ELA.
El ACP de la expresión de hsa-miR-30b-5p muestra segregación entre pacientes con ELA (muestras 2, 3, 5, 6 y 7) y pacientes sanos (muestras 1 y 4).
Figura 9. Diagrama de Venn que no muestra miARN superpuestos entre los que se predice que interactúan con genes expresados diferencialmente (GED) regulados a la baja y GED regulados al alza.La palabra "cogmiR" es una contracción de "miARN cognado".
Clave para el listado de secuencias
SEQ ID NO: 1 Secuencia de nucleótidos para un hsa-miR-30b-5p humano de referencia.
SEQ ID NO: 2 Inhibidor de miR-30b-5p ejemplar.
Descripción Detallada
Técnicas y definiciones generales
A menos que se defina específicamente lo contrario, se considerará que todos los términos técnicos y científicos usados en esta invención tienen el mismo significado que entiende comúnmente un experto en la técnica (por ejemplo, en genómica, inmunología, biología molecular, inmunohistoquímica, bioquímica, oncología y farmacología).
La presente descripción se realiza sin experimentación indebida utilizando, a menos que se indique lo contrario, técnicas convencionales de biología molecular, microbiología, tecnología de ADN recombinante e inmunología. Dichos procedimientos se describen, por ejemplo, en Sambrook, Fritsch & Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, New York, Cuarta Edición (2012), todos los Vol. I, II, y III; DNA Cloning: A Practical Approach, Vol. I y II (D. N. Glover, Segunda Edición., 1995), IRL Press, Oxford, texto completo; Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach (M. J. Gait, ed. 1984) IRL Press, Oxford, texto completo, y particularmente los artículos en el mismo de Gait, ppl-22; Atkinsony col,pp35-81; Sproaty col,pp. 83-115; y Wuy col,pp 135-151; 4. Nucleic Acid Hybridization: A Practical Approach (B. D. Hames & S. J. Higgins, eds., 1985) IRL Press, Oxford, texto completo; Immobilized Cells and Enzymes: A Practical Approach (1986) IRL Press, Oxford, texto completo; Perbal, B., A Practical Guide to Molecular Cloning (1984) y Methods In Enzymology (S. Colowick y N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.), serie completa.
Los expertos en la materia apreciarán que la presente descripción es susceptible de variaciones y modificaciones distintas de las descritas específicamente.
La presente descripción no está limitada por el alcance de las realizaciones específicas descritas en esta invención, que pretenden ser únicamente a modo de ejemplo. Los productos, composiciones y procedimientos funcionalmente equivalentes están claramente dentro del alcance de la descripción, tal y como se describe en esta invención. El alcance de la invención viene definido por las reivindicaciones adjuntas.
Cada característica de cualquier aspecto o realización particular o realización de la presente descripción puede aplicarsemutatis mutandisa cualquier otro aspecto o realización o realización de la presente descripción.
A lo largo de esta memoria descriptiva, a menos que se indique específicamente lo contrario o el contexto requiera lo contrario, se considerará que la referencia a una sola etapa, composición de materia, grupo de etapas o grupo de composiciones de materia abarca una y una pluralidad (es decir, una o más) de esas etapas, composiciones de materia, grupos de etapas o grupo de composiciones de materia. Como se usa en esta solicitud, las formas en singular de «un», «y» y «el» incluyen formas en plural de estas palabras, a menos que el contexto indique claramente lo contrario. Por ejemplo, una referencia a "una bacteria" incluye una pluralidad de tales bacterias, y una referencia a "un alérgeno" es una referencia a uno o más alérgenos.
El término "y/o", por ejemplo, "X y/o Y" se entenderá que significa "X e Y" o "X o Y" y se tomará para proporcionar apoyo explícito para ambos significados o para cualquier significado.
A lo largo de esta especificación, se entenderá que la palabra "comprende" o variaciones tales como "comprendiendo" o "que comprende" implican la inclusión de un elemento, número entero o etapa indicado, o grupo de elementos, números enteros o etapas, pero no la exclusión de cualquier otro elemento, número entero o etapa, o grupo de elementos, números enteros o etapas.
hsa-miR-30b-5p
Se ha demostrado que hsa-miR-30b-5p es muy abundante en el neocórtex humano junto con otros miembros de la familia de miARN-30 (Lukiwy col.,2013). Además, también se ha demostrado que hsa-miR-30b-5p se correlaciona con los ovillos neurofibrilares en el LCR de pacientes con EA y EP, junto con un ajuste significativo en las etapas de aumento de la densidad de la placa (Burgosy col.,2014). La secuencia de hsa-miR-30b-5p está disponible públicamente. Una secuencia ejemplar es 5'-UGUAAACAUCCUACACUCAGCU-3' (SEQ ID NO: 1). La ubicación cromosómica de hsa-miR-30b-5p se ha descrito como NC_000008.ll (134800520. 134800607, complemento). Una secuencia de ejemplo de la secuencia semilla(seed sequence)de hsa-miR-30b-5p es 5'-GUAAACA-3'.
Sorprendentemente, los inventores han descubierto que hsa-miR-30b-5p está desregulado en las cuatro enfermedades neurodegenerativas, esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson. Además, hsa-miR-30b-5p está involucrado en algunas de las vías más relevantes que subyacen a la neurodegeneración y, por lo tanto, puede cumplir una función útil como biomarcador. Por lo tanto, en esta invención se describen nuevos procedimientos de clasificación de sujetos, procedimientos de diagnóstico de enfermedades neurodegenerativas y procedimientos para tratar enfermedades neurodegenerativas.
El experto en la materia apreciará que el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p se puede medir por cualquier medio. En la técnica se conocen medios adecuados para determinar el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p. Por ejemplo, véase Zhang, L., Jia, X. “Down-regulation of miR-30b-5p protects cardiomyocytes against hypoxia-induced injury by targeting Aven.”Cell Mol Biol Lett24, 61 (2019).
La desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano puede ser indicativa de que el sujeto padece una cualquiera o más de esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson.
La medición del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto está dentro de los medios de un experto en la materia. Según los procedimientos de la presente descripción, el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p puede medirse mediante qPCR o mediante sec. de ARN o mediante el uso de cebadores o sondas que se unen a hsa-miR-30b-5p. Los cebadores adecuados pueden ser preparados por un experto en la materia. Véase, por ejemplo, los cebadores directos e inversos hsa-miR-30b-5p descritos en Zhang, L., Jia, X.Cell Mol Biol Lett24, 61 (2019). El nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto se puede comparar con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano mediante cualquier procedimiento conocido en la técnica.
La expresión de hsa-miR-30b-5p se puede medir en una muestra biológica tomada del sujeto, por ejemplo, en los fluidos corporales del sujeto. Por lo tanto, el fluido corporal puede ser sangre, suero, plasma, CMSP o líquido cefalorraquídeo (LCR). En un ejemplo, el fluido corporal es sangre. En otro ejemplo, el fluido corporal es LCR. Cualquiera de los procedimientos descritos en esta solicitud puede comprender una etapa de tomar una muestra biológica de un sujeto y determinar el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en la muestra.
El experto en la materia entenderá que la "desregulación del nivel de la expresión de" puede determinarse comparando el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto y comparándolo con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano o con un nivel de referencia que sea indicativo del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano. Por lo tanto, cualquiera de los procedimientos descritos en esta invención puede comprender una etapa para establecer un nivel de referencia de expresión de hsa-miR-30b-5p. Alternativamente, cualquiera de los procedimientos descritos en esta solicitud puede comprender una etapa de comparación de una medición de la expresión de hsa-miR-30b-5p con un nivel de referencia predeterminado. A continuación, se pueden determinar los niveles umbral adecuados de acuerdo con la metodología particular utilizada para medir la expresión de hsa-miR-30b-5p, cuyos niveles umbral pueden establecer una diferencia significativa en la expresión de hsa-miR-30b-5p y un control sano, siendo dicha diferencia indicativa de la desregulación de hsa-miR-30b-5p en el sujeto. Se apreciará que los niveles de umbral precisos variarán dependiendo de las muestras utilizadas para establecer esos niveles de umbral y de acuerdo con la metodología analítica particular utilizada en cada caso. Un nivel "disminuido" de expresión de hsa-miR-30b-5p es un nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p que es menor en relación con el nivel de referencia de expresión de hsa-miR-30b-5p. Por el contrario, un nivel "aumentado" de expresión de hsa-miR-30b-5p es un nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p que es mayor que el nivel de referencia de expresión de hsa-miR-30b-5p. El nivel "normal" de expresión de hsa-miR-30b-5p o el nivel de referencia de expresión de hsa-miR-30b-5p se puede determinar seleccionando cualquier muestra biológica adecuada a partir de la cual derivar el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un estado sin enfermedad. La muestra biológica puede ser o puede comprender un fluido corporal. El fluido corporal puede ser sangre, suero, plasma, CMSP o líquido cefalorraquídeo (LCR). Por ejemplo, el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p puede medirse en LCR. La muestra biológica puede someterse a cualquier paso de pretratamiento adecuado antes de realizar la medición, con el fin de mejorar la precisión y/o eficiencia de la medición.
En este documento también se describe un kit para determinar el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto. En un ejemplo, el kit comprende uno o más reactivos configurados específicamente para determinar un nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto. El uno o más reactivos configurados para determinar un nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto pueden ser cebadores o sondas para qPCR para determinar el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p. Por lo tanto, el kit puede comprender uno o más cebadores de amplificación que se unen específicamente a hsa-miR-30b-5p.
Procedimientos de diagnóstico y/o tratamiento de enfermedades neurodegenerativas y selección de sujetos
Los inventores han demostrado sorprendentemente por primera vez que la desregulación en el nivel de expresión de un único biomarcador, hsa-miR-30b-5p es indicativa de que un sujeto padece una de cuatro enfermedades neurodegenerativas. Las cuatro enfermedades neurodegenerativas son la esclerosis lateral amiotrófica, la esclerosis múltiple, la enfermedad de Alzheimer y la enfermedad de Parkinson. Por consiguiente, la presente descripción proporciona procedimientos para seleccionar y/o diagnosticar y/o tratar la esclerosis lateral amiotrófica (ELA), la esclerosis múltiple (EM), la enfermedad de Alzheimer (EA) o la enfermedad de Parkinson (EP) en un sujeto. Además, los inventores han demostrado que existe una mayor expresión de hsa-miR-30b-5p en el LCR de sujetos que padecen ELA. En cualquiera de los procedimientos descritos en esta solicitud, el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p puede indicar el grado de progresión de la enfermedad en el sujeto. Como resultado, los procedimientos descritos en esta invención pueden comprender además una etapa de determinación de la probabilidad de progresión de la enfermedad en función del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p.
Como se usa en esta solicitud, el término "sujeto" se refiere a cualquier animal, por ejemplo, un animal mamífero, que incluye, pero no se limita a, humanos, primates no humanos, ganado (por ejemplo, ovejas, caballos, ganado vacuno, cerdos, burros), animales de compañía (por ejemplo, mascotas como perros y gatos), animales de prueba de laboratorio (por ejemplo, ratones, conejos, ratas, cobayas), animales de rendimiento (por ejemplo, caballos de carreras, camellos, galgos) o animales salvajes en cautiverio. En una realización, el "sujeto" es un ser humano. Típicamente, los términos "sujeto" y "paciente" se usan indistintamente, particularmente en referencia a un sujeto humano. El experto en la materia entenderá que, como se usa en esta invención, "el sujeto" es el sujeto de prueba y un "sujeto sano" es un sujeto de control que no padece esclerosis lateral amiotrófica (ELA), esclerosis múltiple (EM), enfermedad de Alzheimer (EA) o enfermedad de Parkinson (EP).
En un ejemplo, la presente descripción proporciona un procedimiento para clasificar a un sujeto como que padece una de cuatro enfermedades neurodegenerativas, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsamiR-30b-5p en el sujeto, donde la desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en relación con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene una de cuatro enfermedades neurodegenerativas, donde las cuatro enfermedades neurodegenerativas son esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson.
En otro ejemplo, la presente descripción proporciona un procedimiento para reducir el número de enfermedades neurodegenerativas potenciales que padece un sujeto en el diagnóstico de una enfermedad neurodegenerativa, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, donde la desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano reduce el número de enfermedades neurodegenerativas potenciales que padece el sujeto a un conjunto limitado de cuatro, donde dicho conjunto limitado de cuatro enfermedades consiste en esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson.
En otro ejemplo, la presente descripción proporciona un procedimiento para seleccionar un sujeto para el diagnóstico de una de cuatro enfermedades neurodegenerativas, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, donde la desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en relación con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano indica que el sujeto debe seleccionarse para un diagnóstico adicional como potencialmente afectado por una de las cuatro enfermedades neurodegenerativas, donde las cuatro enfermedades neurodegenerativas consisten en esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson.
En otro ejemplo, la presente descripción proporciona un procedimiento para diagnosticar esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson en un sujeto, que comprende medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto, en el que la desregulación de la expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson. Por ejemplo, el procedimiento puede ser un procedimiento de diagnóstico de esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en la sangre del sujeto, en el que un nivel disminuido de expresión de has-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en la sangre de un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica.
En una realización, se proporciona un procedimiento para diagnosticar esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson en un sujeto, que comprende medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto y compararlo con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano, donde la desregulación de la expresión de hsa-miR-30b-5p es indicativa de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson.
En una realización, un nivel disminuido de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto con respecto a un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson.
En otra realización, un nivel aumentado de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto con respecto a un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis múltiple.
El nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p se puede medir en el fluido corporal de un sujeto. Los ejemplos de fluidos corporales adecuados incluyen, pero no se limitan a, sangre, suero, plasma, CMSP o LCR. En una realización, el fluido corporal es LCR.
En otro ejemplo, la presente descripción proporciona el uso de un único biomarcador para categorizar a un sujeto como que padece una cualquiera o más de un conjunto limitado de cuatro enfermedades neurodegenerativas, en donde dicho conjunto limitado de cuatro enfermedades consiste en esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson, y en donde dicho único biomarcador es hsa-miR-30b-5p. Se puede medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p. La desregulación del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p con respecto al nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en un sujeto sano puede ser indicativa de que el sujeto padece una cualquiera o más de esclerosis lateral amiotrófica, esclerosis múltiple, enfermedad de Alzheimer y enfermedad de Parkinson.
El experto en la materia entenderá que una disminución del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto con respecto a un sujeto sano es indicativa de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica, enfermedad de Alzheimer o enfermedad de Parkinson. El experto en la materia también entenderá que un mayor nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el sujeto en relación con un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis múltiple.
Como se usan en esta solicitud, los términos "tratar", "tratando" o "tratamiento" y variaciones de los mismos, se refieren a una intervención clínica diseñada para alterar el curso natural del individuo o célula que se está tratando durante el curso de la patología clínica. Los efectos deseables del tratamiento incluyen la disminución de la tasa de progresión de la enfermedad, la mejora o paliación del estado de la enfermedad y la remisión o la mejora del pronóstico. Como se usa en esta invención, se entenderá que el término "mejorado" significa disminución de la mortalidad, aumento de la magnitud de la respuesta, disminución del tiempo de tratamiento, disminución de la progresión de la enfermedad, disminución de los síntomas patológicos para el paciente.
En un ejemplo, la presente descripción proporciona un procedimiento para tratar la esclerosis lateral amiotrófica, la esclerosis múltiple, la enfermedad de Alzheimer o la enfermedad de Parkinson, que comprende administrar a un sujeto un regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p. El regulador puede aumentar la expresión de hsa-miR-30b-5p. De manera alternativa, el regulador puede inhibir la expresión de hsa-miR-30b-5p. Por lo tanto, el regulador puede ser un inhibidor de la expresión de hsa-miR-30b-5p. Ejemplos adecuados de reguladores incluyen, pero no se limitan a, un oligonucleótido antisentido, una esponja de miARN, una máscara de miARN o un inhibidor de ARN pequeño. El regulador puede reducir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el fluido corporal del sujeto, por ejemplo, en la sangre, suero, plasma, CMSP o líquido cefalorraquídeo (LCR) del sujeto.
El experto en la materia entenderá que cuando se aumenta la expresión de miARN30b-5p, se puede administrar un inhibidor de la expresión de hsa-miR-30b-5p al sujeto para disminuir la expresión de hsa-miR-30b-5p. Por el contrario, cuando la expresión de hsa-miR-30b-5p disminuye, se puede administrar un regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p al sujeto para aumentar la expresión de hsa-miR-30b-5p.
Los procedimientos descritos en esta invención pueden ser un procedimiento para tratar la esclerosis lateral amiotrófica. Por lo tanto, en un ejemplo, el procedimiento puede ser un procedimiento para tratar la esclerosis lateral amiotrófica, que comprende administrar a un sujeto un regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p, en el que el regulador de la expresión de hsa-miR-30b-5p reduce el nivel de hsa-miR-30b-5p en el líquido cefalorraquídeo del sujeto.
En la presente se describe el uso de un inhibidor de la expresión de hsa-miR-30b-5p en la fabricación de un medicamento para tratar la esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto. En la presente invención también se describe un inhibidor para su uso en el tratamiento de la esclerosis lateral amiotrófica. Se puede usar cualquier inhibidor adecuado para inhibir la expresión de hsa-miR-30b-5p. El inhibidor puede dirigirse a una secuencia semilla(seed sequence)de hsa-miR-30b-5p. La inhibición de la expresión de hsa-miR-30b-5p por el inhibidor puede ser parcial o completa. La inhibición puede ser evidente con respecto al sujeto en el que la expresión de hsa-miR-30b-5p no se ha inhibido. En la técnica se conocen procedimientos para diseñar inhibidores adecuados. Algunos ejemplos adecuados de inhibidores incluyen, pero no se limitan a, ADN (ADNg, ADNc), ARN (ARN sentido, ARN antisentido, ARNm, ARNt, ARNr, ARN interferente pequeño (ARNip), ARN de horquilla corta (ARNhc), microARN (miARN), ARN nucleolar pequeño (ARNsno), ARN nuclear pequeño (ARNnp), ribozimas, aptámeros, ADNzimas, oligonucleótidos antisentido, vectores, plásmidos, otros complejos de tipo ribonucleasa, esponjas de miARN, máscaras de miARN, inhibidores de ARN pequeño y mezclas de los mismos. La secuencia de hsa-miR-30b-5p está disponible públicamente y se puede utilizar para diseñar inhibidores adecuados mediante procedimientos conocidos en la técnica. Una secuencia de nucleótidos de referencia de hsa-miR-30b-5p se proporciona en la SEQ ID NO: 1. Por ejemplo, véase Zhang, L., Jia, X. “Down-regulation of miR-30b-5p protects cardiomyocytes against hypoxia-induced injury by targeting Aven.”Cell Mol Biol Lett24, 61 (2019), que describe el uso del inhibidor de miR-30b-5p AGAACAGUGAAAUUUCCAGUCC (SEQ ID NO: 2). En la técnica se conocen medios de introducción de los inhibidores en el sujeto.
El medicamento también puede incluir excipientes o agentes tales como disolventes, diluyentes, medios de dispersión, recubrimientos, agentes antibacterianos y antifúngicos, agentes isotónicos y retardantes de la absorción y similares que son fisiológicamente compatibles y no son perjudiciales para el inhibidor como se describe en esta invención o su uso. En la técnica se conoce bien el uso de tales portadores y agentes para preparar composiciones de sustancias farmacéuticamente activas (véase, por ejemplo, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21a Edición; Lippincott Williams & Wilkins: Filadelfia, PA, 2005).
El medicamento incluye aquellos para administración oral, rectal, nasal, tópica (incluyendo bucal y sublingual), parenteral (incluyendo intramuscular, intraperitoneal, subcutánea e intravenosa), o en una forma adecuada para administración por inhalación o insuflación.
El inhibidor de la expresión de hsa-miR-30b-5p, junto con un adyuvante, portador o diluyente convencional, se puede colocar en forma de composiciones farmacéuticas y dosis unitarias de las mismas, y en dicha forma se puede emplear como sólidos, tales como comprimidos o cápsulas llenas, o líquidos como soluciones, suspensiones, emulsiones, elixires o cápsulas llenas con los mismos, todos para uso oral, o en forma de soluciones inyectables estériles para uso parenteral (incluyendo subcutáneo).
El medicamento para la administración de los inhibidores de la presente descripción se puede presentar convenientemente en forma de dosificación unitaria y se puede preparar mediante cualquiera de los procedimientos ampliamente conocidos en la técnica de la farmacia.
El medicamento y los procedimientos descritos en esta invención pueden comprender además otros compuestos terapéuticamente activos que generalmente se aplican en el tratamiento de los trastornos o afecciones descritos. La selección de los agentes apropiados para su uso en la terapia de combinación puede ser realizada por un experto en la materia, de acuerdo con los principios farmacéuticos convencionales. La combinación de agentes terapéuticos puede actuar sinérgicamente para efectuar el tratamiento o la prevención de los diversos trastornos o afecciones descritos en esta invención. Usando este enfoque, uno puede ser capaz de lograr eficacia terapéutica con dosis más bajas de cada agente, reduciendo así el potencial de efectos secundarios adversos.
Cuando se emplean otros agentes terapéuticos en combinación con los descritos en esta invención, se pueden usar, por ejemplo, en cantidades como se indica en la Referencia del Escritorio del Médico (PDR -Physician’s Desk Reference)o como lo determine de otro modo un experto en la materia.
Sin embargo, se entenderá que el nivel de dosis específico y la frecuencia de dosificación para cualquier sujeto particular pueden variar y dependerán de una variedad de factores que incluyen la actividad del compuesto específico empleado, la estabilidad metabólica y la duración de la acción de ese compuesto, la edad, el peso corporal, la salud general, el género, la dieta, el modo y el tiempo de administración, la tasa de excreción, la combinación de fármacos, la gravedad de la afección particular y el sujeto que se somete a terapia.
Los inhibidores o medicamentos descritos en esta solicitud pueden administrarse a un sujeto por cualquier medio adecuado.
Ejemplos
Ejemplo 1. Expresión diferencial de miARN en enfermedades neurodegenerativas
Para determinar la expresión en el fluido corporal de los miARN que se han implicado en la enfermedad de Alzheimer (EA), la enfermedad de Parkinson (EP), la esclerosis lateral amiotrófica (ELA) y la esclerosis múltiple, se construyó una base de conocimiento realizando múltiples búsquedas bibliográficas utilizando varias permutaciones y combinaciones de términos de búsqueda que abarcan la E<a>, la EP, la ELA o la EM en las plataformas NCBI, Pubmed y Google Scholar. Los términos de búsqueda utilizados fueron "biomarcador de miARN (EA, EP, ELA o EM)" en las plataformas NCBI, Pubmed y Google Scholar. Se incluyó cualquier informe de expresión diferencial de miARN en un fluido corporal o ccll/particlc circulante, siempre que el estudio se realizara en sujetos humanos. Los estudios incluidos en la base de conocimientos se remontan a 2011. La base de conocimiento resultante abarcó 599 informes de expresión diferencial de miARN de 72 estudios diferentes. Hubo un total de 347 entradas de miARN únicas en la base de conocimiento y se registraron 253 miARN más de una vez. Los miARN registrados más de una vez fueron i) evidencia corroborante de la expresión de miARN en una sola EN, ii) evidencia conflictiva de la expresión de miARN en una sola EN o iii) evidencia de desregulación de miARN en múltiples EN. Los 347 miARN que se incluyeron en la base de datos de conocimiento se consideraron estadísticamente significativos por diferentes estudios en términos depy valor de tasa de descubrimiento falso (FDR) (valor de P ajustado <0,05, FDR<0,05) y el tamaño del cambio (>2 o <-2). Todos los estudios incluidos en la construcción de la base de datos de conocimientos se eligieron en función de estos criterios, incluido que se realizaron en humanos con grupos enfermos diagnosticados adecuadamente, y con la inclusión de grupos de control apropiados de poblaciones sanas como comparadores.
Es evidente a partir de los estudios que los miARN se derivaron de diversos compartimentos tales como sangre, leucocitos, sangre completa, CMSP, plasma, suero, exosomas y LCR (Figura 1). En todos los estudios incluidos, se identificó un total de 346 miARN únicos como expresados diferencialmente (ED) en ELA, EA, EP y EM. De los 598 informes de expresión diferencial, 347 informaron regulación a la baja, mientras que 251 informaron regulación al alza de miARN en diferentes compartimentos que se muestran en la Figura 1. Como se desprende de la Figura 1, el 49 % de estos miARN se analizaron del compartimento sérico, el 28 % del LCR, el 11 % del plasma, el 9 % de las CMSP y el resto provino de sangre total. Curiosamente, alrededor del 17 % de los miARN se encontraron dentro de estructuras membranosas, ya sea en exosomas u otros tipos de células circulantes. Las similitudes y diferencias funcionales entre los miARN derivados de células frente a los derivados de biofluidos no se han analizado previamente en este detalle, especialmente en el contexto de las EN.
La ausencia de superposiciones generalizadas entre diferentes fluidos corporales y miARN celulares como se muestra en la Figura 2a fue notable a partir del análisis acumulativo de miARN de todos los compartimentos. Sin embargo, se observaron superposiciones intercompartimentales. Además, la especificidad de miARN para cada compartimento también fue evidente con 46 % de miARN específico para plasma (26/56); 63 % para suero (118/185); 47 % para sangre (9/19); 59 % para LCR (78/132) y 57 % para glóbulos blancos (W<b>C, 31/54) (Figura 2a). Además, cuando se visualizaron las relaciones intercompartimentales, el mayor número de miARN se compartió entre el plasma, el suero y el LCR, y en menor grado entre el plasma, la sangre y los glóbulos blancos, sorprendentemente sin superposiciones entre la sangre y los glóbulos blancos. Esto podría atribuirse a varias razones, como: i) solo se han realizado tres estudios sobre sangre en lugar de varios sobre glóbulos blancos; ii) los nuevos miARN que aún no tienen anotaciones funcionales asignadas no se incluyen en este análisis. No obstante, la diferencia entre las células sanguíneas y los glóbulos blancos es interesante, y si hay distintos miARN específicos para los glóbulos blancos, pueden tener un papel importante en la defensa inmunitaria y en la lucha contra las infecciones.
Las relaciones lógicas entre los miARN en diferentes EN se examinaron y se visualizaron de forma acumulativa en un diagrama de Venn (Figura 2b). La mayoría de los miARN ED mostraron cuatro patrones de expresión diferentes: i) miARN de expresión específicos de la enfermedad, ii) miARN que se superponen entre dos EN, iii) miARN que se superponen entre tres En diferentes y iv) intersecciones de expresión en las cuatro EN como se muestra en el diagrama de Venn (Figura 2b). Estos patrones de expresión mostraron una regulación al alza y a la baja en todas las EN, siendo la preponderancia de la regulación a la baja la característica principal de la expresión de miARN en todas las EN (58 % regulada a la baja). Aunque es muy complejo delinear la relevancia biológica funcional de los miARN en los fluidos corporales en comparación con el miARN celular en el contexto de las EN, los datos que se muestran en la Figura 2b implican que, a pesar de algunas superposiciones entre diferentes EN, había miARN únicos para cada EN (1 para fELA, 13 para<s>EL<a>, 42 para EP, 131 para EA y 28 para EM, respectivamente). Por lo tanto, las entidades específicas de la enfermedad también pueden tener una relevancia funcional considerable. Solo se identificó una especie de miARN que se expresó diferencialmente en las cuatro EN. hsa-miR-30b-5p se expresó diferencialmente en las cuatro EN. Esta es la primera evidencia de una especie de miARN que unifica las cuatro EN (Figura 2b) y es un biomarcador, ya que abarca algunas de las vías más relevantes que subyacen a la neurodegeneración. También se ha demostrado que este miARN es muy abundante en el neocórtex humano junto con otros miembros de la familia miR-30. Además, también se ha demostrado que hsa-miR-30b-5p se correlaciona con los ovillos neurofibrilares en el LCR de pacientes con EA y EP, junto con un ajuste significativo en las etapas de aumento de la densidad de la placa (Burgosy col.,2014).
Ejemplo 2. Superposición generalizada de hsa-miR-30b-5p en enfermedades neurodegenerativas
Aunque hsa-miR-30b-5p se expresó diferencialmente en las cuatro EN perfiladas en este estudio, no se expresó diferencialmente en la misma dirección en las cuatro EN (Tabla 1). Este miARN se reguló a la baja con mayor frecuencia en suero o plasma a través de ELA, EA y EP. Curiosamente, hsa-miR-30b-5p se reguló positivamente en pacientes con EM tanto en plasma como en CMSP. La relevancia funcional de hsa-miR-30b-5p es significativa, ya que se expresa diferencialmente en las cuatro EN, por lo que es probable que sea funcionalmente relevante. Por lo tanto, los inventores buscaron sus dianas génicas afines utilizando DianaTools e identificaron vías KEGG donde se enriquecen estas dianas génicas. De los 105 genes que se predijo que serían dirigidos por al menos dos de los 346 miARN identificados como expresados diferencialmente, 13 fueron identificados como dirigidos por hsa-miR-30b-5p (Figura 3) Las vías KEGG se analizaron para determinar su relevancia para las enfermedades y procedimientos neurodegenerativos con el fin de derivar su relevancia funcional en el contexto de las cuatro EN.
El examen de las anotaciones de la vía KEGG para hsa-miR-30b-5p mostró que no solo se superponía entre las cuatro EN, sino que también podía dirigirse a genes en múltiples vías relevantes para la neurodegeneración en los EN (Figura 4).
Tabla 1 Ex resión de miembros de la familia miR-30
Aunque solo hsa-miR-30b-5p se superpuso entre EN, se investigó más a fondo la posible importancia funcional y la participación de otros miembros de la familia miR-30 (hsa-miR-30b-5p, 30d-5p, 30c-p, 30e-5p, 30a-5p, 30c-2-3p y 30a-3p) en enfermedades neurodegenerativas. El análisis de mapa de calor se usó para identificar genes que están regulados por los miembros de la familia miR-30.
El análisis del mapa de calor se realizó utilizando las herramientas DIANA MirPath V3 (Vlachos,y col.,2015). La visualización comparativa y acumulativa de los miembros de la familia miR-30 mostró diferencias críticas entre ellos: hsa-miR-30b-5p, 30d-5p, 30c-p, 30e-5p y 30a-5p se dirigen colectivamente a la vía de biosíntesis de ácidos grasos, el miR-30c-2-3p se dirige a genes en la vía de la enfermedad priónica, y miR30a-3p se dirige tanto a la interacción del prión como del receptor de la ECM, lo que implica una división del trabajo entre las especies de miARN -5p y -3p a nivel de sus dianas afines. Parece que la familia miR-30 en su conjunto es funcionalmente versátil y, por lo tanto, puede desempeñar un papel crítico en la neurodegeneración.
Ejemplo 3. Expresión de hsa-miR-30b-5p en pacientes con ELA
Perfil de miARN
El perfil de biomarcadores de miARN se realizó en muestras de plasma total y muestras de líquido cefalorraquídeo (LCR) obtenidas de siete pacientes con ELA y dos pacientes de control sanos utilizando el ensayo de miARN mSMRT-qPCR (MIRXES) en un flujo de trabajo altamente controlado. El procedimiento de perfilado de miARN se realizó en las siguientes fases: (i) Se extrajo ARN de muestras de plasma total o muestras de LCR (hasta 200 j l) utilizando el plasma y suero de miARN Maxwell® RSC (Promega, Wisconsin, Estados Unidos) en un instrumento Maxwell® RSC 48; (ii) se añadió un conjunto de tres ARN de control de adición patentados (~20 nt, MIRXES) con secuencias distintas de los miARN humanos maduros anotados (versión 21 de miRbase) en el tampón de lisis de muestras antes del aislamiento de ARN; (iii) los niveles cuantificados de los ARN de control de adición se utilizaron para normalizar la eficiencia del flujo de trabajo (que incluía el aislamiento de ARN y el posterior procedimiento de RT-qPCR); (iv) los miARN aislados se transcribieron inversamente realizados en el sistema de qPCR de 384 pocillos QuantStudio 5 utilizando cebadores de RT específicos de miARN según las instrucciones del fabricante (MiRXES); (v) una dilución en serie de 6 logaritmos de plantillas sintéticas para cada miARN y un control tardío sin temp se transcribieron inversamente al mismo tiempo; (vi) la muestra y los ADNc se preamplificaron a través de una reacción de PCR de 15 ciclos realizada en el sistema de qPCR QuantStudio 5384-well utilizando pooles de aumento (MiRXES). En cada muestra de ADNc amplificado, se midió un total de 362 miARN candidatos mediante qPCR utilizando ensayos de qPCR específicos de miARN (MIRXES), con réplicas técnicas en el sistema de qPCR de 384 pocillos ViiA7 (Applied Biosystems) y el sistema de qPCR de 384 pocillos QuantStudio 5 (Applied Biosystems). Al completar el perfilado, los valores del ciclo umbral sin procesar (Ct) se determinaron utilizando el software ViiA™ 7 (sistema de qPCR de 384 pocillos ViiA7) y el software de diseño y análisis QuantStudio™ (sistema de qPCR de 384 pocillos QuantStudio 5) RUO con configuración de línea de base automática y un umbral de 0.4 y se determinaron los números de copia absolutos de cada miARN mediante la interpolación de los valores de Ct con los de las curvas estándar de miARN sintético y se ajustaron para la eficiencia de RT-qPCR. Las variaciones técnicas introducidas durante el aislamiento del ARN y el procedimiento de RT-qPCR se normalizaron utilizando los ARN de control de adición.
Cuantificación del nivel de miARN
Usando las curvas estándar derivadas de miARN sintético, se procesaron los valores de Ciclos hasta el Umbral (Ct) sin procesar y se determinaron los números de copias absolutos de los miARN diana en cada muestra mediante interpolación. Los datos de qPCR sin procesar se normalizaron en dos etapas. En primer lugar, se realizó la normalización técnica para corregir las variaciones técnicas introducidas durante el aislamiento del ARN y la RT-qPCR. Esto se hizo usando el control de enriquecimiento. A continuación, se realizó la normalización global para igualar la distribución de la expresión de miARN en las muestras.
Análisis estadístico
Las comparaciones entre grupos de los niveles de miARN se realizaron utilizando la prueba no paramétrica de suma de rangos de Wilcoxon de una cola. Se utilizó un valor de corte p de 0,05.
Resultados
hsa-miR-30b-5p mostró niveles de expresión más altos estadísticamente significativos en el LCR de los siete pacientes con ELA en comparación con los dos pacientes de control sanos (Figura 5). Esta diferencia en la expresión en el LCR de hsa-miR-30b-5p también fue evidente en el análisis de componentes principales (ACP) (Figura 6), que mostró una buena segregación entre pacientes con ELA y sanos. Estos resultados contrastan con las disminuciones informadas previamente en hsa-miR-30b-5p detectadas en muestras de suero en pacientes con ELA (Tabla 1 anterior). hsa-miR-30b-5p mostró niveles de expresión más bajos estadísticamente significativos en el plasma de los siete pacientes con ELA en comparación con los dos pacientes de control sanos (Figuras 7 y 8). Por lo tanto, la presente descripción proporciona un medio novedoso para identificar pacientes con ELA mediante la determinación de los niveles de expresión de hsa-miR-30b-5p en LCR, en lugar de muestras de suero.
Ejemplo 4. hsa-miR-30b-5p en la médula espinal de pacientes con ELA
Se seleccionaron muestras de médula espinal con un alto número de integridad de ARN (RIN>7) de la base de datos del genoma de Nueva York. Esta etapa de control de calidad de ARN se realizó ya que muchas de las muestras se tomaron varias horas o días después de que el donante de tejido hubiera muerto, y esto puede dar como resultado una expresión génica alterada y degradación del ARN. Las muestras con alto RIN al menos no sufrirían una degradación significativa de la muestra. La Tabla 2 muestra el desglose de las muestras de pacientes utilizadas para realizar este experimento.
Tabla 2 Muestras ru os en análiss
Se identificaron genes que se expresaban diferencialmente (GED) en la médula espinal de pacientes con ELA. Esto produjo una lista de 2192 genes que estaban regulados al alza o a la baja en la médula espinal de los pacientes con ELA en relación con la médula espinal de los controles sanos. Los genes que se separaron en dos listas (genes regulados al alza y genes regulados a la baja) y se enviaron a la base de datos de firmas moleculares para su posterior análisis (Liberzon ycol.,2015 y Liberzon ycol.,2011). Usando esta herramienta, se identificaron las 100 principales interacciones predichas estadísticamente significativas entre las listas de GED de entrada y los miARN maduros humanos conocidos (Tablas 3 y 4).
T l MiARN n ED r l l
continuación
continuación
T l 4 miARN n ^ ED r l l lz
continuación
Se realizó un análisis de diagrama de Venn en los miARN en las listas para garantizar que las dianas de estos miARN cambiaran en una dirección consistente a lo largo del conjunto de datos, Por ejemplo, cualquier miARN con numerosas dianas en las listas de GED reguladas al alza y a la baja no está funcionando de manera consistente y, por lo tanto, es probable que sea un falso positivo. Ninguno de los 100 miARN que se predijo que se dirigían a los GED regulados a la baja se superpuso con los 19 miARN que se predijo que se dirigían a los miARN regulados al alza (Figura 9).
Muchos de los miARN que se predice que se dirigen a los GED regulados a la baja pertenecen a la familia miR-30, y se predice específicamente que hsa-miR-30b-5p se dirige a 31 GED regulados negativamente. Dada la comprensión de los inventores de la importancia de hsa-miR-30b-5p en la ELA y las enfermedades neurodegenerativas en general (Brennan ycol.,2019), es probable que este miARN afecte la expresión génica específica de la enfermedad observada. En conjunto, los datos que confirman que hsa-miR-30b-5p está regulado al alza en el LCR, un compartimento de biofluido en contacto constante con la médula espinal y que hsa-miR-30b-5p y una serie de miARN relacionados se dirigen a muchos de los genes diana regulados a la baja identificados en el tejido espinal de pacientes con ELA sugieren que este miARN está regulado al alza de una manera específica de la enfermedad y el tejido. El hallazgo de que muchos de sus genes diana están regulados a la baja de una manera específica de la enfermedad y el tejido también es muy congruente con la relación inhibitoria entre los miARN y sus genes diana. Por lo tanto, hsa-miR-30b-5p es una diana terapéutica valiosa para los pacientes con ELA.
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Claims (2)

REIVINDICACIONES
1. Un procedimiento para diagnosticar esclerosis lateral amiotrófica en un sujeto, comprendiendo el procedimiento medir el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el líquido cefalorraquídeo (LCR) del sujeto, donde un mayor nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en relación con el nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el LCR de un sujeto sano es indicativo de que el sujeto tiene esclerosis lateral amiotrófica, y
donde la medición del nivel de expresión de hsa-miR-30b-5p en el líquido cefalorraquídeo (LCR) se realiza en una muestra que comprende LCR tomado del sujeto.
2. El procedimiento según la reivindicación 1, donde el nivel de expresión de miR-30b-5p se mide mediante qPCR o secuenciación de ARN.
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