ES3025960T3 - Compounds and methods for modulating ube3a-ats - Google Patents

Compounds and methods for modulating ube3a-ats Download PDF

Info

Publication number
ES3025960T3
ES3025960T3 ES20784141T ES20784141T ES3025960T3 ES 3025960 T3 ES3025960 T3 ES 3025960T3 ES 20784141 T ES20784141 T ES 20784141T ES 20784141 T ES20784141 T ES 20784141T ES 3025960 T3 ES3025960 T3 ES 3025960T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
modified
ube3a
compound
rna
ats
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES20784141T
Other languages
English (en)
Inventor
Susan M Freier
Huynh-Hoa Bui
Paymaan Jafar-Nejad
Frank Rigo
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Ionis Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Ionis Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ionis Pharmaceuticals Inc filed Critical Ionis Pharmaceuticals Inc
Application granted granted Critical
Publication of ES3025960T3 publication Critical patent/ES3025960T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C12N2310/111—Antisense spanning the whole gene, or a large part of it
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C12N2310/113—Antisense targeting other non-coding nucleic acids, e.g. antagomirs
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/341—Gapmers, i.e. of the type ===---===
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/343—Spatial arrangement of the modifications having patterns, e.g. ==--==--==--
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/346—Spatial arrangement of the modifications having a combination of backbone and sugar modifications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
    • C12N2310/3525—MOE, methoxyethoxy
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/10—Applications; Uses in screening processes
    • C12N2320/11—Applications; Uses in screening processes for the determination of target sites, i.e. of active nucleic acids

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)
  • Acyclic And Carbocyclic Compounds In Medicinal Compositions (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

Se proporcionan compuestos, métodos y composiciones farmacéuticas para reducir la cantidad o actividad de UBE3A-ATS, el transcrito antisentido endógeno de la ubiquitina proteína ligasa E3A (UBE3A) en una célula o sujeto, y, en ciertos casos, aumentar la expresión de UBE3A paterna y la cantidad de proteína UBE3A en una célula o sujeto. Dichos compuestos, métodos y composiciones farmacéuticas son útiles para mejorar al menos un síntoma o característica distintiva de un trastorno neurogenético. Dichos síntomas y características distintivas incluyen retrasos en el desarrollo, ataxia, dificultades del habla, trastornos del sueño, convulsiones y anomalías en el EEG. Dichos trastornos neurogenéticos incluyen el síndrome de Angelman. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN
Compuestos y métodos para modular UBE3A-ATS
LISTA DE SECUENCIAS
[0001] La presente solicitud se presenta junto con un Listado de Secuencias en formato electrónico. El listado de secuencias se proporciona como un archivo titulado BIOL0349WOSEQ_ST25.tst, creado el 16 de marzo de 2020, que tiene un tamaño de 1,87 MB.
Campo
[0002] En el presente documento se describen compuestos, métodos y composiciones farmacéuticas para reducir la cantidad o la actividad de UBE3A-ATS, el transcrito endógeno en antisentido de la ubiquitina proteína ligasa E3A (UBE3A) en una célula o sujeto, y en ciertos casos aumentar la expresión de UBE3A paterna y la cantidad de proteína UBE3A en una célula o sujeto. Dichos compuestos, métodos y composiciones farmacéuticas son útiles para mejorar al menos un síntoma o característica distintiva de un trastorno neurogenético. Dichos síntomas y características incluyen retrasos en el desarrollo, ataxia, trastornos del habla, problemas de sueño, convulsiones y anomalías en el electroencefalograma. Entre estos trastornos neurogenéticos se encuentra el síndrome de Angelman.
Fondo
[0003] El síndrome de Angelman (SA) es un trastorno del desarrollo que afecta a ~1/15.000 nacidos vivos y está causado por una deficiencia de la proteína ubiquitina ligasa E3A (UBE3A). De las dos copias del gen UBE3A en las neuronas, el gen materno suele expresarse, mientras que el gen paterno está sujeto a la impronta genética y al silenciamiento. El síndrome de Angelman se produce cuando no se hereda de la madre una copia funcional del gen UBE3A, ya sea por una mutación, una deleción, una disomía uniparental paterna del cromosoma 15 o un defecto de impronta. Véase, Buiting, et al., "Angelman Syndrome - insights into a rare neurogenetic disorder", Nature Rev. Neuro., 2016, 12:584-593.
[0004] Los pacientes con Síndrome de Angelman experimentan retrasos en el desarrollo y alteraciones del habla, y suelen padecer problemas de sueño, convulsiones y anomalías en el EEG. El trastorno suele diagnosticarse en los primeros años de vida y el diagnóstico puede confirmarse mediante pruebas genéticas. Sin embargo, las terapias para el síndrome de Angelman siguen siendo limitadas y se centran principalmente en el tratamiento sintomático. Véase, Williams, C.A. et al., Genet. Med., 12: 385-395, 2010.
[0005] Recientemente, se descubrió que los inhibidores de la topoisomerasa utilizados actualmente en el tratamiento del cáncer "silencian" la expresión paterna de UBE3A tanto en un sistema de cultivo neuronal como en ratones. Véase, Huang, H.S. et al., Nature, 481: 185-189, 2012. Sin embargo, aún se desconoce el mecanismo exacto de la expresión paterna de UBE3A y los inhibidores de la topoisomerasa están plagados de problemas de seguridad porque se sabe que son inespecíficos y capaces de inducir daños en el ADN, como roturas de cadena simple y doble.
[0006] Actualmente faltan opciones aceptables para tratar trastornos neurogenéticos como la AS. Por lo tanto, un objetivo del presente documento es proporcionar compuestos, métodos y composiciones farmacéuticas para el tratamiento de dichas enfermedades.
Resumen de la Invención
[0007] La presente invención se define en el juego de reivindicaciones adjunto.
[0008] En particular, la presente invención proporciona un oligonucleótido modificado según la siguiente estructura química:
(SEQ ID N.° 2873), o una sal del mismo.
[0009] La presente invención también proporciona un oligonucleótido modificado según la siguiente estructura química:
(SEQ ID N.° 2873).
La presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende el oligonucleótido modificado de la invención y un diluyente farmacéuticamente aceptable.
La presente invención también proporciona un compuesto que comprende un oligonucleótido modificado según la siguiente notación química:
A es mC eo mC eoA eoT eoT dsT dsT dsG dsA ds mC ds mC dsT dsT ds mC dsT eoT eoA esG es mC e (SEQ ID N.°: 2873), en la que:
A = una nucleobase de adenina,
mC = una nucleobase 5-metil citosina,
G = una nucleobase de guanina,
T = una nucleobase de timina,
e = un resto de azúcar 2'-O(CH2)2OCH3 p-D-ribosil,
d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil,
s = un enlace internucleósido fosforotioato, y
o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
La presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende el compuesto de la invención, y un diluyente farmacéuticamente aceptable.
La presente invención también proporciona un compuesto de la invención, que comprende el oligonucleótido modificado de la invención unido covalentemente a un grupo conjugado.
La presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende el compuesto de la invención, que comprende el oligonucleótido modificado de la invención unido covalentemente a un grupo conjugado, y un diluyente farmacéuticamente aceptable.
[0010] En el presente documento se describen compuestos, métodos y composiciones farmacéuticas para reducir la cantidad o la actividad del ARN UBE3A-ATS y, en algunos casos, aumentar la expresión del ARN o la proteína UBE3A paterna en una célula o sujeto. El sujeto puede padecer un trastorno neurogenético. El sujeto puede padecer el síndrome de Angelman (AS). Los compuestos útiles para reducir la expresión del ARN UBE3A-ATS, o una parte del mismo, pueden ser compuestos oligoméricos. Los compuestos útiles para reducir la expresión del ARN UBE3A-ATS, o una parte del mismo, pueden ser oligonucleótidos modificados. Los compuestos útiles para aumentar la expresión del ARN o la proteína UBE3A paterna pueden ser compuestos oligoméricos. Los compuestos útiles para aumentar la expresión del ARN o la proteína UBE3A paterna pueden ser oligonucleótidos modificados.
[0011] También se divulgan en el presente documento composiciones farmacéuticas para su uso en métodos para mejorar al menos un síntoma o sello distintivo de un trastorno neurogenético. El trastorno neurogenético puede ser el Síndrome de Angelman. El síntoma o sello distintivo puede incluir retrasos en el desarrollo, ataxia, alteraciones del habla, problemas de sueño, convulsiones y/o anomalías en el EEG.
Descripción Detallada de la Invención
[0012] Debe entenderse que tanto la descripción general anterior como la descripción detallada siguiente son meramente ejemplares y explicativas. Aquí, el uso del singular incluye el plural a menos que se indique específicamente lo contrario. En el presente documento, el uso de "o" significa "y/o" a menos que se indique lo contrario. Además, el uso del término "que incluye", así como otras formas, como "incluye" e "incluido", no es limitativo. Asimismo, términos como "elemento" o "componente" engloban tanto elementos y componentes que comprenden una unidad como elementos y componentes que comprenden más de una subunidad, a menos que se indique específicamente lo contrario.
Definiciones
[0013] A menos que se proporcionen definiciones específicas, la nomenclatura utilizada en relación con, y los procedimientos y técnicas de, química analítica, química orgánica sintética, y química medicinal y farmacéutica aquí descritos son los bien conocidos y comúnmente utilizados en la técnica.
[0014] A menos que se indique lo contrario, los siguientes términos tienen el significado que se indica a continuación:
DEFINICIONES
[0015] Tal como se utiliza en el presente documento, "2'-desoxinucleósido" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar desoxirribosil 2'-H(H). Un 2'-desoxinucleósido puede ser un 2'-p-D-desoxinucleósido y comprende un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil, que tiene la configuración p-D que se encuentra en los ácidos desoxirribonucleicos (ADN) naturales. Un 2'-desoxinucleósido puede comprender una nucleobase modificada o una nucleobase de ARN (uracilo).
[0016] Tal como se utiliza en el presente documento, "2'-MOE" o "resto de azúcar 2'-MOE" significa un grupo 2'-OCH<2>CH<2>OCH<3>en lugar del grupo 2'-OH de un resto de azúcar ribosilada. "MOE" significa metoxietilo. A menos que se indique lo contrario, un 2'-MOE tiene la configuración estereoquímica p-D.
[0017] Tal como se utiliza en el presente documento, "nucleósido 2'-MOE" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar 2'-MOE.
[0018] Tal como se utiliza en el presente documento, "2'-OMe" o "resto de azúcar 2-O-metil" significa un grupo<2>-OCH<3>en lugar del grupo 2'-OH de un resto de azúcar ribosilada. A menos que se indique lo contrario, un 2'-OMe tiene la configuración estereoquímica p-D.
[0019] Como se usa aquí, "nucleósido 2'-OMe" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar 2'-OMe.
[0020] Tal como se utiliza aquí, "nucleósido sustituido en 2'" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar sustituida en 2'. Como se utiliza aquí, "sustituida en 2'" en referencia a un resto de azúcar significa un resto de azúcar que comprende al menos un grupo sustituyente en 2' distinto de H u OH.
[0021] Tal como se utiliza aquí, "5-metil citosina" significa una citosina modificada con un grupo metilo unido a la posición 5. Una 5-metil citosina es una nucleobase modificada.
[0022] Tal como se utiliza aquí, "administrar" significa proporcionar un agente farmacéutico a un sujeto.
[0023] Tal como se utiliza en el presente documento, por "actividad antisentido" se entiende cualquier cambio detectable y/o medible atribuible a la hibridación de un compuesto antisentido con su ácido nucleico diana. La actividad antisentido puede ser una disminución en la cantidad o expresión de un ácido nucleico diana o proteína codificada por dicho ácido nucleico diana en comparación con los niveles de ácido nucleico diana o niveles de proteína diana en ausencia del compuesto antisentido.
[0024] Tal como se utiliza aquí, "compuesto antisentido" significa un compuesto oligomérico capaz de lograr al menos una actividad antisentido.
[0025] Tal como se utiliza en el presente documento, "mejorar" en referencia a un tratamiento significa la mejora de al menos un síntoma en relación con el mismo síntoma en ausencia del tratamiento. La mejoría puede consistir en la reducción de la gravedad o la frecuencia de un síntoma o en el retraso de la aparición o la ralentización de la progresión de la gravedad o la frecuencia de un síntoma. El síntoma o sello distintivo pueden ser retrasos en el desarrollo, ataxia, trastornos del habla, problemas de sueño, convulsiones y anomalías en el EEG.
[0026] Como se usa aquí, "nucleósido bicíclico" o "BNA" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar bicíclico.
[0027] Tal como se utiliza aquí, "azúcar bicíclico" o "resto de azúcar bicíclico" significa un resto de azúcar modificado que comprende dos anillos, en la que el segundo anillo se forma mediante un puente que conecta dos de los átomos, formando así una estructura bicíclica. El primer anillo del resto de azúcar bicíclico puede ser un resto de furanosilo. El resto de azúcar bicíclico puede no comprender un resto de furanosilo.
[0028] Tal como se utiliza en el presente documento, "resto escindible" significa un enlace o grupo de átomos que se escinde en condiciones fisiológicas, por ejemplo, dentro de una célula, un sujeto o un ser humano.
[0029] Tal como se utiliza en el presente documento, "complementario" en referencia a un oligonucleótido significa que al menos el 70% de las nucleobases del oligonucleótido o de una o más porciones del mismo y las nucleobases de otro ácido nucleico diana o de una o más porciones del mismo son capaces de formar enlaces de hidrógeno entre sí cuando la secuencia de nucleobases del oligonucleótido y del otro ácido nucleico están alineadas en direcciones opuestas. Como se utiliza aquí, "nucleobases complementarias" significa nucleobases que son capaces de formar enlaces de hidrógeno entre sí. Los pares de nucleobases complementarias incluyen adenina (A) y timina (T), adenina (A) y uracilo (U), citosina (C) y guanina (G), 5-metil citosina (mC) y guanina (G). No es necesario que los oligonucleótidos complementarios y/o los ácidos nucleicos diana tengan complementariedad de nucleobase en cada nucleósido. Más bien se toleran algunos desajustes. Tal como se utiliza aquí, "totalmente complementario" o "100% complementario" en referencia a un oligonucleótido, o a una porción del mismo, significa que el oligonucleótido, o la porción del mismo, es complementario a otro oligonucleótido o ácido nucleico diana en cada nucleobase del más corto de los dos oligonucleótidos, o en cada nucleósido si los oligonucleótidos tienen la misma longitud.
[0030] Tal como se utiliza en el presente documento, "grupo conjugado" significa un grupo de átomos que está unido directa o indirectamente a un oligonucleótido. Los grupos conjugados incluyen un resto conjugado y un enlazador conjugado que une el resto conjugado al oligonucleótido.
[0031] Tal como se utiliza en el presente documento, "enlazador conjugado" significa un enlace simple o un grupo de átomos que comprende al menos un enlace que conecta un resto conjugado a un oligonucleótido.
[0032] Tal como se utiliza en el presente documento, por "resto conjugado" se entiende un grupo de átomos que se une a un oligonucleótido mediante un enlazador conjugado.
[0033] Tal como se utiliza en el presente documento, "contiguo" en el contexto de un oligonucleótido se refiere a nucleósidos, nucleobases, restos de azúcar o enlaces internucleósidos que son inmediatamente adyacentes entre sí. Por ejemplo, "nucleobases contiguas" significa nucleobases que son inmediatamente adyacentes entre sí en una secuencia.
[0034 ] Como se usa aquí, "etilo restringido" o "cEt" o "resto de azúcar modificado con cEt" significa un resto de azúcar bicíclico p-D ribosil en la que el segundo anillo del azúcar bicíclico se forma mediante un puente que conecta el 4'-carbono y el 2'-carbono del resto de azúcar p-D ribosil, en la que el puente tiene la fórmula 4'-CH(CH3)-O-2', y en la que el grupo metilo del puente está en la configuración S.
[0035] Tal como se utiliza en el presente documento, "nucleósido cEt" significa un nucleósido que comprende un resto de azúcar modificado con cEt.
[0036] Como se utiliza en el presente documento, "población quiralmente enriquecida" significa una pluralidad de moléculas de fórmula molecular idéntica, en la que el número o porcentaje de moléculas dentro de la población que contienen una configuración estereoquímica particular en un centro quiral particular es mayor que el número o porcentaje de moléculas que se espera que contengan la misma configuración estereoquímica particular en el mismo centro quiral particular dentro de la población si el centro quiral particular fuera estereorándomico. Las poblaciones enriquecidas quiralmente de moléculas que tienen múltiples centros quirales dentro de cada molécula pueden contener uno o más centros quirales estereorándomicos. Las moléculas pueden ser oligonucleótidos modificados. Las moléculas pueden ser compuestos que comprenden oligonucleótidos modificados.
[0037] Tal como se utiliza en el presente documento,"gapmet"significa un oligonucleótido modificado que comprende una región interna que tiene una pluralidad de nucleósidos que soportan la escisión de la ARNasa H posicionados entre regiones externas que tienen uno o más nucleósidos, en el que los nucleósidos que comprenden la región interna son químicamente distintos del nucleósido o nucleósidos que comprenden las regiones externas. La región interna puede denominarse "hueco" y las regiones externas "alas". Salvo que se indique lo contrario,"gapmer"se refiere a un motivo de azúcar. A menos que se indique lo contrario, el resto de azúcar de cada nucleósido de la brecha es un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil. Así, el término "gapmer MOE" indica ungapmerque tiene ungapque comprende 2'-p-D-deoxinucleósidos y alas que comprenden nucleósidos 2'-MOE. A menos que se indique lo contrario, ungapmerMOE puede comprender uno o más enlaces internucleósidos modificados y/o nucleobases modificadas y tales modificaciones no siguen necesariamente el patróngapmerde las modificaciones de azúcar.
[0038] Tal como se utiliza en el presente documento, una "región clave" es un intervalo de nucleobases en un ácido nucleico diana que es susceptible de reducción mediada por un compuesto oligomérico de la cantidad o actividad del ácido nucleico diana.
[0039] Como se usa aquí, "hibridación" significa el apareamiento o recocido de oligonucleótidos y/o ácidos nucleicos complementarios. Aunque no se limita a un mecanismo concreto, el mecanismo más común de hibridación implica el enlace de hidrógeno, que puede ser enlace de hidrógeno Watson-Crick, Hoogsteen o Hoogsteen invertido, entre nucleobases complementarias.
[0040] Como se usa aquí, "enlace internucleósido" significa el enlace covalente entre nucleósidos contiguos en un oligonucleótido. En el presente documento, por "enlace internucleósido modificado" se entiende cualquier enlace internucleósido distinto de un enlace internucleósido fosfodiéster. "Enlace internucleósido fosforotioato" es un enlace internucleósido modificado en el que uno de los átomos de oxígeno no puenteantes de un enlace internucleósido fosfodiéster se sustituye por un átomo de azufre.
[0041] Tal como se utiliza en el presente documento, "nucleósido enlazador" significa un nucleósido que enlaza, directa o indirectamente, un oligonucleótido a un resto conjugado. Los nucleósidos enlazadores se encuentran dentro del enlazador conjugado de un compuesto oligomérico. Los nucleósidos enlazadores no se consideran parte de la porción oligonucleotídica de un compuesto oligomérico aunque sean contiguos al oligonucleótido.
[0042] Tal como se utiliza en el presente documento, por "resto de azúcar modificado no bicíclico" se entiende un resto de azúcar modificado que comprende una modificación, como un sustituyente, que no forma un puente entre dos átomos del azúcar para formar un segundo anillo.
[0043] Tal como se utiliza en el presente documento, "no ajustado" o "no complementario" significa una nucleobase de un primer oligonucleótido que no es complementaria con la nucleobase correspondiente de un segundo oligonucleótido o ácido nucleico diana cuando el primer y el segundo oligonucleótido están alineados.
[0044] Tal como se utiliza en el presente documento, "motivo" significa el patrón de restos, nucleobases y/o enlaces internucleósidos de azúcares no modificados y/o modificados en un oligonucleótido.
[0045] Tal como se utiliza en el presente documento, "trastorno neurogenético" significa una afección del sistema nervioso causada por un factor genético hereditario, incluidos, entre otros, una mutación, una deleción, una disomía uniparental o un defecto de impronta.
[0046] Tal como se utiliza aquí, "nucleobase" significa una nucleobase no modificada o una nucleobase modificada. Tal como se utiliza aquí, una "nucleobase no modificada" es adenina (A), timina (T), citosina (C), uracilo (U) o guanina (G). Tal como se utiliza en el presente documento, una "nucleobase modificada" es un grupo de átomos distintos de A, T, C, U o G no modificados capaces de emparejarse con al menos una nucleobase no modificada. Una "5-metil citosina" es una nucleobase modificada. Una base universal es una nucleobase modificada que puede emparejarse con cualquiera de las cinco nucleobases no modificadas. Tal como se utiliza en el presente documento, por "secuencia de nucleobases" se entiende el orden de las nucleobases contiguas en un ácido nucleico u oligonucleótido diana, independientemente de cualquier modificación del azúcar o del enlace internucleósido.
[0047] Tal como se utiliza en el presente documento, "nucleósido" significa un compuesto que comprende una nucleobase y un resto de azúcar. La nucleobase y el resto de azúcar están, cada una independientemente, no modificados o modificados. Como se usa aquí, "nucleósido modificado" significa un nucleósido que comprende una nucleobase modificada y/o un resto de azúcar modificado. Los nucleósidos modificados incluyen los nucleósidos abásicos, que carecen de una nucleobase. "Nucleósidos enlazados" son nucleósidos que están conectados en una secuencia contigua (es decir, no se presentan nucleósidos adicionales entre los que están enlazados).
[0048] Como se usa aquí, "compuesto oligomérico" significa un oligonucleótido y opcionalmente una o más características adicionales, tales como un grupo conjugado o un grupo terminal. Un compuesto oligomérico puede estar emparejado con un segundo compuesto oligomérico que sea complementario del primer compuesto oligomérico o puede no estar emparejado. Un "compuesto oligomérico monocatenario" es un compuesto oligomérico no apareado. Por "dúplex oligomérico" se entiende un dúplex formado por dos compuestos oligoméricos que tienen secuencias de nucleobases complementarias. Cada compuesto oligomérico de un dúplex oligomérico puede denominarse "compuesto oligomérico duplexado".
[0049] Tal como se utiliza en el presente documento, "oligonucleótido" significa una cadena de nucleósidos enlazados conectados mediante enlaces intemucleósidos, en la que cada nucleósido y enlace intemucleósido puede estar modificado o no modificado. A menos que se indique lo contrario, los oligonucleótidos constan de 8-50 nucleósidos enlazados. Como se utiliza aquí, "oligonucleótido modificado" significa un oligonucleótido, en el que al menos un nucleósido o enlace intemucleósido está modificado. Como se utiliza aquí, "oligonucleótido no modificado" significa un oligonucleótido que no comprende ninguna modificación nucleosídica o modificación internucleosídica.
[0050] Como se usa aquí, "portador o diluyente farmacéuticamente aceptable" significa cualquier sustancia adecuada para su uso en la administración a un sujeto. Algunos de estos portadores permiten que las composiciones farmacéuticas se formulen, por ejemplo, como comprimidos, píldoras, grageas, cápsulas, líquidos, geles, jarabes, suspensiones y pastillas para la ingestión oral por un sujeto. En ciertas realizaciones, un portador o diluyente farmacéuticamente aceptable es agua estéril, solución salina estéril, solución tampón estéril o líquido cefalorraquídeo artificial estéril.
[0051] Tal como se utiliza aquí, "sales farmacéuticamente aceptables" significa sales fisiológica y farmacéuticamente aceptables de compuestos. Las sales farmacéuticamente aceptables conservan la actividad biológica deseada del compuesto original y no le confieren efectos toxicológicos no deseados.
[0052] Tal como se utiliza en el presente documento, por "composición farmacéutica" se entiende una mezcla de sustancias adecuadas para su administración a un sujeto. Por ejemplo, una composición farmacéutica puede comprender un compuesto oligomérico y una solución acuosa estéril. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica muestra actividad en el ensayo de captación libre en ciertas líneas celulares.
[0053] Tal como se utiliza aquí, "profármaco" significa un agente terapéutico en una forma externa al cuerpo que se convierte a una forma diferente dentro de un sujeto o de sus células. Normalmente, la conversión de un profármaco en el sujeto se ve facilitada por la acción de enzimas (por ejemplo, enzimas endógenas o virales) o sustancias químicas presentes en células o tejidos y/o por condiciones fisiológicas.
[0054] Tal como se utiliza en el presente documento, "reducir o inhibir la cantidad o actividad", "reducir la cantidad o actividad" o "inhibir la cantidad o actividad" se refiere a una reducción o bloqueo de la expresión o actividad transcripcional en relación con la expresión o actividad transcripcional en una muestra no tratada o de control y no indica necesariamente una eliminación total de la expresión o actividad transcripcional.
[0055] Tal como se utiliza en el presente documento, "ARN" significa cualquier transcrito de ARN, incluidos los transcritos endógenos antisentido que no codifican una proteína (por ejemplo, UBE3A-ATS), y también incluye el ARNpre-m y el ARNm maduro, a menos que se especifique lo contrario.
[0056] Tal como se utiliza en el presente documento, "compuesto de ARNi" significa un compuesto antisentido que actúa, al menos en parte, a través de RISC o Ago2 para modular un ácido nucleico diana y/o una proteína codificada por un ácido nucleico diana. Los compuestos de ARNi incluyen, entre otros, el ARNsi bicatenario, el ARN monocatenario (ARNss) y el microARN, incluidos los imitadores de microARN. Un compuesto de ARNi puede modular la cantidad, la actividad y/o el empalme de un ácido nucleico diana. El término compuesto de ARNi excluye los compuestos antisentido que actúan a través de la ARNasa H.
[0057] Tal como se utiliza en el presente documento, "autocomplementario" en referencia a un oligonucleótido significa un oligonucleótido que al menos parcialmente hibrida consigo mismo.
[0058] Tal como se utiliza en el presente documento, "ensayo celular estándar" significa el ensayo descrito en el Ejemplo X y variaciones razonables del mismo.
[0059] Tal como se utiliza en el presente documento, "centro quiral estereorándomico" en el contexto de una población de moléculas de fórmula molecular idéntica significa un centro quiral que tiene una configuración estereoquímica aleatoria. Por ejemplo, en una población de moléculas que comprenden un centro quiral estereorándomico, el número de moléculas que tienen la configuración (S) del centro quiral estereorándomico puede ser pero no es necesariamente el mismo que el número de moléculas que tienen la configuración (R) del centro quiral estereorándomico. La configuración estereoquímica de un centro quiral se considera aleatoria cuando es el resultado de un método sintético que no está diseñado para controlar la configuración estereoquímica. En ciertas realizaciones, un centro quiral estereorándomico es un enlace internucleósido fosforotioato estereorándomico.
[0060] Tal como se usa en el presente documento, "sujeto" significa un animal humano o no humano.
[0061] Tal como se utiliza en el presente documento, por "resto de azúcar" se entiende un resto de azúcar no modificado o un resto de azúcar modificado. Tal como se utiliza en el presente documento, por "resto de azúcar no modificado" se entiende un resto de p-D-ribosilo 2'-OH(H), tal como se encuentra en el ARN (un "resto de azúcar de ARN no modificado"), o un resto de azúcar de p-D-desoxirribosilo 2'-H(H), tal como se encuentra en el ADN (un "resto de azúcar de ADN no modificado"). Los restos de azúcar no modificado tienen un hidrógeno en cada una de las posiciones 1', 3' y 4', un oxígeno en la posición 3' y dos hidrógenos en la posición 5'. En el presente documento, por "resto de azúcar modificado" o "azúcar modificado" se entiende un resto de azúcar furanosil modificado un sucedáneo de azúcar.
[0062] Tal como se usa en el presente documento, "sustituto de azúcar" significa un resto de azúcar modificado que no tiene un resto de furanosil que puede enlazar una nucleobase a otro grupo, como un enlace internucleósido, un grupo conjugado o un grupo terminal en un oligonucleótido. Los nucleósidos modificados que comprenden sustitutos de azúcar pueden incorporarse en una o más posiciones dentro de un oligonucleótido y dichos oligonucleótidos son capaces de hibridarse con compuestos oligoméricos complementarios o ácidos nucleicos diana.
[0063] Tal como se utiliza en el presente documento, "síntoma" o "sello distintivo" significa cualquier característica física o resultado de una prueba que indique la existencia o el alcance de una enfermedad o trastorno. Un síntoma puede ser evidente para un sujeto o para un profesional médico que examine o realice pruebas a dicho sujeto. Un sello distintivo puede ser evidente en pruebas diagnósticas invasivas, incluidas, entre otras, las pruebas post mortem.
[0064] Tal como se utiliza en el presente documento, "ácido nucleico diana" y "ARN diana" significan un ácido nucleico que un compuesto antisentido está diseñado para afectar.
[0065] Tal como se utiliza en el presente documento, "región diana" significa una porción de un ácido nucleico diana al que un compuesto oligomérico está diseñado para hibridarse.
[0066] Tal como se utiliza en el presente documento, "grupo terminal" significa un grupo químico o grupo de átomos que está unido covalentemente a un extremo de un oligonucleótido.
[0067] Como se usa aquí, "cantidad terapéuticamente eficaz" significa una cantidad de un agente farmacéutico que proporciona un beneficio terapéutico a un sujeto. Por ejemplo, una cantidad terapéuticamente eficaz mejora un síntoma o sello distintivo de una enfermedad.
I. Ciertos Oligonucleótidos
[0068] Se divulgan en el presente documento compuestos oligoméricos que comprenden oligonucleótidos, que consisten en nucleósidos enlazados. Los oligonucleótidos pueden ser oligonucleótidos no modificados (ARN o ADN) o pueden ser oligonucleótidos modificados. Los oligonucleótidos modificados comprenden al menos una modificación relativa al ARN o ADN no modificados. Es decir, los oligonucleótidos modificados comprenden al menos un nucleósido modificado (que comprende un resto de azúcar modificado y/o una nucleobase modificada) y/o al menos un enlace internucleósido modificado.
A. Ciertos Nucleósidos Modificados
[0069] Los nucleósidos modificados comprenden un resto de azúcar modificado o una nucleobase modificada o ambas, un resto de azúcar modificado y una nucleobase modificada.
1. Ciertos Restos de Azúcar
[0070] Los restos de azúcar modificado pueden ser restos de azúcar modificado no bicíclico. Los azúcares modificados pueden ser bicíclicos o tricíclicos. Los azúcares modificados pueden ser sustitutos del azúcar. Dichos sustitutos del azúcar pueden comprender una o más sustituciones correspondientes a las de otros tipos de restos de azúcar modificado.
[0071] Los restos de azúcar modificado pueden ser restos de azúcar modificado no bicíclico que comprenden un anillo furanosilo con uno o más grupos sustituyentes ninguno de los cuales une dos átomos del anillo furanosilo para formar una estructura bicíclica. Dichos sustituyentes no puente pueden estar en cualquier posición del furanosilo, incluyendo, pero no limitándose a sustituyentes en las posiciones 2', 4', y/o 5'. Uno o más sustituyentes no puente de los azúcares modificados no bicíclicos pueden ser ramificados. Algunos ejemplos de grupos sustituyentes en 2' adecuados para los restos de azúcares modificados no bicíclicos son, entre otros: 2'-F, 2'-OCH<3>("OMe" u "O-metilo"), y 2'-O(CH<2>)<2>OCHs ("MOE"). Los grupos 2'-sustituyentes pueden seleccionarse entre: halo, alilo, amino, azido, SH, CN, OCN, CF<3>, OCF<3>, O-alcoxi C<1>-C<10>, O-alcoxi C<1>-C<10>sustituido, O-alquilo C<1>-C<10>, O-alquilo C<1>-C<10>sustituido, S-alquilo, N(Rm)-alquilo, O-alquenilo, S-alquenilo, N(Rm)-alquenilo, O-alquinilo, S-alquinilo, N(Rm)-alquinilo, O-alquinilo, S-alquinilo, N(Rm)-alquinilo, O-alquilenilo, O-alquinilo, alquinilo, alcarilo, aralquilo, O-alcarilo, O-aralquilo, O(CH<2>)<2>ON(Rm)(Rn) u OCH<2>C(=O)-N(Rm)(Ra), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo amino protector, o alquilo C<1>-C<10>sustituido o no sustituido, y los grupos 2' sustituyentes descritos en Cook et al., U.S. 6,531,584: Cook et al., U.S. 5,859,221: y Cook et al., U.S. 6,005,087. Los grupos sustituyentes en 2' pueden estar además sustituidos con uno o más grupos sustituyentes seleccionados independientemente de entre: hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro (NO<2>), tiol, tioalcoxi, tioalquilo, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo. Los ejemplos de grupos sustituyentes en 4' adecuados para restos de azúcar modificado no bicíclico incluyen, entre otros, alcoxi(p. ej.,metoxi), alquilo y los descritos en Manoharan et al., documento WO 2015/106128. Algunos ejemplos de grupos sustituyentes en 5' adecuados para los restos de azúcares modificados no bicíclicos son, entre otros: 5'-metilo (R o S), 5'-vinilo y 5'-metoxi. Los restos de azúcar modificado no bicíclico pueden comprender más de un sustituyente de azúcar no puenteante, por ejemplo, restos de azúcar 2'-F-5'-metil y los restos de azúcar modificado y nucleósidos modificados descritos en Migawa et al., WO 2008/101157 y Rajeev et al., US2013/0203836.
[0072] Un nucleósido modificado no bicíclico sustituido en 2' puede comprender una molécula de azúcar que comprende un grupo sustituyente en 2' no puente seleccionado entre: F, NH<2>, N<3>, OCF<3>, OCH<3>, O(CH<2>)<3>NH<2>, CH<2>CH=CH<2>, OCH<2>CH=CH<2>, OCH<2>CH<2>OCH<3>, O(CH2)2SCH3, O(CH<2>)<2>ON(Rm)(Rn), O(CH2)20(CH2)2N(CH3)2 y acetamida N-sustituida (OCH<2>C(=O)-N(Rm)(Ra)), donde cada Rm y Rn es, independientemente, H, un grupo protector amino, o alquilo C<1>-C<10>sustituido o no sustituido.
[0073] Un nucleósido modificado no bicíclico sustituido en 2' puede comprender un resto de azúcar que comprenda un grupo sustituyente en 2' no puenteado seleccionado entre: F, OCF<3>, OCH<3>, OCH<2>CH<2>OCH<3>, O(CH<2>)<2>SCH<3>, O(CH2)2ON(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, y OCH2C(=O)-N(H)CH3 ("NMA").
[0074] Un nucleósido modificado no bicíclico sustituido en 2' puede comprender una molécula de azúcar que comprende un grupo sustituyente en 2' no puente seleccionado entre: F, OCH<3>, y OCH<2>CH<2>OCH<3>.
[0075] Ciertos restos de azúcar modificado comprenden un sustituyente que une dos átomos del anillo furanosilo para formar un segundo anillo, dando lugar a un resto de azúcar bicíclico. El resto de azúcar bicíclico puede comprender un puente entre los átomos de anillo de furanosa 4' y 2'. Ejemplos de tales sustituyentes de azúcares puente de 4' a 2' incluyen, pero no se limitan a: 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2' ("LNA"), 4'-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-O-2' ("ENA"), 4'-CH(CH3)-O-2' (denominado "etilo restringido" o "cEt"), 4'-CH2-O-CH2-2', 4'-CH2-N(R)-2', 4'-CH(CH2OCH3)-O-2' ("MOE restringido" o "cMOE") y análogos de los mismos(véase, p. ej.,Seth et al., U.S. 7,399,845, Bhat et al., U.S.
7,569,686, Swayze et al., U.S. 7,741,457, y Swayze et al., U.S. 8,022,193), 4'-C(CH<3>)(CH 3)-O-2' y análogos de los mismos(véase, p. ej.,Seth et al., U.S. 8,278,283), 4'-CH<2>-N(OCH 3)-2' y análogos de los mismos(véase, p. ej.,Prakash et al., U.S. 8,278,425), 4'-CH<2>-O-N(CH a)-2'(véase, p. ej.,Allerson et al., U.S. 7,696,345 y Allerson et al., U.S. 8,124,745), 4'-CH<2>-C(H)(CH a)-2'(véase, p. ej.,Zhou, et al., J. Org. Chem.,2009, 74, 118-134), 4'-CH2-<c>(=CH2)-2' y análogos de los mismos(véase, p. ej.,Sethet al., U.S. 8,278,426), 4'-C(RaRb)-N(R)-O-2', 4' -C(R,Rp)-O-N(R)-2', 4'-CH2-O-N(R)-2', y 4'-CH2-N(R)-O-2', donde cada R, Ra, y Rb es, independientemente, H, un grupo protector, o alquilo C<1>-C<12>(véase, (véase, p. ej.,Imanishi et al., U.S. 7,427,672).
[0076] Dichos puentes de 4' a 2' pueden comprender independientemente de 1 a 4 grupos enlazados seleccionados independientemente de: -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, y -N(Ra)-;
donde:
x es 0, 1 ó 2;
n es 1, 2, 3 ó 4;
cada Ra y Rb es, independientemente, H, un grupo protector, hidroxilo, alquilo C<1>-C<12>, alquilo C<1>-C<12>sustituido, alquenilo C<2>-C<12>, alquenilo C<2>-C<12>sustituido, alquinilo C<2>-C<12>, alquinilo C<2>-C<12>sustituido, arilo C<5>-C<20>, arilo C<5>-C<20>sustituido, radical heterociclo, radical heterociclo sustituido, heteroarilo, heteroarilo sustituido, radical alicíclico C<3>-C<7>, radical alicíclico C<3>-C<7>sustituido, halógeno, OJ<1>, NJ<1>J<2>, SJ<1>, N<3>, COOJ<1>, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, CN, sulfonilo (S(=O)<2>-J<1>), o sulfoxilo (S(=O)-Ji); y
cada J<1>y J<2>es, independientemente, H, alquilo C<1>-C<12>, alquilo C<1>-C<12>sustituido, alquenilo C<2>-C<12>, alquenilo C<2>-C<12>sustituido, alquinilo C<2>-C<12>, alquinilo C<2>-C<12>sustituido, arilo C<5>-C<20>, arilo C<5>-C<20>sustituido, acilo (C(=O)-H), acilo sustituido, un radical heterociclo, un radical heterociclo sustituido, aminoalquilo C<1>-C<12>, aminoalquilo C<1>-C<12>sustituido, o un grupo protector.
[0077] Otros restos de azúcar bicíclico son conocidas en la técnica, véase, por ejemplo: Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 8362 8379; Wengel et a., U.S. 7,053,207; Imanishi et al., U.S. 6,268,490; Imanishi et al. EE.UU. 6,770,748; Imanishi et al., U.S. RE44.779: Wengel et al., U.S. 6,794,499; Wengel et al., U.S.6,670,461; Wengel et al., U.S. 7,034,133; Wengel et al., U.S.
8,080,644; Wengel et al., U.S. 8,034,909; Wengel et al., U.S. 8,153,365; Wengel et al., U.S. 7,572,582; Ramasamy et al., U.S. 6,525,191; Torsten et al., documento WO 2004/106356; Wengel et al., documento WO 1999/014226; Seth et al., documento WO 2007/134181; Seth et al., U.S. 7,547,684; Seth et al., U.S. 7,666,854; Seth et al., U.S. 8,088,746; Seth et al., U.S. 7,750,131; Seth et al., U.S. 8,030,467; Seth et al., U.S. 8,268,980; Seth et al., U.S. 8,546,556; Seth et al., U.S.
8,530,640; Migawa et al., U.S. 9,012,421; Seth et al., U.S. 8,501,805; y U.S. Publicación de Patentes de EE.UU. Allerson et al., US2008/0039618 y Migawa et al., US2015/0191727.
[0078] Los restos de azúcar bicíclico y los nucleósidos que incorporan tales restos de azúcar bicíclico pueden definirse además por su configuración isomérica. Por ejemplo, un nucleósido LNA (descrito en el presente documento) puede estar en la configuración a-L o en la configuración p-D.
Se han incorporado nucleósidos bicíclicos a-L-metilenooxi (<4>'-CH2-O-<2>') o a-L-LNA en oligonucleótidos que mostraron actividad antisentido (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). En el presente documento, las descripciones generales de los nucleósidos bicíclicos incluyen ambas configuraciones isoméricas. Cuando las posiciones de nucleósidos bicíclicos específicos(p. ej.,LNA o cEt) se identifican en las realizaciones ejemplificadas aquí, están en la configuración p-D, a menos que se especifique lo contrario.
[0079] Los restos de azúcar modificado pueden comprender uno o más sustituyentes de azúcar no puenteantes y uno o más sustituyentes de azúcar puenteantes (por ejemplo, azúcares sustituidos en 5' y com puente en 4'-2').
[0080] Los restos de azúcar modificado pueden ser sustitutos de azúcar. El átomo de oxígeno del resto de azúcar puede sustituirse,p. ej.,por un átomo de azufre, carbono o nitrógeno. Dichos restos de azúcar modificado también pueden incluir sustituyentes puente y/o no puente, tal como se describe en el presente documento. Por ejemplo, algunos sustitutos del azúcar contienen un átomo de azufre en 4 'y una sustitución en la posición 2'(véase, p. ej.,Bhat et al., U.S.
7,875,733 y Bhat et al., U.S. 7,939,677) y/o la posición 5'.
[0081] Los sustitutos del azúcar pueden comprender anillos que tengan menos de 5 átomos. Por ejemplo, un sustituto del azúcar puede comprender un tetrahidropirano ("THP") de seis miembros. Estos tetrahidropiranos pueden modificarse o sustituirse. Los nucleósidos que comprenden dichos tetrahidropiranos modificados incluyen, entre otros, el ácido nucleico de hexitol ("HNA"), el ácido nucleico de anitol ("ANA"), el ácido nucleico de manitol ("m Na ")(véase, p. ej.,Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10, 841-854), fluoro HNA:
("F-HNA",véase, p. ej.,Swayze et al., U.S. 8,088,904: Swayze et al., U.S. 8,440,803: Swayze et al., U.S. 8,796,437: y Swayze et al., U.S. 9,005,906: F-HNA también puede denominarse F-THP o 3'-fluoro tetrahidropirano), y nucleósidos que comprenden compuestos THP modificados adicionales que tienen la fórmula:
donde, independientemente, para cada uno de dichos nucleósidos THP modificados:
Bx es un resto de nucleobase:
T<3>y T<4>son cada uno, independientemente, un grupo de enlace internucleósido que enlaza el nucleósido THP modificado al resto de un oligonucleótido o uno de T<3>y T<4>es un grupo de enlace internucleósido que enlaza el nucleósido THP modificado al resto de un oligonucleótido y el otro de T<3>y T<4>es H, un grupo protector hidroxilo, un grupo conjugado enlazado, o un grupo 5' o 3'-terminal;
qi, q<2>, q<3>, q<4>, q<5>, q6 y q<7>son cada uno, independientemente, H, alquilo C<1>-C<6>, alquilo C<1>-C<6>sustituido, alquenilo C<2>-C<6>, alquenilo C<2>-C<6>sustituido, alquinilo C<2>-C<6>, o alquinilo C<2>-C<6>sustituido; y
cada uno de R<1>y R<2>se selecciona independientemente entre: hidrógeno, halógeno, alcoxi sustituido o no sustituido, NJ<1>J<2>, SJ<1>, N<3>, OC(=X)J<1>, OC(=X)NJ<1>J<2>, NJaC(=X)NJ-iJ<2>, y CN, en el que X es O, S o NJ<1>, y cada J<1>, J<2>, y J<3>es, independientemente, H o alquilo C<1>-C<6>.
[0082] Se dan a conocer nucleósidos THP modificados en los que q<1>, q<2>, q<3>, q<4>, q<5>, q6 y q<7>son cada uno H. Al menos uno de q<1>, q<2>, q<3>, q<4>, q<5>, q6 y q<7>puede ser distinto de H. Al menos uno de q<1>, q<2>, q<3>, q<4>, q<5>, q6 y q<7>puede ser metilo. Se dan a conocer nucleósidos THP modificados en los que uno de R<1>y R<2>es F. R<1>puede ser F y R<2>puede ser H, R<1>puede ser metoxi y R<2>puede ser H, y R<1>puede ser metoxietoxi y R<2>puede ser H.
[0083] Los sustitutos del azúcar pueden comprender anillos que tengan más de 5 átomos y más de un heteroátomo. Por ejemplo, se han descrito nucleósidos que comprenden restos de azúcar morfolino y su uso en oligonucleótidos(véase, por ejemplo,Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 y Summerton et al., U.S. 5,698,685; Summerton et al., U.S. 5,166,315; Summerton et al., U.S. 5,185,444; y Summerton et al., U.S. 5,034,506). Como se utiliza aquí, el término "morfolino" significa un sustituto del azúcar que tiene la siguiente estructura:
Los morfolinos pueden modificarse, por ejemplo, añadiendo o alterando varios grupos sustituyentes de la estructura del morfolino anterior. Tales sustitutos del azúcar se denominan aquí "morfolinos modificados".
[0084] Los sustitutos del azúcar pueden comprender fracciones acíclicas. Ejemplos de nucleósidos y oligonucleótidos que comprenden dichos sustitutos de azúcares acíclicos incluyen, entre otros: ácido nucleico peptídico ("PNA"), ácido nucleico butílico acíclico(véase, p. ej.,Kumar et al., Org. Biomol. Chem., 2013, 11, 5853-5865), y nucleósidos y oligonucleótidos descritos en Manoharan et al., WO2011/133876.
[0085] Se conocen en la técnica muchos otros sistemas de anillos de azúcar y sustitutos de azúcar bicíclicos y tricíclicos que pueden utilizarse en nucleósidos modificados).
2. Ciertas Nucleobases Modificadas
[0086] En la invención, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos que comprenden una nucleobase no modificada, como se define en las reivindicaciones. En la invención, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos que comprenden una nucleobase modificada, tal como se define en las reivindicaciones. Los oligonucleótidos modificados pueden comprender uno o más nucleósidos que no comprenden una nucleobase, denominados nucleósidos abásicos.
[0087] Las nucleobases modificadas pueden seleccionarse entre: pirimidinas sustituidas en 5, 6-azapirimidinas, pirimidinas sustituidas en alquilo o alquinilo, purinas sustituidas en alquilo y purinas sustituidas en N-2, N-6 y O-6. Las nucleobases modificadas pueden seleccionarse entre: 2-aminopropiladenina, 5-hidroximetilcitosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-N-metilguanina, 6-N-metiladenina, 2-propiladenina, 2-tiouracilo, 2-tiotimina y 2-tiocitosina, 5-propinil (-CEC-CH<3>) uracilo, 5-propinilcitosina, 6-azouracilo, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-ribosiluracilo (pseudouracilo), 4-tiouracilo, 8-halo, 8-amino, 8-tiol, 8-tioalquilo, 8-hidroxilo, 8-aza y otras purinas sustituidas en 8, 5-halo, en particular 5-bromo, 5-trifluorometil, 5-halouracilo y 5-halocitosina, 7-metilguanina, 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-aminoadenina, 7-deazaguanina, 7-deazaadenina, 3-deazaguanina, 3-deazaadenina, 6-N-benzoiladenina, 2-N-isobutirilguanina, 4-N-benzoilcitosina, 4-N-benzoiluracilo, 5-metil 4-N-benzoilcitosina, 5-metil 4-N-benzoiluracilo, bases universales, bases hidrofóbicas, bases promiscuas, bases de tamaño expandido y bases fluoradas. Otras nucleobases modificadas son las pirimidinas tricíclicas, como la 1,3-diazafenoxazina-2-ona, la 1,3-diazafenotiazina-2-ona y la 9-(2-aminoetoxi)-1,3-diazafenoxazina-2-ona (G-clamp). Las nucleobases modificadas también pueden incluir aquellas en las que la base de purina o pirimidina se sustituye por otros heterociclos, por ejemplo 7-deaza-adenina, 7-deazaguanosina, 2-aminopiridina y 2-piridona. Otras nucleobases son las descritas en Merigan et al., U.S. 3,687,808, los divulgados en The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S., Chapter 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288; and those disclosed in Chapters 6 and 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 y 442-443.
[0088] Las publicaciones que enseñan la preparación de algunas de las nucleobases modificadas mencionadas anteriormente, así como de otras nucleobases modificadas, incluyen, entre otras, Manoharan et al., US2003/0158403; Manoharan et al., US2003/0175906; Dinh et al., U.S. 4,845,205; Spielvogel et al., U.S.
5.130.302: Rogers et al., U.S. 5.134.066: Bischofberaer et al., U.S. 5.175.273: Urdea et al., U.S. 5.367.066: Benner et al., U.S. 5.432.272: Matteucci et al.. U.S. 5.434.257: Gmeiner et al.. U.S. 5.457.187: Cook et al.. U.S. 5.459.255: Froehler et al.. U.S. 5.484.908: Matteucci et al.. U.S. 5.502.177: Hawkins et al.. U.S. 5.525.711: Haralambidis et al.. U.S.
5.552.540: Cook et al.. U.S. 5.587.469: Froehler et al. U.S. 5.594.121: Switzer et al.. U.S. 5.596.091: Cook et al. U.S.
5.614.617: Froehler et al.. U.S. 5.645.985: Cook et al . U.S. 5.681.941: Cook et al.. U.S. 5.811.534: Cook et al.. U.S.
5.750.692: Cook et al.. U.S. 5.948.903: Cook et al.. U.S. 5.587.470: Cook et al.. U.S. 5.457.191: Matteucci et al. U.S.
5.763.588: Froehler et al.. U.S. 5.830.653: Cook et al.. U.S. 5.808.027: Cook et al.. 6.166.199: and Matteucci et al. U.S.
6.005.096.
3. Ciertos Enlaces Internucleósidos Modificados
[0089] Los nucleósidos de los oligonucleótidos modificados pueden unirse entre sí utilizando cualquier enlace internucleósido. Las dos clases principales de grupos de enlace internucleósido se definen por la presencia o ausencia de un átomo de fósforo. Los enlaces internucleósidos representativos que contienen fósforo incluyen. entre otros. los fosfodiésteres. que contienen un enlace fosfodiéster ("P(O<2>)=O") (también denominados enlaces no modificados o naturales). fosfotriesteres. metilfosfonatos, fosforamidatos, y fosforotioatos ("P(O<2>)=S") y fosforoditioatos ("HS-P=S"). Los grupos de enlace internucleósido representativos que no contienen fósforo incluyen. entre otros. el metilenmetilimino (-CH<2>-N(CHa)-O-CH<2>-), el tiodiéster, el tionocarbamato (-O-C(=O)(NH)-S-): el siloxano (-O-Si^-O-): y la N.N'-dimetilhidrazina (-CH<2>-N(CH<3>)-N(CH<3>)-). Los enlaces internucleósidos modificados. en comparación con los enlaces fosfato naturales. pueden utilizarse para alterar. normalmente aumentar. la resistencia a las nucleasas del oligonucleótido. Los enlaces internucleósidos que tienen un átomo quiral pueden prepararse como una mezcla racémica o como enantiómeros separados. Los métodos de preparación de enlaces internucleósidos que contienen fósforo y que no contienen fósforo son bien conocidos por los expertos en la técnica.
[0090] Los enlaces internucleósidos representativos que tienen un centro quiral incluyen. entre otros. alquilfosfonatos y fosforotioatos. Los oligonucleótidos modificados que comprenden enlaces internucleósidos que tienen un centro quiral pueden prepararse como poblaciones de oligonucleótidos modificados que comprenden enlaces internucleósidos estereorándomicos. o como poblaciones de oligonucleótidos modificados que comprenden enlaces fosforotioato en configuraciones estereoquímicas particulares. En ciertas realizaciones. las poblaciones de oligonucleótidos modificados comprenden enlaces internucleósidos de fosforotioato en los que todos los enlaces internucleósidos de fosforotioato son estereorándomicos. Tales oligonucleótidos modificados pueden generarse utilizando métodos sintéticos que dan lugar a una selección aleatoria de la configuración estereoquímica de cada enlace fosforotioato. No obstante. como es bien sabido por los expertos en la materia. cada fosforotioato individual de cada molécula de oligonucleótido individual tiene una estereoconfiguración definida. En ciertas realizaciones. las poblaciones de oligonucleótidos modificados están enriquecidas para oligonucleótidos modificados que comprenden uno o más enlaces internucleósidos fosforotioato particulares en una configuración estereoquímica particular seleccionada independientemente. En ciertas realizaciones. la configuración particular del enlace fosforotioato particular está presente en al menos el 65% de las moléculas de la población. En ciertas realizaciones. la configuración particular del enlace fosforotioato particular está presente en al menos el 70% de las moléculas de la población. En ciertas realizaciones. la configuración particular del enlace fosforotioato particular está presente en al menos el 80% de las moléculas de la población. En ciertas realizaciones. la configuración particular del enlace fosforotioato particular está presente en al menos el 90% de las moléculas de la población. En ciertas realizaciones. la configuración particular del enlace fosforotioato particular está presente en al menos el 99% de las moléculas de la población. Tales poblaciones quiralmente enriquecidas de oligonucleótidos modificados pueden generarse utilizando métodos sintéticos conocidos en la técnica. por ejemplo. los métodos descritos en Oka et al.. JACS 125. 8307 (2003). Wan et al. Nuc. Acid. Res. 42. 13456 (2014). y WO 2017/015555. En ciertas realizaciones. una población de oligonucleótidos modificados está enriquecida para oligonucleótidos modificados que tienen al menos un fosforotioato indicado en la configuración (Sp). En ciertas realizaciones. una población de oligonucleótidos modificados está enriquecida para oligonucleótidos modificados que tienen al menos un fosforotioato en la configuración (Rp). En ciertas realizaciones. los oligonucleótidos modificados que comprenden fosforotioatos (Rp) y/o (Sp) comprenden una o más de las siguientes fórmulas. respectivamente. donde "B" indica una nucleobase:
A menos que se indique lo contrario. los enlaces internucleósidos quirales de los oligonucleótidos modificados aquí descritos pueden ser estereorándomicos o estar en una configuración estereoquímica particular.
[0091] Los enlaces intemucleósidos neutros incluyen, sin limitación, fosfotriesteres, metilfosfonatos, MMI (3'-CH<2>-N(CH 3)-O-5'), amida-3 (3'-CH 2-C(=O)-N(H)-5'), amida-4 (3'-CH 2-N(H)-C(=O)-5'), formacetal (3'-O-CH 2-O-5'), metoxipropil (MOP) y tioformacetal (3'-S-CH 2-O-5'). Otros enlaces neutros internucleósidos incluyen enlaces no iónicos que comprenden siloxano (dialquilsiloxano), éster de carboxilato, carboxamida, sulfuro, éster de sulfonato y amidas (Véase, por ejemplo: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi y P.D. Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Capítulos 3 y 4, 40-65). Otros enlaces neutros internucleósidos incluyen enlaces no iónicos que comprenden componentes mixtos N, O, S y CH<2>.
B. A lgunos Motivos
[0092] En la invención, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden un resto de azúcar modificado, como se define en las reivindicaciones. En la invención, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más nucleósidos modificados que comprenden una nucleobase modificada, como se define en las reivindicaciones. En la invención, los oligonucleótidos modificados comprenden uno o más enlaces internucleósidos modificados, como se define en las reivindicaciones. Los restos de azúcar, nucleobases y/o enlaces internucleósidos modificados, no modificados o modificados de forma diferente de un oligonucleótido modificado pueden definir un patrón o motivo. Los patrones de azúcares, nucleobases y enlaces internucleósidos pueden ser independientes entre sí. Así, un oligonucleótido modificado puede describirse por su motivo de azúcar, motivo de nucleobase y/o motivo de enlace internucleósido (tal como se utiliza aquí, el motivo de nucleobase describe las modificaciones de las nucleobases independientemente de la secuencia de nucleobases).
1. Ciertos Motivos de Azúcar
[0093] En la invención, los oligonucleótidos comprenden uno o más tipos de azúcar modificado y/o resto de azúcar no modificado dispuestos a lo largo del oligonucleótido o porción del mismo en un patrón definido o motivo de azúcar, como se define en las reivindicaciones. Tales motivos de azúcar pueden incluir, pero no se limitan a, cualquiera de las modificaciones de azúcar discutidas aquí.
[0094] Los oligonucleótidos modificados pueden tener un motivogapmer,que se define por dos regiones externas o "alas" y una región central o interna o "hueco". Las tres regiones de un motivogapmer(el ala 5', el hueco y el ala 3') forman una secuencia contigua de nucleósidos en la que al menos algunos de los restos de azúcar de los nucleósidos de cada una de las alas difieren de al menos algunos de los restos de azúcar de los nucleósidos del hueco. En concreto, al menos los restos de azúcar de los nucleósidos de cada ala que están más cerca del hueco (el nucleósido más 3' del ala 5'- y el nucleósido más 5' del ala 3'-) difieren del resto de azúcar de los nucleósidos vecinos del hueco, definiendo así el límite entre las alas y el hueco (es decir, la unión ala/hueco). Los restos de azúcar dentro del hueco pueden ser iguales entre sí. El hueco puede incluir uno o más nucleósidos que tengan un resto de azúcar que difiera del resto de azúcar de uno o más nucleósidos del hueco. Los motivos de azúcar de las dos alas pueden ser iguales entre sí(gapmersimétrico). El motivo de azúcar del ala 5' puede diferir del motivo de azúcar del ala 3'(gapmerasimétrico).
[0095] Las alas de ungapmerpueden comprender de 1 a 6 nucleósidos. Cada nucleósido de cada ala de ungapmerpuede comprender un resto de azúcar modificado. Al menos un nucleósido de cada ala de ungapmerpuede comprender un resto de azúcar modificado. Al menos dos nucleósidos de cada ala de ungapmerpueden comprender un resto de azúcar modificado. Al menos tres nucleósidos de cada ala de ungapmerpueden comprender un resto de azúcar modificado. Al menos cuatro nucleósidos de cada ala de ungapmerpueden comprender un resto de azúcar modificado. Al menos cinco nucleósidos de cada ala de ungapmerpueden comprender un resto de azúcar modificado.
[0096] El hueco de ungapmerpuede comprender de 7 a 12 nucleósidos. Cada nucleósido del hueco de ungapmerpuede comprender un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil. Al menos un nucleósido del hueco de ungapmerpuede comprender un resto de azúcar modificado.
[0097] Elgapmerpuede ser ungapmerdeoxi. Los nucleósidos en el lado del hueco de cada unión ala/hueco pueden comprender restos de azúcar 2'-desoxirribosil y los nucleósidos en los lados de las alas de cada unión ala/hueco pueden comprender restos de azúcar modificado. Cada nucleósido del hueco puede comprender un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil. Cada nucleósido de cada ala de ungapmerpuede comprender un resto de azúcar modificado. Exactamente un nucleósido del hueco puede comprender un resto de azúcar modificado y cada nucleósido restante del hueco puede comprender un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil.
[0098] Los oligonucleótidos modificados pueden comprender o consistir en una porción que tenga un motivo de azúcar totalmente modificado. Cada nucleósido de la porción totalmente modificada del oligonucleótido modificado puede comprender un resto de azúcar modificado. Cada nucleósido del oligonucleótido modificado completo puede comprender un resto de azúcar modificado. Los oligonucleótidos modificados pueden comprender o consistir en una porción que tiene un motivo de azúcar totalmente modificado, en el que cada nucleósido dentro de la porción totalmente modificada puede comprender el mismo resto de azúcar modificado, denominado en el presente documento motivo de azúcar uniformemente modificado. Un oligonucleótido totalmente modificado puede ser un oligonucleótido uniformemente modificado. Cada nucleósido de una modificación uniforme puede comprender la misma modificación 2'.
[0099] En este caso, las longitudes (número de nucleósidos) de las tres regiones de ungapmerpueden proporcionarse utilizando la notación [# de nucleósidos en el ala 5'-] - [# de nucleósidos en el hueco] - [# de nucleósidos en el ala 3'-]. Así, ungapmer3-10-3 consta de 3 nucleósidos enlazados en cada ala y 10 nucleósidos enlazados en el hueco. Cuando dicha nomenclatura va seguida de una modificación específica, dicha modificación es la modificación en cada resto de azúcar de cada ala y los nucleósidos hueco comprenden restos de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil. Así, ungapmer5-10-5 MOE consta de 5 nucleósidos 2'-MOE enlazados en el ala 5'-, 10 p-D-desoxinucleósidos enlazados en el hueco, y 5 nucleósidos 2'-MOE enlazados en el ala 3'-. Ungapmer3-10-3 cEt consta de 3 nucleósidos cEt enlazados en el ala 5', 10 p-D-desoxinucleósidos enlazados en el hueco y 3 nucleósidos cEt enlazados en el ala 3'. Ungapmer5-8-5 consiste en 5 nucleósidos enlazados que comprenden un resto de azúcar modificado en el ala 5', 82'-p-D-desoxinucleósidos enlazados en el hueco y 5 nucleósidos enlazados que comprenden un resto de azúcar modificado en el ala 3'. Ungapmermixto 5 8-5 tiene al menos dos restos diferentes de azúcar modificado en las alas 5'- y/o 3'-.
[0100] Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers5-10-5 MOE. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers4-10-6 MOE. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers6-10-4 MOE. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers5-8-5 MOE. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers6-8-4 MOE. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers4-8-6 MOE. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmersX-Y-Z MOE, en los que X y Z se seleccionan independientemente entre 1, 2, 3, 4, 5 ó 6 e Y es 7, 8, 9, 10 u 11.
2. Ciertos Motivos Nucleobásicos
[0101] En la invención, los oligonucleótidos comprenden nucleobases modificadas y/o no modificadas dispuestas a lo largo del oligonucleótido o porción del mismo en un patrón o motivo definido, como se define en las reivindicaciones. Cada nucleobase puede ser modificada. Ninguna de las nucleobases puede ser modificada. Cada purina o cada pirimidina puede ser modificada. Cada adenina puede ser modificada. Cada guanina puede ser modificada. Cada timina puede ser modificada. Cada uracilo puede ser modificado. Cada citosina puede ser modificada. Algunas o todas las nucleobases de citosina en un oligonucleótido modificado pueden ser 5-metil citosinas. Todas las nucleobases de citosina pueden ser 5-metil citosinas y todas las demás nucleobases del oligonucleótido modificado pueden ser nucleobases no modificadas.
[0102] Los oligonucleótidos modificados pueden comprender un bloque de nucleobases modificadas. El bloque puede estar en el extremo 3' del oligonucleótido. El bloque puede estar dentro de los 3 nucleósidos del extremo 3'del oligonucleótido. El bloque puede estar en el extremo 5' del oligonucleótido. El bloque puede estar dentro de los 3 nucleósidos del extremo 5'del oligonucleótido.
[0103] Los oligonucleótidos que tienen un motivogapmerpueden comprender un nucleósido que comprende una nucleobase modificada. Un nucleósido que comprende una nucleobase modificada puede estar en el hueco central de un oligonucleótido que tenga un motivogapmer.El resto de azúcar de dicho nucleósido puede ser un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil. La nucleobase modificada puede seleccionarse entre: una 2-tiopirimidina y una 5-propinepirimidina.
3. Ciertos Motivos de Enlace Internucleósido
[0104] En la invención, los oligonucleótidos comprenden enlaces internucleósidos modificados y/o no modificados dispuestos a lo largo del oligonucleótido o porción del mismo en un patrón o motivo definido, como se define en las reivindicaciones. Cada grupo de enlace internucleósido puede ser un enlace internucleósido fosfodiéster (P(O<2>)=O). Cada grupo de enlace internucleósido de un oligonucleótido modificado puede ser un enlace internucleósido fosforotioato (P(O<2>)=S). Cada enlace internucleósido de un oligonucleótido modificado puede seleccionarse independientemente entre un enlace internucleósido fosforotioato y un enlace internucleósido fosfodiéster. Cada enlace internucleósido fosforotioato puede seleccionarse independientemente entre un fosforotioato estereorándomico, un fosforotioato (Sp) y un fosforotioato (Rp). El motivo de azúcar de un oligonucleótido modificado puede ser ungapmery los enlaces internucleósidos dentro del gap están todos modificados. Algunos o todos los enlaces internucleósidos de las alas pueden ser enlaces internucleósidos fosfodiéster no modificados. Los enlaces internucleósidos terminales pueden modificarse. El motivo de azúcar de un oligonucleótido modificado puede ser ungapmer, y el motivo de enlace internucleósido puede comprender al menos un enlace internucleósido fosfodiéster en al menos un ala, en el que el al menos un enlace fosfodiéster no es un enlace internucleósido terminal, y los enlaces internucleósidos restantes pueden ser enlaces internucleósidos fosforotioato. Todos los enlaces fosforotioato pueden ser estereorándomicos. Todos los enlaces fosforotioato de las alas pueden ser fosforotioatos (Sp), y el hueco puede comprender al menos un motivo Sp, Sp, Rp. Las poblaciones de oligonucleótidos modificados pueden estar enriquecidas para oligonucleótidos modificados que comprenden tales motivos de enlace internucleósido.
[0105] Los nucleótidos modificados pueden tener un motivo de enlace internucleósido de soooossssssssssooss, donde cada "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Los nucleótidos modificados pueden tener un motivo de enlace internucleósido de sooooosssssssssssss, donde cada "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Los nucleótidos modificados pueden tener un motivo de enlace internucleósido de soooosssssssssoss, donde cada "s" representa un enlace intemucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace intemucleósido fosfodiéster. Los nucleótidos modificados pueden tener un motivo de enlace intemucleósido de sooosssssssssooss, donde cada "s" representa un enlace intemucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace intemucleósido fosfodiéster. Los nucleótidos modificados pueden tener un motivo de enlace internucleósido de sooossssssssssoooss, donde cada "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Los nucleótidos modificados tienen un motivo de enlace internucleósido de soosssssssssoooss, donde cada "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster.
C. Ciertas Longitudes
[0106] Es posible aumentar o disminuir la longitud de un oligonucleótido sin eliminar la actividad. Por ejemplo, en Woolf et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7305-7309, 1992), se probó la capacidad de una serie de oligonucleótidos de 13-25 nucleobases de longitud para inducir la escisión de un ARN diana en un modelo de inyección en ovocitos. Los oligonucleótidos de 25 nucleobases de longitud con 8 u 11 bases desajustadas cerca de los extremos de los oligonucleótidos fueron capaces de dirigir la escisión específica del ARN diana, aunque en menor medida que los oligonucleótidos que no contenían desajustes. Del mismo modo, se logró la escisión específica de la diana utilizando oligonucleótidos de 13 nucleobases, incluidos aquellos con 1 o 3 desajustes.
[0107] Los oligonucleótidos (incluyendo oligonucleótidos modificados) pueden tener cualquiera de una variedad de intervalos de longitudes. Los oligonucleótidos pueden consistir en nucleósidos enlazados de X a Y, donde X representa el menor número de nucleósidos en el intervalo e Y representa el mayor número de nucleósidos en el intervalo. X e Y pueden seleccionarse cada uno independientemente entre 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24,
25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 y 50; siempre que X<Y. Por ejemplo, los oligonucleótidos pueden consistir en 12 a 13, 12 a 14, 12 a 15, 12 a 16, 12 a 17, 12 a 18, 12 a 19, 12 a 20,
12 a 21, 12 a 22, 12 a 23, 12 a 24, 12 a 25, 12 a 26, 12 a 27, 12 a 28, 12 a 29, 12 a 30, 13 a 14, 13 a 15, 13 a 16, 13 a
17, 13 a 18, 13 a 19, 13 a 20, 13 a 21, 13 a 22, 13 a 23, 13 a 24, 13 a 25, 13 a 26, 13 a 27, 13 a 28, 13 a 29, 13 a 30, 14 a 15, 14 a 16, 14 a 17, 14 a 18, 14 a 19, 14 a 20, 14 a 21, 14 a 22, 14 a 23, 14 a 24, 14 a 25, 14 a 26, 14 a 27, 14 a 28,
14 a 29, 14 a 30, 15 a 16, 15 a 17, 15 a 18, 15 a 19, 15 a 20, 15 a 21, 15 a 22, 15 a 23, 15 a 24, 15 a 25, 15 a 26, 15 a
27, 15 a 28, 15 a 29, 15 a 30, 16 a 17, 16 a 18, 16 a 19, 16 a 20, 16 a 21, 16 a 22, 16 a 23, 16 a 24, 16 a 25, 16 a 26, 16 a 27, 16 a 28, 16 a 29, 16 a 30, 17 a 18, 17 a 19, 17 a 20, 17 a 21, 17 a 22, 17 a 23, 17 a 24, 17 a 25, 17 a 26, 17 a 27, 17 a 28, 17 a 29, 17 a 30, 18 a 19, 18 a 20, 18 a 21, 18 a 22, 18 a 23, 18 a 24, 18 a 25, 18 a 26, 18 a 27, 18 a 28, 18 a
29, 18 a 30, 19 a 20, 19 a 21, 19 a 22, 19 a 23, 19 a 24, 19 a 25, 19 a 26, 19 a 29, 19 a 28, 19 a 29, 19 a 30, 20 a 21,20
a 22, 20 a 23, 20 a 24, 20 a 25, 20 a 26, 20 a 27, 20 a 28, 20 a 29, 20 a 30, 21 a 22, 21 a 23, 21 a 24, 21 a 25, 21 a 26, 21 a 27, 21 a 28, 21 a 29, 21 a 30, 22 a 23, 22 a 24, 22 a 25, 22 a 26, 22 a 27, 22 a 28, 22 a 29, 22 a 30, 23 a 24, 23 a
25, 23 a 26, 23 a 27, 23 a 28, 23 a 29, 23 a 30, 24 a 25, 24 a 26, 24 a 27, 24 a 28, 24 a 29, 24 a 30, 25 a 26, 25 a 27, 25 a 28, 25 a 29, 25 a 30, 26 a 27, 26 a 28, 26 a 29, 26 a 30, 27 a 28, 27 a 29, 27 a 30, 28 a 29, 28 a 30 o 29 a 30 nucleósidos enlazados.
D. Ciertos O ligonucleótidos Modificados
[0108] En la invención, las modificaciones anteriores (azúcar, nucleobase, enlace internucleósido) se incorporan al oligonucleótido modificado tal como se define en las reivindicaciones. Los oligonucleótidos modificados pueden caracterizarse por sus motivos de modificación y longitudes totales. Dichos parámetros pueden ser independientes entre sí. Así, a menos que se indique lo contrario, cada enlace internucleósido de un oligonucleótido que tenga un motivo de azúcargapmerpuede estar modificado o sin modificar y puede seguir o no el patrón de modificacióngapmerde las modificaciones de azúcar. Por ejemplo, los enlaces internucleósidos dentro de las regiones alares de ungapmerde azúcar pueden ser iguales o diferentes entre sí y pueden ser iguales o diferentes de los enlaces internucleósidos de la región hueco del motivo de azúcar. Asimismo, dichos oligonucleótidosgapmerde azúcar pueden comprender una o más nucleobases modificadas independientes del patróngapmerde las modificaciones de azúcar. A menos que se indique lo contrario, todas las modificaciones son independientes de la secuencia de nucleobases.
E. Ciertas Poblaciones de O ligonucleótidos Modificados
[0109] Las poblaciones de oligonucleótidos modificados en las que todos los oligonucleótidos modificados de la población tienen la misma fórmula molecular pueden ser poblaciones estereorándomicas o poblaciones enriquecidas quiralmente.
Todos los centros quirales de todos los oligonucleótidos modificados son estereorándomicos en una población estereorándomica. En una población quiralmente enriquecida, al menos un centro quiral particular no es estereorandomérico en los oligonucleótidos modificados de la población. Los oligonucleótidos modificados de una población enriquecida quiralmente pueden estar enriquecidos para restos de azúcares p-D ribosil, y todos los enlaces internucleósidos fosforotioato pueden ser estereorándomicos. Los oligonucleótidos modificados de una población enriquecida quiralmente pueden estar enriquecidos tanto para restos de azúcar p-D ribosil como para al menos un enlace internucleósido fosforotioato particular en una configuración estereoquímica particular.
F. Secuencia de Nucleobases
[0110] Los oligonucleótidos (oligonucleótidos no modificados o modificados) pueden describirse además por su secuencia
de nucleobases. Los oligonucleótidos pueden tener una secuencia de nucleobases complementaria a un segundo oligonucleótido o a un ácido nucleico de referencia identificado, como un ácido nucleico diana. Una porción de un oligonucleótido puede tener una secuencia de nucleobases complementaria a un segundo oligonucleótido o a un ácido nucleico de referencia identificado, como un ácido nucleico diana. La secuencia de nucleobases de una porción o de toda la longitud de un oligonucleótido puede ser al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 85%, al menos 90%, al menos 95%, o 100% complementaria al segundo oligonucleótido o ácido nucleico, tal como un ácido nucleico diana.
II. Determinados Compuestos Oligoméricos
[0111] Se proporcionan aquí compuestos oligoméricos, que consisten en un oligonucleótido y opcionalmente uno o más grupos conjugados y/o grupos terminales, como se define en las reivindicaciones. Los grupos conjugados consisten en uno o más restos conjugados y un enlazador conjugado que une el resto conjugado al oligonucleótido. Los grupos conjugados pueden unirse a uno o ambos extremos de un oligonucleótido y/o en cualquier posición interna. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen a la posición 2' de un nucleósido de un oligonucleótido modificado. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados que se unen a uno o ambos extremos de un oligonucleótido son grupos terminales. En ciertas realizaciones, se unen grupos conjugados o grupos terminales en los extremos 3' y/o 5' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados (o grupos terminales) se unen al extremo 3' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen cerca del extremo 3' de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados (o grupos terminales) se unen al extremo 5'de los oligonucleótidos. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados se unen cerca del extremo 5' de los oligonucleótidos.
[0112] Los ejemplos de grupos terminales incluyen, pero no se limitan a, grupos conjugados, grupos tapón, moléculas de fosfato, grupos protectores, nucleósidos modificados o no modificados, y dos o más nucleósidos que están independientemente modificados o no modificados.
A. Ciertos Grupos Conjugados
[0113] En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos están unidos covalentemente a uno o más grupos conjugados. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados modifican una o más propiedades del oligonucleótido unido, incluyendo pero sin limitarse a la farmacodinámica, farmacocinética, estabilidad, unión, absorción, distribución tisular, distribución celular, captación celular, carga y aclaramiento. En ciertas realizaciones, los grupos conjugados confieren una nueva propiedad al oligonucleótido unido,p. ej.,fluoróforos o grupos informadores que permiten la detección del oligonucleótido. Ciertos grupos conjugados y restos conjugados se han descrito anteriormente, por ejemplo: resto de colesterol (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556), ácido cólico (Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1053 1060), un tioéter,p. ej.,hexil-S-tritiltiol (Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309: Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770), un tiocolesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), una cadena alifática,p. ej.,do-decan-diol o residuos de undecilo (Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111 1118; Kabanov et al., F<e>B<s>Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al, Biochimie, 1993, 75, 49-54), un fosfolípido, por ejemplo, di-hexadecil-rac-glicerol o 1,2-di-O-hexadecil-rac-glicero-3-H-fosfonato de trietil-amonio (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), una poliamina o una cadena de polietilenglicol (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), o ácido adamantano acético un resto de palmito (Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), un resto de octadecilamina o hexilamino-carboniloxicolesterol (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937), un grupo tocoferol (Nishina et al., Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220; y Nishina et al., Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740), o un grupo GalNAc(por ejemplo,documento WO2014/179620).
[0114] En ciertas realizaciones, los grupos conjugados pueden seleccionarse de cualquiera de un alquilo C22, alquilo C20, alquilo C16, alquilo C10, alquilo C21, alquilo C19, alquilo C18, alquilo C15, alquilo C14, alquilo C13, alquilo C12, alquilo C<1 1>, alquilo C<9>, alquilo c 8, alquilo C7, C6 alquilo, C<5>alquilo, c 22 alquenilo, C20 alquenilo, C16 alquenilo, C10 alquenilo, C21 alquenilo, C19 alquenilo, C18 alquenilo, C15 alquenilo, C14 alquenilo, C13 alquenilo, C12 alquenilo, C11 alquenilo, C9 alquenilo, C8 alquenilo, C7 alquenilo, C6 alquenilo o C5 alquenilo.
[0115] En ciertas realizaciones, los grupos conjugados pueden seleccionarse de cualquiera de C22 alquilo, C20 alquilo, C16 alquilo, C10 alquilo, C21 alquilo, C19 alquilo, C18 alquilo, C15 alquilo, C14 alquilo, C13 alquilo, C12 alquilo, C11 alquilo, C9 alquilo, C8 alquilo, C7 alquilo, C6 alquilo y C5 alquilo, donde la cadena alquilo tiene uno o más enlaces insaturados.
1. Restos Conjugados
[0116] Los restos conjugados incluyen, sin limitación, intercaladores, moléculas informadoras, poliaminas, poliamidas, péptidos, carbohidratos, restos vitamínicos, polietilenglicoles, tioéteres, poliéteres, colesteroles, tiocolesteroles, restos de ácido cólico, folato, lípidos, fosfolípidos, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano, acridina, fluoresceínas, rodaminas, cumarinas, fluoróforos y colorantes.
[0117] En ciertas realizaciones, una molécula conjugada comprende un principio activo, por ejemplo, aspirina, warfarina, fenilbutazona, ibuprofeno, suprofeno, fen-bufeno, ketoprofeno,SM+)-pranoprofeno, carprofeno, dansilsarcosina, ácido 2.,3,5-triiodobenzoico, fingolimod, ácido flufenámico, ácido folínico, una benzotiadiazida, una clorotiazida, una diazepina, una indo-meticina, un barbitúrico, una cefalosporina, una sulfamida, un antidiabético, un antibacteriano o un antibiótico.
2. Enlazadores Conjugados
[0118] Los restos conjugados se unen a los oligonucleótidos mediante enlazadores conjugados. En ciertos compuestos oligoméricos, el enlazador conjugado es un enlace químico simple (es decir, el resto conjugado está unido directamente a un oligonucleótido mediante un enlace simple). En ciertas realizaciones, el enlazador conjugado comprende una estructura de cadena, como una cadena de hidrocarbilo, o un oligómero de unidades repetitivas como etilenglicol, nucleósidos o unidades de aminoácidos.
[0119] En ciertas realizaciones, un enlazador conjugado comprende uno o más grupos seleccionados entre alquilo, amino, oxo, amida, disulfuro, polietilenglicol, éter, tioéter e hidroxilamino. En ciertas realizaciones, el enlazador conjugado comprende grupos seleccionados entre alquilo, amino, oxo, amida y éter. En ciertas realizaciones, el enlazador conjugado comprende grupos seleccionados entre grupos alquilo y amida. En ciertas realizaciones, el enlazador conjugado comprende grupos seleccionados entre grupos alquilo y éter. En ciertas realizaciones, el enlazador conjugado comprende al menos un resto de fósforo. En ciertas realizaciones, el enlazador conjugado comprende al menos un grupo fosfato. En ciertas realizaciones, el enlazador conjugado incluye al menos un grupo enlazador neutro.
[0120] En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados, incluyendo los enlazadores conjugados descritos anteriormente, son elementos de enlace bifuncionales,por ejemplo,aquellos conocidos en la técnica por ser útiles para unir grupos conjugados a compuestos parentales, tales como los oligonucleótidos descritos en el presente documento. En general, un resto de enlace bifuncional comprende al menos dos grupos funcionales. Uno de los grupos funcionales se selecciona para unirse a un sitio concreto de un compuesto original y el otro se selecciona para unirse a un grupo conjugado. Los ejemplos de grupos funcionales utilizados en un resto de enlace bifuncional incluyen, entre otros, electrófilos para reaccionar con grupos nucleófilos y nucleófilos para reaccionar con grupos electrófilos. En ciertas realizaciones, los restos de enlace bifuncionales comprenden uno o más grupos seleccionados entre amino, hidroxilo, ácido carboxílico, tiol, alquilo, alquenilo y alquinilo.
[0121] Ejemplos de enlazadores conjugados incluyen pero no se limitan a pirrolidina, ácido 8-amino-3,6-dioxaoctanoico (ADO), 4-(N-maleimidometil) ciclohexano-1-carboxilato de succinimidil (SMCC) y ácido 6-aminohexanoico (AHEX o AHA). Otros enlazadores conjugados incluyen pero no se limitan a alquilo C<1>-C<10>sustituido o no sustituido, alquenilo C<2>-C<10>sustituido o no sustituido o alquinilo C<2>-C<10>sustituido o no sustituido, donde una lista no limitativa de grupos sustituyentes preferidos incluye hidroxilo, amino, alcoxi, carboxi, bencilo, fenilo, nitro, tiol, tioalcoxi, halógeno, alquilo, arilo, alquenilo y alquinilo.
[0122] En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden 1-10 nucleósidos enlazadores. En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden 2-5 enlazadores-nucleósidos. En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden exactamente 3 nucleósidos enlazadores. En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden el motivo TCA. En ciertas realizaciones, dichos nucleósidos enlazadores son nucleósidos modificados. En ciertas realizaciones, dichos nucleósidos enlazadores comprenden un resto de azúcar modificado. En ciertas realizaciones, los nucleósidos enlazadores no están modificados. En ciertas realizaciones, los nucleósidos enlazadores comprenden una base heterocíclica opcionalmente protegida seleccionada entre una purina, una purina sustituida, una pirimidina o una pirimidina sustituida. En ciertas realizaciones, un resto escindible es un nucleósido seleccionado entre uracilo, timina, citosina, 4-N-benzoilcitosina, 5-metilcitosina, 4-N-benzoil-5-metilcitosina, adenina, 6-N-benzoiladenina, guanina y 2-N-isobutirilguanina. Por lo general, es deseable que los nucleósidos enlazadores se separen del compuesto oligomérico después de llegar al tejido diana. En consecuencia, los nucleósidos enlazadores suelen estar unidos entre sí y al resto del compuesto oligomérico mediante enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, dichos enlaces escindibles son enlaces fosfodiéster.
[0123] En este caso, los nucleósidos enlazadores no se consideran parte del oligonucleótido. Por consiguiente, en las realizaciones en las que un compuesto oligomérico comprende un oligonucleótido que consiste en un número o intervalo especificado de nucleósidos enlazados y/o un porcentaje especificado de complementariedad con un ácido nucleico de referencia y el compuesto oligomérico también comprende un grupo conjugado que comprende un enlazador conjugado que comprende nucleósidos enlazadores, esos nucleósidos enlazadores no se cuentan para la longitud del oligonucleótido y no se usan para determinar el porcentaje de complementariedad del oligonucleótido con el ácido nucleico de referencia. Por ejemplo, un compuesto oligomérico puede comprender (1) un oligonucleótido modificado formado por 8-30 nucleósidos y (2) un grupo conjugado formado por 1-10 nucleósidos enlazadores contiguos a los nucleósidos del oligonucleótido modificado. El número total de nucleósidos enlazados contiguos en dicho compuesto oligomérico es superior a 30. Alternativamente, un compuesto oligomérico puede comprender un oligonucleótido modificado formado por 8-30 nucleósidos y sin grupo conjugado. El número total de nucleósidos enlazados contiguos en dicho compuesto oligomérico no es superior a 30. A menos que se indique lo contrario, los enlazadores conjugados no comprenden más de 10 nucleósidos enlazadores. En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden no más de 5 nucleósidos enlazadores. En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden no más de 3 nucleósidos enlazadores. En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden no más de 2 nucleósidos enlazadores.
En ciertas realizaciones, los enlazadores conjugados comprenden no más de 1 enlazador-nucleósido.
[0124] En ciertas realizaciones, es deseable que un grupo conjugado sea escindido del oligonucleótido. Por ejemplo, en ciertas circunstancias los compuestos oligoméricos que comprenden un resto conjugado particular son mejor absorbidos por un tipo celular particular, pero una vez que el compuesto oligomérico ha sido absorbido, es deseable que el grupo conjugado sea escindido para liberar el oligonucleótido no conjugado o parental. Así, ciertos enlazadores conjugados pueden comprender uno o más restos escindibles. En ciertas realizaciones, un resto escindible es un enlace escindible. En ciertas realizaciones, un resto escindible es un grupo de átomos que comprende al menos un enlace escindible. En ciertas realizaciones, un resto escindible comprende un grupo de átomos que tienen uno, dos, tres, cuatro o más de cuatro enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, un resto escindible se escinde selectivamente dentro de una célula o compartimento subcelular, como un lisosoma. En ciertas realizaciones, un resto escindible es escindida selectivamente por enzimas endógenas, tales como nucleasas.
[0125] En ciertas realizaciones, un enlace escindible se selecciona entre: una amida, un éster, un éter, uno o ambos ésteres de un fosfodiéster, un éster de fosfato, un carbamato o un disulfuro. En ciertas realizaciones, un enlace escindible es uno o ambos de los ésteres de un fosfodiéster. En ciertas realizaciones, un resto escindible comprende un fosfato o fosfodiéster. En ciertas realizaciones, el resto escindible es un enlace fosfato o fosfodiéster entre un oligonucleótido y un resto conjugado o grupo conjugado.
[0126] En ciertas realizaciones, un resto escindible comprende o consiste en uno o más nucleósidos enlazadores. En ciertas realizaciones, uno o más nucleósidos enlazadores están unidos entre sí y/o al resto del compuesto oligomérico mediante enlaces escindibles. En ciertas realizaciones, dichos enlaces escindibles son enlaces fosfodiéster no modificados. En ciertas realizaciones, un resto escindible es un 2'-desoxinucleósido que está unido al nucleósido 3' o 5'-terminal de un oligonucleótido mediante un enlace fosfodiéster internucleósido y unido covalentemente al resto del enlazador conjugado o resto conjugado mediante un enlace fosfato o fosforotioato. En ciertas realizaciones, el resto escindible es 2'-desoxiadenosina.
3. Restos Dirigidos a Células
[0127] En ciertas realizaciones, un grupo conjugado comprende un resto dirigida a células. En ciertas realizaciones, un grupo conjugado tiene la fórmula general:
Resto dirigido
a una célula Edazador conjugado
donde n es de 1 a aproximadamente 3, m es 0 cuando n es 1, m es 1 cuando n es 2 o mayor, j es 1 o 0, y k es 1 o 0.
[0128] En ciertas realizaciones, n es 1, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 1, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 1, j es 1 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 2, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 2, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 2, j es 1 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 1 y k es 0. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 0 y k es 1. En ciertas realizaciones, n es 3, j es 1 y k es 1.
[0129] En ciertas realizaciones, los grupos conjugados comprenden restos dirigidos a células que tienen al menos un ligando ligado. En ciertas realizaciones, los restos dirigidos a las células comprenden dos ligandos unidos covalentemente a un grupo ramificado. En ciertas realizaciones, los restos dirigidos a las células comprenden tres ligandos unidos covalentemente a un grupo ramificado.
B. Ciertos Grupos Terminales
[0130] En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden uno o más grupos terminales. En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden un 5'-fosfato estabilizado. Los 5'-fosfatos estabilizados incluyen, entre otros, los 5'-fosfanatos, incluidos, entre otros, los 5'-vinilfosfonatos. En ciertas realizaciones, los grupos terminales comprenden uno o más nucleósidos abásicos y/o nucleósidos invertidos. En ciertas realizaciones, los grupos terminales comprenden uno o más nucleósidos ligados en 2'. En ciertas realizaciones, el nucleósido ligado en 2' es un nucleósido abásico.
MI. Dúplex oligoméricos
[0131] Los compuestos oligoméricos aquí descritos pueden comprender un oligonucleótido, que tiene una secuencia de nucleobases complementaria a la de un ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, un compuesto oligomérico se empareja con un segundo compuesto oligomérico para formar un dúplex oligomérico. Tales dúplex oligoméricos comprenden un primer compuesto oligomérico que tiene una porción complementaria a un ácido nucleico diana y un segundo compuesto oligomérico que tiene una porción complementaria al primer compuesto oligomérico. En ciertas realizaciones, el primer compuesto oligomérico de un dúplex oligomérico comprende o consiste en (1) un oligonucleótido modificado o no modificado y opcionalmente un grupo conjugado y (2) un segundo oligonucleótido modificado o no modificado y opcionalmente un grupo conjugado. Uno o ambos compuestos oligoméricos de un dúplex oligomérico pueden comprender un grupo conjugado. Los oligonucleótidos de cada compuesto oligomérico de un dúplex oligomérico pueden incluir nucleósidos salientes no complementarios.
IV. Actividad Antisentido
[0132] Los compuestos oligoméricos y los dúplex oligoméricos pueden ser capaces de hibridarse a un ácido nucleico diana, dando como resultado al menos una actividad antisentido; tales compuestos oligoméricos y dúplex oligoméricos son compuestos antisentido. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido tienen actividad antisentido cuando reducen o inhiben la cantidad o actividad de un ácido nucleico diana en un 25% o más en el ensayo celular estándar. En ciertas realizaciones, los compuestos antisentido afectan selectivamente a uno o más ácidos nucleicos diana. Dichos compuestos antisentido comprenden una secuencia nucleobásica que se hibrida con uno o más ácidos nucleicos diana, dando lugar a una o más actividades antisentido deseadas y no se hibrida con uno o más ácidos nucleicos no diana o no se hibrida con uno o más ácidos nucleicos no diana de tal manera que dé lugar a una actividad antisentido no deseada significativa.
[0133] En ciertas actividades antisentido, la hibridación de un compuesto antisentido a un ácido nucleico diana resulta en el reclutamiento de una proteína que escinde el ácido nucleico diana. Por ejemplo, ciertos compuestos antisentido provocan la escisión del ácido nucleico diana mediada por la ARNasa H. La ARNasa H es una endonucleasa celular que escinde la cadena de ARN de un dúplex de ARN:ADN. El ADN de dicho dúplex ARN:ADN no tiene por qué ser ADN no modificado. En el presente documento se describen compuestos antisentido que son suficientemente "similares al ADN" para provocar la actividad de la ARNasa H. Pueden tolerarse uno o más nucleósidos no similares al ADN en el hueco de ungapmer.
[0134] En ciertas actividades antisentido, un compuesto antisentido o una porción de un compuesto antisentido se carga en un complejo de silenciamiento inducido por ARN (RISC), resultando finalmente en la escisión del ácido nucleico diana. Por ejemplo, ciertos compuestos antisentido provocan la escisión del ácido nucleico diana por Argonaute. Los compuestos antisentido que se cargan en el RISC son compuestos de ARNi. Los compuestos de ARNi pueden ser bicatenarios (ARNsi) o monocatenarios (ARNss).
[0135] En ciertas realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido a un ácido nucleico diana no resulta en el reclutamiento de una proteína que escinde ese ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, la hibridación del compuesto antisentido con el ácido nucleico diana produce una alteración del empalme del ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un ácido nucleico diana produce la inhibición de una interacción de unión entre el ácido nucleico diana y una proteína u otro ácido nucleico. En ciertas realizaciones, la hibridación de un compuesto antisentido con un ácido nucleico diana produce una alteración de la traducción del ácido nucleico diana.
[0136] Las actividades antisentido pueden observarse directa o indirectamente. En ciertas realizaciones, la observación o detección de una actividad antisentido implica la observación o detección de un cambio en una cantidad de un ácido nucleico diana o proteína codificada por dicho ácido nucleico diana, un cambio en la proporción de variantes de empalme de un ácido nucleico o proteína y/o un cambio fenotípico en una célula o sujeto.
V. Ciertos Ácidos Nucleicos Diana
[0137] Los compuestos oligoméricos pueden comprender o consistir en un oligonucleótido que comprende una porción que es complementaria a un ácido nucleico diana. El ácido nucleico diana puede ser una molécula de ARN endógena. El ácido nucleico diana puede codificar una proteína. El ácido nucleico diana puede seleccionarse entre: un transcrito antisentido endógeno que no codifica una proteína (por ejemplo, UBE3A-ATS), un ARNm maduro y un ARNpre-m, incluidas las regiones intrónicas, exónicas y no traducidas. El ARN diana puede ser un transcrito antisentido. El ARN diana puede ser un ARNm maduro. El ácido nucleico diana puede ser un ARNpre-m. La región diana puede estar completamente dentro de un intrón. La región diana puede abarcar una unión intrón/exón. La región diana puede estar al menos en un 50% dentro de un intrón. El ácido nucleico diana puede ser el producto transcripcional<a>R<n>de un retrogén. El ácido nucleico diana puede ser un ARN no codificante. El ARN no codificante diana puede seleccionarse entre: un ARN no codificante largo, un ARN no codificante corto, una molécula de ARN intrónico.
A. Complementariedad/Desajustes con el Ácido Nucleico Diana
[0138] Es posible introducir bases de desajuste sin eliminar la actividad. Por ejemplo, Gautschi et al (J. Natl. Cancer Inst.
93:463-471, marzo de 2001) demostró la capacidad de un oligonucleótido con una complementariedad del 100% con el ARNm de bcl-2 y con 3 desajustes con el ARNm de bcl-xL para reducir la expresión tanto de bcl-2 como de bcl-xLin vitroe in vivo. Además, este oligonucleótido demostró una potente actividad antitumoral in vivo. Maher and Dolnick (Nuc. Acid. Res. 16:3341-3358, 1988) probaron una serie de oligonucleótidos en tándem de 14 nucleobases, y oligonucleótidos de 28 y 42 nucleobases compuestos por la secuencia de dos o tres de los oligonucleótidos en tándem, respectivamente, para determinar su capacidad de detener la traducción de la DHFR humana en un ensayo con reticulocitos de conejo. Cada uno de los tres oligonucleótidos de 14 nucleobases por sí solo fue capaz de inhibir la traducción, aunque a un nivel más modesto que los oligonucleótidos de 28 o 42 nucleobases.
[0139] En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son complementarios al ácido nucleico diana en toda la longitud del oligonucleótido. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son complementarios al ácido nucleico diana en un 99%, 95%, 90%, 85% u 80%. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos son al menos un 80% complementarios al ácido nucleico diana en toda la longitud del oligonucleótido y comprenden una porción que es 100% o totalmente complementaria a un ácido nucleico diana. En ciertas realizaciones, la porción de complementariedad completa tiene 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23 o 24 nucleobases de longitud.
[0140] Los oligonucleótidos pueden comprender una o más nucleobases mal emparejadas en relación con el ácido nucleico diana. La actividad antisentido contra la diana puede verse reducida por dicho desajuste, pero la actividad contra una no diana se reduce en mayor medida. De este modo, puede mejorarse la selectividad del oligonucleótido. El desajuste puede situarse específicamente dentro de un oligonucleótido que tenga un motivogapmer.El desajuste puede estar en la posición 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 u 8 del extremo 5' de la región de hueco. El desajuste puede estar en la posición 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 del extremo 3' de la región de hueco. El desajuste puede estar en la posición 1, 2, 3 o 4 del extremo 5' de la región alar. El desajuste puede estar en la posición 4, 3, 2 o 1 desde el extremo 3' de la región alar.
B. UBE3A-ATS
[0141] En la invención, los compuestos oligoméricos comprenden o consisten en un oligonucleótido, o porción del mismo, que es complementario a un ácido nucleico diana, en el que el ácido nucleico diana es UBE3A-ATS, como se define en las reivindicaciones. El ácido nucleico UBE3A-ATS puede tener la secuencia establecida en SEQ ID N.°: 1 (N.° de Adhesión GENBANK: NC_000015.10_TRUNC_24821647_25441028), SEQ ID N.°: 2915 (Ensemble Gene ID ENSG00000224078), o SEQ ID N.°: 2916 (el ADNc del transcrito Ensemble ENST00000554726.1).
[0142] Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1, SEQ ID N.°: 2915, o SEQ ID N.°: 2916 puede ser capaz de reducir UBE3A-ATS en una célula. Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1 puede ser capaz de aumentar el ARN o la proteína UBE3A en una célula. Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1, SEQ ID N.°: 2915, o SEQ ID N.°: 2916 puede ser capaz de aumentar el ARN o la proteína UBE3A paterna en una célula. La célula puede estarin vitro.La célula puede estar en un sujeto. El compuesto oligomérico puede consistir en un oligonucleótido modificado. Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1, SEQ ID N.°: 2915, o SEQ ID N.°: 2916 puede ser capaz de mejorar uno o más síntomas o signos distintivos de un trastorno neurogenético cuando se administra a un sujeto. El trastorno neurogenético puede ser AS. Los síntomas o rasgos distintivos pueden seleccionarse entre retrasos del desarrollo, ataxia, alteraciones del habla, problemas de sueño, convulsiones y anomalías del EEG.
[0143] Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1, SEQ ID N.°: 2915, o SEQ ID N.°: 2916 puede ser capaz de reducir la cantidad detectable de ARN de UBE3A-ATSin vitroen al menos un 10%, al menos un 20%, al menos un 30%, al menos un 40%, al menos un 50%, al menos un 60%, al menos un 70%, al menos un 80% o al menos un 90%. Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1, SEQ ID N.°: 2915, o SEQ ID N.°: 2916 puede ser capaz de aumentar la cantidad detectable de proteína UBE3Ain vitroen al menos un 10%, al menos un 20%, al menos un 30%, al menos un 40%, al menos un 50%, al menos un 60%, al menos un 70%, al menos un 80% o al menos un 90%. Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1, SEQ ID N.°: 2915, o SEQ ID N.°: 2916 puede ser capaz de reducir la cantidad detectable de ARN de UBE3A-ATS en el LCR de un sujeto en al menos un 10%, al menos un 20%, al menos un 30%, al menos un 40%, al menos un 50%, al menos un 60%, al menos un 70%, al menos un 80% o al menos un 90%. Un compuesto oligomérico complementario de SEQ ID N.°: 1, SEQ ID N.°: 2915, o SEQ ID N.°: 2916 puede ser capaz de aumentar la cantidad detectable de proteína UBE3A en el LCR de un sujeto en al menos un 10%, al menos un 20%, al menos un 30%, al menos un 40%, al menos un 50%, al menos un 60%, al menos un 70%, al menos un 80% o al menos un 90%.
C. Determinados Ácidos Nucleicos Diana en Determinados Tejidos
[0144] En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos comprenden o consisten en un oligonucleótido, como se define en las reivindicaciones, que comprende una porción que es complementaria a un ácido nucleico diana, en el que el ácido nucleico diana se expresa en un tejido farmacológicamente relevante. En ciertas realizaciones, los tejidos farmacológicamente relevantes son las células y tejidos que comprenden el sistema nervioso central. Entre estos tejidos se encuentran el córtex, el hipocampo y la médula espinal.
VI. Ciertas composiciones farmacéuticas
[0145] Se proporcionan en el presente documento composiciones farmacéuticas que comprenden uno o más compuestos oligoméricos, tal como se definen en las reivindicaciones. En ciertas realizaciones, cada uno de los uno o más compuestos oligoméricos consiste en un oligonucleótido modificado. En ciertas realizaciones, la composición farmacéutica comprende un diluyente o portador farmacéuticamente aceptable. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende o consiste en una solución salina estéril y uno o más compuestos oligoméricos. En ciertas realizaciones, la solución salina estéril es de grado farmacéutico. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende o consiste en uno o más compuestos oligoméricos y agua estéril. En ciertas realizaciones, el agua estéril es agua de calidad farmacéutica. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende o consiste en uno o más compuestos oligoméricos y solución salina tamponada con fosfato (PBS). En ciertas realizaciones, el PBS estéril es PBS de grado farmacéutico. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende o consiste en uno o más compuestos oligoméricos y líquido cefalorraquídeo artificial. En ciertas realizaciones, el líquido cefalorraquídeo artificial es de calidad farmacéutica.
[0146] En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica comprende un oligonucleótido modificado y líquido cefalorraquídeo artificial. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste en un oligonucleótido modificado y líquido cefalorraquídeo artificial. En ciertas realizaciones, una composición farmacéutica consiste esencialmente en un oligonucleótido modificado y líquido cefalorraquídeo artificial. En ciertas realizaciones, el líquido cefalorraquídeo artificial es de calidad farmacéutica.
[0147] En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden uno o más compuestos oligoméricos y uno o más excipientes. En ciertas realizaciones, los excipientes se seleccionan entre agua, soluciones salinas, alcohol, polietilenglicoles, gelatina, lactosa, amilasa, estearato de magnesio, talco, ácido silícico, parafina viscosa, hidroximetilcelulosa y polivinilpirrolidona.
[0148] En ciertas realizaciones, los compuestos oligoméricos pueden mezclarse con sustancias activas y/o inertes farmacéuticamente aceptables para la preparación de composiciones o formulaciones farmacéuticas. Las composiciones y los métodos para la formulación de composiciones farmacéuticas dependen de una serie de criterios, entre los que se incluyen la vía de administración, el alcance de la enfermedad o la dosis a administrar.
[0149] En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden un compuesto oligomérico abarcan cualesquiera sales farmacéuticamente aceptables del compuesto oligomérico, ésteres del compuesto oligomérico o sales de tales ésteres. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas que comprenden compuestos antisentido que comprenden uno o más oligonucleótidos antisentido, tras su administración a un animal, incluido un humano, son capaces de proporcionar (directa o indirectamente) el metabolito biológicamente activo o el residuo del mismo. En consecuencia, por ejemplo, la divulgación también se refiere a sales farmacéuticamente aceptables de compuestos oligoméricos, profármacos, sales farmacéuticamente aceptables de dichos profármacos y otros bioequivalentes. Las sales farmacéuticamente aceptables adecuadas incluyen, entre otras, las sales de sodio y potasio. En ciertas realizaciones, los profármacos comprenden uno o más grupos conjugados unidos a un oligonucleótido, en el que el grupo conjugado es escindido por nucleasas endógenas dentro del organismo.
[0150] Los restos lipídicos se han utilizado en terapias con ácidos nucleicos para su uso en una variedad de métodos. En algunos de estos usos, el ácido nucleico, como un compuesto oligomérico, se introduce en liposomas o lipoplejos preformados hechos de mezclas de lípidos catiónicos y lípidos neutros. En ciertos métodos, se forman complejos de ADN con lípidos mono o policationicos sin la presencia de un lípido neutro. En ciertas realizaciones, se selecciona un resto lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico en una célula o tejido concreto. En ciertas realizaciones, se selecciona un resto lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico en el tejido adiposo. En ciertas realizaciones, se selecciona un resto lipídica para aumentar la distribución de un agente farmacéutico en el tejido muscular.
[0151] En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden un sistema de administración. Algunos ejemplos de sistemas de administración son, entre otros, los liposomas y las emulsiones. Ciertos sistemas de administración son útiles para preparar ciertas composiciones farmacéuticas, incluidas las que comprenden compuestos hidrófobos. En ciertas realizaciones, se utilizan ciertos disolventes orgánicos como el dimetilsulfóxido.
[0152] En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden una o más moléculas de administración específicas de tejido diseñadas para administrar uno o más agentes farmacéuticos de la presente invención a tejidos o tipos celulares específicos. Por ejemplo, en ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas incluyen liposomas recubiertos con un anticuerpo específico de tejido.
[0153] En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas comprenden un sistema co-solvente. Algunos de estos sistemas cosolventes incluyen, por ejemplo, alcohol bencílico, un tensioactivo no polar, un polímero orgánico miscible en agua y una fase acuosa. En ciertas realizaciones, tales sistemas co-solventes se utilizan para compuestos hidrofóbicos. Un ejemplo no limitante de tal sistema co-disolvente es el sistema co-disolvente VPD, que es una solución de etanol absoluto que comprende 3% p/v de alcohol bencílico, 8% p/v del tensioactivo no polar Polisorbato 80™ y 65% p/v de polietilenglicol 300. Las proporciones de dichos sistemas de co-disolventes pueden variar considerablemente sin alterar significativamente sus características de solubilidad y toxicidad. Además, puede variarse la identidad de los componentes del cosolvente: por ejemplo, pueden utilizarse otros tensioactivos en lugar de Polisorbato 80™; puede variarse el tamaño de la fracción de polietilenglicol; otros polímeros biocompatibles pueden sustituir al polietilenglicol, por ejemplo, la polivinilpirrolidona; y otros azúcares o polisacáridos pueden sustituir a la dextrosa.
[0154] En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración oral. En ciertas realizaciones, las composiciones farmacéuticas se preparan para administración bucal. En ciertas realizaciones, se prepara una composición farmacéutica para su administración por inyección (por ejemplo, intravenosa, subcutánea, intramuscular, intratecal (IT), intracerebroventricular (ICV), etc.). En algunas de dichas realizaciones, una composición farmacéutica comprende un portador y se formula en solución acuosa, como agua o tampones fisiológicamente compatibles, como solución de Hanks, solución de Ringer o tampón salino fisiológico. En ciertas realizaciones, se incluyen otros ingredientes (p. ej., ingredientes que ayudan a la solubilidad o sirven como conservantes). En ciertas realizaciones, las suspensiones inyectables se preparan utilizando portadores líquidos apropiados, agentes de suspensión y similares. Algunas composiciones farmacéuticas inyectables se presentan en forma de dosis unitaria, por ejemplo, en ampollas o en envases multidosis. Algunas composiciones farmacéuticas inyectables son suspensiones, soluciones o emulsiones en vehículos oleosos o acuosos, y pueden contener agentes formuladores como agentes de suspensión, estabilización y/o dispersión. Ciertos disolventes adecuados para su uso en composiciones farmacéuticas inyectables incluyen, entre otros, disolventes lipofílicos y aceites grasos, como el aceite de sésamo, ésteres sintéticos de ácidos grasos, como el oleato de etilo o los triglicéridos, y liposomas.
[0155] Bajo ciertas condiciones, ciertos compuestos divulgados aquí actúan como ácidos. Aunque dichos compuestos pueden dibujarse o describirse en forma protonada (ácido libre), o ionizada y en asociación con una forma catiónica (sal), las soluciones acuosas de dichos compuestos existen en equilibrio entre dichas formas. Por ejemplo, un enlace fosfato de un oligonucleótido en solución acuosa existe en equilibrio entre las formas de ácido libre, anión y sal. A menos que se indique lo contrario, los compuestos aquí descritos incluyen todas estas formas. Además, ciertos oligonucleótidos tienen varios enlaces de este tipo, cada uno de los cuales está en equilibrio. Así, los oligonucleótidos en solución existen en un conjunto de formas en múltiples posiciones, todas ellas en equilibrio. El término "oligonucleótido" incluye todas estas formas. Las estructuras dibujadas representan necesariamente una única forma. No obstante, a menos que se indique lo contrario, dichos dibujos también pretenden incluir las formas correspondientes. En el presente documento, una estructura que represente el ácido libre de un compuesto seguido del término "o una sal del mismo" incluye expresamente todas las formas que puedan estar total o parcialmente protonadas/desprotonadas/en asociación con un catión. En algunos casos, se identifican uno o más cationes específicos.
[0156] En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos o compuestos oligoméricos modificados están en solución acuosa con sodio. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos o compuestos oligoméricos modificados están en solución acuosa con potasio. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados o los compuestos oligoméricos están en PBS. En ciertas realizaciones, los oligonucleótidos modificados o los compuestos oligoméricos están en agua. En ciertas realizaciones, el pH de la solución se ajusta con NaOH y/o HCl para alcanzar el pH deseado.
[0157] A continuación se describen ciertas dosis específicas. Una dosis puede tener la forma de una unidad de dosificación. Para mayor claridad, una dosis (o unidad de dosificación) de un oligonucleótido modificado o de un compuesto oligomérico en miligramos indica la masa de la forma ácida libre del oligonucleótido modificado o del compuesto oligomérico. Como se ha descrito anteriormente, en solución acuosa, el ácido libre está en equilibrio con las formas aniónica y salina. Sin embargo, a efectos del cálculo de la dosis, se supone que el oligonucleótido o compuesto oligomérico modificado existe como un ácido libre de disolvente, libre de acetato de sodio, anhidro y libre. Por ejemplo, cuando un oligonucleótido modificado o un compuesto oligomérico está en solución que comprende sodio (por ejemplo, solución salina), el oligonucleótido modificado o el compuesto oligomérico puede estar parcial o totalmente desprotonado y en asociación con iones Na+. No obstante, la masa de los protones se tiene en cuenta para el peso de la dosis, y la masa de los iones Na+ no se tiene en cuenta para el peso de la dosis. Así, por ejemplo, una dosis, o unidad de dosificación, de 100 mg del Compuesto N.° 1263518 equivale al número de moléculas totalmente protonadas que pesan 100 mg. Esto equivaldría a 106 mg de Compuesto N.° 1263518 sodado anhidro sin disolventes ni acetato de sodio. Cuando un compuesto oligomérico comprende un grupo conjugado, la masa del grupo conjugado se incluye en el cálculo de la dosis de dicho compuesto oligomérico. Si el grupo conjugado también tiene un ácido, se supone igualmente que el grupo conjugado está totalmente protonado a efectos del cálculo de la dosis.
VII. Ciertas composiciones
1. Compuesto N.° 1065645
[0158] El compuesto N.° 1065645 puede caracterizarse como ungapmer5-10-5 MOE que tiene una secuencia (de 5' a 3') de CATCATGATCTTGGGTAAGGC (SEQ ID N.°: 1949), en el que cada uno de los nucleósidos 1-5 y 16-20 (de 5' a 3') son nucleósidos 2'-MOE y cada uno de los nucleósidos 6-15 son 2'-p-D-deoxinucleósidos, en los que los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 5 a 6, 16 a 17, y 17 a 18 son enlaces internucleósidos fosfodiéster y los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 1 a 2, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 18 a 19, y 19 a 20 son enlaces internucleósidos fosforotioato, y en los que cada citosina es una 5-metil citosina.
[0159] El compuesto N.° 1065645 puede representarse mediante la siguiente notación química:
mC esA eoT eo mC eoA eoT dsG dsA dsT ds mC dsT dsT dsG dsG dsT dsA eoA eoG esG es mC e (SEQ ID N.0. 1949), en la que.
A = una nucleobase de adenina,
mC = una nucleobase 5-metil citosina,
G = una nucleobase de guanina,
T = una nucleobase de timina,
e = un resto de azúcar 2'-MOE,
d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil,
s = un enlace internucleósido fosforotioato, y
o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
[0160] El compuesto N.° 1065645 puede estar representado por la siguiente estructura química:
La sal sódica del Compuesto N.° 1065645 puede estar representada por la siguiente estructura química:
2. Compuesto N.° 1263517
[0161] El compuesto N.° 1263517 puede caracterizarse como ungapmer6-10-4 MOE que tiene una secuencia (de 5' a
3') de TCACCATTTTGACCTTCTTA (SEQ ID N.°: 2751), en el que cada uno de los nucleósidos 1 a 6 y 17 a 20 (de 5' a
3') son nucleósidos 2'-MOE y cada uno de los nucleósidos 7 a 16 son 2'-p-D-deoxinucleósidos, en los que los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 5 a 6, 6 a 7, y 17 a 18 son enlaces internucleósidos fosfodiéster y los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 1 a 27 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15,
15 a 16, 16 a 17, 18 a 19, y 19 a 20 son enlaces internucleósidos fosforotioato, y en los que cada citosina es una 5-metil citosina.
[0162] El compuesto N.° 1263517 puede representarse mediante la siguiente notación química:
T es mC eoA eo mC eo mC eoA eoT dsT dsT dsT dsG dsA ds mC ds mC dsT dsT ds mC eoT esT esA e (SEQ ID N.°: 27
A = una nucleobase de adenina,
mC = una nucleobase 5-metil citosina,
G = una nucleobase de guanina,
T = una nucleobase de timina,
e = un resto de azúcar 2'-MOE,
d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil,
s = un enlace internucleósido fosforotioato, y
o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
[0163] El compuesto N.° 1263517 puede estar representado por la siguiente estructura química:
La sal sódica del Compuesto N.° 1263517 puede estar representada por la siguiente estructura química:
[SEQ<I D>
NO<2751>
Estructura<La s a l>de sodio delCompuesto n.° 1263517
3. Compuesto N.° 1263518
[0164] El compuesto N.° 1263518 puede caracterizarse como ungapmer6-10-4 MOE que tiene una secuencia (de 5' a 3') de TTCACCATTTTGACCTTCTT (SEQ ID N.°: 2752), en el que cada uno de los nucleósidos 1 a 6 y 17 a 20 (de 5' a 3') son nucleósidos 2'-MOE y cada uno de los nucleósidos 7 a 16 son 2'-p-D-deoxinucleósidos, en los que los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 5 a 6, 6 a 7, y 17 a 18 son enlaces internucleósidos fosfodiéster y los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 1 a 2, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 16 a 17, 18 a 19, y 19 a 20 son enlaces internucleósidos fosforotioato, y en los que cada citosina es una 5-metil citosina.
[0165] El compuesto N.° 1263518 puede representarse mediante la siguiente notación química:
T esT eo mC eoA eo mC eo mC eoA dsT dsT dsT dsT dsG dsA ds mC ds mC dsT dsT eo mC esT esT e (SEQ ID N.°: 2752), en la que:
A = una nucleobase de adenina,
mC = una nucleobase 5-metil citosina,
G = una nucleobase de guanina,
T = una nucleobase de timina,
e = un resto de azúcar 2'-MOE,
d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil,
s = un enlace internucleósido fosforotioato, y
o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
[0166] El compuesto N.° 1263518 puede estar representado por la siguiente estructura química:
La sal sódica del Compuesto N.° 1263518 puede estar representada por la siguiente estructura química:
4. Compuesto N.° 1263533
[0167] El compuesto N.° 1263533 puede caracterizarse como ungapmer6-10-4 MOE que tiene una secuencia (de 5' a 3') de GCATACCCAGGGTAGGATTC (SEQ ID N.°: 765), en el que cada uno de los nucleósidos 1 a 6 y 17 a 20 (de 5' a 3') son nucleósidos 2'-MOE y cada uno de los nucleósidos 7 a 16 son 2'-p-D-deoxinucleósidos, en los que los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 5 a 6, 6 a 7, y 17 a 18 son enlaces internucleósidos fosfodiéster y los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 1 a 27 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 16 a 17, 18 a 19, y 19 a 20 son enlaces internucleósidos fosforotioato, y en los que cada citosina es una 5-metil citosina.
[0168] El compuesto N.° 1263533 puede representarse mediante la siguiente notación química:
G es mC eoA eoT eoA eo mC eo mC ds mC dsA dsG dsG dsG dsT dsA dsG dsG dsA eoT esT es mC e (SEQ ID N.°: 765), en la que:
A = una nucleobase de adenina,
mC = una nucleobase 5-metil citosina,
G = una nucleobase de guanina,
T = una nucleobase de timina,
e = un resto de azúcar 2'-MOE,
d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil,
s = un enlace internucleósido fosforotioato, y
o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
[0169] El compuesto N.° 1263533 puede estar representado por la siguiente estructura química:
La sal sódica del Compuesto N.° 1263533 puede estar representada por la estructura química:
5. Compuesto N.° 1273039
[0170] El compuesto N.° 1273039 puede caracterizarse como ungapmer4-8-6 MOE con una secuencia (de 5' a 3') de ACGCAATGTATCAGGCAA (SEQ ID N.°: 2866), en el que cada uno de los nucleósidos 1 a 4 y 13 a 18 (de 5' a 3') son nucleósidos 2'-MOE y cada uno de los nucleósidos 5 a 12 son 2'-p-D-desoxinucleósidos, en los que los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 2 a 3, 3 a 4, 13 a 14, 14 a 15, y 15 a 16 son enlaces internucleósidos fosfodiéster y los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 1 a 2, 4 a 5, 5 a 6, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 16 a 17, y 17 a 18 son enlaces internucleósidos fosforotioato, y en los que cada citosina es una 5-metil citosina.
[0171] El compuesto N.° 1273039 puede representarse mediante la siguiente notación química:
A es mC eoG eo mC esA dsA dsT dsG dsT dsA dsT ds mC dsA eoG eoG eo mC esA esA e (SEQ ID N.°: 2866), en la que:
A = una nucleobase de adenina,
mC = una nucleobase 5-metil citosina,
G = una nucleobase de guanina,
T = una nucleobase de timina,
e = un resto de azúcar 2'-MOE,
d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil,
s = un enlace internucleósido fosforotioato, y
o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
[0172] El compuesto N.° 1273039 puede estar representado por la siguiente estructura química:
La sal sódica del Compuesto N.° 1273039 puede estar representada por la siguiente estructura química:
6. Compuesto N.° 1273062
[0173] En ciertas realizaciones, el Compuesto N.° 1273062 se caracteriza por ser ungapmer5-10-5 MOE que tiene una secuencia (de 5' a 3') de ACCATTTT<g>A<c>CTTCTTAGC (SEQ ID N.°: 2873), en el que cada uno de los nucleósidos 1 a 5 y 16 a 20 (de 5' a 3') son nucleósidos 2'-MOE y cada uno de los nucleósidos 6 a 15 son 2'-p-D-deoxinucleósidos, en los que los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 5 a 6, 16 a 17 y 17 a 18 son enlaces internucleósidos fosfodiéster y los enlaces internucleósidos entre los nucleósidos 1 a 26 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 18 a 19, y 19 a 20 son enlaces internucleósidos fosforotioato, y en los que cada citosina es una 5-metil citosina.
[0174] En ciertas realizaciones, el Compuesto No. 1273062 está representado por la siguiente notación química:
A es mC eo mC eoA eoT eoT dsT dsT dsG dsA ds mC ds mC dsT dsT ds mC dsT eoT eoA esG es mC e (SEQ ID N.°: 2873), en la que:
A = una nucleobase de adenina,
mC = una nucleobase 5-metil citosina,
G = una nucleobase de guanina,
T = una nucleobase de timina,
e = un resto de azúcar 2'-MOE,
d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil,
s = un enlace internucleósido fosforotioato, y
o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
[0175] En ciertas realizaciones, el Compuesto N.° 1273062 está representado por la siguiente estructura química:
En ciertas realizaciones, la sal de sodio del Compuesto N.° 1273062 está representada por la siguiente estructura química:
(SEQ ID NO: 2073).
Estructura 12.La salde sodio del Compuesto n.° 1273062
VIII. Determinados Compuestos de Comparación
[0176] El compuesto N.° 1219022, un sustituto del cual (compuesto #586_9) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219022 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA con un motivo de azúcar de (de 5' a 3') MddldldddddddddddMll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-desoxirribosilo; con una secuencia de (de 5' a 3') AAATTATTTATACACCATCA (SEQ ID N.°: 2905), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #586_9 tiene citosinas en las posiciones 13, 15 y 16, mientras que el Compuesto N.° 1219022 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones. Según Wan and Seth, "Nlntroduction of the 5-methyl group on cytosine reduces the immunostimulatory profile of certain DNA oligonucleotides and also enhances nuclease stability" (J. Med. Chem. 2016, 59, 9645-9667).
[0177] El compuesto N.° 1219023, un sustituto del cual (compuesto #572_7) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219023 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA con un motivo de azúcar de (de 5' a 3') lllddldddddddddlll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-desoxirribosilo; con una secuencia de (de 5' a 3') TTTATCAATATCTTCTCA (SEQ ID N.°: 2906), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #572_7 tiene citosinas en las posiciones 12 y 15, mientras que el Compuesto N.° 1219023 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones.
[0178] El compuesto N.° 1219024, un sustituto del cual (compuesto #591_1) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219024 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA que tiene un motivo de azúcar de (de 5' a 3') ldldlddddddddddddddll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2 representa un resto de azúcar LNA y cada "d" representa un resto de azúcar 2'-p-D-deoayribosil; con una secuencia de (de 5' a 3') GCACATTCTTTCTATACCT (SEQ ID N.°: 2907), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #591_1 tiene citosinas en las posiciones 2, 4, 8, 12 y 17, mientras que el Compuesto N.° 1219024 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones.
[0179] El compuesto N.° 1219025, un sustituto del cual (compuesto #169_52) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219025 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA con un motivo de azúcar de (de 5' a 3') Ndllddddddddddll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-desoxirribosilo; con una secuencia de (de 5' a 3') TTATAGCCATTCTATCT (SEQ ID N.°: 2908), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #169_52 tiene citosinas en las posiciones 7, 8 y 12, mientras que el Compuesto N.° 1219025 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones.
[0180] El compuesto N.° 1219026, un sustituto del cual (compuesto #624_5) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219026 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA con un motivo de azúcar de (de 5' a 3') ldlllddddddddllll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-desoxirribosilo; con una secuencia de (de 5' a 3') CTCAAAGATCATTCTCA (<s>E<q>ID N.°: 2909), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #624_5 tiene una citosina en la posición 10, mientras que el Compuesto N.° 1219026 tiene una 5-metil citosina en esa posición.
[0181] El compuesto N.° 1219027, un sustituto del cual (compuesto #626_8) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219027 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA que tiene un motivo de azúcar de (de 5' a 3') ldldldldddddddddldll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de l Na y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-deoayribosilo; que tiene una secuencia de (de 5' a 3') TTACACTTAATTATACTTCC (SEQ ID N.°: 2910), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #626_8 tiene citosinas en las posiciones 4, 6 y 16, mientras que el Compuesto N.° 1219027 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones.
[0182] El compuesto N.° 1219028, un sustituto del cual (compuesto #639_5) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219028 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA con un motivo de azúcar de (de 5' a 3') ldddddddddddddlldlll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-desoxirribosilo; con una secuencia de (de 5' a 3') GTTTCCATCTACTATTAA (SEQ ID N.°: 2911), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #639_5 tiene citosinas en las posiciones 5, 6, 9 y 12, mientras que el Compuesto N.° 1219028 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones.
[0183] El compuesto N.° 1219029, un sustituto del cual (compuesto #642_12) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219029 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA que tiene un motivo de azúcar de (de 5' a 3') llddlddddddddddll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-desoxirribosilo; que tiene una secuencia de (de 5' a 3') CTGTATACACCATCCCA (SEQ ID N.°: 2912), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #642_12 tiene citosinas en las posiciones 8, 10, 11, 14 y 15, mientras que el Compuesto N.° 1219029 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones.
[0184] El compuesto N.° 1219030, un sustituto del cual (compuesto #304_6) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219030 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA que tiene un motivo de azúcar de (de 5' a 3') lddllddddddddllll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2'-p-D-desoxirribosilo, con una secuencia de (de 5' a 3') AGTTCTACTATACTTTC (SEQ ID N.°: 2913), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #304_6 tiene citosinas en las posiciones 8 y 13, mientras que el Compuesto N.° 1219030 tiene 5-metil citosinas en esas posiciones.
[0185] El compuesto N.° 1219031, un sustituto del cual (compuesto #573_8) se proporciona en el documento WO2017/081223, puede utilizarse como compuesto de comparación. El compuesto N.° 1219031 es un oligonucleótido mixto de LNA/DNA que tiene un motivo de azúcar de (de 5' a 3') llddldldddddddddddll, en el que cada "l" representa un resto de azúcar de LNA y cada "d" representa un resto de azúcar de 2 representa un resto de azúcar LNA y cada "d" representa un resto de azúcar 2'-p-D-deoairibosilo; con una secuencia de (de 5' a 3') TATACCTTTCTTTAACCCTT (SEQ ID N.°: 2914), en el que cada "C" es una 5-metilcitosina; y en el que cada enlace internucleósido es un enlace internucleósido fosforotioato. El Compuesto #573_8 tiene citosinas en las posiciones 6, 10, 16, 17 y 18, mientras que el Compuesto N.° 1219031 tiene citosinas en esas posiciones.
[0186] Compuesto N.° 1219022-1219031 (relativos al compuesto N.° #586_9, #572_7, #591_1, #169_52, #624_5, #626_8, #639_5 #642_12, #304_6, #573_8, respectivamente) se seleccionaron como compuestos de comparación del Ejemplo 7 del documento WO2017/081223, que proporciona un subconjunto de compuestos activos "seleccionados para pruebas de potencia y eficacia."
[0187] Los compuestos descritos en el presente documento pueden ser superiores en relación con los compuestos descritos en el documento WO2017/081223 porque demuestran una o más propiedades mejoradas, como la tolerabilidadin vivo.
[0188] Por ejemplo, tal como se describe en el presente documento, ciertos compuestos Compuesto N.° 1263517, Compuesto N.° 1263518, Compuesto N.° 1263533, Compuesto N.° 1273039 y Compuesto N.° 1273062 alcanzaron puntuaciones FOB de 3 horas en ratones de 1,0 (Tabla 88), 0,0 (Tabla 88), 1,0 (Tabla 88), 1,0 (Tabla 96) y 0.0 (Tabla 96), respectivamente, mientras que cada uno de los compuestos de comparación Compuesto N.° 1219022, Compuesto N.° 1219024, Compuesto N.° 1219025, Compuesto N.° 1219028, Compuesto N.° 1219029, Compuesto N.° 1219030 y Compuesto N.° 1219031 alcanzaron puntuaciones FOB a las 3 horas en ratones de 7,0, 5,3, 4,0, 6,0, 6,3, 5,0 y 5,3 (Tabla 119), respectivamente. Por lo tanto, ciertos compuestos aquí descritos son más tolerables que los compuestos de comparación Compuesto N.° 1219022, Compuesto N.° 1219024, Compuesto N.° 1219025, Compuesto N.° 1219028, Compuesto N.° 1219029, Compuesto N.° 1219030 y Compuesto N.° 1219031 en este ensayo.
[0189] Por ejemplo, como se describe en el presente documento, ciertos compuestos Compuesto N.° 1065645, Compuesto N.° 1263517, Compuesto N.° 1263518, Compuesto N.° 1263533, Compuesto N.° 1273039 y Compuesto N.° 1273062 alcanzaron cada uno puntuaciones FOB de 2 semanas en ratones de 0,0 (Ejemplo 12, Tabla 112), mientras que el Compuesto N.° 1219023, Compuesto N.° 1219024, Compuesto N.° 1219025, Compuesto N.° 1219026, Compuesto N.° 1219028, Compuesto N.° 1219029, Compuesto N.° 1219030, y Compuesto N.° 1219031 alcanzaron puntuaciones FOB retrasadas de 2 semanas en ratones de 3,5, 6,5, 6,0, 6,0, 6,0, 6,0, 6,0, 5,0, y 6,0, respectivamente (Tabla 119). Por lo tanto, ciertos compuestos aquí descritos son más tolerables que los compuestos de comparación Compuesto N.° 1219023 y Compuesto N.° 17219026 en este ensayo.
[0190] Por ejemplo, como se describe en el presente documento, ciertos compuestos Compuesto N.° 1065645, Compuesto N.° 1263517, Compuesto N.° 1263518, Compuesto N.° 1263533, Compuesto N.° 1273039 y Compuesto N.° 1273062 no causan una diferencia significativa en el peso corporal en comparación con las ratas tratadas con PBS en un estudio de 8 semanas, mientras que el tratamiento con el Compuesto N° 1219027 conduce a una pérdida de peso superior al 10% en comparación con las ratas tratadas con PBS (valor p <0,05, Tabla 120). Por lo tanto, determinados compuestos descritos en el presente documento son más tolerables que el Compuesto N.° 1219027 de comparación en este ensayo.
IX. Determinadas Regiones Clave
[0191] Las nucleobases en los rangos especificados a continuación comprenden una región clave de UBE3A-ATS. Los oligonucleótidos modificados que son complementarios a una región clave de UBE3A-ATS pueden lograr una reducción media de más del 50% del ARN de UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar.
1. Nucleobases 461,413-461.487 de SEQ ID N.°: 1
[0192] Nucleobases 461,413-461,487 de SEQ ID N.°: 1 comprende una región clave. Los oligonucleótidos modificados pueden ser complementarios a una parte de las nucleobases 461,413-461,487 de SEQ ID N.°: 1. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 20 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 18 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers.Losgapmerspueden sergapmersMOE. Los enlaces internucleósidos de los oligonucleótidos modificados pueden ser enlaces internucleósidos fosforotioato y enlaces internucleósidos fosfodiéster. Los enlaces internucleósidos fosfodiéster ("o") y fosforotioato ("s") pueden disponerse en el orden de 5' a 3': soooossssssssssooss, sooooossssssssssssoss, soooosssssssssoss, sooossssssssssooss, sooossssssssssoooss, o soosssssssssssssoooss.
[0193] Las secuencias de nucleobases de SEQ ID N.°: 1053, 1329, 1501, 1576, 1873, 1949, 2025, 2096, 2245, 2512,2591,2680-2682, y 2844 son complementarias a una porción de las nucleobases 461,413-461,487 de SEQ ID N.°: 1.
[0194] La secuencia de nucleobases de los Compuestos N.°: 749901-749904, 1065641-1065646, 1165562-1165563, 1165857-1165858, y 1273001 son complementarias a una porción de las nucleobases 461,413-461,487 de la SEQ ID N.°: 1.
[0195] Oligonucleótidos modificados complementarios a una porción de nucleobases 461,413-461,487 de SEQ ID N.°: 1 puede lograr al menos una reducción del 36% del ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar. Oligonucleótidos modificados complementarios a una porción de las nucleobases 461,413-461,487 de SEQ ID N.°: 1 puede lograr una reducción media del 60% del ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar.
2. Nucleobases 468,968-469.013 de SEQ ID N.°: 1
[0196] Nucleobases 468,968-469,013 de SEQ ID N.°: 1 comprende una región clave. Los oligonucleótidos modificados pueden ser complementarios a una parte de las nucleobases 468,968-469,013 de SEQ ID N.°: 1. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 20 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 18 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers.Losgapmerspueden sergapmersMOE. Los enlaces internucleósidos de los oligonucleótidos modificados pueden ser enlaces internucleósidos fosforotioato y enlaces internucleósidos fosfodiéster. Los enlaces internucleósidos fosfodiéster ("o") y fosforotioato ("s") pueden disponerse en el orden de 5' a 3': soooossssssssssooss, sooooossssssssssssoss, soooosssssssssoss, sooossssssssssooss, sooossssssssssoooss, o soosssssssssssssoooss.
[0197] Las secuencias de nucleobases de SEQ ID N.°: 376, 377, 2751-2756, 2773-2776, 2872, 2873, 2876-2878 son complementarias a una porción de las nucleobases 468,968-469,013 de SEQ ID N.°: 1.
[0198] La secuencia de nucleobases de los Compuestos N.°: 750031-750032, 1263408-1263411, 1263426, 1263441, 1263460-1263465, 1263486-1263492, 1263517-1263523, 1273061, 1273062, y 1273065-1273067 son complementarias a una porción de las nucleobases 468,968-469,013 de la SEQ ID N.°: 1.
[0199] Oligonucleótidos modificados complementarios a una porción de nucleobases 468,968-469,013 de SEQ ID N.°: 1 puede lograr una reducción de al menos el 75% del ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar. Oligonucleótidos modificados complementarios a una porción de las nucleobases 468,968-469,013 de SEQ ID N.°: 1 puede lograr una reducción media del 78% del ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar. Oligonculeótidos modificados complementarios a una porción de las nucleobases 468,968-469,013 de SEQ ID N.°: 1 puede alcanzar una media del 410% de regulación al alza del ARN UBE3A-ATS in vitro a 6,7 pM en cultivo celular.
3. Nucleobases 483,965-484.003 de SEQ ID N.°: 1
[0200] Nucleobases 483,965-484,003 de SEQ ID N.°: 1 comprende una región clave. Los oligonucleótidos modificados pueden ser complementarios a una porción de 483.965-484.003 de SEQ ID N.°: 1. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 20 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 18 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers.Losgapmerspueden sergapmersMOE. Los enlaces internucleósidos de los oligonucleótidos modificados pueden ser enlaces internucleósidos fosforotioato y enlaces internucleósidos fosfodiéster. Los enlaces internucleósidos fosfodiéster ("o") y fosforotioato ("s") pueden disponerse en el orden de 5' a 3': soooossssssssssooss, sooooossssssssssssoss, soooosssssssssoss, sooossssssssssooss, sooossssssssssoooss, o soosssssssssssssoooss.
[0201] Las secuencias de nucleobases de SEQ ID N.°: 172, 764-770, 995, 1445, 1668, 1743, 2255, 2595, 2762-2767 son complementarias a una parte de las nucleobases 483,965-484,003 de SEQ ID N.°: 1.
[0202] La secuencia de nucleobases de los Compuestos N.°: 617557, 699781, 750138-750144, 1065918-1065921, 1165621, 1165878, y 1263532-1263557 son complementarias a una porción de las nucleobases 483,965-484,003 de la SEQ ID N.°: 1.
[0203] Oligonucleótidos modificados complementarios a una porción de nucleobases 483,965-484,003 de SEQ ID N.°: 1 puede lograr al menos una reducción del 24% del ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar. Oligonucleótidos modificados complementarios a las nucleobases 483,965-484,003 de SEQ ID N.°: 1 puede lograr una reducción media del 65% del ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar. Oligonculeótidos modificados complementarios a una porción de las nucleobases 468,968-469,013 de SEQ ID N.°: 1 puede alcanzar una media del 330% de regulación al alza del ARN UBE3A-ATS in vitro a 6,7 pM en cultivo celular.
4. Regiones Clave Adicionales
[0204] Los rangos descritos en la Tabla siguiente comprenden regiones clave. Cada región clave comienza con la nucleobase de SEQ ID N.°: 1 identificado en el "Sitio de inicio SEQ ID N.°: 1" y termina con la nucleobase de SEQ ID N.°: 1 identificado en el "Stop Site SEQ ID N.°: Columna de 1". Los oligonucleótidos modificados pueden ser complementarios dentro de cualquiera de las regiones clave 1-61, como se define en la tabla siguiente. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 18 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden tener una longitud de 20 nucleobases. Los oligonucleótidos modificados pueden sergapmers. Los oligonucleótidos modificados pueden ser 4-8-6, 6-8-4, 5-8-5, 4-10-6, 6-10-4 o 5-10-5gapmersMOE.
[0205] La secuencia de nucleobases de los compuestos listados en la columna "Compound ID in range" de la tabla siguiente son complementarios a SEQ ID N.°: 1 dentro de la región clave especificada. La secuencia de nucleobases de los oligonucleótidos enumerados en la columna "SEQ ID N.°: in range" de la tabla siguiente es complementaria a la secuencia diana, SEQ ID N.°: 1, dentro de la región clave especificada.
[0206] Los oligonucleótidos modificados complementarios a las nucleobases dentro de la región clave pueden lograr al menos "Min.% Red." (% mínimo de reducción, en relación con las células de control no tratadas) de ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar, como se indica en la tabla siguiente. Los oligonucleótidos modificados complementarios a las nucleobases dentro de la región clave pueden lograr un promedio de "Avg.% Red." (promedio de % de reducción, en relación con las células de control no tratadas) de ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar, como se indica en la tabla siguiente. Los oligonucleótidos modificados complementarios a nucleobases dentro de la región clave pueden alcanzar un máximo de "Max. % Red." (reducción máxima en %, en relación con las células de control no tratadas) del ARN UBE3A-ATSin vitroen el ensayo celular estándar, como se indica en la tabla siguiente.
Tabla 1
(continuación)
continuación
continuación
Divulgación no lim itativa
[0207] Aunque ciertos compuestos, composiciones y métodos descritos en el presente documento se han descrito con especificidad de acuerdo con ciertas realizaciones, los siguientes ejemplos sirven únicamente para ilustrar los compuestos descritos en el presente documento y no pretenden limitar los mismos.
[0208] Aunque el listado de secuencias que acompaña a esta presentación identifica cada secuencia como "ARN" o "ADN" según se requiera, en realidad, esas secuencias pueden modificarse con cualquier combinación de modificaciones químicas. Un experto en la técnica apreciará fácilmente que la designación como "ARN" o "ADN" para describir oligonucleótidos modificados es, en ciertos casos, arbitraria. Por ejemplo, un oligonucleótido que comprende un nucleósido con un resto de azúcar 2'-OH y una base de timina podría describirse como un ADN con un azúcar modificado (2'-OH en lugar de un 2'-H del ADN) o como un ARN con una base modificada (timina (uracilo metilado) en lugar de un uracilo del ARN). En consecuencia, las secuencias de ácidos nucleicos proporcionadas en el presente documento, incluyendo, pero sin limitarse a las del listado de secuencias, pretenden abarcar ácidos nucleicos que contengan cualquier combinación de ARN y/o ADN natural o modificado, incluyendo, pero sin limitarse a tales ácidos nucleicos que tengan nucleobases modificadas. A modo de ejemplo adicional y sin limitación, un compuesto oligomérico que tiene la secuencia de nucleobase "ATCGATCG" abarca cualquier compuesto oligomérico que tiene dicha secuencia de nucleobase, ya sea modificada o no modificada, incluyendo, pero sin limitarse a, dichos compuestos que comprenden bases de ARN, tales como los que tienen la secuencia "AUCGAUCG" y los que tienen algunas bases de ADN y algunas bases de ARN, tales como "AUCGATCG" y compuestos oligoméricos que tienen otras nucleobases modificadas, tales como "ATmCGAUCG", donde mC indica una base de citosina que comprende un grupo metilo en la posición 5.
[0209] Ciertos compuestos descritos en el presente documento (por ejemplo, oligonucleótidos modificados) tienen uno o más centros asimétricos y, por lo tanto, dan lugar a enantiómeros, diastereómeros y otras configuraciones estereoisoméricas que pueden definirse, en términos de estereoquímica absoluta, como(R) o(S), como a o p como para anómeros de azúcar, o como (D) o (L), como para aminoácidos, etc. Los compuestos proporcionados en el presente documento que se dibujan o describen como poseedores de ciertas configuraciones estereoisoméricas incluyen únicamente los compuestos indicados. Los compuestos proporcionados en el presente documento que se dibujan o describen con estereoquímica indefinida incluyen todos los isómeros posibles, incluidas sus formas estereorándomicas y ópticamente puras, a menos que se especifique lo contrario. Asimismo, también se incluyen las formas tautoméricas de los compuestos aquí incluidos, a menos que se indique lo contrario. A menos que se indique lo contrario, los compuestos descritos en el presente documento pretenden incluir las formas salinas correspondientes.
<[ 0 2 1 0 ]>Los compuestos aquí descritos incluyen variaciones en las que uno o más átomos se sustituyen por un isótopo no radiactivo o un isótopo radiactivo del elemento indicado. Por ejemplo, los compuestos del presente documento que comprenden átomos de hidrógeno abarcan todas las posibles sustituciones de deuterio para cada uno de los átomos de hidrógeno 1H. Las sustituciones isotópicas incluidas en los compuestos del presente documento son, entre otras, las siguientes: 2H o 3H en lugar de 1H, 13C o 14C en lugar de 12C, 15N en lugar de 14N, 17O o 18O en lugar de 16O, y 33S, 34S, 35S, o 36S en lugar de 32S. En ciertas realizaciones, las sustituciones isotópicas no radiactivas pueden conferir nuevas propiedades al compuesto oligomérico que son beneficiosas para su uso como herramienta terapéutica o de investigación. En ciertas realizaciones, las sustituciones isotópicas radiactivas pueden hacer que el compuesto sea adecuado para fines de investigación o diagnóstico, como la obtención de imágenes.
E J E M P L O S
<[ 0 2 1 1 ]>Los siguientes ejemplos ilustran ciertas realizaciones de la presente divulgación y no son limitativos. Además, cuando se divulgan realizaciones específicas, los inventores han contemplado la aplicación genérica de esas realizaciones específicas. Por ejemplo, la divulgación de un oligonucleótido que tenga un motivo particular proporciona un apoyo razonable para oligonucleótidos adicionales que tengan el mismo motivo o uno similar. Y, por ejemplo, cuando una modificación particular de alta afinidad aparece en una posición concreta, otras modificaciones de alta afinidad en la misma posición se consideran adecuadas, a menos que se indique lo contrario.
<E j e m p l o 1 : E f e c t o d e l o s o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s c o n>gapmer<5 - 1 0 - 5 M O E s o b r e e l A R N U B E 3 A - A T S h u m a n o>in vitro,<d o s i s ú n i c a>
<[ 0 2 1 2 ]>Se probó el efecto de oligonucleótidos modificados complementarios del ácido nucleico UBE3A-ATS humano sobre los niveles de ARN UBE3A-ATSin vitro.
<[ 0 2 1 3 ]>Los oligonucleótidos modificados de las tablas siguientes songapmers5-10-5 MOE. Losgapmerstienen 20 nucleósidos de longitud, en los que el segmento gap central consta de diez 2'-p-D-deoxinucleósidos y los segmentos alares 5' y 3' constan cada uno de cinco nucleósidos 2'-MOE. El motivo de azúcar para losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeeddddddddddeeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE.
<[ 0 2 1 4 ]>Cada enlace internucleósido de los Compuestos ID 617441-617596 (en las Tablas 2 y 3) es un enlace internucleósido fosforotioato. Todos los demás compuestos (Tablas 4-33) tienen un motivo de enlace internucleósido de (de 5' a 3'): soooossssssssssooss, donde cada "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster.
<[ 0 2 1 5 ]>Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
[<0 2 1 6>] "Sitio de inicio" indica el nucleósido 5'-most al que el oligonucleótido modificado es complementario en la secuencia del gen humano. "Sitio de parada" indica el nucleósido más 3' al que el oligonucleótido modificado es complementario en la secuencia de ácido nucleico diana. Cada oligonucleótido modificado enumerado en las tablas siguientes es 100% complementario a SEQ ID N.°: 1 (N.° de Adhesión GENBANK: NC_000015.10 truncado de los nucleótidos 24821647 a 25441028). Los compuestos seleccionados en la tabla siguiente son complementarios a la secuencia del ácido nucleico diana en más de tres sitios específicos. Para estos compuestos, los valores "sitio de inicio" y "sitio de parada" en las Tablas siguientes se indican con un hashtag (#) e indican sólo el primer sitio al que el compuesto es complementario. En la Tabla 4b que figura a continuación se indican otros sitios a los que estos compuestos son complementarios.
<[ 0 2 1 7 ]>Las GABANeuronas iCell derivadas de células IPSC humanas (Cellular Dynamics) se cultivaron según las instrucciones del fabricante a 20.000-60.000 células por pocillo (como se indica en el encabezamiento de la tabla) y se trataron con 5.000-10.000 nM de oligonucleótido modificado (como se indica en el encabezamiento de la tabla) por captación libre. Tras un periodo de tratamiento de aproximadamente 6 días, se aisló el ARN total de las células y se midieron los niveles de<a>R<n>de UBE3A-ATS mediante RTPCR cuantitativa en tiempo real. Conjunto de sondas de cebado UBE3A-ATS humanas RTS4796 (secuencia hacia delante CTCCCCCAGTTCt Gg AATGA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 2; secuencia inversa TACACAGGGATTTGAGCCTGCTA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 3; secuencia de sonda CCCACAGATCAAGCATTCCCCAAAGA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 4) para medir los niveles de ARN. Los niveles de ARN de UBE3A-ATS se normalizaron con respecto al contenido de ARN total, medido con RIBOGREEN ®. La reducción del ARN de UBE3A-ATS se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de ARN de UBE3A-ATS en relación con las células de control no tratadas (UTC). Cada tabla representa los resultados de una placa de ensayo individual. Los valores marcados con un asterisco (*) indican que el oligonucleótido modificado es complementario de la región del amplicón del conjunto de sondas de cebado. Pueden utilizarse ensayos adicionales para medir la potencia y eficacia de los oligonucleótidos modificados complementarios a la región del amplicón. "N.D." indica que un valor no se determinó en este experimento debido a un error experimental. Sin embargo, las actividades de oligonucleótidos modificados seleccionados, incluidos los que no se definen en el Ejemplo 1, se demuestran con éxito en los estudios de dosis-respuesta que se exponen a continuación.
Tabla 2
Reducción de ARN de LJBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmers de MÜE con enlaces internucleósidos PSin v itru(60.000 células/pocillo)
(continuación)
(continuación)
Tabla 3
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmers de MOE con enlaces ¡nternucleósidos PSin v itro(60.000 células/pocillo)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 4
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 5000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v ilro(35.000 células/pocillo)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 4B
Los sitios de inicio de la SEQ ID NO:1 para los oligonucleótidos modificados complementarios a las regiones de repetición
continuación
(continuación)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 5
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces ¡nternucleósidos RO/PS mezcladosin v itro(35,000 células/pocillo)
continuación
(continuación)
continuación
Tabla 6
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosinwfora (40.000 células/pocilio)
continuación
(continuación)
Tabla 7
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000n M5-10-5 gapmer deM O Econ enlaces internucleósidosPO/PSmezcladosin vitro(40.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
continuación
Tabla 8
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PG/PS mezcladosin v itro(35.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
Tabla 9
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces ¡nternucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(35,000 células/pocilio)
continuación
(continuación)
(continuación)
Tabla 10
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 10,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin vh ro(40.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
Tabla 11
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosinwfora (40.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 12
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosinwfora (40.000 células/pocilio)
continuación
(continuación)
Tabla 13
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MÜE con enlaces internucleósidos RO/PS mezcladosin v k ro(40.000 células/pocilio)
continuación
(continuación)
Tabla 14
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37.000 células/pocillo)
continuación
(continuación)
Tabla 15
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin vh ro(37.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
Tabla 16
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37,000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 17
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
Tabla 18
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7H000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 19
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37,000 células/pocilio)
continuación
continuación
Tabla 20
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37,000 células/pocillo)
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
Tabla 21
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin vh ro(37.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
Tabla 22
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37.000 células/pocilio)
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
Tabla 23
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37,000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
Tabla 24
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37.000 células/pocillo)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 25
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37,000 células/pocillo)
continuación
(continuación)
Tabla 26
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37,000 células/pocillo)
(continuación)
continuación
Tabla 27:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin vh ro(37.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 28
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
Tabla 29
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7,000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(37,000 células/pocilio)
(continuación)
continuación
continuación
Tabla 30
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(20.000 células/pocilio)
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
Tabla 31
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces ¡nternucleósidos RO/PS mezcladosin v itro(20,000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 32
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces ¡nternucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(20,000 células/pocilio)
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
Tabla 33
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmer de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro(20.000 células/pocilio)
(continuación)
(continuación)
<E j e m p l o 2 : E f e c t o d e l o s o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s c o n>gapmer<5 - 1 0 - 5 M O E s o b r e e l A R N U B E 3 A - A T S h u m a n o>in vitro,<d o s i s ú n i c a>
<[ 0 2 1 8 ]>Se probó el efecto de oligonudeótidos modificados complementarios del ácido nucleico UBE3A-ATS humano sobre los niveles de ARN UBE3A-ATSin vitro.
<[ 0 2 1 9 ]>Los oligonucleótidos modificados de las tablas siguientes songapmers5-10-5. Losgapmerstienen 20 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de diez 2'-p-D-deoxinucleósidos y los segmentos de ala 5' y 3' constan cada uno de cinco 2'-MOE nucleósidos. El motivo de azúcar para losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeeddddddddddeeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE.
<[ 0 2 2 0 ]>Cada enlace internucleósido de los Compuestos ID 617456, 617457, 617460, 617461 y 617557 es un enlace internucleósido fosforotioato. Todos los demás compuestos tienen un motivo de enlace internucleósido de: soooossssssssssooss, donde cada "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster.
<[ 0 2 2 1 ]>Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
<[ 0 2 2 2 ]>"Sitio de inicio" indica el nucleósido más 5' al que el oligonucleótido modificado es complementario en la secuencia del ácido nucleico diana. "Sitio de parada" indica el nucleósido más 3' al que el oligonucleótido modificado es complementario en la secuencia de ácido nucleico diana. Cada oligonucleótido modificado enumerado en las tablas siguientes es 100% complementario a SEQ ID N.°: 1. Los sitios de inicio y parada para el Compuesto 750519 están marcados con un hashtag (#) en varias tablas a continuación. La lista completa de sitios de inicio para el Compuesto 750519 se enumeran en la Tabla 4b.
<[ 0 2 2 3 ]>Neuronas ReproNeuro™ derivadas de células IPS humanas (ReproCELL) se cultivaron según las instrucciones del fabricante a 40.000 células por pocillo y se trataron con 8.000 nM de oligonucleótido modificado por captación libre. Tras un periodo de tratamiento de aproximadamente 5 días, se aisló el ARN total de las células y se midieron los niveles de ARN de UBE3A-ATS mediante RTPCR cuantitativa en tiempo real. Para medir los niveles de ARN se utilizó el conjunto de sondas de cebado UBE3A-ATS humano RTS4796 (descrito en el Ejemplo 1). Los niveles de ARN de UBE3A-ATS se normalizaron con respecto al contenido de ARN total, medido con RibOg REEN ®. La reducción de UBE3A-ATS se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de ARN de UBE3A-ATS en relación con las células de control no tratadas (UTC). Cada tabla representa los resultados de una placa de ensayo individual. Los valores marcados con un asterisco (*) indican que el oligonucleótido modificado es complementario de la región del amplicón del conjunto de sondas de cebado. Pueden utilizarse ensayos adicionales para medir la potencia y eficacia de los oligonucleótidos modificados complementarios a la región del amplicón.
Tabla 34:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gaprrers de MOE con enlaces
internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Tabla 35:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5*10-5 gapmers de MOE con enlaces internudecaídos RO/PS mezcladosin v itro
(continuación)
continuación
Tabla 36:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5*10-5 gapmers de MOE con enlaces internucleósidos PO/PS mezcladosin v itro
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
Tabla 37:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 8000 nM 5-10-5 gapmers de MOE con enlaces ¡nternucleósidos PO/PS mezcladosin v itro
(co n tin u a c ió n )
(co n tin u a c ió n )
continuación
<E j e m p l o 3 : E f e c t o d e l o s o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s c o n>gapmer<5 - 1 0 - 5 M O E s o b r e e l A R N U B E 3 A - A T S h u m a n o>in vitro,<d o s i s ú n i c a>
<[ 0 2 2 4 ]>Se probó el efecto de oligonucleótidos modificados complementarios al ácido nucleico UBE3A-ATS humano sobre los niveles de ARN UBE3A-ATSin vitro,esencialmente como se describe en el Ejemplo 1, excepto que el conjunto de sondas de cebado UBE3A-ATS humano LTS01075 (secuencia directa GCCCGAAGTGCCTATTCCTT, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 5; secuencia inversa TGGTCAGGAGAACATAGGCATAAA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 6; secuencia de sonda ACTCCCAGGGTTGATGGGCTACATCC, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 7) para medir los niveles de ARN.
<[ 0 2 2 5 ]>Los oligonucleótidos modificados de las tablas siguientes songapmers5-10-5. Losgapmerstienen 20 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de diez 2'-p-D-desoxinucleósidos y los segmentos alares 3' y 5' constan cada uno de cinco 2'-MOE nucleósidos. El motivo de azúcar para elgapmeres (de 5' a 3'): eeeeeddddddddddeeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE. Cada enlace internucleósido de los Compuestos ID 617456, 617457, 617460, 617461 y 617557 es un enlace internucleósido fosforotioato. Todos los demás compuestos tienen un motivo de enlace internucleósido de: soooossssssssssooss, donde cada "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y cada "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster.
<[ 0 2 2 6 ]>Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
<[ 0 2 2 7 ]>"Sitio de inicio" indica el nucleósido más 5' al que el oligonucleótido modificado es complementario en el ácido nucleico diana. "Sitio de parada" indica el nucleósido más 3' al que el oligonucleótido modificado es complementario en el ácido nucleico diana. Cada oligonucleótido modificado enumerado en las tablas siguientes es 100% complementario a SEQ ID N.°: 1.
<[ 0 2 2 8 ]>La reducción del ARN UBE3A-ATS se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de ARN UBE3A-ATS en relación con las células de control no tratadas (UTC). Los valores marcados con un asterisco (*) indican que el oligonucleótido modificado es complementario de la región del amplicón del conjunto de sondas de cebado. Pueden utilizarse ensayos adicionales para medir la potencia y eficacia de los oligonucleótidos modificados complementarios a la región del amplicón.
Tabla 38:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS por 7000 nM 5-10-5 gapmers de MOE con enlaces ¡nternucleósidos PSin v ttro(35.000 células/pocillo)
(continuación)
(continuación)
<E j e m p l o 4 : E f e c t o d e o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s s o b r e e l A R N U B E 3 A - A T S h u m a n o>in vitro,<d o s i s m ú l t i p l e s>
<[ 0 2 2 9 ]>Los oligonucleótidos modificados seleccionados de los ejemplos anteriores se probaron a varias dosis en GABANeuronas iCell derivadas de IPS humanas (Cellular Dynamics). Las células se sembraron a una densidad de 35.000-60.000 células por pocillo, se mantuvieron según las instrucciones del fabricante y se trataron con oligonucleótidos modificados por captación libre a diversas concentraciones según se especifica en las tablas siguientes. Tras un periodo de tratamiento de aproximadamente 6 días, se aisló el ARN total de las células y se midieron los niveles de ARN de UBE3A-ATS mediante PCR cuantitativa en tiempo real. Para medir los niveles de ARN se utilizó el conjunto de sondas de cebado UBE3A-ATS humano RTS4796, descrito anteriormente. Los niveles de ARN de UBE3A-ATS se normalizaron según el contenido de ARN total, medido por RIBOGREEN®. La reducción del ARN de UBE3A-ATS se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de ARN de UBE3A-ATS en relación con las células de control no tratadas (UTC).
<[ 0 2 3 0 ]>Cuando fue posible, se calculó la concentración inhibitoria media máxima (IC<50>) de cada oligonucleótido modificado utilizando una regresión lineal en un gráfico log/lineal de los datos en Excel. En algunos casos, no se pudo calcular con fiabilidad un IC<50>y el punto de datos se marca como "N.C.". Los valores marcados con "N.D." indican que un valor no se determinó en este experimento.
Tabla 39:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanai r t v a r o(60.000 células/pocillo)
Tabla 40:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanai r tw'rro (60.000 células/pocillo)
Tabla 41:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanai r t v i t r o(GG.000 células/pocillo)
(continuación)
Tabla 42.
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanai n v i t r o(60.000 células/pocillo)
(continuación)
Tabla 43:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v t t r o {35.000 células/pocillo)
(continuación)
Tabla 44:
P o rc e n ta je de re d u c c ió n d e p e n d ie n te de la do s is de ARN de UBE3A-ATS h u m a n ain v itro(35.000 c é lu la s /p o c illo )
Tabla 45:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v it ro(35.000 células/pocillo)
(continuación)
Tabla 46:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humana con oligonucleótidos modificadosin v itro(42.000 células/pocillo)
(continuación)
Tabla 47:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v itro(42.000 células/pocillo)
continuación
Tabla 48:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v t t r o (42,000 células/pocillo)
Tabla 49:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v it ro(42.000 células/pocilio)
continuación
Tabla 50:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v it ro (42.000células/pocillo)
(continuación)
Tabla 51:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v itro(42.000 células/pocillo)
continuación
Tabla 52:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v it ro(42.000 células/pocillo)
Tabla 53:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain(4D..00Q células/pocilio)
continuación
<E j e m p l o 5 : E f e c t o d e o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s s o b r e e l A R N U B E 3 A - A T S h u m a n o>in vitro,<d o s i s m ú l t i p l e s>
<[ 0 2 3 1 ]>Los oligonucleótidos modificados seleccionados de los ejemplos anteriores se probaron a varias dosis en Neuronas ReproNeuro™ (ReproCELL) derivadas de IPS humanas. Las células se sembraron a una densidad de 20.000 células por pocillo, se mantuvieron según las instrucciones del fabricante y se trataron con oligonucleótidos modificados por captación libre a diversas concentraciones según se especifica en las tablas siguientes. Tras un periodo de tratamiento de aproximadamente 5 días, se aisló el ARN total de las células y se midieron los niveles de ARN de UBE3A-ATS mediante PCR cuantitativa en tiempo real. Para medir los niveles de<a>R<n>se utilizó el conjunto de sondas de cebado UBE3A-ATS humano RTS4796, descrito anteriormente. Los niveles de ARN de UBE3A-ATS se normalizaron según el contenido de ARN total, medido por RIBOGREEN®. La reducción del ARN de UBE3A-ATS se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de ARN de UBE3A-ATS en relación con las células de control no tratadas (UTC).
<[ 0 2 3 2 ]>La concentración inhibitoria media máxima (IC<50>) de cada oligonucleótido modificado se calculó utilizando una regresión lineal en un gráfico logarítmico/lineal de los datos en Excel. En los casos en los que no se ha podido calcular la IC<50>, las IC<50>se marcan como N.C. (No calculado).
T a b l a 5 4 :
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain
v it ro
<E j e m p l o 6 : E f e c t o d e o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s s o b r e e l A R N U B E 3 A - A T S h u m a n o y e l A R N U B E 3 A>in vitro,d o s i s m ú l t i p l e s
<[ 0 2 3 3 ]>Los oligonucleótidos modificados seleccionados de los ejemplos anteriores se probaron a varias dosis en células neuronales humanas diferenciadas de 10 semanas derivadas de células IPS derivadas de pacientes con Síndrome de Angelman (Protocolos y células descritas en Chamberlain SJ., et al., Induced pluripotent stem cell models of the genomic imprinting disorders Angelman and Prader-Willi syndromes. PNAS, 2010. 41: 17668-17673). Al final del periodo de diferenciación de 10 semanas, las células se trataron con oligonucleótidos modificados por captación libre a diversas concentraciones, según se especifica en las tablas siguientes. Tras un periodo de tratamiento de aproximadamente 6 días, se aisló el ARN total de las células. Tanto los niveles de ARN UBE3A-ATS como los de ARN UBE3A se midieron mediante PCR cuantitativa en tiempo real. Para medir los niveles de ARN de UBE3A-ATS se utilizó el conjunto de sondas de cebado humanas RTS4796, tal como se ha descrito anteriormente. Conjunto de sondas de cebado UBE3A humano RTS35984 (secuencia directa CACCCTGATGTCACCGAATG, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 8; secuencia inversa GCGTTCTATTAGATGCTTTGCAG, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 9; secuencia de sonda ACTGAGGTTCTCCTGATCTTTTACAAGCTG, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 10) para medir los niveles de ARN de UBE3A. Los niveles de ARN se ajustaron según el contenido de ARN total, medido por RIBOGREEN®. La reducción del ARN UBE3A-ATS o la inducción del ARN UBE3A se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de ARN UBE3A-ATS o porcentaje de ARN UBE3A en relación con las células de control no tratadas (UTC). Los valores marcados con "N.D." indican que un valor no se determinó en este experimento.
[0234] Se descubrió que varios oligonucleótidos modificados reducían el ARN UBE3A-ATS acompañado de un aumento concurrente del ARN UBE3A en neuronas derivadas de células IPS del paciente de Angelman.
Tabla55:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IP5 de síndrome de Angelman.
Tabla 56:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
Tabla 57:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
Tabla 58:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
Tabla 59:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
Tabla 60:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
continuación
Tabla 61:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
(continuación)
Ejemplo 7: Diseño y síntesis de oligonucleótidos modificados complementarios a un ácido nucleico UBE3A-ATS humano
[0235] Se sintetizaron oligonucleótidos modificados como se indica en las tablas siguientes.
[0236] Los compuestos de la Tabla 62 songapmers4-10-6 MOE. Losgapmerstienen 20 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de diez 2'-p-D-deoxinucleósidos, el segmento de ala 5' consta de cuatro nucleósidos 2'-MOE y el segmento de ala 3' consta de seis nucleósidos 2'-MOE. El motivo de azúcar de losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeddddddddddeeeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirriboxilo, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE. Losgapmerstienen un motivo de enlace internucleósido de (de 5' a 3'): sooossssssssssoooss; donde "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
Tabla 62:
Gapmers de MOE 4-10-6 con enlaces internucleósidos PO/PS mixtos complementarios
con respecto a UBE3A-AT5 humano
continuación
continuación
[0237] Los compuestos de la Tabla 63 songapmers5-10-5 MOE. Losgapmerstienen 20 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de diez 2'-p-D-desoxirribonucleósidos y los segmentos alares 5' y 3' constan cada uno de cinco nucleósidos 2'-MOE. El motivo de azúcar para losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeeddddddddddeeeee; donde "d" representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil, y "e" representa un resto de azúcar 2'-MOE Losgapmerstienen un motivo de enlace internucleósido de (de 5' a 3'): soooossssssssssooss, donde "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
Tabla 63:
Gapmers de MOE 5-10-5 con enlaces intcrnucleósidos PG/P5 mixtos complementarios
con respecto a UBE3A-ATS humano
(continuación)
(continuación)
continuación
(continuación)
[0238] Los compuestos de la Tabla 64 songapmers6-10-4 MOE. Losgapmerstienen 20 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de diez 2'-p-D-deoxinucleósidos, el segmento de ala 5' consta de seis nucleósidos 2'-MOE y el segmento de ala 3' consta de cuatro nucleósidos 2'-MOE. El motivo de azúcar de losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeeeddddddddddeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirriboxilo, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE. Losgapmerstienen un motivo de enlace internucleósido de (de 5' a 3'): sooooossssssssssoss, donde "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
Tabla 64:
Gapmers de MOE 6-10-4 con enlaces internucleósidos PO/PS mixtos complementarios con respecto a UBE3A-AT5 humano
(continuación)
(continuación)
[0239] Los compuestos de la Tabla 65 songapmers4-8-6 MOE. Losgapmerstienen 18 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de ocho 2'-p-D-deoxinucleósidos, el segmento 5' consta de cuatro 2'-MOE nucleósidos, y el segmento ala 3' consta de seis 2'-MOE nucleósidos. El motivo de azúcar de losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeddddddddeeeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-deoayriboayl, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE. Losgapmerstienen un motivo de enlace internucleósido de (de 5' a 3'): soosssssssssoooss; donde "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
Tabla 65:
Gapmers de MOE 4-8-G con enlaces intemucleósidos PO/P5 mixtos complementarios
con respecto a UBE3A-ATS humano
continuación
[0240] Los compuestos de la Tabla 66 songapmers 5-8-5MOE. Losgapmerstienen 18 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de ocho 2'-p-D-deoxinucleósidos y los segmentos alares 5' y 3' constan cada uno de cinco nucleósidos 2'-MOE. El motivo de azúcar de losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeeddddddddeeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirriboxilo, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE. Losgapmerstienen un motivo de enlace internucleósido de (de 5' a 3'): sooosssssssssooss; donde "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
Tabla 66:
Gapmers de MOE 5-3-5 con enlaces internucleósidos PO/PS mixtos complementarios
con respecto a UBE3A-ATS humano
(continuación)
[0241] Los compuestos de la Tabla 67 songapmers6-8-4 MOE. Losgapmerstienen 18 nucleósidos de longitud, en los que el segmento de hueco central consta de ocho 2'-p-D-deoxinucleósidos, el segmento de ala 5' consta de seis nucleósidos 2'-MOE y el segmento de ala 3' consta de cuatro nucleósidos 2'-MOE. El motivo de azúcar de losgapmerses (de 5' a 3'): eeeeeeddddddddeeee; donde 'd' representa un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirriboxilo, y 'e' representa un resto de azúcar 2'-MOE. Losgapmerstienen un motivo de enlace internucleósido de (de 5' a 3'): soooosssssssssoss; donde "s" representa un enlace internucleósido fosforotioato y "o" representa un enlace internucleósido fosfodiéster. Todos los residuos de citosina son 5-metilcitosinas.
Tabla 67:
Gapmers de MOE 6-8-4 con enlaces internucleósidos PO/PS mixtos complementarios
con respecto a UBE3A-AT5 humano
(continuación)
<E j e m p l o 8 : E f e c t o d e o l i g o n u c l e ó t i d o s m o d i f i c a d o s s o b r e e l A R N U B E 3 A - A T S h u m a n o>in vitro,<d o s i s m ú l t i p l e s>
<[ 0 2 4 2 ]>Los oligonucleótidos modificados seleccionados de los ejemplos anteriores se probaron a varias dosis en GABANeuronas iCell humanas derivadas de IPS (Cellular Dynamics), como se describe en el Ejemplo 4. La reducción del ARN de UBE3A-ATS se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de<a>R<n>de UBE3A-ATS en relación con las células de control no tratadas (UTC). Cuando fue posible, se calculó la concentración inhibitoria media máxima (IC<50>) de cada oligonucleótido modificado utilizando una regresión lineal en un gráfico logarítmico/lineal de los datos en Excel. En algunos casos, no se pudo calcular con fiabilidad un IC<50>y el punto de datos se marca como "N.C.". Los valores marcados con "N.D." indican que un valor no se determinó en este experimento.
Tabla 68:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v i t r o(40.000 células/pocillo)
Tabla 69:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v it ro(40.000 células/pocillo)
(continuación)
Tabla 70:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain
Tabla 71:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain v it ro(40.000 células/pocillo)
Tabla 72:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanainwfro (4D.000 células/pocillo)
Tabla 73:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humanain
v itro(40.000 células/pocilio)
Ejemplo9:Efecto de oligonucleótidos modificados sobre el ARN UBE3A-ATS humano y el ARN UBE3Ain vitro,dosis múltiples
[0243] Los oligonucleótidos modificados seleccionados de los ejemplos anteriores se probaron a varias dosis en células neuronales humanas diferenciadas de 10 semanas derivadas de células IPS derivadas de pacientes con Síndrome de Angelman como se describe en el Ejemplo 6 anterior. La reducción del ARN UBE3A-ATS o la inducción del ARN UBE3A se presenta en las tablas siguientes como porcentaje de la cantidad de ARN UBE3A-ATS o porcentaje de ARN UBE3A en relación con las células de control no tratadas (UTC). Los valores marcados con "N.D." indican que un valor no se determinó en este experimento.
[0244] Se descubrió que varios oligonucleótidos modificados reducían el ARN UBE3A-ATS acompañado de un aumento concurrente del ARN UBE3A en neuronas derivadas de células IPS del paciente de Angelman.
Tabla 74:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
Tabla 75:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
Tabla 76:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de UBE3A en neuronas derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
continuación
Tabla 77:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS y aumento de ARN de LIBE3A en neuronas
derivadas de células de IPS de síndrome de Angelman.
Ejemplo 10: Tolerabilidad de oligonucleótidos modificados complementarios al UBE3A-ATS humano en ratones de tipo salvaje. Estudio de 3 horas
[0245] Los oligonucleótidos modificados descritos anteriormente se probaron en ratones C57/B16 hembra de tipo salvaje para evaluar la tolerabilidad de los oligonucleótidos. Los ratones C57/B16 hembra de tipo salvaje recibieron cada uno una dosis única ICV de 700 |jg del oligonucleótido modificado que figura en la tabla siguiente. Cada grupo de tratamiento constaba de 4 ratones. Un grupo de 4 ratones recibió PBS como control negativo para cada experimento (identificados en tablas separadas a continuación). A las 3 horas de la inyección, se evaluó a los ratones según siete criterios diferentes. Los criterios son (1) el ratón estaba brillante, alerta y receptivo; (2) el ratón estaba de pie o encorvado sin estímulos; (3) el ratón mostraba cualquier movimiento sin estímulos; (4) el ratón demostraba movimiento hacia delante después de ser levantado; (5) el ratón demostraba cualquier movimiento después de ser levantado; (6) el ratón respondía al pellizco de la cola; (7) respiración regular. Para cada uno de los 7 criterios, se dio a un ratón una subpuntuación de 0 si cumplía los criterios y de 1 si no los cumplía (la puntuación de la batería de observación funcional o FOB). Una vez evaluados los 7 criterios, se sumaron las puntuaciones de cada ratón y se promediaron dentro de cada grupo de tratamiento. Los resultados se presentan en las tablas siguientes.
Tabla 78:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
Tabla 79:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
(continuación)
Tabla 80:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
continuación
Tabla 81:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
(continuación)
Tabla 82:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
(continuación)
Tabla 83:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
Tabla 84:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 jjg
continuación
Tabla 85:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
(continuación)
Tabla 86:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
Tabla 87:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
continuación
continuación
Tabla 88:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 7QQ pg
(continuación)
Tabla 89:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
Tabla 90:
continuación
Tabla 91:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
(continuación)
Tabla 92:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 jjg
continuación
Tabla 93:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
Tabla 94:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 jjg
continuación
Tabla 95:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
(continuación)
Tabla 96:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
(continuación)
(continuación)
Tabla 97:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
Tabla 98:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 pg
Ejemplo 11: Tolerabilidad de oligonucleótidos modificados complementarios al UBE3A-ATS humano en ratas, estudio de 3 horas
[0246] Los oligonucleótidos modificados descritos anteriormente se probaron en ratas para evaluar la tolerabilidad de los oligonucleótidos. Cada una de las ratas Sprague Dawley recibió una única dosis intratecal (IT) de 3 mg del oligonucleótido que figura en la tabla siguiente. Cada grupo de tratamiento constaba de 4 ratas. Un grupo de cuatro ratas recibió PBS como control negativo. A las 3 horas de la inyección, se evaluó el movimiento en 7 partes diferentes del cuerpo de cada rata. Las 7 partes del cuerpo son (1) la cola de la rata; (2) la postura posterior de la rata; (3) las extremidades posteriores de la rata; (4) las patas traseras de la rata; (5) las patas delanteras de la rata; (6) la postura anterior de la rata; (7) la cabeza de la rata. Para cada una de las 7 partes diferentes del cuerpo, a cada rata se le dio una subpuntuación de 0 si la parte del cuerpo se movía o de 1 si la parte del cuerpo estaba paralizada (la puntuación de la batería de observación funcional o FOB). Después de evaluar cada una de las 7 partes del cuerpo, se sumaron las puntuaciones parciales de cada rata y se calculó la media de cada grupo. Por ejemplo, si la cola, la cabeza y todas las demás partes del cuerpo evaluadas de una rata se movieran 3 horas después de la dosis de 3 mg de IT, obtendría una puntuación sumada de 0. Si otra rata no movía la cola 3 horas después de la dosis de 3 mg IT pero todas las demás partes del cuerpo evaluadas se movían, recibiría una puntuación de 1. Los resultados se presentan como la puntuación media de cada grupo de tratamiento.
Tabla 99:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Tabla 100:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Tabla 101:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Tabla 102:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
(continuación)
Tabla 104:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Tabla 105:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
(continuación)
Tabla 106:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Tabla 107:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
(continuación)
Tabla 108:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Tabla 109:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Tabla 110:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
(continuación)
Tabla 111:
Puntajes de tolerabilidad en ratas a dosis de 3 mg
Ejemplo 12: Tolerabilidad de o ligonucleótidos modificados complementarios al UBE3A-ATS humano en ratones de tipo salvaje, estudio de dos semanas.
[0247] Los oligonucleótidos modificados descritos anteriormente se probaron en ratones C57/BI6 hembra de tipo salvaje para evaluar la tolerabilidad de los oligonucleótidos. Los ratones C57/B16 hembra de tipo salvaje recibieron cada uno una dosis única ICV de 700 |jg del oligonucleótido modificado que figura en la tabla siguiente. Cada grupo de tratamiento constaba de 4 ratones. Un grupo de 4 ratones recibió PBS como control negativo para cada experimento (identificados en tablas separadas a continuación). A las 2 semanas de la inyección, se evaluó a los ratones según siete criterios diferentes. Los criterios son (1) el ratón estaba brillante, alerta y receptivo; (2) el ratón estaba de pie o encorvado sin estímulos; (3) el ratón mostraba cualquier movimiento sin estímulos; (4) el ratón demostraba movimiento hacia delante después de ser levantado; (5) el ratón demostraba cualquier movimiento después de ser levantado; (6) el ratón respondía al pellizco de la cola; (7) respiración regular. Para cada uno de los 7 criterios, se dio a un ratón una subpuntuación de 0 si cumplía los criterios y de 1 si no los cumplía (la puntuación de la batería de observación funcional o FOB). Una vez evaluados los 7 criterios, se sumaron las puntuaciones de cada ratón y se promediaron dentro de cada grupo de tratamiento. Los resultados se presentan en la tabla siguiente.
Tabla 112:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 |jg
Ejemplo 13: Actividad de oligonucleótidos modificados complementarios al UBE3A-ATS humano en ratones transgénicos
[0248] Los oligonucleótidos modificados descritos anteriormente se probaron en un modelo de ratón transgénico UBE3A-ATS B<a>C. El modelo de ratón transgénico se desarrolló en el Núcleo de Recombinación de Cromosomas Artificiales Bacterianos de la Universidad de Michigan y contiene la región 25163935-25348867 del cromosoma 15 humano (ensamblaje GRCh38/hg38) (del clon BAC RP11-664B13). La expresión de UBE3A-ATS está dirigida por el promotor ENO2 y terminada con la señal poli(A) BGH. El fragmento del gen se introdujo en óvulos fecundados de ratones C57BL/6 mediante inyección pronuclear para producir la línea RP11-748 que se utiliza en los experimentos descritos a continuación.
Tratamiento
[0249] Los ratones transgénicos UBE3A-ATS se dividieron en grupos de 2-4 ratones cada uno. Cada ratón recibió un único bolo ICV de 350 |jg de oligonucleótido modificado. Un grupo de 4 ratones recibió PBS como control negativo.
Análisis de ARN
[0250] Después de dos semanas, los ratones fueron sacrificados y se extrajo ARN del tejido cerebral cortical, del tejido cerebral del hipocampo y de la médula espinal para el análisis por PCR en tiempo real de la medición de la expresión de ARN de UBE3A-ATS utilizando el conjunto de sondas de cebado RTS4796 (descrito anteriormente en el presente documento) y/o el conjunto de sondas de cebado RTS40595 (secuencia directa TCCTTCCCTACCTTAGTCTTGA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 14; secuencia inversa CCCTCTTGAACCAGGAAACA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 15; secuencia de sonda AGATGGCAGCCCACATTTCTACTGT, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 16). El conjunto de sonda de cebador RTS4796 es menos fiable cuando el oligonucleótido se une en un sitio alejado del sitio de unión de la sonda de cebador. Los resultados se presentan como porcentaje de cambio de ARN, en relación con el control PBS, normalizado a GAPDH de ratón. La GApDH de ratón se amplificó utilizando el conjunto de cebadores RTS108 (secuencia directa GGCAAATTCAACGGCACAGT, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 11; secuencia inversa GGGTCTCGCTCCTGGAAGAT, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 12; secuencia de sonda AAGGCCGAGAATGGGAAGCTTGTCATC, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 13). En algunos casos, el valor de la RTPCR no está definido para una determinada muestra, y se etiqueta como N.D. (No definido).
[0251] Como se muestra en la tabla siguiente, el tratamiento con oligonucleótidos modificados produjo una reducción del Ar N UBE3A-ATS en comparación con el control PBS.
Tabla 113:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS humana en ratones transgénicos
continuación
(continuación)
Tabla 114:
Reducción de ARN de UEJE3A-ATS humana en ratones transgénicos
(continuación)
Tabla 115:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS humana en ratones transgénicos
continuación
continuación
* Solo 1 animal en el grupo
Tabla 116:
Reducción de ARN de UEJE3A-ATS humana en ratones transgénicos
(continuación)
(continuación)
Tabla 117:
Reducción de ARN de UBE3A-ATS humana en ratones transgénicos
(continuación)
(continuación)
Ejemplo 14: Actividad de oligonucleótidos modificados complementarios al UBE3A-ATS humano en ratones transgénicos, dosis múltiples
[0252] Los oligonucleótidos modificados descritos anteriormente se probaron en la línea RP11-748 del modelo de ratón transgénico UBE3A-ATS BAC.
Tratamiento
[0253] Los ratones transgénicos UBE3A-ATS se dividieron en grupos de 3 ratones cada uno. Cada ratón recibió un único bolo ICV de 10, 30, 100, 300 o 700 |jg de oligonucleótido modificado y fue sacrificado dos semanas después. Un grupo de 8 ratones recibió PBS como control negativo.
Análisis de ARN
[0254] Después de dos semanas, se sacrificaron los ratones y se extrajo ARN del tejido cerebral cortical, del tejido cerebral del hipocampo y de las médulas espinales para el análisis por PCR en tiempo real de la medición de la expresión de ARN de UBE3A-ATS utilizando el conjunto de sondas de cebado RTS40595 (secuencia directa TCCTTCCCTACCTTAGTCTTGA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 14; secuencia inversa CCCTCTTGAACCAGGAAACA, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 15; secuencia de sonda AGATGGCAGCCCACATTTCTACTGT, designada en el presente documento como SEQ ID N.°: 16). Los resultados se presentan como porcentaje de cambio de ARN, en relación con el control de PBS, normalizado con GAPDH de ratón (medido por el conjunto de sonda-primer RTS108).
[0255] Como se muestra en la tabla siguiente, el tratamiento con oligonucleótidos modificados produjo una reducción dependiente de la dosis del ARN UBE3A-ATS en comparación con el control PBS.
Tabla 118:
Porcentaje de reducción dependiente de la dosis de ARN de UBE3A-ATS humana en ratones transgénicos
(continuación)
(continuación)
(continuación)
(continuación)
Ejemplo 15: Tolerabilidad de oligonucleótidos modificados complementarios al UBE3A-ATS humano en ratones de tipo salvaje. Estudio de 3 horas y 2 semanas
[0256] Los oligonucleótidos modificados estrechamente emparejados con los oligonucleótidos de LNA/DNA descritos en el documento WO2017/081223 se probaron en ratones C57/B16 hembra de tipo salvaje para evaluar la tolerabilidad de los oligonucleótidos. Véanse los Compuestos Comparadores, más arriba. Los ratones C57/Bl6 hembra de tipo salvaje recibieron cada uno una dosis única iCv de 700 |jg del oligonucleótido modificado que figura en la tabla siguiente. Cada grupo de tratamiento constaba de 4 ratones. Un grupo de 4 ratones recibió PBS como control negativo para el experimento. A las 3 horas y a las 2 semanas de la inyección, los ratones fueron evaluados según siete criterios diferentes. Los criterios son (1) el ratón estaba brillante, alerta y receptivo; (2) el ratón estaba de pie o encorvado sin estímulos; (3) el ratón mostraba cualquier movimiento sin estímulos; (4) el ratón demostraba movimiento hacia delante después de ser levantado; (5) el ratón demostraba cualquier movimiento después de ser levantado; (6) el ratón respondía al pellizco de la cola; (7) respiración regular. Para cada uno de los 7 criterios, se dio a un ratón una subpuntuación de 0 si cumplía los criterios y de 1 si no los cumplía (la puntuación de la batería de observación funcional o FOB). Una vez evaluados los 7 criterios, se sumaron las puntuaciones de cada ratón y se promediaron dentro de cada grupo de tratamiento. Los resultados se presentan en la tabla siguiente.
Tabla 119:
Puntajes de tolerabilidad en ratones a dosis de 700 jjg
(continuación)
Un subíndice T indica un resto de azúcar modificado de4 '- 2 ‘LNA, un subíndice ,Ld:’ indica
un resto de azúcar 2'-p-D-deoxinbosilo, un subíndice "sM indica un enlace internucleósido
fosforotioalo, y un subíndice "m" antes de una C indica 5-metilcitosina
n d. significa sin datos; no analizado.
Ejemplo 16: Tolerabilidad de oligonucleótidos modificados complementarios al UBE3A-ATS humano en ratas, estudio de 8 semanas.
[0257] Los oligonucleótidos modificados descritos anteriormente se probaron en ratas para evaluar la tolerabilidad de los oligonucleótidos. Grupos de ratas macho Sprague Dawley de 6-8 semanas de edad recibieron cada uno una dosis intratecal (IT) única de 3 mg de oligonucleótido según se indica en la tabla siguiente. Cada grupo de tratamiento estaba formado por 4 ratas, con pesos iniciales aproximadamente iguales. Un grupo de cuatro ratas recibió PBS como control negativo. Las ratas se pesaron antes de la dosis y se volvieron a pesar a las 8 semanas tras la dosis. Se espera que las ratas aumenten de peso a lo largo del estudio debido al crecimiento; un aumento de peso demasiado pequeño es un signo de toxicidad del compuesto. Los valores absolutos del cambio de peso corporal se normalizaron al cambio de peso corporal observado en los grupos tratados con PBS para permitir la comparación entre dos estudios con diferentes pesos medios iniciales de las ratas, con el cambio de peso corporal del grupo tratado con PBS fijado en el 100%. La significación estadística (valor p) del cambio en el peso corporal en comparación con el grupo tratado con PBS se calculó mediante una prueba T de Welch de dos colas en Excel (dos muestras, varianza desigual). Un valor p <0,05 indica que hay menos de un 5% de probabilidades de que las diferencias observadas se deban a errores aleatorios de muestreo.
Tabla 120:
Cambio de poso corporal en ratas a las 3 semanas después de la dosis

Claims (17)

  1. REIVINDICACIONES 1. Un oligonucleótido modificado según la siguiente estructura química:
    o una sal del mismo.
  2. 2. El oligonucleótido modificado de la reivindicación 1, que es la sal sódica o la sal potásica.
  3. 3. Un oligonucleótido modificado según la siguiente estructura química:
  4. 4. Una composición farmacéutica que comprende el oligonucleótido modificado de la reivindicación 1 y un diluyente farmacéuticamente aceptable.
  5. 5. La composición farmacéutica de la reivindicación 4, en la que el diluyente farmacéuticamente aceptable es líquido cefalorraquídeo artificial.
  6. 6. La composición farmacéutica de la reivindicación 5, en la que la composición farmacéutica consiste esencialmente en el oligonucleótido modificado y líquido cefalorraquídeo artificial.
  7. 7. Una composición farmacéutica que comprende el oligonucleótido modificado de la reivindicación 3 y un diluyente farmacéuticamente aceptable.
  8. 8. La composición farmacéutica de la reivindicación 7, en la que el diluyente farmacéuticamente aceptable es líquido cefalorraquídeo artificial.
  9. 9. La composición farmacéutica de la reivindicación 8, en la que la composición farmacéutica consiste esencialmente en el oligonucleótido modificado y líquido cefalorraquídeo artificial.
  10. 10. Un compuesto que comprende un oligonucleótido modificado según la siguiente notación química: AesmCeomCeoAeoTeoTdsTdsTdsGdsAdsmCdsmCdsTdsTdsmCdsTeoTeoAesGesmCe (SEQ ID N.°: 2873), en la que: A = una nucleobase de adenina, mC = una nucleobase 5-metil citosina, G = una nucleobase de guanina, T = una nucleobase de timina, e = un resto de azúcar 2’-O(CH2)2OCH3 p-D-ribosil, d = un resto de azúcar 2'-p-D-desoxirribosil, s = un enlace internucleósido fosforotioato, y o = un enlace fosfodiéster internucleósido.
  11. 11. Una composición farmacéutica que comprende el compuesto de la reivindicación 10, y un diluyente farmacéuticamente aceptable.
  12. 12. La composición farmacéutica de la reivindicación 11, en la que el diluyente farmacéuticamente aceptable es líquido cefalorraquídeo artificial.
  13. 13. La composición farmacéutica de la reivindicación 12, en la que la composición farmacéutica consiste esencialmente en el compuesto y líquido cefalorraquídeo artificial.
  14. 14. El compuesto de la reivindicación 10, que comprende el oligonucleótido modificado unido covalentemente a un grupo conjugado.
  15. 15. Una composición farmacéutica que comprende el compuesto de la reivindicación 14, y un diluyente farmacéuticamente aceptable.
  16. 16. La composición farmacéutica de la reivindicación 15, en la que el diluyente farmacéuticamente aceptable es líquido cefalorraquídeo artificial.
  17. 17. La composición farmacéutica de la reivindicación 16, en la que la composición farmacéutica consiste esencialmente en el compuesto y líquido cefalorraquídeo artificial.
ES20784141T 2019-03-29 2020-03-27 Compounds and methods for modulating ube3a-ats Active ES3025960T3 (en)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962826521P 2019-03-29 2019-03-29
US201962877765P 2019-07-23 2019-07-23
PCT/US2020/025110 WO2020205463A1 (en) 2019-03-29 2020-03-27 Compounds and methods for modulating ube3a-ats

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES3025960T3 true ES3025960T3 (en) 2025-06-10

Family

ID=72666233

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES20784141T Active ES3025960T3 (en) 2019-03-29 2020-03-27 Compounds and methods for modulating ube3a-ats

Country Status (32)

Country Link
US (2) US11261446B2 (es)
EP (2) EP4596695A2 (es)
JP (2) JP7550165B2 (es)
KR (1) KR20210144822A (es)
CN (2) CN113728104B (es)
AU (1) AU2020253821B2 (es)
BR (1) BR112021019427A2 (es)
CA (1) CA3135180A1 (es)
CL (1) CL2021002515A1 (es)
CO (1) CO2021012796A2 (es)
CR (1) CR20210538A (es)
DK (1) DK3947684T3 (es)
ES (1) ES3025960T3 (es)
FI (1) FI3947684T3 (es)
HR (1) HRP20250596T1 (es)
HU (1) HUE071494T2 (es)
IL (1) IL286681B1 (es)
JO (1) JOP20210261A1 (es)
LT (1) LT3947684T (es)
MD (1) MD3947684T2 (es)
MX (1) MX2021011916A (es)
NZ (1) NZ780663A (es)
PE (1) PE20220284A1 (es)
PH (1) PH12021500044A1 (es)
PL (1) PL3947684T3 (es)
PT (1) PT3947684T (es)
SG (1) SG11202110679YA (es)
SI (1) SI3947684T1 (es)
TW (2) TW202536179A (es)
UA (1) UA128437C2 (es)
UY (1) UY38626A (es)
WO (1) WO2020205463A1 (es)

Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP6294876B2 (ja) 2012-06-25 2018-03-14 アイオーニス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッドＩｏｎｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ． Ｕｂｅ３ａ−ａｔｓ発現の調節
UA125963C2 (uk) 2015-11-12 2022-07-20 Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг Олігонуклеотид для індукції батьківської експресії ube3a
CA3135180A1 (en) 2019-03-29 2020-10-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating ube3a-ats
CA3211396A1 (en) * 2021-02-17 2022-08-25 Q-State Biosciences, Inc. Ube3a antisense therapeutics
KR20250068540A (ko) * 2023-11-08 2025-05-16 한국과학기술원 Ube3a를 표적으로 하여 발현증강을 유도하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 이의 용도
TW202536178A (zh) * 2023-11-09 2025-09-16 美商Ionis製藥公司 用於調節ｕｂｅ３ａ－ａｔｓ之方法
WO2025240846A1 (en) * 2024-05-17 2025-11-20 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating apoe expression
FR3168224A1 (fr) * 2024-11-04 2026-05-08 Palmelit Sas Méthode permettant d’identifier des plants de palmier à huile présentant une résistance améliorée à la pourriture du cœur

Family Cites Families (202)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US5132418A (en) 1980-02-29 1992-07-21 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4500707A (en) 1980-02-29 1985-02-19 University Patents, Inc. Nucleosides useful in the preparation of polynucleotides
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
US4973679A (en) 1981-03-27 1990-11-27 University Patents, Inc. Process for oligonucleo tide synthesis using phosphormidite intermediates
US5023243A (en) 1981-10-23 1991-06-11 Molecular Biosystems, Inc. Oligonucleotide therapeutic agent and method of making same
US4476301A (en) 1982-04-29 1984-10-09 Centre National De La Recherche Scientifique Oligonucleotides, a process for preparing the same and their application as mediators of the action of interferon
DE3329892A1 (de) 1983-08-18 1985-03-07 Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden
US5118800A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide
USRE34036E (en) 1984-06-06 1992-08-18 National Research Development Corporation Data transmission using a transparent tone-in band system
US5550111A (en) 1984-07-11 1996-08-27 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education Dual action 2',5'-oligoadenylate antiviral derivatives and uses thereof
FR2567892B1 (fr) 1984-07-19 1989-02-17 Centre Nat Rech Scient Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons
US5367066A (en) 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
FR2575751B1 (fr) 1985-01-08 1987-04-03 Pasteur Institut Nouveaux nucleosides de derives de l'adenosine, leur preparation et leurs applications biologiques
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
US5506337A (en) 1985-03-15 1996-04-09 Antivirals Inc. Morpholino-subunit combinatorial library and method
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
DE3788914T2 (de) 1986-09-08 1994-08-25 Ajinomoto Kk Verbindungen zur Spaltung von RNS an eine spezifische Position, Oligomere, verwendet bei der Herstellung dieser Verbindungen und Ausgangsprodukte für die Synthese dieser Oligomere.
US5264423A (en) 1987-03-25 1993-11-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US5276019A (en) 1987-03-25 1994-01-04 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
DE3851889T2 (de) 1987-06-24 1995-04-13 Florey Howard Inst Nukleosid-derivate.
US4924624A (en) 1987-10-22 1990-05-15 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education 2,',5'-phosphorothioate oligoadenylates and plant antiviral uses thereof
US5188897A (en) 1987-10-22 1993-02-23 Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education Encapsulated 2',5'-phosphorothioate oligoadenylates
US5403711A (en) 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
EP0348458B1 (en) 1987-11-30 1997-04-09 University Of Iowa Research Foundation Dna molecules stabilized by modifications of the 3'-terminal phosphodiester linkage and their use as nucleic acid probes and as therapeutic agents to block the expression of specifically targeted genes
WO1989009221A1 (en) 1988-03-25 1989-10-05 University Of Virginia Alumni Patents Foundation Oligonucleotide n-alkylphosphoramidates
US5278302A (en) 1988-05-26 1994-01-11 University Patents, Inc. Polynucleotide phosphorodithioates
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5175273A (en) 1988-07-01 1992-12-29 Genentech, Inc. Nucleic acid intercalating agents
US5194599A (en) 1988-09-23 1993-03-16 Gilead Sciences, Inc. Hydrogen phosphonodithioate compositions
US5256775A (en) 1989-06-05 1993-10-26 Gilead Sciences, Inc. Exonuclease-resistant oligonucleotides
US5134066A (en) 1989-08-29 1992-07-28 Monsanto Company Improved probes using nucleosides containing 3-dezauracil analogs
US5591722A (en) 1989-09-15 1997-01-07 Southern Research Institute 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity
US5399676A (en) 1989-10-23 1995-03-21 Gilead Sciences Oligonucleotides with inverted polarity
US5721218A (en) 1989-10-23 1998-02-24 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides with inverted polarity
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
DK0942000T3 (da) 1989-10-24 2004-11-01 Isis Pharmaceuticals Inc 2'-modificerede oligonukleotider
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5177198A (en) 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US5130302A (en) 1989-12-20 1992-07-14 Boron Bilogicals, Inc. Boronated nucleoside, nucleotide and oligonucleotide compounds, compositions and methods for using same
US5587470A (en) 1990-01-11 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5646265A (en) 1990-01-11 1997-07-08 Isis Pharmceuticals, Inc. Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
US7101993B1 (en) 1990-01-11 2006-09-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides containing 2′-O-modified purines
US5681941A (en) 1990-01-11 1997-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted purines and oligonucleotide cross-linking
US5859221A (en) 1990-01-11 1999-01-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US5457191A (en) 1990-01-11 1995-10-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5623065A (en) 1990-08-13 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped 2' modified oligonucleotides
US5670633A (en) 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US6005087A (en) 1995-06-06 1999-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US5587361A (en) 1991-10-15 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5459255A (en) 1990-01-11 1995-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-2 substituted purines
US5149797A (en) 1990-02-15 1992-09-22 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of rna and production of encoded polypeptides
US5220007A (en) 1990-02-15 1993-06-15 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of RNA and production of encoded polypeptides
US5321131A (en) 1990-03-08 1994-06-14 Hybridon, Inc. Site-specific functionalization of oligodeoxynucleotides for non-radioactive labelling
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
GB9009980D0 (en) 1990-05-03 1990-06-27 Amersham Int Plc Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides
ATE167523T1 (de) 1990-05-11 1998-07-15 Microprobe Corp Teststreifen zum eintauchen für nukleinsäure- hybridisierungsassays und verfahren zur kovalenten immobilisierung von oligonucleotiden
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5223618A (en) 1990-08-13 1993-06-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5386023A (en) 1990-07-27 1995-01-31 Isis Pharmaceuticals Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling
DE69126530T2 (de) 1990-07-27 1998-02-05 Isis Pharmaceutical, Inc., Carlsbad, Calif. Nuklease resistente, pyrimidin modifizierte oligonukleotide, die die gen-expression detektieren und modulieren
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5378825A (en) 1990-07-27 1995-01-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
JPH06502300A (ja) 1990-08-03 1994-03-17 サノフィ 遺伝子発現の抑制のための化合物及び方法
US5177196A (en) 1990-08-16 1993-01-05 Microprobe Corporation Oligo (α-arabinofuranosyl nucleotides) and α-arabinofuranosyl precursors thereof
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
EP0549686A4 (en) 1990-09-20 1995-01-18 Gilead Sciences Inc Modified internucleoside linkages
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US6582908B2 (en) 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
US5948903A (en) 1991-01-11 1999-09-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of 3-deazapurines
US5672697A (en) 1991-02-08 1997-09-30 Gilead Sciences, Inc. Nucleoside 5'-methylene phosphonates
US7015315B1 (en) 1991-12-24 2006-03-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped oligonucleotides
US5571799A (en) 1991-08-12 1996-11-05 Basco, Ltd. (2'-5') oligoadenylate analogues useful as inhibitors of host-v5.-graft response
ES2103918T3 (es) 1991-10-17 1997-10-01 Ciba Geigy Ag Nucleosidos biciclicos, oligonucleotidos, procedimiento para su obtencion y productos intermedios.
US5594121A (en) 1991-11-07 1997-01-14 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified purines
US5484908A (en) 1991-11-26 1996-01-16 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides containing 5-propynyl pyrimidines
TW393513B (en) 1991-11-26 2000-06-11 Isis Pharmaceuticals Inc Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
EP1256589A3 (en) 1991-11-26 2003-09-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomers containing modified pyrimidines
US5792608A (en) 1991-12-12 1998-08-11 Gilead Sciences, Inc. Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use
US5359044A (en) 1991-12-13 1994-10-25 Isis Pharmaceuticals Cyclobutyl oligonucleotide surrogates
US5700922A (en) 1991-12-24 1997-12-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. PNA-DNA-PNA chimeric macromolecules
FR2687679B1 (fr) 1992-02-05 1994-10-28 Centre Nat Rech Scient Oligothionucleotides.
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
EP0577558A2 (de) 1992-07-01 1994-01-05 Ciba-Geigy Ag Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte
US5652355A (en) 1992-07-23 1997-07-29 Worcester Foundation For Experimental Biology Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5476925A (en) 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
GB9304620D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Compounds
WO1994022864A1 (en) 1993-03-30 1994-10-13 Sterling Winthrop Inc. Acyclic nucleoside analogs and oligonucleotide sequences containing them
CA2159629A1 (en) 1993-03-31 1994-10-13 Sanofi Oligonucleotides with amide linkages replacing phosphodiester linkages
US5502177A (en) 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US5801154A (en) 1993-10-18 1998-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of multidrug resistance-associated protein
US5457187A (en) 1993-12-08 1995-10-10 Board Of Regents University Of Nebraska Oligonucleotides containing 5-fluorouracil
CN1048254C (zh) 1993-12-09 2000-01-12 托马斯杰弗逊大学 用于将预定的改变引入靶基因中的化合物
US5446137B1 (en) 1993-12-09 1998-10-06 Behringwerke Ag Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides
US5519134A (en) 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
US5596091A (en) 1994-03-18 1997-01-21 The Regents Of The University Of California Antisense oligonucleotides comprising 5-aminoalkyl pyrimidine nucleotides
US5627053A (en) 1994-03-29 1997-05-06 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid
US5625050A (en) 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5646269A (en) 1994-04-28 1997-07-08 Gilead Sciences, Inc. Method for oligonucleotide analog synthesis
US5525711A (en) 1994-05-18 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Pteridine nucleotide analogs as fluorescent DNA probes
US5597909A (en) 1994-08-25 1997-01-28 Chiron Corporation Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use
US5652356A (en) 1995-08-17 1997-07-29 Hybridon, Inc. Inverted chimeric and hybrid oligonucleotides
JP2000501414A (ja) 1995-11-22 2000-02-08 ザ・ジョンズ・ホプキンス・ユニバーシティー 生体分子の細胞取り込みを高めるリガンド
US20080119427A1 (en) 1996-06-06 2008-05-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Double Strand Compositions Comprising Differentially Modified Strands for Use in Gene Modulation
US6770748B2 (en) 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
USRE44779E1 (en) 1997-03-07 2014-02-25 Santaris Pharma A/S Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogues
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
US6617162B2 (en) 2001-12-18 2003-09-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of estrogen receptor alpha expression
CA2303299C (en) 1997-09-12 2016-02-23 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US6794499B2 (en) 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US7572582B2 (en) 1997-09-12 2009-08-11 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US6238921B1 (en) 1998-03-26 2001-05-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of human mdm2 expression
US20030228597A1 (en) 1998-04-13 2003-12-11 Cowsert Lex M. Identification of genetic targets for modulation by oligonucleotides and generation of oligonucleotides for gene modulation
US6300319B1 (en) 1998-06-16 2001-10-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Targeted oligonucleotide conjugates
US6043352A (en) 1998-08-07 2000-03-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-O-Dimethylaminoethyloxyethyl-modified oligonucleotides
CA2370628A1 (en) 1999-04-21 2000-10-26 American Home Products Corporation Methods and compositions for inhibiting the function of polynucleotide sequences
NZ514348A (en) 1999-05-04 2004-05-28 Exiqon As L-ribo-LNA analogues
US6525191B1 (en) 1999-05-11 2003-02-25 Kanda S. Ramasamy Conformationally constrained L-nucleosides
US6300132B1 (en) 1999-12-17 2001-10-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense inhibition of telomeric repeat binding factor 2 expression
ATE322493T1 (de) 1999-12-30 2006-04-15 Leuven K U Res & Dev Cyclohexennukleinsäuren
US7491805B2 (en) 2001-05-18 2009-02-17 Sirna Therapeutics, Inc. Conjugates and compositions for cellular delivery
WO2001092582A1 (en) 2000-06-01 2001-12-06 Genaissance Pharmaceuticals, Inc. Haplotypes of the ube3a gene
US6426220B1 (en) 2000-10-30 2002-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of calreticulin expression
WO2002043771A2 (en) 2000-12-01 2002-06-06 Cell Works Inc. Conjugates of glycosylated/galactosylated peptide
US20030087855A1 (en) 2001-09-13 2003-05-08 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense modulation of protein kinase R expression
US20030158403A1 (en) 2001-07-03 2003-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
JP2005504020A (ja) 2001-07-03 2005-02-10 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド ヌクレアーゼ耐性キメラオリゴヌクレオチド
US20030175906A1 (en) 2001-07-03 2003-09-18 Muthiah Manoharan Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
WO2004016754A2 (en) 2002-08-14 2004-02-26 Pharmacia Corporation ANTISENSE MODULATION OF Nav1.3 EXPRESSION
CA2502649A1 (en) 2002-10-18 2004-04-29 Nucleonics Inc. Double-stranded rna structures and constructs, and methods for generating and using the same
WO2004041889A2 (en) 2002-11-05 2004-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
WO2004043979A2 (en) 2002-11-05 2004-05-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
JP2006507841A (ja) 2002-11-14 2006-03-09 ダーマコン， インコーポレイテッド 機能的ｓｉＲＮＡおよび超機能的ｓｉＲＮＡ
US7723509B2 (en) 2003-04-17 2010-05-25 Alnylam Pharmaceuticals IRNA agents with biocleavable tethers
WO2004106356A1 (en) 2003-05-27 2004-12-09 Syddansk Universitet Functionalized nucleotide derivatives
US7888497B2 (en) 2003-08-13 2011-02-15 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory oligonucleotides and uses thereof
EP1661905B9 (en) 2003-08-28 2012-12-19 IMANISHI, Takeshi Novel artificial nucleic acids of n-o bond crosslinkage type
JP5379347B2 (ja) 2003-09-18 2013-12-25 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド ４’−チオヌクレオシドおよびオリゴマー化合物
EP1812569A2 (en) 2004-11-08 2007-08-01 K.U. Leuven Research and Development Modified nucleosides for rna interference
US20060148740A1 (en) 2005-01-05 2006-07-06 Prosensa B.V. Mannose-6-phosphate receptor mediated gene transfer into muscle cells
WO2007014370A2 (en) 2005-07-28 2007-02-01 University Of Delaware Small regulatory rnas and methods of use
EP1764108A1 (en) 2005-09-14 2007-03-21 Gunther Hartmann Compositions comprising immunostimulatory RNA oligonucleotides and methods for producing said RNA oligonucleotides
JP5713377B2 (ja) 2005-12-28 2015-05-07 ザ スクリプス リサーチ インスティテュート 薬物標的としての天然アンチセンスおよび非コードｒｎａ転写物
US7825099B2 (en) 2006-01-20 2010-11-02 Quark Pharmaceuticals, Inc. Treatment or prevention of oto-pathologies by inhibition of pro-apoptotic genes
US7569686B1 (en) 2006-01-27 2009-08-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for synthesis of bicyclic nucleic acid analogs
ES2351674T3 (es) 2006-01-27 2011-02-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en la posición 6.
CA2651453C (en) 2006-05-11 2014-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-modified bicyclic nucleic acid analogs
US7666854B2 (en) 2006-05-11 2010-02-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs
CA2667055C (en) 2006-10-18 2017-05-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense compounds
WO2008101157A1 (en) 2007-02-15 2008-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-substituted-2'-f modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
EP2170917B1 (en) 2007-05-30 2012-06-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
EP2173760B2 (en) 2007-06-08 2015-11-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs
EP2176280B2 (en) 2007-07-05 2015-06-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-disubstituted bicyclic nucleic acid analogs
WO2009023855A2 (en) 2007-08-15 2009-02-19 Isis Pharmaceuticals, Inc. Tetrahydropyran nucleic acid analogs
WO2009067647A1 (en) 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
CN102006890A (zh) 2007-12-04 2011-04-06 阿尔尼拉姆医药品有限公司 靶向脂质
WO2009100320A2 (en) 2008-02-07 2009-08-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
US8501805B2 (en) 2008-09-24 2013-08-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted alpha-L-bicyclic nucleosides
EP2361256B1 (en) 2008-09-24 2013-04-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Cyclohexenyl nucleic acid analogs
DK2381965T3 (da) 2009-01-14 2020-07-27 Univ Drexel Modulation af præ-mrna under anvendelse af splejsningsmodulerende oligonukleotider som terapeutiske midler til behandling af sygdom
US9012421B2 (en) 2009-08-06 2015-04-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
ES2661387T3 (es) 2009-12-23 2018-03-28 Curna, Inc. Tratamiento de enfermedades relacionadas con el factor de crecimiento de hepatocitos (hgf) mediante inhibición del transcrito antisentido natural a hgf
US20130058915A1 (en) 2010-03-02 2013-03-07 Children's Medica Center Corporation Methods and compositions for treatment of angelman syndrome and autism spectrum disorders
WO2011123621A2 (en) 2010-04-01 2011-10-06 Alnylam Pharmaceuticals Inc. 2' and 5' modified monomers and oligonucleotides
US10913767B2 (en) 2010-04-22 2021-02-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising acyclic and abasic nucleosides and analogs
EP2601204B1 (en) 2010-04-28 2016-09-07 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
NO2593547T3 (es) 2010-07-14 2018-04-14
EP3489360A3 (en) 2010-07-19 2019-08-28 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of nuclear-retained rna
CA2812046A1 (en) 2010-09-15 2012-03-22 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Modified irna agents
WO2012064806A2 (en) 2010-11-11 2012-05-18 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and compositions for unsilencing imprinted genes
EP3067421B1 (en) 2011-02-08 2018-10-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
WO2013006857A1 (en) 2011-07-07 2013-01-10 The Children's Hospital Of Philadelphia Genetic alterations associated with autism and the autistic phenotype and methods of use thereof for the diagnosis and treatment of autism
EP3640332A1 (en) 2011-08-29 2020-04-22 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomer-conjugate complexes and their use
EP2839006B1 (en) 2012-04-20 2018-01-03 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
WO2013173637A1 (en) 2012-05-16 2013-11-21 Rana Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating gene expression
JP6294876B2 (ja) * 2012-06-25 2018-03-14 アイオーニス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッドＩｏｎｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ． Ｕｂｅ３ａ−ａｔｓ発現の調節
WO2014036525A1 (en) 2012-08-31 2014-03-06 Massachusetts Institute Of Technology High-definition dna in situ hybridization (hd-fish) compositions and methods
WO2014059353A2 (en) 2012-10-11 2014-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleosides and uses thereof
SG10201804331TA (en) 2012-11-15 2018-07-30 Roche Innovation Ct Copenhagen As Oligonucleotide conjugates
CA2921162A1 (en) 2013-05-01 2014-11-06 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated antisense compounds and their use
US10119136B2 (en) 2014-01-09 2018-11-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. RNAi agents modified at the 4′-C position
CA2948728A1 (en) 2014-03-10 2015-09-17 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating leber's congenital amaurosis 10 (lca10)
US10400243B2 (en) * 2014-11-25 2019-09-03 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of UBE3A-ATS expression
WO2016161380A1 (en) 2015-04-01 2016-10-06 Editas Medicine, Inc. Crispr/cas-related methods and compositions for treating duchenne muscular dystrophy and becker muscular dystrophy
WO2017015575A1 (en) 2015-07-22 2017-01-26 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof
UA125963C2 (uk) * 2015-11-12 2022-07-20 Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг Олігонуклеотид для індукції батьківської експресії ube3a
EP3700570B1 (en) 2017-10-23 2025-01-08 Stoke Therapeutics, Inc. Antisense oligomers for treatment of non-sense mediated rna decay based conditions and diseases
WO2019109001A1 (en) 2017-12-01 2019-06-06 The Texas A&M University System Angelman syndrome antisense treatment
CA3135180A1 (en) 2019-03-29 2020-10-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating ube3a-ats

Also Published As

Publication number Publication date
EP4596695A2 (en) 2025-08-06
SG11202110679YA (en) 2021-10-28
CO2021012796A2 (es) 2021-10-29
AU2020253821A1 (en) 2021-10-28
US20210277397A1 (en) 2021-09-09
CA3135180A1 (en) 2020-10-08
TW202536179A (zh) 2025-09-16
US11261446B2 (en) 2022-03-01
AU2020253821B2 (en) 2026-02-19
IL286681B1 (en) 2026-04-01
PH12021500044A1 (en) 2022-06-06
UA128437C2 (uk) 2024-07-10
WO2020205463A1 (en) 2020-10-08
PT3947684T (pt) 2025-05-19
PE20220284A1 (es) 2022-02-25
EP3947684A1 (en) 2022-02-09
US20220411793A1 (en) 2022-12-29
EP3947684A4 (en) 2023-09-20
IL286681A (en) 2021-10-31
HUE071494T2 (hu) 2025-09-28
CN117431244A (zh) 2024-01-23
KR20210144822A (ko) 2021-11-30
UY38626A (es) 2020-09-30
PL3947684T3 (pl) 2025-07-21
JP2022527105A (ja) 2022-05-30
CN113728104A (zh) 2021-11-30
US12129466B2 (en) 2024-10-29
TWI874376B (zh) 2025-03-01
JP2024170484A (ja) 2024-12-10
DK3947684T3 (da) 2025-05-12
CR20210538A (es) 2021-12-06
JP7550165B2 (ja) 2024-09-12
NZ780663A (en) 2026-01-30
CN113728104B (zh) 2023-10-27
MD3947684T2 (ro) 2025-10-31
MX2021011916A (es) 2021-10-26
LT3947684T (lt) 2025-05-26
SI3947684T1 (sl) 2025-07-31
BR112021019427A2 (pt) 2021-11-30
CL2021002515A1 (es) 2022-07-15
TW202043251A (zh) 2020-12-01
HRP20250596T1 (hr) 2025-07-18
JOP20210261A1 (ar) 2023-01-30
EP3947684B1 (en) 2025-04-09
FI3947684T3 (fi) 2025-05-27
US20250283081A1 (en) 2025-09-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP3538656B1 (en) Compounds for reducing atxn3 expression
EP3947684B1 (en) Compounds and methods for modulating ube3a-ats
CA3104676A1 (en) Compounds and methods for reducing lrrk2 expression
EP3707260A2 (en) Compounds and methods for reducing snca expression
CA3186935A1 (en) Compounds and methods for modulating scn2a
WO2021174031A2 (en) Compounds and methods for modulating splicing of pre-mrna
IL295605A (en) Compounds and methods for modulating smn2
WO2020190740A1 (en) Compounds and methods for reducing kcnt1 expression
ES3033104T3 (en) Compounds and methods for reducing fus expression
WO2020132558A1 (en) Compounds and methods for reducing pmp22 expression
ES2990026T3 (es) Compuestos y métodos para modular la expresión del angiotensinógeno
ES3048358T3 (en) Compounds and methods for modulating gfap
IL322607A (en) Allele-selective compounds and methods for modulating huntingtin expression
HK40129490A (en) Compounds and methods for modulating ube3a-ats
HK40067280B (en) Compounds and methods for modulating ube3a-ats
HK40067280A (en) Compounds and methods for modulating ube3a-ats
WO2021102341A2 (en) Compounds for modulating beta globin expression