JP2000501942A - ブタレトロウイルスの分子配列及び利用方法 - Google Patents

ブタレトロウイルスの分子配列及び利用方法

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Abstract

(57)【要約】 ブタレトロウイルスの配列に特異的にハイブリダイズすることのできる精製された核酸。

Description

【発明の詳細な説明】 ブタレトロウイルスの分子配列及び利用方法発明の分野 この発明は、ブタのレトロウイルスの配列、ブタレトロウイルス配列によりコ ードされるペプチド及びこれらのブタレトロウイルス核酸及びペプチドを利用す る方法に関するものである。発明の背景 実質臓器の移植における進歩及び適当な臓器のドナーの慢性的不足は、異種間 移植をヒト間の同種移植に代る魅力的な選択肢にした。しかしながら、ドナー動 物からヒト集団への新規な感染症の導入の可能性は、これらの方法の利用に関連 する懸念である。 他の種により運ばれた感染因子のヒトによる自然な獲得に適用される用語は、 動物原性感染症である。非ヒト種からヒトへの感染の移植は、最も適切には、「 直接的動物原性感染症」又は「ゼノシス（xenosis）」と呼ばれる。 非ヒト霊長類及びブタは、異種間移植のための主要な潜在的源と考えられてき た（Niekrasz等(1992)Transplant Proc 24:625; Starzl等(1993)Lancet 341:65; Murphy等(1970)Trans Proc 4:546; Brede 及びMurphy(1972)Primates Med 7:18; Cooper等 Xenotransplantation中:The Transplantation of Organs and Tissues between Species ,Cooper等編(1991) 457頁; RY Calne(1970)Transp1ant Proc2:5 50; H.Auchincloss,Jr.(1988)Transplantation 46:1;及び Chiche 等(1993)Tran splantation 6:1418）。霊長類及びブタについて起きる感染症は、ヒトドナーの ものに類似している。感染の予防は、免疫無防備状態にされた移植のレシピエン トにおける共通の感染を予言し、認識し、そして予防する能力に依存する（Rubi n 等(1993)Antimicrob Agents Chemother 37:619）。ヒトに容易に取り入れられ る病原体の非ヒト霊長類による潜在的運搬、道徳的懸念及び霊長類の大集団の維 持の出費の故に、他の種が臓器ドナーとして考えられてきた（Brede 及びMurphy(1972)Primates Med 7:18; Van Der Riet 等(1987)Transplant Proc1 9:4069; Katler Xenotransplantation中：The Transplantation of Organsand T issues between Species ，Cooper等(1991)457頁; Metzger 等(1981)JImmunol 12 7:769; McClure(1987)Nature 330:487; Letvin等(1987)J Infect Dis156:406; C astro等(1991)Virology 184:219; Benveniste及びTodaro(1973)ProcNatl Acad S ci USA 70:3316;及びTeich，RNA Tumor viruses中，Weiss等編(1985)25頁)The e conomic importance of swine and experience in studies oftransplantation in the miniature swine model have allowed some of thepotential pathogens associated with these animals to be defined(Niekrasz等(1992)Transplant Proc 24:625; Cooper等 Xenotransplantation中：TheTransp1antation of Organ s and Tissues between Species ，Cooper等編(1991)457 頁;及びLeman等(1992)D iseases of Swine ,第七版、Ames,Iowa:Iowa州立大学）。ミニブタは、その種の 幾つかの特徴の故に、臓器ドナーとして考えられてきた。主要なブタ臓器の構造 及び機能は、ヒトのものに匹敵する。ブタは、ヒトにおける利用のための臓器の 供給に十分な体重及び臓器サイズに達する。最後に、獣医及び商業的育種家は、 繁殖集団から公知の病原体を排除する能力を有する特定の病原体を有しない（Ｓ ＰＦ）ブタを造るためのアプローチを開発してきた（Alexander 等(1980)Proc 6 th Int Congr Pig Vet Soc,Copenhagen;Betts(1961)Vet Rec 73:1349; Betts等( 1960)Vet Rec 72:461; Caldwell等(1959)J AmVet Med Assoc 135:504;及びYong( 1964)Adv Vet Sci 9:61）。 懸念は、異種間移植によるブタレトロウイルスのトランスファーを超えて存在 する（Smith(1993)N EnglＪ Med 328:141）。このレトロウイルスの独特の性質 の多くは、ＲＮＡテンプレートからの相補的ＤＮＡコピーの（逆転写酵素による ）合成及びこのＤＮＡの宿主ゲノム中へのインテグレーションによるものである 。インテグレートされたレトロウイルスコピー（これは、内因性コピー又は「プ ロウイルス」と呼ばれる）は、生殖細胞系列を介して伝達され得る。 発明の要約 一般に、この発明は、精製されたブタ又はミニブタのレトロウイルス核酸例え ば Tsukuba核酸、SEQ ID NO:１又はその相補鎖の、SEQ ID NO:２又はその相補鎖 の、SEQ ID NO:３又はその相補鎖の精製されたミニブタレトロウイルス核酸、及 びブタ例えばミニブタのレトロウイルス配列の存在の検出におけるそれらの利用 方法を特徴とする。 他の面において、この発明は、精製されたブタ又はミニブタのレトロウイルス ゲノム例えばTsukubaゲノム、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２ 若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダ イズすることのできる精製された核酸例えばプローブ又はプライマーを特徴とす る。 好適具体例において、この核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の完全なレトロ ウイルスゲノム以外であり、例えばそれは、少なくとも１ヌクレオチド長く、又 は少なくとも１ヌクレオチド短く、又は少なくとも１か所配列が異なり、例えば この核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補 鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の配列の断片であり、又はそれは、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQID NO: ３若しくはその相補鎖の配列に追加された配列を含む。 好適具体例において、この核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖由来の配列と少 なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の、更に 好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最も好ま しくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同性を有 する。 他の具体例において：この核酸配列は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SE Q ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の対応する 配列と、１、２、３、４若しくは５塩基対だけ異なり；この核酸配列は、SEQID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３ 若しくはその相補鎖の対応する配列と、少なくとも１、２、３、４若しくは５塩 基対だけ異なるが、６、７、８、９若しくは１０塩基対未満しか異ならな い。 他の好適具体例において：この核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少な くとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５、 ３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６ ０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好ましく は２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１００ ０、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満である 。 更に別の好適具体例において：この核酸は、ミニブタレトロウイルスゲノム例 えばSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSE Q ID NO:３若しくはその相補鎖のレトロウイルスゲノムの翻訳可能領域と（例え ば、ｇａ１、ｐｏ１若しくはｅｎｖ遺伝子由来の領域と）特異的にハイブリダイ ズすることができ；このプローブ若しくはプライマーは、ミニブタレトロウイル スゲノム例えばSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相 補鎖又はSEQ ID N0:３若しくはその相補鎖のレトロウイルスゲノムの非翻訳領域 と特異的にハイブリダイズすることができ；このプローブ若しくはプライマーは 、ミニブタレトロウイルスゲノム例えばSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖のレトロウイ ルスゲノムの非保存領域と特異的にハイブリダイズすることができ；このプロー ブ若しくはプライマーは、ミニブタレトロウイルスゲノム例えばSEQ ID NO:１若 しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくは その相補鎖のレトロウイルスゲノムの高度に保存された領域と特異的にハイブリ ダイズすることができる。 好適具体例において、このプライマーを、SEQ ID NO:４〜７４よりなる群から 選択する。 好適具体例において、このプローブのレトロウイルス配列へのハイブリダイゼ ーションを、標準的方法により例えば放射性標識したプローブにより又は非放射 性マーカー例えば酵素若しくは抗体結合部位を有するプローブにより検出するこ とができる。例えば、プローブを、酵素例えばセイヨウワサビペルオキシダーゼ と結合させることができ、この場合、結合された酵素の酵素活性をハイブリダイ ゼーションのシグナルとして利用する。或は、このプローブを、抗体（例えば、 酵素若しくは他のマーカーに結合された抗体）により認識されるエピトープに結 合することができる。 他の面において、この発明は、標的核酸（例えば、ヒト、ブタ、若しくはミニ ブタの核酸）及び精製した第２の核酸例えばプローブ若しくはプライマー（例え ば、ここに記載のもの）（これは、SEQ ID NO:若しくはその相補鎖、SEQ ID NO: ２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖、ブタ若しくはミニ ブタレトロウイルス核酸例えばTsukuba核酸と特異的にハイブリダイズする）を 含む反応混合物を特徴とする。 好適具体例において、標的核酸には：ＲＮＡ：又はＤＮＡが含まれる。 好適具体例において、標的核酸には：ミニブタから単離されたゲノムＤＮＡが 含まれ；ミニブタから単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレ ートから作られたｃＤＮＡが含まれ；ミニブタの臓器例えば腎臓から単離された ＤＮＡ、ＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮ Ａが含まれ；ミニブタの潜在的ドナーの臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若し くはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエン ト例えば異種レシピエント例えば霊長類例えばヒトに移植されたミニブタの臓器 から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡが含まれる。 好適具体例において、標的核酸には：ブタから単離されたゲノムＤＮＡが含ま れ；ブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例え ばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれ；ブタの潜在的ドナーの臓 器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートか ら作られたｃＤＮＡが含まれ；臓器レシピエント例えば異種レシピエント例えば 霊長類例えばヒトに移植されたブタ臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくは ｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれる。 好適具体例において：第２の核酸は、ブタレトロウイルスの配列、プローブ又 はプライマー（例えば、ここに記載のもの）例えばTsukuba-１レトロウイルス 配列であり；第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若 しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖であり、又は少なくとも １０、２０若しくは３０塩基対長の配列若しくはその相補鎖の断片である。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖と、少なくと も６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の、更に好まし くは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最も好ましくは 少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ る；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 好適具体例において、第２の核酸は：ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しく はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸であり； SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド ５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、 それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９又は５８５〜２ １５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続する ヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体であり；ｐｏｌ蛋白質をコードす るセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチド の核酸であり：SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０、SEQ ID NO:２ のヌクレオチド２３２０〜４７３７又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜 ５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続ヌク レオチドの核酸又はこれらの天然の変異体であり；SEQ ID NO:１のヌクレオチド ２〜１９９９（例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌク レオチド４７３８〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又は SEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜７５３３、又はこれらの天然の変異体で ある。 他の面において、この発明は、細胞若しくは組織（例えば、細胞若しくは組織 移植片例えば異種移植片）を、ブタ若しくはミニブタレトロウイルス若しくはレ トロウイルス配列（例えば、内因性ミニブタレトロウイルス）の存在若しくは発 現についてスクリーニングするための方法を特徴とする。この方法は、下記を含 む： 組織由来の標的核酸を、下記よりなる群から選択した第２の配列とハイブリダ イゼーションが起こり得る条件下で接触させること：ブタレトロウイルス配列に 特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはそ の相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列 若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQID NO :３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列 ；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８ ３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレ オチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３ 、５９８〜２１６９又は５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス 配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異 体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１ ０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８ ０６０、 SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７又はSEQID NO:３のヌ クレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体；ｅｎｖ蛋 白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続す るヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（例えばヌク レオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜６７２２（ 例えばヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO: ３のヌクレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の 少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体；ブ タ若しくはミニブタレトロウイルス核酸；又はTsukuba核酸（ハイブリダイゼー ションは、組織中の内因性ミニブタレトロウイルスの存在又は組織中の内因性ブ タレトロウイルスにおけるレトロウイルス配列の発現を示す）。 好適具体例において、この方法は、更に、標的核酸配列を、SEQ ID NO:１若し くはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはそ の相補鎖の配列と特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて増殖させるこ とを含む。 好適具体例において、この組織又は細胞移植片を、心臓、肺、肝臓、骨髄、腎 臓、脳細胞、神経組織、膵臓若しくは膵臓細胞、胸腺又は腸組織よりなる群から 選択する。 他の好適具体例において、標的核酸は：ＤＮＡ；ＲＮＡ；又はｃＤＮＡである 。 他の好適具体例において、この標的核酸を：組織試料、又は血液試料、例えば 組織バイオプシー試料、例えばイン・シトウー（in situ）ハイブリダイゼーシ ョン又は免疫組織化学に適した組織試料から得る。 好適具体例において、標的核酸には：ミニブタから単離されたゲノムＤＮＡ； ミニブタから単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；ミニブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若 しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ミニブタの潜 在的ドナーの臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡ テンプレートから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えば異種レシピエント 例えば霊長類例えばヒトに移植されたミニブタの臓器から単離されたＲＮＡ、Ｄ ＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれ る。 好適具体例において、標的核酸には：ブタから単離されたゲノムＤＮＡ；ブタ から単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られた ｃＤＮＡ；ブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若しくは ｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ブタの潜在的ドナー の臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレー トから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えばレシピエントブタ若しくは異 種レシピエント例えば霊長類例えばヒトに移植されたブタの臓器から単離された ＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮ Ａが含まれる。 好適具体例において、標的核酸は、ＲＮＡであり又は組織中のＲＮＡから増幅 された核酸であり、そしてハイブリダイゼーションは、内因性ミニブタレトロウ イルス若しくはレトロウイルス配列又は内因性ブタレトロウイルスの発現と相関 する。 好適具体例において、標的核酸は、ＤＮＡであり又は組織中のＤＮＡから増幅 された核酸であり、そしてハイブリダイゼーションは、内因性ミニブタレトロウ イルス又は内因性ブタレトロウイルスの存在と相関する。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、ブタ由来の細胞又は組織を、活性化可能なブタ レトロウイルス例えば活性化可能ブタプロウイルスの存在についてスクリーニン グする方法を特徴とする。この方法は、下記を含む： ブタ由来の細胞又は組織をレトロウイルスを活性化することのできる処理で刺 激すること； このブタ由来の細胞又は組織からの標的核酸を次の群から選択する第２の配列 と接触させること：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすること のできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイ ズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハ イブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に 特異的にハイブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセン ス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸 ；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチ ド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば 、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜 ２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続す るヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセ ンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核 酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオ チド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４ １由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレ オチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若 しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SE Q ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９ ）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４ ７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜７５３３由来の センス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの 核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若しくはミニブタレトロウイルスの核酸 ；又はTsukuba核酸（ハイブリダイゼーションは、ブタ由来細胞又は組織におけ る活性化可能なブタプロウイルスの存在を示す）。 好適具体例において、この処理は：薬物例えばステロイド若しくは細胞毒性薬 剤との接触、ウイルスの感染若しくは接触、ストレス例えば栄養ストレス若し くは免疫的ストレス（例えば、Ｔ細胞例えば反応性Ｔ細胞との接触）の誘導であ る。 好適具体例において、この方法は、更に、標的核酸を、SEQ ID NO:１若しくは その相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相 補鎖の配列に特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて増幅することを含 む。 他の好適具体例において、標的核酸を：組織試料、又は血液試料、例えば組織 バイオプシー試料例えばイン・シトウーハイブリダイゼーション若しくは免疫組 織化学に適した組織試料から得る。 好適具体例において、標的核酸には：ミニブタから単離されたゲノムＤＮＡ； ミニブタから単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；ミニブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若 しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ミニブタの潜 在的ドナーの臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡ テンプレートから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えば異種レシピエント 例えば霊長類例えばヒトに移植されたミニブタの臓器から単離されたＲＮＡ、Ｄ ＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれ る。 好適具体例において、標的核酸には：ブタから単離されたゲノムＤＮＡ；ブタ から単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られた ｃＤＮＡ；ブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若しくはｃＤＮ Ａ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ブタの潜在的ドナーの臓器 から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えばレシピエントブタ若しくは異種レシ ピエント例えば霊長類例えばヒトに移植されたブタの臓器から単離されたＲＮＡ 、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含 まれる。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する 配列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％ の、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、 最も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相 同性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、ミニブタゲノム又はブタゲノムを、ブタレトロ ウイルス又はレトロウイルス配列例えば内因性ブタレトロウイルスの存在につい てスクリーニングする方法を特徴とする。この方法は、下記を含む： ミニブタ（又はブタ）ゲノムＤＮＡを、次の群から選択する第２の配列と、こ れらの配列がハイブリダイズすることのできる条件下で接触させること：ブタレ トロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO: １の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列； SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることので きる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズす ることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配 列の少な＜とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオ チド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSE Q ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれのヌクレオチド ３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセンス若 しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又は これらの天然の変異体：ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス 配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸;SEQ ID NO:１のヌクレ オチド４８７１〜８０６０、 SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７ 若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくは アンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれ らの天然の変異体；ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列 の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチ ド２〜１９９９（例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌク レオチド４７３８〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又は SEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然 の変異体；ブタ若しくはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸（ハ イブリダイゼーションは、ミニブタ（又はブタ）ゲノムにおける内因性ブタレト ロウイルス又はレトロウイルス配列の存在を示す）。 好適具体例において、この方法は、更に、ミニブタ（又はブタ）ゲノムの全部 又は一部を、SEQ ID NO:若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖 又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の配列に特異的にハイブリダイズするプラ イマーを用いて増幅させることを含む。 好適具体例において：第２の核酸は、ブタレトロウイルスの配列、プローブ又 はプライマー（例えば、ここに記載のもの）例えばTsukuba-1レトロウイルス配 列であり；第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若し くはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖であり、又は少なくとも１ ０、２０若しくは３０塩基対長の配列若しくはその相補鎖の断片である。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D N0:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖と、少なくと も６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の、更に好まし くは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最も好ましくは 少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは ８０６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好 ましくは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、 １０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満 である；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、遺伝的に改変されたミニブタ又は遺伝的に改変 されたブタを、ミニブタ若しくはブタレトロウイルスの存在又はレトロウイルス 配列の発現（例えば、内因性ミニブタレトロウイルス）についてスクリーニング する方法を特徴とする。この方法は、下記を含む： 遺伝的に改変されたミニブタ又はブタ由来の標的核酸を、次の群から選択する 第２の配列と、ハイブリダイゼーションが起こり得る条件下で接触させること： ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列：SEQI D NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる 配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズするこ とのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダ イズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌ クレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９ 又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれのヌクレ オチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセ ンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核 酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３の ヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少な くとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ｅｎ ｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連 続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（例えば 、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜 ６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌク レオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若し くはミニブタレトロウイルスの核酸;又はTsukuba核酸（ハイブリダイゼーション は、遺伝的に改変されたミニブタ又はブタにおける内因性ミニブタレトロウイル ス若しくはレトロウイルス配列の存在若しくは発現又はブタレトロウイルス若し くはレトロウイルス配列の存在若しくは発現を示す）。 好適具体例において、この方法は、更に、標的核酸を、SEQ ID NO:若しくはそ の相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補 鎖の配列に特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて増幅させることを含 む。 好適具体例において、標的核酸には：ミニブタから単離されたゲノムＤＮＡ； ミニブタから単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；ミニブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡＮＲＮＡ若 しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ミニブタの潜 在的ドナーの臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮA若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡ テンプレートから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えば異種レシピエント 例えば霊長類例えばヒトに移植されたミニブタの臓器から単離されたＲＮＡ、Ｄ ＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれ る。 好適具体例において、標的核酸には：ブタから単離されたゲノムＤＮＡ；ブタ から単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られた ｃＤＮＡ；ブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若しくはｃＤＮ Ａ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ブタの潜在的ドナーの臓器 から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えばレシピエントブタ若しくは異種レシ ピエント例えば霊長類例えばヒトに移植されたブタの臓器から単離されたＲＮＡ 、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含 まれる。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり：この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、ドナーのミニブタ又はブタからの移植片をレシ ピエント動物例えばミニブタ又はブタ、非ヒト霊長類又はヒトに移植することに 関連する潜在的な危険を評価する方法を特徴とする。この方法は、下記を含む： ドナー、レシピエント又は移植片由来の標的核酸を、次の群から選択する第２ の配列と、これらの配列がハイブリダイズする条件下で接触させること：ブタレ トロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列と特異的にハ イブリダイズする核酸；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイ ブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特 異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその 相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコード するセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチ ドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌ クレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６ （例えば、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び ５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３の ヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少な くとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体; ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変 異体；ブタ若しくはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸（ハイブ リダイゼーションは、移植に関連した危険を示す）。 好適具体例において：第２の核酸は、Tsukuba-1レトロウイルス配列、プロー ブ又はプライマー（例えば、ここに記載のもの）であり；第２の核酸は、ブタレ トロウイルスの配列、プローブ又はプライマー（例えば、ここに記載のもの）で あり；第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくは その相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖であり、又は少なくとも１０、 ２０若しくは３０塩基対長の配列若しくはその相補鎖の断片である。 好適具体例において、標的核酸には：ミニブタから単離されたゲノムＤＮＡ； ミニブタから単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；ミニブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若 しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ミニブタの潜 在的ドナーの臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡ テンプレートから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えば異種レシピエント 例えば霊長類例えばヒトに移植されたミニブタの臓器から単離されたＲＮＡ、Ｄ ＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれ る。 好適具体例において、標的核酸には：ブタから単離されたゲノムＤＮＡ；ブタ から単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られた ｃＤＮＡ；ブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若しくはｃＤＮ Ａ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；ブタの潜在的ドナーの臓器 から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；臓器レシビエント例えばレシピエントブタ若しくは異種レシ ピエント例えば霊長類例えばヒトに移植されたブタの臓器から単離されたＲＮＡ 、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含 まれる。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％ の、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、 最も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相 同性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、内因性のミニブタ若しくはブタレトロウイルス 又はレトロウイルス配列ゲノムがその発現を調節する（例えば、その結果誤発現 を生じる）突然変異を含むかどうかを測定する方法を特徴とする。この方法は、 下記を含む： 内因性レトロウイルスゲノムの構造を測定すること、及び 内因性レトロウイルスゲノムの構造をSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の配列と比較 すること（差異は、突然変異を示す）。 好適具体例において、この方法は、内因性ゲノムを配列決定すること及びそれ をSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQI D NO:３若しくはその相補鎖からの配列と比較することを含む。 好適具体例において、この方法は、プライマーを用いて、内因性レトロウイル スゲノムの領域を、例えば、ＰＣＲ、ＬＣＲ（リガーゼ連鎖反応）若しくは他の 増殖方法により増幅すること、及び増幅生成物の構造を、SEQ ID NO:１若しくは その相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相 補鎖の配列と比較して、レトロウイルスゲノムとSEQ ID NO:１若しくはその相補 鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖との 間に配列の違いがあるかどうかを測定することを含む。この方法は、更に、１つ 以上の制限部位が内因性レトロウイルスゲノム中に存在するかどうかを測定する こと、及びこれらの部位がSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若し くはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖中に存在するかどうかを測 定することを含む。 好適具体例において、突然変異は、レトロウイルスゲノムの全部又は部分の大 きい欠損例えば挿入、逆転、転座又は欠失である。 好適具体例において、突然変異の検出は：（ｉ）ブタレトロウイルスゲノム由 来のセンス若しくはアンチセンス配列（例えば、SEQ ID NO:１、SEQ ID NO:２又 はSEQ ID NO:３）若しくはこれらの天然の変異体にハイブリダイズするブタレト ロウイルスヌクレオチド配列を含むＤＮＡ（例えば、SEQ ID NO:１、SEQID NO: ２又はSEQ ID NO:３）から増幅した標識されたＰＣＲプローブを用意すること； （ii）そのプローブ／プライマーを制限エンドヌクレアーゼで消化した組織の核 酸（例えば、ゲノムＤＮＡ）にさらすこと；及び（iii）このプローブ／プライ マーのこの核酸へのイン・シトゥーハイブリダイゼーションにより、遺伝的障害 の存否を検出することを含む。或は、ブタレトロウイルス遺伝子（例えば、SEQ ID NO:１、SEQ ID NO:２又はSEQ ID NO:３に示したヌクレオチド配列を含む遺伝 子）に特異的なプライマーを用いる直接的ＰＣＲ分析を用いて、ブタレトロウイ ルスゲノムにおける遺伝的障害の存否を、増幅された生成物を比較することによ り検出することができる。 他の面において、この発明は、内因性レトロウイルス若しくはレトロウイルス 配列（例えば、活性化可能なレトロウイルス）の前以て選んだ部位への挿入を含 まないミニブタ若しくはブタを供給する方法を特徴とする。この方法は、下記を 含む： 前以て選んだ部位にレトロウイルス挿入を有する第１のミニブタ（又はブタ） と前以て選んだ部位（例えば同じ部位）にレトロウイルス挿入を有しない第２の ミニブタ（又はブタ）との間で交配を行ない、その挿入を有しない子孫のミニブ タ（又はブタ）を回収すること｛ここに、レトロウイルス挿入の存否は、ミニブ タ（又はブタ）のゲノムを、ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズ することのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイ ブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特 異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその 相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコード するセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチ ドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID N0:２のヌ クレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６ （例えば、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び ５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３の ヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少な くとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ｅｎ ｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連 続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（例えば 、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜６７ ２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌクレオ チド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１ ０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若しくは ミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸と接触させることにより測定 する｝。 好適具体例において、この核酸を、第１の動物又はその一の先祖の核酸（例え ば、そのゲノム由来のＤＮＡ）とハイブリダイズさせる。 好適具体例において、この核酸を、第２の動物又はその一の先祖の核酸（例え ば、そのゲノム由来のＤＮＡ）とハイブリダイズさせる。 好適具体例において、この核酸を、子孫の動物又はその一の子孫の核酸（例え ば、そのゲノム由来のＤＮＡ）とハイブリダイズさせる。 好適具体例において、この核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する 配列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％ の、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、 最も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相 同性を有する。 他の好適具体例において：この核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少な くとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５、 ３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６ ０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好ましく は２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１００ ０、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であり ；この核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、治療例えば免疫抑制治療を、レトロウイルス例 えば内因性ブタレトロウイルスを活性化する能力について評価する方法を特徴と する。この方法は、下記を含む： 治療を、内因性ブタレトロウイルスを有する患者例えばミニブタ（又はブタ） に施与すること；及び そのブタレトロウイルスの発現を、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の配列に特異的 にハイブリダイズする精製された核酸配列を用いて検出すること。 好適具体例において、免疫抑制治療には、照射、化学療法又は薬物治療が含ま れる。 好適具体例において：治療は、免疫寛容を誘導することのできるものであり； 治療は、新規な遺伝物質を導入すること例えば新規な遺伝物質をミニブタゲノム （又はブタゲノム）に又はブタ若しくはミニブタの移植片を受容する宿主のゲノ ムに導入することができるものであり、例えば、この治療は、新規な遺伝物質を レトロウイルス媒介のトランスファーによって導入するものである。 好適具体例において：精製された核酸は、Tsukuba-1レトロウイルス配列、プ ローブ又はプライマー（例えば、ここに記載のもの）であり；精製された核酸は 、ブタレトロウイルスの配列、プローブ又はプライマー（例えば、ここに記載 のもの）であり；精製された核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖であり、又は少 なくとも１０、２０若しくは３０塩基対長のかかる配列若しくはその相補鎖の断 片である。 好適具体例において、精製された核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、 SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来す る配列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５ ％の、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の 、最も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は 相同性を有する。 他の好適具体例において：精製された核酸は、少なくとも１０、一層好ましく は少なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも ２５、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは ８０６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好 ましくは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、 １０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満 であり；精製された核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 好適具体例において、第２の核酸は：ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しく はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８ 〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えばそれぞれ のヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６） 由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオ チドの核酸又はこれらの天然の変異体：ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しく はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２ ０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセ ンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核 酸、又はこれらの天然の変異体；ｅｎｖ蛋白質をコードする センス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの 核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（例えば、ヌクレオチド８６〜 １９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜６７２２（例えば、ヌクレ オチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜７５３ ３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレ オチドの核酸、又はこれらの天然の変異体。 他の面において、この発明は、ブタレトロウイルス感染の起源を突きとめる方 法を特徴とする。この方法は、下記を含む： 移植片由来の標的核酸を、次の群から選択する第２の配列と接触させること： ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQI D NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる 配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズするこ とのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダ イズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌ クレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９ 又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれのヌクレ オチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセ ンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核 酸又はこれらの天然の変異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチ センス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQID NO:１の ヌクレオチド４８７１〜８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７ ３７若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若し くはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又は これらの天然の変異体；ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス 配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレ オチド２〜１９９９（例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２の ヌクレオチド４７３８〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２） 又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜 ７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続する ヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若しくはミニブタレトロ ウイルスの核酸；又はTsukuba核酸 レシピエント由来の標的核酸を、次の群か ら選択する第２の配列と接触させること：ブタレトロウイルス配列に特異的にハ イブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に 特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはそ の相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列 若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋 白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続す るヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８ ５〜２１５６（例えば、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜 ２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少な くとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体；ｐｏｌ 蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続 するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０、SE Q ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオ チド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１ ０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若 しくはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸（移植片由来の核酸へ のハイブリダイゼーションは、その移植片におけるブタレトロウイルス感染と相 関し；且つレシピエント由来の核酸へのハイブリダイゼーションは、そのレシピ エントにおけるブタレトロウイルス感染と相関する）。 好適具体例において、標的核酸には：ＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡ例えばＲＮ Ａテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれる。 好適具体例において：第２の核酸は、ブタレトロウイルスの配列、プローブ又 はプライマー（例えば、ここに記載のもの）例えばTsukuba-1 レトロウイルス配 列であり；第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若し くはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖であり、又は少なくとも１ ０、２０若しくは３０塩基対長の配列若しくはその相補鎖の断片である。 好適具体例において、レシピエントは、動物例えばミニブタ、ブタ、非ヒト霊 長類又はヒトである。 好適具体例において、移植片を、心臓、肺、肝臓、骨髄又は腎臓よりなる群か ら選択する。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、細胞、例えば病気（例えば、増殖性疾患）を有 する細胞（例えば腫瘍細胞、例えば癌細胞）、例えばリンパ腫又は肝細胞性癌（ 移植片レシピエント（例えば、異種移植）において発達中のもの）を、ブタレト ロウイルス又はレトロウイルス配列の存在又は発現についてスクリーニングする 方法を特徴とする。この方法は、下記を含む： 腫瘍細胞由来の標的核酸を、次の群から選択する第２の配列と、この試料と核 酸配列がハイブリダイズできる条件下で接触させること：ブタレトロウイルス配 列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しく はその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の 配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる 配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも １０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜 ４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５８５〜２１５６（例えばそれぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８ ３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセン ス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変 異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも １０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ IDN0:１のヌクレオチド４８７１〜 ８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO: ３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の 少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（例 えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜 ６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌク レオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若し くはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸（ハイブリダイゼーショ ンは、腫瘍細胞における内因性ブタレトロウイルス又はレトロウイルス配列の存 在を示す）。 好適具体例において、腫瘍細胞由来の標的核酸には：ＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤ ＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡが含まれる。 好適具体例において：第２の核酸は、ブタレトロウイルスの配列、プローブ 又はプライマー（例えば、ここに記載のもの）例えばTsukuba-1レトロウイルス 配列であり；第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若 しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖であり、又は少なくとも １０、２０若しくは３０塩基対長の配列若しくはその相補鎖の断片である。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り：第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、下記を含む、ヒト患者を、内因性ブタレトロウ イルス又はレトロウイルス配列の存在又は発現についてスクリーニングする方法 を特徴とする： ヒト患者由来の標的核酸を、次の群から選択する第２の配列と、これらの配列 がハイブリダイズできる条件下で接触させること：ブタレトロウイルス配列に特 異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその 相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若 しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO: ３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列； ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３ ９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えばそれぞれのヌクレオチド３１ １２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセンス若しく はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれ らの天然の変異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列 の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチ ド４８７１〜８０６０、 SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若し くはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアン チセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの 天然の変異体；ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少 なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２ 〜１９９９（例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオ チド４７３８〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス 配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変 異体；ブタ若しくはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸（ハイブ リダイゼーションは、ヒト患者における内因性ブタレトロウイルス又はレトロウ イルス配列の存在を示す）。 好適具体例において、ヒト患者由来の標的核酸は、血液試料又は組織試料（例 えば、組織バイオプシー試料）由来のＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡ試料、核酸で ある。 好適具体例において、ヒト患者は、ミニブタ若しくはブタ異種移植片レシビエ ントであり、又はミニブタ若しくはブタ異種移植片レシピエントと接触した人間 である。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 好適具体例において：レシピエントを、ブタ又はミニブタ組織の移植前に、ブ タレトロウイルス配列の存在について試験する。 他の面において、この発明は、抗ウイルス剤例えば抗ウイルス抗生物質に対す るブタレトロウイルスの感受性を調節する（例えば、増加させ又は減少させる） ウイルス突然変異をスクリーニングする方法を特徴とする。この方法は、下記を 含む： 治療剤例えば抗ウイルス剤例えば抗ウイルス抗生物質を投与すること； 推定の変異型ブタレトロウイルス株を単離すること； この推定の変異型ブタレトロウイルス株の構造を決定すること；及び その構造をSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補 鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖と比較すること。 他の面において、この発明は、抗ウイルス剤例えば抗ウイルス抗生物質に対す るブタレトロウイルスの感受性を調節する（例えば、増加させ又は減少させる） ウイルス突然変異をスクリーニングする方法を特徴とする。この方法は、下記を 含む： ブタレトロウイルスを治療剤例えば抗ウイルス剤例えば抗ウイルス性抗生物質 の存在下で増殖させること；及び 合成されたブタレトロウイルスＤＮＡの量を、そのブタレトロウイルスＤＮＡ を次の群から選択する第２の配列とハイブリダイズさせることにより測定するこ と：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列； SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることので きる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズす ることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブ リダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアン チセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１ のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１ ６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えばそれぞれのヌク レオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来の センス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの 核酸又はこれらの天然の変異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアン チセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQID NO:１ のヌクレオチド４８７１〜８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４ ７３７若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若 しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又 はこれらの天然の変異体；ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセン ス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌク レオチド２〜１９９９（例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２ のヌクレオチド４７３８〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２ ）又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはア ンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれら の天然の変異体；ブタ若しくはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核 酸。 好適具体例において、この方法は、更に、ブタレトロウイルス核酸を、SEQID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３ 若しくはその相補鎖の配列に特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて例 えばポリメラーゼ連鎖反応定量的ＤＮＡ試験（ＰＤＱ）により増幅することを含 む。 好適具体例において：第２の核酸は、Tsukuba-1 レトロウイルス配列、プロー ブ又はプライマー（例えば、ここに記載のもの）であり；第２の核酸は、ブタレ トロウイルスの配列、プローブ又はプライマー（例えば、ここに記載のもの）で あり；第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくは その相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖である。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、ブタ由来の生成物を、ブタ若しくはミニブタレ トロウイルス又はレトロウイルス配列（例えば、内因性ミニブタレトロウイルス ）の存在又は発現についてスクリーニングする方法を特徴とする。この方法は、 下記を含む： ブタ由来の生成物由来の標的核酸を、次の群から選択する第２の配列と、ハイ ブリダイゼーションが起こり得る条件下で接触させること：ブタレトロウイルス 配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若し くはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQID NO:２ の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SE Q ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのでき る配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２ 〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQID NO:３の ヌクレオチド５８５〜２１５６（例えばそれぞれのヌクレオチド３１１２〜４６ ８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の 変異体：ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１ 〜８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID N O:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列 の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体 ；ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若 しくはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸（ハイブリダイゼーシ ョンは、ブタ由来の生成物における内因性ミニブタ若しくは ブタレトロウイルス又はレトロウイルス配列の存在若しくは発現を示す）。 好適具体例において、この生成物は：蛋白質生成物例えばインシュリンであり ；食物生成物であり；又は細胞性移植片例えば、所望の生成物を発現するように 遺伝子工学的に処理されたブタ若しくはミニブタ等の宿主に移植されるべきブタ 若しくはミニブタ細胞である。 好適具体例において、この方法は、更に、標的核酸を、SEQ ID NO:１若しくは その相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相 補鎖の配列に特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて増幅することを含 む。 他の好適具体例において、標的核酸は：ＤＮＡ、ＲＮＡ又はｃＤＮＡである。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、トランスジェニックエレメント例えば内因性ブ タレトロウイルス挿入部位における塩基の変化例えばＡからＧへの変化、又は１ つ以上のヌクレオチドの挿入若しくは欠失（例えば、SEQ ID NO:１若しくはその 相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖 のレトロウイルスゲノムに対応するレトロウイルスの挿入）を有するトランス ジェニックミニブタ又はブタを特徴とする。 好適具体例において、トランスジェニックエレメントは、内因性ブタレトロウ イルスの活性を変化させるノックアウト（例えば、１つ以上の核酸の欠失、挿入 又は転座）である。 他の面において、この発明は、内因性ブタレトロウイルスに突然変異（例えば 欠失）を挿入することを含む内因性ブタレトロウイルスの発現を阻止する方法を 特徴とする。 好適具体例において、内因性ブタレトロウイルスは、不活性化されている。 好適具体例において、突然変異は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の１つ以上のヌ クレオチドの点突然変異、逆転、転座又は欠失であってよい。 他の面において、この発明は、組換えウイルス又は他の病原体（例えば、原生 動物又はカビ）を検出する方法を特徴とする。この方法は、下記を含む： ブタレトロウイルス配列を有する病原体を用意すること；及び この病原体が非ブタレトロウイルス配列を含むかどうかを測定すること（非ブ タレトロウイルス配列の存在は、ウイルスの組換えを示す）。 好適具体例において、この方法は、更に、レトロウイルスの構造を、そのレト ロウイルスの配列をSEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはそ の相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の配列と比較することにより決定 することを含む（差異は、ウイルスの組換えを示す）。 好適具体例において、この方法は、更に、このレトロウイルスの構造をヒトの レトロウイルス配列例えばＨＴＬＶ１、ＨＩＶ１又はＨＩＶ２と比較することを 含む（構造の類似性は、ウイルスの組換えを示す）。 他の面において、この発明は、例えばドナー、レシピエント又は移植片のゲノ ムにおけるブタレトロウイルス又はレトロウイルス配列のコピー数、サイズ又は 完全性を測定する方法を特徴とする。この方法は： ドナー、レシピエント又は移植片由来の標的核酸を、次の群から選択する第２ の配列と、ハイブリダイゼーションが起こり得る条件下で接触させること：ブタ レトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる 配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズするこ とのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダ イズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌ クレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９ 又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えばそれぞれのヌクレオ チド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセン ス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸 又はこれらの天然の変異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQID NO:１のヌ クレオチド４８７１〜８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３ ７若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しく はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこ れらの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体；ブタ若 しくはミニブタレトロウイルスの核酸；又はTsukuba核酸。 好適具体例において、この方法は、更に、ブタレトロウイルス核酸を、SEQID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３ 若しくはその相補鎖の配列に特異的にハイブリダイズするプライマーを用いて例 えばポリメラーゼ連鎖反応定量的ＤＮＡ試験（ＰＤＱ）又はネストしたＰＣＲに より増幅することを含む。 好適具体例において、標的核酸には：ミニブタから単離されたゲノムＤＮＡ； ミニブタから単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから 作られたｃＤＮＡ；ミニブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ，ＲＮＡ若 しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエ ント例えば異種レシピエント例えば霊長類例えばヒトに移植されたミニブタの臓 器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートか ら作られたｃＤＮＡが含まれる。 好適具体例において、標的核酸には：ブタから単離されたゲノムＤＮＡ；ブタ から単離されたＲＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプレートから作られた ｃＤＮＡ；ブタの臓器例えば腎臓から単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ若しくはｃＤＮ Ａ例えばＲＮＡテンプレートから作られたｃＤＮＡ；臓器レシピエント例えばレ シピエントブタ若しくは異種レシピエント例えば霊長類例えばヒトに移植された ブタの臓器から単離されたＲＮＡ、ＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ例えばＲＮＡテンプ レートから作られたｃＤＮＡが含まれる。 好適具体例において、第２の核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D N0:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖に由来する配 列と少なくとも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の 、一層好ましくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最 も好ましくは少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同 性を有する。 他の好適具体例において：第２の核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少 なくとも１５、更に好ましくは少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５ 、３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０ ６０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好まし くは２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１０ ００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満であ り；第２の核酸は、完全長のレトロウイルスゲノムである。 他の面において、この発明は、組織例えば細胞性若しくは組織移植片（例えば 異種移植片）又は移植片レシピエント由来の組織を、ブタ若しくはミニブタレト ロウイルス配列（例えば、内因性ミニブタレトロウイルス）の存在又は発現につ いてスクリーニングする方法を特徴とする。この方法は：組織試料をレトロウイ ルス蛋白質に特異的な抗体（例えば、抗ｇａｇ、ｐｏｌ又はｅｎｖ抗体）と接触 させること、及びそれにより、この配列が存在し又は発現されるかどうかを測定 することを含む。 好適具体例において、この蛋白質は：SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQI D NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の配列に由来 する配列によりコードされる。 好適具体例において、組織を：心臓、肺、肝臓、骨髄、腎臓、脳細胞、神経組 織、膵臓若しくは膵臓細胞、胸腺、又は腸組織よりなる群から選択する。 ポリペプチドの「精製された標品」又は「実質的に純粋な標品」は、ここで用 いる場合、それが天然において共存する一種以上の他の蛋白質、脂質及び核酸を 含まないポリペプチドを意味する。好ましくは、このポリペプチドは、それを精 製するために用いられる物質例えば抗体又はゲルマトリックス例えばポリアクリ ルアミドからも分離される。好ましくは、このポリペプチドは、精製標品の少な くとも１０、２０、５０、７０、８０又は９５乾重量％を構成する。好ましくは 、この標品は：配列決定を可能にするのに十分なポリペプチドを含み；少なくと も１、１０若しくは１００μｇのポリペプチドを含み；少なくとも１、１０若し くは１００ｍｇのポリペプチドを含む。 特異的にハイブリダイズするとは、ここで用いる場合、核酸が、反応混合物中 の他の配列にハイブリダイズするよりも実質的に一層顕著な程度に標的配列にハ イブリダイズすることを意味する。実質的に一層顕著とは、標的配列が混合物中 に存在するかどうかを測定するのに十分な差異を意味する。 「治療」は、ここで用いる場合、任意の治療例えば治療剤若しくは物質の投与 又は照射を含む。 「核酸の精製標品」は、核酸が由来した生物の天然のゲノム中で直接隣接する コード配列（即ち、５’末端側のもの及び３’末端側のもの）の一方若しくは両 方と直接隣接していないか；核酸が由来した生物中で共存する核酸配列若しくは 蛋白質を実質的に含まないかの一方又は両方である核酸である。この用語は、例 えば、べクターに取り込まれた例えば自律的に複製するプラスミッド若しくはウ イルスに取り込まれた又は原核生物若しくは真核生物のゲノムＤＮＡ中に取り 込まれた組換えＤＮＡ、又は他のＤＮＡ配列と独立した別個の分子（例えば、Ｐ ＣＲ又は制限エンドヌクレアーゼ処理により生成されたｃＤＮＡ又はゲノムＤＮ Ａ断片）として存在する組換えＤＮＡを包含する。実質的に純粋なＤＮＡも又、 更なる配列をコードするハイブリッド遺伝子の部分である組換えＤＮＡを包含す る。精製されたレトロウイルスゲノムは、宿主核酸又はウイルス蛋白質を実質的 に含まない核酸である。 「相同な」は、ここで用いる場合、２つのポリペプチド分子間又は２つの核酸 分子間の配列類似性をいう。２つの比較された配列の両方のある位置が同じアミ ノ酸又は塩基モノマーサブユニットにより占められているならば、例えば、もし ２つのＤＮＡ分子の各々の一の位置がアデニンにより占められているならば、そ れらの分子は、その位置において相同である。２つの配列間の相同性のパーセン トは、それら２つの配列により共有されるマッチングする又は相同な位置の数を 比較した位置の数で除して１００を乗じたものの関数である。例えば、２つの配 列中の位置の１０中６がマッチし又は相同であるならば、これら２つの配列は６ ０％相同である。例えば、ＤＮＡ配列 ATTGCC と TATGGC とは、５０％相同性を 共有する。一般に、２つの配列を最大の相同性を与えるように整列して比較を行 なう。用語配列同一性は、実質的に同じ意味を有する。 用語「プロウイルス」又は「内因性レトロウイルス」は、ここで用いる場合、 レトロウイルスのインテグレートされた形態をいう。 用語「ペプチド」、「蛋白質」及び「ポリペプチド」は、ここでは、交換可能 に用いる。 ここで用いる場合、用語「トランスジェニックエレメント」は、導入された動 物又は細胞に対して部分的に又は完全に異質即ち外来性であるが、その動物のゲ ノムにそれが挿入された細胞のゲノムを変化させるように挿入されるようにデザ インされ若しくは挿入された核酸配列を意味する。この用語は、内因性レトロウ イルス配列の配列又は活性化される能力に変化を引き起こすエレメントを包含す る。トランスジェニックエレメントの例には、レトロウイルス生成物の活性化の 阻止又は誤発現を生じる内因性レトロウイルス配列（又は隣接領域）の変化例え ば置換（例えば、ＡをＧの代わりとする）、挿入又は欠失が含まれる。 ここで用いる場合、用語「トランスジェニック細胞」は、トランスジェニック エレメントを含む細胞をいう。 ここで用いる場合、「トランスジェニック動物」は、その動物の少なくとも１ つの好ましくはすべての細胞がトランスジェニックエレメントを含む任意の動物 である。このトランスジェニックエレメントは、意図的遺伝子操作例えばマイク ロインジェクションにより、細胞に直接に又は間接に、その前駆細胞への導入に より導入することができる。この分子は、染色体中にインテグレートされ得るか 、又は染色体外で複製するＤＮＡであってよい。 ここに記載のように、この発明の一面は、ミニブタ（又はブタ）レトロウイル スゲノムを含む純粋な（又は組換えの）核酸又はその断片、例えばｇａｇ−ｐｏ ｌ又はｅｎｖポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び／又はかかる核酸 の同等物を特徴とする。用語「核酸」は、ここで用いる場合、断片及び同等物を 包含してよい。用語「同等物」は、機能的に同等なポリペプチドをコードするヌ クレオチド配列又は機能的に同等なポリペプチド（例えば、ｇａｇ−ｐｏｌ又は ｅｎｖポリペプチドに特異的な抗体と反応する能力を保持しているポリペプチド ）をいう。同等なヌクレオチド配列は、１つ以上のヌクレオチドの置換、付加又 は欠失により異なる配列例えば対立遺伝子変異物を含み、それ故、遺伝コードの 縮重のためにここに示したｇａｇ、ｐｏｌ又はｅｎｖのヌクレオチド配列と異な る配列を含む。 「誤発現」は、ここで用いる場合、非野生型パターンの遺伝子発現（例えば、 ブタレトロウイルス、例えば Tsukuba-1遺伝子発現、例えばｇａｇ、ｐｏｌ又は ｅｎｖ遺伝子発現）をいう。それは：非野生型レベルでの発現（即ち、過剰又は 過少発現）；遺伝子が発現される時期又はステージに関して野生型と異なる発現 パターン、例えば予め決められた発生期間又はステージにおける（野生型と比較 して）増大した又は減少した発現；予め決められた細胞型又は組織型における（ 野生型と比較して）減少した発現によって野生型と異なる発現パターン；発現さ れたブタレトロウイルス例えば Tsukuba-1、ポリペプチドのスプライシング、サ イズ、アミノ酸配列、翻訳後修飾、安定性又は生物学的活性に関して野生型と異 なる発現パターン；環境刺激又は細胞外刺激のブタレトロウイルス例えば Tsukuba-1 遺伝子の発現に対する効果に関して野生型と異なる発現パターン、例 えば、刺激強度の増大又は減少において（野生型と比較して）増大された又は減 少した発現パターンを含む。 この発明の方法は、ブタ又はミニブタにて用いることができる。 内因性レトロウイルスは、伝統的な育種業務に対して常に感受性ではない潜在 的感染源である。多くのプロウイルスは、複製欠損であり、複製できない。プロ ウイルスは、事実、ある種の刺激により活性化され得、次いで、宿主の細胞機構 を用いてウイルス複製を開始することができる。レトロウイルス感染は、しばし ば、宿主細胞に有害とならない。しかしながら、ウイルスの複製は、ウイルス血 症、悪性形質転換（例えば、ウイルス性オンコジーンの挿入による）、縮重、又 は他の挿入効果（例えば、遺伝子不活性化）を生じ得る。かかる感染の効果は、 多年にわたって現れないかもしれない。ヒトにおける活性レンチウイルス感染の 振舞いのスペクトルは、ＨＩＶに比べてよく記載されている。これらには、ＡＩ ＤＳ、異常な感染及び腫瘍、組換え及び他のウイルス、並びに感染された宿主に よる防護免疫の発生を阻害し得る抗原変異が含まれる。 動物のスクリーニングは、公知のウイルスの活性な複製を伴うドナーの排除を 可能にする。不活性なプロウイルスを、遺伝的プローブを用いて検出し、除去又 は不活性化することができる。これらの新規なアプローチは、異系交配されたヒ ト臓器ドナー集団においては可能でない仕方で、ブタ由来の潜在的ヒト病原体の 同定及び除去を可能にし、それ故、ヒトの異種移植の開発にとって重要となろう 。 この発明のブタレトロウイルス配列は又、ブタ又はミニブタ由来の臓器の移植 又は異種移植後の内因性ブタレトロウイルスの活性化を検出するための診断用プ ローブとしても有用である。この発明のブタレトロウイルス配列は又、ブタ又は ミニブタ由来の臓器のヒトレシピエントへの移植に関連した危険を評価する診断 用ツールをも提供する。これらの配列は又、ミニブタ由来の臓器のヒトレシピエ ントにおけるレトロウイルス活性化の長期的な評価にも有用である。 本発明の実施は、別途指示しない限り、当業者の範囲内にある細胞生物学、細 胞培養、分子生物学、トランスジェニック生物学、微生物学、組換えＤＮＡ及び 免疫学の慣用技術を用いる。かかる技術は、文献中に十分に説明されている。 例えば、Sambrook，Fritsch 及び Maniatis による Molecular Cloning ALabora tory Manual,第二版（Cold Spring Harbor Laboratory Press: 1989）;DNA Clon ing,第Ｉ及びII巻 (D.N.Glover編、1985); Oligonuc1eotide Synthesis(M.J.Gai t 編、1984); Mullis等、米国特許第４，６８３，１９５号；NucleicAcid Hybri dization (B.D.Hames 及び S.J.Higgins編、1984); TranscriptionAndT rans1at ion (B.D.Hames及び S.J.Higgins編、1984); Culture Of AnimalCells (R.I.Fre shney，Alan R.Liss，Inc.,1987); Immobilized Cells AndEnzymes (IRL Press, 1986)；B.Perba1，A Practical Guide To MolecularCloning (1984)；学術論文 、Methods In Enzymo1ogy (Academic Press，Inc.,ニューヨーク); Gene Transfer Ve ctors For Mammalian Cells (J.H.Miller及び M.P.Calos 編、1987，Cold Spri ng Harbor Laboratory); Methods In Enzymology,第154 及び155 巻 (Wu等、編) 、Immunochemical Methods In Cell And MolecularBiology (Mayer及び Walker 編、Academic Press，London，1987); HandbookOf Experimental Immunology， 第I-IV巻(D.M.Weir 及び C.C.Blackwell編、1986); Manipulating the Mouse Em bryo (Cold Spring Harbor LaboratoryPress，Cold Spring Harbor，ニューヨーク、19 86)を参照されたい。 本発明の実施又は試験において、ここに記載したものと類似又は同等の方法及 び材料を用いることができるが、好適な方法及び材料を、以下に説明する。 ここで言及したすべての刊行物を、参考として援用する。更に、これらの材料、 方法及び実施例は、説明するためだけのものであり、制限することを意図したも のではない。 図面の詳細な説明 図１は、Tsukuba-1 ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（SEQ ID NO:１）である。 図２は、ＰＫ−１５細胞株由来のレトロウイルスから単離された欠損レトロウ イルスのヌクレオチド配列（SEQ ID NO:２）である。 図３は、ミニブタ中に見出されるレトロウイルスのヌクレオチド配列（SEQID NO:３）である。詳細な説明 ミニブタレトロウイルス 移植は、もし完全な感染性のプロウイルスが存在するならば、レトロウイルス 活性化の見込みを増大させ得る。移植と関連した多くの現象例えば免疫抑制、移 植片拒絶、移植片対宿主病、ウイルス同時感染、細胞毒性治療、放射線療法又は 薬物治療は、レトロウイルス発現の活性化を促進することができる。 多くの種は、それらのゲノムＤＮＡ中にレトロウイルス配列を有すると考えら れる。活性化され得た幾つかのインタクトな（完全な）レトロウイルスエレメン トは、しばしば、未知である。一度活性化されると、ブタ由来のウイルスは、移 植された臓器を超えて広がるためにヒト組織上の適当なレセプターを必要とする であろう。殆どのインタクト内因性プロウイルス（通常、Ｂ型及びＣ型）は、一 度活性化されると、病原性でない。しかしながら、他のウイルスとの同時感染、 他の内因性ウイルスとの組換え、又は外来のヒト環境におけるウイルスの振舞い の改変は、病原性、臓器特性又はレトロウイルス若しくは他の感染性因子の複製 を変化させ得る。 ブタウイルスについての配列データの不足は、ヒトゲノムに取り込まれたブタ 配列（又はブタレトロウイルス配列）の数又は取り込みの頻度を評価するための 努力を妨げてきた。 本発明者は、Tsukuba-1 レトロウイルスがミニブタ中に見出されることを示す ことにより及びブタレトロウイルス（Tsukuba-1 ）ゲノムの完全な配列を提供す ることにより、一般的な臨床業務における及び一層重要なことには異種移植にお ける内因性レトロウイルスの危険の評価を可能にした。 この発明のブタレトロウイルス配列を用いて、異種移植片の移植ドナーのある 系統におけるインタクトな（即ち、潜在的に複製する）ブタプロウイルス配列の レベル（例えば、コピー数）を測定することができる。例えば、ミニブタレトロ ウイルス配列のコピー数を、ここに記載のポリメラーゼ連鎖反応ＤＮＡ定量（Ｐ ＤＱ）法により、又は他の当業者に公知の方法によって測定することができる。 この定量技術は、インタクトなブタレトロウイルス配列を有しないか又は低コピ ー数のウイルスエレメントを有する動物ドナー（例えば、ミニブタドナー） の選択を可能にする。 この発明のブタレトロウイルス配列を用いて、突然変異例えば逆転、転座、挿 入又は欠失が内因性ブタレトロウイルス配列において起きたかどうかを測定する ことができる。突然変異したウイルスゲノムは、発現欠損であってよい。例えば 、遺伝的障害を、ブタレトロウイルス配列由来のプローブ／プライマーを制限エ ンドヌクレアーゼで消化した組織の核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ）にさらすこと により又はブタレトロウイルス配列由来のプローブ／プライマーのドナー例えば ミニブタの組織由来の核酸に対するイン・シトウーハイブリダイゼーションによ り同定することができる。或は、ブタレトロウイルスゲノム（例えば、SEQID NO :１、２又は３に示したヌクレオチド配列を含む遺伝子）に特異的なプライマー を用いる直接ＰＣＲ分析を用いて、そのブタレトロウイルスゲノムにおける遺伝 的障害の有無を検出することができる。 この発明のミニブタレトロウイルス配列を用いて、ゲノム中の又は循環系、細 胞若しくは移植組織中のウイルス組換え体｛ブタレトロウイルスと免疫無防備状 態の移植レシピエントの他の内因性ヒトウイルス若しくは日和見病原体（例えば 、サイトメガロウイルス）との間での組換え体｝を検出することもできる。 例えば、ウイルスゲノムの断片を、SEQ ID NO:１、２又は３由来の配列を増幅の ためのプライマー又はハイブリダイゼーションのためのプローブとして用いて、 ＰＣＲにより又はハイブリダイゼーション（例えば、サザーン又はノーザンブロ ットハイブリダイゼーション）により検出することができる。 この発明のミニブタレトロウイルス配列（例えば、ＰＣＲプライマー）は、活 性化されたウイルスの定量を可能にする。この発明の配列は又、活性化されたレ トロウイルスの組織学的位置決定をも可能にする（例えば、イン・シトゥーハイ ブリダイゼーションによる）。位置決定は、臨床医が、移植片をヒト宿主の潜在 的レトロウイルス感染源として除去すべきか或はレトロウイルス感染が移植片外 に位置されたかどうかを測定することを可能にする。この発明の配列（例えば、 ＰＣＲプライマー）は、活性に複製するウイルスの検出を可能にする（例えば、 当業者に公知の逆転写されたＰＣＲ技術を用いて）。逆転写酵素測定のための標 準的技術は、しばしば、複雑化し、種特異的であり、低感度且つ低特異性で あり、偽陽性の結果が発生し得る（サザーン及びノーザン分子ブロッティング用 の完全長プローブ使用）。この発明の配列は、ウイルスの活性化についての鋭敏 且つ特異的なアッセイを可能にし、これは様々な試験の実施を可能にする（その 幾つかを以下に概説する）。 この発明は、減少した数のインタクトなプロウイルス挿入を有するドナー動物 の試験及び開発を提供する。それは又、レトロウイルスの活性な複製のための条 件を与えることがありそうにない免疫抑制養生法の試験をも提供する。一般に、 一のレトロウイルスを活性化することがありそうな条件は、未知のレトロウイル スを含む他のウイルス及びサイトメガロウイルス、Ｂ型及びＣ型肝炎ウイルス、 ヒト免疫不全ウイルス（Ｉ及びII）を含む公知のヒト病原体を活性化することが 一層ありそうである。これらの感染に対する予防的治療の利用可能性を仮定すれ ば、これらの治療は、ブタレトロウイルスの活性化に感受性であることが知られ た患者において予防的に用いることができる。 この発明のミニブタレトロウイルス配列を用いて、ヒトにおけるミニブタレト ロウイルス感染の、免疫調節又は抗ウイルス治療（例えば抗ウイルス剤例えば抗 ウイルス性抗生物質）等の治療に対する応答を測定することができる。ＨＩＶを 用いて、抗ウイルス性抗生物質に対する感受性は、逆転写酵素遺伝子（ＲＴｐｏ ｌ領域）及び他の遺伝子の遺伝子配列により決定される。レトロウイルス遺伝子 の正確な配列を決定する能力は、感染中に生じる突然変異（これは、次いで、抗 ウイルス剤に対するこのウイルスの耐性を付与する）の検出を可能にする。この 発明のプライマー（例えば、ＲＴ−ｐｏｌ領域に対するもの）を用いて、ここに 記載のＰＤＱ法により突然変異を有する患者からの臨床ウイルス分離株を検出し 且つ配列決定することができる。この発明のプライマーを用いて、腫瘍細胞例え ば癌細胞例えばリンパ腫又は肝細胞癌腫（異種移植片レシピエント中に発生した もの）がブタレトロウイルスエレメントを含有するかどうかを測定することもで きる。 この発明のブタレトロウイルス配列を用いて、他の相同なレトロウイルスを検 出すること及びこれらが同じか異なるか Tsukuba-1レトロウイルス配列と比較し て測定することもできる。例えば、一の種内において、これらのポリメラーゼ 遺伝子は、高度に保存されている。ｇａｇ−ｐｏｌ領域に狙いを定めたＰＣＲア ッセイとそれに続く配列分析は、相同なウイルスの検出を可能にする。 Tsukuba-1 ウイルスの適当な領域を、ここに記載のように、SEQ ID NO:１由来の 配列を用いて測定して更なる５’及び３’ウイルスゲノム配列を同定することが できる。本明細書の他所で論じているように、これらのSEQ ID NO:１由来の配列 を用いて、ＰＫ−１５レトロウイルスインサートの配列（SEQ ID NO:２）及びミ ニブタ中のレトロウイルス挿入の配列（SEQ ID NO:３)を得た。 この発明のミニブタレトロウイルス配列を用いて、ドナー動物及び異種移植片 レシピエントを移植後に、感染について、及び免疫抑制の適当なレベルの測定と して、感染に対する感受性を考慮してスクリーニングすることができる。医師、 医療スタッフ、家族又は移植片レシピエントと接触する個人その他を、異種移植 片レシピエントに由来するウイルスの感染についてスクリーニングすることがで きる。一般に、集団のメンバーをスクリーニングすることもできる。かかるスク リーニングを、共同生活体の広い疫学的研究に利用することができる。これらの 方法は、Ｆ．Ｄ．Ａ．の要求を満たして、レシピエント及び異種移植片移植によ り共同生活体に導入される新たなウイルスにさらされる共同生活体の安全を増す ことを考えるのを助け得る。 Suzuka等、1989，FEBS 198:339に示されたように、ブタレトロウイルス例えば Tsukuba-1 ゲノムは、環状分子として存在し得る。クローニングに際して、この 環状分子は、一般に、開裂されて線状分子を生じる。当業者に理解されるであろ うが、生じる線状分子の開始点と終点並びにこのウイルス配列の相対的サブ領域 は、当然、開裂点によって変化する。例えば、Suzuka等の文献では、ＬＴＲは、 内部断片中にあることが示されている。これは、ここでは、SEQ ID NO:１におけ るｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖの順序が、他所ではこれらの領域の順序が天然のｇａ ｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖの順に与えられているのに、ｅｎｖ、ｇａｇ、ｐｏｌである ことに示されている。ブタレトロウイルス（Tsukuba-1 ）ゲノム配列由来のプライマー この発明の方法において有用な種々のプライマーの幾つかを、ここに記載し た。当業者は、SEQ ID NO:１のウイルス配列由来の更なるプライマーを当分野で 公知の方法を用いて同定することができる。例えば、潜在的に有用なプライマー を同定することを試みる場合、当業者は、高い融解温度でSEQ ID NO:１にハイブ リダイズする配列（配列は、約１５〜３０ヌクレオチド長であるべきである）； ヌクレオチドの釣り合った分布例えばＡ、Ｔ、Ｃ及びＧの釣り合った分布を有す る配列；末端にＣ又はＧを有する配列；自己とハイブリダイズせず又は内部に相 補性を有しない配列を探すであろう。ブタレトロウイルス（Tsukuba-1 ）ゲノム配列由来のプライマーの利用 Ｉ．移植前の臓器又は細胞の試験 潜在的ドナー動物を、移植に用いる前に活性なレトロウイルス複製についてス クリーニングすることができる。これは、活性なウイルス複製を受けている動物 を回避することを可能にする。複製するウイルスは、しばしば、レシピエントの １００％において感染性であるが、他方、複製していない、潜伏期のプロウイル スは、一般に、レシピエントの５〜２５％において感染を引き起こす。 II．レシピエントの試験 一連の試料（例えば、白血球の試料）を、移植片のレシピエントから、月毎に 得ることができる（例えば、最初の月及びその後３か月ごと）。移植片機能の評 価のために得た組織バイオプシーを用いて、移植片組織中のレトロウイルス配列 の又は発現レトロウイルス配列の活性化を評価することができる。試料を、相同 なウイルスに、このウイルスゲノムの部分を含むウイルス組換え体に、及び他の レトロウイルスに特異的なレトロウイルス感染の存在について、例えば、このウ イルスのｐｏ１領域（保存されていることが最もありそうな領域）に対するＰＣ Ｒプライマーを用いてスクリーニングすることができる。もしウイルスが検出さ れれば、定量的ＰＣＲを利用して、ウイルス生成の相対的安定性を測定すること ができる。異種移植片レシビエントから単離された細胞を、内因性ウイルスを含 有することが知られている許容性のヒト及びブタ（例えば、ブタの卵管、マクロ ファージ又は精巣）細胞系統との同時培養により試験することができる。単離さ れたウイルスを、親株との相同性及び抗ウイルス剤（例えば、抗ウイルス性抗体 ）に対する感受性に影響を及ぼし得る突然変異について試験する。 III．外科及び医療職員及び移植片レシビエントの家族の試験 試料（例えば、白血球）を、外科及び医療職員並びにレシピエントの家族から 移植前に及び最初の年には３か月置きに、その後は少なくとも年一回、預かる（ 保管する）ことができる。予防的研究を、これらの試料について行なうこともで きる。これらの試料を、レシピエントがウイルス血症になるかどうか又は異常な 臨床的な現われがこれらの個人において注目されるかどうかを試験することがで きる。 IV．腫瘍細胞の試験 移植片から又は移植片レシピエントから発生する腫瘍細胞を、活性なレトロウ イルスの存在について及びプロウイルスの存在について試験することができる。 Ｖ．患者の試験 患者を、臨床状況における任意の有意の変化について又は、ウイルス活性化の 増大した危険に関連し得る移植片拒絶の増大した免疫抑制について再試験するこ とができる。ブタレトロウイルス（Tsukuba-1 ）ゲノムの配列決定 ８０６０ｂｐのＸｈｏＩブタレトロウイルス（Tsukuba-1 ）インサートを含む クローン（Ｐλ８．８）を用いて、コンピテントな大腸菌をトランスフェクトし てＤＮＡを配列決定用に単離した。この８０６０ｂｐのブタレトロウイルスゲノ ムを配列決定するのに用いるストラテジーは、以下に概説する手順の組合せを含 んだ。 このクローン（Ｐλ８．８）のランダムフラグメント（１〜３ｋｂ）を超音波 処理により生成した。これらのフラグメントを、鈍端化し、pBluescript SKベク ターのＥｃｏＲＶ部位にサブクローン化した。プラスミッドＤＮＡを、改変した アルカリ溶解手順を用いて調製した。ＤＮＡ配列決定を、DyeDeoxyターミネーシ ョン反応（ABI ）を用いて行なった。塩基特異的な蛍光染料を標識として用いた 。配列決定反応物を４．７５％ポリアクリルアミドゲル上でABI373A-S は373S自 動シーケンサーにより分析した。次のデータ分析をSequencer（商標）3.0ソフト ウェアにて行なった。下記の内部配列決定用プライマーを合成した：８０６０ｂｐのＸｈｏＩブタレトロウイルス（Tsukuba-1 ）インサートを含むク ローン（Ｐλ８．８）を、ＡＴＣＣに１９９５年１２月２７日に寄託した（ＡＴ ＣＣ寄託番号９７３９６）。ミニブタ中のブタレトロウイルス（Tsukuba-1 ）コピー数の測定 全ゲノムＤＮＡをミニブタの腎臓から、当分野で公知の方法により単離した。 単離したゲノムＤＮＡを、ＥｃｏＲＩ又はＨｉｎｄＩＩＩ制限酵素の何れかで消 化した。このＤＮＡ消化物を、アガロースゲル上で電気泳動し、サザーンブロッ トして完全長の精製したTsukuba-l 配列（SEQ ID NO:１）と厳しい条件下（０． １×ＳＳＣ、６５℃）でハイブリダイズさせた。両消化試料（ＥｃｏＲＩ又はＨ ｉｎｄＩＩＩ）において、ミニブタゲノムの高分子フラグメント（１６Ｋｂのサ イズ）の少なくとも６コピーが、SEQ ID NO:１にハイブリダイズしたが、これは 、ブタＤＮＡ中の相同なレトロウイルス配列の存在を示している。ポリメラーゼ連鎖反応ＤＮＡ定量（ＰＤＱ）による感受性試験 ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ＤＮＡ定量（ＰＤＱ）感受性試験を用いて、 ブタレトロウイルス単離株のヌクレオチド感度を迅速且つ直接に測定することが できる。 ＰＣＲを用いて、末梢血中の単核細胞のイン・ビトロ感染後に合成されたブタレ トロウイルスＲＮＡの量を定量することができる。種々の薬物濃度に維持された 培養からの細胞溶解物中のブタレトロウイルスＲＮＡの相対的量は、ウイルス複 製の薬物阻止を反映する。ＰＤＱ法を用いて、感染性の滴定及び感受性試験の両 方を、末梢血の単核細胞の初代培養由来の上清について行なうことができる。 ＰＤＱ実験を、本質的に、Eron等 PNAS USA 89:3241-3245，1992に記載された ようにして行なうことができる。簡単にいえば、ウイルス試料の一連の希釈物の アリコート（１５０μｌ）を用いて、平底２４ウェルプレート（Corning）のウ ェル当り１．５ｍ１の成長培地中で、２×１０6のＰＨＡ刺激されたドナーのＰ ＢＭＣに感染させることができる。個々の細胞試料を、計数して、収穫し、４８ 、７２及び９６時間溶解させる。次いで、定量的ＰＣＲ及びブタレトロウイルス コピー数測定を、各溶解物について二連で行なうことができる。 ＰＤＱ感染性滴定アッセイの結果を用いて、その後のＰＤＱ感受性試験におい て用いる希釈度及び培養時間の長さを決定することができる。これらのパラメー ターは、未処理の対照用感染に対するブタレトロウイルス特異的なＰＣＲ生成物 の収量が、漸近的最大値又はプラトーに達する前のブタレトロウイルスコピー数 標準曲線上に来るように選択すべきである。ＰＨＡ刺激されたドナーのＰＢＭＣ を、薬物と共に感染前に４時間インキュベートすることができる。２４ウェルプ レート中の二連のウェルは、試験される各薬物濃度及び未処理の感染対照に対し て同一のブタレトロウイルス接種物を受けるべきである。未感染対照及び薬物毒 性対照を、各実験に含ませるべきである。すべての培養物を収穫して、４８又は ７２時間後にＰＣＴ用に細胞を溶解させることができる。前に特性決定された単 離株を、各実験において、アッセイ標準として用いることができる。 細胞ペレットを、様々な容積の溶解緩衝液（５０ｍＭ ＫＣｌ／１０ｍＭ ト リス・ＨＣ１、ｐＨ８．３／２．５ｍＭ ＭｇＣｌ2／０.5％ＮｏｎiｄｅｔＰ− ４０／ツイーン２０／０．０１％プロテイナーゼＫ）にて溶解させて、１．２× １０4細胞同等物／μ１の濃度を生じることができる。細胞溶解物のＤＮＡ濃度 についての均一性は、代表的実験において、Hoechst 33258 蛍光（Mini-Fluorom eter，Hoefer）の増強により確認すべきである。 保存されたプライマー対を、ｐｏｌ遺伝子配列により合成することができる。 次いで、これらのプライマーを用いて、溶解物の１．２×１０5細胞同等物から ＰＣＲ（GeneAmp，Cetus）を用いて標準的条件下でブタレトロウイルスｐｏｌ遺 伝子の１５８０塩基対断片を増幅することができる。 ブタレトロウイルスｐｏ１遺伝子増幅生成物を、（Conway，B.C.(1990)Techni ques in HIV Research 中 (A1dovani及びWalker編)(stockton,ニューヨーク) 40−4 6頁）に記載されたようにして、特異的に検出して定量することができる。熱変 性したＰＣＲ生成物を、ストレプトアビジン被覆したミクロ滴定プレートのウェ ル中で、ビオチン化した捕獲用プローブ及びセイヨウワサビペルオキシダーゼ（ ＨＲＰ）標識した検出用プローブの両者と６０分間３７℃でハイブリダイズさせ ることができる［酵素結合オリゴヌクレオチドサンドイッチハイブリダイゼーシ ョンアッセイ（(ELOSA),マサチューセッツ、Billerica在、DuPont Medical Products）。 何回も洗ってプローブ−ＤＮＡハイブリッド以外のすべての反応物を除去した後 に、ＨＲＰ色原体、テトラメチルベンジジン（TMBlue，マサチューセッツ、Wocester在、 Transgenic Sciences）を各ウェルに加えるべきである。ＨＲＰ触媒された色の 展開を、１時間後に、硫酸を０．６５Ｍまで添加することにより停止すべきであ る。４５０ｎｍでの吸光度（ＯＤ）を、自動化ミクロ滴定プレートリーダー（ノースカロライナ 、Hillsborough在、SLT Labinstruments）にて測定することができる。 ブタレトロウイルスＤＮＡコピー数の標準曲線を、各ＰＣＲにおいて、細胞当 り１つのブタレトロウイルスゲノムを含む細胞の希釈シリーズを用いることによ り生成することができる。同遺伝子型ＤＮＡターゲティングベクターを用いるTsukuba-1 ウイルス配列のノ ックアウトを有するミニブタの作成 同遺伝子型ＤＮＡ、又はターゲティングベクターと染色体中のターゲティング ＤＮＡとの間で配列において実質的に同じであるＤＮＡは、相同組換え事象の頻 度及び遺伝子ターゲティング効率を大いに増大させる。同遺伝子型ＤＮＡターゲ ティングベクターを用いて、８０％以上のターゲティング頻度を、マウスの胎児 幹細胞において達成することができる。これは、通常約０．５〜５％の（即ち、 同遺伝子型ＤＮＡベクターよりほぼ２桁低い）ターゲティング頻度を生じる非同 遺伝子型ＤＮＡベクターと対照的である。同遺伝子型ＤＮＡ構築物は、ランダム インテグレーションではなく相同組換えによって優勢に染色体中にインテグレー トされる。その結果、ウイルス配列（例えばウイルス遺伝子）のターゲティング による突然変異誘発を、入念な選択プロトコールの利用に役立たない接合体を含 む生物学的系において行なうことができ、活性化可能なウイルス配列を含まない か又は減少した数だけ有する動物（例えばミニブタ）の生成を生じる。実行可能 であるべき同遺伝子型ＤＮＡアプローチのために、ターゲティングベクターは、 ターゲティングの対象とされる生物のＤＮＡと同じＤＮＡ源から構築すべきであ る。理想的には、同遺伝子型ＤＮＡターゲティングを、すべての遺伝子座がホモ 接合である同系交配の動物の系統内で例えば同系交配のミニブタの系統内で行な う。この系統の任意の動物は、同遺伝子型ターゲティングベクターを生成するた めの起源として役立ち得る。この同遺伝子型ジーンターゲティングのプロトコー ルは、TeRiele等、PNAS 89:5128-5132,1992及びＰＣＴ／ＵＳ９２／０７１８４ （参考として本明細書中に援用する）に概説されている。Tsukuba-1 ノックアウ トミニブタを生成するためのプロトコールを、以下に、簡単に記載する。 挿入ベクターを、Hasty及びBradley（Gene Targeting Vectors for Mammalian Cells，in Gene Targeting: A Practical Approach，AlexandraL．Joyner 編、I RL Press 1993）により記載されたようにデザインする。挿入ベクターは、唯一 つの交差事象が自然のままの遺伝子座への相同組換えによるインテグレーション のために起きることを必要とする。二本鎖が切れて、高度に組換え誘発的である ことが知られているベクターの２つの末端は、染色体上の隣接配列上に位置され る。かかる構築物のターゲティング頻度は、３０〜５０％の範囲内である。挿入 ベクターの一つの不都合は、一般に、導入されて潜在的に遺伝子座を不安定にす る配列複製に関係する。これらすべての構築物は、標準的クローニング手順を用 いて作られる。 置換ベクターも又、Hasty 及びBradley により詳細に記載されている。概念的 に挿入ベクターより一層直接的であることには、置換ベクターは、Tsukuba-1ゲ ノム配列のストレッチの本質的に同一線型順序の断片を用いる。好ましくは、同 遺伝子型置換ベクターが構築されるＤＮＡ配列は、約６〜１０ｋｂの連続したＤ ＮＡを含む。２つの交差（選択マーカーの何れかの側のもの）は、変異したター ゲティングベクターをインテグレートさせて、野生型遺伝子を置換する。 同遺伝子型のトランスジーンＤＮＡの接合子期のブタ胎児（１細胞胚）の前核 の１つへのマイクロインジェクションを、以前に記載されたプロトコール（Hamm er等 1985，Nature 315,680; Pursel 等 1989，Science 244,1281 ）の改変によ り達成する。ドナーブタ（例えば、ハプロタイプ特異的なミニブタ）の年齢及び 体重は、成功するために非常に重要である。最適には、これらの動物は、８〜１ ０月齢で体重７０〜８５１ｂである。これは、トランスジーンのマイクロインジ ェクションのための１細胞胚の十分な供給を得る可能性を増大させる。多くの胚 ドナーからのこのステージの胚収集の正確なタイミングを可能にするために、若 雌ブタを、合成プロゲステロン（Regumate）の標品を用いて同期 させる。ホルモン移植物を、指定された若雌ブタに胚収集日の３０日前に適用す る。２０日後、収集日の１０日前に、移植物を取り出し、これらの動物を、更な るホルモンで処理して、マイクロインジェクション用の胚の数を増大させる過剰 排卵を誘発する。移植物除去の３日後に、これらの動物を、４００〜１０００Ｉ Ｕの妊馬血清ゴナドトロピン（ＰＭＳＧ）で処理し、３〜４日後に７５０ＩＵの ヒト絨毛性ゴナドトロピン（ｈＣＧ）で処理する。これらの動物を、ｈＣＧの注 射後２日続けて人工受精により交配させる。 胚収集を次のように行なう：最初のｈＣＧの注射の３日後に、これらの動物を テラゾール（３ｍｇ／ｌｂ）、ロムパム（２ｍｇ／ｌｂ）及びアトロピン（１ｍ ｇ／ｌｂ）の筋肉注射により麻酔する。正中線開腹術を行ない、生殖管を体外に 出す。接合子の収集を、卵管の膨大部にカニューレを挿入して予め３９℃に暖め た１０〜１５ｍ１の燐酸塩緩衝液でこの卵管をフラッシュすることにより行なう 。収集後、ドナー動物を、ＵＳＤＡガイドラインに従って、手術からの回復の準 備をさせる。２回胚収集に用いた動物は、ＵＳＤＡガイドラインに従って安楽死 させる。 トランスジーンＤＮＡの接合子の前核への注入を、次に要約したようにして行 なう：接合子を１０％ウシ胎児血清を補った培地ＨＡＭＦ−１２中に３８℃で維 持する（５％ＣＯ2大気中）。注入のために、これらの接合子を、ＢＭＯＣ−２ 培地中に置き、１３，０００ｇで遠心分離して胚の脂質を分配して前核を可視化 する。これらの胚を、軽パラフィン油を重層した同じ培地を含有する注入用チャ ンバー（くぼみのあるスライドガラス）中に置く。マイクロインジェクションを 、Normarski 光学機器及びNarishige マイクロマニピュレーターを備えたNikon Diaphot 倒立顕微鏡にて行なう。４０×レンズ倍率を用いて、これらの胚を保持 用ピペットを用いて適所に保持し、トランスジェニックエレメント例えば変異し たウイルス遺伝子を含むＤＮＡの溶液（２μｇ／ｍｌ）を吸い込ませたガラス針 を用いて注入する。この溶液の約２ピコリットル（４フェムトグラムのＤＮＡ） の注入（約５００コピーのトランスジェニックエレメント例えば変異したウイル ス遺伝子に等しい）を、約５０％だけ前核が膨張することにより監視する。注入 した胚を、レシピエント動物へのトランスファーの前に、インキュベー ター中に置く。 レシピエント動物を、ドナー動物と同様に用意するが、過剰排卵させることは しない。注入した胚のトランスファーの前に、レシピエントの若雌ブタを麻酔し て、腹部を縦方向の切開により外科的に開いて卵巣を体外に出す。多数の黄体を 有する卵巣に対して同側性の卵管をフラッシュし、胚をチェックして動物が生殖 的に健全であるかどうかを評価する。トランスジェニックエレメント例えば変異 したウイルス遺伝子を注入した約４〜６個の接合子をフラッシュした卵管に移し て、腹部切開を縫合し、そしてこれらの動物を回復のための暖かい場所に置く。 妊娠の状態を、超音波により監視する（２５日目に開始し、又は移植予定日後約 １週間監視する）。妊娠したレシピエントを、分娩まで、別々に収容する。 新生仔ブタを、トランスジェニックエレメントの染色体ＤＮＡへのインテグレ ーションについて分析する。ゲノムＤＮＡを、耳パンチ又は血液試料から抽出し て、初期スクリーニングをＰＣＲを用いて行なう。潜在的にトランスジェニック エレメント陽性である動物を、サザーン分析により確認する。トランスジェニッ ク創出（founder ）動物を更に、サザーン分析を用いて、トランスジェニックエ レメントインテグレーションの遺伝子座に関する分析にかける。内因性ブタレトロウイルスインサート及びブタＰＫ−１５細胞中のレトロウイル スインサートの単離及び配列決定 ＰＫ１５及びＰＡＬ内因性レトロウイルスのクローニング Ｉ． ポリＡ+ＲＮＡの単離 末梢血リンパ球（ＰＢＬ）を、ハプロタイプｄ／ｄのミニブタから当分野で公 知の標準的プロトコールを用いて調製した。これらのＰＢＬを、１％フィトヘマ グルチニン（ＰＨＡ）の存在下で約８４時間培養した。活性化したＰＢＬを集め て全ＲＮＡを市販のキット例えばGentra's（ミネソタ、Minneapolis在）のPUREscrip t Kitを用いて単離した。ポリＡ＋ＲＮＡを、全ＲＮＡから、別の市販品Dynal D ynabeads（ニューヨーク、Lake Success在）を用いて単離した。ブタレトロウイルスプ ローブを用いるこのＲＮＡのノーザン分析は、潜在的に完全長のレトロウイルス ゲノムＲＮＡの存在を確実にした。ＰＫ１５細胞由来のＲＮＡを同様 のプロトコールを用いて単離した。 II． ｃＤＮＡライブラリーの構築 ｃＤＮＡ合成用のSuperscript Choice System（Life Technologies Ltd,Gibco BRL，メリーランド、Gaithersburg 在）を用いて、ｃＤＮＡライブラリーを、オリゴ ｄＴを用いて構築して第１鎖ｃＤＮＡを作製した。Superscript 逆転写酵素の利 用が、完全長のレトロウイルス（ＲＶ）ｃＤＮＡを得るために重要であった。こ のｃＤＮＡライブラリーを、電気泳動により４ｋｂより大きいサイズの断片を選 択することにより、大きいｃＤＮＡ断片を富化した。これらのｃＤＮＡを、１〜 １２ｋｂの範囲のインサートを受け入れる数少ない市販のｃＤＮＡベクターの１ つであるLambda ZAP Express（カリフォルニア、Palo Alto在、ClontechLaboratories） 中にクローン化した。 III． ｃＤＮＡライブラリーのスクリーニング ０．７５〜１．２×１０6の独立のクローンを、ｇａｇ及びｐｏｌプローブ又 はｇａｇ及びｅｎｖプローブの何れかを用いてスクリーニングした。二重陽性ク ローンを、更に、単独の単離株が得られるまで精製した（更なる１〜２回のスク リーニング）。 IV． これらのクローンの特性決定 １８〜３０の二重陽性クローンを、評価のために選択した。ラムダＤＮＡを、 標準的プロトコール例えば Lambda DNA Kit（カリフォルニア、Chatsworth 在、QiagenI nc.）を用いて調製した。これらのクローンをＰＣＲにより分析して、（ａ）Ｒ Ｖ遺伝子についてチェックし、（ｂ）インサート及びＬＴＲ領域のサイズを測定 した。インサートのサイズを確認し、これらのクローンの分類を試みるために制 限消化も行なった。最長のインサートを含む及び矛盾せず予想されるＰＣＲデー タを有するクローンを配列決定した。細胞、組織、器官、ミニブタ又はレシピエント宿主（例えば、霊長類、ヒト）に おける内因性レトロウイルスの存在の検出用のＰＣＲベースのアッセイの開発 市販のコンピューターソフトウェアプログラム（例えば、RightPrimer，Oligo 4.0，MacVector又はGeneworks）を用いて、ここに開示した配列を、ＰＣＲプラ イマー対の選択のために分析することができる。プライマー対の一般的選択の基 準は、下記を含む： ａ． 各プライマーのＴｍは、６５〜７０℃である ｂ． 各対のＴｍは、差が３℃以下である ｃ． ＰＣＲ断片は、２００〜８００ｂｐ長である ｄ． 各対に関して、反復、自己相補性塩基、プライマー２量体の問題はない Ａ． ブタ特異的なＰＣＲアッセイのための更なる基準 ａ．プライマーを、配列のブタ特異的な領域内で（例えば、ｇａｇ、ｅｎｖ又 はＵ３内で）選択する。ブタ特異的なプライマーは、全体的に、ヒト、マウス及 び霊長類レトロウイルスの対応する領域に対して７０％未満の相同性を有する配 列として規定される。更に、このプライマーの３’末端の最後の５塩基は、ブタ レトロウイルス配列に対してユニークであるべきである。 ｂ．プライマーは、ここに開示したミニブタ及びレトロウイルス配列に基づく １つ又は２つ以下のミスマッチの塩基を有するべきである。これらのミスマッチ 塩基は、少なくともプライマーの３’末端の３〜４塩基内にあるべきでない。 Ｂ． ミニブタ特異的なＰＣＲアッセイのための更なる基準 ａ．プライマーを、少なくとも１つ又は２つのミスマッチが、ミニブタと家畜 ブタの配列の間に存在するように選択する。少なくとも３つのミスマッチのうち １つは、このプライマーの３’末端の最後の３〜４塩基内に位置されるべきであ る。好ましくは、これらのミスマッチは、ミニブタ中のＧ又はＣの何れかから家 畜ブタ中のＡ又はＴへの変化である。ＲＴ−ＰＣＲストラテジー 断片の常例的増幅のための市販のＲＴ−ＰＣＲキットが多数ある。幾つかのプ ライマー対を試験してＴｍ及び特異性を確認すべきである。配列中のプライマ ーの位置は、部分的に、何の問題が答えられるかに依存している。ＲＴ−ＰＣＲ は、ＲＶ配列の発現及び存在に関する問題に答えるべきである。ＰＣＲは、レト ロウイルス配列が完全長であるか又は複製能力を有するレトロウイルスをコード するかの問題に必ずしも答えない。これらの試験における陽性シグナルは、ＲＶ 配列が存在することをいうだけである。完全長のウイルスゲノムが存在する可能 性の表示は、Ｕ５及びＵ３中のプライマーを用いるロングＰＣＲを行なうことに より得ることができる。ロングＲＴ−ＰＣＲ増幅のための市販のキットが、利用 できる（Takara RNA LA PCR Kit）。完全長ウイルスゲノムの確認は、感染性の 研究及び／又はウイルス粒子の単離を必要とする。 ノーザン分析は、ＲＴ−ＰＣＲデータを補足する。完全長ウイルスゲノムの、 ｅｎｖ、Ｕ３又はＵ５由来のハイブリダイゼーションプローブを用いる予想され たサイズにおけるバンドの検出は、一層強力な証拠を提供する。他の小さいハイ ブリダイズするバンドの存在は、存在する欠損ウイルス断片の量を示すものであ ろう。ブタレトロウイルス蛋白質、ポリペプチド又はペプチドの存在を検出するための Ｅｌｉｓａベースのアッセイ 核酸ベースの例えばＰＣＲベースのアッセイの利用に加えて、レトロウイルス 配列の存在を検出するために、ＥＬＩＳＡベースのアッセイが、ブタレトロウイ ルス蛋白質、ポリペプチド及びペプチドの存在を検出することができる。 ＥＬＩＳＡを展開する基本的ステップには、（ａ）ブタレトロウイルス特異的 なペプチド、ポリペプチド及び蛋白質の生成；（ｂ）ブタレトロウイルス配列に 特異的な抗体の生成；（ｃ）アッセイの展開が含まれる。 ここに開示したレトロウイルス配列を用いて、抗原性ペプチドを、コンピュー ターベースのプログラム例えば MacVector又はGeneworks を用いてデザインして レトロウイルス配列を分析することができる。或は、ブタレトロウイルス配列を 遺伝子発現系において発現させて、発現されたポリペプチド又は蛋白質を精製す ることが可能である。合成後に、これらのペプチド、ポリペプチド又は蛋白質を 用いてマウス又はウサギを免疫し、抗体を含む血清を発生させる。 ブタレトロウイルス特異的な抗体を得たならば、ＥＬＩＳＡを、次のように展 開することができる。ＥＬＩＳＡプレートを、試験すべき分析物と反応するある 容積のポリクローナル又はモノクローナル抗体（捕捉用抗体）で被覆する。かか る分析物には、ブタレトロウイルス又はレトロウイルス蛋白質例えばｅｎｖ又は ｐ２４が含まれる。次いで、これらのＥＬＩＳＡプレートを、一晩、４℃にイン キュベートする。次いで、被覆したプレートを洗い、ある容積のブロッキング試 薬でブロックして、非特異的ハイブリダイゼーションを減じ又は阻止する。かか るブロッキング試薬には、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、ウシ胎児血清（ＦＢ Ｓ）、ミルク又はゼラチンが含まれる。ブロッキング工程のための温度は、３７ ℃である。プレートを直ちに用いることもできるし、必要になるまで−２０℃で 凍結保存することもできる。次いで、これらのプレートを洗い、分析物の連続希 釈物を載せて、３７℃でインキュベートし、そして再度洗浄する。 結合した分析物を、検出用抗体を用いて検出する。検出用抗体には、酵素結合、 フルオレセイン化、ビオチン結合した、又はその他の標識されたポリクローナル 若しくはモノクローナル抗体（この分析物と反応するもの）が含まれる。もしモ ノクローナル抗体を用いるならば、この検出用抗体は、捕捉用抗体とは異なるエ ピトープを認識すべきである。 他の具体例 他の面において、この発明は、ブタ又はミニブタ例えばTsukuba-1 レトロウイ ルスｇａｇポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するか又は含む実質 的に純粋な核酸を提供する。 好適具体例において：この核酸は、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４ ８３９由来のヌクレオチド配列であり又は該配列を含み；この核酸は、SEQID N0 :１のヌクレオチド２４５２〜４８３９に対応する核酸配列と少なくとも６０％ 、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％又は９９％相同であり；又は厳しい 条件下でSEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９にハイブリダイズする 配列により；この核酸は、少なくとも２５、５０、１００、２００、３００、４ ００、５００又は１，０００塩基長であるSEQ ID NO:１の断片を含み；この核酸 は、遺伝コードの縮重のために、SEQ ID NO:１のヌクレオチド ２４５２〜４８３９に対応するヌクレオチド配列と異なり；この核酸は、１ヌク レオチド以上で５、１０、１５又は２０ヌクレオチド未満だけSEQ ID NO:１のヌ クレオチド２４５２〜４８３９に対応する核酸配列と異なる（好ましくは、活性 なぺプチドをコードする）。 更に別の好適具体例において、この発明の核酸は、厳しい条件下で、SEQID N0 :１のヌクレオチド２４５２〜４８３９由来の少なくとも１２個の連続するヌク レオチドに、一層好ましくはSEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９由 来の少なくとも２０個の連続するヌクレオチドに、又は更に好ましくはSEQ ID N O:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９由来の少なくとも４０個の連続するヌク レオチドに対応する核酸プローブにハイブリダイズする。 他の面において、この発明は、SEQID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３ ９に対応するヌクレオチド配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、 ９０％、９５％、９８％又は９９％相同性を有する精製した組換え核酸を特徴と する。 この発明は又、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含み又は該オリゴヌ クレオチドよりなるプローブ又はプライマーを提供する。このオリゴヌクレオチ ドは、厳しい条件下で、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９由来の センス又はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドにハイ ブリダイズするヌクレオチド配列又はこれらの天然の変異体の領域を含む。好適 具体例において、プローブ又はプライマーは、更に、それらに付着された標識を 含む。この標識は、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、酵素及び／又は酵素補 因子であってよい。好ましくは、このオリゴヌクレオチドは、１０ヌクレオチド 長以上であり且つ２０、３０、５０、１００又は１５０ヌクレオチド長未満であ る。この発明の好適プライマーには、SEQ ID NO:３２〜３７の何れかに示したヌ クレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドが含まれる。 この発明は、この発明のポリペプチドをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ又は ＤＮＡ）を含む。これには、二本鎖核酸並びにコード鎖及びアンチセンス一本鎖 が含まれる。 他の面において、この発明は、ブタ又はミニブタ例えばTsukuba-1 レトロ ウイルスｐｏｌポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するか又は含む 実質的に純粋な核酸を提供する。 好適具体例において：この核酸は、SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８ ０６０に対応するのヌクレオチド配列であり又は該配列を含み；この核酸は、SE Q ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０に対応する核酸配列と少なくとも ６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％又は９９％相同であり；又は 厳しい条件下でSEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０にハイブリダイ ズする配列により；この核酸は、少なくとも２５、５０、１００、２００、３０ ０、４００、５００又は１，０００塩基長であるSEQ ID NO:１の断片を含み；こ の核酸は、遺伝コードの縮重のために、SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜 ８０６０に対応するヌクレオチド配列と異なり；この核酸は、１ヌクレオチド以 上で５、１０、１５又は２０ヌクレオチド未満だけSEQ ID NO:１のヌクレオチド ４８７１〜８０６０に対応する核酸配列と異なる（好ましくは、活性なペプチド をコードする）。 更に別の好適具体例において、この発明の核酸は、厳しい条件下で、SEQID NO :１のヌクレオチド４８７１〜８０６０由来の少なくとも１２個の連続するヌク レオチドに、一層好ましくはSEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０由 来の少なくとも２０個の連続するヌクレオチドに、又は更に好ましくはSEQ ID N O:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０由来の少なくとも４０個の連続するヌク レオチドに対応する核酸プローブにハイブリダイズする。 他の面において、この発明は、SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６ ０に対応するヌクレオチド配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、 ９０％、９５％、９８％又は９９％相同性を有する精製した組換え核酸を特徴と する。 この発明は又、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含み又は該オリゴヌ クレオチドよりなるプローブ又はプライマーを提供する。このオリゴヌクレオチ ドは、厳しい条件下で、SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０由来の センス又はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドにハイ ブリダイズするヌクレオチド配列又はこれらの天然の変異体の領域を含む。 好適具体例において、プローブ又はプライマーは、更に、それらに付着された標 識を含む。この標識は、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、酵素及び／又は酵 素補因子であってよい。好ましくは、このオリゴヌクレオチドは、１０ヌクレオ チド長以上であり且つ２０、３０、５０、１００又は１５０ヌクレオチド長未満 である。この発明の好適プライマーには、SEQ ID NO:３８〜４７の何れかに示し たヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドが含まれる。 この発明は、この発明のポリペプチドをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ又は ＤＮＡ）を含む。これには、二本鎖核酸並びにコード鎖及びアンチセンス一本鎖 が含まれる。 他の面において、この発明は、ブタ又はミニブタ例えばTsukuba-1 レトロウイ ルスｅｎｖポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するか又は含む実質 的に純粋な核酸を提供する。 好適具体例において：この核酸は、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９ に対応するのヌクレオチド配列であり又は該配列を含み；この核酸は、SEQID NO :１のヌクレオチド２〜１９９９に対応する核酸配列と少なくとも６０％、７０ ％、８０％、９０％、９５％、９８％又は９９％相同であり；又は厳しい条件下 でSEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９にハイブリダイズする配列により； この核酸は、少なくとも２５、５０、１００、２００、３００、４００、５００ 又は１，０００塩基長であるSEQ ID NO:１の断片を含み；この核酸は、遺伝コー ドの縮重のために、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９に対応するヌクレ オチド配列と異なり；この核酸は、１ヌクレオチド以上で５、１０、１５又は２ ０ヌクレオチド未満だけSEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９に対応する核 酸配列と異なる（好ましくは、活性なペプチドをコードする）。 更に別の好適具体例において、この発明の核酸は、厳しい条件下で、SEQID NO :１のヌクレオチド２〜１９９９由来の少なくとも１２個の連続するヌクレオチ ドに、一層好ましくはSEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９由来の少なくと も２０個の連続するヌクレオチドに、又は更に好ましくはSEQ ID NO:１のヌクレ オチド２〜１９９９由来の少なくとも４０個の連続するヌクレオチドに対応する 核酸プローブにハイブリダイズする。 他の面において、この発明は、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９に対 応するヌクレオチド配列と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％ 、９５％、９８％又は９９％相同性を有する精製した組換え核酸を特徴とする。 この発明は又、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含み又は該オリゴヌ クレオチドよりなるプローブ又はプライマーを提供する。このオリゴヌクレオチ ドは、厳しい条件下で、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９由来のセンス 又はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドにハイブリダ イズするヌクレオチド配列又はこれらの天然の変異体の領域を含む。好適具体例 において、プローブ又はプライマーは、更に、それらに付着された標識を含む。 この標識は、例えば、放射性同位体、蛍光化合物、酵素及び／又は酵素補因子で あってよい。好ましくは、このオリゴヌクレオチドは、１０ヌクレオチド長以上 であり且つ２０、３０、５０、１００又は１５０ヌクレオチド長未満である。こ の発明の好適プライマーには、SEQ ID NO:６〜３１の何れかに示したヌクレオチ ド配列を有するオリゴヌクレオチドが含まれる。 この発明は、この発明のポリペプチドをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ又は ＤＮＡ）を含む。これには、二本鎖核酸並びにコード鎖及びアンチセンス一本鎖 が含まれる。 次のものもこの発明に含まれる：対立遺伝子変異体；天然の変異体；誘導され た変異体（厳しい条件下又は穏やかな条件下で、SEQ ID NO:１、２又は３の核酸 とハイブリダイズする）（該条件については、Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley & Sons，ニューヨーク、1989，6.3.1-6.3.6（参考として本明細 書中に援用する）を参照されたい）。 この発明は又、ブタ又はミニブタのレトロウイルスポリペプチド（例えば、ｇ ａｇ、ｐｏｌ又はｅｎｖポリペプチド）又はこれらの断片（好ましくは、かかる ポリペプチドの生物学的に活性な断片又はアナログ）の精製された標品をも含む 。好適具体例において：これらのポリペプチドは、ミニブタレトロウイルスポリ ペプチドであり；これらのポリペプチドは、Tsukuba ポリペプチドであり；これ らのポリペプチドは、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２ 若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖又はこれらの天然の変 異体によりコードされるｇａｇ、ｐｏｌ又はｅｎｖポリペプチドである。 生物学的に活性な断片又はアナログは、ここに記載のTsukuba-1 ポリペプチド 特性であり又は他の天然のTsukuba-1 ポリペプチドの特性である任意のイン・ビ ボ又はイン・ビトロの活性を有するものである。断片には、自然のままの又は内 因性細胞において発現されるもの（例えば、翻訳後プロセッシングの結果、例え ばアミノ末端シグナル配列の除去の結果）並びに発現系において（例えば、ＣＨ Ｏ細胞において）作られるものが含まれる。有用なポリペプチド断片又はポリペ プチドアナログは、Tsukuba-1 ポリペプチド活性についての任意の生物学的アッ セイにおいて生物学的活性を示すものである。最も好ましくは、この断片又はア ナログは、任意のイン・ビボ又はイン・ビトロのTsukuba-1 ポリペプチドアッセ イにおいて、Tsukuba-1 ポリペプチドの活性の１０％、好ましくは４０％又は少 なくとも９０％を有する。 かかるポリペプチドを得るために、ポリペプチドをコードするＤＮＡを発現ベ クターに導入し、そのベクターを所望の蛋白質の発現に適した細胞に導入して、 従来法により、このペプチドを回収して精製することができる。これらのポリペ プチドに対する抗体を、動物例えばウサギ又はマウスを免疫して、従来法により 抗体を回収することにより作成することができる。 この発明は又、精製された核酸であって、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、 SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖と少なく とも６０％、７０％、７２％の、一層好ましくは少なくとも８５％の、一層好ま しくは少なくとも９０％の、更に好ましくは少なくとも９５％の、最も好ましく は少なくとも９８％、９９％若しくは１００％の配列同一性又は相同性を有する 精製された核酸をも特徴とする。 好適具体例において、この核酸は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の完全なレトロ ウイルスゲノム以外であり、例えば、それは、少なくとも１ヌクレオチド長いか 又は短く、又は少なくとも１つの位置で配列が異なっている。例えば、この核酸 は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖 又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の配列の断片であり、又はそれは、SEQID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３ 若しくはその相補鎖の配列に追加される配列を含む。 好適具体例において：この核酸の配列は、SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖、 SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３若しくはその相補鎖の対応す る配列と、１、２、３、４又は５塩基対だけ異なり；この核酸の配列は、SEQID NO:１若しくはその相補鎖、SEQ ID NO:２若しくはその相補鎖又はSEQ ID NO:３ 若しくはその相補鎖の対応する配列と、１、２、３、４又は５塩基対以上で且つ ６、７、８、９又は１０塩基対未満だけ異なる。 他の好適具体例において：この核酸は、少なくとも１０、一層好ましくは少な くとも１５、更に好まし＜は少なくとも２０、最も好ましくは少なくとも２５、 ３０、５０、１００、１０００、２０００、４０００、６０００若しくは８０６ ０ヌクレオチド長であり；この核酸は、１５ヌクレオチド長未満、一層好ましく は２０ヌクレオチド長未満、最も好ましくは２５、３０、５０、１００、１００ ０、２０００、４０００、６０００若しくは８０６０ヌクレオチド長未満である 。同等物 当業者は、ここに記載した特定の手順に対する多＜の同等物を認識し、常例的 な実験を用いて確かめることができる。かかる同等物は、この発明の範囲内にあ るものであり、後記の請求の範囲によりカバーされる。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 １．SEQ ID NO:１若しくはその相補鎖の配列に特異的にハイブリダイズすること のできる精製された核酸であって、但し、該核酸は、SEQ ID NO:１の完全なレト ロウイルスゲノム又はその相補鎖以外である、上記の精製された核酸。 ２．前記の核酸が、SEQ ID NO:１又はその相補鎖と比べて少なくとも１ヌクレオ チド長く、又は少なくとも１ヌクレオチド短く、又は少なくとも１つの位置にお いて配列が異なっている、請求項１に記載の精製された核酸。 ３．前記の核酸が、SEQ ID NO:１又はその相補鎖由来の配列と少なくとも７２％ の配列同一性又は相同性を有する、請求項１に記載の精製された核酸。 ４．前記の核酸が、少なくとも１５ヌクレオチド長である、請求項１に記載の精 製された核酸。 ５．前記の核酸が、SEQ ID NO:１のレトロウイルスゲノムの転写可能領域又はそ の相補鎖と特異的にハイブリダイズすることのできる、請求項１に記載の精製さ れた核酸。 ６．前記の核酸が、ｇａｇ、ｐｏｌ又はｅｎｖ遺伝子由来の領域と特異的にハイ ブリダイズすることのできる、請求項１に記載の精製された核酸。 ７．前記の核酸が、SEQ ID NO:１のレトロウイルスゲノムの非翻訳領域又はその 相補鎖と特異的にハイブリダイズすることのできる、請求項１に記載の精製され た核酸。 ８．前記の核酸が、SEQ ID NO:１のレトロウイルスゲノムの非保存的領域又はそ の相補鎖と特異的にハイブリダイズすることのできる、請求項１に記載の精製さ れた核酸。 ９．前記の核酸が、SEQ ID NO:１のレトロウイルスゲノムの高度に保存された領 域又はその相補鎖と特異的にハイブリダイズすることのできる、請求項１に記載 の精製された核酸。 １０．核酸を、SEQ ID NO:４〜７４よりなる群から選択する、請求項１に記載の 精製された核酸。 １１．下記より選択する核酸と厳しい条件下でハイブリダイズする精製された 核酸：SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９由来のセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はその天然の変異 体、SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０由来のセンス若しくはアン チセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はその天然の 変異体、及びSEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９由来のセンス若し くはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はそ の天然の変異体。 １２．前記の核酸が、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９由来のセンス若 しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又は その天然の変異体である、請求項１１に記載の精製された核酸。 １３．前記の核酸が、SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０由来のセ ンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核 酸又はその天然の変異体である、請求項１１に記載の精製された核酸。 １４．前記の核酸が、SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９由来のセ ンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核 酸又はその天然の変異体である、請求項１１に記載の精製された核酸。 １５．標的核酸及び第２の核酸を含む反応混合物であって、第２の核酸を下記よ り選択する当該反応混合物：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズ することのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイ ブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特 異的にハイブリダイズすることのできる配列：SEQ ID NO:３の配列若しくはその 相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコード するセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチ ドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌ クレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６ （例えば、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９又は ５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体；ｐｏｌ蛋白質をコー ドするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌク レオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６０、SEQ ID NO: ２のヌクレオチド２３２０〜４７３７又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７ 〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続す るヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体；ｅｎｖ蛋白質をコードするセ ンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核 酸；SEQ ID N0:１のヌクレオチド２〜１９９９（例えばヌクレオチド８６〜１９ ９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜６７２２（例えばヌクレオチド ４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜７５３３由来 のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチド の核酸又はこれらの天然の変異体；ブタ若しくはミニブタレトロウイルス核酸； 又はTsukuba 核酸。 １６．SEQ ID NO:２又はその相補鎖の配列に特異的にハイブリダイズすることの できる精製された核酸。 １７．前記の核酸が、SEQ ID NO:２又はその相補鎖と比べて少なくとも１ヌクレ オチド長く、又は少なくとも１ヌクレオチド短く、又は少なくとも１つの位置で 配列が異なる、請求項１６に記載の精製された核酸。 １８．前記の核酸が、SEQ ID NO:２又はその相補鎖由来の配列と少な＜とも７２ ％の配列同一性又は相同性を有する、請求項１６に記載の精製された核酸。 １９．前記の核酸が、少なくとも１５ヌクレオチド長である、請求項１６に記載 の精製された核酸。 ２０．前記の核酸が、ｇａｇ、ｐｏｌ又はｅｎｖ遺伝子由来の領域と特異的にハ イブリダイズすることのできる、請求項１６に記載の精製された核酸。 ２１．前記の核酸が、厳しい条件下で：SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２ １６９由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌ クレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体、SEQ ID N0:２のヌクレオチド２３ ２０〜４７３７由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連 続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体、及びSEQ ID NO:２のヌク レオチド４７３８〜６７２２由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体とハイブ リダイズする、請求項１６に記載の精製された核酸。 ２２．SEQ ID NO:３又はその相補鎖の配列と特異的にハイブリダイズすることの できる精製された核酸。 ２３．前記の核酸が、SEQ ID NO:３又はその相補鎖と比べて少なくとも１ヌクレ オチド長いか又は少なくとも１ヌクレオチド短く、又は少なくとも１つの位置で 配列が異なる、請求項２２に記載の精製された核酸。 ２４．前記の核酸が、SEQ ID NO:３又はその相補鎖由来の配列と少なくとも７２ ％の配列同一性又は相同性を有する、請求項２２に記載の精製された核酸。 ２５．前記の核酸が、少なくとも１５ヌクレオチド長である、請求項２２に記載 の精製された核酸。 ２６．前記の核酸が、ｇａｇ、ｐｏｌ又はｅｎｖ遺伝子由来の領域と特異的にハ イブリダイズすることのできる、請求項２２に記載の精製された核酸。 ２７．前記の核酸が、厳しい条件下で：SEQ ID NO:３のヌクレオチド５６２０〜 ７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続する ヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体、SEQ ID NO:３のヌクレオチド５ ８５〜２１５６由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連 続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体、及びSEQ ID NO:３のヌク レオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も３個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体とハイブリダイ ズする、請求項２２に記載の精製された核酸。 ２８．細胞又は組織を、ブタ又はミニブタレトロウイルスの存在又は発現につい てスクリーニングするための方法であって、下記を含む当該方法： 組織由来の標的核酸を、下記よりなる群から選択した第２の核酸とハイブリダ イゼーションが起こり得る条件下で接触させること：ブタレトロウイルス配列に 特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはそ の相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列 若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列：SEQID NO :３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列 ；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも １０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜 ４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌ クレオチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６ ８３、５９８〜２１６９又は５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセ ンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の 変異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１ 〜８０６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７又はSEQID NO:３ のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少 なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体；ｅｎ ｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連 続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（例えば ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８〜６７２ ２（例えばヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド ５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体（ハイブリダイゼーシ ョンは、組織中の内因性ブタ若しくはミニブタレトロウイルスの又はレトロウイ ルス配列の存在又は発現を示す）。 ２９．ブタ又はミニブタゲノムを、ブタレトロウイルスの存在についてスクリー ニングする方法であって、下記を含む当該方法： ミニブタゲノムＤＮＡを、次の群から選択する第２の核酸と、これらの配列が ハイブリダイズすることのできる条件下で接触させること：ブタレトロウイルス 配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若し ＜はその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQID NO:２ の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SE Q ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのでき る配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくと も１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２ 〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれのヌクレオチド３ １１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセンス若し く はアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又は これらの天然の変異体；ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス 配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレ オチド４８７１〜８０６０、 SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７ 若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくは アンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれ らの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体（ハイブ リダイゼーションは、ミニブタゲノムにおける内因性ブタレトロウイルス配列の 存在を示す）。 ３０．ドナーのブタ又はミニブタからの移植片をレシピエント動物に移植するこ とに関連する潜在的な危険を評価する方法であって、下記を含む当該方法： ドナー、レシピエント又は移植片由来の標的核酸を、次の群から選択する第２ の核酸と、これらの配列がハイブリダイズすることのできる条件下で接触させる こと：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列 ；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることの できる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズ することのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイ ブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはア ンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQID NO: １のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２ １６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、 それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２ １５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続する ヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID N0:３の ヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少な くとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体; ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体（ハイブ リダイゼーションは、移植に関連した危険を示す）。 ３１．前以て選んだ部位への活性化可能なレトロウイルス挿入を含まないブタ又 はミニブタを供給する方法であって、下記を含む当該方法： 前以て選んだ部位にレトロウイルス挿入を有する第１のミニブタと前以て選ん だ部位にレトロウイルス挿入を有しない第２のミニブタとの間で交配を行ない、 その挿入を有しない子孫のミニブタを回収すること｛ここに、レトロウイルス挿 入の存否は、ミニブタのゲノムを、下記よりなる群から選択する核酸と接触させ ることにより測定する：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズする ことのできる配列：SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリ ダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的 にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補 鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードする センス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの 核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレ オチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例 えば、それぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８ ５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連 続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID N0:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、 SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３ のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少 なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体｝。 ３２．ブタレトロウイルス感染の起源を突きとめる方法であって、下記を含む当 該方法： 移植片又は臓器由来の標的核酸を、次の群から選択する第２の核酸と接触させ ること：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配 列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすること のできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイ ズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハ イブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくは アンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQID NO :１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜 ２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれ のヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６） 由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続す るヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸;SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３の ヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少な くとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体； レシピエント由来の標的核酸を、次の群から選択する第２の核酸と接触させるこ と：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズすることのできる配列； SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることので きる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズす ることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブ リダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアン チセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸;SEQ ID NO:１ のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１ ６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２１５６（例えば、それぞれのヌ クレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来 のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチド の核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３の ヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の 少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体（移植片 由来の核酸へのハイブリダイゼーションは、その移植片におけるブタレトロウイ ルス感染と相関し；且つレシピエント由来の核酸へのハイブリダイゼーションは 、そのレシピエントにおけるブタレトロウイルス感染と相関する）。 ３３．下記を含む、ヒト患者を、内因性ブタレトロウイルスの存在又は発現につ いてスクリーニングする方法： ヒト患者由来の標的核酸を、次の群から選択する第２の核酸と、これらの配列 がハイブリダイズできる条件下で接触させること：ブタレトロウイルス配列に特 異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその 相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若 しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO: ３の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列； ｇａｇ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３ ９、SEQ ID NO:２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQID NO:３のヌクレオ チド５８５〜２１５６（例えばそれぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５ ９８〜２１６９及び５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列 の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個 の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０６ ０、SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７ 若しくはSEQ ID NO:３のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくは アンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれ らの天然の変異体； ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体（ハイブ リダイゼーションは、ヒト患者における内因性ブタレトロウイルス又はレトロウ イルス配列の存在を示す）。 ３４．SEQ ID NO:１、２又は３のレトロウイルスゲノムに対応する内因性ブタレ トロウイルス挿入部位にトランスジェニックエレメントを有するトランスジェニ ックミニブタであって、該エレメントが内因性ブタレトロウイルスの活性を変化 させる、当該トランスジェニックブタ。 ３５．下記を含む、組換えウイルスその他の病原体を検出する方法： ブタレトロウイルス配列を有する病原体を用意すること；及び この病原体が非ブタレトロウイルス配列を含むかどうかを測定すること（非ブ タレトロウイルス配列の存在は、ウイルス組換えを示す）。 ３６．ブタレトロウイルスのコピー数、サイズ又は完全性を測定する方法であっ て、下記を含む当該方法： ドナー、レシピエント又は移植片由来の標的核酸を、次の群から選択する第２ の核酸と接触させること：ブタレトロウイルス配列に特異的にハイブリダイズす ることのできる配列；SEQ ID NO:１の配列若しくはその相補鎖に特異的にハイブ リダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:２の配列若しくはその相補鎖に特異 的にハイブリダイズすることのできる配列；SEQ ID NO:３の配列若しくはその相 補鎖に特異的にハイブリダイズすることのできる配列；ｇａｇ蛋白質をコードす るセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチド の核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９、SEQ ID NO: ２のヌクレオチド５９８〜２１６９又はSEQ ID NO:３のヌクレオチド５８５〜２ １５６（例えばそれぞれのヌクレオチド３１１２〜４６８３、５９８〜２１６９ 及び５８５〜２１５６）由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１ ０個の連続するヌクレオチドの核酸又はこれらの天然の変異体； ｐｏｌ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド４８７１〜８０ ６０、 SEQ ID NO:２のヌクレオチド２３２０〜４７３７若しくはSEQ ID NO:３ のヌクレオチド２３０７〜５７４１由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少 なくとも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体： ｅｎｖ蛋白質をコードするセンス若しくはアンチセンス配列の少なくとも１０ 個の連続するヌクレオチドの核酸；SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９（ 例えば、ヌクレオチド８６〜１９９９）、SEQ ID NO:２のヌクレオチド４７３８ 〜６７２２（例えば、ヌクレオチド４７３８〜６７２２）又はSEQID NO:３のヌ クレオチド５６２０〜７５３３由来のセンス若しくはアンチセンス配列の少なく とも１０個の連続するヌクレオチドの核酸、又はこれらの天然の変異体。 ３７．下記を含む、組織をブタ又はミニブタレトロウイルス配列の存在又は発現 についてスクリーニングする方法： 組織試料を、レトロウイルス蛋白質に特異的な抗体と接触させ、それにより、 該配列が存在し又は発現されているかどうかを測定する。 ３８．SEQ ID NO:１のヌクレオチド２〜１９９９、SEQ ID NO:１のヌクレオチド ４８７１〜８０６０又はSEQ ID NO:１のヌクレオチド２４５２〜４８３９を含む 核酸配列に特異的にハイブリダイズすることのできる精製された核酸。
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