JP2004522402A - 同一のものをコードする分泌及び膜貫通ポリペプチドと核酸 - Google Patents

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Abstract

本発明は、新規なポリペプチド及びそれらのポリペプチドをコードする核酸分子に係る。また、ここで、それらの核酸配列を含むベクター及び宿主細胞、異種ポリペプチド配列に融合した本発明のポリペプチドを含むキメラポリペプチド分子、本発明のポリペプチドに結合する抗体、及び本発明のポリペプチドを製造する方法も提供される。

Description

【０００１】
（発明の分野）
本発明は、一般的に、新規なＤＮＡの同定及び単離、及び新規なポリペプチドの組換え生産に関する。
【０００２】
（発明の背景）
細胞外タンパク質は、特に、多細胞生物の形成、分化及び維持において重要な役割を担っている。多くの個々の細胞の運命、例えば増殖、泳動、分化又は他の細胞との相互作用は、典型的には、他の細胞及び／又は直近の環境から受け取る情報に支配される。この情報は、しばしば分泌ポリペプチド（例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞障害性因子、分化因子、神経ペプチド、及びホルモン）により伝達され、これが、翻って多様な細胞レセプター又は膜結合タンパク質により受け取られ解釈される。これらの分泌ポリペプチド又はシグナル分子は、通常は細胞分泌経路を通過して、細胞外環境におけるその作用部位に到達する。
分泌タンパク質は、製薬、診断、バイオセンサー及びバイオリアクターを含む、様々な産業上の利用性を有している。血栓溶解剤、インターフェロン、インターロイキン、エリスロポエチン、コロニー刺激因子、及び種々の他のサイトカインのような、現在入手可能な大抵のタンパク質薬物は分泌タンパク質である。それらのレセプターはまた、膜タンパクであり、治療又は診断薬剤としての潜在性を有する。新規な未変性分泌タンパク質を同定する努力が産業界及び学術界の両方によってなされている。多くの努力が新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えＤＮＡライブラリーのスクリーニングに注がれている。スクリーニング方法及び技術の例は文献に記載されている［例えば、Ｋｌｅｉｎ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ９３；７１０８−７１１３（１９９６）；米国特許第５５３６６３７号を参照されたい］。
【０００３】
膜結合タンパク質及びレセプターは、多細胞生物の形成、分化及び維持において重要な役割を担っている。多くの個々の細胞の運命、例えば増殖、遊走、分化又は他の細胞との相互作用は、典型的には他の細胞及び／又は直近の環境から受け取られる情報に支配される。この情報は、しばしば分泌ポリペプチド（例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞障害性因子、分化因子、神経ペプチド、及びホルモン）により伝達され、これが次に多様な細胞レセプター又は膜結合タンパク質により受け取られ解釈される。このような膜結合タンパク質及び細胞レセプターは、これらに限定されるものではないが、サイトカインレセプター、レセプターキナーゼ、レセプターホスファターゼ、細胞−細胞間相互作用に関与するレセプター、及びセレクチン及びインテグリンのような細胞接着分子を含む。例えば、細胞の増殖及び分化を調節するシグナルの伝達は、様々な細胞タンパク質のリン酸化により部分的に調節される。そのプロセスを触媒する酵素であるプロテインチロシンキナーゼはまた成長因子レセプターとしても作用する。具体例には、繊維芽細胞増殖因子及び神経成長因子レセプターが含まれる。
膜結合タンパク質及びレセプター分子は、製薬及び診断薬を含む、様々な産業上の利用性を有している。例えば、レセプターイムノアドヘシンはレセプター−リガンド間相互作用を阻止する治療薬として使用することができる。膜結合タンパク質はまた、関連するレセプター／リガンド間相互作用の可能性のあるペプチド又は小分子インヒビターをスクリーニングするために使用することもできる。
新規な未変性レセプタータンパク質を同定するための努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くの努力が、新規なレセプタータンパク質のコード配列を同定するために、哺乳類の組換えＤＮＡライブラリーのスクリーニングに注がれている。
【０００４】
１．ＰＲＯ２８１
精巣促進遺伝子転写物（ｔｅｓｔｉｓ ｅｎｈａｎｃｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ）（ＴＥＧＴ）に向けられた遺伝子は、最近ヒトにおいて同定された（Ｗａｌｔｅｒ等， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ２０： ３０１−４０４ （１９９５））。最近の結果は、ＴＥＧＴタンパク質が哺乳動物精巣において発生的に調節され、タンパク質を核に局在化させる核標的化モチーフを有することを示した（Ｗａｌｔｅｒ等， Ｍａｍｍ， Ｇｅｎｏｍｅ ５： ２１６−２２１ （１９９４））。このように、ＴＥＧＴタンパク質は精巣の発達において重要な役割を果たすと考えられる。従って、ＴＥＧＴタンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けには大きな興味がある。我々はここに、ＴＥＧＴタンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けを記載し、ここでＰＲＯ２８１ポリペプチドと命名する。
【０００５】
２．ＰＲＯ２７６
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ２７６ポリペプチドと命名する新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
３．ＰＲＯ１８９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１８９ポリペプチドと命名する新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【０００６】
４．ＰＲＯ１９０
特に興味深いものは７の膜貫通（７ＴＭ）を有するタンパク質、より一般的には、全ての多重膜貫通スパンニングタンパク質である。多重膜貫通スパンニングタンパク質の中では、イオンチャンネル及びトランスポーターである。トランスポーターの例は、Ｉｓｈｉｄａ等， Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， １２０（６）： １０７４−１０７８ （１９９６）に記載されたＵＰＤ−ガラクトーストランスポーター、及びＥｃｋｈａｒｄｔ等， ＰＮＡＳ， ９３（１５）： ７５７２−７５７６ （１９９６）に記載されたＣＭＰ−シアル酸トランスポーターである。ここで我々は、ここにＰＲＯ１９０ポリペプチドと命名する新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
５．ＰＲＯ３４１
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ３４１ポリペプチドと命名する新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【０００７】
６．ＰＲＯ１８０
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１８０ポリペプチドと命名する新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
７．ＰＲＯ１９４
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１９４ポリペプチドと命名する新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【０００８】
８．ＰＲＯ２０３
酵素タンパク質は食物の消化、巨大分子の生合成、化学エネルギーの利用及び放出の制御、及び生命維持に必要な他のプロセスに関与する化学反応において重要な役割を担っている。ＡＴＰａｓｅは、細胞膜を通したイオン及び分子のエネルギー輸送を含む種々の重要な役割を担う酵素のファミリーである。ＡＴＰａｓｅを用いる輸送機構は、しばしば細胞性環境からの生体外又は生体内毒素の排除を含み、それにより細胞をこれらの化合物の毒性から保護する。Ｌｕ等は、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）が植物毒素のグルタチオン化を触媒し、特定のＭｇ２＋−ＡＴＰａｓｅが細胞質ゾルからのグルタチオンＳ−複合体の輸送に包含されるという脱毒機構を報告している。Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９４（１５）： ８２４３−８２４８ （１９９７）。この研究及び他者は、ＧＳＴ ＡＴＰａｓｅ等のＡＴＰａｓｅ及びＡＴＰａｓｅと配列同一性を持つ新規なタンパク質の同定の重要性を示している。
より一般的には、また興味深いものは、膜を通したイオン及び分子の輸送に含まれるものを含む新規な膜結合タンパク質である。膜結合タンパク質及びレセプターは、多細胞生物の形成、分化及び維持において重要な役割を果たしうる。多くの個々の細胞の運命、例えば増殖、泳動、分化、又は他の細胞との相互作用は、典型的には、他の細胞及び／又は直接の環境から受け取られる情報により支配される。この情報は、しばしば分泌ポリペプチド（例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞障害性因子、分化因子、神経ペプチド、及びホルモン）により伝達され、これが、翻って多様な細胞レセプター又は膜結合タンパク質により受け取られ解釈される。このような膜結合タンパク質及び細胞レセプターは、これらに限定されるものではないが、サイトカインレセプター、レセプターキナーゼ、レセプターホスファターゼ、細胞−細胞間相互作用に関与するレセプター、及びセレクチン及びインテグリンのような細胞接着分子を含む。例えば、細胞増殖及び分化を調節するシグナルの伝達は様々な細胞タンパク質のリン酸化により部分的に調節される。そのプロセスを触媒するタンパク質であるチロシンキナーゼは、成長因子レセプターとしても作用しうる。例としては線維芽細胞成長因子レセプター及び神経成長因子レセプターが含まれる。
ＡＴＰａｓｅ及び膜結合タンパク質が担っている重要な生理学的役割に鑑みて、新規な膜結合タンパク質及びＡＴＰａｓｅと配列同一性を有するタンパク質を同定するための努力が、産業界及び学術界の両方により現在なされている。我々は、ここでＰＲＯ２０３ポリペプチドと命名する、ＧＳＴ ＡＴＰａｓｅに対して配列同一性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
【０００９】
９．ＰＲＯ２９０
特に興味深いのは、公知のタンパク質及び核酸と配列同一性を有する新規なタンパク質及び核酸である。この分野で知られた興味のあるタンパク質は、ＮＴＩＩ−１、再生を促進する神経タンパク質、ＦＡＮ、及びベージュを含む。ベージュ又はｂｇは、好中球、単球及びリンパ球が巨大な細胞質粒子を含む稀な常染色体応答性疾患であるチェディアック−ヒガシ症候群（ＣＨＳ）に関連するマウス類似物である。Ｐｅｒｏｕ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ． ２７２（４７）： ２９７９０ （１９９７）及びＢａｒｂｏｓａ等， Ｎａｔｕｒｅ ３８２： ２６２ （１９９６）参照。
我々は、ここでＰＲＯ２９０ポリペプチドと命名する、ＮＴＩＩ−１、ＦＡＮ及びベージュに対して配列同一性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
１０．ＰＲＯ８７４
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ８７４ポリペプチドと命名する新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００１０】
１１．ＰＲＯ７１０
サッカロミセスセレヴィシアエにおいて、細胞がＤＮＡ複製について適格性になるとＤＮＡ複製開始点の染色質構造が変化し、複製因子と開始点ＤＮＡとのＧ１相特異的結合がＳ相に入ることを調節することを示唆している（Ａｐａｒｉｃｉｏ等， Ｃｅｌｌ ９１： ５９−６９ （１９９７））。実際に、サッカロミセスセレヴィシアエにおけるＤＮＡ複製の開始は、細胞周期を通して比較的一定のレベルに止まるタンパク質をコードするＣＤＣ４５遺伝子のタンパク質産物を必要とする（Ｏｗｅｎｓ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９４： １２５２１−１２５２６ （１９９７））。ＣＤＣ４５タンパク質は、酵母菌のＤＮＡ複製フォークとともに移動しうる複製前複合体の一部である。ＤＮＡ複製におけるＣＤＣ４５タンパク質の明らかな重要性が与えられたので、ＣＤＣ４５と相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴付けは非常に興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ７１０ポリペプチドと命名する、ＣＤＣ４５タンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１２．ＰＲＯ１１５１
補体タンパク質は血清タンパク質の大きな群を含み、その幾つかは酵素的カスケードにおいて作用し、炎症に含まれるエフェクター分子を生成する。補体タンパク質は、炎症に含まれる細胞の挙動及び機能の調節において特に重要である。補体タンパク質の一つであるＣ１ｑは、微生物表面及び補体の古典的経路における抗原−抗体複合体の認識に含まれることが示された（Ｓｈａｐｉｒｏ等， Ｃｕｒｒ． Ｂｉｏｌ． ８（６）： ３３５−３３８ （１９９８））。
インビボでの炎症及び関連機構の生理学的重要性及び補体Ｃ１ｑタンパク質の特異的な生理学的活性が与えられたので、補体タンパク質に配列類似性を持つ新規な天然のタンパク質を同定するための努力が現在なされている。我々は、ここでＰＲＯ１１５１ポリペプチドと命名する、補体Ｃ１ｑタンパク質に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同及び特徴付けについてここに記載する。
【００１１】
１３．ＰＲＯ１２８２
ロイシンリッチ反復を含む全てのタンパク質はタンパク質−タンパク質相互作用に関与していると考えられている。ロイシンリッチ反復は多様な機能を持つ多くのタンパク質と細胞位置に存在する短い配列モチーフである。リボ核酸インヒビタータンパク質の結晶構造から、ロイシンリッチ反復はβ−α構造単位に対応することが明らかになった。これらの単位は、一面が溶媒に暴露された平行なβシートを形成するように配置され、タンパク質は珍しい非球状の形状を獲得する。これらの二つの特徴はロイシンリッチ反復を含むタンパク質のタンパク質結合機能の原因であることが示されている。Ｋｏｂｅ及びＤｅｉｓｅｎｈｏｆｅｒ， Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．， １９（１０）：４１５−４２１ （Ｏｃｔ．１９９４）； Ｋｏｂｅ及びＤｅｉｓｅｎｈｏｆｅｒ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ， Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．， ５（３）： ４０９−４１６ （１９９５）を参照されたい。
個体発生の間にコラーゲン原線維を配向し指令する組織オーガナイザーとなり、創傷治癒、組織修復、及び腫瘍ストローマ形成のような病理プロセスに関与するロイシンリッチプロテオグリカンについて研究が報告されている。Ｉｏｚｚｏ， Ｒ．Ｖ．， Ｃｒｉｔ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ３２（２）：１４１−１７４ （１９９７）。創傷治癒、組織修復におけるロイシンリッチタンパク質の関与を示す他の研究は、Ｄｅ Ｌａ Ｓａｌｌｅ， Ｃ．等， Ｖｏｕｖ． Ｒｅｖ． Ｆｒ． Ｈｅｍａｔｏｌ． （Ｇｅｒｍａｎｙ），３７（４）：２１５−２２２ （１９９５）であり、出血疾患ベルナール−スーリエ症候群に伴う複合体におけるロイシンリッチモチーフの突然変異を報告しており、Ｃｈｌｅｍｅｔｓｏｎ， Ｋ．Ｊ．， Ｔｈｒｏｍｂ． Ｈａｅｍｏｓｔ． （Ｇｅｒｍａｎｙ），７４（１）：１１１−１１６ （Ｊｕｌｙ １９９５）は、血小板がロイシンリッチ反復を有していることを報告しており、Ｌａ Ｊｏｌｌａ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎのＲｕｏｓｌａｈｔｉ， Ｅ．Ｉ．等の国際公開第９１１０７２７−Ａは、トランスフォーミング成長因子βに結合するデコリンがガンの治療、創傷治癒及び瘢痕化に関与していることを報告している。結合組織、皮膚及び骨のような組織の再成長に関連する創傷治癒及び付随する治療法において；ヒトと動物における体成長を促進することで；及び他の成長関連プロセスを刺激する点で有用であることにおいて、この群のタンパク質に機能が関連しているのはインスリン様成長因子（ＩＧＦ）である。ＩＧＦの酸不安定サブユニット（ＡＬＳ）はまたＩＧＦの半減期を増大させインビボのＩＧＦ複合体の一部である点で興味深い。
ロイシンリッチ反復を有することが報告されている他のタンパク質は、アルツハイマー病のような神経変性疾患、パーキンソン病のような神経損傷の治療において、及びガンの診断に対して有用であることが報告されているＳＬＩＴタンパク質である。エール大学のＡｒｔａｖａｎｉｓｔｓａｋｏｎａｓ， Ｓ．及びＲｏｔｈｂｅｒｇ， Ｊ． Ｍ．の国際公開第９２１０５１８−Ａ１を参照。特に興味深いのはＬＩＧ−１、すなわちマウス脳のグリア細胞中に特異的に発現され、ロイシンリッチ反復及び免疫グロブリン様ドメインを有する膜糖タンパク質である。Ｓｕｚｕｋｉ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．（Ｕ．Ｓ．）， ２７１（３７）：２２５２２ （１９９６）。ロイシンリッチ反復を有するタンパク質の生物学的機能を報告している他の研究には：Ｔａｙａｒ，Ｎ．等， Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．， （Ｉｒｅｌａｎｄ）， １２５（１−２）：６５−７０ （Ｄｅｃ．１９９６）（ゴナドトロピンレセプター関連）；Ｍｉｕｒａ，Ｙ．等， Ｎｉｐｐｏｎ Ｒｉｎｓｈｏ （Ｊａｐａｎ）， ５４（７）：１７８４−１７８９ （Ｊｕｌｙ １９９６）（アポトーシス関連）；Ｈａｒｒｉｓ， Ｐ．Ｃ．等， Ｊ． Ａｍ． Ｓｏｃ． Ｎｅｐｈｒｏｌ．， ６（４）：１１２５−１１３３ （Ｏｃｔ．１９９５）（腎疾患関連）が含まれる。
ロイシンリッチ反復タンパク質は、Ｋａｊａｖａ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２７７（３）： ５１９−５２７ （１９９８）， Ｎａｇａｓａｗａ等， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ４４（３）： ２７３−２７９ （１９９７）， Ｂｅｎｇｔｓｓｏｎ， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２７０（４３）： ２５６３９−２５６４４ （１９９５）， Ｇａｉｌｌａｒｄ等， Ｃｅｌｌ， ６５（７）： １１２７−１１４１ （１９９１）及びＯｈｋｕｍａ及びＹａｎａｇｉｄａ， Ｃｅｌｌ， ６４（１）： １４９−１５７ （１９９１）にさらに記載され、全てを参考としてここに取り込むものとする。
上記の全ての理由により、ロイシンリッチ反復スーパーファミリーの新規なメンバーは興味深い。より一般的なレベルでは、全ての新規なタンパク質が興味深い。我々は、ここでＰＲＯ１２８２ポリペプチドと命名する、新規なロイシンリッチ反復含有ポリペプチドの同定及び特徴付けについてここに記載する。
【００１２】
１４．ＰＲＯ３５８
胚性背側−腹側パターンの確立において中心的な役割を果たしている母性効果遺伝子であるショウジョウバエのＴｏｌｌ遺伝子のクローニングは、Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ等， Ｃｅｌｌ ５２， ２６９−２７９ （１９８８）によって報告されている。ショウジョウバエＴｏｌｌ遺伝子は、８０３アミノ酸の細胞質外ドメインと２６９アミノ酸の細胞質ドメインを持つ複合膜タンパク質をコードする。細胞質外ドメインは潜在的な膜貫通セグメントを有し、多くの膜貫通タンパク質に見出される構造モチーフであるロイシンリッチセグメントの多重コピーを含む。Ｔｏｌｌタンパク質はショウジョウバエの胚において背側−腹側パターンを調節し、そのリガンドＳｐａｔｚｌｅへの結合の際に転写因子Ｄｏｒｓａｌを活性化する（ＭｏｒｉｓａｔｏとＡｎｄｅｒｓｏｎ， Ｃｅｌｌ ７６，６７７−６８８ （１９９４））。成体ショウジョウバエにおいては、Ｔｏｌｌ／Ｄｏｒｓａｌシグナル伝達経路は抗真菌免疫応答に関与する（Ｌｅｎａｉｔｒｅ等， Ｃｅｌｌ ８６，９７３−９８３ （１９９６））。
ショウジョウバエＴｏｌｌタンパク質のヒト相同体は、Ｍｅｄｚｈｉｔｏｖ等， Ｎａｔｕｒｅ ３８８，３９４−３９７ （１９９７）により記載されている。このヒトＴｏｌｌは、丁度ショウジョウバエＴｏｌｌのように、非ＬＲＲ領域による分離された２１の直列型反復ロイシンリッチモチーフ（ロイシンリッチ領域−ＬＲＲ）からなる細胞外ドメインと、ヒトインターロイキン−１（ＩＬ−１）レセプターの細胞質ドメインに相同な細胞質ドメインとを持つＩ型膜貫通タンパク質である。ヒト株化細胞内に形質移入されたヒトＴｏｌｌの構成的に活性な変異体は、ＮＦ−κＢの活性化及び炎症性サイトカインＩＬ−１、ＩＬ−６及びＩＬ−８に対するＮＦ−κＢ調節性遺伝子の発現、並びに未変性Ｔ細胞の活性化に必要とされる、同時刺激性分子Ｂ７．１の発現を誘導しうることが示された。Ｔｏｌｌは脊椎動物において免疫系の非クローンレセプターとして機能し、これが脊椎動物における生得的及び順応免疫応答の双方を活性化するためのシグナルを誘導することができることが示唆されている。上掲のＭｅｄｚｈｉｔｏｖ等により報告されたヒトＴｏｌｌ遺伝子は脾臓及び末梢血白血球（ＰＢＬ）に最も強く発現されており、著者は、他の組織におけるその発現はマクロファージ及び樹枝状細胞の存在により、そこでは感染に対する初期警告系として作用しうることを示唆している。公のジェンバンクデータベースは次のＴｏｌｌ配列：Ｔｏｌｌ１（ランダム配列全長ｃＤＮＡ ＃ＨＵＭＲＳＣ７８６−１と同一であるＤＮＡＸ＃ ＨＳＵ８８５４０−１）；Ｔｏｌｌ２（ＤＮＡＸ＃ ＨＳＵ８８８７８−１）；Ｔｏｌｌ３（ＤＮＡＸ＃ ＨＳＵ８８８７９−１）；及びＴｏｌｌ４（上掲のＭｅｄｚｈｉｔｏｖ等により報告されたＤＮＡ配列と同一であるＤＮＡＸ＃ ＨＳＵ８８８８０−１）を含んでいる。部分Ｔｏｌｌ配列（Ｔｏｌｌ５）はＤＮＡＸ＃ ＨＳＵ８８８８１−１としてジェンバンクから入手できる。
更に、Ｔｏｌｌ様レセプター（ｈｕＴＬＲｓ１−５）と命名されたショウジョウバエＴｏｌｌタンパク質のヒト相同体が最近クローニングされ、ショウジョウバエの対応物の組織分布構造を写していることが示された（Ｒｏｃｋ等， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９５，５８８−５９３ ［１９９８］）。あるヒトＴＬＲの構成的に活性な変異体（Ｔｏｌｌタンパク質相同体−Ｍｅｄｚｈｉｔｏｖ等，上掲；ＴＬＲ４−Ｒｏｃｋ等，上掲）の過剰発現はＮＦ−κＢの活性化及び炎症性サイトカイン及び同時刺激性分子の誘導に至る。Ｍｅｄｚｈｉｔｏｖ等，上掲。
我々は、ここでＰＲＯ３８５ポリペプチドと命名する、Ｔｏｌｌに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同及び特徴付けについてここに記載する。
【００１３】
１５．ＰＲＯ１３１０
特に興味深いのは、カルボキシペプチダーゼに関連するタンパク質である。種々のカルボキシペプチダーゼが文献、例えばＫｒａｕｓｅ等， Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ． １６１： １１９−１２７ （１９９８）及びＪ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ． １５５（２）： ２１１−２１４ （１９９７）に記載されている。我々は、ここでＰＲＯ１３１０ポリペプチドと命名する、カルボキシペプチダーゼに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同及び特徴付けについてここに記載する。
１６．ＰＲＯ６９８
臭覚神経上皮の細胞外粘膜マトリクスは、臭覚伝達器を内蔵する化学受容性の繊毛の直近において高度に組織化されている。この細胞外マトリクスの主要なタンパク質成分は、オルファクトメジンという臭覚神経上皮で発現される糖タンパク質であり、分子間ジスルフィド結合を形成して高分子を生成する（Ｙｏｋｏｅ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０： ４６５５−４６５９ （１９９３）， Ｂａｌ等， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３２： １０４７−１０５３ （１９９３）及びＳｎｙｄｅｒ等， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３０： ９１４３−９１５３ （１９９１））。オルファクトメジンは、臭覚ニューロンの尖端樹状突起上の化学受容性繊毛の維持、成長又は分化に影響することが示唆されている。この重要な役割が与えられたので、オルファクトメジンと相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けに重大な興味がある。我々は、ここでＰＲＯ６９８ポリペプチドと命名する、オルファクトメジンに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同及び特徴付けについてここに記載する。
【００１４】
１７．ＰＲＯ７３２
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ７３２ポリペプチドと命名する、Ｄｉｆｆ３３タンパク質に配列同一性を持つ新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１８．ＰＲＯ１１２０
酵素タンパク質は食物の消化、巨大分子の生合成、化学エネルギーの利用及び放出の制御、及び生命維持に必要な他のプロセスに関与する化学反応において重要な役割を担っている。スルファターゼは、分泌された酵素タンパク質ファミリーであり、種々の重要な代謝的役割を果たし、よって研究及び産業における興味の対象である（例えば、Ｓｌｅａｔ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ．， ３２４（Ｐｔ． １）： ３３−３９ （１９９７）参照）。ある種のスルファターゼの欠失が、サンフィリポＤ症候群を含む種々のヒト疾患に含まれている（Ｌｉｔｊｅｎｓ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ．， ３２７（Ｐｔ １）： ８９９−９４ （１９９７）； Ｌｅｉｐｐｒａｎｄｔ等， Ｊ． Ｉｎｈｅｒｉｔ Ｍｅｔａｂ． Ｄｉｓ． １８（５）： ６４７−６４８ （１９９５）；及びＦｒｅｅｍａｎ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ．， ２８２（ｐｔ２）： ６０５−６１４ （１９９２）参照）。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１２０ポリペプチドと命名する、スルファターゼタンパク質に配列同一性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００１５】
１９．ＰＲＯ５３７
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ５３７ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
２０．ＰＲＯ５３６
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ５３６ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００１６】
２１．ＰＲＯ５３５
イソメラーゼタンパク質は哺乳類における重要な生理学的役割を担う。多くの異なる型のイソメラーゼが同定され特徴付けされており、例えば、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ及びペプチジル−プロリルイソメラーゼを含む。多くのイムノフィリンタンパク質、即ち免疫抑制剤に対するレセプターを提供するタンパク質が、イムノフィリンタンパク質に対するペプチド及びタンパク質基質のシス及びトランスイソメラーゼ間変換を触媒するように機能するペプチジル−プロリルイソメラーゼ活性を発揮することが報告された。そのように、ペプチジル−プロリルイソメラーゼタンパク質に配列同一性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けは大きな興味の対象である。ここで我々は、ここにＰＲＯ５３５ポリペプチドと命名する、推定ペプチジル−プロリルイソメラーゼタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
２２．ＰＲＯ７１８
新規な天然の膜貫通タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜貫通タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ７１８ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００１７】
２３．ＰＲＯ８７２
酵素タンパク質は食物の消化、巨大分子の生合成、化学エネルギーの利用及び放出の制御、及び生命維持に必要な他のプロセスに関与する化学反応において重要な役割を担っている。デヒドロゲナーゼ及びデサチュラーゼは、種々の重要な代謝的役割を果たすタンパク質のファミリーであり、よって研究及び産業における興味の対象である（例えば、Ｈａｂｌｅ等， Ｍｏｌ． Ｇｅｎ． Ｇｅｎｅｔ． ２５７（２）： １６７−１７６； Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ， Ｃ．等， Ｐｒｏｔ． Ｅｘｐｒ． Ｐｕｒｉｆ． １０（２）： １７５−１７９ （１９９７）参照）。ここで我々は、ここにＰＲＯ８７２ポリペプチドと命名する、デヒドロゲナーゼに配列同一性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
２４．ＰＲＯ１０６３
コラーゲンは、哺乳類生物における細胞外マトリクス（ＥＣＭ）の最も豊富なタンパク質を構成する。コラーゲン及びＥＣＭの他の巨大分子は、常駐細胞によって貯蔵され三次元の網目構造に組織化される。このＥＣＭ環境は、細胞泳動の誘導及び形態形成過程中の細胞−対−細胞連絡において必須の役割を担う。再モデル化中のＥＣＭの再構成は、存在する巨大分子の局在化した分解、細胞骨格の再配列、細胞転移、及び新たなＥＣＭ成分の析出を含む競合的多段階プロセスとして起こる。この再構成に含まれるのは、ＥＣＭの分解において重要な役割を果たすコラゲナーゼ及びゼラチナーゼ等の酵素である。コラゲナーゼ酵素が担う明らかに重要な役割に鑑みて、これらのタンパク質に相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けは非常に興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０６３ポリペプチドと命名する、ヒトＩＶ型コラゲナーゼタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００１８】
２５．ＰＲＯ６１９
免疫グロブリンは抗体分子、Ｂ細胞膜上の抗原に対するレセプター及び血漿細胞の分泌生成物の両方として機能するタンパク質である。全ての抗体分子と同様に、免疫グロブリンは２つの主要な機能：それらが抗原に特異的に結合すること及びそれらが限られた数の生物学的エフェクター機能に参加することを果たす。従って、Ｉｇスーパーファミリーの新規なメンバーは常に興味の対象である。
特に興味深いのは、未成熟Ｂ細胞のｍｕ鎖に関連する新規な遺伝子産物である、Ｓｈｉｒａｓａｗａ等， ＥＭＢＯ Ｊ．， １２（５）： １８２７−１８３４ （１９９３）； Ｄｕｌ等， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２６（４）： ９０６−９１３ （１９９６）。さらに、プレ−Ｂ細胞系におけるｍｕ代理軽鎖複合体の分子成分及び集合が興味深い。Ｏｈｎｉｓｈｉ及びＴａｋｅｍｏｒｉ， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２６９（４５）： ２８３４７−２８３５３ （１９９４）； Ｂａｕｅｒ等， Ｃｕｒｒ． Ｔｏｐ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １３７： １３０−１３５ （１９８８）。ＶｐｒｅＢ１、ＶｐｒｅＢ２及びＶｐｒｅＢ３と配列同一性により関連する新規な核酸及びペプチドが特に興味深い。免疫グロブリンの組立及び操作は、抗体及びワクチンに関連する全ての産業に影響しうる。
ここで我々は、ここにＰＲＯ６１９ポリペプチドと命名する、ＶｐｒｅＢタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
２６．ＰＲＯ９４３
繊維芽成長因子（ＦＧＦ）タンパク質は種々の活性を示し、細胞表面繊維芽成長因子レセプターへの結合によって作用する。多くの繊維芽成長因子レセプターが同定され特徴付けされており、酸性及び塩基性ＦＧＦの両方に高い親和性が示された繊維芽成長因子レセプター４を含む（Ｒｏｎ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２６８： ５３８８−５３９４ （１９９４）及びＳｔａｒｋ等， Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ １１３： ６４１−６５１ （１９９１））。ＦＧＦファミリーのタンパク質及びそれらが結合する細胞表面レセプターの明らかな重要性が与えられたので、ＦＧＦレセプターファミリーに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定は非常に興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ９４３ポリペプチドと命名する、繊維芽成長因子レセプター４タンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００１９】
２７．ＰＲＯ１１８８
ヌクレオチドピロホスホヒドロラーゼの同定は、ピロリン酸カルシウム２水和物（ＣＰＰＤ）沈着症、関節炎、及び他の関節疾患においてこれらの分泌分子が果たす潜在的な役割により興味の対象である（Ｍａｓｕｄａ等， Ｊ． Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ． （９９７） ２４（８）： １５８８−１５９４； 及び Ｔｅｒｋｅｌｔａｕｂ等， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ （１９９８） ３７（６）： ９３４−９４１参照）。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１８８ポリペプチドと命名する、ヌクレオチドピロホスホヒドロラーゼに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
２８．ＰＲＯ１１３３
ネトリン（ｎｅｔｒｉｎ）は、成長する軸索を導く分子であり、ハエ、線虫及び脊椎動物で配列及び機能において極めて類似している。さらに、ネトリンレセプターは３つ全ての動物群において同定されており、軸索誘導において重要で保存的な役割を持つことが示された。ネトリン及びそれらのレセプターは、文献、例えばＶａｒｅｌａ−Ｅｃｈａｖａｒｒｉａ及びＧｕｔｈｒｉｅ， Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．， １１（５）： ５４５−５５７ （１９９７）； Ｇｕｔｈｒｉｅ， Ｃｕｒｒ． Ｂｉｏｌ．， ７（１）： Ｒ６−Ｒ９ （１９９７）； 及び Ｋｅｙｎｅｓ及びＣｏｏｋ， Ｎｅｕｒｏｎ， １７（６）： １０３１−１０３４ （１９９６）にさらに記載されている。それらのニューロンとの関係により、ネトリン及びそれらの関連タンパク質は興味の対象である。特に興味深いのは、ネトリンと配列同一性又は類似性を持つ分子である。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１３３ポリペプチドと命名する、ネトリンに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２０】
２９．ＰＲＯ７８４
興味深いのは、細胞内シグナル伝達、代謝、輸送及び他の経路に含まれる膜結合及びレセプタータンパク質である。例えば、小胞体及びゴルジ装置の膜結合タンパク質は、タンパク質輸送において重要な役割を担う。ｓｅｃ２２タンパク質は、分泌生成物がその合成部位から最終的な目的地に運ばれる基底膜輸送反応に含まれる小胞体膜結合タンパク質である。輸送経路でのｓｅｃ２２の役割は多くの研究者により報告されている（Ｔａｎｇ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ ２４３（３）： ８８５−８９１ （１９９８）； Ｈａｙ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７１（１０）： ５６７１−５６７９ （１９９６）； 及び Ｎｅｗｍａｎ等， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ． １０（７）： ３４０５−３４１４ （１９９０））。ここで我々は、ここにＰＲＯ７８４ポリペプチドと命名する、ｓｅｃ２２に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
３０．ＰＲＯ７８３
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ７８３ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２１】
３１．ＰＲＯ８２０
免疫グロブリン分子は多くの重要な哺乳動物の生理学的プロセスにおいて役割を担う。免疫グロブリンの構造は広範に研究され、未変性の免疫グロブリンは明確なドメインを有し、その一方が免疫グロブリン分子の定常ドメイン又はＦｃ領域であることが良く知られている。免疫グロブリンのＦｃドメインは、抗原認識及び結合に直接含まれないが、その対応する抗原との複合体形成しない又は複合体形成した免疫グロブリンが血清中を循環している又は細胞表面上にあるＦｃレセプターに結合する能力を媒介する。免疫グロブリンのＦｃドメインがＦｃレセプター分子に結合する能力は、例えば、望ましくない外来粒子に対する免疫反応の監視を含む種々の重要な活性をもたらす。よって、Ｆｃレセプターに関連する分子は興味の対象である。Ｆｃレセプターは、Ｔｏｍｉｎａｇａ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ．， １６８（２）： ６８３−６８９ （１９９０）； Ｚｈａｎｇ等， Ｉｍｍｕｎｏ．， ３９（６）： ４２３−４２７ （１９９４）にさらに記載されている。ここで我々は、ここにＰＲＯ８２０ポリペプチドと命名する、Ｆｃレセプターに相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
３２．ＰＲＯ１０８０
真核生物細胞の小成分内でのタンパク質の折り畳み及びタンパク質複合体の組立は、Ｈｓｐ７０タンパク質ファミリーの異なるメンバーにより触媒される。これらの事象におけるＨｓｐ７０タンパク質のシャペロン機能は、ＤｎａＪ−様タンパク質ファミリーのメンバーによって調節され、それは互いに特異的に適合する種々のＨｓｐ７０とＤｎａｊ−様タンパク質対の直接相互作用を介して起こる。酵母タンパク質生合成経路における特定例のＤｎａｊ−Ｈｓｐ７０とポリペプチドとの相互作用を用いたＤｎａｊ−様タンパク質の機能多様性は、Ｃｙｒ等， Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｓｃｉ．， １９（４）： １７６−１８１ （１９９４）にさらに記載されている。Ｄｎａｊタンパク質及び酵母小胞体におけるトランスロコン亜複合体及びポリペプチド転座への分泌前駆ポリペプチドの結合におけるその包含は、Ｌｙｍａｎ及びＳｃｈｅｋｍａｎ， Ｃｅｌｌ ８８（１）： ８５−９６ （１９９７）及びＬｙｍａｎ及びＳｈｅｋｍａｎ， Ｅｘｐｅｒｉｅｎｔｉａ ５２（１２）： １０４２−１０４９ （１９９６）に各々さらに記載されている。よって、ＤｎａＪタンパク質は興味の対象であり、ＤｎａＪに関連するタンパク質、特にＤｎａＪタンパク質に配列同一性を持つものも同様である。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０８０ポリペプチドと命名する、ＤｎａＪタンパク質に相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２２】
３３．ＰＲＯ１０７９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０７９ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
３４．ＰＲＯ７９３
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ７９３ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２３】
３５．ＰＲＯ１０１６
酵素タンパク質は食物の消化、巨大分子の生合成、化学エネルギーの利用及び放出の制御、及び生命維持に必要な他のプロセスに関与する化学反応において重要な役割を担っている。アシルトランスフェラーゼは部位をアシル化する酵素である。アシル−グリセロール−ホスフェートアシルトランスフェラーゼは、基質としてのリソホスファチジル酸に作用できる。リソホスファチジル酸はホスファチジル酸に変換され、よって膜に見いだされるホスファチジルエタノールアミンの形成に役割を果たす。Ｂｒｏｗｎ等， Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２６（１）： ２１１−２２３ （１９９４）参照。よって、アシルトランスフェラーゼはアシル化を必要とする分子の生合成において重要な役割を果たす。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０１６ポリペプチドと命名する、アシルトランスフェラーゼタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
３６．ＰＲＯ１０１３
新規な天然のタンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規なタンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０１３ポリペプチドと命名する、新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２４】
３７．ＰＲＯ９３７
ヘパリン硫酸プロテオグリカンのグリピカン（ｇｌｙｐｉｃａｎ）ファミリーは、発育中の神経系の主要な表面プロテオグリカンである。グリピカンファミリーのメンバーは、増殖しているニューロン前駆体が分化したニューロンに変換させる間に細胞周期進行の調節において役割を担うと考えられている。Ｌａｎｄｅｒ等， Ｐｅｒｓｐｅｃｔ Ｄｅｖ． Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ ３（４）： ３４７−３５８ （１９９６）。グリピカンファミリーのプロテオグリカンは、神経発達において他の重要な役割を果たし（Ｌａｎｄｅｒ等， 上掲）、グリピカンファミリーメンバーが発達中の腎臓でも見られるように他の組織においてもである（Ｗａｔａｎａｂｅ等， Ｊ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ． １３０（５）： １２０７−１２１８ （１９９５））。従って、グリピカンファミリーのタンパク質の新規なメンバーの同定は研究及び産業上で興味深い。
ここに記載されるのは、ここでＰＲＯ９３７ポリペプチドと命名されるグリピカンファミリータンパク質に配列同一性を有する新規なポリペプチドの同定された特徴付けである。
３８．ＰＲＯ８４２
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ８４２ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２５】
３９．ＰＲＯ８３９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ８３９ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
４０．ＰＲＯ１１８０
メチルトランスフェラーゼ酵素はドナー分子からアクセプタ分子へのメチル基に移動を触媒する。メチルトランスフェラーゼ酵素は、例えば、原核生物の原形質膜及び真核生物細胞の内ミトコンドリア膜での電子輸送鎖を含む多くの異なる生物学的プロセスにおいて極めて重要な役割を担う（Ｂａｒｋｏｖｉｃｈ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７２： ９１８２−９１８８ （１９９７）， Ｄｉｂｒｏｖ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７２： ９１７５−９１８１ （１９９７）， Ｌｅｅ等， Ｊ． Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．， １７９： １７４８−１７５４ （１９９７），及びＭａｒｂｉｏｉｓ等， Ａｒｃｈ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． ３１３： ８３−８８ （１９９４）参照）。メチルトランスフェラーゼ酵素は、ともに呼吸電子伝達鎖のイソプレノイド機ノン成分に必要とされるユビキノン（コエンザイムＱ）及びメナキノン（ビタミンＫ２）の生合成に必須であることが示されている。メチルトランスフェラーゼ酵素の明らかな重要性が与えられたので、メチルトランスフェラーゼの新規な相同体の同定は非常に興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１８０ポリペプチドと命名する、メチルトランスフェラーゼ酵素に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２６】
４１．ＰＲＯ１１３４
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１３４ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
４２．ＰＲＯ８３０
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ８３０ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２７】
４３．ＰＲＯ１１１５
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１１５ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
４４．ＰＲＯ１２７７
新規な天然のタンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力がなされている。これらの努力の多くは、新規なレセプター及び他のタンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。興味深いのは、種々のヒトの疾患及び障害において役割を担うタンパク質の同定である。例えば、耳のタンパク質及びそれらが聴覚で担う機能の同定は、聴覚障害及び難聴の原因の理解を導く。Ｃｏｃｈ−Ｂ２はそのようなタンパク質の一つであり、内耳（蝸牛）において特異的に発現されることが見出された。それは同定され、聴覚損傷において果たしうる役割が研究された（Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ等， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ （１９９４） ２３（１）： ５２−５０； Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ等， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ （１９９７） ４６（３）： ３４５−３５４）。ここで我々は、ここにＰＲＯ１２７７ポリペプチドと命名する、Ｃｏｃｈ−Ｂ２と配列同一性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００２８】
４５．ＰＲＯ１１３５
グリコシル化は、段階−及び組織特異的方式におけるタンパク質の物理化学的及び生物学的特性の調節のための重要なメカニズムである。サッカロミセスセレヴィシアエにおけるグリコシル化に含まれる重要な酵素の一つはアルファ１，２−マンノシダーゼという、Ｎ−結合オリゴ糖の形成中にＭａｎ９ＧｌｃＮＡｃ２をＭａｎ８ＧｌｃＮＡｃ２に変換する酵素である。サッカロミセスセレヴィシアエのアルファ１，２−マンノシダーゼ酵素は、酵母から哺乳動物に保存されるクラスＩアルファ１，２−マンノシダーゼのメンバーである。グリコシル化及びグリコシル化によって調節される物理化学的活性においてアルファ１，２−マンノシダーゼにより果たされる重要な役割が与えられたので、１又は複数のマンノシダーゼと相同性を持つ新規なポリペプチドの同定は非常に興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１３５ポリペプチドと命名する、アルファ１，２−マンノシダーゼタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
４６．ＰＲＯ１１１４
インターフェロン（ＩＮＦｓ）は脊椎動物で生じる分泌タンパク質の大きなファミリーを含んでいる。それらは最初、それらの抗ウイルス活性について命名されたが、増加しつつある証拠は細胞成長及び分化におけるＩＮＦｓの重要な役割を支持している（Ｊａｒａｍｉｌｌｏ等， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ １３（３）： ３２７−３３８ （１９９５））。ＩＮＦｓは、正常及び形質転換されたフェノタイプを持つ広範な細胞の成長を阻害する能力を有する負の成長因子である。ＩＮＦ治療は、カポジ肉腫、慢性骨髄性白血病、非ホジキンリンパ腫、及び毛様細胞白血病などのヒト悪液質の治療、並びにＢ型肝炎などの感染疾患の治療において有効であることが示された（Ｇａｍｌｉｅｌ等， Ｓｃａｎｎｉｎｇ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ ２（１）： ４８５−４９２ （１９８８）， Ｅｉｎｈｏｒｎ等， Ｍｅｄ． Ｏｎｃｏｌ． ＆ａｍｐ； Ｔｕｍｏｒ Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ． １０： ２５−２９ （１９９３）， Ｒｉｎｇｅｎｂｅｒｇ等， Ｍｉｓｓｏｕｒｉ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ８５（１）： ２１−２６ （１９８８）， Ｓａｒａｃｏ等， Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ １０： ６６８−６７３ （１９９５）， Ｇｏｎｚａｌｅｚ−Ｍａｔｅｏｓ等， ｈｅｐａｔｏ−Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ４２： ８９３−８９９及びＭａｌａｇｕａｒｎｅｒａ等， Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ １７（５）： ９９８−１００５ （１９９７））。
インターフェロンは、その一次配列に基づいて二つの主要なグループに分類することができる。Ｉ型インターフェロン、ＩＦＮ−α及びＩＦＮ−βは、ＩＦＮ−α遺伝子ファミリーからなるイントロンのない遺伝子のスーパーファミリーと共通の祖先遺伝子から生じたと思われる単一のＩＦＮ−β遺伝子によりコードされている。Ｉ型インターフェロンは殆どの細胞型により生産されうる。ＩＩ型ＩＦＮ、又はＩＦＮ−γは、リンパ球（Ｔ細胞及びナチュラルキラー細胞）に限定され、非特異的Ｔ細胞アクチベータ又は特異的抗原によりインビボで刺激される。
Ｉ型及びＩＩ型ＩＦＮｓの双方が類似の抗ウィルス及び抗増殖効果をつくりだすけれども、それらは別個の細胞表面レセプターに作用し、結合は一般に種特異的である（Ｌａｎｇｅｒ等， Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｔｏｄａｙ ９：３９３−４００ （１９８８））。ＩＦＮ−α及びＩＦＮ−βの両方とも同一の高親和性型Ｉレセプターに競合的に結合する一方、ＩＦＮ−γは別のＩＩ型レセプターに結合する。ＩＦＮタンパク質の効果が細胞表面インターフェロンレセプターへの結合を介して媒介されることは明らかであるが、細胞表面上のＩＦＮレセプターの存在と数は、ＩＦＮへの細胞の感度を一般には反映しない。このように、新規なインターフェロンレセプタータンパク質の同定と特徴づけは極めて興味深い。
我々は、ここで「ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプター」ポリペプチドと命名する、新規なインターフェロンレセプターポリペプチドの同定と特徴づけをここに記載する。従って、本発明のＰＲＯ１１１４ポリペプチドは新規な細胞表面インターフェロンレセプターを表す。
【００２９】
４７．ＰＲＯ８２８
グルタチオンペルオキシダーゼは、それらが環状動脈疾患、アテローム性動脈硬化症、血小板過剰凝集及びプロ凝集体及びプロ炎症成分の合成の危険に対する防御において重要な役割を担うので興味深い。グルタチオンペルオキシダーゼは、過酸化水素及び過酸化脂質の還元に含まれ、翻ってシクロオキシゲナーゼ及びリポオキシゲナーゼ経路の活性を調節する。これは最終的にエイコサノイドの生成に影響し、血小板の凝集促進及び凝集阻害段階の間の平衡を調節する。グルタチオンペルオキシダーゼのこれら及び他の活性及び機能は、Ｕｒｓｉｎｉ等， Ｂｉｏｍｅｄ． Ｅｎｖｉｏｎ． Ｓｃｉ １９（２−３）； Ｖｉｔｏｕｘ等， Ａｎｎ． Ｂｉｏｌ． Ｃｌｉｎ （Ｐａｒｉｓ） ５４（５）： １８１−１８７ （１９９６）； 及びＭｉｒａｕｌｔ等， Ａｎｎ Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． ｓｃｉ． ７３８： １０４−１１５ （１９９４）によってさらに詳細に議論されている。
ここで我々は、ここにＰＲＯ８２８ポリペプチドと命名する、グルタチオンペルオキシダーゼと配列同一性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
４８．ＰＲＯ１００９
長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素は、遊離の脂肪酸をアシル−ＣｏＡエステルに変換する。この合成酵素は興味深い特徴が報告されている。特に、アルポート症候群、楕円赤血球症及び精神的遅滞を有する二人の少年が、長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素４が局在化している大きな欠失を持つことが報告されている。即ち、この酵素の不在は精神的遅滞又は家族におけるアルポート症候群に関連する他の徴候において役割を果たすと考えられる。Ｐｉｃｃｉｎｉ等， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， ４７（３９： ３５０−３５８ （１９９８）。さらに、アシルコエンザイムＡ合成酵素の阻害剤、トリアシンＣは、スーパーオキシド生成及びヒト好中球による脱顆粒を阻害することが報告された。よって、ＧプロテインでのＯ２生成及び脱顆粒の活性化の調節又は続く段階におけるアシル−ＣｏＡの役割があることが示唆されている。Ｋｏｒｃｈａｋ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２６９（４８）： ３０２８１−３０２８７ （１９９４）。長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素は、超長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素を記載した報告でも議論されている。Ｕｃｈｉｙａｍａ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ ２７１（４８）：３０３６０（１９９４）。よって長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素、特にそれと配列同一性を持つ新規なポリペプチドは興味の対象である。
我々は、ここでＰＲＯ１００９ポリペプチドと命名する、長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素に対して配列同一性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
【００３０】
４９．ＰＲＯ１００７
グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）固着プロテオグリカンは一般的に細胞表面に局在化し、よって多くの成長因子、細胞接着分子及び細胞外マトリクス成分に対する細胞の反応の調節に含まれることが知られている。転移関連ＧＰＩ固着タンパク質（ＭＡＧＰＩＡＰ）は、これらの細胞表面タンパク質の一つであり転移に含まれることがわかっている。転移は、形質転換された又は悪性の細胞が移動し、癌を一方の部位から他方へ拡げる癌の形態である。従って、転移及びＭＡＧＰＩＡＰに関連するポリペプチドの同定は興味の対象である。
我々は、ここでＰＲＯ１００７ポリペプチドと命名する、ＭＡＧＰＩＡＰに対して配列同一性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
５０．ＰＲＯ１０５６
哺乳類の細胞膜は種々の細胞及び組織の構造的完全性及び活性に関する非常に重要な機能を果たす。膜の生理において特に関心があるのは、種々の生理学的、薬理学的及び細胞プロセスを直接制御するように作用する膜貫通イオンチャンネルの研究である。カルシウム（Ｃａ）、ナトリウム（Ｎａ）、塩化物（Ｃｌ）及びカリウム（Ｋ）チャンネルを含む数多くのイオンチャンネルが同定されており、各々が詳細に分析されて、脊椎動物及び昆虫の細胞の生理学的プロセスにおけるその役割が決定されている。これらの役割は、イオン的ホメオスタシスの維持及び細胞内シグナル伝達などのことを含む。イオンチャンネルの明らかな重要性が分かっているので、位置又は複数のイオンチャンネルに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けにはかなりの関心がある。我々は、ここでＰＲＯ１０５６ポリペプチドと命名する、塩素イオンチャンネルタンパク質に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについてここに記載する。
【００３１】
５１．ＰＲＯ８２６
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ８２６ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
５２．ＰＲＯ８１９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ８１９ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００３２】
５３．ＰＲＯ１００６
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１００６ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
５４．ＰＲＯ１１１２
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１１２ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００３３】
５５．ＰＲＯ１０７４
多くの膜結合酵素タンパク質が、代謝、巨大分子の生合成、化学エネルギーの利用及び放出の制御、及び生命維持に必要な他のプロセスに関与する化学反応において重要な役割を担っている。ガラクトシルトランスフェラーゼは、種々の重要な代謝的役割を担う酵素のファミリーであり、よって研究及び産業上の興味の対象である。ガラクトシルトランスフェラーゼの同定及び細胞発達、維持及び機能不全においてそれらが果たす役割に関する多くの参考文献が発行されている。
ここで我々は、ここにＰＲＯ１０７４ポリペプチドと命名する、ガラクトシルトランスフェラーゼに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
５６．ＰＲＯ１００５
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１００５ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００３４】
５７．ＰＲＯ１０７３
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０７３ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
５８．ＰＲＯ１１５２
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１５２ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００３５】
５９．ＰＲＯ１１３６
ＰＤＺドメイン含有タンパク質は細胞−細胞結合及び膜タンパク質レセプター及びイオンチャンネルの局在化を助ける（Ｄａｎｉｅｌｓ等， Ｎａｔ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ． ５： ３１７−３２５ （１９９８）及びＵｌｌｍｅｒ等， ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ． ４２４： ６３−６８ （１９９８））。ＰＤＺドメインは特定の標的膜タンパク質のＣ−末端残基と相互作用する。それらの結合特異性及び配列相同性に基づいて、ＰＤＺドメインは２つのクラス、クラスＩ及びクラスＩＩに分けられ、これらのタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定は有意な興味の対象である。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１３６ポリペプチドと命名する、ＰＤＺドメイン含有タンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
６０．ＰＲＯ８１３
表面活性タンパク質は哺乳動物肺系において極めて重要な役割を担う。研究され良く特徴付けされた一つの哺乳動物タンパク質は、肺性表面活性関連プロテインＣである。例えば、Ｑａｎｂａｒ等， Ａｍ． Ｊ． Ｐｈｙｓｉｏｌ． ２７１： Ｌ５７２−Ｌ５８０ （１９９６）は、。肺性表面活性関連プロテインＣのパルミトイル化のリン脂質混合物の表面活性に対する影響を研究した。特に、著者は肺性表面活性関連プロテインＣのパルミトイル化が脂質の再拡散及びフィルム安定性に大きく影響し、よって表面活性機能に極めて重要であることを主張した。哺乳類生物において表面活性タンパク質によって果たされる重要な役割が与えられたので、１又は複数の表面活性タンパク質と相同性を持つ新規なポリペプチドの同定は非常に興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ８１３ポリペプチドと命名する、肺性表面活性関連タンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００３６】
６１．ＰＲＯ８０９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ８０９ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
６２．ＰＲＯ７９１
特に興味深いのは、公知のタンパク質及び核酸と配列同一性を有する新規なタンパク質である。例えば、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）とある程度の配列同一性を持つ新規なタンパク質が興味の対象である。ＭＨＣ複合体は、移植された組織が自己として許容されるか（組織適合性）外来として拒絶されるか（組織不適合性）の決定において主要な役割を果たす複数の遺伝子座の領域である。さらに、ＭＨＣは体液性及び細胞媒介の両方の免疫反応の進行において中心的役割を担う。クラスＩ、ＩＩ及びＩＩＩのＭＨＣ抗原があり、すべてこの分野で知られている。クラスＩ抗原は、ほぼ全ての有核細胞の表面で発現された糖タンパク質であり、Ｔｃ細胞の活性化に必要な変化した自己細胞のペプチド抗原を表示する。ＭＨＣクラスＩ抗原の組立は、Ｋｖｉｓｔ及びＬｅｖｙ， Ｓｅｍｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， ５（２）： １０５−１１６ （１９９３）及びＭａｆｆｅｉ等， Ｈｕｍ Ｉｍｍｕｎｏｌ．， ５４（２）： ９１−１０３ （１９９７）において更に記載されている。
我々は、ここでＰＲＯ７９１ポリペプチドと命名する、種々のＭＨＣ−Ｉ抗原と配列列同一性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
【００３７】
６３．ＰＲＯ１００４
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１００４ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
６４．ＰＲＯ１１１１
タンパク質−タンパク質相互作用はレセプター及び抗原複合体及びシグナル伝達機構に関連するものを含む。タンパク質−タンパク質相互作用の基となる構造的及び機能的機構についてよく知られているように、タンパク質−タンパク質相互作用は、タンパク質−タンパク質相互作用の特定の結果を調節するように更に容易に操作することができる。従って、タンパク質−タンパク質相互作用の基となる機構は科学及び医学界にとって興味深い。
ロイシンリッチ反復を含む全てのタンパク質はタンパク質−タンパク質相互作用に関与していると考えられている。ロイシンリッチ反復は多様な機能を持つ多くのタンパク質と細胞位置に存在する短い配列モチーフである。リボ核酸インヒビタータンパク質の結晶構造から、ロイシンリッチ反復はβ−α構造単位に対応することが明らかになった。これらの単位は、一面が溶媒に暴露された平行なβシートを形成するように配置され、タンパク質は珍しい非球状の形状を獲得する。これらの二つの特徴はロイシンリッチ反復を含むタンパク質のタンパク質結合機能の原因であることが示されている。Ｋｏｂｅ及びＤｅｉｓｅｎｈｏｆｅｒ， Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．， １９（１０）：４１５−４２１ （Ｏｃｔ．１９９４）を参照されたい。
個体発生の間にコラーゲン原線維を配向し指令する組織オーガナイザーとなり、創傷治癒、組織修復、及び腫瘍ストローマ形成のような病理プロセスに関与するロイシンリッチプロテオグリカンについて研究が報告されている。Ｉｏｚｚｏ， Ｒ．Ｖ．， Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．， ３２（２）：１４１−１７４ （１９９７）。創傷治癒、組織修復におけるロイシンリッチタンパク質の関与を示す他の研究は、Ｄｅ Ｌａ Ｓａｌｌｅ， Ｃ．等， Ｖｏｕｖ．Ｒｅｖ．Ｆｒ．Ｈｅｍａｔｏｌ． （Ｇｅｒｍａｎｙ），３７（４）：２１５−２２２ （１９９５）であり、出血疾患ベルナール−スーリエ症候群に伴う複合体におけるロイシンリッチモチーフの突然変異を報告しており、Ｃｈｌｅｍｅｔｓｏｎ，Ｋ．Ｊ．， Ｔｈｒｏｍｂ． Ｈａｅｍｏｓｔ． （Ｇｅｒｍａｎｙ），７４（１）：１１１−１１６ （Ｊｕｌｙ １９９５）は、血小板がロイシンリッチ反復を有していることを報告しており、Ｌａ Ｊｏｌｌａ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎのＲｕｏｓｌａｈｔｉ， Ｅ．Ｉ．等のＷＯ９１１０７２７−Ａは、トランスフォーミング成長因子βに結合するデコリンがガンの治療、創傷治癒及び瘢痕化に関与していることを報告している。結合組織、皮膚及び骨のような組織の再成長に関連する創傷治癒及び付随する治療法において；ヒトと動物における体成長を促進することで；及び他の成長関連プロセスを刺激する点で有用であることにおいて、この群のタンパク質に機能が関連しているのはインスリン様成長因子（ＩＧＦ）である。ＩＧＦの酸不安定サブユニット（ＡＬＳ）はまたＩＧＦの半減期を増大させインビボのＩＧＦ複合体の一部である点で興味深い。
ロイシンリッチ反復を有することが報告されている他のタンパク質は、アルツハイマー病のような神経変性疾患、パーキンソン病のような神経損傷の治療において、及びガンの診断に対して有用であることが報告されているＳＬＩＴタンパク質である。エール大学のＡｒｔａｖａｎｉｓｔｓａｋｏｎａｓ，Ｓ．及びＲｏｔｈｂｅｒｇ，Ｊ．Ｍ．のＷＯ９２１０５１８−Ａ１を参照。また興味深いのはＬＩＧ−１、すなわちマウス脳のグリア細胞中に特異的に発現され、ロイシンリッチ反復及び免疫グロブリン様ドメインを有する膜糖タンパク質である。Ｓｕｚｕｋｉ等，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（Ｕ．Ｓ．），２７１（３７）：２２５２２ （１９９６）。ロイシンリッチ反復を有するタンパク質の生物学的機能を報告している他の研究には：Ｔａｙａｒ， Ｎ．等， Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．， （Ｉｒｅｌａｎｄ）， １２５（１−２）：６５−７０ （Ｄｅｃ．１９９６）（ゴナドトロピンレセプター関連）；Ｍｉｕｒａ，Ｙ．等，Ｎｉｐｐｏｎ Ｒｉｎｓｈｏ （Ｊａｐａｎ）， ５４（７）：１７８４−１７８９ （Ｊｕｌｙ １９９６）（アポトーシス関連）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｐ．Ｃ．等， Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．， ６（４）：１１２５−１１３３ （Ｏｃｔ．１９９５）（腎疾患関連）が含まれる。
ここで我々は、ここにＰＲＯ１１１１ポリペプチドと命名する、ＬＩＧに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００３８】
６５．ＰＲＯ１３４４
因子Ｃは、種々の生物体の凝血カスケードに親密に含まれるタンパク質である。凝血カスケードは、因子Ｃを含む多数の異なる媒介タンパク質を含み、それら全ての活性はこのカスケードの正しい機能に必須である。異常な凝血カスケード機能は種々の重大な異常を招き、従って凝血カスケードタンパク質の活性は特に興味深い。このように、一又は複数の凝血カスケードタンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドを同定するための努力が現在なされている。
ここで我々は、ここにＰＲＯ１３４４ポリペプチドと命名する、因子Ｃタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。６６．ＰＲＯ１１０９
糖タンパク質上の糖鎖は、タンパク質コンホメーション、輸送及び安定性のみならず、細胞−細胞及び細胞−マトリクス相互作用にとっても重要である。β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼは、タンパク質上の糖鎖の生成に含まれる酵素であり、β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼは、ゴルジ装置内の複合体型Ｎ−グリカンにおいてガラクトースを末端Ｎ−アセチルグルコサミノグリカンに移動させるのに作用する（Ａｓａｎｏ等， ＥＭＢＯ Ｊ． １６： １８５０−１８５７ （１９９７））。さらに、β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼは妊娠中の細胞−細胞相互作用及び胚形成初期に細胞表面に分布したこの酵素の亜集団を介して直接含まれることが示唆された。特に、Ｌｕ等， Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ １２４： ４１２１−４１３１ （１９９７）及びＬａｒｓｏｎ等， Ｂｉｏｌ． Ｒｅｐｒｏｄ． ５７： ４４２−４５３ （１９９７）は、β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼが種々の哺乳動物種からの精子の表面上で発現されることを示し、それにより妊娠における重要な役割を示唆した。上記に鑑みて、β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼと配列同一性を有する新規なポリペプチドは興味深い。
ここで我々は、ここにＰＲＯ１１０９ポリペプチドと命名する、β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００３９】
６７．ＰＲＯ１３８３
ｎｍｂ遺伝子は、転移性ヒト黒色腫細胞系において分化的に発現され、ｐＭＥＬ１７というメラニン細胞特異的タンパク質の前駆体と有意な相同性を示す新規な遺伝子である（Ｗｅｔｅｒｍａｎ等， Ｉｎｔ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ ６０： ７３−８１ （１９９５））。腫瘍特異的細胞表面ポリペプチドマーカーの同定に対する興味があるため、ｎｍｂと相同性を持つ新規なポリペプチドはかなり興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ１３８３ポリペプチドと命名する、ｎｍｂタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
６８．ＰＲＯ１００３
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１００３ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００４０】
６９．ＰＲＯ１１０８
リゾホスファチジル酸アシルトランスフェラーゼ（ＬＰＡＡＴ）は、脂質代謝においてリゾホスファチジル酸（ＬＰＡ）をホスファチジル酸（ＰＡ）に変換する酵素である。ＬＰＡは膜リン脂質代謝において中間体として作用するリン脂質である。種々のＬＰＡＡＴ酵素が種々の種で同定されている（例えば、Ａｇｕａｄｏ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７３： ４０９６−４１０５ （１９９８）， Ｓｔａｍｐ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ． ３２６： ４５５−４６１ （１９９７）， Ｅｂｅｒｈａｒｔ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７２： ２０２９９−２０３０５ （１９９７）及びＷｅｓｔ等， ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ． １６： ６９１−７０１ （１９９７）参照）。細胞膜維持を含む種々の用途におけるＬＰＡＡＴの明らかな重要性が与えられたので、ＬＰＡＡＴに相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けに有意な興味がある。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１０８ポリペプチドと命名する、ＬＰＡＡＴに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
７０．ＰＲＯ１１３７
研究及び産業上興味深い分泌ポリペプチドの特定クラスはリボシルトランスファラーゼである。Ｂｒａｒｅｎ等は、新規なリボシルトランスフェラーゼ遺伝子ファミリーメンバーの同定及びクローニングにＥＳＴデータベースの使用を記載している（Ａｄｖ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． Ｂｉｏｌ． ４１９： １６３−１６８ （１９９７））。リボシルトランスフェラーゼは、タンパク質の翻訳後改変（Ｓａｘｔｙ等， Ｊ． Ｌｅｕｋｏｃ． Ｂｉｏｌ．， ６３（１）： １５−２１ （１９９８））及び多形核好中球白血球における糸状アクチンの組立及び化学走性の仲介（Ｋｅｆａｋａｓ等， Ａｄｖ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． Ｂｉｏｌ． ４１９： ２４１−２４４ （１９９７））を含む種々の代謝機能において役割を担うと同定されている。
ここに記載するのは、ここでＰＲＯ１１３７ポリペプチドと命名する、リボシルトランスファラーゼに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけである。
【００４１】
７１．ＰＲＯ１１３８
新規な天然のレセプタータンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規なレセプタータンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。特に興味深いのは、感染との闘い及び損傷組織の修復、及び造血系の細胞の他の活性において重要な役割を担うので、造血系の細胞に見られる膜結合タンパク質の同定である。例えば、ＣＤ８４白血球抗原は、Ｉｇスーパーファミリーの新たなメンバーとして最近同定された（ｄｅ ｌａ Ｆｕｅｎｔｅ等， Ｂｌｏｏｄ， ９０（６）： ２３９８−２４０５ （１９９７））。
ここに記載するのは、ここでＰＲＯ１１３８ポリペプチドと命名する、ＣＤ８４白血球抗原に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけである。
７２．ＰＲＯ１０５４
主要尿タンパク質複合体（ＭＵＰ）のタンパク質、リポカリンファミリーのメンバーであるタンパク質は、揮発性フェロモンへの結合に作用し、臭覚系の鋤鼻の感覚上皮と相互作用する。このように、ＭＵＰファミリーにおけるタンパク質は、異なる性の哺乳動物間の接近プロセスに強く関連している。多くの異なるＭＵＰファミリーのメンバーが同定及び特徴付けされており、種々の程度のアミノ酸配列相同性を持つことが示された（例えば、Ｍｕｃｉｇｎａｔ等， Ｃｈｅｍ． Ｓｅｎｓｅｓ ２３： ６７−７０ （１９９８）， Ｆｅｒｒａｒｉ等， ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ． ４０１： ７３−７７ （１９９７）及びＢｉｓｈｏｐ等， ＥＭＢＯ Ｊ． １： ６１５−６２０ （１９８２）参照）。ＭＵＰファミリーのタンパク質の生理学的及び生物学的重要性が与えられたので、このファミリーの新規なメンバーの同定及び特徴付けはかなり興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０５４ポリペプチドと命名する、ＭＵＰファミリーのタンパク質と相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００４２】
７３．ＰＲＯ９９４
Ｌ６細胞表面抗原は、肺、乳、結腸、及び卵巣癌で高度に発現され、マウスモノクローナル抗体及びそれらのヒト化対応物に対する潜在的治療標的として注目を集めている（Ｍａｒｋｅｎ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９： ３５０３−３５０７ （１９９２））。この腫瘍関連細胞表面抗原をコードするｃＤＮＡはＣＯＳ細胞で発現され、３つの膜貫通ドメインを持つ２０２アミノ酸のポリペプチドをコードすることが示された。Ｌ６抗原は、例えばＣＤ６３及びＣＯ−０２９を含む細胞成長の調節に含まれる多数の細胞表面タンパク質、また腫瘍細胞で高度に発現されるタンパク質に関連することが示された。このように、癌治療の潜在的標的としてのＬ６腫瘍細胞抗原に相同性を有する新規なポリペプチドの同定は極めて興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ９９４ポリペプチドと命名する、Ｌ６細胞表面腫瘍細胞関連抗原と相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
７４．ＰＲＯ８１２
ステロイド結合タンパク質は、ステロイド機能を伴う多くの生理学的プロセスにおいて重要な役割を担う。特に、良く特徴付けされている一つのステロイド結合タンパク質関連ポリペプチドは、前立腺結合タンパク質の成分１である、前立腺結合タンパク質の成分１は、マウス腹側前立腺の主要な分泌糖タンパク質である前立腺結合タンパク質のサブユニットＦに特異的であることが示された（Ｐｅｅｔｅｒｓ等， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １２３： ５５−６２ （１９８２）及びＬｉａｏ等， Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ２５７： １２２−１２５ （１９８２））。前立腺結合タンパク質の成分１のアミノ酸配列が同定され、配列はグルタミン酸が非常に豊富であり、全体として高度な酸性であった。このタンパク質は、前立腺のステロイドホルモンに対する反応において重要な役割を担う。ここで我々は、ここにＰＲＯ８１２ポリペプチドと命名する、前立腺ステロイド結合タンパク質ｃ１と相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００４３】
７５．ＰＲＯ１０６９
特に興味深いのは、チャンネル阻害因子（ＣＨＩＦ）及びＭＡＴ−８等のイオン伝導に含まれる新規な膜結合タンパク質の同定であり、それらは最近報告されている（Ｗａｌｄ等， Ａｍ． Ｊ． Ｐｈｙｓｉｏｌ． ２７２（５ ｐｔ ２）： Ｆ６１７−Ｆ６２３ （１９９７）； Ｃａｐｕｒｒｏ等， Ａｍ． Ｊ． Ｐｈｙｓｉｏｌ． ２７１（３ ｐｔ １）： Ｃ７５３−Ｃ７６２ （１９９６）； Ｗａｌｄ等， Ａｍ． Ｊ． Ｐｈｙｓｉｏｌ， ２７１（２ ｐｔ ２）： Ｆ３２２−Ｆ３２９ （１９９６）； 及び Ｍｏｒｒｉｓｏｎ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７０（５）： ２１７６−２１８２ （１９９５）参照）。
ここに記載するのは、ここでＰＲＯ１０６９ポリペプチドと命名する、ＣＨＩＦ及びＭＡＴ−８ポリペプチドに相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけである。
７６．ＰＲＯ１１２９
チトクロムＰ−４５０は、薬物及び化学酸化の主要な経路を代表するホモタンパク質のスーパーファミリーである（Ｈｏｒｓｍａｎｓ， Ａｃｔａ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ． Ｂｅｌｇ． ６０： ２−１０ （１９９７））。このスーパーファミリーは、ファミリー、サブファミリー、及び／又は単一の酵素に分けられる。最近の報告は、チトクロムＰ−４５０アイソザイムに関する非常に詳細な情報を提供し、シサプリド及び抗ヒスタミン薬のような通常処方される薬物との生死に関わる相互作用の認識の増加を与えた（Ｍｉｃｈａｌｅｔｓ， Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ １８： ８４−１１２ （１９９８）及びＳｉｎｇｅｒ等， Ｊ． Ａｍ． Ａｃａｄ． Ｄｅｍａｔｏｌ． ３７： ７６５−７７１ （１９９７））。この情報が与えられたので、チトクロムＰ−４５０ファミリーのタンパク質の新規なメンバーの同定は有意に興味深い。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１２９ポリペプチドと命名する、チトクロムＰ−４５０と相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００４４】
７７．ＰＲＯ１０６８
ウロテンシンは神経分泌タンパク質であり、平滑筋収縮（Ｙａｎｏ等， Ｇｅｎ． Ｃｏｍｐ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ． ９６（３）； ４１２−４１３ （１９９４））、動脈血圧及び心拍速度の調節（ｌｅ Ｍｅｖｅｌ等， Ａｍ． Ｊ． Ｐｈｙｓｉｏｌ． ２７１（５ Ｐｔ ２）： Ｒ１３３５−Ｒ１３４３ （１９９６））、及びコルチコステロイド分泌（ｆｅｕｉｌｌｏｌｅｙ等， Ｊ． Ｓｔｅｒｏｉｄ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ４８（２−３）： ２８７−２９２ （１９９４））を含む種々の生理学的プロセスにおけるそれらの潜在的役割のため興味深い。
ここで我々は、ここにＰＲＯ１０６８ポリペプチドと命名する、ウロテンシンと相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
７８．ＰＲＯ１０６６
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０６６ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００４５】
７９．ＰＲＯ１１８４
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１８４ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
８０．ＰＲＯ１３６０
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１３６０ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
８１．ＰＲＯ１０２９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０２９ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００４６】
８２．ＰＲＯ１１３９
肥満は最もありふれた栄養性疾患であり、最近の疫学的研究によると、２０歳以上の米国人の約三分の一が罹っている。Ｋｕｃｚｍａｒｓｋｉ等， Ｊ． Ａｍ． Ｍｅｄ． Ａｓｓｏｃ． ２７２， ２０５−１１ （１９９４）。肥満は、心臓血管疾患、ＩＩ型糖尿病、高血圧、高グリセリド血症、リポタンパク質欠乏症、及び幾つかの癌形態を含む種々の重大な健康上の問題の原因となる。Ｐｉ−Ｓｕｎｙｅｒ， Ｆ．Ｘ．， Ａｎｎｓ． Ｉｎｔ． Ｍｅｄ． １１９， ６５５−６０ （１９９３）； Ｃｏｌｆｉｔｚ， Ｇ．Ａ．， Ａｍ． Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｎｕｔｒ． ５５， ５０３Ｓ−５０７Ｓ （１９９２）。単一遺伝子変異（肥満又は「ｏｂ」変異）は、マウスで肥満及びＩＩ型糖尿病をもたらした。Ｆｒｉｅｄｍａｎ， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ １１， １０５４−１０６２ （１９９１）。Ｚｈａｎｇ等， Ｎａｔｕｒｅ ３７２， ４２５−４３１ （１９９４）は、マウスｏｂ遺伝子及びそのヒト相同体のクローニング及び配列決定を最近報告し、ｏｂ遺伝子産物が、体脂肪蓄積のサイズを調節する脂肪組織からのシグナル伝達経路の一部として機能することを示唆した。２０年以上前に実施された並体結合実験は、ｏｂ遺伝子の２つの変異体コピーを有する遺伝的肥満マウス（ｏｂ／ｏｂマウス）は食物摂取を調節する満腹因子を生成せず、糖尿病（ｄｂ／ｄｂ）マウスは生成するが満腹因子に反応しないことを予測した。Ｃｏｌｅｍａｎ及びＨｕｍｍａｌ， Ａｍ． Ｊ． Ｐｈｙｓｉｏｌ． ２１７， １２９８−１３０４ （１９６９）； Ｃｏｌｅｍａｎ， Ｄｉａｂｅｔｏｌ． ９， ２９４−９８ （１９７３）。ＯＢタンパク質は、例えば米国特許第５，５３２，３３６号、第５，５５２，５２２号、第５，５５２，５２３号、第５，５５２，５１４号、第５，５５４，７２７号に開示されている。３つの独立した研究チームによる最近の報告は、組換えＯＢ遺伝子の毎日の注射が、肉眼で見て肥満したｏｂ／ｏｂマウスでは食物摂取を阻害して体重及び脂肪を減少させたがｄｂ／ｄｂマウスではしなかったことを示しており（Ｐｅｌｌｅｙｍｏｕｎｔｅｒ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６９， ５４０−４３ ［１９９５］； Ｈａｌａａｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６９， ５４３−４６ ［１９９５］； Ｃａｍｆｉｅｌｄ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６９， ５４６−４９ ［１９９５］）、ｏｂタンパク質は初期の交差循環研究で提案されたような満腹因子であることを示唆している。
ＯＢタンパク質のレセプター（ＯＢ−Ｒ）は、Ｔａｒｔａｇｌｉａ等， Ｃｅｌｌ ８３， １２６３−７１ （１９９５）に開示されている。ＯＢ−Ｒは、クラスＩサイトカインレセプターファミリーメンバーの単一の膜スパンニングレセプター相同体である（Ｔａｒｔａｇｌｉａ， 上掲； Ｂａｚａｎ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７， ６９３４−６９３８ ［１９９０］）。異なる長さの細胞質ドメインを持つＢＯ−Ｒをコードする２つの５’−非翻訳領域及び幾つかの３’−選択的スプライシング変異体が、マウス、ラット及びヒトで記載されている（Ｃｈｅｎ等Ｃｅｌｌ ８４， ４９１−４９５ ［１９９６］； Ｃｈｕａ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７１， ９９４−９９６ ［１９９６］； Ｔａｒｔａｇｌｉａ等， 上掲； Ｗａｎｇ等， ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ． ３９２： ８７−９０ ［１９９６］； Ｐｈｉｌｌｉｐｓ等， Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔ． １３， １８−１９ ［１９９６］； Ｃｉｏｆｆｉ等， Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．， ２： ５８５−５８９ ［１９９６］）。ＯＢタンパク質のレセプターでありうるヒト血液タンパク質レセプターが１９９６年３月２１日に発行されたＰＣＴ出願の公報ＷＯ ９６／０８５１０に記載されている。
Ｂａｉｌｌｅｕｌ等， Ｎｕｃｌ ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５， ２７５２−２７５８ （１９９７）は、ＯＢ−Ｒ遺伝子のヒトｍＲＮＡスプライシング変異体を同定し、それはレプチンレセプター遺伝子関連タンパク質（ＯＢ−ＲＧＲＰ）と称される新規なタンパク質を潜在的にコードする。このタンパク質はレプチンレセプター自身とは配列同一性を示さない。著者はＯＢ−ＲＧＲＰ遺伝子はＯＢ−Ｒ遺伝子とそのプロモーター及び２つのエキソンを共有することを見出し、インビボでのレプチンに対する全生理学的反応を誘発するにはＯＢ−Ｒ及びＯＢ−ＲＧＲＰの協同的発現が必要であることを示唆した。
【００４７】
８３．ＰＲＯ１３０９
タンパク質−タンパク質相互作用はレセプター及び抗原複合体及びシグナル伝達機構を含む。タンパク質−タンパク質相互作用の基となる構造的及び機能的機構についてよく知られているように、タンパク質−タンパク質相互作用は、タンパク質−タンパク質相互作用の特定の結果を調節するように更に容易に操作することができる。従って、タンパク質−タンパク質相互作用の基となる機構は科学及び医学界にとって興味深い。
ロイシンリッチ反復を含む全てのタンパク質はタンパク質−タンパク質相互作用に関与していると考えられている。ロイシンリッチ反復は多様な機能を持つ多くのタンパク質と細胞位置に存在する短い配列モチーフである。リボ核酸インヒビタータンパク質の結晶構造から、ロイシンリッチ反復はβ−α構造単位に対応することが明らかになった。これらの単位は、一面が溶媒に暴露された平行なβシートを形成するように配置され、タンパク質は珍しい非球状の形状を獲得する。これらの二つの特徴はロイシンリッチ反復を含むタンパク質のタンパク質結合機能の原因であることが示されている。Ｋｏｂｅ及びＤｅｉｓｅｎｈｏｆｅｒ， Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．， １９（１０）：４１５−４２１ （Ｏｃｔ．１９９４）； Ｋｏｂｅ及びＤｅｉｓｅｎｈｏｆｅｒ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．， ５（３）： ４０９−４１６ （１９９５）を参照されたい。
個体発生の間にコラーゲン原線維を配向し指令する組織オーガナイザーとなり、創傷治癒、組織修復、及び腫瘍ストローマ形成のような病理プロセスに関与するロイシンリッチプロテオグリカンについて研究が報告されている。Ｉｏｚｚｏ， Ｒ．Ｖ．， Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．， ３２（２）：１４１−１７４ （１９９７）。創傷治癒、組織修復におけるロイシンリッチタンパク質の関与を示す他の研究は、Ｄｅ Ｌａ Ｓａｌｌｅ， Ｃ．等， Ｖｏｕｖ．Ｒｅｖ．Ｆｒ．Ｈｅｍａｔｏｌ． （Ｇｅｒｍａｎｙ），３７（４）：２１５−２２２ （１９９５）であり、出血疾患ベルナール−スーリエ症候群に伴う複合体におけるロイシンリッチモチーフの突然変異を報告しており、Ｃｈｌｅｍｅｔｓｏｎ，Ｋ．Ｊ．， Ｔｈｒｏｍｂ． Ｈａｅｍｏｓｔ． （Ｇｅｒｍａｎｙ），７４（１）：１１１−１１６ （Ｊｕｌｙ １９９５）は、血小板がロイシンリッチ反復を有していることを報告しており、Ｌａ Ｊｏｌｌａ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎのＲｕｏｓｌａｈｔｉ， Ｅ．Ｉ．等のＷＯ９１１０７２７−Ａは、トランスフォーミング成長因子βに結合するデコリンがガンの治療、創傷治癒及び瘢痕化に関与していることを報告している。結合組織、皮膚及び骨のような組織の再成長に関連する創傷治癒及び付随する治療法において；ヒトと動物における体成長を促進することで；及び他の成長関連プロセスを刺激する点で有用であることにおいて、この群のタンパク質に機能が関連しているのはインスリン様成長因子（ＩＧＦ）である。ＩＧＦの酸不安定サブユニット（ＡＬＳ）はまたＩＧＦの半減期を増大させインビボのＩＧＦ複合体の一部である点で興味深い。
ロイシンリッチ反復を有することが報告されている他のタンパク質は、アルツハイマー病のような神経変性疾患、パーキンソン病のような神経損傷の治療において、及びガンの診断に対して有用であることが報告されているＳＬＩＴタンパク質である。エール大学のＡｒｔａｖａｎｉｓｔｓａｋｏｎａｓ，Ｓ．及びＲｏｔｈｂｅｒｇ，Ｊ．Ｍ．のＷＯ９２１０５１８−Ａ１を参照。また興味深いのはＬＩＧ−１、すなわちマウス脳のグリア細胞中に特異的に発現され、ロイシンリッチ反復及び免疫グロブリン様ドメインを有する膜糖タンパク質である。Ｓｕｚｕｋｉ等，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（Ｕ．Ｓ．），２７１（３７）：２２５２２ （１９９６）。ロイシンリッチ反復を有するタンパク質の生物学的機能を報告している他の研究には：Ｔａｙａｒ， Ｎ．等， Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．， （Ｉｒｅｌａｎｄ）， １２５（１−２）：６５−７０ （Ｄｅｃ．１９９６）（ゴナドトロピンレセプター関連）；Ｍｉｕｒａ，Ｙ．等，Ｎｉｐｐｏｎ Ｒｉｎｓｈｏ （Ｊａｐａｎ）， ５４（７）：１７８４−１７８９ （Ｊｕｌｙ １９９６）（アポトーシス関連）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｐ．Ｃ．等， Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．， ６（４）：１１２５−１１３３ （Ｏｃｔ．１９９５）（腎疾患関連）が含まれる。
従って、タンパク質−タンパク質相互作用をよりよく理解するためにロイシンリッチ反復を有する新規なタンパク質を同定するために産業上及び学術上の両方の努力がなされている。特に興味深いのは、ロイシンリッチ反復を有し、血小板糖タンパク質Ｖ、ＳＬＩＴ及びＡＬＳ等のロイシンリッチ反復を持つことが知られたタンパク質との相同性を有するタンパク質である。努力の多くは、ロイシンリッチ反復を持つ新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。
【００４８】
８４．ＰＲＯ１０２８
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０２８ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
８５．ＰＲＯ１０２７
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０２７ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００４９】
８６．ＰＲＯ１１０７
特に興味深いのは、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性を有する新規なタンパク質である。公知のタンパク質はＰＣ−１、アルカリホスホジエステラーゼＩ及びヌクレオチドピロホスファターゼ活性を持つエクト−酵素を含み、Ｂｅｌｌｉ等， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， ２２８（３）： ６６９−６７６ （１９９５）にさらに記載されている。ホスホジエステラーゼはＦｕｓｓ等， Ｊ． Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．， １７（２３）： ９０９５−９１０３ （１９９７）及びＳｃｏｔｔ等， Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ， ２５（４）： ９９−１００２ （１９９７）にも記載されている。ホスホジエステラーゼＩは、オリゴ樹状細胞機能に含まれる新規なアドヘシン分子及び／又は（自己毒素に関連する）サイトカインとして記載されている。上掲のＦｕｓｓ。
我々は、ここでＰＲＯ１１０７ポリペプチドと命名する、ＰＣ−１と相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
８７．ＰＲＯ１１４０
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１４０ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００５０】
８８．ＰＲＯ１１０６
ミトコンドリアはエネルギー生成の第一の原因であるので、ミトコンドリアに関連するタンパク質は興味の対象である。最近、Ｗｅｂｅｒ等， ＰＮＡＳ ＵＳＡ， ９４（１６）： ８５０９−８５１４ （１９９７）に記載されているように、ミトコンドリア溶質キャリアスーパーファミリーの新規なＣａ＋ ＋依存性のメンバーからのｃＤＮＡが、ウサギ小腸ｃＤＮＡライブラリから単離された。このトランスポーターは、Ｎ−末端に４つの伸長因子−ハンドモチーフを持ち、ペルオキシソームに局在化することが報告されたが、破片はミトコンドリア内にも見られる。よって、このトランスポーター、及びこれ及びミトコンドリア溶質キャリアスーパーファミリーの他のメンバーと配列同一性を持つタンパク質は興味深い。
ここで我々は、ここにＰＲＯ１１０６ポリペプチドと命名する、ペルオキシソームカルシウム依存性溶質キャリアタンパク質と相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
８９．ＰＲＯ１２９１
ブチロフィリン（ｂｕｔｙｒｏｐｈｉｌｉｎ）は、哺乳類の乳の脂肪球膜に結合した全タンパク質の４０％以上を構成している乳糖タンパク質である。ブチロフィリンｍＲＮＡの発現は、妊娠終期での乳脂肪の生成の開始と相関しており、乳汁分泌期を通して維持されていることが示されている。ブチロフィリンはウシ、マウス及びヒトにおいて同定されており（Ｔａｙｌｏｒ等， Ｂｉｏｃｈｉｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ １３０６：１−４（１９９６）、Ｉｓｈｉｉ等， Ｂｉｏｃｈｉｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ １２４５：２８５−２９２（１９９５）、Ｍａｔｈｅｒ等， Ｊ． Ｄａｉｒｙ Ｓｃｉ． ７６：３８３２−３８５０（１９９３）及びＢａｎｇｈａｒｔ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７３：４１７１−４１７９（１９９８）を参照）、脂肪グロブリン膜内に取り込まれるＩ型膜貫通タンパク質である。ブチロフィリンは、キサンチンデヒドロゲナーゼ／オキシダーゼ及び授乳の間の尖端表面からの乳脂肪小球の発芽と放出において機能する他のタンパク質との複合体の集合体に対する主要な足場としての役割を果たしうることが示唆されている（Ｂａｎｇｈａｒｔ等， 上掲）。
ブチロフィリンは、哺乳類の乳生成において明らかに重要な役割を担っているので、新規なブチロフィリン相同体の同定にはかなりの関心がある。我々は、ここでＰＲＯ１２９１ポリペプチドと命名する、ブチロフィリンに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについてここに記載する。
【００５１】
９０．ＰＲＯ１１０５
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１０５ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
９１．ＰＲＯ５１１
興味深いタンパク質は、ＲｏＢｏ−１という、Ｎｏｅｌ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７３（７）： ３８７８−３８８３ （１９９８）に記載されたように骨及び成長板軟骨で選択的に発現されるウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベータレセプター／ＣＤ５９／Ｌｙ−６／ヘビ毒素ファミリーの新規なメンバーと配列同一性を持つものを含む。ＲｏＢｏ−１は、骨の成長及び再構築において新たな役割を果たすと考えられる。また興味深いタンパク質は、ホスホリパーゼインヒビターと配列同一性を持つものも含む。
ここに我々は、ここでＰＲＯ５１１ポリペプチドと命名する、ウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベータレセプター及びホスホリパーゼインヒビターに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについてここに記載する。
【００５２】
９２．ＰＲＯ１１０４
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１０４ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
９３．ＰＲＯ１１００
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１００ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００５３】
９４．ＰＲＯ８３６
興味深いのは、管腔タンパク質、又は小胞体（ＥＲ）に特異的なタンパク質である。特に興味深いのは、公知のタンパク質と配列同一性を有する新規なタンパク質である。公知のタンパク質は、ＳＬＳ１などのタンパク質を含む。サッカロミセスセレヴィシアエにおいて、ＳＬＳ１はミトコンドリア代謝に含まれるミトコンドリアの不可欠な膜タンパク質であると報告されている。Ｒｏｕｉｌｌａｒｄ等， Ｍｏｌ． Ｇｅｎ． Ｇｅｎｅｔ．， ２５２（６）： ７００−７０８ （１９９６）。酵母菌、Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｃａにおいて、ＳＬＳ１遺伝子産物（ＳＬＳ１ｐ）がＥＲの管腔タンパク質として振る舞うことが報告された。ＳＰＳ１ｐはプレタンパク質転座プロセスにおいて作用し、転座ポリペプチドと直接相互作用してそれらの転移を促進し及び／又はＥＲにおける折り畳みを助けると考えられる。Ｂｏｓｉｒａｍｅ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２７１（２０）： １１６６８−１１６７５ （１９９６）。
ここに我々は、ここでＰＲＯ８３６ポリペプチドと命名する、ＳＬＳ１に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについてここに記載する。
９５．ＰＲＯ１１４１
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１４１ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００５４】
９６．ＰＲＯ１１３２
プロテアーゼは哺乳類及び非哺乳類生物における多数の非常に重要な生物学的プロセスに関与している酵素タンパク質である。種々のセリン含有タンパク質に対して特異的な活性を示すセリンプロテアーゼを含む、種々の異なる哺乳類及び非哺乳類生物からの多くの異なるプロテアーゼ酵素が同定され、特徴づけられている。哺乳類のプロテアーゼ酵素は生物学的プロセス、例えばタンパク質の消化、活性化、不活性化、又はペプチドホルモン活性の変調、及びタンパク質及び酵素の物理学的特性の改変において、重要な役割を担っている。
ニューロプシンは新規なセリンプロテアーゼであり、そのｍＲＮＡは中枢神経系で発現される。マウスニューロプシンはクローン化され、研究により海馬可塑性に含まれることが示された。またニューロプシンは細胞外マトリクス改変及び細胞遊走にも関連することが示された。一般的には、Ｃｈｅｎ等， Ｎｅｕｒｏｓｃｉ． ７（２）： ５０８８−５０９７ （１９９５）及びＣｈｅｎ等， Ｊ． Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．， ４６： ３１３−３２０ （１９９８）を参照のこと。
興味深い他のセリンプロテアーゼはエナメルマトリクスセリンプロテアーゼである。歯科エナメルの成熟は有機マトリクスの分解を促進する。阻害実験は、この分解がセリン型のプロテアーゼに関連することを示した。エナメル成熟に関連するプロテアーゼは、例えば、Ｓｉｍｍｅｒ等， Ｊ． Ｄｅｎｔ． Ｒｅｓ．， ７７（２）： ３７７−３８６、Ｏｖｅｒａｌｌ及びＬｉｍｅｂａｃｋ， Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．， ２５６（３）： ９６−９７２ （１９８８）及びｍｏｒａｄｉａｎ−Ｏｌｄａｋ， Ｃｏｎｅｃｔ Ｔｉｓｓｕｅ Ｒｅｓ．， ３５（１−４）： ２３１−２３８ （１９９６）に記載されている。
ここに我々は、ここでＰＲＯ１１３２ポリペプチドと命名する、セリンプロテアーゼに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
【００５５】
９７．ＰＲＯ１３４６
「ＴＩＥ」又は「ｔｉｅ」という略語は頭文字であり、「チロシンキナーゼ含有Ｉｇ及びＥＧＦ相同ドメイン」を意味し、血管内皮細胞及び初期造血細胞でほぼ排他的に発現され、ＥＧＦ様ドメイン、及び一般に「免疫グロブリン（ＩＧ）様」折り畳みと呼ばれる鎖内ジスルフィド結合で安定化された細胞外折り畳み単位の存在を特徴とするレセプターチロシンキナーゼの新規なファミリーを表すのに作られた。ヒト白血病細胞（ｔｉｅ）からのチロシンキナーゼ相同体ｃＤＮＡ断片は、Ｐａｒｔａｎｅｎ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７， ８９１３−８９１７ （１９９０）に記載されている。このヒト「ＴＩＥ」レセプターのｍＲＮＡは、全てのヒト胎児及びマウス胚組織で検出され、心臓及び血管内皮細胞に局在化していると報告された。Ｋｏｒｈｏｎｅｎ等， Ｂｌｏｏｄ ８０， ２５４８−２５５５ （１９９２）； ＰＣＴ出願公報ＷＯ ９３／１４１２４（１９９３年７月２２日発行）。ヒトＴＩＥのラット相同体は「ＴＩＥ−１」と呼ばれ、Ｍａｉｓｏｎｐｉｅｒｒｅ等， Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ８， １６３１−１６３７ （１９９３）によって同定された。「ＴＩＥ−２」と呼ばれる他のＴＩＥレセプターは、最初にラットで同定され（Ｄｕｍｏｎｔ等， Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ８， １２９３−１３０１ （１９９３））、「ｏｒｋ」と呼ばれるＴＩＥ−２のヒト相同体は米国特許第５，４４７，８６０号（Ｚｉｅｇｌｅｒ）に記載されている。ＴＩＥ−２のマウス相同体は最初「ｔｅｋ」と命名された。脳毛細管ｃＤＮＡライブラリからのマウスＴＩＥ−２レセプターのクローニングはＰＣＴ出願公報ＷＯ ９５／１３３８７（１９９５年５月１８日発行）に記載されている。ＴＩＥ−２は血管内皮でほぼ排他的に発現されるレセプターチロシンキナーゼである。ＴＩＥ−２ノックアウトマウスは微小血管形成の欠損により死亡する。従って、ＴＩＥレセプターは、血管形成に活動的に含まれ、造血でも役割を果たすと考えられる。確かに、可溶性ＴＩＥ−２レセプターの腫瘍血管形成を阻害する能力を示した最近の結果（Ｌｉｎ等， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ． １００（８）， ２０７２−２０７８ ［１９９７］）は、ＴＩＥ−２が病理的血管成長において役割を担うことを示すと解釈された。他の研究では、ＴＩＥ−２発現は血管形成中の成人組織及び静止期の組織で試験された。ＴＩＥ２発現は、甲状腺濾胞腺癌変異及び子宮発達中及び創傷治癒において、血管形成中のラット組織における新生血管の内皮に免疫組織学的に位置づけられた。またＴＩＥ−２は、広範な成人組織において静止期血管（静脈、動脈、及び毛細管）の全スペクトルで発現されたと報告された。Ｗｏｎｇ等， Ｃｉｒｃ． Ｒｅｓ． ８１（４）， ５６７−５７４（１９９７）。ＴＩＥ−２は成人血管形成及び血管維持において２つの機能を持つことが示唆された。
ヒトＴＩＥ−２リガンドの発現クローニングはＰＣＴ出願公報ＷＯ９６／１１２６９（１９９６年４月１８日発行）及び米国特許第５，５２１，０７３号（１９９６年５月２８日発行）に記載されている。ＴＩＥ−２リガンドＮＬ７ｄ「ｈｔｉｅ−２リガンド１」又は「ｈＴＬ１」をコードするλｇｔ１０と命名されたベクターはＡＴＣＣに登録番号７５９２８で寄託された。「ｈｔｉｅ−２ ２」又は「ｈＴＬ２」と命名された他のＴＩＥ−２リガンドをコードするプラスミドはＡＴＣＣに登録番号７５９２８で入手可能である。この第２のリガンドは、ＴＡＩ−２レセプターのアンタゴニストとして記載された。ＴＩＥ−２レセプターの分泌されたヒト及びマウスリガンドの同定は、Ｄａｖｉｓ等， Ｃｅｌｌ ８７， １１６１−１１６９ （１９９６）に報告されている。血管形成における役割及び造血中の潜在的作用を反映して「アンギオポエチン−１（Ａｎｇｉｏｐｏｉｅｔｉｎ−１）」と命名されたヒトリガンドは、ＷＯ９６／１１２６９において「ｈｔｉｅ−２ １」又は「ｈＴＬ−１」のように様々に呼ばれているリガンドと同じリガンドである。アンギオポエチン−１は、後に血管形成の役割を果たし、ＶＥＧＦとは区別される（Ｓｕｒｉ等， Ｃｅｌｌ ８７， １１７１−１１８０ （１９９６））。腫瘍成長に必要な病理的血管形成の間にＴＩＥ−２は明らかにアップレギュレートされるので（Ｋａｉｐａｉｎｅｎ等， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５４， ６５７１−６５７７ （１９９４））、アンギオポエチン−１は腫瘍血管を特異的に標的化するのに更に有用であることが示唆された（Ｄａｖｉｓ等， 上掲）。
ここに我々は、ここでＰＲＯ１３４６ポリペプチドと命名する、新規なＴＩＥリガンドポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００５６】
９８．ＰＲＯ１１３１
低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）レセプターは、そのリガンド、アポリポタンパク質（ａｐｏ）Ｂ−１００及びａｐｏＥに対する高親和結合性により、リポタンパク質粒子の細胞への取り込みを媒介する、コレステロールホメオスタシスにおいて鍵となる役割を担っている膜結合タンパク質である。ＬＤＬレセプターのリガンド結合ドメインは、約４０のアミノ酸からなる７つのシステインリッチの反復部を含み、各反復部は、３つの反復内ジスルフィド結合を形成する６つのシステインを含んでいる。これらの独特の構造的特徴により、ＬＤＬレセプターにはａｐｏＢ−１００及びａｐｏＥと特異的に相互作用する能力が付与され、これにより細胞膜を通過してこれらのリポタンパク質を輸送すること、及びそれらの成分を代謝することが可能になる。ＬＤＬレセプターの細胞外ドメインを含む可溶性断片には、その特異的なリポタンパク質リガンドと相互作用する能力が保持されていることが示されている（Ｓｉｍｍｏｎｓ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７２：２５５３１−２５５３６（１９９７））。ＬＤＬレセプターは、Ｊａｖｉｔｔ， ＦＡＳＥＢ Ｊ．， ９（１３）： １３７８−１３８１ （１９９５）， ｖａｎ ＢＥｒｋｅｌ等， Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ， １１８ Ｓｕｐｐｌ： Ｓ４３−Ｓ５０ （１９９５）及びＨｅｒｚ及びＷｉｌｌｎｏｗ， Ａｎｎ． ＮＹ Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．， ７３７： １４−１９ （１９９４）にさらに記載されている。よって、ＬＤＬレセプターと配列同一性を持つタンパク質は興味深い。
ここに我々は、ここでＰＲＯ１１３１ポリペプチドと命名する、ＬＤＬレセプターに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
９９．ＰＲＯ１２８１
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１２８１ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００５７】
１００．ＰＲＯ１０６４
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０６４ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１０１．ＰＲＯ１３７９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１３７９ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００５８】
１０２．ＰＲＯ８４４
プロテアーゼは哺乳類及び非哺乳類生物における多数の非常に重要な生物学的プロセスに関与している酵素タンパク質である。種々の異なる哺乳類及び非哺乳類生物からの多くの異なるプロテアーゼ酵素が同定され、特徴づけられている。哺乳類のプロテアーゼ酵素は生物学的プロセス、例えばタンパク質の消化、活性化、不活性化、又はペプチドホルモン活性の変調、及びタンパク質及び酵素の物理学的特性の改変において、重要な役割を担っている。よって、プロテアーゼは興味深い。また、プロテアーゼインヒビターも興味深い。
特に興味深いのはセリンプロテアーゼである、或る研究において、セリンプロテアーゼインヒビター抗白血球プロテイナーゼ（ａＬＰ）を注射した場合、それが正常ラットの関節及び関節外軟骨に蓄積されることが報告された。この軟骨蓄積、プロテオグリカン欠乏関節軟骨の喪失の生理学的経路は、プロテイナーゼ機能と阻害の間の局所的均衡の維持を与えると考えられる。Ｂｕｒｋｈａｒｄｔ等， Ｊ． Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， ２４（６）： １１４５−１１５４ （１９９７）。さらに、ａＬＰ及び他のプロテアーゼインヒビターは、骨髄補助細胞によって生成されるプロテイナーゼの中和による造血細胞おインビトロ成長において役割を担うことが報告された。Ｇｏｓｋｌｉｎｋ等， Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．， １８４（４）： １３０５−１３１２ （１９９６）。また興味深いのはａＬＰの変異体である。ａＬＰの酸化耐性変異体は、肺気腫を持つ動物モデルに有意な治療効果を有すると報告された。Ｓｔｅｆｆｅｎｓ等， Ａｇｅｎｔｓ Ａｃｔｉｏｎｓ ｓｕｐｐｌ．， ４２： １１１−１２１ （１９９３）。よって、セリンプロテアーゼインヒビターは興味深い。
ここに我々は、ここでＰＲＯ８４４ポリペプチドと命名する、セリンプロテアーゼインヒビターに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
【００５９】
１０３．ＰＲＯ８４８
興味深い膜結合タンパク質はイオンチャンネル等のチャンネルを含む。さらに、興味深い膜結合タンパク質は、細胞内空胞又はオルガネラに結合した酵素、例えばトランスフェラーゼを含む。例えば、興味の対象となるペプチドは、Ｋｕｒｏｓａｗａ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２６９（２）： １４０２−１４０９ （１９９４）に記載されたようなＧａｌＮＡｃアルファ２，６−シアリルトランスフェラーゼである。このペプチドは分泌のために構築され、その触媒活性を維持する。発現された酵素はアシアロムシン及びアシアロフェツインに向けられるが試験した他の糖タンパク質には向けられない活性を示した。シアリル化は重要な機能なので、このようなシアリルトランスフェラーゼ、及び配列同一性で関連するペプチドは興味深い。
ここに我々は、ここでＰＲＯ８４８ポリペプチドと命名する、シアリルトランスフェラーゼに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
１０４．ＰＲＯ１０９７
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０９７ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００６０】
１０５．ＰＲＯ１１５３
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１５３ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１０６．ＰＲＯ１１５４
アミノペプチダーゼＮは、正しく投与されたペプチド薬の酵素的分解を起こす。よって、アミノペプチダーゼＮは、インヒビターを開発及び同定してペプチド薬の有効性をそれらの分解を阻害することにより向上させる研究に使用された。またアミノペプチダーゼは一般的にペプチドを分解するための用途で興味の対象である。従って、アミノペプチダーゼ、特に新規のアミノペプチダーゼは興味深い。アミノペプチダーゼＮ及びそのインヒビターは、Ｂｅｒｎｋｏｐ−Ｓｃｈｎｕｒｃｈ及びＭａｒｓｃｈｕｔｚ， Ｐｈａｒｍ． Ｒｅｓ．， １４（２）： １８１−１８５ （１９９７）； Ｌｅｒｃｈｅ等， Ｍａｍ． ｇｅｎｏｍｅ， ７（９）： ７１２−７１３ （１９９６）； Ｐａｐａｐｅｒｔｒｏｐｏｕｌｏｓ等， Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ， ３２（１−３）： １５３−１５６ （１９９６）； Ｍｉｙａｃｈｉ等， Ｊ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ．， ４１（３）： ２６３−２６５ （１９９８）；及びＯｌｓｅｎ等， Ａｄｖ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． Ｂｉｏｌ．， ４２１： ４７−５７（１９９７）にさらに記載されている。
ここに我々は、ここでＰＲＯ１１５４ポリペプチドと命名する、アミノペプチダーゼＮに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
【００６１】
１０７．ＰＲＯ１１８１
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１８１ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１０８．ＰＲＯ１１８２
コングルチニンは、当初は脊椎動物のレクチンタンパク質として記載され、４つの特徴あるドメイン、（１）Ｎ末端システイン−リッチドメイン、（２）コラーゲン様ドメイン、（３）ネックドメイン及び（４）炭水化物認識ドメイン（ＣＲＤ）を有するＣ型レクチンのファミリーに属すウシ血清タンパク質である。最近の報告では、ウシコングルチニンはそのレクチン特性のために、インフルエンザＡ型ウイルスによる血球凝集を阻害可能であることが実証されている（Ｅｄａ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ． ３１６：４３−４８（１９９６））。また、コングルチニン等のレクチンは、補体媒介メカニズムであるために、免疫グロブリン非依存性防御分子（ｄｅｆｅｎｓｅ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ）として機能しうることが示唆されている。よって、コングルチニンはインビトロにおける免疫複合体の精製、及びインビボにおける患者の血漿からの循環免疫複合体の除去に有用であることが示されている（Ｌｉｍ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ． ２１８：２６０−２６６（１９９６））。我々は、ここでＰＲＯ１１８２ポリペプチドと命名する、コングルチニンタンパク質に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについてここに記載する。
【００６２】
１０９．ＰＲＯ１１５５
サブスタンスＰ及び関連タンパク質、ニューロキニンＡ及びニューロキニンＢは、筋肉細胞レセプターへの作用を通して直接的に及びニューロンレセプターを通して間接的に回腸の収縮を誘発する化合物として報告されている。この作用は、ムスカリン性レセプターを介した筋肉収縮を起こすアセチルコリンの放出を導く。また、ニューロキニンＢはニューロン性サブスタンスＰレセプターの最も有力なアゴニストであることがわかり、ニューロキニンＢはエンケファリンアミドによって阻害されうると報告された。Ｌａｕｆｅｒ等， ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８２（２１）： ７４４４４−７４４８ （１９８５）。さらに、ニューロキニンＢは神経保護及び認識性の向上を提供すると報告され、従って、アルツハイマー病を含む神経変性疾患の治療に有用であると考えられている。Ｗｅｎｋ等， Ｂｅｈａｖ． Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓ．， ８３（１−２）： １２９−１３３ （１９９７）。また、タキキニンはＣｈａｗｌａ等， Ｊ． Ｃｏｍｐ． Ｎｅｕｒｏｌ．， ３８４（３）： ４２９−４４２ （１９９７）に記載されている。よって、タキキニン、特にニューロキニンＢに関連するものが興味深い。
ここに我々は、ここでＰＲＯ１１５５ポリペプチドと命名する、ニューロキニンＢタンパク質に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
１１０．ＰＲＯ１１５６
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１５６ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００６３】
１１１．ＰＲＯ１０９８
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１０９８ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１１２．ＰＲＯ１１２７
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１２７ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００６４】
１１３．ＰＲＯ１１２６
臭覚神経上皮の細胞外粘膜マトリクスは、臭覚伝達器を内蔵する化学受容性の繊毛の直近において高度に組織化されている。この細胞外マトリクスの主要なタンパク質成分は、オルファクトメジンという臭覚神経上皮で発現される糖タンパク質であり、分子間ジスルフィド結合を形成して高分子を生成する（Ｙｏｋｏｅ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０： ４６５５−４６５９ （１９９３）， Ｂａｌ等， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３２： １０４７−１０５３ （１９９３）及びＳｎｙｄｅｒ等， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３０： ９１４３−９１５３ （１９９１））。オルファクトメジンは、臭覚ニューロンの尖端樹状突起上の化学受容性繊毛の維持、成長又は分化に影響することが示唆されている。この重要な役割が与えられたので、オルファクトメジンと相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けに重大な興味がある。我々は、ここでＰＲＯ１１２６ポリペプチドと命名する、オルファクトメジンタンパク質に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同及び特徴付けについてここに記載する。
１１４．ＰＲＯ１１２５
特に興味深いのは、複数のＴｒｐ−Ａｓｐ（ＷＤ）反復を持つタンパク質である。ＷＤタンパク質は、ＷＤで終端する高度に保存された反復単位からなる。これらは原核生物ではなく真核生物に見られる。これらは、細胞分割、細胞運命の決定、遺伝子転写、遺伝子転写、膜貫通シグナル伝達、ｍＲＮＡ改変及び小胞融合などの細胞機能を調節する。ＷＤは、Ｎｅｅｒ等， Ｎａｔｕｒｅ， ３７１ （６４９５）： ２９７−３００ （１９９４）； Ｊｉａｎｇ及びＳｔｒｕｈｌ， Ｎａｔｕｒｅ， ３９１ （６６６６）： ４９３−４９６ （１９９８）； 及びＤｅｓａｌｉｖａ等， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， １４８（２）： ６５７−６６７ （１９９８）にさらに記載されている。よって、このスーパーファミリーのメンバーは全て興味深い。
【００６５】
１１５．ＰＲＯ１１８６
デンドロアスピスポリレピス（Ｄｅｎｄｒｏａｓｐｉｓ ｐｏｌｙｌｅｐｉｓ）（ブラックマンバ）毒液からのプロテインＡは、１０の半システイン残基を含む８１アミノ酸を含む。毒液は、一方では武器として、他方では毒液又は類似の毒の効果を覆す又は阻害する薬剤を同定するアッセイにおける用途において興味深い。ブラックマンバ（ｂｌａｃｋ ｍａｍｂａ）毒液は、Ｉｎｔ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， １７（６）： ６９５−６９９ （１９８５）及びＪｏｕｂｅｒｔ及びＳｔｒｙｄｏｍ， Ｈｏｐｐｅ ｓｅｙｌｅｒｓ Ｚ Ｐｈｙｓｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ３６１（１２）： １７８７−１７９４ （１９８０）に更に記載されている。
ここに我々は、ここでＰＲＯ１１８６ポリペプチドと命名する、ヘビ毒液プロテインＡに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
１１６．ＰＲＯ１１９８
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１９８ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００６６】
１１７．ＰＲＯ１１５８
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１５８ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１１８．ＰＲＯ１１５９
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１５９ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００６７】
１１９．ＰＲＯ１１２４
イオンチャンネルは、最終境界、脳への入口と考えられる。イオンチャンネル及びこれらのチャンネルを制御するレセプターは、細胞から細胞に伝えられるイオン又は神経パルスの通過に責任を負い、よってイオンチャンネルは伝達を司る。それらの脳における重要な役割に加えて、イオンチャンネルは心臓並びに血圧においても重要な役割を担う。またイオンチャンネルは、他の重要な身体機能及び状態、並びに疾患、例えば嚢胞性線維症などとも関連する。これら全ての理由により、ナトリウム、カリウム、及びカルシウムチャンネル等のイオンチャンネル、並びにそれらの関連タンパク質及びレセプターは興味深い。例えば、嚢胞性線維症膜貫通伝達調節器である塩素イオンチャンネルタンパク質の欠失から嚢胞性線維症がもたらされると報告されている。ＭｃＧｉｌｌ等， Ｄｉｇ． Ｄｉｓ． Ｓｃｉ．， ４１（３） ５４０−５４２ （１９９６）。塩素イオンチャンネルは、少なくともＦｉｎｎ等， ＰＮＡＳ ＵＳＡ， ９０（１２）： ５６９１−５６９ （１９９３）及びＦｉｎｎ等， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ．， １１４（１−２）： ２１−２６（１９９２）に更に記載されている。
また興味深いのは、接着分子は細胞−細胞シグナル伝達及び相互作用に含まれることが知られているので、接着分子に関連する分子である。より一般的には、全ての新規な膜結合タンパク質が興味の対象である。膜結合タンパク質とレセプターは、多細胞生物の形成、分化及び維持において重要な役割を果たしうる。多くの個々の細胞の運命、例えば増殖、遊走、分化、又は他の細胞との相互作用は、典型的には、他の細胞及び／又は直接の環境から受け取られる情報により支配される。この情報は、しばしば分泌ポリペプチド（例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞障害性因子、分化因子、神経ペプチド、及びホルモン）により伝達され、これが、次に多様な細胞レセプター又は膜結合タンパク質により受け取られ解釈される。このような膜結合タンパク質及び細胞レセプターは、これらに限定されるものではないが、サイトカインレセプター、レセプターキナーゼ、レセプターホスファターゼ、細胞−細胞間相互作用に関与するレセプター、チャンネル、トランスポーター、及びセレクチン及びインテグリンのような細胞接着分子を含む。例えば、細胞増殖及び分化を調節するシグナルの伝達は様々な細胞タンパク質のリン酸化により部分的に調節される。そのプロセスを触媒する酵素であるタンパク質チロシンキナーゼは、成長因子レセプターとしても作用しうる。例としては線維芽細胞成長因子レセプター及び神経成長因子レセプターが含まれる。
膜結合タンパク質は、外膜及び細胞内膜及びオルガネラに結合したものを含む。膜結合タンパク質及びレセプター分子は、製薬及び診断剤としてのものを含む様々な産業上の利用性を有している。例えば、レセプターイムノアドヘシンはレセプター−リガンド相互作用をブロックする治療剤として使用することができる。膜結合タンパク質はまた、関連するレセプター／リガンド相互作用の潜在的なペプチド又は小分子インヒビターのスクリーニングに使用することもできる。
産業界と学術研究機関の双方により、新規な未変性のレセプタータンパク質を同定するための努力がなされている。多くの努力が、新規なレセプタータンパク質に対するコード配列を同定するための哺乳動物組み換えＤＮＡライブラリーのスクリーニングに注がれている。ここに、塩素イオンチャンネルタンパク質及び肺上皮細胞接着分子−１（ＥＣＡＭ−１）に対して配列同一性を持つポリペプチド及びそれをコードする核酸を提供する。
【００６８】
１２０．ＰＲＯ１２８７
フリンジ（Ｆｒｉｎｇｅ）は、ショウジョウバエ羽の成虫原基の背側区画にあるノッチのセレート（ｓｅｒｒａｔｅ）−媒介活性化を阻害するタンパク質である。Ｆｌｅｍｉｎｇ等， Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ， １２４（１５）： ２９７３−８１ （１９９７）。従って、フリンジタンパク質は、発生におけるその役割並びにセレート、特にセレートのシグナル伝達能力を調節するその能力の両方について興味深い。また興味深いのは、発生及び／又はセレート様分子の調節において役割を持つ新規なポリペプチドである。特に興味深いのは、フリンジに相同性を持つ新規なポリペプチドである。
ここに我々は、ここでＰＲＯ１２８７ポリペプチドと命名する、フリンジタンパク質に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
１２１．ＰＲＯ１３１２
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１３１２ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００６９】
１２２．ＰＲＯ１１９２
ミエリンの膜結合タンパク質は、それらが不正な髄鞘形成を伴う種々の神経系疾患に含まれ得るので興味の対象である。ミエリンは細胞性鞘であり、グリア細胞から形成され、軸索を取り囲み、種々の電気化学的特性を向上させニューロンの栄養的支持を提供する軸索プロセスである。ミエリンは、末梢神経系（ＰＮＳ）においてシュワン細胞から、中枢神経系（ＣＮＳ）においてオリゴ樹状細胞から形成される。中枢及び末梢ニューロンでの不正な髄鞘形成は多くの病理において発生し、神経系での不正なシグナル伝達を導く。様々な脱髄疾患の中で多発性硬化症が最も注記される。
両生類、は虫類、鳥類及び哺乳類のＣＮＳミエリンの優勢な不可欠の膜タンパク質は、プロテオリピドタンパク質（ＰＬＰ）及びＰ０、ＰＮＳミエリンにおける主要な糖タンパク質である（Ｓｃｈｌｉｅｅｓｓ及びＳｔｏｆｆｅｌ， Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． Ｈｏｐｐｅ Ｓｅｙｌｅｒ （１９９１） ３７２（９）： ８６５−８７４）。ミエリンの膜結合タンパク質の重要性に鑑みて、種々のミエリンタンパク質を同定するために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている（Ｓｔｒａｔｍａｎｎ及びＪｅｓｅｒｉｃｈ， Ｊ． Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ （１９９５） ６４（６）： ２４２７−２４３６参照）。
１２３．ＰＲＯ１１６０
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１６０ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００７０】
１２４．ＰＲＯ１１８７
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１８７ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１２５．ＰＲＯ１１８５
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１８５ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００７１】
１２６．ＰＲＯ３４５
ヒトのテトラネクチン（ｔｅｔｒａｎｅｃｔｉｎ）は、ＤＮＡの約１２ｋｂｐをスパンする遺伝子にコードされる２０２アミノ酸タンパク質である（Ｂｅｒｇｌｕｎｄ等， ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ． ３０９： １５−１９ （１９９２））。テトラネクチンは種々の組織で発現され、主にプラスミノーゲン結合タンパク質として機能することが示された。テトラネクチンは、Ｃ型レクチンの明確な群に分類されるが、コレクチン（ｃｏｌｌｅｃｔｉｎ）タンパク質と類似の構造及び機能を持ちうる（Ｎｉｅｌｓｅｎ等， ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ． ４１２（２）： ３８８−３９６ （１９９７））。最近の研究では、血清テトラネクチンの可変性が、例えば卵巣及び結腸直腸癌を含む種々の型の癌の存在を予見しうると報告された（Ｈｏｇｄａｌｌ等， Ａｃｔａ Ｏｎｃｏｌ． ３５： ６３−６９ （１９９６）， Ｈｏｇｄａｌｌ等， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ ３１Ａ（６）： ８８８−８９４ （１９９５）及びＴｕｘｅｎ等， Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ． Ｒｅｖ． ２１（３）： ２１５−２４５ （１９９５））。このように、テトラネクチンタンパク質と構造的及び機能的類似性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴付けには有意な興味がある。
ここに我々は、ここでＰＲＯ３４５ポリペプチドと命名する、テトラネクチンに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
１２７．ＰＲＯ１２４５
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１２４５ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００７２】
１２８．ＰＲＯ３５８
セリンプロテアーゼインヒビターは、それらが異化を阻害し、組織の再生に関係することもあるので興味の対象である。例えば、肝臓再生に関連する血漿タンパク質をコードする遺伝子がクローン化され、再生関連セルピン−１（ＲＡＳＰ−１）と称される。Ｎｅｗ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ．， ２２３（２） ４０４−４１２ （１９９６）。セリンプロテアーゼインヒビターは興味の対照だが、特に興味深いのは、ＲＡＳＰ−１等の公知のセリンプロテアーゼインヒビターと配列同一性を持つものである。
ここに我々は、ここでＰＲＯ３５８ポリペプチドと命名する、ＲＡＳＰ−１に対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定についてここに記載する。
１２９．ＰＲＯ１１９５
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１１９５ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００７３】
１３０．ＰＲＯ１２７０
レクチンによる炭水化物の認識は、真核生物生理の様々な側面において重要な役割を担うことがわかった。多数の異なる動物及び植物レクチンファミリーが存在するが、最近最も注目を集めているのはカルシウム依存性、又はＣ型のレクチンである。例えば、セレクチンファミリーのカルシウム依存性レクチンによる、内皮細胞又は白血球上の炭水化物残基の認識は、白血球の炎症部位への輸送が極めて重要であることがわかった。Ｌａｓｋｙ， Ｌ．， Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， ６４， １１３−１３９ （１９９５）。これらの接着性相互作用の生物物理学的分析は、この場合に生じたレクチン−炭水化物結合が、脈管構造の高い剪断条件下での白血球と内皮との接着を可能にすることを示唆した。よって、そのようなレクチンによる迅速な炭水化物認識は、血流の高い剪断したで必要なリガンドの迅速な獲得を可能にする。この場合のＣ型レクチンの生理学的用途は、急性炎症の部位で起こる事が観察された白血球のローリング現象に必要な、これらの相互作用の比較的低い親和性によっても支持される。マンノース結合タンパク質（Ｗｅｉｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５４， １６０８−１６１５ ［１９９１］； Ｗｅｉｓ等， Ｎａｔｕｒｅ ３６０ １２７−１３４ ［１９９２］）及びＥ−セレクチン（Ｇｒａｖｅｓ等， Ｎａｔｕｒｅ ３６７（６４６３）， ５３２−５３８ ［１９９４］）の結晶構造は、種々の突然変異誘発分析（Ｅｒｂｅ等， Ｊ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ． １１９（１）， ２１５−２２７ ［１９９２］； Ｄｒｉｃｋａｍｅｒ， Ｎａｔｕｒｅ ３６０， １８３−１８６ ［１９９２］； Ｉｏｂｓｔ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， １６９（２２）， １５５０５−１５５１１ ［１９９４］； Ｋｏｇａｎ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． ｃｈｅｍ／ ２７０（２３）， １４０４７−１４０５５ ［１９９５］）と共に、Ｃ型レクチンが、一般的に、クラスター形成した炭水化物の迅速な認識に関連するという仮定に一致する。また、これらのデータは、Ｃ型レクチンが、炭水化物の迅速で比較的低親和性の認識を通して重要な生理学的現象を行うことを示唆した。
多くの生物学的プロセスにおけるレクチンタンパク質の明らかな重要性が与えられたので、新規なレクチンタンパク質又はレクチンタンパク質と配列相同性を持つタンパク質を作る努力が現在なされている。ここで我々は、ここにＰＲＯ１２７０ポリペプチドと命名する、レクチンタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００７４】
１３１．ＰＲＯ１２７１
新規な天然の膜結合タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な膜結合タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１２７１ポリペプチドと命名する、新規な膜貫通ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１３２．ＰＲＯ１３７５
タンパク質Ｌ１ＣＡＭ、Ｇ６ＰＤ及びＰ５５は、各々種々の知られた疾患状態に関連している。よって、ヒト疾患遺伝子Ｌ１ＣＡＭ、Ｇ６ＰＤ及びＰ５５のＦｕｇｕ ｒｕｂｒｉｐｅｓ相同体の遺伝子位置を分析した。この分析は、推定タンパク質２（ＰＵＴ２）、ＧＥＮＢＡＮＫ位置ＡＦ０２６１９８、登録ＡＦ０２６１９８の同定をもたらした（ＧＥＮＢＡＮＫ提出データ参照）。よって、ＰＵＴ２及びＰＵＴ２に配列同一性を持つタンパク質は興味深い。
【００７５】
１３３．ＰＲＯ１３８５
新規な天然の分泌タンパク質を同定し特徴づけるために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている。これらの努力の多くは、新規な分泌タンパク質についてのコード化配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリのスクリーニングに集中している。ここで我々は、ここにＰＲＯ１３８５ポリペプチドと命名する、新規な分泌ポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
１３４．ＰＲＯ１３８７
ミエリンの膜結合タンパク質は、それらが不正な髄鞘形成を伴う種々の神経系疾患に含まれ得るので興味の対象である。ミエリンは細胞性鞘であり、グリア細胞から形成され、軸索を取り囲み、種々の電気化学的特性を向上させニューロンの栄養的支持を提供する軸索プロセスである。ミエリンは、末梢神経系（ＰＮＳ）においてシュワン細胞から、中枢神経系（ＣＮＳ）においてオリゴ樹状細胞から形成される。中枢及び末梢ニューロンでの不正な髄鞘形成は多くの病理において発生し、神経系での不正なシグナル伝達を導く。様々な脱髄疾患の中で多発性硬化症が最も注記される。
両生類、は虫類、鳥類及び哺乳類のＣＮＳミエリンの優勢な不可欠の膜タンパク質は、プロテオリピドタンパク質（ＰＬＰ）及びＰ０、ＰＮＳミエリンにおける主要な糖タンパク質である（Ｓｃｈｌｉｅｅｓｓ及びＳｔｏｆｆｅｌ， Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． Ｈｏｐｐｅ Ｓｅｙｌｅｒ （１９９１） ３７２（９）： ８６５−８７４）。ミエリンの膜結合タンパク質の重要性に鑑みて、種々のミエリンタンパク質を同定するために産業上及び学術上の両方の努力が現在なされている（Ｓｔｒａｔｍａｎｎ及びＪｅｓｅｒｉｃｈ， Ｊ． Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ （１９９５） ６４（６）： ２４２７−２４３６参照）。
ここで我々は、ここにＰＲＯ１３８７ポリペプチドと命名する、ミエリンタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００７６】
１３５．ＰＲＯ１３８４
興味の対象となっているレセプタータンパク質の一つのクラスは、ナチュラルキラー細胞で発現されるＮＫＧ２ファミリーのＩＩ型膜貫通分子である。ＣＤ９４に共有結合している事が示されたこれらのタンパク質は、異なるＨＬＡ−アロタイプのナチュラルキラー細胞媒介認識に含まれ（Ｐｌｏｕｇａｓｔｅｌ，Ｂ．等， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． （１９９７） ２７（１１）： ２８３５−２８３９）、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩと相互作用して機能的活性を阻害又は活性化する（Ｈｏ， ＥＬ．等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． ａｃａｄ． Ｓｃｉ． （１９９８） ９５（１１）： ６３２０−６３２５）。従って、レセプタータンパク質のこのファミリーのメンバーを同定し特徴付けする事は興味深い（Ｈｏｕｃｈｉｎｓ ＪＰ，等， Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． （１９９１） １７３（４）： １０１７−１０２０）。
【００７７】
（発明の概要）
１． ＰＲＯ２８１
本出願において「ＰＲＯ２８１」と命名する新規なポリペプチドをコードする、精巣促進遺伝子転写物（ＴＥＧＴ）タンパク質をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ１６４２２−１２０９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）のアミノ酸残基約１又は約１５から約３４５の配列を有するＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１（配列番号：１）のヌクレオチド約８０又は約１２２から約１１１４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ１６４２２−１２０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ１６４２２−１２０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）のアミノ酸残基１又は約１５から約３４５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）のアミノ酸残基１又は約１５から約３４５の配列を有するＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、およびその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２（配列番号：２）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１４まで伸びると仮に同定されている。複数の膜貫通ドメインは、ＰＲＯ２８１アミノ酸配列（Ｆｉｇ２、配列番号：２）のアミノ酸位置約８３からアミノ酸位置約１０５、アミノ酸位置約１２６からアミノ酸位置約１４６、アミノ酸位置約１５８からアミノ酸位置約１７７、アミノ酸位置約１９７からアミノ酸位置約２１６、アミノ酸位置約２１８からアミノ酸位置約２３８、アミノ酸位置約２４５からアミノ酸位置約２６５、及びアミノ酸位置約２７１からアミノ酸位置約２９０まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）の残基１又は約１５から約３４５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ２８１ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１（配列番号：１）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ２８１ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ２８１ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２（配列番号：２）の残基１又は約１５から約３４５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２（配列番号：２）のアミノ酸残基１又は約１５から約３４５に含まれる配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ２８１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２（配列番号：２）の残基１又は約１５から約３４５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ２８１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２（配列番号：２）のアミノ酸残基１又は約１５から約３４５の配列、又はその抗−ＰＲＯ２８１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ２８１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ２８１断片は、天然ＰＲＯ２８１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２（配列番号：２）のアミノ酸残基約１又は約１５から約３４５の配列を有するＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ２８１ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ２８１抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ２８１ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ２８１ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２８１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００７８】
２． ＰＲＯ２７６
本出願において「ＰＲＯ２７６」と命名され、二つの膜貫通ドメインを有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ１６４３５−１２０８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ２７６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ４（配列番号：６）のアミノ酸残基約１から約２５１の配列を有するＰＲＯ２７６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３（配列番号：５）の残基約１８０から約９３２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ２７６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９３０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ１６４３５−１２０８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９３０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ１６４３５−１２０８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は（ａ）Ｆｉｇ４（配列番号：６）のアミノ酸残基約１から約２５１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ４（配列番号：６）のアミノ酸残基約１から約２５１の配列を有するＰＲＯ２７６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、ＰＲＯ２７６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を、その可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体として提供するか、又はそのようなコード核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインは、アミノ酸約９８−１１６及び１５２−１７２にある。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ４（配列番号：６）の残基１から約２５１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ２７６ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ２７６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ２７６ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ４（配列番号：６）の残基１から２５１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ４（配列番号：６）のアミノ酸残基１から約２５１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ２７６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ４（配列番号：６）の残基１から２５１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ２７６ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ４（配列番号：６）のアミノ酸残基１から約２５１の配列、又はその抗−ＰＲＯ２７６抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ２７６ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ２７６断片は、天然ＰＲＯ２７６ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ４（配列番号：６）のアミノ酸残基約１から約２５１の配列を有するＰＲＯ２７６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ２７６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ２７６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ２７６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ２７６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２７６ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００７９】
３． ＰＲＯ１８９
本出願において「ＰＲＯ１８９」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ２１６２４−１３９１）が同定された。ＰＲＯ１８９ポリペプチドはサイトゾルの脂肪酸結合ドメインを有している。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１８９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ６（配列番号：８）のアミノ酸残基約１ から約３６７の配列を有するＰＲＯ１８９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ５（配列番号：７）の残基約２００から約１３００の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１８９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９１７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ２１６２４−１３９１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２１６２４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ２１６２４−１３９１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は（ａ）Ｆｉｇ６（配列番号：８）のアミノ酸残基約１から約３６７の配列と又なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ６（配列番号：８）のアミノ酸残基約１から約３６７の配列を有するＰＲＯ１８９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ６（配列番号：８）の残基１から約３６７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離された核酸分子ＰＲＯ１８９ポリペプチドに関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１８９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１８９ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ６（配列番号：８）の残基１から３６７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ６（配列番号：８）のアミノ酸残基１から約３６７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１８９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ６（配列番号：８）の残基１から３６７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離された核酸分子ＰＲＯ１８９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ６（配列番号：８）のアミノ酸残基約１から約３６７の配列を有するＰＲＯ１８９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１８９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１８９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１８９ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１８９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１８９ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００８０】
４． ＰＲＯ１９０
本出願人は、７つの膜貫通ドメインを有し、ＣＭＰ−シアル酸及びＵＤＰ−ガラクトーストランスポーターと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１９０」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１９０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ９（配列番号：１４）のアミノ酸残基１から４２４を有するＰＲＯ１９０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１９０をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＤＮＡ２３３３４−１３９２としてＡＴＣＣに寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明はＰＲＯ１９０ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１９０ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ９（配列番号：１４）の１から４２４の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、膜貫通ドメインを除く単離されたＰＲＯ１９０ポリペプチドに係る。場合によっては、ＰＲＯ１９０ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＤＮＡ２３３３４−１３９２としてＡＴＣＣに寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：１５の核酸配列を含む発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００８１】
５． ＰＲＯ３４１
本出願において「ＰＲＯ３４１」と命名する新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ２６２８８−１２３９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ３４１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）のアミノ酸残基約１又は約１８から約４５８の配列を有するＰＲＯ３４１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１（配列番号：１９）のヌクレオチド約３８０又は約４３１から約１７５３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ３４１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９７９２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ２６２８８−１２３９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９７９２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ２６２８８−１２３９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
一態様では、（ａ）Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）のアミノ酸残基１または約１８から約４５８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）のアミノ酸残基１又は約１８から約４５８の配列を有するＰＲＯ３４１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１６５ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ３４１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１７まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ３４１アミノ酸配列（Ｆｉｇ１２、配列番号：２０）のアミノ酸位置約１７１からアミノ酸位置約１９０、アミノ酸位置約２２０からアミノ酸位置約２３９、アミノ酸位置約２５９からアミノ酸位置約２７５、アミノ酸位置約２８６からアミノ酸位置約３０５、アミノ酸位置約３１６からアミノ酸位置約３３５、アミノ酸位置約３５３からアミノ酸位置約３７８、及びアミノ酸位置約３９６からアミノ酸位置約４１７まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）の残基１又は約１８から約４５８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ３４１ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１１（配列番号：１９）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ３４１ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ３４１ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）の残基１又は約１８から約４５８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）のアミノ酸残基１又は約１８から約４５８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ３４１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）の残基１又は約１８から約４５８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ３４１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）のアミノ酸残基１又は約１８から約４５８の配列、又はその抗−ＰＲＯ３４１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ３４１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ３４１断片は、天然ＰＲＯ３４１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）のアミノ酸残基約１又は約１８から約４５８の配列を有するＰＲＯ３４１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
他の実施態様では、本発明は 配列番号：２１（Ｆｉｇ１３参照）の核酸配列を含んでなり、ここにＤＮＡ１２９２０と命名される、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００８２】
６． ＰＲＯ１８０
本出願において、複数の膜貫通ドメインを有し、「ＰＲＯ１８０」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ２６８４３−１３８９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）のアミノ酸残基約１から約２６６の配列を有するＰＲＯ１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４（配列番号：２２）のヌクレオチド約１２１から約９１８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１８０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ２６８４３−１３８９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ２６８４３−１３８９）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）のアミノ酸残基約１から約２６６の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）のアミノ酸残基約１から約２６６の配列を有するＰＲＯ１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、ＰＲＯ１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を、その可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体として提供するか、又はそのようなコード核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインはＦｉｇ１５に示す。ＰＲＯ１８０は配列番号：２３のアミノ酸約１３−３３のＩＩ型膜貫通ドメインを有していると考えられる。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）の残基１から約２６６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１８０ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１８０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１８０ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）の残基１から約２６６を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）のアミノ酸残基１から約２６６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１８０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）の残基１から約２６６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１８０ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）のアミノ酸残基１から約２６６の配列、又はその抗−ＰＲＯ１８０抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１８０ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１８０断片は、天然ＰＲＯ１８０ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）のアミノ酸残基約１から約２６６の配列を有するＰＲＯ１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１８０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１８０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１８０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１８０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１８０ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６（配列番号：２４）の核酸配列を含む発現配列タグ（ＥＳＴ）（ＤＮＡ１２９２２）を提供する。
【００８３】
７． ＰＲＯ１９４
本出願人は、新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１９４」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１９４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸はＦｉｇ１８（配列番号：２８）のアミノ酸残基１〜２６４を有するＰＲＯ１９４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ１８（配列番号：２８）のアミノ酸残基約１８〜２６４又はＦｉｇ１８（配列番号：２８）のアミノ酸１又は約１８〜Ｘを有するＰＲＯ１９４ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ１８（配列番号：２８）の９６〜１０５の任意のアミノ酸である、をコードする核酸を含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１９４をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２６として寄託されたＤＮＡ２６８４４−１３９４ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明はＰＲＯ１９４ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１９４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１８（配列番号：２８）の残基１〜２６４を含むアミノ酸配列を含んでいる。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ１８（配列番号：２８）のアミノ酸約１８〜２６４又はＦｉｇ１８（配列番号：２８）のアミノ酸１又は約１８〜Ｘを有するＰＲＯ１９４ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ１８（配列番号：２８）の９６〜１０５の任意のアミノ酸である、に関する。場合によっては、ＰＲＯ１９４ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２６として寄託されたＤＮＡ２６８４４−１３９４ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
【００８４】
８． ＰＲＯ２０３
本出願人は、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ２０３」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ２０３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸はＦｉｇ２０（配列番号：３０）のアミノ酸残基１から３４７を有するＰＲＯ２０３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ２０（配列番号：３０）のアミノ酸残基Ｘ〜３４７を有するＰＲＯ２０３ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ２０（配列番号：３０）の８３〜９２の任意のアミノ酸である、をコードする核酸を含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ２０３をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２０として寄託されたＤＮＡ３０８６２−１３９６ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ２０３ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ２０３ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２０（配列番号：３０）の残基１から３４７を含むアミノ酸配列を含んでいる。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ２０（配列番号：３０）のアミノ酸Ｘ〜３４７を有するＰＲＯ２０３ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ２０（配列番号：３０）の８３〜９２の任意のアミノ酸である、に関する。場合によっては、ＰＲＯ２０３ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２として寄託されたＤＮＡ３０８６２−１３９６ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１（配列番号：３１）の核酸配列を含み、ＤＮＡ１５６１８としてここに命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００８５】
９． ＰＲＯ２９０
本出願において「ＰＲＯ２９０」と命名するポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ３５６８０−１２１２）が同定された。ＰＲＯ２９０ポリペプチドはＮＴＩＩ−１、ＦＡＮ及びベージュと配列同一性を有する。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ２９０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）のアミノ酸残基約１又は約１から約１００３の配列を有するＰＲＯ２９０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２（配列番号：３２）の残基約２９３から約３３０１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ２９０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９７９０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ３５６８０−１２１２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９７９０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ３５６８０−１２１２）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）のアミノ酸残基約１から約１００３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）のアミノ酸残基約１から約１００３の配列を有するＰＲＯ２９０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）の残基１から約１００３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ２９０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ２９０ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）の残基１から１００３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）のアミノ酸残基１から約１００３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ２９０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）の残基１から１００３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ２９０ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）のアミノ酸残基約１から約１００３の配列を有するＰＲＯ２９０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ２９０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ２９０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ２９０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ２９０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２９０ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００８６】
１０． ＰＲＯ８７４
本出願人は、新規なマルチスパン膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し、このポリペプチドは本出願において「ＰＲＯ８７４」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８７４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ２５（配列番号：３６）のアミノ酸残基１から３２１を有するＰＲＯ８７４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ２５（配列番号：３６）のアミノ酸約Ｘから３２１を有するＰＲＯ８７４ポリペプチド、但しＸＦｉｇ２５（配列番号：３６）の約２７０から約２７９の任意のアミノ酸である、をコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ８７４をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２２として寄託されたＤＮＡ４０６２１−１４４０ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ８７４ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８７４ポリペプチドを提供し、それはある種の実施態様では、Ｆｉｇ２５（配列番号：３６）の残基１から３２１を含むアミノ酸配列を含んでいる。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ２５（配列番号：３６）のアミノ酸Ｘ〜３２１を有するるＰＲＯ８７４ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ２５（配列番号：３６）の２７０〜２７９の任意のアミノ酸である、に関する。場合によっては、ＰＲＯ８７４ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２２として寄託されたＤＮＡ４０６２１−１４４０ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
【００８７】
１１． ＰＲＯ７１０
本出願人は、ＣＤＣ４５タンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ７１０」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ７１０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ２７（配列番号：４１）のアミノ酸残基１から５６６を有するＰＲＯ７１０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ２７（配列番号：４１）のアミノ酸残基約３３〜５６６又はＦｉｇ２７（配列番号：４１）のアミノ酸１又は約３３〜Ｘを有するＰＲＯ７１０ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ２７（配列番号：４１）の４４９〜４５８の任意のアミノ酸である、をコードする核酸を含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ７１０をコードする核酸配列を含む１９９８年５月２７日にＡＴＣＣ２０９９０７として寄託されたＤＮＡ４４１６１−１４３４ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ７１０ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ７１０ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２７（配列番号：４１）の残基１から５６６を含むアミノ酸配列を含んでいる。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ２７（配列番号：４１）のアミノ酸約３３〜５６６又はＦｉｇ２７（配列番号：４１）のアミノ酸１又は約３３〜Ｘを有するＰＲＯ７１０ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ２７（配列番号：４１）の４４９〜４５８の任意のアミノ酸である、に係わる。
場合によっては、ＰＲＯ７１０ポリペプチドは、１９９８年５月２７日にＡＴＣＣ２０９９０７として寄託されたＤＮＡ４４１６１−１４３４ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８（配列番号：４２）のヌクレオチド配列を含み、ここでＤＮＡ３８１９０と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００８８】
１２． ＰＲＯ１１５１
本出願において「ＰＲＯ１１５１」と命名する新規なポリペプチドをコードする、Ｃ１ｑタンパク質をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４４６９４−１５００）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）のアミノ酸残基約１又は約２１から約２５９の配列を有するＰＲＯ１１５１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９（配列番号：４６）のヌクレオチド約２７２または約３３２から約１０４８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１５１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４４６９４−１５００）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４４６９４−１５００）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）のアミノ酸残基１又は約２１から約２５９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）のアミノ酸残基１又は約２１から約２５９の配列を有するＰＲＯ１１５１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１５１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）の残基１又は約２１から約２５９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１５１ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２９（配列番号：４６）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１５１ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５１ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）の残基１又は約２１から約２５９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）のアミノ酸残基１又は約２１から約２５９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）の残基１又は約２１から約２５９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）のアミノ酸残基１又は約２１から約２５９の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１５１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１５１断片は、天然ＰＲＯ１１５１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）のアミノ酸残基約１又は約２１から約２５９の配列を有するＰＲＯ１１５１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１５１ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１５１抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１５１ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１５１ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１５１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００８９】
１３． ＰＲＯ１２８２
ロイシンリッチ反復タンパク質と配列同一性を有し、本出願において「ＰＲＯ１２８２」と命名する新規なポリペプチドをコードする、ｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４５４９５−１５５０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２８２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）のアミノ酸残基約２４から約６７３の配列を有するＰＲＯ１２８２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３１（配列番号：５１）の残基約１８９から約２１３８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１２８２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４５４９５−１５５０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４５４９５−１５５０）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）のアミノ酸残基約２４から約６７３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）のアミノ酸残基約２４から約６７３の配列を有するＰＲＯ１２８２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２８２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２３まで伸びると仮に同定されている。ＰＲＯ１２８２アミノ酸配列（Ｆｉｇ３２、配列番号：５２）のアミノ酸位置約５７９からアミノ酸位置約５９９まで伸びる膜貫通ドメインが仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）の残基２４から約６７３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２８２ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１２８２ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２８２ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）の残基２４から６７３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）のアミノ酸残基２４から約６７３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）の残基２４から約６７３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８２ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）のアミノ酸残基２４から約６７３の配列、又はその抗−ＰＲＯ１２８２抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８２ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１２８２断片は、天然ＰＲＯ１２８２ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）のアミノ酸残基約２４から約６７３の配列を有するＰＲＯ１２８２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１２８２ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１２８２抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１２８２ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１２８２ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１２８２ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００９０】
１４． ＰＲＯ３５８
出願人は、本出願において「ＰＲＯ３５８」と命名する新規なヒトＴｏｌｌポリペプチドをコードする、新規なｃＤＮＡクローンを同定した。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３４（配列番号：５７）のアミノ酸２０から５７５を有するＰＲＯ３５８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。相補的なＤＮＡ分子は好ましくは、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそのようなコード化核酸配列に結合したままである。
さらなる実施態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ３４（配列番号：５７）のアミノ酸１から８１１の配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと、少なくとも約９０％の配列同一性、好ましくは９５％の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
特定の実施態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列を持っているか持っていない、また各全長配列の膜貫通領域を持っているか持っていない天然又は変異体ＰＲＯ３５８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ３４（配列番号：５７）のアミノ酸残基１〜８１１を有する成熟した全長天然ＰＲＯ３５８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、そのようなコード核酸配列に相補的である。他の態様では、本発明はＮ−末端シグナル配列を持っていない天然ＰＲＯ３５８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子に関し、あるいはそのようなコード化核酸配列に相補的である。さらに他の実施態様では、本発明は全長天然ＰＲＯ３５８タンパク質の膜貫通ドメインが欠失又は不活性化した形態をコードする核酸に関する。
他の実施態様では、本発明はＡＴＣＣ番号２０９４３１で１９９７年１１月７日に寄託されたクローン（ＤＮＡ４７３６１−１２４９）を含んでなる単離された核酸分子を提供する。
特定の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ３４（配列番号：５７）のアミノ酸２０から８１１の配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリヌクレオチド、又はそのようなポリヌクレオチドの補体を含んでなるベクターを提供する。特定の実施態様では、ベクターは、Ｎ−末端シグナル配列（アミノ酸約１から１９）を持っているか持っていない新規なＴｏｌｌ相同体（ＰＲＯ３５８）をコードするＤＮＡ、又はその膜貫通ドメイン（アミノ酸約５７６−５９５）欠失又は不活性化変異体、又は成熟タンパク質の細胞外ドメイン（アミノ酸約２０から５９５）、又はこれらの配列の任意のものを含むタンパク質を含む。そのようなベクターを含んでなる宿主細胞もまた提供される。
他の実施態様では、本発明は単離されたＰＲＯ３５８ポリペプチドを提供する。本発明は、さらに、単離された天然配列ＰＲＯ３５８ポリペプチド、又はその変異体を提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ３５８ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ３４（配列番号：５７）の残基２０から５７５、または２０から８１１、または１から８１１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ３５８ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ３５８抗体である。
またさらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ３５８ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニングアッセイに関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ３５８ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
本発明は、さらに、ＰＲＯ３５８ポリペプチドと特異的に結合する抗体を、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
本発明はまた有効量のＰＲＯ３５８ポリペプチドのアンタゴニストを患者に投与することを含んでなる敗血症性ショックを治療する方法に関する。特定の実施態様では、アンタゴニストは天然ＰＲＯ３５８ポリペプチドに特異的に結合する阻止抗体である。
【００９１】
１５． ＰＲＯ１３１０
カルボキシペプチダーゼＸ２と配列同一性を有し、本出願において「ＰＲＯ１３１０」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４７３９４−１５７２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３１０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）のアミノ酸残基約約２６から約７６５の配列を有するＰＲＯ１３１０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３５Ａ−Ｂ（配列番号：６１）の残基約４０１から約２５９３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１３１０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４７３９４−１５７２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４７３９４−１５７２）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）のアミノ酸残基約２６から約７６５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）のアミノ酸残基約２６から約７６５の配列を有するＰＲＯ１３１０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）の残基２６から約７６５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記の単離された核酸配列の任意のものによりコードされた、単離されたＰＲＯ１３１０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３１０ポリペプチドを提供し、それは、ある実施態様では、Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）の残基２６から７６５を含んでなるアミノ酸配列を含む。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）のアミノ酸残基２６から約７６５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３１０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）の残基２６から７６５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３１０ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）のアミノ酸残基２６から約７６５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１３１０抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３１０ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１３１０断片は、天然ＰＲＯ１３１０ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）のアミノ酸残基約約２６から約７６５の配列を有するＰＲＯ１３１０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３１０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３１０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３１０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１３１０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３１０ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００９２】
１６． ＰＲＯ６９８
本出願人は、オルファクトメジン（ｏｌｆｃａｔｏｍｅｄｉｎ）と相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ６９８」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ６９８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ３８（配列番号：６７）のアミノ酸残基１から５１０を有するＰＲＯ６９８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ３８（配列番号：６７）のアミノ酸残基２１から５１０を有するＰＲＯ６９８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ６９８をコードする核酸配列を含む１９９８年５月２７日にＡＴＣＣ２０９９０４として寄託されたＤＮＡ４８３２０−１４３３ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ６９８ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ６９８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ３８（配列番号：６７）の１から５１０の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ３８（配列番号：６７）のアミノ酸約１から５１０からなるＰＲＯ６９８ポリペプチドにむけられる。場合によっては、ＰＲＯ６９８ポリペプチドは、１９９８年５月２７日にＡＴＣＣ２０９９０４として寄託されたＤＮＡ４８３２０−１４３３ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：１５の核酸配列を含む発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００９３】
１７． ＰＲＯ７３２
本出願人は、ヒト胎盤タンパク質Ｄｉｆｆ３３と相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ７３２」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ７３２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ４１（配列番号：７３）のアミノ酸残基１から４５３を有するＰＲＯ７３２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ４１（配列番号：７３）のアミノ酸残基約２９〜４５３又はＦｉｇ４１（配列番号：７３）のアミノ酸１又は約２９〜Ｘを有するＰＲＯ７３２ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ４１（配列番号：７３）の３１〜４０の任意のアミノ酸である、をコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ７３２をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２４として寄託されたＤＮＡ４８３２０−１４３５ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ７３２ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ７３２ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ４１（配列番号：７３）の１から４５３の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ４１（配列番号：７３）のアミノ酸約２９〜４５３又はＦｉｇ４１（配列番号：７３）のアミノ酸１又は約２９〜Ｘを有するＰＲＯ７３２ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ４１（配列番号：７３）の３１〜４０の任意のアミノ酸である、に係わる。 場合によっては、ＰＲＯ７３２ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２４として寄託されたＤＮＡ４８３３４−１４３５ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ４２（配列番号：７４）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ２０２３９と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ４３（配列番号：７５）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ３８０５０と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ４４（配列番号：７６）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ４０６８３と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ４５（配列番号：７７）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ４２５８０と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００９４】
１８． ＰＲＯ１１２０
出願人は、スルファターゼと相同性を有し、本出願において「ＰＲＯ１１２０」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４８６０６−１４７９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１２０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）のアミノ酸残基約１８から約８６７の配列を有するＰＲＯ１１２０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ４６Ａ−Ｂ（配列番号：８３）の残基約６５９から約３２０８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１２０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４８６０６−１４７９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４８６０６−１４７９）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）のアミノ酸残基約１８から約８６７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）のアミノ酸残基約１８から約８６７の配列を有するＰＲＯ１１２０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１２０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１７まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）の残基１８から約８６７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１２０ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１２０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１２０ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）の残基１８から８６７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）のアミノ酸残基１８から約８６７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）の残基１８から８６７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２０ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）のアミノ酸残基１８から約８６７の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１２０抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２０ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１２０断片は、天然ＰＲＯ１１２０ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）のアミノ酸残基約１８から約８６７にの配列を有するＰＲＯ１１２０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１２０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１２０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１２０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１２０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１２０ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【００９５】
１９． ＰＲＯ５３７
本出願において「ＰＲＯ５３７」と命名する新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４９１４１−１４３１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ５３７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）のアミノ酸残基約１又は約３２から約１１５の配列を有するＰＲＯ５３７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ４８（配列番号：９４）のヌクレオチド約９７又は約１９０から約４４１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ５３７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９１４１−１４３１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９１４１−１４３１）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）のアミノ酸残基約１又は約３２から約１１５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）のアミノ酸残基１又は約１又は約３２から約１１５の配列を有するＰＲＯ５３７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ５３７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約３１まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）の残基１又は約３２から約１１５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ５３７ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ４８（配列番号：９４）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ５３７ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ５３７ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）の残基１又は約３２から約１１５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）のアミノ酸残基１又は約３２から約１１５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）の残基１又は約３２から約１１５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３７ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）のアミノ酸残基１又は約３２から約１１５の配列、又はその抗−ＰＲＯ５３７抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３７ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ５３７断片は、天然ＰＲＯ５３７ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）のアミノ酸残基約１又は約３２から約１１５にの配列を有するＰＲＯ５３７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【００９６】
２０． ＰＲＯ５３６
本出願において「ＰＲＯ５３６」と命名する新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４９１４２−１４３０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）のアミノ酸残基約１又は約２６から約３１３の配列を有するＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ５０（配列番号：９６）のヌクレオチド約４８又は約１２３から約９８６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９１４２−１４３０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９１４２−１４３０）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）のアミノ酸残基約１又は約２６から約３１３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）のアミノ酸残基１又は約１又は約２６から約３１３の配列を有するＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２５まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）の残基１又は約２６から約３１３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ５３６ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ５０（配列番号：９６）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ５３６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ５３６ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）の残基１又は約２６から約３１３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）のアミノ酸残基１又は約２６から約３１３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）の残基１又は約２６から約３１３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３６ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）のアミノ酸残基１又は約２６から約３１３の配列、又はその抗−ＰＲＯ５３６抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３６ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ５３６断片は、天然ＰＲＯ５３６ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）のアミノ酸残基約１又は約２６から約３１３にの配列を有するＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【００９７】
２１． ＰＲＯ５３５
本出願において「ＰＲＯ５３５」と命名する新規なポリペプチドをコードする、推定ペプチジル−プロリル異性化酵素をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４９１４３−１４２９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）のアミノ酸残基約１又は約２６から約２０１の配列を有するＰＲＯ５３５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ５２（配列番号：９８）のヌクレオチド約７８又は約１５３から約６８０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ５３５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９１４３−１４２９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９１４３−１４２９）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）のアミノ酸残基約１又は約２６から約２０１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）のアミノ酸残基１又は約２６から約２０１の配列を有するＰＲＯ５３５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ５３５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。ＰＲＯ５３５アミノ酸配列（Ｆｉｇ５３、配列番号：９９）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２５まで伸びるシグナルペプチドが仮に同定されている。 複数の膜貫通ドメインは、ＰＲＯ５３５アミノ酸配列（Ｆｉｇ５３、配列番号：９９）のアミノ酸位置約５５からアミノ酸位置約１５５まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）の残基１又は約２６から約２０１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ５３５ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ５２（配列番号：９８）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ５３５ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ５３５ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）の残基１又は約２６から約２０１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）のアミノ酸残基１又は約２６から約２０１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）の残基１又は約２６から約２０１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３５ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）のアミノ酸残基１又は約２６から約２０１の配列、又はその抗−ＰＲＯ５３５抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ５３５ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ５３７断片は、天然ＰＲＯ５３５ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）のアミノ酸残基約１又は約２６から約２０１にの配列を有するＰＲＯ５３５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ５３５ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ５３５抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ５３５ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ５３５ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ５３５ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ５４（配列番号：１００）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ３０８６１と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ５５（配列番号：１０１）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ３６３５１と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００９８】
２２． ＰＲＯ７１８
本出願人は、新規なテトラスパン膜（ｔｅｔｒａｓｐａｎ ｍｅｍｂｒａｎｅ）ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、このポリペプチドは本出願において「ＰＲＯ７１８」と命名される。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ７１８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸はＦｉｇ５７（配列番号：１０３）のアミノ酸残基１から１５７を有するＰＲＯ７１８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ５７（配列番号：１０３）のアミノ酸残基Ｘ〜１５７を有するＰＲＯ７１８ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ５７（配列番号：１０３）の１４３〜１５２の任意のアミノ酸である、をコードする核酸を含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ７１８をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９１９として寄託されたＤＮＡ４９６４７−１３９８ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ７１８ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ７１８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ５７（配列番号：１０３）の１から１５７の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ５７（配列番号：１０３）のアミノ酸Ｘ〜１５７を有する単離されたＰＲＯ７１８ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ５７（配列番号：１０３）の１４３〜１５２の任意のアミノ酸である、に係わる。 場合によっては、ＰＲＯ７１８ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９１９として寄託されたＤＮＡ４９６４７−１３９８ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ５８（配列番号：１０４）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ１５３８６と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ５９（配列番号：１０５）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ１６６３０と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ６０（配列番号：１０６）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ１６８２９と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ６１（配列番号：１０７）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ２８３５７と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ６２（配列番号：１０８）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ４３５１２と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【００９９】
２３． ＰＲＯ８７２
本出願人は、デヒドロゲナーゼと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡ、ＤＮＡ４９８１９−１４３９、を同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ８７２」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８７２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）のアミノ酸残基約１又は約１９から約６１０の配列を有するＰＲＯ８７２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ６３（配列番号：１１２）の残基約６８又は約１８３４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８７２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）１９９８年６月２日に寄託されたＡＴＣＣ寄託番号２０９９３１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９８１９−１４３９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９３１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９８１９−１４３９）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）のアミノ酸残基約１又は約１９から約６１０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、を含んでなる単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８７２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）をコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、（すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された）変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、ＰＲＯ８７２アミノ酸配列（Ｆｉｇ６４、配列番号：１１３）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１８まで伸びるものと仮に同定されている。第一の膜貫通ドメイン領域が、ＰＲＯ８７２アミノ酸配列（Ｆｉｇ６４、配列番号：１１３）のアミノ酸位置約７０からアミノ酸位置約８７まで伸びるものと仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）の残基１又は約１９から約６１０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８７２ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８７２ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８７２ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）の残基１又は約１９から６１０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）のアミノ酸残基１又は約１９から６１０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８７２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）の残基１又は約１９から６１０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８７２ポリペプチドに関する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）のアミノ酸残基１又は約１９〜Ｘ、但し、ＸはＦｉｇ６４（配列番号：１１３）の６６〜７５の任意のアミノ酸残基である、と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなるＰＲＯ８７２細胞外ドメインに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）のアミノ酸残基１又は約１９から約６１０の配列、又はその抗−ＰＲＯ８７２抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８７２ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８７２断片は、天然ＰＲＯ８７２ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ８７２ポリペプチド断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８７２ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８７２抗体である。
またさらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ８７２ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニングアッセイに関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ８７２ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１００】
２４． ＰＲＯ１０６３
本出願人は、ヒトＩＶ型コラゲナーゼと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、このポリペプチドは本出願において「ＰＲＯ１０６３」と命名される。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０６３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸はＦｉｇ６６（配列番号：１１５）のアミノ酸残基１から３０１を有するＰＲＯ１０６３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ６６（配列番号：１１５）のアミノ酸残基約２２〜３０１を有するＰＲＯ１０６３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１０６３をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９３２として寄託されたＤＮＡ４９８２０−１４２７ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ１０６３ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０６３ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ６６（配列番号：１１５）の１から３０１の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ６６（配列番号：１１５）のアミノ酸約２２〜３０１を有する単離されたＰＲＯ１０６３ポリペプチドに係わる。 場合によっては、ＰＲＯ１０６３ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９３２として寄託されたＤＮＡ４９８２０−１４２７ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
【０１０１】
２５． ＰＲＯ６１９
本出願において「ＰＲＯ６１９」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ４９８２１−１５６２）が同定された。ＰＲＯ６１９ポリペプチドはＶｐｒｅＢ遺伝子、特に ＶｐｒｅＢ３遺伝子と配列同一性を有する。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ６１９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）のアミノ酸残基約１又は２１から約１２３の配列を有するＰＲＯ６１９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ６７（配列番号：１１６）の残基約８１又は約１４１から約４４９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ６１９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９８２１−１５６２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ４９８２１−１５６２）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）のアミノ酸残基約１又は２１から約１２３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）のアミノ酸残基１又は約１又は２１から約１２３の配列を有するＰＲＯ６１９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ６１９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を可溶性形態で提供する。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）の残基１又は約２１から約１２３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ６１９ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ６１９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ６１９ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）の残基１又は２１から１２３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）のアミノ酸残基１又は２１から１２３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ６１９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）の残基１又は２１から１２３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ６１９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）のアミノ酸残基約１又は２１から約１２３にの配列を有するＰＲＯ６１９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ６１９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ６１９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ６１９ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ６１９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２８１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１０２】
２６． ＰＲＯ９４３
本出願において「ＰＲＯ９４３」と命名する新規なポリペプチドをコードする線維芽細胞成長因子 レセプター−４をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５２１９２−１３６９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ９４３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）のアミノ酸残基約１又は約１８から約５０４の配列を有するＰＲＯ９４３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ６９（配列番号：１１８）のヌクレオチド約１５０又は約２０１から約１６６１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ９４３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５２１９２−１３６９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５２１９２−１３６９）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）のアミノ酸残基１又は約１８から約５０４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）のアミノ酸残基１又は約１８から約５０４の配列を有するＰＲＯ９４３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０のヌクレオチドを有する、単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ９４３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１７まで伸びると仮に同定されている。アミノ酸位置約３７６からアミノ酸位置約３９６まで伸びる複数の膜貫通ドメインが仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）の残基１又は約１８から約５０４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ９４３ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ６９（配列番号：１１８）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ９４３ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ９４３ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）の残基１又は約１８から約５０４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）のアミノ酸残基１又は約１８から約５０４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ９４３ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）の残基１又は約１８から約５０４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ９４３ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）のアミノ酸残基１又は約１８から約５０４の配列、又はその抗−ＰＲＯ９４３抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ９４３ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ９４３断片は、天然ＰＲＯ９４３ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）のアミノ酸残基約１又は約１８から約５０４の配列を有するＰＲＯ９４３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ９４３ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ９４３抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ９４３ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ９４３ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ９４３ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１０３】
２７． ＰＲＯ１１８８
ヌクレオチドピロホスホヒドラーゼと相同性を持ち、本出願において「ＰＲＯ１１８８」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５２５９８−１５１８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）のアミノ酸残基約２２から約１１８４の配列を有するＰＲＯ１１８８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７１（配列番号：１２３）の残基約１９９から約３６８７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１８８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５２５９８−１５１８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５２５９８−１５１８）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）のアミノ酸残基約２２から約１１８４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）に含まれるアミノ酸残基約２２から約１１８４の配列を有するＰＲＯ１１８８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明はＰＲＯ１１８８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、それはＮ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っても持たなくてもよく、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２１まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）の残基２２から約１１８４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１８８ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８８ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）の残基２２から１１８４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）のアミノ酸残基２２から約１１８４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）の２２から１１８４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするアミノ酸配列を含む単離されたＰＲＯ１１８８ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）のアミノ酸残基約２２から約１１８４の配列を有するＰＲＯ１１８８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１８８ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１８８抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１８８ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１８８ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２８１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１０４】
２８． ＰＲＯ１１３３
ネトリン−１ａと相同性を持ち、本出願において「ＰＲＯ１１３３」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５３９１３−１４９０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）のアミノ酸残基約１９から約４３８の配列を有するＰＲＯ１１３３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７３（配列番号：１２８）の残基３２０から約１５７９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１３３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５３９１３−１４９０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５３９１３−１４９０）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）のアミノ酸残基約１９から約４３８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）に含まれるアミノ酸残基約１９から約４３８の配列を有するＰＲＯ１１３３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）の残基１９から約４３８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１３３ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１３３ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１３３ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）の残基１９から４３８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）のアミノ酸残基１９から約４３８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１１３３ポリペプチドに関する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）のアミノ酸残基１９から４３８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３３ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）のアミノ酸残基１９から約４３８の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３３抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３３ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３３断片は、天然ＰＲＯ１１３３ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）のアミノ酸残基約１９から約４３８の配列を有するＰＲＯ１１３３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３３ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１３３抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１３３ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１３３ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２８１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１０５】
２９． ＰＲＯ７８４
本出願において「ＰＲＯ７８４」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５３９７８−１４４３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ７８４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）のアミノ酸残基約１６から約２２８の配列を有するＰＲＯ７８４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７５（配列番号：１３４）の残基１８２から約８２０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ７８４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５３９７８−１４４３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５３９７８−１４４３）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）のアミノ酸残基約１６から約２２８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）に含まれるアミノ酸残基約１６から約２２８の配列を有するＰＲＯ７８４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは１００ヌクレオチドを有する、単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ７８４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１５まで伸びると仮に同定されている。ＰＲＯ７８４アミノ酸配列（Ｆｉｇ７６、配列番号：１３５）のアミノ酸位置約６８からアミノ酸位置約８７まで伸びる第一の膜貫通ドメインが仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）の残基１６から約２２８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ７８４ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ７８４ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ７８４ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）の残基１６から２２８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）のアミノ酸残基１６から約２２８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ７８４ポリペプチドに関する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）の残基１６から２２８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含む単離されたＰＲＯ７８４ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）のアミノ酸残基１６から約２２８の配列、又はその抗−ＰＲＯ７８４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ７８４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ７８４断片は、天然ＰＲＯ７８４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ７６（配列番号：１３５）のアミノ酸残基約１６から約２２８の配列を有するＰＲＯ７８４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ７８４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ７８４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ７８４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ７８４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２８１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１０６】
３０． ＰＲＯ７８３
本出願人は、新規なマルチスパン膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ７８３」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ７８３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸はＦｉｇ７９（配列番号：１３８）のアミノ酸残基１から４８９を有するＰＲＯ７８３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに結合したままである。他の態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ７９（配列番号：１３８）のアミノ酸１〜Ｘを有するＰＲＯ７８３ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ７９（配列番号：１３８）の１９〜２８の任意のアミノ酸である、をコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度、場合によっては高度な緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ７８３をコードする核酸配列を含む１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２１として寄託されたＤＮＡ５３９９６−１４４２ベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様は、本発明は単離されたＰＲＯ７８３ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ７８３ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ７９（配列番号：１３８）の１から４８９の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ７９（配列番号：１３８）のアミノ酸１〜約Ｘを有するＰＲＯ７８３ポリペプチド、但し、ＸはＦｉｇ７９（配列番号：１３８）の１９〜２８の任意のアミノ酸である、に係わる。場合によっては、ＰＲＯ７８３ポリペプチドは、１９９８年６月２日にＡＴＣＣ２０９９２１として寄託されたＤＮＡ５３９９６−１４４２ベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ８０（配列番号：１３９）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ４５２０１と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
他の実施態様では、本発明はＦｉｇ８１（配列番号：１４０）の核酸配列を含み、ここにＤＮＡ１４５７５と命名された、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【０１０７】
３１． ＰＲＯ８２０
本出願において「ＰＲＯ８２０」と命名する新規なポリペプチドをコードする免疫グロブリンγＦｃレセプターと配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６０４１−１４１６）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８２０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）のアミノ酸残基約１又は１６から約１２４の配列を有するＰＲＯ８２０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。アミノ酸又は核酸を指すためにここで使用されているところの「又は」という用語は、ここに提供する二つの別の実施態様、すなわち１−２４又は他の実施態様の１６−１２４を指すことを意味している。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８２（配列番号：１４５）の残基約１１５または１６０から約４８６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８２０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６０４１−１４１６）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６０４１−１４１６）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）のアミノ酸残基約１又は１６から約１２４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）に含まれるアミノ酸残基約１又は１６から約１２４の配列を有するＰＲＯ８２０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）の残基１又は１６から約１２４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８２０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８２０ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）の残基１又は１６から１２４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）のアミノ酸残基１又は１６から約１２４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ８２０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）の残基１又は１６から１２４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含む単離されたＰＲＯ８２０ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ８３（配列番号：１４６）のアミノ酸残基約１又は１６から約１２４の配列を有するＰＲＯ８２０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８２０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８２０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ８２０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ８２０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２８１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１０８】
３２． ＰＲＯ１０８０
本出願において「ＰＲＯ１０８０」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６０４７−１４５６）が同定された。ＰＲＯ１０８０ポリペプチドはＤｎａＪタンパク質と配列同一性を有する。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０８０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）のアミノ酸残基約１又は２３から約３５８の配列を有するＰＲＯ１０８０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。アミノ酸又は核酸を指すためにここで使用されているところの「又は」という用語は、ここに提供する二つの別の実施態様、すなわち１−３５８又は他の実施態様の２３−３５８を指すことを意味している。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８４（配列番号：１４７）の残基１５９または２２５から約１２３２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０８０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６０４７−１４５６）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６０４７−１４５６）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）のアミノ酸残基約１又は２３から約３５８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）に含まれるアミノ酸残基約１又は２３から約３５８の配列を有するＰＲＯ１０８０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造される単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明はＰＲＯ１０８０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、それはＮ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っても持たなくてもよい。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２２まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）の残基１又は１６から約３５８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０８０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０８０ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）の残基１又は２３から３５８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）のアミノ酸残基１又は２３から約３５８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１０８０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）の残基１又は２３から３５８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含む単離されたＰＲＯ１０８０ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ８５（配列番号：１４８）のアミノ酸残基約１又は２３から約３５８の配列を有するＰＲＯ１０８０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０８０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０８０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０８０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０８０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ２８１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ８６（配列番号：１４９）の核酸配列を含み、ＤＮＡ３６５２７としてここに命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【０１０９】
３３． ＰＲＯ１０７９
本出願において「ＰＲＯ１０７９」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６０５０−１４５５）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０７９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）のアミノ酸残基約３０から約２２６の配列を有するＰＲＯ１０７９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８７（配列番号：１５０）の残基２７０から約８６０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０７９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６０５０−１４５５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６０５０−１４５５）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）のアミノ酸残基約３０から約２２６の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）に含まれるアミノ酸残基約３０から約２２６の配列を有するＰＲＯ１０７９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは１００ヌクレオチドを有する、単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明はＰＲＯ１０７９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、それはＮ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っても持たなくてもよい。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２９まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）の残基３０から約２２６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０７９ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０７９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０７９ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）の残基３０から２２６を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）のアミノ酸残基３０から約２２６の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１０７９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）の残基３０から２２６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含む単離されたＰＲＯ１０７９ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）のアミノ酸残基３０から約２２６の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０７９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０７９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０７９断片は、天然ＰＲＯ１０７９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ８８（配列番号：１５１）のアミノ酸残基約３０から約２２６の配列を有するＰＲＯ１０７９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１１０】
３４． ＰＲＯ７９３
本出願において「ＰＲＯ７９３」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６１１０−１４３７）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）のアミノ酸残基約１から約１３８の配列を有するＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ８９（配列番号：１５２）の残基２ヌクレオチド７７から約４９０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６１１０−１４３７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６１１０−１４３７）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）のアミノ酸残基約１から約１３８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）に含まれるアミノ酸残基約１から約１３８の配列を有するＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する、単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。ＰＲＯ７９３アミノ酸配列（Ｆｉｇ９０、配列番号：１５３）のアミノ酸位置約１２からアミノ酸位置約３０、アミノ酸位置約３３からアミノ酸位置約５２、アミノ酸位置約６９からアミノ酸位置約８９、及びアミノ酸位置約９３からアミノ酸位置約１０９まで伸びる膜貫通ドメインが仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）の残基１から約１３８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ７９３ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ８９（配列番号：１５２）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ７９３ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ７９３ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）の残基１から１３８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）のアミノ酸残基１から約１３８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ７９３ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）の残基１から１３８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含む単離されたＰＲＯ７９３ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）のアミノ酸残基１から約１３８の配列、又はその抗−ＰＲＯ７９３抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ７９３ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ７９３断片は、天然ＰＲＯ７９３ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）のアミノ酸残基約１から約１３８の配列を有するＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
他の実施態様では、本発明は Ｆｉｇ９１（配列番号：１５４）の核酸配列を含んでなり、ここにＤＮＡ５０１７７と命名される、発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【０１１１】
３５． ＰＲＯ１０１６
本出願において「ＰＲＯ１０１６」と命名する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６１１３−１３７８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）のアミノ酸残基約１または１９から約３７８の配列を有するＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。アミノ酸又は核酸を指すためにここで使用されているところの「又は」という用語は、ここに提供する二つの別の実施態様、すなわち１−３７８又は他の実施態様の１９−３７８を指すことを意味している。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ９２（配列番号：１５５）の残基約１６８または２２２から約１３０１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６１１３−１３７８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６１１３−１３７８）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）のアミノ酸残基約１または１９から約３７８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）に含まれるアミノ酸残基約１または１９から約３７８の配列を有するＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１８まで伸びると仮に同定されている。ＰＲＯ１０１６アミノ酸配列（Ｆｉｇ９３、配列番号：１５６）のアミノ酸位置約３３２からアミノ酸位置約３５２まで伸びる膜貫通ドメインが仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）の残基１または１９から約３７８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０１６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０１６ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）の残基１または１９から３７８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）のアミノ酸残基１または１９から約３７８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１０１６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）の残基１または１９から３７８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含む単離されたＰＲＯ１０１６ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ９３（配列番号：１５６）のアミノ酸残基約１または１９から約３７８の配列を有するＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０１６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０１６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０１６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０１６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１８９ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１１２】
３６． ＰＲＯ１０１３
本出願人は、Ｐ１２０と配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、本出願においてこのポリペプチドを「ＰＲＯ１０１３」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０１３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ９５（配列番号：１５８）のアミノ酸残基１から４０９を有するＰＲＯ１０１３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度の、場合によっては高度に緊縮性の条件下で安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１０１３をコードするヌクレオチド配列を含むＡＴＣＣ５６４１０−１４１４として１９９８年６月２日に寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
他の実施様態では、本発明は単離されたＰＲＯ１０１３ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０１３ポリペプチドを提供し、一実施様態では、Ｆｉｇ９５（配列番号：１５８）の残基１から４０９を含むアミノ酸配列を含む。場合によっては、ＰＲＯ１０１３ポリペプチドはＤＮＡ５６４１０−１４１４としてＡＴＣＣに１９９８年６月２日に寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入断片によってコードされるポリペプチドの発現によって得られ、又は得られうる。
【０１１３】
３７． ＰＲＯ９３７
本出願人は、グリピカンファミリータンパク質に相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、本出願においてこのポリペプチドを「ＰＲＯ９３７」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ９３７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ９７（配列番号：１６０）のアミノ酸残基１から５５６を有するＰＲＯ９３７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度の、場合によっては高度に緊縮性の条件下で安定して結合したままである。他の態様では、単離された核酸はＦｉｇ９７（配列番号：１６０）のアミノ酸残約２３から５５６を有するＰＲＯ９３７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下で安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ９３７をコードするヌクレオチド配列を含むＡＴＣＣ２０９９０２して１９９８年５月２７日に寄託されたＤＮＡ５６４３６−１４４８ベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
他の実施様態では、本発明は単離されたＰＲＯ９３７ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ９３７ポリペプチドを提供し、一実施様態では、Ｆｉｇ９７（配列番号：１６０）の残基１から５５６を含むアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施様態はＦｉｇ９７（配列番号：１６０）のアミノ酸約２３から５５６を含んでなるＰＲＯ９３７ポリペプチドに関する。場合によっては、ＰＲＯ９３７ポリペプチドはＡＴＣＣ２０９９０２として１９９８年５月２７日に寄託されたＤＮＡ５６４３６−１４４８ベクターのｃＤＮＡ挿入断片によってコードされるポリペプチドの発現によって得られ、又は得られうる。
【０１１４】
３８． ＰＲＯ８４２
本出願で「ＰＲＯ８４２」と命名された新規な分泌ポリペプチドをコード化するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６８５５−１４４７）が同定された。
一実施様態では、本発明はＰＲＯ８４２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供する。
一様態では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）のアミノ酸残基約２３から約１１９の配列を有するＰＲＯ８４２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ９８（配列番号：１６４）の残基約２１９から約５０９の核酸の補体に対してハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８４２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８５５−１４４７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８５５−１４４７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）のアミノ酸残基約２３から約１１９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）のアミノ酸残基約２３から約１１９の配列を有するＰＲＯ８４２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造される、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８４２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、およびその可溶性、すなわち欠失又は不活性化された膜貫通ドメイン変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２２まで伸びると仮に同定されている。
他の様態では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）の残基２３から約１１９のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８４２ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記で定義された単離された核酸配列の任意のものにコードされる単離されたＰＲＯ８４２ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８４２ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）の残基２３から１１９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）のアミノ酸残基２３から約１１９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８４２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）の残基２３から１１９のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８４２ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）のアミノ酸残基２３から約１１９の配列、又はその抗−ＰＲＯ８４２抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８４２ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８４２断片は、天然ＰＲＯ８４２ポリペプチドの定性的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ９９（配列番号：１６５）のアミノ酸残基約２３から約１１９の配列を有するＰＲＯ８４２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１１５】
３９． ＰＲＯ８３９
本出願で「ＰＲＯ８３９」と命名された新規なポリペプチドをコード化するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６８５９−１４４５）が同定された。
一実施様態では、本発明はＰＲＯ８３９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）のアミノ酸残基約２４から約８７の配列を有するＰＲＯ８３９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１００（配列番号：１６６）残基約７１から約２６２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８３９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８５９−１４４５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８５９−１４４５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）のアミノ酸残基約２４から約８７の配列に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）のアミノ酸残基約２４から約８７の配列を有するＰＲＯ８３９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合には、試験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８３９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、およびその可溶性、すなわち欠失又は不活性化された膜貫通ドメイン変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）の配列のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２３まで伸びると仮に同定されている。
他の様態では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）の残基２４から約８７のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８３９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記で定義した任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８３９ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８３９ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）の残基２４から８７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）のアミノ酸残基２４から約８７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）の残基２４から８７のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）のアミノ酸残基２４から約８７の配列、又は抗−ＰＲＯ８３９抗体に結合するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８３９断片は、天然ＰＲＯ８３９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）試験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）のアミノ酸残基約２４から約８７の配列を有するＰＲＯ８３９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１１６】
４０． ＰＲＯ１１８０
本出願人は、本出願において「ＰＲＯ１１８０」と命名された、新規なポリペプチドをコードする、メチルトランスフェラーゼ酵素をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６８６０−１５１０）を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）のアミノ酸残基約１又は約２４から約２７７の配列を有するＰＲＯ１１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０２（配列番号：１６８）のヌクレオチド７８又は約１４７から約９０８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１８０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６０−１５１０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９５２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６０−１５１０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）のアミノ酸残基１又は約２４から約２７７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１８０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２３まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）の残基１又は約２４から約２７７に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１８０ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１８０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８０ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）の残基１又は約２４から約２７７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）のアミノ酸残基１又は約２４から約２７７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）の残基１又は約２４から約２７７のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８０ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）のアミノ酸残基１又は約２４から約２７７の配列、又は抗−ＰＲＯ１１８０抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８０ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１８０断片は、天然ＰＲＯ１１８０ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１１８０ポリペプチドの断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１８０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１８０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１８０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１８０ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１１７】
４１． ＰＲＯ１１３４
本出願において「ＰＲＯ１１３４」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６８６５−１４９１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）のアミノ酸残基約１又は約２４から約３７１の配列を有するＰＲＯ１１３４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０４（配列番号：１７０）のヌクレオチド約１５３又は約２２２から約１２６５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１３４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６５−１４９１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０２２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６５−１４９１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）のアミノ酸残基１又は約２４から約３７１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）のアミノ酸残基１又は約２４から約３７１の配列を有するＰＲＯ１１３４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１３４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２３まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）の残基１又は約２４から約３７１に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１３４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１０４（配列番号：１７０）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１３４ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１３４ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）の残基１又は約２４から約３７１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）のアミノ酸残基１又は約２４から３７１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）の残基１又は約２４から約３７１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３４ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）のアミノ酸残基１又は約２４から約３７１の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３４断片は、天然ＰＲＯ１１３４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）のアミノ酸残基約１又は約２４から約３７１の配列を有するＰＲＯ１１３４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：１７２のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ５２３５３と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ１０６を参照）。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：１７３のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ５５７２５と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ１０７を参照）。
【０１１８】
４２． ＰＲＯ８３０
本出願において「ＰＲＯ８３０」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６８６６−１３４２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８３０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）のアミノ酸残基約１又は約３４から約８７の配列を有するＰＲＯ８３０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０８（配列番号：１７４）のヌクレオチド約１５４又は約２５３から約４１４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８３０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６６−１３４２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０２３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６６−１３４２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）のアミノ酸残基１又は約３４から約８７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）のアミノ酸残基１又は約３４から約８７の配列を有するＰＲＯ８３０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８３０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約３３まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）の残基１又は約３４から約８７に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８３０ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１０８（配列番号：１７４）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８３０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８３０ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）の残基１又は約３４から約８７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）のアミノ酸残基１又は約３４から８７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）の残基１又は約３４から約８７のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３０ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）のアミノ酸残基１又は約３４から約８７の配列、又はその抗−ＰＲＯ８３０抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３０ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８３０断片は、天然ＰＲＯ８３０ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）のアミノ酸残基約１又は約３４から約８７の配列を有するＰＲＯ８３０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１１９】
４３． ＰＲＯ１１１５
本出願において「ＰＲＯ１１１５」と命名された、新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６８６８−１４７８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１１５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）のアミノ酸残基約２１から約４４５の配列を有するＰＲＯ１１１５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１０（配列番号：１７６）の残基約２４９から約１５２３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１１５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６８−１４７８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０２４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６８−１４７８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）のアミノ酸残基約２１から約４４５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）のアミノ酸残基約２１から約４４５の配列を有するＰＲＯ１１１５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っておらず、一又は複数のその膜貫通ドメインが欠失あるいは不活化されている、ＰＲＯ１１１５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置２０まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１５アミノ酸配列のアミノ酸位置約３５−５４、７５−９７、１２６−１４６、１８５−２０４、３３３−３５０及び３５２−３７１から伸びると仮に同定されている（Ｆｉｇ１１１，配列番号：１７７）。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）の残基約２１から約４４５に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１１５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１１５ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１１５ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）の残基約２１から約４４５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）のアミノ酸残基２１から約４４５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）の残基約２１から約４４５のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１５ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）のアミノ酸残基２１から約４４５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１１５抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１５ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１１５断片は、天然ＰＲＯ１１１５ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）のアミノ酸残基約２１から約４４５の配列を有するＰＲＯ１１１５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１２０】
４４． ＰＲＯ１２７７
本出願において「ＰＲＯ１２７７」と命名された、Ｃｏｃｈ−５Ｂ２と相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６８６９−１５４５）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２７７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）のアミノ酸残基約２７から約６７８の配列を有するＰＲＯ１２７７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１２（配列番号：１７８）の残基約２６６から約２２２１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１２７７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６９−１５４５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１６１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５６８６９−１５４５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）のアミノ酸残基約２７から約６７８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）のアミノ酸残基約２７から約６７８の配列を有するＰＲＯ１２７７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２７７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２６まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１２７７アミノ酸配列のアミノ酸位置約１８１からアミノ酸位置約２００（Ｆｉｇ１１３、配列番号：１７９）まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）の残基２７から約６７８に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２７７ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１２７７ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２７７ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）の残基２７から６７８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）のアミノ酸残基２７から約６７８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２７７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）の残基２７から６７８のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２７７ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）のアミノ酸残基２７から約６７８の配列、又はその抗−ＰＲＯ１２７７抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２７７ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１２７７断片は、天然ＰＲＯ１２７７ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）のアミノ酸残基約２７から約６７８の配列を有するＰＲＯ１２７７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１２７７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１２７７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１２７７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１２７７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１２７７ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１２１】
４５． ＰＲＯ１１３５
本出願人は、α１，２−マンノシダーゼと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１１３５」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ１１５（配列番号：１８１）のアミノ酸残基１から５４１を有するＰＲＯ１１３５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度で、場合によっては高い緊縮性条件下で安定して結合したままである。他の態様では、単離された核酸はＦｉｇ１１５（配列番号：１８１）のアミノ酸残約２２から５４１を有するＰＲＯ１１３５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度で、場合によっては高い緊縮性条件下で安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１１３５をコードするヌクレオチド配列を含むＡＴＣＣ２０９９２５として１９９８年６月２日に寄託されたＤＮＡ５６８７０−１４９２ベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
さらなる実施様態では、本発明は単離されたＰＲＯ１１３５ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然の配列ＰＲＯ１１３５ポリペプチドを提供し、一実施様態では、Ｆｉｇ１１５（配列番号：１８１）の残基１から５４１を有するアミノ酸配列を含む。本発明の別の実施様態では、Ｆｉｇ１１５（配列番号：１８１）のアミノ酸約２２から５４１を有するＰＲＯ１１３５ポリペプチドに関する。任意的には、ＰＲＯ１１３５ポリペプチドはＡＴＣＣ２０９９２５として１９９８年６月２日に寄託されたＤＮＡ５６８７０−１４９２ベクターのｃＤＮＡ挿入断片によってコードされるポリペプチドの発現によって得られ、又は得られうる。
【０１２２】
４６． ＰＲＯ１１１４
本出願において「ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプター」と命名された、新規なインターフェロンレセプターポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７０３３−１４０３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）のアミノ酸残基約１又は約３０から約３１１の配列を有するＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１６（配列番号：１８２）のヌクレオチド約２５０又は約３３７から約１１８２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９０５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７０３３−１４０３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９０５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７０３３−１４０３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）のアミノ酸残基１又は約３０から約３１１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）のアミノ酸残基１又は約３０から約３１１の配列を有するＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２９まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターアミノ酸配列のアミノ酸位置約２３０からアミノ酸位置約２５５（Ｆｉｇ１１７、配列番号：１８３）まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）の残基１又は約３０から約３１１に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１１６（配列番号：１８２）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）の残基１又は約３０から約３１１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）のアミノ酸残基１又は約３０から３１１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）の残基１又は約３０から約３１１のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）のアミノ酸残基１又は約３０から約３１１の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプター抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプター断片は、天然ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）のアミノ酸残基約１又は約３０から約３１１の配列を有するＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプター抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：１８４のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ４８４６６と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ１１８を参照）。
【０１２３】
４７． ＰＲＯ８２８
本出願人は、本出願において「ＰＲＯ８２８」と命名された、グルタチオンペルオキシダーゼと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８２８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ１２０（配列番号：１８９）のアミノ酸残基１から１８７を有するＰＲＯ８２８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度で、場合によっては高い緊縮性条件下で安定して結合したままである。他の態様では、単離された核酸はＦｉｇ１２０（配列番号：１８９）のアミノ酸残約２２から１８７を有するＰＲＯ８２８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度で、場合によっては高い緊縮性条件下で安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ８２８をコードするヌクレオチド配列を含むＡＴＣＣ２０９９０３として１９９８年５月２７日に寄託されたＤＮＡ５７０３７−１４４４ベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
さらなる実施様態では、本発明は単離されたＰＲＯ８２８ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然の配列ＰＲＯ８２８ポリペプチドを提供し、一実施様態では、Ｆｉｇ１２０（配列番号：１８９）の残基１から１８７を有するアミノ酸配列を含む。本発明の別の実施様態では、Ｆｉｇ１２０（配列番号：１８９）のアミノ酸約２２から１８７を有するＰＲＯ８２８ポリペプチドに関する。任意的には、ＰＲＯ８２８ポリペプチドはＡＴＣＣ２０９９０３として１９９８年５月２７日に寄託されたＤＮＡ５７０３７−１４４４ベクターのｃＤＮＡ挿入断片によってコードされるポリペプチドの発現によって得られ、又は得られうる。
【０１２４】
４８． ＰＲＯ１００９
本出願において「ＰＲＯ１００９」と命名された、新規なポリペプチドをコードする長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素相同体、長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素及び長鎖アシル−ＣｏＡ合成酵素リガーゼと配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７１２９−１４１３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１００９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）のアミノ酸残基約１又は約２３から約６１５の配列を有するＰＲＯ１００９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。アミノ酸又は核酸を指すためにここで使われる「又は」という語句は、ここで提供される２つの別の二者択一の実施態様を意味し、すなわち１−６１５または２３−６１５を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２１（配列番号：１９３）の残基約４１又は約１０７から約１８８５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１００９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７１２９−１４１３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９７７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７１２９−１４１３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）のアミノ酸残基約１又は約２３から約６１５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）のアミノ酸残基１又は約２３から約６１５の配列を有するＰＲＯ１００９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１００９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２２まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１００９アミノ酸配列のアミノ酸位置約１４０−１６１、２１３−２２９及び３１２−３３４（Ｆｉｇ１２２、配列番号：１９４）から伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）の残基１又は２３から約６１５に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１００９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１００９ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）の残基１又は約２３から約６１５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）のアミノ酸残基１又は２３から６１５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）の残基１又は２３から約６１５のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００９ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）のアミノ酸残基１又は２３から約６１５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１００９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１００９断片は、天然ＰＲＯ１００９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２２（配列番号：１９４）のアミノ酸残基約１又は約２３から約６１５の配列を有するＰＲＯ１００９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１００９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１００９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１００９ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１００９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１００９ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２３（配列番号：１９５）のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ５０８５３と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【０１２５】
４９． ＰＲＯ１００７
本出願人は、ＭＡＧＰＩＡＰと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１００７」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１００７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ１２５（配列番号：１９７）のアミノ酸残基１から３４６を有するＰＲＯ１００７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなり、又はそのコード化核酸配列に相補的であり、そして少なくとも中程度で、場合によっては高い緊縮性条件下で安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１００７をコードするヌクレオチド配列を含むＤＮＡ５７６９０−１３７４としてＡＴＣＣに１９９８年６月９日に寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
他の実施様態では、本発明は単離されたＰＲＯ１００７ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然の配列ＰＲＯ１００７ポリペプチドを提供し、一実施様態では、Ｆｉｇ１２５（配列番号：１９７）の残基１から３４６を有するアミノ酸配列を含む。本発明の別の実施様態では、ＰＲＯ１００７ポリペプチドの単離された細胞外ドメインに関する。任意的には、ＰＲＯ１００７ポリペプチドはＤＮＡ５７６９０−１３７４としてＡＴＣＣに１９９８年６月９日に寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入断片よってコードされるポリペプチドの発現によって得られ、又は得られうる。
【０１２６】
５０． ＰＲＯ１０５６
本出願において「ＰＲＯ１０５６」と命名された、新規なポリペプチドをコードする塩素イオンチャンネルタンパク質をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７６９３−１４２４）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０５６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）のアミノ酸残基約１又は約１９から約１２０の配列を有するＰＲＯ１０５６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２６（配列番号：１９８）のヌクレオチド約５６又は約１１０から約４１５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０５６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９３−１４２４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３００８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９３−１４２４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）のアミノ酸残基１又は約１９から約１２０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）のアミノ酸残基１又は約１９から約１２０の配列を有するＰＲＯ１０５６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０５６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１８まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１０５６アミノ酸配列のアミノ酸位置約３９からアミノ酸位置約５８（Ｆｉｇ１２７、配列番号：１９９）まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）の残基１又は約１９から約１２０に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０５６ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１２６（配列番号：１９８）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０５６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０５６ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）の残基１又は約１９から約１２０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）のアミノ酸残基１又は約１９から約１２０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０５６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）の残基１又は約１９から約１２０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０５６ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）のアミノ酸残基１又は約１９から約１２０の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０５６抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０５６ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０５６断片は、天然ＰＲＯ１０５６ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）のアミノ酸残基約１又は約１９から約１２０の配列を有するＰＲＯ１０５６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０５６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０５６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０５６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０５６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１０５６ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１２７】
５１． ＰＲＯ８２６
本出願において「ＰＲＯ８２６」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７６９４−１３４１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８２６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）のアミノ酸残基約１又は約２３から約９９の配列を有するＰＲＯ８２６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２８（配列番号：２００）のヌクレオチド約１３又は約７９から約３０９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８２６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９４−１３４１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０１７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９４−１３４１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）のアミノ酸残基１又は約２３から約９９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）のアミノ酸残基１又は約２３から約９９の配列を有するＰＲＯ８２６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８２６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２２まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）の残基１又は約２３から約９９に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８２６ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１２８（配列番号：２００）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８２６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８２６ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）の残基１又は約２３から約９９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）のアミノ酸残基１又は約２３から約９９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８２６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）の残基１又は約２３から約９９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８２６ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）のアミノ酸残基１又は約２３から約９９の配列、又はその抗−ＰＲＯ８２６抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８２６ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８２６断片は、天然ＰＲＯ８２６ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）のアミノ酸残基約１又は約２３から約９９の配列を有するＰＲＯ８２６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１２８】
５２． ＰＲＯ８１９
出願人は、本出願において「ＰＲＯ８１９」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７６９５−１３４０）を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８１９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）のアミノ酸残基約１又は約２５から約５２の配列を有するＰＲＯ８１９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３０（配列番号：２０２）のヌクレオチド約４６又は約１１８から約２０１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８１９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９５−１３４０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３００６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９５−１３４０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）のアミノ酸残基１又は約２５から約５２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）のアミノ酸残基１又は約２５から約５２の配列を有するＰＲＯ８１９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８１９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２４まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）の残基１又は約２５から約５２に含まれるアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ，又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８１９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１３０（配列番号：２０２）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８１９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８１９ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）の残基１又は約２５から約５２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）のアミノ酸残基１又は約２５から約５２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）の残基１又は約２５から約５２のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１９ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）のアミノ酸残基１又は約２５から約５２の配列、又は抗−ＰＲＯ８１９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８１９断片は、天然ＰＲＯ８１９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）のアミノ酸残基約１又は約２５から約５２の配列を有するＰＲＯ８１９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１２９】
５３． ＰＲＯ１００６
本出願において「ＰＲＯ１００６」と命名された、新規なポリペプチドをコードするチロシンタンパク質キナーゼであると信じられるヴィルッド（ｖｉｒｕｄ）タンパク質と配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７６９９−１４１２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１００６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）のアミノ酸残基約１又は約２４から約３９２の配列を有するＰＲＯ１００６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使われる「又は」という語句は、アミノ酸又は核酸を意味し、例えば、１−３９２、又は他の実施様態では２４−３９２のように、ここで提供される２つの別の代替できる実施態様を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３２（配列番号：２０４）の残基約２８又は約９７から約１２０３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１００６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９９−１４１２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０２０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７６９９−１４１２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）のアミノ酸残基約１又は約２４から約３９２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）のアミノ酸残基約１又は約２４から約３９２の配列を有するＰＲＯ１００６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）の残基１又は約２４から約３９２に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１００６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１００６ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）の残基１又は約２４から約３９２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）のアミノ酸残基１又は約２４から約３９２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）の残基１又は約２４から約３９２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００６ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１３３（配列番号：２０５）のアミノ酸残基約１又は約２４から約３９２の配列を有するＰＲＯ１００６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１００６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１００６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１００６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１００６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１００６ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１３０】
５４． ＰＲＯ１１１２
本出願人は、多重膜貫通ドメインを有し、「ＭＴＹ２０Ｂ１１＿１３」と命名されたＤａｙｈｏｆｆデータベースに見出されたペプチドである結核菌ペプチドとある程度の配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、該新規ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１１１２」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１１２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）のアミノ酸残基１又は約１４から約２６２の配列を有するＰＲＯ１１１２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３４（配列番号：２０６）の残基約２０又は約５９から約８０９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１１２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）１９９８年６月９日にＤＮＡ５７７０２−１４７６でＡＴＣＣ寄託されたヒトタンパク質ｃＤＮＡにコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸は１９９８年６月９日にＤＮＡ５７７０２−１４７６でＡＴＣＣ寄託されたヒトタンパク質ｃＤＮＡにコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）のアミノ酸残基１又は約１４から約２６２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１１２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１３まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）のアミノ酸位置約５８−７６，９９−１１３，１４１−１５９及び２０３−２２２から伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）の残基１又は約１４から約２６２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１１２ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約６０から約１００ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１１２ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１１２ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）の残基１又は約１４から約２６２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）のアミノ酸残基１又は約１４から約２６２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）の残基１又は約１４から約２６２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１２ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３５（配列番号：２０７）のアミノ酸残基１又は約１４から約２６２の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１１２抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１２ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１１２断片は、天然ＰＲＯ１１１２ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１１１２の断片に関する。
【０１３１】
５５． ＰＲＯ１０７４
本出願人は、ガラクトシルトランスフェラーゼと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン、ＤＮＡ５７７０４−１４５２を同定し、該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１０７４」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０７４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）のアミノ酸残基１から約３３１の配列を有するＰＲＯ１０７４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３６（配列番号：２０８）の残基約３２２から約１３１４を有するの核酸配列の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０７４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７０４−１４５２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９５３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７０４−１４５２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）のアミノ酸残基１から約３３１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０７４細胞外ドメイン（ＥＣＤ）をコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性変異体（すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化したもの）を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。ＰＲＯ１０７４アミノ酸配列（Ｆｉｇ１３７、配列番号：２０９）において、ＩＩ型膜貫通ドメイン領域は、アミノ酸位置約２０から約３９まで伸びるものとして試験的に同定している。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）の残基１から約３３１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０７４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０７４ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０７４ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）の残基１から約３３１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）のアミノ酸残基１から３３１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０７４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）の残基１から約３３１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０７４ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２（配列番号：３）のアミノ酸残基Ｘから約３３１の配列に対して（ここでＸとはＦｉｇ１３７（配列番号：２０９） のアミノ酸残基３５から４４のどれか１つ）、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなるＰＲＯ１０７４細胞外ドメインに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）のアミノ酸残基１から約３３１の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０７４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０７４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０７４断片は、天然ＰＲＯ１０７４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１０７４の断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明はＰＲＯ１０７４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０７４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０７４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法の選別に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、上記で同定したＰＲＯ１０７４ポリペプチドを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１３２】
５６． ＰＲＯ１００５
本出願において「ＰＲＯ１００５」と命名された、新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７７０８−１４１１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１００５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）のアミノ酸残基約２１から約１８５の配列を有するＰＲＯ１００５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３８（配列番号：２１０）の残基約９０から約５８４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１００５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７０８−１４１１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０２１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７０８−１４１１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）のアミノ酸残基約２１から約１８５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）のアミノ酸残基約２１から約１８５の配列を有するＰＲＯ１００５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列を持っているか持っていないＰＲＯ１００５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）の残基２１から約１８５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１００５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１００５ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１００５ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）の残基２１から約１８５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）のアミノ酸残基２１から約１８５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）の残基２１から１８５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００５ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）のアミノ酸残基２１から約１８５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１００５抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００５ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１００５断片は、天然ＰＲＯ１００５ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）のアミノ酸残基約２１から約１８５の配列を有するＰＲＯ１００５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１３３】
５７． ＰＲＯ１０７３
本出願において「ＰＲＯ１０７３」と命名された、新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７７１０−１４５１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０７３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）のアミノ酸残基約３２から約２９９の配列を有するＰＲＯ１０７３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４０（配列番号：２１２）の残基約４３８又は約１２２４１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０７３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７１０−１４５１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０４８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７１０−１４５１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）のアミノ酸残基約３２から約２９９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）のアミノ酸残基約３２から約２９９の配列を有するＰＲＯ１０７３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０７３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約３１まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）の残基３２から約２９９のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０７３ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０７３ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０７３ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）の残基３２から２９９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）のアミノ酸残基３２から約２９９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０７３ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）の残基３２から２９９のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０７３ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）のアミノ酸残基３２から約２９９の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０７３抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０７３ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０７３断片は、天然ＰＲＯ１０７３ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）のアミノ酸残基約３２から約２９９の配列を有するＰＲＯ１０７３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１３４】
５８． ＰＲＯ１１５２
本出願において「ＰＲＯ１１５２」と命名された、新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７７１１−１５０１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）のアミノ酸残基約１又は約２９から約４７９の配列を有するＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４３（配列番号：２１５）のヌクレオチド約５８又は約１４２から約１４９４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７１１−１５０１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０４７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７７１１−１５０１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）のアミノ酸残基１又は約２９から約４７９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）のアミノ酸残基１又は約２９から約４７９の配列を有するＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも３００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２８まで伸びると仮に同定されている。多種の膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１５２アミノ酸配列（Ｆｉｇ１４４、配列番号：２１６）の、アミノ酸位置約１３３からアミノ酸位置約１５５、アミノ酸位置約１６８からアミノ酸位置約１８７、アミノ酸位置約２９９からアミノ酸位置約２４７、アミノ酸位置約２６４からアミノ酸位置約２８５、アミノ酸位置約３０９からアミノ酸位置約３３０、アミノ酸位置約３７１からアミノ酸位置約３９０、及びアミノ酸位置約４４１からアミノ酸位置約４６４まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）の残基１又は約２９から約４７９に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１５２ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１４３（配列番号：２１５）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１５２ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５２ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）の残基１又は約２９から約４７９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）のアミノ酸残基１又は約２９から約４７９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）の残基１又は約２９から約４７９のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５２ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）のアミノ酸残基１又は約２９から約４７９の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１５２抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５２ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１５２断片は、天然ＰＲＯ１１５２ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）のアミノ酸残基約１又は約２９から約４７９の配列を有するＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：２１７のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ５５８０７と命名された核酸分子を提供する（Ｆｉｇ１４５を参照）。
【０１３５】
５９． ＰＲＯ１１３６
本出願において「ＰＲＯ１１３６」と命名された、新規なポリペプチドをコードするＰＤＺドメイン含有タンパク質をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７８２７−１４９３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）のアミノ酸残基約１又は約１６から約６３２の配列を有するＰＲＯ１１３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４６（配列番号：２１８）のヌクレオチド約２１６又は約２６１から約２１１１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１３６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８２７−１４９３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０４５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８２７−１４９３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）のアミノ酸残基１又は約１６から約６３２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）のアミノ酸残基１又は約１６から約６３２の配列を有するＰＲＯ１１３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１３６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１５まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）の残基１又は約１６から約６３２に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１３６ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１４６（配列番号：２１８）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１３６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１３６ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）の残基１又は約１６から約６３２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）のアミノ酸残基１又は約１６から約６３２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）の残基１又は約１６から約６３２のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３６ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）のアミノ酸残基１又は約１６から約６３２の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３６抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３６ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３６断片は、天然ＰＲＯ１１３６ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）のアミノ酸残基約１又は約１６から約６３２の配列を有するＰＲＯ１１３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１３６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１３６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１３６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１３６ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１３６】
６０． ＰＲＯ８１３
出願人は、本出願において「ＰＲＯ８１３」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードする肺胞界面活性物質結合タンパク質Ｃと相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７８３４−１３３９）を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８１３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）のアミノ酸残基約１又は約２７から約１７６の配列を有するＰＲＯ８１３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４８（配列番号：２２０）のヌクレオチド約１０９又は約１８７から約６３６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８１３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８３４−１３３９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９５４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８３４−１３３９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）のアミノ酸残基１又は約２７から約１７６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８１３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２６まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）の残基１又は約２７から約１７６に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８１３ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８１３ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８１３ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）の残基１又は約２７から約１７６を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）のアミノ酸残基１又は約２７から約１７６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１３ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）の残基１又は約２７から約１７６のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１３ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）のアミノ酸残基１又は約２７から約１７６の配列、又はその抗−ＰＲＯ８１３抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１３ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８１３断片は、天然ＰＲＯ８１３ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ８１３の断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８１３ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８１３抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８１３ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ８１３ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１３７】
６１． ＰＲＯ８０９
本出願において「ＰＲＯ８０９」と命名された、新規なポリペプチドをコードするヘパラン硫酸プロテオグリカンと配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７８３６−１３３８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８０９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）のアミノ酸残基約１又は１９から約２６５の配列を有するＰＲＯ８０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使われる「又は」という語句は、アミノ酸又は核酸を意味し、例えば、１−２６５、又は他の実施様態では１９−２６５のように、ここで提供される２つの別の代替できる実施態様を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５０（配列番号：２２２）の残基約６３又は１１７から約８６７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８０９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８３６−１３３８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０２５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８３６−１３３８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）のアミノ酸残基約１又は１９から約２６５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）のアミノ酸残基約１又は１９から約２６５の配列を有するＰＲＯ８０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）の残基１又は１９から約２６５に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上に記載された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８０９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８０９ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）の残基１又は１９から２６５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）のアミノ酸残基１又は１９から約２６５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８０９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）の残基１又は１９から２６５のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８０９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５１（配列番号：２２３）のアミノ酸残基約１又は１９から約２６５の配列を有するＰＲＯ８０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８０９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８０９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ８０９ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ８０９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ８０９ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１３８】
６２． ＰＲＯ７９１
本出願において「ＰＲＯ７９１」と命名された、新規なポリペプチドをコードするＭＨＣクラスＩ抗原と配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７８３８−１３３７）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ７９１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）のアミノ酸残基約１又は２６から約２４６の配列を有するＰＲＯ７９１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここでアミノ酸又は核酸を指すために使用されるところの「又は」という用語は、ここに提供される２つの別の実施態様、すなわち１−２４６、又は他の実施様態の２６−２４６を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５２（配列番号：２２４）の残基約９又は８４から約７４６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ７９１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８３８−１３３７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０１４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８３８−１３３７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）のアミノ酸残基１又は２６から約２４６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）のアミノ酸残基１又は２６から約２４６の配列を有するＰＲＯ７９１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）の残基１又は２６から約２４６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ７９１ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ７９１ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）の残基１又は２６から２４６を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）のアミノ酸残基１又は２６から約２４６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ７９１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）の残基１又は２６から２４６のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ７９１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５３（配列番号：２２５）のアミノ酸残基約１又は２６から約２４６の配列を有するＰＲＯ７９１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ７９１ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ７９１抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ７９１ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ７９１ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ７９１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１３９】
６３． ＰＲＯ１００４
本出願において「ＰＲＯ１００４」と命名された、新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７８４４−１４１０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）のアミノ酸残基約２５から約１１５の配列を有するＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５４（配列番号：２２６）の残基約１９１から約４６３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８４４−１４１０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０１０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５７８４４−１４１０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）のアミノ酸残基約２５から約１１５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）のアミノ酸残基約２５から約１１５の配列を有するＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２４まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）の残基２５から約１１５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１００４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１００４ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１００４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）の残基２５から１１５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）のアミノ酸残基２５から約１１５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）の残基２５から１１５のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００４ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）のアミノ酸残基２５から約１１５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１００４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１００４断片は、天然ＰＲＯ１００４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）のアミノ酸残基約２５から約１１５の配列を有するＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１４０】
６４． ＰＲＯ１１１１
本出願において「ＰＲＯ１１１１」と命名された、ＬＩＧと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５８７２１−１４７５）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）のアミノ酸残基約１から約６５３の配列を有するＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５６（配列番号：２２８）の残基約５７から約２０１５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７２１−１４７５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１１０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７２１−１４７５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）のアミノ酸残基約１から約６５３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）のアミノ酸残基約１から約６５３の配列を有するＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。特定の態様では、本発明は、ＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を可溶性形態、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体として提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１１１アミノ酸配列のアミノ酸位置約２１−４０（ＩＩ型）及び５２８−５４８（Ｆｉｇ１５７、配列番号：２２９）から伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）の残基１から約６５３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１１１ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１１１ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１１１ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）の残基１から６５３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）のアミノ酸残基１から約６５３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）の残基１から６５３のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１１ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）のアミノ酸残基１から約６５３の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１１１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１１１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１１１断片は、天然ＰＲＯ１１１１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）のアミノ酸残基約１から約６５３の配列を有するＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１１１ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１１１抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１１１ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１１１ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１１１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１４１】
６５． ＰＲＯ１３４４
本出願において「ＰＲＯ１３４４」と命名された、新規なポリペプチドをコードするＣ因子をコードする核酸に相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５８７２３−１５８８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３４４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）のアミノ酸残基約１又は約２４から約７２０の配列を有するＰＲＯ１３４４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５８（配列番号：２３０）のヌクレオチド約２６又は約９５から約２１８５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１３４４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７２３−１５８８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１３３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７２３−１５８８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）のアミノ酸残基１又は約２４から約７２０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）のアミノ酸残基１又は約２４から約７２０の配列を有するＰＲＯ１３４４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１３４４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２３まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）の残基１又は約２４から約７２０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３４４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１５８（配列番号：２３０）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離核酸配列にコードされる単離ＰＲＯ１３４４ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３４４ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）の残基１又は約２４から約７２０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）のアミノ酸残基１又は約２４から約７２０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３４４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）の残基１又は約２４から約７２０のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３４４ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）のアミノ酸残基１又は約２４から約７２０の配列、又はその抗−ＰＲＯ１３４４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３４４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１３４４断片は、天然ＰＲＯ１３４４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）のアミノ酸残基約１又は約２４から約７２０の配列を有するＰＲＯ１３４４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３４４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３４４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３４４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１３４４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３４４ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１４２】
６６． ＰＲＯ１１０９
本出願において「ＰＲＯ１１０９」と命名された、新規なポリペプチドをコードする、β−１，４−ガラクトシルトランスフェラーゼをコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５８７３７−１４７３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）のアミノ酸残基約１又は約２８から約３４４の配列を有するＰＲＯ１１０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６０（配列番号：２３５）のヌクレオチド約１１９又は約２００から約１１５０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１０９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７３７−１４７３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１３６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７３７−１４７３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）のアミノ酸残基１又は約２８から約３４４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）のアミノ酸残基１又は約２８から約３４４の配列を有するＰＲＯ１１０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１０９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２７まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）の残基１又は約２８から約３４４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１０９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１６０（配列番号：２３５）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１０９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１０９ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）の残基１又は約２８から約３４４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）のアミノ酸残基１又は約２８から約３４４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）の残基１又は約２８から約３４４のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０９ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）のアミノ酸残基１又は約２８から約３４４の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１０９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１０９断片は、天然ＰＲＯ１１０９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）のアミノ酸残基約１又は約２８から約３４４の配列を有するＰＲＯ１１０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１０９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１０９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１０９ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１０９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１０９ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１４３】
６７． ＰＲＯ１３８３
本出願において「ＰＲＯ１３８３」と命名された、新規なポリペプチドをコードするヒト黒色腫細胞発現タンパク質ｎｍｂをコードする核酸に相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５８７４３−１６０９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３８３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）のアミノ酸残基約１又は約２５から約４２３の配列を有するＰＲＯ１３８３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６２（配列番号：２４０）のヌクレオチド約１２２又は約１９４から約１３９０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１３８３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７４３−１６０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１５４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８７４３−１６０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）のアミノ酸残基１又は約２５から約４２３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）のアミノ酸残基１又は約２５から約４２３の配列を有するＰＲＯ１３８３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１３８３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２４まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１３８３アミノ酸配列（Ｆｉｇ１６３、配列番号：２４１）のアミノ酸位置約３３９からアミノ酸位置約３６２まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）の残基１又は約２５から約４２３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３８３ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１６２（配列番号：２４０）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１３８３ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３８３ポリペプチドを提供し、それは或る実施態様では、Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）の残基１又は約２５から約４２３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）のアミノ酸残基１又は約２５から約４２３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８３ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）の残基１又は約２５から約４２３のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８３ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）のアミノ酸残基１又は約２５から約４２３の配列、又はその抗−ＰＲＯ１３８３抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８３ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１３８３断片は、天然ＰＲＯ１３８３ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）のアミノ酸残基約１又は約２５から約４２３の配列を有するＰＲＯ１３８３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３８３ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３８３抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３８３ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１３８３ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３８３ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１４４】
６８． ＰＲＯ１００３
出願人は、本出願において「ＰＲＯ１００３」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン、ＤＮＡ５８８４６−１４０９を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１００３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）のアミノ酸残基１又は約２５から約８４の配列を有するＰＲＯ１００３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６４（配列番号：２４５）の残基約４１又は約１１３から約２９２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１００３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）１９９８年６月９日に寄託されたＡＴＣＣ寄託番号２０９９５７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８４６−１４０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９５７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８４６−１４０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）のアミノ酸残基１又は約２５から約８４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）の残基１又は約２５から約８４に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１００３ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１００３ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１００３ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）の残基１又は約２５から約８４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）のアミノ酸残基１又は約２５から約８４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００３ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）の残基１又は約２５から約８４のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００３ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）のアミノ酸残基１又は約２５から約８４の配列、又はその抗−ＰＲＯ１００３抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１００３ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１００３断片は、天然ＰＲＯ１００３ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１００３の断片に関する。
【０１４５】
６９． ＰＲＯ１１０８
出願人は、本出願において「ＰＲＯ１１０８」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするＬＰＡＡＴタンパク質をコードする核酸に相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５８８４８−１４７２）を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）のアミノ酸残基約１から約４５６の配列を有するＰＲＯ１１０８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６６（配列番号：２４７）のヌクレオチド約７７から約１４４４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１０８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８４８−１４７２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９５５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８４８−１４７２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）のアミノ酸残基１から約４５６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１０８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１０８アミノ酸配列（Ｆｉｇ１６７、配列番号：２４８）のアミノ酸位置約２２からアミノ酸位置約４２、アミノ酸位置約１５６からアミノ酸位置約１７６、アミノ酸位置約１８０からアミノ酸位置約１９９及びアミノ酸位置約３６９からアミノ酸位置約３８８まで伸びるＩＩ型ドメインであるとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）の残基１から約４５６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１０８ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１０８ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１０８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）の残基１から約４５６を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）のアミノ酸残基１から約４５６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）の残基１から約４５６のアミノ酸配列と比較したときに、少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０８ポリペプチドに関する。
また他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）のアミノ酸残基１から約４５６の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１０８抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０８ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１０８断片は、天然ＰＲＯ１１０８ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１１０８の断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１０８ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１０８抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１０８ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１０８ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１４６】
７０． ＰＲＯ１１３７
本出願人は、リボシルトランスフェラーゼと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン、ＤＮＡ５８８４９−１４９４を同定し、該ポリペプチドは本出願において「ＰＲＯ１１３７」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）のアミノ酸残基１又は約１５から約２４０の配列を有するＰＲＯ１１３７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６８（配列番号：２４９）の残基約７７又は約１１９から約７９６を有する核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１３７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）１９９８年６月９日に寄託されたＡＴＣＣ寄託番号２０９９５８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８４９−１４９４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９５８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８４９−１４９４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）のアミノ酸残基１又は約１５から約２４０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１３７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、又はそのようなコードＤＮＡ分子の補体を提供する。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１４まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）の残基１又は約１５から約２４０に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１３７ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１３７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１３７ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）の残基１又は約１５から約２４０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）のアミノ酸残基１又は約１５から２４０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）の残基１又は約１５から約２４０に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３７ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）のアミノ酸残基１又は約１５から約２４０の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３７抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３７ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３７断片は、天然ＰＲＯ１１３７ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１１３７の断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１３７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、上述したＰＲＯ１１３７ポリペプチドを、製薬的に許容される担体と組み合わせて含んでなる組成物に関する。
【０１４７】
７１． ＰＲＯ１１３８
本出願人は、ＣＤ８４白血球抗原と相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン、ＤＮＡ５８８５０−１４９５を同定し、該ポリペプチドは本出願において「ＰＲＯ１１３８」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）のアミノ酸残基１又は約２３から約３３５の配列を有するＰＲＯ１１３８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７０（配列番号：２５２）の残基約３８又は約１０４から約１０４２を有する配列に含まれる核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１３８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）１９９８年６月９日に寄託されたＡＴＣＣ寄託番号２０９９５６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８５０−１４９５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９５６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８５０−１４９５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）のアミノ酸残基１又は約２３から約３３５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１３８細胞外ドメイン（ＥＣＤ）をコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性変異体（即ち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化されている）を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２２まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメイン領域は、ＰＲＯ１１３８アミノ酸配列（Ｆｉｇ１７１、配列番号：２５３）のアミノ酸位置約２２４からアミノ酸位置約２５０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）の残基１又は約２３から約３３５に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１３８ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１３８ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１３８ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）の残基１又は約２３から約３３５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）のアミノ酸残基１又は約２３から３３５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）の残基１又は約２３から約３３５に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３８ポリペプチドに関する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）のアミノ酸残基１又は約２３からＸの配列（ここでＸはＦｉｇ１７１（配列番号：２５３）のアミノ酸残基２１９から２２８の任意のもの）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、ＰＲＯ１１３８細胞外ドメインに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）のアミノ酸残基１又は約２３から約３３５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３８抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３８ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３８断片は、天然ＰＲＯ１１３８ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１１３８の断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３８ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１３８抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１３８ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、上述のＰＲＯ１１３８ポリペプチドを、製薬的に許容される担体と組み合わせて含んでなる組成物に関する。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７２（配列番号：２５４）のヌクレオチド配列を含んでなるＤＮＡ４９１４０とここで命名したヌクレオチド配列を提供する。
【０１４８】
７２． ＰＲＯ１０５４
出願人は、本出願において「ＰＲＯ１０５４」と命名された、新規なポリペプチドをコードする、主要尿タンパク質（ＭＵＰｓ）をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５８８５３−１４２３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０５４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）のアミノ酸残基約１又は約１９から約１８０の配列を有するＰＲＯ１０５４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７３（配列番号：２５５）のヌクレオチド約４６又は約１００から約５８５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０５４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８５３−１４２３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０１６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８５３−１４２３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）のアミノ酸残基１又は約１９から約１８０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）のアミノ酸残基１又は約１９から約１８０の配列を有するＰＲＯ１０５４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０５４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１８まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）の残基１又は約１９から約１８０に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０５４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１７３（配列番号：２５５）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０５４ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０５４ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）の残基１又は約１９から約１８０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）のアミノ酸残基１又は約１９から１８０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０５４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）の残基１又は約１９から約１８０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０５４ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）のアミノ酸残基１又は約１９から約１８０の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０５４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０５４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０５４断片は、天然ＰＲＯ１０５４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）のアミノ酸残基約１又は約１９から約１８０の配列を有するＰＲＯ１０５４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０５４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０５４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０５４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０５４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１０５４ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１４９】
７３． ＰＲＯ９９４
出願人は、本出願において「ＰＲＯ９９４」と命名する新規なポリペプチドをコードする、腫瘍関連抗原Ｌ６をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５８８５５−１４２２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ９９４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）のアミノ酸残基約１から約２２９の配列を有するＰＲＯ９９４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７５（配列番号：２５７）のヌクレオチド約３１から約７１７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ９９４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８５５−１４２２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０１８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５８８５５−１４２２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）のアミノ酸残基１から約２２９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）のアミノ酸残基１から約２２９の配列を有するＰＲＯ９９４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ９９４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。複数の膜貫通ドメインが、ＰＲＯ９９４アミノ酸配列（Ｆｉｇ１７６、配列番号：２５８）のアミノ酸位置約１０からアミノ酸位置約３１、アミノ酸位置約５０からアミノ酸位置約７２、アミノ酸位置約８７からアミノ酸位置約１１０、及びアミノ酸位置約１９１からアミノ酸位置約２１３までものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）の残基１又から約２２９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ９９４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１７５（配列番号：２５７）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０５４ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ９９４ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）の残基１又から約２２９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）のアミノ酸残基１又から２２９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ９９４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）の残基１又から約２２９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ９９４ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）のアミノ酸残基１又から約２２９の配列、又はその抗−ＰＲＯ９９４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ９９４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ９９４断片は、天然ＰＲＯ９９４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）のアミノ酸残基約１又から約２２９の配列を有するＰＲＯ９９４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ９９４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ９９４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ９９４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ９９４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ９９４ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１５０】
７４． ＰＲＯ８１２
出願人は、本出願において「ＰＲＯ８１２」と命名する新規なポリペプチドをコードする、前立腺ステロイド結合タンパク質ｃ１をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９２０５−１４２１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８１２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）のアミノ酸残基約１又は約１６から約８３の配列を有するＰＲＯ８１２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７７（配列番号：２５９）のヌクレオチド約５５又は約１００から約３０３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８１２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２０５−１４２１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３００９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２０５−１４２１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）のアミノ酸残基１又は約１６から約８３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）のアミノ酸残基１又は約１６から約８３の配列を有するＰＲＯ８１２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ８１２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１５まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）の残基１又は約１６から約８３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ８１２ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１７７（配列番号：２５９）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８１２ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８１２ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）の残基１又は約１６から約８３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）のアミノ酸残基１又は約１６から８３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）の残基１又は約１６から約８３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１２ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）のアミノ酸残基１又は約１６から約８３の配列、又はその抗−ＰＲＯ８１２抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ８１２ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ８１２断片は、天然ＰＲＯ８１２ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）のアミノ酸残基約１又は約１６から約８３の配列を有するＰＲＯ８１２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８１２ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８１２抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ８１２ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ８１２ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ８１２ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１５１】
７５． ＰＲＯ１０６９
本出願人は、ＣＨＩＦと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン、ＤＮＡ５９２１１−１４５０を同定し、該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１０６９」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０６９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）のアミノ酸残基約１又は約１７から約８９の配列を有するＰＲＯ１０６９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１７９（配列番号：２６１）の残基約１９７又は約２４５から約４６３を有する核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０６９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１１−１４５０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９６０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１１−１４５０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）のアミノ酸残基１又は約１７から約８９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０６９細胞外ドメイン（ＥＣＤ）をコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性変異体（すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化されたもの）を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約１６まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメイン領域は、ＰＲＯ１０６９アミノ酸配列（Ｆｉｇ１８０、配列番号：２６２）のアミノ酸位置約３６からアミノ酸位置約５９まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）の残基１又は約１７から約８９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０６９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０６９ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０６９ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）の残基１又は約１７から約８９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）のアミノ酸残基１又は約１７から８９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）の残基１又は約１７から約８９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６９ポリペプチドに関する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）のアミノ酸残基１又は約１７からＸの配列（ここでＸはＦｉｇ１８０（配列番号：２６２）のアミノ酸残基３２から４１の任意のもの）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、ＰＲＯ１０６９細胞外ドメインに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）のアミノ酸残基１又は約１７から約８９の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０６９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０６９断片は、天然ＰＲＯ１０６９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１０６９ポリペプチドの断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０６９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０６９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０６９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、上述のＰＲＯ１０６９ポリペプチドを、製薬的に許容される担体と組み合わせて含んでなる組成物に関する。
【０１５２】
７６． ＰＲＯ１１２９
本出願人は、本出願において「ＰＲＯ１１２９」と命名した、新規なポリペプチドをコードするチトクロムＰ−４５０ファミリーメンバーをコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９２１３−１４８７）を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１２９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）のアミノ酸残基約１又から約５２４の配列を有するＰＲＯ１１２９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８１（配列番号：２６３）のヌクレオチド約４２又は約１６１３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１２９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１３−１４８７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１３−１４８７）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）のアミノ酸残基１から約５２４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１２９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。ＩＩ型膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１２９アミノ酸配列（Ｆｉｇ１８２、配列番号：２６４）のアミノ酸位置約１３からアミノ酸位置約３２、及びアミノ酸位置約７７からアミノ酸位置約１０２まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）の残基１から約５２４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１２９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１２９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１２９ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）の残基１から約５２４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）のアミノ酸残基１から約５２４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）の残基１から約５２４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）のアミノ酸残基１から約５２４の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１２９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１２９断片は、天然ＰＲＯ１１２９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１１２９ポリペプチドの断片に関する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１２９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１２９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１２９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、上述のＰＲＯ１１２９ポリペプチドを、製薬的に許容される担体と組み合わせて含んでなる組成物に関する。
【０１５３】
７７． ＰＲＯ１０６８
本出願において「ＰＲＯ１０６８」と命名された、ウロテンシンと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９２１４−１４４９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０６８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）のアミノ酸残基約２１から約１２４の配列を有するＰＲＯ１０６８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８３（配列番号：２６５）の残基約１０２又は約４１３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１４−１４４９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１４−１４４９）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）のアミノ酸残基約２１から約１２４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）のアミノ酸残基約２１から約１２４の配列を有するＰＲＯ１０６８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０６８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）の残基２１から約１２４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０６８ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０６８ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０６８ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）の残基２１又は１２４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）のアミノ酸残基２１から約１２４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）の残基２１から約１２４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６８ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）のアミノ酸残基２１から約１２４の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０６８抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６８ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０６８断片は、天然ＰＲＯ１０６８ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）のアミノ酸残基約２１から約１２４の配列を有するＰＲＯ１０６８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０６８ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０６８抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０６８ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０６８ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１０６８ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１５４】
７８． ＰＲＯ１０６６
本出願人は、本出願において「ＰＲＯ１０６６」と命名した、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９２１５−１４２５）を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０６６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）のアミノ酸残基約１又は約２４から約１１７の配列を有するＰＲＯ１０６６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８５（配列番号：２６７）のヌクレオチド約１７６又は約２４５から約５２７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０６６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１５−１４２５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９２１５−１４２５）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）のアミノ酸残基１又は約２４から約１１７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０６６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２３まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）の残基１又は約２４から約１１７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０６６ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０６６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０６６ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）の残基１又は約２４から約１１７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）のアミノ酸残基１又は約２４から約１１７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）の残基１又は約２４から約１１７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６６ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）のアミノ酸残基１又は約２４から約１１７の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０６６抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６６ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０６６断片は、天然ＰＲＯ１０６６ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１０６６ポリペプチドの断片に関する。
【０１５５】
７９．ＰＲＯ１１８４
本出願人は、本出願において「ＰＲＯ１１８４」と命名した、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９２２０−１５１４）を同定した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１８８（配列番号：２７０）のアミノ酸残基約１又は約３９から約１４２の配列を有するＰＲＯ１１８４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、配列番号：２６９の残基約１０６又は約２２０から約５３１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１８４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。他の態様では、本発明は、配列番号：２６９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１８４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号のヒトタンパク質ＤＮＡ５９２２０−１５１４にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号のヒトタンパク質ＤＮＡ５９２２０−１５１４にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、配列番号：２７０のアミノ酸残基１又は約３９から約１４２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１８４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、配列番号：２７０のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約３８まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、配列番号：２７０の残基１又は約３９から約１４２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１８４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１８４ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、配列番号：２７０の残基１又は約３９から約１４２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、配列番号：２７０のアミノ酸残基１又は約３９から約１４２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、配列番号：２７０の残基１又は約３９から約１４２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８４ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、配列番号：２７０のアミノ酸残基１又は約３９から約１４２の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１８４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１８４断片は、天然ＰＲＯ１１８４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
他の態様では、本発明は、抗体が産生されうるエピトープを提供するのに十分に長いＰＲＯ１１８４ポリペプチドの断片に関する。
【０１５６】
８０． ＰＲＯ１３６０
本出願において「ＰＲＯ１３６０」と命名された新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９４８８−１６０３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３６０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）のアミノ酸残基約３０から約２８５の配列を有するＰＲＯ１３６０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１８９（配列番号：２７１）の残基約１４０から約９０８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１３６０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９４８８−１６０３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９４８８−１６０３）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）のアミノ酸残基約３０から約２８５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）のアミノ酸残基約３０から約２８５の配列を有するＰＲＯ１３６０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）の残基３０から約２８５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３６０ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１３６０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３６０ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）の残基３０から約２８５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）のアミノ酸残基３０から約２８５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３６０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）の残基３０ら約２８５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３６０ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）のアミノ酸残基３０から約２８５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１３６０抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３６０ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１３６０断片は、天然ＰＲＯ１３６０ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）のアミノ酸残基約３０から約２８５の配列を有するＰＲＯ１３６０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３６０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３６０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３６０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１３６０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３６０ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１５７】
８１． ＰＲＯ１０２９
本出願において「ＰＲＯ１０２９」と命名した、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９４９３−１４２０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０２９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）のアミノ酸残基約１又は約２０から約８６の配列を有するＰＲＯ１０２９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９１（配列番号：２７４）のヌクレオチド約３９又は約９６から約２９６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０２９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０５０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９４９３−１４２０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０５０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９４９３−１４２０）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）のアミノ酸残基１又は約２０から約８６の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）のアミノ酸残基１又は約２０から約８６の配列を有するＰＲＯ１０２９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０２９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１４まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）の残基１又は約２０から約８６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０２９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ１９１（配列番号：２７３）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０９ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０２９ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）の残基１又は約２０から約８６を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）のアミノ酸残基１又は約２０から約８６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０２９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）の残基１又は約２０から約８６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０２９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）のアミノ酸残基１又は約２０から約８６の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０２９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０２９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０２９断片は、天然ＰＲＯ１０２９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）のアミノ酸残基約１又は約２０から約８６の配列を有するＰＲＯ１０２９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１５８】
８２． ＰＲＯ１１３９
本出願人は、当初ＰＲＯ１１３９と命名された新規なヒトタンパク質をコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９４９７−１４９６）を同定した。
一実施態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１９４（配列番号：２７６）のアミノ酸残基約約２９から約１３１の配列を有するＰＲＯ１１３９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９３（配列番号：２７５）の残基約８０から約３９１のポリヌクレオチド配列の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる実施態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９４９７−１４９６）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９４９７−１４９６）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９４（配列番号：２７６）のアミノ酸残基約２９から約１３１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っておらず、またＦｉｇ１９４、配列番号：２７６のアミノ酸位置約３３からアミノ酸位置約５２；アミノ酸位置約７１からアミノ酸位置約８９；及びアミノ酸位置約９８からアミノ酸位置約１２０までそれぞれ伸展しているものとして同定された膜貫通領域を持つか持たない、天然又は変異体ＰＲＯ１１３９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸は、Ｆｉｇ１９４，配列番号：２７６のアミノ酸残基１から１３１を有する成熟した全長天然ＰＲＯ１１３９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなるか、そのようなコード化核酸配列に相補的である。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９４（配列番号：２７６）の残基約２９から約１３１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は単離されたＰＲＯ１１３９ポリペプチドを提供する。特に、本発明は、単離された天然配列ＰＲＯ１１３９ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１９４（配列番号：２７６）の残基２９から１３１を含むアミノ酸配列を含んでいる。本発明はまた上述した単離された核酸分子の任意のものによりコードされるＰＲＯ１１３９ポリペプチドの変異体を提供する。特定の変異体には、これに限定されるものではないが、Ｎ−末端シグナル配列を欠くか、及び／又は欠失又は不活性化された少なくとも１つの膜貫通ドメインを有する全長天然配列ＰＲＯ１１３９の欠失（切断）変異体が含まれる。変異体は特にアミノ酸残基３３−５２、７１−８、及び９８−１２０の間の膜貫通領域の一又は複数を欠失又は不活性化し、さらにＮ−末端シグナル配列（アミノ酸残基１−２８）及び／又は開始メチオニンが欠失したＦｉｇ１９４（配列番号：２７６）の全長成熟ポリペプチドの変異体を含む。
さらなる実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９４（配列番号：２７６）の残基約２９から約１３１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９４（配列番号：２７６）のアミノ酸残基約２９から約１３１の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３９断片は、天然ＰＲＯ１１３９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１３９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１３９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１３９ポリペプチド（変異体を含む）、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
本発明はまた有効量のＰＲＯ１１３９ポリペプチドを患者に投与することを含んでなる肥満症を治療する方法に関する。特定の実施態様では、アンタゴニストは天然ＰＲＯ１１３０ポリペプチドに特異的に結合する阻止抗体である。
【０１５９】
８３． ＰＲＯ１３０９
本出願において「ＰＲＯ１３０９」と命名したロイシンリッチ反復を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９５８８−１５７１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３０９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）のアミノ酸残基約３５から約５２２の配列を有するＰＲＯ１３０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９５（配列番号：２７７）の残基約８２２又は約２２８５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１３０９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９５８８−１５７１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９５８８−１５７１）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）のアミノ酸残基約３５から約５２２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）のアミノ酸残基約３５から約５２２の配列を有するＰＲＯ１３０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特別な態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１３０９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約３４まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１３０９アミノ酸配列（Ｆｉｇ１９６、配列番号：２７８）のアミノ酸位置約４２８からアミノ酸位置約４５０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）の残基約３５から約５２２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３０９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１３０９ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３０９ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）の残基３５から５２２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）のアミノ酸残基約３５から約５２２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３０９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）の残基３５から５２２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３０９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）のアミノ酸残基３５から約５２２の配列、又はその抗−ＰＲＯ１３０９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３０９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１３０９断片は、天然ＰＲＯ１３０９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）のアミノ酸残基約３５から約５２２の配列を有するＰＲＯ１３０９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３０９ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３０９抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３０９ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１３０９ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３０９ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１６０】
８４．ＰＲＯ１０２８
出願人は、分泌された新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、ここで該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１０２８」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０２８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ１９８（配列番号：２８１）のアミノ酸残基１から１９７を有するＰＲＯ１０２８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１０２８をコードする核酸配列を含む１９９８年６月９日にＤＮＡ５９６０３−１４１９としてＡＴＣＣに寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入物を含んでもよい。
他の実施態様では、本発明はＰＲＯ１０２８ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０２８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ１９８（配列番号：２８１）の１から１９７の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。場合によっては、ＰＲＯ１０２８ポリペプチドは、１９９８年６月９日にＤＮＡ５９６０３−１４１９としてＡＴＣＣに寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入物にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
【０１６１】
８５． ＰＲＯ１０２７
本出願において「ＰＲＯ１０２７」と命名した新規なポリペプチドをコードする、ＩＩ型フィブロネクチンコラーゲン結合ドメインを有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９６０５−１４１８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０２７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）のアミノ酸残基約１又は約３４から約７７の配列を有するＰＲＯ１０２７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここでアミノ酸又は核酸を指すために使用されるところの「又は」という用語は、個々に提供される二つの別の実施態様、つまり１−７７、又は他の実施態様の３４−７７を指す意味である。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ１９９（配列番号：２８２）のヌクレオチド約３１又は約１３０から約２６１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０２７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６０５−１４１８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６０５−１４１８）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）のアミノ酸残基１又は約３４から約７７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）のアミノ酸残基１又は約３４から約７７の配列を有するＰＲＯ１０２７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）の残基１又は約３４から約７７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０２７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０２７ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）の残基１又は約３４から約７７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）のアミノ酸残基１又は約３４から約７７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０２７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）の残基１又は約３４から約７７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０２７ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２００（配列番号：２８３）のアミノ酸残基約１又は約３４から約７７の配列を有するＰＲＯ１０２７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０２７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０２７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０２７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０２７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１０２７ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１６２】
８６．ＰＲＯ１１０７
本出願人は、ＰＣ−１と配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローンを同定し、該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１１０７」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ２０２（配列番号：２８５）のアミノ酸残基１から４７７を有するＰＲＯ１１０７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに安定して結合したままである。他の態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ２０２（配列番号：２８５）のアミノ酸残基約２３から４７７又はＦｉｇ２０２（配列番号：２８５）のアミノ酸残約１又は２３から４２８±５を有するＰＲＯ１１０７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１１０７をコードするヌクレオチド配列を含む１９９８年６月９日にＤＮＡ５９６０６−１４７１としてＡＴＣＣに寄託されたベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
他の実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０７ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１０７ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２０２（配列番号：２８５）の１から４７７の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ２０２（配列番号：２８５）のアミノ酸約２３から４７７又はＦｉｇ２０２（配列番号：２８５）のアミノ酸約１または２３から４２８±５を含んでなるＰＲＯ１１０７ポリペプチドに関する。場合によっては、ＰＲＯ１１０７ポリペプチドは、１９９８年６月９日に寄託されたＤＮＡ５９６０６−１４７１ベクターのｃＤＮＡ挿入断片によりコードされるポリペプチドを発現させることにより得られ又は得られうる。
【０１６３】
８７． ＰＲＯ１１４０
本出願人は、新規なマルチスパン膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン、ＤＮＡ５９６０７−１４９７を同定し、該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１１４０」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１４０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）のアミノ酸残基１から約２５５の配列を有するＰＲＯ１１４０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０３（配列番号：２８６）の残基約２１０から約９７４を有する核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１４０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６０７−１４９７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９０７−１４９７）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）のアミノ酸残基１から約２５５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡに関する。
特定の態様では、本発明は、開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１４０細胞外ドメイン（ＥＣＤ）をコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性変異体（すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化したもの）を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。Ｆｉｇ２０４に示したＰＲＯ１１４０アミノ酸配列（配列番号：２８７）において、膜貫通ドメイン領域は、アミノ酸位置約１０１から約１１８、約１４１から約１６１、及び約１７２から約１９１まで伸びるものとして試験的に同定している。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）の残基１から約２５５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１４０ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１４０ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１４０ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）の残基１から約２５５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）のアミノ酸残基１から約２５５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１４０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）の残基１から約２５５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１４０ポリペプチドに関する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）のアミノ酸残基１からＸの配列（ここでＸはＦｉｇ２０４（配列番号：２８７）のアミノ酸残基９６から１０５の任意のもの）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、ＰＲＯ１１４０細胞外ドメインに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）のアミノ酸残基１から約２５５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１４０抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１４０ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１４０断片は、天然ＰＲＯ１１４０ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
【０１６４】
８８．ＰＲＯ１１０６
本出願人は、ペルオキシソームカルシウム依存性溶質キャリアと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し、このポリペプチドは本出願において「ＰＲＯ１１０６」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ２０６（配列番号：２８９）のアミノ酸残基１から４６９を有するＰＲＯ１１０６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに安定に結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１１０６をコードするヌクレオチド配列を含む１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託されたＤＮＡ５９６０９−１４７０ベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
他の実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０６ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１０６ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２０６（配列番号：２８９）の１から４６９の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。場合によっては、ＰＲＯ１１０６ポリペプチドは、１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託されたＤＮＡ５９６０９−１４７０ベクターのｃＤＮＡ挿入断片にコードされるポリペプチドの発現により得られ又は得られうる。
【０１６５】
８９．ＰＲＯ１２９１
本出願において「ＰＲＯ１２９１」と命名した新規なポリペプチドをコードする、ブチロフィリンをコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９６１０−１５５６）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２９１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）のアミノ酸残基約１又は約２９から約２８２の配列を有するＰＲＯ１２９１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０７（配列番号：２９０）のヌクレオチド約６１又は約１４５から約９０６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１２９１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１０−１５５６）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１０−１５５６）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）のアミノ酸残基１又は約２９から約２８２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）のアミノ酸残基１又は約２９から約２８２の配列を有するＰＲＯ１２９１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２９１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２８まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメイは、ＰＲＯ１２９１アミノ酸配列（Ｆｉｇ２０８、配列番号：２９１）のアミノ酸位置約２５８からアミノ酸位置約２８１まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）の残基１又は約２９から約２８２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２９１ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２０７（配列番号：２９０）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１２９１ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２９１ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）の残基１又は約２９から約２８２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）のアミノ酸残基１又は約２９から約２８２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２９１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）の残基１又は約２９から約２８２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２９１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）のアミノ酸残基１又は約２９から約２８２の配列、又はその抗−ＰＲＯ１２９１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２９１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１２９１断片は、天然ＰＲＯ１２９１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）のアミノ酸残基約１又は約２９から約２８２の配列を有するＰＲＯ１２９１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１２９１ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１２９１抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１２９１ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１２９１ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１２９１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１６６】
９０．ＰＲＯ１１０５
本出願人は、２つの膜貫通ドメインを有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し、このポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１１０５」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子を提供する。一態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ２１０（配列番号：２９３）のアミノ酸残基１から１８０を有するＰＲＯ１１０５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに安定して結合したままである。他の態様では、単離された核酸分子はＦｉｇ２１０（配列番号：２９３）のアミノ酸残基約２０から１８０を有するＰＲＯ１１０５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含むか、又はそのようなコード化核酸配列に相補的であり、少なくとも中程度の、場合によっては高度の緊縮性条件下でそれに安定して結合したままである。単離された核酸配列は、ＰＲＯ１１０５をコードするヌクレオチド配列を含む１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託されたＤＮＡ５９６１２−１４６６ベクターのｃＤＮＡ挿入断片を含んでもよい。
他の実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０５ポリペプチドを提供する。特に、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１０５ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２１０（配列番号：２９３）の１から１８０の残基を含んでなるアミノ酸配列を含む。本発明のさらなる実施態様は、Ｆｉｇ２１０（配列番号：２９３）のアミノ酸約１から１７９及び１００から約１４４を含んでなるＰＲＯ１１０５ポリペプチドに関する。場合によっては、ＰＲＯ１１０５ポリペプチドは、１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託されたＤＮＡ５９６１２−１４６６ベクターのｃＤＮＡ挿入断片によりコードされるポリペプチドを発現させることにより得られ又は得られうる。
【０１６７】
９１． ＰＲＯ５１１
本出願において「ＰＲＯ１０２６」と命名した、新規なポリペプチドをコードする、ＲｏＢｏ−１及びホスホリパーゼ阻害剤と配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９６１３−１４１７）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０２６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）のアミノ酸残基約１又は約２６から約２３７の配列を有するＰＲＯ１０２６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここでアミノ酸又は核酸を指すために使用されるところの「又は」という用語は、個々に提供される二つの別の実施態様、つまり１−２３７、又は他の実施態様の２６−２３７を指す意味である。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）のヌクレオチド約２３３又は約３０８から約９４３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０２６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３００７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１３−１４１７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１３−１４１７）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）のアミノ酸残基１又は約２６から約２３７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）のアミノ酸残基１又は約２６から約２３７の配列を有するＰＲＯ１０２６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）の残基１又は約２６から約２３７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０２６ポリペプチドを提供する。
特別な態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０２６ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）の残基１又は約２６から約２３７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）のアミノ酸残基１又は約２６から約２３７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０２６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）の残基１又は約２６から約２３７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０２６ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２１２（配列番号：２９５）のアミノ酸残基約１又は約２６から約２３７の配列を有するＰＲＯ１０２６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０２６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０２６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０２６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０２６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１０２６ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１６８】
９２． ＰＲＯ１１０４
本出願において「ＰＲＯ１１０４」と命名した新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９６１６−１４６５）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１０４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）のアミノ酸残基約１又は約２３から約３４１の配列を有するＰＲＯ１１０４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここでアミノ酸又は核酸を指すために使用されるところの「又は」という用語は、個々に提供される二つの別の実施態様、つまり１−３４１、又は他の実施態様の２３−３４１を指す意味である。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１３（配列番号：２９６）のヌクレオチド約１０９又は約１７５から約１１３１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１０４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１６−１４６５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１６−１４６５）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）のアミノ酸残基１又は約２３から約３４１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）のアミノ酸残基１又は約２３から約３４１の配列を有するＰＲＯ１１０４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）の残基１又は約２３から約３４１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上述した任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１０４ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１０４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）の残基１又は約２３から約３４１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）のアミノ酸残基１又は約２３から約３４１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）の残基１又は約２３から約３４１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１０４ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２１４（配列番号：２９７）のアミノ酸残基約１又は約２３から約３４１の配列を有するＰＲＯ１１０４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、試験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）試験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１６９】
９３． ＰＲＯ１１００
本出願において「ＰＲＯ１１００」と命名された、複数の膜貫通ドメインを有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９６１９−１４６４）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１００ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）のアミノ酸残基約１又は２１から約３２０の配列を有するＰＲＯ１１００ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使用されるところのアミノ酸又は核酸に関しての「又は」という用語は、二つの別の実施態様、つまり１−３２０、又は他の実施態様の２１−３２０を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１５（配列番号：２９８）の残基約３３又は９３から約９９２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１００ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１９−１４６４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０４１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６１９−１４６４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）のアミノ酸残基約１又は２１から約３２０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）のアミノ酸残基約１又は２１から約３２０の配列を有するＰＲＯ１１００ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っていないＰＲＯ１１００ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）の残基１又は２１から約３２０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１００ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１００ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）の残基１又は２１から３２０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）のアミノ酸残基１又は２１から約３２０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１００ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）の残基１又は２１から３２０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１００ポリペプチドに関する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２１６（配列番号：２９９）の約１又は２１から約３２０のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１００ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し；被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１００ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１００抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１００ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１００ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１００ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１７０】
９４． ＰＲＯ８３６
本出願において「ＰＲＯ８３６」と命名された新規なポリペプチドをコードするＳＬＳ１とある配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９６２０−１４６３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８３６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）のアミノ酸残基約１又は３０から約４６１の配列を有するＰＲＯ８３６ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使用されるところのアミノ酸又は核酸に関しての「又は」という用語は、ここに提供された二つの別の実施態様、つまり１−４６１と、他の実施態様の３０−４６１を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１７（配列番号：３００）の残基約６５又は１５２から約１４４７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ８３６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６２０−１４６３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９８９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６２０−１４６３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）のアミノ酸残基約１又は３０から約４６１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）のアミノ酸残基約１又は３０から約４６１の配列を有するＰＲＯ８３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）の残基１又は３０から約４６１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ８３６ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８３６ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）の残基１又は約３０から４６１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）のアミノ酸残基１又は３０から約４６１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）の残基１又は３０から４６１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８３６ポリペプチドに関する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）の約１又は３０から約４６１のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ８３６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８３６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８３６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ８３６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ８３６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ８３６ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１７１】
９５． ＰＲＯ１１４１
本出願において「ＰＲＯ１１４１」と命名された新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９６２５−１４９８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１４１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）のアミノ酸残基約１又は約２０から約２４７の配列を有するＰＲＯ１１４１ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２１９（配列番号：３０２）の残基約２０４又は約２６１から約９４４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１４１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９２タンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６２５−１４９８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９９２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９６２５−１４９８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）のアミノ酸残基約１又は約２０から約２４７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）のアミノ酸残基１又は約２０から約２４７の配列を有するＰＲＯ１１４１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１４１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１９まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１４１アミノ酸配列（Ｆｉｇ２２０、配列番号：３０３）のアミノ酸位置約３８からアミノ酸位置約５７、アミノ酸位置約６７からアミノ酸位置約８３、アミノ酸位置約１１７からアミノ酸位置約１３９及びアミノ酸位置約１５３からアミノ酸位置約１７０まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）の残基１又は約２０から約２４７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１４１ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２１９（配列番号：３０２）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１４１ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１４１ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）の残基１又は約２０から約２４７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）のアミノ酸残基１又は約２０から約２４７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１４１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）の残基１又は約２０から約２４７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１４１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）のアミノ酸残基１又は約２０から約２４７に含まれる配列、又はその抗−ＰＲＯ１１４１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１４１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１４１断片は、天然ＰＲＯ１１４１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）の約１又は約２０から約２４７のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１４１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：３０４のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ３３１２８と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ２２１を参照）。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：３０５のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ３４２５６と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ２２２を参照）。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：３０６のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ４７９４１と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ２２３を参照）。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：３０７のヌクレオチド配列を含むここにＤＮＡ５４３８９と命名された発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ２２４を参照）。
【０１７２】
９６． ＰＲＯ１１３２
本出願において「ＰＲＯ１１３２」と命名されたセリンプロテアーゼ及びトリプシノーゲンと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９７６７−１４８９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）のアミノ酸残基約２３から約２９３の配列を有するＰＲＯ１１３２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２５（配列番号：３０８）のヌクレオチド約４２０又は約１２３２に含まれる核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１３２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９７６７−１４８９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９７６７−１４８９）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）のアミノ酸残基約２３から約２９３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）のアミノ酸残基約２３から約２９３の配列を有するＰＲＯ１１３２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）の残基約２３から約２９３に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１３２ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１３２ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１３２ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）の残基約２３から約２９３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）のアミノ酸残基約２３から約２９３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）の残基約２３から約２９３に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３２ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）のアミノ酸残基約２３から約２９３の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３２抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３２ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３２断片は、天然ＰＲＯ１１３２ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）のアミノ酸残基約２３から約２９３の配列を有するＰＲＯ１１３２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３２ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１３２抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１３２ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１３２ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１３２ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１７３】
９７． ＰＲＯ１３４６
本出願において「ＰＲＯ１３４６」（又はＮＬ７）と命名された、既知のＴＩＥリガンドと相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９７７６−１６００）が同定された。
一実施態様では、本発明はＮＬ７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）のアミノ酸残基約５１から約４６１の配列を有するＮＬ７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２７（配列番号：３１３）のヌクレオチド約１−３（ＡＴＧ）から約１３８１−１３８３（ＴＡＧストップコドンの前のＣＧＣ）の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＮＬ７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９７７６−１６００）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９７７６−１６００）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）のアミノ酸残基約５１から約４６１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）のアミノ酸残基約５１から約４６１の配列を有するＮＬ７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０００ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、開始メチオニンを持っているか持っていないＮＬ７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、又はその可溶型、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインはＮＬ７アミノ酸配列（Ｆｉｇ２２８、配列番号：３１４）のアミノ酸位置約３１からアミノ酸位置約５０まで伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）の残基約５１から約４６１に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、天然ＮＬ７ポリペプチドの断片をコードする、少なくとも約２００塩基長の単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＮＬ７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＮＬ７ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）の残基約５１から約４６１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）のアミノ酸残基約５１から約４６１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＮＬ７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）の残基約５１から約４６１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＮＬ７ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）のアミノ酸残基約５１から約４６１の配列、又はその抗−ＮＬ７抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＮＬ７ポリペプチドに関する。好ましくは、このＮＬ７断片は、天然ＮＬ７ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２２８（配列番号：３１４）のアミノ酸残基約５１から約４６１の配列を有するＮＬ７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＮＬ７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＮＬ７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＮＬ７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＮＬ７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＮＬ７ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１７４】
９８． ＰＲＯ１１３１
本出願において「ＰＲＯ１１３１」と命名されたＬＤＬレセプターと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９７７７−１４８０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１３１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）のアミノ酸残基約約１から約２８０の配列を有するＰＲＯ１１３１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２２９（配列番号：３１８）の残基約１４４から約９８３の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１３１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９７７７−１４８０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９７７７−１４８０）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）のアミノ酸残基約１から約２８０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）のアミノ酸残基約１から約２８０の配列を有するＰＲＯ１１３１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、ＰＲＯ１１３１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子をその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体として提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインは、Ｆｉｇ２３０、配列番号：３１９のアミノ酸位置約４９−７４と伸びるものとして仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）の残基約１から約２８０に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１３１ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１３１ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１３１ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）の残基１から約２８０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）のアミノ酸残基約１から約２８０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）の残基１から約２８０に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）のアミノ酸残基約１から約２８０の配列、又はその抗−ＰＲＯ１１３１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１３１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１１３１断片は、天然ＰＲＯ１１３１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）のアミノ酸残基約１から約２８０の配列を有するＰＲＯ１１３１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１３１ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１３１抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１３１ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１１３１ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１３１ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
他の実施態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３１（配列番号：３２０）のヌクレオチド配列を含むＤＮＡ４３５４６とここで命名した発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する。
【０１７５】
９９． ＰＲＯ１２８１
本出願において「ＰＲＯ１２８１」と命名された新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８２０−１５４９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）のアミノ酸残基約１６から約７７５の配列を有するＰＲＯ１２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３２（配列番号：３２５）の残基約２７３から約２５５２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１２８１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８２０−１５４９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８２０−１５４９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）のアミノ酸残基約１６から約７７５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）のアミノ酸残基約１６から約７７５の配列を有するＰＲＯ１２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約１５まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）の残基１６から約７７５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２８１ポリペプチドコード化配列の断片に係る。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１２８１ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２８１ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）の残基１６から約７７５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）のアミノ酸残基１６から約７７５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）の残基１６から約７７５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８１ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）のアミノ酸残基１６から約７７５の配列、又はその抗−ＰＲＯ１２８１抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８１ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１２８１断片は、天然ＰＲＯ１２８１ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）のアミノ酸残基約１６から約７７５の配列を有するＰＲＯ１２８１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１７６】
１００． ＰＲＯ１０６４
本出願において「ＰＲＯ１０６４」と命名された新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８２７−１４２６）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０６４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）のアミノ酸残基約１又は約２５から約１５３の配列を有するＰＲＯ１０６４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３４（配列番号：３３３）のヌクレオチド約５３２又は約６０４から約９９０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０６４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０８９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８２７−１４２６）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０８９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８２７−１４２６）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）のアミノ酸残基約１又は約２５から約１５３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）のアミノ酸残基約１又は約２５から約１５３の配列を有するＰＲＯ１０６４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約１０ヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１０６４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２４まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１０６４アミノ酸配列（Ｆｉｇ２３５、配列番号：３３４）のアミノ酸位置約８９からアミノ酸位置約１１０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）の残基１又は約２５から約１５３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１０６４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２３４（配列番号：３３３）に示すヌクレオチド配列から誘導されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０６４ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０６４ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）の残基１又は約２５から約１５３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）のアミノ酸残基１又は約２５から約１５３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）の残基１又は約２５から約１５３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６４ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）のアミノ酸残基１又は約２５から約１５３の配列、又はその抗−ＰＲＯ１０６４抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０６４ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１０６４断片は、天然ＰＲＯ１０６４ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）のアミノ酸残基約１又は約２５から約１５３の配列を有するＰＲＯ１０６４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
他の実施態様では、本発明は、配列番号：３３５のヌクレオチド配列を含むここでＤＮＡ４５２８８と命名した発現配列タグ（ＥＳＴ）を提供する（Ｆｉｇ２３６を参照）。
【０１７７】
１０１． ＰＲＯ１３７９
本出願において「ＰＲＯ１３７９」と命名された新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８２８−１６０８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３７９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）のアミノ酸残基約１８から約５７４の配列を有するＰＲＯ１３７９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３７（配列番号：３３９）の残基約６１から約１７３１に含まれる核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１３７９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８２８−１６０８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８２８−１６０８）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）のアミノ酸残基約１８から約５７４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）のアミノ酸残基約１８から約５７４の配列を有するＰＲＯ１３７９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有する単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１３７９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約１７まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）の残基１８から約５７４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３７９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１３７９ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３７９ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）の残基１８から５７４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）のアミノ酸残基１８から約５７４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３７９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）の残基１８から５７４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３７９ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）のアミノ酸残基１８から約５７４の配列、又はその抗−ＰＲＯ１３７９抗体に結合するのに十分な断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３７９ポリペプチドに関する。好ましくは、このＰＲＯ１３７９断片は、天然ＰＲＯ１３７９ポリペプチドの質的な生物学的活性を保持している。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）のアミノ酸残基約１８から約５７４の配列を有するＰＲＯ１３７９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１７８】
１０２． ＰＲＯ８４４
本出願において「ＰＲＯ８４４」と命名された新規なポリペプチドをコードする、プロテアーゼ阻害剤と配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８３８−１４６２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８４４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）のアミノ酸残基約１又は約２０から約１１１の配列を有するＰＲＯ８４４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使用されるところのアミノ酸又は核酸に関しての「又は」という用語は、ここに提供される二つの別の実施態様、つまり１−１１１又はもう一つの実施態様の２０−１１１を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２３９（配列番号：３４４）の残基約５又は６２から約３３７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８４４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８３８−１４６２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８３８−１４６２）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）のアミノ酸残基約１又は２０から約１１１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）のアミノ酸残基約１又は２０から約１１１の配列を有するＰＲＯ８４４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、中程度の緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）の残基１又は２０から約１１１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８４４ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８４４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）の残基１又は２０から１１１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）のアミノ酸残基１又は２０から約１１１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８４４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）の残基１又は２０から１１１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８４４ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４０（配列番号：３４５）のアミノ酸残基約１又は２０から約１１１の配列を有するＰＲＯ８４４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８４４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８４４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ８４４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ８４４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ８４４ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１７９】
１０３． ＰＲＯ８４８
本出願において「ＰＲＯ８４８」と命名された新規なポリペプチドをコードするシアリトランスフェラーゼと配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８３９−１４６１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ８４８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）のアミノ酸残基約１又は３６から約６００の配列を有するＰＲＯ８４８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使用されるところのアミノ酸又は核酸を指すためにここで使用されるところの「又は」という用語は、ここに提供される二つの別の実施態様、つまり１−６００又はもう一つの実施態様の３６−６００を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４１（配列番号：３４６）の残基約１又は２５１から約１９４５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ８４８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８８ヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８３９−１４６１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８３９−１４６１）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）のアミノ酸残基約１又は３６から約６００の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）のアミノ酸残基約１又は３６から約６００の配列を有するＰＲＯ８４８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）の残基１又は３６から約６００のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ８４８ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ８４８ポリペプチドを提供し、それは或る種の実施態様では、Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）の残基１又は３６から６００を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）のアミノ酸残基１又は３６から約６００の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８４８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）の残基１又は３６から６００のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ８４８ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４２（配列番号：３４７）のアミノ酸残基約１又は３６から約６００の配列を有するＰＲＯ８４８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ８４８ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ８４８抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ８４８ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ８４８ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ８４８ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１８０】
１０４． ＰＲＯ１０９７
本出願人は、グリコプロテアーゼファミリータンパク質及びアシルトランスフェラーゼＣｈｏＡｃｔａｓｅ／ＣＯＴ／ＣＰＴファミリーからのドメインをその中に有する新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８４１−１４６０）を同定し、該ポリペプチドを本出願において「ＰＲＯ１０９７」と命名した。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０９７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）のアミノ酸残基約１又は２１から約９１の配列を有するＰＲＯ１０９７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。アミノ酸又は核酸を指すここで使用されるところの「又は」という用語は、ここに提供される二つの別の実施態様、つまり１−９１又はもう一つの一実施態様の２１−９１を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４３（配列番号：３４８）の残基約３又は６３から約２７５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１０９７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４１−１４６０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４１−１４６０）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）のアミノ酸残基約１又は２１から約９１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）のアミノ酸残基約１又は２１から約９１の配列を有するＰＲＯ１０９７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明はＰＲＯ１０９７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、それはＮ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っても持たなくてもよい。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）の残基１又は２１から約９１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１０９７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０９７ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）の残基１又は２１から９１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）のアミノ酸残基１又は２１から約９１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０９７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）の残基１又は２１から９１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０９７ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４４（配列番号：３４９）のアミノ酸残基約１又は２１から約９１の配列を有するＰＲＯ１０９７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１０９７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１０９７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１０９７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することによる、天然ＰＲＯ１０９７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１０９７ポリペプチド、又は上記のアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１８１】
１０５． ＰＲＯ１１５３
本出願において「ＰＲＯ１１５３」と命名された新規なポリペプチドをコードする、二つの膜貫通ドメインを有し非常にプロリンリッチであるｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８４２−１５０２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）のアミノ酸残基約１から約１９７の配列を有するＰＲＯ１１５３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４５（配列番号：３５０）の残基約９２から約６８２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含むＰＲＯ１１５３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４２−１５０２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、核酸は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４２−１５０２）にコードされるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）のアミノ酸残基約１から約１９７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）のアミノ酸残基約１から約１９７の配列を有するＰＲＯ１１５３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に被験ＤＮＡ分子を単離することにより製造された単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明はＰＲＯ１１５３ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、あるいはそのようなコード化核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１５３アミノ酸配列（Ｆｉｇ２４６、配列番号：３５１）のアミノ酸位置約１０−２８及び８５−１１０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）の残基１から約１９７に含まれるアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体を含む単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された任意の単離された核酸配列にコードされる単離されたＰＲＯ１１５３ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５３ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）の残基１から１９７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）のアミノ酸残基１から約１９７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５３ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）の残基１から１９７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５３ポリペプチドに関する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）被験ＤＮＡ分子を、（ａ）Ｆｉｇ２４６（配列番号：３５１）のアミノ酸残基約１から約１９７の配列を有するＰＲＯ１１５３ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリッド形成させ、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合は、（ｉｉ）被験ＤＮＡ分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、そして（ｉｉｉ）細胞培地からポリペプチドを回収することにより製造されたポリペプチドを提供する。
【０１８２】
１０６． ＰＲＯ１１５４
本出願において「ＰＲＯ１１５４」と命名された新規なアミノペプチダーゼをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８４６−１５０３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）のアミノ酸残基約１又は３５から約９４１の配列を有するＰＲＯ１１５４ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４７（配列番号：３５２）の残基約８６又は１８８から約２９０８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１５４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４６−１５０３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９７８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４６−１５０３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）のアミノ酸残基約１又は３５から約９４１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）のアミノ酸残基約１又は３５から約９４１の配列を有するＰＲＯ１１５４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）の残基１又は３５から約９４１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、配列番号：３５３のアミノ酸１又は３５から約７３を有するポリペプチドをコードするＤＮＡから本質的になる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１５４ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）の残基１又は３５から９４１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
特定の態様では、本発明は配列番号：３５３のアミノ酸１又は３５から約７３を有するポリペプチドを提供する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）のアミノ酸残基１又は３５から約９４１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）の残基１又は３５から９４１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５４ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）のアミノ酸残基１又は３５から約９４１の配列、又は抗−ＰＲＯ１１５４抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５４ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１５４断片は天然ＰＲＯ１１５４ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２４８（配列番号：３５３）の約１又は３５から約９４１のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１５４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１５４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１５４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１５４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１５４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１５４ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１８３】
１０７． ＰＲＯ１１８１
本出願において「ＰＲＯ１１８１」と命名された新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８４７−１５１１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）のアミノ酸残基約１又は約１６から約４３７の配列を有するＰＲＯ１１８１ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２４９（配列番号：３５４）のヌクレオチド約１７又は約６２から約１３２７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１８１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４７−１５１１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４７−１５１１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）のアミノ酸残基１又は約１６から約４３７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも１０のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）のアミノ酸残基１又は約１６から約４３７の配列を有するＰＲＯ１１８１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴うか伴わないＰＲＯ１１８１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード核酸分子に相補的であるものを提供する。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）の配列のアミノ酸残基約１からアミノ酸位置約１５まで伸びるものとして試験的に同定された。膜貫通ドメインはＦｉｇ２５０のアミノ酸位置２４３−２６０にある。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）の残基１又は約１６から約４３７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１８１ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２４９（配列番号：３５４）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１８１ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８１ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）の残基１又は約１６から約４３７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）のアミノ酸残基１又は約１６から約４３７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）の残基１又は約１６から約４３７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８１ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）のアミノ酸残基１又は約１６から約４３７の配列、又は抗−ＰＲＯ１１８１抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８１ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１８１断片は天然ＰＲＯ１１８１ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）の約１又は約１６から約４３７のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１８１ポリペプチド、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０１８４】
１０８． ＰＲＯ１１８２
本出願において「ＰＲＯ１１８２」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするコングルチニンをコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８４８−１５１２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）のアミノ酸残基約１又は約２６から約２７１の配列を有するＰＲＯ１１８２ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５１（配列番号：３５６）のヌクレオチド約６７又は約１４２から約８７９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１８２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０８８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４８−１５１２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０８８のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４８−１５１２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）のアミノ酸残基１又は約２６から約２７１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも１０のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）のアミノ酸残基１又は約２６から約２７１の配列を有するＰＲＯ１１８２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴うか伴わないＰＲＯ１１８２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード核酸分子に相補的であるものを提供する。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）の配列のアミノ酸残基約１からアミノ酸位置約２５まで伸びるものとして試験的に同定された。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）の残基１又は約２６から約２７１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１８２ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２５１（配列番号：３５６）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１８２ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８２ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）の残基１又は約２６から約２７１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）のアミノ酸残基１又は約２６から約２７１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）の残基１又は約２６から約２７１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８２ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）のアミノ酸残基１又は約２６から約２７１の配列、又は抗−ＰＲＯ１１８２抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８２ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１８２断片は天然ＰＲＯ１１８２ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）の約１又は約２６から約２７１のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１８２ポリペプチド、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１８２ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１８２抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１８２ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１８２ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１８２ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１８５】
１０９． ＰＲＯ１１５５
本出願において「ＰＲＯ１１５５」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードする、ニューロキニンＢと配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８４９−１５０４）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）のアミノ酸残基約１又は１９から約１３５の配列を有するＰＲＯ１１５５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。核酸またはアミノ酸を指すためにここで使用されている「または」という用語は、別の実施態様をもたらすこと、すなわち１−１３５または他の実施態様の１９−１３５を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５３（配列番号：３５８）の残基約１５８又は約２１２から約５６２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１５５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４９−１５０４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９８６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８４９−１５０４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）のアミノ酸残基１又は１９から約１３５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）のアミノ酸残基約１９から約１３５の配列を有するＰＲＯ１１５５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）の残基１又は１９から約１３５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１５５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５５ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）の残基１又は１９から１３５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）のアミノ酸残基１又は１９から約１３５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）の残基１又は１９から１３５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５５ポリペプチドに関する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２５４（配列番号：３５９）の約１又は１９から約１３５のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１５５ポリペプチド、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１５５ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１５５抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１５５ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１５５ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１５５ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１８６】
１１０． ＰＲＯ１１５６
本出願において「ＰＲＯ１１５６」と命名された、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８５３−１５０５）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）のアミノ酸残基約２３から約１５９の配列を有するＰＲＯ１１５６ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５５（配列番号：３６０）の残基約２８１から約６８８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１５６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８５３−１５０５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９８５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８５３−１５０５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）のアミノ酸残基２３から約１５９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）のアミノ酸残基２３から約１５９の配列を有するＰＲＯ１１５６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴うか伴わないＰＲＯ１１５６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード核酸分子に相補的であるものを提供する。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）の配列のアミノ酸残基１からアミノ酸位置約２２まで伸びるものとして試験的に同定された。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）の残基２３から約１５９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明はＰＲＯ７８４コード配列又はその相補配列の断片を含んでなるハイブリッド形成プローブに関する。該ハイブリッド形成プローブは、好ましくは、少なくとも約２０ヌクレオチドから約８０ヌクレオチド、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチドを有する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１５６ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５６ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）の残基２３から１５９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）のアミノ酸残基２３から約１５９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）の残基２３から１５９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５６ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）のアミノ酸残基２３から約１５９の配列、又は抗−ＰＲＯ１１５６抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５６ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１５６断片は天然ＰＲＯ１１５６ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）の約２３から約１５９のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１５６ポリペプチド、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０１８７】
１１１． ＰＲＯ１０９８
本出願において「ＰＲＯ１０９８」と命名された、新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５９８５４−１４５９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１０９８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）のアミノ酸残基約１又は２０から約７８の配列を有するＰＲＯ１０９８ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここでアミノ酸又は核酸を指すために使用されるところの「又は」という用語は、個々に提供される二つの別の実施態様、つまり１−７８、又は他の実施態様の２０−７８を指す意味である。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５７（配列番号：３６２）の残基約５８又は１１５から約２９１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１０９８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８５４−１４５９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９７４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ５９８５４−１４５９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）のアミノ酸残基１又は２０から約７８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）のアミノ酸残基１又は２０から約７８の配列を有するＰＲＯ１０９８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）の残基１又は２０から約７８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１０９８ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１０９８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）の残基１又は２０から７８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）のアミノ酸残基１又は２０から約７８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０９８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）の残基１又は２０から７８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１０９８ポリペプチドに関する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２５８（配列番号：３６３）の約１又は２０から約７８のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１０９８ポリペプチド、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０１８８】
１１２． ＰＲＯ１１２７
本出願において「ＰＲＯ１１２７」と命名された新規な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０２８３−１４８４）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１２７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）のアミノ酸残基約１又は３０から約６７の配列を有するＰＲＯ１１２７ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使用されるところのアミノ酸又は核酸に関しての「又は」という用語は、二つの別の実施態様、つまり１−６７の一実施態様と、３０−６７の実施態様を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２５９（配列番号：３６４）の残基約１２６又は２１３から約３２６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１２７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０２８３−１４８４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０４３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０２８３−１４８４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）のアミノ酸残基約１又は３０から約６７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）のアミノ酸残基約１又は３０から約６７の配列を有するＰＲＯ１１２７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っていないＰＲＯ１１２７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供する。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２９まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）の残基１又は３０から約６７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１２７ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１２７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１２７ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）の残基１又は約３０から６７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）のアミノ酸残基１又は３０から約６７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）の残基１又は３０から６７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２７ポリペプチドに関する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）の約１又は３０から約６７のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１２７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し；被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１２７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１２７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１２７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１２７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１２７ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１８９】
１１３． ＰＲＯ１１２６
本出願において「ＰＲＯ１１２６」と命名された新規な分泌タンパク質をコードする、オルファクトメジンをコードしている核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０６１５−１４８３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１２６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）のアミノ酸残基約１又は約２６から約４０２の配列を有するＰＲＯ１１２６ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６１（配列番号：３６６）のヌクレオチド約１１０又は約１８５から約１３１５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１２６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６１５−１４８３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９８０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６１５−１４８３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）のアミノ酸残基１又は約２６から約４０２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも１０のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）のアミノ酸残基１又は約２６から約４０２の配列を有するＰＲＯ１１２６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴うか伴わないＰＲＯ１１２６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離核酸分子を提供し、あるいはそのようなコード核酸分子に相補的であるものを提供する。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）の配列のアミノ酸残基約１からアミノ酸位置約２５まで伸びるものとして試験的に同定された。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）の残基１又は約２６から約４０２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１２６ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２６１（配列番号：３６６）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１２６ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１２６ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）の残基１又は約２６から約４０２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）のアミノ酸残基１又は約２６から約４０２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）の残基１又は約２６から約４０２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２６ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）のアミノ酸残基１又は約２６から約４０２の配列、又は抗−ＰＲＯ１１２６抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２６ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１２６断片は天然ＰＲＯ１１２６ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）の約１又は約２６から約４０２のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１２６ポリペプチド、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１２６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１２６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１２６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１２６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１２６ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関
【０１９０】
１１４． ＰＲＯ１１２５
本出願において「ＰＲＯ１１２５」と命名された新規な分泌タンパク質をコードする、βトランスダシンファミリーＴｒｐ−Ａｓｐ（ＷＤ）保存領域を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０６１９−１４８２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１２５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）のアミノ酸残基約１又は２６から約４４７の配列を有するＰＲＯ１１２５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使用されるところの核酸又はアミノ酸を指す場合の「又は」は、二つの別の実施態様、つまり１−４４７と、２６−４４７を意味する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６３（配列番号：３６８）の残基約４７又は１２２から約１３８７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１２５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６１９−１４８２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９９３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６１９−１４８２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）のアミノ酸残基約１又は２６から約４４７の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）のアミノ酸残基約１又は２６から約４４７の配列を有するＰＲＯ１１２５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持つか持っていないＰＲＯ１１２５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性の、つまり膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、又はそのようなコード核酸分子に相補的であるものである。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２５まで伸びていると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）の残基１又は２６から約４４７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１２５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１２５ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）の残基１又は２６から４４７を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）のアミノ酸残基１又は２６から約４４７の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）の残基１又は２６から４４７のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２５ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）のアミノ酸残基２６から約４４７の配列、又は抗−ＰＲＯ１１２５抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２５ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１２５断片は天然ＰＲＯ１１２５ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２６４（配列番号：３６９）の約２６から約４４７のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１２５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１２５ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１２５抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１２５ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１２５ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
【０１９１】
１１５． ＰＲＯ１１８６
ベノムプロテインＡと配列同一性を有し、本出願において「ＰＲＯ１１８６」と命名された新規な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０６２１−１５１６）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８６ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）のアミノ酸残基約２０から約１０５の配列を有するＰＲＯ１１８６ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６５（配列番号：３７０）の残基約１４８から約４０５の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１８６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２１−１５１６）によりコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２１−１５１６）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）のアミノ酸残基約２０から約１０５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、かつ（ａ）Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）のアミノ酸残基約２０から約１０５の配列を有するＰＲＯ１１８６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）の残基２０から約１０５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１８６ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１８６ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８６ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）の残基２０から１０５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）のアミノ酸残基２０から約１０５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８６ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）の残基２０から１０５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８６ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）のアミノ酸残基２０から約１０５の配列、又は抗−ＰＲＯ１１８６抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８６ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１８６断片は天然ＰＲＯ１１８６ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）の約２０から約１０５のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１８６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し；被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１８６ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１８６抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１８６ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１８６ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１８６ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１９２】
１１６． ＰＲＯ１１９８
本出願において「ＰＲＯ１１９８」と命名された新規な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０６２２−１５２５）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１９８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）のアミノ酸残基約３５から約２２９の配列を有するＰＲＯ１１９８ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）の残基約１５６から約７４０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１９８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２２−１５２５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２２−１５２５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）のアミノ酸残基約３５から約２２９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）のアミノ酸残基約３５から約２２９の配列を有するＰＲＯ１１９８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１９８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供するか、そのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約３５まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）の残基３５から約２２９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１９８ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１９８ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１９８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）の残基３５から２２９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）のアミノ酸残基３５から約２２９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１９８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）の残基３５から２２９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１９８ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）のアミノ酸残基３５から約２２９の配列、又は抗−ＰＲＯ１１９８抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１９８ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１９８断片は天然ＰＲＯ１１９８ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）の約３５から約２２９のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１９８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０１９３】
１１７． ＰＲＯ１１５８
本出願において「ＰＲＯ１１５８」と命名された新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０６２５−１５０７）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）のアミノ酸残基約２０から約１２３の配列を有するＰＲＯ１１５８ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２６９（配列番号：３７４）の残基約２２０から約５３１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１５８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２５−１５０７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９７５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２５−１５０７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）のアミノ酸残基約２０から約１２３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）のアミノ酸残基約２０から約１２３の配列を有するＰＲＯ１１５８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１５８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供するか、そのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１９まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１５８アミノ酸配列（Ｆｉｇ２７０、配列番号：３７５）のアミノ酸位置約５６からアミノ酸位置約８０まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）の残基２０から約１２３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、ＰＲＯ１１５８コード化配列の断片、又はその相補配列を含んでなるハイブリッド形成プローブに関する。ハイブリッド形成プローブは、好ましくは少なくとも約２０から約８０ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約２０から約５０ヌクレオチドを有する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１５８ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）の残基２０から１２３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）のアミノ酸残基２０から約１２３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）の残基２０から１２３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５８ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）のアミノ酸残基２０から約１２３の配列、又は抗−ＰＲＯ１１５８抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５８ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１５８断片は天然ＰＲＯ１１５８ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）の約２０から約１２３のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１５８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０１９４】
１１８． ＰＲＯ１１５９
本出願において「ＰＲＯ１１５９」と命名された新規な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０６２７−１５０８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１５９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）のアミノ酸残基約１又は約１６から約９０の配列を有するＰＲＯ１１５９ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７１（配列番号：３７６）のヌクレオチド約９２又は約１３７から約３６１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１５９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２７−１５０８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２７−１５０８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）のアミノ酸残基約１又は約１６から約９０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも１０のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）のアミノ酸残基約１又は約１６から約９０の配列を有するＰＲＯ１１５９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１５９ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供するか、そのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１５まで伸びると仮に同定された。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）の残基１又は約１６から約９０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１５９ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２７１（配列番号：３７６）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１５９ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１５９ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）の残基１又は約１６から約９０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）のアミノ酸残基１又は約１６から約９０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５９ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）の残基１又は約１６から約９０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５９ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）のアミノ酸残基１又は約１６から約９０の配列、又は抗−ＰＲＯ１１５９抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１５９ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１１５９断片は天然ＰＲＯ１１５９ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）の約１又は約１６から約９０のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１５９ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０１９５】
１１９． ＰＲＯ１１２４
本出願において「ＰＲＯ１１２４」と命名された新規な分泌タンパク質をコードする、塩素イオンチャンネルタンパク質及び肺−内皮細胞接着分子−１（ＥＡＭ−１）と配列同一性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６０６２９−１４８１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１２４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）のアミノ酸残基約１又は２２から約９１９の配列を有するＰＲＯ１１２４ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。ここで使用されるところの「又は」、すなわち、１又は２２及び２５又は８８は、二つの別の実施態様を記載するために使用される。例えば、本発明はアミノ酸１から９１９を含み、また他の実施態様では、アミノ酸２２から９１９等々を提供する。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７３（配列番号：３７８）の残基約２５又は８８から約２７８１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１２４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２９−１４８１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０９９７９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６０６２９−１４８１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）のアミノ酸残基約１又は２２から約９１９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１２４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供し、又はそのコード化核酸分子に相補的である。細胞質末端もまた除外されうる。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）の配列のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２１まで伸びると試験的に同定されている。膜貫通ドメインは、アミノ酸配列（Ｆｉｇ２７４、配列番号：３７９）のアミノ酸位置約２８４からアミノ酸位置約３００及びアミノ酸位置約６１７からアミノ酸位置約６３３まで伸びると試験的に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）の残基１又は２２から約９１９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１２４ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１２４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）の残基１又は２２から９１９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）のアミノ酸残基１又は２２から約９１９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）の残基１又は２２から９１９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１２４ポリペプチドに関する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２７４（配列番号：３７９）の約１又は２２から約９１９のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１２４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１２４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１２４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１２４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１２４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１２４ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１９６】
１２０． ＰＲＯ１２８７
本出願において「ＰＲＯ１２８７」と命名された新規なポリペプチドをコードする、フリンジタンパク質をコードする核酸に対して相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６１７５５−１５５４）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２８７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）のアミノ酸残基約１又は約２８から約５３２の配列を有するＰＲＯ１２８７ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７５（配列番号：３８０）のヌクレオチド約６５５又は約７３６から約２２５０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１２８７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６１７５５−１５５４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１１２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６１７５５−１５５４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）のアミノ酸残基約１又は約２８から約５３２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
更なる態様では、本発明は、少なくとも１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）の１又は約２８から約５３２のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１２８７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、被験ＤＮＡ分子を単離することにより、生産される単離核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２８７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、又はそのコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）の配列のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２７まで伸びると試験的に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）の残基１又は約２８から約５３２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２８７ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２７５（配列番号：３８０）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１２８７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２８７ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）の残基１又は約２８から約５３２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）のアミノ酸残基１又は約２８から約５３２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）の残基１又は約２８から約５３２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８７ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）のアミノ酸残基１又は約２８から約５３２の配列、又は抗−ＰＲＯ１２８７抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２８７ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１２８７断片は天然ＰＲＯ１２８７ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）の約１又は約２８から約５３２のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１２８７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１２８７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１２８７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１２８７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１２８７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１２８７ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１９７】
１２１． ＰＲＯ１３１２
本出願において「ＰＲＯ１３１２」と命名された新規な膜貫通ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６１８７３−１５７４）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３１２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）のアミノ酸残基約１５から約２１２の配列を有するＰＲＯ１３１２ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７７（配列番号：３８６）の残基約４９から約６４２の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１３１２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６１８７３−１５７４）によりコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１３２のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６１８７３−１５７４）によりコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）のアミノ酸残基約１５から約２１２の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
更なる態様では、本発明は、少なくとも約５０のククレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）の約１５から約２１２のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３１２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、被験ＤＮＡ分子を単離することにより、生産される単離核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１３１２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供し、又はそのコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）の配列のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約１４まで伸びると試験的に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１３１２アミノ酸配列（Ｆｉｇ２７８、配列番号：３８７）のアミノ酸位置１４１からアミノ酸位置約１６０まで伸びると試験的に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）の残基１５から約２１２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３１２ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１３１２ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３１２ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）の残基１５から２１２を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）のアミノ酸残基１５から約２１２の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３１２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）の残基１５から２１２のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３１２ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）のアミノ酸残基１５から約２１２の配列、又は抗−ＰＲＯ１３１２抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３１２ポリペプチドに関する。好ましくは、ＰＲＯ１３１２断片は天然ＰＲＯ１３１２ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）の約１５から約２１２のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３１２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０１９８】
１２２． ＰＲＯ１１９２
本出願において「ＰＲＯ１１９２」と命名された、ミエリンＰ０タンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６２８１４−１５２１）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１９２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）のアミノ酸残基約２２から約２１５の配列を有するＰＲＯ１１９２ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２７９（配列番号：３８８）の残基約１８４から約７６４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１９２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８１４−１５２１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９３のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８１４−１５２１）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）のアミノ酸残基約２２から約２１５の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）のアミノ酸残基約２２から約２１５の配列を有するＰＲＯ１１９２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１９２ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）の配列のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約２１まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１１９２アミノ酸配列（Ｆｉｇ２８０、配列番号：３８９）のアミノ酸位置約１５３からアミノ酸位置約１７６まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）の残基２２から約２１５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１９２ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１９２ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１９２ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）の残基２２から２１５を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）のアミノ酸残基２２から約２１５の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１９２ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）の残基２２から２１５のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１９２ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）の２２から約２１５のアミノ酸残基の配列を有する単離されたＰＲＯ１１９２ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１１９２抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１１９２断片は天然ＰＲＯ１１９２ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）の約２２から約２１５のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１９２ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１９２ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１９２抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１９２ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１９２ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１９２ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０１９９】
１２３． ＰＲＯ１１６０
本出願において「ＰＲＯ１１６０」と命名された新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６２８７２−１５０９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１６０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）のアミノ酸残基約１又は約２０から約９０の配列を有するＰＲＯ１１６０ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）のヌクレオチド約４０又は約９７から約３０９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１６０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１００のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８７２−１５０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１００のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８７２−１５０９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）のアミノ酸残基１又は約２０から約９０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）のアミノ酸残基１又は約２０から約９０の配列を有するＰＲＯ１１６０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１１６０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１９まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）の残基１又は約２０から約９０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１６０ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２８１（配列番号：３９３）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１６０ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１６０ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）の残基１又は約２０から約９０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）のアミノ酸残基１又は約２０から約９０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１６０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）の残基１又は約２０から約９０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１６０ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）の１又は約２０から約９０のアミノ酸残基の配列を有する単離されたＰＲＯ１１６０ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１１６０抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１１６０断片は天然ＰＲＯ１１６０ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
またさらなる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）の約１又は約２０から約９０のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１６０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０２００】
１２４． ＰＲＯ１１８７
本出願において「ＰＲＯ１１８７」と命名され、エンド−β−１，４−キシラナーゼと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６２８７６−１５１７）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）のアミノ酸残基約１８から約１２０の配列を有するＰＲＯ１１８７ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８３（配列番号：３９８）の残基約１７２から約４８０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１８７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８７６−１５１７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８７６−１５１７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）のアミノ酸残基約１８から約１２０の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）のアミノ酸残基約１８から約１２０の配列を有するＰＲＯ１１８７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）の残基１８から約１２０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１８７ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１８７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８７ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）の残基１８から１２０を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）のアミノ酸残基１８から約１２０の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）の残基１８から１２０のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８７ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）のアミノ酸残基１８から約１２０の配列を有する単離されたＰＲＯ１１８７ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１１８７抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１１８７断片は天然ＰＲＯ１１８７ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）の約１８から約１２０のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１８７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１８７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１８７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１８７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１８７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１８７ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０１】
１２５． ＰＲＯ１１８５
本出願において「ＰＲＯ１１８５」と命名され、グルコース抑圧調節タンパク質ｔｕｐｌと配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６２８８１−１５１５）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１８５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）のアミノ酸残基約２２から約１９８の配列を有するＰＲＯ１１８５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８５（配列番号：４００）の残基約６７から約５９７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１８５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８８１−１５１５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９６のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６２８８１−１５１５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）のアミノ酸残基約２２から約１９８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）のアミノ酸残基約２２から約１９８の配列を有するＰＲＯ１１８５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）の残基２２から約１９８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１８５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１８５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１８５ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）の残基２２から１９８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）のアミノ酸残基２２から約１９８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）の残基２２から１９８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１８５ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）のアミノ酸残基２２から約１９８の配列を有する単離されたＰＲＯ１１８５ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１１８５抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１１８５断片は天然ＰＲＯ１１８５ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）の約２２から約１９８のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１８５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１８５ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１８５抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１８５ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１８５ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１８５ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０２】
１２６． ＰＲＯ１３４５
本出願において「ＰＲＯ１３４５」と命名される、テトラネクチンタンパク質をコードする核酸と相同性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６４８５２−１５８９）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３４５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）のアミノ酸残基約１又は約３２から約２０６の配列を有するＰＲＯ１３４５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８７（配列番号：４０２）のヌクレオチド約７又は約１００から約６２４の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１３４５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６４８５２−１５８９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１２７のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６４８５２−１５８９）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）のアミノ酸残基１又は約３２から約２０６の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）のアミノ酸残基約１又は約３２から約２０６の配列を有するＰＲＯ１３４５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１３４５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）の配列のアミノ酸位置約１又はアミノ酸１０からアミノ酸位置約３１まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）の残基１又は約３２から約２０６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３４５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２８７（配列番号：４０２）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１３４５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３４５ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）の残基１又は約３２から約２０６を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）のアミノ酸残基１又は約３２から約２０６の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３４５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）の残基１又は約３２から約２０６のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３４５ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）のアミノ酸残基１又は約３２から約２０６の配列を有する単離されたＰＲＯ１３４５ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１３４５抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１３４５断片は天然ＰＲＯ１３４５ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）の約１又は約３２から約２０６のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３４５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３４５ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３４５抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３４５ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１３４５ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３４５ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０３】
１２７． ＰＲＯ１２４５
本出願において「ＰＲＯ１２４５」と命名される、新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６４８８４−１５２７）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２４５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）のアミノ酸残基約１９から約１０４の配列を有するＰＲＯ１２４５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２８９（配列番号：４０７）の残基約１３３から約３９０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１２４５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６４８８４−１２４５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１５５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６４８８４−１２４５）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）のアミノ酸残基約１９から約１０４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）のアミノ酸残基約１９から約１０４の配列を有するＰＲＯ１２４５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２４５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１８まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）の残基１９から約１０４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２４５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１２４５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２４５ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）の残基１９から１０４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）のアミノ酸残基１９から約１０４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２４５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）の残基１９から１０４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２４５ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）のアミノ酸残基１９から約１０４の配列を有する単離されたＰＲＯ１２４５ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１２４５抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１２４５断片は天然ＰＲＯ１２４５ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）の約１９から約１０４のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１２４５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０２０４】
１２８． ＰＲＯ１３５８
本出願において「ＰＲＯ１３５８」と命名された、ＲＡＳＰ−１と配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６４８９０−１６１２）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３５８ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）のアミノ酸残基約１９から約４４４の配列を有するＰＲＯ１３５８ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）の残基約１４０から約１４１７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１３５８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６４８９０−１６１２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１３１のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６４８９０−１６１２）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）のアミノ酸残基約１９から約４４４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）のアミノ酸残基約１９から約４４４の配列を有するＰＲＯ１３５８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）の残基１９から約４４４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３５８ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約８０のヌクレオチド長から約１２０のヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１３５８ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３５８ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）の残基１９から４４４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）のアミノ酸残基１９から約４４４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３５８ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）の残基１９から４４４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３５８ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）のアミノ酸残基１９から約４４４の配列を有する単離されたＰＲＯ１３５８ポリペプチド、又はそれに対して特異的な抗−ＰＲＯ１３５８抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１３５８断片は天然ＰＲＯ１３５８ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）の約１９から約４４４のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３５８ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３５８ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３５８抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３５８ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１３５８ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３５８ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０５】
１２９． ＰＲＯ１１９５
本出願において「ＰＲＯ１１９５」と命名された、マウスのプロリンリッチ酸性タンパク質と配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６５４１２−１５２３）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１１９５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）のアミノ酸残基約２３から約１５１の配列を有するＰＲＯ１１９５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９３（配列番号：４１１）の残基約１２４から約５１０の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１１９５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６５４１２−１５２３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３０９４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６５４１２−１５２３）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）のアミノ酸残基約２３から約１５１の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）のアミノ酸残基約２３から約１５１の配列を有するＰＲＯ１１９５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）の残基２３から約１５１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１１９５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１１９５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１１９５ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）の残基２３から１５１を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）のアミノ酸残基２３から約１５１の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１９５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）の残基２３から１５１のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１１９５ポリペプチドに関する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）の約２３から約１５１のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１１９５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１１９５ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１１９５抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１１９５ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１１９５ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１１９５ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０６】
１３０． ＰＲＯ１２７０
本出願において「ＰＲＯ１２７０」と命名された、新規なポリペプチドをコードし、レクチンタンパク質をコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６６３０８−１５３７）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２７０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）のアミノ酸残基約１又は約１７から約３１３の配列を有するＰＲＯ１２７０ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９５（配列番号：４１３）のヌクレオチド約１０３または約１５１から約１０４１の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１２７０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６６３０８−１５３７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１５９のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６６３０８−１５３７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）のアミノ酸残基１又は約１７から約３１３の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも２８５のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）のアミノ酸残基約１又は約１７から約３１３の配列を有するＰＲＯ１２７０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２７０ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１６まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）の残基１又は約１７から約３１３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２７０ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ２９５（配列番号：４１３）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１２７０ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２７０ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）の残基１又は約１７から約３１３を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）のアミノ酸残基１又は約１７から約３１３の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２７０ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）の残基１又は約１７から約３１３のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２７０ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）のアミノ酸残基１又は約１７から約３１３の配列を有する単離されたＰＲＯ１２７０ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１２７０抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１２７０断片は天然ＰＲＯ１２７０ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）の約１又は約１７から約３１３のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１２７０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１２７０ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１２７０抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１２７０ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１２７０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１２７０ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０７】
１３１． ＰＲＯ１２７１
本出願において「ＰＲＯ１２７１」と命名された、セリン及びスレオニンリッチ領域を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６６３０９−１５３８）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１２７１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）のアミノ酸残基約３２から約２０８の配列を有するＰＲＯ１２７１ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９７（配列番号：４１５）の残基約１８７から約７１７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１２７１ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３２３５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６６３０９−１５３８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３２３５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６６３０９−１５３８）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）のアミノ酸残基３２から約２０８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）のアミノ酸残基約３２から約２０８の配列を有するＰＲＯ１２７１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１２７１ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）の配列のアミノ酸位置１からアミノ酸位置約３１まで伸びると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１２７１アミノ酸配列（Ｆｉｇ２９８、配列番号：４１６）のアミノ酸位置約１６６からアミノ酸位置約１８７まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）の残基３２から約２０８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１２７１ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１２７１ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１２７１ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）の残基３２から２０８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）のアミノ酸残基３２から約２０８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２７１ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）の残基３２から２０８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１２７１ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）のアミノ酸残基３２から約２０８の配列を有する単離されたＰＲＯ１２７１ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１２７１抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１２７１断片は天然ＰＲＯ１２７１ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）の約３２から約２０８のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１２７１ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１２７１ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１２７１抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１２７１ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１２７１ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１２７１ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０８】
１３２． ＰＲＯ１３７５
本出願において「ＰＲＯ１３７５」と命名された、ＰＵＴ２と配列同一性を有する新規なポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６７００４−１６１４）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３７５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）のアミノ酸残基約１から約１９８の配列を有するＰＲＯ１３７５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ２９９（配列番号：４１７）の残基約１０４から約６９７の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１３７５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６７００４−１６１４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１１５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６７００４−１６１４）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）のアミノ酸残基約１から約１９８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）のアミノ酸残基約１から約１９８の配列を有するＰＲＯ１３７５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、ＰＲＯ１３７５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子でその可溶型、すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化変異体を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。膜貫通ドメインは、配列番号：４１８のアミノ酸位置約１１−２８（ＩＩ型）及び１０３−１２５として仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）の残基１から約１９８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３７５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１３７５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３７５ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）の残基１から１９８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）のアミノ酸残基１から約１９８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３７５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）の残基１から１９８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３７５ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）のアミノ酸残基１から約１９８の配列を有する単離されたＰＲＯ１３７５ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１３７５抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１３７５断片は天然ＰＲＯ１３７５ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）の約１から約１９８のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３７５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３７５ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３７５抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３７５ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１３７５ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３７５ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２０９】
１３３． ＰＲＯ１３８５
本出願において「ＰＲＯ１３８５」と命名された新規な分泌ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６８８６９−１６１０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３８５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）のアミノ酸残基約１又は約２９から約１２８の配列を有するＰＲＯ１３８５ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０１（配列番号：４１９）のヌクレオチド約２６又は約１１０から約４０９の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１３８５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６８８６９−１６１０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１６４のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６８８６９−１６１０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）のアミノ酸残基１又は約２９から約１２８の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも２４５のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）のアミノ酸残基１又は約２９から約１２８の配列を有するＰＲＯ１３８５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持っているか持っていないＰＲＯ１３８５ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子を提供し、又はそのようなコード化核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）の配列のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約２８まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）の残基１又は約２９から約１２８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３８５ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ３０１（配列番号：４１９）に示されたヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１３８５ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３８５ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）の残基１又は約２９から約１２８を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）のアミノ酸残基１又は約２９から約１２８の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８５ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）の残基１又は約２９から約１２８のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８５ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）のアミノ酸残基１又は約２９から約１２８の配列を有する単離されたＰＲＯ１３８５ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１３８５抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１３８５断片は天然ＰＲＯ１３８５ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）の約１又は約２９から約１２８のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３８５ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
【０２１０】
１３４． ＰＲＯ１３８７
本出願において「ＰＲＯ１３８７」と命名された新規な分泌タンパク質をコードする、ミエリンをコードする核酸と相同性を有するｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ６８８７２−１６２０）が同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３８７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）のアミノ酸残基約１又は約２０から約３９４の配列を有するＰＲＯ１３８７ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０３（配列番号：４２１）のヌクレオチド約８５又は約１４２から約１２６６の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１３８７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６８８７２−１６２０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１６０のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ６８８７２−１６２０）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）のアミノ酸残基１又は約２０から約３９４の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも３９５のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）のアミノ酸残基１又は約２０から約３９４の配列を有するＰＲＯ１３８７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持つか持っていないＰＲＯ１３８７ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子、及びその可溶性、つまり膜貫通ドメインが欠失又は不活性化された変異体を提供し、又はそのようなコード核酸分子に相補的である。シグナルペプチドは、Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）のアミノ酸位置約１からアミノ酸位置約１９まで伸びていると仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１３８７アミノ酸配列（Ｆｉｇ３０４、配列番号：４２２）のアミノ酸位置２７５からアミノ酸位置約２９６まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）の残基１又は約２０から約３９４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３８７ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長であり、Ｆｉｇ３０３（配列番号：４２１）に示したヌクレオチド配列から取り出されうる。
他の実施態様では、本発明は、上記において特定された単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１３８７ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３８７ポリペプチドを提供し、それはある実施態様では、Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）の残基１又は約２０から約３９４を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）のアミノ酸残基１又は約２０から約３９４の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８７ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）の残基１又は約２０から約３９４のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８７ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）のアミノ酸残基１又は約２０から約３９４の配列を有する単離されたＰＲＯ１３８７ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１３８７抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１３８７断片は天然ＰＲＯ１３８７ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）の約１又は約２０から約３９４のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３８７ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３８７ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３８７抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３８７ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１３８７ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３８７ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２１１】
１３５． ＰＲＯ１３８４
本出願において「ＰＲＯ１３８４」と命名されたＮＫＧ２−Ｄタンパク質と相同性を有する新規な分泌タンパク質をコードする、ここで「ＤＮＡ７１１５９」と呼ぶｃＤＮＡクローンが同定された。
一実施態様では、本発明はＰＲＯ１３８４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸は、（ａ）Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）のアミノ酸残基約１から約２２９の配列を有するＰＲＯ１３８４ポリペプチドコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０５（配列番号：４２３）の残基約１８２から約８６８の核酸の補体にハイブリッド形成するＤＮＡを含んでなるＰＲＯ１３８４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリッド形成は緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で起こる。
さらなる態様では、本発明は（ａ）ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ７１１５９−１６１７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するＤＮＡを含んでなる単離された核酸分子に関する。好適な実施態様では、核酸はＡＴＣＣ寄託番号２０３１３５のヒトタンパク質ｃＤＮＡ（ＤＮＡ７１１５９−１６１７）にコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡを含んでなる。
またさらなる態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）のアミノ酸残基約１から約２２９の配列と少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる態様では、本発明は、少なくとも約５０のヌクレオチド、好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチドを有し、（ａ）Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）のアミノ酸残基約１から約２２９の配列を有するＰＲＯ１３８４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成させ、ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合に、被験ＤＮＡ分子を単離することにより生産される単離された核酸分子に関する。
特定の態様では、本発明は、ＰＲＯ１３８４ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む単離された核酸分子でその膜貫通ドメインが欠失又は不活性化されたものを提供し、又はそのようなコード核酸分子に相補的であるものである。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１３８４アミノ酸配列（Ｆｉｇ３０６、配列番号：４２４）のアミノ酸位置約３２からアミノ酸位置約５７まで伸びると仮に同定されている。
他の態様では、本発明は、（ａ）Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）の残基１から約２２９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのポリペプチドをコードするＤＮＡ、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
他の実施態様は、ハイブリッド形成プローブとしての用途が見いだされるＰＲＯ１３８４ポリペプチドコード化配列の断片に関する。このような核酸断片は、約２０から約８０ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約６０ヌクレオチド長、より好ましくは約２０から約５０ヌクレオチド長、最も好ましくは約２０から約４０ヌクレオチド長である。
他の実施態様では、本発明は、上記した単離された核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯ１３８４ポリペプチドを提供する。
特定の態様では、本発明は単離された天然配列ＰＲＯ１３８４ポリペプチドを提供し、それは一実施態様では、Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）の残基１から２２９を含むアミノ酸配列を含んでいる。
他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）のアミノ酸残基１から約２２９の配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８４ポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）の残基１から２２９のアミノ酸配列と比較したときに少なくとも約８０％ポジティブ、好ましくは少なくとも約８５％ポジティブ、より好ましくは少なくとも約９０％ポジティブ、最も好ましくは少なくとも約９５％ポジティブのスコアのアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ１３８４ポリペプチドに関する。
さらに他の態様では、本発明は、Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）のアミノ酸残基１から約２２９の配列を有する単離されたＰＲＯ１３８４ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１３８４抗体に対する結合部位を提供するのに十分なその断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１３８４断片は天然ＰＲＯ１３８４ポリペプチドの定性的生物活性を保持する。
また更なる態様では、本発明は、（ｉ）（ａ）Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）の約１から約２２９のアミノ酸残基の配列を有するＰＲＯ１３８４ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体と、緊縮性条件下で被験ＤＮＡ分子をハイブリッド形成し、被験ＤＮＡ分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性を有する場合、（ｉｉ）ポリペプチドの発現に適した条件下で被験ＤＮＡ分子を含んでなる宿主細胞を培養し、（ｉｉｉ）細胞培養からポリペプチドを回収することにより、生産されるポリペプチドを提供する。
さらに他の実施態様では、本発明は天然ＰＲＯ１３８４ポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特定の実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ１３８４抗体である。
さらなる実施態様では、本発明は、天然ＰＲＯ１３８４ポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターすることによる、天然ＰＲＯ１３８４ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ１３８４ポリペプチド、又は上述したアゴニスト又はアンタゴニストを、製薬的に許容される担体とともに含んでなる組成物に関する。
【０２１２】
１３６． さらなる実施態様
本発明の他の実施態様では、本発明は上述の又は下記のポリペプチドの任意のものをコードするＤＮＡを含んでなるベクターを提供する。そのようなベクターを含んでなる宿主細胞もまた提供される。例を挙げると、宿主細胞はＣＨＯ細胞、大腸菌、又は酵母でありうる。上述の又は下記のポリペプチドの任意のものを生産するための方法が更に提供され、これは、所望のポリペプチドの発現に適した条件下で宿主細胞を培養し、細胞培養から所望のポリペプチドを回収することを含んでなる。
他の実施態様では、本発明は、異種性ポリぺプチド又はアミノ酸配列に融合した上述の又は下記のポリペプチドの任意のものを含んでなるキメラ分子を提供する。そのようなキメラ分子の例は、免疫グロブリンのＦｃ領域又はエピトープタグ配列に融合した上述の又は下記のポリペプチドの任意のものが含まれる。
他の実施態様では、本発明は上述の又は下記のポリペプチドの任意のものに特異的に結合する抗体を提供する。場合によっては、抗体はモノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗体断片又は１本鎖抗体である。
さらに他の実施態様では、本発明は、ゲノム及びｃＤＮＡヌクレオチド配列を単離するために有用なオリゴヌクレオチドプローブを提供し、ここでこれらプローブは上述の又は下記のヌクレオチド配列の任意のものから取り出されうる。
他の実施態様では、本発明はＰＲＯポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示された全長アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長アミノ酸配列又はここに開示した膜貫通タンパク質の細胞外ドメインを有するＰＲＯポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９０％の酸配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有しているヌクレオチド配列を含んでなる。
他の態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示された全長ＰＲＯポリペプチドｃＤＮＡのコード配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長ＰＲＯポリペプチドｃＤＮＡのコード配列又はここに開示した膜貫通ＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメインのコード配列、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９０％の酸配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有しているヌクレオチド配列を含んでなる。
【０２１３】
さらなる態様では、本発明は、（ａ）ここに開示されたＡＴＴＣに寄託されたヒトタンパク質ｃＤＮＡの任意のものによりコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、又は（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の補体に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９０％の酸配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有しているヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子に関する。
本発明の他の態様は、膜貫通ドメインが欠失されているか膜貫通ドメインが不活性化されているＰＲＯポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を提供し、またはそのようなコードヌクレオチド配列に相補的であり、ここでそのようなポリペプチドの膜貫通ドメインがここに開示される。従って、ここに記載されたＰＲＯポリペプチドの可溶性細胞外ドメインが考慮される。
他の実施態様は、例えばハイブリッド形成プローブとしての又は抗ＰＲＯ抗体に対する結合部位を含んでなるポリペプチドを場合によってはコードするＰＲＯポリペプチドの断片をコードするための用途が見出されるＰＲＯポリペプチドコード配列の断片に関する。そのような核酸断片は通常少なくとも約２０のヌクレオチド長さ、好ましくは少なくとも約３０のヌクレオチド長さ、より好ましくは少なくとも約４０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約５０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約６０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約７０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約８０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約９０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１１０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１２０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１３０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１４０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１５０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１６０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１７０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１８０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１９０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約２００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約２５０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約３００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約３５０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約４００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約４５０のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約５００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約６００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約７００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約８００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約９００のヌクレオチド長さ、更により好ましくは少なくとも約１０００のヌクレオチド長さであり、ここで、「約」という用語は、その参照長さのプラス又はマイナス１０％の参照ヌクレオチド配列長さを意味する。ＰＲＯポリペプチドコードヌクレオチド配列の新規な断片は、多くのよく知られた配列アラインメントプログラムの任意のものを使用してＰＲＯポリペプチドコードヌクレオチド配列を他の既知のヌクレオチド配列にアラインメントさせ、どのＰＲＯポリペプチドコードヌクレオチド配列断片が新規であるかを決定することにより常套的に決定することができることに留意される。そのようなＰＲＯポリペプチドコードヌクレオチド配列の全てがここで考慮される。また考慮されるものは、これらのヌクレオチド分子断片によりコードされるＰＲＯポリペプチド断片、好ましくは抗ＰＲＯ抗体に対する結合部位を含んでなるＰＲＯポリペプチド断片である。
他の実施態様では、本発明は上記において特定した単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯポリペプチドを提供する。
【０２１４】
ある態様では、本発明は、ここに開示された全長アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長アミノ酸配列又はここに開示した膜貫通タンパク質の細胞外ドメインを有するＰＲＯポリペプチドに対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９０％の酸配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、ここに開示されたＡＴＴＣに寄託されたヒトタンパク質ｃＤＮＡの任意のものによりコードされるアミノ酸配列に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約８９％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９０％の酸配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９１％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９２％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９３％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９４％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９５％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９６％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９７％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９８％の配列同一性、更により好ましくは少なくとも約９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯポリペプチドに関する。
さらなる態様では、本発明は、ここに開示された全長アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長アミノ酸配列又はここに開示された膜貫通タンパク質の細胞外ドメインを有するＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と比較したとき、少なくとも約８０％のポジティブ、好ましくは少なくとも約８１％のポジティブ、より好ましくは少なくとも約８２％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約８３％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約８４％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約８５％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約８６％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約８７％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約８８％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約８９％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９０％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９１％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９２％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９３％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９４％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９５％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９６％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９７％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９８％のポジティブ、更により好ましくは少なくとも約９９％のポジティブのスコアを示すアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯポリペプチドに関する。
【０２１５】
特定の態様では、本発明は、Ｎ末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持たない単離されたＰＲＯポリペプチドを提供し、それは上述したそのようなアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列によりコードされる。これを生産する方法もまたここに記載され、ここで、これらの方法はＰＲＯポリペプチドの発現に適した条件下で適当なコード化核酸分子を含むベクターを含んでなる宿主細胞を培養し、細胞培養からＰＲＯポリペプチドを回収することを含んでなる。
本発明の他の態様は、膜貫通ドメインが欠失されたか膜貫通ドメインが不活性化された単離されたＰＲＯポリペプチドを提供する。これを生産する方法もまたここに記載され、ここで、これらの方法はＰＲＯポリペプチドの発現に適した条件下で適当なコード化核酸分子を含むベクターを含んでなる宿主細胞を培養し、細胞培養からＰＲＯポリペプチドを回収することを含んでなる。
さらに他の実施態様では、本発明は、ここで同定される天然ＰＲＯポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは抗−ＰＲＯ抗体又は小分子である。
さらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストを同定する方法に関し、それは、ＰＲＯポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ＰＲＯポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することを含む。好ましくは、ＰＲＯポリペプチドは天然ＰＲＯポリペプチドである。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯポリペプチド、又はここに記載するＰＲＯポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニスト、又は抗−ＰＲＯ抗体を、担体と組み合わせて含有する物質の組成物に関する。場合によっては、担体は製薬的に許容される担体である。
本発明の他の実施態様は、上述のＰＲＯポリペプチド、そのアゴニスト又はアンタゴニスト又は抗ＰＲＯ抗体に応答性である症状の治療に有用な医薬の調製のための、ＰＲＯポリペプチド、またはそのアゴニスト又はアンタゴニスト又は抗ＰＲＯ抗体の使用に関する。
【０２１６】
（好適な実施態様の詳細な説明）
Ｉ．定義
ここで使用される際の「ＰＲＯポリペプチド」及び「ＰＲＯ」という用語は、直後に数値符号がある場合に種々のポリペプチドを指し、完全な符号（例えば、ＰＲＯ／数字）は、ここに記載する特定のポリペプチド配列を意味する。ここで使用される「ＰＲＯ／数字ポリペプチド」及び「ＰＲＯ／数字」は、天然配列ポリペプチド及び変異体（ここで更に詳細に定義する）を含む。ここの記載されるＰＲＯポリペプチドは、ヒト組織型又は他の供給源といった種々の供給源から単離してもよく、組換え又は合成方法によって調製してもよい。
「天然配列ＰＲＯポリペプチド」は、天然由来の対応するＰＲＯポリペプチドと同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含んでいる。このような天然配列ＰＲＯポリペプチドは、自然から単離することもできるし、組換え又は合成手段により生産することもできる。「天然配列ＰＲＯポリペプチド」という用語には、特に、特定のＰＲＯポリペプチドの自然に生じる切断又は分泌形態（例えば、細胞外ドメイン配列）、自然に生じる変異形態（例えば、選択的にスプライシングされた形態）及びそのポリペプチドの自然に生じる対立遺伝子変異体が含まれる。本発明の種々の実施態様において、ここに開示されている天然配列ＰＲＯポリペプチドは、関連する図に示されている全長アミノ酸配列を含有する成熟又は全長天然配列ポリペプチドである。開始及び終止コドンは、太い書体及び下線で図中に示さている。しかし、関連する図に開示されているＰＲＯポリペプチドがメチオニン残基で開始すると図のアミノ酸位置１において示されている一方で、図のアミノ酸位置１より上流又は下流のいずれかに位置する他のメチオニン残基が、ＰＲＯポリペプチドの開始アミノ酸残基として用いられることが考えられるし可能である。
【０２１７】
ＰＲＯポリペプチド「細胞外ドメイン」又は「ＥＣＤ」は、膜貫通及び細胞質ドメインを実質的に有しないＰＲＯポリペプチドの形態を意味する。通常、ＰＲＯポリペプチドＥＣＤは、それらの膜貫通及び／又は細胞質ドメインを１％未満、好ましくはそのようなドメインを０．５％未満しか持たない。本発明のＰＲＯポリペプチドについて同定された任意の膜貫通ドメインは、疎水性ドメインのその型を同定するために当該分野において日常的に使用される基準に従い同定されることが理解されるであろう。膜貫通ドメインの厳密な境界は変わり得るが、最初に同定されたドメインのいずれかの末端から約５アミノ酸を越えない可能性が高い。従って、ＰＲＯポリペプチド細胞外ドメインは、場合によっては、実施例又明細書おいてに同定された膜貫通ドメインのいずれかの末端から約５を越えないアミノ酸を含みうるし、付着のシグナルペプチドを有する又は有しないそのようなポリペプチド及びそれらをコードする核酸は、本発明において考慮される。
ここに開示する種々のＰＲＯポリペプチドの「シグナルペプチド」の適切な位置は、本明細書と添付の図面に示される。しかし、注記するように、シグナルペプチドのＣ−末端境界は変化しうるが、ここで最初に定義したようにシグナルペプチドＣ−末端境界のいずれかの側で約５アミノ酸未満である可能性が最も高く、シグナルペプチドのＣ−末端境界は、そのような型のアミノ酸配列成分を同定するのに日常的に使用される基準に従って同定しうる（例えば、Ｎｉｅｌｓｅｎ等， Ｐｒｏｔ． Ｅｎｇ． １０： １−６ （１９９７）及びｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ等， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ． Ｒｅｓ． １４： ４６８３−４６９０ （１９８６））。さらに、幾つかの場合には、分泌ポリペプチドからのシグナルペプチドの切断は完全に均一ではなく、一以上の分泌種をもたらすことも認められる。シグナルペプチドがここに定義されるシグナルペプチドのＣ−末端境界の何れかの側の約５アミノ酸未満内で切断されるこれらの成熟ポリペプチド、及びそれらをコードするポリヌクレオチドは、本発明で考慮される。
【０２１８】
「ＰＲＯポリペプチド変異体」とは、上記又は下記に定義されるように、ここに開示される全長天然配列ＰＲＯポリペプチド、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯの細胞外ドメイン又はここに開示された全長ＰＲＯポリペプチドの他の断片と、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する活性ＰＲＯポリペプチドを意味する。このようなＰＲＯポリペプチド変異体には、例えば、全長天然アミノ酸配列のＮ−又はＣ−末端において一又は複数のアミノ酸残基が付加、もしくは欠失されたＰＲＯポリペプチドが含まれる。通常、ＰＲＯポリペプチド変異体は、ここに開示される全長天然アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯの細胞外ドメイン又はここに開示された全長ＰＲＯポリペプチドの他の断片と、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８６％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８７％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９１％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％のアミノ酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％のアミノ酸配列同一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有している。通常は、ＰＲＯ変異体ポリペプチドは、少なくとも約１０アミノ酸長、より多くは少なくとも約２０アミノ酸長、より多くは少なくとも約３０アミノ酸長、より多くは少なくとも約４０アミノ酸長、より多くは少なくとも約５０アミノ酸長、より多くは少なくとも約６０アミノ酸長、より多くは少なくとも約７０アミノ酸長、より多くは少なくとも約８０アミノ酸長、より多くは少なくとも約９０アミノ酸長、より多くは少なくとも約１００アミノ酸長、より多くは少なくとも約１５０アミノ酸長、より多くは少なくとも約２００アミノ酸長、より多くは少なくとも約３００アミノ酸長、又はそれ以上である。
【０２１９】
ここに定義されるＰＲＯポリペプチドに対してここで同定されている「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、ＰＲＯポリペプチドのアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ−２プログラム用の完全なソースコードが下記の表１に提供されている配列比較プログラムＡＬＩＧＮ−２を使用することによって得られ。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテク社によって作成され、下記の表１に示したソースコードは米国著作権事務所， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．， ２０５５９に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２はジェネンテク社、Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから好適に入手可能であり、下記の表１に提供されたソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、ＵＮＩＸオペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄでの使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され変動しない。
【０２２０】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いれれる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２のＡ及びＢのアラインメントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。この方法を用いた％アミノ酸配列同一性の計算の例として、「ＰＲＯ」が対象となる仮説的ＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列を表し、「比較タンパク質」が対象となる「比較」タンパク質が比較されているアミノ酸配列を表し、そして「Ｘ」、「Ｙ」及び「Ｚ」の各々が異なった仮説的アミノ酸残基を表し、表２及び３は、「比較タンパク質」と称されるアミノ酸配列の「ＰＲＯ」と称されるアミノ酸配列に対する％アミノ酸配列同一性の計算方法を示す。
【０２２１】
特に断らない限りは、ここでの全ての％アミノ酸配列同一性値は上記のようにＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、％アミノ酸配列同一性値は、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２コンピュータプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて決定してもよい。さらに、殆どのＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２検索パラメータは初期値に設定される。初期値に設定されない、即ち調節可能なパラメータは以下の値に設定する：オーバーラップスパン＝１、オーバーラップフラクション＝０．１２５、ワード閾値（Ｔ）＝１１、及びスコアリングマトリクス＝ＢＬＯＳＵＭ６２。ここでの目的のために、％アミノ酸配列同一性値は、（ａ）天然ＰＲＯポリペプチドから誘導された配列を有する対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と、対象とする比較アミノ酸配列（即ち、対象とするＰＲＯポリペプチドが比較されるＰＲＯポリペプチド変異体であってもよい配列）との間の、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２によって決定した一致する同一アミノ酸残基の数を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプチドの残基の総数で除した商によって決定される。例えば、「アミノ酸配列Ｂに対して少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を持つ又は持っているアミノ酸配列Ａを含んでなるポリペプチド」という表現では、アミノ酸配列Ａが対象とする比較アミノ酸配列であり、アミノ酸配列Ｂが対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列である。
【０２２２】
また、％アミノ酸配列同一性は、配列比較プログラムＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５： ３３８９−３４０２ （１９９７））を用いて決定してもよい。ＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２配列比較プログラムは、ｈｔｔｐ：／／ｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖからダウンロードできる。ＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては初期値に設定され、例えば、ｕｎｍａｓｋ＝可、鎖＝全て、予測される発生＝１０、最小低複合長＝１５／５、マルチパスｅ−値＝０．０１、マルチパスの定数＝２５、最終ギャップアラインメントのドロップオフ＝２５、及びスコアリングマトリクス＝ＢＬＯＳＵＭ６２を含む。
アミノ酸配列比較にＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２が用いれれる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２のＡ及びＢのアラインメントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。
【０２２３】
「ＰＲＯ変異体ポリヌクレオチド」又は「ＰＲＯ変異体核酸配列」とは、下記に定義されるように、活性ＰＲＯポリペプチドをコードする核酸分子であり、ここに開示する全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠いた全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示するＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメイン、又はここに開示する全長ＰＲＯポリペプチド配列の他の任意の断片をコードする核酸配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する。通常は、ＰＲＯ変異体ポリペプチドヌクレオチドは、ここに開示する全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠いた全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示するＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメイン、又はここに開示する全長ＰＲＯポリペプチドの他の任意の断片をコードする核酸配列と、少なくとも約８０％の核酸配列同一性、好ましくは少なくとも約８１％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８２％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８３％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８４％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８５％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８６％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８７％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８８％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約８９％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９０％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９１％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９２％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９３％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９４％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９５％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９６％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９７％の核酸配列同一性、より好ましくは少なくとも約９８％の核酸配列同一性、そして、より好ましくは少なくとも約９９％の核酸配列同一性を有している。変異体は、天然ヌクレオチド配列を含まない。
通常は、ＰＲＯ変異体ポリヌクレオチドは、少なくとも約３０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約６０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約９０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約１２０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約１５０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約１８０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約２１０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約２４０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約２７０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約３００ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約４５０ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約６００ヌクレオチド長、より多くは少なくとも約９００ヌクレオチド長、又はそれ以上である。
【０２２４】
ここで同定されるＰＲＯコード化核酸配列に対する「パーセント（％）核酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、ＰＲＯ配列のヌクレオチドと同一である候補配列中のヌクレオチドのパーセントとして定義される。パーセント核酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の知る範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能である。ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ−２プログラム用の完全なソースコードが下記の表１に提供されている配列比較プログラＡＬＩＧＮ−２を使用することによって得られ。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテク社によって作成され、下記の表１に示したソースコードは米国著作権事務所，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．， ２０５５９に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２はジェネンテク社、Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから好適に入手可能であり、下記の表１に提供されたソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、ＵＮＩＸオペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄでの使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され変動しない。
【０２２５】
核酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いれれる状況では、与えられた核酸配列Ｃの、与えられた核酸配列Ｄとの、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｄと、又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は含む与えられた核酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｗ／Ｚの１００倍
ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２のＣ及びＤのアラインメントによって同一であると一致したスコアの核酸残基の数であり、ＺはＤの全核酸残基数である。
核酸配列Ｃの長さがアミノ酸配列Ｄの長さと異なる場合、ＣのＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。この方法を用いた％核酸配列同一性の計算の例として、「ＰＲＯ−ＤＮＡ」が対象となる仮説的ＰＲＯコード化核酸配列を表し、「比較ＤＮＡ」が対象となる「ＰＲＯ−ＤＮＡ」核酸分子が比較されている核酸配列を表し、そして「Ｎ」、「Ｌ」及び「Ｖ」の各々が異なった仮説的アミノ酸残基を表し、表４及び５が「比較ＤＮＡ」と称される核酸配列の「ＰＲＯ−ＤＮＡ」と称される核酸配列に対する％核酸配列同一性の計算方法を示す。
【０２２６】
特に断らない限りは、ここでの全ての％核酸配列同一性値は、直上のパラグラフに示したようにＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、％核酸配列同一性値は、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２コンピュータプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて決定してもよい。さらに、殆どのＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２検索パラメータは初期値に設定される。初期値に設定されない、即ち調節可能なパラメータは以下の値に設定する：オーバーラップスパン＝１、オーバーラップフラクション＝０．１２５、ワード閾値（Ｔ）＝１１、及びスコアリングマトリクス＝ＢＬＯＳＵＭ６２。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２が用いられた場合、％核酸配列同一性値は、（ａ）天然配列ＰＲＯポリペプチドコード化核酸から誘導された配列を有する対象とするＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子の核酸配列と、対象とする比較核酸配列（即ち、対象とするＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子が比較されるＰＲＯポリペプチド変異体であってもよい配列）との間の、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２によって決定した一致する同一核酸残基の数を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子のヌクレオチドの総数で除した商によって決定される。例えば、「核酸配列Ｂに対して少なくとも８０％の核酸配列同一性を持つ又は持っている核酸配列Ａを含んでなるポリペプチド」という表現では、核酸配列Ａが対象とする比較核酸配列であり、核酸配列Ｂが対象とするＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子の核酸配列である。
【０２２７】
また、％核酸配列同一性は、配列比較プログラムＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５： ３３８９−３４０２ （１９９７））を用いて決定してもよい。ＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２配列比較プログラムは、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖからダウンロードできる。ＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては初期値に設定され、例えば、ｕｎｍａｓｋ＝可、鎖＝全て、予測される発生＝１０、最小低複合長＝１５／５、マルチパスｅ−値＝０．０１、マルチパスの定数＝２５、最終ギャップアラインメントのドロップオフ＝２５、及びスコアリングマトリクス＝ＢＬＯＳＵＭ６２を含む。
核酸配列比較にＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２が用いれれる状況では、与えられた核酸配列Ｃの、与えられた核酸配列Ｄとの、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与えられた核酸配列Ｄと、又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は含む与えられた核酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｗ／Ｚの１００倍
ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２のＣ及びＤのアラインメントによって同一であると一致したスコアの核酸残基の数であり、ＺはＤの全核酸残基数である。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合、ＣのＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。
他の実施態様では、ＰＲＯ変異体ポリペプチドヌクレオチドは、活性ＰＲＯポリペプチドをコードし、好ましくは緊縮性ハイブリッド形成及び洗浄条件下で、ここに開示する全長ＰＲＯポリペプチドをコードするヌクレオチド配列にハイブリッド形成する核酸分子である。ＰＲＯ変異体ポリペプチドは、ＰＲＯ変異体ポリヌクレオチドにコードされるものであってもよい。
【０２２８】
「陽性（ポジティブ）」という用語は、上記のように実施された配列比較の中で、比較された配列において同一ではないが類似の特性を有している残基（例えば、保存的置換の結果として、下記の表６参照）を含む。ここでの目的のために、陽性の％値は、（ａ）天然ＰＲＯポリペプチドから誘導された配列を有する対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と、対象とする比較アミノ酸配列（即ち、ＰＲＯポリペプチド配列が比較されるアミノ酸配列）との間の、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２のＢＬＯＳＵＭ６２マトリクス内でポジティブな値を記録したアミノ酸残基の数を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸残基の総数で除した商によって決定される。
特に断らない限り、陽性の％値は、直上のパラグラフに記載したようにして計算される。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、ＡＬＩＧＮ−２及びＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２について上記したように実施されるアミノ酸配列同一性には、同一のみならず類似した特性をもつ配列におけるアミノ酸残基を含む。対象とするアミノ酸残基に対して陽性とされたアミノ酸残基は、対象とするアミノ酸残基と同一であるか、又は対象とするアミノ酸残基の好ましい置換（下記の表６に定義）であるものである。
ＡＬＩＧＮ−２又はＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２を用いたアミノ酸配列比較では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する陽性の％値（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２又はＮＣＢＩ−ＢＬＡＳＴ２のＡ及びＢのアラインメントによって陽性であるとされたスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢに対する％陽性は、ＢのＡに対する％陽性とは異なることが理解されるであろう。
【０２２９】
「単離された」とは、ここで開示された種々のポリペプチドを記述するために使用するときは、その自然環境の成分から同定され分離され及び／又は回収されたポリペプチドを意味する。その自然環境の汚染成分とは、そのポリペプチドの診断又は治療への使用を典型的には妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様において、ポリペプチドは、（１）スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るのに充分なほど、あるいは、（２）クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色を用いた非還元あるいは還元条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均一性まで精製される。単離されたポリペプチドには、ＰＲＯポリペプチドの自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツのタンパク質が含まれる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチドは少なくとも１つの精製工程により調製される。
「単離された」ＰＲＯポリペプチドコード化核酸は、同定され、ＰＲＯポリペプチドをコードする核酸の天然源に通常付随している少なくとも１つの汚染核酸分子から分離された核酸分子である。単離されたＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子は、天然に見出される形態あるいは設定以外のものである。ゆえに、単離されたＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子は、天然の細胞中に存在するＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子とは区別される。しかし、単離されたＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子は、例えば、核酸分子が天然細胞のものとは異なった染色体位置にあるＰＲＯポリペプチドを通常発現する細胞に含まれるＰＲＯポリペプチド核酸分子を含む。
【０２３０】
「コントロール配列」という表現は、特定の宿主生物において作用可能に結合したコード配列を発現するために必要なＤＮＡ配列を指す。例えば原核生物に好適なコントロール配列は、プロモーター、場合によってはオペレータ配列、及びリボソーム結合部位を含む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。
核酸は、他の核酸配列と機能的な関係にあるときに「作用可能に結合し」ている。例えば、プレ配列あるいは分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に参画するプレタンパク質として発現されているなら、そのポリペプチドのＤＮＡに作用可能に結合している；プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影響を及ぼすならば、コード配列に作用可能に結合している；又はリボソーム結合部位は、もしそれが翻訳を容易にするような位置にあるなら、コード配列と作用可能に結合している。一般的に、「作用可能に結合している」とは、結合したＤＮＡ配列が近接しており、分泌リーダーの場合には近接していて読みフェーズにあることを意味する。しかし、エンハンサーは必ずしも近接している必要はない。結合は簡便な制限部位でのライゲーションにより達成される。そのような部位が存在しない場合は、従来の手法に従って、合成オリゴヌクレオチドアダプターあるいはリンカーが使用される。
【０２３１】
「抗体」という用語は最も広い意味において使用され、例えば、単一の抗−ＰＲＯポリペプチドモノクローナル抗体（アゴニスト、アンタゴニスト、及び中和抗体を含む）、多エピトープ特異性を持つ抗−ＰＲＯ抗体組成物、一本鎖抗−ＰＲＯ抗体、及び抗−ＰＲＯ抗体の断片を包含している（下記参照）。ここで使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団、すなわち、構成する個々の抗体が、少量存在しうる自然に生じる可能性のある突然変異を除いて同一である集団から得られる抗体を称する。
ハイブリッド形成反応の「緊縮性」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリッド形成は、一般的に、相補的鎖がその融点に近いがそれより低い環境に存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリッド形成可能な配列との間の所望の相同性の程度が高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をより緊縮性にするが、低い温度は緊縮性を低下させる。さらに、緊縮性は塩濃度に逆比例する。ハイブリッド形成反応の緊縮性の更なる詳細及び説明は、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， （１９９５）を参照のこと。
【０２３２】
ここで定義される「緊縮性条件」又は「高度の緊縮性条件」は、（１）洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃において０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いるもの；（２）ハイブリッド形成中にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃において５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドと０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６．５のリン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを用いるもの；（３）４２℃における５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５ｘデンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％のデキストラン硫酸と、４２℃における０．２ｘＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中の洗浄及び５５℃での５０％ホルムアミド、次いで５５℃におけるＥＤＴＡを含む０．１ｘＳＳＣからなる高緊縮性洗浄を用いるものによって同定される。
「中程度の緊縮性条件」は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ等， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ （Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ： Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， １９８９に記載されているように同定され、上記の緊縮性より低い洗浄溶液及びハイブリッド形成条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度の緊縮性条件は、２０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５ｘデンハード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中の３７℃での終夜インキュベーション、次いで１ｘＳＳＣ中３７−５０℃でのフィルターの洗浄といった条件である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかを認識するであろう。
【０２３３】
「エピトープタグ」なる用語は、ここで用いられるときは、「タグポリペプチド」に融合したＰＲＯポリペプチド、又はそれらのドメイン配列を含んでなるキメラポリペプチドを指す。タグポリペプチドは、その抗体が産生され得るエピトープ、又は幾つかの他の試薬によって同定できるエピトープを提供するに十分な数の残基を有しているが、その長さは対象とするＰＲＯポリペプチドの活性を阻害しないよう充分に短い。また、タグポリペプチドは、好ましくは、抗体が他のエピトープと実質的に交差反応をしないようにかなり独特である。適切なタグポリペプチドは、一般に、少なくとも６のアミノ酸残基、通常は約８〜約５０のアミノ酸残基（好ましくは約１０〜約２０の残基）を有する。
ここで用いられる「イムノアドヘシン」なる用語は、異種タンパク質（「アドヘシン」）の結合特異性と免疫グロブリン定常ドメインとを結合した抗体様分子を指す。構造的には、イムノアドヘシンは、所望の結合特異性を持ち、抗体の抗原認識及び結合部位以外である（即ち「異種の」）アミノ酸配列と、免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合物を含む。イムノアドヘシン分子のアドへシン部分は、典型的には少なくともレセプター又はリガンドの結合部位を含む隣接アミノ酸配列である。イムノアドヘシンの免疫グロブリン定常ドメイン配列は、ＩｇＧ−１、ＩｇＧ−２、ＩｇＧ−３又はＩｇＧ−４サブタイプ、ＩｇＡ（ＩｇＡ−１及びＩｇＡ−２を含む）、ＩｇＥ、ＩｇＤ又はＩｇＭなどの任意の免疫グロブリンから得ることができる。
【０２３４】
ここで意図している「活性な」及び「活性」とは、天然又は天然発生ＰＲＯポリペプチドの生物学的及び／又は免疫学的活性を保持するＰＲＯの形態を意味し、「生物学的」活性とは、天然又は天然発生ＰＲＯによって生ずる（阻害性又は刺激性の）生物学的機能であって、天然又は天然発生ＰＲＯが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能力を除くものを意味し、「免疫学的」活性とは、天然又は天然発生ＰＲＯが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能力を意味する。
「アンタゴニスト」なる用語は最も広い意味で用いられ、ここに開示した天然ＰＲＯポリペプチドの生物学的活性を阻止、阻害、又は中和する任意の分子を指す。同様に「アゴニスト」なる用語は最も広い意味で用いられ、ここに開示した天然ＰＲＯポリペプチドの生物学的活性を模倣する任意の分子を指す。好適なアゴニスト又はアンタゴニスト分子は特に、アゴニスト又はアンタゴニスト抗体又は抗体断片、天然ＰＲＯポリペプチドの断片又はアミノ酸配列変異体、ペプチド、有機小分子、などを含む。ＰＲＯポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法は、ＰＲＯポリペプチドを候補アンタゴニスト又はアゴニストと接触させ、ＰＲＯポリペプチドに通常付随する一又は複数の生物学的活性の変化を測定することを含みうる。
【０２３５】
ここで使用される「治療」とは、治癒的処置、予防的療法及び防止的療法の両方を意味し、患者は標的とする病理学的状態又はしっかんを防止又は低下（減少）させられる。治療が必要なものとは、既に疾患に罹っているもの、並びに疾患に罹りやすいもの又は疾患が防止されているものを含む。
「慢性」投与とは、急性様式とは異なり連続的な様式での薬剤を投与し、初期の治療効果（活性）を長時間に渡って維持することを意味する。「間欠」投与とは、中断無く連続的になされるのではなく、むしろ本質的に周期的になされる処理である。
治療の対象のための「哺乳動物」は、ヒト、家庭及び農業用動物、動物園、スポーツ、又はペット動物、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、ウサギなどを含む哺乳類に分類される任意の動物を意味する。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
一又は複数の治療薬と「組み合わせた」投与とは、同時（同時期）及び任意の順序での連続した投与を含む。
【０２３６】
ここで用いられる「担体」は、製薬的に許容されうる担体、賦形剤、又は安定化剤を含み、用いられる用量及び濃度でそれらに暴露される細胞又は哺乳動物に対して非毒性である。生理学的に許容されうる担体は、水性ｐＨ緩衝溶液であることが多い。生理学的に許容されうる担体の例は、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸塩のバッファー；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；疎水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン又はリシン；グルコース、マンノース又はデキストランを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；マンニトール又は祖ルビトール等の糖アルコール；ナトリウム等の塩形成対イオン；及び／又は非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（商品名）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、及びＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商品名）を含む。
【０２３７】
「抗体断片」は、無傷の抗体の一部、好ましくは無傷の抗体の抗原結合又は可変領域を含む。抗体断片の例は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ（ｄｉｓｂｏｄｉｅｓ）；直鎖状抗体（Ｚａｐａｔａ等， Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ． ８（１０）： １０５７−１０６２ ［１９９５］）；一本鎖抗体分子；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片を生成し、その各々は単一の抗原結合部位を持ち、残りは容易に結晶化する能力を反映して「Ｆｃ」断片と命名される。ペプシン処理はＦ（ａｂ’）２断片を生じ、それは２つの抗原結合部位を持ち、抗原を交差結合することができる。
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識及び結合部位を含む最小の抗体断片である。この領域は、密接に非共有結合した１本の重鎖と１本の軽鎖の可変領域の二量体からなる。この配置において各ドメインの３つのＣＤＲが相互作用してＶＨ−ＶＬに量体の表面に抗原結合部位を決定する。正しくは、６つのＣＤＲｓが抗体にたいする抗原結合特異性を持つ。しかしながら、単一の可変ドメイン（又は抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含んでなるＦｖの半分）でさえ、結合部位全体よりは低い親和性であるが、抗原を認識し結合する能力を持つ。
またＦａｂ断片は、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に幾つかの残基が付加されていることによりＦａｂ断片と相違する。ここで、Ｆａｂ’−ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基が遊離のチオール基を持つＦａｂ’を表す。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、最初はＦａｂ’断片の対として生成され、それらの間にヒンジシステインを有する。抗体断片の他の化学的結合も知られている。
【０２３８】
任意の脊椎動物種からの抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ及びラムダと呼ばれる二つの明らかに異なる型の一方に分類される。
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に依存して、免疫グロブリンは異なるクラスに分類できる。免疫グロブリンの五つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、それらの幾つかは更にサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ及びＩｇＡ２に分類される。
「一本鎖Ｆｖ」又は「ｓＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含む抗体断片を含み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖に存在する。好ましくは、ＦｖポリペプチドはＶＨ及びＶＬドメイン間にポリペプチドリンカーを更に含み、それはｓＦＶが抗原結合に望まれる構造を形成するのを可能にする。ｓｃＦｖの概説については、Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， ｖｏｌ． １１３， Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ及びＭｏｏｒｅ編， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ｐｐ． ２６９−３１５ （１９９４）のＰｌｕｃｋｔｈｕｎを参照のこと。
用語「ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｉｅｓ）」は、二つの抗原結合部位を持つ小型の抗体断片を指し、その断片は同じポリペプチド鎖（ＶＨ−ＶＬ）内で軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に結合した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。同じ鎖の二つのドメイン間に対形成するには短すぎるリンカーを用いることにより、ドメインは強制的に他の鎖の相補的ドメインと対形成して二つの抗原結合部位を生成する。ダイアボディは、例えば、ＥＰ ４０４，０９７； ＷＯ ９３／１１１６１； 及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ９０： ６４４４−６４４８ （１９９３）により十分に記載されている。
【０２３９】
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から同定され分離及び／又は回収されたものである。その自然環境の汚染成分とは、その抗体の診断又は治療への使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様において、抗体は、（１）ローリ法（Ｌｏｗｒｙ ｍｅｔｈｏｄ）で測定した場合９５％を越える抗体、最も好ましくは９９重量％を越えるまで、（２）スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るのに充分なほど、あるいは、（３）クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色を用いた非還元あるいは還元条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均一性まで精製される。単離された抗体には、抗体の自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツの抗体が含まれる。しかしながら、通常は、単離された抗体は少なくとも１つの精製工程により調製される。
「標識」なる語は、ここで用いられる場合、抗体に直接又は間接的に抱合して「標識」抗体を生成する検出可能な化合物又は組成物を意味する。標識は、それ自身検出可能でもよく（例えば、放射性標識又は蛍光標識）、又は酵素標識の場合、検出可能な基質化合物又は組成物の化学変換を触媒してもよい。
「固相」とは、本発明の抗体がそれに付着することのできる非水性マトリクスを意味する。ここに意図する固相の例は、部分的又は全体的に、ガラス（例えば、孔制御ガラス）、多糖類（例えばアガロース）、ポリアクリルアミド、ポリスチレン、ポリビニルアルコール及びシリコーンから形成されたものを含む。或る種の実施態様では、内容に応じて、固相はアッセイプレートのウェルを構成することができ；その他では精製カラム（例えばアフィニティクロマトグラフィーカラム）とすることもできる。また、この用語は、米国特許第４，２７５，１４９号に記載されたような、別個の粒子の不連続な固相も包含する。
「リポソーム」は、種々の型の脂質、リン脂質及び／又は界面活性剤からなる小型の小胞であり、哺乳動物への薬物（ＰＲＯポリペプチド又はその抗体など）の輸送に有用である。リポソームの成分は、通常は生体膜の脂質配列に類似する二層形式に配列させる。
「小分子」とは、ここで、約５００ダルトン未満の分子量を持つと定義される。
【０２４０】
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【０２４１】
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【０２４２】
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【０２４３】
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【０２４４】
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【０２４５】
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【０２４６】
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【０２４７】
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【０２４８】
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【０２４９】
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【０２５０】
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【０２５１】
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【０２５２】
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【０２５３】
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【０２５４】
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【０２５５】
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【０２５６】
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【０２５７】
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【０２５８】
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【０２５９】
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【０２６０】
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【０２６１】
ＩＩ． 本発明の組成物と方法
Ａ．全長ＰＲＯポリペプチド
本発明は、本出願でＰＲＯポリペプチドと呼ばれるポリペプチドをコードする新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に下記の実施例でさらに詳細に説明するように、種々のＰＲＯポリペプチドをコードするｃＤＮＡが同定され単離された。別々の発現ラウンドで生成されたタンパク質には異なるＰＲＯ番号が与えられるが、ＵＮＱ番号は全ての与えられたＤＮＡ及びコード化タンパク質に独特であり、変わることはないことを記しておく。しかしながら、単純化のために、本明細書において、ここに開示した全長天然核酸分子にコードされるタンパク質並びに上記のＰＲＯの定義に含まれるさらなる天然相同体及び変異体は、それらの起源又は調製形式に関わらず、「ＰＲＯ／番号」で呼称する。
下記の実施例に開示するように、種々のｃＤＮＡクローンがＡＴＣＣに寄託されている。これらのクローンの正確なヌクレオチド配列は、この分野で日常的な方法を用いて寄託されたクローンを配列決定することにより容易に決定することができる。予測されるアミノ酸配列は、ヌクレオチド配列から常套的技量を用いて決定できる。ここに記載したＰＲＯポリペプチド及びコード化核酸について、本出願人は、現時点で入手可能な配列情報と最も良く一致するリーディングフレームであると考えられるものを同定した。
【０２６２】
１．全長ＰＲＯ２８１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ２８１（ＵＮＱ２４４）と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ２８１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ２８１（Ｆｉｇ２及び配列番号：２に示す）がラットＴＥＧＴタンパク質と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ２８１が新規に同定されたＴＥＧＴ相同体であり、そのタンパク質に典型的な活性を有すると考えられている。
２．全長ＰＲＯ２７６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ２７６（ＵＮＱ２４３）と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ２７６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。知りうる限り、ＤＮＡ１６４３５−１２０８配列はここでＰＲＯ２７６と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して配列同一性を持たないことが明らかとなった。見出された配列同一性の同定は下記の実施例に列挙する。
【０２６３】
３．全長ＰＲＯ１８９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１８９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１８９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の知識では、ＤＮＡ２１６２４−１３９１ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して配列同一性を持たないことが明らかとなった。
４．全長ＰＲＯ１９０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１９０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１９０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１９０コード化クローンは、ヒト網膜ライブラリから単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ２３３３４−１３９２ヌクレオチド配列は新規な多重膜貫通スパンニングタンパク質をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントプログラムを用いて、ＣＭＰ−シアル酸及びＵＤＰ−ガラクトーストランスポーターと或る程度の配列同一性があり、ＰＲＯ１９０がトランスポーターに関連すること及びＰＲＯ１９０が新規なトランスポーターでありうることを示している。
【０２６４】
５．全長ＰＲＯ３４１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ３４１（ＵＮＱ３００）と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ３４１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ２６２８８−１２３９クローンはヒト胎盤ライブラリから単離した。知りうる限り、ＤＮＡ２６２８８−１２３９配列はここでＰＲＯ３４１と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して有意な配列同一性を持たないことが明らかとなった。
６．全長ＰＲＯ１８０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１８０（ＵＮＱ１５４）と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１８０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ２６８４３−１３８９クローンはヒト胎盤ライブラリから、アミラーゼスクリーンから単離したＤＮＡ１２９２２から形成したオリゴを用いて単離した。知りうる限り、ＤＮＡ２６８４３−１３８９配列は、ここでＰＲＯ１８０と命名される新規な因子をコードする。
【０２６５】
７．全長ＰＲＯ１９４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１９４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１９４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１９４コード化クローンは、ヒト胎児肺ライブラリから単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ２６８４４−１３９４ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して有意な配列同一性を持たないことが明らかとなった。
８．全長ＰＲＯ２０３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ２０３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ２０３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ２０３がＧＳＴ ＡＴＰａｓｅと配列同一性を有していることを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ２０３ポリペプチドがＡＴＰａｓｅファミリーの新たに同定されたメンバーであり、ＧＳＴ ＡＴＰａｓｅに典型的な活性を有すると考えられている。
【０２６６】
９．全長ＰＲＯ２９０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ２９０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ２９０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
Ｆｉｇ２３（配列番号：３３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いた、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ２９０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列との間の配列同一性が明らかになった：Ｐ＿Ｒ９９８００， ＣＣ４Ｈ＿ＨＵＭＡＮ， ＹＣＳ２＿ＹＥＡＳＴ， ＣＥＦ３５Ｇ１２＿１３， ＨＳＦＡＮ＿１， ＭＭＵ５２４６１＿１， ＭＭＵ７００１５＿１， ＨＳＵ６７６１５＿１， ＣＥＴ０１Ｈ１０＿８及びＣＥＬＴ２８Ｆ２＿６。
現在では、ＰＲＯ２９０は上記のタンパク質の一又は複数に関連する細胞内タンパク質であると考えられている。
１０．全長ＰＲＯ８７４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８７４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８７４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＰＲＯ８７４コード化クローンは、ヒト胎児肺ライブラリから単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ４０６２１−１４４０ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。しかし、ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性が明らかとなった。
【０２６７】
１１．全長ＰＲＯ７１０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ７１０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ７１０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ７１０がＣＤＣ４５タンパク質と有意な類似性を有していることを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ７１０ポリペプチドが新たに同定されたＣＤＣ４５相同体であると考えられている。
１２．全長ＰＲＯ１１５１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、天然配列ＰＲＯ１１５１（Ｆｉｇ３０及び配列番号：４７に示す）がヒト３０ｋＤ脂肪細胞補体−関連前駆体タンパク質（ＡＣＲ３ ＨＵＭＡＮ）と或るアミノ酸配列同一性を有していることが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１５１が補体タンパク質ファミリーの新たに同定されたメンバーであり、そのファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０２６８】
１３．全長ＰＲＯ１２８２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２８２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２８２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ４５４９５−１５５０配列は、ここでＰＲＯ１２８２と命名される新規な因子をコードする。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、下記の実施例で議論するように、ＰＲＯ１２８２と他のロイシンリッチ反復タンパク質との間に或る程度の配列同一性が明らかとなり、ロイシンリッチ反復スーパーファミリーの新規なメンバーが同定されたことを示している。
１４．全長ＰＲＯ３５８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ３５８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、新規なヒトＴｏｌｌポリペプチド（ＰＲＯ３５８）をコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメント分析を用いて、本出願人は、ＰＲＯ３５８のコード化配列が、ＧｅｎＢａｎｋのＤＮＡ配列ＨＳＵ＿８８５４０＿１， ＨＳＵ８８８７８＿１， ＨＳＵ８８８７９＿１， ＨＳＵ８８８８０＿１， ＨＳ８８８８１＿１， 及びＨＳＵ７９２６０＿１と有意な相同性を示すことを見出した。但し、ＨＳＵ７９２６０＿１を除き、記載したタンパク質はヒトｔｏｌｌ様レセプターとして同定されている。
従って現在では、本出願で開示されたＰＲＯ３５８タンパク質は、ショウジョウバエタンパク質Ｔｏｌｌの新規に同定されたヒト相同体であり、適応免疫において重要な役割を担うであろうと考えられている。より詳細には、ＰＲＯ３５８は、炎症、敗血性ショック、及び病原に対する反応に含まれており、免疫反応によって悪化する多様な医学的状態、例えば、糖尿病、ＡＬＳ、癌、慢性関節リウマチ、及び潰瘍などにおいて役割を果たしうる。病原パターン認識レセプター、微生物上の保存された分子構造の存在の検知としてのＰＲＯ３８５の役割は、本出願で開示されるデータによって更に支持され、公知のヒトＴｏｌｌ様レセプター、ＴＬＲ２はＬＰＳシグナル伝達の直接メディエータであることを示している。
【０２６９】
１５．全長ＰＲＯ１３１０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３１０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３１０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３１０（Ｆｉｇ３６及び配列番号：６２に示す）は、カルボキシペプチダーゼＸ２と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１３１０が新規に同定されたカルボキシペプチダーゼファミリーのメンバーであり、カルボキシル末端アミノ酸除去活性を有すると考えられている。
１６．全長ＰＲＯ６９８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ６９８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ６９８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ６９８ポリペプチドがオルファクトメジン（ｏｌｆａｃｔｏｍｅｄｉｎ）タンパク質と有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ６９８が新規に同定されたオルファクトメジン相同体であると考えられている。
【０２７０】
１７．全長ＰＲＯ７３２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ７３２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ７３２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ７３２ポリペプチドがヒト胎盤Ｄｉｆｆ３３タンパク質と有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ７３２ポリペプチドが新規に同定されたＤｉｆｆ３３相同体であると考えられている。
１８．全長ＰＲＯ１１２０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１２０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１２０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１２０（Ｆｉｇ４７及び配列番号：８４に示す）は、Ｄａｙｈｏｆｆ（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）データベースで各々ＣＥＬＫ０９Ｃ４＿１及びＧＬ６Ｓ＿ＨＵＭＡＮと称される公知のスルファターゼと或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１１２０が新規に同定されたスルファターゼファミリーのメンバーであり、スルファターゼの典型的な活性を有すると考えられている。
【０２７１】
１９．全長ＰＲＯ５３７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ５３７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ５３７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＤＮＡ４９１４１−１４３１クローンはヒト胎盤ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列のために選択する捕捉技術を用いて単離した。知りうる限り、ＤＮＡ４９１４１−１４３１配列は、ここでＰＲＯ５３７と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と有意な配列同一性が無いことが明らかになった。
２０．全長ＰＲＯ５３６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ５３６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ５３６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＤＮＡ４９１４２−１４３０クローンはヒト乳児脳ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列のために選択する捕捉技術を用いて単離した。知りうる限り、ＤＮＡ４９１４２−１４３０配列は、ここでＰＲＯ５３６と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と有意な配列同一性が無いことが明らかになった。
【０２７２】
２１．全長ＰＲＯ５３５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ５３５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ５３５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ５３５（Ｆｉｇ５３及び配列番号：９９に示す）は、推定ペプチジル−プロリルイソメラーゼタンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ５３５が新規に同定されたイソメラーゼタンパク質ファミリーのメンバーであり、これらのタンパク質に典型的な活性を有すると考えられている。
２２．全長ＰＲＯ７１８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ７１８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ７１８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ７１８−コード化クローンはヒト胎児肺ライブラリから単離した。本出願人の知識では、ＤＮＡ４９６４７−１３９８ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と有意な配列同一性が無いことが明らかになった。
【０２７３】
２３．全長ＰＲＯ８７２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８７２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８７２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ８７２ポリペプチドがデヒドロゲナーゼと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ８７２ポリペプチドが新規に同定されたデヒドロゲナーゼファミリーのメンバーであり、デヒドロゲナーゼ活性を有すると考えられている。
２４．全長ＰＲＯ１０６３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０６３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０６３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１０６３ポリペプチドがヒトＩＶ型コラゲナーゼタンパク質と有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１０６３ポリペプチドが新規に同定されたコラゲナーゼ相同体であると考えられている。
【０２７４】
２５．全長ＰＲＯ６１９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ６１９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ６１９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ６１９（Ｆｉｇ６８及び配列番号：１１７に示す）は、ＶｐｒｅＢ３と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ６１９が新規に同定されたＩｇＧスーパーファミリーのメンバーであり、発達中のＢ細胞に関連する代理の軽鎖の組立及び／又は成分に関連する活性を有すると考えられている。
２６．全長ＰＲＯ９４３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ９４３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ９４３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ９４３（Ｆｉｇ７０及び配列番号：１１９に示す）は、繊維芽成長因子レセプター−４タンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ９４３が新規に同定された繊維芽成長因子レセプターファミリーのメンバーであり、このファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０２７５】
２７．全長ＰＲＯ１１８８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
下記の実施例１で議論されるように、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１８８（Ｆｉｇ７２；配列番号：１２４に示す）は、ヌクレオチドピロホスホヒドロラーゼ（ＳＳＵ８３１１４＿１）と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１１８８が新規に同定されたヌクレオチドホスホヒドロラーゼファミリーのメンバーであり、このタンパク質ファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
２８．全長ＰＲＯ１１３３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１３３（Ｆｉｇ７４及び配列番号：１２９に示す）は、ネトリン（ｎｅｔｒｉｎ）１ａ、Ｄａｙｈｏｆｆ登録ＡＦ００２７１７＿１と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１１３３がネトリンと少なくとも１つの関連するメカニズムを共有すると考えられている。
【０２７６】
２９．全長ＰＲＯ７８４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ７８４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ７８４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ７８４（Ｆｉｇ７６；配列番号：１３５に示す）は、ｓｅｃ２２相同体と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ７８４が新規に同定されたｓｅｃ２２ファミリーのメンバーであり、ｓｅｃ２２ファミリーに典型的な小胞輸送活性を有すると考えられている。
３０．全長ＰＲＯ７８３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ７８３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ７８３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ７８３−コード化クローンはヒト胎児腎臓ライブラリから単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５３９９６−１４４２ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性が見られた。
【０２７７】
３１．全長ＰＲＯ８２０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８２０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８２０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ８２０の種々の部分が低親和性免疫グロブリンガンマＦｃレセプター、ＩｇＥ高親和性Ｆｃレセプター及び高親和性免疫グロブリンイプシロンレセプターと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ８２０ポリペプチドがＦｃレセプターファミリーの新規に同定されたメンバーであると考えられている。
３２．全長ＰＲＯ１０８０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０８０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０８０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラム、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ｓｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いて、本出願人は、ＰＲＯ１０８０ポリペプチドが「ＹＲＹ１＿ＣＡＥＥＬ」と称される３９．９ｋｄタンパク質、「ＡＦ０１２７１４９＿５」と称されるＤｎａＪ相同体、「ＲＮＵ９５７２７＿１」と称されるＤｎａＪ相同体２、及び「ＡＦ０１１７９３＿１」と称されるＤｎａ３／Ｃｐｒ３と配列同一性を有することを見出した。従って、これらの結果は、本出願で開示されたＰＲＯ１０８０ポリペプチドがＤｎａＪ様タンパク質ファミリーの新規に同定されたメンバーであり、よってタンパク質生合成に含まれることを示している。
【０２７８】
３３．全長ＰＲＯ１０７９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０７９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０７９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５６０５０−１４５５配列はここでＰＲＯ１０７９と命名される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性を持つことが明らかとなった。
３４．全長ＰＲＯ７９３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ７９３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５６１１０−１４３７クローンはヒト皮膚腫瘍ライブラリから単離した。知りうる限り、ＤＮＡ５６１１０−１４３７配列はここでＰＲＯ７９３と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して配列同一性を持たないことが明らかとなった。
【０２７９】
３５．全長ＰＲＯ１０１６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０１６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１０１６ポリペプチドがアシルトランスフェラーゼと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１０１６ポリペプチドがアシルトランスフェラーゼファミリーの新規に同定されたメンバーであり、このファミリーに典型的なアシル化能を有すると考えられている。
３６．全長ＰＲＯ１０１３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０１３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０１３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１０１３−コード化クローンはヒト乳腫瘍組織ライブラリからのものである。よって、ＰＲＯ１０１３コード化クローンは癌に関連する分泌因子をコードしうる。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５６４１０−１４１４ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、ＫＩＡＡ０１５７及びＰ１２０と或る程度の配列同一性が見られたＰＲＯ１０１３は成長因子及びサイトカインレセプターと共通の少なくとも１つの領域を有する。
【０２８０】
３７．全長ＰＲＯ９３７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ９３７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ９３７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ９３７ポリペプチドがグリピカン（ｇｌｙｐｉｃａｎ）ファミリーのタンパク質と有意な配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ９３７ポリペプチドがグリピカンファミリーの新規に同定されたメンバーであり、グリピカンファミリーに典型的な特性を有すると考えられている。
３８．全長ＰＲＯ８４２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８４２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８４２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５６８５５−１４４７配列はここでＰＲＯ８４２と命名される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性を持つことが明らかとなった。
【０２８１】
３９．全長ＰＲＯ８３９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８３９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８３９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５６８５９−１４４５配列はここでＰＲＯ８３９と命名される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性を持つことが明らかとなった。
４０．全長ＰＲＯ１１８０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１８０ポリペプチドがメチルトランスフェラーゼと有意な配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１１８０ポリペプチドがメチルトランスフェラーゼファミリーの新規に同定されたメンバーであり、このファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０２８２】
４１．全長ＰＲＯ１１３４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５６８６５−１４９１クローンはヒト胎児肝臓ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ５６８６５−１４９１クローンは分泌された因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ５６８６５−１４９１配列はここでＰＲＯ１１３４と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して配列同一性を持たないことが明らかとなった。
４２．全長ＰＲＯ８３０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８３０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８３０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５６８６６−１３４２クローンはヒト胎児肝臓／脾臓ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ５６８６６−１３４２クローンは分泌された因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ５６８６６−１３４２配列はここでＰＲＯ８３０と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して配列同一性を持たないことが明らかとなった。
【０２８３】
４３．全長ＰＲＯ１１１５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１１５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１１５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５６８６８−１４７８配列はここでＰＲＯ１１１５と命名される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性を持つことが明らかとなった。
４４．全長ＰＲＯ１２７７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２７７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２７７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１２７７（Ｆｉｇ１１３及び配列番号：１７９に示す）は、Ｃｏｃｈ−５Ｂ２タンパク質（Ｄａｙｈｏｆｆデータベースで「ＡＦ０１２２５２＿１」と称する）と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１２７７が新規に同定されたＣｏｃｈ−５Ｂ２タンパク質ファミリーのメンバーであり、Ｃｏｃｈ−５Ｂ２と同様の活性及び特性を有すると考えられている。
【０２８４】
４５．全長ＰＲＯ１１３５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１３５ポリペプチドがアルファ１，２−マンノシダーゼタンパク質と有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１１３５ポリペプチドがマンノシダーゼ酵素ファミリーの新規に同定されたメンバーであり、このファミリーのタンパク質に典型的な活性を有すると考えられている。
４６．全長ＰＲＯ１１１４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターと称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１１４（Ｆｉｇ１１７及び配列番号：１８３に示す）は、他の公知のインターフェロンレセプターと配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、ＰＲＯ１１１４インターフェロンレセプターがインターフェロンレセプターに典型的な活性を有すると考えられている。
【０２８５】
４７．全長ＰＲＯ８２８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８２８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８２８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ８２８ポリペプチドがグルタチオンペルオキシダーゼと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ８２８ポリペプチドがグルタチオンペルオキシダーゼファミリーの新規に同定されたメンバーであり、ペルオキシダーゼ活性及びグルタチオンペルオキシダーゼに典型的な他の活性を有すると考えられている。
４８．全長ＰＲＯ１００９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１００９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１００９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１００９（Ｆｉｇ１２２及び配列番号：１９４に示す）は、「Ｆ６９８９３」と称される長鎖アシル−ＣｏＡシンセターゼ相同体と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１００９が長鎖アシル−ＣｏＡシンセターゼファミリーの新規に同定されたメンバーであり、このファミリーに関連する活性を有すると考えられている。
【０２８６】
４９．全長ＰＲＯ１００７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１００７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１００７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１００７ポリペプチドがＭＡＧＰＩＡＰと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されたＰＲＯ１００７ポリペプチドがＭＡＧＰＩＡＰファミリーの新規に同定されたメンバーであり、転移及び／又は細胞シグナル伝達及び／又は細胞複製に関連すると考えられている。
５０．全長ＰＲＯ１０５６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０５６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０５６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１０５６（Ｆｉｇ１２７及び配列番号：１９９に示す）は、塩素イオンチャンネルタンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１０５６が新規に同定された塩素イオンチャンネルタンパク質相同体であると考えられている。
【０２８７】
５１．全長ＰＲＯ８２６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８２６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８２６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５７６９４−１３４１クローンはヒト胎児心臓ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ５７６９４−１３４１クローンは分泌された因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ５７６９４−１３４１配列はここでＰＲＯ８２６と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して有意な配列同一性を持たないことが明らかとなった。
５２．全長ＰＲＯ８１９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８１９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８１９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５７６９５−１３４０クローンはヒト胎児肝臓脾臓ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ５７６９５−１３４０クローンは分泌された因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ５７６９５−１３４０配列はここでＰＲＯ８１９と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して有意な配列同一性を持たないことが明らかとなった。
【０２８８】
５３．全長ＰＲＯ１００６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１００６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１００６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１００６−コード化クローンはヒト子宮ライブラリから単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５７６９９−１４１２ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、推定チロシンタンパク質キナーゼとの或る程度の配列同一性が明らかになった。
５４．全長ＰＲＯ１１１２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１１２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１１２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５７７０２−１４７６ヌクレオチド配列は新規な因子をコードするが、ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、他の公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性が見出された。
【０２８９】
５５．全長ＰＲＯ１０７４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０７４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０７４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１０７４ポリペプチドがグリコシルトランスフェラーゼと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１０７４ポリペプチドが新規に同定されたグリコシルトランスフェラーゼファミリーのメンバーであり、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有すると考えられている。
５６．全長ＰＲＯ１００５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１００５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１００５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５７７０８−１４１１配列はここでＰＲＯ１００５と命名される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性が明らかとなった。
【０２９０】
５７．全長ＰＲＯ１０７３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０７３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０７３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５７７１０配列はここでＰＲＯ１０７３と命名される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性が明らかとなった。
５８．全長ＰＲＯ１１５２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５７７１１−１５０１クローンはヒト乳児脳ライブラリから単離した。知りうる限り、ＤＮＡ５７７１１−１５０１配列はここでＰＲＯ１１５２と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して有意な配列同一性を持たないことが明らかとなった。
【０２９１】
５９．全長ＰＲＯ１１３６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１３６（Ｆｉｇ１４７及び配列番号：２１９に示す）は、ＰＤＺドメイン含有タンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１３６が新規に同定されたＰＤＺドメイン含有タンパク質ファミリーのメンバーであり、このファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
６０．全長ＰＲＯ８１３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８１３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８１３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ８１３ポリペプチドが肺胞界面活性物質関連プロテインＣと有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ８１３ポリペプチドが新規に同定された肺胞界面活性物質関連プロテインＣ相同体であると考えられている。
【０２９２】
６１．全長ＰＲＯ８０９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８０９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８０９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５７８３６−１３３８ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。
６２．全長ＰＲＯ７９１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ７９１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ７９１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５７８３８−１３３７ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；しかし、ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、ＭＨＣ−１抗原との或る程度の配列同一性が明らかとなり、ＰＲＯ７９１が構造及び機能においてそれに関連しうることを示している。
【０２９３】
６３．全長ＰＲＯ１００４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１００４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５７８４４−１４１０配列はここでＰＲＯ１００４と命名される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質に対して或る程度の配列同一性が明らかとなった。
６４．全長ＰＲＯ１１１１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１１１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１１１（Ｆｉｇ１５７及び配列番号：２２９に示す）は、ＬＩＧと或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１１１が新規に同定されたこの糖タンパク質ファミリーのメンバーであると考えられている。
【０２９４】
６５．全長ＰＲＯ１３４４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３４４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３４４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３４４（Ｆｉｇ１５９及び配列番号：２３１に示す）は、カルシノスコルピオス・ロツンジカウダ（Ｃａｒｃｉｎｏｓｃｏｒｐｉｏｕｓ ｒｏｔｕｎｄｉｃａｕｄａ）の因子Ｃタンパク質と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３４４が新規に同定された因子Ｃタンパク質であり、そのタンパク質に典型的な活性を有すると考えられている。
６６．全長ＰＲＯ１１０９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１０９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１０９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１０９（Ｆｉｇ１６１及び配列番号：２３６に示す）は、ヒトＵＰＤ−Ｇａｌ：ＧｌｃＮＡｃガラクトシルトランスフェラーゼタンパク質と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１０９が新規に同定されたβ−ガラクトシルトランスフェラーゼ酵素であり、それらの酵素に典型的な活性を有すると考えられている。
【０２９５】
６７．全長ＰＲＯ１３８３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３８３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３８３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３８３（Ｆｉｇ１６３及び配列番号：２４１に示す）は、推定ヒト膜貫通タンパク質ｎｍｂ前駆体（ＮＭＢ＿ＨＵＭＡＮ）と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３８３が新規に同定されたｎｍｂ相同体であると考えられている。
６８．全長ＰＲＯ１００３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１００３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１００３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１００３−コード化クローンはヒト乳腫瘍組織ライブラリから単離した。ＰＲＯ１００３−コード化クローンは、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。よって、ＰＲＯ１００３コード化クローンは分泌因子をコードしうる。本出願人の現在の知識では、ＵＮＱ４８７（ＤＮＡ５８８４６−１４０９）ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかになった。
【０２９６】
６９．全長ＰＲＯ１１０８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１０８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１０８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１０８ポリペプチドがＬＰＡＡＴタンパク質と有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１０８が新規に同定されたＬＰＡＡＴ相同体であると考えられている。
７０．全長ＰＲＯ１１３７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１３７ポリペプチドがリボシルトランスフェラーゼと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１３７ポリペプチドが新規に同定されたリボシルトランスフェラーゼファミリーのメンバーであり、リボシルトランスフェラーゼ活性を有すると考えられている。
【０２９７】
７１．全長ＰＲＯ１１３８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１３８ポリペプチドがＣＤ８４白血球抗原と配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１３８ポリペプチドが新規に同定されたＩｇスーパーファミリーのメンバーであり、Ｉｇスーパーファミリーの他のメンバーに典型的な活性を有すると考えられている。
７２．全長ＰＲＯ１０５４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０５４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０５４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１０５４（Ｆｉｇ１７４及び配列番号：２５６に示す）は、一又は複数の主要な尿タンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１０５４が新規に同定されたＭＵＰファミリーのメンバーであり、そのファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０２９８】
７３．全長ＰＲＯ９９４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ９９４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ９９４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ９９４（Ｆｉｇ１７６及び配列番号：２５８に示す）は、腫瘍関連抗原Ｌ６とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ９９４が新規に同定されたＬ６抗原相同体であると考えられている。
７４．全長ＰＲＯ８１２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８１２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８１２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ８１２（Ｆｉｇ１７８及び配列番号：２６０に示す）は、前立腺ステロイド−結合ｃ１タンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ８１２が新規に同定された前立腺ステロイド−結合ｃ１タンパク質相同体であると考えられている。
【０２９９】
７５．全長ＰＲＯ１０６９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０６９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０６９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１０６９ポリペプチドがＣＨＩＦと配列同一性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１０６９ポリペプチドが新規に同定されたＣＨＩＦポリペプチドであり、イオン伝導又はイオン伝導の調節に含まれると考えられている。
７６．全長ＰＲＯ１１２９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１２９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１２９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１２９ポリペプチドがチトクロムＰ−４５０ファミリーのタンパク質と有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１２９が新規に同定されたチトクロムＰ−４５０ファミリーのメンバーであり、そのファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０３００】
７７．全長ＰＲＯ１０６８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０６８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０６８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１０６８は、ウロテンシンとアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１０６８が新規に同定されたウロテンシンファミリーのメンバーであり、ウロテンシンファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
７８．全長ＰＲＯ１０６６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０６６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０６６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１０６６−コード化クローンはヒト膵臓腫瘍組織ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＰＲＯ１０６６−コード化クローンは分泌因子をコードする。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９２１５−１４２５ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかになった。
【０３０１】
７９．全長ＰＲＯ１１８４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９２２０−１５１４ヌクレオチド配列は新規な分泌因子をコードする。
８０．全長ＰＲＯ１３６０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３６０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３６０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ５９４８８−１６０３配列はここでＰＲＯ１３６０と命名される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質に対して有意な配列同一性が無いことが明らかとなった。以下の実施例に示すように、幾分の配列同一性は見られた。
【０３０２】
８１．全長ＰＲＯ１０２９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０２９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０２９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５９４９３−１４２０クローンはヒト胎児肝臓脾臓ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ５９４９３−１４２０クローンは分泌因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ５９４９３−１４２０配列はここでＰＲＯ１０２９と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかになった。
８２．全長ＰＲＯ１１３９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、最初に同定されたＰＲＯ１１３９ポリペプチドが、Ｂａｉｌｌｅｕｌ等， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５， ２７５２−２７５８ （１９９７）（ＥＭＢＬ登録番号： Ｙ１２６７０）に記載されたＯＢレセプター関連タンパク質ＨＳＯＢＲＧＲＰ＿１と有意な配列相同性を示すことを見出した。
【０３０３】
８３．全長ＰＲＯ１３０９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３０９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３０９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３０９（Ｆｉｇ１９６及び配列番号：２７８に示す）は、Ｄａｙｈｏｆｆ表記ＡＢ００７８７６＿１で与えられる、ＫＩＡＡ０４１６と称されるタンパク質と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。さらに、ＰＲＯ１３０９はロイシンリッチ反復を有し、従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３０９が新規に同定されたロイシンリッチ反復ファミリーのメンバーであり、タンパク質タンパク質相互作用に含まれると考えられている。
８４．全長ＰＲＯ１０２８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０２８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０２８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９６０３−１４１９ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムは、「Ａ５３０５０」と称するもののようなタンパク質との或る程度の配列同一性を示した。
【０３０４】
８５．全長ＰＲＯ１０２７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０２７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０２７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１０２７−コード化クローンはヒト子宮頸部組織ライブラリから単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９６０５−１４１８ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。
８６．全長ＰＲＯ１１０７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１０７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１０７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１０７ポリペプチドがＰＣ−１タンパク質、ヒトインシュリンレセプターチロシンキナーゼインヒビター、アルカリホシホジエステラーゼ、及び自己毒素と或る程度の類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１０７ポリペプチドが新規に同定されたホスホジエステラーゼファミリーのメンバーであると考えられている。
【０３０５】
８７．全長ＰＲＯ１１４０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１４０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１４０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質との或る程度の配列同一性が見いだされた。
８８．全長ＰＲＯ１１０６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１０６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１０６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ１１０６ポリペプチドがペルオキシソーマルカルシウム依存性溶質担体と有意な類似性を有することを見出した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１０６ポリペプチドが新規に同定されたミトコンドリア担体スーパーファミリーのメンバーであり、このファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０３０６】
８９．全長ＰＲＯ１２９１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２９１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２９１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１２９１（Ｆｉｇ２０８及び配列番号：２９１に示す）は、ブチロフィリンタンパク質と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１２９１が新規に同定されたブチロフィリン相同体であり、そのタンパク質に典型的な活性を有していると考えられている。
９０．全長ＰＲＯ１１０５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１０５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１０５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９６１２−１４６６ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。しかし、Ｄａｙｈｏｆｆデータベースで「ＡＴＴＳ１６２３＿１」と称されるペルオキシダーゼ前駆対と或る程度の配列同一性がある。
【０３０７】
９１．全長ＰＲＯ５１１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ５１１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ５１１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ５１１コード化クローンはヒト結腸組織ライブラリから単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９６１３−１４１７ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、ＲｏＢｏ−１、ホスホリパーゼインヒビター及び「ＳＳＣ２０Ｆ１０＿１」と称するタンパク質との配列同一性が示され、ＰＲＯ５１１がこれらのタンパク質の一又は複数と関連していることを示している。
９２．全長ＰＲＯ１１０４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１０４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１０４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９６１６−１４６５ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、「ＡＢ００２１０７＿１」、「ＡＦ０２２９９１＿１」及び「ＳＰ９６＿ＤＩＣＤＩ」と称するタンパク質との或る程度の配列同一性が示された。
【０３０８】
９３．全長ＰＲＯ１１００ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１００と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１００ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９６１９−１４６４ヌクレオチド配列は新規な因子をコードし；ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質との或る程度の配列同一性が明らかとなった。「ＹＳＣＴ４＿ＹＥＡＳＴ」と称される、ＴＳＭ１−ＡＲＥ１遺伝子内領域にある酵母仮説的４２．５ＫＤタンパク質（登録番号： １４０４９６）との或る程度の配列同一性がある。
９４．全長ＰＲＯ８３６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８３６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８３６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９６２０−１４６３ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、ＳＬＳ１との或る程度の配列同一性が示された。
【０３０９】
９５．全長ＰＲＯ１１４１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１４１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１４１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５９６２５−１４９８クローンはヒト回腸組織ライブラリから単離した。知りうる限り、ＤＮＡ５９６２５−１４９８配列はここでＰＲＯ１１４１と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかになった。
９６．全長ＰＲＯ１１３２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１３２（Ｆｉｇ２２６及び配列番号：３０９に示す）は、エナメルマトリクスセリンプロテイナーゼ１及びニューロプシンと或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１３２が新規に同定されたセリンプロテアーゼファミリーのメンバーであり、そのファミリーに典型的な活性を有していると考えられている。
【０３１０】
９７．全長ＰＲＯ１３４６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＮＬ７（ＵＮＱ７０１）と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＮＬ７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
下記の実施例に開示するように、クローンＤＮＡ５９７７６−１６００がＡＴＣＣに寄託されている。このクローンの正確なヌクレオチド配列は、この分野で日常的な方法を用いて寄託されたクローンを配列決定することにより容易に決定することができる。予測されるアミノ酸配列は、ヌクレオチド配列から常套的技量を用いて決定できる。ここのＮＬ７（ＰＲＯ１３４６）について、本出願人は、出願時点で入手可能な配列情報と最も良く一致するリーディングフレームであると考えられるものを同定した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＮＬ７（Ｆｉｇ２２８及び配列番号：３１４に示す）は、微生物関連糖タンパク質４（ＭＦＡ４＿ＨＵＭＡＮ）；フィコリン−Ａ−マウス（ＡＢ００７８１３＿１）；ヒトレクチンＰ３５（Ｄ６３１５５Ｓ６＿１）；フィコリンＢ−マウス（ＡＦ００６３２１７＿１）；ヒトテナシン−Ｒ（制限）（ＨＳ５１８Ｅ１３＿１）；ラットジャヌシン（ｊａｎｕｓｉｎ）前駆体（Ａ４５４４５）；フィブリノーゲン関連タンパク質ＨＦＲＥＰ−１前駆体（ＪＮＯ５９６）；ヒトテナシン前駆体（ＴＥＮＡ ＨＵＭＡＮ）；ヒトＣＤＴ６（ＨＳＹ１６１３２＿１）；及びアンギオポエチン（ａｎｇｉｏｐｏｉｅｔｉｎ）−１−マウス（ＭＭＵ８３５０９＿１）と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＮＬ７が新規なＴＩＥリガンド相同体であり、血管形成及び／又は血管維持及び／又は創傷治癒及び／又は炎症及び／又は腫瘍発達及び／又は成長において役割を果たすと考えられている。
９８．全長ＰＲＯ１１３１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１３１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１３１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１３１（Ｆｉｇ２３０及び配列番号：３１９に示す）は、レクチン様酸化ＬＤＬ
レセプターと或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１３１が少なくとも１つのＬＤＬレセプターと類似のメカニズムを有すると考えられている。
【０３１１】
９９．全長ＰＲＯ１２８１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２８１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２８１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５９８２０−１５４９クローンはヒト胎児肝臓ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。知りうる限り、ＤＮＡ５９８２０−１５４９配列はここでＰＲＯ１２８１と称される新規な因子をコードする。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性が見られたが、有意ではないと決定された。
１００．全長ＰＲＯ１０６４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０６４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０６４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５９８２７−１４２６クローンはヒト胎児肝臓ライブラリから単離した。知りうる限り、ＤＮＡ５９８２７−１４２６配列はここでＰＲＯ１０６４と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかになった。
【０３１２】
１０１．全長ＰＲＯ１３７９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３７９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３７９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５９８２８クローンはヒト胎児肝臓ライブラリから単離した。知りうる限り、それによりコードされたＰＲＯ１３７９ポリペプチドは新規な分泌因子である。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、ＰＲＯ１３７９と酵母タンパク質「ＹＨＹ８＿ＹＥＡＳＴ」（Ｄａｙｈｏｆｆデータベース；バージョン３５／４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）、特にＣ−末端との間に配列同一性が見出された。他のタンパク質との配列相同性が見られたが、有意ではないと決定された。
１０２．全長ＰＲＯ８４４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８４４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８４４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ８４４ポリペプチドがセリンプロテアーゼインヒビターと配列同一性を有することを見出した。従って現在では、本出願で開示されたＰＲＯ８４４ポリペプチドは、新規に同定されたセリンプロテアーゼインヒビターであり、セリンプロテアーゼを阻害できると考えられている。
【０３１３】
１０３．全長ＰＲＯ８４８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ８４８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ８４８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、ＰＲＯ８４８ポリペプチドがシアリルトランスフェラーゼと配列同一性を有することを見出した。従って現在では、本出願で開示されたＰＲＯ８４８ポリペプチドは、新規に同定されたシアリルトランスフェラーゼファミリーのメンバーであり、このファミリーに典型的なようにシアル化能を持つと考えられている。
１０４．全長ＰＲＯ１０９７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０９７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０９７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。本出願人の現在の知識では、ＤＮＡ５９８４１−１４６０ヌクレオチド配列は新規な因子をコードする。ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、「ＣＥＬＫ０５Ｇ３＿３」、「ＣＲＵ２６３４４＿１」、「ＳＰＢＣ１６Ｃ６＿８」、「Ｐ＿Ｗ１３８４４」及び「ＡＦ０１３４０３」と称されるタンパク質との或る程度の配列同一性が明らかになった。
【０３１４】
１０５．全長ＰＲＯ１１５３ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５３と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１５３（Ｆｉｇ２４６及び配列番号：３５１に示す）は、ＥＭＢＬデータライブラリに１９９２年６月に提出されたＨＰＢＲＩＩ−７タンパク質と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１５３がＨＰＢＲＩＩ−７と関連すると考えられている。
１０６．全長ＰＲＯ１１５４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１５４（Ｆｉｇ２４８及び配列番号：３５３に示す）は、ＡＢ０１１０９７と称されるＫＩＡＡ０５２５タンパク質と整合することが見出された。ＰＲＯ１１５４は７３アミノ酸の新規なＮ−末端を有する。従って、ＰＲＯ１１５４は新規であると考えられる。またＰＲＯ１１５４は、アミノペプチダーゼＮ、インシュリン調節膜アミノペプチダーゼ、スロトロピン放出ホルモン分解酵素及び胎盤ロイシンアミノペプチダーゼと有意な配列同一性を有する。従って、ＰＲＯ１１５４が新規なアミノペプチダーゼ、又はペプチドを分解するペプチドであると考えられている。
【０３１５】
１０７．全長ＰＲＯ１１８１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５９８４７−１５１１クローンはヒト前立腺組織から、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。よって、ＤＮＡ５９８４７−１５１１クローンは分泌因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ５９８４７−１５１１クローンは分泌因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった。
１０８．全長ＰＲＯ１１８２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１８２（Ｆｉｇ２５２及び配列番号：３５７に示す）は、コングルチニンタンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１８２が新規に同定されたコングルチニン相同体であると考えられている。
【０３１６】
１０９．全長ＰＲＯ１１５５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１５５（Ｆｉｇ２５４及び配列番号：３５９に示す）は、ニューロキニンＢと或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１５５が新規に同定されたニューロキニンファミリーのメンバーであると考えられている。
１１０．全長ＰＲＯ１１５６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ５９８５３−１５０５クローンは成人ヒト心臓ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。知りうる限り、ＤＮＡ５９８５３−１５０５クローンはここでＰＲＯ１１５６と称される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性が明らかとなった。
【０３１７】
１１１．全長ＰＲＯ１０９８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１０９８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１０９８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。ＰＲＯ１０９８−コード化クローンはヒト肺組織ライブラリから単離し；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった。「Ｅｎｖ」ポリプロテイン及びメチルトランスフェラーゼ等のタンパク質と或る程度の配列同一性が明らかになった。
１１２．全長ＰＲＯ１１２７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１２７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１２７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ６０２８３−１４８４クローンは分泌因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ６０２８３−１４８４配列はここでＰＲＯ１１２７と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と最小の配列同一性が明らかとなった。
【０３１８】
１１３．全長ＰＲＯ１１２６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１２６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１２６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１２６（Ｆｉｇ２６２及び配列番号：３６７に示す）は、オルファクトメジンタンパク質と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１２６が新規に同定されたオルファクトメジン相同体であり、そのタンパク質に典型的な活性を有すると考えられている。
１１４．全長ＰＲＯ１１２５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１２５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１２５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１２５（Ｆｉｇ２６４及び配列番号：３６９に示す）は、転写リプレッサーｒｃｏ−１と或るアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１２５が新規に同定されたＷＤスーパーファミリーのメンバーであると考えられている。
【０３１９】
１１５．全長ＰＲＯ１１８６ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８６と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１８６（Ｆｉｇ２６６及び配列番号：３７１に示す）は、デンドロアスピスポリレプシス毒液からの毒液プロテインＡとアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１８６が新規に同定された毒液プロテインＡのメンバーであり、関連するメカニズムを共有すると考えられている。
１１６．全長ＰＲＯ１１９８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１９８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１９８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ６０６２２−１５２５配列はここでＰＲＯ１１９８と称される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性が明らかとなった。
【０３２０】
１１７．全長ＰＲＯ１１５８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ６０６２５−１５０７クローンはヒト肺腫瘍組織ライブラリから単離した。知りうる限り、ＤＮＡ６０６２５−１５０７配列はここでＰＲＯ１１５８と称される新規な因子をコードする。しかし、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性が示された。
１１８．全長ＰＲＯ１１５９ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１５９と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１５９ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ６０６２７−１５０８クローンはヒト末梢血液顆粒球組織ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ６０６２７−１５０８クローンは分泌因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ６０６２７−１５０８配列はここでＰＲＯ１１５９と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった。
【０３２１】
１１９．全長ＰＲＯ１１２４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１２４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１２４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１２４（Ｆｉｇ２７４及び配列番号：３７７に示す）は、ボスタウルス（ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ）からの上皮塩素イオンチャンネルタンパク質とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。またＰＲＯ１１２４はＥＣＡＭ−１とも配列同一性を有する。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１２４がイオンチャンネル又は細胞接着分子のいずれかを介する細胞伝達に含まれる新規に同定された細胞膜タンパク質であると考えられている。
１２０．全長ＰＲＯ１２８７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２８７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２８７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１２８７（Ｆｉｇ２７６及び配列番号：３８１に示す）は、ガルス（Ｇａｌｌｕｓ）からのラジカルフリンジタンパク質（ＧＧＵ８２０８８＿１）ととアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１２８７が新規に同定されたフリンジタンパク質相同体であり、フリンジタンパク質に典型的な活性を有すると考えられている。
【０３２２】
１２１．全長ＰＲＯ１３１２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３１２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３１２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性が明らかとなったが、有意ではないと決定された。従って、知りうる限り、ＤＮＡ６１８７３−１５７４配列はここでＰＲＯ１３１２と称される新規な膜貫通タンパク質をコードする。
１２２．全長ＰＲＯ１１９２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１９２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１９２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１９２（Ｆｉｇ２８０及び配列番号：３８９に示す）は、マスＰ０−様糖タンパク質（ＧＥＮ１２８３８ＩＰ１）とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１９２が新規に同定されたミエリンＰ０糖タンパク質ファミリーのメンバーであると考えられている。
【０３２３】
１２３．全長ＰＲＯ１１６０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１６０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１６０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ６２８７２−１５０９クローンはヒト乳組織ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ６２８７２−１５０９クローンは分泌因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ６２８７２−１５０９配列はここでＰＲＯ１１６０と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった。
１２４．全長ＰＲＯ１１８７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ６２８７６−１５１７配列はここでＰＲＯ１１８７と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった。
【０３２４】
１２５．全長ＰＲＯ１１８５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１８５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１８５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ６２８８１−１５１５配列はここでＰＲＯ１１８５と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった。
１２６．全長ＰＲＯ１３４５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３４５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３４５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３４５（Ｆｉｇ２８８及び配列番号：４０３に示す）は、ボスタウルスのＣ−型レクチン相同体タンパク質（ＢＴＵ２２２９８＿１）とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３４５が新規に同定されたＣ−型レクチンタンパク質ファミリーのメンバーであり、特にテトラネクチンタンパク質のファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０３２５】
１２７．全長ＰＲＯ１２４５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２４５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２４５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ６４８８４−１５２７クローンは、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する方法を用いて同定した。知りうる限り、ＤＮＡ６４８８４−１５２７配列はここでＰＲＯ１２４５と称される新規な因子をコードする。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と或る程度の配列同一性が明らかとなった；しかしそれは有意ではないと決定された。
１２８．全長ＰＲＯ１３５８ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３５８と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３５８ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３５８（Ｆｉｇ２９２及び配列番号：４１０に示す）は、ＲＡＳＰ−１とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３５８が新規に同定されたセリンプロテアーゼインヒビターのセルピンファミリーのメンバーであり、セルピンプロテアーゼ阻害活性、タンパク質異化作用阻害活性を有し及び／又は組織の再生に関連すると考えられている。
【０３２６】
１２９．全長ＰＲＯ１１９５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１９５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１１９５（Ｆｉｇ２９４及び配列番号：４１２に示す）は、マウスからのプロリンリンリッチ酸性タンパク質、遺伝子座ＭＭＵ２８４８６、Ｊｏｈｎ Ｗ． Ｋａｓｉｋによ１９９５年６月６日に提出された、データベースＧＢＴＲＡＮＳの登録：Ｕ２８４８６、と称されるＭＭＵ２８４８６＿１とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１９５がこのタンパク質ファミリーの新規に同定されたメンバーであると考えられている。
１３０．全長ＰＲＯ１２７０ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２７０と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２７０ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１２７０（Ｆｉｇ２９６及び配列番号：４１４に示す）は、アフリカツメガエルのレクチンタンパク質（ＸＬＵ８６６９９＿１）とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１２７０がレクチンタンパク質ファミリーの新規に同定されたメンバーであり、このファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０３２７】
１３１．全長ＰＲＯ１２７１ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１２７１と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１２７１ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
知りうる限り、ＤＮＡ６６３０９−１５３８配列はここでＰＲＯ１２７１と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった（その結果は下記の実施例に記載する）。
１３２．全長ＰＲＯ１３７５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３７５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３７５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３７５（Ｆｉｇ３００及び配列番号：４１８に示す）は、ＰＵＴ２とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３７５がＰＵＴ２の少なくとも１つの関連するメカニズムを有すると考えられている。
【０３２８】
１３３．全長ＰＲＯ１３８５ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３８５と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３８５ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＤＮＡ６８８６９−１６１０クローンはヒト組織ライブラリから、分泌タンパク質をコードするヌクレオチド配列を選択する捕捉技術を用いて単離した。即ち、ＤＮＡ６８８６９−１６１０クローンは分泌因子をコードする。知りうる限り、ＤＮＡ６８８６９−１６１０配列はここでＰＲＯ１３８５と称される新規な因子をコードし；ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と配列同一性が無いことが明らかとなった。
１３４．全長ＰＲＯ１３８７ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３８７と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３８７ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３８７（Ｆｉｇ３０４及び配列番号：４２２に示す）は、ミエリンｐ０タンパク質前駆体（ＭＹＰ０＿ＨＥＴＦＲ）とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３８７が新規に同定されたミエリンタンパク質ファミリーのメンバーであり、そのファミリーに典型的な活性を有すると考えられている。
【０３２９】
１３５．全長ＰＲＯ１３８４ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１３８４と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１３８４ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを同定し単離した。
ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１３８４（Ｆｉｇ３０６及び配列番号：４２４に示す）は、ＮＫＧ２−Ｄ（ＡＦ０５４８１９＿１；Ｄａｙｈｏｆｆデータベース、バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）とアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１３８４が新規に同定されたＮＫＧ２ファミリーのメンバーであり、ＮＫＧファミリーに典型的なＭＨＣ活性化／不活性化活性を有すると考えられている。
【０３３０】
Ｂ．ＰＲＯ変異体
ここに記載した全長天然配列ＰＲＯポリペプチドに加えて、ＰＲＯ変異体も調製できると考えられる。ＰＲＯ変異体は、ＰＲＯポリペプチドＤＮＡに適当なヌクレオチド変化を導入することにより、あるいは所望のＰＲＯポリペプチドを合成することにより調製できる。当業者は、グリコシル化部位の数又は位置の変化あるいは膜固着特性の変化などのアミノ酸変化がＰＲＯポリペプチドの翻訳後プロセスを変えうることを理解するであろう。
天然全長配列ＰＲＯ又はここに記載したＰＲＯポリペプチドの種々のドメインにおける変異は、例えば、米国特許第５，３６４，９３４号に記載されている保存的及び非保存的変異についての任意の技術及び指針を用いてなすことができる。変異は、結果として天然配列ＰＲＯと比較してＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列が変化するＰＲＯポリペプチドをコードする一又は複数のコドンの置換、欠失又は挿入であってよい。場合によっては、変異は少なくとも１つのアミノ酸のＰＲＯポリペプチドの一又は複数のドメインの任意の他のアミノ酸による置換である。いずれのアミノ酸残基が所望の活性に悪影響を与えることなく挿入、置換又は欠失されるかの指針は、ＰＲＯポリペプチドの配列を相同性の知られたタンパク質分子の配列と比較し、相同性の高い領域内でなされるアミノ酸配列変化を最小にすることによって見出される。アミノ酸置換は、一のアミノ酸の類似した構造及び／又は化学特性を持つ他のアミノ酸での置換、例えばロイシンのセリンでの置換、即ち保存的アミノ酸置換の結果とすることができる。挿入及び欠失は、場合によっては１から５のアミノ酸の範囲内とすることができる。許容される変異は、配列においてアミノ酸の挿入、欠失又は置換を系統的に作成し、得られた変異体を下記の実施例に記載するインビトロアッセイの任意のもので活性について試験することにより決定される。
【０３３１】
ＰＲＯポリペプチド断片がここに提供される。このような断片は、例えば、全長天然タンパク質と比較した際に、Ｎ−末端又はＣ−末端で切断されてもよく、又は内部残基を欠いていてもよい。或る種の断片は、ＰＲＯポリペプチドの所望の生物学的活性に必須ではないアミノ酸残基を欠いている。
ＰＲＯ断片は、多くの従来技術の任意のものによって調製してよい。所望のペプチド断片は化学合成してもよい。代替的方法は、酵素的消化、例えば特定のアミノ酸残基によって決定される部位のタンパク質を切断することが知られた酵素でタンパク質を処理することにより、あるいは適当な制限酵素でＤＮＡを消化して所望の断片を単離することによるＰＲＯ断片の生成を含む。さらに他の好適な技術は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により、所望のポリペプチド断片をコードするＤＮＡ断片を単離し増幅することを含む。ＤＮＡ断片の所望の末端を決定するオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲの５’及び３’プライマーで用いられる。好ましくは、ＰＲＯポリペプチド断片は、ここに開示した天然ＰＲＯポリペプチドと少なくとも１つの生物学的及び／又は免疫学的活性を共有する。
【０３３２】
特別の実施態様では、対象とする保存的置換を、好ましい置換を先頭にして表１に示す。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表１に例示的置換と名前を付けた又は以下にアミノ酸分類でさらに記載するように、より置換的な変化が導入され生成物がスクリーニングされる。
Figure 2004522402
【０３３３】
ＰＲＯポリペプチドの機能及び免疫学的同一性の置換的修飾は、（ａ）置換領域のポリペプチド骨格の構造、例えばシート又は螺旋配置、（ｂ）標的部位の電荷又は疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩を維持しながら、それらの効果において実質的に異なる置換基を選択することにより達成される。天然発生残基は共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン， ｍｅｔ， ａｌａ， ｖａｌ， ｌｅｕ， ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：ｃｙｓ， ｓｅｒ， ｔｈｒ；
（３）酸性：ａｓｐ， ｇｌｕ；
（４）塩基性：ａｓｎ， ｇｌｎ， ｈｉｓ， ｌｙｓ， ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：ｇｌｙ， ｐｒｏ； 及び
（６）芳香族：ｔｒｐ， ｔｙｒ， ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。また、そのように置換された残基は、保存的置換部位、好ましくは残された（非保存）部位に導入されうる。
変異は、オリゴヌクレオチド媒介（部位特異的）突然変異誘発、アラニンスキャンニング、及びＰＣＲ突然変異誘発［Ｃａｒｔｅｒ等， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， １３： ４３３１ （１９８６）； Ｚｏｌｌｅｒ等， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， １０： ６４８７ （１９８７）］、カセット突然変異誘発［Ｗｅｌｌｓ等， Ｇｅｎｅ， ３４： ３１５ （１９８５）］、制限的選択突然変異誘発［Ｗｅｌｌｓ等， Ｐｈｉｌｏｓ． Ｔｒａｎｓ． Ｒ． Ｓｏｃ． Ｌｏｎｄｏｎ ＳｅｒＡ， ３１７： ４１５ （１９８６）］等のこの分野で知られた方法を用いてなすことができ、又は他の知られた技術をクローニングしたＤＮＡに実施してＰＲＯ変異体ＤＮＡを作成することもできる。
また、隣接配列に沿って一又は複数のアミノ酸を同定するのにスキャンニングアミノ酸分析を用いることができる。好ましいスキャンニングアミノ酸は比較的小さく、中性のアミノ酸である。そのようなアミノ酸は、アラニン、グリシン、セリン、及びシステインを含む。アラニンは、ベータ炭素を越える側鎖を排除し変異体の主鎖構造を変化させにくいので、この群の中で典型的に好ましいスキャンニングアミノ酸である。また、アラニンは最もありふれたアミノ酸であるため典型的には好ましい。さらに、それは埋もれた及び露出した位置の両方に見られることが多い［Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ， Ｔｈｅ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ， （Ｗ．Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ａｍｐ； Ｃｏ．， Ｎ．Ｙ．）； Ｃｈｏｔｈｉａ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， １５０： １ （１９７６）］。アラニン置換が十分な量の変異体を生じない場合は、アイソテリック（ｉｓｏｔｅｒｉｃ）アミノ酸を用いることができる。
【０３３４】
Ｃ．ＰＲＯの修飾
ＰＲＯポリペプチドの共有結合的修飾は本発明の範囲内に含まれる。共有結合的修飾の一型は、ＰＲＯポリペプチドの標的とするアミノ酸残基を、ＰＲＯポリペプチドの選択された側鎖又はＮ又はＣ末端残基と反応できる有機誘導体化試薬と反応させることである。二官能性試薬での誘導体化が、例えばＰＲＯを水不溶性支持体マトリクスあるいは抗−ＰＲＯ抗体の精製方法又はその逆で用いるための表面に架橋させるのに有用である。通常用いられる架橋剤は、例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば４−アジドサリチル酸、３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート）等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、ビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタン等の二官能性マレイミド、及びメチル−３−［（ｐ−アジドフェニル）−ジチオ］プロピオイミダート等の試薬を含む。
他の修飾は、グルタミニル及びアスパラギニル残基の各々対応するグルタミル及びアスパルチルへの脱アミノ化、プロリン及びリシンのヒドロキシル化、セリル又はトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニン、及びヒスチジン側鎖のα−アミノ基のメチル化［Ｔ．Ｅ． Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ， Ｐｒｏｔｅｉｎｓ： Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ， Ｗ．Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ａｍｐ；ａｍｐ； Ｃｏ．， Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ｐｐ．７９−８６ （１９８３）］、Ｎ末端アミンのアセチル化、及び任意のＣ末端カルボキシル基のアミド化を含む。
【０３３５】
本発明の範囲内に含まれるＰＲＯポリペプチドの共有結合的修飾の他の型は、ポリペプチドの天然グリコシル化パターンの変更を含む。「天然グリコシル化パターンの変更」とは、ここで意図されるのは、天然配列ＰＲＯに見られる１又は複数の炭水化物部分の欠失（存在するグリコシル化部位の除去又は化学的及び／又は酵素的手段によるグリコシル化の削除のいずれかによる）、及び／又は天然配列ＰＲＯに存在しない１又は複数のグリコシル化部位の付加を意味する。さらに、この文節は、存在する種々の炭水化物部分の性質及び特性の変化を含む、天然タンパク質のグリコシル化における定性的変化を含む。
ＰＲＯポリペプチドへのグリコシル化部位の付加はアミノ酸配列の変更を伴ってもよい。この変更は、例えば、１又は複数のセリン又はトレオニン残基の天然配列ＰＲＯ（Ｏ−結合グリコシル化部位）への付加、又は置換によってなされてもよい。ＰＲＯアミノ酸配列は、場合によっては、ＤＮＡレベルでの変化、特に、ＰＲＯポリペプチドをコードするＤＮＡを予め選択された塩基において変異させ、所望のアミノ酸に翻訳されるコドンを生成させることを通して変更されてもよい。
【０３３６】
ＰＲＯポリペプチド上に炭水化物部分の数を増加させる他の手段は、グリコシドのポリペプチドへの化学的又は酵素的結合による。このような方法は、この技術分野において、例えば、１９８７年９月１１日に発行されたＷＯ ８７／０５３３０、及びＡｐｌｉｎ及びＷｒｉｓｔｏｎ， ＣＲＣ Ｃｒｉｔ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， ｐｐ． ２５９−３０６ （１９８１）に記載されている。
ＰＲＯポリペプチド上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的又は酵素的に、あるいはグルコシル化の標的として提示されたアミノ酸残基をコードするコドンの変異的置換によってなすことができる。化学的脱グリコシル化技術は、この分野で知られており、例えば、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ等， Ａｒｃｈ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ．， ２５９：５２ （１９８７）により、及びＥｄｇｅ等， Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， １１８： １３１ （１９８１）により記載されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Ｔｈｏｔａｋｕｒａ等， Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ． １３８：３５０ （１９８７）に記載されているように、種々のエンド及びエキソグリコシダーゼを用いることにより達成される。
本発明のＰＲＯの共有結合的修飾の他の型は、ＰＲＯポリぺプチドの、種々の非タンパク質様ポリマー、例えばポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、又はポリオキシアルキレンの一つへの、米国特許第４，６４０，８３５号；第４，４９６，６８９号；第４，３０１，１４４号；第４，６７０，４１７号；第４，７９１，１９２号又は第４，１７９，３３７号に記載された方法での結合を含む。
【０３３７】
また、本発明のＰＲＯポリペプチドは、他の異種ポリペプチド又はアミノ酸配列に融合したＰＲＯポリペプチドを含むキメラ分子を形成する方法で修飾してもよい。
一実施態様では、このようなキメラ分子は、抗タグ抗体が選択的に結合できるエピトープを提供するタグポリペプチドとＰＲＯポリペプチドとの融合を含む。エピトープタグは、一般的にはＰＲＯポリペプチドのアミノ又はカルボキシル末端に位置する。このようなＰＲＯポリペプチドのエピトープタグ形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を用いて検出することができる。また、エピトープタグの提供は、抗タグ抗体又はエピトープタグに結合する他の型の親和性マトリクスを用いたアフィニティ精製によってＰＲＯポリペプチドを容易に精製できるようにする。種々のタグポリペプチド及びそれら各々の抗体はこの分野で良く知られている。例としては、ポリ−ヒスチジン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ）又はポリ−ヒスチジン−グリシン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ−ｇｌｙ）タグ；ｆｌｕ ＨＡタグポリペプチド及びその抗体１２ＣＡ５［Ｆｉｅｌｄ等， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．， ８：２１５９−２１６５ （１９８８）］；ｃ−ｍｙｃタグ及びそれに対する８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７及び９Ｅ１０抗体［Ｅｖａｎ等， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ５：３６１０−３６１６ （１９８５）］；及び単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグ及びその抗体［Ｐａｂｏｒｓｋｙ等， Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， ３（６）：５４７−５５３ （１９９０）］を含む。他のタグポリペプチドは、フラッグペプチド［Ｈｏｐｐ等， ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ６：１２０４−１２１０ （１９８８）］；ＫＴ３エピトープペプチド［Ｍａｒｔｉｎ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５５：１９２−１９４ （１９９２）］；α−チューブリンエピトープペプチド［Ｓｋｉｎｎｅｒ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２６６：１５１６３−１５１６６ （１９９１）］；及びＴ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ［Ｌｕｔｚ−Ｆｒｅｙｅｒｍｕｔｈ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８７：６３９３−６３９７ （１９９０）］を含む。
それに換わる実施態様では、キメラ分子はＰＲＯの免疫グロブリン又は免疫グロブリンの特定領域との融合体を含んでもよい。キメラ分子の二価形態（「イムノアドヘシン」とも呼ばれる）については、そのような融合体はＩｇＧ分子のＦｃ領域であり得る。Ｉｇ融合体は、好ましくはＩｇ分子内の少なくとも１つの可変領域に換えてＰＲＯポリペプチドの可溶化（膜貫通ドメイン欠失又は不活性化）形態を含む。特に好ましい実施態様では、免疫グロブリン融合体は、ＩｇＧ分子のヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３、又はヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３領域を含む。免疫グロブリン融合体の製造については、１９９５年６月２７日発行の米国特許第５，４２８，１３０号を参照のこと。
【０３３８】
Ｄ．ＰＲＯの調製
以下の説明は、主として、ＰＲＯ核酸を含むベクターで形質転換又は形質移入された細胞を培養することによりＰＲＯを生産する方法に関する。もちろん、当該分野においてよく知られている他の方法を用いてＰＲＯを調製することができると考えられる。例えば、ＰＲＯ配列、又はその一部は、固相技術を用いた直接ペプチド合成によって生産してもよい［例えば、Ｓｔｅｗａｒｔ等， Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， Ｗ．Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ Ｃｏ．， Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ （１９６９）；Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ， Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．， ８５：２１４９−２１５４ （１９６３）参照］。手動技術又は自動によるインビトロタンパク質合成を行ってもよい。自動合成は、例えば、アプライド・バイオシステムズ・ペプチド合成機（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ）を用いて、製造者の指示により実施してもよい。ＰＲＯの種々の部分は、別々に化学的に合成され、化学的又は酵素的方法を用いて結合させて全長ＰＲＯを生産してもよい。
【０３３９】
１．ＰＲＯをコードするＤＮＡの単離
ＰＲＯをコードするＤＮＡは、ＰＲＯｍＲＮＡを保有していてそれを検出可能なレベルで発現すると考えられる組織から調製されたｃＤＮＡライブラリから得ることができる。従って、ヒトＰＲＯＤＮＡは、実施例に記載されるように、ヒトの組織から調製されたｃＤＮＡライブラリから簡便に得ることができる。またＰＲＯ−コード化遺伝子は、ゲノムライブラリから又は公知の合成方法（例えば、自動化核酸合成）により得ることもできる。
ライブラリは、対象となる遺伝子あるいはその遺伝子によりコードされるタンパク質を同定するために設計されたプローブ（ＰＲＯに対する抗体又は少なくとも約２０−８０塩基のオリゴヌクレオチド等）によってスクリーニングできる。選択されたプローブによるｃＤＮＡ又はゲノムライブラリのスクリーニングは、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ等， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ： Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， １９８９）に記載されている標準的な手順を使用して実施することができる。所望のＰＲＯポリペプチドをコードする遺伝子を単離する他の方法はＰＣＲ法を使用するものである［Ｓａｍｂｒｏｏｋ等，上掲；Ｄｉｅｆｆｅｎｂａｃｈ等， ＰＣＲ Ｐｒｉｍｅｒ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， １９９５）］。
【０３４０】
下記の実施例には、ｃＤＮＡライブラリのスクリーニング技術を記載している。プローブとして選択されたオリゴヌクレオチド配列は、充分な長さで、疑陽性が最小化されるよう充分に明瞭でなければならない。オリゴヌクレオチドは、スクリーニングされるライブラリ内のＤＮＡとのハイブリッド形成時に検出可能であるように標識されていることが好ましい。標識化の方法は当該分野において良く知られており、３２Ｐ標識されたＡＴＰのような放射線標識、ビオチン化あるいは酵素標識の使用が含まれる。中程度の厳密性及び高度の厳密性を含むハイブリッド形成条件は、上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ等に与えられている。
このようなライブラリースクリーニング法において同定された配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ等の公共データベース又は個人の配列データベースに寄託され公衆に利用可能とされている周知の配列と比較及びアラインメントすることができる。分子の決定された領域内又は全長に渡っての（アミノ酸又は核酸レベルのいずれかでの）配列同一性は、この分野で知られた、そしてここに記載した方法を用いて決定することができる。
タンパク質コード化配列を有する核酸は、初めてここで開示された推定アミノ酸配列を使用し、また必要ならば、ｃＤＮＡに逆転写されなかったｍＲＮＡの生成中間体及び先駆物質を検出する上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ等に記述されているような従来のプライマー伸展法を使用し、選択されたｃＤＮＡ又はゲノムライブラリをスクリーニングすることにより得られる。
【０３４１】
２．宿主細胞の選択及び形質転換
宿主細胞を、ここに記載したＰＲＯ生産のための発現又はクローニングベクターで形質移入又は形質転換し、プロモーターを誘導し、形質転換体を選択し、又は所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために適当に変性された常套的栄養培地で培養する。培養条件、例えば培地、温度、ｐＨ等々は、過度の実験をすることなく当業者が選ぶことができる。一般に、細胞培養の生産性を最大にするための原理、プロトコール、及び実用技術は、Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ： ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， Ｍ．Ｂｕｔｌｅｒ編 （ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， １９９１）及びＳａｍｂｒｏｏｋ等， 上掲に見出すことができる。
原核生物細胞形質移入及び真核生物細胞形質移入の方法、例えば、ＣａＣｌ２、ＣａＰＯ４、リポソーム媒介及びエレクトロポレーションは当業者に知られている。用いられる宿主細胞に応じて、その細胞に対して適した標準的な方法を用いて形質転換はなされる。前掲のＳａｍｂｒｏｏｋ等に記載された塩化カルシウムを用いるカルシウム処理又はエレクトロポレーションが、一般的に原核生物に対して用いられる。アグロバクテリウム・トゥメファシエンスによる感染が、Ｓｈａｗ等， Ｇｅｎｅ， ２３：３１５ （１９８３）及び１９８９年６月２９日公開のＷＯ ８９／０５８５９に記載されているように、或る種の植物細胞の形質転換に用いられる。このような細胞壁のない哺乳動物の細胞に対しては、Ｇｒａｈａｍ及びｖａｎ ｄｅｒ Ｅｂ， Ｖｉｒｏｌｏｇｙ， ５２：４５６−４５７ （１９７８）のリン酸カルシウム沈降法が好ましい。哺乳動物細胞の宿主系形質転換の一般的な態様は米国特許第４，３９９，２１６号に記載されている。酵母菌中への形質転換は、典型的には、Ｖａｎ ｓｏｌｉｎｇｅｎ等， Ｊ． Ｂａｃｔ．， １３０：９４６ （１９７７）及びＨｓｉａｏ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ７６：３８２９ （１９７９）の方法に従って実施される。しかしながら、ＤＮＡを細胞中に導入する他の方法、例えば、核マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、無傷の細胞、又はポリカチオン、例えばポリブレン、ポリオルニチン等を用いる細菌プロトプラスト融合もまた用いることもできる。哺乳動物細胞を形質転換するための種々の技術については、Ｋｅｏｗｎ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ， １８５：５２７−５３７ （１９９０）及び Ｍａｎｓｏｕｒ等， Ｎａｔｕｒｅ， ３３６：３４８−３５２ （１９８８）を参照のこと。
【０３４２】
ここに記載のベクターにＤＮＡをクローニングあるいは発現するために適切な宿主細胞は、原核生物、酵母菌、又は高等真核生物細胞である。適切な原核生物は、限定するものではないが、真正細菌、例えばグラム陰性又はグラム陽性生物体、例えば大腸菌のような腸内細菌科を含む。種々の大腸菌株が公衆に利用可能であり、例えば、大腸菌Ｋ１２株ＭＭ２９４（ＡＴＣＣ３１，４４６）；大腸菌Ｘ１７７６（ＡＴＣＣ３１，５３７）；大腸菌株Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ２７，３２５）及びＫ５７７２（ＡＴＣＣ５３，６３５）である。他の好ましい原核動物宿主細胞は、大腸菌、例えば、Ｅ． ｃｏｌｉ、エンテロバクター、エルビニア（Ｅｒｗｉｎｉａ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、プロテウス（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、サルモネラ、例えば、ネズミチフス菌、セラチア、例えば、セラチアマルセサンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ） 、及び赤痢菌、並びに桿菌、例えばバシリスブチリス（Ｂ． ｓｕｂｔｉｌｉｓ）及びバシリリチェニフォルミス（Ｂ． ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）（例えば、１９８９年４月１２日発行のＤＤ ２６６，７１０に記載されたバシリリチェニフォルミス４１Ｐ）、シュードモナス、例えば緑膿筋及びストレプトマイセスなどの腸内細菌科を含む。これらの例は限定ではなく例示である。株Ｗ３１１０は、組換えＤＮＡ生産発行のための共通の宿主株であるので一つの特に好ましい宿主又は親宿主である。好ましくは、宿主細胞は最小量のタンパク質分解酵素を分泌する。例えば、株Ｗ３１１０は、細胞に外来のタンパク質をコードする遺伝子における遺伝子変異をするように修飾してもよく、そのような宿主の例としては、完全な遺伝子型ｔｏｎＡを有する大腸菌Ｗ３１１０株１Ａ２；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ ｐｔｒ３を有する大腸菌Ｗ３１１０株９Ｅ４；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ ｐｒｔ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５ （ａｒｇＦ−ｌａｃ）１６９ ｄｅｇＰ ｏｍｐＴｋａｎを有する大腸菌Ｗ３１１０株２７Ｃ７（ＡＴＣＣ ５５，２４４）；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ ｐｔｒ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５ （ａｌｇＦ−ｌａｃ）１６９ ｄｅｇＰ ｏｍｐＴ ｒｂｓ７ｉｌｖＧｋａｎを有する大腸菌Ｗ３１１０株３７Ｄ６；非カナマイシン耐性ｄｅｇＰ欠失変異を持つ３７Ｄ６株である大腸菌Ｗ３１１０株４０Ｂ４；及び１９９０年８月７日発行の米国特許第４，９４６，７８３号に開示された変異周辺質プロテアーゼを有する大腸菌株を含む。あるいは、クローニングのインビトロ法、例えばＰＣＲ又は他の核酸ポリメラーゼポリメラーゼ反応が好ましい。
【０３４３】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、ＰＲＯポリペプチドコード化ベクターのための適切なクローニング又は発現宿主である。サッカロミセス・セレヴィシアは、通常用いられる下等真核生物宿主微生物である。他に、シゾサッカロミセスプロンブ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｒｏｍｂｅ）（Ｂｅａｃｈ及びＮｕｒｓｅ， Ｎａｔｕｒｅ， ２９０： １４０ ［１９８１］； １９８５年５月２日発行のＥＰ １３９，３８３）；クルベロミセスホスツ（Ｋｌｕｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｈｏｓｔｓ）（米国特許第４，９４３，５２９号； Ｆｌｅｅｒ等， Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ９： ９６８−９７５ （１９９１））、例えばケーラクチス（Ｋ． ｌａｃｔｉｓ）（ＭＷ９８−８Ｃ， ＣＢＳ６８３， ＣＢＳ４５７４； Ｌｏｕｖｅｎｃｏｕｒｔ等， Ｊ． Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ． ７３７ ［１９８３］）、ケーフラギリス（Ｋ． ｆｒａｇｉｌｉｓ）（ＡＴＣＣ １２，４２４）、ケーブルガリクス（Ｋ． ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）（ＡＴＣＣ １６，０４５）、ケーウィケラミイ（Ｋ． ｗｉｃｋｅｒａｍｉｉ）（ＡＴＣＣ ２４，１７８）、ケーワルチイ（Ｋ． ｗａｌｔｉｉ）（ＡＴＣＣ ５６，５００）、ケードロソフィラルム（Ｋ． ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｒｕｍ）（ＡＴＣＣ ３６，９０６； Ｖａｎ ｄｅｎ Ｂｅｒｇ等， Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ８： １３５ （１９９０））、ケーテモトレランス（Ｋ． ｔｈｅｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）及びケーマルキシアナス（Ｋ． ｍａｒｘｉａｎｕｓ）；ヤロウィア（ｙａｒｒｏｗｉａ）（ＥＰ ４０２，２２６）；ピッチャパストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）（ＥＰ １８３，０７０； Ｓｈｅｅｋｒｉｓｈｎａ等， Ｊ． Ｂａｓｉｃ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２８： ２６５−２７８ ［１９８８］）；カンジダ；トリコデルマレーシア（ｒｅｅｓｉａ）（ＥＰ ２４４，２３４）；アカパンカビ（Ｃａｓｅ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ７６： ５２５９−５２６３ ［１９７９］）；シュワニオマイセス（ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ）、例えばシュワニオマイセスオクシデンタリス（ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ）（１９９０年１０月３１日発行のＥＰ ３９４，５３８）；及び糸状真菌、例えば、ニューロスポラ、ペニシリウム、トリポクラジウム（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ）（１９９１年１月１０日発行のＷＯ ９１／００３５７）；及びコウジ菌、例えば偽巣性コウジ菌（Ｂａｌｌａｎｃｅ等， Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ．， １１２： ２８４−２８９ ［１９８３］； Ｔｉｌｂｕｒｎ等， Ｇｅｎｅ， ２６： ２０５−２２１ ［１９８３］； Ｙｅｌｔｏｎ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８１： １４７０−１４７４ ［１９８４］）及びクロカビ（Ｋｅｌｌｙ及びＨｙｎｅｓ， ＥＭＢＯ Ｊ．， ４： ４７５−４７９ ［１９８５］）が含まれる。ここで好ましいメチロトロピック（ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｉｃ）酵母は、これらに限られないが、ハンセヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、カンジダ、クロエケラ（Ｋｌｏｅｃｋｅｒａ）、ピチア（Ｐｉｃｈｉａ）、サッカロミセス、トルロプシス（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ）、及びロドトルラ（Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ）からなる属から選択されるメタノールで成長可能な酵母を含む。この酵母の分類の例示である特定の種のリストは、Ｃ． Ａｎｔｈｏｎｙ， Ｔｈｅ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｓ， ２６９ （１９８２）に記載されている。
【０３４４】
グリコシル化ＰＲＯの発現に適切な宿主細胞は、多細胞生物から誘導される。無脊椎動物細胞の例としては、ショウジョウバエＳ２及びスポドスペラＳｆ９等の昆虫細胞並びに植物細胞が含まれる。有用な哺乳動物宿主株化細胞の例は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）及びＣＯＳ細胞を含む。より詳細な例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株 （ＣＯＳ−７， ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）；ヒト胚腎臓株（２９３又は懸濁培養での増殖のためにサブクローン化された２９３細胞、Ｇｒａｈａｍ等， Ｊ． Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ．， ３６：５９ （１９７７））；チャイニーズハムスター卵巣細胞／−ＤＨＦＲ（ＣＨＯ， Ｕｒｌａｕｂ及びＣｈａｓｉｎ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ７７：４２１６ （１９８０））；マウスのセルトリ細胞（ＴＭ４， Ｍａｔｈｅｒ， Ｂｉｏｌ． Ｒｅｐｒｏｄ．， ２３：２４３−２５１ （１９８０））ヒト肺細胞 （Ｗ１３８， ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７５）； ヒト肝細胞 （Ｈｅｐ Ｇ２， ＨＢ ８０６５）； 及びマウス乳房腫瘍細胞 （ＭＭＴ ０６０５６２， ＡＴＴＣ ＣＣＬ５１）を含む。適切な宿主細胞の選択は、この分野の技術常識内にある。
【０３４５】
３．複製可能なベクターの選択及び使用
ＰＲＯをコードする核酸（例えば、ｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡ）は、クローニング（ＤＮＡの増幅）又は発現のために複製可能なベクター内に挿入される。様々なベクターが公的に入手可能である。ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス粒子、又はファージの形態とすることができる。適切な核酸配列が、種々の手法によってベクターに挿入される。一般に、ＤＮＡはこの分野で周知の技術を用いて適当な制限エンドヌクレアーゼ部位に挿入される。ベクター成分としては、一般に、これらに制限されるものではないが、一又は複数のシグナル配列、複製開始点、一又は複数のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列を含む。これらの成分の一又は複数を含む適当なベクターの作成には、当業者に知られた標準的なライゲーション技術を用いる。
ＰＲＯは直接的に組換え手法によって生産されるだけではなく、シグナル配列あるいは成熟タンパク質あるいはポリペプチドのＮ−末端に特異的切断部位を有する他のポリペプチドである異種性ポリペプチドとの融合ペプチドとしても生産される。一般に、シグナル配列はベクターの成分であるか、ベクターに挿入されるＰＲＯ−コード化ＤＮＡの一部である。シグナル配列は、例えばアルカリホスファターゼ、ペニシリナーゼ、ｌｐｐあるいは熱安定性エンテロトキシンＩＩリーダーの群から選択される原核生物シグナル配列であってよい。酵母の分泌に関しては、シグナル配列は、酵母インベルターゼリーダー、アルファ因子リーダー（酵母菌属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）及びクルイベロマイシス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）α因子リーダーを含み、後者は米国特許第５，０１０，１８２号に記載されている）、又は酸ホスフォターゼリーダー、白体（Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓ）グルコアミラーゼリーダー（１９９０年４月４日発行のＥＰ３６２１７９）、又は１９９０年１１月１５日に公開されたＷＯ ９０／１３６４６に記載されているシグナルであり得る。哺乳動物細胞の発現においては、哺乳動物シグナル配列は、同一あるいは関連ある種の分泌ポリペプチド由来のシグナル配列並びにウイルス分泌リーダーのようなタンパク質の直接分泌に使用してもよい。
【０３４６】
発現及びクローニングベクターは共に一又は複数の選択された宿主細胞においてベクターの複製を可能にする核酸配列を含む。そのような配列は多くの細菌、酵母及びウイルスに対してよく知られている。プラスミドｐＢＲ３２２に由来する複製開始点は大部分のグラム陰性細菌に好適であり、２μプラスミド開始点は酵母に適しており、様々なウイルス開始点（ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノウイルス、ＶＳＶ又はＢＰＶ）は哺乳動物細胞におけるクローニングベクターに有用である。
発現及びクローニングベクターは、典型的には、選べるマーカーとも称される選択遺伝子を含む。典型的な選択遺伝子は、（ａ）アンピシリン、ネオマイシン、メトトレキセートあるいはテトラサイクリンのような抗生物質あるいは他の毒素に耐性を与え、（ｂ）栄養要求性欠陥を補い、又は（ｃ）例えばバシリに対する遺伝子コードＤ−アラニンラセマーゼのような、複合培地から得られない重要な栄養素を供給するタンパク質をコードする。
哺乳動物細胞に適切な選べるマーカーの例は、ＤＨＦＲあるいはチミジンキナーゼのように、ＰＲＯ−コード化核酸を取り込むことのできる細胞成分を同定することのできるものである。野生型ＤＨＦＲを用いた場合の好適な宿主細胞は、Ｕｒｌａｕｂ 等により， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ７７：４２１６ （１９８０）に記載されているようにして調製され増殖されたＤＨＦＲ活性に欠陥のあるＣＨＯ株化細胞である。酵母菌中での使用に好適な選択遺伝子は酵母プラスミドＹＲｐ７に存在するｔｒｐ１遺伝子である［Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂ等， Ｎａｔｕｒｅ， ２８２：３９（１９７９）；Ｋｉｎｇｍａｎ等， Ｇｅｎｅ， ７：１４１（１９７９）；Ｔｓｃｈｅｍｐｅｒ等， Ｇｅｎｅ， １０：１５７（１９８０）］。ｔｒｐ１遺伝子は、例えば、ＡＴＣＣ番号４４０７６あるいはＰＥＰ４−１のようなトリプトファン内で成長する能力を欠く酵母菌の突然変異株に対する選択マーカーを提供する［Ｊｏｎｅｓ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， ８５：１２ （１９７７）］。
【０３４７】
発現及びクローニングベクターは、通常、ＰＲＯ−コード化核酸配列に作用可能に結合し、ｍＲＮＡ合成を制御するプロモーターを含む。種々の可能な宿主細胞により認識される好適なプロモーターが知られている。原核生物宿主での使用に好適なプロモーターはβ−ラクタマーゼ及びラクトースプロモーター系［Ｃａｈｎｇ等， Ｎａｔｕｒｅ， ２７５：６１５ （１９７８）； Ｇｏｅｄｄｅｌ等， Ｎａｔｕｒｅ， ２８１：５４４ （１９７９）］、アルカリホスファターゼ、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター系［Ｇｏｅｄｄｅｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ８：４０５７ （１９８０）； ＥＰ ３６，７７６］、及びハイブリッドプロモーター、例えばｔａｃプロモーター［ｄｅＢｏｅｒ 等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８０：２１−２５ （１９８３）］を含む。細菌系で使用するプロモータもまたＰＲＯをコードするＤＮＡと作用可能に結合したシャイン・ダルガーノ（Ｓ．Ｄ．）配列を有する。
酵母宿主と共に用いて好適なプロモーター配列の例としては、３−ホスホグリセラートキナーゼ［Ｈｉｔｚｅｍａｎ 等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２５５：２０７３ （１９８０）］又は他の糖分解酵素［Ｈｅｓｓ 等， Ｊ． Ａｄｖ． Ｅｎｚｙｍｅ Ｒｅｇ．， ７：１４９ （１９６８）；Ｈｏｌｌａｎｄ， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， １７：４９００（１９８７）］、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコース−６−リン酸イソメラーゼ、３−ホスホグリセレートムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオセリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、及びグルコキナーゼが含まれる。
他の酵母プロモーターとしては、成長条件によって転写が制御される付加的効果を有する誘発的プロモーターであり、アルコールデヒドロゲナーゼ２、イソチトクロムＣ、酸ホスファターゼ、窒素代謝と関連する分解性酵素、メタロチオネイン、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、及びマルトース及びガラクトースの利用を支配する酵素のプロモーター領域がある。酵母菌での発現に好適に用いられるベクターとプロモータはＥＰ ７３，６５７に更に記載されている。
【０３４８】
哺乳動物の宿主細胞におけるベクターからのＰＲＯ転写は、例えば、ポリオーマウィルス、伝染性上皮腫ウィルス（１９８９年７月５日公開のＵＫ ２，２１１，５０４）、アデノウィルス（例えばアデノウィルス２）、ウシ乳頭腫ウィルス、トリ肉腫ウィルス、サイトメガロウィルス、レトロウィルス、Ｂ型肝炎ウィルス及びサルウィルス４０（ＳＶ４０）のようなウィルスのゲノムから得られるプロモーター、異種性哺乳動物プロモーター、例えばアクチンプロモーター又は免疫グロブリンプロモーター、及び熱衝撃プロモーターから得られるプロモーターによって、このようなプロモーターが宿主細胞系に適合し得る限り制御される。
より高等の真核生物による所望のＰＲＯをコードするＤＮＡの転写は、ベクター中にエンハンサー配列を挿入することによって増強され得る。エンハンサーは、通常は約１０から３００塩基対で、プロモーターに作用してその転写を増強するＤＮＡのシス作動要素である。哺乳動物遺伝子由来の多くのエンハンサー配列が現在知られている（グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α−フェトプロテイン及びインスリン）。しかしながら、典型的には、真核細胞ウィルス由来のエンハンサーが用いられるであろう。例としては、複製起点の後期側のＳＶ４０エンハンサー（１００−２７０塩基対）、サイトメガロウィルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後期側のポリオーマエンハンサー及びアデノウィルスエンハンサーが含まれる。エンハンサーは、ＰＲＯコード化配列の５’又は３’位でベクター中にスプライシングされ得るが、好ましくはプロモーターから５’位に位置している。
また真核生物宿主細胞（酵母、真菌、昆虫、植物、動物、ヒト、又は他の多細胞生物由来の有核細胞）に用いられる発現ベクターは、転写の終結及びｍＲＮＡの安定化に必要な配列も含む。このような配列は、真核生物又はウィルスのＤＮＡ又はｃＤＮＡの通常は５’、時には３’の非翻訳領域から取得できる。これらの領域は、ＰＲＯをコードするｍＲＮＡの非翻訳部分にポリアデニル化断片として転写されるヌクレオチドセグメントを含む。
組換え脊椎動物細胞培養でのＰＲＯの合成に適応化するのに適切な他の方法、ベクター及び宿主細胞は、Ｇｅｔｈｉｎｇ等， Ｎａｔｕｒｅ， ２９３：６２０−６２５ （１９８１）； Ｍａｎｔｅｉ等， Ｎａｔｕｒｅ， ２８１：４０−４６ （１９７９）； ＥＰ １１７，０６０； 及びＥＰ １１７，０５８に記載されている。
【０３４９】
４．遺伝子増幅／発現の検出
遺伝子の増幅及び／又は発現は、ここで提供された配列に基づき、適切に標識されたプローブを用い、例えば、従来よりのサザンブロット法、ｍＲＮＡの転写を定量化するノーザンブロット法［Ｔｈｏｍａｓ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ，７７：５２０１−５２０５ （１９８０）］、ドットブロット法（ＤＮＡ分析）、又はインサイツハイブリッド形成法によって、直接的に試料中で測定することができる。あるいは、ＤＮＡ二本鎖、ＲＮＡ二本鎖及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二本鎖又はＤＮＡ−タンパク二本鎖を含む、特異的二本鎖を認識することができる抗体を用いることもできる。次いで、抗体を標識し、アッセイを実施することができ、ここで二本鎖は表面に結合しており、その結果二本鎖の表面での形成の時点でその二本鎖に結合した抗体の存在を検出することができる。
あるいは、遺伝子の発現は、遺伝子産物の発現を直接的に定量する免疫学的な方法、例えば細胞又は組織切片の免疫組織化学的染色及び細胞培養又は体液のアッセイによって、測定することもできる。試料液の免疫組織化学的染色及び／又はアッセイに有用な抗体は、モノクローナルでもポリクローナルでもよく、任意の哺乳動物で調製することができる。簡便には、抗体は、天然配列ＰＲＯポリペプチドに対して、又はここで提供されるＤＮＡ配列をベースとした合成ペプチドに対して、又はＰＲＯＤＮＡに融合し特異的抗体エピトープをコードする外因性配列に対して調製され得る。
【０３５０】
５．ポリペプチドの精製
ＰＲＯの形態は、培地又は宿主細胞の溶菌液から回収することができる。膜結合性であるならば、適切な洗浄液（例えばトリトン−Ｘ１００）又は酵素的切断を用いて膜から引き離すことができる。ＰＲＯの発現に用いられる細胞は、凍結融解サイクル、超音波処理、機械的破壊、又は細胞溶解剤などの種々の化学的又は物理的手段によって破壊することができる。
ＰＲＯを、組換え細胞タンパク又はポリペプチドから精製することが望ましい。適切な精製手順の例である次の手順により精製される：すなわち、イオン交換カラムでの分画；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シリカ又はカチオン交換樹脂、例えばＤＥＡＥによるクロマトグラフィー；クロマトフォーカシング；ＳＤＳ−ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えばセファデックスＧ−７５を用いるゲル濾過；ＩｇＧのような汚染物を除くプロテインＡセファロースカラム；及びＰＲＯポリペプチドのエピトープタグ形態を結合させる金属キレート化カラムである。この分野で知られ、例えば、Ｄｅｕｔｃｈｅｒ， Ｍｅｔｈｏｄｅｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ， １８２ （１９９０）；Ｓｃｏｐｅｓ， Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ （１９８２）に記載された多くのタンパク質精製方法を用いることができる。選ばれる精製過程は、例えば、用いられる生産方法及び特に生産される特定のＰＲＯの性質に依存する。
【０３５１】
Ｅ．ＰＲＯの用途
ＰＲＯをコードする核酸配列（又はそれらの補体）は、ハイブリッド形成プローブとしての使用を含む分子生物学の分野において、染色体及び遺伝子マッピングにおいて、及びアンチセンスＲＮＡ及びＤＮＡの生成において種々の用途を有している。また、ＰＲＯ核酸も、ここに記載される組換え技術によるＰＲＯポリペプチドの調製に有用であろう。
全長天然配列ＰＲＯ遺伝子又はその一部は、全長ＰＲＯｃＤＮＡの単離又はここに開示したＰＲＯ配列に対して所望の配列同一性を持つ更に他の遺伝子（例えば、ＰＲＯの天然発生変異体又は他の種からのＰＲＯをコードするもの）の単離のためのｃＤＮＡライブラリ用のハイブリッド形成プローブとして使用できる。場合によっては、プローブの長さは約２０〜約５０塩基である。ハイブリッド形成プローブは、少なくとも部分的に全長天然ヌクレオチド配列の新規な領域から誘導してもよく、それらの領域は、過度の実験をすることなく、天然配列ＰＲＯのプロモーター、エンハンサー成分及びイントロンを含むゲノム配列から誘導され得る。例えば、スクリーニング法は、ＰＲＯポリペプチド遺伝子のコード化領域を周知のＤＮＡ配列を用いて単離して約４０塩基の選択されたプローブを合成することを含む。ハイブリッド形成プローブは、３２Ｐ又は３５Ｓ等の放射性ヌクレオチド、又はアビディン／ビオチン結合系を介してプローブに結合したアルカリホスファターゼ等の酵素標識を含む種々の標識で標識されうる。本発明のＰＲＯポリペプチド遺伝子に相補的な配列を有する標識されたプローブは、ヒトｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ又はｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、そのライブラリーの何れのメンバーがプローブにハイブッド形成するかを決定するのに使用できる。ハイブリッド形成技術は、以下の実施例において更に詳細に記載する。
【０３５２】
本出願で開示する任意のＥＳＴはプローブと同様に、ここに記載した方法で用いることができる。
ＰＲＯ核酸の他の有用な断片は、標的ＰＲＯｍＲＮＡ（センス）又はＰＲＯＤＮＡ（アンチセンス）配列に結合できる一本鎖核酸配列（ＲＮＡ又はＤＮＡのいずれか）を含むアンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドを含む、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、本発明によると、ＰＲＯＤＮＡのコード化領域の断片を含む。このような断片は、一般的には少なくとも約１４ヌクレオチド、好ましくは約１４から３０ヌクレオチドを含む。与えられたタンパク質をコードするｃＤＮＡ配列に基づく、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドを制御する可能性は、例えば、Ｓｔｅｉｎ及びＣｏｈｅｎ（ＣａｎｃｅｒＲｅｓ． ４８： ２６５９： １９８８）及び ｖａｎ ｄｅｒ Ｋｒｏｌ等（ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６： ９５８， １９８８）に記載されている。
アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドの標的核酸配列への結合は二重鎖の形成をもたらし、それは、二重鎖の分解の促進、転写又は翻訳の期外停止を含む幾つかの方法の一つ、又は他の方法により、標的配列の転写又は翻訳を阻止する。よって、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＰＲＯタンパク質の発現を阻止するのに用いられる。アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、修飾糖−ホスホジエステル骨格（又は他の糖結合、ＷＯ ９１／０６６２９に記載のもの等）を有するオリゴヌクレオチドをさらに含み、そのような糖結合は内因性ヌクレアーゼ耐性である。そのような耐性糖結合を持つオリゴヌクレオチドは、インビボで安定であるが（即ち、酵素分解に耐えうるが）、標的ヌクレオチド配列に結合できる配列特異性は保持している。
センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドの他の例は、ＷＯ ９０／１００４８に記載されているもののような、有機部分、及びオリゴヌクレオチドの標的核酸配列への親和性を向上させる他の部分、例えばポリ−（Ｌ−リジン）に共有結合したオリゴヌクレオチドを含む。さらにまた、エリプチシン等の挿入剤、アルキル化剤又は金属作体をセンス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドに結合させ、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドの標的ヌクレオチド配列への結合特異性を改変してもよい。
アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、ＣａＰＯ４−媒介ＤＮＡ形質移入、エレクトロポレーションを含む任意の遺伝子転換方法により、又はエプスタイン−バーウイルスなどの遺伝子転換ベクターを用いることにより、標的核酸配列を含む細胞に導入される。好ましい方法では、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、適切なレトロウイルスベクターに挿入される。標的核酸配列を含む細胞は、インビボ又はエキソビボで組換えレトロウイルスベクターに接触させる。好適なレトロウイルスベクターは、これらに限られないが、マウスレトロウイルスＭ−ＭｕＬＶから誘導されるもの、Ｎ２（Ｍ−ＭｕＬＶから誘導されたレトロウイルス）、又はＤＣＴ５Ａ、ＤＣＴ５Ｂ及びＤＣＴ５Ｃと命名されたダブルコピーベクター（ＷＯ ９０／１３６４１参照）を含む。
また、センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＷＯ ９１／０４７５３に記載されているように、リガンド結合分子との複合体の形成により標的配列を含む細胞に導入してもよい。適切なリガンド結合分子は、これらに限られないが、細胞表面レセプター、成長因子、他のサイトカイン、又は細胞表面レセプターに結合する他のリガンドを含む。好ましくは、リガンド結合分子の複合体形成は、リガンド結合分子がその対応する分子又はレセプターに結合する、あるいはセンス又はアンチセンスオリゴヌクレオチド又はその複合体の細胞への侵入を阻止する能力を実質的に阻害しない。
あるいは、センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＷＯ ９０／１０４４８に記載されたように、オリゴヌクレオチド−脂質複合体の形成により標的核酸配列を含む細胞に導入してもよい。センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチド−脂質複合体は、好ましくは内因性リパーゼにより細胞内で分解される。
【０３５３】
また、プローブは、ＰＣＲ技術に用いて、密接に関連したＰＲＯコード化配列の同定のための配列のプールを作成することができる。
また、ＰＲＯをコードする核酸配列は、そのＰＲＯをコードする遺伝子のマッピングのため、及び遺伝子疾患を持つ個体の遺伝子分析のためのハイブリッド形成プローブの作成にも用いることができる。ここに提供される核酸配列は、インサイツハイブリッド形成、既知の染色体マーカーに対する結合分析、及びライブラリーでのハイブリッド形成スクリーニング等の周知の技術を用いて、染色体及び染色体の特定領域にマッピングすることができる。
ＰＲＯのコード化配列が他のタンパク質に結合するタンパク質をコードする場合（例えば、ＰＲＯがレセプターである場合）、ＰＲＯは、そのリガンドを同定するアッセイに用いることができる。このような方法により、レセプター／リガンド結合性相互作用の阻害剤を同定することができる。このような結合性相互作用に含まれるタンパク質も、ペプチド又は小分子阻害剤又は結合性相互作用のアゴニストのスクリーニングに用いることができる。また、レセプターＰＲＯは関連するリガンドの単離にも使用できる。スクリーニングアッセイは、天然ＰＲＯ又はＰＲＯのレセプターの生物学的活性に似たリード化合物の発見のために設計される。このようなスクリーニングアッセイは、化学的ライブラリーの高スループットスクリーニングにも用いられ、小分子候補薬剤の同定に特に適したものとする。考慮される小分子は、合成有機又は無機化合物を含む。アッセイは、この分野で良く知られ特徴付けられているタンパク質−タンパク質結合アッセイ、生物学的スクリーニングアッセイ、免疫検定及び細胞ベースのアッセイを含む種々の型式で実施される。
【０３５４】
また、ＰＲＯ又はその任意の修飾型をコードする核酸は、トランスジェニック動物又は「ノックアウト」動物を産生するのにも使用でき、これらは治療的に有用な試薬の開発やスクリーニングに有用である。トランスジェニック動物（例えばマウス又はラット）とは、出生前、例えば胚段階で、その動物又はその動物の祖先に導入された導入遺伝子を含む細胞を有する動物である。導入遺伝子とは、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノムに組み込まれたＤＮＡである。一実施形態では、ＰＲＯをコードするｃＤＮＡは、確立された技術によりＰＲＯをコードするゲノムＤＮＡをクローン化するために使用することができ、ゲノム配列を、ＰＲＯをコードするＤＮＡを発現する細胞を有するトランスジェニック動物を産生するために使用することができる。トランスジェニック動物、特にマウス又はラット等の特定の動物を産生する方法は当該分野において常套的になっており、例えば米国特許第４，７３６，８６６号や第４，８７０，００９号に記述されている。典型的には、特定の細胞を組織特異的エンハンサーでのＰＲＯ導入遺伝子の導入の標的にする。胚段階で動物の生殖系列に導入されたＰＲＯコード化導入遺伝子のコピーを含むトランスジェニック動物はＰＲＯをコードするＤＮＡの増大した発現の影響を調べるために使用できる。このような動物は、例えばその過剰発現を伴う病理学的状態に対して保護をもたらすと思われる試薬のテスター動物として使用できる。本発明のこの態様においては、動物を試薬で治療し、導入遺伝子を有する未治療の動物に比べ病理学的状態の発症率が低ければ、病理学的状態に対する治療的処置の可能性が示される。
【０３５５】
あるいは、ＰＲＯの非ヒト相同体は、動物の胚性細胞に導入されたＰＲＯをコードする変更ゲノムＤＮＡと、ＰＲＯをコードする内在性遺伝子との間の相同的組換えによって、ＰＲＯをコードする欠陥又は変更遺伝子を有するＰＲＯ「ノックアウト」動物を作成するために使用できる。例えば、ＰＲＯをコードするｃＤＮＡは、確立された技術に従い、ＰＲＯをコードするゲノムＤＮＡのクローニングに使用できる。ＰＲＯをコードするゲノムＤＮＡの一部を欠失したり、組み込みを監視するために使用する選択可能なマーカーをコードする遺伝子等の他の遺伝子で置換することができる。典型的には、ベクターは無変化のフランキングＤＮＡ（５’と３’末端の両方）を数キロベース含む［例えば、相同的組換えベクターについてはＴｈｏｍａｓ及びＣａｐｅｃｃｈｉ， Ｃｅｌｌ， ５１：５０３（１９８７）を参照のこと］。ベクターは胚性幹細胞に（例えばエレクトロポレーションによって）導入し、導入されたＤＮＡが内在性ＤＮＡと相同的に組換えられた細胞が選択される［例えば、Ｌｉ等， Ｃｅｌｌ， ６９：９１５（１９９２）参照］。選択された細胞は次に動物（例えばマウス又はラット）の胚盤胞内に注入されて集合キメラを形成する［例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ， Ｔｅｒａｔｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ａｎｄ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， Ｅ． Ｊ． Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ， ｅｄ． （ＩＲＬ， Ｏｘｆｏｒｄ， １９８７）， ｐｐ． １１３−１５２参照］。その後、キメラ性胚を適切な偽妊娠の雌性乳母に移植し、期間をおいて「ノックアウト」動物をつくり出す。胚細胞に相同的に組換えられたＤＮＡを有する子孫は標準的な技術により同定され、それらを利用して動物の全細胞が相同的に組換えられたＤＮＡを含む動物を繁殖させることができる。ノックアウト動物は、ＰＲＯポリペプチドが不在であることによるある種の病理的状態及びその病理的状態の進行に対する防御能力によって特徴付けられる。
【０３５６】
また、ＰＲＯポリペプチドをコードする核酸は遺伝子治療にも使用できる。遺伝子治療用途においては、例えば欠陥遺伝子を置換するため、治療的有効量の遺伝子産物のインビボ合成を達成するために遺伝子が導入される。「遺伝子治療」とは、１回の処理により継続的効果が達成される従来の遺伝子治療と、治療的に有効なＤＮＡ又はｍＲＮＡの１回又は繰り返し投与を含む遺伝子治療薬の投与の両方を含む。アンチセンスＲＮＡ及びＤＮＡは、ある種の遺伝子のインビボ発現を阻止する治療薬として用いることができる。短いアンチセンスオリゴヌクレオチドを、細胞膜による制限された取り込みに起因する低い細胞内濃度にもかかわらず、それが阻害剤として作用する細胞中に移入できることは既に示されている（Ｚａｍｅｃｎｉｋ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８３： ４１４３−４１４６ ［１９８６］）。オリゴヌクレオチドは、それらの負に荷電したリン酸ジエステル基を非荷電基で置換することによって取り込みを促進するように修飾してもよい。
【０３５７】
生存可能な細胞に核酸を導入するための種々の技術が存在する。これらの技術は、核酸が培養細胞にインビトロで、あるいは意図する宿主の細胞においてインビボで移入されるかに応じて変わる。核酸を哺乳動物細胞にインビトロで移入するのに適した方法は、リポソーム、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム沈殿法などを含む。現在好ましいインビボ遺伝子移入技術は、ウイルス（典型的にはレトロウイルス）ベクターでの形質移入及びウイルス被覆タンパク質−リポソーム媒介形質移入である（Ｄｚａｕ等， Ｔｒｅｎｄｓ， ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １１， ２０５−２１９）。幾つかの状況では、核酸供給源を、細胞表面膜タンパク質又は標的細胞に特異的な抗体、標的細胞上のレセプターに対するリガンド等の標的細胞を標的化する薬剤とともに提供するのが望ましい。リポソームを用いる場合、エンドサイトーシスを伴って細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質、例えば、特定の細胞型向性のカプシドタンパク質又はその断片、サイクルにおいて内部移行を受けるタンパク質に対する抗体、細胞内局在化を標的とし細胞内半減期を向上させるタンパク質が、標的化及び／又は取り込みの促進のために用いられる。レセプター媒介エンドサイトーシスは、例えば、Ｗｕ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２６２， ４４２９−２２３２ （１９８７）； 及びＷａｇｎｅｒ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７， ３４１０−３４１４ （１９９０）によって記述されている。遺伝子作成及び遺伝子治療のプロトコールの概説については、Ａｎｄｅｒｓｏｎ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６， ８０８−８１３ （１９９２）を参照のこと。
【０３５８】
ここに記載したＰＲＯポリペプチドは、タンパク質電気泳動目的の分子量マーカーとして用いてもよい。
ここに記載したＰＲＯポリペプチド又はその断片をコードする核酸分子は染色体同定に有用である。この点において、実際の配列に基づく染色体マーキング試薬は殆ど利用可能ではないため、新規な染色体マーカーの同定の必要性が存在している。本発明の各ＰＲＯ核酸分子は染色体マーカーとして使用できる。
また本発明のＰＲＯポリペプチド及び核酸分子は組織タイピングに使用でき、本発明のＰＲＯポリペプチドは一方の組織で他方に比較して異なる発現をする。ＰＲＯ核酸分子は、ＰＣＲ、ノーザン分析、サザン分析及びウェスタン分析のプローブ生成のための用途が見出されるであろう。
ここに記載したＰＲＯポリペプチドは治療薬として用いてもよい。本発明のＰＲＯポリペプチドは、製薬的に有用な組成物を調製するのに知られた方法に従って製剤され、それにより、このＰＲＯ生成物は製薬的に許容される担体媒体と混合される。治療用製剤は、凍結乾燥された製剤又は水性溶液の形態で、任意的な製薬上許容可能なキャリア、賦形剤又は安定剤と、所望の精製度を有する活性成分とを混合することにより（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ， Ａ． Ｏｓｏｌ， Ｅｄ．， ［１９８０］）、調製され保管される。許容される担体、賦形剤又は安定剤は、用いる投与量及び濃度ではレシピエントに対して無毒性であり、リン酸、クエン酸及び他の有機酸等の緩衝液；アスコルビン酸を含む抗酸化剤；低分子量（残基数１０個未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性重合体；グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン又はリシン等のアミノ酸；グルコース、マンノース又はデキストリン等の単糖類、二糖類又は他の炭水化物、ＥＤＴＡ等のキレート剤、マンニトール又はソルビトール等の糖類、ナトリウム等の塩形成対イオン；及び／又はＴＷＥＥＮ（商品名）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商品名）又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含む。
インビボ投与に使用される製剤は滅菌されていなくてはならない。これは、凍結乾燥及び再構成の前又は後に、滅菌フィルター膜を通す濾過により容易に達成される。
ここで、本発明の製薬組成物は一般に、無菌のアクセスポートを具備する容器、例えば、皮下注射針で貫通可能なストッパーを持つ静脈内バッグ又はバイアル内に配される。
投与経路は周知の方法、例えば、静脈内、腹膜内、脳内、筋肉内、眼内、動脈内又は病巣内経路での注射又は注入、局所投与、又は徐放系による。
本発明の製薬組成物の用量及び望ましい薬物濃度は、意図する特定の用途に応じて変化する。適切な用量又は投与経路の決定は、通常の内科医の技量の範囲内である。動物実験は、ヒト治療のための有効量の決定についての信頼できるガイダンスを提供する。有効量の種間スケーリングは、Ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｎｅｗ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ， Ｙａｃｏｂｉ等， 編， Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １９８９， ｐｐ． ４２−９６のＭｏｒｄｅｎｔｉ， Ｊ． 及びｃｈａｐｐｅｌｌ， Ｗ． 「Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ ｓｃａｌｉｎｇ ｉｎ ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ」に記載された原理に従って実施できる。
【０３５９】
ＰＲＯポリペプチド又はそのアゴニスト又はアンタゴニストのインビボ投与が用いられる場合、正常な投与量は、投与経路に応じて、哺乳動物の体重当たり１日に約１０ｎｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇまで、好ましくは約１μｇ／ｋｇ／日から１０ｍｇ／ｋｇ／日である。特定の用量及び輸送方法の指針は文献に与えられている；例えば、米国特許第４，６５７，７６０号、第５，２０６，３４４号、又は第５，２２５，２１２号参照。異なる製剤が異なる治療用化合物及び異なる疾患に有効であること、例えば一つの器官又な組織を標的とする投与には他の器官又は組織とは異なる方式で輸送することは必要であることが予想される。
ＰＲＯポリペプチドの投与を必要とする任意の疾患又は疾病の治療に適した放出特性を持つ製剤でＰＲＯポリペプチドの持続放出が望まれる場合、ＰＲＯポリペプチドのマイクロカプセル化が考えられる。持続放出のための組換えタンパク質のマイクロカプセル化は、ヒト成長ホルモン（ｒｈＧＨ）、インターフェロン（ｒｈＩＦＮ）、インターロイキン−２、及びＭＮｒｇｐ１２０で成功裏に実施されている。Ｊｏｈｎｓｏｎ等， Ｎａｔ． Ｍｅｄ．， ２： ７９５−７９９ （１９９６）； Ｙａｓｕｄａ， Ｂｉｏｍｅｄ． Ｔｈｅｒ．， ２７： １２２１−１２２３ （１９９３）； Ｈｏｒａ等， Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ８： ７５５−７５８ （１９９０）； Ｃｌｅｌａｎｄ， 「Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｉｎｇｌｅ Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ Ｖａｃｃｉｎｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｐｏｌｙａｃｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｇｌｙｃｏｌｉｄｅ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ」Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ： Ｔｈｅ Ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ Ａｄｊｕｖａｎｔ Ａｐｐｒｏａｃｈ， Ｐｏｗｅｌｌ 及び Ｎｅｗｍａｎ編， （Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ： Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９５）， ｐ． ４３９−４６２； ＷＯ ９７／０３６９２， ＷＯ ９６／４００７２， ＷＯ ９６／０７３９９； 及び米国特許第５，５６４，０１０号。
【０３６０】
これらのタンパク質の持続放出製剤は、ポリ−乳酸−コグリコール酸（ＰＬＧＡ）ポリマーを用い、その生体適合性及び広範囲の生分解特性に基づいて開発された。ＰＬＧＡの分解生成物である乳酸及びグリコール酸は、ヒト身体内で即座にクリアされる。さらに、このポリマーの分解性は、分子量及び組成に依存して数ヶ月から数年まで調節できる。Ｌｅｗｉｓ， 「Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ ｒｅｌｅａｓｅ ｏｆ ｂｉｏａｃｔｉｖｅ ａｇｅｎｔｓ ｆｒｏｍ ｌａｃｔｉｄｅ／ｇｌｙｃｏｌｉｄｅ ｐｏｌｙｍｅｒ」： Ｍ． Ｃｈａｓｉｎ及び Ｒ． Ｌａｎｇｅｒ （編）， Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ Ｐｏｌｙｍｅｒｓ ａｓ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ （Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ： Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９０）， ｐｐ． １−４１。
本発明は、ＰＲＯポリペプチドに類似する（アゴニスト）又はＰＲＯポリペプチドの効果を阻害する（アンタゴニスト）ものを同定するための化合物のスクリーニング方法も包含する。アンタゴニスト候補薬のスクリーニングアッセイは、ここに同定した遺伝子にコードされるＰＲＯポリペプチドと結合又は複合体形成する化合物、又は他にコード化ポリペプチドお他の細胞性タンパク質との相互作用を阻害する化合物を同定するために設計される。このようなスクリーニングアッセイは、それを特に小分子候補薬の同定に適したものにする、化学的ライブラリの高スループットスクリーニングに適用可能なアッセイを含む。
このアッセイは、タンパク質−タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ、及び細胞ベースのアッセイで、この分野で知られたものを含む種々の方式で実施される。
アンタゴニストについての全てのアッセイは、それらが候補薬をここで同定された核酸にコードされるＰＲＯポリペプチドと、これら２つの成分が相互作用するのに十分な条件下及び時間で接触させることを必要とすることにおいて共通する。
結合アッセイにおいて、相互作用は結合であり、形成された複合体は単離されるか、又は反応混合物中で検出される。特別な実施態様では、ここに同定された遺伝子にコードされるＰＲＯポリペプチド又は候補薬が、共有又は非共有結合により固相、例えばミクロタイタープレートに固定化される。非共有結合は、一般的に固体表面をポリペプチドの溶液で被覆し乾燥させることにより達成される。あるいは、固定化されるＰＲＯポリペプチドに特異的な固定化抗体、例えばモノクローナル抗体を、それを固体表面に固着させるために用いることができる。アッセイは、固定化成分、例えば固着成分を含む被覆表面に、検出可能な標識で標識されていてもよい非固定化成分を添加することにより実施される。反応が完了したとき、未反応成分を例えば洗浄により除去し、固体表面に固着した複合体を検出する。最初の非固定化成分が検出可能な標識を有している場合、表面に固定化された標識の検出は複合体形成が起こったことを示す。最初の非固定化成分が標識を持たない場合は、複合体形成は、例えば、固定化された複合体に特異的に結合する標識抗体によって検出できる。
【０３６１】
候補化合物が相互作用するがここに同定した遺伝子にコードされる特定のＰＲＯポリペプチに結合しない場合、そのポリペプチドとの相互作用は、タンパク質−タンパク質相互作用を検出するために良く知られた方法によってアッセイすることができる。そのようなアッセイは、架橋、同時免疫沈降、及び勾配又はクロマトグラフィカラムを通す同時精製などの伝統的な手法を含む。さらに、タンパク質−タンパク質相互作用は、Ｆｉｅｌｄｓ及び共同研究者等［Ｆｉｅｌｓ及びＳｏｎｇ， Ｎａｔｕｒｅ（Ｌｏｎｄｏｎ） ３４０， ２４５−２４６ （１９８９）； Ｃｈｉｅｎ等， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８８， ９５７８−９５８２ （１９９１）］に記載された酵母菌ベースの遺伝子系を用いることにより、Ｃｈｅｖｒａｙ及びＮａｔｈａｎｓ［Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９， ５７８９−５７９３ （１９９１）］に開示されている酵母菌ベースの系を用いて監視することができる。酵母菌ＧＡＬ４などの多くの転写活性化剤は、２つの物理的に別個のモジュラードメインからなり、一方はＤＮＡ結合ドメインとして作用し、他方は転写活性化ドメインとして機能する。以前の文献に記載された酵母菌発現系（一般に「２−ハイブリッド系」と呼ばれる）は、この特性の長所を利用して、２つのハイブリッドタンパク質を用い、一方では標的タンパク質がＧＡＬ４のＤＮＡ結合ドメインに融合し、他方では、候補となる活性化タンパク質が活性化ドメインに融合している。ＧＡＬ１−ｌａｃＺリポーター遺伝子のＧＡＬ４活性化プロモーターの制御下での発現は、タンパク質−タンパク質相互作用を介したＧＡＬ４活性の再構成に依存する。相互作用するポリペプチドを含むコロニーは、β−ガラクトシダーゼに対する色素生産性物質で検出される。２−ハイブリッド技術を用いた２つの特定なタンパク質間のタンパク質−タンパク質相互作用を同定するための完全なキット（ＭＡＴＣＨＭＡＫＥＲ（商品名））は、Ｃｌｏｎｔｅｃｈから商業的に入手可能である。この系は、特定のタンパク質相互作用に含まれるタンパク質ドメインのマッピング、並びにこの相互作用にとって重要なアミノ酸残基の特定にも拡張することができる。
【０３６２】
ここで同定されたＰＲＯポリペプチドをコードする遺伝子と細胞内又は細胞外成分との相互作用を阻害する化合物は、次のように試験できる：通常は反応混合物は、遺伝子産物と細胞外又は細胞内成分を、それら２つの生成物が相互作用及び結合する条件下及び時間で含むように調製される。候補化合物が結合を阻害する能力を試験するために、反応は試験化合物の不存在及び存在下で実施される。さらに、プラシーボを第３の反応混合物に添加してポジティブ対照を提供してもよい。混合物中に存在する試験化合物と細胞内又は細胞外成分との結合（複合体形成）は上記のように監視される。試験化合物を含有する反応混合物ではなく対照反応における複合体の形成は、試験化合物が試験化合物とその結合パートナーとの相互作用を阻害することを示す。
アンタゴニストを検定するために、ＰＲＯポリペプチドを特定の活性についてスクリーニングする化合物とともに添加してよく、ＰＲＯポリペプチド存在下での対象とする活性を阻害する化合物の能力が化合物がＰＲＯポリペプチドのアンタゴニストであることを示す。あるいは、アンタゴニストは、ＰＲＯポリペプチド及び膜結合ＰＲＯポリペプチドレセプター又は組換えレセプターを持つ潜在的アンタゴニストを、競合的阻害アッセイに適した条件下で結合させることにより検出してもよい。ＰＲＯポリペプチドは、放射活性等で標識でき、レセプターに結合したＰＲＯポリペプチドの数を潜在的アンタゴニストの有効性を決定するのに使用できる。レセプターをコードする遺伝子は、当業者に知られた多くの方法、例えばリガンドパンニング及びＦＡＣＳソートにより同定できる。Ｃｏｌｉｇａｎ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎ．， １（２）： Ｃｈａｐｔｅｒ ５ （１９９１）。好ましくは、発現クローニングが用いられ、ポリアデニル化ＲＮＡがＰＲＯポリペプチドに反応性の細胞から調製され、このＲＮＡから生成されたｃＤＮＡライブラリがプールに分配され、ＣＯＳ細胞又はＰＲＯポリペプチド反応性でない他の細胞の形質移入に使用される。スライドガラスで成長させた形質移入細胞を標識したＰＲＯポリペプチドに暴露する。ＰＲＯポリペプチドは、ヨウ素化又は部位特異的タンパク質キナーゼの認識部位の包含を含む種々の手段で標識できる。固定及びインキュベーションの後、スライドにオートラジオグラフィ分析を施す。ポジティブプールを同定し、相互作用サブプール化及び再スクリーニング工程を用いてサブプールを調製して再形質移入し、結果的に推定レセプターをコードする単一のクローンを生成する。
レセプター同定の代替的方法として、標識下ＰＲＯポリペプチドをレセプター分子を発現する細胞膜又は抽出調製物に光親和性結合させることができる。架橋材料はＰＡＧＥに溶解させ、Ｘ線フィルムに暴露する。レセプターを含む標識複合体を励起し、ペプチド断片に分離し、タンパク質マイクロ配列決定を施すことができる。マイクロ配列決定から得たアミノ酸配列は、推定レセプターをコードする遺伝子を同定するｃＤＮＡライブラリをスクリーニングする分解性オリゴヌクレオチドプローブの組の設計に用いられる。
【０３６３】
アンタゴニストの他の検定では、レセプターを発現する哺乳動物細胞又は膜調製物を、候補化合物の存在下で標識ＰＲＯポリペプチドとともにインキュベートする。次いで、この相互作用を促進又は阻止する化合物の能力を測定する。
潜在的なアンタゴニストのより特別な例は、免疫グロブリンとＰＲＯポリペプチドとの融合体に結合するオリゴヌクレオチド、特に、限られないが、ポリペプチド−及びモノクローナル抗体及び抗体断片、一本鎖抗体、抗−イディオタイプ抗体、及びこれらの抗体又は断片のキメラ又はヒト化形態、並びにヒト抗体及び抗体断片を含む抗体を含んでいる。あるいは、潜在的アンタゴニストは、密接に関連したタンパク質、例えば、レセプターを認識するが効果を与えず、従ってＰＲＯポリペプチドの作用を競合的に阻害するＰＲＯポリペプチドの変異形態であってもよい。
他の潜在的なＰＲＯポリペプチドアンタゴニストは、アンチセンス技術を用いて調製されたアンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡ作成物であり、例えば、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡは、標的ｍＲＮＡにハイブリッド形成してタンパク質翻訳を妨害することによりｍＲＮＡの翻訳を直接阻止するように作用する。アンチセンス技術は、トリプルへリックス形成又はアンチセンスＤＮＡ又はＲＮＡを通して遺伝子発現を制御するのに使用でき、それらの方法はともに、ポリペプチドヌクレオチドのＤＮＡ又はＲＮＡへの結合に基づく。例えば、ここでの成熟ＰＲＯポリペプチドをコードするポリペプチドヌクレオチド配列の５’コード化部分は、約１０から４０塩基対長のアンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドの設計に使用される。ＤＮＡオリゴヌクレオチドは、転写に含まれる遺伝子の領域に相補的であるように設計され（トリプルへリックス−Ｌｅｅ等， Ｎｕｃｌ， Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．， ６： ３０７３ （１９７９）； Ｃｏｏｎｅｙ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２４１： ４５６ （１９８８）； Ｄｅｒｖａｎ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５１： １３６０ （１９９１）参照）、それによりＰＲＯポリペプチドの転写及び生成を防止する。アンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドはインビボでｍＲＮＡにハイブリッド形成してｍＲＮＡ分子のＰＲＯポリペプチドへの翻訳を阻止する（アンチセンス−Ｏｋａｎｏ， Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．， ５６： ５６０ （１９９１）； Ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｓ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｏｆ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ （ＳＲＳ Ｐｒｅｓｓ： Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ， ＦＬ， １９８８））。上記のオリゴヌクレオチドは、細胞に輸送され、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡをインビボで発現させて、ＰＲＯポリペプチドの生産を阻害することもできる。アンチセンスＤＮＡが用いられる場合、翻訳開始部位、例えば標的遺伝子ヌクレオチド配列の−１０から＋１０位置の間から誘導されるオリゴデオキシリボヌクレオチドが好ましい。
【０３６４】
潜在的アンタゴニストは、ＰＲＯポリペプチドの活性部位、レセプター結合部位、又は成長因子又は他の関連結合部位に結合し、それによりＰＲＯポリペプチドの正常な生物学的活性を阻止する小分子を含む。小分子の例は、これらに限られないが、小型ペプチド又はペプチド様分子、好ましくは可溶性ペプチド、及び合成非ペプチド有機又は無機化合物を含む。
リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒できる酵素的ＲＮＡ分子である。リボザイムは、相補的標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリッド形成、次いでヌクレオチド鎖切断的切断により作用する。潜在的ＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切断部位は、既知の技術で同定できる。更なる詳細は、例えば、Ｒｏｓｓｉ， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｙ ４： ４６９−４７１ （１９９４）及びＰＣＴ公報、番号ＷＯ ９７／３３５５１（１９９７年９月１８日発行）を参照。
転写阻害に用いられるトリプルヘリックス形成における核酸分子は一本鎖でデオキシヌクレオチドからなる。これらのオリゴヌクレオチドの基本組成は、フーグスチン塩基対則を介するトリプルヘリックス形成を促進するように設計され、それは一般に二重鎖の一方の鎖上のプリン又はピリミジンのサイズ変更可能な伸展を必要とする。さらなる詳細は、例えば、ＰＣＴ公報、番号ＷＯ ９７／３３５５１， 上掲を参照。
これらの小分子は、上記で議論したスクリーニングアッセイの一又は複数の任意のものにより及び／又は当業者に良く知られた他の任意のスクリーニング技術により同定できる。
ＰＲＯ１８９は、線虫のＷ０１Ａ６．１、ホスホジエステラーゼ、トランスポーター及び脂肪酸に結合するタンパク質での検定において、これらのタンパク質に対するＰＲＯ１８９の相対的活性を決定するのに使用できる。結果は適宜用いることができる。
【０３６５】
Ｆ．抗−ＰＲＯ抗体
本発明は、さらに抗−ＰＲＯ抗体を提供するものである。抗体の例としては、ポリクローナル、モノクローナル、ヒト化、二重特異性及びヘテロ抱合体抗体が含まれる。
１．ポリクローナル抗体
抗−ＰＲＯ抗体はポリクローナル抗体を含む。ポリクローナル抗体の調製方法は当業者に知られている。哺乳動物においてポリクローナル抗体は、例えば免疫化剤、及び所望するのであればアジュバントを、一又は複数回注射することで発生させることができる。典型的には、免疫化剤及び／又はアジュバントを複数回皮下又は腹腔内注射により、哺乳動物に注射する。免疫化剤は、ＰＲＯポリペプチド又はその融合タンパク質を含みうる。免疫化剤を免疫化された哺乳動物において免疫原性が知られているタンパク質に抱合させるのが有用である。このような免疫原タンパク質の例は、これらに限られないが、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン及び大豆トリプシンインヒビターが含まれる。使用され得るアジュバントの例には、フロイント完全アジュバント及びＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリル脂質Ａ、合成トレハロースジコリノミコラート）が含まれる。免疫化プロトコールは、過度の実験なく当業者により選択されるであろう。
【０３６６】
２．モノクローナル抗体
あるいは、抗−ＰＲＯ抗体はモノクローナル抗体であってもよい。モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ及びＭｉｌｓｔｅｉｎ， Ｎａｔｕｒｅ， ２５６：４９５ （１９７５）に記載されているようなハイブリドーマ法を使用することで調製することができる。ハイブリドーマ法では、マウス、ハムスター又は他の適切な宿主動物を典型的には免疫化剤により免疫化することで、免疫化剤に特異的に結合する抗体を生成するかあるいは生成可能なリンパ球を誘発する。また、リンパ球をインビトロで免疫化することもできる。
免疫化剤は、典型的には対象とするＰＲＯポリペプチド又はその融合タンパク質を含む。一般にヒト由来の細胞が望まれる場合には末梢血リンパ球（「ＰＢＬ」）が使用され、あるいは非ヒト哺乳動物源が望まれている場合は、脾臓細胞又はリンパ節細胞が使用される。次いで、ポリエチレングリコール等の適当な融合剤を用いてリンパ球を不死化株化細胞と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する［Ｇｏｄｉｎｇ， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， （１９８６） ｐｐ． ５９−１０３］。不死化株化細胞は、通常は、形質転換した哺乳動物細胞、特に齧歯動物、ウシ、及びヒト由来の骨髄腫細胞である。通常、ラット又はマウスの骨髄腫株化細胞が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の不死化細胞の生存又は成長を阻害する一又は複数の物質を含有する適切な培地で培養される。例えば、親細胞が、酵素のヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ又はＨＰＲＴ）を欠いていると、ハイブリドーマの培地は、典型的には、ヒポキサチン、アミノプチリン及びチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、この物質がＨＧＰＲＴ欠乏性細胞の増殖を阻止する。
【０３６７】
好ましい不死化株化細胞は、効率的に融合し、選択された抗体生成細胞による安定した高レベルの抗体発現を支援し、ＨＡＴ培地のような培地に対して感受性である。より好ましい不死化株化細胞はマウス骨髄腫株であり、これは例えばカリフォルニア州サンディエゴのＳａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒやメリーランド州ロックビルのアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクションより入手可能である。ヒトモノクローナル抗体を生成するためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒト異種骨髄腫株化細胞も開示されている［Ｋｏｚｂｏｒ， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， １３３：３００１ （１９８４）、Ｂｒｏｄｅｕｒ等， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ， Ｉｎｃ．， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， （１９８７） ｐｐ． ５１−６３］。
次いでハイブリドーマ細胞が培養される培養培地を、ＰＲＯに対するモノクローナル抗体の存在について検定する。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって生成されたモノクローナル抗体の結合特異性は免疫沈降又はラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）や酵素結合免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）等のインビトロ結合検定法によって測定する。このような技術及びアッセイは、当該分野において公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えばＭｕｎｓｏｎ及びＰｏｌｌａｒｄ， Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， １０７：２２０ （１９８０）によるスキャッチャード分析法によって測定することができる。
【０３６８】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、クローンを制限希釈工程によりサブクローニングし、標準的な方法で成長させることができる［Ｇｏｄｉｎｇ， 上掲］。この目的のための適当な培地には、例えば、ダルベッコの改変イーグル培地及びＲＰＭＩ−１６４０倍地が含まれる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は哺乳動物においてインビボで腹水として成長させることもできる。
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ−セファロース法、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー法、ゲル電気泳動法、透析法又はアフィニティークロマトグラフィー等の従来の免疫グロブリン精製方法によって培養培地又は腹水液から単離又は精製される。
また、モノクローナル抗体は、組換えＤＮＡ法、例えば米国特許第４，８１６，５６７号に記載された方法により作成することができる。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、常套的な方法を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドプローブを使用して）、容易に単離し配列決定することができる。本発明のハイブリドーマ細胞はそのようなＤＮＡの好ましい供給源となる。ひとたび単離されたら、ＤＮＡは発現ベクター内に配することができ、これが宿主細胞、例えばサルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、あるいは免疫グロブリンタンパク質を生成等しない骨髄腫細胞内に形質移入され、組換え宿主細胞内でモノクローナル抗体の合成をすることができる。また、ＤＮＡは、例えば相同マウス配列に換えてヒト重鎖及び軽鎖定常ドメインのコード配列を置換することにより［米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ等， 上掲］、又は免疫グロブリンコード配列に非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の一部又は全部を共有結合することにより修飾することができる。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常ドメインに置換でき、あるいは本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインに置換でき、キメラ性二価抗体を生成する。
抗体は一価抗体であってもよい。一価抗体の調製方法は当該分野においてよく知られてる。例えば、一つの方法は免疫グロブリン軽鎖と修飾重鎖の組換え発現を含む。重鎖は一般的に、重鎖の架橋を防止するようにＦｃ領域の任意の点で切断される。あるいは、関連するシステイン残基を他のアミノ酸残基で置換するか欠失させて架橋を防止する。
一価抗体の調製にはインビトロ法がまた適している。抗体の消化による、その断片、特にＦａｂ断片の生成は、当該分野において知られている慣用的技術を使用して達成できる。
【０３６９】
３．ヒト及びヒト化抗体
本発明の抗−ＰＲＯ抗体は、さらにヒト化抗体又はヒト抗体を含む。非ヒト（例えばマウス）抗体のヒト化形とは、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖あるいはその断片（例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２あるいは抗体の他の抗原結合サブ配列）であって、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むものである。ヒト化抗体はレシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）の残基が、マウス、ラット又はウサギのような所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲの残基によって置換されたヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含む。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。また、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、移入されたＣＤＲもしくはフレームワーク配列にも見出されない残基を含んでいてもよい。一般に、ヒト化抗体は、全てあるいはほとんど全てのＣＤＲ領域が非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全てあるいはほとんど全てのＦＲ領域がヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、最適には免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒトの免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含んでなる［Ｊｏｎｅｓ等， Ｎａｔｕｒｅ， ３２１：５２２−５２５ （１９８６）； Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ等， Ｎａｔｕｒｅ， ３３２：３２３−３２９ （１９８８）； 及びＰｒｅｓｔａ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐ Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．， ２：５９３−５９６ （１９９２）］。
【０３７０】
非ヒト抗体をヒト化する方法はこの分野でよく知られている。一般的に、ヒト化抗体には非ヒト由来の一又は複数のアミノ酸残基が導入される。これら非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから得られる「移入」残基と称される。ヒト化は基本的に齧歯動物のＣＤＲ又はＣＤＲ配列でヒト抗体の該当する配列を置換することによりウィンター（ｗｉｎｔｅｒ）及び共同研究者［Ｊｏｎｅｓ等， Ｎａｔｕｒｅ， ３２１：５２２−５２５ （１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ等， Ｎａｔｕｒｅ， ３３２：３２３−３２７ （１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２３９：１５３４−１５３６ （１９８８）］の方法に従って、齧歯類ＣＤＲ又はＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列に置換することにより実施される。よって、このような「ヒト化」抗体は、無傷のヒト可変ドメインより実質的に少ない分が非ヒト種由来の対応する配列で置換されたキメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）である。実際には、ヒト化抗体は典型的には幾つかのＣＤＲ残基及び場合によっては幾つかのＦＲ残基が齧歯類抗体の類似する部位からの残基によって置換されたヒト抗体である。
また、ヒト抗体は、ファージ表示ライブラリ［Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ及びＷｉｎｔｅｒ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２２７：３８１ （１９９２）；Ｍａｒｋｓ等， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２２２：５８１ （１９９１）］を含むこの分野で知られた種々の方法を用いて作成することもできる。また、Ｃｏｌｅ等及びＢｏｅｒｎｅｒ等の方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用することができる［Ｃｏｌｅ等， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ， Ａｌａｎ Ｒ． Ｌｉｓｓ． ｐ．７７（１９８５）及びＢｏｅｒｎｅｒ等， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， １４７（１）：８６−９５（１９９１） ］。同様に、ヒト抗体はヒト免疫グロブリン座位をトランスジェニック動物、例えば内在性免疫グロブリン遺伝子は部分的又は完全に不活性化されたマウスに導入することにより産生することができる。投与の際に、遺伝子再配列、組立、及び抗体レパートリーを含むあらゆる観点においてヒトに見られるものに非常に類似しているヒト抗体の生産が観察される。このアプローチは、例えば米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６号、及び次の科学文献：Ｍａｒｋｓ等， Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０， ７７９−７８３ （１９９２）； Ｌｏｎｂｅｒｇ等， Ｎａｔｕｒｅ ３６８ ８５６−８５９ （１９９４）； Ｍｏｒｒｉｓｏｎ， Ｎａｔｕｒｅ ３６８， ８１２−１３ （１９９４）； Ｆｉｓｈｗｉｌｄ等， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４， ８４５−５１ （１９９６）； Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４， ８２６ （１９９６）； Ｌｏｎｂｅｒｇ及びＨｕｓｚａｒ， Ｉｎｔｅｒｎ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １３ ６５−９３ （１９９５）に記載されている。
【０３７１】
４．二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体、好ましくはヒトもしくはヒト化抗体である。本発明の場合において、結合特異性の一方はＰＲＯに対してであり、他方は任意の他の抗原、好ましくは細胞表面タンパク質又はレセプター又はレセプターサブユニットに対してである。
二重特異性抗体を作成する方法は当該技術分野において周知である。伝統的には、二重特異性抗体の組換え生産は、二つの重鎖が異なる特異性を持つ二つの免疫グロブリン重鎖／軽鎖対の同時発現に基づく［Ｍｉｌｓｔｅｉｎ及びＣｕｅｌｌｏ， Ｎａｔｕｒｅ， ３０５：５３７−５３９ （１９８３）］。免疫グロブリンの重鎖と軽鎖を無作為に取り揃えるため、これらハイブリドーマ（クアドローマ）は１０種の異なる抗体分子の潜在的混合物を生成し、その内一種のみが正しい二重特異性構造を有する。正しい分子の精製は、アフィニティークロマトグラフィー工程によって通常達成される。同様の手順が１９９３年５月１３日公開のＷＯ ９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ等， ＥＭＢＯ Ｊ．，１０：３６５５−３６５６ （１９９１）に開示されている。
所望の結合特異性（抗体−抗原結合部位）を有する抗体可変ドメインを免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合できる。融合は、好ましくは少なくともヒンジ部、ＣＨ２及びＣＨ３領域の一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとのものである。少なくとも一つの融合には軽鎖結合に必要な部位を含む第一の重鎖定常領域（ＣＨ１）が存在することが望ましい。免疫グロブリン重鎖融合をコードするＤＮＡ、及び望むのであれば免疫グロブリン軽鎖を、別々の発現ベクターに挿入し、適当な宿主生物に同時形質移入する。二重特異性抗体を作成するための更なる詳細については、例えばＳｕｒｅｓｈ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ， １２１：２１０（１９８６）を参照されたい。
【０３７２】
ＷＯ ９６／２７０１１に記載された他の方法によれば、一対の抗体分子間の界面を操作して組換え細胞培養から回収される異種二量体の割合を最大にすることができる。好適な界面は抗体定常ドメインのＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法では、第１抗体分子の界面からの一又は複数の小さいアミノ酸側鎖がより大きな側鎖（例えばチロシン又はトリプトファン）と置き換えられる。大きな側鎖と同じ又は類似のサイズの相補的「キャビティ」を、大きなアミノ酸側鎖を小さいもの（例えばアラニン又はスレオニン）と置き換えることにより第２の抗体分子の界面に作り出す。これにより、ホモダイマーのような不要の他の最終産物に対してヘテロダイマーの収量を増大させるメカニズムが提供される。
二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製できる。抗体断片から二重特異性抗体を産生する技術もまた文献に記載されている。例えば、化学結合を使用して二重特異性抗体を調製することができる。Ｂｒｅｎｎａｎ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２２９：８１ （１９８５） は無傷の抗体をタンパク分解性に切断してＦ（ａｂ’）２断片を産生する手順を記述している。これらの断片は、ジチオール錯体形成剤亜砒酸ナトリウムの存在下で還元して近接ジチオールを安定化させ、分子間ジスルフィド形成を防止する。産生されたＦａｂ’断片はついでチオニトロベンゾアート（ＴＮＢ）誘導体に転換される。Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の一つをついでメルカプトエチルアミンでの還元によりＦａｂ’−チオールに再転換し、他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体の等モル量と混合して二重特異性抗体を形成する。作られた二重特異性抗体は酵素の選択的固定化用の薬剤として使用することができる。
大腸菌からＦａｂ’フラグメントを直接回収でき、これは化学的に結合して二重特異性抗体を形成することができる。Ｓｈａｌａｂｙ等， Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．， １７５：２１７−２２５ （１９９２）は完全にヒト化された二重特異性抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の製造を記述している。各Ｆａｂ’フラグメントは大腸菌から別個に分泌され、インビトロで定方向化学共役を受けて二重特異性抗体を形成する。このようにして形成された二重特異性抗体は、正常なヒトＴ細胞及びＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞に結合可能で、ヒト乳房腫瘍標的に対するヒト細胞障害性リンパ球の細胞溶解活性の誘因となる。
【０３７３】
組換え細胞培養から直接的に二重特異性抗体断片を作成し分離する様々な方法もまた記述されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを使用して生産されている。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら， Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ． １４８（５）：１５４７−１５５３ （１９９２）。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質からのロイシンジッパーペプチドを遺伝子融合により二つの異なった抗体のＦａｂ’部分に結合させる。抗体ホモダイマーをヒンジ領域で還元してモノマーを形成し、ついで再酸化して抗体ヘテロダイマーを形成する。この方法はまた抗体ホモダイマーの生産に対して使用することができる。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ９０：６４４４−６４４８ （１９９３）により記述された「ダイアボディ」技術は二重特異性抗体断片を作成する別のメカニズムを提供した。断片は、同一鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするには十分に短いリンカーにより軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を結合してなる。従って、一つの断片のＶＨ及びＶＬドメインは他の断片の相補的ＶＬ及びＶＨドメインと強制的に対形成させられ、２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーの使用により二重特異性抗体断片を製造する他の方策もまた報告されている。Ｇｒｕｂｅｒら， Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ． １５２：５３６８ （１９９４）を参照されたい。
二価より多い抗体も考えられる。例えば、三重特異性抗体を調製することができる。Ｔｕｔｔら Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ． １４７：６０（１９９１）。
例示的な二重特異性抗体は、ここに与えられたＰＲＯポリペプチドの２つの異なるエピトープに結合しうる。あるいは、抗−ＰＲＯポリペプチドのアームは、特定のＰＲＯポリペプチド発現細胞に細胞防御メカニズムを集中させるように、Ｔ細胞レセプター分子（例えばＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８、又はＢ７）等の白血球上のトリガー分子又はＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）等のＩｇＧ（ＦｃγＲ）に対するＦｃレセプターに結合するアームと結合しうる。また、二重特異性抗体は特定のＰＲＯポリペプチドを発現する細胞に細胞毒性薬を局在化させるためにも使用されうる。これらの抗体はＰＲＯ結合アーム及び細胞毒性薬又は放射性キレート化剤、例えばＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、又はＴＥＴＡと結合するアームを有する。興味の対象となる他の二重特異性抗体はＰＲＯポリペプチドに結合し、そしてさらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
５．ヘテロ抱合体抗体
ヘテロ抱合抗体もまた本発明の範囲に入る。ヘテロ抱合抗体は、２つの共有結合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対してターゲティングさせるため［米国特許第４，６７６，９８０号］及びＨＩＶ感染の治療のために［ＷＯ ９１／００３６０； ＷＯ ９２／２００３７３； ＥＰ ０３０８９］提案されている。この抗体は、架橋剤に関連したものを含む合成タンパク化学における既知の方法を使用して、インビトロで調製することができると考えられる。例えば、ジスルフィド交換反応を使用するか又はチオエーテル結合を形成することにより、免疫毒素を作成することができる。この目的に対して好適な試薬の例には、イミノチオレート及びメチル−４−メルカプトブチリミデート、及び例えば米国特許第４，６７６７，９８０号に開示されているものが含まれる。
【０３７４】
６．エフェクター機能の加工
本発明の抗体をエフェクター機能について改変し、例えば癌治療における抗体の有効性を向上させるのが望ましい。例えば、システイン残基をＦｃ領域に導入し、それにより、この領域に鎖間ジスルフィド結合を形成させるようにしてもよい。そのようにして生成された同種二量体抗体は、向上した内部移行能力及び／又は増加した補体媒介細胞殺傷及び抗体−依存性細胞性細胞毒性（ＡＤＣＣ）を有しうる。Ｃａｒｏｎ等， Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． １７６： １１９１−１１９５ （１９９２）及びＳｈｏｐｅｓ， Ｂ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １４８： ２９１８−２９２２ （１９９２）参照。向上した抗腫瘍活性を持つ同種二量体抗体はまた、Ｗｏｌｆｆ等， Ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ ５３： ２５６０−２５６５ （１９９３）に記載されたような異種二官能性架橋を用いても調製しうる。あるいは、抗体は、２つのＦｃ領域を有するように加工して、それにより補体溶解及びＡＤＣＣ能力を向上させることもできる。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ等， Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ３： ２１９−２３０ （１９８９）参照。
【０３７５】
７．免疫複合体
本発明はまた、化学治療薬、毒素（例えば、細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素、又はその断片）などの細胞毒性薬、あるいは放射性同位体（即ち、放射性抱合）に抱合された抗体を含む免疫複合体にも関する。
このような免疫複合体の生成に有用な化学治療薬は上記した。用いることのできる酵素活性毒素及びその断片は、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、アルファ−サルシン、アレウリテス・フォーディ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、フィトラカ・アメリカーナ（Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、モモルディカ・チャランチア（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ）インヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、サパオナリア・オフィシナリス（ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｉｃｉｎａｌｉｓ）インヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）及びトリコテセン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎｅ）を含む。様々な放射性ヌクレオチドが放射性抱合抗体の生成に利用可能である。例として、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ及び１８６Ｒｅを含む。
【０３７６】
抗体及び細胞毒性薬の複合体は、種々の二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣＬ等）、活性エステル（ジスクシンイミジルスベレート等）、アルデヒド（グルタルアルデヒド等）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン等）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン等）、ジイソシアネート（トリエン２，６−ジイソシアネート等）、及びビス−活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン等）を用いて作成できる。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８： １０９８ （１９８７）に記載されたように調製することができる。カーボン−１４−標識１−−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への抱合のためのキレート剤の例である。ＷＯ ９４／１１０２６参照。
他の実施態様では、腫瘍の予備標的化で使用するために、抗体は「レセプター」（ストレプトアビジン等）に抱合されてもよく、抗体−レセプター複合体は患者に投与され、次いで清澄化剤を用いて未結合複合体を循環から除去し、次に細胞毒性薬（例えば、放射性ヌクレオチド等）に抱合された「リガンド」（アビジン等）を投与する。
【０３７７】
８．免疫リポソーム
また、ここに開示する抗体は、免疫リポソームとして調製してもよい。抗体を含むリポソームは、Ｅｐｓｔｅｉｎ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８２： ３６８８ （１９８５）； Ｈｗａｎｇ等， Ｐｒｏｃ． ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ７７： ４０３０ （１９８０）； 及び米国特許第４，４８５，０４５号及び第４，５４４，５４５号に記載されたような、この分野で知られた方法で調製される。向上した循環時間を持つリポソームは、米国特許第５，０１３，５５６号に開示されている。
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ−誘導ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物での逆相蒸発法によって生成される。リポソームは、所定サイズのフィルターを通して押し出され、所望の径を有するリポソームが生成される。本発明の抗体のＦａｂ’断片は、Ｍａｒｔｉｎ等， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２５７： ２８６−２８８ （１９８２）に記載されているように、ジスルフィド交換反応を介してリポソームに抱合され得る。化学治療薬（ドキソルビシン等）は、場合によってはリポソーム内に包含される。Ｇａｂｉｚｏｎ等， Ｊ． Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ． ８１（１９） １４８４ （１９８９）参照。
【０３７８】
９．抗体の製薬組成物
ここで同定されるＰＲＯポリペプチドに特異的に結合する抗体、並びに上記に開示したスクリーニングアッセイで同定された他の分子は、種々の疾患の治療のために、製薬組成物の形態で投与することができる。
ＰＲＯポリペプチドが細胞内であり、全抗体が阻害剤として用いられる場合、内在化抗体が好ましい。しかし、リポフェクション又はリポソームも抗体、又は抗体断片を細胞に導入するのに使用できる。抗体断片が用いられる場合、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最小阻害断片が好ましい。例えば、抗体の可変領域配列に基づいて、標的タンパク質配列に結合する能力を保持したペプチド分子が設計できる。このようなペプチドは、化学的に合成でき、又は組換えＤＮＡ技術によって生成できる。例えば、Ｍａｒａｓｃｏ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０， ７８８９−７８９３ （１９９３）参照。ここでの製剤は、治療すべき特定の徴候に必要な場合に１以上の活性化合物、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を持つものも含んでよい。あるいは、又はそれに加えて、組成物は、細胞毒性薬、サイトカイン又は成長阻害剤を含んでもよい。これらの分子は、適切には、意図する目的に有効な量の組み合わせで存在する。
また、活性成分は、例えばコアセルベーション技術により又は界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えば、各々ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル及びポリ（メタクリル酸メチル）マイクロカプセル中、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミン小球、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）中、又はマイクロエマルション中に包括されていてもよい。これらの技術は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ， 上掲に開示されている。
インビボ投与に使用される製剤は無菌でなけらばならない。これは、滅菌濾過膜を通した濾過により容易に達成される。
徐放性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、このマトリクスは成形された物品、例えばフィルム、又はマイクロカプセルの形状である。除放性マトリクスの例は、ポリエステルヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）又はポリ（ビニルアルコール））、ポリアクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸及びγ−エチル−Ｌ−グルタメート、非分解性エチレン−酢酸ビニル、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商品名）（乳酸−グリコール酸コポリマーと酢酸リュープロリドの注射可能な小球）などの分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、ポリ−（Ｄ）−３−ヒドロキシブチル酸を含む。エチレン−酢酸ビニル及び乳酸−グリコール酸などのポリマーは分子を１００日に渡って放出することができるが、ある種のヒドロゲルはより短時間でタンパク質を放出してしまう。カプセル化された抗体が身体内に長時間残ると、それらは３７℃の水分に露出されることにより変性又は凝集し、その結果、生物学的活性の低下及び起こりうる免疫原性の変化をもたらす。合理的な方法は、含まれる機構に依存する安定化について工夫することができる。例えば、凝集機構がチオ−ジスルフィド交換を通した分子間Ｓ−Ｓ結合形成であると発見された場合、安定化はスルフヒドリル残基の修飾、酸性溶液からの凍結乾燥、水分含有量の制御、適切な添加剤の付加、及び特異的ポリマーマトリクス組成物の開発によって達成されうる。
【０３７９】
Ｇ．抗−ＰＲＯ抗体の用途
本発明の抗−ＰＲＯ抗体は様々な有用性を有している。例えば、抗−ＰＲＯ抗体は、ＰＲＯの診断アッセイ、例えばその特定細胞、組織、又は血清での発現の検出に用いられる。競合的結合アッセイ、直接又は間接サンドウィッチアッセイ及び不均一又は均一相で行われる免疫沈降アッセイ［Ｚｏｌａ， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ． （１９８７） ｐｐ． １４７−１５８］等のこの分野で知られた種々の診断アッセイ技術が使用される。診断アッセイで用いられる抗体は、検出可能な部位で標識される。検出可能な部位は、直接又は間接に、検出可能なシグナルを発生しなければならない。例えば、検出可能な部位は、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ又は１２５Ｉ等の放射性同位体、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン又はルシフェリン等の蛍光又は化学発光化合物、あるいはアルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ又はセイヨウワサビペルオキシダーゼ等の酵素であってよい。抗体に検出可能な部位を抱合させるためにこの分野で知られた任意の方法が用いられ、それにはＨｕｎｔｅｒ等 Ｎａｔｕｒｅ， １４４：９４５ （１９６２）；Ｄａｖｉｄ等， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， １３： １０１４ （１９７４）；Ｐａｉｎ等， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈ．， ４０：２１９ （１９８１） ；及びＮｙｇｒｅｎ， Ｊ． Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ． ａｎｄ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．， ３０：４０７ （１９８２）に記載された方法が含まれる。
また、抗−ＰＲＯ抗体は組換え細胞培養又は天然供給源からのＰＲＯのアフィニティー精製にも有用である。この方法においては、ＰＲＯに対する抗体を、当該分野でよく知られている方法を使用して、セファデックス樹脂や濾紙のような適当な支持体に固定化する。次に、固定化された抗体を、精製するＰＲＯを含む試料と接触させた後、固定化された抗体に結合したＰＲＯ以外の試料中の物質を実質的に全て除去する適当な溶媒で支持体を洗浄する。最後に、ＰＲＯを抗体から脱離させる他の適当な溶媒で支持体を洗浄する。
以下の実施例は例示するためにのみ提供されるものであって、本発明の範囲を決して限定することを意図するものではない。
本明細書で引用した全ての特許及び参考文献の全体を、出典明示によりここに取り込む。
【０３８０】
（実施例）
実施例で言及されている全ての市販試薬は、特に示さない限りは製造者の使用説明に従い使用した。ＡＴＣＣ登録番号により以下の実施例及び明細書全体を通して特定されている細胞の供給源はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション、マナッサス、ＶＡである。
実施例１：新規なポリペプチド及びそれをコードするｃＤＮＡを同定するための細胞外ドメイン相同性スクリーニング
Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的データベースからの約９５０の公知の分泌タンパク質からの細胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（必要ならば、分泌シグナル配列を含む）を、ＥＳＴデータベースの検索に使用した。ＥＳＴデータベースは、公的データベース（例えば、Ｄａｙｈｏｆｆ、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したデータベース（例えば、ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ−２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて、ＥＣＤタンパク質配列のＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との比較として実施した。公知のタンパク質をコードせず、Ｂｌａｓｔスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， ＷＡ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列に構築した。
この細胞外ドメイン相同性スクリーニングを用いて、ｐｈｒａｐを用いて他の同定されたＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。さらに、得られたコンセンサスＤＮＡ配列を、しばしば（全てではない）ＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ−２及びｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを用いて伸長し、コンセンサス配列を上で議論したＥＳＴ配列の供給源を用いて可能な限り伸長させた。
上記のように得られたコンセンサス配列に基づいて、次いでオリゴヌクレオチドを合成し、ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及びＰＲＯポリペプチドの全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして用いるために使用した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般的に２０から３０ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物を与えるために設計される。プローブ配列は、典型的に４０−５５ｂｐ長である。或る場合には、コンセンサス配列が約１−１．５ｋｂｐより大きいときに付加的なオリゴヌクレオチドが合成される。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， のように、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲによりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
ｃＤＮＡクローンの単離に用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法によって作成した。ｃＤＮＡは、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、そして適切なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫ５Ｄ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫＤの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｈｏＩ及びＮｏｔＩ部位において、所定の方向でクローニングした。
【０３８１】
実施例２：アミラーゼスクリーニングによるｃＤＮＡクローンの単離
１．オリゴｄＴプライムｃＤＮＡライブラリの調製
ｍＲＮＡを対象とするヒト組織からＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからの試薬及びプロトコールを用いて単離した（Ｆａｓｔ Ｔｒａｃｋ ２）。このＲＮＡを、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ， ＭＤ （Ｓｕｐｅｒ Ｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ）からの試薬及びプロトコールを用いるベクターｐＲＫ５ＤにおけるオリゴｄＴプライムしたｃＤＮＡの生成に使用した。この方法において、二本鎖ｃＤＮＡは１０００ｂｐを越えるサイズ分類し、ＳａｌＩ／ＮｏｔＩ結合ｃＤＮＡをＸｈｏＩ／ＮｏｔＩ切断ベクターにクローニングした。ｐＲＫ５Ｄを、ｓｐ６転写開始部位、それに続くＳｆｉＩ制限酵素部位、さらにＸｈｉＩ／ＮｏｔＩｃＤＮＡクローニング部位を持つベクターにクローニングした。
２．ランダムプライムｃＤＮＡライブラリの調製
一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を好ましく表現するために二次ｃＤＮＡライブラリを作成した。Ｓｐ６ＲＮＡを（上記の）一次ライブラリから生成し、このＲＮＡを、ベクターｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０におけるＬｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ （上で参照したＳｕｐｅｒ Ｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ）からの試薬及びプロトコールを用いたランダムプライムしたｃＤＮＡライブラリの生成に使用した。この方法において、二本鎖ｃＤＮＡを５００−１０００ｂｐにサイズ分類し、平滑末端でＮｏｔＩアダプターに結合させ、ＳｆｉＩ部位で切断し、そしてＳｆｉＩ／ＮｏｔＩ切断ベクターにクローニングした。ｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０は、ｃＤＮＡクローニング部位の前に酵母アルコールデヒドロゲナーゼプロモータ、及びクローニング部位の後にマウスアミラーゼ配列（分泌シグナルを持たない成熟配列）に次いでアルコールデヒドロゲナーゼ転写終結区を有するクローニングベクターである。即ち、アミラーゼ配列でフレームに融合するこのベクターにクローニングされたｃＤＮＡは、適当に形質移入された酵母コロニーからのアミラーゼの分泌を導くであろう。
【０３８２】
３．形質転換及び検出
上記２パラグラフに記載したライブラリからのＤＮＡを氷上で冷却し、それにエレクトロコンピテントＤＨ１０Ｂ細菌（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｉｇｉｅｓ、２０ｍｌ）を添加した。細菌及びベクターの混合物は、次いで製造者に推奨されているように電気穿孔た。次いで、ＳＯＣ培地（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｐｌｏｇｉｅｓ、１ｍｌ）を添加し、この混合物を３７℃で３０分間インキュベートした。形質転換体は、次いでアンピシリンを含む２０標準１５０ｍｍＬＢプレートに蒔き、１６時間インキュベートした（３７℃）。ポジティブコロニーをプレートから廃棄し、細菌ペレットから標準的な方法、例えばＣｓＣｌ−勾配を用いてＤＮＡを単離した。精製ＤＮＡは、次いで以下の酵母プロトコールにのせた。
酵母方法は３つの範疇に分けられる：（１）酵母のプラスミド／ｃＤＮＡ結合ベクターでの形質転換；（２）アミラーゼを分泌する酵母クローンの検出及び単離；及び（３）酵母コロニーから直接的な挿入物のＰＣＲ増幅及び配列決定及びさらなる分析のためのＤＮＡの精製。
用いた酵母菌株はＨＤ５６−５Ａ（ＡＴＣＣ−９０７８５）であった。この株は以下の遺伝子型：ＭＡＴアルファ、ｕｒａ３−５２、ｌｅｕ２−３、ｌｅｕ２−１１２、ｈｉｓ３−１１、ｈｉｓ３−１５、ＭＡＬ＋、ＳＵＣ＋、ＧＡＬ＋を有する。好ましくは、不完全な翻訳後経路を持つ酵母変異体を用いることができるが、。このような変異体は、ｓｅｃ７１、ｓｅｃ７２、ｓｅｃ６２に転位不全対立遺伝子を持つが、切断されたｓｅｃ７１が最も好ましい。あるいは、これらの遺伝子の正常な操作を阻害するアンタゴニスト（アンチセンスヌクレオチド及び／又はリガンドを含む）、この翻訳後経路に含まれる他のタンパク質（例えば、ＳＥＣ６１ｐ、ＳＥＣ７２ｐ、ＳＥＣ６２ｐ、ＳＥＣ６３ｐ、ＴＤＪ１ｐ、ＳＳＡ１ｐ−４ｐ）又はこれらのタンパク質の複合体形成も、アミラーゼ発現酵母と組み合わせて好ましく用いられる。
形質転換は、Ｇｉｅｔｚ等， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄ． Ｒｅｓ．， ２０： １４２５ （１９９２）に概略が記されたプロトコールに基づいて実施された。形質転換細胞は、次いで寒天からＹＥＰＤ複合培地ブロス（１００ｍｌ）に播種し、３０℃で終夜成長させた。ＹＥＰＤブロスは、Ｋａｉｓｅｒ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ， ｐ． ２０７ （１９９４）に記載されているように調製した。終夜培地は、次いで新鮮なＹＥＰＤブロス（５００ｍｌ）中におよそ２ｘ１０６細胞／ｍｌ（約ＯＤ６００＝０．１）に希釈し、１ｘ１０７細胞／ｍｌ（約ＯＤ６００＝０．４−０．５）まで再成長させた。
次いで細胞を収穫し、５，０００ｒｐｍで５分間のＳｏｒｖａｌ ＧＳ３ ローターのＧＳ３ローターボトルに移し、上清を捨て、次いで無菌水に再懸濁することにより形質転換のために調製し、そして５０ｍｌのファルコン管内で、Ｂｅｃｋｍａｎ ＧＳ−６ＫＲ遠心機において３，５００ｒｐｍで再度遠心分離した。上清を捨て、細胞をＬｉＡｃ／ＴＥ（１０ｍｌ， １０ｍＭのトリス−ＨＣｌ， １ｍＭのＥＤＴＡ ｐＨ７．５， １００ｍＭのＬｉ２ＯＯＣＣＨ３）で続けて洗浄し、ＬｉＡｃ／ＴＥ（２．５ｍｌ）中に再懸濁させた。
形質転換は、マイクロチューブ内で、調製した細胞（１００μｌ）を新鮮な変性一本鎖サケ精子ＤＮＡ（Ｌｏｆｓｔｒａｎｄ Ｌａｂｓ， Ｇａｉｔｈｅｒｂｕｒｇ， ＭＤ）及び形質転換ＤＮＡ（１μｇ ｖｏｌ． ＜ １０μｌ）と混合することにより起こした。混合物はボルテックスにより簡単に混合し、次いで４０％ＰＥＧ／ＴＥ（６００μｌ， ４０％のポリエチレングリコール−４０００， １０ｍＭのトリス−ＨＣｌ， １ｍＭのＥＤＴＡ， １００ｍＭのＬｉＯＯＣＣＨ３， ｐＨ ７．５）を添加した。この混合物を緩く撹拌し、３０℃で撹拌しながら３０分間インキュベートした。次いで細胞に４２℃で１５分間熱衝撃を与え、反応容器をミクロチューブ内で１２，０００ｒｐｍで５−１０秒間遠心分離し、デカント及びＴＥ（５００μｌ， １０ｍＭのトリス−ＨＣｌ， １ｍＭのＥＤＴＡ ｐＨ ７．５）への再懸濁に次いで遠心分離した。次いで、細胞をＴＥ（１ｍｌ）中に希釈し、アリコート（２００μｌ）を１５０ｍｍ成長プレート（ＶＷＲ）に予め調製した選択培地に拡げた。
あるいは、複数の少量反応ではなく、形質転換を１回の大規模反応で実施したが、試薬の量はしかるべくスケールアップした。
用いた選択培地は、Ｋａｉｓｅｒ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ， ｐ． ２０８−２１０ （１９９４）に記載されているように調製したウラシルを欠く合成完全デキストロース寒天（ＳＣＤ−Ｕｒａ）であった。形質転換体は３０℃で２−３日成長させた。
アミラーゼを分泌するコロニーの検出は、選択成長培地における赤色デンプンの包含により実施した。Ｂｉｅｌｙ等， Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， １７２： １７６−１７９ （１９８８）に記載された方法に従って、デンプンを赤色染料（反応性 Ｒｅｄ−１２０， Ｓｉｇｍａ）に結合させた。結合したデンプンをＳＣＤ−Ｕｒａ寒天プレートに最終濃度０．１５％（ｗ／ｖ）で導入し、リン酸カリウムでｐＨ７．０に緩衝した（最終濃度５０−１００ｍＭ）。
ポジティブコロニーを拾って新鮮な選択培地（１５０ｍｍプレート）に画線し、良好に単離され同定可能な単一コロニーを得た。アミラーゼ分泌についてポジティブな良好に単離されたコロニーは、緩衝ＳＣＤ−Ｕｒａ寒天への赤色団分の直接導入により検出した。ポジティブコロニーは、デンプンを分解して、ポジティブコロニーの周囲に直接目視できる暈を形成する能力により決定した。
【０３８３】
４．ＰＣＲ増幅によるＤＮＡの単離
ポジティブコロニーが単離された場合、その一部を楊枝で拾い、９６ウェルプレートにおいて無菌水（３０μｌ）に希釈した。この時点で、ポジティブコロニーは凍結して次の分析のために保存するか、即座に増幅するかのいずれかである。細胞のアリコート（５μｌ）を、０．５μｌのＫｌｅｎｔａｑ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）； ４．０μｌの１０ｍＭ ｄＮＴＰ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ−Ｃｅｔｕｓ）； ２．５μｌのＫｅｎｔａｑバッファー（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）； ０．２５μｌの正方向オリゴ１；０．２５μｌの逆方向オリゴ２；１２．５μｌの蒸留水を含有する２５μｌ容量におけるＰＣＲ反応のテンプレートとして使用した。正方向オリゴヌクレオチド１の配列は：
５’− ＴＧＴＡＡＡＡＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧＴＴＡＡＡＴＡＧＡＣＣＴＧＣＡＡＴＴＡＴＴＡＡＴＣＴ −３’
（配列番号：３）であった。
逆方向オリゴヌクレオチド２の配列は：
５’− ＣＡＧＧＡＡＡＣＡＧＣＴＡＴＧＡＣＣＡＣＣＴＧＣＡＣＡＣＣＴＧＣＡＡＡＴＣＣＡＴＴ−３’
（配列番号：４）であった。
次いで、ＰＣＲは以下の通り実施した：
Figure 2004522402
下線を施した領域は、各々ＡＤＨプロモーター領域及びアミラーゼ領域にアニーリングされ、挿入物が存在しない場合はベクターｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０からの３０７ｂｐ領域を増幅する。典型的には、これらのオリゴヌクレオチドの５’末端の最初の１８ヌクレオチドは、配列プライマーのアニーリング部位を含んでいた。即ち、空のベクターからのＰＣＲ反応の全生成物は３４３ｂｐであった。しかしながら、シグナル配列融合ｃＤＮＡは、かなり長いヌクレオチド配列をもたらした。
ＰＣＲに続いて、反応のアリコート（５μｌ）を、上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ等に記載されたように１％アガロースゲル中でトリス−ボレーと−ＥＤＴＡ（ＴＢＥ）緩衝系を用いたアガローススゲル電気泳動により試験した。４００ｂｐより大きな単一で強いＰＣＲ産物をもたらすクローンを、９６ Ｑｉａｑｕｉｃｋ ＰＣＲ 清浄化カラム（Ｑｕａｇｅｎ Ｉｎｃ．， Ｃｈａｒｓｗｏｒｔｈ， ＣＡ）での精製の後にＤＮＡ配列によりさらに分析した。
【０３８４】
実施例３：シグナルアルゴリズム分析を用いたｃＤＮＡクローンの単離
種々のポリペプチド−コード化核酸配列は、ジェネンテク，インク（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）によって開発された独自の配列発見アルゴリズムを、公的（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び／又は個人的（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ．， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）データベースからのＥＳＴｓ並びに集団化及び組み立てられたＥＳＴ断片に適用することにより同定した。シグナル配列アルゴリズムは、考慮している配列又は配列断片の５’−末端の第１の、場合によっては第２のメチオニンコドン（ＡＴＧ）を取り囲むＤＮＡヌクレオチドの文字に基づく分泌シグナルスコアを計算する。第１のＡＴＧに続くヌクレオチドは、停止コドンを持たない少なくとも３５の不明瞭でないアミノ酸をコードしなければならない。第１のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、第２のものは試験しない。何れも要件を満たさない場合、候補配列にスコアをつけなかった。ＥＳＴ配列が真正のシグナル配列を含むか否かを決定するために、ＡＴＧコドンを取り囲むＤＮＡ及び対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られた７つのセンサー（評価パラメータ）の組を用いてスコアをつけた。このアルゴリズムの使用により、多くのポリペプチド−コード化核酸配列の同定がなされた。
【０３８５】
実施例４：ヒトＰＲＯ２８１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ＰＲＯ２８１をコードするｃＤＮＡクローンを得るために、Ｋｌｅｉｎ等， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．， ９３：７１０８−７１１３ （１９９６）に記載された方法に以下の修正を加えて用いた。酵母形質転換は、多重形質転換された酵母細胞の数を減少させるために制限された量の形質転換ＤＮＡで実施した。上掲のＫｌｅｉｎ等に記載されたような酵母からのプラスミドの単離に続く大腸菌の形質転換ではなく、ＰＣＲ分析を単一の酵母菌コロニーに実施した。用いたＰＣＲプライマーは、挿入物及びインベルターゼ遺伝子の小部分を増幅（挿入物がインベルターゼを持つ枠内であることを決定）するため、そして全配列プライマー部位を付加するために二連とした。
インベルターゼライブラリを酵母に形質転換し、スクロースプレート上でポジティブを選択した。ポジティブクローンを再試験し、ＰＣＲ産物を配列決定した。一つのクローン、ＰＲＯ２８１が単一のシグナルペプチドコード化配列を含むと同定した。ＰＲＯ２８１のヌクレオチド配列を用いてオリゴヌクレオチドプライマー及びプローブを設計した。ヒト臍静脈上皮組織からのｃＤＮＡの全長プラスミドライブラリを滴定し、約１００，０００ｃｆｕを９６−ウェルの丸底プレートに、５００ｃｆｕ／プールの１９２プール中で蒔いた。プレートを密閉し、プールを振盪（２００ｒｐｍ）させながら３７℃で終夜成長させた。アガロースゲル電気泳動を実施し、ポジティブウェルを予測されるサイズのバンドを可視化することにより同定した。個々のポジティブクローンは、コロニーリフトに続く３２Ｐ−標識オリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成により得た。これらのクローンを、ＰＣＲ、制限消化、及びサザンブロット分析で特徴付けした。
全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置８０−８２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１１１５−１１１７に停止シグナルを持つと同定された（Ｆｉｇ１；配列番号：１）。予測されるポリペプチド前駆体は３４５アミノ酸長であり、約３７，２０５の計算された分子量及び約１０．１５の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ２（配列番号：２）に示した全長ＰＲＯ２８１の分析は、以下のものの存在を明らかにした：アミノ酸約１〜アミノ酸約１４のシグナルペプチド、アミノ酸位置約８３〜アミノ酸位置約１０５、アミノ酸位置約１２６〜アミノ酸位置約１４６、アミノ酸位置約１５８〜アミノ酸位置約１７７、アミノ酸位置約１９７〜アミノ酸位置約２１６、アミノ酸位置約２１８〜アミノ酸位置約２３８、アミノ酸位置約２４５〜アミノ酸位置約２６５、及びアミノ酸位置約２７１〜アミノ酸位置約２９０の多重膜貫通ドメイン、及びアミノ酸約１１５〜アミノ酸約１５５のＧ−タンパク質結合レセプタータンパク質に相同性を持つアミノ酸配列ブロック。クローンＵＮＱ２２４（ＤＮＡ１６４２２−１２０９）は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２９が付与されている。
Ｆｉｇ２（配列番号：２）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ２８１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｈ６４６３４， ＡＦ０３３０９５＿１， Ｂ６４８１５， ＹＢＨＬ＿ＥＣＯＬＩ， ＥＭＥＱＵＴＲ＿１， ＡＦ０６４７６３＿３， Ｓ５３７０８， Ａ６９２５３， ＡＦ０３５４１３＿１２及びＳ６３２８１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０３８６】
実施例５：ヒトＰＲＯ２７６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ＰＲＯ２７６をコードするｃＤＮＡクローンを得るために、Ｋｌｅｉｎ等， ＰＮＡＳ， ９３： ７１０８−７１１３ （１９９６）に記載された方法に以下の修正を加えて用いた。酵母形質転換は、多重形質転換された酵母細胞の数を減少させるために制限された量の形質転換ＤＮＡで実施した。上掲のＫｌｅｉｎ等に記載されたような酵母からのプラスミドの単離に続く大腸菌の形質転換ではなく、ＰＣＲ分析を単一の酵母菌コロニーに実施した。用いたＰＣＲプライマーは、挿入物及びインベルターゼ遺伝子の小部分を増幅（挿入物がインベルターゼを持つ枠内であることを決定）するため、そして全配列プライマー部位を付加するために二連とした。
インベルターゼライブラリを酵母に形質転換し、スクロースプレート上でポジティブを選択した。ポジティブクローンを再試験し、ＰＣＲ産物を配列決定した。一つのクローン、ＰＲＯ２７６が単一のシグナルペプチドコード化配列を含むと同定した。ＰＲＯ２７６のヌクレオチド配列を用いてオリゴヌクレオチドプライマー及びプローブを設計した。ヒト臍静脈上皮組織からのｃＤＮＡの全長プラスミドライブラリを滴定し、約１００，０００ｃｆｕを９６−ウェルの丸底プレートに、５００ｃｆｕ／プールの１９２プール中で蒔いた。プレートを密閉し、プールを振盪（２００ｒｐｍ）させながら３７℃で終夜成長させた。アガロースゲル電気泳動を実施し、ポジティブウェルを予測されるサイズのバンドを可視化することにより同定した。個々のポジティブクローンは、コロニーリフトに続く３２Ｐ−標識オリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成により得た。これらのクローンを、ＰＣＲ、制限消化、及びサザンブロット分析で特徴付けした。
全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１８０−１８２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９３３−９３５に停止シグナルを持つと同定された（Ｆｉｇ３；配列番号：５）。予測されるポリペプチド前駆体は２５１アミノ酸長であり、約２８，８０１の計算された分子量及び約９．５８の見積もられたｐＩを有する。膜貫通ドメインは、およそＦｉｇ４（配列番号：６）に示したアミノ酸９８〜１１６及び１５２〜１７２にある。クローンＤＮＡ１６４３５−１２０８（ＵＮＱ２４３）はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９３０が付与されている。
Ｆｉｇ４（配列番号：６）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ２７６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＣＥＧ２５Ｄ７＿２， ＡＴＴ８Ｏ５＿２， Ｓ６９６９６， ＧＲＨＲ＿ＲＡＴ， ＮＰＣＢＡＡＢＣＤ＿３， ＡＢ０１３１４９＿１， Ｐ＿Ｒ８５９４２及びＡＰ０００００６＿５との間の或る程度の配列同一性が明らかになった。
【０３８７】
実施例６：ヒトＰＲＯ１８９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例２に記載したように、ヒト網膜組織ライブラリからここでＤＮＡ１４１８７と命名されるクローンを単離した。ＤＮＡ１４１８７配列をＦｉｇ７（配列番号：９）に示す。Ｆｉｇ７（配列番号：９）に示したＤＮＡ１４１８７配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１８９の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般的に２０から３０ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物を与えるために設計される。プローブ配列は、典型的に４０−５５ｂｐ長である。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， のように、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＴＧＡＣＣＴＡＴＡＣＡＧＡＧＡＴＴＣＡＴＣ−３’（配列番号：１０）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＡＡＧＡＡＣＴＴＣＣＣＴＣＡＧＧＡＴＴＴＴ−３’（配列番号：１１）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ１４１８７配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＡＴＧＡＡＧＡＴＣＡＡＴＴＴＣＡＡＧＡＡＧＣＡＴＧＣＡＣＴＴＣＴＣＣＴＣＴＴＧＣ−３’（配列番号：１２）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１８９遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト網膜組織（ＬＩＢ９４）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１８９の全長ＤＮＡ配列及びＰＲＯ１８９の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ２１６２４−１３９１の全核酸配列をＦｉｇ５（配列番号：７）に示す。クローンＤＮＡ２１６２４−１３９１は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２００−２０２に見かけの翻訳開始部位そしてヌクレオチド位置１３０１−１３０３の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ５）。予測されるポリペプチド前駆体は３６７アミノ酸長である（Ｆｉｇ６）。Ｆｉｇ６に示した全長ＰＲＯ１８９タンパク質は約４１，８７１ダルトンの見積もられた分子量及び約５．０６のｐＩを有する。クローンＤＮＡ２１６２４−１３９１はＡＴＣＣに寄託されている。配列について、寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：８のアミノ酸配列の分析により、推定Ｎ−グリコシル化部位は約アミノ酸２２４−２２７、２４６−２４９及び２８５−２８８である。サイトソル脂肪酸結合タンパク質は配列番号：８のアミノ酸７８−１０７である。対応するヌクレオチドは、ここに提供される配列が与えられれば日常的に決定できる。
Ｄａｙｈｏｆｆデータベースにおいて各々ＣＥＷ０１Ａ６＿１０及びＣＥＬＦ３５Ｄ１１＿１１と称される線虫タンパク質、Ｗ０１Ａ６．１およびＦ３５Ｄ１１．１１に対して或る程度の配列同一性が見られた。また、Ｄａｙｈｏｆｆデータベースで各々Ｐ＿Ｒ０５７６６及びＡＦ０１４１２＿１と称されるマラリア及びレスチンの抗原に対しても或る程度の配列同一性が見られた。また、Ｄａｙｈｏｆｆデータベースで各々ＡＦ０４１３８２＿１及びＳ０７５３７と称される微小管結合タンパク質及びミオシンに対しても或る程度の配列同一性が見られた。また、ＰＩＰ１＿ＲＡＴと称される１−ホスファチジリノシトール−４，５−ビスホスフェートに対しても或る程度の配列同一性がある。
【０３８８】
実施例７：ヒトＰＲＯ１９０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例２に記載したように、ヒト網膜組織ライブラリからここでＤＮＡ１４２３２と命名されるクローンを単離した。ＤＮＡ１４２３２配列をＦｉｇ１０（配列番号：１５）に示す。ＤＮＡ１４２３２配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１９０の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般的に２０から３０ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物を与えるために設計される。プローブ配列は、典型的に４０−５５ｂｐ長である。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， のように、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＡＴＡＣＣＴＡＣＴＧＴＡＧＣＴＴＣＴ−３’（配列番号：１６）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＣＡＧＡＧＡＡＴＴＣＣＴＴＣＣＡＧＧＡ−３’（配列番号：１７）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ１４２３２配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＡＣＡＧＴＧＣＴＧＴＡＧＴＣＡＴＣＣＴＧＴＡＡＴＡＴＧＣＴＣＣＴＴＧＴＣＡＡＣＡ−３’（配列番号：１８）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１９０遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト網膜組織（ＬＩＢ９４）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１９０の全長ＤＮＡ配列［ここでＤＮＡ２３３３４−１３９２と命名する］（配列番号：１３）及びＰＲＯ１９０の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ２３３３４−１３９２の全核酸配列をＦｉｇ８（配列番号：１３）に示す。クローンＤＮＡ２３３３４−１３９２は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１９３−１９５に見かけの翻訳開始部位そしてヌクレオチド位置１４６５−１４６７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ８）。予測されるポリペプチド前駆体は４２４アミノ酸長である（Ｆｉｇ９）。Ｆｉｇ９に示した全長ＰＲＯ１９０タンパク質は約４８，５００ダルトンの見積もられた分子量及び約８．６５のｐＩを有する。クローンＤＮＡ２３３３４−１３９２はＡＴＣＣに寄託されている。配列について、寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：１４のアミノ酸配列の分析により、推定膜貫通ドメインは配列番号：１４のおよそアミノ酸１６−３６、５０−７４、１４７−１６８、２２９−２５０、２７１−２９３、２９８−３１８及び３２８−３６８である。Ｎ−グリコシル化部位は、配列番号：１４のおよそアミノ酸１２８−１３１、２０４−２０７、２１８−２２１及び２７４−３７７である。対応するヌクレオチドは、ここに提供された配列が与えられれば日常的に決定できる。
ＰＲＯ１９０は、少なくとも以下のように称されるＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＺＫ８９６＿２， ＪＣ５０２３， ＧＭＳ１＿ＳＣＨＰＯ及びＳ４４６６８と配列同一性を有する。
【０３８９】
実施例８：ヒトＰＲＯ３４１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例２に記載したように、ヒト網膜組織ライブラリからここでＤＮＡ１２９２０と命名されるクローンを単離した。ＤＮＡ１２９２０配列をＦｉｇ１３（配列番号：２１）に示す。ＤＮＡ１２９２０配列は、次いで、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々のＥＳＴデータベースと比較し、相同性ＥＳＴ配列を同定した。比較は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６）］を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ２５３１４と命名する。次いでＤＮＡ２５３１４配列に基づいて、オリゴヌクレオチドプローブを合成し、ヒト胎盤ｃＤＮＡライブラリのスクリーニングに使用し、Ｆｉｇ１１に示すＤＮＡ２６２８８−１２３９クローンを同定した。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂであり（ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１））、ｃＤＮＡサイズ切断は２８００ｂｐ未満であった。
全長クローンが同定され、それは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３８０−３８２に見かけの翻訳開始部位、そしてヌクレオチド位置１７５４−１７５６に停止シグナルを持つ（Ｆｉｇ１１；配列番号：１９）。予測されるポリペプチド前駆体は４５８アミノ酸長であり、約５０，２６４の計算された分子量及び約８．１７の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）に示した全長ＰＲＯ３４１配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸１７のシグナルペプチド、約アミノ酸１７１〜約アミノ酸１９０、約アミノ酸２２０〜約アミノ酸２３９、約アミノ酸２５９〜約アミノ酸２７５、約アミノ酸２８６〜約アミノ酸３０５、約アミノ酸３１６〜約アミノ酸３３５、約アミノ酸３５３〜約アミノ酸３７８、及び約アミノ酸３９６〜約アミノ酸４１７の膜貫通ドメイン、及び約アミノ酸１４５〜約アミノ酸１４７及び約アミノ酸１５５〜約アミノ酸１５８の潜在的Ｎ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ２６２８８−１２３９は１９９８年４月２１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９７９２が付与されている。
Ｆｉｇ１２（配列番号：２０）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ３４１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｓ７５６９６， Ｈ６９７８８， Ｄ６９８５２， Ａ６９８８８， Ｂ６４９１８， Ｆ６４７５２， ＬＰＵ８９２７６＿１， Ｇ６４９６２， Ｓ５２９７７及びＳ４４２５３との間の相同性が明らかになった。
【０３９０】
実施例９：ヒトＰＲＯ１８０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例２に記載したように、ヒト網膜組織ライブラリからここでＤＮＡ１２９２２と命名されるクローンを単離した。ＤＮＡ１２９２２配列をＦｉｇ１６（配列番号：２４）に示す。ＤＮＡ１２９２２配列は、次いで、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々のＥＳＴデータベースと比較し、相同性ＥＳＴ配列を同定した。比較は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６）］を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
上記で得られたコンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドプローブを合成した。このプローブは次の配列を有していた：
５’−ＡＣＣＴＧＴＴＡＧＡＡＡＴＧＴＧＧＴＧＧＴＴＴＣＡＧＣＡＡＧＧＣＣＴＣＡＧＴＴＴ（配列番号：２５）
このプローブを、実施例２のパラグラフ１に記載したように調製したヒト胎盤ｃＤＮＡライブラリのスクリーニングに使用した。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂであり（ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１））、ｃＤＮＡサイズ切断は２８００ｂｐ未満であった。ここでＤＮＡ２６８４３−１３８９と命名されるクローンを得た。
ＤＮＡ２６８４３−１３８９の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１４（配列番号：２２）に示す。クローンＤＮＡ２６８４３−１３８９は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１２１−１２３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９１９−９２１の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１４）。予測されるポリペプチド前駆体は２６６アミノ酸長である（Ｆｉｇ１５）。Ｆｉｇ１５に示す全長ＰＲＯ１８０タンパク質は、約２９，７６６の見積もられた分子量及び約８．３９のｐＩを有する。クローンＤＮＡ２６８４３−１３８９はＡＴＣＣに寄託された。配列について、寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：２３のアミノ酸配列の分析により、膜貫通ドメインは配列番号：２３のおよそアミノ酸１３−３３（ＩＩ型）、５４−７３、９４−１１３、１６０−１８０、及び１２２−１４１である。Ｎ−ミリストイル化部位は、配列番号：２３のおよそアミノ酸５７−６２、９５−１００、９９−１０４、１２４−１２９及び１８３−１８８である。対応するヌクレオチドは、ここに提供された配列が与えられれば日常的に決定できる。
Ｆｉｇ１５（配列番号：２３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１８０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＣＥＣ３３Ａ１１＿２， ＣＥＧ１１Ｅ６＿５， ＣＥＬＷ０３Ａ５＿１及びＰＥＵ８３８６１＿２（ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼサブユニット４Ｌ， ミトコンドリオン）との間の相同性が明らかになった。
【０３９１】
実施例１０：ヒトＰＲＯ１９４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴに対してコンセンサスＤＮＡ配列を組み立てた。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ１９４６４とする。ＤＮＡ１９４６４配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１９４の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。ＤＮＡ１９４６４配列に基づいてＰＣＲプライマー（正及び逆）を合成した。さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブをコンセンサスＤＮＡ１９４６４配列から作成した。
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１９４遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児肺組織（ＬＩＢ２５）から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１９４の全長ＤＮＡ配列［ここでＤＮＡ２６８４４−１３９４と命名する］（配列番号：２７）及びＰＲＯ１９４の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ２６８４４−１３９４の全核酸配列をＦｉｇ１７（配列番号：２７）に示す。クローンＤＮＡ２６８４４−１３９４は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置８１−８３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置８７３−８７５の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１７）。予測されるポリペプチド前駆体は２６４アミノ酸長である（Ｆｉｇ１８）。Ｆｉｇ１８に示した全長ＰＲＯ１９４タンパク質は約２９，６６５ダルトンの見積もられた分子量及び約９．３４のｐＩを有する。Ｆｉｇ１８（配列番号：２８）に示す全長ＰＲＯ１９４配列の分析により、Ｆｉｇ１８に示す種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになった。クローンＤＮＡ２６８４４−１３９４は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２６が付与された。
全長ＰＲＯ１９４ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、任意の公知のヒトタンパク質と有意な相同性を示さないことが示唆された。しかし、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１９４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＨＵＭＯＲＦＴ＿１， ＣＥＴ０７Ｆ１０＿５， ＡＴＦＣＡ９＿１２， Ｆ６４９３４， ＹＤＪＸ＿ＥＣＯＬＩ， ＡＴＡＦ０００６５７１９Ｆ２９Ｇ２０．１９， Ｈ７０００２， Ｓ７６９８０， Ｈ６４９３４及びＳ７６３８５との間の相同性が明らかになった。
【０３９２】
実施例１１：ヒトＰＲＯ２０３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例２に記載したように、ヒト胎児肺組織ライブラリからここでＤＮＡ１５６１８と命名されるクローンを単離した。ＤＮＡ１５６１８配列をＦｉｇ２１（配列番号：３１）に示す。ＤＮＡ１５６１８分子の配列からオリゴヌクレオチドプローブを作成し、上記実施例２のパラグラフ１に記載したように調製したヒト胎児肺ライブラリ（ＬＩＢ２６）のスクリーニングに使用した。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂであり（ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１））、ｃＤＮＡサイズ切断は２８００ｂｐ未満であった。
全長クローンが同定され、それは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１５９−１６１に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１２００−１２０２の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１９；配列番号：２９）。予測されるポリペプチド前駆体は３４７アミノ酸長であり、約３９，８７０の計算された分子量及び約６．７６の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ２０（配列番号：３０）に示した全長ＰＲＯ２０３配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸６４〜約アミノ酸８７のＩＩ型膜貫通ドメイン；約アミノ酸１４７〜約アミノ酸１５０、約アミノ酸１５５〜約アミノ酸１５８、及び約アミノ酸２３７〜約アミノ酸２４０の可能なＮ−グリコシル化部位；約アミノ酸２３〜約アミノ酸４５の重金属結合ドメインタンパク質との配列同一性；及び約アミノ酸２４〜約アミノ酸３４のＤ−異性体特異的２−ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼとの配列同一性。クローンＤＮＡ３０８６２−１３９６は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２０が付与されている。
全長ＰＲＯ２０３ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ＧＳＴ ＡＴＰａｓｅとの配列相同性を有することが示唆され、ＰＲＯ２０３が新規なＧＣＴ ＡＴＰａｓｅであることを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ２０３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＡＦ００８１２４＿１， ＣＦＲＣＤ１ＧＥＮ＿１， 及び Ｐ＿Ｒ８２５６６との間の相同性が明らかになった。
【０３９３】
実施例１２：ヒトＰＲＯ２９０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を検索してベージュ及びＦＡＮと相同性を持つＥＳＴを同定した。次いで同定したＥＳＴ配列に基づいてオリゴヌクレオチドプローブを合成し、全長ｃＤＮＡクローンの同定を目的とするヒト胎児腎臓ｃＤＮＡライブラリのスクリーニングに使用した。オリゴヌクレオチドプローブは、以下の配列を有していた：
５’−ＴＧＡＣＴＧＣＡＣＴＡＣＣＣＣＧＴＧＧＣＡＡＧＣＴＧＴＴＧＡＧＣＣＡＧＣＴＣＡＧＣＴＧ−３’（配列番号：３４）
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
ｃＤＮＡクローン全体を同定し配列決定した。
ＤＮＡ３５６８０−１２１２の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２２（配列番号：３２）に示す。クローンＤＮＡ３５６８０−１２１２は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２９３−２９５に見かけの翻訳開始部位、そしてヌクレオチド位置３３０２−３３０４にの停止コドンを持つ（Ｆｉｇ２２；配列番号：３２）。予測されるポリペプチド前駆体は１００３アミノ酸長である
現在では、ＰＲＯ２９０ポリペプチドはＦＡＮ及び／又はベージュに関連すると考えられている。クローンＤＮＡ３５６８０−１２１２はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９７９０が付与された。寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。Ｆｉｇ２３に示した全長ＰＲＯ２９０タンパク質は、約１１２，０１３ダルトンの見積もり分子量及び約６．４のｐＩを有する。
【０３９４】
実施例１３：ヒトＰＲＯ８７４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ここでＤＮＡ３６４５９と命名されるコンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを用いて同定した。ＤＮＡ３６４５９コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ８７４のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＣＧＴＧＣＣＣＡＧＧＧＧＣＴＧＡＴＧＴＧＣ−３’（配列番号：３７）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＴＣＴＴＴＡＣＣＣＡＧＣＣＣＣＧＧＧＡＴＧＣＧ−３’（配列番号：３８）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３６４５９配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＧＣＣＴＡＡＴＣＣＡＡＣＧＴＴＣＴＧＴＣＴＴＣＡＡＴＣＴＧＣＡＡＡＴＣＴＡＴＧＧＧＧＴＣＣＴＧＧＧ−３’（配列番号：３９）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ８７４遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児肺組織（ＬＩＢ２５）から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ８７４の全長ＤＮＡ配列［ここでＤＮＡ４０６２１−１４４０と命名する］（配列番号：３５）及びＰＲＯ８７４の誘導タンパク質配列を与えた。
【０３９５】
ＤＮＡ４０６２１−１４４０の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２４（配列番号：３５）に示す。クローンＤＮＡ４０６２１−１４４０は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置９６４−９６６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２４）。ＤＮＡ４０６２１−１４４０にコードされる予測されるポリペプチドは３２１アミノ酸長である（Ｆｉｇ２５）。Ｆｉｇ２５に示したＰＲＯ８７４タンパク質は約３６，１９４ダルトンの見積もられた分子量及び約９．８５のｐＩを有する。Ｆｉｇ２５（配列番号：３６）に示した全長ＰＲＯ８７４配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸５７〜約アミノ酸８０のＩＩ型膜貫通ドメイン；約アミノ酸１１０〜１２６、２１５−２３１、及び２５４−２７４の付加的膜貫通ドメイン；約アミノ酸１６−１９、２７−３０、及び２８９−２９２の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸２７６〜２８７の仮定的ＹＢＲ００２ｃファミリータンパク質との配列同一性；及び約アミノ酸２０４〜２３０のアンモニウムトランスポータータンパク質との配列同一性。クローンＤＮＡ４０６２１−１４４０は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２２が付与されている。
全長ＰＲＯ８７４ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、新規の多重スパン膜貫通タンパク質であることが示唆された。しかし、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８７４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｓ６７０４９， ＡＦ０５４８３９＿１， Ｓ７３４３７， Ｓ５２４６０， 及び ＨＩＶＵ８０５７０＿１との間の相同性が明らかになった。
【０３９６】
実施例１４：ヒトＰＲＯ７１０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
潜在的な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡの同定に酵母スクリーニングアッセイを用いた。この酵母スクリーニングアッセイの使用により、その配列（ここでＤＮＡ３８１９０と命名する）がＦｉｇ２８（配列番号：４２）に示される単一のｃＤＮＡの同定が可能になった。Ｆｉｇ２８に示すＤＮＡ３８１９０配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ７１０の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， のように、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＴＣＣＧＣＡＡＡＧＡＧＴＴＣＴＡＣＧＡＧＧＴＧＧ−３’（配列番号：４３）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＴＴＧＡＣＡＡＣＡＴＴＧＡＣＴＧＧＣＣＴＡＴＧＧＧ−３’（配列番号：４４）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３８１９０配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＴＧＧＡＴＧＣＴＣＴＧＴＧＴＧＣＧＴＧＣＡＡＧＡＴＣＣＴＴＣＡＧＧＣＣＴＴＧＴＴＣＣＡＧＴＧＴＧＡ−３’（配列番号：４５）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ７１０遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織（ＬＩＢ２２７）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
全長クローンが同定され、それは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置６７−６９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１７６５−１７６７に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２６；配列番号：４０）。予測されるポリペプチド前駆体は５６６アミノ酸長であり、約６５，５５５の計算された分子量及び約５．４４の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ２７（配列番号：４１）に示した全長ＰＲＯ７１０配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸３２のシグナルペプチド、約アミノ酸４５４〜約アミノ酸４７６の膜貫通ドメイン、約アミノ酸６〜約アミノ酸２６のアミノアシル−トランスファーＲＮＡシンセターゼクラスＩＩシグネーチャー配列、約アミノ酸１１１〜約アミノ酸１１４、約アミノ酸１４６〜約アミノ酸１４９の及び約アミノ酸２９２〜約アミノ酸２９５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ４４１６１−１４３４は１９９８年５月２７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９０７が付与されている。
全長ＰＲＯ７１０ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ＣＤＣ４５タンパク質との有意な配列相同性を有することが示唆され、ＰＲＯ７１０が新規なＣＤＣ４５相同体であることを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ７１０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＨＳＡＪ３７２８＿１， ＣＥＦ３４Ｄ１０＿１， Ｓ６４９３９， ＵＭＵ５０２７６＿１， ＴＲＨＹ＿ＳＨＥＥＰ， ＣＥＬＴ１４Ｅ８＿１， ＲＮＡ１＿ＹＥＡＳＴ， ＬＶＵ８９３４０＿１， ＨＳＵ８０７３６＿１及びＣＥＺＫ３３７＿２との間の相同性が明らかになった。
【０３９７】
実施例１５：ヒトＰＲＯ１１５１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。ＤＮＡ４０６６５コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１１５１のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＣＡＧＡＣＧＣＴＧＣＴＣＴＴＣＧＡＡＡＧＧＧＴＣ−３’（配列番号：４８）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＧＴＣＣＣＣＧＴＡＧＧＣＣＡＧＧＴＣＣＡＧＣ−３’（配列番号：４９）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ４０６６５配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＣＴＡＣＴＴＣＴＴＣＡＧＣＣＴＣＡＡＴＧＴＧＣＡＣＡＧＣＴＧＧＡＡＴＴＡＣＡＡＧＧＡＧＡＣＧＴＡＣＧ−３’（配列番号：５０）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１１５１遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１１５１の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ４４６９４−１５００と命名する［Ｆｉｇ２９；配列番号：４６］）及びＰＲＯ１１５１の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ４４６９４−１５００の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２９（配列番号：４６）に示す。クローンＤＮＡ４４６９４−１５００は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２７２−２７４に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置１０４９−１０５１の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２９）。予測されるポリペプチドは２５９アミノ酸長である（Ｆｉｇ３０）。Ｆｉｇ３０に示したＰＲＯ１１５１タンパク質は約２８，７７０ダルトンの見積もられた分子量及び約６．１２のｐＩを有する。Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）に示した全長ＰＲＯ１１５１配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２０のシグナルペプチド、約アミノ酸７２〜約アミノ酸７５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸１４４〜約アミノ酸１７８、約アミノ酸７８〜約アミノ酸１１１及び約アミノ酸８４〜約アミノ酸１１７のＣ１ｑドメイン含有タンパク質と相同性を持つアミノ酸配列ブロック。クローンＵＮＱ５８１（ＤＮＡ４４６９４−１５００）は１９９８年８月１１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１４が付与されている。
Ｆｉｇ３０（配列番号：４７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１５１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＡＣＲ３＿ＨＵＭＡＮ， ＨＰ２５＿ＴＡＭＡＳ， ＨＵＭＣ１ＱＢ２＿１， Ｐ＿Ｒ９９３０６， ＣＡ１Ｆ＿ＨＵＭＡＮ， ＪＸ０３６９， ＣＡ２４＿ＨＵＭＡＮ， Ｓ３２４３６， Ｐ＿Ｒ２８９１６及びＣＡ５４＿ＨＵＭＡＮとの間の相同性が明らかになった。
【０３９８】
実施例１６：ヒトＰＲＯ１２８２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。ＤＮＡ３３７７８コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１２８２のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＣＴＴＣＡＧＣＣＧＣＴＴＧＣＧＣＡＡＣＣＴＣ−３’（配列番号：５３）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＴＧＣＴＣＡＣＡＴＣＣＡＧＣＴＣＣＴＧＣＡＧＧ−３’（配列番号：５４）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３３７７８配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＴＧＧＡＴＧＴＴＧＴＣＣＡＧＡＣＡＡＣＣＡＧＣＴＧＧＡＧＣＴＧＴＡＴＣＣＧＡＧＧＣ−３’（配列番号：５５）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１２８２遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児肝臓から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１２８２の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ４５４９５−１５５０と命名する［Ｆｉｇ３１；配列番号：５１］）及びＰＲＯ１２８２の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ１２８２の全コード化配列をＦｉｇ３１（配列番号：５１）に示す。クローンＤＮＡ４５４９５−１５５０は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１２０−１２２に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置２１３９−２１４１の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ５１）。予測されるポリペプチドは６７３アミノ酸長である。シグナルペプチドは、配列番号：５２の約アミノ酸１〜２３であり；膜貫通ドメインは約アミノ酸５７９−５９９であり；ＥＧＦ様ドメインシステインパターンシグネーチャーは約アミノ酸４３０で開始し；そしてロイシンジッパーパターンは約アミノ酸１９７及び２６９で開始する、Ｆｉｇ３２参照。クローンＤＮＡ４５４９５−１５５０はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５６が付与されている。Ｆｉｇ３２に示した全長ＰＲＯ１２８２タンパク質は約７１，６５５ダルトンの見積もられた分子量及び約７．８のｐＩを有する。
Ｆｉｇ３２（配列番号：５２）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１２８２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列（データベースからのデータは参考として取り入れる）、ＡＢ００７８７６＿１， ＲＮＰＬＧＰＶ＿１， ＭＵＳＬＲＲＰ＿１， ＡＬＳ＿ＰＡＰＰＡ， ＡＣ００４１４２＿１， ＡＬＳ＿ＨＵＭＡＮ， ＡＢ０１４４６２＿１， ＤＭＴＡＲＴＡＮ＿１， ＨＳＣＨＯＮ３＿１ 及びＳ４６２２４との間の相同性が明らかになった。
【０３９９】
実施例１７：ヒトＰＲＯ３５８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例１に記載した方法を用いて、Ｉｎｃｙｔｅデータベースにおいて、ここでＩＮＣ３１１５９４９と命名される単一のＥＳＴ配列を同定した。ＩＮＣ３１１５９４９ＥＳＴ配列に基づいて、ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定し、ＰＲＯ３５８の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＣＣＣＡＣＣＡＧＧＴＡＴＣＡＴＡＡＡＣＴＧＡＡ−３’（配列番号：５８）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＴＡＴＡＧＡＣＡＡＴＣＴＧＴＴＣＴＣＡＴＣＡＧＡＧＡ−３’（配列番号：５９）
プローブも合成した：
５’−ＡＡＡＡＡＧＣＡＴＡＣＴＴＧＧＡＡＴＧＧＣＣＣＡＡＧＧＡＴＡＧＧＴＧＴＡＡＡＴＧ−３’（配列番号：６０）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及び対の一方を用いてＰＲＯ１２８２遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト骨髄（ＬＩＢ２５６）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ３５８の全長ＤＮＡ配列（Ｆｉｇ３３；配列番号：５６）及びＰＲＯ３５８の誘導タンパク質配列（Ｆｉｇ３４，配列番号：５７）を与えた。
同定されたクローン（ＤＮＡ４７３６１−１１５４）の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ３３（配列番号：５６）に示す。クローンＤＮＡ４７３６１−１１５４は、単一のオープンリーディングフレームを含み、Ｆｉｇ３３に下線を付したヌクレオチド位置に見かけの翻訳開始部位（ＡＴＧ開始シグナル）を持つ。予測されるポリペプチド前駆体は８１１アミノ酸長であり、推定シグナル配列（アミノ酸１〜１９）、細胞外ドメイン（アミノ酸２０〜５７５、位置５５〜位置５７５の領域にロイシンリッチ反復を含む）、推定膜貫通ドメイン（アミノ酸）５７６〜５９５）を含む。クローンＤＮＡ４７３６１−１２４９はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９４３１が付与されている。
【０４００】
実施例１８：ヒトＰＲＯ１３１０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ３７１６４と命名する。ＤＮＡ３７１６４コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１３１０のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＴＴＣＴＣＡＡＴＧＡＧＣＴＡＣＣＣＧＴＣＣＣＣ−３’（配列番号：６３）及び
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＧＣＧＡＴＧＴＡＧＴＧＧＡＡＣＴＣＧＧＧＣＴＣ−３’（配列番号：６４）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ４７３９４配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＡＴＣＣＧＣＡＴＡＡＡＣＣＣＴＣＡＧＴＣＣＴＧＧＴＴＴＧＡＴＡＡＴＧＧＧＡＧＣＡＴＣＴＧＣＡＴＧＡＧ−３’（配列番号：６５）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１３１０遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児肝臓から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１３１０の全長ＤＮＡ配列及びＰＲＯ１３１０の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ１３１０の全コード化配列をＦｉｇ３５（配列番号：６１）に示す。クローンＤＮＡ４７３９４−１５７２は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３２６−３２８に見かけの翻訳開始部位及びヌクレオチド位置２５９４−２５９６に見かけの停止コドンを持つ（Ｆｉｇ６１）。予測されるポリペプチドは７６５アミノ酸長である。シグナルペプチドは、配列番号：６２の約アミノ酸１〜２５である。クローンＤＮＡ４７３９４−１５７２はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０９が付与されている。Ｆｉｇ３６に示した全長ＰＲＯ１３１０タンパク質は約８５，８９８ダルトンの見積もられた分子量及び約６．８７のｐＩを有する。
Ｆｉｇ３６（配列番号：６２）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１３１０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０１７６３９＿１， Ｐ＿Ｗ３６８１７， ＪＣ５２５６， ＣＢＰＨ＿ＨＵＭＡＮ， ＭＭＵ２３１８４＿１， ＣＢＰＮ＿ＨＵＭＡＮ， ＨＳＵ８３４１１＿１， ＣＥＦ０１Ｄ４＿７， ＲＮＵ６２８９７＿１及びＰ＿Ｗ１１８５１との間の配列同一性が明らかになった。
【０４０１】
実施例１９：ヒトＰＲＯ６９８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
潜在的な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡの同定に酵母スクリーニングアッセイを用いた。この酵母スクリーニングアッセイの使用により、その配列（ここでＤＮＡ３９９０６と命名する）がＦｉｇ３９（配列番号：６８）に示される単一のｃＤＮＡの同定が可能になった。Ｆｉｇ３９に示すＤＮＡ３９９０６配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ６９８の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， のように、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＧＣＴＧＴＧＧＴＣＡＴＧＧＴＧＧＴＧＴＧＧＴＧ−３’（配列番号：６９）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＡＣＣＴＴＧＧＣＣＡＴＡＧＧＴＧＡＴＣＣＧＣ−３’（配列番号：７０）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３９９０６配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＣＡＴＣＡＧＣＡＡＡＣＣＧＴＣＴＧＴＧＧＴＴＣＡＧＣＴＣＡＡＣＴＧＧＡＧＡＧＧＧＴＴ−３’（配列番号：７１）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ６９８遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト骨髄組織（ＬＩＢ２５５）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
全長クローンが同定され、それは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１４−１６に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１５４４−１５４６に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ３７；配列番号：６６）。予測されるポリペプチド前駆体は５１０アミノ酸長であり、約５７，２８０の計算された分子量及び約５．６１の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ３８（配列番号：６７）に示した全長ＰＲＯ６９８配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２０のシグナルペプチド、約アミノ酸７２〜約アミノ酸７５、約アミノ酸１３６〜約アミノ酸１３９、約アミノ酸１９３〜約アミノ酸１９６、約アミノ酸２５３〜約アミノ酸２５６、約アミノ酸３５２〜約アミノ酸３５５、及び約アミノ酸４１１〜約アミノ酸４１４の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸２０〜約アミノ酸３９のマメ科レクチンベータ鎖タンパク質に相同性を持つアミノ酸ブロック、及び約アミノ酸３３８〜約アミノ酸３６５のＨＢＧＦ／ＦＥＦファミリーのタンパク質に相同性を持つアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ４８３２０−１４３３は１９９８年５月２７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９０４が付与されている。
全長ＰＲＯ６９８ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、オルファクトメジンタンパク質との有意な配列相同性を有することが示唆され、ＰＲＯ６９８が新規なオルファクトメジン相同体であることを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ６９８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＯＬＦＭ＿ＲＡＮＣＡ， Ｉ７３６３７， ＡＢ００６６８６Ｓ３＿１， ＲＮＵ７８１０５＿１， ＲＮＵ７２４８７＿１， Ｐ＿Ｒ９８２２５， ＣＥＬＣ４８Ｅ７＿４， ＣＥＦ１１Ｃ３＿３， ＸＬＵ８５９７０＿１およびＳ４２２５７との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４０２】
実施例２０：ヒトＰＲＯ７３２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
潜在的な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡの同定に酵母スクリーニングアッセイを用いた。この酵母スクリーニングアッセイの使用により、その配列（ここでＤＮＡ４２５８０と命名する）がＦｉｇ４５（配列番号：７７）に示される単一のｃＤＮＡの同定が可能になった。ＤＮＡ４２５８０配列は、次いで、種々の公知のＥＳＴ配列と比較して相同性を同定した。用いたＥＳＴデータベースは、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いてＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との比較として実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
上記の分析を用いて、コンセンサスＤＮＡ配列をｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対して組み立てた。独自に開発したジェネンテクＥＳＴ配列をコンセンサス組立に用い、それらをここでＤＮＡ２０２３９（Ｆｉｇ４２；配列番号：７４）、ＤＮＡ３８０５０（Ｆｉｇ４３；配列番号：７５）およびＤＮＡ４０６８３（Ｆｉｇ４４；配列番号：７６）と命名した。
ｃｏｎｓｅｎ０１配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ７３２の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般的に２０から３０ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物を与えるために設計される。プローブ配列は、典型的に４０−５５ｂｐ長である。或る場合には、コンセンサス配列が１−１．５ｋｂｐより大きい場合に付加的オリゴヌクレオチドが合成される。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， のように、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＴＧＴＴＴＧＴＧＴＧＧＡＡＧＴＧＣＣＣＣＧ−３’（配列番号：７８）
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＴＣＡＡＣＡＴＧＣＴＣＣＴＣＴＧＣ−３’（配列番号：７９）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＡＴＣＣＡＴＴＧＴＧＣＡＣＴＧＣＡＧＣＴＣＴＡＧＧ−３’（配列番号：８０）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＡＧＣＡＴＧＣＣＡＣＣＡＣＴＧＧＡＣＴＧＡＣ−３’（配列番号：８１）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ４４１４３配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＣＣＧＡＴＧＣＴＧＴＣＣＴＡＧＴＧＧＡＡＡＣＡＡＣＴＣＣＡＣＴＧＴＡＡＣＴＡＧＡＴＴＧＡＴＣＴＡＴＧＣＡＣ−３’（配列番号：８２）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ７３２遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児肺組織（ＬＩＢ２６）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
全長クローンが同定され、それは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置８８−９０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１４４７−１４４９に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ４０；配列番号：７２）。予測されるポリペプチド前駆体は４５３アミノ酸長であり、約５０，４１９の計算された分子量及び約５．７８の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ４１（配列番号：７３）に示した全長ＰＲＯ７３２配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２８のシグナルペプチド、約アミノ酸３７〜約アミノ酸５７、約アミノ酸９３〜約アミノ酸１０９、約アミノ酸１２６〜約アミノ酸１４８、約アミノ酸１５１〜約アミノ酸１７２、約アミノ酸１９７〜約アミノ酸２１５、約アミノ酸２３１〜約アミノ酸２４５、約アミノ酸２６０〜約アミノ酸２７９、約アミノ酸３１５〜約アミノ酸３３３、約アミノ酸３８４〜約アミノ酸４０３及び約アミノ酸４２２〜約アミノ酸４４７の膜貫通ドメイン、約アミノ酸３３〜約アミノ酸３６、約アミノ酸３４〜約アミノ酸３７、約アミノ酸１７９〜約アミノ酸１８３、約アミノ酸２９８〜約アミノ酸３０１、約アミノ酸３３７〜約アミノ酸３４０及び約アミノ酸４０６〜約アミノ酸４０９の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸１１９〜約アミノ酸１４９のＭＩＰファミリーのタンパク質に相同性を持つアミノ酸ブロック、及び約アミノ酸２７９〜約アミノ酸２８６のＤＮＡ／ＲＮＡ非特異的エンドヌクレアーゼタンパク質に相同性を持つアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ４８３３４−１４３５は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２４が付与されている。
全長ＰＲＯ７３２ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、Ｄｉｆｆ３３タンパク質との有意な配列相同性を有することが示唆され、ＰＲＯ７３２が新規なＤｉｆｆ３３相同体であることを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ７３２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＨＳ１７９Ｍ２０＿２， ＭＵＳＴＥＴＵ＿１， ＣＥＲ１１Ｈ６＿２， ＲＡＴＤＲＰ＿１， Ｓ５１２５６， Ｅ６９２２６， ＡＥ０００８６９＿１， ＪＣ４１２０， ＣＹＢ＿ＰＡＲＴＥ及びＰ＿Ｒ５０６１９との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４０３】
実施例２１：ヒトＰＲＯ１１２０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。このコンセンサス配列をここでｃｏｎｓｅｎ０３５２と命名する。次いでｃｏｎｓｅｎ０３５２をＢＬＡＳＴ及びｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを用いて伸長させ、上記のＥＳＴ配列の供給源を用いてコンセンサス配列をできるだけ伸長させた。伸長させたコンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１１２０のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＡＡＧＣＣＧＧＣＴＧＴＣＴＧＡＡＴＣ−３’（配列番号：８５）、
５’−ＧＧＣＣＡＧＣＴＡＴＣＴＣＣＧＣＡＧ−３’（配列番号：８６）、
５’−ＡＡＧＧＧＣＣＴＧＣＡＡＧＡＧＡＡＧ−３’（配列番号：８７）、
５’−ＣＡＣＴＧＧＧＡＣＡＡＣＴＧＴＧＧＧ−３’（配列番号：８８）、
５’−ＣＡＧＡＧＧＣＡＡＣＧＴＧＧＡＧＡＧ−３’（配列番号：８９）、及び
５’−ＡＡＧＴＡＴＴＧＴＣＡＴＡＣＡＧＴＧＴＴＣ−３’（配列番号：９０）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＡＧＴＡＣＴＴＧＧＧＣＡＣＧＡＧＧＴＴＧＧＡＧ−３’（配列番号：９１）、及び
５’−ＴＣＡＴＡＣＣＡＡＣＴＧＣＴＧＧＴＣＡＴＴＧＧＣ−３’（配列番号：９２）；
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３４３６５配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＣＴＣＡＡＧＣＴＧＣＴＧＧＡＣＡＣＧＧＡＧＣＧＧＣＣＧＧＴＧＡＡＴＣＧＧＴＴＴＣＡＣＴＴＧ−３’（配列番号：９３）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１１２０遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１１２０の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ４８６０６−１４７９と命名される［Ｆｉｇ４６、配列番号：８３］）及びＰＲＯ１１２０の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ１１２０の全コード化配列をＦｉｇ４６（配列番号：８３）に示す。クローンＤＮＡ４８６０６−１４７９は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置６０８−６１０に見かけの翻訳開始部位及びヌクレオチド位置３２０９−３２１１に見かけの停止コドンを持つ。予測されるポリペプチドは８６７アミノ酸長である。Ｆｉｇ４７に示した全長ＰＲＯ１１２０タンパク質は約１００，１５６ダルトンの見積もられた分子量及び約９．４４のｐＩを有する。ＰＲＯ１１２０ポリペプチドのさらなる特徴は、約アミノ酸１−１７のシグナルペプチド；約アミノ酸８６−９８のスルファターゼシグネーチャー；約アミノ酸８７−１０６、１３３−１４６、２１６−２２９、２９１−３２０、及び３６５−３７５のスルファターゼに相同な領域；及び約アミノ酸６５−６８、１１２−１１５、１３２−１３５、１４９−１５２、１７１−１７４、１９８−２０１、２４１−２４５、５６１−５６４、６０８−６１１、７１７−７２０，７５４−７５７及び７６４−７６７の潜在的Ｎグリコシル部位を含む。
Ｆｉｇ４７（配列番号：８４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１２０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＬＫ０９Ｃ４＿１， ＧＬ６Ｓ＿ＨＵＭＡＮ， Ｇ６５１６９， ＮＣＵ８９４９２＿１， ＢＣＵ４４８５２＿１， Ｅ６４９０３， Ｐ＿Ｒ５１３５５， ＳＴＳ＿ＨＵＭＡＮ， ＧＡ６Ｓ＿ＨＵＭＡＮ， 及びＩＤＳ＿ＭＯＵＳＥとの間の配列同一性が明らかになった。クローンＤＮＡ４８６０６−１４７９は１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４０が付与されている。
【０４０４】
実施例２２：ヒトＰＲＯ５３７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅデータベースからのＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号２９６０５と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４８３５０と命名する。
ＤＮＡ４８３５０コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｒ６３４４３に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号Ｒ６３４４３を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ４８に示し、ここでＤＮＡ４９１４１−１４３１と命名する。
クローンＤＮＡ４９１４１−１４３１は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置９７−９９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４４２−４４４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ４８）。予測されるポリペプチド前駆体は１１５アミノ酸長である（Ｆｉｇ４９）。Ｆｉｇ４９に示す全長ＰＲＯ５３７タンパク質は、約１３，１８３の見積もられた分子量及び約１２．１３のｐＩを有する。Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）に示した全長ＰＲＯ５３７配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸３１のシグナルペプチド、約アミノ酸４４〜約アミノ酸４７の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸３〜約アミノ酸８及び約アミノ酸１６〜約アミノ酸２１の潜在的Ｎ−ミリストリル化部位、及び約アミノ酸９７〜約アミノ酸１０５のマルチカッパーオキシダーゼタンパク質と相同性を有するアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ４９１４１−１４３１は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００３が付与されている。
Ｆｉｇ４９（配列番号：９５）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ５３７アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ａ５４５２３， ＣＥＬＦ２２Ｈ１０＿２， ＦＫＨ２＿ＭＯＵＳＥ， ＯＴＸ１＿ＨＵＭＡＮ， ＵＲＢ１＿ＵＳＴＭＡ， ＫＮＯＢ＿ＰＬＡＦＮ， Ａ３２８９５＿１， ＡＦ０３６３３２＿１， ＨＲＧ＿ＨＵＭＡＮ及びＨＲＰ３＿ＰＬＡＦＳとの間の配列同一性が明らかになった。
【０４０５】
実施例２３：ヒトＰＲＯ５３６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、ここでｓｓ．ｃｌｕ２４３７．ｉｎｉｔと命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４８３５１と命名する。
ＤＮＡ４８３５１コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ１１１２９に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＨ１１１２９を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ５０に示し、ここでＤＮＡ４９１４２−１４３０と命名する。
クローンＤＮＡ４９１４２−１４３０は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４８−５０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９８７−９８９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ５０）。予測されるポリペプチド前駆体は３１３アミノ酸長である（Ｆｉｇ５１）。Ｆｉｇ５１に示す全長ＰＲＯ５３６タンパク質は、約３４，１８９の見積もられた分子量及び約４．８のｐＩを有する。Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）に示した全長ＰＲＯ５３６配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２５のシグナルペプチド、約アミノ酸４５〜約アミノ酸４８の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸１６〜約アミノ酸２６のスルファターゼタンパク質と相同性を有するアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ４９１４２−１４３０は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００２が付与されている。
Ｆｉｇ５１（配列番号：９７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ５３６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＰＵ４６８５７＿１， ＰＫ２＿ＤＩＣＤＩ， Ｈ６４７４３， Ｆ５１１４＿１８， ＣＥＡＭ＿ＥＣＯＬＩ， ＧＥＮ１４２６７， Ｈ６４９６５， ＴＣＵ３９８１５＿１， ＰＳＢＪ＿ＯＤＯＳＩ及びＰ＿Ｒ０６９８０との間の配列同一性が明らかになった。
【０４０６】
実施例２４：ヒトＰＲＯ５３５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、ここでｓｓ．ｃｌｕ１２６９４．ｉｎｉｔと命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４８３５２と命名する。２つの独自に開発したジェネンテクＥＳＴ配列を組立に用い、Ｆｉｇ５４及び５５に示した。
ＤＮＡ４８３５２コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ８８６９９４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＨ８６９９４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ５２に示し、ここでＤＮＡ４９１４３−１４２９と命名する。
クローンＤＮＡ４９１４３−１４２９は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置７８−８０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置６８１−６８３の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ５２）。予測されるポリペプチド前駆体は２０１アミノ酸長である（Ｆｉｇ５３）。Ｆｉｇ５３に示す全長ＰＲＯ５３５タンパク質は、約２２，１８０の見積もられた分子量及び約９．６８のｐＩを有する。Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）に示した全長ＰＲＯ５３５配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２５のシグナルペプチド、約アミノ酸１５５〜約アミノ酸１７４の膜貫通ドメイン、約アミノ酸１９６〜約アミノ酸１９９の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸６２〜約アミノ酸７７、約アミノ酸８７〜約アミノ酸１２３及び約アミノ酸１２８〜約アミノ酸１４１のＦＫＢＲ型ペプチジル−プロリルシス−トランス異性体シグネーチャー配列。クローンＤＮＡ４９１４３−１４２９は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１３が付与されている。
Ｆｉｇ５３（配列番号：９９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ５３５アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ７１２３７， Ｐ＿Ｒ９３５５１， Ｐ＿Ｒ２８９８０， Ｓ７１２３８， ＦＫＢ２＿ＨＵＭＡＮ， ＣＥＬＣ０５Ｃ８＿１， Ｓ５５３８３， Ｓ７２４８５， ＣＥＬＣ５０Ｆ２＿６及びＳ７５１４４との間の配列同一性が明らかになった。
【０４０７】
実施例２５：ヒトＰＲＯ７１８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例２（ヒト胎児肺ライブラリ）に記載したアミラーゼスクリーニングで単離したｃＤＮＡ配列を、ここでＤＮＡ４３５１２と命名する（Ｆｉｇ６２；配列番号：１０８参照）。次いでＤＮＡ４３５１２配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４５６２５と命名する。独自に開発したジェネンテクＥＳＴ配列を組立に用い、Ｆｉｇ５８−６１に示した。
ＤＮＡ４５６２６配列に基づいてオリゴヌクレオチドプローブを作成し、上記実施例２のパラグラフ１に記載したように調製したヒト胎児肺ライブラリ（ＬＩＢ２５）のスクリーニングに使用した。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂであり（ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１））、ｃＤＮＡサイズ切断は２８００ｂｐ未満であった。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＧＧＴＧＧＡＴＧＧＴＡＣＴＧＣＴＧＣＡＴＣＣ−３’（配列番号：１０９）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＧＴＴＧＴＧＣＴＧＴＧＧＧＡＡＡＴＣＡＧＡＴＧＴＧ−３’（配列番号：１１０）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ４５６２５配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＧＴＧＴＣＴＧＧＡＧＧＣＴＧＴＧＧＣＣＧＴＴＴＴＧＴＴＴＴＣＴＴＧＧＧＣＴＡＡＡＡＴＣＧＧＧ−３’（配列番号：１１１）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ７１８遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
全長クローンが同定され、それは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３６−３８に見かけの翻訳開始部位を持ち、ヌクレオチド位置６０７−６０９に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ５６；配列番号：１０２）。予測されるポリペプチドは１５７アミノ酸長であり、約１７，４００ダルトンの計算された分子量及び約５．７８の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ５７（配列番号：１０３）に示すＰＲＯ７１８配列の分析により以下の存在が明らかとなった：約アミノ酸２１−約アミノ酸４０のＩＩ型膜貫通ドメイン、及び約アミノ酸５８−約アミノ酸７８、約アミノ酸９５−約アミノ酸１１４及び約アミノ酸１２７−約アミノ酸１４７の他の膜貫通ドメイン；約アミノ酸７９−約アミノ酸８１の細胞接着配列；約アミノ酸５３−約アミノ酸５６の潜在的Ｎ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ４９６４７−１３９８は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９１９が付与されている。
全長ＰＲＯ７１８ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、それが任意の公知のタンパク質と有意な相同性を持たないことを示唆している。しかし、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ７１８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０４５６０６＿１， ＡＦ０３９９０６＿１， ＳＰＢＣ８Ｄ２？２， Ｓ６３４４１， Ｆ６４７２８， ＣＯＸ１＿ＴＲＹＢＢ， Ｆ６４３７５， Ｅ６４１７３， ＲＰＹＧＪＴ＿３， ＭＴＣＹ２６１＿２３との間の或る程度の相同性が明らかになった。
【０４０８】
実施例２６：ヒトＰＲＯ８７２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、ここでｓｓ．ｃｌｕ１２０７０９．ｉｎｉｔと命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでｃｌｕ１２０７０９．ｉｎｉｔ配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４８２５４と命名する。
ＤＮＡ４８２５４コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３４３８０６８に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３４３８０６８を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ６３に示し、これはＰＲＯ８７２の全長ＤＮＡ配列である。クローンＤＮＡ４９８１９−１４３９は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９３１が付与されている。
ＤＮＡ４９８１９−１４３９の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ６３（配列番号：１１２）に示す。クローンＤＮＡ４９８１９−１４３９は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１４−１６に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１８４４−１８４６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ６３）。予測されるポリペプチド前駆体は６１０アミノ酸長である（Ｆｉｇ６４）。Ｆｉｇ６４に示す全長ＰＲＯ８７２タンパク質は、約６６，８２０の見積もられた分子量及び約８．６５のｐＩを有する。Ｆｉｇ６４（配列番号：１１３）に示した全長ＰＲＯ８７２配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸１８のシグナルペプチド、約アミノ酸７０−８７、２００−２２２及び５６８−５８８の推定膜貫通ドメイン；約アミノ酸７１−１０５の細菌型フィトエンデヒドロゲナーゼタンパク質との配列同一性；約アミノ酸２０１−２１１の染色体縮合レギュレータ（ＲＣＣ１）シグネーチャー２との配列同一性；約アミノ酸２１４−２３５、２２１−２４２、２２８−２４９及び３６４−３８５のロイシンジッパーパターン；約アミノ酸２７１−２７４の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；及び約アミノ酸７５−７８のグリコサミノグリカン結合部位。全長ＰＲＯ８７２ポリペプチドのアミノ酸配列のＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた分析により、ＰＲＯ８７２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＰＲＣＲＴＩ＿１， Ｓ５９５１， Ｓ７４６８９， ＣＥＬＦ３７Ｃ４＿３， ＣＲＴＩ＿ＲＨＯＣＡ， Ｓ７６６１７， ＹＮＩ２＿ ＭＥＴＴＬ， ＭＴＶ０１４＿１４， ＡＰＦＢ＿ＨＵＭＡＮ， 及び ＭＭＵ７０４２９＿１との間の相同性が明らかになった。
【０４０９】
実施例２７：ヒトＰＲＯ１０６３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、ここでｓｓ．ｃｌｕｌ１９７４３．ｉｎｉｔと命名される単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列ｓｓ．ｃｌｕｌ１９７４３．ｉｎｉｔ配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４８２８８と命名する。
ＤＮＡ４８２８８コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２７８３７２６に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン２７９３７２６を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ６５に示し、ここでＤＮＡ４９８２０−１４２７と命名する。
Ｆｉｇ６５に示した全長クローンはクローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置９０−９２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９９３−９９５の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ６５；配列番号：１１４）。予測されるポリペプチド前駆体は３０１アミノ酸長であり、約３３，５３０の計算された分子量及び約４．８０の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ６６（配列番号：１１５）に示した全長ＰＲＯ１０６３配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２１のシグナルペプチド、約アミノ酸１９５〜約アミノ酸１９８、約アミノ酸２１７〜約アミノ酸２２０及び約アミノ酸２７２〜約アミノ酸２７５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸２６７〜約アミノ酸２７０のグリコサミノグリカン結合部位、約アミノ酸２９９〜約アミノ酸３０１の微小体Ｃ−末端標的化部位、約アミノ酸１２７〜約アミノ酸１６８のＩＩ型フィブロネクチンコラーゲン結合ドメイン相同配列、及び約アミノ酸１０１〜約アミノ酸１１８のフルクトースビスホスフェート或る度ラーゼクラスＩＩタンパク質相同配列。クローンＤＮＡ４９８２０−１４２７は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９３３２が付与されている。
全長ＰＲＯ１０６３ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ヒトＩＶ型コラゲナーゼタンパク質との配列相同性を有することが示唆された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１０６３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｓ６８３０３， ＣＦＵ６８５３３＿１， Ｐ＿Ｐ９１１３９， ＲＮＵ６５６５６＿１， ＰＡ２Ｒ＿ＲＡＢＩＴ， ＭＭＵ５６７３４＿１， ＦＩＮＣ＿ＸＥＮＬＡ， Ａ４８９２５， Ｐ＿Ｒ９２７７８及びＦＡ１２＿ＨＵＭＡＮとの間の相同性が明らかになった。
【０４１０】
実施例２８：ヒトＰＲＯ６１９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、ここで８８４３４と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１６６５６６９４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン１６６５６６９４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ６７に示し、ここでＤＮＡ４９８２１−１５６２と命名する。
Ｆｉｇ６７に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置８１−８３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４５０−４５２の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ６７；配列番号：１１６）。予測されるポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ６８；配列番号：１１７）は１２３アミノ酸長であり、約アミノ酸１−２０に予測されるシグナルペプチドを含む。ＰＲＯ６１９タンパク質は、約１３，７１０の計算された分子量及び約５．１９の見積もられたｐＩを有する。クローンＤＮＡ４９８２１−１５６２は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８１が付与されている。
Ｆｉｇ６８（配列番号：１１７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ６１９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ３５３０２， Ｄ８７００９＿１， ＨＳＵ９３４９４＿１， ＨＵＭＩＧＬＡＭ５＿１， Ｄ８６９９９＿２， ＨＵＭＩＧＬＹＭ１＿１， ＨＵＭＩＧＬＹＭＫＥ＿１， Ａ２９４９１￥１， Ａ２９４９８＿１， 及びＶＰＲ２＿ＭＯＵＳＥとの間の有意な相同性が明らかになった。
【０４１１】
実施例２９：ヒトＰＲＯ９４３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。次いでこのコンセンサス配列をＢＬＡＳＴ及びｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを用いて伸長させ、上記のＥＳＴ配列の供給源を用いてコンセンサス配列をできるだけ伸長させた。伸長させたコンセンサス配列をここでＤＮＡ３６３６０と命名する。ＤＮＡ３６３６０コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ９４３のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＧＡＧＡＴＧＡＣＧＣＣＧＡＧＣＣＣＣＣ−３’（配列番号：１２０）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＧＧＴＴＣＧＡＣＡＣＧＣＧＧＣＡＧＧＴＧ−３’（配列番号：１２１）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３６３６０配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＴＧＣＴＧＣＴＣＣＴＧＣＴＧＣＣＧＣＣＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＧＧＧＧＣＣＴＴＣＣＣＧＣＣＧＧ−３’（配列番号：１２２）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ９４３遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児脳組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ９４３の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ５２１９２−１３６９と命名される［Ｆｉｇ６９、配列番号：１１８］）及びＰＲＯ９４３の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ９４３の全コード化配列をＦｉｇ６９（配列番号：１１８）に示す。クローンＤＮＡ５２１９２−１３６９は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１５０−１５２に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置１６６２−１６６４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ６９）。予測されるポリペプチドは５０４アミノ酸長である（Ｆｉｇ７０）。Ｆｉｇ７０に示した全長ＰＲＯ９４３タンパク質は約５４，５３７ダルトンの見積もられた分子量及び約１０．０４のｐＩを有する。Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）に示した全長ＰＲＯ９４３配列の分析により、以下のものの存在が明らかとなった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１７のシグナルペプチド；約アミノ酸３７６〜約アミノ酸３９６の膜貫通ドメイン、約アミノ酸２１２〜約アミノ酸２１９及び約アミノ酸３２９〜約アミノ酸３３６のチロシンキナーゼリン酸化部位、約アミノ酸１１１〜約アミノ酸１１４、約アミノ酸２３１〜約アミノ酸２３４、約アミノ酸２５５〜約アミノ酸２５８及び約アミノ酸２９３〜約アミノ酸２９６の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸２１９〜約アミノ酸２３６の免疫グロブリン及びＭＨＣタンパク質配列相同ブロック。クローンＤＮＡ５２１９２−１３６９は１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４２が付与されている。
Ｆｉｇ７０（配列番号：１１９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ９４３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｂ４９１５１， Ａ３９７５２， ＦＧＲ１＿ＸＥＮＬＡ， Ｓ３８５７９， ＲＡＴＨＢＦＧＦＲＢ＿１， ＴＶＨＵ２Ｆ， ＦＲＧ＆ｑｕｏｔ；＿ＭＯＵＳＥ， ＣＥＫ３＿ＣＨＩＣＫ， Ｐ＿Ｒ２１０８０及びＡ２７１７１＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４１２】
実施例３０：ヒトＰＲＯ１１８８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ４５６７９と命名する。ＤＮＡ４５６７９コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１１８８のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＴＧＧＴＧＣＣＴＣＡＡＣＡＧＧＧＡＧＣＡＧ−３’（配列番号：１２５）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＣＡＴＴＧＴＧＣＡＧＧＴＣＡＧＧＴＣＡＣＡＧ−３’（配列番号：１２６）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ４５６７９配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＣＴＧＧＡＧＣＡＡＧＴＧＣＴＣＡＧＣＴＧＣＣＴＧＴＧＧＴＣＡＧＡＣＴＧＧＧＧＴＣ−３’（配列番号：１２７）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１１８８遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１１８８の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ５２５９８−１５１８と命名される［Ｆｉｇ７１、配列番号：１２３］）及びＰＲＯ１１８８の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ１１８８の全コード化配列をＦｉｇ７１（配列番号：１２３）に示す。クローンＤＮＡ５２５９８−１５１８は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１３６−１３８に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置３６８８−３６９０の停止コドンで終端する。予測されるポリペプチドは１１８４アミノ酸長である。Ｆｉｇ７２に示した全長ＰＲＯ１１８８タンパク質は約１３２，５８２ダルトンの見積もられた分子量及び約８．８０のｐＩを有する。さらなる特徴は、約アミノ酸１−３１のシグナルペプチド；約アミノ酸２６６−２７３のＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐ−ループ）；約アミノ酸１８８−１９９のアルデヒドデヒドロゲナーゼシステイン活性部位；約アミノ酸１５３−１５９の成長因子及びサイトカインレセプターファミリーシグネーチャー２；及び約アミノ酸１２９−１３２、１３２−１３５、３４６−３４９、４２０−４２３、５５０−５５３、６３１−６３４、１０００−１００３，及び１０５６−１０５９の潜在的Ｎ−グリコシル化部位を含む。
Ｆｉｇ７２（配列番号：１２４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１８８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＳＳＵ８３１１４＿１， Ｓ５６０１５， ＣＥＴ２１Ｂ６＿４， ＣＥＬＴ１９Ｄ＆ｑｕｏｔ；＿１， 及びＴＳＰ１＿ＭＯＵＳＥとの間の有意な相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５２５９８−１５１８はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０７が付与されている。
【０４１３】
実施例３１：ヒトＰＲＯ１１３３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。この配列をｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを用いて伸長させた。伸長させたコンセンサス配列をここでＤＮＡ３８１０２と命名する。ＤＮＡ３８１０２コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１１３３のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＣＧＡＴＴＡＴＧＧＡＣＧＡＡＣＡＴＧＧＣＡＧＣ−３’（配列番号：１３０）；
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＴＣＴＧＡＧＡＴＣＣＣＴＣＡＴＣＣＴＣ−３’（配列番号：１３１）；及び
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＧＧＴＴＣＡＧＧＧＡＣＡＧＣＡＡＧＴＴＴＧＧＧ−３’（配列番号：１３２）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３８１０２配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＴＴＴＧＣＴＧＧＡＣＣＴＣＧＧＣＴＡＣＧＧＡＡＴＴＧＧＣＴＴＣＣＣＴＣＴＡＣＧＧＡＣＡＧＣＴＧＧＡＴ−３’（配列番号：１３３）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１１３３遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１１３３の全長ＤＮＡ配列及びＰＲＯ１１３３の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ１１３３の全コード化配列をＦｉｇ７３（配列番号：１２８）に示す。クローンＤＮＡ５３９１３−１４９０は、単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：１２８のヌクレオチド位置２６６−２６８に見かけの翻訳開始部位及びヌクレオチド位置１５８０−１５８２に見かけの停止コドンを有する。予測されるポリペプチドは４３８アミノ酸長である。シグナルペプチドは配列番号：１２９のアミノ酸１−１８である。ＥＧＦ様ドメインシステインパターンシグネーチャーはＦｉｇ７４に示した配列番号：１２９の３１５及び３８５で開始する。クローンＤＮＡ５３９１３−１４９０はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６２が付与されている。Ｆｉｇ７４に示す全長ＰＲＯ１１３３タンパク質は約４９，２６０ダルトンの見積もられた分子量及び約６．１５のｐＩを有する。
Ｆｉｇ７４（配列番号：１２９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１３３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列（データベースからのデータはここに取り込む）：ＡＦ００２７１７＿１， ＬＭＧ１＿ＨＵＭＡＮ， Ｂ５４６６５， ＵＮＣ６＿ＣＡＥＥＬ， ＬＭＬ１＿ＣＡＥＥＬ， ＬＭＡ５＿ＭＯＵＳＥ， ＭＭＵ８８３５３＿１， ＬＭＡ１＿ＨＵＭＡＮ，， ＨＳＬＮ２Ｃ６４＿１及びＡＦ００５２５８＿１との間の或る程度の相同性が明らかになった。
【０４１４】
実施例３２：ヒトＰＲＯ７８４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ここでＤＮＡ４４６６１と命名されＦｉｇ７７に示す初期ＤＮＡ配列（配列番号：１３６）を、一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優勢に示すヒト胎児ｃＤＮＡライブラリにおいて、酵母スクリーニングを使用して同定した。ＤＮＡ４４６６１配列は、次いで、種々の公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）と、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６）］を用いて比較した。次いでＥＳＴをコンピュータプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ４５４６３」と命名する。ＤＮＡ４５４６３コンセンサス配列に基づいて、ヒト胎児肺ｃＤＮＡライブラリからＰＲＯ７８４の全長コード化配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
Ｆｉｇ７５に示した全長ＤＮＡ５３９７８−１４３３クロンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３７−３９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置８２１−８２３に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ７５；配列番号：１３４）。予測されるポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ７６；配列番号：１３５）は２２８アミノ酸長である。ＰＲＯ７８は、約２５，７３５の計算された分子量及び約５．４５の見積もられたｐＩを有する。ＰＲＯ７８４は以下特徴を有する：約アミノ酸１〜約１５のシグナルペプチド；約アミノ酸６８〜約８７、約１８３〜約２０４の膜貫通ドメイン；約アミノ酸１５−２０、５１−５６、６６−６０、１６３−１６、及び２０６−２１１のＮ−ミリストイル化部位；約アミノ酸１０８〜約１１７のＲＮＰ−１タンパク質ＲＮＡ結合領域。
クローンＤＮＡ５３９７８−１４４３は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８３が付与されている。
全長配列の（ＡＬＩＧＮコンピュータプログラムを用いた）ＢＬＡＳＴ及びＦａｓｔＡ配列アラインメント分析に基づき、ＰＲＯ７８４は、以下のタンパク質：ＲＮＵ４２２０９＿１， ＭＭＵ９１５３８＿１， ＣＧＵ９１７４２＿１， ＣＥＬＦ５５Ａ４＿６， ＳＣ２２＿ＹＥＡＳＴ，及びＦ４８１８８とのアミノ酸配列同一性を示した。
【０４１５】
実施例３３：ヒトＰＲＯ７８３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
潜在的な分泌タンパク質をコードするｃＤＮＡの同定に酵母スクリーニングアッセイを用いた。この酵母スクリーニングアッセイの使用により、ここでＤＮＡ４５２０１（Ｆｉｇ８０；配列番号：１３９）と命名される単一のｃＤＮＡの同定が可能になった。
ＤＮＡ４５２０１配列は、次いで、ＥＳＴ配列と比較して相同性を同定するのに使用した。ＥＳＴデータベースは、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列を、ここで「ｃｏｎｓｅｎ０１」と銘々する。独自に開発したジェネンテクＥＳＴ配列をコンセンサス組立に用い、それをここでＤＮＡ１４５７５（Ｆｉｇ８１；配列番号：１４０）と命名した。
ｃｏｎｓｅｎ０１配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ７８３の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， のように、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＡＣＴＧＴＡＴＣＴＧＡＧＣＣＣＣＡＧＡＣＴＧＣ−３’（配列番号：１４１）
、
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＣＡＧＣＡＡＴＧＡＧＧＴＧＣＴＧＣＴＣ−３’（配列番号：１４２）、及び
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＧＡＧＧＡＡＧＡＴＧＡＧＧＧＡＣＡＧＧＴＴＧＧ−３’（配列番号：１４３）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡｃｏｎｓｅｎ０１配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＴＡＴＧＧＡＡＧＣＡＣＣＴＧＡＣＴＡＣＧＡＡＧＴＧＣＴＡＴＣＣＧＴＧＣＧＡＧＡＡＣＡＧＣＴＡＴＴＣＣ−３’（配列番号：１４４）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ７８３遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織（ＬＩＢ２２８）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ７８３の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ５３９９６−１４４２と命名される）［配列番号：１３７］）及びＰＲＯ７８３の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ７８３の全コード化配列をＦｉｇ７８（配列番号：１３７）に示す。クローンＤＮＡ５３９９６−１４４２は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３１０−３１２に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置１７７７−１７７９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ７８）。予測されるポリペプチドは４８９アミノ酸長である（Ｆｉｇ７９）。Ｆｉｇ７９に示した全長ＰＲＯ７８３タンパク質は約５５，２１９ダルトンの見積もられた分子量及び約８．４７のｐＩを有する。Ｆｉｇ７９（配列番号：１３８）に示した全長ＰＲＯ７８３配列の分析により、以下のものの存在が明らかとなった：約アミノ酸２３−４２、６７−８９、１１１−１３５、１５４−１７６、１９４−２１８、２９６−３１９、３４８−３７０、３８７−４１０及び４２７−４５２の膜貫通ドメイン；約アミノ酸２６３−２８３及び３９９−４２０に局在化したロイシンジッパーパターン；約アミノ酸１８０−１８７の潜在的チロシンキナーゼリン酸化部位；約アミノ酸１０５−１０８及び１２１−１２４の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；約アミノ酸２８８−２９１のｃＡＭＰ及びｃＧＭＰ依存性タンパク質キナーゼリン酸化部位；及び約アミノ酸１９０−２１８の細菌ロドプシン網膜結合部位タンパク質と相同性を持つ領域。
Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ７８３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＹＮＣ２＿ＣＡＥＥＬ， Ｄ６４０４８， ＡＴＡＣ００２３３２＿３Ｆ４Ｐ９．３， ＮＹ２Ｒ＿ＳＨＥＥＰ， 及びＶＳＨ＿ＭＵＭＰＡとの間の或る程度の配列同一性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５３９９６−１４４２は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２１が付与されている。
【０４１６】
実施例３４：ヒトＰＲＯ８２０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（Ｍｅｒｃｋ／ｗｓｈ．Ｕ）を検索してＥＳＴ番号ＡＡ５０４０８０，Ｍｅｒｃｋクローン番号８２５１３６と称されるＥＳＴを同定した（ライブラリ３１２、ヒトＢ細胞扁桃腺）。相同性検索により、このＥＳＴが低親和性免疫グロブリンガンマＦｃレセプターＩＩと配列同一性を示すことが明らかになった。ＤＮＡ配列分析は、ＰＲＯ８２０の全長ＤＮＡ配列とＰＲＯ８２０の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ５６０４１−１４１６の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ８２（配列番号：１４５）に示す。クローンＤＮＡ５６０４１−１４１６は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１１５−１１７に見かけの翻訳開始部位を持ち、ヌクレオチド位置４８７−４８９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ８２）。予測されるポリペプチドは１２４アミノ酸長である（Ｆｉｇ８３）。Ｆｉｇ８３に示した全長ＰＲＯ８２０タンパク質は約１４，０８０ダルトンの見積もられた分子量及び約７．４８のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５６０４１−１４１６はＡＴＣＣに寄託されている。配列について、寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：１４６のアミノ酸配列のさらなる分析により、推定シグナルペプチドは配列番号：１４６の約アミノ酸１−１５である。タンパク質キナーゼＣリン酸化部位は配列番号：１４６のおよそアミノ酸２０−２２及び４３−４５である。Ｎ−ミリストイル化部位は、配列番号：１４６のおよそアミノ酸８９−９４である。免疫グロブリン及び主要組織適合性複合体ドメインは配列番号：１４６のおよそアミノ酸８３−９０である。対応するヌクレオチドは、ここに提供された配列が与えられれば日常的に決定できる。
【０４１７】
実施例３５：ヒトＰＲＯ１０８０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成し、ＢＬＡＳＴ及びｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを用いて伸長させて上記実施例１に記載したようなＥＳＴ配列の供給源を用いてコンセンサス配列をできるだけ伸長させた。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ５２６４０と命名する。ジェネンテクが独自に開発したＥＳＴをコンセンサス組立に用い、ここでＤＮＡ３６５２７（Ｆｉｇ８６；配列番号：１４９）と命名する。
ＤＮＡ３６５２７コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号５２６４２３に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン５２６４２３を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ８４に示し、ここでＤＮＡ５６０４７−１４５６の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ８４（配列番号：１４７）に示す。クローンＤＮＡ５６０４７−１４５６は、単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：１４７（Ｆｉｇ８４）のヌクレオチド位置１５９−１６１に見かけの翻訳開始部位及びヌクレオチド位置１２３３−１２３５の停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は３５８アミノ酸長である（Ｆｉｇ８５）。Ｆｉｇ８５に示す全長ＰＲＯ１０８０タンパク質は約４０，５１４ダルトンの見積もられた分子量及び約６．０８のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５６０４７−１４５６は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託されている。寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
またＦｉｇ８５には、シグナルペプチド、細胞接着部位、Ｎｔ−Ｄｎａｊドメインシグネーチャー、Ｎｔ−Ｄｎａｊドメインタンパク質と配列同一性を持つ領域、及びＮ−グリコシル化部位のおよその位置も示した。ここに提供されたこれらのアミノ酸配列に対応する核酸及びその他は、ここに与えられた情報により日常的に決定できる。
【０４１８】
実施例３６：ヒトＰＲＯ１０７９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成し、ここでＤＮＡ５２７１４と命名する。組立によって提供された情報に基づき、ＭｅｒｃｋのＥＳＴ番号ＨＯ６８９８のクローンを得て配列決定し、それにより、ここでＤＮＡ５６０５０−１４５５と命名するクローンのヌクレオチド配列を与えた。ＤＮＡ５６０５０−１４５５の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ８７（配列番号：１５０）に示す。クローンＤＮＡ５６０５０−１４５５は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１８３−１８５に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置８６１−８６３の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ８７）。予測されるポリペプチドは２２６アミノ酸長である（Ｆｉｇ８８）。Ｆｉｇ８８に示した全長ＰＲＯ１０７９タンパク質は約２４，６１１ダルトンの見積もられた分子量及び約４．８５のｐＩを有する。Ｆｉｇ８８（配列番号：３）に示した全長ＰＲＯ１０７９配列の分析により、以下の特徴の存在が明らかとなった：約アミノ酸１−２９のシグナルペプチド；約アミノ酸１０−１５及び５１−５６のＮ−ミリストイル化部位；約アミノ酸２−２０の光化学系ＩｐｓａＧ及びｐｓａＫタンパク質に対する相同性；及び約アミノ酸１５０−１６３のプロリルエンドペプチダーゼタンパク質に対する相同性。
Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた全長ＰＲＯ１０７９ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ＰＲＯ１０７９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＫ１０Ｃ３＿４， ＭＭＵ５０７３４＿１， Ｄ６９５０３， ＡＦ５１１４９＿１， 及びＶＳＭＰ＿ＣＶＭＳとの間の有意な相同性が明らかになった。
クローンＵＮＱ５３６（ＤＮＡ５６０５０−１４５５）は１９９８年６月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１１が付与されている。
【０４１９】
実施例３７：ヒトＰＲＯ７９３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
天然ヒトＰＲＯ７９３ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５６１１０−１４３７）を、一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優勢に示すヒト皮膚腫瘍ｃＤＮＡライブラリにおいて、酵母スクリーニングを使用して同定した。用いた酵母スクリーニングは、ここでＤＮＡ５０１７７（Ｆｉｇ９１；配列番号：１５４）と命名される単一のＥＳＴクローンを同定した。次いでＤＮＡ５０１７７配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５０９７２と命名する。
ＤＮＡ５０９７２コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｎ３３８７４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＮ３３８７４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ８９に示し、ここでＤＮＡ５６１１０−１４３７と命名する。
Ｆｉｇ８９に示した全長ＤＮＡ５６１１０−１４３７クロンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置７７−７９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４９１−４９３の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ８９）。予測されるポリペプチド前駆体は１３８アミノ酸長である（Ｆｉｇ９０）。Ｆｉｇ９０に示したＰＲＯ７９３タンパク質は、約１５，４２６の見積もられた分子量及び約１０．６７のｐＩを有する。Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）に示した全長ＰＲＯ１１８０配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１２〜約アミノ酸３０、約アミノ酸３３〜約アミノ酸５２、約アミノ酸６９〜約アミノ酸８９及び約アミノ酸９３〜約アミノ酸１０９の膜貫通ドメイン、約アミノ酸１１〜約アミノ酸１６、約アミノ酸５１〜約アミノ酸５６及び約アミノ酸１１６〜約アミノ酸１２１の潜在的Ｎ−ミリストイル化部位、及び約アミノ酸４９〜約アミノ酸５９のアミノアシル転移ＲＮＡ合成酵素クラスＩＩタンパク質との相同性を持つアミノ酸配列ブロック。クローンＤＮＡ５６１１０−１４３７は１９９８年８月１１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１３が付与されている。
Ｆｉｇ９０（配列番号：１５３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ７９３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ４７４５３， ＡＦ０１５１９３＿１２， ＭＴＥＨＧＮ９＿２， Ｅ６４０３０， Ｈ６９７８４， Ｄ６４９９５， ＣＤ５３＿ＭＯＵＳＥ， ＧＥＮ８００６， ＡＥ００１１３８＿７及びＣＯＸ２＿ＳＴＲＰＵとの間の或る相同性が明らかになった。
【０４２０】
実施例３８：ヒトＰＲＯ１０１６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対して作成した。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５３５０２と命名する。
ＤＮＡ５３５０２コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号３８６８０に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン３８６８０を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ９２に示す。
ＤＮＡ５６１１３−１３７８の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ９２（配列番号：１５５）に示す。クローンＤＮＡ５６１１３−１３７８は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１６８−１７０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１３０２−１３０４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ９２）。予測されるポリペプチド前駆体は３７８アミノ酸長である（Ｆｉｇ９３）。Ｆｉｇ９３に示した全長ＰＲＯ１０１６タンパク質は、約４４，０２１ダルトンの見積もられた分子量及び約９．０７のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５６１１３−１３７８はＡＴＣＣに寄託されている。配列について、寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
全長ＰＲＯ１０１６ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、その一部がアシルトランスフェラーゼと配列同一性を有することを示唆し、それによりＰＲＯ１０１６が新規なアシルトランスフェラーゼであることを示している。
配列番号：１５６のアミノ酸配列をさらに分析すると、推定シグナルペプチドは配列番号：１５６の約アミノ酸１−１８である。膜貫通ドメインは配列番号：１５６の約アミノ酸３３２−３５２及び３０５−３３０である。フルクトース−ビスホスフェートアルドラーゼクラスＩＩタンパク質は配列番号：１５６の約アミノ酸７３−９０である。エクストラジオール環切断ジオキシゲナーゼタンパク質は配列番号：１５６の約アミノ酸２５２−２７５である。対応するヌクレオチドは、ここに与えられた配列により日常的に決定できる。
ＰＲＯ１０１６が配列同一性を持つ配列の特定のＤａｙｈｏｆｆデータベース表記名は以下を含む：Ｓ５２６４５， Ｐ＿Ｒ５９７１２， Ｐ＿Ｒ９９２４９， Ｐ＿Ｒ５９７１３， ＢＮＡＧＰＡＴＲＦ＿１， ＣＥＬＴ０５４＿１５及びＣＥＬＺＫ４０＿１。
【０４２１】
実施例３９：ヒトＰＲＯ１０１３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対して作成した。次いでこのコンセンサスＤＮＡ配列をＢＬＡＳＴ及びｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを用いて伸長させてＥＳＴ配列の供給源を用いてコンセンサス配列をできるだけ伸長させた。
コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３１０７６９５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３１０７６９５を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ９４に示し、ここでＤＮＡ５６４１０−１４１４と命名する。
ＤＮＡ５６４１０−１４１４の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ９４（配列番号：１５７）に示す。クローンＤＮＡ５６４１０−１４１４は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１７−１９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１２４４−１２４６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ９４）。予測されるポリペプチド前駆体は４０９アミノ酸長である（Ｆｉｇ９５）。Ｆｉｇ９５に示した全長ＰＲＯ１０１３タンパク質は、約４６，６６２ダルトンの見積もられた分子量及び約７．１８のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５６４１０−１４１４はＡＴＣＣに寄託されている。配列について、寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：１５８のアミノ酸配列をさらに分析すると、推定シグナルペプチドは配列番号：１５８の約アミノ酸１−１９である。Ｎ−グリコシル化部位は配列番号：１５８の約アミノ酸７５−７８及び３２２−３２５である。Ｎ−ミリストイル化部位は配列番号：１５８の約アミノ酸１８４−１８９である。成長因子及びサイトカインレセプターファミリードメインは配列番号：１５８の約アミノ酸１３４−１４９である。対応するヌクレオチドは、ここに与えられた配列により日常的に決定できる。
Ｂｌａｓｔ分析は他のタンパク質との幾分の配列同一性を示した。特にＰＲＯ１０１３は少なくともＤ６３８７７＿１， ＭＨＵ２２０１９＿１， ＡＥ０００７３０＿１０， 及びＡＦ０１９０７９＿１と称されるＤａｙｈｏｆｆ配列と或る程度の配列同一性を有する。
【０４２２】
実施例４０：ヒトＰＲＯ９３７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４９６５１と命名する。ＤＮＡ４９６５１コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ９３７のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＣＣＧＴＧＧＴＡＡＡＣＣＣＣＡＣＡＧＣＣＣ−３’（配列番号：１６１）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＣＡＣＡＴＣＧＡＴＧＧＧＡＴＣＣＡＴＧＡＣＣＧ−３’（配列番号：１６２）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ４９６５１配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＧＴＣＴＣＧＴＧＡＣＴＧＴＧＡＡＧＣＣＡＴＧＴＴＡＣＡＡＣＴＡＣＴＧＣＴＣＡＡＡＣＡＴＣＡＴＧＡＧ−３’（配列番号：１６３）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ９３７遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織（ＬＢ２２７）から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ９３７の全長ＤＮＡ配列［ここでＤＮＡ５６４３６−１４４８と命名する（Ｆｉｇ２９；配列番号：１５９）］及びＰＲＯ９３７の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ５６４３６−１４４８の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ９６（配列番号：１５９）に示す。クローンＤＮＡ５６４３６−１４４８は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４９９−５０１に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置２１６７−２１６９に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ９６、配列番号：１５９）。予測されるポリペプチド前駆体は５５６アミノ酸長であり、
約６２，４１２ダルトンの計算された分子量及び約６．６２の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ９７（配列番号：１６０）に示した全長ＰＲＯ９３７配列の分析は、以下の特徴の存在を明らかにした：約アミノ酸１−２２のシグナルペプチド；約アミノ酸５１５−５２３のＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡ（Ｐ−ループ）；約アミノ酸５１４−５１７の潜在的Ｎ−グリコシル化部位；及び約アミノ酸５４−７４、１０６−１５６、２３８−２７９、３０９−３４５、４２３−４５９及び４６８−５０５のグリピカン相同性の部位。
クローンＤＮＡ５６４３６−１４４８は１９９８年５月２７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９０２が付与されている。
全長ＰＲＯ９３７のアミノ酸配列の分析は、グリピカンタンパク質と有意な配列類似性をもつことを示唆し、それによりＰＲＯ９３７が新規なグリピカンタンパク質であることを示したいる。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ９３７アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＧＰＣＫ＿ＭＯＵＳＥ， ＧＰＳ２＿ＲＡＴ， ＧＰＣ５＿ＨＵＭＡＮ， ＧＰＣ３＿ＨＵＭＡＮ， Ｐ＿Ｒ３０１６８， ＣＥＣ０３Ｈ１２＿２， ＧＥＮ１３８２０， ＨＳ１１９Ｅ２３＿１， ＨＤＡＣ＿ＤＲＯＭＥ， 及びＡＦ０１７６３７＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４２３】
実施例４１：ヒトＰＲＯ８４２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅデータベースからのＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号６９５７２と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５４２３０と命名する。
ＤＮＡ５４２３０コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号ＡＡ４７７０９２に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号ＡＡ４７７０９２を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ９８に示し、ここでＤＮＡ５６８５５−１４４７と命名する。
Ｆｉｇ９８に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１５３−１５５に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置５１０−５１２の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ９８；配列番号：１６４）。予測されるポリペプチド前駆体は１１９アミノ酸長である（Ｆｉｇ９９；配列番号：１６５）。ＰＲＯ８４２は、約１３，８１９ダルトンの計算された分子量及び約１１．１６の見積もられたｐＩを有する。ＰＲＯ８４２の他の特徴は、
約アミノ酸１−２２シグナルペプチド、約アミノ酸３９−４１のタンパク質キナーゼＣリン酸化部位、及び約アミノ酸２７−３２及び約アミノ酸４６−５１の潜在的Ｎ−グリコシル化部位を含む。
Ｆｉｇ９９（配列番号：１６４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８４２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＺＫ１３１＿１１， Ｐ＿Ｒ８０８４３， ＲＡＴ５ＨＴ２Ｘ＿１， Ｓ８１８８２＿１， Ａ６０９１２， ＭＣＵ６０３１５＿１３７ＭＣ１３７Ｌ， Ｕ９３４２２＿１， ｐ＿Ｐ９１９９６， Ｕ９３４６２＿１， 及びＺＮ１８＿ＨＵＭＡＮとの間の或る程度の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５６８５５−１４４７は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００４が付与されている。
【０４２４】
実施例４２：ヒトＰＲＯ８３９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅのＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベースからのＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号２４４７９と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７０９と命名する。
ＤＮＡ５５７０９コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号７５４５２５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン７５４５２５を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１００に示し、ここでＤＮＡ５６８５９−１４４５と命名する。
Ｆｉｇ１００に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２−４に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置２６３−２６５の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１００；配列番号：１６６）。予測されるポリペプチド前駆体は８７アミノ酸長である（Ｆｉｇ１０１；配列番号：１６７）。ＰＲＯ８３９は、約９，７１９ダルトンの計算された分子量及び約４．６７の見積もられたｐＩを有する。ＰＲＯ８３９の他の特徴は、約アミノ酸１−２３のシグナルペプチド、約アミノ酸３７−４０及び約アミノ酸８５−８７のタンパク質キナーゼＣリン酸化部位、約アミノ酸３７−４０の潜在的カゼインキナーゼＩＩリン酸化部位、約アミノ酸５０−６０のリボヌクレオチドレダクターゼ大サブユニットタンパク質との配列同一性、及び約アミノ酸７０−７９の真核生物ＲＮＡ結合領域ＲＮＰ−１タンパク質との配列同一性。
Ｆｉｇ１０１（配列番号：１６７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８３９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＤ１４＿ＭＯＵＳＥ， ＸＰＲ６＿ＹＡＲＬＩ， ＨＳ７１４３８５＿１， Ｓ４９７８３， ＢＢ１９＿ＲＡＢＩＴ， ＧＶＰＨ−ＨＡＬＭＥ， ＡＢ００３１３５＿１， Ｐ＿Ｒ８５４５３， ＬＵＵ２７０８１＿２， 及びＴＰ２Ｂ＿ＭＯＵＳＥとの間の或る程度の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５６８５９−１４４５は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９０１９が付与されている。
【０４２５】
実施例４３：ヒトＰＲＯ１１８０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列（Ｉｎｃｙｔｅクラスター配列番号１４７３２）の同定が可能となった。次いでこのＩｎｃｙｔｅクラスター配列番号１４７３２配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７１１と命名する。
ＤＮＡ５５７１１コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｔ６０９８１に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＴ６０９８１を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１０２に示し、ここでＤＮＡ５６８６０−１５１０と命名した。
Ｆｉｇ１０２に示す全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置７８−８０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９０９−９１１の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１０２；配列番号：１６８）。予測されるポリペプチド前駆体は２７７アミノ酸長であり、約３１，４１６の計算された分子量及び約８．８８の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１０３（配列番号：１６９）に示した全長ＰＲＯ１１８０配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２３のシグナルペプチド、約アミノ酸１０〜約アミノ酸３１のロイシンジッパーパターン配列、及び約アミノ酸６４〜約アミノ酸６９、約アミノ酸７８〜約アミノ酸８３、約アミノ酸８０〜約アミノ酸８５、約アミノ酸９１〜約アミノ酸９６及び約アミノ酸２０１〜約アミノ酸２０６のＮ−ミリストイル化部位。クローンＤＮＡ５６８６０−１５１０は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５２が付与されている。
全長ＰＲＯ１１８０ポリペプチドのアミノ酸分析により、メチルトランスフェラーゼファミリーのタンパク質と配列類似性を有することが示唆された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた分析により、ＰＲＯ１１８０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＴＣ１６５＿１４， Ｄ６９２６７， ＹＨ０９＿ＴＥＡＳＴ， ＢＩＯＣ＿ＳＥＲＭＡ， ＡＴＡＣ００４４８４１５Ｔ１Ｄ１６．１６， ＳＨＧＣＰＩＲ＿１８， ＳＰＢＣ３Ｂ９＿４， ＡＢ００９５０４＿１４， Ｐ＿Ｗ１７９７及びＡ６９９５２との間の或る程度の相同性が明らかになった。
【０４２６】
実施例４４：ヒトＰＲＯ１１３４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの７５１１と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７２５と命名する。２つの独自に開発したＥＳＴ配列を組立に用い、Ｆｉｇ１０６（配列番号：１７２）及びＦｉｇ１０７（配列番号：１７３）に示す。
ＤＮＡ５５７２５コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ９４８９７に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＨ９４８９７を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１０６に示し、ここでＤＮＡ５６８６５−１４９１と命名する。
クローンＤＮＡ５６８６５−１４９１は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１５３−１５５に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１２６６−１２６８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１０４）。予測されるポリペプチド前駆体は３７１アミノ酸長である（Ｆｉｇ１０５）。Ｆｉｇ１０５に示した全長ＰＲＯ１１３４は、約４１，９３５ダルトンの見積もられた分子量及び約９．５８のｐＩを有する。全長ＰＲＯ１１３４の分析により以下のものの存在が明らかとなった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２３のシグナルペプチド、約アミノ酸１０３〜約アミノ酸１０６、約アミノ酸２４９〜約アミノ酸２５２、及び約アミノ酸２５７〜約アミノ酸２６０のＮ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸２８０〜約アミノ酸３０６のチロシナーゼＣｕＡ結合領域タンパク質と相同性を有するアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ５６８６５−１４９１は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２２が付与されている。
Ｆｉｇ１０５（配列番号：１７１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１３４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｆ２０Ｐ５＿１８， ＡＣ００２３９６＿１０， Ｓ４７８４７， Ｃ６４１４６， ＧＳＰＡ＿ＢＡＣＳＵ， Ｐ＿Ｗ１０５６４， ＲＦＡＩ＿ＥＣＯＬＩ， Ｙ２５８＿ＨＡＥＩＮ， ＲＦＡＪ＿ＳＡＬＴＹ及びＰ＿Ｒ３２９８５との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４２７】
実施例４５：ヒトＰＲＯ８３０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの２０２５１と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７３３と命名する。
ＤＮＡ５５７３３コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ７８５３４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＨ７８５３４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１０８に示し、ここでＤＮＡ５６８６６−１３４２と命名する。
クローンＤＮＡ５６８６６−１３４２は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１５４−１５６に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４１５−４１７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１０８）。予測されるポリペプチド前駆体は８７アミノ酸長である（Ｆｉｇ１０９）。Ｆｉｇ１０９に示した全長ＰＲＯ８３０は、約９，２７２ダルトンの見積もられた分子量及び約９．１９のｐＩを有する。Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）に示す全長ＰＲＯ８３０の分析により以下のものの存在が明らかとなった：約アミノ酸１〜約アミノ酸３３のシグナルペプチド、約アミノ酸２〜約アミノ酸７及び約アミノ酸８〜約アミノ酸１３の潜在的Ｎ−ミリストイル化部位、及び約アミノ酸２３〜約アミノ酸３９のチオレドキシンファミリーのタンパク質相同性ブロック。クローンＵＮＱ４７０（ＤＮＡ５６８６６−１３４２）は１９９８年６月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２３が付与されている。
Ｆｉｇ１０９（配列番号：１７５）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８３０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＨＳＵ８８１５４＿１， ＨＳＵ８８１５３＿１， ＳＡＰＫＳＧＥＮＥ＿１， ＨＰＵ３１７９１＿５， ＧＧＣＮＯＴ２＿１， ＣＰＵ９１４２１＿１， ＣＨＫＥＳＴＰＣ０９＿１， ＰＱ０７６９， Ｕ９７５５３＿７９及びＢ６００９５との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４２８】
実施例４６：ヒトＰＲＯ１１１５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅのＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベースからのＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター番号１６５００８と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７２６と命名する。
ＤＮＡ５５７２６コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｒ７５７８４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＲ７５７８４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１１１に示し、ここでＤＮＡ５６８６８−１４７８と命名する。
Ｆｉｇ１１０に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１８９−１９１に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１５２４−１５２６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１１０；配列番号：１７６）。予測されるポリペプチド前駆体は４４５アミノ酸長である（Ｆｉｇ１１１；配列番号：１７７）。ＰＲＯ１１１５は、約５０，５３３ダルトンの計算された分子量及び約８．２６の見積もられたｐＩを有する。他の特徴は、約アミノ酸１−２０のシグナルペプチド、約アミノ酸２０４−２０７、２９５−２９８及び３１３−３１６の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸３５−５４、７５−９７、１２６−１４６、１８５−２０４、３３３−３５０及び３５３−３７１の推定膜貫通ドメインを含む。
Ｆｉｇ１１１（配列番号：１７７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１１５アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０５３９４７＿７９， Ｓ７３６９８， ＣＥＣ４７Ａ１０＿４， ＣＣＯＭＴＮＤＳ５Ｇ＿１， ＨＳ４ＬＭＰ２ＡＣ＿１， ＬＭＰ２＿ＥＢＶ， ＰＡ２４＿ＭＯＵＳＥ， ＨＣＵ３３３３１＿７， Ｐ−Ｗ０５５０８， 及びＡＦ００２２７３＿１との間の或る程度の配列同一性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５６８６８−１４７８は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２４が付与されている。
【０４２９】
実施例４７：ヒトＰＲＯ１２７７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、実施例１に記載したように、ＢＬＡＳＴ及びプログラム「ｐｈｒａｐ」の繰り返しサイクルを用いて他のＥＳＴ配列に対して作成した。組立からの一又は複数のＥＳＴは疾患冠状動脈組織から誘導した。得られたコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ４９４３４」と命名する。
ＤＮＡ４９４３４コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３０４２６０５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３０４２６０５を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１１２（配列番号：１７８）に示した。
クローンＤＮＡ５６８６９−１５４５は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１８８−１９０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置２２２２−２２２４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１１２）。予測されるポリペプチド前駆体は６７８アミノ酸長である（Ｆｉｇ１１３）。Ｆｉｇ１１３に示した全長ＰＲＯ１２７７タンパク質は、約７３，９３０ダルトンの見積もられた分子量及び約９．４８のｐＩを有する。さらなる特徴は、約アミノ酸１−２６のシグナルペプチド；約アミノ酸１８１−２００の膜貫通ドメイン；及び約アミノ酸３９０−３９３及び５２０−５２３の潜在的Ｎ−グリコシル化部位を含む。
Ｆｉｇ１１３（配列番号：１７９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１２７７アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列番号ＡＦ０１２２５２＿１との間の有意な相同性が明らかになった。相同性は、ＰＲＯ１２７７アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ００６７４０＿１， ＣＡ３６＿ＨＵＭＡＮ， ＨＳＵ１＿１， ＨＵＭＣＯＬ７Ａ１Ｘ＿１， ＣＡ１７＿ＨＵＭＡＮ， ＭＭＺ７８１６３＿１， ＣＡＭＡ＿ＣＨＩＣＫ， ＨＳＵ６９２６３＿１， ＹＮＸ３＿ＣＡＥＥＬ及びＭＭＲＮＡＭ３＿１との間にも見られた。
クローンＤＮＡ５６８６９−１５４５はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６１が付与されている。
【０４３０】
実施例４８：ヒトＰＲＯ１１３５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５２７６７と命名する。ＤＮＡ５２７６７コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１１３５のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡをＤＮＡ５２７６７配列に基づいて調製したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅することによりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及び対の一方を用いてＰＲＯ１１３５遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト冠状動脈平滑筋組織（ＬＩＢ３０９）から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１１３５の全長ＤＮＡ配列［ここでＤＮＡ５６８７０−１４９２と命名する（配列番号：１８０）］及びＰＲＯ１１３５の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ５６８７０−１４９２の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１１４（配列番号：１８０）に示す。クローンＤＮＡ５６８７０−１４９２は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置６２−６４に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置１６８５−１６８７に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１１４）。予測されるポリペプチド前駆体は５４１アミノ酸長である（Ｆｉｇ１１５）。Ｆｉｇ１１５に示した全長ＰＲＯ１１３５配列は、約６０，３３５ダルトンの見積もられた分子量及び約５．２６のｐＩを有する。Ｆｉｇ１１５（配列番号：１８１）に示した全長ＰＲＯ１１３５配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２１のシグナルペプチド；約アミノ酸５３〜約アミノ酸５６、約アミノ酸７５〜約アミノ酸７８、約アミノ酸２５２〜約アミノ酸２５５及び約アミノ酸４１３〜約アミノ酸４１６の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸３９９〜約アミノ酸４１４のグリコシルヒドロラーゼファミリー３５タンパク質と相同性を持つアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ５６８７０−１４９２は１９９８年６月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９２５が付与されている。
全長ＰＲＯ１１３５のアミノ酸配列の分析は、アルファ１，２−マンノシダーゼタンパク質と有意な配列類似性をもつことを示唆し、それによりＰＲＯ１１３５が新規なグリピカンタンパク質であることを示したいる。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１３５アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＤＭＣ８６Ｅ４＿５， Ｄ８６９６７＿１， ＳＰＡＣ２３Ａ１＿４， ＹＨ０４＿ＹＥＡＳＴ， Ｂ５４４０８， ＳＳＭＡＮ９ＭＡＮ＿１， ＣＥＺＣ４１０＿４， Ｓ６１６３１及びＭＳＵ１４１９０＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４３１】
実施例４９：ヒトＰＲＯ１１１４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例２（ヒト胎児肺ライブラリ）に記載したアミラーゼスクリーニングで単離したｃＤＮＡ配列を、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメントコンピュータプログラムにより、他の公知のインターフェロンレセプターと或る配列同一性を持つことを見出した。このｃＤＮＡ配列を、ここでＤＮＡ４８４６６と命名してＦｉｇ１１８（配列番号：１８４）に示す。ＤＮＡ４８４６６分子から配列同一性に基づいてプローブを作成し、上記実施例２のパラグラフ１に記載したように調製したヒト乳癌（ＬＩＢ１３５）ライブラリのスクリーニングに使用した。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂであり（ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１））、ｃＤＮＡサイズ切断は２８００ｂｐ未満であった。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＧＧＣＴＴＣＧＣＴＧＣＧＡＣＴＡＧＡＣＣＴＣ−３’（配列番号：１８５）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＣＡＧＧＴＣＧＧＧＴＡＡＧＧＡＴＧＧＴＴＧＡＧ−３’（配列番号：１８６）
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＴＴＴＣＴＡＣＧＣＡＴＴＧＡＴＴＣＣＡＴＧＴＴＴＧＣＴＣＡＣＡＧＡＴＧＡＡＧＴＧＧＣＣＡＴＴＣＴＧＣ−３’（配列番号：１８７）
全長クローンが同定され、それは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２５０−２５２に見かけの翻訳開始部位、及びヌクレオチド位置１１８３−１１８５の停止シグナルを持つ（Ｆｉｇ１１６；配列番号：１８２）。予測されるポリペプチド前駆体は３１１アミノ酸長であり、約３５，０７６ダルトンの計算された分子量及び約５．０４の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）に示すＰＲＯ１１１４配列の分析により以下の存在が明らかとなった：約アミノ酸１〜約アミノ酸２９のシグナルペプチド、約アミノ酸２３０〜約アミノ酸２５５の膜貫通ドメイン、約アミノ酸４０〜約アミノ酸４３及び約アミノ酸１３４〜約アミノ酸１３７の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸９２〜約アミノ酸１１９の組織因子タンパク質と相同性を持つアミノ酸配列ブロック、及び約アミノ酸２３２〜約アミノ酸２６２のインテグリンアルファ鎖タンパク質と相同性を持つアミノ酸配列ブロック。クローンＤＮＡ５７０３３−１４０３は１９９８年５月２７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９０５が付与されている。
Ｆｉｇ１１７（配列番号：１８３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１１４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｇ０１４１８， ＩＮＲ１＿ＭＯＵＳＥ， Ｐ＿Ｒ７１０３５， ＩＮＧＳ＿ＨＵＭＡＮ， Ａ２６５９５＿１， Ａ２６５９３＿１， Ｉ５６２１５及びＴＦ＿ＨＵＭＡＮとの間の有意な相同性が明らかになった。
【０４３２】
実施例５０：ヒトＰＲＯ８２８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を上記実施例１に記載した方法を用いて作成した。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ３５７１７と命名する。ＤＮＡ３５７１７コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ８２８のコード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＣＡＧＧＡＣＴＴＣＴＡＣＧＡＣＴＴＣＡＡＧＧＣ−３’（配列番号：１９０）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＧＴＣＴＧＧＧＣＣＡＧＧＴＡＣＴＴＧＡＡＧＧＣ−３’（配列番号：１９１）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３５７１７配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＣＡＡＣＡＴＣＣＧＧＧＧＣＡＡＡＣＴＧＧＴＧＴＣＧＣＴＧＧＡＧＡＡＧＴＡＣＣＧＣＧＧＡＴＣＧＧＴＧＴ−３’（配列番号：１９２）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ８２８遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児肺組織（ＬＩＢ２５）から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ８２８の全長ＤＮＡ配列［ここでＤＮＡ５７０３７−１４４４と命名される］（Ｆｉｇ１８８）及びＰＲＯ８２８の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ８２８の全コード化配列をＦｉｇ１１９（配列番号：１８８）に示す。クローンＤＮＡ５７０３７−１４４４は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３４−３６に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置５９５−５９７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１１９）。予測されるポリペプチド前駆体は１８７アミノ酸長である（Ｆｉｇ１２０）。Ｆｉｇ１２０に示した全長ＰＲＯ８２８タンパク質は約２０，９９６ダルトンの見積もられた分子量及び約８．６２のｐＩを有する。Ｆｉｇ１２０（配列番号：１８９）に示した全長ＰＲＯ８２８配列の分析により、以下のものの存在が明らかとなった：約アミノ酸１−２１のシグナルペプチド；約アミノ酸８２−８９のグルタチオンペルオキシダーゼシグネーチャー２との配列同一性；約アミノ酸３５−６０、６３−１００、１０７−１３４及び１３８−１５９のグルタチオンペルオキシダーゼセレノシステインタンパク質との配列同一性。クローンＤＮＡ５７０３７−１４４４は１９９８年５月２７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９０３が付与されている。
全長ＰＲＯ８２８ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、グルタチオンペルオキシダーゼと有意な配列類似性を持つことを示唆し、それによりＰＲＯ８２８は新規なペルオキシダーゼ酵素であることを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８２８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０５３３１１＿１， ＣＥＬＴ０９Ａ１２＿２， ＡＣ００４１５１＿３， ＢＴＵＥ＿ＥＣＯＬＩ， ＣＥＲ０５Ｈ１０＿３， Ｐ＿Ｐ８０９１８， ＰＷＵ８８９０７＿１， 及びＰ＿Ｗ２２３０８との間の配列同一性が明らかになった。
【０４３３】
実施例５１：ヒトＰＲＯ１００９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
天然ヒトＰＲＯ１００９をコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７１２９−１４１３）を、好ましくは一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を代表するＳＫ−Ｌｕ−１腺癌細胞系ｃＤＮＡライブラリにおいて、酵母スクリーニングを用いて同定した。最初に配列番号：１９５（Ｆｉｇ１２３）を同定し、それを他のＥＳＴ配列に対するアラインメントにより伸長してコンセンサス配列を形成した、コンセンサス配列に基づくオリゴヌクレオチドプローブを合成し、全長ＤＮＡ５７１２９−１４１３クローンをもたらすｃＤＮＡライブラリのスクリーニングに使用した。
Ｆｉｇ１２１に示す全長ＤＮＡ５７１２９−１４１３クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４１−４３に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置１８８６−１８８８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１２１；配列番号：１９３）。予測されるポリペプチド前駆体は６１５アミノ酸長である（Ｆｉｇ１２２、配列番号：１９４）。Ｆｉｇ１２２は、シグナル配列、膜貫通ドメイン、ミリストイル化部位、グリコシル化部位及びＡＭＰ結合ドメインのおよその位置も示している。ＰＲＯ１００９は約６８，１２５ダルトンの計算された分子量及び約７．８２の見積もられたｐＩを有する。クローンＤＮＡ５７１２９−１４１３はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７７が付与されている。寄託されたクローンは、実際の正しい配列を有し、ここでの提示は微量の通常の配列誤差を含みうると理解される。
全長配列の（ＡＬＩＧＮコンピュータプログラムを用いた）ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析に基づき、ＰＲＯ１００９は、少なくともＤａｙｈｏｆｆデータベーで以下のように称される以下のタンパク質と配列同一性を有することが示された：Ｆ６９８９３， ＣＥＦ２８Ｆ８＿２， ＢＳＹ１３９１７＿７， ＢＳＹ１３９１７＿７， Ｄ６９１８７， Ｄ６９６４９， ＸＣＲＰＥＢ＿１， Ｅ６４９９２８， ＹＤＩＤ＿ＥＣＯＬＩ， ＢＮＡＣＳＦ８＿１及びＲＰＵ７５３６３＿２。
【０４３４】
実施例５２：ヒトＰＲＯ１００７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に対してｐｈｒａｐを用いて作成した。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ４０６７１と命名する。
ＤＮＡ４０６７１コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｔ７０５１３に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＴ７０５１３を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１２４に示す。
ＤＮＡ５７６９０−１３７４の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１２４（配列番号：１９６）に示す。クローンＤＮＡ５７６９０−１３７４は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１６−１８に見かけの翻訳開始部位及びヌクレオチド位置１０５４−１０５６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１２４）。予測されるポリペプチド前駆体は３４６アミノ酸長である（Ｆｉｇ１２５）。Ｆｉｇ１２５に示す全長ＰＲＯ１００７タンパク質は約３５，９１７ダルトンの見積もられた分子量及び約８．１７のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５７６９０−１３７４は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託されている。配列について、寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。ここでの代表的な図面は代表的な番号付けを示す。
全長ＰＲＯ１００７ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、その一部がＭＡＧＰＩＡＰと配列同一性を有することが示唆され、それによりＰＲＯ１００７がＭＡＧＰＩＡＰが属するファミリーの新規なメンバーであることを示している。
配列番号：１９７のアミノ酸配列のさらなる分析により、推定シグナルペプチドは配列番号：１９７の約アミノ酸１−３０である。膜貫通ドメインは配列番号：１９７のおよそアミノ酸３２５−３４６である。Ｎ−グリコシル化部位は、配列番号：１９７のおよそアミノ酸１１８−１２１、１２９−１３２、１３６−１６６、１７６−１７９、１８３−１８６及び２２７−１３０である。Ｌｙ−６／ｕ−Ｐａｒドメインタンパク質相同性は配列番号：１９７のおよそアミノ酸１７−３６及び２０９−２２２である。対応するヌクレオチドは、ここに提供された配列が与えられれば日常的に決定できる。
【０４３５】
実施例５３：ヒトＰＲＯ１０５６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、ここで６４２５と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７３６と命名する。
ＤＮＡ５５７３６コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｒ８８０４９に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号Ｒ８８０４９を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１２６に示し、ここでＤＮＡ５７６９３−１４２４と命名する。
クローンＤＮＡ５７６９３−１４２４は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置５６−５８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４１６−４１８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１２６）。予測されるポリペプチド前駆体は１２０アミノ酸長である（Ｆｉｇ１２７）。Ｆｉｇ１２７に示す全長ＰＲＯ１０５６タンパク質は、約１３，３４５の見積もられた分子量及び約５．１８のｐＩを有する。Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）に示した全長ＰＲＯ１０５６配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸１８のシグナルペプチド、約アミノ酸３９〜約アミノ酸５８の膜貫通ドメイン、約アミノ酸８６〜約アミノ酸８９の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸３６〜約アミノ酸３８及び約アミノ酸５８〜約アミノ酸６０のタンパク質キナーゼＣリン酸化部位、約アミノ酸２５〜約アミノ酸３２のチロシンキナーゼリン酸化部位、及び約アミノ酸２４〜約アミノ酸５６のチャンネル形成コリシンタンパク質に対して相同性を持つアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ５７６９３−１４２４は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００８が付与されている。
Ｆｉｇ１２７（配列番号：１９９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１０５６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＰＬＭ＿ＨＵＭＡＮ， Ａ４０５３， ＡＴＮＧ＿ＨＵＭＡＮ， Ａ５５５７１， ＡＴＮＧ＿ＳＨＥＥＰ， Ｓ３１５２４， ＧＥＮ１３０２５， ＲＩＣ＿ＭＯＵＳＥ， Ａ４８６７８及びＡ１０８７１＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４３６】
実施例５４：ヒトＰＲＯ８２６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、４７２８３と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６０００と命名する。
ＤＮＡ５６０００コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｗ６９２３３に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号Ｗ６９２３３を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１２８に示し、ここでＤＮＡ５７６９４−１３４１と命名する。
クローンＤＮＡ５７６９４−１３４１は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１３−１５に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置３１０−３１２の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１２８）。予測されるポリペプチド前駆体は９９アミノ酸長である（Ｆｉｇ１２９）。Ｆｉｇ１２９に示す全長ＰＲＯ８２６タンパク質は、約１１，０５０の見積もられた分子量及び約７．４７のｐＩを有する。Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）に示した全長ＰＲＯ８２６配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２２のシグナルペプチド、約アミノ酸２２〜約アミノ酸２７及び約アミノ酸９０〜約アミノ酸９５の潜在的Ｎ−ミリストイル化部位、約アミノ酸１６〜約アミノ酸４８のペルオキシダーゼに相同性を有するアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ５７６９４−１３４１は１９９８年６月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１７が付与されている。
Ｆｉｇ１２９（配列番号：２０１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８２６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＣＵ１２３１５＿１， ＳＣＵ９６１０８＿６， ＣＥＬＦ３９Ｆ１０＿４及びＨＥＬＴ＿ＨＥＬＨＯとの間の有意な相同性が明らかになった。
【０４３７】
実施例５５：ヒトＰＲＯ８１９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、４９６０５と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６０１５と命名する。
ＤＮＡ５６０１５コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ６５７８５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号Ｈ６５７８５を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１３０に示し、ここでＤＮＡ５７６９５−１３４０と命名する。
クローンＤＮＡ５７６９５−１３４０は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４６−４８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置２０２−２０４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１３０）。予測されるポリペプチド前駆体は５２アミノ酸長である（Ｆｉｇ１３１）。Ｆｉｇ１３１に示す全長ＰＲＯ８１９タンパク質は、約５，２１６の見積もられた分子量及び約４．６７のｐＩを有する。Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）に示した全長ＰＲＯ８１９配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２４のシグナルペプチド、約アミノ酸２〜約アミノ酸７の潜在的Ｎ−ミリストイル化部位、及び約アミノ酸５〜約アミノ酸３３の免疫グロブリン軽鎖に相同性を有する領域。クローンＤＮＡ１５６９５−１３４０は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００６が付与されている。
Ｆｉｇ１３１（配列番号：２０３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８１９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＨＳＵ０３８９９＿１， ＨＵＭＩＧＬＩＴＥＢ＿１， ＶＧ２８＿ＨＳＶＳＡ， ＡＦ３１５２２＿１， ＰＡＤ１＿ＹＥＡＳＴ及びＡＦ０４５４８４＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４３８】
実施例５６：ヒトＰＲＯ１００６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムを使用して、Ｉｎｃｙｔｅクラスター配列番号４５７４８から最初の候補配列を同定した。次いでこの配列を、種々の公的データベース及びＩｎｃｙｔｅＥＳＴ配列と比較して、ここでＤＮＡ５６０３６と称されるコンセンサス配列を同定した。
ＤＮＡ５６０３６コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号４８９７３７に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号４８９７３７を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１３２に示す。
ＤＮＡ５７６９９−１４１２の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１３２（配列番号：２０４）に示す。クローンＤＮＡ５７６９９−１４１２は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２８−３０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１２０４−１２０６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１３２）。予測されるポリペプチド前駆体は３９２アミノ酸長である（Ｆｉｇ１３３）。Ｆｉｇ１３３に示す全長ＰＲＯ１００６タンパク質は、約４６，１８９の見積もられた分子量及び約９．０４のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５７６９９−１４１２はＡＴＣＣに寄託されている。配列について、寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：２０５のアミノ酸配列のさらなる分析により、推定シグナルペプチドは配列番号：２０５の約アミノ酸１−２３であるＮ−グリコシル化部位は配列番号：２０５のおよそアミノ酸４０−４３、５３−５６、２０４−２０７及び３７３−３７６である。Ｎ−ミリストイル化部位は、配列番号：２０５のおよそアミノ酸２７３−２７８である。対応するヌクレオチドは、ここに提供された配列が与えられれば日常的に決定できる。
【０４３９】
実施例５７：ヒトＰＲＯ１１１２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により特定のＥＳｔクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６０１８と命名する。
ＤＮＡ５６０１８コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号ＡＡ２２３５４６に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号ＡＡ２２３５４６を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１３４に示し、ここでＤＮＡ５７７０２−１４７６と命名する。
ＤＮＡ５７７０２−１４７６の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１３４（配列番号：２０６）に示す。クローンＤＮＡ５７７０２−１４７６は単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：２０６のヌクレオチド位置２０−２２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置８０６−８０８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１３４）。予測されるポリペプチド前駆体は２６２アミノ酸長である（Ｆｉｇ１３５）。Ｆｉｇ１３５に示す全長ＰＲＯ１１１２タンパク質は、約２９，３７９の見積もられた分子量及び約８．９３のｐＩを有する。またＦｉｇ１３５はシグナルペプチド及び膜貫通ドメインのおよその位置も示す。クローンＤＮＡ５７７０２−１４７６は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託されている。寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
全長ＰＲＯ１１１２ポリペプチドのアミノ酸分析により、他のタンパク質との或る程度の相同性が示唆された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１１２アミノ酸配列と少なくとも以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＴＹ２０Ｂ１１＿１３（微生物結核ペプチド）， Ｆ６４４７１， ＡＥ０００６９０＿６， ＸＬＵ１６３６４＿１， Ｅ４３２５９（Ｈ＋−トランスポートＡＴＰ合成酵素）及びＰＩＧＳＬＡＤＲＸＥ＿１（ＭＨＣクラスＩＩ組織適合性抗原）との間の或る程度の配列同一性が明らかになった。
【０４４０】
実施例５８：ヒトＰＲＯ１０７４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列（Ｉｎｃｙｔｅクラスター配列番号４２５８６）の同定が可能となった。次いでこのクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６２５１と命名する。
ＤＮＡ５６２５１コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号ＡＡ０８１９１２に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号ＡＡ０８１９１２を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１３６に示し、ＰＲＯ１０７４に対する全長ＤＮＡ配列である。クローンＤＮＡ５７７０４−１４５２は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５３が付与されている。
ＤＮＡ５７７０４−１４５２の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ１３６（配列番号：２０８）に示す。クローンＤＮＡ５７７０４−１４５２は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３２２−３２４に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１３１５−１３１７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１３６）。予測されるポリペプチド前駆体は３３１アミノ酸長である（Ｆｉｇ１３７）。Ｆｉｇ１３７に示す全長ＰＲＯ１０７４タンパク質は、約３９，５１２の見積もられた分子量及び約８．０３のｐＩを有する。Ｆｉｇ１３７（配列番号：２０９）に示した全長ＰＲＯ１０７４配列の分析は、以下の特徴の存在を明らかにした：約アミノ酸２０−３９の膜貫通ドメイン；約アミノ７２−７５、１５４−１５７、１９８−２０１、２１２−２１５及び３２６−３２９の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸２３９−２４２のグリコサミノグリカン結合部位、及び約アミノ酸２３−３６のＬｙ−６／ｕ−ＰＡＲドメイン。
全長ＰＲＯ１０７４ポリペプチドのアミノ酸分析により、ベータ１，３−ガラクトシルトランスフェラーゼとの有意な配列類似性が示唆され、ＰＲＯ１０７４がガラクトシルトランスフェラーゼファミリーのタンパク質の新規なメンバーであることが示された。
他のタンパク質との或る程度の相同性が示唆された。Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた全長ＰＲＯ１０７４ポリペプチドの分析により、ＰＲＯ１０７４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０２９７９２＿１， Ｐ＿Ｒ５７４３３， ＤＭＵ４１４４９＿１， ＡＣ０００３４８＿１４， Ｐ＿Ｒ４７４７９， ＣＥＴ０９Ｆ５＿２， ＣＥＦ１４Ｂ６＿４， ＣＥＴ１５Ｄ６＿５， ＣＥＣ５４Ｃ８＿４， 及びＣＥＥ０３Ｈ４＿１０との間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５７７０４−１４５２は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５３が付与されている。
【０４４１】
実施例５９：ヒトＰＲＯ１００５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベースからのＥＳＴクラスター配列、Ｉｎｃｙｔｅクラスター配列番号４９２４３の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６３８０と命名する。
ＤＮＡ５６３８０コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号ＡＡ２５６６５７に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号ＡＡ２５６６５７を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１３８に示し、ここでＤＮＡ５７７０８−１４１１と命名する。
Ｆｉｇ１３８に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３０−３２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置５８５−５８７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１３８；配列番号：２１０）。予測されるポリペプチド前駆体は１８５アミノ酸長である（Ｆｉｇ１３９；配列番号：２１１）。ＰＲＯ１００５タンパク質は、約２０，３３１の計算された分子量及び約５．８５の見積もられたｐＩを有する。クローンＤＮＡ５７７０８−１４１１は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０２１が付与されている。
Ｆｉｇ１３９（配列番号：２１１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１００５アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＤＤＵ０７１８７＿１， ＤＤＵ８７９１２＿１， ＣＥＬＤ１００７＿１４， Ａ４２２３９， ＤＤＵ４２５９７＿１， ＣＹＡＧ＿ＤＩＣＤＩ， Ｓ５０４５２， ＭＲＫＣ＿ＫＬＥＰＮ， Ｐ−Ｒ４１９９８， 及びＸＹＮＡ＿ＲＵＭＦＬとの間の或る程度の相同性が明らかになった。
【０４４２】
実施例６０：ヒトＰＲＯ１０７３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ここでＤＮＡ５５９３８と命名されＦｉｇ１４２（配列番号：２１４）に示す最初のＤＮＡ配列を、一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優勢に示すヒトＳＫ−Ｌｕ−１肉芽腫細胞系ｃＤＮＡライブラリにおいて、酵母スクリーニングを使用して同定した。次いでＤＮＡ５５９３８を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）からのＥＳＴｓと、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて比較した。ＥＳＴｓは、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４１１と命名する。
ＤＮＡ５６４１１コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ８６０２７に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＨ８６０２７を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１４０に示た。
Ｆｉｇ１４０に示した全長ＤＮＡ５７７１０−１４５１クロンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３４５−３４７に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１２１４−１２４４に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１４０；配列番号：２１２）。予測されるポリペプチド前駆体は２９９アミノ酸長である（Ｆｉｇ１４１；配列番号：２１３）。ＰＲＯ１０７３は、約３４，６８９の計算された分子量及び約１１．４９の見積もられたｐＩを有する。ＰＲＯ１１７３配列は以下のさらなる特徴を持つ：約アミノ酸１０３１のシグナルペプチド、約アミノ酸のｂＺＩＰ転写因子塩基性ドメインシグネーチャーに対する配列同一性、約アミノ酸２−５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸１５８−１８３のプロタミンＰ１タンパク質に対する配列同一性。
Ｆｉｇ１４１（配列番号：２１３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１０７３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＭＵ３７３５１＿１， ＡＴＡＣ００２５０５１０Ｔ９Ｊ２２．１０， Ｓ５９０４３， ＥＮＸＮＵＰＲ＿１， Ｂ４３２８， ＳＲ５５＿ＤＲＯＭＥ， Ｓ２６６５０， ＳＯＮ＿ＨＵＭＡＮ， ＶＩＴ２＿ＣＨＩＣＫ， 及びＸＬＣ４ＳＲＰＲＴ＿１との間の或る程度の配列同一性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５７７１０−１４５１は１９９８年６月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４８が付与されている。
【０４４３】
実施例６１：ヒトＰＲＯ１１５２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
天然ヒトＰＲＯ１１５２ポリペプチドをコードするｃＤＮＡクローン（ＤＮＡ５７７１１−１５０１）を、一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優勢に示すヒト乳児脳ｃＤＮＡライブラリにおいて、酵母スクリーニングを使用して同定した。特に、酵母スクリーニングは、ここでＤＮＡ５５８０７（配列番号：２１７；Ｆｉｇ１４５参照）と命名されるｃＤＮＡを同定するのに用いた。
ＤＮＡ５５８０７配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｒ５６７５６に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＲ５６７５６を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１４３に示す。
Ｆｉｇ１４３に示した全長ＤＮＡ５７７１１−１５０１クロンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置５８−６０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１４９５−１４９７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１４３）。予測されるポリペプチド前駆体は４７９アミノ酸長である（Ｆｉｇ１４４）。Ｆｉｇ１４４に示したＰＲＯ１１５２タンパク質は、約５３，６０２の見積もられた分子量及び約８．８２のｐＩを有する。Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）に示した全長ＰＲＯ１１５２配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２８のシグナル配列、約アミノ酸１３３〜約アミノ酸１５５、約アミノ酸１６８〜約アミノ酸１８７、約アミノ酸２２９〜約アミノ酸２４７、約アミノ酸２６４〜約アミノ酸２８５、約アミノ酸３０９〜約アミノ酸３３０、約アミノ酸３７１〜約アミノ酸３９０及び約アミノ酸４４１〜約アミノ酸４６４の膜貫通ドメイン、約アミノ酸３４〜約アミノ酸３７及び約アミノ酸３８７〜約アミノ酸３９０の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸２４３〜約アミノ酸２８７の呼吸鎖ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼサブユニットと相同性を持つアミノ酸配列ブロック。クローンＤＮＡ５７７１１−１５０１は１９９８年６月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４７が付与されている。
Ｆｉｇ１４４（配列番号：２１６）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１５２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０５２２３９＿１， ＳＹＮＮ９ＣＧＡ＿１， ＳＦＣＹＴＢ＿１， ＧＥＮ１２５０７， Ｐ＿Ｒ１１７６９， ＭＴＶ０２５＿１０９， Ｃ６１１６８， Ｓ４３１７１， Ｐ＿Ｐ６１６８９及びＰ＿Ｐ６１６９６との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４４４】
実施例６２：ヒトＰＲＯ１１３６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの、ここで１０９１４２と命名されるＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６０３９と命名する。
ＤＮＡ５６０３９コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号ＨＳＣ１ＮＦ０１１に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＨＳＣ１ＮＦ０１１を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１４６に示し、ここでＤＮＡ５７８２７−１４９３と命名する。
クローンＤＮＡ５７８２７−１４９３は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２１６−２１８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置２１１２−２１１４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１４６）。予測されるポリペプチド前駆体は６３２アミノ酸長である（Ｆｉｇ１４７）。Ｆｉｇ１４７に示す全長ＰＲＯ１１３６タンパク質は、約６９，６４３の見積もられた分子量及び約８．５のｐＩを有する。Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）に示した全長ＰＲＯ１１３６配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸１５のシグナルペプチド、約アミノ酸１０８〜約アミノ酸１１、約アミノ酸１５７〜約アミノ酸１６０、２８９〜約アミノ酸２９２及び約アミノ酸３８４〜約アミノ酸３８７の潜在的Ｎ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ５７８２７−１４９３は１９９８年６月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４５が付与されている。
Ｆｉｇ１４７（配列番号：２１９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１３６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０３４７４５＿１， ＭＭＡＦ０００１６８＿１９， ＨＳＭＵＰＰ１＿１， ＡＦ０６０５３９＿１， ＳＰ９７＿ＲＡＴ， Ｉ３８７５７＆ｌｔ； ＭＭＵ９３３０９＿１， ＣＥＫ０１Ａ６＿４及びＨＳＡ２２４７４７＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４４５】
実施例６３：ヒトＰＲＯ８１３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列（ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列番号４５５０１）の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列番号４５５０１を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４００と命名する。
ＤＮＡ５６４００コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｔ９０５９２に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号Ｔ９０５９２を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１４８に示し、ここでＤＮＡ５７８３４−１３３９と命名する。
Ｆｉｇ１４８に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１０９−１１１に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置６３７−６３９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１４９；配列番号：２２１）。予測されるポリペプチド前駆体は１７６アミノ酸長であり、約１９，６１６の計算された分子量及び約７．１１の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１４９（配列番号：２２１）に示した全長ＰＲＯ８１３配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２６のシグナルペプチド、約アミノ酸４８〜約アミノ酸５３、約アミノ酸１５３〜約アミノ酸１５８、１５６〜約アミノ酸１６１及び約アミノ酸１６７〜約アミノ酸１７２の潜在的Ｎ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ５７８３４−１３３９は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５４が付与されている。
全長ＰＲＯ８１３ポリペプチドのアミノ酸分析により、複数の表面関連プロテインＣと配列同一性を有することが示唆された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８１３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＰＳＰＣ＿ＭＵＳＶＩ， Ｐ＿Ｐ９２０７１， Ｇ０２９６４， Ｐ＿Ｒ６５４８９＆ｌｔ； Ｐ＿Ｐ８２９７７， Ｐ＿Ｒ８４５５５， Ｓ５５５４２， ＭＵＳＩＧＨＡＪ＿１及びＰＨ１１５８との間の或る程度の相同性が明らかになった。
【０４４６】
実施例６４：ヒトＰＲＯ８０９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４１８と命名する。
ＤＮＡ５６４１８コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ７４３０２に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号Ｈ７４３０２を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１５０に示し、ここでＤＮＡ５７８３６−１３３８と命名する。
ＤＮＡ５７８３６−１３３８の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ１５０（配列番号：２２２）に示す。クローンＤＮＡ５７８３６−１３３８は単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：２２２のヌクレオチド位置６３−６５に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置８５８−８６０の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１５０）。予測されるポリペプチド前駆体は２６５アミノ酸長である（Ｆｉｇ１５１）。Ｆｉｇ１５１に示す全長ＰＲＯ８０９タンパク質は約２９，０６１の見積もられた分子量及び約９．１８のｐＩを有する。Ｆｉｇ１５１はシグナルペプチド及びＮ−グリコシル化部位のおよその位置も示す。対応するヌクレオチドは、Ｆｉｇ１５０を参照して容易に決定できる。クローンＤＮＡ５７８３６−１３３８は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託された。配列について、寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
全長ＰＲＯ８０９ポリペプチドのアミノ酸配列分析により、ヘパリン表面プロテオグリカン及び内皮細胞接着因子−１と或る程度の配列相同性を有することが示唆された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８０９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＰＧＢＭ＿ＭＯＵＳＥ， Ｄ８２０８２＿１及びＰＷ１４１５８との間の配列同一性が明らかになった。
【０４４７】
実施例６５：ヒトＰＲＯ７９１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４２９と命名する。
ＤＮＡ５６４２９コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号３６３６７に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローン番号３６３６７を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１５２に示し、ここでＤＮＡ５７８３８−１３３７と命名する。
ＤＮＡ５７８３８−１３３７の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ１５２（配列番号：２２４）に示す。クローンＤＮＡ５７８３８−１３３７は単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：２２４のヌクレオチド位置９−１１に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置７４７−７４９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１５２）。予測されるポリペプチド前駆体は２４６アミノ酸長である（Ｆｉｇ１５３）。Ｆｉｇ１５３に示す全長ＰＲＯ７９１タンパク質は約２７，３６８の見積もられた分子量及び約７．４５のｐＩを有する。Ｆｉｇ１５３はシグナルペプチド、膜貫通ドメイン及びＮ−グリコシル化部位及び細胞外タンパク質に保存される領域のおよその位置も示す。対応するヌクレオチドは、Ｆｉｇ１５２を参照してここに提供する一実施態様である。クローンＤＮＡ５７８３８−１３３７は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託された。配列について、寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
全長ＰＲＯ７９１ポリペプチドのアミノ酸配列分析により、ＭＨＣ−Ｉ抗原と配列類似性を有することが示唆され、ＰＲＯがＭＨＣ−Ｉ抗原に関連することが示された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ７９１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０３４３４６＿１， ＭＭＱ１Ｋ５＿１及びＨＦＥ＿ＨＵＭＡＮとの間の或る程度の配列同一性が明らかになった。
【０４４８】
実施例６６：ヒトＰＲＯ１００４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列、Ｉｎｃｙｔｅクラスター配列番号７３６８１の同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６５１６と命名する。
ＤＮＡ５６５１６コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｈ４３８３７に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＨ４３８３７を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１５４に示す。
Ｆｉｇ１５４に示す全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１１９−１２１に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４６４−４６６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１５４；配列番号：２２６）。予測されるポリペプチド前駆体は１１５アミノ酸長である（Ｆｉｇ１５５；配列番号：２２７）。Ｆｉｇ１５５に示す全長ＰＲＯ１００４タンパク質は、約１３，６４９の見積もられた分子量及び約９．５８のｐＩを有する。Ｆｉｇ１５５（配列番号：２２７）に示した全長ＰＲＯ１００４配列の分析は、以下の特徴の存在を明らかにした：約アミノ酸１１３−１１５の微小体Ｃ末端標的化シグナル、約アミノ酸７１−７４の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸２２−４８のジヒドロフォレートレダクターゼタンパク質と配列同一性を持つドメイン。
全長ＰＲＯ１００４ポリペプチドのアミノ酸配列の、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた分析により、ＰＲＯ１００４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＬＲ０２Ｄ３＿７， ＬＥＣＩ＿ＭＯＵＳＥ， ＡＦ０６６９１， ＳＳＺ９７３９０， ＳＳＺ９７３９５＿１， 及びＳＳＺ９７４００＿１との間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５７８４４−１４１０は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１０が付与されている。
【０４４９】
実施例６７：ヒトＰＲＯ１１１１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を検索し、インシュリン様成長因子結合タンパク質と相同性を持つＥＳＴを同定した。
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児脳から単離した。ＰＲＯ１１１１をコードするｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
（上記のように調製した）ヒト胎児脳ｃＤＮＡライブラリを、上記のＩｎｃｙｔｅＥＳＴ配列に基づく合成オリゴヌクレオチドプローブ：
５’−ＣＣＡＣＣＡＣＣＴＧＧＡＧＧＴＣＣＴＧＣＡＧＴＴＧＧＧＣＡＧＧＡＡＣＴＣＣＡＴＣＣＧＧＣＡＧＡＴＴＧ−３’ （配列番号：２５１）
でのハイブリッド形成によりスクリーニングした。
同定したｃＤＮＡクローンは全体を配列決定した。ＰＲＯ１１１１の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１５６（配列番号：２２８）に示す。クローンＤＮＡ５８７２１−１４７５は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置５７−５９に見かけの翻訳開始部位及びヌクレオチド位置２０１６−２０１８の停止コドンを持つ（Ｆｉｇ１５６；配列番号：２２８）。予測されるポリペプチド前駆体は６５３アミノ酸長である（Ｆｉｇ１５７）。膜貫通ドメインは位置２１−４０（ＩＩ型）及び５２８−５４８である。クローンＤＮＡ５８７２１−１４７５はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１０が付与されている。Ｆｉｇ１５７に示した全長ＰＲＯ１１１１タンパク質は約７２，７１７ダルトンの見積もられた分子量及び約６．９９のｐＩを有する。
Ｆｉｇ１５７（配列番号：２２９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１１１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ａ５８５３２， Ｄ８６９８３＿１， ＲＮＰＬＧＰＶ＿Ｖ， ＰＧＳ２＿ＨＵＭＡＮ， ＡＦ０３８１２７＿１， ＡＬＳ＿ＭＯＵＳＥ， ＧＰＶ＿ＨＵＭＡＮ， ＰＧＳ２＿ＢＯＶＩＮ， ＡＬＳ＿ＰＡＰＰＡ及びＩ１４７０２０との間の或る程度の配列同一性が明らかになった。
【０４５０】
実施例６８：ヒトＰＲＯ１３４４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上記実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対して作成した。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ３３７９０と命名する。ＤＮＡ３３７９０配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１３４４の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＧＧＴＴＣＧＴＧＡＴＧＧＡＧＡＣＡＡＣＣＧＣＧ−３’（配列番号：２３２）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＧＴＣＡＡＧＧＡＣＧＣＡＣＴＧＣＣＧＴＣＡＴＧ−３’（配列番号：２３３）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ３３７９０配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＴＧＧＣＣＡＧＡＴＣＡＴＣＡＡＧＣＧＴＧＴＣＴＧＴＧＧＣＡＡＣＧＡＧＣＧＧＣＣＡＧＣＴＣＣＴＡＴＣＣ−３’（配列番号：２３４）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１３４４遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１３４４の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ５８７２３−１５８８と命名する）［Ｆｉｇ１５８、配列番号：２３０］及びＰＲＯ１３４４の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ５８７２３−１５８８の全核酸配列をＦｉｇ１５８（配列番号：２３０）に示す。クローンＤＮＡ５８７２３−１５８８は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２６−２８に見かけの翻訳開始部位そしてヌクレオチド位置２１８６−２１８８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１５８）。予測されるポリペプチド前駆体は７２０アミノ酸長である（Ｆｉｇ１５９）。Ｆｉｇ１５９に示した全長ＰＲＯ１３４４タンパク質は約８０，１９９ダルトンの見積もられた分子量及び約７．７７のｐＩを有する。
Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）に示した全長ＰＲＯ１３４４配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２３のシグナルペプチド、約アミノ酸２６０〜約アミノ酸２７１のＥＧＦ様ドメインシステインタンパク質シグネーチャー配列、約アミノ酸９６〜約アミノ酸９９、約アミノ酸２７９〜約アミノ酸２８２、約アミノ酸３１６〜約アミノ酸３１９、約アミノ酸４５１〜約アミノ酸４５４及び約アミノ酸６１４〜約アミノ酸６１７の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、約アミノ酸４８９〜約アミノ酸５０５のセリンプロテアーゼ、トリプシンファミリーと相同性を持つアミノ酸配列ブロック、及び約アミノ酸１５０〜約アミノ酸１６６のＣＵＢドメインタンパク質プロフィール配列。クローンＤＮＡ５８７２３−１５８８は１９９８年８月１８日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３３が付与されている。
Ｆｉｇ１５９（配列番号：２３１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１３４４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ７７０６３＿１， ＣＲＡＲ＿ＭＯＵＳＥ， Ｐ＿Ｒ７４７７５， Ｐ＿Ｐ９００７０， Ｐ＿Ｒ０９２１７， Ｐ＿Ｐ７０４７５， ＨＳＢＭＰ１６＿１及びＵ５０３３０＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４５１】
実施例６９：ヒトＰＲＯ１１０９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上記実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対して作成した。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５２６４２と命名する。できる限り上記のようなＥＳＴ配列の供給源を用いて前もって得たコンセンサス配列のＢＬＡＳＴ及びｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを用いた伸長によりコンセンサスＤＮＡ配列を得た。ＤＮＡ５２６４２配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１１０９の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＣＴＴＡＣＣＴＣＡＧＡＧＧＣＣＡＧＡＧＣＡＡＧＣ−３’（配列番号：２３７）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＡＧＣＴＴＣＡＴＣＣＧＴＴＣＴＧＣＧＴＴＣＡＣＣ−３’（配列番号：２３８）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ５２６４２配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＣＡＧＧＡＡＴＧＴＡＡＡＧＣＴＴＴＡＣＡＧＡＧＧＧＴＣＧＣＣＡＴＣＣＴＣＧＴＴＣＣＣＣＡＣＣ−３’（配列番号：２３９）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１１０９遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒトＳＫ−Ｌｕ−１肉芽腫細胞組織（ＬＩＢ２４７）から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１１０９の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ５８７３７−１４７３と命名する）［Ｆｉｇ１６０、配列番号：２３５］及びＰＲＯ１１０９の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ５８７３７−１４７３の全核酸配列をＦｉｇ１６０（配列番号：２３５）に示す。クローンＤＮＡ５８７３７−１４７３は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１１９−１２０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１１５１−１１５３の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１６０）。予測されるポリペプチド前駆体は３４４アミノ酸長である（Ｆｉｇ１６１）。Ｆｉｇ１６１に示した全長ＰＲＯ１１０９タンパク質は約４０，０４１ダルトンの見積もられた分子量及び約９．３４のｐＩを有する。Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）に示した全長ＰＲＯ１１０９配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２７のシグナルペプチド、約アミノ酸４〜約アミノ酸７、約アミノ酸２２０〜約アミノ酸２２３及び約アミノ酸３３５〜約アミノ酸３３８の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸１９１〜約アミノ酸２０１のキシロースイソメラーゼタンパク質と相同性を持つアミノ酸配列ブロック。クローンＤＮＡ５８７３７−１４７３は１９９８年８月１８日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３６が付与されている。
Ｆｉｇ１６１（配列番号：２３６）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１０９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＨＳＵＤＰＧＡＬ＿１， ＨＳＵＤＰＢ１４＿１， ＮＡＬＳ＿ＢＯＶＩＮ， ＨＳＵ１０４７３＿１， ＣＥＷ０２Ｂ１２＿１１， ＹＮＪ４＿ＣＡＥＥＬ， ＡＥ０００７３８＿１１， ＣＥＴ２４Ｄ１＿１， Ｓ４８１２１及びＣＥＧＬＹ９＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４５２】
実施例７０：ヒトＰＲＯ１３８３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上記実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対して作成した。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５３９６１と命名する。ＤＮＡ５３９６１配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１３８３の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正及び逆）を合成した：：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＡＴＴＴＣＣＴＴＡＣＣＣＴＧＧＡＣＣＣＡＧＣＴＣＣ−３’（配列番号：２４２）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＡＡＡＧＧＣＣＣＡＣＡＧＣＡＣＡＴＣＴＧＧＣＡＧ−３’（配列番号：２４３）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つＤＮＡ５３９６１配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＣＣＡＣＧＡＣＣＣＧＡＧＣＡＡＣＴＴＣＣＴＣＡＡＧＡＣＣＧＡＣＴＴＧＴＴＴＣＴＣＴＡＣＡＧＣ−３’（配列番号：２４４）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１３８３遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児脳組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ１３８３の全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ５８７４３−１６０９と命名する）［Ｆｉｇ１６２、配列番号：２４０］及びＰＲＯ１３８３の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ５８７４３−１６０９の全核酸配列をＦｉｇ１６２（配列番号：２４０）に示す。クローンＤＮＡ５８７４３−１６０９は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１２２−１２４に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１３９１−１３９３の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１６２）。予測されるポリペプチド前駆体は４２３アミノ酸長である（Ｆｉｇ１６３）。Ｆｉｇ１６３に示した全長ＰＲＯ１３８３タンパク質は約４６，９８９ダルトンの見積もられた分子量及び約６．７７のｐＩを有する。Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）に示した全長ＰＲＯ１３８３配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２４のシグナルペプチド、約アミノ酸３３９〜約アミノ酸３６２の膜貫通ドメイン、及び約アミノ酸３４〜約アミノ酸３７、約アミノ酸５８〜約アミノ酸６１、約アミノ酸１４２〜約アミノ酸１４５、約アミノ酸１９７〜約アミノ酸２００、約アミノ酸３００〜約アミノ酸３０３及び約アミノ酸３６４〜約アミノ酸３６７のＮ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ５８７４３−１６０９は１９９８年８月２５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５４が付与されている。
Ｆｉｇ１６３（配列番号：２４１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１３８３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＮＭＢ＿ＨＵＭＡＮ， ＱＮＲ＿ＣＯＴＪＡ， Ｐ＿Ｗ３８３３５， Ｐ１１５＿ＣＨＩＣＫ， Ｐ＿Ｗ３８１６４， Ａ４５９９３＿１， ＭＭＵ７０２０９＿１， Ｄ８３７０４＿１及びＰ＿Ｗ３９１７６との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４５３】
実施例７１：ヒトＰＲＯ１００３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで４３０５５と命名される単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこの配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでｃｏｎｓｅｎ０１と命名する。
コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２８４９３８２に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン２８４９３８２を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１６４に示た。
ＤＮＡ５８８４６−１４０９の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１６４（配列番号：２４５）に示す。クローンＤＮＡ５８８４６−１４０９は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４１−４３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置２９３−２９５の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１６４）。予測されるポリペプチド前駆体は８４アミノ酸長である（Ｆｉｇ１６５）。Ｆｉｇ１６５に示す全長ＰＲＯ１００３は、約９，４０８の見積もられた分子量及び約９．２８のｐＩを有する。Ｆｉｇ１６５（配列番号：２４６）に示した全長ＰＲＯ１００３配列の分析は、約アミノ酸１〜約アミノ酸２４のシグナルペプチド、約アミノ酸５８〜約６１のｃＡＭＰ−及びｃＧＭＰ−依存性タンパク質キナーゼリン酸化部位の存在を明らかにした。Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた全長ＰＲＯ１００３ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ＰＲＯ１００３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＯＰＣＺＡ３６３＿３， ＳＲＴＸ＿ＡＴＲＥＮ， Ａ４８２９８， ＭＨＶＪＨＭＳ＿１， ＶＧＬ２＿ＣＶＭＪＨ， ＤＨＤＨＴＣ２＿２， ＣＯＲＴ＿ＲＡＴ， ＴＡＬ６＿ＨＵＭＡＮ， Ｐ＿Ｗ１４１２３， 及びＤＶＵＦＩ＿２との間の相同性が明らかになった。
【０４５４】
実施例７２：ヒトＰＲＯ１１０８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上記の実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対して作成した。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５３２３７と命名する。
ＤＮＡ５３２３７コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２３７９８８１に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン２３７９８８１を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１６６に示し、ここでＤＮＡ５８８４８−１４７２と命名する。
ＤＮＡ５８８４８−１４７２の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１６６（配列番号：２４７）に示す。クローンＤＮＡ５８８４８−１４７２は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置７７−７９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１４４５−１４４７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１６６）。予測されるポリペプチド前駆体は４５６アミノ酸長である（Ｆｉｇ１６７）。Ｆｉｇ１６７に示す全長ＰＲＯ１１０８タンパク質は、約５２，０７１の見積もられた分子量及び約９．４６のｐＩを有する。Ｆｉｇ１６７（配列番号：２４８）に示した全長ＰＲＯ１１０８配列の分析は、以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸２２〜約アミノ酸４２、約アミノ酸１５６〜約アミノ酸１７６、約アミノ酸１８０〜約アミノ酸１９９及び約アミノ酸３６９〜約アミノ酸３８８のＩＩ型膜貫通ドメイン、約アミノ酸２４７〜約アミノ酸２５０、約アミノ酸３２７〜約アミノ酸３３０、約アミノ酸３２８〜約アミノ酸３３１及び約アミノ酸３６２〜約アミノ酸３６５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸１５３〜約アミノ酸１９０のＥＲルーメンタンパク質保持レセプタータンパク質と相同性を持つアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ５８８４８−１４７２は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５５が付与されている。
全長ＰＲＯ１１０８ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ＬＰＡＡＴタンパク質と有意な配列類似性を有することが示唆され、それによりＰＲＯ１１０８が新規なＬＰＡＡＴ相同体であることが示された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１０８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０１５１１＿１， ＣＥＲ０７Ｅ３＿２， ＹＬ３５＿ＣＡＥＥＬ， Ｓ７３８６３， ＣＥＦ５９Ｆ４＿４， Ｐ？Ｗ０６４２２， ＭＭＵ４１７３６＿１， ＭＴＶ００８＿３９， Ｐ＿Ｒ９９２４８及びＹ６７＿ＢＰＴ７との間の相同性が明らかになった。
【０４５５】
実施例７２：ヒトＰＲＯ１１３７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的タンパク質データベースからの約９５０の公知の分泌タンパク質からの細胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（必要ならば、分泌シグナルを含む）を、発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースの検索に使用した。ＥＳＴデータベースは、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いてＥＳＴ配列の６フレーム翻訳に対するＥＣＤタンパク質配列の比較として実施した。この手法を用いて、ここで「ＤＮＡ７１０８」とも称されるＩｎｃｙｔｅＥＳＴ番号３４５９４４９を、公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０以上を持つＥＳｔとして同定した。
コンセンサスＤＮＡ配列を、ＢＬＡＳＴ及びプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）の繰り返しサイクルを用いてＤＮＡ７１０８配列及び他のＥＳＴに対して構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５３９５２と命名する。
ＤＮＡ５３９５２コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３６６３１０２に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３６６３１０２を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１６８に示す。
ＤＮＡ５８８４９−１４９４の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１６８（配列番号：２４９）に示す。クローンＤＮＡ５８８４９−１４９４は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置７７−７９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置７９７−７９９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１６８）。予測されるポリペプチド前駆体は２４０アミノ酸長である（Ｆｉｇ１６９）。Ｆｉｇ１６９に示す全長ＰＲＯ１１３７タンパク質は、約２６，０６４の見積もられた分子量及び約８．６５のｐＩを有する。Ｆｉｇ１６９（配列番号：２５０）に示した全長ＰＲＯ１１３７配列の分析は、約アミノ酸１〜１４のシグナルペプチド及び約アミノ酸１０１〜１０５の潜在的Ｎ−グリコシル化部位の存在を明らかにした。
全長ＰＲＯ１１３７ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、リボシルトランスフェラーゼと有意な配列類似性を有することが示唆され、それによりＰＲＯ１１３７がリボシルトランスファラーゼファミリーのタンパク質の新規なメンバーであることが示された。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１３７アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＭＡＲＴ５＿１， ＮＡＲＧ＿ＭＯＵＳＥ， ＧＥＮ１９０９， ＧＥＮ１３７９４， ＧＥＮ１４４０６， ＭＭＲＮＡＲＴ６２＿１， 及びＰ＿Ｒ４１８７６との間の相同性が明らかになった。
【０４５６】
実施例７４：ヒトＰＲＯ１１３８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１６５２１２と命名される単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴ配列の同定が可能となった。次いでこのクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５４２２４と命名する。この組立物は、ここでＤＮＡ４９１４０（Ｆｉｇ１７２；配列番号：２５４）と命名される独自に開発したジェネンテクＥＳＴを含んでいた。
ＤＮＡ５４２２４コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３８３６６１３に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３８３６６１３を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１７０に示し、ＰＲＯ１１３８の全長ＤＮＡ配列である。クローンＤＮＡ５８８５０−１４９５は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５６が付与されている。
ＤＮＡ５８８５０−１４９５の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１７０（配列番号：２５２）に示す。クローンＤＮＡ５８８５０−１４９５は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３８−４０に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１０４３−１０４５の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１７０）。予測されるポリペプチド前駆体は３３５アミノ酸長である（Ｆｉｇ１７１）。Ｆｉｇ１７１に示す全長ＰＲＯ１１３８は、約３７，４２１ダルトンの見積もられた分子量及び約６．３６のｐＩを有する。Ｆｉｇ１７１（配列番号：２５３）に示した全長ＰＲＯ１１３８配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２２のシグナルペプチド、約アミノ酸２２４〜約２５０の膜貫通ドメイン；約アミノ酸２２９〜約アミノ酸２５０のロイシンジッパーパターン；約アミノ酸９８−１０１、１４２−１４５、１４８−１５１、１７２−１７５、１７６−１７９、２０４−２０７及び２９１−２９５の潜在的グリコシル化部位。
全長ＰＲＯ１１３８のアミノ酸配列の分析は、ＣＤ８４との有意な配列類似性を示唆し、それによりＰＲＯ１１３８がＩｇスーパーファミリーのポリペプチドの新規なメンバーであることを示している。Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた全長ＰＲＯ１１３８ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ＰＲＯ１１３８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＨＳＵ８２９８８＿１， ＨＵＭＬＹ９＿１， Ｐ＿Ｒ９７６３１， Ｐ＿Ｒ９７６２８， Ｐ＿Ｒ９７６２９， Ｐ＿Ｒ９７６３０， ＣＤ４８＿ＲＡＴ， ＣＤ２＿ＨＵＭＡＮ， Ｐ＿Ｐ９３９９６， 及びＨＵＭＢＧＰ＿１との間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５８８５０−１４９５は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５６が付与されている。
【０４５７】
実施例７５：ヒトＰＲＯ１０５４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで６６２１２と命名されるＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７２２と命名する。
ＤＮＡ５５７２２コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３１９７５１に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３１９７５１を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１７３に示し、ここでＤＮＡ５８８５３−１４２３と命名する。
クローンＤＮＡ５８８５３−１４２３は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４６−４８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置５８６−５８８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１７３）。予測されるポリペプチド前駆体は１８０アミノ酸長である（Ｆｉｇ１７４）。Ｆｉｇ１７４に示す全長ＰＲＯ１０５４タンパク質は、約２０，６３８ダルトンの見積もられた分子量及び約５．０のｐＩを有する。Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）に示した全長ＰＲＯ１０５４配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸１８のシグナルペプチド、約アミノ酸１５５〜約アミノ酸１７６のロイシンジッパーパターン；約アミノ酸２７〜約アミノ酸３８及び約アミノ酸１１０〜約アミノ酸１２０のリポカリンタンパク質と相同性を持つアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ５８８５３−１４２３は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１６付与されている。
Ｆｉｇ１７４（配列番号：２５６）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１３６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＵＰ１＿ＭＯＵＳＥ， ＭＵＰ６＿ＭＯＵＳＥ， ＭＵＰ２＿ＭＯＵＳＥ， ＭＵＰ２＿ＭＯＵＳＥ， ＭＵＰ８＿ＭＯＵＳＥ， ＭＵＰ５＿ＭＯＵＳＥ， ＭＵＰ４＿ＭＯＵＳＥ， Ｓ１０１２４， ＭＵＰＭ＿ＭＯＵＳＥ， ＭＵＰ＿ＲＡＴ及びＥＣＵ７０８２３＿１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４５８】
実施例７６：ヒトＰＲＯ９９４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１５７５５５と命名されるＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７２８と命名する。
ＤＮＡ５５７２８コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２８６０３６６に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン２８６０３６６を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１７５に示し、ここでＤＮＡ５８８５５−１４２２と命名する。
クローンＤＮＡ５８８５５−１４２２は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３１−３３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置７１８−７２０の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１７５）。予測されるポリペプチド前駆体は２２９アミノ酸長である（Ｆｉｇ１７６）。Ｆｉｇ１７６に示す全長ＰＲＯ９９４タンパク質は、約２５，１０９ダルトンの見積もられた分子量及び約６．８３のｐＩを有する。Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）に示した全長ＰＲＯ９９４配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１０〜約アミノ酸３１、約アミノ酸５０〜約アミノ酸７２、約アミノ酸８７〜約アミノ酸１１０及び約アミノ酸１９１〜約アミノ酸２１３の膜貫通ドメイン、約アミノ酸８０〜約アミノ酸８３、約アミノ酸１３２〜約アミノ酸１３５、約アミノ酸１４８〜約アミノ酸１５１及び約アミノ酸１６３〜約アミノ酸１６６の２１３潜在的Ｎ−グリコシル化部位、及び約アミノ酸４〜約アミノ酸１１のＴＮＦＲ／ＮＧＦＲ脂捨て印リッチ領域タンパク質と相同性を持つアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ５８８５５−１４２２は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１８付与されている。
Ｆｉｇ１７６（配列番号：２５８）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ９９４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０２７２０４＿１， ＴＡＬ６＿ＨＵＭＡＮ， ＩＬＴ４＿ＨＵＭＡＮ， ＪＣ６２０５， ＭＭＵ５７５７０＿１， Ｓ４０３６３， ＥＴＵ５６０９３＿１， Ｓ４２８５８， Ｐ＿Ｒ６６８４９及びＰ＿Ｒ７４７５１との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４５９】
実施例７７：ヒトＰＲＯ８１２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１７００７９と命名されるＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５５７２１と命名する。
ＤＮＡ５５７２１コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３８８９６４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３８８９６４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１７７に示し、ここでＤＮＡ５９２０５−１４２１と命名する。
クローンＤＮＡ５９２０５−１４２１は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置５５−５７に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置３０４−３０６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１７７）。予測されるポリペプチド前駆体は８３アミノ酸長である（Ｆｉｇ１７８）。Ｆｉｇ１７８に示す全長ＰＲＯ８１２タンパク質は、約９，２０１ダルトンの見積もられた分子量及び約９．３のｐＩを有する。Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）に示した全長ＰＲＯ８１２配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸１５のシグナルペプチド、約アミノ酸７３〜約アミノ酸７６のｃＡＭＰ−及びｃＧＭＰ−依存性タンパク質キナーゼリン酸化部位、及び約アミノ酸７０〜約アミノ酸７２及び約アミノ酸７６〜約アミノ酸７８のタンパク質キナーゼＣリン酸化部位。クローンＤＮＡ５９２０５−１４２１は１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３００９付与されている。
Ｆｉｇ１７８（配列番号：２６０）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ８１２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｗ３５８０２， Ｐ＿Ｗ３５８０３， ＰＳＣ１＿ＲＡＴ， Ｓ６８２３１， ＧＥＮ１３９１７， ＰＳＣ２＿ＲＡＴ， ＣＣ１０＿ＨＵＭＡＮ， ＵＴＥＲ＿ＲＡＢＩＴ， ＡＦ００８５９５＿１及びＡ５６４１３との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４６０】
実施例７８：ヒトＰＲＯ１０６９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１００７２７と命名される単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴ配列の同定が可能となった。次いでこの配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６００１と命名する。
ＤＮＡ５６００１コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３５３３８８１に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３５３３８８１を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１７９に示し、これはＰＲＯ１０６９の全長ＤＮＡ配列である。
クローンＤＮＡ５９２１１−１４５０は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６０が付与されている。
Ｆｉｇ１７９（配列番号：２６１）にＤＮＡ５９２１１−１４５０の全ヌクレオチド配列を示す。クローンＤＮＡ５９２１１−１４５０は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１９７−１９９に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４６４−４６６の停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は８９アミノ酸長である（Ｆｉｇ１８０）。Ｆｉｇ１８０に示す全長ＰＲＯ１０６９タンパク質は、約９，４３３ダルトンの見積もられた分子量及び約８．２１のｐＩを有する。Ｆｉｇ１８０（配列番号：２６２）に示した全長ＰＲＯ１０６９配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約１６のシグナルペプチド；約アミノ酸３６〜約５９の膜貫通ドメイン；約アミノ酸４１−４６、４５−５０及び８４−８９の潜在的Ｎ−ミリストイル化部位；及び約アミノ酸５４〜約６６の細胞外タンパク質ＳＣＰ／Ｔｐｘ−１／Ａｇ５／ＰＲ−１／Ｓｃ７との相同性。
全長ＰＲＯ１０６９のアミノ酸配列の分析は、ＣＨＩＦとの有意な配列類似性を示唆し、それによりＰＲＯ１０６９がＣＨＩＦファミリーのポリペプチドの新規なメンバーであることを示している。Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた全長ＰＲＯ１０６９ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、ＰＲＯ１０６９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＨＩＦ＿ＲＡＴ， Ａ５５５７１， ＰＬＭ＿ＨＵＭＡＮ， Ａ４０５３３， ＡＴＮＧ＿ＢＯＶＩＮ， ＲＩＣ＿ＭＯＵＳＥ， ＰＥＴＤ＿ＳＹＮＹ３， ＶＴＢ１＿ＸＥＮＬＡ， Ａ０５９００９， 及びＳ７５０８６との間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５９２１１−１４５０は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６０が付与されている。
【０４６１】
実施例７９：ヒトＰＲＯ１１２９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで９８８３３と命名される単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列番号９８８３３配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６０３８と命名する。
ＤＮＡ５６０３８コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１３３５２４１に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン１３３５２４１を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１８１に示し、ここでＤＮＡ５９２１３−１４８７と命名する。
Ｆｉｇ１８１に示す全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４２−４４に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１６１４−１６１６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１８１；配列番号：２６３）。予測されるポリペプチド前駆体は５２４アミノ酸長であり、約６０，３１０ダルトンの計算された分子量及び約７．４６の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１８２（配列番号：２６４）に示した全長ＰＲＯ１１２９配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１３〜約アミノ酸３２及び約アミノ酸７７〜約アミノ酸１０２のＩＩ型膜貫通ドメイン、約アミノ酸４６１〜約アミノ酸４７０のチトクロムＰ−４５０システインヘム−鉄リガンド脂具ネーチャー配列、及び約アミノ酸１１２〜約アミノ酸１１５及び約アミノ酸１６８〜約アミノ酸１７１の潜在的Ｎ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ５９２１３−１４８７は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９５９が付与されている。
全長ＰＲＯ１１２９のアミノ酸配列の分析は、チトクロムＰ−４５０ファミリーのタンパク質との配列類似性を示唆した。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１２９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＣ００４５２３＿１， Ｓ４５７０２， ＡＦ０５４８２１＿１，及びＩ５３０１５との間の或る程度の相同性が明らかになった。
【０４６２】
実施例８０：ヒトＰＲＯ１０６８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここでＩｎｃｙｔｅクラスター番号１４７３６と命名されるＥＳＴクラスター配列のＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）データベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６０９４と命名する。
ＤＮＡ５６０９４コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号００４９７４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン００４９７４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１８３に示し、ここでＤＮＡ５９２１４−１４４９（配列番号：２６５）と命名する。
Ｆｉｇ１８３に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置４２−４４に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置４１４−４１６の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１８３；配列番号：２６５）。予測されるポリペプチド前駆体は１２４アミノ酸長である。ＰＲＯ１０６８は、約１４，２８４ダルトンの計算された分子量及び約８．１４の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１８４に示すように、ＰＲＯ１０６８ポリペプチドは以下のさらなる特徴を持つ：約アミノ酸１−２０のシグナル配列、約アミノ酸１１８−１２３のウロテシンＩＩシグネーチャー配列、約アミノ酸６４−６６の細胞接着配列、約アミノ酸１１２−１１５の潜在的ｃＡＭＰ−及びｃＧＭＰ−依存性タンパク質キナーゼリン酸化部位。
Ｆｉｇ１８４（配列番号：２６６）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１０６８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＨＡＬＢＯＰ＿１， ＭＴＶ０４３＿３６， Ｉ５０４９８，及びＰ＿Ｒ７８４４５との間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５９２１４−１４４９は１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４６付与されている。
【０４６３】
実施例８１：ヒトＰＲＯ１０６６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで７９０６６と命名される単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこのＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列番号７９０６６配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６１２１と命名する。
ＤＮＡ５６１２１コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１５１５３１５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン１５１５３１５を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１８５に示し、ここでＤＮＡ５９２１５−１４２５と命名する。
Ｆｉｇ１８５に示す全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１７６−１７８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置５２７−５２９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１８５；配列番号：２６７）。予測されるポリペプチド前駆体は１１７アミノ酸長であり、約１２，９１１ダルトンの計算された分子量及び約５．４６の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１８６（配列番号：２６８）に示した全長ＰＲＯ１０６６配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２３のシグナルペプチド、約アミノ酸３８〜約アミノ酸４１のｃＡＭＰ−及びｃＧＭＰ−依存性タンパク質キナーゼリン酸化部位、及び約アミノ酸５〜約アミノ酸１０、約アミノ酸６３〜約アミノ酸６８及び約アミノ酸８３〜約アミノ酸８８の潜在的Ｎ−ミリストイル化部位。クローンＵＮＱ５２４（ＤＮＡ５９２１５−１４２５）は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６１が付与されている。
全長ＰＲＯ１０６６のアミノ酸配列の分析は、公知のタンパク質と有意な配列同一性を持たないことを示唆した。しかし、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１０６６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＯＴＩ＿ＨＵＭＡＮ， ＡＦ０２５６６７＿１， ＭＴＣＹ１９Ｈ９＿８及びＲＡＢＩＧＫＣＨ＿１との間の或る程度の相同性が明らかになった。
【０４６４】
実施例８２：ヒトＰＲＯ１１８４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムのＩｎｃｙｔｅデータベースからのＥＳＴｓに対する使用により、ここでＤＮＡ５６３７５と命名される候補配列の同定が可能となった。次いでこの配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６３７５と命名する。
ＤＮＡ５６３７５コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１４２８３７４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン１４２８３７４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１８７に示す。
Ｆｉｇ１８７に示す全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１０６−１０８に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置５３２−５３４に見られる停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１８７；配列番号：２６９）。予測されるポリペプチド前駆体は１４２アミノ酸長であり、約１５，６９０ダルトンの計算された分子量及び約９．６４の見積もられたｐＩを有する。Ｆｉｇ１８８（配列番号：２７０）に示した全長ＰＲＯ１１８４配列の分析は、約アミノ酸１−３８のシグナルペプチドの存在を明らかにした。クローンＤＮＡ５９２２０−１５１４は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際のヌクレオチド配列を含み、ここに代表が提供されたと理解される。
全長ＰＲＯ１１８４ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）で「ＤＶＴＩＭＳ０２＿１」と称される、ショウジョウバエからのＴＩＭと呼ばれるタンパク質と幾分の配列同一性を有することを示唆した。ＰＲＯ１１８４と或る程度の配列同一性を持つ他のＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）配列は、ＷＩＳＩ＿ＳＣＨＰＯ， Ｆ００２１８６＿１， ＡＴＡＣ００２３９１２４及びＭＳＡＩＰＲＰ＿１を含む。
【０４６５】
実施例８３：ヒトＰＲＯ１３６０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＤＮＡ１０５７２と命名されるＥＳＴのＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴ配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５７３１４と命名する。
ＤＮＡ５７３１４コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号ＡＡ４０６４４３に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＡＡ４０６４４３を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１８９に示し、ここでＤＮＡ５９４８８−１６０３と命名する。
Ｆｉｇ１８９に示した全長クローンは単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置５４−５６に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９０９−９１１の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１８９；配列番号：２７１）。予測されるポリペプチド前駆体は２８５アミノ酸長である（Ｆｉｇ１９０；配列番号：２７２）。ＰＲＯ１３６０は、約３１，４３３ダルトンの計算された分子量及び約７．３２の見積もられたｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９４８８−１６０３は１９９８年８月２５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５７が付与されている。
Ｆｉｇ１９０（配列番号：２７２）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１３６０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＵＮ５１＿ＣＡＦＥＬ， ＹＤ４Ｂ＿ＳＣＨＰＯ， ＡＦ０００６３４＿１， ＧＦＯ＿ＺＹＭＭＯ， ＹＥ１Ｊ＿ＳＣＨＰＯ， Ｄ８６５６６＿１， ＺＭＧＦＯ＿１， Ｓ７６９７６， ＰＰＳＡ＿ＳＹＮＹ３， 及びＣＥＦ２８Ｂ１＿４との間の配列同一性が明らかになった。
【０４６６】
実施例８４：ヒトＰＲＯ１０２９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、１８７６３と命名されるＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５７８５４と命名する。
ＤＮＡ５７８５４コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号Ｔ９８８８０に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋＥＳＴクローンＴ９８８８０を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１９１に示し、ここでＤＮＡ５９４９３−１４２０と命名する。
クローンＤＮＡ５９４９３−１４２０は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３９−４１に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置２９７−２９９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１９１）。予測されるポリペプチド前駆体は８６アミノ酸長である（Ｆｉｇ１９２）。全長ＰＲＯ１０２９タンパク質は、約９，５４８ダルトンの見積もられた分子量及び約８．５２のｐＩを有する。Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）に示す全長ＰＲＯ１０２９配列の分析により、以下のものの存在があきらかとなった：約アミノ酸１〜約アミノ酸１９のシグナル配列、約アミノ酸５０〜約アミノ酸６１の細菌ロドプシン網膜結合部位タンパク質と相同性を持つアミノ酸ブロック、約アミノ酸８３〜約アミノ酸８６のプレニル基結合部位、及び約アミノ酸４５〜約アミノ酸４８の潜在的Ｎ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ５９４９３−１４２０は１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０５０が付与されている。
Ｆｉｇ１９２（配列番号：２７４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１０２９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０３１８１５＿１， ＭＭ４Ａ６Ｌ＿１， ＰＳＥＩＳ２ａ−１， Ｓ１７６９９及びＰ＿Ｒ６３６３５との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４６７】
実施例８５：ヒトＰＲＯ１１３９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、４４６１と命名されるＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５７３１２と命名する。
ＤＮＡ５７３１２コンセンサス配列は、１７２ヌクレオチド長の公的ＥＳＴ（Ｔ６２０９５、Ｍｅｒｃｋ／ワシントン大学公的データベース）を含んでいた。ここで推定タンパク質コード化配列と称されるこのＥＳＴクローンをＭｅｒｃｋから購入し、配列決定してＰＲＯ１１３９のコード化配列を提供した（Ｆｉｇ１９３）。既に記したように、ＤＮＡ５９４９７−１４９６の推定アミノ酸配列はＨＳＯＢＲＧＲＰ＿１の推定アミノ酸配列と有意な配列同一性を示す。全長タンパク質（Ｆｉｇ１９４）はアミノ酸残基１と２８の間に推定シグナルペプチド、そして３つの推定膜貫通ドメイン（約アミノ酸残基３３−５２、７１−８９、９８−１２０）を含む。
【０４６８】
実施例８６：ヒトＰＲＯ１３０９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を検索してＳＬＩＴと相同性を示すＥＳＴを同定した。
ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児脳組織から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するのに用いたｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡをＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼアダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、所定の方向で適当なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｏｌ及びＮｏｔＩ部位でクローニングした。
ｃＤＮＡライブラリ（上記のように調製）を、上記のＩｎｃｙｔｅＥＳＴ配列から誘導した合成オリゴヌクレオチドプローブ：
５’−ＴＣＣＧＴＧＣＡＧＧＧＧＧＡＣＧＣＣＴＴＴＣＡＧＡＡＡＣＴＧＣＧＣＣＧＡＧＴＴＡＡＧＧＡＡＣ−３’（配列番号：２７９）
でのハイブリッド形成によりスクリーニングした。
ｃＤＮＡクローンを単離して配列決定した。ＤＮＡ５９５８８−１５７１の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ１９５（配列番号：２７７）に示す。クローンＤＮＡ５９５８−１５７１は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置７２０−７２２に見かけの翻訳開始部位を持ちヌクレオチド位置２２８６−２２８８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１９５；配列番号：２７７）。予測されるポリペプチド前駆体は５２２アミノ酸長である。シグナルペプチドは、配列番号：２７８のおよそ１−３４、膜貫通ドメインはおよそ４２８−４５０である。クローンＤＮＡ５９５８８−１５７１はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０６が付与されている。Ｆｉｇ１９６に示した全長ＰＲＯ１３０９タンパク質は約５８，６１４ダルトンの見積もられた分子量及び約７．４２のｐＩを有する。
Ｆｉｇ１９６（配列番号：２７８）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１３０９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＢ００７８７６＿１， ＧＰＶ？ＭＯＵＳＥ， ＡＬＳ＿ＲＡＴ， Ｐ＿Ｒ８５８８９， ＬＵＭ＿ＣＨＩＣＫ， ＡＢ０１４４６２＿１， ＰＧＳ１＿ＣＡＮＦＡ， ＣＥＭ８８＿７， Ａ５８５３２及びＧＥＮ１１２０９との間の配列同一性が明らかになった。
【０４６９】
実施例８７：ヒトＰＲＯ１０２８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、或る種のＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５９６０３と命名する。
ＤＮＡ５９６０３コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１４９７７２５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン番号１４９７７２５を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１９７に示し、ここでＤＮＡ５９６０３−１４１９と命名する。
ＤＮＡ５９６０３−１４１９の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ１９７（配列番号：２８０）に示す。クローンＤＮＡ５９６０３−１４１９は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２１−２３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置６１２−６１４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１９７）。予測されるポリペプチド前駆体は１９７アミノ酸長である（Ｆｉｇ１９８）。Ｆｉｇ１９８に示した全長ＰＲＯ１０２８タンパク質は、約２０，８３２ダルトンの見積もられた分子量及び約８．７４のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９６０３−１４１９はＡＴＣＣに寄託された。配列について、寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：２８１のアミノ酸配列を分析すると、推定シグナルペプチドは配列番号：２８１の約アミノ酸１−１９である。Ｎ−グリコシル化部位は配列番号：２８１の約アミノ酸３５−３８である。Ｃ型レクチンドメインは配列番号：２８１の約アミノ酸１０８−１１７であり、ＰＲＯ１０２８がレクチンに関連又はレクチンであることを示している。対応するヌクレオチドは、ここに提供された配列が与えられれば日常的に決定できる。
【０４７０】
実施例８８：ヒトＰＲＯ１０２７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、或る種のＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６３９９と命名する。
ＤＮＡ５６３９９コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号９３７６０５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン番号９３７６０５を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ１９９に示し、ここでＤＮＡ５９６０５−１４１８と命名する。
ＤＮＡ５９６０５−１４１８の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ１９９（配列番号：２８０）に示す。クローンＤＮＡ５９６０５−１４１８は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置３１−３３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置２６２−２６４の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ１９９）。予測されるポリペプチド前駆体は７７アミノ酸長である（Ｆｉｇ２００）。Ｆｉｇ２００に示した全長ＰＲＯ１０２７タンパク質は、約８，７７２ダルトンの見積もられた分子量及び約９．６２のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９６０５−１４１８はＡＴＣＣに寄託された。配列について、寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
配列番号：２８３のアミノ酸配列を分析すると、推定シグナルペプチドは配列番号：２８３の約アミノ酸１−３３である。ＩＩ型膜貫通ドメインは配列番号：２８３の約アミノ酸３０である。対応するヌクレオチドは、ここに提供された配列が与えられれば日常的に決定できる。ＰＲＯ１０２７は組織形成又は修復に含まれうる。
以下のＤａｙｈｏｆｆ表記はＰＲＯ１０２７と幾分の配列同一性をもつことが明らかとなった：ＳＦＴ２＿ＹＥＡＳＴ； ＡＴＭ３Ｅ９＿２； Ａ６９８２６； ＹＭ１６＿ＭＡＲＰＯ； Ｅ６４８９６； Ｕ６０１９３＿２； ＭＴＬＲＡＪ２０５＿１； ＭＣＵ６０３１５＿７０； ＳＰＡＳ＿ＳＨＩＦＬ及びＳ５４２１３。
【０４７１】
実施例８９：ヒトＰＲＯ１１０７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、或る種のＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４０２と命名する。
ＤＮＡ５６４０２コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３２０３６９４に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３２０３６９４を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ２０１に示し、ここでＤＮＡ５９６０６−１４７１と命名する。
ＤＮＡ５９６０６−１４７１の全長ヌクレオチド配列をＦｉｇ２０１（配列番号：２８４）に示す。クローンＤＮＡ５９６０６−１４７１は単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：２８４のヌクレオチド位置２４４−２４６に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１６７５−１６７７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２０１）。予測されるポリペプチド前駆体は４７７アミノ酸長である（Ｆｉｇ２０２）。Ｆｉｇ２０２に示したＰＲＯ１１０７タンパク質は、約５４，６６８ダルトンの見積もられた分子量及び約６．３３のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９６０６−１４７１は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
全長ＰＲＯ１１０７ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、ホスホジエステラーゼＩ／ヌクレオチドピロホスファターゼ、ヒトインシュリンレセプターチロシンキナーゼイン非ビター、アルカリホスホジエステラーゼ、及び自己毒素との有意な配列類似性を示唆し、それによりＰＲＯ１１０７がこれらのタンパク質の少なくとも１つ又は全部の活性を有することを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１０７アミノ酸配列と少なくとも１つの以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ００５６３２＿１， Ｐ＿Ｒ７９１４８， ＲＮＵ７８７８７＿１， ＡＦ６０２１８＿４， Ａ５７０８０及びＨＵＭＡＴＸＴ＿１との間の配列同一性が明らかになった。
【０４７２】
実施例９０：ヒトＰＲＯ１１４０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１３５９１７と命名される単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いでこの配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４１６と命名する。
ＤＮＡ５６４１６コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３３４５７０５に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン３３４５７０５を得て、そのｃＤＮＡ挿入物を配列決定した。Ｆｉｇ２０３に示し、ここでＤＮＡ５９６０７−１４９７と命名する配列は、ＰＲＯ１１４０の全長ＤＮＡ配列である。クローンＤＮＡ５９６０７−１４９７は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４６が付与されている。
ＤＮＡ５９６０７−１４９７の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２０３（配列番号：２８６）に示す。クローンＤＮＡ５９６０７−１４９７は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２１０−２１２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９７５−９７７の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２０３）。予測されるポリペプチド前駆体は２５５アミノ酸長である（Ｆｉｇ２０４）。Ｆｉｇ２０４に示した全長ＰＲＯ１１４０は、約２９，４０５ダルトンの見積もられた分子量及び約７．６４のｐＩを有する。Ｆｉｇ２０４（配列番号：２８７）に示した全長ＰＲＯ１１４０配列の分析は、約アミノ酸１０１−１１８、１４１−１６１及び１７２−１９１の３つの膜貫通ドメインの存在を明らかにした。
全長ＰＲＯ１１４０のアミノ酸配列のＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）を用いた分析により、ＰＲＯ１１４０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０２３６０２＿１， ＡＦ０００３６８＿１， ＣＩＮ３＿ＲＡＴ， ＡＦ００３３７３＿１， ＧＥＮ１３２７９， 及びＡＦ００３３７２＿１との間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５９６０７−１４９７は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９４６が付与されている。
【０４７３】
実施例９１：ヒトＰＲＯ１１０６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、単一のＩｎｃｙｔｅＥＳＴ配列の同定が可能となった。次いでこの配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４２３と命名する。
ＤＮＡ５６４２３コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１７１１２４７に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン番号１７１１２４７を得て、そのｃＤＮＡ挿入物を配列決定した。Ｆｉｇ２０５に示し、ここでＤＮＡ５９６０９−１４７０と命名する配列は、ＰＲＯ１１０６の全長ＤＮＡ配列である。クローンＤＮＡ５９６０９−１４７０は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６３が付与されている。
ＤＮＡ５９６０９−１４７０の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２０５（配列番号：２８８）に示す。クローンＤＮＡ５９６０９−１４７０は単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：２８８のヌクレオチド位置６１−６３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１４６８−１４７０の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２０５）。予測されるポリペプチド前駆体は４６９アミノ酸長である（Ｆｉｇ２０６）。Ｆｉｇ２０６に示した全長ＰＲＯ１１０６は、約５２，６８９ダルトンの見積もられた分子量及び約８．６８のｐＩを有する。当業者は、ポリペプチド又はそれをコードする核酸を、これら全てのドメインの一又は複数を排除するように構築できると理解される。例えば、膜貫通ドメイン及び／又はアミノ末端又はカルボキシル末端のいずれかを排除することができる。クローンＤＮＡ５９６０９−１４７０は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を含み、ここに提供された配列は公知の配列技術に基づくと理解される。
全長ＰＲＯ１１０６ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、ペルオキシソームＣａ依存性溶質キャリアとの有意な配列類似性を示唆し、それによりＰＲＯ１１０６が新規なトランスポーターであることを示した。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１１０６アミノ酸配列と少なくとも１つの以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ００４１６１＿１， ＩＧ００２Ｎ０１＿２５， ＧＤＣ＿ＢＯＶＩＮ及びＢＴ＿ＭＡＩＺＥとの間の配列同一性が明らかになった。
【０４７４】
実施例９２：ヒトＰＲＯ１２９１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１２０４８０と命名されるＥＳＴクラスター配列のＩｎｃｙｔｅデータベースからの同定が可能となった。次いでこのＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（商品名）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４２５と命名する。
ＤＮＡ５６４２５コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２７９８８０３に含まれるＥＳＴ配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅＥＳＴクローン２７９８８０３を購入し、ｃＤＮＡ挿入物を得て配列決定した。この挿入物は全長タンパク質をコードすることがわかった。このｃＤＮＡ挿入物の配列をＦｉｇ２０７に示し、ここでＤＮＡ５９６１０−１５５６と命名する。
クローンＤＮＡ５９６１０−１５５６は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置６１−６３に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置９０７−９０９の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ２０７）。予測されるポリペプチド前駆体は２８２アミノ酸長である（Ｆｉｇ２０８）。Ｆｉｇ２０８に示す全長ＰＲＯ１２９１タンパク質は、約３０，８７８ダルトンの見積もられた分子量及び約５．２７のｐＩを有する。Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）に示した全長ＰＲＯ１２９１配列の分析は以下のものの存在を明らかにした：約アミノ酸１〜約アミノ酸２８のシグナルペプチド、約アミノ酸２５８〜約アミノ酸２８１の膜貫通ドメイン、約アミノ酸１１２〜約アミノ酸１１５、約アミノ酸１６０〜約アミノ酸１６３、約アミノ酸１９０〜約アミノ酸１９３、約アミノ酸１９６〜約アミノ酸１９９、約アミノ酸２０５〜約アミノ酸２０８、約アミノ酸２１６〜約アミノ酸２１９及び約アミノ酸２２０〜約アミノ酸２２３のＮ−グリコシル化部位。クローンＤＮＡ５９６１０−１５５６は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９０が付与されている。
Ｆｉｇ２０８（配列番号：２９１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２配列アラインメント分析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析により、ＰＲＯ１２９１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＨＳＵ９０５５２＿１， ＨＳＵ９０１４４＿１， ＡＦ３３１０７＿１， ＨＳＢ７３＿１， ＨＳＵ９０１４２＿１， ＧＧＣＤ８０＿１， Ｐ＿Ｗ３４４５２， ＭＯＧ＿ＭＯＵＳＥ， Ｂ３９３７１， 及びＰ＿Ｒ７１３６０との間の有意な相同性が明らかになった。
【０４７５】
実施例９３：ヒトＰＲＯ１１０５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅデータベースからのＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬｉｆｅｓｅｑＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６４３０と命名する。
ＤＮＡ５６４３０配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１８５３０４７内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１８５３０４７を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２０９に示し、ここでＤＮＡ５９６１２−１４６６と命名する。
ＤＮＡ５９６１２−１４６６の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２０９（配列番号：２９２）に示す。ＤＮＡ５９６１２−１４６６は、配列番号：２９２（Ｆｉｇ２０９）のヌクレオチド位置２８−３０に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置５６８−５７０の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２０９）。予測されたポリペプチド前駆体は１８０アミノ酸長である（Ｆｉｇ２１０）。Ｆｉｇ２１０に示した全長ＰＲＯ１１０５タンパク質は約２０，０４０ダルトンの見積もり分子量と約８．３５のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９６１２−１４６６は１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
Ｆｉｇ２１０を分析すると、シグナル配列は配列番号：２９３のアミノ酸約１−１９にあり、膜貫通ドメインは配列番号：２９３のアミノ酸約８０−９９及び１４５−１６２に示されている。当業者であればこれらの領域の全て又は任意の組み合わせ又は個々に選択したものを持つポリペプチドを生成するであろうと理解される。対応する核酸は常套的に同定することができ、ここに提供した情報に基づいて調製することができることもまた理解される。
【０４７６】
実施例９４：ヒトＰＲＯ５１１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅデータベースからのＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬｉｆｅｓｅｑＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６４３４と命名する。
ＤＮＡ５６４３４配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１２２７４９１内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１２２７４９１を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２１１に示し、ここでＤＮＡ５９６１３−１４１７と命名する。
ＤＮＡ５９６１３−１４１７の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２１１（配列番号：２９４）に示す。ＤＮＡ５９６１３−１４１７は、ヌクレオチド位置２３３−２３５に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置９４４−９４６の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２１１）。予測されたポリペプチド前駆体は２３７アミノ酸長である（Ｆｉｇ２１２）。Ｆｉｇ２１２に示した全長ＰＲＯ５１１タンパク質は約２５，２８４ダルトンの見積もり分子量と約５．７４のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９６１３−１４１７はＡＴＣＣに寄託された。配列に関しては、寄託されたクローンは正しい配列を含み、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
配列番号：２９５のアミノ酸配列を分析すると、推定上シグナル配列は配列番号：２９５のアミノ酸約１−２５にある。Ｎ−グリコシル化部位は、配列番号：２９５のアミノ酸約４５−４８、７３−７６、１０７−１１０、１１８−１２１、１３２−１３５、１７２−１７５、１７５−１７８及び１８５−１８８にある。節足動物デフェンシン保存領域は配列番号：２９５のアミノ酸約１７６−１８２にある。クリングル（ｋｒｉｎｇｌｅ）ドメインは配列番号：２９５のアミノ酸約１２８に始まり、ｌｙ−６／ｕ−ＰＡＲドメインは配列番号：２９５のアミノ酸約６に始まる。これらのアミノ酸配列及び他のものの対応するヌクレオチドはここに提供される配列が与えられると常套的に決定することができる。
ＰＲＯ５１１がある配列同一性を有しているＤａｙｈｏｆｆデータベースに現れる記号表示は次の通りである：ＳＳＣ２０Ｆ１０＿１； ＳＦ０４１０８３； Ｐ＿Ｗ２６５７９； Ｓ４４２０８； ＪＣ２３９４； ＰＳＴＡ＿ＤＩＣＤＩ； Ａ２７０２０； Ｓ５９３１０； ＲＡＧ１＿ＲＡＢＩＴ；及びＭＵＳＢＡＬＢＣ１＿１。
【０４７７】
実施例９５：ヒトＰＲＯ１１０４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅデータベースからのＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬｉｆｅｓｅｑＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６４４６と命名する。
ＤＮＡ５６４４６配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２８３７４９６内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２８３７４９６を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２１３に示し、ここでＤＮＡ５９６１６−１４６５と命名する。
ＤＮＡ５９６１６−１４６５の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２１３（配列番号：２９６）に示す。ＤＮＡ５９６１６−１４６５は、配列番号：２９６（Ｆｉｇ２１３）のヌクレオチド位置１０９−１１１に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１１３２−１１３４の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２１３）。予測されたポリペプチド前駆体は３４１アミノ酸長である（Ｆｉｇ２１４）。Ｆｉｇ２１４に示した全長ＰＲＯ１１０４タンパク質は約３６，７６９ダルトンの見積もり分子量と約９．０３のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９６１６−１４６５は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
Ｆｉｇ２１４を分析すると、シグナル配列は配列番号：２９７のアミノ酸約１−２２にある。Ｎ−ミリストイル化部位は配列番号：２９７のアミノ酸約４１−４６、１１０−１１５、１３３−１３８、１６７−１７２及び１７９−１８４にある。
【０４７８】
実施例９６：ヒトＰＲＯ１１００をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅデータベースからのＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬｉｆｅｓｅｑＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
得られたコンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２３０５３７９内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２３０５３７９を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２１５に示し、ここでＤＮＡ５９６１９−１４６４と命名する。
ＤＮＡ５９６１９−１４６４の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２１５（配列番号：２９８）に示す。ＤＮＡ５９６１９−１４６４は、配列番号：２９８（Ｆｉｇ２１５）のヌクレオチド位置３３−３５に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置９９３−９９５の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２１６）。予測されたポリペプチド前駆体は３２０アミノ酸長である（Ｆｉｇ２１６）。Ｆｉｇ２１６に示した全長ＰＲＯ１１００タンパク質は約３６，４７５ダルトンの見積もり分子量と約７．２９のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９６１９−１４６４は１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
配列番号：２９９を分析すると、シグナルペプチド、膜貫通ドメイン、Ｎ−グリコシル化部位、Ｎ−ピリストイル化部位、ＣＵＢドメイン及びアミロライド感受性ナトリウムチャンネルドメインのおよその位置が存在する。ＰＲＯ１１００はチャンネルとして機能しうると考えられる。これらのアミノ酸及び他のものに対する対応核酸は配列番号：２９９が与えられれば、常套的に決定することができる。
【０４７９】
実施例９７：ヒトＰＲＯ８３６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ＩｎｃｙｔｅデータベースからのＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬｉｆｅｓｅｑＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６４５３と命名する。
ＤＮＡ５６４５３コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２６１００７５内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２６１００７５を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２１７に示し、ここでＤＮＡ５９６２０−１４６３と命名する。
ＤＮＡ５９６２０−１４６３の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２１７（配列番号：３００）に示す。ＤＮＡ５９６２０−１４６３は、配列番号：３００（Ｆｉｇ２１７）のヌクレオチド位置６５−６７に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１４４８−１４５０の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２１７）。予測されたポリペプチド前駆体は４６１アミノ酸長である（Ｆｉｇ２１８）。Ｆｉｇ２１８に示した全長ＰＲＯ８３６タンパク質は約５２，０８５ダルトンの見積もり分子量と約５．３６のｐＩを有する。Ｆｉｇ２１８（配列番号：３０１）に示した全長ＰＲＯ８３６配列の分析により、次のもの：シグナルペプチド、Ｎ−グリコシル化部位、Ｎ−ミリストイル化部位、タンパク質のＹＪＬ１２６ｗ／ＹＬＲ３５１ｃ／ｙｈｃＸファミリーに保存されているドメイン、及びＳＬＳ１と配列同一性を有する領域、の存在が証明される。クローンＤＮＡ５９６２０−１４６３は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
全長ＰＲＯ８３９ポリペプチドのアミノ酸配列を分析すると、ＳＬＳ１とある配列同一性を有することが示唆され、よってＰＲＯ８３６はＥＲのタンパク質トランスロケーションに関与していることを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析によりＰＲＯ８３６アミノ酸配列と少なくとも次のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｓ５８１３２， ＳＰＢＣ３Ｂ９＿１， Ｓ６６７１４， ＣＲＵ４００５７＿１及びＩＭＡ＿ＣＡＥＥＬの間のある相同性が証明された。
【０４８０】
実施例９８：ヒトＰＲＯ１１４１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、１１８７３と命名されるＩｎｃｙｔｅデータベースからのＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６５１８と命名する。
ＤＮＡ５６５１８コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２６７９９９５内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２６７９９９５を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２１９に示し、ここでＤＮＡ５９６２５−１４９８と命名する。
クローンＤＮＡ５９６２５−１４９８は、ヌクレオチド位置２０４−２０６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置９４５−９４７の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２１９）。予測されたポリペプチド前駆体は２４７アミノ酸長である（Ｆｉｇ２２０）。Ｆｉｇ２２０に示した全長ＰＲＯ１１４１タンパク質は約２６，８４０ダルトンの見積もり分子量と約８．１９のｐＩを有する。Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）に示した全長ＰＲＯ１１４１配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約１９のシグナルペプチド及びアミノ酸約３８からアミノ酸約５７、アミノ酸約６７からアミノ酸約８３、アミノ酸約１１７からアミノ酸約１３９及びアミノ酸約１５３からアミノ酸約１７０の膜貫通ドメイン、の存在が証明される。クローンＤＮＡ５９６２５−１４９８は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９２が付されている。
Ｆｉｇ２２０（配列番号：３０３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１４１アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＣＥＶＦ３６Ｈ２Ｌ＿２， ＰＣＲＢ７ＰＲＪ＿１， ＡＢ０００５０６＿１， ＬＥＵ９５００８＿１， ＭＲＵ８７９８０＿１５， ＹＩＧＭ＿ＥＣＯＬＩ， ＳＴＵ６５７００＿１， ＧＨＵ６２７７８＿１， ＣＹＳＴ＿ＳＹＮＹ３及びＡＦ００９５６７＿１の間の有意な相同性が証明された。
【０４８１】
実施例９９：ヒトＰＲＯ１１３２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上述の実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をＤＮＡ３５９３４と命名する。ＤＮＡ３５９３４コンセンサス配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１１３２に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＣＣＴＧＴＧＡＣＣＡＣＣＣＣＴＣＴＡＡＣＡＣＣ−３’（配列番号：３１０）
及び
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＴＧＧＡＡＣＡＴＣＴＧＣＴＧＣＣＣＡＧＡＴＴＣ−３’（配列番号：３１１）
。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
５’−ＧＴＣＧＧＡＴＧＡＣＡＧＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＡＴＣＡＴＣＡＡＴＧＧＡＴＣＣＧＡＣＴＧＣＧＡＴＡＴＧＣ−３’（配列番号：３１２）
を持つコンセンサス配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１１３２遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト胎児腎臓から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１１３２に対する全長ＤＮＡ配列とＰＲＯ１１３２に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＰＲＯ１１３２の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２２５（配列番号：３０８）に示す。クローンＤＮＡ５９７６７−１４８９は、ヌクレオチド位置３５４−３５６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１２３３−１２３５の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２２５；配列番号：３０８）。予測されたポリペプチド前駆体は２９３アミノ酸長である。シグナルペプチドは配列番号：３０９のアミノ酸約１−２２にあり、ヒスチジン活性部位はアミノ酸約１０４−１０９にある。クローンＤＮＡ５９７６７−１４８９（ここに提供した配列決定法に基づく表示よりもむしろ実際の配列を有する）はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１０８が付されている。Ｆｉｇ２２６に示した全長ＰＲＯ１１３２タンパク質は約３２，０２０ダルトンの見積もり分子量と約８．７のｐＩを有する。
Ｆｉｇ２２６（配列番号：３０９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１３２アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＳＳＵ７６２５６＿１， Ｐ＿Ｗ１０６９４， ＭＭＡＥ０００６６３＿６， ＡＦ０１３９８８＿１， Ｕ６６０６１＿８， ＭＭＡＥ０００６６５＿２， ＭＭＡＥ０００６６４１５， ＭＭＡＥ０００６６４１４， ＭＭＡＥ０００６６５＿４及びＭＭＡＥ０００６６４１２の間の配列同一性が証明された。
【０４８２】
実施例１００：ヒトＮＬ７（ＰＲＯ１３４６）をコードするｃＤＮＡクローンの単離
単一のＥＳＴ配列（＃１３９８４２２）が上述の実施例１に記載したようなＬＩＦＥＳＥＱＲデータベースに見出された。このＥＳＴ配列をＤＮＡ４５６６８と改めて名付けた。ＤＮＡ４５６６８配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＮＬ７に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＣＡＣＧＴＣＣＡＡＣＣＴＣＡＡＴＧＧＧＣＡＧ−３’（配列番号：３１５）
及び
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＡＣＣＡＧＣＡＧＧＧＣＣＡＡＧＧＡＣＡＡＧＧ−３’（配列番号：３１６）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＧＴＴＣＴＣＴＧＡＧＡＴＧＡＡＧＡＴＣＣＧＧＣＣＧＧＴＣＣＧＧＧＡＧＴＡＣＣＧＣＴＴＡＧ−３’
（配列番号：３１７）
を持つコンセンサスＤＮＡ４５６６８配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＮＬ７遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト胎児腎臓ライブラリ（ＬＩＢ２２７）から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、（ここでＤＮＡ５９７７６−１６００［Ｆｉｇ２２７、配列番号：３１３］と命名した）ＮＬ７に対する全長ＤＮＡ配列とＮＬ７（ＰＲＯ１３４６）に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＮＬ７（ＰＲＯ１３４６）の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２２７（配列番号：３１３）に示す。クローンＤＮＡ５９７７６−１６００は、ヌクレオチド位置１−３に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１３８４−１３８６に見かけの停止コドンを有する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は４６１アミノ酸長である。タンパク質は、約３１から約５０のアミノ酸位置に見かけのＩＩ型膜貫通ドメインを；アミノ酸位置約４０９から始まって、フィブリノーゲンβ及びγ鎖Ｃ末端ドメインサイン、及びアミノ酸位置約１４０、１４７、１５４及び１６１からそれぞれ始まってロイシンジッパーパターンを含んでいる。クローンＤＮＡ５９７７６−１６００はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２８が付されている。Ｆｉｇ２２８に示した全長ＮＬ７タンパク質は約５０，７４４ダルトンの見積もり分子量と約６．３８のｐＩを有する。
全長配列の（ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２コンピュータプログラムを使用しての）ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析に基づき、ＮＬ７は、ヒトミクロフィブリル関連糖タンパク質（１ ＭＦＡ４＿ＨＵＭＡＮ）に対して；既知のＴＩＥ−２リガンド及びリガンド相同体、フィコリン、血清レクチン及びＴＧＦ−１結合タンパク質に対して、有意なアミノ酸配列同一性を示している。
【０４８３】
実施例１０１：ヒトＰＲＯ１１３１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例２に記載したアミラーゼスクリーニングにおいて単離されたｃＤＮＡ配列をここでＤＮＡ４３５４６と命名する（Ｆｉｇ２３１；配列番号：３２０を参照されたい）。ついで、該ＤＮＡ４３５４６配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＴＭ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ４５６２７と命名する。
ＤＮＡ４５６２７配列に基づいて、オリゴヌクレオチドプローブを産生し、上述の実施例２の第１段落に記載したヒトライブラリをスクリーニングするために使用した。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂであり（ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５３：１２７８−１２８０ （１９９１）を参照されたい）、切断されたｃＤＮＡサイズは２８００ｂｐ未満であった。
ＰＣＲプライマー（正方向及び２つの逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＴＧＣＡＧＧＣＣＡＡＧＴＡＣＡＧＣＡＧＣＡＣ−３’（配列番号：３２１）；
逆方向ＰＣＲプライマー１ ５’−ＣＡＴＧＣＴＧＡＣＧＡＣＴＴＣＣＴＧＣＡＡＧＣ−３’（配列番号：３２２）；及び
逆方向ＰＣＲプライマー２ ５’−ＣＣＡＣＡＣＡＧＴＣＴＣＴＧＣＴＴＣＴＴＧＧＧ−３’（配列番号：３２３）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＡＴＧＣＴＧＧＡＴＧＡＴＧＡＴＧＧＧＧＡＣＡＣＣＡＣＣＡＴＧＡＧＣＣＴＧＣＡＴＴ−３’（配列番号：２３４）
を持つＤＮＡ４５６２７配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１１３１遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。
ヌクレオチド位置１４４−１４６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置９８４−９８６に停止シグナルを有する単一の読み取り枠を含む全長クローンが同定された（Ｆｉｇ２２９；配列番号：３１８）。予測されたポリペプチド前駆体は２８０アミノ酸長であり、約３１，９６６ダルトンの算定分子量と約６．２６の推定ｐＩを有する。膜貫通ドメインは配列番号：３１９の約４９−７４にあり、ＬＤＬレセプターと配列同一性を有する領域は配列番号：３１９の約５０−２６５にある。ＰＲＯ１１３１は配列番号：３１９のアミノ酸位置９５−９８及び１６９−１７２に潜在的なＮ結合グリコシル化部位を含む。クローンＤＮＡ５９７７７−１４８０はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１１が付されている。
Ｆｉｇ２３０（配列番号：３１９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１３１アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＡＢ０１０７１０＿１， Ｉ４９０５３， Ｉ４９１１５， ＲＮＵ５６８６３＿１， ＬＹ４Ａ＿ＭＯＵＳＥ， Ｉ５５６８６， ＭＭＵ５６４０４＿１， Ｉ４９３６１， ＡＦ０３０３１３＿１及びＭＭＵ０９７３９＿１の間のある配列同一性が証明された。
【０４８４】
実施例１０２：ヒトＰＲＯ１２８１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上述の実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をＤＮＡ３５７２０と命名する。ＤＮＡ３５７２０配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１２８１に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：
５’−ＴＧＧＡＡＧＧＣＴＧＣＣＧＣＡＡＣＧＡＣＡＡＴＣ−３’（配列番号：３２７）；
５’−ＣＴＧＡＴＧＴＧＧＣＣＧＡＴＧＴＴＣＴＧ−３’（配列番号：３２８）；及び
５’−ＡＴＧＧＣＴＣＡＧＴＧＴＧＣＡＧＡＣＡＧ−３’（配列番号：３２９）。
逆方向ＰＣＲプライマー：
５’−ＧＣＡＴＧＣＴＧＣＴＣＣＧＴＧＡＡＧＴＡＧＴＣＣ−３’（配列番号：３３０）；及び
５’−ＡＴＧＣＡＴＧＧＧＡＡＡＧＡＡＧＧＣＣＴＧＣＣＣ−３’（配列番号：３３１）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ：
５’−ＴＧＣＡＣＴＧＧＴＧＡＣＣＡＣＧＡＧＧＧＧＧＴＧＣＡＣＴＡＴＡＧＣＣＡＴＣＴＧＧＡＧＣＴＧＡＧ−３’（配列番号：３３２）
を持つＤＮＡ３５７２０配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１２８１遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト胎児腎臓から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１２８１に対する全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ５９８２０−１５４９と命名［Ｆｉｇ２３２，配列番号：３２５］）とＰＲＯ１２８１に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＰＲＯ１２８１の全コード配列をＦｉｇ２３２（配列番号：３２５）に示す。クローンＤＮＡ５９８２０−１５４９は、ヌクレオチド位置２２８−２３０に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置２５５３−２５５５に見かけの停止コドンを有する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は７７５アミノ酸長である。Ｆｉｇ２３３に示した全長ＰＲＯ１２８１タンパク質は約８５，４８１ダルトンの見積もり分子量と約６．９２のｐＩを有する。さらなる特徴は、アミノ酸約１−１５のシグナルペプチド；及びアミノ酸約１３８−１４１及び３６１−３６４の潜在的なＮ−グリコシル化部位を含む。
Ｆｉｇ２３３（配列番号：３２６）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１２８１アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ４４８６０， ＣＥＴ２４Ｄ１＿１， ＣＥＣ３８Ｈ２＿３， ＣＡＣ２＿ＨＡＥＣＯ， Ｂ３Ａ２＿ＨＵＭＡＮ， Ｓ２２３７３， ＣＥＦ３８Ａ３＿２， ＣＥＣ３４Ｆ６＿２， ＣＥＣ３４Ｆ６＿３，及びＣＥＬＴ２２Ｂ１１＿３の間のある配列同一性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５９８２０−１５４９はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２９が付されている。
【０４８５】
実施例１０３：ヒトＰＲＯ１０６４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例２に記載したアミラーゼスクリーニングにおいて単離されたｃＤＮＡ配列は、ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメントコンピュータプログラムにより、既知のヒトタンパク質とは有意な配列同一性を持たないことが分かった。このｃＤＮＡ配列をここでＤＮＡ４５２８８と命名する。ついで、該ＤＮＡ４５２８８配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々なＥＳＴデータベースと比較して、相同性ＥＳＴ配列を同定した。比較はコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６）］を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ４８６０９と命名する。ついで、ＤＮＡ４８６０９配列に基づいてオリゴヌクレオチドプローブを合成し、ヒト胎児腎臓ｃＤＮＡライブラリをスクリーニングするために使用し、Ｆｉｇ２３４に示したＤＮＡ５９８２７−１４２６クローンが同定された。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂであり（ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５３：１２７８−１２８０ （１９９１）を参照されたい）、切断されたｃＤＮＡサイズは２８００ｂｐ未満であった。
用いたオリゴヌクレオチドプローブは次の通りである：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＧＡＧＡＣＣＣＴＧＣＡＧＣＡＣＣＡＴＣＴＧ−３’（配列番号：３３６）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＧＴＧＣＴＴＣＴＴＧＡＧＣＣＣＣＡＣＴＴＡＧＣ−３’（配列番号：３３７）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＡＡＴＣＴＡＧＣＴＴＣＴＣＣＡＧＧＡＣＴＧＴＧＧＴＣＧＣＣＣＣＧＴＣＣＧＣＴＧＴ−３’（配列番号：３３８）
を持つコンセンサスＤＮＡ４８６０９配列から作成した。
ヌクレオチド位置５３２−５３４に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置９９１−９９３に停止シグナルを有する単一の読み取り枠を含む全長クローンを同定した（Ｆｉｇ２３４、配列番号：３３３）。予測されたポリペプチド前駆体は１５３アミノ酸長で、約１７，３１７ダルトンの算定分子量と約５．１７の推定ｐＩを有する。Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）に示した全長ＰＲＯ１０６４配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約２４のシグナルペプチド、アミノ酸約８９からアミノ酸約１１０の膜貫通ドメイン、アミノ酸約１１４からアミノ酸約１３７のＭｙｂ ＤＮＡ結合ドメインタンパク質反復タンパク質相同ブロック、の存在が証明される。クローンＤＮＡ５９８２７−１４２６は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０８９が付されている。
Ｆｉｇ２３５（配列番号：３３４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１０６４アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＭＮＰ１５ＰＲＯ＿１， ＢＰ１８７ＰＬＹＨ＿１， ＣＥＬＦ４２Ｇ８＿４， ＭＭＵ５８８８８＿１， ＧＥＮ１４２７０， ＴＵＢ８＿ＳＯＬＴＵ， ＲＣＮ＿ＭＯＵＳＥ， ＨＵＭＲＢＳＹ７９＿１， ＳＥＳＥＮＯＤＡ＿１及びＡ２１４６７＿１の間の相同性が証明された。
【０４８６】
実施例１０４：ヒトＰＲＯ１３７９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上述の実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をＤＮＡ４５２３２と命名する。ＤＮＡ４５２３２コンセンサス配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１３７９に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＧＧＡＣＡＣＣＧＴＡＣＣＣＴＧＧＴＡＴＣＴＧＣ−３’（配列番号：３４１）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＣＡＡＣＴＣＴＧＡＧＧＡＧＡＧＣＡＡＧＴＧＧＣ−３’（配列番号：３４２）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＴＧＴＡＴＧＴＧＣＡＣＡＣＣＣＴＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＴＣＣＡＡＧＧＧＣＡＡＧＧＡＧＡＡＣ−３’（配列番号：３４３）
を持つＤＮＡ４５２３２配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１３７９遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト胎児腎臓組織から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ここでＤＮＡ５９８２８−１６０８と命名されＦｉｇ２３７（配列番号：３３９）に示されるＰＲＯ１３７９に対する全長ＤＮＡ配列とＰＲＯ１３７９に対する誘導タンパク質配列（配列番号：３４０）が得られた。
ＰＲＯ１３７９の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２３７（配列番号：３３９）に示す。クローンＤＮＡ５９８２８−１６０８は、ヌクレオチド位置１０−１２に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１７３２−１７３４に見かけの停止コドンを有する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は５７４アミノ酸長である。Ｆｉｇ２３８に示した全長ＰＲＯ１３７９タンパク質は約６５，３５５ダルトンの見積もり分子量と約８．７３のｐＩを有する。さらなる特徴は、アミノ酸約１−１７のシグナルペプチド及びアミノ酸約１６０−１６３、２８７−２９０、及び３２３−３２６の潜在的なＮ−グリコシル化部位を含む。
Ｆｉｇ２３８（配列番号：３４０）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３７９アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＹＨＹ８＿ＹＥＡＳＴ， ＡＦ０４０６２５＿１， ＨＰ７１４３９４＿１，及びＨＩＶ１８Ｕ４５６３０＿１の間のある相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５９８２８−１６０８はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５８が付されている。
【０４８７】
実施例１０５：ヒトＰＲＯ８４４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＴＭ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）をサーチして、ＬＰと配列同一性を示したＥＳＴを同定した。ここに提供された情報と発見に基づいて、このＥＳＴに対するクローン、ガン性肺ライブラリからのＩｎｃｙｔｅクローン番号２６５７４９６をさらに調べた。
このクローンに対する挿入断片のＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ８４４に対する全長ＤＮＡ配列を含む配列（ここでＤＮＡ５９８３８−１４６２と命名；配列番号：３４４）とＰＲＯ８４４に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ５９８３８−１４６２の全ヌクレオチド配列はＦｉｇ２３９（配列番号：３４４）に示す。クローンＤＮＡ５９８３８−１４６２は、配列番号：３４４（Ｆｉｇ２３９）のヌクレオチド位置５−７に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置３３８−３４０の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は１１１アミノ酸長である（Ｆｉｇ２４０）。Ｆｉｇ２４０に示した全長ＰＲＯ８４４タンパク質は約１２，０５０ダルトンの見積もり分子量と約５．４５のｐＩを有する。クローンＵＮＱ５４４ＤＮＡ５９８３８−１４６２は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
全長ＰＲＯ８４４のアミノ酸配列を分析すると、セリンプロテアーゼ阻害剤に対して有意な配列類似性を有していることが示唆され、ＰＲＯ８４４は新規なプロテイナーゼ阻害剤となりうることを示している。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ８４４アミノ酸配列と少なくとも次のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＡＬＫ１＿ＨＵＭＡＮ， Ｐ＿Ｐ８２４０３， Ｐ＿Ｐ８２４０２， ＥＬＡＦ＿ＨＵＭＡＮ及びＰ＿Ｐ６０９５０の間の有意な相同性が証明された。
【０４８８】
実施例１０６：ヒトＰＲＯ８４８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５５９９９と命名する。
ＤＮＡ５５９９９コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２７６８５７１内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２７６８５７１を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２４１に示し、ここでＤＮＡ５９８３９−１４６１と命名する。
ＤＮＡ５９８３９−１４６１の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２４１（配列番号：３４６）に示す。クローンＤＮＡ５９８３９−１４６１は、配列番号：３４６（Ｆｉｇ２４１）のヌクレオチド位置１４６−１４８に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１９４６−１９４８の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は６００アミノ酸長である（Ｆｉｇ２４２）。Ｆｉｇ２４２に示した全長ＰＲＯ８４８タンパク質は約６８，５３６ダルトンの見積もり分子量を有する。クローンＤＮＡ５９８３９−１４６１は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
全長ＰＲＯ８４８ポリペプチドのアミノ酸配列を分析すると、新規なシアリルトランスフェラーゼでありうることが示唆される。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ８４８アミノ酸配列と少なくとも次のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｐ＿Ｒ７８６１９（ＧａｌＮＡｃ−α−２，６−シアリルトランスフェラーゼ）， ＣＡＡＧ５＿ＣＨＩＣＫ（α−ｎ−アセチルガラクトサミド α−２，６−シアリルトランスフェラーゼ）， ＨＳＵ１４５５０＿１， ＣＡＧ６＿ＨＵＭＡＮ及びＰ＿Ｒ６３２１７（ヒトα−２，３−シアリルトランスフェラーゼ）の間の配列同一性が証明された。
【０４８９】
実施例１０７：ヒトＰＲＯ１０９７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６００６と命名する。
ＤＮＡ５６００６コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２４０８１０５内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２４０８１０５を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２４３に示し、ここでＤＮＡ５９８４１−１４６０と命名する。
ＤＮＡ５９８４１−１４６０の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２４３（配列番号：３４８）に示す。クローンＤＮＡ５９８４１−１４６０は、配列番号：３４８（Ｆｉｇ２４３）のヌクレオチド位置３−５に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置２７６−２７８の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は９１アミノ酸長である（Ｆｉｇ２４４）。Ｆｉｇ２４４に示した全長ＰＲＯ１０９７タンパク質は約１０，５４２ダルトンの見積もり分子量と約１０．０４のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９８４１−１４６０は１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
Ｆｉｇ２４４を分析すると、シグナルペプチドは配列番号：３４９のアミノ酸約１−２０にある。グリコプレテアーゼファミリーのタンパク質ドメインは配列番号：３４９のアミノ酸約５６で始まり、アシルトランスフェラーゼＣｈｏＡｃｔａｓｅ／ＣＯＴ／ＣＰＴファミリーペプチドはアミノ酸約４９で始まる。
【０４９０】
実施例１０８：ヒトＰＲＯ１１５３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６００８と命名する。
ＤＮＡ５６００８コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２４７２４０９内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２４７２４０９を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２４５に示し、ここでＤＮＡ５９８４２−１５０２と命名する。
Ｆｉｇ２４５に示す全長クローンは、ヌクレオチド位置９２−９４に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置６８３−６８５に見出される停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２４５；配列番号：３５０）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２４６、配列番号：３５１）は１９７アミノ酸長である。ＰＲＯ１１５３は約２１，５４０ダルトンの算定分子量と約８．３１の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９８４２−１５０２はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８２が付された。正しい実際の配列は寄託されたクローンにあり、ここには少しの誤差がありうる現在の配列決定法に基づくものが提供されていることが理解される。
全長配列の（ＡＬＩＧＮコンピュタープログラムを使用する）ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析に基づいて、ＰＲＯ１１５３は、次のＤａｙｈｏｆｆ標記：Ｓ５７４４７； ＳＯＹＨＲＧＰＣ＿１； Ｓ４６９６５； Ｐ＿Ｐ８２９７１； ＶＣＰＨＥＲＯＰＨ＿１； ＥＸＴＮ＿ＴＯＢＡＣ； ＭＬＣＢ２５４８＿９； ＡＮＸＡ＿ＲＡＢＩＴ； ＪＣ５４３７及びＳＳＧＰ＿ＶＯＬＣＡに対してある程度のアミノ酸配列同一性を示している。
【０４９１】
実施例１０９：ヒトＰＲＯ１１５４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６０２５と命名する。
ＤＮＡ５６０２５コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２１６９３７５内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２１６９３７５を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２４７に示し、ここでＤＮＡ５９８４６−１５０３と命名する。
Ｆｉｇ２４７に示す全長クローンは、ヌクレオチド位置８６−８８に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置２９０９−２９１１に見出される停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２４７；配列番号：３５２）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２４８、配列番号：３５３）は９４１アミノ酸長である。ＰＲＯ１１５４は約１０７，１４４ダルトンの算定分子量と約６．２６の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９８４６−１５０３はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７８が付された。
全長配列の（ＡＬＩＧＮコンピュタープログラムを使用する）ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析に基づいて、ＰＲＯ１１５４は、少なくとも次のＤａｙｈｏｆｆ標記：ＡＢ０１１０９７＿１， ＡＭＰＮ＿ＨＵＭＡＮ， ＲＮＵ７６９９７＿１， １５９３３１， ＧＥＮ１４０４７， ＨＳＵ６２７６８＿１， Ｐ＿Ｒ５１２８１， ＣＥＴ０７Ｆ１０＿１， ＳＳＵ６６３７１＿１，及びＡＭＰＲＥ＿ＨＵＭＡＮに対して配列同一性を示している。
【０４９２】
実施例１１０：ヒトＰＲＯ１１８１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで８２４６８と命名した、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６０２９と命名する。
ＤＮＡ５６０２９コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２１８６５３６内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２１８６５３６を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２４９に示し、ここでＤＮＡ５９８４７−１５１１と命名する。
クローンＤＮＡ５９８４７−１５１１は、ヌクレオチド位置１７−１９に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１３２８−１３３０の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２４９）。予測されたポリペプチド前駆体は４３７アミノ酸長である（Ｆｉｇ２５０）。Ｆｉｇ２５０に示した全長ＰＲＯ１１８１タンパク質は約４６，３６３ダルトンの見積もり分子量と約６．２２のｐＩを有する。Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）に示した全長ＰＲＯ１１８１配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約１５のシグナルペプチド、アミノ酸約４６からアミノ酸約４９、アミノ酸約１８９からアミノ酸約１９２及びアミノ酸約１９２からアミノ酸約３８２の潜在的なＮ−グリコシル化部位及びアミノ酸約２８７からアミノ酸約３００及びアミノ酸約９８からアミノ酸約１１１のＬｙ−６／ｕ−ＰＡＲドメインタンパク質と相同性を有するアミノ酸配列ブロック、の存在が証明される。クローンＤＮＡ５９８４７−１５１１は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９８が付されている。
Ｆｉｇ２５０（配列番号：３５５）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１８１アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０４１０８３＿１， Ｐ＿Ｗ２６５７９， ＲＮＭＡＧＰＩＡＮ＿１， ＣＥＬＴ１３Ｃ２＿２， ＬＭＳＡＰ２ＧＮ＿１， Ｓ６１８８２， ＣＥＦ３５Ｃ５＿１２， ＤＰ８７＿ＤＩＣＤＩ， ＧＩＵ４７６３１＿１及びＰ＿Ｒ０７０９２の間の相同性が証明された。
【０４９３】
実施例１１１：ヒトＰＲＯ１１８２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１４６６４７と命名した、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６０３３と命名する。
ＤＮＡ５６０３３コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２５９５１９５内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２５９５１９５を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２５１に示し、ここでＤＮＡ５９８４８−１５１２と命名する。
クローンＤＮＡ５９８４８−１５１２は、ヌクレオチド位置６７−６９に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置８８０−８８２の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２５１）。予測されたポリペプチド前駆体は２７１アミノ酸長である（Ｆｉｇ２５２）。Ｆｉｇ２５２に示した全長ＰＲＯ１１８２タンパク質は約２８，６６５ダルトンの見積もり分子量と約５．３３のｐＩを有する。Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）に示した全長ＰＲＯ１１８２配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約２５のシグナルペプチド、アミノ酸約２４７からアミノ酸約２５６のＣ型レクチンドメインタンパク質と相同性を有するアミノ酸ブロック及びアミノ酸約４４からアミノ酸約７７のＣ１ｑドメインタンパク質と相同性を有するアミノ酸配列ブロック、の存在が証明される。クローンＤＮＡ５９８４８−１５１２は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０８８が付されている。
Ｆｉｇ２５２（配列番号：３５７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１８２アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＰＳＰＤ＿ＢＯＶＩＮ， ＣＬ４３＿ＢＯＶＩＮ， ＣＯＮＧ＿ＢＯＶＩＮ， Ｐ＿Ｗ１８７８０， Ｐ＿Ｒ４５００５， Ｐ＿Ｒ５３２５７及びＣＥＬＥＧＡＰ７＿１の間の有意な相同性が証明された。
【０４９４】
実施例１１２：ヒトＰＲＯ１１５５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６１０２と命名する。
ＤＮＡ５６１０２コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２８５８８７０内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２８５８８７０を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２５３に示し、ここでＤＮＡ５９８４９−１５０４と命名する。
Ｆｉｇ２５３に示した全長クローンは、ヌクレオチド位置１５８−１６０に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置５６３−５６５の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２５３；配列番号：３５８）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２５４、配列番号：３５９）は１３５アミノ酸長である。ＰＲＯ１１５５タンパク質は約１４，８３３ダルトンの算定分子量と約９．７８のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９８４９−１５０４はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８６が付されている。実際のクローンは正しい配列を有する一方、ここに記載したものは些細な配列決定誤差のおそれがある表示にすぎないことが理解される。
全長配列の（ＡＬＩＧＮコンピュータプログラムを使用する）ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析に基づいて、ＰＲＯ１１５５は次のＤａｙｈｏｆｆ表示：ＴＫＮＫ＿ＢＯＶＩＮ； ＰＶＢ１９Ｘ５８７＿１； ＡＦ０１９０４９＿１； Ｐ＿Ｗ００９４８； Ｓ７２８６４； Ｐ＿Ｗ００９４９； Ｉ６２７４２； ＡＦ０３８５０１＿１； ＴＫＮＧ＿ＨＵＭＡＮ；及びＹＡＴ１＿ＲＨＯＢＬとある程度のアミノ酸配列同一性を示している。ここに提供された情報に基づいて、ＰＲＯ１１５５は神経保護と向知性化の提供にある役割を果たしうる。
【０４９５】
実施例１１３：ヒトＰＲＯ１１５６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、ここで１３８８５１と命名した、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６２６１と命名する。
ＤＮＡ５６２６１コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３６７５１９１内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３６７５１９１を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２５５に示し、ここでＤＮＡ５９８５３−１５０５と命名する。
Ｆｉｇ２５５に示した全長クローンは、ヌクレオチド位置２１２−２１４に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置６８９−６９１に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２５５；配列番号：３６０）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２５６；配列番号：３６１）は１５９アミノ酸長である。ＰＲＯ１１５６は約１７，４７６ダルトンの算定分子量、約９．１５の推定ｐＩ、アミノ酸約１から約２２のシグナルペプチド配列、及びアミノ酸約２７−３０及び４１−４４の潜在的なＮ−グリコシル化部位を有する。
クローンＤＮＡ５９８５３−１５０５は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８５が付されている。
Ｆｉｇ２５６（配列番号：３６１）に示した全長配列の（ＡＬＩＧＮコンピュータプログラムを使用する）ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１５６アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｄ４５０２７＿１， Ｐ＿Ｒ７９９１４， ＪＣ５３０９， ＫＢＦ２＿ＨＵＭＡＮ， ＡＦ０１０１４４＿１， ＧＥＮ１４３５１， Ｓ６８６８１， Ｐ＿Ｒ７９９１５， ＺＭＴＡＣ＿３， 及びＨＵＭＣＰＧＯ＿１の間のある程度の相同性が明らかになった。
【０４９６】
実施例１１４：ヒトＰＲＯ１０９８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６３７７と命名する。
ＤＮＡ５６３７７コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３０５０９１７内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３０５０９１７を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２５７に示し、ここでＤＮＡ５９８５４−１４５９と命名する。
ＤＮＡ５９８５４−１４５９の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２５７（配列番号：３６２）に示す。クローンＤＮＡ５９８５４−１４５９は、配列番号：３６２（Ｆｉｇ２５７）のヌクレオチド位置５８−６０に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置２９２−２９４の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は７８アミノ酸長である（Ｆｉｇ２５８）。Ｆｉｇ２５８に示した全長ＰＲＯ１０９８タンパク質は約８，３９６ダルトンの見積もり分子量と約７．６６のｐＩを有する。クローンＤＮＡ５９８５４−１４５９は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は既知の配列決定法に基づいていることが理解される。
Ｆｉｇ２５８を分析すると、シグナル配列は配列番号：３６３のアミノ酸約１−１９にあり、Ｎ−グリコシル化部位は配列番号：３６３のアミノ酸約３７−４０にあるように思われ、Ｎ−ミリストイル化部位は配列番号：３６３のアミノ酸約１５−２０、１９−２４及び６０−６５にあるように思われる。
【０４９７】
実施例１１５：ヒトＰＲＯ１１２７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５７９５９と命名する。
ＤＮＡ５７９５９コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号６８５１２６内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン６８５１２６を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２５９に示し、ここでＤＮＡ６０２８３−１４８４と命名する。
Ｆｉｇ２５９に示す全長クローンは、ヌクレオチド位置１２６−１２８に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置３２７−３２９に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２５９；配列番号：３６４）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２６０、配列番号：３６５）は配列番号：３６５の約１−２９のシグナルペプチドを含む６７アミノ酸長である。ＰＲＯ１１２７は約７，５２８ダルトンの算定分子量と約４．９５の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６０２８３−１４８４は１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０４３が付された。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有する一方、些細な配列決定誤差を有しうる表示がここに提供されていることが理解される。
Ｆｉｇ２６０（配列番号：３６５）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１２７アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０３７２１８＿４８， Ｐ＿Ｗ０９６３８， ＨＢＡ＿ＨＥＴＰＯ， Ｓ３９８２１， ＫＲ２＿ＥＢＶ， ＣＥＴ２０Ｄ３＿８， ＨＣＵ３７６３０＿１， ＨＳ１９３Ｂ１２＿１０， Ｓ４００１２ 及びＴＲＩＴＵＢＣ＿１の間のある程度の相同性が明らかになった。
【０４９８】
実施例１１６：ヒトＰＲＯ１１２６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６２５０と命名する。
ＤＮＡ５６２５０コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１４３７２５０内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン１４３７２５０を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２６１に示し、ここでＤＮＡ６０６１５−１４８３と命名する。
クローンＤＮＡ６０６１５−１４８３は、ヌクレオチド位置１１０−１１２に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１３１６−１３１８の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２６１）。予測されたポリペプチド前駆体は４０２アミノ酸長である（Ｆｉｇ２６２）。Ｆｉｇ２６２に示される全長ＰＲＯ１１２６タンパク質は約４５，９２１ダルトンの見積もり分子量と約８．６０のｐＩを有する。Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）に示した全長ＰＲＯ１１２６配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約２５のシグナルペプチド及びアミノ酸約６６からアミノ酸約６９、アミノ酸約１３８からアミノ酸約１４１及びアミノ酸約１８３からアミノ酸約１８６の潜在的なＮ−グリコシル化部位の存在が証明される。クローンＤＮＡ６０６１５−１４８３は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９８０が付されている。
Ｆｉｇ２６２（配列番号：３６７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１２６アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｉ７３６３６， ＮＯＭＲ＿ＨＵＭＡＮ， ＭＭＵＳＭＹＯＣ３＿１， ＨＳ４５４Ｇ６＿１， Ｐ＿Ｒ９８２２５， ＲＮＵ７８１０５＿１， ＲＮＵ７２４８７＿１， ＡＦ０３５３０１＿１， ＣＥＥＬＣ４８Ｅ７＿４及びＣＥＦ１１Ｃ３＿３の間の有意な相同性が証明された。
【０４９９】
実施例１１７：ヒトＰＲＯ１１２５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６５４０と命名する。
ＤＮＡ５６５４０コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１４８６１１４内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン１４８６１１４を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２６３に示し、ここでＤＮＡ６０６１５−１４８２と命名する。
Ｆｉｇ２６３に示される全長クローンは、ヌクレオチド位置４７−４９に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１３８８−１３９０に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２６３，配列番号：３６８）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２６４，配列番号：３６９）は４４７アミノ酸長である。ＰＲＯ１１２５は約４９，７９８ダルトンの算定分子量と約９．７８の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６０６１９−１４８２はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９９３が付された。クローンは実際の核酸配列を有し、ここに提供された配列は些細な誤差を含みうる現在の方法に基づく表示であることが理解される。
全長配列の（ＡＬＩＧＮコンピュータプログラムを使用する）ＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法に基づいて、ＰＲＯ１１２５は次のＤａｙｈｏｆｆ表記：ＲＣＯ１＿ＮＥＵＣＲ； Ｓ５８３０６； ＰＫＷＡ＿ＴＨＥＣＵ； Ｓ７６０８６； Ｐ＿Ｒ８５８８１； ＨＥＴ１＿ＰＯＤＡＮ； ＳＰＵ９２７９２＿１； ＡＰＡＦ＿ＨＵＭＡＮ； Ｓ７６４１４及びＳ５９３１７とある程度の配列同一性を示す。
【０５００】
実施例１１８：ヒトＰＲＯ１１８６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６７４８と命名する。
ＤＮＡ５６７４８配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３４７６７９２内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３４７６７９２を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２６５に示し、ここでＤＮＡ６０６２１−１５１６と命名する。
Ｆｉｇ２６５に示す全長クローンは、ヌクレオチド位置９１−９３に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置４０６−４０８に見出される停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２６５；配列番号：３７０）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２６６；配列番号：３７１）は１０５アミノ酸長である。シグナルペプチドは配列番号：３７１のアミノ酸１−１９にある。ＰＲＯ１１８６は約１１，７１５ダルトンの算定分子量と約９．０５の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６０６２１−１５１６は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９１が付された。
Ｆｉｇ２６６（配列番号：３７１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１８６アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＶＰＲＡ＿ＤＥＮＰＯ， ＬＦＥ４＿ＣＨＩＣＫ， ＡＦ０３４２０８＿１， ＡＦ０３０４３３＿１， Ａ５５０３５， ＣＯＬ＿ＲＡＢＩＴ， ＣＥＬＢ０５０７＿９， Ｓ６７８２６＿１， Ｓ３４６６５及びＣＲＵ７３８１７＿１の間のある程度の配列同一性が明らかにされた。
【０５０１】
実施例１１９：ヒトＰＲＯ１１９８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ＤＮＡ５２０８３とここで呼ばれる最初のＤＮＡ配列は、一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優先的に表すヒト臍静脈内皮細胞ｃＤＮＡライブラリにおいて酵母スクリーニングを使用して同定された。ＤＮＡ５２０８３を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６）］を使用して、公のデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）からのＥＳＴと比較した。ＥＳＴを集合化し、コンピュータプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。一または複数のＥＳＴがヒト乳房皮膚組織バイオプシーから得られた。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ５２７８０と命名する。
ＤＮＡ５２７８０コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３８５２９１０内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３８５２９１０を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２６７に示し、ここでＤＮＡ６０６２２−１５２５と命名する。
Ｆｉｇ２６７（配列番号：３７２）に示す全長ＤＮＡ６０６２２−１５２５クローンは、ヌクレオチド位置５４から５６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置７４１から７４３に見出される停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む。Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）に示す、予測されたポリペプチド前駆体は２２９アミノ酸長である。ＰＲＯ１１９８は約２５，７６４ダルトンの算定分子量と約９．１７の推定ｐＩを有する。アミノ酸約１から３４にシグナルペプチドがある。アミノ酸約１４２から約１７５にグリコシルヒドラーゼファミリー３１タンパク質と配列同一性がある。
Ｆｉｇ２６８（配列番号：３７３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１９８アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＴＦ６Ｈ１１＿６， ＵＣＲＩ＿ＲＡＴ， ＴＯＢＳＵＰ２ＮＴ＿１， ＲＣＵＥＲＦ３＿１， ＡＭＵ８８１８６＿１， Ｐ＿Ｗ２２４８５， Ｓ５６５７９， ＡＦ０４０７１１＿１， ＤＰＰ４＿ＰＩＧの間のある程度の相同性が明らかにされた。
クローンＤＮＡ６０６２２−１５２５は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９０が付された。
【０５０２】
実施例１２０：ヒトＰＲＯ１１５８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５７２４８と命名する。
ＤＮＡ５７２４８コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２６４０７７６内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２６４０７７６を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２６９に示し、ここでＤＮＡ６０６２５−１５０７と命名する。
Ｆｉｇ２６９に示す全長クローンは、ヌクレオチド位置１６３から１６５に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置５３２から５３４に見出される停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２６９；配列番号：３７４）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２７０；配列番号：３７５）は１２３アミノ酸長である。ＰＲＯ１１５８は約１３，１１３ダルトンの算定分子量と約８．５３の推定ｐＩを有する。さらなる特徴は、アミノ酸約１−１９のシグナルペプチド配列、アミノ酸約５６−８０の膜貫通ドメイン及びアミノ酸約３６−３９の潜在的なＮ−グリコシル化部位を含む。クローンＤＮＡ６０６２５−１５０７は１９９８年６月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７５が付された。
Ｆｉｇ２７０（配列番号：３７５）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１５８アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＴＡＣ００３１０５１０Ｆ１８Ａ８．１０， Ｐ＿Ｒ８５１５１， ＰＨＳ２＿ＳＯＬＴＵ， ＲＮＭＨＣＩＢＡＣ＿１， ＲＮＡ１ＦＭＨＣ＿１， Ｉ６８７７１， ＲＮＲＴ１Ａ１０Ｇ＿１， ＰＴＰＡ＿ＨＵＭＡＮ， ＨＵＭＧＡＣＡ＿１， 及びＣＨＫＰＴＰＡ＿１の間のある程度の相同性が明らかにされた。
【０５０３】
実施例１２１：ヒトＰＲＯ１１５９をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５７２２１と命名する。
ＤＮＡ５７２２１コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３７６７７６内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３７６７７６を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２７１に示し、ここでＤＮＡ６０６２７−１５０８と命名する。
クローンＤＮＡ６０６２７−１５０８は、ヌクレオチド位置９２−９４に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置３６２−３６４の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２７１）。予測されたポリペプチド前駆体は９０アミノ酸長である（Ｆｉｇ２７２）。Ｆｉｇ２７２に示された全長ＰＲＯ１１５９タンパク質は約９，８４０ダルトンの見積もり分子量と約１０．１３の推定ｐＩを有する。Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）に示した全長ＰＲＯ１１５９配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約１５のシグナルペプチド及びアミノ酸約３８からアミノ酸約４１の潜在的なＮ−グリコシル化部位の存在が証明される。クローンＤＮＡ６０６２７−１５０８は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９２が付されている。
Ｆｉｇ２７２（配列番号：３７７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１５９アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０１６４９４＿６， ＡＦ０３６７０８＿２０， ＤＳＳＣＵＴＥ＿１， Ｄ８９１００＿１， Ｓ２８０６０， ＭＥＦＡ＿ＸＥＮＬＡ， ＡＦ０２０７９８＿１２， Ｇ７００６５， Ｅ６４４２３， ＪＱ２００５の間の有意な相同性が明らかにされた。
【０５０４】
実施例１２２：ヒトＰＲＯ１１２４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６０３５と命名する。
ＤＮＡ５６０３５コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号２７６７６４６内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン２７６７６４６を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２７３に示し、ここでＤＮＡ６０６２９−１４８１と命名する。
Ｆｉｇ２７３に示した全長クローンは、ヌクレオチド位置２５−２７に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置２７８２−２７８４に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２７３；配列番号：３７８）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２７４、配列番号：３７９）は９１９アミノ酸長である。ＰＲＯ１１２４は約１０１，２８２ダルトンの算定分子量と約５．３７の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６０６２９−１４８１はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９７９が付されている。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有する一方、通常の些細な誤差を含みうる現在の配列決定法に基づく表示のみがここに提供されることが理解される。
全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析に基づくと、ＰＲＯ１１２４は塩素イオンチャンネルタンパク質とＥＣＡＭ−１に対して有意なアミノ酸配列同一性を示している。特に、次のＤａｙｈｏｆｆ表示は、ＰＲＯ１１２４と配列同一性を有すると同定された：ＥＣＬＣ＿ＢＯＶＩＮ， ＡＦ００１２６１＿１， Ｐ＿Ｗ０６５４８， ＳＳＣ６Ａ１０＿１， ＡＦ００４３５５＿１， Ｓ７６６９１， ＡＦ０１７６４２， ＢＹＵ０６８６６＿２， ＣＳＡ＿ＤＩＣＤＩ及びＳＡＵ４７１３９＿２。
【０５０５】
実施例１２３：ヒトＰＲＯ１２８７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）をサーチして、フリンジタンパク質と相同性を示したＥＳＴを同定した。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々なＥＳＴデータベースと比較して、相同性ＥＳＴ配列を同定した。比較はコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６）］を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ４０５６８と命名する。
ＤＮＡ４０５６８コンセンサス配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１２８７に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般に２０から３０ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長のＰＣＲ生成物を生じるように設計される。プローブ配列は典型的には４０−５５ｂｐ長である。ある場合には、コンセンサス配列が約１−１．５ｋｂｐよりも大きい場合に、さらなるオリゴヌクレオチドが合成される。全長クローンについて数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、ＰＣＲプライマー対での、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， 上掲のようなＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＣＧＧＧＧＡＡＡＧＧＧＡＣＴＴＧＡＴＧＴＴＧＧ−３’（配列番号：３８２）
逆方向ＰＣＲプライマー１ ５’−ＧＣＧＡＡＧＧＴＧＡＧＣＣＴＣＴＡＴＣＴＣＧＴＧＣＣ−３’（配列番号：３８３）
逆方向ＰＣＲプライマー２ ５’−ＣＡＧＣＣＴＡＣＡＣＧＴＡＴＴＧＡＧＧ−３’（配列番号：３８４）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＣＡＧＴＣＡＧＴＡＣＡＡＴＣＣＴＧＧＣＡＴＡＡＴＡＴＡＣＧＧＣＣＡＣＣＡＴＧＡＴＧＣＡＧＴＣＣＣ−３’（配列番号：３８５）
を持つコンセンサスＤＮＡ４０５６８配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１２８７遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。
ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト骨髄組織から単離された。ｃＤＮＡクローンを単離するために使用されるｃＤＮＡライブラリは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡからのもののような商業的に入手可能な試薬を使用する標準的な方法により作成した。ｃＤＮＡはＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴで初回刺激され、ＳａｌＩヘミキナーゼ化アダプターに平滑末端化されて結合され、ＮｏｔＩで切断され、ゲル電気泳動により適切なサイズにされ、独特のＸｈｏＩ及びＮｏｔＩ部位において適当なクローニングベクター（例えばｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３：１２７８−１２８０ （１９９１）を参照のこと）に決まった配向でクローニングされた。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１２８７に対する全長ＤＮＡ配列（ＤＮＡ６１７５５−１５５４［Ｆｉｇ２７５、配列番号：３８０］と命名）とＰＲＯ１２８７に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ６１７５５−１５５４の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２７５（配列番号：３８０）に示す。全長クローンは、ヌクレオチド位置６５５−６５７に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置２２５１−２２５３に停止シグナルを有する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２７５；配列番号：３８０）。予測されたポリペプチド前駆体は５３２アミノ酸長であり、約６１，３５１ダルトンの算定分子量と約８．７７の推定ｐＩを有する。Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）に示した全長ＰＲＯ１２８７配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約２７のシグナルペプチド及びアミノ酸約３１５からアミノ酸約３１８およびアミノ酸約３２４からアミノ酸約３２７の潜在的なＮ−グリコシル化部位の存在が証明される。クローンＤＮＡ６１７５５−１５５４は１９９８年８月１１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１２が付されている。
Ｆｉｇ２７６（配列番号：３８１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１２８７アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＴ２４Ｄ１＿１， ＥＺＲＩ＿ＢＯＶＩＮ， ＧＧＵ１９８８９＿１， ＣＣ３＿ＹＥＡＳＴ， Ｓ７４２４４， ＮＡＬＳ＿ＭＯＵＳＥ， ＭＯＥＳ＿ＰＩＧ， Ｓ２８６６０， Ｓ４４８６０及びＹＮＡ４＿ＣＡＥＥＬの間の有意な相同性が証明された。
【０５０６】
実施例１２４：ヒトＰＲＯ１３１２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ＤＮＡ５５７７３は、一次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優先的に表す酵母スクリーニングを使用してヒト胎児腎臓ｃＤＮＡライブラリにおいて同定された。ＤＮＡ５５７７３配列に基づいて、ＰＲＯ１３１２に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のためにオリゴヌクレオチドを合成した。
Ｆｉｇ２７７（配列番号：３８６）に示す全長ＤＮＡ６１８７３−１５７４クローンは、ヌクレオチド位置７−９に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置６４３−６４５に見出される停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は２１２アミノ酸長である（Ｆｉｇ２７８、配列番号：３８７）。ＰＲＯ１３１２は約２４，０２４ダルトンの算定分子量と約６．２６の推定ｐＩを有する。他の特徴は、アミノ酸約１−１４のシグナルペプチド、アミノ酸約１４１−１６０の膜貫通ドメイン、及びアミノ酸約７６−７９及び９３−９６の潜在的なＮ−グリコシル化部位を含む。
Ｆｉｇ２７８（配列番号：３８７）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３１２アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＧＣＩＮＴＡＬＰＨ＿１， ＧＩＢＭＵＣ１Ａ＿１， Ｐ＿Ｒ９６２９８， ＡＦ００１４０６＿１， ＰＶＵ８８８７４＿１， Ｐ＿Ｒ８５１５１， ＡＦ０４１４０９＿１， ＣＥＬＣ５０Ｆ２＿７， Ｃ４５８７５，及びＡＢ００９５１０＿２１の間のある程度の相同性が明らかにされた。
クローンＤＮＡ６１８７３−１５７４はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３２が付された。
【０５０７】
実施例１２５：ヒトＰＲＯ１１９２をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上述の実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をＤＮＡ３５９２４と命名する。ＤＮＡ３５９２４コンセンサス配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１１９２に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＣＧＡＧＧＣＣＡＴＣＴＡＧＡＧＧＣＣＡＧＡＧＣ−３’（配列番号：３９０）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＣＡＧＧＣＡＧＡＧＣＣＡＡＴＧＧＣＣＡＧＡＧＣ−３’（配列番号：３９１）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＡＧＡＧＧＡＣＴＧＣＧＧＧＡＧＴＴＴＧＧＧＡＣＣＴＴＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＴＧＣＴＣＡＴＧ−３’（配列番号：３９２）
を持つコンセンサスＤＮＡ３５９２４配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１１９２遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト胎児肝臓および脾臓組織から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ここでＤＮＡ６２８１４−１５２１と命名されＦｉｇ２７９（配列番号：３８８）に示されるＰＲＯ１１９２に対する全長ＤＮＡ配列とＦｉｇ２８０に示されるＰＲＯ１１９２に対する誘導タンパク質配列（配列番号：３８９）が得られた。
ＰＲＯ１１９２の全コード配列をＦｉｇ２７９（配列番号：３８８）に示す。クローンＤＮＡ６２８１４−１５２１は、ヌクレオチド位置１２１−１２３に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置７６６−７６８に見かけの停止コドンを有する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は２１５アミノ酸長である。予想されたポリペプチド前駆体は、次の特徴：Ｆｉｇ２８０のアミノ酸約１−２１のシグナルペプチド；アミノ酸約１５３−１７６の膜貫通ドメイン；アミノ酸約３９−４２及び１１８−１２１の潜在的なＮ−グリコシル化部位；及びアミノ酸約２７−６８及び９９−１２８のミエリンＰ０タンパク質との相同性を有する。Ｆｉｇ２８０に示した全長ＰＲＯ１１９２タンパク質は約２４，４８４ダルトンの見積もり分子量と約６．９８のｐＩを有する。
Ｆｉｇ２８０（配列番号：３８９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１９２アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＧＥＮ１２８３８， ＭＹＰ０＿ＨＵＭＡＮ， ＡＦ０４９４９８＿１， ＧＥＮ１４５３１， Ｐ＿Ｗ１４１４６， ＨＳ４６ＫＤＡ＿１， ＣＩＮＢ＿ＲＡＴ， ＯＸ２Ｇ＿ＲＡＴ， Ｄ８７０１８＿１，及びＤ８６９９６＿２の間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ６２８１４−１５２１は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９３が付されている。
【０５０８】
実施例１２６：ヒトＰＲＯ１１６０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上述の実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をＤＮＡ４０６５０と命名する。ＤＮＡ４０６５０コンセンサス配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１１６０に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＣＴＣＣＣＴＧＡＴＣＴＴＣＡＴＧＴＣＡＣＣＡＣＣ−３’（配列番号：３９５）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＧＧＧＡＣＡＣＡＣＴＣＴＡＣＣＡＴＴＣＧＧＧＡＧ−３’（配列番号：３９６）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＣＣＡＴＣＴＴＴＣＴＧＧＴＣＴＣＴＧＣＣＣＡＧＡＡＴＣＣＧＡＣＡＡＣＡＧＣＴＧＣＴＣ−３’（配列番号：３９７）
を持つコンセンサスＤＮＡ４０６５０配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１１６０遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト乳房組織から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、（ここでＤＮＡ６２８７２−１５０９［Ｆｉｇ２８１，配列番号：３９３］と命名された）ＰＲＯ１１６０に対する全長ＤＮＡ配列とＰＲＯ１１６０に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ６２８７２−１５０９の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２８１（配列番号：３９３）に示す。クローンＤＮＡ６２８７２−１５０９は、ヌクレオチド位置４０−４２に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置３１０−３１２の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２８１）。予測されたポリペプチド前駆体は９０アミノ酸長である（Ｆｉｇ２８２）。Ｆｉｇ２８２に示した全長ＰＲＯ１１６０タンパク質は約９，０３９ダルトンの見積もり分子量と約４．３７のｐＩを有する。Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）に示した全長ＰＲＯ１１６０配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約１９のシグナルペプチド及びアミノ酸約６８からアミノ酸約７０のプロテインキナーゼＣリン酸化部位の存在が証明される。クローンＤＮＡ６２８７２−１５０９は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１００が付されている。
Ｆｉｇ２８２（配列番号：３９４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１６０アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｂ３０３０５， ＧＥＮ１３４９０， Ｉ５３６４１， Ｓ５３３６３， ＨＡ３４＿ＢＲＥＬＣ， ＳＰ９６＿ＤＩＣＤＩ， Ｓ３６３２６， ＳＳＵ５１１９７＿１０， ＭＵＣ１＿ＸＥＮＬＡ， ＴＣＵ３２４４８＿１及びＡＦ０００４０９＿１の間の有意な相同性が証明された。
【０５０９】
実施例１２７：ヒトＰＲＯ１１８７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５７７２６と命名する。
ＤＮＡ５７７２６コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３５８５６３内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３５８５６３を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２８３に示し、ここでＤＮＡ６２８７６−１５１７と命名する。
Ｆｉｇ２８３に示した全長クローンは、ヌクレオチド位置１２１−１２３に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置４８１−４８３に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２８３；配列番号：３９８）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２８４、配列番号：３９９）は１２０アミノ酸長である。シグナルペプチドは配列番号：３９９のアミノ酸約１−１７にある。ＰＲＯ１１８７は約１２，９２５ダルトンの算定分子量と約９．４６の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６２８７６−１５１７は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９５が付されている。寄託されたクローンは実際の核酸配列を有する一方、ここに記載の表示は些細な配列決定誤差を含みうることが理解される。
Ｆｉｇ２８４（配列番号：３９９）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１８７アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＧＮＥＮＤＯＢＸ＿１， ＣＥＬＦ４１Ｇ３＿９， ＡＭＰＧ＿ＳＴＲＬＩ， ＨＳＢＢＯＶＨＥＲＬ＿２， ＬＥＥＸＴＥＮ１０＿１， ＡＦ０２９９５８＿１及びＰ＿Ｗ０４９５７の間のある程度の配列同一性（従って、ある程度の関係）が明らかにされた。
【０５１０】
実施例１２８：ヒトＰＲＯ１１８５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６４２６と命名する。
ＤＮＡ５７７２６コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３２８４４１１内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３２８４４１１を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２８５に示し、ここでＤＮＡ６２８８１−１５１５と命名する。
Ｆｉｇ２８５に示した全長ＤＮＡ６２８８１−１５１５クローンは、ヌクレオチド位置４−６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置５９８−６００に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２８５；配列番号：４００）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２８６、配列番号：４０１）は１９８アミノ酸長である。シグナルペプチドは配列番号：４０１のアミノ酸約１−２１にある。ＰＲＯ１１８５は約２２，１０５ダルトンの算定分子量と約７．７３の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６２８８１−１５１５はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９６が付されている。
Ｆｉｇ２８６（配列番号：４０１）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１８５アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＴＵＰ１＿ＹＥＡＳＴ， ＡＦ０４１３８２＿１， ＭＡＯＭ＿ＳＯＬＴＵ， ＳＰＰＢＰＨＵ９＿１， Ｉ４１０２４， ＥＰＣＰＬＣＦＡＩＬ＿１， ＨＳＰＬＥＣ＿１， ＹＫＬ４＿ＣＡＥＥＬ， Ａ４４６４３， ＴＧＵ６５９２２＿１の間のある程度の配列同一性が明らかにされた。
【０５１１】
実施例１２９：ヒトＰＲＯ１３４５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上述の実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をＤＮＡ４７３６４と命名する。ＤＮＡ４７３６４コンセンサス配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１３４５に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＣＴＧＧＴＴＡＴＣＣＣＣＡＧＧＡＡＣＴＣＣＧＡＣ−３’（配列番号：４０４）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＴＣＴＴＧＣＴＧＣＴＧＣＧＡＣＡＧＧＣＣＴＣ−３’（配列番号：４０５）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＣＧＣＣＣＴＣＣＡＡＧＡＣＴＡＴＧＧＴＡＡＡＡＧＧＡＧＣＣＴＧＣＣＡＧＧＴＧＴＣＡＡＴＧＡＣ−３’（配列番号：４０６）
を持つコンセンサスＤＮＡ４７３６４配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１３４５遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト乳ガン組織から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、（ここでＤＮＡ６４８５２−１５８９［Ｆｉｇ２８７、配列番号：４０２］と命名された）ＰＲＯ１３４５に対する全長ＤＮＡ配列とＰＲＯ１３４５に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ６４８５２−１５８９の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ２８７（配列番号：４０２）に示す。クローンＤＮＡ６４８５２−１５８９は、ヌクレオチド位置７−９または３４−３６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置６２５−６２７の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２８７）。予測されたポリペプチド前駆体は２０６アミノ酸長である（Ｆｉｇ２８８）。Ｆｉｇ２８８に示した全長ＰＲＯ１３４５タンパク質は約２３，１９０ダルトンの見積もり分子量と約９．４０のｐＩを有する。Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）に示した全長ＰＲＯ１３４５配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約３１またはアミノ酸約１０からアミノ酸約３１のシグナルペプチド及びアミノ酸約１７６からアミノ酸約１９０のＣ型レクチンドメインシグネーチャー配列の存在が証明される。クローンＤＮＡ６４８５２−１５８９は１９９８年８月１８日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１２７が付されている。
Ｆｉｇ２８８（配列番号：４０３）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３４５アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＢＴＵ２２２９８＿１， ＴＥＴＮ＿ＣＡＲＳＰ， ＴＥＴＮ＿ＨＵＭＡＮ， ＭＡＢＡ＿ＲＡＴ， Ｓ３４１９８， Ｐ＿Ｗ１３１４４， ＭＡＣＭＢＰＡ＿１， Ａ４６２７４， ＰＳＰＤ＿ＲＡＴ及びＰ＿Ｒ３２１８８の間の有意な相同性が証明された。
【０５１２】
実施例１３０：ヒトＰＲＯ１２４５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６０１９と命名する。
ＤＮＡ５６０１９コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号１３２７８３６内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン１３２７８３６を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２８９に示し、ここでＤＮＡ６４８８４−１５２７と命名する。
Ｆｉｇ２８９に示した全長クローンは、ヌクレオチド位置７９−８１に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置３９１−３９３に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２８９；配列番号：４０７）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２９０、配列番号：４０８）は１０４アミノ酸長であり、シグナルペプチド配列はアミノ酸約１からアミノ酸約１８にある。ＰＲＯ１２４５は約１０，１００ダルトンの算定分子量と約８．７６の推定ｐＩを有する。
Ｆｉｇ２９０（配列番号：４０８）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１２４５アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＳＹＡ＿ＴＨＥＴＨ， ＧＥＮ１１１６７， ＭＴＶ０４４＿４， ＡＢ０１１１５１＿１， ＲＬＡＪ２７５０＿３， ＳＮＥＬＩＰＴＲＡ＿１， Ｓ６３６２４， Ｃ２８３９１， Ａ３７９０７，及びＳ１４０６４の間のある程度の相同性が明らかにされた。
クローンＤＮＡ６４８８４−１２４５は１９９８年８月２５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１５が付されている。
【０５１３】
実施例１３１：ヒトＰＲＯ１３５８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号８８７１８内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン８８７１８を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２９１に示し、ここでＤＮＡ６４８９０−１６１２と命名する。
Ｆｉｇ２９１に示した全長クローンは、ヌクレオチド位置８６から８８に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１４１８から１４２０に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２９１；配列番号：４０９）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２９２、配列番号：４１０）は４４４アミノ酸長である。シグナルペプチドは配列番号：４１０のアミノ酸約１−１８にある。ＰＲＯ１３５８は約５０，７１９ダルトンの算定分子量と約８．８２の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６４８９０−１６１２は１９９８年８月１８日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３１が付されている。
Ｆｉｇ２９２（配列番号：４１０）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３５８アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｗ０７６０７， ＡＢ０００５４５＿１， ＡＢ０００５４６＿１， Ａ１ＡＴ＿ＲＡＴ， ＡＢ０１５１６４＿１， Ｐ＿Ｐ５００２１， ＣＯＴＲ＿ＣＡＶＰＯ，及びＨＡＭＨＰＰ＿１の間の配列同一性が明らかにされた。この出願の請求の範囲に記載した変異体はこれらの配列を除くものである。
【０５１４】
実施例１３２：ヒトＰＲＯ１１９５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５５７１６と命名する。
ＤＮＡ５５７１６コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３２５２９８０内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３２５２９８０を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２９３に示し、ここでＤＮＡ６５４１２−１５２３と命名する。
Ｆｉｇ２９３に示した全長クローンは、ヌクレオチド位置５８−６０に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置５１１−５１３に見いだされる停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２９３；配列番号：４１１）。予測されたポリペプチド前駆体（Ｆｉｇ２９４、配列番号：４１２）は１５１アミノ酸長である。シグナルペプチドは配列番号：４１２のアミノ酸約１−２２にある。ＰＲＯ１１９５は約１７，２７７ダルトンの算定分子量と約５．３３の推定ｐＩを有する。クローンＤＮＡ６５４１２−１５２３は１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９４が付されている。
Ｆｉｇ２９４（配列番号：４１２）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１９５アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＭＵ２８４８６＿１， ＡＦ０４４２０５＿１， Ｐ＿Ｗ３１１８６， ＣＥＬＫ０３Ｃ７＿１， Ｆ６９０３４， ＥＦ１Ａ＿ＭＥＴＶＡ， ＡＦ０２４５４０＿１， ＳＳＵ９０３５３＿１， ＭＲＳＰ＿ＳＴＡＡＵ及びＰ＿Ｒ９７６８０の間のある程度の配列同一性が明らかにされた。
【０５１５】
実施例１３３：ヒトＰＲＯ１２７０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５７９５１と命名する。
ＤＮＡ５７９５１コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号１２４８７８内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン１２４８７８を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２９５に示し、ここでＤＮＡ６６３０８−１５３７と命名する。
クローンＤＮＡ６６３０８−１５３７は、ヌクレオチド位置１０３−１０５に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１０４２−１０４４の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２９５）。予測されたポリペプチド前駆体は３１３アミノ酸長である（Ｆｉｇ２９６）。Ｆｉｇ２９６に示した全長ＰＲＯ１２７０タンパク質は約３４，９７８ダルトンの見積もり分子量と約５．７１のｐＩを有する。Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）に示した全長ＰＲＯ１２７０配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約１６のシグナルペプチド、アミノ酸約１６３からアミノ酸約１６６の潜在的なＮ−グリコシル化部位及びアミノ酸約７４からアミノ酸約７７及びアミノ酸約２８９からアミノ酸約２９２のグリコサミノグリカン付着部位の存在が証明される。クローンＤＮＡ６６３０８−１５３７は１９９８年８月２５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１５９が付されている。
Ｆｉｇ２９６（配列番号：４１４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１２７０アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＸＬＵ８６６９９＿１， Ｓ４９５８９， ＦＩＢＡ＿ＰＡＲＰＡ， ＦＩＢＢ＿ＨＵＭＡＮ， Ｐ＿Ｒ４７１８９， ＡＦ００４３２６＿１， ＤＲＴＥＮＡＳＣＮ＿１， ＡＦ００４３２７＿１， Ｐ＿Ｗ０１４１１及びＦＩＢＧ＿ＢＯＶＩＮの間の有意な相同性が証明された。
【０５１６】
実施例１３４：ヒトＰＲＯ１２７１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５７９５５と命名する。
ＤＮＡ５７９５５コンセンサス配列とＭｅｒｃｋのＥＳＴクローン番号ＡＡ６２５３５０内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＭｅｒｃｋのＥＳＴクローンＡＡ６２５３５０を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ２９７に示し、ここでＤＮＡ６６３０９−１５３８と命名する。
クローンＤＮＡ６６３０９−１５３８は、ヌクレオチド位置９４−９６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置７１８−７２０の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ２９７）。予測されたポリペプチド前駆体は２０８アミノ酸長である（Ｆｉｇ２９８）。Ｆｉｇ２９８に示した全長ＰＲＯ１２７１タンパク質は約２１，５３１ダルトンの見積もり分子量と約８．９９のｐＩを有する。Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）に示した全長ＰＲＯ１２７１配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約３１のシグナルペプチドおよびアミノ酸約１６６からアミノ酸約１８７の膜貫通ドメインの存在が証明される。クローンＤＮＡ６６３０９−１５３８は１９９８年９月１５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２３５が付されている。
Ｆｉｇ２９８（配列番号：４１６）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１２７１アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ５７１８０， Ｓ６３２５７， ＡＧＡ１＿ＹＥＡＳＴ， ＢＰＵ４３５９９＿１， ＹＳ８Ａ＿ＣＡＥＥＬ， Ｓ６７５７０， ＬＳＵ５４５５６＿２， Ｓ７０３０５， ＶＧＬＸ＿ＨＳＶＥＢ，及びＤ８８７３３＿１の間の有意な相同性が証明された。
【０５１７】
実施例１３５：ヒトＰＲＯ１３７５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｍｅｒｃｋ／Ｗａｓｈ．Ｕ．データベースをサーチしてＭｅｒｋ ＥＳＴを同定した。ついで、この配列をＳｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的データベース、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ、Ｍｅｒｃｋ／Ｗａｓｈ． Ｕ．）と企業のＥＳＴデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）からの他の配列とそれを整列化させるプログラムに入力した。サーチは、ＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との細胞外ドメイン（ＥＣＤ）タンパク質配列の比較としてコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６）］を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
ｐｈｒａｐを使用して他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列が構築された。このコンセンサス配列はここで「ＤＮＡ６７００３」と命名する。
ＤＮＡ６７００３コンセンサス配列に基づいて、ヒト膵臓ライブラリにおいて核酸（配列番号：４１７）を同定した。クローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１３７５に対する全長ＤＮＡ配列とＰＲＯ１３７５に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＰＲＯ１３７５の全コード配列はＦｉｇ２９９（配列番号：４１７）に示される。クローンＤＮＡ６７００４−１６１４は、配列番号：４１７のヌクレオチド位置１０４−１０６に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置６９８−７００に見かけの停止コドンを有する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は１９８アミノ酸長である。膜貫通ドメインは配列番号：４１８のアミノ酸約１１−２８（ＩＩ型）と１０３−１２５にある。クローンＤＮＡ６７００４−１６１４はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１５が付されている。Ｆｉｇ３００に示した全長ＰＲＯ１３７５タンパク質は約２２，５３１ダルトンの見積もり分子量と約８．４７のｐＩを有する。
Ｆｉｇ３００（配列番号：４１８）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３７５アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０２６１９８＿５， ＣＥＬＲ１２Ｃ１２＿５， Ｓ７３４６５， Ｙ０１１＿ＭＹＣＰＮ， Ｓ６４５３８＿１， Ｐ＿Ｐ８１５０， ＭＵＶＳＨＰＯ１０＿１， ＶＳＨ＿ＭＵＭＰＬ及びＣＶＵ５９７５１＿５の間の配列同一性が明らかにされた。
【０５１８】
実施例１３６：ヒトＰＲＯ１３８５をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５７９５２と命名する。
ＤＮＡ５７９５２コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３１２９６３０内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３１２９６３０を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ３０１に示し、ここでＤＮＡ６８８６９−１６１０と命名する。
クローンＤＮＡ６８８６９−１６１０は、ヌクレオチド位置２６−２８に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置４１０−４１２の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ３０１）。予測されたポリペプチド前駆体は１２８アミノ酸長である（Ｆｉｇ３０２）。Ｆｉｇ３０２に示した全長ＰＲＯ１３８５タンパク質は約１３，６６３ダルトンの見積もり分子量と約１０．９７のｐＩを有する。Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）に示した全長ＰＲＯ１３８５配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約２８のシグナルペプチド、およびアミノ酸約８２からアミノ酸約８５およびアミノ酸約９１からアミノ酸約９４のグリコシルアミノグリカン付着部位の存在が証明される。クローンＤＮＡ６８８６９−１６１０は１９９８年８月２５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６４が付されている。
Ｆｉｇ３０２（配列番号：４２０）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３８５アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＬＴ１４Ａ８＿１， ＬＭＮＡＣＨＲＡ１＿１， ＨＸＤ９＿ＨＵＭＡＮ， ＣＨＫＣＭＬＦ＿１， ＨＳ５ＰＰ３４＿２， ＤＭＤＲＩＮＧ＿１， Ａ３７１０７＿１， ＭＭＬＵＮＧＥＮＥ＿１， ＰＵＭ＿ＤＲＯＭＥ及びＤＭＵ２５１１７＿１の間の低い相同性が証明された。
【０５１９】
実施例１３７：ヒトＰＲＯ１３８７をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用により、Ｉｎｃｙｔｅデータベースからの単一のＥＳＴクラスター配列の同定が可能になった。ついで、このＥＳＴクラスター配列を、公のＥＳＴデータベース（例えばＧｅｎＢａｎｋ）と企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ， Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、現存の相同体を同定した。相同体サーチはコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌ等， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０ （１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった７０（又はある場合には９０）以上のＢＬＡＳＴスコアになったその比較物を集合化し、「ｐｈｒａｐ」プログラム（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）でコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。得られたコンセンサス配列をここでＤＮＡ５６２５９と命名する。
ＤＮＡ５６２５９コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン番号３５０７９２４内に含まれていたＥＳＴ配列の間の観察された配列相同性に鑑みて、ＩｎｃｙｔｅのＥＳＴクローン３５０７９２４を購入し、ｃＤＮＡ挿入断片を得て配列決定した。この挿入断片は全長タンパク質をコードしていたことが分かった。このｃＤＮＡ挿入断片の配列をＦｉｇ３０３に示し、ここでＤＮＡ６８８７２−１６２０と命名する。
クローンＤＮＡ６８８７２−１６２０は、ヌクレオチド位置８５−８７に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置１２６７−１２６９の停止コドンで終端する単一の読み取り枠を含む（Ｆｉｇ３０３）。予測されたポリペプチド前駆体は３９４アミノ酸長である（Ｆｉｇ３０４）。Ｆｉｇ３０４に示した全長ＰＲＯ１３８７タンパク質は約４４，３３９ダルトンの見積もり分子量と約７．１０のｐＩを有する。Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）に示した全長ＰＲＯ１３８７配列の分析により、次のもの：アミノ酸約１からアミノ酸約１９のシグナルペプチド、アミノ酸約２７５からアミノ酸約２９６の膜貫通ドメイン、アミノ酸約７６からアミノ酸約７９、アミノ酸約２３１からアミノ酸約２３４、アミノ酸約３０２からアミノ酸約３０５、アミノ酸約３０７からアミノ酸約３１０およびアミノ酸約３７６からアミノ酸約３７９の潜在的なＮ−グリコシル化部位、およびアミノ酸約２１０からアミノ酸約２３９およびアミノ酸約９２からアミノ酸約１２１のミエリンｐ０タンパク質と相同性を有するアミノ酸配列ブロックの存在が証明される。クローンＤＮＡ６８８７２−１６２０は１９９８年８月２５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１６０が付されている。
Ｆｉｇ３０４（配列番号：４２２）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３８７アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｗ３６９５５， ＭＹＰ０＿ＨＥＴＦＲ， ＨＳ４６ＫＤＡ＿１， ＡＦ０４９４９８＿１， ＭＹＯ０＿ＨＵＭＡＮ， ＡＦ０３０４５４＿１， Ａ５３２６８， ＳＨＰＴＣＲＡ＿１， Ｐ＿Ｗ１４１４６及びＧＥＮ１２８３８の間の有意な相同性が証明された。
【０５２０】
実施例１３８：ヒトＰＲＯ１３８４をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上述の実施例１に記載したように、ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列をＤＮＡ５４１９２と命名する。ＤＮＡ５４１９２コンセンサス配列に基づき、１）対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリをＰＣＲにより同定するために、また２）ＰＲＯ１３８４に対する全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとしての使用のために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＴＧＣＡＧＣＣＣＣＴＧＴＧＡＣＡＣＡＡＡＣＴＧＧ−３’（配列番号：４２５）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＧＡＧＡＴＡＡＣＣＧＡＧＣＣＡＴＣＣＴＣＣＣＡＣ−３’（配列番号：４２６）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、次のヌクレオチド配列：
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＧＡＧＡＴＡＧＣＴＧＣＴＡＴＧＧＧＴＴＣＴＴＣＡＧＧＣＡＣＡＡＣＴＴＡＡＣＡＴＧＧＧＡＡＧ−３’（配列番号：４２７）
を持つコンセンサスＤＮＡ５４１９２配列から作成した。
全長クローンの供給源に対して数種のライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマーの一方を用いてＰＲＯ１３８４遺伝子をコードするクローンを単離するために使用した。ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト胎児肝臓から単離した。
上述のようにして単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、（ここでＤＮＡ７１１５９−１６１７［Ｆｉｇ３０５、配列番号：４２３］と命名される）ＰＲＯ１３８４に対する全長ＤＮＡ配列とＰＲＯ１３８４に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＰＲＯ１３８４の全コード配列をＦｉｇ３０５（配列番号：４２３）に示す。クローンＤＮＡ７１１５９−１６１７は、ヌクレオチド位置１８２−１８４に見かけの翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド位置８６９−８７１に見かけの停止コドンを有する単一の読み取り枠を含む。予測されたポリペプチド前駆体は２２９アミノ酸長である。Ｆｉｇ３０６に示した全長ＰＲＯ１３８４タンパク質は約２６，６５０ダルトンの見積もり分子量と約８．７６のｐＩを有する。さらなる特徴は、アミノ酸約３２−５７のＩＩ型膜貫通ドメイン、およびアミノ酸約６８−７１、１２０−１２３、および１３４−１３７の潜在的なＮ−グリコシル化部位を含む。
Ｆｉｇ３０６（配列番号：４２４）に示した全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント分析法を使用してのＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１３８４アミノ酸配列と次のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＦ０５４８１９＿１， ＨＳＡＪ１６８７＿１， ＡＦ００９５１１＿１， ＡＢ０１０７１０＿１， ＧＥＮ１３５９５， ＨＳＡＪ６７３＿１， ＧＥＮ１３９６１， ＡＢ００５９００＿１， ＬＥＣＨ＿ＣＨＩＣＫ， ＡＦ０２１３４９＿１， 及びＮＫ１３＿ＲＡＴの間の相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ７１１５９−１６１７はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１３５が付されている。
【０５２１】
実施例１３９：ハイブリッド形成プローブとしてのＰＲＯの使用
以下の方法は、ＰＲＯをコードする核酸配列のハイブリッド形成プローブとしての使用を記載する。
ここに開示する全長又は成熟ＰＲＯのコード化配列を含むＤＮＡは、ヒト組織ｃＤＮＡライブラリ又はヒト組織ゲノムライブラリにおける同種ＤＮＡ類（ＰＲＯポリペプチドの天然発生変異体をコードするものなど）のスクリーニングのためのプローブとして用いられる。
いずれかのライブラリＤＮＡを含むフィルターのハイブリッド形成及び洗浄は、以下の高い緊縮条件で実施した。放射性標識ＰＲＯ−誘導プローブのフィルターへのハイブリッド形成は、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５０ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ６．８、２ｘデンハード液、及び１０％デキストラン硫酸の溶液中で、４２℃において２０時間行った。フィルターの洗浄は、０．１ｘＳＳＣ及び０．１％ＳＤＳの水溶液中、４２℃で行った。
次いで、全長天然配列ＰＲＯをコードするＤＮＡと所望の配列同一性を有するＤＮＡは、この分野で知られた標準的な方法を用いて同定できる。
【０５２２】
実施例１４０：大腸菌におけるＰＲＯの発現
この実施例は、大腸菌における組み換え発現による所望のＰＲＯの非グリコシル化形態の調製を例示する。
ＰＲＯをコードするＤＮＡ配列は、選択されたＰＣＲプライマーを用いて最初に増幅した。プライマーは、選択された発現ベクターの制限酵素部位に対応する制限酵素部位を持たなければならない。種々の発現ベクターが用いられる。好適なベクターの例は、ｐＢＲ３２２（大腸菌から誘導されたもの；Ｂｏｌｉｖａｒ等， Ｇｅｎｅ， ２：９５ （１９７７）参照）であり、アンピシリン及びテトラサイクリン耐性についての遺伝子を含む。ベクターは、制限酵素で消化され、脱リン酸される。ＰＣＲ増幅した配列は、次いで、ベクターに結合させる。ベクターは、好ましくは抗生物質耐性遺伝子、ｔｒｐプロモーター、ｐｏｌｙｈｉｓリーダー（最初の６つのＳＴＩＩコドン、ｐｏｌｙｈｉｓ配列、及びエンテロキナーゼ切断部位を含む）、特定のＰＲＯコード化領域、ラムダ転写終結区、及びａｒｇＵ遺伝子を含む。
ライゲーション混合物は、次いで、上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ等に記載された方法を用いた選択した大腸菌の形質転換に使用される。形質転換体は、それらのＬＢプレートで成長する能力により同定され、次いで抗生物質耐性クローンが選択される。プラスミドＤＮＡが単離され、制限分析及びＤＮＡ配列分析で確認される。
選択されたクローンは、抗生物質を添加したＬＢブロスなどの液体培地で終夜成長させることができる。終夜培地は、続いて大規模培地の播種に用いられる。次に細胞を最適光学密度まで成長させ、その間に発現プロモーターが作動する。
更に数時間の培養の後、細胞を採集して遠心分離できる。遠心分離で得られた細胞ペレットは、この分野で知られた種々の試薬を用いて可溶化され、次いで可溶化ＰＲＯタンパク質を金属キレート化カラムを用いてタンパク質を緊密に結合させる条件下で精製した。
【０５２３】
以下の手法を用いて、大腸菌においてポリＨｉｓタグ形態でＰＲＯを発現させてもよい。ＰＲＯをコードするＤＮＡを選択したＰＣＲプライマーを用いて最初に増幅した。プライマーは、選択された発現ベクターの制限酵素部位に対応する制限酵素部位、及び効率的で信頼性のある翻訳開始、金属キレートカラムでの迅速な精製、及びエンテロキナーゼでのタンパク質分解的除去を与える他の有用な配列を含む。次いでＰＣＲ増幅された、ポリ−Ｈｉｓタグ配列を発現ベクターに結合させ、それを株５２（Ｗ３１１０ ｆｕｈＡ（ｔｏｎＡ） ｌｏｎ ｇａｌＥ ｒｐｏＨｔｓ（ｈｔｐＲｔｓ） ｃｌｌｐＰ（ｌａｃＩｑ））に基づく大腸菌宿主の形質転換に使用した。形質転換体は、最初に５０ｍｇ／ｍｌのカルベニシリンを含有するＬＢ中、３０℃で振盪しながら３−５のＯ．Ｄ．６００に達するまで成長させた。ついで培地をＣＲＡＰ培地（３．５７ｇの（ＮＨ４）２ＳＯ４、０．７１ｇのクエン酸ナトリウム・２Ｈ２Ｏ、１．０７ｇのＫＣｌ、５．３６ｇのＤｉｆｃｏ酵母抽出物、５００ｍＬ水中の５．３６ｇのＳｈｅｆｉｅｌｄ ｈｙｃａｓｅ ＳＦ、並びに１１０ｍＭのＭＰＯＳ、ｐＨ７．３、０．５５％（ｗ／ｖ）のグルコース及び７ｍＭのＭｇＳＯ４の混合で調製）中に５０−１００倍希釈し、３０℃で振盪させながら約２０−３０時間成長させた。試料を取り出してＳＤＳ−ＰＡＧＥにより発現を確認し、バルク培地を遠心分離して細胞のペレットとした。細胞ペレットを精製及び再折りたたみまで凍結させた。
０．５から１Ｌの発酵（６−１０ｇペレット）からの大腸菌ペーストを、７Ｍのグアニジン、２０ｍＭのトリス、ｐＨ８バッファー中で１０容量（ｗ／ｖ）で再懸濁させた。固体硫酸ナトリウム及びテトラチオン酸ナトリウムを添加して最終濃度を各々０．１Ｍ及び０．０２Ｍとし、溶液を４℃で終夜撹拌した。この工程により、亜硫酸によりブロックされたシステイン残基を持つ変性タンパク質がもたらされた。溶液をＢｅｃｋｍａｎ Ｕｌｔｒａｃｅｎｔｒｉｆｕｇｅ中で４０，０００ｒｐｍで３０分間濃縮した。上清を金属キレートカラムバッファー（６Ｍのグアニジン、２０ｍＭのトリス、ｐＨ７．４）の３−５容量で希釈し、０．２２ミクロンフィルターを通して濾過して透明化した。透明化抽出物を、金属キレートカラムバッファーで平衡化させた５ｍｌのＱｉａｇｅｎ Ｎｉ−ＮＴＡ金属キレートカラムに負荷した。カラムを５０ｍＭのイミダゾール（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ， Ｕｔｒｏｌ ｇｒａｄｅ）を含む添加バッファー、ｐＨ７．４で洗浄した。タンパク質を２５０ｍＭのイミダゾールを含有するバッファーで溶離した。所望のタンパク質を含有する画分をプールし、４℃で保存した。タンパク質濃度は、そのアミノ酸配列に基づいて計算した吸光係数を用いて２８０ｎｍにおけるその吸収により見積もった。
試料を、２０ｍＭのトリス、ｐＨ８．６、０．３ＭのＮａＣｌ、２．５Ｍの尿素、５ｍＭのシステイン、２０ｍＭのグリシン及び１ｍＭのＥＤＴＡからなる新たに調製した再折りたたみバッファー中に徐々に希釈することによりタンパク質を再折りたたみさせた。リフォールディング容量は、最終的なタンパク質濃度が５０〜１００マイクログラム／ｍｌとなるように選択した。リフォールディング溶液を４℃で１２−３６時間ゆっくり撹拌した。リフォールディング反応はＴＦＡを採取濃度０．４％（約３のｐＨ）で添加することにより停止させた。タンパク質をさらに精製する前に、溶液を０．２２ミクロンフィルターを通して濾過し、アセトニトリルを最終濃度２−１０％で添加した。再折りたたみされたタンパク質を、Ｐｏｒｏｓ Ｒ１／Ｈ逆相カラムで、０．１％ＴＦＡの移動バッファーと１０〜８０％のアセトニトリル勾配での溶離を用いてクロマトグラフにかけた。Ａ２８０吸収を持つ画分のアリコートをＳＤＳポリアクリルアミドゲルで分析し、相同な再折りたたみされたタンパク質を含有する画分をプールした。一般的に、殆どのタンパク質の正しく再折りたたみされた種は、これらの種が最もコンパクトであり、その疎水性内面が逆相樹脂との相互作用から遮蔽されているので、アセトニトリルの最低濃度で溶離される。凝集した種は通常、より高いアセトニトリル濃度で溶離される。タンパク質の誤って折りたたまれた形態を所望の形態から除くのに加えて、逆相工程は試料からエンドトキシンも除去する。
所望の折りたたまれたＰＲＯポリペプチドを含有する画分をプールし、溶液に向けた窒素の弱い気流を用いてアセトニトリルを除去した。タンパク質を、透析又は調製バッファーで平衡化したＧ２５ Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）樹脂でのゲル濾過及び滅菌濾過により、０．１４Ｍの塩化ナトリウム及び４％のマンニトールを含む２０ｍＭのＨｅｐｅｓ、ｐＨ６．８に調製した。
ここに開示した多くのＰＲＯポリペプチドが上記のようにして成功裏に発現された。
【０５２４】
実施例１４１：哺乳動物細胞におけるＰＲＯポリペプチドの発現
この実施例は、哺乳動物細胞における組み換え発現によるＰＲＯのグリコシル化形態の調製を例示する。
発現ベクターとしてｐＲＫ５（１９８９年３月１５日発行のＥＰ ３０７，２４７参照）を用いた。場合によっては、ＰＲＯＤＮＡを選択した制限酵素を持つｐＲＫ５に結合させ、Ｓａｍｂｒｏｏｋ等， 上掲に記載されたようなライゲーション方法を用いてＰＲＯＤＮＡを挿入させる。得られたベクターは、ｐＲＫ５−ＰＲＯと呼ばれる。
一実施態様では、選択された宿主細胞は２９３細胞とすることができる。ヒト２９３細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ １５７３）は、ウシ胎児血清及び場合によっては滋養成分及び／又は抗生物質を添加したＤＭＥＭなどの媒質中で組織培養プレートにおいて成長させて集密化した。約１０μｇのｐＲＫ５−ＰＲＯポリペプチドＤＮＡを約１μｇのＶＡ ＲＮＡ遺伝子コード化ＤＮＡ［Ｔｈｉｍｍａｐｐａｙａ等， Ｃｅｌｌ， ３１：５４３ （１９８２））］と混合し、５００μｌの１ｍＭトリス−ＨＣｌ、０．１ｍＭＥＤＴＡ、０．２２７ＭＣａＣｌ２に溶解させた。この混合物に、滴状の、５００μｌの５０ｍＭＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．３５）、２８０ｍＭのＮａＣｌ、１．５ｍＭのＮａＰＯ４を添加し、２５℃で１０分間析出物を形成させた。析出物を懸濁し、２９３細胞に加えて３７℃で約４時間定着させた。培養培地を吸引し、２ｍｌのＰＢＳ中２０％グリセロールを３０秒間添加した。２９３細胞は、次いで無血清培地で洗浄し、新鮮な培地を添加し、細胞を約５日間インキュベートした。
形質移入の約２４時間後、培養培地を除去し、培養培地（のみ）又は２００μＣｉ／ｍｌ３５Ｓ−システイン及び２００μＣｉ／ｍｌ３５Ｓ−メチオニンを含む培養培地で置換した。１２時間のインキュベーションの後、条件培地を回収し、スピンフィルターで濃縮し、１５％ＳＤＳゲルに添加した。処理したゲルを乾燥させ、ＰＲＯポリペプチドの存在を現す選択された時間にわたってフィルムにさらした。形質転換した細胞を含む培地は、更なるインキュベーションを施し（無血清培地で）、培地を選択されたバイオアッセイで試験した。
これに換わる技術において、ＰＲＯは、Ｓｏｍｐａｒｙａｃ等， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．， １２：７５７５ （１９８１）に記載されたデキストラン硫酸法を用いて２９３細胞に一過的に導入される。２９３細胞は、スピナーフラスコ内で最大密度まで成長させ、７００μｇのｐＲＫ５−ＰＲＯＤＮＡを添加する。細胞は、まずスピナーフラスコから遠心分離によって濃縮し、ＰＢＳで洗浄した。ＤＮＡ−デキストラン沈殿物を細胞ペレット上で４時間インキュベートした。細胞を２０％グリセロールで９０秒間処理し、組織培養培地で洗浄し、組織培養培地、５μｇ／ｍｌウシインシュリン及び０．１μｇ／ｍｌウシトランスフェリンを含むスピナーフラスコに再度導入した。約４日後に、条件培地を遠心分離して濾過し、細胞及び細胞片を除去した。次いで発現されたＰＲＯを含む試料を濃縮し、透析及び／又はカラムクロマトグラフィー等の選択した方法によって精製した。
他の実施態様では、ＰＲＯをＣＨＯ細胞で発現させることができる。ｐＲＫ５−ＰＲＯは、ＣａＰＯ４又はＤＥＡＥ−デキストランなどの公知の試薬を用いてＣＨＯ細胞に形質移入することができる。上記したように、細胞培地をインキュベートし、培地を培養培地（のみ）又は３５Ｓ−メチオニン等の放射性標識を含む培地に置換することができる。ＰＲＯポリペプチドの存在を同定した後、培養培地を無血清培地に置換してもよい。好ましくは、培地を約６日間インキュベートし、次いで条件培地を収集する。次いで、発現されたＰＲＯを含む培地を濃縮して、選択した方法にとって精製することができる。
また、エピトープタグＰＲＯは、宿主ＣＨＯ細胞において発現させてもよい。ＰＲＯはｐＲＫ５ベクターからサブクローニングした。サブクローン挿入物は、次いで、ＰＣＲを施してバキュロウイルス発現ベクター中のポリ−ｈｉｓタグ等の選択されたエピトープタグを持つ枠に融合できる。ポリ−ｈｉｓタグＰＲＯ挿入物は、次いで、安定なクローンの選択のためのＤＨＦＲ等の選択マーカーを含むＳＶ４０誘導ベクターにサブクローニングできる。最後に、ＣＨＯ細胞をＳＶ４０誘導ベクターで（上記のように）形質移入した。発現を確認するために、上記のように標識化を行ってもよい。発現されたポリ−ｈｉｓタグＰＲＯを含む培養培地は、次いで濃縮し、Ｎｉ２＋−キレートアフィニティクロマトグラフィー等の選択された方法により精製できる。
またＰＲＯは、一過性発現法によりＣＨＯ及び／又はＣＯＳ細胞で、他の安定な発現方法によりＣＨＯ細胞で発現させてもよい。
【０５２５】
ＣＨＯ細胞における安定な発現は以下の方法を用いて実施された。タンパク質は、それは対応するタンパク質の可溶化形態及び／又はポリ−Ｈｉｓタグ形態のコード化配列（例えば、細胞外ドメイン）がＩｇＧ１のヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ２ドメインを含む定常領域配列に融合したＩｇＧ作成物（イムノアドヘシン）、又はポリ−Ｈｉｓタグ形態として発現された。
ＰＣＲ増幅に続いて、対応するＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｕｎｉｔ ３．２６， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ （１９９７）に記載されたような標準的技術を用いてＣＨＯ発現ベクターにサブクローニングした。ＣＨＯ発現ベクターは、対象とするＤＮＡの５’及び３’に適合する制限部位を有し、ｃＤＮＡの便利なシャトル化ができるように作成される。ベクターは、Ｌｕｃａｓ等， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ ｒｅｓ． ２４： ９， １７７４−１７７９ （１９９６）に記載されたようにＣＨＯ細胞での発現を用い、対象とするｃＤＮＡ及びジヒドロフォレートレダクターゼ（ＤＨＦＲ）の発現の制御にＳＶ４０初期プロモーター／エンハンサーを用いる。ＤＨＦＲ発現は、形質移入に続くプラスミドの安定な維持のための選択を可能にする。
所望のプラスミドＤＮＡの１２マイクログラムを、市販の形質移入試薬Ｓｕｐｅｒｆｅｃｔ（登録商標）（Ｑｕｉａｇｅｎ）， Ｄｏｓｐｅｒ（登録商標）及びＦｕｇｅｎｅ（登録商標）（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ）約一千万のＣＨＯ細胞に導入した。細胞は、上掲のＬｕｃａｓ等に記載されているように成長させた。約３ｘ１０−７細胞を、下記のような更なる成長及び生産のためにアンプル中で凍結させた。
プラスミドＤＮＡを含むアンプルを水槽に配して解凍し、ボルテックスにより混合した。内容物を１０ｍＬの媒質を含む遠心管にピペットして、１０００ｒｐｍで５分間遠心分離した。上清を吸引して細胞を１０ｍＬの選択培地（０．２μｍ濾過ＰＳ２０、５％の０．２μｍ透析濾過ウシ胎児血清を添加）中に懸濁させた。次いで細胞を９０ｍＬの選択培地を含む１００ｍｌスピナーに分けた１−２日後、細胞を１５０ｍＬの選択培地を満たした２５０ｍＬスピナーに移し、３７℃でインキュベートした。さらに２−３日後、２５０ｍＬ、５００ｍＬ及び２０００ｍＬのスピナーを３ｘ１０５細胞／ｍＬで播種した。細胞培地を遠心分離により新鮮培地に交換し、生産培地に再懸濁させた。任意の適切なＣＨＯ培地を用いてもよいが、実際には１９９２年６月１６日に発行された米国特許第５，１２２，４６９号に記載された生産培地を使用した。３Ｌの生産スピナーを１．２ｘ１０６細胞／ｍＬで播種した。０日目に、細胞数とｐＨを測定した。１日目に、スピナーをサンプルし、濾過空気での散布を実施した。２日目に、スピナーをサンプルし、温度を３３℃に変え、５００ｇ／Ｌのグルコース及び０．６ｍＬの１０％消泡剤（例えば３５％ポリジメチルシロキサンエマルション、Ｄｏｗ Ｃｏｒｎｉｎｇ ３６５ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｒａｄｅ Ｅｍｕｌｓｉｏｎ）の３０ｍＬとした。生産を通して、ｐＨは７．２近傍に調節し維持した。１０日後、又は生存率が７０％を下回るまで、細胞培地を遠心分離で回収して０．２２μｍフィルターを通して濾過した。濾過物は、４℃で貯蔵するか、即座に精製用カラムに負荷した。
【０５２６】
ポリ−Ｈｉｓタグ作成物について、タンパク質はＮｉ−ＮＴＡカラム（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて精製した。精製の前に、イミダゾールを条件培地に５ｍＭの濃度まで添加した。条件培地を、０．３ＭのＮａＣｌ及び５ｍＭイミダゾールを含む２０ｍＭのＨｅｐｅｓ， ｐＨ７．４バッファーで平衡化した６ｍｌのＮｉ−ＮＴＡカラムに４−５ｍｌ／分の流速で４℃においてポンプ供給した。負荷後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、タンパク質を０．２５Ｍイミダゾールを含む平衡バッファーで溶離した。高度に精製されたタンパク質は、続いて１０ｍＭのＨｅｐｅｓ、０．１４ＭのＮａＣｌ及び４％のマンニトールを含む貯蔵バッファー中で２５ｍｌのＧ２５ Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）を用いて脱塩し、−８０℃で貯蔵した。
イムノアドヘシン（Ｆｃ含有）作成物を以下のようにして条件培地から精製した。条件培地を、２０ｍＭのリン酸ナトリウムバッファー， ｐＨ６．８で平衡化した５ｍｌのプロテインＡカラム（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）に負荷した。負荷後、カラムを平衡バッファーで強く洗浄した後、１００ｍＭのクエン酸， ｐＨ３．５で溶離した。溶離したタンパク質は、１ｍｌの画分を２７５μｌの１Ｍトリスバッファー， ｐＨ９を含む管に回収することにより即座に中性化した。高度に精製されたタンパク質は、続いてポリ−Ｈｉｓタグタンパク質について上記した貯蔵バッファー中で脱塩した。均一性はＳＤＳポリアクリルアミドゲルで試験し、エドマン（Ｅｄｍａｎ）分解によりＮ−末端アミノ酸配列決定した。
ここに開示したＰＲＯポリペプチドの多くが上記のようにして成功裏に発現された。
【０５２７】
実施例１４２：酵母菌でのＰＲＯの発現
以下の方法は、酵母菌中でのＰＲＯの組換え発現を記載する。
第１に、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーターからのＰＲＯの細胞内生産又は分泌のための酵母菌発現ベクターを作成する。ＰＲＯをコードするＤＮＡ及びプロモーターを選択したプラスミドの適当な制限酵素部位に挿入してＰＲＯの細胞内発現を指示する。分泌のために、ＰＲＯをコードするＤＮＡを選択したプラスミドに、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーターをコードするＤＮＡ、天然ＰＲＯシグナルペプチド又は他の哺乳動物シグナルペプチド、又は、例えば酵母菌アルファ因子分泌シグナル／リーダー配列、及び（必要ならば）ＰＲＯの発現のためのリンカー配列とともにクローニングすることができる。
酵母菌株ＡＢ１１０等の酵母菌は、次いで上記の発現プラスミドで形質転換し、選択された発酵培地中で培養できる。形質転換した酵母菌上清は、１０％トリクロロ酢酸での沈降及びＳＤＳ−ＰＡＧＥによる分離で分析し、次いでクマシーブルー染色でゲルの染色をすることができる。
続いて組換えＰＲＯは、発酵培地から遠心分離により酵母菌細胞を除去し、次いで選択されたカートリッジフィルターを用いて培地を濃縮することによって単離及び精製できる。ＰＲＯを含む濃縮物は、選択されたカラムクロマトグラフィー樹脂を用いてさらに精製してもよい。
ここに開示したＰＲＯポリペプチドの多くが上記のようにして成功裏に発現された。
【０５２８】
実施例１４３：バキュロウイルス感染昆虫細胞でのＰＲＯの発現
以下の方法は、バキュロウイルス感染昆虫細胞中におけるＰＲＯの組換え発現を記載する。
ＰＲＯコードする配列を、バキュロウイルス発現ベクターに含まれるエピトープタグの上流に融合させた。このようなエピトープタグは、ポリ−ｈｉｓタグ及び免疫グロブリンタグ（ＩｇＧのＦｃ領域など）を含む。ｐＶＬ１３９３（Ｎａｖｏｇｅｎ）などの市販されているプラスミドから誘導されるプラスミドを含む種々のプラスミドを用いることができる。簡単には、ＰＲＯ又はＰＲＯコード化配列の所定部分、例えば膜貫通タンパク質の細胞外ドメインをコードする配列又はタンパク質が細胞外である場合の成熟タンパク質をコードする配列などが、５’及び３’領域に相補的なプライマーでのＰＣＲにより増幅される。５’プライマーは、隣接する（選択された）制限酵素部位を包含していてもよい。生産物は、次いで、選択された制限酵素で消化され、発現ベクターにサブクローニングされる。
組換えバキュロウイルスは、上記のプラスミド及びＢａｃｕｌｏＧｏｌｄ（商品名）ウイルスＤＮＡ（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）を、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ（「Ｓｆ９」）細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １７１１）中にリポフェクチン（ＧＩＢＣＯ−ＢＲＬから市販）を用いて同時形質移入することにより作成される。２８℃で４−５日インキュベートした後、放出されたウイルスを回収し、更なる増幅に用いた。ウイルス感染及びタンパク質発現は、Ｏ’Ｒｅｉｌｌｅｙ等， Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒｓ： Ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｏｘｆｏｒｄ： Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ （１９９４）に記載されているように実施した。
次に、発現されたポリ−ｈｉｓタグＰＲＯは、例えばＮｉ２＋−キレートアフィニティクロマトグラフィーにより次のように精製される。抽出は、Ｒｕｐｅｒｔ等， Ｎａｔｕｒｅ， ３６２：１７５−１７９ （１９９３）に記載されているように、ウイルス感染した組み換えＳｆ９細胞から調製した。簡単には、Ｓｆ９細胞を洗浄し、超音波処理用バッファー（２５ｍＭのＨｅｐｅｓ、ｐＨ７．９；１２．５ｍＭのＭｇＣｌ２；０．１ｍＭ ＥＤＴＡ；１０％グリセロール；０．１％のＮＰ−４０；０．４ＭのＫＣｌ）中に再懸濁し、氷上で２回２０秒間超音波処理した。超音波処理物を遠心分離で透明化し、上清を負荷バッファー（５０ｍＭリン酸塩、３００ｍＭのＮａＣｌ、１０％グリセロール、ｐＨ７．８）で５０倍希釈し、０．４５μｍフィルターで濾過した。Ｎｉ２＋−ＮＴＡアガロースカラム（Ｑｉａｇｅｎから市販）を５ｍＬの総容積で調製し、２５ｍＬの水で洗浄し、２５ｍＬの負荷バッファーで平衡させた。濾過した細胞抽出物は、毎分０．５ｍＬでカラムに負荷した。カラムを、分画回収が始まる点であるＡ２８０のベースラインまで負荷バッファーで洗浄した。次に、カラムを、結合タンパク質を非特異的に溶離する二次洗浄バッファー（５０ｍＭリン酸塩；３００ｍＭのＮａＣｌ、１０％グリセロール、ｐＨ６．０）で洗浄した。Ａ２８０のベースラインに再度到達した後、カラムを二次洗浄バッファー中で０から５００ｍＭイミダゾール勾配で展開した。１ｍＬの分画を回収し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ及び銀染色又はアルカリホスファターゼ（Ｑｉａｇｅｎ）に複合したＮｉ２＋−ＮＴＡでのウェスタンブロットで分析した。溶離したＨｉｓ１０−タグＰＲＯを含む画分をプールして負荷バッファーで透析した。
あるいは、ＩｇＧタグ（又はＦｃタグ）ＰＲＯの精製は、例えば、プロテインＡ又はプロテインＧカラムクロマトグラフィーを含む公知のクロマトグラフィー技術を用いて実施できる。
ここに開示したＰＲＯポリペプチドの多くが上記のようにして成功裏に発現された。
【０５２９】
実施例１４４：ＰＲＯに結合する抗体の調製
この実施例は、ＰＲＯに特異的に結合できるモノクローナル抗体の調製を例示する。
モノクローナル抗体の生産のための技術は、この分野で知られており、例えば、Ｇｏｄｉｎｇ，上掲に記載されている。用いられ得る免疫原は、精製ＰＲＯ、ＰＲＯを含む融合タンパク質、細胞表面に組換えＰＲＯを発現する細胞を含む。免疫原の選択は、当業者が過度の実験をすることなくなすことができる。
Ｂａｌｂ／ｃ等のマウスを、完全フロイントアジュバントに乳化して皮下又は腹腔内に１−１００マイクログラムで注入したＰＲＯ免疫原で免疫化する。あるいは、免疫原をＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（Ｒｉｂｉ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｈ， Ｈａｍｉｌｔｏｎ， ＭＴ）に乳化し、動物の後足蹠に注入してもよい。免疫化したマウスは、次いで１０から１２日後に、選択したアジュバント中に乳化した付加的免疫源で追加免疫する。その後、数週間、マウスをさらなる免疫化注射で追加免疫する。抗−ＰＲＯ抗体の検出のためのＥＬＩＳＡアッセイで試験するために、レトロオービタル出血からの血清試料をマウスから周期的に採取してもよい。
適当な抗体力価が検出された後、抗体に「ポジティブ（陽性）」な動物に、ＰＲＯ静脈内注射の最後の注入をすることができる。３から４日後、マウスを屠殺し、脾臓を取り出した。次いで脾臓細胞を（３５％ポリエチレングリコールを用いて）、ＡＣＴＴから番号ＣＲＬ１５９７で入手可能なＰ３Ｘ６３ＡｇＵ．１等の選択されたマウス骨髄腫株化細胞に融合させた。融合によりハイブリドーマ細胞が生成され、次いで、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、及びチミジン）培地を含む９６ウェル組織培養プレートに蒔き、非融合細胞、骨髄腫ハイブリッド、及び脾臓細胞ハイブリッドの増殖を阻害した。
ハイブリドーマ細胞は、ＰＲＯに対する反応性についてのＥＬＩＳＡでスクリーニングされる。ＰＲＯに対するモノクローナル抗体を分泌する「ポジティブ（陽性）」ハイブリドーマ細胞の決定は、技術常識の範囲内である。
陽性ハイブリドーマ細胞を同系のＢａｌｂ／ｃマウスに腹腔内注入し、抗−ＰＲＯモノクローナル抗体を含む腹水を生成させる。あるいは、ハイブリドーマ細胞を、組織培養フラスコ又はローラーボトルで成長させることもできる。腹水中に生成されたモノクローナル抗体の精製は、硫酸アンモニウム沈降、それに続くゲル排除クロマトグラフィ−を用いて行うことができる。あるいは、抗体のプロテインＡ又はプロテインＧへの親和性に基づくアフィニティクロマトグラフィーを用いることもできる。
【０５３０】
実施例１４５：特異的抗体を用いたＰＲＯポリペプチドの精製
天然又は組換えＰＲＯポリペプチドは、この分野の種々の標準的なタンパク質精製方法によって精製できる。例えば、プロ−ＰＲＯポリペプチド、成熟ポリペプチド、又はプレ−ＰＲＯポリペプチドは、対象とするＰＲＯポリペプチドに特異的な抗体を用いた免疫親和性クロマトグラフィーによって精製される。一般に、免疫親和性カラムは抗−ＰＲＯポリペプチド抗体を活性化クロマトグラフィー樹脂に共有結合させて作成される。
ポリクローナル免疫グロブリンは、硫酸アンモニウムでの沈殿又は固定化プロテインＡ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ ＬＫＢ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， Ｎ．Ｊ．）での精製のいずれかにより免疫血清から調製される。同様に、モノクローナル抗体は、硫酸アンモニウム沈殿又は固定化プロテインＡでのクロマトグラフィーによりマウス腹水液から調製される。部分的に精製された免疫グロブリンは、ＣｎＢｒ−活性化セファロース（商品名）（Ｐｈａｒｍａｃｉａ ＬＫＢ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）等のクロマトグラフィー樹脂に共有結合される。抗体が樹脂に結合され、樹脂がブロックされ、誘導体樹脂は製造者の指示に従って洗浄される。
このような免疫親和性カラムは、可溶化形態のＰＲＯポリペプチドを含有する細胞からの画分を調製することによるＰＲＯポリペプチドの精製において利用される。この調製物は、洗浄剤の添加又はこの分野で公知の方法により微分遠心分離を介して得られる全細胞又は細胞成分画分の可溶化により誘導される。あるいは、シグナル配列を含む可溶化ＰＲＯポリペプチドは、細胞が成長する培地中に油様な量で分泌される。
可溶化ＰＲＯポリペプチド含有調製物は、免疫親和性カラムを通され、カラムはＰＲＯポリペプチドの好ましい吸着をさせる条件下（例えば、洗浄剤存在下の高イオン強度バッファー）で洗浄される。次いで、カラムは、抗体／ＰＲＯポリペプチド結合を分解する条件下（例えば、約２−３といった低ｐＨ、高濃度の尿素又はチオシアン酸イオン等のカオトロープ）で溶離され、ＰＲＯポリペプチドが回収される。
【０５３１】
実施例１４６：薬剤スクリーニング
本発明は、ＰＲＯポリペプチド又はその結合断片を種々の薬剤スクリーニング技術において使用することによる化合物のスクリーニングに特に有用である。そのような試験に用いられるＰＲＯポリペプチド又は断片は、溶液中の自由状態でも、固体支持体に固定されても、細胞表面に位置しても、細胞内に局在化していてもよい。薬剤スクリーニングの１つの方法は、ＰＲＯポリペプチド又は断片を発現する組換え核酸で安定に形質移入される真核生物又は原核生物宿主細胞を利用する。薬剤は、そのような形質移入細胞に対して、競合的結合アッセイにおいてスクリーニングされる。そのような細胞は、生存可能又は固定化形態のいずれかにおいて、標準的な結合アッセイに使用できる。例えば、ＰＲＯポリペプチド又は断片と試験される試薬の間での複合体形成を測定してよい。あるいは、試験する試薬によって生ずるＰＲＯポリペプチドとその標的細胞との間の複合体形成における減少を試験することもできる。
即ち本発明は、ＰＲＯポリペプチド関連疾患又は障害に影響を与えうる薬剤又は任意の他の試薬のスクリーニング方法を提供する。これらの方法は、その試薬をＰＲＯポリペプチド又は断片に接触させ、（Ｉ）試薬とＰＲＯポリペプチド又は断片との間の複合体の存在について、又は（ｉｉ）ＰＲＯポリペプチド又は断片と細胞との間の複合体の存在について検定することを含む。これらの競合結合アッセイでは、ＰＲＯポリペプチド又は断片が典型的には標識される。適切なインキュベーションの後、自由なＰＲＯポリペプチド又は断片を結合形態のものから分離し、自由又は未複合の標識の量が、特定の試薬がＰＲＯポリペプチドに結合する又はＰＲＯポリペプチド／細胞複合体を阻害する能力の尺度となる。
薬剤スクリーニングのための他の技術は、ポリペプチドに対して適当な結合親和性を持つ化合物についての高スループットスクリーニングを提供し、１９８４年９月１３日に発行されたＷＯ ８４／０３５６４に詳細に記載されている。簡単に述べれば、多数の異なる小型ペプチド試験化合物が、プラスチックピン等の固体支持体又は幾つかの他の表面上で合成される。ＰＲＯポリペプチドに適用すると、ペプチド試験化合物はＰＲＯポリペプチドと反応して洗浄される。結合したＰＲＯポリペプチドはこの分野で良く知られた方法により検出される。精製したＰＲＯポリペプチドは、上記の薬剤スクリーニング技術に使用するためにプレート上に直接被覆することもできる。さらに、非中和抗体は、ペプチドを捕捉し、それを固体支持体上に固定化するのに使用できる。
また、本発明は、ＰＲＯポリペプチドに結合可能な中和抗体がＰＲＯポリペプチド又はその断片について試験化合物と特異的に競合する競合薬剤スクリーニングアッセイも考慮する。この方法において、抗体は、ＰＲＯポリペプチドで、一又は複数の抗原決定基を持つ任意のペプチドの存在を検出するのに使用できる。
【０５３２】
実施例１４７：合理的薬剤設計
合理的薬剤設計の目的は、対象とする生物学的活性ポリペプチド（例えば、ＰＲＯポリペプチド）又はそれらが相互作用する小分子、例えばアゴニスト、アンタゴニスト、又はインヒビターの構造的類似物を製造することである。これらの例は、ＰＲＯポリペプチドのより活性で安定な形態又はインビボでＰＲＯポリペプチドに機能を促進又は阻害する薬剤の創作に使用できる（参考、Ｈｏｄｇｓｏｎ， Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ９： １９−２１ （１９９１））。
１つの方法において、ＰＲＯポリペプチド、又はＰＲＯポリペプチド−インヒビター複合体の三次元構造が、ｘ線結晶学により、コンピュータモデル化により、最も典型的には２つの方法の組み合わせにより決定する。分子の構造を解明し活性部位を決定するためには、ＰＲＯポリペプチドの形状及び電荷の両方が確認されなければならない。数は少ないが、ＰＲＯポリペプチドの構造に関する有用な情報が相同タンパク質の構造に基づいたモデル化によって得られることもある。両方の場合において、関連する構造情報は、類似ＰＲＯポリペプチド様分子の設計又は行こうなインヒビターの同定に使用される。合理的な薬剤設計の有用な例は、Ｂｒａｘｔｏｎ及びＷｅｌｌｓ， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ３１： ７７９６−７８０１ （１９９２）に示されているような向上した活性又は安定性を持つ分子、又はＡｔｈａｕｄａ等， Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．， １１３： ７４２−７４６ （１９９３）に示されているような天然ペプチドのインヒビター、アゴニスト、又はアンタゴニストとして作用する分子を含む。
また、上記のような機能アッセイによって選択された標的特異的な抗体を単離しその結晶構造を解明することもできる。この方法は、原理的には、それに続く薬剤設計が基礎をおくことのできるファーマコア（ｐｈａｒｍａｃｏｒｅ）を生成する。機能的な薬理学的に活性な抗体に対する抗−イディオタイプ抗体（抗−ｉｄｓ）を生成することにより、タンパク質結晶学をバイパスすることができる。鏡像の鏡像として、抗−ｉｄｓの結合部位は最初のレセプターの類似物であると予測できる。抗−ｉｄは、次いで、化学的又は生物学的に製造したペプチドのバンクからペプチドを同定及び単離するのに使用できる。単離されたペプチドは、ファーマコアとして機能するであろう。
本発明により、十分な量のＰＲＯポリペプチドがＸ線結晶学などの分析実験を実施するために入手可能である。さらに、ここに提供したＰＲＯポリペプチドアミノ酸配列の知識は、ｘ線結晶学に換える、又はそれに加えるコンピュータモデル化技術で用いられる知識を提供する。
【０５３３】
実施例１４８：心臓新生児肥大の刺激（アッセイ１）
このアッセイは新生児心臓の肥大を刺激するＰＲＯポリペプチドの能力を測定するように設計されている。このアッセイで陽性と試験されるＰＲＯポリペプチドは様々な心不全疾患の治療上の処置に利用できることが期待される。
１日齢のＨａｒｌａｎ Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットから筋細胞を得た。細胞（７．５ｘ１０４／ｍｌで１８０μｌ、血清＜０．１％、新たに単離）をＤＭＥＭ／Ｆ１２＋４％ＦＣＳで予めコートした９６ウェルプレートに１日目に添加した。試験ＰＲＯポリペプチド又は成長培地のみ（ネガティブコントロール）を含有する試験試料（２０μＬ／ウェル）を１日目にウェルに直接添加した。次いで２日目に最終濃度が１０−６ＭとなるようにＰＧＦ（２０μＬ／ウェル）が加えられる。次いで４日目に細胞が染色され、５日目に視覚によりスコアをつけ、ここでサイズの増加しない細胞（ネガティブコントロールと比較）は０．０とスコアされ、サイズの小から中規模の増加を示した細胞（ネガティブコントロールと比較）は１．０とスコアされさらにサイズの大きな増大を示した細胞（ネガティブコントロールと比較）は２．０とスコアされる。このアッセイで陽性の結果としたのは、１．０又はそれ以上のスコアである。
次のポリペプチドはこのアッセイで陽性と試験された：ＰＲＯ１３１２
【０５３４】
実施例１４９：内皮細胞増殖の刺激（アッセイ８）
このアッセイは、本発明のＰＲＯポリペプチドが副腎皮質毛細管内皮細胞（ＡＣＥ）成長を刺激する能力を示すか否かを測定する用に設計されている。このアッセイにおいて陽性と試験されたポリペプチドは、例えば創傷治癒、及びこれに類似のものを含み、血管新生が有益である症状や疾患の治療的処置において有用であると期待される（これらＰＲＯポリペプチドのアゴニストがそうあろうように）。このアッセイにおいて陽性と試験されたＰＲＯポリペプチドのアンタゴニストは、癌性腫瘍の治療的処置に対して有用であると期待される。
ウシ副腎皮質毛細管内皮（ＡＣＥ）細胞（初代培養からのもの、最大１２−１４継代）を９６ウェルのプレートにおいて１００マイクロリットル当たり５００細胞／ウェルでプレーティングした。アッセイ媒体は、低グルコースＤＭＥＭ、１０％子ウシ血清、２ｍＭグルタミン、及び１ｘペニシリン／ストレプトマイシン／ファンギゾンを含む。対照ウェルは以下を含む：（１）ＡＣＥ細胞無添加；（２）ＡＣＥ細胞のみ；（３）ＡＣＥ細胞＋ＶＥＧＦ（５ ｎｇ／ｍｌ）；及び（４）ＡＣＥ細胞＋ＦＧＦ（５ ｎｇ／ｍｌ）。次いで、対照及び試験試料（１００マイクロリットル容量）をウェルに添加した（各々、１％、０．１％及び０．０１％希釈）。細胞培地を３７℃／５％ＣＯ２で６−７日間インキュベートした。インキュべーションの後、ウェル中の培地を吸引して細胞をＰＢＳで１ｘ洗浄した。次いで、酸ホスファターゼ反応混合物（１００マイクロリットル、０．１Ｍ酢酸ナトリウム， ｐＨ５．５，０．１％ トリトンＸ−１００、１０ｍＭのリン酸ｐ−ニトロフェニル）を殻ウェルに添加した。３７℃で２時間のインキュベーション後に、１０マイクロリットルの１ＮのＮａＯＨの添加により反応を停止させた。光学密度（ＯＤ）を４０５ｎｍでマイクロタイタープレートで測定した。
ＰＲＯポリペプチドの活性は、（１）細胞のみのバックグラウンドに対する、及び（２）ＶＥＧＦによる最大刺激に対する（酸ホスファターゼ活性、ＯＤ４０５ｎｍで測定した）増殖増加の倍数として計算した。最大刺激についての活性参照としてＶＥＧＦ（３−１０ｎｇ／ｍｌ）及びＦＧＦ（１−５ｎｇ／ｍｌ）を使用した。アッセイの結果は、観察された刺激がバックグラウンドを越えて≧５０％である場合に「陽性」と考えた。ＶＥＧＦ（５ ｎｇ／ｍｌ）対照は１％希釈において１．２４倍の刺激を与え；ＦＧＢ（５ ｎｇ／ｍｌ）対照は１％希釈において１．４６倍の刺激を与えた。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１１５４及びＰＲＯ１１８６。
【０５３５】
実施例１５０：血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）刺激の内皮細胞成長の増殖を阻害するＰＲＯポリペプチドの能力（アッセイ９）
ＶＥＧＦに刺激された内皮細胞の増殖を阻害する種々のＰＲＯポリペプチドの能力を試験した。このアッセイにおいてポリペプチド試験がポジティブであると哺乳類の内皮細胞の阻害に有用であり、このような効果は、例えば腫瘍成長の阻害する等の恩恵となる。
特に、ウシ副腎皮質性毛細管内皮（ＡＣＥ）細胞（一次培地から、最大１２−１４継代）を９６−ウェルの１００マイクロタイタープレートに５００細胞／ウェルで蒔いた。アッセイ用培地は、低グルコースＤＭＥＭ、１０％のウシ血清、２ｍＭのグルタミン、１ｘペニシリン／ストレプトマイシン／フンギゾンを含有する。対照ウェルは次のものを含む：（１）ＡＣＥ細胞を添加しないもの；（２）ＡＣＥ細胞単独；（３）ＡＣＥ細胞プラス５ｎｇ／ｍｌのＦＧＦ；（４）ＡＣＥ細胞プラス３ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦ；（５）ＡＣＥ細胞プラス３ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦプラス１ｎｇ／ｍｌのＴＧＦ−ベータ；及び（６）ＡＣＥ細胞プラス３ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦプラス５ｎｇ／ｍｌのＬＩＦ。ついで、試験用試料であるポリ−ｈｉｓタグＰＲＯポリペプチド（１００マイクロタイター容量中）をウェル（それぞれ１％、０．１％及び０．００１％に希釈）の添加した。細胞を３７℃／５％のＣＯ２で６−７日インキュベートした。インキュベート後、ウェルの培地を吸引し、細胞を１ｘＰＢＳで洗浄した。酸ホスファターゼ反応混合物（１００マイクロタイター、０．１Ｍの酢酸ナトリウム、ｐＨ５．５、０．１％のトリトンＸ−１００、１０ｍＭのｐ−ニトロフェニルホスフェート）を各ウェルに添加した。３７℃で２時間インキュベートした後、１０マイクロタイターの１ＮのＮａＯＨの添加で反応を停止した。光学密度（ＯＤ）をマイクロプレートリーダーで４０５ｎｍにおいて測定した。
ＰＲＯポリペプチドの活性を、刺激無しの細胞に対するＶＥＧＦ（３ｎｇ／ｍｌ）刺激増殖のパーセント阻害（ＯＤ４０５ｎｍにおける酸ホスファターゼ活性を測定することにより決定）として算出した。ＴＧＦ−βはＶＥＧＦ刺激ＡＣＥ細胞増殖を７０−９０％阻止するので、１ｎｇ／ｍｌで活性参照として使用した。結果は、ＰＲＯポリペプチドの癌治療、特に腫瘍新脈管形成の阻害における有用性を示している。数値（相対阻害度）は刺激なし細胞に対するＰＲＯポリペプチドによるＶＥＧＦ刺激増殖のパーセント阻害を算出し、ついで１ｎｇ／ｍｌ濃度でのＴＧＦ−βが、ＶＥＧＦ刺激細胞増殖を７０−９０％阻止することが知られていることで得られたパーセント阻害をパーセンテージに除することで決定される。結果は、ＰＲＯポリペプチドが内皮細胞成長のＶＥＧＦ刺激を３０％又はそれ以上（相対阻害度３０％又はそれ以上）を阻害したときにポジティブと考える。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイにおいてポジティブであった：ＰＲＯ８１２。
【０５３６】
実施例１５１：混合リンパ球反応（ＭＬＲ）アッセイにおける刺激性活性（アッセイ２４）
この実施例は、本発明のあるペプチドが、刺激されたＴ−リンパ球の増殖の刺激剤として活性であることを示す。リンパ球の増殖を刺激する化合物は、免疫応答の増強が有益な 場合、治療的に有益に有用である。治療剤は、本発明のポリペプチドのアンタゴニストの形をとり、例えば、ポリペプチドに対するマウス−ヒトキメラ、ヒト化又はヒト抗体である。
このアッセイの基本的プロトコールは、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， ｕｎｉｔ３．１２；Ｊ Ｅ Ｃｏｌｉｇａｎ， Ａ Ｍ Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ， Ｄ Ｈ Ｍａｒｇｌｉｅｓ， Ｅ Ｍ Ｓｈｅｖａｃｈ， Ｗ Ｓｔｒｏｂｅｒ編， 国立衛生研究所， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ａｍｐ；ａｍｐ； Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃから出版に記載されている。
さらに具体的には、このアッセイの一変形例では、末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣ）を個々の哺乳類、例えばヒトのボランティアからロイコフェレーシスにより単離する（一人のドナーには刺激物ＰＢＭＣを供給し、他のドナーにはレスポンダーＰＢＭＣを供給する）。所望するならば、単離後に、細胞をウシ胎児血清及びＤＭＳＯ中で凍結する。凍結細胞をアッセイ用培地（３７℃、５％ＣＯ２）で一晩解凍し、ついで洗浄し、アッセイ用培地（ＲＰＭＩ；１０％ウシ胎児血清、１％ペニシリン／ストレプトマイシン、１％グルタミン、１％ＨＥＰＥＳ、１％非必須アミノ酸、１％ピルビン酸塩）に３ｘ１０６細胞／ｍｌに再懸濁させる。刺激物ＰＢＭＣは細胞を光にさらす（約３０００ラド）ことにより調製される。
このアッセイは混合物：
１００：１の１％又は０．１％に希釈された試験料試料、
５０：１の光にさらされた刺激物細胞、及び
５０：１のレスポンダーＰＢＭＣ細胞、
を三重ウェルに蒔くことにより調製される。１００マイクロタイターの細胞培養培地又は１００マイクロタイターのＣＤ４−ＩｇＧを対照体として使用する。ついで、ウェルを３７℃、５％ＣＯ２で４日間インキュベートする。５日目、各ウェルにトリチウム化チミジン（１．０ ｍＣ／ウェル；Ａｍｅｒｓｈａｍ）を適用する。６時間後、細胞を３回洗浄し、ついで標識の取込を評価する。
このアッセイの他の変形例では、ＰＢＭＣをＢａｌｂ／ｃマウス及びＣ５７Ｂ６マウスの脾臓から単離する。細胞を、アッセイ用培地（ＲＰＭＩ；１０％ウシ胎児血清、１％ペニシリン／ストレプトマイシン、１％グルタミン、１％ＨＥＰＥＳ、１％非必須アミノ酸、１％ピルバート）において新たに回収された脾臓から顕微鏡検査用に細かく切断し、リンパライトＭ（Ｌｙｍｐｈｏｌｙｔｅ Ｍ）（Ｏｒｇａｎｏｎ Ｔｅｋｎｉｋａ）上にこれらの細胞をオーバーレイすることによりＰＭＢＣを単離し、２０００ ｒｐｍで２０分間遠心分離し、集め、アッセイ用培地における単核細胞層を洗浄し、アッセイ用培地に１ｘ１０７細胞／ｍｌになるように細胞を再懸濁させる。ついで、このアッセイは上記のように行われる。
対照体に対する増加が陽性であると考えられ、好ましくは１８０％以上又は１８０％と同等の増加が好ましい。しかしながら、対照体より大きい全ての値は、試験用タンパク質について刺激効果を示す。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ８２６、ＰＲＯ１０６８、ＰＲＯ１１８４、ＰＲＯ１３４６及びＰＲＯ１３７５。
【０５３７】
実施例１５２：網膜ニューロン生存（アッセイ５２）
この実施例は種々のＰＲＯポリペプチドが網膜ニューロン細胞の生存の促進において有効性を有することを示し、それ故に、例えば網膜色素変性症、ＡＭＤ等による哺乳類の視力喪失の治療を含む網膜疾患又は損傷の治療的処置に有用であることを示す。
妊娠７日のＳＤラット胎児（混合集団：グリア及び網膜ニューロン型）をＣＯ２麻酔に続いて断頭により屠殺し、無菌条件下で眼を取り出した。神経網膜を色素上皮から切除し、他の眼組織をＣａ２＋、Ｍｇ２＋無しのＰＢＳ中の０．２５％トリプシンを用いて単細胞懸濁物中に解離させた。網膜を３７℃で７−１０分間インキュベートし、その後１ｍｌのダイズトリプシンインヒビターを添加することによりトリプシンを不活性化した。細胞を、Ｎ２を添加し、特異的な試験ＰＲＯポリペプチド有り又は無しのＤＭＥＭ／Ｆ１２中、９６−ウェルプレートにウェル当たり１００，０００細胞で蒔いた。全ての実験について、細胞は５％ＣＯ２の水飽和雰囲気下、３７℃で成長させた。培地中で２−３日後に細胞をカルセインＡＭで染色し、次いで４％のパラホルムアルデヒドで固定し、全細胞カウントの測定のためにＤＡＰＩで染色した。全細胞（蛍光）は、ＣＣＤカメラ及びＭａｃＩｎｔｏｓｈ用ＮＩＨ画像ソフトウェアを用いて２０Ｘ対物倍率で定量化した。ウェルの視野は無作為に選択した。
種々の濃度のＰＲＯポリペプチドの効果は、培地中２−３日でのカルセインＡＭポジティブ細胞の合計数を、培地中２−３日のＤＡＰＩ標識細胞の合計数で除することにより計算した。３０％を越える生存をポジティブと考える。
以下のＰＲＯポリペプチドが、このアッセイで０．０１％−１．０％の範囲のポリペプチド濃度の使用でポジティブであった：ＰＲＯ８２８、ＰＲＯ８２６、ＰＲＯ１０６８及びＰＲＯ１１３２。
【０５３８】
実施例１５３：杆状体光受容体細胞の生存（アッセイ５６）
このアッセイは、本発明の所定のポリペプチドが杆状体光受容体細胞の生存／増殖を高めるように作用し、よって、例えば色素性網膜炎、ＡＭＤ等による哺乳類の視力喪失の治療を含む網膜疾患又は損傷の治療的処置に有用であることを示す。
妊娠７日のＳｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラット胎児（混合集団：グリア及び網膜ニューロン細胞型）をＣＯ２麻酔に続いて断頭により屠殺し、無菌条件下で眼を取り出した。神経網膜を色素上皮及び他の眼組織から切除し、ついでＣａ２＋、Ｍｇ２＋無しのＰＢＳ中の０．２５％トリプシンを用いて単細胞懸濁物中に解離させた。網膜を３７℃で７−１０分間インキュベートし、その後１ｍｌのダイズトリプシンインヒビターを添加することによりトリプシンを不活性化した。細胞を、Ｎ２を添加したＤＭＥＭ／Ｆ１２中、９６−ウェルプレートにウェル当たり１００，０００細胞で蒔いた。全ての実験について、細胞は５％ＣＯ２の水飽和雰囲気下、３７℃で成長させた。培地中で２−３日後に細胞を４％のパラホルムアルデヒドで固定し、次いでセルトラッカーグリーンＣＭＦＤＡ染色した。Ｒｈｏ ４Ｄ２（腹水又はＩｇＧ１：１００）、可視色素ロドプシンに対するモノクローナル抗体を、間接的免疫蛍光法による杆状体光受容体の検出に使用した。結果は％生存：培地中２−３日のカルセイン−ロドプシンポジティブ細胞の全数を、培地中２−３日でのカルセイン−ロドプシンポジティブ細胞の全数で除するものとして計算する。全細胞（蛍光）は、ＣＣＤカメラ及びＭａｃＩｎｔｏｓｈ用ＮＩＨ画像ソフトウェアを用いて２０Ｘ対物倍率で定量化した。ウェルの視野は無作為に選択した。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ５３６、ＰＲＯ９４３、ＰＲＯ８２８、ＰＲＯ８２６、ＰＲＯ１０６８及びＰＲＯ１１３２。
【０５３９】
実施例１５４：内皮細胞におけるｃ−ｆｏｓの誘導（アッセイ３４）
このアッセイはＰＲＯポリペプチドが内皮細胞においてｃ−ｆｏｓを誘導する能力を示すか否かを決定するために設計されている。このアッセイで陽性と試験されたＰＲＯポリペプチドは、症状や疾患の治療上の処置に役立ち、その脈管形成は例えば創傷治癒、及びその様なもの（これらのＰＲＯポリペプチドのアゴニストのような）を含むものに有用である。このアッセイで陽性と試験されたＰＲＯポリペプチドは癌性腫瘍の治療上の処置に役立つことが期待される。
成長培地（５０％のハムのＦ１２ｗ／ｏＧＨＴ：低グルコース、及びグリシンなしの５０％ＤＭＥＭ：ＮａＨＣＯ３、１％グルタミン、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１０％のＦＢＳ、１０ｎｇ／ｍｌのｂＦＧＦ）中のヒト静脈臍静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ， Ｃｅｌｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を１ｘ１０４細胞／ウェルの細胞密度で９６ウェルマクロタイタープレートにプレーティングした。プレーティングの次の日、成長培地を除き、細胞を１００μｌ／ウェルの試験試料とコントロール（ポジティブコントロール：成長培地；ネガティブコントロール：１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１４０ｍＭのＮａＣｌ、４％（ｗ／ｖ）マンニトール、ｐＨ６．８）で処理することにより、細胞を飢餓させた。細胞を５％ＣＯ２中で３７℃において３０分間インキュベートした。試料を取り除いて、ｂＤＮＡキットプロトコール（Ｃｈｉｒｏｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ， ｃａｔ．＃６００５−０３７）の最初の部分に従った。ここで、下記の各大文字の試薬／バッファーはキットから利用可能であった。
簡単には、試験に必要なＴＭ溶菌バッファー（ＴＭ Ｌｙｓｉｓ Ｂｕｆｆｅｒ）及びプローブの量を製造者により提供された情報に基づいて計算した。適当な量の解凍プローブをＴＭ溶菌バッファーに添加した。捕獲ハイブリッド形成バッファー（Ｃａｐｔｕｒｅ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒ）を室温まで温めた。ｂＤＮＡ条片を金属条片ホルダーにセットアップし、１００μｌの捕獲ハイブリッド形成バッファーを必要な各ｂ−ＤＮＡウェルに添加し、少なくとも３０分インキュベートした。細胞内の試験プレートをインキュベータから取り除き、真空マニフォールドを使用して培地を穏やかに除いた。マイクロタイタープレートの各ウェルに１００μｌのプローブを伴う溶菌ハイブリッド形成バッファーを各ｂ−ＤＮＡウェルにピペットで素早く添加した。ついで、プレートを１５分間５５℃でインキュベートした。インキュベーターからの取り出し、マイクロタイターアダプターヘッドを備えたボルテックスミキサーにプレートを配し、１分の間、＃２の設定でボルテックスした。８０μｌの溶菌液を取り除き、捕獲ハイブリッド形成バッファーを含むｂＤＮＡウェルに添加し、ピペットで上下して混合した。プレートを少なくとも１６時間の間５３℃でインキュベートした。
次の日に、ｂＤＮＡキットプロトコールの第２の部分に従った。すなわち、プレートをインキュベーターから取り除き、ベンチに配置して１０分間冷却した。必要な添加の容積は製造者により適用された情報に基づいて計算した。ＡＬハイブリッド形成バッファー中に１：１００の希釈のアンプリファイアー濃縮物（Ａｍｐｌｉｆｉｅｒ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｅ）（２０ｆｍ／μｌ）を作成することによりアンプリファイアー作用液を調製した。ハイブリダイゼーション混合物はウォシュＡで２回洗浄された。５０μｌのアンプリファイアー作用液がそれぞれのウェルに加えられ、該ウェルは５３℃で３０分でインキュベートされた。ついで、プレートをインキュベーターから取り除いて１０分間冷却した。標識プローブ作用液を、ＡＬハイブリッド形成バッファー中に１：１００の希釈で標識濃縮物（４０ｐｍｏｌｅｓ／μｌ）を作成することにより調製した。１０分の冷却期間後、アンプリファイアーハイブリッド形成混合物を除去し、プレートを洗浄剤Ａで２回洗浄した。５０μｌの標識プローブ作用液を各ウェルに添加し、ウェルを５３℃で１５分間インキュベートした。１０分間の冷却後、基質を室温まで温めた。アッセイに必要な各モルの基質に３μｌの基質エンハンサーを添加して、プレートを１０分間冷却し、標識ハイブリッド形成混合物を取り除き、プレートを洗浄剤Ａで２回、洗浄剤Ｄで３回洗浄した。５０μｌのエンハンサーを伴う基質溶液を各ウェルに添加した。プレートを３７℃で３０分間インキュベートし、ＲＬＵを適当な照度計で読みとった。
複製を平均化し変動係数を決定した。ネガティブコントロール（上述のＨＥＰＥＳバッファー）値に対する増加倍数の活性の測定は化学発光単位（ＲＬＵ）によって示された。結果を下記の表９に示し、ネガティブコントロール値に対して少なくとも２倍の値を示す試料は陽性と考えた。ネガティブコントロール＝１．００％希釈で１．００ＲＬＵ。ポジティブコントロール＝１．００％希釈で８．３９ＲＬＵ。
次のポリペプチドはこのアッセイで陽性と試験された：ＰＲＯ５３５、ＰＲＯ８２６、ＰＲＯ８１９、ＰＲＯ１１２６、ＰＲＯ１１６０及びＰＲＯ１３８７。
【０５４０】
実施例１５５：混合リンパ球反応（ＭＬＲ）における阻害活性アッセイ（アッセイ６７）
この実施例は、本発明の一又は複数のポリペプチドが刺激されたＴリンパ球の増殖阻害剤として活性であることを示す。リンパ球の増殖を阻害する化合物は、免疫反応の抑制が好ましい治療において有用である。
このアッセイの基本的プロトコールは、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， ｕｎｉｔ３．１２；Ｊ Ｅ Ｃｏｌｉｇａｎ， Ａ Ｍ Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ， Ｄ Ｈ Ｍａｒｇｌｉｅｓ， Ｅ Ｍ Ｓｈｅｖａｃｈ， Ｗ Ｓｔｒｏｂｅｒ編， 国立衛生研究所， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃから出版のＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓに記載されている。
さらに、このアッセイの一変形例では、末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣ）を個々の哺乳類、例えばヒトのボランティアからロイコフェレーシスにより単離する（一人のドナーには刺激物ＰＢＭＣを供給し、他のドナーにはレスポンダーＰＢＭＣを供給する）。所望するならば、単離後に、細胞をウシ胎児血清及びＤＭＳＯ中で凍結する。凍結細胞をアッセイ用培地（３７℃、５％ＣＯ２）で一晩解凍し、ついで洗浄し、アッセイ用培地（ＲＰＭＩ；１０％ウシ胎児血清、１％ペニシリン／ストレプトマイシン、１％グルタミン、１％ＨＥＰＥＳ、１％非必須アミノ酸、１％ピルビン酸塩）に３ｘ１０６細胞／ｍｌに再懸濁させる。刺激物ＰＢＭＣは細胞を光にさらす（約３０００ラド）ことにより調製される。
このアッセイは混合物：
１００：１の１％又は０．１％に希釈された試験料試料、
５０：１の光にさらされた刺激物細胞、及び
５０：１のレスポンダーＰＢＭＣ細胞、
を三重ウェルに蒔くことにより調製される。１００マイクロタイターの細胞培養培地又は１００マイクロタイターのＣＤ４−ＩｇＧを対照体として使用する。ついで、ウェルを３７℃、５％ＣＯ２で４日間インキュベートする。５日目、各ウェルにトリチウム化チミジン（１．０ｍＣ／ウェル；Ａｍｅｒｓｈａｍ）を適用する。６時間後、細胞を３回洗浄し、ついで標識の取込を評価する。
このアッセイの他の変形例では、ＰＢＭＣをＢａｌｂ／ｃマウス及びＣ５７Ｂ６マウスの脾臓から単離する。細胞を、アッセイ用培地（ＲＰＭＩ；１０％ウシ胎児血清、１％ペニシリン／ストレプトマイシン、１％グルタミン、１％ＨＥＰＥＳ、１％非必須アミノ酸、１％ピルビン酸塩）において新たに回収された脾臓から顕微鏡検査用に細かく切断し、リンパライトＭ（Ｌｙｍｐｈｏｌｙｔｅ Ｍ）（Ｏｒｇａｎｏｎ Ｔｅｋｎｉｋａ）上にこれらの細胞をオーバーレイすることによりＰＭＢＣを単離し、２０００ｒｐｍで２０分間遠心分離し、集め、アッセイ用培地における単核細胞層を洗浄し、アッセイ用培地に１ｘ１０７細胞／ｍｌになるように細胞を再懸濁させる。ついで、このアッセイは上記のように行われる。
任意に以下の対照体が減少することは、阻害用化合物についてのポジティブな結果であると考えられ、８０％未満の減少が好ましい。しかしながら、任意の値が対照体未満であるなら、試験用タンパク質について阻害効果を示す。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１１１４、ＰＲＯ８３６、ＰＲＯ１１５９、ＰＲＯ１３１２、ＰＲＯ１１９２、ＰＲＯ１１９５及びＰＲＯ１３８７。
【０５４１】
実施例１５６：マウス腎メサンギウム細胞増殖アッセイ（アッセイ９２）
このアッセイ３７は、本発明のあるペプチドが、哺乳類の腎メサンギウム細胞の増殖を誘導するように作用し、それ故にバーガー病又はシェーンライン−ヘノーホ紫斑病、セリアック病、疱疹状皮膚炎又はクローン病に関連する他の腎障害のようなメサンギウム細胞の機能低下と関連する腎疾患の治療に有用である。このアッセイは以下のようにおこなわれる。１日目、マウス腎メサンギウム細胞を、９６ウェルプレート上の成長培地（ダルベッコの改変イーグル培地及びハムＦ１２培地の３：１混合、９５％ウシ胎児血清、５％１４ｍＭ ＨＥＰＥＳ補充）にプレートし、一晩生育させる。２日目には、ＰＲＯポリペプチドを無血清培地で二つの濃度（１％及び５％）に希釈し、細胞へ添加する。対照試料は無血清培地である。４日目には、２０μｌのＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ ９６ Ａｑｕｅｏｕｓ ｏｎｅ ｓｏｌｕｔｉｏｎ ｒｅａｇｅｎｔ（Ｐｒｏｇｅｍａ）を各々のウェルへ添加し、比光分析反応を２時間に渡り継続させる。そして、吸光度を４９０ｎｍで測定した。このアッセイにおける陽性は、少なくとも対照試料の示度よりも１５％上の吸光度示度を与える全てのものである。
以下の試験ポリペプチドが、このアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ８１９、ＰＲＯ８１３及びＰＲＯ１０６６。
【０５４２】
実施例１５７：周皮細胞ｃ−ｆｏｓ誘導（アッセイ９３）
このアッセイは、本発明の所定のポリペプチドが周皮細胞におけるｃ−ｆｏｓの発現を誘発するように作用し、よって特定の種類の周皮細胞結合腫瘍の診断用マーカーとして有用であるばかりでなく、周皮細胞結合腫瘍の治療的処置に有用であると予期されるアンタゴニストを生じせしめることを示す。特に１日目に、周皮細胞をＶＥＣ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから得、５ｍｌの培地以外をフラスコから取り出す。２日目に周皮細胞をトリプシン化し、洗浄し、スピンさせ、ついで９６ウェルプレートに蒔く。７日目に培地を取り出し、周皮細胞を１００μｌのＰＲＯポリペプチドテスト用試料及び対照体（正の対照体＝ＤＥＭ＋５％血清＋／−５００ｎｇ／ｍｌのＰＤＧＦ；負の対照体＝プロテイン３２）で処理する。複製を平均し、ＳＤ／ＣＶを決定する。蛍光ルミネセンス単位（ＲＬＵ）照度計リーディングバース頻度により示されたプロテイン３２値を越える折り畳み増加（バッファー対照）をヒストグラム上にプロットし、上記のプロテイン３２値を２倍越えると、アッセイについてポジティブであると考えられる。ＡＳＹマトリックス：成長培地＝低グルコースＤＭＥＭ＝２０％ＦＢＳ＋１ｘペンストレップ（ｐｅｎ ｓｔｒｅｐ）＋１Ｘフンギゾン（ｆｕｎｇｉｚｏｎｅ）。アッセイ用培地＝低グルコースＤＭＥＭ＋５％ＦＢＳ。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ９４３及び８１９。
【０５４３】
実施例１５８：初期ラット脂肪細胞によるグルコース又はＦＦＡ取り込みに影響を与えるＰＲＯポリペプチドの検出（アッセイ９４）
このアッセイは、ＰＲＯポリペプチドが脂肪細胞によるグルコース又はＦＦＡ取りみに影響を及ぼす能力を示すかどうかを決定するために設計されている。このアッセイにおいて陽性と評価されたＰＲＯポリペプチドは、例えば肥満、糖尿病又は高或いは低インシュリン血症を含む脂肪細胞によるグルコース取り込みの刺激又は阻害である疾患の治療上の処置にとって有用であると期待される。
９６ウェルフォーマットにおいて、アッセイされるＰＲＯポリペプチドは初期ラット脂肪細胞へ加えられ、そして一晩インキュベートされる。４及び１６時間目に、グリセロール、グルコース及びＦＦＡ取り込みのアッセイのための試料が取られる。１６時間のイキュベーション後、イシュリンを培地へ加え、４時間のインキュベートをおこなう。この時、試料が取られて、グリセロール、グルコース及びＦＦＡの取り込みが測定される。ＰＲＯポリペプチドが無くインシュリンを含む培地を、陽性の基準コントロールとして使用する。試験されるＰＲＯポリペプチドがグルコース又はＦＦＡ取り込みを刺激或いは阻害した場合、インシュリンのコントロールより１．５倍より高い又は０．５倍より低いと、結果は陽性と記録される。
以下のＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいてグルコース及び／又はＦＡＡの取り込みの刺激剤として陽性と評価された：ＰＲＯ１１１４、ＰＲＯ１００７、ＰＲＯ１０６６、ＰＲＯ８４８、ＰＲＯ１１８２、ＰＲＯ１１９８、ＰＲＯ１１９２、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１３７５及びＰＲＯ１３８７。
以下の試験ＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいてグルコース及び／又はＦＡＡの取り込みの阻害剤として陽性であった：ＰＲＯ１１８４、ＰＲＯ１３６０、ＰＲＯ１３０９、ＰＲＯ１１５４、ＰＲＯ１１８１、ＰＲＯ１１８６、ＰＲＯ１１６０及びＰＲＯ１３８４。
【０５４４】
実施例１５９：軟骨細胞再分化アッセイ（アッセイ１１０）
このアッセイは、本発明のあるペプチドが軟骨細胞の再分化を誘導し、それ故に例えば、スポーツ傷害及び関節炎などの種々の骨及び／又は軟骨組織疾患の治療に有用であると期待されることを示す。このアッセイは、以下のようにおこなわれる。ブタ軟骨細胞を、４−６ヶ月の年長雌ブタの中手指節関節の関節軟骨より一晩に渡るコラゲナーゼ消化によって単離する。そして、単離された細胞を、１０％ＦＢＳ及び４μｇ／ｍｌゲンタマイシンを含むハムＦ−１２へ２５，０００細胞／ｃｍ２の割合で接種する。培地は、３日ごとに換えられ、そして細胞を血清を含まない１００μｌの同じ培地へ５，０００細胞／ウェルとなるよう９６ウェルプレートへ接種し、１００μｌの試験ＰＲＯポリペプチド、５ｎＭスタウロスポリン（正の対照）又は培地のみ（負の対照）を添加して最終容量を２００μｌ／ウェルとする。５日間のインキュベーション後、各ウェルの写真を撮り、軟骨細胞の分化段階を測定する。軟骨細胞の再分化が負の対照よりも正の対照へ似ている場合には、アッセイにおいて陽性の結果が生じたとした。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１２８２、ＰＲＯ１３１０、ＰＲＯ６１９、ＰＲＯ９４３、ＰＲＯ８２０、ＰＲＯ１０８０、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ１００７、ＰＲＯ１０５６、ＰＲＯ７９１、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１８４、ＰＲＯ１３６０、ＰＲＯ１３０９、ＰＲＯ１１０７、ＰＲＯ１１３２、ＰＲＯ１１３１、ＰＲＯ８４８、ＰＲＯ１１８１、ＰＲＯ１１８６、ＰＲＯ１１５９、ＰＲＯ１３１２、ＰＲＯ１１９２及びＰＲＯ１３８４。
【０５４５】
実施例１６０：軟骨細胞増殖アッセイ（アッセイ１１１）
このアッセイは、本発明のＰＲＯポリペプチドが培養において軟骨細胞の増殖を阻害する能力を示すか否かを測定するように設計されている。このアッセイにおいて陽性と試験されたポリペプチドは、例えばスポーツ傷害及び関節炎などの種々の骨及び／又は軟骨組織疾患の治療的処置に対して有用であると期待される。
ブタ軟骨細胞を、４−６ヶ月の年長雌ブタの中手指節関節の関節軟骨より一晩に渡るコラゲナーゼ消化によって単離した。そして、単離された細胞を２５，０００細胞／ｃｍ２の割合で、１０％ＦＢＳ及び４μｇ／ｍｌゲンタマイシンを含むハムＦ−１２へ接種する。培地は３日ごとに換えられ、細胞は２５，０００細胞／ｃｍ２となるように５日ごとに再接種された。１２日目に、細胞を５，０００細胞／ウェルの割合の血清を含まない１００μｌの同じ培地の９６ウェルプレートへ接種し、無血清培地（負の対照）、スタウロスポリン（最終濃度５ｎＭ；正の対照）又は試験ＰＲＯポリペプチドを添加して２００μｌ／ウェルの最終容量とした。３７℃の５日間の後、２０μｌのアラマーブルー（Ａｌａｍａｒ ｂｌｕｅ）を各ウェルへ添加し、プレートをさらに３時間、３７℃でインキュベートした。そして、各ウェルの蛍光を測定した（Ｅｘ：５３０ ｎｍ；Ｅｍ：５９０ ｎｍ）。バックグラウンドを得るために、２００μｌの無血清培地を含むプレートの蛍光を測定した。このアッセイの陽性の結果は、ＰＲＯポリペプチド処理試料の蛍光が負の対照のそれよりも正の対照のそれのような場合において得られる。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１３１０、ＰＲＯ８４４、ＰＲＯ１３１２、ＰＲＯ１１９２及びＰＲＯ１３８７。
【０５４６】
実施例１６１：膵臓β細胞前駆体の増殖の誘導（アッセイ１１７）
このアッセイは、本発明のあるペプチドが膵臓β細胞前駆体の増殖を誘導し、それ故に糖尿病を含む哺乳類における種々のインシュリン欠乏状態の治療に有用であると期待されることを示す。このアッセイは、以下のようにおこなわれた。このアッセイは、マウス胎児膵臓細胞の一次培養を使用し、一次計測は、β細胞前駆体又は成熟β細胞のいずれかを示すマーカーの発現の変化である。マーカー発現は、実時間数量化ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ、ｒｅａｌ ｔｉｍｅ ｑｕａｔｉｔａｔｉｖｅ ＰＣＲ）によって測定する：評価されるマーカーは、Ｐｄｘ１と呼ばれる転写因子である。
膵臓は、Ｅ１４胚（ＣＤ１マウス）から解剖された。そして、膵臓はＦ１２／ＤＭＥＭ中のコラゲナーゼ／デスパーゼ（ｄｉｓｐａｓｅ）で３７℃、４０−６０分で消化された（コラゲナーゼ／デスパーゼ（ｄｉｓｐａｓｅ）、１．３７ｍｇ／ｍｌ、べーリンガーマンハイム、＃１０９７１１３）。次に、消化物を等量の５％ＢＳＡによって中和し、細胞を、一度、ＲＰＭＩ１６４０で洗浄する。第１日目、細胞を１２ウェルの組織培養プレート（ＰＢＳ中の２０μｌ／ｍｌのラミニン、べーリンガーマンハイム、＃１２４３１７によって，前被覆された）へ接種する。１−２の胚からの膵臓の細胞を一つのウェルに分布させる。この一次培養の為の培地は、１４Ｆ／１６４０である。第２日目には、培地を取り除き、ＲＰＭＩ／１６４０によって付着細胞を洗浄する。試験されるタンパク質に加えて、２ｍｌの最小培地を添加する。第４日目には、培地を取り除き、細胞よりＲＮＡを調製し、マーカー発現を実数時間数量化逆転写ＰＣＲ（ｒｅａｌ ｔｉｍｅ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＲＴ−ＰＲＣ）によって分析する。タンパク質は、関連するβ細胞マーカーの発現が未処理対照に比較して増加した場合、このアッセイにおいて活性があるものと考える。
１４Ｆ／１６４０は、以下のもの加えたＲＰＭＩ１６４０である：
グループＡ１：１０００
グループＢ１：１０００組み換えヒトインシュリン１０μｇ／ｍｌ
アプロチニン（５０μｇ／ｍｌ）１：２０００（べーリンガーマンハイム＃９８１５３２）
ウシ下垂体抽出物（ＢＰＥ）６０μｇ／ｍｌ
ゲンタマイシン１００ｎｇ／ｍｌ
グループＡ：（１０ｍｌ ＰＢＳ中）
トランスフェリン、１００ｍｇ（シグマ Ｔ２２５２）
上皮細胞成長因子、１００μｇ（ＢＲＬ １００００４）
トリヨードチロニン、５ｘ１０−６Ｍの１０μｌ（シグマ Ｔ５５１６）
エタノールアミン、１０−１Ｍの１００μｌ（シグマ Ｅ０１３５）
ホスホエタノールアミン、１０−１Ｍの１００μｌ（シグマ Ｐ０５０３）
セレニウム、１０−１Ｍの４μｌ（Ａｅｓａｒ ＃１２５７４）
グループＣ：（１０ｍｌ １００％エタノール中）
ヒドロコルチゾン、５ｘ１０−３Ｍの２μｌ（シグマ ＃Ｈ０１３５）
プロジェステロン、１ｘ１０−３Ｍの１００μｌ（シグマ ＃Ｐ６１４９）
フォルスコリン、２０ｍＭの５００μｌ（カルバイオケム ＃３４４２７０）
最小培地：
ＲＰＭＩ１６４０プラストランスフェリン（１０μｇ／ｍｌ）、インシュリン（１μｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（１００ｎｇ／ｍｌ）、アプロチニン（５０μｇ／ｍｌ）及びＢＰＥ（１５μｇ／ｍｌ）。
限定培地：
ＲＰＭＩ１６４０プラストランスフェリン（１０μｇ／ｍｌ）、インシュリン（１μｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（１００ｎｇ／ｍｌ）及びアプロチニン（５０μｇ／ｍｌ）
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１３１０、ＰＲＯ１１８８、ＰＲＯ１１３１及びＰＲＯ１３８７。
【０５４７】
実施例１６２：骨格筋のグルコース又はＦＦＡ取り込みに影響を与えるポリペプチドの検出（アッセイ１０６）
このアッセイは、ＰＲＯポリペプチドが骨格筋のグルコース又はＦＦＡ取り込に影響を及ぼす能力を示すかどうかを決定するために設計されている。このアッセイにおいて陽性と評価されたＰＲＯポリペプチドは、例えば糖尿病又は高或いは低インシュリン血症を含む骨格筋によるグルコース取り込みの刺激又は阻害である疾患の治療上の処置にとって有用であると期待される。
９６ウェルフォーマットにおいて、アッセイされるＰＲＯポリペプチドは初期ラット分化型骨格筋へ加えられ、そして一晩インキュベートされる。ついで、ＰＲＯポリペプチド及び＋／−インシュリンを含む新鮮な培地がウェルに加えられる。その後、試料培地は、骨格筋によるグルコース又はＦＦＡ取り込みを測定するために監視される。イシュリンは、骨格筋によるグルコース又はＦＦＡ取り込みを刺激し、ＰＲＯポリペプチドを含まないインシュリンを含む培地を、陽性の基準コントロール及びスコーリング制限として使用する。試験されるＰＲＯポリペプチドがグルコース又はＦＦＡ取り込みを刺激或いは阻害した場合、インシュリンのコントロールより１．５倍より高い又は０．５倍より低いと、結果は陽性と記録される。
以下の試験ＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいてグルコース及び／又はＦＡＡの取り込みの刺激剤又は阻害剤として陽性であった：ＰＲＯ３５８、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ１００７、ＰＲＯ８２６、ＰＲＯ１０６６、ＰＲＯ１０２９及びＰＲＯ１３０９。
【０５４８】
実施例１６３：赤芽球細胞系における胎児ヘモグロビン誘発（アッセイ１０７）
このアッセイは、成人のヘモグロビンから赤芽球細胞系における胎児ヘモグロビンへの切替を誘発する、ＰＲＯポリペプチドの能力をスクリーニングするのに有用である。このアッセイにおいて試験する分子がポジティブであると、種々のサラセミア等の、多様な哺乳類ヘモグロビン関連疾患を治療的に処置するのに有用であることが期待される。このアッセイは以下のようにして行われる。赤芽球細胞を標準的成長培地において、９６ウェルフォーマットに１０００細胞／ウェルで蒔く。０．２％又は２％の濃度でＰＲＯポリペプチドを成長培地に添加し、細胞を３７℃で５日間インキュベートする。正の対照体として、細胞を１００μＭのヘミンで処理し、負の対照体として、細胞を処理しない。５日後、細胞溶解物を調製し、ガンマグロブリンの発現について分析する（胎児用マーカー）。このアッセイにおいてポジティブとは、ガンマグロブリンレベルが負の対照体の少なくとも２倍であることである。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１１１４、ＰＲＯ８２６、ＰＲＯ１０６６、ＰＲＯ８４４、ＰＲＯ１１９２及びＰＲＯ１３５８。
【０５４９】
実施例１６４：膵臓β細胞前駆体分化の誘導（アッセイ８９）
このアッセイは、本発明のあるペプチドが膵臓β細胞前駆体の分化を誘導し、それ故に糖尿病を含む哺乳類における種々のインシュリン欠乏状態の治療に有用であると期待されることを示す。このアッセイは、以下のようにおこなわれた。このアッセイは、マウス胎児膵臓細胞の一次培養を使用し、一次計測は、β細胞前駆体又は成熟β細胞のいずれかを示すマーカーの発現の変化である。マーカー発現は、実時間数量化ＰＣＲ（ＲＴＱ−ＰＣＲ、ｒｅａｌ ｔｉｍｅ ｑｕａｔｉｔａｔｉｖｅ ＰＣＲ）によって測定される：評価されるマーカーは、インシュリンである。
膵臓は、Ｅ１４胚（ＣＤ１マウス）から解剖される。そして、膵臓はＦ１２／ＤＭＥＭ中のコラゲナーゼ／デスパーゼ（ｄｉｓｐａｓｅ）で３７℃、４０−６０分で消化される（コラゲナーゼ／デスパーゼ（ｄｉｓｐａｓｅ）、１．３７ｍｇ／ｍｌ、べーリンガーマンハイム、＃１０９７１１３）。次に、消化物を等量の５％ＢＳＡによって中和し、細胞を、一度、ＲＰＭＩ１６４０で洗浄する。第１日目、細胞を１２ウェルの組織培養プレート（ＰＢＳ中の２０μｌ／ｍｌのラミニン、べーリンガーマンハイム、＃１２４３１７によって，前被覆された）へ接種する。１−２の胚からの膵臓の細胞を一つのウェルに分布させる。この一次培養の為の培地は、１４Ｆ／１６４０である。第２日目には、培地を取り除き、ＲＰＭＩ／１６４０によって付着細胞を洗浄する。試験されるタンパク質に加えて、２ｍｌの最小培地を添加する。第４日目には、培地を取り除き、細胞よりＲＮＡを調製し、マーカー発現を実数時間数量化逆転写ＰＣＲ（ｒｅａｌ ｔｉｍｅ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＲＴ−ＰＲＣ）によって分析する。タンパク質は、関連するβ細胞マーカーの発現が未処理対照に比較して増加した場合、このアッセイにおいて活性があるものと考える。
１４Ｆ／１６４０（Ｇｉｂｃｏ）は、以下のものを加えたＲＰＭＩ１６４０：
グループＡ１：１０００
グループＢ１：１０００
組み換えヒトインシュリン１０μｇ／ｍｌ
アプロチニン（５０μｇ／ｍｌ）１：２０００（べーリンガーマンハイム＃９８１５３２）
ウシ下垂体抽出物（ＢＰＥ）６０μｇ／ｍｌ
ゲンタマイシン１００ ｎｇ／ｍｌ
グループＡ：（１０ ｍｌＰＢＳ中）
トランスフェリン、１００ ｍｇ（シグマ Ｔ２２５２）
上皮細胞成長因子、１００μｇ（ＢＲＬ １００００４）
トリヨードチロニン、５ｘ１０−６Ｍの１０μｌ（シグマ Ｔ５５１６）
エタノールアミン、１０−１Ｍの１００μｌ（シグマ Ｅ０１３５）
ホスホエタノールアミン、１０−１Ｍの１００μｌ（シグマ Ｐ０５０３）
セレニウム、１０−１Ｍの４μｌ（Ａｅｓａｒ ＃１２５７４）
グループＣ：（１０ ｍｌ １００％エタノール中）
ヒドロコルチゾン、５ｘ１０−３Ｍの２μｌ（シグマ ＃Ｈ０１３５）
プロジェステロン、１ ｘ １０−３Ｍの１００μｌ（シグマ ＃Ｐ６１４９）
フォルスコリン、２０ ｍＭの５００μｌ（カルバイオケム ＃３４４２７０）
最小培地：
ＲＰＭＩ１６４０プラストランスフェリン（１０μｇ／ｍｌ）、インシュリン（１μｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（１００ｎｇ／ｍｌ）、アプロチニン（５０μｇ／ｍｌ）及びＢＰＥ（１５μｇ／ｍｌ）。
限定培地：
ＲＰＭＩ１６４０プラストランスフェリン（１０μｇ／ｍｌ）、インシュリン（１μｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（１００ ｎｇ／ｍｌ）及びアプロチニン（５０μｇ／ｍｌ）。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１１８８、ＰＲＯ１１３２、ＰＲＯ１１３１及びＰＲＯ１１８１。
【０５５０】
実施例１６５：皮膚血管透過性アッセイ（アッセイ６４）
このアッセイは、本発明のあるポリペプチドが免疫系を刺激し、哺乳類の注射の部位での単核球、好酸球及びＰＭＮ浸潤を誘導することによる炎症を誘導することを示す。免疫応答を刺激する化合物は、免疫応答が有益である場合には治療的に有用である。この皮膚血管透過性アッセイは，以下のようにおこなわれる。３５０ｇ又はそれ以上の無毛モルモットにケタミン（７０−８０ｍｇ／ｋｇ）と５ｍｇ／ｋｇのキシラジンを筋肉内投与して麻酔をかける（ＩＭ）。本発明の精製ポリペプチド又は条件付試験試料を、注射部位当たり１００μｌで試験動物の背の皮膚に皮内注射する。動物当たりおよそ１０−３０、好ましくは１６−２４の注射部位を有する可能性がある。ついで１μｌのエバンスブルー染料（１％の緩衝化された生理的食塩水）を心臓内注射する。そして、注射部位の斑点を注射後１及び６時間後に測定する（ｍｍ直径）。動物は、注射から６時間後に犠牲となった。各々の皮膚注射部位は、生検されてホルマリンで固定される。そして、この皮膚は、組織病理学的評価のために調整される。各々の部位は、皮膚への炎症細胞湿潤のために評価される。可視的な炎症細胞湿潤の部位は、陽性とスコアされる。炎症細胞は、好中球、好酸球、単核球又はリンパ性である可能性がある。少なくとも、注射部位の最小血管周囲湿潤物は陽性とスコアされ、注射の部位の湿潤物でないものは、陰性とスコアされる。
以下の試験ＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいて陽性であった：ＰＲＯ１００７、ＰＲＯ１３５８及びＰＲＯ１３７５。
【０５５１】
実施例１６６：内皮細胞アポトーシスの誘導（ＥＬＩＳＡ）（アッセイ１０９）
内皮細胞においてアポトーシスを誘導するＰＲＯポリペプチドの能力を、１００ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦ、０．１％のＢＳＡ、１Ｘｐｅｎｎ／ｓｔｒｅｐを補充した０％血清培地中で９６ウェルフォーマットを使用して、ヒト静脈の臍静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ， Ｃｅｌｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ）中で試験した。使用した９６ウェルプレートはＦａｌｃｏｎにより製造された（番号３０７２）。９６ウェルのコーティングは、ＰＢＳ溶液中の０．２％ゼラチン１００μｌで＞３０分間ゼラチン化を起こすことにより調製した。ゼラチン混合物を全部吸引した後、１０％血清含有培地中で最終濃度２ｘ１０４細胞／ｍｌの最終濃度−ウェル当たり１００μｌ容量でプレーティングした。対象とするＰＲＯポリペプチドを含有する試験試料を添加する前に細胞を２４時間成長させた。
全てのウェルに、１００ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦ、０．１％のＢＳＡ、１Ｘｐｅｎｎ／ｓｔｒｅｐを補充した０％血清培地中１００μｌを添加した。ＰＲＯポリペプチドを含有する試験試料を１％、０．３３％及び０．１１％の希釈で三つ組で添加した。細胞の無いウェルをブランクとして使用し、細胞だけのウェルをネガティブ対照として使用した。ポジティブ対照として、３ｘ原液のスタウロスポリンの５０μｌの１：３の連続希釈物を使用した。ＥＬＩＳＡに先立って、細胞を２４から３５時間インキュベートした。
ＥＬＩＳＡを、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ マニュアル［Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ， 細胞死検出ＥＬＩＳＡ ｐｌｕｓ， カタログ番号１９２０６８５］に従ってアポトーシス調製溶液のレベルを決定するのに使用した。試料調製：９６ウェルプレートを１ｋｒｐｍで１０分間スピン沈降させ（２００ｇ）、高速反転により上清を除去し、プレートをペーパータオル上に上下逆に置いて残りの液体を除去した。各ウェルに、１００μｌの１Ｘ溶菌バッファーを添加して振盪させずに３０分間室温でインキュベートした。プレートを１ｋｒｐｍで１０分間スピン沈降させ、２０μｌの溶菌液（細胞質画分）をストレプトアビジン被覆ＭＴＰに移した。８０μｌの免疫試薬混合物を各ウェルで２０μｌ溶菌液に加えた。ＭＴＰを粘着性ホイルでカバーし、それを軌道振盪機（２００ ｒｐｍ）に配することにより２時間室温でインキュベートした。２時間後、上清を吸引により除去し、ウェル当たり２５０μｌの１Ｘインキュべーションバッファーで３回ウェルをリンスした（吸引で除去した）。各ウェルに基質溶液を添加し（１００μｌ）、軌道振盪機で室温において２５０ ｒｐｍで、光度測定分析に十分な発色がされるまでインキュベートした（約１０−２０分後）。参照波長４９２ｎｍとして４０５ｎｍでプレートを読むのに９６ウェルリーダーを用いた。ＰＩＮ３２（対照バッファー）について得られたレベルを１００％に設定した。レベル＞１３０％の試料をアポトーシス誘導についてのポジティブと考えた。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ８４４。
【０５５２】
実施例１６７：モルモット血管漏洩（アッセイ３２）
このアッセイは本発明のＰＲＯポリペプチドが血管透過性を誘導する能力を示すかどうかを決定するためのものである。このアッセイにおいて陽性と評価されたＰＲＯポリペプチドは、例えば肥大した局所免疫系細胞浸潤から恩恵を受ける状態を含む肥大血管透過性によって益を受ける状態の治療上の処置にとって有用であると期待される。
３５０ｇ又はそれ以上の無毛モルモットにケタミン（７０−８０ｍｇ／ｋｇ）と５ｍｇ／ｋｇのキシラジンを筋肉内投与して麻酔をかける。ＰＲＯ３０２ポリペプチド又は試験ポリペプチドを含まない生理緩衝液を含む試験試料を、注射部位当たり１００μｌで試験動物の背の皮膚に皮内注射する。動物当たりおよそ１６−２４の注射部位があった。ついで１ｍｌのエバンスブルー染料（ＰＢＳ中１％）を心臓内注射する。化合物に対する皮膚血管透過性応答（すなわち、注射部位の斑点）について、試験動物の投与１、６及び２４時間後に注射部位からの青色の漏出の直径（ｍｍ）を測定することで視覚によりスコアをつける。注射部位の青さのｍｍ直径を観察し、血管漏出の重症度と共に記録する。少なくとも５ｍｍの直径の斑点は、精製タンパク質を試験する場合はアッセイでは陽性であると考えられ、血管漏出又は透過性を誘導する能力を示している。７ｍｍの直径より大きな応答は、条件付けられた培地試料に対して陽性であると考えられる。０．１μｇ／１００μｌのヒトＶＥＧＦが正の対照として使用され、４−８ｍｍ直径の応答を誘導した。
以下の試験ＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいて陽性であった：ＰＲＯ１１５５。
【０５５３】
実施例１６８：マウスＭｅｓｅｎｇｉａｌ細胞阻害アッセイ（アッセイ１１４）
このアッセイは、本発明のＰＲＯポリペプチドが培養においてマウスＭｅｓｅｎｇｉａｌ細胞の増殖を阻害する能力を示すか否かを測定すように設計されている。このアッセイにおいて陽性と試験されたポリペプチドは、例えば嚢胞性腎形成不全、多発性嚢胞腎疾患、又はＭｅｓｅｎｇｉａｌ細胞の異常増殖に関連する他の腎疾患、腎腫瘍、及びそれに類似のものなどのＭｅｓｅｎｇｉａｌ細胞増殖の阻害が有益である症状や疾患の治療的処置に対して有用であると期待される。
１日目、マウスＭｅｓｅｎｇｉａｌ細胞を、９６ウェルプレート上の成長培地（ダルベッコの改変イーグル培地及びハムＦ１２培地の３：１混合、９５％ウシ胎児血清、５％１４ｍＭ ＨＥＰＥＳ補充）にプレートし、一晩生育させた。２日目には、ＰＲＯポリペプチドを無血清培地で二つの異なった濃度（１％及び０．１％）に希釈し、細胞へ添加した。対照試料はＰＲＯポリペプチドが無添加の成長培地である。４８時間に渡り細胞をインキュベーションした後、２０μｌのＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ ９６ Ａｑｕｅｏｕｓ ｏｎｅ ｓｏｌｕｔｉｏｎ ｒｅａｇｅｎｔ（Ｐｒｏｇｅｍａ）を各々のウェルへ添加し、比光分析反応を２時間に渡り継続させた。そして、吸光度を４９０ ｎｍで測定した。このアッセイにおける陽性は、少なくとも対照試料の示度よりも１０％上の吸光度示度を与える全てのものである。
以下の試験ポリペプチドが、このアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１１９２、ＰＲＯ１１９５。
【０５５４】
実施例１６９：インビトロ抗増殖性アッセイ（アッセイ１６１）
種々のＰＲＯポリペプチドの抗増殖活性を、本質的にＳｋｅｈａｎ等， Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ． ８２： １１０７−１１１２ （１９９０）に記載されたスルホローダミンＢ（ＳＲＢ）染料結合アッセイを用いる国立癌研究所（ＮＣＩ）の実験的、疾患指向的インビトロ抗癌薬発見アッセイにおいて測定した。このアッセイで用いた６０の腫瘍細胞系（「ＮＣＩパネル」）、並びにそれらの維持およびインビトロ培養の条件は、Ｍｏｎｋｓ等， Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ． ８３： ７５７−７６６ （１９９１）に記載されている。このスクリーニングの目的は、異なる型の腫瘍に対する試験化合物の細胞毒性及び／又は細胞分裂停止活性を最初に評価することである（Ｍｏｎｋｓ等， 上掲； Ｂｏｙｄ， Ｃａｎｃｅｒ： Ｐｒｉｎｃ． Ｐｒａｃｔ． Ｏｎｃｏｌ． Ｕｐｄａｔｅ ３（１０）： １−１２［１９８９］）。
約６０のヒト腫瘍細胞系からの細胞をトリプシン／ＥＤＴＡ（Ｇｉｂｃｏ）で回収し、１回洗浄し、ＩＭＥＭ中に再懸濁し、それらの生存を測定した。細胞懸濁物をピペット（１００μＬ容量）で別の９６−ウェルマイクロタイタープレートに添加した。６日インキュベーションの細胞密度は２日インキュベーションより小さく過剰成長は防止された。播種後、安定化のために３７℃で２４時間プレインキュベーションした。目的とする試験濃度の２倍希釈をゼロ時に１００μｌのアリコートにマイクロタイタープレートウェルに添加した（１：２希釈）。試験化合物を２分の５ｌｏｇ希釈（１０００〜１００，０００倍）で評価した。インキュベーションは５％ＣＯ２雰囲気および１００％湿度で２日および６日実施した。
インキュベーション後、培地を除去し、細胞を１０％トリクロロ酢酸の０．１ｍｌで４０℃において固定した。プレートを脱イオン水で５回洗浄し、乾燥させ、１％酢酸に溶解した０．４％スルホローダミンＢ染料（Ｓｉｇｍａ）の０．１ｍｌで３０分間染色し、１％酢酸で４回洗浄して非結合染料を除去し、乾燥させ、染色物を１０ｍＭトリス塩基［トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン］， ｐＨ１０．５の０．１ｍｌで５分間抽出した。スルホローダミンＢの４９２ｎｍにおける吸収（ＯＤ）を、コンピュータ接続９６−ウェルマイクロタイタープレートリーダーを使用して測定した。
試験試料は、一又は複数の濃度で少なくとも５０％の成長阻害を示すときにポジティブと考える。このアッセイにおいてポジティブを示したＰＲＯポリペプチドは、表７に示されており、略語は以下の通りである：
ＮＳＣＬ＝非小細胞肺癌腫
ＣＮＳ＝中枢神経系
【０５５５】
Figure 2004522402
【０５５６】
Figure 2004522402
【０５５７】
Figure 2004522402
これらのアッセイの結果は、ポジティブと試験されるＲＰＯポリペプチドが、多くの異なる腫瘍細胞型の腫瘍性成長を抑制するのに役立ち、その治療に役立ちうることを示している。これらのＰＲＯポリペプチドに対する抗体は、これらの有用なポリペプチドの親和性精製に役立つ。これらのＰＲＯポリペプチドをコードする核酸は、これらのポリペプチドの組換え生産に役立つ。
【０５５８】
実施例１７０：腫瘍の遺伝子増幅
この実施例は、種々のＰＲＯポリペプチドをコードする遺伝子が或る種のヒト癌のゲノムで増幅されることを示す。増幅は遺伝子産物の過剰発現を伴い、ＰＲＯポリペプチドが結腸、肺及び他の癌等の或る種の癌において治療的介入の有用な標的であることを示している。治療薬はＰＲＯポリペプチドコード化遺伝子のアンタゴニスト、例えばマウス−ヒトキメラ、ＰＲＯポリペプチドに対するヒト化又はヒト抗体の形態をとりうる。
スクリーニングの出発物質は種々の癌から単離したゲノムＤＮＡである。ＤＮＡは、定量的、例えば蛍光定量的に正確である。ネガティブ対照として、ＤＮＡを１０の正常健常個体からＤＮＡを単離し、それをプールして健常個体における遺伝子コピーのアッセイ対照として使用した（示さず）。５’ ヌクレアーゼアッセイ（例えばＴａｑＭａｎ（商品名））及び実時間定量的ＰＣＲ（例えば、ＡＢＩ Ｐｒｉｚｍ ７７００ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（商品名）（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ， ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ））を、或る種の癌で潜在的に増幅される遺伝子の発見に使用した。結果は、ＰＲＯポリペプチドがスクリーニングした肺及び結腸癌において過剰発現されたか否かの決定に用いた。原発性肺癌は、表８に示してあるように、個々の腫瘍の型及び段階から得た。表８の原発性腫瘍の命名に用いた省略形の説明及び本実施例を通して言及されている原発性腫瘍と細胞株は、下記に示されている。
ＴａｑＭａｎ（商品名）の結果はデルタ（Δ）ＣＴ単位で報告した。１単位は１ＰＣＲサイクル又は正常に対して約２倍の増幅に相当し、２単位は４倍、３単位は８倍等々に相当する。定量化はプライマー及びＰＲＯポリペプチドコード化遺伝子から誘導したＴａｑＭａｎ（商品名）蛍光を用いて得た。最も独特の核酸配列を含むと思われ、スプライシングされたイントロンを最も持たないと思われるＰＲＯポリペプチドの領域、例えば３’ −非翻訳領域がプライマー誘導に好ましい。ＰＲＯポリペプチドの遺伝子増幅分析に使用されたプライマー及びプローブ（正、逆及びプローブ）のための配列は、以下の通りであった：
【０５５９】
ＰＲＯ２９０（ＤＮＡ３５６８０−１２１２）：
３５６８０．ｔｍ．ｐ：
５’−ＣＣＡＣＣＡＡＴＧＧＣＡＧＣＣＣＣＡＣＣＴ −３’ （配列番号：４２８）
３５６８０．ｔｍ．ｆ：
５’−ＧＡＣＴＧＣＣＣＴＣＣＣＴＧＣＣＡ−３’（配列番号：４２９）
３５６８０．ｔｍ．ｒ：
５’−ＣＡＡＡＡＡＧＣＣＴＧＧＡＡＧＴＣＴＴＣＡＡＡＧ−３’（配列番号：４３０）
ＰＲＯ３４１（ＤＮＡ２６２８８−１２３９）：
２６２８８．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＣＡＧＣＴＧＧＡＣＴＧＣＡＧＧＴＧＣＴＡ−３’（配列番号：４３１）
２６２８８．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＡＧＴＧＡＧＣＡＣＡＧＣＡＡＧＴＧＴＣＣＴ−３’（配列番号：４３２）
２６２８８．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＧＧＣＣＡＣＣＴＣＣＴＴＧＡＧＴＣＴＴＣＡＧＴＴＣＣＣＴ−３’（配列番号：４３３）
ＰＲＯ５３５（ＤＮＡ４９１４３−１４２９）：
４９１４３．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＣＡＡＣＴＡＣＴＧＧＣＴＡＡＡＧＣＴＧＧＴＧＡＡ−３’（配列番号：４３４）
４９１４３．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＣＴＴＴＣＴＧＴＡＴＡＧＧＴＧＡＴＡＣＣＣＡＡＴＧＡ−３’（配列番号：４３５）
４９１４３．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＧＧＣＣＡＴＣＣＣＴＡＣＣＡＧＡＧＧＣＡＡＡＡ−３’（配列番号：４３６）
ＰＲＯ６１９（ＤＮＡ４９８２１−１５６２）：
４９８２１．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＣＴＧＡＡＧＡＣＧＡＣＧＣＧＧＡＴＴＡＣＴＡ−３’（配列番号：４３７）
４９８２１．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＧＧＣＡＧＡＡＡＴＧＧＧＡＧＧＣＡＧＡ−３’（配列番号：４３８）
４９８２１．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＧＣＴＣＴＧＴＴＧＧＣＴＡＣＧＧＣＴＴＴＡＧＴＣＣＣＴＡＧ−３’（配列番号：４３９）
ＰＲＯ８０９（ＤＮＡ５７８３６−１３３８）：
５７８３６．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＡＧＣＡＧＣＡＧＣＣＡＴＧＴＡＧＡＡＴＧＡＡ−３’（配列番号：４４０）
５７８３６．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＡＡＴＡＣＧＡＡＣＡＧＴＧＣＡＣＧＣＴＧＡＴ−３’（配列番号：４４１）
５７８３６．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＣＣＡＧＡＧＡＧＣＣＡＡＧＣＡＣＧＧＣＡＧＡ−３’（配列番号：４４２）
ＰＲＯ８３０（ＤＮＡ５６８６６−１３４２）：
５６８６６．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＴＣＴＡＧＣＣＡＧＣＴＴＧＧＣＴＣＣＡＡＴＡ−３’（配列番号：４４３）
５６８６６．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＣＴＧＧＣＴＣＴＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＡＴＡ−３’（配列番号：４４４）
５６８６６．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＣＡＧＴＧＧＣＣＣＴＡＡＧＧＡＧＡＴＧＧＧＣＣＴ−３’（配列番号：４４５）
ＰＲＯ８４８（ＤＮＡ５９８３９−１４６１）：
５９８３９．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＣＡＧＧＡＴＡＣＡＧＴＧＧＧＡＡＴＣＴＴＧＡＧＡ −３’（配列番号：４４６）
５９８３９．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＣＴＧＡＡＧＧＧＣＴＴＧＧＡＧＣＴＴＡＧＴ−３’ （配列番号：４４７）
５９８３９．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＣＴＴＴＧＧＣＣＡＴＴＴＣＣＣＡＴＧＧＣＴＣＡ−３’（配列番号：４４８）
ＰＲＯ９４３（ＤＮＡ５２１９２−１３６９）：
５２１９２．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＣＣＣＡＴＧＧＣＧＡＧＧＡＧＧＡＡＴ−３’（配列番号：４４９）
５２１９２．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＴＧＣＧＴＡＣＧＴＧＴＧＣＣＴＴＣＡＧ−３’（配列番号：４５０）
５２１９２．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＣＡＧＣＡＣＣＣＣＡＧＧＣＡＧＴＣＴＧＴＧＴＧＴ−３’ （配列番号：４５１）
ＰＲＯ１００５（ＤＮＡ５７７０８−１４１１）：
５７７０８．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＡＡＣＧＴＧＣＴＡＣＡＣＧＡＣＣＡＧＴＧＴＡＣＴ−３’ （配列番号：４５２）
５７７０８．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＡＣＡＧＣＡＴＡＴＴＣＡＧＡＴＧＡＣＴＡＡＡＴＣＣＡ−３’（配列番号：４５３）
５７７０８．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＴＧＴＴＴＡＧＴＴＣＴＣＣＡＣＣＧＴＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＡＡ−３’（配列番号：４５４）
ＰＲＯ１００９（ＤＮＡ５７１２９−１４１３）：
５７１２９．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＴＧＴＣＡＧＡＡＴＧＣＡＡＣＣＴＧＧＣＴＴ−３’（配列番号：４５５）
５７１２９．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＴＧＡＴＧＴＧＣＣＴＧＧＣＴＣＡＧＡＡＣ−３’（配列番号：４５６）
５７１２９．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＧＣＡＣＣＴＡＧＡＴＧＴＣＣＣＣＡＧＣＡＣＣＣ−３’ （配列番号：４５７）
ＰＲＯ１０９７（ＤＮＡ５９８４１−１４６０）：
５９８４１．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＡＡＧＡＴＧＣＧＣＣＡＧＧＣＴＴＣＴＴＡ−３’（配列番号：４５８）
５９８４１．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＴＣＣＴＧＴＡＣＧＧＴＣＴＧＣＴＣＡＣＴＴＡＴ−３’（配列番号：４５９）
５９８４１．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＧＧＣＴＧＴＣＡＧＴＣＣＡＧＴＧＴＧＣＡＴＧＧ−３’（配列番号：４６０）
ＰＲＯ１１０７（ＤＮＡ５９６０６−１４７１）：
５９６０６．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＧＣＡＴＡＧＧＧＡＴＡＧＡＴＡＡＧＡＴＣＣＴＧＣＴＴＴＡＴ−３’（配列番号：４６１）
５９６０６．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＡＡＡＴＴＡＡＡＧＴＡＣＣＣＡＴＣＡＧＧＡＧＡＧＡＡ−３’（配列番号：４６２）
５９６０６．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＡＡＧＴＴＧＣＴＡＡＡＴＡＴＡＴＡＣＡＴＴＡＴＣＴＧＣＧＣＣＡＡＧＴＣＣＡ−３’（配列番号：４６３）
ＰＲＯ１１１１（ＤＮＡ５８７２１−１４７５）：
５８７２１．ｔｍ．ｆ２：
５’−ＧＴＧＣＴＧＣＣＣＡＣＡＡＴＴＣＡＴＧＡ−３’ （配列番号：４６４）
５８７２１．ｔｍ．ｐ２：
５’−ＧＴＣＣＴＴＧＧＴＡＴＧＧＧＴＣＴＧＡＡＴＴＡＴＡＴ−３’ （配列番号：４６５）
５８７２１．ｔｍ．ｒ２：
５’−ＡＣＴＣＴＣＴＧＣＡＣＣＣＣＡＣＡＧＴＣＡＣＣＡＣＴＡＴＣＴＣ−３’（配列番号：４６６）
ＰＲＯ１１５３（ＤＮＡ５９８４２−１５０２）：
５９８４２．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＣＴＧＡＧＧＡＡＣＣＡＧＣＣＡＴＧＴＣＴＣＴ−３’ （配列番号：４６７）
５９８４２．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＧＡＣＣＡＧＡＴＧＣＡＧＧＴＡＣＡＧＧＡＴＧＡ−３’（配列番号：４６８）
５９８４２．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＣＴＧＣＣＣＣＴＴＣＡＧＴＧＡＴＧＣＣＡＡＣＣＴＴ−３’（配列番号：４６９）
ＰＲＯ１１８２（ＤＮＡ５９８４８−１５１２）：
５９８４８．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＧＧＧＴＧＧＡＧＧＣＴＣＡＣＴＧＡＧＴＡＧＡ−３’（配列番号：４７０）
５９８４８．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＡＡＴＡＣＡＧＧＴＡＡＴＧＡＡＡＣＴＣＴＧＣＴＴＣＴＴ−３’ （配列番号：４７１）
５９８４８．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＣＣＴＣＴＴＡＡＧＣＡＴＡＧＧＣＣＡＴＴＴＴＣＴＣＡＧＴＴＴＡＧＡＣＡ−３’（配列番号：４７２）
ＰＲＯ１１８４（ＤＮＡ５９２２０−１５１４）：
５９２２０．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＧＧＴＧＧＴＣＴＴＧＣＴＴＧＧＴＣＴＣＡＣ−３’（配列番号：４７３）
５９２２０．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＣＧＴＣＧＴＴＣＡＧＣＡＡＣＡＴＧＡＣ−３’（配列番号：４７４）
５９２２０．ｔｍ．ｐ１．
５’−ＡＣＣＧＣＣＴＡＣＣＧＣＴＧＴＧＣＣＣＡ−３’（配列番号：４７５）
ＰＲＯ１１８７（ＤＮＡ６２８７６−１５１７）：
６２８７６．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＣＡＧＴＡＡＡＡＣＣＡＣＡＧＧＣＴＧＧＡＴＴＴ−３’（配列番号：４７６）
６２８７６．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＣＣＴＧＡＧＡＧＣＡＡＧＡＡＧＧＴＴＧＡＧＡＡＴ−３’ （配列番号：４７７）
６２８７６．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＴＡＧＡＣＡＧＧＧＡＣＣＡＴＧＧＣＣＣＧＣＡ−３’ （配列番号：４７８）
ＰＲＯ１２８１（ＤＮＡ５９８２０−１５４９）：
５９８２０．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＴＧＧＧＣＴＧＴＡＧＡＡＧＡＧＴＴＧＴＴＧ−３’ （配列番号：４７９）
５９８２０．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＴＣＣＡＣＡＣＴＴＧＧＣＣＡＧＴＴＴＡＴ−３’ （配列番号：４８０）
５９８２０．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＣＣＣＡＡＣＴＴＣＴＣＣＣＴＴＴＴＧＧＡＣＣＣＴ−３’（配列番号：４８１）
ＰＲＯ１１１２（ＤＮＡ５７７０２−１４７６）：
５７７０２．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＧＴＣＣＣＴＴＣＡＣＴＧＴＴＴＡＧＡＧＣＡＴＧＡ−３’ （配列番号：４８２）
５７７０２．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＡＣＴＣＴＣＣＣＣＣＴＣＡＡＣＡＧＣＣＴＣＣＴＧＡＧ−３’ （配列番号：４８３）
５７７０２．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＧＴＧＧＴＣＡＧＧＧＣＡＧＡＣＣＴＴＴ−３’ （配列番号：４８４）
ＰＲＯ１１８５（ＤＮＡ６２８８１−１５１５）：
６２８８１．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＡＣＡＧＡＴＣＣＡＧＧＡＧＡＧＡＣＴＣＣＡＣＡ−３’（配列番号：４８５）
６２８８１．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＡＧＣＧＧＣＧＣＴＣＣＣＡＧＣＣＴＧＡＡＴ−３’（配列番号：４８６）
６２８８１．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＣＡＴＧＡＴＴＧＧＴＣＣＴＣＡＧＴＴＣＣＡＴＣ−３’ （配列番号：４８７）
ＰＲＯ１２４５（ＤＮＡ６４８８４−１５２７）：
６４８８４．ｔｍ．ｆ１：
５’−ＡＴＡＧＡＧＧＧＣＴＣＣＣＡＧＡＡＧＴＧ −３’（配列番号：４８８）
６４８８４．ｔｍ．ｐ１：
５’−ＣＡＧＧＧＣＣＴＴＣＡＧＧＧＣＣＴＴＣＡＣ−３’（配列番号：４８９）
６４８８４．ｔｍ．ｒ１：
５’−ＧＣＴＣＡＧＣＣＡＡＡＣＡＣＴＧＴＣＡ−３’（配列番号：４９０）
６４８８４．ｔｍ．ｆ２：
５’−ＧＧＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＴＧＴＴ−３’（配列番号：４９１）
６４８８４．ｔｍ．ｐ２：
５’−ＣＴＧＡＧＣＣＧＡＧＡＣＴＧＧＡＧＣＡＴＣＴＡＣＡＣ−３’（配列番号：４９２）
６４８８４．ｔｍ．ｒ２：
５’−ＧＴＧＧＧＣＡＧＣＧＴＣＴＴＧＴＣ−３’（配列番号：４９３）
【０５６０】
５’ ヌクレアーゼアッセイ反応は蛍光ＰＣＲベースの技術であり、実時間での増幅監視のためのＴａｑＤＮＡポリメラーゼ酵素の５’ エキソヌクレアーゼ活性を使用する。ＰＣＲ反応に典型的な単位複製配列の生成に２つのオリゴヌクレオチドプライマー（正［．ｆ］及び逆［．ｒ］）を使用した。第３のオリゴヌクレオチド、又はプローブ（．ｐ）は、２つのＰＣＲプライマーの間に位置する核酸配列を検出するために設計された。プローブはＴａｑＤＮＡポリメラーゼ酵素により非伸展性であり、レポーター蛍光染料及び消光剤蛍光染料で標識される。２つの染料がプローブ上に接近して位置する場合、レポーター染料からのレーザー誘導発光は消光染料によって消光される。増幅反応の間、プローブはＴａｑＤＮＡポリメラーゼ酵素によりテンプレート依存的方式で切断される。得られたプローブ断片は溶液中に解離し、放出されたレポーター染料からのシグナルは第２のフルオロホアからの消光効果を受けない。レポーター染料の一分子は、新たに合成された各分子について標識され、非消光レポーター染料の検出がデータの定量的解釈の基礎を提供する。
５’ ヌクレアーゼ法は、ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７７００ＴＭ配列検出などの実時間定量的ＰＣＲ装置で実施される。系は温度サイクル器、レーザー、電荷結合装置（ＣＣＤ）カメラ及びコンピュータからなる。系は温度サイクル器上で９６−ウェルでの試料を増幅させる。増幅中に、レーザー誘導蛍光シグナルは光ファイバーケーブルで９６ウェルに集められ、ＣＣＤで検出される。系は装置の実行及びデータの分析のためのソフトウェアを含む。
５’ ヌクレアーゼアッセイデータは、最初はＣｔ又は境界サイクルで表現される。これは、レポーターシグナルが蛍光のバックグラウンドを越えて蓄積されるサイクルとして定義される。癌ＤＮＡの結果と正常ヒトＤＮＡの結果を比較する場合、ΔＣｔ値は核酸試料における特定の標的配列の種発コピー相対数の定量的尺度として使用しされる。
表８は、本発明のＰＲＯポリペプチド化合物のスクリーニングに用いられた種々の原発腫瘍のＴ段階及びＮ段階を示す。
【０５６１】
Figure 2004522402
【０５６２】
ＤＮＡ調製：
ＤＮＡは培養した細胞系、原発腫瘍、正常ヒト血液から調製した。単離は、全てＱｕｉａｇｅｎからの、精製キット、バッファーセット及びプロテアーゼを用い、製造者の指示と下記に従って実施した。
細胞培養溶解：
細胞を洗浄し、チップ当たり７．５ｘ１０８の濃度でトリプシン化し、４℃で５分間１０００ｒｐｍで遠心分離してペレット化し、次いで１／２容量のＰＢＳ再遠心で洗浄した。ペレットを３回洗浄し、懸濁細胞を回収して２ｘＰＢＳで洗浄した。次いで細胞を１０ｍＬのＰＢＳに懸濁させた。バッファーＣ１を４℃で平衡化させた。Ｑｕｉａｇｅｎプロテアーゼ＃１９１５５を６．２５ｍｌの冷ｄｄＨ２Ｏで最終濃度２０ｍｇ／ｍｌまで希釈して４℃で平衡化させた。１０ｍＬのＧ２バッファーを、ＱｕｉａｇｅｎＲＮＡｓｅＡストック（１００ｍｇ／ｍｌ）を２００μｇ／ｍｌの最終濃度まで希釈して調製した。
バッファーＣ１（１０ｍＬ、４℃）及びｄｄＨ２Ｏ（４０ｍＬ、４℃）を、次いで１０ｍＬの細胞懸濁物に添加し、反転させて混合し、氷上で１０分間インキュベートした。細胞核をＢｅｃｋｍａｎスイングバケットロータで４℃において２５００ｒｐｍで１５分間遠心分離することによりペレット化した。上清を捨て、核をボルテックスしながら２ｍＬのバッファーＣ１（４℃）及び６ｍＬのｄｄＨ２Ｏに懸濁し、１秒後に４℃において２５００ｒｐｍで１５分間遠心分離した。次いで核を残りのバッファー中にチップ当たり２００μｌを用いて再懸濁した。Ｇ２バッファー（１０ｍｌ）を懸濁した核に添加しながら緩いボルテックスを適用した。バッファー添加が完了したら、強いボルテックスを３０秒間適用した。Ｑｕｉａｇｅｎプロテアーゼ（２００μｌ上記のように調製）を添加し、５０℃で６０分間インキュベートした。インキュベーション及び遠心分離を、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに３０−６０分間インキュベートし、４℃で１０分間３０００ｘｇでペレット化する）。
【０５６３】
固体ヒト腫瘍試料の調製及び溶解：
腫瘍試料を秤量し５０ｍｌのコニカル管に配して氷上に保持した。加工は調製当たり２５０ｍｇの組織未満に制限した（１チップ／調製）。プロテアーゼ溶液を６．２５ｍｌの冷ｄｄＨ２Ｏ中に最終濃度２０ｍｇ／ｍｌまで希釈することにより新たに調製して４℃で貯蔵した。ＤＮＡｓｅＡを最終濃度２００ｍｇ／ｍｌまで希釈することによりＧ２バッファー（２０ｍｌ）を調製した（１００ｍｇ／ｍｌのストックから）。エアロゾルの吸入を避けるために層流Ｔフード内でポリトロンの大きなチップを用いて、腫瘍組織を１９ｍｌのＧ２バッファー中で６０秒間均一化し、室温に保持した。試料間で、各々２ＬのｄｄＨ２Ｏで２ｘ３０秒間、次いでＧ２バッファー（５０ｍｌ）でスピンさせることによりポリトロンを透明化した。組織がジェネレータチップ上に存在する場合は、装置を分解して清浄化した。
Ｑｕｉａｇｅｎプロテアーゼ（上記の用に調製、１．０ｍｌ）を添加し、次いでボルテックスして５０℃で３時間インキュベートした。インキュベーション及び遠心分離を、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに３０−６０分間インキュベートし、４℃で１０分間３０００ｘｇでペレット化する）。
ヒト血液調製及び溶解：
健常なボランティアから標準的な感染薬プロトコールを用いて血液を採りだし、チップ当たり１０ｍｌの試料にクエン酸化した。Ｑｕｉａｇｅｎプロテアーゼを６．２５ｍｌの冷ｄｄＨ２Ｏ中に最終濃度２０ｍｇ／ｍｌまで希釈することにより新たに調製して４℃で貯蔵した。ＤＮＡｓｅＡを１００ｍｇ／ｍｌのストックから最終濃度２００ｍｇ／ｍｌまで希釈することによりＧ２バッファー（２０ｍｌ）を調製した。血液（１０ｍｌ）を５０ｍｌのコニカル管に配し、１０ｍｌのＣ１バッファー及び３０ｍｌのｄｄＨ２Ｏ（ともに４℃で平衡化したもの）を添加し、反転させて混合して氷上に１０分間保持した。Ｂｅｃｋｍａｎスイングバケットローターで、４℃において２５００ｒｐｍで１５分間核をペレット化し、上清を捨てた。ボルテックスしながら、核を２ｍｌのＣ１バッファー（４℃）及び６ｍｌのｄｄＨ２Ｏ（４℃）中に懸濁させた。ボルテックスはペレットが白くなるまで繰り返した。次いで核を残りのバッファー中に２００μｌチップを用いて懸濁させた。Ｇ２バッファー（１０ｍｌ）を懸濁核に添加しながら緩くボルテックスし、次いで３０秒間強くボルテックスした。Ｑｕｉａｇｅｎプロテアーゼを添加（２００μｌ）し、５０℃で６０分間インキュベートした。インキュベーション及び遠心分離を、溶解物が透明になるまで繰り返した（例えば、さらに３０−６０分間インキュベートし、４℃で１０分間３０００ｘｇでペレット化する）。
【０５６４】
透明化溶解物の精製：
（１）ゲノムＤＮＡの単離：
ゲノムＤＮＡを１０ｍｌのＱＢＴバッファーで平衡化した（最大チップ調製当たり１試料）。ＱＦ溶離バッファーを５０℃で平衡化した。試料を３０秒間ボルテックスし、次いで平衡化チップに負荷して重力により排液した。チップを２ｘ１５ｍｌのＱＣバッファーで洗浄した。ＤＮＡを、３０ｍｌのシラン化したオートクレーブ３０ｍｌＣｏｒｔｅｘ管に１５ｍｌのＱＦバッファー（５０℃）で溶離した。イソプロパノール（１０．５ｍｌ）を各試料に添加し、管をパラフィンで被覆し、ＤＮＡが沈殿するまで繰り返し反転させて混合した。試料を、ＳＳ−３４ロータで４℃において１５，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離してペレット化した。ペレット位置をマークして上清を捨て、１０ｍｌの７０％エタノール（４℃）を添加した。試料を、ＳＳ−３４ロータで４℃において１０，０００ｒｐｍで１０分間遠心分離して再度ペレット化した。ペレット位置をマークして上清を捨てた。次いで管を乾燥棚の各面に置き、３７℃で１０分間乾燥させたが、使用の過剰乾燥には注意した。
乾燥後、ペレットを１．０ｍｌのＴＥ（ｐＨ８．５）に溶解し、５０℃に１−２時間置いた。試料を４℃に終夜保持して溶解を続けた。次いでＤＮＡ溶液を、ツベルクリンシリンジ上に２６ゲージの針を具備する１．５ｍｌ管に移した。ＤＮＡを剪断するために移行を５ｘ繰り返した。次いで試料を５０℃に１−２時間置いた。
【０５６５】
（２）ゲノムＤＮＡの定量及び遺伝子増幅アッセイのための調製：
各管のＤＮＡレベルを１：２０希釈（５μｌＤＮＡ＋９５μｌｄｄＨ２Ｏ）での標準的なＡ２６０、Ａ２８０スペクトルにより、Ｂｅｃｋｍａｎ ＤＵ６４０分光光度計の０．１ｍｌ石英キュベットを用いて定量した。Ａ２６０／Ａ２８０比率は１．８−１．９の範囲であった。次いで各ＤＮＡ試料をＴＥ（ｐＨ８．５）中に約２００ｎｇ／ｍｌまで希釈した。最初の材料が高濃度（約７００ｎｇ／μｌ）である場合、材料を５０℃に再懸濁するまで数時間置いた。
次いで、希釈した材料（２０−６００ｎｇ／ｍｌ）に対して、製造者の指示を以下のように改変して蛍光ＤＮＡ定量を実施した。これは、Ｈｏｅｆｆｅｒ ＤｙＮＡ Ｑｕａｎｔ ２００蛍光計を約１５分間暖めて実施した。Ｈｏｅｃｈｓｔ染料作業溶液（＃Ｈ３３２５８、１０μｌ、使用の１２時間以内に調製）を１００ｍｌの１ｘＴＮＥバッファーに希釈した。２ｍｌキュベットを蛍光計溶液で満たし、機械に配し、機械をゼロ調節した。ｐＧＥＭ３Ｚｆ（＋）（２μｌ、ロット＃３６０８５１０２６）を２ｍｌの蛍光計溶液に添加して２００単位で校正した。次いで、さらに２μｌのｐＧＥＭ３Ｚｆ（＋）ＤＮＡを試験し、４００＋／−１０単位で読みを確認した。次いで各試料を少なくとも３回読んだ。３試料が互いに１０％以内であることが見られたとき、それらの平均をとり、この値を定量化値として用いた。
次いで、蛍光測定で決定した濃度を、各試料をｄｄＨ２Ｏ中に１０ｎｇ／μｌまで希釈するのに用いた。これは、１回のＴａｑＭａｎプレートアッセイについて全てのテンプレート試料について同時に行い、５００−１０００アッセイを実施するのに十分な材料で行った。試料は、Ｔａｑｍａｎ（商品名）プライマー及びプローブで３回試験し、Ｂ−アクチン及びＧＡＰＤＨともに正常なヒトＤＮＡを持ちテンプレート対照を持たない単一のプレート上にある。希釈した試料を用いたが、試験ＤＮＡから減算した正常ヒトＤＮＡのＣＴ値は＋／−１ＣＴであった。希釈した、ロット定性化したゲノムＤＮＡを、１．０ｍｌアリコートで−８０℃において保存した。続いて遺伝し増幅アッセイに使用するアリコートは、４℃で保存した。各１ｍｌのアリコートは、８−９プレート又は６４試験に十分である。
【０５６６】
遺伝子増幅アッセイ：
本発明のＰＲＯポリペプチド化合物を以下の原発腫瘍でスクリーニングし、１．０以上の得られたΔＣｔ値を表９に報告する。
【０５６７】
Figure 2004522402
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【０５６８】
上記に記載した種々のＤＮＡの増幅が種々の腫瘍において生じるため、種々ＤＮＡの増幅は腫瘍の形成及び／又は成長と関連しているようである。結果として、これらポリペプチドを標的としたアンタゴニスト（例えば抗体）は、癌治療において有用であると期待される。
【０５６９】
実施例１７１：レセプター／リガンド相互作用の同定
このアッセイにおいて、様々なＰＲＯポリペプチドの、レセプター／リガンドを同定するために１パネルの潜在的なレセプター分子に結合する能力を試験した。既知のレセプターに対するリガンド、既知のリガンドに対するレセプター又は新規なレセプター／リガンド対の同定は、例えば、レセプター又はリガンドを発現することが知られる細胞に対する（リガンド又はレセプターに結合する）生物活性分子の標識、組成物がリガンド又はレセプターを発現すると示唆される細胞を構成しうる、同一のものを含むと示唆される組成物のレセプター又はリガンドの存在を検出する試薬としてのレセプター又はリガンドの使用、レセプター又はリガンドを発現する細胞に対する又は細胞に応答する免疫の調節、レセプター又はリガンドを発現する細胞の生物又は免疫活性の発達を調節するレセプター又はリガンドに対するアゴニスト、アンタゴニスト及び／又は抗体の調製の許容、及び通常の技術者にとってすでに明らかな様々な他の様々な表示などを含む様々な表示に役立つ。
該アッセイは次のように実施される。レセプターのリガンドであることが示唆される本発明のＰＲＯポリペプチドは、ヒトＩｇＧのＦｃドメインを含む融合タンパク質（イムノアドヘシン）として発現される。レセプター−リガンド結合は、候補ＰＲＯポリペプチドレセプターを発現する細胞（例えばＣｏｓ細胞）を用いたイムノアドヘシンの相互作用、及びＦｃ融合ドメインに対する蛍光試薬及び顕微鏡による検査を用いた結合イムノアドヘシンの明視化をさせることにより検出される。候補レセプターを発現する細胞は、一過性形質移入により、並びにレセプター分子として機能しうるＰＲＯポリペプチドをコードするｃＤＮＡ発現ベクターのライブラリーの定義されたサブセットの一過性形質移入により作成される。次いで、細胞は、可能なレセプター結合のために検査されるＰＲＯポリペプチドイムノアドヘシンの存在下で１時間インキュベートされる。次いで細胞は、パラホルムアルデヒドで洗浄され、固定される。次いで細胞は、ＰＲＯポリペプチドイムノアドヘシンのＦｃ部分に対する蛍光コンジュゲートされた抗体（例えば、ＦＩＴＣコンジュゲートヤギ抗−ヒトＦｃ抗体）と共にインキュベートされる。次いで、細胞は再び洗浄され、顕微鏡により検査される。陽性の相互作用は、特定のＰＲＯポリペプチドレセプターをコードするｃＤＮＡ又はレセプターのプールを用いて形質移入された細胞の蛍光標識の存在、及び他のｃＤＮＡ又はｃＤＮＡのプールで形質移入された同様にして調製された細胞の同様の蛍光標識の非存在により判断される。ｃＤＮＡ発現ベクターの確定したプールがＰＲＯポリペプチドイムノアドヘシンを用いた相互作用にとって陽性であると判断される場合には、プールを構成する個々のｃＤＮＡの種は、ＰＲＯポリペプチドイムノアドヘシンと相互作用できるレセプターをコードする特定のｃＤＮＡの決定を個々に試験される（プールは「分解される」）。
【０５７０】
このアッセイの他の実施様態においては、エピトープタグされた潜在的なリガンドＰＲＯポリペプチド（例えば、８ヒスチジン「Ｈｉｓ」タグ）は、ヒトＩｇＧ（イムノアドヘシン）のＦｃドメインとの融合として発現される潜在的レセプターＰＲＯポリペプチドのパネルと相互作用される。エピトープタグされたＰＲＯポリペプチドとの１時間の共インキュベーションに続いて、補助レセプターはそれぞれタンパク質Ａビーズで免疫凝結され、ビーズは洗浄される。潜在的なリガンド相互作用は、エピトープタグに対する抗体との免疫凝結複合体のウェスタンブロット分析により決定される。期待される分子量のエピトープタグされたタンパク質のバンドが候補レセプターを用いたウェスタンブロット分析で観察されるが、潜在的なレセプターのパネルの他のメンバーによって観察されない場合には、相互作用は存在すると判断される。
これらのアッセイを用いて、次のレセプター／リガンド相互作用がここで同定された：
（１）ＰＲＯ９４３は、ＦＨＦ１、ＰＲＯ１８３（ＦＨＦ２）、ＰＲＯ１８４（ＦＨＦ３）、及びＰＲＯ１８５（ＦＨＦ４）に結合し、逆もまた同じ。
（２）ＰＲＯ３３１は、ＰＲＯ１１３３に結合し、逆もまた同じ。
（３）ＰＲＯ３６３は、ＰＲＯ１３８７に結合し、逆もまた同じ。
（４）ＰＲＯ５７２３は、ＰＲＯ１３８７に結合し、逆もまた同じ。
（５）ＰＲＯ１１１４は、ＰＲＯ３３０１及びＰＲＯ９９４０に結合し、逆もまた同じ。
（６）ＰＲＯ９８２８は、既知のＦＧＦレセプターＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２ＩＩＩＣ、ＦＧＦＲ３ＩＩＩＣ及びＦＧＦＲ４に結合する点で、新規な繊維芽細胞成長因子レセプター（ＦＧＦＲ）リガンドであることが示される。従って、ＰＲＯ９８２８及びアゴニストは、例えば細胞成長及び増殖を含むＦＧＦ分子によって通常活性化される生物活性を活性化するための使い道が見出されうる。ＰＲＯ９８２８のアンタゴニストは、ＦＧＦレセプターを通じて媒介される生物活性の阻害の利用が見出されうる。
（７）ＰＲＯ１１８１は、ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１及びＰＲＯ８４６に結合する。
【０５７１】
実施例１７２：組織発現分布
オリゴヌクレオチドプローブを、定量ＰＣＲ増幅反応の使用において、付随する図に示すＰＲＯポリペプチドコード化ヌクレオチド配列から構築した。オリゴヌクレオチドプローブを、標準的ＰＣＲ反応に関連したテンプレートの３’ 末端から、約２００−６００塩基対の増幅された断片が付与されるように選択した。オリゴヌクレオチドプローブを、異なるヒト成人及び／又は胎児の組織源から単離されたｃＤＮＡライブラリーを用いた標準的な定量ＰＣＲ増幅反応に使用し、試験した種々の組織におけるＰＲＯポリペプチドコード化核酸の発現レベルを定量的測定を得るためにアガロースゲル電気泳動により分析した。種々の異なるヒト組織型におけるＰＲＯポリペプチドコード化核酸の発現パターンの知識は、転移腫瘍等の一次組織源を決定するために、他の組織特異的マーカーを用いて又は用いない組織分類分けに有用な診断用マーカーが提供される。これらのアッセイは、以下の結果を提供する。
Figure 2004522402
Figure 2004522402
Figure 2004522402
【０５７２】
実施例１７３：ヒトＰＲＯ８４６をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対してコンセンサス配列が得られ、得られたコンセンサス配列は、ここにＤＮＡ３９９４９と命名される。ＤＮＡ３９９４９コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ８４６の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
正方向及び逆方向のプライマーを合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＣＣＴＧＣＡＧＴＧＣＡＣＣＴＡＣＡＧＧＧＡＡＧ−３’（配列番号：５１８）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＴＧＴＣＴＴＣＣＣＣＴＧＣＴＴＧＧＣＴＧＴＧＧ−３’（配列番号：５１９）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つコンセンサスＤＮＡ３９９４９配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＧＴＧＣＡＧＧＡＡＧＧＧＴＧＧＧＡＴＣＣＴＣＴＴＣＴＣＴＣＧＣＴＧＣＴＣＴＧＧＣＣＡＣＡＴＣ−３’（配列番号：５２０）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ８４６遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織（ＬＩＢ２２７）から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ８４６の全長ＤＮＡ配列［ここで、ＵＮＱ４２２（ＤＮＡ４４１９６−１３５３）と命名される］（配列番号：２１５）及びＰＲＯ８４６の誘導タンパク質配列を与えた。
ＵＮＱ４２２（ＤＮＡ４４１９６−１３５３）の全核酸配列をＦｉｇ３２９（配列番号：５１６）に示す。クローンＵＮＱ４２２（ＤＮＡ４４１９５−１３５３）は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２５−２７に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１０２１−１０２３の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ３２９）。予測されるポリペプチド前駆体は３３２アミノ酸長である（Ｆｉｇ３３０）。Ｆｉｇ３３０に示した全長ＰＲＯ８４６タンパク質は、約３６，１４３ダルトンの見積もり分子量及び約５．８９のｐＩを有する。ＰＲＯ８４６のアミノ酸配列の重要な領域は、Ｆｉｇ３３０に示したように、シグナルペプチド、膜貫通ドメイン、Ｎ−グリコシル化部位、フィブリノーゲンベータ及びガンマ鎖Ｃ末端ドメインに典型的な配列、及びＩｇ様Ｖ型ドメインに典型的な配列を含む。クローンＵＮＱ４２２（ＤＮＡ４４１９６−１３５３）はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９８４７が付与されている。
【０５７３】
実施例１７４：ヒトＰＲＯ３６３をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対してコンセンサス配列が得られ、得られたコンセンサス配列は、ここにＤＮＡ４２８２８と命名される。ＤＮＡ４２８２８コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ３６３の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマーの対（正方向及び逆方向）を合成した：
正方向ＰＣＲプライマー（４２８２８．ｆ１） ５’−ＣＣＡＧＴＧＣＡＣＡＧＣＡＧＧＣＡＡＣＧＡＡＧＣ−３’（配列番号：５２１）
逆方向ＰＣＲプライマー（４２８２８．ｒ１） ５’−ＡＣＴＡＧＧＣＴＧＴＡＴＧＣＣＴＧＧＧＴＧＧＧＣ−３’（配列番号：５２２）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブは、以下の核酸配列を持つコンセンサスＤＮＡ４２８２８配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ（４２８２８．ｐ１）
５’−ＧＴＡＴＧＴＡＣＡＡＡＧＣＡＴＣＧＧＣＡＴＧＧＴＴＧＣＡＧＧＡＧＣＡＧＴＧＡＣＡＧＧＣ−３’（配列番号：５２３）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でＰＣＲ増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ３６３遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織（ＬＩＢ２２７）から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列は、ＰＲＯ３６３の全長ＤＮＡ配列［ここで、ＵＮＱ３１８（ＤＮＡ４５４１９−１２５２）と命名される］（配列番号：５００）及びＰＲＯ３６３の誘導タンパク質配列を与えた。
ＵＮＱ３１８（ＤＮＡ４５４１９−１２５２）の全核酸配列をＦｉｇ３１３（配列番号：５００）に示す。クローンＵＮＱ３１８（ＤＮＡ４５４１９−１２５２）は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置１９０−１９２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１３０９−１３１１の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ３１３）。予測されるポリペプチド前駆体は３７３アミノ酸長である（Ｆｉｇ３１４）。Ｆｉｇ３１４に示した全長ＰＲＯ３６３タンパク質は、約４１．２８１の分子量及び約８．３３のｐＩを有する。Ｆｉｇ３１４（配列番号：５０１）に示したアミノ酸配列のアミノ酸２２１〜２５４に膜貫通ドメインが存在する。またＰＲＯ３６３ポリペプチドは、約アミノ酸１５〜５６及び約アミノ酸８７〜１１６に少なくとも２つのミエリンＰ０タンパク質ドメインを有する。クローンＵＮＱ３１８（ＤＮＡ４５４１９−１２５２）は、１９９８年２月５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９６１６が付与されている。
全長ＰＲＯ３６３ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、それが細胞表面タンパク質ＨＣＡＲと有意な配列類似性を有することを示唆し、それによりＰＲＯ３６３が新規なＨＣＡＲ相同体となりうることが示されている。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（ｖｅｒｓｉｏｎ ３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）は、ＰＲＯ３６３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＨＳ４６ＫＤＡ＿１， ＨＳＵ９０７１６＿１， ＭＭＣＡＲＨ＿１， ＭＭＣＡＲＨＯＭ＿１， ＭＭＵ９０７１５＿１， Ａ３３＿ＨＵＭＡＮ， Ｐ＿Ｗ１４１４６， Ｐ＿Ｗ１４１５８， Ａ４２６３２，及びＢ４２６３２との間の有意な相同性を明らかにした。
【０５７４】
実施例１７５：ヒトＰＲＯ９８２８をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例１に記載したようにｐｈｒａｐコンセンサス用いて他の核酸配列に関して構築された。このコンセンサス配列は、ここにＤＮＡ１３９８１４と命名される。ＤＮＡ１３９８１４コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ９８２８の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーは一般に２０から３０のヌクレオチドの範囲であり、しばしば約１００−１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物をもたらすように設計される。プローブ配列は、典型的には４０−５５ｂｐ長である。ある場合には、コンセンサス配列が約１−１．５ｋｂｐより大きいときに更なるオリゴヌクレオチドが合成される。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを、上掲のＡｕｓｕｂｅｌ等， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ に従って、ＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。ついで、ポジティブライブラリをプローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。
ＰＣＲプライマー（正及び逆）を合成した：
５’−ＡＡＴＣＴＣＡＧＣＡＣＣＡＧＣＣＡＣＴＣＡＧＡＧＣＡ −３’（配列番号：５２４）
５’−ＧＴＴＡＡＡＧＡＧＧＧＴＧＣＣＣＴＴＣＣＡＧＣＧＡ −３’（配列番号：５２５）
５’−ＴＡＴＣＣＣＡＡＴＧＣＣＴＣＣＣＣＡＣＴＧＣＴＣ −３’（配列番号：５２６）
５’−ＧＡＴＧＡＡＣＴＴＧＧＣＧＡＡＧＧＧＧＣＧＧＣＡ −３’（配列番号：５２７）
【０５７５】
ｃＤＮＡライブラリの作成のためのＲＮＡはヒト胎児肝組織から単離した。ｃＤＮＡクローンの単離に用いたｃＤＮＡライブラリは、カリフォルニア州サンジエゴのＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ からのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法によって作成した。ｃＤＮＡは、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴでプライムし、平滑末端でＳａｌＩヘミキナーゼ化アダプターに結合させ、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動法で適当にサイズ分類し、適切なクローニングベクター（ｐＲＫＢ又はｐＲＫＤ等；ｐＲＫ５ＢはＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓ等， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５３： １２７８−１２８０ （１９９１）参照）に、独特のＸｈｏＩ及びＮｏｔＩ部位において、所定の方向でクローニングした。
上述のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、全長ＰＲＯ９８２８ポリペプチドの全長ＤＮＡ配列（ここでＤＮＡ１４２２３８−２７６８と命名［Ｆｉｇ３２３、配列番号：５１０］）と、ＰＲＯ９８２８ポリぺプチドの誘導タンパク質配列が得られた。
上で同定された全長クローンは、ヌクレオチド位置２３２−２３４に見かけの転写開始部位、ヌクレオチド位置９８５−９８７の停止シグナルを含む（Ｆｉｇ３２３、配列番号：５１０）。予想されたポリペプチド前駆体は２５１アミノ酸長、約２７９５４ダルトンの推定分子量及び約９．２２の推定ＰＩを有する。Ｆｉｇ３２４（配列番号：５１１）に示された全長ＰＲＯ９８２８配列の分析により、Ｆｉｇ３２４に示されるような様々な重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、これらの重要なポリペプチドドメインを与える位置は上述されるようにおおよそである。染色体地図は、ＰＲＯ９８２８コード化核酸がヒトにおいて染色体１２ｐ１３に位置づけられることを示す。クローンＤＮＡ１４２２３８−２７６８は１９９９年１０月５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号８１９−ＰＴＡを付与されている。
Ｆｉｇ３２４（配列番号：５１１）に示された全長配列のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント分析を使用した、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（ｖｅｒｓｉｏｎ ３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の解析により、ＰＲＯ９８２８アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｙ０８５８１、ＡＢ０１８１２２＿１、ＦＧＦ３＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ＿Ｒ７０８２４、Ｓ５４４０７、Ｐ＿Ｒ８０７８０、Ｐ＿Ｙ２３７６１、Ｐ＿Ｗ９２３１２、ＯＭＦＧＦ６＿１及びＰ＿Ｒ８０８７１との間の配列同一性が証明された。
【０５７６】
実施例１７６：ヒトＰＲＯ７１７０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
ＤＮＡ１０８７２２−２７４３は、ジェネンテク，インク（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）によって開発された独自の配列発見アルゴリズムを、公的（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び／又は私的（ＬＩＦＥＳＥＱＲ Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ．， Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）データベースからのＥＳＴｓ並びに集団化及び構築されたＥＳＴ断片に適用することにより同定した。シグナル配列アルゴリズムは、考慮している配列又は配列断片の５’−末端の第１の、場合によっては第２のメチオニンコドン（ＡＴＧ）を取り囲むＤＮＡヌクレオチドの性質に基づく分泌シグナルスコアを計算する。第１のＡＴＧに続くヌクレオチドは、停止コドンを持たない少なくとも３５の不明瞭でないアミノ酸をコードしなければならない。第１のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、第２のものは試験しない。何れも要件を満たさない場合、候補配列にスコアをつけなかった。ＥＳＴ配列が真正のシグナル配列を含むか否かを決定するために、ＡＴＧコドンを取り囲むＤＮＡ及び対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られた７つのセンサー（評価パラメータ）の組を用いてスコアをつけた。このアルゴリズムの使用により、多くのポリペプチド−コード化核酸配列の同定がなされた。
上述したシグナル配列アルゴリズムの使用は、ＬＩＦＥＳＥＱＲデータベースＩｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， からの、ここにおいてＣＬＵ５７８３６と命名された、ＥＳＴクラスター配列の同定を可能にした。このＥＳＴクラスター配列を、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）及び独自に開発したＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＲ、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較し、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｃｈｕｌら， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６： ４６０−４８０ （１９９６））を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、ＢＬＡＳＴスコア７０（９０の場合もある）又はそれ以上を持つこれらの比較物は、プログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５８７５６と命名する。
【０５７７】
ＤＮＡ５８７５６配列とＩｎｃｙｔｅ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡＩｎｃｙｔｅ）データーベースからのｎｏ．２２５１４６２に包含されるＥＳＴ配列に認められる配列相同性に鑑み、クローンｎｏ．２２５１４６２は購入され、そのｃＤＮＡ挿入部は得られて配列を決められた。ここにおいて、ｃＤＮＡ挿入部が全長タンパク質をコードすることが見出された。ここにおいて、ｃＤＮＡ挿入部が全長タンパク質をコードしていることが見出された。このｃＤＮＡ挿入部の配列は、Ｆｉｇ３２５に示され、ここにおいてＤＮＡ１０８７２２−２７４３と命名された。
クローンＤＮＡ１０８７２２−２７４３は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置６０−６２に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置１５０６−１５０８の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ３２５）。予測されるポリペプチド前駆体は、４８２アミノ酸長である（Ｆｉｇ３２６）。Ｆｉｇ３２６に示されている全長ＰＲＯ７１７０タンパク質は、約４９０６０の見積もり分子量及び約４．７４のｐＩを有する。Ｆｉｇ３２６（配列番号：５１３）に示された全長ＰＲＯ７１７０配列の分析は、Ｆｉｇ３２６に示されているような種々の重要なポリペプチドドメインの存在を証明し、これら重要なポリペプチドドメインへ与えられている位置は、上記に記載のようにおおよそである。クローンＤＮＡ１０８７２２−２７４３は、１９９９年８月１７日にＡＴＣＣへ寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号５５２−ＰＴＡが付与された。
Ｆｉｇ３２６（配列番号：５１３）に示した全長配列のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント分析法を使用しての、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ ３５）の分析は、ＰＲＯ７１７０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｙ１２２９１、Ｉ４７１４１、Ｄ８８７３３＿１、ＤＭＣ５６Ｇ７＿１、Ｐ＿Ｙ１１６０６、ＨＷＰ１＿ＣＡＮＡＬ、ＨＳＭＵＣ５ＢＥＸ＿１、ＨＳＵ７８５５０＿１、ＨＳＵ７０１３６＿１、及びＳＧＳ３＿ＤＲＯＭＥとの間の配列同一性を明らかにした。
【０５７８】
実施例１７７：ヒトＰＲＯ３６１をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を組み立てた。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ４０６５４と命名する。ＤＮＡ４０６５４コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むｃＤＮＡライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ３６１の全長コード配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
次のように正方向及び逆方向ＰＣＲプライマーを合成した：
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＧＧＧＡＧＧＡＴＴＡＴＣＣＴＴＧＡＣＣＴＴＴＧＡＡＧＡＣＣ−３’（配列番号：５２８）
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＧＡＡＧＣＡＡＧＴＧＣＣＣＡＧＣＴＣ−３’（配列番号：５２９）
正方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＧＧＧＴＣＣＣＴＧＣＴＣＴＴＴＧＧ−３’（配列番号：５３０）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＣＡＣＣＧＴＡＧＣＴＧＧＧＡＧＣＧＣＡＣＴＣＡＣ−３’（配列番号：５３１）
逆方向ＰＣＲプライマー ５’−ＡＧＴＧＴＡＡＧＴＣＡＡＧＣＴＣＣＣ−３’（配列番号：５３２）
さらに、以下のヌクレオチド配列を持つ合成オリゴヌクレオチドハイブリッド形成プローブをコンセンサスＤＮＡ４０６５４配列から作成した。
ハイブリッド形成プローブ
５’−ＧＣＴＴＣＣＴＧＡＣＡＣＴＡＡＧＧＣＴＧＴＣＴＧＣＴＡＧＴＣＡＧＡＡＴＴＧＣＣＴＣＡＡＡＡＡＧＡＧ−３’（配列番号：５３３）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのＤＮＡを上で同定したＰＣＲプライマー対でのＰＣＲ増幅によりスクリーニングした。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチドを用いてＰＲＯ３６１遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。ｃＤＮＡライブラリー作成のためのＲＮＡは、ヒト胎児腎臓組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ３６１の全長ＤＮＡ配列［ここではＤＮＡ４５４１０−１２５０と命名］（配列番号：５１４）及びＰＲＯ３６１の誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ４５４１０−１２５０の全ヌクレオチド配列をＦｉｇ３２７（配列番号：５１４）に示す。クローンＤＮＡ４５４１０−１２５０は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置２２６−２２８に見かけの翻訳開始部位を持ち、ヌクレオチド位置１５１９−１５２１の停止コドンで終端する（Ｆｉｇ３２７）。予測されるポリペプチド前駆体は４３１アミノ酸長である（Ｆｉｇ３２８）。Ｆｉｇ３２８に示した全長ＰＲＯ３６１タンパク質は約４６，８１０ダルトンの推定分子量及び約６．４５のｐＩを有する。また、膜貫通ドメイン（アミノ酸３８０−４０９）及びアルギナーゼタンパク質ファミリーに典型的な配列（アミノ酸３−１４及び３９−５７）を含む興味ある領域がＦｉｇ３２８に示されている。クローンＤＮＡ４５４１０−１２５０はＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９６２１が付与された。
全長ＰＲＯ３６１ポリペプチドのアミノ酸配列の分析により、その部分がムチン及び／又はキチナーゼタンパク質と有意な相同性を有していることが示唆され、ＰＲＯ３６１が新規なムチン及び／又はキチナーゼタンパク質であることを示している。
【０５７９】
実施例１７８：ヒトＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４、ＰＲＯ１８５、ＰＲＯ５７２３、ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０をコードするｃＤＮＡクローンの単離
付随される図面に示されるヒトＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４、ＰＲＯ１８５、ＰＲＯ５７２３、ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子はＧｅｎＢａｎｋを通じて得られた。
【０５８０】
材料の寄託
次の材料をアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション， １０８０１ ユニバーシティ ブルバード， マナッサス， ヴァージニア２０１１０−２２０９，米国（ＡＴＣＣ）に寄託した：
Figure 2004522402
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Figure 2004522402
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【０５８１】
この寄託は、特許手続き上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約及びその規則（ブダペスト条約）の規定に従って行われた。これは、寄託の日付から３０年間、寄託の生存可能な培養が維持されることを保証するものである。寄託物はブダペスト条約の条項に従い、またジェネンテク社とＡＴＣＣとの間の合意に従い、ＡＴＣＣから入手することができ、これは、どれが最初であろうとも、関連した米国特許の発行時又は任意の米国又は外国特許出願の公開時に、寄託培養物の後代を永久かつ非制限的に入手可能とすることを保証し、米国特許法第１２２条及びそれに従う特許庁長官規則（特に参照番号８８６ＯＧ６３８の３７ＣＦＲ第１．１４条を含む）に従って権利を有すると米国特許庁長官が決定した者に子孫を入手可能とすることを保証するものである。
本出願の譲受人は、寄託した培養物が、適切な条件下で培養されていた場合に死亡もしくは損失又は破壊されたならば、材料は通知時に同一の他のものと即座に取り替えることに同意する。寄託物質の入手可能性は、特許法に従いあらゆる政府の権限下で認められた権利に違反して、本発明を実施するライセンスであるとみなされるものではない。
上記の文書による明細書は、当業者に本発明を実施できるようにするために十分であると考えられる。寄託した態様は、本発明のある側面の一つの説明として意図されており、機能的に等価なあらゆる作成物がこの発明の範囲内にあるため、寄託された作成物により、本発明の範囲が限定されるものではない。ここでの物質の寄託は、ここに含まれる文書による説明が、そのベストモードを含む、本発明の任意の側面の実施を可能にするために不十分であることを認めるものではないし、それが表す特定の例証に対して請求の範囲を制限するものと解釈されるものでもない。実際、ここに示し記載したものに加えて、本発明を様々に改変することは、前記の記載から当業者にとっては明らかなものであり、添付の請求の範囲内に入るものである。
【図面の簡単な説明】
【Ｆｉｇ１】天然配列ＰＲＯ２８１（ＵＮＱ２４４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１）を示す。配列番号：１は、ここで「ＤＮＡ１６４２２−１２０９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２】Ｆｉｇ１に示した配列番号：１のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２）を示す。
【Ｆｉｇ３】天然配列ＰＲＯ２７６（ＵＮＱ２４３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５）を示す。配列番号：５は、ここで「ＤＮＡ１６４３５−１２０８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ４】Ｆｉｇ３に示した配列番号：５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：６）を示す。
【Ｆｉｇ５】天然配列ＰＲＯ１８９（ＵＮＱ１６３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：７）を示す。配列番号：７は、ここで「ＤＮＡ２１６４２−１３９１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ６】Ｆｉｇ５に示した配列番号：７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：８）を示す。
【Ｆｉｇ７】ここでＤＮＡ１４１８７（配列番号：９）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ８】天然配列ＰＲＯ１９０（ＵＮＱ１６４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１３）を示す。配列番号：１３は、ここで「ＤＮＡ２３３３４−１３９２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ９】Ｆｉｇ８に示した配列番号：１３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１４）を示す。
【Ｆｉｇ１０】ここでＤＮＡ１４２３２（配列番号：１５）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１１】天然配列ＰＲＯ３４１（ＵＮＱ３００）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１９）を示す。配列番号：１９は、ここで「ＤＮＡ２６２８８−１２３９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１２】Ｆｉｇ１１に示した配列番号：１９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２０）を示す。
【Ｆｉｇ１３】ここでＤＮＡ１２９２０（配列番号：２１）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１４】天然配列ＰＲＯ１８０（ＵＮＱ１５４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２）を示す。配列番号：２２は、ここで「ＤＮＡ２６８４３−１３８９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１５】Ｆｉｇ１４に示した配列番号：２２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２３）を示す。
【Ｆｉｇ１６】ここでＤＮＡ１２９２２（配列番号：２４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１７】天然配列ＰＲＯ１９４（ＵＮＱ１６８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２７）を示す。配列番号：２７は、ここで「ＤＮＡ２６８４４−１３９４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１８】Ｆｉｇ１７に示した配列番号：２７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２８）を示す。
【Ｆｉｇ１９】天然配列ＰＲＯ２０３（ＵＮＱ１７７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２９）を示す。配列番号：２９は、ここで「ＤＮＡ３０８６２−１３９６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２０】Ｆｉｇ１９に示した配列番号：２９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３０）を示す。
【Ｆｉｇ２１】ここでＤＮＡ１５６１８（配列番号：３１）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２２】天然配列ＰＲＯ２９０（ＵＮＱ２５３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３２）を示す。配列番号：３２は、ここで「ＤＮＡ３５６８０−１２１２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２３】Ｆｉｇ２２に示した配列番号：３２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３３）を示す。
【Ｆｉｇ２４】天然配列ＰＲＯ８７４（ＵＮＱ４４１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３５）を示す。配列番号：３５は、ここで「ＤＮＡ４０６２１−１４４０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２５】Ｆｉｇ２４に示した配列番号：３５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３６）を示す。
【Ｆｉｇ２６】天然配列ＰＲＯ７１０（ＵＮＱ３７４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４０）を示す。配列番号：４０は、ここで「ＤＮＡ４４１６１−１４３４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２７】Ｆｉｇ２６に示した配列番号：４０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４１）を示す。
【Ｆｉｇ２８】ここでＤＮＡ３８１９０（配列番号：４２）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２９】天然配列ＰＲＯ１１５１（ＵＮＱ５８１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４６）を示す。配列番号：４６は、ここで「ＤＮＡ４４６９４−１５００」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３０】Ｆｉｇ２９に示した配列番号：４６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４７）を示す。
【Ｆｉｇ３１】天然配列ＰＲＯ１２８２（ＵＮＱ６５２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５１）を示す。配列番号：５１は、ここで「ＤＮＡ４５４９５−１５５０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３２】Ｆｉｇ３１に示した配列番号：５１のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５２）を示す。
【Ｆｉｇ３３】天然配列ＰＲＯ３５８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５６）を示す。配列番号：５６は、ここで「ＤＮＡ４７３６１−１１５４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３４】Ｆｉｇ３３に示した配列番号：５６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５７）を示す。
【Ｆｉｇ３５Ａ−Ｂ】天然配列ＰＲＯ１３１０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６１）を示す。配列番号：６１は、ここで「ＤＮＡ４７３９４−１５７２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３６】Ｆｉｇ３５Ａ−Ｂに示した配列番号：６１のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：６２）を示す。
【Ｆｉｇ３７】天然配列ＰＲＯ６９８（ＵＮＱ３６２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６６）を示す。配列番号：６６は、ここで「ＤＮＡ４８３２０−１４３３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３８】Ｆｉｇ３７に示した配列番号：６６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：６７）を示す。
【Ｆｉｇ３９】ここでＤＮＡ３９９０６（配列番号：６８）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ４０】天然配列ＰＲＯ７３２（ＵＮＱ３９６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：７２）を示す。配列番号：７２は、ここで「ＤＮＡ４８３３４−１４３５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ４１】Ｆｉｇ４０に示した配列番号：７２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：７３）を示す。
【Ｆｉｇ４２】ここでＤＮＡ２０２３９（配列番号：７４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ４３】ここでＤＮＡ３８０５０（配列番号：７５）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ４４】ここでＤＮＡ４０６８３（配列番号：７６）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ４５】ここでＤＮＡ４２５８０（配列番号：７７）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ４６Ａ−Ｂ】天然配列ＰＲＯ１１２０（ＵＮＱ５５９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：８３）を示す。配列番号：８３は、ここで「ＤＮＡ４８６０６−１４７９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ４７】Ｆｉｇ４６Ａ−Ｂに示した配列番号：８３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：８４）を示す。
【Ｆｉｇ４８】天然配列ＰＲＯ５３７（ＵＮＱ３３８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：９４）を示す。配列番号：９４は、ここで「ＤＮＡ４９１４１−１４３１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ４９】Ｆｉｇ４８に示した配列番号：９４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：９５）を示す。
【Ｆｉｇ５０】天然配列ＰＲＯ５３６（ＵＮＱ３３７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：９６）を示す。配列番号：９６は、ここで「ＤＮＡ４９１４２−１４３０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ５１】Ｆｉｇ５０に示した配列番号：９６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：９７）を示す。
【Ｆｉｇ５２】天然配列ＰＲＯ５３５（ＵＮＱ３３６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：９８）を示す。配列番号：９８は、ここで「ＤＮＡ４９１４３−１４２９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ５３】Ｆｉｇ５２に示した配列番号：９８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：９９）を示す。
【Ｆｉｇ５４】ここでＤＮＡ３０８６１（配列番号：１００）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ５５】ここでＤＮＡ３６３５１（配列番号：１０１）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ５６】天然配列ＰＲＯ７１８（ＵＮＱ３８６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１０２）を示す。配列番号：１０２は、ここで「ＤＮＡ４９６４７−１３９８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ５７】Ｆｉｇ５６に示した配列番号：１０２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１０３）を示す。
【Ｆｉｇ５８】ここでＤＮＡ１５３８６（配列番号：１０４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ５９】ここでＤＮＡ１６６３０（配列番号：１０５）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ６０】ここでＤＮＡ１６８２９（配列番号：１０６）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ６１】ここでＤＮＡ２８３５７（配列番号：１０７）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ６２】ここでＤＮＡ４３５１２（配列番号：１０８）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ６３】天然配列ＰＲＯ８７２（ＵＮＱ４３９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１１２）を示す。配列番号：１１２は、ここで「ＤＮＡ４９８１９−１４３９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ６４】Ｆｉｇ６３に示した配列番号：１１２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１１３）を示す。
【Ｆｉｇ６５】天然配列ＰＲＯ１０６３（ＵＮＱ１２８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１１４）を示す。配列番号：１１４は、ここで「ＤＮＡ４９８２０−１４２７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ６６】Ｆｉｇ６５に示した配列番号：１１４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１１５）を示す。
【Ｆｉｇ６７】天然配列ＰＲＯ６１９（ＵＮＱ３５５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１１６）を示す。配列番号：１１６は、ここで「ＤＮＡ４９８２１−１５６２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ６８】Ｆｉｇ６７に示した配列番号：１１６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１１７）を示す。
【Ｆｉｇ６９】天然配列ＰＲＯ９４３（ＵＮＱ４８０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１１８）を示す。配列番号：１１８は、ここで「ＤＮＡ５２１９２−１３６９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ７０】Ｆｉｇ６９に示した配列番号：１１８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１１９）を示す。
【Ｆｉｇ７１】天然配列ＰＲＯ１１８８（ＵＮＱ６０２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１２３）を示す。配列番号：１２３は、ここで「ＤＮＡ５２５９８−１５１８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ７２】Ｆｉｇ７１に示した配列番号：１２３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１２４）を示す。
【Ｆｉｇ７３】天然配列ＰＲＯ１１３３（ＵＮＱ５７１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１２８）を示す。配列番号：１２８は、ここで「ＤＮＡ５３９１３−１４９０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ７４】Ｆｉｇ７３に示した配列番号：１２８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１２９）を示す。
【Ｆｉｇ７５】天然配列ＰＲＯ７８４（ＵＮＱ４５９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１３４）を示す。配列番号：１３４は、ここで「ＤＮＡ５３９７８−１４４３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ７６】Ｆｉｇ７５に示した配列番号：１３４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１３５）を示す。
【Ｆｉｇ７７】ここでＤＮＡ４４６６１（配列番号：１３６）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ７８】天然配列ＰＲＯ７８３（ＵＮＱ４５８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１３７）を示す。配列番号：１３７は、ここで「ＤＮＡ５３９９６−１４４２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ７９】Ｆｉｇ７８に示した配列番号：１３７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１３８）を示す。
【Ｆｉｇ８０】ここでＤＮＡ４５２０１（配列番号：１３９）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ８１】ここでＤＮＡ１４５７５（配列番号：１４０）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ８２】天然配列ＰＲＯ８２０（ＵＮＱ５０３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１４５）を示す。配列番号：１４５は、ここで「ＤＮＡ５６０４１−１４１６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ８３】Ｆｉｇ８２に示した配列番号：１４５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１４６）を示す。
【Ｆｉｇ８４】天然配列ＰＲＯ１０８０（ＵＮＱ５３７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１４７）を示す。配列番号：１４７は、ここで「ＤＮＡ５６０４７−１４５６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ８５】Ｆｉｇ８４に示した配列番号：１４７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１４８）を示す。
【Ｆｉｇ８６】ここでＤＮＡ３６５２７（配列番号：１４９）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ８７】天然配列ＰＲＯ１０７９（ＵＮＱ５３６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１５０）を示す。配列番号：１５０は、ここで「ＤＮＡ５６０５０−１４５５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ８８】Ｆｉｇ８７に示した配列番号：１５０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１５１）を示す。
【Ｆｉｇ８９】天然配列ＰＲＯ７９３（ＵＮＱ４３２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１５２）を示す。配列番号：１５２は、ここで「ＤＮＡ５６１１０−１４３７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ９０】Ｆｉｇ８９に示した配列番号：１５２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１５３）を示す。
【Ｆｉｇ９１】ここでＤＮＡ５０１７７（配列番号：１５４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ９２】天然配列ＰＲＯ１０１６（ＵＮＱ４９９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１５５）を示す。配列番号：１５５は、ここで「ＤＮＡ５６１１３−１３７８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ９３】Ｆｉｇ９２に示した配列番号：１５５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１５６）を示す。
【Ｆｉｇ９４】天然配列ＰＲＯ１０１３（ＵＮＱ４９６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１５７）を示す。配列番号：１５７は、ここで「ＤＮＡ５６４１０−１４１４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ９５】Ｆｉｇ９４に示した配列番号：１５７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１５８）を示す。
【Ｆｉｇ９６】天然配列ＰＲＯ９３７（ＵＮＱ４７４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１５９）を示す。配列番号：１５９は、ここで「ＤＮＡ５６４３６−１４４８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ９７】Ｆｉｇ９６に示した配列番号：１５９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１６０）を示す。
【Ｆｉｇ９８】天然配列ＰＲＯ８４２（ＵＮＱ４７３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１６４）を示す。配列番号：１６４は、ここで「ＤＮＡ５６８５５−１４４７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ９９】Ｆｉｇ９８に示した配列番号：１６４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１６５）を示す。
【Ｆｉｇ１００】天然配列ＰＲＯ８３９（ＵＮＱ４７２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１６６）を示す。配列番号：１６６は、ここで「ＤＮＡ５６８５９−１４４５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１０１】Ｆｉｇ１００に示した配列番号：１６６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１６７）を示す。
【Ｆｉｇ１０２】天然配列ＰＲＯ１１８０（ＵＮＱ５９４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１６８）を示す。配列番号：１６８は、ここで「ＤＮＡ５６８６０−１５１０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１０３】Ｆｉｇ１０２に示した配列番号：１６８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１６９）を示す。
【Ｆｉｇ１０４】天然配列ＰＲＯ１１３４（ＵＮＱ５７２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１７０）を示す。配列番号：１７０は、ここで「ＤＮＡ５６８６５−１４９１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１０５】Ｆｉｇ１０４に示した配列番号：１７０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１７１）を示す。
【Ｆｉｇ１０６】ここでＤＮＡ５２３５２（配列番号：１７２）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１０７】ここでＤＮＡ５５７２５（配列番号：１７３）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１０８】天然配列ＰＲＯ８３０（ＵＮＱ４７０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１７４）を示す。配列番号：１７４は、ここで「ＤＮＡ５６８６６−１３４２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１０９】Ｆｉｇ１０８に示した配列番号：１７４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１７５）を示す。
【Ｆｉｇ１１０】天然配列ＰＲＯ１１１５（ＵＮＱ５５８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１７６）を示す。配列番号：１７６は、ここで「ＤＮＡ５６８６８−１４７８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１１１】Ｆｉｇ１１０に示した配列番号：１７６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１７７）を示す。
【Ｆｉｇ１１２】天然配列ＰＲＯ１２７７（ＵＮＱ６４７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１７８）を示す。配列番号：１７８は、ここで「ＤＮＡ５６８６９−１５４５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１１３】Ｆｉｇ１１２に示した配列番号：１７８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１７９）を示す。
【Ｆｉｇ１１４】天然配列ＰＲＯ１１３５（ＵＮＱ５７３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１８０）を示す。配列番号：１８０は、ここで「ＤＮＡ５６８７０−１４９２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１１５】Ｆｉｇ１１４に示した配列番号：１８０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１８１）を示す。
【Ｆｉｇ１１６】天然配列ＰＲＯ１１１４（ＵＮＱ５５７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１８２）を示す。配列番号：１８２は、ここで「ＤＮＡ５７０３３−１４０３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１１７】Ｆｉｇ１１６に示した配列番号：１８２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１８３）を示す。
【Ｆｉｇ１１８】ここでＤＮＡ４８４６６（配列番号：１８４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１１９】天然配列ＰＲＯ８２８（ＵＮＱ４６９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１８８）を示す。配列番号：１８８は、ここで「ＤＮＡ５７０３７−１４４４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１２０】Ｆｉｇ１１９に示した配列番号：１８８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１８９）を示す。
【Ｆｉｇ１２１】天然配列ＰＲＯ１００９（ＵＮＱ４９３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１９３）を示す。配列番号：１９３は、ここで「ＤＮＡ５７１２９−１４１３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１２２】Ｆｉｇ１２１に示した配列番号：１９３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１９４）を示す。
【Ｆｉｇ１２３】ここでＤＮＡ５０８５３（配列番号：１９５）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１２４】天然配列ＰＲＯ１００７（ＵＮＱ４９１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１９６）を示す。配列番号：１９６は、ここで「ＤＮＡ５７６９０−１３７４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１２５】Ｆｉｇ１２４に示した配列番号：１９６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１９７）を示す。
【Ｆｉｇ１２６】天然配列ＰＲＯ１０５６（ＵＮＱ５２１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１９８）を示す。配列番号：１９８は、ここで「ＤＮＡ５７６９３−１４２４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１２７】Ｆｉｇ１２６に示した配列番号：１９８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１９９）を示す。
【Ｆｉｇ１２８】天然配列ＰＲＯ８２６（ＵＮＱ４６７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２００）を示す。配列番号：２００は、ここで「ＤＮＡ５７６９４−１３４１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１２９】Ｆｉｇ１２８に示した配列番号：２００のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２０１）を示す。
【Ｆｉｇ１３０】天然配列ＰＲＯ８１９（ＵＮＱ４６６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２０２）を示す。配列番号：２０２は、ここで「ＤＮＡ５７６９５−１３４０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１３１】Ｆｉｇ１３０に示した配列番号：２０２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２０３）を示す。
【Ｆｉｇ１３２】天然配列ＰＲＯ１００６（ＵＮＱ４９０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２０４）を示す。配列番号：２０４は、ここで「ＤＮＡ５７６９９−１４１２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１３３】Ｆｉｇ１３２に示した配列番号：２０４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２０５）を示す。
【Ｆｉｇ１３４】天然配列ＰＲＯ１１１２（ＵＮＱ５５５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２０６）を示す。配列番号：２０６は、ここで「ＤＮＡ５７７０２−１４７６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１３５】Ｆｉｇ１３４に示した配列番号：２０６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２０７）を示す。
【Ｆｉｇ１３６】天然配列ＰＲＯ１０７４（ＵＮＱ５３１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２０８）を示す。配列番号：２０８は、ここで「ＤＮＡ５７７０４−１４５２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１３７】Ｆｉｇ１３６に示した配列番号：２０８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２０９）を示す。
【Ｆｉｇ１３８】天然配列ＰＲＯ１００５（ＵＮＱ４８９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２１０）を示す。配列番号：２１０は、ここで「ＤＮＡ５７７０８−１００５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１３９】Ｆｉｇ１３８に示した配列番号：２１０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２１１）を示す。
【Ｆｉｇ１４０】天然配列ＰＲＯ１０７３（ＵＮＱ５３０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２１２）を示す。配列番号：２１２は、ここで「ＤＮＡ５７７１０−１４５１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１４１】Ｆｉｇ１４０に示した配列番号：２１２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２１３）を示す。
【Ｆｉｇ１４２】ここでＤＮＡ５５９３８（配列番号：２１４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１４３】天然配列ＰＲＯ１１５２（ＵＮＱ５８２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２１５）を示す。配列番号：２１５は、ここで「ＤＮＡ５７７１１−１５０１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１４４】Ｆｉｇ１４３に示した配列番号：２１５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２１６）を示す。
【Ｆｉｇ１４５】ここでＤＮＡ５５８０７（配列番号：２１７）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１４６】天然配列ＰＲＯ１１３６（ＵＮＱ５７４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２１８）を示す。配列番号：２１８は、ここで「ＤＮＡ５７８２７−１４９３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１４７】Ｆｉｇ１４６に示した配列番号：２１８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２１９）を示す。
【Ｆｉｇ１４８】天然配列ＰＲＯ８１３（ＵＮＱ４６５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２０）を示す。配列番号：２２０は、ここで「ＤＮＡ５７８３４−１３３９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１４９】Ｆｉｇ１４８に示した配列番号：２２０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２２１）を示す。
【Ｆｉｇ１５０】天然配列ＰＲＯ８０９（ＵＮＱ４６４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２２）を示す。配列番号：２２２は、ここで「ＤＮＡ５７８３６−１３３８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１５１】Ｆｉｇ１５０に示した配列番号：２２２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２２３）を示す。
【Ｆｉｇ１５２】天然配列ＰＲＯ７９１（ＵＮＱ４６３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２４）を示す。配列番号：２２４は、ここで「ＤＮＡ５７８３８−１３３７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１５３】Ｆｉｇ１５２に示した配列番号：２２４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２２５）を示す。
【Ｆｉｇ１５４】天然配列ＰＲＯ１００４（ＵＮＱ４８８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２６）を示す。配列番号：２２６は、ここで「ＤＮＡ５７８４４−１４１０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１５５】Ｆｉｇ１５４に示した配列番号：２２６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２２７）を示す。
【Ｆｉｇ１５６】天然配列ＰＲＯ１１１１（ＵＮＱ５５４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２８）を示す。配列番号：２２８は、ここで「ＤＮＡ５８７２１−１４７５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１５７】Ｆｉｇ１５６に示した配列番号：２２８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２２９）を示す。
【Ｆｉｇ１５８】天然配列ＰＲＯ１３４４（ＵＮＱ６９９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２３０）を示す。配列番号：２３０は、ここで「ＤＮＡ５８７２３−１５８８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１５９】Ｆｉｇ１５８に示した配列番号：２３０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２３１）を示す。
【Ｆｉｇ１６０】天然配列ＰＲＯ１１０９（ＵＮＱ５５２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２３５）を示す。配列番号：２３５は、ここで「ＤＮＡ５８７３７−１４７３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１６１】Ｆｉｇ１６０に示した配列番号：２３５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２３６）を示す。
【Ｆｉｇ１６２】天然配列ＰＲＯ１３８３（ＵＮＱ７１９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２４０）を示す。配列番号：２４０は、ここで「ＤＮＡ５８７４３−１６０９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１６３】Ｆｉｇ１６２に示した配列番号：２４０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２４１）を示す。
【Ｆｉｇ１６４】天然配列ＰＲＯ１００３（ＵＮＱ４８７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２４５）を示す。配列番号：２４５は、ここで「ＤＮＡ５８８４６−１４０９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１６５】Ｆｉｇ１６４に示した配列番号：２４５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２４６）を示す。
【Ｆｉｇ１６６】天然配列ＰＲＯ１１０８（ＵＮＱ５５１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２４７）を示す。配列番号：２４７は、ここで「ＤＮＡ５８８４８−１４７２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１６７】Ｆｉｇ１６６に示した配列番号：２４７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２４８）を示す。
【Ｆｉｇ１６８】天然配列ＰＲＯ１１３７（ＵＮＱ５７５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２４９）を示す。配列番号：２４９は、ここで「ＤＮＡ５８８４９−１４９４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１６９】Ｆｉｇ１６８に示した配列番号：２４９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２５０）を示す。
【Ｆｉｇ１７０】天然配列ＰＲＯ１１３８（ＵＮＱ５７６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２５２）を示す。配列番号：２５２は、ここで「ＤＮＡ５８８５０−１４９５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１７１】Ｆｉｇ１７０に示した配列番号：２５２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２５３）を示す。
【Ｆｉｇ１７２】ここでＤＮＡ４９１４０（配列番号：２５４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ１７３】天然配列ＰＲＯ１０５４（ＵＮＱ５１９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２５５）を示す。配列番号：２５５は、ここで「ＤＮＡ５８８５３−１４２３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１７４】Ｆｉｇ１７３に示した配列番号：２５５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２５６）を示す。
【Ｆｉｇ１７５】天然配列ＰＲＯ９９４（ＵＮＱ５１８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２５７）を示す。配列番号：２５７は、ここで「ＤＮＡ５８８５５−１４２２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１７６】Ｆｉｇ１７５に示した配列番号：２５７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２５８）を示す。
【Ｆｉｇ１７７】天然配列ＰＲＯ８１２（ＵＮＱ５１７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２５９）を示す。配列番号：２５９は、ここで「ＤＮＡ５９２０５−１４２１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１７８】Ｆｉｇ１７７に示した配列番号：２５９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２６０）を示す。
【Ｆｉｇ１７９】天然配列ＰＲＯ１０６９（ＵＮＱ５２６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２６１）を示す。配列番号：２６１は、ここで「ＤＮＡ５９２１１−１４５０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１８０】Ｆｉｇ１７９に示した配列番号：２６１のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２６２）を示す。
【Ｆｉｇ１８１】天然配列ＰＲＯ１１２９（ＵＮＱ５６８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２６３）を示す。配列番号：２６３は、ここで「ＤＮＡ５９２１３−１４８７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１８２】Ｆｉｇ１８１に示した配列番号：２６３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２６４）を示す。
【Ｆｉｇ１８３】天然配列ＰＲＯ１０６８（ＵＮＱ５２５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２６５）を示す。配列番号：２６５は、ここで「ＤＮＡ５９２１４−１４４９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１８４】Ｆｉｇ１８３に示した配列番号：２６５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２６６）を示す。
【Ｆｉｇ１８５】天然配列ＰＲＯ１０６６（ＵＮＱ５２４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２６７）を示す。配列番号：２６７は、ここで「ＤＮＡ５９２１５−１４２５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１８６】Ｆｉｇ１８５に示した配列番号：２６７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２６８）を示す。
【Ｆｉｇ１８７】天然配列ＰＲＯ１１８４（ＵＮＱ５９８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２６９）を示す。配列番号：２６９は、ここで「ＤＮＡ５９２２０−１５１４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１８８】Ｆｉｇ１８７に示した配列番号：２６９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２７０）を示す。
【Ｆｉｇ１８９】天然配列ＰＲＯ１３６０（ＵＮＱ７０９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２７１）を示す。配列番号：２７１は、ここで「ＤＮＡ５９４８８−１６０３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１９０】Ｆｉｇ１８９に示した配列番号：２７１のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２７２）を示す。
【Ｆｉｇ１９１】天然配列ＰＲＯ１０２９（ＵＮＱ５１４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２７３）を示す。配列番号：２７３は、ここで「ＤＮＡ５９４９３−１４２０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１９２】Ｆｉｇ１９１に示した配列番号：２７３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２７４）を示す。
【Ｆｉｇ１９３】天然配列ＰＲＯ１１３９（ＵＮＱ５７７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２７５）を示す。配列番号：２７５は、ここで「ＤＮＡ５９４９７−１４９６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１９４】Ｆｉｇ１９３に示した配列番号：２７５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２７６）を示す。
【Ｆｉｇ１９５】天然配列ＰＲＯ１３０９（ＵＮＱ６７５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２７７）を示す。配列番号：２７７は、ここで「ＤＮＡ５９５８８−１５７１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１９６】Ｆｉｇ１９５に示した配列番号：２７７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２７８）を示す。
【Ｆｉｇ１９７】天然配列ＰＲＯ１０２８（ＵＮＱ５１３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８０）を示す。配列番号：２８０は、ここで「ＤＮＡ５９６０３−１４１９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ１９８】Ｆｉｇ１９７に示した配列番号：２８０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２８１）を示す。
【Ｆｉｇ１９９】天然配列ＰＲＯ１０２７（ＵＮＱ５１２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８２）を示す。配列番号：２８２は、ここで「ＤＮＡ５９６０５−１４１８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２００】Ｆｉｇ１９９に示した配列番号：２８２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２８３）を示す。
【Ｆｉｇ２０１】天然配列ＰＲＯ１１０７（ＵＮＱ５５０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８４）を示す。配列番号：２８４は、ここで「ＤＮＡ５９６０６−１４７１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２０２】Ｆｉｇ２０１に示した配列番号：２８４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２８５）を示す。
【Ｆｉｇ２０３】天然配列ＰＲＯ１１４０（ＵＮＱ５７８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８６）を示す。配列番号：２８６は、ここで「ＤＮＡ５９６０７−１４９７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２０４】Ｆｉｇ２０３に示した配列番号：２８６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２８７）を示す。
【Ｆｉｇ２０５】天然配列ＰＲＯ１１０６（ＵＮＱ５４９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８８）を示す。配列番号：２８８は、ここで「ＤＮＡ５９６０９−１４７０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２０６】Ｆｉｇ２０５に示した配列番号：２８８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２８９）を示す。
【Ｆｉｇ２０７】天然配列ＰＲＯ１２９１（ＵＮＱ６５９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２９０）を示す。配列番号：２９０は、ここで「ＤＮＡ５９６１０−１５５６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２０８】Ｆｉｇ２０７に示した配列番号：２９０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２９１）を示す。
【Ｆｉｇ２０９】天然配列ＰＲＯ１１０５（ＵＮＱ５４８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２９２）を示す。配列番号：２９２は、ここで「ＤＮＡ５９６１２−１４６６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２１０】Ｆｉｇ２０９に示した配列番号：２９２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２９３）を示す。
【Ｆｉｇ２１１】天然配列ＰＲＯ５１１（ＵＮＱ５１１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２９４）を示す。配列番号：２９４は、ここで「ＤＮＡ５９６１３−１４１７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２１２】Ｆｉｇ２１１に示した配列番号：２９４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２９５）を示す。
【Ｆｉｇ２１３】天然配列ＰＲＯ１１０４（ＵＮＱ５４７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２９６）を示す。配列番号：２９６は、ここで「ＤＮＡ５９６１６−１４６５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２１４】Ｆｉｇ２１３に示した配列番号：２９６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２９６）を示す。
【Ｆｉｇ２１５】天然配列ＰＲＯ１１００（ＵＮＱ５４６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２９８）を示す。配列番号：２９８は、ここで「ＤＮＡ５９６１９−１４６４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２１６】Ｆｉｇ２１５に示した配列番号：２９８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２９９）を示す。
【Ｆｉｇ２１７】天然配列ＰＲＯ８３６（ＵＮＱ５４５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３００）を示す。配列番号：３００は、ここで「ＤＮＡ５９６２０−１４６３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２１８】Ｆｉｇ２１７に示した配列番号：３００のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３０１）を示す。
【Ｆｉｇ２１９】天然配列ＰＲＯ１１４１（ＵＮＱ５７９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３０２）を示す。配列番号：３０２は、ここで「ＤＮＡ５９６２５−１４９８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２２０】Ｆｉｇ２１９に示した配列番号：３０２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３０３）を示す。
【Ｆｉｇ２２１】ここでＤＮＡ３３１２８（配列番号：３０４）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２２２】ここでＤＮＡ３４２５６（配列番号：３０５）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２２３】ここでＤＮＡ４７９４１（配列番号：３０６）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２２４】ここでＤＮＡ５４３８９（配列番号：３０７）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２２５】天然配列ＰＲＯ１１３２（ＵＮＱ５７０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３０８）を示す。配列番号：３０８は、ここで「ＤＮＡ５９７６７−１４８９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２２６】Ｆｉｇ２２５に示した配列番号：３０８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３０９）を示す。
【Ｆｉｇ２２７】天然配列ＰＲＯ１３４６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３１３）を示す。配列番号：３１３は、ここで「ＤＮＡ５９７７６−１６００」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２２８】Ｆｉｇ２２７に示した配列番号：３１３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３１４）を示す。
【Ｆｉｇ２２９】天然配列ＰＲＯ１１３１（ＵＮＱ５６９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３１８）を示す。配列番号：３１８は、ここで「ＤＮＡ５９７７７−１４８０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２３０】Ｆｉｇ２２９に示した配列番号：３１８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３１９）を示す。
【Ｆｉｇ２３１】ここでＤＮＡ４３５４６（配列番号：３２０）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２３２】天然配列ＰＲＯ１２８１（ＵＮＱ６５１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３２５）を示す。配列番号：３２５は、ここで「ＤＮＡ５９８２０−１５４９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２３３】Ｆｉｇ２３２に示した配列番号：３２５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３２６）を示す。
【Ｆｉｇ２３４】天然配列ＰＲＯ１０６４（ＵＮＱ１１１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３３３）を示す。配列番号：３３３は、ここで「ＤＮＡ５９８２７−１４２６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２３５】Ｆｉｇ２３４に示した配列番号：３３３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３３４）を示す。
【Ｆｉｇ２３６】ここでＤＮＡ４５２８８（配列番号：３３５）と命名されるヌクレオチド配列を示す。
【Ｆｉｇ２３７】天然配列ＰＲＯ１３７９（ＵＮＱ７１６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３３９）を示す。配列番号：３３９は、ここで「ＤＮＡ５９８２８−１６０８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２３８】Ｆｉｇ２３７に示した配列番号：３３９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３４０）を示す。
【Ｆｉｇ２３９】天然配列ＰＲＯ８４４（ＵＮＱ５４４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３４４）を示す。配列番号：３４４は、ここで「ＤＮＡ５９８３８−１４６２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２４０】Ｆｉｇ２３９に示した配列番号：３４４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３４５）を示す。
【Ｆｉｇ２４１】天然配列ＰＲＯ８４８（ＵＮＱ５４３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３４６）を示す。配列番号：３４６は、ここで「ＤＮＡ５９８３９−１４６１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２４２】Ｆｉｇ２４１に示した配列番号：３４６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３４７）を示す。
【Ｆｉｇ２４３】天然配列ＰＲＯ１０９７（ＵＮＱ５４２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３４８）を示す。配列番号：３４８は、ここで「ＤＮＡ５９８４１−１４６０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２４４】Ｆｉｇ２４３に示した配列番号：３４８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３４９）を示す。
【Ｆｉｇ２４５】天然配列ＰＲＯ１１５３（ＵＮＱ５８３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３５０）を示す。配列番号：３５０は、ここで「ＤＮＡ５９８４２−１５０２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２４６】Ｆｉｇ２４５に示した配列番号：３５０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３５１）を示す。
【Ｆｉｇ２４７】天然配列ＰＲＯ１１５４（ＵＮＱ５８４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３５２）を示す。配列番号：３５２は、ここで「ＤＮＡ５９８４６−１５０３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２４８】Ｆｉｇ２４７に示した配列番号：３５２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３５３）を示す。
【Ｆｉｇ２４９】天然配列ＰＲＯ１１８１（ＵＮＱ５９５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３５４）を示す。配列番号：３５４は、ここで「ＤＮＡ５９８４７−１５１１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２５０】Ｆｉｇ２４９に示した配列番号：３５４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３５５）を示す。
【Ｆｉｇ２５１】天然配列ＰＲＯ１１８２（ＵＮＱ５９６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３５６）を示す。配列番号：３５６は、ここで「ＤＮＡ５９８４８−１５１２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２５２】Ｆｉｇ２５１に示した配列番号：３５６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３５７）を示す。
【Ｆｉｇ２５３】天然配列ＰＲＯ１１５５（ＵＮＱ５８５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３５８）を示す。配列番号：３５８は、ここで「ＤＮＡ５９８４９−１５０４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２５４】Ｆｉｇ２５３に示した配列番号：３５８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３５９）を示す。
【Ｆｉｇ２５５】天然配列ＰＲＯ１１５６（ＵＮＱ５８６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３６０）を示す。配列番号：３６０は、ここで「ＤＮＡ５９８５３−１５０５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２５６】Ｆｉｇ２５５に示した配列番号：３６０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３６１）を示す。
【Ｆｉｇ２５７】天然配列ＰＲＯ１０９８（ＵＮＱ５４１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３６２）を示す。配列番号：３６２は、ここで「ＤＮＡ５９８５４−１４５９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２５８】Ｆｉｇ２５７に示した配列番号：３６２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３６３）を示す。
【Ｆｉｇ２５９】天然配列ＰＲＯ１１２７（ＵＮＱ５６５）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３６４）を示す。配列番号：３６４は、ここで「ＤＮＡ６０２８３−１４８４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２６０】Ｆｉｇ２５９に示した配列番号：３６４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３６５）を示す。
【Ｆｉｇ２６１】天然配列ＰＲＯ１１２６（ＵＮＱ５６４）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３６６）を示す。配列番号：３６６は、ここで「ＤＮＡ６０６１５−１４８３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２６２】Ｆｉｇ２６１に示した配列番号：３６６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３６７）を示す。
【Ｆｉｇ２６３】天然配列ＰＲＯ１１２５（ＵＮＱ５６３）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３６８）を示す。配列番号：３６８は、ここで「ＤＮＡ６０６１９−１４８２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２６４】Ｆｉｇ２６３に示した配列番号：３６８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３６９）を示す。
【Ｆｉｇ２６５】天然配列ＰＲＯ１１８６（ＵＮＱ６００）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３７０）を示す。配列番号：３７０は、ここで「ＤＮＡ６０６２１−１５１６」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２６６】Ｆｉｇ２６５に示した配列番号：３７０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３７１）を示す。
【Ｆｉｇ２６７】天然配列ＰＲＯ１１９８（ＵＮＱ６１１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３７２）を示す。配列番号：３７２は、ここで「ＤＮＡ６０６２２−１５２５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２６８】Ｆｉｇ２６７に示した配列番号：３７２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３７３）を示す。
【Ｆｉｇ２６９】天然配列ＰＲＯ１１５８（ＵＮＱ５８８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３７４）を示す。配列番号：３７４は、ここで「ＤＮＡ６０６２５−１５０７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２７０】Ｆｉｇ２６９に示した配列番号：３７４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３７５）を示す。
【Ｆｉｇ２７１】天然配列ＰＲＯ１１５９（ＵＮＱ５８９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３７６）を示す。配列番号：３７６は、ここで「ＤＮＡ６０６２７−１５０８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２７２】Ｆｉｇ２７１に示した配列番号：３７６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３７７）を示す。
【Ｆｉｇ２７３】天然配列ＰＲＯ１１２４（ＵＮＱ５６２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３７８）を示す。配列番号：３７８は、ここで「ＤＮＡ６０６２９−１４８１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２７４】Ｆｉｇ２７３に示した配列番号：３７８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３７９）を示す。
【Ｆｉｇ２７５】天然配列ＰＲＯ１２８７（ＵＮＱ６５６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３８０）を示す。配列番号：３８０は、ここで「ＤＮＡ６１７５５−１５５４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２７６】Ｆｉｇ２７５に示した配列番号：３８０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３８１）を示す。
【Ｆｉｇ２７７】天然配列ＰＲＯ１３１２（ＵＮＱ６７８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３８６）を示す。配列番号：３８６は、ここで「ＤＮＡ６１８７３−１５７４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２７８】Ｆｉｇ２７７に示した配列番号：３８６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３８７）を示す。
【Ｆｉｇ２７９】天然配列ＰＲＯ１１９２（ＵＮＱ６０６）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３８８）を示す。配列番号：３８８は、ここで「ＤＮＡ６２８１４−１５２１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２８０】Ｆｉｇ２７９に示した配列番号：３８８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３８９）を示す。
【Ｆｉｇ２８１】天然配列ＰＲＯ１１６０（ＵＮＱ５９０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３９３）を示す。配列番号：３９３は、ここで「ＤＮＡ６２８７２−１５０９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２８２】Ｆｉｇ２８１に示した配列番号：３９３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３９４）を示す。
【Ｆｉｇ２８３】天然配列ＰＲＯ１１８７（ＵＮＱ６０１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３９８）を示す。配列番号：３９８は、ここで「ＤＮＡ６２８７６−１５１７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２８４】Ｆｉｇ２８３に示した配列番号：３９８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３９９）を示す。
【Ｆｉｇ２８５】天然配列ＰＲＯ１１８５（ＵＮＱ５９９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４００）を示す。配列番号：４００は、ここで「ＤＮＡ６２８８１−１５１５」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２８６】Ｆｉｇ２８５に示した配列番号：４００のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４０１）を示す。
【Ｆｉｇ２８７】天然配列ＰＲＯ１３４５（ＵＮＱ７００）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４０２）を示す。配列番号：４０２は、ここで「ＤＮＡ６４８５２−１５８９」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２８８】Ｆｉｇ２８７に示した配列番号：４０２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４０３）を示す。
【Ｆｉｇ２８９】天然配列ＰＲＯ１２４５（ＵＮＱ６２９）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４０７）を示す。配列番号：４０７は、ここで「ＤＮＡ６４８８４−１５２７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２９０】Ｆｉｇ２８９に示した配列番号：４０７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４０８）を示す。
【Ｆｉｇ２９１】天然配列ＰＲＯ１３５８（ＵＮＱ７０７）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４０９）を示す。配列番号：４０９は、ここで「ＤＮＡ６４８９０−１６１２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２９２】Ｆｉｇ２９１に示した配列番号：４０９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４１０）を示す。
【Ｆｉｇ２９３】天然配列ＰＲＯ１１９５（ＵＮＱ６０８）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４１１）を示す。配列番号：４１１は、ここで「ＤＮＡ６５４１２−１５２３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２９４】Ｆｉｇ２９３に示した配列番号：４１１のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４１２）を示す。
【Ｆｉｇ２９５】天然配列ＰＲＯ１２７０（ＵＮＱ６４０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４１３）を示す。配列番号：４１３は、ここで「ＤＮＡ６６３０８−１５３７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２９６】Ｆｉｇ２９５に示した配列番号：４１３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４１４）を示す。
【Ｆｉｇ２９７】天然配列ＰＲＯ１２７１（ＵＮＱ６４１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４１５）を示す。配列番号：４１５は、ここで「ＤＮＡ６６３０９−１５３８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ２９８】Ｆｉｇ２９７に示した配列番号：４１５のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４１６）を示す。
【Ｆｉｇ２９９】天然配列ＰＲＯ１３７５（ＵＮＱ７１２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４１７）を示す。配列番号：４１７は、ここで「ＤＮＡ６７００４−１６１４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３００】Ｆｉｇ２９９に示した配列番号：４１７のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４１８）を示す。
【Ｆｉｇ３０１】天然配列ＰＲＯ１３８５（ＵＮＱ７２０）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４１９）を示す。配列番号：４１９は、ここで「ＤＮＡ６８８６９−１６１０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３０２】Ｆｉｇ３０１に示した配列番号：４１９のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４２０）を示す。
【Ｆｉｇ３０３】天然配列ＰＲＯ１３８７（ＵＮＱ７２２）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４２１）を示す。配列番号：４２１は、ここで「ＤＮＡ６８８７２−１６２０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３０４】Ｆｉｇ３０３に示した配列番号：４２１のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４２２）を示す。
【Ｆｉｇ３０５】天然配列ＰＲＯ１３８４（ＵＮＱ７２１）ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４２３）を示す。配列番号：４２３は、ここで「ＤＮＡ７１１５９−１６１７」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３０６】Ｆｉｇ３０５に示した配列番号：４２３のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４２４）を示す。
【Ｆｉｇ３０７】天然配列ＰＲＯ１８３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４９４）を示す。配列番号：４９４は、ここで「ＤＮＡ２８４９８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３０８】Ｆｉｇ３０７に示した配列番号：４９４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４９５）を示す。
【Ｆｉｇ３０９】天然配列ＰＲＯ１８４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４９６）を示す。配列番号：４９６は、ここで「ＤＮＡ２８５００」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３１０】Ｆｉｇ３０９に示した配列番号：４９６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４９７）を示す。
【Ｆｉｇ３１１】天然配列ＰＲＯ１８５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４９８）を示す。配列番号：４９８は、ここで「ＤＮＡ２８５０３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３１２】Ｆｉｇ３１１に示した配列番号：４９８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４９９）を示す。
【Ｆｉｇ３１３】天然配列ＰＲＯ３３１ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５００）を示す。配列番号：５００は、ここで「ＤＮＡ４０９８１−１２３４」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３１４】Ｆｉｇ３１３に示した配列番号：５００のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５０１）を示す。
【Ｆｉｇ３１５】天然配列ＰＲＯ３６３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５０２）を示す。配列番号：５０２は、ここで「ＤＮＡ４５４１９−１２５２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３１６】Ｆｉｇ３１５に示した配列番号：５０２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５０３）を示す。
【Ｆｉｇ３１７】天然配列ＰＲＯ５７２３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５０４）を示す。配列番号：５０４は、ここで「ＤＮＡ８２３６１」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３１８】Ｆｉｇ３１７に示した配列番号：５０４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５０５）を示す。
【Ｆｉｇ３１９】天然配列ＰＲＯ３３０１ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５０６）を示す。配列番号：５０６は、ここで「ＤＮＡ８８００２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３２０】Ｆｉｇ３１９に示した配列番号：５０６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５０７）を示す。
【Ｆｉｇ３２１】天然配列ＰＲＯ９９４０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５０８）を示す。配列番号：５０８は、ここで「ＤＮＡ９２２８２」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３２２】Ｆｉｇ３２１に示した配列番号：５０８のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５０９）を示す。
【Ｆｉｇ３２３】天然配列ＰＲＯ９８２８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５１０）を示す。配列番号：５１０は、ここで「ＤＮＡ１４２２３８−２７６８」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３２４】Ｆｉｇ３２３に示した配列番号：５１０のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５１１）を示す。
【Ｆｉｇ３２５】天然配列ＰＲＯ７１７０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５１２）を示す。配列番号：５１２は、ここで「ＤＮＡ１０８７２２−２７４３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３２６】Ｆｉｇ３２５に示した配列番号：５１２のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５１３）を示す。
【Ｆｉｇ３２７】天然配列ＰＲＯ３６１ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５１４）を示す。配列番号：５１４は、ここで「ＤＮＡ４５４１０−１２５０」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３２８】Ｆｉｇ３２７に示した配列番号：５１４のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５１５）を示す。
【Ｆｉｇ３２９】天然配列ＰＲＯ８４６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５１６）を示す。配列番号：５１６は、ここで「ＤＮＡ４４１９６−１３５３」と命名されるクローンである。
【Ｆｉｇ３３０】Ｆｉｇ３２９に示した配列番号：５１６のコード化配列から誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５１７）を示す。

Claims (118)

  1. Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 及び Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示されるアミノ酸配列からなる群から選択されたアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有する単離された核酸。
  2. 前記ヌクレオチド配列がＦｉｇ １ （配列番号：１）， Ｆｉｇ ３ （配列番号：５）， Ｆｉｇ ５ （配列番号：７）， Ｆｉｇ ８ （配列番号：１３）， Ｆｉｇ １１ （配列番号：１９）， Ｆｉｇ １４ （配列番号：２２）， Ｆｉｇ １７ （配列番号：２７）， Ｆｉｇ １９ （配列番号：２９）， Ｆｉｇ ２２ （配列番号：３２）， Ｆｉｇ ２４ （配列番号：３５）， Ｆｉｇ ２６ （配列番号：４０）， Ｆｉｇ ２９ （配列番号：４６）， Ｆｉｇ ３１ （配列番号：５１）， Ｆｉｇ ３３ （配列番号：５６）， Ｆｉｇ ３５ （配列番号：６１）， Ｆｉｇ ３７ （配列番号：６６）， Ｆｉｇ ４０ （配列番号：７２）， Ｆｉｇ ４６ （配列番号：８３）， Ｆｉｇ ４８ （配列番号：９４）， Ｆｉｇ ５０ （配列番号：９６）， Ｆｉｇ ５２ （配列番号：９８）， Ｆｉｇ ５６ （配列番号：１０２）， Ｆｉｇ ６３ （配列番号：１１２）， Ｆｉｇ ６５ （配列番号：１１４）， Ｆｉｇ ６７ （配列番号：１１６）， Ｆｉｇ ６９ （配列番号：１１８）， Ｆｉｇ ７１ （配列番号：１２３）， Ｆｉｇ ７３ （配列番号：１２８）， Ｆｉｇ ７５ （配列番号：１３４）， Ｆｉｇ ７８ （配列番号：１３７）， Ｆｉｇ ８２ （配列番号：１４５）， Ｆｉｇ ８４ （配列番号：１４７）， Ｆｉｇ ８７ （配列番号：１５０）， Ｆｉｇ ８９ （配列番号：１５２）， Ｆｉｇ ９２ （配列番号：１５５）， Ｆｉｇ ９４ （配列番号：１５７）， Ｆｉｇ ９６ （配列番号：１５９）， Ｆｉｇ ９８ （配列番号：１６４）， Ｆｉｇ １００ （配列番号：１６６）， Ｆｉｇ １０２ （配列番号：１６８）， Ｆｉｇ １０４ （配列番号：１７０）， Ｆｉｇ １０８ （配列番号：１７４）， Ｆｉｇ １１０ （配列番号：１７６）， Ｆｉｇ １１２ （配列番号：１７８）， Ｆｉｇ １１４ （配列番号：１８０）， Ｆｉｇ １１６ （配列番号：１８２）， Ｆｉｇ １１９ （配列番号：１８８）， Ｆｉｇ １２１ （配列番号：１９３）， Ｆｉｇ １２４ （配列番号：１９６）， Ｆｉｇ １２６ （配列番号：１９８）， Ｆｉｇ １２８ （配列番号：２００）， Ｆｉｇ １３０ （配列番号：２０２）， Ｆｉｇ １３２ （配列番号：２０４）， Ｆｉｇ １３４ （配列番号：２０６）， Ｆｉｇ １３６ （配列番号：２０８）， Ｆｉｇ １３８ （配列番号：２１０）， Ｆｉｇ １４０ （配列番号：２１２）， Ｆｉｇ １４３ （配列番号：２１５）， Ｆｉｇ １４６ （配列番号：２１８）， Ｆｉｇ １４８ （配列番号：２２０）， Ｆｉｇ １５０ （配列番号：２２２）， Ｆｉｇ １５２ （配列番号：２２４）， Ｆｉｇ １５４ （配列番号：２２６）， Ｆｉｇ １５６ （配列番号：２２８）， Ｆｉｇ １５８ （配列番号：２３０）， Ｆｉｇ １６０ （配列番号：２３５）， Ｆｉｇ １６２ （配列番号：２４０）， Ｆｉｇ １６４ （配列番号：２４５）， Ｆｉｇ １６６ （配列番号：２４７）， Ｆｉｇ １６８ （配列番号：２４９）， Ｆｉｇ １７０ （配列番号：２５２）， Ｆｉｇ １７３ （配列番号：２５５）， Ｆｉｇ １７５ （配列番号：２５７）， Ｆｉｇ １７７ （配列番号：２５９）， Ｆｉｇ １７９ （配列番号：２６１）， Ｆｉｇ １８１ （配列番号：２６３）， Ｆｉｇ １８３ （配列番号：２６５）， Ｆｉｇ １８５ （配列番号：２６７）， Ｆｉｇ １８７ （配列番号：２６９）， Ｆｉｇ １８９ （配列番号：２７１）， Ｆｉｇ １９１ （配列番号：２７３）， Ｆｉｇ １９３ （配列番号：２７５）， Ｆｉｇ １９５ （配列番号：２７７）， Ｆｉｇ １９７ （配列番号：２８０）， Ｆｉｇ １９９ （配列番号：２８２）， Ｆｉｇ ２０１ （配列番号：２８４）， Ｆｉｇ ２０３ （配列番号：２８６）， Ｆｉｇ ２０５ （配列番号：２８８）， Ｆｉｇ ２０７ （配列番号：２９０）， Ｆｉｇ ２０９ （配列番号：２９２）， Ｆｉｇ ２１１ （配列番号：２９４）， Ｆｉｇ ２１３ （配列番号：２９６）， Ｆｉｇ ２１５ （配列番号：２９８）， Ｆｉｇ ２１７ （配列番号：３００）， Ｆｉｇ ２１９ （配列番号：３０２）， Ｆｉｇ ２２５ （配列番号：３０８）， Ｆｉｇ ２２７ （配列番号：３１３）， Ｆｉｇ ２２９ （配列番号：３１８）， Ｆｉｇ ２３２ （配列番号：３２５）， Ｆｉｇ ２３４ （配列番号：３３３）， Ｆｉｇ ２３７ （配列番号：３３９）， Ｆｉｇ ２３９ （配列番号：３４４）， Ｆｉｇ ２４１ （配列番号：３４６）， Ｆｉｇ ２４３ （配列番号：３４８）， Ｆｉｇ ２４５ （配列番号：３５０）， Ｆｉｇ ２４７ （配列番号：３５２）， Ｆｉｇ ２４９ （配列番号：３５４）， Ｆｉｇ ２５１ （配列番号：３５６）， Ｆｉｇ ２５３ （配列番号：３５８）， Ｆｉｇ ２５５ （配列番号：３６０）， Ｆｉｇ ２５７ （配列番号：３６２）， Ｆｉｇ ２５９ （配列番号：３６４）， Ｆｉｇ ２６１ （配列番号：３６６）， Ｆｉｇ ２６３ （配列番号：３６８）， Ｆｉｇ ２６５ （配列番号：３７０）， Ｆｉｇ ２６７ （配列番号：３７２）， Ｆｉｇ ２６９ （配列番号：３７４）， Ｆｉｇ ２７１ （配列番号：３７６）， Ｆｉｇ ２７３ （配列番号：３７８）， Ｆｉｇ ２７５ （配列番号：３８０）， Ｆｉｇ ２７７ （配列番号：３８６）， Ｆｉｇ ２７９ （配列番号：３８８）， Ｆｉｇ ２８１ （配列番号：３９３）， Ｆｉｇ ２８３ （配列番号：３９８）， Ｆｉｇ ２８５ （配列番号：４００）， Ｆｉｇ ２８７ （配列番号：４０２）， Ｆｉｇ ２８９ （配列番号：４０７）， Ｆｉｇ ２９１ （配列番号：４０９）， Ｆｉｇ ２９３ （配列番号：４１１）， Ｆｉｇ ２９５ （配列番号：４１３）， Ｆｉｇ ２９７ （配列番号：４１５）， Ｆｉｇ ２９９ （配列番号：４１７）， Ｆｉｇ ３０１ （配列番号：４１９）， Ｆｉｇ ３０３ （配列番号：４２１）， Ｆｉｇ ３０５ （配列番号：４２３）， Ｆｉｇ ３０７ （配列番号：４９４）， Ｆｉｇ ３０９ （配列番号：４９６）， Ｆｉｇ ３１１ （配列番号：４９８）， Ｆｉｇ ３１３ （配列番号：５００）， Ｆｉｇ ３１５ （配列番号：５０２）， Ｆｉｇ ３１７ （配列番号：５０４）， Ｆｉｇ ３１９ （配列番号：５０６）， Ｆｉｇ ３２１ （配列番号：５０８）， Ｆｉｇ ３２３ （配列番号：５１０）， Ｆｉｇ ３２５ （配列番号：５１２）， Ｆｉｇ ３２７ （配列番号：５１４） 及び Ｆｉｇ ３２９ （配列番号：５１６）に示される配列からなる群から選択されたヌクレオチド配列を含んでなる請求項１に記載の核酸配列。
  3. 前記ヌクレオチド配列がＦｉｇ １ （配列番号：１）， Ｆｉｇ ３ （配列番号：５）， Ｆｉｇ ５ （配列番号：７）， Ｆｉｇ ８ （配列番号：１３）， Ｆｉｇ １１ （配列番号：１９）， Ｆｉｇ １４ （配列番号：２２）， Ｆｉｇ １７ （配列番号：２７）， Ｆｉｇ １９ （配列番号：２９）， Ｆｉｇ ２２ （配列番号：３２）， Ｆｉｇ ２４ （配列番号：３５）， Ｆｉｇ ２６ （配列番号：４０）， Ｆｉｇ ２９ （配列番号：４６）， Ｆｉｇ ３１ （配列番号：５１）， Ｆｉｇ ３３ （配列番号：５６）， Ｆｉｇ ３５ （配列番号：６１）， Ｆｉｇ ３７ （配列番号：６６）， Ｆｉｇ ４０ （配列番号：７２）， Ｆｉｇ ４６ （配列番号：８３）， Ｆｉｇ ４８ （配列番号：９４）， Ｆｉｇ ５０ （配列番号：９６）， Ｆｉｇ ５２ （配列番号：９８）， Ｆｉｇ ５６ （配列番号：１０２）， Ｆｉｇ ６３ （配列番号：１１２）， Ｆｉｇ ６５ （配列番号：１１４）， Ｆｉｇ ６７ （配列番号：１１６）， Ｆｉｇ ６９ （配列番号：１１８）， Ｆｉｇ ７１ （配列番号：１２３）， Ｆｉｇ ７３ （配列番号：１２８）， Ｆｉｇ ７５ （配列番号：１３４）， Ｆｉｇ ７８ （配列番号：１３７）， Ｆｉｇ ８２ （配列番号：１４５）， Ｆｉｇ ８４ （配列番号：１４７）， Ｆｉｇ ８７ （配列番号：１５０）， Ｆｉｇ ８９ （配列番号：１５２）， Ｆｉｇ ９２ （配列番号：１５５）， Ｆｉｇ ９４ （配列番号：１５７）， Ｆｉｇ ９６ （配列番号：１５９）， Ｆｉｇ ９８ （配列番号：１６４）， Ｆｉｇ １００ （配列番号：１６６）， Ｆｉｇ １０２ （配列番号：１６８）， Ｆｉｇ １０４ （配列番号：１７０）， Ｆｉｇ １０８ （配列番号：１７４）， Ｆｉｇ １１０ （配列番号：１７６）， Ｆｉｇ １１２ （配列番号：１７８）， Ｆｉｇ １１４ （配列番号：１８０）， Ｆｉｇ １１６ （配列番号：１８２）， Ｆｉｇ １１９ （配列番号：１８８）， Ｆｉｇ １２１ （配列番号：１９３）， Ｆｉｇ １２４ （配列番号：１９６）， Ｆｉｇ １２６ （配列番号：１９８）， Ｆｉｇ １２８ （配列番号：２００）， Ｆｉｇ １３０ （配列番号：２０２）， Ｆｉｇ １３２ （配列番号：２０４）， Ｆｉｇ １３４ （配列番号：２０６）， Ｆｉｇ １３６ （配列番号：２０８）， Ｆｉｇ １３８ （配列番号：２１０）， Ｆｉｇ １４０ （配列番号：２１２）， Ｆｉｇ １４３ （配列番号：２１５）， Ｆｉｇ １４６ （配列番号：２１８）， Ｆｉｇ １４８ （配列番号：２２０）， Ｆｉｇ １５０ （配列番号：２２２）， Ｆｉｇ １５２ （配列番号：２２４）， Ｆｉｇ １５４ （配列番号：２２６）， Ｆｉｇ １５６ （配列番号：２２８）， Ｆｉｇ １５８ （配列番号：２３０）， Ｆｉｇ １６０ （配列番号：２３５）， Ｆｉｇ １６２ （配列番号：２４０）， Ｆｉｇ １６４ （配列番号：２４５）， Ｆｉｇ １６６ （配列番号：２４７）， Ｆｉｇ １６８ （配列番号：２４９）， Ｆｉｇ １７０ （配列番号：２５２）， Ｆｉｇ １７３ （配列番号：２５５）， Ｆｉｇ １７５ （配列番号：２５７）， Ｆｉｇ １７７ （配列番号：２５９）， Ｆｉｇ １７９ （配列番号：２６１）， Ｆｉｇ １８１ （配列番号：２６３）， Ｆｉｇ １８３ （配列番号：２６５）， Ｆｉｇ １８５ （配列番号：２６７）， Ｆｉｇ １８７ （配列番号：２６９）， Ｆｉｇ １８９ （配列番号：２７１）， Ｆｉｇ １９１ （配列番号：２７３）， Ｆｉｇ １９３ （配列番号：２７５）， Ｆｉｇ １９５ （配列番号：２７７）， Ｆｉｇ １９７ （配列番号：２８０）， Ｆｉｇ １９９ （配列番号：２８２）， Ｆｉｇ ２０１ （配列番号：２８４）， Ｆｉｇ ２０３ （配列番号：２８６）， Ｆｉｇ ２０５ （配列番号：２８８）， Ｆｉｇ ２０７ （配列番号：２９０）， Ｆｉｇ ２０９ （配列番号：２９２）， Ｆｉｇ ２１１ （配列番号：２９４）， Ｆｉｇ ２１３ （配列番号：２９６）， Ｆｉｇ ２１５ （配列番号：２９８）， Ｆｉｇ ２１７ （配列番号：３００）， Ｆｉｇ ２１９ （配列番号：３０２）， Ｆｉｇ ２２５ （配列番号：３０８）， Ｆｉｇ ２２７ （配列番号：３１３）， Ｆｉｇ ２２９ （配列番号：３１８）， Ｆｉｇ ２３２ （配列番号：３２５）， Ｆｉｇ ２３４ （配列番号：３３３）， Ｆｉｇ ２３７ （配列番号：３３９）， Ｆｉｇ ２３９ （配列番号：３４４）， Ｆｉｇ ２４１ （配列番号：３４６）， Ｆｉｇ ２４３ （配列番号：３４８）， Ｆｉｇ ２４５ （配列番号：３５０）， Ｆｉｇ ２４７ （配列番号：３５２）， Ｆｉｇ ２４９ （配列番号：３５４）， Ｆｉｇ ２５１ （配列番号：３５６）， Ｆｉｇ ２５３ （配列番号：３５８）， Ｆｉｇ ２５５ （配列番号：３６０）， Ｆｉｇ ２５７ （配列番号：３６２）， Ｆｉｇ ２５９ （配列番号：３６４）， Ｆｉｇ ２６１ （配列番号：３６６）， Ｆｉｇ ２６３ （配列番号：３６８）， Ｆｉｇ ２６５ （配列番号：３７０）， Ｆｉｇ ２６７ （配列番号：３７２）， Ｆｉｇ ２６９ （配列番号：３７４）， Ｆｉｇ ２７１ （配列番号：３７６）， Ｆｉｇ ２７３ （配列番号：３７８）， Ｆｉｇ ２７５ （配列番号：３８０）， Ｆｉｇ ２７７ （配列番号：３８６）， Ｆｉｇ ２７９ （配列番号：３８８）， Ｆｉｇ ２８１ （配列番号：３９３）， Ｆｉｇ ２８３ （配列番号：３９８）， Ｆｉｇ ２８５ （配列番号：４００）， Ｆｉｇ ２８７ （配列番号：４０２）， Ｆｉｇ ２８９ （配列番号：４０７）， Ｆｉｇ ２９１ （配列番号：４０９）， Ｆｉｇ ２９３ （配列番号：４１１）， Ｆｉｇ ２９５ （配列番号：４１３）， Ｆｉｇ ２９７ （配列番号：４１５）， Ｆｉｇ ２９９ （配列番号：４１７）， Ｆｉｇ ３０１ （配列番号：４１９）， Ｆｉｇ ３０３ （配列番号：４２１）， Ｆｉｇ ３０５ （配列番号：４２３）， Ｆｉｇ ３０７ （配列番号：４９４）， Ｆｉｇ ３０９ （配列番号：４９６）， Ｆｉｇ ３１１ （配列番号：４９８）， Ｆｉｇ ３１３ （配列番号：５００）， Ｆｉｇ ３１５ （配列番号：５０２）， Ｆｉｇ ３１７ （配列番号：５０４）， Ｆｉｇ ３１９ （配列番号：５０６）， Ｆｉｇ ３２１ （配列番号：５０８）， Ｆｉｇ ３２３ （配列番号：５１０）， Ｆｉｇ ３２５ （配列番号：５１２）， Ｆｉｇ ３２７ （配列番号：５１４） 及びＦｉｇ ３２９ （配列番号：５１６）に示される配列の全長コード化配列からなる群から選択されたヌクレオチド配列を含んでなる請求項１に記載の核酸配列。
  4. 表１０に示される任意のＡＴＣＣ登録番号のもとに寄託されたＤＮＡの全長コード化配列を含んでなる単離された核酸。
  5. 請求項１の核酸を含んでなるベクター。
  6. ベクターで形質転換された宿主細胞によって認識されるコントロール配列と作用可能に連結した請求項５のベクター。
  7. 請求項５のベクターを含んでなる宿主細胞。
  8. 前記細胞がＣＨＯ細胞である請求項７の宿主細胞。
  9. 前記細胞が大腸菌である請求項７の宿主細胞。
  10. 前記細胞が酵母細胞である請求項７の宿主細胞。
  11. 前記ＰＲＯポリペプチドの発現に適した条件下での請求項７の宿主細胞の培養、細胞培養から前記ＰＲＯポリペプチドを回収することを含んでなるＰＲＯポリペプチドの製造方法。
  12. Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 及び Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示されているアミノ酸配列からなる群から選択されたアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有する単離されたＰＲＯポリペプチド。
  13. 表１０に示した任意のＡＴＣＣ登録番号で寄託された核酸分子によってコードされるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する単離されたＰＲＯポリペプチド。
  14. 異種アミノ酸配列に融合した請求項１２に記載のポリペプチドを含んでなるキメラ分子。
  15. 前記異種アミノ酸配列がエピトープタグ配列である請求項１４に記載のキメラ分子。
  16. 前記異種アミノ酸配列が免疫グロブリンのＦｃ領域である請求項１４に記載のキメラ分子。
  17. 請求項１２に記載のＰＲＯポリペプチドに特異的に結合する抗体。
  18. 前記抗体がモノクローナル抗体である請求項１７に記載の抗体。
  19. 前記抗体がヒト化抗体である請求項１７に記載の抗体。
  20. 前記抗体が抗体断片である請求項１７に記載の抗体。
  21. Ｆｉｇ １ （配列番号：１）， Ｆｉｇ ３ （配列番号：５）， Ｆｉｇ ５ （配列番号：７）， Ｆｉｇ ８ （配列番号：１３）， Ｆｉｇ １１ （配列番号：１９）， Ｆｉｇ １４ （配列番号：２２）， Ｆｉｇ １７ （配列番号：２７）， Ｆｉｇ １９ （配列番号：２９）， Ｆｉｇ ２２ （配列番号：３２）， Ｆｉｇ ２４ （配列番号：３５）， Ｆｉｇ ２６ （配列番号：４０）， Ｆｉｇ ２９ （配列番号：４６）， Ｆｉｇ ３１ （配列番号：５１）， Ｆｉｇ ３３ （配列番号：５６）， Ｆｉｇ ３５ （配列番号：６１）， Ｆｉｇ ３７ （配列番号：６６）， Ｆｉｇ ４０ （配列番号：７２）， Ｆｉｇ ４６ （配列番号：８３）， Ｆｉｇ ４８ （配列番号：９４）， Ｆｉｇ ５０ （配列番号：９６）， Ｆｉｇ ５２ （配列番号：９８）， Ｆｉｇ ５６ （配列番号：１０２）， Ｆｉｇ ６３ （配列番号：１１２）， Ｆｉｇ ６５ （配列番号：１１４）， Ｆｉｇ ６７ （配列番号：１１６）， Ｆｉｇ ６９ （配列番号：１１８）， Ｆｉｇ ７１ （配列番号：１２３）， Ｆｉｇ ７３ （配列番号：１２８）， Ｆｉｇ ７５ （配列番号：１３４）， Ｆｉｇ ７８ （配列番号：１３７）， Ｆｉｇ ８２ （配列番号：１４５）， Ｆｉｇ ８４ （配列番号：１４７）， Ｆｉｇ ８７ （配列番号：１５０）， Ｆｉｇ ８９ （配列番号：１５２）， Ｆｉｇ ９２ （配列番号：１５５）， Ｆｉｇ ９４ （配列番号：１５７）， Ｆｉｇ ９６ （配列番号：１５９）， Ｆｉｇ ９８ （配列番号：１６４）， Ｆｉｇ １００ （配列番号：１６６）， Ｆｉｇ １０２ （配列番号：１６８）， Ｆｉｇ １０４ （配列番号：１７０）， Ｆｉｇ １０８ （配列番号：１７４）， Ｆｉｇ １１０ （配列番号：１７６）， Ｆｉｇ １１２ （配列番号：１７８）， Ｆｉｇ １１４ （配列番号：１８０）， Ｆｉｇ １１６ （配列番号：１８２）， Ｆｉｇ １１９ （配列番号：１８８）， Ｆｉｇ １２１ （配列番号：１９３）， Ｆｉｇ １２４ （配列番号：１９６）， Ｆｉｇ １２６ （配列番号：１９８）， Ｆｉｇ １２８ （配列番号：２００）， Ｆｉｇ １３０ （配列番号：２０２）， Ｆｉｇ １３２ （配列番号：２０４）， Ｆｉｇ １３４ （配列番号：２０６）， Ｆｉｇ １３６ （配列番号：２０８）， Ｆｉｇ １３８ （配列番号：２１０）， Ｆｉｇ １４０ （配列番号：２１２）， Ｆｉｇ １４３ （配列番号：２１５）， Ｆｉｇ １４６ （配列番号：２１８）， Ｆｉｇ １４８ （配列番号：２２０）， Ｆｉｇ １５０ （配列番号：２２２）， Ｆｉｇ １５２ （配列番号：２２４）， Ｆｉｇ １５４ （配列番号：２２６）， Ｆｉｇ １５６ （配列番号：２２８）， Ｆｉｇ １５８ （配列番号：２３０）， Ｆｉｇ １６０ （配列番号：２３５）， Ｆｉｇ １６２ （配列番号：２４０）， Ｆｉｇ １６４ （配列番号：２４５）， Ｆｉｇ １６６ （配列番号：２４７）， Ｆｉｇ １６８ （配列番号：２４９）， Ｆｉｇ １７０ （配列番号：２５２）， Ｆｉｇ １７３ （配列番号：２５５）， Ｆｉｇ １７５ （配列番号：２５７）， Ｆｉｇ １７７ （配列番号：２５９）， Ｆｉｇ １７９ （配列番号：２６１）， Ｆｉｇ １８１ （配列番号：２６３）， Ｆｉｇ １８３ （配列番号：２６５）， Ｆｉｇ １８５ （配列番号：２６７）， Ｆｉｇ １８７ （配列番号：２６９）， Ｆｉｇ １８９ （配列番号：２７１）， Ｆｉｇ １９１ （配列番号：２７３）， Ｆｉｇ １９３ （配列番号：２７５）， Ｆｉｇ １９５ （配列番号：２７７）， Ｆｉｇ １９７ （配列番号：２８０）， Ｆｉｇ １９９ （配列番号：２８２）， Ｆｉｇ ２０１ （配列番号：２８４）， Ｆｉｇ ２０３ （配列番号：２８６）， Ｆｉｇ ２０５ （配列番号：２８８）， Ｆｉｇ ２０７ （配列番号：２９０）， Ｆｉｇ ２０９ （配列番号：２９２）， Ｆｉｇ ２１１ （配列番号：２９４）， Ｆｉｇ ２１３ （配列番号：２９６）， Ｆｉｇ ２１５ （配列番号：２９８）， Ｆｉｇ ２１７ （配列番号：３００）， Ｆｉｇ ２１９ （配列番号：３０２）， Ｆｉｇ ２２５ （配列番号：３０８）， Ｆｉｇ ２２７ （配列番号：３１３）， Ｆｉｇ ２２９ （配列番号：３１８）， Ｆｉｇ ２３２ （配列番号：３２５）， Ｆｉｇ ２３４ （配列番号：３３３）， Ｆｉｇ ２３７ （配列番号：３３９）， Ｆｉｇ ２３９ （配列番号：３４４）， Ｆｉｇ ２４１ （配列番号：３４６）， Ｆｉｇ ２４３ （配列番号：３４８）， Ｆｉｇ ２４５ （配列番号：３５０）， Ｆｉｇ ２４７ （配列番号：３５２）， Ｆｉｇ ２４９ （配列番号：３５４）， Ｆｉｇ ２５１ （配列番号：３５６）， Ｆｉｇ ２５３ （配列番号：３５８）， Ｆｉｇ ２５５ （配列番号：３６０）， Ｆｉｇ ２５７ （配列番号：３６２）， Ｆｉｇ ２５９ （配列番号：３６４）， Ｆｉｇ ２６１ （配列番号：３６６）， Ｆｉｇ ２６３ （配列番号：３６８）， Ｆｉｇ ２６５ （配列番号：３７０）， Ｆｉｇ ２６７ （配列番号：３７２）， Ｆｉｇ ２６９ （配列番号：３７４）， Ｆｉｇ ２７１ （配列番号：３７６）， Ｆｉｇ ２７３ （配列番号：３７８）， Ｆｉｇ ２７５ （配列番号：３８０）， Ｆｉｇ ２７７ （配列番号：３８６）， Ｆｉｇ ２７９ （配列番号：３８８）， Ｆｉｇ ２８１ （配列番号：３９３）， Ｆｉｇ ２８３ （配列番号：３９８）， Ｆｉｇ ２８５ （配列番号：４００）， Ｆｉｇ ２８７ （配列番号：４０２）， Ｆｉｇ ２８９ （配列番号：４０７）， Ｆｉｇ ２９１ （配列番号：４０９）， Ｆｉｇ ２９３ （配列番号：４１１）， Ｆｉｇ ２９５ （配列番号：４１３）， Ｆｉｇ ２９７ （配列番号：４１５）， Ｆｉｇ ２９９ （配列番号：４１７）， Ｆｉｇ ３０１ （配列番号：４１９）， Ｆｉｇ ３０３ （配列番号：４２１）， Ｆｉｇ ３０５ （配列番号：４２３）， Ｆｉｇ ３０７ （配列番号：４９４）， Ｆｉｇ ３０９ （配列番号：４９６）， Ｆｉｇ ３１１ （配列番号：４９８）， Ｆｉｇ ３１３ （配列番号：５００）， Ｆｉｇ ３１５ （配列番号：５０２）， Ｆｉｇ ３１７ （配列番号：５０４）， Ｆｉｇ ３１９ （配列番号：５０６）， Ｆｉｇ ３２１ （配列番号：５０８）， Ｆｉｇ ３２３ （配列番号：５１０）， Ｆｉｇ ３２５ （配列番号：５１２）， Ｆｉｇ ３２７ （配列番号：５１４） 及び Ｆｉｇ ３２９ （配列番号：５１６）に示されるものからなる群から選択されたヌクレオチド配列を含んでなる核酸配列に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有する単離された核酸分子。
  22. Ｆｉｇ １ （配列番号：１）， Ｆｉｇ ３ （配列番号：５）， Ｆｉｇ ５ （配列番号：７）， Ｆｉｇ ８ （配列番号：１３）， Ｆｉｇ １１ （配列番号：１９）， Ｆｉｇ １４ （配列番号：２２）， Ｆｉｇ １７ （配列番号：２７）， Ｆｉｇ １９ （配列番号：２９）， Ｆｉｇ ２２ （配列番号：３２）， Ｆｉｇ ２４ （配列番号：３５）， Ｆｉｇ ２６ （配列番号：４０）， Ｆｉｇ ２９ （配列番号：４６）， Ｆｉｇ ３１ （配列番号：５１）， Ｆｉｇ ３３ （配列番号：５６）， Ｆｉｇ ３５ （配列番号：６１）， Ｆｉｇ ３７ （配列番号：６６）， Ｆｉｇ ４０ （配列番号：７２）， Ｆｉｇ ４６ （配列番号：８３）， Ｆｉｇ ４８ （配列番号：９４）， Ｆｉｇ ５０ （配列番号：９６）， Ｆｉｇ ５２ （配列番号：９８）， Ｆｉｇ ５６ （配列番号：１０２）， Ｆｉｇ ６３ （配列番号：１１２）， Ｆｉｇ ６５ （配列番号：１１４）， Ｆｉｇ ６７ （配列番号：１１６）， Ｆｉｇ ６９ （配列番号：１１８）， Ｆｉｇ ７１ （配列番号：１２３）， Ｆｉｇ ７３ （配列番号：１２８）， Ｆｉｇ ７５ （配列番号：１３４）， Ｆｉｇ ７８ （配列番号：１３７）， Ｆｉｇ ８２ （配列番号：１４５）， Ｆｉｇ ８４ （配列番号：１４７）， Ｆｉｇ ８７ （配列番号：１５０）， Ｆｉｇ ８９ （配列番号：１５２）， Ｆｉｇ ９２ （配列番号：１５５）， Ｆｉｇ ９４ （配列番号：１５７）， Ｆｉｇ ９６ （配列番号：１５９）， Ｆｉｇ ９８ （配列番号：１６４）， Ｆｉｇ １００ （配列番号：１６６）， Ｆｉｇ １０２ （配列番号：１６８）， Ｆｉｇ １０４ （配列番号：１７０）， Ｆｉｇ １０８ （配列番号：１７４）， Ｆｉｇ １１０ （配列番号：１７６）， Ｆｉｇ １１２ （配列番号：１７８）， Ｆｉｇ １１４ （配列番号：１８０）， Ｆｉｇ １１６ （配列番号：１８２）， Ｆｉｇ １１９ （配列番号：１８８）， Ｆｉｇ １２１ （配列番号：１９３）， Ｆｉｇ １２４ （配列番号：１９６）， Ｆｉｇ １２６ （配列番号：１９８）， Ｆｉｇ １２８ （配列番号：２００）， Ｆｉｇ １３０ （配列番号：２０２）， Ｆｉｇ １３２ （配列番号：２０４）， Ｆｉｇ １３４ （配列番号：２０６）， Ｆｉｇ １３６ （配列番号：２０８）， Ｆｉｇ １３８ （配列番号：２１０）， Ｆｉｇ １４０ （配列番号：２１２）， Ｆｉｇ １４３ （配列番号：２１５）， Ｆｉｇ １４６ （配列番号：２１８）， Ｆｉｇ １４８ （配列番号：２２０）， Ｆｉｇ １５０ （配列番号：２２２）， Ｆｉｇ １５２ （配列番号：２２４）， Ｆｉｇ １５４ （配列番号：２２６）， Ｆｉｇ １５６ （配列番号：２２８）， Ｆｉｇ １５８ （配列番号：２３０）， Ｆｉｇ １６０ （配列番号：２３５）， Ｆｉｇ １６２ （配列番号：２４０）， Ｆｉｇ １６４ （配列番号：２４５）， Ｆｉｇ １６６ （配列番号：２４７）， Ｆｉｇ １６８ （配列番号：２４９）， Ｆｉｇ １７０ （配列番号：２５２）， Ｆｉｇ １７３ （配列番号：２５５）， Ｆｉｇ １７５ （配列番号：２５７）， Ｆｉｇ １７７ （配列番号：２５９）， Ｆｉｇ １７９ （配列番号：２６１）， Ｆｉｇ １８１ （配列番号：２６３）， Ｆｉｇ １８３ （配列番号：２６５）， Ｆｉｇ １８５ （配列番号：２６７）， Ｆｉｇ １８７ （配列番号：２６９）， Ｆｉｇ １８９ （配列番号：２７１）， Ｆｉｇ １９１ （配列番号：２７３）， Ｆｉｇ １９３ （配列番号：２７５）， Ｆｉｇ １９５ （配列番号：２７７）， Ｆｉｇ １９７ （配列番号：２８０）， Ｆｉｇ １９９ （配列番号：２８２）， Ｆｉｇ ２０１ （配列番号：２８４）， Ｆｉｇ ２０３ （配列番号：２８６）， Ｆｉｇ ２０５ （配列番号：２８８）， Ｆｉｇ ２０７ （配列番号：２９０）， Ｆｉｇ ２０９ （配列番号：２９２）， Ｆｉｇ ２１１ （配列番号：２９４）， Ｆｉｇ ２１３ （配列番号：２９６）， Ｆｉｇ ２１５ （配列番号：２９８）， Ｆｉｇ ２１７ （配列番号：３００）， Ｆｉｇ ２１９ （配列番号：３０２）， Ｆｉｇ ２２５ （配列番号：３０８）， Ｆｉｇ ２２７ （配列番号：３１３）， Ｆｉｇ ２２９ （配列番号：３１８）， Ｆｉｇ ２３２ （配列番号：３２５）， Ｆｉｇ ２３４ （配列番号：３３３）， Ｆｉｇ ２３７ （配列番号：３３９）， Ｆｉｇ ２３９ （配列番号：３４４）， Ｆｉｇ ２４１ （配列番号：３４６）， Ｆｉｇ ２４３ （配列番号：３４８）， Ｆｉｇ ２４５ （配列番号：３５０）， Ｆｉｇ ２４７ （配列番号：３５２）， Ｆｉｇ ２４９ （配列番号：３５４）， Ｆｉｇ ２５１ （配列番号：３５６）， Ｆｉｇ ２５３ （配列番号：３５８）， Ｆｉｇ ２５５ （配列番号：３６０）， Ｆｉｇ ２５７ （配列番号：３６２）， Ｆｉｇ ２５９ （配列番号：３６４）， Ｆｉｇ ２６１ （配列番号：３６６）， Ｆｉｇ ２６３ （配列番号：３６８）， Ｆｉｇ ２６５ （配列番号：３７０）， Ｆｉｇ ２６７ （配列番号：３７２）， Ｆｉｇ ２６９ （配列番号：３７４）， Ｆｉｇ ２７１ （配列番号：３７６）， Ｆｉｇ ２７３ （配列番号：３７８）， Ｆｉｇ ２７５ （配列番号：３８０）， Ｆｉｇ ２７７ （配列番号：３８６）， Ｆｉｇ ２７９ （配列番号：３８８）， Ｆｉｇ ２８１ （配列番号：３９３）， Ｆｉｇ ２８３ （配列番号：３９８）， Ｆｉｇ ２８５ （配列番号：４００）， Ｆｉｇ ２８７ （配列番号：４０２）， Ｆｉｇ ２８９ （配列番号：４０７）， Ｆｉｇ ２９１ （配列番号：４０９）， Ｆｉｇ ２９３ （配列番号：４１１）， Ｆｉｇ ２９５ （配列番号：４１３）， Ｆｉｇ ２９７ （配列番号：４１５）， Ｆｉｇ ２９９ （配列番号：４１７）， Ｆｉｇ ３０１ （配列番号：４１９）， Ｆｉｇ ３０３ （配列番号：４２１）， Ｆｉｇ ３０５ （配列番号：４２３）， Ｆｉｇ ３０７ （配列番号：４９４）， Ｆｉｇ ３０９ （配列番号：４９６）， Ｆｉｇ ３１１ （配列番号：４９８）， Ｆｉｇ ３１３ （配列番号：５００）， Ｆｉｇ ３１５ （配列番号：５０２）， Ｆｉｇ ３１７ （配列番号：５０４）， Ｆｉｇ ３１９ （配列番号：５０６）， Ｆｉｇ ３２１ （配列番号：５０８）， Ｆｉｇ ３２３ （配列番号：５１０）， Ｆｉｇ ３２５ （配列番号：５１２）， Ｆｉｇ ３２７ （配列番号：５１４） 及び Ｆｉｇ ３２９ （配列番号：５１６）に示されるものからなる群から選択されたヌクレオチド配列の全長コード化配列に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有する単離された核酸分子。
  23. 単離されたＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメイン。
  24. 関連するシグナルペプチドを欠く単離されたＰＲＯポリペプチド。
  25. ＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメインに対して、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する単離されたポリペプチド。
  26. 関連するシグナルペプチドを欠くＰＲＯポリペプチドに対して、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する単離されたポリペプチド。
  27. （ａ） Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 又は Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示すポリペプチドをコードし、その関連シグナルペプチドを欠くヌクレオチド配列；
    （ｂ）Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 又は Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示すポリペプチドの細胞外ドメインをコードし、その関連シグナルペプチドを伴うヌクレオチド配列；又は
    （ｃ）Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 又は Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示すポリペプチドの細胞外ドメインをコードし、その関連シグナルペプチドを欠くヌクレオチド配列；
    に対して少なくとも８０％の核酸配列同一性を有する単離された核酸。
  28. Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 又は Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示され、その関連シグナルペプチドを欠くポリペプチド；
    （ｂ）Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 又は Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示され、その関連シグナルペプチドを伴うポリペプチドの細胞外ドメイン；又は
    （ｃ）Ｆｉｇ ２ （配列番号：２）， Ｆｉｇ ４ （配列番号：６）， Ｆｉｇ ６ （配列番号：８）， Ｆｉｇ ９ （配列番号：１４）， Ｆｉｇ １２ （配列番号：２０）， Ｆｉｇ １５ （配列番号：２３）， Ｆｉｇ １８ （配列番号：２８）， Ｆｉｇ ２０ （配列番号：３０）， Ｆｉｇ ２３ （配列番号：３３）， Ｆｉｇ ２５ （配列番号：３６）， Ｆｉｇ ２７ （配列番号：４１）， Ｆｉｇ ３０ （配列番号：４７）， Ｆｉｇ ３２ （配列番号：５２）， Ｆｉｇ ３４ （配列番号：５７）， Ｆｉｇ ３６ （配列番号：６２）， Ｆｉｇ ３８ （配列番号：６７）， Ｆｉｇ ４１ （配列番号：７３）， Ｆｉｇ ４７ （配列番号：８４）， Ｆｉｇ ４９ （配列番号：９５）， Ｆｉｇ ５１ （配列番号：９７）， Ｆｉｇ ５３ （配列番号：９９）， Ｆｉｇ ５７ （配列番号：１０３）， Ｆｉｇ ６４ （配列番号：１１３）， Ｆｉｇ ６６ （配列番号：１１５）， Ｆｉｇ ６８ （配列番号：１１７）， Ｆｉｇ ７０ （配列番号：１１９）， Ｆｉｇ ７２ （配列番号：１２４）， Ｆｉｇ ７４ （配列番号：１２９）， Ｆｉｇ ７６ （配列番号：１３５）， Ｆｉｇ ７９ （配列番号：１３８）， Ｆｉｇ ８３ （配列番号：１４６）， Ｆｉｇ ８５ （配列番号：１４８）， Ｆｉｇ ８８ （配列番号：１５１）， Ｆｉｇ ９０ （配列番号：１５３）， Ｆｉｇ ９３ （配列番号：１５６）， Ｆｉｇ ９５ （配列番号：１５８）， Ｆｉｇ ９７ （配列番号：１６０）， Ｆｉｇ ９９ （配列番号：１６５）， Ｆｉｇ １０１ （配列番号：１６７）， Ｆｉｇ １０３ （配列番号：１６９）， Ｆｉｇ １０５ （配列番号：１７１）， Ｆｉｇ １０９ （配列番号：１７５）， Ｆｉｇ １１１ （配列番号：１７７）， Ｆｉｇ １１３ （配列番号：１７９）， Ｆｉｇ １１５ （配列番号：１８１）， Ｆｉｇ １１７ （配列番号：１８３）， Ｆｉｇ １２０ （配列番号：１８９）， Ｆｉｇ １２２ （配列番号：１９４）， Ｆｉｇ １２５ （配列番号：１９７）， Ｆｉｇ １２７ （配列番号：１９９）， Ｆｉｇ １２９ （配列番号：２０１）， Ｆｉｇ １３１ （配列番号：２０３）， Ｆｉｇ １３３ （配列番号：２０５）， Ｆｉｇ １３５ （配列番号：２０７）， Ｆｉｇ １３７ （配列番号：２０９）， Ｆｉｇ １３９ （配列番号：２１１）， Ｆｉｇ １４１ （配列番号：２１３）， Ｆｉｇ １４４ （配列番号：２１６）， Ｆｉｇ １４７ （配列番号：２１９）， Ｆｉｇ １４９ （配列番号：２２１）， Ｆｉｇ １５１ （配列番号：２２３）， Ｆｉｇ １５３ （配列番号：２２５）， Ｆｉｇ １５５ （配列番号：２２７）， Ｆｉｇ １５７ （配列番号：２２９）， Ｆｉｇ １５９ （配列番号：２３１）， Ｆｉｇ １６１ （配列番号：２３６）， Ｆｉｇ １６３ （配列番号：２４１）， Ｆｉｇ １６５ （配列番号：２４６）， Ｆｉｇ １６７ （配列番号：２４８）， Ｆｉｇ １６９ （配列番号：２５０）， Ｆｉｇ １７１ （配列番号：２５３）， Ｆｉｇ １７４ （配列番号：２５６）， Ｆｉｇ １７６ （配列番号：２５８）， Ｆｉｇ １７８ （配列番号：２６０）， Ｆｉｇ １８０ （配列番号：２６２）， Ｆｉｇ １８２ （配列番号：２６４）， Ｆｉｇ １８４ （配列番号：２６６）， Ｆｉｇ １８６ （配列番号：２６８）， Ｆｉｇ １８８ （配列番号：２７０）， Ｆｉｇ １９０ （配列番号：２７２）， Ｆｉｇ １９２ （配列番号：２７４）， Ｆｉｇ １９４ （配列番号：２７６）， Ｆｉｇ １９６ （配列番号：２７８）， Ｆｉｇ １９８ （配列番号：２８１）， Ｆｉｇ ２００ （配列番号：２８３）， Ｆｉｇ ２０２ （配列番号：２８５）， Ｆｉｇ ２０４ （配列番号：２８７）， Ｆｉｇ ２０６ （配列番号：２８９）， Ｆｉｇ ２０８ （配列番号：２９１）， Ｆｉｇ ２１０ （配列番号：２９３）， Ｆｉｇ ２１２ （配列番号：２９５）， Ｆｉｇ ２１４ （配列番号：２９７）， Ｆｉｇ ２１６ （配列番号：２９９）， Ｆｉｇ ２１８ （配列番号：３０１）， Ｆｉｇ ２２０ （配列番号：３０３）， Ｆｉｇ ２２６ （配列番号：３０９）， Ｆｉｇ ２２８ （配列番号：３１４）， Ｆｉｇ ２３０ （配列番号：３１９）， Ｆｉｇ ２３３ （配列番号：３２６）， Ｆｉｇ ２３５ （配列番号：３３４）， Ｆｉｇ ２３８ （配列番号：３４０）， Ｆｉｇ ２４０ （配列番号：３４５）， Ｆｉｇ ２４２ （配列番号：３４７）， Ｆｉｇ ２４４ （配列番号：３４９）， Ｆｉｇ ２４６ （配列番号：３５１）， Ｆｉｇ ２４８ （配列番号：３５３）， Ｆｉｇ ２５０ （配列番号：３５５）， Ｆｉｇ ２５２ （配列番号：３５７）， Ｆｉｇ ２５４ （配列番号：３５９）， Ｆｉｇ ２５６ （配列番号：３６１）， Ｆｉｇ ２５８ （配列番号：３６３）， Ｆｉｇ ２６０ （配列番号：３６５）， Ｆｉｇ ２６２ （配列番号：３６７）， Ｆｉｇ ２６４ （配列番号：３６９）， Ｆｉｇ ２６６ （配列番号：３７１）， Ｆｉｇ ２６８ （配列番号：３７３）， Ｆｉｇ ２７０ （配列番号：３７５）， Ｆｉｇ ２７２ （配列番号：３７７）， Ｆｉｇ ２７４ （配列番号：３７９）， Ｆｉｇ ２７６ （配列番号：３８１）， Ｆｉｇ ２７８ （配列番号：３８７）， Ｆｉｇ ２８０ （配列番号：３８９）， Ｆｉｇ ２８２ （配列番号：３９４）， Ｆｉｇ ２８４ （配列番号：３９９）， Ｆｉｇ ２８６ （配列番号：４０１）， Ｆｉｇ ２８８ （配列番号：４０３）， Ｆｉｇ ２９０ （配列番号：４０８）， Ｆｉｇ ２９２ （配列番号：４１０）， Ｆｉｇ ２９４ （配列番号：４１２）， Ｆｉｇ ２９６ （配列番号：４１４）， Ｆｉｇ ２９８ （配列番号：４１６）， Ｆｉｇ ３００ （配列番号：４１８）， Ｆｉｇ ３０２ （配列番号：４２０）， Ｆｉｇ ３０４ （配列番号：４２２）， Ｆｉｇ ３０６ （配列番号：４２４）， Ｆｉｇ ３０８ （配列番号：４９５）， Ｆｉｇ ３１０ （配列番号：４９７）， Ｆｉｇ ３１２ （配列番号：４９９）， Ｆｉｇ ３１４ （配列番号：５０１）， Ｆｉｇ ３１６ （配列番号：５０３）， Ｆｉｇ ３１８ （配列番号：５０５）， Ｆｉｇ ３２０ （配列番号：５０７）， Ｆｉｇ ３２２ （配列番号：５０９）， Ｆｉｇ ３２４ （配列番号：５１１）， Ｆｉｇ ３２６ （配列番号：５１３）， Ｆｉｇ ３２８ （配列番号：５１５） 又は Ｆｉｇ ３３０ （配列番号：５１７）に示され、その関連シグナルペプチドを欠くポリペプチドの細胞外ドメイン；
    に対して少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を有する単離されたポリペプチド。
  29. ＰＲＯ９４３ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ９４３ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ９４３／ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ９４３ポリペプチドの存在を示す方法。
  30. 前記試料が前記ＰＲＯ９４３ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項２９に記載の方法。
  32. 前記ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項２９に記載の方法。
  33. ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ９４３ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ９４３／ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドの存在を示す方法。
  34. 前記試料が前記ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記ＰＲＯ９４３ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項３３に記載の方法。
  36. 前記ＰＲＯ９４３ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項３３に記載の方法。
  37. ＰＲＯ３３１ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ３３１ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ１１３３ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ３３１／ＰＲＯ１１３３ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ３３１ポリペプチドの存在を示す方法。
  38. 前記試料が前記ＰＲＯ３３１ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記ＰＲＯ１１３３ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項３７に記載の方法。
  40. 前記ＰＲＯ１１３３ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項３７に記載の方法。
  41. ＰＲＯ１１３３ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ１１３３ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ３３１ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ３３１／ＰＲＯ１１３３ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ１１３３ポリペプチドの存在を示す方法。
  42. 前記試料が前記ＰＲＯ１１３３ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記ＰＲＯ３３１ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項４１に記載の方法。
  44. 前記ＰＲＯ３３１ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項４１に記載の方法。
  45. ＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ１３８７ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３／ＰＲＯ１３８７ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドの存在を示す方法。
  46. 前記試料が前記ＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項４５に記載の方法。
  47. 前記ＰＲＯ１３８７ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項４５に記載の方法。
  48. 前記ＰＲＯ１３８７ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項４５に記載の方法。
  49. ＰＲＯ１３８７ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ１３８７ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３／ＰＲＯ１３８７ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ１３８７ポリペプチドの存在を示す方法。
  50. 前記試料が前記ＰＲＯ１３８７ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項４９に記載の方法。
  51. 前記ＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項４９に記載の方法。
  52. 前記ＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項４９に記載の方法。
  53. ＰＲＯ１１１４ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ１１１４ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ１１１４／ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ１１１４ポリペプチドの存在を示す方法。
  54. 前記試料が前記ＰＲＯ１１１４ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項５３に記載の方法。
  55. 前記ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項５３に記載の方法。
  56. 前記ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項５３に記載の方法。
  57. ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ１１１４ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０／ＰＲＯ１１１４ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドの存在を示す方法。
  58. 前記試料が前記ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記ＰＲＯ１１１４ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項５７に記載の方法。
  60. 前記ＰＲＯ１１１４ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項５７に記載の方法。
  61. ＰＲＯ１１８１ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ１１８１ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ１１８１／ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ１１８１ポリペプチドの存在を示す方法。
  62. 前記試料が前記ＰＲＯ１１８１ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項６１に記載の方法。
  63. 前記ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項６１に記載の方法。
  64. 前記ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項６１に記載の方法。
  65. ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドを含有すると推測される試料よりＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドを検出する方法において、前記試料をＰＲＯ１１８１ポリペプチドと接触せしめ、前記試料中のＰＲＯ１１８１／ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチド抱合体の形成を測定することを含んでなり、前記抱合体の形成が前記試料中のＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドの存在を示す方法。
  66. 前記試料が前記ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドを発現すると推測される細胞を含んでなる、請求項６５に記載の方法。
  67. 前記ＰＲＯ１１８１ポリペプチドが検出可能なラベルによって標識されている、請求項６５に記載の方法。
  68. 前記ＰＲＯ１１８１ポリペプチドが固体支持体へ付着している、請求項６５に記載の方法。
  69. 生物活性分子をＰＲＯ９４３ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ９４３とＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  70. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項６９に記載の方法。
  71. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項６９に記載の方法。
  72. 生物活性分子をＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドを発現する細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ９４３ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ９４３とＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  73. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項７２に記載の方法。
  74. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項７３に記載の方法。
  75. 生物活性分子をＰＲＯ３３１ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ１１３３ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ３３１とＰＲＯ１１３３ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  76. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項７５に記載の方法。
  77. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項７５に記載の方法。
  78. 生物活性分子をＰＲＯ１１３３ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ３３１ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ３３１とＰＲＯ１１３３ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  79. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項７８に記載の方法。
  80. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項７８に記載の方法。
  81. 生物活性分子をＰＲＯ１３８７ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ１３８７とＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  82. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項８１に記載の方法。
  83. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項８１に記載の方法。
  84. 生物活性分子をＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドを発現する細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ１３８７ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ１３８７とＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  85. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項８４に記載の方法。
  86. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項８４に記載の方法。
  87. 生物活性分子をＰＲＯ１１１４ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ１１１４とＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  88. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項８７に記載の方法。
  89. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項８７に記載の方法。
  90. 生物活性分子をＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ１１１４ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ１１１４とＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  91. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項９０に記載の方法。
  92. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項９０に記載の方法。
  93. 生物活性分子をＰＲＯ１１８１ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ１１８１とＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  94. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項９３に記載の方法。
  95. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項９３に記載の方法。
  96. 生物活性分子をＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドを発現している細胞へ関連させる方法において、前記細胞を前記生物活性分子と結合しているＰＲＯ１１８１ポリペプチドと接触せしめ、前記ＰＲＯ１１８１とＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドが互いに結合することを可能にすることを含んでなり、これにより前記生物活性分子を前記細胞へ関連させる方法。
  97. 前記生物活性分子が毒素、放射線同位元素又は抗体である、請求項９６に記載の方法。
  98. 前記生物活性分子が前記細胞の死を生じせしめる、請求項９６に記載の方法。
  99. ＰＲＯ９４３ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ９４３抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチド又は前記抗−９４３抗体が前記ＰＲＯ９４３ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  100. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項９９に記載の方法。
  101. ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ９４３ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ１８３、抗−ＰＲＯ１８４又は抗−ＰＲＯ１８５抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ９４３ポリペプチド又は前記抗−ＰＲＯ１８３、抗−ＰＲＯ１８４又は抗−ＰＲＯ１８５抗体が前記ＰＲＯ１８３、ＰＲＯ１８４又はＰＲＯ１８５ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  102. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１０１に記載の方法。
  103. ＰＲＯ３３１ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ１１３３ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ３３１抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ１１３３ポリペプチド又は前記抗−ＰＲＯ３３１抗体が前記ＰＲＯ３３１ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  104. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１０３に記載の方法。
  105. ＰＲＯ１１３３ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ３３１ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ１１３３抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ３３１ポリペプチド，又は前記抗−ＰＲＯ１１３３抗体が前記ＰＲＯ１１３３ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  106. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１０５に記載の方法。
  107. ＰＲＯ１３８７ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ１３８７抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチド又は前記抗−１３８７抗体が前記ＰＲＯ１３８７ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  108. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１０７に記載の方法。
  109. ＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ１３８７又は抗−ＰＲＯ３６３又は抗−ＰＲＯ５７２３抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ１３８７ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ３６３又は前記抗−ＰＲＯ５７２３抗体が前記ＰＲＯ３６３又はＰＲＯ５７２３ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  110. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１０９に記載の方法。
  111. ＰＲＯ１１１４ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ１１１４抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチド又は前記抗−ＰＲＯ１１１４抗体が前記ＰＲＯ１１１４ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  112. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１１１に記載の方法。
  113. ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ１１１４ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ３３０１又は抗−ＰＲＯ９９４０抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ１１１４ポリペプチド，又は前記抗−ＰＲＯ３３０１又は抗−ＰＲＯ９９４０抗体が前記ＰＲＯ３３０１又はＰＲＯ９９４０ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  114. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１１３に記載の方法。
  115. ＰＲＯ１１８１ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチド又は抗−ＰＲＯ１１８１抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチド又は前記抗−ＰＲＯ１１８１抗体が前記ＰＲＯ１１８１ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  116. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１１５に記載の方法。
  117. ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドを発現している細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法において、前記細胞とＰＲＯ１１８１ポリペプチド、又は抗−ＰＲＯ７１７０、抗−ＰＲＯ３６１又は抗−ＰＲＯ８４６抗体を接触せしめることを含んでなり、これにより前記ＰＲＯ１１８１ポリペプチド，又は前記抗−ＰＲＯ７１７０、抗−ＰＲＯ３６１又は抗−ＰＲＯ８４６抗体が前記ＰＲＯ７１７０、ＰＲＯ３６１又はＰＲＯ８４６ポリペプチドと結合し、前記細胞の少なくとも一つの生物活性を調節する方法。
  118. 前記細胞が死滅せしめられる、請求項１１７に記載の方法。
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