JP2012198225A5 - - Google Patents

Claims (16)

1. 標的分子を検出する方法であって、該方法が下記の工程（ａ）〜（ｅ）：
   （ａ）標的分子と、ランダマイズされた異なる配列を持つ複数の核酸アプタマーからなるオリゴヌクレオチド集団とを接触させる工程、
   （ｂ）前記標的分子と結合するオリゴヌクレオチド集団を選別する工程、
   （ｃ）前記選別したオリゴヌクレオチド集団のそれぞれの配列を調べる工程、
   （ｄ）前記選別したオリゴヌクレオチドの配列の中から、標的分子に親和性を有するオリゴヌクレオチド集団に特徴的な配列情報を抽出し、検出数が高い順に配列を序列化し、それによって該オリゴヌクレオチド集団に特徴的な配列パターンを取得する工程、および
   （ｅ）標的分子を含むサンプルについて、前記序列化した配列情報と検出数から決定された前記オリゴヌクレオチド集団に特徴的な配列パターンを基にして、工程（ｄ）のオリゴヌクレオチドと親和性を有する標的分子を検出する工程、
   を含むことを特徴とする、方法。
2. 前記オリゴヌクレオチド集団が、一般式Ｘ_１Ｎ_１Ｘ_２Ｎ_２…Ｘ_ｎ−１Ｎ_ｎ−１Ｘ_ｎ（ここで、各Ｘは特定の長さの特定の塩基配列であり、かつ、Ｘ_１とＸ_ｎを除く他の少なくとも１つのＸは欠失されていてもよく、各Ｎは長さ１塩基であり、かつ、Ｇ，Ａ，Ｃ，ＴもしくはＵまたはそれらの修飾ヌクレオチドのいずれかであり、ｎは２〜３０の整数である。）によって表される塩基配列を有することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
3. Ｘ_１とＸ_ｎが相補的に結合することを特徴とする、請求項２に記載の方法。
4. 前記オリゴヌクレオチド集団中の核酸アプタマーの個数が３以上１０^９以下であることを特徴とする、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
5. 前記一般式のｎが５〜１０の整数であることを特徴とする、請求項２〜４のいずれか１項に記載の方法。
6. 標的分子と結合しているオリゴヌクレオチド集団を選別する工程（ｂ）が、固相化した標的分子、あるいは担体と結合した標的分子、を使用し、標的分子と結合していないオリゴヌクレオチド集団を洗浄によって除去し、標的分子と結合しているオリゴヌクレオチドを選択することを含むことを特徴とする、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
7. 標的分子と結合しているオリゴヌクレオチド集団を選別する工程（ｂ）が、酵素を用いて、結合していないオリゴヌクレオチドを消化し、標的分子と結合しているオリゴヌクレオチドを選択することを含むことを特徴とする、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
8. 選別したオリゴヌクレオチド集団の配列を調べる工程（ｃ）が、塩基配列決定を行うことを特徴とする、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
9. オリゴヌクレオチド集団の特徴的な配列情報を抽出する工程（ｄ）が、標的分子と結合するオリゴヌクレオチド集団の配列と、標的以外の分子または標的がない場合で得られたオリゴヌクレオチド集団の配列とを比較することにより、標的分子に親和性を有するオリゴヌクレオチド集団に特徴的な配列情報を抽出することを含むことを特徴とする、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
10. 前記工程（ｄ）において、請求項８で配列決定して得られた特徴的なオリゴヌクレオチドの集団を使用して、標的分子に親和性を有するオリゴヌクレオチド集団に特徴的な配列情報を抽出することを特徴とする、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
11. 前記工程（ｂ）と前記工程（ｃ）の間に、（ｆ）前記選別したオリゴヌクレオチド集団を増幅する工程を含むことを特徴とする、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
12. 前記オリゴヌクレオチド集団の一部の配列に修飾ヌクレオチドを含むことを特徴とする、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
13. 前記修飾がメチル化であることを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
14. 前記オリゴヌクレオチド集団の核酸アプタマーがペプチド、アミノ酸、糖、ポリアミンまたは脂質と結合していることを特徴とする、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
15. 前記オリゴヌクレオチド集団の核酸アプタマーが、ＤＮＡとＲＮＡのキメラであることを特徴とする、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
16. 請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法の工程（ａ）〜（ｄ）、および場合により請求項１１記載の工程（ｆ）、を用いて、ランダマイズされた異なる配列を持つ複数の核酸アプタマーからなるオリゴヌクレオチド集団から、標的分子に特異的に結合する核酸アプタマーを探索する工程を含む、核酸アプタマーの探索方法。