JP2017514459A

JP2017514459A - 敗血症の診断

Info

Publication number: JP2017514459A
Application number: JP2016557954A
Authority: JP
Inventors: イー．ダブリュ．ハンコック，ロバート; セルラト，オルガエム．ペナ; ジー．ハンコック，デイヴィット; ボイド，ジョン
Original assignee: Individual
Current assignee: Individual
Priority date: 2014-03-14
Filing date: 2015-03-13
Publication date: 2017-06-08
Also published as: AU2020201564A1; AU2015230632A1; EP3117030A4; EP3117030B1; JP2022065095A; CA2942577A1; CN106661765A; DK3117030T3; US20170073734A1; AU2020201564B2; AU2025204709A1; WO2015135071A1; JP2020162615A; ES2918777T3; US20200032321A1; JP2024069344A; AU2022231671A1; EP3117030A1; JP7703720B2; CN106661765B

Abstract

確定臨床診断の前に重度敗血症を診断する方法。第１臨床像において採血された患者で重度敗血症および臓器不全の未来の診断と強く相関する遺伝子発現のパターンが特定された。これらの方法は、２以上のポリヌクレオチドのパターンを特定することを含んでなり、それにより、これらのポリヌクレオチドの変化した発現を予測的および実際の敗血症と相関させる。また、この遺伝子発現パターンの特徴に基づき敗血症を処置するための薬剤を特定するための方法も提供される。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は２０１４年３月１４日出願の米国仮特許出願第６１／９５３，４５８号の優先権を主張するものである。米国仮特許出願第６１／９５３，４５８号の全内容は引用することにより本明細書の一部とされる。

発明の分野
本発明は、診断の分野、特に、組み合わせて敗血症の早期診断、ならびに重度敗血症および／または臓器不全の予測を可能とするＤＮＡ配列のユニークなセットに関する。

発明の背景
敗血症は、世界の主要な感染関連の死因であり続け、年間の死者数の推計８．５％（５００万人）にのぼる[Angus D, et al. Critical Care Medicine 2001; 29(7): 1303-10; Kumar G, Kumar N, Taneja A, et al. Chest 2011; 140:1223-31]。新規な抗生物質およびワクチン、早期認識および最良の実践処置、ならびに十分な設備の集中治療室を含む近代医学の発展[Angus D et al]にも関わらず、約３０％という高い死亡率は、数十年間ほとんど変わらないままであった[Daniels R. J Antimicrobial Chemotherapy 2011; 66(Suppl 2): ii11-ii23]。

細菌内毒素（ＬＰＳを含む）は炎症の強力な誘導物質であり、早期に命を脅かすサイトカインストームおよび敗血性ショックの原因としての、敗血症のトリガーであることが示唆されている[Opal SM. Contributions to Nephrology 2010; 167: 14-24; Salomao R, et al. Shock 2012; 38:227-42]。これに対して、ＬＰＳは、２回目にその刺激に曝された際にＬＰＳおよびその他の細菌産物に応答する細胞の能力を著しく低下させると定義される、内毒素耐性として知られる反対の作用も生成し得る[Otto GP, et al. Critical Care 2011; 15:R183]。他の微生物分子により誘導され得ることから細胞リプログラミングとも呼ばれる内毒素耐性は、細胞の抗炎症状態ではなくむしろ細胞のリプログラミングであり、従って、細胞は内毒素を含む多数の微生物シグネチャーにもはや応答することができないことに留意することが重要である。

内毒素耐性は主として後期重度敗血症の際に見られる免疫抑制状態に関連するのではないかということが提案されている[Otto GP, et al. 2011; Cavaillon J, et al. J Endotoxin Res 2005; 11(5): 311-20; Cavaillon J, Adib-Conquy M. Critical Care Medicine 2006; 10:233]。しかしながら、１つには、これまで使用されてきたｅｘｖｉｖｏサイトカインアッセイの限界のために、この関係は依然として特徴付けが不十分である。これらの所見にも関わらず、臨床教義は、特にその初期段階において敗血症を過度な炎症性応答として特定し、処置することである。しかしながら、敗血症に特徴的なユニークな免疫抑制状態はこの疾患の予後に本質的に関連する。実際に、過度な炎症と免疫抑制の間の相対的バランス、および特にそれぞれどの時点で疾患の臨床経過が進行するのかを理解することは、敗血症転帰の改善に向けた重要なステップである。

敗血症の診断のためのバイオマーカーは、米国特許第７，７６７，３９５号；米国特許出願公開第２０１１／０３１２５２１号；米国特許出願公開第２０１１／００７６６８５号；国際特許出願公開第ＷＯ２０１４／２０９２３８号、および国際特許出願公開第ＷＯ２０１３／１５２０４７号で提案されている。

この背景情報は、本出願者により信じられている既知の情報を本発明に潜在的に関連するものとする目的で示される。先行情報のいずれかが本発明に対する従来技術をなすという承認を必ずしも意図しないない、そう解釈されるべきではない。

米国特許第７，７６７，３９５号米国特許出願公開第２０１１／０３１２５２１号米国特許出願公開第２０１１／００７６６８５号国際特許出願公開第ＷＯ２０１４／２０９２３８号国際特許出願公開第ＷＯ２０１３／１５２０４７号

Angus D, et al. Critical Care Medicine 2001; 29(7): 1303-10 Kumar G, Kumar N, Taneja A, et al. Chest 2011; 140:1223-31 Daniels R. J Antimicrobial Chemotherapy 2011; 66(Suppl 2): ii11-ii23 Opal SM. Contributions to Nephrology 2010; 167: 14-24 Salomao R, et al. Shock 2012; 38:227-42 Otto GP, et al. Critical Care 2011; 15:R183 Cavaillon J, et al. J Endotoxin Res 2005; 11(5): 311-20; Cavaillon J, Adib-Conquy M. Critical Care Medicine 2006; 10:233

発明の概要
本発明は一般に、初期重度敗血症の診断に関する。一態様において、本発明は、対象において敗血症を診断するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が敗血症を有することを示す方法に関する。

別の態様では、本発明は、重度敗血症を発症するリスクのある対象を特定するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が重度敗血症を発症するリスクを有することを示す方法に関する。

別の態様では、本発明は、臓器不全のリスクのある対象を特定するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が臓器不全のリスクを有することを示す、方法に関する。

特定の実施形態では、前記複数の遺伝子は、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される。

特定の実施形態では、前記複数の遺伝子は、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される。

特定の実施形態では、前記複数の遺伝子は、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる。

特定の実施形態では、前記複数の遺伝子は、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲからなる。

別の態様では、本発明は、対象において内毒素耐性を診断するための方法であって、ａ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、およびｂ）前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が内毒素耐性を有することを示す方法に関する。

別の態様では、本発明は、有効量の１以上の抗生物質を、上記の方法により敗血症を有すると診断された対象に投与することを含んでなる、敗血症の治療方法に関する。

別の態様では、本発明は、対象において敗血症を治療するための方法であって、ａ）前記対象が敗血症を有するかどうか、または敗血症を発症するリスクがあるかどうかを、（ｉ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および（ｉｉ）記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異は、前記対象が敗血症を有すること、または敗血症を発症するリスクがあることを示す、により決定すること、およびｂ）前記対象が敗血症を有する、または敗血症を発症するリスクがある場合に、前記対象に有効量の１以上の抗生物質を投与することを含んでなる方法に関する。

別の態様では、本発明は、対象において臓器不全のリスクを軽減するための方法であって、上記の方法により敗血症を有するまたは重度敗血症を発症するリスクがあると診断された対象に有効量の１以上の抗生物質を投与することを含んでなる、方法に関する。

別の態様では、本発明は、対象において臓器不全のリスクを軽減するための方法であって、
ａ）前記対象が臓器不全のリスクを有するかどうかを、（ｉ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および（ｉｉ）前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異は、前記対象が臓器不全のリスクを有することを示す、により決定すること、およびｂ）前記対象が臓器不全のリスクを有する場合に、前記対象に有効量の１以上の抗生物質を投与すること
を含んでなる方法に関する。

別の態様では、本発明は、重度敗血症を発症する対象のリスクを軽減するための方法であって、上記の方法により重度敗血症を発症するリスクがあると診断された対象に、内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を投与することを含んでなる方法に関する。

別の態様では、本発明は、対象において臓器不全のリスクを軽減するための方法であって、上記の方法により臓器不全のリスクを有すると診断された対象に、内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を投与することを含んでなる方法に関する。

別の態様では、本発明は、重度敗血症または臓器不全を発症する対象のリスクを軽減するための方法であって、前記対象に内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を投与することを含んでなる方法に関する。特定の実施形態では、本方法は、前記対象が重度敗血症または臓器不全を発症するリスクを有することを、（ａ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子の発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および
（ｂ）前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異は、前記対象が重度敗血症または臓器不全を発症するリスクを有することを示す、により決定することをさらに含んでなり得る。

別の態様では、本発明は、敗血症の処置用の候補薬剤を特定するための方法であって、ａ）内毒素耐性細胞を試験薬剤と接触させること、ｂ）前記内毒素耐性細胞において複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定して発現シグネチャーを得ること、ｃ）前記発現シグネチャーを参照発現シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照シグネチャーは、正常細胞における前記複数の遺伝子の発現レベルを表す、およびｄ）前記発現シグネチャーが前記参照シグネチャーと実質的に一致する場合に、その試験薬剤を敗血症の処置用の候補薬剤として選択することを含んでなる方法に関する。

別の態様では、本発明は、サンプルにおいてＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定するためのキットであって、遺伝子特異的試薬と使用説明書を含んでなり、前記遺伝子特異的試薬のそれぞれが前記複数の遺伝子またはその相補物の各個の発現産物を検出することができるキットに関する。

別の態様では、本発明は、サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子の発現を検出するためのマイクロアレイであって、固相支持体に結合された複数のポリヌクレオチドプローブを含んでなり、前記ポリヌクレオチドプローブのそれぞれが前記複数の遺伝子またはその相補物の各個の発現産物と特異的にハイブリダイズし得るマイクロアレイに関する。

本発明のこれらおよびその他の特徴は、以下の詳細な説明でより明らかとなり、そこでは添付の図面が参照される。

図１は、内毒素耐性シグネチャーおよび炎症シグネチャーを定義するために使用する方法の概略図を示す。内毒素耐性シグネチャーは、対照と比較した場合に、内毒素耐性ＰＢＭＣではユニークに差次的に発現されるが、炎症ＰＢＭＣではそうではない９９の遺伝子として定義された（変化倍率＞２、ｐ値＜０．０５）。炎症シグネチャーは、ｉｎｖｉｖｏ内毒素血症データセットにおいて一貫して差次的に発現された遺伝子を選択することにより９３遺伝子シグネチャーとして定義された。図２は、公開データセットからの敗血症患者からの差次的遺伝子発現の再分析が内毒素耐性シグネチャーとの強い関連を示したことを示す。遺伝子セット検定アプローチＲＯＡＳＴを用い、これまでに公開されている９つのデータセットから、敗血症患者と対照における「内毒素耐性」の濃縮を特徴付けた。総てのデータセットは、ＩＣＵ収容後１日目または３日目に動員された敗血症患者を含み、「健常」対照と比較した。ＲＯＡＳＴ遺伝子セット検定は９９９９９回転で実行し、従って、この検定から得られる最も有意なｐ値は０．００００１である。ＲＯＡＳＴ遺伝子セット検定から得られたｐ値をｌｏｇ（１／ｐ値）としてグラフ化したが、見やすいように変換前のｐ値を示す。図３は、公開データセットに基づく敗血症患者は一般に、炎症シグネチャーと有意な関係が低いことを示したことを示す。遺伝子セット検定アプローチＲＯＡＳＴを用い、これまでに公開されている９つのデータセットにおいて敗血症患者と対照とで、内毒素耐性シグネチャー（グレー）に対する炎症シグネチャー（白）の濃縮を特徴付けた。総てのデータセットは、ＩＣＵ収容後１日目および／または３日目に動員された敗血症患者を含み、「健常」対照と比較した。ＲＯＡＳＴ遺伝子セット検定は９９９９９回転で実行し、従って、この検定から得られる最も有意なｐ値は０．００００１である。ＲＯＡＳＴ遺伝子セット検定から得られたｐ値をｌｏｇ（１／ｐ値）としてグラフ化したが、見やすいように変換前のｐ値を示す。図４は、内毒素耐性と敗血症の間の関係が内毒素耐性シグネチャーを定義するために使用した特定の方法に依存しないことを明らかにする。種々の内毒素耐性関連シグネチャーは、種々の変化倍率（ＦＣ）およびＰ値カットオフにおいて対照と比較した場合に、内毒素耐性ＰＢＭＣではユニークに差次的に発現されるが、炎症ＰＢＭＣではそうではない遺伝子に基づいて特定された。データセットは、０日目ＲＮＡ−Ｓｅｑデータセットが本明細書に記載されているものであることを除き、図３の凡例に記載の通りであった。最終的な内毒素耐性シグネチャーは、変化倍率（ＦＣ）およびＰ値カットオフそれぞれ２および０．０５において定義された。図５は、内毒素耐性シグネチャーが第１臨床像において敗血症患者と強く関連することを示す。遺伝子セット検定アプローチを用い、最初の敗血症の臨床的疑いの際に（すなわち、一般に、ＩＣＵ収容前の救急病棟で）動員された独自の所内コホートからの予測敗血症患者において、内毒素耐性シグネチャーおよび炎症シグネチャーの対照と比較した濃縮を特徴付けた。その後、患者群を、遡及的な（retrospective）臨床特徴に基づき、現行の敗血症判定基準と一致して「敗血症」または「非敗血症」として定義した（表３）。分析は、「敗血症」および「非敗血症」群を対照と（ａ）、また、「敗血症」と「敗血症」群（ｂ）を比較することにより行った。加えて、シグネチャーの濃縮はまた、「敗血症」群（ｃ）と「非敗血症」（ｄ）群（ｃ）内の微生物培養結果に基づいて分析した。図６は、内毒素耐性シグネチャーが第１臨床像において敗血症患者と強く関連し、疾患および臓器不全の重篤度と関連することを示す。遺伝子セット検定アプローチを用い、図５に関して記載されたように予測敗血症患者における内毒素耐性シグネチャーおよび炎症シグネチャーの手術対照と比較した濃縮を特徴付けた。（ａ）患者を単独型、複合型（３＋）、単独型の臓器不全および非臓器不全群に分類した。（ｂ）患者をＩＣＵへの移動を必要とする者および必要としない者に分類した。図７は、敗血症患者に特徴的な内毒素耐性遺伝子のコアセットを示す。内毒素耐性シグネチャーからの９９のうち３１の遺伝子のコアセットは、総ての敗血症患者試験（文献および所内データセット）で見られた最も頻繁に差次的に発現される遺伝子に基づいて決定された。異なる試験間でのより良い視覚的比較のために、各個のデータセットを、遺伝子発現値を６つの等しいビンに分けることによりさらに変換した。データは、それぞれ発現の比較的大きな変化および比較的小さな変化を表す最も薄い陰および最も濃い陰を有するヒートマップとして表される。分化はカラーヒートマップとしてより明確にした。図８は、サイトスケープのｊ−アクティブモジュールプラグインを用いて特定された内毒素耐性シグネチャーからの遺伝子のサブネットワークを示す。まず、表１に挙げられている遺伝子の第１水準インタラクターを含めることによりネットワークを形成し、次に、特に濃い（すなわち、高度に相互連結した）サブネットワークを特定するｊ−アクティブモジュールを用いた分析にかけた。濃いノード（遺伝子）は調節不全性が高く、薄いノードは調節不全遺伝子の直接的インタラクターであり、線は「エッジ」を表し、実験的に証明された相互作用を示す。シグネチャーの９９の遺伝子のうち６０がヒト細胞において強固に相互連結していたことは、これらの遺伝子間の生物学的に意味のある関係を含意し、すなわち、これらの遺伝子は細胞において共調節されるか、または共通の目的に関与する。ネットワーク内で明らかなのは、セルピンＡ１、転写因子ＣＥＢＰα，β、ＥＧＲ２、ＨＮＦ４Ａ、ＣＸＣＬ１０、およびＦＣＥＲ２、ならびに顕著な自然免疫転写因子ＮＦＫＢ１、ＩＲＦ１、ＳＴＡＴ６、ＪＵＮ、およびＦＯＳ、ならびに受容体ＴＬＲ４（それら自体は調節不全型ではない）を含むハブタンパク質（細胞のシグナル伝達および輸送に関与する中心的な高度に相互連結したタンパク質）であり、内毒素耐性におけるそれらの関与の可能性を示唆する。

発明の詳細な説明
本明細書では、敗血症の診断に使用され得る、内毒素耐性に特徴的なユニークな遺伝子シグネチャー（「内毒素耐性シグネチャー」）が特定される。内毒素耐性シグネチャーは、疑われる敗血症患者の、敗血症を発症した者または発症に進まなかった者の間を識別すること、およびまた臓器不全を予測することができる。

従って、本発明の特定の実施形態は、本明細書に記載の内毒素耐性シグネチャーを用いて、対象、例えば、敗血症を有することが知られているまたは敗血症を有する疑いのある患者において内毒素耐性を診断する方法に関する。内毒素耐性の存在は、患者が敗血症を有することの指標であることが示され、さらに、患者が重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクを有することの指標である。本発明の特定の実施形態は、本明細書に記載の内毒素耐性シグネチャーを用いて、対象において敗血症を診断する方法に関する。特定の実施形態では、敗血症は重度敗血症である。特定の実施形態は、本明細書に記載の内毒素耐性シグネチャーを用いて、敗血症を有する疑いのある対象において敗血症を確認する方法に関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載の内毒素耐性シグネチャーを用いて、対象が重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクを有するかどうかを予測する方法に関する。

本明細書に記載されるように、内毒素耐性により媒介される免疫不全は、第１臨床像において、また、疾患の臨床経過中、優性に存在することが決定付けられている。本明細書に提供されるデータは、臨床疾患の総てのステージで、敗血症を内毒素耐性により媒介される免疫不全を特徴とする疾患として再定義し、従って、初期および後期敗血症における潜在的治療標的として内毒素耐性を特定する。

よって、本発明の特定の実施形態は、例えば、本明細書に記載の診断方法を使用することにより、内毒素耐性を有すると特定された患者を、それらの患者が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクを軽減するために処置する方法に関する。特定の実施形態は、重度敗血症を含む敗血症を有する患者を、内毒素耐性を打ち消す薬剤で処置する方法に関する。

本発明の特定の実施形態は、本明細書に記載の内毒素耐性シグネチャーを用いて、敗血症の処置のための候補薬剤を特定する方法に関する。

特定の実施形態は、対象において敗血症を診断するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が敗血症を有することを示す方法に関する。

特定の実施形態は、重度敗血症を発症するリスクのある対象を特定するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が重度敗血症を発症するリスクを有することを示す方法に関する。

特定の実施形態は、臓器不全のリスクのある対象を特定するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が臓器不全のリスクを有することを示す方法に関する。

定義
便宜のため、本明細書、実施例、および添付の特許請求の範囲で使用される特定の用語および句の意味を以下に示す。これらの定義は本質的に限定を意味するものではなく、単に、本発明の特定の態様の理解を助けるためのものである。そうではないことが定義されない限り、本明細書で使用される総ての技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の熟練者により共通に理解されているものと同じ意味を有する。

用語「複数」は、本明細書で使用する場合、１を越える、例えば、２以上、３以上、４以上などを意味する。

用語「遺伝子」は、ポリペプチドまたは前駆体を産生するために必要なコード配列を含んでなる核酸配列を意味する。場合によっては、コード配列の発現を指示および／または制御する制御配列もまた用語「遺伝子」により包含され得る。ポリペプチドまたは前駆体は、全長コード配列またはコード配列の一部によりコードされ得る。遺伝子は、コード領域または非翻訳領域のいずれかに、ポリペプチドもしくは前駆体の生物活性もしくは化学構造、発現率、または発現制御の様式に影響を及ぼし得る１以上の修飾を含んでよい。このような修飾としては、限定されるものではないが、その集団中に自然に生じる一塩基多型を含め、１以上のヌクレオチドの突然変異、挿入、欠失、および置換が含まれる。遺伝子は連続したコード配列を構成してよく、または遺伝子は１以上の部分配列を含んでよい。用語「遺伝子」は、本明細書で使用する場合、表１に示される遺伝子の変異体を含む。

用語「遺伝子発現プロファイル」または「遺伝子シグネチャー」は、特定の細胞または組織種により発現される遺伝子群を意味し、ひとまとめに遺伝子の発現、またはそのような遺伝子の差次的発現は、敗血症などの特定の病態の指標および／または予測となる。

用語「核酸」は、本明細書で使用する場合、１以上のヌクレオチド、例えば、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはその両方から構成される分子を意味する。この用語にはヌクレオチドのモノマーおよびポリマーが含まれ、ポリマーの場合には、ヌクレオチドは一般に５’から３’への結合により（いくつかの実施形態では、別のけ結合も企図される）順に相互結合される。ヌクレオチドポリマーは、一本鎖または二本鎖であり得る。ヌクレオチドは天然に存在するものであっても、または天然塩基対と塩基対関係を形成することができる、合成的に生産された類似体であってもよい。非天然塩基の例としては、限定されるものではないが、アザおよびデアザピリミジン類似体、アザおよびデアザプリン類似体、ならびにピリミジン環の炭素原子および窒素原子の１以上がヘテロ原子、例えば、酸素、硫黄、セレン、およびリンなどにより置換されているその他の複素環式塩基類似体が挙げられる。

用語「に相当する」およびその文法的変形は、核酸配列に関して本明細書で使用する場合、その核酸配列が参照核酸配列の総てまたは一部と同一であることを示す。対照的に、用語「と相補的である」は、核酸配列が参照核酸配列の相補鎖の総てまたは一部と同一であることを示して本明細書で使用される。説明として、核酸配列「ＴＡＴＡＣ」は参照配列「ＴＡＴＡＣ」に応答し、参照配列「ＧＴＡＴＡ」と相補的である。本明細書で使用する場合、「その相補物」は、ヌクレオチド配列において参照核酸と相補的な核酸を意味する。ｍＲＮＡの相補物は、ＲＮＡポリヌクレオチド配列またはＤＮＡポリヌクレオチド配列であり得る。ＤＮＡポリヌクレオチドの相補物は、ＲＮＡポリヌクレオチドまたはＤＮＡポリヌクレオチドであり得る。

用語「差次的発現」は、罹患組織または細胞と正常組織または細胞における遺伝子またはタンパク質の発現の量的および／または質的な差異を意味する。例えば、差次的に発現される遺伝子は、正常状態と疾患状態とでその発現が活性化もしくは完全に不活化されていてよく、または疾患状態と正常状態とでアップレギュレート（過剰発現）またはダウンレギュレート（過少発現）されてもよい。言い換えれば、遺伝子またはタンパク質の発現が、患者の正常（無病）組織もしくは細胞および／または対照の組織もしくは細胞におけるその発現レベルと比較して、患者の罹患組織もしくは細胞により高いまたはより低いレベルで見られる場合に、遺伝子またはタンパク質は差次的に発現される。

用語「生体サンプル」は、生物（例えば、ヒト患者）または生物の成分（例えば、細胞）から得られるサンプルを意味する。サンプルは、いずれの適切な生体組織または体液であってもよい。サンプルは、患者由来のサンプルである「臨床サンプル」であり得る。このようなサンプルには、限定されるものではないが、痰、血液、血液細胞（例えば、白血球）、羊水、血漿、精液、骨髄、および組織または細針生検サンプル、尿、腹腔液、および胸膜液、またはそれら由来の細胞が含まれる。生体サンプルはまた、組織学的目的で採取された凍結切片などの組織切片も含み得る。生体サンプルはまた、「患者サンプル」と呼ばれる場合もある。

本明細書で使用する場合、用語「含んでなる」、「有する」、「含む」および「含有する」およびそれらの文法的変形は、包含またはオープンエンドであり、列挙されていな付加的要素および／または方法工程を排除しない。用語「から本質的になる」は、組成物、使用または方法に関して本明細書で使用する場合、付加的要素および／または方法工程が存在してもよいが、これらの付加が列挙された組成物、方法または使用が機能する様式に実質的に影響を及ぼさないことを表す。用語「からなる」は、組成物、使用または方法に関して本明細書で使用する場合、付加的要素および／または方法工程の存在を排除する。特定の要素および／または工程を含んでなる本明細書に記載の組成物、使用または方法はまた、それらの実施形態が具体的に言及されているかいないに関わらず、特定の実施形態では、それらの要素および／または工程から本質的になってもよく、他の実施形態では、それらの要素および／または工程からなり得る。

本明細書に述べられているいずれの実施形態も、開示されている本発明の方法、使用または組成物のいずれに関しても実施可能であること、また、その逆も企図される。

敗血症
「敗血症」は一般に、疑われるまた立証された感染に対する臨床応答を意味する。敗血症は、例えば、下記の症状：頻呼吸または頻脈；白血球増多症または白血球減少症；および高体温または低体温のうち２以上を含むと定義でき、感染および免疫複合障害を呈する場合もある。多くの他の症状が存在しても存在しなくてもよく、医師の合議により定義されているが（Bone RC, Balk RA, Cerra FB, et al. Chest 2009; 136(5 Suppl):e28参照）、これらの症状は敗血症に特異的なものではない。敗血症には臓器不全が合併する場合があり、集中治療病棟への収容を必要とすることがあり、この場合には、「重度敗血症」と呼ばれる。多くの場合救急病棟にいる患者が敗血症に関連する初期症状のいくつかを獲得している場合、しばしばそれらの患者は敗血症が疑われる患者と見なされ、これが処置のための特定の病院プロトコールの端緒となる。しかしながら、遡及的にのみ、２４〜４８時間後に、微生物学的検査によって感染が確認されるか、または患者が２つ以上の(one of more)臓器の不全を含むより重度の症状を獲得する場合、それらの患者は「初期段階敗血症」患者であったことが確認される（Lyle NH, et al., Annals of the New York Academy of Sciences 2014, 1323:101-14における総説を参照）。

内毒素耐性シグネチャー
一態様において、本発明は、敗血症の際に調節される複数の遺伝子に関し、それらの発現プロファイルは、対象において内毒素耐性を定義するのに役立つ。これらの遺伝子の発現の差異、すなわち、対象遺伝子によってアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションのいずれかは、対照と比較した場合、内毒素耐性の指標となる遺伝子シグネチャー（「内毒素耐性シグネチャー」）を定義する。本発明の特定の実施形態に従った内毒素耐性シグネチャーにより含まれ得る内毒素耐性シグネチャー遺伝子（ＥＴＳＧ）の限定されない例を表１に示す。

これらの遺伝子の配列は、ｔｈｅＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＮＣＢＩ）により維持管理されているＧｅｎＢａｎｋデータベースなどの公開データベースから、例えば、示されている遺伝子記号を用いて検索することにより、当業者により容易に取得可能である。これらの遺伝子記号は、ＨＧＮＣ、ＥｎｔｒｅｚＧｅｎｅ、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ、ＯＭＩＭ、ＧｅｎｅＬｏｃ、およびＥｎｓｅｍｂｌを含むあらゆるデータベースにより普遍的に認識され、総ての別名がＧｅｎｅＣａｒｄｓデータベースにより定義されている。ＧｅｎＢａｎｋから入手可能な代表的遺伝子配列の限定されない例を表１に示す。

内毒素耐性シグネチャーは、表１に示される総ての内毒素耐性シグネチャー遺伝子（ＥＴＳＧ）を含んでなってもよく、またはこれらの遺伝子のサブセットを含んでなってもよい。特定の実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、表１に示される、少ないものでは２つのＥＴＳＧおよび最大９９のＥＴＳＧを含んでなり得る。いくつかの実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、表１の少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９(or least nine)、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５のＥＴＳＧを含んでなる。いくつかの実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、１５以上のＥＴＳＧ、例えば、２０以上、２５以上または３０以上のＥＴＳＧを含んでなる。いくつかの実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、表１の約３１のＥＴＳＧを含んでなる。いくつかの実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、約３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または９９のＥＴＳＧを含んでなる。

特定の実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、表１の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９のＥＴＳＧを含んでなる。

特定の実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５のＥＴＳＧを含んでなる。

いくつかの実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５または少なくとも３０のＥＴＳＧを含んでなる。

特定の実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０または３１のＥＴＳＧを含んでなり、場合により表１からの１以上の他のＥＴＳＧを含んでなってもよい。

いくつかの実施形態では、内毒素耐性シグネチャーは、ＥＴＳＧ：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなり、場合により表１からの１以上の他のＥＴＳＧを含んでなる。

ＥＴＳＧの発現の変化は、対照（または参照）サンプルにおけるＥＴＳＧの発現と比較した場合に、遺伝子が内毒素耐性を有する対象においてアップレギュレートされているかダウンレギュレートされているかを示す発現変化方向により定義され得る。表１に示されるＥＴＳＧを参照すれば、例えば、内毒素耐性を有する対象は、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＵＰＰ１またはＶＣＡＮの１以上のアップレギュレーション、およびＡＤＡＭ１５、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＣＡＭＰ、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＤＨＲＳ９、ＧＰＮＭＢ、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＮＱＯ１、ＰＬＤ３、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ４、ＴＬＲ７またはＴＳＰＡＮ４の１以上のダウンレギュレーションを示す。

ＥＴＳＧの発現の変化は、場合により、対照に対する発現レベルの最小変化倍率によりさらに定義されてもよい。特定の実施形態では、所与のＥＴＳＧのアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションは、対照と比較した場合にその遺伝子の発現レベルの少なくとも１．５倍の変化倍率と定義され得る。いくつかの実施形態では、所与のＥＴＳＧのアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションは、対照と比較した場合にその遺伝子の発現レベルの２倍以上の変化と定義され得る。発現の対照（または標準または参照）レベルは、例えば、健常対象由来のサンプルにおけるＥＴＳＧの発現レベル、または非内毒素耐性細胞におけるＥＴＳＧの発現レベルであり得る。

方法
診断方法
本発明の特定の実施形態は、敗血症を有するまたは敗血症を有する疑いのある対象が内毒素耐性を有するかどうか、従って、敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を発症するリスクがあるかどうかを決定するために内毒素耐性シグネチャーを用いる診断方法に関する。

特定の実施形態では、対象は敗血症を有する疑いがあり、本方法は、その患者を、敗血症を有するとして特定する。いくつかの実施形態では、対象は敗血症を有する疑いがあり、本方法は、その対象を重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクがあるとして特定する。特定の実施形態では、対象は敗血症を有する疑いがあり、本方法は、その患者を、重度敗血症を有するとして特定する。

一般に、本診断方法は、検査対象から得られた生体サンプルにおいて、内毒素耐性シグネチャーにより含まれる遺伝子の発現を検出することを含んでなる。対象と比較した場合のこれらの遺伝子の発現の差異が決定される。これらの遺伝子のうち少なくとも２つの発現の、定義された発現変化方向の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。

特定の実施形態では、対象サンプルと比較した場合の内毒素耐性シグネチャーにおける３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、または１５以上のＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。いくつかの実施形態では、対象サンプルと比較した場合の内毒素耐性シグネチャーにおける少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５または少なくとも３０のＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。いくつかの実施形態では、対象サンプルと比較した場合の内毒素耐性シグネチャーにおける約３１のＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。

別の実施形態では、対象サンプルと比較した場合の内毒素耐性シグネチャーにおける少なくとも２０％のＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。いくつかの実施形態では、対象サンプルと比較した場合の内毒素耐性シグネチャーにおける２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上のＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。いくつかの実施形態では、対象サンプルと比較した場合の内毒素耐性シグネチャーにおける少なくとも３５％のＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。

いくつかの実施形態では、対象サンプルと比較した場合の内毒素耐性シグネチャーにおける各ＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となり、ここで、内毒素耐性シグネチャーは、２〜約９９の間のＥＴＳＧ、例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５または３０〜約９９の間のＥＴＳＧを含んでなり得る。

特定の実施形態では、対象サンプルと比較した場合の表１の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９のＥＴＳＧの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。

特定の実施形態では、対象サンプルと比較した場合の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１の下記ＥＴＳＧ：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲの発現の差異は、その対象が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全の１以上を有する、またはそれを発症するリスクを有することの指標となる。

生体サンプルは、例えば、血液、血漿、血清、組織、羊水、唾液、尿、便、気管支肺胞洗浄液、脳脊髄液、もしくは細胞（皮膚細胞など）または細胞抽出物を含んでなり得る。

内毒素耐性シグネチャーにより含まれるＥＴＳＧの発現は、各遺伝子の発現産物の検出により決定され得る。発現産物は、例えば、ＲＮＡ、ＲＮＡから調製されたｃＤＮＡ、またはタンパク質であり得る。発現産物がＲＮＡまたはｃＤＮＡである場合、その遺伝子の全配列が検出されてもよいし、またはその遺伝子の定義された任意の一部、例えば、１０ヌクレオチド以上の配列が検出されてもよい。

遺伝子の発現を検出および定量する方法は当技術分野で周知であり（例えば、Current Protocols in Molecular Biology, 1987 & updates, Ausubel et al. (編), Wiley & Sons, New York, NY参照）、検出可能に標識されたポリヌクレオチドプローブ、抗体、およびアプタマーなどの使用を含む。

特定の実施形態では、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写酵素（ＲＴ）ＰＣＲ、Ｑ−βレプリカーゼ増幅、リガーゼ連鎖反応、核酸配列増幅、シグナル増幅（アンプリプローブ）、ライトサイクリング、ディファレンシャルディスプレイ、ノーザン分析、ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、核酸シーケンシグ、マスアレイ分析、およびＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析の１以上が、ＥＴＳＧの発現を決定する上で使用可能である。

特定の実施形態では、診断方法は、ＥＴＳＧの発現の検出のために検出可能に標識されたポリヌクレオチドを使用する。これらの方法は、サンプルからの核酸の単離、核酸の精製、ＲＮＡの逆転写、および／または核酸増幅の１以上をさらに含んでなり得る。いくつかの実施形態では、ＥＴＳＧの発現を決定するために使用されるポリヌクレオチドプローブは、例えば、サンプルのより迅速な処理を可能とするアレイまたはマイクロアレイとして、固相支持体上に固定されてもよい。アレイおよびマイクロアレイを作製する方法は、当技術分野で周知である。加えて、本明細書でＥＴＳＧとして特定された遺伝子のいくつかを検出するためのプローブを含むいくつかの標準的なマイクロアレイが市販されており、従って、開示されている診断方法で使用するのに好適であり得る。例えば、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＵ１３３ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）アレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．、サンタクララ、ＣＡ）、ＡｇｉｌｅｎｔＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓゲノムｃＤＮＡマイクロアレイ（サンタクララ、ＣＡ）、およびＩｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．（サンディエゴ、ＣＡ）から入手可能なアレイ。これらのアレイは、全ヒトゲノムのプローブセットがチップ上に固定されており、試験サンプル中の遺伝子のアップレギュレーションおよびダウンレギュレーションを判定するために使用することができる。予め選択された遺伝子を検出ための特注アレイおよびマイクロアレイも数社から市販されている。遺伝子発現分析を実行する機器および試薬も市販されている（例えば、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）システム）。分析から得られた発現データは次に、必要であれば、または所望により、さらなる分析のための適当なデータベースに入力することができる。

いくつかの実施形態では、差次的に発現される遺伝子は、ｃＤＮＡに変換した後に、例えば、ＳｅｑｕｅｎｏｍＭａｓｓＡＲＲＡＹ（登録商標）システムを用いたマトリックス支援レーザー脱離／イオン化−飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析の使用により検出することができる（例えば、Kricka LJ. Clin Chem 1999; 45:453-458参照）。

発現プロファイルの正確度を保証する手段として、そのサンプルにおいて「参照遺伝子」、「対照遺伝子」または「ハウスキーピング遺伝子」として知られる特定の遺伝子の発現も決定することができる。参照遺伝子は、癌組織および正常組織を含む多くの組織種で一貫して発現される遺伝子であり、従って、遺伝子発現プロファイルを正規化するために有用である。内毒素耐性シグネチャーの遺伝子と並行して参照遺伝子の発現を決定することで、遺伝子発現プロファイルの決定のために使用した技術が適切に機能しているというさらなる保証が得られる。適当な参照遺伝子（本明細書では対照遺伝子およびハウスキーピング遺伝子とも呼ばれる）は、当業者により容易に選択できる。

内毒素耐性シグネチャーのＥＴＳＧに関して決定された発現レベルは、例えば、健常個体由来の生体サンプルにおけるＥＴＳＧの発現レベルまたは非内毒素耐性細胞におけるＥＴＳＧの発現レベルであり得る好適な参照または対照と比較される。この比較には、例えば、視覚的検査および／または測定値の算術的もしくは統計的比較を含んでよく、任意の参照遺伝子の発現を考慮することができる。遺伝子の発現レベルの差異を決定するための比較の好適な方法は当技術分野で周知である。

特定の実施形態では、本診断方法は、標準的な敗血症診断手順に対する確定診断として使用可能である。いくつかの実施形態では、本診断方法は、単独診断として使用可能である。

特定の実施形態では、本診断方法は、敗血症を有する疑いのある対象において敗血症を確定するために使用可能である。対象は、それらの対象が敗血症の標準的な診断判定基準、例えば、微生物培養分析、血圧測定、白血球総数、検温、呼吸数の測定、および／または心拍数の測定、を満たすかどうかを判定するための１以上の評価をすべて受けていてもよい。特定の実施形態では、本診断方法は、標準的な診断判定基準により敗血症を有すると診断されている患者の敗血症を確定するために使用してもよい。特定の実施形態では、本診断方法は、敗血症を有する患者を、重度敗血症を有する、かつ／または臓器不全のリスクがあるとして診断するために使用してもよい。

特定の実施形態では、生体サンプルにおけるＥＴＳＧの発現レベルの決定は、生体サンプルにおいて複数のＥＴＳＧによりコードされている複数のｍＲＮＡの存在を検出することを含んでなる。いくつかの実施形態では、サンプルにおけるＥＴＳＧによりコードされているｍＲＮＡの存在の検出は、生体サンプルから得られたｍＲＮＡを用いて逆転写反応を行い、ｃＤＮＡ産物を作製すること、および前記ｃＤＮＡ産物を、ＥＴＳＧによりコードされているｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと接触させることを含んでなる。

いくつかの実施形態では、本方法は、生体サンプルから得られたｍＲＮＡを用いて逆転写反応により作製されたｃＤＮＡ産物を、複数のＥＴＳＧによりコードされているｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブを含んでなるマイクロアレイと接触させることを含んでなる。

処置方法
特定の実施形態では、本発明は、患者が敗血症、重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクを軽減するために、例えば、本明細書に記載の診断方法を使用することにより、内毒素耐性を有すると特定された患者を処置する方法に関する。特定の実施形態では、本明細書に記載の方法による敗血症患者の免疫状態の早期同定は、適当な療法の選択を先導する助けとなる。

特定の実施形態では、患者が内毒素耐性を有する、および敗血症、重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクを有すると特定される場合、処置の方法は、重度敗血症の処置に指示される少なくとも１つの抗生物質の治療上有効な用量を患者に投与することを含んでなる。

重度敗血症を処置するために好適な抗生物質の例としては、限定されるものではないが、グリコペプチド（例えば、バンコマイシン、オリトバンシン(oritvancin)またはテレバンシン(televancin)）、セフラスポリン（例えば、セフトリアキソン、セフォタキシム、またはセフェピム）、β−ラクタム／β−ラクタマーゼ阻害剤（例えば、ピペラシリン−タゾバクタム、クラブラン酸チカルシリン）、カルバペネム（例えば、イミペネムまたはメロペネム）、キノロンおよびフルオロキノロン（例えば、シプロフロキサシン、モキシフロキサシンまたはレボフロキサシン）、アミノグリコシド（例えば、ゲンタマイシン、トブラマイシンまたはアミカシン）、マクロライド（例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシンまたはエリスロマイシン）およびモノバクタム（例えば、アズトレオナム）、およびそれらの種々の組合せが挙げられる。一般に、組合せは、異なるクラスからの抗生物質を含んでなる。

本明細書に示されるように、敗血症は、内毒素耐性により媒介される免疫不全を特徴とする疾患として定義され得る。よって、敗血症患者における内毒素耐性を打ち消すことは、重度敗血症および／もしくは臓器不全を予防する、またはそれを発症する患者の尤度を低減するための潜在的治療アプローチである。よって、いくつかの実施形態では、本発明は、患者に内毒素耐性を打ち消す薬剤を投与することを含んでなる、敗血症を有する患者を処置する方法に関する。いくつかの実施形態では、本発明は、患者に内毒素耐性を打ち消す薬剤投与することを含んでなる、重度敗血症および／または臓器不全を予防する、またはそれを発症する患者のリスクを軽減する方法に関する。特定の実施形態では、患者は、本明細書に記載の診断方法により敗血症、重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクがあるとして特定される。

内毒素耐性を打ち消す薬剤は、例えば、免疫療法であり得る。いくつかの実施形態では、内毒素耐性を打ち消す薬剤は免疫細胞を含んでなる。内毒素耐性を打ち消す薬剤の他の例としては、限定されるものではないが、インターフェロン−γ、ＣｐＧオリゴヌクレオチド単独またはＩＬ−１０との組合せ、抗ＣＤ４０抗体、ＳＴＡＴ３の阻害剤、ＳＴＡＴ６の阻害剤、ｐ５０の阻害剤、ＮＦκＢの阻害剤、ＩＫＫβの阻害剤、イミダゾキノリンおよびゾレンドロン酸が挙げられる。

内毒素耐性は、Ｍ２状態で「ロックされた」マクロファージをもたらし得る。特定の実施形態では、内毒素耐性を打ち消す薬剤は、マクロファージ表現型をＭ２からＭ１に、またはＭ２からＭ０（運命付けされていないマクロファージを表す）に変更し得る。

いくつかの実施形態では、本発明は、患者にマクロファージ表現型をＭ２からＭ１に変更する薬剤を投与することを含んでなる、敗血症を有する患者を処置する方法に関する。いくつかの実施形態では、本発明は、患者にマクロファージ表現型をＭ２からＭ１に変更する薬剤を投与することを含んでなる、重度敗血症および／または臓器不全を発症する患者のリスクを軽減する方法に関する。特定の実施形態では、患者は、本明細書に記載の診断方法により敗血症、重度敗血症および／または臓器不全を発症するリスクがあるとして特定される。

特定の実施形態では、マクロファージ表現型をＭ２からＭ１に変更し得る薬剤は、免疫療法、免疫細胞、インターフェロン−γ、ＣｐＧオリゴヌクレオチド単独またはＩＬ−１０との組合せ、抗ＣＤ４０抗体、ＳＴＡＴ３の阻害剤、ＳＴＡＴ６の阻害剤、ｐ５０の阻害剤、ＮＦκＢの阻害剤、ＩＫＫβの阻害剤、イミダゾキノリンおよびゾレンドロン酸から選択される。

本発明の特定の実施形態は、内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を、それを必要とする対象に投与することを含んでなる、重度敗血症を発症する対象のリスクを軽減するための方法に関する。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に開示される方法により重度敗血症を発症するリスクがあると診断されている。

本発明の特定の実施形態は、内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を、それを必要とする対象に投与することを含んでなる、対象において臓器不全のリスクを軽減するための方法に関する。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に開示される方法により臓器不全のリスクがあると診断されている。

本発明の特定の実施形態は、内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を、それを必要とする対象に投与することを含んでなる、敗血症の治療方法に関する。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に開示される方法により敗血症を有すると診断されている。

一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤は免疫療法であり得る。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤は免疫細胞を含んでなる。一実施形態では、免疫細胞は同系免疫細胞であり、例えば、前記細胞は免疫細胞が投与される対象由来のものであり得る。別の実施形態では、免疫細胞は同種異系の、すなわち、免疫細胞が投与される対象以外の個体に由来する、免疫細胞である。

一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はインターフェロンγである。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はＣｐＧ−オリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）である。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤は、ＣｐＧＯＤＮとインターロイキン−１０（ＩＬ−１０）の組合せである。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤は抗ＣＤ４０抗体である。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はＳＴＡＴ３の阻害剤である。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消すし、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はＳＴＡＴ−６の阻害剤である。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はｐ５０の阻害剤である。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はＮＦκＢの阻害剤である。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はＩκκβの阻害剤である。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はイミダゾキノロンである。一実施形態では、内毒素耐性を打ち消し、本明細書に開示される方法において使用が見出される薬剤はゾレドロン酸である。

スクリーニング方法
本発明の特定の実施形態は、内毒素耐性シグネチャーに含まれるＥＴＳＧの発現に対する試験薬剤の効果を評価することにより、敗血症の処置用の候補薬剤を特定するための方法に関する。ＥＴＳＧの発現に影響を及ぼす試験化合物の能力は、例えば、細胞をｉｎｖｉｔｒｏにおいて試験化合物と接触させること、その細胞におけるＥＴＳＧの発現を測定すること、およびその細胞におけるＥＴＳＧの発現を対照細胞における同じＥＴＳＧの発現レベルと比較することにより評価され得る。

ＥＴＳＧの発現は、本明細書および他所に記載される当技術分野で公知の種々の方法により評価され得る。

特定の実施形態では、試験細胞は内毒素耐性細胞であり得、対照細胞は非内毒素耐性（正常）細胞であり得る。この実施形態によれば、試験薬剤で処理された細胞の発現パターン（または遺伝子シグネチャー）が対照細胞の発現パターン（または遺伝子シグネチャー）に実質的に相当すれば、これはその試験薬剤が敗血症の処置用の候補薬剤であることを示す。これに関して「実質的に相当する」とは、外毒素耐性細胞でアップレギュレートされるＥＴＳＧの発現が低減され、外毒素耐性細胞でダウンレギュレートされるＥＴＳＧの発現が増強されることを意味する。

いくつかの実施形態では、処理細胞におけるＥＴＳＧの少なくとも１つの発現レベルは、対照細胞における同じＥＴＳＧの発現レベルの所定の限界内である。例えば、対照細胞における同じＥＴＳＧの発現レベルの約±２５％以内、約±２０％以内、約±１５％以内、または約±１０％以内。

いくつかの実施形態では、本方法は、細胞と試験薬剤を接触させる前に、細胞において内毒素耐性を誘導するのに十分な時間、細胞を内毒素と接触させることをさらに含んでなり得る。内毒素は、例えば、細菌リポ多糖類（ＬＰＳ）またはリポテイコ酸またはそれらの組合せであり得る。ＬＰＳまたはリポテイコ酸は単離された形態であってよく、またはＬＰＳおよび／もしくはリポテイコ酸を天然に含有する細菌と接触させることにより提供されてもよい。内毒素耐性を誘導するために必要な時間は、当業者ならば容易に決定できる。内毒素耐性を誘導するためには内毒素による２回以上の処理が必要とされる場合がある。一般に、約１２〜約２４時間の間の時間、例えば、約１４、約１６、約１８または約２０時間、内毒素で１〜３回の間の処理が使用され得る。複数回の処理が使用される場合、各処理で使用される内毒素は同じであっても異なっていてもよい。

いくつかの実施形態では、スクリーニング方法は、内毒素耐性細胞を内毒素に対して反応する能力に関して評価すること、従って、試験薬剤が細胞の耐性を打破する能力を持つことを示すことを含み得る。いくつかの実施形態では、スクリーニング方法は、第２の細胞をインターフェロン−γ、ＣｐＧ−オリゴヌクレオチド（ＩＬ−を伴うまたは伴わない）、抗ＣＤ４０抗体、ＳＴＡＴ３の阻害剤、ＳＴＡＴ６の阻害剤、ｐ５０の阻害剤、ＮＦκＢの阻害剤、ＩＫＫβの阻害剤、イミダゾキノロンまたはゾレンドロン酸などの、内毒素耐性を打ち消すことが知られる薬剤と接触させること、および第２の細胞において同じＥＴＳＧの発現を決定することをさらに含んでなる。

特定の実施形態では、本方法は、試験薬剤を、マクロファージ表現型をＭ２からＭ１に変更する能力に関してアッセイすることをさらに含んでなり得る。

キットおよびマイクロアレイ
本発明の特定の実施形態は、本明細書で特定されるＥＴＳＧを検出するために有用なキットに関する。よって、本キットは、複数の、例えば、２以上のＥＴＳＧの発現を決定するための１以上の試薬を含んでなる。一般に、本キットは、本明細書に記載される診断方法、または診断方法の１以上の工程を実行するために一緒に使用され、通常、共通のパッケージング内に一緒に提供される、例えば２以上の試薬の集合体を含んでなる。

ＥＴＳＧの発現を決定するための１以上の試薬は、ＥＴＳＧの発現産物（核酸またはタンパク質）または核酸発現産物の相補物を検出することができる遺伝子特異的プローブを含んでなり得る。ＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡの逆転写のため、および／またはＥＴＳＧからのもしくはＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡから作製されたｃＤＮＡからの核酸配列の増幅のためのポリヌクレオチドプライマーもキットに提供され得る。

特定の実施形態では、本キットは、表１に挙げられているＥＴＳＧから選択される複数のＥＴＳＧの遺伝子特異的プローブを含んでなる。いくつかの実施形態では、複数のＥＴＳＧは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる。

特定の実施形態では、キットは、表１の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９のＥＴＳＧの遺伝子特異的プローブを含んでなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なキットの遺伝子特異的プローブは、表１から選択されるＥＴＳＧのプローブを含んでなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なキットの遺伝子特異的プローブは、表１から選択されるＥＴＳＧのプローブからなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なキットの遺伝子特異的プローブは、表１の総てのＥＴＳＧのプローブからなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なキットの遺伝子特異的プローブは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択されるＥＴＳＧのプローブを含んでなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なキットの遺伝子特異的プローブは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択されるＥＴＳＧのプローブからなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なキットの遺伝子特異的プローブは、下記：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲのそれぞれのプローブからなる。

特定の実施形態では、キットは、下記ＥＴＳＧ：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲのうち２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１の遺伝子特異的プローブを含んでなる。

特定の実施形態では、キットは、固相支持体上に固定されている複数のＥＴＳＧ特異的ポリヌクレオチドプローブを含んでなるマイクロアレイを含んでなり得るか、またはからなり得る。前記マイクロアレイは、ハウスキーピング遺伝子などの対照配列に特異的な対照ポリヌクレオチドプローブをさらに含んでなり得る。

本キットは場合により、バッファー、塩、酵素、酵素補因子、基質、検出試薬、および洗浄試薬など、生物学的手順を行うために必要とされる１以上の他の試薬を含み得る。単離および／または試験サンプルの処理のためのバッファーおよび溶液などの付加的成分も本キットに含まれてよい。本キットは、１以上の対照配列またはサンプルを付加的に含み得る。

本キットの成分の１以上は場合により凍結乾燥されてよく、本キットは凍結乾燥成分の再構成に好適な試薬をさらに含んでなり得る。

本キットの種々の成分は好適な容器で提供される。いくつかの実施形態では、容器はそれ自体、生物学的手順を行うために好適な容器、例えば、マイクロタイタープレートであり得る。適当であれば、本キットはまた場合により、反応容器、混合容器および試薬もしくは試験サンプルの調製および生物学的手順の実施を助けるその他の成分を含み得る。本キットはまた、シリンジ、ピペット、または鉗子など、試験サンプルの取得を助けるための１以上の器具を含み得る。

いくつかの実施形態では、キットまたはそれらの容器により含まれる試薬は、それらの使用を助けるためにカラーコードを有していてもよい。試薬がカラーコードを有する場合、特定の工程においてある試薬を別の試薬に加えると、例えば、その混合物の色が変わることとなり、従って、その工程が実施された指標を提供することができる。

本キットは場合により、紙の形態で、ＣＤ、ＤＶＤ、もしくはＵＳＢスティックなどのコンピューター読み取り可能な形態で、またはウェブサイトにアクセスするための指示もしくは説明の形態で提供され得る使用説明書を含むことができる。本キットはまた、本キットの使用から得られた結果の解釈を助けるために、ソフトウエア、またはソフトウエアを提供するウェブサイトにアクセスするための指示もしくは説明を含んでなる、コンピューター読み取り可能な媒体も含んでなり得る。

本発明の特定の実施形態は、複数のＥＴＳＧの検出のためのマイクロアレイに関する。一実施形態では、本マイクロアレイは、固相支持体に結合された複数のポリヌクレオチドプローブを含んでなり、前記ポリヌクレオチドプローブのそれぞれは複数のＥＴＳＧの各個の発現産物（またはその相補物）と特異的にハイブリダイズし得る。本マイクロアレイは場合により１以上の対照プローブ、例えば、ハウスキーピング遺伝子の発現を検出し得るプローブを含み得る。いくつかの実施形態では、本マイクロアレイは、例えば、表４に示されるものから選択される複数の炎症シグネチャー遺伝子のプローブをさらに含んでなり得る。マイクロ分析のためには、プローブ配列は一般に約１５〜約１００ヌクレオチド長の間、例えば、約１５〜約９０ヌクレオチド長の間、約１５〜約８０ヌクレオチド長の間、約１５〜約７０ヌクレオチド長の間、約１５〜約６０ヌクレオチド長の間、または約２０〜約６０ヌクレオチド長の間である。限定を意味するものではなく単に例として、一般にプローブ配列は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘアレイでは約２５ｎｔ、また、Ａｇｉｌｅｎｔアレイでは約６０ｎｔを含んでなる。

特定の実施形態では、マイクロアレイは、複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る複数の核酸プローブを含んでなる。

いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブから本質的になる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）非ＥＴＳＧの部分セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブから本質的になる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）ハウスキーピング遺伝子の部分的セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブから本質的になる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）複数の炎症シグネチャー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブから本質的になる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）複数の炎症シグネチャー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉｉ）ハウスキーピング遺伝子の部分的セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブから本質的になる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）複数の炎症シグネチャー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉｉ）非ＥＴＳＧの部分的セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブから本質的になる。

いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブからなる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）非ＥＴＳＧの部分的セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブからなる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）ハウスキーピング遺伝子の部分的セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブからなる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）複数の炎症シグネチャー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブからなる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）複数の炎症シグネチャー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉｉ）ハウスキーピング遺伝子の部分的セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブからなる。いくつかの実施形態では、マイクロアレイは、（ｉ）複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉ）複数の炎症シグネチャー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブと、（ｉｉｉ）非ＥＴＳＧの部分的セットによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブからなる。

いくつかの実施形態では、複数のＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブの数は、そのマイクロアレイの他の核酸プローブの数よりも多い。いくつかの実施形態では、ＥＴＳＧによりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブの数と炎症シグネチャー遺伝子によりコードされるｍＲＮＡと相補的なヌクレオチド配列を含んでなるｃＤＮＡとハイブリダイズし得る核酸プローブの数の和は、そのマイクロアレイの他の核酸プローブの数よりも多い。

いくつかの実施形態では、複数のＥＴＳＧは、表１に挙げられているＥＴＳＧから選択される。いくつかの実施形態では、複数のＥＴＳＧは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる。いくつかの実施形態では、複数の炎症シグネチャー遺伝子は、表４に挙げられている遺伝子から選択される。

特定の実施形態では、マイクロアレイは、表１の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９のＥＴＳＧのプローブを含む。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なマイクロアレイの複数のプローブは、表１から選択されるＥＴＳＧのプローブを含んでなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なマイクロアレイの複数のプローブは、表１から選択されるＥＴＳＧのプローブからなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なマイクロアレイの複数のプローブは、表１の総てのＥＴＳＧのプローブからなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なマイクロアレイの複数のプローブは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択されるＥＴＳＧのプローブを含んでなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なマイクロアレイの複数のプローブは、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択されるＥＴＳＧのプローブからなる。

特定の実施形態では、ＥＴＳＧに特異的なマイクロアレイの複数のプローブは、下記：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲのそれぞれのプローブからなる。

特定の実施形態では、マイクロアレイは、下記ＥＴＳＧ：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１のプローブを含む。

今後の態様および実施形態
また、本発明の下記の今後の態様および実施形態も本明細書に開示される。

一実施形態では、重度敗血症を有する、または重度敗血症を発症する高いリスクを有する患者を特定する方法であって、個体から生体サンプルを得ること、および内毒素耐性シグネチャーから少なくとも２以上の遺伝子の発現レベルを決定することを含んでなり、それにより、敗血症、重度敗血症または臓器不全のリスクが、非敗血症個体における同じ遺伝子の発現に比べての内毒素耐性シグネチャー遺伝子の発現の変化により示される方法が提供される。

一態様において、本発明は、重度敗血症を有する、または重度敗血症発症する高いリスクを有する患者を特定する方法であって、前記患者から生体サンプルを得ること、および前記生体サンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５の異なる内毒素耐性シグネチャー遺伝子（ＥＴＳＧ）の発現レベルを決定することを含んでなり、それにより、重度敗血症の存在または高いリスクがＥＴＳＧの発現レベルにより示される方法を提供する。一実施形態では、１５を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、２０を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、２５を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、３０を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、約３１の異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。

一実施形態では、少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または３１までのＥＴＳＧがＲＮＡＳＥ１、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１、およびＶＣＡＮからなる群から選択される。

特定の実施形態では、表１の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９のＥＴＳＧの発現レベルが決定される。

特定の実施形態では、下記ＥＴＳＧ：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１の発現レベルが決定される。

一実施形態では、本方法は、敗血症を有さない個体からの対照サンプルにおいて同じＥＴＳＧの発現レベルを決定することをさら含んでなる。患者サンプルと対照サンプルからのＥＴＳＧの発現レベルが異なる場合、患者は重度敗血症を有する、または重度敗血症の高いリスクを有すると特定される。

一実施形態では、患者は、重度敗血症を有するとまだ確定診断されてない。別の実施形態では、患者は、重度敗血症を有するとすでに診断されている。

一実施形態では、生体サンプルは、血液、組織、羊水、唾液、尿、羊水、気管支肺胞洗浄液、および皮膚細胞からなる群から選択される。

一実施形態では、重度敗血症を有する患者の特定は、患者に最適な療法を誘導するために使用される。

一実施形態では、ＥＴＳＧ発現のレベルは、生体サンプルにおいてＲＮＡまたはｃＤＮＡレベルを評価することにより決定される。一実施形態では、ＥＴＳＧ発現のレベルは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写酵素（ＲＴ）ＰＣＲ、Ｑ−βレプリカーゼ増幅、リガーゼ連鎖反応、核酸配列増幅、シグナル増幅（アンプリプローブ）、ライトサイクリングおよびＰＣＲの他の変形形態または非ＰＣＲに基づく増幅方法、ディファレンシャルディスプレイ、ノーザン分析、ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、ＤＮＡシーケンシング、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、核酸シーケンシング、マスアレイ分析、およびＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析から選択される１以上の方法を用いて決定される。

一態様において、本発明は、臓器不全のリスクのある個体を特定する方法であって、前記個体から生体サンプルを得ること、および前記生体サンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５の異なるＥＴＳＧの発現レベルを決定することを含んでなり、それにより、臓器不全のリスクがＥＴＳＧの発現レベルにより示される方法を提供する。一実施形態では、１５を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、２０を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、２５を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、３０を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、約３１の異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。

一実施形態では、本方法は、敗血症を持たない個体からの対照サンプルにおける同じＥＴＳＧの発現レベルを決定することをさらに含んでなる。患者サンプルと対照サンプルからのＥＴＳＧの発現レベルが異なる場合に、患者が臓器不全のリスクを有すると特定される。

一実施形態では、少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１のＥＴＳＧは、ＲＮＡＳＥ１、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１、およびＶＣＡＮからなる群から選択される。

特定の実施形態では、下記ＥＴＳＧのうち２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１の発現レベルが決定される：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲ。

一態様において、本発明は、重度敗血症を処置するための方法であって、重度敗血症を有する、または重度敗血症を発症する高いリスクを有する患者を特定すること、および前記患者を重度敗血症の処置に指示される少なくとも１つの有効な抗生物質で処置することを含んでなる方法を提供する。一実施形態では、患者の特定は、前記患者から生体サンプルを得ること、および前記生体サンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５の異なるＥＴＳＧの発現レベルを決定することを含んでなり、それにより、重度敗血症の存在または高いリスクが前記少なくとも２つのＥＴＳＧの発現レベルにより示される。一実施形態では、１５を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、２０を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、２５を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、３０を越える異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。一実施形態では、約３１の異なるＥＴＧＳの発現レベルが決定される。

一実施形態では、本方法は、敗血症を持たない個体からの対照サンプルにおける同じＥＴＳＧの発現レベルを決定することをさらに含んでなる。患者サンプルと対照サンプルからのＥＴＳＧの発現レベルが異なる場合、その患者は重度敗血症を有すると特定され、重度敗血症の処置に指示される少なくとも１つの有効な抗生物質の治療上有効な用量がその患者に投与される。

一態様において、本発明は、それぞれが異なるＥＴＳＧのヌクレオチド配列に相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなる、少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５の異なる核酸を含んでなる重度敗血症の特定のための検査キットを提供する。一実施形態では、本キットは、１５を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、２０を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、２５を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、３０を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、約３１の異なる核酸を含んでなる。

一実施形態では、本キットは、それぞれが異なるＥＴＳＧのヌクレオチド配列に相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなり、前記ＥＴＳＧがＲＮＡＳＥ１、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１、およびＶＣＡＮからなる群から選択される、少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なる核酸を含んでなる。

特定の実施形態では、本キットは、それぞれが表１の異なるＥＴＳＧのヌクレオチド配列に相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなる、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９の異なる核酸を含んでなる。

特定の実施形態では、本キットは、下記ＥＴＳＧ：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲのうち１つのヌクレオチド配列に相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなる、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１の異なる核酸を含んでなる。

一態様において、本発明は、それぞれが異なるＥＴＳＧに相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなる、少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５の異なる核酸を含んでなる、重度敗血症を発症する高いリスクを有する個体を特定するための検査キットを提供する。一実施形態では、本キットは、１５を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、２０を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、２５を越える異なる核酸含んでなる。一実施形態では、本キットは、３０を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、約３１の異なる核酸を含んでなる。

特定の実施形態では、本キットは、それぞれが下記ＥＴＳＧ：Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲのうち１つのヌクレオチド配列に相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなる、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１の異なる核酸を含んでなる。

一態様において、本発明は、それぞれが異なるＥＴＳＧのヌクレオチド配列に相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなる、少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５の異なる核酸を含んでなる、臓器不全のリスクを有する個体を特定するための検査キットを提供する。一実施形態では、本キットは、１５を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、２０を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、２５を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、３０を越える異なる核酸を含んでなる。一実施形態では、本キットは、約３１の異なる核酸を含んでなる。

一実施形態では、本キットは、それぞれが異なるＥＴＳＧのヌクレオチド配列に相当するまたは相補的なヌクレオチド配列を含んでなり、前記ＥＴＳＧがＲＮＡＳＥ１、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１、およびＶＣＡＮ．２３からなる群から選択される、少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なる核酸を含んでなる。

一実施形態では、本発明の検査キットは、使用説明書、サンプル採取デバイス、サンプル調製用の１以上の試薬、および陽性対照サンプルをさらに含んでなる。

一実施形態では、本発明の検査キットは、使用説明書、サンプル採取デバイス、サンプル調製用の１以上、および陰性対照サンプルをさらに含んでなる。

一実施形態では、本発明の検査キットは、使用説明書、サンプル採取デバイス、サンプル調製用の１以上の試薬、および陰性対照サンプルと陽性対照サンプルをさらに含んでなる。

一態様において、本発明は、重度敗血症を有する患者を処置する方法であって、その個体由来の細胞における少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現を変化させることにより内毒素耐性を打ち消す薬剤の治療上有効な量を前記患者に投与することを含んでなる方法を提供する。

一実施形態では、前記薬剤は、インターフェロンγ；ＩＬ−１０を伴うまたは伴わないＣｐＧ−ＯＤＮ；抗ＣＤ４０；ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ６、ｐ５０ＮＦκＢ、およびＩＫＫβの阻害剤；イミダゾキノロン；およびゾレンドロン酸からなる群から選択される。一実施形態では、前記薬剤は免疫細胞である。

一態様において、本発明は、患者において重度敗血症を予防するまたは遅延させる方法であって、前記患者由来の細胞における少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または９９までの異なるＥＴＳＧの発現を変化させることにより内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を前記患者に投与することを含んでなる方法を提供する。

一態様において、本発明は、患者において重度敗血症を処置する方法であって、前記患者由来の細胞における少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現を変化させることにより内毒素耐性を打ち消す薬剤の治療上有効な量を前記患者に投与することを含んでなり、療法中に前記患者から採取したサンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現をモニタリングすることをさらに含んでなる方法を提供する。

一態様において、本発明は、患者において重度敗血症を予防するまたは遅延させる方法であって、患者由来の細胞における少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現を変化させることにより内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を前記患者に投与することを含んでなり、予防処置中に前記患者から採取したサンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現をモニタリングすることをさらに含んでなる方法を提供する。

一態様において、本発明は、患者において臓器不全を予防するまたは遅延させる方法であって、患者由来の細胞における少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現を変化させることにより内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を前記患者に投与することを含んでなり、予防処置中に前記患者から採取したサンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現をモニタリングすることをさらに含んでなる方法を提供する。

一態様において、本発明は、重度敗血症を処置する方法であって、インターフェロンγ；ＩＬ−１０を伴うまたは伴わないＣｐＧ−ＯＤＮ；抗ＣＤ４０；ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ６、ｐ５０ＮＦκＢ、およびＩＫＫβの阻害剤；イミダゾキノロン；およびゾレンドロン酸からなる群から選択される薬剤の治療上有効な量を患者に投与することを含んでなる方法を提供する。一実施形態では、本方法は、療法中に前記患者から採取したサンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現をモニタリングすることをさらに含んでなる。

一態様において、本発明は、重度敗血症を予防するまたは遅延させ方法であって、インターフェロンγ；ＩＬ−１０を伴うまたは伴わないＣｐＧ−ＯＤＮ；抗ＣＤ４０；ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ６、ｐ５０ＮＦκＢ、およびＩＫＫβの阻害剤；イミダゾキノロン；およびゾレンドロン酸からなる群から選択される薬剤の有効量を患者に投与することを含んでなる方法を提供する。一実施形態では、前記方法は、予防処置中に前記患者から採取したサンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現をモニタリングすることをさらに含んでなる。

一態様において、本発明は、臓器不全を予防するまたは遅延させる方法であって、インターフェロンγ；ＩＬ−１０を伴うまたは伴わないＣｐＧ−ＯＤＮ；抗ＣＤ４０；ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ６、ｐ５０ＮＦκＢ、およびＩＫＫβの阻害剤；イミダゾキノロン；およびゾレンドロン酸からなる群から選択される薬剤の有効量を患者に投与することを含んでなる方法を提供する。一実施形態では、本方法は、予防処置中に前記患者から採取したサンプルにおいて少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現をモニタリングすることをさらに含んでなる。

一態様において、本発明は、敗血症を処置することができる薬剤を同定する方法であって、細胞を前記薬剤と接触させること、および前記細胞において少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５の異なるＥＴＳＧの発現を決定することを含んでなる方法を提供する。

一実施形態では、前記細胞は内毒素耐性細胞である。一実施形態では、本方法は、細胞を薬剤と接触させた後にその細胞を内毒素と接触させることをさらに含んでなる。一実施形態では、前記内毒素は、細菌リポ多糖類またはリポテイコ酸である。一実施形態では、細菌リポ多糖類またはリポテイコ酸が細菌内に存在する。

一実施形態では、本発明の薬剤は、細胞を好適な用量の内毒素と接触させること、１８時間待つこと、次いで、前記細胞をより少用量の同じまたは別の内毒素と再び接触させて内毒素耐性細胞を作出すること、次いで、前記内毒素耐性細胞を本発明の薬剤とともにインキュベートすること、および第３の用量の内毒素と相互作用する細胞の能力の回復（耐性打破）を調べることによって得られる。

一実施形態では、本方法は、第２の細胞をインターフェロンγ；ＩＬ−１０を伴うまたは伴わないＣｐＧ−ＯＤＮ；抗ＣＤ４０；ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ６、ｐ５０ＮＦκＢ、またはＩＫＫβの阻害剤；イミダゾキノロン；またはゾレンドロン酸と接触させること、および第２の細胞において同じＥＴＳＧの発現を決定することをさらに含んでなる。

一実施形態では、前記方法は、前記薬剤を、マクロファージ表現型をＭ２からＭ１に変更する能力に関してアッセイすることをさらに含んでなる。

本発明の薬剤は、細胞を好適な用量の内毒素と接触させること、１８時間待つこと、および次いで、細胞をより少用量の同じまたは別の内毒素と再び接触させて内毒素耐性細胞を作出すること、次いで、前記内毒素耐性細胞を本発明の薬剤とともにインキュベートすること、および第３の用量の内毒素と相互作用する細胞の能力の回復（耐性打破）を調べることにより得ることができる。一実施形態では、前記内毒素は、細菌リポ多糖類またはリポテイコ酸である。

一態様において、本発明は、敗血症を処置し得る薬剤を提供、その薬剤は本発明の方法により同定される。一実施形態では、前記薬剤は、マクロファージ表現型をＭ２からＭ１に変更し得る。

一態様において、本発明は、内毒素耐性を抑制することによる敗血症の治療方法を提供する。一実施形態では、患者由来の細胞において少なくとも１つの、または少なくとも２つ、または少なくとも３つ、または少なくとも４つ、または少なくとも５つ、または少なくとも６つ、または少なくとも７つ、または少なくとも８つ、または少なくとも９つ、または少なくとも１０、または少なくとも１１、または少なくとも１２、または少なくとも１３、または少なくとも１４、または少なくとも１５、または少なくとも３１の異なるＥＴＳＧの発現を変更し得る薬剤が使用される。

本明細書に記載の本発明のより良い理解を得るために、以下の実施例を示す。これらの実施例は本発明の例示的実施形態を記載することを意図し、本発明の範囲を何ら限定するものではないと理解される。

方法
概要：内毒素耐性および炎症ＬＰＳ遺伝子シグネチャーは、対照ＰＢＭＣと比較して差次的に発現される遺伝子を同定するヒトＰＢＭＣの公開[Pena OM, et al. Journal of Immunology 2011; 186:7243-54]マイクロアレイ分析から導いた。シグネチャー間のより直接的な比較を可能とするため、差次的に発現される炎症遺伝子を、２時間および６時間の時点でｉｎｖｉｖｏにおいて低用量ＬＰＳで刺激した健常個体のＰＢＭＣからの試験的内毒素血症マイクロアレイデータセット（ＧＳＥ３２８４）[Calvano et al., Nature, 2005, 437:1032-1037]とオーバーラップさせることにより、１７８から９３の遺伝子にさらに減じた。患者および対照における「内毒素耐性」シグネチャーおよび「炎症」シグネチャーの分析は、統計的精密遺伝子セット検定ＲＯＡＳＴ[Wu D, et al. Bioinformatics 2010; 26:2176-82]を用いて行った。データセットの選択は下記の包含判定基準に基づいた：１）横断的または縦断的コホート研究、２）全血または精製白血球集団、３）小児または成人患者、４）対照として使用する健常対象、５）科学雑誌で公開されているデータセットのみ。正規化されたデータセットをＮＣＢＩＧＥＯから、ＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージＧＥＯｑｕｅｒｙ[Davis S, Meltzer PS. Bioinformatics 2007; 23:1846-7]を用いてダウンロードした。データ処理は総て、Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ[Gentleman RC, et al. Genome Biology 2004; 5:R80]を用いてＲにて実行した。ここで報告されるＲＮＡＳｅｑ試験では、７３名の患者（６０±１７歳；男性４６名、女性２７名）を、ＵＢＣヒト倫理審査による承認に従い、救急病棟での初療時に患者の状態に敗血症に進む可能性があるという医師の鑑定に基づいて、繰り延べ同意で動員した。初回の採血後、全血から全ＲＮＡを調製し、ｃＤＮＡに変換し、ＩｌｌｕｍｉｎａＧｅｎｏｍｅＡｎａｌｙｚｅｒＩＩｘで配列決定を行い、ヒトゲノムにマッピングし、標準的な方法によりテーブルに変換した。正規化には、Ｌｉｍｍａｐａｃｋａｇｅｆｕｎｃｔｉｏｎｖｏｏｍを用いた。慣例の検査に基づく他の総ての臨床パラメーターは、カルテの調査によって得た。

メタ分析データセット。敗血症データセットの検索は公開リポジトリＮＣＢＩＧＥＯおよびＥＢＩＡｒｒａｙＥｘｐｒｅｓｓで行った。データセットの選択（表２）は、下記の包含判定基準に基づいた：１）横断的または縦断的コホート研究、２）全血または精製白血球集団、３）小児または成人患者、４）対照として使用する健常対象、５）科学雑誌で試験の一部として公開されているデータセットのみ。アクセスしたデータセットの一覧を表２に示す。

表２脚注
^＊マイクロアレイデータは、リポジトリＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＯｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）からダウンロードした。関連論文（Ｐｕｂｍｅｄ番号で示す）、分析した患者数および特定の試験の詳細を示す。試験の説明を脚注として含める。アレイプラットフォームはＡ．ＧＰＬ５７０［ＨＧ−Ｕ１３３＿Ｐｌｕｓ＿２］ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＵ１３３Ｐｌｕｓ２．０Ａｒｒａｙ；Ｂ．ＧＰＬ６９４７ＩｌｌｕｍｉｎａＨｕｍａｎＨＴ−１２Ｖ３．０発現ビーズチップであった。

表２の第１列の試験による研究計画：
１．ＧＳＥ２８７５０。横断的。オーストラリアにて４箇所の救命救急医療現場で行われた多施設、前向き臨床試験。敗血症患者は、１９９２ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＳｔａｔｅｍｅｎｔ判定基準を満たし、微生物学的診断に基づいて全身感染の臨床徴候があった場合に動員した。健常対象は本試験の正常対照として使用した。
２．ＧＳＥ１３０１５。横断的。非感染対照と比較した、バークホルデリア・シュードマレイ(Burkoldheria pseudomallei)による陽性血液培養を示す敗血症および他の生物による敗血症を有する患者の研究。
３．ＧＳＥ９６９２。横断的。小児集中治療室（ＰＩＣＵ）に収容された敗血性ショックの小児特有判定基準を有する１０歳未満の小児。正常対照患者は、下記の排除判定基準を用い、参加施設から動員した：近日の発熱性疾患（２週間以内）、近日の抗炎症薬の使用（２週間以内）、または炎症に関連する慢性または急性疾患の病歴。
４．ＧＳＥ２６３７８。横断的。敗血性ショックを有する小児からの発現データを、ＰＩＣＵ収容の最初の２４時間に相当する全血由来ＲＮＡサンプルを用いて作成した。健常対象（小児）を本研究の正常対照として使用した。
５．ＧＳＥ２６４４０。横断的。敗血性ショックを有する小児からの発現データを、ＰＩＣＵ収容の最初の２４時間に相当する全血由来ＲＮＡサンプルを用いて作成した。健常対象（小児）を本試験の正常対照として使用した。
６．ＧＳＥ４６０７。縦断的。小児集中治療室に収容され、ＳＩＲＳまたは敗血性ショックのいずれかの判定基準を満たす１０歳未満の小児が本研究に適格者であった。対照患者は、下記の排除判定基準を用い、参加施設の外来科または入院科から動員した：近日の発熱性疾患（２週間以内）、近日の抗炎症薬の使用（２週間以内）、または炎症に関連する慢性または急性疾患の病歴。
７．ＧＳＥ８１２１。縦断的。ゲノムレベルの発現プロファイルを、敗血性ショックを有する小児の、それぞれ敗血性ショックの１日目および３日目に相当する全血由来ＲＮＡから作成した。対照患者は、下記の排除判定基準を用い、参加施設から動員した：近日の発熱性疾患（２週間以内）、近日の抗炎症薬の使用（２週間以内）、または炎症に関連する慢性または急性疾患の病歴。
８．ＧＳＥ１１７５５。縦断的。前向き症例対照研究、髄膜炎菌敗血症を有する６名の小児を含めた。採血を４時点（小児集中治療室への収容後ｔ＝０、ｔ＝８、ｔ＝２４およびｔ＝７２時間）で行った。健常対象（小児）を本研究の正常対照として用いた。
９．ＧＳＥ１３９０４。縦断的。入院１日目および３日目の全身性炎症性応答症候群（ＳＩＲＳ）、敗血症、および敗血性ショックスペクトラムに相当する救急疾患小児のゲノムレベルの発現プロファイル。健常対象（小児）を本研究の正常対照として用いた。

患者の選択および研究計画。盲検、観察的、比較コホート研究において、担当医の鑑定に基づいて敗血症の疑いがある患者を、敗血症の初療疑い時にカナダ、バンクーバーのセントポール病院から登録した。本研究に適当なサンプルサイズを決定するために、十分な感度について標準的な検定力計算を用いた[Jones SR, S Carley, and M Harrison. Emergency medicine Journal 2003; 20, 453-458, 2003]。９５％信頼水準で少なくとも感度０．９を達成するためには、３５名の敗血症患者および７０名の全患者の必要サンプルサイズ（敗血症の疑いがある患者の５０％が実際に敗血症を有すると仮定）を評価した。７２名の全患者を動員し、その後、３７名の敗血症患者を含むことが判明した。本研究の唯一の包含判定基準は、担当医の所見時の敗血症の疑いであった。大多数の患者（８３％）は救急室から登録された。表３に示されるように、これらの個体は不均質であった。ＵＢＣ倫理審査による承認プロトコールにより、敗血性ショックに感染していない者からに及ぶコホートの早期患者動員を可能とする繰り延べ同意が可能であった。対照として、感染の徴候のない、緊急でない手術が予定された、同意している健常個体を動員した。最初の血液培養時にＥＤＴＡ管に採血し、すぐに氷上に置いた。血漿およびバフィーコートを分離し、２つの１ｍｌアリコートを、安全なアラーム付きの−８０℃冷凍庫に移すまで、−２０℃下のバーコード付きクリオバイアルに移した。試験識別番号をこれらの保証付き登録フォームに割り当て、その後の総ての分析で使用した、このようにして、これらの患者の遺伝子発現を分析する研究者には患者情報または臨床経過が伏せられ、最後のデータ分析の際にのみ明らかにされた。臨床データは、セントポール病院のファイアウォールを設けたＲＳＳ暗号化サーバー上のＯＲＡＣＬＥ系データベースに保存した。

臨床データは、ＲＮＡ−Ｓｅｑデータを伏せられた医師研究者により遡及的に（retrospectively）収集された。新たな臓器不全は、電子医療記録システムにおいて収集された検査値に基づいて定義された。評価された急性臓器不全は、ショック（昇圧剤による処置）、急性呼吸窮迫症候群（人工呼吸の必要）、凝固障害（血小板総数＜８０／μＬ）、肝不全（総ビリルビン＞３４μｍｏｌ／Ｌ）および急性腎臓傷害（基準値からの血清クレアチニン上昇≧２６．５μｍｏｌ／Ｌまたは≧１．５倍）の存在であった。最初のバイタルサインは、書類記録から遡及的に（retrospectively）抽出した。

表３脚注： ^＊敗血症の疑いの４８時間以内。^§敗血症の疑いのほとんど４８時間以内。^１最初の臨床検査後に患者がＩＣＵに移ったかどうかを示す。^２[Bone RC, RA Balk, FB Cerra, RP Dellinger, AM Fein, WA Knaus, RM Schein, WJ Sibbald, ASCC Committee. Definitions for sepsis and organ failure and guidelines for the use of innovative therapies in sepsis. The ACCP/SCCM Consensus Conference Committee. American College of Chest Physicians/Soc Critical Care Medicine. 1992. Chest 2009;136:e28; Hotchkiss, RS, IE Karl, The pathophysiology and treatment of sepsis. N Engl J Med 2003; 348, 138-150]の通りの敗血症の診断判定基準。呼吸数およびＣＯ_２分圧はもはや判定基準ではないが、追加情報として加えた。^３ＮＡ：得られなかったことを示す。^４患者は人工呼吸された。^５無しは、培養を要しなかったことを示す。

ＲＮＡ−Ｓｅｑ。ＴｒｕＳｅｑ標準全ＲＮＡサンプル分取キットに従い、Ｒｉｂｏ−Ｚｅｒｏサンプル調製ガイド（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を用いて全ＲＮＡからｃＤＮＡライブラリーを調製した。サンプル分取中にユニーク・アダプター・インデックス（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を付け、サンプルを泳動プールし、単一のフローセルレーンにロードして技術的変動を低減した。ＲＮＡ−Ｓｅｑは、ＧＡＩＩｘ装置（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）にて、６３ｂｐ長の配列リード（＋アダプター／インデックス配列）で１回の読み取り実行を用いて行った。生のベースコールデータをＯｆｆ−ＬｉｎｅＢａｓｅｃａｌｌｅｒ１．９．４（Ｉｌｕｍｉｎａ）および特注Ｐｅｒｌスクリプトを用いてＦＡＳＴＱ配列ファイルに変換した。リードを、ＴｏｐＨａｔｖｅｒｓｉｏｎバージョン２．０６およびＢｏｗｔｉｅ２２．０．０−β６を用いてｈｇ１９ヒトゲノムに対してアラインした。リードをまず、新規な接合の検索を無効にしてＥｎｓｅｍｂｌ転写産物にマッピングした。次に、ゲノム座標をタンパク質コードＥｎｓｅｍｂｌ遺伝子のカウントに変換した。これを行うために、まず、所与の遺伝子に関して総てのタンパク質コード転写産物をマージすることによりキメラ遺伝子モデルを定義した。全サンプルの中でそれらのエキソンの５０％にリードを持った転写産物を発現されなかったとして定義し、キメラトランスクリプトームから排除した。キメラ遺伝子とオーバーラップしたリードを、ｈｔｓｅｑカウントスクリプトを用いて交点−非空モード(intersection-nonempty mode)で計数した。ユニークにマッピングされた遺伝子カウントのファイルを作成するために、このスクリプトは、マルチマップリードならびに複数の異なる遺伝子とオーバーラップするリードを排除する。

データ分析。総てのデータ処理はＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒを用いてＲで実行した。メタ分析のため、正規化されたデータセットを、ＮＣＢＩＧＥＯからＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒｐａｃｋａｇｅＧＥＯｑｕｅｒｙを使用してダウンロードした。データがさらなる正規化を必要とした場合には、さらなる分位正規化工程を含めた。ＲＮＡ−Ｓｅｑ分析では、データを、リードカウントを重み付きｌｏｇｂａｓｅ２ｃｏｕｎｔｓｐｅｒｍｉｌｌｉｏｎに変換するＬｉｍｍａパッケージのＶｏｏｍ関数を用いて正規化した。メタ分析およびＲＮＡ−Ｓｅｑ分析の両方に関して、データはＬｉｍｍａパッケージの線形モデルを用いて要約した。

遺伝子シグネチャーの定義および分析。内毒素耐性シグネチャーおよび炎症遺伝子シグネチャーをこれまでに公開されている[Pena et al 2011]、対照ＰＢＭＣと比較して差次的に発現される遺伝子を同定するヒトＰＢＭＣのマイクロアレイ分析から導いた。シグネチャー間のより直接的な比較を可能とするため、差次的に発現される炎症遺伝子を、２時間および６時間、ｉｎｖｉｖｏにて低用量ＬＰＳで刺激した健常個体のＰＢＭＣから得た試験的内毒素血症マイクロアレイデータセット（ＧＳＥ３２８４）を用いて１７８から９３の遺伝子にさらに減じた。重要なことして、シグネチャーの導出に用いたこの２つの主要な遺伝子発現データセット（ＧＳＥ２２２４８およびＧＳＥ３２８４）を次に、続いての遺伝子セットバリデーション検定から排除した。患者および対照の内毒素耐性シグネチャーおよび炎症シグネチャーの存在または不在の分析は、十分に確立された、統計学的に精密な遺伝子セット検定ＲＯＡＳＴを用いて実行した。遺伝子セットの検定では本質的に、所与の遺伝子セット／シグネチャーがあるデータセット内で濃縮されたシグネチャーかどうかを問う。ＲＯＡＳＴ法はその上、濃縮を計算する際に遺伝子の発現方向の考慮を可能とし、これは遺伝子の発現方向が知られている場合に検定の精度を高める(Wu et al., Bioinformatics, 2010l 26(17):2176-82)。ＲＯＡＳＴは９９９９９回転で実行し、従って、この検定から得られる最も有意なｐ値は０．００００１である。また、さらなる内毒素耐性関連シグネチャーも、これまでに公開されているデータセットから（図４）および代わりの独立した、嚢胞性線維症患者内毒素耐性データセット[Del Fresno C, et al. Journal of Immunology 2009; 182:6494-507]からの複数の有意なカットオフにおいて、本質的に同じ結果で定義された。

診断予測のランダムフォレスト分析。各データセットを、ランダムサンプリングを用いて、トレーニングセット（敗血症患者および対照の７５％を含有）とテストセット（敗血症患者および対照の２５％を含有）に分けた。データセットＧＳＥ１３０１５およびＧＳＥ１１７５５は、各データセットの対照数が少ない（Ｎ＝３）ためにこの分析から省いた。残りの８データセットのそれぞれについて、トレーニングセットに対してモデルを定義し、その後、テストセットに対して、ランダムフォレストパッケージ[Liaw A, Wiener M. R News 2002; 2:18-22]を１０００までのｎｔｒｅｅセットとともに用いて評価した。この手順を１００回繰り返し、各データセットについて平均予測精度を記録した。

実施例１：シグネチャーの定義および特性決定
確定された敗血症患者は「内毒素耐性シグネチャー」を発現する。敗血症における免疫抑制段階の発生を特徴付けるため、およびその内毒素耐性との関連を確定するために、ロバストなバイオインフォマティクスアプローチを採用した。内毒素耐性遺伝子シグネチャーを定義するために、炎症シグナル伝達をモデル化するためにＬＰＳで１回、または内毒素耐性をモデル化するためには２回処理したヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）のマイクロアレイ分析を用いた。対照と比較して、内毒素耐性ＰＢＭＣでは、ユニークに差次的に発現される遺伝子に基づいて９９の遺伝子を含んでなる「内毒素耐性シグネチャー」（下記の表Ａ）が特定されたが、炎症ＰＢＭＣではそうではなかった。比較のため、本発明者らは、従前のＰＢＭＣマイクロアレイデータ(Pena et al., 2011)およびｉｎｖｉｖｏ試験的内毒素血症データセット(Calvano et al., 2005)からの「炎症シグネチャー」を定義した（図１、表４）。内毒素耐性に関する遺伝子シグネチャーが定義されたので、本発明者らは、５３６名の早期敗血症患者（ＩＣＵ収容１日後または３日後）および１４２名の健常対照を包含する９つの公開独立盲検臨床敗血症コホートでグローバルなメタ分析を行った（表２；図２、３、４）。これらの再分析データセットの総てで、患者はＩＣＵ収容後１日後または３日後に動員された。

敗血症患者と健常対照における内毒素耐性シグネチャーおよび炎症シグネチャーの相対的発現を評価するために、所与のシグネチャー（遺伝子セット）がデータセット内の群間で有意に濃縮されているかどうかを調べる遺伝子セット検定アプローチを用いた。９コホートの総てにおいて敗血症患者は、対照と比較して内毒素耐性シグネチャーと強く関連した免疫発現プロファイルを示すことが判明した（図２）。これらの結果は、内毒素耐性シグネチャーを定義するために用いた変化倍率／統計学的カットオフには依存していなかった（図４）。炎症シグネチャーはほとんどのデータセットと有意に関連していたが、この関連は内毒素耐性シグネチャーより一貫して弱かった（図３）。内毒素耐性を後期敗血症とのみ関連付ける従前の報告(Cavaillon J, C Adrie, C Fitting, M Adib-Conquy. J Endotoxin Res 2005; 11:311-320; Otto, GP, M Sossdorf, RA Claus, J Rodel, K Menge, K Reinhart, M Bauer, NC Riedemann. Critical Care 2011; 15:R183; Schefold JC, D Hasper, HD Volk, PReinke. Medical hypotheses 2008; 71:203-208)とは対照的に、ＩＣＵ収容１日後という早期の敗血症患者に「内毒素耐性シグネチャー」との関連が存在し、３日目も維持され、敗血症患者における「安定な」内毒素耐性プロファイルの早期発達と一致していた（図２）。よって、敗血症における免疫不全は内毒素耐性により特徴付けられることが明らかである。

「内毒素耐性シグネチャー」は、敗血症を有する患者で極めて早く発達し、診断前に検出可能である。これまでに公開されている、事前のメタ分析で用いた９つのデータセットの総ての１つの制限は、初療時ではなく敗血症の「確定診断」後の敗血症患者トランスクリプトームの分析であった。従って、内毒素耐性の発生の時機および本明細書で特定されたシグネチャーの診断上の有用性をより良く理解するために、臨床疾患の可能な限り最も早い段階でユニークな患者コホートを形成した。担当医の患者病歴の分析、身体検査および微生物培養検査の緊急要請に基づき、敗血症の臨床的疑いの直後に患者を動員した。敗血症診断／微生物同定を助けるために、培養用に採取された初回血液サンプルから単離されたＲＮＡに対してＲＮＡ−Ｓｅｑを行った。これに基づき適当な検定力計算を行い、７２名のごく初期の疑いのある敗血症患者（表３）、ならびに基礎疾患の無い予定手術の前に動員されたさらに１１名の対照患者を動員した。この臨床的試みにおいて早期差次的診断手段の可能性を検討すると、生理学における種々の重大な障害（おそらく敗血症により引き起こされた）を最初に呈する患者のコホートは大きな臨床的合併症を有する。

サンプル単離後に最も早く記録された臨床評価（表３）に基づき、７２名の疑いのある敗血症患者のコホート内の患者を現行の敗血症診断判定基準(R. C. Bone、et al., 2009)と一致して、「敗血症」（ｎ＝３７）、または「非敗血症」（ｎ＝３５）として遡及的に分類した。顕著なこととしては、臨床的敗血症の最も早期であっても、内毒素耐性シグネチャーは、健常対照と比較して、後に敗血症を有すると確定された患者でのみ有意に濃縮されており、他の診断を有する（「非敗血症」）患者ではそうではなかった（図５Ａ）。事前のまた分析からの結果と合わせると、敗血症は、臨床疾患の総ての初期段階で内毒素耐性と強く関連していると思われる（図２および５Ａ）。加えて、炎症シグネチャーは「非敗血症」群では統計的有意性に達していなかったものの、これら２群の内毒素耐性シグネチャーと炎症シグネチャーの対照的な相対的濃縮は、敗血症患者にユニークな内毒素耐性と炎症のバランスにおける基本的差異を示し得る。最後に、内毒素耐性シグネチャーも、「非敗血症」群と直接比較した場合、「敗血症」群で濃縮されており（図５Ｂ）、「疾病」患者だけでなく敗血症に対する内毒素耐性の特異性を裏づける。

敗血症を診断する試みの１つは、低感度の細菌培養による感染の確定である(RC Bone, et al., 2009)。実際に、現行の敗血症診断判定基準は、これらの感度の問題のために、確定された感染よりも「感染の疑い」に基づいている(RC Bone, et al., 2009)。この概念は、患者群の両方でシグネチャー濃縮を微生物培養結果と比較することにより強調された。従前の結果と一致して、内毒素耐性シグネチャーは「敗血症群」で高く（図５Ｃ）、炎症シグネチャーは微生物培養結果に関わらず「非敗血症」群で高く（図５Ｄ）、さらに、「疾病」患者のこれらの２群間でのシグネチャーの興味深い逆転傾向が強調される。予想されたように、微生物培養の感度問題を考えれば、内毒素耐性シグネチャーは培養陽性群でより有意な濃縮を示したが、培養陰性群でも強い濃縮があり、この群内でおそらく誤って同定された「感染陰性」患者の存在と一致している（図５Ｃ）。ＲＮＡ−Ｓｅｑ分析を診断的微生物培養に使用されたものと同じ血液サンプルで行った際の、敗血症シグネチャーと内毒素耐性シグネチャーの間の強い関連は、内毒素耐性シグネチャーが微生物培養よりも高感度の診断用ツールを提供し得ることを示唆する。

これらのデータを合わせると、内毒素耐性は、敗血症の初期臨床経過中に存在し、「診断」前に検出可能であり、敗血症の疑いのあった患者のコホートの中で敗血症を発症する患者を識別するために使用可能であることを示す。

次に、疑いのある敗血症患者コホートにおける内毒素耐性に駆動される免疫抑制状態（内毒素耐性シグネチャーにより検出されるような）と続いての臓器不全の発生によって定義される敗血症の重篤度との関連を検討した。続いての臓器不全発生は、敗血症診断とは独立に臓器不全陽性群および陰性群に遡及的に分類された患者で、試験登録の４８時間内で評価した（心血管、凝固、腎臓、肝臓、および呼吸器系；表４および５）。次に、これらの群に上記と同じ遺伝子セット検定分析を行った。興味深いことに、内毒素耐性シグネチャーは、個々のまたは複数の（３＋）臓器不全の発生と有意な関係があることが判明した（図６Ａ；血液凝固不全を除く）。ＩＣＵ収容は、各科で利用可能な空きまたはベッド数などの病院規定の固有の主観性に依存し得るが、ＩＣＵに移送される患者は一般に死亡リスクの高い悪い状態にある。従って、ＩＣＵ収容の要件も、第２の、疾病重篤度の確度の低い尺度として評価したところ、この場合にも内毒素耐性シグネチャーは疾病重篤度の高さと関連していた（図６Ｂ）。これらの結果は、内毒素耐性が敗血症の重篤度、特に、続いての臓器不全の発生と関連していることを示す。

１０の独立したデータセットからの６００名を越える患者で、内毒素耐性と敗血症の間に強い関連が得られたので、敗血症診断のツールとしての内毒素耐性シグネチャーの有用性を検討した。全９９の遺伝子の内毒素耐性シグネチャーは敗血症における免疫不全を特徴付けるために有用であったが、遺伝子が少数であるほど診断検査には使用しやすい。よって、この最初のシグネチャーの有用なサブセット（診断上の有用性に関して後に試験できる）を同定するために９９遺伝子シグネチャーをさらに分析した。これを行うため、９つの文献データセットの多数（７＋）で敗血症患者と対照の間で１．５倍を越える差次的発現を示した遺伝子を選択した。これにより、元の９９遺伝子内毒素耐性シグネチャーから３１の遺伝子のサブセットが同定された（図７）。

分類アルゴリズム、ランダムフォレストを、特定された３１遺伝子サブセット内の遺伝子の、対照から敗血症患者を分類する能力を評価するために用いた。各データベース（外部および内部）をトレーニングセットとテストセットに分け、各データベースに対して独立にランダムフォレスト分類を行った。３１遺伝子サブセットは、対照から敗血症患者分離する場合に優れた精度を示し、総てのデータベースの平均精度は９５．７％であった（表６）。この３１遺伝子サブセットはまた、敗血症の疑いのある患者群で敗血症および個々の／複合型の臓器不全の予測においても高性能を示し、６２．４〜８７．４％の範囲の精度であった（表６）。この同じ分析は全９９遺伝子の内毒素耐性シグネチャーを用いても行われ、この遺伝子セットは同等の性能を示し、この遺伝子低減戦略の妥当性が裏づけられる（表７）。受信者動作特性の曲線下面積（ＡＵＣ）の評価も同様に行った。複数の異なるデータセットで、臨床上適切な時点（診断培養の現時刻）での３１遺伝子サブセットの強力な性能は、敗血症の診断における３１遺伝子サブセットの使用を支持する。内毒素耐性と敗血症の間の強い関連は１０の異なるデータベースで同定され、場所、方法、性別、年齢、人種、および敗血症診断判定基準変数に依存しなかった。よって、全９９遺伝子内毒素耐性シグネチャーと３１遺伝子サブセットの両方が敗血症診断のツールとして有用性を有する。敗血症のための正確な診断ツールは，敗血症における早期介入の重要性および敗血症に特異的な臨床特徴の欠如のために高い臨床優先度を持つ[Hotchkiss RS, Monneret G, Payen D. Lancet Infectious Diseases 2013; 13: 260-8]。内毒素耐性関連バイオマーカーを用いるさらなる利点は、それらが患者の免疫機能状態に関する情報を提供するということである。

表６脚注：^＊各データセットを、ランダムサンプリングを用いて、トレーニングセット（敗血症患者および対照の２／３を含有）とテストセット（敗血症患者および対照の１／３を含有）に分けた。データセットＧＳＥ１３０１５およびＧＳＥ１１７５５は、各データセットの対照数が少ない（Ｎ＝３）ためにこの分析から省いた。残りの８データセットのそれぞれについて、トレーニングセットに対してモデルを定義し、その後、テストセットに対して、ランダムフォレストパッケージを１０００までのｎｔｒｅｅセットとともに用いて評価した。この手順を１００回繰り返し、各データセットについて平均予測精度を記録した。最初に敗血症の疑いがあり、敗血症または臓器不全を発症したまたは発症へ移行しなかった患者を分類するために、このデータセットで分析を繰り返した。

内毒素耐性シグネチャーは、対照から敗血症患者を分離する際に優れた精度を示し（全体の精度：ランダムフォレスト＝９５％；曲線下面積＝９８．９％）、１９〜２２７名の患者を含む各試験で同様の精度を示した（表６）。

内毒素耐性シグネチャーと確定敗血症の間の関係は強く、１０の異なるデータセットで統計学的に有意であり（図２および５、表６）、サンプルサイズ、場所、方法、性別、年齢および人種に依存しなかった。これらの結果から、内毒素耐性シグネチャーはごく初期の敗血症にロバストな関係を示すことが確認される。内毒素耐性シグネチャーは、主として臓器不全の発生により評価される疾病の重篤度にも関連があった。従って、内毒素耐性により媒介される免疫不全が介在する敗血症病因のアップデートモデルが示される。さらに、これらの結果は、免疫不全が臨床上適切な診断上の時点で検出できることを示し、患者の機能的免疫状態に関するユニークな情報を提供する。従って、内毒素耐性シグネチャーまたはサブセットは、免疫調節（例えば、抗内毒素耐性）および支持療法から利益を受け得る患者のサブセットを定義するために役立ち得る。

敗血症は一般に、過度な炎症性応答（初期）、その後の抗炎症／免疫抑制優勢段階への移行として分類される(Hotchkiss et al, 2013)。しかしながら、この後期の性質および時機は十分に特徴付けられていなかった。内毒素耐性を後期敗血症とのみ関連付けるこれまでの報告とは対照的に、本明細書に記載される結果は、１０の敗血症患者コホートの総てで、初期臨床疾患の総ての段階で内毒素耐性シグネチャーおよびサブセットおよびと強く関連付けられる免疫発現プロファイルを示したことが明らかであった（図２、５および６）。遺伝的臨床展望から、この疾患をどのように処置するか考える場合、過度の炎症および抗炎症／免疫抑制段階の性質および時機を特徴付けることは不可欠である。これは、おそらくは患者の免疫状態に関する知識の欠如のために種々の治療アプローチがこれまでに大きな成功を遂げなかった場合に特に重要である。本明細書に提供されたデータはまた、このシグネチャーが敗血症の発症を予測できたことも示し、内毒素耐性シグネチャーおよびサブセットが診断ツールとして有用性を持つことを示唆する。

最も重要なこととして、本研究は、内毒素耐性シグネチャーおよびサブセットと疾病の重篤度および臓器不全との関連を明らかに示すことができた（図６）。臓器不全は患者の増悪およびやがては死に寄与する主要な因子と考えられる。重要なこととして、内毒素耐性シグネチャーは、臓器不全の発生の最大４８時間前に存在しており、シグネチャーまたはサブセットはさらに、どの患者が増悪病態を発症するリスクが高いかを評価するスクリーニング方法としても使用できることを示す。

これらのデータは初期敗血症では内毒素耐性状態が優勢であることを示したが、本研究で行った比較の多くでは、比較的低いレベルにもかかわらず、炎症シグネチャーも有意に濃縮されていたことに留意することが重要である。生物学的展望から、これらの所見は、局部的感染を有する個体（例えば、非敗血症群の患者）は、最初の傷害が起こる際に、炎症のバランスをとり、システムを恒常性へ導くために短時間の炎症性応答が急速に鎮静することを示唆する。しかしながら、制御されない感染源が存在し、おそらく遺伝子因子が寄与する敗血症では(Murkin JM, and KR Walley, The Journal of Extra-Corporeal Technology 41, P43-49, 2009)、炎症と内毒素耐性の間の免疫バランスは、内毒素耐性によりますます優勢となる状態に向かって有害なまでにアンバランスとなる。よって、本明細書での所見は、好中球および単球／マクロファージなどの休止中の免疫細胞が活性となる初期（制御されない）感染が存在し、その結果、患者が最初の強い臨床症状を発症することを示す。敗血症患者では、第２の内毒素刺激がおそらく内毒素耐性プロファイルの急速な活性化をもたらす。最初の入院時までに、この内毒素耐性プロファイルは末梢血単核細胞で系統的に優勢となるとともに、この急速にターンオーバーする集団で残存する好中球性の炎症がなお起こる。

従って、敗血症に炎症成分が残るとともに、内毒素耐性により駆動される状態が敗血症における全面的免疫不全に、ひいては疾患の重篤度に寄与している。

細胞レベルでは、敗血症における免疫不全の主要な原因は、おそらくは、過度の好中球性炎症および血管漏出、凝固、リンパ球の死滅などのその結果を軽減する試みにおける、寛容化単球／マクロファージの急速な蓄積このシステムのＭ２様状態へのロック(Pena, OM, et al., J Immunol 2011, 186:7243-7254)である。しかしながら、患者の単球／マクロファージ応答が弱化すると、好中球などの他の免疫細胞集団の継続的活性化にもかかわらず、一次感染の排除不能および二次感染に対する感受性の増大にも至り得る。骨髄からの絶え間なく補充されているため、好中球はおそらく炎症誘発性サイトカイン応答の主要な駆動因子であるが、それらもおそらくやがては内毒素耐性状態に入る(Parker LC, et al., J Leukocyte Biology 2005; 78:1301-1305)。

加えて、本明細書では、内毒素耐性シグネチャーおよびサブセットは敗血症群間の陽性培養とより高い関連を持ち、陰性培養を示すものとも同様のより高い傾向を持っていたことが示される（図５Ｃ）。対照的に、炎症シグネチャーは「非敗血症」患者間で優勢であり、陽性培養を示す患者間に強く存在している（図５Ｄ）。従前に述べた点で整列される患者の各群間で異なる傾向を見出すことは興味深い：「非敗血症」群において陽性培養に対して陰性の方向で増強された初期炎症シグネチャーは、おそらく局部的感染または初期の無菌性炎症プロセスの際の炎症の初期増強相を示す。その後、「敗血症」群の患者の場合のように、極端に体調不良となった患者では、全身感染によりもたらされる耐性へ向かう急速な移行が見られ、記載された結果に見られるようなより強い内毒素耐性状態およびその存在の増強に至り、培養陰性から培養陽性傾向を示す。

処置のために宿主指向型療法を考える際には、臨床疾患中の炎症および免疫抑制プログラムの寄与を特徴付けることが重要である。本明細書に記載の結果は、内毒素耐性状態が臨床的敗血症の最も初期の段階で優勢であり、おそらくは敗血症における免疫不全を駆動していることを証明する。よって、過度な炎症だけによって特徴付けられる免疫相があれば、それはおそらく発病前に起こる。しかしながら、多くの敗血症患者群における炎症シグネチャーの有意な濃縮を考えれば、それはおそらく敗血症病因のユニークなパターンに寄与する内毒素耐性と炎症の組合せである。これらの所見は、２段階モデルから臨床疾患の最も早期に内毒素耐性により駆動される免疫不全により特徴付けられる臨床上関連のある免疫病因論への転換を要する。優勢な内毒素耐性シグネチャーの検出は、敗血症の疑いを助け、従って、治療チームを免疫応答のバランスをとるための適当な支持療法および免疫調節療法を考えることに向ける。

結論として、これらの研究は、敗血症の経過のごく初期に存在する、敗血症病因に関連し、臓器不全のリスクに強く関連するユニークな内毒素耐性プロファイルの初めての記載を提供する。

実施例２：内毒素耐性シグネチャーに基づく新規療法
内毒素耐性遺伝子のネットワーク分析は、これらの遺伝子のほとんどが極めて強いサブネットワークを形成していたことを明らかにし、このシグネチャーが敗血症患者の免疫不全におそらく関連する決定的な機構を反映することを示唆する（図８）。

患者が間もなく敗血症に罹患しようとしていることを知る１つの意味は、最も有効な薬物のカクテルを含んでなる適当な抗生物質療法を適用できるということである。現行の臨床指針は、培養結果を待っている間に患者には静脈内セフトリアキソンおよびアジスロマイシンを開始すべきことを指示している。この投与計画の目的は、敗血症を獲得する可能性があると思われる患者の一部だけが実際にそうなるので、主要な耐性問題の回避を試みることである（例えば表３参照）。疾病経過のごく初期に患者が敗血症を有することを知ることで、医師は感染の影響を軽減することを試みるために最も積極的な療法を指示することができる。

第２の治療戦略は耐性を打破してマクロファージの免疫抑制状態を逆転させることであろう。これまでに事実上、敗血症を処置するために試みられた総ての療法が、反対のことをする、すなわち、過剰な炎症状態を抑制することを試みたものであり、これは敗血症に対する患者の防御能を悪化させる可能性を持っている。過剰な炎症状態を抑制するための３１を越える臨床試験では、一貫して、このアプローチは失敗した。

内毒素耐性を打破するための方法の例としては、免疫細胞[Heusinkveld M,et al. Journal of Immunology 2011; 187:1157-1165]、インターフェロンγ、ＩＬ−１０を伴うまたは伴わないＣｐＧ−ＯＤＮ、抗ＣＤ４０、ＳＴＡＴ３の阻害剤、ＳＴＡＴ６の阻害剤、ｐ５０の阻害剤、ＮＦκＢの阻害剤、ＩＫＫβの阻害剤、イミダゾキノロンおよびゾレンドロン酸[Sica A, A Mantovani. Journal of Clinical Investigation 2012; 122:787-795]が挙げられる。他の可能性のある薬剤としては、Ｍ２極性化マクロファージにおいて内毒素耐性シグネチャーからの１以上の遺伝子の発現を抑制する、またはｉｎｖｉｔｒｏおよびｉｎｖｉｖｏでＭ２マクロファージの特性をＭ１マクロファージの特性に戻すための化学薬剤、細胞または天然物が挙げられる[Sica and Mantovani, 2012]。

本明細書に引用されている総ての特許、特許出願、刊行物およびデータベースエントリーの開示は、それにより、このような各個の特許、特許出願、刊行物およびデータベースエントリーが具体的かつ個々に引用することにより本明細書の一部とされることが示される場合と同程度に、それらの全内容が引用することにより具体的に本明細書の一部とされる。

本発明はある特定の実施形態を参照して記載されているが、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなくその種々の改変が当業者には自明である。当業者に自明であるこのような改変は総て、下記の特許請求の範囲内に含まれるものとする。

Claims

対象において敗血症を診断するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が敗血症を有することを示す、方法。
敗血症が重度敗血症である、請求項１に記載の方法。
重度敗血症を発症するリスクのある対象を特定するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が重度敗血症を発症するリスクを有することを示す、方法。
臓器不全のリスクのある対象を特定するための方法であって、前記対象から得た生体サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較することを含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が臓器不全のリスクを有することを示す、方法。
前記対象に敗血症を有する疑いがある、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
前記対象が標準手順により敗血症を有すると診断された、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
対象において内毒素耐性を診断するための方法であって、
ａ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および
ｂ）前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること
を含んでなり、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記対象が内毒素耐性を有することを示す、方法。
前記対象に敗血症を有するまたは敗血症を有する疑いがある、請求項８に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間に差異があれば、前記対象を重度敗血症および／または臓器不全のリスクがあるとして特定することをさらに含んでなる、請求項８または９に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２つの、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも５つの、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項１１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも１０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項１１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも１５の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項１１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項１１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２５の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項１１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも３０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項１１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも３１の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項１１に記載の方法。
遺伝子がＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＵＰＰ１またはＶＣＡＮであれば発現変化方向はアップレギュレーションであり、遺伝子がＡＤＡＭ１５、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＣＡＭＰ、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＤＨＲＳ９、ＧＰＮＭＢ、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＮＱＯ１、ＰＬＤ３、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ４、ＴＬＲ７またはＴＳＰＡＮ４であればダウンレギュレーションである、請求項１１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される、請求項７〜１９のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる、請求項７〜１９のいずれか一項に記載の方法。
発現レベルの決定が、前記複数の遺伝子のそれぞれによりコードされる核酸を検出することを含んでなる、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
発現レベルの決定が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅法、非ＰＣＲ系増幅法、逆転写酵素−（ＲＴ）ＰＣＲ、Ｑ−βレプリカーゼ増幅、リガーゼ連鎖反応、シグナル増幅（アンプリプローブ）、ライトサイクリング、ディファレンシャルディスプレイ、ノーザン分析、ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ分析、ＤＮＡシーケンシグ、Ｒｅｆ−Ｓｅｑ、マスアレイ分析およびＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析の１以上を含んでなる、請求項２２に記載の方法。
核酸の検出が、前記生体サンプルを、前記複数の遺伝子のそれぞれによりコードされる核酸とハイブリダイズし得る複数のポリヌクレオチドプローブを含んでなるマイクロアレイと接触させることを含んでなる、請求項２２に記載の方法。
発現レベルの決定が、前記生体サンプルからｍＲＮＡを単離すること、前記ｍＲＮＡを逆転写してｃＤＮＡ産物を生成すること、および前記ｃＤＮＡ産物を、前記複数の遺伝子から発現される複数のｍＲＮＡと相補的な複数のｃＤＮＡとハイブリダイズし得る複数のポリヌクレオチドプローブを含んでなるマイクロアレイと接触させることを含んでなる、請求項２２に記載の方法。
前記対象から生体サンプルを得る工程をさらに含んでなる、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
前記生体サンプルが血液、血漿、血清、組織、羊水、唾液、尿、便、気管支肺胞洗浄液、脳脊髄液または皮膚細胞を含んでなる、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
前記生体サンプルが血液を含んでなる、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
有効量の１以上の抗生物質を、請求項１に記載の方法により敗血症を有すると診断された対象に投与することを含んでなる、敗血症の治療方法。
対象において敗血症を治療するための方法であって、
ａ）前記対象が敗血症を有するかどうか、または敗血症を発症するリスクがあるかどうかを、
（ｉ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および
（ｉｉ）記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異は、前記対象が敗血症を有すること、または敗血症を発症するリスクがあることを示す、
により決定すること、および
ｂ）前記対象が敗血症を有する、または敗血症を発症するリスクがある場合に、前記対象に有効量の１以上の抗生物質を投与すること
を含んでなる、方法。
敗血症が重度敗血症である、請求項３０に記載の方法。
前記１以上の抗生物質が、グリコペプチド、セフラスポリン(ceflasporin)、β−ラクタム、β−ラクタマーゼ阻害剤、カルバペネム、キノロン、フルオロキノロン、アミノグリコシド、マクロライドおよびモノバクタムの１つまたは組合せである、請求項２９〜３１のいずれか一項に記載の方法。
対象において臓器不全のリスクを軽減するための方法であって、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法により敗血症を有するまたは重度敗血症を発症するリスクがあると診断された対象に有効量の１以上の抗生物質を投与することを含んでなる、方法。
対象において臓器不全のリスクを軽減するための方法であって、
ａ）前記対象が臓器不全のリスクを有するかどうかを、
（ｉ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および
（ｉｉ）前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異は、前記対象が臓器不全のリスクを有することを示す、
により決定すること、および
ｂ）前記対象が臓器不全のリスクを有する場合に、前記対象に有効量の１以上の抗生物質を投与すること
を含んでなる、方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２つの、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項２９〜３４のいずれか一項に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも５つの、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項３５に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも１０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項３５に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも１５の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項３５に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項３５に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２５の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項３５に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも３０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項３５に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも３１の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項３５に記載の方法。
遺伝子がＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＵＰＰ１またはＶＣＡＮであれば発現変化方向はアップレギュレーションであり、遺伝子がＡＤＡＭ１５、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＣＡＭＰ、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＤＨＲＳ９、ＧＰＮＭＢ、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＮＱＯ１、ＰＬＤ３、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ４、ＴＬＲ７またはＴＳＰＡＮ４であればダウンレギュレーションである、請求項３５〜４２のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される、請求項２９〜４３のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる、請求項２９〜４３のいずれか一項に記載の方法。
重度敗血症を発症する対象のリスクを軽減するための方法であって、請求項３に記載の方法により重度敗血症を発症するリスクがあると診断された対象に、内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を投与することを含んでなる、方法。
対象において臓器不全のリスクを軽減するための方法であって、請求項４に記載の方法により臓器不全のリスクを有すると診断された対象に、内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を投与することを含んでなる、方法。
重度敗血症または臓器不全を発症する対象のリスクを軽減するための方法であって、前記対象に内毒素耐性を打ち消す薬剤の有効量を投与することを含んでなる、方法。
前記対象が重度敗血症または臓器不全を発症するリスクを有することを、
（ａ）前記対象から得た生体サンプルにおいて、ＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子の発現レベルを決定してサンプル遺伝子シグネチャーを得ること、および
（ｂ）前記サンプル遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照遺伝子シグネチャーは、前記複数の遺伝子のそれぞれの標準発現レベルを表し、
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異は、前記対象が重度敗血症または臓器不全を発症するリスクを有することを示す、
により決定することをさらに含んでなる、請求項４８に記載の方法。
前記対象から得たサンプルにおいて前記複数の遺伝子の発現を処置中の１以上の時点でモニタリングすることをさらに含んでなる、請求項４６、４７または４９のいずれか一項に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２つの、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項４６、４７、４９または５０のいずれか一項に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも５つの、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項５１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも１０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項５１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも１５の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項５１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項５１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも２５の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項５１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも３０の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項５１に記載の方法。
前記サンプル遺伝子シグネチャーと前記参照遺伝子シグネチャーの間の差異が、前記複数の遺伝子のうち少なくとも３１の、ある発現変化方向における発現の差異により定義される、請求項５１に記載の方法。
遺伝子がＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＵＰＰ１またはＶＣＡＮであれば発現変化方向はアップレギュレーションであり、遺伝子がＡＤＡＭ１５、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＣＡＭＰ、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＤＨＲＳ９、ＧＰＮＭＢ、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＮＱＯ１、ＰＬＤ３、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ４、ＴＬＲ７またはＴＳＰＡＮ４であればダウンレギュレーションである、請求項５１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される、請求項４６、４７および４９〜５９のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる、請求項４６、４７および４９〜５９のいずれか一項に記載の方法。
内毒素耐性を打ち消す薬剤が免疫療法である、請求項４６〜６１のいずれか一項に記載の方法。
前記薬剤が免疫細胞を含んでなる、請求項６２に記載の方法。
前記薬剤がインターフェロンγ、ＣｐＧ−オリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）、ＣｐＧＯＤＮとＩＬ−１０の組合せ、抗ＣＤ４０抗体、ＳＴＡＴ３の阻害剤、ＳＴＡＴ６の阻害剤、ｐ５０の阻害剤、ＮＦκＢの阻害剤、ＩＫＫβの阻害剤、イミダゾキノロンまたはゾレンドロン酸である、請求項４６〜６１のいずれか一項に記載の方法。
敗血症の処置用の候補薬剤を特定するための方法であって、
ａ）内毒素耐性細胞を試験薬剤と接触させること、
ｂ）前記内毒素耐性細胞において複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定して発現シグネチャーを得ること、
ｃ）前記発現シグネチャーを参照発現シグネチャーと比較すること、ここで、前記参照シグネチャーは、正常細胞における前記複数の遺伝子の発現レベルを表す、および
ｄ）前記発現シグネチャーが前記参照シグネチャーと実質的に一致する場合に、その試験薬剤を敗血症の処置用の候補薬剤として選択すること
を含んでなる、方法。
前記複数の遺伝子がＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される、請求項６５に記載の方法。
前記複数の遺伝子が少なくとも５つの遺伝子を含んでなる、請求項６５または６６に記載の方法。
前記複数の遺伝子が少なくとも１０の遺伝子を含んでなる、請求項６５または６６に記載の方法。
前記複数の遺伝子が少なくとも１５の遺伝子を含んでなる、請求項６５または６６に記載の方法。
前記複数の遺伝子が少なくとも２０の遺伝子を含んでなる、請求項６５または６６に記載の方法。
前記複数の遺伝子が少なくとも２５の遺伝子を含んでなる、請求項６５または６６に記載の方法。
前記複数の遺伝子が少なくとも３０の遺伝子を含んでなる、請求項６５または６６に記載の方法。
前記複数の遺伝子が少なくとも３１の遺伝子を含んでなる、請求項６５または６６に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される、請求項６５〜７３のいずれか一項に記載の方法。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる、請求項６５〜７３のいずれか一項に記載の方法。
サンプルにおいてＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される複数の遺伝子のそれぞれの発現レベルを決定するためのキットであって、遺伝子特異的試薬と使用説明書を含んでなり、前記遺伝子特異的試薬のそれぞれが前記複数の遺伝子またはその相補物の各個の発現産物を検出することができる、キット。
前記複数の遺伝子が少なくとも５つの遺伝子を含んでなる、請求項７６に記載のキット。
前記複数の遺伝子が少なくとも１０の遺伝子を含んでなる、請求項７６に記載のキット。
前記複数の遺伝子が少なくとも１５の遺伝子を含んでなる、請求項７６に記載のキット。
前記複数の遺伝子が少なくとも２０の遺伝子を含んでなる、請求項７６に記載のキット。
前記複数の遺伝子が少なくとも２５の遺伝子を含んでなる、請求項７６に記載のキット。
前記複数の遺伝子が少なくとも３０の遺伝子を含んでなる、請求項７６に記載のキット。
前記複数の遺伝子が少なくとも３１の遺伝子を含んでなる、請求項７６に記載のキット。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される、請求項７６〜８３のいずれか一項に記載のキット。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる、請求項７６〜８３のいずれか一項に記載のキット。
前記発現産物またはその相補物がＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはタンパク質である、請求項７６〜８５のいずれか一項に記載のキット。
各発現産物が核酸であり、各遺伝子特異的試薬が、前記核酸発現産物またはその相補物の少なくとも１つと特異的に結合し得るポリヌクレオチドプローブを含んでなる、請求項８６に記載のキット。
核酸発現産物の少なくとも一部の増幅のためのポリヌクレオチドプライマーをさらに含んでなる、請求項８７に記載のキット。
前記ポリヌクレオチドプローブがマイクロアレイとして提供される、請求項８７または８８に記載のキット。
１以上の対照をさらに含んでなる、請求項７６〜８９のいずれか一項に記載のキット。
前記キットが対象における敗血症の診断、重度敗血症を発症する対象のリスクの決定、または対象における臓器不全のリスクの決定を目的として使用のためのものである、請求項７６〜９０のいずれか一項に記載のキット。
サンプルにおいて複数の内毒素耐性シグネチャー遺伝子の発現を検出するためのマイクロアレイであって、固相支持体に結合された複数のポリヌクレオチドプローブを含んでなり、前記ポリヌクレオチドプローブのそれぞれが前記複数の遺伝子またはその相補物の各個の発現産物と特異的にハイブリダイズし得る、マイクロアレイ。
前記複数の遺伝子がＡＤＡＭ１５、ＡＤＡＭＤＥＣ１、ＡＬＣＡＭ、ＡＬＤＨ１Ａ１、ＡＮＫＲＤ１、Ｃ１９ｏｒｆ５９、ＣＡ１２、ＣＡＭＰ、ＣＣＬ１、ＣＣＬ１９、ＣＣＬ２２、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ７、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ９３、ＣＤＫ５ＲＡＰ２、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＣＳＴ６、ＣＴＳＫ、ＣＸＣＬ１０、ＣＹＰ１Ｂ１、ＣＹＰ２７Ｂ１、ＤＤＩＴ４、ＤＨＲＳ９、ＤＰＹＳＬ３、ＥＧＲ２、ＥＭＲ１、ＥＭＲ３、ＦＢＰ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＣＥＲ２、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＧＰＮＭＢ、ＧＰＲ１３７Ｂ、ＨＢＥＧＦ、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＩＳＴ２Ｈ２ＡＣ、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＨＴＲＡ１、ＩＬ１８ＢＰ、ＩＬ３ＲＡ、ＩＴＧＢ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＬＩＬＲＡ３、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＰＡ、ＬＹ８６、ＭＡＲＣＯ、ＭＧＳＴ１、ＭＭＰ７、ＭＴ１Ｆ、ＭＴ１Ｇ、ＭＴ１Ｈ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ１Ｘ、ＭＸＤ１、ＭＹＡＤＭ、ＮＥＦＨ、ＮＱＯ１、ＮＲＩＰ３、ＯＬＩＧ２、ＰＡＮＸ２、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＬＤ３、ＰＰＢＰ、ＰＲＯＣＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＰＴＧＥＳ、ＰＴＧＲ１、ＲＡＢ１３、ＲＡＲＲＥＳ１、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、ＲＮＡＳＥ１、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＥＲＰＩＮＢ７、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ７Ａ１１、ＴＧＭ２、ＴＬＲ７、ＴＭＥＭ１５８、ＴＲＥＭ１、ＴＳＰＡＮ４、ＵＰＰ１およびＶＣＡＮから選択される、請求項９２に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子が少なくとも５つの遺伝子を含んでなる、請求項９２または９３に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子が少なくとも１０の遺伝子を含んでなる、請求項９２または９３に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子が少なくとも１５の遺伝子を含んでなる、請求項９２または９３に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子が少なくとも２０の遺伝を子含んでなる、請求項９２または９３に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子が少なくとも２５の遺伝子を含んでなる、請求項９２または９３に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子が少なくとも３０の遺伝子を含んでなる、請求項９２または９３に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子が少なくとも３１の遺伝子を含んでなる、請求項９２または９３に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲから選択される、請求項９２〜１００のいずれか一項に記載のマイクロアレイ。
前記複数の遺伝子がＣ１９ｏｒｆ５９、ＣＣＬ２２、ＣＤ１４、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＤＨＲＳ９、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＦＰＲ１、ＦＰＲ２、ＧＫ、ＨＩＳＴＨ２Ｈ２ＡＡ３、ＨＫ２、ＨＫ３、ＨＰＳＥ、ＬＩＬＲＡ５、ＭＧＳＴ１、ＰＤＬＩＭ７、ＰＬＡＵＲ、ＰＳＴＰＩＰ２、ＲＡＢ１３、ＲＥＴＮ、ＲＨＢＤＤ２、Ｓ１００Ａ４、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＵＰＰ１、ＣＰＶＬ、ＣＳＴ３、ＬＹ８６およびＰＲＯＣＲを含んでなる、請求項９２〜１００のいずれか一項に記載のマイクロアレイ。
１以上の対照ポリヌクレオチドプローブをさらに含んでなる、請求項９２〜１０２のいずれか一項に記載のマイクロアレイ。
（ｉ）複数の遺伝子またはその相補物の各個の発現産物と特異的にハイブリダイズし得るポリヌクレオチドプローブと（ｉｉ）１以上の対照ポリヌクレオチドプローブから本質的になる、請求項１０３に記載のマイクロアレイ。