JP7250059B2 - 新規のビフィドバクテリウムビフィダム菌株及び菌株由来多糖体 - Google Patents
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Description
以下、実施例を用いて本発明をより詳細に説明する。これらの実施例は単に本発明をより具体的に説明するためのものであり、本発明の要旨によって本発明の範囲がこれらの実施例によって制限されないことは、当業界で通常の知識を有する者にとって明らかであろう。
1. マウス及びバクテリア菌株
1-1:マウス
マウスはPOSTECH Biotech Centerの動物施設で管理し、全実験手順はPOSTECH実験動物運営委員会(Institutional Animal Care and Use Committee,IACUC)の承認を受けた。無菌(Germ-free)C57BL/6(B6)マウスは、Drs.Andrew Macpherson(Bern Univ.,Switzerland)及びDr.David Artis(Then at Univ.Pennsylvania,currently at Cornell University,USA)から提供されてPOSTECHで確立し、sterile flexible film isolators(Class Biological Clean Ltd.,USA)で維持管理した。GF現況は毎月盲腸内容物によってモニタリングした。Foxp3-eGFP、Tlr2-/-、Tlr4-/-、Tlr6-/-及びMyD88-/-動物はThe Jackson Laboratoryから購入した。C57BL/6-CD45a(Ly5a)-Rag1-/-TCR OT-II(Rag1-/-OT-II TCR形質転換体)及びRag1-/-マウスはTagonic交換プログラムによって得た。CBirマウスは、Charles O.Elsona(University of Alabama at Birmingham,Birmingham,AL 35294,USA;Yingzi Cong,PNAS,19256-19261,doi:10.1073/pnas.0812681106)から提供された。6~12週齢の性別及び年齢に合うマウスを使用した。
B.bifidum PRI1と他のB.bifidum菌株は、0.1% L-システインが添加されたMRS培地(BD,Difco)で嫌気培養し、L.paracaseiはMRS培地で培養した。モノコロニゼイションのために、バクテリア(5x108CFU/200μL)を無菌(GF)マウスに経口投与した。
培養したB.bifidum PRI1を収穫し、PBSで2回洗浄した。細胞表面多糖体の精製は、以前の方法(D.L.Kasper et al.,Journal of bacteriology 153:991-997,1983)をやや修正して行った。68℃で酸性フェノール(Sigma-Aldrich)処理を実施して被膜多糖類を抽出し、エーテルを処理して残留フェノールを除去した後、蒸留水に3日間透析した。核酸とタンパク質を除去するために、DNase I(Roche)及びRNase(Sigma-Aldrich)で37℃で一晩処理した後、Pronase(Protease from Streptomyces griseus,Sigma-Aldrich)で37℃で一晩処理した。酢酸処理後、沈殿物を除去するために遠心分離をした。冷却されたエタノールを添加して多糖類を沈殿させた後、蒸留水で3日間透析して凍結乾燥させた。精製された多糖類を水に溶解させ、HPLCカラム(TSKgel G5000PWXL,Tosho)でゲル濾過を行った。中性及び陰性電荷多糖類をさらに分離するために陰イオン交換クロマトグラフィー(HiPrep Q FF16/10,GE healthcare)を行った。多糖類の濃度は、酸性フェノール分析(M.DuBois et al.,Analytical chemistry 28:350-356,1956)によって決定された。
モノコロニゼイションを確認するためにバクテリアのゲノムDNAをNeucleoSpin DNA Stool(Macherey-Nagel)を用いてマウスの糞便又は内腔内容物から分離した。
B.bifidum PRI1によるモノコロニゼイション3週後に、マウスを犠牲して小腸を十二指腸(幽門の末端から1~3cm以内)、空腸(Treitzの靭帯から2~4cm以内)及び回腸(回盲部弁から1~3cm以内)の3部分に分けた。各小腸切片1cmと結腸を組織学的分析のためにカルノア液固定をした。カルノア固定液(3:1のメタノール:氷酢酸)を落とし、細胞懸濁液を500gで5分間遠心分離した後、ペレットをカルノア固定液で再懸濁した(Choolani et al.,2007)。カルノア溶液で固定したパラフィン埋込(embedded)セクションを脱ワックス処理し、Cy5で標識されたB.bifidum 16S rRNA蛍光プローブ(配列番号5:Bbif、5’-CCACAATCACATGCGATCATG-3’)と混成化した(Dinoto et al.,2006)。100ngのプローブを含有する混成化緩衝液(100nM Tris、pH7.2、0.9M NaCl、0.1% SDS)で45℃加湿チャンバーで16時間混成化させた。スライドを予熱された(37℃)混成化緩衝液100mlで15分間洗浄し、予熱された(37℃)洗浄溶液(100mM Tris、pH7.2、0.9M NaCl)10mlで15分間洗浄した後(Smith et al.,2011)、4’,6-diamidino-2-phenylindole(DAPI)でDNAを免疫染色した。スライドを水で洗浄してエアードライした後、蛍光顕微鏡(IX70,Olympus,Tokyo,Japan)でイメージを得た。
以前に報告された方法(A.Izcue et al.,Annual review of immunology 27:313-338,2009;F.Powrie et al.,Immunity 3:171-174,1995)によってナイーブCD4+T細胞の養子移入によって大膓炎を誘導した。B.bifidum PRI1(Bb)、CSGG又はmock処理によって誘導されたiTreg細胞(2x105)と共に分類されたナイーブCD4+CD62LhiCD44loFoxp3GFP-T細胞(>99% pure,1×106)をRag1-/-マウスの静脈内に伝達した。大膓炎の進行は、一週間に2回体重を測定してモニタリングし、マウスの体重が初期体重の約25%になった時に実験終了を決定した。Treg細胞を陽性対照群として、ex vivoで分離されたCD4+Foxp3GFP+Treg細胞(2×105)をナイーブT細胞と共にRag1-/-マウスに共同伝達した。実験終了時に大腸長さと組織学的評価を測定して大膓炎の重症度を決定した。Treg細胞とサイトカインのレベルも分析した。
分類されたナイーブポリクロナールCD4+CD62LhiCD44loFoxp3GFP-T細胞(>99.5% pure)(1×106)をGF C57BL/6マウスの静脈内に伝達し、単一菌株を経口投与した。養子移入3週後にマウスを犠牲した。食餌抗原に反応するTreg細胞のTCR特異性を分析するために、OT-II CD4+CD62LhiCD44loFoxp3GFP-T細胞から分離されたナイーブT細胞(1×106)を養子移入前の2週間でB.bifidum PRI1でモノコロニゼイションさせたGF C57BL/6マウスの静脈内に伝達し、7日間一日おきにOVA(20mg/dose/mice)を植移した。共生バクテリアに反応するTreg細胞のTCR特異性を分析するために、分類された(>99.5% pure)ナイーブCBir CD4+CD62LhiCD44loFoxp3GFP-T細胞(1×106)をSPF条件で維持されたC57BL/6マウスの静脈内に伝達し、実験終了時までB.bifidum PRI1(5×108cfu/dose)を週3回植移した。マウスは養子移入3週後に犠牲した。
大腸LP DCs(MHCII+CD11c+CD11b+CD103+F4/80-)、脾臓全DCs(tDC;MHCII+CD11c+)、脾臓CD8α+(MHCII+CD11c+CD11b-)及び脾臓CD8α-(MHCII+CD11c+CD11b+)DCsを細胞分類又はCD11c磁性ビーズ(Miltenyi Biotech)でそれぞれ精製した。分離されたDCは10% FBS、5%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mM L-グルタミン、1mMピルビン酸ナトリウム 、非必須アミノ酸、β-MEを含む完全なRPMI1640培地で培養した。脾臓DCs(2×104)は96ウェルプレートに接種して2時間培養した後、表示されたバクテリア、B.bifidum PRI1の分化細胞分画物又はB.bifidum PRI1の精製された多糖体と10~12時間培養した。細胞を洗浄し、準最適Treg誘導条件(0.1μg/ml抗-CD3、100U IL-2及び0.1ng TGFβ)で3日間ナイーブCD4+T細胞(2×105)と共培養した。サイトカイン又はTreg細胞のレベルはELISA及び流細胞分析法によってそれぞれ決定された。
亜洲大学校病院臨床研究審議委員会(IRB)からこの研究の承認を受け(AJIRB-BMR-SMP-17-155)、Ficoll-Hypaque gradientを通じて健康な供与者から末梢血単核細胞(PBMCs)を得た(Lymphoprep,Nycomed,Norway)。CD14マイクロビーズキット(Miltenyi biotech)を用いて陽性選別によって単核球(monocyte)をPBMC(CD14+>95%)から分離した。5X105monocyte/mlをrhIL-4(35ng/ml)及びGM-CSF(70ng/ml)(R&D Systems,UK)存在下に10%熱不活性化されたFCS及び抗生剤が補充されたRPMI-1640培地(2mM l-グルタミン、25mM HEPES;BioWhittaker)で7日間24-ウェルプレートで培養した。2日目及び5日目に、0.5mlの培地をGM-CSF及びIL-4を含有する新しい培地に取り替えた。7日目に、未成熟DCを回収してmock又は個別量のCSGGで14時間前処理した。その後、ヒトPBMCから分離したナイーブCD4+T細胞と準最適Treg誘導条件(0.1μg/ml抗-CD3、100U IL-2及び0.1ng TGFβ)で3日間培養した。Treg細胞のレベルは流細胞分析法によって決定された。
全RNAは、mock又はCSGG(100μg/ml)で4時間刺激した脾臓CD11c+DCsから抽出し、RibospinTMII(GeneAll biotechnology)で精製した。RNA定量及び品質管理はNanoDrop2000TM(Thermo Fisher Scientific)で行った。ライブラリー準備は、TruSeq Stranded mRNAサンプル準備キット(Illumina)で行い、RNAシーケンシングはNextSeq500シーケンシングシステムで行った。RNA-seqデータは、登録番号GEO:RNA-seqデータ:GSE98947としてGene Expression Omnibus(NCBI)データ格納所に寄託した。
TRIzol reagent(Invitrogen)を用いて大腸及びcLP DCから分離した全RNAをM-MLV逆転写酵素(Promega,Madison,WI,USA)を用いて逆転写させてcDNAを製造した。合成されたcDNAは、次のプライマーセット(表2)及びCHROMO4 Detector(Biorad)を用いて定量的実時間PCR(qRT-PCR)に適用した。
ナイーブCD4+T細胞は、細胞分離器を用いてmLN、pLN及び脾臓から精製した(純度98%以上)。マウスの大腸及び小腸を縦方向にオープンして粘液をPBSで洗浄して除去した。大腸は小さい切片に切ってCa2+及びMg2+が含まれない10mM EDTA及び20mM Hepes、1mMピルビン酸ナトリウム、3% FBS及びPBSで37℃で20分間振盪培養した。組織は、かみそりで小さい切片にして、3% FBS、20mM Hepes、1mMピルビン酸ナトリウム及び0.5mg/mlのCollagenase D(Roche)及びDNaseI(Sigma)がそれぞれ含まれたRPMI 1640培地で37℃で45分間振盪培養した。酵素処理後、上澄液を100μg細胞濾過器を用いて10mM EDTAを含有する冷たいPBSで濾過させた。細胞をPercollTM(GE Healthcare)勾配(上端40%パーコール(percoll)、下端75%パーコール)上に置いて2000rpmで20分間ブレーキ無しで遠心分離した。40%及び75%層の間の細胞を取り、10% FBS(Hyclone)、Pen/Strep、β-ME、ピルビン酸ナトリウム、2.0mM L-グルタミンが含まれたRPMI培地(Hyclone SH30027.01)で2回洗浄し、FACS染色に使用した。細胞懸濁液は、LIVE/DEAD fixable viable dye(eBiosciences)又はPIを用いてPBSでLive/deadでまず染色した。次の1%FBS(Gibco)及びEDTA(Sigma-Aldrich)を含有する緩衝液で追加染色をした。表面染色は、0.2%牛血清アルブミンを含有するPBSで20分間行った。細胞内転写因子染色のためには、細胞を固定/透過緩衝液(Fixation/Permeabilization buffer)(eBioscience)及び1倍の透過/洗浄緩衝液(permeabilization/wash buffer)(eBioscience)で染色した。細胞内サイトカイン分析のためには、精製されたプロプリア層(lamina propria)リンパ球をGolgiPlug(BD biosciences、0.5μL/sample)を用いて500ng/mlイオノマイシン(Calbiochem)及び100ng/ml PMA(Calbiochem)で37℃で4~5時間細胞を再刺激した。細胞をIC固定バッファ(eBioscience)で固定し、透過/洗浄緩衝液(eBioscience)で透過性を付与し、IL-10、IL-13、IFN-γ及びIL-17A抗体を用いて染色した。
全RNAは、GFマウス又はB.bifidum PRI1で3週間モノコロニゼイションされたマウスの分類されたCD4+Foxp3GFP+Treg細胞から抽出した。死んだ細胞はISOGEN(Nippon Gene)によるFVD染色で除外させた。Repertoire Genesis Inc.の偏向されないTCRレパートリー分析技術を用いて次世代シーケンシングを行った。Adaptor-ligation PCRは、以前方法で行った(R.Yoshida et al.,Immunogenetics 52:35-45,2000)。Superscript III逆転写酵素(Invitrogen)で最初の二本鎖cDNAを合成し、5’アダプターオリゴヌクレオチドとライゲーションした後、アダプター及びTCRα不変領域又はTCRβ不変領域に特異的なプライマーを用いてPCR増幅した。TCRα及びTCRβ cDNAの増幅後、Nextera XT索引キットv2setA(Illumina)を用いて索引(バーコード)配列を追加した。シーケンシングはIllumina Miseq paired-endプラットホーム(2×300bp)で行った。データ処理は、Repertoire Genesis社製のRepertoire Analysisソフトウェアを使用した。TCR配列は、国際ImMunoGeneTics情報システム(IMGT)データベース(http://www.imgt.org)の参照配列の可能なデータセットを用いて割り当てた。点数の低い配列を除去した後、TCRレパートリー分析は、Repertoire Genesis社(Ibaraki,Japan)が開発した生物情報学ソフトウェアを使用した。シーケンス読取りは、他のシーケンス読取りと同一性がないので、固有シーケンス読取り(USR)と定義された。同一のUSRのコピー番号はRGソフトウェアによって自動で計算される。
脾臓MHCII+CD11c+ DCs(2×104)を2時間丸底96ウェルプレートに接種した後、B.bifidum PRI1又はCSGGと共に12時間培養した。細胞を洗浄し、0.1μg/mlの抗-CD3(BD Bioscience)、100U IL-2(Peprotech)及び0.1ng/mlのTGF-β存在又は15μg/ml抗-TGF-β抗体(R&D)の不在下にナイーブCD4+T細胞(2×105)と共培養した。培養3日後、CD4+Foxp3+T細胞の個体群を流細胞分析した。
試験管内生成されたCD45.1+CD4+Foxp3GFP iTreg細胞を分類し、37℃で10分間パルス処理した反応細胞(Thy1.1+CD4+Foxp3-)と共に培養した。CTVで標識された細胞はPBSで2回洗浄し、直ちに使用した。T細胞の除去された脾臓細胞(1×105)とCTV-パルス処理された反応細胞(5×104)及び指示された量のiTreg細胞を0.5μg/mlの抗-CD3と共に丸底96ウェルプレートで混合した。細胞を4日間培養し、それらの増殖をCTV強度の希釈を決定するための流細胞分析で分析した。抑制率(%)は反応細胞の百分率だけを比較して分裂細胞の総百分率で計算した。
実験大膓炎の臨床的状態は、H&E染色を用いた組織学的分析で評価した。大腸を収集し、10%ホルムアルデヒドで固定させた。固定後、組織をパラフィンブロックに埋め込み、3μm厚に切断した後、ヘマトキシリン(Sigma-Aldrich)及びエオシン(Sigma-Aldrich)で染色した。
統計分析は、GraphPad Prismソフトウェア(La Jolla,CA)を用いて行い、対照群と実験群との差異は、Unpaired-Student’s t-testを用いて評価した。データは、平均±SEMで表した。Treg細胞及び実験的大膓炎の生体内安定成分析のために、ボンフェローニ(Bonferroni)の多重比較検査で両方向分散分析を用いて統計分析を行った。P<0.05は有意のものと見なされた。
免疫調節微生物によって生体内Treg細胞が強化されると、炎症性障害関連微生物不調和(dysbiosis)を調節することができる。安全性の保障された微生物のうち、Treg誘導バクテリアを同定するために、以前に報告されたex vivoスクリーニングシステム(Kwon et al,PNAS107:2159-2164,2010,Kim JE,J Funct Foods.350-362,2015)を用いて200余種以上のプロバイオティックス菌株をスクリーニングした。
B.bifidumが生体内Treg細胞を誘導できるかを調べた。
Treg細胞は、起源によって胸腺由来Treg(tTreg)又は末梢誘導されたTreg(pTreg又はiTreg)にさらに分化できるので、Treg細胞においてHelios及びNrp1発現を分析してTreg起源を追跡した。
B.bifidumの存在下で生成されたpTreg細胞のTCR特異性を分析した。B.bifidumのコロニゼイションが食餌抗原にpTreg細胞を促進するかどうか、すなわち、B.bifidumのコロニゼイションが食餌抗原反応性iTreg細胞の生成を増加させ得るかどうかをテストした。OVA特異TCR-形質転換OT-IIマウスのCTV標識されたナイーブCD4+Thy1.1+Foxp3-T細胞をGFマウスに養子移入した後、マウスをBbでコロニゼイションするか、コロニゼイションしないで放置した後、経口OVAタンパク質を供給した。すなわち、OT-II.Thy1.1+Foxp3GFPマウスのCTV-標識されたOVA-特異的ナイーブCD4+細胞を、OVAタンパク質を投与した正常又はB.bifidumコロニゼイションGFマウスに養子移入した(図7A)。
B.bifidumのコロニゼイションがマイクロビオタに特異的なpTreg細胞の生成を促進するか否かを決定するために、バクテリアフラジェリン(flagellin)を認識するCBir TCR遺伝子変形マウスを使用した(Y.Cong et al.,The Journal of Immunology 165:2173-2182,2000)。ナイーブCD4+Foxp3-T細胞は、CBir遺伝子変形マウスからCD45.1+Foxp3GFP背景で分類してSPF Rag1-/-授与体に養子移入した後、mock(PBS)又はB.bifidumを5週間一日おきに供給した(図7B)。
B.bifidumによって誘導されたpTreg細胞がB.bifidum自体に対する特異性を有するか否かを試験するために、B.bifidumがコロニゼイションされたGFマウスの全大腸CD4+T細胞を、正常GFマウス、B.bifidum又はL.paracaseiがコロニゼイションされたGFマウスの排泄物抗原で前処理した脾臓APCと共培養した後、3日後にそれら細胞のT細胞増殖(CTV希釈)を分析した(図7D)。
B.bifidumによるコロニゼイションが調節樹状細胞(rDCs)の集団を誘導するかどうか調べたが、これは、新しいpTreg分化を向上させることができる。
8-1:B.bifidumの作用分子
試験管内システムを用いて、iTreg分化を促進するB.bifidum由来の作用分子を確認するために広範囲な実験を行った。B.bifidumは嫌気性であり、DCとの共培養中に殆ど死んだので、Bbの細胞構成要素の一部がiTreg誘導活性の作用分子であるかどうかをテストした。
CSGG多糖類のうちβ-1,6-グルカナーゼを処理すれば、濃度依存的にCSGG-誘導されたiTreg細胞レベルが減少するので、細胞表面β-1-6-グルカン(CSβG)が核心作用分子であり得る(図9A、図9B、及び図11E)。さらに、DCのない状態でCSGGとナイーブCD4+T細胞の共培養がiTreg細胞を誘導するのに失敗したため、CSGGはDC依存性によってTreg細胞を誘導するものと考えられる(図11F)。
乳酸菌の項アレルギー効果は菌株によって異なり、Th1/Th2サイトカイン発現及び均衡によって影響を受けると知られたように(Fujiwara D et al.,Int Arch Allergy Immun.135(3):205-215,2004)、プロバイオティックバクテリアの機能的活性は種特異的ではなく菌株特異的であるため、全てのB.bifidumの菌株がiTreg細胞を誘導する機能をするか、或いは本発明のB.bifidum PRI1菌株と高い塩基相同性を持つ菌株だけがiTreg誘導活性を有するかを試験した。本発明のB.bifidum PRI1菌株(GenBank accession number;CP018757)の全ゲノムシーケンシングを行い、予想されるCSGG合成に関連したオーソロガス遺伝子と他のB.bifidumのゲノムとの塩基相同性及びTreg誘導活性を比較した。
CSGG処理が、B.bifidumがコロニゼイションされたマウスのcLP-DCから観察されたとおり、一般DCの表現型を調節DCs(rDCs)への変形を誘導するかを試験した。すなわち、CSGGによるrDC生成の根本的なメカニズムを明らかにするために、CSGGで4時間処理したCD11c+ DCsのRNA-seq分析を行った。
in vitro及びin vivoでCGGGで誘導されたTreg細胞の機能を調べた。
CSGG自体の投与が大膓炎発達を抑制できるかどうかを調べるために、CD45.1+Foxp3GFPマウスから分類されたナイーブCD4+Foxp3-T細胞をSPF Rag1-/-宿主マウスに養子移入した後、実験終了時まで1週に3回PBS又はCSGG(100μg/dose)を腹腔内投与した。
受託番号:KCTC13270BP
受託日:20170519
Claims (10)
- Bifidobacterium bifidum PRI1(KCTC13270BP)であることを特徴とする、プロバイオティック菌株。
- 前記菌株が、β1,6-グルカンを産生し、前記β1,6-グルカンが、1,6-グルカン骨格及びα-1,2-グリコシド結合グルコース側鎖を含む、請求項1に記載の菌株。
- 調節T細胞(Treg)を誘導することを特徴とする、請求項1に記載の菌株。
- 前記調節T細胞(Treg)はCD4+Foxp3+Treg細胞であることを特徴とする、請求項3に記載の菌株。
- 請求項1に記載の菌株を有効成分として含有する、免疫疾患又は炎症性疾患の予防又は治療用医薬組成物。
- 請求項1に記載の菌株を有効成分として含有する、免疫疾患又は炎症性疾患の予防又は改善用食品。
- (a)樹状細胞(DC;Dendritic cell)に請求項1に記載の菌株を処理して調節樹状細胞(rDC)を得る段階と、
(b)前記rDCをCD4+T細胞と共培養して調節T細胞(Treg)を誘導する段階と、
を含む、誘導調節T細胞(iTreg)のin vitro製造方法。 - 前記調節T細胞(Treg)は、CD4+Foxp3+Treg細胞であることを特徴とする、請求項7に記載の誘導調節T細胞(iTreg)のin vitro製造方法。
- 前記(b)段階は、抗-CD3抗体、IL-2及びTGF-βで刺激して調節T細胞(Treg)を誘導することを特徴とする、請求項7に記載の誘導調節T細胞(iTreg)のin vitro製造方法。
- 前記樹状細胞及びCD4+T細胞は、末梢血単核細胞(PBMCs)由来であることを特徴とする、請求項7に記載の誘導調節T細胞(iTreg)のin vitro製造方法。
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