JP7760242B2 - がんの治療法及び診断法 - Google Patents

がんの治療法及び診断法

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Description

免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）を使用したがんの治療のための診断、治療、及び予後方法が本明細書に提供される。具体的には、本発明は、患者の選択及び診断方法、治療方法、ならびに診断キットを提供する。
がんは、依然としてヒトの健康に最も致命的な脅威のうちの１つである。米国では、がんは、毎年およそ１３０万人の新たな患者を侵し、心疾患に続く第２の主な死因であり、死亡のおよそ４件に１件を占めている。がんが５年以内に第１の死因である心臓血管疾患を上回る可能性があることも予測されている。固形腫瘍は、それらの死亡の大半の原因である。ある特定のがんの医療処置が著しく進歩しているが、全てのがんの５年全生存率は、過去２０年で約１０％しか改善していない。特に、悪性固形腫瘍が転移し、制御不能に急速に成長するため、それらの時宜を得た検出及び治療が極めて困難になる。がん治療の著しい進歩にもかかわらず、改善された診断法が依然として探求されている。
近年の研究は、組織生検から得られた腫瘍ネオ抗原性の尺度である腫瘍変異量（ＴＭＢ）の分析が、一連の腫瘍型にわたってＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストで治療された患者の転帰の予測における臨床的有用性を示していることを示唆する。しかしながら、一部の患者は、例えば、自身の健康状態の理由により、体細胞変異分析のために腫瘍試料を得るための生検を受けるには不適であるか、またはそれを望まない。
したがって、腫瘍組織生検を必要とすることなく患者試料におけるＴＭＢの分析を可能にする直交非侵襲的診断アプローチの満たされていない必要性が存在する。
本発明は、がんを有する個体を治療するための治療、診断、及び予後方法、ならびに組成物を提供する。
一態様では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ）を含む治療から利益を享受し得るがんを有する個体を特定する方法であって、個体由来の試料から血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアが、個体を、免疫チェックポイント阻害剤を含む治療から利益を享受し得る者と特定する、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアが、個体を、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ）を含む治療から利益を享受し得る者と特定する、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料から決定されたｂＴＭＢスコアは、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超え、本方法は、個体にＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの有効量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、試料から決定されたｂＴＭＢスコアは、基準ｂＴＭＢスコア未満である。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体を治療する方法であって、（ａ）個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することであって、試料からのｂＴＭＢスコアが、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える、該スコアを決定することと、（ｂ）個体にＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの有効量を投与することと、を含む、方法を特色とする。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体を治療する方法であって、個体に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ）の有効量を投与することを含み、投与前に、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアが、個体由来の試料から決定されている、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、がんを有する基準個体集団におけるｂＴＭＢスコアであり、個体集団は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）または共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、またはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））を含まない。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、がんを有する基準個体集団におけるｂＴＭＢスコアであり、個体集団は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性と比較したＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性の有意差に基づいて、第１の個体サブセットと第２の個体サブセットとを各々有意に分ける。いくつかの実施形態では、治療に対する応答性は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加である。いくつかの実施形態では、治療に対する応答性は、全生存期間（ＯＳ）の増加である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、事前に割り当てられたｂＴＭＢスコアである。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、４～３０（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ～約２６．７ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、８～３０（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ～約２６．７ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、１０～２０（例えば、約９ｍｕｔ／Ｍｂ～約１７．８ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、１０（例えば、約９ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、１６（例えば、約１４ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアは、２０（例えば、約１７．８ｍｕｔ／Ｍｂ）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、４以上（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ以上）である。いくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、４～１００（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ～約８８．９ｍｕｔ／Ｍｂ）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、８以上（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ以上）である。いくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、８～１００（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ～約８８．９ｍｕｔ／Ｍｂ）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、４未満（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ未満）である。いくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、８未満（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ未満）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ ＣＤＸ（商標）パネルによって評価される、例えば、約１００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約２００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約３００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約４００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約５００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約６００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約７００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約８００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約９００ｋｂ～約１０Ｍｂ、約１Ｍｂ～約１０Ｍｂ、約１００ｋｂ～約５Ｍｂ、約２００ｋｂ～約５Ｍｂ、約３００ｋｂ～約５Ｍｂ、約４００ｋｂ～約５Ｍｂ、約５００ｋｂ～約５Ｍｂ、約６００ｋｂ～約５Ｍｂ、約７００ｋｂ～約５Ｍｂ、約８００ｋｂ～約５Ｍｂ、約９００ｋｂ～約５Ｍｂ、または約１Ｍｂ～約５Ｍｂ、約１００ｋｂ～約２Ｍｂ、約２００ｋｂ～約２Ｍｂ、約３００ｋｂ～約２Ｍｂ、約４００ｋｂ～約２Ｍｂ、約５００ｋｂ～約２Ｍｂ、約６００ｋｂ～約２Ｍｂ、約７００ｋｂ～約２Ｍｂ、約８００ｋｂ～約２Ｍｂ（例えば、約８００ｋｂ（例えば、約７９５ｋｂ））、例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、約９００ｋｂ～約２Ｍｂ、または約１Ｍｂ～約２Ｍｂ、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表される。いくつかの実施形態では、配列決定された塩基の定義された数は、約１００ｋｂ、約２００ｋｂ、約３００ｋｂ、約４００ｋｂ、約５００ｋｂ、約６００ｋｂ、約７００ｋｂ、約８００ｋｂ、約９００ｋｂ、約１Ｍｂ、約２Ｍｂ、約３Ｍｂ、約４Ｍｂ、約５Ｍｂ、約６Ｍｂ、約７Ｍｂ、約８Ｍｂ、約９Ｍｂ、または約１０Ｍｂである。いくつかの実施形態では、体細胞変異の数は、カウントされた単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）の数、またはカウントされたＳＮＶの数とインデル変異の数との合計である。いくつかの実施形態では、体細胞変異の数は、カウントされたＳＮＶの数である。いくつかの実施形態では、体細胞変異の数は、同義及び非同義ＳＮＶ及び／またはインデルの数である。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、例えば、全エクソーム配列決定によって決定される、同等ｂＴＭＢ値である。
別の態様では、本発明は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ）を含む治療から利益を享受し得るがんを有する個体を特定する方法であって、個体由来の試料から同等ｂＴＭＢ値を決定することを含み、基準同等ｂＴＭＢ値であるか、またはそれを超える試料からの同等ｂＴＭＢ値が、個体を、免疫チェックポイント阻害剤を含む治療から利益を享受し得る者と特定する、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、個体由来の試料から同等ｂＴＭＢ値を決定することを含み、基準同等ｂＴＭＢ値であるか、またはそれを超える試料からの同等ｂＴＭＢ値が、個体を、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ）を含む治療から利益を享受し得る者と特定する、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料から決定された同等ｂＴＭＢ値は、基準同等ｂＴＭＢ値であるか、またはそれを超え、本方法は、個体にＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの有効量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、試料から決定された同等ｂＴＭＢ値は、基準同等ｂＴＭＢ値未満である。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体を治療する方法であって、（ａ）個体由来の試料から同等ｂＴＭＢ値を決定することであって、試料からの同等ｂＴＭＢ値が、基準同等ｂＴＭＢ値であるか、またはそれを超える、該値を決定することと、（ｂ）個体に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ）の有効量を投与することと、を含む、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）での治療に対する個体の応答を監視することをさらに含む。いくつかの実施形態では、監視は、（ａ）免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）の投与後のある時点で個体から得られたさらなる試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することと、（ｂ）さらなる試料におけるｂＴＭＢスコアを基準ｂＴＭＢスコアと比較し、それにより、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）での治療に対する個体の応答を監視することと、を含む。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体を治療する方法であって、個体に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ）の有効量を投与することを含み、投与前に、基準同等ｂＴＭＢ値であるか、またはそれを超える同等ｂＴＭＢ値が、個体由来の試料から決定されている、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）での治療に対する個体の応答を監視することをさらに含む。いくつかの実施形態では、監視は、（ａ）免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）の投与後のある時点で個体から得られたさらなる試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することと、（ｂ）さらなる試料におけるｂＴＭＢスコアを基準ｂＴＭＢスコアと比較し、それにより、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）での治療に対する個体の応答を監視することと、を含む。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体の予後を提供する方法であって、個体由来の試料からＭＳＡＦを決定することを含み、基準ＭＳＡＦであるか、またはそれを超える試料からのＭＳＡＦが、個体を、予後不良を有し得る者と特定する、方法を特色とする。
別の態様では、本発明は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む抗がん療法での治療に対するがんを有する個体の応答を監視する方法であって、（ａ）個体への抗がん療法の投与後のある時点で個体から得られた試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することと、（ｂ）試料におけるｂＴＭＢスコアを基準ｂＴＭＢスコアと比較し、それにより、抗がん療法での治療に対する個体の応答を監視することと、を含む、方法を特色とする。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体における疾患増悪を予測する方法であって、個体から得られた試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料におけるｂＴＭＢスコアが、個体を、疾患増悪を呈する可能性が高い者と特定する、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、腫瘍量の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍量の増加は、最長径和（ＳＬＤ）の増加を特徴とする。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、扁平上皮形態の増加を特徴とする。他の実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、非扁平上皮形態の増加を特徴とする。
なおさらなる態様では、本発明は、がんを有する個体における疾患増悪を予測する方法であって、個体から得られた試料におけるＭＳＡＦを決定することを含み、基準ＭＳＡＦであるか、またはそれを超える試料におけるＭＳＡＦが、個体を、疾患増悪を呈する可能性が高い者と特定する、方法を特色とする。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、腫瘍量の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍量の増加は、最長径和（ＳＬＤ）の増加を特徴とする。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、扁平上皮形態の増加を特徴とする。他の実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、非扁平上皮形態の増加を特徴とする。前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、基準同等ｂＴＭＢ値は、事前に割り当てられた同等ｂＴＭＢ値である。いくつかの実施形態では、基準同等ｂＴＭＢ値は、４～３０（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ～約２６．７ｍｕｔ／Ｍｂ）の基準ｂＴＭＢスコアに相当する。いくつかの実施形態では、基準同等ｂＴＭＢ値は、８～３０（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ～約２６．７ｍｕｔ／Ｍｂ）の基準ｂＴＭＢスコアに相当する。いくつかの実施形態では、基準同等ｂＴＭＢ値は、１０～２０（例えば、約９ｍｕｔ／Ｍｂ～約１７．８ｍｕｔ／Ｍｂ）の基準ｂＴＭＢスコアに相当する。いくつかの実施形態では、基準同等ｂＴＭＢ値は、１０（例えば、約９ｍｕｔ／Ｍｂ）の基準ｂＴＭＢスコアに相当する。いくつかの実施形態では、基準同等ｂＴＭＢ値は、１６（例えば、約１４ｍｕｔ／Ｍｂ）の基準ｂＴＭＢスコアに相当する。いくつかの実施形態では、基準同等ｂＴＭＢ値は、２０（例えば、約１７．８ｍｕｔ／Ｍｂ）の基準ｂＴＭＢスコアに相当する。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料からの同等ｂＴＭＢ値は、４以上（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ以上）のｂＴＭＢスコアに相当する。いくつかの実施形態では、試料からの同等ｂＴＭＢ値は、４～１００（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ～約８８．９ｍｕｔ／Ｍｂ）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料からの同等ｂＴＭＢ値は、８以上（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ以上）である。いくつかの実施形態では、試料からの同等ｂＴＭＢ値は、８～１００（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ～約８８．９ｍｕｔ／Ｍｂ）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料からの同等ｂＴＭＢ値は、４未満（例えば、約３．６ｍｕｔ／Ｍｂ未満）である。いくつかの実施形態では、試料からの同等ｂＴＭＢ値は、８未満（例えば、約７．１ｍｕｔ／Ｍｂ未満）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療からの利益は、ＯＳの増加である。前述の態様のうちのいずれかの他の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療からの利益は、ＰＦＳの増加である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療からの利益は、ＯＳ及びＰＦＳの増加である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、個体由来の試料から最大体細胞対立遺伝子頻度（ＭＳＡＦ）を決定することをさらに含み、試料からのＭＳＡＦは、１％以上である。いくつかの実施形態では、投与前に、個体由来の試料は、１％以上のＭＳＡＦを有すると決定されている。
前述の態様のうちのいずれかの他の実施形態では、本方法は、個体由来の試料からのＭＳＡＦを決定することをさらに含み、試料からのＭＳＡＦは、１％未満である。いくつかの実施形態では、投与前に、個体由来の試料は、１％未満のＭＳＡＦを有すると決定されている。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、個体由来の試料からのＭＳＡＦを決定することをさらに含み、試料からのＭＳＡＦは、１％以上であると決定されており、本方法は、個体に、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト以外の、またはそれに加えた抗がん療法の有効量を投与することをさらに含む。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、個体由来の試料からのＭＳＡＦを決定することをさらに含み、試料からのＭＳＡＦは、１％未満であると決定されており、本方法は、個体にＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの有効量を投与することをさらに含む。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ＭＳＡＦの決定は、ｂＴＭＢスコアの決定前である。いくつかの実施形態では、ＭＳＡＦは、ｂＴＭＢスコアの前に決定されている。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、基準集団において約５％以上の有病率を有する。いくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、基準集団において約５％～約７５％の有病率を有する。いくつかの実施形態では、試料からのｂＴＭＢスコアは、基準集団において約２０％～約３０％の有病率を有する。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、個体由来の腫瘍試料から組織中腫瘍変異量（ｔＴＭＢ）スコアを決定することをさらに含む。前述の態様のうちのいずれかの他の実施形態では、投与前に、ｔＴＭＢスコアは、個体由来の試料から決定されている。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、個体を、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療から利益を享受し得る者と特定する。いくつかの実施形態では、腫瘍試料から決定されたｔＴＭＢスコアは、基準ｔＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える。いくつかの実施形態では、腫瘍試料から決定されたｔＴＭＢスコアは、基準ｔＴＭＢ未満である。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、がんを有する基準個体集団におけるｔＴＭＢスコアであり、個体集団は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性と比較したＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性の有意差に基づいて、第１の個体サブセットと第２の個体サブセットとを各々有意に分ける。いくつかの実施形態では、治療に対する応答性は、ＰＦＳの増加、ＯＳの増加、及び／または全奏効率（ＯＲＲ）の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、基準レベルの体細胞変異と比較して増加したレベルの体細胞変異を有すると決定されている。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、表１に記載の少なくとも１つの遺伝子における基準レベルの体細胞変異と比較して表１に記載の少なくとも１つの遺伝子における増加したレベルの体細胞変異を有すると決定されている。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、タンパク質改変体細胞変異または同義変異である。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、タンパク質改変体細胞変異である。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、置換、欠失、及び／または挿入である。いくつかの実施形態では、置換、欠失、及び／または挿入は、コーディング領域にある。いくつかの実施形態では、欠失及び／または挿入は、インデルである。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、事前に割り当てられたｔＴＭＢスコアである。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約５～約５０変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約８～約３０ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約１０～約２０ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約１０ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約１６ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約２０ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約５ｍｕｔ／Ｍｂ以上である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約５～約１００ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約１０ｍｕｔ／Ｍｂ以上である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約１０～約１００ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約１６ｍｕｔ／Ｍｂ以上である。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約１６ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約２０ｍｕｔ／Ｍｂ以上である。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、約２０ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの実施形態では、ｔＴＭＢスコアまたは基準ｔＴＭＢスコアは、配列決定された塩基の定義された数当たりのカウントされた体細胞変異の数として表される。いくつかの実施形態では、配列決定された塩基の定義された数は、約１００ｋｂ～約１０Ｍｂである。いくつかの実施形態では、配列決定された塩基の定義された数は、約０．８Ｍｂである。いくつかの実施形態では、配列決定された塩基の定義された数は、約１．１Ｍｂである。いくつかの実施形態では、ｔＴＭＢスコアまたは基準ｔＴＭＢスコアは、同等ｔＴＭＢ値である。いくつかの実施形態では、同等ｔＴＭＢ値は、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）によって決定される。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の１％未満において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。前述の態様のうちのいずれかの他の実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の１％以上において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の１％～５％未満において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の５％以上において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の５％～５０％未満において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の５０％以上において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の１％未満に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。前述の態様のうちのいずれかの他の実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の１％超に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の１％～５％未満に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の５％超に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の５％～１０％未満に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の１０％超に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、試料は、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、試料は、アーカイブ試料、新鮮な試料、または凍結試料である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、がんは、肺癌、腎癌、膀胱癌、乳癌、結腸直腸癌、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫、頭頸部癌、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、または血液悪性腫瘍からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、がんは、肺癌、膀胱癌、黒色腫、腎癌、結腸直腸癌、または頭頸部癌である。いくつかの実施形態では、肺癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、膀胱癌は、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌である。いくつかの実施形態では、黒色腫は、皮膚黒色腫である。いくつかの実施形態では、腎癌は、腎尿路上皮癌である。いくつかの実施形態では、結腸直腸癌は、結腸腺癌である。いくつかの実施形態では、頭頸部癌は、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＢ７－１への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１及びＢ７－１の両方への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、以下の超可変領域：（ａ）ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨのＨＶＲ－Ｈ１配列（配列番号１９）、（ｂ）ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧのＨＶＲ－Ｈ２配列（配列番号２０）、（ｃ）ＲＨＷＰＧＧＦＤＹのＨＶＲ－Ｈ３配列（配列番号２１）、（ｄ）ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡのＨＶＲ－Ｌ１配列（配列番号２２）、（ｅ）ＳＡＳＦＬＹＳのＨＶＲ－Ｌ２配列（配列番号２３）、及び（ｆ）ＱＱＹＬＹＨＰＡＴのＨＶＲ－Ｌ３配列（配列番号２４）を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）にあるようなＶＨドメイン及び（ｂ）にあるようなＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）にあるようなＶＨドメイン及び（ｂ）にあるようなＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９６％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９６％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）にあるようなＶＨドメイン及び（ｂ）にあるようなＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）にあるようなＶＨドメイン及び（ｂ）にあるようなＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９８％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９８％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）にあるようなＶＨドメイン及び（ｂ）にあるようなＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変（ＶＨ）ドメイン、（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変（ＶＬ）ドメイン、または（ｃ）（ａ）にあるようなＶＨドメイン及び（ｂ）にあるようなＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨドメイン、（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＬドメイン、または（ｃ）（ａ）にあるようなＶＨドメイン及び（ｂ）にあるようなＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨドメイン、及び（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＬドメインを含む。いくつかの実施形態では、本抗体は、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２の両方への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ）、ＣＴ－０１１（ピディリズマブ）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ－１０８からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、Ｆｃ融合タンパク質である。いくつかの実施形態では、Ｆｃ融合タンパク質は、ＡＭＰ－２２４である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、または細胞傷害性剤である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト以外の、またはそれに加えた抗がん療法は、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、または細胞傷害性剤である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、個体は、がんの治療を以前に受けていない。いくつかの実施形態では、個体は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの投与を以前に受けていない。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療は、単剤療法である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本方法は、個体に追加の治療薬の有効量を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、追加の治療薬は、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、または細胞傷害性剤である。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、個体は、ヒトである。
別の態様では、本発明は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療から利益を享受し得るがんを有する個体を特定するためのキットであって、（ａ）個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定するための試薬と、任意選択的に、（ｂ）ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療から利益を享受し得るがんを有する個体を特定する試薬の使用説明書と、を含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアが、個体を、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療から利益を享受し得る者と特定する、キットを特色とする。
別の態様では、本発明は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療の候補であるがんを有する個体を特定するためのアッセイであって、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアが、個体を、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療から利益を享受し得る者と特定する、アッセイを特色とする。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体の治療に使用するためのＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストであって、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアが、個体由来の試料から決定されている、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを特色とする。
別の態様では、本発明は、がんを有する個体を治療するための薬剤の製造におけるＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの使用であって、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアが、個体由来の試料から決定されている、使用を提供する。
前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表される。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、例えば、全エクソーム配列決定によって決定される、同等ｂＴＭＢ値である。
指示された基準血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアに基づく診断陽性（Ｄｘ＋）のＰＯＰＬＡＲ試験（臨床試験識別番号ＮＣＴ０１９０３９９３）における患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）のハザード比（ＨＲ）を示すグラフである。ＩＴＴ：治療意図、ＢＥＰ：バイオマーカー評価可能集団。層別ＨＲがＩＴＴに対して示されている一方で、非層別ＨＲは、ＢＥＰ及び指示された基準ｂＴＭＢスコアを有する下位群に対して示されている。 指示された基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアに基づくＤｘ＋のＰＯＰＬＡＲ試験における患者の全生存期間（ＯＳ）のＨＲを示すグラフである。この図面は、非層別ハザード比を示す。 ＩＴＴ、ＢＥＰ、ｂＴＭＢ１６未満の下位群、及びｂＴＭＢ１６以上の下位群のＯＳを示すフォレストプロットを用いた表である。 アテゾリズマブ治療アーム及びドセタキセル治療アームにおけるｂＴＭＢ１６未満の下位群及びｂＴＭＢ１６以上の下位群のＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。 アテゾリズマブ治療アーム及びドセタキセル治療アームにおけるｂＴＭＢ１６以上の下位群（図１Ｅ）（相互作用Ｐ＝０．３４）のＰＯＰＬＡＲ試験におけるＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示す一連のグラフである。相互作用Ｐ値は、治療期間、ｂＴＭＢ下位群、及び下位群相互作用による治療を含む非層別比例Ｃｏｘモデルからのものである。 アテゾリズマブ治療アーム及びドセタキセル治療アームにおけるｂＴＭＢ１６未満の下位群（図１Ｆ）（相互作用Ｐ＝０．３４）のＰＯＰＬＡＲ試験におけるＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示す一連のグラフである。相互作用Ｐ値は、治療期間、ｂＴＭＢ下位群、及び下位群相互作用による治療を含む非層別比例Ｃｏｘモデルからのものである。 指示された基準血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアに基づく診断陽性（Ｄｘ＋）のＯＡＫ試験（臨床試験識別番号ＮＣＴ０２００８２２７）における患者のＰＦＳのＨＲを示すグラフである。 指示された基準血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアに基づく診断陽性（Ｄｘ＋）のＯＡＫ試験における患者のＯＳのＨＲを示すグラフである。 ＰＦＳ ＨＲとｂＴＭＢスコア値との間の関係の多変量適応回帰スプライン（ＭＡＲＳ）分析を示すグラフである（４以上：ｎ＝４４１、５以上：ｎ＝４０３、６以上：ｎ＝３７１、７以上：ｎ＝３４０、８以上：ｎ＝３０２、９以上：ｎ＝２７２、１０以上：ｎ＝２５１、１１以上：ｎ＝２３５、１２以上：ｎ＝２１１、１３以上：ｎ＝２００、１４以上：ｎ＝１８８、１５以上：ｎ＝１６６、１６以上：ｎ＝１５８、１７以上：ｎ＝１４７、１８以上：ｎ＝１３６、１９以上：ｎ＝１２１、２０以上：ｎ＝１０５、２１以上：ｎ＝９７、２２以上：ｎ＝８４、２３以上：ｎ＝７６、２４以上：ｎ＝６９、２５以上：ｎ＝６２、２６以上：ｎ＝５４患者）。 各アームをｂＴＭＢスコアに従って層別した、ＰＯＰＬＡＲ試験のアテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）治療アーム（黒色）及びドセタキセル対照アーム（灰色）における患者（ｎＢＥＰ＝２１１患者）のＢＥＰのＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。基準ｂＴＭＢスコア１８以上のｂＴＭＢスコアを有する患者を実線（Ｄｘ＋）で示しており、基準ｂＴＭＢスコア１８未満のｂＴＭＢを有する患者を破線（Ｄｘ－）で示している。所与の時点でＢＥＰの各下位群におけるＰＦＳ事象を有しなかった患者の数を列記する表も示す。各列の時点は、上のグラフのｘ軸に沿って示される時点に相当する。基準ｂＴＭＢスコア１８以上のｂＴＭＢスコアは、この集団においておよそ２０％の有病率を有した（ｎＩＴＴ＝２８７、患者試料（全て）＝２７３、患者試料（研究室での過誤が混入した試料を除外した）＝２６５、ｎＤｘ＋＝５２、ＨＲ＝０．５７、ＰＦＳの相互作用ｐ値＝０．１１）。ＥＧＦＲまたはＡＬＫにおける変異に対して陽性の患者試料を分析から除外しなかった。１％未満の最大体細胞対立遺伝子頻度（ＭＳＡＦ）を有する患者試料を分析から除外した。配列カバレッジは８００以上であった。 ドセタキセル（対照）と比較した、アテゾリズマブで治療されたＰＯＰＬＡＲ試験における患者のＰＦＳのＨＲを示すフォレストプロットを用いた表である。ＨＲを、基準ｂＴＭＢスコア（「カットオフ値」）１８以上（Ｄｘ＋）及びカットオフ値１８未満（Ｄｘ－）のｂＴＭＢスコアによって定義された患者下位群にわたって列記している。 各アームをｂＴＭＢスコアに従って層別した、ＯＡＫ試験のアテゾリズマブ治療アーム（黒色）及びドセタキセル対照アーム（灰色）における患者（ｎＢＥＰ＝５８３患者）のＢＥＰのＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。基準ｂＴＭＢスコア１８以上のｂＴＭＢスコアを有する患者を実線（Ｄｘ＋）で示しており、基準ｂＴＭＢスコア１８未満のｂＴＭＢを有する患者を破線（Ｄｘ－）で示している。所与の時点でＢＥＰの各下位群におけるＰＦＳ事象を有しなかった患者の数を列記する表も示す。各列の時点は、上のグラフのｘ軸に沿って示される時点に相当する。基準ｂＴＭＢスコア１８以上のｂＴＭＢスコアは、ＥＧＦＲまたはＡＬＫにおける変異なしの集団においておよそ２０％の有病率を有した（ｎＩＴＴ＝８５０、患者試料（全て）＝８０３、患者試料（研究室での過誤が混入した試料を除外した）＝７７７、ＥＧＦＲまたはＡＬＫにおける変異なしの患者試料＝６９７、ｎＤｘ＋＝１３２、ＨＲ＝０．６６、ＰＦＳの相互作用ｐ値＝０．０６８）。１％未満のＭＳＡＦを有する患者試料を分析から除外した。配列カバレッジは８００以上であった。 ドセタキセル（対照）と比較した、アテゾリズマブで治療されたＯＡＫ試験における患者のＰＦＳのＨＲを示すフォレストプロットを用いた表である。ＨＲを、基準ｂＴＭＢスコア（「カットオフ値」）１８以上（Ｄｘ＋）及び１８未満（Ｄｘ－）のｂＴＭＢスコアによって定義された患者下位群にわたって列記している。 各アームをｂＴＭＢスコアに従って層別した、ＯＡＫ試験におけるアテゾリズマブ治療アーム（黒色）及びドセタキセル対照アーム（灰色）における患者（ｎＢＥＰ＝５８３患者）のＢＥＰのＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。基準ｂＴＭＢスコア１６以上のｂＴＭＢスコアを有する患者を実線（Ｄｘ＋）で示しており、基準ｂＴＭＢスコア１６未満のｂＴＭＢを有する患者を破線（Ｄｘ－）で示している。所与の時点でＢＥＰの各下位群におけるＰＦＳ事象を有しなかった患者の数を列記する表も示す。各列の時点は、上のグラフのｘ軸に沿って示される時点に相当する。基準ｂＴＭＢスコア１６以上のｂＴＭＢスコアは、ＥＧＦＲまたはＡＬＫにおける変異なしの集団においておよそ２３％の有病率を有した（ｎＩＴＴ＝８５０、患者試料（全て）＝８０３、患者試料（研究室での過誤が混入した試料を除外した）＝７７７、ＥＧＦＲまたはＡＬＫにおける変異なしの患者試料＝６９７、ｎＤｘ＋＝１５８、ＨＲ＝０．６５、ＰＦＳの相互作用ｐ値＝０．０３６）。１％未満のＭＳＡＦを有する患者試料を分析から除外した。配列カバレッジは８００以上であった。 ドセタキセル（対照）と比較した、アテゾリズマブで治療されたＯＡＫ試験における患者のＰＦＳのＨＲを示すフォレストプロットを用いた表である。ＨＲを、基準ｂＴＭＢスコア（「カットオフ値」）１６以上（Ｄｘ＋）及び１６未満（Ｄｘ－）のｂＴＭＢスコアによって定義された患者下位群にわたって列記している。 アテゾリズマブ治療アーム及びドセタキセル治療アームにおけるｂＴＭＢ１６未満の下位群及びｂＴＭＢ１６以上の下位群のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。治療期間、ｂＴＭＢ下位群、及び下位群相互作用による治療を含む非層別比例Ｃｏｘモデルからの相互作用ｐ値を示す。 ＩＴＴ、ＢＥＰ、ｂＴＭＢ１６以上の下位群、及びｂＴＭＢ１６未満の下位群における、ドセタキセル（対照）と比較した、アテゾリズマブで治療されたＯＡＫ試験における患者のＯＳの非層別ＨＲを示すフォレストプロットを用いた表である。 各アームをｂＴＭＢスコアに従って層別した、ＯＡＫ試験におけるアテゾリズマブ治療アーム（黒色）及びドセタキセル対照アーム（灰色）における患者（ｎＢＥＰ＝５８３患者）のＢＥＰのＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。基準ｂＴＭＢスコア１４以上のｂＴＭＢスコアを有する患者を実線（Ｄｘ＋）で示しており、基準ｂＴＭＢスコア１４未満のｂＴＭＢを有する患者を破線（Ｄｘ－）で示している。所与の時点でＢＥＰの各下位群におけるＰＦＳ事象を有しなかった患者の数を列記する表も示す。各列の時点は、上のグラフのｘ軸に沿って示される時点に相当する。基準ｂＴＭＢスコア１４以上のｂＴＭＢスコアは、ＥＧＦＲまたはＡＬＫにおける変異なしの集団においておよそ２７％の有病率を有した（ｎＩＴＴ＝８５０、患者試料（全て）＝８０３、患者試料（研究室での過誤が混入した試料を除外した）＝７７７、ＥＧＦＲまたはＡＬＫにおける変異なしの患者試料＝６９７、ｎＤｘ＋＝１８８、ＨＲ＝０．６８、ＰＦＳの相互作用ｐ値＝０．０４７）。１％未満のＭＳＡＦを有する患者試料を分析から除外した。配列カバレッジは８００以上であった。 ドセタキセル（対照）と比較した、アテゾリズマブで治療されたＯＡＫ試験における患者のＰＦＳのＨＲを示すフォレストプロットを用いた表である。ＨＲを、基準ｂＴＭＢスコア（「カットオフ値」）１４以上（Ｄｘ＋）及び１４未満（Ｄｘ－）のｂＴＭＢスコアによって定義された患者下位群にわたって列記している。 各アームをｂＴＭＢスコアに従って層別した、ＰＯＰＬＡＲ試験及びＯＡＫ試験のアテゾリズマブ治療アーム（黒色）及びドセタキセル対照アーム（灰色）における患者（ｎＢＥＰ＝７７５患者、ＨＲ＝０．６２）の組み合わせＢＥＰのＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。基準ｂＴＭＢスコア１４以上のｂＴＭＢスコアを有する患者を実線（Ｄｘ＋）で示しており、基準ｂＴＭＢスコア１４未満のｂＴＭＢを有する患者を破線（Ｄｘ－）で示している。所与の時点でＢＥＰの各下位群におけるＰＦＳ事象を有しなかった患者の数を列記する表も示す。各列の時点は、上のグラフのｘ軸に沿って示される時点に相当する。１％未満のＭＳＡＦを有する患者試料を分析から除外した。配列カバレッジは８００以上であった。 ドセタキセル（対照）と比較した、アテゾリズマブで治療されたＰＯＰＬＡＲ試験及びＯＡＫ試験における患者のＰＦＳのＨＲを示すフォレストプロットを用いた表である。ＨＲを、基準ｂＴＭＢスコア（「カットオフ値」）１４以上（Ｄｘ＋）及び１４未満（Ｄｘ－）のｂＴＭＢスコアによって定義された患者下位群にわたって列記している。 ＯＡＫにおけるＢＥＰ下位群及びｂＴＭＢ下位群の確認された最良の客観的奏功率（ＯＲＲ）を示すグラフである。ＯＲＲを、アテゾリズマブ治療アーム及びドセタキセル治療アームにおけるＢＥＰ、ｂＴＭＢ１６未満の下位群、及びｂＴＭＢ１６以上の下位群に対してプロットした。 ＯＡＫにおける相互排他的ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ下位群によるｂＴＭＢ分位数を示す表である。 ｂＴＭＢ及びＩＨＣデータを用いて２２９名の患者を示すベン図であり、３０名がｂＴＭＢ１６以上と、Ｖｅｎｔａｎａ ＰＤ－Ｌ１（ＳＰ１４２）アッセイによって測定されるＴＣ３またはＩＣ３ ＰＤ－Ｌ１発現との両方であった（ｂＴＭＢ１６以上（ｎ＝１５６）、ＴＣ３またはＩＣ３（ｎ＝１０３））。 ＯＡＫ試験におけるｂＴＭＢレベル下位群と様々なＰＤ－Ｌ１発現下位群との間の重複を示すベン図である。これらのベン図は、高いｂＴＭＢ（１６以上）と、Ｖｅｎｔａｎａ ＰＤ－Ｌ１ ＳＰ１４２アッセイによって測定されるＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３ ＰＤ－Ｌ１発現との間の重複（図９Ｃ）を示す。 ＯＡＫ試験におけるｂＴＭＢレベル下位群と様々なＰＤ－Ｌ１発現下位群との間の重複を示すベン図である。これらのベン図は、高いｂＴＭＢ（１６以上）と、Ｖｅｎｔａｎａ ＰＤ－Ｌ１ ＳＰ１４２アッセイによって測定されるＴＣ２／３またはＩＣ２／３ ＰＤ－Ｌ１発現との間の重複（図９Ｄ）を示す。 ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ下位群に従って群分けした、各試料に対してプロットした生ｂＴＭＢスコアを示すグラフである。ボックス及びその中の線は、各ＰＤ－Ｌ１下位群の２５％、５０％、及び７５％四分位数を示している。個々の観察を白丸で示している。各相互排他的ＩＨＣ下位群内で、下方ヒンジ及び上方ヒンジは、第１の四分位数及び第３の四分位数に相当し、それらの間のバーは、中央値を示している。上方ウィスカーは、ヒンジから、そのヒンジから１．５×四分位間範囲（ＩＱＲ）を超えない最大値まで伸びている（ここで、ＩＱＲは、第１の四分位数と第３の四分位数との間の距離である）。下方ウィスカーは、ヒンジから、そのヒンジの最大１．５×ＩＱＲの最小値まで伸びている。 非扁平上皮腫瘍及び扁平上皮腫瘍を有するＯＡＫ試験からの患者の確率密度を示すグラフである。この分析からＥＧＦＲ変異腫瘍及びＡＬＫ変異腫瘍を除外した。非扁平上皮組織像での腫瘍の平均ｂＴＭＢカウントは、１１．２変異であり、扁平上皮組織像での腫瘍の平均ｂＴＭＢカウントは、１２．４変異であった。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 図１１Ａ及び１１Ｂは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ＴＭＢワークフローに対する１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ａ）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）（図１１Ｂ）のｂＴＭＢ閾値の一致分析を示すグラフである。一致を、ＤＮＡ抽出後の試料を分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローを評価することによって確立した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。１６以上のｂＴＭＢカットポイント（本明細書で「カットオフ（ｃｕｔｏｆｆ）」または「カットオフ（ｃｕｔ－ｏｆｆ）」と同義に称される）を使用して、４６個の試料のうち４１個の試料が真陽性であり、２３個の試料のうち２３個が真陰性であった（図１１Ｂ）。４個の偽陰性試料は全て、Ｆ１ ＴＭＢでカウントされ、かつその後にｂＴＭＢカウントを減少させるｂＴＭＢアッセイでは除外される挿入または欠失を有した。図１１Ａ及び図１１Ｂのグラフは、異なる四分円が重なった同じ散布図に対応する。図１１Ｃは、図１１Ｂに示される各アッセイで行った分割したｃｔＤＮＡ試料からのｂＴＭＢ計算パイプラインに対してＦ１計算パイプラインを使用して計算したＴＭＢの比較のための様々なカットポイントのＰＰＡ及びＮＰＡを示す表である。図１１Ｄは、一連のｂＴＭＢカットポイント４～２０にわたるｂＴＭＢ感度値及び１－特異度値の受信者操作者曲線（ＲＯＣ）分析を示すグラフである。試料をＤＮＡ抽出後に分割し、以前に検証されたＦ１ワークフロー、ならびにｂＴＭＢワークフローにおいて評価した。各ワークフローは、後続ＴＭＢ値を計算するためにはっきりと異なるパイプラインを利用する。プロットは、１－特異度（１－ＮＰＡ）に対する感度（ＰＰＡ）を示す。１－特異度は、偽陽性率と同等であり、特異度は、真陽性率と同等である。Ｆ１アッセイによって評価されるＴＭＢは、免疫系が遭遇し得る全ての潜在的なネオ抗原を包括的に試験しない。むしろ、非ランダムがん特異的遺伝子セットのコーディング領域を配列決定し、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）を特定することによって、ＴＭＢは、ゲノムにおける変異率を反映し、ネオ抗原量の代理としての機能を果たし得る。図１１Ｅは、患者のＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２２４）における組織中ＴＭＢ（ｔＴＭＢ）及びｂＴＭＢの、両プラットホームからの適切なデータとの対比較を示すグラフである。検出された変異の数を左側パネルのグラフの各軸に表しており、ｔＴＭＢの場合、変異カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢの場合、変異カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの相関＝０．５９（ＣＩ９５％：０．４９、０．６７）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡ及びＮＰＡを、右側のパネルの表に示す。図１１Ｆは、ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫからの患者のｔＴＭＢ及びｂＴＭＢの、両プラットホーム（Ｎ＝２５９）からの適切なデータ（ＳＮＰ一致、品質管理合格）との対比較を示すグラフである。検出された変異の数を各軸に表しており、ｔＴＭＢ変異の場合、カウントは、５％以上のＡＦでＳＮＶならびに挿入及び欠失（インデル）を含み、ｂＴＭＢ変異の場合、カウントは、０．５％以上のＡＦでＳＮＶのみを含む。スピアマンの順位相関＝０．６４（ＣＩ９５％：０．５６、０７１）。破線は、１６以上のカットポイントを表す。ＰＰＡは６４％であり（ＣＩ９５％：５４、７４）、ＮＰＡは８８％であった（ＣＩ９５％：８３、９２）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｇは、ｔＴＭＢ（ＳＮＶのみ）及びｂＴＭＢの対比較を示すグラフである。ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用してこれらの２つの尺度間の相関を比較した（Ｎ＝２５８；スピアマンの相関＝０．６５；ＣＩ９５％：０．５７、０．７１）。１つの試料が非常に高いｂＴＭＢ（１５２）及びｔＴＭＢ（１３３）を有したため、この試料を提示目的のためにグラフから除外した。図１１Ｈは、分割したｃｔＤＮＡ試料（Ｎ＝６９）からのｂＴＭＢアッセイに対するＦ１アッセイを使用して計算したＴＭＢ（変異の数）の比較を示すグラフである。Ｆ１ ＴＭＢの場合では閾値を超えたが、ｂＴＭＢの場合では閾値を超えなかった４つの不一致試料は、Ｆ１ ＴＭＢ計算に含めたが、ｂＴＭＢ計算からは除外したインデルによって大いに説明される。図１１Ｉは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）（ＦＡＣＴ）アッセイ及びｂＴＭＢアッセイの比較からのＰＰＡ及びＰＰＶを示す表である。試料を分割し、両アッセイに従って分析し、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴアッセイからの体細胞バリアントの一致を使用して、ＰＰＡを計算した。ＦＡＣＴアッセイによっても検出されたｂＴＭＢアッセイのＦＡＣＴ限定領域に存在する体細胞バリアントを使用して、ＰＰＶを計算した。データを、個々のバリアント、ならびにこれらの２つのアッセイ間の完全一致との全ての評価した試料のパーセントを分析することによって、全一致に従ってプロットする。両アッセイ間の重複ベイト領域内の共有バリアントのパーセンテージは、９３％である。対立遺伝子頻度カットオフを少なくとも１％に制限することにより、一致が９９％に増加する。図１１Ｊは、ＦＡＣＴ及びｂＴＭＢの重複領域で検出された一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を示す一連のグラフである。検出されていないバリアントの場合、ＶＡＦは０．０である。既知のアーチファクトを除外する。上方パネル（Ｎ＝２０２）は、ｂＴＭＢ及びＦＡＣＴにおける一致したバリアントの完全分布を表し、下方パネルは、低対立遺伝子頻度バリアントの拡大図を示す。図１１Ｋは、患者の組織試料と血液試料との間のＴＭＢカウントの、組織由来の高い（３０超の）全変異カウントとの比較を示すグラフである。試料を、ｔＴＭＢが増加する順に並べる。図１１Ｌ及び１１Ｍは、試料収集とＭＳＡＦとの間の時間に対する血中ＴＭＢ／組織中ＴＭＢ一致を示す一連のグラフである。腫瘍組織試料収集と血液試料収集との間のｂＴＭＢ－ｔＴＭＢ一致（共有バリアントのパーセンテージとして）と間隔（ログスケールでの日数）（図１１Ｌ）及びＭＳＡＦ（図１１Ｍ）との間の対相関を示す。図１１Ｌでは、破線は１００日を示し、スピアマンの相関（ブートストラップＣＩ９５％）は、全体で－０．２５（－０．３７、－０．１３）であり、血液の１００日未満前に収集した組織試料の場合では０．０６（－０．１８、０．３）であり、血液の１００日以上前に収集した組織試料の場合では－０．３（－０．４２、－０．１６）であった。図１１Ｍでは、スピアマンの相関（ブートストラップ）は、０．３０（ＣＩ９５％：０．１９、０．４１）であった。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって検出されたＳＮＶを示すベン図である。 ｃｆＤＮＡインプットの因子としてのエクソンカバレッジ中央値を示すグラフである。１，０７６個の臨床試料の分析において、２０ｎｇ以上のｃｆＤＮＡをライブラリ構築へのインプットとして使用したときに、８００倍超のエクソンカバレッジ中央値で１００％を達成した。 図１３Ａ及び１３Ｂは、ｂＴＭＢ及びＭＳＡＦの精度分析を示すグラフである。精度を、アッセイ結果再現性に従って、１０以上（約９ｍｕｔ／Ｍｂと同等）及び１６以上（約１４ｍｕｔ／Ｍｂと同等）の２つのはっきりと異なるｂＴＭＢ閾値、ならびにＭＳＡＦによって推定される１％の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）の品質管理測定基準に従って評価した。ｂＴＭＢ精度試験の場合、一連の臨床的に有意なｂＴＭＢ値に及ぶ少なくとも三連試料を有する４０個の複製群を、過半数コールと比較した。ＭＳＡＦ精度試験の場合、一連の臨床的に有意な値に及ぶ少なくとも三連試料を有する３７個の複製群を、過半数コールと比較した。各データ点は、異なる複製物を示す。 ＭＳＡＦによって推定される試料中の腫瘍含有量の関数として１０以上及び１６以上の閾値に従うｂＴＭＢアッセイの再現性を示す。１０以上（「ｂＴＭＢ１０」）及び１６以上（「ｂＴＭＢ１６」）の両方のｂＴＭＢカットポイントについて、少なくとも１％のＭＳＡＦで少なくとも８０％の再現性を達成した。 パネルサイズに対する模擬アッセイ性能を示すグラフである。ＴＭＢアッセイの模擬感度及び特異度を、その計算のために使用したパネルのサイズに従って示している。これらの値を生成するために、ＴＭＢ値を、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓからの２５個の患者試料の全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）データから計算した。各患者を、１００ｍｕｔ／Ｍｂから１ｍｕｔ／Ｍｂに至るまでの一連のＴＭＢ値を表すように選んだ。加えて、カウント領域を５Ｍｂから５０Ｋｂに至るまでに限定することによって、ＴＭＢ値をＷＥＳデータのランダムサンプリングから計算した。各限定された標的領域内で、合計２．５億のランダムサンプリングをポアソン分布として行い、同等ｔＴＭＢ値を計算した。１４ｍｕｔ／Ｍｂのカットポイント（ｂＴＭＢアッセイにおいて合計１６の変異）を使用して結果をＷＥＳから得られたＴＭＢ値と一致するように維持されたこれらの標的限定ＴＭＢ値の分率を、各それぞれの模擬パネルサイズについて算出した。結果を、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅデータベース（ｎ＝１９，３２０）を使用して非小細胞肺癌を有する患者から得られたＴＭＢ値の実世界分布と比較した。感度を、全ての真陽性及び偽陰性の合計で割った真陽性の分率として計算し、特異度を、全ての真陰性及び偽陽性の合計で割った真陰性の数として計算した。プロットした値は、この分析から得られた結果を表し、共有領域は、少なくとも８０％の感度及び特異度を維持するために必要なパネルのサイズを表す。 様々なカバレッジレベルでのｂＴＭＢ及びＭＳＡＦ変動係数（ＣＶ）の分布を示すグラフである。精度を維持するために必要な最小カバレッジを評価するために、１０以上のｂＴＭＢスコア及び１％以上のＭＳＡＦを有する８個の異なる試料由来の８０個の複製物のインシリコダウンサンプリングを行い、８００倍～２０００倍の範囲に及ぶ配列カバレッジ中央値を達成した。ｂＴＭＢ値及びＭＳＡＦ値のＣＶ％を、様々な配列カバレッジでのダウンサンプリング検体から計算した。最小カバレッジを、ｂＴＭＢ値及びＭＳＡＦ値の３０％以下のＣＶによって定義される精度を依然として達成したダウンサンプリングエクササイズからの下限と定義した。ｂＴＭＢ値及びＭＳＡＦ値の精度を維持するための最小配列カバレッジが８００倍に至ることが確認された。 ＯＡＫ試験におけるｂＴＭＢスコアに対する血漿試料から抽出したｃｆＤＮＡの質量の対比較を示すグラフである。ｂＴＭＢスコアを、血漿から抽出した全ｃｆＤＮＡに対してプロットする。全抽出ｃｆＤＮＡとｂＴＭＢスコアとの間に、小さいが、統計的に有意な正のスピアマンの相関があった（スピアマンｒ＝０．１５、［ＣＩ９５％：０．０７、０．２３］）。 ｂＴＭＢとＭＳＡＦとの間の相関（図１８Ａ）を示す一連のグラフである。 ｂＴＭＢと最長径和（ＳＬＤ）との間の相関（図１８Ｂ）を示す一連のグラフである。 ＢＦ１ＲＳＴ試験からの中間分析の患者集団を示す概略図である。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験の中間分析集団からのベースライン人口統計及び臨床的特徴を示す表である。 ＢＦ１ＲＳＴ試験の中間分析集団におけるｂＴＭＢ下位群によるＯＲＲを示すグラフである。 中間分析集団におけるｂＴＭＢ下位群によるベースラインからの最大最長径和（ＳＬＤ）の減少を示すグラフである。ａ１５名の患者が１％未満のＭＳＡＦを有した。ｂ４名の患者が有効な試料を有さなかった。ベースライン後の標的病変測定値を有する患者のみをこのグラフに示す（ｎ＝７０）。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験における中間分析集団の１６未満のｂＴＭＢ下位群（図２３Ａ）のｂＴＭＢ下位群による経時的な腫瘍量の変化を示す一連のグラフである。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験における中間分析集団の１６以上のｂＴＭＢ下位群（図２３Ｂ）のｂＴＭＢ下位群による経時的な腫瘍量の変化を示す一連のグラフである。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験における中間分析集団の１６未満のｂＴＭＢ下位群及び１６以上のｂＴＭＢ下位群のＰＦＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験における中間分析集団のｂＴＭＢカットオフスコアによるＰＦＳのフォレストプロットを示すグラフである。ａ非層別ハザード比（ＣＩ９０％）。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験における中間分析集団の１６未満のｂＴＭＢ下位群及び１６以上のｂＴＭＢ下位群のＯＳのカプラン・マイヤー曲線を示すグラフである。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験における中間分析集団のｂＴＭＢカットオフスコアによるＯＳのフォレストプロットを示すグラフである。ｂ非層別ハザード比（ＣＩ９０％）。 Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験における安全性評価可能中間分析集団の１０％以上で観察されたＡＥを示すグラフである。
Ｉ．序文
本発明は、がんのための治療、診断、及び予後方法、ならびに組成物を提供する。本発明は、少なくとも部分的に、個体から得られた試料における体細胞変異の総数を決定して、がんを有する個体の治療におけるバイオマーカー（例えば、予測バイオマーカー）として使用され得る血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアを導き出し、がんを有する個体を診断し、がんを有する個体が、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法での治療に応答する可能性があるかを決定し、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法の治療有効性を最適化し、かつがんを有する個体のための療法を選択する発見に基づく。本発明は、がんを有する個体の予後を提供するための方法、ならびに免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療に対する個体の応答を監視する方法も提供する。
ＩＩ．定義
本明細書に記載の本発明の態様及び実施形態が、態様及び実施形態「を含む」、「からなる」、及び「から本質的になる」を含むことを理解されたい。本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、別途示されない限り、複数の指示対象を含む。
本明細書で使用される「約」という用語は、当業者に容易に既知のそれぞれの値に対する通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（かつ説明する）。例えば、「約Ｘ」を指す説明は、「Ｘ」の説明を含む。
本明細書で使用される場合、各々同義に使用され得る、「血中腫瘍変異量スコア」、「血中腫瘍変異量スコア」、及び「ｂＴＭＢスコア」という用語は、個体（例えば、がんの危険性があるか、またはがんを有する個体）から得られた血液試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）中で検出された体細胞変異の数を反映する数値を指す。ｂＴＭＢスコアは、例えば、全ゲノムもしくはエクソームに基づいて、またはゲノムもしくはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）に基づいて測定され得る。ある特定の実施形態では、ｂＴＭＢスコアは、遺伝子間配列に基づいて測定され得る。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセットに基づいて測定されたｂＴＭＢスコアを外挿して、全ゲノムまたはエクソームのｂＴＭＢスコアを決定することができる。ある特定の実施形態では、所定の遺伝子セットは、全ゲノムまたは全エクソームを含まない。他の実施形態では、サブゲノム区間セットは、全ゲノムまたは全エクソームを含まない。いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セットは、複数の遺伝子を含み、これらは、変異体形態で、細胞分裂、成長、または生存への影響に関連するか、またはがんに関連する。いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セットは、少なくとも約５０個以上、約１００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上、約３５０個以上、約４００個以上、約４５０個以上、または約５００個以上の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セットは、約１Ｍｂ（例えば、約１．１Ｍｂ、例えば、約１．１２５Ｍｂ）を網羅する。
いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコアは、試料中の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）における体細胞変異の数を測定することによって決定される。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコアは、試料中の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）における体細胞変異の数を測定することによって決定される。いくつかの実施形態では、体細胞変異の数は、カウントされた単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）の数、またはカウントされたＳＮＶの数とインデル変異の数との合計である。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコアは、腫瘍における蓄積された体細胞変異の数を指す。したがって、ｂＴＭＢスコアは、発がん性（例えば、腫瘍）細胞上のネオ抗原の数の代理として使用され得る。ｂＴＭＢスコアは、発がん性（例えば、腫瘍）細胞上のネオ抗原の数の代理である、腫瘍内での変異率代理としても使用され得る。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアは、個体を、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブ）を含む治療から利益を享受し得る者と特定する。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコア未満のｂＴＭＢスコアは、個体を、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト以外の、またはそれに加えた抗がん療法を含む治療から利益を享受し得る者と特定する。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコアは、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブ）を含む治療に対するがんを有する個体の応答を監視するために使用され得る。
本明細書で使用される場合、「基準ｂＴＭＢスコア」という用語は、例えば、診断、予測、予後、及び／または治療決定を行うための、別のｂＴＭＢスコアが比較されるｂＴＭＢスコアを指す。例えば、基準ｂＴＭＢスコアは、基準試料、基準集団、及び／または所定の値におけるｂＴＭＢスコアであり得る。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性と、カットオフ値であるか、またはそれを超える、及び／またはカットオフ値未満の非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性との間の有意差に基づいて、基準集団における免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセットと、同じ基準集団における免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットとを有意に分けるカットオフ値である。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性は、カットオフ値であるか、またはそれを超える非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性と比較して著しく改善される。いくつかの例では、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性は、カットオフ値未満の免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性と比較して著しく改善される。
当業者であれば、基準ｂＴＭＢスコアの数値が、がんの種類（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）、ｂＴＭＢスコアを測定するために使用される方法論、及び／またはｂＴＭＢスコアを生成するために使用される統計的方法によって変動し得ることを理解するであろう。
「同等ｂＴＭＢ値」という用語は、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表されるｂＴＭＢスコアに相当する数値を指す。概して、ｂＴＭＢスコアが、配列決定されたゲノム領域のサイズに線形的に関連することを理解されたい。かかる同等ｂＴＭＢ値は、ｂＴＭＢスコアと比較して同等程度の腫瘍変異量を示し、本明細書に記載の方法において同義に使用して、例えば、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）に対するがん患者の応答を予測することができる。一例として、いくつかの実施形態では、同等ｂＴＭＢ値は、体細胞バリアント（例えば、体細胞変異）カウントを配列決定された塩基の数で割ることによって計算され得る正規化ｂＴＭＢ値である。例えば、同等ｂＴＭＢ値は、例えば、変異の数／メガベースとして表され得る。例えば、約２５のｂＴＭＢスコア（約１．１Ｍｂにわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたもの）は、約２３変異／Ｍｂの同等ｂＴＭＢ値に相当する。本明細書に記載のｂＴＭＢスコア（例えば、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表されるｂＴＭＢスコア）が、異なる方法論（例えば、全エクソーム配列決定または全ゲノム配列決定）を使用して得られた同等ｂＴＭＢ値を包含することを理解されたい。一例として、全エクソームパネルの場合、標的領域は、およそ５０Ｍｂであり得、検出された約５００の体細胞変異を有する試料は、約１０変異／Ｍｂの同等ｂＴＭＢ値を有する。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約３０％未満（例えば、約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約４％未満、約３％未満、約２％未満、約１％未満、またはそれ未満）逸脱する。例えば、Ｃｈａｌｍｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ９：３４，２０１７を参照されたい。
本明細書で使用される場合、各々同義に使用され得る「最大体細胞対立遺伝子頻度」及び「ＭＳＡＦ」という用語は、分率またはパーセンテージとして表される、約４０％未満（例えば、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、または１％未満）の、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から検出される対立遺伝子（すなわち、体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異）を有する遺伝子のバリアント）の最大頻度を指す。体細胞変異の対立遺伝子頻度は、ヒトゲノムの特定の領域にアラインされた全リードに対して体細胞変異を示す配列リードの数を割ることによって計算され得る。いくつかの例では、ＭＳＡＦは、試料における約２０％未満の最大体細胞対立遺伝子頻度から導き出される。いくつかの実施形態では、この値は、その対立遺伝子を保有する対象由来の試料中の全てのｃｆＤＮＡの分率である。いくつかの実施形態では、この値は、その対立遺伝子を保有する対象由来の試料中のｃｔＤＮＡの分率である。いくつかの実施形態では、この値は、試料中の腫瘍含有量の総量を推定するために使用される。いくつかの実施形態では、本方法は、試料から検出された各体細胞改変の対立遺伝子頻度を決定することを含む。例えば、複数の体細胞改変を有する試料は、恐らく、がん（例えば、腫瘍）におけるそれらの本来のクローン頻度に応じて、体細胞対立遺伝子頻度の分布としてそれらの改変を提示し得る。いくつかの実施形態では、この値は、所定の遺伝子セット、例えば、所定の遺伝子セットのコーディング領域の関数として表される。他の実施形態では、この値は、配列決定されたサブゲノム区間、例えば、配列決定されたコーディングサブゲノム区間の関数として表される。いくつかの実施形態では、ＭＳＡＦを使用して、がんを有する個体の予後を提供することができる。
本明細書で使用される場合、同義に使用され得る「組織中腫瘍変異量スコア」及び「ｔＴＭＢスコア」という用語は、腫瘍組織試料（例えば、ホルマリン固定及びパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍試料、アーカイブ腫瘍試料、新鮮な腫瘍試料、または凍結腫瘍試料）において検出された所定の遺伝子セット（例えば、所定の遺伝子セットのコーディング領域）における事前選択された単位（例えば、メガベース）当たりの改変（例えば、１つ以上の改変、例えば、１つ以上の体細胞改変）のレベル（例えば、数）を指す。ｔＴＭＢスコアは、例えば、全ゲノムもしくはエクソームに基づいて、またはゲノムもしくはエクソームのサブセットに基づいて測定され得る。ある特定の実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセットに基づいて測定されたｔＴＭＢスコアを外挿して、全ゲノムまたはエクソーム変異荷重を決定することができる。いくつかの実施形態では、ｔＴＭＢスコアは、個体（例えば、動物（例えば、ヒト））における蓄積された体細胞変異のレベルを指す。ｔＴＭＢスコアは、がん（例えば、肺癌、例えば、ＮＳＣＬＣ）を有する患者における蓄積された体細胞変異を指す場合がある。いくつかの実施形態では、ｔＴＭＢスコアは、個体の全ゲノムにおける蓄積された変異を指す。いくつかの実施形態では、ｔＴＭＢスコアは、個体から収集された特定の組織試料（例えば、腫瘍組織試料生検、例えば、肺癌腫瘍試料、例えば、ＮＳＣＬＣ腫瘍試料）における蓄積された変異を指す。
本明細書で使用される場合、「基準ｔＴＭＢスコア」という用語は、例えば、診断、予測、予後、及び／または治療決定を行うための、別のｔＴＭＢスコアが比較されるｔＴＭＢスコアを指す。例えば、基準ｔＴＭＢスコアは、基準試料、基準集団、及び／または所定の値におけるｔＴＭＢスコアであり得る。いくつかの例では、基準ｔＴＭＢスコアは、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性と、カットオフ値であるか、またはそれを超える、及び／またはカットオフ値未満の非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性との間の有意差に基づいて、基準集団における免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット（例えば、患者）と、同じ基準集団における免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセット（例えば、患者）とを有意に分けるカットオフ値である。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性は、カットオフ値であるか、またはそれを超える非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性と比較して著しく改善される。いくつかの例では、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性は、カットオフ値未満の免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する個体の応答性と比較して著しく改善される。
当業者であれば、基準ｔＴＭＢスコアの数値が、がんの種類（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）または小細胞肺癌）、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌または腎細胞癌（ＲＣＣ））、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌（例えば、一次（１Ｌ）または二次またはより高次の（２Ｌ＋）局所進行性または転移性尿路上皮癌を含む、局所進行性または転移性尿路上皮癌））、乳癌（例えば、ヒト上皮成長因子受容体－２（ＨＥＲ２）＋乳癌またはホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）乳癌）、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、皮膚癌（例えば、皮膚扁平上皮細胞癌）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）、ｔＴＭＢスコアを測定するために使用される方法論、及び／またはｔＴＭＢスコアを生成するために使用される統計的方法によって変動し得ることを理解するであろう。
「同等ｔＴＭＢ値」という用語は、体細胞バリアント（例えば、体細胞変異）カウントを配列決定された塩基の数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））で割ることによって計算され得るｔＴＭＢスコアに相当する数値を指す。概して、ｔＴＭＢスコアが、配列決定されたゲノム領域のサイズに線形的に関連することを理解されたい。かかる同等ｔＴＭＢ値は、ｔＴＭＢスコアと比較して同等程度の腫瘍変異量を示し、本明細書に記載の方法において同義に使用して、例えば、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）に対するがん患者の応答を予測することができる。一例として、いくつかの実施形態では、同等ｔＴＭＢ値は、体細胞バリアント（例えば、体細胞変異）カウントを配列決定された塩基の数で割ることによって計算され得る正規化ｔＴＭＢ値である。例えば、同等ｔＴＭＢ値は、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表され得る。例えば、約２５のｔＴＭＢスコア（約１．１Ｍｂにわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたもの）は、約２３変異／Ｍｂの同等ｔＴＭＢ値に相当する。本明細書に記載のｔＴＭＢスコア（例えば、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表されるＴＭＢスコア）が、異なる方法論（例えば、全エクソーム配列決定または全ゲノム配列決定）を使用して得られた同等ｔＴＭＢ値を包含することを理解されたい。一例として、全エクソームパネルの場合、標的領域は、およそ５０Ｍｂであり得、検出された約５００の体細胞変異を有する試料は、約１０変異／ＭｂのｔＴＭＢスコアとの同等ｔＴＭＢ値である。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｔＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｔＴＭＢスコアから約３０％未満（例えば、約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約４％未満、約３％未満、約２％未満、約１％未満、またはそれ未満）逸脱する。例えば、Ｃｈａｌｍｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ９：３４，２０１７を参照されたい。
「体細胞変異」または「体細胞改変」という用語は、体細胞組織（例えば、生殖系列外の細胞）で生じる遺伝子改変を指す。遺伝子改変の例としては、点変異（例えば、単一ヌクレオチドの別のヌクレオチドとの交換（例えば、サイレント変異、ミスセンス変異、及びナンセンス変異））、挿入及び欠失（例えば、１つ以上のヌクレオチドの付加及び／または除去（例えば、インデル））、増幅、遺伝子重複、コピー数改変（ＣＮＡ）、転位、及びスプライスバリアントが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、インデルは、１つ以上のヌクレオチド（例えば、約１～４０個のヌクレオチド）のフレームシフト変異またはインフレーム変異であり得る。特定の変異の存在は、疾患状態（例えば、がん、例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）と関連し得る。
ある特定の実施形態では、体細胞改変は、サイレント変異（例えば、同義改変）である。他の実施形態では、体細胞改変は、非同義単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）である。他の実施形態では、体細胞改変は、パッセンジャー変異（例えば、クローンの適応度に検出可能な影響を及ぼさない改変）である。ある特定の実施形態では、体細胞改変は、意義不明のバリアント（ＶＵＳ）、例えば、その病原性を確認も排除もすることができない改変である。ある特定の実施形態では、体細胞改変は、がん表現型に関連するものと特定されていない。
ある特定の実施形態では、体細胞改変は、細胞分裂、成長、または生存への影響に関連しないか、またはそれに関連することが知られていない。他の実施形態では、体細胞改変は、細胞分裂、成長、または生存への影響に関連する。
ある特定の実施形態では、体細胞改変の数は、サブゲノム区間内の１つ以上の機能的改変を除外する。
本明細書で使用される場合、各々同義に使用され得る、「サブゲノム（ｓｕｂ－ｇｅｎｏｍｉｃ）区間」及び「サブゲノム（ｓｕｂｇｅｎｏｍｉｃ）区間」という用語は、ゲノム配列の一部分を指す。いくつかの実施形態では、サブゲノム区間は、単一ヌクレオチド位置、例えば、腫瘍表現型と（正または負の）関連を示すヌクレオチド位置バリアントであり得る。いくつかの実施形態では、サブゲノム区間は、１つより多くのヌクレオチド位置を含む。かかる実施形態は、少なくとも２、５、１０、５０、１００、１５０、または２５０のヌクレオチド位置長の配列を含む。サブゲノム区間は、全遺伝子またはその事前選択された部分、例えば、コーディング領域（もしくはその部分）、事前選択されたイントロン（もしくはその部分）、またはエクソン（もしくはその部分）を含み得る。サブゲノム区間は、天然に存在する、例えば、ゲノムＤＮＡ、核酸の断片の全てまたは一部を含み得る。例えば、サブゲノム区間は、配列決定反応に供されるゲノムＤＮＡの断片に対応し得る。ある特定の実施形態では、サブゲノム区間は、ゲノム源由来の連続した配列である。他の実施形態では、サブゲノム区間は、ゲノム中で近接していない配列を含み、例えば、それは、ｃＤＮＡ中のエクソン－エクソン接合部で形成される接合部を含み得る。
一実施形態では、サブゲノム区間は、単一ヌクレオチド位置；遺伝子内領域または遺伝子間領域；エクソンもしくはイントロン、またはその断片、典型的には、エクソン配列またはその断片；コーディング領域または非コーディング領域、例えば、プロモーター、エンハンサー、５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）、または３’非翻訳領域（３’ＵＴＲ）、またはその断片；ｃＤＮＡまたはその断片；ＳＮＶ；ＳＮＰ；体細胞変異、生殖系列変異、またはそれらの両方；改変、例えば、点変異または単一変異；欠失変異（例えば、インフレーム欠失、遺伝子内欠失、全遺伝子欠失）；挿入変異（例えば、遺伝子内挿入）；逆位変異（例えば、染色体内逆位）；連結変異；連結された挿入変異；逆位重複変異；タンデム重複（例えば、染色体内タンデム重複）；転座（例えば、染色体転座、非相反転座）；再編成（例えば、ゲノム再編成（例えば、１つ以上のイントロンまたはその断片の再編成；再編成されたイントロンは、５’－ＵＴＲ及び／または３’－ＵＴＲを含み得る））；遺伝子コピー数の変化；遺伝子発現の変化；ＲＮＡレベルの変化；またはそれらの組み合わせを含むか、またはそれらからなる。
「遺伝子のコピー数」とは、特定の遺伝子産物をコードする細胞中のＤＮＡ配列の数を指す。概して、所与の遺伝子について、哺乳動物は、各遺伝子の２つのコピーを有する。コピー数は、例えば、遺伝子増幅もしくは重複によって増加し得るか、または欠失によって減少し得る。
いくつかの実施形態では、機能的改変は、参照配列（例えば、野生型配列または変異していない配列）と比較して、細胞分裂、成長、または生存に影響を及ぼす（例えば、細胞分裂、成長、または生存を促進する）改変である。ある特定の実施形態では、機能的改変は、機能的改変のデータベース、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベース（参照により全体が本明細書に組み込まれる、Ｆｏｒｂｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４３（Ｄ１）：Ｄ８０５－Ｄ８１１，２０１５を参照のこと）に含まれるようなものと特定される。他の実施形態では、機能的改変は、既知の機能状態を有する（例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースにおいて既知の体細胞改変として生じる）改変である。ある特定の実施形態では、機能的改変は、起こり得る機能状態（例えば、腫瘍抑制遺伝子における切断）を有する改変である。ある特定の実施形態では、機能的改変は、ドライバー変異（例えば、細胞生存または繁殖を増加させることによって、例えば、その微小環境においてクローンに選択的優位性を与える改変）である。他の実施形態では、機能的改変は、クローン増殖を引き起こすことができる改変である。ある特定の実施形態では、機能的改変は、（ａ）成長シグナルにおける自給自足、（ｂ）抗成長シグナルの低下、例えば、それに対する非感受性、（ｃ）アポトーシスの低下、（ｄ）複製能の増加、（ｅ）持続的血管新生、または（ｆ）組織浸潤もしくは転移のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つ全てを引き起こすことができる改変である。
ある特定の実施形態では、機能的改変は、パッセンジャー変異ではない（例えば、細胞のクローンの適応度に検出可能な影響を及ぼさない改変ではない）。ある特定の実施形態では、機能的改変は、意義不明のバリアント（ＶＵＳ）ではない（例えば、その病原性を確認も除外もすることができない改変ではない）。
ある特定の実施形態では、所定の遺伝子セット内の事前選択された腫瘍遺伝子における複数（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、またはそれ以上）の機能的改変が除外される。ある特定の実施形態では、所定の遺伝子セット内の事前選択された遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子）における全ての機能的改変が除外される。ある特定の実施形態では、所定の遺伝子セット内の複数の事前選択された遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子）における複数の機能的改変が除外される。ある特定の実施形態では、所定の遺伝子セット内の全ての遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子）における全ての機能的改変が除外される。
ある特定の実施形態では、体細胞改変の数は、サブゲノム区間内の生殖系列変異を除外する。
ある特定の実施形態では、生殖系列改変は、ＳＮＰ、塩基置換、挿入、欠失、インデル、またはサイレント変異（例えば、同義変異）である。
ある特定の実施形態では、生殖系列改変は、一致した正常な配列との比較を使用しない方法の使用によって除外される。他の実施形態では、生殖系列改変は、アルゴリズム、例えば、体細胞－生殖系列－接合性（ＳＧＺ）アルゴリズム（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１４；７４（１９Ｓ）：１８９３－１８９３を参照のこと）の使用を含む方法によって除外される。ある特定の実施形態では、生殖系列改変は、生殖系列改変のデータベース、例えば、ｄｂＳＮＰデータベース（参照により全体が本明細書に組み込まれる、Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２９（１）：３０８－３１１，２００１を参照のこと）に含まれるようなものと特定される。他の実施形態では、生殖系列改変は、ＥｘＡＣデータベース（参照により全体が本明細書に組み込まれる、Ｅｘｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ ｅｔ ａｌ．ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ，Ｏｃｔｏｂｅｒ ３０，２０１５を参照のこと）の２つ以上のカウントに含まれるようなものと特定される。いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、１０００ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔデータベース（参照により全体が本明細書に組み込まれる、ＭｃＶｅａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ４９１，５６－６５，２０１２）に含まれるようなものと特定される。いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、ＥＳＰデータベース（Ｅｘｏｍｅ Ｖａｒｉａｎｔ Ｓｅｒｖｅｒ，ＮＨＬＢＩ ＧＯ Ｅｘｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＥＳＰ），Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）に含まれるようなものと特定される。
「ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－１シグナル伝達軸上のシグナル伝達に起因するＴ細胞機能障害を除外し、結果として、Ｔ細胞機能を復元または増強するように、ＰＤ－Ｌ１軸結合パートナーとその結合パートナーのうちの１つ以上との相互作用を阻害する分子を指す。本明細書で使用される場合、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト及びＰＤ－１結合アンタゴニスト、ならびにＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１（例えば、ＰＤ－Ｌ２－Ｆｃ融合）との間相互作用を妨害する分子を含む。
免疫機能障害との関連での「機能障害」という用語は、抗原刺激に対する免疫応答性が低下した状態を指す。この用語は、抗原認識が起こり得るが、その後の免疫応答が感染または腫瘍成長の制御に無効である「消耗」及び／または「アネルギー」の両方の共通要素を含む。
本明細書で使用される「機能障害性」という用語は、抗原認識に対する不応性または無応答性、具体的には、抗原認識を、増殖、サイトカイン産生（例えば、ＩＬ－２）、及び／または標的細胞死滅等の下流Ｔ細胞エフェクター機能に翻訳する能力の障害も含む。
「アネルギー」という用語は、Ｔ細胞受容体を介して伝達される不完全または不十分なシグナル（例えば、Ｒａｓ活性化の不在下での細胞内Ｃａ２＋の増加）に起因する抗原刺激に対する無応答状態を指す。Ｔ細胞アネルギーは、共刺激の不在下での抗原での刺激時にも生じ得、結果として、共刺激との関連でも、細胞を抗原によるその後の活性化に対して不応性にする。無応答状態は、多くの場合、インターロイキン－２の存在によって無効にされ得る。アネルギーＴ細胞は、クローン増殖を経ず、及び／またはエフェクター機能を獲得しない。
「消耗」という用語は、多くの慢性感染症及びがん発症中に生じる持続的ＴＣＲシグナル伝達に起因するＴ細胞機能障害の状態としてのＴ細胞消耗を指す。これは、不完全または不十分なシグナル伝達ではなく、持続的シグナル伝達に起因するという点で、アネルギーとは区別される。これは、エフェクター機能不全、阻害性受容体の持続的発現、及び機能的エフェクターまたはメモリーＴ細胞とははっきりと異なる転写状態によって定義される。消耗は、感染及び腫瘍の最適な制御を妨げる。消耗は、外因性の負の調節経路（例えば、免疫調節サイトカイン）及び細胞固有の負の調節（共刺激）経路（ＰＤ－１、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４等）の両方に起因し得る。
「免疫原性」とは、免疫応答を誘発する特定の物質の能力を指す。腫瘍は、免疫原性であり、腫瘍免疫原性の増強により、免疫応答による腫瘍細胞のクリアランスが助長される。腫瘍免疫原性の増強の例としては、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストでの治療が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「免疫チェックポイント阻害剤」という用語は、免疫応答の調節を改変する、例えば、免疫応答を下方調節または阻害する少なくとも１つの免疫チェックポイントタンパク質を標的とする治療薬を指す。免疫チェックポイントタンパク質は、当該技術分野で既知であり、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ－４）、プログラム細胞死１（ＰＤ－１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、プログラム細胞死リガンド２（ＰＤ－Ｌ２）、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制因子（ＶＩＳＴＡ）、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、２Ｂ４、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ－Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－３、ＴＩＭ－４、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ－２、ＩＬＴ－４、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＩＤＯ、ＯＸ４０、及びＡ２ａＲを含むが、これらに限定されない。いくつかの例では、免疫チェックポイントタンパク質は、活性化Ｔ細胞の表面で発現される。本発明の方法に有用な免疫チェックポイント阻害剤として機能し得る治療薬としては、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、２Ｂ４、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ－Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－３、ＴＩＭ－４、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰアルファ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ－２、ＩＬＴ－４、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＩＤＯ、ＯＸ４０、及びＡ２ａＲのうちの１つ以上を標的とする治療薬が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤は、１つ以上の標的とされた免疫チェックポイントタンパク質の機能を増強または抑制する。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤は、本明細書に記載のＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。
本明細書で使用される場合、「ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト」とは、ＰＤ－Ｌ１と、その結合パートナーのうちの１つ以上、例えば、ＰＤ－１及び／またはＢ７－１のいずれかとの相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１及び／またはＢ７－１への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストとしては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体及びその抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、小分子アンタゴニスト、ポリヌクレオチドアンタゴニスト、ならびにＰＤ－Ｌ１と、その結合パートナーのうちの１つ以上、例えば、ＰＤ－１及び／またはＢ７－１との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する他の分子が挙げられる。一実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－１を介してＴリンパ球及び他の細胞で発現された細胞表面タンパク質によって、またはそれを介して媒介される負のシグナルを低減し、それにより、機能障害Ｔ細胞の機能障害を低下させる（例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強する）。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書に記載のＹＷ２４３．５５．Ｓ７０である。別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書に記載のＭＤＸ－１１０５である。なお別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書に記載のアテゾリズマブ（ＣＡＳ登録番号：１４２２１８５－０６－５）、別名、ＭＰＤＬ３２８０Ａである。なお別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書に記載のＭＥＤＩ４７３６（ドルバルマブ）である。なお別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書に記載のＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）である。
本明細書で使用される場合、「ＰＤ－１結合アンタゴニスト」とは、ＰＤ－１と、その結合パートナーのうちの１つ以上、例えば、ＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する分子である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する。例えば、ＰＤ－１結合アンタゴニストとしては、抗ＰＤ－１抗体及びその抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、小分子アンタゴニスト、ポリヌクレオチドアンタゴニスト、ならびにＰＤ－１とＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、または妨害する他の分子が挙げられる。一実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１を介してＴリンパ球及び他の細胞で発現された細胞表面タンパク質によって、またはそれを介して媒介される負のシグナルを低減し、それにより、機能障害Ｔ細胞の機能障害を低下させる。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体である。特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、本明細書に記載のＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、本明細書に記載のＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ）である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、本明細書に記載のＣＴ－０１１（ピディリズマブ）である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤＲ００１である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＲＥＧＮ２８１０である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＢＧＢ－１０８である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、本明細書に記載のＡＭＰ－２２４である。
「プログラム死リガンド１」及び「ＰＤ－Ｌ１」という用語は、本明細書において、天然配列ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド、ポリペプチドバリアント（すなわち、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドバリアント）、ならびに天然配列ポリペプチド及びポリペプチドバリアントの断片（これらは本明細書でさらに定義される）を指す。本明細書に記載のＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、様々な源、例えば、ヒト組織型もしくは別の源から単離されたもの、または組換え法もしくは合成法によって調製されたものであり得る。
「天然配列ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド」は、自然界に由来する対応するＰＤ－Ｌ１ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
「ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドバリアント」またはその変形は、本明細書に開示される天然配列ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド配列のうちのいずれかと少なくとも約８０アミノ酸配列同一性％を有する、本明細書で定義されるＰＤ－Ｌ１ポリペプチド、一般に、活性ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドを意味する。かかるＰＤ－Ｌ１ポリペプチドバリアントには、例えば、天然アミノ酸配列のＮ末端またはＣ末端で１つ以上のアミノ酸残基が付加または欠失されたＰＤ－Ｌ１ポリペプチドが含まれる。通常、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドバリアントは、本明細書に開示される天然配列ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド配列と少なくとも約８０アミノ酸配列同一性％、あるいは、少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９アミノ酸配列同一性％を有するであろう。通常、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドバリアントは、少なくとも約１０アミノ酸長、あるいは、少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２８１、２８２、２８３、２８４、２８５、２８６、２８７、２８８、もしくは２８９アミノ酸長、またはそれ以上である。任意選択的に、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドバリアントは、天然ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド配列と比較して１つ以下の保存的アミノ酸置換、あるいは、天然ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド配列と比較して２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個以下の保存的アミノ酸置換を有するであろう。
本明細書で同義に使用される「ポリヌクレオチド」または「核酸」とは、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドまたは塩基、及び／またはそれらの類似体、またはＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼによって、または合成反応によってポリマーに組み込まれ得る任意の基質であり得る。したがって、例えば、本明細書で定義されるポリヌクレオチドとしては、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖であり得るか、または一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、本明細書で使用される「ポリヌクレオチド」という用語は、ＲＮＡもしくはＤＮＡを含むか、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。かかる領域内の鎖は、同じ分子由来であっても、異なる分子由来であってもよい。これらの領域は、これらの分子のうちの１つ以上の全てを含み得るが、より典型的には、これらの分子のうちのいくつかの領域のみを含み得る。三重らせん領域の分子のうちの１つは、多くの場合、オリゴヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」という用語は、具体的には、ｃＤＮＡを含む。
ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそれらの類似体等の修飾ヌクレオチドを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーの組み立て前または後に付与され得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断され得る。ポリヌクレオチドは、標識とのコンジュゲーション等による合成後にさらに修飾され得る。修飾の他の種類としては、例えば、天然に存在するヌクレオチドのうちの１つ以上の類似体での「キャップ」置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、非電荷性結合（例えば、ホスホン酸メチル、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメート等）によるもの、及び電荷性結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等）によるもの、ペンダント部分、例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ－Ｌ－リジン等）等を含むもの、挿入剤（例えば、アクリジン、ソラーレン等）によるもの、キレート剤（例えば、金属、放射活性金属、ホウ素、酸化金属等）を含むもの、アルキル化剤を含むもの、修飾結合（例えば、アルファアノマー核酸等）によるもの、ならびにポリヌクレオチド（複数可）の未修飾形態などが挙げられる。さらに、糖に通常存在するヒドロキシル基のうちのいずれかは、例えば、ホスホン酸基、リン酸基によって置換され得るか、標準の保護基によって保護され得るか、または追加のヌクレオチドへのさらなる結合を調製するように活性化され得るか、または固体もしくは半固体支持体にコンジュゲートされ得る。５’末端及び３’末端ＯＨは、リン酸化され得るか、または１～２０個の炭素原子を有するアミンもしくは有機キャッピング基部分で置換され得る。他のヒドロキシルは、標準の保護基に誘導体化される場合もある。ポリヌクレオチドは、例えば、２’－Ｏ－メチル－、２’－Ｏ－アリル－、２’－フルオロ－、または２’－アジド－リボース、炭素環式糖類似体、α－アノマー糖、エピマー糖、例えば、アラビノース、キシロース、またはリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び脱塩基ヌクレオシド類似体、例えば、メチルリボシドを含む、当該技術分野で一般に既知のリボース糖またはデオキシリボース糖の類似形態も含み得る。１つ以上のホスホジエステル結合は、代替の連結基によって置換され得る。これらの代替の連結基としては、ホスフェートが、Ｐ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、「（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ、またはＣＨ２（「ホルムアセタール」）（式中、各ＲまたはＲ’が独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換アルキル（１～２０Ｃ）（任意選択的にエーテル（－Ｏ－）結合を含む）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、もしくはアラルジルである）によって置換される実施形態が挙げられるが、これらに限定されない。ポリヌクレオチド内の全ての結合が同一である必要はない。ポリヌクレオチドは、本明細書に記載の１つ以上の異なる種類の修飾及び／または同じ種類の複数の修飾を含み得る。前述の説明は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む本明細書で言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、一般に、約２５０ヌクレオチド長未満であるが、必ずしもそうではない短い一本鎖ポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチドは、合成であり得る。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、相互排他的ではない。ポリヌクレオチドについての上記の説明は、オリゴヌクレオチドに同等かつ完全に適用可能である。
「プライマー」という用語は、一般に遊離３’－ＯＨ基を提供することによって、核酸にハイブリダイズし、かつ相補的核酸の重合を可能にすることができる一本鎖ポリヌクレオチドを指す。
「小分子」という用語は、約２０００ダルトン以下、好ましくは約５００ダルトン以下の分子量を有する任意の分子を指す。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」、及び「宿主細胞培養物」という用語は、同義に使用され、外因性核酸が導入されている細胞（かかる細胞の子孫を含む）を指す。宿主細胞には、初代形質転換細胞及び継代の数にかかわらずそれに由来する子孫を含む「形質転換体」及び「形質転換細胞」が含まれる。子孫は、核酸含有量が親細胞と完全に同一ではない場合があるが、変異を含み得る。最初に形質転換された細胞についてスクリーニングまたは選択されたものと同じ機能または生物学的活性を有する変異子孫が本明細書に含まれる。
本明細書で使用される「ベクター」という用語は、それが結合している別の核酸を増殖することができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、ならびにそれが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターを含む。ある特定のベクターは、それらが作動可能に結合している核酸の発現を誘導することができる。かかるベクターは、本明細書で「発現ベクター」と称される。
「単離された」核酸とは、その天然環境の成分から単離された核酸分子を指す。単離された核酸は、核酸分子を通常含む細胞に含まれる核酸分子を含むが、その核酸分子は、染色体外に、またはその天然染色体位置とは異なる染色体位置に存在する。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広義に使用され、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片（それらが所望の抗原結合活性を呈する限り）を含むが、これらに限定されない様々な抗体構造を包含する。
「単離された」抗体とは、その天然環境の成分から特定及び分離及び／または回収された抗体である。その天然環境の汚染成分は、抗体の研究的、診断的、及び／または治療的使用を妨害するであろう物質であり、それらには、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク質性溶質が含まれ得る。いくつかの実施形態では、抗体は、（１）例えば、ローリー法によって決定される、抗体の９５重量％超に、かついくつかの実施形態では、９９重量％超に、（２）例えば、スピニングカップシークエネーターを使用して、Ｎ末端または内部アミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度まで、または（３）例えば、クマシーブルーまたはシルバー染色を使用して、還元または非還元条件下でＳＤＳ－ＰＡＧＥによって均質性が得られるまで精製される。単離された抗体は、抗体の天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内でインサイチュの抗体を含む。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製ステップによって調製されるであろう。
「天然抗体」とは、通常、２つの同一の軽鎖（Ｌ）及び２つの同一の重鎖（Ｈ）から構成される約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は、１つの共有ジスルフィド結合によって重鎖に結合しているが、ジスルフィド結合の数は、異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖によって変動する。各重鎖及び軽鎖は、規則的に離間した鎖内ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、いくつかの定常ドメインが続く。各軽鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、その他方の端に定常ドメインを有し、軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインとアラインされており、軽鎖の可変ドメインは、重鎖可変ドメインとアラインされている。特定のアミノ酸残基が軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間に界面を形成すると考えられている。
任意の哺乳類種由来の抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（「κ」）及びラムダ（「λ」）と呼ばれる２つの明らかに異なるタイプのうちの１つに割り当てられ得る。
「定常ドメイン」という用語は、抗原結合部位を含む可変ドメインである免疫グロブリンの他方の部分と比較してより保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３ドメイン（集合的に、ＣＨ）、ならびに軽鎖のＣＨＬ（またはＣＬ）ドメインを含む。
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」とは、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と称され得る。軽鎖の可変ドメインは、「ＶＬ」と称され得る。これらのドメインは、一般に、抗体の最も可変の部分であり、抗原結合部位を含む。
「可変」という用語は、可変ドメインのある特定の部分が抗体間で配列の点で広範に異なり、各特定の抗体のその特定の抗原に対する結合及び特異性に使用されるという事実を指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体にわたって均等に分布していない。これは、軽鎖可変ドメイン及び重鎖可変ドメインの両方において超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然重鎖及び軽鎖の可変ドメインは各々、４つのＦＲ領域を含み、これらは、主にベータ－シート構成を採用し、３つのＨＶＲによって接続され、これらの３つのＨＶＲは、ベータ－シート構造を接続し、いくつかの場合では、その一部を形成するループを形成する。各鎖内のＨＶＲは、ＦＲ領域によってごく近接して一緒に保持されており、他方の鎖のＨＶＲと共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）を参照のこと）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関与しないが、抗体依存性細胞毒性への抗体の関与等の様々なエフェクター機能を呈する。
本明細書で使用される「超可変領域」、「ＨＶＲ」、または「ＨＶ」という用語は、配列が超可変である、及び／または構造的に定義されたループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。一般に、抗体は、６つのＨＶＲを含み、３つがＶＨにあり（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、３つがＶＬにある（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）。天然抗体において、Ｈ３及びＬ３は、これらの６つのＨＶＲのうちで最も高い多様性を呈し、特にＨ３が、抗体への優れた特異性の付与に特有の役割を果たすと考えられている。例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：３７－４５（２０００）、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｗｕ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１－２５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３）を参照されたい。実際には、重鎖のみからなる天然に存在するラクダ科抗体は、軽鎖の不在下で機能的であり、安定している。例えば、Ｈａｍｅｒｓ－Ｃａｓｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６３：４４６－４４８（１９９３）、Ｓｈｅｒｉｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：７３３－７３６（１９９６）を参照されたい。
いくつかのＨＶＲ描写が使用されており、本明細書に包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列可変性に基づいており、最も一般的に使用されている（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。代わりに、Ｃｈｏｔｈｉａは、構造的ループの位置を参照する（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ ＬｅｓｋＪ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））。ＡｂＭ ＨＶＲは、Ｋａｂａｔ ＨＶＲとＣｈｏｔｈｉａ構造的ループとの間の折衷案に相当し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用されている。「接触」ＨＶＲは、利用可能な複合体結晶構造の分析に基づいている。これらのＨＶＲの各々由来の残基が以下に記載される。
ＨＶＲは、以下の「伸張ＨＶＲ」：ＶＬにおいて、２４～３６または２４～３４（Ｌ１）、４６～５６または５０～５６（Ｌ２）、及び８９～９７または８９～９６（Ｌ３）、ならびにＶＨにおいて、２６～３５（Ｈ１）、５０～６５、または４９～６５（Ｈ２）、及び９３～１０２、９４～１０２、または９５～１０２（Ｈ３）を含み得る。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（上記参照）に従って番号付けされる。
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基とは、本明細書で定義されるＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。
「Ｋａｂａｔにあるような可変ドメイン残基番号付け」または「Ｋａｂａｔにあるようなアミノ酸位置番号付け」という用語、及びそれらの変形は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（上記参照）における抗体の編集物の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに使用される番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを使用して、実際の直鎖状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲまたはＨＶＲの短縮またはそれへの挿入に対応するより少ないまたは追加のアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従う残基５２ａ）、及び重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔに従う残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃ等）を含み得る。残基のＫａｂａｔ番号付けは、抗体の配列の相同領域での「標準の」Ｋａｂａｔ番号付け配列とのアライメントによって所与の抗体について決定され得る。
Ｋａｂａｔ番号付けシステムは、一般に、可変ドメイン内の残基（軽鎖のおよそ残基１～１０７及び重鎖のおよそ残基１～１１３）を参照するときに使用される（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。「ＥＵ番号付けシステム」または「ＥＵインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基を参照するときに使用される（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（上記参照）で報告されているＥＵインデックス）。「ＫａｂａｔにあるようなＥＵインデックス」とは、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。
「全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、以下で定義される抗体断片ではなく、その実質的にインタクトな形態の抗体を指すために、本明細書で同義に使用される。この用語は、具体的には、Ｆｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「抗体断片」は、好ましくはその抗原結合領域を含む、インタクトな抗体の一部分を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体断片は、抗原結合断片である。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ；直鎖状抗体；一本鎖抗体分子；ならびに抗体断片から形成された多重特異性抗体が挙げられる。
抗体のパパイン消化は、各々単一の抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗原結合断片、及び容易に結晶化するその能力を名称が反映する残りの「Ｆｃ」断片を産生する。ペプシン処理により、２つの抗原結合部位を有し、かつ依然として抗原を架橋することができるＦ（ａｂ’）２断片が産出される。「Ｆｖ」とは、完全な抗原結合部位を含む最小抗体断片である。一実施形態では、二本鎖Ｆｖ種は、密接に非共有会合している１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種において、１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインは、軽鎖及び重鎖が二本鎖Ｆｖ種にある構造に類似した「二量体」構造で会合し得るように、可動性ペプチドリンカーによって共有結合され得る。各可変ドメインの３つのＨＶＲが相互作用してＶＨ－ＶＬ二量体の表面上の抗原結合部位を定義するのは、この立体配置においてである。集合的に、６つのＨＶＲが抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、全結合部位よりも低い親和性であるが、単一の可変ドメイン（または抗原に特異的な３つのＨＶＲのみを含むＦｖの半分）でさえも、抗原を認識してそれに結合する能力を有する。
Ｆａｂ断片は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含み、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端での数個の残基の付加だけＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’－ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離チオール基を持つＦａｂ’の本明細書における表記である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、元来、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として産生されたものであった。抗体断片の他の化学結合も既知である。
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨドメイン及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖内に存在する。一般に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合に望ましい構造を形成することを可能にする、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間にポリペプチドリンカーをさらに含む。ｓｃＦｖの概説については、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９４），ｐｐ．２６９－３１５を参照されたい。
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する抗体断片を指し、これらの断片は、同じポリペプチド鎖内の軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）（ＶＨ－ＶＬ）を含む。同じ鎖上の２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、これらのドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対合させられ、２つの抗原結合部位を作製する。ダイアボディは、二価であっても二重特異性であってもよい。ダイアボディについては、例えば、ＥＰ４０４，０９７、ＷＯ１９９３／０１１６１、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）、及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８（１９９３）により詳細に記載されている。トリアボディ及びテトラボディについても、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）に記載されている。
抗体の「クラス」とは、その重鎖が有する定常ドメインまたは定常領域のタイプを指す。５つの主な抗体クラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭが存在し、これらのうちのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２にさらに分類され得る。抗体の異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体集団から得られた抗体を指し、例えば、その集団に含まれる個々の抗体は、少量で存在し得る可能な変異、例えば、天然に存在する変異を除いて同一である。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、別個の抗体の混合物ではないという抗体の特徴を示す。ある特定の実施形態では、かかるモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、標的結合ポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列からの単一の標的結合ポリペプチド配列の選択を含むプロセスによって得られたものである。例えば、この選択プロセスは、複数のクローン、例えば、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、または組換えＤＮＡクローンのプールからの特有のクローンの選択であり得る。選択された標的結合配列が、例えば、標的に対する親和性を改善し、標的結合配列をヒト化し、細胞培養におけるその産生を改善し、インビボでのその免疫原性を低下させ、多重特異性抗体を作製するようにさらに改変されてもよく、改変された標的結合配列を含む抗体が本発明のモノクローナル抗体でもあることを理解されたい。異なる決定基（エピトープ）に対して指向される異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向される。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、それらには他の免疫グロブリンが典型的には夾雑していないという点で有利である。
「モノクローナル」という修飾語は、実質的に同種の抗体集団から得られるという抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものと解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５－９７（１９７５）、Ｈｏｎｇｏ ｅｔ ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ １４（３）：２５３－２６０（１９９５）、Ｈａｒｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ ｅｄ．１９８８）、Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，ｉｎ：Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３－６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照のこと）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８（１９９１）、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１－５９７（１９９２）、Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９－３１０（２００４）、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３－１０９３（２００４）、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７－１２４７２（２００４）、及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１－２）：１１９－１３２（２００４）を参照のこと）、及びヒト免疫グロブリン配列をコードするヒト免疫グロブリン遺伝子座または遺伝子の一部または全てを有する動物においてヒトまたはヒト様抗体を産生する技術（例えば、ＷＯ１９９８／２４８９３、ＷＯ１９９６／３４０９６、ＷＯ１９９６／３３７３５、ＷＯ１９９１／１０７４１、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０：２５５１（１９９３）、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６２：２５５－２５８（１９９３）、Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３（１９９３）、米国特許第５，５４５，８０７号、同第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、及び同第５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９－７８３（１９９２）、Ｌｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６－８５９（１９９４）、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８１２－８１３（１９９４）、Ｆｉｓｈｗｉｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５－８５１（１９９６）、Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６（１９９６）、ならびにＬｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５－９３（１９９５）を参照のこと）を含む、様々な技法によって作製され得る。
本明細書におけるモノクローナル抗体には、具体的には、重鎖及び／または軽鎖の一部分が、特定の種に由来するか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一または相同である一方で、鎖（複数可）の残り部分が、別の種に由来するか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一または相同である「キメラ」抗体、ならびにかかる抗体の断片（それらが所望の生物学的活性を呈する限り）（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１：６８５１－６８５５（１９８４）を参照のこと）が含まれる。キメラ抗体には、抗体の抗原結合領域が、例えば、マカクザルを目的とする抗原で免疫化することによって産生された抗体に由来するＰＲＩＭＡＴＩＺＥＤ（登録商標）抗体が含まれる。
「ヒト抗体」とは、ヒトもしくはヒト細胞によって産生された抗体、またはヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体コード配列を利用する非ヒト源に由来する抗体に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を明確に除外する。
「ヒト化」抗体とは、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基及びヒトフレームワーク領域（ＦＲ）由来のアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施形態では、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全てまたは実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意選択的に、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部分を含み得る。抗体、例えば、非ヒト抗体の「ヒト化形態」とは、ヒト化を経た抗体を指す。
「抗ＰＤ－Ｌ１抗体」及び「ＰＤ－Ｌ１に結合する抗体」という用語は、抗体がＰＤ－Ｌ１を標的とする際に診断薬及び／または治療薬として有用になるように、十分な親和性でＰＤ－Ｌ１に結合することができる抗体を指す。一実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体の非関連非ＰＤ－Ｌ１タンパク質への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される、抗体のＰＤ－Ｌ１への結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、異なる種由来のＰＤ－Ｌ１間で保存されたＰＤ－Ｌ１のエピトープに結合する。
「抗ＰＤ－１抗体」及び「ＰＤ－１に結合する抗体」という用語は、抗体がＰＤ－１を標的とする際に診断薬及び／または治療薬として有用になるように、十分な親和性でＰＤ－１に結合することができる抗体を指す。一実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の非関連非ＰＤ－１タンパク質への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される、抗体のＰＤ－１への結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、異なる種由来のＰＤ－１間で保存されたＰＤ－１のエピトープに結合する。
「遮断」抗体または「アンタゴニスト」抗体とは、それが結合する抗原の生物学的活性を阻害または低減する抗体である。好ましい遮断抗体またはアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を実質的にまたは完全に阻害する。
「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の合計の強度を指す。別途示されない限り、本明細書で使用される場合、「結合親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、抗体及び抗原）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（Ｋｄ）で表され得る。親和性は、本明細書に記載の方法を含む当該技術分野で既知の一般的な方法によって測定され得る。結合親和性を測定するための特定の例証的かつ例示的な実施形態が以下に記載される。
本明細書で使用される場合、「結合する」、「に特異的に結合する」、または「に特異的な」という用語は、生物学的分子を含む異種分子集団の存在下で標的の存在を決定する標的と抗体との間の結合等の測定可能かつ再現可能な相互作用を指す。例えば、標的（エピトープであり得る）に結合するか、またはそれに特異的に結合する抗体は、それが他の標的に結合するよりも高い親和性で、高い結合力で、より容易に、及び／またはより長い期間、この標的に結合する抗体である。一実施形態では、抗体の非関連標的への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される、抗体の標的への結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、標的に特異的に結合する抗体は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、または０．１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施形態では、抗体は、異なる種由来のタンパク質間で保存されたタンパク質のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、特異的結合は、排他的結合を含み得るが、それを必要としない。
「親和性成熟」抗体とは、改変を有しない親抗体と比較して１つ以上の超可変領域（ＨＶＲ）に１つ以上の改変を有し、かかる改変により抗体の抗原に対する親和性が改善される抗体を指す。
参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて参照抗体のその抗原への結合を５０％以上遮断する抗体を指し、逆に、参照抗体は、競合アッセイにおいて抗体のその抗原への結合を５０％以上遮断する。
「イムノコンジュゲート」とは、細胞傷害性剤を含むが、これに限定されない１つ以上の異種分子（複数可）にコンジュゲートされる抗体である。
本明細書で使用される場合、「イムノアドヘシン」という用語は、異種タンパク質（「アドヘシン」）の結合特異性を免疫グロブリン定常ドメインのエフェクター機能と組み合わせた抗体様分子を指す。構造的に、イムノアドヘシンは、抗体の抗原認識及び結合部位以外の（すなわち、「異種の」）所望の結合特異性を有するアミノ酸配列と、免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合物を含む。イムノアドヘシン分子のアドヘシン部分は、典型的には、少なくとも受容体またはリガンドの結合部位を含む連続したアミノ酸配列である。イムノアドヘシンにおける免疫グロブリン定常ドメイン配列は、任意の免疫グロブリン、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２（ＩｇＧ２Ａ及びＩｇＧ２Ｂを含む）、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４サブタイプ、ＩｇＡ（ＩｇＡ１及びＩｇＡ２を含む）、ＩｇＥ、ＩｇＤ、またはＩｇＭから得られ得る。Ｉｇ融合物は、好ましくは、Ｉｇ分子内の少なくとも１つの可変領域の代わりに本明細書に記載のポリペプチドまたは抗体のドメインの置換を含む。特に好ましい実施形態では、免疫グロブリン融合物は、ＩｇＧ１分子の、ヒンジ領域、ＣＨ２領域、及びＣＨ３領域、またはヒンジ領域、ＣＨ１領域、ＣＨ２領域、及びＣＨ３領域を含む。免疫グロブリン融合物の産生については、米国特許第５，４２８，１３０号も参照されたい。例えば、本明細書における療法に有用な薬剤として有用なイムノアドヘシンは、免疫グロブリン配列の定常ドメインに融合した、ＰＤ－Ｌ１もしくはＰＤ－Ｌ２の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）もしくはＰＤ－１結合部分、またはＰＤ－１の細胞外もしくはＰＤ－Ｌ１もしくはＰＤ－Ｌ２結合部分（例えば、それぞれ、ＰＤ－Ｌ１ ＥＣＤ－Ｆｃ、ＰＤ－Ｌ２ ＥＣＤ－Ｆｃ、及びＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃ）を含むポリペプチドを含む。細胞表面受容体のＩｇ ＦｃとＥＣＤとのイムノアドヘシンの組み合わせは、可溶性受容体とも呼ばれる。
「融合タンパク質」及び「融合ポリペプチド」とは、一緒に共有結合した２つの部分を有するポリペプチドを指し、これらの部分は各々、異なる特性を有するポリペプチドである。この特性は、インビトロまたはインビボでの活性等の生物学的特性であり得る。この特性は、単純な化学的または物理的特性、例えば、標的分子への結合、反応の触媒作用等でもあり得る。これらの２つの部分は、単一のペプチド結合によって直接、またはペプチドリンカーを介して連結され得るが、互いにリーディングフレーム内にある。
本明細書で特定されるポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」は、配列をアラインし、最大配列同一性パーセントを達成するために必要に応じてギャップを導入した後に、いずれの保存的置換も配列同一性とは見なさずに、比較されるポリペプチド内のアミノ酸残基と同一の候補配列内のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的のためのアライメントは、当該技術分野の技術の範囲内の様々な方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェア等の公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して達成され得る。当業者であれば、比較される配列の全長にわたって最大のアライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アライメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本明細書における目的のために、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ－２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ－２配列比較コンピュータプログラムの著者はＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．であり、ソースコードは、ユーザ文書と共に米国著作権庁（Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，２０５５９）に提出されており、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７で登録されている。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公的に入手可能である。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、ＵＮＩＸオペレーティングシステム、好ましくは、デジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄで使用するためにコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ－２プログラムによって設定されており、変動しない。
ＡＬＩＧＮ－２がアミノ酸配列比較に用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Ａの、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの、またはそれに対するアミノ酸配列同一性％（あるいは、所与のアミノ酸配列Ｂへの、それとの、またはそれに対するある特定のアミノ酸配列同一性％を有するか、または含む所与のアミノ酸配列Ａと表現され得る）は、以下のように計算され、
１００×分数Ｘ／Ｙ
式中、Ｘは、配列アライメントプログラムＡＬＩＧＮ－２によってそのプログラムのＡとＢとのアライメントにおいて完全な一致としてスコア化されたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂにおけるアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢに対するアミノ酸配列同一性％は、ＢのＡに対するアミノ酸配列同一性％と等しくないことが理解される。別途具体的に述べられない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性％値は、ＡＬＩＧＮ－２コンピュータプログラムを使用して直前の段落に記載されるように得られる。
「検出」という用語は、直接及び間接的検出を含む、任意の検出手段を含む。
本明細書で使用される「バイオマーカー」という用語は、試料中で検出され得る、例えば、予測、診断、及び／または予後の指標、例えば、ｂＴＭＢスコア、ｔＴＭＢスコア、またはＰＤ－Ｌ１を指す。バイオマーカーは、ある特定の分子的、病理学的、組織学的、及び／または臨床的特徴（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む療法に対する応答性）によって特徴付けられる疾患または障害（例えば、がん）の特定のサブタイプの指標としての機能を果たし得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、遺伝子の集合体または遺伝子の集合体における変異／改変（例えば、体細胞変異）の集合数である。バイオマーカーとしては、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡ）、ポリヌクレオチド改変（例えば、ポリヌクレオチドコピー数改変、例えば、ＤＮＡコピー数改変）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチド修飾（例えば、翻訳後修飾）、炭水化物、及び／または糖脂質ベースの分子マーカーが挙げられるが、これらに限定されない。
個体への臨床的利益の増加に関連する体細胞変異の「量」または「数」は、生体試料中で検出可能なレベルである。これらは、当業者に既知であり、かつ本明細書にも開示される方法によって測定され得る。評価される体細胞変異の量を使用して、治療に対する応答を決定することができる。
本明細書で使用される「増幅」とは、一般に、所望の配列の複数のコピーを作り出すプロセスを指す。「複数のコピー」とは、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は、必ずしも鋳型配列に対する完全な配列相補性または同一性を意味しない。例えば、コピーは、デオキシイノシン等のヌクレオチド類似体、意図的な配列改変（鋳型にハイブリダイズ可能であるが相補的ではない配列を含むプライマーによって導入される配列改変等）、及び／または増幅中に生じる配列エラーを含み得る。
本明細書で使用される「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」技法は、一般に、核酸、ＲＮＡ、及び／またはＤＮＡの微量の特定の小片が、例えば、米国特許第４，６８３，１９５号に記載されるように増幅される手順を指す。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーが設計され得るように、目的とする領域の末端またはそれ以降からの配列情報が利用可能でなければならず、これらのプライマーの配列は、増幅される鋳型の反対側の鎖と同一であるか、または同様である。これらの２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅される材料の末端と一致し得る。ＰＣＲを使用して、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特定のＤＮＡ配列、及び全細胞ＲＮＡから転写されたｃＤＮＡ、バクテリオファージ、またはプラスミド配列等を増幅することができる。概して、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．５１：２６３（１９８７）、及びＥｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９）を参照されたい。本明細書で使用される場合、ＰＣＲは、プライマーとしての既知の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）の使用を含む、核酸試験試料を増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の一例であるとみなされるが、唯一の例ではなく、核酸の特定の小片を増幅もしくは生成するために、または特定の核酸に相補的な核酸の特定の小片を増幅もしくは生成するために、核酸ポリメラーゼを利用する。
「診断」という用語は、分子的または病理学的状態、疾患、または状態（例えば、がん）の特定または分類を指すために本明細書で使用される。例えば、「診断」とは、特定の種類のがんの特定を指し得る。「診断」とは、例えば、病理組織的基準による、または分子的特徴（例えば、バイオマーカー（例えば、特定の遺伝子またはそれらの遺伝子によってコードされるタンパク質）のうちの１つまたは組み合わせの発現を特徴とするサブタイプ）による、がんの特定のサブタイプの分類も指し得る。
「診断を助ける」という用語は、疾患または障害（例えば、がん）の特定の種類の症状または状態の存在または性質に関する臨床的決定を行う助けとなる方法を指すために本明細書で使用される。例えば、疾患または状態（例えば、がん）の診断を助ける方法は、個体由来の生体試料におけるある特定の体細胞変異を測定することを含み得る。
本明細書で使用される「試料」という用語は、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／または生理学的特性に基づいて、特徴付け及び／または特定される細胞及び／または他の分子実体を含む、目的とする対象及び／または個体から得られるか、またはそれに由来する組成物を指す。例えば、「疾患試料」という語句及びその変形は、特徴付けされる細胞及び／または分子実体を含むことが予想されるか、それを含むことが既知である、目的とする対象から得られた任意の試料を指す。試料としては、組織試料、初代もしくは培養細胞または細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血漿、血清、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、及び組織培養培地、組織抽出物、例えば、均質化組織、腫瘍組織、細胞抽出物、ならびにそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの例では、試料は、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせである。
本明細書で使用される「腫瘍細胞」とは、腫瘍またはその試料中に存在する任意の腫瘍細胞を指す。腫瘍細胞は、当該技術分野で既知である、及び／または本明細書に記載の方法を使用して、腫瘍試料中に存在し得る他の細胞、例えば、間質細胞及び腫瘍浸潤免疫細胞と区別され得る。
本明細書で使用される「基準試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照試料」、「対照細胞」、または「対照組織」とは、比較目的のために使用される試料、細胞、組織、標準物、またはレベルを指す。
「相関する」または「相関すること」とは、任意の方法で、第１の分析またはプロトコルの性能及び／または結果を第２の分析またはプロトコルの性能及び／または結果と比較することを意味する。例えば、第２のプロトコルを行う際に第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用してもよく、及び／または第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用して、第２の分析もしくはプロトコルが行われるべきかを決定してもよい。ポリペプチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、ポリペプチド発現分析またはプロトコルの結果を使用して、特定の治療レジメンが行われるべきかを決定してもよい。ポリヌクレオチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、ポリヌクレオチド発現分析またはプロトコルの結果を使用して、特定の治療レジメンが行われるべきかを決定してもよい。
「個体応答」または「応答」は、（１）遅延または完全停止を含む、疾患増悪（例えば、がん進行）のある程度の阻害、（２）腫瘍サイズの低減、（３）隣接する末梢器官及び／または組織へのがん細胞浸潤の阻害（すなわち、軽減、遅延、または完全停止）、（４）転移の阻害（すなわち軽減、遅延、または完全停止）、（５）疾患または障害（例えば、がん）に関連する１つ以上の症状のある程度の緩和、（６）全生存期間及び無増悪生存期間を含む、生存期間の増大または延長、及び／または（７）治療後の所与の時点での死亡率の低下を含むが、これらに限定されない、個体への利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価され得る。
薬剤での治療に対する患者の「有効な応答」または患者の「応答性」及び同様の言い回しは、がん等の疾患または障害の危険性があるか、それに罹患する患者に付与される臨床的または治療的利益を指す。一実施形態では、かかる利益は、生存期間の延長（全生存期間及び／または無増悪生存期間を含む）、客観的奏功（完全奏功または部分奏効を含む）をもたらすこと、またはがんの兆候もしくは症状の改善のうちのいずれか１つ以上を含む。
いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４～約３０、例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０）であるか、またはそれを超える、本明細書に開示される方法を使用して決定されたｂＴＭＢスコアは、薬剤での治療（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト、例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体を含む治療）に応答する可能性が高いことが予測される患者を特定するために使用される。いくつかの実施形態では、基準ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４～約３０、例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０）未満である、本明細書に開示される方法を使用して決定されたｂＴＭＢスコアは、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト以外の、またはそれに加えた抗がん療法での治療に応答する可能性が高いことが予測される患者を特定するために使用される。いくつかの例では、個体由来の試料から決定されたｂＴＭＢスコアは、約８～約１００（例えば、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００）である。
概して、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、配列決定されたゲノム領域のサイズに線形的に関連している。上記の例示の数は、約１．１Ｍｂの配列決定によって、例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルを使用して得られたｂＴＭＢスコアを指す。試料のｂＴＭＢスコアは、塩基のＸ倍配列決定した場合、約Ｘ倍高いことが予想される。いくつかの実施形態では、正規化ｂＴＭＢ値は、カウントされた体細胞変異（例えば、変異）の数を、配列決定された塩基の数、例えば、メガベース当たりのカウントされた体細胞変異（例えば、変異）の数で割ることによって計算され得る。したがって、前述のｂＴＭＢスコアまたは基準ｂＴＭＢスコアのうちのいずれかは、同等ｂＴＭＢ値、例えば、全エクソーム配列決定によって決定された同等ｂＴＭＢ値であり得る。いくつかの例では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、例えば、全エクソームベースのアッセイにおいて、約４００～約１５００（例えば、ｂＴＭＢスコア約４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、または１５００）であり得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法を使用して決定されたｂＴＭＢスコアとＭＳＡＦとの組み合わせは、薬剤での治療（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト、例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体を含む治療）に応答する可能性が高いことが予測される患者を特定するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法を使用して決定されたｂＴＭＢスコアとＭＳＡＦとの組み合わせは、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト以外の、またはそれに加えた抗がん療法での治療に応答する可能性が高いことが予測される患者を特定するために使用される。
「客観的奏功」とは、完全奏功（ＣＲ）または部分奏功（ＰＲ）を含む、測定可能な応答を指す。いくつかの実施形態では、「客観的奏功率（ＯＲＲ）」とは、完全奏功（ＣＲ）率及び部分奏功（ＰＲ）率の合計を指す。
「完全奏効」または「ＣＲ」とは、治療に応答したがんの全ての兆候の消滅（例えば、全ての標的病変の消滅）を意味する。これは、必ずしもがんが治癒されたことを意味しない。
「持続的応答」とは、治療中止後の腫瘍成長の低下に対する持続的効果を指す。例えば、腫瘍サイズは、薬剤投与期の開始時のサイズと比較して同じサイズまたはより小さいサイズであり得る。いくつかの実施形態では、持続的応答は、治療期間と少なくとも同じ期間、治療期間の少なくとも１．５倍、２．０倍、２．５倍、もしくは３．０倍長い、またはそれ以上の期間を有する。
本明細書で使用される場合、「がん再発を低減または阻害する」とは、腫瘍もしくはがん再発または腫瘍もしくはがん進行を低減または阻害することを意味する。本明細書に開示されるように、がん再発及び／またはがん進行には、がん転移が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「部分奏効」または「ＰＲ」とは、治療に応答した、１つ以上の腫瘍もしくは病変のサイズの低減、または身体におけるがんの範囲の低減を指す。例えば、いくつかの実施形態では、ＰＲは、ベースラインＳＬＤを参照として、標的病変の最長径和（ＳＬＤ）の少なくとも３０％の低減を指す。
本明細書で使用される場合、「安定した疾患」または「ＳＤ」とは、治療開始以後の最小ＳＬＤを参照として、ＰＲにふさわしい十分な標的病変の収縮も、ＰＤにふさわしい十分な増大もないことを指す。
本明細書で使用される場合、「進行性疾患」または「ＰＤ」とは、治療開始または１つ以上の新たな病変の存在以後に記録された最小ＳＬＤを参照として、標的病変のＳＬＤの少なくとも２０％の増加を指す。
「生存」という用語は、生存し続けている患者を指し、全生存、ならびに無増悪生存を含む。
本明細書で使用される場合、「無増悪生存期間」または「ＰＦＳ」とは、治療される疾患（例えば、がん）が悪化しない治療中及び治療後の時間の長さを指す。無増悪生存期間は、患者が完全奏効または部分奏効を経験した患者の期間、ならびに患者が安定した疾患を経験した期間を含み得る。
本明細書で使用される場合、「全生存期間」または「ＯＳ」は、特定の期間後に生存している可能性がある群における個体のパーセンテージを指す。
「生存期間の延長」とは、治療されていない患者と比較した（すなわち薬剤で治療されていない患者と比較した）、または指定されたレベルで体細胞変異を有しない患者と比較した、及び／または抗腫瘍剤で治療された患者と比較した、治療された患者における全生存期間または無増悪生存期間の延長を意味する。
本明細書で使用される「実質的に同じ」という用語は、２つの数値間の類似の程度が十分に高いことを意味し、したがって、当業者であれば、これらの２つの値間の差が、それらの値（例えば、Ｋｄ値または変異レベル）によって測定される生物学的特性との関連で、生物学的及び／または統計的にほとんどまたは全く有意ではないとみなすであろう。これらの２つの値間の差は、参照／比較値の関数として、例えば、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、及び／または約１０％未満である。
本明細書で使用される「実質的に異なる」という語句は、２つの数値間の差の程度が十分に高いことを意味し、したがって、当業者であれば、これらの２つの値間の差が、それらの値（例えば、Ｋｄ値または変異レベル）によって測定される生物学的特性との関連で、統計的に有意であるとみなすであろう。これらの２つの値間の差は、参照／比較分子の値の関数として、例えば、約１０％超、約２０％超、約３０％超、約４０％超、及び／または約５０％超である。
「標識」という単語は、本明細書で使用される場合、ポリヌクレオチドプローブ等の試薬または抗体に直接または間接的にコンジュゲートまたは融合し、それがコンジュゲートまたは融合する試薬の検出を容易にする化合物または組成物を指す。標識は、それ自体が検出可能（例えば、放射性同位標識または蛍光標識）であってもよく、または酵素標識の場合、検出可能な基質化合物もしくは組成物の化学的改変を触媒してもよい。この用語は、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリングすること（すなわち、物理的に連結すること）によるプローブまたは抗体の直接標識、ならびに直接標識される別の試薬との反応性によるプローブまたは抗体の間接標識を包含するよう意図されている。間接標識の例としては、蛍光標識二次抗体を使用した一次抗体の検出、及び蛍光標識ストレプトアビジンを用いて検出され得るようなビオチンでのＤＮＡプローブの末端標識が挙げられる。
「有効量」とは、哺乳動物における疾患または障害を治療または予防するための治療薬の量を指す。がんの場合、治療薬の治療有効量は、がん細胞の数を減少させ得る、原発腫瘍サイズを低減し得る、末梢器官へのがん細胞浸潤を阻害し得る（すなわち、ある程度遅延させ、好ましくは停止し得る）、腫瘍転移を阻害し得る（すなわち、ある程度遅延させ、好ましくは停止し得る）、腫瘍成長をある程度阻害し得る、及び／またはその障害に関連する症状のうちの１つ以上をある程度緩和し得る。薬物が既存のがん細胞の増殖を阻害する、及び／またはそれらを死滅させる限り、この薬物は、細胞増殖抑制性及び／または細胞傷害性であり得る。がん療法について、インビボでの有効性は、例えば、生存期間、疾患増悪までの期間（ＴＴＰ）、奏効率（例えば、ＣＲ及びＰＲ）、奏効期間、及び／または生活の質を評価することによって測定され得る。
「障害」とは、哺乳動物を問題になっている障害に罹患しやすくする病態を含む慢性及び急性障害または疾患を含むが、これらに限定されない、治療から利益を享受するであろう任意の状態である。
「がん」及び「がん性」という用語は、典型的には調節されていない細胞成長を特徴とする哺乳動物における生理学的状態を指すか、またはそれを説明する。この定義には、良性がん及び悪性がんが含まれる。「早期がん」または「早期腫瘍」とは、浸潤性でも転移性でもなく、病期０、１、または２のがんと分類されるがんを意味する。がんの例としては、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。かかるがんのより具体的な例としては、肺癌、例えば、ＮＳＣＬＣ、扁平上皮細胞癌（例えば、上皮扁平上皮細胞癌）、肺癌、例えば、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、ならびに肺腺癌及び肺扁平上皮癌が挙げられる。具体的な例では、肺癌は、ＮＳＣＬＣ、例えば、局所進行性または転移性ＮＳＣＬＣ（例えば、ＩＩＩＢ期ＮＳＣＬＣ、ＩＶ期ＮＳＣＬＣ、または再発性ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）は、切除不能／手術不能肺癌（例えば、切除不能ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、がんは、局所再発性または転移性疾患（局所再発性疾患が治癒目的で切除を受けられない場合）を有する任意の組織学的に確認されたトリプルネガティブ（ＥＲ－、ＰＲ－、ＨＥＲ２－）乳腺癌を含む、トリプルネガティブ転移性乳癌である。
本明細書で使用される「腫瘍」という用語は、悪性であるか良性であるかにかかわらず、全ての腫瘍性細胞成長及び増殖、ならびに全ての前癌性及び癌性細胞及び組織を指す。「がん」、「がん性」、及び「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるように相互排他的ではない。
「薬学的製剤」という用語は、中に含まれる活性成分の生物学的活性が有効になるような形態であり、かつその製剤が投与されるであろう対象に許容できない程度に毒性である追加の成分を含まない調製物を指す。
「薬学的に許容される担体」とは、対象に非毒性の活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体としては、緩衝液、賦形剤、安定剤、または防腐剤が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「治療」（及び「治療する」または「治療すること」等のその文法的変形）とは、治療される個体の自然経過を変更するための臨床的介入を指し、予防のために、または臨床病理の経過中に行われ得る。治療の望ましい効果としては、疾患の発症または再発の予防、症状の緩和、疾患の任意の直接または間接的病理学的帰結の縮小、転移の予防、疾患進行速度の低減、疾患状態の改善または緩和、及び緩解または予後の改善が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体及び／または抗ＰＤ－１抗体）は、疾患の発症を遅延させるか、または疾患の進行を遅らせるために使用される。
「抗がん療法」という用語は、がんの治療に有用な療法を指す。抗がん治療薬の例としては、細胞傷害性剤、化学療法剤、成長阻害剤、放射線療法に使用される薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及びがんを治療するための他の薬剤、例えば、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来成長因子阻害剤（例えば、ＧＬＥＥＶＥＣ（商標）（メシル酸イマチニブ））、ＣＯＸ－２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、以下の標的、ＰＤＧＦＲ－β、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ受容体（複数可）、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２、他の生物活性及び有機化学剤等のうちの１つ以上に結合するアンタゴニスト（例えば、中和抗体）が挙げられるが、これらに限定されない。それらの組み合わせも本発明に含まれる。
本明細書で使用される「細胞傷害性剤」という用語は、細胞の機能を阻害もしくは阻止する物質及び／または細胞の破壊を引き起こす物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、及び放射性同位体Ｌｕ）、化学療法剤、例えば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン、または他の挿入剤、酵素及びその断片、例えば、核酸分解酵素、抗生物質、及び毒素、例えば、細菌、真菌、植物、または動物起源の小分子毒素または酵素的に活性な毒素（それらの断片及び／またはバリアントを含む）、ならびに以下に開示される様々な抗腫瘍または抗がん剤を含むよう意図されている。他の細胞傷害性剤が以下に記載される。殺腫瘍剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
「化学療法剤」とは、がんの治療に有用な化学的化合物である。化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロスホスファミド；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ、及びウレドパ；エチレンイミン及びメチルアメラミン、例えば、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロロメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）；デルタ－９－テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ－ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトテシン（例えば、合成類似体トポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ－１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン、及び９－アミノカンプトテシン）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ－１０６５（例えば、そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（例えば、合成類似体、ＫＷ－２１８９及びＣＢ１－ＴＭ１）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンジスタチン；窒素マスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビシン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムヌスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアミシン、特に、カリケアミシンγ１Ｉ及びカリケアミシンω１Ｉ（例えば、Ｎｉｃｏｌａｏｕ ｅｔ ａｌ．，．Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３－１８６（１９９４）を参照のこと）；ジネミシン、例えば、ジネミシンＡ；エスペラミシン；ならびにネオカルチノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カルビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）ドキソルビシン（例えば、モルフォリノ－ドキソルビシン、シアノモルフォリノ－ドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシ）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、マイコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；抗代謝産物、例えば、メトトレキセート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸リプレニッシャー、例えば、フロリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルフォミチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；メイタンシノイド、例えば、メイタンシン及びアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダムノール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テニュアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”－トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ－２毒素、ベラキュリンＡ、ロリデンＡ、及びアングイデン）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標）パクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標）Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ－ｆｒｅｅ、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）ドセタキセル（Ｒｈｏｎｅ－Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）を含むタキサン；クロラムブシル；ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））；６－チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；プラチナまたはプラチナベースの化学療法剤及びプラチナ類似体、例えば、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標））、サトラプラチン、ピコプラチン、ネダプラチン、トリプラチン、及びリポプラチン；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））；プラチナ；エトポシド（ＶＰ－１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））；オキサリプラチン；ロイコボリン；ビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））；上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体；ならびに上記の２つ以上の組み合わせ、例えば、ＣＨＯＰ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾロンの併用療法の略称）、及びＦＯＬＦＯＸ（５－ＦＵ及びロイコボリンと組み合わせたオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標））での治療レジメンの略称）が挙げられる。追加の化学療法剤としては、例えば、マイタンシノイド（ＤＭ１、例えば）ならびにオーリスタチンＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ等の抗体薬物コンジュゲートとして有用な細胞傷害性剤が挙げられる。
「化学療法剤」には、がんの成長を促進し得るホルモンの作用を調節、低減、遮断、または阻害する役割を果たす「抗ホルモン剤」または「内分泌治療薬」も含まれ、多くの場合、全身（ｓｙｓｔｅｍｉｃ）または全身（ｗｈｏｌｅ－ｂｏｄｙ）治療の形態である。それら自体がホルモンであり得る。例としては、抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体調節薬（ＳＥＲＭ）、例えば、タモキシフェン（例えば、ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）タモキシフェン）、ＥＶＩＳＴＡ（登録商標）ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、及びＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）トレミフェン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方調節薬（ＥＲＤ）；卵巣を抑制するか、または活動停止させるように機能する薬剤、例えば、黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）アゴニスト、例えば、ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標）酢酸ロイプロリド、酢酸ゴセレリン、酢酸ブセレリン、及びトリプテレリン；他の抗アンドロゲン、例えば、フルタミド、ニルタミド、及びビカルタミド；ならびに副腎内のエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤、例えば、４（５）－イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）酢酸メゲストロール、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）エキセメスタン、ホルメスタイン、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）ボロゾール、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）レトロゾール、及びＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）アナストロゾール等が挙げられる。加えて、化学療法剤のかかる定義には、ビスホスホネート、例えば、クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）またはＯＳＴＡＣ（登録商標））、ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標）エチドロネート、ＮＥ－５８０９５、ＺＯＭＥＴＡ（登録商標）ゾレドロン酸／ゾレドロネート、ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標）アレンドロネート、ＡＲＥＤＩＡ（登録商標）パミドロネート、ＳＫＥＬＩＤ（登録商標）チルドロネート、またはＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標）リセドロネート；ならびにトロキサシタビン（１，３－ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えば、ＰＫＣ－アルファ、Ｒａｆ、Ｈ－Ｒａｓ、及び上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）等；ワクチン、例えば、ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン及び遺伝子療法ワクチン、例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）トポイソメラーゼ１阻害剤；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ；ジトシル酸ラパチニブ（ＥｒｂＢ－２及びＥＧＦＲ二重チロシンキナーゼ小分子阻害剤、別名、ＧＷ５７２０１６）；ならびに上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が含まれる。
化学療法剤には、抗体、例えば、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）、Ｉｍｃｌｏｎｅ）；パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標）、Ａｍｇｅｎ）、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ（登録商標）、２Ｃ４、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ、Ｃｏｒｉｘｉａ）、及び抗体薬物コンジュゲート、ゲムツズマブオゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）も含まれる。本発明の化合物と組み合わせて薬剤として治療可能性を有する追加のヒト化モノクローナル抗体としては、アポリズマブ、アセリズマブ、アトリズマブ、バピネオズマブ、ビバツズマブメルタンシン、カンツズマブメルタンシン、セデリズマブ、セルトリズマブペゴル、シドフシツズマブ、シドツズマブ、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ、エルリズマブ、フェルビズマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ、ヌマビズマブ、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ、ペクフシツズマブ、ペクツズマブ、パキセリズマブ、ラリビズマブ、ラニビズマブ、レスリビズマブ、レスリズマブ、レシビズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、シブロツズマブ、シプリズマブ、ソンツズマブ、タカツズマブテトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ツクシツズマブ、ウマビズマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、ビジリズマブ、及び抗インターロイキン－１２（ＡＢＴ－８７４／Ｊ６９５、Ｗｙｅｔｈ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）（インターロイキン－１２ ｐ４０タンパク質を認識するように遺伝子修飾された排他的にヒト配列の組換え全長ＩｇＧ１λ抗体）が挙げられる。
化学療法剤には、それに結合するか、またはさもなければそれと直接相互作用し、そのシグナル伝達活性を阻止または低減する化合物を指し、代替的に「ＥＧＦＲアンタゴニスト」とも称される「ＥＧＦＲ阻害剤」も含まれる。かかる薬剤の例としては、ＥＧＦＲに結合する抗体及び小分子が挙げられる。ＥＧＦＲに結合する抗体の例としては、ＭＡｂ ５７９（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ ８５０６）、ＭＡｂ ４５５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ ２２５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０８）、ＭＡｂ ５２８（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０９）（米国特許第４，９４３，５３３号、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ ｅｔ ａｌ．を参照されたい）及びそのバリアント、例えば、キメラ化２２５（Ｃ２２５またはセツキシマブ、ＥＲＢＵＴＩＸ（登録商標））及び再成形ヒト２２５（Ｈ２２５）（ＷＯ９６／４０２１０、Ｉｍｃｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．を参照のこと）；ＩＭＣ－１１Ｆ８、完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；ＩＩ型変異体ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５，２１２，２９０号）；米国特許第５，８９１，９９６号に記載のＥＧＦＲに結合するヒト化及びキメラ抗体；及びＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えば、ＡＢＸ－ＥＧＦまたはパニツムマブ（ＷＯ９８／５０４３３、Ａｂｇｅｎｉｘ／Ａｍｇｅｎを参照のこと）；ＥＭＤ５５９００（Ｓｔｒａｇｌｉｏｔｔｏ ｅｔ ａｌ．Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ３２Ａ：６３６－６４０（１９９６））；ＥＭＤ７２００（マツズマブ）（ＥＧＦＲ結合においてＥＧＦ及びＴＧＦ－アルファの両方と競合するＥＧＦＲに対して指向されるヒト化ＥＧＦＲ抗体）（ＥＭＤ／Ｍｅｒｃｋ）；ヒトＥＧＦＲ抗体、ＨｕＭａｘ－ＥＧＦＲ（ＧｅｎＭａｂ）；Ｅ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３、及びＥ７．６．３として既知であり、かつＵＳ６，２３５，８８３に記載の完全ヒト抗体；ＭＤＸ－４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ Ｉｎｃ）；及びｍＡｂ８０６またはヒト化ｍＡｂ８０６（Ｊｏｈｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５－３０３８４（２００４））が挙げられる。抗ＥＧＦＲ抗体は、細胞傷害性剤にコンジュゲートされ、それ故に、イムノコンジュゲートを生成し得る（例えば、ＥＰ６５９，４３９Ａ２、Ｍｅｒｃｋ Ｐａｔｅｎｔ ＧｍｂＨを参照のこと）。ＥＧＦＲアンタゴニストは、米国特許第５，６１６，５８２号、同第５，４５７，１０５号、同第５，４７５，００１号、同第５，６５４，３０７号、同第５，６７９，６８３号、同第６，０８４，０９５号、同第６，２６５，４１０号、同第６，４５５，５３４号、同第６，５２１，６２０号、同第６，５９６，７２６号、同第６，７１３，４８４号、同第５，７７０，５９９号、同第６，１４０，３３２号、同第５，８６６，５７２号、同第６，３９９，６０２号、同第６，３４４，４５９号、同第６，６０２，８６３号、同第６，３９１，８７４号、同第６，３４４，４５５号、同第５，７６０，０４１号、同第６，００２，００８号、及び同第５，７４７，４９８号、ならびに以下のＰＣＴ公開：ＷＯ９８／１４４５１、ＷＯ９８／５００３８、ＷＯ９９／０９０１６、及びＷＯ９９／２４０３７に記載の化合物等の小分子を含む。特定の小分子ＥＧＦＲアンタゴニストとして、ＯＳＩ－７７４（ＣＰ－３５８７７４、エルロチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＰＤ １８３８０５（ＣＩ １０３３、２－プロペンアミド、Ｎ－［４－［（３－クロロ－４－フルオロフェニル）アミノ］－７－［３－（４－モルホリニル）プロポキシ］－６－キナゾリニル］－、二塩酸塩、Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）；ＺＤ１８３９、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））４－（３’－クロロ－４’－フルオロアニリノ）－７－メトキシ－６－（３－モルホリノプロポキシ）キナゾリン、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＺＭ １０５１８０（（６－アミノ－４－（３－メチルフェニル－アミノ）－キナゾリン、Ｚｅｎｅｃａ）；ＢＩＢＸ－１３８２（Ｎ８－（３－クロロ－４－フルオロ－フェニル）－Ｎ２－（１－メチル－ピペリジン－４－イル）－ピリミド［５，４－ｄ］ピリミジン－２，８－ジアミン、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）；ＰＫＩ－１６６（（Ｒ）－４－［４－［（１－フェニルエチル）アミノ］－１Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン－６－イル］－フェノール）；（Ｒ）－６－（４－ヒドロキシフェニル）－４－［（１－フェニルエチル）アミノ］－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン）；ＣＬ－３８７７８５（Ｎ－［４－［（３－ブロモフェニル）アミノ］－６－キナゾリニル］－２－ブチンアミド）；ＥＫＢ－５６９（Ｎ－［４－［（３－クロロ－４－フルオロフェニル）アミノ］－３－シアノ－７－エトキシ－６－キノリニル］－４－（ジメチルアミノ）－２－ブテンアミド）（Ｗｙｅｔｈ）；ＡＧ１４７８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＡＧ１５７１（ＳＵ ５２７１；Ｐｆｉｚｅｒ）；及び二重ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、またはＮ－［３－クロロ－４－［（３－フルオロフェニル）メトキシ］フェニル］－６［５［［［２メチルスルホニル）エチル］アミノ］メチル］－２－フラニル］－４－キナゾリンアミン）が挙げられる。
化学療法剤には、「チロシンキナーゼ阻害剤」、例えば、前段落に記載のＥＧＦＲ標的薬物；小分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、Ｔａｋｅｄａから入手可能なＴＡＫ１６５；ＣＰ－７２４，７１４、ＥｒｂＢ２受容体チロシンキナーゼの経口選択的阻害剤（Ｐｆｉｚｅｒ及びＯＳＩ）；二重ＨＥＲ阻害剤、例えば、ＥＧＦＲに優先的に結合するが、ＨＥＲ２及びＥＧＦＲ過剰発現細胞の両方を阻害するＥＫＢ－５６９（Ｗｙｅｔｈから入手可能）；ラパチニブ（ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ－ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）、経口ＨＥＲ２及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤；ＰＫＩ－１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓから入手可能）；ｐａｎ－ＨＥＲ阻害剤、例えば、カネルチニブ（ＣＩ－１０３３、Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；Ｒａｆ－１阻害剤、例えば、Ｒａｆ－１シグナル伝達を阻害するＩＳＩＳ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手可能なアンチセンス薬剤ＩＳＩＳ－５１３２；非ＨＥＲ標的ＴＫ阻害剤、例えば、メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）；多標的チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒから入手可能）；ＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４、Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧから入手可能）；ＭＡＰＫ細胞外調節キナーゼＩ阻害剤ＣＩ－１０４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手可能）；キナゾリン、例えば、ＰＤ １５３０３５，４－（３－クロロアニリノ）キナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ピロロピリミジン、例えば、ＣＧＰ ５９３２６、ＣＧＰ ６０２６１、及びＣＧＰ ６２７０６；ピラゾロピリミジン、４－（フェニルアミノ）－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン；クルクミン（ジフェルロイルメタン、４，５－ビス（４－フルオロアニリノ）フタルイミド）；ニトロチオフェン部分を含有するチルホスチン；ＰＤ－０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ－Ｌａｍｂｅｒ）；アンチセンス分子（例えば、ＨＥＲコード核酸に結合するもの）；キノキサリン（米国特許第５，８０４，３９６号）；トリホスチン（米国特許第５，８０４，３９６号）；ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ Ｚｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ－７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ｐａｎ－ＨＥＲ阻害剤、例えば、ＣＩ－１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；Ａｆｆｉｎｉｔａｃ（ＩＳＩＳ ３５２１、Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）；メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標））；ＰＫＩ １６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＣＩ－１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＫＢ－５６９（Ｗｙｅｔｈ）；Ｓｅｍａｘｉｎｉｂ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ－７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ＩＮＣ－１Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；または以下の特許公報：米国特許第５，８０４，３９６号；ＷＯ１９９９／０９０１６（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＷＯ１９９８／４３９６０（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＷＯ１９９７／３８９８３（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９９／０６３７８（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９９／０６３９６（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９６／３０３４７（Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ）；ＷＯ１９９６／３３９７８（Ｚｅｎｅｃａ）；ＷＯ１９９６／３３９７（Ｚｅｎｅｃａ）；及びＷＯ１９９６／３３９８０（Ｚｅｎｅｃａ）のうちのいずれかに記載のものも含まれる。
化学療法剤には、デキサメタゾン、インターフェロン、コルヒチン、メトプリン、シクロスポリン、アンホテリシン、メトロニダゾール、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アミホスチン、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、生ＢＣＧ、ベバクジマブ、ベキサロテン、クラドリビン、クロファラビン、ダルベポエチンアルファ、デニロイキン、デクスラゾキサン、エポエチンアルファ、エロチニブ、フィルグラスチム、酢酸ヒストレリン、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ－２ａ、インターフェロンアルファ－２ｂ、レナリドミド、レバミゾール、メスナ、メトキサレン、ナンドロロン、ネララビン、ノフェツモマブ、オプレルベキン、パリフェルミン、パミドロネート、ペガデマーゼ、ペグアスパラガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキセド二ナトリウム、プリカマイシン、ポルフィマーナトリウム、キナクリン、ラスブリカーゼ、サルグラモスチム、テモゾロミド、ＶＭ－２６、６－ＴＧ、トレミフェン、トレチノイン、ＡＴＲＡ、バルルビシン、ゾレドロネート、及びゾレドロン酸、ならびにそれらの薬学的に許容される塩も含まれる。
化学療法剤には、ヒドロコルチゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、酢酸コルチゾン、ピバル酸チクソコルトール、トリアムシノロンアセトニド、トリアムシノロンアルコール、モメタゾン、アムシノニド、ブデソニド、デソニド、フルオシノニド、フルオシノロンアセトニド、ベタメタゾン、リン酸ベタメタゾンナトリウム、デキサメタゾン、リン酸デキサメタゾンナトリウム、フルオコルトロン、ヒドロコルチゾン－１７－ブチラート、ヒドロコルチゾン－１７－バレレート、プロピオン酸アクロメタゾン、吉草酸ベタメタゾン、ジプロピオン酸ベタメタゾン、プレドニカルベート、クロベタゾン－１７－ブチラート、クロベタゾール－１７－プロピオネート、カプロン酸フルオコルトロン、ピバリン酸フルオコルトロン、及び酢酸フルプレドニデン；免疫選択的抗炎症性ペプチド（ＩｍＳＡＩＤ）、例えば、フェニルアラニン－グルタミン－グリシン（ＦＥＧ）及びそのＤ－異性体（ｆｅＧ）（ＩＭＵＬＡＮ ＢｉｏＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ＬＬＣ）；抗リウマチ剤、例えば、アザチオプリン、シクロスポリン（シクロスポリンＡ）、Ｄ－ペニシラミン、金塩、ヒドロキシクロロキン、レフルノミドミノサイクリン、スルファサラジン、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）遮断剤、例えば、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩ（登録商標））、インターロイキン１（ＩＬ－１）遮断剤、例えば、アナキンラ（ＫＩＮＥＲＥＴ（登録商標））、Ｔ細胞共刺激遮断剤、例えば、アバタセプト（ＯＲＥＮＣＩＡ（登録商標））、インターロイキン６（ＩＬ－６）遮断剤、例えば、トシリズマブ（ＡＣＴＥＭＥＲＡ（登録商標））；インターロイキン１３（ＩＬ－１３）遮断剤、例えば、レブリキズマブ；インターフェロンアルファ（ＩＦＮ）遮断剤、例えば、ロンタリズマブ；ベータ７インテグリン遮断剤、例えば、ｒｈｕＭＡｂ Ｂｅｔａ７；ＩｇＥ経路遮断剤、例えば、抗Ｍ１プライム；分泌ホモ三量体ＬＴａ３及び膜結合ヘテロ三量体ＬＴａ１／β２遮断剤、例えば、抗リンホトキシンアルファ（ＬＴａ）；種々の治験薬、例えば、チオプラチン、ＰＳ－３４１、酪酸フェニル、ＥＴ－１８－ＯＣＨ３、及びファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（Ｌ－７３９７４９、Ｌ－７４４８３２）；ポリフェノール、例えば、ケルセチン、レスベラトロル、ピセアタンノール、没食子酸エピガロカテキン、テアフラビン、フラバノール、プロシアニジン、ベツリン酸、及びそれらの誘導体；自食作用阻害剤、例えば、クロロキン；デルタ－９－テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ－ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；アセチルカンプトセシン、スコポレチン、及び９－アミノカンプトセシン）；ポドフィロトキシン；テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）またはＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ－５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、またはリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；及び上皮成長因子受容体（ＥＧＦ－Ｒ）；ワクチン、例えば、ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン；ペリフォシン、ＣＯＸ－２阻害剤（例えば、セレコキシブまたはエトリコキシブ）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ＰＳ３４１）；ＣＣＩ－７７９；ティピファルニブ（Ｒ１１５７７）、またはアフェニブ、ＡＢＴ５１０；Ｂｃｌ－２阻害剤、例えば、オブリメルセンナトリウム（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピキサントロン；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えば、ロナファルニブ（ＳＣＨ ６６３６、ＳＡＲＡＳＡＲ（商標））；及び上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体；ならびに上記の２つ以上の組み合わせも含まれる。
本明細書で使用される「プロドラッグ」という用語は、親薬物と比較して腫瘍細胞に対して細胞傷害性が低く、かつより活性な親形態に酵素的に活性化または変換されることができる薬学的に活性な物質の前駆体または誘導体形態を指す。例えば、Ｗｉｌｍａｎ，“Ｐｒｏｄｒｕｇｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ”Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ，１４，ｐｐ．３７５－３８２，６１５ｔｈ Ｍｅｅｔｉｎｇ Ｂｅｌｆａｓｔ（１９８６）、及びＳｔｅｌｌａ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｒｏｄｒｕｇｓ：Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，”Ｄｉｒｅｃｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，Ｂｏｒｃｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ．，（ｅｄ．），ｐｐ．２４７－２６７，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ（１９８５）を参照されたい。本発明のプロドラッグとしては、ホスフェート含有プロドラッグ、チオホスフェート含有プロドラッグ、スルフェート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ－アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β－ラクタム含有プロドラッグ、任意選択的に置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ、または任意選択的に置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、５－フルオロシトシン、及び他の５－フルオロウリジンプロドラッグが挙げられるが、これらに限定されず、これらは、より活性な細胞傷害性遊離薬物に変換され得る。本発明に使用するためのプロドラッグ形態に誘導体化され得る細胞傷害性薬の例としては、上述の化学療法剤が挙げられるが、これらに限定されない。
「成長阻害剤」は、本明細書で使用される場合、細胞（例えば、成長がＰＤ－Ｌ１発現に依存する細胞）の成長及び／または増殖をインビトロまたはインビボで阻害する化合物または組成物を指す。したがって、成長阻害剤は、Ｓ期における細胞のパーセンテージを著しく低下させるものであり得る。成長阻害剤の例としては、細胞周期進行（Ｓ期以外の場所で）を遮断する薬剤、例えば、Ｇ１停止及びＭ期停止を誘導する薬剤が挙げられる。古典的なＭ期遮断剤としては、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、及びトポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えば、アントラサイクリン抗生物質ドキソルビシン（（８Ｓ－シス）－１０－［（３－アミノ－２，３，６－トリデオキシ－α－Ｌ－リキソ－ヘキサピラノシル）オキシ］－７，８，９，１０－テトラヒドロ－６，８，１１－トリヒドロキシ－８－（ヒドロキシアセチル）－１－メトキシ－５，１２－ナフタセンジオン）、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンが挙げられる。Ｇ１を停止する薬剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５－フルオロウラシル、及びａｒａ－Ｃ等のＤＮＡアルキル化剤は、Ｓ期停止にも波及する。さらなる情報は、“Ｔｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，”Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ ａｎｄ Ｉｓｒａｅｌ，ｅｄｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １，ｅｎｔｉｔｌｅｄ“Ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ，ａｎｄ ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｄｒｕｇｓ”ｂｙ Ｍｕｒａｋａｍｉ ｅｔ ａｌ．（ＷＢ Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９５）、特に、１３貢で見つけることができる。タキサン（パクリタキセル及びドセタキセル）は、いずれもイチイに由来する抗がん薬である。ヨーロッパイチイに由来するドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ－Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）の半合成類似体である。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体由来の微小管のアセンブリを促進し、脱重合を阻止することによって微小管を安定させ、それにより、細胞内の有糸分裂の阻害をもたらす。
「放射線療法」とは、正常に機能する細胞の能力を制限するか、または細胞を完全に破壊するように、細胞に十分な損傷を引き起こす指向性ガンマ線またはベータ線の使用を意味する。投薬量及び治療期間を決定するための当該技術分野で既知の多くの方法が存在することが理解される。典型的な治療は、１回の投与として与えられ、典型的な投薬量は、１日当たり１０～２００単位（グレイ）の範囲である。
本明細書で使用される場合、「個体」、「患者」、または「対象」という用語は、同義に使用され、治療が所望される任意の単一の動物、より好ましくは、哺乳動物（例えば、イヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園の動物、ウシ、ブタ、ヒツジ、及び非ヒト霊長類等の非ヒト動物を含む）を指す。具体的な実施形態では、本明細書における患者は、ヒトである。
本明細書で使用される場合、「投与すること」とは、対象（例えば、患者）に化合物（例えば、アンタゴニスト）または薬学的組成物（例えば、アンタゴニストを含む薬学的組成物）の投薬量を与える方法を意味する。投与は、非経口、肺内、及び鼻腔内、ならびに局所治療が所望される場合、病巣内投与を含む、任意の好適な手段により行われ得る。非経口注入には、例えば、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。投薬は、投与が短期であるか長期であるかに部分的に応じて、任意の好適な経路、例えば、静脈内または皮下注射等の注射により行われ得る。単回投与または様々な時点にわたる複数回投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含むが、これらに限定されない様々な投薬スケジュールが本明細書で企図される。
「同時に」という用語は、投与の少なくとも一部が時間的に重複している２つ以上の治療薬の投与を指すために本明細書で使用される。したがって、同時投与には、１つ以上の薬剤（複数可）の投与が１つ以上の他の薬剤（複数可）の投与を中止した後に継続する投薬レジメンが含まれる。
「低減または阻害する」とは、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上の全体的な減少をもたらす能力を意味する。低減または阻害は、例えば、治療される障害の症状、転移の存在もしくはサイズ、または原発腫瘍のサイズを指し得る。
「添付文書」という用語は、治療薬の使用に関する適応症、用法、投薬量、投与、併用療法、禁忌、及び／または警告につての情報を含む、かかる治療薬の市販のパッケージに通常含まれる説明書を指すために使用される。
「滅菌」製剤とは、無菌であるか、または全ての生きている微生物及びそれらの胞子を含まないものである。
「製品」とは、少なくとも１つの試薬、例えば、疾患もしくは障害（例えば、がん）を治療するための薬剤、または本明細書に記載のバイオマーカー（例えば、ＰＤ－Ｌ１）を特異的に検出するプローブを含む、任意の製造物（例えば、パッケージもしくは容器）またはキットである。ある特定の実施形態では、製造物またはキットは、本明細書に記載の方法を行うためのユニットとして販売促進、流通、または販売される。
「に基づく」という語句は、本明細書で使用される場合、１つ以上のバイオマーカーについての情報が、治療決定、添付文書に提供される情報、またはマーケティング／販売促進ガイダンス等を知らせるために使用されることを意味する。
ＩＩＩ．方法
がんを有する個体を治療し、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療から利益を享受し得るがんを有する個体を特定し、がんを有する患者を診断し、がんを有する個体が、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法での治療に応答する可能性があるかを決定し、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法の治療有効性を最適化し、がんを有する個体のための療法を選択し、がんを有する個体の予後を提供し、かつ免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法での治療に対する個体の応答を監視するための方法及びアッセイが本明細書に提供される。
本明細書に記載の方法及びアッセイは、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から決定された血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアを使用して、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト単剤療法またはＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む併用療法（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストと、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、及び／またはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体）との併用）の治療有効性を予測することができるという所見に基づく。これらの方法のうちのいずれかは、最大体細胞対立遺伝子頻度（ＭＳＡＦ）を決定することをさらに含み得る。これらの方法のうちのいずれかは、ｔＴＭＢスコアを決定することをさらに含み得る。本明細書に提供される方法のうちのいずれかは、個体にＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、以下の第ＩＶ節に記載されるもの）を投与することをさらに含み得る。したがって、個体由来の試料におけるｂＴＭＢを評価する方法及びアッセイも本明細書に提供される。本明細書に提供される方法のうちのいずれかは、個体に、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、以下の第ＩＶ節に記載される）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ以外の、またはそれに加えた抗がん療法を投与することを含み得る。これらの方法のうちのいずれかは、個体に、本明細書に記載の追加の治療薬の有効量を投与することをさらに含み得る。
Ａ．診断方法及びアッセイ
（ｉ）予測診断方法
具体的な例では、本明細書に提供される方法及びアッセイを使用して、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療から利益を享受し得るがんを有する個体を特定することができ、本方法は、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアは、個体を、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療から利益を享受し得る者と特定する。
具体的な例では、本明細書に提供される方法及びアッセイを使用して、がんを有する個体のための療法を選択することができ、本方法は、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアは、個体を、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療から利益を享受し得る者と特定する。
具体的な例では、本明細書に提供される方法及びアッセイを使用して、がんを有する患者を診断することができ、本方法は、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアは、個体を、がんを有する可能性がある者と特定する。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコア未満のｂＴＭＢスコアは、個体を、がんを有する可能性が低い者と特定する。
本明細書に提供される方法は、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）からｂＴＭＢスコアを決定することを含み得る。個体由来の試料は、アーカイブ試料、新鮮な試料、または凍結試料であり得る。決定ステップは、所定の遺伝子セットに生じる体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異）の総数を決定して、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを導き出すことを含み得る。いくつかの実施形態では、体細胞変異の数は、カウントされた単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）の数、またはカウントされたＳＮＶの数とインデル変異の数との合計である。
体細胞変異の数は、個体におけるＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片、及び／または遺伝子コピー数レベルの測定値を含むが、これらに限定されない当該技術分野で既知の任意の好適な基準に基づいて、定性的及び／または定量的に決定され得る。いくつかの例では、個体の包括的ゲノムプロファイルが決定される。いくつかの例では、個体から収集された試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）の包括的ゲノムプロファイルが決定される。いくつかの例では、ゲノムプロファイルの決定は、当該技術分野で既知であるか、または本明細書に記載の次世代配列決定法を適用して、ゲノム改変（例えば、体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異））を特定することを含む。いくつかの例では、この試験は、少なくとも約０．０５Ｍｂ～約１０Ｍｂ（例えば、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０Ｍｂ）をカバーする約３００個の遺伝子（例えば、多様なセットの少なくとも約３００～約４００個の遺伝子、例えば、約３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、または４００個の遺伝子）の、少なくとも約５００倍（例えば、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、または１，０００倍）の典型的なエクソンカバレッジ深度中央値までのコーディング領域を同時に配列決定する。他の例では、この試験は、約４００個の遺伝子、約４２５個の遺伝子、約４５０個の遺伝子、約４７５個の遺伝子、約５００個の遺伝子、約５２５個の遺伝子、約５５０個の遺伝子、約５７５個の遺伝子、約６００個の遺伝子、約６２５個の遺伝子、約６５０個の遺伝子、約６７５個の遺伝子、約７００個の遺伝子、約７２５個の遺伝子、約７５０個の遺伝子、約７７５個の遺伝子、約８００個の遺伝子、約８２５個の遺伝子、約８５０個の遺伝子、約８７５個の遺伝子、約９００個の遺伝子、約９２５個の遺伝子、約９５０個の遺伝子、約９７５個の遺伝子、約１０００個の遺伝子、または１０００個を超える遺伝子のコーディング領域を同時に配列決定する。いくつかの例では、遺伝子セットは、表１に記載の１つ以上の遺伝子（例えば、がん関連遺伝子）を含む。いくつかの例では、遺伝子セットは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルの遺伝子セットである（例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｆｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３１：１０２３－３１，２０１３を参照のこと）。いくつかの例では、遺伝子セットは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）ＣＤｘパネルの遺伝子セットである。いくつかの実施形態では、この試験は、個体の約１０Ｍｂ超、例えば、約１０Ｍｂ超、約１５Ｍｂ超、約２０Ｍｂ超、約２５Ｍｂ超、約３０Ｍｂ超、約３５Ｍｂ超、約４０Ｍｂ超、約４５Ｍｂ超、約５０Ｍｂ超、約５５Ｍｂ超、約６０Ｍｂ超、約６５Ｍｂ超、約７０Ｍｂ超、約７５Ｍｂ超、約８０Ｍｂ超、約８５Ｍｂ超、約９０Ｍｂ超、約９５Ｍｂ超、約１００Ｍｂ超、約２００Ｍｂ超、約３００Ｍｂ超、約４００Ｍｂ超、約５００Ｍｂ超、約６００Ｍｂ超、約７００Ｍｂ超、約８００Ｍｂ超、約９００Ｍｂ超、約１Ｇｂ超、約２Ｇｂ超、約３Ｇｂ超、または約３．３Ｇｂ超のゲノムを配列決定する。いくつかの例では、ｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定される。いくつかの例では、ｂＴＭＢスコアは、全ゲノム配列決定によって決定される。ｂＴＭＢスコアが遺伝子同一性とは無関係に計算され得ることが現在理解されている。いくつかの例では、各カバーされた配列決定リードは、特有のＤＮＡ断片を表し、腫瘍不均一性、低い腫瘍純度、及び少ない試料体積のため低頻度で生じるゲノム改変の高感度及び特異的検出を可能にする。決定ステップは、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から単離された無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）及び／または循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）における体細胞変異の数を決定して、ｂＴＭＢスコアを導き出すことを含み得る。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、少なくとも約５ｎｇ（例えば、少なくとも約５ｎｇ、少なくとも約１０ｎｇ、少なくとも約１５ｎｇ、少なくとも約２０ｎｇ、少なくとも約２５ｎｇ、少なくとも約３０ｎｇ、少なくとも約３５ｎｇ、少なくとも約４０ｎｇ、少なくとも約４５ｎｇ、少なくとも約５０ｎｇ、少なくとも約７５ｎｇ、少なくとも約１００ｎｇ、少なくとも約２００ｎｇ、少なくとも約３００ｎｇ、少なくとも約４００ｎｇ、またはそれ以上）である。例えば、いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、少なくとも約２０ｎｇのｃｆＤＮＡである。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、例えば、約５ｎｇ～約１００ｎｇ（例えば、約５ｎｇ～約１００ｎｇ、約５ｎｇ～約９０ｎｇ、約５ｎｇ～約８０ｎｇ、約５ｎｇ～約７０ｎｇ、約５ｎｇ～約６０ｎｇ、約５ｎｇ～約５０ｎｇ、約５ｎｇ～約４０ｎｇ、約５ｎｇ～約３０ｎｇ、約５ｎｇ～約２０ｎｇ、約５ｎｇ～約１５ｎｇ、約５ｎｇ～約１０ｎｇ、約１０ｎｇ～約１００ｎｇ、約１０ｎｇ～約９０ｎｇ、約１０ｎｇ～約８０ｎｇ、約１０ｎｇ～約７０ｎｇ、約１０ｎｇ～約６０ｎｇ、約１０ｎｇ～約５０ｎｇ、約１０ｎｇ～約４０ｎｇ、約１０ｎｇ～約３０ｎｇ、約１０ｎｇ～約２０ｎｇ、約１５ｎｇ～約１００ｎｇ、約１５ｎｇ～約９０ｎｇ、約１５ｎｇ～約８０ｎｇ、約１５ｎｇ～約７０ｎｇ、約１５ｎｇ～約６０ｎｇ、約１５ｎｇ～約５０ｎｇ、約２０ｎｇ～約１００ｎｇ、約２０ｎｇ～約９０ｎｇ、約２０ｎｇ～約８０ｎｇ、約２０ｎｇ～約７０ｎｇ、約２０ｎｇ～約６０ｎｇ、約２０ｎｇ～約５０ｎｇ、約２０ｎｇ～約４０ｎｇ、約２０ｎｇ～約３０ｎｇ、約２５ｎｇ～約１００ｎｇ、約２５ｎｇ～約９０ｎｇ、約２５ｎｇ～約８０ｎｇ、約２５ｎｇ～約７０ｎｇ、約２５ｎｇ～約６０ｎｇ、約２５ｎｇ～約５０ｎｇ、約２５ｎｇ～約４０ｎｇ、約２５ｎｇ～約３０ｎｇ、約３０ｎｇ～約１００ｎｇ、約３０ｎｇ～約９０ｎｇ、約３０ｎｇ～約８０ｎｇ、約３０ｎｇ～約７０ｎｇ、約３０ｎｇ～約６０ｎｇ、約３０ｎｇ～約５０ｎｇ、約３０ｎｇ～約４０ｎｇ、約３０ｎｇ～約３５ｎｇ、約３５ｎｇ～約１００ｎｇ、約３５ｎｇ～約９０ｎｇ、約３５ｎｇ～約８０ｎｇ、約３５ｎｇ～約７０ｎｇ、約３５ｎｇ～約６０ｎｇ、約３５ｎｇ～約５０ｎｇ、約３５ｎｇ～約４０ｎｇ、約４０ｎｇ～約１００ｎｇ、約４０ｎｇ～約９０ｎｇ、約４０ｎｇ～約８０ｎｇ、約４０ｎｇ～約７０ｎｇ、約４０ｎｇ～約６０ｎｇ、約４０ｎｇ～約５０ｎｇ、約４０ｎｇ～約４５ｎｇ、約５０ｎｇ～約１００ｎｇ、約５０ｎｇ～約９０ｎｇ、約５０ｎｇ～約８０ｎｇ、約５０ｎｇ～約７０ｎｇ、約５０ｎｇ～約６０ｎｇ、約６０ｎｇ～約１００ｎｇ、約６０ｎｇ～約９０ｎｇ、約６０ｎｇ～約８０ｎｇ、約６０ｎｇ～約７０ｎｇ、約７０ｎｇ～約１００ｎｇ、約７０ｎｇ～約９０ｎｇ、約７０ｎｇ～約８０ｎｇ、約８０ｎｇ～約１００ｎｇ、約８０ｎｇ～約９０ｎｇ、または９０ｎｇ～約１００ｎｇ）である。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、約１００ｎｇ以上（例えば、約１００ｎｇ以上、約２００ｎｇ以上、約３００ｎｇ以上、約４００ｎｇ以上、約５００ｎｇ以上、約６００ｎｇ以上、約７００ｎｇ以上、約８００ｎｇ以上、約９００ｎｇ以上、またはそれ以上）である。
任意の好適な試料体積が前述の方法のうちのいずれかに使用され得る。例えば、いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１ｍＬ～約５０ｍＬ、例えば、約１ｍＬ、約２ｍＬ、約３ｍＬ、約４ｍＬ、約５ｍＬ、約６ｍＬ、約７ｍＬ、約８ｍＬ、約９ｍＬ、約１０ｍＬ、約１１ｍＬ、約１２ｍＬ、約１３ｍＬ、約１４ｍＬ、約１５ｍＬ、約１６ｍＬ、約１７ｍＬ、約１８ｍＬ、約１９ｍＬ、約２０ｍＬ、約２２ｍＬ、約２４ｍＬ、約２６ｍＬ、約２８ｍＬ、約３０ｍＬ、約３２ｍＬ、約３４ｍＬ、約３６ｍＬ、約３８ｍＬ、約４０ｍＬ、約４２ｍＬ、約４４ｍＬ、約４６ｍＬ、約４８ｍＬ、または約５０ｍＬの体積を有し得る。いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１ｍＬ～約５０ｍＬ、約１ｍＬ～約４０ｍＬ、約１ｍＬ～約３０ｍＬ、約１ｍＬ～約２０ｍＬ、約１ｍＬ～約１０ｍＬ、約５ｍＬ～約５０ｍＬ、約５ｍＬ～約４０ｍＬ、約５ｍＬ～約３０ｍＬ、約５ｍＬ～約２０ｍＬ、約５ｍＬ～約１０ｍＬ、約６ｍＬ～約５０ｍＬ、約６ｍＬ～約４０ｍＬ、約６ｍＬ～約３０ｍＬ、約６ｍＬ～約２０ｍＬ、約６ｍＬ～約１０ｍＬ、約７ｍＬ～約５０ｍＬ、約７ｍＬ～約４０ｍＬ、約７ｍＬ～約３０ｍＬ、約７ｍＬ～約２０ｍＬ、約７ｍＬ～約１０ｍＬ、約８ｍＬ～約５０ｍＬ、約８ｍＬ～約４０ｍＬ、約８ｍＬ～約３０ｍＬ、約８ｍＬ～約２０ｍＬ、約８ｍＬ～約１０ｍＬ、約９ｍＬ～約５０ｍＬ、約９ｍＬ～約４０ｍＬ、約９ｍＬ～約３０ｍＬ、約９ｍＬ～約２０ｍＬ、約９ｍＬ～約１０ｍＬ、約５ｍＬ～約１５ｍＬ、約５ｍＬ～約１４ｍＬ、約５ｍＬ～約１３ｍＬ、約５ｍＬ～約１２ｍＬ、約５ｍＬ～約１１ｍＬ、約６ｍＬ～約１５ｍＬ、約６ｍＬ～約１４ｍＬ、約６ｍＬ～約１３ｍＬ、約６ｍＬ～約１２ｍＬ、約６ｍＬ～約１１ｍＬ、約７ｍＬ～約１５ｍＬ、約７ｍＬ～約１４ｍＬ、約７ｍＬ～約１３ｍＬ、約７ｍＬ～約１２ｍＬ、約７ｍＬ～約１１ｍＬ、約８ｍＬ～約１５ｍＬ、約８ｍＬ～約１４ｍＬ、約８ｍＬ～約１３ｍＬ、約８ｍＬ～約１２ｍＬ、約８ｍＬ～約１１ｍＬ、約９ｍＬ～約１５ｍＬ、約９ｍＬ～約１４ｍＬ、約９ｍＬ～約１３ｍＬ、約９ｍＬ～約１２ｍＬ、または約９ｍＬ～約１１ｍＬの体積を有し得る。いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１０ｍＬの体積を有する。例えば、いくつかの例では、血漿試料は、１０ｍＬの体積を有する。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本アッセイで評価された体細胞変異は各々、約０．１％以上、例えば、約０．１％以上、約０．２％以上、約０．３％以上、約０．４％以上、約０．５％以上、約０．６％以上、約０．７％以上、約０．８％以上、約０．９％以上、約１．０％以上、約１．１％以上、約１．２％以上、約１．３％以上、約１．４％以上、約１．５％以上、約１．６％以上、約１．７％以上、約１．８％以上、約１．９％以上、約２．０％以上、約２．１％以上、約２．２％以上、約２．３％以上、約２．４％以上、約２．５％以上、約２．６％以上、約２．７％以上、約２．８％以上、約２．９％以上、約３．０％以上、約３．１％以上、約３．２％以上、約３．３％以上、約３．４％以上、約３．５％以上、約３．６％以上、約３．７％以上、約３．８％以上、約３．９％以上、約４．０％以上、約４．１％以上、約４．２％以上、約４．３％以上、約４．４％以上、約４．５％以上、約４．６％以上、約４．７％以上、約４．８％以上、約４．９％以上、約５．０％以上、約６．０％以上、約７．０％以上、約８．０％以上、約９．０％以上、約１０．０％以上、約１１．０％以上、約１２．０％以上、約１３．０％以上、約１４．０％以上、約１５．０％以上約１６．０％以上、約１７．０％以上、約１８．０％以上、約１９．０％以上、約２０．０％以上、またはそれ以上の対立遺伝子頻度を有する。例えば、いくつかの実施形態では、本アッセイで評価された体細胞変異は各々、０．５％以上の対立遺伝子頻度を有する。
決定ステップは、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から対立遺伝子（すなわち、体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異）を有する遺伝子のバリアント）の最大相対頻度を決定して、ＭＳＡＦを導き出すことを含み得る。次の最も一般に生じる変異の体細胞対立遺伝子頻度も、個体由来の試料から決定され得る。いくつかの例では、個体由来の試料から検出された各変異の体細胞対立遺伝子頻度が決定される。いくつかの例では、複数の体細胞変異を有する試料は、恐らく、がん（例えば、腫瘍）におけるそれらの本来のクローン頻度に応じて、体細胞対立遺伝子頻度の分布としてそれらの変異を提示するであろう。いくつかの例では、４０％超（例えば、４０％超、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、または１００％）の体細胞対立遺伝子頻度は排除され、４０％未満（例えば、４０％以下）の次に高い体細胞対立遺伝子頻度を有するバリアントが試料のＭＳＡＦであると決定される。いくつかの例では、ＭＳＡＦは、試料における２０％未満の最大体細胞対立遺伝子頻度から計算される。生殖系列変異が約５０％～約１００％の体細胞対立遺伝子頻度分布を有することが見出され得る。
ＭＳＡＦの決定は、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアの決定前に、その決定と同時に、またはその決定後に起こり得る。
前述の例のうちのいずれかでは、個体は、例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍から選択されるがんを有し得る。
いくつかの例では、個体は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）でのがんの治療後に進行している。他の例では、個体は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）での治療に不適格であり得る、及び／またはがんの前治療を受けていない。いくつかの例では、個体は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせでの前治療を受けていない。
前述の方法のうちのいずれかでは、患者から得られた試料（例えば、血液試料）は、全血、血漿、血清、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの例では、試料は、アーカイブ血液試料、新鮮な血液試料、または凍結血液試料である。
前述の例のうちのいずれかでは、基準ｂＴＭＢスコアは、がん（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）を有する基準個体集団におけるｂＴＭＢスコアであり得、個体集団は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性と比較したＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性の有意差に基づいて、第１の個体サブセットと第２の個体サブセットとを各々有意に分ける。いくつかの例では、治療に対する応答性は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加及び／または全生存期間（ＯＳ）の増加である。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、事前に割り当てられたｂＴＭＢスコアであり得る。基準ｂＴＭＢスコアは、４～３０（例えば、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、及び３０、例えば、８～３０、例えば、１０～１６、または例えば、１０～２０）であり得る。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１０～２０（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。他の例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１６～２０（例えば、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。例えば、いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び９以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１０以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１１以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１２以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１３以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１４以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１６以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１８以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）及び１６以上のスコアの基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２０以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２１以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２２以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２３以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２４以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２５以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。
前述の例のうちのいずれかでは、試料からのｂＴＭＢスコアは、４以上（例えば、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上）であり得る。例えば、試料からのｂＴＭＢスコアは、約８～約１００（例えば、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、及び１００）であり得る。いくつかの例では、試料からのｂＴＭＢスコアは、約４００～約１５００（例えば、約４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、または１５００のｂＴＭＢスコア）であり得る。いくつかの例では、試料からのｂＴＭＢスコアは、４未満（例えば、０、１、２、または３）であり得るか、または検出不能であり得る。
前述の例のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表される。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、例えば、全エクソーム配列決定によって決定される、同等ｂＴＭＢ値である。
いくつかの例では、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアは、基準集団において約５％以上の有病率、例えば、約５％～約７５％の有病率（例えば、約５％～約１５％、約１５％～約３０％、約３０％～約４５％、約４５％～約６０％、または約６０％～７５％、例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、または７５％の有病率）を有し得る。
いくつかの例では、基準カットオフｂＴＭＢスコア以上であるｂＴＭＢスコアの有病率は、基準集団における約５％、例えば、約５％～約７５％の有病率（例えば、約５％～約１５％、約１５％～約３０％、約３０％～約４５％、約４５％～約６０％、または約６０％～７５％、例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、または７５％の有病率）である。
いくつかの例では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約３０％未満（例えば、約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約４％未満、約３％未満、約２％未満、約１％未満、またはそれ未満）逸脱する。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約１％～約３０％（例えば、約１％～約３０％、約１％～約２５％、約１％～約２０％、約１％～約１５％、約１％～約１０％、約５％～約３０％、約５％～約２５％、約５％～約２０％、約５％～約１５％、約５％～約１０％、約１０％～約３０％、約１０％～約２５％、約１０％～約２０％、約１０％～約１５％、約１５％～約３０％、約１５％～約２５％、約１５％～約２０％、約２０％～約３０％、または約２０％～約２５％）逸脱する。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約１０％～約２０％（例えば、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、または約２０％）逸脱する。本明細書に提供される方法のうちのいずれかでは、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療からの利益は、ＯＳの増加、ＰＦＳの増加、またはＯＳ及びＰＦＳの増加であり得る。
前述の方法のうちのいずれかでは、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、当該技術分野で既知であるか、または本明細書に記載の、例えば、以下の第ＩＶ節に記載のいずれのＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストであり得る。
いくつかの実施形態では、本方法は、患者、または別の者もしくは実体、介護者、医師、がん専門医、病院、診療所、第三者支払人、保険会社、製薬会社もしくは生物工学会社、または官庁に対して、報告書、例えば、電子報告書、ウェブベース報告書、または書面報告書を作成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、報告書は、ｂＴＭＢスコアの評価を含む本方法からの結果を含む。
（ｉｉ）予後及び薬力学的診断方法
本発明は、予後及び薬力学的方法を提供する。いくつかの例では、本方法は、がんを有する個体の予後を提供することを含み得る。他の例では、本方法は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法での治療に対する患者の応答を監視することを含み得る。具体的な例では、本明細書に提供される方法及びアッセイを使用して、がんを有する個体が、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法での治療に応答する可能性があるかを決定することができ、本方法は、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアは、個体を、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療に応答する可能性がある者と特定する。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコア未満の試料からのｂＴＭＢスコアは、個体を、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療に応答する可能性が低い者と特定する。
一態様では、がんを有する個体の予後を提供する方法であって、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料からのｂＴＭＢスコアが、個体を、予後不良を有し得る者と特定する、方法が本明細書に提供される。
一態様では、がんを有する個体の予後を提供する方法であって、個体由来の試料からｃｔＤＮＡレベルを決定することを含み、基準ｃｔＤＮＡレベルであるか、またはそれを超える試料からのｃｔＤＮＡレベルが、個体を、予後不良を有し得る者と特定する、方法が本明細書に提供される。
別の態様では、がんを有する個体の予後を提供する方法であって、個体由来の試料からＭＳＡＦを決定することを含み、基準ＭＳＡＦであるか、またはそれを超える試料からのＭＳＡＦが、個体を、予後不良を有し得る者と特定する、方法が本明細書に提供される。ＭＳＡＦは、例えば、以下の第Ｃ節に記載の、または実施例に記載の任意の好適なアプローチを使用して決定され得る。
別の態様では、がんを有する個体の臨床病理学的変数を評価する方法であって、個体から得られた試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することを含む、方法が本明細書に提供される。臨床病理学的変数は、例えば、腫瘍量、ＳＬＤ、または腫瘍組織像（例えば、扁平上皮または非扁平上皮形態）であり得る。
別の態様では、がんを有する個体の臨床病理学的変数を評価する方法であって、個体から得られた試料におけるＭＳＡＦを決定することを含む、方法が本明細書に提供される。臨床病理学的変数は、例えば、腫瘍量、ＳＬＤ、または腫瘍組織像（例えば、扁平上皮または非扁平上皮形態）であり得る。
さらに別の態様では、がんを有する個体における疾患増悪を予測する方法であって、個体から得られた試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える試料におけるｂＴＭＢスコアが、個体を、疾患増悪を呈する可能性が高い者と特定する、方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、腫瘍量の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍量の増加は、最長径和（ＳＬＤ）の増加を特徴とする。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、扁平上皮形態の増加を特徴とする。他の実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、非扁平上皮形態の増加を特徴とする。
なおさらなる態様では、がんを有する個体における疾患増悪を予測する方法であって、個体から得られた試料におけるＭＳＡＦを決定することを含み、基準ＭＳＡＦであるか、またはそれを超える試料におけるＭＳＡＦが、個体を、疾患増悪を呈する可能性が高い者と特定する、方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、腫瘍量の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍量の増加は、最長径和（ＳＬＤ）の増加を特徴とする。いくつかの実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、扁平上皮形態の増加を特徴とする。他の実施形態では、疾患増悪は、例えば、腫瘍組織像によって評価される、増加非扁平上皮形態を特徴とする。前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、個体由来の試料からのＭＳＡＦは、約０．０１％～約１０％、例えば、約０．０１％、約０．０２％、約０．０３％、約０．０４％、約０．０５％、約０．０６％、約０．０７％、約０．０８％、約０．０９％、約０．１％、約０．１５％、約０．２％、約０．２５％、約０．３％、約０．３５％、約０．４％、約０．４５％、約０．５％、約０．５５％、約０．６％、約０．６５％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、約１％、約１．５％、約２％、約２．５％、約３％、約３．５％、約４％、約４．５％、約５％、約５．５％、約６％、約６．５％、約７％、約７．５％、約８％、約８．５％、約９％、約９．５％、または約１０％である。
いくつかの実施形態では、個体由来の試料からのＭＳＡＦは、約０．０１％～約１０％、約０．０１％～約９％、約０．０１％～約８％、約０．０１％～約７％、約０．０１％～約６％、約０．０１％～約５％、約０．０１％～約４％、約０．０１％～約３％、約０．０１％～約２％、約０．０１％～約１％、約０．０５％～約１０％、約０．０５％～約９％、約０．０５％～約８％、約０．０５％～約７％、約０．０５％～約６％、約０．０５％～約５％、約０．０５％～約４％、約０．０５％～約３％、約０．０５％～約２％、約０．０５％～約１％、約０．１％～約１０％、約０．１％～約９％、約０．１％～約８％、約０．１％～約７％、約０．１％～約６％、約０．１％～約５％、約０．１％～約４％、約０．１％～約３％、約０．１％～約２％、または約０．１％～約１％である。具体的な実施形態では、個体由来の試料からのＭＳＡＦは、約０．１％～約５％である。他の具体的な実施形態では、個体由来の試料からのＭＳＡＦは、約０．１％～約２％である。
いくつかの実施形態では、個体由来の試料からのＭＳＡＦは、約０．１％～約５％、約０．１％～約４．５％、約０．１％～約４％、約０．１％～約３．５％、約０．１％～約３％、約０．１％～約２．５％、約０．１％～約２％、約０．１％～約１．５％、約０．１％～約１％、約０．１％～約０．９％、約０．１％～約０．８％、約０．１％～約０．７％、約０．１％～約０．６％、約０．１％～約０．５％、約０．１％～約０．４％、約０．１％～約０．３％、約０．１％～約０．２％、約０．５％～約５％、約０．５％～約４．５％、約０．５％～約４％、約０．５％～約３．５％、約０．５％～約３％、約０．５％～約２．５％、約０．５％～約２％、約０．５％～約１．５％、約０．５％～約１％、約０．５％～約０．９％、約０．５％～約０．８％、約０．５％～約０．７％、約０．５％～約０．６％、約１％～約５％、約１％～約４．５％、約１％～約４％、約１％～約３．５％、約１％～約３％、約１％～約２．５％、約１％～約２％、約１％～約１．５％、約１％～約１．２５％、約１．２５％～約５％、約１．２５％～約４．５％、約１．２５％～約４％、約１．２５％～約３．５％、約１．２５％～約３％、約１．２５％～約２．５％、約１．２５％～約２％、約１．２５％～約１．５％、約１．５％～約５％、約１．５％～約４．５％、約１．５％～約４％、約１．５％～約３．５％、約１．５％～約３％、約１．５％～約２．５％、約１．５％～約２％、約１．７５％～約５％、約１．７５％～約４．５％、約１．７５％～約４％、約１．７５％～約３．５％、約１．７５％～約３％、約１．７５％～約２．５％、約１．７５％～約２％、約２％～約５％、約２％～約４．５％、約２％～約４％、約２％～約３．５％、約２％～約３％、約２％～約２．５％、約２．５％～約５％、約２．５％～約４．５％、約２．５％～約４％、約２．５％～約３．５％、約２．５％～約３％、約３％～約５％、約３％～約４．５％、約３％～約４％、約３％～約３．５％、約３．５％～約５％、約３．５％～約４．５％、約３．５％～約４％、約４％～約５％、または約４％～約４．５％である。
いくつかの実施形態では、個体由来の試料からのベースラインＭＳＡＦは、約０．１％～約５％、約０．１％～約４．５％、約０．１％～約４％、約０．１％～約３．５％、約０．１％～約３％、約０．１％～約２．５％、約０．１％～約２％、約０．１％～約１．５％、約０．１％～約１％、約０．１％～約０．９％、約０．１％～約０．８％、約０．１％～約０．７％、約０．１％～約０．６％、約０．１％～約０．５％、約０．１％～約０．４％、約０．１％～約０．３％、約０．１％～約０．２％、約０．５％～約５％、約０．５％～約４．５％、約０．５％～約４％、約０．５％～約３．５％、約０．５％～約３％、約０．５％～約２．５％、約０．５％～約２％、約０．５％～約１．５％、約０．５％～約１％、約０．５％～約０．９％、約０．５％～約０．８％、約０．５％～約０．７％、約０．５％～約０．６％、約１％～約５％、約１％～約４．５％、約１％～約４％、約１％～約３．５％、約１％～約３％、約１％～約２．５％、約１％～約２％、約１％～約１．５％、約１％～約１．２５％、約１．２５％～約５％、約１．２５％～約４．５％、約１．２５％～約４％、約１．２５％～約３．５％、約１．２５％～約３％、約１．２５％～約２．５％、約１．２５％～約２％、約１．２５％～約１．５％、約１．５％～約５％、約１．５％～約４．５％、約１．５％～約４％、約１．５％～約３．５％、約１．５％～約３％、約１．５％～約２．５％、約１．５％～約２％、約１．７５％～約５％、約１．７５％～約４．５％、約１．７５％～約４％、約１．７５％～約３．５％、約１．７５％～約３％、約１．７５％～約２．５％、約１．７５％～約２％、約２％～約５％、約２％～約４．５％、約２％～約４％、約２％～約３．５％、約２％～約３％、約２％～約２．５％、約２．５％～約５％、約２．５％～約４．５％、約２．５％～約４％、約２．５％～約３．５％、約２．５％～約３％、約３％～約５％、約３％～約４．５％、約３％～約４％、約３％～約３．５％、約３．５％～約５％、約３．５％～約４．５％、約３．５％～約４％、約４％～約５％、または約４％～約４．５％である。
いくつかの実施形態では、個体由来の試料からのベースラインＭＳＡＦは、約０．１％～約５％、約０．１％～約４．５％、約０．１％～約４％、約０．１％～約３．５％、約０．１％～約３％、約０．１％～約２．５％、約０．１％～約２％、約０．１％～約１．５％、約０．１％～約１％、約０．１％～約０．９％、約０．１％～約０．８％、約０．１％～約０．７％、約０．１％～約０．６％、約０．１％～約０．５％、約０．１％～約０．４％、約０．１％～約０．３％、約０．１％～約０．２％、約０．５％～約５％、約０．５％～約４．５％、約０．５％～約４％、約０．５％～約３．５％、約０．５％～約３％、約０．５％～約２．５％、約０．５％～約２％、約０．５％～約１．５％、約０．５％～約１％、約０．５％～約０．９％、約０．５％～約０．８％、約０．５％～約０．７％、約０．５％～約０．６％、約１％～約５％、約１％～約４．５％、約１％～約４％、約１％～約３．５％、約１％～約３％、約１％～約２．５％、約１％～約２％、約１％～約１．５％、約１％～約１．２５％、約１．２５％～約５％、約１．２５％～約４．５％、約１．２５％～約４％、約１．２５％～約３．５％、約１．２５％～約３％、約１．２５％～約２．５％、約１．２５％～約２％、約１．２５％～約１．５％、約１．５％～約５％、約１．５％～約４．５％、約１．５％～約４％、約１．５％～約３．５％、約１．５％～約３％、約１．５％～約２．５％、約１．５％～約２％、約１．７５％～約５％、約１．７５％～約４．５％、約１．７５％～約４％、約１．７５％～約３．５％、約１．７５％～約３％、約１．７５％～約２．５％、約１．７５％～約２％、約２％～約５％、約２％～約４．５％、約２％～約４％、約２％～約３．５％、約２％～約３％、約２％～約２．５％、約２．５％～約５％、約２．５％～約４．５％、約２．５％～約４％、約２．５％～約３．５％、約２．５％～約３％、約３％～約５％、約３％～約４．５％、約３％～約４％、約３％～約３．５％、約３．５％～約５％、約３．５％～約４．５％、約３．５％～約４％、約４％～約５％、または約４％～約４．５％である。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、個体由来の試料は、抗がん療法（例えば、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法）の投与前に、個体から得られる。言い換えれば、試料は、ベースライン試料であり得る。
前述の方法のうちのいずれかは、個体のための抗がん療法を選択することを含み得る。いくつかの実施形態では、本方法は、個体に抗がん療法を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、抗がん療法は、可能な限り早急に選択される、及び／または個体に投与される。いくつかの実施形態では、抗がん療法は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント阻害剤を含む抗がん療法を選択すること及び／または個体にそれを追加の治療薬（例えば、化学療法剤）と組み合わせて投与することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、本方法は、免疫チェックポイント阻害剤を含まない抗がん療法、例えば、化学療法剤を含む抗がん療法を選択すること及び／または個体にそれを投与することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、化学療法剤は、本明細書に記載されているか、または当該技術分野で既知の任意の化学療法剤である。いくつかの実施形態では、抗がん療法は、細胞傷害性組み合わせ（例えば、より攻撃的な細胞傷害性組み合わせ）を含む。
さらに別の態様では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗がん療法での治療に対するがんを有する個体の応答を監視する方法であって、（ａ）個体への抗がん療法の投与後のある時点で個体から得られた試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することと、（ｂ）試料におけるｂＴＭＢスコアを基準ｂＴＭＢスコアと比較し、それにより、抗がん療法での治療に対する個体の応答を監視することと、を含む、方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、試料におけるｂＴＭＢスコアが基準ｂＴＭＢスコアと比較して減少した場合、抗がん療法の１つ以上の追加の用量を投与することをさらに含む。他の実施形態では、本方法は、試料におけるｂＴＭＢスコアが基準ｂＴＭＢスコアと比較して増加した場合、個体のための免疫チェックポイント阻害剤を含まない抗がん療法を選択することをさらに含み得る。他の実施形態では、本方法は、試料におけるｂＴＭＢスコアが基準ｂＴＭＢスコアと比較して増加するか、または同じままである場合、個体のための免疫チェックポイント阻害剤を含む抗がん療法を追加の治療薬と組み合わせて選択することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、本方法は、個体に、免疫チェックポイント阻害剤を含まない抗がん療法、例えば、化学療法剤を含む抗がん療法を投与することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、化学療法剤は、本明細書に記載されているか、または当該技術分野で既知の任意の化学療法剤である。
本明細書に提供される方法は、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）からｂＴＭＢスコアまたはＭＳＡＦを決定することを含み得る。個体由来の試料は、アーカイブ試料、新鮮な試料、または凍結試料であり得る。決定ステップは、所定の遺伝子セットに生じる体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異）の総数を決定して、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアを導き出すことを含み得る。いくつかの実施形態では、体細胞変異の数は、カウントされたＳＮＶの数、またはカウントされたＳＮＶの数とインデル変異の数との合計である。
体細胞変異の数は、個体におけるＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片、及び／または遺伝子コピー数レベルの測定値を含むが、これらに限定されない当該技術分野で既知の任意の好適な基準に基づいて、定性的及び／または定量的に決定され得る。いくつかの例では、個体の包括的ゲノムプロファイルは、個体から収集された試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から決定される。いくつかの例では、ゲノムプロファイルの決定は、当該技術分野で既知であるか、または本明細書に記載の次世代配列決定法を適用して、ゲノム改変（例えば、体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異））を特定することを含む。いくつかの例では、この試験は、少なくとも約０．０５Ｍｂ～約１０Ｍｂ（例えば、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０Ｍｂ）をカバーする約３００個の遺伝子（例えば、少なくとも約３００～約４００個の遺伝子のセット、例えば、約３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、または４００個の遺伝子のセット）の、少なくとも約５００倍（例えば、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、または１，０００倍）の典型的なエクソンカバレッジ深度中央値までのコーディング領域を同時に配列決定する。他の例では、この試験は、約４００個の遺伝子、約４２５個の遺伝子、約４５０個の遺伝子、約４７５個の遺伝子、約５００個の遺伝子、約５２５個の遺伝子、約５５０個の遺伝子、約５７５個の遺伝子、約６００個の遺伝子、約６２５個の遺伝子、約６５０個の遺伝子、約６７５個の遺伝子、約７００個の遺伝子、約７２５個の遺伝子、約７５０個の遺伝子、約７７５個の遺伝子、約８００個の遺伝子、約８２５個の遺伝子、約８５０個の遺伝子、約８７５個の遺伝子、約９００個の遺伝子、約９２５個の遺伝子、約９５０個の遺伝子、約９７５個の遺伝子、約１０００個の遺伝子、または１０００個を超える遺伝子のコーディング領域を同時に配列決定する。いくつかの例では、遺伝子セットは、表１に記載の少なくとも２つの遺伝子（例えば、がん関連遺伝子）を含む。いくつかの例では、遺伝子セットは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルの遺伝子セットである。いくつかの例では、遺伝子セットは、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）ＣＤｘパネルの遺伝子セットである。いくつかの実施形態では、この試験は、個体の約１０Ｍｂ超、例えば、約１０Ｍｂ超、約１５Ｍｂ超、約２０Ｍｂ超、約２５Ｍｂ超、約３０Ｍｂ超、約３５Ｍｂ超、約４０Ｍｂ超、約４５Ｍｂ超、約５０Ｍｂ超、約５５Ｍｂ超、約６０Ｍｂ超、約６５Ｍｂ超、約７０Ｍｂ超、約７５Ｍｂ超、約８０Ｍｂ超、約８５Ｍｂ超、約９０Ｍｂ超、約９５Ｍｂ超、約１００Ｍｂ超、約２００Ｍｂ超、約３００Ｍｂ超、約４００Ｍｂ超、約５００Ｍｂ超、約６００Ｍｂ超、約７００Ｍｂ超、約８００Ｍｂ超、約９００Ｍｂ超、約１Ｇｂ超、約２Ｇｂ超、約３Ｇｂ超、または約３．３Ｇｂのゲノムを配列決定する。いくつかの例では、ｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定される。いくつかの例では、ｂＴＭＢスコアは、全ゲノム配列決定によって決定される。ｂＴＭＢスコアは、遺伝子同一性とは無関係に計算され得る。いくつかの例では、各カバーされた配列決定リードは、特有のＤＮＡ断片を表し、腫瘍不均一性、低い腫瘍純度、及び少ない試料体積のため低頻度で生じるゲノム改変の高感度及び特異的検出を可能にする。
決定ステップは、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から単離された無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）及び／または循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）における体細胞変異の数を決定して、ｂＴＭＢスコアを導き出すことを含み得る。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、少なくとも約５ｎｇ（例えば、少なくとも約５ｎｇ、少なくとも約１０ｎｇ、少なくとも約１５ｎｇ、少なくとも約２０ｎｇ、少なくとも約２５ｎｇ、少なくとも約３０ｎｇ、少なくとも約３５ｎｇ、少なくとも約４０ｎｇ、少なくとも約４５ｎｇ、少なくとも約５０ｎｇ、少なくとも約７５ｎｇ、少なくとも約１００ｎｇ、少なくとも約２００ｎｇ、少なくとも約３００ｎｇ、少なくとも約４００ｎｇ、またはそれ以上）である。例えば、いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、少なくとも約２０ｎｇのｃｆＤＮＡである。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、例えば、約５ｎｇ～約１００ｎｇ（例えば、約５ｎｇ～約１００ｎｇ、約５ｎｇ～約９０ｎｇ、約５ｎｇ～約８０ｎｇ、約５ｎｇ～約７０ｎｇ、約５ｎｇ～約６０ｎｇ、約５ｎｇ～約５０ｎｇ、約５ｎｇ～約４０ｎｇ、約５ｎｇ～約３０ｎｇ、約５ｎｇ～約２０ｎｇ、約５ｎｇ～約１５ｎｇ、約５ｎｇ～約１０ｎｇ、約１０ｎｇ～約１００ｎｇ、約１０ｎｇ～約９０ｎｇ、約１０ｎｇ～約８０ｎｇ、約１０ｎｇ～約７０ｎｇ、約１０ｎｇ～約６０ｎｇ、約１０ｎｇ～約５０ｎｇ、約１０ｎｇ～約４０ｎｇ、約１０ｎｇ～約３０ｎｇ、約１０ｎｇ～約２０ｎｇ、約１５ｎｇ～約１００ｎｇ、約１５ｎｇ～約９０ｎｇ、約１５ｎｇ～約８０ｎｇ、約１５ｎｇ～約７０ｎｇ、約１５ｎｇ～約６０ｎｇ、約１５ｎｇ～約５０ｎｇ、約２０ｎｇ～約１００ｎｇ、約２０ｎｇ～約９０ｎｇ、約２０ｎｇ～約８０ｎｇ、約２０ｎｇ～約７０ｎｇ、約２０ｎｇ～約６０ｎｇ、約２０ｎｇ～約５０ｎｇ、約２０ｎｇ～約４０ｎｇ、約２０ｎｇ～約３０ｎｇ、約２５ｎｇ～約１００ｎｇ、約２５ｎｇ～約９０ｎｇ、約２５ｎｇ～約８０ｎｇ、約２５ｎｇ～約７０ｎｇ、約２５ｎｇ～約６０ｎｇ、約２５ｎｇ～約５０ｎｇ、約２５ｎｇ～約４０ｎｇ、約２５ｎｇ～約３０ｎｇ、約３０ｎｇ～約１００ｎｇ、約３０ｎｇ～約９０ｎｇ、約３０ｎｇ～約８０ｎｇ、約３０ｎｇ～約７０ｎｇ、約３０ｎｇ～約６０ｎｇ、約３０ｎｇ～約５０ｎｇ、約３０ｎｇ～約４０ｎｇ、約３０ｎｇ～約３５ｎｇ、約３５ｎｇ～約１００ｎｇ、約３５ｎｇ～約９０ｎｇ、約３５ｎｇ～約８０ｎｇ、約３５ｎｇ～約７０ｎｇ、約３５ｎｇ～約６０ｎｇ、約３５ｎｇ～約５０ｎｇ、約３５ｎｇ～約４０ｎｇ、約４０ｎｇ～約１００ｎｇ、約４０ｎｇ～約９０ｎｇ、約４０ｎｇ～約８０ｎｇ、約４０ｎｇ～約７０ｎｇ、約４０ｎｇ～約６０ｎｇ、約４０ｎｇ～約５０ｎｇ、約４０ｎｇ～約４５ｎｇ、約５０ｎｇ～約１００ｎｇ、約５０ｎｇ～約９０ｎｇ、約５０ｎｇ～約８０ｎｇ、約５０ｎｇ～約７０ｎｇ、約５０ｎｇ～約６０ｎｇ、約６０ｎｇ～約１００ｎｇ、約６０ｎｇ～約９０ｎｇ、約６０ｎｇ～約８０ｎｇ、約６０ｎｇ～約７０ｎｇ、約７０ｎｇ～約１００ｎｇ、約７０ｎｇ～約９０ｎｇ、約７０ｎｇ～約８０ｎｇ、約８０ｎｇ～約１００ｎｇ、約８０ｎｇ～約９０ｎｇ、または９０ｎｇ～約１００ｎｇ）である。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、約１００ｎｇ以上（例えば、約１００ｎｇ以上、約２００ｎｇ以上、約３００ｎｇ以上、約４００ｎｇ以上、約５００ｎｇ以上、約６００ｎｇ以上、約７００ｎｇ以上、約８００ｎｇ以上、約９００ｎｇ以上、またはそれ以上）である。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本アッセイで評価された体細胞変異は各々、約０．１％以上、例えば、約０．１％以上、約０．２％以上、約０．３％以上、約０．４％以上、約０．５％以上、約０．６％以上、約０．７％以上、約０．８％以上、約０．９％以上、約１．０％以上、約１．１％以上、約１．２％以上、約１．３％以上、約１．４％以上、約１．５％以上、約１．６％以上、約１．７％以上、約１．８％以上、約１．９％以上、約２．０％以上、約２．１％以上、約２．２％以上、約２．３％以上、約２．４％以上、約２．５％以上、約２．６％以上、約２．７％以上、約２．８％以上、約２．９％以上、約３．０％以上、約３．１％以上、約３．２％以上、約３．３％以上、約３．４％以上、約３．５％以上、約３．６％以上、約３．７％以上、約３．８％以上、約３．９％以上、約４．０％以上、約４．１％以上、約４．２％以上、約４．３％以上、約４．４％以上、約４．５％以上、約４．６％以上、約４．７％以上、約４．８％以上、約４．９％以上、約５．０％以上、約６．０％以上、約７．０％以上、約８．０％以上、約９．０％以上、約１０．０％以上、約１１．０％以上、約１２．０％以上、約１３．０％以上、約１４．０％以上、約１５．０％以上約１６．０％以上、約１７．０％以上、約１８．０％以上、約１９．０％以上、約２０．０％以上、またはそれ以上の対立遺伝子頻度を有する。例えば、いくつかの実施形態では、本アッセイで評価された体細胞変異は各々、０．５％以上の対立遺伝子頻度を有する。任意の好適な試料体積が前述の方法のうちのいずれかに使用され得る。例えば、いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１ｍＬ～約５０ｍＬ、例えば、約１ｍＬ、約２ｍＬ、約３ｍＬ、約４ｍＬ、約５ｍＬ、約６ｍＬ、約７ｍＬ、約８ｍＬ、約９ｍＬ、約１０ｍＬ、約１１ｍＬ、約１２ｍＬ、約１３ｍＬ、約１４ｍＬ、約１５ｍＬ、約１６ｍＬ、約１７ｍＬ、約１８ｍＬ、約１９ｍＬ、約２０ｍＬ、約２２ｍＬ、約２４ｍＬ、約２６ｍＬ、約２８ｍＬ、約３０ｍＬ、約３２ｍＬ、約３４ｍＬ、約３６ｍＬ、約３８ｍＬ、約４０ｍＬ、約４２ｍＬ、約４４ｍＬ、約４６ｍＬ、約４８ｍＬ、または約５０ｍＬの体積を有し得る。いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１ｍＬ～約５０ｍＬ、約１ｍＬ～約４０ｍＬ、約１ｍＬ～約３０ｍＬ、約１ｍＬ～約２０ｍＬ、約１ｍＬ～約１０ｍＬ、約５ｍＬ～約５０ｍＬ、約５ｍＬ～約４０ｍＬ、約５ｍＬ～約３０ｍＬ、約５ｍＬ～約２０ｍＬ、約５ｍＬ～約１０ｍＬ、約６ｍＬ～約５０ｍＬ、約６ｍＬ～約４０ｍＬ、約６ｍＬ～約３０ｍＬ、約６ｍＬ～約２０ｍＬ、約６ｍＬ～約１０ｍＬ、約７ｍＬ～約５０ｍＬ、約７ｍＬ～約４０ｍＬ、約７ｍＬ～約３０ｍＬ、約７ｍＬ～約２０ｍＬ、約７ｍＬ～約１０ｍＬ、約８ｍＬ～約５０ｍＬ、約８ｍＬ～約４０ｍＬ、約８ｍＬ～約３０ｍＬ、約８ｍＬ～約２０ｍＬ、約８ｍＬ～約１０ｍＬ、約９ｍＬ～約５０ｍＬ、約９ｍＬ～約４０ｍＬ、約９ｍＬ～約３０ｍＬ、約９ｍＬ～約２０ｍＬ、約９ｍＬ～約１０ｍＬ、約５ｍＬ～約１５ｍＬ、約５ｍＬ～約１４ｍＬ、約５ｍＬ～約１３ｍＬ、約５ｍＬ～約１２ｍＬ、約５ｍＬ～約１１ｍＬ、約６ｍＬ～約１５ｍＬ、約６ｍＬ～約１４ｍＬ、約６ｍＬ～約１３ｍＬ、約６ｍＬ～約１２ｍＬ、約６ｍＬ～約１１ｍＬ、約７ｍＬ～約１５ｍＬ、約７ｍＬ～約１４ｍＬ、約７ｍＬ～約１３ｍＬ、約７ｍＬ～約１２ｍＬ、約７ｍＬ～約１１ｍＬ、約８ｍＬ～約１５ｍＬ、約８ｍＬ～約１４ｍＬ、約８ｍＬ～約１３ｍＬ、約８ｍＬ～約１２ｍＬ、約８ｍＬ～約１１ｍＬ、約９ｍＬ～約１５ｍＬ、約９ｍＬ～約１４ｍＬ、約９ｍＬ～約１３ｍＬ、約９ｍＬ～約１２ｍＬ、または約９ｍＬ～約１１ｍＬの体積を有し得る。いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１０ｍＬの体積を有する。例えば、いくつかの例では、血漿試料は、１０ｍＬの体積を有する。決定ステップは、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から対立遺伝子（すなわち、体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異）を有する遺伝子のバリアント）の最大相対頻度を決定して、ＭＳＡＦを導き出すことを含み得る。次の最も一般に生じる変異の体細胞対立遺伝子頻度も、個体由来の試料から決定され得る。いくつかの例では、個体由来の試料から検出された各変異の体細胞対立遺伝子頻度が決定される。いくつかの例では、複数の体細胞変異を有する試料は、恐らく、がん（例えば、腫瘍）におけるそれらの本来のクローン頻度に応じて、体細胞対立遺伝子頻度の分布としてそれらの変異を提示するであろう。いくつかの例では、４０％超（例えば、４０％超、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、または１００％）の体細胞対立遺伝子頻度は排除され、４０％未満（例えば、４０％以下）の次に高い体細胞対立遺伝子頻度を有するバリアントが試料のＭＳＡＦであると決定される。いくつかの例では、ＭＳＡＦは、試料における２０％未満の最大体細胞対立遺伝子頻度から計算される。生殖系列変異が約５０％～約１００％の体細胞対立遺伝子頻度分布を有することが見出され得る。
前述の例のうちのいずれかでは、個体は、例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍から選択されるがんを有し得る。
いくつかの例では、個体は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）でのがんの治療後に進行している。他の例では、個体は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）での治療に不適格であり得る、及び／またはがんの前治療を受けていない。いくつかの例では、個体は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストでの前治療を受けていない。
前述の方法のうちのいずれかでは、患者から得られた試料（例えば、血液試料）は、全血、血漿、血清、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの例では、試料は、アーカイブ血液試料、新鮮な血液試料、または凍結血液試料である。
前述の例のうちのいずれかでは、基準ｂＴＭＢスコアは、がん（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）を有する基準個体集団におけるｂＴＭＢスコアであり得、個体集団は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性と比較したＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性の有意差に基づいて、第１の個体サブセットと第２の個体サブセットとを各々有意に分ける。いくつかの例では、治療に対する応答性は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加及び／または全生存期間（ＯＳ）の増加である。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、事前に割り当てられたｂＴＭＢスコアであり得る。基準ｂＴＭＢスコアは、４～３０（例えば、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、及び３０、例えば、８～３０、例えば、１０～１６、または例えば、１０～２０）であり得る。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１０～２０（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。他の例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１６～２０（例えば、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１４以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１６以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１８以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）及び１６以上のスコアの基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２０以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２１以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２２以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２３以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２４以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２５以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。
前述の例のうちのいずれかでは、試料からのｂＴＭＢスコアは、４以上（例えば、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上）であり得る。例えば、試料からのｂＴＭＢスコアは、約８～約１００（例えば、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、及び１００）であり得る。いくつかの例では、試料からのｂＴＭＢスコアは、約４００～約１５００（例えば、約４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、または１５００のｂＴＭＢスコア）であり得る。いくつかの例では、試料からのｂＴＭＢスコアは、４未満（例えば、０、１、２、または３）であり得るか、または検出不能であり得る。
前述の例のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表される。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、例えば、全エクソーム配列決定によって決定される、同等ｂＴＭＢ値である。
いくつかの例では、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアは、基準集団において約５％以上の有病率、例えば、約５％～約７５％の有病率（例えば、約５％～約１５％、約１５％～約３０％、約３０％～約４５％、約４５％～約６０％、または約６０％～７５％、例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、または７５％の有病率）を有し得る。
いくつかの例では、基準カットオフｂＴＭＢスコア以上であるｂＴＭＢスコアの有病率は、基準集団における約５％、例えば、約５％～約７５％の有病率（例えば、約５％～約１５％、約１５％～約３０％、約３０％～約４５％、約４５％～約６０％、または約６０％～７５％、例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、または７５％の有病率）である。
いくつかの例では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約３０％未満（例えば、約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約４％未満、約３％未満、約２％未満、約１％未満、またはそれ未満）逸脱する。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約１％～約３０％（例えば、約１％～約３０％、約１％～約２５％、約１％～約２０％、約１％～約１５％、約１％～約１０％、約５％～約３０％、約５％～約２５％、約５％～約２０％、約５％～約１５％、約５％～約１０％、約１０％～約３０％、約１０％～約２５％、約１０％～約２０％、約１０％～約１５％、約１５％～約３０％、約１５％～約２５％、約１５％～約２０％、約２０％～約３０％、または約２０％～約２５％）逸脱する。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約１０％～約２０％（例えば、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、または約２０％）逸脱する。
本明細書に提供される方法のうちのいずれかでは、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療からの利益は、ＯＳの増加、ＰＦＳの増加、またはＯＳ及びＰＦＳの増加であり得る。
前述の方法のうちのいずれかでは、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、当該技術分野で既知であるか、または本明細書に記載の、例えば、以下の第ＩＶ節に記載のいずれのＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストであり得る。
いくつかの実施形態では、本方法は、患者、または別の者もしくは実体、介護者、医師、がん専門医、病院、診療所、第三者支払人、保険会社、製薬会社もしくは生物工学会社、または官庁に対して、報告書、例えば、電子報告書、ウェブベース報告書、または書面報告書を作成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、報告書は、ｂＴＭＢスコアの評価を含む本方法からの結果を含む。
Ｂ．治療方法
本発明は、がんを有する個体を治療する方法であって、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを決定することであって、試料からのｂＴＭＢスコアが、基準ｂＴＭＢスコア（例えば、基準集団におけるｂＴＭＢスコア、例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４～約３０、例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０）であるか、またはそれを超える、該スコアを決定することと、個体に、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせの有効量を投与することと、を含む、方法をさらに提供する。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１０～２０（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。他の例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１６～２０（例えば、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。いくつかの例では、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアは、基準ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４～約３０、例えば、基準ｂＴＭＢスコア約４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０）未満であり、本方法は、個体に、免疫チェックリスト阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせ以外の、またはそれに加えた抗がん療法を投与することをさらに含む。いくつかの例では、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアは、約８～約１００（例えば、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００）である。
具体的な例では、本明細書に提供される方法及びアッセイを使用して、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含み得る抗がん療法の治療有効性を最適化することができ、本方法は、抗がん療法での治療中（例えば、ある治療期間にわたって）、基準ｂＴＭＢスコアと比較した個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアを監視することを含む。監視は、例えば、抗がん療法の投与前及び／または投与後の時間間隔で収集された個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを得ること及びそれを比較することを含み得る。いくつかの例では、ｂＴＭＢスコアは、抗がん療法の投与の少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、もしくは２４時間前、約１、２、３、４、５、６、７日前、約１、２、３、もしくは４週間前、または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月前に収集された個体由来の試料から得られ得る。いくつかの例では、ｂＴＭＢスコアは、抗がん療法の投与の少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、もしくは２４時間後、約１、２、３、４、５、６、７日後、約１、２、３、もしくは４週間後、または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月後に収集された個体由来の試料から得られ得る。抗がん療法の投与前及び／または投与後に収集された個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアが比較され得、治療後に収集された試料からのｂＴＭＢスコアと比較した、治療前に収集された個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアの増加は、投与された抗がん療法の治療有効性の低レベルを示し得、治療後に収集された試料からのｂＴＭＢスコアと比較した、治療前に収集された個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアの減少は、投与された抗がん療法の治療有効性を示し得る。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、抗がん療法での治療前に個体から得られ得る。いくつかの例では、本方法は、抗がん療法での治療中（例えば、ある治療期間にわたって）、治療前のｂＴＭＢスコアと比較した個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアを監視することを含む。
決定ステップは、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から単離された無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）及び／または循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）における体細胞変異の数を決定して、ｂＴＭＢスコアを導き出すことを含み得る。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、少なくとも約５ｎｇ（例えば、少なくとも約５ｎｇ、少なくとも約１０ｎｇ、少なくとも約１５ｎｇ、少なくとも約２０ｎｇ、少なくとも約２５ｎｇ、少なくとも約３０ｎｇ、少なくとも約３５ｎｇ、少なくとも約４０ｎｇ、少なくとも約４５ｎｇ、少なくとも約５０ｎｇ、少なくとも約７５ｎｇ、少なくとも約１００ｎｇ、少なくとも約２００ｎｇ、少なくとも約３００ｎｇ、少なくとも約４００ｎｇ、またはそれ以上）である。例えば、いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、少なくとも約２０ｎｇのｃｆＤＮＡである。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、例えば、約５ｎｇ～約１００ｎｇ（例えば、約５ｎｇ～約１００ｎｇ、約５ｎｇ～約９０ｎｇ、約５ｎｇ～約８０ｎｇ、約５ｎｇ～約７０ｎｇ、約５ｎｇ～約６０ｎｇ、約５ｎｇ～約５０ｎｇ、約５ｎｇ～約４０ｎｇ、約５ｎｇ～約３０ｎｇ、約５ｎｇ～約２０ｎｇ、約５ｎｇ～約１５ｎｇ、約５ｎｇ～約１０ｎｇ、約１０ｎｇ～約１００ｎｇ、約１０ｎｇ～約９０ｎｇ、約１０ｎｇ～約８０ｎｇ、約１０ｎｇ～約７０ｎｇ、約１０ｎｇ～約６０ｎｇ、約１０ｎｇ～約５０ｎｇ、約１０ｎｇ～約４０ｎｇ、約１０ｎｇ～約３０ｎｇ、約１０ｎｇ～約２０ｎｇ、約１５ｎｇ～約１００ｎｇ、約１５ｎｇ～約９０ｎｇ、約１５ｎｇ～約８０ｎｇ、約１５ｎｇ～約７０ｎｇ、約１５ｎｇ～約６０ｎｇ、約１５ｎｇ～約５０ｎｇ、約２０ｎｇ～約１００ｎｇ、約２０ｎｇ～約９０ｎｇ、約２０ｎｇ～約８０ｎｇ、約２０ｎｇ～約７０ｎｇ、約２０ｎｇ～約６０ｎｇ、約２０ｎｇ～約５０ｎｇ、約２０ｎｇ～約４０ｎｇ、約２０ｎｇ～約３０ｎｇ、約２５ｎｇ～約１００ｎｇ、約２５ｎｇ～約９０ｎｇ、約２５ｎｇ～約８０ｎｇ、約２５ｎｇ～約７０ｎｇ、約２５ｎｇ～約６０ｎｇ、約２５ｎｇ～約５０ｎｇ、約２５ｎｇ～約４０ｎｇ、約２５ｎｇ～約３０ｎｇ、約３０ｎｇ～約１００ｎｇ、約３０ｎｇ～約９０ｎｇ、約３０ｎｇ～約８０ｎｇ、約３０ｎｇ～約７０ｎｇ、約３０ｎｇ～約６０ｎｇ、約３０ｎｇ～約５０ｎｇ、約３０ｎｇ～約４０ｎｇ、約３０ｎｇ～約３５ｎｇ、約３５ｎｇ～約１００ｎｇ、約３５ｎｇ～約９０ｎｇ、約３５ｎｇ～約８０ｎｇ、約３５ｎｇ～約７０ｎｇ、約３５ｎｇ～約６０ｎｇ、約３５ｎｇ～約５０ｎｇ、約３５ｎｇ～約４０ｎｇ、約４０ｎｇ～約１００ｎｇ、約４０ｎｇ～約９０ｎｇ、約４０ｎｇ～約８０ｎｇ、約４０ｎｇ～約７０ｎｇ、約４０ｎｇ～約６０ｎｇ、約４０ｎｇ～約５０ｎｇ、約４０ｎｇ～約４５ｎｇ、約５０ｎｇ～約１００ｎｇ、約５０ｎｇ～約９０ｎｇ、約５０ｎｇ～約８０ｎｇ、約５０ｎｇ～約７０ｎｇ、約５０ｎｇ～約６０ｎｇ、約６０ｎｇ～約１００ｎｇ、約６０ｎｇ～約９０ｎｇ、約６０ｎｇ～約８０ｎｇ、約６０ｎｇ～約７０ｎｇ、約７０ｎｇ～約１００ｎｇ、約７０ｎｇ～約９０ｎｇ、約７０ｎｇ～約８０ｎｇ、約８０ｎｇ～約１００ｎｇ、約８０ｎｇ～約９０ｎｇ、または９０ｎｇ～約１００ｎｇ）である。いくつかの実施形態では、試料から単離されたｃｆＤＮＡの量は、約１００ｎｇ以上（例えば、約１００ｎｇ以上、約２００ｎｇ以上、約３００ｎｇ以上、約４００ｎｇ以上、約５００ｎｇ以上、約６００ｎｇ以上、約７００ｎｇ以上、約８００ｎｇ以上、約９００ｎｇ以上、またはそれ以上）である。
任意の好適な試料体積が前述の方法のうちのいずれかに使用され得る。例えば、いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１ｍＬ～約５０ｍＬ、例えば、約１ｍＬ、約２ｍＬ、約３ｍＬ、約４ｍＬ、約５ｍＬ、約６ｍＬ、約７ｍＬ、約８ｍＬ、約９ｍＬ、約１０ｍＬ、約１１ｍＬ、約１２ｍＬ、約１３ｍＬ、約１４ｍＬ、約１５ｍＬ、約１６ｍＬ、約１７ｍＬ、約１８ｍＬ、約１９ｍＬ、約２０ｍＬ、約２２ｍＬ、約２４ｍＬ、約２６ｍＬ、約２８ｍＬ、約３０ｍＬ、約３２ｍＬ、約３４ｍＬ、約３６ｍＬ、約３８ｍＬ、約４０ｍＬ、約４２ｍＬ、約４４ｍＬ、約４６ｍＬ、約４８ｍＬ、または約５０ｍＬの体積を有し得る。いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１ｍＬ～約５０ｍＬ、約１ｍＬ～約４０ｍＬ、約１ｍＬ～約３０ｍＬ、約１ｍＬ～約２０ｍＬ、約１ｍＬ～約１０ｍＬ、約５ｍＬ～約５０ｍＬ、約５ｍＬ～約４０ｍＬ、約５ｍＬ～約３０ｍＬ、約５ｍＬ～約２０ｍＬ、約５ｍＬ～約１０ｍＬ、約６ｍＬ～約５０ｍＬ、約６ｍＬ～約４０ｍＬ、約６ｍＬ～約３０ｍＬ、約６ｍＬ～約２０ｍＬ、約６ｍＬ～約１０ｍＬ、約７ｍＬ～約５０ｍＬ、約７ｍＬ～約４０ｍＬ、約７ｍＬ～約３０ｍＬ、約７ｍＬ～約２０ｍＬ、約７ｍＬ～約１０ｍＬ、約８ｍＬ～約５０ｍＬ、約８ｍＬ～約４０ｍＬ、約８ｍＬ～約３０ｍＬ、約８ｍＬ～約２０ｍＬ、約８ｍＬ～約１０ｍＬ、約９ｍＬ～約５０ｍＬ、約９ｍＬ～約４０ｍＬ、約９ｍＬ～約３０ｍＬ、約９ｍＬ～約２０ｍＬ、約９ｍＬ～約１０ｍＬ、約５ｍＬ～約１５ｍＬ、約５ｍＬ～約１４ｍＬ、約５ｍＬ～約１３ｍＬ、約５ｍＬ～約１２ｍＬ、約５ｍＬ～約１１ｍＬ、約６ｍＬ～約１５ｍＬ、約６ｍＬ～約１４ｍＬ、約６ｍＬ～約１３ｍＬ、約６ｍＬ～約１２ｍＬ、約６ｍＬ～約１１ｍＬ、約７ｍＬ～約１５ｍＬ、約７ｍＬ～約１４ｍＬ、約７ｍＬ～約１３ｍＬ、約７ｍＬ～約１２ｍＬ、約７ｍＬ～約１１ｍＬ、約８ｍＬ～約１５ｍＬ、約８ｍＬ～約１４ｍＬ、約８ｍＬ～約１３ｍＬ、約８ｍＬ～約１２ｍＬ、約８ｍＬ～約１１ｍＬ、約９ｍＬ～約１５ｍＬ、約９ｍＬ～約１４ｍＬ、約９ｍＬ～約１３ｍＬ、約９ｍＬ～約１２ｍＬ、または約９ｍＬ～約１１ｍＬの体積を有し得る。いくつかの例では、試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）は、約１０ｍＬの体積を有する。例えば、いくつかの例では、血漿試料は、１０ｍＬの体積を有する。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、本アッセイで評価された体細胞変異は各々、約０．１％以上、例えば、約０．１％以上、約０．２％以上、約０．３％以上、約０．４％以上、約０．５％以上、約０．６％以上、約０．７％以上、約０．８％以上、約０．９％以上、約１．０％以上、約１．１％以上、約１．２％以上、約１．３％以上、約１．４％以上、約１．５％以上、約１．６％以上、約１．７％以上、約１．８％以上、約１．９％以上、約２．０％以上、約２．１％以上、約２．２％以上、約２．３％以上、約２．４％以上、約２．５％以上、約２．６％以上、約２．７％以上、約２．８％以上、約２．９％以上、約３．０％以上、約３．１％以上、約３．２％以上、約３．３％以上、約３．４％以上、約３．５％以上、約３．６％以上、約３．７％以上、約３．８％以上、約３．９％以上、約４．０％以上、約４．１％以上、約４．２％以上、約４．３％以上、約４．４％以上、約４．５％以上、約４．６％以上、約４．７％以上、約４．８％以上、約４．９％以上、約５．０％以上、約６．０％以上、約７．０％以上、約８．０％以上、約９．０％以上、約１０．０％以上、約１１．０％以上、約１２．０％以上、約１３．０％以上、約１４．０％以上、約１５．０％以上約１６．０％以上、約１７．０％以上、約１８．０％以上、約１９．０％以上、約２０．０％以上、またはそれ以上の対立遺伝子頻度を有する。例えば、いくつかの実施形態では、本アッセイで評価された体細胞変異は各々、０．５％以上の対立遺伝子頻度を有する。個体由来の試料から決定されたｂＴＭＢスコアが、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える本明細書に記載の方法のうちのいずれかのいくつかの例では、本方法は、個体に、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせの有効量を投与することをさらに含み得る。いくつかの例では、個体由来の試料から決定されたｂＴＭＢスコアは、基準ｂＴＭＢスコア未満である。いくつかの例では、本方法は、個体由来の試料からＭＳＡＦを決定することをさらに含む。いくつかの例では、試料からのＭＳＡＦは、１％以上（例えば、１％以上、２％以上、３％以上、４％以上、５％以上、６％以上、７％以上、８％以上、９％以上、または１０％以上）である。いくつかの例では、試料からのＭＳＡＦは、１％未満（例えば、１％未満、０．９％以下、０．８％以下、０．７％以下、０．６％以下、０．５％以下、０．４％以下、０．３％以下、０．２％以下、または０．１％以下）である。ＭＳＡＦは、ｂＴＭＢスコアの決定前に、その決定と同時に、またはその決定後に決定され得る。
例えば、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコア、及び１％以上（例えば、１％以上、２％以上、３％以上、４％以上、５％以上、６％以上、７％以上、８％以上、９％以上、または１０％以上）のＭＳＡＦが個体由来の試料から決定された場合、本方法は、個体に、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）の有効量を投与することをさらに含み得る。基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコア、及び１％未満（例えば、１％未満、０．９％以下、０．８％以下、０．７％以下、０．６％以下、０．５％以下、０．４％以下、０．３％以下、０．２％以下、または０．１％以下）のＭＳＡＦが個体由来の試料から決定された場合、本方法は、個体に、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）の有効量を投与することをさらに含み得る。同様に、基準ｂＴＭＢスコア未満のｂＴＭＢスコア及び１％未満（例えば、１％未満、０．９％以下、０．８％以下、０．７％以下、０．６％以下、０．５％以下、０．４％以下、０．３％以下、０．２％以下、または０．１％以下）のＭＳＡＦが個体由来の試料から決定された場合、本方法は、個体に、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）の有効量を投与することをさらに含み得る。しかしながら、基準ｂＴＭＢスコア未満のｂＴＭＢスコア及び１％以上（例えば、１％以上、２％以上、３％以上、４％以上、５％以上、６％以上、７％以上、８％以上、９％以上、または１０％以上）のＭＳＡＦが個体由来の試料から決定された場合、本方法は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）以外の、またはそれに加えた抗がん療法の有効量を投与することをさらに含み得る。前述の例のうちのいずれかでは、がんは、例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍であり得る。いくつかの例では、肺癌は、局所進行性または転移性（例えば、ＩＩＩＢ期、ＩＶ期、または再発性）ＮＳＣＬＣを含むが、これらに限定されないＮＳＣＬＣであり得る。いくつかの例では、肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）は、切除不能／手術不能肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）であり得る。他の例では、肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）は、プラチナ含有レジメンでの前治療中または前治療後に進行しているかもしれない。
いくつかの例では、個体は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）でのがんの治療後に進行している。他の例では、個体は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）での治療に不適格であり得る、及び／またはがんの前治療を受けていない。いくつかの例では、個体は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストでの前治療を受けていない。
前述の方法のうちのいずれかでは、患者から得られた試料（例えば、血液試料）は、全血、血漿、血清、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの例では、試料は、アーカイブ血液試料、新鮮な血液試料、または凍結血液試料である。決定ステップは、所定の遺伝子セットに生じる体細胞変異（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異）の総数を決定して、個体由来の試料からｂＴＭＢスコアを導き出すことを含み得る。いくつかの実施形態では、体細胞変異の数は、カウントされたＳＮＶの数、またはカウントされたＳＮＶの数とインデル変異の数との合計である。
前述の例のうちのいずれかでは、基準ｂＴＭＢスコアは、がん（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、リンパ腫、骨髄腫、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍）を有する基準個体集団におけるｂＴＭＢスコアであり得、個体集団は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性と比較したＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性の有意差に基づいて、第１の個体サブセットと第２の個体サブセットとを各々有意に分ける。いくつかの例では、治療に対する応答性は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の増加及び／または全生存期間（ＯＳ）の増加である。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、事前に割り当てられたｂＴＭＢスコアであり得る。基準ｂＴＭＢスコアは、８～３０（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、及び３０）であり得る。いくつかの例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１０～２０（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。他の例では、基準ｂＴＭＢスコアは、１６～２０（例えば、１６、１７、１８、１９、または２０）であり得る。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１４以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１６以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、及び１８以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）及び１６以上のスコアの基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２０以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２１以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２２以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２３以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２４以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、基準個体集団は、黒色腫及び２５以上の基準ｂＴＭＢスコアを有する。
前述の例のうちのいずれかでは、試料からのｂＴＭＢスコアは、８以上（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、またはそれ以上）であり得る。例えば、試料からのｂＴＭＢスコアは、約８～約１００（例えば、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、及び１００）であり得る。いくつかの例では、試料からのｂＴＭＢスコアは、約４００～約１５００（例えば、約４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、または１５００のｂＴＭＢスコア）であり得る。いくつかの例では、試料からのｂＴＭＢスコアは、８未満（例えば、０、１、２、３、４、５、６、または７）であり得るか、または検出不能であり得る。
前述の例のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として表される。いくつかの実施形態では、ｂＴＭＢスコア（例えば、基準ｂＴＭＢスコア）は、例えば、全エクソーム配列決定によって決定される、同等ｂＴＭＢ値である。
いくつかの例では、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアは、基準集団において約５％以上の有病率、例えば、約５％～約７５％（例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、または７５％）の有病率を有し得る。
いくつかの例では、基準カットオフｂＴＭＢスコア以上であるｂＴＭＢスコアの有病率は、基準集団における約５％、例えば、約５％～約７５％の有病率（例えば、約５％～約１５％、約１５％～約３０％、約３０％～約４５％、約４５％～約６０％、または約６０％～７５％、例えば、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、または７５％の有病率）である。
前述の例のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約３０％未満（例えば、約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約４％未満、約３％未満、約２％未満、約１％未満、またはそれ未満）逸脱する。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約１％～約３０％（例えば、約１％～約３０％、約１％～約２５％、約１％～約２０％、約１％～約１５％、約１％～約１０％、約５％～約３０％、約５％～約２５％、約５％～約２０％、約５％～約１５％、約５％～約１０％、約１０％～約３０％、約１０％～約２５％、約１０％～約２０％、約１０％～約１５％、約１５％～約３０％、約１５％～約２５％、約１５％～約２０％、約２０％～約３０％、または約２０％～約２５％）逸脱する。いくつかの実施形態では、ゲノムまたはエクソームのサブセット（例えば、所定の遺伝子セット）における配列決定された塩基の定義された数（例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、例えば、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ））にわたってカウントされた体細胞変異の数として決定されたｂＴＭＢスコアは、全エクソーム配列決定によって決定されたｂＴＭＢスコアから約１０％～約２０％（例えば、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、または約２０％）逸脱する。
本明細書に提供される方法のうちのいずれかでは、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療からの利益は、ＯＳの増加、ＰＦＳの増加、またはＯＳ及びＰＦＳの増加である。
前述の方法のうちのいずれかでは、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、当該技術分野で既知であるか、または本明細書に記載の、例えば、以下の第ＩＶ節に記載のいずれのＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストである。
いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストからなる群から選択される。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。他の例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１への結合を阻害する。さらに他の例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＢ７－１への結合を阻害する。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１及びＢ７－１の両方への結合を阻害する。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗体である。いくつかの例では、抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。いくつかの例では、抗体は、配列番号１９のＨＶＲ－Ｈ１配列、配列番号２０のＨＶＲ－Ｈ２配列、及び配列番号２１のＨＶＲ－Ｈ３配列を含む重鎖、ならびに配列番号２２のＨＶＲ－Ｌ１配列、配列番号２３のＨＶＲ－Ｌ２配列、及び配列番号２４のＨＶＲ－Ｌ３配列を含む軽鎖を含む。いくつかの例では、抗体は、配列番号２５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域及び配列番号４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニストである。例えば、いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する。いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１への結合を阻害する。他の例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する。さらに他の例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２の両方への結合を阻害する。いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗体である。いくつかの例では、抗体は、ＭＤＸ１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ）、ＣＴ－０１１（ピディリズマブ）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ－１０８からなる群から選択される。いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、Ｆｃ融合タンパク質である。例えば、いくつかの例では、Ｆｃ融合タンパク質は、ＡＭＰ－２２４である。
さらなる態様では、本発明は、薬剤の製造または調製における免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの使用を提供する。一例では、薬剤は、がんの治療のためのものである。さらなる例では、薬剤は、がん（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）を有する個体に、薬剤の有効量を投与することを含む、がんを治療する方法に使用するためのものである。かかる一例では、本方法は、個体に、例えば、以下に記載の少なくとも１つの追加の治療薬の有効量を投与することをさらに含む。
本明細書に記載の方法で利用される組成物（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト）は、例えば、静脈内、筋肉内、皮下、皮内、経皮、動脈内、腹腔内、病巣内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、髄腔内、鼻腔内、膣内、直腸内、局所、腫瘍内、腹膜、結膜下、小胞内、粘膜、心膜内、臍帯内、眼球内、眼窩内、経口、局所、経皮、硝子体内（例えば、硝子体内注射による）、点眼薬による、吸入による、注射による、移植による、注入による、持続注入による、標的細胞を直接浸す局所灌流による、カテーテルによる、洗浄による、クリーム中に入れること、または脂質組成物中に入れることを含む、任意の好適な方法によって投与され得る。本明細書に記載の方法で利用される組成物は、全身または局所投与される場合もある。投与方法は、様々な要因（例えば、投与される化合物または組成物、及び治療される状態、疾患、または障害の重症度）によって異なり得る。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植により、吸入により、髄腔内、脳室内、または鼻腔内投与される。投薬は、投与が短期であるか長期であるかに部分的に応じて、任意の好適な経路、例えば、静脈内または皮下注射等の注射により行われ得る。単回投与または様々な時点にわたる複数回投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含むが、これらに限定されない様々な投薬スケジュールが本明細書で企図される。
本明細書に記載のＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗体、結合ポリペプチド、及び／または小分子）（任意の追加の治療薬）は、優れた医療行為と一致する様式で製剤化、投薬、及び投与され得る。これに関連して考慮すべき要因としては、治療される特定の障害、治療される特定の哺乳動物、個々の患者の臨床状態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与スケジュール、及び医療従事者に既知の他の要因が挙げられる。ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、必ずしもではないが、任意選択的に、問題になっている障害を予防または治療するために同時に使用される１つ以上の薬剤と共に製剤化される、及び／またはそれと同時に投与される。かかる他の薬剤の有効量は、薬剤中に存在するＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの量、障害または治療の種類、及び上で論じられる他の要因に依存する。これらは、通常、本明細書に記載のものと同じ投薬量及び投与経路で、または本明細書に記載の投薬量の約１～９９％で、または適切であると実験的／臨床的に決定される任意の投薬量及び任意の経路で使用される。
がん（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）の予防または治療のために、本明細書に記載の免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせの適切な投薬量は（単独で、または１つ以上の他の追加の治療薬と組み合わせて使用される場合）、治療される疾患の種類、疾患の重症度及び経過、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストが予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、以前の療法、患者の病歴及びＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストに対する応答、ならびに主治医の裁量に依存するであろう。ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、一度に、または一連の治療にわたって患者に好適に投与される。１つの典型的な１日投薬量は、上述の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇ～１００ｍｇ／ｋｇ以上の範囲であり得る。数日間またはそれ以上にわたる反復投与の場合、状態に応じて、治療は、一般に、疾患の症状の所望の抑制が生じるまで持続されるであろう。かかる用量は、（例えば、患者が、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを、例えば、約２～約２０回、または例えば約６回受けるように）例えば、毎週または３週間毎に間欠的に投与され得る。最初により高い負荷用量、続いて、１回以上のより低い用量が投与され得る。しかしながら、他の投薬量レジメンが有用であり得る。この療法の経過は、従来の技法及びアッセイによって容易に監視される。
例えば、一般的な提案として、ヒトに投与される免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト抗体、抗ＣＴＬＡ－４抗体、抗ＴＩＭ－３抗体、または抗ＬＡＧ－３抗体の治療有効量は、１回以上の投与によるかにかかわらず、約０．０１～約５０ｍｇ／患者の体重ｋｇの範囲であろう。いくつかの例では、使用される抗体は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約５ｍｇ／ｋｇ、または約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１ｍｇ／ｋｇであり、例えば、毎日、毎週、２週間毎、３週間毎、または毎月投与される。いくつかの例では、抗体は、１５ｍｇ／ｋｇで投与される。しかしながら、他の投薬量レジメンが有用であり得る。一例では、本明細書に記載の抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、２１日サイクル（３週間毎、ｑ３ｗ）の１日目に、約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１７００ｍｇ、または約１８００ｍｇの用量でヒトに投与される。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体であるＭＰＤＬ３２８０Ａは、３週間毎（ｑ３ｗ）に１２００ｍｇで静脈内投与される。この用量は、注入物等として、単回用量として、または複数回用量（例えば、２回用量または３回用量）として投与され得る。併用治療で投与される抗体の用量は、単独治療と比較して低減され得る。この療法の経過は、従来の技法によって容易に監視される。
いくつかの例では、本方法は、個体に、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト以外の、またはそれに加えた抗がん療法（例えば、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、または細胞傷害性剤）を投与することを含む。
いくつかの例では、本方法は、患者に追加の治療薬の有効量を投与することをさらに含む。いくつかの例では、追加の治療薬は、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、細胞傷害性剤、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、化学療法または化学療法剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、放射線療法剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、標的療法または標的治療薬と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、免疫療法または免疫治療薬、例えば、モノクローナル抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、追加の治療薬は、共刺激分子に対して指向されるアゴニストである。いくつかの例では、追加の治療薬は、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニストである。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、単剤療法として投与される。
上述のかかる併用療法は、併用投与（２つ以上の治療薬が同じまたは別個の製剤中に含まれる）、及び別個の投与（この場合、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの投与は、追加の治療薬（複数可）の投与前に、その投与と同時に、及び／またはその投与後に起こり得る）を包含する。一例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの投与及び追加の治療薬の投与は、互いに約１ヵ月以内、または約１、２、もしくは３週間以内、または約１、２、３、４、５、もしくは６日以内に起こる。
理論に縛られることを望むことなく、共刺激分子を促進するか、または共阻害分子を阻害することによってＴ細胞刺激を増強することにより、腫瘍細胞死が促進され、それにより、がんを治療するか、またはその進行を遅延させることができると考えられる。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、共刺激分子に対して指向されるアゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、共刺激分子は、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、またはＣＤ１２７を含み得る。いくつかの例では、共刺激分子に対して指向されるアゴニストは、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、またはＣＤ１２７に結合するアゴニスト抗体である。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、共阻害分子は、ＣＴＬＡ－４（別名、ＣＤ１５２）、ＴＩＭ－３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ－３、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、またはアルギナーゼを含み得る。いくつかの例では、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニストは、ＣＴＬＡ－４、ＴＩＭ－３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ－３、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、またはアルギナーゼに結合するアンタゴニスト抗体である。
いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＴＬＡ－４（別名、ＣＤ１５２）に対して指向されるアンタゴニスト、例えば、遮断抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、イピリムマブ（別名、ＭＤＸ－０１０、ＭＤＸ－１０１、またはＹＥＲＶＯＹ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、トレメリムマブ（別名、チシリムマブまたはＣＰ－６７５，２０６）と併せて投与され得る。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、Ｂ７－Ｈ３（別名、ＣＤ２７６）に対して指向されるアンタゴニスト、例えば、遮断抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＭＧＡ２７１と併せて投与され得る。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＴＧＦ－ベータに対して指向されるアンタゴニスト、例えば、メテリムマブ（別名、ＣＡＴ－１９２）、フレソリムマブ（別名、ＧＣ１００８）、またはＬＹ２１５７２９９と併せて投与され得る。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するＴ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞またはＣＴＬ）の養子移入を含む治療と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ドミナントネガティブＴＧＦベータ受容体、例えば、ドミナントネガティブＴＧＦベータＩＩ型受容体を含むＴ細胞の養子移入を含む治療と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＨＥＲＣＲＥＥＭプロトコル（例えば、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ ＮＣＴ００８８９９５４）を含む治療と併せて投与され得る。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＤ１３７（別名、ＴＮＦＲＳＦ９、４－１ＢＢ、またはＩＬＡ）に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ウレルマブ（別名、ＢＭＳ－６６３５１３）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＤ４０に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＰ－８７０８９３と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＯＸ４０（別名、ＣＤ１３４）に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、抗ＯＸ４０抗体（例えば、ＡｇｏｎＯＸ）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＤ２７に対して指向されるアゴニスト、例えば、活性化抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＤＸ－１１２７と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、インドールアミン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）に対して指向されるアンタゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、ＩＤＯアンタゴニストは、１－メチル－Ｄ－トリプトファン（別名、１－Ｄ－ＭＴ）を有する。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、抗体薬物コンジュゲートと併せて投与され得る。いくつかの例では、抗体薬物コンジュゲートは、メルタンシンまたはモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）を含む。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、抗ＮａＰｉ２ｂ抗体－ＭＭＡＥコンジュゲート（別名、ＤＮＩＢ０６００ＡまたはＲＧ７５９９）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、トラスツズマブエムタンシン（別名、Ｔ－ＤＭ１、アド－トラスツズマブエムタンシン、またはＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＤＭＵＣ５７５４Ａと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、エンドセリンＢ受容体（ＥＤＮＢＲ）を標的とする抗体薬物コンジュゲート、例えば、ＭＭＡＥとコンジュゲートされたＥＤＮＢＲに対して指向される抗体と併せて投与され得る。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、抗血管新生剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＶＥＧＦ、例えば、ＶＥＧＦ－Ａに対して指向される抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ベバシズマブ（別名、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、アンジオポイエチン２（別名、Ａｎｇ２）に対して指向される抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＭＥＤＩ３６１７と併せて投与され得る。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、抗腫瘍剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＳＦ－１Ｒ（別名、Ｍ－ＣＳＦＲまたはＣＤ１１５）を標的とする薬剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、抗ＣＳＦ－１Ｒ（別名、ＩＭＣ－ＣＳ４）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、インターフェロン、例えば、インターフェロンアルファまたはインターフェロンガンマと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、Ｒｏｆｅｒｏｎ－Ａ（別名、組換えインターフェロンアルファ－２ａ）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＧＭ－ＣＳＦ（別名、組換えヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ｒｈｕ ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム、またはＬＥＵＫＩＮＥ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－２（別名、アルデスロイキンまたはＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－１２と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＤ２０を標的とする抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、ＣＤ２０を標的とする抗体は、オビヌツズマブ（別名、ＧＡ１０１またはＧＡＺＹＶＡ（登録商標））またはリツキシマブである。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＧＩＴＲを標的とする抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、ＧＩＴＲを標的とする抗体は、ＴＲＸ５１８である。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、がんワクチンと併せて投与され得る。いくつかの例では、がんワクチンは、ペプチドがんワクチンであり、いくつかの例では、個別化されたペプチドワクチンである。いくつかの例では、ペプチドがんワクチンは、多価長ペプチド、多ペプチド、ペプチドカクテル、ハイブリッドペプチド、またはペプチドパルス樹状細胞ワクチンである（例えば、Ｙａｍａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ．１０４：１４－２１，２０１３を参照のこと）。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、アジュバントと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＴＬＲアゴニスト、例えば、Ｐｏｌｙ－ＩＣＬＣ（別名、ＨＩＬＴＯＮＯＬ（登録商標））、ＬＰＳ、ＭＰＬ、またはＣｐＧ ＯＤＮを含む治療と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）アルファと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－１と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＨＭＧＢ１と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－１０アンタゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－４アンタゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－１３アンタゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＨＶＥＭアンタゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＣＯＳアゴニスト（例えば、ＩＣＯＳ－Ｌの投与による）、またはＩＣＯＳに対して指向されるアゴニスト抗体と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＸ３ＣＬ１を標的とする治療と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＸＣＬ９を標的とする治療と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＸＣＬ１０を標的とする治療と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＣＣＬ５を標的とする治療と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＬＦＡ－１またはＩＣＡＭ１アゴニストと併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、セレクチンアゴニストと併せて投与され得る。
いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、標的療法と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、Ｂ－Ｒａｆ阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ベムラフェニブ（別名、ＺＥＬＢＯＲＡＦ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ダブラフェニブ（別名、ＴＡＦＩＮＬＡＲ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、エルロチニブ（別名、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＭＥＫ１（別名、ＭＡＰ２Ｋ１）またはＭＥＫ２（別名、ＭＡＰ２Ｋ２）等のＭＥＫの阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、コビメチニブ（別名、ＧＤＣ－０９７３またはＸＬ－５１８）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、トラメチニブ（別名、ＭＥＫＩＮＩＳＴ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、Ｋ－Ｒａｓ阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、オナルツズマブ（別名、ＭｅｔＭＡｂ）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、Ａｌｋ阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＡＦ８０２（別名、ＣＨ５４２４８０２またはアレクチニブ）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ホスファチジルイノシトール３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＢＫＭ１２０と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、イデラリシブ（別名、ＧＳ－１１０１またはＣＡＬ－１０１）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ペリホシン（別名、ＫＲＸ－０４０１）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、Ａｋｔ阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＭＫ２２０６と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＧＳＫ６９０６９３と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＧＤＣ－０９４１と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ｍＴＯＲ阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、シロリムス（別名、ラパマイシン）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、テムシロリムス（別名、ＣＣＩ－７７９またはＴＯＲＩＳＥＬ（登録商標））と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、エベロリムス（別名、ＲＡＤ００１）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、リダフォロリムス（別名、ＡＰ－２３５７３、ＭＫ－８６６９、またはデフォロリムス）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＯＳＩ－０２７と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＡＺＤ８０５５と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＩＮＫ１２８と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、二重ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ阻害剤と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＸＬ７６５と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＧＤＣ－０９８０と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＢＥＺ２３５（別名、ＮＶＰ－ＢＥＺ２３５）と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＢＧＴ２２６と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＧＳＫ２１２６４５８と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＦ－０４６９１５０２と併せて投与され得る。いくつかの例では、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＦ－０５２１２３８４（別名、ＰＫＩ－５８７）と併せて投与され得る。
Ｃ．ＭＳＡＦの検出方法及びアッセイ
いくつかの態様では、対象由来の試料におけるＭＳＡＦを評価する方法が本明細書に提供される。本方法は、例えば、ａ）対象由来のサブゲノム区間（例えば、コーディングサブゲノム区間）のセットの配列、例えば、ヌクレオチド配列を提供することであって、サブゲノム区間が所定の遺伝子セットからのものである、該配列を提供することと、ｂ）ＭＳＡＦの値を決定することであって、この値が、サブゲノム区間セット内の対立遺伝子、すなわち、体細胞改変を有するサブゲノム区間のバリアントの頻度の関数である、該値を決定することと、を含む。
いくつかの実施形態では、この値は、分率またはパーセンテージとして表される、約４０％未満（例えば、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、または１％未満）の、試料から検出される対立遺伝子、例えば、体細胞改変（例えば、コーディング領域における塩基置換及び／またはコーディング領域におけるインデル変異）を有するサブゲノム区間（例えば、遺伝子）のバリアントの最大頻度として表される。
いくつかの実施形態では、この値は、サブゲノム区間にアラインされた全リードに対して体細胞改変を示す配列リードの数を割ることによって、例えば、ヒトゲノムの特定の領域にアラインされた全リードに対して体細胞変異を示す配列リードの数を割ることによって決定される。いくつかの実施形態では、この値は、４０％超（例えば、４０％超、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、または１００％）の頻度を除外する。いくつかの実施形態では、この値は、試料における２０％以上の頻度を除外する。いくつかの実施形態では、この値は、試料における約２０％未満の最大体細胞対立遺伝子頻度から導き出される。
いくつかの実施形態では、この値は、その対立遺伝子を保有する対象由来の試料中の全てのｃｆＤＮＡの分率である。いくつかの実施形態では、この値は、その対立遺伝子を保有する対象由来の試料中のｃｔＤＮＡの分率である。いくつかの実施形態では、この値は、試料中の腫瘍含有量の総量を推定するために使用される。
いくつかの実施形態では、本方法は、試料から検出された各体細胞改変の対立遺伝子頻度を決定することを含む。例えば、複数の体細胞改変を有する試料は、恐らく、がん（例えば、腫瘍）におけるそれらの本来のクローン頻度に応じて、体細胞対立遺伝子頻度の分布としてそれらの改変を提示し得る。
いくつかの実施形態では、この値は、所定の遺伝子セット、例えば、所定の遺伝子セットのコーディング領域の関数として表される。他の実施形態では、この値は、配列決定されたサブゲノム区間、例えば、配列決定されたコーディングサブゲノム区間の関数として表される。
ある特定の実施形態では、所定の遺伝子セットは、全ゲノムまたは全エクソームを含まない。他の実施形態では、サブゲノム区間セットは、全ゲノムまたは全エクソームを含まない。
いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セットは、複数の遺伝子を含み、これらは、変異体形態で、細胞分裂、成長、または生存への影響に関連するか、またはがんに関連する。いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セットは、少なくとも約５０個以上、約１００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上、約３５０個以上、約４００個以上、約４５０個以上、または約５００個以上の遺伝子を含む。
ある特定の実施形態では、この値は、所定の遺伝子セットの事前選択された数の位置、例えば、所定の遺伝子セットのコーディング領域における体細胞改変の頻度の関数として表される。他の実施形態では、この値は、配列決定されたサブゲノム区間（例えば、コーディングサブゲノム区間）の事前選択された数の位置における体細胞改変の頻度の関数として表される。いくつかの実施形態では、この値は、ゲノムのより大きい部分、例えば、全エクソームまたは全ゲノムに外挿される。
ある特定の実施形態では、この値は、サブゲノム区間における機能的改変及び／またはサブゲノム区間における生殖系列改変の頻度を除外する。
いくつかの実施形態では、機能的改変は、機能的改変のデータベース、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベース（ｃａｎｃｅｒ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｃｏｓｍｉｃ；Ｆｏｒｂｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０１５；４３（Ｄ１）：Ｄ８０５－Ｄ８１１）に含まれるようなものと特定される。いくつかの実施形態では、機能的改変は、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースにおいて既知の体細胞改変として起こる既知の機能的状態を有する改変である。いくつかの実施形態では、機能的改変は、機能的である可能性が高い状態、例えば、腫瘍抑制因子遺伝子における切断を有する改変である。いくつかの実施形態では、機能的改変は、ドライバー変異、例えば、細胞生存または繁殖を増大させること等によって、その微小環境においてクローンに選択的優位性を与える改変である。いくつかの実施形態では、機能的改変は、クローン増殖を引き起こすことができる改変である。いくつかの実施形態では、機能的改変は、（ａ）増殖シグナルにおける自給自足、（ｂ）抗成長シグナルの低下、例えば、それに対する非感受性、（ｃ）アポトーシスの低下、（ｄ）複製能の増加、（ｅ）持続的血管新生、または（ｆ）組織浸潤もしくは転移のうちの１つ以上を引き起こすことができる改変である。いくつかの実施形態では、機能的改変は、パッセンジャー変異ではなく、例えば、クローンの適応度に検出可能な影響を及ぼす改変である。いくつかの実施形態では、機能的改変は、意義不明のバリアント（ＶＵＳ）ではなく、例えば、その病原性を確認も排除もすることができない改変ではない。
いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セット内の事前選択された遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子）における複数（例えば、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、または７５％以上）の機能的改変が除外される。いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セット内の事前選択された遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子）における全ての機能的改変が除外される。いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セット内の複数の事前選択された遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子）における複数の機能的改変が除外される。いくつかの実施形態では、所定の遺伝子セット内の全ての遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子）における全ての機能的改変が除外される。
いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）、塩基置換、インデル、またはサイレント変異（例えば、同義変異）である。
いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、一致した正常な配列との比較を使用しない方法の使用によって除外される。いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、ＳＧＺアルゴリズム（例えば、ＷＯ２０１４／１８３０７８に記載されるもの）の使用を含む方法によって除外される。いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、生殖系列改変のデータベース、例えば、ｄｂＳＮＰデータベース（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ；Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２００１；２９（１）：３０８－３１１）に含まれるようなものと特定される。いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、ＥｘＡＣデータベース（ｅｘａｃ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ；Ｅｘｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ ｅｔ ａｌ．“Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｉｎ ６０，７０６ ｈｕｍａｎｓ，”ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ．Ｏｃｔｏｂｅｒ ３０，２０１５）の２つ以上のカウントに含まれるようなものと特定される。いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、１０００ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔデータベース（ｗｗｗ．１０００ｇｅｎｏｍｅｓ．ｏｒｇ；ＭｃＶｅａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１２；４９１，５６－６５）に含まれるようなものと特定される。いくつかの実施形態では、生殖系列改変は、ＥＳＰデータベース（Ｅｘｏｍｅ Ｖａｒｉａｎｔ Ｓｅｒｖｅｒ，ＮＨＬＢＩ ＧＯ Ｅｘｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＥＳＰ），Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ（ｅｖｓ．ｇｓ．ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ．ｅｄｕ／ＥＶＳ／）に含まれるようなものと特定される。
いくつかの実施形態では、体細胞改変は、サイレント変異、例えば、同義改変である。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、パッセンジャー変異、例えば、クローンの適応度に検出可能な影響を及ぼさない改変である。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、意義不明のバリアント（ＶＵＳ）であり、例えば、その病原性を確認も排除もすることができない改変である。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、点変異である。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、短いバリアント（例えば、短いコーディングバリアント）、例えば、塩基置換、インデル、挿入、または欠失である。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、非同義単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）である。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、スプライスバリアントである。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、がん表現型に関連するものと特定されていない。いくつかの実施形態では、体細胞改変は、再編成以外、例えば、転座以外である。
いくつかの実施形態では、試料は、１つ以上の前悪性もしくは悪性細胞；固形腫瘍、軟部組織腫瘍、もしくは転移性病巣由来の細胞；切除縁由来の組織もしくは細胞；組織学的に正常な組織；１つ以上の循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）；正常隣接組織（ＮＡＴ）；またはＦＦＰＥ試料を含む。
いくつかの実施形態では、試料は、血液試料である。いくつかの実施形態では、対象から得られた試料（例えば、血液試料）は、全血、血漿、血清、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、試料は、アーカイブ血液試料、新鮮な血液試料、または凍結血液試料である。いくつかの実施形態では、試料は、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）及び／または循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、試料は、固形腫瘍、血液癌、またはそれらからの転移形態を有する患者から得られる。
ある特定の実施形態では、試料は、がんを有する対象、または療法を受けているか、または療法を受けていたことがある対象由来である。
いくつかの実施形態では、試料は、例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍から選択されるがんを有する対象から得られる。
いくつかの実施形態では、対象は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）でのがんの治療後に進行している。他の実施形態では、対象は、プラチナ含有レジメン（例えば、プラチナベースの化学療法剤を含むレジメン、例えば、シスプラチンベースの化学療法を含むレジメン）でのがんの治療に不適格であり得る、及び／またはがんの前治療を受けていない。いくつかの実施形態では、対象は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストでの前治療を受けていない。前述の方法のうちのいずれかでは、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、当該技術分野で既知であるか、または本明細書に記載の、例えば、以下の第ＩＶ節に記載のいずれのＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストであり得る。
いくつかの実施形態では、ＭＳＡＦ値は、ｂＴＭＢスコアとは無関係に試料から得られる。いくつかの実施形態では、ＭＳＡＦ値の決定は、試料からのｂＴＭＢスコアの決定前に、その決定と同時に、またはその決定後に起こる。
いくつかの実施形態では、本方法は、試料から複数の核酸を含むライブラリを取得することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、ライブラリをベイトセットと接触させて、選択された核酸を提供することをさらに含み、前記ベイトセットは、核酸とハイブリダイズし、それにより、ライブラリキャッチを提供する。
いくつかの実施形態では、本方法は、上記ライブラリまたはライブラリキャッチ由来の核酸から体細胞改変を含むサブゲノム区間のリードを取得し、それにより、例えば、次世代配列決定法によってサブゲノム区間のリードを取得することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、アライメント法によって前記リードをアラインすることをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、上記リードから事前選択されたヌクレオチド位置にヌクレオチド値を割り当てることをさらに含む。いくつかの実施形態では、サブゲノム区間のリードの取得は、少なくとも約５０個以上、約１００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上の遺伝子または遺伝子産物からサブゲノム区間を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、サブゲノム区間のリードの取得は、約２５０×超、約５００×超、または約１，０００×超の平均固有カバレッジで配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、サブゲノム区間のリードの取得は、配列決定される遺伝子（例えば、エクソン）の９５％超、約９７％超、または約９９％超で、約２５０×超、約５００×超、または約１，０００×超の平均固有カバレッジで配列決定することを含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、ＭＳＡＦの評価に応じて試料または試料が由来する対象を分類することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、本方法は、患者、または別の者もしくは実体、介護者、医師、がん専門医、病院、診療所、第三者支払人、保険会社、製薬会社もしくは生物工学会社、または官庁に対して、報告書、例えば、電子報告書、ウェブベース報告書、または書面報告書を作成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、報告書は、ＭＳＡＦの評価を含む本方法からの結果を含む。
Ｄ．ｔＴＭＢスコアを決定する方法
前述の方法のうちのいずれかは、個体由来の腫瘍試料からｔＴＭＢスコアを決定することをさらに含み得る。ｔＴＭＢスコアは、いずれも全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際特許出願公開第ＷＯ２０１７／１５１５２４号または国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０５５６６９号に記載の任意のアプローチを使用して決定され得る。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、個体を、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む治療から利益を享受し得る者と特定する。いくつかの実施形態では、腫瘍試料から決定されたｔＴＭＢスコアは、基準ｔＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える。いくつかの実施形態では、腫瘍試料から決定されたｔＴＭＢスコアは、基準ｔＴＭＢ未満である。前述の態様のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、がんを有する基準個体集団におけるｔＴＭＢスコアであり、個体集団は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）または共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、またはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））を含まない。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、がんを有する基準個体集団におけるｔＴＭＢスコアであり、個体集団は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第１の個体サブセット及び非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含まない。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、非ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性と比較したＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト療法での治療に対する応答性の有意差に基づいて、第１の個体サブセットと第２の個体サブセットとを各々有意に分ける。いくつかの実施形態では、治療に対する応答性は、ＰＦＳの増加、ＯＳの増加、及び／または全奏効率（ＯＲＲ）の増加である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、基準レベルの体細胞変異と比較して増加したレベルの体細胞変異を有すると決定されている。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、表１に記載の少なくとも１つの遺伝子における基準レベルの体細胞変異と比較して表１に記載の少なくとも１つの遺伝子における増加したレベルの体細胞変異を有すると決定されている。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、タンパク質改変体細胞変異である。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、置換、欠失、及び／または挿入である。いくつかの実施形態では、置換、欠失、及び／または挿入は、コーディング領域にある。いくつかの実施形態では、欠失及び／または挿入は、インデルである。
前述の方法のうちのいずれかでは、いくつかの例では、基準ｔＴＭＢスコアは、事前に割り当てられたｔＴＭＢスコアである。いくつかの例では、基準ｔＴＭＢスコアは、１Ｍｂ当たり約５～約１００の変異（ｍｕｔ／Ｍｂ）、例えば、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約５１、約５２、約５３、約５４、約５５、約５６、約５７、約５８、約５９、約６０、約６１、約６２、約６３、約６４、約６５、約６６、約６７、約６８、約６９、約７０、約７１、約７２、約７３、約７４、約７５、約７６、約７７、約７８、約７９、約８０、約８１、約８２、約８３、約８４、約８５、約８６、約８７、約８８、約８９、約９０、約９１、約９２、約９３、約９４、約９５、約９６、約９７、約９８、約９９、または約１００ｍｕｔ／Ｍｂである。例えば、いくつかの例では、基準ｔＴＭＢスコアは、約８～約３０ｍｕｔ／Ｍｂ（例えば、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、または約３０ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの例では、基準ｔＴＭＢスコアは、約１０～約２０ｍｕｔ／Ｍｂ（例えば、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、または約２０ｍｕｔ／Ｍｂ）である。具体的な例では、基準ｔＴＭＢスコアは、１０ｍｕｔ／Ｍｂ、１６ｍｕｔ／Ｍｂ、または２０ｍｕｔ／Ｍｂであり得る。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの例では、患者由来の腫瘍試料は、約５ｍｕｔ／Ｍｂ以上のｔＴＭＢスコアを有する。例えば、いくつかの例では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約５～約１００ｍｕｔ／Ｍｂ（例えば、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約５１、約５２、約５３、約５４、約５５、約５６、約５７、約５８、約５９、約６０、約６１、約６２、約６３、約６４、約６５、約６６、約６７、約６８、約６９、約７０、約７１、約７２、約７３、約７４、約７５、約７６、約７７、約７８、約７９、約８０、約８１、約８２、約８３、約８４、約８５、約８６、約８７、約８８、約８９、約９０、約９１、約９２、約９３、約９４、約９５、約９６、約９７、約９８、約９９、または約１００ｍｕｔ／Ｍｂ）である。いくつかの例では、患者由来の腫瘍試料は、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、または約５０ｍｕｔ／Ｍｂ以上のｔＴＭＢスコアを有する。例えば、いくつかの例では、患者由来の腫瘍試料は、約１０ｍｕｔ／Ｍｂ以上のｔＴＭＢスコアを有する。いくつかの実施形態では、基準ｔＴＭＢスコアは、１０ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの例では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約１０～１００ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの例では、腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアは、約１０～２０ｍｕｔ／Ｍｂである。いくつかの例では、患者由来の腫瘍試料は、約１６ｍｕｔ／Ｍｂ以上のｔＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、患者由来の腫瘍試料は、約１６ｍｕｔ／Ｍｂ以上のｔＴＭＢスコアを有し、基準ｔＴＭＢスコアは、１６ｍｕｔ／Ｍｂである。他の例では、患者由来の腫瘍試料は、約２０ｍｕｔ／Ｍｂ以上のｔＴＭＢスコアを有する。いくつかの例では、患者由来の腫瘍試料は、約２０ｍｕｔ／Ｍｂ以上のｔＴＭＢスコアを有し、基準ｔＴＭＢスコアは、約２０ｍｕｔ／Ｍｂである。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの例では、ｔＴＭＢスコアまたは基準ｔＴＭＢスコアは、配列決定された塩基の定義された数当たりのカウントされた体細胞変異の数として表される。例えば、いくつかの例では、配列決定された塩基の定義された数は、約１００ｋｂ～約１０Ｍｂである。いくつかの例では、配列決定された塩基の定義された数は、例えば、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）パネルによって評価される、約１．１Ｍｂ（例えば、約１．１２５Ｍｂ）である。いくつかの例では、ｔＴＭＢスコアまたは基準ｔＴＭＢスコアは、同等ｔＴＭＢ値である。いくつかの例では、同等ｔＴＭＢ値は、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）によって決定される。前述の方法のうちのいずれかでは、決定されたｔＴＭＢスコアは、表１に列記される遺伝子において検出された体細胞変異及び／または再編成のレベルの反映であり得る。いくつかの例では、治療（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療）に対する応答性を予測するｔＴＭＢスコアは、少なくとも約５ｍｕｔ／Ｍｂ以上（例えば、約５ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約６ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約７ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約８ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約９ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１０ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１１ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１２ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１３ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１４ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１５ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１６ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１７ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１８ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１９ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約２０ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約２５ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約３０ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約３５ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約４０ｍｕｔ／Ｍｂ以上、及び約５０ｍｕｔ／Ｍｂ以上）であると決定されている（または決定される）。いくつかの例では、治療（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療）に対する応答性を予測するｔＴＭＢスコアは、約７変異／Ｍｂ～約２０変異／Ｍｂであり得る。いくつかの例では、治療に対する応答性を予測するｔＴＭＢスコアは、約１０変異／Ｍｂ～約１５変異／Ｍｂであり得る。いくつかの例では、治療に対する応答性を予測するｔＴＭＢスコアは、約１１変異／Ｍｂ～約１３変異／Ｍｂであり得る。いくつかの例では、治療に対する応答性を予測するｔＴＭＢスコアは、約１２．５変異／Ｍｂであり得る。他の例では、治療に対する応答性を予測するｔＴＭＢスコアは、約１０ｍｕｔ／Ｍｂ以上、例えば、約１０ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１１ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１２ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１３ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１４ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１５ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１６ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１７ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１８ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約１９ｍｕｔ／Ｍｂ以上、約２０ｍｕｔ／Ｍｂ以上であり得る。
Ｅ．ＰＤ－Ｌ１発現を決定する方法
前述の方法のうちのいずれかは、個体から得られた試料（例えば、腫瘍試料）におけるＰＤ－Ｌ１発現レベルを決定することを含み得る。ＰＤ－Ｌ１発現レベルを決定するための任意の好適なアプローチ、例えば、免疫組織化学（ＩＨＣ）が使用され得る。例示的なＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣアッセイが、例えば、実施例１に記載されており、他のアッセイは、当該技術分野で既知である。
いくつかの実施形態では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約１％未満において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約１％以上（例えば、約１％以上、２％以上、３％以上、５％以上、６％以上、７％以上、８％以上、９％以上、１０％以上、１１％以上、１２％以上、１３％以上、１４％以上、１５％以上、１６％以上、１７％以上，１８％以上、１９％以上、２０％以上、２１％以上、２２％以上、２３％以上、２４％以上、２５％以上、２６％以上、２７％以上、２８％以上、２９％以上、３０％以上、３１％以上、３２％以上、３３％以上、３４％以上、３５％以上、３６％以上、３７％以上、３８％以上、３９％以上、４０％以上、４１％以上、４２％以上、４３％以上、４４％以上、４５％以上、４６％以上、４７％以上、４８％以上、４９％以上、５０％以上、５１％以上、５２％以上、５３％以上、５４％以上、５５％以上、５６％以上、５７％以上、５８％以上、５９％以上、６０％以上、６１％以上、６２％以上、６３％以上、６４％以上、６５％以上、６６％以上、６７％以上、６８％以上、６９％以上、７０％以上、７１％以上、７２％以上、７３％以上、７４％以上、７５％以上、７６％以上、７７％以上、７８％以上、７９％以上、８０％以上、８１％以上、８２％以上、８３％以上、８４％以上、８５％以上、８６％以上、８７％以上、８８％以上、８９％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約１％～約５％未満（例えば、１％～４．９％、１％～４．５％、１％～４％、１％～３．５％、１％～３％、１％～２．５％、または１％～２％）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約５％以上において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約５％～５０％未満（例えば、５％～４９．５％、５％～４５％、５％～４０％、５％～３５％、５％～３０％、５％～２５％、５％～２０％、５％～１５％、５％～１０％、５％～９％、５％～８％、５％～７％、５％～６％、１０％～４９．５％、１０％～４０％、１０％～３５％、１０％～３０％、１０％～２５％、１０％～２０％、１０％～１５％、１５％～４９．５％、１５％～４５％、１５％～４０％、１５％～３５％、１５％～３０％、１５％～３０％、１５％～２５％、１５％～２０％、２０％～４９．５％、２０％～４５％、２０％～４０％、２０％～３５％、２０％～３０％、２０％～２５％、２５％～４９．５％、２５％～４５％、２５％～４０％、２５％～３５％、２５％～３０％、３０％～４９．５％、３０％～４５％、３０％～４０％、３０％～３５％、３５％～４９．５％、３５％～４５％、３５％～４０％、４０％～４９．５％、４０％～４５％、または４５％～４９．５％）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
さらに他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約５０％以上（例えば、約５０％以上、５１％以上、５２％以上、５３％以上、５４％以上、５５％以上、５６％以上、５７％以上、５８％以上、５９％以上、６０％以上、６１％以上、６２％以上、６３％以上、６４％以上、６５％以上、６６％以上、６７％以上、６８％以上、６９％以上、７０％以上、７１％以上、７２％以上、７３％以上、７４％以上、７５％以上、７６％以上、７７％以上、７８％以上、７９％以上、８０％以上、８１％以上、８２％以上、８３％以上、８４％以上、８５％以上、８６％以上、８７％以上、８８％以上、８９％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。いくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約５０％～約９９％（例えば、５０％～９９％、５０％～９５％、５０％～９０％、５０％～８５％、５０％～８０％、５０％～７５％、５０％～７０％、５０％～６５％、５０％～６０％、５０％～５５％、５５％～９９％、５５％～９５％、５５％～９０％、５５％～８５％、５５％～８０％、５５％～７５％、５５％～７０％、５５％～６５％、５５％～６０％、６０％～９９％、６０％～９５％、６０％～９０％、６０％～８５％、６０％～８０％、６０％～７５％、６０％～７０％、６０％～６５％、６５％～９９％、６５％～９５％、６５％～９０％、６５％～８５％、６５％～８０％、６５％～７５％、６５％～７０％、７０％～９９％、７０％～９５％、７０％～９０％、７０％～８５％、７０％～８０％、７０％～７５％、７５％～９９％、７５％～９５％、７５％～９０％、７５％～８５％、７５％～８０％、８０％～９９％、８０％～９５％、８０％～９０％、８０％～８５％、８５％～９９％、８５％～９５％、８５％～９０％、９０％～９９％、または９０％～９５％）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の約１％未満に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の約１％以上（例えば、約１％以上、２％以上、３％以上、５％以上、６％以上、７％以上、８％以上、９％以上、１０％以上、１１％以上、１２％以上、１３％以上、１４％以上、１５％以上、１６％以上、１７％以上，１８％以上、１９％以上、２０％以上、２１％以上、２２％以上、２３％以上、２４％以上、２５％以上、２６％以上、２７％以上、２８％以上、２９％以上、３０％以上、３１％以上、３２％以上、３３％以上、３４％以上、３５％以上、３６％以上、３７％以上、３８％以上、３９％以上、４０％以上、４１％以上、４２％以上、４３％以上、４４％以上、４５％以上、４６％以上、４７％以上、４８％以上、４９％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９６％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上、または１００％）に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の約１％～約５％未満（例えば、１％～４．９％、１％～４．５％、１％～４％、１％～３．５％、１％～３％、１％～２．５％、または１％～２％）に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍浸潤免疫細胞の約１％未満において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍浸潤免疫細胞において約１％以上（例えば、約１％以上、２％以上、３％以上、５％以上、６％以上、７％以上、８％以上、９％以上、１０％以上、１１％以上、１２％以上、１３％以上、１４％以上、１５％以上、１６％以上、１７％以上，１８％以上、１９％以上、２０％以上、２１％以上、２２％以上、２３％以上、２４％以上、２５％以上、２６％以上、２７％以上、２８％以上、２９％以上、３０％以上、３１％以上、３２％以上、３３％以上、３４％以上、３５％以上、３６％以上、３７％以上、３８％以上、３９％以上、４０％以上、４１％以上、４２％以上、４３％以上、４４％以上、４５％以上、４６％以上、４７％以上、４８％以上、４９％以上、約５０％以上、約６０％以上、約７０％以上、約８０％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９６％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上、または１００％）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍浸潤免疫細胞の約１％～約５％未満（例えば、１％～４．９％、１％～４．５％、１％～４％、１％～３．５％、１％～３％、１％～２．５％、または１％～２％）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の約５％以上に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の約５％～約１０％未満（例えば、５％～９．５％、５％～９％、５％～８．５％、５％～８％、５％～７．５％、５％～７％、５％～６．５％、５％～６％、５％～５．５％、６％～９．５％、６％～９％、６％～８．５％、６％～８％、６％～７．５％、６％～７％、６％～６．５％、７％～９．５％、７％～９％、７％～７．５％、８％～９．５％、８％～９％、または８％～８．５％）に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
さらに他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍浸潤免疫細胞の約５％以上において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。例えば、いくつかの例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍浸潤免疫細胞の約５％～約１０％未満（例えば、５％～９．５％、５％～９％、５％～８．５％、５％～８％、５％～７．５％、５％～７％、５％～６．５％、５％～６％、５％～５．５％、６％～９．５％、６％～９％、６％～８．５％、６％～８％、６％～７．５％、６％～７％、６％～６．５％、７％～９．５％、７％～９％、７％～７．５％、８％～９．５％、８％～９％、または８％～８．５％）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
なおさらなる例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料の約１０％以上（例えば、１０％以上、１１％以上、１２％以上、１３％以上、１４％以上、１５％以上、１６％以上、１７％以上，１８％以上、１９％以上、２０％以上、２１％以上、２２％以上、２３％以上、２４％以上、２５％以上、２６％以上、２７％以上、２８％以上、２９％以上、３０％以上、３１％以上、３２％以上、３３％以上、３４％以上、３５％以上、３６％以上、３７％以上、３８％以上、３９％以上、４０％以上、４１％以上、４２％以上、４３％以上、４４％以上、４５％以上、４６％以上、４７％以上、４８％以上、４９％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上、または１００％）に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
なおさらなる例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍浸潤免疫細胞の約１０％以上（例えば、１０％以上、１１％以上、１２％以上、１３％以上、１４％以上、１５％以上、１６％以上、１７％以上、１８％以上、１９％以上、２０％以上、２１％以上、２２％以上、２３％以上、２４％以上、２５％以上、２６％以上、２７％以上、２８％以上、２９％以上、３０％以上、３１％以上、３２％以上、３３％以上、３４％以上、３５％以上、３６％以上、３７％以上、３８％以上、３９％以上、４０％以上、４１％以上、４２％以上、４３％以上、４４％以上、４５％以上、４６％以上、４７％以上、４８％以上、４９％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上、または１００％）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
さらに他の例では、患者から得られた腫瘍試料は、腫瘍試料中の腫瘍細胞の約５０％以上（例えば、約５０％以上、５１％以上、５２％以上、５３％以上、５４％以上、５５％以上、５６％以上、５７％以上、５８％以上、５９％以上、６０％以上、６１％以上、６２％以上、６３％以上、６４％以上、６５％以上、６６％以上、６７％以上、６８％以上、６９％以上、７０％以上、７１％以上、７２％以上、７３％以上、７４％以上、７５％以上、７６％以上、７７％以上、７８％以上、７９％以上、８０％以上、８１％以上、８２％以上、８３％以上、８４％以上、８５％以上、８６％以上、８７％以上、８８％以上、８９％以上、９０％以上、９１％以上、９２％以上、９３％以上、９４％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上）において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有する、及び／または腫瘍試料の約１０％以上（例えば、１０％以上、１１％以上、１２％以上、１３％以上、１４％以上、１５％以上、１６％以上、１７％以上，１８％以上、１９％以上、２０％以上、２１％以上、２２％以上、２３％以上、２４％以上、２５％以上、２６％以上、２７％以上、２８％以上、２９％以上、３０％以上、３１％以上、３２％以上、３３％以上、３４％以上、３５％以上、３６％以上、３７％以上、３８％以上、３９％以上、４０％以上、４１％以上、４２％以上、４３％以上、４４％以上、４５％以上、４６％以上、４７％以上、４８％以上、４９％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上、または１００％）に含まれる腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定されている。
前述の方法のうちのいずれかでは、腫瘍浸潤免疫細胞に含まれる腫瘍試料のパーセンテージが、例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、ＳＰ１４２抗体）を使用してＩＨＣによって評価される、患者から得られた腫瘍試料の一区分中の腫瘍浸潤免疫細胞に覆われた腫瘍面積のパーセンテージの観点であり得ることを理解されたい。
ＩＶ．本発明の方法に使用するためのＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト
がん（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）を有する個体を治療するための方法が本明細書に提供される。前述の方法のうちのいずれも、個体由来の試料からのｂＴＭＢスコアの決定に基づいている。前述の方法のうちのいずれかは、個体由来の試料からＭＳＡＦ値を決定することをさらに含み得る。前述の方法のうちのいずれかは、個体由来の試料からｔＴＭＢ値を決定することをさらに含み得る。
例えば、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストには、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストが含まれる。ＰＤ－１（プログラム死１）は、当該技術分野で、「プログラム細胞死１」、「ＰＤＣＤ１」、「ＣＤ２７９」、及び「ＳＬＥＢ２」とも称される。例示的なヒトＰＤ－１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ１５１１６に示される。ＰＤ－Ｌ１（プログラム死リガンド１）は、当該技術分野で、「プログラム細胞死１リガンド１」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ１」、「ＣＤ２７４」、「Ｂ７－Ｈ」、及び「ＰＤＬ１」とも称される。例示的なヒトＰＤ－Ｌ１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示される。ＰＤ－Ｌ２（プログラム死リガンド２）は、当該技術分野で、「プログラム細胞死１リガンド２」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ２」、「ＣＤ２７３」、「Ｂ７－ＤＣ」、「Ｂｔｄｃ」、及び「ＰＤＬ２」と称される。例示的なヒトＰＤ－Ｌ２は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＱ５１に示される。いくつかの例では、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２は、ヒトＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２である。
いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－１リガンド結合パートナーは、ＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２である。別の例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のその結合リガンドへの結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－Ｌ１結合パートナーは、ＰＤ－１及び／またはＢ７－１である。別の例では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－Ｌ２結合リガンドパートナーは、ＰＤ－１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、またはオリゴペプチドであり得る。
いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、例えば、以下に記載の抗ＰＤ－１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの例では、ｔ抗ＰＤ－１抗体は、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ）、ＣＴ－０１１（ピディリズマブ）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ－１０８からなる群から選択される。ＭＤＸ－１１０６、別名、ＭＤＸ－１１０６－０４、ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、またはニボルマブは、ＷＯ２００６／１２１１６８に記載の抗ＰＤ－１抗体である。ＭＫ－３４７５、別名、ペムブロリズマブまたはランブロリズマブは、ＷＯ２００９／１１４３３５に記載の抗ＰＤ－１抗体である。ＣＴ－０１１、別名、ｈＢＡＴ、ｈＢＡＴ－１、またはピディリズマブは、ＷＯ２００９／１０１６１１に記載の抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合したＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－Ｌ２の細胞外またはＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＡＭＰ－２２４である。ＡＭＰ－２２４、別名、Ｂ７－ＤＣＩｇは、ＷＯ２０１０／０２７８２７及びＷＯ２０１１／０６６３４２に記載のＰＤ－Ｌ２－Ｆｃ融合可溶性受容体である。
いくつかの例では、抗ＰＤ－１抗体は、ＭＤＸ－１１０６である。「ＭＤＸ－１１０６」の代替名としては、ＭＤＸ－１１０６－０４、ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、及びニボルマブが挙げられる。いくつかの例では、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブ（ＣＡＳ登録番号：９４６４１４－９４－４）である。なおさらなる例では、配列番号１由来の重鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖可変領域及び／または配列番号２由来の軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む単離された抗ＰＤ－１抗体が提供される。なおさらなる例では、重鎖及び／または軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ－１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ（配列番号１）と
少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号２）と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストである。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ２抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体）である。いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、イムノアドヘシンである。
いくつかの例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、例えば、以下に記載の抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１との間及び／またはＰＤ－Ｌ１とＢ７－１との間の結合を阻害することができる。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、及び（Ｆａｂ’）２断片からなる群から選択される抗体断片である。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒト化抗体である。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒト抗体である。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＭＤＸ－１１０５、及びＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。抗体ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０は、ＷＯ２０１０／０７７６３４に記載の抗ＰＤ－Ｌ１である。ＭＤＸ－１１０５、別名、ＢＭＳ－９３６５５９は、ＷＯ２００７／００５８７４に記載の抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）は、ＷＯ２０１１／０６６３８９及びＵＳ２０１３／０３４５５９に記載の抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体である。本発明の方法に有用な抗ＰＤ－Ｌ１抗体及びそれらを作製するための方法の例は、参照により本明細書に組み込まれる、ＰＣＴ特許出願第ＷＯ２０１０／０７７６３４号、同第ＷＯ２００７／００５８７４号、同第ＷＯ２０１１／０６６３８９号、米国特許第８，２１７，１４９号、及びＵＳ２０１３／０３４５５９号に記載されている。
ＷＯ２０１０／０７７６３４Ａ１及びＵＳ８，２１７，１４９に記載の抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、本明細書に記載の方法に使用され得る。いくつかの例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、配列番号３の重鎖可変領域配列及び／または配列番号４の軽鎖可変領域配列を含む。なおさらなる例では、重鎖可変領域及び／または軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号３）と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有し、
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号４）と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。
一例では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、及びＨＶＲ－Ｈ３配列を含む重鎖可変領域を含み、
さらに、式中、Ｘ１は、ＤまたはＧであり、Ｘ２は、ＳまたはＬであり、Ｘ３は、ＴまたはＳである。特定の一態様では、Ｘ１は、Ｄであり、Ｘ２は、Ｓであり、Ｘ３は、Ｔである。別の態様では、ポリペプチドは、式：（ＦＲ－Ｈ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＦＲ－Ｈ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＦＲ－Ｈ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＦＲ－Ｈ４）に従ってＨＶＲ間に並置された可変領域重鎖フレームワーク配列をさらに含む。さらに別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。さらなる態様では、フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、フレームワーク配列のうちの少なくとも１つは、以下のものである。
なおさらなる態様では、重鎖ポリペプチドは、ＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２、及びＨＶＲ－Ｌ３を含む可変領域軽鎖とさらに組み合わせられ、
式中、Ｘ４は、ＤまたはＶであり、Ｘ５は、ＶまたはＩであり、Ｘ６は、ＳまたはＮであり、Ｘ７は、ＡまたはＦであり、Ｘ８は、ＶまたはＬであり、Ｘ９は、ＦまたはＴであり、Ｘ１０は、ＹまたはＡであり、Ｘ１１は、Ｙ、Ｇ、Ｆ、またはＳであり、Ｘ１２は、Ｌ、Ｙ、Ｆ、またはＷであり、Ｘ１３は、Ｙ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ、またはＩであり、Ｘ１４は、Ｈ、Ｖ、Ｐ、Ｔ、またはＩであり、Ｘ１５は、Ａ、Ｗ、Ｒ、Ｐ、またはＴである。なおさらなる態様では、Ｘ４は、Ｄであり、Ｘ５は、Ｖであり、Ｘ６は、Ｓであり、Ｘ７は、Ａであり、Ｘ８は、Ｖであり、Ｘ９は、Ｆであり、Ｘ１０は、Ｙであり、Ｘ１１は、Ｙであり、Ｘ１２は、Ｌであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｈであり、Ｘ１５は、Ａである。
なおさらなる態様では、軽鎖は、式：（ＦＲ－Ｌ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＦＲ－Ｌ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＦＲ－Ｌ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＦＲ－Ｌ４）に従ってＨＶＲ間に並置された可変領域軽鎖フレームワーク配列をさらに含む。なおさらなる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。なおさらなる態様では、フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、フレームワーク配列のうちの少なくとも１つは、以下のものである。
別の例では、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗原結合断片が提供され、
（ａ）重鎖は、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、及びＨＶＲ－Ｈ３を含み、さらに、
式中、Ｘ１は、ＤまたはＧであり、Ｘ２は、ＳまたはＬであり、Ｘ３は、ＴまたはＳであり、Ｘ４は、ＤまたはＶであり、Ｘ５は、ＶまたはＩであり、Ｘ６は、ＳまたはＮであり、Ｘ７は、ＡまたはＦであり、Ｘ８は、ＶまたはＬであり、Ｘ９は、ＦまたはＴであり、Ｘ１０は、ＹまたはＡであり、Ｘ１１は、Ｙ、Ｇ、Ｆ、またはＳであり、Ｘ１２は、Ｌ、Ｙ、Ｆ、またはＷであり、Ｘ１３は、Ｙ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ、またはＩであり、Ｘ１４は、Ｈ、Ｖ、Ｐ、Ｔ、またはＩであり、Ｘ１５は、Ａ、Ｗ、Ｒ、Ｐ、またはＴである。特定の態様では、Ｘ１は、Ｄであり、Ｘ２は、Ｓであり、Ｘ３は、Ｔである。別の態様では、Ｘ４は、Ｄであり、Ｘ５は、Ｖであり、Ｘ６は、Ｓであり、Ｘ７は、Ａであり、Ｘ８は、Ｖであり、Ｘ９は、Ｆであり、Ｘ１０は、Ｙであり、Ｘ１１は、Ｙであり、Ｘ１２は、Ｌであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｈであり、Ｘ１５は、Ａである。さらに別の態様では、Ｘ１は、Ｄであり、Ｘ２は、Ｓであり、Ｘ３は、Ｔ、Ｘ４は、Ｄであり、Ｘ５は、Ｖであり、Ｘ６は、Ｓであり、Ｘ７は、Ａであり、Ｘ８は、Ｖであり、Ｘ９は、Ｆであり、Ｘ１０は、Ｙであり、Ｘ１１は、Ｙであり、Ｘ１２は、Ｌであり、Ｘ１３は、Ｙであり、Ｘ１４は、Ｈであり、Ｘ１５は、Ａである。
さらなる態様では、重鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｈ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＦＲ－Ｈ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＦＲ－Ｈ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＦＲ－Ｈ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｌ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＦＲ－Ｌ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＦＲ－Ｌ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＦＲ－Ｌ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含む。なおさらなる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号８、９、１０、及び１１として記載される。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩまたはＩＶ下位群配列に由来する。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号１５、１６、１７、及び１８として記載される。
なおさらなる特定の態様では、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域をさらに含む。なおさらなる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４からなる群から選択される。なおさらなる特定の態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。なおさらなる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、及びＩｇＧ３からなる群から選択される。なおさらなる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。なおさらなる特定の態様では、抗体は、低下したまたは最小のエフェクター機能を有する。なおさらなる特定の態様では最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または脱グリコシル化に起因する。なおさらなる例では、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
さらに別の例では、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖は、それぞれ、ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１９）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２０）、及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号２１）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、及びＨＶＲ－Ｈ３配列をさらに含むか、または
（ｂ）軽鎖は、それぞれ、ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号２２）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号２３）及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号２４）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２、及びＨＶＲ－Ｌ３配列をさらに含む。
特定の態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である。
別の態様では、重鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｈ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＦＲ－Ｈ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＦＲ－Ｈ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＦＲ－Ｈ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｌ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＦＲ－Ｌ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＦＲ－Ｌ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＦＲ－Ｌ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含む。さらに別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号８、９、１０、及び１１として記載される。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ、またはＩＶ下位群配列に由来する。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号１５、１６、１７、及び１８として記載される。
さらなる態様では、重鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｈ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＦＲ－Ｈ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＦＲ－Ｈ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＦＲ－Ｈ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｌ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＦＲ－Ｌ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＦＲ－Ｌ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＦＲ－Ｌ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含む。なおさらなる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、以下のものである。
なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩまたはＩＶ下位群配列に由来する。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、以下のものである。
なおさらなる特定の態様では、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域をさらに含む。なおさらなる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４からなる群から選択される。なおさらなる特定の態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。なおさらなる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、及びＩｇＧ３からなる群から選択される。なおさらなる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。なおさらなる特定の態様では、抗体は、低下したまたは最小のエフェクター機能を有する。なおさらなる特定の態様では最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または脱グリコシル化に起因する。なおさらなる例では、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
さらに別の例では、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、
（ｃ）重鎖は、それぞれ、ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１９）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２０）、及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号２１）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、及びＨＶＲ－Ｈ３配列をさらに含む、及び／または
（ｄ）軽鎖は、それぞれ、ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号２２）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号２３）、及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号２４）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、ＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２、及びＨＶＲ－Ｌ３配列をさらに含む。
特定の態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である。
別の態様では、重鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｈ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＦＲ－Ｈ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＦＲ－Ｈ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＦＲ－Ｈ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含み、軽鎖可変領域は、（ＦＲ－Ｌ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＦＲ－Ｌ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＦＲ－Ｌ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＦＲ－Ｌ４）としてＨＶＲ間に並置された１つ以上のフレームワーク配列を含む。さらに別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、Ｋａｂａｔ下位群Ｉ、ＩＩ、またはＩＩＩ配列に由来する。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列は、ＶＨ下位群ＩＩＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、重鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号８、９、１０、及びＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫ（配列番号２９）として記載される。
なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩまたはＩＶ下位群配列に由来する。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。なおさらなる態様では、軽鎖フレームワーク配列のうちの１つ以上は、配列番号１５、１６、１７、及び１８として記載される。なおさらなる特定の態様では、抗体は、ヒトまたはマウス定常領域をさらに含む。なおさらなる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４からなる群から選択される。なおさらなる特定の態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。なおさらなる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、及びＩｇＧ３からなる群から選択される。なおさらなる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。なおさらなる特定の態様では、抗体は、低下したまたは最小のエフェクター機能を有する。なおさらなる特定の態様では最小のエフェクター機能は、「エフェクターなしＦｃ変異」または脱グリコシル化に起因する。なおさらなる例では、エフェクターなしＦｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７ＡまたはＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
なおさらなる例では、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫ（配列番号２５）と少なくとも８５％の配列同一性を有するか、または
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号４）と少なくとも８５％の配列同一性を有する。
いくつかの例では、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、軽鎖可変領域配列は、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。いくつかの例では、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、重鎖可変領域配列は、配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％の配列同一性を有する。いくつかの例では、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、軽鎖可変領域配列は、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有し、重鎖可変領域配列は、配列番号２５のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の配列同一性を有する。いくつかの例では、重鎖及び／または軽鎖のＮ末端の１、２、３、４、または５個のアミノ酸残基が、欠失、置換、または修飾され得る。
なおさらなる例では、重鎖配列及び軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＡＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号３０）と少なくとも８５％の配列同一性を有する、及び／または
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号３１）と少なくとも８５％の配列同一性を有する。
いくつかの例では、重鎖配列及び軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、軽鎖配列は、配列番号３１のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの例では、重鎖配列及び軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、重鎖配列は、配列番号３０のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの例では、重鎖配列及び軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、軽鎖配列は、配列番号３１のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有し、重鎖配列は、配列番号３０のアミノ酸配列と少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列同一性を有する。
いくつかの例では、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、脱グリコシル化される。抗体のグリコシル化は、典型的には、Ｎ結合またはＯ結合のいずれかである。Ｎ結合とは、炭水化物部分のアスパラギン残基の側鎖への結合を指す。トリペプチド配列であるアスパラギン－Ｘ－セリン及びアスパラギン－Ｘ－トレオニン（式中、Ｘが、プロリン以外の任意のアミノ酸である）は、炭水化物部分のアスパラギン側鎖への酵素結合の認識配列である。したがって、ポリペプチドにおけるこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在により、潜在的なグリコシル化部位が作製される。Ｏ結合グリコシル化とは、糖であるＮ－アセイルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちの１つの、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的には、セリンまたはトレオニンへの結合を指すが、５－ヒドロキシプロリンまたは５－ヒドロキシリジンも使用され得る。抗体からのグリコシル化部位の除去は、上述のトリペプチド配列（Ｎ結合グリコシル化部位について）のうちの１つが除去されるようにアミノ酸配列を改変することによって好都合に達成される。この改変は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン、またはトレオニン残基の別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニン、または保存的置換）での置換によって行われ得る。
本明細書の例のうちのいずれでも、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒトＰＤ－Ｌ１、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されるヒトＰＤ－Ｌ１、またはそのバリアントに結合することができる。
なおさらなる例では、本明細書に記載の抗体のうちのいずれかをコードする単離された核酸が提供される。いくつかの例では、核酸は、前述の抗ＰＤ－Ｌ１抗体のうちのいずれかをコードする核酸の発現に好適なベクターをさらに含む。なおさらなる特定の態様では、ベクターは、核酸の発現に好適な宿主細胞内にある。なおさらなる特定の態様では、宿主細胞は、真核細胞または原核細胞である。なおさらなる特定の態様では、真核細胞は、哺乳類細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。
本抗体またはその抗原結合断片は、当該技術分野で既知の方法を使用して、例えば、発現に好適な形態で前述の抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗原結合断片のうちのいずれかをコードする核酸を含む宿主細胞をかかる抗体または断片の産生に好適な条件下で培養することと、その抗体または断片を回収することとを含むプロセスによって作製され得る。
上で列挙される例のうちのいずれかに使用するためのかかるＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＰＤ－１抗体、及び抗ＰＤ－Ｌ２抗体）、または本明細書に記載の他の抗体が、以下の第１－７節に記載の特徴のうちのいずれかを単独または組み合わせで有し得ることが明確に企図される。
１．抗体親和性
ある特定の例では、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗ＰＤ－１抗体）は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下、または０．００１ｎＭ以下（例えば、１０－８Ｍ以下、例えば、１０－８Ｍ～１０－１３Ｍ、例えば、１０－９Ｍ～１０－１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
一例では、Ｋｄは、放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。一例では、ＲＩＡは、目的とする抗体のＦａｂバージョン及びその抗原を用いて行われる。例えば、Ｆａｂの抗原に対する溶液結合親和性は、滴定系列の非標識抗原の存在下でＦａｂを最低濃度の（１２５Ｉ）標識抗原と平衡させ、その後、結合した抗原を抗Ｆａｂ抗体コーティングプレートで捕捉することによって測定される（例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５－８８１（１９９９）を参照のこと）。本アッセイのための条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）は、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中５μｇ／ｍＬの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩コーティングされ、その後、室温（およそ２３℃）で２～５時間にわたってＰＢＳ中２ｗ／ｖ％のウシ血清アルブミンで遮断される。非吸着性プレート（Ｎｕｎｃ番号２６９６２０）内で、１００ｐＭまたは２６ｐＭの［１２５Ｉ］－抗原は、目的とするＦａｂの連続希釈物と混合される（例えば、Ｐｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３－４５９９（１９９７）における抗ＶＥＧＦ抗体であるＦａｂ－１２の評価と一致する）。その後、目的とするＦａｂは一晩インキュベートされるが、インキュベーションは、平衡が達成されることを確実にするために、より長い時間（例えば、約６５時間）継続し得る。その後、混合物は、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために捕捉プレートに移される。その後、溶液が除去され、プレートがＰＢＳ中０．１％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（登録商標））で８回洗浄される。プレートが乾燥した時点で、１５０μＬ／ウェルのシンチラント（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ－２０（商標）、Ｐａｃｋａｒｄ）が添加され、プレートがＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマカウンター（Ｐａｃｋａｒｄ）で１０分間計数される。２０％以下の最大結合をもたらす各Ｆａｂの濃度は、競合結合アッセイに使用するために選ばれる。
別の例によれば、Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴アッセイを使用して測定される。例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用したアッセイは、固定化抗原ＣＭ５チップを約１０応答単位（ＲＵ）で用いて２５℃で行われる。一例では、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）は、供給業者の指示に従って、Ｎ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）－カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化される。抗原は、１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍＬ（約０．２μＭ）に希釈され、その後、５μＬ／分の流量で注入し、およそ１０応答単位（ＲＵ）のカップリングされたタンパク質を達成する。抗原注入後、１Ｍのエタノールアミンが注入されて、未反応基を遮断する。動態測定のために、Ｆａｂの２倍連続希釈物（０．７８ｎＭ～５００ｎＭ）が、２５℃で０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（商標））界面活性剤（ＰＢＳＴ）を有するＰＢＳ中におよそ２５μｌ／分の流量で注入される。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）は、単純な１対１ラングミュア結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）評価ソフトウェアバージョン３．２）を使用して、会合センサグラムと解離センサグラムを同時にフィッティングすることによって計算される。平衡解離定数（Ｋｄ）は、ｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として計算される。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５－８８１（１９９９）を参照されたい。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによるｏｎ速度が１０６Ｍ－１ｓ－１を超えた場合、ｏｎ速度は、ストップフローを備えた分光光度計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）または撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ－ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）等の分光計で測定される増加する抗原濃度の存在下でＰＢＳ（ｐＨ７．２）中２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ形態）の２５℃での蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ、発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加または減少を測定する蛍光消光技法を使用することによって決定され得る。
２．抗体断片
ある特定の例では、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗ＰＤ－１抗体）は、抗体断片である。抗体断片としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、ならびに以下に記載の他の断片が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の抗体断片の概説については、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）を参照されたい。ｓｃＦｖ断片の概説については、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ），ｐｐ．２６９－３１５（１９９４）を参照されたく、ＷＯ９３／１６１８５、ならびに米国特許第５，５７１，８９４号及び同第５，５８７，４５８号も参照されたい。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、増加したインビボ半減期を有するＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の考察については、米国特許第５，８６９，０４６号を参照されたい。
ダイアボディは、二価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、ＥＰ４０４，０９７、ＷＯ１９９３／０１１６１、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）、及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８（１９９３）を参照されたい。トリアボディ及びテトラボディも、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）に記載されている。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部分または抗体の軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部分を含む抗体断片である。ある特定の例では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ、例えば、米国特許第６，２４８，５１６Ｂ１号を参照のこと）。
抗体断片は、本明細書に記載される、インタクトな抗体のタンパク質分解、ならびに組換え宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはファージ）による産生を含むが、これらに限定されない、様々な技法によって作製され得る。
３．キメラ及びヒト化抗体
ある特定の例では、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗ＰＤ－１抗体）は、キメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１－６８５５（１９８４））に記載されている。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、または非ヒト霊長類、例えば、サルに由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変化した「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体には、その抗原結合断片が含まれる。
ある特定の例では、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、親非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しながらヒトに対する免疫原性を低減するようにヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその部分）が非ヒト抗体に由来し、ＦＲ（またはその部分）がヒト抗体配列に由来する１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、任意選択的に、ヒト定常領域の少なくとも一部分も含むであろう。いくつかの例では、ヒト化抗体におけるいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を修復または改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）に概説されており、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９－１００３３（１９８９）；米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５－３４（２００５）（特異性決定領域（ＳＤＲ）グラフティングについて記載している）；Ｐａｄｌａｎ、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９－４９８（１９９１）（「表面再構築」について記載している）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３－６０（２００５）（「ＦＲシャッフリング」について記載している）；ならびにＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１－６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２－２６０（２０００）（ＦＲシャッフリングへの「誘導選択」アプローチについて記載している）にさらに記載されている。
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域としては、「ベストフィット」法を使用して選択されたフレームワーク領域（例えば、Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）を参照のこと）、軽鎖可変領域または重鎖可変領域の特定の下位群のヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３（１９９３）を参照のこと）、ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域またはヒト生殖系列フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）を参照のこと）、及びＦＲライブラリのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８－１０６８４（１９９７）及びＲｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１－２２６１８（１９９６）を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。
４．ヒト抗体
ある特定の例では、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗ＰＤ－１抗体）は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野で既知の様々な技法を使用して産生され得る。ヒト抗体は、概して、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８－７４（２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０－４５９（２００８）に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答してインタクトなヒト抗体またはヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように修飾されたトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって調製され得る。かかる動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するヒト免疫グロブリン遺伝子座、または染色体外に存在するか、または動物の染色体にランダムに組み込まれているヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部分を含む。かかるトランスジェニックマウスにおいて、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般に、不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の概説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７－１１２５（２００５）を参照されたい。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術について記載している米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号、ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術について記載している米国特許第５，７７０，４２９号、Ｋ－Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について記載している米国特許第７，０４１，８７０号、及びＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について記載している米国特許出願公開第ＵＳ２００７／００６１９００号も参照されたい。かかる動物によって生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによってさらに修飾され得る。
ヒト抗体は、ハイブリドーマベースの方法によっても作製され得る。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス－ヒトヘテロ骨髄腫細胞株について記載されている（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）、Ｂｒｏｄｅｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１－６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）、及びＢｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）を参照のこと）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術によって生成されたヒト抗体についても、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７－３５６２（２００６）に記載されている。追加の方法には、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生について記載している）及びＮｉ，Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５－２６８（２００６）（ヒト－ヒトハイブリドーマについて記載している）に記載の方法が含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）についても、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７－９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５－９１（２００５）に記載されている。
ヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによっても生成され得る。その後、かかる可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組み合わせられ得る。抗体ライブラリからヒト抗体を選択するための技法は、以下に記載される。
５．ライブラリ由来の抗体
本発明の抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体及び抗ＰＤ－１抗体）は、所望の活性（複数可）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリをスクリーニングすることによって単離され得る。例えば、ファージディスプレイライブラリを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてかかるライブラリをスクリーニングするための様々な方法が当該技術分野で既知である。かかる方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１－３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）に概説されており、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２－５５４、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４－６２８（１９９１）、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１－５９７（１９９２）、Ｍａｒｋｓ ａｎｄ Ｂｒａｄｂｕｒｙ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１６１－１７５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）、Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９－３１０（２００４）、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３－１０９３（２００４）、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７－１２４７２（２００４）、及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１－２）：１１９－１３２（２００４）にさらに記載されている。
ある特定のファージディスプレイ法では、ＶＨ遺伝子及びＶＬ遺伝子のレパートリーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別個にクローニングされ、ファージライブラリ内でランダムに組換えられ、その後、これが、Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３－４５５（１９９４）に記載されるように抗原結合ファージについてスクリーニングされ得る。ファージは、典型的には、抗体断片を一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片またはＦａｂ断片のいずれかとしてディスプレイする。免疫化源由来のライブラリは、ハイブリドーマの構築を必要とすることなく、高親和性抗体を免疫原に提供する。あるいは、ナイーブレパートリーが（例えば、ヒトから）クローニングされて、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ，１２：７２５－７３４（１９９３）に記載されるように、いずれの免疫化も必要とすることなく、単一の抗体源を広範な非自己抗原及び自己抗原にも提供することができる。最後に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１－３８８（１９９２）に記載されるように、幹細胞から再編成されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用して高度に可変のＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再編成を達成することによって、ナイーブライブラリが合成的に作製される場合もある。ヒト抗体ファージライブラリについて記載する特許公報としては、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、ならびに米国特許公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号が挙げられる。
ヒト抗体ライブラリから単離された抗体または抗体断片は、本明細書でヒト抗体またはヒト抗体断片とみなされる。
６．多重特異性抗体
上記の態様のうちのいずれか１つでは、本明細書に提供される抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗ＰＤ－１抗体）は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体であり得る。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある特定の例では、本明細書に提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。ある特定の例では、結合特異性の一方は、ＰＤ－Ｌ１に対するものであり、他方は、任意の他の抗原に対するものである。ある特定の例では、二重特異性抗体は、ＰＤ－Ｌ１の２つの異なるエピトープに結合し得る。二重特異性抗体を使用して、ＰＤ－Ｌ１を発現する細胞に細胞傷害性剤を局在化することもできる。二重特異性抗体は、全長抗体または抗体断片として調製され得る。
多重特異性抗体を作製するための技法としては、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖－軽鎖対の組換え共発現（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｃｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ ３０５：５３７（１９８３））、ＷＯ９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯＪ．１０：３６５５（１９９１）を参照のこと）、及び「ノブインホール」操作（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。多重特異性抗体は、静電ステアリング効果を操作して抗体Ｆｃ－ヘテロ二量体分子を作製することによって（例えば、ＷＯ２００９／０８９００４Ａ１を参照のこと）、２つ以上の抗体または断片を架橋することによって（例えば、米国特許第４，６７６，９８０号、及びＢｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：８１（１９８５）を参照のこと）、ロイシンジッパーを使用して二重特異性抗体を産生することによって（例えば、Ｋｏｓｔｅｌｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７－１５５３（１９９２）を参照のこと）、「ダイアボディ」技術を使用して二重特異性抗体断片を作製することによって（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８（１９９３）を参照のこと）、一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用することによって（例えば、Ｇｒｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと）、かつ例えば、Ｔｕｔｔ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）に記載されるように三重特異性抗体を調製することによって作製される場合もある。
「オクトパス抗体」を含む３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体も、本明細書に含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６Ａ１を参照のこと）。
本明細書の抗体または断片は、ＰＤ－Ｌ１に結合し、別の異なる抗原にも結合する抗原結合部位を含む「二重作用ＦＡｂ」または「ＤＡＦ」も含む。
７．抗体バリアント
ある特定の例では、本発明の抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体及び抗ＰＤ－１抗体）のアミノ酸配列バリアントが企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／または他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製され得る。かかる修飾には、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／またはそれへの挿入、及び／またはその置換が含まれる。最終構築物に到達するように、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが行われ得るが、但し、最終構築物が所望の特性、例えば、抗原結合を有することを条件とする。
Ｉ．置換、挿入、及び欠失バリアント
ある特定の例では、１つ以上のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換型変異誘発に対する目的とする部位には、ＨＶＲ及びＦＲが含まれる。保存的置換は、表２の「好ましい置換」という見出しで示されている。より実質的な変化は、表２の「例示的な置換」という見出しで提供されており、アミノ酸側鎖クラスを参照して以下にさらに記載されるものである。アミノ酸置換は、目的とする抗体に導入され得、その産物は、所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、低減された免疫原性、または改善された抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）もしくは補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）についてスクリーニングされ得る。
アミノ酸は、一般的な側鎖特性に従って群分けされ得る：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーの別のクラスとの交換を伴うであろう。
一種の置換型バリアントは、親抗体（例えば、ヒト化またはヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基の置換を伴う。一般に、さらなる研究のために選択された結果として生じたバリアント（複数可）は、親抗体と比較してある特定の生物学的特性の修正（例えば、改善）（例えば、増加した親和性及び／または低減された免疫原性）を有する、及び／または実質的に保持された親抗体のある特定の生物学的特性を有するであろう。例示的な置換型バリアントは、例えば、本明細書に記載の技法等のファージディスプレイベースの親和性成熟技法を使用して好都合に生成され得る親和性成熟抗体である。簡潔には、１つ以上のＨＶＲ残基が変異し、バリアント抗体がファージ上にディスプレイされ、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
改変（例えば、置換）は、例えば、抗体親和性を改善するために、ＨＶＲで行われ得る。かかる改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセス中に高頻度で変異を経るコドンによってコードされた残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９－１９６（２００８）を参照のこと）、及び／または抗原と接触する残基で行われ得、結果として生じたバリアントＶＨまたはＶＬは、結合親和性について試験される。二次ライブラリを構築し、それから再選択することによる親和性成熟が、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１－３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，（２００１））に記載されている。親和性成熟のいくつかの例では、様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異誘発）のうちのいずれかによって成熟のために選ばれた可変遺伝子に多様性が導入される。その後、二次ライブラリが作製される。その後、ライブラリがスクリーニングされて、所望の親和性を有する任意の抗体バリアントを特定する。多様性を導入する別の方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４～６個の残基）がランダム化されるＨＶＲ指向性アプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発またはモデリングを使用して、特異的に特定され得る。特にＣＤＲ－Ｈ３及びＣＤＲ－Ｌ３が標的とされることが多い。
ある特定の例では、置換、挿入、または欠失は、かかる改変が抗体の抗原に結合する能力を実質的に低下させない限り、１つ以上のＨＶＲ内で生じ得る。例えば、結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書に提供される保存的置換）がＨＶＲ内で行われ得る。かかる改変は、例えば、ＨＶＲ内の抗原接触残基の外側であり得る。上に提供されるバリアントＶＨ及びＶＬ配列のある特定の例では、各ＨＶＲは、改変されていないか、または１つ以下、２つ以下、もしくは３つ以下のアミノ酸置換を含むかのいずれかである。
変異誘発の標的とされ得る抗体の残基または領域の特定に有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１－１０８５に記載されるように、「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法では、標的残基の残基または基（例えば、Ａｒｇ、Ａｓｐ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、及びＧｌｕ等の荷電残基）が特定され、中性または負に帯電されたアミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）によって置換されて、抗体と抗原との相互作用が影響されているかを決定する。さらなる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸位置に導入され得る。あるいは、または加えて、抗原－抗体複合体の結晶構造が、抗体と抗原との間の接触点を特定する。かかる接触残基及び隣接残基は、置換の候補として標的とされ得るか、または排除され得る。バリアントがスクリーニングされて、それらが所望の特性を有するかを決定することができる。
アミノ酸配列挿入には、長さが１残基から１００以上の残基を含むポリペプチドまでの範囲であるアミノ末端及び／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列間挿入が含まれる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入型バリアントとしては、抗体の血清半減期を増加させる酵素（例えば、ＡＤＥＰＴのための）またはポリペプチドへの抗体のＮ末端またはＣ末端の融合が挙げられる。
ＩＩ．グリコシル化バリアント
ある特定の例では、本発明の抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少させるように改変され得る。本発明の抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、１つ以上のグリコシル化部位が作製または除去されるようにアミノ酸配列を改変することによって好都合に達成され得る。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合した炭水化物が改変され得る。哺乳類細胞によって産生された天然抗体は、典型的には、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に結合される分岐状の二分岐オリゴ糖を含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６－３２（１９９７）を参照されたい。オリゴ糖には、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、ならびに二分岐オリゴ糖構造の「幹」内のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースが含まれ得る。いくつかの例では、ある特定の改善された特性を有する抗体バリアントを作製するために、本発明の抗体中のオリゴ糖の修飾が行われ得る。
一例では、Ｆｃ領域に（直接または間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体バリアントが提供される。例えば、かかる抗体中のフコースの量は、１％～８０％、１％～６５％、５％～６５％、または２０％～４０％であり得る。フコースの量は、例えば、ＷＯ２００８／０７７５４６に記載されるように、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ質量分析によって測定される、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造（例えば、複合体、ハイブリッド、及び高マンノース構造）の合計に対するＡｓｎ２９７での糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域内の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７は、抗体における軽度の配列変異に起因して、２９７位から約±３アミノ酸上流または下流、すなわち、２９４位と３００位との間に位置する場合もある。かかるフコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。例えば、米国特許公開第ＵＳ２００３／０１５７１０８号及び同第ＵＳ２００４／００９３６２１号を参照されたい。「脱フコシル化」または「フコース欠損」抗体バリアントに関する公報の例としては、ＵＳ２００３／０１５７１０８、ＷＯ２０００／６１７３９、ＷＯ２００１／２９２４６、ＵＳ２００３／０１１５６１４、ＵＳ２００２／０１６４３２８、ＵＳ２００４／００９３６２１、ＵＳ２００４／０１３２１４０、ＵＳ２００４／０１１０７０４、ＵＳ２００４／０１１０２８２、ＵＳ２００４／０１０９８６５、ＷＯ２００３／０８５１１９、ＷＯ２００３／０８４５７０、ＷＯ２００５／０３５５８６、ＷＯ２００５／０３５７７８、ＷＯ２００５／０５３７４２、ＷＯ２００２／０３１１４０、Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－１２４９（２００４）、Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が挙げられる。脱フコシル化抗体を産生することができる細胞株の例としては、タンパク質フコシル化が欠損したＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３－５４５（１９８６）、米国特許出願第ＵＳ２００３／０１５７１０８Ａ１号、及びＷＯ２００４／０５６３１２Ａ１（Ａｄａｍｓら、特に実施例１１））、及びノックアウト細胞株、例えば、アルファ－１，６－フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）、Ｋａｎｄａ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，９４（４）：６８０－６８８（２００６）、及びＷＯ２００３／０８５１０７を参照のこと）が挙げられる。
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐のオリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている、二分オリゴ糖を有する抗体バリアントがさらに提供される。かかる抗体バリアントは、低減されたフコシル化及び／または改善されたＡＤＣＣ機能を有し得る。かかる抗体バリアントの例は、例えば、ＷＯ２００３／０１１８７８、米国特許第６，６０２，６８４号、及びＵＳ２００５／０１２３５４６に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体バリアントも提供される。かかる抗体バリアントは、改善されたＣＤＣ機能を有し得る。かかる抗体バリアントは、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７、ＷＯ１９９８／５８９６４、及びＷＯ１９９９／２２７６４に記載されている。
ＩＩＩ．Ｆｃ領域バリアント
ある特定の例では、１つ以上のアミノ酸修飾が本発明の抗体のＦｃ領域に導入され、それにより、Ｆｃ領域バリアントを生成することができる。Ｆｃ領域バリアントは、１つ以上のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４Ｆｃ領域）を含み得る。
ある特定の例では、本発明は、全てではないがいくつかのエフェクター機能を有し、それにより、インビボでの抗体の半減期が重要であるが、ある特定のエフェクター機能（補体及びＡＤＣＣ等）が不要または有害である用途に望ましい候補になる抗体バリアントを企図する。インビトロ及び／またはインビボ細胞傷害性アッセイを行って、ＣＤＣ及び／またはＡＤＣＣ活性の低減／欠乏を確認することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを行って、抗体がＦｃγＲ結合を欠く（それ故に、ＡＤＣＣ活性を欠く可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にすることができる。ＡＤＣＣを媒介するための初代細胞であるＮＫ細胞がＦｃγＲＩＩＩのみを発現する一方で、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７－４９２（１９９１）の４６４貢の表３に要約されている。目的とする分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ．ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：７０５９－７０６３（１９８６）を参照のこと）、及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：１４９９－１５０２（１９８５）、米国特許第５，８２１，３３７号（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６６：１３５１－１３６１（１９８７）を参照のこと）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法が用いられ得る（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ、及びＣＹＴＯＴＯＸ ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ））を参照のこと）。かかるアッセイに有用なエフェクター細胞としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。あるいは、または加えて、目的とする分子のＡＤＣＣ活性は、インビボで、例えば、動物モデル、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：６５２－６５６（１９９８）に開示されるモデルで評価され得る。Ｃ１ｑ結合アッセイを行って、抗体がＣ１ｑに結合することができず、それ故に、ＣＤＣ活性を欠くことを確認することができる。例えば、ＷＯ２００６／０２９８７９及びＷＯ２００５／１００４０２におけるＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照されたい。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイが行われ得る（例えば、Ｇａｚｚａｎｏ－Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）、Ｃｒａｇｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ．１０１：１０４５－１０５２（２００３）、及びＣｒａｇｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ．１０３：２７３８－２７４３（２００４）を参照のこと）。ＦｃＲｎ結合及びインビボクリアランス／半減期決定も当該技術分野で既知の方法を使用して行われ得る（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９－１７６９（２００６）を参照のこと）。
低下したエフェクター機能を有する抗体としては、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、及び３２９のうちの１つ以上の置換を有する抗体が挙げられる（米国特許第６，７３７，０５６号及び同第８，２１９，１４９号）。かかるＦｃ変異体としては、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸２６５位、２６９位、２７０位、２９７位、及び３２７位のうちの２つ以上に置換を有するＦｃ変異体が挙げられる（米国特許第７，３３２，５８１号及び同第８，２１９，１４９号）。
ＦｃＲへの結合が改善または低減されたある特定の抗体バリアントが記載されている（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号、ＷＯ２００４／０５６３１２、及びＳｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４（２００１）を参照のこと）。
ある特定の例では、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８位、３３３位、及び／または３３４位（残基のＥＵ番号付け）での置換を有するＦｃ領域を含む。
いくつかの例では、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、ＷＯ９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４（２０００）に記載されるように、Ｃ１ｑ結合及び／または補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）の改変（すなわち、改善または低減のいずれか）をもたらす改変がＦｃ領域に行われ得る。
増加した半減期及び母体ＩｇＧの胎児への移入に関与する新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への改善された結合を有する抗体（Ｇｕｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））が、ＵＳ２００５／００１４９３４Ａ１（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。それらの抗体は、Ｆｃ領域のＦｃＲｎへの結合を改善する１つ以上の置換を内部に有するＦｃ領域を含む。かかるＦｃバリアントには、Ｆｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、または４３４のうちの１つ以上での置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を有するものが含まれる（米国特許第７，３７１，８２６号）。
Ｆｃ領域バリアントの他の例に関して、Ｄｕｎｃａｎ ＆ Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８－４０（１９８８）、米国特許第５，６４８，２６０号、米国特許第５，６２４，８２１号、及びＷＯ９４／２９３５１も参照されたい。
ＩＶ．システイン操作抗体バリアント
ある特定の例では、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されるシステイン操作抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作製することが望ましい場合がある。具体的な例では、置換された残基は、抗体の到達可能な部位に生じる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基が抗体の到達可能な部位に位置付けられ、それを使用して、抗体を他の部分、例えば、薬物部分またはリンカー－薬物部分にコンジュゲートして、本明細書でさらに記載されるイムノコンジュゲートを作製することができる。ある特定の例では、以下の残基：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）、重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）、及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）のうちのいずれか１つ以上がシステインで置換され得る。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載されるように生成され得る。
Ｖ．抗体誘導体
ある特定の例では、本明細書に提供される抗体は、当該技術分野で既知であり、かつ容易に入手可能な追加の非タンパク質性部分を含むようにさらに修飾され得る。抗体の誘導体化に好適な部分としては、水溶性ポリマーが挙げられるが、これに限定されない。水溶性ポリマーの非限定的な例としては、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ－１，３－ジオキソラン、ポリ－１，３，６－トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか）、及びデキストランまたはポリ（ｎ－ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、プロリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、ならびにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のため、製造時に有利であり得る。ポリマーは、任意の分子量のものであってもよく、分岐状であっても非分岐状であってもよい。抗体に結合しているポリマーの数は異なり得、１つより多くのポリマーが結合している場合、それらは同じ分子であっても異なる分子であってもよい。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／または種類は、改善されるべき抗体の特定の特性または機能、抗体誘導体が定義された条件下である療法に使用されるか等を含むが、これらに限定されない考慮すべき事項に基づいて決定され得る。
別の例では、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る抗体と非タンパク質性部分とのコンジュゲートが提供される。一例では、非タンパク質性部分は、カーボンナノチューブである（Ｋａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：１１６００－１１６０５（２００５））。放射線は、任意の波長のものであってもよく、この波長には、通常の細胞に危害を加えないが、非タンパク質性部分を抗体－非タンパク質性部分に近接する細胞が死滅する温度まで加熱する波長が含まれるが、これらに限定されない。
ＶＩ．イムノコンジュゲート
本発明は、１つ以上の細胞傷害性剤、例えば、化学療法剤または化学療法薬、成長阻害剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそれらの断片）、または放射性同位体にコンジュゲートされた本明細書の抗体（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体または抗ＰＤ－１抗体）を含むイムノコンジュゲートも提供する。
一例では、イムノコンジュゲートは、抗体が、マイタンシノイド（米国特許第５，２０８，０２０号、同第５，４１６，０６４号、及び欧州特許第ＥＰ０ ４２５ ２３５ Ｂ１号を参照のこと）、オーリスタチン、例えば、モノメチルオーリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５，６３５，４８３号及び同第５，７８０，５８８号及び同第７，４９８，２９８号を参照のこと）、ドラスタチン、カリケアマイシンまたはその誘導体（米国特許第５，７１２，３７４号、同第５，７１４，５８６号、同第５，７３９，１１６号、同第５，７６７，２８５号、同第５，７７０，７０１号、同第５，７７０，７１０号、同第５，７７３，００１号、及び同第５，８７７，２９６号、Ｈｉｎｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：３３３６－３３４２（１９９３）、及びＬｏｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５８：２９２５－２９２８（１９９８）を参照のこと）、アントラサイクリン、例えば、ダウノマイシンまたはドキソルビシン（Ｋｒａｔｚ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１３：４７７－５２３（２００６）、Ｊｅｆｆｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ １６：３５８－３６２（２００６）、Ｔｏｒｇｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊ．Ｃｈｅｍ．１６：７１７－７２１（２００５）、Ｎａｇｙ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９７：８２９－８３４（２０００）、Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ １２：１５２９－１５３２（２００２）、Ｋｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４５：４３３６－４３４３（２００２）、及び米国特許第６，６３０，５７９号を参照のこと）、メトトレキサート、ビンデシン、タキサン、例えば、ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセル、トリコテセン、ならびにＣＣ１０６５を含むが、これらに限定されない１つ以上の薬物にコンジュゲートされている抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。
別の例では、イムノコンジュゲートは、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファ－サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンシンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ－Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ阻害剤、クルシン、クロチン、ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、及びトリコテセンを含むが、これらに限定されない酵素的に活性な毒素またはその断片にコンジュゲートされた本明細書に記載の抗体を含む。
別の例では、イムノコンジュゲートは、放射性原子にコンジュゲートされて放射性コンジュゲートを形成する本明細書に記載の抗体を含む。様々な放射性同位体が放射性コンジュゲートの産生に利用可能である。例としては、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体が挙げられる。放射性コンジュゲートが検出のために使用される場合、それは、シンチグラフィー研究のための放射性原子、例えば、ｔｃ９９ｍまたはＩ１２３、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像法（別名、磁気共鳴画像法（ｍｒｉ））のためのスピン標識、例えば、この場合も同様にヨウ素－１２３、ヨウ素－１３１、インジウム－１１１、フッ素－１９、炭素－１３、窒素－１５、酸素－１７、ガドリニウム、マンガン、または鉄を含み得る。抗体と細胞傷害性剤とのコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、アジプイミド酸ジメチルＨＣｌ）、活性エステル（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス－アジド化合物（例えば、ビス（ｐ－アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス－ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス－（ｐ－ジアゾニウムベンゾイル）－エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トルエン２，６－ジイソシアネート）、及びビス－活性フッ素化合物（例えば、１，５－ジフルオロ－２，４－ジニトロベンゼン）を使用して作製され得る。例えば、リシン免疫毒素がＶｉｔｅｔｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製され得る。炭素－１４標識１－イソチオシアナトベンジル－３－メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ－ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドを抗体にコンジュゲートするための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照されたい。リンカーは、細胞内での細胞傷害性薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー、またはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５２：１２７－１３１（１９９２）、米国特許第５，２０８，０２０号）が使用され得る。
本明細書の免疫コンジュゲートまたはＡＤＣは、市販の（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ．，Ｕ．Ｓ．Ａ）社製の）、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ－ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ－ＥＭＣＳ、スルホ－ＧＭＢＳ、スルホ－ＫＭＵＳ、スルホ－ＭＢＳ、スルホ－ＳＩＡＢ、スルホ－ＳＭＣＣ、スルホ－ＳＭＰＢ、及びＳＶＳＢ（スクシンイミジル－（４－ビニルスルホン）ベンゾエート）を含むが、これらに限定されない架橋剤試薬を用いて調製されたコンジュゲートを明確に企図するが、これらに限定されない。
Ｖ．薬学的製剤
本発明に従って使用される免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ））及び共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、またはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））の治療製剤は、所望の純度を有するアンタゴニストを、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で、任意選択的な薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定剤と混合することによって、保管のために調製される。製剤に関する一般情報については、例えば、Ｇｉｌｍａｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｅｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，８ｔｈ Ｅｄ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９０、Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ（ｅｄ．），Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ，１９９０、Ａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０、及びＷａｌｔｅｒｓ（ｅｄ．）Ｄｅｒｍａｔｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ（Ｄｒｕｇｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ），Ｖｏｌ １１９，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，２００２を参照されたい。
許容される担体、賦形剤、または安定剤は、用いられる投薬量及び濃度ではレシピエントに対して非毒性であり、これらには、緩衝液、例えば、リン酸緩衝液、クエン酸緩衝液、及び他の有機酸緩衝液；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルまたはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；及びｍ－クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン；単糖、二糖、及び他の炭水化物、例えば、グルコース、マンノース、もしくはデキストリン；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質錯体）；ならびに／または非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が挙げられる。
本明細書の製剤は、１つより多くの活性化合物、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものも含み得る。かかる薬剤の種類及び有効量は、例えば、製剤中に存在するアンタゴニストの量及び種類、ならびに対象の臨床的パラメータに依存する。
活性成分は、例えば、コアセルベーション技法によって、または界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えば、それぞれ、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、及びナノカプセル）またはマクロエマルジョン中の、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセル及びポリ－（メチルメタシレート）マイクロカプセル中に封入される場合もある。かかる技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
持続放出調製物が調製され得る。持続放出調製物の好適な例としては、アンタゴニストを含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスが挙げられ、このマトリクスは、成形物品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態である。持続放出マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２－ヒドロキシエチル－メタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ－グルタミン酸とγエチル－Ｌ－グルタミン酸とのコポリマー、非分解性エチレン酢酸ビニル、分解性乳酸－グリコール酸コポリマー、例えば、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸－グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから構成される注射可能なミクロスフェア）、及びポリ－Ｄ－（－）－３－ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
インビボ投与に使用される製剤は、滅菌でなければならない。これは、滅菌濾過膜を通す濾過によって容易に達成される。
上記の製品のうちのいずれも、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストの代わりに、またはそれに加えて、本明細書に記載のイムノコンジュゲートを含み得ることを理解されたい。
ＶＩ．診断用キット及び製品
本明細書に記載されるように、個体由来の試料（例えば、全血試料、血漿試料、血清試料、またはそれらの組み合わせ）から、血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコア、またはｂＴＭＢスコア及び最大体細胞対立遺伝子頻度（ＭＳＡＦ）を決定することによって、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療から利益を享受し得る、がん（例えば、肺癌（例えば、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））、腎癌（例えば、腎尿路上皮癌）、膀胱癌（例えば、膀胱尿路上皮（移行細胞）癌）、乳癌、結腸直腸癌（例えば、結腸腺癌）、卵巣癌、膵癌、胃癌、食道癌、中皮腫、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））、甲状腺癌、肉腫（例えば、軟部組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨原性肉腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、平滑筋肉腫、または横紋筋肉腫）、前立腺癌、膠芽細胞腫、子宮頸癌、胸腺癌、白血病（例えば、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好酸球性白血病、または慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ））、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ））、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫（ＭＭ））、菌状息肉腫、メルケル細胞癌、血液悪性腫瘍、血液組織癌、Ｂ細胞癌、気管支癌、胃癌、脳または中枢神経系癌、末梢神経系癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌、肝臓癌、睾丸癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、副腎癌、腺癌、炎症性筋線維芽腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、結腸癌、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖障害（ＭＰＤ）、真性赤血球増加症、脊索腫、滑液腫瘍、ユーイング腫瘍、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨毛腫、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮性癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、肝細胞癌、甲状腺癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄化生、好酸球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、神経内分泌癌、またはカルチノイド腫瘍）を有する個体を特定するための１つ以上の試薬を含む診断及び予後キットが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、キットは、個体由来の試料（例えば、腫瘍試料）からｔＴＭＢスコアを決定するための１つ以上の試薬をさらに含む。
任意選択的に、キットは、個体由来の試料から得られたｂＴＭＢスコアが基準ｂＴＭＢスコアを超える場合、キットを使用して、がんを治療するための薬剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを選択するための説明書をさらに含み得る。別の例では、説明書は、個体由来の試料から得られたｂＴＭＢスコアが基準ｂＴＭＢスコア未満である場合、キットを使用して、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト以外の、またはそれに加えた抗がん療法を選択するためのものである。いくつかの例では、キットは、個体由来の試料から決定されたｂＴＭＢスコアとＭＳＡＦとの組み合わせに基づいて、キットを使用してがんを治療するための薬剤を選択するための説明書をさらに含み得る。いくつかの例では、キットは、個体由来の試料から決定されたｂＴＭＢスコアと個体由来の腫瘍試料から決定されたｔＴＭＢスコアとの組み合わせに基づいて、キットを使用してがんを治療するための薬剤を選択するための説明書をさらに含み得る。
免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを薬学的に許容される担体中に含む、免疫チェックポイント阻害剤が体細胞変異の存在に基づいて本明細書に記載のがんを有する患者を治療するためのものであることを示す添付文書と一緒にパッケージされる製品も本明細書に提供される。治療方法は、本明細書に開示される治療方法のうちのいずれかを含む。本発明は、パッケージ内で、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体）、共阻害分子に対して指向されるアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ－４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、もしくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、またはそれらの任意の組み合わせを含む薬学的組成物を組み合わせることを含む、製品を製造するための方法、及び個体由来の試料から得られたｂＴＭＢスコアに基づいて薬学的組成物が疾患または障害を有する患者を治療するためのものであることを示す添付文書にも関する。いくつかの実施形態では、添付文書は、個体由来の試料から得られたｂＴＭＢスコア及び個体由来の腫瘍試料から得られたｔＴＭＢスコアに基づいて薬学的組成物が疾患または障害を有する患者を治療するためのものであることを示す。
製品は、例えば、容器と、容器上のまたは容器に関連するラベルもしくは添付文書を含み得る。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ等が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチック等の様々な材料から形成され得る。容器は、活性薬剤としてがん薬剤を含む組成物を保持または収容し、滅菌アクセスポートを有し得る（例えば、容器は、皮下注射針によって穿刺可能なストッパーを有する静脈注射用溶液袋またはバイアルであり得る）。
製品は、薬学的に許容される希釈緩衝液、例えば、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンガー溶液、及び／またはデキストロース溶液を含む第２の容器をさらに含み得る。製品は、他の緩衝液、希釈液、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的観点及び使用者の観点から望ましい他の材料をさらに含み得る。
本発明の製品は、本明細書において、体細胞変異（複数可）の存在に基づいて、及び／またはバイオマーカーの発現（例えば、腫瘍細胞及び／または腫瘍浸潤免疫細胞におけるＰＤ－Ｌ１発現レベルなど）に基づいて、組成物ががんを治療するために使用されることを示す情報（例えば、添付文書の形態で）も含む。添付文書またはラベルは、紙面または電子媒体、例えば、磁気記録媒体（例えば、フロッピーディスク）、ＣＤ－ＲＯＭ、ユニバーサルシリアルバス（ＵＳＢ）フラッシュドライブ等の任意の形態をとり得る。ラベルまたは添付文書は、キットまたは製品内の薬学的組成物及び剤形に関する他の情報も含み得る。
以下は、本発明の方法の例である。上に提供される概要を考慮して、様々な他の実施形態が実施され得ることが理解される。
実施例１．方法
血液ベースのアッセイを使用して、アテゾリズマブを単剤療法として投与した２つの臨床試験、第ＩＩ相臨床試験ＰＯＰＬＡＲ（臨床試験識別番号ＮＣＴ０１９０３９９３）、及び第ＩＩＩ相臨床試験ＯＡＫ（臨床試験識別番号ＮＣＴ０２００８２２７）に登録された非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有する患者における、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）での治療に対する臨床応答と、血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアとの間の関連性を評価した。
試験デザイン
アテゾリズマブを単剤療法として投与したＰＯＰＬＡＲ試験及び／またはＯＡＫ試験に登録されたＮＳＣＬＣを有する患者由来の治療前血液試料を、ｂＴＭＢスコア及び／または最大体細胞対立遺伝子頻度（ＭＳＡＦ）について評価した。
ｂＴＭＢスコアについて評価したＰＯＰＬＡＲ（臨床試験識別番号ＮＣＴ０１９０３９９３）患者集団は、２７３名の患者からなった。患者は、局所進行性または転移性（例えば、ＩＩＩＢ期、ＩＶ期、または再発性）非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）；局所進行性、切除不能／手術不能、もしくは転移性ＮＳＣＬＣ、またはプラチナベースのアジュバント／ネオアジュバントレジメンでの治療の６ヶ月以内の疾患再発のためのプラチナ含有レジメンでの前治療中または前治療後の疾患増悪；ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によって定義される、測定可能な疾患；及び０または１の米国東海岸がん臨床試験グループ（ＥＣＯＧ）パフォーマンスステータスを有する場合、ＰＯＰＬＡＲ試験への登録に適格であった。参加者を、アテゾリズマブを３週間毎に１２００ｍｇの用量で静脈内に受けるか、またはドセタキセルを３週間毎に７５ｍｇ／平方メートル（ｍｇ／ｍ２）静脈内に受けるかのいずれかに無作為化した。参加者が臨床的利益を経験する限り、すなわち、疾患増悪に起因する許容できない毒性または症状悪化の不在下で、アテゾリズマブでの治療を継続した。
ｂＴＭＢスコアについて評価したＯＡＫ（臨床試験識別番号ＮＣＴ０２００８２２７）患者集団は、５８３名の患者からなった。患者は、局所進行性または転移性（例えば、ＩＩＩＢ期、ＩＶ期、または再発性）ＮＳＣＬＣ；局所進行性、切除不能／手術不能、もしくは転移性ＮＳＣＬＣ、またはプラチナベースのアジュバント／ネオアジュバントレジメンでの治療の６ヶ月以内の疾患再発のためのプラチナ含有レジメンでの前治療中または前治療後の疾患増悪；ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によって定義される、測定可能な疾患；及び０または１のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有する場合、ＯＡＫ試験への登録に適格であった。参加者を、アテゾリズマブを３週間毎に１２００ｍｇの用量で静脈内に受けるか、またはドセタキセルを３週間毎に７５ｍｇ／平方メートル（ｍｇ／ｍ２）静脈内に受けるかのいずれかに無作為化した。参加者が臨床的利益を経験する限り、すなわち、疾患増悪に起因する許容できない毒性または症状悪化の不在下で、アテゾリズマブでの治療を継続した。
ＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫの両方を良き臨床上の基準及びヘルシンキ宣言のガイドラインに完全に従って行い、全ての患者から同意書を得た。両試験の各参加場所についてのプロトコル承認を独立倫理委員会から得た。
ｂＴＭＢの分析を遡及的に行った。無増悪生存期間（ＰＦＳ）を、無作為化の日付と、ＲＥＣＩＳＴ ｖ．１．１を使用して治験責任医師によって評価される第１の実証された疾患増悪または任意の原因による死のいずれか先に生じた方の日付との間の期間と定義した。全生存期間（ＯＳ）を、無作為化の日付から任意の原因による死までの期間と定義した。治療アームを、バイオマーカー評価可能集団（ＢＥＰ）及びそれらの下位群における層別化なしの単変量Ｃｏｘ回帰モデルを使用して、またはＩＴＴ集団における（無作為化層別化因子によって）層別化されたＣｏｘモデルを使用して、ＯＳ及びＰＦＳについて別個に比較した。いずれの多重度補正もｐ値または信頼区間（ＣＩ）に適用しなかった。カプラン・マイヤー方法論を使用してＯＳ中央値及びＰＦＳ中央値を推定し、生存曲線を構築した。
各試験のＢＥＰを構成した患者を、以下のように定義した。
ＯＡＫ ＩＴＴ集団（Ｎ＝８５０）では、７９７個の試料が分析に利用可能であった。これらの試料のうち、１３個を１％超の試料汚染の理由により取り除き、４２個を８００Ｘ未満のエクソンカバレッジ中央値の理由により取り除き、１００個を１％未満の低ＭＳＡＦの理由により取り除いた。
ＯＡＫ ＢＥＰ（Ｎ＝６４２）にはＥＧＦＲ変異またはＡＬＫ再編成を有する５９名の患者が含まれており、５８３名は既知の改変を有しなかった。
ＰＯＰＬＡＲ ＩＴＴ集団（Ｎ＝２８７）では、２７３個の試料が分析に利用可能であった。これらのうち、６個を１％超の試料汚染の理由により取り除き、９個を８００Ｘ未満のエクソンカバレッジ中央値の理由により取り除き、４７個を１％未満の低ＭＳＡＦの理由により取り除いた。
ＰＯＰＬＡＲ ＢＥＰ（Ｎ＝２１１）にはＥＧＦＲ変異またはＡＬＫ再編成を有する１５名の患者が含まれており、１９６名は既知の改変を有しなかった。
これらの２つの試験の有効性結果を実施例２の表８及び表９に要約する。
血漿単離及び無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）抽出
臨床試料を－８０℃で保管された凍結血漿として受け取った。血漿を解凍し、１６，０００×ｇでの第２の遠心分離を４℃で２０分間行い、その後、上清を血漿として収集してｃｆＤＮＡ抽出のために使用した。血漿を６０℃で２０分間にわたってプロテイナーゼＫで処理し、１．２５倍体積のｃｆＤＮＡ結合溶液（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ ＭＡ）及び５００ｎｇ／ｍＬの常磁性ＭＹＯＮＥ（商標）ＳＩＬＡＮＥビーズ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）と混合した。ビーズをｃｆＤＮＡ洗浄溶液（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で２回洗浄し、８０％エタノールで２回洗浄し、ｃｆＤＮＡ溶出溶液（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中に溶出させた。ｃｆＤＮＡ濃度を、１００～７００の塩基対の断片に焦点を当てることによって、４２００ ＴａｐｅＳｔａｔｉｏｎ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）でＤ１０００ ＳｃｒｅｅｎＴａｐｅアッセイを使用して決定した。２０～１００ｎｇのｃｆＤＮＡをライブラリ構築に使用した。
ライブラリ構築
ライブラリ構築を、ライブラリ収率及び複雑度を最大化する「ビーズを用いた」プロトコルを使用して、末端修復、ｄＡ付加、及びライゲーションのための混合物を含有するＮＥＢＮＥＸＴ（登録商標）ライブラリ調製試薬（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ Ｉｎｃ．）を用いたＢＲＡＶＯ（商標）Ｂｅｎｃｈｂｏｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）自動化システムで行った。一組の特別に設計された断片レベルインデック付きアダプターを各インプット二重ｃｆＤＮＡ断片の両末端にランダムにライゲートした。ライゲートされた配列決定ライブラリを、高忠実度ポリメラーゼ（Ｋａｐａ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ ＭＡ）を用いてユニバーサルＰＣＲプライマー及びインデックス付きＰＣＲプライマーで１０サイクルのＰＣＲ増幅を行い、１．８倍ＳＰＲＩ精製し、ＰＩＣＯＧＲＥＥＮ（登録商標）ＤＮＡ定量化溶液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によって定量化した。５００～２，０００ｎｇの配列決定ライブラリをもたらした試料をハイブリッド捕捉に進めた。
パネル設計、ハイブリッド捕捉、及び配列決定
溶液ハイブリダイゼーションを、５０倍超のモル過剰の別個に合成された５’ビオチン化ｓｓＤＮＡオリゴヌクレオチド「ベイト」プール（アッセイベイトセットバージョンＴ７）（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を使用して行った。ベイトセットは、１．１２５コーディングメガベース（Ｍｂ）のヒトゲノムを標的とした。ベイト設計及びハイブリダイゼーション捕捉を、５００～２，０００ｎｇの配列決定ライブラリを使用して行い、ヒトＣｏｔ－１ ＤＮＡ、剪断したサケ精子ＤＮＡ、及びアダプター特異的遮断オリゴヌクレオチドと共に凍結乾燥させ、水中に再懸濁させ、９５℃で５分間熱変性させ、６８℃でインキュベートし、最後にベイトセットをハイブリダイゼーション緩衝液に添加した。ハイブリダイゼーション反応物を６８℃で１２～２４時間インキュベートし、ライブラリ－ベイトセット二重物を常磁性ＭＹＯＮＥ（商標）ストレプトアビジンビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上で捕捉した。標的外ライブラリを、２５℃の１倍生理食塩水－クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）緩衝液で１回及び５５℃の０．２５倍ＳＳＣで４回洗浄することによって除去した。ＰＣＲマスターミックス（Ｋａｐａ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）をビーズに直接添加して、捕捉したライブラリを増幅した。試料を、１．８倍固相可逆的固定化（ＳＰＲＩ）精製し、ＰＩＣＯＧＲＥＥＮ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）によって定量化した。ライブラリを１．０５ｎＭに正規化し、プールし、フローセルでの直接の鋳型伸長反応のためにＩｌｌｕｍｉｎａ ｃＢｏｔに装填し、これを２×１５１ｂｐでのＩｌｌｕｍｉｎａ ＨＩＳＥＱ（登録商標）４０００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）に装填した。
ｂＴＭＢスコア及びアテゾリズマブの有効性の分析
体細胞変異を特定し、ｂＴＭＢスコアを計算するために、各患者から得られた（ＥＤＴＡまたはＳｔｒｅｃｋ管内に収集された）全血試料を一連の回転により処理して血漿を単離し、これから無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を配列決定分析のために抽出した。具体的には、少なくとも２０ｎｇの精製されたｃｆＤＮＡをライブラリ構築のために使用した。次世代配列決定ライブラリを、断片バーコード及びハイブリッド捕捉を使用して構築して、およそ１．１２５Ｍｂのエクソームをカバーした所定の組の３９４個の遺伝子を分析及び配列決定した。具体的には、精製されたライブラリを、３９４遺伝子ベイトセットを使用してハイブリッド捕捉し、その後、さらに精製し、プールし、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＨＩＳＥＱ（登録商標）４０００配列決定システムに装填した。配列決定されたライブラリをアラインし、選別した。バリアントを低い対立遺伝子頻度で正確にコールし、配列決定、ＰＣＲ、またはＤＮＡ損傷関連エラーからのアーチファクトを最小限に抑えるために、配列決定されたライブラリを、断片バーコードの使用によりエラーを補正するｃｆＤＮＡ計算パイプラインによって処理した。簡潔には、十分に高い深度まで配列決定して、各試料中の最も多いＤＮＡ断片についての複数の観察を得ることによって、かつ断片バーコードを使用して、ライブラリ調製及び配列決定中に導入されたエラーを正確に検出及び除外することによって、断片バーコードエラー補正を行った。エラーが補正されたリードをｈｇ１９基準ゲノムにアラインし、塩基置換をコールした。ライブラリサイズは、Ｃｈａｌｍｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ．９（３４），２０１７）に記載の方法論に従ってＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）からの全エクソーム配列（ＷＥＳ）データを使用して計算されたｂＴＭＢスコアの比較分析に基づいた。この分析では、エクソームの０．５Ｍｂまたは１．０Ｍｂをカバーする配列データを使用して計算されたｂＴＭＢスコア１０が、ＷＥＳデータを使用して計算されたｂＴＭＢスコア１０から、それぞれ、２０％または１０％のみ逸脱したことが見出された。この分析は、約０．５Ｍｂのコーディングゲノムを標的とする配列決定ライブラリが、全エクソームの配列決定と比較してｂＴＭＢを正確に評価することができることを示した。
ｂＴＭＢスコアを、体細胞、コーディング、塩基置換の数として測定した。同義改変を含む標的とされた遺伝子のコーディング領域内の全ての塩基置換を最初にカウントし、その後、以下に記載されるようにフィルタリングした。非コーディング改変をカウントしなかった。ＣＯＳＭＩＣデータベース（Ｆｏｒｂｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４３：Ｄ８０５－１１）に既知の体細胞改変として列記される改変及び腫瘍抑制因子遺伝子における切断をカウントしなかった。体細胞－生殖系列－接合性（ＳＧＺ）アルゴリズムによって生殖系列であると予測された改変をカウントしなかった（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１４；７４（１９Ｓ）：１８９３－１８９３）。ＳＧＺ法は、体細胞または生殖系列である可能性があるものとしてのバリアントの状態を特徴付けするためのゲノム規模でのコピー数及び腫瘍／正常混合物の統計モデルを利用する。残りの変異をそれらの予測されたドライバー状態に従ってさらにフィルタリングして、捕捉に使用された遺伝子に関連する偏向を最小限に抑えた。評価された臨床検体のコホートにおいて生殖系列であると反復的に予測された改変をカウントしなかった。ｄｂＳＮＰデータベース（Ｓｈｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２９（１）：３０８－１１）に列記される既知の生殖系列改変をカウントしなかった。エクソーム集約コンソーシアム（ＥｘＡＣ）データベースにおける２以上のカウントで生じる生殖系列改変をカウントしなかった（Ｌｅｋ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ２０１６；５３６：２８５－９１）。加えて、既知の変異であるか、またはがんにおけるドライバー変異である可能性が高いものとみなされる塩基置換をｂＴＭＢ計算から除外して、遺伝子パネルに関連する偏向に対抗した。
ｃｔＤＮＡの総量を推定し、ＭＳＡＦを計算するために、各患者から得られた血液試料における体細胞変異を上述のように特定した。その後、１試料につき２０％未満の最も一般的に存在する対立遺伝子（例えば、体細胞変異を有する遺伝子バリアント）の頻度をＭＳＡＦとして特定した。
ＢＥＰを、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアを有する患者と定義した。以下の例のうちのいずれかでは、ＢＥＰを、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコア及び所定のＭＳＡＦを有する患者、または所定のＭＳＡＦのみを有する患者と定義した。
分析的検証
ｂＴＭＢアッセイの分析的検証の一環として、以前に検証されたＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）ＴＭＢ法と本明細書に記載のｂＴＭＢ法との間の一致分析を、分割され、両アッセイによって分析された非試験用試料（Ｎ＝６９）の独立コホートを使用して行った。
血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）アッセイの分析的検証は、ｂＴＭＢカウントの精度及び状態の信頼性の両方の確立、ならびにＭＳＡＦに焦点を当てたものであった。ｂＴＭＢカウントを、３９４個の遺伝子（約１．１Ｍｂ）のコーディング領域にわたって０．５％以上の対立遺伝子頻度で存在する全ての塩基置換を特定し、かつｄｂＳＮＰデータベース及びＥｘＡＣデータベースと比較することによって生殖系列事象をフィルタリングすることによって決定した。加えて、これらのデータベースには見られない珍しい生殖系列事象を、コピー数モデリングを使用して生殖系列状態確率を割り当てる体細胞－生殖系列－接合性アルゴリズムを使用して除去した（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ １４（２）：ｅ１００５９６５，２０１８を参照のこと）。残りの変異をそれらの予測されたドライバー状態に従ってさらにフィルタリングして、捕捉に使用された遺伝子に関連する偏向を最小限に抑えた。ＭＳＡＦによる腫瘍分率の推定を、それらのドライバー状態にかかわらず、２０％超の確認された体細胞塩基置換に対する最も高い対立遺伝子分率に従って定義する。この閾値を、推定に影響を及ぼす高異数性腫瘍における珍しい生殖系列事象が生じる可能性を最小限に抑えるように選んだ。
以前に分析的に検証されたＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）に対するｂＴＭＢにおけるバリアント対立遺伝子頻度コールの一致を以下のように評価した。陽性一致率（ＰＰＡ）または感度を、ｂＴＭＢアッセイ及びＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）の両方によって検出されたバリアントの数をＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）アッセイによって検出されたバリアントの数で割ることによって測定した。陽性予測値（ＰＰＶ）を、ｂＴＭＢアッセイ及びＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）の両方によって検出されたバリアントの数をｂＴＭＢアッセイによって検出されたバリアントの数で割ることによって測定した。ＰＰＡもＰＰＶもいずれも、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＡＣＴ（登録商標）アッセイによってカバーされた領域である、両アッセイによって標的とされた領域に限定した。
ｂＴＭＢの精度を、ＴＭＢの全エクソーム配列決定測定値と十分に相関することが以前に示された直交的に検証された方法（ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）ＴＭＢ）に対して評価した。比較可能性を、ＰＰＡ及び陰性一致率（ＮＰＡ）の両方を評価することによって確立した。加えて、ＭＳＡＦ値の精度を、希釈系列において観察された値を予想された値と比較することによって評価した。
ｂＴＭＢカウント（スコア）の精度を、２３の群にわたって合計７７個の試料の平均変動係数（ＣＶ）を測定することによって確立し、ｂＴＭＢカウントは、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）（０～３４の変異）を有する患者において観察された臨床的に有意な範囲に及んだ。各複製群内で、試料を過半数コールに対して評価し、再現性を１６以上のｂＴＭＢスコアに従って計算した。ＭＳＡＦの精度を３８の群にわたって１２７個の複製試料から同様に計算し、信頼性をｃｆＤＮＡ試料において１％以上のＭＳＡＦの品質管理基準に従って決定して、信頼できる正確なｂＴＭＢをコールを作成した。
ＭＳＡＦ値の精度を評価するために、６つの異なるがん基準細胞株から抽出されたＤＮＡを非腫瘍細胞株由来のＤＮＡに希釈して、０．１％～２０％のＭＳＡＦ値範囲を反映した。ＭＳＡＦの精度を、６つ全ての細胞株にわたって観察された値及び予想された値から線形回帰を評価することによって決定し、決定係数（Ｒ２）を各それぞれの細胞株について計算した。平均Ｒ２値を６つ全ての測定値から計算した（表３）。
Ｆｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３１：１０２３－１０３１，２０１３に記載されるように、ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ（Ｆ１）アッセイを使用してＰＯＰＬＡＲ試験及びＯＡＫ試験由来のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織試料で包括的ゲノムプロファイリングを行った後に、組織からの腫瘍変異量（ｔＴＭＢ）を決定した。腫瘍純度を、ゲノムにわたるカバレッジ（対照と比較して）及び単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）対立遺伝子頻度に基づいて、コピー数モデルから計算的に導き出した（Ｆｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（上記参照））。ｔＴＭＢを、以前に説明されているように（Ｃｈａｌｍｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ．９：３４－０１７－０４２４－２，２０１７）、既知の発がん性ドライバーである可能性が高い事象及び生殖系列ＳＮＰの除去後の、体細胞、コーディング、単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）の数、ならびに５％以上の対立遺伝子頻度で検出された挿入及び欠失（インデル）と定義した。アーチファクト除去を、以前に説明されているように（Ｆｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（上記参照））、正常な健常ＦＦＰＥ組織から成るアーチファクトデータベースとの比較及び鎖偏向についての計算フィルタリングによって行った。
血液ベースのＴＭＢ（ｂＴＭＢ）アッセイは、ゲノム内に１．１Ｍｂのコーディング領域を含む、Ｆ１ ＴＭＢ試験と全く同じハイブリダイゼーション捕捉パネルを使用する。このパネルについては、Ｃｈａｌｍｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（上記参照）に詳述されている。Ｃｈａｌｍｅｒｓらが３１５個の遺伝子について述べているが、この数は、Ｆ１試験におけるがんに関連する特異的改変の報告のために使用された遺伝子を指す。Ｆ１報告書には含まれておらず、それ故に、Ｃｈａｌｍｅｒｓの参考文献には記載されていない目的とする探索的遺伝子とみなされるＣｈａｌｍｅｒｓらによって説明された技術に含まれるさらに７９個の遺伝子が存在する。しかしながら、Ｃｈａｌｍｅｒｓの試験で利用されたベイトセット（１．１Ｍｂ）は、本明細書に記載のベイトセットと同じである。この試験において完全な１．１ＭｂをｂＴＭＢの計算に使用した。
ｂＴＭＢスコアの精度を、ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）（Ｆ１）ワークフローの一環である直交的に検証された方法を使用して１０以上または１６以上のコールＴＭＢの一致を評価することによって確立した。この方法は、ｂＴＭＢアッセイについて記載のものと同様の研究室ワークフローを使用するが、このプロセスを、２０％以上の腫瘍含有量を有するホルマリン固定パラフィン包埋組織試料のために最適化した。さらに、ｂＴＭＢ計算分析は、第一に、血液ベースのアッセイが単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）コールのみを使用してｂＴＭＢを決定する一方で、ｔＴＭＢアッセイがＳＮＶ及び挿入または欠失の両方を使用するという点、第二に、ｂＴＭＢ計算パイプラインがｔＴＭＢと比較してはるかに低い対立遺伝子頻度（０．５％）までＳＮＶをコールするという点の２つの点で組織ベースのＴＭＢ（ｔＴＭＢ）計算とは異なる。したがって、両パイプラインにより分析された同じ次世代配列決定（ＮＧＳ）データは、所与の試料における遺伝的バリアントのスペクトルに応じて、いくらか異なる結果をもたらす。合計６９個の試料をＤＮＡ抽出段階後に分割し、各別個のプロセスに従って分析した。ＰＰＡを、１６以上の直交的に決定されたＴＭＢ値として定義された真陽性の数を真陽性と偽陰性との合計で割ることによって計算した。ＮＰＡを、１６未満の直交的に決定されたＴＭＢ値として定義された真陰性の数を全ての真陰性と偽陽性との合計で割ることによって計算した。ＰＰＶも、真陽性の数を全ての真陽性と偽陽性との合計で割ることによって計算した。同様の分析を１０のｂＴＭＢカットポイントに行った。
ｂＴＭＢ計算のＰＰＶも精度もいずれも、ｃｆＤＮＡ試料中の腫瘍含有量（ＭＳＡＦ）の影響を受ける。したがって、１０以上または１６以上の一致したｂＴＭＢバイオマーカースコアを維持するために必要な最小ＭＳＡＦの評価を、開始ｂＴＭＢ値の範囲の１２９個の人為的腫瘍細胞株ＤＮＡ試料を使用して評価し、正常なＤＮＡ中に連続希釈して０．１％に至るまでのＭＳＡＦ値の範囲をもたらした。各ＭＳＡＦ複製群の場合、１６以上のｂＴＭＢ状態を非希釈試料状態と比較し、結果として生じた累積状態再現性を２０％のＭＳＡＦから開始して０．１％のＭＳＡＦに至るまで計算した。
加えて、エクソン標的カバレッジ中央値の品質管理測定基準を、８個の臨床検体のインシリコダウンサンプリングを使用してｂＴＭＢスコア及びＭＳＡＦ値の両方の精度を評価することによって評価した。インシリコカバレッジダウンサンプリングを、２０００倍から８００倍に至るまでのエクソンカバレッジ中央値を反映するようにコンセンサスリードの総数をランダムに減少させることによって行った。各それぞれのカバレッジで、ＣＶを計算するために１０個のインシリコ複製物を評価し、過半数の試料における３０％未満のｂＴＭＢスコア及びＭＳＡＦ計算の両方の平均ＣＶをもたらした最も低いカバレッジを選んだ。
少なくとも８００倍の配列カバレッジを達成するための最小ｃｆＤＮＡインプット質量を、１，０００個超の臨床試料にわたるインプット質量と配列カバレッジとの間の関係を評価することによって決定した。１００％頻度で少なくとも８００倍のカバレッジを達成した最も低い質量を、最小ｃｆＤＮＡインプット質量として選んだ。
ピアソンの相関及びスピアマンの相関、変動係数、ＰＰＡ、ＮＰＡ、ＰＰＶ、及びＮＰＶを含む、前述のアッセイ性能測定基準を計算するための統計的方法を、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ ＥＸＣＥＬ（登録商標）（２０１６ ＭＳ Ｏｆｆｉｃｅ）によって提供される統計ソフトウェアまたはＪＭＰソフトウェア（著作権：ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．）を使用して行った。
ＴＭＢアッセイの模擬感度及び特異度を、その計算に使用したパネルのサイズに従って示す（図１５）。これらの値を生成するために、合計２５０万回のランダムサンプリングを各パネルサイズ（５Ｍｂから５０Ｋｂに至るまで）及び全エクソームＴＭＢ（１００ｍｕｔ／Ｍｂから０．５ｍｕｔ／Ｍｂに至るまで）に対して行った。１４ｍｕｔ／Ｍｂ以上もしくは１４ｍｕｔ／Ｍｂ未満のＴＭＢ値、またはｂＴＭＢアッセイからの合計１６の変異を維持したサンプリングの分率を、基礎をなす全エクソームから導き出されたＴＭＢ値と比較し、各それぞれのパネルサイズについて計算した。結果を、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅデータベースを使用してＮＳＣＬＣを有する患者から得られたＴＭＢ値の実世界分布と比較した（ｎ＝１９，３２０）。感度を、全ての真陽性と偽陰性との合計で割った真陽性の分率として計算し、特異度を、全ての真陰性と偽陽性との合計で割った真陰性の数として計算した。プロットした値は、この分析から得られた結果を表し、共有領域は、少なくとも８５％の感度及び特異度を維持するために必要なパネルのサイズを表す。
腫瘍試料におけるＰＤ－Ｌ１発現の免疫組織化学的（ＩＨＣ）分析
ホルマリン固定パラフィン包埋組織切片を脱パラフィン化し、その後、抗原を回収し、遮断し、一次抗ＰＤ－Ｌ１抗体とインキュベートした。二次抗体とインキュベートし、酵素着色した後、切片を対比染色し、一連のアルコール及びキシレン中で脱水した後、カバースリップした。
以下のプロトコルをＩＨＣに使用した。Ｖｅｎｔａｎａ Ｂｅｎｃｈｍａｒｋ ＸＴまたはＢｅｎｃｈｍａｒｋ Ｕｌｔｒａシステムを使用して、以下の試薬及び材料を使用したＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ染色を行った。
一次抗体：抗ＰＤ－Ｌ１ウサギモノクローナル一次抗体（ＳＰ１４２）
検体の種類：腫瘍試料のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）切片
エピトープ回収条件：細胞条件付け、標準１（ＣＣ１、Ｖｅｎｔａｎａ、カタログ番号９５０－１２４）
一次抗体条件：１／１００、６．５μｇ／ｍＬ、３６℃で１６分間
希釈剤：抗体希釈緩衝液（担体タンパク質及びＢＲＩＪ（商標）－３５を含有するトリス緩衝生理食塩水）
陰性対照：６．５μｇ／ｍｌのナイーブウサギＩｇＧ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）または希釈剤のみ
検出：ＯｐｔｉｖｉｅｗまたはｕｌｔｒａＶｉｅｗ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＤＡＢ検出キット（Ｖｅｎｔａｎａ）、及び増幅キット（該当する場合）を製造業者（Ｖｅｎｔａｎａ）の指示に従って使用した。
対比染色：Ｖｅｎｔａｎａ Ｈｅｍａｔｏｘｙｌｉｎ ＩＩ（カタログ番号７９０－２２０８）／ブルーイング試薬（カタログ番号７６０－２０３７）（それぞれ、４分間及び４分間）
Ｖｅｎｔａｎａベンチマークプロトコルは、例えば、全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／１８３３２６号に記載されている。
腫瘍試料を、それぞれ、表４及び表５に示される診断評価の両基準に従って、腫瘍浸潤免疫細胞及び腫瘍細胞におけるＰＤ－Ｌ１陽性についてスコア化した。
実施例２．ｂＴＭＢスコアとアテゾリズマブでの治療に対するＮＳＣＬＣを有する患者の臨床応答との間の関連性の分析
ｂＴＭＢスコアをアテゾリズマブ治療に対する患者応答の予測バイオマーカーとして使用することができるかを評価するために、ｂＴＭＢスコアを、実施例１に記載のＰＯＰＬＡＲ試験またはＯＡＫ試験における患者から得られた治療前血液試料で評価した。ＰＯＰＬＡＲ試験及びＯＡＫ試験からの全生存期間（ＯＳ）及び無増悪生存期間（ＰＦＳ）を、それぞれ、４以上～２０以上と４以上～２６以上との間の、基準スコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアに基づいて診断陽性（Ｄｘ＋）であった患者において観察した（図１Ａ、１Ｂ、２Ａ、及び２Ｂ）。ＰＦＳ利益及びＯＳ利益が、ＰＯＰＬＡＲにおける１０以上と２０以上との間（例えば、１２以上と２０以上との間）の全てのｂＴＭＢスコアカットオフで観察された（図１Ａ及び１Ｂ）。基準ｂＴＭＢスコア１８以上のｂＴＭＢスコアを有するＤｘ＋患者は、ＰＯＰＬＡＲ試験及びＯＡＫ試験の両方においてアテゾリズマブ治療から診断陰性（Ｄｘ－）患者よりも高いＰＦＳ利益を得ることが見出された（図３Ａ、３Ｂ、４Ａ、及び４Ｂ）。アテゾリズマブ治療からのＰＦＳ利益は、ＯＡＫ試験において基準ｂＴＭＢスコア１６または１４以上のｂＴＭＢスコアを有するＤｘ＋患者でも観察された（図５Ａ、５Ｂ、６Ａ、及び６Ｂ）。ｂＴＭＢスコアは、ＰＯＰＬＡＲデータとＯＡＫデータを組み合わせたときにより良好なＰＦＳに関連することが見出された（図７Ａ及び７Ｂ）。ｂＴＭＢスコアのＰＯＰＬＡＲ患者集団及びＯＡＫ患者集団における有効性エンドポイントとの関連性の要約を、以下の表８及び表９に提示する。これらの結果は、ｂＴＭＢスコアをアテゾリズマブ治療に対する患者応答の予測バイオマーカーとして使用することができることを実証する。これらの試験からの結果は、以下でさらに詳細に論じられている。
ＰＯＰＬＡＲ
ＰＯＰＬＡＲにおけるＩＴＴ集団の２８７名の患者のうち、２７３名が、遡及的ｂＴＭＢ分析に利用可能なベースライン（第１サイクル１日目治療前）血漿試料を有した。準最適試料体積のため、２７３個の試料（ＢＥＰ）のうち２１１個が、最低８００倍のカバレッジを達成した。臨床病理学的及び人口統計学的変数は、ＰＯＰＬＡＲ試験においてＩＴＴ集団とＢＥＰとの間で一致していた（表６）。ＰＦＳについてＢＥＰと比較して同等の臨床的利益がＰＯＰＬＡＲ ＩＴＴ集団で観察された（ＩＴＴ ＨＲが０．９２に対して、ＢＥＰ ＨＲが０．９０）及びＯＳ（ＩＴＴ ＨＲが０．６９に対して、ＢＥＰ ＨＲが０．６８）（図１Ａ及び１Ｂ）。ＰＯＰＬＡＲにおけるｂＴＭＢスコア中央値は、８変異（四分位下限：４変異、四分位上限：１７変異）。
我々は、ＰＯＰＬＡＲにおけるｂＴＭＢと臨床転帰との間の関連性をある範囲の基準ｂＴＭＢスコア（別名、「ｂＴＭＢカットポイント」）にわたって探究し、ｂＴＭＢ整数値は、４以上～２０以上の変異であった。ＰＦＳ利益及びＯＳ利益は、ｂＴＭＢスコアカットポイント１０以上で観察された（図１Ａ及び１Ｂ）。例えば、改善されたＰＦＳ及びＯＳ利益は、ＰＯＰＬＡＲ試験におけるＢＥＰ及びＩＴＴ集団に対して全ての３つのｂＴＭＢカットポイント、１０以上、１６以上、及び２０以上で観察された（図１Ａ及び１Ｂ）。１０以上及び２０以上のＣＩ９５％の上界は、ＰＦＳ ＨＲでは１超であり、ＯＳ ＨＲでは２０以上であった。ｂＴＭＢカットポイント１６以上で、ＰＦＳ ＨＲは、０．５７であった（ＣＩ９５％、０．３３～０．９９）（図１Ａ－１Ｃ）。ｂＴＭＢ１６以上で、ＰＦＳ中央値は、アテゾリズマブアームでは４．２ヶ月であり、ドセタキセルアームでは２．９ヶ月であり、それぞれのＯＳ中央値は、それぞれ、１３．０ヶ月及び７．４ヶ月であった。１６以上のｂＴＭＢを有する患者は、ドセタキセルと比較してアテゾリズマブでより長いＰＦＳを有した（相互作用Ｐ＝０．０５５）（図１Ｄ）。ＰＯＰＬＡＲ試験のＢＥＰにおけるｂＴＭＢ１６以上の有病率は、２９．９％であった。ｂＴＭＢ１６以上の下位群及び１６未満の下位群における全生存期間のカプラン・マイヤー推定値を、それぞれ、図１Ｅ及び図１Ｆに示す。
カットポイント１６以上でのｂＴＭＢアッセイの技術的性能及び１０以上または２０以上と比較してより強力なＰＦＳ治療効果に基づいて、１６以上をＯＡＫ試験における確認分析のために選択した。
ＯＡＫ
ｂＴＭＢがＰＯＰＬＡＲにおける有効性に関連したことを実証した後、ｂＴＭＢ分析を、極めて重要なＯＡＫ試験由来の血漿試料を使用して行った。臨床転帰を有する７９７名の患者由来のベースライン血漿試料を分析し、５８３名（ＢＥＰ）は、１％以上の腫瘍含有量（ＭＳＡＦ）で最低８００倍を達成するのに十分なｃｆＤＮＡを有した。ＯＡＫ試験における一次分析ＩＴＴ集団（Ｎ＝８５０）とＢＥＰ（Ｎ＝５８３）との間の人口統計は、ＢＥＰ由来のＥＧＦＲ及びＡＬＫドライバー変異の排除を除いて、両治療アームにわたって類似していた（故に、これらの患者は将来のがん免疫療法試験に登録されないであろう）。表７を参照されたい。ＯＡＫにおいて、転帰は、ＩＴＴ（ＰＦＳ：ＨＲ０．９５、ＯＳ：ＨＲ０．７３）よりもＢＥＰ（ＰＦＳ：ＨＲ０．８７、ＯＳ：ＨＲ０．６４）において良好であった（図５Ａ及び５Ｂ）。
ｂＴＭＢ１６以上を有するＯＡＫ患者は、ドセタキセルと比較してアテゾリズマブで有意なＰＦＳ利益（ＨＲ０．６５、ＣＩ９５％、０．９２に対して０．４７、Ｐ＝０．０１３）を有した（図５Ａ）。バイオマーカーのＰＦＳとの関連性が独立して検証されたが、ｂＴＭＢの高い下位群は、ＢＥＰと比較してＯＳのさらなる改善を示さなかった（ＨＲ０．６４［ＣＩ９５％：０．４４、０．９２］、Ｐ＝０．０１７）（図５Ｃ及び５Ｄ）。ＢＥＰで観察されたＯＳ利益は、バイオマーカー陽性下位群で維持された。ＯＳ中央値は、ドセタキセルアームの６．８ヶ月と比較して、アテゾリズマブ治療アームのｂＴＭＢ１６以上を有する患者では１３．５ヶ月であった。ｂＴＭＢスコア１６以上の間の相互作用は、ＰＦＳについて有意であった（相互作用ｐ値：０．０３６）。ＯＡＫ ＢＥＰにおけるｂＴＭＢ１６以上の有病率は、２７％であった。ＰＯＰＬＡＲで観察された改善されたＯＳ利益を検証することができないのは、ＯＡＫ ＢＥＰにおける優れたＯＳ ＨＲ（０．６４）に起因する可能性があると考えられる。これらの結果は、１６以上のｂＴＭＢスコアが、アテゾリズマブから利益を享受する患者、例えば、アテゾリズマブ治療からのＰＦＳ利益を再現性良く特定することを示唆する。
多変量適応回帰スプライン（ＭＡＲＳ；Ｆｒｉｅｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｓｔａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｅｄ．Ｒｅｓ．４：１９７－２１７，１９９５）を使用して、我々は、ＰＦＳ ＨＲとカットポイント値との間の関係をモデル化した。ＯＡＫにおけるこのデータ駆動型アプローチは、１２～１８の「エルボー」領域（図２Ｃ）を示唆し、これは、ＰＯＰＬＡＲデータの分析から繰り越されたカットポイント値１６と一致している。
さらなる探索的分析を様々なｂＴＭＢカットポイントで行った。ＰＯＰＬＡＲで観察されたことと同様に、ｂＴＭＢのＰＦＳ利益との関連性が最小１０変異のｂＴＭＢカットポイントで観察された（図２Ａ）。全体的に見て、増加するｂＴＭＢスコアとＰＦＳ転帰との間にはっきりとした単調な関係があった（図２Ａ）。同様であるが、比較的強制的ではない単調な傾向がＯＳについて観察された（図２Ｂ）。とりわけ、ＯＳとの関連性は、最も高いｂＴＭＢカットポイントでのみ観察された（ｂＴＭＢ２４以上及び２６以上）（図２Ｂ）。この下位群の低い有病率を考慮して、我々は、ＰＯＰＬＡＲ試験におけるこの観察の再現性を評価することができなかった。最良の全奏効率は、ｂＴＭＢ１６以上の患者においてドセタキセル（１０％）に対してアテゾリズマブ（２１％）での利益に傾いた（図８）。
要約
総合的に、これらのデータは、ｂＴＭＢスコアが、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）を含む治療の治療有効性を予測する予測バイオマーカーとしての機能を果たすことができることを示す。その結果として、ｂＴＭＢスコアの評価を使用して、例えば、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ）を含む治療からＰＦＳ利益、ＯＳ利益、またはＰＦＳ利益及びＯＳ利益の両方を得るがん（例えば、ＮＳＣＬＣ）を有する患者を特定することができる。ＤＮＡ源として組織の代わりに血液試料（例えば、血漿）を使用することにより、ｂＴＭＢアッセイは、生検を受けられない患者または腫瘍組織が入手できない患者、例えば、転移性ＮＳＣＬＣを有する患者にとって特に魅力的な代替案になる。治療有効性（例えば、ＰＦＳに関して）を予測するバイオマーカーとしてのｂＴＭＢの特定は、例えば、第一線状況において、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト、例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、アテゾリズマブ）について患者を特定する際に重要な要素であり得る。これらのデータは、ｂＴＭＢが、アテゾリズマブからＰＦＳ利益を得て、第二線状況においてＯＳ利益を保持した、ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣによって特定されない患者集団を特定することも示す。第一線状況への同様の適用が、例えば、分子試験のための組織を欠くＮＳＣＬＣを有する患者の３０％において適切であり得る。
実施例３：ｂＴＭＢは、ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ及び組織像とは無関係である。
ＯＡＫにおけるｂＴＭＢ下位群の臨床的特徴を表１０及び表１１に示す。ＯＡＫ ＢＥＰ内で、陽性ｂＴＭＢ状態（１６以上）は、喫煙と関連し（Ｐ＝１．３ｅ－１０）、激しい変異原曝露、ベースラインでの標的病変のＳＬＤ（Ｐ＝４．８ｅ－０８）、転移性部位の数（Ｐ＝０．００５５）、及びＰＤ－Ｌ１発現（ＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３（Ｐ＝０．００６２）と一致していた（表１０）。ベースライン特性は、１６以上のｂＴＭＢカットポイントを超える治療アーム間で平衡していた（表１１）。非扁平上皮組織像を有する患者の平均ｂＴＭＢ値は、１１．２２（ＣＩ９５％：１０．０９、１２．３６）であり、扁平上皮組織像を有する患者では１２．４（ＣＩ９５％：１１、１３．８）であった（図１０）。
ＴＣ０及びＩＣ０：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣ及びＩＣ１％未満、ＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣまたはＩＣ１％以上、ＴＣ２／３またはＩＣ２／３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣまたはＩＣ５％以上、ＴＣ３またはＩＣ３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣ５０％以上またはＩＣ１０％以上。
ａ「ＴＣ３またはＩＣ３」は、ＴＣ３ＩＣ３バイナリ病理学者読み取りデータからのものであり、「ＴＣ２／３またはＩＣ２／３」及び「ＴＣ２／３」は、ＴＣ２ＩＣ２病理学者読み取りデータからのものであり、「ＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３」、「ＴＣ０及びＩＣ０」、及び「ＴＣ１２３」は、ＴＣ１ＩＣ１病理学者読み取りデータからのものであった。
ＴＣ０及びＩＣ０：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣ及びＩＣ１％未満、ＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣまたはＩＣ１％以上、ＴＣ２／３またはＩＣ２／３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣまたはＩＣ５％以上、ＴＣ３またはＩＣ３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣ５０％以上またはＩＣ１０％以上。
ａ「ＴＣ３またはＩＣ３」は、ＴＣ３ＩＣ３バイナリ病理学者読み取りデータからのものであり、「ＴＣ２／３またはＩＣ２／３」及び「ＴＣ２／３」は、ＴＣ２ＩＣ２病理学者読み取りデータからのものであり、「ＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３」、「ＴＣ０及びＩＣ０」、及び「ＴＣ１２３」は、ＴＣ１ＩＣ１病理学者読み取りデータからのものであった。
ｂ比較のために、ｔＴＭＢアッセイに基づいて１６以上のベースラインＳＬＤ中央値は、７８．４（１５、２８１．６）であり、１６未満では７１．７（｀０．１、２３７．８）であった。
これ以前に、我々は、ＯＡＫ ＩＴＴが、ＰＤ－Ｌ１陽性患者において改善した有意なＯＳ利益を有したことを示した（ＶＥＮＴＡＮＡ ＳＰ１４２ ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣアッセイによるＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３）が、増強されたＰＦＳ利益が、ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣの最も高いカットオフでのみ観察された（ＴＣ３またはＩＣ３、腫瘍細胞［ＴＣ］の染色５０％以上または腫瘍浸潤免疫細胞［ＩＣ］の染色１０％以上）、約１６％の有病率を表す）。我々は、ｂＴＭＢ及びＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣが同様の患者集団を特定するかを評価した。ＯＡＫにおけるＰＤ－Ｌ１発現及びｂＴＭＢを比較して、有意な関連性は見出されず（図９Ａ）、ｂＴＭＢスコア中央値は相互排他的ＩＨＣ下位群間で異なり（図９Ａ及び９Ｅ）、最大値は同様に全ての下位群にわたって類似していた（図９Ｅ）。これらのデータは、ｂＴＭＢがＰＤ－Ｌ１発現（ＩＨＣによる）とは無関係であることを示す。
ｂＴＭＢ１６以上の集団で観察された臨床的利益がＰＤ－Ｌ１ ＴＣ３／ＩＣ３陽性集団の過剰提示によって説明され得るかを決定するために、我々は、ｂＴＭＢ１６以上と定義されるＯＡＫにおける陽性患者集団といくつかのＰＤ－Ｌ１発現下位群との間の重複の程度を試験した。我々は、ｂＴＭＢとＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ下位群との間の類似した重複割合を見出し、ｂＴＭＢ中央値及びｂＴＭＢ最大値も類似していた（図９Ｅ、表１０）。合計２２９名の患者がｂＴＭＢまたは最も高いＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣレベル（ＴＣ３またはＩＣ３）のいずれかに陽性であった一方で、３０名の患者のみ（ｂＴＭＢ１６以上の患者の１９．２％、ＴＣ３またはＩＣ３患者の２９．１％）が両アッセイによって陽性であると見出された（フィッシャーの正確確率検定、Ｐ＝０．６２）（図９Ｂ）。他のＩＨＣカットポイントでの重複の程度も試験した（図９Ｃ及び９Ｄ、表１０及び１１）。
統計的に有意な相関が高ＰＤ－Ｌ１発現とｂＴＭＢとの間で観察されなかったが、我々は、２つの異なるアプローチを使用してＰＦＳ利益に対するそれらの寄与の非依存性をさらに評価した。第一に、我々は、ＰＤ－Ｌ１状態（ＴＣ３またはＩＣ３か否か）、ｂＴＭＢ状態（１６以上か否か）、治療相互作用によるＰＤ－Ｌ１、及び治療相互作用によるｂＴＭＢ状態のために調整した治療からのＰＦＳ利益のためのＣｏｘモデルをフィッティングした。相互作用ＨＲは、ＰＤ－Ｌ１では０．７３（ＣＩ９５％：０．４６、１．１３、Ｐ＝０．１６０）であり、ｂＴＭＢでは０．６６（ＣＩ９５％：０．４５、０．９７、Ｐ＝０．０３５）であった。この有意な治療相互作用は、ｂＴＭＢ状態がＰＤ－Ｌ１状態及び治療とのその相互作用を制御しながらＰＦＳ ＨＲに影響を及ぼすであろうことを示唆する。
第二に、我々は、２つのバイオマーカー間の重複サブセット及び非重複サブセットにおけるＰＦＳ利益を試験した。両バイオマーカーに陽性の患者は、アテゾリズマブから最も高い臨床的利益を得るように見えた（ＰＦＳ：ＨＲ０．３８［ＣＩ９５％、０．１７～０．８５］、ＯＳ：ＨＲ０．２３［ＣＩ９５％、０．０９～０．５８）一方で、ＴＣ３もしくはＩＣ３のみまたはｂＴＭＢ１６以上のみの（他方のマーカーに陰性の）患者は、ＯＡＫにおけるＢＥＰでの０．８７のＨＲ（ＣＩ９５％：０．７３、１．０４）と比較して、それぞれ、０．７１（ＣＩ９５％：０．４３、１．１６）または０．７０（ＣＩ９５％：０．４８、１．０３）のＰＦＳ ＨＲを有した（表１２）。とりわけ、ｂＴＭＢ１６以上のＴＣ０及びＩＣ０患者は、ＰＦＳ利益への傾向を示した（ＨＲ０．６８［ＣＩ９５％、０．３７～１．２５］）（表１２）。
ＯＡＫ ＢＥＰ内で、陽性ｂＴＭＢ状態は、喫煙と関連し（Ｐ＝１．３ｅ－１０）、激しい変異原曝露、最長径和（ＳＬＤ）（Ｐ＝４．８ｅ－０８）、及び転移性部位の数（Ｐ＝０．００５５）と一致していた。表１３も参照されたい。この所見は、より高い全疾患負荷と合致し、これは、血流中へのｃｔＤＮＡシェディングの増加をもたらし得る。ｃｔＤＮＡを検出する可能性は、全腫瘍量に依存している。これと合致して、ＯＡＫ患者の配列カバレッジ及び汚染ＱＣに合格した試料のうち、ＭＳＡＦ１％未満のものが、ＭＳＡＦ１％超のものと比較してより低い平均ベースラインＳＬＤを有した（それぞれ、６２．３ｍｍ及び８０．４ｍｍ）。他のベースライン特性はｂＴＭＢに関連しておらず、明らかな予後効果は基準ｂＴＭＢスコア１６以上では観察されなかった。非扁平上皮組織像と扁平上皮組織像との間にｂＴＭＢ値の平均分布の差はないように見えた（図１０）。表１４は、有効なｂＴＭＢ及びＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ結果を有するＯＡＫ ＢＥＰにおけるＯＳ及びＰＦＳ ＨＲの要約を示す。
実施例４：ｂＴＭＢ分析的検証
ｂＴＭＢアッセイ検証試験を行って、ｃｔＤＮＡ試料由来の同じ配列決定データセット上でｂＴＭＢアルゴリズム及びＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）ＴＭＢアルゴリズムを使用してＴＭＢスコアを比較した。
ｂＴＭＢアッセイの開発の一環として、我々は、分析に十分な組織を有するＰＯＰＬＡＲ（Ｎ＝７４）及びＯＡＫ（Ｎ＝２４４）サブセットから得られたＴＭＢの組織ベースの分析からの結果を、同じ患者由来の治療前血漿から得られた対応するｂＴＭＢ結果と比較した。全体的に見て、ｔＴＭＢとｂＴＭＢスコアとの間の正の相関が観察された（スピアマンの相関＝０．５９、ＣＩ９５％、０．４９～０．６７）（図１１Ｅ）。別の実験では、ｔＴＭＢとｂＴＭＢスコアとの間の正の相関が観察された（スピアマンの相関＝０．６４、ＣＩ９５％、０．５６～０．７１）（図１１Ｆ）。正の相関が存在する一方で、腫瘍不均一性（潜在的に複数の病変、例えば、転移性腫瘍からの単一生検に対して純ｃｔＤＮＡアウトプット）、計算パイプラインの差異（ｔＴＭＢが５％以上の対立遺伝子頻度（ＡＦ）で単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）をコールし、挿入及び欠失の両方（インデル）を含む一方で、ｂＴＭＢはＳＮＶのみをコールするが、０．５％以上のＡＦでコールする）、または試料特性の差異（例えば、ＦＦＰＥ組織由来のＤＮＡに対してｃｔＤＮＡ）、収集時間（例えば、アーカイブ腫瘍組織に対して治療前血漿）、試料の種類（例えば、生検に対して切除）、診断段階、組織純度、ｃｔＤＮＡのＭＳＡＦ、及び無細胞ＤＮＡインプット（ＴＭＢの差異をもたらし得る）を含むいくつかの要因は、何故ｔＴＭＢとｂＴＭＢとの間の相関がより高くなかったかを説明し得る。
ｔＴＭＢ計算アルゴリズムがインデル及びＳＮＶの両方をカウントする一方で、ｂＴＭＢ計算アルゴリズムはＳＮＶのみをカウントする。したがって、我々は、ＳＮＶのみを使用して２つの測定値間の相関を比較した。興味深いことに、これは、対相関を変化させず（スピアマンの順位相関＝０．６５、ＣＩ９５％：０．５７、０．７１、図１１Ｇ）、恐らく、インデルがこの試験において体細胞バリアントの４％の割合しか占めなかったためである。
どの要因がｂＴＭＢ計算パイプラインとｔＴＭＢ計算パイプラインとの間の変動を説明し得るかを区別するために、非試験用ｃｔＤＮＡ試料の独立コホート（Ｎ＝６９）を使用して一致分析を行い、これらの試料を各々分割し、Ｆ１ ｔＴＭＢ計算パイプラインまたはｂＴＭＢ計算パイプラインのいずれかを使用して分析した（図１１Ａ、１１Ｂ、及び１１Ｈ）。この分析では、スピアマンの相関は、０．９３（ＣＩ９５％、０．５９～０．９６）であった。スピアマンの順位相関係数は、試験患者から得られた組織由来のＤＮＡ及び血漿由来のｃｔＤＮＡの比較に対してこの非試験用試料由来のｃｔＤＮＡの比較において著しく高かった。これらのデータは、本明細書に記載の広範な分析的検証実験とともに、アッセイ性能が、血液由来のｃｔＤＮＡまたは組織由来のＤＮＡから計算されたＴＭＢ間で観察された変動のわずかな割合しか占めなかったことを示唆する。
ｂＴＭＢアッセイによって行われたバリアントコールが信頼できることをさらに検証するために、我々は、ｂＴＭＢアッセイによって行われた個々のバリアントコールの直交的な検証に努めた。この分析のために、我々は、臨床試料と細胞株の組み合わせを使用し、ｂＴＭＢアッセイによって検出された重複領域内のバリアントコールと高深度配列決定を使用して血漿由来のｃｆＤＮＡにおける少量のバリアントを検出する以前に検証されたアッセイ（Ｈｅ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ １２７：３００４－３０１４，２０１６）であるＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＡＣＴ（ＦＡＣＴ）によって検出されたものとを比較した。陽性一致率（ＰＰＡ）を、ｂＴＭＢアッセイによっても検出されたＦＡＣＴによって検出された体細胞バリアントの分率を比較することによって計算した。ＰＰＡは、９３．４％であった。我々は、ｂＴＭＢで検出されたバリアントをＦＡＣＴによって問い合わせられた重複ゲノム領域内のバリアントに限定することによって陽性予測値（ＰＰＶ）を測定し、これらの２つの試験間で共有された分率を計算した。ＰＰＶは、９３．５％であった（図１１Ｉ）。ＰＰＡ及びＰＰＶの両方について、不一致バリアントコールは、低いＡＦ（１％未満）または隣接するホモポリマーの結果であった（図１１Ｉ及びＩＩＪ）。これらのアッセイ間の一貫性をさらに評価するために、我々は、各一致バリアントのバリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）を比較した。各アッセイによって検出されたＶＡＦは、高度に一致していた（Ｒ２＝１．００、図１１Ｊ、上パネル）が、一致は、より低い１％未満のＶＡＦであった（Ｒ２＝０．６８、図１１Ｊ、下パネル）。これらのデータは、両アッセイが同じバリアントを検出することを示す。
ＮＳＣＬＣは、著しい腫瘍内不均一性を持つことが示されており（例えば、Ａｂｂｏｓｈ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ５４５：４４６－４５１，２０１７及びＪａｍａｌ－Ｈａｎｊａｎｉ ｅｔ ａｌ．Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３７６：２１０９－２１２１，２０１７を参照のこと）、それ故に、任意の単一の局部生検で見られるバリアントセットは、患者に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片で見られる凝集バリアントセットとは著しく異なり得る。かかる不均一性が本明細書に記載の血液試料と組織試料との間のＴＭＢ値の差異を説明し得るかを決定するために、我々は、血液検体及び組織検体の両方に存在する個々のバリアントの分率を評価した。血液及び組織の両方において高いＴＭＢ（３０超の変異）を有する患者では、平均してバリアントの３分の１が血液試料に特有であり、全バリアントの４分の１が組織試料に特有であり、残りのバリアントは両試料で特定された（図１１Ｋ）。組織において３０超の変異を有する患者は、ｂＴＭＢとｔＴＭＢとの間に一連の一致を有した。２２名のうち７名が血中で検出された変異をほとんど有さず、それ故に、わずかしか組織と重複しない。対照的に、試料のおよそ６８％が組織と血液との間でＴＭＢバリアントの大半を共有した。これは、異なるバリアントの存在が組織中ＴＭＢと血中ＴＭＢとの間の差異の大部分を占め得ることを示す。
これらの試料に関連する要因自体がＰＯＰＬＡＲ及びＯＡＫにおけるｔＴＭＢとｂＴＭＢとの対比較で観察された変動に寄与したかを決定するために、我々は、試料の種類（生検に対して切除）、診断段階、試料で検出された最大体細胞対立遺伝子頻度（ＭＳＡＦ）によって測定されるｃｔＤＮＡであるｃｆＤＮＡの分率、試料収集時間（血液に対して組織）、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によって決定されるベースライン腫瘍量、及び腫瘍純度、ならびに他の要因を含む一連の試料特性を評価した。生メタデータの要約を表１５に示す。
いずれの場合にも、我々は、一致の指標として、全ての組織ＳＮＶ及び血液ＳＮＶの合計で割った共有ＳＮＶの数として定義される、組織バリアントと血液バリアントとの間のジャカール指数を決定した。その後、我々は、目的とする変数が、各血液－対－組織一致群におけるジャカール指数：要約統計値（表１５）に基づいて一致群間で異なったＭＳＡＦ、ベースライン最長径和（ＳＬＤ）、及び試料収集間の時間にどのように影響を及ぼしたかを調べた。我々は、組織と血液との間の一致に影響を及ぼす最も重要な要因が、低いＭＳＡＦ及び試料収集間のより長い時間（日数間隔）（いずれの場合もＰ＜２×１０－１６）であったことを見出した（図１１Ｌ及び１１Ｍ）。興味深いことに、我々は、新たに収集された（１００日未満の）組織（０．０６［ＣＩ９５％：－０．１８、０．３］）には存在しなかった、より古い（約３ヶ月以上の）組織試料（スピアマンの順位相関及びブートストラップＣＩ９５％：－０．３［ＣＩ９５％：－０．４２、－０．１６］）における試料収集日とジャカール指数との間の負の関係を認めた（図１１Ｌ）。図１１Ｎは、ｔＴＭＢアッセイ及びｂＴＭＢアッセイによって観察されたＳＮＶのベン図を示す。
ｂＴＭＢ分析的検証の一環として、ｂＴＭＢの精度を、ＴＭＢの全エクソーム配列決定ベースの測定値と十分に相関することが以前に示された直交的に検証された方法（ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＯＮＥ（登録商標）ＴＭＢ）に対して評価した。比較可能性を、ＰＰＡ及び陰性一致率（ＮＰＡ）の両方を推定カットポイント範囲（ｂＴＭＢ１０以上～２０以上）にわたって評価することによって確立した。異なるカットポイントのＰＰＡは、８５．７％（ｂＴＭＢ１５以上）～１００％（ｂＴＭＢ１０以上）の範囲であった（図１１Ｃ及び１１Ｈ）。ＮＰＡは、８１．８％（ｂＴＭＢ１９以上）～１００％（ｂＴＭＢ１０以上、１６以上）の範囲であった。これらの結果は、ＰＯＰＬＡＲ試験からのデータに関して、アッセイ性能が、３つのカットポイント、ｂＴＭＢ１０以上、１６以上、及び２０以上で特に好ましかったことを示す。
表１６は、２つのはっきりと異なるカットポイント（１０以上及び１６以上）のｂＴＭＢアッセイの平均性能の要約を示す。ＰＰＡ及びＮＰＡ、ならびにＰＰＶを、以前に検証されたＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮＥＯＮＥ（登録商標）ＴＭＢアッセイに対して上述のｂＴＭＢアッセイを使用して処理された同じ試料から導き出されたＴＭＢスコアを評価することによって決定した。精度を、はっきりと異なるカットポイント（１０以上及び１６以上）に対するｂＴＭＢ結果の信頼性として評価した。ＣＶは、複製試料からのｂＴＭＢスコアの再現性を表す。検出限界（ＬｏＤ）を、８０％を超える信頼性を維持するために必要な最小腫瘍含有量（ＭＳＡＦに関して）としてこの実施例のために定義した。配列決定されたゲノム領域がより小さい場合にＬｏＤがより高いことが予想される一方で、ゲノムのより大部分の配列決定がより低いＬｏＤをもたらすことが予想されることを理解されたい。
ｂＴＭＢ１６以上の平均精度は、９７．８％（ＣＶ６．３％）であった。ＭＳＡＦ１％以上の品質管理測定基準の精度は、９９．３％（ＣＶ１２．１％）であった。６個の細胞株希釈系列にわたる予想されたＭＳＡＦ値に対する観察されたＭＳＡＦ値の線形回帰分析から得られたスピアマンの相関は、０．９８であった。１２９個の試料の希釈系列において、９１％が１６以上の正しいｂＴＭＢバイオマーカー状態を維持し、ＭＳＡＦによって推定される腫瘍含有量はわずか１％であった。ｂＴＭＢ値及びＭＳＡＦ値の精度値は、エクソンカバレッジ中央値が８００倍を超えたときに一貫して維持された（図１６及び表１７）。１，０７６個の臨床試料の分析において、１００．０％が少なくとも２０ｎｇのｃｆＤＮＡインプットでこの標的深度を達成した（図１１Ａ－１１Ｄ）。図１３は、２つのはっきりと異なるｂＴＭＢカットポイント（１０以上及び１６以上）のアッセイの再現性、ならびにＭＳＡＦによって推定される１％の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）の品質管理測定基準に従って評価された精度分析を示す。以前の研究は、腫瘍量が血漿試料中のｃｆＤＮＡまたはｃｔＤＮＡを検出する可能性の重要な決定因子であることを示した。ＯＡＫ試験及びＰＯＰＬＡＲ試験において各患者から収集された血漿の準最適容量（平均値、４．２ｍＬ）のため、我々は、抽出されたｃｆＤＮＡの全質量（中央値、２９．３ｎｇ）が品質管理に合格した全ての試料のｂＴＭＢ測定値に影響を与えたかを試験した。全抽出ｃｆＤＮＡとｂＴＭＢスコアとの間に、小さいが、統計的に有意な正のスピアマンの相関があった（スピアマンｒ＝０．１５、［ＣＩ９５％：０．０７、０．２３］、図１７）。ｂＴＭＢとＭＳＡＦとの間に正の相関があり（ｒ２＝０．２２２３）、ｂＴＭＢとＳＬＤとの間には正の相関はなく（ｒ２＝０．０５３７３）、ＭＳＡＦ変動がｂＴＭＢ変動のわずかな部分を占め、ＳＬＤがｂＴＭＢ変動の最小部分を占めることを示唆する（図１８Ａ及び１８Ｂ）。
所与の患者の血液中のｃｔＤＮＡの絶対質量の変動性の基礎となる生物学は未知であるが、全腫瘍量と増加するｂＴＭＢとの間に関連性があったことは予想外ではなかった。ＰＯＰＬＡＲ試験もＯＡＫ試験もいずれも必須組織要件を有し、これは、ｃｔＤＮＡの検出に影響を及ぼす要因（腫瘍量等）に影響を与えたかもしれない。我々は、ＭＳＡＦによって推定される１％以上がｃｔＤＮＡから得られた２０ｎｇのｃｆＤＮＡインプットが、ｂＴＭＢスコアの正確かつ再現可能なコールを可能にしたことを見出した（図１２）。図１４は、ＭＳＡＦによって推定される試料中の腫瘍含有量の関数としてカットポイント１０以上及び１６以上に従うｂＴＭＢアッセイの再現性を示す。ＭＳＡＦによって推定されるより少ないインプット材料またはより低いｃｔＤＮＡ含有量の試料が腫瘍変異量を過小評価する傾向があったが、偽陽性試料は存在しなかった（図１１Ａ－１１Ｄ）。この結果は、他の血液ベースのアッセイの性能と一致し、品質管理基準が満たされたかにかかわらず、高いｂＴＭＢスコアが転帰を予測し得ることを示唆する。
表１８は、ｂＴＭＢ及びｔＴＭＢの両方について評価可能な患者の臨床的特徴を示す。全体的に見て、これらの患者は、ＢＥＰ及びＩＴＴ集団と比較して同様の特徴を有した。
ｂＴＭＢ：血液ベースの腫瘍変異量、ＥＣＯＧ：米国東海岸がん臨床試験グループ、ＩＣ：腫瘍浸潤免疫細胞、ＩＨＣ：免疫組織化学、ＩＴＴ：治療意図、ＰＤ－Ｌ１：プログラム死－リガンド１、ＳＬＤ：最長径和、ＴＣ：腫瘍細胞、ＴＣ０及びＩＣ０：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣ及びＩＣ１％未満、ＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣまたはＩＣ１％以上、ＴＣ２／３またはＩＣ２／３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣまたはＩＣ５％以上、ＴＣ３またはＩＣ３：ＰＤ－Ｌ１を発現するＴＣ５０％以上またはＩＣ１０％以上。
ａ二重ＢＥＰには、血液ベースのＴＭＢ分析及び組織ベースのＴＭＢ分析の両方について評価可能なベースライン試料を有したＯＡＫ ＩＴＴ集団（Ｎ＝８５０）由来の患者が含まれた。
ｂ「ＴＣ３またはＩＣ３」は、ＴＣ３ＩＣ３バイナリ病理学者読み取りデータからのものであり、「ＴＣ２／３またはＩＣ２／３」及び「ＴＣ２／３」は、ＴＣ２ＩＣ２病理学者読み取りデータからのものであり、「ＴＣ１／２／３またはＩＣ１／２／３」、「ＴＣ０及びＩＣ０」、及び「ＴＣ１２３」は、ＴＣ１ＩＣ１病理学者読み取りデータからのものである。
実施例５．一次（１Ｌ）進行性または転移性ＮＳＣＬＣを有する患者におけるＢｌｏｏｄ Ｆｉｒｓｔ－Ｌｉｎｅ Ｒｅａｄｙ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｔｒｉａｌ（Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ）及びＢｌｏｏｄ Ｆｉｒｓｔ Ａｓｓａｙ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｔｒｉａｌ（ＢＦＡＳＴ）
試験デザイン
ｂＴＭＢスコア及び体細胞変異（例えば、体細胞変異、例えば、ＡＬＫまたはＲＥＴ改変等の発がん性体細胞変異の存在及び／または不在）を測定する血液ベースの診断アッセイをさらに評価し、先を見越して検証し、かつＮＳＣＬＣ患者における１Ｌアテゾリズマブまたはアレクチニブ治療の有効性及び安全性を決定するために、２つの臨床試験を行う。
ｂＴＭＢスコアについて評価されるＢ－Ｆ１ＲＳＴ（臨床試験識別番号ＮＣＴ０２８４８６５１）患者集団は、２０～２５の試験施設でおよそ１５０名の患者からなる（Ｎ＝１５３）。患者は、治療を受けていない局所進行性または転移性（例えば、ＩＩＩＢ～ＩＶＢ期）ＮＳＣＬＣ、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によって定義される測定可能な疾患、及び０または１のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有する場合に、Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験の登録に適格である。除外基準には、感作ＥＧＦＲ変異もしくはＡＬＫ再編成、治療を必要とする活動性脳転移、軟膜疾患、登録から５年以内の他の悪性腫瘍、ＨＢＶ、ＨＣＶ、もしくはＨＩＶ感染、または自己免疫障害の病歴が含まれる。参加者をｂＴＭＢスコアに基づいてコホートに分け、アテゾリズマブを３週間毎に１２００ｍｇ用量で静脈内投与する。全ての患者は、ベースライン時に、かつ最初の１２ヶ月間は６週間毎に第１サイクル１日目に、その後、９週間毎に腫瘍評価を受ける。参加者が臨床的利益を得ている限り、すなわち、許容できない毒性または疾患増悪に起因する症状悪化が存在しない限り、アテゾリズマブでの治療を続けることができる。ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従う疾患増悪もしくは臨床的利益の喪失（治験責任医師による評価）、同意取り消し、試験中断、試験完了、または死亡まで、腫瘍評価を続ける。必須の血液試料を、ベースライン時、療法中、及び増悪時に採取して、探索的バイオマーカーの変化を評価する。患者の５０％が登録された後の６ヶ月時点での中間分析を事前指定し、事前指定したｂＴＭＢスコアは１６以上であった。共一次エンドポイントは、アテゾリズマブの臨床的有効性（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って治験責任医師が評価したＯＲＲによって評価される）及びｂＴＭＢとＰＦＳ利益との間の関係（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って治験責任医師が評価したＰＦＳによって評価される）である。二次目的は、治験責任医師が評価した奏効期間（ＤＯＲ）及びＯＳによる安全性及び有効性の評価である。
ＢＦＡＳＴ（臨床試験識別番号ＮＣＴ０３１７８５５２）患者集団を、ｂＴＭＢスコア及び／または体細胞変異状態（例えば、体細胞変異、例えば、ＡＬＫまたはＲＥＴにおける変異等の発がん性体細胞変異の存在及び／または不在）について評価する。患者は、併用モダリティ化学放射線療法での治療を受けられない組織学的または細胞学的に確認された局所進行性または転移性（例えば、ＩＩＩＢ～ＩＶＢ期）ＮＳＣＬＣ、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によって定義される測定可能な疾患、０～２のＥＣＯＧパフォーマンスステータス、適切な臓器機能、１２週間以上の平均余命、出産可能性のある女性参加者及び男性参加者の場合、許容できる避妊法を使用する積極的意志、及び血液試料の提供を有した場合、ＢＦＡＳＴ試験の登録に適格である。除外基準には、治療されていない活動性脳転移、スクリーニング前の５年以内の他の悪性腫瘍の病歴、または重大な心臓血管疾患が含まれる。参加者をｂＴＭＢスコア及び／または体細胞変異状態（例えば、ＡＬＫまたはＲＥＴ変異状態、例えば、ＡＬＫまたはＲＥＴ陰性）に基づいてコホートに分け、アテゾリズマブを３週間毎に１２００ｍｇ用量で静脈内投与し、未分化リンパ腫キナーゼ（ＡＬＫ）阻害剤であるアレクチニブを１日２回６００ｍｇ用量または９００ｍｇ～１２００ｍｇの増加用量で経口投与する。コホート１は、ＡＬＫ Ｉ１１７１Ｎ、ＡＬＫ Ｉ１１７１Ｓ、またはＡＬＫ Ｇ１２０２Ｒ塩基置換を有しないアレクチニブでの治療のための適格ＡＬＫ融合物を有する患者を無作為化し、コホート２は、アレクチニブでの治療のための適格ＲＥＴ融合物を有する患者を無作為化し、コホート３は、いずれの以前に特定された適格ＡＬＫ融合物もＲＥＴ融合物も含まず、またはＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒもしくはエクソン１９非フレームシフト欠失を含まないアテゾリズマブでの治療のための適格ｂＴＭＢスコアを有し、かつＣＤ１３７アゴニストまたは免疫チェックポイント阻害剤、例えば、抗ＰＤ－１または抗ＰＤ－Ｌ１治療抗体での前治療を受けていない患者を無作為化する。参加者が臨床的利益を得ている限り、すなわち、許容できない毒性または疾患増悪に起因する症状悪化が存在しない限り、アテゾリズマブまたはアレクチニブでの治療を続けることができる。他の体細胞変異（例えば、ＡＬＫまたはＲＥＴ変異以外の体細胞変異）に対処するために、将来的に追加のコホートを加えることができる。患者は、ベースライン時に、かつ４８週間は６週間毎に第１サイクル１日目に、その後、９週間毎に腫瘍評価を受ける。必須の血液試料を、ベースライン時、療法中（すなわち、各腫瘍評価時）、及び疾患増悪時に採取して、探索的予後及び／または予測バイオマーカーを評価する。
これらの２つの試験の所望の有効性エンドポイントを以下の表１９に要約する。
Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ中間分析集団からの結果
Ｂ－Ｆ１ＲＳＴ試験からの中間分析集団（ＩＡＰ）における７８名の治療患者のうち、５８名が、循環腫瘍ＤＮＡが十分に検出された（ＭＳＡＦ１％以上）適切な血液試料を有し、バイオマーカー評価可能集団（ＢＥＰ）を構成した。ＩＡＰの患者１名は以前に治療されておらず、それ故に、安全性または有効性評価可能ではなかった。ｂＴＭＢスコア１６（有病率１９％［５８名中１１名］）を事前指定して、ＢＥＰにおける臨床的有効性を評価した（１６以上であればｂＴＭＢ高、１６未満であればｂＴＭＢ低）。統計的検定は、０．１レベル及び９０％信頼区間での両側検定であった。図１９を参照されたい。
ベースライン特性は、ＩＡＰ及びＢＥＰにおいて類似していた（図２０）。最低６ヶ月間のフォローアップで、ＰＦＳ中央値は、９．５ヶ月（ｂＴＭＢ高）に対して２．８ヶ月（ｂＴＭＢ低）であり、ＨＲは０．５１（ＣＩ９０％、０．２４、１．０８、Ｐ＝０．１３１５）であった（図２４及び表２０）。ＰＦＳ ＨＲは、ｂＴＭＢスコアが増加するにつれて改善した（表２１及び図２５）。ＢＥＰにおいて、ＯＲＲは、１２．１％（５８名中７名）であり、疾患管理率は、２５．９％（５８名中１５名）であった（表２２及び図２１）。ｂＴＭＢ高群対ｂＴＭＢ低群において、ＯＲＲは、３６．４％（１１名中４名）対６．４％（４７名中３名）であり、オッズ比は、８．３８（ＣＩ９０％、２．０２、３４．７９；Ｐ＝０．０２）であった（表２２及び図２１）。図２２は、中間分析集団におけるｂＴＭＢ下位群によるベースラインからの最大ＳＬＤ減少を示す。これらのデータは、大半のｂＴＭＢ高の患者が、減少したＳＬＤによって測定される臨床的利益を有したことを示す。図２３Ａ及び図２３Ｂは、ｂＴＭＢ下位群による経時的な腫瘍量の変化を示す。これらのデータは、ｂＴＭＢ高下位群が、より高いＰＲ及びより低いＰＤの観点で改善された応答を有したことを示し、利益は恒久的であった。治療関連の重篤なＡＥ及び治療関連のグレード３／４のＡＥが、それぞれ、患者の１４．１％及び１６．７％に生じ、１５．４％が中断につながるＡＥを経験した（表２３）。表２４は、医薬品規制用語集（ＭｅｄＤＲＡ）に従う特に関心のあるＡＥを示す。図２７は、安全性評価可能中間分析集団の１０％以上で観察されたＡＥを示す。
ＡＬＴ：アラニンアミノトランスフェラーゼ、ＡＳＴ：アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、ＰＴ：優先使用語、ＳＡＥ：重篤な有害事象。ｃ大腸炎（グレード４）を除く全てのグレード３の事象。
結論
Ｂ－Ｆ１ＲＳＴは、１Ｌ ＮＳＣＬＣにおけるアテゾリズマブの予測治療マーカーとしてｂＴＭＢを評価する最初の前向き臨床試験である。中間データは、１６以上のｂＴＭＢスコアが、アテゾリズマブ単剤療法で治療された患者におけるＰＦＳ利益を予測し得ることを示す（ｂＴＭＢ高下位群対ｂＴＭＢ低下位群のＰＦＳ中央値：９．５ヶ月に対して２．８ヶ月、ＨＲ＝０．５１、ＣＩ９０％：０．２４、１．０８、ｐ＝０．１３１５）。ｂＴＭＢ高下位群及びｂＴＭＢ低下位群で、それぞれ、３６．４％及び６．４％のＯＲＲが観察され、ｂＴＭＢ高の患者がより高いＯＲＲを有することを示す。アテゾリズマブは良好な忍容性を示し、新たな安全性シグナルは観察されなかった。これらのデータは、現在進行中の第ＩＩＩ相ＢＦＡＳＴ試験における患者のｂＴＭＢ選択を支援する。Ｂ－Ｆ１ＲＳＴは現在進行中であり、患者が１５３名になった時点で登録を終了している。実施例１～５に記載のデータは、高ｂＴＭＢが、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、アテゾリズマブ等のＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストに応答する可能性がある患者を特定するために使用され得るがんに依存しないバイオマーカーとしての機能を果たすことができることを示す。
他の実施形態
前述の発明は、明確に理解するために例証及び例としていくらか詳細に説明されているが、これらの説明及び例は、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書で引用される全ての特許及び科学文献の開示は、参照によりそれらの全体が明確に組み込まれる。

Claims (75)

  1. アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る局所進行性非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）または転移性ＮＳＣＬＣを有する個体を特定するためのキットであって、個体由来の血液試料から血中腫瘍変異量（ｂＴＭＢ）スコアを決定するための試薬を含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える前記血液試料からのｂＴＭＢスコアが、前記個体を、アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る者と特定し、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    血液試料は、個体へのアテゾリズマブの投与の前に個体から得られ、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、キット。
  2. 局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体のための療法を選択するためのキットであって、個体由来の血液試料からｂＴＭＢスコアを決定するための試薬を含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える前記血液試料からのｂＴＭＢスコアが、前記個体を、アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る者と特定し、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    血液試料は、個体へのアテゾリズマブの投与の前に個体から得られ、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、キット。
  3. 前記血液試料から決定された前記ｂＴＭＢスコアが、前記基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超え、アテゾリズマブの有効量が前記個体にさらに投与される、請求項１または２に記載のキット。
  4. 前記血液試料から決定された前記ｂＴＭＢスコアが、前記基準ｂＴＭＢスコア未満である場合に、アテゾリズマブ以外の、またはそれに加えた抗がん療法が選択される、請求項１または２に記載のキット。
  5. 局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体を治療するためのキットであって、
    （ａ）前記個体由来の血液試料からｂＴＭＢスコアを決定するための試薬と、
    （ｂ）アテゾリズマブの有効量と、
    を含み、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    血液試料は、個体へのアテゾリズマブの投与の前に個体から得られ、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含み、且つ、
    アテゾリズマブの有効量が、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えると決定された個体由来の前記血液試料からのｂＴＭＢスコアに基づいて、個体に投与されることになっている、キット。
  6. 局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体を治療するためのキットであって、アテゾリズマブの有効量を含み、アテゾリズマブの有効量の投与前に、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアが、個体へのアテゾリズマブの投与の前の前記個体由来の血液試料から決定されており、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含み、且つ、
    アテゾリズマブの有効量が、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えると決定された個体由来の前記血液試料からのｂＴＭＢスコアに基づいて、個体に投与されることになっている、キット。
  7. 配列決定された塩基の前記定義された数が約１．１Ｍｂまたは約０．８Ｍｂである、請求項１～６のいずれか一項に記載のキット。
  8. 体細胞変異の数が、（ｉ）カウントされた単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）の数であるか、または（ｉｉ）カウントされたＳＮＶの数とカウントされたインデル変異の数との合計である、請求項１～７のいずれか１項に記載のキット。
  9. 体細胞変異は、コーディング領域にある置換である、請求項１～８のいずれか１項に記載のキット。
  10. 体細胞変異の数が、カウントされたＳＮＶの数である、請求項８または９に記載のキット。
  11. 前記ｂＴＭＢスコアまたは前記基準ｂＴＭＢスコアが同等ｂＴＭＢ値である、請求項１～１０のいずれか１項に記載のキット。
  12. 前記同等ｂＴＭＢ値が、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）によって決定される、請求項１１に記載のキット。
  13. アテゾリズマブを含む前記治療からの利益が、ＰＦＳ及び／またはＯＳの増加である、請求項１～１２のいずれか１項に記載のキット。
  14. アテゾリズマブを含む前記治療からの利益が、ＰＦＳの増加である、請求項１３に記載のキット。
  15. アテゾリズマブを含む前記治療からの利益が、ＯＳの増加である、請求項１３に記載のキット。
  16. 前記個体由来の血液試料から最大体細胞対立遺伝子頻度（ＭＳＡＦ）がさらに決定され、前記血液試料からの前記ＭＳＡＦが１％以上である、請求項３または５に記載のキット。
  17. アテゾリズマブの有効量の投与前に、前記個体由来の血液試料が１％以上のＭＳＡＦを有すると決定された、請求項６に記載のキット。
  18. 前記個体由来の血液試料からＭＳＡＦがさらに決定され、前記血液試料からの前記ＭＳＡＦが１％未満である、請求項３または５に記載のキット。
  19. アテゾリズマブの有効量の投与前に、前記個体由来の血液試料が１％未満のＭＳＡＦを有すると決定された、請求項６に記載のキット。
  20. 前記個体由来の血液試料からＭＳＡＦがさらに決定され、前記血液試料からの前記ＭＳＡＦが１％以上であると決定されており、且つアテゾリズマブ以外の、またはそれに加えた抗がん療法の有効量が前記個体にさらに投与される、請求項４に記載のキット。
  21. 前記個体由来の血液試料からＭＳＡＦがさらに決定され、前記血液試料からの前記ＭＳＡＦが１％未満であると決定されており、且つアテゾリズマブの有効量が前記個体にさらに投与される、請求項４に記載のキット。
  22. 前記ＭＳＡＦの決定が、前記ｂＴＭＢスコアの決定前である、請求項１６、１８、２０、及び２１のいずれか１項に記載のキット。
  23. 前記ＭＳＡＦが、前記ｂＴＭＢスコアの前に決定された、請求項１７または１９に記載のキット。
  24. 前記個体由来の腫瘍試料から組織中腫瘍変異量（ｔＴＭＢ）スコアがさらに決定される、請求項１～１６、１８、２０、及び２２のいずれか１項に記載のキット。
  25. アテゾリズマブの投与前に、ｔＴＭＢスコアが前記個体由来の試料から決定された、請求項６～１２、１７、１９、及び２３のいずれか１項に記載のキット。
  26. 基準ｔＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える腫瘍試料からのｔＴＭＢスコアが、前記個体を、アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る者と特定する、請求項２４または２５に記載のキット。
  27. 前記腫瘍試料から決定された前記ｔＴＭＢスコアが、前記基準ｔＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える、請求項２６に記載のキット。
  28. 前記腫瘍試料から決定された前記ｔＴＭＢスコアが、前記基準ｔＴＭＢスコア未満である、請求項２６に記載のキット。
  29. 前記基準ｔＴＭＢスコアが、前記ＮＳＣＬＣを有する基準個体集団から決定されたｔＴＭＢスコアであり、前記個体集団が、アテゾリズマブ療法で治療されている第１の個体サブセット及び非アテゾリズマブ療法で治療されている第２の個体サブセットからなり、前記非アテゾリズマブ療法がアテゾリズマブを含まない、請求項２６～２８のいずれか１項に記載のキット。
  30. 前記基準ｔＴＭＢスコアが、前記非アテゾリズマブ療法での治療に対する応答性と比較した前記アテゾリズマブ療法での治療に対する応答性の有意差に基づいて、前記第２の個体サブセットにおけるレスポンダーから前記第１の個体サブセットにおけるレスポンダーを有意に分けるカットオフ値である、請求項２９に記載のキット。
  31. 治療に対する応答性が、ＰＦＳの増加、ＯＳの増加、及び／または全奏効率（ＯＲＲ）の増加である、請求項３０に記載のキット。
  32. 前記腫瘍試料が、基準レベルの体細胞変異と比較して増加したレベルの体細胞変異を有すると決定された、請求項２４～２７及び２９～３１のいずれか１項に記載のキット。
  33. 前記腫瘍試料が、表１に記載の少なくとも１つの遺伝子における基準レベルの体細胞変異と比較して表１に記載の前記少なくとも１つの遺伝子における増加したレベルの体細胞変異を有すると決定された、請求項３２に記載のキット。
  34. 前記体細胞変異が、タンパク質改変体細胞変異または同義変異である、請求項３２または３３に記載のキット。
  35. 前記体細胞変異が、タンパク質改変体細胞変異である、請求項３４に記載のキット。
  36. 前記体細胞変異が、置換、欠失、及び／または挿入である、請求項３２～３５のいずれか１項に記載のキット。
  37. 前記置換、前記欠失、及び／または前記挿入が、コーディング領域にある、請求項３６に記載のキット。
  38. 前記基準ｔＴＭＢスコアが、事前に割り当てられたｔＴＭＢスコアである、請求項２６～３７のいずれか１項に記載のキット。
  39. 前記基準ｔＴＭＢスコアが約５～約５０変異／メガベース（ｍｕｔ／Ｍｂ）である、請求項２６～３８のいずれか１項に記載のキット。
  40. 前記腫瘍試料からの前記ｔＴＭＢスコアが約５ｍｕｔ／Ｍｂ以上である、請求項２４～３９のいずれか１項に記載のキット。
  41. 前記ｔＴＭＢスコアまたは前記基準ｔＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数当たりのカウントされた体細胞変異の数として表される、請求項２６～４０のいずれか１項に記載のキット。
  42. 配列決定された塩基の前記定義された数が約１００ｋｂ～約１０Ｍｂである、請求項４１に記載のキット。
  43. 配列決定された塩基の前記定義された数が約１．１Ｍｂまたは約０．８Ｍｂである、請求項４１または４２に記載のキット。
  44. 患者から得られた腫瘍試料が、前記腫瘍試料中の腫瘍細胞の１％未満において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定された、請求項１～４３のいずれか１項に記載のキット。
  45. 患者から得られた腫瘍試料が、前記腫瘍試料中の腫瘍細胞の１％以上において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定された、請求項１～４３のいずれか１項に記載のキット。
  46. 患者から得られた腫瘍試料が、前記腫瘍試料の１％未満を構成する腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定された、請求項１～４５のいずれか１項に記載のキット。
  47. 患者から得られた腫瘍試料が、前記腫瘍試料の１％以上を構成する腫瘍浸潤免疫細胞において検出可能なＰＤ－Ｌ１発現レベルを有すると決定された、請求項１～４５のいずれか１項に記載のキット。
  48. 前記試料が、前記血液試料から得られる血漿試料または血清試料である、請求項１～４７のいずれか１項に記載のキット。
  49. 前記試料が、アーカイブ試料、新鮮な試料、または凍結試料である、請求項４８に記載のキット。
  50. 前記非アテゾリズマブ療法が、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、または細胞傷害性剤である、請求項２９に記載のキット。
  51. アテゾリズマブ以外の、またはそれに加えた前記抗がん療法が、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、または細胞傷害性剤である、請求項２０に記載のキット。
  52. 前記個体が、前記ＮＳＣＬＣの治療を以前に受けていない、請求項１～５１のいずれか１項に記載のキット。
  53. 前記個体が、アテゾリズマブの投与を以前に受けていない、請求項５２に記載のキット。
  54. アテゾリズマブを含む前記治療が、単剤療法である、請求項３、５、６、及び２１のいずれか１項に記載のキット。
  55. 追加の治療薬の有効量をさらに含む、請求項１～５３のいずれか１項に記載のキット。
  56. 前記追加の治療薬が、抗腫瘍剤、化学療法剤、成長阻害剤、抗血管新生剤、放射線療法、または細胞傷害性剤である、請求項５５に記載のキット。
  57. 前記個体がヒトである、請求項１～５６のいずれか１項に記載のキット。
  58. アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る、局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体を特定するためのキットであって、
    （ａ）個体由来の血液試料からｂＴＭＢスコアを決定するための試薬と、任意選択的に、
    （ｂ）アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得るＮＳＣＬＣを有する個体を特定するための前記試薬の使用説明書と、を含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える前記血液試料からのｂＴＭＢスコアが、前記個体を、アテゾリズマブを含む前記治療から利益を享受し得る者と特定し、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    血液試料は、個体へのアテゾリズマブの投与の前に個体から得られ、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、前記キット。
  59. アテゾリズマブを含む治療の候補である、局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体を特定するためのアッセイであって、個体由来の血液試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える前記血液試料からのｂＴＭＢスコアが、前記個体を、アテゾリズマブを含む前記治療から利益を享受し得る者と特定し、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    血液試料は、個体へのアテゾリズマブの投与の前に個体から得られ、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、前記アッセイ。
  60. アテゾリズマブを含む、局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体においてＮＳＣＬＣを治療するための医薬であって、
    個体へのアテゾリズマブの投与の前の個体由来の血液試料から決定されたｂＴＭＢスコアが、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える場合に、前記医薬は、前記個体に投与され、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、医薬。
  61. 前記試料が、前記血液試料から得られる血漿試料または血清試料である、請求項６０に記載の医薬。
  62. 体細胞変異は、コーディング領域にある置換である、請求項６０または６１に記載の医薬。
  63. 前記個体は、
    （ｉ）局所進行性ＮＳＣＬＣ、切除不能／手術不能ＮＳＣＬＣ、または転移性ＮＳＣＬＣに対する以前のプラチナ含有レジメンによる治療中または治療後の疾患の進行を有する；または、
    （ｉｉ）プラチナベースのアジュバント／ネオアジュバントレジメンによる治療から６ヶ月以内の疾患再発を有する、
    請求項６０～６２のいずれか１項に記載の医薬。
  64. 局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体を治療するための医薬の製造におけるアテゾリズマブの使用であって、
    基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超えるｂＴＭＢスコアが、個体へのアテゾリズマブの投与の前の個体由来の血液試料から決定された場合に、前記医薬が前記個体に投与され、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、使用。
  65. 前記試料が、前記血液試料から得られる血漿試料または血清試料である、請求項６４に記載の使用。
  66. 体細胞変異は、コーディング領域にある置換である、請求項６４または６５に記載の使用。
  67. 前記個体は、
    （ｉ）局所進行性ＮＳＣＬＣ、切除不能／手術不能ＮＳＣＬＣ、または転移性ＮＳＣＬＣに対する以前のプラチナ含有レジメンによる治療中または治療後の疾患の進行を有する；または、
    （ｉｉ）プラチナベースのアジュバント／ネオアジュバントレジメンによる治療から６ヶ月以内の疾患再発を有する、
    請求項６４～６６のいずれか１項に記載の使用。
  68. 前記アテゾリズマブでの治療に対する前記個体の応答がさらに監視をされる、請求項５または６に記載のキット。
  69. 前記監視が、
    （ａ）前記アテゾリズマブの投与後のある時点で前記個体から得られたさらなる血液試料におけるｂＴＭＢスコアを決定することと、
    （ｂ）前記さらなる血液試料における前記ｂＴＭＢスコアを基準ｂＴＭＢスコアと比較し、それにより、前記アテゾリズマブでの前記治療に対する前記個体の応答を監視することと、を含む、請求項６８に記載のキット。
  70. 前記個体は、
    （ｉ）局所進行性ＮＳＣＬＣ、切除不能／手術不能ＮＳＣＬＣ、または転移性ＮＳＣＬＣに対する以前のプラチナ含有レジメンによる治療中または治療後の疾患の進行を有する；または、
    （ｉｉ）プラチナベースのアジュバント／ネオアジュバントレジメンによる治療から６ヶ月以内の疾患再発を有する、
    請求項１～５８、６８及び６９のいずれか１項に記載のキット。
  71. アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る、局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体を特定するための方法であって、前記個体由来の血液試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える前記血液試料からのｂＴＭＢスコアが、前記個体を、アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る者と特定し、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    血液試料は、個体へのアテゾリズマブの投与の前に個体から得られ、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、方法。
  72. 局所進行性ＮＳＣＬＣまたは転移性ＮＳＣＬＣを有する個体のための療法を選択するための方法であって、前記個体由来の血液試料からｂＴＭＢスコアを決定することを含み、基準ｂＴＭＢスコアであるか、またはそれを超える前記血液試料からのｂＴＭＢスコアが、前記個体を、アテゾリズマブを含む治療から利益を享受し得る者と特定し、
    前記ｂＴＭＢスコアが、配列決定された塩基の定義された数にわたってカウントされた体細胞変異の数であり、
    配列決定された塩基の前記定義された数が約０．５Ｍｂ～約１．１Ｍｂであり、
    血液試料は、個体へのアテゾリズマブの投与の前に個体から得られ、
    前記基準ｂＴＭＢスコアが１６体細胞変異であり、且つ、
    前記血液試料は、個体に存在する腫瘍細胞によって血液中に放出されるＤＮＡ断片の凝集セットを含む、方法。
  73. 前記試料が、前記血液試料から得られる血漿試料または血清試料である、請求項７１または７２に記載の方法。
  74. 体細胞変異は、コーディング領域にある置換である、請求項７１～７３のいずれか１項に記載の方法。
  75. 前記個体は、
    （ｉ）局所進行性ＮＳＣＬＣ、切除不能／手術不能ＮＳＣＬＣ、または転移性ＮＳＣＬＣに対する以前のプラチナ含有レジメンによる治療中または治療後の疾患の進行を有する；または、
    （ｉｉ）プラチナベースのアジュバント／ネオアジュバントレジメンによる治療から６ヶ月以内の疾患再発を有する、
    請求項７１～７４のいずれか１項に記載の方法。
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