JPH0430548B2 - - Google Patents
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- JPH0430548B2 JPH0430548B2 JP59085929A JP8592984A JPH0430548B2 JP H0430548 B2 JPH0430548 B2 JP H0430548B2 JP 59085929 A JP59085929 A JP 59085929A JP 8592984 A JP8592984 A JP 8592984A JP H0430548 B2 JPH0430548 B2 JP H0430548B2
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- JP
- Japan
- Prior art keywords
- band
- input
- base code
- film
- computer
- Prior art date
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-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING OR CALCULATING; COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F3/00—Input arrangements for transferring data to be processed into a form capable of being handled by the computer; Output arrangements for transferring data from processing unit to output unit, e.g. interface arrangements
- G06F3/16—Sound input; Sound output
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- Engineering & Computer Science (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Audiology, Speech & Language Pathology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Human Computer Interaction (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Character Discrimination (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Description
【発明の詳細な説明】
〔発明の利用分野〕
本発明は、遺伝子配列（DNAシーケンス）が
Ｘ線像映されているフイルムをコンピユータに入
力する時の確認に好適な遺伝子配列処理装置に関
する。
Ｘ線像映されているフイルムをコンピユータに入
力する時の確認に好適な遺伝子配列処理装置に関
する。
周知のように、遺伝子はＡ，Ｇ，Ｃ，Ｔという
４種類の核酸塩基（DNA）が２重螺旋状に配列
された構造を有している。以下、この塩基配列を
DNAシーケンスと呼ぶことにする。DNAシーケ
ンスはマキサム・ギルバート法などによりＸ線像
映することが可能である。第２図はDNAシーケ
ンスのフイルムの一例を示したもので、Ａ，Ｇ，
Ｃ，Ｔの各映像をバンドと呼んでいる。一般に
DNAシーケンスの解析は、第２図に示すDNAシ
ーケンスがＸ線像映されているフイルム１をデイ
ジタイザの上に置き、一般にペン（位置指摘部
材）でバンド２を順次指してコンピユータへ入力
することで行つている。例えば第２図の例におい
ては、フイルム１のバンド２をイ，ロ，ハ，ニ，
…と指すことにより、「AGCCTAC……」の
DNAシーケンスが得られる。
４種類の核酸塩基（DNA）が２重螺旋状に配列
された構造を有している。以下、この塩基配列を
DNAシーケンスと呼ぶことにする。DNAシーケ
ンスはマキサム・ギルバート法などによりＸ線像
映することが可能である。第２図はDNAシーケ
ンスのフイルムの一例を示したもので、Ａ，Ｇ，
Ｃ，Ｔの各映像をバンドと呼んでいる。一般に
DNAシーケンスの解析は、第２図に示すDNAシ
ーケンスがＸ線像映されているフイルム１をデイ
ジタイザの上に置き、一般にペン（位置指摘部
材）でバンド２を順次指してコンピユータへ入力
することで行つている。例えば第２図の例におい
ては、フイルム１のバンド２をイ，ロ，ハ，ニ，
…と指すことにより、「AGCCTAC……」の
DNAシーケンスが得られる。
このような装置においては、ペンで指されたバ
ンドに対応する塩基コード（Ａ，Ｇ，Ｃ，Ｔ）が
正しくコンピユータへ入力されたかを確認する必
要がある。しかしながら、従来はペンで指された
バンドを、それに対応する塩基コードに変換して
デイスプレイ又はプリンタに出力することで確認
しており、以下の欠点があつた。
ンドに対応する塩基コード（Ａ，Ｇ，Ｃ，Ｔ）が
正しくコンピユータへ入力されたかを確認する必
要がある。しかしながら、従来はペンで指された
バンドを、それに対応する塩基コードに変換して
デイスプレイ又はプリンタに出力することで確認
しており、以下の欠点があつた。
(イ) デイスプレイを用いる場合、デジタイザから
入力する毎にデイスプレイに表示される塩基コ
ードを確認することになるため、視線がデジタ
イザとデイスプレイに交互に移動し、入力効率
が悪い。
入力する毎にデイスプレイに表示される塩基コ
ードを確認することになるため、視線がデジタ
イザとデイスプレイに交互に移動し、入力効率
が悪い。
(ロ) プリンタを用いる場合は、入力したデータを
一度プレントアウトし、フイルムとプリント用
紙のデータを相互目視チエツクにより一括確認
することになるため、確認効率が悪い。
一度プレントアウトし、フイルムとプリント用
紙のデータを相互目視チエツクにより一括確認
することになるため、確認効率が悪い。
本発明の目的は、DNAシーケンスのコンピユ
ータへの入力確認作業の効率向上をもたらす遺伝
子配列処理装置を提供することにある。
ータへの入力確認作業の効率向上をもたらす遺伝
子配列処理装置を提供することにある。
従来のDNAシーケンスのコンピユータ入力は
眼でフイルムを読んでコンピユータに入力し、入
力したデータをデイスプレイ又はプリンタにより
眼で確認チエツクするというように、全て眼で行
つているため作成効率が悪かつた。そこで、本発
明では、コンピユータ入力は眼でフイルム上のバ
ンドを追いながら、該バンドをペンで指して座標
データで入力し、入力したデータは音声で確認す
るようにして、視線を変えることなく連続して入
力することを可能とするものである。
眼でフイルムを読んでコンピユータに入力し、入
力したデータをデイスプレイ又はプリンタにより
眼で確認チエツクするというように、全て眼で行
つているため作成効率が悪かつた。そこで、本発
明では、コンピユータ入力は眼でフイルム上のバ
ンドを追いながら、該バンドをペンで指して座標
データで入力し、入力したデータは音声で確認す
るようにして、視線を変えることなく連続して入
力することを可能とするものである。
第１図は本発明に係る遺伝子配列処理装置の一
実施例の全体構成図を示す。DNAシーケンスが
Ｘ線像映されているフイルム１をデジタイザ１０
上に置き、遺伝子の塩基コード（Ａ，Ｇ，Ｃ，
Ｔ）が表示されているバンド２をペン（位置指摘
部材）で指して、該バンドの座標値をコンピユー
タ本体３０に入力する。コンピユータ本体３０で
は、予め決定された各塩基コードＡ，Ｇ，Ｃ，Ｔ
に対応するバンド範囲をもとに、入力された座標
値を該当塩基コードに変換し、デイスプレイ装置
４０に表示すると共に音声合成出力装置５０に出
力する。音声合成出力装置５０では、コンピユー
タ本体３０からの塩基コードを「エイ」、「ジー」、
「シー」、「テイ」のように音声合成して出力する。
なお、コンピユータ本体３０では、入力された座
標値に対応する塩基コードを記憶しておき、後で
一括して音声合成出力装置５０に出力し、音声合
成出力装置５０で一括して読上げるようにしても
よい。コンピユータ本体３０に対する各種のフア
ンクシヨン指定、塩基コードデータ入力等はキー
ボード２０を用いて行われる。また、コンピユー
タ本体３０から出力されるDNAシーケンスは、
必要に応じてプリンタ６０でプリントアウトされ
る。
実施例の全体構成図を示す。DNAシーケンスが
Ｘ線像映されているフイルム１をデジタイザ１０
上に置き、遺伝子の塩基コード（Ａ，Ｇ，Ｃ，
Ｔ）が表示されているバンド２をペン（位置指摘
部材）で指して、該バンドの座標値をコンピユー
タ本体３０に入力する。コンピユータ本体３０で
は、予め決定された各塩基コードＡ，Ｇ，Ｃ，Ｔ
に対応するバンド範囲をもとに、入力された座標
値を該当塩基コードに変換し、デイスプレイ装置
４０に表示すると共に音声合成出力装置５０に出
力する。音声合成出力装置５０では、コンピユー
タ本体３０からの塩基コードを「エイ」、「ジー」、
「シー」、「テイ」のように音声合成して出力する。
なお、コンピユータ本体３０では、入力された座
標値に対応する塩基コードを記憶しておき、後で
一括して音声合成出力装置５０に出力し、音声合
成出力装置５０で一括して読上げるようにしても
よい。コンピユータ本体３０に対する各種のフア
ンクシヨン指定、塩基コードデータ入力等はキー
ボード２０を用いて行われる。また、コンピユー
タ本体３０から出力されるDNAシーケンスは、
必要に応じてプリンタ６０でプリントアウトされ
る。
第３図はデジタイザ１０の動作原理を説明する
図で、電磁誘導方式を使用する場合の図である。
即ち、デジタイザ１０は、ペンを形成している電
磁コイル１１とＸおよびＹ方向に直交配列された
多数のセンスループ１２とからなり、電磁コイル
１１に交流電流を流し、相互インダクタンスに比
例する起電力をセンスループ１２で検知すること
により、ペンの座標値を得るものである。実際に
は、デジタイザ１０はＡ／Ｄ変換器を内蔵し、セ
ンスループ１２で検知された座標値をデイジタル
信号に変換してコンピユータ本体３０に入力す
る。このようなデジタイザは周知であるので、こ
れ以上の説明は省略する。
図で、電磁誘導方式を使用する場合の図である。
即ち、デジタイザ１０は、ペンを形成している電
磁コイル１１とＸおよびＹ方向に直交配列された
多数のセンスループ１２とからなり、電磁コイル
１１に交流電流を流し、相互インダクタンスに比
例する起電力をセンスループ１２で検知すること
により、ペンの座標値を得るものである。実際に
は、デジタイザ１０はＡ／Ｄ変換器を内蔵し、セ
ンスループ１２で検知された座標値をデイジタル
信号に変換してコンピユータ本体３０に入力す
る。このようなデジタイザは周知であるので、こ
れ以上の説明は省略する。
第４図はコンピユータ本体３０の概略構成図
で、基本的にはマイクロコンピユータアーキテク
チヤと同様である。即ち、コンピユータ本体３０
は各種の処理を実行する中央処理装置（CPU）
３１、処理の途中データ等を格納するランダムア
クセスメモリ（RAM）３２、プログラムを格納
するリードオンリーメモリ（ROM）３３、入出
力（Ｉ／Ｏ）インターフエース部３４、及びこれ
らを接続する内部バス３５で構成される。第２図
のデジタイザ１０、キーボード２０、デイスプレ
イ４０、音声合成出力装置５０およびプリンタ６
０はＩ／Ｏインタフエース部３４を介して該コン
ピユータ本体３０と接続される。
で、基本的にはマイクロコンピユータアーキテク
チヤと同様である。即ち、コンピユータ本体３０
は各種の処理を実行する中央処理装置（CPU）
３１、処理の途中データ等を格納するランダムア
クセスメモリ（RAM）３２、プログラムを格納
するリードオンリーメモリ（ROM）３３、入出
力（Ｉ／Ｏ）インターフエース部３４、及びこれ
らを接続する内部バス３５で構成される。第２図
のデジタイザ１０、キーボード２０、デイスプレ
イ４０、音声合成出力装置５０およびプリンタ６
０はＩ／Ｏインタフエース部３４を介して該コン
ピユータ本体３０と接続される。
第５図は音声合成出力装置５０の一実施例で音
声データを記憶しておく音声データROM５１、
音声データをアナログ信号に変換して合成する音
声合成LSI５２、及び音声を出力するために用い
るフイルタ５３、アンプ５４、スピーカ５５等か
ら構成される。音声データROM５１には、Ａ，
Ｇ，Ｃ，Ｔの各塩基コード毎に、予め「エイ」、
「ジー」、「シー」、「テイ」の音声に対応するアナ
ログ電気信号を量子化、デイジタル化した音声デ
ータがそれぞれ所定領域に記憶されている。コン
ピユータ本体３０から塩基コードが与えられる
と、該塩基コードを先頭アドレスとして音声デー
タROM５１の連続するアドレスから１群の音声
データが順次読み出される。このROM５１から
読み出された１群の音声データを音声合成LSI５
２でアナログ信号に変換して合成した後、フイル
タ５３、アンプ５４を通すことにより、スピーカ
５５から該塩基コードに対する音声が出力され
る。
声データを記憶しておく音声データROM５１、
音声データをアナログ信号に変換して合成する音
声合成LSI５２、及び音声を出力するために用い
るフイルタ５３、アンプ５４、スピーカ５５等か
ら構成される。音声データROM５１には、Ａ，
Ｇ，Ｃ，Ｔの各塩基コード毎に、予め「エイ」、
「ジー」、「シー」、「テイ」の音声に対応するアナ
ログ電気信号を量子化、デイジタル化した音声デ
ータがそれぞれ所定領域に記憶されている。コン
ピユータ本体３０から塩基コードが与えられる
と、該塩基コードを先頭アドレスとして音声デー
タROM５１の連続するアドレスから１群の音声
データが順次読み出される。このROM５１から
読み出された１群の音声データを音声合成LSI５
２でアナログ信号に変換して合成した後、フイル
タ５３、アンプ５４を通すことにより、スピーカ
５５から該塩基コードに対する音声が出力され
る。
第６図はコンピユータ本体３０を中心にした処
理フロー図であり、以下、これに従て動作を詳述
する。
理フロー図であり、以下、これに従て動作を詳述
する。
まず、フイルム上にＸ線像映されているＡ，
Ｇ，Ｃ，Ｔの各塩基コードに対応するバンドの有
効範囲を入力する（ステツプ101）。例えば塩基コ
ードＡのバンドの有効範囲は、該当塩基コードに
対応する文字「Ａ」をキーボード２０より入力し
た後、第２図に「×」印で示した様に、デジタイ
ザ１０に載置したフイルム１上の該塩基コードＡ
のバンドの有効範囲を表わす４隅の座標をA1，
A2，A3，A4をペンで指して入力することで行
う。他の塩基コードＧ，Ｃ，Ｔについても同様で
ある。コンピユータ本体３０では、入力された各
塩基コード文字データとそのバンドの有効範囲の
座標値との対応テーブルを作成し、RAM３２に
格納しておく（ステツ102）。第７図に該対応テー
ブルの内容を示す。ここまでがDNAシーケンス
をコンピユータに入力する際の前処理である。
Ｇ，Ｃ，Ｔの各塩基コードに対応するバンドの有
効範囲を入力する（ステツプ101）。例えば塩基コ
ードＡのバンドの有効範囲は、該当塩基コードに
対応する文字「Ａ」をキーボード２０より入力し
た後、第２図に「×」印で示した様に、デジタイ
ザ１０に載置したフイルム１上の該塩基コードＡ
のバンドの有効範囲を表わす４隅の座標をA1，
A2，A3，A4をペンで指して入力することで行
う。他の塩基コードＧ，Ｃ，Ｔについても同様で
ある。コンピユータ本体３０では、入力された各
塩基コード文字データとそのバンドの有効範囲の
座標値との対応テーブルを作成し、RAM３２に
格納しておく（ステツ102）。第７図に該対応テー
ブルの内容を示す。ここまでがDNAシーケンス
をコンピユータに入力する際の前処理である。
次に、デジタイザ１０に載置したフイルム１上
のバンド２を、DNAシーケンス順にイ，ロ，ハ，
ニ，…とペンで指し、その座標値をコンピユータ
本体３０に入力する（ステツプ103）。コンピユー
タ本体３０では、RAM３２に格納されている対
応データを参照して、入力された座標値がどの塩
基コードに対応するバンドの有効範囲にあるか調
べ（ステツプ104）、その結果にもとづき、入力さ
れた座標値に対応する塩基コードを得（ステツプ
105）、RAM３２内に設けた出力バツフアに格納
していく（ステツプ106）。同時に、コンピユータ
本体３０は、求まつた塩基コードを音声合成出力
装置５０に出力する。音声合成出力装置５０で
は、この塩基コードに対応した音声を合成して出
力する（ステツプ107）。
のバンド２を、DNAシーケンス順にイ，ロ，ハ，
ニ，…とペンで指し、その座標値をコンピユータ
本体３０に入力する（ステツプ103）。コンピユー
タ本体３０では、RAM３２に格納されている対
応データを参照して、入力された座標値がどの塩
基コードに対応するバンドの有効範囲にあるか調
べ（ステツプ104）、その結果にもとづき、入力さ
れた座標値に対応する塩基コードを得（ステツプ
105）、RAM３２内に設けた出力バツフアに格納
していく（ステツプ106）。同時に、コンピユータ
本体３０は、求まつた塩基コードを音声合成出力
装置５０に出力する。音声合成出力装置５０で
は、この塩基コードに対応した音声を合成して出
力する（ステツプ107）。
次に、コンピユータ本体３０は、キーボード２
０の終了キーが押下されているかどうか調べ（ス
テツプ108）、押下されていなければステツプ１０
３からの処理を繰り返す。一方、フイルム１上の
全バンドの入力が終了し、終了キーが押下されて
いると、コンピユータ本体３０は一活出力キーが
押下されているかどうか調べ（ステツプ109）、押
下されていなければ処理を終了とする。一括出力
キーが押下されている場合は、RAM３２の出力
バツフアに格納されている内容を一括して出力
し、音声合成出力装置５０により音声出力として
一括返答する（ステツプ110）。
０の終了キーが押下されているかどうか調べ（ス
テツプ108）、押下されていなければステツプ１０
３からの処理を繰り返す。一方、フイルム１上の
全バンドの入力が終了し、終了キーが押下されて
いると、コンピユータ本体３０は一活出力キーが
押下されているかどうか調べ（ステツプ109）、押
下されていなければ処理を終了とする。一括出力
キーが押下されている場合は、RAM３２の出力
バツフアに格納されている内容を一括して出力
し、音声合成出力装置５０により音声出力として
一括返答する（ステツプ110）。
以上、本発明の一実施例について説明したが、
本発明はこれに限定されるものでないことは当然
である。例えば実施例では、フイルム上にＸ線像
映されている各塩基コードに対するバンドの有効
範囲を入力する場合、各塩基コードはキーボード
により入力して指定するとしたが、デジタイザ上
にＡ，Ｇ，Ｃ，Ｔに対応する４つのマークを印
し、該マークをペンで指すことにより、コンピユ
ータ本体が該当塩基コード入力を認識するように
してもよい。
本発明はこれに限定されるものでないことは当然
である。例えば実施例では、フイルム上にＸ線像
映されている各塩基コードに対するバンドの有効
範囲を入力する場合、各塩基コードはキーボード
により入力して指定するとしたが、デジタイザ上
にＡ，Ｇ，Ｃ，Ｔに対応する４つのマークを印
し、該マークをペンで指すことにより、コンピユ
ータ本体が該当塩基コード入力を認識するように
してもよい。
以上の説明から明らかな如く、本発明によれ
ば、DNAシーケンスがＸ線像映されているフイ
ルムのバンド列をデジタイザで座標データとして
コンピユータに入力する時、フイルム上の視線を
変えることなく連続して入力しながら入力確認で
き、従来のデイスプレイによる確認に比べて約２
〜３倍の入力作業効率が向上する。同様に、一括
確認についても、入力データの視線を変えること
なく連続して確認できるため、従来のプリントア
ウトされたデータにもとづいて目視により一括確
認する場合に比べて、確認効率が10〜15倍向上す
る。
ば、DNAシーケンスがＸ線像映されているフイ
ルムのバンド列をデジタイザで座標データとして
コンピユータに入力する時、フイルム上の視線を
変えることなく連続して入力しながら入力確認で
き、従来のデイスプレイによる確認に比べて約２
〜３倍の入力作業効率が向上する。同様に、一括
確認についても、入力データの視線を変えること
なく連続して確認できるため、従来のプリントア
ウトされたデータにもとづいて目視により一括確
認する場合に比べて、確認効率が10〜15倍向上す
る。
第１図は本発明による遺伝子配列処理装置の一
実施例の全体構成図、第２図は遺伝子配列がＸ線
像映されているフイルムの一例を示す図、第３図
はデジタイザの原理説明図、第４図はコンピユー
タ本体の一実施例を示す図、第５図は音声合成出
力装置の一実施例を示す図、第６図は第１図の動
作を説明する処理フロー図、第７図は塩基コード
と有効囲の対応テーブルの一例を示す図である。 １…フイルム、２…バンド、１０…デジタイ
ザ、２０…キーボード、３０…コンピユータ本
体、４０…デイスプレイ装置、５０…音声合成出
力装置、６０…プリンタ。
実施例の全体構成図、第２図は遺伝子配列がＸ線
像映されているフイルムの一例を示す図、第３図
はデジタイザの原理説明図、第４図はコンピユー
タ本体の一実施例を示す図、第５図は音声合成出
力装置の一実施例を示す図、第６図は第１図の動
作を説明する処理フロー図、第７図は塩基コード
と有効囲の対応テーブルの一例を示す図である。 １…フイルム、２…バンド、１０…デジタイ
ザ、２０…キーボード、３０…コンピユータ本
体、４０…デイスプレイ装置、５０…音声合成出
力装置、６０…プリンタ。
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 １ 遺伝子の塩基配列に対応して複数のバンドの
列が像影されているフイルムが載置され、該複数
のバンドの列の一つのバンドを位置指摘部材で指
摘することにより、該指摘されたバンドの座標値
を出力するデジタイザと、 前記フイルム上の複数種類の塩基の各々のバン
ドの有効範囲を示す座標値を保持する手段と、前
記デジタイザから出力された座標値を入力する手
段と、該入力された座標値と前記複数種類の塩基
の各々のバンドの有効範囲を示す座標値とを比較
して、該入力された座標値を複数種類の塩基の一
つを表わす塩基コードに変換する手段と、該変換
された塩基コードを出力する手段とを有するコン
ピユータと、 前記コンピユータから出力された塩基コードを
入力する手段と、該入力された塩基コードに応じ
た音声を出力する手段とを有する音声出力装置
と、 を具備してなる遺伝子配列処理装置。
Priority Applications (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP59085929A JPS60230061A (ja) | 1984-04-27 | 1984-04-27 | 遺伝子配列処理装置 |
| DE8585302955T DE3573667D1 (en) | 1984-04-27 | 1985-04-26 | Input apparatus for entering base sequence information of the gene |
| DE198585302955T DE160534T1 (de) | 1984-04-27 | 1985-04-26 | Eingabegeraet zur eingabe der genetischen grundfolgeinformation. |
| EP85302955A EP0160534B1 (en) | 1984-04-27 | 1985-04-26 | Input apparatus for entering base sequence information of the gene |
| US06/727,762 US4706192A (en) | 1984-04-27 | 1985-04-26 | Input apparatus for entering base sequence information of the gene |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP59085929A JPS60230061A (ja) | 1984-04-27 | 1984-04-27 | 遺伝子配列処理装置 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPS60230061A JPS60230061A (ja) | 1985-11-15 |
| JPH0430548B2 true JPH0430548B2 (ja) | 1992-05-22 |
Family
ID=13872443
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP59085929A Granted JPS60230061A (ja) | 1984-04-27 | 1984-04-27 | 遺伝子配列処理装置 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JPS60230061A (ja) |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPS5261435A (en) * | 1975-11-17 | 1977-05-20 | Hitachi Ltd | Correction system of character input |
| NL7904469A (nl) * | 1979-06-07 | 1980-12-09 | Philips Nv | Inrichting voor het lezen van een gedrukte kode en het daarvan omzetten in een audio-signaal. |
| JPS58146933A (ja) * | 1982-02-26 | 1983-09-01 | Canon Inc | 発音装置 |
-
1984
- 1984-04-27 JP JP59085929A patent/JPS60230061A/ja active Granted
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JPS60230061A (ja) | 1985-11-15 |
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