JPH04500310A - 黄色ブドウ球菌の検出用核酸プローブ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 黄色ブドウ球菌の検出用核酸プローブ 見計分野 本発明は、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ）種 に属する細菌を検出することに関し、詳細には、黄色ブドウ球菌を特異的に検出 するための核酸プローブおよび組成物そその利用方法と一緒に提供１゛る。

発咀Ω貨且 本文中で用いられる「黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒ ｅｕｓ）　３という用語は、Ｂｅｒｇｅｙ’　ｓ　Ｍａｎｕａｌ　ｏｆ　Ｓｙｓ ｔｅｍａｔｌｃ　Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ　Ｃビー０エイチ１スニース（Ｐ、 Ｈ，５ｎｅａｔｈ）監イ＊、　１，９８６．１０１５〜１０１９頁、ウィリアム ス・アンド・ウィルキンス（Ｗｉｌｌｉａｍｓ　＆　Ｗｉｌｋｉｎｓ）　）など で分類された細菌のことである。黄色ブドウ球菌の検出は種々の医学および公衆 衛生に関係して重要である。特に、黄色ブドウ球菌は重大な食中毒を引き起こす ことがある。何千件もの食中毒の症例が米国で毎年報告されている。更ご多くの 未報告の症例が推測される。食品に黄色ブドウ球菌および／またはそのエンテワ トキシンの存在について試験を行なって、黄色ブドウ球菌が食品による疾患の原 因′Ｉ！７１Ｖであることを確証し、食品が「ブドウ球閘」食中毒の潜在的発生 源であるかどうかを決定し２、そして通常、ヒトの接触または食品の接触表面が 汚染されたことに、よるｔ）のである加工後汚染を証明する。

黄色ブドウ４閘を検出し且つ列挙イーるため・９方法：よ、食品を試験するため の理由６よび試験材料自体の経歴にある程度まで存在する。最も一船的乙ご用い られる（しかも食品およびｉＴ物摂取Ｊこ必要とされる種叩の情報を提供する） 黄色２゛ドウ球閑の分析方法は、Ｆｒ’ｌΔ７・′丁３Ａ＼４　Ｂａｃｔｅｒｉ ｏｌｏ、（ｉ＜、ａｌ　Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ　Ｍａｎｕａｌの第１４章および 第］５竜［第６版、　１９８４．７ソシエー・？：・・寸ブ・オフィシャル・ア ナリティカル・ケミスツ（Ａｓｓｏｃｉａｔｉすｎ　ｏｆ　０ｆｆｉｃｉａｌ　 Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ　Ｃｈｅ＋＋＋１ｓｔｓ　：ｌ　〕？４こ示されている、 通常１、：のΔ、ろな方法では、こり、らの細菌の増殖に好都合な条件下の微！ ′！Ｉｙ′Ｊ用培地で適当に調製された試ギ４からの黄色ブドカ球菌の単離を必 要とｒる６次に、得られるコロニーを形態学的および生化学的性質について試験 を行な−）のが典型的であり、その方法：、ｔ、通常、試市Ｉ取得４８時間後に 処理を開始し、不都合なことに、収ｔ＝でに１・−６日間を要する。したがって 、本発明の特徴は、黄色ブドウ球菌に特異的であり、しかも試料材料に存在する ことができる他の細菌または菌類とは反応しない核酸プローブを提供することで ある。このようなプローブを種々の検定システムで用いて、従来の夕日培養法に 付随する多くの欠点を避けることができる。

本発明のもう一つの特徴は、通常の検定条件下でプローブに利用可能にさせるこ とができる橿的碩域にハイブリッド形成することができるノ゛ローノ゛を提供す ることである。

コーン（Ｋｈｏｎｅ）らはｒＲＮＡ配列に対するプローブを調製する一つの方法 を論じているが（Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ　Ｊｏｕｒｎａｌ　、８　：　１１０ ４〜１１１８．１９６８）　、彼等は黄色ブドウ球菌特異性プローブを作るのに ａ・要な内容を提供していない。

ペース（Ｐａｃｅ）　′８よびカンブベル（Ｃａｍｐｂｅｌｌ）は種々の細菌種 からのリポソームリボ核酸の相同およびこのような相同水準を定量化するための ハイブリッド形成法について論じている（Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｒ　Ｂａｃｔｅｒ ｉｏｌｏｇｙ　、　１０７　：　５４３〜５４７．１９７１）。

同様に、ソジン（Ｓｏｇｉｎ）、ソジンおよびウォース（Ｗｏｅｓｅ）は、系統 関係を評価するのに種々のリポソームＲＮＡ分子の一次構造特性を用いることに ついての理論的および実際的特徴を論している（Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｍｏ１ ｅｃｕｌａｒ　Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ、１　：　１７３−Ｉ８４．１９７２）　、 フｔノクス（Ｆｏｘ）、ベックマン（Ｐｅｃｈｍａｎ）およびウォースは、原核 系統へのアプローチとして１６ＳリボソーＬ、ＲＮＡの比較カタログ作成につい て論じている（Ｉｎｔｅｒｎａｔｌｏｎａｌ　Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｓｙｓｔ ｅｍａｔｉｃ　Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、　２７　：　４S〜 ５７．１９７７）　、Ｌかしながら、これらの文献は黄色ブドウ球菌に関するコ ーンの研究内容の欠点を取り除くには不十分であり、特に、食品および他の試料 中の黄色ブドウ球菌を検出するための検定に有用な黄色ブドウ球菌特異性プロー ブを提供するものではない。

リポソームは遺伝情報を細胞性タンパク質、生物の主な構造要素および触媒要素 に翻訳する唯一既知の手段として役立つので全ての生物に極めて重要である。

このｉｔ要性を明確に現わしているのが細胞は全てリポソームを有するという説 である。

リポソームは、少なくとも大腸菌（Ｅ、　ｅｏｌｉ）では５ＳｒＲＮＡ、１６Ｓ ｒＲＮＡおよび２３ＳｒＲＮＡと呼ばれている３１１類のＲＮＡ分子を含んでい る。これらの名称：ｔ、歴史的に、ｌ？　Ｎ　Ａ分子の沈降速度ム、：よって測 定さ句、るその分子の大きさｌ二間合孔、ている、しかしながら、実際には、リ ポソームＲＮＡ分子の大きさは生物間でかなり変化する。それにもかかわらず、 ５ＳｒＲＮＡ、１６３ｒＲＮＡおよび２３ＳｒＲＮＡをいずれの細菌でも相同Ｒ Ｎ、Ａ分子ｒ−総称的名称とし、て用いるのがｊ一般的であり、この慣例を本文 中で継続する。

本文中で用いられるすうに、１個または複数Ｃコブローブとは合成によってまた は生物学的に生成される核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）であって、規定さ才また所 定の緊縮（ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）下で（れ・−をハイブリッド形成させる特異 的核酸配列を計画または選択によ−、で有するもののこ七であり、詳細には（す なわち、好才ｔバは、下記のハ・１ブｊｌ　、、、、　ｌｊ影形成参照されたい ）、標的核酸配列のことである。そのハイプリント形成時１づ−に加えて、ブロ ーゾ：８￥定の検定（ａｓｓａｙ）条件下でその適当なまたｉノ：最ス負な機能 に間する若干の成分も有していてもよい。例えば、プローブ・Ｌ、検出リガンド （例えば、フル第１ノセイン、３２−Ｐ、ビオチン等）を運搬するために、また は固体支持体（例えば９、ボリーデオキシアデノシ゛。／「末端」）十へのその 捕捉を容易にするために修飾してもよい、このような修飾は、ノ＼イブリント形 成検定での標的生物と非槓的生物とを有効に爪別するその詣力である基本的プロ ーブ機能を精巧にすることである。

（１′〔東、バイブリア・１′形成は所定の反応条件下で核酸の部分的にまたは ｔ全に２本の相補的鎖を逆平行の彰で一諸にさせて水素結合に特異的且つ安定な 二重鎖核酸を形成する方法と考えゆれている、 一定に設定さ礼たバイブ７！・・ド形成条件の緊縮はプローブ／標的二重ＩＩ遣 （ｄｕｐｌｅｘ）の塩基組成によって、更には２種類の核酸の間に対を作らない 水′＄および幾何学的形状によって定義される。

緊縮は、バイブ１１／ド形成溶液中ごこ存在するイオン種の濃度および種類、存 在する変性剤の＃類および濃度、および／またはハイブリ、・ド形成の温度のよ うな反応パラメーターによ、っても制御することができる。通常、ハイブリッド 形成条件が一層緊縮になると、安定なハイブリッドが形成される場合、一層長い プローグが好ましい。結果として、ハイプリント形成が（例えば、実施する検定 の種類に基づいて）生じるその条件の緊縮は用いられる好ましいプローブのある 種の特性を指示するものである。このような関係は当該技術者に十分理解され、 容易に取り扱われることができる。

概して、プローブ長さに依存して、当該技術者は緊縮条件を約０．９モルの塩溶 液中、約３５゛Ｃ〜６５′Ｃであると理解している。

金回ゑ要約 本発明の種々の原理および特徴により、特異的条件下、黄色ブドウ球菌のリポソ ームＲＮＡ分子（ｒＲＮＡ）またはｒＲＮＡ遺伝子（ｒＤＮＡ）にハイブリッら 成る核酸プローブおよびプローブセントを提供する。したがって、本発明のブト １−ブば、食品、臨床的または環境試料中の黄色ブドウ球菌の特異的検出用に有 効な核酸ハイブリッド形成検定の開発のための基準を提供する。

本出願人の経験では、このような核酸ハイブリッド形成に基づく検定は、試験１ ｔｔＪ中の細菌を検出するための最も一隈的に利用可能な微生物による方法に関 して増大された実施性能を与えるために発見されたものであり、通常、（ａ）　 増加された感受性３すなわち、一定の試料中の前記の細菌を一層頻繁に検出する 能力； ら）安価な試薬の利用および減少された労力による検定費用の潜在的に顕著な減 少： （Ｃ）　標的細菌の生化学的に異常な菌株でさえも正確に同定すること；（ｄ） 　このような試験が試験を行なう前に試料からの標的細菌の単離を必要としない ことによる一層速い結果を包含する。

本発明のプローブをｒＲＮＡに対して向けることによって受ける他の利点としか 、活発に増殖している黄色ブドウ球菌は細胞当り５０，０００を上回るリポソー ムを含むことができ、したがって、（１：　１　！　１の化学量論でリポソーム 中に存在する）ｒＲＮＡのそれぞれについて５０，０００の複製を含むことがで きる。これに対して、他の可能な細胞標的分子、例えば遺伝子またはそれらのＲ ＮＡ転写は、それらがはるかに少ない量で存在するのでさほど理想的ではない。

更に予セ外のｆｌ１点は、ｒ　ＲＮ　Ａ　（８よびそｉｚらを特徴付ける遺伝子 ）が同時期の生物間で隣接転移を受けるとは思われないこ七である。したがって 、ｒＲき；Ａ−次横漬は、恐らく、プラスミド由来遺伝子またはその生成物など の、同時期の生物間で隣接転移を受けることができる場合ごあると思われるよ− ）な遺伝子特異１１：裸面よりもむしろ生物持具性分子標的を提供する。

菌の全菌株で十分に類似している黄色ブドウ球菌ｒＲＮＡ標的配列を堤供する。

好都合なことに、これらの同じｒＲＮＡＩ的配列は、プローブの一つであるプロ ーブ１３３７が黄色ブドウ球菌ｒＲＮＡにハイブリット形成する条件下で、それ が大部分の非黄色ブドウ球菌ｒ　ＲＮＡにハイブリッド形成しない大部分の非黄 色ブドウ球菌ｒＲＮＡにおいて十分に異なる。これらのプローブ特性はそれぞれ 包括性および排他性として定義されるい 本発明の他の好ましいプローブであるプローブ１３３６はプローブ１３３７と同 様に黄プローブを黄色ブドウ球菌に関する本発明のプローブの意外な包括性およ び排他性と一緒に生ずることができるという発見は予測不能且つ意外であった。

表Ｑ茄単星説所 本発明の原理および特徴は下記の表を参照することによって更に理解することが できる。

表−１に、本発明の好ましいプローブのヌクレオチド配列と多数のブドウ球菌属 菌株の標的ヌクレオチド配列とが一列になったものを示す、多数の近親な非黄色 ブドウ球菌細菌からの２３３ｒＲＮＡの対応する部分も比較のために示し２てい る。

ＲＮＡ（標的）配列を５′〜３′と書き表す七、プローブ配列はＤＮＡであり、 ３′〜５′と書き表わす、プローブをその包括性および排他性挙動の基である変 化の「コア」領域と一緒に示す。プローブ１３３６の小文字のＣ（ｃ）は、用い られる検定方式に依存して環境指示基（ｒｅｐｏｒｔｅｒ　ｇｒｏｕｐ）を結合 していてもよいし、またはしていなくてもよい修飾されたシトノン残基を表すず 。

表−２に、１′ノｌ−ブロア　ト（ｄｏｔ　ｂｌｏｔ）バイブ、１ノ１形成検定 において代表的な試料である黄色ブドウ球菌菌株５よび非負色ブドウ球菌菌株に 対する好ましいプローブの包括性且つ排他性ψ勅を例示する。

発咀公庄皺萱説朋あＡ１几悲建 二？でｙｙＰ二二二ニー＝３−発露り１Ｌ−シ１６法ｒＲＮＡの領域の同定を必 要とした。実間的な問題とｊ、７−こ、非黄色ブドウ球菌菌株がいＶれの試験試 料ｊ、：も存在する可能性があるということを先験的に予想することは困難であ るや 大多数のこのような潮在的非黄色ブドウ球菌細菌のために、与えやれたグローブ 配列のいｊ′れにも排他性を証明することは予測不可能であるのみならず陽めで 困難で労力を要することである。一層厳密な基準を採用して、最終的にプローブ を用いてスクリーン（ｓｃｒｅｅｎ）を行なう全試験試料中に非黄色ブドウ球菌 細菌が存在することがあるということを知る必要性を不要にし、た。

これには黄色ブドウ球菌の中でおよび黄色ブドウ球菌と他の細菌群との間での系 統関係の知識がａ・要であった。

具体的に、前もって証明されＣいない仮設以外の操作で、黄色ブドウ球菌ｒＲ配 列に対するプローブを用いて黄色ブドウ球菌とその同種類とをハイブリッド形成 検定によ、て区別することができるということを決定することによってｆＪ１他 性基準を満たすことができる操作を採用した。系統発生的観察に基づいて、次に 、一層遠縁の生物のｒＲＮＡ配列は、その実際の同一性を知る必要がないとして も、その前記の配列の標的領域において前記の黄色ブドウ球菌に進化論的に近縁 種よりも異なることが予測可能であるということが推定された。しかしながら、 このような領域が存在するのか、または存在するとして、ｒＲＮＡ内部のどこに このような領域が位置するかということを先験的に予測することはできない。

核酸ハイブリッド形成プローブに有用な標的部分として潜在的に役立つことがで きる黄色ブドウ球菌ｒＲＮＡの領域を同定する最初の段階として、黄色ブドウ球 菌の多数の菌株からの１６ｓｒＲＮＡおよび２３ＳｒＲＮＡのほぼ完全なヌクレ オチド配列を決定した。

ヌクレオチド配列は、ｒＲＮＡを特徴付ける遺伝子をクローニングし〔マニアテ イス（Ｍａｎｉａｔｉｓ）ら、１９８２、Ｍｏ１ｅｃｕａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ　 ；　＾Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ、コールド・スプリング・ハーバ− ・ラボラトリ−（Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒ ｙ）、二ニー・ヨーク、５４５頁〕且つ配列させること（マキサム（Ｍａｘａ園 ）およびギルバー　ト（Ｇｉｌｂｃｒｔ）、１９７７、　Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇ ｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　５ｃｉｅｎモ■ AＵ Ｓ　Ａ、　７４　：　５６０〜５６４サンガー（Ｓａｎｇｅｒ）ら、　１９７７ 、　Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎ≠■ Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　５ｃｉｅｎｃｅ、　Ｕ　Ｓ　Ａ、　７４　：　５４６３ 〜５４６７）によってか、および／または逆転写酵素を用いてｒ　ＲＮ　Ａそれ 自体を直接配列させること〔レーン（Ｌａｎｅ）ら、１９８５、　Ｐｒｏｃｅｅ ｄｉｎｇｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅ＋ｍｙ　ｏｆ　５ｃ ｉｅｎｃｅ、　Ｕ　ＳＡ、　８２@：　６９５５〜 ６９５９　）による標準的な研究室用プロトコルで決定した。

定されたブドウ球菌属、連鎖法菌属（Ｓｔｒｅｐｔｃｏｃｃｕｓ）、ｌ４菌属（ Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）およびバチル ス＠　（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）等の他の種の配列と比較した。

黄色ブドウ球菌およびその極めて近縁種である表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌ ｏｃｏｅｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）の配列の比較が特に有効であること が分かった。２種類のブドウ球菌属で、および黄色ブトう球面と非ブドウ球菌属 の細菌との間で異なると思われる配列の一つの領域を同定した０表−１に各種ブ ドウ球菌属および非ブドウ球菌属の細菌のこの領域についての詳細な比較を示す 、最終的に、これらの観察されたヌクレオチド配列の相違に基づくプローブの有 用性は広範なハイブリッド形成試験を行なうことによって確証され、そしてこれ を表−２に示す。

ブＰ：≦ウア１注 前記のプローブ選択法により試料中の黄色ブドウ球菌細菌を同定するのにを用な 多数のプローブを生成した。下記の好ましいオリゴヌクレオチドブローブヲ本文 中で開示している。

フＯ−’７’１３３６：　５’−ｃＧＡＴＴＡＴＴＡＣＣＴＴＣＴＴ丁ＧＡＴＴ ＣＡＴＣＴＴＴＣＣＡＧＡｃＴ−３’ブローフ゛１３３７：　５’−ＡＴＴＣＧ ＴＣＴＡＡＴＧＴＣＧＴＣＣＴＴＴＧＴＡＡＣＴＣ−３’プローブ１３３６およ びプローブ１３３７を２３ＳｒＲＮＡの隣接領域での標的とする（表−１）　、 プローブ１３３６をヌクレオチド位置（大腸菌の番号表示システムを用いて）３ ０４〜３３５におよそ対応する黄色ブドウ球菌２３ＳｒＲＮＡの領域での標的と し、プローブ１３３７をおよそ２７４〜３０１（表−１）の位置での標的とする 。

表−１に示したようＧこ、プローブ１３３７は、黄色ブドウ球菌とぞの極めて近 縁種である表皮ブドウ球菌とを識別するのに最も有用であるコアの変化位置周辺 に「形成される（ｂｕｉｌｔ）　Ｊ。黄色ブドウ球菌の２３ＳｒＲＮＡでのコア 配列であるＧＧＡＣＧＡＣＡは、表皮ブドウ球菌の相同領域に関して（表−１に 示したコア配列において大文字で示される）５種類の配列の相違を有する。

識別はこのようなプローブを用いる検定の最も可能な用途に重要であると考えら れるので、プローブ１３３６は黄色ブドウ球菌特異性プローブはど独自にを用で はない、しかしながら、プローブ１３３６は重要であり、新規な特異性を有する 。プローブ＋３３６について規定される変化のコア？ＩＩ域は、黄色ブドウ球菌 （および表皮ブドウ球菌）とスタフィロコッカス・カルノシス（Ｓｔａｐｈｙｌ ｏｃｏｅｃｕｓ　ｅａｌｎｏｓｉｓ）との配列相違の集合物である。したがって 、配列データによると、プローブ１３３６はプローブ１３３７よりも分類学的に 高水準の黄色ブドウ球菌と同種の群と定義することができる。これは表−２に示 したハイブリッド形成データによ、、）で確証された。

プローブ１３３６およびプローブ１３３７の特異的挙動は、それらを用いる検定 方式にかなりの程度まで依存している。逆に、検定方式は特定のプローブのある 種の最適な設計特徴を指示するものである。本発明のプローブの「本質（ｅｓｓ ｅｎｃｅ）　Ｊは、１３３６および１３３７と命名されたプローブでのヌクレオ チドの特異的な鎖に限定されると解釈すべきではない６例えば、これらの特定の ヌクレオチドの長さは下記に記載したド・トブロ・ト検定°（オよび若干の他の 予想される検定）で用いるのに１１通にされた。Ｂ適なプローブ長さが選択され るハイブリ、ド形成条件の緊縮の要因であることは当該技術者に周知のことであ るので、本発明のプローブの長さはその条件にしたがって変更することができる 。更に、１個を上回るプローブから成るセット、を考える場合、プローブはいず れもそれらがその双方を用いる特定の方への＊　１−ｔ’　ｎ、　＋こも適片し ℃作用することが望ましい。したがって、特定のプローブの正確な長さはその特 異的に計画されたｆす用にある程度室で影響されるものごある。

本文中に記載したプローグの「本質」は、前記ムこ記載し且゛つ表−１（コア変 化）ムこ示し７た黄色ブドウ球菌特異性配列の発見および利用に存するものであ る。

２−！、二１Ａ損娘ζ２すχ９Ｄ随Ｉユｌ工彫成旦折表−１の配列データは、プ ローブ１３３６およびプローブ１３３７がかなり多数の黄色ブドウ球菌属株にハ イブリダイズしなければなるないことを示唆している。配列が全一で点検された 黄色ブドウ球菌菌株およびシストロンの２３３ｒＲＮＡは表−１に示した標的領 域によって全く一致する。しかしながら、これは多数の既知の単離物と比較し、 て小さい黄色ブドウ球菌菌株集合物である。潜在的に、なお一層大きな配列変化 が、配列分析によって点検されなかった他の黄色ブドウ球菌菌株に存在すると思 われる。このような変化はハイブリッド形成を減少させ、または恐らく排除させ ると思われる。したがって、黄色ブドウ球菌単蹄物へのハイブリッド形成作用を 入念に実証することはプローブ特異性に関する確実性を維持するために好ましい ことである。

プローブの包括性挙動（ｉｌ（，１ｕｓｉν己ｙ　ｂｅｈａν１ｏｒ）と同様に 重要なことはその排他性挙動（ｅｘｃｌｕｓｉνｉｔｙ　ｂｅｈａｖｉｏｒ）　 、すなわち、非黄色ブドウ球菌細菌に対するその反応性である。潜在的に黄色ブ ドウ球菌を有する試験試料中に見出されることがある非黄色ブドウ球菌菌株の数 および種類は極めて多い８表−１に示した選択された配列はいずれも黄色ブドウ 球菌、特に表皮ブドウ球菌およびニス・カルノンス（Ｓ、ｅａｒｎｏｓｉｓ）の 近縁種であり、黄色ブドウ球菌のｒＲＮＡ配列に極めて１（１ｕのｒＲＮＡ配列 を有することが予想されると思われる。実際に、これらのおよび他の細菌の１６ ３ｒＲＮＡについての広範且つ入念な点検によって、黄色ブドウ球菌と他のブド ウ球菌種とを識別するのに有用な領域は今のところ発見されていない、したがっ て、黄色ブドウ球菌と表皮ブドウ球菌の２３ＳｒＲＮＡの間に保持された配列変 化の小さい伸縮を発見することは予測されず、意外であった。しかしながら、前 記に記載したように、これらの配列相違形態が表皮ブドウ球菌または他のブドウ 球菌属の菌株毎器こ保持されることはないと思われる。

したがって、代表的な黄色ブドウ球菌および非黄色ブドウ球菌細菌に対するプロ ーブの挙動をトノ１プロツト法を用いるハイブリッド形成分析によって測定した 。

実施例１　プローブハイブリッド形成挙動のドツトプロット分析周知の方法乙こ よれば、ドツトプロット分析では核酸または核酸全体をフィルター、例えばニト ロセルロース、ナイロンまたは商業的に、特にこの目的のために容易に入手する ことができる他の誘導された膜に固定する必要がある。ＤＮＡかまたはＲＮＡを このようなフィルターに容易に固定することができ、次に、任意の種々の条件（ すなわち、緊縮）下で関心事であるヌクレオチド配列またはプローブとのハイブ リッド形成について探査または試験を行なうことができる。緊縮条件下において 、ヌクレオチド配列の標的配列に対する相補性が一層大きいプローブは相補性が 少ないプローブよりも一層高水準のハイブリッド形成を示す６本文中に記載した オリゴヌクレオチドプローブについて、ｒＲＮＡ標的に対する６０℃で１４〜１ ６時間のＣＮａＣ１を０．９モル、トリスＨＣ／を０．１２モル、ｐ）１７．８ 　、ＨＤＴＡを６ミリモル、ＫＰＯ，を０．１モル、ＳＤＳを０．１％、ビロリ ン酸塩を０．１％、フィコール（ｆｉｃｏｌｌ）を０．００２％、ＢＳＡを０． ０２％およびポリビニルピロリジンを０．００２％含むハイブリッド形成溶液中 での）ハイブリッド形成に続いて、６０°Ｃで１５分間の（ＮａＣ１が０．０３ モル、トリスＲＣｌが０．００４モル、ｐ）１７．８　、ＥＤＴＡが０．２ミリ モルおよびＳＯ５が０．１％中での）ハイブリッド形成後洗浄を３回行なって未 結合プローブを除去することは表−２に例証した特異性の水準を生しるために十 分に緊縮状態である。

粗（未精製）細胞熔解物中に存在するＤＮＡまたはＲＮＡを、最初に当該り核酸 を精製する必要なく固定することができる方法も利用可能である〔例えば、マニ アティス・ティー　（Ｍａｎｉａｔｉｓ、Ｔ、）、フイツチュ・イー・エフ（Ｆ ｒｊ　ｔｓｃｈ、Ｅ、　Ｆ、　）およびサムプルツク・ジエイ（Ｓａｍｂｒｏｏ ｋ、Ｊ、）、１９８２．　′ｌｏ１ｇｃｕ！ａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ　：　ＡＬａ ｂｏｒａ　ｔｏｒｙ門ａｎｕａｌ　３゜この後者のアプローチは、任意の特定の 生物の核酸ムこ存在することができ、そして更に、大多数の生物のマススクリー ニングを好都合に受けやすい特定のヌクし・オチド配列についてスクリーンする のに必要とされるかなりの労力を顕著に減少させることが見出された。

表−２に示したデータの大部分は表示されたブドウ球菌属および非ブドウ球菌属 細菌からの精製ＲＮＡ製割に対する表示されたプローブのハイブリッド形成によ って得られた。更に、（表−２に示した）黄色ブドウ球菌の約７２種類の臨床的 単離物および１１１１６１９の獣医学的単離物の粗細菌溶解物についても試験を 行なった。

双方の方決により本質的に等しい結果が得られた。双方の場合に、プローブは標 準的な方法を用いて放射性リン３２で末端標識した。前記に記載のハイプリント 形成および洗浄に続いて、ハイブリ・？ド形成フィルターをＸ線フィルムに暴露 さセ、既知量の標的材料（細菌またはＲＮ　Ａ　）の対照スポットに関してその シグナルの強度を可視的に「記録した（ｓｃｏｒｅｄ）　〕。

表−２乙こ示したように、黄色ブドり球菌の約９２種類の菌株／単離物について 試験を行なった。少数ではあるが代表する試料である種々の臨床的材料から単離 された１１種類の菌株はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（Ａｍ ｅｒｉｃａ口Ｔｙｐｅ　Ｃｕ１ｔｕｒｅ　Ｃｏ１１ｅｃｔｉｏｎ）　（Ａ　Ｔ　 ＣＣ）から入手された。その他のものく７２種類）は、マサチューセノツ・ステ ート・ラボラトリ−（Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ　５ｔａｔｅＬａｂｏｒａｔ ｏｒｙ）　、フレーミンハム・ユニオン・ホスピタル（Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ　 ＬｌｎｉｏｎＮｏ汗山ｌ）、ブリガム・アンド・ウィミンズ・ホスピタル（Ｂｒ ｉｇｈａｓ　ａｎｄ圓０１１ｅｎ　’　３Ｈｏｓｐｉｔａｌ）およびタフ゛！・ ゲエテリナリー・ダイアグ、ノステイ・ツク・ラボラトリ−（Ｔｕｆｔｓ　Ｖｅ ｔｅｒｉｎａｒｙ　Ｄｉａｇｒ＋ｏｓｔｉｅ　１−ａｈｏｒａｔｏｒｙ）などの マ什千二、−セ、・ツ州地域の主な病院および診断検査所（ｄｉａｇｎｏｓｔｉ ｃ　１ａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）の培養集合物および全患者からの無作為の単離 物であった。

黄色ブドウ球菌菌株はいずれもプローブ１３３６およびプローブ１３３７双方に 強くハイブリダイズしている（ン々゛ナル＋＋＋−は、プローブと標的配列との 完全な適合（ｍａ　ｔｃｈ）が配列分析によって明確に決定さ相た「対照」黄色 ブドウ球菌のノ＼イブリッド形成シグナルと等しいジグづ−ルを表わす）、シた がって、プローブの包括性挙動は極めて良好であると予測することができる。

排他性（すなわち、非黄色ブドウ球菌へのハイブリッド形成）の点からみると、 ２種類のプローブはそれぞれ異なった作用をする。１５の種（ｓｐｅｃｉｅｓ） を代表する約８７種類の非ブドウ球菌属菌株；および１４の＠　（ｇｅｎｅｒａ ）の３４種を代表する４１種類の非ブドウ球菌細菌について試験を行なった（表 −２）、プローブ１３３７は完全な排他性を有すると思われる。それはしかし、 僅かに検出可能なハイブリッド形成が数種類の非黄色ブドウ球菌属にのみ観察さ れる場合である（シグナル士はオートラジオグラフの長時間の一晩中の暴露後で も僅かに検出可能なハイブリッド形成シグナルを表わす）、シたがって、プロー ブ１３３７は黄色ブドウ球菌細菌に極めて包括性でもあるし、極めて特異的でも ある。単一プローブ検定方式において、プローブ１３３７は好ましいプローブで あると思われる。

プローブ１３３６はプローブ１３３７よりもある程度更に広範に包括性である。

試験された全黄色ブドウ球菌菌株にハイブリッド形成することに加え、プローブ １３３６は多数の他のブドウ球菌種の菌株にハイブリッド形成する。特に、プロ ーブ１３３６はスタフィロコッカス・カビテイス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕ ｓ　ｅａｐ山ｓ）およびスタフィロコッカス・キシロサス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃ ｏｅｃｕｓ　ｘｙｌｏｓｕｓ）　、表皮ブドウ球菌およびスタフィロコッカス６ サブロフイテイクス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　５ａｐｒｏｐｈｙｔｉｃ ｕｓ）の大部グリッド形成によって黄色ブドウ球菌に最も近縁種であるブドウ球 菌種を代表している〔クルース・ダブリュー・イー（Ｋｌｏｏｓ、Ｗ、Ｅ、　） およびシュライファー・ケイ・エイチ（Ｓｃｈｌｅｉｆｅｒ、に、Ｈ，）　、１ ９８６．　Ｂｅｒｇｅｙ’ｓ　Ｍａｎｕａｌ　ｏｆ　ＳｙｓｔｅｍａｔｉｃＢａ ｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ、２巻、　１．０１３〜１０３５頁〕。しかしながら、プ ローブ１３３６はブドウ球菌種全部にハイブリダイズするのではないし〔ニス・ アウリクラリス（Ｓ。

ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ　）　、ニス゛カセオリテイクス（Ｓ、ｃａｓｅｏｉｙ ｔｉｃｕｓ）、ニス・コーニ一（Ｓ、ｃｏｈｎｉｉ）、ニス゛インターメディウ ス（Ｓ、ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）　、ニス・レンタス（５，１６ｎｔすｓ）、 ニス・ソウリ（Ｓ、　５ｃｉｕｒｉ）およびニス・ノミュランス（Ｓ、ｓｉ＋５ ｕｌａｎｓ）は検出されない〕、表−２に示したパネルの非ブドウ球菌細菌のい ずれにもそれはハイブリダイズしない、したがって、プローブ１３３６はそれ自 体が今のところ未決定の重要性（ａｓ　ｙｅｔ　ｕｎｄｅＬｅｒｍｉｎｅｄ　５ １ｇｎ１ｆｉｃａｎｃｅ）を有する「より高水準の（ｔ＋＋ｇｈｅｒ−１ｅνｅ ｌ）」ゾトウ球菌属プローブごあるという有用な特性宅有する。そのハイブリッ ド形成作用はこれらのブドウ球菌菌株の２３Ｓ　ｒ　ＲＮＡ　（Ｉ的）領域のヌ クレオチド配列を明確に示すものであり、したがって、亜属水準（ｓｕｂ−ｇｅ ｎｕｓ１６ｖｅｌ）でのそれらの分類学的（系統的）群も示している。この分類 学的形態は従来観察されていなかった。

前記に論じたように、プローブ１３３６は、任意の種々の２部分から成る（ｄｕ ａｌ）プローブのサンドインチ型ハイブリッド形成検定方式（ｓａｎｄｗｉｃｈ −ｔｙｐｅｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ　ａｓｓａｙ　ｆｏｒｍａｔ　：例えば 、米国特許出願第２７７、５７９号明細書、第１６９．６４６号明細書または第 ２３３，６８３号明細書に記載されたホモポリマー捕捉、２部分から成るプロー ブ、液体ハイブリッド形成方式）での利用にもプローブ１３３７に対する対のプ ローブの一方としてもかなり重要である。このような用途において、プローブ１ ３３７または誘導体はその３′末端で修飾されて残基長さ２０〜２００個のデオ キシアデノシン（ｄＡ）残基部分を有する。これは、この目的のためにポリデオ キシチミジン（ｄＴ）で適当に誘導体化された固体支持体（例えば、ビーズ、プ ラスチック表面、フィルター等）上に試験試料からの標的ｒＲＮＡを「捕捉する （ｃａｐｔｕｒｅ）　」（次に液体ハイブリッド形成を行う）のに用いることが できるであろう、プローブ１３３６は検出プローブとして用いられ、ある種Ｏ検 出可能なリガンド（例えば、３２−Ｐ、フルオレセイン（ｆｌｕｏｒｅｓｃｉｅ ｎ）、ビオチン等）によって誘導体化されるであろう。表−１に示した修飾され たソトンン残基はこのようなりガントを結合させる好都合な手段として有用であ る０次に、試験試料中の標的核酸の存在の検出を、一連のハイプリント形成相互 作用による固体表面上への検出リガンドの捕捉によって示す。

これは、標的核酸が試験試料中に存在する場合にのみ生しることができるであろ う。

プローブ１３３６およびプローブ１３３７をプローブセットとして有効にする物 理的性質はｆｌ）その組み合わされたハイブリッド形成特性、および（２）もう 一方へのその物理的接近である。後者の特性は、ある種の試験試料中に存在する りボヌクレアーゼが捕捉プローブと検出プローブの標的部分の間で標的ｒＲＮＡ 分子を切断する、例えば、前記に記載した分子サンドイッチを保持する結合を人 為的に（且つ誤って）切断することによって試験結果を負に示すこともある可能 性を最小限度にする。

有効に組み合わされたハイブリッド形成特性として下記の観察が挙げられる。

（１）プローブ１３３６は試験された黄色ブドウ球菌全てにハイブリッド形成す るものであり、そしてその次に、検出プローブとして用いられると、その対のプ ローブの一方であるプローブ１３３７によって「捕捉された」黄色ブドウ球菌標 的核酸全部を検出するであろう（すなわち、対のプローブは黄色ブドウ球菌にだ いする十分な包括性を有するであろう）。

（２）プローブ１３３６はかなり多数の非黄色ブドウ球菌属にハイブリダイズす るもとして、それが全黄色ブドウ球菌にハイブリダイズする限りにおいて、すな わちそれが単純に「属の（ｇｅｎｅｒｉｃ）　Ｊ　’３識試薬である限りにおい てはどうせいずれの細菌にもハイブリッド形成することができるであろう、プロ ーブ１３３６が黄色ブドウ球菌以外の数種のブドウ球菌属にのみハイブリッド形 成し、非ブドウ球菌属細菌には全くハイブリッド形成しないということは、プロ ーブ１３３６がハイブリッド形成する少数の非黄色ブドウ球菌属を除いては、対 の双方のプローブが黄色ブドウ球菌に十分に特異的であるということにおいて、 対のプローブに更に別の実用的な価値を与える。したがって、１種類よりもむし ろ２種類の特異的ハイブリッド形成を生じることが正の検定シグナルを検出する のに必要である。

本発明の他の好ましいプローブはプローブ１３３６およびプローブ１３３７から 成り、それらの耐分解性を改良するためにプローブを末端に結合することによっ て修飾されたものである。

ブロックされたプローブの調製はオリゴヌクレオチドを合成するのに用いられる 印刷発表された方法を変更することによって行なうことができる〔ニス・エル・ ビューケージ（Ｓ、Ｌ、Ｂｅａｕｃａｇｅ）およびエム・エイチ・カルサース（ Ｍ、Ｈ。

Ｃａｒｕ　ｔｈｅｒｓ）、１９８１．　Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ　Ｌｅｔｔｅｒ ｓ　、　２２．１８５９〜１８６２　；ニス・アグラワール（Ｓ、Ａｇｒａｗａ ｌ）、シー・クリストトーラス（Ｃ，Ｃｈｒｉｓｔｏｄｏｕｌｏｕｓ）およびエ ム・ゲイト（Ｍ、Ｇａ１ｔ）　、１９８６．　Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃ１ｄｓ　Ｒ ｅ５ｅａｒｃｈ、　１４．６２２７〜６２４５　；ジエイ・エム・クール（Ｊ、 Ｍ、Ｃｏｕｌｌ）、エル・エイチ・ワイス（Ｌ、ＨＪＩｅｉｔｈ）およびアール ・ビスコツ（Ｒ，Ｂ１５ｃｈｏｆｆ）　、１９８６．　Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ 　Ｌｅｔｔｅｒｓ　、　２７．３９９］−３９９４）　、これらの修飾は、合成 りＮＡ鎖のヒドロキシル基３′および／または５′に好都合に結合することがで きる種々の非ヌクレオシドホスホルミゾイツト（ｐｈｏｓｐｈｏｒｍｉｄｉｔｅ ｓ）のいずれかを理想的に組み込んでいる。これらの試薬は末端ヒドロキシル基 の一方または双方を効果的にブロックするので、得られる合成オリゴヌクレオチ ドはエキソヌクレアーゼ消化に抵抗性である。

この用途に用いることができる試薬の例として、グレン・リサーチ・コーポレロ ンテク（Ｃ１ｏｎｔｅｃｈ）　（カリフォルニア州、パロ・アルド）から入手可 能な５′−アミノモディファイア−が挙げられるが、限定されるものではない。

オリゴヌクレオチドのブロッキングは非ヌクレオシドホスホルミゾイツト（ｎｏ ｒｍ−ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｐｈｏｓｐｈｏｒｓｉｄｉｔｅｓ）を合成オリゴヌ クレオチドの適当な末端または両末端に加えることによって行なうことができる ０通常、アミノモディファイア−を乾燥アセトニトリルまたはジクロロメタンに 溶解し最終濃度を０．１モルとする０次に、得られる溶液を自動ＤＮＡ合成機の 適当な入口に入れる０次に、必要な合成操作、例えばブロッキング試薬のカップ リング、酸化および脱ブロックの全てを、例えばアプライド・バイオシステムス （Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅ■Ｓ）（カリフォルニア州、フォスター・ シティ−）またはバイオサーチ（Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ）　（カリフォルニア州、 サン・ラフアニル）によって提供されるような機器操作マニュアルに記載のよう に行なう。

発明の説明をｒＲＮＡを検出するための参考として行なったが、本文中に記載し たプローブおよび本文中に記載したプローブに対するプローブ相補性が、ｒＲＮ Ａ　（ｒＤＮＡ）を特徴付ける遺伝子の検出にも有用であり、したがって、この ようなプローブは記載したプローブに等しいと考えられ且つ本発明の精神および 範囲および添付の請求の範囲内に包含されるものであるということは容易に理解 されるであろう。

ｊ（二　２　：　Ｆ−４ニー上二二？−二１−４１」−に二ｚ′−９−−？−十 二Ｍ１．−１−一　−−一−疋−−−−」生−−−一一−−−−−−−−−＝− −−−−−−−超邪　超釘Ａ　Ｔ　ＣＣ１２６００黄色ブドウ球菌　＋十科　＋ ＋＋＋（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒｅｕｓ）Ａ　Ｔ　ＣＣ２５９５ ３黄色ブドウ球菌　＋＋＋＋　＋＋＋＋Ａ　Ｔ　ＣＣ８０９Ｆｉ　黄色フ′ト′ ＩＪ７株茅３　＋＋＋＋　＋＋＋＋＋　Ｔ　ＣＣ１２５９８黄色ブドウ球菌　＋ ＋＋４　＋＋＋＋Ａ　Ｔ　ＣＣ１３５６５黄色ブドウ球菌　＋＋＋＋　十↓＋＋ ＡＴＣＣ２７１５４黄色ブドウ球菌　＋＋＋４　４４４４Ａ、　Ｔ　ＣＣ２７６ ５９黄色ブドウ球菌　＋＋＋　＋＋＋＋Ａ　Ｔ　ＣＣ２７６６０黄色ブドウ球菌 　＋＋＋＋　＋→＋＋＋＋Ｔ　ＣＣ２７６９０黄色ブドウ球菌　＋＋＋＋　→＋ ＋＋＋＋＋（総数９３、本文を参照されたい）臨床用（７２）　黄色ブドウ球菌 　フ＋＋（ム＋＋＋他　（１１）　黄色ブドウ球菌　イ＋＋＋　÷十碍十ＧＴ１ ９３０　スタフィロコッカス・アウリクラリス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ 　ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ）ＧＴ１９３５　スタフィロコッカス・カビティス　 ＋＋＋＋　＋（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｃａｐｉｔｉｓ）ＧＴ１９４５ 　スタフィロコッカス・カセオリテイクス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｃ ａｓｅｏｌｙｔｉｅｕｓ）Ａ　Ｔ　ＣＣ２９９７４スタフィロコッカス・コーニ ー（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｃｏｈｎｉｉ）ＧＴ２０５２　スタフィロ コッカス・コーニ−Ａ　Ｔ　ＣＣ１４９９０表皮ブドウ球菌　＋＋＋＋　−（Ｓ ｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）ＧＴ４０２　表皮ブド ウ球菌　＋＋＋＋　÷ＧＴ４０３　表皮ブドウ球菌　＋＋＋＋＋ＡＴＣＣ１５５ 表皮ブドウ球菌　＋＋　−Ａ　Ｔ　ＣＣ２９８８５表皮ブドウ球菌　＋　−Ａ　 Ｔ　ＣＣ１７９１７表皮ブドウ球菌　＋　−Ｇ７２０５３　表皮ブドウ球菌　＋ ＋＋＋−ＧＴ２０８５　表皮ブドウ球菌　＋＋＋＋−ＧＴ２０８６　表皮ブドウ 球菌　＋＋＋十−ＧＴ２０８７　表皮ブドウ球菌　＋＋＋十−ＧＴ２０８Ｂ　表 皮ブドウ球菌　十÷十＋　−衷二呈上上ｊ上７”ｙｔバイブｉ　トン　”　）Ｇ Ｔ２０９７　表皮ブドウ球菌　＋＋＋＋−ＧＴ２２０４　表皮ブドウ球菌　＋＋ ＋　−Ｇ　Ｔ・２２０５　表皮ブドウ球菌　＋科＋　−ＧＴ２２５４　表皮ブド ウ球菌　中子＋＋−Ｇ　Ｔ２２５５　表皮ブドウ球菌　＋＋＋　−Ｇ　Ｔ　２２ ５６　表皮ブドウ球菌　＋＋＋−Ｇ７２２５７　表皮ブドウ球菌　＋＋＋−ＧＴ ２２９４　表皮ブドウ球菌　＋↓＋＋　−ＧＴ２２５８　表皮ブドウ球菌　＋＋ ＋　−Ｇ　Ｔ　２２９５　表皮ブドウ球菌　＋＋十−ＣＴ２２９６　表皮ブドウ 球菌　＋＋＋＋　−ＧＴ２２９７　表皮ブドウ球菌　＋＋＋　−〇７２２９８　 表皮ブドウ球菌　十十÷　−ＣＴ２２９９　表皮ブドウ球菌　＋十＋−〇７２３ ００　表皮ブドウ球菌　÷＋＋十−ＧＴ２３１８　表皮ブドウ球菌　＋＋＋（− Ｇ　Ｔ２３１９　表皮ブドウ球菌　＋＋　−ＧＴ２３２０　表皮ブドウ球菌　＋ ＋＋＋−ＣＴ２３４９　表皮ブドウ球菌　＋＋＋−ＧＴ１１６２　スタフィロコ ッカス・ヘモリテイクス　−　−（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｈａｅ＋＋ ｏｌｙｔｉｃｕｓ）Ａ　Ｔ　ＣＣ２９９７０スタフィロコッカス・ヘモリテイク ス　＋＋　−ＧＴ２０８９　スタフィロコッカス・ヘモリテイクス　−　−ＧＴ ２２２２　スタフィロコッカス・ヘモリテイクス　十　−ＧＴ２２９２　スタフ ィロコッカス・ヘモリテイクス　＋＋　−ＧＴ２３１７　スタフィロコッカス・ ヘモリテイクス　＋＋　−Ａ　Ｔ　ＣＣ２７８４４スタフィロコッカス・ホミニ ス　中子　−（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｈｏｓｉｎｉｓ）ＧＴ１７５２ 　スタフィロコッカス・ホミニス　＋＋＋＋＋ＧＴ１８７５　スタフィロコッカ ス・ホミニス　＋＋＋＋　−ＧＴ４００　スタフィロコッカス・ホミニス　＋＋ ＋＋　−Ｇ　Ｔ２Ｏ５１スタフィロコッカス・ホミニスＧＴ２０９０　スタフィ ロコッカス・ホミニスＧＴ２３２１　スタフィロコッカス・ホミニス　＋＋＋＋ 　−衷二ｌ二工１まゴーＬ」室イフｌ　ド乏　〕Ａ　Ｔ　ＣＣ２９６６３スタフ ィロコッカス・インターメディウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｉｎｔｅ ｒｍｅｄｉｕｓ）Ｇ　Ｔ　２０９１　スタフィロコッカス・インターメディウス ＧＴ２０９Ｂ　スタフィロコッカス・インターメディウスＧＴ２０９９　スタフ ィロコッカス・インターメディウスＧＴ２１００　スタフィロコッカス・インタ ーメディウスＧＴ２０９６　スタフィロコッカス・インターメディウスＧＴ２１ ４８　スタフィロコッカス・インターメディウスＧＴ２１４９　スタフィロコッ カス・インターメディウスＧＴ２１５０　スタフィロコッカス・インターメディ ウスＧ　Ｔ２１５１　スタフィロコッカス・インターメディウスＧＴ２ｉ５２　 スタフィロコッカス・インターメディウスＧＴ２１５３　スタフィロコッカス・ インターメディウスＧＴ２１５４　スタフィロコッカス・インターメディウスＧ Ｔ２２０６　スタフィロコッカス・インターメディウス　−ＧＴ２２０７　スタ フィロコッカス・インターメディウスＧＴ２２１３　スタフィロコッカス・イン ターメディウスＡ　Ｔ　ＣＣ２９０７０スタフィロコッカス・レングス（Ｓｔａ ｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　１ｅｎｔｕｓ）ＧＴ２２６６　スタフィロコッカス・ サブロフイテイクス　＋＋＋（−（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　５ａｐｒｏ ｐｈｙｔｉｃｕｓ）Ａ　Ｔ　ＣＣ１５３０３スタフィロコッカス・サブロフイテ イクス　＋＋＋＋−ＧＴ１８０Ｂ　スタフィロコッカス・サブロフイテイクス　 ＋＋＋＋　−ＧＴ１８０９　スタフィロコッカス・サブロフイテイクス　＋＋（ （−ＧＴ１８１０　スタフィロコッカス・サブロフイテイクス　＋＋＋＋−ＧＴ １８７６　スタフィロコッカス・サブロフイテイクス　＋＋（＋−Ｇ　Ｔ　１９ ３１　スタフィロコッカス・サブロフイテイクス　＋＋＋＋−ＧＴ２０３１　ス タフィロコッカス・サブロフイテイクス　＋＋＋＋−Ｇ　Ｔ２Ｏ４９スタフィロ コッカス・サブロフイテイクス　＋＋＋＋　−ＧＴ２０４８　スタフィロコッカ ス・サブロフイテイクス　−　−ＧＴ２０５０　スタフィロコッカス・サブロフ イテイクス　＋＋＋＋−Ａ　Ｔ　ＣＣ２９０６０スタフィロコッカス・シウリ（ Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｅｕｓ　５ｃｉｕｒｉ）Ａ　Ｔ　ＣＣ２９０６２スタフ ィロコッカス・シウリ表ＸＬ上１′ロ　バイブ１　゛〉　去）（Ｓｔａｐｈｙｌ ｏｃｏｃｃｕｓ　ｓｉｍｕｌａｎｓ）Ｇ　Ｔ２Ｏ９２スタフィロコッカス・シミ 二ランスＧＴ２２５９　スタフィロコッカス・シミ二うンスＧＴ２２６０　スタ フィロコッカス・シミ二ランスＧＴ２３１６　スタフィロコッカス・シミ二ラン スＡ　Ｔ　ＣＣ２７８３６スタフィロコッカス・ワル不す　＋十　−（Ｓｔａｐ ｈｙｌｏｃｏｃｅｕｓ　ｗａｒｎｅｒｉ）（１；Ｔ２Ｏ９３スタフィロコッカス ・ワルネリＧＴ２２９３　スタフィロコッカス・ワルネリ　十　−Ａ　Ｔ　ＣＣ ２９９７１スタフィロコッカス・キシロサス　＋＋＋＋−（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃ ｏｃｃｕｓ　ｘｙｌｏｓｕｓ）ＧＴ８０３　短バチルス （Ｂａｃｉｌｌｕｓ　ｂｒｅｖｉｓ） ＧＴＯＯ８バチルス・セレウス （Ｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｅｒｅｕｓ） ＧＴ８１１　バチルス・コアギユランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｏａｇｕｌａｎ ｓ）ＧＴ８０４　枯草菌 （Ｂａｃｉｌｌｕｓ　５ｕｂｔｉｌｌｓ）Ｉ　Ｇ３２２４　シトロ、バクター・ フロインディー（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ）Ｉ　Ｇ３２４０ 　シトロバクタ−・フロインディー３６１３−６３　ン１０バクター・ディバー サス）（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ　ｄｉｖｅｒｓｕｓ）Ｇ　Ｔ　Ｓ　００４９　 エンテロバクタ−・アグロメラランス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ａｇｇｌｏ ｍｅｒａｒ＋５）１２４　（Ｉ　ｔ、　ｐｎｋ、　）　エンテロバクタ−”）　 ｏ　７　’ｔ’−（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｃｌＯａｃａｅ）４１Ｙ　クレ ブシェラ・オキシト力 （旧ｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ）Ａ　Ｔ　ＣＣ３３４０３クルデア・ヅ フィー（Ｋｕｒｔｈｉａ　ｚｏｐｆｉｉ） ＧＴ２５６　アシドフィルス菌 （Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃｉｄｏｐｈｉｕｓ）表二ｌ上上ユ止ブユユ 上へ４差去Ｌ■形成（続嘉）Ｉ　Ｇ３１９１　リステリア菌 （Ｌｉｓｔｅｒｉａ　ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）Ｉ　０３２９９　リステリ ア菌 ＡＴＣＣ４０１ミクロコツカス・コングロメラタス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ　 ｃｏｎｇｌ＊ＩＩｅｒａｔｕｓ）ＡＴＣＣ３８１ミクロコツカス・ルテウス）（ Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ　Ｉｕｔｅｕｓ）ＡＴＣＣ１８６ミクロコツカス・ロゼ ウス）（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ　ｒｏｓｅｕｓ）ＧＴ２９８　ミクロコツカス 種 （Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ　ｓｐ、） ＧＴ２９９　ミクロコツカス種 Ａ　Ｔ　ＣＣ１４４０４プラノコンカス・シトレウス（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃｕｓ 　ｃｉｔｒｅｕｓ）Ａ　Ｔ　ＣＣ２７９６４プラノコッカス・へロフィルス（Ｐ ｌａｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）Ａ　Ｔ　ＣＣ２３５６６ネズミ チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｔｙｐｈｉ＠ｕｒｉｕｍ）ＲＦ７５５　チフ ス菌 （Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｔｙｐｈｉ）ＲＦ９１０　サルモネラ・アリシネ− （Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｓｏｎａｅ）ＲＦ９６８　’、’ンネ赤痢菌 （Ｓｈｉｇｅｌｌａ　５ｏｎｎｅｉ） ＲＦ９７０　志賀赤痢菌 （Ｓｈｉｇｅｌｌａ　１ｌｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ）ＲＦ９７４　ボイド赤痢菌Ｃ １３ （ＳＣ１３（Ｓｈｉ　ｂｏｙｄｉｉ）ｃ１３Ａ　Ｔ　ＣＣ１３８８１スポロサル シナ・ウレエ（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ　ｕｒｅａｅ）ＡＴＣＣ６４７３スボ ロサルシ３−・ウレエＧＴ４０５　ストレブトコ、・カス・アガラクテイエー（ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ａｇａｌａｃｔｉａｅ）ＧＴ６６８　スト１／ブ トコツカス・ポヒス（Ｓｔｒｅｐｔｏｅｏｃｃｕｓ　ｂＯｖｉｓ）表−３二上− ノー上ブＰ−１上ヘヱブＬム旦股収」絖嘉）ＧＴ４００　糞便連鎖球菌 （Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｅａｌｌｓ）ＧＴ４０７　ストレプトコ ッカス・フェシウム（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃｉｕｉ）６０５６ 　ストレプトコッカス・フェシウムＤＡＣストレプトコッカス・フェシウムＧ　 Ｔ４１２　スト１／ブトコツカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ 　ｍｖｔａｎｓ）ＧＴ４０８　肺炎連鎖球菌 （Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＧＴ４１０　唾液連鎖 球菌 （Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　５ａｌｉｖａｒｉｕｓ）ＣＴ４１１　サンダイ ス連鎖球菌 （Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｓａｎｇｕｉｓ）国際調査報告 国際調會報告

Claims (1)

1. 【特許請求の範囲】 １．所定の緊縮条件下で黄色ブドウ球菌のｒＲＮＡまたはｒＤＮＡにハイブリダ イズすることが可能で、非ブドウ球菌属細菌のｒＲＮＡおよびｒＤＡにはハイブ リダイズすることができない核酸フラグメント。 ２．前記のフラグメントが前記条件下で、スタフィロコッカス・アウリクラサス （Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ）、スタフィロコッ カス・カピティス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｃａｐｉｔｉｓ）、スタフ ィロコッカス・カセオリティクス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｃａｓｅｏ ｌｙｔｏｕｓ）、スタフィロコッカス・コーニー（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕ ｓ　ｃｏｈｍｉ）、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｐｉｄ ｅｒｍｉｄｓ）、スタフィロコッカス・ヘモリライクス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏ ｃｃｕｓ　ｈａｅｍｏｌｌｙｔｉｃｕｓ）、スタフィコッカス・ホミニス（Ｓｔ ａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｈｏｍｉｎｉｓ）、スタフィロコッカス・インタ・ メディウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｉｎｔｅｒｍｉｄｉｕｓ）、スタ フィロコッカス・レンタス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｌｅｎｒｕｓ）、 スタフィロコッカス・サプロフィティクス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｓ ｅｉｕｒｓ）、スタフロコッカス・シウリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｓ ｅｉｕｒｙ）、スタフィロコッカス・シミュランス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃ ｕｓ　ｓｉｍｕｌａｎｓ）、スタフィロコッカス・ワルネリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏ ｃｏｃｃｕｓｗａｒｎｅｒｉ）、スタフィロコッカス・キシロカス（Ｓｔａｐｈ ｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ｘｙｌｏｓｕｓ）、短バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ　ｂｒ ｅｖｉｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｅｒｅｕｓ）、バチル ス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、枯草菌（Ｂａ ｃｉｌｌｕｓ　ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、シトロバクターフロインディー（Ｃｉｔｒ ｏｂａｃｔｅｒ　ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、シトロハクター．ディハーサス（Ｃｉｔ ｒｏｂａｃｔｅｒ　ｄｉｖｅｒｓｕｓ）、エンテロハクター・アグロメランス（ Ｅｎｔｅｒｂａｃｔｅｒ　ａｇｇｅｌｍｅｒａｎｓ）、エンテロバクター、クロ アセー（Ｅｎｔｅｒｂａｃｔｅｒｃｌｏａ■■■）、クレブシエラ・オキシトカ （Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ　ｏｘｙｔｏｃａ）、クルチア・ゾフイ−（Ｋｕｒｔｈ ｉａ　ｚｏｐｆｉｉ）、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃ ｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒ■■　ｍｏｎｏｃｖｔｏｇ ｅｎｅｓ）、ミクロコッカス・コングロメラタス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ　ｃ ｏｎｇｌｏｍｅｒａｔｕｓ）、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｃｕｓ ｌｕｔｅｕｓ）、ミクロコッカス・ロゼウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ　ｒｏｓ ｅｕｓ）、プラノコッカスシトレウス（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｃｉｔｒｅｕ ｓ）、プラノコッカス・ハロフィルス（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｈａｌｏｐｈ ｉｌｕｓ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ ）、チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ｔｙｐｈ１）、サルモネラ・アリゾネー （Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ　ａｒｉｚｏｎａｅ）、ソンネ赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌ ａ　ｓｏｎｎｅｉ）、志賀赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ　ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ ）、ボイド赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ　ｂｏｙｄｉｉ）Ｃ１３、スポロサルシナ ・ウレエ（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａｎｒｅａｅ）、ストレプトコッカス・アガ ラクティエー（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレ プトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｂｏｖｉｓ）、糞便連鎖 球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｆａｅｃａｌｉｓ）、ストレプトコッカス ・フェシウム（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｆａｅｃｌｕｍ）、ストレプトコッ カス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｍｕｔａｎｓ）、肺炎連鎖 球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、唾液連鎖球菌（ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、サンダイス連鎖球菌（ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｓａｎｇｕｉｓ）のｒＲＮＡまたはｒＤＮＡにハ イプリダイズすることができない、請求の範囲第１項に記載の核酸フラグメント 。 ３．所定の緊縮条件下で、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ　ａ ｕｒｅｕｓ）、スタフィロコッカス・カピティス、表皮ブドウ球菌、スタフィロ コッカス・ホミニス、スタフィロコッカス・サプロフィティクスおよびスタフィ ロコッカス・キシロサスのｒＲＮＡまたはｒＤＮＡにハイブリダイズすることが 可能であり、スタフィロコッカス・アウリクラリス、スタフィロコッカス・カセ オリティクス、スタフィロコッカス・コーラー、スタフィロコッカス・インター メディウス、スタフィロコッカス・レンタス、スタフィロコッカス・シウリ、ス タフィロコッカス・シミュランス、短バチルス、バチルス・セレウス、バチルス ・コアギュランス、枯草菌、シトロバクター・フロインディー、シトロバクター ・ディバーサス、エンテロバクター・アグロメランス、エンテロバクター・クロ アセー、クレプシエラオキシトカ、クルチア・ゾフィー、アシドフィルス菌、リ ステリア菌、ミクロコッカス・コングロメタラス、ミクロコッカス・ルテウス、 ミクロコッカス・ロゼウス、プラノコッカス・シトレウス、プラノコッカス・ハ ロフィルス、ネズミチフス菌、チフス菌、サルモネラ・アリゾネー、ソンネ赤痢 菌、志賀赤痢菌、ボイド赤痢菌Ｃ１３、スポロサルシナ・ウレエ、ストレプトコ ッカス・アガラクティエー、ストレプトコッカス・ボビス・糞便連鎖球菌、スト レプトコッカス・フェシウム、ストレプトコッカス・ミュータンス、肺炎連鎖球 菌、唾液連鎖球菌、サングイス連鎖球菌のｒＲＮＡまたはｒＤＮＡにハイブリッ ド形成することができない核酸フラグメント。 ４．プローブ１３３７およびその相補的配列からなるプローブの群より選択され るプローブ配列を含んで成る、請求の範囲第１項に記載の核酸フラグメント。 ５．プローブ１３３６およびその相補的配列からなるプローブの群より選択され るプローブ配列を含んで成る、請求の範囲第１項に記載の核酸フラグメント。 ６、前記フラグメントが、表−１に示した黄色ブドウ球菌の２３ＳｒＲＮＡ配列 の２７４〜３０１の領域内で任意の連続した１０種類のヌクレオチドを含んで成 る配列の少なくとも９０％に相補的である、請求の範囲第１項に記載の核酸フラ グメント。 ７．前記のフラグメントが、表−１に示した黄色ブドウ球菌の２３ＳｒＲＮＡ配 列の２７４〜３０１の領域内で任意の連続した１０種類のヌクレオチドを含んで 成る配列の少なくとも９０％に相同である、請求の範囲第１項に記載の核酸フラ グメント。 ８．前記のフラグメントが、表−１に示した黄色ブドウ球菌の２２ＳｒＲＮＡ配 列の３０１〜３３５の領域内で任意の連続した１０種類のヌクレオチドを含んで 成る配列の少なくとも９０％に相補的である、請求の範囲第３項に記載の核酸フ ラグメント。 ９．前記のフラグメントが、表−１に示した黄色ブドウ球菌の２３ＳｒＲＮＡ配 列の３０１〜３３５の領域内で任意の連続した１０種類のヌクレオチドを含んで 成る配列の少なくとも９０％に相同である、請求の範囲第３項に記載の核酸フラ グメント。 １０．少なくとも２種類の核酸フラグメントを含んで成り、その一方が請求の範 囲第２項に記載のプローブであり、もう一方が所定の緊縮条件下で黄色ブドウ球 菌、スタフィロコッカス・カピティス、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・ ホミニス、スタフィロコッカス・サプロフィティクスおよびスタフィロコッカス ・キシロサスのｒＲＮＡまたはｒＤＮＡにハイブリダイズすることが可能であり 、スタフィロコッカス・アウリクラリス、スタフィロコッカス・カセオリティク ス、スタフィロコッカス・コーニー、スタフィロコッカス・インターメデイウス 、スタフィロコッカス・レンタス、スタフィロコッカス・シウリ、スタフィロコ ッカス・シミュランス、短バチルス、バチルス・セレウス、バチルス・コアギュ ランス、枯草菌、シトロバクター・フロインディー、シトロバクター・ディバー サス、エンテロバクター・アグロメランス、エンテロバクター・クロアセー、ク レブシエラ・オキシトカ、クルチア・ゾフィー、マッドフィルス菌、リステリア 菌、ミクロコッカス・コングロメタラス、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロコ ッカス・ロゼウス、プラノコッカス・シトレウス、プラノコッカス・ハロフィル ス、ネズミチフス菌、チフス菌、サルモネラ・アリゾネー、ソンネ赤痢菌、志賀 赤痢菌、ボイド赤痢菌Ｃ１３、スポロサルシナ・ウレエ、ストレブトコッカス・ アガラクテイエー、ストレブトコッカス・ボビス、糞便連鎖球菌、ストレブトコ ッカス・フェシウム、ストレプトコッカス・ミュータンス、肺炎連鎖球菌、唾液 連鎖球菌、サングイス連鎖球菌のｒＲＮＡおよびｒＤＮＡにハイブリダイスする ことかできないプローブであるプローブのセット。 １１．少なくとも２種類の核酸フラグメントを含んで成り、その一方が請求の範 囲第８項に記載のプローブであり、もう一方が所定の緊縮条件下で黄色ブドウ球 菌、スタフィロコッカス・カピティス、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカス・ ホミニス、スタフィロコッカス・サプロッイティクスおよびスタフィロコッカス ・キシロサスのｒＲＮＡまたはｒＤＮＡにハイブリダイズすることが可能であり 、スタフィロコッカス・アウリクラリス、スタフィロコッカス・カセオリティク ス、スタフィロコッカス・コーニー、スタフィロコッカス・インターメディウス 、スタフィロコッカス・レンタス、スタフィロコッカス・シウリ、スタフィロコ ッカス・シミュランス、短バチルス、バチルス・セレウス、バチルス・コアギュ ランス、枯草菌、シトロバクター・フロインディー、シトロバクター・ディバー サス、エンテロバクター・アグロメランス、エンテロバクター・クロアセー、ク レブシエラ・オキシトカ、クルチア・ゾフィー、アシドフィルス菌、リステリア 菌、ミクロコッカス・コングロメラタス、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロコ ッカス・ロゼウス、プラノコッカス・シトレウス、プラノコッカス・ハロフィル ス、ネズミチフス菌、チフス菌、サルモネラ・アリゾネー、ソンネ赤痢菌、志賀 赤痢菌、ボイド赤痢菌Ｃ１３、スポロサルシナ・ウレエ、ストレプトコッカス・ アガラクティエー、ストレブトコッカス・ボビス、糞便連鎖球菌、ストレプトコ ッカス・フェシウム、ストレプトコッカス・ミュータンス、肺炎連鎖球菌、唾液 連鎖球菌、サングイス連鎖球菌のｒＲＮＡおよびｒＤＮＡにハイブリダイズする ことができないプローブであるプローブ類のセットであって、前記のフラグメン トが表−１に示した黄色ブドウ球菌の２３ＳｒＲＮＡ配列の３０１〜３３５の領 域内で任意の連続した１０種類のヌクレオチドを含んで成る配列の少なくとも９ ０％に相補的であるプローブのセット。 １２．少なくとも２種類の核酸フラグメントを含んで成り、その一方が請求の範 囲第７項に記載のプローブであり、もう一方が表−１に示した黄色ブドウ球菌の ２３ＳｒＲＮＡ配列の２７４〜３０１の領域内で任意の連続した１０種類のヌク レオチドを含んで成る配列の少なくとも９０％に相同であり、且つ表−１に示し た黄色ブドウ球菌の２３ＳｒＲＮＡ配列の３０１〜３３５の領域内で任意の連続 した１０種類のヌクレオチドを含んで成る配列の少なくとも９０％に相同である プローブのセット。 １３．プローブ１３３７およびプローブ１３３６を含んで成るプローブのセット 。 １４．プローブ１３３７に相補的な核酸フラグメントおよびプローブ１３３６に 相補的な核酸フラグメントを含んで成るプローブのセット。 １５．（ａ）試料と請求の範囲第２項に記載の核酸フラグメントとを、黄色ブド ウ球菌が前記の試料中に存在する場合にそのｒＲＮＡまたはｒＤＮＡに前記のフ ラグメントがハイブリダイズすることが可能な条件下で接触させてハイブリッド 核酸複合体を形成し、そして （ｂ）前記ハイブリッド核酸複合体を前記試料中の前記黄色ブドウ球菌の存在を 示すものとして検出することを特徴とする、試料中の黄色ブドウ球菌の存在を検 出する方法。 １６．（ａ）試料と請求の範囲第３項に記載の核酸フラグメントとを、ブドウ球 菌属が前記試料中に存在する場合にそのｒＲＮＡまたはｒＤＮＡに前記のフラグ メントがハイブリダイズすることが可能な条件下で接触させてハイブリッド核酸 複合体を形成し、そして （ｂ）前記ハイブリッド核酸複合体を前記試料中の黄色ブドウ球菌の存在を示す ものとして検出することを特徴とする、黄色ブドウ球菌を含む試料中のブドウ球 菌属の亜群の存在を検出する方法。 １７．前記接触段階の前記核酸フラグメントがプローブ１３３７である、請求の 範囲第１５項に記載の方法。 １８．前記接触段階の前記核酸フラグメントがプローブ１３３６である、請求の 範囲第１６項に記載の方法。 １９．前記接触段階が前記試料と、プローブ１３３７およびプローブ１３３６を 含んで成る少なくとも２種類の核酸フラグメントとを接触させることを含んで成 る、請求の範囲第１５項に記載の方法。 ２０．前記接触段階が前記試料と、プローブ１３３７に相補的な核酸フラグメン トおよびプローブ１３３６に相補的な核酸フラグメントとを接触させることを含 んで成る、請求の範囲第１５項に記載の方法。