JPH0572177A - ゲル電気泳動装置 - Google Patents

ゲル電気泳動装置

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JPH0572177A
JPH0572177A JP3234427A JP23442791A JPH0572177A JP H0572177 A JPH0572177 A JP H0572177A JP 3234427 A JP3234427 A JP 3234427A JP 23442791 A JP23442791 A JP 23442791A JP H0572177 A JPH0572177 A JP H0572177A
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Abstract

(57)【要約】 【目的】多数のゲルキャピラリーを使用し、DNA等の
解析のスループット向上,試料調製と試料注入の容易
化、および三次元電気泳動の実現を目的とする。 【構成】多数のゲルキャピラリ2を結合保持する上部プ
レート5と下部プレート6におけるゲルキャピラリー末
端の配置を、上部プレート5では試料注入に都合良いよ
うに粗に、下部プレート6では蛍光の計測に都合良いよ
うに密にした、ゲルキャピラリーカートリッヂ1を主要
な構成とする。 【効果】スループットの10〜100倍の向上が見込め
る他、試料注入を各ゲルキャピラリー毎に行う手間が省
略でき、三次元電気泳動などを可能とする。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明はDNAあるいは蛋白質な
どの電気泳動分離に関するものである。
【0002】
【従来の技術】従来、DNAの塩基配列決定は放射性同
位元素でDNAを標識し、ゲル電気泳動分離した後に分
離パターンをフィルムに転写することにより行ってい
た。しかし、放射性標識を用いる煩雑さに加えて手間と
時間のかかる難点があり、蛍光標識を用いた実時間検出
を用いた方法が用いられ始めている(例えば、特開昭61
−62843号)。
【0003】蛍光標識法ではスラブゲルを用いた方法が
用いられていたが、ゲルを充填したキャピラリー(本明
細書では以下、簡略のためゲルキャピラリーと表記す
る。)を使用する、高速,高感度分析が可能なゲルキャ
ピラリー電気泳動が注目されている(例えば、アナリテ
ィカル ケミストリー、第62巻、900頁(1990
年)(Analytical Chemistry 62,900(199
0)))。
【0004】通常キャピラリー電気泳動では一本のキャ
ピラリー管と検出用レンズをパッケージ内に組み込み、
一体化したものを用いている。これらキャピラリー管は
くり返し使用するのが常であるが、ゲルを用いた分離で
はゲルが変質するなどのため1回毎に使い捨てるのが通
常である。また、多くのサンプルを同時に分析するため
にゲルキャピラリーを何本かならべて測定することが報
告されている。この場合、一本一本のゲルキャピラリー
をセットして計測が行われている(例えば、バイオテク
ニークス、第9巻、74頁(1990年)(BioTechniq
ues ,74(1990)))。
【0005】これらキャピラリーゲルを用いた計測で
は、キャピラリー末端近傍を光照射し、そこを通過する
蛍光標識DNAを励起,発光させて試料断片を検出す
る。このため、高い感度と精度で計測するにはキャピラ
リーを精度よく検出部にセットする必要がある。
【0006】
【発明が解決しようとする課題】ゲルキャピラリーで多
くのDNA試料を同時に測定し、スループットを向上さ
せるには、多数本のゲルキャピラリーを並べる必要があ
る。また、これらゲルキャピラリーは数回の測定毎に交
換する必要があり、多数本のゲルキャピラリーの脱着、
およびそれらの位置アラインメントが容易である必要が
ある。また、ゲルキャピラリーへの試料注入はゲルキャ
ピラリー末端を試料溜に入れ電界を利用して注入する
が、多くのゲルキャピラリーを並べた場合の作業性の良
い試料注入法などの報告はなされておらず解決すべき課
題の1つである。多数本のゲルキャピラリーの脱着,位
置アラインメントの容易性を考慮し、多数のゲルキャピ
ラリーが両端において、試料注入穴側と試料断片を検出
する検出端側に所定の配列で結合するように一体化され
たゲルキャピラリー泳動分離部を提供し、作業性の良い
試料注入が可能な、高感度なゲルキャピラリー電気泳動
装置を提供することが本発明の目的である。
【0007】
【課題を解決するための手段】試料注入の作業の容易性
からは各ゲルキャピラリーの間隔は粗い方が良いが、試
料断片を計測する上では密集している方が効率良く計測
が行なえる。そこで、両要求を満たす装置の開発が望ま
れていた。上記目的を達成するため、本発明では、図1
に示すように、試料が注入される試料注入穴4を有する
試料注入プレート3、および試料断片からの光を検出す
る検出部7からゲルキャピラリー泳動分離部を分離でき
る、ゲルキャピラリーカートリッヂ型としている。すな
わち、ゲルキャピラリー2の、試料が注入される試料注
入端を試料注入プレート3と結合する広い面積をもつ上
部プレート5と、泳動した試料を検出する検出端を検出
部7と結合する狭い面積をもつ下部プレート6に固定し
てなるゲルキャピラリーカートリッヂ1を用い、測定毎
にゲルキャピラリーカートリッヂ1を交換することによ
り、スループットを向上させると共に試料注入をやり易
く、ゲルキャピラリー2のセッティングを容易にしてい
る。各ゲルキャピラリー2を検出部7の狭い領域に密集
させることにより、検出部7において試料断片から発す
る光を高感度イメージセンサー上にあまり像を縮小する
ことなく、一度に結像させ、高効率な光検出を可能とし
ている。
【0008】
【作用】ゲルキャピラリーカートリッヂ1に数十〜数百
本のゲルキャピラリー2を保持するので試料計測のスル
ープットが向上できる。ゲルキャピラリーカートリッヂ
1の上部プレート5に固定するゲルキャピラリー末端の
配列の密度を粗くし、試料ホルダーあるいは注入治具と
ゲルキャピラリー末端の配列の位置を整合させ、試料注
入を容易にすると供に、下部プレート6に固定するゲル
キャピラリー末端の配列の密度を高くして、検出部7の
検出効率をあげることにより、高感度なゲルキャピラリ
ー電気泳動が実現できる。
【0009】
【実施例】本発明による第1の実施例を図1および図2
を用いて説明する。図1(a)は本発明による第1の実
施例によるゲルキャピラリー電気泳動装置の鳥瞰図であ
る。ゲルキャピラリーカートリッヂ1の上部プレート5
は試料注入プレート3と結合され、試料注入穴4は上部
バッファー槽(図示せず)でバッファー液にさらされ
る。ゲルキャピラリーカートリッヂ1の下部プレート6
は、ゲルキャピラリー2中のゲル2aから溶出する試料
断片から発する光を検出する検出部7と結合される。ゲ
ルキャピラリーカートリッヂ1の上部プレート5および
下部プレート6の間の距離は可変であるが、ゲルキャピ
ラリー2を保護するため、及びゲルキャピラリーカート
リッヂ1に機械強度を持たせるためプラスチックリボン
で上部プレート5および下部プレート6を結合してあ
る。多数本のゲルキャピラリーを束ねて一体化し、屈曲
させ、長いゲルキャピラリー泳動路を狭い空間領域に確
保できるので装置の小型化が可能となる。たとえば、ゲ
ルキャピラリー泳動路長として50cmを用いる場合、ス
ラブゲルでは泳動板の長さとして60cm程度が必要とな
るが、ゲルキャピラリーでは20cm以内の長さに屈曲さ
せてセットすることができる。
【0010】上部プレート5は、5mmピッチで横方向に
4穴、縦方向に25穴の試料注入穴4(穴径0.3mmφ)
を持つ試料注入プレート3と密着固定されるが、各ゲル
キャピラリー2の中心と各試料注入孔4の中心が一致す
るよう設計されている。上部プレート5では、各キャピ
ラリー2の末端は上記のように5mmピッチで縦横方向に
粗く二次元に分布し配列固定されるが、下部プレート6
では、上部プレート5における配列よりも密に、各ゲル
キャピラリー2の末端は1mmピッチで一直線上に配列固
定され、下部プレート6は検出部7に結合固定される。
ゲルキャピラリーカートリッヂ1は試料注入プレート3
及び検出部7と装着、離脱が可能となっている。ゲルキ
ャピラリー2は下部プレート6と結合され、図2(a)
に示すようにキャピラリーホールドリング14によりゲ
ルキャピラリー2は保護されている。ゲルキャピラリー
2と試料注入プレート3との結合においても、同様にキ
ャピラリーホールドリング14によりゲルキャピラリー
2は保護されている(図1(b),図2(b),
(c),図3(a),(b)及び図5ではキャピラリー
ホールドリング14は省略してあり図示されていな
い)。試料の泳動分離部であるゲルキャピラリー2で分
離されたDNA試料はゲルキャピラリー2中のゲル2a
から溶出し、検出部7に入る。図1(b)は試料注入プ
レート3近辺の図1(a)のA部断面を示す。各ゲルキャ
ピラリー2は上部プレート5に結合され、試料注入穴4
に注入された試料はゲル2aに接し、各ゲルキャピラリ
ー2は上部バッファー液18(図3(a))に浸ること
になる。
【0011】試料のゲル2aへの注入には、試料注入プ
レート3と同じピッチで3mmφの穴が開いている試料調
整用のタイタープレートを使用する。このタイタープレ
ートの底面には薄いシリコーンゴム皮膜が張ってあり、
試料注入プレート3にタイタープレートを重ね、針等で
シリコーンゴム皮膜を破り、タイタープレートの各穴中
の試料をゲル2aに簡単に注入することが出来る。
【0012】上記実施例はゲルキャピラリーカートリッ
ヂ1の上部プレート5にゲルキャピラリー2の末端部が
2次元に分布する場合であるが、一次元即ち一直線上に
並べてもよい。
【0013】図1(a)のB部断面である、図2
(a),(b)、あるいは(c)に示すように、検出部
7はゲルキャピラリーカートリッヂ1の下部プレート6
に結合される。泳動したDNA試料はゲル2aから溶出
し、下部バッファー液7dあるいはゲルで満たされる中
空部を泳動する。ゲルキャピラリー2の末端の配列に平
行な方向から、DNA試料の蛍光標識を励起する励起光
8aが照射される。励起光8aの照射光路となる中空部
は石英板からなる隔壁7a,7bで形成される。検出部
7では、図2(a),(b)示すように蛍光標識を励起
する励起光8aは、0.1mm の間隔で平行に配置される
二枚の石英板からなる隔壁7a,7bで形成される間隙
中をゲルキャピラリー2の末端から約0.5mm の位置を
照射する。図2(c)は図2(b)の変形例で、泳動し
たDNA試料が溶出するゲルキャピラリー2の末端部
に、下部バッファー液7dあるいはゲルが、浸り接触し
やすいようにしたものである。上記の間隙は下部バッフ
ァー液7dあるいはゲルを満たしてあり、次に説明する
励起光8aの通路となっている。ゲルキャピラリー2の
下端から約0.5mm の位置を、図1(a)に示すように
励起用光源8からの光8a、例えばレーザ光で照射する
ことにより、すべてのゲルキャピラリー2から溶出して
くるDNA試料を実質的に同時に照射できる。図2
(b),図2(c)では、励起光8aは図面に垂直な方
向から照射される。
【0014】本実施例では100本のゲルキャピラリー
2を使用しているので、約10cmの領域からDNA試料
の溶出に基づき、励起光8aによる蛍光信号が得られる
が、この蛍光信号はレンズ系10,フィルター(図示せ
ず)を通してラインセンサー等の光検出器11で実質的
に同時に検出される。検出された蛍光信号はデータ処理
装置12で処理され、ディスプレー等の出力装置13に
出力される。
【0015】ゲルキャピラリー2を下部バッファー液7
dに浸して励起光8aを照射し、ゲルキャピラリー2の
管界面での光の散乱を少なくし蛍光を計測することもで
きるが、ここではゲルキャピラリー2からDNA試料を
溶出させて測定している。図3(a)に示すように、検
出部は下部バッファー槽7c中に保持され、上部バッフ
ァー液18が満たされる上部バッファー槽17中の上部
電極19と下部電極20に電圧が印加され泳動が開始さ
れる。図3(a)の変形として図3(b)に示す構造を
とることもできる。図3(a),図3(b)において蛍
光標識を励起する励起光8aは図面に垂直な方向から照
射され、励起光8aの光路に溶出してくるDNA試料は
蛍光を発し、透明な石英からなる面の方向C,C′、あ
るいはDの方向から蛍光は検出される。例えば、方向C
又はC′方向から蛍光を検出する場合、長さ約10cmの
蛍光像は4:1に縮小され、イメージラインセンサー
(長さ25mm、例えば浜松ホトニクスS3902な
ど)、イメージ増幅器付ダイオードアレー、あるいはC
CD検出器により検出される。図3(b)に示す方向C
から蛍光を検出する場合には、図3(a)に示す方向C
から蛍光を検出する場合に比較して、境界面による光の
反射の影響が少なくなるという特徴がある。
【0016】次に、本発明による第2の実施例を図4に
よって説明する。ゲルキャピラリーカートリッヂ1の下
部プレート6にゲルキャピラリー2の下方の末端部を二
次元即ち、縦,横方向に配列固定し、狭い面積に多数の
ゲルキャピラリー2の末端部を集め、ゲルキャピラリー
2の末端部から溶出するDNA試料を2次元の検出部で
検出するものである。図4では、縦,横方向に1mmのピ
ッチでゲルキャピラリー2の末端は下部プレート6に配
列固定されている。図4では検出部7は図2(b)ある
いは(c)に示すような構造の検出部が集合した形とな
っている。即ち、図5に示すように下部バッファー液7
d又はゲルが満たされる空間を、励起光8aが図面に垂
直な方向から、ゲルキャピラリー2の末端下方約0.5m
m の位置を照射する。この第2の実施例では、励起光8
aの光路となる幅0.1mm 程度の空間を形成するための
隔壁30a,30b,30c〜30zは、試料から発す
る光は検出部7の下方から検出されるので不透明であっ
てもよい。検出部7は下部バッファー槽内で下部バッフ
ァー液又はゲル中に有り、励起光8aは反射ミラー9で
反射され、検出部7の両側端に設置されるプリズム16
a,16bにより、すべてのゲルキャピラリー2の末端
部の下方を下部バッファー槽7c(図4では図示せず)
内で実質的に同時に照射する。DNA試料の溶出に基づ
く蛍光信号は検出部7の下方に設置された像反射ミラー
15,レンズ系10,フイルター(図示せず)を経由し
て2次元検出器ですべてのゲルキャピラリー2からの蛍
光信号を実質的に同時に検出する。下部バッファー槽7
c(図4では図示せず)の底部板は石英板とする。もち
ろん、例えば反射ミラー9の位置を動かしライン状の励
起光8aを順次走査、即ち、検出部7の一方の側端から
下部バッファー液7d又はゲルが満たされるDNA試料
が溶出する近傍の空間の列を順次、照射したり、あるい
は、検出部7の一方の側端から下部バッファー液7d又
はゲルが満たされるDNA試料の溶出する近傍の空間の
列を全面同時に光照射してもよい。プリズム16a,1
6bは下部バッファー槽7c(図4,図5では図示せ
ず)の内部,外部のいずれに設けてもよい。
【0017】以上、ゲルキャピラリーカートリッヂ1の
上部プレート5が試料注入プレート3と、ゲルキャピラ
リーカートリッヂ1の下部プレート6が検出部7と脱着
可能である場合について説明したが、上部プレート5と
試料注入プレート3を一体化し、下部プレート6と検出
部7を一体化してゲルキャピラリーカートリッヂとする
こともできる。また、前記いずれか一方のみを一体化し
てゲルキャピラリーカートリッヂとすることもできる。
試料注入プレート3,検出部7がゲルキャピラリーカー
トリッヂに一体化されている場合には、ゲルキャピラリ
ーカートリッヂは試料注入プレート3,検出部7の端で
それぞれ上部バッファー槽17,下部バッファー槽7c
に脱着可能である。
【0018】試料注入プレート3において、ゲルキャピ
ラリー2の末端を二次元に配置する場合、二次元的に分
離したDNA等のパターンを更に電気泳動分離し、三次
元電気泳動パターンを得ることも可能である。通常の平
板型あるいはブロック状のゲルを用いた三次元電気泳動
では、ゲルの断面積が大きく、過剰な電流が流れ発熱が
多くなるので実用にならない。ゲルキャピラリー電気泳
動の場合、各ゲルキャピラリーに流れる電流は僅かであ
り発熱などからくる問題点はない。本発明を用いると二
次元分離した試料を区画にわけ、各区画中にある試料を
抽出してゲルキャピラリー2に注入することができるの
で三次元電気泳動分離が可能となる。検出部7でのゲル
キャピラリー2の末端の配置は、試料注入プレート3と
同様に二次元の配置でもよいし、一次元の直線配置でも
よい。直線配置である場合は、検出される信号を単に再
配列するのみで、試料注入プレートでの二次元配置に対
応させることができる。
【0019】なお、図1から図5において、装置の構造
を明瞭に示すため形状の比例関係は実際の装置と異なっ
ている。
【0020】
【発明の効果】本発明によれば試料注入操作に支障をき
たす事なく、多くのゲルキャピラリー泳動路を狭い検出
端の領域に確保できるので、スループットの大幅な向上
を行なうことができる。また、試料注入プレートの試料
注入穴の配列を、試料調製用のタイタープレートの試料
穴の配列と整合させることにより、試料注入の手間を大
幅に削除できる。ゲルキャピラリーを屈曲させることに
より、長いゲルキャピラリー泳動路を狭い空間領域に確
保できるので装置の小型化に利点がある。たとえばゲル
キャピラリー泳動路長として50cmを用いる場合、スラ
ブゲルでは泳動板の長さとして60cm程度が必要であり
装置が大型化するが、ゲルキャピラリーでは20cm以内
の長さに屈曲させてセットすることができる。また、1
00個の泳動路を確保しようとするとスラブゲルでは、
従来40cm以上の幅の泳動板を必要としたが、2次元的
にゲルキャピラリーを分布させることで検出部の面積を
1cm×1cm程度にまですることができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】(a)は本発明による第1の実施例を示す鳥瞰
図、(b)は本発明による第1の実施例における試料注
入プレートのゲルキャピラリー中心を通る部分断面図。
【図2】(a),(b)及び(c)は本発明による第1
の実施例における検出端のゲルキャピラリー中心を通る
異なる方向での部分断面図。
【図3】(a)及び(b)は本発明による第1の実施例
におけるゲル電気泳動装置全体の断面図。
【図4】検出部においてゲルキャピラリー末端が二次元
に配列する、本発明による第2の実施例を示す鳥瞰図。
【図5】第2の実施例における検出端近傍の断面図。
【符号の説明】
1…ゲルキャピラリーカートリッジ、2…ゲルキャピラ
リー、2a…ゲル、3…試料注入プレート、4…試料注
入穴、5…上部プレート、6…下部プレート、7…検出
部、7a,7b…隔壁、7c…下部バッファー槽、7d
…下部バッファー液、8…励起用光源、8a…レーザー
光(励起光)、9…反射ミラー、10…レンズ系、11
…一次元あるいは二次元の光検出器、12…データ処理
装置、13…出力装置、14…キャピラリーホールドリ
ング、15…像反射ミラー、16a,16b…プリズ
ム、17…上部バッファー槽、18…上部バッファー
液、19…上部電極、20…下部電極、30a,30b
〜30z…隔壁。

Claims (12)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】ゲル電気泳動装置において、試料が泳動す
    るゲルが細管中に充填されてなるゲルキャピラリーを多
    数本束ねて一体化することを特徴とするゲル電気泳動装
    置。
  2. 【請求項2】上記ゲルキャピラリーが上記試料の注入端
    において、上記ゲルキャピラリー端の配列を規定するた
    めの上部プレートに固定され、上記ゲルキャピラリーの
    他端の配列を規定するための下部プレートに固定されて
    なるゲルキャピラリーカートリッヂによって、上記ゲル
    キャピラリーを一体化することを特徴とする請求項1に
    記載のゲル電気泳動装置。
  3. 【請求項3】上記ゲルキャピラリーカートリッヂが、上
    記上部プレートにおいて上記試料を注入するための穴を
    有する試料注入プレートと、上記下部プレートにおいて
    上記ゲルキャピラリー中を泳動した上記試料が溶出する
    上記ゲルキャピラリー端近傍で上記試料を検出するため
    の検出部と、それぞれ脱着可能であることを特徴とする
    請求項2に記載のゲル電気泳動装置。
  4. 【請求項4】上記試料注入プレートと上記検出部の少な
    くとも一方が上記ゲルキャピラリーカートリッヂと一体
    化されていることを特徴とする請求項2に記載のゲル電
    気泳動装置。
  5. 【請求項5】上記試料注入プレートと上記検出部が上記
    ゲルキャピラリーカートリッヂと一体化され、上記試料
    を泳動させるための電圧を印加する電極が設けられる上
    部及び下部バッファー槽に、上記試料注入プレートと上
    記検出部がそれぞれ脱着可能であることを特徴とする請
    求項2に記載のゲル電気泳動装置。
  6. 【請求項6】上記上部プレートに配列固定される上記ゲ
    ルキャピラリー端の配列密度が、上記下部プレートに配
    列固定される上記ゲルキャピラリー端の配列密度より粗
    であることを特徴とする請求項2から請求項5のいずれ
    かに記載のゲル電気泳動装置。
  7. 【請求項7】上記上部プレートにおける上記ゲルキャピ
    ラリー端が二次元的に配列していることを特徴とする請
    求項2から請求項6のいずれかに記載のゲル電気泳動装
    置。
  8. 【請求項8】上記上部プレートにおける上記ゲルキャピ
    ラリー端が一次元的に配列していることを特徴とする請
    求項2から請求項6のいずれかに記載のゲル電気泳動装
    置。
  9. 【請求項9】上記下部プレートにおける上記ゲルキャピ
    ラリー端が二次元的に配列していることを特徴とする請
    求項2から請求項8のいずれかに記載のゲル電気泳動装
    置。
  10. 【請求項10】上記下部プレートにおける上記ゲルキャ
    ピラリー端が一次元的に配列していることを特徴とする
    請求項2から請求項8のいずれかに記載のゲル電気泳動
    装置。
  11. 【請求項11】上記ゲルキャピラリーが、上記バッファ
    ー漕に浸っていることを特徴とする請求項1から請求項
    10のいずれかに記載のゲル電気泳動装置。
  12. 【請求項12】上記ゲルキャピラリー中を泳動した上記
    試料が、上記ゲルキャピラリーからバッファー液または
    ゲルが満たされている間隙に溶出したのち上記試料を検
    出することを特徴とする請求項1から請求項11のいず
    れかに記載のゲル電気泳動装置。
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