JPH06508026A - 診断と治療に用いるhcvゲノム配列 - Google Patents
診断と治療に用いるhcvゲノム配列Info
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.C型肝炎ウイルスゲノム中のヌクレオチド配列に対応する8個またはそれ以 上のヌクレオチドの非HCV−1ヌクレオチド配列を有する非天然型の核酸を含 む、組成物。 2.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、NS5領域、エンベロープ1領域、5′UT領域、および コア領域からなる領域群から選択される、請求項1に記載の組成物。 3.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、NS5領域の配列に対応する、請求項1に記載の組成物。 4.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチド 配列が、配列番号2−22の配列内の配列から選択される、請求項3に記載の組 成物。 5.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、エンベロープ1領域の配列に対応する、請求項1に記載の 組成物。 6.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチド 配列が、配列番号24−32の配列内の配列に対応する、請求項5に記載の組成 物。 7.C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する少な くとも1つのヌクレオチド配列が、5′UT領域の配列に対応する、請求項1に 記載の組成物。 8.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチド 配列が、配列番号34−51の配列内の配列に対応する、請求項7に記載の組成 物。 9.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、コア領域の配列に対応する、請求項1に記載の組成物。 10.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチ ド配列が、配列番号53−66の配列内の配列に対応する、請求項9に記載の組 成物。 11.前記非天然型の核酸が、C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の遺伝子 型に対応するヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の組成物。 12.前記非天然型の核酸が、第1の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロープ1領域中の2 3−25、5′UT領域中の33−38、およびコア領域中の52−57の配列 によって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 13.前記非天然型の核酸が、第2の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロープ1領域中の 26−28、5′UT領域中の39−45、およびコア領域中の58−64の配 列によって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 14.前記非天然型の核酸が、第3の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベロープ1領域中 の32、5′UT領域中の46−47、およびコア領域中の65−66の配列に よって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 15.前記非天然型の核酸が、第4の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベロープ1領域中 の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によって実質的に定義 される、請求項11に記載の組成物。 16.前記非天然型の核酸が、第5の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19、および5′UT領域中 の50−51の配列によって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 17.前記非天然型の核酸が、C型肝炎ウイルスに対応するヌクレオチド配列を 有する核酸を形成するための核酸の合成反応を開始させ得る、請求項1に記載の 組成物。 18.前記非天然型の核酸が、ハイブリツド生産物を検出するための標識手段を 有する、請求項1に記載の組成物。 19.前記非天然型の核酸が、溶液からハイブリッド生産物を分離するための支 持手段を有する、請求項1に記載の組成物。 20.前記非天然型の核酸が、ウイルスの核酸の転写あるいは翻訳を阻害する、 請求項1に記載の組成物。 21.C型肝炎ウイルスの核酸と共にハイブリッド生産物を形成する方法であっ て、以下の工程を包含する方法:a.C型肝炎ウイルスのゲノム中の非HCV− 1配列に対応する8個またはそれ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列を有す る非天然型の核酸を、ハイブリッド形成条件を確立させ得る条件に置く工程であ って、該非天然型の核酸が、ハイブリッド形成条件下で該C型肝炎ウイルスの核 酸と共にハイブリッド生産物を形成し得る工程;およびb.ハイブリッド形成条 件を確立させて、C型肝炎ウイルスの核酸の存在下でハイブリッド生産物を形成 する工程。 22.前記C型肝炎ウイルスのゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオ チド配列が、NS5領域、エンベロープ1領域、5′UT領域、およびコア領域 から実質的になる領域群のうち少なくとも1つの領域内の配列に対応する、請求 項21に記載の方法。 23.前記ヌクレオチド配列が、NS5領域内の配列に対応する非HCV−1配 列に対応する、請求項21に記載の方法。 24.前記ヌクレオチド配列が、配列番号2−22の配列内の配列に対応する非 HCV−1配列に対応する、請求項23に記載の方法。 25.前記ヌクレオチド配列が、エンベロープ1領域内の配列に対応する非HC V−1配列に対応する、請求項21に記載の方法。 26.前記ヌクレオチド配列が、配列番号24−32の配列内の配列から選択さ れる非HCV−1配列に対応する、請求項25に記載の方法。 27.前記ヌクレオチド配列が、5′UT領域内の配列に対応する非HCV−1 配列に対応する、請求項21に記載の方法。 28.前記ヌクレオチド配列が、配列番号34−51の配列内の配列から選択さ れる非HCV−1配列に対応する、請求項27に記載の方法。 29.前記ヌクレオチド配列が、コア領域内の配列に対応する非HCV−1配列 に対応する、請求項21に記載の方法。 30.前記ヌクレオチド配列が、配列番号53−66の配列内の配列から選択さ れる非HCV−1配列に対応する、請求項29に記載の方法。 31.前記ヌクレオチド配列が、C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の遺伝 子型に対応する非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する、請求項21に記載の 方法。 32.前記非天然型の核酸が、第1の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロープ1領域中の2 3−25、5′UT領域中の33−38、およびコア領域中の52−57の配列 によって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 33.前記非天然型の核酸が、第2の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロープ1領域中の 26−28、5′UT領域中の39−45、およびコア領域中の58−64の配 列によって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 34.前記非天然型の核酸が、第3の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベロープ1領域中 の32、5′UT領域中の46−47、およびコア領域中の65−66の配列に よって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 35.前記非天然型の核酸が、第4の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベロープ1領域中 の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によって実質的に定義 される、請求項21に記載の方法。 36.前記非天然型の核酸が、第5の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19、および5′UT領域中 の50−51の配列によって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 37.前記ハイブリッド生産物が、核酸の合成反応を開始させ得る、請求項21 に記載の方法。 38.前記非天然型の核酸が、ハイブリッド生産物を検出するための標識手段を 有する、請求項21に記載の方法。 39.前記非天然型の核酸が、溶液からハイブリッド生産物を分離するための支 持手段を有する、請求項21に記載の方法。 40.前記非天然型の核酸が、ウイルスの核酸の転写あるいは翻訳を阻害する、 請求項21に記載の方法。 41.9個またはそれ以上のヌクレオチドの非HCV−1ヌクレオチド配列に対 応する非天然型のポリペプチドを含む組成物であって、該9個またはそれ以上の ヌクレオチドの配列がC型肝炎ウイルスゲノムの配列の中の配列に対応する、組 成物。 42.前記非HCV−1配列が、NS5領域、エンベロープ1領域、およびコア 領域からなる領域群の1つから選択される、請求項41に記載の組成物。 43.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、NS5領域中の配列に対応する、 請求項41に記載の組成物。 44.前記非HCV−1配列が、配列番号2−22の配列内の配列から選択され る、請求項43に記載の組成物。 45.前記非HCV−1配列が、エンベロープ1領域中の配列に対応する、請求 項41に記載の組成物。 46.前記非HCV−1配列が、配列番号24−32の配列内の配列から選択さ れる、請求項45に記載の組成物。 47.前記非HCV−1配列が、コア領域中の配列に対応する、請求項41に記 載の組成物。 48.前記非HCV−1配列が、配列番号52−66の配列内の配列から選択さ れる、請求項47に記載の組成物。 49.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、C型肝炎ウイルスの1つまたはそ れ以上の遺伝子型に対応するヌクレオチド配列を有する、請求項41に記載の組 成物。 50.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第1の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロー プ1領域中の23−25、およびコア領域中の52−57の配列によって実質的 に定義される、請求項41に記載の組成物。 51.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第2の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロ ープ1領域中の26−28、およびコア領域中の58−64の配列によって実質 的に定義される、請求項41に記載の組成物。 52.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第3の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベ ロープ1領域中の32、およびコア領域中の65−66の配列によって実質的に 定義される、請求項41に記載の組成物。 53.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第4の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベ ロープ1領域中の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によっ て実質的に定義される、請求項41に記載の組成物。 54.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第5の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19、および 5′UT領域中の50−51の配列によって実質的に定義される、請求項41に 記載の組成物。 55.前記ポリペプチドが、宿主の中で免疫反応を生じさせ得る、請求項41に 記載の組成物。 56.選択的に請求項41の組成物と結合し得る抗体。 57.C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の遺伝子型を検出する方法であっ て、以下の工程を包含する方法:a.C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の 遺伝子型に対応する8個またはそれ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列を有 する非天然型の核酸を、ハイブリッド形成条件を確立させ得る条件下に置く工程 、 b.ハイブリッド形成条件を確立させて、C型肝炎ウイルスの核酸の存在下でハ イブリッド生産物を形成する工程、;および、 c.ハイブリッド生産物の形成に関して、天然に存在しない核酸をモニターする 工程であって、該ハイブリッド生産物がC型肝炎ウイルスの遺伝子型の存在を示 す、工程。 58.前記非天然型の核酸が、第1の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロープ1領域中の2 3−25、5′UT領域中の33−38、およびコア領域中の52−57の配列 によって実質的に定義される、請求項57に記載の方法。 59.前記非天然型の核酸が、第2の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロープ1領域中の 26−28、5′UT領域中の39−45、およびコア領域中の58−64の配 列によって実質的に定義される、請求項57に記載の方法。 60.前記非天然型の核酸が、第3の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベロープ1領域中 の32、5′UT領域中の46−47、およびコア領域中の65−66の配列に よって実質的に定義される、請求項57に記載の方法。 61.前記非天然型の核酸が、第4の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベロープ1領域中 の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によって実質的に定義 される、請求項57に記載の方法。 62.前記非天然型の核酸が、第5の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19の配列によって実質的に 定義される、請求項57に記載の方法。 63.前記非天然型の核酸が、配列番号67−145の配列に対応する配列を有 する、請求項57に記載の方法。 54.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムのコアおよび領域においてグループ I遺伝子型を同定するための、配列番号69、71、73、および81−99の 配列に対応する配列を有する、請求項57に記載の方法。 65.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムのコアおよびエンベロープ領域にお いてグループII遺伝子型を同定するための、配列番号70、72、70、およ び100−118の配列に対応する配列を有する、請求項57に記載の方法。 66.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムの5′UT領域においてグループI II遺伝子型を同定するための、配列番号77の配列に対応する配列を有する、 請求項57に記載の方法。 67.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムの5′UT領域においてグループI V遺伝子型を同定するための、配列番号79の配列を有する、請求項57に記載 の方法。
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