JPH06508026A - 診断と治療に用いるhcvゲノム配列 - Google Patents

診断と治療に用いるhcvゲノム配列

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JPH06508026A
JPH06508026A JP4512055A JP51205592A JPH06508026A JP H06508026 A JPH06508026 A JP H06508026A JP 4512055 A JP4512055 A JP 4512055A JP 51205592 A JP51205592 A JP 51205592A JP H06508026 A JPH06508026 A JP H06508026A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 診断と治療に用いるHCVゲノム配列 本願は、1991年5月8日付けで出願された、標題が”Po1yn+」cle otide Probes Useful for Screening fo r Hepatitis CVirus”である米国特許出願第077697. 326号の一部継続出願で本発明は、以前は血行性非A非B型肝炎ウィルス(N ANBV)感染症と呼ばれていたC型肝炎ウィルス(HCV)感染症を検出し処 置するのに用いる組成物および方法に関する。より具体的には、本発明の実施態 様は、HCVの検出、HCV感染症の予防処置用のワクチンの開発、およびHc vに対する受動免疫を伝達する抗体産物の開発のための組成物および方法を特徴 とする。
免乳旦互景 HCVの原型分離株は、米国特許願第122.714号(ヨーロッパ特許公開策 318.216号も参照のこと)において特性が記載されている。”HCV”と いう用語には、本願で用いる場合、同じウィルス種の新しい分離株も含まれる。
”ucv−i“という用語は、米国特許願第122,714に引用されている。
HCVは、他の形態のウィルス関連肝臓疾患とは区別できる伝播性の疾患である 。他の形態としては、公知の肝炎ウィルス、すなわち、A型肝炎ウィルス(l( AY)、B型肝炎ウィルス(HB■)、およびデルタ肝炎ウィルス(HDV)を 原因とする肝臓疾患、ならびにサイトメガロウィルス(CMV)またはエプスタ インパールウィルス(EBV)によって誘発される肝炎が含まれる。
HCVは輸血を受けた個体内で最初に同定された。
HCYのキャリア、およびHCvで汚染された血液もしくは血液製剤ラスクリー ニングおよび同定するために用いられる、鋭敏で特異的な方法が強(要望されて いる。輸血後肝炎(PTH)は輸血を受けた患者の約10%に起こり、これらの 症例の90%までがHCVが原因である。この疾患は慢性肝臓障害へ進行するこ とが多い(25〜55%)。
患者の医療、および血液と血液製剤または対人的な接触によるHCVの伝播の予 防には、HCVに関連する核酸、抗原および抗体を検出するための、信頼できる スクリーニング、診断および予後の手段が必要である。
本願の情報は、HCVが複数の遺伝子型を有することを示唆する。すなわち、H CVウィルスの遺伝情報は、すべてのHCVについて必ずしも全く同一ではなく 、異なる遺伝情報を有する複数の群が含まれている。
遺伝情報はDNAとRNAの糸状分子中に記憶される。DNAはデオキシリボヌ クレオチドの共有結合鎖で構成され、RNAはリボヌクレオチドの共有結合鎖で 構成される。各ヌクレオチドは、4種の塩基:アデニン(A)、グアニン(G) 、チミン(T)およびシトシン(C)のうちの1つによって特徴付けられる。こ れらの塩基は、官能基の配向のために、特定の塩基対が水素結合とπ−スタッキ ング相互作用によって互いに引き合って結合するという点で、相補的である。D NAの一方の鎖の中のアデニンは、対向する相補的な鎖の中のチミンと対を作る 。DNAの一方の鎖の中のグアニンは、対向する相補的な鎖の中のシトシンと対 を作る。RNA中、チミン塩基はウラシル(U)で置換され、このウラシルは対 向する相補的な鎖の中のアデニンと対を作る。
生物の遺伝暗号は塩基対の配列中に保持される。生きている細胞は、核酸の情報 を解釈17、転写し、そして翻訳してタンパク質およびペプチドを作る。
HC’/のゲノムはRNAの一本の正鎖で構成される。そのHCVゲノムは、約 3000個のアミノ酸のポリタンパク質をコードする連続したオープンリーディ ングフレーム(ORF)を有する。ORF中において、構造タンパク質はN末端 領域のほぼ最初の1/4部分にコードされているようであり、ポリタンパク質の 大部分は非構造タンパク質に関与している。
HCVのポリタンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端まCの間に、ヌクレ オキャプシドタンパク質(C)、エンベロープタンパク質(E)、ならびに非構 造タンパク質(NS) l、 2 (b) 、 3.4 (b)、および5を含 む。
異なる遺伝子型のHCvには、宿主の免疫系に変化した応答を与えるタンパク質 がコードされ得る。異なる遺伝子型のHCVを、このような遺伝子型に対して特 異的でない免疫診断法および核酸プローブ法によって検出することは困難であり 得る。
本願で用いる選択された用語の定義を、本発明の理解を容易にするために以下に 説明する。′対応する”という用語は核酸の特定の配列に対して相同的もしくは 相補的であることを意味する。核酸とペプチド間の場合、″対応する”という用 g5は、ペプチドのアミノ酸が核酸の配列またはその相補体に由来する順序にあ ることを指す。
”非天然型の核酸”という用語は、ゲノムの核酸、cDNA、半合成核酸または 合成起源の核酸の一部であって、その起源もしくは処理によって、(1)それが 天然において結合しているすべての核酸とは結合していないか、(2)それが天 然において連結しているのど異なる核酸もしくは他の化学試薬に連結しているか 、または(3〉天然には存在しないものを指す。
同様に”非天然型のペプチド”という用語は、天然型の大きなペブチ闘もしくは タンパク質または半合成もしくは合成ペプチドの一部であって、その起源または 処理によって、(1)それが天然において結合しているすべてのペプチドとは結 合していないか、(2)それが天然において連結しているのと異なるペプチド、 官能基もしくは化学試薬に連結しているか、または(3)天然には存在しないも のを指す。
”プライマー”という用語は、適正な条件下に置かれた場合により大きな核酸の 合成を開始させ得る核酸を指す。プライマーは、コピーされるべき核酸の領域に 完全にまたは実質的に相補的である。したがって、ハイブリッド形成を誘導する 条件下では、プライマーはより大きな核酸の相補的領域に対してアニーリングす る。適切な反応物を添加すると、プライマーはその重合試薬によって伸長されて より大きな核酸のコピーを作る。
”結合対”という用語は、相互の親和性または結合能力を示す分子の対を指す。
本願の目的に関して、′リガンド”という用語は結合対の一方の分子を意味し、 ′抗リガンド”または”受容体”または”標的”という用語は結合対の反対側の 分子を指す。例えば核酸については、結合対は2つの相補的な核酸を含む。それ らの核酸の一方はリガンドと呼ばれ、他方の鎖は抗リガンド受容体もしくは標的 と呼ばれる。リガンドもしくは抗リガンドの呼称は、任意の便宜上の問題である 。他の結合対としては、少数の例を挙げるならば、抗原と抗体、医薬と医薬受容 体部位、および酵素と酵素基質がある。
”標識”という用語は検出可能な分子の部分を指し、例えば、放射性同位元素、 酵素、発光剤、沈澱剤および染料があるが、これらに限定はされない。
”支持体”という用語には、フィルターおよび膜などの慣用的な支持体、および 、媒体中に実質的に分散させ、次いで、固定化、濾過、分配などによってその媒 体から取り出すかまたは分離し得る回収可能な支持体が含まれる。”支持体手段 ”という用語は、結合パートナ−1または共有結合もしくは非共有結合によって 核酸、ペプチドまたは抗体に結合し得る支持体を指す。
多数のHCVの株と分離株が同定されている。USAから得た最初の分離株(” HCV−1−; Q、−L、 Chooら、5cience、 244巻、35 9〜362頁、1989年; Q、−L、 Chooら、Br1t、 Med、  Bull、、46巻、423−441頁、1990年; Q、−L、 Cho oら、Proe、 Natl、 Aead、 Sci、。
[18J1!、2451〜2455頁、1991年;および上述のヨーロッパ特 許公開第318.216号を参照)の配列と比べると、日本の分離株(”BCV  Jl“)は、NS3およびNS4の領域内においてヌクレオチドおよびポリペ プチドの両方の配列がかなり異なることが見出された。この結論はその後に、N S5およびエンベロープの領域(El/Sおよび82/N5I)まで拡大された C L Takeuchjら、二en、 Virol、、71巻、3027〜3 033頁、1990年; Y、 Kubo、Nucl。
Ac1ds、 Res、、17巻、10367〜10372頁、1989年;お よびに、 Takeuchiら、Gene、91巻、287〜291頁、199 0年参照)。前者のグループの分離株は、最初に米国で同定されたものであり、 本明細書では”遺伝子型1 (Genotype I)”と呼ぶ。後者のグルー プの分離株は、最初に日本で同定されたものであり、本願では”遺伝子型■”と 呼ぶ。
免且ユl星呈笠ユ 本発明は、異なる遺伝子型を規定するHCVウィルスゲ/ムに対応する核酸およ びペプチドを含む組成物を特徴とする。また本発明は、本願に記載の異なる遺伝 子型を規定するHCVウィルスゲノムの配列に対応する組成物の使用方法を特徴 とする。
A、u旦底且 本発明の核酸、すなわち異なる遺伝子型を規定するHCVウィルスゲ/ムに対応 する核酸は、核酸ハイブリッド形成アッセイ法のプローブとして、核酸の合成に 関する反応に用いるプライマーとして、存在し得る他の成分からHCVウィルス 核酸を分離するための結合パートナ−として、および、ウィルス核酸の転写もし くは翻訳を阻害するためのアンチセンス核酸として有用である。
本発明の1つの実施態様は、C型肝炎ウィルスゲノムの非HCV−1ヌクレオチ ド配列に対応する少なくとも8個のヌクレオチドからなる核酸配列を有する非天 然型の核酸を含む組成物を特徴とする。このヌクレオチド配列は、好ましくは、 NS5領域、エンベロープl領域、5°UT領域およびコア領域からなる少なく とも1つの領域中に存在する配列から選択される。
NS5の領域に対応する配列については、その配列は配列番号2〜22の配列内 の配列から選択されることが好ましい。配列番号lの配列は)ICV−1に対応 する。配列番号1〜22の配列は本願の配列表に規定されている。
エンベロープ1領域に対応する配列については、その配列は配列番号24〜32 の配列内の配列から選択されるのが好ましい。配列番号23の配列はHCV−1 に対応する。配列番号23〜32の配列は本願の配列表に記載されている。
5=UT領域に対応する配列については、その配列は配列番号34〜51の配列 内の配列から選択されるのが好ましい。配列番号33の配列はHCV−1に対応 する。配列番号33〜51の配列は本願の配列表に記載されている。
コア領域に対応する配列については、その配列は配列番号53〜66の配列内の 配列から選択されるのが好ましい。配列番号52の配列HCV−1に対応する。
配列番号52〜66の配列は本願の配列表に記載されている。
本発明の組成物は、HCVの異なる遺伝子型に対応する核酸とハイブリット生産 物を形成する。
HCVは少なくとも5種の遺伝子型を有する。これらの遺伝子型を、本願ではG I−GV と呼ぶ。第1の遺伝子型であるGlは、配列番号1〜6.23〜25 .33〜38および52〜57の配列で例示される。第2の遺伝子型であるG1 1は、配列番号7〜12.26〜28.39〜45および58から64の配列で 例示される。第3の遺伝子型であるGII[は、配列番号13〜17.32.4 6〜じおよび65〜66の配列で例示される。第4の遺伝子型であるGrVは、 配列番号20〜22および29〜31および48〜49の配列で例示される。第 5の遺伝子型であるGVは、配列番号18.19.50および51の配列で例示 される。
本発明の1つの実施態様は、HCVの遺伝子型を例示する1つ以上の配列に対応 する配列を有する核酸を含む組成物を特徴また本発明の実施態様は、HCV核酸 に対応する配列を有する核酸とのハイブリ、ド生産物の製造方法も特徴とする。
1つの方法は、HCV核酸に対応する非HCV−1配列を有する非天然型の核酸 を、ハイブリッド形成が起こり得る条件下に置(工程を含む。その非天然型の核 酸は、〕\イブリッド形成条件下で、HCV核酸とハイブリッド生産物を形成し 得る。この方法は、さらに、HCVゲノムの1つの領域に対応する核酸の存在下 で、ハイブリッド形成条件を確立させてハイブリッド生産物を形成する工程を含 む。
ハイブリッド生産物の形成は、HCVの1つ以上の遺伝子型の存在を検出するた めに有用である。非天然型の核酸は、好ましくは、NS5領域、エンベロープ1 領域、5−UT領領域よびコア領域を含む1つ以上の領域内のHCVの核酸とハ イブリッド生産物を形成する。ハイブリッド生産物を検出するには、非天然型の 核酸に標識を結合させることが有用である。ハイブリッド生産物の形成は、ハイ ブリッド生産物を形成しなかった標識された非天然型の核酸から、ハイブリッド 形成生産物を分離することによって検出される。
ハイブリ、ド生産物の形成は、存在する可能性がある他の成分から、HCv核酸 の1つ以上の遺伝子型を分離する手段として有用である。このような用途の場合 、形成したI\イブリ・ノド生産物を他の成分から分離するために、非天然型の 核酸を支持体と結合させることが有用である。
核酸の“サンドイッチアッセイ”では、標識を結合させた1つの核酸、および支 持体と結合させた第2の核酸を利用する。
本発明の1つの実施態様は、2種の核酸からなるサントイ・/チア、セイを特徴 とする。この2種の核酸は両者ともHCV核酸に対応する配列を有する。しかし 、少なくとも一方の非天然型核酸は、非HCV−I HCV核酸に対応する配列 を有する。少なくとも一方の核酸は標識と結合し得る。他方の核酸は支持体と結 合し得る。支持体に結合された非天然型の核酸は、HCV核酸と、非HCV−1 配列を有する非天然型の核酸とを含有するハイブリッド生産物を分離するのため に使用される。
本発明の1つの実施態様は、HCvの1つ以上の遺伝子型の検出方法を特徴とす る。この方法は、ハイブリ、ド形成が起コり得る条件下に非天然型核酸を置く工 程を含む。その非天然型の核酸は、HCVの1つ以上の遺伝子型由来の核酸とハ イブリ2ド生産物を形成し得る。第1の遺伝子型であるGIは、配列番号1〜6 .23〜25.33〜38および52〜57の配列で例示される。
第2の遺伝子型であるGnは、配列番号7〜12.26〜28.39〜45およ び58〜64の配列で例示される。第3の遺伝子型であるGIOは、配列番号1 3〜17.32.46〜47および65〜66の配列にで例示される。第4の遺 伝子型であるGrVは、配列番号20〜22および29〜31の配列で例示され る。第5の遺伝子型であるGVは、配列番号18.19.50および51の配列 で例示される。
HCV核酸と、HCVゲノム内の配列に対応する非HCV−1配列を有する非天 然型の核酸とのハイブリッド生産物は、核酸を合成する反応を開始するのに有用 である。
HCV核酸と、HCVの特定の遺伝子型に対応する配列を有する非天然型の核酸 とのハイブリッド生産物は、そのような遺伝子型の核酸を合成する反応を開始す るのに有用である。1つの実施態様において、合成された核酸は、)ICVの1 つ以上の遺伝子型の存在を示す。
また核酸の合成によって、ウィルスタンパク質を合成する発現ベクター中への、 その核酸のクローン化が容易になる。
本発明の実施態様は、ウィルス核酸の転写もしくは翻訳を阻害するためのアンチ センス剤として有用である。Hcvゲノム配列の特定の遺伝子型に対応する配列 を有する非天然型の核酸と、HCV核酸とがハイブリッド生産物を形成すると、 そのような遺伝子型の翻訳または転写を阻止する。5種の遺伝子型をすべて含有 させて治療剤を作り得る。
C,ペプチドおよび の 本発明の別の実施態様は、非HCV、−1配列を有する核酸に対応する、3個以 上のアミノ酸からなる非天然型のペプチドを含む組成物を特徴とする。その非H CV−1配列は、好ましくは、NSS領域、エンベロープl領域、5−UT領領 域よびコア領域からなる1つ以上の領域内の配列と対応する。
NS5領域の非HCV−1配列を有する核酸に対応するペプチドについては、そ の配列は配列番号2〜22の配列内にあることが好ましい。配列番号工の配列は HCV−1に対応する。配列番号1〜22の配列は配列表に記載されている。
エンベロープ1領域の非HCV−1配列を有する核酸に対応するペプチドについ ては、その配列は配列番号24〜32の配列内にあることが好ましい。配列番号 23の配列はHCV−1に対応する。
配列番号23〜32の配列は配列表に記載されている。
コア領域に関する非HCV−1配列を有する核酸に対応するペプチドについては 、その配列は配列番号53〜66の配列内にあることが好ましい。配列番号52 の配列はHCV−1に対応する。配列番号52〜66の配列は配列表に記載され ている。
本発明の別の実施態様は、HCVの1つの遺伝子型の核酸配列に対応するペプチ ド組成物を特徴とする。第1の遺伝子型であるGIは、配列番号1〜6.23〜 25.33〜38および52〜57の配列で例示される。第2の遺伝子型である GI[は、配列番号7〜12.26〜28.39〜45および58〜64の配列 で例示される。第3の遺伝子型であるGIllは、配列番号13〜17.32. 46〜47および65〜66の配列で例示される。第4の遺伝子型であるGIV は、配列番号20〜22.29〜31.48および49の配列で例示される。第 5の遺伝子型であるGVは、配列番号18.19.50および51の配列で例示 される。
本発明の非天然型のペプチドはワクチンの成分として有用である。本発明の配列 の情報によって、HCVの異なる遺伝子型のすべてまたはいくつかに対するワク チンを設計することができる。ワクチンを特定の遺伝子型に指向させると、遭遇 する可能性がある因子に対して最大の防護を行うように、予防治療を適合させる ことができる。ワクチンを1種以上の遺伝子型に指向させると、そのワクチンを 一層包括的なものにすることができる。
また本発明のペプチド組成物は、HCVタンパク質に対して特異的な抗体を開発 するためにも有用である。本発明の1つの実施態様は、組成物として、HCVゲ ノムの非HCV−1配列に対応するペプチドに対する抗体を特徴とする。この非 HCV−1配列は、好ましくは、NS5領域、エンベロープ1領域およびコア領 域からなる領域内の配列から選択される。未翻訳5−UT領領域関連するペプチ ドはない。
NS5領域のペプチドに対する抗体については、そのペプチドは配列番号2〜2 2の配列内の配列に対応することが好ましい。
エンベロープ1領域に対応するペプチドに対する抗体については、そのペプチド は配列番号24〜32の配列内の配列に対応することが好ましい。コア領域に対 応するペプチドに対する抗体については、そのペプチドは配列番号53〜66の 配列内の配列に対応することが好ましい。
特定の遺伝子型を反映するペプチドに対する抗体は、HCVのそのような遺伝子 型の検出、および治療剤のために有用である。
本発明の1つの実施態様は、特定の遺伝子型の配列を有する核酸に対応するペプ チドに対する抗体を特徴とする。第1の遺伝子型であるGlは、配列番号1〜6 .23〜25.33〜38および52〜57の配列で例示される。第2の遺伝子 型であるGnは、配列番号7〜12.26〜28.39〜45および58〜64 の配列で例示される。第3の遺伝子型であるGmは、配列番号13〜17.32 .46〜47および65〜66の配列で例示される。第4の遺伝子型であるG■ は、配列番号20〜22.29〜31.48および49の配列で例示される。第 5の遺伝子型であるGVは、配列番号18.19.50および51の配列で例示 される。
本発明の組成物が、核酸のハイブリッド形成または免疫化学的反応を行うための キットの形態で、使用説明書とともに包装され得ることを、当業者は容易に理解 する。
本発明を、HCvの遺伝子型を示す配列を図示した以下の図面を用いてさらに説 明する。これらの配列は1〜145の数字で呼ばれ、これらの数字および配列は 配列表に記載の数字および配列と一致する。配列146および147は、ア/セ イの考察を容易にする。その数字および配列は、配列表に記載されている数字お よび配列と一致する。
および 夕1 の な雷日 図1はHCVの遺伝子の構造を示す。
図2はHCVウィルスゲノムのNS5領域に由来する配列番号1〜22の核酸配 列を示す。
図3はHCVウィルスゲノムのエンベロープ1領域に由来する配列番号23〜3 2の核酸配列を示す。
図4はHCVウィルスゲノムの5’UT領域に由来する配列番号33〜51の核 酸配列を示す。
図5はHCVウィルスゲノムのコア領域に由来する配列番号52〜66の核酸配 列を示す。
配列表は配列番号1〜147の配列を示す。
魚豆旦延曵呈翌里 本発明を、診断と治療の用途に関する、HC■ゲノムおよび関連ペプチドおよび 結合パートナ−に対応する配列を有する核酸として詳細に説明する。
本発明を実施するために、特にことわりがない限り、当該技術分野の技術の範囲 内にある、化学、分子生物学、微生物学、組換えDNAおよび免疫学の慣用的な 手法が用いられる。このような手法は文献に充分説明されている。例えば、Ma niatis、 FitschおよびSambrook、 Mo1ecular  Cloning; A Laboratory Manual、 1982年 ; DNA Cloning、Iおよび11巻(D、 N、 Glover編、 1985年) ; Oligonucleotide 5ynthesis ( M、J、Galt編、1984年) ; Nucleic Ac1d tlyb ridizatfon (B、D、HamesおよびS、 J、 Higgin s編、1984年) ; the 5eries、 Methods in E nzymology (Academic Press、 Inc、)特に15 4巻および155巻(WuおよびGrossman編)を参照のこと。
cDNAライブラリーを、HCVに感染させたチンパンジーの血漿中に存在する 核酸配列から誘導する。これらのライブラリーの1つである“C″ライブラリー ATCCNo、 40394)の構築は、PCT公開番号W090/14436 に記載されている。本発明に関連するライブラリーの配列は、配列番号1123 .33および52の配列として記載されている。
本発明の特徴にしたがって単離もしくは合成される核酸は、本発明を限定しない 例として、プローブ、プライマーおよびアンチセンス遺伝子として、およびその ような配列に対応するペプチドを合成する発現系を開発するために有用である。
記載した核酸配列は、ウィルスゲノムの4つの領域についてHCVの遺伝子型を 規定する。図1はHCvの構造を示す。特に重要な4つの領域はNS5領域、エ ンベロープl領域、5°UT領域およびコア領域である。
配列番号1〜22の配列として本願に記載されている配列は、N S S Q  域ニおいて、少なくとも5つの遺伝子型を示唆する。配列番号1〜22の配列は 、図2および配列表に示される。配列番号1〜22の各配列は、NS5領域由来 の340個のヌクレオチドを有する核酸から誘導される。
5つの遺伝子型は、配列番号1〜22の配列によって規定される配列をグループ 分けすることによって規定される。便宜上、本願では、異なる遺伝子型にローマ 数字およびアルファベント文字“G′を与える。
第】の遺伝子型(GI)は、配列番号1〜6の配列内の配列で例示される。第2 の遺伝子型(G II)は、配列番号7〜12の配列内の配列で例示される。第 3の遺伝子型(Glll)は、配列番号13〜17の配列内の配列で例示される 。第4の遺伝子型(Gll/)は、配列番号20〜22の配列内の配列で例示さ れる。
第5の遺伝子型(GV)は配列番号18と19の配列内の配列で例示される。
配列番号23〜32の配列として本願に記載されている配列(よ、HCVのエン ベロープ1領域において、少なくとも4つの遺伝子型を示唆する。配列番号23 〜32の配列は、図3および配列表に示される。配列番号23〜32の各配列は 、エンベロープ1領域由来の100個のヌクレオチドを有する核酸から誘導され る。
第1のエンベロープl遺伝子型グループ(Gl)は、配列番号23〜25の配列 内の配列で例示される。第2のエンベロープ1遺伝子型(G11)領域は、配列 番号26〜28の配列内の配列で例示される。第3のエンベロープ1遺伝子型( Gill)lよ、配列番号32の配列内の配列で例示される。第4のエンベワー ブ1遺伝子型(GIV)は配列番号29〜31の配列内の配列で例示される。
配列番号33〜51の配列として本願に記載されている配列は、HCVの5°U T領域において、少なくとも3つの遺伝子型を示唆する。配列番号33〜51の 配列は、図4および配列表に示される。
配列番号33〜51の各配列は、5”UT領域由来の252個のヌクレオチドを 有する核酸から誘導されるが、配列50と51はそのヌクレオチドが約180個 でありいくぶん短い。
第1の5’UT遺伝子型(GI)は、配列番号33〜38の配列内の配列で例示 される。第2の5°UT遺伝子型(Gll)は配列番号39〜45の配列内の配 列で例示される。第3の5’UT遺伝子型(Gilりは、配列番号46〜47の 配列内の配列で例示される。
第4の5°UT遺伝子型(G IV)は、配列番号48および49の配列内の配 列で例示される。第5の5°UT遺伝子型(GV)は、配列番号50および51 の配列内の配列で例示される。
配列番号48〜62の配列は、HCVのコア領域内において、少なくとも3つの 遺伝子型を示唆する。配列番号52〜66の配列は、図5および配列表に示され る。
第1のコア領域遺伝子型(Gl)は、配列番号52〜57の配列内の配列で例示 される。第2のコア領域遺伝子型(Gil)は、配列番号58〜64の配列内の 配列で例示される。第3のコア領域遺伝子型(Gill)は、配列番号65およ び66の配列内の配列で例示される。配列番号52〜65の配列は549個のヌ クレオチドで構成される。配列番号66の配列は510個のヌクレオチドで構成 される。
各領域について記載した種々の遺伝子型は一致する。すなわち、NS5領域につ いて第1の遺伝子型の特徴を有するHCVは、エンベロープl領域、5’tlT 領域およびコア領域の第1の遺伝子型の特徴と実質的に一致する。
配列番号1〜66の配列中に記載された配列にしたがって単離もしくは合成され る核酸は、プローブ、プライマー、捕獲リガンドおよびアンチセンス剤として有 用である。プローブ、プライマー、捕獲リガンドおよびアンチセンス剤としての 核酸は、特異性および安定なハイブリッド生産物を形成する能力のため、通常約 8個以上のヌクレオチドを含有する。
工三ニ1皿 HCVゲ/ムの1つの領域の特定の遺伝子型を規定する配列にしたがって単離も しくは合成される核酸は、プローブとして使用してそのような遺伝子型を検出し 得るし、または他の核酸のプローブと組合わせて用いて実質的にHCVのすべて の遺伝子型を検出し得る。
本願に記載される配列の情報によって、HCV内の各種の遺伝子型およびハイブ リッド形成条件中に遭遇する可能性がある外来の核酸配列に対して所望の包含性 と排他性を与える8個以上のヌクレオチドの配列が同定される。
当業者は、プローブとして用いる核酸配列には、ハイブリ7ド生産物の検出を容 易にするために標識を与え得ることを容易に理解する。
ffi互ヱ上 捕獲リガンドとして用いるため、プローグについて先に述べた方式で選択された 核酸は容易に支持体に結合させ得る。
核酸を支持体に結合させる方法は公知である。配列番号1〜66の配列内の配列 に対応する配列を有する核酸は、1つの遺伝子型のウィルス核酸を異なる遺伝子 型のHCVの核酸から分離するのに有用である。配列番号1〜66の配列内の配 列にしたがって単離もしくは合成される核酸は、組合わせて用いれば、HCVの すべての遺伝子型の実質的にすべての核酸を捕獲するのに有用である。
プライマー 本願に記載された配列にしたがって単離または合成される核酸は、HCV配列の 増幅のためのプライマーとして有用である。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法に関して、配列番号1〜66の配列の1つ以 上の配列に対応する8個以上のヌクレオチドの核酸配列は、適切な酸素および試 薬と組み合せて、ウィルス核酸のコピーを作るのに有用である。1つ以上の遺伝 子型に対応する異なる配列を有する複数のプライマーは、がような遺伝子型につ いてウィルス核酸のコピーを作るのに使用し得る。
そのコピーはHCVウィルスを検出する診断検定法に使用し得る。またそのコピ ーは、クローニングベクターおよび発現ベクターに組込んで、PCRで合成した 核酸に対応するポリペプチドを製造することができる。以下にさらに詳細に述べ る。
アンチセンス 本願明細書に記載した配列に従って単離もしくは合成した核酸は、HCVの発現 を阻害するアンチセンス遺伝子として有用である。
HCVの遺伝子型に対応する核酸は、HCVに感染している細胞内に導入するた めリポソームのような適切な担体に負荷され得る。8個又はそれ以上のヌクレオ チドを有する核酸はウィルス核酸またはウィルスメツセンジャーRNAに結合す ることができる。好ましくはアンチセンス核酸は、30個又はそれ以上のヌクレ オチドからなり、ウィルス核酸またはウィルスメツセンジャーRNAのノーイブ リッド生成物に必要な安定性を提供するものが好ましい。アンチセンス核酸を負 荷する方法は当該技術分野で公知であるが、例えばPapahadjopoul osらに1980年12月23日付で付与された米国特許第4.241,046 号がある。
ペプチドの合成 本願に記載の配列に従って単離もしくは合成される核酸はペプチド製造に有用で ある。配列番号1〜32および52〜66の配列で例示される配列は、適切なベ クター内にクローン化され得、または核酸の単離に使用し得る。単離された核酸 は、適切なりNAリンカ−に結合され、適切なベクター中にクローン化される。
そのベクターは、イー・コリ(E、coli)のような適切な宿主生物を形質転 換するのに用いられ得、その配列によってコードされるペプチドが単離され得る 。
分子クローニング法は、テキストMo1ecular C1onin : A  Laborator ManuaLManiatisら、Coldsprfng  Harbor Laborat。
ry1982年に記載されている。
その単離されたペプチドは、HCVの特定の遺伝子型に対するワクチン、および 抗体を製造するのに用いる抗原物質として有用である。
ニムiヱ立仄止 本発明のペプチド物質は、抗体およびワクチンを製造するのに有用である。
cDNA配列またはそれから誘導されるヌクレオチド配列(配列のセグメントも しくは修飾物を含む)を入手できれば、いづれかのストランドにコードされてい るペプチドの抗原として活性な領域をコードする発現ベクターを構築し得る。抗 原として活性な領域は、NS5領域、エンベロープ1領域およびコード領域から 誘導され得る。
所望のペプチドをコードするフラグメントは、通常の制限酵素による消化法を用 いるかまたは合成法によって、cDNAクローンから誘導され得、次に、例えば β−ガラクトシダーゼもしくはスーパーオキシドジスムターゼ(SOD)、(7 )ようす融合配列の一部分を含有しているベクターに連結され得る。好ましくは SODに連結され得る。SODの融合配列を含有しているポリペプチドを製造す るのに有用な方法とベクターは、1986年10月1日付で公開されたヨーロッ パ特許公開筒0196056号ニ記載されている。
いづれかのセンスストランドにある、オープン・リーディングフレームを含有す るHCV cDNAの所望の部分は、成熟タンパク質もしくは融合タンパク質の ような組換えペプチドとして得られ得る。あるいはcDNAにコードされている ペプチドは化学合成して得られ得る。
所望のペプチドを含有するDNAは、融合型もしくは成熟型であるとを問わず、 および分泌を可能にするシグナル配列を含有もしくは含有していないとを問わず 、あらゆる好適な宿主に適した発現ベクターに連結し得る。現在、真核および原 核の宿主系の両方が、組換えペプチドを製造するのに用いられている。ペプチド は、細胞を溶解し、または培地から単離され、次いでその意図する用途に必要な 純度まで精製され得る。
精製は当該技術分野で公知の方法、例えば分別抽出法、塩分画法、イオン交換樹 脂によるクロマトグラフィー、アフィニティー・クロマトグラフィー、遠心分離 法などによって行い得る。例えば、タンパク質の各種精製法ついては、Meth odsin Enzymolosyを参照。このようなペプチドは診断剤として 使用し得、あるいは中和抗体を生成するペプチドはワクチンとして処方し得る。
また、これらのペプチドに対して生成する抗体は、診断剤として使用可能であり 、または受動免疫治療法もしくはHCVの単離と固定に用い得る。
ペプチドの抗原領域は一般に比較的小さく、長さは典型的には8〜10個あるい はそれ以下のアミノ酸である。5個の小数のアミノ酸からなるフラグメントが抗 原領域の特徴である。
これらのセグメントはHCVゲノムのNS5領域、エンベロープ1領域およびコ ア領域に対応する。5’UT領域は翻訳されないことが知られている。したがっ て、このような領域のcDNAを使用して、この領域に対応するHCVペプチド の短いセグメントをコードするDNAは、融合タンパク質としであるいは単離さ れたペプチドとして組換え法によって発現され得る。さらに、短いアミノ酸配列 は、化学合成法によって容易に得られ得る。
合成されたペプチドが、正しいエピトープを提供するように正しく形成されてい るが、小さすぎて免疫原性がない場合、そのペプチドは適切なキャリアーに連結 され得る。
このような連結を行う多数の方法が当該技術分野では公知であり、N−スクシン イミジル−3−(2−ピリジルチオ)プロピオネート(SPDP)およびスクシ ンイミジル−4−(N−マレイミド−メチル)シクロへ牛サンー1−カルボキシ レー) (SMCC) (米国、イリノイ州、ロックフォード、Pierce  Cowpanyから入手した)を用いジスルフィド結合を生成させる方法がある (ペプチドにスルフヒドリル基がない場合はジスルフィド結合はシスティン残基 を付加することによって得られる)。これらの試薬は、それ自体の間で、および 一方のタンパク質のペプチドシスティン残基と、他方のタンパク質のリンノのε −アミノを介するアミド結合もしくは他の遊離アミノ基トの間でジスルフィド結 合を生成する。このようなジスルフィド/アミド形成試薬は種々のものが公知で ある。(例えば1mmun Rev、62巻185頁、1982年参照)。他の 二宮能カップリング剤はジスルフィド結合ではなくてチオエーテル結合を形成す る。このようなチオエーテル形成試薬の多くハ、市販されており、6−マレイミ ドカプロン酸、2−ブ0%酢酸、2−ヨード酢酸、4−N−マレイミド−メチル )シクロヘキサン−1−カルボン酸などの反応性エステルがある。カルボキシル 基は、それをスクシンイミドもしくはl−ヒドロキシル−2−二トロー4−スル ホン酸ナトリウム塩と結合することによって活性化し得る。抗原をカップリング する別の方法としては、ヨーロッパ特許出願公開259.149号に記載されて いるロタウィルス/結合ペプチドシステムが利用され得る。この開示事項は本願 に文献として援用する。上記のリストは網羅的なものではな(、上記化合物の修 飾物も使用し得ることは明かである。
それ自体が宿主に対して有害な抗体の産生を誘発しないキャリアーはいずれも使 用し得る。適切なキャリアーは、一般に大きく、ゆっ(り代謝される巨大分子で あり、例えばタンパク質類;ラテックスで官能性を与えられたセファロース、ア ガロース、セルロース、セルロースビーズなどのような多糖類;ポリグルタミン 酸、ポリリンノなどのようなアミノ酸ポリマー;アミノ酸コポリマー;および不 活性ウィルス粒子がある。特に有用なタンパク質の基質は、血清アルブミン、キ ーホールソンペソトヘモシアニン、免疫グロブリン分子、チログロブリン、オバ ルブミン、破傷風菌毒素、および当業者によく知られているタンパク質である。
NS5、エンベロープ1およびコアの領域由来の少なくとも1っのウィルスエピ トープをコードにするHCVアミノ酸配列配列有するペプチドは有用な免疫試薬 である。5°UT領域は翻訳されないことが知られている。例えば、末端を切取 られた配列を有するペプチドは免疫検定法の試薬として使用できる。またこれら のペプチドは、抗血清製造用組成物あるいはワクチンの候補となり得るサブユニ ット抗原である。この末端を切取られた配列は未変性のウィルスタンパク質を各 種の公知の方法で処理することによって製造し得るが、HCV配列を有する合成 もしくは組換えによるペプチドを作る方が一般に好ましい。これらの末端を切取 られたHvc配列を有するペプチドは、全体が■Cv配列(連続もしくは非連続 である1つまたはそれ以上のエピトープ)、またはHCV配列と異種タンパク質 との融合タンパク質を含有し得る。有用な異種タンパク質は組換え宿主から分泌 され、HCvエピトープの免疫反応性を強化し、またはポリペプチドが、免疫検 定法の支持体もしくはワクチンの担体と容易にカップリングする配列である。( 例えばヨーロッパ特許公開第11.6,201号、米国特許第4.722,84 0号、ヨーロッパ特許公開第259,149号、米国特許第4,629.783 号)。
末端を切取られたHCV配列を含有するペプチドの大きさは広範囲に変え得、そ の最小の大きさは1つのHCVエピトープを与えるのに充分な大きさの配列であ るが、最大の大きさは重要ではない。便宜上、最大の大きさは、たとえあるとし ても、通常、所望のHCVエピトープを提供し、異種配列の機能を与えるのに必 要な大きさより実質的に大きいことはない。典型的、0は、末端を切取られたH CVのアミノ酸配列は長さが約5〜約loo個のアミノ酸の範囲内にある。しか し、さらに典型的には11C’/配列長さが最大約50個のアミノ酸であり、好 ましくは最大30個のアミノ酸である。少なくとも約10.12または15個の アミノ酸、最大約20個もしくは25個までのアミノ酸を有するHCV配列を選 択することが通常望ましい。
エピトープを含有するHCVアミノ酸配列配列数の方法で同定することができる 。例えばNS5、エンベロープおよびコアの各領域に対応する全タンパク質配列 は、このような領域の全タンパク質配列にわたる一連の短いペプチドを作ること によってスクリーニングし得る。例えば、はぼ100個のアミノ酸のペプチドか ら出発することによって、所望の反応性を示すエピトープの存在について各ペプ チドを試験し、次に100個のアミノ酸からなる同定されたペプチドを次第に小 さくした、かつ重複しているフラグメントを試験し、目的とするエピトープをマ 、ブすることは日常的に行われる。免疫検定法でこのようなペプチドをスクリー ニングすることは、当業者に容易である。タンパク質配列のコンビ二−タ分析を 実施して潜在的なエピトープを同定し、その同定された領域を含有するペプチド を調製してスクリーニングに用いることも公知である。
また、HCVのエピトープの免疫原性は、例えばB型肝炎表面抗原に関連する粒 子形成性タンパク質と融合もしくは会合した形で、哺乳類もしくは酵母の系で調 製することによっても強化し得る。例えば米国特許第4,722,840号参照 。HCVエピトープが粒子形成性タンパク質をコードする配列に直接結合された 構築物はHCVエピトープに対して免疫原性な融合体を産生ずる。さらに、製造 されたすべてのベクターは、HBVに特異的なエピトープを含有し、例えばプレ ーS−ペプチドのように種々の異なる免疫原性をもっている。したがって、HC v含有する粒子形成性タンパク質で構成された粒子はHCVとHBVとに対して 免疫原性である。
肝炎表面抗原(HBSAg)は、ニス・セレビシェ(S、 cerevisia e)中で形成され、集合して粒子になること(P、 Valenzuelaらの 1982年の報告)、および、例えば哺乳類細胞中で形成され、集合して粒子に なること(P、 Valenzuelaらの1984年の報告)が報告されてい る。このような粒子が生成するとそのモノマーサブユニットの免疫原性が増大さ れることが報告されている。またその構造体は、プレサーフェイス(プレーS) 領域の55個のアミノ酸を含有する、HBSAgの免疫優性エピトープを有して いる( Naurathらの1984年の報告)。酵母中で発現可能なプ’、7 − S −HBSAg粒子の構築物は1986年3月19日付で公開されたヨー ロッパ特許公開第174.444号に開示され、また酵母で発現される異種ウィ ルス配列を含有するハイブリッドが、1966年3月26日付で公開されたヨー ロッパ特許第175゜261号に開示されている。またこれらの構築物は、5V 40−ジヒドロ葉酸レダクターゼベクターを用いてチャイニーズハムスター卵巣 (CIO)細胞のような哺乳類細胞内で発現きせ得る。(Miehelleらの 1984年の文献)。
その上、粒子形成性タンパク質をコードする配列の一部分は、 HCVエピトー プをコードするコドンと置換し得る。この置換で、哺乳動物の酵母の中でユニッ トの集合を仲介して免疫原性粒子を形成するのに必要とされない領域を削除して 、付加的なHBV抗原部位がHCVエピトープと競合しないようにし得る。
二?fコニ版 ワクチンは、HCV由来の1つ又はそれ以上の免疫原性ペプチドからH製し得る 。HCVとフラビウィルス間にみられる相同性から、ワクチンとして最も有効で あると思われるペプチドと、これらのペプチドがコードされるゲノムの領域とに 関する情報が得られる。
HCVに対する多価ワクチンは、NS5、エンベロープ1、オヨびコアの領域か ら誘導された1つ又はそれ以上のタンパク質由来の1つ又はそれ以上のエピトー プで構成され得る。特に、NS5、エンベロープlおよびコアの領域由来の1つ 又はそれ以上のHCVタンパク質もしくはサブユニット抗原を有するワクチンが 考えられる。5’UT領域は翻訳されないことが知られている。
免疫原性ペプチドを活性成分として含有するワクチンの製造法は当業者には公知 である。典型的には、このようなワクチンは注射用薬剤の液状の溶液もしくは懸 濁液として製造され得る。また注射する前に液体の溶液もしくは懸濁液にするの に適した固体の形態のものも製造し得る。またその製剤は乳化させ得、または、 そのタンパク質はリポソーム内に封入し得る。活性な免疫原性成分は、医薬とし て許容されかつ活性成分と相溶性のある賦形剤と混合され得る。適切な賦形剤と しては、例えば、水、食塩水、デキストロース、グリセリン、エタノールなどお よびそれらの組合せがある。さらに、所望により、本発明のワクチンは、少量の 補助物質、例えば、湿潤剤もしくは乳化剤、pH緩衝剤および/またはワクチン の有効性を増大するアジュバントを含有し得る。有効なアジュバントの例として は、限定はないが以下のものがある。すなわち水酸化アルミニウム、N−アセチ ル−ムラミル−し−トレオニルーD−イソグルタミン(thr−MDP)、N− アセチル−ツルームラミル−L−アラニル−〇−イソグルタミン(CGP116 73)、n。
r−MDP (!:いつ)、N・−アセチルムラミル−L−アラニル−D−イソ グルタミニルーし一アラニンー2−(1,2−ジパルミトイル=sn−グリセロ −3−ヒドロキシホスボリルオキシ)−エチルアミン(CGP19835A9M TP−PEという)、およびRIB+である。
なおRIB+は、細菌から抽出された3成分、すなわちモノホスホリル脂質A、 トレハロースジミコレート(trehalose di+wyco1ate)、 および細胞壁骨格<MPL+TDM+CWS)を2%スクアレン/Tween8 0エマルジョン中に含有している。アジュバントの有効性は、抗体の量を測定す ることによって決定し得、該抗体は種々のアジュバントを含有するワクチン中に 存在するHCV抗原配列を有する免疫原性ペプチドを投与した結果、該ペプチド に対して生産され得る。
本発明のワクチンは、通常非経口で、例えば、皮下もしくは筋肉内に注射するこ とによって投与され得る。他の投与法に適した別の製剤としては串刺、および、 ある場合には経口用製剤がある。串刺の場合、伝統的な結合剤と担体、例えばポ リアルキレンゲリコール類もしくはトリグリセリドを含有し得る。このような串 刺は、活性成分を0.5%〜10%好ましくは1%〜2%の範囲で含有する混合 物から製造され得る。経口製剤は、例えば医薬グレードのマンニトール、ラクト ース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、す、カリンナトリウム、セルロー ス、炭酸マグネシウムなどの通常用いられる賦形剤を含有し得る。
下記の実施例は例示を目的とし提供するものであり、本発明の範囲を限定するも のではない。
L lからノHcV RNA(7) RNAの血清からの抽出は、キy ト(RNAZ。1(登録商標)Bキノl−、 C1nna /Biotecx)の製造者の指示に従って、グアニジニウム塩、 フェノールおよびクロロホルムを使用して行った。
抽出したRNAをインプロパツールで沈澱させ、次いでエタノールで洗浄した。
合計25μlの血清をRNA単離のために処理し、精製したRNAを、ピロ炭酸 ジエチルで処理した水5μm中に再懸濁し、次のcDNA合成を行った。
U、 cDNAのA とポリメラーゼ 応PCHによる −表1に、この実施例 に用いたすべてのPCRプライマーとプローブの配列と位置(HCVIについて )を示す。ヌクレオチドに対するアルファベット文字による名称は米国特許法施 行規則!i l 1.821〜1.825と同じである。即ちアルファべ、ト文 字A1C%G、TおよびUは、アデニン、シトシン、グアニン、チミンおよびウ ラシルという通常の意味で用いられる。文字MはAまたはCを意味し;RはAま たはGを意味し;WはAまたはT/Uを意味し;SはCまたはGを意味し;Yは CまたはT/Uを意味し;にはGまたはT/Uを意味し;■はAまたはCまたは Gを意味し、T/Uを意味しない;HはAまたはCまたはT/IJを意味し、G を意味しない;DはAまたはGまたはT/Uを意味し、Cを意味しない;BはC またはGまたはT/Uを意味し、Aを意味しない;Nは(AもしくはCもしくは GもしくはT/υ)または(未知のものなど)を意味する。表1は下記のとおり である。
(以下余白) 表1 ら亡71シ号 13す1 (5°−3’) 7りしにFF’ 襦f化68 AC AGAYCCGCAKAGRTCCCCCACG 1192−4169フ3 T GGACATGATCGCTGGWGCYCACTGGGG 13フ5−140 2フ4 TGGAYATGGTGGYGGGGGCYCACTGGGG 137 5−140275 ATGATGAACTGGTCVCCYAC130B−13 2776ACCTTVGCCCAGTTSCCCRCCATGGA 1453− 442877 MCCCACTCTATGYCCGGYCAT 205−226 フ11 GAATCGCTGGGGTGACCG 171−188cDNAの合 成およびPCHによる増幅については、Perkin−Elser/Cetus  [GeneAw+p (登録商標) RNA PCRkit]によって開発さ れたプロトコルを用いた。ランダムヘキサマー(random hexamer )およびHCVに対して特異的な相補的配列を有するプライマーの両者を、逆転 写(RT)反応を開始するために使用した。反応成分の添加と混合を除いて、す べての工程は熱サイクラ−(thermal cycler)(MJ Re5e arch、lnc、)内で実施した。第1ストランドcDNAの合成反応は99 °C5分間処理して不活性化し、ついで50°Cで5分間冷却してから次の増幅 を行うための反応成分を添加した。97℃で1分間、50°Cで2分間および7 2℃で3分間のサイクルを最初5回行へっぎに、94℃で1分間、55℃で2分 間および72℃で3分間のサイクルを30回行い、次いで最後の72°Cで7分 間の延伸を行った。
遺伝子型分析(genotyping analysis)を行うのに、配列6 7と68とをPCR反応のプライマーとして用いた。これらのプライマーは、コ アとエンベロープの領域に対応するセグメントを増幅する。増幅後、反応生成物 をアガロースゲルで分離し、ついでナイロン膜に転写した。その固定化された反 応生成物を、遺伝子型■(コアもしくはエンベロープ1)、または、遺伝子型■ (コアもしくはエンベロープl)に対応する32p標識核酸とハイブリッドさせ た。遺伝子型Iに対応する核酸は、69it ()7) 、71番(エンベロー フ)オよヒフ3番(エンベロープ)の配列を含有していた。遺伝子型Hに対応す る核酸は70番(コア) 、728 (エンベローフ)オよヒ14ti (エン ベロープ)の配列を含有していた。
遺伝子型lのプローブは、遺伝子型Iの配列を有する分離株由来の増幅した生成 物とだけハイブリッドした。同様に、遺伝子型Hのプローブは、遺伝子型■の配 列を有する分離株由来の増幅した生成物とだけハイブリ、ドを形成した。
他の実験では、PCR生成物は配列79と80を用いて製造した。
配列73番を遺伝子型Iを検出するのに用い、配列74番を遺伝子型■を検出す るのに用い、配列77番(5’UT)を遺伝子型■を検出するのに用い、および 配列78番(5’UT)を遺伝子型1vを検出するのに用いたことを除いて、前 述したのと同様にして生成物を分析した。各配列は、遺伝子型に特異的な方法で ハイブリッドを形成した。
m、 HCV RNAについてのサントイ・チハイブ1ツド2 。
を いるHCV Gl−GIV(7) 増幅された溶液相の核酸サンドイッチハイブリッド形成検定法の方式をこの実施 例で説明する。この検定法の方式では、捕獲と検出を達成するために数種の核酸 プローブを使用する。
捕獲プローブ核酸は固体担体に結合した相補的プローブ及びHCV核酸と会合し 得、核酸は捕獲を行うことができる。検出プローブ核酸は、HCV核酸に結合す る第1セグメント(A)と、第2の増幅核酸とハイブリッドする第2セグメント (B)とをもっている。
増幅核酸は、第1セグメント(B”)を有し、そのセグメントはプローブ核酸の セグメント(B)とハイブリッドし、かっ15のセグメン) (C)の反復を有 している。増幅核酸のセグメントCは、3種の標識核酸とハイブリッドし得る。
グループIのHCV単離株のエンベロープ1遺伝子のヌクレオチド配列に対応す る核酸配列は81〜99番の配列内に記載されている。表2には、その核酸配列 が対応するl(C’/ゲノムの領域と、その配列の好ましい用途を記載している 。
(以下余白) 表2 フ。。−7・・Yj 船!’II”! 和傘1苓りメ7し才七F省号誼諺#sI 婁諺露禦諺雪寓諺禦禦 諺璽雪言奪禽−諺諺婁畠罵禦冨寥璽禦冨雪富−謁■3婁 鍵冨冒諺■璽諺−ラヘIV 81 11フ9−911 うへ゛山 84 9フll−X0IO ラベ’+V ss 1oll−1043ラベ’+V 86 1044−1076 ラヘ 1し 8フ 10フフー1109fit+’ a* 88 1110−1 142ラヘ゛1V119 1143−1175ゑ27プ・芝 フC0−’7 z iv+・Jl オ伸ネ勃゛(手すクレXケト審号うベV 9 0 Xl)6−1208 ラベ1し タz 1209−1241 うN’ +v g2 1242■12フ4主1゛鳴菓 93 12フ5−130 フチ〜゛l” 94 130B−1340ラベ′1し 95 1341−13フ 3ラペ”IV タ5 13フ4−1406ラヘ1し 9フ 140フ−1439 1山゛^* 98 1440−14フ2ラペ・IV タ9 14フ3−4505 グループHのHCV単離株のエンベロープ1遺伝子のヌクレオチド配列に対応す る核酸配列は100〜118番の配列中に記載されている。表3には、核酸が対 応するIICVゲノムの領域と、その配列の好ましい用途が記載されている。
表3 つ7\Iし Zoo 879−911 /へCし 101 912−944 抽”zl 102 945−977 ラヘfし 103 97B−1010 )A・し 104 1011−1043′76 = 105 1044−107 6つへ11/ lo6 1077−11091飴%1 107 zoo−u42 qq゛y 108 1143−1175づ7へ1し 109 1176−120 8−7へ+し 110 1209−1241今AI’−1111242=127 4 猶賃 112 1275−1307 9A′’+5113 1308−1340−へル 114 1341−13フ3 ラヘ1し 115 1374−1406う八°+L 116 140フー143 9すi5覧 11フ 1440−14フ2)べ 1し 118 1473−15 05C遺伝子と5’UT領域中のヌクレオチド配列に対応する核酸配列は配列1 19〜145に記載されている。表4に、その配列と好ましい用途を示す。
表4 一7’o−1’慴 141帖 1#″*(119 −棟 123 1繭)覧 12フ 挿’+1 131 1駒碌 136 うへ゛CL−13フ ラヘ”lし 138 尤2 4 フッ゛′ざ ラヘ゛lし 139 挿り覧 140 検出及び捕獲プローブのHCV特異的セグメントおよび、このアッセイで使用さ れるそれぞれの名称は次のとおりである。
捕獲配列は119〜122番および141〜144番の配列である。
検出配列は119〜140番の配列である。
各検出配列は、HCV配列に対して実質的に相補的な配列に加えて、5′伸長部 (B)を有し、その伸長部(B)は第2増幅核酸のセグメントに相補的である。
その伸長部(B)の配列は、配列番号146として配列表に記載されているが以 下に再度示す。
AGGCATAGGACCCGTGTCTT各捕獲配列は、HCV配列に対して 実質的に相補的な配列に加えて、固体相に結合されたDNAに相補的な配列を含 有している。
固定支持体に結合されたDNAに相補的な配列は、捕獲配列の下流に保持されて いる。支持体に結合されたDNAに相補的な配列は147番の配列として記載さ れているが、以下に再度示す。
CTTCTTTGGAGAAAGTGGTGマイクロタイタープレートを以下の ように調製した。White Microlite I Removavell  5trips (ポリスチL/7製微量滴定プレート、96ウエル/プレート )はDynatech Inc、から購入した。
各ウェルにI N HCI 200μlを添加し、室温で15〜2o分間インキ ュベートした。次ぎにプレートをIXPBSで4回洗浄し、つぎにウェルを吸引 して液体を除いた。ウェルにI N NaOH200μlを添加し、室温で15 〜20分間インキュベートした。プレートを再びIXPBsで4回洗い、吸引し て液体を除いた。
ポリ(phe−1ys)をSig+*a Chemicals、Inc、社から 購入した。このポリペプチドは、phe:lysのモル比が1=1であり、平均 分子量が47,900gm1モルである。またこのペプチドは平均長が309個 のアミノ酸の長さであり、155個のアミン7モルを含有している。このポリペ プチドの1mg/ml溶液を2 M NaC1/I X PBSと混合して最終 濃度を0.1mg/ml (pH6,0)にした。この溶液200μlづつを各 ウェルに添加した。このプレートをプラスチックで包んで乾燥を防止し、30℃ で一夜インキユベートした。
そのプレートをIXPBSで4回洗浄し、ウェルを吸引して液体を除いた。
以下の方法を用いて、核酸147番の配列に相補的な配列をプレートに結合させ た(以後固定化核酸と呼称する)。133番の配列に相補的な配列を有する固定 化核酸の合成は、ヨーロッパ特許第883096976号に記載されている。ジ スクシンイミジルスベレート20mgをジメチルポルムアミド(DMF)300 μl1m溶解した。固定化核酸の260D2611単位を連結用緩衝液1onu l (50mM リン酸ナトリウムpH7,8)に添加した。つぎにその連結混 合物をDSS−DMF溶液に添加しマグネティックスタラ−で30分間撹拌した 。NAP−25のカラムを10mMのリン酸ナトリウムpH6。
5で平衡化した。連結混合物のDSS−DMF溶液を、4℃にて、10■Mリン 酸ナトリウムpH6,52mlに添加した。得られた混合物を撹拌して混合し、 上記の平衡化したNAP−25カラムにロードした。DSSで活性化された固定 化核酸DNAを、3.5nlのlomMリン酸ナトリウムp)16.5で上記カ ラムから溶離した。溶離された、DSS活性化固定化核酸DNAの5.60D2 61!単位の量を、50+1Mリン酸ナトリウムpH7,81500++1に添 加した。この溶液50μlづつを各ウェルに添加し、そのプレートを一夜インキ ュベートした。
次にプレートをIXPBSで4回洗浄し、ウェルを吸引して液体を除いた。
プレートの最終のストリッピングを次のようにして行った。
0.5%(W/V)SDSを含有する0、2N NaOH200μmづつを各ウ ェルに添加した。そのプレートをプラスチックで包み65°Cで60分間インキ ュベートした。次いでプレートをIXPBsで4回洗浄し、ウェルを吸引し液体 を除去した。ストリッピングしたプレートを乾燥剤のビーズとともに2〜8℃で 貯蔵した。
検定すべき血清試料は、PCRとそれに続く配列分析法を用いて分析して遺伝子 型を測定した。
試料は、血清試料50μlとP−に緩衝液150μmを各ウェルに添加すること によって調製した。P−に緩衝液は、53++M トリス−HCl pH8,0 中2 B/+elのプロティナーゼK ; 0.6M NaC1; 0.06M クエン酸ナトリウム; 8 +*M EDTA%pH8,0; 1.3%SDS ;16□g/mlの超音波処理サケ精子DNA;7%ホルムアミド; 50fm ole捕獲プローブ; 160fmole検出プローブで構成されている。プレ ートを振とうし、ウェルの内容物を混合し、カバーして16時間62℃でインキ ュベートした。
さらに10分間室温で保持した後、各ウェルの内容物を吸引してすべての流体を 除き、ウェルを、洗浄緩衝M(0,1%SDS; O,015M NaC1;  O,0015Mクエン酸ナトリウム)で2回洗浄した。つぎに増幅核酸を各ウェ ル(0,048M NaC1; 0.0413Mクエン酸ナトリウム;0.1% SDS 、 0.5%”ブロッキング剤″(Boehringer Mannh eim社、カタログ番号1090176)の0.7fmole/μl溶液50μ l)に添加したプレートにふたをし、ウェルの内容物を撹拌混合して、プレート を30分間52℃でインキュベートした。
さらに10分間室温に保持した後、ウェルを上記と同様にして洗浄した。
アルカリホスターゼ標識をした核酸(これはヨーロッパ特許883096976 号に開示されている)、を各ウェルに添加したく2、66fmole/μlをウ ェル当り50μl) 、 52℃で15分間、つぎに室温で10分間インキュベ ートした後、ウェルを前に述べたと同様に2回洗浄し、次に、0.015MNa Cl10.0015Mクエン酸ナトリウムで3回洗浄した。
酵素でトリガーされた( triggered)ジオキセタン(Schaapら 、Tet、Lett、28巻、1159〜1162頁、1987年およびヨー口 。
パ特許公開第0254051号)をLumigen、 Incから入手して利用 した。Lum1phos 530(Lumigen) 50 u lづつを各ウ ェルに添加した。ウェルを軽くたたいて試薬を底部に落下させ、かつゆるやかに 旋回させて試薬を底部に均一に分布させた。ウェルにふたをし、37℃で20〜 40分間インキュベートした。
プレートを、次に、Dynatech ML 1000ルミノメータ(lu+1 inO■eter)で読み取った。出力は反応中に発生した光の全合計として示 された。
この検定法は、遺伝子型のいかんにかかわらず、各血清試料を確実に検出した。
IV、 なる° 五 型で された 1にフードされたポリベニiヱ立且ユ 1〜66番の配列内の配列でコードされるHCVポリペプチドは、スーパーオキ シドジスムターゼ(SOD)を用いて融合ポリペプチドとして発現される。これ らの配列を保持するcDNAを、発現ベクターpsODcfl (Steime rらの1986年の文献)中にサブクローン化する。
まずpsODcf 1から単離されたDNAをBam旧とEcoRIで処理し、 ついで、これら制限酵素によって生成された線状DNAに下記のリンカ−を連結 した。
5 GA!T CCT GGA ATTσGλτAλGACC”X’ TAA  (込C?AT−蔀 3クローン化した後、挿入断片を含有するプラスミドを単離 した。
挿入断片を含有するプラスミドをEcoRlで切断する。コノEcoRIで線状 にしたプラスミドDNAに、HCVcDNAを連結する。得られたDNA混合物 を用いてイー・コリ菌株D1210を形質転換する(Sadlerらの1980 年の文献)。ポリペプチド類はゲル状テ単離する。
■、 ポリペプチド の セクションIVで製造されたポリペプチドの抗原性を以下の方法で評価する。8 12アレー(オーストラリア、ビクトリア州、Co5elco Mimetop es)中のブロック上に配列したポリエチレン製のピンはジメチルポルムアミド (DMF)の2o%V/V%のピペリジン溶液に30分間室温で置くことによっ て調製する。そのピンを取り出しDMF中で5分間洗浄し、ついでメタノール中 で4回洗浄する(2分間/洗浄)。そのピンを少なくとも10分間空気乾燥し、 DMF中で(5分間)最終回の洗浄を行う。l−ヒロトキシヘンゾトリアゾー/ しくHOBt、 367mg)をDMF(80u L) 1m溶解し、セクショ ン1vで製造したF+iocで保護したポリペプチドの結合に使用する。
保護されたアミノ酸を、 HOBtとともに、マイクロタイタープレートのウェ ル内に入れ、前記ピンブロックをプレートの上においてピンをウェル内で浸漬さ せる。集合体をプラスチ、り袋内に密封し、25℃で18時間反応させて第1ア ミノ酸をピンに結合させる。次いでブロックを取り出し、ピッをDMF (2分 間) 、MeOH(4回、2分間づつ)および再びDMF (2分間)で洗って 、結合したアミノ酸を洗浄して脱保護する。この手順を、個々の付加するアミノ 酸を結合させる際に繰り返し、8回体を製造した。
大部分のエピトープはN末端には見られないため正の電荷をもっていないので、 遊離のN末端はアセチル化して遊離のアミドを保護する。アセチル化反応は、マ イクロタイタープレートのウェルをDMF/無水酢酸/トリエチルアミン(5: 2:l V/V/V)で満たし、ピンをウェル中で90分間20℃にて反応させ ることによって達成される。次いでピンをDMF (2分間)、MeOH(4回 、2分間)で洗浄し、少なくとも10分間空気乾燥する。
側鎖の保護基は、ポリプロピレンの袋内で4時間室温で、ピンをトリフルオロ酢 酸/フェノール/ジチオエタン(95:2.5: 1.5. V/V/V)で処 理して除かれる。ついでピンは、ジクロロメタン(2回、2分間)、5%ジ−イ ソプロピルエチルアミン/ジクロロメタン(2回、5分間)およびジクロロメタ ン(5分間)中で洗い、次いで、少なくとも10分間空気乾燥を行う。その後、 ピンを水(2分間)およびMeOH(18時間)中で洗浄し、減圧乾燥し、シリ カゲルの入ったプラスチック製袋内に密封して貯蔵する。
IVB、15.6 ペプチドノ 8回体を有するピンを、破壊(disruption)緩衝液(1%ドデシル硫 酸ナトリウム、0.1%2−メルカプトエタノール、0、1M NaH2PO4 )中、60°Cで30分間超音波で処理する。つぎニヒンを数回、水(60°C )中に浸漬し、続いて沸騰MeOH(2分間)中に浸漬し、次いで空気乾燥させ る。
つぎにピンをプレコートするが、それはピンを、200μLのブロッキング緩衝 液(1%オバルブミン、1%BSA、 0.1%Tween、および0.05% NaN3を含有するPBS)が入っているマイクロタイターウェル中で、撹拌し ながら、25℃にて1時間行う。
次ぎにピンを、HCVに感染していると診断されたヒトの患者から得た抗血清1 75m1が入って入る微量滴定用ウェルに中に浸漬し、−夜4°Cでインキユベ ートする。血清中のポリクローナル抗体とポリペプチド間の複合体が生成して、 ペプチドがインビボで免疫応答を起こしはじめる。このようなペプチドは、ワク チン開発の候補である。
上記のように本発明を説明し例証してきた。本願明細書に添付した請求の範囲か ら逸脱することなく、かつ本発明の教示事項と適用範囲から逸脱することなく多 くの変更と改変を行うことができることは当業者にとっては明かなことである。
(以下余白) 配列表 (1)一般的情報・ (i)出願人: タイ−アノ チ1 (1、発明の名称: 診断と治療に用いるHCVゲノム配9+1(iii)配列 数:147 (81番地 : Tトラノティテク Tへ゛ニスー 600(C)市 二 本′ ストl (F)w6便番号: 02210 (V)コンピューター読み出し形態: (^)媒体型 テ ィスク、5.25イノチ(B) +7ビエーター 18M互 換用(C)操作システム: MS−DOS ハ゛−ノ゛遺ノ33(D)ソ7トウ 17・ ワードへ°−7!クト51hi)現在の出願t′−タ: (^)出願番号: 未定 CB)出願日: 未定 (C)分類: 未定 (vii)光重データ: (A、出願番号: 07/697.3t6(B)出願日: 1991年5月8日 (viii)代理人/事務所情報; (^)氏名: ヤニラック、 アノソニー ノ゛工仁<8)登録番号: 29. 809 (C)照会/記録番号: CO7?2/7000(IX)電話回線情報: (へ゛電話: +617)’ 720−3500(B)テレ1vqクス: (6 17) フ2O−2441(C:テkdス: EZEKIEL (2)配列番号(SEQ ID No)+1の情報:(1)配列めilt!!・ (A)長さ:340ヌクレオチド (B)盟:核酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (vf)起源: (ATCC1140394)(C)単離生物名: n55hc vl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):1(2)配列番号(SEQ  ID No):2(7)情報:(i)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (百)配列の種類: DNA (vl)起源: (C)単離生物名: n55i21 (xi)配列: 配列番号(SEQ ID No):2コ コ ] (2)配列番号(SEQ ID NO):3の情報:(り配列の特色: (A)長さ;340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物8二n55ptl (xi)配列 、配列番号(SEQ ID No):3ACGCGGCGAG  CCTGAGAGCC340(2)配列番号(SEQ ID No):4の情報 :(i)配列の特色: (A)長さ=340ヌクレオチド (8)型:核酸 (C’l鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: n55gm2 (xi)配列 :配列番号(SEo 10 No):4CTCTACAGτCA CTGAGA7にG ACA’l”CCGTACGGAGGAGGCA 40A TTTACCAAT GTTGTGACCT GGACCCCCAA GCCC GCGTGG 80CCAτcAAGTCCσにλCTGλG AGGCTT? AτG ’l’TGGGGGccc 120(2)配列番号(SEQ ID N o):5の情報:(1〉配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 〈D)トポロジー:直鎖状 (i i)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: n55us17 (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):5TGCCGCGCAA  GCGGCGTACT GACAACTAGCTGTGGτ入ACA 200C CCTCACTTG T?A(:ATCAAG GCCCAAGCAG CCT GTCGAGC240ATαコ、GCGAA CCTaGAGCC34G(2) 配列番号(SEQ ID No):6の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド CB)型;核酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類:DNA (vl)起源;゛ (C)単離生物名: n55sp2 (xi)配列: 配列番号(SEQ ID NO):6CGCAGGGCTCC AGGACTGCA CCATGCTCGT GTGTGGCGAC280G入 CCTAGTCG TTATCTGCGAλAGTGCGGGG GTCCAG GAGG 320(2)配列番号(SEQ ID No)・7の情報:(i)配 列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名:n5Sjl (xi)配列 ;配列番号(SEQ ID No)ニアACGCGGCAAG  CCTACGAGCC340(2)配列番号(SEQ ID No)・8の情報 :(1)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (i +)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: n5skl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO>:8ATGCGGCGAG  CCTACGAGTC340(2)配列番号(SEQ ID No):9の情報 :(i)配列の特色; (^)長さ・340ヌクレオチド (B)型: 手亥酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (Ii)配列の!l類: DNA (vi)起源: <C>単離生物名: n55k1.1 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):9(2)配列番号(SEQ  ID No):10の情報:(i)配列の特色: (A)長さ=340ヌクレオチド CB)型・核酸 (C)鎖の数−一本鎖 (D)トポロジー・直鎖状 (i i)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO):10ACGCGGCGAG  CCTACGAGTC340(2)配列番号(SEQ ID No):11の 情報:(+)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数−一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類:DNA (vi)起源: (C)単離生物名: n55spl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+11(2)配列番号+SE Q ID No):12の情報:(1)配列の特色: (A)長さ=340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (it)配列の種類: DNA (vi)起源; (C)単離生物名: n55sp3 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):12(2)配列番号(SE Q ID No):13の情報:(+)配列の特色: (A)長さ・340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: ns5に2 (旧)配列 :配列番号(SEQ ID No):13CTCAACCGTCλ CTGAGAGAG λCATCAGAACTGAGG入GτCC40(2)配 列番号(SEQ ID No)・14の情報:<i +)配列のfill:DN A (ロ)起#: (C)単離生物名: ns5arg8 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):14CTATACACTC ACTGACTGAG AGACTATXCG TAGGGGGGCC120C ATGA(JIAA(: AGCAAGGGCCAA!TCCTGCGG G? ACAGGCGT 160(2)配列番号(SEQ ID No)+15+7) 情報:(i)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)頑の数ニー重鎖 〈D)トポロジー:直鎖状 (i i)配列の種類: DNA (C)単雌生物名: n55i10 (xiJIE列 :配列番号(SEQ ID No):15CGCTCjLCG TG CTACGTGAAA GCCAGAGCGG CGTGTAACGC2 40CGCGGGCATT GTTGcrCCCA CCAτGTτGGT G TGCGGCGAC280人TGAGCGG入ACCτGAGλGτC340( 2)配列番号(SEQ ID No)+16(7)情報:(i)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (i i)配列の種類:DNA (vi)起tA: (C)単離生物名: ns5arg6 (xi)配列 ・配列番号(S″EQ I’D No):16ATGAGCGA AA CCTGAGAGCT 340(2)配列番号(SEQ ID NO): 1フの情報:(i)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (tiン配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名i ns5に2b (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+17(2)配列番号(SE Q ID No1g)情報:(i)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)梨:核酸 (C) 1mの数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi>起源: (C)単離生物名: ns5sa2g3(x4)配列 :配列番号(SEQ I D No):1ll(2)配列番号(SEQ ID No):19の情報:(i )配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド CB)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (11)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: n55sa156(xi)配列 :配列番号(SEQ I D No):19(2)配列番号(SEQ ID No) :20の情報:(i )配列の特色: (A)長さ=340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (i i>配列の種類: DNA (vi)起#: (C)単離生物名: n55i11 く。1)配列 、配列番号(SEQ ID No):20(2)配列番号(SE Q ID No):21の情報:(i i)配列の種類:DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No)、21CTCGACTGTC AcxGAAcAGG ACATCAGGGT GGAAGAGGAG 40( 2)配列番号(SEQ ID No) :22の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:340ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数・−重鎖 (D)トポロジー:lI[鎖状 (i i)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: ns5gh8 (xi>配列:配列番号(SEQ ID NO>:22TGATCTCCTCC CTCACGGAA CGGCTTTACT GCGGGGGCCC120TA TGTTCAAC入GCAAGGGGG CCCAGTGTGG τTλTCG CCG’l” 160(2)配列番号(SEQ ID No):23の情報:( +)配列の特色: (A)長さ:100ヌクレオチド (B)型・核酸 (C) flmの数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (i i)配列の種類: DNA (vi)起源: (ATCC!+ 40394)(C)単離生物名: hcvl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):23(2)配列番号(SE Q ID NO):24+7)情報:(i)配列の特色: (A)長さ:100ヌクレオチド (Bl型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (vl)起源: (C)単離生物名: USS (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO):24(2)配列番号(SE Q ID No):25の情報:(i)配列の特色: (A)長さ=100ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (H)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: AUS5 (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):25(2)配列番号(SE Q ID NO):26の情報:(i i)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):26(2)配列番号(SE Q ID No) :27の情報:(+)配列の特色: (A)長さ: 100ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎮 (D)トポロジー:直鎖状 (i i)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: ARG2 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):2712)配列番号(SE Q ID NO):28の情報:(+)配列の特色: (A)長さ: 100ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数・−重鎖 (D)トボロノー:直鎖状 (ii)配列の種1!ii: DNA (vl)起#: (C)単離生物名:ll5 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):28(2)配列番号(SE Q ID No):29の情報:(i)配列の特色: (A)長さ・100ヌクレオチド (11)配列の種類: DNA (■1)起#: (C1雫離生物名: GH8 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):29(2)配列番号(SE Q ID No):30の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:100ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数・一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii>配列の種類:DNA (vi)起源: (C)単離生物名=14 (xl)配列 :配列番号(SEo 10 No):30TGGCAGGCCT  AGCCTATTAC100(2)配列番号(SEQ ID No):31の 情報:(1)配列の特色: (A)長さ:100ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (vj)起源: (C)単離生物名:111 (xi)配列 ;配列番号(SEQ ID No):31(2)配列番号(SE Q ID No):32の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:100ヌクレオチド (B)型:核酸 (11)配列の種類: DNA (vi)起#: (C)単離生物名:110 (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):32(2)配列番号(SE Q ID No)33の情報:(i)配列の特色: (A)長さ=252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポ只ビー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (ATCC# 40394)(C)単離生物名: hcvl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):33AGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No>+34)情報:(i)配列の特色: (A)長さ=252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:l′!!鎖状 (11)配列のP1顛: DNA (vi)起fl: (C)単離生物名: us5 (xi)配列 :配列番号(SEo 10 No):34AGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No)+35の情報:(i)配列の特色: (A)長さ=252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: ausl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):35AGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No):36の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):36GCTCjlATGC C?GGAGATTTG GGCGTGCCCCCGCGAGACTG 160 CTAGCCGAGT AGTGTTGGGT CGCGA;υkGGc CT TGTGGτAC200λ銭CCGTGCA CC252 (2)配列番号(SEQ ID No)・37の情報:(i t)配列の種類:  DNA (vi)起源: (C)単離生物名=g譜2 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):37AGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No):38の情報:(+)配列の特色: (A)長さ=252ヌクレオチド (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名=121 (買i)配列 :配列番号(SEQ ID No):3gAGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No):39の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類:DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):39AGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No):40の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列のii類: DNA (vl)起源: (C)単離生物名:コhl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):40AGACCGrGCA  TC252 (2)配列番号(SEQ ID No>+41の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トボロノー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: nac5 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+41GCTCAATGCC TGGAGATTTG GGCGTGCCCCCGCGAGACTG 160C TAGCCGAG? AGTGTTGGGT CGCGAAAGGCCTTGT GGTAC200AGACCGTGCA CC252 (2)配列番号(SEQ ID No):42の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (百)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: arg2 (xi)配列 :配列番号(SEQ to Noi:uAGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No)・43の情報:(ii)配列の種類:  DNA (vi)起源; (C)単離生物名: 5pl (xi)配列 :配列番号(SEo 10 No):43(2)配列番号(SE Q ID No):44の情報:(ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単雌生物名:ght (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO):44AGACCGTGCA  CC252 (2)配列番号(SEQ ID No):45の情報:(i)配列の特色: (A)長さ;252ヌクレオチド CB)型:核酸 (11)配列の種類: DNA (vl)起源: (C)単離生物名=115 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):45(2)配列番号(SE Q ID NO):46の情報:(ii)配列の種類: DNA (vi)起[: (C)単離生物名:110 (水F零〇) (xiン配列:配列番号(SEQ II) NO):46AGACCGTGCA  TC252 (2)配列番号(SEQ to No):47の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド CB)型:核酸 (CAMの数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):47ACTCTA’l’G CCCAGCCATTTG GGCGTGCCCCCGCAAGACTG 16 0C?AGCCGAGT AGCGT?GGGT TGCGAAAGGCCTX ’GTGGTA0 200人+13AccGTGcA ’i’c 252(2) 配列番号(SEQ ID NO):48の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源ニー (C)単離生物名:521 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):48λGACCGTGCA  AC252 (2)配列番号(SEQ ID No)+49(7)情報:(1)配列の特色: (A)長さ:252ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (it)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: gj61329 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):49λGACCGTGCA  AC252 (2)配列番号(SEo 10 No)+50の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:180ヌクレオチド (B)盟:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: 5a3 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+50(2)配列番号(SE Q ID No):51の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:180ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vD起源: (C)単雌生物名: 5a4 (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):51(2)配列番号(SE Q ID No):52のt前転:(11)配列の種類二DNA (vl)起源: (ATCC# 40394)(私モ羞り (xi)配列 ° 配列番号(SEQ ID No):52(2)配列番号(S EQ ID No):53の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:549ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: USS (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):53TCTCTATCTT  CCTTCTGGCCCTGCTCTCT 549(2)配列番号(SEQ  ID No):54の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:549ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (it)配列の種類: DNA (vi)起源: (xi)配列 ;配列番号(SEQ ID No):54(2)配列番号(SE Q ID NO):55の情報:(D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (2)配列番号(SEo 10 No)・56の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:549ヌクレオチド CB)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (vi )起源: (C)単離生物名:gm2 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO):t6(2)配列番号(SE o 10 No):57+7)情報:(+>配列の特色: (A)長さ:549ヌクレオチド (ii)配列の種類: DNA (vt)起源: (C)単離生物名=121 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+57(2)配列番号(SE Q ID No):5Bの情報:(vi)起源: (C)単離生物名: us4 (xi)配列 :配列番号(S!:Q II) Jio>+5ll(2)配列番 号(SEQ ID No)・59の情報:(11)配列の種類: DNA (xi)配列 ;配列番号<SEQ ID No)+59GGCGTGAACT  ATGCAACAGG GAATTTGCCCGGTTGCTCTT 520 ’!’CTC?A?C?I’ CCTCTTGGCT CTGCTGTCC54 −イ(2)配列番号(SEQ ID No):60の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:549ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: nac5 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):60τGGGGTACAT  TCCGCTCGTCGにCGCCCCCCTAGGGGGC’(3C440 (2)配列番号(SEQ ID +10)+61の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:549ヌクレオチド (B)型:核酸 (11)配列の種類: DNA (vi)起m: (C)単離生物名: arg2 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):61CAGGGTGGCT  CCTGTCCCCCCGCGGCTCCCGGCCTAGTTG 320G GGCCCCACA GACCCCCGGCGTAGGTCGCG 黒ff1G GGT 350(2)配列番号(SEQ ID NO)・62の情報二 −(i )配列の特色: (A)長さ=549ヌクレオチド (ii)配列のfi類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名: 5pl (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO):62TXTOCT’l’G GCCCCTCTATGG CAATGAGGGT CTGGGGTGGG 2 80CAGGATGGC’!’ CCTGTCACCCCGCGGCTCTCG GCCτAGCTG 320(2)配列番号(SEQ ID No):63の情 報:(if)配列の種類: DNA (vi)起fR: (C)単離生物名: ghl (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No)+63AGCGGTCGCA  ACCTCGTGGA AGGCGACAACCTATCCCCAA 200 GGC’TCGCCGG CCCGAGGGCA GGGCCTGGGC’l’ cAGcccGGG 240(2)配列番号(SEQ ID No):64ノ情 報:(i)配列の特色: (Δ)長さ=549ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (if)配列の種類: DNA (vi)起源: (C)単離生物名:115 (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+64TGGTCAGATC ! GTTGGTGGAG ’ffTAc’cTGTT GCCGCGCAGG  120GGCCCCAGGT TGGGTGTGCG CGCGACTAGG  MGACTTCCG 160(2)配列番号(SEQ ID No):65の 情報:<it1配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):65人TGAGCACAA  A’l’CCTAAACCTCA7uGAAAA ACCAAA入G入A 4 0ACAICCG CCGCCCACAG GACGTCAAGT ’I’(ズ CGGGCGG 80(2)配列番号(SEo 10 No)コロ6の情報:( H)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):66(2)配列番号(SE Q ID No):67の情報;(11)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+67CAAACGTAAC ACCAACCGRCGCα:ACAGG 29(2)配列番号(SEo 10 80):6gの情報:(i)配列の特色: (A)長さ:24ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (H)配列のli類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO):68人CAGAYCCGC AKAGRTCCCCCACG 24(2)配列番号(SEQ ID NO): 69ノ情報:(+)配列の特色: (A)長さ:30ヌクレオチド (li)配列の種類: DNA (xl>配列 :配列番号(SEQ ID No):l19CGAACCTCG A GGTAGACGTCAGCCTATC:CC30(2)配列番号(SEQ  ID No)ニア0の情報:(i)配列の特色: (^)長さ=30ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (il)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ [ONOIニア0GCAACCTCGT  GGAAGGCGACAACCTA’rCCC(2)配列番号(SEQ ID  No)+71ノ情報;(+)配列の特色: (A)長さ=30ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数−一本鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (it)配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No)+71GTc)hCCAAT GλTTGCCCTAA CTCGAG’rA’l”!’(2)配列番号(SE Q ID No)ニア2(D情報:(1)配列の特色: (A)長さ:26ヌクレオチド CB)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (il>配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ [D No)ニア2GTCACGAACG  AC’TGCTCCAA C’rCAA0 2630 (2)配列番号(SE Q ID No)ニア3の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:28ヌクレオチド CB)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (il)配列の種類: DNA (xi)配列 ;配列番号(SEQ l[l No)+73TGGACATGA T CGCTGGWGCY CACTGGGG 283o(2)配列番号(SE Q ID NO)ニア4(D情報゛(C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (it)配列の種@: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No) :”ISωQTCGCTG G GG’!’GACCG(2)配列番号(SEQ ID No)ニア9の情報 :(H)配列のl¥ii:DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID NO)ニア5CCATGAATCA  CTCCCCTGTG AGGAACTA(2)配列番号(SEQ ID N o)・80の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:18ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 りD)トポロジー;直鎖状 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+80’!’TGCGGGG GCACGCCCAA 1m1B (2)配列番号(SEQ ID NO)+8 1の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (it1配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):81YGMGCGGGCA CAGtTCARRCAAGARAGCAG GGC33(2)配列番号(SE Q ID No)+82の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー重鎖 1101列のjl額: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):86CGTRGGGGTY  AYCGCCACCCMCACCTCGA GRC(2)配列番号(SEQ  ID NO):87の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):87CGTh’GYGGG G AGTTTGCCR’l’ CCCTGGTGGCYAC(2)配列番号( SEQ ID No):8!lの情報:(+)配列の特色: (A)長さ=33ヌクレオチド (B)型:核酸 (11)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):8gCCCGACAAGC AGATCGA’rG’l’ GACGTCGMG CT:G 33(2)配列 番号(SEQ ID No):89の情報:(+>配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xi>配列 :配列番号(SEQ ID NO):89CCCCACGTAG  ARGGCCGARCAGAGRGTGGCαテ 33(2)配列番号(SE Q ID NO>・90の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):90YTGRCCGACA  AGAAAGAC,IIG ACCCGCAYARGTC33(1)配列の特 色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):95GATGOCTTG’ l” GGGATCCGGA GYASCTGAGCYAY(2)配列番号(S EQ ID No):96の情報:(i)配列の特色: (^)長さ=33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (it)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+96GACTCCCCAG  TGRGCk℃CAG CGATCATRTCCAN(2)配列番号(SEQ  ID No):97の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (!I)配列 :配列番号(SEQ ID No):97CCCCACCA’l ’G GAGAAA’rACG CTATGCCCGCYAG 33(2)配列 番号(SEQ ID NO)・98の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (i +)配列の11類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):9gTAGYAGCAGY  ACTACYARGA CCT’1℃GCα:A GTT 33(2)配列番 号(SEQ ID No):99の情報:(i)配列の特色: (^)長さ=33ヌクレオチド (B)型:核酸 (if)配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):103RffYRTGCA TG ATCAYGTCCG YYGCC?CATA CAC(2)配列番号( SEQ ID No):104の情報:(+)配列の特色: (^)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (l i)配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):104RTTGTYYTC CCGRACGCARG GCACGCACCCRGG(2)配列番号(SEQ  ID No)+105ノ情報:(1)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (if)配列の辛口!、: DNA (xi>配列 :配列番号(SEQ ID No):105αi”l’GGGR GTs AGCGcYXCCCAGCARCGGGA Gn 3333(2)配 列番号(SEQ ID No)・106の情報・(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トボロノー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (XI)配列 :配列番号(SEQ ID NO)+106(2)配列番号(S EQ ID No)・107の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (j i)配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):107(2)配列番号(S EQ ID No):112の情報:(1)配列の特色: (^)長さ=33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (p)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No)+112(JkTATCCC AA GCCATRCGRT GGCCTGAYACCTG(2)配列番号(S EQ ID NO)+113の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (BJ型:核酸 (C)鎖の数−一本鎖 (D)トポロジー二直鎖状 (II)配列の種類: DNA (xl)配列 :配列番号(SEQ ID No>+113CACTARGGC T GYYGTRGGYG ACCAGTTCAT CAT(2)配列番号(S Eo 10 NO):114の情報:(i)配列の特色; (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (ii)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+114GACRGCTTG T GGGA’!’CCGGA G’l’AAC’!’GCGA YAC33( 2)配列番号(SEQ ID No)・115の情報:(+)配列の特色; (^)長さ:33ヌクレオチド (BJ型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ji)配列の種類: DNA (xi)配列 1配列番号(SEo 10 No):115GACTCCCCA G ’l’GRGcccccG CCACCATRTCCAT 33(2)配列 番号(SEQ ID No):11Bの情報:(+)配列の特色: (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番P(3t010 No> +120λ?GGCTAGA CGCTTTCTGCG TGAAGACAG丁入GT(2)配列番号(SEQ  ID NO):121の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー木端 (D)トポロジー:直鎖状 (it)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO)+121GCCTGGAGG CTGCACGRCACTCATACTAACGCC(2)配列番号(SEQ  ID No)・122の情報:(i +)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):122CGCAG)’kc cAc TA?GGCTCTY CCGGGAGGGG GGG 3333 ( 2)配列番号(SEQ ID No)+123の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー木端 (D)トポロジー:直鎖状 (if)配列の種類: DNA (xi>配列 ;配列番号(SEQ ID No) +123TCRTCCYG GCAATTCCGGTG TACTCACCGG TTC3333(2)配列 番号(SEQ ID No):124ノfi報:(+)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー木端 (D)トポロジー:直鎖状 <ii)配列の種類: DNA (il)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):1211YGTGCTCA TG RTGCACGGTCTJkCGAGAC(”l’ CeC(2)配列番 号(SEQ !D NO)+129の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (0)トポロジー:直鎖状 (H)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO):129GTTACGTTT G KTTYTTYTTT GRGGTTTRGGλ社(2)配列番号(SEQ  ID No):130の情報:(+)配列の特色: (A)長さ=33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (if)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):13033CGGGAAC TTRACGTCCTGTG GGCGRCGGT? GGT 33(2)配列 番号(SEo 10 No)+131の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (H)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):13133CARGTAM CT CCACCRACGA ’1’CTGRCCRCCRCC33(Z)配列 番号(SEo 10 No):132(7)情報:(i)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 <I+)配列のil類: DNA (2)配列番号(SEQ ID No)+137の情報:(1)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレすチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (i +)配列の種類: DNA (fl>配列 :配列番号(SEQ ID No)+137nsyccc’rc 罠TτRCCRTAGA GGGGCCADGG RT入(2)配列番号(SE Q ID No)・138の情報:(+)配列の特色: (A)長さ:33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO)+138GCCRCGGG開 GACAGGAGCCATCCYGCCCA CCC(2)配列番号(SEQ  ID NO):139ノ情報:(i)配列の特色: (A)長さ=33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No):139(+)配列の特色: (A)長さ;33ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数ニー末鎖 (D)トポロジー:直鎖状 (11)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO)+140ATCGATGAC CTTACCCAART TRCGCGACCT RCG 33(2)配列番号 (SEQ ID No):141ノ情報:(i)配列の特色: (H)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID NO)+145CAli!J!AG GAAG JlnGAGAAXG AG(J講C(:RGG 彫頃33(2)配 列番号(SEQ ID No):146の情報:m配列の特色: (A)長さ:20ヌクレオチド CB)型:核酸 (C)鎖の数ニ一本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (xi)配列 :配列番号(SEQ ID No)+146λGGC入τAGG A CCCGTGTCT’!’ 20(2)配列番号(SEQ ID No): 147の情報:(i)配列の特色: (A)長さ:20ヌクレオチド (B)型:核酸 (C)鎖の数:〜本積 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)配列の種類: DNA (Xl)配列 :配列番号(SEQ ID No):147CTTCTrTGf J GAAAGTGGTG 20特表十6−508026 (42) Fig、 4e s”u’r 91taM (5)S) gi’+的 1ミ1型 自土 252 補正書の写しく翻訳文)提出書(特許法第184条の8)願 平成5年11月8日

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.C型肝炎ウイルスゲノム中のヌクレオチド配列に対応する8個またはそれ以 上のヌクレオチドの非HCV−1ヌクレオチド配列を有する非天然型の核酸を含 む、組成物。 2.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、NS5領域、エンベロープ1領域、5′UT領域、および コア領域からなる領域群から選択される、請求項1に記載の組成物。 3.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、NS5領域の配列に対応する、請求項1に記載の組成物。 4.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチド 配列が、配列番号2−22の配列内の配列から選択される、請求項3に記載の組 成物。 5.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、エンベロープ1領域の配列に対応する、請求項1に記載の 組成物。 6.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチド 配列が、配列番号24−32の配列内の配列に対応する、請求項5に記載の組成 物。 7.C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する少な くとも1つのヌクレオチド配列が、5′UT領域の配列に対応する、請求項1に 記載の組成物。 8.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチド 配列が、配列番号34−51の配列内の配列に対応する、請求項7に記載の組成 物。 9.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する ヌクレオチド配列が、コア領域の配列に対応する、請求項1に記載の組成物。 10.前記C型肝炎ウイルスゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオチ ド配列が、配列番号53−66の配列内の配列に対応する、請求項9に記載の組 成物。 11.前記非天然型の核酸が、C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の遺伝子 型に対応するヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の組成物。 12.前記非天然型の核酸が、第1の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロープ1領域中の2 3−25、5′UT領域中の33−38、およびコア領域中の52−57の配列 によって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 13.前記非天然型の核酸が、第2の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロープ1領域中の 26−28、5′UT領域中の39−45、およびコア領域中の58−64の配 列によって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 14.前記非天然型の核酸が、第3の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベロープ1領域中 の32、5′UT領域中の46−47、およびコア領域中の65−66の配列に よって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 15.前記非天然型の核酸が、第4の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベロープ1領域中 の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によって実質的に定義 される、請求項11に記載の組成物。 16.前記非天然型の核酸が、第5の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19、および5′UT領域中 の50−51の配列によって実質的に定義される、請求項11に記載の組成物。 17.前記非天然型の核酸が、C型肝炎ウイルスに対応するヌクレオチド配列を 有する核酸を形成するための核酸の合成反応を開始させ得る、請求項1に記載の 組成物。 18.前記非天然型の核酸が、ハイブリツド生産物を検出するための標識手段を 有する、請求項1に記載の組成物。 19.前記非天然型の核酸が、溶液からハイブリッド生産物を分離するための支 持手段を有する、請求項1に記載の組成物。 20.前記非天然型の核酸が、ウイルスの核酸の転写あるいは翻訳を阻害する、 請求項1に記載の組成物。 21.C型肝炎ウイルスの核酸と共にハイブリッド生産物を形成する方法であっ て、以下の工程を包含する方法:a.C型肝炎ウイルスのゲノム中の非HCV− 1配列に対応する8個またはそれ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列を有す る非天然型の核酸を、ハイブリッド形成条件を確立させ得る条件に置く工程であ って、該非天然型の核酸が、ハイブリッド形成条件下で該C型肝炎ウイルスの核 酸と共にハイブリッド生産物を形成し得る工程;およびb.ハイブリッド形成条 件を確立させて、C型肝炎ウイルスの核酸の存在下でハイブリッド生産物を形成 する工程。 22.前記C型肝炎ウイルスのゲノム中の非HCV−1配列に対応するヌクレオ チド配列が、NS5領域、エンベロープ1領域、5′UT領域、およびコア領域 から実質的になる領域群のうち少なくとも1つの領域内の配列に対応する、請求 項21に記載の方法。 23.前記ヌクレオチド配列が、NS5領域内の配列に対応する非HCV−1配 列に対応する、請求項21に記載の方法。 24.前記ヌクレオチド配列が、配列番号2−22の配列内の配列に対応する非 HCV−1配列に対応する、請求項23に記載の方法。 25.前記ヌクレオチド配列が、エンベロープ1領域内の配列に対応する非HC V−1配列に対応する、請求項21に記載の方法。 26.前記ヌクレオチド配列が、配列番号24−32の配列内の配列から選択さ れる非HCV−1配列に対応する、請求項25に記載の方法。 27.前記ヌクレオチド配列が、5′UT領域内の配列に対応する非HCV−1 配列に対応する、請求項21に記載の方法。 28.前記ヌクレオチド配列が、配列番号34−51の配列内の配列から選択さ れる非HCV−1配列に対応する、請求項27に記載の方法。 29.前記ヌクレオチド配列が、コア領域内の配列に対応する非HCV−1配列 に対応する、請求項21に記載の方法。 30.前記ヌクレオチド配列が、配列番号53−66の配列内の配列から選択さ れる非HCV−1配列に対応する、請求項29に記載の方法。 31.前記ヌクレオチド配列が、C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の遺伝 子型に対応する非HCV−1ヌクレオチド配列に対応する、請求項21に記載の 方法。 32.前記非天然型の核酸が、第1の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロープ1領域中の2 3−25、5′UT領域中の33−38、およびコア領域中の52−57の配列 によって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 33.前記非天然型の核酸が、第2の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロープ1領域中の 26−28、5′UT領域中の39−45、およびコア領域中の58−64の配 列によって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 34.前記非天然型の核酸が、第3の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベロープ1領域中 の32、5′UT領域中の46−47、およびコア領域中の65−66の配列に よって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 35.前記非天然型の核酸が、第4の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベロープ1領域中 の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によって実質的に定義 される、請求項21に記載の方法。 36.前記非天然型の核酸が、第5の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19、および5′UT領域中 の50−51の配列によって実質的に定義される、請求項21に記載の方法。 37.前記ハイブリッド生産物が、核酸の合成反応を開始させ得る、請求項21 に記載の方法。 38.前記非天然型の核酸が、ハイブリッド生産物を検出するための標識手段を 有する、請求項21に記載の方法。 39.前記非天然型の核酸が、溶液からハイブリッド生産物を分離するための支 持手段を有する、請求項21に記載の方法。 40.前記非天然型の核酸が、ウイルスの核酸の転写あるいは翻訳を阻害する、 請求項21に記載の方法。 41.9個またはそれ以上のヌクレオチドの非HCV−1ヌクレオチド配列に対 応する非天然型のポリペプチドを含む組成物であって、該9個またはそれ以上の ヌクレオチドの配列がC型肝炎ウイルスゲノムの配列の中の配列に対応する、組 成物。 42.前記非HCV−1配列が、NS5領域、エンベロープ1領域、およびコア 領域からなる領域群の1つから選択される、請求項41に記載の組成物。 43.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、NS5領域中の配列に対応する、 請求項41に記載の組成物。 44.前記非HCV−1配列が、配列番号2−22の配列内の配列から選択され る、請求項43に記載の組成物。 45.前記非HCV−1配列が、エンベロープ1領域中の配列に対応する、請求 項41に記載の組成物。 46.前記非HCV−1配列が、配列番号24−32の配列内の配列から選択さ れる、請求項45に記載の組成物。 47.前記非HCV−1配列が、コア領域中の配列に対応する、請求項41に記 載の組成物。 48.前記非HCV−1配列が、配列番号52−66の配列内の配列から選択さ れる、請求項47に記載の組成物。 49.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、C型肝炎ウイルスの1つまたはそ れ以上の遺伝子型に対応するヌクレオチド配列を有する、請求項41に記載の組 成物。 50.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第1の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロー プ1領域中の23−25、およびコア領域中の52−57の配列によって実質的 に定義される、請求項41に記載の組成物。 51.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第2の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロ ープ1領域中の26−28、およびコア領域中の58−64の配列によって実質 的に定義される、請求項41に記載の組成物。 52.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第3の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベ ロープ1領域中の32、およびコア領域中の65−66の配列によって実質的に 定義される、請求項41に記載の組成物。 53.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第4の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベ ロープ1領域中の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によっ て実質的に定義される、請求項41に記載の組成物。 54.前記非HCV−1ヌクレオチド配列が、第5の遺伝子型の配列に対応する 配列を有し、該第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19、および 5′UT領域中の50−51の配列によって実質的に定義される、請求項41に 記載の組成物。 55.前記ポリペプチドが、宿主の中で免疫反応を生じさせ得る、請求項41に 記載の組成物。 56.選択的に請求項41の組成物と結合し得る抗体。 57.C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の遺伝子型を検出する方法であっ て、以下の工程を包含する方法:a.C型肝炎ウイルスの1つまたはそれ以上の 遺伝子型に対応する8個またはそれ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列を有 する非天然型の核酸を、ハイブリッド形成条件を確立させ得る条件下に置く工程 、 b.ハイブリッド形成条件を確立させて、C型肝炎ウイルスの核酸の存在下でハ イブリッド生産物を形成する工程、;および、 c.ハイブリッド生産物の形成に関して、天然に存在しない核酸をモニターする 工程であって、該ハイブリッド生産物がC型肝炎ウイルスの遺伝子型の存在を示 す、工程。 58.前記非天然型の核酸が、第1の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第1の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号1−6、エンベロープ1領域中の2 3−25、5′UT領域中の33−38、およびコア領域中の52−57の配列 によって実質的に定義される、請求項57に記載の方法。 59.前記非天然型の核酸が、第2の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第2の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号7−12、エンベロープ1領域中の 26−28、5′UT領域中の39−45、およびコア領域中の58−64の配 列によって実質的に定義される、請求項57に記載の方法。 60.前記非天然型の核酸が、第3の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第3の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号13−17、エンベロープ1領域中 の32、5′UT領域中の46−47、およびコア領域中の65−66の配列に よって実質的に定義される、請求項57に記載の方法。 61.前記非天然型の核酸が、第4の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第4の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号20−22、エンベロープ1領域中 の29−31、および5′UT領域中の48−49の配列によって実質的に定義 される、請求項57に記載の方法。 62.前記非天然型の核酸が、第5の遺伝子型の配列に対応する配列を有し、該 第5の遺伝子型が、NS5領域中の配列番号18−19の配列によって実質的に 定義される、請求項57に記載の方法。 63.前記非天然型の核酸が、配列番号67−145の配列に対応する配列を有 する、請求項57に記載の方法。 54.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムのコアおよび領域においてグループ I遺伝子型を同定するための、配列番号69、71、73、および81−99の 配列に対応する配列を有する、請求項57に記載の方法。 65.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムのコアおよびエンベロープ領域にお いてグループII遺伝子型を同定するための、配列番号70、72、70、およ び100−118の配列に対応する配列を有する、請求項57に記載の方法。 66.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムの5′UT領域においてグループI II遺伝子型を同定するための、配列番号77の配列に対応する配列を有する、 請求項57に記載の方法。 67.前記非天然型の核酸が、HCVゲノムの5′UT領域においてグループI V遺伝子型を同定するための、配列番号79の配列を有する、請求項57に記載 の方法。
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