JPH06509222A - 三種の高情報性ミクロサテライト反復多型性ｄｎａマーカ - Google Patents

三種の高情報性ミクロサテライト反復多型性ｄｎａマーカ

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JPH06509222A
JPH06509222A JP5500444A JP50044493A JPH06509222A JP H06509222 A JPH06509222 A JP H06509222A JP 5500444 A JP5500444 A JP 5500444A JP 50044493 A JP50044493 A JP 50044493A JP H06509222 A JPH06509222 A JP H06509222A
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ポリメロポーラス　ミカエル　エイチ．
メリル　カール　アール．
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 三　の　ミ　ロ　−−’　ＤＮＡマーカ挟監址団 この出願は、反復配列を有する冬型性ＤＮＡマーカを用いて遺伝的試験を行い、 核酸断片の大きさが異なるヒトの個体特定化によるヌクレオチドの相違に基づい て、標的核酸断片を識別するための迅速かつ便利な高分解能法を提供することに 関する。
！見挾血 遺伝科学においては、ヒトの個体特定化及び個体間の遺伝的関係の同定に、非常 な興味が持たれている。各個体は、その個体に特有の遺伝物質（ＤＮＡ、「ヌク レオチド」）及び多くの個体に関連する遺伝物質とを有している。ＤＮＡ類の鍋 内のヌクレオチド置換、挿入又は欠失によるＤＮＡ　（ＤＮＡ多型性体）の変化 であるＤＮＡ類の変化の同定及び特徴付けに基づく方法が開発されてきた。
例えば、法医学の分野において、同定のために、そのような多型性体に非常な興 味がある。法医学の遺伝学者は、多（の技術を開発し、ＤＮＡの相同断片を比較 して、それらの断片が同一であるか、あるいはそれらが１つ又はそれ以上のヌク レオチドで異なるかを決定している。これらの技術の実際の応用は、法医学以外 の分野、例えば、遺伝病診断及びヒト・ゲノム遺伝地図作製に関するものである 。
当業界において、現今では、ＤＮＡ断片を比較する最も正確で情報量の多い方法 は、各ＤＮＡ断片の完全なヌクレオチド配列を提供する方法を必要とする。ヒト 遺伝子における突然変異を研究するために、実際の配列を決定する特定の技術が 開発された。例えば、Ｐ　ｒ　ｏ　ｃ。
Ｎａｔ　１．Ａｃａｄ、Ｓｃ　ｉ、Ｕ、Ｓ、Ａ、、８旦、５４４〜５４８（１９ ８８）及びＮａｔｕｒｅＳ３３０．３８４〜３８６　（１９８７）を参照された い。しかしながら、配列情報を決定し、理解し、また比較するのに、多大な時間 及び費用を要するので、現在ではほんのわずかではないＤＮＡ断片を比較するた めに、広大な配列決定法を用いるのは実用的でない。
遺伝地図作製において突然変異から生じるＤＮＡ多型性体に最もよく使用される スクリーニングは、制限エンドヌクレアーゼを有するＤＮＡ鎖を消化し、かつサ ザンプロットの手段によって得られた断片を分析することからなる。Ａｍ、Ｊ、 Ｈｕｍ、Ｇｅｎｅｔ、、１旦、３１４〜３３１　（１９８０）又はＳｃ　ｉ、Ａ ｍ、　、２旦１１４０〜４８　（１９８Ｂ）を参照されたい。突然変異は、しば しばでたらめに生じるので、それらはエンドヌクレアーゼの認識配列に影響を及 ぼし、また、その部位での酵素的切断を妨げるかもしれない。
制限酵素断片長条型地図（ＲＦＬＰＳ）は、制限部位での変化に基づいている。
それらは正確であるが、あまり情報を提供しない（ＰＩＣ＜０．３）。ＲＦＬＰ ｓの大きな問題は、制限エンドヌクレアーゼでの切断に影響を及ぼさない変化を 検出する試験ができないことである。ＤＮＡ技術における多くの試験法における と同様に、ＲＦＬＰｓを検出するために使用される方法、特にサザンプロット分 析を含む技術は、非常に労力及び費用がかかる。
特定のＤＮＡ断片中の特異の突然変異を検出する他の技術には、相補標識オリゴ ヌクレオチド・プローブを用いて分析されるＤＮＡ断片（標的ＤＮＡ）をハイブ リッド形成する方法がある。Ｎｕｃｌ。
Ａｃ　ｉｄｓ　Ｒｅｓ、　、９．８７９〜９８４　（１９８１）を参照されたい 。単に１個の塩基対のミスマツチを有するＤＮＡ二本鎖は、高い熱不安定性を示 すので、示差融解温度を使用して、ただ１つのヌクレオチドだけが異なる標的Ｄ ＮＡ類からプローブに完全に相補的な標的ＤＮＡ類を識別することができる。こ の方法は、特異の制限部位が存在するかしないかを検出するために採用された（ 米国特許第４，６８３，１９４号）。この方法は、標的ＤＮＡにハイブリッド形 成される制限部位をスパンする末端標識オリゴヌクレオチド・プローブを使用す ることからなる。次に、ＤＮＡのハイブリッド形成された二本鎖は、その部位に 適した制限酵素でインキュベートさせる。リフォームされた制限部位は、制限エ ンドヌクレアーゼを用いることによってプローブと標的との間で二本鎖対中に消 化されて切断される。短縮されたプローブ分子が検出される場合には、特異の制 限部位は、標的ＤＮＡ中に存在する。
ＤＮＡＪ造の相違を研究する他の方法は、標識オリゴヌクレオチドプライマーを 鋳型ＲＮＡ又はＤＮＡにハイブリッド形成し、次にＤＮＡポリメラーゼ及びデオ キシヌクレオシドトリホスフェートを用いて、プライマーを鋳型の５′末端まで 伸張させることからなるプライマー伸張法である。次に、標識プライマー伸張法 の分析を、例えば、変性ポリアクリルアミドゲルに対する電気泳動によって、大 きさに基づく分画化によって行う。この方法は、相同のＤＮＡ断片を比較するた めに、及びヌクレオチド置換又は欠失による相違を検出するためによく使用され る。大きさが、プライマー伸張生成物を特徴付けるために使用される唯一の尺度 であるので、ヌクレオチド置換による相違は検出されない。
もう一つの方法は、ＤＮＡ中にいくつかのヌクレオチド類似体を岨み込むと、そ のＤＮＡを電気泳動等の大きさによる分画法にかける場合に、移動性が増大的に 変移することを利用することである。
ヌクレオチド類似体は、電気泳動移動度の変移を生ずるので、それらを使用して 変化を同定することができる。米国特許第４．８７９゜２１４号参照。
都合の悪いことに、多型性体の同定に使用される上記の技術は、あまり情報を提 供しないか、又は実施するのに長い時間を要するかのいずれかである。例えば、 特定のＤＮＡ鎖の個々のヌクレオチドの変化を同定する技術は、実施するのに少 なくとも３〜４日かかることが多い。したがって、そのような試験は、実施する のに非常に労力及び費用がかかる。
さらに、ＤＮＡ鎖に置換されるヌクレオチドに関する関連個体の中の微妙な遺伝 的相違を検出するのが困難である。ＶＮＴＲの又はシェフレイ（Ｊｅｆｆｒｅｙ ）のプローブ（ＦＢＩがＤＮＡ鎖を試験及び同定するのに使用している）は、大 いに情報を提供するが、同様に情報を提供するＰＣＨに基づく多型性体である我 々のミクロサテライト（ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓ）と対照的に、非常に 労力を要する。
ＤＮＡ断片を同定するか又は比較するために、ある種のヌクレオチド反復多型性 体を使用することは、ウニバー（Ｗｅｂｅｒ）＆メイ（Ｍａｙ）（８９年、Ａｍ 、Ｈｕｍ、Ｇｅｎｅｔ、　、土工、３８８）、リット（Ｌｉｔｔ）＆ルーティ（ Ｌｕｔｈｙ）（８９年、Ａｍ、Ｈｕｍ。
Ｇｅｎｅｔ、　、１土、３９７）によって記載されている。しかしながら、本発 明の多型性体を同定するために（同定及び比較のために）使用する特定の冬型性 遺伝子断片及びプライマーは、これまでに知られても、推測されてもいない。
したがって、個体間の関係及び関係の程度の相違を決定する非常に高い分解能を 有する迅速、簡単、安価かつ正確な技術を当業界で必要としている。また、非常 に少量の原ＤＮＡ試料を使用するが、なお非常に正確な結果を生じる、非常に正 確な遺伝的関係の試験方法を当業界では必要としている。非常に少量のＤＮＡを 何度も試験に利用することができるので、このことは法医学分野及び犯罪学に特 に当てはまる。
及胛ｑ皿丞 本発明の目的は、遺伝的試験によって個体の微妙な相違を測定するための迅速か つ正確な試験法を提供することにある。
本発明の他の目的は、ヒト個体特定化に使用することができる冬型性マーカに関 する。
本発明のさらに他の目的は、多数の分野、例えば、法医学的なスクリーニング、 父子及び出生前スクリーニング、及び遺伝地図作製に応用できる、遺伝的試験に よって個体の微妙な相違を測定するための迅速かつ正確な試験法を提供すること にある。
本発明のなおさらに他の目的は、有効量の本発明のヌクレオチドを使用してＰＣ Ｒ法を行うための改良方法を提供すること、及び有効量の本発明のヌクレオチド 及び補助的のＰＣＲ試薬からなるＰＣＲアッセイ・キットを提供することにある 。
欧１９皿生互説則 図１は、配列識別番号（ＳＥＱ　ｒＤ　Ｎｏ）１のヌクレオチド配列に関する。
図２は、配列識別番号２のヌクレオチド配列に関する。
図３は、配列識別番号３のヌクレオチド配列に関する。
図４は、配列識別番号４のヌクレオチド配列に関する。
図５は、配列識別番号５のヌクレオチド配列に関する。
図６は、配列識別番号６のヌクレオチド配列に関する。
図７は、配列識別番号７のヌクレオチド配列に関する。
図８は、配列識別番号８のヌクレオチド配列に関する。
図９は、配列識別番号９のヌクレオチド配列に関する。
図１０は、配列識別番号１０のヌクレオチド配列に関する。
図１１は、配列識別番号１１のヌクレオチド配列に関する。
図１２は、配列識別番号１２のヌクレオチド配列に関する。
図１３は、配列識別番号１３のヌクレオチド配列に関する。
図１４は、配列識別番号１４のヌクレオチド配列に関する。
図１５は、配列識別番号Ｉ５のヌクレオチド配列に関する。
図１６は、配列識別番号１６のヌクレオチド配列に関する。
図１７は、配列識別番号１７のヌクレオチド配列に関する。
図１８は、配列識別番号１８のヌクレオチド配列に関する。
図１９は、配列識別番号１９のヌクレオチド配列に関する。
図２０は、配列識別番号２０のヌクレオチド配列に関する。
図２１は、配列識別番号２１のヌクレオチド配列に関する。
図２２は、配列識別番号２２のヌクレオチド配列に関する。
図２３は、配列識別番号２３のヌクレオチド配列に関する。
図２４は、配列識別番号２４のヌクレオチド配列に関する。
図２５は、配列識別番号２５のヌクレオチド配列に関する。
図２６は、配列識別番号２６のヌクレオチド配列に関する。
図２７は、配列識別番号２７のヌクレオチド配列に関する。
図２８は、配列識別番号２８のヌクレオチド配列に関する。
図２９は、配列識別番号２９のヌクレオチド配列に関する。
図３０は、配列識別番号３０のヌクレオチド配列に関する。
図３１は、配列識別番号３１のヌクレオチド配列に関する。
図３２は、配列識別番号３２のヌクレオチド配列に関する。
図３３は、配列識別番号３３のヌクレオチド配列に関する。
図３４は、配列識別番号３４のヌクレオチド配列に関する。
図３５は、配列識別番号３５のヌクレオチド配列に関する。
図３６は、配列識別番号３６のヌクレオチド配列に関する。
図３７は、配列識別番号３７のヌクレオチド配列に関する。
図３８は、配列識別番号３８のヌクレオチド配列に関する。
図３９は、配列識別番号３９のヌクレオチド配列に関する。
図４０は、配列識別番号４０のヌクレオチド配列に関する。
図４１は、配列識別番号４１のヌクレオチド配列に関する。
図４２は、配列識別番号４２のヌクレオチド配列に関する。
図４３は、配列識別番号４３のヌクレオチド配列に関する。
図４４は、配列識別番号４４のヌクレオチド配列に関する。
図４５は、配列識別番号４５のヌクレオチド配列に関する。
図４６は、配列識別番号４６のヌクレオチド配列に関する。
図４７は、配列識別番号４７のヌクレオチド配列に関する。
図４８は、配列識別番号４８のヌクレオチド配列に関する。
図４９は、配列識別番号４９のヌクレオチド配列に関する。
図５０は、配列識別番号５０のヌクレオチド配列に関する。
図５１は、配列識別番号５１のヌクレオチド配列に関する。
図５２は、配列識別番号５２のヌクレオチド配列に関する。
図５３は、配列識別番号５３のヌクレオチド配列に関する。
図５４は、配列識別番号５４のヌクレオチド配列に関する。
図５５は、配列識別番号５５のヌクレオチド配列に関する。
図５６は、配列識別番号５６のヌクレオチド配列に関する。
図５７は、配列識別番号５７のヌクレオチド配列に関する。
図５８は、配列識別番号５８のヌクレオチド配列に関する。
図５９は、配列識別番号５９のヌクレオチド配列に関する。
図６０は、配列識別番号６０のヌクレオチド配列に関する。
図６１は、配列識別番号６１のヌクレオチド配列に関する。
図６２は、配列識別番号６２のヌクレオチド配列に関する。
図６３は、配列識別番号６３のヌクレオチド配列に関する。−■　るための　の １ 本発明は、遺伝的試験によって個体の微妙な遺伝的相違を測定するための迅速か つ正確な試験法を提供することにある。本発明は、さらにヒト個体特定化に使用 することができる冬型性マーカ（２種のテトラヌクレオチド及び１種のジヌクレ オチド反復冬型性体）に関する。本発明は、さらにヒト個体特定化に有用な２７ 種の冬型性マーカに関する。本発明の技術及びマーカは、例えば法医学的なスク リーニング、父子及び出生前スクリーニング、並びに遺伝地図作製において応用 される。
本発明は、法医学的スクリーンのヒト個体特定化、及び父子及び出生前スクリー ニング、並びに遺伝地図作製に有用な冬型性マーカ（２種のテトラヌクレオチド 、１種のジヌクレオチド反復冬型性体及び２７種の他の独特の冬型性マーカ）に 関する。本発明のマーカは、高い冬型柱体情報量（Ｐ　Ｉ　Ｃ）値を有している 。最初の３種のマーカは、以下の通りのオリゴヌクレオチド・プライマー組によ って特徴付けられる。
１、　１組、ＰＩＣｏ、９２ ａ、配列識別番号ｌのヌクレオチド配列す、配列識別番号２のヌクレオチド配列 ２．２組、ＰＩＣｏ、９１ ａ、配列識別番号３のヌクレオチド配列す、配列識別番号４のヌクレオチド配列 ３．３組、ＰＩＣｏ、９２ ａ、配列識別番号５のヌクレオチド配列す、配列識別番号６のヌクレオチド配列 。
ヒト個体特定化に使用することができるこれらの冬型性マーカ（発端及び末端ヌ クレオチド配列も伴う２種のテトラヌクレオチド及び１種のジヌクレオチド反復 長型性体）は、さらに以下のマーカ配列によって特徴付けられる。
１、配列識別番号７の反復冬型性体を有するヌクレオチド配列２、配列識別番号 ８の反復冬型性体を有するヌクレオチド配列３、配列識別番号９の反復冬型性体 を有するヌクレオチド配列。
冬型性マーカ及び指標遺伝子座は、「対」として存在するので、本発明のプライ マー・オリゴヌクレオチドを冬型性マーカに結合させることによって、断片対の ＰＣＲ増幅が可能となる。次に、増幅されたＤＮＡは、断片を電気泳動及びオー トラジオグラフィによって分解することができる。次に、得られたオートラジオ グラフィに関し、他のＤＮＡ断片オートラジオグラフィに対するその類似点を分 析することができる。ＰＣＲ増幅法に従って、電気泳動運動性を向上させるＤＮ Ａ類似体を必要に応じて使用して、電気泳動工程の精度を向上させることができ る。
独特の多量性体を検出するための２７種の他の一次対配列は、配列識別番号１０ から配列識別番号６３の配列である。
上述の多量性体は、それらが高いＰＩＣ値を有しているので、ヒト個体特定化に 有用である。前記多量性体は、ポリメラーゼ連鎖反応に基づくものであるので、 微量のゲノムＤＮＡだけが各試験に必要である。標的配列の長さは、６９〜２６ ０ｂｐｓの範囲であるので、高分子量ＤＮＡを必要とせず、ＤＮＡの剪断等の通 常の問題は、アッセイの性能に最小限の衝撃しか及ぼさない。アッセイは、容易 に実施することができ、２４時間以内に結果を得ることができる。
ミクロサテライト反復長型性体は、ＤＮＡ分析における有用な道具であることが 示された。本明細書で記載する２７種の多量性体は、新規のものであり、前もっ て配列を決定されたヒト遺伝子に基づくものである。法医学的スクリーニングに おいて、最も普通に使用される技術は、ここに記載するＰＣＲ可能なミクロサテ ライトと対照的にミクロサテライト・マーカに基づくものである。
２７種のマーカは、以下のようなオリゴヌクレオチドのプライマー組によって特 徴付けられる。
また、本発明は、有効量の上記した本発明の少な（とも１種のヌクレオチドを使 用することからなるＰＣＲ法を行うための方法であって、前記ヌクレオチドが、 ａ）配列識別番号ｌに記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号 ２に記載のヌクレオチド配列：ｂ）配列識別番号３に記載の配列を有するヌクレ オチド配列、及び配列識別番号４に記載のヌクレオチド配列；Ｃ）配列識別番号 ５に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６に記載のヌクレ オチド配列：ｄ）配列識別番号１０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及 び配列識別番号１１に記載のヌクレオチド配列：ｅ）配列識別番号１２に記載の 配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１３に記載のヌクレオチド配 列；ｆ）配列識別番号１４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識 別番号１５に記載のヌクレオチド配列；ｇ）配列識別番号１６に記載の配列を有 するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１７に記載のヌクレオチド配列；ｈ） 配列識別番号１８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１ ９に記載のヌクレオチド配列；ｉ）配列識別番号２０に記載の配列を有するヌク レオチド配列、及び配列識別番号２１に記載のヌクレオチド配列；ｊ）配列識別 番号２２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２３に記載 のヌクレオチド配列：ｋ）配列識別番号２４に記載の配列を有するヌクレオチド 配列、及び配列識別番号２５に記載のヌクレオチド配列；ｌ）配列識別番号２６ に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２７に記載のヌクレ オチド配列：ｍ）配列識別番号２８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及 び配列識別番号２９に記載のヌクレオチド配列；ｎ）配列識別番号３０に記載の 配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３１に記載のヌクレオチド配 列；０）配列識別番号３２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識 別番号３３に記載のヌクレオチド配列；ｐ）配列識別番号３４に記載の配列を有 するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３５に記載のヌクレオチド配列；ｑ） 配列識別番号３６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３ ７に記載のヌクレオチド配列；ｒ）配列識別番号３８に記載の配列を有するヌク レオチド配列、及び配列識別番号３９に記載のヌクレオチド配列；Ｓ）配列識別 番号４０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４１に記載 のヌクレオチド配列；ｔ）配列識別番号４２に記載の配列を有するヌクレオチド 配列、及び配列識別番号４３に記載のヌクレオチド配列；Ｕ）配列識別番号４４ に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４５に記載のヌクレ オチド配列；■）配列識別番号４６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及 び配列識別番号４７に記載のヌクレオチド配列；Ｗ）配列識別番号４８に記載の 配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４９に記載のヌクレオチド配 列：Ｘ）配列識別番号５０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識 別番号５１に記載のヌクレオチド配列：ｙ）配列識別番号５２に記載の配列を有 するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５３に記載のヌクレオチド配列：２） 配列識別番号５４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５ ５に記載のヌクレオチド配列；ａａ）配列識別番号５６に記載の配列を有するヌ クレオチド配列、及び配列識別番号５７に記載のヌクレオチド配列：ｂｂ）配列 識別番号５８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５９に 記載のヌクレオチド配列；ｃｃ）配列識別番号６０に記載の配列を有するヌクレ オチド配列、及び配列識別番号６１に記載のヌクレオチド配列；及びｄｄ）配列 識別番号６２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６３に 記載のヌクレオチド配列からなるヌクレオチド対の群から選択されるヌクレオチ ドのプライマー対の一部であることを特徴とする方法に関する。
したがって、本発明は、さらに配列識別番号７の配列、配列識別番号８の配列、 及び配列識別番号９の配列からなる群から選択されるジヌクレオチド又はテトラ ヌクレオチド反復冬型性体の追加又は欠失組に関する遺伝物質の微妙な相違を測 定するためのアッセイであって、 ａ、　試験に有効な量の前記反復冬型性体からなるヌクレオチド断片を獲得し、 ｂ、　前記多量柱体含有断片を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライ マー対を用いてＰＣＲ法によって前記断片を増幅し、Ｃ１ポリアクリルアミド・ ゲル電気泳動（ｐ　ａ　ｇ　ｅ）を用いて前記増幅断片を分解し、そして ｄ　オートラジオグラフィによって前記分解断片を比較して、長さの差による移 動パターンの相違を観察することを特徴とするアッセイに関する。
好ましくは、本発明は、さらに配列識別番号７の配列、配列識別番号８の配列、 及び配列識別番号９の配列からなる群から選択されるジヌクレオチド又はテトラ ヌクレオチド反復冬型性体の追加又は欠失組に関する遺伝物質の微妙な相違を測 定するためのアッセイであって、 ａ、　試験に有効な量の前記反復冬型性体からなるヌクレオチド断片を獲得し、 ｂ４　配列識別番号ｌの配列、配列識別番号２の配列、配列識別番号３の配列、 配列識別番号４の配列、配列識別番号５の配列又は配列識別番号６の配列からな る群から選択されるオリゴヌクレオチドプライマー対を用いてＰＣＲ法によって 前記断片を増幅し、Ｃ１ポリアクリルアミド・ゲル電気泳動（ｐａｇｅ）を用い て前記増幅断片を分解し、そして ｄ、　オートラジオグラフィによって前記分解断片を比較して、長さの差による 移動パターンの相違を観察することを特徴とするアッセイに関する。
本発明は、なおさらに、有効量の上記本発明の配列を有する少なくとも１種のヌ クレオチドからなるＰＣＲ法を行うためのアッセイ・キットであって、前記ヌク レオチドが、ａ）配列識別番号１に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び 配列識別番号２に記載のヌクレオチド配列；ｂ）配列識別番号３に記載の配列を 有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４に記載のヌクレオチド配列：Ｃ） 配列識別番号５に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６に 記載のヌクレオチド配列；ｄ）配列識別番号１０に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号１１に記載のヌクレオチド配列；ｅ）配列識別番号 １２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１３に記載のヌ クレオチド配列；ｆ）配列識別番号１４に記載の配列を有するヌクレオチド配列 、及び配列識別番号１５に記載のヌクレオチド配列；ｇ）配列識別番号１６に記 載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１７に記載のヌクレオチ ド配列；ｈ）配列識別番号１８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配 列識別番号１９に記載のヌクレオチド配列；ｉ）配列識別番号２０に記載の配列 を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２Ｉに記載のヌクレオチド配列； ｊ）配列識別番号２２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号２３に記載のヌクレオチド配列；ｋ）配列識別番号２４に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号２５に記載のヌクレオチド配列；ｌ）配列 識別番号２６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２７に 記載のヌクレオチド配列；ｍ）配列識別番号２８に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号２９に記載のヌクレオチド配列；ｎ）配列識別番号 ３０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３１に記載のヌ クレオチド配列：０）配列識別番号３２に記載の配列を有するヌクレオチド配列 、及び配列識別番号３３に記載のヌクレオチド配列；ｐ）配列識別番号３４に記 載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３５に記載のヌクレオチ ド配列；ｑ）配列識別番号３６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配 列識別番号３７に記載のヌクレオチド配列：ｒ）配列識別番号３８に記載の配列 を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３９に記載のヌクレオチド配列； Ｓ）配列識別番号４０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号４１に記載のヌクレオチド配列；ｔ）配列識別番号４２に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号４３に記載のヌクレオチド配列；Ｕ）配列 識別番号４４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４５に 記載のヌクレオチド配列；Ｖ）配列識別番号４６に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号４７に記載のヌクレオチド配列；Ｗ）配列識別番号 ４８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４９に記載のヌ クレオチド配列：Ｘ）配列識別番号５０に記載の配列を有するヌクレオチド配列 、及び配列識別番号５１に記載のヌクレオチド配列：ｙ）配列識別番号５２に記 載の配列を育するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５３に記載のヌクレオチ ド配列；２）配列識別番号５４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配 列識別番号５５に記載のヌクレオチド配列：ａａ）配列識別番号５６に記載の配 列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５７に記載のヌクレオチド配列 ；ｂｂ）配列識別番号５８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識 別番号５９に記載のヌクレオチド配列；ｃｃ）配列識別番号６０に記載の配列を 有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６１に記載のヌクレオチド配列；及 びｄｄ）配列識別番号６２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識 別番号６３に記載のヌクレオチド配列からなるヌクレオチド対の群から選択され るヌクレオチドのプライマー対の一部であり、また、有効量の補助的なＰＣＲ試 薬と組み合わされていることを特徴とするアッセイ・キットである。
したがって、上述の冬型性体は、それらが高いＰＩＣ値を有しているので、ヒト 個体特定化に有用である。前記冬型性体は、ポリメラーゼ連鎖反応（Ｐ　ＣＲ） に基づくものであるので、微量（４０ナノグラム）のゲノムＤＮＡだけが各試験 に必要である。標的配列は、９２〜３１０塩基対の範囲であるので、高分子量Ｄ ＮＡを必要とせず、ＤＮＡの剪断等の通常の問題は、アッセイの性能に最小限の 衝撃しか及ぼさない。アッセイは、容易に実施することができ、２４時間以内に 結果を得ることができる。結果が３〜４時間以内に得られるのが珍しくない。そ れに比べて、従来技術の方法は、結果を得るまでに多くの日数を要し、通常は３ 〜４日が必要である。
また、上述のＩＡ〜２７Ａに対応し、また、配列識別番号ｌＯ〜６３に従うそれ らの２７種のプライマー対によりて特徴付けられる冬型性体も、それらが高いＰ ＩＣ値を有しているので、ヒト個体特定化に有用である。
さらに、本発明のアッセイによれば、ヌクレオチド配列の非常に小さな相違を検 出することができる。反復配列のただ１種の欠失又は追加によって、移動度が標 的ヌクレオチド配列の電気的性質及び分子量のために変化される。これらの相違 は、電気泳動後のオートラジオグラフにはっきりと見ることができる。
ミクロサテライト反復多量性体は、ＤＮＡ分析における有用な道具であることが 示された。本明細書で記載する３種の冬型性体は、新規のものであり、前もって 配列を決定された遺伝子に基づくものである。法医学的スクリーニングにおいて 、最も普通に使用される技術は、本発明で記載するＰＣＲ可能なミクロサテライ トと対照的に、ミクロサテライト・マーカに基づ（ものである。
一般的なＰＣＲ法の工程は、参照として本明細書に組み入れられるマリス（Ｍｕ 　ｌ　１　ｉ　ｓ）等に付与された米国特許第４，６８３゜１９５号及びマリス 等に付与された米国特許第４，６８３，２０２号に記載されているように、一般 に行われる。さらに、電気運動性向上ＤＮＡ類似体を、必要に応じて複製及び増 幅ＰＣＲ手順中に使用することができる。
冬型性体が高い情報量で個体特定化試験結果を与える本発明の遺伝子断片の条里 性の程度は、驚（べきであり、かつ、思いがけないものである。高いＰＩＣ値（ 約０．９）は、まったく思いもかけないものである。
したがって、ＰＣＲ法及び配列識別番号１〜６のプライマー配列等のＰＣＲプラ イマー対を使用して、本発明の条里性ＤＮＡ断片を検出すると、優れた結果が得 られる。さらに、配列識別番号１０〜６３に対応するプライマー断片を使用して 冬型性体を検出すると、優れた結果が得られる。そのような結果は、ＤＮＡ断片 を同定し、個々のＤＮＡ断片間の関係の度合いを決定するのに十分に正確で、か つ、情報量の多いものである。さらに、３組のＰＣＲ法それぞれに、本発明の異 なるＰＣＲプライマー対を使用しながら、同一のＤＮＡ断片試料にこれらの３組 のＰＣＲ法を行うと、並みはずれて正確なかつ情報量の多い試験結果が得られる 。これら３組の試験結果データを比較することによって、極めて正確なりＮＡ断 片の同定がなされる。
以下の実施例は、本発明をさらに具体的に説明するものであり、本発明は、以下 の実施例に限定されない。
上述のオリゴヌクレオチド・プライマーを使用して、以下の条件下にＰＣＲを用 いて標的断片を増幅する：裏立且１ 試料はＤＮＡであり、次のようにして作成する。
６０ｎｇのゲノムＤＮＡを、最終反応容量１５マイクロリツトルで、８０ｎＨの 各オリゴヌクレオチド・プライマー、０．６単位の標識ポリメラーゼ、５０ｍＭ のＫＣＩ、１０ｍＭのトリス緩衝液（ｐＨ８゜３）　、１．５ｍＭのＭｇＣＩｔ 　、０．　Ｏ１％のゼラチン、各２００μＭのｄＧＴＰ、ｄＡＴＰ及びｄＴＴＰ 、２．５μＭのｄ　ＣＴ　Ｐ、及びｌＯマイクロキュリーのアルファＰ３２ｄＣ ＴＰと共に、ＰＣＲ用鋳型として使用する。各試料に１５マイクロリツトルの鉱 油をかぶせて蒸発を防止する。
夫五且Ｉ ＰＣＲを上記実施例１に記載した各試料及びプライマーに実施する。
ＰＣＲを、９４℃で１．４分間の変性、５５℃で２分間のアニーリング及び７２ ℃で２分間の伸張という条件下に、ＴｅｃｈｎｅＭＷ−１マイクロプレート・サ ーモサイクラ−中で実施する。このサイクルを３０回繰り返し、最終伸張を７２ ℃で１０分間行う。
夾立且ｌ 上記実施例２に記載した各試料から得た増幅ＤＮＡ断片を、以下のように電気泳 動によって分解する。
各ＰＣＲ反応混合物試料２マイクロリットルを６％ＰＡＧＥ配列決定用ゲルで電 気泳動させ、そしてオートラジオグラフィによって可視化した。オートラジオグ ラフィの露光時間は、３〜１６時間の範囲である。
上述の実施例は、本発明の一般的な性質を明らかに示しているので、現在の知識 を応用することによって、他の人が一般的概念から逸脱することなく容易に改賀 することができ、及び／又は種々の用途にそのような実施例を応用することがで きる。したがって、そのような応用は、開示態様と同等の意味及び範囲内に包含 されるものと思われる。本明細書で使用した語句又は用語は、説明のためだけに 用いるものであり、限定するために用いるものではないことを理解すべきである 。
図１ ＡＡＴＣＴＧＣ，ＧＣＧ　ＡＣＡＡＧＡＧＴＧＡ　２０図２ ＡＣＡＴＣＴＣＣＣＣＴＡＣＣＧＣＴＡＴＡ、　２０図３ ＴＣＣＡＧＣＣＴＣＧ　ＧＡＧＡＣＡＧＡＡＴ　２０図４ ＡＧＴＣＣＴＴｒＣＴ　ＣＣＡＧＡＧＣＡＧＧ　Ｔ　２１図５ ＧＣＣＡＧＴＧＡＴＧ　ＣＴＡＡＡＧＧＴＴＧ　２０図６ ＡＡＣＡＴＡＣＧＴＧ　ＧＣＴＣＴＡＴＧＣＡ　２０ＡＡＴＣＴＧＧＧＣＧ　Ａ ＣＡＡＧＡＧＴＧＡ　ＡＡＣＴＣＣＧＴＣＡ　ＡＡＡＧＡＡＡＧＡＡ　ＡＧＡＡ ＡＧＡＧＡＣ５０図８ 図９ 図１Ｏ ＴＴＴＣＴＧＧＧＴＧ　ＴＧＴＣＴＧＡＡＴ　１９図Ｉ＋ ＡＣＡＣＡＧＴＴＧＣＴＣＴＡＡＡＧＧＧＴ　２０図１２ ＣＴＡＧＧＴｒＧＴＡ　ＡＧＣＴＣＣＡＴＧＡ　２０図１３ ＴｒＧＡＧＣＡＣＴＴ　ＡＣＴＣＴＧＴＧＣＣ２０図１４ ＡＡＣＴＣＡＧＡＡＣＡＧＴＧＣＣＴＧＡＣ２０図１５ ＡｍＣＣＣＴＣＡ　ＡＧＧＣＴＣＣＡＧＧ　Ｔ　２１図１６ ＣＴＧＡＴＣＴＴＧＣＴＣＡＣＣＴＴＣＧＡ　２０図１７ ＧＣＧＴＴＴＧＣＴＧ　ＡＡＡＴＧＡＡＧＧＡ　２０図１８ ＧＣＡＧＧＴＡＣ’ｒＴ　ＡＧＴＴＡＧＣＴＡＣ２０図１９ ＴＴＡＣＡＧＴＧＡＧ　ＣＣＡＡＧＧＴＣＧＴ　２０図２０ ｍＧＴｃＴＧＧＡ　ＴＡＧＡＣＴＧＧＡＧ　２０図２１ ＣＣＡＴＣＴＴＣＣＴ　ＧＴＧＧＣＴＧＴＡ　１９図ｎ ＣＴＡＡＴＧＣＡＧＡ　ＧＡｍＡＧＧＧＣ２０図ｎ ＧＴＧＧＴＧＴＡＡＡ　ＧＡＣＴＧＣＡＴＡＧ　２０図２４ ＡＴＧＴＧＡＣＴＧＡ　ＴＧＴＧＧＧＴＣＡＧ　２０図５ ＣＡＴＣＴＧＣＡＣＴ　ＣＡＴＧＣＴＣＣＡＴ　２０図あ ＴＣＣＣＡＧＡＴＣＧ　ＣＴＣＴＡＣＡＴＧＡ　２０図２７ ＣＡＣＡＧＣ’ｒＴＣＡ　ＧＡＡＧＴＣＡＣＡＧ　１９図路 ＧＡＧＣＡＡＴＧＴＴ　ＧＣＴＴＡＧＧＡＴＧ　２０図２９ ＴＧＧＡＡＧＴＧＴＣＡＣＴＧＧＣＡＴＧＴ　２０図（資） ＴＧＴＧＴＣＣＡＧＣＣＴＴＡＧＴＧＴＧＣＡ　２１図３１ ＴＣＡＴＣＡＣＴＴＣＣＡＧＡＡＴＧＴＧＣ２０図ｎ ＡＣＴＧＣＣＴＣＡＴ　ＣＣＡＧＴＴＴＣＡＧ　２０図（ ＧＡＧＣＡＧＧＣＡＣＴｒＧＴｒＡＧＡＴＧ　２０図あ α：ＴＣｎ’ＧＧＣｒ　ＣＴＡＡＣＡＧＣＡＡ　２０図あ ＡＧＣＡＡＧＡＣＣＣＴＧＴＣＴＣＡＡＧＡ　２０図あ ＣＡＡＧＧＣＣＣＡＴ　ＣＴｒＣＡＧＴＡＧＡ　２０図Ｍ ＣＣＴＴＣＴＣＡＣＴ　ＣＣＴｒＴＡＣＴＡＧ　２０図羽 ＧＡＡＧＡＣＴＧＡＧ　ＧＡＧＧＴＣＡＧＡＡ　２０図５７゜ 図郭 ＧＧＡＡＡＧＡＡＡＣＡＧＴＧＡＡＡＧＡ　１９図５９ ＡＴＣＣＡ、ＴＣＧＡＣＣＴＣＴＧＧＧＴＴＡ　２０図（イ） ＧＡＣＣＣＣＡＣＡＧ　ＣＣＴＡＴｒＣＡ、ＧＡ　２０図６１ ＴＴＧＡＣＴＧＣｒＧ　ＡＡ、ＣＧＧＣＴＧＣＡ　２０図６２ ＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴ　Ａ、ＧＴＣＡ、ＧＣＡＣ１９図６３ ＧＣＴｒＣＣＧＡＧＴ　ＧＣＡＧＧＴＣＡＣＡ　２０補正書の翻訳文の提出書く 特許法第１８４条の８）

Claims (16)

    【特許請求の範囲】
  1. １．配列識別番号１の配列、配列識別番号２の配列、配列識別番号３の配列、配 列識別番号４の配列、配列識別番号５の配列、及び配列識別番号６の配列からな る群から選択されるヌクレオチド配列。
  2. ２．前記配列が、配列識別番号１の配列である請求項１記載のヌクレオチド配列 。
  3. ３．前記配列が、配列識別番号２の配列である請求項１記載のヌクレオチド配列 。
  4. ４．前記配列が、配列識別番号３の配列である請求項１記載のヌクレオチド配列 。
  5. ５．前記配列が、配列識別番号４の配列である請求項１記載のヌクレオチド配列 。
  6. ６．前記配列が、配列識別番号５の配列である請求項１記載のヌクレオチド配列 。
  7. ７．前記配列が、配列識別番号６の配列である請求項１記載のヌクレオチド配列 。
  8. ８．有効量の請求項１記載の少なくとも１種のヌクレオチドを使用することから なるＰＣＲ法を行うための方法であって、前記ヌクレオチドが、 ａ）配列識別番号１に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号 ２に記載のヌクレオチド配列：ｂ）配列識別番号３に記載の配列を有するヌクレ オチド配列、及び配列識別番号４に記載のヌクレオチド配列；及びｃ）配列識別 番号５に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６に記載のヌ クレオチド配列からなるヌクレオチド対の群から選択されるヌクレオチドのプラ イマー対の一部である方法。
  9. ９．配列識別番号７の配列、配列識別番号８の配列、及び配列識別番号９の配列 からなる群から選択される配列からなる、ジヌクレオチド又はテトラヌクレオチ ド反復多型性体の追加又は省略に関する遺伝物質の微妙な相違を測定するための アッセイであって、ａ．試験に有効な量の前記反復多型性体からなるヌクレオチ ド断片を獲得し、 ｂ．前記多型性体含有断片を増幅することができるオリゴヌクレオチド・プライ マー対を用いてＰＣＲ法によって前記断片を増幅し、 ｃ．ｐａｇｅゲル電気泳動を用いて前記増幅断片を分解し、そして ｄ．オートラジオグラフィによって前記分解断片を比較して、長さの差による移 動パターンの相違を観察することを特徴とするアッセイ。
  10. １０．前記オリゴヌクレオチド・プライマー対が、配列識別番号１の配列、配列 識別番号２の配列、配列識別番号３の配列、配列識別番号４の配列、配列識別番 号５の配列又は配列識別番号６の配列からなる群から選択される請求項９記載の アッセイ。
  11. １１．有効量の請求項１記載の配列を有する少なくとも１種のヌクレオチドから なるＰＣＲ法を行うためのアッセイ・キットであって、前記ヌクレオチドが ａ）配列識別番号１に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号 ２に記載のヌクレオチド配列；ｂ）配列識別番号３に記載の配列を有するヌクレ オチド配列、及び配列識別番号４に記載のヌクレオチド配列；及びｃ）配列識別 番号５に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６に記載のヌ クレオチド配列からなるヌクレオチド対の群から選択されるヌクレオチドのプラ イマ一対の一部であり、有効量の補助的なＰＣＲ試薬と組み合わされているアッ セイ・キット。
  12. １２．配列識別番号１０〜６３の配列からなる群から選択されるヌクレオチド配 列。
  13. １３．有効量の請求項１２記載の少なくとも１種のヌクレオチドを使用すること からなるＰＣＲ法を行うための方法であって、前記ヌクレオチドが、 ｄ）配列識別番号１０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号１１に記載のヌクレオチド配列；ｅ）配列識別番号１２に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号１３に記載のヌクレオチド配列；ｆ）配列 識別番号１４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１５に 記載のヌクレオチド配列：ｇ）配列識別番号１６に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号１７に記載のヌクレオチド配列；ｈ）配列識別番号 １８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１９に記載のヌ クレオチド配列；ｉ）配列識別番号２０に記載の配列を有するヌクレオチド配列 、及び配列識別番号２１に記載のヌクレオチド配列；ｊ）配列識別番号２２に記 載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２３に記載のヌクレオチ ド配列：ｋ）配列識別番号２４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配 列識別番号２５に記載のヌクレオチド配列；ｌ）配列識別番号２６に記載の配列 を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２７に記載のヌクレオチド配列； ｍ）配列識別番号２８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号２９に記載のヌクレオチド配列；ｎ）配列識別番号３０に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号３１に記載のヌクレオチド配列；ｏ）配列 識別番号３２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３３に 記載のヌクレオチド配列；ｐ）配列識別番号３４に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号３５に記載のヌクレオチド配列；ｑ）配列識別番号 ３６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３７に記載のヌ クレオチド配列；ｒ）配列識別番号３８に記載の配列を有するヌクレオチド配列 、及び配列識別番号３９に記載のヌクレオチド配列；ｓ）配列識別番号４０に記 載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４１に記載のヌクレオチ ド配列；ｔ）配列識別番号４２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配 列識別番号４３に記載のヌクレオチド配列；ｕ）配列識別番号４４に記載の配列 を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４５に記載のヌクレオチド配列； ｖ）配列識別番号４６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号４７に記載のヌクレオチド配列；ｗ）配列識別番号４８に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号４９に記載のヌクレオチド配列；ｘ）配列 識別番号５０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５１に 記載のヌクレオチド配列；ｙ）配列識別番号５２に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号５３に記載のヌクレオチド配列；ｚ）配列識別番号 ５４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５５に記載のヌ クレオチド配列；ａａ）配列識別番号５６に記載の配列を有するヌクレオチド配 列、及び配列識別番号５７に記載のヌクレオチド配列；ｂｂ）配列識別番号５８ に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５９に記載のヌクレ オチド配列；ｃｃ）配列識別番号６０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、 及び配列識別番号６１に記載のヌクレオチド配列；及びｄｄ）配列識別番号６２ に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６３に記載のヌクレ オチド配列からなるヌクレオチド対の群から選択されるヌクレオチドのプライマ ー対の一部である方法。
  14. １４．プライマー対１Ａ〜２７Ａによって特徴付けられる配列からなる、ジヌク レオチド又はテトラヌクレオチド反復多型性体の追加又は省略組に関する遺伝物 質の微妙な相違を測定するためのアッセイであって、 ａ．試験に有効な量の前記反復多型性体からなるヌクレオチド断片を獲得し、 ｂ．前記多型性体含有断片を増幅することができるオリゴヌクレオチド・プライ マー対を用いてＰＣＲ法によって前記断片を増幅し、 ｃ．ｐａｇｅゲル電気泳動を用いて前記増幅断片を分解し、そして ｄ．オートラジオグラフィによって前記分解断片を比較して、長さの差による移 動パターンの相違を観察するアッセイ。
  15. １５．前記オリゴヌクレオチド・プライマー対が、配列識別番号１０〜６３の配 列からなる群から選択される請求項３記載のアッセイ。
  16. １６．有効量の請求項１記載の配列を有する少なくとも１種のヌクレオチドから なるＰＣＲ法を行うためのアッセイ・キットであって、前記ヌクレオチドが、 ｄ）配列識別番号１０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号１１に記載のヌクレオチド配列；ｅ）配列識別番号１２に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号１３に記載のヌクレオチド配列；ｆ）配列 識別番号１４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１５に 記載のヌクレオチド配列；ｇ）配列識別番号１６に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号１７に記載のヌクレオチド配列；ｈ）配列識別番号 １８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号１９に記載のヌ クレオチド配列；ｉ）配列識別番号２０に記載の配列を有するヌクレオチド配列 、及び配列識別番号２１に記載のヌクレオチド配列；ｊ）配列識別番号２２に記 載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２３に記載のヌクレオチ ド配列；ｋ）配列識別番号２４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配 列識別番号２５に記載のヌクレオチド配列；ｌ）配列識別番号２６に記載の配列 を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号２７に記載のヌクレオチド配列； ｍ）配列識別番号２８に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号２９に記載のヌクレオチド配列；ｎ）配列識別番号３０に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号３１に記載のヌクレオチド配列；ｏ）配列 識別番号３２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３３に 記載のヌクレオチド配列；ｐ）配列識別番号３４に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号３５に記載のヌクレオチド配列；ｑ）配列識別番号 ３６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号３７に記載のヌ クレオチド配列；ｒ）配列識別番号３８に記載の配列を有するヌクレオチド配列 、及び配列識別番号３９に記載のヌクレオチド配列；ｓ）配列識別番号４０に記 載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４１に記載のヌクレオチ ド配列；ｔ）配列識別番号４２に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配 列識別番号４３に記載のヌクレオチド配列：ｕ）配列識別番号４４に記載の配列 を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号４５に記載のヌクレオチド配列； ｖ）配列識別番号４６に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番 号４７に記載のヌクレオチド配列；ｗ）配列識別番号４８に記載の配列を有する ヌクレオチド配列、及び配列識別番号４９に記載のヌクレオチド配列；ｘ）配列 識別番号５０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５１に 記載のヌクレオチド配列；ｙ）配列識別番号５２に記載の配列を有するヌクレオ チド配列、及び配列識別番号５３に記載のヌクレオチド配列；ｚ）配列識別番号 ５４に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５５に記載のヌ クレオチド配列；ａａ）配列識別番号５６に記載の配列を有するヌクレオチド配 列、及び配列識別番号５７に記載のヌクレオチド配列；ｂｂ）配列識別番号５８ に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号５９に記載のヌクレ オチド配列；ｃｃ）配列識別番号６０に記載の配列を有するヌクレオチド配列、 及び配列識別番号６１に記載のヌクレオチド配列；及びｄｄ）配列識別番号６２ に記載の配列を有するヌクレオチド配列、及び配列識別番号６３に記載のヌクレ オチド配列からなるヌクレオチド対の群から選択されるヌクレオチドのプライマ ー対の一部であり、有効量の補助的なＰＣＲ試薬と組み合わされているアッセイ ・キット。
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Families Citing this family (53)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5378602A (en) * 1991-05-29 1995-01-03 The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Highly informative microsatellite repeat polymorphic DNA markers twenty-[seven]six
US5861504A (en) * 1991-05-29 1999-01-19 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Eleven highly informative microsatelite repeat polymorphic DNA markers
US5650277A (en) * 1992-07-02 1997-07-22 Diagenetics Ltd. Method of determining the presence and quantifying the number of di- and trinucleotide repeats
US5484909A (en) * 1993-09-10 1996-01-16 Amoco Corporation Nucleic acid probes for the detection of bacteria of the genera Pediococcus and Lactobacillus and methods for the detection of the bacterial agents causing spoilage of beer
FR2711672B1 (fr) * 1993-10-29 1995-12-08 France Etat Armement Procédé de sélection et/ou d'obtention de sondes capables de détecter de nouvelles régions à nombre variable de répétitions en tandem, sondes pouvant être ainsi obtenues et leurs utilisations.
GB9326052D0 (en) * 1993-12-21 1994-02-23 Zeneca Ltd Sequences
WO1995033075A1 (en) * 1994-05-31 1995-12-07 Cornell Research Foundation, Inc. A method for the identification of nucleic acid samples from dna-containing organisms
CA2118048C (en) * 1994-09-30 2003-04-08 James W. Schumm Multiplex amplification of short tandem repeat loci
US5635351A (en) * 1995-03-14 1997-06-03 The Regents Of The University Of California Genetic gain and loss in gliomas
US5670325A (en) * 1996-08-14 1997-09-23 Exact Laboratories, Inc. Method for the detection of clonal populations of transformed cells in a genomically heterogeneous cellular sample
US5741650A (en) * 1996-01-30 1998-04-21 Exact Laboratories, Inc. Methods for detecting colon cancer from stool samples
US6051378A (en) * 1996-03-04 2000-04-18 Genetrace Systems Inc. Methods of screening nucleic acids using mass spectrometry
US6020137A (en) * 1996-08-14 2000-02-01 Exact Laboratories, Inc. Methods for the detection of loss of heterozygosity
US6146828A (en) * 1996-08-14 2000-11-14 Exact Laboratories, Inc. Methods for detecting differences in RNA expression levels and uses therefor
US5928870A (en) * 1997-06-16 1999-07-27 Exact Laboratories, Inc. Methods for the detection of loss of heterozygosity
US5952178A (en) 1996-08-14 1999-09-14 Exact Laboratories Methods for disease diagnosis from stool samples
US6203993B1 (en) 1996-08-14 2001-03-20 Exact Science Corp. Methods for the detection of nucleic acids
US6100029A (en) * 1996-08-14 2000-08-08 Exact Laboratories, Inc. Methods for the detection of chromosomal aberrations
US6300077B1 (en) 1996-08-14 2001-10-09 Exact Sciences Corporation Methods for the detection of nucleic acids
CA2410120A1 (en) * 1996-08-28 1998-03-05 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method for detecting cell proliferative disorders
AU4174397A (en) 1996-08-30 1998-03-19 Life Technologies, Inc. Methods for identification and isolation of specific nucleotide sequences in cdna and genomic dna
US5965363A (en) 1996-09-19 1999-10-12 Genetrace Systems Inc. Methods of preparing nucleic acids for mass spectrometric analysis
CA2274587A1 (en) 1996-12-10 1998-06-18 Genetrace Systems Inc. Releasable nonvolatile mass-label molecules
US6306588B1 (en) 1997-02-07 2001-10-23 Invitrogen Corporation Polymerases for analyzing or typing polymorphic nucleic acid fragments and uses thereof
US6268136B1 (en) 1997-06-16 2001-07-31 Exact Science Corporation Methods for stool sample preparation
US6406857B1 (en) 1997-06-16 2002-06-18 Exact Sciences Corporation Methods for stool sample preparation
US6090558A (en) * 1997-09-19 2000-07-18 Genetrace Systems, Inc. DNA typing by mass spectrometry with polymorphic DNA repeat markers
US6764822B1 (en) 1997-09-19 2004-07-20 Sequenom, Inc. DNA typing by mass spectrometry with polymorphic DNA repeat markers
US6544730B1 (en) 1997-10-27 2003-04-08 Prescott Deininger High density polymorphic genetic locus
US20020064792A1 (en) * 1997-11-13 2002-05-30 Lincoln Stephen E. Database for storage and analysis of full-length sequences
US6104028A (en) * 1998-05-29 2000-08-15 Genetrace Systems Inc. Volatile matrices for matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry
US6280947B1 (en) 1999-08-11 2001-08-28 Exact Sciences Corporation Methods for detecting nucleotide insertion or deletion using primer extension
US6503718B2 (en) 1999-01-10 2003-01-07 Exact Sciences Corporation Methods for detecting mutations using primer extension for detecting disease
US6733965B2 (en) * 1999-01-15 2004-05-11 International Paper Company Microsatellite DNA markers and uses thereof
NZ512941A (en) * 1999-01-15 2003-09-26 Us Agriculture Length polymorphisms in microsatellite (simple sequence repeat - SSR) DNA markers and their use as genetic markers in pine
US6153389A (en) * 1999-02-22 2000-11-28 Haarer; Brian K. DNA additives as a mechanism for unambiguously marking biological samples
WO2000050640A1 (en) 1999-02-25 2000-08-31 Exact Laboratories, Inc. Methods for preserving dna integrity
US6964846B1 (en) 1999-04-09 2005-11-15 Exact Sciences Corporation Methods for detecting nucleic acids indicative of cancer
WO2000068411A1 (en) * 1999-05-12 2000-11-16 Invitrogen Corporation Compositions and methods for enhanced sensitivity and specificity of nucleic acid synthesis
US6586177B1 (en) * 1999-09-08 2003-07-01 Exact Sciences Corporation Methods for disease detection
US6849403B1 (en) 1999-09-08 2005-02-01 Exact Sciences Corporation Apparatus and method for drug screening
US6919174B1 (en) * 1999-12-07 2005-07-19 Exact Sciences Corporation Methods for disease detection
ATE458831T1 (de) * 1999-12-07 2010-03-15 Exact Sciences Corp Verfahren zum nachweis von lungenneoplasmen in fäkalen proben
WO2002007742A2 (en) * 2000-07-25 2002-01-31 The Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Bacteriophage having multiple host range
US20050272085A1 (en) * 2000-09-06 2005-12-08 Hodge Timothy A Methods for forensic and congenic screening
US7776524B2 (en) * 2002-02-15 2010-08-17 Genzyme Corporation Methods for analysis of molecular events
US20040259101A1 (en) * 2003-06-20 2004-12-23 Shuber Anthony P. Methods for disease screening
WO2005111244A2 (en) * 2004-05-10 2005-11-24 Exact Sciences Corporation Methods for detecting a mutant nucleic acid
US20080124714A1 (en) * 2004-05-14 2008-05-29 Exact Sciences Corporation Method for Stabilizing Biological Samples for Nucleic Acid Analysis
WO2006026654A2 (en) 2004-08-27 2006-03-09 Exact Sciences Corporation Method for detecting a recombinant event
WO2006047787A2 (en) 2004-10-27 2006-05-04 Exact Sciences Corporation Method for monitoring disease progression or recurrence
US9777314B2 (en) * 2005-04-21 2017-10-03 Esoterix Genetic Laboratories, Llc Analysis of heterogeneous nucleic acid samples
WO2007002383A2 (en) * 2005-06-24 2007-01-04 Transnetyx, Inc. Methods for forensic and congenic screening

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683195A (en) * 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4800159A (en) * 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
US4879214A (en) * 1988-11-15 1989-11-07 E. I. Du Pont De Nemours And Company Differentiation of nucleic acid segments on the basis of nucleotide differences
GB2228086A (en) * 1988-11-25 1990-08-15 Ici Plc Characterisation of genomic DNA
US5001050A (en) * 1989-03-24 1991-03-19 Consejo Superior Investigaciones Cientificas PHφ29 DNA polymerase
US5028249A (en) * 1990-12-10 1991-07-02 Emhart Industries, Inc. Plunger mechanism for i.s. machine
EP0724646B1 (en) * 1991-01-04 2001-06-27 Washington University Dna sequences related to isolated fragile x syndrome
NL9100132A (nl) * 1991-01-25 1992-08-17 Ingeny Bv Werkwijze voor het detecteren van dna sequentievariatie.
US5378602A (en) * 1991-05-29 1995-01-03 The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Highly informative microsatellite repeat polymorphic DNA markers twenty-[seven]six

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EP0663923A1 (en) 1995-07-26
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ES2268682T3 (es) 2007-03-16
AU2156992A (en) 1993-01-08

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