JPH08211017A - Ｄｎａ塩基配列決定装置 - Google Patents
Ｄｎａ塩基配列決定装置Info
- Publication number
- JPH08211017A JPH08211017A JP7305505A JP30550595A JPH08211017A JP H08211017 A JPH08211017 A JP H08211017A JP 7305505 A JP7305505 A JP 7305505A JP 30550595 A JP30550595 A JP 30550595A JP H08211017 A JPH08211017 A JP H08211017A
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- Japan
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- Investigating Or Analysing Materials By Optical Means (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【目的】多種試料を同時解析する電気泳動装置を提供す
る。 【構成】蛍光体が標識されたＤＮＡ断片が泳動する複数
の電気泳動路と、電気泳動路にレーザ光を照射する光照
射手段と、レーザ光の照射により蛍光体から発する蛍光
を検出する光検出手段とを有し、ＤＮＡ断片を検出する
ＤＮＡ塩基配列決定装置において、光照射手段１〜４は
レーザ光１を走査し、複数の電気泳動路を照射する走査
手段２、３、４を有し、光検出手段８は、複数の電気泳
動路のそれぞれを泳動するＤＮＡ断片を標識する蛍光体
からの蛍光を、レーザ光の走査に同期して検出すること
により、電気泳動路毎に泳動するＤＮＡ断片の末端塩基
種を識別し、核酸試料の塩基配列を決定する。 【効果】泳動レーン間隔を光小さくでき、温度むらなど
による泳動レーン間の泳動条件の差を小さくできる。
る。 【構成】蛍光体が標識されたＤＮＡ断片が泳動する複数
の電気泳動路と、電気泳動路にレーザ光を照射する光照
射手段と、レーザ光の照射により蛍光体から発する蛍光
を検出する光検出手段とを有し、ＤＮＡ断片を検出する
ＤＮＡ塩基配列決定装置において、光照射手段１〜４は
レーザ光１を走査し、複数の電気泳動路を照射する走査
手段２、３、４を有し、光検出手段８は、複数の電気泳
動路のそれぞれを泳動するＤＮＡ断片を標識する蛍光体
からの蛍光を、レーザ光の走査に同期して検出すること
により、電気泳動路毎に泳動するＤＮＡ断片の末端塩基
種を識別し、核酸試料の塩基配列を決定する。 【効果】泳動レーン間隔を光小さくでき、温度むらなど
による泳動レーン間の泳動条件の差を小さくできる。
Description
【０００１】
【産業上の利用分野】本発明は電気泳動装置に係り、特
にＤＮＡ上の塩基配列決定装置（ＤＮＡシーケンサー）
として使用するに好適な電気泳動装置に関するものであ
る。
にＤＮＡ上の塩基配列決定装置（ＤＮＡシーケンサー）
として使用するに好適な電気泳動装置に関するものであ
る。
【０００２】
【従来の技術】従来、ＤＮＡ上の塩基配列の決定にはラ
ジオアイソトープを用いた方法が用いられていたが、塩
基を蛍光ラベルして光学的に検出する手法の開発が望ま
れている。これを実現するために図４に示すように、特
定末端を持ち片方の末端が、アデニン塩基（Ａ）、グア
ニン塩基（Ｇ）、シトシン塩基（Ｃ）、あるいはチミン
塩基（Ｔ）であるＤＮＡ断片を別々の泳動路上を泳動さ
せ、光を照射して泳動路毎に設けられた光電子増倍管に
より泳動ＤＮＡ断片を計測する手法が提案されている。
（昭和５８年度科研費補助金（総合研究（Ａ））研究成
果報告集Ｐ．２０〜２５）また、末端塩基種の異なる４
種の断片群をそれぞれ蛍光波長の異なる蛍光体でラベル
し、カラム状のゲル中を泳動させ、光を照射して得られ
る発光を回折格子で分光し４個の光電子増倍管で検出す
る方式も提案されている。
ジオアイソトープを用いた方法が用いられていたが、塩
基を蛍光ラベルして光学的に検出する手法の開発が望ま
れている。これを実現するために図４に示すように、特
定末端を持ち片方の末端が、アデニン塩基（Ａ）、グア
ニン塩基（Ｇ）、シトシン塩基（Ｃ）、あるいはチミン
塩基（Ｔ）であるＤＮＡ断片を別々の泳動路上を泳動さ
せ、光を照射して泳動路毎に設けられた光電子増倍管に
より泳動ＤＮＡ断片を計測する手法が提案されている。
（昭和５８年度科研費補助金（総合研究（Ａ））研究成
果報告集Ｐ．２０〜２５）また、末端塩基種の異なる４
種の断片群をそれぞれ蛍光波長の異なる蛍光体でラベル
し、カラム状のゲル中を泳動させ、光を照射して得られ
る発光を回折格子で分光し４個の光電子増倍管で検出す
る方式も提案されている。
【０００３】
【発明が解決しようとする問題点】これらの提案されて
いる方法では、各ＤＮＡ断片群毎に光検出器を設ける必
要があり、一種の試料につき４ケの検出器が入用であ
る。光検出器には光電増倍管が用いられるが、平板型電
気泳動板を用いる場合、各泳動路上に光電増倍管が一直
線上に並ぶことになる。このため泳動路間隔は光電増倍
管のサイズで決定され、１０ｍｍが最小である。したが
って１つのＤＮＡ試料の解析には４泳動帯が必要で泳動
板の４ｃｍの巾を必要とする。
いる方法では、各ＤＮＡ断片群毎に光検出器を設ける必
要があり、一種の試料につき４ケの検出器が入用であ
る。光検出器には光電増倍管が用いられるが、平板型電
気泳動板を用いる場合、各泳動路上に光電増倍管が一直
線上に並ぶことになる。このため泳動路間隔は光電増倍
管のサイズで決定され、１０ｍｍが最小である。したが
って１つのＤＮＡ試料の解析には４泳動帯が必要で泳動
板の４ｃｍの巾を必要とする。
【０００４】一方、ＤＮＡ塩基配列の迅速決定法として
普及してきているショットガン方式などでは目的とする
ＤＮＡを細断し、多種の小さな断片の配列決定を同時に
行なうものである。これを実行するには一度に多くの泳
動帯を活用できる事が必要である。しかし、上述のよう
に従来法では一板の泳動板（有効巾〜２０ｃｍ）上に高
々２０泳動帯、試料数にして５ヶの測定ができるだけで
あった。すなわち多種試料を同時解析する能力に欠ける
難点があった。
普及してきているショットガン方式などでは目的とする
ＤＮＡを細断し、多種の小さな断片の配列決定を同時に
行なうものである。これを実行するには一度に多くの泳
動帯を活用できる事が必要である。しかし、上述のよう
に従来法では一板の泳動板（有効巾〜２０ｃｍ）上に高
々２０泳動帯、試料数にして５ヶの測定ができるだけで
あった。すなわち多種試料を同時解析する能力に欠ける
難点があった。
【０００５】
【問題点を解決するための手段】本発明は上記問題点を
解決するためになされたものである。本発明では従来の
１泳動帯毎に検出器を設ける代わりに複数個の泳動帯に
一個の検出器を設置し、各泳動帯からの光を時分割して
検出している。得られた信号はある時間毎に異なる泳動
帯からのものとなるが、信号を選別サンプリングする事
により各泳動帯からの信号を区別してその時間変化を記
録できる。各泳動帯からの光を時分割し検出する手段と
しては、各泳動路に時分割して光を照射すること、ある
いは各泳動路には常に光を照射しておくが泳動路と検出
器の間に光の遮蔽部材を設けて各泳動路からの光を選択
的に検出器に伝達するように構成する。
解決するためになされたものである。本発明では従来の
１泳動帯毎に検出器を設ける代わりに複数個の泳動帯に
一個の検出器を設置し、各泳動帯からの光を時分割して
検出している。得られた信号はある時間毎に異なる泳動
帯からのものとなるが、信号を選別サンプリングする事
により各泳動帯からの信号を区別してその時間変化を記
録できる。各泳動帯からの光を時分割し検出する手段と
しては、各泳動路に時分割して光を照射すること、ある
いは各泳動路には常に光を照射しておくが泳動路と検出
器の間に光の遮蔽部材を設けて各泳動路からの光を選択
的に検出器に伝達するように構成する。
【０００６】
【作用】複数個の泳動帯に一個の検出器を設置し、各泳
動帯からの光を時分割して検出するように構成してお
り、検出器の数よりも泳動帯を多くすることができるた
め、検出器の設置場所の関係で制限されていた泳動帯の
設置数を増大させることができる。
動帯からの光を時分割して検出するように構成してお
り、検出器の数よりも泳動帯を多くすることができるた
め、検出器の設置場所の関係で制限されていた泳動帯の
設置数を増大させることができる。
【０００７】
【実施例】以下、本発明の一実施例を図１により説明す
る。レーザー光１は回転ミラー４などにより反射された
後ミラー２〜３により反射され電気泳動板を照射する。
回転ミラーは９０°ずつ回転し、入射光と４５°をなす
角で約１秒間静止する。静止面の位置により４つの光線
系路が選択できるようになっており、これらは照射光路
１４〜１７に相当する。照射光路１４は末端がＡで停止
している断片群の泳動路を照射し、１５〜１７は末端が
Ｔ、Ｇ、Ｃで停止する断片群の泳動路をそれぞれ照射す
る。このように回転ミラー４を動作させることにより照
射光路を変化させるが、ハーフミラーなどにより分割
し、４つづつのセットからなる複数の泳動路を照射する
ことができる。
る。レーザー光１は回転ミラー４などにより反射された
後ミラー２〜３により反射され電気泳動板を照射する。
回転ミラーは９０°ずつ回転し、入射光と４５°をなす
角で約１秒間静止する。静止面の位置により４つの光線
系路が選択できるようになっており、これらは照射光路
１４〜１７に相当する。照射光路１４は末端がＡで停止
している断片群の泳動路を照射し、１５〜１７は末端が
Ｔ、Ｇ、Ｃで停止する断片群の泳動路をそれぞれ照射す
る。このように回転ミラー４を動作させることにより照
射光路を変化させるが、ハーフミラーなどにより分割
し、４つづつのセットからなる複数の泳動路を照射する
ことができる。
【０００８】光照射によって発せらせた蛍光はフィルタ
ー７を通過し検出帯８に入る。一方、励起光はフィルタ
ー７で除去される。検出器８には４つの泳動路からの蛍
光信号が交互に入ってくるが、同期回路１１を用いて泳
動路毎の信号を混合しないように積算してメモリー１２
に蓄える。メモリーとして二次元のものを考えると、横
軸に泳動帯の種類をとり、縦軸に時間あるいはサンプリ
ングＮｏ．を取る事ができる。各泳動帯からの蛍光強度
の時間変化をメモリーの縦列を読み出す事により知る事
ができる。４つの泳動帯で測定時間にずれがあり、これ
が問題となる場合には回転ミラーの回転周期を短かくす
れば良いが１〜４秒の周期で十分な事が多い。
ー７を通過し検出帯８に入る。一方、励起光はフィルタ
ー７で除去される。検出器８には４つの泳動路からの蛍
光信号が交互に入ってくるが、同期回路１１を用いて泳
動路毎の信号を混合しないように積算してメモリー１２
に蓄える。メモリーとして二次元のものを考えると、横
軸に泳動帯の種類をとり、縦軸に時間あるいはサンプリ
ングＮｏ．を取る事ができる。各泳動帯からの蛍光強度
の時間変化をメモリーの縦列を読み出す事により知る事
ができる。４つの泳動帯で測定時間にずれがあり、これ
が問題となる場合には回転ミラーの回転周期を短かくす
れば良いが１〜４秒の周期で十分な事が多い。
【０００９】このようにして得られる信号の一例を図２
に示した。横軸は時間で（ａ）は泳動帯毎に現われる信
号１５’である。（ｂ）は検出器に流れる信号１６’を
示したもので時系列的にＡＧＣＴの信号が検出される。
（ｃ）は励起光が各泳動レーンを照射するタイミングを
示したものである。
に示した。横軸は時間で（ａ）は泳動帯毎に現われる信
号１５’である。（ｂ）は検出器に流れる信号１６’を
示したもので時系列的にＡＧＣＴの信号が検出される。
（ｃ）は励起光が各泳動レーンを照射するタイミングを
示したものである。
【００１０】本実施例では回転ミラーを用いて光線を偏
向させたが、ビームをスキャンしたり、ピストン運動す
るミラーを用いても同様の作を行なうことができる。
向させたが、ビームをスキャンしたり、ピストン運動す
るミラーを用いても同様の作を行なうことができる。
【００１１】上記実施例ではレーザー光を分割して利用
するために１つのレーン当りの照射光量が小さくなる難
点がある。図３はこの難点を解決するためになされた実
施例である。レーザー光１は側面からゲルに入射し、全
泳動帯の一定の箇所を照射する。蛍光は各泳動帯から発
せられるが、特定レーンの蛍光だけがスリット１８を通
過して検出器に到達できる。スリットはドライバー１９
により左右に移動でき、一定時間毎に異なる泳動帯から
の蛍光信号を通過させる事ができる。このスリットの移
動運動に同期して信号の積算が行なわれデータ処理され
る。この例では泳動パネルの両側に検出器を設け、スリ
ットの開閉を２段階ずつにし、泳動帯あたりの測定時間
をふやす事もできる。
するために１つのレーン当りの照射光量が小さくなる難
点がある。図３はこの難点を解決するためになされた実
施例である。レーザー光１は側面からゲルに入射し、全
泳動帯の一定の箇所を照射する。蛍光は各泳動帯から発
せられるが、特定レーンの蛍光だけがスリット１８を通
過して検出器に到達できる。スリットはドライバー１９
により左右に移動でき、一定時間毎に異なる泳動帯から
の蛍光信号を通過させる事ができる。このスリットの移
動運動に同期して信号の積算が行なわれデータ処理され
る。この例では泳動パネルの両側に検出器を設け、スリ
ットの開閉を２段階ずつにし、泳動帯あたりの測定時間
をふやす事もできる。
【００１２】
【発明の効果】以上説明したように本発明によれば泳動
レーン間隔を光電増倍管などで規定されるよりも小さく
する事ができるため、多くの泳動レーンを必要とする多
種試料の分析に有効である。また、泳動レーン間隔を小
さくする事により温度むらなどによる泳動レーン間の泳
動条件の差を小さくできる利点もある。
レーン間隔を光電増倍管などで規定されるよりも小さく
する事ができるため、多くの泳動レーンを必要とする多
種試料の分析に有効である。また、泳動レーン間隔を小
さくする事により温度むらなどによる泳動レーン間の泳
動条件の差を小さくできる利点もある。
【図１】本発明の一実施例の平面模式図。
【図２】検出信号の時間変化を示す図であり、（ａ）は
泳動帯毎に整理した蛍光信号の時間変化、（ｂ）は検出
器に入る蛍光信号強度の時間変化、（ｃ）は各泳動帯を
照射する光の時間変化を示す図。
泳動帯毎に整理した蛍光信号の時間変化、（ｂ）は検出
器に入る蛍光信号強度の時間変化、（ｃ）は各泳動帯を
照射する光の時間変化を示す図。
【図３】本発明の変形例の平面模式図。
【図４】本発明によるＤＡＮの分断および泳動分離の様
子を示す説明図。
子を示す説明図。
１…レーザー光、２…部分反射板、３…反射鏡、４…回
転鏡、５…泳動用ガラスパネル、６…泳動ゲル、７…フ
ィルター、８…光電増倍管、９…検出回路、１０…積分
器、１１…同期回路、１２…メモリ、１３…出力機器、
１４’…配列決定しようとするＤＮＡ、１５’…蛍光信
号、１６’…検出器に流れる信号、１７’…断続光パル
ス、１８…可動スリット、１９…ドライバー、２０…光
検出器、２１…ＤＮＡ断片群、２２…泳動方向、２３…
泳動ＤＮＡバンド。
転鏡、５…泳動用ガラスパネル、６…泳動ゲル、７…フ
ィルター、８…光電増倍管、９…検出回路、１０…積分
器、１１…同期回路、１２…メモリ、１３…出力機器、
１４’…配列決定しようとするＤＮＡ、１５’…蛍光信
号、１６’…検出器に流れる信号、１７’…断続光パル
ス、１８…可動スリット、１９…ドライバー、２０…光
検出器、２１…ＤＮＡ断片群、２２…泳動方向、２３…
泳動ＤＮＡバンド。
Claims (7)
- 【請求項１】核酸試料から調製されるＤＮＡ断片であ
り、蛍光体が標識されたＤＮＡ断片が泳動する複数の電
気泳動路と、前記電気泳動路にレーザ光を照射する光照
射手段と、前記レーザ光の照射により前記蛍光体から発
する蛍光を検出する光検出手段とを有し、前記ＤＮＡ断
片を検出するＤＮＡ塩基配列決定装置において、前記光
照射手段は前記レーザ光を走査し、前記複数の電気泳動
路を照射する走査手段を有し、前記光検出手段は、前記
複数の電気泳動路のそれぞれを泳動する前記ＤＮＡ断片
を標識する前記蛍光体からの前記蛍光を、前記レーザ光
の走査に同期して検出することにより、前記電気泳動路
毎に泳動する前記ＤＮＡ断片の前記末端塩基種を識別
し、前記核酸試料の塩基配列を決定することを特徴とす
るＤＮＡ塩基配列決定装置。 - 【請求項２】前記光検出手段による前記蛍光の検出時点
と前記レーザ光の走査により照射された位置の前記電気
泳動路とを対応させて、前記ＤＮＡ断片の前記末端塩基
種と前記ＤＮＡ断片の長さを求め、前記核酸試料の塩基
配列を決定することを特徴とする請求項１に記載のＤＮ
Ａ塩基配列決定装置。 - 【請求項３】前記走査手段は、前記レーザ光の走査方向
を変化させる光反射手段と、前記レーザ光を互いに異な
る方向に進行する光に分割する光分割手段とを含むこと
を特徴とする請求項１に記載のＤＮＡ塩基配列決定装
置。 - 【請求項４】時分割により前記電気泳動路毎に分離して
前記蛍光を検出することを特徴とする請求項１に記載の
ＤＮＡ塩基配列決定装置。 - 【請求項５】前記光検出手段による前記蛍光の検出時点
と前記レーザ光の走査により照射された前記電気泳動路
とを対応させ、時分割により前記電気泳動路毎に分離し
て前記蛍光を検出することを特徴とする請求項１に記載
のＤＮＡ塩基配列決定装置。 - 【請求項６】蛍光体が標識されたＤＮＡ断片が泳動する
複数の電気泳動路と、前記電気泳動路にレーザ光を照射
する光照射手段と、前記レーザ光の照射により前記蛍光
体から発する蛍光を検出する光検出手段とを有し、前記
ＤＮＡ断片を検出するＤＮＡ塩基配列決定装置におい
て、前記光検出手段は、前記複数の電気泳動路が複数の
群に分けられた各群に対応して設けられた光検出器を含
み、前記各群に対応して設けられた前記光検出器のそれ
ぞれは、前記各群内の前記電気泳動路のそれぞれを泳動
する前記ＤＮＡ断片からの蛍光を時分割により検出する
ことを特徴とするＤＮＡ塩基配列決定装置。 - 【請求項７】蛍光体が標識されたＤＮＡ断片が泳動する
複数の電気泳動路と、前記電気泳動路にレーザ光を照射
する光照射手段と、前記レーザ光の照射により前記蛍光
体から発する蛍光を検出する光検出手段とを有し、前記
試料断片を検出するＤＮＡ塩基配列決定装置において、
前記光照射手段は前記レーザ光を走査する走査手段を有
し、前記光検出手段は、前記複数の電気泳動路が複数の
群に分けられた各群に対応して設けられた光検出器を含
み、前記各群に対応して設けられた前記光検出器は、そ
れぞれ前記各群内の前記電気泳動路のそれぞれを泳動す
る前記試料断片からの蛍光を、前記レーザ光の走査に同
期して検出することを特徴とするＤＮＡ塩基配列決定装
置。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP7305505A JP2679696B2 (ja) | 1995-11-24 | 1995-11-24 | Ｄｎａ塩基配列決定装置 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP7305505A JP2679696B2 (ja) | 1995-11-24 | 1995-11-24 | Ｄｎａ塩基配列決定装置 |
Related Parent Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP61245240A Division JP2624655B2 (ja) | 1986-10-17 | 1986-10-17 | 電気泳動装置 |
Related Child Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP9047573A Division JP2776383B2 (ja) | 1997-03-03 | 1997-03-03 | Ｄｎａ塩基配列決定装置 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH08211017A true JPH08211017A (ja) | 1996-08-20 |
| JP2679696B2 JP2679696B2 (ja) | 1997-11-19 |
Family
ID=17945971
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP7305505A Expired - Lifetime JP2679696B2 (ja) | 1995-11-24 | 1995-11-24 | Ｄｎａ塩基配列決定装置 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP2679696B2 (ja) |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPS57204437A (en) * | 1981-06-11 | 1982-12-15 | Hiranuma Sangyo Kk | Measuring method for interval of inspection body in concentration measuring apparatus |
| JPS6162843A (ja) * | 1984-08-13 | 1986-03-31 | Hitachi Ltd | 螢光検出型電気泳動装置 |
-
1995
- 1995-11-24 JP JP7305505A patent/JP2679696B2/ja not_active Expired - Lifetime
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPS57204437A (en) * | 1981-06-11 | 1982-12-15 | Hiranuma Sangyo Kk | Measuring method for interval of inspection body in concentration measuring apparatus |
| JPS6162843A (ja) * | 1984-08-13 | 1986-03-31 | Hitachi Ltd | 螢光検出型電気泳動装置 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2679696B2 (ja) | 1997-11-19 |
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| EXPY | Cancellation because of completion of term |