JPH0870856A - 3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する実質上純粋な微生物 - Google Patents

3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する実質上純粋な微生物

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JPH0870856A
JPH0870856A JP6208387A JP20838794A JPH0870856A JP H0870856 A JPH0870856 A JP H0870856A JP 6208387 A JP6208387 A JP 6208387A JP 20838794 A JP20838794 A JP 20838794A JP H0870856 A JPH0870856 A JP H0870856A
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Abstract

(57)【要約】 【構成】 3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素のアミノ酸配
列をコードする塩基配列を有するDNAを保持する組換
えプラスミドによって形質転換された3−ヒドロキシ酪
酸脱水素酵素を生産する実質上純粋な微生物、当該アミ
ノ酸配列をコードする塩基配列を有するDNA、3−ヒ
ドロキシ酪酸脱水素酵素の製造法。 【効果】 アルカリゲネス・ファエカリスIFO−13
111由来の染色体DNAライブラリーから、3−ヒド
ロキシ酪酸脱水素酵素を発現する遺伝子DNAをスクリ
ーニングし、これを用いて構築された発現ベクターの組
み換えプラスミドを宿主微生物に導入することによって
得られた形質転換微生物は効率よく3−ヒドロキシ酪酸
脱水素酵素を生産することができた。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は3−ヒドロキシ酪酸脱水
素酵素を生産する実質上純粋な微生物、3−ヒドロキシ
酪酸脱水素酵素のアミノ酸配列をコードする塩基配列を
有するDNA及び3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の製造
法に関する。
【0002】
【従来の技術】従来、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素
は、ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)
の存在下、基質として1モルの3−ヒドロキシ酪酸に作
用して1モルのNADを消費し、1モルのアセト酢酸及
び1モルの還元型NADに変換する触媒作用を有し、酵
素番号E.C.1.1.1.30として知られている
(酵素ハンドブック、第6頁、1982年、朝倉書店発
行)。
【0003】3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素は糖尿病の
検査におけるケトン体の1つである3−ヒドロキシ酪酸
の定量に利用される有用な酵素である。
【0004】これまでに、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵
素は動物由来のものとしては例えばラット脳〔Bioc
hem.Cell Biol.,68,980−983
(1990)〕、ラット肝臓〔Biochem.Cel
l Biol.68,1225−1230(199
0)〕、ウシ心臓〔Arch.Biochem.Bio
phys.,262,85−98(1988)〕が報告
されている。
【0005】また、微生物由来のものとしてはロードス
ピリラム・ルブラム(Rhodospirillum
rubrum)〔J.Biol.Chem.,237,
603−607(1962)〕、シュードモナス・レモ
イグネイ(Pseudomonas lemoigne
i)〔J.Biol.Chem.,240,4023−
4028(1965)〕、マイコバクテリウム・フレイ
(Mycobacterium phlei)〔J.G
en.Microbiol.,104,123−126
(1978)〕、パラコッカス・デニトリフィカンス
(Paracoccus denitrifican
s)〔Biochem.Biophys.Acta,8
39,300−307(1985)〕、ズーグロエア・
ラミゲラ(Zoogloea ramigera)
〔J.Biochem.,89,625−635(19
81)〕、ロードシュードモナス・スフェロイデス(R
hodopseudomonas spheroide
s)〔Biochem.J.,241,297−300
(1987)〕、アゾスピリルム・ブラジレンズ(Az
ospirillum brasilense)〔J.
Gen.Microbiol.,136,645−64
9(1990)〕が報告されている。
【0006】3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の遺伝子に
関してはラットミトコンドリア(Biol.Cell,
73,121−129(1991))、ヒト心臓(J.
Biol.Chem.,267(22),15459−
15463(1992))、ラット肝(Bioche
m.Cell Biol.,71,406−411(1
993))等が報告されている。
【0007】しかしながら、動物由来の3−ヒドロキシ
酪酸脱水素酵素は活性の発現にリン脂質を必要とし、ま
た微生物由来の酵素はEDTAにより阻害を受け、更に
0℃における失活や37℃、15分間の処理で70%失
活するなどの欠点があり、さらにまた、上記いずれの生
産株も生産性が低いことから、実用的ではなかった。そ
こで、活性発現にリン脂質を必要とせず、EDTAによ
り阻害をうけず、37℃で失活しない3−ヒドロキシ酪
酸脱水素酵素の遺伝子工学による生産が望まれていた。
【0008】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、このような
実情のもとで、ケトン体の定量に有用で、かつ理化学的
性質において良好な3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を効
率よく生産する微生物を開発し、この微生物を用いて該
酵素を量産する方法を提供することを目的としてなされ
たものである。
【0009】
【課題を解決するための手段】本発明者らは前記目的を
達成するために鋭意研究を重ねた結果、まず、アルカリ
ゲネス・エスピー・No.981(Alcaligen
es sp.No.981;FERM BP−257
0)が3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を産生することを
見いだした(特願平6−181047号明細書)。
【0010】しかしながら、その生産性が低いことが判
明したため、本3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素について
高純度に精製し、そのN末端領域のアミノ酸分析を行
い、この結果に基づき種々プローブを作成したが3−ヒ
ドロキシ酪酸脱水素酵素遺伝子を保持するクローンを見
いだすことができなかった。
【0011】さらに研究を続け、本IFO−13111
株から3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する微生物
由来の染色体DNAライブラリーを構築し、この中か
ら、該酵素を発現する遺伝子DNAをスクリーニングす
ることに成功し、次いでこのDNAを用いて発現ベクタ
ーを構築した後、例えばエッシェリヒア・コリー(Es
cherichia coli;以下E.coliと略
称する)に属する微生物に導入して3−ヒドロキシ酪酸
脱水素酵素を生産する実質上純粋な形質転換微生物を作
出し、これを培地中で培養することによって、該3−ヒ
ドロキシ酪酸脱水素酵素を効率よく量産することを見出
した。この知見に基づいて本発明を完成するに至った。
本発明は上記の知見に基づいて完成されたもので、
【0012】
【化4】 で表されるアミノ酸配列をコードする塩基配列から実質
的になるDNAを保持する組換えプラスミドによって形
質転換された3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する
実質上純粋な微生物、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の
アミノ酸配列をコードする塩基配列を有するDNAであ
る。更に本発明は、
【0013】
【化5】 で表されるアミノ酸配列をコードする塩基配列から実質
的になるDNAを保持する組換えプラスミドによって形
質転換された3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する
実質上純粋な微生物を培地に培養し、ついでその培養物
から3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を採取することを特
徴とする3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の製造法であ
る。
【0014】以下、本発明を詳細に説明する。本発明に
おいて、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する形質
転換された微生物を作出するのに用いられる3−ヒドロ
キシ酪酸脱水素酵素を発現する遺伝子DNAは、例えば
該酵素を生産する微生物由来の染色体DNAライブラリ
ーの中から、スクリーニングすることによって得ること
ができる。
【0015】本発明においては、前記の3−ヒドロキシ
酪酸脱水素酵素を生産する微生物として、アルカリゲネ
ス・ファエカリスIFO−13111(FERM BP
−4750)またはアルカリゲネス・エスピー・No.
981(Alcaligenes sp.No981;
FERM BP2570)が好ましく用いられる。
【0016】例えば、アルカリゲネス・ファエカリスI
FO−13111の場合、その染色体DNAライブラリ
ーから該酵素を発現する遺伝子DNAをスクリーニング
する方法の具体例について説明すると、まず、該微生物
の染色体DNA100〜2000μg程度を通常用いら
れている方法によって抽出した後、その1〜10μg程
度を制限酵素Sau3AIで部分切断して、例えばクロ
ーニング用ベクターのプラスミドpUC119BamH
I部位に連結し、次いでこの組換えDNAを宿主微生物
に導入して該染色体DNAのクローニングを行い、10
4 〜105 クローンからなる染色体DNAライブラリー
を作製する。この際用いられる宿主微生物としては、組
換えDNAが安定でかつ自律的に増殖可能であるもので
あれば特に制限されず、通常の遺伝子組換えに用いられ
ているもの、例えばエッシェリヒア属、バチルス属に属
する微生物などが好ましく使用される。
【0017】宿主微生物に組換えDNAを導入する方法
としては、例えば宿主微生物がエシェリヒア属に属する
微生物の場合には、カルシウムイオンの存在下に組換え
DNAの導入を行ってもよいし、コンピテントセル法を
用いてもよい。またバチルス属に属する微生物の場合に
は、コンピテントセル法またはプロトプラスト法などを
用いることができるし、エレクトロポレーション法ある
いはマイクロインジェクション法を用いてもよい。
【0018】宿主微生物への所望組換えDNA導入の有
無の選択については、組換えDNAを構成するベクター
の薬剤耐性マーカーに基づく選択培地で、該宿主微生物
を培養し、生育する宿主微生物を選択すればよい。次い
で、前記の染色体DNAの中から、3−ヒドロキシ酪酸
脱水素酵素を発現する遺伝子をスクリーニングするわけ
であるが、この段階が本発明において非常に困難な部分
であった。
【0019】通常、遺伝子のクローニングは、コードさ
れているタンパクの部分的アミノ酸配列から推定される
DNA配列をもとにした合成DNAプローブを用いるハ
イブリダイゼーション法によって行われる。常法に従
い、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素のN末端領域のアミ
ノ酸配列から種々の合成DNAプローブを作製し、スク
リーニングを行ったが、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素
遺伝子を保持するクローンを見い出すことは出来なかっ
た。
【0020】そこで、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素活
性を指標としたショットガン法によってクローニングす
ることを試みた。詳細は後述するが、3−ヒドロキシ酪
酸脱水素酵素遺伝子のプロモーターが大腸菌内で機能す
るかどうか判らないのでベクターに付属のlacプロモ
ーターの下流に外来遺伝子を挿入し、大腸菌に導入後培
地に添加したIPTG(イソプロピルβ−D(−)−チ
オガラクトピラノシド)によってlacプロモーターが
機能するよう誘導をかけた。
【0021】その際、しばしばこのような誘導によって
大腸菌の生育が悪くなり目的のクローンを得ることがで
きないことから、一度IPTG無添加で遺伝子ライブラ
リーを作製した後、IPTG添加プレートにレプリカす
ることによってIPTGの悪影響を防いだ。また、メン
ブレン上にレプリカした菌体を用いて3−ヒドロキシ酪
酸脱水素酵素活性の有無を調べるために、培地および大
腸菌由来の酵素タンパクの影響(バックグラウンドの上
昇)を避けるため、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素が高
いpHの環境でも安定であることを利用して、アルカリ
性の緩衝液で前処理を行った。さらに、シグナルを検出
する感度を上げるため、反応液にリゾチームを加えた。
これらのことを組み合わせることによって初めて目的の
遺伝子DNAのクローニングを達成することが出来た。
【0022】次に、この目的の遺伝子DNAを含む形質
転換された宿主微生物から、例えばマニアティス(Ma
niatis)らの方法[「モレキュラル・クローニン
グ:コールドスプリングハーバー(Molecular
Cloning:ColdSpring Harbo
r)」(1982年)]などに従って、3−ヒドロキシ
酪酸脱水素酵素を発現するDNAを含む組換えプラスミ
ド(pHBD1と命名した)を調製することができる。
このプラスミドの構成を示す模式図を図4に示した。
【0023】次に、前記のようにして染色体DNAライ
ブラリーの中から、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を発
現する遺伝子DNAを選択し、それを組み込んだ発現ベ
クターを構築する。この発現用ベクターとしては、宿主
微生物で自律的に増殖し得るファージまたはプラスミド
から遺伝子組換え用として構築されたものが適してい
る。前者のファージとしては、例えばE.coliを宿
主微生物とする場合には、λgt・λC、λgt・λB
などが用いられる。
【0024】また、プラスミドとしては、E.coli
を宿主微生物とする場合には、例えばpBR322、p
BR325、pACYC184、pUC12、pUC1
3、pUC18、pUC19、pUC118、pUC1
19などが用いられる。さらに、バチルス属を宿主微生
物とする場合は、例えばpHY300PLKなどを用い
ればよく、サッカロミセス属を宿主微生物とする場合
は、例えばpYAC5などを用いればよい。
【0025】これらのベクターに、3−ヒドロキシ酪酸
脱水素酵素遺伝子DNAを組み込む方法についてはとく
に制限はなく、従来慣用されている方法を用いることが
できる。例えば適当な制限酵素を用いて、前記の3−ヒ
ドロキシ酪酸脱水素酵素遺伝子DNAを含む組換えプラ
スミド及び該発現用ベクターを処理し、それぞれ3−ヒ
ドロキシ酪酸脱水素酵素遺伝子を含むDNA断片及びベ
クター断片を得た後、それぞれの接着末端をアニーリン
グ後、適当なDNAリガーゼを用いて結合させることに
よって、発現プラスミドが得られる。
【0026】後述の実施例における発現プラスミドは、
前記の組換えプラスミドpHBD1とベクタープラスミ
ドpUC119から得られ、pHBD2と命名されたも
のであり、その構成の模式図は図5に示したとおりであ
る。また、該プラスミド中のアルカリゲネス・ファエカ
リスIFO−13111染色体DNA由来(3−HBD
H Gene)の部位の制限酵素地図は図3に示したと
おりである。
【0027】このようにして、構築された発現ベクター
をE.coliに属する微生物に導入し、該宿主微生物
を形質転換させれば3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生
産する実質上純粋な微生物が得られる。発現ベクターの
導入及び選択方法については前述した方法を用いて行
う。
【0028】本発明においては、前記組換えプラスミド
pHBD2によって形質転換されたE.coliに属す
る微生物は、エッシェリヒア・コリーDH1−pHBD
2(FERM BP−4749)と命名された。
【0029】このようにして得られた形質転換微生物の
培養は、該微生物の生育に必要な炭素源や窒素源などの
栄養源や無機成分などを含む培地中において行うことが
できる。炭素源としては、例えばグルコース、デンプ
ン、ショ糖、モラッセス、デキストリンなどが挙げられ
る。窒素源としては、例えばペプトン、肉エキス、カゼ
イン加水分解物、コーンスチープリカー、硝酸塩、アン
モニウム塩などが挙げられ、無機成分としては、例えば
ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、コ
バルト、亜鉛、マンガン、鉄などの陽イオンや塩素、硫
酸、リン酸などの陰イオンを含む塩が挙げられる。
【0030】培養方法については特に制限はなく公知の
方法、例えば通気撹拌培養、振盪培養、回転培養、静置
培養などの方法によって、通常20〜50℃、好ましく
は25〜42℃、より好ましくは37℃近辺で、12〜
48時間程度培養する方法が用いられる。
【0031】このようにして培養を行ったのち、遠心分
離処理などの手段によって菌体を集め、次いで酵素処
理、自己消化、フレンチプレス、超音波処理などによっ
て細胞を破壊して目的とする酵素を含有する抽出液を得
る。この抽出液から、該酵素を分離、精製するには、例
えば、塩析、脱塩、イオン交換樹脂による吸脱着処理な
どを行ったのち、さらに吸着クロマトグラフィー、ゲル
濾過、電気泳動法などによって精製すればよい。
【0032】この精製標品について、3−ヒドロキシ酪
酸脱水素酵素の酵素活性及び物理化学的性質を調べるこ
とによって、該形質転換微生物が3−ヒドロキシ酪酸脱
水素酵素の産生能を有することが確認された。したがっ
て、本発明において用いた3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵
素を発現する遺伝子DNAは、図1で表されるアミノ酸
配列をコードする塩基配列を有し、かつその塩基配列が
図2に示す配列であることが明らかであり、特に本発明
は3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素のアミノ酸配列をコー
ドする塩基配列から実質的になるDNAを提供でき、上
記塩基配列の均等物も包含される。
【0033】このようにして得られた3−ヒドロキシ酪
酸脱水素酵素は、NADの存在下、3−ヒドロキシ酪酸
をアセト酢酸に効果的に変換する触媒作用を有すること
から、例えば血清中のケトン体の1つである3−ヒドロ
キシ酪酸の定量など、臨床用酵素として有用である。な
お、本発明明細書に記載の塩基配列の記号及びアミノ酸
配列の記号は、当該分野における慣用略号に基づくもの
で、それらの例を以下に列記する。また、すべてのアミ
ノ酸はL体を示すものとする。
【0034】DNA:デオキシリボ核酸 A:アデニン T:チミン G:グアニン C:シトシン N:アデニン、チミン、グアニンまたはシトシン R:アデニンまたはグアニン Y:チミンまたはシトシン Ala:アラニン Arg:アルギニン Asn:アスパラギン Asp:アスパラギン酸 Cys:システイン Gln:グルタミン
【0035】Glu:グルタミン酸 His:ヒスチジン Ile:イソロイシン Leu:ロイシン Lys:リジン Met:メチオニン Phe:フェニルアラニン Pro:プロリン Ser:セリン Thr:スレオニン Trp:トリプトファン Tyr:チロシン Val:バリン
【0036】
【実施例】次に、参考例及び実施例によって本発明をさ
らに詳細に説明するが、本発明はこれらの例によってな
んら限定されるものではない。 参考例1 染色体DNAの分離:アルカリゲネス・ファエカリスI
FO−13111(FERM BP−4750)菌株を
普通ブイヨン培地〔18g/リットル、普通ブイヨン
「栄研」(栄研化学社製)〕200mlにて30℃で一
昼夜振盪培養した後、この培養液を高速冷却遠心機(ト
ミーCX−250型)を用い、6500rpm(766
0G)で10分間遠心分離処理して、菌体を集菌した。
【0037】次いで、この菌体を50mMトリス−塩酸
(pH8.0)、50mMのEDTA(pH8.0)及
び15%シュクロースからなる溶液20ml中に懸濁
し、最終濃度が2mg/mlとなるようにリゾチーム
(生化学工業社製)を加え、37℃で30分間処理して
菌株の細胞壁を破壊した。次に、これに10%ラウリル
硫酸ナトリウム(シグマ社製)水溶液1mlを加えて、
37℃で20分間処理した後、10000rpm(12
080G)で10分間遠心分離処理して水相を回収し
た。
【0038】この水相に2倍量のエタノールを静かに重
層し、ガラス棒でゆっくり撹拌しながら、DNAをガラ
ス棒にまきつかせて分離した後、10mMトリス−塩酸
(pH8.0)及び1mM EDTAからなる溶液20
mlで溶解し、次いでこれに等量のフェノール/クロロ
ホルム(1/1)混合液を加え、撹拌した後、1000
0rpm(12080G)で10分間遠心分離処理して
水相を分取した。次に、この水相に2倍量のエタノール
を加えて前記の方法でもう一度DNAを分離した後、1
0mMトリス−塩酸(pH8.0)及び1mM EDT
Aからなる溶液2mlに溶解した。
【0039】参考例2 アルカリゲネス・ファエカリスIFO−13111遺伝
子ライブラリーの作製:参考例1で得られたアルカリゲ
ネス・ファエカリスIFO−13111染色体10μg
を制限酵素Sau3AI(宝酒造社製)0.3単位を用
い、50mMのトリス−塩酸(pH7.5)、100m
MのNaCl、10mMのMgCl2 及び1mMのDT
Tからなる混合物100μg/mlの存在下、37℃で
30分間切断処理した。そして、0.7%アガロースゲ
ル電気泳動にて約2.0〜6.0kbのDNA断片を回
収した。
【0040】また、クローニングベクターpUC119
(宝酒造社製)5μgを制限酵素BamHI(宝酒造社
製)30単位を用い、20mMのトリス−塩酸(pH
8.5)、100mMのKCl、10mMのMgCl2
及び1mMのDTTから成る混合物100μg/mlの
存在下、37℃で3時間切断処理した。pUC119の
切断溶液は、5’末端を脱リン酸化するために、さらに
反応液にアルカリ性ホスファターゼ(宝酒造社製)1単
位を加えて65℃で2時間処理した。
【0041】次に、前記のようにして得られた2種のD
NA溶液を混合し、この混合液に等量のフェノール/ク
ロロホルム(1/1)混合液を加えて処理した後、遠心
分離処理によって水相を分取した。次いで、この水相に
1/10量の3M酢酸ナトリウム溶液を加え、さらに2
倍量のエタノールを加えて遠心分離処理することによっ
てDNAを沈澱させた後、減圧乾燥した。
【0042】このDNAを10mMトリス−塩酸(pH
8.0)及び1mMのEDTA溶液からなる溶液にて溶
解した後、66mMトリス−塩酸(pH7.6)、6.
6mMのMgCl2 、10mMのDTT及び660μM
のATP(ベーリンガーマンハイム社製)の存在下、T
4DNAライゲース(宝酒造社製)100単位を用い、
16℃で16時間ライゲーションを行った。
【0043】次いで、これをケー・シゲサダ(K.Sh
igesada)の方法[「細胞工学」第2巻、616
〜626ページ(1983年)]によりコンピテント細
胞としたE.coli DH1(ATCC33849)
[F- 、recA1、endA1、gyrA96、th
i−1、hsdR17(rk - 、mk + )、SupE4
4、relA1、λ- ][「モレキュラル・クローニン
グ:コールドスプリングハーバー(Molecular
Cloning:Cold SpringHarbo
r)」504〜506ページ(1982年)]にトラン
スフォーメーションし、これをアンピシリン50μg/
ml含有BHI寒天培地にて、37℃で一昼夜培養し、
約30000株の形質転換微生物を得て、これを遺伝子
ライブラリーとした。
【0044】実施例1 3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素遺伝子含有DNAのスク
リーニング:参考例2で得た遺伝子ライブラリー、すな
わち平板寒天培地上のアンピシリン耐性コロニーの上
に、ナイロンメンブレンフィルター[ハイボンド−N+
(アマシャムジャパン社製)]を重ね、フィルター上に
該コロニー菌体の一部を移行させた後、このフィルター
をアンピシリン50μg/ml、1mMのIPTG含有
BHI寒天培地上に菌体が上になるようにして置き、3
7℃で6時間培養した。
【0045】そしてこのナイロンメンブレンを100m
Mのグリシン−NaOH(pH10.0)で浸した濾紙
上に置き、5分間放置し、これをもう一度繰り返した。
次に、100mMのトリス−塩酸(pH8.5)で浸し
た濾紙上に置き、5分間放置した。これを3回繰り返し
た。
【0046】更に、100mMのトリス−塩酸(pH
8.5)、0.1%のリゾチーム(生化学工業社製)、
1mMのNAD、5mMの3−ヒドロキシ酪酸、5単位
/mlのジアフォラーゼ、0.025%のNBT及び
0.1%のトリトンX−100から成る溶液を浸した濾
紙上に置き、発色(紫色)するコロニーを選択し、1株
の陽性株を得た。該コロニーを3−ヒドロキシ酪酸脱水
素酵素をコードするDNAを含む形質転換体E.col
i DH1−pHBD1と命名した。
【0047】実施例2 組み換えプラスミドの抽出:上記実施例1で取得した
E.coli DH1−pHBD1を、アンピシリン5
0μg/ml含有BHI培地にて37℃で一昼夜培養し
た後、ティー・マニアティスらの方法[「モレキュラル
・クローニング:コールド・スプリング・ハーバー(M
olecular Cloning:Cold Spr
ing Harbor)」第86〜94ページ(198
2年)]により、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素をコー
ドするDNAを含む組み換えプラスミドpHBD1を抽
出した。このプラスミドの構成を示す模式図を図4に示
した。
【0048】該プラスミド中のアルカリゲネス・ファエ
カリスIFO−13111染色体由来の部位をジデオキ
シ法[「サイエンス(Science)」第214巻、
第1205〜1210ページ(1981年)]により、
塩基配列を決定し、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素をコ
ードする全DNAが含まれていることを確認すると共
に、その全塩基配列を決定し、少なくとも図2にて示さ
れる配列を含むものであることを確認した。今回解析し
た3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素精製標品のN末端側ア
ミノ酸配列30残基(図6)が完全に一致した。
【0049】実施例3 大腸菌内での3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の活性発
現:実施例2で得られたプラスミドpHBD1の5μg
を制限酵素NheI及びEcoRI(宝酒造社製)それ
ぞれ10単位を用い、10mMのトリス−塩酸(pH
7.5)、50mMのNaCl、10mMのMgCl2
及び1mMのDTTから成る溶液50μg/mlで切断
し、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素遺伝子を含む約1.
5kbのDNAフラグメントを0.7%アガロースゲル
電気泳動で分離回収した。
【0050】一方、E.coliのベクタープラスミド
pUC119(宝酒造社製)5μgを制限酵素XbaI
及びEcoRI(宝酒造社製)を用い、上記と同じ反応
溶液で切断し、100mMのトリス−塩酸(pH8.
0)存在下に、アルカリ性フォスファターゼ(宝酒造社
製)1単位を加え、65℃で2時間処理した。
【0051】次いで、前記のDNA溶液を混合し、参考
例2と同様にライゲーション、トランスフォーメーショ
ンを行い、アンピシリン50μg/ml含有BHI寒天
培地にまき、37℃で一昼夜培養した。このようにし
て、ベクタープラスミドpUC119のXbaI及びE
coRI部位に3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素遺伝子を
含む約1.5kbのDNAフラグメントが挿入されたプ
ラスミドを得、これをプラスミドpHBD2と命名し、
このプラスミドで常法により、E.coli DH1
を形質転換して、形質転換微生物を取得した。
【0052】プラスミドpHBD2を保持する形質転換
微生物をアンピシリン50μg/ml含有BHI培地に
て37℃一昼夜培養した後、培養液を15000rpm
で1分間遠心分離処理して沈澱を回収した。この沈澱
に、該培養液と同量の10mMトリス−塩酸(pH8.
0)を加え、超音波破砕を行った。
【0053】この破砕液を適宜希釈した後、5μlと
り、これに1Mのトリス−塩酸(pH8.5)50μ
l、50mMの3−ヒドロキシ酪酸の100μl、10
mMのNADの100μl、0.25%ニトロブルーテ
トラゾリウム 20μl、100単位/mlのジアフォ
ラーゼ50μl、10%のトリトンX−100を10μ
l及び水670μlからなる反応液1000μlを加
え、37℃で10分間反応した後、0.1NのHClを
2ml加えて反応を停止し、550nmにおける吸光度
を測定することによって、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵
素活性を定量した。
【0054】なお、比較のためにpUC119のみをト
ランスフォーメーションしたE.coliの破砕液につ
いても前記と同様の処理を行い、3−ヒドロキシ酪酸脱
水素酵素活性を測定した。
【0055】その結果、プラスミドpHBD2を保持し
た形質転換微生物での活性は22.4U/mlであった
が、pUC119を持つものの活性は検出できなかっ
た。これより、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素活性をも
つ形質転換体が得られていることが確認された。この形
質転換体をエッシェリヒア・コリー DH1−pHBD
2(Escherichia coli DH1−pH
BD2)(FERM BP−4749)と命名した。さ
らに得られた3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を単離・精
製し、物理化学的性質を検討した結果は下記の通りであ
る。
【0056】物理化学的性質: (1)酵素作用:基質として3−ヒドロキシ酪酸を用い
た酵素作用を以下に示す。
【0057】
【化6】 (2)基質特異性:3−ヒドロキシ酪酸に基質特異性を
示す。各種基質に対する特異性は表1の通りである。
【0058】
【表1】
【0059】(3)Km値:1.6±0.5(mM)
(3−ヒドロキシ酪酸) 0.12±0.005(mM)(NAD) (4)等電点:5.0±0.2(キャリアーアンフォラ
インを用いた電気泳動法にて) (5)分子量:60000±5000(TSK G−3
000SWによるゲル濾過法にて)、30000±50
00(SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動法にて)
【0060】(6)至適pH:pH5.0〜6.0の範
囲は100mMの酢酸緩衝液、pH6.0〜7.5の範
囲は100mMのリン酸緩衝液、pH7.5〜9.0の
範囲は100mMのトリス−塩酸緩衝液、pH9.0〜
11.0の範囲は100mMのグリシン−水酸化ナトリ
ウム緩衝液を使用して、至適pHを求めた。その結果、
至適pHは8〜9にあった。
【0061】(7)pH安定性:100mMの各種緩衝
液(3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素1U/ml)を37
℃、60分間処理し、その残存活性を求めた。pH4.
0〜5.0は100mMクエン酸緩衝液、pH5.0〜
6.0は100mM酢酸緩衝液、pH7.5〜9.0は
100mMのトリス−塩酸緩衝液、pH9.0〜11.
0は100mMグリシン−水酸化ナトリウム緩衝液を使
用した。その結果、pH7.5〜11の範囲で最も良好
な安定性を示した。
【0062】(8)至適温度:温度を25℃〜60℃の
範囲で変化させて至適温度を求めた結果、本酵素の至適
温度は45〜50℃であった。 (9)熱安定性:100mMのトリス−塩酸緩衝液(p
H8.5)(3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素1U/m
l)を各温度で10分間加熱処理した後の残存活性を測
定した結果、少なくとも37℃まで安定であった。 (10)金属イオンの影響:各種金属イオン(1mM)
の本酵素活性への影響について調べた結果は表2に示す
通りで、銅イオンによる強い阻害がみられた。
【0063】
【表2】
【0064】(11)EDTA、NaN3 の影響:ED
TA、NaN3 (1mM)の本酵素活性への阻害影響に
ついて調べた結果、影響はなかった。 上記のように発現蛋白の理化学的性質を確認し、3−ヒ
ドロキシ酪酸脱水素酵素が発現されたことを確認した。
【0065】
【発明の効果】本発明によるとアルカリゲネス・ファエ
カリスIFO−13111由来の染色体DNAライブラ
リーから、3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を発現する遺
伝子DNAをスクリーニングし、これを用いて構築され
た発現ベクターの組み換えプラスミドを例えばE.co
liに属する微生物に導入することによって、得られた
形質転換微生物は効率よく3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵
素を生産することができた。また、本発明によって、3
−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の全アミノ酸配列及びこの
アミノ酸をコードする遺伝子DNAの塩基配列が決定で
きたので、該酵素の基質及び補酵素特異性の変換や耐熱
性の向上などのプロテインエンジニアリングが可能とな
った。
【配列表】
【0066】配列番号:1 配列の長さ:1551塩基対 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:genomic DNA 起源 生物名:アルカリゲネス・ファエカリス 株名:IFO−13111 配列の名称:3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素遺伝子 配列 GCTAGCATGG GTTCTTGATT TATGGCAGAC ACCCTGTCCG CCACCTGGAA TTTTGAAAGC 60 CCTTGATTAT TCAAGGGCTT TTTTGTTTTC TGCTGCTTTG ACCGTCCTGC TCTTTCAGCA 120 TGATTTGTTT GCTGTTTTGT CACATAAGAA CGTTAAGGTA AAAGTGTCAG TAGCGGCCGA 180 TGTTCGGAAA ACTCATCCGC AACATTTTGT ATGGCCGCCT TTTCCCAGCG CAAGCCGAAG 240 TTTTAGGGGG TAATGCGCTA ATACGTGCTC CGATGGTGTT TGGCCTTGTT TTGCAAGCCT 300 TGATGATTCC GGACAAAACC AGCCCATTGC ATCTCCCGGC AGTGCGAGGC GACGAGTACA 360 CTTGGGGTTT CAGTTCTCTG TTGTCCATAC TCACGAGGTA TCT ATG CTG AAA GGT 415 Met Leu Lys Gly 1 AAA AAA GCG GTC GTA ACA GGA TCG ACC AGT GGT ATC GGT CTG GCC ATG 463 Lys Lys Ala Val Val Thr Gly Ser Thr Ser Gly Ile Gly Leu Ala Met 5 10 15 20 GCC ACC GAG TTG GCA AAA GCT GGT GCA GAT GTG GTG ATC AAT GGT TTT 511 Ala Thr Glu Leu Ala Lys Ala Gly Ala Asp Val Val Ile Asn Gly Phe 25 30 35 GGT CAG CCT GAA GAC ATC GAG CGC GAG CGC AGC ACG CTG GAG TCC AAG 559 Gly Gln Pro Glu Asp Ile Glu Arg Glu Arg Ser Thr Leu Glu Ser Lys 40 45 50 TTT GGT GTC AAA GCC TAT TAT CTG AAT GCA GAC CTG AGC GAT GCA CAG 607 Phe Gly Val Lys Ala Tyr Tyr Leu Asn Ala Asp Leu Ser Asp Ala Gln 55 60 65 GCC ACG CGC GAT TTT ATT GCC AAG GCG GCA GAG GCC CTC GGC GGT CTG 655 Ala Thr Arg Asp Phe Ile Ala Lys Ala Ala Glu Ala Leu Gly Gly Leu 70 75 80 GAT ATT CTG GTC AAT AAT GCC GGT ATT CAA CAC ACC GCG CCT ATT GAA 703 Asp Ile Leu Val Asn Asn Ala Gly Ile Gln His Thr Ala Pro Ile Glu 85 90 95 100 GAG TTC CCG GTT GAT AAA TGG AAC GCC ATC ATT GCC CTG AAC CTG TCG 751 Glu Phe Pro Val Asp Lys Trp Asn Ala Ile Ile Ala Leu Asn Leu Ser 105 110 115 GCC GTA TTC CAC GGC ACC GCG GCG GCC TTG CCC ATC ATG CAA AAG CAG 799 Ala Val Phe His Gly Thr Ala Ala Ala Leu Pro Ile Met Gln Lys Gln 120 125 130 GGC TGG GGA CGC ATC ATC AAT ATC GCC TCG GCT CAC GGT CTG GTG GCC 847 Gly Trp Gly Arg Ile Ile Asn Ile Ala Ser Ala His Gly Leu Val Ala 135 140 145 TCG GTG AAT AAG TCC GCT TAT GTG GCT GCC AAG CAC GGT GTG GTG GGG 895 Ser Val Asn Lys Ser Ala Tyr Val Ala Ala Lys His Gly Val Val Gly 150 155 160 CTG ACC AAA GTG ACC GCG CTG GAA AAT GCT GGC AAG GGG ATT ACG TGC 943 Leu Thr Lys Val Thr Ala Leu Glu Asn Ala Gly Lys Gly Ile Thr Cys 165 170 175 180 AAC GCC ATC TGC CCG GGC TGG GTA CGT ACT CCC TTG GTG GAA AAA CAG 991 Asn Ala Ile Cys Pro Gly Trp Val Arg Thr Pro Leu Val Glu Lys Gln 185 190 195 ATT GAA GCT ATC AGC CAG CAA AAA GGG ATT GAT ATT GAA GCC GCC GCT 1039 Ile Glu Ala Ile Ser Gln Gln Lys Gly Ile Asp Ile Glu Ala Ala Ala 200 205 210 CGC GAG CTG CTG GCT GAA AAA CAG CCC TCC CTG CAG TTC GTG ACT CCC 1087 Arg Glu Leu Leu Ala Glu Lys Gln Pro Ser Leu Gln Phe Val Thr Pro 215 220 225 GAG CAA TTG GGT GGT GCT GCT GTG TTC CTG TCC TCT GCC GCT GCA GAT 1135 Glu Gln Leu Gly Gly Ala Ala Val Phe Leu Ser Ser Ala Ala Ala Asp 230 235 240 CAA ATG ACA GGT ACG ACG CTA AGC CTG GAT GGC GGC TGG ACA GCA CGC 1183 Gln Met Thr Gly Thr Thr Leu Ser Leu Asp Gly Gly Trp Thr Ala Arg 245 250 255 260 TAATCGCTGT CAGAGCGTAT TGTGTAGATA ACAGATAAAG GGCTTGGCCC TTTGTCTGTT 1243 TGGATTGAAA GGATATAGGC GCATGTTGTT ATTGCTCTCG CCAGCCAAAA AGCTGGATTA 1303 CGATTCCCCT GTACGCACGG AGCTGGAGAC TCAGCCGCTG TTTGTGGAGC AGGCGCAAGG 1363 CTTGATTGAT ATTTTGCGCA CTCAGTCCGA AGAGGATATT GCTGGCTTGA TGAAGCTGAG 1423 CGACGATCTG GCGCGTTTGA ATGTCCAGCG TTACCAGGAG TGGGAGCCCA AGTTTGACCG 1483 CTCCAATGCG CGTCAGGCCA TTCTGGCGTT CAATGGCGAT GTGTATGAAG GCATGGCTGC 1543 CACGGATC 1551
【配列表】
【0067】配列番号:2 配列の長さ:30アミノ酸残基 配列の型:アミノ酸 配列の種類:ペプチド 起源 生物名:アルカリゲネス・ファエカリス 株名:IFO−13111 配列の名称:3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素N末端アミ
ノ酸 配列 Met Leu Lys Gly Lys Lys Ala Val Val Thr Gly Ser Thr Ser Gly Ile 1 5 10 15 Gly Leu Ala Met Ala Thr Glu Leu Ala Lys Ala Gly Ala Asp 20 25 30
【図面の簡単な説明】
【図1】3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素のアミノ酸配列
を示す図である。
【図2】図1のアミノ酸をコードする3−ヒドロキシ酪
酸脱水素酵素遺伝子DNAの塩基配列を示す図である。
【図3】プラスミドpHBD2におけるアルカリゲネス
・ファエカリスIFO−13111由来の染色体DNA
の制限酵素地図である。
【図4】プラスミドpHBD1の構造を示す模式図であ
る。
【図5】プラスミドpHBD2の構造を示す模式図であ
る。
【図6】3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素精製標品のN末
端側アミノ酸配列を示す図である。
【図7】本発明で用いた3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素
遺伝子発現プラスミドの構築の流れを示す模式図であ
る。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 //(C12N 1/21 C12R 1:19) (C12N 9/04 C12R 1:19)

Claims (10)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 配列番号:1に示した1〜260で表さ
    れるアミノ酸配列をコードする塩基配列から実質的にな
    るDNAを保持する組換えプラスミドによって形質転換
    された3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する実質上
    純粋な微生物。
  2. 【請求項2】 微生物がエッシェリヒア属に属する微生
    物である請求項1記載の微生物。
  3. 【請求項3】 エッシェリヒア属に属する微生物が、プ
    ラスミドpHBD2によって形質転換されたものである
    請求項2記載の微生物。
  4. 【請求項4】 プラスミドpHBD2によって形質転換
    された微生物が、エッシェリヒア・コリーDH1−pH
    BD2(FERM BP−4749)である請求項3記
    載の微生物。
  5. 【請求項5】 3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素のアミノ
    酸配列をコードする塩基配列から実質的になるDNA。
  6. 【請求項6】 アミノ酸配列が、 【化1】 で表されるアミノ酸配列である請求項5記載のDNA。
  7. 【請求項7】 塩基配列が、 【化2】 で表されるアミノ酸配列をコードする塩基配列である請
    求項6記載のDNA。
  8. 【請求項8】 下記のアミノ酸配列、 【化3】 で表されるアミノ酸配列をコードする塩基配列から実質
    的になるDNAを保持する組換えプラスミドによって形
    質転換された3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を生産する
    実質上純粋な微生物を培地に培養し、次いでその培養物
    から3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素を採取することを特
    徴とする3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の製造法。
  9. 【請求項9】 形質転換された微生物が、プラスミドp
    HBD2によって形質転換された微生物である請求項8
    記載の3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の製造法。
  10. 【請求項10】 プラスミドpHBD2によって形質転
    換された微生物が、エッシェリヒア・コリーDH1−p
    HBD2(FERM BP−4749)である請求項9
    記載の3−ヒドロキシ酪酸脱水素酵素の製造法。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0957171A3 (de) * 1998-04-08 2001-09-12 Roche Diagnostics GmbH Rekombinante mikrobielle 3-Hydroxybuttersäure-Dehydrogenase, Verfahren zu deren Herstellung und Verwendung
US10508267B2 (en) 2015-12-21 2019-12-17 Roche Diagnostics Operations, Inc. Mutant 3-hydroxybutyrate dehydrogenase from alcaligenes faecalis as well as methods and uses involving the same
US10704029B2 (en) 2016-02-09 2020-07-07 Roche Diabetes Care, Inc. Mutant 3-hydroxybutyrate dehydrogenase from Rhodobacter sphaeroides as well as methods and uses involving the same
WO2025187833A1 (ja) * 2024-03-08 2025-09-12 天野エンザイム株式会社 新規3-ヒドロキシ酪酸酸化酵素

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