JPH10327894A - ターゲット系 - Google Patents

ターゲット系

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JPH10327894A
JPH10327894A JP10052878A JP5287898A JPH10327894A JP H10327894 A JPH10327894 A JP H10327894A JP 10052878 A JP10052878 A JP 10052878A JP 5287898 A JP5287898 A JP 5287898A JP H10327894 A JPH10327894 A JP H10327894A
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JP
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seq
phosphotransferase
peptide
enzyme
sequence
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JP10052878A
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Bernhard Erni
エルニー ベルンハード
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Arpida AG
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Arpida AG
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Publication date
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    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
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    • C07ORGANIC CHEMISTRY
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    • C07K5/1024Tetrapeptides with the first amino acid being heterocyclic
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 タンパク質ヒスチジン/シス
テイン・ホスファターゼとして作用することによって、
PTSを脱共役する化合物の発見をもたらす分析法を開
示する。 【解決手段】 薬物ターゲット系としての細
菌ホスホトランスフェラーゼ系(PTS)は炭水化物の
吸収とリン酸化とを触媒する。これはさらにシグナル伝
達、例えばカタボライト抑制、化学走性及び代謝酵素と
輸送体とのアロステリック制御に関係する。これは細菌
中に偏在するが、真核細胞中には発生しない。この偏在
性とプレイオトロピック機能とがPTSを新しい抗菌剤
を開発するためのターゲットにさせる。PTSの脱共役
は炭水化物輸送の阻害、カタボライト制御遺伝子(例え
ば、毒性遺伝子)の抑制、及びホスホエノールピルベー
トの消耗を生じる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は新規な、高度に特異
性の抗菌剤を同定するための薬物ターゲット系に関す
る。
【0002】
【発明が解決しようとする課題】伝染病はあらゆる年齢
層を襲い、世界的規模での全ての死亡の1/3の原因で
ある。呼吸性感染症、下痢性疾患、結核、新生児破傷風
並びに百日咳が細菌感染症の中でも最も顕著である。感
染症は人口増加、都会化によって、抗生物質耐性の発生
をもたらす抗生物質使用の拡大のためでは決してなく、
なお増加している。細菌の薬物耐性の発生率の増加は、
抗菌療法の新たなターゲットを同定して、これらの系の
阻害剤を発見することを必要とする。細菌ホスホトラン
スフェラーゼ系(PTS)がこのようなターゲットの1
つであることが判明した(新規な、特異性抗菌剤の同定
に関しては、図1を比較のこと)。
【0003】
【課題を解決するための手段】本発明は、新規な特異性
抗菌物質の薬物ターゲット系であって、(a)系の一部
ではない、好ましくは、自然に若しくは非特異的内因性
ホスホヒドロラーゼの影響下で加水分解するホスホリル
基受容体を用いることによって、又は(b)ホスホトラ
ンスフェラーゼ系の酵素の少なくとも1種をブロックす
る又は不活化する化学化合物によって、ホスホトランス
フェラーゼ系の活性を阻害することによって細菌ホスホ
トランスフェラーゼ系を脱共役する又は阻害することを
含む薬物ターゲット系に関する。
【0004】さらに、本発明は前記薬物ターゲット系を
用いることによって同定される新規な抗菌剤に関する。
【0005】
【発明の実施の形態】以下では、図面に基づいて、本発
明をさらに詳しく説明する。
【0006】図1は、細菌ホスホエノールピルベート依
存性ホスホトランスフェラーゼ系を示す。ホスホリル基
は連続的にホスホエノールピルベート(P−Prv)か
らHPrに、したがって、炭水化物及びポリアルコール
(IIAsugar、IIBsugar、IICsugar)のための
種々な輸送体に移される。酵素I、グルコース輸送体の
IIAGlcサブユニット、E.coli及び他の可能な
グラム陰性菌のβ−グルコシドのIIBBgl、並びに
B.subtilis及び他のグラム陽性菌のHPrは
調節機能を有する。Xは仮定の阻害剤である。理想的に
は、Xを酵素Iによってリン酸化して、次に自然に加水
分解させ、それによってタンパク質リン酸化を脱共役す
べきである。
【0007】図2は、組合せライブラリーからの阻害性
化合物のスクリーニング、選択及び特徴付けの分析法を
説明する。実験的に測定することができる反応生成物は
ボックスで囲む。阻害性化合物Xは可溶性形であること
も、糸状ファージに固定されることも、マイクロタイタ
ー孔に結合することもできる。GlcNAcの輸送体
(灰色に陰影)は単ポリペプチド鎖のドメインとしてI
IA、IIB及びIIC機能単位を含む。
【0008】図3は、ファージ展示ライブラリーから酵
素I結合ペプチドの選択を説明する。M13ファージを
酵素Iによってパンニングして、酵素I結合ファージを
富化させた。次に“高アフィニティ”ファージによって
トランスフェクトしたE.coliクローンをニトロセ
ルロースシート上で増殖させ、分泌されたニトロセルロ
ース結合ファージを[32P]ホスホエノールピルベート
の存在下で酵素Iのオーバーレイと共に一晩インキュベ
ートした。リン酸化ファージを蛍光イメージャーによっ
て同定して、配列決定した。平均よりも25〜30倍に
リン酸化されたファージ展示配列を化学的に合成して、
それらの生物学的活性を特徴付けた。結果は表1に要約
する。
【0009】図4は、E.coli K12 UT58
0の増殖阻害を説明する。ペプチドをフィルターディス
クに加えて、LB軟寒天中の細胞培養物上に置いた。透
明な帯(clear zone)は増殖阻害を示唆する(パネル
A)。ペプチドの増殖阻害活性はそれらのIC50に逆比
例的に(inversely)相関する(パネルB)。数値は表1
に列挙したペプチドを意味する。
【0010】PTSは一方では炭水化物及びヘキシトー
ルの輸送及びリン酸化において、他方ではシグナル伝達
において二重の役割を果たしている。PTSの二重機能
の分子的基礎は、ホスホエノールピルベートからホスホ
リル基を輸送された炭水化物又はポリアルコールへ連続
的に転移させる4個のリンタンパク質単位を含むタンパ
ク質リン酸化カスケードである(図1)。ホスホリル転
移はホスホヒスチジン及びホスホシステイン中間体を介
して生ずる(検討のためには、Meadow等,199
0,Erni,1992;Postma等,1993,
SaierとReizer,1994;Saier等,
1995)。酵素I(Enz.I)と名付けられた、カ
スケード ホスホエノールピルベート−タンパク質−ホ
スファターゼにおける第1ユニット(E.C.2.7.
3.9)は可溶性二ドメインタンパク質である(LiC
alsi等,1991;Seok等,1996)。これ
はホスホエノールピルベートから第2成分の小(9k
D)可溶性ホスホリルキャリヤータンパク質HPrへの
ホスホリル転移を触媒する。次に、HPr自体が種々な
PTS輸送体(糖及び/又は、ホスホトランスフェラー
ゼ酵素IIA、ホスホトランスフェラーゼ酵素IIBC
と呼ばれ、全てEC2.7.1.69と番号を付けられ
た、ポリアルコール特異的IIA、IIB、IICサブ
ユニット;Legeler等,1994)へのホスホリ
ル供与体として役立つ。これらの輸送体は、転座を輸送
された溶質のリン酸化と関連づける機構によって、糖と
ポリアルコールとの吸収を仲介する(図1)。糖及び/
又はポリアルコールの輸送とリン酸化の他に、PTSは
グラム陰性菌とグラム陽性菌の両方における多様な生理
的プロセス、例えば、カタボライト抑制、PTSの基質
ではない炭水化物の輸送、炭素とエネルギーの代謝、炭
素貯蔵、窒素代謝と炭素代謝との連係(coordination o
f nitrogen with carbon metabolism)、並びに化学
走性をも調節する(Powell等,1995;Sai
erとReizer,1994)。PTSによるシグナ
ル伝達はリン酸化形と非リン酸化形との間のタンパク質
のサイクリック・インターコンバージョンに基づく。こ
れらの2つの形は代謝酵素と転写因子との活性をアロス
テリックにかつリン酸化によって制御する(検討のため
には、Postma等,1993を参照のこと)。PT
Sが存在して、細胞によって取り入れられると、PTS
タンパク質の脱リン酸化形の濃度が上昇する。PTS基
質の不存在下ではリン酸化種が優勢である。グラム陰性
菌のリン酸化IIAはアデニル酸シクラーゼを刺激する
ことによって、カタボライト制御遺伝子のcAMP依存
性転写を刺激する(図1)。脱リン酸化IIAはグリセ
ロールキナーゼ(Hurley等,1993)、マルト
ース、ラクトース、メリビオース、ラフィノースの輸送
体を阻害し、最も可能には、まだ知られていない他の酵
素を阻害する(検討のためには、Saier,199
3;Tigemeiyer等,1994;Saier
等,1995を参照のこと)。 グラム陽性菌では、I
IAの代わりにHPrがカタボライト抑制に関与する
(Saier等,1995)。グラム陽性菌のHPrは
Ser46においてATP依存性HPr特異的タンパク
質キナーゼによってリン酸化される。リン酸化HPrは
カタボライト制御タンパク質A(CepA)リプレッサ
ーに結合して、CcpAの調節DNA領域へのアフィニ
ティを高めることによってコリプレッサー(corepresso
r)として作用する(Saier等,1995において検
討)。
【0011】最近の研究は、カタボライト抑制が毒性(v
irulence)因子の発現に関係することを明らかにしてい
る。アデニル酸シクラーゼを有さないS.typhim
uriumはマウスに対して無毒性である(Curti
ssとKelly,1987;Curtiss等,19
88)。同様に、機能的アデニル酸シクラーゼを有さな
いS.choleraesuis突然変異体も無毒性で
あり、このことは細胞付着又は細胞侵入に関与する遺伝
子がカタボライト制御下にありうることを示唆する(K
elly等,1992)。ベロ細胞毒素を産生するE.
coliは、PTS糖マンノースの存在下で増殖すると
きに接着の顕著な阻害を示し、このことは毒性遺伝子の
発現がカタボライト抑制を介してPTSによって制御さ
れうることをさらに示唆した(Nishikawa等,
1995)。
【0012】しかし、PTS機能が実験室における複合
培地(complex medium)上でのE.coliの増殖のた
めに不必要であることに言及しなければならない。しか
し、PTS EnzI突然変異体は唯一つの炭素源とし
てPTS基質を含有する特定培地(defined medium)上
で増殖することができない。これらは非PTS基質を含
有する他の特定培地上でも増殖しないか、又は困難さを
伴って増殖する。
【0013】上述したように、細菌ホスホトランスフェ
ラーゼ系は、特にPTSは細菌中に偏在するが、真核細
胞中には発生しないので、抗菌療法のターゲットであ
る。このことは有害な副作用を最小にする。PTSは、
細胞壁合成又はDNA複製とは異なり、活性であり続け
るので、非増殖細胞及び緩慢増殖細胞中では傷つき易
い。複製及び細胞分割が停止した後長く経過した定常期
細胞では代謝エネルギーが必要である。
【0014】PTSをターゲットとする抗菌剤は次の機
能的特性を有するべきである:(i)これは、PTSタ
ンパク質が脱リン酸化状態で留まるように、リン酸化カ
スケードに沿ってのホスホリル基の流れを中断すべきで
ある。脱リン酸化タンパク質は、PTS糖が培地中に存
在しないとしてもPTS糖が豊富に存在すると誤ったシ
グナルを送る。この結果、カタボライト制御下で毒性因
子は発現することができず、宿主中に存在しうる他の栄
養素(alternative nutrient)は効果的に代謝されるこ
とができない。(ii)これは酵素I又は任意の他のPT
Sタンパク質に対してタンパク質ヒスチジンホスファタ
ーゼとして作用すべきである。このように、これはホス
ホリル転移連鎖をブロックするのみでなく、脱共役もす
るので、ホスホエノールピルベートが無益回路で消費さ
れるという効果をもたらす。これは細胞から基質レベル
のリン酸化のためのエネルギーキャリヤーと、生合成反
応(オキサロアセテートのアナプレロティック合成、糖
新生、芳香族アミノ酸生合成)の重要な基本成分とを取
り上げる。2つの効果、ホスホエノールピルベートの消
耗とカタボライト制御遺伝子の抑制は、細胞増殖と伝染
性とを弱めるために充分である。
【0015】あらゆるPTSタンパク質のなかで、酵素
Iは好ましくは−排他的ではなく−次の理由から選択す
べきターゲットである。
【0016】酵素IはPTS系を含有する全ての細菌中
で発見されている。EMBLタンパク質データバンクに
は少なくとも17種類の酵素I配列が挙げられている。
例えば、Mycoplasma genitaliu
m、Haemophilusinflunezaeの完
全なゲノムと、E.coliのほぼ完全なゲノムとの比
較は、酵素IとHPrが常に存在することを確認する。
比較のために、糖特異性PTS輸送体の数と種類は異な
る種の間で強く変化する。
【0017】PTSの酵素は原核系(prokaryotic king
dom)における最大のアミノ酸配列類似性と真核系(eukar
yotic kingdom)からのタンパク質に対する最小のアミ
ノ酸配列類似性とを有する最良に保存されたタンパク質
の1種であると思われる。この理由から、酵素Iの阻害
剤及び/又は脱共役剤はそのターゲットに対する強い選
択性を有し、それ故に、真核細胞に関して非常に低下し
た(存在するとしても)副作用を有することを予想する
ことができる。
【0018】酵素Iはホスホリル基をホスホエノールピ
ルベートからホスホリルキャリヤータンパク質HPrへ
転移させる。これが分岐カスケードにおける第1反応で
ある(図1を比較のこと)。それ故、これの阻害は最も
多面的な効果を有する。
【0019】上記で説明した薬物ターゲット系を用い
て、細菌ホスホトランスフェラーゼ系に向けられた、特
に(排他的ではなく)酵素Iに向けられた抗菌性化合物
が同定されている。これを達成するために、図1に示し
たE.coliのあらゆる関連PTSタンパク質が精製
されて、in vitroで再構成されている。すぐ使
用可能な(at hand)これらのタンパク質によって、下記
目的が達成されている。
【0020】化学化合物及びペプチドライブラリーをP
TSタンパク質への結合、PTS活性の阻害及びタンパ
ク質ホスファターゼ活性に関して迅速スクリーニングす
るためのin vitro分析法の開発。
【0021】酵素IとHPrとの間のホスホリル転移を
阻害する化学化合物及びペプチドの探索(このようなペ
プチドの例を列挙した表1を比較のこと)。
【0022】タンパク質ホスファターゼ活性を有する化
学化合物及びペプチドの探索。
【0023】化合物及びペプチド(酵素Iの強力な競合
阻害剤として作用する)の、自殺−阻害剤及び脱共役剤
への転化。脱共役剤の構成は、活性ヒスチジンの求核イ
ミダゾール環の、N−アルキルイミダゾール、チアゾリ
ウム環及び/又は同様な反応性の他の複素環化合物によ
る置換を包含する。このような基は酵素Iに結合したホ
スホリル基とイミダゾールと同様に反応する。しかし、
イミダゾリウムホスフェートとは異なり、N−アルキル
イミダゾリウム/チアゾリウムホスフェートは脱プロト
ンによって安定化されることができず、直ちに加水分解
される。自殺−阻害剤の構成は適当に置換したα,β−
不飽和チオール及び他の求核基を含み、これらの基はリ
ン酸化時に良好な脱離基(例えば、ホスフェートチオエ
ステル)になる。このような脱離基はβ−炭素における
タンパク質求核剤によるビニログ求核置換を促進する。
【0024】PTSを特異的に阻害する化学化合物を発
見するための細菌スクリーニング分析を用いた、PTS
を阻害する化学化合物及びペプチド又はペプチドコンジ
ュゲートの探索。
【0025】下記例示は本発明を説明する。
【0026】PTSタンパク質への結合、PTS活性の
阻害及びタンパク質ホスファターゼ活性に関して化学化
合物ライブラリーをスクリーニングするための分析法。 (a)酵素Iに結合する、及び(b)酵素Iによってリ
ン酸化される化学化合物を同定するために幾つかの分析
法(次頁の図2)を開発した。酵素Iに対するホスファ
ターゼ活性を有するリガンドを検出するための分析法
(c)も開発されている(詳細に関しては、材料と方法
の項を参照のこと)。 (a)固定リガンド、例えば、ファージ展示ライブラリ
ー(phage display library)からの糸状ファージ又は
組合せペプチドライブラリーからの合成ペプチドへの酵
素Iの結合を[125I]−酵素Iとオートラジオグラフ
ィーとを用いて検出した。
【0027】(b)酵素Iによるリン酸化。ペプチド
と、酵素Iによってリン酸化されることができるペプチ
ドを展示する糸状ファージとを同定するために、サポー
トに基づくペプチドライブラリーと、固定ペプチドを展
示するファージとを[32P]ホスホエノールピルベート
の存在下で酵素Iと共に一晩インキュベートし、リン酸
化種を蛍光イメージャー(Phosphor Imager)によって検
出した。酵素I依存性リン酸化を、リン酸化可溶性ペプ
チドの薄層クロマトグラフィー、オートラジオグラフィ
ー及びエレクトロスプレー質量分光法によって確認し
た。
【0028】(c)ホスファターゼ活性。無機ホスフェ
ートの形成を比色法によって検出するための慣用的な、
充分に確立された分析法が特異的なニーズ(needs)に適
用されている。この分析法はマイクロタイタープレート
でおこなうことができ、マイクロプレート・フォトリー
ダー(microplate photoreader)によって定量すること
ができる。可溶性化合物のホスファターゼ活性をモニタ
ーするためのもう一つの分析法は、酵素Iが脱リン酸さ
れるときには常にホスホエノールピルベートから連続的
に生成されるピルビン酸(pyruvate)の検出に基づく。可
溶性化合物の酵素I特異性ホスファターゼ活性はピルビ
ン酸・バースト(pyruvate burst)から検出することが
できる。ピルビン酸生成速度は乳酸デヒドロゲナーゼと
NADHによってモニターする。この分析法はマイクロ
タイタープレートでおこなうことができ、マイクロプレ
ート・フォトリーダーによって定量することができる。 (d)in vitro PTS活性の阻害。可溶性化
合物の阻害活性は、精製PTSタンパク質の存在下での
糖ホスホトランスフェラーゼ分析において、末端リン酸
受容体(terminal phosphate acceptor)としての[14
C]GlcNAc([14C]N−アセチル−グルコサミ
ン)又は[14C]Glc([14C]グルコース)によっ
て定量的に測定することができる(Erni等,198
2)。
【0029】(e)細菌におけるPTS活性の阻害。P
TSを特異的に妨害する化合物も細菌中で検出すること
ができる。インジケーターE.coli(又は任意の他
の細菌)を、唯一つの炭素原としてグルコース又は非P
TS基質(例えば、ラクトース)のいずれかを含有する
2つの特定最少塩培地で培養する。化学ライブラリーか
らの化合物を両方の培養物に供給する。グルコース上の
みでの増殖を阻害するが非PTS基質上での増殖に影響
を及ぼさない作用剤が候補のPTS阻害剤である。
【0030】ファージ展示ライブラリーからのペプチド 6マー(6-mer)、9マー、10マー及び15マーのイン
サートを発現するM13ファージ展示ライブラリー(S
cottとSmith,1990;Christian
等,1992)を酵素Iによってパンニングして(panne
d)、酵素I結合ファージを富化させた。“高アフィニテ
ィ”ファージによってトランスフェクトしたE.col
iクローンをニトロセルロースシート上で増殖させ、分
泌されたニトロセルロース結合ファージを[32P]ホス
ホエノールピルベートの存在下で酵素Iと共に一晩イン
キュベートした。リン酸化ファージを蛍光イメージャー
(Molecular Dynamicsから商業的に
入手可能)によって同定して、配列決定した。平均より
も25〜30倍にリン酸化されたペプチドの配列を表1
に示す。図3はこの方法を説明する。
【0031】全てのファージ展示ペプチドはヒスチジン
残基又はシステイン残基を含有し、全てのペプチドは1
個又は数個の塩基残基を含有する。このことは正に荷電
したペプチドと、高い割合の酸残基を含有する酵素Iの
活性部位ポケットとの間の酵素Iリガンド錯体の静電的
安定化を示唆する(Seok等,1996)。予想され
るHis含有ペプチドの他に、システイン含有配列が現
れたことが特に重要である。実際に、ある一定のPTS
タンパク質(PTS輸送体のIIBドメイン,図1)は
システインにおいてリン酸化される(Meins等,E
berstadt等,1996)。酵素Iの活性部位は
適当な配列に関連してHisのみでなくCysをも認識
するように思われる。
【0032】ペプチドによるPTSの阻害 酵素Iによってリン酸化されたファージ展示ライブラリ
ーからのペプチドの一部は、可溶性形で標準方法によっ
て合成され、特徴付けられている。これらは60μMか
ら10mMを越えるまでのIC50を有するin vit
roホスホトランスフェラーゼ活性を阻害する(表
1)。図3の第2部はこの方法を説明する。
【0033】材料と方法 [125I]酵素Iによってモニターした、固定ペプチド
への酵素Iの結合。ゴナドトロピンに関して報告された
方法(Sairam,M.R.1979)に従って、ラ
クトペルオキシダーゼ触媒反応によって酵素Iを125
で放射能標識した。簡単に述べると、200μlの緩衝
剤中の1mgの酵素Iを10μl(0.5mCi)のN
125Iによってヨウ素化した。この反応は水浴中で、
全体を通して穏やかに撹拌しながら、34℃において6
0分間おこなった。この反応はヨウ化カリウムの添加に
よって停止させた。BSAで予め飽和させ、50mM
PBS(pH7.2)と平衡させたSephadex
G−50カラム上で、ヨウ素化タンパク質を遊離ヨウ素
から分離した。
【0034】固定ペプチドを有するセルロース膜を3%
BSAを含有する50mM TBSと共に、室温におい
て振とうしながら1時間インキュベートした。その後
に、膜を洗浄し、0.15%カゼインを含有する50m
M PBS(別のブロッキング剤)と共にさらに1時間
インキュベートして、非特異性結合部位をブロックし
た。次に、これらの膜を0.15%カゼインを含有する
PBS中で[125I]酵素Iと共に2時間インキュベー
トした。これらの膜を0.1%Tweenを含有するP
BSによって洗浄することによって、これらの膜から非
特異的に、弱く結合した[125I]酵素Iを除去した。
オートラジオグラフィーによって放射能を測定した。
【0035】固定ペプチドの酵素I依存性リン酸化。[
32P]PEPをRossien等,1983が述べてい
るように調製した。固定ペプチドライブラリーを含むセ
ルロース膜を上述したようにブロッキング剤によって処
理した。次に、これらのライブラリーを触媒量の酵素I
の存在下で[32P]PEPと共に室温において30分間
インキュベートした。リン酸化種を蛍光イメージャー
(MolecularDynamics)によって同定
した。
【0036】可溶性ペプチドによるホスホトランスフェ
ラーゼ活性の阻害。この分析法は酵素I依存性糖リン酸
化活性の阻害を測定する。IC50はPTS活性を50%
阻害するために必要な阻害剤の濃度として定義される。
糖特異性化合物として、E.coliの精製N−アセチ
ルグルコサミン輸送体(IIGlcNAc)(Mukhija
とErni,1996)を用いた。この反応混合物は1
00μlにつき100μgの、卵黄からのホスファチジ
ルグリセロール(Sigma)と、50mMのKPi
(pH7.5)と、2.5mMのジチオトレイトール
と、2.5mMのNaFと、5mMのMgCl2と、1
mMのホスホエノールピルベート(カリウム塩、Sig
ma)と、0.5mMの[U−14C]GlcNAc(N
ew England Nuclear;56.3mC
i/mmol、1000cpm/nmolまでに希釈)
と、各3μMの精製HPr及び酵素Iとを含有した(M
ao等,1995)。この反応は0.1μgのII
GlcNAcの添加によって開始した。37℃における30分
間のインキュベーション後に、1mlの氷冷水を加える
ことによって、反応を停止した。GlcNAc−6−ホ
スフェートをAG−1−X2(50−100メッシュ,
Biorad)上でのアニオン−交換クロマトグラフィ
ーによって遊離GlcNAcから分離した。活性は30
分間後に形成された糖−Pのナノモル数として表現され
る。HPr濃度は、それが総合ホスホトランスフェラー
ゼ反応において速度制限性(time-limiting)であるよう
に、調節した。阻害性ペプチドを25μM〜10mMの
濃度まで加えた。ペプチドの不存在下でのGlcNAc
のリン酸化を100%と見なした。乳酸デヒドロゲナー
ゼに関連したピルビン酸生成。酵素Iによるホスホエノ
ールピルベートから生成されたピルベートは乳酸デヒド
ロゲナーゼの存在下でラクテートに転化し、付随するN
ADH消費を340nmにおいて分光測光法によって追
跡した。反応混合物は0.8mMのPEPと、0.2m
MのNADHと、30μgの乳酸デヒドロゲナーゼと、
50mMのKPi(pH7.5)と、2.5mMのジチ
オトレイトールと、2.5mMのNaFと、5mMのM
gCl2と、基質としての22.5μMのHPr又は5
0〜150μMのペプチドとを含有した。0.75μM
の酵素Iを添加することによって、反応を開始した。ペ
プチドによる酵素Iの阻害を測定するために、種々な濃
度でペプチドを加えた。阻害性ペプチドはHPrより非
常に緩慢な速度で酵素Iによってリン酸化される。
【0037】増殖阻害分析法。LB培地中で増殖させた
E.coli K−12 UT580の一晩培養物を4
0℃の軟寒天(LBブロス中に0.7%アガロース)中
で1:30に希釈し、3mlの希釈済み細胞懸濁液をL
B寒天プレート上に広げた。フィルターディスク(4.
4mm直径)を凝固した上部寒天上に規則的な間隔で置
いた。各フィルターに、種々なペプチドストック溶液
(20μM〜80μM)の1種類(10μl)を加え
た。寒天プレートを37℃において一晩インキュベート
した。各フィルターの周囲の透明帯の面積を測定した。
この透明な面積をペプチドの増殖阻害活性の尺度と見な
す。図4と表1とを比較すること。 表 I サポートに基づく組合せライブラリーから同定されたペ
プチドの生物学的活性 *ID数値は配列表に要約した配列番号に相当する。
【表1】 a ペプチド1に由来する、リン酸化可能なアミノ酸残
基を有さないペプチド b ペプチド1に由来する、ヒスチジンの代わりにアス
パルテートを有するペプチド c ドデカペプチド4から誘導されるオクタペプチド d HPr活性部位ループの配列を有するペプチド e マイクロタータープレート中でのin vitro
酵素分析を標準化するためのビオチニル化ペプチド f Ac:アセチル化ペプチド
【表2】表 II ファージ展示によって同定されたペプチドの生物学的活
性 ** ID数値は配列表に要約した配列番号に相当する。 a ペプチドNo.22と23はそれらのアミノ末端
に、M13のコートタンパク質pIIIによってコード
される3個の余分な残基(DGA)を有する。Ac:ア
セチル b ペプチドNo.30のアミノ酸配列は、HPrの活
性部位ループの配列に等しい。この配列はファージ展示
されるペプチドには見い出されなかったので、化学的に
合成して、比較のために用いた。 c 脱共役の率は非常に低い。これはIC50(μM)を
乗じた1時間当たりのペプチド1μMにつき消費される
NADHのμM数として算出される。この修正(modific
ation)は、酵素に対するペプチドの非常に多様なアフィ
ニティ(IC50)にも拘わらず、ホスホハイドロリシス
(phosphohydrolysis)の大体の速度の比較を可能にす
る。 参考文献 Ammer,J.,Brennenstuhl,M.,
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e IIBGlcdomain and its bin
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arka,T.編集)CRC Press,Boca
Raton. 配列表 (1)一般的情報: (i)出願人: (A)名称:ARPIDA (B)街:Dammstrasse 36 (C)市:Muenchenstein (D)州:BL (E)国:スイス (F)郵便番号:CH−4142 (G)電話:+41 61 417 96 60 (H)テレファックス:+41 61 417 96
61 (ii)発明の名称:ターゲット系 (iii)配列数:32 (iv)コンピューター読み取り形式: (A)媒体型:フロッピーディスク (B)コンピューター:IBM PC コンパーティブ
ル (C)オペレーティング・システム:PC−DOS/M
S−DOS (D)ソフトウウェア:Patentin Relea
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【0039】(2)配列番号:2に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:7アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:2:
【0040】(2)配列番号:3に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:7アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:3:
【0041】(2)配列番号:4に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:12アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:1 (C)他の情報:/ラベル=Xaa/注釈=“Xaaは
任意のアミノ酸であることができる” (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:2 (C)他の情報:/ラベル=Xaa/注釈=“Xaaは
任意のアミノ酸であることができる” (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:11 (C)他の情報:/ラベル=Xaa/注釈=“Xaaは
任意のアミノ酸であることができる” (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:12 (C)他の情報:/ラベル=Xaa/注釈=“Xaaは
任意のアミノ酸であることができる” (xi)配列:配列番号:4:
【0042】(2)配列番号:5に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:8アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:5:
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【0044】(2)配列番号:7に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:8アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:7:
【0045】(2)配列番号:8に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:8アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:8:
【0046】(2)配列番号:9に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:8アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:9:
【0047】(2)配列番号:10に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:9アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:10:
【0048】(2)配列番号:11に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:9アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:1 (C)他の情報:/ラベル=Pro/注釈=“ビオチン
分子は位置1においてProに共有結合する” (xi)配列:配列番号:11:
【0049】(2)配列番号:12に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:4アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:12:
【0050】(2)配列番号:13に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:4アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:1 (C)他の情報:/ラベル=Trp/注釈=“Trpは
アセチル化される” (xi)配列:配列番号:13:
【0051】(2)配列番号:14に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:15アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:14:
【0052】(2)配列番号:15に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:15アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:11 (C)他の情報:/ラベル=Trp/注釈=“Trpは
アセチル化される” (xi)配列:配列番号:15:
【0053】(2)配列番号:16に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:10アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:16:
【0054】(2)配列番号:17に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:10アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:17:
【0055】(2)配列番号:18に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:10アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (xi)配列:配列番号:18:
【0056】(2)配列番号:19に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:10アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:19:
【0057】(2)配列番号:20に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:10アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:20:
【0058】(2)配列番号:21に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:6アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:21:
【0059】(2)配列番号:22に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:9アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:22:
【0060】(2)配列番号:23に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:9アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:1 (C)他の情報:/ラベル=Xaa/注釈=“Aspは
アセチル化される” (xi)配列:配列番号:23:
【0061】(2)配列番号:24に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:6アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:24:
【0062】(2)配列番号:25に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:6アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:25:
【0063】(2)配列番号:26に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:6アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:26:
【0064】(2)配列番号:27に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:6アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:27:
【0065】(2)配列番号:28に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:6アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:28:
【0066】(2)配列番号:29に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:6アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:29:
【0067】(2)配列番号:30に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:9アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:30:
【0068】(2)配列番号:31に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:13アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (xi)配列:配列番号:31:
【0069】(2)配列番号:32に関する情報: (i)配列特徴: (A)長さ:14アミノ酸 (B)型:アミノ酸 (D)トポロジー:直鎖状 (ii)分子種類:ペプチド (ix)特徴 (A)名称/キー:ペプチド (B)位置:1 (C)他の情報:/ラベル=Met/注釈=“Metは
アセチル化される” (xi)配列:配列番号:32:
【0070】
【図面の簡単な説明】
【図1】細菌ホスホエノールピルベート依存性ホスホト
ランスフェラーゼ系。
【図2】組合せライブラリーからの阻害性化合物のスク
リーニング、選択及び特徴付けの分析法。
【図3】ファージ展示ライブラリーから酵素I結合ペプ
チドの選択。
【図4】E.coli K12 UT580の増殖阻
害。
フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI C12Q 1/04 A61K 37/02 ADZ

Claims (10)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 特定の抗菌剤の薬物ターゲット系であ
    って、(a)系の一部ではない、自然に若しくは非特異
    的内因性ホスホヒドロラーゼの影響下で加水分解するホ
    スホリル基受容体を用いることによって、又は(b)ホ
    スホトランスフェラーゼ系の酵素の少なくとも1種をブ
    ロックするか若しくは不活化する化学化合物によってホ
    スホトランスフェラーゼ系を阻害することによって細菌
    ホスホトランスフェラーゼ系を脱共役又は阻害すること
    を含む薬物ターゲット系。
  2. 【請求項2】 系の一部ではない、自然に加水分解す
    るホスホリル基受容体を用いることによって、細菌ホス
    ホトランスフェラーゼ系を脱共役する又は阻害すること
    を含む、請求項1記載の薬物ターゲット系。
  3. 【請求項3】 系の一部ではない、非特異的内因性ホ
    スホヒドロラーゼの影響下で加水分解するホスホリル基
    受容体を用いることによって、細菌ホスホトランスフェ
    ラーゼ系を脱共役することを含む、請求項1又は2に記
    載の薬物ターゲット系。
  4. 【請求項4】 ホスホトランスフェラーゼ系の酵素の
    少なくとも1種をブロックするか若しくは不活化する化
    学化合物によってホスホトランスフェラーゼ系活性を阻
    害することを含む、請求項1記載の薬物ターゲット系。
  5. 【請求項5】 ホスホトランスフェラーゼ系の酵素の
    少なくとも1種をブロックする化学化合物によって細菌
    ホスホトランスフェラーゼ系を阻害することを含む、請
    求項1又は4に記載の薬物ターゲット系。
  6. 【請求項6】 ホスホトランスフェラーゼ系の酵素の
    少なくとも1種を不活化する化学化合物によって細菌ホ
    スホトランスフェラーゼ系を阻害することを含む、請求
    項1又は4に記載の薬物ターゲット系。
  7. 【請求項7】 下記式: KKFHLRK 配列番号: 1 KKFALRK 配列番号: 2 KKFDLRK 配列番号: 3 XXKKWHLRKRXX 配列番号: 4 KKWHLRKR 配列番号: 5 KGWHKRKK 配列番号: 6 KKWHRRKK 配列番号: 7 KKWHKRKK 配列番号: 8 KKFHIRKR 配列番号: 9 PNGLHTRPA 配列番号:10 Bio−PNGLHTRPA 配列番号:11 WHKR 配列番号:12 Ac−WHKR 配列番号:13 で示されるペプチド配列。
  8. 【請求項8】 下記式: GLRFGKTRVHYLVLG 配列番号:14 SGRKSTRVHHWLLVL 配列番号:15 KMSRHRKPGA 配列番号:16 SSLRGHRWVY 配列番号:17 KISRHGKRGK 配列番号:18 KISRHGRPTG 配列番号:19 RIHFIPRRGR 配列番号:20 RLHYLF 配列番号:21 DGARLHYLF 配列番号:22 AcDGARLHYLF 配列番号:23 RHWSIF 配列番号:24 RHRTLF 配列番号:25 RHYLLF 配列番号:26 RHITSL 配列番号:27 RHITLF 配列番号:28 MSRHRN 配列番号:29 PNGLHTRPA 配列番号:30 MRLLKTLCFGLCG 配列番号:31 AcMRLLKTLCFVGLCG 配列番号:32 で示されるペプチド配列。
  9. 【請求項9】 請求項1〜6のいずれかに従って同定
    された抗菌剤と慣用的賦形剤とを含有することを含む、
    伝染性疾患を治療するための薬剤組成物。
  10. 【請求項10】 請求項7又は8のいずれかに記載の
    ペプチドの1種以上を含有することを含む薬剤組成物。
JP10052878A 1997-02-19 1998-02-18 ターゲット系 Pending JPH10327894A (ja)

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US5700675A (en) * 1995-12-13 1997-12-23 Regents Of The University Of California Protein kinase required for Ras signal transduction

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