JPH10510433A - 高いキラル純度のホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチド - Google Patents
高いキラル純度のホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチドInfo
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Abstract
(57)【要約】
実質的にすべてSpのまたは実質的にすべてRpのホスホロチオエート糖間結合のいずれかにより一緒に結合したヌクレオシドユニットを含む配列特異的ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが提供される。そのような実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有する配列特異的ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、酵素的または化学合成により製造される。
Description
【発明の詳細な説明】
高いキラル純度のホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチド関連出願のクロスリファレンス
本出願は、1994年8月29日に出願された、米国特許出願08/297,
703の一部継続出願であり、これは、1991年10月16日に出願され、取
り下げられた米国特許出願07/777,007の継続出願である。本出願はま
た、1993年5月5日に出願された米国特許出願08/058,023の一部
継続出願であり、これは、1991年10月15日に出願された米国特許出願0
7/777,670(米国特許5,212,295として1993年5月18日
に発行)の分割出願であり、これは、米国特許出願07/777,007の一部
継続出願である。上述の各特許出願は、本発明の譲受人にともに譲渡されており
、各出願の全開示を本明細書の一部としてここに引用する。発明の分野
本発明は、糖間結合により結合したヌクレオシドを含む配列特異的ホスホロチ
オエートオリゴヌクレオチド、およびそれらの合成および使用に関する。より詳
細には、本発明のオリゴヌクレオチドのヌクレオシドをつなぐ糖間結合は、実質
的に純粋なすべてSpのまたはすべてRpのキラルホスホロチオエート結合であ
る。そのようなオリゴヌクレオチドは、化学的または酵素的合成により製造され
る。これらは、診断、治療および研究試薬として特によく適している。発明の背景
オリゴヌクレオチドは一本鎖RNAまたは一本鎖DNAにハイブリダイズする
ことが知られている。ハイブリダイゼーションは、オリゴヌクレオチドの塩基の
標的RNAまたはDNAの塩基への配列特異的塩基対水素結合である。そのよう
な塩基対は互いに相補的であるといわれる。
オリゴヌクレオチドの相補的核酸へのハイブリダイゼーションの程度の決定に
おいては、オリゴヌクレオチドが相補的核酸と結合する相対的能力を、特定のハ
イブリダイゼーション複合体の融解温度を測定することによって比較することが
できる。融解温度(Tm)は、二重らせんに特徴的な物理学的性質であり、らせ
ん形(ハイブリダイズしている)対コイル形(ハイブリダイズしていない)が5
0%の比率で存在する温度(℃)を表す。Tmは、UVスペクトルを用いてハイ
ブリダイゼーション複合体の形成および崩壊(融解)を判定することにより測定
される。ハイブリダイゼーションの間に生ずる塩基のスタッキングは、UV吸収
の減少(淡色化)を伴う。したがって、UV吸収の減少はより高いTmを示す。
Tmがより高くなればなるほど、鎖の間の結合強度はより大きくなる。
オリゴヌクレオチドを用いて、細胞内酵素RNase Hを用いる標的RNA
の酵素的切断を行うことができる。そのようなRNase H切断のメカニズム
は、2’−デオキシリボフラノシルオリゴヌクレオチドが標的RNAにハイブリ
ダイズすることを必要とする。得られるDNA−RNAデュープレックスはRN
ase H酵素を活性化し、活性化された酵素はRNA鎖を切断する。RNA鎖
の切断は、標的RNAの正常な機能を破壊する。ホスホロチオエートオリゴヌク
レオチドはこのタイプのメカニズムにより作用する。しかし、DNAオリゴヌク
レオチドがRNase Hの細胞性活性化に有用であるためには、オリゴヌクレ
オチドは、RNase H活性化に十分な時間細胞内で生き残るため、ヌクレア
ーゼに対して適度に安定でなければならない。非細胞的な用途、例えばオリゴヌ
クレオチドの研究試薬としての使用においては、そのようなヌクレアーゼ安定性
は必要ではないだろう。
Walderらのいくつかの刊行物は、RNase Hとオリゴヌクレオチド
との相互作用を記載する。特に興味深いものは以下のものである:(1)Dag
le et al.,Nucleic Acids Research 199
0,18,4751;(2)Dagle et al.,Antisense
Research And Development 1991,1,11;(
3)Eder et al.,J.Biol.Chem.1991,266,6
472;および(4)Dagle et al.,Nucleic Acids
Research 1991,19,1805。これらの刊行物によれば、未
修飾ホスホジエステルヌクレオシド間結合と修飾ホスホロチオエートヌクレオシ
ド間結合との両方を有するDNAオリゴヌクレオチドは、細胞性RNase H
の基質である。これらは基質であるため、RNase Hによる標的RNAの
切断を活性化する。しかし、著者はさらに、アフリカツメガエル(Xenopu
s)胚において、ホスホジエステル結合およびホスホロチオエート結合の両方が
エキソヌクレアーゼ分解をも受けることに注目している。そのようなヌクレアー
ゼ分解は、RNase H活性化に利用可能なオリゴヌクレオチドを急速に枯渇
させるため、有害である。
文献(1)、(2)および(4)に記載されるように、なおRNase H活
性化を与えたままオリゴヌクレオチドをヌクレアーゼ分解に対して安定化させる
ために、ホスホルアミデート、アルキルホスホネートまたはホスホトリエステル
結合の区域の間に配置されたホスホジエステル結合ヌクレオチドの短い区域を有
する2’−デオキシオリゴヌクレオチドが構築された。ホスホルアミデート含有
オリゴヌクレオチドは、エキソヌクレアーゼに対して安定化されていたため、文
献(4)においては、著者はそれぞれのホスホルアミデート結合が、ホスホルア
ミデート含有オリゴヌクレオチドの測定Tm値において1.6℃の低下をもたら
したことに注目している。このようなTm値の低下は、オリゴヌクレオチドとそ
の標的核酸鎖との間のハイブリダイゼーションの減少を示している。
診断、研究試薬、および治療剤としてのオリゴヌクレオチドの適用には、オリ
ゴヌクレオチドが細胞膜を越えて移送されることまたは細胞により取り込まれる
こと、標的RNAまたはDNAに適切にハイブリダイズすること、および続いて
核酸機能を停止または破壊することが必要である。これらの必須の機能は、部分
的には、ヌクレアーゼ分解に対するオリゴヌクレオチドの初期の安定性に依存す
る。さらに、これらの機能は、標的RNAまたはDNA分子に対するオリゴヌク
レオチドの特異性に依存する。
オリゴヌクレオチドのこれらの目的に関する深刻な欠陥は、細胞内および細胞
外に存在しうる偏在する種々のヌクレアーゼによる酵素的分解に対して感受性で
あることである。未修飾の、”野生型”オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼに
より急速に分解されるため、治療剤としては有用ではない。したがって、ヌクレ
アーゼ耐性を付与するためのオリゴヌクレオチドの修飾は、オリゴヌクレオチド
治療および診断の開発をめざす研究の主要な焦点であった。
オリゴヌクレオチドを修飾してヌクレアーゼ耐性を増強させることは、一般に
糖−リン酸主鎖において、特にリン原子上で行われてきた。ホスホロチオエート
は、ヌクレアーゼに耐性を示すことが報告されている。さらに、ホスホロチオエ
ートオリゴヌクレオチドは一般に、天然のホスホジエステルオリゴヌクレオチド
より化学的により安定である。ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドはまた、
水性媒体中での溶解性を示す。さらに、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド
−RNAヘテロデュープレックスは、外来RNase Hのための基質として働
くことができる。さらに、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、高い熱力
学的安定性を示す。しかし、オリゴヌクレオチドが標的RNAまたはDNAに確
実性をもって結合する能力は、標的RNAまたはDNAへのハイブリダイゼーシ
ョンにとって重要であるが、オリゴヌクレオチドのリン原子における修飾は、種
々の程度のヌクレアーゼ耐性を示すものの、一般に劣ったハイブリダイゼーショ
ン特性という欠点を有する[Cohen,J.S.,Ed.,Oligonuc
leotides:Antisense Inhibitors of Gen
e Expression(CRC Press,Inc.,Boca Rat
on,FL,1989]。
この劣ったハイブリダイゼーションの理由は、リン原子のプロキラルな性質で
あろう。修飾されたリンのオリゴヌクレオチドの内部リン原子における修飾は、
RpおよびSp立体異性体を生ずる。
現在までに得られた、得られる分子が非対称の置換基を有する修飾リンオリゴ
ヌクレオチドは、2n個(nはオリゴヌクレオチド中のホスホロチオエート糖間
結合の数と等しい)の異性体を有するラセミ混合物であった。したがって、14
個の非対称中心を含む15−merホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、
214すなわち16,384個のジアステレオマーを含む。この観点から、ラセミ
混合物においては、少ないパーセントのオリゴヌクレオチドのみが、十分な親和
性をもって標的mRNAまたはDNAに特異的にハイブリダイズするようである
。
キラル的に純粋な糖間結合を有する化学的に合成されたホスホロチオエートオ
リゴヌクレオチドは、これまでのところ、1つまたは2つのジアステレオマー性
糖間結合のみを有する分子に限定されている。キラル的に純粋な糖間結合を有す
るオリゴヌクレオチドの合成は、自動化合成によってはまだ達成されていないた
め、配列特異的ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの化学的に合成されたラ
セミ混合物に導入されたキラル性の効果は最近まで評価されなかった。これは、
自動化合成の間にイオウが非立体特異的に取り込まれるためである。例えば、S
tec et al.,J.Chromatography,326:263(
1985)は、ラセミ糖間結合を有するある種のオリゴヌクレオチドホスホロチ
オエートを合成したが、1つまたは最大でも2つのジアステレオマー性リン糖間
結合を有するある種の小さいオリゴマーのジアステレオマーを解明することがで
きたのみである。
しかし、Stec et al.[Nucleic Acids Res.,
19:5883(1991)]は続いてオリゴヌクレオチドの自動化立体制御合
成を報告した。上述の文献に記載される方法は、5価のホスホロチオイル中心に
おける、塩基により触媒される求核置換を利用する。
酵素的方法を用いる、すべてRpの糖間結合を有するホスホロチオエートの合
成は、何人かの著者により研究されてきた[Burgers and Ecks
tein,J.Biological Chemistry,254:6889
(1979);Gupta et al.,J.Biol.Chem.,256
:7689(1982);Brody and Frey,Biochemist
ry,20:1245(1981);およびEckstein and Jovi
n,Biochemistry,2:4546(1983)]。Brodyら(
Biochemistry,21:2570(1982)]、およびRoman
iukおよびEckstein[J.Biol.Chem.,257:7684
(1982)]は、ポリTpAおよびポリApTホスホロチオエートを酵素的に
合成した。BurgersおよびEckstein[Proc.Natl.Ac
ad.Sci.U.S.A.,75:4798(1978)]は、ポリUpAホ
スホロチオエートを酵素的に合成した。Cruseら[J.Mol.Biol.
,192:891(1986)]は、3つのジアステレオマー性RpのGpCホ
スホロチオエートダイマーを天然のホスホジエステル結合により結合させてヘキ
サマーとした。
オリゴヌクレオチドが相補的核酸に結合する相対的能力は、特定のハイブリダ
イゼーション複合体の融解温度を測定することによって比較することができる。
融解温度(Tm)は、二重らせんに特徴的な物理学的性質であり、らせん形対コ
イル形(ハイブリダイズしていない)が50%で存在する温度(℃)を表す。T
mは、UVスペクトルを用いてハイブリダイゼーションの形成および崩壊(融解
)を判定することにより測定される。ハイブリダイゼーションの間に生ずる塩基
のスタッキングは、UV吸収の減少(淡色化)を伴う。したがって、UV吸収の
減少はより高いTmを示す。Tmがより高くなればなるほど、鎖の間の結合強度
はより大きくなる。非ワトソン−クリック塩基対は、Tmに対して強い不安定化
効果を有する。
予備的報告[Stec,J.W.,Oligonucleotides as
Antisense Inhibitors of Gene Expres
sion:Therapeutic Implications,Meetin
g abstracts,June 18−21,1989]においては、天然
のホスホジエステル結合により結合した2つのチミジンメチルホスホネート4量
体ジアステレオマーから、糖間結合に1つを除いてすべて修飾リン酸結合を有す
るチミジンホモポリマー8量体(”1つ以外”)のRp立体コンフィギュレーシ
ョンまたは”1つ以外”Sp立体コンフィギュレーションが形成された。1つを
除きすべてRpの糖間結合を有するRp”1つ以外”メチルホスホネート配列非
特異的チミジンホモ8量体、すなわち(dT)8は、15量体デオキシアデノシ
ンホモポリマー、すなわち(dA)15と、”1つを除く”Spコンフィギュレー
ションメチルホスホネート結合を有する同様のチミジンホモポリマー、すなわち
1つを除きすべてSpの糖間結合を有するd(T)15とd(A)15により形成さ
れたハイブリッド(Tm<O℃)よりも、熱力学的により安定なハイブリッド(
Tm 38℃)を形成したことに注目されたい。天然のホスホジエステル結合を
有する(dT)8、すなわちオクタチミジル酸とd(A)15との間のハイブリッ
ドは、14℃のTmを有することが報告されている。
より最近では、Uedaら[Nucleic Acids Research
,19:547(1991)]は、翻訳系において用いるための、Rpジアステ
レ
オマー性ホスホロチオエート結合を断続的に取り込んだmRNAを酵素的に合成
した。Uedaらは、T7RNAポリメラーゼのための17のプロモーターおよ
び1つの停止部位を有するT7コリファンDNAを用いた。T7RNAポリメラ
ーゼによるインビトロ合成は、数百から数万個のヌクレオチドを有するmRNA
を生成した。
主鎖キラル性はまた、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド−RNAヘテロ
デュープレックスのRNase H活性に対する感受性に影響を与えるであろう
。RNase HがRNA−DNAオリゴヌクレオチドヘテロデュープレックス
中のRNA成分の切断を引き起こすことが示唆されているため、RNase H
のためのテンプレートとして働く能力は著しい治療的意味を有する。Rpおよび
Sp糖間結合のラセミ混合物を含むオリゴヌクレオチドについては、すべてのホ
スホロチオエートオリゴヌクレオチドがRNase Hの基質として同等に機能
しうるか否かはわかっていない。種々の触媒反応について、核酸のホスホジエス
テル主鎖の加水分解は、立体特異的メカニズム(インラインメカニズム)および
コンフィギュレーションの反転により進行する。したがって、ラセミ混合物には
、最大のハイブリダイゼーション効率および翻訳の停止のための正しいキラル性
を含むオリゴヌクレオチドは少ないパーセンテージでのみ存在するであろう。す
なわち、ヘテロデュープレックス中でRNase Hのための基質として働くこ
とができるホスホロチオエートオリゴヌクレオチドのパーセンテージを増加させ
ることは、アンチセンス療法のためのより有効な化合物につながるであろう。
ハイブリダイゼーションの確実性を増強させるために、実質的にキラル的に純
粋な糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが非常に望まれて
いる。さらに、そのような実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロ
チオエートオリゴヌクレオチドは、より有効な治療化合物につながるであろう。
しかし、これまでのところ、そのような分子の合成にはほとんど成功していない
。したがって、実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエート
オリゴヌクレオチドを合成する簡単な方法が非常に望まれている。
オリゴヌクレオチド治療の開発においてオリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐
性およびハイブリダイゼーションの確実性が非常に重要であることが認識されて
きた。ヌクレアーゼ耐性を有するオリゴヌクレオチドはまた、研究試薬および診
断薬としても望まれている。発明の概要
本発明にしたがえば、すべてのヌクレオシドユニットが実質的にすべてSpの
ホスホロチオエート糖間結合または実質的にすべてRpのホスホロチオエート糖
間結合のいずれかにより一緒に連結されているホスホロチオエートオリゴヌクレ
オチドが提供される。好ましくは、本発明のホスホロチオエートオリゴヌクレオ
チドは、標的RNAまたはDNAの配列の少なくとも一部に相補的である。
さらに、本発明にしたがえば、実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有する配
列特異的ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを合成する化学的および酵素的
方法が提供される。ここで、前記ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、実
質的にすべてRpのまたは実質的にすべてSpの糖間結合のいずれかにより一緒
に連結された、少なくとも10ヌクレオシドユニットからなる。好ましくは、ホ
スホロチオエートオリゴヌクレオチドは、実質的にキラル的に純粋な糖間結合に
より連結された約10から約50ヌクレオシドユニットからなる。より好ましく
は、前記ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、実質的にキラル的に純粋な
糖間結合により連結された約15から約30ヌクレオシドユニットからなる。最
も好ましくは、前記ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、実質的にキラル
的に純粋な糖間結合により連結された約17から21ヌクレオシドユニットから
なる。前記方法は、配列プライマー、テンプレート、および過剰量の4つすべて
のキラル的に純粋なヌクレオシド5’−O−(1−チオトリホスフェート)を組
み合わせることを含む。前記方法はさらに、ポリメラーゼの付加およびそれに続
く相補的オリゴヌクレオチドからのプライマーの切断により、相補的オリゴヌク
レオチドを合成することを含む。さらに、前記方法は、前記相補的オリゴヌクレ
オチドを前記テンプレートから解離させることを含む。
実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有する配列特異的ホスホロチオエートオ
リゴヌクレオチドを合成する本発明の方法の別の態様においては、配列プライマ
ー、テンプレートおよびヌクレオシド5’−O−(1−チオトリホスフェート)
のラセミ混合物を組み合わせる。実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有し、テ
ンプレートに相補的であるホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを、ポリメラ
ーゼおよび選択された金属イオンを添加することにより合成する。このようにし
て合成されたオリゴヌクレオチドを、テンプレートおよびプライマーから解離さ
せる。
実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレ
オチドは、標的RNAおよびDNAとともに形成されたヘテロデュープレックス
の熱力学的安定性を増加させ、RNase H活性を引き出すのに有用である。
さらに、本発明のオリゴヌクレオチドは、RNAの活性を調節するのに有用であ
る。発明の詳細な記載
オリゴヌクレオチドのホスホジエステル結合中のリン原子は、”プロキラル”
であるということができる。ホスホジエステル結合の非結合酸素原子が置換また
は修飾されると、キラルな糖−リン酸結合が生成する。得られる糖間結合は、S
p糖間結合またはRp糖間結合のいずれかである。天然のホスホジエステル結合
の非結合酸素原子をイオウで置換してホスホロチオエート結合を得ると、キラル
中心が生成し、SpおよびRpジアステレオマーが生ずる。糖主鎖中のリン原子
の実質的にすべてがSpまたはRpである分子は、本明細書においてキラル的に
純粋であると称される。
リボヌクレオシド−5’−O−(1−チオトリホスフェート)(NTPαS)
および2’−デオキシリボヌクレオシド−5’−O−(1−チオトリホスフェー
ト)(dNTPαS)は、LudwigおよびEckstein[J.Org.
Chem.,631(1989)]の方法論を用いて、SpおよびRpのラセミ
混合物として合成された。この例示的合成スキームにおいては、非保護ヌクレオ
シドを、2−クロロ−4H−1,3,2−ベンゾジオキサホスホリン−4−オン
と反応させ、これは5’−ヒドロキシル基をホスフィチル化する。続くピロホス
フェートとの反応により、イオウに対して反応性である環状トリホスフェート誘
導体が生成し、RpおよびSpヌクレオシド5’−O−(1−チオトリホスフェ
ート)、すなわち、α−チオトリホスフェートの混合物が得られる。生成物を、
例えば、DEAE−セファデックスクロマトグラフィーにより精製し、NMR分
光分析法を用いて(特徴的なRpまたはSp化学シフトにより)同定することが
できる。
以下の実施例で示されるように、純粋なRpおよびSpヌクレオシド−5’−
O−(1−チオトリホスフェート)ジアステレオマーは、例えば、逆相HPLC
クロマトグラフィーを用いて製造規模で容易に単離することができる。このよう
なHPLCで単離されたヌクレオチドジアステレオマーは、そのようなRpおよ
びSpヌクレオシド5’−O−(1−チオトリホスフェート)ジアステレオマー
の市販試料との分析HPLC比較により、さらに特性決定することができる。
配列特異的な天然のオリゴヌクレオチド、すなわち天然のホスホジエステルオ
リゴヌクレオチドの酵素的合成は、テンプレートおよびプライマーの存在下で適
当なヌクレアーゼを用いることにより行うことができる。同様に、キラル的に混
合された糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドのラセミ混合
物を合成することができる。本発明にしたがえば、そのような酵素的合成は、配
列特異的テンプレートおよびプライマーの存在下に、鏡像異性体に関して純粋な
すべてSpのまたはすべてRpのヌクレオシド5’−O−(1−チオトリホスフ
ェート)を適当なヌクレアーゼの基質として用いることにより、実質的にキラル
的に純粋な糖間結合を有する配列特異的ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド
の合成を含むようにさらに発展させることができる。例えば、市販のDNAポリ
メラーゼであるシークエナーゼTM(U.S.Biochemical,Inc.
,Cleveland,OH)を用いることにより、ホスホジエステルオリゴヌ
クレオチドテンプレートおよびラセミ体のホスホロチオエートオリゴヌクレオチ
ドプライマーを用いてホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを合成することが
できる。このポリメラーゼを用いることにより、ホスホジエステルおよびホスホ
ロチオエートプライマーの両方を伸長することができる。
酵素的に合成されたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの収量は、テンプ
レートおよびプライマーを繰り返し添加することにより、ポリメラーゼを繰り返
し添加することにより、ヌクレオシド三リン酸を繰り返し添加することにより、
またはこれらのいくつかまたはすべてを組み合わせることにより最適化すること
ができる。例えば、テンプレートおよびプライマーの繰り返し添加により、酵素
的カスケードによる収量は最大化する。さらなる最適化は、テンプレートとプラ
イマーとを系の緩衝液中で一緒にプレハイブリダイゼーションし、つづいて冷却
し、ヌクレオシド三リン酸およびポリメラーゼを加えることにより行うことがで
きる。
適当なポリメラーゼを選択して、DNAまたはRNAホスホロチオエートオリ
ゴヌクレオチドを生成することができる。このようなポリメラーゼとしては、T
7DNAポリメラーゼ、修飾T7DNAポリメラーゼ、例えば上記に論及したシ
ークエナーゼTM、E.coli DNAポリメラーゼ、DNAポリクレノーフラ
グメントポリメラーゼ、M.ルテウス(luteus)ポリメラーゼ、T4バク
テリオファージポリメラーゼ、修飾T4DNAポリメラーゼ、T7RNAポリメ
ラーゼおよびE.coli RNAポリメラーゼが挙げられるが、必ずしもこれ
らに制限されない。
酵素的合成は、リン原子のキラル中心のまわりでのコンフィギュレーションの
反転を伴って進行する。すなわち、すべてSpのα−チオトリホスフェートの使
用により、実質的にすべてRpのホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが生じ
、すべてRpのα−チオトリホスフェートの使用により、実質的にすべてSpの
ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが生じる。本発明の別の態様においては
、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、金属イオンを反応溶液中で用いて
一方または他方のキラルα−チオトリホスフェートを優先的に取り込むことを促
進することにより、ヌクレオシド−5’−O−(1−チオトリホスフェート)の
ラセミ混合物から合成することができる。上述したように、ホスホロチオエート
オリゴヌクレオチドのポリメラーゼ合成は、前駆体ヌクレオシド−α−チオトリ
ホスフェートのキラル中心のまわりでのコンフィギュレーションの反転を伴って
達成される。理論に拘束されることを望むものではないが、すべてRpのコンフ
ィギュレーションの最適化は、例えば、E.coliポリメラーゼを用いる反応
緩衝液中に高濃度のマグネシウムイオンを加えることにより達成することができ
ると考えられる。同様に、再度理論に拘束されることを望むものではないが、す
べてSpのコンフィギュレーションは、反応緩衝液中において高いマンガンイオ
ン濃度を用いることによって得られると考えられる。
本発明にしたがえば、”実質的にすべての”とは、少なくとも75%の糖間結
合がキラル的に純粋であるすべてのオリゴヌクレオチドを含むことを意味する。
より好ましくは、約85%から約100%のキラル的に純粋な糖間結合を有する
オリゴヌクレオチドは、実質的にキラル的に純粋である。最も好ましくは、約9
5%から約100%のキラル的に純粋な糖間結合を有するオリゴヌクレオチドは
、実質的にキラル的に純粋である。
本発明の分脈において、用語”ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド”は、
天然に生ずる塩基、糖およびホスホロチオエート結合から形成されるホスホロチ
オエートオリゴヌクレオチドを含む。天然に生ずる塩基には、アデニン、グアニ
ン、シトシン、チミンおよびウラシルが含まれる。天然の糖には、β−D−リボ
フラノシルおよびβ−D−2’−デオキシ−エリスロ−ペントフラノシルが含ま
れる。”ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド”はまた、ヌクレオシド−5’
−O−(1−チオトリホスフェート)類似体が適当なポリメラーゼのための基質
である程度まで、オリゴヌクレオチドのホスホロチオエートヌクレオチドユニッ
ト中に取り込まれた修飾された塩基または修飾された糖を含む。本発明のオリゴ
ヌクレオチドの修飾された塩基には、アデニン、グアニン、シトシン、ウラシル
、チミン、キサンチン、ヒポキサンチン、2−アミノアデニン、6−メチル、2
−プロピルおよび他のアルキル−アデニン、5−ハロウラシル、5−ハロシトシ
ン、6−アザウラシル、6−アザシトシンおよび6−アザチミン、シュードウラ
シル、4−チオウラシル、8−ハロアデニン、8−アミノアデニン、8−チオー
ルアデニン、8−チオールアルキルアデニン、8−ヒドロキシルアデニンおよび
他の8−置換アデニン、8−ハログアニン、8−アミノグアニン、8−チオール
グアニン、8−チオールアルキルグアニン、8−ヒドロキシルグアニンおよび他
の8−置換グアニン、他のアザおよびデアザウラシル、他のアザおよびデアザチ
ミジン、他のアザおよびデアザシトシン、他のアザおよびデアザアデニン、他の
アザおよびデアザグアニン、5−トリフルオロメチルウラシルおよび5−トリフ
ルオロシトシンが含まれる。糖成分は、デオキシリボースであってもリボースで
あってもよい。本発明のオリゴヌクレオチドはまた、修飾された核塩基または本
発明の精神に合致する他の修飾、特に、治療、診断または研究試薬としての使用
を容易に
するため、そのヌクレアーゼ耐性を増加させる修飾を有する核塩基を含んでいて
もよい。本発明のオリゴヌクレオチドは、診断、治療および研究試薬として使用
することができる。これらは、有効量の本発明のオリゴヌクレオチドを適当な薬
学的に許容しうる希釈剤または担体に加えることにより、医薬組成物中で使用す
ることができる。これらはさらに、蛋白質の望ましくない生成により特徴づけら
れる疾患を有する生物を治療するために用いることができる。生物を、望ましく
ない蛋白質をコードする標的核酸の鎖と特異的にハイブリダイズしうる配列を有
する本発明のオリゴヌクレオチドと接触させることができる。
治療組成物の処方およびその続いての投与は、当業者の技術の範囲内であると
考えられる。一般に、治療のためには、そのような治療を必要とする患者に本発
明にしたがうオリゴヌクレオチドを、通常は薬学的に許容しうる担体中で、処置
される患者の年齢および疾患状態の重篤度に依存して、体重1kgあたり0.0
1μgから100gの範囲の用量で投与する。さらに、治療計画は、特定の疾患
の特性、その重篤度、および患者の全体的状態に依存して変わるであろう期間継
続し、1日に1回から数年に1回まで拡張することができる。処置後、患者をそ
の状態の変化についておよび疾患状態の症状の緩和について監視する。患者が現
在の用量レベルに有意に応答しない場合には、オリゴヌクレオチドの用量を増加
することができ、または疾患状態の症状の緩和が観察された場合、または疾患状
態が除去された場合には、用量を低下させることができる。
場合により、他の伝統的な治療モダリティーと組み合わせて、本発明のオリゴ
ヌクレオチドで患者を処置することがより有効であろう。
用量は、治癒が行われるまで、または疾患状態の軽減が達成されるまで、数日
から数ヶ月の処置過程で、治療すべき病状の重篤度および応答性に依存する。最
適用量スケジュールは、患者の体内での薬剤の蓄積の測定から計算することがで
きる。当業者は、最適用量、投与法および反復率を容易に決定することができる
。最適用量は、個々のオリゴヌクレオチドの相対的効力に依存して変化し、一般
に、インビトロおよび動物モデルのインビボで有効であることが見いだされたE
C50に基づいて見積もることができる。一般に、用量は体重1kgあたり0.0
1μgから100gであり、1日に1回またはそれ以上、1週間に1回、1ヶ月
に
一回または1年に1回、または数年に1回、与えられる。
治療の成功に続き、疾患状態の再発を防ぐため、オリゴヌクレオチドを体重1
kgあたり0.01μgから100g、1日に1回またはそれ以上から数年に1
回の範囲の維持用量で患者に投与する維持療法を行うことが望ましいであろう。
本発明の医薬組成物は、局所または全身の処置が望まれているか、および処置
されるべき領域に依存して、多くの方法により投与することができる。投与は、
局所的に(点眼、膣内、直腸内、鼻孔内を含む)、経口で、または非経口で行う
ことができる。非経口投与には、静脈内点滴、皮下、腹腔内または筋肉内注射、
または髄腔内(intrathecal)または脳室内(intraventr
icular)投与が含まれる。
局所投与のための処方には、経皮パッチ、軟膏、ローション剤、クリーム剤、
ゲル剤、滴剤、座剤、スプレー剤、水剤および散剤が含まれるであろう。通常の
医薬担体、水性、粉末または油性基剤、粘稠化剤などが必要かまたは望ましいで
あろう。被覆されたコンドーム、手袋等もまた有用であろう。
経口投与のための組成物には散剤、顆粒剤、水または非水性媒質中の懸濁化剤
または液剤、カプセル剤、サッシェ剤、または錠剤が含まれる。粘稠化剤、芳香
剤、希釈剤、乳化剤、分散補助剤または結合剤が望まれるであろう。
髄腔内または脳室内投与のための組成物には、緩衝液、希釈剤およびその他の
適切な添加剤を含んでいてもよい無菌水溶液が含まれる。
非経口投与のための処方には、緩衝液、希釈剤およびその他の適切な添加剤を
含んでいてもよい無菌水溶液が含まれる。
本発明のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション
、ヌクレアーゼ耐性およびRNase H活性に及ぼすそれらの影響に関して、
天然のホスホジエステルオリゴヌクレオチドおよびラセミ体ホスホロチオエート
ヌクレオチドの両方と比較することができる。同様に、実質的にキラル的に純粋
な糖間結合を有する純粋なホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを、インビボ
試験系において治療の有効性を増加させる能力について評価することができる。
そのような治療の有効性の増加には、薬物動態学または代謝、毒性学、配剤(す
なわち吸収および分布)、および種比較等の特性が含まれる。
すべてRpのまたはすべてSpの糖間結合を有するホモポリマーは、安定性お
よび他の特性の最初の研究には有用であった。しかし、これらのオリゴヌクレオ
チドは、標的分子に特異的ではないため、治療的にはほとんど用途はない。標的
核酸に特異的にハイブリダイズするためには、特異的配列を有するホスホロチオ
エートオリゴヌクレオチドが必要である。
実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有する配列特異的ホスホロチオエートオ
リゴヌクレオチドは、標的RNAおよびDNAとのヘテロデュープレックスの熱
力学的安定性を増加させ、RNase H活性を付与するのに有用である。
放射性標識を用いて、実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチ
オエートオリゴヌクレオチドの同定を助けることができる。自動化合成機で合成
されたラセミ体ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドについては、合成機から
得られた水素ホスホネートオリゴマーの酸化反応のために[35S](放射性標識
された元素イオウ)を用いることができる。酵素的に合成されたホスホロチオエ
ートオリゴヌクレオチドの標識は、[α−32P]ATPおよびリガーゼにより、
またはポリメラーゼ反応において[α−35S]ATPを用いて行うことができる
。また、放射性標識ヌクレオシドトリホスフェートを、プローブおよび配列決定
分析において用いることができる。オートラジオグラムは標準的な方法で作成さ
れる。
本発明のテンプレートは、疾患増強性蛋白質の合成を指令する核酸配列の領域
であることが最も好ましい。前記テンプレートオリゴヌクレオチドの領域に対し
て塩基対を形成する短いオリゴヌクレオチドは、ポリメラーゼによるオリゴヌク
レオチド合成の出発点を形成するプライマーとして作用する。
実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレ
オチドは、ヌクレアーゼ切断、例えば、制限エンドヌクレアーゼ切断に感受性で
ある部位をその上に有するように選択されたプライマーを用いて合成することが
できる。前記切断部位は、前記プライマーの3’末端に位置していてもよい。適
当な制限エンドヌクレアーゼによる前記部位における切断により、最初の5’末
端ヌクレオシドを前記プライマーから得るオリゴヌクレオチドが得られる。本発
明の前記ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの別のヌクレオシドは、酵素的
手段により付加されたヌクレオシドキラルチオトリホスフェートである。
選択されたプライマーとともに適当な制限ヌクレアーゼを選択することにより
、所望のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの種々の5’−末端ヌクレオシ
ドをホスホロチオエートヌクレオチドの5’末端に適切に配置させることができ
る。すなわち、互い違いの切断によりプライマーからの1つのヌクレオシドが新
たに合成された本発明の配列特異的ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの最
初の5’ヌクレオシドとなる限り、任意のエンドヌクレアーゼ認識部位を設計す
ることができる。このことにより、本発明の酵素的に合成されたホスホロチオエ
ートオリゴヌクレオチドの5’末端において各種のヌクレオシドが生成する。
所望の配列の適当なテンプレート上での前記プライマーの酵素的伸長を完了し
たら、適当なヌクレアーゼを用いることにより、本発明のホスホロチオエートオ
リゴヌクレオチドを前記プライマーから脱離させることができる。例えば、所望
のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの5’末端にグアノシンヌクレオシド
を取り込ませるために、3’末端に配列CTGCAGを有するプライマーを用い
ることができる。次に、Pst1制限ヌクレアーゼを用いることにより、A−G
結合を切断することができる。したがって、このA−G結合のグアノシンヌクレ
オシド成分は、所望のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの5’末端ヌクレ
オシドとして取り込まれることができる。他の制限エンドヌクレアーゼとしては
、制限されないが、BamH1、SmalおよびHinD III制限エンドヌ
クレアーゼがある。
前記テンプレートとなお会合したオリゴヌクレオチドは、前記テンプレートか
ら解離させ、次に、例えば、ゲル電気泳動および/またはクロマトグラフィーに
よって精製することができる。例えば、適当な精製は、SepPac(Mill
ipore,Milford,MA)クロマトグラフィーと組み合わせた標準的
なポリアクリルアミド/尿素ゲル電気泳動を用いて行うことができる。使用しう
る他の有用なクロマトグラフィー技術は、HPLCクロマトグラフィーである。
本発明のキラルホスホロチオエートオリゴヌクレオチドはまた、Stec e
t al.[Nucleic Acids Res.,19:5883(199
1)]およびStec and Lesnikowski(Methods i
n Molecular Biology,S.Agrawal,Ed.,Vo
lume 20,p.285,1993]に記載されるように、1,3,2−オ
キサチアホスホラン中間体を介して化学的に合成することができる。
本発明の方法にしたがって合成される実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有
するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、多くの方法によって分析するこ
とができる。例えば、得られる実質的にキラル的に純粋なすべてSpのまたはす
べてRpの糖間結合を有する配列特異的ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド
のコンフィギュレーション分析は、[31P]NMR化学シフトを用いて判定する
ことができる。このような化学シフトは、ホスホロチオエートジヌクレオチドの
Rpエピマーを同定するのに使用されている(Ludwig and Ecks
tein,J.Org.Chem.,631−635(1989)]。
本発明のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの配列の正確さは、S1ヌク
レアーゼに対するヘテロデュープレックスの感受性を使用して判定することがで
きる。
ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの配列は、ホスホロチオエートオリゴ
ヌクレオチドの3’−ヒドロキシル基を〔α−32P〕コルジセピントリホスフェ
ート(すなわち、3’−デオキシアデノシン−5’−トリホスフェート)で標識
することによって、さらに確証を高めることができる。得られたオリゴヌクレオ
チドを酵素的分解に供することもできる。
実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレ
オチドが相補的鎖に結合する相対的能力は、実質的にキラル的に純粋な糖間結合
を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドとその相補的鎖とのハイブリダ
イゼーション複合体の融解温度を測定することによって比較することができる。
融解温度(Tm)は、二重らせんに特徴的な物理学的性質であり、らせん形対コ
イル形(ハイブリダイズしていない)が50%の比率で存在する摂氏温度を意味
している。Tmは、UVスペクトルを用いてハイブリダイゼーションの形成およ
び崩壊(融解)を測定することによって測定される。ハイブリダイゼーションの
間に生ずる塩基のスタッキングは、UV吸収の減少(淡色化)を伴う。結果的に
、UV吸収の減少はより高いTmを示す。Tmが高くなればなるほど、鎖の結合
強
度はより大きくなる。非ワトソン−クリック塩基対は、Tmに対して強い不安定
化効果を有する。したがって、オリゴヌクレオチドのその標的RNAへの最適の
結合を得るためには、塩基対ができるだけ最適に近い正確さであることが望まし
い。
本発明のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドはさらに、種々のエキソヌク
レアーゼおよびエンドヌクレアーゼの分解能力に対する抵抗性に関して評価する
ことができる。ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドをヌクレアーゼで処理し
、次に、例えばポリアクリルアミドゲルによる電気泳動(PAGE)を行い、そ
して適切な染色剤〔例えばStains AllTM(Sigma Chem.C
o.,St.Lois,MO)〕を使用して染色することによって分析すること
ができる。分解生成物は、レーザー・デンシトメトリーを使用して定量化するこ
とができる。
ウシ胎児血清およびヒト血清を使用して、実質的にキラル的に純粋な糖間結合
を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドに対する核酸分解(nucle
olytic)活性を評価することができる。例えば、実質的にすべてRpの糖
間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドをこのような仕方で評価
することができる。3’または5’末端がキャップされた分子(1キャップ当た
り1つまたはいくつかのホスホロチオエート結合を有する)の組み合わせに関す
る試験を使用して、最も大きなヌクレアーゼ安定性を生じる組み合わせを求める
ことができる。キャッピングは、精製されたRpモノマーを使用して配列のキャ
ップ部分を化学的に合成し、次いで前記キャップをDNA合成機上のオリゴヌク
レオチド中に取り込ませることによって行うことができる。キャッピングに関す
る分析により、核酸分解安定性に及ぼすキラル性の重要性および、最大の安定性
を得るのに必要とされる結合の数を決定することができる。
RNase Hの触媒活性に対するホスホロチオエートオリゴヌクレオチド−
RNAヘテロデュープレックスの感受性も評価することができる。ホスホロチオ
エートオリゴヌクレオチドを、種々のハイブリダイゼーション温度で、放射性標
識した標的mRNA(例えばT7RNAポリメラーゼを介して合成)と共にイン
キュベートすることができる。次に、Minshull and Hunt[N
uc.Acid Res.,6433(1986))に記載の方法にしたがって
、ヘテロデュープレックスをE.coliからのRNase Hとともに37℃
でインキュベートすることができる。次に、生成物をノザンブロット分析法によ
りRNase H活性に関して評価することができる。この方法においては、生
成物を1.2%アガロース/ホルムアルデヒドゲルで電気泳動し、ニトロセルロ
ースに移す。次に、標的mRNAに相補的なランダムプライマー〔32P〕−標識
cDNAを用いてフィルターを探索し、オートラジオグラフィーによって定量化
する。各種のホスホロチオエート類似体を比較することにより、RNAと複合体
を形成したときにRNase Hに対する基質として作用しうる能力に及ぼすキ
ラル性の影響を調べることができる。
E.coli RNase Hおよび哺乳動物RNAse Hの触媒作用に対
するヘテロデュープレックスの感受性の比較を行うことができる。ヘテロデュー
プレックスを、翻訳の条件下にてラビットの網状赤血球溶解物中でインキュベー
トし、内在RNase HによるmRNAの触媒切断に関して、ノザンブロット
分析によりアッセイすることができる。このことにより、哺乳動物RNAse
H活性に及ぼすキラル性の影響を調べることができる。
実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレ
オチドはまた、細胞培養のモデルシステムにおける遺伝子発現の阻害に関して評
価することができる。実質的に純粋なキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホ
ロチオエートオリゴヌクレオチドが遺伝子発現のより強力なまたはより特異的な
阻害剤であるか否かを調べるために、レポーター遺伝子を標的とするよう設計さ
れた、実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌ
クレオチドを合成し、遺伝子発現の細胞培養モデルにおいて試験することができ
る。ベクターpSV2CATを用いて遺伝子発現に及ぼすアンチセンスの影響を
調べることが前に記載されている[Henthorn et al.,Proc
.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,85:6342(1988)]
。このベクターは、SV40プロモーターの調節制御下の細菌クロラムフェニコ
ールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子を含有する。CAT mRNAの翻訳開
始に相補的な配列の、すべてRpの糖間結合を有する15−merホスホロチオ
エ
ートオリゴヌクレオチドを用いて、pSV2CATをHeLa細胞にトランスフ
ェクトし、次にすべてRpの糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレ
オチドで細胞を48時間処理して、細胞内のCAT活性をアッセイすることがで
きる。次に、実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエートの
遺伝子発現の阻害における活性を、ジアステレオマー性糖間結合を有する化学的
に合成したランダムホスホロチオエート、および同じ配列の天然ホスホジエステ
ルオリゴヌクレオチドと直接比較することができる。
ベクターpSV2APAP[Marcus−Sekura et al.,N
ucleic Acids Research,15:5749(1987)]
は、哺乳動物胎盤アルカリホスファターゼ遺伝子(PAP)を含む。これはまた
、遺伝子発現に及ぼすアンチセンスの影響を測定するためのレポーターとして使
用することもできる。PAPは、イントロンおよび他のRNAプロセシング信号
を含む細菌遺伝子ではなく哺乳動物遺伝子であるという点において、レポーター
遺伝子としてはCATを凌ぐ利点を有する。現時点では、PAPの発現は、天然
の哺乳動物遺伝子の発現における事象をより近似して模倣すると考えられている
。CAT mRNAに関して前述したような、実質的にキラル的に純粋な糖間結
合を有する15−merホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを、類似の配列
を有する化学合成したラセミ体ホスホロチオエートおよび天然のホスホジエステ
ルオリゴヌクレオチドと平行して調べることができる。PAPおよびCATレポ
ーター構築物を、遺伝子発現に及ぼす非特異的影響を調べるための繰り返し実験
における対照として用いる。
さらに、実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオエートオリ
ゴヌクレオチドは、インビボでRNA翻訳の阻害剤として作用するその能力につ
いて評価することができる。種々の治療分野が本発明のオリゴヌクレオチドによ
るそのような操作の標的とすることができる。1つの治療分野はC型肝炎ウイル
ス(HCV)により引き起こされる肝炎である。以下のホスホロチオエートオリ
ゴヌクレオチドは、HCV肝炎の治療に適用を有する:オリゴ#259、CCTTTC
GCGACCCAACACTA(配列番号1)、オリゴ#260、GCCTTTCGCGACCCAACACT(配列
番号2)、オリゴ270、GTACCACAAGGCCTTTCGCG(配列番号3)、オリゴ
#330、GTGCTCATGGTGCACGGTCT(配列番号4)およびオリゴ#340、TTTAGG
ATTCGTGCTCATGG(配列番号5)。別の治療分野は、細胞間接着分子(ICAM−
1)により媒介される炎症性疾患である。炎症性疾患の治療に適用を有するオリ
ゴヌクレオチドには、ISIS−2302、GCCCAAGCTGGCATCCGTCA(配列番号6
)が含まれる。別の治療分野には、サイトメガロウイルス(CMV)により引き
起こされる感染が含まれる。ISIS−2922は、CMV網膜炎の治療に適用
を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドであり、配列GCGTTTGCTCTTCTTC
TTGCG(配列番号7)を有する。別の治療分野には、蛋白質キナーゼC−α(P
KC−α)により媒介される癌が含まれる。ISIS−3521は、そのような
癌の治療に適用を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドであり、配列GT
TCTCGCTGGTGAGTTTCA(配列番号8)を有する。さらに別の治療分野には、C−r
afキナーゼ媒介性癌が含まれる。ISIS−5132は、そのような癌の治療
に適用を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドであり、配列TCCCGCCTGT
GACATGCATT(配列番号9)を有する。さらに別の治療分野は、Ha−rasまた
はKi−rasにより媒介される癌を含む。以下のホスホロチオエートオリゴヌ
クレオチドは、そのような癌の治療に適用を有する:ISIS−2503、TCCG
TCATCGCTCCTCAGGG(配列番号10)、ISIS−2570、CCACACCGACGGCGCCC
(配列番号11)、およびISIS−6957、CAGTGCCTGCGCCGCGCTCG(配列番
号12)。別の治療分野にはHIVにより媒介されるAIDSおよび他の関連す
る感染が含まれる。ISIS−5320は、AIDSの治療に適用を有するホス
ホロチオエートオリゴヌクレオチドであり、配列TTGGGGTT(配列番号17)を有
する。上述の配列において、オリゴヌクレオチドの個々のヌクレオチドユニット
は左から右へ5’から3’方向に表記される。
本発明の分脈において、”ハイブリダイゼーション”とは、相補的ヌクレオチ
ドユニット間の水素結合を意味し、これはワトソン−クリック、フーグスティー
ンまたは逆フーグスティーン水素結合であってもよい。例えば、アデニンとチミ
ンとは、水素結合の形成によって対合する相補的核塩基である。本明細書におい
て用いる場合、”相補的”とは、2つのヌクレオチドユニット間の配列相補性を
も表す。例えば、オリゴヌクレオチドのある位置にあるヌクレオチドユニットが
DNAまたはRNA分子の同一の位置のヌクレオチドユニットと水素結合するこ
とができる場合、オリゴヌクレオチドとDNAまたはRNAとはその位置におい
て互いに相補的であると考えられる。オリゴヌクレオチドとそのDNAまたはR
NAとは、それぞれの分子中の十分な数の対応する位置が互いに水素結合しうる
ヌクレオチドユニットにより占められる場合、互いに相補的である。すなわち、
”特異的にハイブリダイズしうる”および”相補的”とは、オリゴヌクレオチド
と標的RNAまたはDNAとの間に安定かつ特異的な結合が生ずるような十分な
程度の相補性を示すために用いられる用語である。オリゴヌクレオチドが特異的
にハイブリダイズしうるためには、その標的DNA配列に100%相補的である
必要はないことが理解されるであろう。オリゴヌクレオチドの標的RNAまたは
DNA分子への結合が標的RNAまたはDNAの正常な機能を妨害し、かつ特異
的結合が望まれる条件、例えば、インビボアッセイまたは治療処置の場合には生
理学的条件下で、またはインビトロアッセイの場合にはアッセイを行う条件下で
、オリゴヌクレオチドの非標的配列に対する非特異的結合を回避するのに十分な
程度の相補性がある場合、オリゴヌクレオチドは特異的にハイブリダイズするこ
とができる。
特に、本発明のオリゴヌクレオチドは、以下の米国特許出願(本発明の譲受人
に譲渡されている)中に明記されているように、治療において、診断として、お
よび研究のために用いることができる。これらの出願は次の表題を有する:Co
mpositions and Methods for Modulatin
g RNA Activity、1990年1月11日出願の第463,358
号;Antisense Oligonucleotides Inhibit
ors of Papilloma Virus、1989年12月4日出願の
第445,196号;Oligonucleotide Therapies
for Modulating the Effects of Herpes
virus、1990年2月26日出願の第485,297号;Reagent
s and Methods for Modulating Gene Ex
pression Through RNA Mimicry、1990年3月
21日出願の第497,090号;Oligonucleotide Modu
lation of Lipid Metabolism、,1990年4月3
0日出願の第516,969号;Oligonucleotides for
Modulating the Effects of Cytomegalo
virus Infections,1990年8月16日出願の第568,3
66号;Antisense Inhibitors of the Huma
n Immunodeficiency Virus、1990年5月11日出
願の第521,907号;Nuclease Resistant Pyrim
idine Modified Oligonucleotides for
Modulation of Gene Expression、1990年7
月27日出願の第558,806号;Novel Polyamine Con
jugated Oligonucleotides、1990年7月27日出
願の第558,663号;Modulation of Gene Expre
ssion Through Interference with RNA
Secondary Structure、1990年5月4日出願の第518
,929号;Oligonucleotide Modulation of
Cell Adhesion、1990年8月14日出願の第567,286号
;Inhibition of Influenza Viruses、199
0年8月14日出願の第567,287号;Inhibition of Ca
ndida、1990年8月16日出願の第568,672号;およびAnti
sense Oligonucleotides Inhibitors o
Papillomavirus、1990年12月3日出願のPCT/US90
/07067号。これらの特許出願は、オリゴヌクレオチドの相互作用によりR
NAおよびDNAの活性の改良された調節を行うことのできる多くの手段を開示
している。上記特許出願中に開示される特定の配列を本発明とともに使用しうる
点において、上記米国特許出願の開示内容を本明細書の一部としてここに引用す
る。
以下の実施例は例示であり、本発明を限定するものではない。実施例1
すべてSpのまたはすべてRpの5’−O−(1−チオトリホスフェート)ヌク
レオシドの単離
5’−O−(1−チオトリホスフェート)デオキシヌクレオシドおよびリボヌ
クレオシドは、ODS Hypersil(Shandon Southern
,Runcon,UK)を充填したカラムを用い、溶媒A(5mMのテトラブチ
ルアンモニウムイオンを含む30mMリン酸カリウム、pH7.0)および溶媒
B(5mM水酸化テトラブチルアンモニウムのメタノール溶液)のアイソクラチ
ック混合物で溶出するC−18逆相高速液体クロマトグラフィー(HPLC)に
より単離される。あるいは、20分間で0%から15%のアセトニトリルの直線
濃度勾配変化を含む100mM炭酸水素トリエチルアンモニウム、pH7.5、
を用いると効果的な分離が達成される。
そのようなHPLCで分離したエナンチオマーの純度を確認するため、HPL
Cで分離されたSpおよびRpデオキシヌクレオチドエナンチオマーを、E.I
.Dupont,Wilmington,DEから市販品として入手可能なデオ
キシヌクレオシド5’−O−(1−チオトリホスフェート)類と比較する。実施例2
ラセミ体ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの実質的にすべてRpの糖間結
合を有するホスホロチオエート伸長物の合成
ラセミ体ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドプライマーのすべてRpのホ
スホロチオエート伸長物の酵素的合成は、修飾T7DNAポリメラーゼI,シー
クエナーゼ(SequenaseTM)(U.S.Biochemicals C
orp.Cleveland,OH)を用いて行う。このT7DNAポリメラー
ゼを用いて、21merの天然のホスホジエステルオリゴヌクレオチドにハイブ
リダイズした18merホスホロチオエートオリゴヌクレオチドプライマーを伸
長させる。30ピコモル(pmol)のプライマーおよびテンプレートを含む1
XシークエナーゼTM反応緩衝液(U.S.Biochemicals Corp
.,Cleveland,OH)(最終用量10μl)を95℃で5分間加熱し
、室温までゆっくり冷却する。180pmolのデオキシ5’−[α−35S]シ
チジントリホスフェートおよびシークエナーゼTM酵素(U.S.Biochem
icals Corp.,Cleveland,OH)を加え、37℃で20分
間インキュベートする。生成物を、20%ポリアクリルアミド/7M尿
素変性ゲルを用いるポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)により分析す
る。生成物のオートラジオグラフをプライマー/テンプレートなしの対照反応と
比較する。最終生成物を、例えば、酵素的分解によりさらに特性決定する。その
ような分解の1つは、ヘビ毒ホスファターゼ分解である。E.coli DNA
ポリメラーゼIを用いて合成したジヌクレオシドモノホスホロチオエートのヘビ
毒ホスファターゼ分解は、ジヌクレオシドがRpコンフィギュレーションである
ことを示す。実施例3
実質的に純粋なRp糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチド
CGACTATGCAAGTAC(配列番号13)の合成
配列特異的なすべてRpのホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの大規模な
酵素的合成は、55merの天然ホスホジエステルテンプレートおよび41me
rの天然ホスホジエステルプライマーを用いて行った。テンプレート配列は:
GTACTTGCATAGTCGATCGGAAAATAGGGTTCTCATCTCCCGGGATTTGGTTTGAG
(配列番号14)であった。プライマー配列は、
CTCAACCAAATCCCGGGAGATGAGAACCCTATTTTCCGATC
(配列番号15)であった。テンプレートは所望の特異的配列
CGACTATGCAAGTAC(配列番号13)に相補的な配列を有するように選択された。
5×から1×に希釈されたシークエナーゼTM緩衝液(U.S.Biochemi
cals Corp.,Cleveland,OH)を使用した。テンプレート
およびプライマーを両方とも20nMの濃度で40μLのこの緩衝液に加えた。
テンプレートおよびプライマーを95℃で5分間ハイブリダイズさせ、室温まで
冷却した。緩衝液を冷却後、緩衝液を7mMDTTに調整した。次に、20μL
の1:8希釈シークエナーゼTM酵素および各々320μMのSpのGTPαS,
CTPαS,ATPαSおよびTTPαSを加えた。反応溶液はH2Oにより1
40μLに調整した。反応液を37℃で18時間インキュベートした。反応溶液
を常法通り等量のフェノールで2回抽出し、常法通り−20℃で2.5容量の1
00%エタノールで処理することにより沈殿させ、ペレット化し、500μLの
70%エタノールで洗浄し、再びペレット化して乾燥した。沈殿を30分間20
μLのH2Oに懸濁し、次に40μLのH2O中1mM CaCl2,25mMト
リスHCl,pH8.0に調整した。この溶液を95℃に5分間維持し、急冷し
た(すなわち、氷で非常に急速に冷却した)。4.6μM DNase Iを加
え、37℃で10分間インキュベートすることにより、合成されたオリゴヌクレ
オチドからテンプレートおよびプライマーを除去した。反応混合物をフェノール
で2回抽出し、上記のごとくエタノールで沈殿させた。沈殿をH2Oに再懸濁し
、SepPakTMクロマトグラフィー(Millipore,Milford,
MA)と組み合わせた20%ポリアクリルアミド/7M尿素ゲル電気泳動を用い
て精製した。
別の合成法においては、PstI制限ヌクレアーゼ(Life Techno
logies,Inc.,Gaithersburg,MD)を用いて、プライ
マー結合ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを制限部位で切断した。所望の
ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドCGACTATGCAAGTAC(配列番号13)は、
SepPakTMクロマトグラフィー(Millipore,Milford,M
A)と組み合わせたポリアクリルアミド/7M尿素ゲル電気泳動を用いて精製し
た。反応を通しての反復テンプレート−プライマー付加により影響される酵素的
カスケードを用いて、収率を最適化した。カスケード増加合成により20mlの
反応液から75 A260単位のすべてRpのコンフィギュレーションホスホロチ
オエートオリゴヌクレオチドCGACTATGCAAGTAC(配列番号13)を得た。実施例4
自動化DNA合成を用いての、糖間結合のラセミ体混合物を有するホスホロチオ
エートオリゴヌクレオチドの合成
オリゴヌクレオチドは、常法により水素ホスホネート化学を用いる自動化DN
A合成機(Applied Biosystems モデル380B)で合成し
た[Agrawaletal.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.
S.A.,85:7079(1988)]。最終カップリング工程後、結合オリ
ゴマーを二硫化炭素/トリエチルアミン/ピリジン中イオウで酸化することによ
りホスホロチオエート結合を発生させた。イオウ酸化後、水酸化アンモニウムに
よる標準脱保護法を使用して支持体からオリゴヌクレオチドを解離させ、塩基保
護基を除去した。ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチ
ド精製カラム(OPC;ABI,FosterCity,CA)クロマトグラフ
ィーおよびHPLC(Beckman System Gold HPLCを用
いて)により精製した。HPLC精製オリゴヌクレオチドは、続いてエタノール
で沈殿させ、20%アクリルアミド/7M尿素上のゲル電気泳動または分析用H
PLCにより最終純度を評価した。オリゴヌクレオチド配列の確実性は、ピリジ
ン/水中でのヨウ素酸化および標準配列決定法により評価した。これらのオリゴ
ヌクレオチドは、各々のリン結合において全ての可能なRpおよびSp異性体の
組合せの混合物を含む。実施例5
熱力学的および速度論的ハイブリダイゼーション分析のためのT7RNAポリメ
ラーゼを用いる相補的DNAまたはRNA配列の合成
天然ホスホジエステル結合の短い相補的DNAオリゴヌクレオチドの合成は、
ABIモデル380BDNA合成機による標準自動化合成を利用して実施した。
正しい長さのオリゴヌクレオチドをHPLCにより精製し、標準技術により配列
決定した。
T7 RNAポリメラーゼを用いて、ハイブリダイゼーション分析のための短
い相補的RNAオリゴヌクレオチドを合成した。短いRNAを合成するのに必要
とされる多くのサイクルの開始のために高濃度で多量のT7 RNAポリメラー
ゼが必要であった。この必要性のため、T7 RNAポリメラーゼは、T7 R
NAポリメラーゼ発現ベクター、BL21/pAR1219を含む大腸菌株(B
rookhaven National Laboratory,Upton,
NYから入手された)から得た。2Lの細胞からの単離により約300,000
から500,000単位のT7RNAポリメラーゼが得られた。吸光度値=1.
2A600。これを短い(10−30ヌクレオチド)RNA種の合成のため十分に
濃縮した。合成のため、ABI合成機(ABI,Foster City,CA
)を用いてT7プロモーター、および相補的標的配列およびT7プロモーターハ
イブリダイゼーション配列を含むテンプレートを合成した。テンプレートおよび
プロモーターをHPLCにより精製し、酵素的合成のために正しい化学種が存
在することを確実にした。合成された生成物を20%ポリアクリルアミド/8M
尿素ゲル上で精製し、常法により配列決定した。実施例6
熱変性
オリゴヌクレオチド(本発明のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドまたは
その他のもの)は、相補的DNAまたはRNAオリゴヌクレオチドとともに、各
々のオリゴヌクレオチドに対し4μMの標準濃度で100mMのイオン強度緩衝
液(89.8mM NaCl,10mMリン酸ナトリウム,pH7.0,0.2
mM EDTA)中でインキュベートした。試料を90℃に加熱し、Guilf
ord Response II分光光度計(Corning)を用いて最初の
吸光度を測定した。次に試料を徐々に15℃まで冷却し、熱変性過程の間260
nmで吸光度の変化をモニターした。温度を1度ずつ上げて吸光度を読み、融解
曲線の一次導関数をとって変性プロフィールを分析した。データはまたTmおよ
びデルタGを決定するため2相線形回帰分析を用いて分析した。これらの試験の
結果は表1に示されている。
実施例7
放射性標識オリゴヌクレオチドの合成
種々のホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの結合ストリンジェンシーを定
量するため、フィルター結合アッセイを利用した。すなわち、これらがDNAま
たはRNAとハイブリダイズして、ヘテロデュープレックスを形成する傾向を定
量した。これらのアッセイは放射性標識オリゴヌクレオチドを必要とする。
すべてRpの糖間結合を有するホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、S
pモノマーから精製された[35S]−モノマーから酵素的方法により合成した。
キラル混合糖間結合を含むホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの自動合成の
ために、水素ホスホネートを含むオリゴヌクレオチドを合成し、次にピリジン/
二硫化炭素混合物中で元素状[35S]存在下で硫化した。得られた放射性標識ホ
スホロチオエートオリゴヌクレオチドはOPCクロマトグラフィーおよびHP
LCにより精製することができる。標的mRNAをニトロセルロースフィルター
に適用し、80℃で2時間焼き、ブロッキングし、続いて放射性標識ホスホロチ
オエートオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせた。結合ストリンジェンシー
は、温度を高くした後または溶出緩衝液(例えばトリスNaCl緩衝液)のイオ
ン強度を増加させた後にフィルターから溶出された放射性標識オリゴヌクレオチ
ドを定量することにより評価した。溶出されたオリゴヌクレオチドはまた、アイ
ソクラチックリン酸緩衝液を利用したアニオン交換HPLCプロトコールにおけ
るそれらの移動度によっても評価した。結果を、糖間結合のラセミ体混合物を有
するように製造された標準オリゴヌクレオチドの移動度と比較した。実施例8
ヌクレアーゼ消化
10%ウシ胎児血清(FCS)を含む培地中でのホスホロチオエートオリゴヌ
クレオチドのヌクレアーゼ分解速度の決定は、10%熱不活性化FCSを含むダ
ルベッコ改良必須培地(DMEM)中で実施した。培地に添加する前に55℃で
1時間FCSの熱不活性化を実施した。ラセミ体およびキラル的に純粋な糖間結
合を有するオリゴヌクレオチドについて、別々にヌクレアーゼ消化に対する耐性
を試験した。各々66μg/mlのオリゴヌクレオチドを別々に培地に添加し、
表2に示した時間間隔で37℃でインキュベートした。15μlのアリコートを
とり、15μlの9M尿素を含む0.1Mトリス−HCl(pH8.3),0.
1Mホウ酸および2mMEDTAに加えた。アリコートをボルテックスにより混
合し、−20℃で保存した。20%ポリアクリルアミド/7M尿素スラブゲル上
でポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)分析を行った。電気泳動後“S
tains All”(Sigma.Chem.Co.,St.Louis,M
O)を用いてゲルを染色した。脱染色後、ゲルをUltraScan XL装置
(Pharmacia LKB Biotechnology,Uppsala
,Swedeu)を用いたレーザーデンシトメトリーにより分析した。積分を実
施し、データはインキュベーション前の完全長(n)からn−1へのパーセント
減少値として表した。Rpのキラル的に純粋な糖間結合を有するオリゴヌクレオ
チド配列CGACTATGCAAGTAC(配列番号6)についての結果を表2に示す。
表2から明らかなように、実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホ
ロチオエートオリゴヌクレオチドは、ラセミ体糖間結合を有するホスホロチオエ
ートオリゴヌクレオチドよりもより高いヌクレアーゼ消化耐性を示した。実施例9
RNase H分析
ラセミ体の、および実質的にキラル的に純粋な糖間結合を有するホスホロチオ
エートのRNase Hに対する感受性を分析した。オリゴヌクレオチド(RN
Aに対し2倍モル過剰)および5μg(3.1kb)のインビトロで合成された
mRNA(T7RNAポリメラーゼプロモーターを用いて)を5μlのRNas
e Hハイブリダイゼーション緩衝液中60℃にて30分間インキュベートした
。試料を徐々に室温まで冷却し、次に3.7mg/ml BSA,20ユニット
のE.coli RNase H(Promega),142mM DTT,1
50mM KClおよび3mM MgCl2に調節した。試料は37℃で30分
間
インキュベートした。次に試料をフェノール抽出、エタノール沈殿させ、1.2
%アガロースゲルでの電気泳動、続いてのエチジウムブロミド染色により分析し
た。RNA試料のおおよその長さを決定するため、試料と同時にマーカーをゲル
に流した。実施例10
HCVにより引き起こされる肝炎に罹患した患者を、それぞれ実施例3または
実施例19の方法にしたがって合成した、オリゴ#259(配列番号1)、オリ
ゴ#260(配列番号2)、オリゴ270(配列番号3)、オリゴ#330(配
列番号4)またはオリゴ340(配列番号5)で処置する。1−1000μg/
kg体重のオリゴヌクレオチドを薬学的に許容しうる担体中に取り込ませ、静脈
内または筋肉内投与する。処置は、疾患が除去されるまで必要に応じて反復する
ことができる。実施例11
ICAM−1により媒介される炎症性疾患に罹患した患者をISIS−230
2、すなわち実施例3または実施例19にしたがって合成され、配列GCCCAAGCTG
GCATCCGTCA(配列番号6)を有するオリゴヌクレオチドで処置する。1−100
0μg/kg体重のオリゴヌクレオチドを薬学的に許容しうる担体中に取り込ま
せ、静脈内または筋肉内投与する。処置は、疾患が除去されるまで必要に応じて
反復することができる。実施例12
サイトメガロウイルスにより引き起こされる網膜炎に罹患した患者を、ISI
S−2922、すなわち実施例3または実施例19にしたがって合成され、配列
GCGTTTGCTCTTCTTCTTGCG(配列番号7)を有するオリゴヌクレオチドで処置する
、1−1000μg/kg体重のオリゴヌクレオチドを薬学的に許容しうる担体
中に取り込ませ、硝子内(intravitreally)投与する。処置は、
感染が除去されるまで必要に応じて反復することができる。実施例13
PKC−α−媒介性癌に罹患した患者を、ISIS−3521、すなわち実施
例3または実施例19にしたがって合成され、配列GTTCTCGCTGGTGAGTTTCA(配
列番号8)を有するオリゴヌクレオチドで処置する。1−1000μg/kg体
重のオリゴヌクレオチドを薬学的に許容しうる担体中に取り込ませ、静脈内また
は筋肉内投与する。処置は、疾患が除去されるまで必要に応じて反復することが
できる。実施例14
C−rafキナーゼ−媒介性癌に罹患した患者を、ISIS−5132、すな
わち実施例3または実施例19にしたがって合成され、配列TCCCGCCTGTGACATGCA
TT(配列番号9)を有するオリゴヌクレオチドで処置する。1−1000μg/
kg体重のオリゴヌクレオチドを薬学的に許容しうる担体中に取り込ませ、静脈
内または筋肉内投与する。処置は、疾患が除去されるまで必要に応じて反復する
ことができる。実施例15
C−rafキナーゼ−媒介性癌に罹患した患者を、それぞれ実施例3または実
施例19にしたがって合成したISIS−2503(配列番号10)、ISIS
−2570(配列番号11)またはISIS−6957(配列番号12)を有す
るオリゴヌクレオチドで処置する。1−1000μg/kg体重のオリゴヌクレ
オチドを薬学的に許容しうる担体中に取り込ませ、静脈内または筋肉内投与する
。処置は、疾患が除去されるまで必要に応じて反復することができる。
それぞれ実施例16、17および18の化合物1、2および3は、Stec
et al.[Nucleic Acids Res.,19:5883(19
91)]およびStec and Lesnikowski[Methods
in Molecular Biology,S.Agrawal,Ed.,V
olume20、p.285,1993)の方法にしたがって合成した。実施例16
2−クロロ−1,3,2−オキサチアホスホラン(1)の合成
ピリジン(1mol)、ベンゼン(400mL)、2−メルカプトエタノール
(0.5mol)および三塩化リン(0.5mol)の混合物を室温で30分間
撹拌する。塩化ピリジニウムを濾別し、溶媒を減圧下に蒸発させ、粗生成物を減
圧下の蒸留により精製する。70−72℃/20mmHgで沸騰する画分を回収
し、31P NMRにより特性決定する。実施例17
N,N−ジイソプロピルアミノ−1,3,2−オキサチアホスホラン(2)の合
成
化合物1(0.2mol)をn−ペンタン(300mL)に溶解し、ジイソプ
ロピルアミン(0.4mol)を滴加する。反応混合物を室温で30分間撹拌し
、その後ジイソプロピルアミン塩酸塩を濾別し、溶媒を減圧下に蒸発させて、粗
生成物を真空蒸留により精製する。生成物2は、70℃/0.1mmHgで沸騰
する画分として得られ、これを31P NMRおよび質量分析により特性決定する
。実施例18
5’−O−ジメトキシトリチルチミジン−3’−O−[2−チオノ−1,3,2
−オキサチアホスホラン](3)の合成
5’−O−ジメトキシトリチルチミジン(10mmol)および1H−テトラ
ゾール(11mmol)を真空乾燥し、ジクロロメタン(25mL)に溶解する
。化合物2(11mmol)を溶液に加え、反応混合物を室温で2時間撹拌する
。乾燥元素イオウ(15mmol)を加え、反応混合物を室温で16時間撹拌し
、放置する。次に未反応イオウを濾別し、濾液を減圧下に濃縮する。残渣をクロ
ロホルム(3mL)に溶解し、シリカゲル(230−400メッシュ)カラムク
ロマトグラフィーにより精製し、最初にクロロホルム、次にクロロホルム:メタ
ノール(97:3)で溶出する。シリカゲル上のカラムクロマトグラフィーによ
り化合物3の別々のジアステレオマー種を得る。化合物3を酢酸エチルに溶解し
、シリカゲル60Hカラムに負荷する。酢酸エチルを溶出溶媒として用い、溶出
はHPTLC(シリカゲル60、展開溶媒として酢酸エチル)によりモニターす
る。化合物3の分離されたジアステレオマーを含む画分を減圧下に濃縮し、残渣
を31P NMRおよびHPLC(Lichrospher Si100、5μM
、溶出剤として酢酸エチル、流速3mL/分)により特性決定する。早い溶出画
分はSpジアステレオマーに対応し、遅い溶出画分はRpジアステレオマーであ
る。実施例19
固相自動化合成における5’−OHヌクレオシドとジアステレオマー的に純粋な
化合物3との反応の立体特異的制御
Applied Biosystems(Foster City,CA)モ
デル380B自動化DNA合成機を用いて、Stecらの方法にしたがった。5
’−OHヌクレオシドとジアステレオマー的に純粋なヌクレオシドオキサチアホ
スホラン、例えば化合物3との間の反応は、触媒として1,8−ジアザビシクロ
(5.4.0)ウンデセ−7−エン(DBU)の使用を必要とする。自動化DN
A合成においてオリゴヌクレオチドを支持体マトリックスに結合するために用い
られる市販のリンカーはDBUに対して不安定であるため、リンカーにおける修
飾が必要である。オキサチアホスホラン法によるオリゴヌクレオチド合成のため
の適当なリンカーは、DBUに耐性であり、濃水酸化アンモニウムにより室温で
1時間以内に加水分解することができる”コハク酸−サルコシニル”リンカーで
ある。
(A)”コハク酸−サルコシニル”リンカーを用いる、固体マトリックスに結合
した5’−O−ジメトキシトリチルヌクレオシドの合成
(1)N−Fmoc−サルコシン(Bachem Bioscience,I
nc.,Philadelphia,PA)(1.6mmol)を長鎖アルキル
アミン−CPG(LCA−CPG,Sigma,St.Louis,MO)(2
g)に加え、真空下に乾燥した。無水DMF(5mL)、ピリジン(0.5mL
)およびDCC(2.4mmol)を加え、反応混合物を室温で12時間振盪し
た。次に溶媒を濾別し、支持体をメタノール:アセトニトリル:ピリジン(1:
1:1、3x20mL)で洗浄した。支持体をピリジン中のピペリジンの10%
溶液10mLで処理することにより、N−Fmoc保護基を除去した。N−サル
コシニル化LCA−CPGをメタノール:アセトニトリル:ピリジン(1:1:
1、3x20mL)で洗浄し、真空下に乾燥した。
(2)5’−O−ジメトキシトリチルヌクレオシドを、DMF(2mL)、ピ
リジン(0.2mL)およびDCC(50mg)の存在下に、(1)に記載のよ
うにして得たサルコシニル化LCA−CPGに加えた。反応混合物を室温で12
時間振盪し、次にメタノール:アセトニトリル:ピリジン(1:1:1、3x2
0mL)で洗浄した。乾燥後、支持体をN−メチルイミダゾール:THF(1m
L)および無水酢酸/ルチジン(1mL)で15分間処理した。次に、支持体を
メタノール:アセトニトリル:ピリジン(1:1:1、3x10mL)、続いて
アセトニトリル(3x10mL)で洗浄し、次に真空下に乾燥した。
(B)次に、ジアステレオマー的に純粋な活性化ヌクレオシドを、300倍モル
過剰のDBUの存在下に、サルコシニルLCA−CPG支持体に結合したオリゴ
ヌクレオチドの上に加えた。活性化ヌクレオシドのジアステレオマーは、カップ
リング反応において用いる前に、カラムクロマトグラフィー(シリカゲル60H
、溶出溶媒として酢酸エチルを用いる、溶出はHPTLC(シリカゲル60、展
開溶媒として酢酸エチル)によりモニターした]で精製した。合成プロトコルは
表3に示される。
ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドのジアステレオマー純度は、31P N
MRにより、HPLC(Lichrospher Si100、5AM、溶出剤
として酢酸エチル、流速3mL/分)により、酵素的に、または電気泳動法によ
り判定することができる。実施例20
ヒト患者における疾患状態の治療
本発明のオリゴヌクレオチドは、種々の疾患状態の治療に用いることができる
。特定の疾患状態であると診断された患者の治療は、薬学的に許容される処方中
の有効用量のオリゴヌクレオチドを適当な経路で患者に投与することを含む。有
効なオリゴヌクレオチド用量は、治療すべき疾患状態、疾患状態の重篤度および
治療される患者の年齢に依存する。オリゴヌクレオチドの有効用量はそのIC50
に基づいて決定することができ、これは当業者には日常的な方法である。あるい
は、オリゴマーの有効用量は、薬物動態学ソフトウエアプログラムTopFit
を用いることにより決定することができる。例えば、オリゴヌクレオチドの用量
は、疾患状態の進行に依存して、体重1kgあたり0.01μg(子供用)から
100g(成人用)まで様々である。同様に、投与の頻度は、疾患状態の進行に
依存し、1日1回またはそれ以上から、20年に1度まで様々であろう。
オリゴヌクレオチド投与の経路は、治療すべき疾患状態による。例えば、炎症
性疾患について処置される患者へのオリゴヌクレオチドの投与は、経口または直
腸経路で行うことができる。AIDSに苦しむ患者の処置の場合には、オリゴヌ
クレオチド投与の最も有効な方法は、経口経路または皮下注射によるものであろ
う。癌、例えば乳癌は、皮下注射により処置することができ、一方、結腸癌はオ
リゴヌクレオチドの経口または直腸投与により処置することができる。中枢神経
系の疾患または疾病は、オリゴヌクレオチドを患者の脊柱または脳に送達するた
めに、髄腔内または脳室内投与により最もよく処置されるであろう。
オリゴヌクレオチド投与に続き、患者を疾患状態に伴う症状の緩和についてモ
ニターすることができる。次に、疾患状態の重篤度および処置に対する反応性に
より、用量を調節(増加または減少)することができる。
本発明のオリゴヌクレオチドを他の伝統的治療と組み合わせて投与することが
好ましいであろう。オリゴヌクレオチドは、AIDSに苦しむ患者の治療のため
のAZT、炎症性疾患、例えば潰瘍性大腸炎の治療のためのスルファサラジン(
sulfasalazine)、および結腸癌の治療のための5−フルオロウラ
シル等の薬剤と組み合わせて投与することができるが、これらに限定されない。
また、疾患状態について治療が成功した患者に維持療法を投与することが望ま
しいであろう。維持投与計画の一部としてのオリゴヌクレオチド投与の用量およ
び頻度は、体重1kgあたり0.01μgから100gで、1日1回またはそれ
以上から数年に1回まで様々である。実施例21
オリゴヌクレオチドの脳室内投与
薬剤を患者の脳に直接送達するための脳室内薬剤投与は、脳を苦しめる疾患を
有する患者の治療に望ましいであろう。このオリゴヌクレオチド投与のモードを
行うために、シリコンカテーテルを外科手術でヒト患者の脳の脳室内に導入し、
これを腹部に外科手術で移植した皮下注入ポンプ(Medtronic Inc
.,Minneapolis,MN)に接続する[Cancer Resear
ch,44:1698(1984)]。ポンプを用いてオリゴヌクレオチドを注
入し、外部プログラミング装置の補助によって正確な用量調節および用量スケジ
ュールの変更を行う。ポンプの貯蔵器容量は18−20mLであり、注入速度は
0.1mL/hから1mL/hの範囲であろう。毎日から毎月の投与の頻度およ
び投与すべき薬剤の体重1kgあたり0.01μgから100gの範囲の用量に
依存して、ポンプ貯蔵器は、3−10週間間隔で補充することができる。ポンプ
の補充は、ポンプの自己密封性隔膜を経皮的に穿剌することにより行われる。実施例22
オリゴヌクレオチドの髄腔内投与
患者の脊柱に薬剤を導入するための髄腔内薬剤投与は、中枢神経系の疾患を有
する患者の治療に望ましいであろう。このオリゴヌクレオチド投与の経路を行う
ためには、シリコンカテーテルを外科手術でヒト患者のL3−4腰椎脊柱空間中
に移植し、これを上部腹部に外科手術で移植した皮下注入ポンプに接続する[T
he Annals of Pharmacotherapy,27:912
(1993)およびCancer,41:1270(1993)]。ポンプを用
いてオリゴヌクレオチドを注入し、外部プログラミング装置の補助によって正確
な用量調節および用量スケジュールの変更を行う。ポンプの貯蔵器容量は18−
20mLであり、注入速度は0.1mL/hから1mL/hの範囲であろう。毎
日から毎月の投与の頻度および投与すべき薬剤の体重1kgあたり0.01μg
から100gの範囲の用量に依存して、ポンプ貯蔵器は、3−10週間間隔で補
充することができる。ポンプの補充は、ポンプの自己密封性隔膜を経皮的に1回
穿剌することにより行われる。実施例23
AIDSに罹患した患者を、ISIS−5320、すなわち実施例3または実
施例19にしたがって合成し、配列TTGGGGTT(配列番号17)を有するオリゴヌ
クレオチドで処置する。体重1kgあたり1−1000μgのオリゴヌクレオチ
ドを薬学的に許容しうる担体中に取り込ませ、硝子内投与する。処置は、感染が
除去されるまで必要に応じて反復することができる。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.6 識別記号 FI
C07H 21/04 C07H 21/04 B
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(33)優先権主張国 米国(US)
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(32)優先日 1995年6月6日
(33)優先権主張国 米国(US)
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(32)優先日 1995年6月6日
(33)優先権主張国 米国(US)
(81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE,
DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L
U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF
,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,
SN,TD,TG),AP(KE,LS,MW,SD,S
Z,UG),UA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD
,RU,TJ,TM),AL,AM,AT,AU,AZ
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DE,DK,EE,ES,FI,GB,GE,HU,I
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MN,MW,MX,NO,NZ,PL,PT,RO,R
U,SD,SE,SG,SI,SK,TJ,TM,TR
,TT,UA,UG,US,UZ,VN
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号 6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号11、配列番号12または 配列番号17により表され、ヌクレオシドユニットの少なくとも75%は、Sp ホスホロチオエート3’−5’結合により一緒に結合されているオリゴヌクレオ チド。 2.ヌクレオシドユニットのすべてがSpホスホロチオエート3’−5’結合に より一緒に結合されている、請求項1記載のオリゴヌクレオチド。 3.請求項1記載のオリゴヌクレオチドおよび許容しうる担体を含む組成物。 4.配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号 6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号11、配列番号12または 配列番号17により表され、ヌクレオシドユニットの少なくとも75%は、Rp ホスホロチオエート3’−5’結合により一緒に結合されているオリゴヌクレオ チド。 5.ヌクレオシドユニットのすべてがRpホスホロチオエート3’−5’結合に より一緒に結合されている、請求項4記載のオリゴヌクレオチド。 6.請求項4記載のオリゴヌクレオチドおよび許容しうる担体を含む組成物。
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