JPH11180A - ヒスチジンキナーゼ - Google Patents
ヒスチジンキナーゼInfo
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- JPH11180A JPH11180A JP10063825A JP6382598A JPH11180A JP H11180 A JPH11180 A JP H11180A JP 10063825 A JP10063825 A JP 10063825A JP 6382598 A JP6382598 A JP 6382598A JP H11180 A JPH11180 A JP H11180A
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- histidine kinase
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- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- C12N9/1223—Phosphotransferases with a nitrogenous group as acceptor (2.7.3)
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- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
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Abstract
(57)【要約】 （修正有）
【課題】 配列番号：２または４に示すアミノ酸配列と
既知アミノ酸配列またはバチルス・スブチリスタンパク
質由来のDegSのごとき他のタンパク質の配列間の相同性
によって新規なヒスチジンキナーゼポリペプチドとして
同定したポリペプチドを提供すること。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含
む単離ポリヌクレオチド。
既知アミノ酸配列またはバチルス・スブチリスタンパク
質由来のDegSのごとき他のタンパク質の配列間の相同性
によって新規なヒスチジンキナーゼポリペプチドとして
同定したポリペプチドを提供すること。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含
む単離ポリヌクレオチド。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、新たに同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにその生
産および使用、ならびにその変異体、アゴニストおよび
アンタゴニスト、ならびにその使用に関する。特に、本
発明は、以後「ヒスチジンキナーゼ」いうヒスチジンキ
ナーゼファミリーの新規なポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドに関する。
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにその生
産および使用、ならびにその変異体、アゴニストおよび
アンタゴニスト、ならびにその使用に関する。特に、本
発明は、以後「ヒスチジンキナーゼ」いうヒスチジンキ
ナーゼファミリーの新規なポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドに関する。
【０００２】
【従来の技術】抗生物質の開発の標的としてブドウ球菌
遺伝子および遺伝子産物を用いることが特に好ましい。
ブドウ球菌は医学的に重要な微生物属をなしている。そ
れらは、侵入性および毒素原性の2つの型の疾患を引き
起こすことが知られている。一般に、侵入性感染は、皮
膚表面および深部組織共に影響する膿瘍形成により特徴
付けられる。エス・アウレウス(S. aureus)は癌患者に
おける菌血症の第2の主要な原因である。また、骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性血栓静脈炎および急性細菌性
心内膜炎も比較的一般的である。ブドウ球菌の毒素原性
の結果生じる少なくとも3つの臨床状態がある。これら
疾患の症状発現は組織侵入および菌血症と対立するもの
としての外毒素の作用の結果生じる。これらの状態はブ
ドウ球菌食中毒、熱傷様皮膚症候群およびトキシックシ
ョック症候群を含む。
遺伝子および遺伝子産物を用いることが特に好ましい。
ブドウ球菌は医学的に重要な微生物属をなしている。そ
れらは、侵入性および毒素原性の2つの型の疾患を引き
起こすことが知られている。一般に、侵入性感染は、皮
膚表面および深部組織共に影響する膿瘍形成により特徴
付けられる。エス・アウレウス(S. aureus)は癌患者に
おける菌血症の第2の主要な原因である。また、骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性血栓静脈炎および急性細菌性
心内膜炎も比較的一般的である。ブドウ球菌の毒素原性
の結果生じる少なくとも3つの臨床状態がある。これら
疾患の症状発現は組織侵入および菌血症と対立するもの
としての外毒素の作用の結果生じる。これらの状態はブ
ドウ球菌食中毒、熱傷様皮膚症候群およびトキシックシ
ョック症候群を含む。
【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス(Staphyl
ococcus aureus)感染の頻度は過去２〜３０年で劇的に
増加している。このことは多剤耐性菌の出現および免疫
系の低下した人の人口の増加に起因している。もはや、
数種または全ての標準的な抗生物質に耐性なスタフィロ
コッカス・アウレウス株を単離することは珍しいことで
はない。この現象により、この生物に対する新しい抗-
微生物剤、ワクチンおよび診断試験の両方に対する要望
が生じている。
ococcus aureus)感染の頻度は過去２〜３０年で劇的に
増加している。このことは多剤耐性菌の出現および免疫
系の低下した人の人口の増加に起因している。もはや、
数種または全ての標準的な抗生物質に耐性なスタフィロ
コッカス・アウレウス株を単離することは珍しいことで
はない。この現象により、この生物に対する新しい抗-
微生物剤、ワクチンおよび診断試験の両方に対する要望
が生じている。
【０００４】多くの２成分シグナルトランスダクション
系(TCSTS)が細菌で同定されている（Stock, J. B. Ninf
a, A. J. &Stock, A. M. (1989) Microbiol. Rev. 53,
450-490）。これらは、細菌がその周囲をモニターしそ
の環境変化に適応する能力に関連する。これらの細菌の
TCSTSのいくつかは宿主内でのビルレンスおよび細菌の
病理原性に関わる。
系(TCSTS)が細菌で同定されている（Stock, J. B. Ninf
a, A. J. &Stock, A. M. (1989) Microbiol. Rev. 53,
450-490）。これらは、細菌がその周囲をモニターしそ
の環境変化に適応する能力に関連する。これらの細菌の
TCSTSのいくつかは宿主内でのビルレンスおよび細菌の
病理原性に関わる。
【０００５】ヒスチジンキナーゼは、ヒスチジン残基に
おいて自己リン酸化するTCSTSの成分である。次いで、
リン酸基は同族の応答レギュレーターに転移される。ヒ
スチジンキナーゼは5つの短い保存されたアミノ酸配列
を有する（ Stock, J. B. Ninfa, A. J. &Stock, A. M.
(1989) Microbiol. Rev. 53, 450-490, Swanson, R.
V., Alex, L. A. & Simon, M. I. (1994) TIBS 19 485-
491）。これらはリン酸化されたヒスチジン残基であ
り、約100残基の後に保存されたアスパラギン残基が続
く。別の１５ないし４５残基の後に、DXGXGモチーフが
見いだされ、その後に、別の１０〜２０残基があり、FX
XFモチーフが続く。別のグリシンモチーフGXG上のさら
に１０〜２０残基が見い出される。２つのグリシンモチ
ーフはヌクレオチド結合に関わると考えられる。ヒスチ
ジンキナーゼのこのファミリーは、細胞外プロテアーゼ
の産生に関わるTCSTSの一部であるバチルス・スブチリ
ス(Bacillus subtilis)由来のDegSを含む(Henner, D.
J., Yang, M. & Ferrari, E. (1988) J. Bacteriol. 17
0, 5102-5109)。
おいて自己リン酸化するTCSTSの成分である。次いで、
リン酸基は同族の応答レギュレーターに転移される。ヒ
スチジンキナーゼは5つの短い保存されたアミノ酸配列
を有する（ Stock, J. B. Ninfa, A. J. &Stock, A. M.
(1989) Microbiol. Rev. 53, 450-490, Swanson, R.
V., Alex, L. A. & Simon, M. I. (1994) TIBS 19 485-
491）。これらはリン酸化されたヒスチジン残基であ
り、約100残基の後に保存されたアスパラギン残基が続
く。別の１５ないし４５残基の後に、DXGXGモチーフが
見いだされ、その後に、別の１０〜２０残基があり、FX
XFモチーフが続く。別のグリシンモチーフGXG上のさら
に１０〜２０残基が見い出される。２つのグリシンモチ
ーフはヌクレオチド結合に関わると考えられる。ヒスチ
ジンキナーゼのこのファミリーは、細胞外プロテアーゼ
の産生に関わるTCSTSの一部であるバチルス・スブチリ
ス(Bacillus subtilis)由来のDegSを含む(Henner, D.
J., Yang, M. & Ferrari, E. (1988) J. Bacteriol. 17
0, 5102-5109)。
【０００６】応答レギュレーターはTCSTSの成分であ
る。これらタンパク質はヒスチジンキナーゼによりリン
酸化され、次々に、いったんリン酸化されると応答に影
響し、それはしばしばＤＮＡ結合ドメインが活性化され
ることを介する。応答レギュレーターは、約１００アミ
ノ酸の保存されたN-末端ドメインにより特徴付けられ
る。応答レギュレーターのN-末端ドメインならびにCheY
における残基D12、D13、D57、T87、K109に対応する保持
される５つの機能的に重要な残基 (Matsumura, P.,Ryde
l, J. J., Linzmeier, R. & Vacante, D. (1984)J. Bac
teriol.160, 36-41)は、保存された構造的特徴を有する
(Volz, K (1993) Biochemistry 32, 11741-11753)。サ
ルモネラ・ティフィムリウム(Salmonella typhimurium)
(Stock, A.M., Mottonen, J. M., Stock, J. B. & Sch
utt, C. E. (1989) Nature, 337, 745-749) およびエシ
ェリキア・コリ(Escerichia coli) (Volz, K. & Matsum
ura,P. (1991) J. Biol. Chem. 266, 15511-15519)由来
のCheY およびエス・ティフィムリウム(S. typhimuriu
m)由来の窒素調節タンパク質CのN-末端ドメイン (Volkm
an, B. F., Nohaile, M. J., Amy, N. K., Kustu, S. &
Wemmer, D. E. (1998) Biochemistry, 34 1413-1424)
の3-次元構造 ならびにバチルス・スブチリス由来の Sp
oOFの二次構造(Feher, V. A., Zapf, J. W., Hoch, J.
A., Dahlquist, F. W., Whiteley, J,. M. & Cavanagh,
J. (1995) Protein Science, 4, 1801-1814) が利用で
きる。これらの構造はa(a/b)5という折り畳を有する。
いくつかの構造残基は異なる応答レギュレーター配列、
具体的にはβ-シート疎水性コアおよびα-ヘリックスか
らの部位内の疎水性残基間で保存される。
る。これらタンパク質はヒスチジンキナーゼによりリン
酸化され、次々に、いったんリン酸化されると応答に影
響し、それはしばしばＤＮＡ結合ドメインが活性化され
ることを介する。応答レギュレーターは、約１００アミ
ノ酸の保存されたN-末端ドメインにより特徴付けられ
る。応答レギュレーターのN-末端ドメインならびにCheY
における残基D12、D13、D57、T87、K109に対応する保持
される５つの機能的に重要な残基 (Matsumura, P.,Ryde
l, J. J., Linzmeier, R. & Vacante, D. (1984)J. Bac
teriol.160, 36-41)は、保存された構造的特徴を有する
(Volz, K (1993) Biochemistry 32, 11741-11753)。サ
ルモネラ・ティフィムリウム(Salmonella typhimurium)
(Stock, A.M., Mottonen, J. M., Stock, J. B. & Sch
utt, C. E. (1989) Nature, 337, 745-749) およびエシ
ェリキア・コリ(Escerichia coli) (Volz, K. & Matsum
ura,P. (1991) J. Biol. Chem. 266, 15511-15519)由来
のCheY およびエス・ティフィムリウム(S. typhimuriu
m)由来の窒素調節タンパク質CのN-末端ドメイン (Volkm
an, B. F., Nohaile, M. J., Amy, N. K., Kustu, S. &
Wemmer, D. E. (1998) Biochemistry, 34 1413-1424)
の3-次元構造 ならびにバチルス・スブチリス由来の Sp
oOFの二次構造(Feher, V. A., Zapf, J. W., Hoch, J.
A., Dahlquist, F. W., Whiteley, J,. M. & Cavanagh,
J. (1995) Protein Science, 4, 1801-1814) が利用で
きる。これらの構造はa(a/b)5という折り畳を有する。
いくつかの構造残基は異なる応答レギュレーター配列、
具体的にはβ-シート疎水性コアおよびα-ヘリックスか
らの部位内の疎水性残基間で保存される。
【０００７】TCSTSによって調節されるプロセスの中に
は、ビルレンス因子、運動性、抗生物質耐性および細胞
複製の生成がある。TCSTSタンパク質の阻害剤は、宿主
が病因に必要な因子を生成するのを妨げることにより細
菌が宿主の感染を確立し、維持するのを妨げ、それによ
って抗菌治療において効用を有するであろう。明らか
に、抗生物質活性につき化合物をのスクリーニングする
のに有用である本利益を有する、本発明のヒスチジンキ
ナーゼの具体例のごとき因子に対する要望が存在する。
また、かかる因子は感染、機能不全および疾患の病因に
おいてその役割を決定するにも有用である。また、かか
る感染、機能不全および疾患を予防、緩和または直す方
法を見出すためのかかる因子およびそのアンタゴニスト
およびアゴニストの同定およびキャラクタリゼーション
に対する要望もある。本発明のあるポリペプチドは、バ
チルス・スブチリスタンパク質由来の公知のDegSとアミ
ノ酸配列相同性を有する。
は、ビルレンス因子、運動性、抗生物質耐性および細胞
複製の生成がある。TCSTSタンパク質の阻害剤は、宿主
が病因に必要な因子を生成するのを妨げることにより細
菌が宿主の感染を確立し、維持するのを妨げ、それによ
って抗菌治療において効用を有するであろう。明らか
に、抗生物質活性につき化合物をのスクリーニングする
のに有用である本利益を有する、本発明のヒスチジンキ
ナーゼの具体例のごとき因子に対する要望が存在する。
また、かかる因子は感染、機能不全および疾患の病因に
おいてその役割を決定するにも有用である。また、かか
る感染、機能不全および疾患を予防、緩和または直す方
法を見出すためのかかる因子およびそのアンタゴニスト
およびアゴニストの同定およびキャラクタリゼーション
に対する要望もある。本発明のあるポリペプチドは、バ
チルス・スブチリスタンパク質由来の公知のDegSとアミ
ノ酸配列相同性を有する。
【０００８】
【発明が解決しようとする課題および課題を解決するた
めの手段】表１［配列番号：２または４］に示すアミノ
酸配列と既知アミノ酸配列またはバチルス・スブチリス
タンパク質由来のDegSのごとき他のタンパク質の配列間
の相同性によって新規なヒスチジンキナーゼポリペプチ
ドとして同定されたポリペプチドを提供することが本発
明の目的である。ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチド、詳細には本明細書中でヒス
チジンキナーゼと称するポリペプチドをコードするポリ
ヌクレオチドを提供することが本発明のさらなる目的で
ある。
めの手段】表１［配列番号：２または４］に示すアミノ
酸配列と既知アミノ酸配列またはバチルス・スブチリス
タンパク質由来のDegSのごとき他のタンパク質の配列間
の相同性によって新規なヒスチジンキナーゼポリペプチ
ドとして同定されたポリペプチドを提供することが本発
明の目的である。ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチド、詳細には本明細書中でヒス
チジンキナーゼと称するポリペプチドをコードするポリ
ヌクレオチドを提供することが本発明のさらなる目的で
ある。
【０００９】本発明の特に好ましい具体例において、該
ポリヌクレオチドは、表１［配列番号：１または３］に
示す配列を含むヒスチジンキナーゼポリペプチドをコー
ドする領域を含み、それは遺伝子の全長またはその変種
を包含する。本発明の別の好ましい具体例において、表
１［配列番号：２または４］のアミノ酸配列を含むスタ
フィロコッカス・アウレウス由来の新規なヒスチジンキ
ナーゼタンパク質、またはその変種が存在する。
ポリヌクレオチドは、表１［配列番号：１または３］に
示す配列を含むヒスチジンキナーゼポリペプチドをコー
ドする領域を含み、それは遺伝子の全長またはその変種
を包含する。本発明の別の好ましい具体例において、表
１［配列番号：２または４］のアミノ酸配列を含むスタ
フィロコッカス・アウレウス由来の新規なヒスチジンキ
ナーゼタンパク質、またはその変種が存在する。
【００１０】本発明のさらなる態様によれば、ｍＲＮ
Ａ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを包含するヒスチジンキナ
ーゼ、特にスタフィロコッカス・アウレウスヒスチジン
キナーゼをコードする単離核酸分子が提供される。さら
に本発明の具体例は、その生物学的に、診断上、予防
上、臨床的にまたは治療的に有用な変種、およびそれら
を含む組成物を包含する。
Ａ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを包含するヒスチジンキナ
ーゼ、特にスタフィロコッカス・アウレウスヒスチジン
キナーゼをコードする単離核酸分子が提供される。さら
に本発明の具体例は、その生物学的に、診断上、予防
上、臨床的にまたは治療的に有用な変種、およびそれら
を含む組成物を包含する。
【００１１】本発明の別の態様によれば、治療または予
防目的、特に遺伝学的免疫化のための本発明のポリヌク
レオチドの使用が提供される。なかでも特に好ましい本
発明の具体例は、ヒスチジンキナーゼの天然対立遺伝子
変種およびそれによりコードされるポリペプチドであ
る。
防目的、特に遺伝学的免疫化のための本発明のポリヌク
レオチドの使用が提供される。なかでも特に好ましい本
発明の具体例は、ヒスチジンキナーゼの天然対立遺伝子
変種およびそれによりコードされるポリペプチドであ
る。
【００１２】本発明の別の態様によれば、本明細書にお
いてヒスチジンキナーゼと呼ばれるスタフィロコッカス
・アウレウスの新規ポリペプチド、ならびにその生物学
的、診断上、予防上、臨床上または治療上有用な変種、
およびそれらを含む組成物が提供される。
いてヒスチジンキナーゼと呼ばれるスタフィロコッカス
・アウレウスの新規ポリペプチド、ならびにその生物学
的、診断上、予防上、臨床上または治療上有用な変種、
およびそれらを含む組成物が提供される。
【００１３】ヒスチジンキナーゼ遺伝子の天然に存在す
る対立遺伝子によりコードされるヒスチジンキナーゼポ
リペプチドの変種が本発明のこの態様の特に好ましい具
体例である。
る対立遺伝子によりコードされるヒスチジンキナーゼポ
リペプチドの変種が本発明のこの態様の特に好ましい具
体例である。
【００１４】本発明の好ましい具体例において、前記の
ヒスチジンキナーゼポリペプチドを生産する方法を提供
する。本発明のまた別の態様によれば、抗菌剤として有
効なかかるポリペプチドに対する阻害剤、例えば抗体が
提供される。
ヒスチジンキナーゼポリペプチドを生産する方法を提供
する。本発明のまた別の態様によれば、抗菌剤として有
効なかかるポリペプチドに対する阻害剤、例えば抗体が
提供される。
【００１５】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
ヒスチジンキナーゼ発現を評価する、疾患を治療する、
遺伝学的変異をアッセイする、およびヒスチジンキナー
ゼポリペプチドまたはポリヌクレオチドを生物へ投与し
て、細菌、特にスタフィロコッカス・アウレウス細菌に
対する免疫学的応答を生じさせるための産物、組成物お
よび方法が提供される。
ヒスチジンキナーゼ発現を評価する、疾患を治療する、
遺伝学的変異をアッセイする、およびヒスチジンキナー
ゼポリペプチドまたはポリヌクレオチドを生物へ投与し
て、細菌、特にスタフィロコッカス・アウレウス細菌に
対する免疫学的応答を生じさせるための産物、組成物お
よび方法が提供される。
【００１６】本発明のこの態様および他の態様の特定の
好ましい具体例によれば、特に、厳密な条件下で、ヒス
チジンキナーゼポリヌクレオチド配列にハイブリダイズ
するポリヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好
ましい具体例において、ヒスチジンキナーゼポリペプチ
ドに対する抗体が提供される。
好ましい具体例によれば、特に、厳密な条件下で、ヒス
チジンキナーゼポリヌクレオチド配列にハイブリダイズ
するポリヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好
ましい具体例において、ヒスチジンキナーゼポリペプチ
ドに対する抗体が提供される。
【００１７】本発明の他の具体例において、本発明のポ
リぺプチドまたはポリヌクレオチドに結合し、または別
法でそれらと相互作用して、その活性を阻害もしくは活
性化する化合物の同定方法であって：本発明のポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化
合物と、化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチド
の結合またはそれらの間の他の相互作用を可能にする条
件下で接触させて、化合物との結合または他の相互作用
を評価する（かかる結合または相互作用は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドと化合物の結合または相互作
用に応答して検出可能なシグナルを発生する能力のある
第２の成分と結合している）こと；化合物とポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドの結合あるいは相互作用から
生じたシグナルの存在または非存在を検出することによ
って、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに
結合し、または別法でそれらと相互作用しその活性を活
性化もしくは阻害するかどうかを測定する方法が提供さ
れる。
リぺプチドまたはポリヌクレオチドに結合し、または別
法でそれらと相互作用して、その活性を阻害もしくは活
性化する化合物の同定方法であって：本発明のポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化
合物と、化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオチド
の結合またはそれらの間の他の相互作用を可能にする条
件下で接触させて、化合物との結合または他の相互作用
を評価する（かかる結合または相互作用は、ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドと化合物の結合または相互作
用に応答して検出可能なシグナルを発生する能力のある
第２の成分と結合している）こと；化合物とポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドの結合あるいは相互作用から
生じたシグナルの存在または非存在を検出することによ
って、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに
結合し、または別法でそれらと相互作用しその活性を活
性化もしくは阻害するかどうかを測定する方法が提供さ
れる。
【００１８】本発明のまた別の態様によれば、ヒスチジ
ンキナーゼアゴニストおよびアンタゴニスト、特に静菌
的または殺菌的アゴニストおよびアンタゴニストが提供
される。本発明のさらなる態様において、単細胞または
多細胞生物へ投与するためのヒスチジンキナーゼポリヌ
クレオチドまたはヒスチジンキナーゼポリペプチドを含
む組成物が提供される。本開示の発明の精神および範囲
内での種々の変更および修飾は、下記説明を読み、本開
示の他の部分を読めば当業者に容易に明らかとなろう。
ンキナーゼアゴニストおよびアンタゴニスト、特に静菌
的または殺菌的アゴニストおよびアンタゴニストが提供
される。本発明のさらなる態様において、単細胞または
多細胞生物へ投与するためのヒスチジンキナーゼポリヌ
クレオチドまたはヒスチジンキナーゼポリペプチドを含
む組成物が提供される。本開示の発明の精神および範囲
内での種々の変更および修飾は、下記説明を読み、本開
示の他の部分を読めば当業者に容易に明らかとなろう。
【００１９】
【発明の実施の形態】本発明は、より詳細に下記するよ
うに、新規なヒスチジンキナーゼポリぺプチドおよびポ
リヌクレオチドに関する。詳細には、本発明はスタフィ
ロコッカス・アウレウスの新規なヒスチジンキナーゼの
ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関し、アミノ酸
配列相同性によってバチルス・スブチリスポリペプチド
由来のDegSに関連付けられる。本発明は、特に表１に各
々配列番号：１および配列番号：２として示すヌクレオ
チドおよびアミノ酸配列を有するヒスチジンキナーゼに
関する。
うに、新規なヒスチジンキナーゼポリぺプチドおよびポ
リヌクレオチドに関する。詳細には、本発明はスタフィ
ロコッカス・アウレウスの新規なヒスチジンキナーゼの
ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関し、アミノ酸
配列相同性によってバチルス・スブチリスポリペプチド
由来のDegSに関連付けられる。本発明は、特に表１に各
々配列番号：１および配列番号：２として示すヌクレオ
チドおよびアミノ酸配列を有するヒスチジンキナーゼに
関する。
【００２０】
【表１】ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチドおよびポ
リペプチド配列
リペプチド配列
【００２１】（Ａ）スタフィロコッカス・アウレウスヒ
スチジンキナーゼポリヌクレオチド配列由来の配列［配
列番号：１］
スチジンキナーゼポリヌクレオチド配列由来の配列［配
列番号：１］
【化１】 5'-GGAAAGCGTATGGTAATAGCCAATGTTGGTTTAGCTTTAGGGCCTGAAGAAAAGATTGAC TATCCAATTTTATTGAGCGAATCATTAACAGCAGTTTTCAGTGCCGCTTTGGTATAAGAA TCAAGTGTATGCAAAGAGATGGTCGTCCTTTACCAAAAATATTTGATAAACGTAAGTTTG GTATTTTCAATGATGATAAATAATGAGATGAATTAGGGTGTAAGTCATGATTAATGAGGA CAGTATACAGTTAGATACTTTATTGAAAAAATATTATGAGCATTCAATCGAAAAGATAGT TTTTGCTGATGATAACGGCAAAATTATTGCAATGAATGATGCTGCTAAAGATATATTATC TGAAGAAGATAATTACAGTGCTGTGGCGAATGCGATTTGTCACAGATGTGAAGGGTATAC AAATGCCTATGATGTACAATCATGTAAAGACTGTTTCTTAGAATCGATGCAAGTACAAGC TACGAATTTCCAAGTATTTATGAAGACGAAAGATCAAAAAGTGATGCCATTTACAGCAAC ATATCAGTTGATTGATCAAGACAGGGGAATTCATGCATTTACGCTTCAAAATGTTTCATC ACAAATTGAACAGCAAGAGAAATTACATCAACAACGTATGATGCGTAAAACAATCTCAGC CCAAGAAAATGAAAGAAAGCGAATTTCTAGAGAGTTACATGATAGTGTGATTCAAGAAAT GCTCAATGTAGATGTTCAATTGAGATTATTAAAATATCAAGAAGATACAACTAAGCTTTT GGAAGACGCAGAAAATATTGAATATATTGTCGCTAAATTAATTGATGATATACGTAATAT GTCGGTTGAATTAAGACCCGCTTCTTTGGATGATCTAGGCCTTGAAGTAGCTATTAAATC ATATTATAAACAGTTTGAAGAAAATTATGGAATAAAAATCATATATACATCAAATATTAA AAATACTCGCTTTGATAGTGATATTGAAACGGTTGTTTATCGAGTAGTGCAAGAAGCTAT TCTAAATGCGTTGAAATACGCTGATGTAAATGAAATAAATGTAGGTATCCGTCAAACTGG GCGCCATTTGGTAGCAGAAGTGATAGATGCGGGAAATGGTTTTGATCCAAGTTCTAAGCC TAAAGGTTCTGGACTCGGTTTATATGGAATGAATGAGCGAGCTGAGTTAGTCAGCGGTAG CGTCAATATTGAAACGAAAATTGGTGAGGGTACCAATGTTACATTGAACATTCCAATTTG AAACATACATTGGGGGAATAAAATTGAAAATAGTCATTGCCGATGATCACGCTGTTGTCC GTACGGGGTTCTCTATGATTTTAAATTATCAAAATGATATGGAAGTTGTTGCAACGGCTG CAGATGGCGTCGAAGCTTACCAAAAAGTAATGCAATATAAACCTGACCCGCTACTAATGG ATTTAAGTATGCCACCAGGTGAGTCAGGTCTTATCGCTACGAGTAAAATTGCTGACAGTT TTCCTGAAACTAAAATACTAATATTAACAATGTTTGATGATGAGGAGTATTTGTTCCATG TGTTGCGTAATGGCGCAA-3'
【００２２】（Ｂ）表中のポリヌクレオチド配列から推
定されたスタフィロコッカス・アウレウスヒスチジンキ
ナーゼポリペプチド配列［配列番号：２］
定されたスタフィロコッカス・アウレウスヒスチジンキ
ナーゼポリペプチド配列［配列番号：２］
【化２】 NH2-MINEDSIQLDTLLKKYYEHSIEKIVFADDNGKIIAMNDAAKDILSEEDNYSAVANAICHR CEGYTNAYDVQSCKDCFLESMQVQATNFQVFMKTKDQKVMPFTATYQLIDQDRGIHAFTL QNVSSQIEQQEKLHQQRMMRKTISAQENERKRISRELHDSVIQEMLNVDVQLRLLKYQED TTKLLEDAENIEYIVAKLIDDIRNMSVELRPASLDDLGLEVAIKSYYKQFEENYGIKIIY TSNIKNTRFDSDIETVVYRVVQEAILNALKYADVNEINVGIRQTGRHLVAEVIDAGNGFD PSSKPKGSGLGLYGMNERAELVSGSVNIETKIGEGTNVTLNIPI-COOH
【００２３】（Ｃ）スタフィロコッカス・アウレウスヒ
スチジンキナーゼＯＲＦ配列を含むポリヌクレオチド配
列［配列番号：３］
スチジンキナーゼＯＲＦ配列を含むポリヌクレオチド配
列［配列番号：３］
【化３】 5'-ATGCATTTACGCTTCAAAATGTTTCATCACAAATTGAACTGCAAGAGAAA TTACATCAACAACGTATGATGCGTAAAACAATCTCAGCCCAAGAAAATGA AAGAAAGCGAATTTCTAGAGAGTTACATGATAGTGTGATTCAAGAAATGC TCAATGTAGATGTTCAATTGAGATTATTAAAATATCAAGAAGATACAACT AAGCTTGTGGAAGACGCAGAAAATATTGAATATATTGTCGCTAAATTAAT TGATGATATACGTAATATGTCGGTTGAATTAAGACCCGCTTCTTTGGATG ATCTAGGCCTTGAAGCAGCTTTTAAATCATATTTTACACAGTGTGAAGAA AATTATGGAATAAAAATCATATATACATCAAATATTAAAAATACTCGCTT TGATAGTGATATTGAACGGG-3'
【００２４】（Ｄ）表中のポリヌクレオチドＯＲＦ配列
から推定されたスタフィロコッカス・アウレウスヒスチ
ジンキナーゼポリペプチド配列［配列番号：４］
から推定されたスタフィロコッカス・アウレウスヒスチ
ジンキナーゼポリペプチド配列［配列番号：４］
【化４】 NH2-AFTLQNVSSQIELQEKLHQQRMMRKTISAQENERKRISRELHDSVIQEML NVDVQLRLLKYQEDTTKLVEDAENIEYIVAKLIDDIRNMSVELRPASLDD LGLEAAFKSYFTQCEENYGIKIIYTSNIKNTRFDSDIEG-COOH
【００２５】寄託材料 スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９を含む寄
託物は、ナショナル・コレクション・オブ・インダスト
リアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（本
明細書では「ＮＣＩＭＢ」という）、スコットランド、
ＡＢ２１ＲＹ、アバディーン、マッカードライブ・スト
リート２３番に、１９９５年９月１１日に寄託され、Ｎ
ＣＩＭＢ受託番号４０７１１を付与され、寄託に関して
スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９と称し
た。本明細書においてスタフィロコッカス・アウレウス
寄託株を「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称す
る。
託物は、ナショナル・コレクション・オブ・インダスト
リアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（本
明細書では「ＮＣＩＭＢ」という）、スコットランド、
ＡＢ２１ＲＹ、アバディーン、マッカードライブ・スト
リート２３番に、１９９５年９月１１日に寄託され、Ｎ
ＣＩＭＢ受託番号４０７１１を付与され、寄託に関して
スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９と称し
た。本明細書においてスタフィロコッカス・アウレウス
寄託株を「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称す
る。
【００２６】寄託株は、ヒスチジンキナーゼ遺伝子の全
長を含有する。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配
列、ならびにそれによりコードされるアミノ酸配列は、
本明細書中の配列の記載と矛盾が起こった場合に支配的
である。
長を含有する。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配
列、ならびにそれによりコードされるアミノ酸配列は、
本明細書中の配列の記載と矛盾が起こった場合に支配的
である。
【００２７】寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄
託の国際承認に関するブダペスト条約の条件下でなされ
ている。特許が発行されると何らの制限または条件もな
く、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者の便宜の
ためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに
要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承
認するものではない。
託の国際承認に関するブダペスト条約の条件下でなされ
ている。特許が発行されると何らの制限または条件もな
く、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者の便宜の
ためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに
要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承
認するものではない。
【００２８】寄託物を製造、使用または販売するために
はライセンスが必要であるが、そのようなライセンスは
ここでは賦与されていない。本発明の一の態様においい
て、寄託株に含まれるスタフィロコッカス・アウレウス
ＷＣＵＨ２９株により発現できる成熟ポリペプチドをコ
ードしている単離核酸分子が提供される。さらに、寄託
株中のＤＮＡのヒスチジンキナーゼヌクレオチド配列お
よびそれによりコードされるアミノ酸配列が本発明によ
って提供される。また、本発明により、寄託株から単離
されたヒスチジンキナーゼポリペプチド配列およびそれ
ら由来のアミノ酸配列も提供される。
はライセンスが必要であるが、そのようなライセンスは
ここでは賦与されていない。本発明の一の態様においい
て、寄託株に含まれるスタフィロコッカス・アウレウス
ＷＣＵＨ２９株により発現できる成熟ポリペプチドをコ
ードしている単離核酸分子が提供される。さらに、寄託
株中のＤＮＡのヒスチジンキナーゼヌクレオチド配列お
よびそれによりコードされるアミノ酸配列が本発明によ
って提供される。また、本発明により、寄託株から単離
されたヒスチジンキナーゼポリペプチド配列およびそれ
ら由来のアミノ酸配列も提供される。
【００２９】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは、表１［配列番号：２または４］
のポリペプチド（詳細には成熟ポリペプチド）ならびに
特にヒスチジンキナーゼ活性を有するポリペプチドおよ
びフラグメント、また表１［配列番号：１または３］の
ポリペプチドまたは相当する部分に対して少なくとも７
０％の同一性を有し、好ましくは表１［配列番号：２ま
たは４］のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同
一性を有し、より好ましくは表１［配列番号：２または
４］のポリペプチドに対して少なくとも９０％の類似性
（より好ましくは少なくとも９０％の同一性）を有し、
さらにより好ましくは表１［配列番号：２または４］の
ポリペプチドに対して少なくとも９５％の類似性（さら
に好ましくは少なくとも９５％の同一性）を有するポリ
ペプチドを包含し、また、一般的には少なくとも３０個
のアミノ酸、より好ましくは少なくとも５０個のアミノ
酸を含む、かかるポリペプチドの部分も包含する。
のポリペプチド（詳細には成熟ポリペプチド）ならびに
特にヒスチジンキナーゼ活性を有するポリペプチドおよ
びフラグメント、また表１［配列番号：１または３］の
ポリペプチドまたは相当する部分に対して少なくとも７
０％の同一性を有し、好ましくは表１［配列番号：２ま
たは４］のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同
一性を有し、より好ましくは表１［配列番号：２または
４］のポリペプチドに対して少なくとも９０％の類似性
（より好ましくは少なくとも９０％の同一性）を有し、
さらにより好ましくは表１［配列番号：２または４］の
ポリペプチドに対して少なくとも９５％の類似性（さら
に好ましくは少なくとも９５％の同一性）を有するポリ
ペプチドを包含し、また、一般的には少なくとも３０個
のアミノ酸、より好ましくは少なくとも５０個のアミノ
酸を含む、かかるポリペプチドの部分も包含する。
【００３０】本発明は、また、式： Ｘ‐(Ｒ1)m‐(Ｒ2)‐(Ｒ3)n‐Ｙ ［式中、アミノ末端にて、Ｘは水素または金属、および
カルボキシ末端にて、Ｙは水素または金属、Ｒ1および
Ｒ3はいずれかのアミノ酸残基、ｍは１〜１０００の整
数または０、ｎは１〜１０００の整数または０、および
Ｒ2は本発明のアミノ酸配列、特に表１から選択される
アミノ酸配列である。］で示されるポリペプチドを包含
する。前記の式においてＲ2は、そのアミノ末端残基が
左手でＲ1に結合し、そのカルボキシ末端が右手でＲ3に
結合するように向いている。ｍおよび／またはｎが１よ
りも大きいいずれかのＲ基により表わされるアミノ酸残
基の範囲は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいず
れか、好ましくはヘテロポリマーでありうる。
カルボキシ末端にて、Ｙは水素または金属、Ｒ1および
Ｒ3はいずれかのアミノ酸残基、ｍは１〜１０００の整
数または０、ｎは１〜１０００の整数または０、および
Ｒ2は本発明のアミノ酸配列、特に表１から選択される
アミノ酸配列である。］で示されるポリペプチドを包含
する。前記の式においてＲ2は、そのアミノ末端残基が
左手でＲ1に結合し、そのカルボキシ末端が右手でＲ3に
結合するように向いている。ｍおよび／またはｎが１よ
りも大きいいずれかのＲ基により表わされるアミノ酸残
基の範囲は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいず
れか、好ましくはヘテロポリマーでありうる。
【００３１】フラグメントは、前記のポリペプチドアミ
ノ酸配列の全部ではないが一部に対して完全に同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ヒス
チジンキナーゼポリペプチドでは、フラグメントは「独
立している（free-standing）」であるか、またはより
大きなポリペプチド中に含まれていて、その一部分また
は領域を形成し、最も好ましくは単一の連続した領域と
して、単一のより大きなポリペプチドに含まれてもよ
い。
ノ酸配列の全部ではないが一部に対して完全に同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ヒス
チジンキナーゼポリペプチドでは、フラグメントは「独
立している（free-standing）」であるか、またはより
大きなポリペプチド中に含まれていて、その一部分また
は領域を形成し、最も好ましくは単一の連続した領域と
して、単一のより大きなポリペプチドに含まれてもよ
い。
【００３２】好ましいフラグメントは、例えば、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシ末端を
含む連続した一連の残基のような、表１［配列番号：２
または４］のアミノ酸配列の一部を有する末端切断ポリ
ペプチドまたはその変種を包含する。宿主細胞、特にス
タフィロコッカス・アウレウスにおける本発明のポリペ
プチドの切断形態もまた好ましい。アルファ−ヘリック
スおよびアルファ−ヘリックス形成領域、ベータ−シー
トおよびベータ−シート形成領域、ターンおよびターン
形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、
疎水性領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領
域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域および高抗
原性インデックス領域を含んでなるフラグメントのよう
に、構造的または機能的属性によって特徴づけられるフ
ラグメントは、さらに好ましい。
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシ末端を
含む連続した一連の残基のような、表１［配列番号：２
または４］のアミノ酸配列の一部を有する末端切断ポリ
ペプチドまたはその変種を包含する。宿主細胞、特にス
タフィロコッカス・アウレウスにおける本発明のポリペ
プチドの切断形態もまた好ましい。アルファ−ヘリック
スおよびアルファ−ヘリックス形成領域、ベータ−シー
トおよびベータ−シート形成領域、ターンおよびターン
形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、
疎水性領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領
域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域および高抗
原性インデックス領域を含んでなるフラグメントのよう
に、構造的または機能的属性によって特徴づけられるフ
ラグメントは、さらに好ましい。
【００３３】また好ましくは、ヒスチジンキナーゼの活
性を媒介するフラグメントである生物学的に活性なフラ
グメントであり、そのフラグメントは、類似活性または
改善された活性を有する、または望ましくない活性を減
じたフラグメントを包含する。また、動物、特にヒトに
おいて抗原性または免疫原性であるフラグメントが特に
好ましい。特に好ましくは、スタフィロコッカス・アウ
レウスの生存力あるいは個体、特にヒトにおける疾患原
因を起こす、または維持する能力に不可欠な機能を与え
る酵素のレセプターまたはドメインを含むフラグメント
である。
性を媒介するフラグメントである生物学的に活性なフラ
グメントであり、そのフラグメントは、類似活性または
改善された活性を有する、または望ましくない活性を減
じたフラグメントを包含する。また、動物、特にヒトに
おいて抗原性または免疫原性であるフラグメントが特に
好ましい。特に好ましくは、スタフィロコッカス・アウ
レウスの生存力あるいは個体、特にヒトにおける疾患原
因を起こす、または維持する能力に不可欠な機能を与え
る酵素のレセプターまたはドメインを含むフラグメント
である。
【００３４】本発明のポリペプチドのフラグメントであ
る変種を、ペプチド合成により対応するポリペプチド全
長の生産に用いてもよく、よって、これらの変種を本発
明のポリペプチドの全長を生産するための中間体として
用いてもよい。
る変種を、ペプチド合成により対応するポリペプチド全
長の生産に用いてもよく、よって、これらの変種を本発
明のポリペプチドの全長を生産するための中間体として
用いてもよい。
【００３５】アミノ酸の標準的な１および３文字表記に
加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もまた、本発明
の特定のポリペプチドの記載に使用してもよい。「Ｘ」
および「Ｘａａ」は、２０個の天然アミノ酸のいずれか
が、ポリペプチド配列中のそのように示された部位にて
現れうることを意味する。
加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もまた、本発明
の特定のポリペプチドの記載に使用してもよい。「Ｘ」
および「Ｘａａ」は、２０個の天然アミノ酸のいずれか
が、ポリペプチド配列中のそのように示された部位にて
現れうることを意味する。
【００３６】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は、表１［配列番号：２または４］の
推定アミノ酸配列を有するヒスチジンキナーゼポリペプ
チドをコードする、遺伝子の全長を包含する単離ポリヌ
クレオチド、およびそれに密接に関連するポリヌクレオ
チドおよびその変種に関する。
推定アミノ酸配列を有するヒスチジンキナーゼポリペプ
チドをコードする、遺伝子の全長を包含する単離ポリヌ
クレオチド、およびそれに密接に関連するポリヌクレオ
チドおよびその変種に関する。
【００３７】表１［配列番号：１または３］に示すポリ
ヌクレオチド配列のごとき本明細書に提供する情報を用
いれば、スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９
細胞を出発物質として用いて細菌由来の染色体ＤＮＡの
クローニングおよび配列決定のための方法のごとき標準
的クローニングおよびスクリーニング法を用いて、ヒス
チジンキナーゼポリペプチドをコードしている本発明ポ
リヌクレオチドを得、次いでクローン全長を得ることが
できる。例えば、表１［配列番号：１または３］に示す
配列のごとき本発明のポリヌクレオチド配列を得るため
には、典型的にはイー・コリまたはいくつかの他の適当
な宿主におけるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵ
Ｈ２９の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーを、部
分配列から得られた特に１７merまたはそれ以上の放射
能標識したオリゴヌクレオチドでプローブする。次い
で、プローブのＤＮＡと同一であるＤＮＡを坦持するク
ローンは、厳密な条件を用いて区別できる。従って、も
との配列から設計した配列決定プライマーで同定された
個々のクローンを配列決定することにより、次いで両方
向に配列を伸長することができ、全遺伝子配列を決定す
ることが可能である。便利には、かかる配列決定は、プ
ラスミドクローンから調製された変性２本鎖ＤＮＡを用
いて行われる。適切な技法は、Maniats, T., Fritsch,
E.F. and Sambrook et al., MOLECULAR CLONING, A LAB
ORATORY MANUAL. 2nd Ed.; Cold SpringHarbor Laborat
ory Press, Cold Spring Harbor, New York(1989)によ
って記載されている（詳細には、Screening By Hybridi
zation 1.90 およびSequencing Denatured Double-Stra
nded DNA Temmplates 13.70参照）。本発明の例示とな
る、表１［配列番号：１または３］に示すポリヌクレオ
チドは、スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９
由来のＤＮＡライブラリーにおいて発見された。
ヌクレオチド配列のごとき本明細書に提供する情報を用
いれば、スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９
細胞を出発物質として用いて細菌由来の染色体ＤＮＡの
クローニングおよび配列決定のための方法のごとき標準
的クローニングおよびスクリーニング法を用いて、ヒス
チジンキナーゼポリペプチドをコードしている本発明ポ
リヌクレオチドを得、次いでクローン全長を得ることが
できる。例えば、表１［配列番号：１または３］に示す
配列のごとき本発明のポリヌクレオチド配列を得るため
には、典型的にはイー・コリまたはいくつかの他の適当
な宿主におけるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵ
Ｈ２９の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーを、部
分配列から得られた特に１７merまたはそれ以上の放射
能標識したオリゴヌクレオチドでプローブする。次い
で、プローブのＤＮＡと同一であるＤＮＡを坦持するク
ローンは、厳密な条件を用いて区別できる。従って、も
との配列から設計した配列決定プライマーで同定された
個々のクローンを配列決定することにより、次いで両方
向に配列を伸長することができ、全遺伝子配列を決定す
ることが可能である。便利には、かかる配列決定は、プ
ラスミドクローンから調製された変性２本鎖ＤＮＡを用
いて行われる。適切な技法は、Maniats, T., Fritsch,
E.F. and Sambrook et al., MOLECULAR CLONING, A LAB
ORATORY MANUAL. 2nd Ed.; Cold SpringHarbor Laborat
ory Press, Cold Spring Harbor, New York(1989)によ
って記載されている（詳細には、Screening By Hybridi
zation 1.90 およびSequencing Denatured Double-Stra
nded DNA Temmplates 13.70参照）。本発明の例示とな
る、表１［配列番号：１または３］に示すポリヌクレオ
チドは、スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９
由来のＤＮＡライブラリーにおいて発見された。
【００３８】表１［配列番号：１または３］に示すＤＮ
Ａ配列は、当該分野において周知のアミノ酸残基分子量
を用いて算出できる推定分子量を有す、表１［配列番
号：２または４］に示すものとほぼ同数のアミノ酸残基
を有するタンパク質をコードしているオープンリーディ
ングフレームを含む。配列番号：１のポリヌクレオチ
ド、ヌクレオチド番号２２７〜配列番号：１のヌクレオ
チド番号１２５９で開始する終止コドンは、配列番号：
２のポリペプチドをコードする。本発明のヒスチジンキ
ナーゼは、構造的にヒスチジンキナーゼファミリーの他
のタンパク質に関連する。
Ａ配列は、当該分野において周知のアミノ酸残基分子量
を用いて算出できる推定分子量を有す、表１［配列番
号：２または４］に示すものとほぼ同数のアミノ酸残基
を有するタンパク質をコードしているオープンリーディ
ングフレームを含む。配列番号：１のポリヌクレオチ
ド、ヌクレオチド番号２２７〜配列番号：１のヌクレオ
チド番号１２５９で開始する終止コドンは、配列番号：
２のポリペプチドをコードする。本発明のヒスチジンキ
ナーゼは、構造的にヒスチジンキナーゼファミリーの他
のタンパク質に関連する。
【００３９】本発明は、全長にわたり、表１［配列番
号：１または３］におけるコーディング配列に対して同
一なポリヌクレオチド配列を提供する。また、本発明に
より、自動的に成熟ポリペプチドまたはそれらのフラグ
メント、ならびに他のコーディング配列（例えば、リー
ダーまたは分泌配列、プレ−またはプロ−またはプレプ
ロ−タンパク質配列をコードする）を伴ったリーディン
グフレーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントの
コーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドは、例
えば、転写された非翻訳配列、停止シグナル、リボソー
ム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、
ポリアデニル化シグナル、および付加的アミノ酸をコー
ドする付加コーディング配列のごとき非コーディング配
列５’および３’配列を包含し得るが、これらに限定す
るものではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を容
易にするマーカー配列がコードされ得る。本発明の特定
の具体例において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen,Inc）中に提供されるようなヘキサヒスチジン
ペプチドであり、Gentz et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.,U
SA 86,821-824(1989)に記載されており、またはＨＡタ
グである（Wilson et al.,Cell 37:767(1984)）。また
本発明のポリヌクレオチドは、構造遺伝子および遺伝子
発現を調節するその天然において関連した配列を含んで
なるポリヌクレオチドを包含するが、これらに限定する
ものではない。
号：１または３］におけるコーディング配列に対して同
一なポリヌクレオチド配列を提供する。また、本発明に
より、自動的に成熟ポリペプチドまたはそれらのフラグ
メント、ならびに他のコーディング配列（例えば、リー
ダーまたは分泌配列、プレ−またはプロ−またはプレプ
ロ−タンパク質配列をコードする）を伴ったリーディン
グフレーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメントの
コーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドは、例
えば、転写された非翻訳配列、停止シグナル、リボソー
ム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、
ポリアデニル化シグナル、および付加的アミノ酸をコー
ドする付加コーディング配列のごとき非コーディング配
列５’および３’配列を包含し得るが、これらに限定す
るものではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を容
易にするマーカー配列がコードされ得る。本発明の特定
の具体例において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen,Inc）中に提供されるようなヘキサヒスチジン
ペプチドであり、Gentz et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.,U
SA 86,821-824(1989)に記載されており、またはＨＡタ
グである（Wilson et al.,Cell 37:767(1984)）。また
本発明のポリヌクレオチドは、構造遺伝子および遺伝子
発現を調節するその天然において関連した配列を含んで
なるポリヌクレオチドを包含するが、これらに限定する
ものではない。
【００４０】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号：１に示すヌクレオチド２７７からヌクレオチド１２
５９のすぐ上流を含むポリヌクレオチド、またはヌクレ
オチド１２５９を包含するポリヌクレオチドであり、そ
の両方がヒスチジンキナーゼポリペプチドを包含する。
号：１に示すヌクレオチド２７７からヌクレオチド１２
５９のすぐ上流を含むポリヌクレオチド、またはヌクレ
オチド１２５９を包含するポリヌクレオチドであり、そ
の両方がヒスチジンキナーゼポリペプチドを包含する。
【００４１】本発明は、また、式： Ｘ‐(Ｒ1)m‐(Ｒ2)‐(Ｒ3)n‐Ｙ ［式中、分子の５’末端にて、Ｘは水素または金属であ
り、あるいはＹと一緒になって共有結合を示す、および
分子の３’末端にて、Ｙは水素または金属であり、ある
いはＸと一緒になって共有結合を示す、Ｒ1およびＲ3の
各存在は独立していずれかの核酸残基であり、ｍは１〜
３０００の整数または０であり、ｎは１〜３０００の整
数または０であり、およびＲ2は本発明の核酸配列、特
に表１から選択される核酸配列である。］で示されるポ
リヌクレオチドを包含する。前記のポリヌクレオチドの
式においてＲ2は、５’末端残基が左手でＲ1に結合し、
その３’末端残基が右手でＲ3に結合するように向いて
いる。ｍおよび／またはｎが１よりも大きいいずれかの
Ｒ基により表わされる核酸残基の範囲は、ヘテロポリマ
ーまたはホモポリマーのいずれか、好ましくはヘテロポ
リマーでありうる。好ましい具体例において、Ｘおよび
Ｙが一緒になって共有結合を示す場合、前記の式のポリ
ヌクレオチドは閉環状ポリヌクレオチドであり、二本鎖
ポリヌクレオチド（ここで、式は、第二の鎖がそれに対
して相補的な第一の鎖を示す）であり得る。別の好まし
い具体例において、ｍおよび／またはｎは、１〜１００
０の整数である。
り、あるいはＹと一緒になって共有結合を示す、および
分子の３’末端にて、Ｙは水素または金属であり、ある
いはＸと一緒になって共有結合を示す、Ｒ1およびＲ3の
各存在は独立していずれかの核酸残基であり、ｍは１〜
３０００の整数または０であり、ｎは１〜３０００の整
数または０であり、およびＲ2は本発明の核酸配列、特
に表１から選択される核酸配列である。］で示されるポ
リヌクレオチドを包含する。前記のポリヌクレオチドの
式においてＲ2は、５’末端残基が左手でＲ1に結合し、
その３’末端残基が右手でＲ3に結合するように向いて
いる。ｍおよび／またはｎが１よりも大きいいずれかの
Ｒ基により表わされる核酸残基の範囲は、ヘテロポリマ
ーまたはホモポリマーのいずれか、好ましくはヘテロポ
リマーでありうる。好ましい具体例において、Ｘおよび
Ｙが一緒になって共有結合を示す場合、前記の式のポリ
ヌクレオチドは閉環状ポリヌクレオチドであり、二本鎖
ポリヌクレオチド（ここで、式は、第二の鎖がそれに対
して相補的な第一の鎖を示す）であり得る。別の好まし
い具体例において、ｍおよび／またはｎは、１〜１００
０の整数である。
【００４２】本発明のポリヌクレオチドをスタフィロコ
ッカス・アウレウスから得ることが最も好ましいが、そ
れらは、好ましくは、例えば、同じ分類学的属の生物か
ら得てもよい。またそれらは、例えば同じ分類学的ファ
ミリーまたはオーダーから得てもよい。
ッカス・アウレウスから得ることが最も好ましいが、そ
れらは、好ましくは、例えば、同じ分類学的属の生物か
ら得てもよい。またそれらは、例えば同じ分類学的ファ
ミリーまたはオーダーから得てもよい。
【００４３】本明細書の用語「ポリペプチドをコードし
ているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプチド、詳
細には、細菌のポリペプチド、およびより好ましくは表
１［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列を有する
スタフィロコッカス・アウレウスヒスチジンキナーゼの
ポリペプチドをコードしている配列を含むポリヌクレオ
チドを包含する。該用語は、付加領域と一緒になった、
該ポリペプチドをコードしている単一の連続した領域ま
たは非連続領域（例えば、組み込まれたファージもしく
は挿入配列または修正により分断される）を包含し、ま
た、コーディングおよび／または非コーディング配列を
含み得るポリヌクレオチドをも包含する。
ているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプチド、詳
細には、細菌のポリペプチド、およびより好ましくは表
１［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列を有する
スタフィロコッカス・アウレウスヒスチジンキナーゼの
ポリペプチドをコードしている配列を含むポリヌクレオ
チドを包含する。該用語は、付加領域と一緒になった、
該ポリペプチドをコードしている単一の連続した領域ま
たは非連続領域（例えば、組み込まれたファージもしく
は挿入配列または修正により分断される）を包含し、ま
た、コーディングおよび／または非コーディング配列を
含み得るポリヌクレオチドをも包含する。
【００４４】さらに本発明は、表１［配列番号：２また
は４］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種
をコードする、本明細書に記載のポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明のポリヌクレオチドのフラグメント
である変種はを用いて、本発明のポリヌクレオチドの全
長を合成してもよい。
は４］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種
をコードする、本明細書に記載のポリヌクレオチドの変
種に関する。本発明のポリヌクレオチドのフラグメント
である変種はを用いて、本発明のポリヌクレオチドの全
長を合成してもよい。
【００４５】さらに好ましい具体例は、表１［配列番
号：２または４］のヒスチジンキナーゼポリペプチドの
アミノ酸配列に、いくつか、少しの、５〜１０、１〜
５、１〜３、２、１または０個のアミノ酸残基の置換、
欠失または付加を任意の組み合わせで施したアミノ酸配
列を有するヒスチジンキナーゼ変種をコードするポリヌ
クレオチドである。中でもとりわけ好ましいものは、ヒ
スチジンキナーゼの特性および活性を変化させないサイ
レント置換、付加および欠失である。
号：２または４］のヒスチジンキナーゼポリペプチドの
アミノ酸配列に、いくつか、少しの、５〜１０、１〜
５、１〜３、２、１または０個のアミノ酸残基の置換、
欠失または付加を任意の組み合わせで施したアミノ酸配
列を有するヒスチジンキナーゼ変種をコードするポリヌ
クレオチドである。中でもとりわけ好ましいものは、ヒ
スチジンキナーゼの特性および活性を変化させないサイ
レント置換、付加および欠失である。
【００４６】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２または４］に示すアミノ酸配列を有する
ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコードするポリヌク
レオチド、およびかかるポリヌクレオチドに相補的なポ
リヌクレオチドに対し、全長にわたって少なくとも７０
％同一であるポリヌクレオチドである。また別に、最も
好ましくは、ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチドおよびそれらに相補的なポリ
ヌクレオチドに対し、全長にわたり少なくとも８０％同
一である領域を含むポリヌクレオチドである。この点に
関して、その同じものに対し、全長にわたり少なくとも
９０％同一であるポリヌクレオチドが特に好ましく、中
でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好ま
しい。さらには、少なくとも９５％の同一性を有するも
のの中でも少なくとも９７％であるのがより好ましく、
中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％である
のが特に好ましく、さらに少なくとも９９％であるのが
より好ましい。
［配列番号：２または４］に示すアミノ酸配列を有する
ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコードするポリヌク
レオチド、およびかかるポリヌクレオチドに相補的なポ
リヌクレオチドに対し、全長にわたって少なくとも７０
％同一であるポリヌクレオチドである。また別に、最も
好ましくは、ヒスチジンキナーゼポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチドおよびそれらに相補的なポリ
ヌクレオチドに対し、全長にわたり少なくとも８０％同
一である領域を含むポリヌクレオチドである。この点に
関して、その同じものに対し、全長にわたり少なくとも
９０％同一であるポリヌクレオチドが特に好ましく、中
でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好ま
しい。さらには、少なくとも９５％の同一性を有するも
のの中でも少なくとも９７％であるのがより好ましく、
中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％である
のが特に好ましく、さらに少なくとも９９％であるのが
より好ましい。
【００４７】好ましい具体例は、表１［配列番号：１ま
たは３］のＤＮＡによりコードされる成熟ポリペプチド
と実質的に同一の生物学的機能または活性を保持するポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドである。
たは３］のＤＮＡによりコードされる成熟ポリペプチド
と実質的に同一の生物学的機能または活性を保持するポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドである。
【００４８】さらに本発明は、本明細書で前記した配列
にハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この
点に関して、本発明は、特に、厳密な条件下にて本明細
書で前記したポリヌクレオチドにハイブリダイズするポ
リヌクレオチドに関する。本明細書で用いる「厳密な条
件」および「厳密なハイブリダイゼーション条件」なる
用語は、配列間の同一性が少なくとも９５％、好ましく
は少なくとも９７％である場合のみに起こるハイブリダ
イゼーションを意味する。厳密なハイブリダイゼーショ
ン条件の例としては、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ
（１５０ｍＭＮａＣｌ、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウ
ム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデ
ンハーツ溶液、１０％硫酸デキストラン、および２０μ
ｇ／ｍｌの変性され剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有す
る溶液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて
約６５℃で０.１ｘＳＳＣ中でハイブリダイゼーション
支持体を洗浄するものである。ハイブリダイゼーション
および洗浄条件は周知であり、Sambrookら、Molecular
Cloning：A Laboratory Manual、第２版；コールド・ス
プリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）、とりわけ
その第１１章に実例が示されいる。
にハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この
点に関して、本発明は、特に、厳密な条件下にて本明細
書で前記したポリヌクレオチドにハイブリダイズするポ
リヌクレオチドに関する。本明細書で用いる「厳密な条
件」および「厳密なハイブリダイゼーション条件」なる
用語は、配列間の同一性が少なくとも９５％、好ましく
は少なくとも９７％である場合のみに起こるハイブリダ
イゼーションを意味する。厳密なハイブリダイゼーショ
ン条件の例としては、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ
（１５０ｍＭＮａＣｌ、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウ
ム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデ
ンハーツ溶液、１０％硫酸デキストラン、および２０μ
ｇ／ｍｌの変性され剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有す
る溶液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて
約６５℃で０.１ｘＳＳＣ中でハイブリダイゼーション
支持体を洗浄するものである。ハイブリダイゼーション
および洗浄条件は周知であり、Sambrookら、Molecular
Cloning：A Laboratory Manual、第２版；コールド・ス
プリング・ハーバー、ニューヨーク（1989）、とりわけ
その第１１章に実例が示されいる。
【００４９】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列の
完全遺伝子を含有する適当なライブラリーを、配列番
号：１に示す該ポリヌクレオチド配列またはそのフラグ
メントの配列を有するプローブでスクリーニングし、該
ＤＮＡ配列を単離することにより得られるポリヌクレオ
チド配列を必須としてなるポリヌクレオチドをも提供す
る。このようなポリヌクレオチドを得るために有用なフ
ラグメントは、例えば本明細書に別に記載するプローブ
およびプライマーを包含する。
ョン条件で配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列の
完全遺伝子を含有する適当なライブラリーを、配列番
号：１に示す該ポリヌクレオチド配列またはそのフラグ
メントの配列を有するプローブでスクリーニングし、該
ＤＮＡ配列を単離することにより得られるポリヌクレオ
チド配列を必須としてなるポリヌクレオチドをも提供す
る。このようなポリヌクレオチドを得るために有用なフ
ラグメントは、例えば本明細書に別に記載するプローブ
およびプライマーを包含する。
【００５０】本発明のポリヌクレオチドのアッセイに関
してここでさらに論じるが、例えば前記の本発明のポリ
ヌクレオチドをＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡに
ついてのハイブリダイゼーションプローブとして用い
て、ヒスチジンキナーゼをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離し、ヒスチジンキナーゼ遺伝子
に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡ
およびゲノムクローンを単離することができる。このよ
うなプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を含むで
あろう。好ましくはこのようなプローブは少なくとも３
０塩基を有し、少なくとも５０塩基を有していてもよ
い。特に好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有
し、５０塩基以下である。
してここでさらに論じるが、例えば前記の本発明のポリ
ヌクレオチドをＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡに
ついてのハイブリダイゼーションプローブとして用い
て、ヒスチジンキナーゼをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離し、ヒスチジンキナーゼ遺伝子
に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡ
およびゲノムクローンを単離することができる。このよ
うなプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を含むで
あろう。好ましくはこのようなプローブは少なくとも３
０塩基を有し、少なくとも５０塩基を有していてもよ
い。特に好ましいプローブは少なくとも３０塩基を有
し、５０塩基以下である。
【００５１】例えば、ヒスチジンキナーゼ遺伝子のコー
ディング領域は、表１［配列番号：１または３］に示す
ＤＮＡ配列を用いてオリゴヌクレオチドプローブを合成
し、スクリーニングすることにより単離できる。次い
で、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有する標識
化オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまた
はｍＲＮＡのライブラリーのスクリーニングに用い、プ
ローブがハイブリダイズするライブラリーのメンバーを
決定する。
ディング領域は、表１［配列番号：１または３］に示す
ＤＮＡ配列を用いてオリゴヌクレオチドプローブを合成
し、スクリーニングすることにより単離できる。次い
で、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有する標識
化オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまた
はｍＲＮＡのライブラリーのスクリーニングに用い、プ
ローブがハイブリダイズするライブラリーのメンバーを
決定する。
【００５２】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、ポリヌクレオチドアッセイに関連して
本明細書でさらに論じるような、疾患、特にヒトの疾患
の治療法および診断法の発見のために研究試薬および材
料として使用できる。
チドは、例えば、ポリヌクレオチドアッセイに関連して
本明細書でさらに論じるような、疾患、特にヒトの疾患
の治療法および診断法の発見のために研究試薬および材
料として使用できる。
【００５３】表１［配列番号：１または２または３また
は４］の配列に由来するオリゴヌクレオチドである本発
明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載する方法に使
用できるものであるが、ＰＣＲに用いるのが好ましく、
本明細書で同定したポリヌクレオチドが全てまたは一部
が感染した組織において細菌中に転写されるかどうかを
決定する。かかる配列が、病原体が達成した感染の段階
および感染の型の診断においても有用であろうと理解さ
れる。
は４］の配列に由来するオリゴヌクレオチドである本発
明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載する方法に使
用できるものであるが、ＰＣＲに用いるのが好ましく、
本明細書で同定したポリヌクレオチドが全てまたは一部
が感染した組織において細菌中に転写されるかどうかを
決定する。かかる配列が、病原体が達成した感染の段階
および感染の型の診断においても有用であろうと理解さ
れる。
【００５４】本発明はまた、例えば、成熟形態が一つよ
り多いポリペプチド鎖を有する場合、ポリヌクレオチド
は、付加アミノ酸もしくはカルボキシル末端アミノ酸ま
たは成熟ポリペプチドに内在するアミノ酸を加えた成熟
タンパク質であるポリペプチドをコードしうるポリヌク
レオチドを提供する。このような配列は、前駆体から成
熟形態へのタンパク質のプロセッシングに役割を担い、
タンパク質輸送を可能にし、タンパク質の半減期を延長
もしくは短縮し、またはとりわけアッセイもしくは製造
のためのタンパク質の操作を容易にすることができる。
一般に、インビボの場合、付加アミノ酸は、細胞の酵素
によりプロセッシングされ、成熟タンパク質から取り除
かれる。
り多いポリペプチド鎖を有する場合、ポリヌクレオチド
は、付加アミノ酸もしくはカルボキシル末端アミノ酸ま
たは成熟ポリペプチドに内在するアミノ酸を加えた成熟
タンパク質であるポリペプチドをコードしうるポリヌク
レオチドを提供する。このような配列は、前駆体から成
熟形態へのタンパク質のプロセッシングに役割を担い、
タンパク質輸送を可能にし、タンパク質の半減期を延長
もしくは短縮し、またはとりわけアッセイもしくは製造
のためのタンパク質の操作を容易にすることができる。
一般に、インビボの場合、付加アミノ酸は、細胞の酵素
によりプロセッシングされ、成熟タンパク質から取り除
かれる。
【００５５】１またはそれ以上のプロ配列と融合したポ
リペプチドの成熟形態を有する前駆タンパク質は、ポリ
ペプチドの不活性形態であってもよい。プロ配列が除去
されると、このような不活性前駆体が、一般に、活性化
される。プロ配列のいくつかまたは全てを活性化の前に
除去してもよい。一般に、このような前駆体はプロタン
パク質と称される。
リペプチドの成熟形態を有する前駆タンパク質は、ポリ
ペプチドの不活性形態であってもよい。プロ配列が除去
されると、このような不活性前駆体が、一般に、活性化
される。プロ配列のいくつかまたは全てを活性化の前に
除去してもよい。一般に、このような前駆体はプロタン
パク質と称される。
【００５６】核酸塩基の標準的なＡ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／Ｕ表
記に加えて、「Ｎ」を本発明の特定のポリヌクレオチド
の表記に使用してもよい。「Ｎ」は、４個のＤＮＡまた
はＲＮＡ塩基のいずれかが、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列に
おいてそのように示された位置に現れるであろうことを
意味するが、近接のヌクレオチド位置と組み合わせる場
合、正しいリーディングフレームにおいて読む場合に、
Ｎがかかるリーディングフレームにおいて未熟終止コド
ンを生じる効果を有するであろう塩基ではないことが好
ましい。
記に加えて、「Ｎ」を本発明の特定のポリヌクレオチド
の表記に使用してもよい。「Ｎ」は、４個のＤＮＡまた
はＲＮＡ塩基のいずれかが、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列に
おいてそのように示された位置に現れるであろうことを
意味するが、近接のヌクレオチド位置と組み合わせる場
合、正しいリーディングフレームにおいて読む場合に、
Ｎがかかるリーディングフレームにおいて未熟終止コド
ンを生じる効果を有するであろう塩基ではないことが好
ましい。
【００５７】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成
熟タンパク質、リーダー配列を加えた成熟タンパク質
（プレタンパク質と称することができる）、プレタンパ
ク質のリーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配
列を有する成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配
列および１またはそれ以上の、一般に、ポリペプチドの
活性および成熟形態を生じるプロセッシング段階で除去
される、プロ配列を有するプロタンパク質の前駆体であ
るプレプロタンパク質をコードし得る。
熟タンパク質、リーダー配列を加えた成熟タンパク質
（プレタンパク質と称することができる）、プレタンパ
ク質のリーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配
列を有する成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配
列および１またはそれ以上の、一般に、ポリペプチドの
活性および成熟形態を生じるプロセッシング段階で除去
される、プロ配列を有するプロタンパク質の前駆体であ
るプレプロタンパク質をコードし得る。
【００５８】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポ
リペプチドの製造にも関する。また、本発明のＤＮＡ構
築物に由来するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてか
かるタンパク質を製造できる。
クレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子
操作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポ
リペプチドの製造にも関する。また、本発明のＤＮＡ構
築物に由来するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてか
かるタンパク質を製造できる。
【００５９】組換え体を製造する場合、宿主細胞を遺伝
子操作して、発現系もしくはそれらの一部、または本発
明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。ポリヌ
クレオチドの宿主細胞への導入は、例えばDavisら、Bas
ic Methods in Molecular Biology（1986）；Sambrook
ら、Molecular Cloning；A Laboratory Manual、第２
版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・
プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨー
ク（1989）のような多くの標準的な研究室マニュアルに
記載される方法により行うことができ、例えばリン酸カ
ルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラ
ン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マ
イクロインジェクション、カチオン性脂質により媒介さ
れるトランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ負荷、バリスティック
導入および感染等がある。
子操作して、発現系もしくはそれらの一部、または本発
明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。ポリヌ
クレオチドの宿主細胞への導入は、例えばDavisら、Bas
ic Methods in Molecular Biology（1986）；Sambrook
ら、Molecular Cloning；A Laboratory Manual、第２
版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・
プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨー
ク（1989）のような多くの標準的な研究室マニュアルに
記載される方法により行うことができ、例えばリン酸カ
ルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラ
ン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マ
イクロインジェクション、カチオン性脂質により媒介さ
れるトランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ負荷、バリスティック
導入および感染等がある。
【００６０】適当な宿主の代表例は、細菌細胞、例えば
連鎖球菌属（streptococci）、ブドウ球菌属（staphylo
cocci）、大腸菌（E.coli）、ストレプトミセスおよび
バチルス・スブチリス細胞;真菌細胞、例えば酵母細胞
およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆虫細
胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）および
スポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物細
胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ
３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細胞；
ならびに植物細胞を包含する。
連鎖球菌属（streptococci）、ブドウ球菌属（staphylo
cocci）、大腸菌（E.coli）、ストレプトミセスおよび
バチルス・スブチリス細胞;真菌細胞、例えば酵母細胞
およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆虫細
胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）および
スポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物細
胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ
３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細胞；
ならびに植物細胞を包含する。
【００６１】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせた物に由来す
るベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファー
ジ遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコスミド
およびファージミド等がある。発現系の構築物は、発現
を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。一般に宿主中にポリヌクレオチドを保持、伸長また
は発現するのに適した、および／またはポリペプチドを
発現するのに適した任意の系またはベクターを、この点
に関する発現に使用できる。周知のおよび慣用的な種々
の任意の技術、例えばSambrookら、Molecular Clonin
g，A Laboratory Manual（前掲）に記載されている技術
により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入できる。
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせた物に由来す
るベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファー
ジ遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコスミド
およびファージミド等がある。発現系の構築物は、発現
を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。一般に宿主中にポリヌクレオチドを保持、伸長また
は発現するのに適した、および／またはポリペプチドを
発現するのに適した任意の系またはベクターを、この点
に関する発現に使用できる。周知のおよび慣用的な種々
の任意の技術、例えばSambrookら、Molecular Clonin
g，A Laboratory Manual（前掲）に記載されている技術
により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入できる。
【００６２】翻訳タンパク質を、小胞体内腔、周辺腔ま
たは細胞外環境へ分泌するために、適当な分泌シグナル
を発現させるポリペプチドに組み込むことができる。こ
れらのシグナルはポリペプチドに対して内在性であって
もよく、あるいは異種性のシグナルでもよい。
たは細胞外環境へ分泌するために、適当な分泌シグナル
を発現させるポリペプチドに組み込むことができる。こ
れらのシグナルはポリペプチドに対して内在性であって
もよく、あるいは異種性のシグナルでもよい。
【００６３】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法として、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマト
グラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ
ーおよびレクチンクロマトグラフィーがある。高速液体
クロマトグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。
ポリペプチドが単離および／または精製中に変性した場
合、再び活性な立体配座にするために、タンパク質再生
のための周知の技法を用いることができる。
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法として、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマト
グラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ
ーおよびレクチンクロマトグラフィーがある。高速液体
クロマトグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。
ポリペプチドが単離および／または精製中に変性した場
合、再び活性な立体配座にするために、タンパク質再生
のための周知の技法を用いることができる。
【００６４】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のヒ
スチジンキナーゼポリヌクレオチドの使用にも関する。
真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるヒスチジ
ンキナーゼの検出は、疾患の診断のための診断方法を提
供する。真核生物（本明細書において「個体」とも称す
る）とりわけ哺乳動物、特にヒトがヒスチジンキナーゼ
遺伝子を含む生物に感染または感染の疑いが起こると、
種々の方法によりＤＮＡレベルで検出できる。
スチジンキナーゼポリヌクレオチドの使用にも関する。
真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるヒスチジ
ンキナーゼの検出は、疾患の診断のための診断方法を提
供する。真核生物（本明細書において「個体」とも称す
る）とりわけ哺乳動物、特にヒトがヒスチジンキナーゼ
遺伝子を含む生物に感染または感染の疑いが起こると、
種々の方法によりＤＮＡレベルで検出できる。
【００６５】診断用核酸は、感染した個体の細胞および
組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より得る
ことができる。ゲノムＤＮＡは直接的に検出するのに使
用できるか、または分析の前にＰＣＲもしくはその他の
増幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。同一方
法をまたＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡに使用し
てもよい。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の
種および株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により
特徴づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較
した増幅産物の大きさの変化により、欠失および挿入を
検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識ヒスチジ
ンキナーゼポリヌクレオチド配列にハイブリダイズする
ことにより同定できる。完全に対合した配列はＲＮase
消化により、または融解温度の差により、誤対合二重ら
せんから区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤と
共にまたは無しでのゲル中のＤＮＡフラグメントの電気
泳動の移動度の変化により、または直接的なＤＮＡの配
列決定により検出できる。例えばMeyersら、Science，2
30:1242（1985）参照。特異的な位置での配列の変化は
また、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮaseお
よびＳ１保護または化学的切断法によっても明らかにす
ることができる。例えば、Cottonら、Proc.Natl.Acad.S
ci.,USA，85:4397-4401(1985)参照。
組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より得る
ことができる。ゲノムＤＮＡは直接的に検出するのに使
用できるか、または分析の前にＰＣＲもしくはその他の
増幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。同一方
法をまたＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡに使用し
てもよい。増幅を用いると、個体に存在する原核生物の
種および株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により
特徴づけすることができる。対照配列の遺伝子型と比較
した増幅産物の大きさの変化により、欠失および挿入を
検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識ヒスチジ
ンキナーゼポリヌクレオチド配列にハイブリダイズする
ことにより同定できる。完全に対合した配列はＲＮase
消化により、または融解温度の差により、誤対合二重ら
せんから区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤と
共にまたは無しでのゲル中のＤＮＡフラグメントの電気
泳動の移動度の変化により、または直接的なＤＮＡの配
列決定により検出できる。例えばMeyersら、Science，2
30:1242（1985）参照。特異的な位置での配列の変化は
また、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮaseお
よびＳ１保護または化学的切断法によっても明らかにす
ることができる。例えば、Cottonら、Proc.Natl.Acad.S
ci.,USA，85:4397-4401(1985)参照。
【００６６】本発明の遺伝子における突然変異または多
型性を担持する細胞はまた、種々の技術により、ＤＮＡ
レベルで、例えばセロタイピングすることにより検出で
きる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出す
ることができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGe
neScan等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。
ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた同じ目的
で、ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることができる。
一例として、ヒスチジンキナーゼをコードする核酸に相
補的なＰＣＲプライマーを用いて突然変異を同定および
分析することができる。代表的なプライマーの例を下記
の表２に示す。
型性を担持する細胞はまた、種々の技術により、ＤＮＡ
レベルで、例えばセロタイピングすることにより検出で
きる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出す
ることができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGe
neScan等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。
ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた同じ目的
で、ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることができる。
一例として、ヒスチジンキナーゼをコードする核酸に相
補的なＰＣＲプライマーを用いて突然変異を同定および
分析することができる。代表的なプライマーの例を下記
の表２に示す。
【００６７】
【表２】 ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチドの増幅用プライマー配列番号 プライマー配列 5 5'-ATGATTAATGAGGACAGTATACAG-3' 6 5'-AATTGGAATGTTCAATGTAACATTG-3'
【００６８】本発明はまた、式： Ｘ‐(Ｒ1)m‐(Ｒ2)‐(Ｒ3)n‐Ｙ ［式中、分子の５’末端にて、Ｘは水素または金属であ
り、分子の３’末端にて、Ｙは水素または金属であり、
Ｒ1およびＲ3は、いずれかの核酸残基であり、ｍは１〜
２０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または
０であり、およびＲ2は本発明のプライマー配列、特に
表２から選択されるプライマー配列である。］で示され
るプライマーを包含する。前記のポリヌクレオチド式に
おいて、Ｒ2は、５’末端残基が左手でＲ1に結合し、そ
の３’末端残基が右手でＲ3に結合するように向いてい
る。ｍおよび／またはｎが１よりも大きいいずれかのＲ
基により表わされる核酸残基の範囲は、ヘテロポリマー
またはホモポリマーのいずれか、好ましくは表１のポリ
ヌクレオチドの領域に対して相補的であるヘテロポリマ
ーでありうる。好ましい具体例において、ｍおよび／ま
たはｎは１〜１０の整数である。
り、分子の３’末端にて、Ｙは水素または金属であり、
Ｒ1およびＲ3は、いずれかの核酸残基であり、ｍは１〜
２０の整数または０であり、ｎは１〜２０の整数または
０であり、およびＲ2は本発明のプライマー配列、特に
表２から選択されるプライマー配列である。］で示され
るプライマーを包含する。前記のポリヌクレオチド式に
おいて、Ｒ2は、５’末端残基が左手でＲ1に結合し、そ
の３’末端残基が右手でＲ3に結合するように向いてい
る。ｍおよび／またはｎが１よりも大きいいずれかのＲ
基により表わされる核酸残基の範囲は、ヘテロポリマー
またはホモポリマーのいずれか、好ましくは表１のポリ
ヌクレオチドの領域に対して相補的であるヘテロポリマ
ーでありうる。好ましい具体例において、ｍおよび／ま
たはｎは１〜１０の整数である。
【００６９】本発明はさらに、５'および／または３'末
端から１、２、３または４ヌクレオチドを除去したプラ
イマーを提供する。これらのプライマーを用いて、とり
わけ、個体由来の試料から単離したヒスチジンキナーゼ
ＤＮＡを増幅してもよい。該プライマーを使用して、感
染した個体から単離した遺伝子を増幅して、次いで、該
遺伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供する
ことができる。このように、ＤＮＡ配列における突然変
異を検出し、これを用いて感染を診断し、感染性物質を
セロタイプまたは分類することができる。
端から１、２、３または４ヌクレオチドを除去したプラ
イマーを提供する。これらのプライマーを用いて、とり
わけ、個体由来の試料から単離したヒスチジンキナーゼ
ＤＮＡを増幅してもよい。該プライマーを使用して、感
染した個体から単離した遺伝子を増幅して、次いで、該
遺伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供する
ことができる。このように、ＤＮＡ配列における突然変
異を検出し、これを用いて感染を診断し、感染性物質を
セロタイプまたは分類することができる。
【００７０】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはスタフィロコッカス・アウレウス
による感染の診断方法であって、表１［配列番号：１ま
たは３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベル
の上昇を、個体由来の試料から決定することを特徴とす
る方法を提供する。ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチ
ドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量
法として当該分野で周知の方法のいずれか、例えば増
幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブ
ロッティングおよびその他のハイブリダイゼーション法
を用いて測定できる。
染、さらに好ましくはスタフィロコッカス・アウレウス
による感染の診断方法であって、表１［配列番号：１ま
たは３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベル
の上昇を、個体由来の試料から決定することを特徴とす
る方法を提供する。ヒスチジンキナーゼポリヌクレオチ
ドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量
法として当該分野で周知の方法のいずれか、例えば増
幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブ
ロッティングおよびその他のハイブリダイゼーション法
を用いて測定できる。
【００７１】さらに、正常対照組織試料と比較してヒス
チジンキナーゼタンパク質の過剰発現を検出するための
本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在
を検出することができる。宿主由来の試料中のヒスチジ
ンキナーゼタンパク質のレベルを決定するために用いる
ことができるアッセイ技法は、当業者に周知である。こ
のようなアッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的
結合アッセイ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳ
Ａアッセイを包含する。
チジンキナーゼタンパク質の過剰発現を検出するための
本発明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在
を検出することができる。宿主由来の試料中のヒスチジ
ンキナーゼタンパク質のレベルを決定するために用いる
ことができるアッセイ技法は、当業者に周知である。こ
のようなアッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的
結合アッセイ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳ
Ａアッセイを包含する。
【００７２】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫
特異的な抗体を産生する免疫原として用いることができ
る。本明細書で用いる「抗体」には、モノクローナルお
よびポリクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体
およびヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現
ライブラリーの生成物を包含するＦａｂフラグメント等
がある。
れらを発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫
特異的な抗体を産生する免疫原として用いることができ
る。本明細書で用いる「抗体」には、モノクローナルお
よびポリクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体
およびヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現
ライブラリーの生成物を包含するＦａｂフラグメント等
がある。
【００７３】本発明のポリペプチドに対して生じた抗体
は、ポリペプチドまたはエピトープを有するフラグメン
ト、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の動物
に、慣用的プロトコールを用いて投与することにより得
ることができる。連続的細胞系培養により産生される抗
体を提供する当業者周知の技術を用いて、モノクローナ
ル抗体を調製することができる。例えば、Kohler，G.お
よびMilstein,C.，Nature，256:495-497（1975）；Kozb
orら、Immunology Today，4:72（1983）；Coleら、Mono
clonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R Liss,I
nc.、77-96頁（1985）に記載されるような種々の技法が
ある。
は、ポリペプチドまたはエピトープを有するフラグメン
ト、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の動物
に、慣用的プロトコールを用いて投与することにより得
ることができる。連続的細胞系培養により産生される抗
体を提供する当業者周知の技術を用いて、モノクローナ
ル抗体を調製することができる。例えば、Kohler，G.お
よびMilstein,C.，Nature，256:495-497（1975）；Kozb
orら、Immunology Today，4:72（1983）；Coleら、Mono
clonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R Liss,I
nc.、77-96頁（1985）に記載されるような種々の技法が
ある。
【００７４】一本鎖抗体の製造のために記載された技術
（米国特許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポ
リペプチドに対する一本鎖抗体を産生することができ
る。また、トランスジェニックマウスまたはその他の生
物、例えばその他の哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発
現させることができる。
（米国特許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポ
リペプチドに対する一本鎖抗体を産生することができ
る。また、トランスジェニックマウスまたはその他の生
物、例えばその他の哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発
現させることができる。
【００７５】別法としてファージディスプレイ（phage
display）技法を用いて、抗ヒスチジンキナーゼを有す
ることについてスクリーニングしたヒト由来のリンパ球
のＰＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、また
は無処理のライブラリー由来のポリペプチドに対する結
合活性を有する抗体遺伝子を選別することができる（Mc
Cafferty,J.ら、Nature 348:552-554（1990）；Marks,
J.ら、Biotechnology 10:779-783(1992)）。これらの抗
体の親和性は、チェインシャフリング（chain shufflin
g）により改善することもできる(Clackson,T.ら、Natur
e 352:624-628（1991）)。
display）技法を用いて、抗ヒスチジンキナーゼを有す
ることについてスクリーニングしたヒト由来のリンパ球
のＰＣＲ増幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、また
は無処理のライブラリー由来のポリペプチドに対する結
合活性を有する抗体遺伝子を選別することができる（Mc
Cafferty,J.ら、Nature 348:552-554（1990）；Marks,
J.ら、Biotechnology 10:779-783(1992)）。これらの抗
体の親和性は、チェインシャフリング（chain shufflin
g）により改善することもできる(Clackson,T.ら、Natur
e 352:624-628（1991）)。
【００７６】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向されうる。前記の抗体を用いてポリペプ
チドを発現するクローンを単離または同定することがで
き、アフィニティークロマトグラフィーにより該ポリペ
プチドを精製することができる。従って、とりわけヒス
チジンキナーゼポリペプチドに対する抗体を、感染、と
りわけ細菌感染の治療に用いてもよい。
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向されうる。前記の抗体を用いてポリペプ
チドを発現するクローンを単離または同定することがで
き、アフィニティークロマトグラフィーにより該ポリペ
プチドを精製することができる。従って、とりわけヒス
チジンキナーゼポリペプチドに対する抗体を、感染、と
りわけ細菌感染の治療に用いてもよい。
【００７７】ポリペプチド変種は抗原的、エピトープ的
または免疫学的に等価な変種を包含し、本発明の特定の
態様を形成する。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘
導体」なる用語は、本発明によりタンパク質またはポリ
ペプチドに対して誘起された場合、病原体および哺乳動
物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨害するある種
の抗体により特異的に認識されるポリペプチドまたはそ
の同等物を包含する。本明細書で用いる「免疫学的に等
価な誘導体」なる用語は、脊椎動物において抗体を誘起
させるのに適した処方に用いた場合、抗体が病原および
哺乳動物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨害する
ように作用するペプチドまたはその等価物を包含する。
または免疫学的に等価な変種を包含し、本発明の特定の
態様を形成する。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘
導体」なる用語は、本発明によりタンパク質またはポリ
ペプチドに対して誘起された場合、病原体および哺乳動
物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨害するある種
の抗体により特異的に認識されるポリペプチドまたはそ
の同等物を包含する。本明細書で用いる「免疫学的に等
価な誘導体」なる用語は、脊椎動物において抗体を誘起
させるのに適した処方に用いた場合、抗体が病原および
哺乳動物宿主間での即時的な物理的相互作用を妨害する
ように作用するペプチドまたはその等価物を包含する。
【００７８】ポリペプチド、例えば抗原的または免疫学
的に等価な誘導体、あるいはそれらの融合タンパク質
は、マウスまたは他の動物、例えばラットもしくはニワ
トリを免疫するための抗原として使用する。融合タンパ
ク質はポリペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例
えば抱合することにより、免疫原性キャリヤタンパク
質、例えばウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホ
ール・リムペット・ヘモシアニン（keyhole limpet hae
mocyanin：ＫＬＨ）に結合させることができる。別法と
して、タンパク質もしくはポリペプチド、またはそれら
の抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多重
コピーを含む多重抗原ペプチドは、免疫原性を改良する
のに十分な抗原性を有しており、キャリヤを使用しなく
てすむ。
的に等価な誘導体、あるいはそれらの融合タンパク質
は、マウスまたは他の動物、例えばラットもしくはニワ
トリを免疫するための抗原として使用する。融合タンパ
ク質はポリペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例
えば抱合することにより、免疫原性キャリヤタンパク
質、例えばウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホ
ール・リムペット・ヘモシアニン（keyhole limpet hae
mocyanin：ＫＬＨ）に結合させることができる。別法と
して、タンパク質もしくはポリペプチド、またはそれら
の抗原的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多重
コピーを含む多重抗原ペプチドは、免疫原性を改良する
のに十分な抗原性を有しており、キャリヤを使用しなく
てすむ。
【００７９】抗体またはその変種を修飾し、個体におけ
る免疫原性を減少させることが好ましい。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」さ
れており；例えばJones,P.ら、Nature 321:522-525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。
る免疫原性を減少させることが好ましい。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」さ
れており；例えばJones,P.ら、Nature 321:522-525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。
【００８０】本発明のポリヌクレオチドを遺伝学的免疫
において使用する場合、好ましくは、例えばプラスミド
ＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet.
1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419（1
963））、特異的タンパク質キャリヤを複合させたＤＮ
Ａの送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、
リン酸カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & R
eshef、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（1
989））、微粒子衝撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））などの適
当な送達方法を用いるであろう。
において使用する場合、好ましくは、例えばプラスミド
ＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet.
1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419（1
963））、特異的タンパク質キャリヤを複合させたＤＮ
Ａの送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、
リン酸カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & R
eshef、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソ
ーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（1
989））、微粒子衝撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））などの適
当な送達方法を用いるであろう。
【００８１】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明のポリペプチドはまた、例えば細胞、無細胞調製
物、化学ライブラリー、および天然生成物の混合物にお
いて、小型分子基質とリガンドの結合を評価するために
使用してもよい。これらの基質およびリガンドは、天然
基質およびリガンドであってもよく、または構造的もし
くは機能的疑似物質であってもよい。例えば、Coligan
ら、Current Protocols in Immunology 1(2)、第５章(1
991)を参照のこと。
イおよび分子 本発明のポリペプチドはまた、例えば細胞、無細胞調製
物、化学ライブラリー、および天然生成物の混合物にお
いて、小型分子基質とリガンドの結合を評価するために
使用してもよい。これらの基質およびリガンドは、天然
基質およびリガンドであってもよく、または構造的もし
くは機能的疑似物質であってもよい。例えば、Coligan
ら、Current Protocols in Immunology 1(2)、第５章(1
991)を参照のこと。
【００８２】本発明はまた、ヒスチジンキナーゼポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの作用を亢進（アゴニス
ト）または遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定す
るための化合物、特に静菌性および／または殺菌性であ
る化合物のスクリーニング方法をも提供する。スクリー
ニング方法は、高処理量技法を含む。例えば、アゴニス
トまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、
ヒスチジンキナーゼポリペプチドおよびかかるポリペプ
チドの標識基質またはリガンドを含んでなる合成反応混
合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごとき細
胞コンパートメント、またはそれらのいずれかの調製物
を、ヒスチジンキナーゼアゴニストまたはアンタゴニス
トであるかもしれない候補分子の存在下または不在下で
インキュベーションする。候補分子がヒスチジンキナー
ゼポリペプチドに作動または拮抗する能力は、標識リガ
ンドの結合の低下またはかかる基質からの生成物の生成
低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない分子、
すなわちヒスチジンキナーゼの効果を誘起しない分子
は、最も良好なアンタゴニストとなるであろう。結合性
が良好で、基質からの生成物の生成速度を高める分子は
アゴニストである。基質からの生成物の生成速度または
レベルはリポーターシステムを用いることにより増強で
きる。この点に関して有用なリポーターシステムは、生
成物に転換される比色標識基質、ヒスチジンキナーゼポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に応答す
るリポーター遺伝子、および当該分野で公知の結合アッ
セイを包含するが、これらに限定するものではない。
プチドまたはポリヌクレオチドの作用を亢進（アゴニス
ト）または遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定す
るための化合物、特に静菌性および／または殺菌性であ
る化合物のスクリーニング方法をも提供する。スクリー
ニング方法は、高処理量技法を含む。例えば、アゴニス
トまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、
ヒスチジンキナーゼポリペプチドおよびかかるポリペプ
チドの標識基質またはリガンドを含んでなる合成反応混
合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁のごとき細
胞コンパートメント、またはそれらのいずれかの調製物
を、ヒスチジンキナーゼアゴニストまたはアンタゴニス
トであるかもしれない候補分子の存在下または不在下で
インキュベーションする。候補分子がヒスチジンキナー
ゼポリペプチドに作動または拮抗する能力は、標識リガ
ンドの結合の低下またはかかる基質からの生成物の生成
低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない分子、
すなわちヒスチジンキナーゼの効果を誘起しない分子
は、最も良好なアンタゴニストとなるであろう。結合性
が良好で、基質からの生成物の生成速度を高める分子は
アゴニストである。基質からの生成物の生成速度または
レベルはリポーターシステムを用いることにより増強で
きる。この点に関して有用なリポーターシステムは、生
成物に転換される比色標識基質、ヒスチジンキナーゼポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に応答す
るリポーター遺伝子、および当該分野で公知の結合アッ
セイを包含するが、これらに限定するものではない。
【００８３】ヒスチジンキナーゼアンタゴニストのアッ
セイの別の例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、
ヒスチジンキナーゼおよび潜在的なアンタゴニストをヒ
スチジンキナーゼ結合分子、組換えヒスチジンキナーゼ
結合分子、天然基質もしくはリガンド、または基質もし
くはリガンド擬似物質と混合する、競合アッセイであ
る。ヒスチジンキナーゼを例えば放射活性または比色化
合物により標識し、結合分子に結合した、または生成物
に変換したヒスチジンキナーゼ分子の数を正確に決定し
て、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
セイの別の例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、
ヒスチジンキナーゼおよび潜在的なアンタゴニストをヒ
スチジンキナーゼ結合分子、組換えヒスチジンキナーゼ
結合分子、天然基質もしくはリガンド、または基質もし
くはリガンド擬似物質と混合する、競合アッセイであ
る。ヒスチジンキナーゼを例えば放射活性または比色化
合物により標識し、結合分子に結合した、または生成物
に変換したヒスチジンキナーゼ分子の数を正確に決定し
て、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
【００８４】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドまたはポリペプチドに結合し、それにより
その活性を阻害または消滅させる小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的アンタ
ゴニストはまた、ヒスチジンキナーゼ誘起活性を誘起し
ない結合分子のように結合分子の同一部位に結合し、そ
れによりヒスチジンキナーゼを結合から排除して、ヒス
チジンキナーゼの作用を妨げる小型有機分子、ペプチ
ド、密接に関連したタンパク質のごときポリペプチドま
たは抗体を包含してもよい。
ヌクレオチドまたはポリペプチドに結合し、それにより
その活性を阻害または消滅させる小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的アンタ
ゴニストはまた、ヒスチジンキナーゼ誘起活性を誘起し
ない結合分子のように結合分子の同一部位に結合し、そ
れによりヒスチジンキナーゼを結合から排除して、ヒス
チジンキナーゼの作用を妨げる小型有機分子、ペプチ
ド、密接に関連したタンパク質のごときポリペプチドま
たは抗体を包含してもよい。
【００８５】潜在的アンタゴニストは、ポリペプチドの
結合部位に結合して、それを占有し、それにより細胞結
合分子への結合を妨害し、正常な生物学的活性を妨げる
小型分子を包含する。小型分子の例は、小型有機分子ま
たはペプチド様分子を包含するが、それらに限定するも
のではない。その他の潜在的なアンタゴニストは、アン
チセンス分子を包含する（これらの分子についての記載
に関してはOkano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Olig
odeoxy-nucleotides as Antisense Inhibitorsof Gene
Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ
州（1988）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストは、
ヒスチジンキナーゼ関連化合物およびヒスチジンキナー
ゼの変種を包含する。
結合部位に結合して、それを占有し、それにより細胞結
合分子への結合を妨害し、正常な生物学的活性を妨げる
小型分子を包含する。小型分子の例は、小型有機分子ま
たはペプチド様分子を包含するが、それらに限定するも
のではない。その他の潜在的なアンタゴニストは、アン
チセンス分子を包含する（これらの分子についての記載
に関してはOkano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Olig
odeoxy-nucleotides as Antisense Inhibitorsof Gene
Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ
州（1988）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストは、
ヒスチジンキナーゼ関連化合物およびヒスチジンキナー
ゼの変種を包含する。
【００８６】本明細書で提供する各々のＤＮＡ配列は、
抗細菌化合物の発見および開発に用いることができる。
発現時に、コード化されたタンパク質は、抗菌薬物のス
クリーニングのための目的物質として用いることができ
る。加えて、コード化されたタンパク質もしくはShine-
Delgarnoまたはその他の個々のｍＲＮＡの翻訳容易化配
列のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列を用いて、
目的のコーディング配列の発現を調節するアンチセンス
配列を構築することができる。
抗細菌化合物の発見および開発に用いることができる。
発現時に、コード化されたタンパク質は、抗菌薬物のス
クリーニングのための目的物質として用いることができ
る。加えて、コード化されたタンパク質もしくはShine-
Delgarnoまたはその他の個々のｍＲＮＡの翻訳容易化配
列のアミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列を用いて、
目的のコーディング配列の発現を調節するアンチセンス
配列を構築することができる。
【００８７】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病因および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨
害するための本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
または阻害剤の使用を提供する。特に本発明の分子を：
細菌、特にグラム陽性細菌の内在デバイス上の哺乳動物
細胞外マトリックスタンパク質、または創傷部の細胞外
マトリックスタンパク質への付着の防御；例えば、哺乳
動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始により、哺乳動
物細胞侵入を媒介するヒスチジンキナーゼタンパク質の
遮断(Rosenshineら、Infect.Immun.60:2211(1992))；哺
乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織損傷を媒介
する細菌性ヒスチジンキナーゼタンパク質との間の細菌
付着の阻害；内在デバイスの埋め込みまたはその他の外
科的手技以外により開始した感染における病因の通常の
進行の防御に使用することができる。
病因および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨
害するための本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド
または阻害剤の使用を提供する。特に本発明の分子を：
細菌、特にグラム陽性細菌の内在デバイス上の哺乳動物
細胞外マトリックスタンパク質、または創傷部の細胞外
マトリックスタンパク質への付着の防御；例えば、哺乳
動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始により、哺乳動
物細胞侵入を媒介するヒスチジンキナーゼタンパク質の
遮断(Rosenshineら、Infect.Immun.60:2211(1992))；哺
乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織損傷を媒介
する細菌性ヒスチジンキナーゼタンパク質との間の細菌
付着の阻害；内在デバイスの埋め込みまたはその他の外
科的手技以外により開始した感染における病因の通常の
進行の防御に使用することができる。
【００８８】本発明は、i）ヒスチジンキナーゼと応答
レギュレーターとの相互作用を妨害する薬物を同定する
ための薬物のスクリーニング方法であって、薬物の存在
下でヒスチジンキナーゼと応答レギュレーターを一緒に
インキュベートし、該薬物のこの相互作用を遮断する能
力を測定することからなる方法；および／またはii）ヒ
スチジンキナーゼの自己リン酸化する能力を妨害する薬
物を同定するための薬物のスクリーニング方法であっ
て、ヒスチジンキナーゼと薬物を一緒にインキュベート
し、薬物の自己リン酸化を妨害する能力を測定すること
からなる方法を提供する。
レギュレーターとの相互作用を妨害する薬物を同定する
ための薬物のスクリーニング方法であって、薬物の存在
下でヒスチジンキナーゼと応答レギュレーターを一緒に
インキュベートし、該薬物のこの相互作用を遮断する能
力を測定することからなる方法；および／またはii）ヒ
スチジンキナーゼの自己リン酸化する能力を妨害する薬
物を同定するための薬物のスクリーニング方法であっ
て、ヒスチジンキナーゼと薬物を一緒にインキュベート
し、薬物の自己リン酸化を妨害する能力を測定すること
からなる方法を提供する。
【００８９】応答レギュレーターは、好ましくは、ヒス
チジンキナーゼの同族応答レギュレーター、またはヒス
チジンキナーゼを基質として用いることのできる他の応
答レギュレーターであり、好ましくはスタフィロコッカ
ス・アウレウスまたは他の微生物、例えばバチルス属由
来である。一般に、ヒスチジンキナーゼの遺伝子および
その同族応答レギュレーターは、染色体上に近くに並ん
で見出され、それゆえ、適当な応答レギュレーターは、
染色体をさらに配列決定することによって便利に同定で
きる。
チジンキナーゼの同族応答レギュレーター、またはヒス
チジンキナーゼを基質として用いることのできる他の応
答レギュレーターであり、好ましくはスタフィロコッカ
ス・アウレウスまたは他の微生物、例えばバチルス属由
来である。一般に、ヒスチジンキナーゼの遺伝子および
その同族応答レギュレーターは、染色体上に近くに並ん
で見出され、それゆえ、適当な応答レギュレーターは、
染色体をさらに配列決定することによって便利に同定で
きる。
【００９０】本発明のアンタゴニストおよびアゴニスト
を用いて、例えば、疾患を阻害および治療し得る。
を用いて、例えば、疾患を阻害および治療し得る。
【００９１】ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter p
ylori）（本明細書では、エイチ・ピロリ（H. pylori）
という）は、胃癌、潰瘍、胃炎を引き起こしている世界
の人の人口の３分の１を超える人の胃に感染している
（International Agency forResearch on Cancer (199
4) Schistosomes, Liver Flukes and Helicobacter Pyl
ori(INternational Agency for Research on Cancer, L
yon, France; http://www.uicc.ch/ecp/ecp2904.ht
m)）。さらに、インターナショナル・エージェンシー・
フォー・リサーチ・オン・キャンサーは、近年、グルー
プＩ（明確に）発癌物質として細菌を分類している、エ
イチ・ピロリと胃腺癌の間の原因−および−効果の関係
を明らかにした。本発明により提供されたスクリーニン
グを用いて本発明の好ましい抗微生物化合物（ヒスチジ
ンキナーゼのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に
幅広いスペクトルの抗生物質は、エイチ・ピロリ感染の
治療に有効であるべきである。かかる治療は、エイチ・
ピロリが誘発する癌、例えば胃腸癌の出現を減少させ
る。かかる治療はまた、潰瘍および胃炎も治療できる。
ylori）（本明細書では、エイチ・ピロリ（H. pylori）
という）は、胃癌、潰瘍、胃炎を引き起こしている世界
の人の人口の３分の１を超える人の胃に感染している
（International Agency forResearch on Cancer (199
4) Schistosomes, Liver Flukes and Helicobacter Pyl
ori(INternational Agency for Research on Cancer, L
yon, France; http://www.uicc.ch/ecp/ecp2904.ht
m)）。さらに、インターナショナル・エージェンシー・
フォー・リサーチ・オン・キャンサーは、近年、グルー
プＩ（明確に）発癌物質として細菌を分類している、エ
イチ・ピロリと胃腺癌の間の原因−および−効果の関係
を明らかにした。本発明により提供されたスクリーニン
グを用いて本発明の好ましい抗微生物化合物（ヒスチジ
ンキナーゼのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に
幅広いスペクトルの抗生物質は、エイチ・ピロリ感染の
治療に有効であるべきである。かかる治療は、エイチ・
ピロリが誘発する癌、例えば胃腸癌の出現を減少させ
る。かかる治療はまた、潰瘍および胃炎も治療できる。
【００９２】ワクチン 本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫
学的応答を誘発する方法であって、抗体および／または
Ｔ細胞免疫応答を産生するのに適当なヒスチジンキナー
ゼ、またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種
し、該個体を感染、特に細菌感染および、最も好ましく
はスタフィロコッカス・アウレウス感染から防御するこ
とからなる方法に関する。また、それによってかかる免
疫学的応答が細菌の複製を遅らせる方法も提供する。本
発明のまた別の態様は、個体に免疫学的応答を誘起する
方法であって、免疫学的応答を誘発させるためにヒスチ
ジンキナーゼまたはそのフラグメントもしくは変種をイ
ンビボで発現させるのに、ヒスチジンキナーゼまたはそ
のフラグメントもしくは変種の発現を指示する核酸ベク
ターを個体に送達し、抗体および／または例えばサイト
カイン−生産Ｔ細胞または細胞障害性Ｔ細胞を包含する
Ｔ細胞免疫応答を産生し、該個体を疾患（疾患は、個体
内にすでに確立されているか、されていない）から保護
することからなる方法に関する。所望の細胞内に遺伝子
を投与する１つの方法は、粒子の被覆としてまたは別法
でそれを亢進することによる。かかる核酸ベクターは、
ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾した核酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡ
ハイブリッドを含んでもよい。
学的応答を誘発する方法であって、抗体および／または
Ｔ細胞免疫応答を産生するのに適当なヒスチジンキナー
ゼ、またはそのフラグメントもしくは変種を個体に接種
し、該個体を感染、特に細菌感染および、最も好ましく
はスタフィロコッカス・アウレウス感染から防御するこ
とからなる方法に関する。また、それによってかかる免
疫学的応答が細菌の複製を遅らせる方法も提供する。本
発明のまた別の態様は、個体に免疫学的応答を誘起する
方法であって、免疫学的応答を誘発させるためにヒスチ
ジンキナーゼまたはそのフラグメントもしくは変種をイ
ンビボで発現させるのに、ヒスチジンキナーゼまたはそ
のフラグメントもしくは変種の発現を指示する核酸ベク
ターを個体に送達し、抗体および／または例えばサイト
カイン−生産Ｔ細胞または細胞障害性Ｔ細胞を包含する
Ｔ細胞免疫応答を産生し、該個体を疾患（疾患は、個体
内にすでに確立されているか、されていない）から保護
することからなる方法に関する。所望の細胞内に遺伝子
を投与する１つの方法は、粒子の被覆としてまたは別法
でそれを亢進することによる。かかる核酸ベクターは、
ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾した核酸、またはＤＮＡ／ＲＮＡ
ハイブリッドを含んでもよい。
【００９３】本発明のさらなる態様は、免疫学的応答を
体内に誘起できる、あるいは誘起している宿主に導入し
た場合、そのような宿主中でヒスチジンキナーゼまたは
それによりコードされるタンパク質に対する免疫学的応
答を誘起する免疫学的組成物であって、組換えヒスチジ
ンキナーゼ、またはそれによりコードされたタンパク質
を含んでなり、また該ヒスチジンキナーゼの抗原をコー
ドし、発現するＤＮＡまたはそれによりコードされるタ
ンパク質を含んでなる組成物に関する。免疫学的応答
は、治療上または予防上使用でき、抗体免疫あるいはＣ
ＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生じるような細胞免疫の
形態をとってもよい。
体内に誘起できる、あるいは誘起している宿主に導入し
た場合、そのような宿主中でヒスチジンキナーゼまたは
それによりコードされるタンパク質に対する免疫学的応
答を誘起する免疫学的組成物であって、組換えヒスチジ
ンキナーゼ、またはそれによりコードされたタンパク質
を含んでなり、また該ヒスチジンキナーゼの抗原をコー
ドし、発現するＤＮＡまたはそれによりコードされるタ
ンパク質を含んでなる組成物に関する。免疫学的応答
は、治療上または予防上使用でき、抗体免疫あるいはＣ
ＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生じるような細胞免疫の
形態をとってもよい。
【００９４】ヒスチジンキナーゼポリペプチドまたはそ
のフラグメントは、それ自身は抗体を産生しないが、第
１のタンパク質を安定化し、免疫原性があり防御特性を
有する融合タンパク質を形成することのできる補タンパ
ク質（co-protein）と融合できる。このように融合した
組換えタンパク質は、好ましくは、さらには、抗原補タ
ンパク質、例えばヘモフィルス・インフルエンザ（Hemo
philus influenzae）由来のリポタンパク質Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼ、タンパク質を可溶化し、それら
の生成および精製を容易にする比較的大型の補タンパク
質を有する。さらに、補タンパク質は免疫系において一
般的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用しうる。補タンパク質は第１のタンパク質のアミ
ノまたはカルボキシル末端のいずれに結合していてもよ
い。
のフラグメントは、それ自身は抗体を産生しないが、第
１のタンパク質を安定化し、免疫原性があり防御特性を
有する融合タンパク質を形成することのできる補タンパ
ク質（co-protein）と融合できる。このように融合した
組換えタンパク質は、好ましくは、さらには、抗原補タ
ンパク質、例えばヘモフィルス・インフルエンザ（Hemo
philus influenzae）由来のリポタンパク質Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼ、タンパク質を可溶化し、それら
の生成および精製を容易にする比較的大型の補タンパク
質を有する。さらに、補タンパク質は免疫系において一
般的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用しうる。補タンパク質は第１のタンパク質のアミ
ノまたはカルボキシル末端のいずれに結合していてもよ
い。
【００９５】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよび免疫刺激ＤＮＡ配列を含んでなる
組成物、とりわけワクチン組成物ならびに方法を提供
し、免疫刺激ＤＮＡ配列はSato Y.ら、Science 273:352
(1996)に記載されている。
リヌクレオチドおよび免疫刺激ＤＮＡ配列を含んでなる
組成物、とりわけワクチン組成物ならびに方法を提供
し、免疫刺激ＤＮＡ配列はSato Y.ら、Science 273:352
(1996)に記載されている。
【００９６】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウスに感染した動物モデルにおける、このような遺
伝的免疫化実験で用いるＤＮＡ構築物の、細菌細胞表面
タンパク質の非可変領域をコードすることがわかってい
る前記のポリヌクレオチドまたはとりわけそのフラグメ
ントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的ま
たは治療的免疫反応を生じることができるタンパク質エ
ピトープを同定するのに有用である。このアプローチ
は、哺乳動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にス
タフィロコッカス・アウレウス感染の予防薬または治療
的処置の開発のために、感染に抵抗しまたは一掃するの
に成功した動物の必須器官から特に価値あるモノクロー
ナル抗体を引き続き調製することを可能にすると考えら
れる。
ウレウスに感染した動物モデルにおける、このような遺
伝的免疫化実験で用いるＤＮＡ構築物の、細菌細胞表面
タンパク質の非可変領域をコードすることがわかってい
る前記のポリヌクレオチドまたはとりわけそのフラグメ
ントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的ま
たは治療的免疫反応を生じることができるタンパク質エ
ピトープを同定するのに有用である。このアプローチ
は、哺乳動物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にス
タフィロコッカス・アウレウス感染の予防薬または治療
的処置の開発のために、感染に抵抗しまたは一掃するの
に成功した動物の必須器官から特に価値あるモノクロー
ナル抗体を引き続き調製することを可能にすると考えら
れる。
【００９７】ポリペプチドは、例えば細菌の損傷組織へ
の付着を阻害することにより、細菌の侵入に対して防御
的な特異的抗体を産生するための宿主のワクチン化のた
めの抗原として使用することができる。組織損傷の例
は、例えば機械的、化学的もしくは熱損傷により、また
は内在デバイスの埋め込みにより、引き起こされた皮膚
または結合組織の創傷、または粘膜例えば口、乳腺、尿
道または膣の創傷を包含する。
の付着を阻害することにより、細菌の侵入に対して防御
的な特異的抗体を産生するための宿主のワクチン化のた
めの抗原として使用することができる。組織損傷の例
は、例えば機械的、化学的もしくは熱損傷により、また
は内在デバイスの埋め込みにより、引き起こされた皮膚
または結合組織の創傷、または粘膜例えば口、乳腺、尿
道または膣の創傷を包含する。
【００９８】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えタ
ンパク質を適切な担体と共に有してなるワクチン処方を
包含する。タンパク質は胃で分解されるので、非経口
的、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投
与するのが好ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸
化剤、緩衝液、静細菌剤および個体の体液、好ましくは
血液と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性滅菌注射液；および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性滅菌懸濁液を包含す
る。処方は単位投与または多回投与用容器、例えば密封
したアンプルおよびバイアルに入れてよく、凍結乾燥状
態で保存し、使用直前に滅菌液体担体の添加のみを必要
とする。ワクチン処方はまた、処方の免疫原性を高める
アジュバント系を含めることができ、例えば水中油系ま
たは当該分野で周知のその他の系がある。投与量はワク
チンの特異的活性に依存し、通常の実験法により容易に
決定できる。
ンパク質を適切な担体と共に有してなるワクチン処方を
包含する。タンパク質は胃で分解されるので、非経口
的、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投
与するのが好ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸
化剤、緩衝液、静細菌剤および個体の体液、好ましくは
血液と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性滅菌注射液；および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性滅菌懸濁液を包含す
る。処方は単位投与または多回投与用容器、例えば密封
したアンプルおよびバイアルに入れてよく、凍結乾燥状
態で保存し、使用直前に滅菌液体担体の添加のみを必要
とする。ワクチン処方はまた、処方の免疫原性を高める
アジュバント系を含めることができ、例えば水中油系ま
たは当該分野で周知のその他の系がある。投与量はワク
チンの特異的活性に依存し、通常の実験法により容易に
決定できる。
【００９９】本発明は特定のヒスチジンキナーゼに関し
て記載したが、これは天然に存在するタンパク質およ
び、実質的に組換えタンパク質の免疫原特性に影響しな
い付加、欠失または置換を施した類似のタンパク質のフ
ラグメントを包含することが理解されよう。
て記載したが、これは天然に存在するタンパク質およ
び、実質的に組換えタンパク質の免疫原特性に影響しな
い付加、欠失または置換を施した類似のタンパク質のフ
ラグメントを包含することが理解されよう。
【０１００】組成物、キットおよび投与 本発明はまた前記のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストを含ん
でなる組成物にも関する。本発明のポリペプチドは未滅
菌もしくは滅菌担体と、または細胞、組織もしくは生物
に用いられる担体、例えば対象への投与に適した医薬的
担体と組み合わせて用いることができる。このような組
成物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明
のポリペプチド、および医薬上許容される担体または賦
形剤を含む。このような担体はセイライン、緩衝化セイ
ライン、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせを包含するが、これらに限
定するものではない。処方は投与法に適したものにすべ
きである。本発明はさらに、本発明の前記の組成物成分
を１またはそれ以上を充填した１またはそれ以上の容器
を含む診断用および医薬用パックおよびキットにも関す
る。
チド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストを含ん
でなる組成物にも関する。本発明のポリペプチドは未滅
菌もしくは滅菌担体と、または細胞、組織もしくは生物
に用いられる担体、例えば対象への投与に適した医薬的
担体と組み合わせて用いることができる。このような組
成物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明
のポリペプチド、および医薬上許容される担体または賦
形剤を含む。このような担体はセイライン、緩衝化セイ
ライン、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせを包含するが、これらに限
定するものではない。処方は投与法に適したものにすべ
きである。本発明はさらに、本発明の前記の組成物成分
を１またはそれ以上を充填した１またはそれ以上の容器
を含む診断用および医薬用パックおよびキットにも関す
る。
【０１０１】本発明のポリペプチドおよびその他の化合
物は、単独でまたは治療用化合物等の他の化合物と組み
合わせて用いることができる。
物は、単独でまたは治療用化合物等の他の化合物と組み
合わせて用いることができる。
【０１０２】医薬組成物は有効な、都合のよい方法、例
えば、とりわけ局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹
腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の経路で投
与できる。治療において、または予防として、活性物質
を注射用組成物として、例えば、好ましくは等張の、滅
菌水性分散物として個体に投与できる。
えば、とりわけ局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹
腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の経路で投
与できる。治療において、または予防として、活性物質
を注射用組成物として、例えば、好ましくは等張の、滅
菌水性分散物として個体に投与できる。
【０１０３】また別に、組成物は、局所投与用、例えば
軟膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳
液、洗口剤、染み込ませた包帯および縫合用の糸、なら
びにエアロゾルの形態に処方してもよく、適当な慣用的
添加物、例えば、軟膏およびクリーム中に保存料、薬物
の浸透を補助する溶媒、軟化剤を含めてもよい。このよ
うな局所用処方はまた、適合する慣用的な担体、例えば
クリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタノ
ールまたはオレイルアルコールを含有してもよい。この
ような担体は処方の約１重量％から約９８重量％を構成
してもよく；より一般的には処方の約８０重量％までと
する。
軟膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳
液、洗口剤、染み込ませた包帯および縫合用の糸、なら
びにエアロゾルの形態に処方してもよく、適当な慣用的
添加物、例えば、軟膏およびクリーム中に保存料、薬物
の浸透を補助する溶媒、軟化剤を含めてもよい。このよ
うな局所用処方はまた、適合する慣用的な担体、例えば
クリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタノ
ールまたはオレイルアルコールを含有してもよい。この
ような担体は処方の約１重量％から約９８重量％を構成
してもよく；より一般的には処方の約８０重量％までと
する。
【０１０４】哺乳動物、特にヒトに投与する場合、有効
成分の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はいずれの場合にも、個体に最も適した実際の
投与量を決定し、年齢、体重および個々の個体の応答に
応じて変化させる。前記の投与量は、平均的なケースの
一例である。もちろん、高量および低量の範囲が適合す
る個々の例もあり、これらは本発明の範囲内である。
成分の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はいずれの場合にも、個体に最も適した実際の
投与量を決定し、年齢、体重および個々の個体の応答に
応じて変化させる。前記の投与量は、平均的なケースの
一例である。もちろん、高量および低量の範囲が適合す
る個々の例もあり、これらは本発明の範囲内である。
【０１０５】内在デバイスは外科的インプラント、プロ
テーゼデバイスおよびカテーテル、即ち個体の体内に導
入し、長時間その位置に存在するデバイスを包含する。
このようなデバイスは、例えば人工関節、心臓弁、ペー
スメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シ
ャント、尿カテーテル、持続的外来腹膜透析（ＣＡＰ
Ｄ）カテーテル等を包含する。
テーゼデバイスおよびカテーテル、即ち個体の体内に導
入し、長時間その位置に存在するデバイスを包含する。
このようなデバイスは、例えば人工関節、心臓弁、ペー
スメーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シ
ャント、尿カテーテル、持続的外来腹膜透析（ＣＡＰ
Ｄ）カテーテル等を包含する。
【０１０６】本発明の組成物を注射により投与し、内在
デバイスの挿入の直前に、関連する細菌に対する全身的
な効果を得ることができる。手術後、デバイスが体内に
在る間、処置を続けてよい。加えて、外科的手技のため
に手術中用カバーを広げて、細菌性創傷感染、特にスタ
フィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御するため
に用いることができる。
デバイスの挿入の直前に、関連する細菌に対する全身的
な効果を得ることができる。手術後、デバイスが体内に
在る間、処置を続けてよい。加えて、外科的手技のため
に手術中用カバーを広げて、細菌性創傷感染、特にスタ
フィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御するため
に用いることができる。
【０１０７】多くの整形外科医は、プロテーゼ関節を有
するヒトは、菌血症を生じ得る歯科的処置の前に、抗生
物質予防法を考慮されるべきであると考える。遅延性の
重篤な感染は、時にはプロテーゼ関節を失うに至る深刻
な合併症であり、有意性のある羅病率および死亡率を伴
う。従って、この場合、予防的な抗生物質の代わりに、
活性物質の用途を拡張することが可能である。
するヒトは、菌血症を生じ得る歯科的処置の前に、抗生
物質予防法を考慮されるべきであると考える。遅延性の
重篤な感染は、時にはプロテーゼ関節を失うに至る深刻
な合併症であり、有意性のある羅病率および死亡率を伴
う。従って、この場合、予防的な抗生物質の代わりに、
活性物質の用途を拡張することが可能である。
【０１０８】前記の治療に加え、本発明の組成物は一般
的に創傷の治療薬として使用でき、創傷組織に曝露した
マトリックスタンパク質に細菌が付着するのを防ぎ、歯
科治療において抗生物質の予防法に代わって、またはそ
れと組み合わせて、予防的に使用できる。
的に創傷の治療薬として使用でき、創傷組織に曝露した
マトリックスタンパク質に細菌が付着するのを防ぎ、歯
科治療において抗生物質の予防法に代わって、またはそ
れと組み合わせて、予防的に使用できる。
【０１０９】本発明の組成物を用いて、挿入直前に内在
デバイスを浸してもよい。有効成分は創傷または内在デ
バイスを浸すために１μｇ／ｍｌから１０ｍｇ／ｍｌの
濃度であるのが好ましい。
デバイスを浸してもよい。有効成分は創傷または内在デ
バイスを浸すために１μｇ／ｍｌから１０ｍｇ／ｍｌの
濃度であるのが好ましい。
【０１１０】有利には、ワクチン組成物を注射可能な形
態にする。慣用的なアジュバントは免疫反応を高めるた
めに用いることができる。ワクチン化に適した単位投与
量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、このような投
与量は１〜３週間の間隔で１〜３回投与するのが好まし
い。提示した投与量範囲では、本発明の化合物で、適当
な個体への投与を妨げるような、不利な毒性効果は観察
されない。
態にする。慣用的なアジュバントは免疫反応を高めるた
めに用いることができる。ワクチン化に適した単位投与
量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、このような投
与量は１〜３週間の間隔で１〜３回投与するのが好まし
い。提示した投与量範囲では、本発明の化合物で、適当
な個体への投与を妨げるような、不利な毒性効果は観察
されない。
【０１１１】本明細書の開示した各引用文献は、その全
体において本明細書中の引用文献によって組み込まれて
いる。本出願が優先権主張するいずれの特許出願も、そ
の全体において、本明細書中の引用文献によって組み込
まれている。
体において本明細書中の引用文献によって組み込まれて
いる。本出願が優先権主張するいずれの特許出願も、そ
の全体において、本明細書中の引用文献によって組み込
まれている。
【０１１２】定義 以下の定義は、本明細書において汎用される特定の用語
の理解を容易にするために示すものである。
の理解を容易にするために示すものである。
【０１１３】「疾患」は、例えば、上気道感染（例えば
中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下
気道感染（例えば蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば
感染性心内膜炎）、消化器感染（例えば分泌性下痢、脾
臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば大脳膿
瘍）、眼感染（例えば眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内
炎、前中隔（preseptal）および眼窩蜂巣炎、涙嚢
炎）、腎および尿管感染（例えば副睾丸炎、腎内および
腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染
（例えば膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感
染、細菌性筋炎）、骨および関節感染（例えば敗血症性
関節炎、骨髄炎）を包含する、細菌によって引き起こさ
れる疾患または細菌による感染に関連する疾患を意味す
る。
中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下
気道感染（例えば蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば
感染性心内膜炎）、消化器感染（例えば分泌性下痢、脾
臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば大脳膿
瘍）、眼感染（例えば眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内
炎、前中隔（preseptal）および眼窩蜂巣炎、涙嚢
炎）、腎および尿管感染（例えば副睾丸炎、腎内および
腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染
（例えば膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感
染、細菌性筋炎）、骨および関節感染（例えば敗血症性
関節炎、骨髄炎）を包含する、細菌によって引き起こさ
れる疾患または細菌による感染に関連する疾患を意味す
る。
【０１１４】「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配
列により形質転換もしくはトランスフェクションされ
た、または形質転換もしくはトランスフェクションされ
得る細胞である。
列により形質転換もしくはトランスフェクションされ
た、または形質転換もしくはトランスフェクションされ
得る細胞である。
【０１１５】「同一性」とは、当該分野に周知であるよ
うに、二つもしくはそれ以上のポリペプチド配列また二
つもしくはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係で
あり、配列を比較して決定する。当該分野において、
「同一性」とは、場合によってはかかる配列の鎖の合致
により決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌク
レオチド配列の配列関連性の程度をも意味する。「同一
性」および「類似性」は、（Computational Molecular
Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォード・ユニバーシ
ティー・プレス、ニューヨーク、1988年；Biocomputin
g：Informatics and Genome Projects，Smith,D.W.編、
アカデミック・プレス、ニューヨーク、1993年；Comput
er Analysis of Sequence Data，パートＩ，Griffin,A.
M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマン・プレス、ニュー
ジャージー、1994年；Sequence Analysis in Molecular
Biology，von Heinje,G.、アカデミック・プレス、198
7年；およびSequence Analysis Primer，Gribskov,M.お
よびDevereux,J.編、エム・ストックトン・プレス、ニ
ューヨーク、1991年、；ならびにCarillo,H.およびLipm
an,D.，SIAM J.Applied Math.，48:1073（1988）に記載
されている方法を包含するが、これらに限定するもので
はないこちの方法によって容易に算出できる。同一性を
決定するための好ましい方法は、試験する配列間で最も
良く合致するように設計される。同一性および類似性を
決定する方法は、公に入手できるコンピュータープログ
ラムに集成されている。二つの配列間の同一性および類
似性を測定する好ましいコンピュータープログラム法
は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.ら、Nuc
leic Acids Research 12(1):387（1984）、BLASTP、BLA
STN、およびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Molec.Biol.21
5:403-410（1990）））を包含するが、これらに限定す
るものではない。BLAST XプログラムはNCBIおよびその
他の供給源より公に入手可能である（BLAST Manual、Al
tschul,S.ら、NCBI NLMNIHベゼスダ、メリーランド州２
０８９４；Altschul,S.ら、J.Molec.Biol.215:403-410
（1990））。よく知られたSmith Watermanアルゴリズム
もまた、同一性の測定に使用してもよい。
うに、二つもしくはそれ以上のポリペプチド配列また二
つもしくはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係で
あり、配列を比較して決定する。当該分野において、
「同一性」とは、場合によってはかかる配列の鎖の合致
により決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌク
レオチド配列の配列関連性の程度をも意味する。「同一
性」および「類似性」は、（Computational Molecular
Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォード・ユニバーシ
ティー・プレス、ニューヨーク、1988年；Biocomputin
g：Informatics and Genome Projects，Smith,D.W.編、
アカデミック・プレス、ニューヨーク、1993年；Comput
er Analysis of Sequence Data，パートＩ，Griffin,A.
M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマン・プレス、ニュー
ジャージー、1994年；Sequence Analysis in Molecular
Biology，von Heinje,G.、アカデミック・プレス、198
7年；およびSequence Analysis Primer，Gribskov,M.お
よびDevereux,J.編、エム・ストックトン・プレス、ニ
ューヨーク、1991年、；ならびにCarillo,H.およびLipm
an,D.，SIAM J.Applied Math.，48:1073（1988）に記載
されている方法を包含するが、これらに限定するもので
はないこちの方法によって容易に算出できる。同一性を
決定するための好ましい方法は、試験する配列間で最も
良く合致するように設計される。同一性および類似性を
決定する方法は、公に入手できるコンピュータープログ
ラムに集成されている。二つの配列間の同一性および類
似性を測定する好ましいコンピュータープログラム法
は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.ら、Nuc
leic Acids Research 12(1):387（1984）、BLASTP、BLA
STN、およびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Molec.Biol.21
5:403-410（1990）））を包含するが、これらに限定す
るものではない。BLAST XプログラムはNCBIおよびその
他の供給源より公に入手可能である（BLAST Manual、Al
tschul,S.ら、NCBI NLMNIHベゼスダ、メリーランド州２
０８９４；Altschul,S.ら、J.Molec.Biol.215:403-410
（1990））。よく知られたSmith Watermanアルゴリズム
もまた、同一性の測定に使用してもよい。
【０１１６】ポリペプチド配列比較用の好ましいパラメ
ーターは以下のものを含む： 1)アルゴリズム：NeedlemanおよびWunsch, J. Mol. Bio
l. 48: 443-453(1970) 比較マトリクス：HentikoffおよびHentikoff, Proc. Na
tl. Acad. Sci., USA.89: 10915-10919(1992)からのBLO
SSUM62 ギャップペナルティー：12 ギャップ長さペナルティー：4 これらパラメーターを用いた有用なプログラムは、ジェ
ネティクス・コンピューター・グループ(Genetics Comp
uter Group)、ウィスコンシン州マジソン(Madison WI)
から、“ギャップ（gap）”プログラムとして公に入手
できる。前記パラメーターは（エンドギャップ用にペナ
ルティーなしで）ポリペプチド比較用のデフォルトパラ
メーターである。
ーターは以下のものを含む： 1)アルゴリズム：NeedlemanおよびWunsch, J. Mol. Bio
l. 48: 443-453(1970) 比較マトリクス：HentikoffおよびHentikoff, Proc. Na
tl. Acad. Sci., USA.89: 10915-10919(1992)からのBLO
SSUM62 ギャップペナルティー：12 ギャップ長さペナルティー：4 これらパラメーターを用いた有用なプログラムは、ジェ
ネティクス・コンピューター・グループ(Genetics Comp
uter Group)、ウィスコンシン州マジソン(Madison WI)
から、“ギャップ（gap）”プログラムとして公に入手
できる。前記パラメーターは（エンドギャップ用にペナ
ルティーなしで）ポリペプチド比較用のデフォルトパラ
メーターである。
【０１１７】ポリヌクレオチド比較用の好ましいパラメ
ーターは以下のものを含む： 1)アルゴリズム：NeedlemanおよびWunsch, J. Mol. Bio
l. 48: 443-453(1970) 比較マトリクス：マッチ＝＋10、ミスマッチ＝0 ギャップペナルティー：50 ギャップ長さペナルティー：3 入手可能なもの：ジェネティクス・コンピューター・グ
ループ(Genetics Computer Group)、ウィスコンシン州
マジソン(Madison WI)からの“ギャップ（gap）”プロ
グラム。前記パラメーターはポリヌクレオチド比較用の
デフォルトパラメーターである。
ーターは以下のものを含む： 1)アルゴリズム：NeedlemanおよびWunsch, J. Mol. Bio
l. 48: 443-453(1970) 比較マトリクス：マッチ＝＋10、ミスマッチ＝0 ギャップペナルティー：50 ギャップ長さペナルティー：3 入手可能なもの：ジェネティクス・コンピューター・グ
ループ(Genetics Computer Group)、ウィスコンシン州
マジソン(Madison WI)からの“ギャップ（gap）”プロ
グラム。前記パラメーターはポリヌクレオチド比較用の
デフォルトパラメーターである。
【０１１８】好ましいポリヌクレオチドの具体例は、さ
らに、配列番号１に示されるポリヌクレオチド参照配列
と少なくとも、５０、６０、７０、８０、８５、９０、
９５、９７または１００％同一性を有するポリヌクレオ
チドを含む単離されたポリヌクレオチドを含み、ここに
該参照配列は配列番号１に示される配列と同一であって
もよく、または参照配列と比較してある整数までのヌク
レオチド変化を含んでもよく、ここに該変化は少なくと
も１つのヌクレオチド欠失、トランジションおよびトラ
ンスバージョンを含む置換または挿入より成る群から選
択され、ここに、該変化は、参照配列のヌクレオチドの
間で個々にまたは参照配列内の連続した１つ以上の群に
て散在して、参照ヌクレオチド配列の５’または３’末
端位で、またはその末端間のいずれの位置でも起こり
得、ここに、ヌクレオチド変化の該数は、各パーセント
同一性のパーセント数と配列番号１におけるヌクレオチ
ドの総数とを乗じ、配列番号１におけるヌクレオチドの
該総数からその積を減じることによって決定される。す
なわち： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中ｎnはヌクレオチド変化の数であって、ｘnは配列番
号１におけるヌクレオチドの総数であって、ｙは５０％
に対して０．５０、６０％に対して０．６０、７０％に
対して０．７０、８０％に対して０．８０、８５％に対
して０．８５、９０％に対して０．９０、９５％に対し
て０．９５、９７％に対して０．９７または１００％に
対して１．００であって、ここにｘnおよびｙのいずれ
の非整数の積もｘnからそれを減じる前に最も近い整数
に切り下げる。配列番号２に示されるポリぺプチドをコ
ードするポリヌクレオチド配列の変化は、これがコード
する配列にてナンセンス、ミスセンスまたはフレームシ
フト型突然変異を生じ得、それによって、かかる変化に
よりポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチ
ドを改変する。
らに、配列番号１に示されるポリヌクレオチド参照配列
と少なくとも、５０、６０、７０、８０、８５、９０、
９５、９７または１００％同一性を有するポリヌクレオ
チドを含む単離されたポリヌクレオチドを含み、ここに
該参照配列は配列番号１に示される配列と同一であって
もよく、または参照配列と比較してある整数までのヌク
レオチド変化を含んでもよく、ここに該変化は少なくと
も１つのヌクレオチド欠失、トランジションおよびトラ
ンスバージョンを含む置換または挿入より成る群から選
択され、ここに、該変化は、参照配列のヌクレオチドの
間で個々にまたは参照配列内の連続した１つ以上の群に
て散在して、参照ヌクレオチド配列の５’または３’末
端位で、またはその末端間のいずれの位置でも起こり
得、ここに、ヌクレオチド変化の該数は、各パーセント
同一性のパーセント数と配列番号１におけるヌクレオチ
ドの総数とを乗じ、配列番号１におけるヌクレオチドの
該総数からその積を減じることによって決定される。す
なわち： ｎn≦ｘn−（ｘn・ｙ） 式中ｎnはヌクレオチド変化の数であって、ｘnは配列番
号１におけるヌクレオチドの総数であって、ｙは５０％
に対して０．５０、６０％に対して０．６０、７０％に
対して０．７０、８０％に対して０．８０、８５％に対
して０．８５、９０％に対して０．９０、９５％に対し
て０．９５、９７％に対して０．９７または１００％に
対して１．００であって、ここにｘnおよびｙのいずれ
の非整数の積もｘnからそれを減じる前に最も近い整数
に切り下げる。配列番号２に示されるポリぺプチドをコ
ードするポリヌクレオチド配列の変化は、これがコード
する配列にてナンセンス、ミスセンスまたはフレームシ
フト型突然変異を生じ得、それによって、かかる変化に
よりポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチ
ドを改変する。
【０１１９】好ましいポリペプチドの具体例は、さら
に、配列番号２に示されるポリペプチド参照配列と少な
くとも、５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、
９７または１００％同一性を有するポリペプチドを含む
単離されたポリペプチドを含み、ここに該参照配列は配
列番号２に示される配列と同一であってもよくまたは参
照配列と比較してある整数までのヌクレオチド変化を含
んでもよく、ここに該変化は少なくとも１つのアミノ酸
欠失、保存および非-保存アミノ酸の置換を含めた置
換、または挿入より成る群から選択され、ここに、該変
化は、参照配列の間で個々にまたは参照配列内の連続し
た1つ以上の群にて散在して、参照ポリペプチド配列の
アミノ-またはカルボキシ-末端位で、またはその末端間
のいずれの位置でも起こり得、ここに、アミノ酸変化の
該数は、各パーセント同一性のパーセント数と配列番号
２におけるアミノ酸の総数とを乗じ、配列番号２におけ
るアミノ酸の該総数からその積を減じることにより決定
される。すなわち： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中ｎaはアミノ酸変化の数であって、ｘaは配列番号２
におけるアミノ酸の総数であって、ｙは５０％に対して
０．５０、６０％に対して０．６０、７０％に対して
０．７０、８０％に対して０．８０、８５％に対して
０．８５、９０％に対して０．９０、９５％に対して
０．９５、９７％に対して０．９７または１００％に対
して１．００であって、ここにｘaおよびｙのいずれの
非整数の積もｘaからそれを減じる前に最も近い整数に
切り下げる。
に、配列番号２に示されるポリペプチド参照配列と少な
くとも、５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、
９７または１００％同一性を有するポリペプチドを含む
単離されたポリペプチドを含み、ここに該参照配列は配
列番号２に示される配列と同一であってもよくまたは参
照配列と比較してある整数までのヌクレオチド変化を含
んでもよく、ここに該変化は少なくとも１つのアミノ酸
欠失、保存および非-保存アミノ酸の置換を含めた置
換、または挿入より成る群から選択され、ここに、該変
化は、参照配列の間で個々にまたは参照配列内の連続し
た1つ以上の群にて散在して、参照ポリペプチド配列の
アミノ-またはカルボキシ-末端位で、またはその末端間
のいずれの位置でも起こり得、ここに、アミノ酸変化の
該数は、各パーセント同一性のパーセント数と配列番号
２におけるアミノ酸の総数とを乗じ、配列番号２におけ
るアミノ酸の該総数からその積を減じることにより決定
される。すなわち： ｎa≦ｘa−（ｘa・ｙ） 式中ｎaはアミノ酸変化の数であって、ｘaは配列番号２
におけるアミノ酸の総数であって、ｙは５０％に対して
０．５０、６０％に対して０．６０、７０％に対して
０．７０、８０％に対して０．８０、８５％に対して
０．８５、９０％に対して０．９０、９５％に対して
０．９５、９７％に対して０．９７または１００％に対
して１．００であって、ここにｘaおよびｙのいずれの
非整数の積もｘaからそれを減じる前に最も近い整数に
切り下げる。
【０１２０】「単離」とは、「人工的に」天然の状態か
ら変化させられた、すなわち、それが天然に存在する場
合、その元来の環境から変化または除去されたこと、あ
るいはその両方が行われたことを意味する。例えば、ポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然の状態で生
存動物に存在する場合は、「単離」されていないが、同
一のポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然に共
存する物質から分離されている場合は、本明細書に用い
る用語「単離」がなされている。さらに、形質転換、遺
伝学的操作または他の組換え方法によって生物に導入さ
れるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、該生物
（生きていても、生きていなくてもよい）にまだ存在し
ても「単離」されている。
ら変化させられた、すなわち、それが天然に存在する場
合、その元来の環境から変化または除去されたこと、あ
るいはその両方が行われたことを意味する。例えば、ポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然の状態で生
存動物に存在する場合は、「単離」されていないが、同
一のポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、天然に共
存する物質から分離されている場合は、本明細書に用い
る用語「単離」がなされている。さらに、形質転換、遺
伝学的操作または他の組換え方法によって生物に導入さ
れるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、該生物
（生きていても、生きていなくてもよい）にまだ存在し
ても「単離」されている。
【０１２１】「ポリヌクレオチド」とは、修飾されてい
ないＲＮＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡも
しくはＤＮＡであってよい、任意のポリリボヌクレオチ
ドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを意味する。
「ポリヌクレオチド」は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、
一本鎖および二本鎖領域の混合物または一本鎖、二本鎖
および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および
二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合
物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより普通には二本鎖も
しくは三本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合物
でよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を意
味するが、これに限定するものではない。加えて、本明
細書で用いるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮ
ＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味
する。そのような領域における鎖は同一の分子または異
なる分子由来のものでよい。この領域は一つまたはそれ
以上の分子の全体を含み得るが、より典型的には幾つか
の分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一
つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしばであ
る。本明細書で用いる「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを含む。このように、安定性
またはその他の理由で修飾した骨格を有するＤＮＡまた
はＲＮＡは、本明細書の用語である「ポリヌクレオチ
ド」である。さらに、イノシン等の普通でない塩基、ま
たはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲ
ＮＡは（二つの例だけをを示す）、本明細書で用いる用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに非常に多くの修
飾がなされていることは、明らかであろう。本明細書で
用いる「ポリヌクレオチド」なる用語は、ポリヌクレオ
チドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾さ
れた形態、ならびにウイルスおよび、例えば単純型細胞
および複雑型細胞等の細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮ
Ａの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」は、
しばしばオリゴヌクレオチドと称する短いポリヌクレオ
チドを包含する。
ないＲＮＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡも
しくはＤＮＡであってよい、任意のポリリボヌクレオチ
ドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを意味する。
「ポリヌクレオチド」は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、
一本鎖および二本鎖領域の混合物または一本鎖、二本鎖
および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および
二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合
物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより普通には二本鎖も
しくは三本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合物
でよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を意
味するが、これに限定するものではない。加えて、本明
細書で用いるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮ
ＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味
する。そのような領域における鎖は同一の分子または異
なる分子由来のものでよい。この領域は一つまたはそれ
以上の分子の全体を含み得るが、より典型的には幾つか
の分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一
つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしばであ
る。本明細書で用いる「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを含む。このように、安定性
またはその他の理由で修飾した骨格を有するＤＮＡまた
はＲＮＡは、本明細書の用語である「ポリヌクレオチ
ド」である。さらに、イノシン等の普通でない塩基、ま
たはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡまたはＲ
ＮＡは（二つの例だけをを示す）、本明細書で用いる用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに非常に多くの修
飾がなされていることは、明らかであろう。本明細書で
用いる「ポリヌクレオチド」なる用語は、ポリヌクレオ
チドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾さ
れた形態、ならびにウイルスおよび、例えば単純型細胞
および複雑型細胞等の細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮ
Ａの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」は、
しばしばオリゴヌクレオチドと称する短いポリヌクレオ
チドを包含する。
【０１２２】「ポリペプチド」は、ペプチド結合または
修飾したペプチド結合により互いに結合している２個ま
たはそれ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたはタ
ンパク質を意味する。「ポリペプチド」は、通常、ペプ
チド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称する短
鎖、および一般的にタンパク質と称する長鎖の両方を意
味する。ポリペプチドは２０種の遺伝子によりコードさ
れたアミノ酸とは異なるアミノ酸を含有してもよい。
「ポリペプチド」には、プロセッシングおよびその他の
翻訳後修飾のような天然のプロセッシングにより修飾さ
れたものが含まれるが、当業者に周知の化学修飾技術に
よっても修飾される。このような修飾は基礎的なテキス
トおよびさらに詳細な論文ならびに多数の研究文献にも
詳しく記載されており、これらは当業者に周知である。
同一の型の修飾が該ポリペプチドのいくつかの部位で、
同一または異なる程度で存在し得るということが理解さ
れよう。また、該ポリペプチドは多くの型の修飾をも含
み得る。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびア
ミノまたはカルボキシル末端を含むポリペプチドのどの
部位ででも起こりうる。修飾は、アセチル化、アシル
化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結
合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオ
チド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結
合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、クロスリン
キング、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共
有結合クロスリンキング形成、システイン形成、ピログ
ルタミン酸形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル
化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、水酸化、ヨウ
素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質加
水分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ
化、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残
基のガンマ−カルボキシル化、水酸化およびＡＤＰリボ
シル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のような
トランスファーＲＮＡにより媒介されるタンパク質への
アミノ酸の添加、ならびにユビキチネーションなどがあ
る。例えば、Proteins-Structure and Molecular Prope
rties、第２版、T.E.Creighton、W.H.Freeman and Comp
any、ニューヨーク（1993）およびPosttranslational C
ovalent Modification of Proteins、B.C.Johnson編、
アカデミックプレス、ニューヨーク（1983）のWold,F.,
Posttranslational Protein Modifications ：Perspect
ives and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.Enzym
ol.182:626-646（1990）およびRattanら、Protein Synt
hesis：Posttranslational Modifications and Aging，
Ann.N.Y.Acad.Sci.663:48-62（1992）を参照のこと。ポ
リペプチドは分岐または環状でよく、分岐していてもい
なくてもよい。環状、分岐および分岐した環状ポリペプ
チドは、翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、
同様に全く合成的な方法で合成できる。
修飾したペプチド結合により互いに結合している２個ま
たはそれ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたはタ
ンパク質を意味する。「ポリペプチド」は、通常、ペプ
チド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称する短
鎖、および一般的にタンパク質と称する長鎖の両方を意
味する。ポリペプチドは２０種の遺伝子によりコードさ
れたアミノ酸とは異なるアミノ酸を含有してもよい。
「ポリペプチド」には、プロセッシングおよびその他の
翻訳後修飾のような天然のプロセッシングにより修飾さ
れたものが含まれるが、当業者に周知の化学修飾技術に
よっても修飾される。このような修飾は基礎的なテキス
トおよびさらに詳細な論文ならびに多数の研究文献にも
詳しく記載されており、これらは当業者に周知である。
同一の型の修飾が該ポリペプチドのいくつかの部位で、
同一または異なる程度で存在し得るということが理解さ
れよう。また、該ポリペプチドは多くの型の修飾をも含
み得る。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびア
ミノまたはカルボキシル末端を含むポリペプチドのどの
部位ででも起こりうる。修飾は、アセチル化、アシル
化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結
合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオ
チド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結
合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、クロスリン
キング、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共
有結合クロスリンキング形成、システイン形成、ピログ
ルタミン酸形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル
化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、水酸化、ヨウ
素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質加
水分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ
化、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残
基のガンマ−カルボキシル化、水酸化およびＡＤＰリボ
シル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のような
トランスファーＲＮＡにより媒介されるタンパク質への
アミノ酸の添加、ならびにユビキチネーションなどがあ
る。例えば、Proteins-Structure and Molecular Prope
rties、第２版、T.E.Creighton、W.H.Freeman and Comp
any、ニューヨーク（1993）およびPosttranslational C
ovalent Modification of Proteins、B.C.Johnson編、
アカデミックプレス、ニューヨーク（1983）のWold,F.,
Posttranslational Protein Modifications ：Perspect
ives and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.Enzym
ol.182:626-646（1990）およびRattanら、Protein Synt
hesis：Posttranslational Modifications and Aging，
Ann.N.Y.Acad.Sci.663:48-62（1992）を参照のこと。ポ
リペプチドは分岐または環状でよく、分岐していてもい
なくてもよい。環状、分岐および分岐した環状ポリペプ
チドは、翻訳後の天然のプロセッシングの結果であり、
同様に全く合成的な方法で合成できる。
【０１２３】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の差異は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。ヌクレオチドの変化は結果的に、
以下に論じるように、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合およ
び切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別の対
照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般に、差
異は対照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体的に非
常に類似しており、多くの領域で同一であるようなもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入したアミノ酸残基は、遺伝コードによりコードされ
たものであってもそうでなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、対立遺伝子変種のよう
な自然発生的なものであるか、あるいは自然に発生する
ことが知られていない変種であってもよい。ポリヌクレ
オチドおよびポリペプチドの自然に発生しない変種は、
突然変異誘発技術、直接的合成、および当業者に既知の
その他の組換え技術により製造できる。
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の差異は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。ヌクレオチドの変化は結果的に、
以下に論じるように、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合およ
び切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別の対
照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般に、差
異は対照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体的に非
常に類似しており、多くの領域で同一であるようなもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入したアミノ酸残基は、遺伝コードによりコードされ
たものであってもそうでなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、対立遺伝子変種のよう
な自然発生的なものであるか、あるいは自然に発生する
ことが知られていない変種であってもよい。ポリヌクレ
オチドおよびポリペプチドの自然に発生しない変種は、
突然変異誘発技術、直接的合成、および当業者に既知の
その他の組換え技術により製造できる。
【０１２４】
【実施例】下記の実施例は、詳細に記載した以外は当業
者にはよく知られた日常的な標準的技術を用いて行う。
実施例は例示的なものであり、本発明を限定するもので
はない。 実施例1 株選択、ライブラリー産生および配列決定 表1［配列番号：１または３］に示されるＤＮＡ配列を
有するポリヌクレオチドは、イー・コリ（E. coli）中
のスタフィロコッカス・アウレウスの染色体ＤＮＡクロ
ーンライブラリーから得られた。重複するスタフィロコ
ッカス・アウレウスＤＮＡを含む２つ以上のクローンか
らの配列決定データを用いて配列番号：１に示される連
続したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは、日常的
方法、例えば以下の方法1および２により調製できる。
全細胞ＤＮＡは、標準的手順および２つの方法のどちら
かによるサイズ-分画によって、スタフィロコッカス・
アウレウスＷＣＨＵ２９から単離された。
者にはよく知られた日常的な標準的技術を用いて行う。
実施例は例示的なものであり、本発明を限定するもので
はない。 実施例1 株選択、ライブラリー産生および配列決定 表1［配列番号：１または３］に示されるＤＮＡ配列を
有するポリヌクレオチドは、イー・コリ（E. coli）中
のスタフィロコッカス・アウレウスの染色体ＤＮＡクロ
ーンライブラリーから得られた。重複するスタフィロコ
ッカス・アウレウスＤＮＡを含む２つ以上のクローンか
らの配列決定データを用いて配列番号：１に示される連
続したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは、日常的
方法、例えば以下の方法1および２により調製できる。
全細胞ＤＮＡは、標準的手順および２つの方法のどちら
かによるサイズ-分画によって、スタフィロコッカス・
アウレウスＷＣＨＵ２９から単離された。
【０１２５】方法1 標準的手法に従いサイズ-分画するために、針を通過さ
せることにより全細胞ＤＮＡを機械的に剪断する。サイ
ズ１１ｋｂｐまでのＤＮＡフラグメントはエキソヌクレ
アーゼおよびＤＮＡポリメラーゼでの処理により平滑に
し、EcoRIリンカーを付加する。フラグメントを、EcoRI
で切断してあるベクターラムダZapIIへ連結し、標準的
手順によりライブラリーをパッケージングし、イー・コ
リをパッケージングされたライブラーで感染させる。ラ
イブラリーは標準的手順により増幅される。
せることにより全細胞ＤＮＡを機械的に剪断する。サイ
ズ１１ｋｂｐまでのＤＮＡフラグメントはエキソヌクレ
アーゼおよびＤＮＡポリメラーゼでの処理により平滑に
し、EcoRIリンカーを付加する。フラグメントを、EcoRI
で切断してあるベクターラムダZapIIへ連結し、標準的
手順によりライブラリーをパッケージングし、イー・コ
リをパッケージングされたライブラーで感染させる。ラ
イブラリーは標準的手順により増幅される。
【０１２６】方法２ ライブラリーベクターにクローニングするための一連の
フラグメントを生じるのに適当な1種類または組み合わ
せた制限酵素で全細胞ＤＮＡを部分加水分解し（例え
ば、RsaI、PalI、AluI、Bshl235I）、かかるフラグメン
トを標準的手法によりサイズ-分画する。EcoRIリンカー
をＤＮＡに連結し、次いで、EcoRIで切断してあるベク
ターラムダZapIIへフラグメントを連結し、標準的手順
によりライブラリーをパッケージングし、イー・コリを
パッケージングされたライブラリーで感染させる。ライ
ブラリーは標準的手順により増幅される。
フラグメントを生じるのに適当な1種類または組み合わ
せた制限酵素で全細胞ＤＮＡを部分加水分解し（例え
ば、RsaI、PalI、AluI、Bshl235I）、かかるフラグメン
トを標準的手法によりサイズ-分画する。EcoRIリンカー
をＤＮＡに連結し、次いで、EcoRIで切断してあるベク
ターラムダZapIIへフラグメントを連結し、標準的手順
によりライブラリーをパッケージングし、イー・コリを
パッケージングされたライブラリーで感染させる。ライ
ブラリーは標準的手順により増幅される。
【０１２７】
（１）一般的情報 （ｉ）出願人：Wallis, Nicola G. （ｉｉ）発明の名称：ヒスチジンキナーゼ （ｉｉｉ）配列の数：２ （ｉｖ）郵送先 （Ａ）名称：Dechert, Price & Rhoads （Ｂ）通り名：4000 Bell Atlantic Tower, 1717Arch S
treet （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：USA （Ｆ）郵便番号：19103-2793 （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）オペレーティング・システム：ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウェア：Windowsバージョン２.０用FastSE
Q （ｖ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類番号： （ｖｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号：６０／０３７８５６ （Ｂ）出願日：１９９７年２月７日 （ｖｉｉｉ）代理人情報： （Ａ）名称：Falk, Stephen T （Ｂ）登録番号：36795 （Ｃ）代理人等における処理番号：GM50008 （ｉｘ）テレコミュニケーション情報： （Ａ）電話番号：215-994-2488 （Ｂ）ファックス番号：215-994-2222 （Ｃ）テレックス番号：
treet （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：USA （Ｆ）郵便番号：19103-2793 （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）オペレーティング・システム：ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウェア：Windowsバージョン２.０用FastSE
Q （ｖ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類番号： （ｖｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号：６０／０３７８５６ （Ｂ）出願日：１９９７年２月７日 （ｖｉｉｉ）代理人情報： （Ａ）名称：Falk, Stephen T （Ｂ）登録番号：36795 （Ｃ）代理人等における処理番号：GM50008 （ｉｘ）テレコミュニケーション情報： （Ａ）電話番号：215-994-2488 （Ｂ）ファックス番号：215-994-2222 （Ｃ）テレックス番号：
【０１２８】（２）配列番号１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：420塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号１： ATGCATTTAC GCTTCAAAAT GTTTCATCAC AAATTGAACT GCAAGAGAAA TTACATCAAC 60 AACGTATGAT GCGTAAAACA ATCTCAGCCC AAGAAAATGA AAGAAAGCGA ATTTCTAGAG 120 AGTTACATGA TAGTGTGATT CAAGAAATGC TCAATGTAGA TGTTCAATTG AGATTATTAA 180 AATATCAAGA AGATACAACT AAGCTTGTGG AAGACGCAGA AAATATTGAA TATATTGTCG 240 CTAAATTAAT TGATGATATA CGTAATATGT CGGTTGAATT AAGACCCGCT TCTTTGGATG 300 ATCTAGGCCT TGAAGCAGCT TTTAAATCAT ATTTTACACA GTGTGAAGAA AATTATGGAA 360 TAAAAATCAT ATATACATCA AATATTAAAA ATACTCGCTT TGATAGTGAT ATTGAACGGG 420
【０１２９】（２）配列番号２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：139アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号２： Ala Phe Thr Leu Gln Asn Val Ser Ser Gln Ile Glu Leu Gln Glu Lys 1 5 10 15 Leu His Gln Gln Arg Met Met Arg Lys Thr Ile Ser Ala Gln Glu Asn 20 25 30 Glu Arg Lys Arg Ile Ser Arg Glu Leu His Asp Ser Val Ile Gln Glu 35 40 45 Met Leu Asn Val Asp Val Gln Leu Arg Leu Leu Lys Tyr Gln Glu Asp 50 55 60 Thr Thr Lys Leu Val Glu Asp Ala Glu Asn Ile Glu Tyr Ile Val Ala 65 70 75 80 Lys Leu Ile Asp Asp Ile Arg Asn Met Ser Val Glu Leu Arg Pro Ala 85 90 95 Ser Leu Asp Asp Leu Gly Leu Glu Ala Ala Phe Lys Ser Tyr Phe Thr 100 105 110 Gln Cys Glu Glu Asn Tyr Gly Ile Lys Ile Ile Tyr Thr Ser Asn Ile 115 120 125 Lys Asn Thr Arg Phe Asp Ser Asp Ile Glu Gly 130 135
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ｃ０７Ｋ 16/40 Ｃ１２Ｎ 9/12 Ｃ１２Ｎ 9/12 Ｃ１２Ｑ 1/48 Ｚ Ｃ１２Ｑ 1/48 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/50 Ｔ 33/50 33/569 Ｅ 33/569 33/573 Ａ 33/573 Ｃ１２Ｐ 21/08 // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ａ６１Ｋ 37/52 (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:445） (Ｃ１２Ｎ 9/12 Ｃ１２Ｒ 1:19） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 ニコラ・ゲイル・ウォリス アメリカ合衆国19087ペンシルベニア州ウ ェイン、シュガータウン・ロード219番 ケイ203 (72)発明者 リサ・キャサリーン・シリング ー・ アメリカ合衆国18940ペンシルベニア州ニ ュータウン、イースト・パーク・ロード６ 番 (72)発明者 リチャード・ロイド・ウォーレン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、キャスカート・ロード825番
Claims (24)
- 【請求項１】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを含
む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 スタフィロコッカス・アウレウスに含ま
れるヒスチジンキナーゼ遺伝子によって発現される同じ
成熟ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに
対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオ
チドを含む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チドをコードしているポリヌクレオチドを含む単離ポリ
ヌクレオチド。 - 【請求項４】 請求項１記載のポリヌクレオチドに対し
て相補的である単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項５】 ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡ
である請求項１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項６】 配列番号：１に示す核酸配列を含む請求
項１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項７】 配列番号：１に示すヌクレオチド２２７
からヌクレオチド番号１２５９で開始する終止コドンま
でを含む請求項１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項８】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードする請求項１記載のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項９】 請求項１記載のポリヌクレオチドを含む
ベクター。 - 【請求項１０】 請求項９記載のベクターを含む宿主細
胞。 - 【請求項１１】 該ＤＮＡによりコードされるポリペプ
チドを請求項１０の宿主細胞から発現させることを特徴
とするポリペプチドの生産方法。 - 【請求項１２】 ヒスチジンキナーゼポリペプチドまた
はフラグメントの生産に十分な条件下で請求項１０記載
の宿主を培養することを特徴とする該ポリペプチドまた
はフラグメントの生産方法。 - 【請求項１３】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して
少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド。 - 【請求項１４】 配列番号：２に示すアミノ酸配列を含
むポリペプチド。 - 【請求項１５】 請求項１４のポリペプチドに対する抗
体。 - 【請求項１６】 請求項１４のポリペプチドの活性また
は発現を阻害するアンタゴニスト。 - 【請求項１７】 治療上有効量の請求項１４のポリペプ
チドを個体に投与することを特徴とする、ヒスチジンキ
ナーゼポリペプチドを必要とする個体の治療方法。 - 【請求項１８】 治療上有効量の請求項１６のアンタゴ
ニストを個体に投与することを特徴とする、ヒスチジン
キナーゼポリペプチドを阻害することを必要とする個体
の治療方法。 - 【請求項１９】 個体における請求項１４のポリペプチ
ドの発現または活性に関連した疾患の診断方法であっ
て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
すること、および／または （ｂ）個体由来の試料中の該ポリペプチドの存在または
量を分析することを特徴とする方法。 - 【請求項２０】 請求項１４のポリペプチドと相互作用
し、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方法
であって、 化合物の相互作用を評価するために、化合物とポリペプ
チド間の相互作用を可能にする条件下で、該ポリペプチ
ドを含んでなる組成物をスクリーニングすべき化合物と
接触させること（かかる相互作用は、ポリペプチドと化
合物の相互作用に応答して検出可能なシグナルを発する
ことのできる第２の成分と結合している）；および化合
物とポリペプチドとの相互作用により生じたシグナルの
存在または非存在を検出することにより、該化合物がポ
リペプチドと相互作用し、ポリペプチドの活性を活性化
または阻害するかどうかを決定することを特徴とする方
法。 - 【請求項２１】 哺乳動物を疾患から防御する抗体およ
び／またはＴ細胞免疫応答を生じるのに十分な請求項１
４のヒスチジンキナーゼポリペプチドまたはそのフラグ
メントもしくは変種を哺乳動物に接種することを特徴と
する、哺乳動物における免疫学的応答を誘起する方法。 - 【請求項２２】 インビボで請求項１４のヒスチジンキ
ナーゼポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変
種を発現させるために、該ヒスチジンキナーゼポリペプ
チドまたはそのフラグメントもしくは変種の発現を指示
する核酸ベクターを送達し、免疫学的応答を誘発させて
抗体および／またはＴ細胞免疫応答を産生し、哺乳動物
を疾患から防御する、哺乳動物における免疫学的応答を
誘発する方法。 - 【請求項２３】 配列番号：４のアミノ酸配列を含むポ
リペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して
少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを
含む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２４】 配列番号：３のポリヌクレオチド配列
に対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレ
オチドを含む単離ポリヌクレオチド。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US3785697P | 1997-02-07 | 1997-02-07 | |
| US60/037856 | 1997-02-07 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH11180A true JPH11180A (ja) | 1999-01-06 |
Family
ID=21896742
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP10063825A Withdrawn JPH11180A (ja) | 1997-02-07 | 1998-02-06 | ヒスチジンキナーゼ |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US6410263B1 (ja) |
| EP (1) | EP0857787A3 (ja) |
| JP (1) | JPH11180A (ja) |
| CA (1) | CA2222957A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6238885B1 (en) | 1999-03-19 | 2001-05-29 | Smithkline Beecham Corporation | Histidine kinase |
| US7102824B2 (en) * | 2004-05-13 | 2006-09-05 | The Boeing Company | Optical element for efficient sensing at large angles of incidence |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
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