JPH11266880A - 新規ｄｂｐＡ - Google Patents
新規ｄｂｐＡInfo
- Publication number
- JPH11266880A JPH11266880A JP10346505A JP34650598A JPH11266880A JP H11266880 A JPH11266880 A JP H11266880A JP 10346505 A JP10346505 A JP 10346505A JP 34650598 A JP34650598 A JP 34650598A JP H11266880 A JPH11266880 A JP H11266880A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- polypeptide
- polynucleotide
- dbpa
- seq
- amino acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
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- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
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- Wood Science & Technology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
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- Molecular Biology (AREA)
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- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【課題】 ｄｂｐＡポリペプチドおよびｄｂｐＡポリペ
プチドをコードしているＤＮＡ（ＲＮＡ）、および組み
換え法によるかかるポリペプチドの製造方法、ならびに
抗細菌化合物のスクリーニングのためのｄｂｐＡポリペ
プチドの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チドならびに配列番号：２のポリペプチドに対して少な
くとも７０％のアミノ酸配列相同性を有するポリペプチ
ド。
プチドをコードしているＤＮＡ（ＲＮＡ）、および組み
換え法によるかかるポリペプチドの製造方法、ならびに
抗細菌化合物のスクリーニングのためのｄｂｐＡポリペ
プチドの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チドならびに配列番号：２のポリペプチドに対して少な
くとも７０％のアミノ酸配列相同性を有するポリペプチ
ド。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、一つには、新たに
同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、なら
びにそれらの製造および使用、ならびにそれらの変種、
アゴニストおよびアンタゴニスト、そしてそれらの使用
に関する。詳細には、これらの点および他の点に関し
て、本発明は、ｄｂｐ（ＤＥＡＤボックス蛋白、ＡＴＰ
−依存性ＲＮＡヘリカーゼ）ファミリーの新規ポリヌク
レオチドおよびポリペプチド（以下、ｄｂｐＡという）
に関する。
同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、なら
びにそれらの製造および使用、ならびにそれらの変種、
アゴニストおよびアンタゴニスト、そしてそれらの使用
に関する。詳細には、これらの点および他の点に関し
て、本発明は、ｄｂｐ（ＤＥＡＤボックス蛋白、ＡＴＰ
−依存性ＲＮＡヘリカーゼ）ファミリーの新規ポリヌク
レオチドおよびポリペプチド（以下、ｄｂｐＡという）
に関する。
【０００２】
【従来の技術】スタフィロコッカス属（Staphylococc
i）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用い
ることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的
に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイ
プの疾病、すなわち、侵入的および毒素生成的疾病を引
き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染
は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成に
より特徴づけられる。エス・アウレウス（S. aureus）
は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細
菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカ
ス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨床的症状が
ある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および
菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作用に
より生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食品
汚染、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を
包含する。
i）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用い
ることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的
に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイ
プの疾病、すなわち、侵入的および毒素生成的疾病を引
き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染
は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成に
より特徴づけられる。エス・アウレウス（S. aureus）
は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細
菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカ
ス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨床的症状が
ある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および
菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作用に
より生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食品
汚染、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を
包含する。
【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の集団
の増加に起因している。いくつかのまたはすべての標準
的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス
・アウレウス株を単離することはもはやめずらしいこと
ではない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌剤、
ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成した。
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の集団
の増加に起因している。いくつかのまたはすべての標準
的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス
・アウレウス株を単離することはもはやめずらしいこと
ではない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌剤、
ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成した。
【０００４】イー・コリ（E. coli）のＤｂｐＡはＤＥ
ＡＤ−型ＡＴＰ−依存性ＲＮＡヘリカーゼのメンバーで
ある。ＤｂｐＡのＡＴＰａｓｅおよびＲＮＡヘリカーゼ
両活性はイー・コリにおいて示されている。ＤｂｐＡは
細菌２３Ｓ ｒＲＮＡの存在下でＡＴＰのみを加水分解
し、１６Ｓおよび２３Ｓ ｒＲＮＡのハイブリッドを巻
き戻すことができるので、リボソームアッセンブリーの
生物学的に重要なプロセスに強く関与している。ｄｅａ
ＤおよびｓｒｍＢの過剰発現がＬ２４（リボソーム大サ
ブユニットのアッセンブリーに必要な蛋白）の温度感受
性突然変異の効果を抑制しうるので、他の２種のイー・
コリＤｂｐＡ相同体ＳｒｍＢおよびＤｅａＤ（Ｃｓｄ
Ａ）もまた、それぞれリボソーム発生ならびにリボソー
ム蛋白Ｓ２をコードするｒｐｓＢ遺伝子に関連してい
る。もう１つのＤｂｐＡ相同体であるイー・コリのＲｈ
ｌＢは、ＲＮＡプロセッシングおよびメッセンジャーＲ
ＮＡ分解にとり重要なＲＮＡデグラドソームの主要成分
である。ＤｂｐＡの真核相同体ｅｌｆ４Ａは翻訳開始に
関与している。ＤＥＡＤボックス蛋白には８つの保存さ
れたドメインがあり、スタフィロコッカス・アウレウス
のＤｂｐＡにおいてこれらすべてが完全に保存されてい
る。それゆえ、スタフィロコッカス・アウレウスのＤｂ
ｐＡがリボソームアッセンブリー、翻訳、またはＲＮＡ
プロセッシングならびにｍＲＮＡターンオーバーにおい
て重要な役割を果たしている可能性がある。
ＡＤ−型ＡＴＰ−依存性ＲＮＡヘリカーゼのメンバーで
ある。ＤｂｐＡのＡＴＰａｓｅおよびＲＮＡヘリカーゼ
両活性はイー・コリにおいて示されている。ＤｂｐＡは
細菌２３Ｓ ｒＲＮＡの存在下でＡＴＰのみを加水分解
し、１６Ｓおよび２３Ｓ ｒＲＮＡのハイブリッドを巻
き戻すことができるので、リボソームアッセンブリーの
生物学的に重要なプロセスに強く関与している。ｄｅａ
ＤおよびｓｒｍＢの過剰発現がＬ２４（リボソーム大サ
ブユニットのアッセンブリーに必要な蛋白）の温度感受
性突然変異の効果を抑制しうるので、他の２種のイー・
コリＤｂｐＡ相同体ＳｒｍＢおよびＤｅａＤ（Ｃｓｄ
Ａ）もまた、それぞれリボソーム発生ならびにリボソー
ム蛋白Ｓ２をコードするｒｐｓＢ遺伝子に関連してい
る。もう１つのＤｂｐＡ相同体であるイー・コリのＲｈ
ｌＢは、ＲＮＡプロセッシングおよびメッセンジャーＲ
ＮＡ分解にとり重要なＲＮＡデグラドソームの主要成分
である。ＤｂｐＡの真核相同体ｅｌｆ４Ａは翻訳開始に
関与している。ＤＥＡＤボックス蛋白には８つの保存さ
れたドメインがあり、スタフィロコッカス・アウレウス
のＤｂｐＡにおいてこれらすべてが完全に保存されてい
る。それゆえ、スタフィロコッカス・アウレウスのＤｂ
ｐＡがリボソームアッセンブリー、翻訳、またはＲＮＡ
プロセッシングならびにｍＲＮＡターンオーバーにおい
て重要な役割を果たしている可能性がある。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】明らかに、抗生物質活
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。
【０００６】本発明ポリペプチドは、既知のイー・コリ
ｄｂｐＡ蛋白（EMBLデータベース受託番号X52647）に対
するアミノ酸配列相同性を有する。
ｄｂｐＡ蛋白（EMBLデータベース受託番号X52647）に対
するアミノ酸配列相同性を有する。
【０００７】
【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列および既知ア
ミノ酸配列またはイー・コリのｄｂｐＡ蛋白のごとき他
の蛋白の配列の間の相同性により、新規ｄｂｐＡポリペ
プチドであると同定されたポリペプチド提供することが
本発明の目的である。ｄｂｐＡポリペプチドをコードし
ているポリヌクレオチド、詳細には本明細書でｄｂｐＡ
と命名されたポリペプチドをコードしているポリヌクレ
オチドを提供することが本発明のさらなる目的である。
本発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチ
ドは、表１（配列番号：１）に示す配列を含むｄｂｐＡ
ポリペプチドをコードする領域を含み、例えば、全長遺
伝子またはその変種が包含される。本発明のもう１つの
特に好ましい具体例において、表１（配列番号：２）の
アミノ酸配列を含むスタフィロコッカス・アウレウス由
来の新規ｄｂｐＡ蛋白、またはその変種がある。本発明
のもう１つの態様によれば、寄託株に含まれるスタフィ
ロコッカス・アウレウス WCUH29株により発現可能な成
熟ポリペプチドをコードしている単離核酸分子が提供さ
れる。
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列および既知ア
ミノ酸配列またはイー・コリのｄｂｐＡ蛋白のごとき他
の蛋白の配列の間の相同性により、新規ｄｂｐＡポリペ
プチドであると同定されたポリペプチド提供することが
本発明の目的である。ｄｂｐＡポリペプチドをコードし
ているポリヌクレオチド、詳細には本明細書でｄｂｐＡ
と命名されたポリペプチドをコードしているポリヌクレ
オチドを提供することが本発明のさらなる目的である。
本発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチ
ドは、表１（配列番号：１）に示す配列を含むｄｂｐＡ
ポリペプチドをコードする領域を含み、例えば、全長遺
伝子またはその変種が包含される。本発明のもう１つの
特に好ましい具体例において、表１（配列番号：２）の
アミノ酸配列を含むスタフィロコッカス・アウレウス由
来の新規ｄｂｐＡ蛋白、またはその変種がある。本発明
のもう１つの態様によれば、寄託株に含まれるスタフィ
ロコッカス・アウレウス WCUH29株により発現可能な成
熟ポリペプチドをコードしている単離核酸分子が提供さ
れる。
【０００８】本発明のさらなる態様は、ｄｂｐＡ、詳細
にはスタフィロコッカス・アウレウスのｄｂｐＡをコー
ドしている単離核酸分子が提供され、それにはｍＲＮ
Ａ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明のさ
らなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的
もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含む
組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれば、
治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を目的
とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供される。
本発明の特に好ましい具体例には、ｄｂｐＡの天然の対
立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペプチ
ドがある。
にはスタフィロコッカス・アウレウスのｄｂｐＡをコー
ドしている単離核酸分子が提供され、それにはｍＲＮ
Ａ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明のさ
らなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的
もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含む
組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれば、
治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を目的
とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供される。
本発明の特に好ましい具体例には、ｄｂｐＡの天然の対
立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペプチ
ドがある。
【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細
書においてｄｂｐＡと称されるスタフィロコッカス・ア
ウレウスの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、診断
学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なそのフラ
グメント、変種および誘導体、および前記したフラグメ
ントおよびアナログの変種および誘導体、およびそれら
を含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい具体
例には、ｄｂｐＡ遺伝子の天然の対立遺伝子によりコー
ドされるｄｂｐＡポリペプチドの変種がある。本発明の
好ましい具体例において、上記ｄｂｐＡポリペプチドの
製造方法がある。本発明のさらに別の態様によれば、例
えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用なかかるポリペ
プチドの阻害剤が提供される。
書においてｄｂｐＡと称されるスタフィロコッカス・ア
ウレウスの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、診断
学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なそのフラ
グメント、変種および誘導体、および前記したフラグメ
ントおよびアナログの変種および誘導体、およびそれら
を含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい具体
例には、ｄｂｐＡ遺伝子の天然の対立遺伝子によりコー
ドされるｄｂｐＡポリペプチドの変種がある。本発明の
好ましい具体例において、上記ｄｂｐＡポリペプチドの
製造方法がある。本発明のさらに別の態様によれば、例
えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用なかかるポリペ
プチドの阻害剤が提供される。
【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
ｄｂｐＡ発現の評価、疾病の治療、例えば上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の治療、遺伝学的変
異のアッセイ、ならびに細菌、特にスタフィロコッカス
・アウレウス細菌に対する免疫学的応答を生起するため
の生物へのｄｂｐＡポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドの投与のための、製品、組成物および方法が提供され
る。
ｄｂｐＡ発現の評価、疾病の治療、例えば上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の治療、遺伝学的変
異のアッセイ、ならびに細菌、特にスタフィロコッカス
・アウレウス細菌に対する免疫学的応答を生起するため
の生物へのｄｂｐＡポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドの投与のための、製品、組成物および方法が提供され
る。
【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でｄｂｐＡポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリ
ヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具
体例において、ｄｂｐＡポリペプチドに対する抗体が提
供される。本発明の他の具体例において、本発明ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの結合、あるいは相互作
用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物の
同定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチド
またはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相互
作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触
させて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価し
（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答して検出可能なシグナルを提供することのできる第２
の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用か
ら生じるシグナルの存在または不存在を検出することに
より、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに
結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化また
は阻害するかどうかを決定することを含む。本発明のさ
らにもう１つの態様によれば、ｄｂｐＡアゴニストおよ
びアンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性
アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本発明
のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物に投
与するための、ｄｂｐＡポリヌクレオチドまたはｄｂｐ
Ａポリペプチドを含む組成物が提供される。開示した本
発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、
以下の記載を読むこと、および本明細書のその他の部分
を読むことにより、当業者に容易に明らかとなろう。
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でｄｂｐＡポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリ
ヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具
体例において、ｄｂｐＡポリペプチドに対する抗体が提
供される。本発明の他の具体例において、本発明ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの結合、あるいは相互作
用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物の
同定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチド
またはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相互
作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触
させて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価し
（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答して検出可能なシグナルを提供することのできる第２
の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用か
ら生じるシグナルの存在または不存在を検出することに
より、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに
結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化また
は阻害するかどうかを決定することを含む。本発明のさ
らにもう１つの態様によれば、ｄｂｐＡアゴニストおよ
びアンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性
アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本発明
のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物に投
与するための、ｄｂｐＡポリヌクレオチドまたはｄｂｐ
Ａポリペプチドを含む組成物が提供される。開示した本
発明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、
以下の記載を読むこと、および本明細書のその他の部分
を読むことにより、当業者に容易に明らかとなろう。
【００１２】用語 以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。
【００１３】当該分野にて周知であるように「同一性」
または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して
測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド
配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配
列間の関係である。当該分野において、「同一性」とは
また、時には、かかる配列の２つの鎖間の合致により決
定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレオ
チド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」お
よび「類似性」は共に、下記の既知方法（これらに限ら
ない）により容易に算出できる（Computational Molecu
lar Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォード・ユニバ
ーシティー・プレス、ニューヨーク、1988年；Biocompu
ting：Informatics and Genome Projects，Smith,D.W.
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、1993年；Co
mputer Analysis of Sequence Data，パートＩ，Griffi
n,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマナ・プレス、ニ
ュージャージー、1994年；Sequence Analysis in Molec
ular Biology，von Heinje,G.、アカデミック・プレ
ス、1987年；Sequence Analysis Primer，Gribskov,M.
およびDevereux,J.編、Ｍストックトン・プレス、ニュ
ーヨーク、1991年；およびCarillo,H.およびLipman,D.,
SIAM J. Applied Math.,48:1073(1988)）。同一性を決
定するための好ましい方法は、試験する２つの配列間で
最も良く適合するように設計される。同一性および類似
性を測定する方法は、公に利用できるコンピュータープ
ログラムに集成されている。二つの配列間の同一性およ
び類似性を測定する好ましいコンピュータープログラム
法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.ら、N
ucleic Acids Research 12(1):387（1984）、BLASTP、B
LASTNおよびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Molec.Biol.21
5：403（1990）））を包含するが、これらに限定される
ものではない。一例として、配列番号：１の対照ヌクレ
オチド配列に対して、例えば少なくとも９５％の同一性
を有するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを
挙げると、そのポリヌクレオチド配列が配列番号：１の
対照ヌクレオチド酸配列のヌクレオチド１００個ごとに
５個までのヌクレオチドの変化を含みうることを除き、
そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は対照配列と
同一である。言い換えると、対照酸配列に対して少なく
とも９５％同一であるヌクレオチド配列を有するポリペ
プチドを得るためには、対照配列中の５％までのヌクレ
オチドが欠失または別のヌクレオチドと置換されていて
もよく、あるいは対照配列中の全ヌクレオチドのうち５
％までの数のヌクレオチドが対照配列に挿入されたもの
であってもよい。対照配列のこれらの変異は、対照ヌク
レオチド配列の５’または３’末端位置に存在していて
もよく、あるいはそれらの末端位置の間のいずれかの位
置に存在していてもく、対照配列のヌクレオチドに散在
していてもよく、あるいは対照配列内の１個またはそれ
以上の一連の群となっていてもよい。同様に、配列番
号：２の対照アミノ酸配列に対して少なくとも例えば９
５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチ
ドを例に挙げると、そのポリペプチド配列が配列番号：
２の対照アミノ酸配列のアミノ酸１００個ごとに５個ま
でのアミノ酸の変化を含みうることを除き、そのポリペ
プチドのアミノ酸配列は対照配列と同一である。言い換
えると、対照アミノ酸配列に対して少なくとも９５％同
一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るため
には、対照配列中のアミノ酸の５％までが欠失または他
のアミノ酸と置換していてもよく、あるいは対照配列中
の全アミノ酸のうち５％までの数のアミノ酸が対照配列
中に挿入されたものであってもよい。対照配列における
これらの変化は、対照アミノ酸配列のアミノまたはカル
ボキシ末端位置に存在してもよく、あるいはそれらの末
端間のいずれかの位置に存在してもよく、対照配列中に
散在していてもよく、あるいは対照配列内で１個または
それ以上の一連の群をなしていてもよい。
または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して
測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド
配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配
列間の関係である。当該分野において、「同一性」とは
また、時には、かかる配列の２つの鎖間の合致により決
定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレオ
チド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」お
よび「類似性」は共に、下記の既知方法（これらに限ら
ない）により容易に算出できる（Computational Molecu
lar Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォード・ユニバ
ーシティー・プレス、ニューヨーク、1988年；Biocompu
ting：Informatics and Genome Projects，Smith,D.W.
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、1993年；Co
mputer Analysis of Sequence Data，パートＩ，Griffi
n,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマナ・プレス、ニ
ュージャージー、1994年；Sequence Analysis in Molec
ular Biology，von Heinje,G.、アカデミック・プレ
ス、1987年；Sequence Analysis Primer，Gribskov,M.
およびDevereux,J.編、Ｍストックトン・プレス、ニュ
ーヨーク、1991年；およびCarillo,H.およびLipman,D.,
SIAM J. Applied Math.,48:1073(1988)）。同一性を決
定するための好ましい方法は、試験する２つの配列間で
最も良く適合するように設計される。同一性および類似
性を測定する方法は、公に利用できるコンピュータープ
ログラムに集成されている。二つの配列間の同一性およ
び類似性を測定する好ましいコンピュータープログラム
法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.ら、N
ucleic Acids Research 12(1):387（1984）、BLASTP、B
LASTNおよびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Molec.Biol.21
5：403（1990）））を包含するが、これらに限定される
ものではない。一例として、配列番号：１の対照ヌクレ
オチド配列に対して、例えば少なくとも９５％の同一性
を有するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを
挙げると、そのポリヌクレオチド配列が配列番号：１の
対照ヌクレオチド酸配列のヌクレオチド１００個ごとに
５個までのヌクレオチドの変化を含みうることを除き、
そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は対照配列と
同一である。言い換えると、対照酸配列に対して少なく
とも９５％同一であるヌクレオチド配列を有するポリペ
プチドを得るためには、対照配列中の５％までのヌクレ
オチドが欠失または別のヌクレオチドと置換されていて
もよく、あるいは対照配列中の全ヌクレオチドのうち５
％までの数のヌクレオチドが対照配列に挿入されたもの
であってもよい。対照配列のこれらの変異は、対照ヌク
レオチド配列の５’または３’末端位置に存在していて
もよく、あるいはそれらの末端位置の間のいずれかの位
置に存在していてもく、対照配列のヌクレオチドに散在
していてもよく、あるいは対照配列内の１個またはそれ
以上の一連の群となっていてもよい。同様に、配列番
号：２の対照アミノ酸配列に対して少なくとも例えば９
５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチ
ドを例に挙げると、そのポリペプチド配列が配列番号：
２の対照アミノ酸配列のアミノ酸１００個ごとに５個ま
でのアミノ酸の変化を含みうることを除き、そのポリペ
プチドのアミノ酸配列は対照配列と同一である。言い換
えると、対照アミノ酸配列に対して少なくとも９５％同
一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るため
には、対照配列中のアミノ酸の５％までが欠失または他
のアミノ酸と置換していてもよく、あるいは対照配列中
の全アミノ酸のうち５％までの数のアミノ酸が対照配列
中に挿入されたものであってもよい。対照配列における
これらの変化は、対照アミノ酸配列のアミノまたはカル
ボキシ末端位置に存在してもよく、あるいはそれらの末
端間のいずれかの位置に存在してもよく、対照配列中に
散在していてもよく、あるいは対照配列内で１個または
それ以上の一連の群をなしていてもよい。
【００１４】「単離」とは、「人の手によって」天然の
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。
【００１５】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、
これらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌ
クレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡと
ＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域
における鎖は同一の分子または異なる分子由来のもので
よい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の
全てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの
分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書の用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの
修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌ
クレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリ
ヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的
に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細
胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよ
びＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチ
ド」は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）
と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、
これらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌ
クレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡと
ＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域
における鎖は同一の分子または異なる分子由来のもので
よい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の
全てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの
分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書の用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの
修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌ
クレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリ
ヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的
に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細
胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよ
びＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチ
ド」は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）
と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。
【００１６】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペ
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Prote
in Synthesis：Posttranslational Modifications and
Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Prote
in Synthesis：Posttranslational Modifications and
Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。
【００１７】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成および当業者に知られた他の組み換
え法により製造できる。
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成および当業者に知られた他の組み換
え法により製造できる。
【００１８】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規ｄｂｐＡポリペプチドおよびポリヌクレ
オチドに関する。詳細には、本発明は、イー・コリのｄ
ｂｐＡポリペプチド（EMBLデータベース受託番号X5264
7）に対するアミノ酸配列相同性により関連付けられ
る、スタフィロコッカス・アウレウスの新規ｄｂｐＡの
ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特に本
発明は、それぞれ表１（配列番号：１）および表１（配
列番号：２）に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配
列を有するｄｂｐＡに関し、さらに寄託株中のＤＮＡの
ｄｂｐＡヌクレオチド配列およびそれによりコードされ
るアミノ酸配列に関する。
説明する、新規ｄｂｐＡポリペプチドおよびポリヌクレ
オチドに関する。詳細には、本発明は、イー・コリのｄ
ｂｐＡポリペプチド（EMBLデータベース受託番号X5264
7）に対するアミノ酸配列相同性により関連付けられ
る、スタフィロコッカス・アウレウスの新規ｄｂｐＡの
ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特に本
発明は、それぞれ表１（配列番号：１）および表１（配
列番号：２）に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配
列を有するｄｂｐＡに関し、さらに寄託株中のＤＮＡの
ｄｂｐＡヌクレオチド配列およびそれによりコードされ
るアミノ酸配列に関する。
【００１９】 表１ ｄｂｐＡポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）スタフィロコッカス・アウレウスのｄｂｐＡポリヌクレオチド配列由来の 配列 [配列番号：1] 5'- AATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATT ATTTTGCAAAATTTTAAAGAACTAGGGATTTCGGATAATACGGTTCAGTCACTTGAATCA ATGGGATTTAAAGAGCCGACACCTATCCAAAAAGACAGTATCCCTTATGCGTTACAAGGA ATTGATATCCTTGGGCAAGCTCAAACCGGTACAGGTAAAACAGGAGCATTCGGTATTCCT TTAATTGAGAAAGTAGTAGGGAAACAAGGGGTTCAATCGTTGATTTTAGCACCTACAAGA GAATTGGCAATGCAGGTAGCTGAACAATTAAGAGAATTTAGCCGTGGACAAGGTGTCCAA GTTGTTACTGTATTCGGTGGTATGCCTATCGAACGCCAAATTAAAGCCTTGAAAAAAGGC CCACAAATCGTAGTCGGAACACCTGGGCGTGTTATCGACCATTTAAATCGTCGCACATTA AAAACGGACGGAATTCATACTTTGATTTTAGATGAAGCTGATGAAATGATGAATATGGGA TTCATCGATGATATGAGATTTATTATGGATAAAATTCCAGCAGTACAACGTCAAACAATG TTGTTCTCAGCTACAATGCCTAAAGCAATCCAAGCTTTAGTACAACAATTTATGAAATCA CCAAAAATCATTAAGACAATGAATAATGAAATGTCTGATCCACAAATCGAAGAATTCTAT ACAATTGTTAAAGAATTAGAGAAATTTGATACATTTACAAATTTCCTAGATGTTCATCAA CCTGAATTAGCAATCGTATTCGGACGTACAAAACGTCGTGTTGATGAATTAACAAGTGCT TTGATTTCTAAAGGATATAAAGCTGAAGGCTTACATGGTGATATTACACAAGCGAAACGT TTAGAAGTATTAAAGAAATTTAAAAATGACCAAATTAATATTTTAGTCGCTACTGATGTA GCAGCAAGAGGACTAGATATTTCTGGTGTGAGTCATGTTTATAACTTTGATATACCTCAA GATACTGAAAGCTATACACACCGTATTGGTCGTACGGGTCGTGCTGGTAAAGAAGGTATC GCTGTAACGTTTGTTAATCCAATCGAAATGGATTATATCAGACAAATTGAAGATGCAAAC GGTAGAAAAATGAGTGCACTTCGTCCACCTCATCGTAAAGAAGTACTTCAAGCACGTGAA GATGACATCAAAGAAAAAGTTGAAAACTGGATGTCTAAAGAGTCAGAATCACGCTTGAAA CGCATTTCTACAGAGTTGTTAAATGAATATAACGATGTTGATTTAGTTGCTGCACTTTTA CAAGAGTTAGTAGAAGCGAACGATGAAGTTGAAGTTCAATTAACTTTTGAAAAACCATTA TCTCGCAAAGGCCGTAATGGTAAACCAAGCGGTTCTCGTAACAGAAATAGTAAGCGTGGT AATCCTAAATTTGACAGTAAGAGTAAACGTTCAAAAGGATACTCAAGTAAGAAGAAAAGT ACAAAAAAATTCGACCGTAAAGAGAAGAGCAGCGGTGGAAGCAGACCTATGAAAGGTCGC ACATTTGCTGACCATCAAAAATAA-3'
【００２０】 （Ｂ）この表中のポリヌクレオチド配列から推定されるｄｂｐＡポリペプチド配 列 [配列番号：2] NH2-NINELICKSILRNKQVKRRIILQNFKELGISDNTVQSLESMGFKEPTPIQKDSIPYALQG IDILGQAQTGTGKTGAFGIPLIEKVVGKQGVQSLILAPTRELAMQVAEQLREFSRGQGVQ VVTVFGGMPIERQIKALKKGPQIVVGTPGRVIDHLNRRTLKTDGIHTLILDEADEMMNMG FIDDMRFIMDKIPAVQRQTMLFSATMPKAIQALVQQFMKSPKIIKTMNNEMSDPQIEEFY TIVKELEKFDTFTNFLDVHQPELAIVFGRTKRRVDELTSALISKGYKAEGLHGDITQAKR LEVLKKFKNDQINILVATDVAARGLDISGVSHVYNFDIPQDTESYTHRIGRTGRAGKEGI AVTFVNPIEMDYIRQIEDANGRKMSALRPPHRKEVLQAREDDIKEKVENWMSKESESRLK RISTELLNEYNDVDLVAALLQELVEANDEVEVQLTFEKPLSRKGRNGKPSGSRNRNSKRG NPKFDSKSKRSKGYSSKKKSTKKFDRKEKSSGGSRPMKGRTFADHQK-COOH
【００２１】 （Ｃ）ポリヌクレオチド配列の具体例 [配列番号：1]. X-(R1)n-AATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATT ATTTTGCAAAATTTTAAAGAACTAGGGATTTCGGATAATACGGTTCAGTCACTTGAATCA ATGGGATTTAAAGAGCCGACACCTATCCAAAAAGACAGTATCCCTTATGCGTTACAAGGA ATTGATATCCTTGGGCAAGCTCAAACCGGTACAGGTAAAACAGGAGCATTCGGTATTCCT TTAATTGAGAAAGTAGTAGGGAAACAAGGGGTTCAATCGTTGATTTTAGCACCTACAAGA GAATTGGCAATGCAGGTAGCTGAACAATTAAGAGAATTTAGCCGTGGACAAGGTGTCCAA GTTGTTACTGTATTCGGTGGTATGCCTATCGAACGCCAAATTAAAGCCTTGAAAAAAGGC CCACAAATCGTAGTCGGAACACCTGGGCGTGTTATCGACCATTTAAATCGTCGCACATTA AAAACGGACGGAATTCATACTTTGATTTTAGATGAAGCTGATGAAATGATGAATATGGGA TTCATCGATGATATGAGATTTATTATGGATAAAATTCCAGCAGTACAACGTCAAACAATG TTGTTCTCAGCTACAATGCCTAAAGCAATCCAAGCTTTAGTACAACAATTTATGAAATCA CCAAAAATCATTAAGACAATGAATAATGAAATGTCTGATCCACAAATCGAAGAATTCTAT ACAATTGTTAAAGAATTAGAGAAATTTGATACATTTACAAATTTCCTAGATGTTCATCAA CCTGAATTAGCAATCGTATTCGGACGTACAAAACGTCGTGTTGATGAATTAACAAGTGCT TTGATTTCTAAAGGATATAAAGCTGAAGGCTTACATGGTGATATTACACAAGCGAAACGT TTAGAAGTATTAAAGAAATTTAAAAATGACCAAATTAATATTTTAGTCGCTACTGATGTA GCAGCAAGAGGACTAGATATTTCTGGTGTGAGTCATGTTTATAACTTTGATATACCTCAA GATACTGAAAGCTATACACACCGTATTGGTCGTACGGGTCGTGCTGGTAAAGAAGGTATC GCTGTAACGTTTGTTAATCCAATCGAAATGGATTATATCAGACAAATTGAAGATGCAAAC GGTAGAAAAATGAGTGCACTTCGTCCACCTCATCGTAAAGAAGTACTTCAAGCACGTGAA GATGACATCAAAGAAAAAGTTGAAAACTGGATGTCTAAAGAGTCAGAATCACGCTTGAAA CGCATTTCTACAGAGTTGTTAAATGAATATAACGATGTTGATTTAGTTGCTGCACTTTTA CAAGAGTTAGTAGAAGCGAACGATGAAGTTGAAGTTCAATTAACTTTTGAAAAACCATTA TCTCGCAAAGGCCGTAATGGTAAACCAAGCGGTTCTCGTAACAGAAATAGTAAGCGTGGT AATCCTAAATTTGACAGTAAGAGTAAACGTTCAAAAGGATACTCAAGTAAGAAGAAAAGT ACAAAAAAATTCGACCGTAAAGAGAAGAGCAGCGGTGGAAGCAGACCTATGAAAGGTCGC ACATTTGCTGACCATCAAAAATAA-(R2)n-Y
【００２２】 （Ｄ）ポリペプチド配列の具体例 [配列番号：2] X-(R1)n-NINELICKSILRNKQVKRRIILQNFKELGISDNTVQSLESMGFKEPTPIQKDSIPYALQG IDILGQAQTGTGKTGAFGIPLIEKVVGKQGVQSLILAPTRELAMQVAEQLREFSRGQGVQ VVTVFGGMPIERQIKALKKGPQIVVGTPGRVIDHLNRRTLKTDGIHTLILDEADEMMNMG FIDDMRFIMDKIPAVQRQTMLFSATMPKAIQALVQQFMKSPKIIKTMNNEMSDPQIEEFY TIVKELEKFDTFTNFLDVHQPELAIVFGRTKRRVDELTSALISKGYKAEGLHGDITQAKR LEVLKKFKNDQINILVATDVAARGLDISGVSHVYNFDIPQDTESYTHRIGRTGRAGKEGI AVTFVNPIEMDYIRQIEDANGRKMSALRPPHRKEVLQAREDDIKEKVENWMSKESESRLK RISTELLNEYNDVDLVAALLQELVEANDEVEVQLTFEKPLSRKGRNGKPSGSRNRNSKRG NPKFDSKSKRSKGYSSKKKSTKKFDRKEKSSGGSRPMKGRTFADHQK-(R2)n-Y
【００２３】寄託物質 スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29株を含有する
寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・インダス
トリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド
（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカードラ
イブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに
１９９５年９月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０
７７１が付与された。寄託したことにより、寄託株をス
タフィロコッカス・アウレウス WCUH29株という。本明
細書においてスタフィロコッカス・アウレウス株の寄託
物を「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」という。寄託
株は全長のｄｂｐＡ遺伝子を含んでいる。寄託株中に含
まれるポリヌクレオチド配列ならびにそれによりコード
されるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書の配列
に関する任意の記載に矛盾する事象において支配的であ
る。寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際
承認に関するブダペスト条約の条件下でなされている。
特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終
的に株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ
提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに要求される
ような、寄託が実施可能要件であることを承認するもの
ではない。寄託物を製造、使用または販売するためには
ライセンスが必要であるが、そのようなライセンスはこ
こでは賦与されていない。
寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・インダス
トリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド
（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカードラ
イブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに
１９９５年９月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０
７７１が付与された。寄託したことにより、寄託株をス
タフィロコッカス・アウレウス WCUH29株という。本明
細書においてスタフィロコッカス・アウレウス株の寄託
物を「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」という。寄託
株は全長のｄｂｐＡ遺伝子を含んでいる。寄託株中に含
まれるポリヌクレオチド配列ならびにそれによりコード
されるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書の配列
に関する任意の記載に矛盾する事象において支配的であ
る。寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際
承認に関するブダペスト条約の条件下でなされている。
特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終
的に株は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ
提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条のもとに要求される
ような、寄託が実施可能要件であることを承認するもの
ではない。寄託物を製造、使用または販売するためには
ライセンスが必要であるが、そのようなライセンスはこ
こでは賦与されていない。
【００２４】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２］のポリペプ
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細にはｄｂｐＡの生物学的
活性を有するものを包含し、さらに表１［配列番号：
２］のポリペプチドまたはその重要部分に対して少なく
とも７０％、好ましくは表１［配列番号：２］のポリペ
プチドに対して少なくとも８０％の同一性を有するポリ
ペプチドおよびフラグメント、より好ましくは表１［配
列番号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９０％
の類似性を有し（より好ましくは、少なくとも９０％の
同一性を有し）、さらにより好ましくは表１［配列番
号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の類
似性を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５％
の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、
さらに通常には少なくとも３０個、より好ましくは少な
くとも５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチドの部
分を包含する。
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細にはｄｂｐＡの生物学的
活性を有するものを包含し、さらに表１［配列番号：
２］のポリペプチドまたはその重要部分に対して少なく
とも７０％、好ましくは表１［配列番号：２］のポリペ
プチドに対して少なくとも８０％の同一性を有するポリ
ペプチドおよびフラグメント、より好ましくは表１［配
列番号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９０％
の類似性を有し（より好ましくは、少なくとも９０％の
同一性を有し）、さらにより好ましくは表１［配列番
号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の類
似性を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５％
の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、
さらに通常には少なくとも３０個、より好ましくは少な
くとも５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチドの部
分を包含する。
【００２５】また本発明は表１（Ｄ）に示す式のポリペ
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ1およびＲ2はアミノ酸残基、ｎは１ないし１０
００または２０００の整数である。いずれかのＲ基（ｎ
は１よりも大きな整数）により示されるアミノ酸残基の
伸長部分はヘテロポリマーであってもホモポリマーであ
ってもよく、好ましくはヘテロポリマーである。
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ1およびＲ2はアミノ酸残基、ｎは１ないし１０
００または２０００の整数である。いずれかのＲ基（ｎ
は１よりも大きな整数）により示されるアミノ酸残基の
伸長部分はヘテロポリマーであってもホモポリマーであ
ってもよく、好ましくはヘテロポリマーである。
【００２６】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｄｂ
ｐＡポリペプチドについては、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチ
ド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続
した領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含ま
れる。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２］
のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断されたポリペ
プチド、またはそれらの変種を包含するが、その例とし
てはアミノ末端を含む一連の残基を切断、またはカルボ
キシル末端を含む一連の残基を切断したものがある。宿
主、とりわけスタフィロコッカス・アウレウスにおけ
る、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好ましい。
また、構造的または機能的属性により特徴づけられたフ
ラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびアルフ
ァーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベータシ
ート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルお
よびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、アルフ
ァー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、表
面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標領域を
含むフラグメントなども好ましい。ｄｂｐＡ活性を媒介
し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を減じら
れたフラグメントである生物学的に活性のあるフラグメ
ントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原的ま
たは免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個体、特
にヒトにおけるスタフィロコッカス・アウレウス の生
存に必須の機能、あるいは疾病を開始または維持する能
力を付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラグ
メントが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフラグメ
ントである変種を、ペプチド合成による対応全長ポリペ
プチドの製造に使用してもよく、それゆえ、これらの変
種を全長のポリペプチド製造のための中間体として用い
てもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントであ
る変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチドを合成
してもよい。
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｄｂ
ｐＡポリペプチドについては、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチ
ド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続
した領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含ま
れる。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２］
のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断されたポリペ
プチド、またはそれらの変種を包含するが、その例とし
てはアミノ末端を含む一連の残基を切断、またはカルボ
キシル末端を含む一連の残基を切断したものがある。宿
主、とりわけスタフィロコッカス・アウレウスにおけ
る、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好ましい。
また、構造的または機能的属性により特徴づけられたフ
ラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびアルフ
ァーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベータシ
ート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルお
よびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、アルフ
ァー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、表
面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標領域を
含むフラグメントなども好ましい。ｄｂｐＡ活性を媒介
し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を減じら
れたフラグメントである生物学的に活性のあるフラグメ
ントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原的ま
たは免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個体、特
にヒトにおけるスタフィロコッカス・アウレウス の生
存に必須の機能、あるいは疾病を開始または維持する能
力を付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラグ
メントが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフラグメ
ントである変種を、ペプチド合成による対応全長ポリペ
プチドの製造に使用してもよく、それゆえ、これらの変
種を全長のポリペプチド製造のための中間体として用い
てもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントであ
る変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチドを合成
してもよい。
【００２７】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するもの
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有するｄｂｐＡポリペプチドをコードする全長遺
伝子およびそれに密接に関連するポリヌクレオチドおよ
びそれらの変種が包含される。本明細書に提供される情
報を用いて、例えば表１［配列番号：１］に示すポリヌ
クレオチド配列を用い、出発物質スタフィロコッカス・
アウレウス WCUH29細胞からの染色体ＤＮＡフラグメン
トをクローニングおよび配列決定するために用いるよう
な標準的なクローニングおよびスクリーニングを用い
て、ｄｂｐＡポリペプチドをコードしている本発明ポリ
ヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得ても
よい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例えば表
１［配列番号：１］に示す配列を得るために、イー・コ
リ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主における
スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29の染色体ＤＮ
Ａのクローンの典型的なライブラリーを、部分的配列に
由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの
放射性標識化オリゴヌクレオチドにてプローブする。プ
ローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するクローン
は厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から設計し
た配列決定プライマーを用いてこのように同定した個々
のクローンを配列決定することにより、両方向で配列が
伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定できる。こ
のような配列決定は便宜的にプラスミドクローンから調
製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切な技法
については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSambrook
ら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第２
版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・
プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨー
ク（1989）に記載されている（Screening By Hybridiza
tion 1.90およびSequencing Denatured Double-Strande
d DNA Templates 13.70参照）。本発明の典型例におい
て、表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチドが、
スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29由来のＤＮＡ
ライブラリー中に見いだされた。
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有するｄｂｐＡポリペプチドをコードする全長遺
伝子およびそれに密接に関連するポリヌクレオチドおよ
びそれらの変種が包含される。本明細書に提供される情
報を用いて、例えば表１［配列番号：１］に示すポリヌ
クレオチド配列を用い、出発物質スタフィロコッカス・
アウレウス WCUH29細胞からの染色体ＤＮＡフラグメン
トをクローニングおよび配列決定するために用いるよう
な標準的なクローニングおよびスクリーニングを用い
て、ｄｂｐＡポリペプチドをコードしている本発明ポリ
ヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得ても
よい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例えば表
１［配列番号：１］に示す配列を得るために、イー・コ
リ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主における
スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29の染色体ＤＮ
Ａのクローンの典型的なライブラリーを、部分的配列に
由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの
放射性標識化オリゴヌクレオチドにてプローブする。プ
ローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するクローン
は厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から設計し
た配列決定プライマーを用いてこのように同定した個々
のクローンを配列決定することにより、両方向で配列が
伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定できる。こ
のような配列決定は便宜的にプラスミドクローンから調
製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切な技法
については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSambrook
ら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第２
版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・
プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨー
ク（1989）に記載されている（Screening By Hybridiza
tion 1.90およびSequencing Denatured Double-Strande
d DNA Templates 13.70参照）。本発明の典型例におい
て、表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチドが、
スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29由来のＤＮＡ
ライブラリー中に見いだされた。
【００２８】表１［配列番号：１］に示すＤＮＡ配列
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号６４から１５８１の間の配列番号：１のポリヌク
レオチドは配列番号：２のポリペプチドをコードする。
停止コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号１５８２
から開始する。本発明ｄｂｐＡ蛋白は、寄託株のｄｂｐ
ＡをコードしているＤＮＡの配列決定結果により示され
るように、ｄｂｐ（ＤＥＡＤボックス蛋白、ＡＴＰ−依
存性ＲＮＡヘリカーゼ）ファミリーの他の蛋白に構造的
に関連している。本発明蛋白は、知られた蛋白の中でも
イー・コリのｄｂｐＡ蛋白に対して最大の相同性を示
す。表１［配列番号：２］のｄｂｐＡ蛋白は、イー・コ
リのｄｂｐＡポリペプチドのアミノ酸配列に対して、そ
の全長にわたり約３４％の同一性、そしてその全長にわ
たり約５７％の類似性を示す。
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号６４から１５８１の間の配列番号：１のポリヌク
レオチドは配列番号：２のポリペプチドをコードする。
停止コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号１５８２
から開始する。本発明ｄｂｐＡ蛋白は、寄託株のｄｂｐ
ＡをコードしているＤＮＡの配列決定結果により示され
るように、ｄｂｐ（ＤＥＡＤボックス蛋白、ＡＴＰ−依
存性ＲＮＡヘリカーゼ）ファミリーの他の蛋白に構造的
に関連している。本発明蛋白は、知られた蛋白の中でも
イー・コリのｄｂｐＡ蛋白に対して最大の相同性を示
す。表１［配列番号：２］のｄｂｐＡ蛋白は、イー・コ
リのｄｂｐＡポリペプチドのアミノ酸配列に対して、そ
の全長にわたり約３４％の同一性、そしてその全長にわ
たり約５７％の類似性を示す。
【００２９】本発明は、表１［配列番号：１］のコーデ
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。
【００３０】本発明の好ましい具体例は、ｄｂｐＡポリ
ペプチドをコードいしている、表１の配列番号：１に示
すヌクレオチド６４から１５８１までを含むポリヌクレ
オチドである（ポリヌクレオチドの５’末端をヌクレオ
チド１とする）。他の好ましい具体例は、配列番号：２
のアミノ酸１１（ロイシン）から開始するポリペプチド
をコードするヌクレオチド３１から１５８１までを含む
配列番号：１に示すポリヌクレオチド、および配列番
号：２のアミノ酸４１（メチオニン）から開始するポリ
ペプチドをコードするヌクレオチド１２１から１５８１
までを含む配列番号：１に示すポリヌクレオチドであ
る。しかしながら、最も好ましい具体例は、配列番号：
２のアミノ酸２２（ロイシン）から開始するポリペプチ
ドをコードする表１の配列番号：１に示すヌクレオチド
６４から１５８１までを含むポリヌクレオチドを含む。
ペプチドをコードいしている、表１の配列番号：１に示
すヌクレオチド６４から１５８１までを含むポリヌクレ
オチドである（ポリヌクレオチドの５’末端をヌクレオ
チド１とする）。他の好ましい具体例は、配列番号：２
のアミノ酸１１（ロイシン）から開始するポリペプチド
をコードするヌクレオチド３１から１５８１までを含む
配列番号：１に示すポリヌクレオチド、および配列番
号：２のアミノ酸４１（メチオニン）から開始するポリ
ペプチドをコードするヌクレオチド１２１から１５８１
までを含む配列番号：１に示すポリヌクレオチドであ
る。しかしながら、最も好ましい具体例は、配列番号：
２のアミノ酸２２（ロイシン）から開始するポリペプチ
ドをコードする表１の配列番号：１に示すヌクレオチド
６４から１５８１までを含むポリヌクレオチドを含む。
【００３１】また本発明は、表１（Ｃ）に示す式のポリ
ヌクレオチドを包含し、式中の５’末端においてＸは水
素であり、３’末端においてＹは水素または金属であ
り、Ｒ1およびＲ2は核酸残基、ｎは１から１０００、２
０００または３０００までの整数である。いずれかのＲ
基（ｎは１よりも大きい）により示される核酸残基の伸
長部分はヘテロポリマーであってもホモポリマーであっ
てもよく、好ましくはヘテロポリマーである。
ヌクレオチドを包含し、式中の５’末端においてＸは水
素であり、３’末端においてＹは水素または金属であ
り、Ｒ1およびＲ2は核酸残基、ｎは１から１０００、２
０００または３０００までの整数である。いずれかのＲ
基（ｎは１よりも大きい）により示される核酸残基の伸
長部分はヘテロポリマーであってもホモポリマーであっ
てもよく、好ましくはヘテロポリマーである。
【００３２】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表
１［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するスタフ
ィロコッカス・アウレウスのｄｂｐＡのポリペプチドを
コードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。該
用語は、コーディング配列および／または非コーディン
グ配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴った、ポリ
ペプチドをコードしている単一の連続領域または不連続
領域（例えば、組み込まれたファージまたは配列の挿入
または配列の編集により分断されたもの）を含むポリヌ
クレオチドを包含する。さらに本発明は、表１［配列番
号：２］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変
種をコードする上記ポリヌクレオチドの変種にも関す
る。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変種
を用いて本発明の全長ポリヌクレオチドを合成してもよ
い。
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表
１［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するスタフ
ィロコッカス・アウレウスのｄｂｐＡのポリペプチドを
コードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。該
用語は、コーディング配列および／または非コーディン
グ配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴った、ポリ
ペプチドをコードしている単一の連続領域または不連続
領域（例えば、組み込まれたファージまたは配列の挿入
または配列の編集により分断されたもの）を含むポリヌ
クレオチドを包含する。さらに本発明は、表１［配列番
号：２］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変
種をコードする上記ポリヌクレオチドの変種にも関す
る。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントである変種
を用いて本発明の全長ポリヌクレオチドを合成してもよ
い。
【００３３】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２］のｄｂｐＡポリペプチドのアミノ酸配列を有
するｄｂｐＡ変種をコードするポリヌクレオチドであ
り、その中には、いくつか、少しの、５ないし１０、１
ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残
基を置換、欠損または付加を任意の組み合わせで施した
アミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましいもの
は、ｄｂｐＡの特性および活性を変化させないサイレン
ト置換、付加および欠損である。
番号：２］のｄｂｐＡポリペプチドのアミノ酸配列を有
するｄｂｐＡ変種をコードするポリヌクレオチドであ
り、その中には、いくつか、少しの、５ないし１０、１
ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残
基を置換、欠損または付加を任意の組み合わせで施した
アミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましいもの
は、ｄｂｐＡの特性および活性を変化させないサイレン
ト置換、付加および欠損である。
【００３４】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するｄｂｐＡ
ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対し
て、その全長にわたり少なくとも７０％の同一性がある
ポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオチドに対
して相補的なポリヌクレオチドである。あるいはまた、
寄託株のｄｂｐＡポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％
同一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに
対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に好まし
い。この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であ
るポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なく
とも９５％の同一性を有するものが特に好ましく、さら
に少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少な
くとも９７％であるのがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％であるのが特に好まし
く、さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。
特に好ましい具体例は、表１［配列番号：１］によりコ
ードされる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機
能または活性を保持するポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチドである。
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するｄｂｐＡ
ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対し
て、その全長にわたり少なくとも７０％の同一性がある
ポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオチドに対
して相補的なポリヌクレオチドである。あるいはまた、
寄託株のｄｂｐＡポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％
同一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに
対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に好まし
い。この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であ
るポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なく
とも９５％の同一性を有するものが特に好ましく、さら
に少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少な
くとも９７％であるのがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％であるのが特に好まし
く、さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。
特に好ましい具体例は、表１［配列番号：１］によりコ
ードされる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機
能または活性を保持するポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチドである。
【００３５】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。
【００３６】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
【００３７】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ｄｂｐＡをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離するための、およびｄｂｐＡ遺
伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、
ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用することができる。このようなプ
ローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこ
のようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なく
とも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプ
ローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそ
れ以下である。例えば、ｄｂｐＡ遺伝子のコーディング
領域は、配列番号：１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴ
ヌクレオチドプローブを合成してスクリーニングするこ
とにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に
相補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤ
ＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのス
クリーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれ
のメンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定す
る。
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ｄｂｐＡをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離するための、およびｄｂｐＡ遺
伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、
ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用することができる。このようなプ
ローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこ
のようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なく
とも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプ
ローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそ
れ以下である。例えば、ｄｂｐＡ遺伝子のコーディング
領域は、配列番号：１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴ
ヌクレオチドプローブを合成してスクリーニングするこ
とにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に
相補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤ
ＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのス
クリーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれ
のメンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定す
る。
【００３８】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。
【００３９】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。
【００４０】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
【００４１】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
【００４２】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
【００４３】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
【００４４】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
【００４５】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のｄ
ｂｐＡポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｄｂｐＡの検出は、
疾患の診断のための診断法を提供する。ｄｂｐＡ遺伝子
を含む生物に感染した、あるいは感染の可能性のある真
核生物（本明細書において「個体」とも称する）とりわ
け哺乳動物、特にヒトを種々の方法によりＤＮＡレベル
で検出できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞お
よび組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より
得ることができる。ゲノムＤＮＡを直接検出に使用して
もよく、あるいは分析の前にＰＣＲもしくはその他の増
幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡま
たはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。増
幅法を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒト
に存在する原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の
分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝
子型と比較した場合の増幅産物の大きさの変化により、
欠損および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮ
Ａを標識化ｄｂｐＡポリヌクレオチド配列にハイブリダ
イズさせることにより同定できる。完全に対合した配列
はＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、
誤対合二重らせんから区別できる。変性剤含有または不
含ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変
化を検出することにより、または直接的なＤＮＡの配列
決定により、ＤＮＡ配列の差を検出してもよい。例えば
Meyersら、Science，230:1242（1985）参照。また、特
異的な位置での配列の変化を、ヌクレアーゼ保護アッセ
イ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化学的切断
法によって明らかにしてもよい。例えばCottonら、Pro
c. Natl. Acad. Sci., USA， 85:4397-4401 （1985）参
照。
ｂｐＡポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトにおけるｄｂｐＡの検出は、
疾患の診断のための診断法を提供する。ｄｂｐＡ遺伝子
を含む生物に感染した、あるいは感染の可能性のある真
核生物（本明細書において「個体」とも称する）とりわ
け哺乳動物、特にヒトを種々の方法によりＤＮＡレベル
で検出できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞お
よび組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より
得ることができる。ゲノムＤＮＡを直接検出に使用して
もよく、あるいは分析の前にＰＣＲもしくはその他の増
幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡま
たはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。増
幅法を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒト
に存在する原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の
分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝
子型と比較した場合の増幅産物の大きさの変化により、
欠損および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮ
Ａを標識化ｄｂｐＡポリヌクレオチド配列にハイブリダ
イズさせることにより同定できる。完全に対合した配列
はＲＮアーゼ消化により、または融解温度の差により、
誤対合二重らせんから区別できる。変性剤含有または不
含ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変
化を検出することにより、または直接的なＤＮＡの配列
決定により、ＤＮＡ配列の差を検出してもよい。例えば
Meyersら、Science，230:1242（1985）参照。また、特
異的な位置での配列の変化を、ヌクレアーゼ保護アッセ
イ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護または化学的切断
法によって明らかにしてもよい。例えばCottonら、Pro
c. Natl. Acad. Sci., USA， 85:4397-4401 （1985）参
照。
【００４６】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ｄｂｐＡをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定お
よび分析するのに用いることができる。
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ｄｂｐＡをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定お
よび分析するのに用いることができる。
【００４７】本発明はまた、５'および／または３'末端
から１、２、３または４個のヌクレオチド除去したプラ
イマーをも提供する。該プライマーを用いて、感染個体
から単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺
伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供しても
よい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を検出
し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよ
び／または分類に使用することができる。
から１、２、３または４個のヌクレオチド除去したプラ
イマーをも提供する。該プライマーを用いて、感染個体
から単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺
伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供しても
よい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を検出
し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよ
び／または分類に使用することができる。
【００４８】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、より好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスに
よる感染、および最も好ましくは、上気道感染（例え
ば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺
炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感
染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分
泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例え
ば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角
膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎
および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲
膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の診断方法を提供
し、該方法は、表１［配列番号：１］の配列を有するポ
リヌクレオチドのの発現レベルの上昇を個体由来の試料
から検出することを特徴とする。ｄｂｐＡポリヌクレオ
チドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定
量法として当該分野でよく知られたいずれかの方法、例
えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノ
ーザンブロッティングおよびその他のハイブリダイゼー
ション法を用いて測定できる。
染、より好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスに
よる感染、および最も好ましくは、上気道感染（例え
ば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺
炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感
染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分
泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例え
ば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角
膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎
および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲
膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の診断方法を提供
し、該方法は、表１［配列番号：１］の配列を有するポ
リヌクレオチドのの発現レベルの上昇を個体由来の試料
から検出することを特徴とする。ｄｂｐＡポリヌクレオ
チドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定
量法として当該分野でよく知られたいずれかの方法、例
えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノ
ーザンブロッティングおよびその他のハイブリダイゼー
ション法を用いて測定できる。
【００４９】さらに、正常対照組織サンプルと比較し
て、ｄｂｐＡ蛋白の過剰発現を検出するための本発明診
断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出してもよ
い。宿主由来のサンプル中のｄｂｐＡ蛋白のレベルを決
定するために用いることができるアッセイ技法は、当業
者に周知である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノ
アッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析
およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。
て、ｄｂｐＡ蛋白の過剰発現を検出するための本発明診
断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出してもよ
い。宿主由来のサンプル中のｄｂｐＡ蛋白のレベルを決
定するために用いることができるアッセイ技法は、当業
者に周知である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノ
アッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析
およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。
【００５０】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。
【００５１】本発明のポリペプチドに対して生じる抗体
は、ポリペプチドまたはエピトープが付いたフラグメン
ト、アナログまたは細胞を、好ましくはヒトはでない動
物に通常の実験法を用いて投与することにより得ること
ができる。連続的細胞系培養により産生される抗体を提
供する、当業者周知の技術を用いて、モノクローナル抗
体を調製することができる。例としては、Kohler， G.
およびMilstein, C.，Nature， 256:495-497 （197
5）； Kozborら、Immunology Today， 4:72 （1983）；
Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,
Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記載されるよ
うな種々の技法がある。一本鎖抗体の産生のために記載
された技術（米国特許第４９４６７７８号）を適用し
て、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を得ること
ができる。また、トランスジェニックマウスまたはその
他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒト化抗体
等の抗体を発現させてもよい。
は、ポリペプチドまたはエピトープが付いたフラグメン
ト、アナログまたは細胞を、好ましくはヒトはでない動
物に通常の実験法を用いて投与することにより得ること
ができる。連続的細胞系培養により産生される抗体を提
供する、当業者周知の技術を用いて、モノクローナル抗
体を調製することができる。例としては、Kohler， G.
およびMilstein, C.，Nature， 256:495-497 （197
5）； Kozborら、Immunology Today， 4:72 （1983）；
Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,
Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記載されるよ
うな種々の技法がある。一本鎖抗体の産生のために記載
された技術（米国特許第４９４６７７８号）を適用し
て、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を得ること
ができる。また、トランスジェニックマウスまたはその
他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒト化抗体
等の抗体を発現させてもよい。
【００５２】別法として、ファージディスプレイ技法を
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−ｄｂｐＡを有することにつ
いてスクリーニングされたヒトから、あるいは無処理の
ライブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty,
J.ら、Nature 348:552-554 （1990）； Marks, J.ら、B
iotechnology 10:779-783 （1992））。これらの抗体の
親和性はチェインシャフリング（chain shuffling）に
より改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 3
52:624-628 （1991））。
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−ｄｂｐＡを有することにつ
いてスクリーニングされたヒトから、あるいは無処理の
ライブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty,
J.ら、Nature 348:552-554 （1990）； Marks, J.ら、B
iotechnology 10:779-783 （1992））。これらの抗体の
親和性はチェインシャフリング（chain shuffling）に
より改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 3
52:624-628 （1991））。
【００５３】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。上記抗体を用いてポリペプチド
を発現するクローンを単離または同定してもよく、上記
抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製することが
できる。
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。上記抗体を用いてポリペプチド
を発現するクローンを単離または同定してもよく、上記
抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製することが
できる。
【００５４】従って、とりわけｄｂｐＡに対する抗体
を、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染（例え
ば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺
炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感
染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分
泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例え
ば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角
膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎
および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲
膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の治療に用いてもよ
い。
を、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染（例え
ば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺
炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感
染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分
泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例え
ば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角
膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎
および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲
膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の治療に用いてもよ
い。
【００５５】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
【００５６】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
【００５７】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
【００５８】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
【００５９】また本発明は、ｄｂｐＡポリペプチドまた
はポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または
阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性
および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物
のスクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング
方法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまた
はアンタゴニストをスクリーニングするために、ｄｂｐ
Ａポリペプチドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面
膜もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、また
はそれらのいずれかの調製物、およびこのようなポリペ
プチドの標識基質またはリガンドを、ｄｂｐＡアゴニス
トまたはアンタゴニストとなりうる候補分子の存在下ま
たは不在下でインキュベーションする。候補分子がｄｂ
ｐＡポリペプチドにアゴナイズまたは拮抗する能力は、
標識化リガンドの結合の低下またはこのような基質から
の生成物の産生の低下に反映される。結合しても影響を
及ぼさない分子、すなわちｄｂｐＡの効果を誘導しない
分子は、最も良好なアンタゴニストである可能性があ
る。結合性が良好で、基質からの生成物の生成速度を高
める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成
速度またはレベルはリポーターシステムを用いることに
より強調できる。この点に関して有用なリポーターシス
テムには、生成物に転換される比色測定用標識化基質、
ｄｂｐＡポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変
化に反応するリポーター遺伝子、および当該分野で周知
の結合アッセイ等があるが、これらに限定するものでは
ない。
はポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または
阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性
および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物
のスクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング
方法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまた
はアンタゴニストをスクリーニングするために、ｄｂｐ
Ａポリペプチドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面
膜もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、また
はそれらのいずれかの調製物、およびこのようなポリペ
プチドの標識基質またはリガンドを、ｄｂｐＡアゴニス
トまたはアンタゴニストとなりうる候補分子の存在下ま
たは不在下でインキュベーションする。候補分子がｄｂ
ｐＡポリペプチドにアゴナイズまたは拮抗する能力は、
標識化リガンドの結合の低下またはこのような基質から
の生成物の産生の低下に反映される。結合しても影響を
及ぼさない分子、すなわちｄｂｐＡの効果を誘導しない
分子は、最も良好なアンタゴニストである可能性があ
る。結合性が良好で、基質からの生成物の生成速度を高
める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成
速度またはレベルはリポーターシステムを用いることに
より強調できる。この点に関して有用なリポーターシス
テムには、生成物に転換される比色測定用標識化基質、
ｄｂｐＡポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変
化に反応するリポーター遺伝子、および当該分野で周知
の結合アッセイ等があるが、これらに限定するものでは
ない。
【００６０】ｄｂｐＡアンタゴニストのアッセイのもう
１つの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適
した条件下で、ｄｂｐＡおよび潜在的アンタゴニスト
を、ｄｂｐＡ結合分子、組換えｄｂｐＡ結合分子、天然
基質もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模
倣物と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合
物によりｄｂｐＡを標識し、結合分子に結合した、また
は生成物に変換されたｄｂｐＡ分子の数を正確に決定し
て、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
１つの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適
した条件下で、ｄｂｐＡおよび潜在的アンタゴニスト
を、ｄｂｐＡ結合分子、組換えｄｂｐＡ結合分子、天然
基質もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模
倣物と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合
物によりｄｂｐＡを標識し、結合分子に結合した、また
は生成物に変換されたｄｂｐＡ分子の数を正確に決定し
て、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
【００６１】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ｄｂｐＡにより誘導される活性
を誘導せず、それゆえｄｂｐＡを結合から排除すること
によりｄｂｐＡの作用を妨害する。潜在的アンタゴニス
トには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれ
を占領し、それにより細胞性結合分子への結合を防御し
て、正常の生物学的活性を防御する小型分子等がある。
小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプ
チド様分子等があるが、これらに限定するものではな
い。その他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分
子等がある（これらの分子についての記載に関してはOk
ano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucle
otides as Antisense Inhibitors of Gene Expressio
n，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（198
8）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、ｄｂ
ｐＡ関連化合物およびｄｂｐＡ変種等がある。
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ｄｂｐＡにより誘導される活性
を誘導せず、それゆえｄｂｐＡを結合から排除すること
によりｄｂｐＡの作用を妨害する。潜在的アンタゴニス
トには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれ
を占領し、それにより細胞性結合分子への結合を防御し
て、正常の生物学的活性を防御する小型分子等がある。
小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプ
チド様分子等があるが、これらに限定するものではな
い。その他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分
子等がある（これらの分子についての記載に関してはOk
ano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucle
otides as Antisense Inhibitors of Gene Expressio
n，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（198
8）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、ｄｂ
ｐＡ関連化合物およびｄｂｐＡ変種等がある。
【００６２】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
【００６３】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ｄｂｐＡ蛋白により媒介される哺乳動物細胞への
侵入のブロック（Rosenshine et al., Infect. Immuno
l. 60: 2211 (1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋
白と細菌ｄｂｐＡ蛋白との間の、組織ダメージを媒介す
る細菌付着のブロック；内在デバイスの移植または他の
外科的方法以外により開始される、感染における通常の
病状の進行のブロックに使用することができる。
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ｄｂｐＡ蛋白により媒介される哺乳動物細胞への
侵入のブロック（Rosenshine et al., Infect. Immuno
l. 60: 2211 (1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋
白と細菌ｄｂｐＡ蛋白との間の、組織ダメージを媒介す
る細菌付着のブロック；内在デバイスの移植または他の
外科的方法以外により開始される、感染における通常の
病状の進行のブロックに使用することができる。
【００６４】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の抑制および治療に
用いてもよい。
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の抑制および治療に
用いてもよい。
【００６５】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ヒスチジ
ンキナーゼポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に広スペク
トルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療
に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロ
リ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる
治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ヒスチジ
ンキナーゼポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチ
ドのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特に広スペク
トルの抗生物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療
に有用である。このような治療はヘリコバクター・ピロ
リ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる
治療はまた胃潰瘍および胃炎も治癒する。
【００６６】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはスタフィロコッカス・ア
ウレウス感染から個体を防御するための抗体および／ま
たはＴ細胞応答を生じさせるに十分なｄｂｐＡまたはそ
のフラグメントもしくは変種を個体に接種することを特
徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅らせる
方法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様は、
個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方法
は、疾病が個体においてすでに確立されているか否かに
かかわらず、インビボでｄｂｐＡ、またはそのフラグメ
ントもしくは変種を発現させるためにｄｂｐＡまたはそ
のフラグメントもしくは変種の発現を指令する核酸ベク
ターをかかる個体に送達して、例えば、抗体および／ま
たはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞
または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘
導して、該個体を疾病から防御する抗体を産生させるこ
とを特徴とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投与する
方法としては、粒子上にコーディングすること等がある。
かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、また
はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはスタフィロコッカス・ア
ウレウス感染から個体を防御するための抗体および／ま
たはＴ細胞応答を生じさせるに十分なｄｂｐＡまたはそ
のフラグメントもしくは変種を個体に接種することを特
徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅らせる
方法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様は、
個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方法
は、疾病が個体においてすでに確立されているか否かに
かかわらず、インビボでｄｂｐＡ、またはそのフラグメ
ントもしくは変種を発現させるためにｄｂｐＡまたはそ
のフラグメントもしくは変種の発現を指令する核酸ベク
ターをかかる個体に送達して、例えば、抗体および／ま
たはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞
または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘
導して、該個体を疾病から防御する抗体を産生させるこ
とを特徴とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投与する
方法としては、粒子上にコーディングすること等がある。
かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、また
はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。
【００６７】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ｄｂｐＡまたはそれによりコードされている蛋
白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組
成物に関し、その組成物は組換えｄｂｐＡまたはそれに
よりコードされている蛋白を含み、ｄｂｐＡまたはそれ
によりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発
現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防
的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣ
Ｄ４+Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免
疫の形態であってもよい。
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ｄｂｐＡまたはそれによりコードされている蛋
白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組
成物に関し、その組成物は組換えｄｂｐＡまたはそれに
よりコードされている蛋白を含み、ｄｂｐＡまたはそれ
によりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発
現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防
的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣ
Ｄ４+Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免
疫の形態であってもよい。
【００６８】ｄｂｐＡポリペプチドまたはそれらのフラ
グメントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋
白を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋
白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合
させてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、
抗原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ
（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化
してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな共
存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普
遍的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミ
ノまたはカルボキシル末端のどちらかに結合できる。
グメントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋
白を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋
白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合
させてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、
抗原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ
（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化
してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな共
存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普
遍的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミ
ノまたはカルボキシル末端のどちらかに結合できる。
【００６９】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
【００７０】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウスに感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的
免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋
白の不変領域をコードすることが示されている、説明し
たポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグメン
トを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的また
は治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトー
プを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動物、
とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフィロコッ
カス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置の開発
のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成功した動
物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗体をう
まく調製することを可能にすると思われる。
ウレウスに感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的
免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋
白の不変領域をコードすることが示されている、説明し
たポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグメン
トを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的また
は治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトー
プを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動物、
とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフィロコッ
カス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置の開発
のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成功した動
物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗体をう
まく調製することを可能にすると思われる。
【００７１】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
【００７２】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のｄｂｐＡ蛋白に関し
て説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実
質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失
または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含す
ることが理解されよう。
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のｄｂｐＡ蛋白に関し
て説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実
質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失
または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含す
ることが理解されよう。
【００７３】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
【００７４】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
【００７５】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けスタフィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御す
ることもできる。
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けスタフィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御す
ることもできる。
【００７６】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。上述の治療に加え、一般的には本発明組成物を創
傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露したマトリ
ックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、歯科治
療においては抗生物質による予防法に代えて、またはそ
れと組み合わせて予防的に使用してもよい。
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。上述の治療に加え、一般的には本発明組成物を創
傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露したマトリ
ックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、歯科治
療においては抗生物質による予防法に代えて、またはそ
れと組み合わせて予防的に使用してもよい。
【００７７】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。
【００７８】
【実施例】以下の実施例は、詳細に説明したこと以外
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のスタフィロコッカス・
アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーか
ら得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスのＤ
ＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンからの配
列決定データを用いて配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を
構築した場合もある。通常の方法、例えば以下の方法１
および２によりライブラリーを製造できる。全細胞ＤＮ
Ａは、スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29から、
標準法に準じて単離し、二つの方法のどちらかによりサ
イズ分画する。
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のスタフィロコッカス・
アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーか
ら得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスのＤ
ＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンからの配
列決定データを用いて配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を
構築した場合もある。通常の方法、例えば以下の方法１
および２によりライブラリーを製造できる。全細胞ＤＮ
Ａは、スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29から、
標準法に準じて単離し、二つの方法のどちらかによりサ
イズ分画する。
【００７９】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。
【００８０】方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。
【００８１】
【配列表】（１）一般的情報： （ｉ）出願人： （Ａ）名称：SmithKline Beecham Corporation （Ｂ）通り名：One Franklin Plaza （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号：１９１０３ （ｉｉ）発明の名称：新規ｄｂｐＡ （ｉｉｉ）配列の数：２ （ｉｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ｂ （ｖ）現出願データ： （Ａ）出願番号：
【００８２】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１５８４塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： AATATTAATG AACTTATATG CAAAAGTATA TTGAGAAATA AACAGGTAAA AAGGAGAATT 60 ATTTTGCAAA ATTTTAAAGA ACTAGGGATT TCGGATAATA CGGTTCAGTC ACTTGAATCA 120 ATGGGATTTA AAGAGCCGAC ACCTATCCAA AAAGACAGTA TCCCTTATGC GTTACAAGGA 180 ATTGATATCC TTGGGCAAGC TCAAACCGGT ACAGGTAAAA CAGGAGCATT CGGTATTCCT 240 TTAATTGAGA AAGTAGTAGG GAAACAAGGG GTTCAATCGT TGATTTTAGC ACCTACAAGA 300 GAATTGGCAA TGCAGGTAGC TGAACAATTA AGAGAATTTA GCCGTGGACA AGGTGTCCAA 360 GTTGTTACTG TATTCGGTGG TATGCCTATC GAACGCCAAA TTAAAGCCTT GAAAAAAGGC 420 CCACAAATCG TAGTCGGAAC ACCTGGGCGT GTTATCGACC ATTTAAATCG TCGCACATTA 480 AAAACGGACG GAATTCATAC TTTGATTTTA GATGAAGCTG ATGAAATGAT GAATATGGGA 540 TTCATCGATG ATATGAGATT TATTATGGAT AAAATTCCAG CAGTACAACG TCAAACAATG 600 TTGTTCTCAG CTACAATGCC TAAAGCAATC CAAGCTTTAG TACAACAATT TATGAAATCA 660 CCAAAAATCA TTAAGACAAT GAATAATGAA ATGTCTGATC CACAAATCGA AGAATTCTAT 720 ACAATTGTTA AAGAATTAGA GAAATTTGAT ACATTTACAA ATTTCCTAGA TGTTCATCAA 780 CCTGAATTAG CAATCGTATT CGGACGTACA AAACGTCGTG TTGATGAATT AACAAGTGCT 840 TTGATTTCTA AAGGATATAA AGCTGAAGGC TTACATGGTG ATATTACACA AGCGAAACGT 900 TTAGAAGTAT TAAAGAAATT TAAAAATGAC CAAATTAATA TTTTAGTCGC TACTGATGTA 960 GCAGCAAGAG GACTAGATAT TTCTGGTGTG AGTCATGTTT ATAACTTTGA TATACCTCAA 1020 GATACTGAAA GCTATACACA CCGTATTGGT CGTACGGGTC GTGCTGGTAA AGAAGGTATC 1080 GCTGTAACGT TTGTTAATCC AATCGAAATG GATTATATCA GACAAATTGA AGATGCAAAC 1140 GGTAGAAAAA TGAGTGCACT TCGTCCACCT CATCGTAAAG AAGTACTTCA AGCACGTGAA 1200 GATGACATCA AAGAAAAAGT TGAAAACTGG ATGTCTAAAG AGTCAGAATC ACGCTTGAAA 1260 CGCATTTCTA CAGAGTTGTT AAATGAATAT AACGATGTTG ATTTAGTTGC TGCACTTTTA 1320 CAAGAGTTAG TAGAAGCGAA CGATGAAGTT GAAGTTCAAT TAACTTTTGA AAAACCATTA 1380 TCTCGCAAAG GCCGTAATGG TAAACCAAGC GGTTCTCGTA ACAGAAATAG TAAGCGTGGT 1440 AATCCTAAAT TTGACAGTAA GAGTAAACGT TCAAAAGGAT ACTCAAGTAA GAAGAAAAGT 1500 ACAAAAAAAT TCGACCGTAA AGAGAAGAGC AGCGGTGGAA GCAGACCTAT GAAAGGTCGC 1560 ACATTTGCTG ACCATCAAAA ATAA 1584
【００８３】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：５２７アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Asn Ile Asn Glu Leu Ile Cys Lys Ser Ile Leu Arg Asn Lys Gln Val 1 5 10 15 Lys Arg Arg Ile Ile Leu Gln Asn Phe Lys Glu Leu Gly Ile Ser Asp 20 25 30 Asn Thr Val Gln Ser Leu Glu Ser Met Gly Phe Lys Glu Pro Thr Pro 35 40 45 Ile Gln Lys Asp Ser Ile Pro Tyr Ala Leu Gln Gly Ile Asp Ile Leu 50 55 60 Gly Gln Ala Gln Thr Gly Thr Gly Lys Thr Gly Ala Phe Gly Ile Pro 65 70 75 80 Leu Ile Glu Lys Val Val Gly Lys Gln Gly Val Gln Ser Leu Ile Leu 85 90 95 Ala Pro Thr Arg Glu Leu Ala Met Gln Val Ala Glu Gln Leu Arg Glu 100 105 110 Phe Ser Arg Gly Gln Gly Val Gln Val Val Thr Val Phe Gly Gly Met 115 120 125 Pro Ile Glu Arg Gln Ile Lys Ala Leu Lys Lys Gly Pro Gln Ile Val 130 135 140 Val Gly Thr Pro Gly Arg Val Ile Asp His Leu Asn Arg Arg Thr Leu 145 150 155 160 Lys Thr Asp Gly Ile His Thr Leu Ile Leu Asp Glu Ala Asp Glu Met 165 170 175 Met Asn Met Gly Phe Ile Asp Asp Met Arg Phe Ile Met Asp Lys Ile 180 185 190 Pro Ala Val Gln Arg Gln Thr Met Leu Phe Ser Ala Thr Met Pro Lys 195 200 205 Ala Ile Gln Ala Leu Val Gln Gln Phe Met Lys Ser Pro Lys Ile Ile 210 215 220 Lys Thr Met Asn Asn Glu Met Ser Asp Pro Gln Ile Glu Glu Phe Tyr 225 230 235 240 Thr Ile Val Lys Glu Leu Glu Lys Phe Asp Thr Phe Thr Asn Phe Leu 245 250 255 Asp Val His Gln Pro Glu Leu Ala Ile Val Phe Gly Arg Thr Lys Arg 260 265 270 Arg Val Asp Glu Leu Thr Ser Ala Leu Ile Ser Lys Gly Tyr Lys Ala 275 280 285 Glu Gly Leu His Gly Asp Ile Thr Gln Ala Lys Arg Leu Glu Val Leu 290 295 300 Lys Lys Phe Lys Asn Asp Gln Ile Asn Ile Leu Val Ala Thr Asp Val 305 310 315 320 Ala Ala Arg Gly Leu Asp Ile Ser Gly Val Ser His Val Tyr Asn Phe 325 330 335 Asp Ile Pro Gln Asp Thr Glu Ser Tyr Thr His Arg Ile Gly Arg Thr 340 345 350 Gly Arg Ala Gly Lys Glu Gly Ile Ala Val Thr Phe Val Asn Pro Ile 355 360 365 Glu Met Asp Tyr Ile Arg Gln Ile Glu Asp Ala Asn Gly Arg Lys Met 370 375 380 Ser Ala Leu Arg Pro Pro His Arg Lys Glu Val Leu Gln Ala Arg Glu 385 390 395 400 Asp Asp Ile Lys Glu Lys Val Glu Asn Trp Met Ser Lys Glu Ser Glu 405 410 415 Ser Arg Leu Lys Arg Ile Ser Thr Glu Leu Leu Asn Glu Tyr Asn Asp 420 425 430 Val Asp Leu Val Ala Ala Leu Leu Gln Glu Leu Val Glu Ala Asn Asp 435 440 445 Glu Val Glu Val Gln Leu Thr Phe Glu Lys Pro Leu Ser Arg Lys Gly 450 455 460 Arg Asn Gly Lys Pro Ser Gly Ser Arg Asn Arg Asn Ser Lys Arg Gly 465 470 475 480 Asn Pro Lys Phe Asp Ser Lys Ser Lys Arg Ser Lys Gly Tyr Ser Ser 485 490 495 Lys Lys Lys Ser Thr Lys Lys Phe Asp Arg Lys Glu Lys Ser Ser Gly 500 505 510 Gly Ser Arg Pro Met Lys Gly Arg Thr Phe Ala Asp His Gln Lys 515 520 525
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 45/00 Ａ６１Ｋ 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 16/12 Ｃ０７Ｋ 16/12 Ｃ１２Ｑ 1/00 Ｚ Ｃ１２Ｑ 1/00 Ｇ０１Ｎ 33/50 Ｐ Ｇ０１Ｎ 33/50 33/53 Ｄ 33/53 33/569 Ｅ 33/569 Ａ６１Ｋ 37/02 //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:445） (72)発明者 ダミアン・マックデビット アメリカ合衆国19312ペンシルベニア州バ ーウィン、オーバールック・サークル38番 (72)発明者 クリストファー・エム・トレイニ アメリカ合衆国19063ペンシルベニア州メ ディア、ポッター・コート50番
Claims (20)
- 【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポ
リペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｂ）寄託株のスタフィロコッカス・アウレウス中に含
まれるｄｂｐＡ遺伝子により発現されるのと同じ成熟ポ
リペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して
少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｃ）配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコ
ードしているポリヌクレオチド； （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
に対して相捕的であるポリヌクレオチド；および（ｅ）
（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチドの少な
くとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオチドか
らなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む単
離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 ＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項３】 ＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項４】 配列番号１に示す核酸配列を含む請求項
２のポリヌクレオチド。 - 【請求項５】 配列番号１に示すヌクレオチド６４から
１５８１までを含む請求項２のポリヌクレオチド。 - 【請求項６】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしている請求項２のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項７】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
ター。 - 【請求項８】 請求項７のベクターを含む宿主細胞。
- 【請求項９】 請求項８の宿主細胞から上記ＤＮＡによ
りコードされているポリペプチドを発現させることを含
む、ポリペプチドの製造方法。 - 【請求項１０】 ｄｂｐＡポリペプチドまたはフラグメ
ントの製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグ
メントの生成に十分な条件下で請求項８の宿主を培養す
ることを含む方法。 - 【請求項１１】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して
少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド。 - 【請求項１２】 配列番号：２に示すアミノ酸配列を含
むポリペプチド。 - 【請求項１３】 請求項１１のポリペプチドに対する抗
体。 - 【請求項１４】 請求項１１のポリペプチドの活性また
は発現を阻害するアンタゴニスト。 - 【請求項１５】 治療上有効量の請求項１１のポリペプ
チドを個体に投与することを含む、ｄｂｐＡポリペプチ
ドを必要とする個体の治療方法。 - 【請求項１６】 治療上有効量の請求項１４のアンタゴ
ニストを個体に投与することを含む、ｄｂｐＡポリペプ
チドの阻害を必要とする個体の治療方法。 - 【請求項１７】 個体における請求項１１のポリペプチ
ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
ポリペプチドの存在または量について分析することを含
む方法。 - 【請求項１８】 請求項１１のポリペプチドと相互作用
して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。 - 【請求項１９】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、抗体および／またはＴ細胞を生じさ
せて動物を疾病から防御するに十分な請求項１１のｄｂ
ｐＡポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種
を哺乳動物に接種することを含む方法。 - 【請求項２０】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、ｄｂｐＡポリペプチドまたはそのフ
ラグメントもしくは変種をインビボで発現させて、抗体
および／またはＴ細胞を生じさせる免疫学的応答を誘導
して該動物を疾病から防御するするために、請求項１１
のｄｂｐＡポリペプチドまたはそのフラグメントもしく
は変種の発現を指令する核酸ベクターを送達することを
含む方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US95889097A | 1997-10-28 | 1997-10-28 | |
| US08/958890 | 1997-10-28 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH11266880A true JPH11266880A (ja) | 1999-10-05 |
Family
ID=25501410
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP10346505A Withdrawn JPH11266880A (ja) | 1997-10-28 | 1998-10-28 | 新規ｄｂｐＡ |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP0913474A3 (ja) |
| JP (1) | JPH11266880A (ja) |
| CA (1) | CA2248274A1 (ja) |
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|---|---|---|---|---|
| CN1300847A (zh) * | 1999-12-23 | 2001-06-27 | 复旦大学 | 一种新的多肽－腺甘磷酸依赖的解螺旋酶蛋白68和编码这种多肽的多核苷酸 |
| CN1319661A (zh) * | 2000-01-28 | 2001-10-31 | 上海博道基因技术有限公司 | 一种新的多肽——人atp依赖的解螺旋酶31和编码这种多肽的多核苷酸 |
| CN1315540A (zh) * | 2000-03-24 | 2001-10-03 | 上海博德基因开发有限公司 | 一种新的多肽——人解螺旋酶13和编码这种多肽的多核苷酸 |
| CN1315543A (zh) * | 2000-03-27 | 2001-10-03 | 上海博德基因开发有限公司 | 一种新的多肽——人rna解旋酶10和编码这种多肽的多核苷酸 |
| CN1324943A (zh) * | 2000-05-19 | 2001-12-05 | 上海博德基因开发有限公司 | 一种新的多肽——deae及deah盒家族atp－依赖的解旋酶50和编码这种多肽的多核苷酸 |
| CN1324946A (zh) * | 2000-05-19 | 2001-12-05 | 上海博德基因开发有限公司 | 一种新的多肽——人atp依赖的rna解螺旋酶11和编码这种多肽的多核苷酸 |
Family Cites Families (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
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| CA2244147A1 (en) * | 1996-01-22 | 1997-07-31 | Medimmune Incorporated | Decorin binding protein compositions and methods of use |
| GB9604045D0 (en) * | 1996-02-26 | 1996-04-24 | Smithkline Beecham Plc | Novel compounds |
-
1998
- 1998-10-19 EP EP98203506A patent/EP0913474A3/en not_active Withdrawn
- 1998-10-26 CA CA002248274A patent/CA2248274A1/en not_active Abandoned
- 1998-10-28 JP JP10346505A patent/JPH11266880A/ja not_active Withdrawn
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CA2248274A1 (en) | 1999-04-28 |
| EP0913474A3 (en) | 1999-12-29 |
| EP0913474A2 (en) | 1999-05-06 |
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A300 | Application deemed to be withdrawn because no request for examination was validly filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A300 Effective date: 20060110 |