JPS6219088A - 新規ベクタ−プラスミド - Google Patents

新規ベクタ−プラスミド

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JPS6219088A
JPS6219088A JP61168975A JP16897586A JPS6219088A JP S6219088 A JPS6219088 A JP S6219088A JP 61168975 A JP61168975 A JP 61168975A JP 16897586 A JP16897586 A JP 16897586A JP S6219088 A JPS6219088 A JP S6219088A
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JP
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plasmid
dna
vector
vector plasmid
replication
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JP61168975A
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ベルナルドウス ペトルス フベルツス ピーテルズ
ルドルフ ニコラース ヘンドリツク コニングス
ヨハネス ゲラルドウス ギスライン スクオエンマーカーズ
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SUTEITSUKUTEINGU KASORIEKE YUN
SUTEITSUKUTEINGU KASORIEKE YUNIBERUSHITEITO
Original Assignee
SUTEITSUKUTEINGU KASORIEKE YUN
SUTEITSUKUTEINGU KASORIEKE YUNIBERUSHITEITO
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Publication date
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    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
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    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
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    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 本発明は、組み換えDNA技術に用いる新規ベクープラ
スミド、及びこのプラスミドの構築法と使用、イしてこ
れが取込まれる微生物(特に大腸菌)に関する。
最近数年間に多くの組み換えDNA分子が作成され、そ
の中にはユニークな生物学的機能が一緒になってDNA
クローニングやDNA操作の重要な手段となっているも
のもいくつかある(Old &Primrose、 1
982年)。これらのベクターは、挿入不活性化により
表現型を変化させることができる遺伝的決定因子が存在
することが特徴である。
さらにこれらのベクターは複数の制限酵素の単一切断部
位を有し、多くの制限断片を直接クローニングできる。
最近、レプリカ平板法を用いることなく組み換えクロー
ンの直接的同定を可能にするクローニングベークルが作
成された。これらのベクターのうち最も多機能のものは
、適当な宿主株のl ac7突然変異の相補性を利用す
る繊維状ファージベクターとptJcプラスミドである
(Vieira &Messing、1982年; (
Hessino 、1983年)。(1lenteら、
1983年)は、1)LJCプラスミドとM131Il
pファージの性質が組合わさった一連のクローニングベ
クターの構築を報告している。Ffファージf1の機能
性複製開始点と形態形成シグナルを含む断片をpUCプ
ラスミドにクローニングして、新規プラスミドベクター
(pEMBI−プラスミド)が得られた。ヘルパーファ
ージの存在しないところではこれらのプラスミドの複製
はGOI  Fl複製開始点に依存する。
このプラスミドを有する細胞をファージIR1(flの
誘導体)で感染させると、プラスミドはFf型の複製を
開始し、1つの鎖(F鎖)がファージ様粒子中に選択的
にパッケージされる。
M13mpファージと1) E M B Lプラスミド
は、大量の1本鎖DNA (これは例えばF)NA配列
解析に利用できる)の調製に特に適1ノでいるが、1つ
大きな欠点を有する。このベクターを用いた場合r’)
NA鎖の1つのみ(すなわちウィル、ス鎖複製開始点が
存在する鎖)がパッケージされる。普通DNA断片の両
鏡のヌクレオチド配列を求める必要があるため、目的の
断片は同じベクター内で2つの配向でクローン化しなけ
ればならない。比較的釜石のDNA分子の配列は、ラン
ダムに作成した断片のショットガンクローニング法で求
められることが多い(5anoerら、1980年);
(Hessinoら、1981年) ; (peete
rsら、1985年)。この場合両鏡の配列決定には、
配向が逆になった重複断片を含むりO−ンのDNAライ
ブラリーが存在する必要がある。もしこの条件が満たさ
れない場合、特定の組み換えプラスミドから目的の断片
を回収して反対の方向に再クローニングする必要がある
。あるいは2本鎖DNAを用いて直接又はエキソヌクレ
アーぜ■で処理後、配列解析によりヌクレオチド配列を
決めなければならなイ(WaNaceら、1981年)
 ; (Guo &旧1.1982年)。このいずれの
方法も細胞内プラスミドDNAの単離と精製が必要であ
り、これは特に大量のクローンが関与する場合特に時間
がかかる。さらに2本鎖DNAを用いて行う配列前析は
、1本鎖DNA鋳型を用いて行う方法に比べ結果が劣る
(rleininger 、1983年)。
本発明は以下の点でこれらの欠点を克服した新規ベクタ
ープラスミドを与える:すなわちこのベクタープラスミ
ドは、 a)F1毛を有する大腸菌のm絹状バクテリオファージ
の複製開始点+形態形成シグナル、又はそれらの活性突
然変異体;及び b)  N11i毛を有する大腸菌のl1ff状バクテ
リオフアージの複製開始点+形態形成シグナル、又はそ
れらの活性突然変異体を、互いに反対の配向で組み込ん
でいる出発ベクターから作成される。
さらに詳しくは、本発明は、 a)繊維状バクテリオファージFf(M13、fd及び
f1)又はその突然変位体の複製開始点+形態形成シグ
ナル、又はそれらの活性突然変異体;及び b)繊繍状バクテリオファージIKe又はその突然変異
体の複製開始点+形態形成シグナル、又はその活性突然
変異体を含有するベクタープラスミドに関する。
好ましくは新規ベクタープラスミドは、pUCプラスミ
ド(ざらに好ましくはp LJ C9)を出発ベクター
とする。
このような新規のベクタープラスミドの1つの態様はp
 tJ C9に基づいており、ここでは(2)は制限酵
素NarIの甲−の認識配列に挿入され、0は制限酵素
NdeIの単一の認識配列に挿入されているか、又はこ
の逆になっている。
本明細書ではその様なプラスミドの例、すなわち第1図
に示す構造を有JるプラスミドpKLIN9を与える。
もう1つの例は、第2図に示す構造を有するI’)KU
N9由来プラスミドpKUN19である。
本発明は又、1つの2本鎖DNAが適当な位置に挿入さ
れた上記のベクタープラスミドを包含する。
本発明は又、本発明のベクタープラスミドを含有する微
生物、特に大腸菌に関する。このベクターは、Ftra
及び/又はNtra3m1仏子が存在するために、F−
特異的及び/又はN−特異的繊維状バクテリオファージ
の感染に対し感受性のある大引りすなわちF繊毛及び/
又はN繊毛を有する大腸菌に導入されることが好ましい
本発明はさらに、本発明の新規プラスミドの使用と、本
発明の新規ベクタープラスミドの構築法に関する。
従って本発明は、F−特異的繊維状バクテリオファージ
による感染に対して感受性がある本発明のベクタープラ
スミドを含有する大腸菌を、F−特異的繊維状バクテリ
オファージで感染させインキュベートした後、ファージ
様形質導入粒子を単離するか、及び/又はN−特異的繊
維状バクテリオファージによる感染に対して感受性があ
る本発明のベクタープラスミドを含有する大腸菌を、N
−特異的繊維状バクテリオファージで感染させインキュ
ベートした後、ファージ様形質導入粒子をl11111
1するか、又はF−特異的かつN−特異的繊維状バクテ
リオファージに対して感受性がある本発明のベクタープ
ラスミドを含有する大腸菌集団の一部をF−特異的繊維
状バクテリオファージで感染させ、この集団の別の一部
をN−特異的1維状バクテリオフアージで感染さVイン
キュベートした後、生成したファージ様形質導入粒子を
単離することより成る、1つの2本鎖DNAの鎖の1本
又は2本を、ファージ様粒子を含有する1本鎖DNAに
選択的にパッケージする方法を与える。
本発明は、こうして得られたDNAの合鏡の配列決定方
法と、さらに一般的にはDNA又はメツセンジャーRN
Aのクローニング、DNA配列決定、部位特巽的突然変
異誘発、S1マツピング、クローン化D N Aの発現
、及び1重鎖ハイブリダイゼーションブ日−ブのI!f
Jのために2本鎖DNAが挿入された、本発明のベクタ
ープラスミドの使用に関する。
広くいうと、本発明のプラスミドは、親ベクターの制限
酵素認識配列で(a)又は(b)をクローン化し、形質
転換体を選択し、親ベクターの別の制限酵素認識配列で
0又は(a)をクローン化し、形質転換体を選択するこ
とにより構築される。
さらに訝しくはこの方法は、pUC9の制限酵素Nar
I又は制限酵素NdeIの単一の認識配列で(2)又は
(b)をクローン化し、[−特異的又はN−特異的繊維
状バクテリオファージで感染さけた大腸菌のpolA突
然変異体の方法により形質転換体を選択し、次に未使用
の単一の認識配列で、得られた組み換えプラスミドの1
つで(b)をり0−ン化し、N−特異的又はF−特異的
繊維状バクテリオファージで感染させた大腸菌のpol
A突然変異体の方法により形質転換体を選択することよ
り成る。
実験の項で詳述Jる本発明の好適な態様は、ベクタープ
ラスミドDKUN9の構築法であり、これはプラスミド
ptJ C9を制限酵素N[)e Iとクレノウ[IN
Aポリメラーゼlで処理して平滑末端線状2本鎖DNA
を形成させ、この線状DNAを平滑末端線状2本鎖DN
A (これはプラスミドpIKori  2b(1)を
制限酵素FCOR1とBam1−11で処理し、I k
 e (7) (+ ) 複製fitlQfi点+形態
形成シグナルを有する断片を単離し、これをクレノウD
NAポリメラーぜ1で処即して作成する)と結合させ、
Ike又はその突然変異体で感染させた大腸菌のr)O
IA突然変異株の形質転換とアンピシリン耐性]ロニー
の選択により、pLJ C9のNdeI部位にIkeの
複製開始点十形前形成シグナルが挿入された形質転換体
を選択し、p LJ C9のl ac7遺伝子と同じ配
向でIkeの(+)複III開始点を含有する組み換え
プラスミドを単離し、このプラスミドを制限酵素Nar
IとクレノウI)NAポリメラーゼIで処即して平滑末
端線状2本鎖DNAを形成され、この線状DNAを平滑
末端線状2本鎖DNA (これはプラスミドp E M
 Bl−8を制限酵素R6a■で処即し、flの(+)
複製開始点+形態形成シグナルを含有する断片を単離し
、これをクレノウDNAポリメラーゼIで処理して作成
Jる)と結合させ、Ff又はその突然変異体で感染させ
た大腸菌のr)OIA突然変異株の形成転換とアンピシ
リン耐性]ロニーの選択により、pUC9のNar1部
位にflの複製開始点+形態形成ジグナルが挿入された
形質転換体を選択することにより成る。
り成る。
本発明のさらに好適な態様(これも実験の項で詳述する
)は、puc9から得られるベクタープラスミドpKU
N19の構築方法であり、これはプラスミドp LJ 
C19を制限酵素EcoRI。
Hi ndI[lで処理し次に制限酵素1−18 e 
Iで処理して、この消化生成物を単離し、ここにプラス
ミドpKUN9をN111限酵素FcoRI、 1」i
 ndTIl及びPstIで消化して得られる断片を添
加し、この混合液にリガーゼを加え、生成した[)NA
分子を大腸菌JM83に形質転換し、これをアンピシリ
ンとx−galを含有する寒天平板上で選択することよ
り成る。
pKUN9由来のプラスミドp K LJ N 19は
、r)LJC19プラスミドのポリリンカー配列を有す
るため、DKUN19に対して4個余分の甲−の制限酵
素切断部位を、従ってl ac7遺伝子中にクローニン
グ位置を有する。
公知の様に、N−特異的(Ike)及びF−特異的(M
13、fd及びfl、ここではまとめてFfとする)繊
維状バクデリオファージの1本鎖(SS)DNAゲノム
は、複製型(RF)と呼ばれる2本鎖中間体を介して複
製される。l’)NA複製サイクルは、3段階に区別さ
れる( Denhardtら、1978年)の総説を参
照)。第1段階ではウィルス5SDNAはRFに変換さ
れる。これは、宿主に]−ドされる機能と、1本鎖ファ
ージゲノム中に存在する(相補的鎖)複製開始点((−
)−複製開始点)に完全に依存する。第2段階ではRF
が何回も複製され、大量の子孫RF分子が産生される。
この工程はファージの]−ドする遺伝子■蛋白の作用で
開始され、ウィルス鎖の特異的な位置くウィルス鎖複製
開始点又は(+)−複製開始点)にニックが導入され(
Neverら、1979年)、その結果ローリングリ−
クル(roNingcircle) 1!構に従いDN
Aポリメラーゼによる複製のためのプライマーとして作
用する3′−〇[]末端ができる。複製が1回終了した
後、遺伝子■蛋白は再び、別れたウィルス鎖を全く同じ
位置で切断して、親(+)鎖を新に合成された(+)鎖
から分離する。同時に、得られたRFと5sDNA分子
は、共有結合で閉じられて円形分子が産生される(Ne
ver & Ge1der11982年)。
感染の初期では新に合成された5sDNAは、複製の第
1段階と同様にRFに変換される。しかし感染の後1f
l(第3段階)では、5sDNAはファージのコードす
る5sDNA結合蛋白(遺伝子V蛋白)にカバーされR
Fへの変換が妨げられるため、子孫5sDNAが合成さ
れる。5sDNAと遺伝子■蛋白の核蛋白複合体は、宿
主細胞膜へ輸送され、そこで成熟ファージ粒子へのパッ
ケージングが行われる。この■稈にはく+)−複製開始
点に連続する特異的なl’)NA配列(形態形成シグナ
ル)が必要であル(Dotto & Zinder、1
983年)。
本発明者らは、IkeとFfの遺伝子■蛋白の生物学的
機能は相互に交換できないことを見出【ノた。さらに我
々は、ウィルス鎖複製の複製開始点の配向がお互いに反
対の場合、IkeとFfの(」−)−複製間9fl〆1
を含有する組み換えプラスミドは、IkeとFfの遺伝
子■蛋白により複製され得るをさらに見出()た。Ik
e遺伝子■蛋白が存在する場合、Ike(+)−複製開
始点のみが使用され、「f(7)I伝子■蛋白が存在1
′る場合Ffの遺伝子■蛋白が使用される。さらにプラ
スミドがファージ形態形成シグナルを有する場合、プラ
スミドがファージ様粒子に効果的にパッケージされる。
このシグナルの機能は、同じf)NA鎖上の機能上ファ
ージの(+)−複製開始点の存在に対してシス(cis
 )で結合している( Dottoら、1981年) 
; (notto & 7inder、 1983年)
従って組み換λプラスミドで、複製開始点と形態形成シ
グナルの両方を含有するIkeとFfの断片の配向がお
互いに反対の場合、ファージ様粒子にパッケージされる
DNA鎖は、これらのプラスミドを有する細胞をIke
又はFfで感染させて選択し得る。
これらの粒子様性質は、本発明の多機能ベクタープラス
ミドの作成に用いられる。
 20一 本発明のプラスミドは、好ましくは1) jJ C9に
基づく。このプラスミドはクローニングのためのいくつ
かの特異な性質を有するため、そのプラスミドの使用が
好ましい(Vieira & He5sino、198
2年)。
本発明の方法ではACCIの例外を除いて、ρUC9中
にflとIke配列が導入されているにもかかわらず、
l acZDNAの全てのクローニング部位は単一であ
る。さらに別の利点は、このプラスミドは比較的サイズ
が小さいこととベクタープラスミドの組み換えクローン
がプラスミドとして増殖できる能力のため、M13mp
シリーズのファージを用いる場合より遥かに多量のDN
A断片が安定的に挿入かつパッケージされることである
( Dent(3ら、1983年)。
本発明のプラスミド(例えばp K jJ N 9とp
K LJ N 19 )は、1本鎖ファージベクターと
pUCプラスミドの全ての特異な性質を持っているだけ
でなく、その使用を拡張して1つの組み換えプラスミド
の両方のDNA鎖を1本鎖型で別々に得ることが可能に
なることである。この性質は、比較的大きなりNA分子
の配列決定のための散弾銃りn−ニングを使用する際特
に有用である。本発明のプラスミドを用いることにより
、1つのクローンから2倍の配列情報が得られるため、
目的の配列を集めるために必要な時間は大幅に減少でき
る。又は比較的小断片をクローニングすることにより、
両鏡のヌクレオチド配列が同時に決定できる。1つの鎖
の配列解析では決定困難な場合、この方法は特に有効で
ある。
本発明のプラスミドは、クローニング及びDNA配列決
定法(sangerら、1980年)、部位特異的突然
変異誘発(、?oNer & Sm1th、 1982
年)、S1マツピング(Ci I 1bertoら、1
983年)、mRNAクローニング(1leideck
er &Messing 、1983年)、クローン化
DNAの発現(Slocomheら、1982年)、及
び1本鎖ハイブリダイゼーションプローブの産生(旧1
&t4essino 、 1982年)に有効なベクタ
ーである。
添付図面において、 第1図は、プラスミドp LJ C9から出発して本発
明のプラスミドpKtJN9を作成J−る方法を示す。
第2図は、I)KUN9から本発明のプラスミドpKU
N19を作成する方法を示す。
第3図は、感染細胞から単離された形質導入粒子中に存
在するl acZ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を示
す。こうして得られるl ke9で感染後の1本鎖DN
Aの配列は、マスタープライマーによってのみ決定され
(上側の配T111)、IRlで感染させて得られる粒
子のDNA配列決定には、逆のプライマーを使用しなt
−Jればならない(下側の配列)。
本発明を以下の実験の項で説明するが、これは例示を目
的とするものであり、決して本発明を限定づるものでは
ない。
A、材料と方法 (2)細菌、ファージ及びプラスミド 使用した細菌株は、大腸菌J M 83、(a)80I
 ac7  DMl 5、ara 、旧acprO,5
trA1thi ) (Hessing、1979年)
、N4156及びN4156/F’  (polASe
nrl、thy、0VrA)  (Ge1lertら、
1977年)である。JM83をIke9とFfの感染
に対し感受性とするために、接合により和合性のある接
合性プラスミドN3とF’ tslac : T n 
5をこの株に導入した(Ilennison & Ba
umberg 、1975年)。
機能性f1複製開始点を有するプラスミドの陰性妨害に
対しバクテリオファージIR1(flの誘導体)は耐性
なため、プラスミドp K U N 9のE鎖のパッケ
ージングにIRIを使用した(a)0ttOら、198
1年)。バクテリオファージIke−9はwt  Ik
eの変種(にathoonら、1972年) ; (P
eetersら、1985年)であり、このファージで
感染させるとwt  Ikeの場合より形質導入粒子が
高収率で得られるため、プラスミドF)KUN9の1鎖
のパッケージングにこのファージを使用した。
プラスミドDIKori−2b(1)はIkeDNA断
片を有し、この上に1本鎖DNAのファ−ジ様粒子への
パッケージングに必要なIkeの複製開始貞と形態形成
シグナルが存在する。プラスミドpEMF3L8、p 
LJ C9及びpUC19は既に記載されている( l
1enteら、1983年);(Vieira & H
e5sino、1982年) ; (Yanisch−
Perronら、1985年)。
0酵素と生化学品 全ての制限酵素、T4−DNAリガーゼ及びDNAポリ
メラーぜ■(クレノウ断片)は、ベセスダリサーチラボ
ラトリーズ社、二]、−イングランドバイオラボズ社又
はベーリンガーマンハイム社から入手し、Haniat
isら(1982年)の3=緩衝液系又は供給元の指示
する緩衝液で使用した。
平滑末端を作成するため、1μ9のDNAを、20nH
トリス−1−ICI 、111118.0.75+nH
KCI、5w+HM9CI  、1mHジチオスレイト
−ル(DTT)中1単位のクレノウ[)NAポリメラー
ゼ■と、1100IIの4種のデオキシヌクレオチド三
リン酸で37℃で30分間処理し、セファデックスG−
50スーパーフアインカラムを通して遠心分離し、エタ
ノールで沈澱させた。
、1. van Boom博士と共同研究者(ライデン
大学、有機化学科)の合成した2つのデオキシオリゴヌ
クレオチド配列決定用プライマー5’ dG−T−A−
A−A−A−C−G−^−C−G−G−C−C−A−G
−T−G3’  (()又はマスタープライマー)と5
′(I^−A−C−A−G−C−T−^−T−G−A−
C−C−A−T3 ’  (+)又は逆ブライマー)を
彼等から人手した。マスター(−)プライマーは、]ド
ジTニック(corlogenic )鎖に対して相補
的であり、逆(+)プライマーはl ac7遺伝子の非
コドジ丁ニック(non−codogenic )鎖に
対して相補的である(第2図参照)。
使用した他の生化学品の入手元は既に示されている(に
oninos 、 1980年) ; (Peeter
sら、1983年、1985年)。
(へ)形質転換および、ファージと 形質導入粒子の数のl算 Haniatisら、1982年の記載するHande
l &11ir+a11970年の方法により、大腸菌
をコンピタントにし形質転換させた。必要な場合には、
Ca Cl 2処理10分前に細胞をIke又はFfで
感染させた。
形質転換した細胞を、適宜100μg/i+lのアンピ
シリンと0.004%のx−galを含有する2YT寒
天平板(ミラー(MiNer)ら、1972年)上に広
げた。
100μlの培養液を1ツペンドルフ遠心分離機で5分
間遠心分離して、感染ファージとアンピシリン耐性形質
導入粒子の数を求めた。次に50Hlの上澄液を別の試
験管に移し、65℃で2分間インキコベートして残存す
る細菌を殺した。次に適当に希釈した液を100 tt
 I採り、指数増殖している大腸菌細胞100μm中に
添加して37℃で10分間インキュベートとした。この
混合液をアンピシリン(100119/w+l>含有2
YT寒天平板上に広げ、37℃で一晩インキコベートし
た。元々の培養液中に存在する形質導入粒子の数を求め
るため、生成したアンピシリン耐性1ロ二−の数を用い
た。同様に適当な指示株−りに、連続希釈液を広げて、
感染ファージの数を求めた。
(へ)1本鎖DNAの単離と配列解析 プラスミドp K LJ N 9を有するJM83/N
3/F’ を、培養密度が5×108細胞/1に達する
まで37℃で増殖させた。次に感染倍率20f8で1I
NY&をバクテリオファージIke−9又はIRlで感
染させた。−晩インキユベートした後、培養液1.51
をエツベンドルフ微@遠心機(Fpt+endorf 
 1icrofuoe)中で5分間遠心分離シ、上澄液
11を新しい試験管に移し、250 tt Iの2.5
M  NaC1,20%ポリエチレングリ]−ルー60
0(b)を加え混合した後、混合液を室温で15分間放
置した。■ツペンドルフ微量遠心機で10分間遠心分離
した後、上澄液を除去し沈殿物を100μmのTE(1
0II+Ht−リス−14C1、pH7,6,1w+t
4  Fl’)TA)に溶解し、100μmのTF−飽
和フェノールを用いて65℃で1回、100μmのTE
−飽和フェノール−クロロホルム(1:1)を用いて室
温で1回抽出した。
水層のDNAを2.5倍量のエタノールで沈澱させ、遠
心分mm沈澱物を70%エタノールで1同洗滌してから
、乾燥し20μmの■[に溶解した。
5−10μmの鋳型DNAを用いて(sangerら、
1977年)の記載するジデオキシ法により、DNA配
列解析を行った。ファージTRIでパッケージングが指
令される場合は、逆(+)配列決定用プライマーで配列
を決定し、1ke−9でパッケージされるDNA鎖(I
−鎖)の配列決定には、マスター(−)プライマーを使
用した。このために市販のプライマーを使用することも
できる。
B、プラスミドpKUN9の構築 pUC9 (Vieira & He5sino、 1
982年)はクローニング用にいくつかの好ましい特徴
を有するため、我々はこれをプラスミドpKUN9作成
の親ベクターとして選んだ。β−ガラクシダーゼのα−
ペプチドのコード配列中に存在する短いポリリンカーD
NA内の、種々の制限エンドヌクレアーゼ切断部位に異
種t)NAを挿入できる。これにより、適当な指示平板
のレプリカ平板法を用いることなく組み換えクローンの
直接的同定が可能になる(Messing 、 198
3年)。
プラスミドp U C9は、制限酵素NarIとNde
Iの各々に対する単一の認識配列を含有する。これらの
部位は、1acZ遺伝子(p jJ C9は完全なl 
acZ″iII伝子を持たず、プロモーターとオペレー
ターを含む5′断片のみを含有する)とアンピシリン耐
性コード遺伝子の間に、お互いに接近して存在する(第
1図参照)。pEMBLプラスミドの作成にはNarI
部位の使用が成功しているため(Denteら、198
3年)、我々は異種DNAの挿入にプラスミドpUC9
の性質に影響を与えることなく両部位と6使用可能であ
ると予測した。
プラスミドpIKori−2b(11は以下の様にシテ
作成した。プラスミドpLJ R222(Ruethe
rら、1981年)中では、I acZ遺伝子中の小p
 V IJ IT断片(複数のクローニング部位を含む
)を、ファージM13+111’)9の1ac2遺伝子
の対応する断片で置き換えた。こうして得られるプラス
ミド(pBP9と呼ぶ)は、l−) U R222中に
存在するクローニング部位以外にSma I(Xma1
)とl−1i n d mの単一部位を有する。
次にプラスミドpBP9の3ma 1位のIkeの遺伝
子開領域のAILJI−B断片(807n)をクローン
化した。このプラスミドをpIKOri−2と呼ぶ。最
後にプラスミドp()(ori−2から、Ra1−31
欠失突然変異体(ここではIke挿入体の3′末端は6
621位にある)を得た。このプラスミドpIKori
−2b(11は、このバクテリオファージの1keN能
牲(+)−複製開始点と形態形成シグナルを含有する(
第1図を参照)。
このプラスミドをEC0RIと13amNlで消化し、
クレノウDNAポリメラーゼIで処理して平滑末端を作
成してIke挿人偉人体き、次にあらかじめクレノウD
NAポリメラーゼ■で処理した1)LIC9ONdeI
部位にクローン化した。
1)LJC9のNde■部位にIke断片を挿入した場
合選択可能な表現型の変化は起きないから、p L) 
C9のCo l F 1複製開始点はDNAポリメラー
ゼ■の欠如する細胞中では機能を示されないという事実
を利用して組み換えプラスミドを選択した( Bol 
1varら、1977年)。この酵素が存在しない細胞
(PolA突然変異体)中では、機能性複製開始点が存
在しない場合はpUC9由来組み換えプラスミドは複製
できない。従ってIkeで感染させたPo1Aを形質転
換させるためこの結合混合液を用いて、トランス(tr
ans )で遺伝子■蛋白の供給源を与えた。アンピシ
リン耐性コロニーが得られたため、Ike(+)−複製
開始点はうま<20−ン化されていることを示していた
。いくつかのコロニーのプラスミドDNAを単離し、J
M83株を形質転換させるために使用した。アンピシリ
ンとx−galを含有する平板上で選択した後、いくつ
かの青いコロニーのプラスミドDNAを単離し、制限酵
素消化により解析した。結果はIke断片が両配向でク
ローン化されていることを照明していた。ptJc9の
l acZ遺伝子と同じ配向でIkeの(+)−複製開
始点を含有するプラスミドをpuct−2eと命名した
(第1図参照)。
FTファージf1の機能性(+)−複製開始点+形態形
成シグナルは、ファージ遺伝子開領域をほとんどカバー
するRsa T断片中に含有されていた(NiN & 
Petersen 、 1982年)。
DEMBI−プラスミド中に存在するf I DNA配
列中にも同じ断片が存在する( Denteら、198
3年)。プラスミドpEMBL8(−)をRsa lで
消化した後、fl (+)−複製開始点と形態形成シグ
ナルを含有する514塩基対断片をimt、た。次にこ
の断片を、クレノウDNAポリメラーゼ■で処理してプ
ラント末端を作成したpLJcI−2eのNar1部位
に結合さセタ。
IRI感染Po1A細胞を形質転換した後、アンピシリ
ン耐性コロニーを得て、プラスミドI)NAを単離し、
JM83株を形質転換するのに使用()た。制限酵素消
化によりいくつかの青いアンピシリン耐性コロニーのプ
ラスミドDNAの解析の結果、全てのプラスミドは同じ
構造を有しており、IkeとIacZ11伝子の配向と
反対の配向でfl(十)−複製開始点を含有していた。
このプラスミド(p K U N 9と呼ぶ)の作成と
構造を第1図にしめす。
C,pKUN19の構築 親プラスミドはpuci 9である( Vanisch
−PerrOnら、1985年)。単離後プラスミドを
制限酵素FcoRIどHindl[[で切断しくこの操
作によりIacZ311伝子中のポリ伝力中が切断され
る)、次に制限酵素Ha e T[で切断する(この操
作により種々の部位でp LJ C19プラスミドが切
断される)ことにより不活性化される(第2図参照)。
消化後、この断片を、プラスミドr) K tJ N 
9を制限酵素Eco  R1,Hindl[I、P s
 1: Tで消化した得た断片に添加した。これらの酵
素はpKUN9のポリリンカー配列を切断することによ
り不活性化させる。こうして得られる混合液にリガーゼ
を加えた。次に生成した組み換えDNA分子を大腸菌J
M83.l;tJM101株中に形質転換させた( v
an;5ch−perronら、1985年)。形質転
換後、細菌を選択マーカーとしてアンピシリンとX−g
alを含有する2YT寒天上に広げ1= 、いくつかの
青い]日ニーから得たプラスミドの制限酵素切断パター
ンを試験した結果、pUC9に帰因するポリリンカー配
列が、プラスミドpUC19のポリリンカー配列に置き
換えられていることが結論できた。この交換のためベク
タープラスミド1)KLIN 19は、プラスミドpK
UN9に比較して4つの単一の制限酵素切断部位を得た
(N素Sph I 、Xba I、Kpn Ten  
5st1)結果、そのクローニングベクターとしての有
用性がさらに増大した。
D、pKLJN9のDNA鎖の選択的かつ効率的パッケ
ージング Ike−9と1111の双方の指令下F 1) K j
J N9の1本鎖DNAが効率的にアンピシリン耐性形
質導入粒子中にパッケージされているという証拠を得る
ため、r) K U N 9を有するJM83(N3/
F′)細胞を5X108細胞/1になるまで増殖させた
後、Ike−9又はIRlで感染させた(感染倍率20
倍)。12時間感染させた後、感染ファージと形質転換
導入粒子の数を求めた。その結果■ke−9とIRlの
両方で感染させた細胞の一1二澄液に存在する形質転換
導入粒子の数は、実質的に感染ファージ粒子の数と同じ
であった。
培養上澄液から1本鎖DNAを1l11tLアガロース
ゲル上で分画した場合も同様の結果が得られた。
各DNA調製物において、2つの1本鎖DNA分子が大
体等量存在しており、1つはファージDNAにもう1つ
はプラスミドDNAに対応していた。これらのデータか
らl ke−9とIRlの双方の指令下でp K LJ
 N 9の1重鎖DNAが効率的にファージ用粒子中に
パッケージされていることが結論できた。
1ke−9の遺伝子■蛋白はFfのく+)−複製開始点
のみを含むDNA分子を複製できない(イの逆も真であ
る)という事実は、1ke−9感染細胞中ではI鎖がぞ
してTR1感染細胞中ではF#14が、形質導入ファー
ジ様粒子中に選択的にパッケージされていることを示唆
している。この仮定が正しいという証拠を得るために、
Ike−9及びIR1感染pUC9含有細胞の培養−L
澄液から単離した1本鎖DNA中のI acZ遺伝子の
ヌクレオチド配列を、マスター及び逆配列決定プライマ
ーを用いて決定した((b)(a)参照)。これらのプ
ライマーはl acZ遺伝子の1つの鎖(これはpKU
N9の1及びF鎖の両方に存在するがファージDNA中
には存在しない)のみに相補的であるため、これらのプ
ライマーを使用する配列解析により1本鎖[)NAI製
物中物中KUN9の1つの鎖のみ又は2本の鎖が存在す
るか否かがわかる。第3図に示すように、Ike−9感
染細胞により産生きれる形質導入粒子から単離される1
本鎖DNA中のI ac7遺伝子のヌクレオチド配列は
マスタープラマーを使用する場合のみ求められるが、T
RI感染細胞により産生される形質導入粒子から単離さ
れる1重鎖rlNA中に存在するI acZ遺伝子のヌ
クレオチド配列の解析には逆ブライマーを使用しなけれ
ばならない。同じプライマーをプローブとして用いる1
本鎖DNA調製物のドツトブロン1〜ハイブリダイゼー
シヨンにより同様の結論が得られた。すなわちマスター
プライマーはIke−9によりパッケージされた1重鎖
D”NAとのみハイブリダイゼーションしたが、逆プラ
イマーはIRl組み立てDNAとのみハイブリダイゼー
ションした。
これらの観察は、p K tJ N 9含有細胞による
感染後はI鎖が、TRIによる感染後は相補的(F鎖)
が効率的かつ選択的にファージ様形質導入粒子中にパッ
ケージされることを結論的に証明している。さらにこの
結果は、これらの粒子から単離される1本鎖DNAは、
ヌクレオチド配列解析に容易に使用できることを証明し
ている。
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【図面の簡単な説明】
第1図は、プラスミドpLIc9から出発して本発明の
プラスミドpKLJN9を構築する方法を示す。 第2図は、p K U N 9から本発明のプラスミド
r)KtJN19を構築する方法を示す。 第3図は、感染IIl胞から単離された形質導入粒子中
に存在する1acZ遺伝子のヌクレオチド配列の一部を
示す。

Claims (17)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)ベクタープラスミドにおいて: a)F繊毛を有する大腸菌の繊維状バクテリオファージ
    の複製開始点+形態形成シグナル、又はそれらの活性突
    然変異体;及び b)N繊毛を有する大腸菌の繊維状バクテリオファージ
    の複製開始点+形態形成シグナル、又はそれらの活性突
    然変異体を、互いに反対の配向で組み込んでいる出発ベ
    クターから作成される、上記ベクタープラスミド。
  2. (2)a)繊維状バクテリオファージFf(M13、f
    d及びf1)又はその突然変異体の複製開始点+形態形
    成シグナル、又はそれらの活性突然変異体;及び b)繊維状バクテリオファージIKe又はその突然変異
    体の複製開始点+形態形成シグナル、又はそれらの活性
    突然変異体を含有する、特許請求の範囲第1項に記載の
    ベクタープラスミド。
  3. (3)pUCプラスミドを出発ベクターとする、特許請
    求の範囲第1項又は第2項に記載のベクタープラスミド
  4. (4)プラスミドpUC9を出発ベクターとする、特許
    請求の範囲第3項に記載のベクタープラスミド。
  5. (5)(a)は制限酵素NarIの単一の認識配列に挿
    入されており、 (b)は制限酵素NdeIの単一の認識配列に挿入され
    ているか、又はこの逆になつている、特許請求の範囲第
    4項に記載のベクタープラスミド。
  6. (6)第1図に示す構造を有するベクタープラスミドp
    KUN9。
  7. (7)第2図に示す構造を有するベクタープラスミドp
    KUN19。
  8. (8)1個の2本鎖DNAが適当な位置に挿入されてい
    る、特許請求の範囲第1項から第7項までのいずれか1
    項に記載のベクタープラスミド。
  9. (9)特許請求の範囲第1項から第8項までのいずれか
    1項に記載のベクタープラスミドを含有する微生物、特
    に大腸菌。
  10. (10)F−特異的及び/又はN−特異的繊維状バクテ
    リオファージによる感染に対して感受性がありかつ、特
    許請求の範囲第1項から第8項までのいずれか1項に記
    載のベクタープラスミドを含有する大腸菌。
  11. (11)1個の2本鎖DNAの鎖の1本又は2本を、フ
    ァージ様粒子を含有する1本鎖DNAに選択的にパッケ
    ージする方法において、F−特異的繊維状バクテリオフ
    ァージによる感染に対して感受性がありかつ特許請求の
    範囲第8項に記載のベクタープラスミドを含有する大腸
    菌を、F−特異的繊維状バクテリオファージで感染され
    、インキュベートした後、ファージ様形質導入粒子を単
    離するか、及び/又はN−特異的繊維状バクテリオファ
    ージによる感染に対して感受性がありかつ特許請求の範
    囲第8項に記載のベクタープラスミドを含有する大腸菌
    を、N−特異的繊維状バクテリオファージで感染させ、
    インキュベートした後、ファージ様形質導入粒子を単離
    するか、又はF−特異的かつN−特異的繊維状バクテリ
    オファージに対して感受性がありかつ特許請求の範囲第
    8項に記載のベクタープラスミドを含有する大腸菌集団
    の一部をF−特異的繊維状バクテリオファージで感染さ
    せ、この集団の別の一部をN−特異的繊維状バクテリオ
    ファージで感染させ、インキュベートした後、生成した
    ファージ様形質導入粒子を単離することより成る、上記
    方法。
  12. (12)2本鎖DNAの一片のヌクレオチド配列の決定
    方法において、特許請求の範囲第11項に記載の方法に
    より別々に鎖を得た後、このDNA鎖の2本のそれぞれ
    のヌクレオチド配列を公知の方法により決定することよ
    り成る、上記方法。
  13. (13)DNA又はメッセンジャーRNAのクローニン
    グ、DNA配列決定、部位特異的突然変異誘発、S1マ
    ッピング、クローン化DNAの発現、及び1本鎖ハイブ
    リダイゼーシヨンプローブの調製のための、特許請求の
    範囲第8項に記載のベクタープラスミドの使用。
  14. (14)特許請求の範囲第1項に記載のベクタープラス
    ミドの構築法において、親ベクターの制限酵素認識配列
    で(a)又は(b)をクローン化し、形質転換体を選択
    し、親ベクターの別の制限酵素認識配列で(b)又は(
    a)をクローン化し、そして形成転換体を選択すること
    より成る、上記方法。
  15. (15)特許請求の範囲第5項に記載のベクタープラス
    ミドの構築法において、pUC9の制限酵素Nar I
    又は制限酵素Nde I の単一の認識配列で(a)又は
    (b)をクローン化し、F−特異的又はN−特異的繊維
    状バクテリオファージで感染させた大腸菌のpolA突
    然変異体により形質転換体を選択し、次に未使用の単一
    の認識配列で、得られた組み変えプラスミドの1つで(
    b)又は(a)をクローン化し、そしてN−特異的又は
    F−特異的繊維状バクテリオファージで感染された大腸
    菌のpolA突然変異体により形質転換体を選択するこ
    とより成る、上記方法。
  16. (16)ベクタープラスミドpKUN9の構築方法にお
    いて、プラスミドpUC9を制限酵素NDe I とクレ
    ノウDNAポリメラーゼ I で処理して、平滑末端線状
    2本鎖DNAを形成させ、この線状DNAを平滑末端線
    状2本鎖DNA(これはプラスミドpIKori2b(
    1)を制限酵素EcoR I とBamH I で処理し、I
    keの(+)複製開始点+形態形成シグナルを有する断
    片を単離し、これをクレノウDNAポリメラーゼ I で
    処理して作成する)と連結させ、Ike又はその突然変
    異体で感染させた大腸菌のpolA突然変異株の形質転
    換とアンピシリン耐性コロニーの選択により、pUC9
    のNde I 部位にIkeの複製開始点+形態形成シグ
    ナルが挿入された形質転換体を選択し、pUC9のla
    cZ遺伝子と同じ配向でIkeの(+)複製開始点を含
    有する組み換えプラスミドを単離し、このこのプラスミ
    ドを制限酵素素Nar I とクレノウDNAポリメラー
    ゼ I で処理して、平滑末端線状2本鎖DNAを形成さ
    せ、この線状DNAを平滑末端線状2本鎖DNA(これ
    はプラスミドpEMBL8を制限酵素Rsa I で処理
    し、f1の(+)複製開始点+形態形成シグナルを含有
    する断片を単離し、これをクレノウDNAポリメラーゼ
    I で処理して作成する)と連結させ、Ff又はその突
    然変異体で感染させた大腸菌のpolA突然変異株の形
    質転換とアンピシリン耐性コロニーの選択により、pU
    C9のNar I 部位にf1の複製開始点+形態形成シ
    グナルが挿入された形質転換体を選択することより成る
    、上記方法。
  17. (17)ベクタープラスミドpKUN19の構築法にお
    いて、プラスミドpUC19を制限酵素EcoR I 、
    HindIIIで処理し次に制限酵素HaeIIで処理して
    、この消化生成物を単離し、これを特許請求の範囲第6
    項に記載のプラスミドを制限酵素EcoR I 、Hin
    dIII及びPst I で消化して得られる断片に添加し、
    この混合液にリガーゼを加え、生成したDNA分子を適
    当な大腸菌に形質転換し、これをアンピシリンとx−g
    alを含有する寒天平板上で選択することより成る、上
    記方法。
JP61168975A 1985-07-17 1986-07-17 新規ベクタ−プラスミド Pending JPS6219088A (ja)

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