KR20160068802A - 호산구성 장애를 진단 및 치료하는 방법 - Google Patents

호산구성 장애를 진단 및 치료하는 방법 Download PDF

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알렉산더 알. 아바스
조셉 알. 아론
데이빗 에프. 초이
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니콜라스 제이. 아이. 르윈-코
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제넨테크, 인크.
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Abstract

천식을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 과잉 호산구 수 또는 활성과 관련된 장애를 진단 및 치료하는 방법이 제공된다. 또한, TH2 경로 억제제인 특정 치료제를 사용하여 치료하기 위한 환자를 선택 또는 확인하는 방법이 제공된다.

Description

호산구성 장애를 진단 및 치료하는 방법 {METHODS OF DIAGNOSING AND TREATING EOSINOPHILIC DISORDERS}
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2013년 10월 23일에 출원된 미국 가출원 번호 61/894,831의 우선권 이익을 주장하며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
서열 목록
본 출원은 EFS-웹을 통해 제출되고 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 서열 목록을 함유한다. 2014년 10월 3일에 생성된 상기 ASCII 카피는 P5689R1-WO_SL.txt로 명명되고, 25,035 바이트 크기이다.
기술분야
천식을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 과잉 호산구 수 또는 활성과 관련된 장애를 진단 및 치료하는 방법이 제공된다. 또한, TH2 경로 억제제인 특정 치료제를 사용하여 치료하기 위한 환자를 선택 또는 확인하는 방법이 제공된다.
천식은 전세계적으로 발병률이 증가하고 있는 복합 질환이다. 다른 사례 중에서, 호산구성 염증이 천식 환자의 기도에서 보고되었다. 질환의 병리생리상태는 가변 기류 폐쇄, 기도 염증, 점액 과다분비 및 상피하 섬유증을 특징으로 한다. 임상적으로, 환자는 기침, 천명 및 숨가쁨을 나타낼 수 있다. 많은 환자가 현재 이용가능한 요법으로 충분히 치료받고 있지만, 천식을 갖는 일부 환자는 현행 요법의 사용에도 불구하고 지속성 질환을 갖는다.
천식을 치료하기 위한 많은 약물이 시장에 존재하거나 개발 중에 있다. 천식 요법을 위한 표적은 시토카인, 예컨대 IL-13, IL-17, IL-5, 및 IL-4 뿐만 아니라 알레르기와 연관된 표적, 예컨대 IgE를 포함한다. 천식 치료를 위해 시장에 존재하는 예시적인 치료 분자 및 개발 중인 치료 후보는 오말리주맙 (졸레어(XOLAIR)®) (가용성 IgE를 표적화함) (예를 들어, 문헌 [Chang et al., J Allergy Clin Immunol. 117 (6): 1203-12 (2006); Winchester et al., N. Engl. J. Med. 355 (12): 1281-2 (2006); Brodlie et al., Arch Dis Child. 97 (7): 604-9 (2012); Bousquet et al., Chest 125 (4): 1378-86 (2004); Schulman, ES, Am J Respir Crit Care Med. 164 (8 Pt 2): S6-11 (2001); Chang et al., Adv Immunol. 93: 63-119 (2007)] 참조), 레브리키주맙 (IL-13을 표적화함) (예를 들어, 문헌 [Corren et al. (2011) N Engl J Med 365: 1088-98; Scheerens et al. (2012) Am J Respir Crit Care Med 185: A3960; Jia et al. (2012) J Allergy Clin Immunol 130: 647-654 e10]; WO 2012/083132 참조), 메폴리주맙 (IL-5를 표적화함) (예를 들어, 문헌 [Haldar et al., N Engl J Med. 2009 Mar 5;360(10):973-84; Nair et al., N Engl J Med. 2009 Mar 5;360(10):985-93; Pavord et al., The Lancet 380 (9842): 651-659, doi:10.1016/S0140-6736(12)60988-X] 참조), 및 퀼리주맙 (막-결합 IgE를 표적화함) (예를 들어, US 특허 공개 번호 2013/0243750 참조)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
인간 천식은 기도에서의 제2형 시토카인 발현 및 호산구성 염증을 특징으로 하는 알레르기성 장애로 통상적으로 간주되지만, 이는 기도 염증과 관련하여 명백하게 이질적이다. 게놈 접근법은 천식 환자 기도에서 제2형 시토카인 발현 및 호산구성 염증의 정도에 해당하는 이질적인 유전자 발현 패턴을 확인하였다. 이들 유전자 발현 패턴은 기관지경검사 또는 객담 유도를 필요로 하지 않는 호산구성 기도 염증의 후보 바이오마커의 확인으로 이어졌다. 제2형 기도 염증의 매개체를 표적화하는 후보 생물학적 요법은 최근 수년간 중등도-중증 천식을 갖는 환자에서의 임상 연구를 통해 진행되어 왔다. 혈청 페리오스틴, 분획 호기 산화질소 (FENO), 및 혈액 호산구 카운트는 IL-13, IL-5, 및 IgE를 표적화하는 생물학적 요법의 임상 연구에서 임상 이익을 풍부화시킬 수 있는, 잠재적인 예측적 및 약역학적 바이오마커로서 대두되는 바이오마커에 속한다. 문헌 [Arron et al., 2013, DOI: 10.1513/AnnalsATS.201303-047AW].
상기 논의된 바와 같은 이러한 바이오마커는 특정한 치유적 치료에 반응할 가능성이 클 수 있는 천식 환자를 확인하는 것에 대한 잠재력이 입증되었지만, 지금까지 어떠한 것도 이러한 용도에 대해 규제 기관으로부터 검증받거나 승인받은 바 없다. 또한, 이전에 확인된 바이오마커는 그의 사용과 연관된 특정 실제적 한계 및 혼동 요인, 예컨대 바이오마커, 유의한 환자내 또는 환자간 가변성, 또는 개발 동안 달라질 수 있거나 (예를 들어, 소아 수준이 성인 수준과 비교됨) 천식을 넘어 추가의 질환 상태와 연관될 수 있는 바이오마커 수준을 측정하기 위한 특정한 장치에 대한 필요를 가질 수 있다. 또한, 임상의 등이 천식의 병리생리학적 측면, 임상 활성, 요법에 대한 반응, 예후, 또는 질환 발생의 위험을 정확하게 규정할 수 있게 하는 어떠한 임상적으로 검증된 진단 마커, 예를 들어 바이오마커도 확인되어 있지 않다. 따라서, 천식 환자가 치료를 모색함에 따라, 현재 특정한 환자에 효과적인 치료제(들)에 대한 연구에서 수반되는 상당한 시행 착오가 존재한다. 이러한 시행 착오는 종종, 가장 효과적인 요법을 찾기 위해 환자에 대한 상당한 위험 및 불편을 수반한다.
따라서, 천식 환자 및 다른 아토피성 또는 호산구성 장애, 예컨대 예를 들어 비제한적으로 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 비강 폴립증, 호산구성 식도염, 과다호산구성 증후군을 앓고 있는 환자가 치료에 반응할 것인지를 결정하고, 이러한 결정을 천식 및 다른 호산구성-장애 환자를 위한 보다 효과적인 치료 요법에 포함시키는데 효과적인 새로운 바이오마커를 확인하는 것에 대한 계속적인 필요가 존재한다. 또한, 이러한 바이오마커와 질환 상태의 연관성과 관련하여 통계적 및 생물학적으로 유의하고 재현가능한 정보는, 예를 들어 특정한 치료제가 임상 연구에서 특정 환자 하위집단에서 치료 이익을 갖는 것으로 밝혀졌거나 밝혀진 바 있는 경우에, 특정한 치료제를 사용한 치료로부터 유의하게 이익을 얻을 것으로 예상되는 환자의 특정 하위세트를 확인하기 위한 노력에서 필수 요소로서 사용될 수 있다.
본원에 기재된 본 발명은 특정의 상기 기재된 필요를 충족시키며 다른 이익을 제공한다.
본 출원은 TH2 경로를 억제하기 위한 치료제 및 그의 보다 우수한 사용 방법을 제공한다. 본 출원은 또한, 임의로 TH2 경로 억제제로 질환을 치료하는데 사용하기 위한 보다 우수한 질환 진단 방법을 제공한다.
본원에 제공된 바와 같은 치료 및 진단 방법은 천식, 호산구성 장애, 호흡기 장애, IL-13 매개 장애 및/또는 IgE-매개 장애, 또는 그러한 장애와 관련된 증상을 앓고 있는 환자에게 적용될 수 있다. 천식으로 진단되지 않은 환자를 포함하여 천식-유사 증상을 앓고 있는 환자는 본원에 제공된 방법에 따라 치료받을 수 있다.
한 실시양태에 따르면, 본원에 제공된 방법에 따라 치료받는 환자는 천식, 호산구성 장애, 호흡기 장애, IL-13 매개 장애 및/또는 IgE-매개 장애, 또는 그러한 장애와 관련된 증상을 앓고 있으며, 암 또는 신생물은 갖지 않는다. 또 다른 실시양태에 따르면, 본원에 제공된 방법에 따라 치료받는 환자는 천식, 호산구성 장애, 호흡기 장애, IL-13 매개 장애 및/또는 IgE-매개 장애, 또는 그러한 장애와 관련된 증상을 앓고 있으며, 2세 이상, 12세 이상, 18세 이상, 19세 이상, 2 내지 18세, 2 내지 17세, 12-17세, 12 내지 18세, 2 내지 75세, 12 내지 75세, 또는 18 내지 75세다.
일부 실시양태에서, 호산구성 염증 진단 검정 (EIDA)이 제공된다.
일부 실시양태에서, TH2 경로 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있는 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자를 확인하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 호산구성 염증 진단 검정 (EIDA)을 사용하여 환자가 호산구성 염증 양성 (EIP)인지 여부를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 EIP 상태는 환자가 TH2 경로 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 있음을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 중증 악화를 앓을 가능성이 있는 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자를 확인하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 호산구성 염증 진단 검정 (EIDA)을 사용하여 환자가 호산구성 염증 양성 (EIP)인지 여부를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 EIP 상태는 환자가 증가된 중증 악화를 앓을 가능성이 있음을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하는 단계, 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계, 샘플에서 검출된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계, 및 샘플에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준과 비교하여 상승된 경우에 환자가 중증 악화를 앓을 가능성이 있는 것으로 예측하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 (a) 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계; (b) (a)에서 측정된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및 (c) (a)에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에 환자를 중증 악화를 앓을 가능성이 더 큰 것으로서 확인하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, mRNA 수준을 측정하는 단계는 증폭을 포함한다. 일부 실시양태에서, mRNA 수준을 측정하는 단계는 정량적 PCR을 포함한다. 일부 실시양태에서, mRNA 수준을 측정하는 단계는 mRNA를 증폭시키는 단계 및 증폭된 산물을 검출하여 mRNA의 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 각각의 마커의 중앙 수준이다. 일부 실시양태에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커는 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커는 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커는 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커는 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커는 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, TH2 경로 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 낮은 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자를 확인하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 호산구성 염증 진단 검정 (EIDA)을 사용하여 환자가 호산구성 염증 음성 (EIN)인지 여부를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 EIN 상태는 환자가 TH2 경로 억제제를 사용한 치료에 반응할 가능성이 낮음을 나타낸다.
일부 실시양태에서, TH2 경로 억제제로 치료받고 있는 천식 환자를 모니터링하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 호산구성 염증 진단 검정 (EIDA)을 사용하여 환자가 호산구성 염증 양성 (EIP)인지 또는 호산구성 염증 음성 (EIN)인지 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 TH2 경로 억제제에 대한 치료 요법을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, EIP의 결정은 TH2 경로 억제제를 사용한 요법을 계속할 것을 지시하고, EIN의 결정은 TH2 경로 억제제를 사용한 요법을 중단할 것을 지시한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, EIDA은 a) 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; 및 b) 단계 a)에서 결정된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, EIDA는 추가로 c) 단계 b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 환자가 반응자인 경우에 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 선택하는 단계를 포함한다. 일부 상기 실시양태에서, EIDA는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, EIDA는 a) 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; 및 b) 단계 a)에서 결정된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, EIDA는 추가로 c) 단계 b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 환자가 반응자인 경우에 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 선택하는 단계를 포함한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, EIDA는 a) 환자로부터 수득된 샘플에서 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; 및 b) 단계 a)에서 결정된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, EIDA는 추가로 c) 단계 b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 환자가 반응자인 경우에 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 선택하는 단계를 포함한다. 일부 상기 실시양태에서, EIDA는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, EIDA는 a) 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; 및 b) 단계 a)에서 결정된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, EIDA는 추가로 c) 단계 b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 환자가 반응자인 경우에 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 선택하는 단계를 포함한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, EIDA는 a) 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; 및 b) 단계 a)에서 결정된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, EIDA는 추가로 c) 단계 b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 환자가 반응자인 경우에 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 선택하는 단계를 포함한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, EIDA는 a) 환자로부터 수득된 샘플에서 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; 및 b) 단계 a)에서 결정된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, EIDA는 추가로 c) 단계 b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 환자가 반응자인 경우에 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 선택하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 대한 천식 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자의 반응을 예측하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하는 단계 및 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 샘플에서 검출된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 샘플에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준과 비교하여 상승된 경우에 환자가 요법에 반응할 것으로 예측하고, 샘플에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준과 비교하여 감소된 경우에 환자가 요법에 반응하지 않을 것으로 예측하는 단계를 포함한다. 일부 상기 실시양태에서, SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 mRNA 수준이 측정된다.
일부 실시양태에서, TH2 경로 억제제 치료에 대한 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자의 반응성을 예측하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준과 비교하여 상승된 mRNA 수준은 환자를 TH2 경로 억제제 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인시켜 준다. 일부 상기 실시양태에서, SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 mRNA 수준이 측정된다.
일부 실시양태에서, 천식 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자가 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 있는지 확인하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 측정된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에, 환자를 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 더 큰 것으로서 확인하는 단계를 포함한다. 일부 상기 실시양태에서, SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 mRNA 수준이 측정된다.
일부 실시양태에서, 천식 또는 호흡기 장애를 갖는 환자를 치료하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 측정된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에, 환자를 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 더 큰 것으로서 확인하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에, 요법을 투여하여 천식 또는 호흡기 장애를 치료하는 단계를 포함한다. 일부 상기 실시양태에서, SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 mRNA 수준이 측정된다.
일부 실시양태에서, 환자에서 천식 또는 호흡기 장애를 치료하는 방법은 환자에게 TH2 경로 억제제의 치료 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 환자로부터 수득된 생물학적 샘플은 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 상승된 mRNA 수준을 갖는 것으로 결정되었다. 일부 상기 실시양태에서, SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 상승된 mRNA 수준이 결정되었다.
일부 실시양태에서, 환자에서 천식 또는 호흡기 장애를 치료하는 방법은 환자에게 TH2 경로 억제제의 치료 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 환자는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 상승된 mRNA 수준에 기초하여 치료를 위해 선택되었다. 일부 상기 실시양태에서, SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 상승된 mRNA 수준이 결정되었다.
본원에 기재된 임의의 방법에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커는 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택될 수 있다. 본원에 기재된 임의의 방법에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커는 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택될 수 있다. 본원에 기재된 임의의 방법에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커는 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택될 수 있다. 본원에 기재된 임의의 방법에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커는 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택될 수 있다. 본원에 기재된 임의의 방법에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커는 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택될 수 있다. 본원에 기재된 임의의 방법에서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커 또는 4개의 마커는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택될 수 있다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준을 결정하는 단계는 증폭을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준을 결정하는 단계는 RT-PCR을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준을 결정하는 단계는 정량적 PCR을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, mRNA 수준을 측정하는 단계는 mRNA를 증폭시키는 단계 및 증폭된 산물을 검출하여 mRNA의 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 각각의 마커의 중앙, 평균, 또는 에버리지 수준일 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 각각의 마커의 중앙 수준일 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 각각의 마커의 평균 수준일 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 각각의 마커의 에버리지 수준일 수 있다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
일부 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준이 참조 수준 초과이면, 환자는 반응자 카테고리로 계층화된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준이 참조 수준 초과이면, 환자는 호산구성 염증 양성 (EIP)이다.
일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 및 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 PBMC이다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 천식 환자로부터 수득된다. 특정 실시양태에서, 상기 기재된 방법에 따른 환자는 중등도 내지 중증 천식을 앓고 있다. 특정 실시양태에서, 천식 또는 호흡기 장애는 코르티코스테로이드 비제어 상태이다. 특정 실시양태에서, 코르티코스테로이드는 흡입용 코르티코스테로이드이다. 특정 실시양태에서, 흡입용 코르티코스테로이드는 큐바르(Qvar)®, 풀미코르트(Pulmicort)®, 심비코르트(Symbicort)®, 에어로비드(Aerobid)®, 플로벤트(Flovent)®, 플로나제(Flonase)®, 애드베어(Advair)® 또는 아즈마코르트(Azmacort)®이다. 한 실시양태에서, 환자는 또한 제2 제어제로 치료받고 있다. 특정 실시양태에서, 제2 제어제는 장기 작용 기관지 확장제 (LABD)이다. 특정 실시양태에서, LABD는 장기 작용 베타-2 효능제 (LABA), 류코트리엔 수용체 길항제 (LTRA), 장기 작용 무스카린성 길항제 (LAMA), 테오필린, 또는 경구 코르티코스테로이드 (OCS)이다. 특정 실시양태에서, LABD는 심비코르트®, 애드베어®, 브로바나(Brovana)®, 포라딜(Foradil)®, 퍼포로미스트(Perforomist)™ 또는 세레벤트(Serevent)®이다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 환자는 0-17세, 2-17세, 2-6세, 6-11세, 8-17세, 12-17세, 2세 이상, 6세 이상, 또는 12세 이상일 수 있다. 일부 실시양태에서, 환자는 18세 이상이다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 환자는 인간일 수 있다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 표적 ITK, BTK, IL-9 (예를 들어, MEDI-528), IL-5 (예를 들어, 메폴리주맙, CAS 번호 196078-29-2; 레실리주맙), IL-13 (예를 들어, IMA-026, IMA-638 (안루킨주맙으로도 지칭됨, INN 번호 910649-32-0; QAX-576; IL4/IL13 trap), 트랄로키누맙 (CAT-354로도 지칭됨, CAS 번호 1044515-88-9); AER-001, ABT-308 (인간화 13C5.5 항체로도 지칭됨), IL-4 (예를 들어, AER-001, IL4/IL13 trap), OX40L, TSLP, IL-25, IL-33 및 IgE (예를 들어, 졸레어, QGE-031; MEDI-4212; 퀼리주맙); 및 수용체, 예컨대: IL-9 수용체, IL-5 수용체 (예를 들어, MEDI-563 (벤랄리주맙, CAS 번호 1044511-01-4), IL-4수용체 알파 (예를 들어, AMG-317, AIR-645, 두필루맙), IL-13수용체알파1 (예를 들어, R-1671) 및 IL-13수용체알파2, OX40, TSLP-R, IL-7R알파 (TSLP에 대한 보조-수용체), IL17RB (IL-25에 대한 수용체), ST2 (IL-33에 대한 수용체), CCR3, CCR4, CRTH2 (예를 들어, AMG-853, AP768, AP-761, MLN6095, ACT129968), Fc엡실론RI, Fc엡실론RII/CD23 (IgE에 대한 수용체), Flap (예를 들어, GSK2190915), Syk 키나제 (R-343, PF3526299); CCR4 (AMG-761), TLR9 (QAX-935)를 억제할 수 있거나, 또는 CCR3, IL5, IL3, GM-CSF (예를 들어, TPI ASM8)의 다중-시토카인 억제제이다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 항-IL13/IL4 경로 억제제 또는 항 IgE 결합제일 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 항-IL-13 항체일 수 있다. 특정 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항체, HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며, 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체, 또는 레브리키주맙이다.
일부 실시양태에서, 환자에게 37.5 mg 또는 125 mg 또는 250 mg의 균일 용량을 4주마다 투여한다. 일부 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 피하로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 사전충전된 시린지 또는 자가주사기 장치를 사용하여 투여된다.
특정 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 이중특이적 항체이다. 특정 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 IL-4에 또한 결합하는 이중특이적 항체이다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 항-IgE 항체일 수 있다. 특정 실시양태에서, 항-IgE 항체는 (i) 졸레어® 항체, (ii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 서열 1이고 가변 경쇄가 서열 2인 항-M1' 항체 또는 (iii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3을 추가로 포함하고 가변 경쇄가 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 추가로 포함하며, (a) HVR-H1이 서열 3 [GFTFSDYGIA]의 서열을 갖고; (b) HVR-H2가 서열 4 [AFISDLAYTIYYADTVTG]의 서열을 갖고; (c) HVR-H3이 서열 5 [ARDNWDAMDY]의 서열을 갖고; (d) HVR-L1이 서열 6 [RSSQSLVHNNANTYLH]의 서열을 갖고; (e) HVR-L2가 서열 7 [KVSNRFS]의 서열을 갖고; (f) HVR-L3이 서열 8 [SQNTLVPWT]의 서열을 갖는 것인 항-M1' 항체이다. 일부 실시양태에서, 항-IgE 항체는 항-M1' 항체이다.
일부 실시양태에서, 항-M1' 항체는 12주마다 1회 150 mg, 4주마다 1회 300 mg, 또는 12주마다 1회 450 mg의 균일 용량으로 피하로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-M1' 항체는 12주마다 1회 150 mg의 균일 용량으로 피하로 투여된다. 일부 실시양태에서, 항-M1' 항체는 12주마다 1회 450 mg의 균일 용량으로 피하로 투여된다. 일부 실시양태에서, 초기 용량의 투여 4주 후에 항-M1' 항체의 추가의 용량이 피하로 투여된다.
한 실시양태에서, 본 발명에 따라 TH2 경로 억제제로 치료받는 환자는 또한 1, 2, 3종 또는 그 초과의 치료제로 치료받는다. 한 실시양태에서, 환자는 천식 환자이다. 한 실시양태에 따르면, 환자는 TH2 경로 억제제 및 1, 2, 3종 또는 그 초과의 치료제로 치료받으며, 여기서 TH2 억제제 이외의 적어도 1종의 치료제는 코르티코스테로이드, 류코트리엔 길항제, LABA, 코르티코스테로이드/LABA 조합 조성물, 테오필린, 크로몰린 나트륨, 네도크로밀 나트륨, 오말리주맙, LAMA, MABA, 5-리폭시게나제 활성화 단백질 (FLAP) 억제제 또는 효소 PDE-4 억제제이다. 본 발명의 한 측면에 따르면, TH2 경로 억제제는 EIP 상태로 진단된 천식 환자에게 투여되며, 여기서 진단은 EIP 상태를 결정하기 위한 EID 검정의 사용 (단독으로 또는 다른 검정과 조합되어)을 포함한다. 하나의 추가 실시양태에서, 천식 환자는 치료 전에 코르티코스테로이드 비제어 상태이다. 또 다른 실시양태에서, 천식 환자는 또한 제2 제어제로 치료받고 있다. 한 실시양태에서, 제2 제어제는 코르티코스테로이드, LABA 또는 류코트리엔 길항제이다. 추가 실시양태에서, 천식 환자는 중등도 내지 중증 천식을 앓고 있다. 따라서, 한 실시양태에서, TH2 경로 억제제로 치료받을 환자는 TH2 경로 억제제로의 치료 전에 코르티코스테로이드 비제어 상태의 중등도 내지 중증 천식 환자이고, 이어서 TH2 경로 억제제 및 1, 2, 3종 또는 그 초과의 제어제로 치료받는다. 한 실시양태에서, 제어제 중 적어도 1종은 코르티코스테로이드이다. 추가 실시양태에서, 이러한 환자는 TH2 경로 억제제, 코르티코스테로이드 및 또 다른 제어제로 치료받는다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 경도 천식을 앓고 있지만 코르티코스테로이드로 치료받고 있지 않다. 치료제가 TH2 억제제와 비교하여 상이한 치료 사이클을 가질 수 있고, 결과적으로 환자의 치료의 일부로서 TH2 억제제와 비교하여 상이한 시간에 투여될 수 있음을 이해하여야 한다. 따라서, 한 실시양태에 따르면, 본 발명에 따른 치료 방법은 환자에게 TH2 경로 억제제를 투여하는 단계, 및 임의로 적어도 1, 2 또는 3종의 추가의 치료제를 투여하는 단계를 포함한다. 한 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 또 다른 치료제를 함유하는 조성물 중에 존재한다. 또 다른 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 또 다른 치료제를 함유하는 조성물 중에 존재하지 않는다.
또 다른 실시양태에 따르면, 본 발명은 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항-IL-13 항체; HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며, 여기서 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체; 또는 레브리키주맙을 균일 용량으로 투여하는 단계를 포함하는 천식을 치료하는 방법을 포함한다. 한 실시양태에서, 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항-IL13 항체는 125-1000 mg의 균일 용량 (즉, 체중 의존적이지 않음), 또는 37.5 mg의 균일 용량, 또는 125 mg의 균일 용량, 또는 250 mg의 균일 용량, 또는 500 mg의 균일 용량으로, 피하 주사에 의해 또는 정맥내 주사에 의해, 2주마다, 3주마다, 및 4주마다로부터 선택된 시간 빈도로 투여된다. 한 실시양태에서, HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체는 125-1000 mg의 균일 용량 (즉, 체중 의존적이지 않음), 또는 37.5 mg의 균일 용량, 또는 125 mg의 균일 용량, 또는 250 mg의 균일 용량, 또는 500 mg의 균일 용량으로, 피하 주사에 의해 또는 정맥내 주사에 의해, 2주마다, 3주마다, 및 4주마다로부터 선택된 시간 빈도로 투여된다. 한 실시양태에서, 항-IL13 항체는 레브리키주맙이며, 이는 125-1000 mg의 균일 용량 (즉, 체중 의존적이지 않음), 또는 37.5 mg의 균일 용량, 또는 125 mg의 균일 용량, 또는 250 mg의 균일 용량, 또는 500 mg의 균일 용량으로, 피하 주사에 의해 또는 정맥내 주사에 의해, 2주마다, 3주마다, 및 4주마다로부터 선택된 시간 빈도로 투여된다. 일부 실시양태에서, 환자는 본원에 기재된 EID 검정에 의해 EIP로 진단된다.
또 다른 실시양태에 따르면, 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항체는 천식을 치료하기 위해 시간의 경과에 따라 환자의 악화 속도를 감소시키고 FEV1을 개선시키는데 충분한 치료 유효량으로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 본 발명은 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항-IL-13 항체, 또는 HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체를 37.5 mg의 균일 용량 (즉, 체중 의존적이지 않음), 또는 125 mg의 균일 용량, 또는 250 mg의 균일 용량으로 투여하는 것을 포함하는, 천식을 치료하는 방법을 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 용량은 기간 동안 4주마다 1회 피하 주사에 의해 투여된다. 특정 실시양태에서, 기간은 6개월, 1년, 2년, 5년, 10년, 15년, 20년 또는 환자의 평생이다. 특정 실시양태에서, 천식은 중증 천식이고, 환자는 흡입용 코르티코스테로이드 플러스 제2 제어제 의약으로 불충분하게 제어되거나 비제어된다. 일부 실시양태에서, 환자는 EIP 상태를 결정하기 위한 EID 검정에 의해 EIP 상태로 진단되고, 환자는 상기 기재된 바와 같은 항-IL13 항체에 의한 치료를 위해 선택된다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 환자가 EIP 상태를 결정하기 위한 본원에 기재된 EID 검정에 의해 이전에 EIP 상태로 진단된 경우에, 상기 기재된 바와 같은 항-IL13 항체로 천식 환자를 치료하는 단계를 포함한다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 18세 이상이다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 12 내지 17세이고, 항-IL13은 250 mg의 균일 용량으로 또는 125 mg의 균일 용량으로 투여된다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 6 내지 11세이고, 항-IL13 항체는 125 mg의 균일 용량으로 또는 62.5 mg의 균일 용량으로 투여된다.
본 발명은 EIP인 환자에서 천식 또는 호흡기 장애를 치료하는데 사용하기 위한 TH2 경로 억제제인 치료제를 제공한다. 일부 실시양태에서, TH2 경로에서의 억제를 위한 표적은 IL-9, IL-5, IL-13, IL-4, OX40L, TSLP, IL-25, IL-33 및 IgE; 및 수용체, 예컨대: IL-9 수용체, IL-5 수용체, IL-4수용체 알파, IL-13수용체알파1 및 IL-13수용체알파2, OX40, TSLP-R, IL-7R알파 (TSLP에 대한 보조-수용체), IL17RB (IL-25에 대한 수용체), ST2 (IL-33에 대한 수용체), CCR3, CCR4, CRTH2, Fc엡실론RI 및 Fc엡실론RII/CD23 (IgE에 대한 수용체)으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 본 발명의 방법에 따라 치료받을 환자는 경도 내지 중증 천식, 임의로 중등도 내지 중증 천식을 앓고 있고, 천식은 코르티코스테로이드 비제어 상태이다. 일부 실시양태에서, 치료받을 환자는 상승된 수준의 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커, 또는 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커, 또는 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커, 또는 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커, 또는 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커, 또는 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커, 또는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커를 갖는 것에 더하여, 21 ppb 초과 또는 35 ppb 초과의 FENO 수준을 갖는다.
또 다른 측면에서, 천식 환자를 TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료를 위한 가능성 있는 반응자 및 비-반응자로 계층화/분류하기 위한, 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도가 제공된다. 특정 실시양태에서, 상기 용도는 (a) 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; (b) 단계 (a)에서 결정된 1개 이상의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및 (c) 단계 (b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자를 TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료를 위한 가능성 있는 반응자 및 비-반응자로 계층화/분류하기 위한, 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도가 제공된다. 특정 실시양태에서, 상기 용도는 (a) 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; (b) 단계 (a)에서 결정된 1개 이상의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및 (c) 단계 (b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자를 TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료를 위한 가능성 있는 반응자 및 비-반응자로 계층화/분류하기 위한, 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도가 제공된다. 특정 실시양태에서, 상기 용도는 (a) 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; (b) 단계 (a)에서 결정된 1개 이상의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및 (c) 단계 (b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자를 TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료를 위한 가능성 있는 반응자 및 비-반응자로 계층화/분류하기 위한, 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도, 또는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도가 제공된다. 특정 실시양태에서, 상기 용도는 (a) 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하거나, 또는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준을 결정하는 단계; (b) 단계 (a)에서 결정된 1개 이상의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및 (c) 단계 (b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자를 TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료를 위한 가능성 있는 반응자 및 비-반응자로 계층화/분류하기 위한, 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도, 또는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도가 제공된다. 특정 실시양태에서, 상기 용도는 (a) 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 결정하거나, 또는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준을 결정하는 단계; (b) 단계 (a)에서 결정된 1개 이상의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및 (c) 단계 (b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자를 TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료를 위한 가능성 있는 반응자 및 비-반응자로 계층화/분류하기 위한, 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트의 용도가 제공된다. 특정 실시양태에서, 상기 용도는 (a) 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 결정하는 단계; (b) 단계 (a)에서 결정된 1개 이상의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및 (c) 단계 (b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계를 포함한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준을 결정하는 단계는 증폭을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준을 결정하는 단계는 RT-PCR을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준을 결정하는 단계는 정량적 PCR을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, mRNA 수준을 측정하는 단계는 mRNA를 증폭시키는 단계 및 증폭된 산물을 검출하여 mRNA의 수준을 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 중앙 수준이다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 각각의 마커의 평균 수준일 수 있다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 에버리지 수준이다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
일부 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준이 참조 수준 초과이면, 환자는 반응자 카테고리로 계층화된다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 마커의 수준이 참조 수준 초과이면, 환자는 호산구성 염증 양성 (EIP)이다.
일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 및 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 PBMC이다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 천식 환자로부터 수득된다. 특정 실시양태에서, 상기 단락에서 기재된 용도에 따른 환자는 중등도 내지 중증 천식을 앓고 있다. 특정 실시양태에서, 천식 또는 호흡기 장애는 코르티코스테로이드 비제어 상태이다. 특정 실시양태에서, 코르티코스테로이드는 흡입용 코르티코스테로이드이다. 특정 실시양태에서, 흡입용 코르티코스테로이드는 큐바르®, 풀미코르트®, 심비코르트®, 에어로비드®, 플로벤트®, 플로나제®, 애드베어® 또는 아즈마코르트®이다. 한 실시양태에서, 환자는 또한 제2 제어제로 치료받고 있다. 특정 실시양태에서, 제2 제어제는 장기 작용 기관지 확장제 (LABD)이다. 특정 실시양태에서, LABD는 장기 작용 베타-2 효능제 (LABA), 류코트리엔 수용체 길항제 (LTRA), 장기 작용 무스카린성 길항제 (LAMA), 테오필린, 또는 경구 코르티코스테로이드 (OCS)이다. 특정 실시양태에서, LABD는 심비코르트®, 애드베어®, 브로바나®, 포라딜®, 퍼포로미스트™ 또는 세레벤트®이다.
특정 실시양태에서, 상기 용도에 따른 TH2 경로 억제제는 ITK, BTK, IL-9 (예를 들어, MEDI-528), IL-5 (예를 들어, 메폴리주맙, CAS 번호 196078-29-2; 레실리주맙), IL-13 (예를 들어, IMA-026, IMA-638 (안루킨주맙으로도 지칭됨, INN 번호 910649-32-0; QAX-576; IL4/IL13 trap), 트랄로키누맙 (CAT-354로도 지칭됨, CAS 번호 1044515-88-9); AER-001, ABT-308 (인간화 13C5.5 항체로도 지칭됨), IL-4 (예를 들어, AER-001, IL4/IL13 trap), OX40L, TSLP, IL-25, IL-33 및 IgE (예를 들어, 졸레어, QGE-031; MEDI-4212; 퀼리주맙); 및 수용체, 예컨대: IL-9 수용체, IL-5 수용체 (예를 들어, MEDI-563 (벤랄리주맙, CAS 번호 1044511-01-4), IL-4수용체 알파 (예를 들어, AMG-317, AIR-645, 두필루맙), IL-13수용체알파1 (예를 들어, R-1671) 및 IL-13수용체알파2, OX40, TSLP-R, IL-7R알파 (TSLP에 대한 보조-수용체), IL17RB (IL-25에 대한 수용체), ST2 (IL-33에 대한 수용체), CCR3, CCR4, CRTH2 (예를 들어, AMG-853, AP768, AP-761, MLN6095, ACT129968), Fc엡실론RI, Fc엡실론RII/CD23 (IgE에 대한 수용체), Flap (예를 들어, GSK2190915), Syk 키나제 (R-343, PF3526299); CCR4 (AMG-761), TLR9 (QAX-935)를 억제하거나, 또는 CCR3, IL5, IL3, GM-CSF (예를 들어, TPI ASM8)의 다중-시토카인 억제제이다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 항-IL13/IL4 경로 억제제 또는 항 IgE 결합제일 수 있다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 항-IL-13 항체일 수 있다. 특정 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항체, HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체, 또는 레브리키주맙이다.
특정 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 이중특이적 항체이다. 특정 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 IL-4에 또한 결합하는 이중특이적 항체이다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, TH2 경로 억제제는 항-IgE 항체일 수 있다. 특정 실시양태에서, 항-IgE 항체는 (i) 졸레어® 항체, (ii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 서열 1이고 가변 경쇄가 서열 2인 항-M1' 항체 또는 (iii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3을 추가로 포함하고 가변 경쇄가 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 추가로 포함하며, (a) HVR-H1이 서열 3 [GFTFSDYGIA]의 서열을 갖고; (b) HVR-H2가 서열 4 [AFISDLAYTIYYADTVTG]의 서열을 갖고; (c) HVR-H3이 서열 5 [ARDNWDAMDY]의 서열을 갖고; (d) HVR-L1이 서열 6 [RSSQSLVHNNANTYLH]의 서열을 갖고; (e) HVR-L2가 서열 7 [KVSNRFS]의 서열을 갖고; (f) HVR-L3이 서열 8 [SQNTLVPWT]의 서열을 갖는 것인 항-M1' 항체이다. 일부 실시양태에서, 항-IgE 항체는 항-M1' 항체이다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 환자는 0-17세, 2-17세, 2-6세, 6-11세, 8-17세, 12-17세, 2세 이상, 6세 이상, 또는 12세 이상일 수 있다. 일부 실시양태에서, 환자는 18세 이상이다. 본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 환자는 인간일 수 있다.
또 다른 측면에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 (i) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 것, (ii) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 것, 및 (iii) 상기 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 것에 대한 지침서를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2 또는 그의 부분으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커를 코딩하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제2 핵산 분자에 혼성화하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제1 핵산 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 키트는 상기 제공된 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 (i) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 것, (ii) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 것, 및 (iii) 상기 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 것에 대한 지침서를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2 또는 그의 부분으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커를 코딩하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제2 핵산 분자에 혼성화하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제1 핵산 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 키트는 상기 제공된 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 (i) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 것, (ii) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 것, 및 (iii) 상기 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 것에 대한 지침서를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44 또는 그의 부분으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커를 코딩하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제2 핵산 분자에 혼성화하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제1 핵산 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 키트는 상기 제공된 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트, 또는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 (i) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 것, (ii) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 것, 및 (iii) 상기 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 것에 대한 지침서를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6 또는 그의 부분으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커, 또는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44 또는 그의 부분으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커를 코딩하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제2 핵산 분자에 혼성화하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제1 핵산 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 키트는 상기 제공된 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 (i) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 것, (ii) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 것, 및 (iii) 상기 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 것에 대한 지침서를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 CCL23, IDO1, 및 CACNG6 또는 그의 부분으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커를 코딩하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제2 핵산 분자에 혼성화하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제1 핵산 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 키트는 상기 제공된 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 포함한다.
또 다른 측면에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 측정하기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 (i) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 것, (ii) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 것, 및 (iii) 상기 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 것에 대한 지침서를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44 또는 그의 부분으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커를 코딩하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제2 핵산 분자에 혼성화하는 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 제1 핵산 분자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 키트는 상기 제공된 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 포함한다.
또 다른 측면에서, (1) 환자로부터 수득된 혈청 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것에 대한 지침서; 및 (2) 혈청 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하는 것에 대한 지침서를 포함하는, 환자에서 천식 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되며, 여기서 상기 마커 중 어느 하나, 조합 또는 모두의 상승된 발현 수준은 천식 하위유형을 나타낸다.
또 다른 측면에서, (1) 환자로부터 수득된 혈청 샘플에서 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것에 대한 지침서; 및 (2) 혈청 샘플에서 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하는 것에 대한 지침서를 포함하는, 환자에서 천식 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되며, 여기서 상기 마커 중 어느 하나, 조합 또는 모두의 상승된 발현 수준은 천식 하위유형을 나타낸다.
또 다른 측면에서, (1) 환자로부터 수득된 혈청 샘플에서 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것에 대한 지침서; 및 (2) 혈청 샘플에서 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하는 것에 대한 지침서를 포함하는, 환자에서 천식 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되며, 여기서 상기 마커 중 어느 하나, 조합 또는 모두의 상승된 발현 수준은 천식 하위유형을 나타낸다.
또 다른 측면에서, (1) 환자로부터 수득된 혈청 샘플에서 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것에 대한 지침서; 및 (2) 혈청 샘플에서 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 측정하는 것에 대한 지침서를 포함하는, 환자에서 천식 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되며, 여기서 상기 마커 중 어느 하나, 조합 또는 모두의 상승된 발현 수준은 천식 하위유형을 나타낸다.
또 다른 측면에서, (1) 환자로부터 수득된 혈청 샘플에서 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 결정하는 것에 대한 지침서; 및 (2) 혈청 샘플에서 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 측정하는 것에 대한 지침서를 포함하는, 환자에서 천식 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되며, 여기서 상기 마커 중 어느 하나, 조합 또는 모두의 상승된 발현 수준은 천식 하위유형을 나타낸다.
또 다른 측면에서, (1) 환자로부터 수득된 혈청 샘플에서 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 결정하는 것에 대한 지침서; 및 (2) 혈청 샘플에서 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준을 측정하는 것에 대한 지침서를 포함하는, 환자에서 천식 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되며, 여기서 상기 마커 중 어느 하나, 조합 또는 모두의 상승된 발현 수준은 천식 하위유형을 나타낸다.
또 다른 측면에서, (1) 환자로부터 수득된 혈청 샘플에서 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준을 결정하는 것에 대한 지침서; 및 (2) 혈청 샘플에서 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3 또는 모든 4개의 마커의 수준을 측정하는 것에 대한 지침서를 포함하는, 환자에서 천식 하위유형을 진단하기 위한 키트가 제공되며, 여기서 상기 마커 중 어느 하나, 조합 또는 모두의 상승된 발현 수준은 천식 하위유형을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 키트는 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자가 EIP인지 또는 EIN인지 결정하기 위한 패키지 삽입물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 천식 환자가 TH2 경로 억제제에 반응할 가능성이 있는지 여부를 결정하기 위한 패키지 삽입물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 상기 제공된 임의의 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 생물학적 샘플을 수용하기 위한 빈 용기를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 1개 이상의 마커의 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 실시양태에서, 1개 이상의 마커의 수준을 결정하기 위한 시약은 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 1개 이상의 마커를 코딩하는 1개 이상의 제2 핵산 분자에 혼성화하는 1개 이상의 제1 핵산 분자를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
또 다른 측면에서, EIP로 진단된 천식 또는 호흡기 질환을 앓고 있는 환자에게 TH2 경로 억제제를 투여하는 것을 포함하는, 천식 또는 호흡기 질환을 앓고 있는 환자를 치료하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 상기 방법은 EID 검정을 사용하여 환자를 EIP로 진단하는 단계를 포함한다. 특정 실시양태에서, 상기 방법은 환자가 EIP인 것으로 결정된 경우에, 환자를 TH2 경로 억제제로 재치료하는 단계를 추가로 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자로부터의 혈청, 전혈, PBMC 또는 혈장을 사용하여 환자가 EIP인지 여부를 결정한다.
도 1. 혈청 페리오스틴은 18세 미만의 천식 환자에서 상승되지만, 성인 천식 환자에서는 연령과 관련이 없다. (a) 오말리주맙 연구 008, 009, 010, 및 EXTRA로부터의 783명의 천식 환자에서의 혈청 페리오스틴 수준 vs. 연령, 이 중 159명은 18세 미만이다. (b) 연구에 의한 혈청 페리오스틴 수준의 범위 및 분포. 두꺼운 수평 흑색선은 중앙값을 나타내고, 박스 및 휘스커는 각각 사분위간 및 전체 범위를 나타낸다.
도 2. 혈액 호산구와 연령 사이의 관계는 소아 및 성인 천식 환자에 걸쳐 연속적이다. (a) 오말리주맙 연구 008, 009, 010, 및 EXTRA로부터의 2028명의 천식 환자에서의 혈액 호산구 카운트 vs. 연령, 이 중 413명은 18세 미만이다. (b) 연구에 의한 혈액 호산구 카운트의 범위 및 분포. 두꺼운 수평 흑색선은 중앙값을 나타내고, 박스 및 휘스커는 각각 사분위간 및 전체 범위를 나타낸다.
도 3. 혈청 페리오스틴 수준 및 혈액 호산구 카운트는 성인에서 양의 상관관계가 있지만, 소아 천식 환자에서는 그렇지 않다. (a) EXTRA 연구에서의 성인; (b) MILLY 연구에서의 성인; (C) EXTRA에서 12-17세의 환자; (D) 연구 010에서 6-12세의 환자. rS, 스피어만의 순위 상관 계수.
도 4. 말초 혈액 내 호산구-관련 유전자의 상이한 세포 분포. EXTRA에서 혈액 호산구 카운트와 상관관계가 있는 선택된 유전자는 GSE3982의 단리된 말초 혈액 백혈구 집단에서 가변적으로 발현된다 (Liu et al. (2006) J Allergy Clin Immunol 118: 496-503). (a) SIGLEC8 발현은 주로 호산구로 제한된다. (b) CLC 발현은 호산구 및 호염기구로 제한된다. (c) CSF1 발현은 호산구, 호염기구, 비만 세포, 호중구, 수지상 세포, 대식세포, 및 T 림프구를 비롯하여 다중 말초 혈액 백혈구 유형에 걸쳐 분포된다. (d) 중추 신경계의 핍지교세포에서 발현되는 전사 인자로서 기재된 OLIG2는 호산구에서 상승된 수준으로 발현된다. (e) 말초 신경계의 슈반 세포에서 발현되는 말초 미엘린 단백질을 코딩하는 PMP22는 다중 골수계 세포 유형에서 발현된다.
도 5. 호산구와 관련된 말초 혈액 유전자의 발현은 레브리키주맙으로부터 증가된 임상 이익을 갖는 중등도-중증 천식 환자를 확인시켜준다. 혈액 유전자 발현은 MILLY 연구에서 200명의 환자에서 레브리키주맙 또는 위약의 최초 투약 전 제0일에 성공적으로 측정되었고 (Corren et al. (2011) N Engl J Med 365: 1088-98), x-축에 나타낸 각각의 전사체의 중앙 수준에 따라 환자를 분류하였다. 각각의 유전자에 대해 중앙 수준 초과 vs. 미만의 유전자 발현을 갖는 환자에서 12주 치료 후의 레브리키주맙 및 위약-치료 환자 사이의 평균 FEV1에서의 기준선으로부터의 퍼센트 변화에서의 차이를 제시한다. 도트는 FEV1에서의 평균 위약 조정된 변화를 나타내고, 휘스커는 95% 신뢰 구간을 나타낸다. 유전자 발현 데이터가 이용가능한 동일한 환자 집단에서, 채워진 원을 갖는 얇은 흑색선은 선택된 개별 유전자; 점무늬 원을 갖는 두꺼운 흑색선은 비-유전자 발현 바이오마커 혈청 페리오스틴, 혈액 호산구 카운트, 및 FeNO를 예시적 목적으로 나타낸다.
도 6. 32-주 기간에 걸쳐 중앙값 초과 vs. 미만의 유전자 발현 수준을 갖는 환자에서의 임상 반응의 일관된 증진. 제시된 선택된 유전자: (a) THBS4; (b) SIGLEC8; (c) CCL23; (d) GPR44; (e) CSF1; (f) MEIS2; (g) LGALS12; (h) IDO1. FEV1에서 기준선으로부터의 퍼센트 변화는, 레브리키주맙-치료 환자의 경우에 회색으로 제시되고, 위약-치료 환자의 경우에 흑색으로 제시된다. 전체 집단에 대해 중앙값 초과의 유전자 발현 수준을 갖는 환자는 상부 패널에 제시하고; 중앙값 미만은 하부 패널에 제시한다. 누락 데이터가 존재하는 경우에, 문헌 [Corren et al. (2011) N Engl J Med 365: 1088-98]에 따라 마지막 관측값 선행 대체 (LOCF)를 사용하였다.
도 7. GALA II 소아 코호트 (Ped. 연구)에서의 혈액 호산구 백분율 및 연령 사이의 관계. 천식 환자는 삼각형으로 제시되고; 건강한 대조군은 원형으로 제시된다. rS, 스피어만의 순위 상관 계수.
도 8. 성인 및 소아 대상체에서의 유전자 발현 및 혈액 호산구 백분율 사이의 매치 및 미스매치의 예. 호산구-관련 전사체의 말초 혈액 수준의 발현 (-ΔΔCt)을 혈액 호산구 백분율의 제곱근 함수로서 플롯팅하였다. 성인 중등도-중증 천식 환자 대상체 (BOBCAT)는 사각형으로 제시되고; 소아 천식 환자 대상체 (GALA [Ped. 연구])는 삼각형으로 제시되고; 소아 건강한 대조 대상체 (GALA [Ped. 연구])는 원형으로 제시된다. (a) CCL23 발현은 연령 또는 진단과 관계없이 혈액 호산구증가증과 일관된 관계를 나타낸다; (b) CCL 발현은 혈액 호산구증가증과 대등하게 관련되었지만, 성인 및 소아 대상체에서 상이한 수준으로 관련되었다; (c) CSF1 발현은 성인 및 소아 대상체 사이에서 상관 계수 및 스케일화가 둘 다 달랐다.
도 9. MILLY, BOBCAT, 및 GALA II 코호트에서의 유전자 발현에 대한 연령 및 혈액 호산구 백분율의 효과 모델. 선형 회귀 모델: 유전자 발현 = (혈액 호산구 백분율)-2 + 연령 + 연령*(혈액 호산구 백분율)-2 + 배치를 구축하고, 혈액 호산구 백분율 및 연령에 대한 추정치를 각각의 전사체에 대해 95% 신뢰 구간으로 플롯팅하였다. 호산구 백분율에 대해 > 1 및 연령에 대해 < 0.025의 절대값 추정치를 갖는 유전자를, 연령과 독립적으로 호산구 백분율에 대한 관계가 최대화된 전사체로서 열거한다.
특허 출원 및 공개를 비롯한 본원에 인용된 모든 참고문헌은 임의의 목적을 위해 그의 전문이 참조로 포함된다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 기술 과학 용어는 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 기술자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 문헌 [Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994), 및 March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)]은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 본 출원에 사용된 많은 용어에 대한 일반적 지침을 제공한다.
특정 정의
본 명세서를 해석하고자 하는 목적상, 하기 정의가 적용될 것이고, 적절한 경우에는 언제라도 단수형으로 사용된 용어는 복수형을 또한 포함할 것이고, 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 하기 제시된 임의의 정의가 본원에 참조로 포함된 임의의 문헌과 상충되는 경우에, 하기 제시된 정의가 우선할 것이다.
본 명세서 및 첨부된 청구범위에 사용된 단수 형태는 문맥상 달리 명백하게 지시되지 않는 한 복수 지시대상을 포함한다. 따라서, 예를 들어 "단백질" 또는 "항체"에 대한 언급은 각각 복수의 단백질 또는 항체를 포함하고; "세포"에 대한 언급은 세포의 혼합물 등을 포함한다.
본원에 사용된 "호산구성 염증 진단 검정," 약어 "EIDA" 또는 "EID 검정"은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정함으로써, 체내 호산구성 염증 또는 체내 TH2 경로 염증을 갖는 환자를 진단하는 검정이며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, EID 검정은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, EID 검정은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, EID 검정은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, EID 검정은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개는 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, EID 검정은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개는 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, EID 검정은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 것을 포함하며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, mRNA 수준이 측정된다. 일부 실시양태에서, 환자에서 호산구성 염증의 진단을 행하기 위해 2종 이상의 검정이 수행될 수 있다. 한 실시양태에서, EID 검정은 FENO 검정과 조합되어, 상기 기재된 바와 같은 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 것을 포함한다.
호산구성 염증 양성 (EIP) 환자 또는 상태는, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 선택된 마커 중 1개 이상의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 초과인 환자를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈액, 예를 들어 전혈 또는 혈액의 세포 분획, 예컨대 PBMC로부터 수득된 RNA이다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 또는 혈장이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 마커 중 1개 이상의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 초과인 환자는 EIP이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 마커 중 1개 이상의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 초과인 환자는 EIP이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 마커 중 1개 이상의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 초과인 환자는 EIP이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 마커 중 1개 이상의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 초과인 환자는 EIP이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 마커 중 1개 이상의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 초과인 환자는 EIP이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 마커 중 1개 이상의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 초과인 환자는 EIP이다. 일부 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 중앙 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 평균 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 에버리지 수준이다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
본원에 기재된 임의의 실시양태에서, 마커를 코딩하는 mRNA의 수준이 결정될 수 있다. 생물학적 샘플에서 mRNA 수준을 결정하는 다양한 방법이 관련 기술분야에 공지되어 있고/거나 본원에 기재된다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈액, 예를 들어 전혈 또는 혈액의 세포 분획, 예컨대 PBMC로부터 수득된 RNA이다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 또는 혈장이다. 일부 실시양태에서, mRNA의 수준의 검출은 역전사 폴리머라제 연쇄 반응 (RT-PCR)을 포함한다. 일부 실시양태에서, mRNA의 수준의 검출은 정량적 PCR (qPCR)을 포함한다.
호산구성 염증 음성 (EIN) 환자 또는 상태는, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 각각의 선택된 마커의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 또는 그 미만인 환자를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈액, 예를 들어 전혈 또는 혈액의 세포 분획, 예컨대 PBMC로부터 수득된 RNA이다. 일부 실시양태에서, 생물학적 샘플은 혈청 또는 혈장이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 각각의 선택된 마커의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 또는 그 미만인 환자는 EIN이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 각각의 선택된 마커의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 또는 그 미만인 환자는 EIN이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 각각의 선택된 마커의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 또는 그 미만인 환자는 EIN이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 각각의 선택된 마커의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 또는 그 미만인 환자는 EIN이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 각각의 선택된 마커의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 또는 그 미만인 환자는 EIN이다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 생물학적 샘플이 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준에 대해 시험된 경우에, 각각의 선택된 마커의 수준이 각각의 마커의 참조 수준 또는 그 미만인 환자는 EIN이다. 일부 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 중앙 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 평균 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 에버리지 수준이다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
EIN 상태는 환자의 상태를 나타내고, 상태를 결정하는데 사용된 검정의 유형에 따라 달라지지 않는다는 것을 이해하여야 한다. 따라서, 호산구성 염증 음성 상태를 시험하기 위해 다른 호산구성 염증 진단 (EID) 검정이 사용되거나 사용을 위해 개발될 수 있다.
특정 실시양태에서, 용어 "참조 수준"은 참조 수준 또는 참조 수준과 1% 이하, 2% 이하, 3% 이하, 4% 이하, 5% 이하만큼 상이한 수준과 본질적으로 동일한, 개체 또는 환자로부터의 샘플 내 바이오마커의 수준을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 바이오마커의 중앙 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 평균 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 에버리지 수준이다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
특정 실시양태에서, 용어 "참조 수준 초과"는 본원에 기재된 방법에 의해 결정 시, 참조 수준과 비교하여 참조 수준을 적어도 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100% 또는 그 초과만큼 초과하는, 개체 또는 환자로부터의 샘플 내 바이오마커의 수준을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 중앙 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 평균 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 에버리지 수준이다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
특정 실시양태에서, 용어 "참조 수준 미만"은 본원에 기재된 방법에 의해 결정 시, 참조 수준과 비교하여 참조 수준을 적어도 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100% 또는 그 초과만큼 미만인, 개체 또는 환자로부터의 샘플 내 바이오마커의 수준을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 중앙 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 평균 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 에버리지 수준이다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
용어 "마커" 및 "바이오마커"는 포유동물 조직 또는 세포 내 또는 그 상에서의 그의 발현 또는 존재가 표준 방법 (또는 본원에 개시된 방법)에 의해 검출될 수 있고, 예를 들어 본원에 기재된 TH2 경로 억제제를 사용한 TH2 경로 억제에 기초하여 치료 요법에 대한 포유동물 세포 또는 조직의 감수성을 예측, 진단 및/또는 예후할 수 있는, 유전자, 단백질, 탄수화물 구조물, 또는 당지질, 대사물, mRNA, miRNA, 단백질, DNA (cDNA 또는 게놈 DNA)를 비롯한 분자, DNA 카피수, 또는 후성적 변화, 예를 들어 증가, 감소 또는 변경된 DNA 메틸화 (예를 들어, 시토신 메틸화, 또는 CpG 메틸화, 비-CpG 메틸화); 히스톤 변형 (예를 들어, (탈)아세틸화, (탈)메틸화, (탈)인산화, 유비퀴틴화, SUMO화, ADP-리보실화); 변경된 뉴클레오솜 위치설정을 지칭하는 것으로 상호교환가능하게 사용된다. 바이오마커는 또한 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 측정될 수 있는 생물학적 또는 임상적 속성, 예컨대 예를 들어 비제한적으로 혈액 세포 카운트, 예를 들어 혈액 호산구 카운트, FEV1 또는 FeNO일 수 있다. 특정 실시양태에서, 이러한 바이오마커의 수준은 참조 집단에 대해 관찰된 것보다 높거나 낮은 것으로 결정된다. 특정 실시양태에서, 혈액 호산구 카운트는 200/μl, 또는 250/μl, 또는 300/μl, 또는 400/μl이다.
용어 "비교하는 것"은 개체 또는 환자로부터의 샘플 내 바이오마커의 수준을 본 명세서 곳곳에 명시된 바이오마커의 참조 수준과 비교하는 것을 지칭한다. 비교하는 것은 통상적으로 상응하는 파라미터 또는 값의 비교를 지칭하며, 예를 들어 절대량은 절대 참조 양과 비교되는 한편 농도는 참조 농도와 비교되거나, 또는 샘플 내 바이오마커로부터 수득된 강도 신호는 참조 샘플로부터 수득된 동일한 유형의 강도 신호와 비교되는 것으로 이해되어야 한다. 비교는 수동으로 수행될 수 있거나 컴퓨터 보조될 수 있다. 따라서, 비교는 (예를 들어, 본원에 개시된 시스템의) 컴퓨터 장치에 의해 수행될 수 있다. 개체 또는 환자로부터의 샘플에서 바이오마커의 측정되거나 검출된 수준의 값 및 참조 수준은 예를 들어 서로 비교될 수 있고, 상기 비교는 비교에 대한 알고리즘을 실행하는 컴퓨터 프로그램에 의해 자동으로 수행될 수 있다. 상기 평가를 수행하는 컴퓨터 프로그램은 적합한 출력 형식으로 목적하는 평가를 제공할 것이다. 컴퓨터 보조 비교를 위해, 결정된 양의 값은 컴퓨터 프로그램에 의해 데이터베이스에 저장된 적합한 참조에 상응하는 값과 비교될 수 있다. 컴퓨터 프로그램은 추가로 비교 결과를 평가할 수 있으며, 즉 적합한 출력 형식으로 목적하는 평가를 자동으로 제공할 수 있다. 컴퓨터 보조 비교를 위해, 결정된 양의 값은 컴퓨터 프로그램에 의해 데이터베이스에 저장된 적합한 참조에 상응하는 값과 비교될 수 있다. 컴퓨터 프로그램은 추가로 비교 결과를 평가할 수 있으며, 즉 적합한 출력 형식으로 목적하는 평가를 자동으로 제공할 수 있다.
용어 바이오마커를 "검출하는 것"은 본원의 곳곳에 기재된 적절한 검출 방법을 사용하여 샘플에서 바이오마커의 존재 또는 양을 검출하는 방법을 지칭한다.
용어 바이오마커의 수준을 "측정하는 것"은 바이오마커의 정량화, 예를 들어 본원의 곳곳에 기재된 적절한 검출 방법을 사용하여 샘플에서 바이오마커의 수준을 결정하는 것을 지칭한다.
용어 "요법의 효능을 모니터링하는 것"은 샘플을 요법 전 및/또는 요법 하의 환자로부터 적어도 1회 (연속 포함) 수득하고, 내부의 1개 이상의 바이오마커를 측정하여 요법이 효과적인지 아닌지의 지표를 수득하는 것을 나타내는 것으로 사용된다.
요법의 효능을 모니터링하는 것에 있어서, 1개 이상의 바이오마커의 수준이 측정되고, 일부 실시양태에서 이는 바이오마커에 대한 참조 수준과 비교되거나, 또는 일부 실시양태에서 이는 동일한 환자로부터 시간상 더 이른 시점에 수득한 샘플 내 바이오마커의 수준과 비교된다. 일부 실시양태에서, 1개 이상의 바이오마커의 현재 수준은 동일한 환자로부터의, 상기 환자에서 요법의 시작 전에 수득한 샘플 내 바이오마커의 수준과 비교된다.
일부 실시양태에서, 각각의 마커의 참조 수준 초과인, CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준은 환자가 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 각각의 마커의 참조 수준 초과인, CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준은 환자가 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 각각의 마커의 참조 수준 초과인, MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준은 환자가 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 각각의 마커의 참조 수준 초과인, CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준은 환자가 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 각각의 마커의 참조 수준 초과인, CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준은 환자가 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 각각의 마커의 참조 수준 초과인, HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 모든 3개의 마커의 수준은 환자가 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 각각의 마커의 참조 수준 초과인, SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 모든 4개의 마커의 수준은 환자가 요법에 반응할 가능성이 더 크다는 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 참조 수준은 참조 집단에서의 중앙 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 평균 수준이다. 일부 실시양태에서, 마커의 참조 수준은 참조 집단에서의 마커의 에버리지 수준이다. 비제한적인 예시적 참조 집단은 천식을 갖는 환자, 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자, 건강한 개체, 및 건강한 개체 및 천식을 갖는 환자를 포함하는 군을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 집단은 중등도 내지 중증 천식을 갖는 환자를 포함한다. 추가의 비제한적인 예시적 참조 집단은 호산구성 장애 (본원에 기재된 호산구성 장애 포함)를 갖는 환자, 예컨대 아토피성 피부염을 갖는 환자, 알레르기성 비염을 갖는 환자, 비강 폴립증을 갖는 환자, 호산구성 식도염을 갖는 환자, 과다호산구성 증후군을 갖는 환자 등을 포함한다.
어구 "치료를 권장하는 것"은 환자의 샘플에서 본원에 기재된 1개 이상의 바이오마커의 수준 또는 존재와 관련하여 생성된 정보 또는 데이터를 사용하여 환자를 TH2 경로 억제제에 의해 적합하게 치료되는 것 또는 적합하게 치료되지 않는 것으로서 확인하는 것을 지칭한다. 어구 "치료를 권장하는 것"은 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 더 큰 것 또는 더 작은 것으로 확인되거나 선택된 환자에 대해 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 제안하거나 그러한 요법을 선택하기 위해 생성된 정보 또는 데이터를 사용하는 것을 지칭할 수 있다. 사용되거나 생성된 정보 또는 데이터는 서면, 구술 또는 전자의 임의의 형태일 수 있다. 일부 실시양태에서, 생성된 정보 또는 데이터를 사용하는 것은 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합은 컴퓨터 장치, 분석기 유닛 또는 그의 조합에 의해 수행된다. 일부 추가 실시양태에서, 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합은 실험실 또는 의학 전문가에 의해 수행된다. 일부 실시양태에서, 정보 또는 데이터는 본원에 기재된 1개 이상의 마커의 수준과 참조 수준의 비교를 포함한다. 일부 실시양태에서, 정보 또는 데이터는 환자가 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 의해 적합하게 치료되는지 또는 적합하게 치료되지 않는지의 지표, 예를 들어 일부 경우에 환자가 특정한 TH2 경로 억제제, 예컨대 항-IL13 항체 또는 항-M1' 항체를 포함하는 요법에 의해 적합하게 치료되는지 또는 적합하게 치료되지 않는지의 지표를 포함한다.
어구 "환자를 선택하는 것" 또는 "환자를 확인하는 것"은 환자의 샘플에서 본원에 기재된 1개 이상의 마커의 수준과 관련하여 생성된 정보 또는 데이터를 사용하여, 환자를 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법으로부터 이익을 얻을 가능성이 더 큰 것으로서 또는 이익을 얻은 가능성이 더 작은 것으로서 확인하거나 선택하는 것을 지칭한다. 사용되거나 생성된 정보 또는 데이터는 서면, 구술 또는 전자의 임의의 형태일 수 있다. 일부 실시양태에서, 생성된 정보 또는 데이터를 사용하는 것은 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합은 컴퓨터 장치, 분석기 유닛 또는 그의 조합에 의해 수행된다. 일부 추가 실시양태에서, 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합은 실험실 또는 의학 전문가에 의해 수행된다. 일부 실시양태에서, 정보 또는 데이터는 본원에 기재된 1개 이상의 마커의 수준과 참조 수준의 비교를 포함한다. 일부 실시양태에서, 정보 또는 데이터는 환자가 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 의해 적합하게 치료되는지 또는 적합하게 치료되지 않는지의 지표, 예를 들어 일부 경우에 환자가 특정한 TH2 경로 억제제, 예컨대 항-IL13 항체 또는 항-M1' 항체를 포함하는 요법에 의해 적합하게 치료되는지 또는 적합하게 치료되지 않는지의 지표를 포함한다.
어구 "요법을 선택하는 것"은 환자의 샘플에서 본원에 기재된 1개 이상의 마커의 수준 또는 존재와 관련하여 생성된 정보 또는 데이터를 사용하여, 환자를 위한 요법을 확인 또는 선택하는 것을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 요법은 TH2 경로 억제제를 포함할 수 있다. 어구 "치료를 권장하는 것"은 또한 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 더 큰 것 또는 더 작은 것으로 확인되거나 선택된 환자에 대해 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 제안하거나 그러한 요법을 선택하기 위해 생성된 정보 또는 데이터를 사용하는 것을 지칭할 수 있다. 사용되거나 생성된 정보 또는 데이터는 서면, 구술 또는 전자의 임의의 형태일 수 있다. 일부 실시양태에서, 생성된 정보 또는 데이터를 사용하는 것은 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합은 컴퓨터 장치, 분석기 유닛 또는 그의 조합에 의해 수행된다. 일부 추가 실시양태에서, 소통, 제시, 보고, 저장, 송신, 전달, 공급, 전송, 분배 또는 그의 조합은 실험실 또는 의학 전문가에 의해 수행된다. 일부 실시양태에서, 정보 또는 데이터는 환자가 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 의해 적합하게 치료되는지 또는 적합하게 치료되지 않는지의 지표, 예를 들어 일부 경우에 환자가 특정한 TH2 경로 억제제, 예컨대 항-IL13 항체 또는 항-M1' 항체를 포함하는 요법에 의해 적합하게 치료되는지 또는 적합하게 치료되지 않는지의 지표를 포함한다.
용어 "생물학적 샘플"은 혈액, 혈청, 혈장, 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC), 객담, 조직 생검 (예를 들면, 폐 샘플), 및 비강 스왑 또는 비강 폴립을 비롯한 비강 샘플을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 샘플은 치료 전, 치료 동안 또는 치료후 채취될 수 있다. 샘플은 천식 또는 호흡기 장애를 갖는 것으로 의심되거나 천식 또는 호흡기 장애를 갖는 것으로 진단되어 치료가 필요할 수 있는 환자로부터, 또는 임의의 장애를 갖는 것으로 의심되지 않는 정상 개체로부터 채취될 수 있다. 일부 실시양태에서, RNA는 마커의 mRNA 수준을 검출하거나 측정하기 전에 본원에 기재된 생물학적 샘플로부터 추출된다.
용어 마커 또는 바이오마커를 "증폭시키는 것"은 관련 기술분야에 공지되고/거나 본원의 다른 곳에 기재된 적절한 마커 증폭 방법을 사용한 마커의 증폭을 지칭한다.
FENO 검정은 FENO (분획 호기 산화질소) 수준을 측정하는 검정을 지칭한다. 이러한 수준은, 예를 들어 2005년에 미국 흉부 학회 (ATS)에 의해 공개된 가이드라인에 따라 핸드-헬드 휴대용 장치, 니옥스 미노(NIOX MINO)® (에어로크린(Aerocrine), 스웨덴 솔나)를 사용하여 평가될 수 있다. FENO는 다른 유사한 방식, 예를 들어 FeNO 또는 FENO로 나타내어질 수 있고, 모든 이러한 유사한 변형이 동일한 의미를 갖는다는 것을 이해하여야 한다.
본원에 제공된 방법에 따라 시험되거나 치료받을 환자의 연령은 모든 연령을 포함한다. 일부 실시양태에서, 연령은 18+ 세이다. 일부 실시양태에서, 연령은 12+ 세이다. 일부 실시양태에서, 연령은 2+ 세이다. 일부 실시양태에서, 연령은 2-18세, 12-18세, 18-75세, 12-75세 또는 2-75세이다.
천식은 가변 및 재발 증상, 가역적 기류 폐쇄 (예를 들어, 기관지확장제에 의함), 및 기저 염증과 연관될 수 있거나 연관되지 않을 수 있는 기관지 과민성을 특징으로 하는 복합 장애이다. 천식의 예는 아스피린 감수성/악화된 천식, 아토피성 천식, 중증 천식, 경도 천식, 중등도 내지 중증 천식, 코르티코스테로이드 나이브 천식, 만성 천식, 코르티코스테로이드 저항성 천식, 코르티코스테로이드 불응성 천식, 새로이 진단된 비치료 천식, 흡연으로 인한 천식, 코르티코스테로이드 비제어 천식, 및 문헌 [J Allergy Clin Immunol (2010) 126(5):926-938]에서 언급된 바와 같은 다른 천식을 포함한다.
호산구성 장애는 과잉 호산구 수와 연관된 장애를 의미하고, 이러한 체내 국부적 또는 전신적 호산구의 수준 또는 활성으로 인해 비정형 증상이 나타날 수 있다. 과잉 호산구 수 또는 활성과 연관된 장애는 천식 (아스피린 감수성 천식 포함), 아토피성 천식, 아토피성 피부염, 알레르기성 비염 (계절성 알레르기성 비염 포함), 비-알레르기성 비염, 천식, 중증 천식, 만성 호산구성 폐렴, 알레르기성 기관지폐 아스페르길루스증, 복강 질환, 처크-스트라우스 증후군 (결절성 동맥주위염 플러스 아토피), 호산구성 근육통 증후군, 과다호산구성 증후군, 간헐성 혈관부종을 비롯한 부종성 반응, 연충 감염 (여기서 호산구는 보호적 역할을 가질 수 있음), 회선사상충 피부염, 및 호산구성 식도염, 호산구성 위염, 호산구성 위장염, 호산구성 장염 및 호산구성 결장염을 포함하나 이에 제한되지는 않는 호산구-연관된 위장 장애, 비강 미세폴립증 및 폴립증, 아스피린 불내성 천식 및 폐쇄성 수면 무호흡을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 호산구-유래 분비 산물도 또한 종양에서의 혈관신생 및 결합 조직 형성의 촉진, 및 만성 천식, 크론병, 경피증 및 심내막심근 섬유증과 같은 병태에서 관찰되는 섬유화 반응과 연관되었다 (Munitz A, Levi-Schaffer F. Allergy 2004; 59: 268-75, Adamko et al. Allergy 2005; 60: 13-22, Oldhoff, et al. Allergy 2005; 60: 693-6). 다른 예는 암 (예를 들어, 교모세포종 (예컨대, 다형성 교모세포종), 비-호지킨 림프종 (NHL)), 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 천식, 섬유증, 염증성 장 질환, 폐 섬유증 (특발성 폐 섬유증 (IPF) 및 경화증에 속발성인 폐 섬유증 포함), COPD, 간 섬유증을 포함한다.
IL-13 매개 장애는 과잉 IL-13 수준 또는 활성과 연관된 장애를 의미하고, 이러한 체내 국부적 및/또는 전신적 IL-13의 수준 또는 활성으로 인해 비정형 증상이 나타날 수 있다. IL-13 매개 장애의 예는 암 (예를 들어, 비-호지킨 림프종, 교모세포종), 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 천식, 섬유증, 염증성 장 질환 (예를 들어, 크론병), 폐 염증성 장애 (예를 들어, 폐 섬유증, 예컨대 IPF), COPD, 간 섬유증을 포함한다.
IL-4 매개 장애는 과잉 IL4 수준 또는 활성과 연관된 장애를 의미하고, 이러한 체내 국부적 및/또는 전신적 IL4의 수준 또는 활성으로 인해 비정형 증상이 나타날 수 있다. IL4 매개 장애의 예는 암 (예를 들어, 비-호지킨 림프종, 교모세포종), 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 천식, 섬유증, 염증성 장 질환 (예를 들어, 크론병), 폐 염증성 장애 (예를 들어, 폐 섬유증, 예컨대 IPF), COPD, 간 섬유증을 포함한다.
IL-5 매개 장애는 과잉 IL5 수준 또는 활성과 연관된 장애를 의미하고, 이러한 체내 국부적 및/또는 전신적 IL5의 수준 또는 활성으로 인해 비정형 증상이 나타날 수 있다. IL5 매개 장애의 예는 암 (예를 들어, 비-호지킨 림프종, 교모세포종), 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 천식, 섬유증, 염증성 장 질환 (예를 들어, 크론병), 폐 염증성 장애 (예를 들어, 폐 섬유증, 예컨대 IPF), COPD, 간 섬유증을 포함한다.
IL-9 매개 장애는 과잉 IL9 수준 또는 활성과 연관된 장애를 의미하고, 이러한 체내 국부적 및/또는 전신적 IL9의 수준 또는 활성으로 인해 비정형 증상이 나타날 수 있다. IL9 매개 장애의 예는 암 (예를 들어, 비-호지킨 림프종, 교모세포종), 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 천식, 섬유증, 염증성 장 질환 (예를 들어, 크론병), 폐 염증성 장애 (예를 들어, 폐 섬유증, 예컨대 IPF), COPD, 간 섬유증을 포함한다.
TSLP 매개 장애는 과잉 TSLP 수준 또는 활성과 연관된 장애를 의미하고, 이러한 체내 국부적 및/또는 전신적 TSLP의 수준 또는 활성으로 인해 비정형 증상이 나타날 수 있다. TSLP 매개 장애의 예는 암 (예를 들어, 비-호지킨 림프종, 교모세포종), 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 천식, 섬유증, 염증성 장 질환 (예를 들어, 크론병), 폐 염증성 장애 (예를 들어, 폐 섬유증, 예컨대 IPF), COPD, 간 섬유증을 포함한다.
IgE-매개 장애는 과잉 IgE 수준 또는 활성과 연관된 장애를 의미하고, 이러한 체내 국부적 및/또는 전신적 IgE의 수준으로 인해 비정형 증상이 나타날 수 있다. 이러한 장애는 천식, 아토피성 피부염, 알레르기성 비염, 섬유증 (예를 들어, 폐 섬유증, 예컨대 IPF)을 포함한다.
천식-유사 증상은 숨가쁨, 기침 (객담 생성 및/또는 객담 질 및/또는 기침 빈도에서의 변화), 천명, 흉부 압박, 기관지수축, 및 상기 증상 중 하나에 기인한 야간 각성으로 이루어진 군으로부터 선택된 증상 또는 이들 증상의 조합을 포함한다 (Juniper et al. (2000) Am. J. Respir. Crit. Care Med., 162(4), 1330-1334.).
용어 "호흡기 장애"는 천식 (예를 들어, 알레르기성 및 비-알레르기성 천식 (예를 들어, 보다 어린 어린이에서 예를 들어 호흡기 세포융합 바이러스 (RSV)에 의한 예를 들어 감염으로 인함)); 기관지염 (예를 들어, 만성 기관지염); 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD) (예를 들어, 기종 (예를 들어, 담배-유발된 기종)); 기도 염증, 호산구증가증, 섬유증 및 과다 점액 생산을 수반하는 병태, 예를 들어 낭성 섬유증, 폐 섬유증 및 알레르기성 비염을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 기도 염증, 과다 기도 분비 및 기도 폐쇄를 특징으로 할 수 있는 질환의 예는 천식, 만성 기관지염, 기관지확장증 및 낭성 섬유증을 포함한다.
악화 (통상적으로 천식 발작 또는 급성 천식으로 지칭됨)는 숨가쁨, 기침 (객담 생성 및/또는 객담 질 및/또는 기침 빈도에서의 변화), 천명, 흉부 압박, 상기 증상 중 하나에 기인한 야간 각성 또는 이들 증상의 조합에서의 신규 에피소드 또는 진행성 증가이다. 악화는 종종 호기 기류 (PEF 또는 FEV1)에서의 감소를 특징으로 한다. 그러나, PEF 가변성은 악화로부터 회복까지 또는 회복 동안에는 증가할 수 있지만, 악화 동안에는 통상적으로 증가하지 않는다. 악화의 중증도는 경도 내지 생명-위협의 범위이고, 증상 및 폐 기능 둘 다를 기초로 하여 평가될 수 있다. 본원에 기재된 바와 같은 중증 천식 악화는 하기 천식 치료를 위한 입원, 높은 코르티코스테로이드 사용 (예를 들어, 총 1일 코르티코스테로이드 용량을 4배로 하는 것, 또는 연속 3일 이상 동안 FP 또는 등가물의 500 마이크로그램 이상의 총 1일 용량), 또는 경구/비경구 코르티코스테로이드 사용 중 어느 하나 또는 그의 조합을 야기하는 악화를 포함한다.
TH2 경로 억제제는 TH2 경로를 억제하는 작용제이다.
TH2 경로 억제제의 억제제는: ITK, BTK, IL-9 (예를 들어, MEDI-528), IL-5 (예를 들어, 메폴리주맙, CAS 번호 196078-29-2; 레실리주맙), IL-13 (예를 들어, IMA-026, IMA-638 (안루킨주맙으로도 지칭됨, INN 번호 910649-32-0; QAX-576; IL4/IL13 trap), 트랄로키누맙 (CAT-354로도 지칭됨, CAS 번호 1044515-88-9); AER-001, ABT-308 (인간화 13C5.5 항체로도 지칭됨), IL-4 (예를 들어, AER-001, IL4/IL13 trap), OX40L, TSLP, IL-25, IL-33, 가용성 IgE (예를 들어, 졸레어, QGE-031; MEDI-4212) 및 막-결합 IgE (퀼리주맙); 및 수용체, 예컨대: IL-9 수용체, IL-5 수용체 (예를 들어, MEDI-563 (벤랄리주맙, CAS 번호 1044511-01-4), IL-4수용체 알파 (예를 들어, AMG-317, AIR-645, 두필루맙), IL-13수용체알파1 (예를 들어, R-1671) 및 IL-13수용체알파2, OX40, TSLP-R, IL-7R알파 (TSLP에 대한 보조-수용체), IL17RB (IL-25에 대한 수용체), ST2 (IL-33에 대한 수용체), CCR3, CCR4, CRTH2 (예를 들어, AMG-853, AP768, AP-761, MLN6095, ACT129968), Fc엡실론RI, Fc엡실론RII/CD23 (IgE에 대한 수용체), Flap (예를 들어, GSK2190915), Syk 키나제 (R-343, PF3526299); CCR4 (AMG-761), TLR9 (QAX-935)로 이루어진 군으로부터 선택된 표적 중 어느 하나의 활성의 억제제, 및 CCR3, IL5, IL3, GM-CSF (예를 들어, TPI ASM8)의 다중-시토카인 억제제를 포함한다. 상기 언급된 표적의 억제제의 예는, 예를 들어 WO2008/086395; WO2006/085938; US 7,615,213; US 7,501,121; WO2006/085938; WO 2007/080174; US 7,807,788; WO2005007699; WO2007036745; WO2009/009775; WO2007/082068; WO2010/073119; WO2007/045477; WO2008/134724; US2009/0047277; 및 WO2008/127,271에 개시되어 있다.
본원에 제공된 치료제는 본원에서 상기 확인된 표적에 결합할 수 있는 작용제, 예컨대 폴리펩티드(들) (예를 들어, 항체, 이뮤노어드헤신 또는 펩티바디), 단백질에 결합할 수 있는 압타머 또는 소분자, 또는 본원에서 확인된 표적을 코딩하는 핵산 분자에 결합할 수 있는 핵산 분자 (즉, siRNA)를 포함한다.
"항-IL13/IL4 경로 억제제"는 IL-13 및/또는 IL-4 신호전달을 억제하는 치료제를 지칭한다. 항-IL13/IL4 경로 억제제의 예는 IL13 및/또는 IL4와 그의 수용체(들)의 상호작용의 억제제를 포함하고, 이러한 억제제는 항-IL13 결합제, 항-IL4 결합제, 항-IL3/IL4 이중특이적 결합제, 항-IL4수용체알파 결합제, 항-IL13수용체알파1 결합제 및 항-IL13 수용체알파2 결합제를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. IL13, IL4, (IL13에 결합하는 단일 도메인 및 IL4에 결합하는 단일 도메인을 갖는 이중특이적 항체 포함), IL-13R알파1, IL-13R알파2 또는 IL-4R알파에 결합할 수 있는 단일 도메인 항체가 억제제로서 구체적으로 포함된다. 1개 초과의 표적에 결합할 수 있는 분자가 포함되는 것으로 이해되어야 한다.
"항-IL4 결합제"는 인간 IL-4에 결합하는 작용제를 지칭한다. 이러한 결합제는 소분자, 압타머 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 이러한 폴리펩티드는 이뮤노어드헤신, 항체, 펩티바디 및 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드(들)를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 한 실시양태에 따르면, 결합제는 1 uM - 1 pM 사이의 친화도로 인간 IL-4 서열에 결합한다. 항-IL4 결합제의 구체적 예는 가용성 IL4수용체 알파 (예를 들어, 인간 Fc 영역에 융합된 IL4수용체의 세포외 도메인), 항-IL4 항체, 및 가용성 IL13수용체알파1 (예를 들어, 인간 Fc 영역에 융합된 IL13수용체알파1의 세포외 도메인)을 포함할 수 있다.
"항-IL4수용체알파 결합제"는 인간 IL4 수용체알파에 결합하는 작용제를 지칭한다. 이러한 결합제는 소분자, 압타머 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 이러한 폴리펩티드는 이뮤노어드헤신, 항체, 펩티바디 및 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드(들)를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 한 실시양태에 따르면, 결합제는 1 uM - 1 pM 사이의 친화도로 인간 IL-4 수용체 알파 서열에 결합한다. 항-IL4 수용체알파 결합제의 구체적인 예는 항-IL4 수용체 알파 항체를 포함할 수 있다.
"항-IL13 결합제"는 인간 IL13에 결합하는 작용제를 지칭한다. 이러한 결합제는 소분자, 압타머 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 이러한 폴리펩티드는 이뮤노어드헤신, 항체, 펩티바디 및 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드(들)를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 한 실시양태에 따르면, 결합제는 1 uM - 1 pM 사이의 친화도로 인간 IL-13 서열에 결합한다. 항-IL13 결합제의 구체적 예는 항-IL13 항체, 인간 Fc에 융합된 가용성 IL13수용체알파2, 인간 Fc에 융합된 가용성 IL4수용체알파, 인간 Fc에 융합된 가용성 IL13 수용체알파를 포함할 수 있다. 한 실시양태에 따르면, 항-IL13 항체는 (1) 서열 11의 아미노산 서열을 포함하는 HVRH1; (2) 서열 12의 아미노산 서열을 포함하는 HVRH2; (3) 서열 13의 아미노산 서열을 포함하는 HVRH3; (4) 서열 14의 아미노산 서열을 포함하는 HVRL1; (5) 서열 15의 아미노산 서열을 포함하는 HVRL2; (6) 서열 16의 아미노산 서열을 포함하는 HVRL3을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 한 실시양태에 따르면, 항체는 IgG1 항체이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 항체는 IgG4 항체이다. 한 실시양태에 따르면, IgG4 항체는 그의 불변 도메인에 S228P 돌연변이를 포함한다.
"항-IL13수용체알파1 결합제"는 인간 IL13 수용체알파1에 특이적으로 결합하는 작용제를 지칭한다. 이러한 결합제는 소분자, 압타머 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 이러한 폴리펩티드는 이뮤노어드헤신, 항체, 펩티바디 및 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드(들)를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 한 실시양태에 따르면, 결합제는 1 uM - 1 pM 사이의 친화도로 인간 IL-13 수용체 알파1 서열에 결합한다. 항-IL13 수용체알파1 결합제의 구체적 예는 항-IL13 수용체 알파1 항체를 포함할 수 있다.
"항-IL13수용체알파2 결합제"는 인간 IL13 수용체알파2에 특이적으로 결합하는 작용제를 지칭한다. 이러한 결합제는 소분자, 압타머 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 이러한 폴리펩티드는 이뮤노어드헤신, 항체, 펩티바디 및 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드(들)를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 한 실시양태에 따르면, 결합제는 1 μM - 1 pM 사이의 친화도로 인간 IL-13 수용체 알파2 서열에 결합한다. 항-IL13 수용체알파2 결합제의 구체적 예는 항-IL13 수용체 알파2 항체를 포함될 수 있다.
"항 IgE 결합제"는 인간 IgE에 특이적으로 결합하는 작용제를 지칭한다. 이러한 결합제는 소분자, 압타머 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 이러한 폴리펩티드는 이뮤노어드헤신, 항체, 펩티바디 및 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드(들)를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 한 실시양태에 따르면, 항-IgE 항체는 서열 17의 아미노산 서열을 포함하는 VL 서열 및 서열 18의 아미노산 서열을 포함하는 VH 서열을 포함한다.
"항-M1' 결합제"는 B 세포 상의 표면 발현된 IgE의 막 근접 M1' 영역에 특이적으로 결합하는 작용제를 지칭한다. 이러한 결합제는 소분자, 압타머 또는 폴리펩티드를 포함할 수 있다. 이러한 폴리펩티드는 이뮤노어드헤신, 항체, 펩티바디 및 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리펩티드(들)를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. 한 실시양태에 따르면, 항-IgE 항체는 WO2008/116149에 기재된 항체 또는 그의 변이체를 포함한다. 또 다른 실시양태에 따르면, 항-M1' 항체는 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄는 서열 1이고 가변 경쇄는 서열 2이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 항-IgE/M1' 항체는 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3을 추가로 포함하고 가변 경쇄는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 추가로 포함하며, (a) HVR-H1은 서열 1의 잔기 26-35, [GFTFSDYGIA; 서열 3]이고; (b) HVR-H2는 서열 1의 잔기 49-66, [AFISDLAYTIYYADTVTG; 서열 4]이고; (c) HVR-H3은 서열 1의 잔기 97-106, [ARDNWDAMDY; 서열 5]이고; (d) HVR-L1은 서열 2의 잔기 24-39, [RSSQSLVHNNANTYLH; 서열 6]이고; (e) HVR-L2는 서열 2의 잔기 55-61, [KVSNRFS; 서열 7]이고; (f) HVR-L3은 서열 2의 잔기 94-102, [SQNTLVPWT; 서열 8]이다.
용어 "소분자"는 50 달톤 내지 2500 달톤의 분자량을 갖는 유기 분자를 지칭한다.
용어 "항체"는 가장 넒은 의미로 사용되고, 구체적으로 예를 들어 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 폴리에피토프 특이성을 갖는 항체, 단일 쇄 항체, 다중-특이적 항체 및 항체의 단편을 포괄한다. 이러한 항체는 키메라, 인간화, 인간 및 합성 항체일 수 있다. 이러한 항체 및 이를 생성하는 방법은 하기에 보다 상세하게 기재되어 있다.
용어 "비제어" 또는 "비제어가능한"은 질환의 증상을 최소화하기 위한 치료 요법의 불충분함을 지칭한다. 본원에 사용된 용어 "비제어" 및 "불충분하게 제어"는 상호교환가능하게 사용될 수 있고, 동일한 상태를 지칭하는 것으로 의도된다. 환자의 제어 상태는 환자의 임상 병력, 치료에 대한 반응성 및 처방된 현행 치료의 수준을 비롯한 다수의 인자를 기반으로 하여 담당 의사에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, 의사는 FEV1 <75% 예측치 또는 개인 최고 측정치, 과거 2-4주 내 SABA를 필요로 한 빈도 (예를 들어, 2회 용량/주 이상), 과거 2-4주 내 야간 각성/증상 (예를 들어, 2회 야간/주 이하), 과거 2-4주 내 활동에 대한 제한, 과거 2-4주 내 주간 증상과 같은 인자를 고려할 수 있다.
용어 "치료제"는 질환을 치료하는데 사용되는 임의의 작용제를 지칭한다.
용어 "제어제" 또는 "예방제"는 천식 염증을 제어하는데 사용되는 임의의 치료제를 지칭한다. 제어제의 예는 코르티코스테로이드, 류코트리엔 수용체 길항제 (예를 들어, 류코트리엔의 합성 또는 활성을 억제함, 예컨대 몬테루카스트, 질류톤, 프란루카스트, 자피르루카스트), LABA, 코르티코스테로이드/LABA 조합 조성물, 테오필린 (아미노필린 포함), 크로몰린 나트륨, 네도크로밀 나트륨, 오말리주맙, LAMA, MABA (예를 들어, 이관능성 무스카린성 길항제-베타2 효능제), 5-리폭시게나제 활성화 단백질 (FLAP) 억제제, 및 효소 PDE-4 억제제 (예를 들어, 로플루밀라스트)를 포함한다. "제2 제어제"는 전형적으로 제1 제어제와 동일하지 않은 제어제를 지칭한다.
용어 "코르티코스테로이드 절약" 또는 "CS"는 또 다른 치료제의 투여로 인한, 질환의 치료를 위해 코르티코스테로이드를 제공받는 환자에서 질환을 치료하기 위해 사용된 코르티코스테로이드의 빈도 및/또는 양에서의 감소, 또는 그의 제거를 의미한다. "CS 작용제"는 코르티코스테로이드를 제공받는 환자에서 CS를 유발할 수 있는 치료제를 지칭한다.
용어 "코르티코스테로이드"는 플루티카손 (플루티카손 프로피오네이트 (FP) 포함), 베클로메타손, 부데소니드, 시클레소니드, 모메타손, 플루니솔리드, 베타메타손 및 트리암시놀론을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. "흡입가능한 코르티코스테로이드"는 흡입에 의한 전달에 적합한 코르티코스테로이드를 의미한다. 예시적인 흡입가능한 코르티코스테로이드는 플루티카손, 베클로메타손 디프로피오네이트, 부데노시드, 모메타손 푸로에이트, 시클레소니드, 플루니솔리드, 트리암시놀론 아세토니드 및 현재 이용가능하거나 미래에 이용가능하게 될 임의의 다른 코르티코스테로이드이다. 흡입될 수 있고 장기 작용 베타2-효능제와 조합되는 코르티코스테로이드의 예는 부데소니드/포르모테롤 및 플루티카손/살메테롤을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
코르티코스테로이드/LABA 조합 약물의 예는 플루티카손 푸로에이트/빌란테롤 트리페나테이트 및 인다카테롤/모메타손을 포함한다.
용어 "LABA"는 장기 작용 베타-2 효능제를 의미하며, 이러한 효능제는 예를 들어 살메테롤, 포르모테롤, 밤부테롤, 알부테롤, 인다카테롤, 아르포르모테롤 및 클렌부테롤을 포함한다.
용어 "LAMA"는 장기 작용 무스카린성 길항제를 의미하며, 이러한 효능제는 티오트로피움을 포함한다.
LABA/LAMA 조합물의 예는 올로다테롤 티오트로피움 (베링거 잉겔하임(Boehringer Ingelheim)) 및 인다카테롤 글리코피로늄 (노파르티스(Novartis))를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
용어 "SABA"는 단기 작용 베타-2 효능제를 의미하며, 이러한 효능제는 살부타몰, 레보살부타몰, 페노테롤, 테르부탈린, 피르부테롤, 프로카테롤, 비톨테롤, 리미테롤, 카부테롤, 툴로부테롤 및 레프로테롤을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
류코트리엔 수용체 길항제 (때때로 류카스트로 지칭됨) (LTRA)는 류코트리엔을 억제하는 약물이다. 류코트리엔 억제제의 예는 몬테루카스트, 질류톤, 프란루카스트 및 자피르루카스트를 포함한다.
용어 "FEV1"은 강제 호기의 처음 1초간 내쉰 공기의 부피를 지칭한다. 이는 기도 폐쇄의 척도이다. FEV1에서 20% 감소를 유도하는데 필요한 메타콜린의 유발 농도 (PC20)는 기도 과민반응의 척도이다. FEV1은 다른 유사한 방식, 예를 들어 FEV1로 기재될 수 있으며, 모든 이러한 유사한 변형이 동일한 의미를 갖는다는 것을 이해해야 한다.
용어 "FEV1에서의 상대 변화" = (치료 제12주에서의 FEV1 - 치료 시작 전의 FEV1) / FEV1이다.
용어 "경도 천식"은 일반적으로 1주 2회 미만의 증상 또는 악화, 1개월 2회 미만의 야간 증상을 경험하는 환자를 지칭하며, 악화 사이에는 무증상이다. 경도 간헐성 천식은 종종 필요한 경우에 하기로 치료된다: 흡입용 기관지확장제 (단기 작용 흡입용 베타2-효능제); 공지된 유발인자의 회피; 매년 인플루엔자 백신접종; 6 내지 10년마다의 폐렴구균 백신접종, 및 일부 경우에, 흡입용 베타2-효능제, 크로몰린, 또는 확인된 유발인자에 대한 노출 전의 네도크로밀. 환자가 단기 작용 베타2-효능제에 대해 증가하는 필요를 갖는 경우에 (예를 들어, 급성 악화에 대해 1일에 3 내지 4회 초과의 단기 작용 베타2-효능제를 사용하거나, 또는 증상에 대해 1개월 1개 초과의 캐니스터를 사용함), 환자는 요법에서의 증강을 필요로 할 수 있다.
용어 "중등도 천식"은 일반적으로 환자가 1주 2회 초과의 악화를 경험하고, 악화가 수면 및 활동에 영향을 미치고; 환자가 1개월 2회 초과의 천식으로 인한 야간 각성을 갖고; 환자가 매일 또는 격일의 단기 작용 흡입용 베타2-효능제를 필요로 하는 만성 천식 증상을 가지며; 환자의 치료전 기준선 PEF 또는 FEV1이 60 내지 80 퍼센트 예측치이고, PEF 가변성이 20 내지 30 퍼센트인 천식을 지칭한다.
용어 "중증 천식"은 일반적으로 환자가 거의 계속적인 증상, 빈번한 악화, 천식으로 인한 빈번한 야간 각성, 제한된 활동, 60 퍼센트 예측치 미만의 PEF 또는 FEV1 기준선, 및 20 내지 30 퍼센트의 PEF 가변성을 갖는 것인 천식을 지칭한다.
구급 의약의 예는 알부테롤, 벤토린 등을 포함한다.
"저항성"은 치료제로의 치료 후에 임상적으로 유의한 개선을 거의 또는 전혀 나타내지 않는 질환을 지칭한다. 예를 들어, 고용량 ICS로의 치료 (예를 들어, 천식이 비제어 상태로 남아있거나 또는 FEV1이 개선되지 않는 경우에 확립하기 위해 총 1일 코르티코스테로이드 용량을 4배로 하는 것 또는 적어도 연속 3일 이상 동안 FP (또는 등가물) 500 마이크로그램 이상의 총 1일 용량, 또는 2주 동안 전신성 코르티코스테로이드 시행)를 필요로 하는 천식은 종종 중증 불응성 천식으로 간주된다.
본원에 제공된 치료제는 비경구, 피하, 복강내, 폐내 및 비강내를 비롯한 임의의 적합한 수단에 의해 투여될 수 있다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 한 실시양태에서, 치료제는 흡입된다. 또 다른 실시양태에 따르면, 투약은 주사, 예를 들어 정맥내 또는 피하 주사에 의해 제공된다. 또 다른 실시양태에서, 치료제는 시린지 (예를 들어, 사전충전되거나 그렇지 않음) 또는 자가주사기를 사용하여 투여된다.
질환의 예방 또는 치료를 위해, 치료제의 적절한 투여량은 치료할 질환의 유형, 질환의 중증도 및 경과, 치료제가 예방 또는 치료 목적을 위해 투여되는지의 여부, 선행 요법, 환자의 임상 병력 및 치료제에 대한 반응, 및 담당의의 판단에 의존할 수 있다. 치료제는 적합하게는 환자에게 1회 또는 일련의 치료에 걸쳐 투여된다. 치료제 조성물은 우수한 의료 행위에 부합하는 방식으로 제제화, 투약 및 투여될 것이다. 이와 관련하여 고려할 인자는 치료할 특정한 장애, 치료할 특정한 포유동물, 개별 환자의 임상 병태, 장애의 원인, 작용제의 전달 부위, 투여 방법, 투여 스케줄링, 및 진료의에게 공지된 다른 인자를 포함한다.
호산구성 질환 (천식 포함)을 위한, 및 TH2 요법을 사용하여 다른 질환을 치료하기 위한, 레브리키주맙에 대한 투약: 레브리키주맙은 0.1 mg/kg 내지 100 mg/kg 환자 체중으로 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 환자에게 투여되는 투여량은 0.1 mg/kg 내지 20 mg/kg 환자 체중이다. 또 다른 실시양태에서, 용량은 1 mg/kg 내지 10 mg/kg 환자 체중이다.
대안적 실시양태에서, 레브리키주맙은 균일 용량으로 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 레브리키주맙은 125-1000 mg의 균일 용량 (즉, 체중 의존적이지 않음), 또는 37.5 mg의 균일 용량, 또는 125 mg의 균일 용량, 또는 250 mg의 균일 용량, 또는 500 mg의 균일 용량으로, 피하 주사에 의해 또는 정맥내 주사에 의해, 2주마다, 3주마다, 4주마다, 5주마다, 6주마다, 7주마다, 8주마다, 9주마다, 10주마다, 11주마다, 12주마다, 13주마다, 14주마다, 15주마다, 16주마다, 1개월마다, 2개월마다, 3개월마다 또는 4개월마다로 이루어진 군으로부터 선택된 시간 빈도로 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 환자가 과체중인 경우에, 레브리키주맙은 예를 들어 125-250 mg으로 1개월에 3회의 빈도로 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 레브리키주맙은 125 mg, 250 mg 또는 500 mg의 균일 용량으로 4주마다 투여된다. 또 다른 실시양태에서, 레브리키주맙은 환자 >40 kg에서 37.5 mg, 125 mg, 250 mg 또는 500 mg의 균일 용량으로 4주마다 투여된다.
한 실시양태에서, 환자는 18세 이상이다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 12 내지 17세이고, 레브리키주맙은 250 mg의 균일 용량 또는 125 mg의 균일 용량으로 투여된다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 6 내지 11세이고, 레브리키주맙은 125 mg의 균일 용량으로 투여된다.
호산구성 질환 (천식 포함)을 위한, 및 TH2 요법을 사용하여 다른 질환을 치료하기 위한, 퀼리주맙의 경우의 투약: 퀼리주맙은 0.003 mg/kg 내지 100 mg/kg 환자 체중으로 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 정맥내 또는 피하 투여에 의해 환자에게 투여되는 투여량은 0.003 mg/kg 내지 5 mg/kg 환자 체중이다.
대안적 실시양태에서, 퀼리주맙은 균일 용량으로 투여될 수 있다. 한 실시양태에서, 퀼리주맙은 150-450 mg 균일 용량으로 (즉, 체중 의존적이지 않음), 피하 주사에 의해 또는 정맥내 주사에 의해, 4주마다 또는 12주마다 (예를 들어, 3개월마다 약 1회 또는 분기마다 1회)로 이루어진 군으로부터 선택된 시간 빈도로 투여된다. 한 실시양태에서, 퀼리주맙은 300 mg의 용량으로 4주마다 피하로 투여된다. 한 실시양태에서, 퀼리주맙은 450 mg의 용량으로 12주마다 1회 (즉, 3개월마다 약 1회 또는 분기마다 1회) 피하로 투여된다. 특정 실시양태에서, 450 mg의 추가의 피하 용량이 제4주에 1회 투여된다. 한 실시양태에서, 퀼리주맙은 150 mg의 용량으로 12주마다 1회 (즉, 분기마다 1회) 피하로 투여된다. 특정 실시양태에서, 150 mg의 추가의 피하 용량이 제4주에 1회 투여된다.
"환자 반응" 또는 "반응" (및 그의 문법적 변형)은, 제한 없이, (1) 지연 및 완전한 저지를 비롯한 질환 진행의 어느 정도까지의 억제; (2) 질환 에피소드 및/또는 증상의 수에서의 감소; (3) 병변 크기에서의 감소; (4) 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 질환 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지); (5) 질환 확산의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지); (6) 질환 병변의 퇴행 또는 제거를 야기할 수 있지만 그래야 하는 것은 아닌, 자가면역 반응의 감소; (7) 장애와 연관된 하나 이상의 증상의 어느 정도까지의 완화; (8) 치료 후 무질환 표출 기간에서의 증가; 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서의 감소된 사망률을 비롯한, 환자에 대한 이익을 나타내는 임의의 종점을 사용하여 평가될 수 있다.
"친화도"는 분자 (예를 들어, 항체)의 단일 결합 부위와 그의 결합 파트너 (예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총 합계의 강도를 지칭한다. 달리 나타내지 않는 한, 본원에 사용된 "결합 친화도"는 결합 쌍의 구성원들 (예를 들어, 항체 및 항원 결합 아암) 사이의 1:1 상호작용을 반영하는 내인성 결합 친화도를 지칭한다. 분자 X의 그의 파트너 Y에 대한 친화도는 일반적으로 해리 상수 (Kd)로 나타내어질 수 있다. 친화도는 본원에 기재된 방법을 비롯하여, 관련 기술분야에 공지된 통상의 방법에 의해 측정될 수 있다. 결합 친화도를 측정하기 위한 구체적인 설명적 및 예시적 실시양태가 하기 기재된다.
"친화도 성숙" 항체는 항원에 대한 항체의 친화도에서의 개선을 생성하는 변경을 보유하지 않는 모 항체와 비교하여 하나 이상의 초가변 영역 (HVR)에서 하나 이상의 변경을 갖는 항체를 지칭한다.
용어 "항-표적 항체" 및 "표적에 결합하는 항체"는 항체가 표적을 표적화하는데 진단제 및/또는 치료제로서 유용하도록 충분한 친화도로 표적에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 한 실시양태에서, 비관련, 비-표적 단백질에 대한 항-표적 항체의 결합의 정도는, 예를 들어 방사성면역검정 (RIA) 또는 비아코어 검정에 의한 측정 시, 표적에 대한 항체의 결합의 약 10% 미만이다. 특정 실시양태에서, 표적에 결합하는 항체는 ≤ 1μM, ≤ 100 nM, ≤ 10 nM, ≤ 1 nM, ≤ 0.1 nM, ≤ 0.01 nM, 또는 ≤ 0.001 nM (예를 들어, 10-8 M 이하, 예를 들어 10-8 M 내지 10-13 M, 예를 들어 10-9 M 내지 10-13 M)의 해리 상수 (Kd)를 갖는다. 특정 실시양태에서, 항-표적 항체는 상이한 종 사이에서 보존된 표적의 에피토프에 결합한다.
본원에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 이중특이적 항체), 및 목적하는 항원-결합 활성을 나타내는 한 항체 단편을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 항체 구조를 포괄한다.
"항체 단편"은 무손상 항체가 결합하는 항원에 결합하는 무손상 항체의 일부를 포함하는, 무손상 항체 이외의 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예는 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 단일-쇄 항체 분자 (예를 들어, scFv); 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
참조 항체와 "동일한 에피토프에 결합하는 항체"는 경쟁 검정에서 참조 항체의 그의 항원에 대한 결합을 50% 이상 차단하는 항체를 지칭하고, 반대로 참조 항체는 경쟁 검정에서 항체의 그의 항원에 대한 결합을 50% 이상 차단한다. 경쟁 검정을 수행하는 다양한 방법이 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다.
본원의 목적상 "수용자 인간 프레임워크"는 하기 정의되는 바와 같은, 인간 이뮤노글로불린 프레임워크 또는 인간 컨센서스 프레임워크로부터 유래된 경쇄 가변 도메인 (VL) 프레임워크 또는 중쇄 가변 도메인 (VH) 프레임워크의 아미노산 서열을 포함하는 프레임워크이다. 인간 이뮤노글로불린 프레임워크 또는 인간 컨센서스 프레임워크"로부터 유래된" 수용자 인간 프레임워크는 그의 동일한 아미노산 서열을 포함할 수 있거나, 또는 아미노산 서열 변화를 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 아미노산 변화의 수는 10개 이하, 9개 이하, 8개 이하, 7개 이하, 6개 이하, 5개 이하, 4개 이하, 3개 이하, 또는 2개 이하이다. 일부 실시양태에서, VL 수용자 인간 프레임워크는 VL 인간 이뮤노글로불린 프레임워크 서열 또는 인간 컨센서스 프레임워크 서열과 서열이 동일하다.
용어 "키메라" 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정한 공급원 또는 종으로부터 유래된 반면에, 중쇄 및/또는 경쇄의 나머지가 상이한 공급원 또는 종으로부터 유래된 항체를 지칭한다.
항체의 "부류"는 그의 중쇄가 보유하는 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 지칭한다. 5종의 주요 부류의 항체: IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM이 존재하고, 이들 중 몇몇은 하위부류 (이소형), 예를 들어 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2로 추가로 나뉘어질 수 있다. 상이한 부류의 이뮤노글로불린에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ 및 μ로 불린다.
"이펙터 기능"은 항체 이소형에 따라 달라지는, 항체의 Fc 영역에서 기인하는 생물학적 활성을 지칭한다. 항체 이펙터 기능의 예는 C1q 결합 및 보체 의존성 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존성 세포-매개 세포독성 (ADCC); 식세포작용; 세포 표면 수용체 (예를 들어, B 세포 수용체)의 하향 조절; 및 B 세포 활성화를 포함한다.
작용제, 예를 들어 제약 제제의 "유효량"은 필요한 투여량에서 필요한 기간 동안 목적하는 치료 또는 예방 결과를 달성하기에 유효한 양을 지칭한다.
본원에서 용어 "Fc 영역"은 불변 영역의 적어도 일부를 함유하는 이뮤노글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하기 위해 사용된다. 상기 용어는 천연 서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역을 포함한다. 한 실시양태에서, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 Cys226 또는 Pro230으로부터 중쇄의 카르복실-말단으로 연장된다. 그러나, Fc 영역의 C-말단 리신 (Lys447)은 존재할 수 있거나 존재하지 않을 수 있다. 본원에서 달리 명시되지 않는 한, Fc 영역 또는 불변 영역 내의 아미노산 잔기의 넘버링은 문헌 [Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991]에 기재된 바와 같은, EU 인덱스로도 지칭되는 EU 넘버링 시스템에 따른다.
"프레임워크" 또는 "FR"은 초가변 영역 (HVR) 잔기 이외의 가변 도메인 잔기를 지칭한다. 가변 도메인의 FR은 일반적으로 4개의 FR 도메인: FR1, FR2, FR3 및 FR4로 이루어진다. 따라서, HVR 및 FR 서열은 일반적으로 VH (또는 VL)에서 하기 순서로 나타난다: FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 천연 항체 구조와 실질적으로 유사한 구조를 갖거나 또는 본원에 정의된 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 지칭하는 것으로 본원에서 상호교환가능하게 사용된다.
용어 "숙주 세포", "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양물"은 상호교환가능하게 사용되고, 외인성 핵산이 도입된 세포 (이러한 세포의 자손 포함)를 지칭한다. 숙주 세포는 "형질전환체" 및 "형질전환된 세포"를 포함하며, 이는 1차 형질전환된 세포 및 계대 횟수와 관계없이 그로부터 유래된 자손을 포함한다. 자손은 모 세포와 핵산 함량이 완전히 동일하지 않을 수 있지만, 돌연변이를 함유할 수 있다. 원래 형질전환된 세포에 대해 스크리닝되거나 선택된 것과 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이체 자손이 본원에 포함된다.
"인간 항체"는 인간 또는 인간 세포에 의해 생산되거나, 또는 인간 항체 레퍼토리 또는 다른 인간 항체-코딩 서열을 사용하는 비-인간 공급원으로부터 유래된 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 보유하는 항체이다. 인간 항체의 이러한 정의에서 비-인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화 항체는 구체적으로 제외된다.
"인간 컨센서스 프레임워크"는 인간 이뮤노글로불린 VL 또는 VH 프레임워크 서열의 선택 시 가장 흔히 발생하는 아미노산 잔기를 나타내는 프레임워크이다. 일반적으로, 인간 이뮤노글로불린 VL 또는 VH 서열의 선택은 가변 도메인 서열의 하위군으로부터 행한다. 일반적으로, 서열의 하위군은 문헌 [Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3]에서와 같은 하위군이다. 한 실시양태에서, VL의 경우에 하위군은 상기 문헌 [Kabat et al.]에서와 같은 하위군 카파 I이다. 한 실시양태에서, VH의 경우에 하위군은 상기 문헌 [Kabat et al.]에서와 같은 하위군 III이다.
"인간화" 항체는 비-인간 HVR로부터의 아미노산 잔기 및 인간 FR로부터의 아미노산 잔기를 포함하는 키메라 항체를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 인간화 항체는 적어도 1개, 및 전형적으로 2개의 가변 도메인을 실질적으로 모두 포함할 것이며, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 HVR (예를 들어, CDR)은 비-인간 항체의 그것에 상응하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 항체의 그것에 상응한다. 인간화 항체는 임의로 인간 항체로부터 유래된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 항체, 예를 들어 비-인간 항체의 "인간화 형태"는 인간화를 거친 항체를 지칭한다.
용어 "초가변 영역" 또는 "HVR"은 서열에서 초가변적이고/거나 구조적으로 한정된 루프 ("초가변 루프")를 형성하는 항체 가변 도메인의 각각의 영역을 지칭한다. 일반적으로, 천연 4-쇄 항체는 6개의 HVR; VH 내에 3개 (H1, H2, H3) 및 VL 내에 3개 (L1, L2, L3)를 포함한다. HVR은 일반적으로 초가변 루프로부터의 및/또는 "상보성 결정 영역" (CDR)으로부터의 아미노산 잔기를 포함하며, 후자는 전형적으로 서열 가변성이 가장 높고/거나 항원 인식에 관여한다. 본원에 사용된 바와 같은 HVR 영역은 위치 24-36 (HVRL1의 경우), 46-56 (HVRL2의 경우), 89-97 (HVRL3의 경우), 26-35B (HVRH1의 경우), 47-65 (HVRH2의 경우) 및 93-102 (HVRH3의 경우) 내에 위치한 임의의 번호의 잔기를 포함한다.
"개체" 또는 "환자" 또는 "대상체"는 포유동물이다. 포유동물은 가축 (예를 들어, 소, 양, 고양이, 개 및 말), 영장류 (예를 들어, 인간 및 비-인간 영장류, 예컨대 원숭이), 토끼 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 래트)를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 개체 또는 환자 또는 대상체는 인간이다. 일부 실시양태에서, 본원의 "개체" 또는 "환자" 또는 "대상체"는 천식 또는 호흡기 병태의 하나 이상의 징후, 증상 또는 다른 적응증을 경험하고 있거나 또는 경험한 적이 있는, 치료에 적격인 임의의 단일 인간 대상체이다. 질환의 임의의 임상 징후를 나타내지 않는 임상 연구 시험에 수반된 임의의 대상체, 또는 역학적 연구에 수반된 대상체, 또는 대조군으로서 일단 사용된 대상체가 대상체로서 포함되는 것으로 의도된다. 대상체는 이전에 TH2 경로 억제제 또는 또 다른 약물로 치료받았을 수 있거나, 또는 치료받지 않았을 수 있다. 대상체는 본원의 치료의 시작 시 TH2 억제제에 대해 나이브일 수 있고, 즉 대상체는 "기준선"에서 (즉, 본원의 치료 방법에서 TH2 억제제의 최초 투약을 투여하기 전의 시간상 설정점, 예컨대 치료를 개시하기 전 대상체를 스크리닝한 날에서) 예를 들어 TH2 억제제로 이전에 치료받지 않았을 수 있다. 이러한 "나이브" 대상체는 일반적으로, 이러한 약물(들)을 사용한 치료 후보인 것으로 간주된다.
"소아" 개체 또는 환자 또는 대상체는 생후 18세 (또는 0 내지 18세)까지의 인간이다. 일부 실시양태에서, 소아 개체 또는 환자 또는 대상체는 2 내지 6세, 2 내지 17세, 6 내지 11세, 6 내지 18세, 6 내지 17세, 8 내지 17세, 12 내지 17세, 또는 12 내지 18세이다.
"단리된" 항체는 그의 자연 환경의 성분에서 분리된 것이다. 일부 실시양태에서, 항체는 예를 들어 전기영동 (예를 들어, SDS-PAGE, 등전 포커싱 (IEF), 모세관 전기영동) 또는 크로마토그래피 (예를 들어, 이온 교환 또는 역상 HPLC)에 의한 결정 시 95% 또는 99% 초과의 순도로 정제된다. 항체 순도의 평가를 위한 방법의 검토에 대해서는, 예를 들어 문헌 [Flatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)]을 참조한다.
"단리된" 핵산은 그의 자연 환경의 성분으로부터 분리된 핵산 분자를 지칭한다. 단리된 핵산은 핵산 분자를 통상적으로 함유하는 세포에 함유되어 있는 핵산 분자를 포함하지만, 핵산 분자는 염색체외 또는 그의 천연 염색체 위치와 상이한 염색체 위치에 존재한다.
"항-표적 항체를 코딩하는 단리된 핵산"은 항체 중쇄 및 경쇄 (또는 그의 단편)를 코딩하는 하나 이상의 핵산 분자 (단일 벡터 또는 개별 벡터 내의 이러한 핵산 분자(들) 및 숙주 세포 내 하나 이상의 위치에 존재하는 이러한 핵산 분자(들) 포함)를 지칭한다.
용어 "모노클로날 항체"는 실질적으로 동종인 항체 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하고, 즉 상기 집단을 구성하는 개개의 항체는, 일반적으로 소량으로 존재하는 예를 들어 자연 발생 돌연변이를 함유하거나 모노클로날 항체 제제의 생산 동안 생성되는 가능한 변이체 항체를 제외하고, 동일하고/거나 동일한 에피토프에 결합한다. 전형적으로 상이한 결정기 (에피토프)에 대해 지시되는 상이한 항체를 포함하는 폴리클로날 항체 제제와는 대조적으로, 모노클로날 항체 제제의 각각의 모노클로날 항체는 항원 상의 단일 결정기에 대해 지시된다. 따라서, 수식어 "모노클로날"은 항체의 실질적으로 동종인 집단으로부터 수득된 항체의 특성을 나타내고, 임의의 특정한 방법에 의한 항체 생산을 필요로 하는 것으로서 해석되지 않아야 한다. 예를 들어, 본원에 제공된 방법에 따라 사용될 모노클로날 항체는 하이브리도마 방법, 재조합 DNA 방법, 파지-디스플레이 방법, 및 인간 이뮤노글로불린 유전자좌의 전부 또는 일부를 함유하는 트랜스제닉 동물을 이용하는 방법을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있고, 이러한 방법 및 모노클로날 항체를 제조하는 다른 예시적인 방법이 본원에 기재되어 있다.
"네이키드 항체"는 이종 모이어티 (예를 들어, 세포독성 모이어티) 또는 방사성표지에 접합되지 않은 항체를 지칭한다. 네이키드 항체는 제약 제제에 존재할 수 있다.
"천연 항체"는 다양한 구조를 갖는 자연 발생 이뮤노글로불린 분자를 지칭한다. 예를 들어, 천연 IgG 항체는 디술피드-결합된 2개의 동일한 경쇄 및 2개의 동일한 중쇄로 구성된 약 150,000 달톤의 이종사량체 당단백질이다. N-말단에서 C-말단으로, 각각의 중쇄는 가변 중쇄 도메인 또는 중쇄 가변 도메인으로도 불리는 가변 영역 (VH)에 이어서 3개의 불변 도메인 (CH1, CH2 및 CH3)을 갖는다. 유사하게, N-말단에서 C-말단으로, 각각의 경쇄는 가변 경쇄 도메인 또는 경쇄 가변 도메인으로도 불리는 가변 영역 (VL)에 이어서 불변 경쇄 (CL) 도메인을 갖는다. 항체의 경쇄는 그의 불변 도메인의 아미노산 서열을 기반으로 하여, 카파 (κ) 및 람다 (λ)로 불리는 2가지 유형 중 1가지로 할당될 수 있다.
용어 "패키지 삽입물"은 치료 제품의 사용에 관한 적응증, 용법, 투여량, 투여, 조합 요법, 금기 및/또는 경고에 대한 정보가 담긴, 이러한 치료 제품의 상업용 패키지에 통상적으로 포함되는 지침서를 지칭하는 것으로 사용된다. 용어 "패키지 삽입물"은 또한 의도된 용도, 시험 원리, 시약의 제조 및 취급, 시편 수집 및 제조, 검정 및 검정 절차의 보정, 성능 및 정밀도 데이터, 예컨대 검정의 감도 및 특이성에 대한 정보가 담긴, 진단 제품의 상업용 패키지에 통상적으로 포함되는 지침서를 지칭하는 것으로 사용된다.
참조 폴리펩티드 서열에 대한 "퍼센트 (%) 아미노산 서열 동일성"은 서열을 정렬시키고 필요한 경우에 최대 퍼센트 서열 동일성을 달성하기 위해 갭을 도입한 후 임의의 보존적 치환은 서열 동일성 부분으로 간주하지 않으면서 참조 폴리펩티드 서열 내의 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열 내의 아미노산 잔기의 백분율로서 정의된다. 퍼센트 아미노산 서열 동일성을 결정하기 위한 정렬은 관련 기술분야 기술 내의 다양한 방식으로, 예를 들어 공개적으로 입수가능한 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 메갈라인(Megalign) (DNASTAR) 소프트웨어를 사용하여 달성할 수 있다. 통상의 기술자는 비교할 전장 서열에 대한 최대 정렬을 달성하는데 필요한 임의의 알고리즘을 비롯하여 서열 정렬을 위한 적절한 파라미터를 결정할 수 있다. 그러나, 본원의 목적상, % 아미노산 서열 동일성 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 사용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제넨테크, 인크.(Genentech, Inc.) 소유로서, 소스 코드는 미국 저작권청 (20559 워싱턴 디.씨.)에 사용자 문서로 제출되어 있고, 미국 저작권 등록 번호 TXU510087 하에 등록되어 있다. ALIGN-2 프로그램은 제넨테크, 인크. (캘리포니아주 사우스 샌프란시스코)로부터 공개적으로 입수가능하거나, 소스 코드로부터 컴파일링될 수 있다. ALIGN-2 프로그램은 디지털 UNIX V4.0D를 비롯한 UNIX 운영 시스템에서의 사용을 위해 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 파라미터는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되어 있으며 변하지 않는다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교를 위해 사용되는 경우에, 주어진 아미노산 서열 B에 대한, 주어진 아미노산 서열 B와의, 또는 주어진 아미노산 서열 B 대비 주어진 아미노산 서열 A의 % 아미노산 서열 동일성 (대안적으로, 주어진 아미노산 서열 B에 대한, 주어진 아미노산 서열 B와의, 또는 주어진 아미노산 서열 B 대비 특정 % 아미노산 서열 동일성을 갖거나 또는 이를 포함하는 주어진 아미노산 서열 A라는 어구로 기재될 수 있음)은 하기와 같이 계산된다:
X/Y 분율 x 100
여기서, X는 A 및 B의 프로그램 정렬 시 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의해 동일한 매치로 스코어링된 아미노산 잔기의 수이고, Y는 B의 아미노산 잔기의 총 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않은 경우에는 B에 대한 A의 % 아미노산 서열 동일성이 A에 대한 B의 % 아미노산 서열 동일성과 동일하지 않을 것임을 인식할 것이다. 달리 구체적으로 언급되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 % 아미노산 서열 동일성 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 사용하여 직전 단락에 기재된 바와 같이 수득한다.
용어 "제약 제제"는 내부에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 하는 형태로 존재하며, 제제가 투여될 대상체에게 허용되지 않는 독성인 추가의 성분을 함유하지 않는 제제를 지칭한다.
"제약상 허용되는 담체"는 대상체에게 비독성인, 활성 성분 이외의 제약 제제 내의 성분을 지칭한다. 제약상 허용되는 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 보존제를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
용어 "표적"은 달리 나타내지 않는 한, 포유동물, 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 래트)를 비롯한 임의의 척추동물 공급원으로부터의 임의의 천연 분자를 지칭한다. 상기 용어는 "전장" 비프로세싱된 표적 뿐만 아니라 세포에서의 프로세싱으로부터 생성된 임의의 형태의 표적을 포괄한다. 상기 용어는 또한 표적의 자연 발생 변이체, 예를 들어 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다.
용어 "치료" (및 "치료하다" 또는 "치료하는"과 같은 그의 문법적 변형)는 치료되는 개체의 자연적 과정을 변경시키기 위한 시도로의 임상 개입을 지칭하고, 임상 병리상태의 예방을 위해 또는 그 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환의 발생 또는 재발의 예방, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접적 또는 간접적 병리학적 결과의 축소, 전이의 예방, 질환 질행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 및 경감 또는 개선된 예후를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 항체는 질환의 발생을 지연시키거나 또는 질환의 진행을 늦추기 위해 사용된다.
용어 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항원에 대한 항체의 결합에 관여하는 항체 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 지칭한다. 천연 항체의 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인 (각각 VH 및 VL)은 일반적으로 유사한 구조를 갖고, 각각의 도메인은 4개의 보존된 프레임워크 영역 (FR) 및 3개의 초가변 영역 (HVR)을 포함한다. (예를 들어, 문헌 [Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007)] 참조.) 단일 VH 또는 VL 도메인은 항원-결합 특이성을 부여하는데 충분할 수 있다. 또한, 특정한 항원에 결합하는 항체는 각각 상보적 VL 또는 VH 도메인의 라이브러리를 스크리닝하기 위해 항원에 결합하는 항체로부터의 VH 또는 VL 도메인을 사용하여 단리할 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991)]을 참조한다.
용어 "벡터"는, 연결된 또 다른 핵산을 증식시킬 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 상기 용어는 자기-복제 핵산 구조로서의 벡터 뿐만 아니라, 도입된 숙주 세포의 게놈 내로 통합된 벡터를 포함한다. 특정 벡터는 작동가능하게 연결된 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 이러한 벡터는 본원에서 "발현 벡터"로 지칭된다.
조성물 및 방법
한 측면에서, 본 발명은 부분적으로, 새로운 진단 검정 및 보다 우수한 치료 방법을 기반으로 한다. 일부 실시양태에서, 천식 및 다른 질환을 치료하는 보다 우수한 방법이 제공된다.
예시적인 항체
항-IL13 항체
한 측면에서, 본 발명은 인간 IL-13에 결합하는 단리된 항체를 제공한다.
한 실시양태에서, 항-IL13 항체는 서열 14의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L1; 서열 15의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L2; 서열 16의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L3; 서열 11의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H1; 서열 12의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H2; 및 서열 13의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H3을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 항체는 가변 영역 서열 서열 9 및 서열 10을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 가변 영역 서열 서열 19 및 서열 20을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 가변 영역 서열 서열 21 및 서열 20을 포함한다.
임의의 상기 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 인간화될 수 있다. 한 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 임의의 상기 실시양태에서와 같은 HVR을 포함하고, 수용자 인간 프레임워크, 예를 들어 인간 이뮤노글로불린 프레임워크 또는 인간 컨센서스 프레임워크를 추가로 포함한다.
또 다른 측면에서, 항-IL-13 항체는 서열 9의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열을 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VH 서열은 참조 서열에 비해 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입 또는 결실을 함유하지만, 그러한 서열을 포함하는 항-IL-13 항체는 인간 IL-13에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 실시양태에서, 총 1 내지 10개의 아미노산이 서열 9에서 치환, 변경, 삽입 및/또는 결실된다. 특정 실시양태에서, 치환, 삽입, 또는 결실은 HVR 외부 영역에서 (즉, FR에서) 일어난다. 임의로, 항-IL13 항체는 서열 9의 VH 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다. 임의로, 항-IL13 항체는 서열 19의 VH 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다. 임의로, 항-IL13 항체는 서열 21의 VH 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다.
또 다른 측면에서, 서열 10의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인 (VL)을 포함하는 항-IL-13 항체가 제공된다. 특정 실시양태에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 참조 서열에 비해 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입 또는 결실을 함유하지만, 그러한 서열을 포함하는 항-IL-13 항체는 IL-13에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 실시양태에서, 총 1 내지 10개의 아미노산이 서열 10에서 치환, 삽입 및/또는 결실된다. 특정 실시양태에서, 치환, 삽입, 또는 결실은 HVR 외부 영역에서 (즉, FR에서) 일어난다. 임의로, 항-IL-13 항체는 서열 10의 VL 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다. 임의로, 항-IL-13 항체는 서열 20의 VL 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다. 임의로, 항-IL-13 항체는 서열 22의 VL 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 서열 10의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 VL 영역 및 서열 9의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 VH 영역을 포함한다. 추가 실시양태에서, 항-IL-13 항체는 서열 14의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L1; 서열 15의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L2; 서열 16의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-L3; 서열 11의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H1; 서열 12의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H2; 및 서열 13의 아미노산 서열을 포함하는 HVR-H3을 포함한다.
또 다른 측면에서, 상기 제공된 임의의 실시양태에서와 같은 VH 및 상기 제공된 임의의 실시양태에서와 같은 VL을 포함하는 항-IL-13 항체가 제공된다.
추가 측면에서, 본 발명은 본원에 제공된 항-IL-13 항체와 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 제공한다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 서열 9의 VH 서열 및 서열 10의 VL 서열을 포함하는 항-IL-13 항체와 동일한 에피토프에 결합하거나 또는 항-IL-13 항체에 의해 경쟁적으로 억제될 수 있는 항체가 제공된다.
본 발명의 추가 측면에서, 임의의 상기 실시양태에 따른 항-IL-13 항체는 키메라, 인간화 또는 인간 항체를 비롯한 모노클로날 항체일 수 있다. 한 실시양태에서, 항-IL13 항체는 항체 단편, 예를 들어 Fv, Fab, Fab', scFv, 디아바디, 또는 F(ab')2 단편이다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 전장 항체, 예를 들어 무손상 IgG1 또는 IgG4 항체, 또는 본원에 정의된 바와 같은 다른 항체 부류 또는 이소형이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 항체는 이중특이적 항체이다. 한 실시양태에서, 이중특이적 항체는 HVR을 포함하거나, 또는 상기 기재된 VH 및 VL 영역을 포함한다.
추가 측면에서, 임의의 상기 실시양태에 따른 항-IL-13 항체는 하기 섹션 1-7에 기재된 바와 같은 임의의 특색을 단독으로 또는 조합하여 포함할 수 있다:
항-M1' 항체
한 측면에서, 본 발명은 인간 B 세포 상의 표면 발현된 IgE의 막 근위 M1' 영역에 결합하는 단리된 항체를 제공한다.
한 실시양태에서, 항-M1' 항체는 아미노산 서열 서열 6을 포함하는 HVR-L1; 아미노산 서열 서열 7을 포함하는 HVR-L2; 아미노산 서열 서열 8을 포함하는 HVR-L3; 아미노산 서열 서열 3을 포함하는 HVR-H1; 아미노산 서열 서열 4를 포함하는 HVR-H2; 및 아미노산 서열 서열 5를 포함하는 HVR-H3을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 항체는 가변 영역 서열 서열 1 및 서열 2를 포함한다.
임의의 상기 실시양태에서, 항-M1' 항체는 인간화될 수 있다. 한 실시양태에서, 항-M1' 항체는 임의의 상기 실시양태에서와 같은 HVR을 포함하고, 추가로 수용자 인간 프레임워크, 예를 들어 인간 이뮤노글로불린 프레임워크 또는 인간 컨센서스 프레임워크를 포함한다.
또 다른 측면에서, 항-M1' 항체는 서열 1의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열을 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VH 서열은 참조 서열에 비해 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입 또는 결실을 함유하지만, 그러한 서열을 포함하는 항-M1' 항체는 인간 M1'에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 실시양태에서, 총 1 내지 10개의 아미노산이 서열 1에서 치환, 변경, 삽입 및/또는 결실된다. 특정 실시양태에서, 치환, 삽입, 또는 결실은 HVR 외부 영역에서 (즉, FR에서) 일어난다. 임의로, 항-M1' 항체는 서열 1의 VH 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다.
또 다른 측면에서, 서열 2의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인 (VL)을 포함하는 항-M1' 항체가 제공된다. 특정 실시양태에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 참조 서열에 비해 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입 또는 결실을 함유하지만, 그러한 서열을 포함하는 항-M1' 항체는 M1'에 결합하는 능력을 보유한다. 특정 실시양태에서, 총 1 내지 10개의 아미노산이 서열 2에서 치환, 삽입 및/또는 결실된다. 특정 실시양태에서, 치환, 삽입, 또는 결실은 HVR 외부 영역에서 (즉, FR에서) 일어난다. 임의로, 항-M1' 항체는 서열 2의 VL 서열 (그러한 서열의 번역후 변형 포함)을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 항-M1' 항체는 서열 2의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 VL 영역 및 서열 1의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 VH 영역을 포함한다. 추가 실시양태에서, 항-M1' 항체는 아미노산 서열 서열 6을 포함하는 HVR-L1; 아미노산 서열 서열 7을 포함하는 HVR-L2; 아미노산 서열 서열 8을 포함하는 HVR-L3; 아미노산 서열 서열 3을 포함하는 HVR-H1; 아미노산 서열 서열 4를 포함하는 HVR-H2; 및 아미노산 서열 서열 5를 포함하는 HVR-H3을 포함한다.
또 다른 측면에서, 상기 제공된 임의의 실시양태에서와 같은 VH 및 상기 제공된 임의의 실시양태에서와 같은 VL을 포함하는 항-M1' 항체가 제공된다.
추가 측면에서, 본 발명은 본원에 제공된 항-M1' 항체와 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 제공한다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 서열 1의 VH 서열 및 서열 2의 VL 서열을 포함하는 항-M1' 항체와 동일한 에피토프에 결합하거나 또는 항-M1' 항체에 의해 경쟁적으로 억제될 수 있는 항체가 제공된다.
본 발명의 추가 측면에서, 임의의 상기 실시양태에 따른 항-M1' 항체는 키메라, 인간화 또는 인간 항체를 비롯한 모노클로날 항체일 수 있다. 한 실시양태에서, 항-M1' 항체는 항체 단편, 예를 들어 Fv, Fab, Fab', scFv, 디아바디, 또는 F(ab')2 단편이다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 전장 항체, 예를 들어 무손상 IgG1 또는 IgG4 항체, 또는 본원에 정의된 바와 같은 다른 항체 부류 또는 이소형이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 항체는 이중특이적 항체이다. 한 실시양태에서, 이중특이적 항체는 HVR을 포함하거나, 또는 상기 기재된 VH 및 VL 영역을 포함한다.
추가 측면에서, 임의의 상기 실시양태에 따른 항-M1' 항체는 하기 섹션 1-7에 기재된 바와 같은 임의의 특색을 단독으로 또는 조합하여 포함할 수 있다:
1. 항체 친화도
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 ≤ 1μM, ≤ 100 nM, ≤ 10 nM, ≤ 1 nM, ≤ 0.1 nM, ≤ 0.01 nM, 또는 ≤ 0.001 nM (예를 들어, 10-8 M 이하, 예를 들어 10-8 M 내지 10-13 M, 예를 들어 10-9 M 내지 10-13 M)의 해리 상수 (Kd)를 갖는다.
한 실시양태에서, Kd는 하기 검정에 의해 기재된 바와 같이 관심 항체의 Fab 버전 및 그의 항원을 사용하여 수행된 방사성표지된 항원 결합 검정 (RIA)에 의해 측정된다. 항원에 대한 Fab의 용액 결합 친화도는 비표지된 항원의 적정 시리즈의 존재 하에 최소 농도의 (125I)-표지된 항원으로 Fab를 평형화시킨 후, 항-Fab 항체-코팅된 플레이트를 사용하여 결합된 항원을 포획함으로써 측정한다 (예를 들어, 문헌 [Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)] 참조). 검정 조건을 확립하기 위해, 마이크로타이터(MICROTITER)® 멀티-웰 플레이트 (써모 사이언티픽(Thermo Scientific))를 50 mM 탄산나트륨 (pH 9.6) 중의 5 μg/ml 포획 항-Fab 항체 (카펠 랩스(Cappel Labs))로 밤새 코팅한 후, PBS 중의 2% (w/v) 소 혈청 알부민으로 2 내지 5시간 동안 실온 (대략 23℃)에서 차단한다. 비-흡착 플레이트 (눈크(Nunc) #269620)에서는 100 pM 또는 26 pM [125I]-항원을 관심 Fab의 연속 희석물과 혼합한다 (예를 들어, 문헌 [Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)]의 항-VEGF 항체, Fab-12의 평가와 일치함). 이어서, 관심 Fab를 밤새 인큐베이션하지만; 평형에 도달하는 것을 확실하게 하기 위해 더 오랜 기간 (예를 들어, 약 65시간) 동안 계속 인큐베이션할 수 있다. 이후에, 혼합물을 포획 플레이트로 옮겨 실온에서 (예를 들어, 1시간 동안) 인큐베이션한다. 이어서, 용액을 제거하고, 플레이트를 PBS 중의 0.1% 폴리소르베이트 20 (트윈(TWEEN)-20®)으로 8회 세척한다. 플레이트가 건조된 경우에, 150 μl/웰의 섬광제 (마이크로신트(MICROSCINT)-20™; 팩커드(Packard))를 첨가하고, 플레이트를 탑카운트(TOPCOUNT)™ 감마 계수기 (팩커드) 상에서 10분 동안 계수한다. 최대 결합의 20% 이하를 제공하는 각 Fab의 농도를 선택하여 경쟁적 결합 검정에 사용한다.
또 다른 실시양태에 따르면, Kd는 ~10 반응 단위 (RU)로 고정된 항원 CM5 칩을 사용하여 25℃에서 비아코어®-2000 또는 비아코어®-3000 (비아코어, 인크., 뉴저지주 피스카타웨이)를 사용하는 표면 플라즈몬 공명 검정을 사용하여 측정된다. 간략하게, 카르복시메틸화 덱스트란 바이오센서 칩 (CM5, 비아코어, 인크.)을 공급업체의 지침에 따라 N-에틸-N'-(3-디메틸아미노프로필)-카르보디이미드 히드로클로라이드 (EDC) 및 N-히드록시숙신이미드 (NHS)로 활성화시킨다. 항원을 10 mM 아세트산나트륨, pH 4.8을 사용하여 5 μg/ml (~0.2 μM)로 희석한 후에 커플링된 단백질의 대략 10 반응 단위 (RU)가 달성되도록 5 μl/분의 유량으로 주입한다. 항원의 주입 후, 1 M 에탄올아민을 주입하여 미반응기를 차단한다. 동역학적 측정을 위해, Fab의 2-배 연속 희석물 (0.78 nM 내지 500 nM)을 대략 25 μl/분의 유량으로 25℃에서 0.05% 폴리소르베이트 20 (트윈-20™) 계면활성제를 갖는 PBS (PBST) 내에 주입한다. 간단한 일-대-일 랭뮤어 결합 모델 (비아코어® 평가 소프트웨어 버전 3.2)을 사용하여 회합 및 해리 센소그램을 동시에 피팅시켜 회합률 (kon) 및 해리율 (koff)을 계산한다. 평형 해리 상수 (Kd)는 koff/kon의 비로 계산한다. 예를 들어, 문헌 [Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)]을 참조한다. 온-레이트가 상기 표면 플라즈몬 공명 검정에 의해 106 M- 1 s-1을 초과하는 경우에, 온-레이트는 분광계, 예컨대 정지-유동 설비 분광광도계 (아비브 인스트루먼츠) 또는 교반 큐벳이 장착된 8000-시리즈 SLM-아민코™ 분광광도계 (써모스펙트로닉)에서 측정되는 바와 같은, 증가하는 농도의 항원의 존재 하에 PBS, pH 7.2 중 20 nM의 항원 항체 (Fab 형태)의 25℃에서의 형광 방출 강도 (여기 = 295 nm; 방출 = 340 nm, 16 nm 대역-통과)의 증가 또는 감소를 측정하는 형광 켄칭 기술을 사용하는 것에 의해 결정될 수 있다.
2. 항체 단편
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 항체 단편이다. 항체 단편은 Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv, 및 scFv 단편, 및 하기 기재된 다른 단편을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 특정 항체 단편의 검토를 위해, 문헌 [Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)]을 참조한다. scFv 단편의 검토를 위해, 예를 들어 문헌 [Pluckthuen, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)]을 참조하고; 또한 WO 93/16185; 및 미국 특허 번호 5,571,894 및 5,587,458을 참조한다. 샐비지 수용체 결합 에피토프 잔기를 포함하고 증가된 생체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab')2 단편의 논의에 대해서는, 미국 특허 번호 5,869,046을 참조한다.
디아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있는 2개의 항원-결합 부위를 갖는 항체 단편이다. 예를 들어, EP 404,097; WO 1993/01161; 문헌 [Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); 및 Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)]을 참조한다. 트리아바디 및 테트라바디는 또한 문헌 [Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)]에 기재되어 있다.
단일-도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 실시양태에서, 단일-도메인 항체는 인간 단일-도메인 항체이다 (도만티스, 인크.(Domantis, Inc.), 매사추세츠주 월섬; 예를 들어 미국 특허 번호 6,248,516 B1 참조).
항체 단편은 본원에 기재된 바와 같이, 무손상 항체의 단백질분해적 소화 뿐만 아니라 재조합 숙주 세포 (예를 들어, 이. 콜라이 또는 파지)에 의한 생산을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다.
3. 키메라 및 인간화 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 키메라 항체이다. 특정 키메라 항체는 예를 들어 미국 특허 번호 4,816,567; 및 문헌 [Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)]에 기재되어 있다. 한 예에서, 키메라 항체는 비-인간 가변 영역 (예를 들어, 마우스, 래트, 햄스터, 토끼 또는 비-인간 영장류, 예컨대 원숭이로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 예에서, 키메라 항체는 부류 또는 하위부류가 모 항체의 것으로부터 변화된 "부류 교체된" 항체이다. 키메라 항체는 그의 항원-결합 단편을 포함한다.
특정 실시양태에서, 키메라 항체는 인간화 항체이다. 전형적으로, 비-인간 항체는 모 비-인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유하면서 인간에 대한 면역원성이 감소되도록 인간화된다. 일반적으로, 인간화 항체는 HVR, 예를 들어 CDR (또는 그의 일부)이 비-인간 항체로부터 유래되고, FR (또는 그의 일부)이 인간 항체 서열로부터 유래된 1개 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화 항체는 또한 임의로 인간 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 것이다. 일부 실시양태에서, 인간화 항체 내의 일부 FR 잔기는, 예를 들어 항체 특이성 또는 친화도를 복원하거나 또는 개선시키기 위해, 비-인간 항체 (예를 들어, HVR 잔기가 유래된 항체)로부터의 상응하는 잔기로 치환된다.
인간화 항체 및 그의 제조 방법은 예를 들어 문헌 [Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)]에서 검토되었고, 예를 들어 문헌 [Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)]; 미국 특허 번호 5,821,337, 7,527,791, 6,982,321, 및 7,087,409; 문헌 [Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005) (SDR (a-CDR) 그라프팅 기재); Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) ("재표면화" 기재); Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) ("FR 셔플링" 기재); 및 Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 및 Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) (FR 셔플링에 대한 "유도 선택" 접근법 기재)]에 추가로 기재되어 있다.
인간화에 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은, "최적-피트" 방법을 사용하여 선택된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Sims et al. J. Immunol. 151: 2296 (1993)] 참조); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정한 하위군의 인간 항체의 컨센서스 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); 및 Presta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)] 참조); 인간 성숙 (체세포 성숙) 프레임워크 영역 또는 인간 배선 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)] 참조); 및 FR 라이브러리 스크리닝으로부터 유래된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997) 및 Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)] 참조)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
4. 인간 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 인간 항체이다. 인간 항체는 관련 기술분야에 공지된 다양한 기술을 사용하여 생산될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 문헌 [van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 및 Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)]에 기재되어 있다.
인간 항체는 항원 챌린지에 반응하여 인간 가변 영역을 갖는 무손상 인간 항체 또는 무손상 항체를 생산하도록 변형된 트랜스제닉 동물에게 면역원을 투여하는 것에 의해 제조할 수 있다. 이러한 동물은 전형적으로 내인성 이뮤노글로불린 유전자좌를 대체하거나 또는 염색체외에 존재하거나 동물의 염색체로 무작위적으로 통합된 인간 이뮤노글로불린 유전자좌의 전부 또는 일부를 함유한다. 이러한 트랜스제닉 마우스에서, 내인성 이뮤노글로불린 유전자좌는 일반적으로 불활성화된다. 트랜스제닉 동물로부터 인간 항체를 수득하는 방법의 검토를 위해, 문헌 [Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)]을 참조한다. 또한, 예를 들어 제노마우스(XENOMOUSE)™ 기술을 기재하는 미국 특허 번호 6,075,181 및 6,150,584; 휴맙(HUMAB)® 기술을 기재하는 미국 특허 번호 5,770,429; K-M 마우스(K-M MOUSE)® 기술을 기재하는 미국 특허 번호 7,041,870, 및 벨로시마우스(VELOCIMOUSE)® 기술을 기재하는 미국 특허 출원 공개 번호 US 2007/0061900을 참조한다. 이러한 동물에 의해 생성된 무손상 항체로부터의 인간 가변 영역은 예를 들어 상이한 인간 불변 영역과 조합시키는 것에 의해 추가로 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한 하이브리도마-기반 방법에 의해 제조될 수 있다. 인간 모노클로날 항체의 생산을 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되어 있다. (예를 들어, 문헌 [Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)] 참조.) 인간 B-세포 하이브리도마 기술을 통해 생성된 인간 항체는 또한 문헌 [Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)]에 기재되어 있다. 추가의 방법은, 예를 들어 미국 특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터의 모노클로날 인간 IgM 항체의 생산 기재) 및 문헌 [Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)] (인간-인간 하이브리도마 기재)에 기재된 것을 포함한다. 인간 하이브리도마 기술 (트리오마(Trioma) 기술)은 또한 문헌 [Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)]에 기재되어 있다.
인간 항체는 또한 인간-유래 파지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리하는 것에 의해 생성될 수 있다. 이어서, 이러한 가변 도메인 서열은 목적하는 인간 불변 도메인과 조합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하는 기술은 하기 기재된다.
5. 라이브러리-유래 항체
본 발명의 항체는 목적 활성 또는 활성들을 갖는 항체에 대해 조합 라이브러리를 스크리닝하는 것에 의해 단리될 수 있다. 예를 들어, 파지 디스플레이 라이브러리를 생성하고, 목적하는 결합 특성을 보유하는 항체에 대해 이러한 라이브러리를 스크리닝하는 다양한 방법이 관련 기술분야에 공지되어 있다. 이러한 방법은 예를 들어 문헌 [Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)]에 검토되어 있고, 예를 들어 문헌 [McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)]에 추가로 기재되어 있다.
특정 파지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자의 레퍼토리는 개별적으로 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)에 의해 클로닝되고, 파지 라이브러리에 무작위 재조합되며, 이는 이어서 문헌 [Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)]에 기재된 바와 같이 항원-결합 파지에 대해 스크리닝될 수 있다. 파지는 전형적으로 항체 단편을 단일-쇄 Fv (scFv) 단편 또는 Fab 단편으로 디스플레이한다. 면역화된 공급원으로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 구축할 필요없이 면역원에 대한 고-친화도 항체를 제공한다. 대안적으로, 나이브 레퍼토리를 클로닝 (예를 들어, 인간으로부터)하여, 문헌 [Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)]에 기재된 바와 같이 어떠한 면역화도 없이 광범위한 비-자기 및 또한 자기 항원에 대한 항체의 단일 공급원을 제공할 수 있다. 마지막으로, 문헌 [Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)]에 기재된 바와 같이, 줄기 세포로부터의 비재배열 V-유전자 절편을 클로닝하고, 고도의 가변 CDR3 영역을 코딩하고 시험관내 재배열이 달성되도록 무작위 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용함으로써, 나이브 라이브러리를 또한 합성적으로 제조할 수 있다. 인간 항체 파지 라이브러리를 기재하고 있는 특허 공개는, 예를 들어 미국 특허 번호 5,750,373, 및 미국 특허 공개 번호 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936, 및 2009/0002360을 포함한다.
인간 항체 라이브러리로부터 단리된 항체 또는 항체 단편은 본원에서 인간 항체 또는 인간 항체 단편으로 간주된다.
6. 다중특이적 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들어 이중특이적 항체이다. 다중특이적 항체는 적어도 2개의 상이한 부위에 대해 결합 특이성을 갖는 모노클로날 항체이다. 특정 실시양태에서, 결합 특이성 중 하나는 IL-13에 대한 것이고, 다른 것은 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 실시양태에서, 이중특이적 항체는 IL-13의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 이중특이적 항체는 또한 세포에 세포독성제를 국재화하는데 사용될 수 있다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편으로서 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 제조하는 기술은 상이한 특이성을 갖는 2개의 이뮤노글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 공-발현 (문헌 [Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983)], WO 93/08829, 및 [Traunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)] 참조), 및 "노브-인-홀" 조작 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,731,168 참조)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 다중-특이적 항체는 또한 항체 Fc-이종이량체 분자를 제조하기 위한 정전기적 스티어링 효과를 조작하는 것 (WO 2009/089004A1); 2개 이상의 항체 또는 단편을 가교하는 것 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,676,980, 및 문헌 [Brennan et al., Science, 229: 81 (1985)] 참조); 이중특이적 항체를 생성하기 위해 류신 지퍼를 사용하는 것 (예를 들어, 문헌 [Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)] 참조); 이중특이적 항체 단편을 제조하기 위한 "디아바디" 기술을 사용하는 것 (예를 들어, 문헌 [Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)] 참조); 및 단일-쇄 Fv (sFv) 이량체를 사용하는 것 (예를 들어, 문헌 [Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)] 참조); 및 예를 들어 문헌 [Tutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)]에 기재된 바와 같이 삼중특이적 항체를 제조하는 것에 의해 제조될 수 있다.
"옥토퍼스 항체"를 비롯하여, 3개 이상의 기능적 항원 결합 부위를 갖는 조작된 항체가 또한 본원에 포함된다 (예를 들어, US 2006/0025576A1 참조).
본원의 항체 또는 단편은 또한 IL-13 뿐만 아니라 또 다른 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이중 작용 FAb" 또는 "DAF"를 포함한다 (예를 들어, US 2008/0069820 참조).
7. 항체 변이체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체의 아미노산 서열 변이체가 고려된다. 예를 들어, 항체의 결합 친화도 및/또는 다른 생물학적 특성을 개선시키는 것이 바람직할 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변이체는 항체를 코딩하는 뉴클레오티드 서열에 적절한 변형을 도입하는 것에 의해 또는 펩티드 합성에 의해 제조할 수 있다. 이러한 변형은 예를 들어 항체의 아미노산 서열 내 잔기의 결실 및/또는 삽입 및/또는 치환을 포함한다. 최종 구축물에 도달하기 위해 결실, 삽입 및 치환의 임의의 조합이 이루어질 수 있고, 단 최종 구축물은 목적하는 특성, 예를 들어 항원-결합을 보유한다.
치환, 삽입 및 결실 변이체
특정 실시양태에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체가 제공된다. 치환 돌연변이유발을 위한 관심 부위는 HVR 및 FR을 포함한다. 보존적 치환은 표 1에서 "보존적 치환"의 표제 하에 제시된다. 보다 실질적인 변화는 표 1에서 "예시적인 치환"의 표제 하에 제공되고, 아미노산 측쇄 부류에 관하여 하기에 추가로 기재된다. 아미노산 치환은 관심 항체에 도입될 수 있고, 산물은 목적 활성, 예를 들어 보유/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대해 스크리닝될 수 있다.
<표 1>
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아미노산은 공통적인 측쇄 특성에 따라 그룹화될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 쇄 배향에 영향을 미치는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비-보존적 치환은 이들 부류 중 하나의 구성원을 또 다른 부류로 교환하는 것을 수반할 것이다.
치환 변이체의 한 유형은 모 항체 (예를 들어, 인간화 또는 인간 항체)의 1개 이상의 초가변 영역 잔기를 치환하는 것을 수반한다. 일반적으로, 추가의 연구를 위해 선택된 생성된 변이체(들)는 모 항체에 비해 특정 생물학적 특성 (예를 들어, 증가된 친화도, 감소된 면역원성)에서 변형 (예를 들어, 개선)을 가질 것이고/거나 모 항체의 특정 생물학적 특성을 실질적으로 보유할 것이다. 예시적인 치환 변이체는 예를 들어 본원에 기재된 것과 같은 파지 디스플레이-기반 친화도 성숙 기술을 사용하여 편리하게 생성될 수 있는 친화도 성숙 항체이다. 간략하게, 1개 이상의 HVR 잔기가 돌연변이되고, 변이체 항체가 파지 상에 디스플레이되고, 특정한 생물학적 활성 (예를 들어, 결합 친화도)에 대해 스크리닝된다.
변경 (예를 들어, 치환)은 예를 들어 항체 친화도를 개선시키기 위해 HVR에서 이루어질 수 있다. 이러한 변경은 HVR "핫스팟", 즉 체세포 성숙 과정 동안 높은 빈도로 돌연변이를 겪는 코돈에 의해 코딩된 잔기 (예를 들어, 문헌 [Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)] 참조), 및/또는 SDR (a-CDR)에서 이루어질 수 있으며, 생성된 변이체 VH 또는 VL는 결합 친화도에 대해 시험된다. 2차 라이브러리로부터 구축 및 재선택하는 것에 의한 친화도 성숙은 예를 들어 문헌 [Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001))]에 기재되어 있다. 친화도 성숙의 일부 실시양태에서, 다양성은 임의의 다양한 방법 (예를 들어, 오류-유발 PCR, 쇄 셔플링, 또는 올리고뉴클레오티드-지시된 돌연변이유발)에 의한 성숙을 위해 선택된 가변 유전자로 도입된다. 이어서, 2차 라이브러리가 생성된다. 이어서, 라이브러리를 스크리닝하여 목적 친화도를 갖는 임의의 항체 변이체를 확인한다. 다양성을 도입하는 또 다른 방법은 HVR-지시된 접근법을 수반하며, 여기서 여러 HVR 잔기 (예를 들어, 한 번에 4-6개 잔기)가 무작위화된다. 항원 결합에 수반되는 HVR 잔기는 예를 들어 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 또는 모델링을 사용하여 구체적으로 확인될 수 있다. 특히, CDR-H3 및 CDR-L3이 종종 표적화된다.
특정 실시양태에서, 치환, 삽입 또는 결실은 이러한 변경이 항체가 항원에 결합하는 능력을 실질적으로 감소시키지 않는 한, 1개 이상의 HVR 내에서 일어날 수 있다. 예를 들어, 결합 친화도를 실질적으로 감소시키지 않는 보존적 변경 (예를 들어, 본원에 제공된 바와 같은 보존적 치환)이 HVR에서 이루어질 수 있다. 이러한 변경은 HVR "핫스팟" 또는 SDR의 외부일 수 있다. 상기 제공된 변이체 VH 및 VL 서열의 특정 실시양태에서, 각각의 HVR은 변경되지 않거나, 또는 1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 치환을 함유한다.
문헌 [Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085]에 기재된 바와 같이, 돌연변이유발을 위해 표적화될 수 있는 항체의 잔기 또는 영역의 확인에 유용한 방법은 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발"로 불린다. 이 방법에서, 잔기 또는 표적 잔기의 군 (예를 들어, 하전된 잔기, 예컨대 arg, asp, his, lys, 및 glu)이 확인되고, 중성 또는 음으로 하전된 아미노산 (예를 들어, 알라닌 또는 폴리알라닌)에 의해 대체되어 항체와 항원의 상호작용에 영향을 미치는지 여부를 결정한다. 추가의 치환은 초기 치환에 대한 기능적 감수성이 입증된 아미노산 위치에 도입될 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 항체와 항원 사이의 접촉점을 확인하기 위해 항원-항체 복합체의 결정 구조가 사용된다. 이러한 접촉 잔기 및 이웃 잔기는 치환을 위한 후보로 표적화되거나 또는 제거될 수 있다. 변이체는 그들이 목적하는 특성을 함유하는지 여부를 결정하기 위해 스크리닝될 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 길이 범위가 1개의 잔기 내지 100개 이상의 잔기를 함유하는 폴리펩티드에 이르는 아미노- 및/또는 카르복실-말단 융합, 뿐만 아니라 단일 또는 다수 아미노산 잔기의 서열내 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N-말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 항체의 N- 또는 C-말단에 대한 효소 (예를 들어, ADEPT의 경우) 또는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 폴리펩티드의 융합을 포함한다.
글리코실화 변이체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 항체가 글리코실화되는 정도를 증가시키거나 감소시키도록 변경된다. 항체에 대한 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 하나 이상의 글리코실화 부위가 생성되거나 제거되도록 아미노산 서열을 변경함으로써 편리하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함하는 경우에, 이에 부착된 탄수화물이 변경될 수 있다. 포유동물 세포에 의해 생산된 천연 항체는 전형적으로 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에의 N-연결에 의해 일반적으로 부착되는 분지형, 이중안테나 올리고사카라이드를 포함한다. 예를 들어 문헌 [Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)]을 참조한다. 올리고사카라이드는 다양한 탄수화물, 예를 들어 만노스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토스 및 시알산 뿐만 아니라 이중안테나 올리고사카라이드 구조의 "줄기" 내의 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 항체 내의 올리고사카라이드의 변형은 특정 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 생성하기 위해 이루어질 수 있다.
한 실시양태에서, Fc 영역에 (직접 또는 간접적으로) 부착된 푸코스가 결여된 탄수화물 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들어, 이러한 항체에서 푸코스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코스의 양은 예를 들어 WO 2008/077546에 기재된 바와 같이 MALDI-TOF 질량 분광측정법에 의한 측정 시, Asn 297에 부착된 모든 당구조물 (예를 들어, 복합체, 하이브리드 및 높은 만노스 구조물)의 합계에 관하여 Asn297에서 당 쇄 내의 푸코스의 평균 양을 계산하는 것에 의해 결정된다. Asn297은 Fc 영역 내의 약 위치 297 (Fc 영역 잔기의 Eu 넘버링)에 위치한 아스파라긴 잔기를 지칭하지만; Asn297은 또한 항체에서의 부차적 서열 변이로 인해 위치 297의 약 ± 3 아미노산 상류 또는 하류, 즉 위치 294 및 300 사이에 위치할 수 있다. 이러한 푸코실화 변이체는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 공개 번호 US 2003/0157108 (Presta, L.); US 2004/0093621 (교와 핫코 고교 캄파니 리미티드(Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd))을 참조한다. "탈푸코실화" 또는 "푸코스-결핍" 항체 변이체와 관련된 공개 문헌의 예는 US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; 문헌 [Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)]을 포함한다. 탈푸코실화 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예는 단백질 푸코실화가 결핍된 Lec13 CHO 세포 (Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); 미국 특허 출원 번호 US 2003/0157108 A1, Presta, L; 및 WO 2004/056312 A1, Adams et al., 특히 실시예 11에서), 및 녹아웃 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실트랜스퍼라제 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (예를 들어, 문헌 [Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)]; 및 WO2003/085107 참조)를 포함한다.
이등분된 올리고사카라이드를 갖는 항체 변이체가 추가로 제공되며, 예를 들어 여기서 항체의 Fc 영역에 부착된 이중안테나 올리고사카라이드는 GlcNAc에 의해 이등분된다. 이러한 항체 변이체는 감소된 푸코실화 및/또는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 이러한 항체 변이체의 예가, 예를 들어 WO 2003/011878 (Jean-Mairet et al.); 미국 특허 번호 6,602,684 (Umana et al.); 및 US 2005/0123546 (Umana et al.)에 기재되어 있다. Fc 영역에 부착된 올리고사카라이드 내에 적어도 1개의 갈락토스 잔기를 갖는 항체 변이체가 또한 제공된다. 이러한 항체 변이체는 개선된 CDC 기능을 가질 수 있다. 이러한 항체 변이체는, 예를 들어 WO 1997/30087 (Patel et al.); WO 1998/58964 (Raju, S.); 및 WO 1999/22764 (Raju, S.)에 기재되어 있다.
Fc 영역 변이체
특정 실시양태에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본원에 제공된 항체의 Fc 영역에 도입되어, 그에 의해 Fc 영역 변이체가 생성될 수 있다. Fc 영역 변이체는 하나 이상의 아미노산 위치에서 아미노산 변형 (예를 들어, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (예를 들어, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 생체내에서 항체의 반감기가 중요하지만 특정의 이펙터 기능 (예컨대 보체 및 ADCC)은 불필요하거나 해로운 적용에 대해 바람직한 후보가 되게 하는, 모든 이펙터 기능은 아니지만 일부 이펙터 기능을 보유하는 항체 변이체를 고려한다. CDC 및/또는 ADCC 활성의 감소/고갈을 확인하기 위해 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 검정을 수행할 수 있다. 예를 들어, 항체에 FcγR 결합이 결여되어 있지만 (따라서 ADCC 활성이 결여될 수 있음), FcRn 결합 능력은 보유함을 확실하게 하기 위해 Fc 수용체 (FcR) 결합 검정을 수행할 수 있다. ADCC를 매개하는 1차 세포인 NK 세포는 FcγRIII만을 발현하는 반면에, 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포 상의 FcR 발현은 문헌 [Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)]의 464페이지의 표 3에 요약되어 있다. 관심 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위한 시험관내 검정의 비제한적 예가 미국 특허 번호 5,500,362 (예를 들어, 문헌 [Hellstrom, I. et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)] 참조) 및 문헌 [Hellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)]; 5,821,337 (문헌 [Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)] 참조)에 기재되어 있다. 대안적으로, 비-방사성 검정 방법을 사용할 수 있다 (예를 들어, 유동 세포측정법을 위한 악티(ACTI)™ 비-방사성 세포독성 검정 (셀테크놀로지, 인크.(CellTechnology, Inc.), 캘리포니아주 마운틴 뷰); 및 사이토톡스(CytoTox) 96® 비-방사성 세포독성 검정 (프로메가(Promega), 위스콘신주 매디슨) 참조). 이러한 검정에 유용한 이펙터 세포는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC) 및 자연 킬러 (NK) 세포를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로, 관심 분자의 ADCC 활성은 생체내에서, 예를 들어 문헌 [Clynes et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)]에 기재된 바와 같이 동물 모델에서 평가될 수 있다. 또한, C1q 결합 검정을 수행하여, 항체가 C1q에 결합할 수 없고 따라서 CDC 활성이 결여되어 있음을 확인할 수 있다. 예를 들어, WO 2006/029879 및 WO 2005/100402에서 C1q 및 C3c 결합 ELISA를 참조한다. 보체 활성화를 평가하기 위해 CDC 검정을 수행할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003); 및 Cragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)] 참조). FcRn 결합 및 생체내 클리어런스/반감기 결정은 또한 관련 기술분야에 공지된 방법을 사용하여 수행될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)] 참조).
감소된 이펙터 기능을 갖는 항체는 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329 중 하나 이상의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국 특허 번호 6,737,056). 이러한 Fc 돌연변이체는, 잔기 265 및 297이 알라닌으로 치환된 소위 "DANA" Fc 돌연변이체를 비롯하여, 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327 중 2개 이상에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체를 포함한다 (미국 특허 번호 7,332,581).
FcR에 대해 개선되거나 감소된 결합을 갖는 특정 항체 변이체가 기재되어 있다. (예를 들어, 미국 특허 번호 6,737,056; WO 2004/056312, 및 문헌 [Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)] 참조.)
특정 실시양태에서, 항체 변이체는 ADCC를 개선시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들어 Fc 영역의 위치 298, 333 및/또는 334 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 예를 들어 미국 특허 번호 6,194,551, WO 99/51642, 및 문헌 [Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)]에 기재된 바와 같이, 변경된 (즉, 개선된 또는 감소된) C1q 결합 및/또는 보체 의존성 세포독성 (CDC)을 생성하는 변경이 Fc 영역에서 이루어진다.
증가된 반감기, 및 모체 IgG를 태아에게 전달하는 것을 담당하는 신생아 Fc 수용체 (FcRn)에 대한 개선된 결합을 갖는 항체 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))가 US2005/0014934A1 (Hinton et al.)에 기재되어 있다. 이들 항체는 FcRn에 대한 Fc 영역의 결합을 개선시키는 하나 이상의 치환을 그 내부에 갖는 Fc 영역을 포함한다. 이러한 Fc 변이체는 Fc 영역 잔기: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434 중 하나 이상에서 치환, 예를 들어 Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국 특허 번호 7,371,826).
Fc 영역 변이체의 다른 예에 관하여 또한 문헌 [Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)]; 미국 특허 번호 5,648,260; 미국 특허 번호 5,624,821; 및 WO 94/29351을 참조한다.
시스테인 조작된 항체 변이체
특정 실시양태에서, 항체의 1개 이상의 잔기를 시스테인 잔기로 치환시킨 시스테인 조작된 항체, 예를 들어 "티오MAb"를 생성하는 것이 바람직할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 치환된 잔기는 항체의 접근가능한 부위에서 생성된다. 이들 잔기를 시스테인으로 치환함으로써 그에 의해 반응성 티올 기가 항체의 접근가능한 부위에 위치하게 되고, 이것을 사용하여 항체를 본원에 추가로 기재된 바와 같이 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 모이어티에 접합시켜 면역접합체를 생성할 수 있다. 특정 실시양태에서, 하기 잔기 중 어느 하나 이상이 시스테인으로 치환될 수 있다: 경쇄의 V205 (카바트 넘버링); 중쇄의 A118 (EU 넘버링); 및 중쇄 Fc 영역의 S400 (EU 넘버링). 시스테인 조작된 항체는, 예를 들어 미국 특허 번호 7,521,541에 기재된 바와 같이 생성될 수 있다.
항체 유도체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 관련 기술분야에 공지되고 용이하게 입수가능한 추가의 비단백질성 모이어티를 함유하도록 추가로 변형될 수 있다. 항체의 유도체화에 적합한 모이어티는 수용성 중합체를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 수용성 중합체의 비제한적 예는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 에틸렌 글리콜/프로필렌 글리콜의 공중합체, 카르복시메틸셀룰로스, 덱스트란, 폴리비닐 알콜, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1,3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레산 무수물 공중합체, 폴리아미노산 (단독중합체 또는 랜덤 공중합체), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐 피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로필렌 글리콜 단독중합체, 폴리프로필렌 옥시드/에틸렌 옥시드 공중합체, 폴리옥시에틸화 폴리올 (예를 들어, 글리세롤), 폴리비닐 알콜, 및 그의 혼합물을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 폴리에틸렌 글리콜 프로피온알데히드가 물에서의 안정성으로 인해 제조에 이점을 가질 수 있다. 중합체는 임의의 분자량을 가질 수 있고, 분지형 또는 비분지형일 수 있다. 항체에 부착되는 중합체의 수는 달라질 수 있고, 1개 초과의 중합체가 부착되는 경우에 이들은 동일하거나 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 사용되는 중합체의 수 및/또는 유형은 개선시킬 항체의 특정한 특성 또는 기능, 항체 유도체가 요법에서 규정된 조건 하에 사용될 것인지 여부 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는 고려사항을 기초로 하여 결정될 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 항체, 및 방사선 노출에 의해 선택적으로 가열될 수 있는 비단백질성 모이어티의 접합체가 제공된다. 한 실시양태에서, 비단백질성 모이어티는 탄소 나노튜브이다 (Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)). 방사선은 임의의 파장의 것일 수 있고, 통상적인 세포에는 해를 끼치지 않지만 항체-비단백질성 모이어티에 근접한 세포는 사멸시키는 온도로 비단백질성 모이어티를 가열하는 파장을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
재조합 방법 및 조성물
항체는, 예를 들어 미국 특허 번호 4,816,567에 기재된 바와 같이 재조합 방법 및 조성물을 사용하여 생산할 수 있다. 한 실시양태에서, 본원에 기재된 항체를 코딩하는 단리된 핵산이 제공된다. 이러한 핵산은 항체의 VL을 포함하는 아미노산 서열 및/또는 VH를 포함하는 아미노산 서열 (예를 들어, 항체의 경쇄 및/또는 중쇄)을 코딩할 수 있다. 추가 실시양태에서, 이러한 핵산을 포함하는 하나 이상의 벡터 (예를 들어, 발현 벡터)가 제공된다. 추가 실시양태에서, 이러한 핵산을 포함하는 숙주 세포가 제공된다. 한 이러한 실시양태에서, 숙주 세포는 (1) 항체의 VL을 포함하는 아미노산 서열 및 항체의 VH를 포함하는 아미노산 서열을 코딩하는 핵산을 포함하는 벡터, 또는 (2) 항체의 VL을 포함하는 아미노산 서열을 코딩하는 핵산을 포함하는 제1 벡터 및 항체의 VH를 포함하는 아미노산 서열을 코딩하는 핵산을 포함하는 제2 벡터를 포함한다 (예를 들어, 이들로 형질감염된다). 한 실시양태에서, 숙주 세포는 진핵, 예를 들어 차이니즈 햄스터 난소 (CHO) 세포 또는 림프성 세포 (예를 들어, Y0, NS0, Sp20 세포)이다. 한 실시양태에서, 항체를 코딩하는 핵산을 포함하는 숙주 세포를 항체의 발현에 적합한 조건 하에 배양하는 것 및 숙주 세포 (또는 숙주 세포 배양 배지)로부터 상기 항체를 임의로 회수하는 것을 포함하는, 상기에 제공된 바와 같은 항체를 제조하는 방법이 제공된다.
항체의 재조합 생산을 위해, 예를 들어 상기 기재된 바와 같은 항체를 코딩하는 핵산을 단리하고, 추가의 클로닝 및/또는 숙주 세포에서의 발현을 위해 하나 이상의 벡터에 삽입한다. 이러한 핵산은 통상의 절차를 사용하여 용이하게 단리되고 서열분석될 수 있다 (예를 들어, 항체의 중쇄 및 경쇄를 코딩하는 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용하는 것에 의함).
항체-코딩 벡터의 클로닝 또는 발현에 적합한 숙주 세포는 본원에 기재된 원핵 또는 진핵 세포를 포함한다. 예를 들어, 특히 글리코실화 및 Fc 이펙터 기능이 필요하지 않은 경우에, 항체를 박테리아에서 생산할 수 있다. 박테리아에서의 항체 단편 및 폴리펩티드의 발현에 대해서는, 예를 들어 미국 특허 번호 5,648,237, 5,789,199 및 5,840,523을 참조한다. (또한, 이. 콜라이에서 항체 단편의 발현을 기재하는 문헌 [Charlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp. 245-254] 참조.) 발현 후에, 가용성 분획에서 박테리아 세포 페이스트로부터 항체를 단리할 수 있고, 추가로 정제할 수 있다.
원핵생물에 더하여, 진핵 미생물, 예컨대 글리코실화 경로가 "인간화"되어 부분 또는 완전 인간 글리코실화 패턴을 갖는 항체가 생산되게 하는 진균 및 효모 균주를 비롯한 사상 진균 또는 효모가 항체-코딩 벡터의 클로닝 또는 숙주 발현에 적합하다. 문헌 [Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004), 및 Li et al., Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)]을 참조한다.
글리코실화 항체의 발현에 적합한 숙주 세포는 또한 다세포 유기체 (무척추동물 및 척추동물)로부터 유래된다. 무척추동물 세포의 예는 식물 및 곤충 세포를 포함한다. 다수의 바큘로바이러스 균주가 곤충 세포와 함께, 특히 스포도프테라 프루기페르다(Spodoptera frugiperda) 세포를 형질감염시키는데 사용될 수 있는 것으로 확인되어 있다.
식물 세포 배양물을 또한 숙주로서 사용할 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 번호 5,959,177; 6,040,498; 6,420,548; 7,125,978; 및 6,417,429 (트랜스제닉 식물에서 항체를 생산하기 위한 플랜티바디스(PLANTIBODIES)™ 기술을 기재함)를 참조한다.
척추동물 세포를 또한 숙주로서 사용할 수 있다. 예를 들어, 현탁액 중에서 성장시키는데 적합화된 포유동물 세포주가 유용할 수 있다. 유용한 포유동물 숙주 세포주의 다른 예는 SV40에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 세포주 (COS-7); 인간 배아 신장 세포주 (예를 들어, 문헌 [Graham et al., J. Gen Virol. 36:59 (1977)]에 기재된 바와 같은 293 또는 293 세포); 새끼 햄스터 신장 세포 (BHK); 마우스 세르톨리 세포 (예를 들어, 문헌 [Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)]에 기재된 바와 같은 TM4 세포); 원숭이 신장 세포 (CV1); 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포 (VERO-76); 인간 자궁경부 암종 세포 (HELA); 개 신장 세포 (MDCK); 버팔로 래트 간 세포 (BRL 3A); 인간 폐 세포 (W138); 인간 간 세포 (Hep G2); 마우스 유방 종양 (MMT 060562); 예를 들어 문헌 [Mather et al., Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)]에 기재된 바와 같은 TRI 세포; MRC 5 세포; 및 FS4 세포이다. 다른 유용한 포유동물 숙주 세포주는 DHFR- CHO 세포를 비롯한 차이니즈 햄스터 난소 (CHO) 세포 (Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)); 및 골수종 세포주, 예컨대 Y0, NS0 및 Sp2/0을 포함한다. 항체 생산에 적합한 특정 포유동물 숙주 세포주의 검토를 위해, 예를 들어 문헌 [Yazaki and Wu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ), pp. 255-268 (2003)]을 참조한다.
진단 및 검출을 위한 방법 및 조성물
본 발명은, 적어도 부분적으로, TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료에 반응할 가능성이 더 크거나 더 작은 대상체를 확인하기 위해 특정 바이오마커 (예를 들어, CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2, 및 그의 조합 중 1개 이상)의 사용을 기반으로 한다. 따라서, 개시된 방법은 환자 치료에 적절하거나 효과적인 요법을 평가하는데 유용한 데이터 및 정보를 수득하기 위한 편리하고, 효율적이고, 잠재적으로 비용-효과적인 수단을 제공한다. 예를 들어, 샘플은 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자로부터 수득될 수 있고, 샘플은 다양한 시험관내 검정에 의해 검사되어, 특정한 분석물을 측정하고 1개 이상의 바이오마커의 발현 수준이 참조 집단에서의 발현 수준과 비교하여 증가되었는지 또는 감소되었는지 결정할 수 있다. 일부 실시양태에서, 환자로부터의 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2 중 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7개 또는 그 초과의 발현 수준이 건강한 개체에서의 발현 수준 이상인 경우에, 환자는 TH2 경로 억제제를 사용한 치료로부터 이익을 얻을 가능성이 있다.
단백질 또는 핵산을 비롯한 바이오마커는 관련 기술분야에 일반적으로 공지된 방법을 사용하여 검출되거나 측정될 수 있다. 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양은 mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 카피수를 포함하나 이에 제한되지는 않는, 관련 기술분야에 공지된 임의의 적합한 기준에 기초하여 결정될 수 있다. 검출 방법은 일반적으로 샘플에서 바이오마커의 수준을 정량화하는 방법 (정량적 방법), 또는 바이오마커가 샘플 내에 존재하는지 여부를 결정하는 방법 (정성적 방법)을 포괄한다. 하기 방법 중 어느 것이 바이오마커의 정성적 및/또는 정량적 검출에 적합한지는 통상의 기술자에게 일반적으로 공지되어 있다. 샘플은 ELISA, RIA, 형광-기반 면역검정과 같은 웨스턴 및 면역검정을 사용하여 예를 들어 단백질에 대해서, 뿐만 아니라 노던, 도트-블롯, 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 분석, 어레이 혼성화, RNase 보호 검정을 사용하거나, 또는 DNA 마이크로어레이 스냅샷을 비롯한 상업적으로 입수가능한 DNA SNP 칩 마이크로어레이를 사용하여 관심 유전자 바이오마커로부터의 mRNA 또는 DNA에 대해서 편리하게 검정될 수 있다. 바이오마커를 검출하기 위한 추가의 적합한 방법은 펩티드 또는 폴리펩티드에 대해 특이적인 물리적 또는 화학적 특성, 예컨대 그의 정확한 분자 질량 또는 NMR 스펙트럼을 측정하는 것을 포함한다. 상기 방법은, 예를 들어 바이오센서, 면역검정에 커플링된 광학 장치, 바이오칩, 분석 장치, 예컨대 질량-분광계, NMR-분석기 또는 크로마토그래피 장치를 포함한다. 추가로, 방법은 마이크로플레이트 ELISA-기반 방법, 완전-자동화 또는 로봇식 면역검정 (예를 들어, 엘렉시스(Elecsys)™ 분석기 상에서 이용가능함), CBA (효소적 코발트 결합 검정, 예를 들어 로슈-히타치(Roche-Hitachi)™ 분석기 상에서 이용가능함), 및 라텍스 응집 검정 (예를 들어, 로슈-히타치™ 분석기 상에서 이용가능함)을 포함한다.
일부 실시양태에서, mRNA 바이오마커는 관련 기술분야에 일반적으로 공지된 임의의 방법에 의해 증폭될 수 있다. 증폭은 일반적으로 표적 바이오마커, 통상적으로 샘플 내에 존재하는 바이오마커 분자로부터 복수의 바이오마커 분자를 생성하는 것을 지칭한다. 예를 들어, 바이오마커가 핵산인 경우에, 핵산을 증폭시키는 것은 표적 핵산으로부터 복수의 핵산 분자를 생성하는 것을 지칭하며, 여기서 프라이머는 예를 들어 폴리머라제에 의해 연장시킬 개시 부위를 제공하기 위해 표적 핵산 분자 상의 특이적 부위에 혼성화한다. 증폭은 비제한적으로: PCR-기반 증폭 방법, 예컨대 표준 PCR, 롱 PCR, 핫 스타트 PCR, qPCR, 및 RT-PCR; 등온 증폭 방법, 예컨대 핵산 서열-기반 증폭 (NASBA) 및 전사-매개 증폭 (TMA); 및 혼성화 신호 증폭 방법, 예컨대 분지형 DNA 검정 방법과 같은, 관련 기술분야에 일반적으로 공지된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다.
특정 실시양태에서, 샘플 내 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양이 참조 집단 내 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양 초과인 경우에, 샘플 내 유전자 또는 바이오마커의 발현/양은 참조 집단 내 발현/양과 비교하여 증가된 것이다. 유사하게, 샘플 내 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양이 참조 집단 내 유전자 또는 바이오마커의 발현 수준/양 미만인 경우에, 샘플 내 유전자 또는 바이오마커의 발현/양은 참조 집단 내 발현/양과 비교하여 감소된 것이다.
특정 실시양태에서, 샘플은 검정한 RNA 또는 단백질의 양에 있어서의 차이 및 사용된 RNA 또는 단백질 샘플의 품질에 있어서의 가변성, 및 검정 실행 사이의 가변성 둘 다에 대해 정규화된다. 이러한 정규화는 공지된 하우스키핑 유전자, 예컨대 PPIA, ACTB, GAPDH, TFRC 등을 비롯한 특정의 정규화 유전자의 발현을 측정하고 그를 포함시킴으로써 달성될 수 있다. 대안적으로, 정규화는 검정된 유전자 또는 그의 큰 하위세트 모두의 평균 또는 중앙 신호를 기반으로 할 수 있다 (전반적 정규화 접근법). 유전자마다, 환자 종양 mRNA 또는 단백질의 측정된 정규화 양을 참조 세트에서 확인된 양과 비교한다. 환자마다 시험된 종양당 각각의 mRNA 또는 단백질에 대해 정규화된 발현 수준은 참조 세트에서 측정된 발현 수준의 백분율로서 표현될 수 있다. 분석할 특정한 환자 샘플에서 측정된 발현 수준은 이러한 범위 내의 일부 백분위수에 속할 것이며, 이는 관련 기술분야에 공지된 방법에 의해 결정될 수 있다.
관심 바이오마커(들) 및 하우스키핑 유전자의 발현 수준은 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자로부터의 생물학적 샘플로부터 측정될 수 있다. 바이오마커(들)의 생성된 검출 데이터 (예를 들어, Ct 데이터)는 하우스키핑 유전자에 대한 검출 데이터에 대해 정규화되어 ΔCt 값을 생성할 수 있다 (ΔCt = Ct(바이오마커 유전자) - Ct (하우스키핑 유전자)). 시험된 바이오마커(들)의 ΔCt 값의 평균 값이 계산될 수 있다 (예를 들어, 3개의 바이오마커에 대한 삼중 ΔCt 값을 더하고, 9로 나눔). 2명 이상의 건강한 사람으로부터의 생물학적 샘플로부터 동일한 관심 바이오마커(들)의 발현 수준을 동일한 방법을 사용하여 검출할 수 있고, 건강한 사람 데이터에 대한 평균 값 및 표준 편차를 계산할 수 있다. 대안적으로, 대체 값 (예를 들어, 대조군(들))이 동일한 방법에 대해 발생하였다면, 이러한 값이 건강한 사람을 시험하는 대신에 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자의 평균 Ct 또는 ΔCt 값은 하기와 같이 건강한 사람의 중앙값 또는 평균 Ct 또는 ΔCt 값과 비교될 수 있다: (1) 역치 값이 설정될 수 있으며, 여기서 역치 값을 초과하면 환자는 EIP인 것으로 간주될 것이고, 역치 값 미만이면 환자는 EIN인 것으로 간주될 수 있고; (2) 일부 실시양태에서, 역치 값은 건강한 사람 (또는 대조군)의 중앙 Ct 또는 ΔCt 값이다. 일부 실시양태에서, 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자의 평균 Ct 또는 ΔCt 값은 하기와 같이 건강한 사람의 중앙값 또는 평균 Ct 또는 ΔCt 값과 비교될 수 있다: (1) 역치 값이 설정될 수 있으며, 여기서 역치 값을 초과하면 환자는 EIP인 것으로 간주될 것이고, 역치 값 미만이면 환자는 EIN인 것으로 간주될 수 있고; (2) 일부 실시양태에서, 역치 값은 건강한 사람 (또는 대조군)의 평균 Ct 또는 ΔCt 값의 1.5배이거나, 또는 건강한 사람 (또는 대조군(들))의 평균 Ct 또는 ΔCt 값의 2 표준 편차 초과이다.
Ct는 역치 사이클이다. Ct는 반응 내에서 생성된 형광이 사전 규정된 역치 선을 가로지르는 사이클 수이다.
일부 실시양태에서, 실험은 다양한 조직 공급원 (예를 들어, 캘리포니아주 마운틴 뷰 소재의 클론테크(Clontech)로부터의 참조 RNA #636538)으로부터 RNA의 포괄적 혼합물인 참조 RNA에 대해 정규화된다. 또 다른 실시양태에서, 참조 RNA는 트랜스페린 수용체 (TFRC)이다. 일부 실시양태에서, 동일한 참조 RNA를 각각의 qRT-PCR 실행에 포함시켜, 상이한 실험 실행 사이의 결과의 비교를 가능하게 한다.
표적 유전자 또는 바이오마커를 포함하는 생물학적 샘플은 관련 기술분야에 공지된 방법에 의해 수득될 수 있다. 또한, 요법의 진행은 이러한 신체 샘플을 표적 유전자 또는 유전자 산물에 대해 시험함으로써 보다 용이하게 모니터링될 수 있다.
바이오마커 단백질의 검출을 위해 이러한 검정 포맷을 사용한 광범위한 면역검정 기술이 이용가능하고, 예를 들어 미국 특허 번호 4,016,043, 4,424,279, 및 4,018,653을 참조한다. 이는 비-경쟁적 유형의 단일-부위 및 2-부위 또는 "샌드위치" 검정 뿐만 아니라, 전통적인 경쟁적 결합 검정 둘 다를 포함한다. 또한, 이들 검정은 표적 바이오마커에 대한 표지된 항체의 직접 결합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 샘플 내 단백질의 발현은 면역조직화학 ("IHC") 및 염색 프로토콜을 사용하여 검사한다. 조직 절편의 면역조직화학적 염색은 샘플 내 단백질의 존재를 평가 또는 검출하기 위한 신뢰할 수 있는 방법으로 밝혀졌다. 면역조직화학 기술은 프로브에 대한 항체를 사용하고, 일반적으로는 발색 또는 형광 방법에 의해 계내에서 세포 항원을 가시화한다.
2가지 일반적 방법; 직접 및 간접 검정이 이용가능하다. 제1 검정에 따르면, 표적 항원에 대한 항체의 결합은 직접 결정된다. 이러한 직접 검정은 추가의 항체 상호작용 없이도 가시화될 수 있는 표지된 시약, 예컨대 형광 태그 또는 효소-표지된 1차 항체를 사용한다. 전형적인 간접 검정에서, 미접합 1차 항체가 항원에 결합한 후에, 표지된 2차 항체가 1차 항체에 결합한다. 2차 항체가 효소적 표지에 접합된 경우에, 발색 또는 형광 기질을 첨가하여 항원의 가시화를 제공한다. 여러 2차 항체가 1차 항체 상의 상이한 에피토프와 반응할 수 있기 때문에, 신호 증폭이 발생한다.
1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지될 것이다. 다수의 표지가 이용가능하고, 이는 일반적으로 하기 카테고리로 그룹화될 수 있다:
(a) 방사성동위원소, 예컨대 35S, 14C, 125I, 3H, 및 131I. 항체는 예를 들어 문헌 [Current Protocols in Immunology, Volumes 1 and 2, Coligen et al., Ed. Wiley-Interscience, New York, New York, Pubs. (1991)]에 기재된 기술을 사용하여 방사성동위원소로 표지될 수 있고, 방사능은 섬광 계수를 사용하여 측정될 수 있다.
(b) 콜로이드성 금 입자.
(c) 희토류 킬레이트 (유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드, 로다민, 플루오레세인, 단실, 리사민, 움벨리페론, 피코크리테린, 피코시아닌, 또는 상업적으로 입수가능한 형광단, 예컨대 스펙트럼 오렌지7(SPECTRUM ORANGE7) 및 스펙트럼 그린7(SPECTRUM GREEN7) 및/또는 상기 중 어느 1종 이상의 유도체를 포함하나 이에 제한되지는 않는 형광 표지. 형광 표지는 예를 들어 상기 문헌 [Current Protocols in Immunology]에 개시된 기술을 사용하여 항체에 접합될 수 있다. 형광은 형광계를 사용하여 정량화될 수 있다.
(d) 다양한 효소-기질 표지가 이용가능하고, 미국 특허 번호 4,275,149는 이들 중 일부에 대한 개관을 제공한다. 효소는 일반적으로 발색 기질의 화학적 변경을 촉매하며, 이는 다양한 기술을 사용하여 측정될 수 있다. 예를 들어, 효소는 기질에서 색 변화를 촉매할 수 있고, 이는 분광학적으로 측정될 수 있다. 대안적으로, 효소는 기질의 형광 또는 화학발광을 변경시킬 수 있다. 형광의 변화를 정량화하는 기술은 상기 기재되어 있다. 화학발광 기질은 화학적 반응에 의해 전자적으로 여기된 후에, 측정 (예를 들어, 화학발광측정기 사용)될 수 있는 광을 방출할 수 있거나 또는 에너지를 형광 수용자에게 공여한다. 효소적 표지의 예는 루시페라제 (예를 들어, 반딧불이 루시페라제 및 박테리아 루시페라제; 미국 특허 번호 4,737,456), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 데히드로게나제, 우레아제, 퍼옥시다제, 예컨대 양고추냉이 퍼옥시다제 (HRPO), 알칼리성 포스파타제, β-갈락토시다제, 글루코아밀라제, 리소자임, 사카라이드 옥시다제 (예를 들어, 글루코스 옥시다제, 갈락토스 옥시다제 및 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제), 헤테로시클릭 옥시다제 (예컨대, 우리카제 및 크산틴 옥시타제), 락토퍼옥시다제, 마이크로퍼옥시다제 등을 포함한다. 효소를 항체에 접합시키는 기술이 문헌 [O'Sullivan et al., Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, in Methods in Enzym. (ed. J. Langone & H. Van Vunakis), Academic press, New York, 73:147-166 (1981)]에 기재되어 있다.
효소-기질 조합의 예는 예를 들어 하기를 포함한다:
(i) 양고추냉이 퍼옥시다제 (HRPO)와 기질로서의 수소 퍼옥시다제 (여기서 수소 퍼옥시다제는 염료 전구체 (예를 들어, 오르토페닐렌 디아민 (OPD) 또는 3,3',5,5'-테트라메틸 벤지딘 히드로클로라이드 (TMB))를 산화시킴);
(ii) 알칼리성 포스파타제 (AP)와 발색 기질로서의 파라-니트로페닐 포스페이트; 및
(iii) β-D-갈락토시다제 (β-D-Gal)와 발색 기질 (예를 들어, p-니트로페닐-β-D-갈락토시다제) 또는 형광 기질 (예를 들어, 4-메틸움벨리페릴-β-D-갈락토시다제.
다수의 다른 효소-기질 조합이 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 이용가능하다. 이들의 일반적 검토를 위해, 미국 특허 번호 4,275,149 및 4,318,980을 참조한다. 때때로, 표지는 항체와 간접적으로 접합된다. 통상의 기술자는 이를 달성하기 위한 다양한 기술을 알 것이다. 예를 들어, 항체는 비오틴과 접합될 수 있고, 상기 언급된 4가지 넓은 카테고리의 표지 중 임의의 것이 아비딘과 접합될 수도 있고, 또는 그 반대의 경우도 가능하다. 비오틴은 아비딘에 선택적으로 결합하며, 이에 따라 표지는 이러한 간접 방식으로 항체와 접합될 수 있다. 대안적으로, 표지와 항체의 간접 접합을 달성하기 위해, 항체는 소형 합텐과 접합되고, 상기 언급된 표지의 상이한 유형 중 하나가 항-합텐 항체와 접합된다. 이에 따라, 표지와 항체의 간접 접합이 달성될 수 있다.
임의적 차단 단계 후에, 1차 항체가 샘플 내의 표적 단백질 항원에 결합하도록 하기에 충분한 기간 동안 및 적합한 조건 하에 샘플을 1차 항체에 노출시킨다. 이를 달성하기에 적절한 조건은 상용 실험에 의해 결정될 수 있다. 샘플에 대한 항체의 결합 정도는 상기 논의된 검출가능한 표지 중 어느 하나를 사용함으로써 결정된다. 특정 실시양태에서, 표지는 발색 기질, 예컨대 3,3'-디아미노벤지딘 발색체의 화학적 변경을 촉매하는 효소적 표지 (예를 들어, HRPO)이다. 한 실시양태에서, 효소적 표지는 1차 항체에 특이적으로 결합하는 항체에 접합된다 (예를 들어, 1차 항체는 토끼 폴리클로날 항체이고, 2차 항체는 염소 항-토끼 항체임).
일부 실시양태에서, 샘플을 항체-바이오마커 복합체 형성에 충분한 조건하에서 상기 바이오마커에 특이적인 항체와 접촉시킨 후에 상기 복합체를 검출할 수 있다. 바이오마커의 존재는 다수의 방법, 예컨대 혈장 및 혈청을 비롯하여 매우 다양한 조직 및 샘플을 검정하기 위한 웨스턴 블롯팅 및 ELISA 절차에 의해 검출될 수 있다. 이러한 검정 포맷을 사용한 광범위한 면역검정 기술이 이용가능하고, 예를 들어 미국 특허 번호 4,016,043, 4,424,279 및 4,018,653을 참조한다. 이는 비-경쟁적 유형의 단일-부위 및 2-부위 또는 "샌드위치" 검정 뿐만 아니라, 전통적인 경쟁적 결합 검정 둘 다를 포함한다. 또한, 이들 검정은 표적 바이오마커에 대한 표지된 항체의 직접 결합을 포함한다.
샌드위치 검정은 가장 유용하고 통상적으로 사용되는 검정 중 하나이다. 샌드위치 검정 기술의 수많은 변형이 존재하고, 모두가 본 발명에 의해 포괄되는 것으로 의도된다. 간략하게, 전형적인 전방향 검정에서, 비표지된 항체를 고체 기질 상에 고정시키고, 시험할 샘플을 결합된 분자와 접촉시킨다. 항체-항원 복합체 형성에 충분한 기간 동안의 적합한 인큐베이션 기간 후에, 검출가능한 신호를 생성할 수 있는 리포터 분자로 표지된, 항원에 특이적인 제2 항체를 첨가하고, 항체-항원-표지된 항체의 또 다른 복합체 형성에 충분한 시간 동안 인큐베이션한다. 임의의 미반응 물질을 세척하고, 항원의 존재를 리포터 분자에 의해 생성된 신호를 관찰하여 결정한다. 결과는 가시적 신호의 단순 관찰에 의한 정성적인 것일 수 있거나, 또는 공지된 양의 바이오마커를 함유하는 대조 샘플과의 비교에 의해 정량화될 수 있다.
정방향 검정의 변형은 샘플 및 표지된 항체 둘 다를 결합된 항체에 동시에 첨가하는 동시 검정을 포함한다. 이들 기술은 용이하게 명백해질 임의의 부차적인 변형을 포함하여 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있다. 전형적인 정방향 샌드위치 검정에서, 바이오마커에 대해 특이성을 갖는 제1 항체는 고체 표면에 공유 또는 수동 결합된다. 고체 표면은 전형적으로 유리 또는 중합체이고, 가장 통상적으로 사용되는 중합체는 셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 나일론, 폴리스티렌, 폴리비닐 클로라이드 또는 폴리프로필렌이다. 고체 지지체는 튜브, 비드, 마이크로플레이트의 디스크 형태, 또는 면역검정을 수행하는데 적합한 임의의 다른 표면일 수 있다. 결합 과정은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있고, 일반적으로 가교 공유 결합 또는 물리적 흡착으로 이루어지고, 중합체-항체 복합체는 시험 샘플 제조 시 세척된다. 이어서, 시험할 샘플의 분취물은 고체 상 복합체에 첨가되고, 항체에 존재하는 임의의 서브유닛의 결합을 허용하기에 충분한 기간 (예를 들어, 2-40분 또는 보다 편리하게는 밤새) 동안 적합한 조건 (예를 들어, 실온 내지 40℃, 예컨대 25℃ 내지 32℃ 포함) 하에 인큐베이션된다. 인큐베이션 기간 후에, 항체 서브유닛 고체 상은 세척되고, 건조되고, 바이오마커 부분에 특이적인 제2 항체와 함께 인큐베이션된다. 제2 항체는 분자 마커에 대한 제2 항체의 결합을 나타내는데 사용되는 리포터 분자에 연결된다.
대안적 방법은 샘플 내의 표적 바이오마커를 고정시킨 후, 고정된 표적을, 리포터 분자로 표지될 수도 있고 표지되지 않을 수도 있는 특이적 항체에 노출시키는 것을 수반한다. 표적의 양 및 리포터 분자 신호의 강도에 따라, 결합된 표적은 항체를 사용한 직접 표지에 의해 검출될 수 있다. 대안적으로, 제1 항체에 특이적인 제2 표지된 항체를 표적-제1 항체 복합체에 노출시켜 표적-제1 항체-제2 항체의 3차 복합체를 형성시킨다. 상기 복합체는 리포터 분자에 의해 방출되는 신호에 의해 검출된다. 본 명세서에서 사용된 "리포터 분자"는 그의 화학적 성질에 의해 항원-결합된 항체의 검출을 가능하게 하는, 분석적으로 확인가능한 신호를 제공하는 분자를 의미한다. 이러한 유형의 검정에서 가장 통상적으로 사용되는 리포터 분자는 효소, 형광단, 또는 방사선핵종 함유 분자 (즉, 방사성동위원소) 및 화학발광 분자이다.
효소 면역검정의 경우에, 효소는 일반적으로 글루타르알데히드 또는 퍼아이오데이트에 의해 제2 항체에 접합된다. 그러나, 용이하게 인식되는 바와 같이, 통상의 기술자가 용이하게 이용가능한 매우 다양한 상이한 접합 기술이 존재한다. 통상적으로 사용되는 효소는 특히, 양고추냉이 퍼옥시다제, 글루코스 옥시다제, β-갈락토시다제 및 알칼리성 포스파타제를 포함한다. 특이적 효소와 함께 사용될 기질은 일반적으로 상응하는 효소에 의한 가수분해 시 검출가능한 색 변화가 생성되는 것으로 선택된다. 적합한 효소의 예는 알칼리성 포스파타제 및 퍼옥시다제를 포함한다. 상기 언급된 발색 기질보다는 형광 산물을 생성하는 형광 기질을 사용하는 것이 또한 가능하다. 모든 경우에, 효소-표지된 항체는 제1 항체-분자 마커 복합체에 첨가되고, 결합되도록 한 다음, 잉여량의 시약이 세척된다. 이어서, 적절한 기질을 함유하는 용액이 항체-항원-항체의 복합체에 첨가된다. 기질은 제2 항체에 연결된 효소와 반응하여 정성적인 가시적 신호를 제공할 것이고, 이는 통상적으로 분광학적으로 추가로 정량화되어 샘플 내에 존재하는 바이오마커의 양의 표시를 제공할 수 있다. 대안적으로, 플루오레세인 및 로다민과 같은 형광 화합물이 이들의 결합 능력을 변경시키지 않으면서 항체에 화학적으로 커플링될 수 있다. 특정한 파장의 광을 사용한 조명에 의해 활성화될 때, 형광색소-표지된 항체는 광 에너지를 흡수하여 분자를 여기가능 상태로 유도한 후, 광학 현미경에 의해 시각적으로 검출가능한 특징적인 색의 광을 방출한다. EIA에서와 같이, 형광 표지된 항체는 제1 항체-분자 마커 복합체에 결합하도록 허용된다. 미결합 시약을 세척한 후에, 잔류하는 3차 복합체를 적절한 파장의 광에 노출시키고, 관찰되는 형광은 관심 분자 마커의 존재를 나타낸다. 면역형광 및 EIA 기술은 둘 다 관련 기술분야에 널리 확립되어 있다. 그러나, 다른 리포터 분자, 예컨대 방사성동위원소, 화학발광 또는 생물발광 분자가 또한 사용될 수 있다.
본 발명의 방법은 추가로, 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2 및 그의 조합 중 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7개 또는 그 초과의 mRNA의 존재 및/또는 발현을 검사하는 프로토콜을 포함한다. 세포 내 mRNA의 평가 방법은 공지되어 있고, 예를 들어 상보적 DNA 프로브를 사용하는 혼성화 검정 (예컨대 1개 이상의 유전자에 특이적인 표지된 리보프로브를 사용하는 계내 혼성화, 노던 블롯 및 관련 기술) 및 다양한 핵산 증폭 검정 (예컨대 유전자 중 1개 이상에 특이적인 상보적 프라이머를 사용하는 RT-PCR, 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예컨대 예를 들어, 분지형 DNA, SISBA, TMA 및 등)을 포함한다.
노던, 도트 블롯 또는 PCR 분석을 사용하여 mRNA에 대해 포유동물로부터의 조직 또는 다른 샘플을 편리하게 검정할 수 있다. 예를 들어, RT-PCR 검정, 예컨대 정량적 PCR (qPCR) 검정은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 일부 실시양태에서, qPCR은 로슈 코바스(Cobas)® 시스템으로 수행된다. 본 발명의 예시적 실시양태에서, 생물학적 샘플에서 표적 mRNA를 검출하는 방법은 적어도 1개의 프라이머를 사용한 역전사에 의해 샘플로부터 cDNA를 생성하는 것; 표적 폴리뉴클레오티드를 센스 및 안티센스 프라이머로서 사용하여 그렇게 생성된 cDNA를 증폭시킴으로써 내부의 표적 cDNA를 증폭시키는 것을 포함한다. 또한, 이러한 방법은 생물학적 샘플에서 표적 mRNA의 수준을 결정가능하게 하는 (예를 들어, "하우스키핑" 유전자, 예컨대 액틴 패밀리 구성원 또는 GAPDH의 비교 대조 mRNA 서열의 수준을 동시에 검사하는 것에 의함) 1개 이상의 단계를 포함할 수 있다. 임의로, 증폭된 표적 cDNA의 서열을 결정할 수 있다.
본 발명의 임의적인 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직 또는 세포 샘플에서 mRNA, 예컨대 표적 mRNA를 검사 또는 검출하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 시험 및 대조 조직 샘플로부터의 시험 및 대조 mRNA 샘플을 역전사시키고, 표지하여 cDNA 프로브를 생성한다. 이어서, 프로브를 고체 지지체 상에 고정된 핵산 어레이에 혼성화시킨다. 어레이는 어레이의 각각의 구성원의 서열 및 위치를 알 수 있도록 구성된다. 예를 들어, 그의 발현이 항혈관신생 요법의 증가 또는 감소된 임상 이익과 상관관계가 있는 선택된 유전자를 고체 지지체 상에 어레이할 수 있다. 특정한 어레이 구성원과 표지된 표지의 혼성화는 프로브가 유래된 샘플이 그러한 유전자를 발현한다는 것을 나타낸다. 질환 조직의 차등 유전자 발현 분석은 가치있는 정보를 제공할 수 있다. 마이크로어레이 기술은 단일 실험 내에서 수천개의 유전자의 mRNA 발현 프로파일을 평가하기 위해 핵산 혼성화 기술 및 전산화 기술을 사용한다. (예를 들어, 2001년 10월 11일에 공개된 WO 01/75166 참조; (예를 들어, 어레이 제작의 논의에 대해 U.S. 5,700,637, 미국 특허 5,445,934, 및 미국 특허 5,807,522, 문헌 [Lockart, Nature Biotechnology, 14:1675-1680 (1996); Cheung, V.G. et al., Nature Genetics 21(Suppl):15-19 (1999)] 참조)). DNA 마이크로어레이는, 유리 또는 다른 기판 상에서 직접 합성되거나 이것으로 스팟팅되는 유전자 단편을 함유하는 소형 어레이이다. 수천개의 유전자가 통상적으로 단일 어레이로 나타내어진다. 전형적인 마이크로어레이 실험은 하기 단계를 수반한다: 1) 샘플로부터 단리된 RNA로부터 형광 표지된 표적의 제조, 2) 표지된 표적의 마이크로어레이에의 혼성화, 3) 어레이의 세척, 염색 및 스캐닝, 4) 스캐닝된 영상의 분석, 및 5) 유전자 발현 프로파일의 생성. 현재 2가지 주요 유형의 DNA 마이크로어레이가 사용되고 있다: 올리고뉴클레오티드 (통상적으로 25 내지 70량체) 어레이 및 cDNA로부터 제조된 PCR 산물을 함유하는 유전자 발현 어레이. 어레이를 형성하는 경우에, 올리고뉴클레오티드는 사전 제작되어 표면에 스팟팅되거나, 또는 표면 상에서 직접 합성될 수 있다 (계내).
아피메트릭스 진칩(Affymetrix GeneChip)® 시스템은, 유리 표면 상에서의 올리고뉴클레오티드의 직접 합성에 의해 제작되는 어레이를 포함하는 상업적으로 입수가능한 마이크로어레이 시스템이다. 프로브/유전자 어레이: 올리고뉴클레오티드 (통상적으로 25량체)는 반도체-기반 포토리소그래피 및 고체 상 화학적 합성 기술의 조합에 의해 유리 웨이퍼 상에서 직접 합성된다. 각각의 어레이는 최대 400,000개의 상이한 올리고를 함유하고, 각각의 올리고는 수백만개의 카피로 존재한다. 올리고뉴클레오티드 프로브는 어레이 상의 공지된 위치에서 합성되기 때문에, 혼성화 패턴 및 신호 강도는 아피메트릭스 마이크로어레이 스위트(Affymetrix Microarray Suite) 소프트웨어에 의해 유전자 동일성 및 상대 발현 수준의 면에서 해석될 수 있다. 각각의 유전자는 어레이 상에서 일련의 상이한 올리고뉴클레오티드 프로브에 의해 나타내어진다. 각각의 프로브 쌍은 완전 매치 올리고뉴클레오티드 및 미스매치 올리고뉴클레오티드로 이루어진다. 완전 매치 프로브는 특정한 유전자에 대해 정확하게 상보적인 서열을 갖고, 이에 따라 유전자의 발현을 측정한다. 미스매치 프로브는 중심 염기 위치에서의 단일 염기 치환에 의해 완전 매치 프로브와 상이하여, 표적 유전자 전사체의 결합을 방해한다. 이것은 완전 매치 올리고에 대해 측정된 신호에 기여하는 백그라운드 및 비특이적 혼성화를 결정하는 것을 돕는다. 마이크로어레이 스위트 소프트웨어는 완전 매치 프로브의 혼성화 강도로부터 미스매치 프로브의 혼성화 강도를 차감하여 각각의 프로브 세트에 대한 절대 강도 값 또는 특이적 강도 값을 결정한다. 프로브는 진뱅크(Genbank) 및 다른 뉴클레오티드 저장소로부터 최신 정보를 기초로 하여 선택된다. 서열은 유전자의 3' 말단의 특유한 영역을 인식하는 것으로 여겨진다. 진칩 혼성화 오븐 ("회전식" 오븐)은 한 번에 최대 64개의 어레이의 혼성화를 수행하기 위해 사용된다. 플루이딕스 스테이션은 프로브 어레이의 세척 및 염색을 수행한다. 이는 완벽하게 자동화되어 있고, 4가지 모듈을 함유하며, 각 모듈은 1개의 프로브 어레이를 수용한다. 각 모듈은 사전프로그램화된 플루이딕스 프로토콜을 사용하는 마이크로어레이 스위트 소프트웨어를 통해 독립적으로 제어된다. 스캐너는 공초점 레이저 형광 스캐너이며, 이는 프로브 어레이에 결합된 표지된 cRNA에 의해 방출되는 형광 강도를 측정한다. 마이크로어레이 스위트 소프트웨어에 의한 컴퓨터 워크스테이션은 플루이딕스 스테이션 및 스캐너를 제어한다. 마이크로어레이 스위트 소프트웨어는 프로브 어레이에 대해 사전프로그램화된 혼성화, 세척 및 염색 프로토콜을 사용하여 최대 8개의 플루이딕스 스테이션을 제어할 수 있다. 또한, 상기 소프트웨어는 혼성화 강도 데이터를 획득하고, 적절한 알고리즘을 사용하여 이것을 각각의 유전자에 대한 존재/부재 신호로 전환한다. 마지막으로, 소프트웨어는 비교 분석에 의해 실험들 사이의 유전자 발현에서의 변화를 검출하고, 산출물을 .txt 파일 형식으로 포맷하며, 이는 추가의 데이터 분석을 위해 다른 소프트웨어 프로그램에 의해 사용될 수 있다.
조직 또는 세포 샘플에서 선택된 유전자 또는 바이오마커의 발현은 또한 기능적 또는 활성-기반 검정에 의해 검사될 수 있다. 예를 들어, 바이오마커가 효소인 경우에, 관련 기술분야에 공지된 검정을 수행하여 조직 또는 세포 샘플에서 주어진 효소적 활성의 존재를 결정 또는 검출할 수 있다.
시험 결과를 기초로 한 환자의 호산구성 염증 상태 (예를 들어, EIP 또는 EIN)가 보고로 제공될 수 있다. 보고는 임의의 형태의 서면 자료 (예를 들어, 종이 또는 디지털 형태, 또는 인터넷 상) 또는 구두 발표(들) (예를 들어, 사람 (육성) 또는 녹음으로서)일 수 있다. 추가로 보고는 건강 전문가 (예를 들어, 의사)에게 환자가 인터페론 억제제 치료로부터 이익을 얻을 수 있거나 이에 반응할 가능성이 있음을 보여줄 수 있다.
본 발명의 키트는 다수의 실시양태를 갖는다. 특정 실시양태에서, 키트는 용기, 상기 용기 상의 라벨, 및 상기 용기 내에 함유된 조성물을 포함하고; 여기서 조성물은 1개 이상의 바이오마커에 상응하는 1개 이상의 표적 폴리펩티드 서열에 결합하는 1개 이상의 1차 항체, 조성물이 적어도 하나의 유형의 포유동물 세포에서 1개 이상의 표적 단백질의 존재를 평가하는데 사용될 수 있음을 나타내는 용기 상의 라벨, 및 적어도 하나의 유형의 포유동물 세포에서 1개 이상의 표적 단백질의 존재를 평가하기 위해 항체를 사용하는 것에 대한 지침서를 포함한다. 키트는 조직 샘플을 제조하고 항체 및 프로브를 조직 샘플의 동일한 절편에 적용하는 것에 대한 지침서 및 물질의 세트를 추가로 포함할 수 있다. 키트는 1차 및 2차 항체 둘 다를 포함할 수 있고, 여기서 2차 항체는 표지, 예를 들어 효소적 표지에 접합된다.
용어 "검출하는"은 정량적 또는 정성적 검출을 포괄한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 세포 또는 조직, 예컨대 혈청, 혈장, 비강 스왑 및 객담을 포함한다.
제약 제제
본원에 기재된 바와 같은 항-IL-13 항체 또는 다른 TH2 경로 억제제의 제약 제제는 목적하는 정도의 순도를 갖는 이러한 항체 또는 분자를 1종 이상의 임의적인 제약상 허용되는 담체 (Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980))와 혼합하는 것에 의해 동결건조 제제 또는 수용액의 형태로 제조된다. 제약상 허용되는 담체는 일반적으로 사용되는 투여량 및 농도에서 수용자에게 비독성이고, 완충제, 예컨대 포스페이트, 시트레이트, 및 다른 유기 산; 아스코르브산 및 메티오닌을 비롯한 항산화제; 보존제 (예컨대 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤즈알코늄 클로라이드, 벤제토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알콜; 알킬 파라벤, 예컨대 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 시클로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량 (약 10개 미만의 잔기) 폴리펩티드; 단백질, 예컨대 혈청 알부민, 젤라틴 또는 이뮤노글로불린; 친수성 중합체, 예컨대 폴리비닐피롤리돈; 아미노산, 예컨대 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌 또는 리신; 모노사카라이드, 디사카라이드, 및 글루코스, 만노스 또는 덱스트린을 비롯한 다른 탄수화물; 킬레이트화제, 예컨대 EDTA; 당, 예컨대 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염-형성 반대-이온, 예컨대 나트륨; 금속 착물 (예를 들어, Zn-단백질 착물); 및/또는 비-이온성 계면활성제, 예컨대 폴리에틸렌 글리콜 (PEG)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 본원에서 예시적인 제약상 허용되는 담체는 추가로 간질성 약물 분산액 작용제, 예컨대 가용성 중성-활성 히알루로니다제 당단백질 (sHASEGP), 예를 들어 인간 가용성 PH-20 히알루로니다제 당단백질, 예컨대 rHuPH20 (힐레넥스(HYLENEX)®, 백스터 인터내셔널, 인크.(Baxter International, Inc.))을 포함한다. rHuPH20을 비롯한 특정의 예시적인 sHASEGP 및 사용 방법은 미국 특허 공개 번호 2005/0260186 및 2006/0104968에 기재되어 있다. 한 측면에서, sHASEGP는 1종 이상의 추가의 글리코사미노글리카나제, 예컨대 콘드로이티나제와 조합된다.
예시적인 동결건조 항체 제제는 미국 특허 번호 6,267,958에 기재되어 있다. 수성 항체는 미국 특허 번호 6,171,586 및 WO2006/044908에 기재된 것을 포함하며, 후자의 제제는 히스티딘-아세테이트 완충제를 포함한다.
또한, 본원의 제제는 치료할 특정한 적응증에 필요한 1종 초과의 활성 성분, 바람직하게는 서로 유해한 영향을 미치지 않는 상보적 활성을 갖는 것을 함유할 수 있다. 예를 들어, 제어제를 TH2 경로 억제제와 함께 추가로 제공하는 것이 바람직할 수 있다. 이러한 활성 성분은 의도된 목적에 유효한 양으로 조합되어 적합하게 존재한다.
활성 성분은, 콜로이드성 약물 전달 시스템 (예를 들어, 리포솜, 알부민 마이크로구체, 마이크로에멀젼, 나노입자 및 나노캡슐) 또는 마크로에멀젼 중의, 예를 들어 코아세르베이션 기술 또는 계면 중합에 의해 제조되는 마이크로캡슐, 예를 들어 각각 히드록시메틸셀룰로스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타크릴레이트) 마이크로캡슐 내에 봉입될 수 있다. 이러한 기술은 문헌 [Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)]에 개시되어 있다.
지속-방출 제제가 제조될 수 있다. 지속-방출 제제의 적합한 예는 항체를 함유하는 고체 소수성 중합체의 반투과성 매트릭스를 포함하고, 이 매트릭스는 성형품, 예를 들어 필름 또는 마이크로캡슐의 형태이다.
생체내 투여에 사용되는 제제는 일반적으로 멸균된다. 멸균은 예를 들어 멸균 여과 막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성될 수 있다.
치료 방법 및 조성물
호산구성 염증은 알레르기성 및 비-알레르기성 둘 다의 다양한 질병과 연관된다 (Gonlugur (2006) Immunol. Invest. 35(1):29-45). 염증은 손상에 대한 살아있는 조직의 회복성 반응이다. 염증 반응의 특성은 조직 자체에서 생산된 특정 화학물질로 인한 손상된 조직에서의 백혈구의 축적이다. 호산구 백혈구는 매우 다양한 병태, 예컨대 알레르기성 장애, 기생충 감염 및 신생물성 질환에서 축적된다 (Kudlacz et al., (2002) Inflammation 26: 111-119). 면역계의 성분인 호산구 백혈구는 점막 표면의 방어적 성분이다. 이는 항원 뿐만 아니라 기생충, 화학물질 및 외상에도 반응한다.
조직 호산구증가증은 피부 질환, 예컨대 습진, 천포창, 급성 두드러기 및 독성 표피 괴사용해에서 뿐만 아니라 아토피성 피부염에서 발생한다 (Rzany et al., Br. J. Dermatol. 135: 6-11 (1996)). 호산구는 IgE-매개 알레르기성 피부 반응에서 조직 및 비어있는 과립 단백질에 축적된다 (Nielsen et al., Ann. Allergy Asthma Immunol., 85: 489-494 (2001)). 비만 세포와 조합된 호산구는 관절 염증을 유발할 가능성이 있다 (Miossec, J. Clin. Rheumatol. 3: 81-83 (1997)). 호산구성 염증은 때때로 관절 외상을 동반한다. 활액 호산구증가증은 질환, 예컨대 류마티스 관절염, 기생충성 질환, 과다호산구성 증후군, 라임병 및 알레르기성 과정, 뿐만 아니라 혈관절증 및 관절조영과 연관될 수 있다 (Atanes et al., Scand. J. Rheumatol., 25: 183-185 (1996)). 호산구성 염증은 또한 골에도 영향을 미칠 수 있다 (Yetiser et al., Int. J. Pediatr. Otorhinolaryngol., 62: 169-173 (2002)). 호산구성 근육 질환의 예는 호산구성 근주위염, 호산구성 다발근염 및 초점성 호산구성 근염을 포함한다 (Lakhanpal et al., Semin. Arthritis Rheum., 17: 331-231 (1988)). 골격근에 영향을 미치는 호산구성 염증은 기생충 감염 또는 약물, 또는 과다호산구증가증의 일부 전신 장애 (예를 들어, 특발성 과다호산구성 증후군 및 호산구증가증-근육통 증후군)의 특색과 연관될 수 있다. 호산구는 자가면역 항체에 의해 인식된 에피토프에 대한 염증 반응에 참여한다 (Engineer et al., Cytokine, 13: 32-38 (2001)). 결합 조직 질환은 호중구성, 호산구성 또는 림프구성 혈관 염증으로 이어질 수 있다 (Chen et al., J. Am. Acad. Dermatol., 35: 173-182 (1996)). 조직 및 말초 혈액 호산구증가증은 활성 류마티스성 질환에서 발생할 수 있다. 결합 조직 질환의 유형인 강직성 척추염에서 혈청 ECP 수준의 상승은 호산구가 또한 기저 과정에 관여한다는 것을 시사한다 (Feltelius et al., Ann. Rheum. Dis., 46: 403-407 (1987)). 베게너 육아종증은 드물게는 폐 결절, 흉막 삼출, 및 말초 혈액 호산구증가증을 나타낼 수 있다 (Krupsky et al., Chest, 104: 1290-1292 (1993)).
적어도 400/mm3의 말초 혈액 호산구증가증은 전신 경화증 사례의 7%, 국부 경피증 사례의 31%, 및 호산구성 근막염 사례의 61%에서 발생할 수 있다 (Falanga, et al., J. Am. Acad. Dermatol., 17: 648-656 (1987)). 경피증은 마이스너 및 아우어바흐 신경총과 밀접하게 닮은 염증 과정을 일으키며, 위장계에서 비만 세포 및 호산구 백혈구로 이루어진다. 호산구-유래 신경독소는, 경피증에서 발생하는 것과 같은, 위장 운동 기능장애에 기여할 수 있다 (DeSchryver-Kecskemeti, et al. Arch. Pathol. Lab Med., 113: 394-398 (1989)).
호산구는 국부 (Varga, et al., Curr. Opin. Rheumatol., 9: 562-570 (1997)) 또는 전신 (Bouros et al., Am. J. Respir. Crit. Care Med., 165: 1581-1586 (2002)) 결합 조직 증식을 동반할 수 있다. 이는 섬유모세포에서 프로테오글리칸 분해를 억제시킴으로써 섬유증을 유발할 수 있고 (Hernnas et al., Eur. J. Cell Biol., 59: 352-363 (1992)), 섬유모세포는 GM-CSF를 분비함으로써 호산구 생존을 매개한다 (Vancheri et al., Am. J. Respir. Cell Mol. Biol., 1: 289-214 (1989)). 호산구는 비강 (Bacherct et al., J. allergy Clin. Immunol., 107: 607-614 (2001)), 기관지 (Arguelles, et al., Arch. Intern. Med., 143: 570-571 (1983)), 및 위장 폴립 조직 (Assarian, et al., Hum. Pathol., 16: 311-312 (1985))에서 발견될 수 있다. 마찬가지로, 호산구는 염증성 가성종양 (근섬유모세포성 종양)에 국재화될 수 있다. 호산구는 종종 안구 영역에서 염증성 가성종양을 동반하고, 이러한 경우에 병태는 혈관부종 또는 알레르기성 비결막염을 모방할 수 있다 (Li et al., Ann. Allergy, 69: 101-105 (1992)).
호산구성 염증은 (예를 들어, 수술 또는 손상의 결과로서) 조직 외상에서 발견될 수 있다. 호산구성 염증은 또한 심혈관 질병 (예를 들어, 호산구성 심근염, 호산구성 관상 동맥염, 허혈성 심장 질환, 급성 심근경색, 심장 파열)과 연관될 수 있다. 괴사성 염증 과정은 또한 호산구성 염증 (다발근염, 관상 동맥 박리, 신경-베체트병의 괴사성 병변, 치매, 뇌경색)을 수반할 수 있다.
그 중 Th2-유래/호산구성 천식 하위표현형의 비침습적 바이오마커는 혈청 페리오스틴, 분획 호기 산화질소 (FeNO), 및 말초 혈액 호산구 카운트이다. 문헌 [Arron et al. (2013) Adv Pharmacol 66: 1-49]을 참조한다. 이들 마커 중에서, 혈청 페리오스틴는 중증 천식의 BOBCAT 관찰 연구 (Jia et al. (2012) J Allergy Clin Immunol 130: 647-654 e10)에서 기도 호산구 상태의 최고의 단일 예측인자였고 (종합적인 객담 및 조직 호산구증가증에 의한 결정 시), MILLY 연구에서 2회의 투약전 방문에 걸쳐 FeNO 또는 혈액 호산구보다 실질적으로 적은 환자내 가변성을 나타내었기 때문에 (Corren et al. (2011) N Engl J Med 365: 1088-98), 레브리키주맙에 대한 예측 진단제로서 진보되었고, 전문화된 진료 현장 기기 (예컨대 FeNO)를 필요로 하지 않고, 기존 임상 실험실에 걸쳐 널리 표준화되어 있지 않은 자동화된 세포 카운터 (예컨대 혈액 호산구)에 의존하지 않는, 표준화된 널리 이용가능한 검정 플랫폼에서 이용가능할 수 있다. 혈청 페리오스틴이 성인 천식의 Th2/호산구성 하위유형에 대한 강건하고 일관된 바이오마커인 것으로 보이지만, 이것이 소아 천식에도 적용될 수 있는지 여부는 공지되어 있지 않다.
MILLY 연구에서, 기준선에서 50 ng/ml 초과의 혈청 페리오스틴 수준을 갖는 ICS에도 불구하고 불량하게 제어되는 천식을 갖는 성인은 레브리키주맙 치료 12주 후에 혈청 페리오스틴에서 평균 14.4% 감소를 나타낸 한편 (p=0.001), 50 ng/ml 미만의 기준선 혈청 페리오스틴 수준을 갖는 환자는 치료 기간 동안 혈청 페리오스틴에서 비-유의한 2.9% 감소를 나타내었다 (p=0.3). 문헌 [Scheerens et al. (2012) Am J Respir Crit Care Med 185: A3960]을 참조한다. 레브리키주맙 치료 12주 후의 천식 환자에서의 혈청 페리오스틴 수준의 분포는 건강한 대조 성인에서의 혈청 페리오스틴 수준의 분포와 중첩되었다 (Arron et al., Annals Am. Thoracic Soc., in press (2013), , DOI: 10.1513/AnnalsATS.201303-047AW). 이들 결과는, 높은 혈청 페리오스틴을 갖는 성인 천식 환자에서, 배경 수준을 초과하는 과량의 페리오스틴은 기도에서의 IL13의 활성으로 인한 것이고, 이러한 과량은 총 전신 페리오스틴의 약 10-15%를 구성한다는 것을 시사한다.
페리오스틴은 골 매트릭스에 저장된 골모세포의 산물로서 처음 확인되었다. 문헌 [Horiuchi et al. (1999) J Bone Miner Res 14: 1239-49]을 참조한다. 해부학적으로, 골에서의 페리오스틴 발현은 발생 동안 연골내 및 막내 골화 부위에 국재화되었고, 이는 페리오스틴 발현 수준이 골 성장의 속도와 상관관계가 있을 수 있음을 시사한다. 어린 마우스에서 전신 페리오스틴 수준 및 골 전환 마커는 상승되었고, 동물이 성숙함에 따라 감소되어 8주령에서부터 성인기 내내 비교적 안정한 수준을 달성하였다. 문헌 [Contie et al. (2010) Calcif Tissue Int 87: 341-5]을 참조한다. 인간에서, 소아 집단에서의 천식은 성인에서보다 아토피 및 제2형 염증과 보다 통상적으로 연관되었고, 천식 환자 어린이에서 호산구성 및 비-호산구성 기도 염증 하위세트에 대한 증거가 남아있다. 문헌 [Baraldo et al. (2011) Eur Respir J 38: 575-83]을 참조한다. 따라서, 증가된 Th2/호산구성 기도 염증을 갖는 천식 환자 어린이를 확인시켜주는 바이오마커는 항-IL13 및 제2형 염증을 표적화하는 다른 치료제로부터 임상 이익을 나타낼 환자 선택을 가능하게 하는데 유용할 수 있다.
본 발명자들은 전신 페리오스틴 수준이 18세보다 어린 소아 대상체에서 상승되지만, 18세 초과의 천식 환자에서는 연령 의존성을 나타내지 않는다는 것을 발견하였다. 호산구성 기도 염증과 관련이 있지만 골 성장에 의해 혼동될 가능성이 없는 바이오마커를 확인하기 위해, 말초 혈액 호산구 카운트와 상관관계가 있는 전사체를 확인하기 위한 중등도-중증 천식 환자의 대형 코호트의 전체-게놈 발현 분석을 수행하였다. 이어서 MILLY 연구에서 레브리키주맙으로부터의 증진된 임상 이익을 예측하게 하는 바이오마커로서의 이들 전사체의 하위세트를 검증하였다. 이어서 성인 천식 환자에서 레브리키주맙으로부터의 증진된 임상 이익을 예측하게 하는 말초 혈액 전사체의 하위세트가 성인 및 소아 천식 환자에서 혈액 호산구 백분율과 유사한 상관관계 및 최소 연령 의존성을 나타낸다는 것을 입증하였다.
본원은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정함으로써 TH2 경로 억제제를 사용한 치료에 대한 반응을 (또는 그에 반응할 것으로) 예측하게 하는 호산구성 염증 양성 (EIP) 환자를 확인하는 방법을 제공하며, 여기서 마커 중 1개 이상은 환자로부터의 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된다.
또한 본원은 호산구성 염증 양성 환자에게 TH2 경로 억제제를 투여하는 것을 포함하는, 천식, 호산구성 장애, IL-13 매개 장애, IL4 매개 장애, IL9 매개 장애, IL5 매개 장애, IL33 매개 장애, IL25 매개 장애, TSLP 매개 장애, IgE-매개 장애 또는 천식-유사 증후군을 치료하는 방법을 제공하며, 여기서 환자는 EID 검정에 의해 EIP인 것으로 진단된 것이다.
특정 실시양태에서, 호산구성 염증 양성 환자에게 레브리키주맙을 투여하는 것을 포함하는, 천식, 호산구성 장애, IL-13 매개 장애, IL-4 매개 장애 또는 IgE-매개 장애를 치료하는 방법이 제공된다.
특정 실시양태에서, 천식, 호산구성 장애, IL-13 매개 장애, IL-4 매개 장애 또는 IgE-매개 장애를 앓고 있는 환자에게 125-500mg 균일 용량의 레브리키주맙을 4주마다 투여하는 것을 포함하는, 천식, 호산구성 장애, IL-13 매개 장애, IL-4 매개 장애 또는 IgE-매개 장애를 치료하는 방법이 제공된다.
또한, 천식 환자에게 레브리키주맙의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 천식 (또는 호흡기 질환)을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 치료는 FEV1에서 5% 초과의 상대 변화를 생성한다. 또 다른 실시양태에서, FEV1은 6%, 7%, 8%, 9% 또는 10% 초과의 FEV1이다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 EID 검정에 의해 EIP로 진단되었다.
특정 실시양태에서, 천식 환자에게 레브리키주맙의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 천식 (또는 호흡기 질환)을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 치료는 악화 속도에서 35% 초과의 감소를 생성한다 (다른 실시양태에서 36%, 37%, 38%, 39%, 40%, 41%, 42%, 43%, 44%, 45%, 46%, 47%, 48%, 49%, 50%, 51% 초과, 최대 85%; 또 다른 실시양태에서, 환자는 EIP로 진단됨).
특정 실시양태에서, 천식 환자에게 레브리키주맙의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 천식 (또는 호흡기 질환)을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 치료는 야간 각성에서 감소를 생성한다. 한 실시양태에서, 환자는 EID 검정에 의해 진단된다. 또 다른 실시양태에서, 환자의 천식은 코르티코스테로이드 비제어 상태이다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 EIP로 진단된다.
또한, 천식 환자에게 레브리키주맙의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 천식 (또는 호흡기 질환)을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 치료는 천식 제어에서 개선을 생성한다. 한 실시양태에서, 환자는 EID 검정에 의해 진단된다. 또 다른 실시양태에서, 천식은 코르티코스테로이드 치료 비제어 상태이다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 EIP로 진단된다.
천식 환자에게 레브리키주맙의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 천식 (또는 호흡기 질환)을 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 치료는 폐에서 염증의 감소를 생성한다. 한 실시양태에서, 환자는 EID 검정에 의해 진단된다. 또 다른 실시양태에서, 천식은 코르티코스테로이드 치료 비제어 상태이다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 EIP로 진단된다.
특정 실시양태에서, 호산구성 장애를 앓고 있고 코르티코스테로이드로 치료받고 있는 천식 환자에게 레브리키주맙의 치료 유효량을 투여하는 것을 포함하는, 상기 환자에서 호산구성 장애를 치료하는 방법이 제공되며, 여기서 상기 치료는 상기 질환을 치료하는데 사용되는 코르티코스테로이드 치료 (양 또는 빈도)의 감소 또는 제거를 생성한다. 한 실시양태에서, 환자는 EID 검정에 의해 진단된다. 또 다른 실시양태에서, 환자의 천식은 코르티코스테로이드 비제어가능한 상태이다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 치료 전 EIP로 진단된다.
또한, EID 검정을 사용하여 천식 (또는 호흡기 질환)을 앓고 있는 환자를 EIP로 진단하는 단계, 상기 천식 환자에게 TH2 경로 억제제의 치료 유효량을 투여하는 단계, 환자 EIP 상태를 진단하는 단계, 및 상태가 EIP이면 환자를 TH2 경로 억제제로 재치료하는 단계를 포함하는, 천식 (또는 호흡기 질환)을 앓고 있는 환자를 치료하는 방법이 제공된다. 진단은 EID 검정을 단독으로 사용하여 또는 FENO 수준과 조합하여 행할 수 있다. 일부 실시양태에서, 치료받을 환자는 21 ppb 초과의 FENO 수준을 갖는다. 일부 실시양태에서, 치료받을 환자는 35 ppb 초과의 FENO 수준을 갖는다.
일부 실시양태에서, EID 검정을 사용하여 호산구성 염증 음성 (EIN)인 환자를 확인하고 환자를 EIN으로 결정하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 환자로부터의 생물학적 샘플에서 적어도 1개의 호산구성 염증 마커의 수준을 측정하는 단계를 포함하며, 여기서 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개는 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개는 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 마커 중 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개는 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된다.
본원에 제공된 임의의 TH2 경로 억제제는 본원에 기재된 치료 방법, 특히 천식에 사용될 수 있다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 코르티코스테로이드로 치료받고 있고, 본원에 기재된 EID 검정에 의해 TH2 경로 억제제 반응성인 것으로 진단되었다. 추가 실시양태에서, 천식 환자는 중등도 내지 중증 천식을 앓고 있다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 경도 천식을 앓고 있지만, 코르티코스테로이드로 치료받고 있지 않다.
본 발명의 항체 (및 임의의 추가의 치료제)는 비경구, 폐내 및 비강내를 비롯한 임의의 적합한 수단에 의해 투여될 수 있고, 원하는 경우에 국부 치료를 위해 병변내 투여될 수 있다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 투약은 임의의 적합한 경로에 의해, 예를 들어 부분적으로는 투여가 단기적인지 또는 만성인지에 따라 정맥내 또는 피하 주사와 같은 주사에 의해 이루어질 수 있다. 단일 투여 또는 다양한 시점에 걸친 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 포함하나 이에 제한되지는 않는 다양한 투약 스케줄이 본원에서 고려된다.
본 발명의 항체는 우수한 의료 행위와 일치하는 방식으로 제제화되고, 투약되고, 투여될 것이다. 이와 관련하여 고려할 인자는 치료받을 특정한 장애, 치료받을 특정한 포유동물, 개별 환자의 임상 병태, 장애의 원인, 작용제의 전달 부위, 투여 방법, 투여 스케줄링, 및 진료의에게 공지된 다른 인자를 포함한다. 항체는, 그럴 필요는 없지만, 임의로 해당 장애를 예방 또는 치료하는데 현재 사용되는 1종 이상의 작용제와 함께 제제화된다. 이러한 다른 작용제의 유효량은 제제 내에 존재하는 항체의 양, 장애 또는 치료의 유형, 및 상기 논의된 다른 인자에 따라 다르다. 이는 일반적으로 상기 기재된 것과 동일한 투여량 및 투여 경로로, 또는 본원에 기재된 투여량의 약 1 내지 99%로, 또는 실험적으로/임상적으로 적절한 것으로 결정된 임의의 투여량으로 임의의 경로에 의해 사용된다.
질환의 예방 또는 치료를 위해, 본 발명의 항체의 적절한 투여량 (단독으로, 또는 1종 이상의 다른 추가의 치료제와 조합되어 사용되는 경우)은 치료받을 질환의 유형, 항체의 유형, 질환의 중증도 및 경과, 항체가 예방 또는 치료 목적으로 투여되는지 여부, 선행 요법, 환자의 임상 병력 및 항체에 대한 반응, 및 담당 의사의 판단에 따라 달라질 것이다. 항체는 한 번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에게 적합하게 투여된다. 질환의 유형 및 중증도에 따라, 예를 들어 1회 이상의 개별 투여에 의해서든 또는 연속 주입에 의해서든 관계없이, 약 1 μg/kg 내지 15 mg/kg (예를 들어, 0.1mg/kg-10mg/kg)의 항체가 환자에게 투여하기 위한 초기 후보 투여량일 수 있다. 하나의 전형적인 1일 투여량은 상기 언급된 인자에 따라 약 1 μg/kg 내지 100 mg/kg 또는 그 초과의 범위일 수 있다. 수일 이상에 걸친 반복 투여의 경우에, 병태에 따라 치료는 일반적으로 질환 증상의 목적하는 억제가 발생할 때까지 지속될 것이다. 하나의 예시적인 항체 투여량은 약 0.05 mg/kg 내지 약 10 mg/kg 범위 내일 것이다. 따라서, 약 0.5 mg/kg, 2.0 mg/kg, 4.0 mg/kg 또는 10 mg/kg (또는 그의 임의의 조합) 중 하나 이상의 용량이 환자에게 투여될 수 있다. 이러한 용량은 간헐적으로, 예를 들어 매주 또는 3주마다 투여될 수 있다 (예를 들어, 환자가 약 2회 내지 약 20회, 또는 예를 들어 약 6회 용량의 항체를 제공받도록). 그러나, 다른 투여 요법이 유용할 수 있다. 이러한 요법의 진행은 통상적인 기술 및 검정에 의해 용이하게 모니터링된다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 항체는 37.5 mg의 균일 용량 (즉, 체중 의존적이지 않음), 또는 125 mg의 균일 용량, 또는 250 mg의 균일 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 용량은 기간 동안 4주마다 1회 피하 주사에 의해 투여된다. 특정 실시양태에서, 기간은 6개월, 1년, 2년, 5년, 10년, 15년, 20년 또는 환자의 평생이다. 특정 실시양태에서, 천식은 중증 천식이고, 환자는 흡입용 코르티코스테로이드 플러스 제2 제어제 의약으로 불충분하게 제어되거나 비제어된다. 또 다른 실시양태에서, 환자는 EIP 상태를 결정하기 위한 EID 검정에 의해 EIP 상태로 진단되었고, 환자는 상기 기재된 바와 같은 항-IL13 항체를 사용한 치료를 위해 선택된다. 또 다른 실시양태에서, 방법은 천식 환자가 EIP 상태를 결정하기 위한 EID 검정에 의해 EIP 상태로 이전에 진단된 경우에, 천식 환자를 상기 기재된 바와 같은 항-IL13 항체로 치료하는 단계를 포함한다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 18세 이상이다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 12 내지 17세이고, 항-IL13은 250 mg의 균일 용량 또는 125 mg의 균일 용량으로 투여된다. 한 실시양태에서, 천식 환자는 6 내지 11세이고, 항-IL13 항체는 125 mg의 균일 용량으로 투여된다.
임의의 상기 제제 또는 치료 방법은 항-표적 항체 대신 또는 이에 더하여 본 발명의 면역접합체를 사용하여 수행될 수 있는 것으로 이해된다.
제조 물품
본 발명의 또 다른 측면에서, 상기 기재된 장애의 치료, 예방 및/또는 진단에 유용한 물질을 함유하는 제조 물품이 제공된다. 제조 물품은 용기, 및 용기 위에 있거나 용기에 결합된 라벨 또는 패키지 삽입물을 포함한다. 적합한 용기는 예를 들어 병, 바이알, 시린지, IV 용액 백 등을 포함한다. 용기는 다양한 물질, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로 형성될 수 있다. 용기는 조성물 그 자체를 수용하거나 또는 병태의 치료, 예방 및/또는 진단에 효과적인 또 다른 조성물과 조합하여 수용하며, 멸균 접근 포트를 가질 수 있다 (예를 들어, 용기는 피하 주사 바늘로 뚫을 수 있는 마개를 갖는 정맥내 용액 백 또는 바이알일 수 있음). 조성물 중 적어도 1종의 활성제는 본 발명의 항체이다. 라벨 또는 패키지 삽입물은 조성물이 선택된 병태의 치료를 위해 사용됨을 나타낸다. 또한, 제조 물품은 (a) 내부에 본 발명의 항체를 포함하는 조성물이 수용된 제1 용기; 및 (b) 내부에 추가의 세포독성제 또는 다른 치료제를 포함하는 조성물이 수용된 제2 용기를 포함할 수 있다. 본 발명의 이러한 실시양태에서 제조 물품은, 조성물이 특정한 병태를 치료하기 위해 사용될 수 있다는 것을 나타내는 패키지 삽입물을 추가로 포함할 수 있다. 대안적으로 또는 추가로, 제조 물품은 제약상 허용되는 완충제, 예컨대 정박테리아 주사용수 (BWFI), 포스페이트-완충 염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 제2 (또는 제3) 용기를 추가로 포함할 수 있다. 이는 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 시린지를 비롯한 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질을 추가로 포함할 수 있다.
임의의 상기 제조 물품은 항-표적 항체 대신 또는 이에 더하여 면역접합체를 포함할 수 있는 것으로 이해된다.
실시예
실시예 1 - 방법
혈액을 팍스젠(PAXgene) RNA 튜브 (프리애널리틱스(PreAnalytiX)) 내에 수집하고; 상업적으로 입수가능한 키트를 제조업체의 지침에 따라 사용하여 (퀴아젠(Qiagen)) 총 RNA를 추출하였다.
EXTRA 연구로부터 혈액 샘플 내 후보 바이오마커 유전자의 발현을 인간 게놈 U133 플러스 2.0 어레이 (아피메트릭스 인크., 캘리포니아주 산타 클라라)에 의해 평가하였다. EXTRA 연구는, 예를 들어 문헌 [Hanania, et al., Am. J. RCCM, 187: 804-811 (2013); 및 Hanania et al., Ann. Intern. Med., 154: 573-582 (2011)]에 기재되어 있다. 마이크로어레이 혼성화가 아수라겐 인크.(Asuragen Inc.) (텍사스주 오스틴)에 의해 수행되었다. 미가공 CEL 파일 데이터를 요약하고, 로부스트 멀티-어레이 에버리징(Robust Multi-array Averaging) (RMA)을 사용하여 정규화하고, R 및 바이오컨덕터(Bioconductor)를 사용하여 분석하였다.
MILLY, BOBCAT, 및 GALA II 혈액 샘플에서 후보 바이오마커 유전자의 발현을 플루이다임(Fluidigm) qPCR 검정에 의해 정량화하였다.
qPCR 검정 선택
유전자 발현을, 특이적 프라이머 및 프로브를 사용한 qPCR에 의해 측정하였다. FAM 리포터를 갖는 선택된 검정은 어플라이드 바이오시스템즈 인크.(Applied Biosystems Inc.) (ABI)로부터 구입하였다. 택맨(TaqMan)® 유전자 발현 검정은 하기 2개의 가이드라인에 따른다:
1. 임의의 가능한 잔류 게놈 DNA로부터 임의의 PCR 증폭을 방지하기 위해, 프라이머는 가능하다면 적어도 2개의 상이한 엑손에 걸쳐있어야 함;
2. 검정은 강건성에 대해 입증되고 회사에서 권장되는 것임.
포함된 유전자의 검정 ID 및 ABI 공급 컨텍스트 서열은 하기 표 2에 열거된다.
<표 2> 잠재적 바이오마커 유전자 검정
Figure pct00002
PCR 정규화에 사용된 유전자 특이적 내인성 대조군으로서 3개의 하우스키핑 유전자에 대한 검정을 또한 ABI 택맨® 내인성 대조 발명자로부터 선택하였고, 이를 하기 표 3에 제시한다.
<표 3> 내인성 대조 유전자 검정
Figure pct00003
RNA의 역전사
임상 샘플의 팍스젠 RNA의 단일 가닥 cDNA로의 역전사 (RT)는, 고용량 cDNA 역전사 키트를 판매자 (ABI)에 의해 제공된 프로토콜에 따라 사용하여, 20 μl의 반응 부피로 수행하였다. 간략하게, RNase 억제제 및 역전사효소를 갖는 마스터 믹스를 제조하고, 96-웰 PCR 마이크로플레이트에서 50 ng/μl의 총 RNA와 동등 부피로 혼합하였다. RT 반응을 써모사이클러에서 수행하였다. 이어서 RT 산물을 뉴클레아제 무함유 물로 10 ng/μl로 희석하고, -20℃에서 저장하였다.
cDNA의 사전-증폭
플루이다임 시스템에서 낮은 유전자 발현의 최적 결과를 달성하기 위해, 특이적 표적 증폭 (STA)이 권장된다. 특이적 표적 증폭 (STA)은, 둘 다 어플라이드 바이오시스템즈 (ABI)로부터의 것인, 택맨® PreAmp 마스터 믹스 및 택맨® 유전자 발현 검정을 사용한다. 상기 표에 제시된 호산구-관련 후보 유전자에 대한 45개의 유전자 발현 검정물 및 하우스키핑 유전자에 대한 3개의 대조군 발현 검정물을 풀링하고, 뉴클레아제 무함유 TE 완충제로 0.2 X로 희석하였다. 사전-증폭은 PreAmp 키트에 제공된 프로토콜에 따라 오직 관심 표적에 대한 프라이머 공급원으로서 반응에서 풀링된 유전자 발현 검정물을 사용하여, 12.5 ng의 cDNA를 함유하는 5 μl의 부피로 권장 14 사이클 동안 수행하였다. 사전-증폭된 DNA를 뉴클레아제 무함유 TE 완충제로 5배 희석하고, 4℃에서 또는 -20℃에서 장기간 동안 저장하였다. 2개의 내부 참조물 (하나는 정제된 인간 호산구로부터 수득되었고, 다른 것은 클론테크 래보러토리즈(Clontech Laboratories)로부터 구입함)을 사전-증폭 절차에 또한 포함시켰다.
플루이다임 플랫폼 PCR 반응
유전자 발현에 대한 qPCR을 플루이다임으로부터의 바이오마크(BioMark)™ 시스템의 96.96 다이나믹 어레이 집적 유체 회로 (IFC)를 판매자 가이드라인에 따라 사용하여 수행하였다. 간략하게, 다이나믹 어레이 IFC를 IFC 제어기 상에서 제어 라인 유체를 사용하여 프라이밍하였다. 샘플 및 검정물은 DNA-무함유 환경 하에 각각 각각의 샘플 및 검정물에 대해 각각 5 μl로 개별적으로 준비하였다. 96개의 샘플 및 48개의 검정물을 이중으로 다이나믹 어레이 IFC 상에 놓고, IFC 제어기를 사용하여 로딩하였다. 이어서 실시간 PCR 및 데이터 수집을 위해 다이나믹 어레이 IFC를 바이오마크 시스템 상에서 실행시켰다. 각각의 IFC에 적용된 각각의 96개의 샘플 세트는 88개의 임상 샘플, 최소 오염을 보장하기 위한 4중의 음성 대조군, 및 실험 사이의 유전자 발현의 정규화 및 품질 관리 평가를 위한 각각 2중의 2개의 내부 범용 참조물을 포함한다.
데이터 수집 및 처리
바이오마크 시스템으로부터 수집된 PCR 결과를 분석하고, ΔRn에 대해 Ct 값의 함수로서 그래프화하였다. 모든 샘플에 걸쳐 각각의 유전자 발현의 결과를 최적 역치에 대해 수동 평가하여 Ct 값을 결정하고, 곡선 아날로그 및 지수 증폭기에 기초하여 실패/통과 통보하였다. 동일한 IFC 칩에서 각각의 유전자에 대한 Ct 값에 의해 나타내어지는 유전자 발현 수준을 동일한 샘플 내 정규화 인덱스에 대해 정규화하여 델타 Ct (dCt)를 수득하였다. 각각의 샘플에 대한 정규화 인덱스를 3개의 선택된 하우스키핑 유전자로부터의 Ct 값의 기하 평균으로서 계산하였다. 이어서 각각의 샘플 내 각각의 유전자 발현의 델타 델타 Ct (ddCt)를 동일한 실험 IFC 칩에서의 호산구로부터 유래된 범용 참조물로부터의 동일한 유전자에 대해 계산하였다. 상이한 실험 IFC 칩으로부터의 제2 범용 참조물로부터의 각각의 유전자의 ddCt를, 검출가능한 발현을 갖는 유전자에 대한 10% 미만의 사전-규정된 허용되는 범위의 변동 계수 (CV)에 의한 품질 관리 검증에 사용하였다. 이어서 각각의 개별 IFC 칩에서 샘플에 대한 각각의 유전자의 ddCt를 생물통계적 분석을 위한 메타데이터 세트로서 합하였다. 검출 한계 미만의 유전자 발현을 NA로 표지하였다.
데이터 분석은 R 통계적 프로그래밍 언어, 버전 2.15로 수행하였다. 발현 데이터는 하기와 같이 계산하였다:
각각의 플레이트의 각각의 개체 i 및 유전자 j에 대해,
인덱스(i) = 3개의 하우스키핑 유전자로부터의 Ct 값의 기하 평균
dCt(유전자) = Ct(i,j) - 인덱스(i);
ddCt = dCt(i,j) - dCt(Ref1, j).
각각의 칩으로부터의 ddCt 값을 함께 합하였다. Ref 2에서의 각각의 유전자의 ddCt를 품질 관리를 위해 사용하고, 분산 계수를 계산하여 모든 유전자에 대해 10% 미만이 검출가능한 범위 내임을 확실하게 하였다.
어떠한 결과도 없는 샘플은 무작위 시 누락된 것으로 가정하고 귀속시키지 않았다. 20% 초과의 누락 값을 갖는 샘플 또는 유전자는 분석에서 배제시켰다. 나머지 누락 데이터는 치료하는 것을 무작위 시 누락한 것인지 또는 검출 한계 미만인 것인지 결정하기 위해 데이터의 인접한 완전 벡터의 분포와 관련하여 검사하였다. 요약 통계를 위해, 누락 값을 갖는 샘플을 계산에서 배제시켰다 (예를 들어, 주어진 치료 및 바이오마커에 대한 총 샘플의 수로부터 배제시킴).
데이터의 분포를 시각적으로 검사하여 유전자가 샘플 내에 정상적으로 분포되어 있고, 또한 샘플이 각각의 유전자에 대해 정상적으로 분포되어 있음을 확실하게 하였다. 배치 효과 (예를 들어, qPCR 플레이트)를 검사하고, 필요하다면 차단시켰다. 극단적인 배치 효과를 갖는 유전자는 배제시켰다. 유전자 발현 예측 변수의 조합은 로그-스케일 데이터의 산술 평균에 의해 계산하였다.
모든 변수에 대해, 기준선은 사전-명시된 치료 투여 전 (제0일) 마지막 평가로 규정하였다. 주요 인구통계 및 기준선 특성 (계층화 변수 및 공지된 예후 유의성을 갖는 임의의 변수 포함) 및 효능 결과를 바이오마커 및 비-바이오마커 집단 사이에 비교하여 바이오마커의 누락 상태와 연관된 임의의 잠재적인 선택 편향을 조사하였다.
기준선에서의 각각의 바이오마커의 전체적인 분포를 플롯팅하고, 기술 통계학 (예를 들어, 평균, 표준 편차, 중앙값 및 범위)을 사용하여 환자 집단에 대한 기준선 바이오마커 값을 요약하였다.
기준선에서 측정된 바이오마커(들)의 예측 효과를 2가지 방법에 의해 평가하였다. 제1 방법은 하기와 같이 각각의 결과 변수 및 각각의 바이오마커의 선형 회귀를 수행하고:
ΔFEV1 ~ 치료 + 발현 + 치료:발현
통계적 유의성 및 상호작용항의 효과 크기를 검사함으로써 각각의 바이오마커의 유의한 예측력을 시험하는 것이다. 제2 방법은 연구 대상체를 각각의 바이오마커에 대한 중앙 수준 초과 및 중앙 수준 미만의 2개의 군으로 분할하고, 2개의 군 사이의 치료 효과에서의 차이를 계산하는 것이다. 바이오마커는, 하기 기준을 충족시킨다면, 제1 방법에서 치료 이익의 잠재적인 예측인자로서 성공적인 것으로 간주된다:
1. 바이오마커-치료 상호작용의 강력한 증거가 존재함 (p-값 < 0.05)
2. 진단상 양성 집단에서 치료 효과의 규모가 적어도 8%임
3. 효과의 방향은 양성임, 즉 보다 높은 유전자 발현은 개선된 치료 이익과 관련됨
바이오마커는, 하기 기준을 충족시킨다면, 제2 방법에서 치료 이익의 잠재적인 예측인자로서 성공적인 것으로 간주된다:
1. 바이오마커 고 vs. 바이오마커 저 군에서 상이한 이익 수준의 강력한 증거가 존재함 (평균 추정치에서 비-중첩 신뢰 구간)
2. 효과의 방향은 양성임, 즉 보다 높은 유전자 발현은 개선된 치료 이익과 관련됨
성공의 2차 척도로서, 바이오마커의 성능은 혈청 페리오스틴, 분획 호기 산화질소 (FeNO), 및 말초 혈액 호산구 카운트의 성능과 비교될 것이다.
실시예 2 - 혈청 페리오스틴은 소아 환자에서 상승된다
본 발명자들은 이전에 수행된 임상 시험에서 치료 전에 채취한 6-75세 연령 범위의 천식 환자로부터의 혈청 샘플에서 페리오스틴을 측정하였다. 예를 들어, 문헌 [Hanania et al. (2013) Am J Respir Crit Care Med 187: 804-11; Hanania et al. (2011) Ann Intern Med 154: 573-82; Milgrom et al. (2001) Pediatrics 108: E36; Milgrom et al. (1999) N Engl J Med 341: 1966-73; Busse et al. (2001) J Allergy Clin Immunol 108: 184-90; Holgate et al. (2004) Clin Exp Allergy 34: 632-8; 및 Soler et al. (2001) Eur Respir J 18: 254-61]을 참조한다. 페리오스틴 수준은 18 및 75세의 연령 사이의 성인 환자에서 비교적 일관된 분포로 관찰되었고 (도 1), 중앙 수준은 48.9 ng/ml이고 범위는 22.1-108.7 ng/ml (표 4)였다. 소아 환자 (연령 6-17세)에서, 혈청 페리오스틴 수준은 성인 환자에 비해 현저하게 상승되었고 (도 1), 중앙 수준은 6-11세 군에서 119.6 ng/ml 및 12-17세 군에서 104.3 ng/ml이고, 모든 소아 환자에 걸쳐 41.4-352.2 ng/ml의 넓은 범위의 수준이 관찰되었다 (표 4). 특히, 소아 환자에서 중앙 수준은 성인 환자에서 관찰된 전체 범위의 상한을 초과하였다. 또한, 수준은 성인에 비해 소아 천식 환자에서 상당히 더 가변적인 것으로 보였다. 이들 발견은 어린 마우스 및 성체 마우스에서 이루어진 관찰과 일치하였고 (문헌 [Contie et al. (2010) Calcif Tissue Int 87: 341-50] 참조), 성인에서 유래된 항-IL13 요법을 위한 환자를 선택하기 위한 혈청 페리오스틴 컷오프가 소아 환자에게는 적용가능하지 않을 수 있음을 시사한다.
<표 4> 오말리주맙 연구 008, 009, 010, 및 EXTRA에서 연령에 따른 혈청 페리오스틴 수준의 범위 및 분포. 값은 ng/ml이다.
Figure pct00004
실시예 3 - 혈액 호산구 및 혈청 페리오스틴은 중등도-중증 성인 천식 환자에서는 상관관계가 있지만, 소아 천식 환자에서는 그렇지 않다
혈액 호산구 카운트는 성인에서보다 소아 천식 환자에서 약간 더 높은 경향이 있는 한편, 분포는 중첩되고, 혈청 페리오스틴과는 달리, 혈액 호산구 카운트는 연령에 걸쳐 평활하고 연속적으로 약간 내림세인 것으로 관찰되며, 이는 변동이 없어지는 약 40세까지 연장된다 (도 2). 혈액 호산구 및 혈청 페리오스틴 수준은 중증 천식 환자에서 양의 상관관계가 있는 것으로 이전에 밝혀졌다. 예를 들어, 문헌 [Jia et al. (2012) J Allergy Clin Immunol 130: 647-654 e10]을 참조한다. 추가의 보다 큰 샘플 세트에서 이러한 발견을 확인하기 위해, 성인 중등도-중증 천식의 2개의 대형 임상 시험 코호트 (EXTRA (Hanania et al. (2013) Am J Respir Crit Care Med 187: 804-11) 및 MILLY (Corren et al. (2011) N Engl J Med 365: 1088-98))에서 혈액 호산구의 치료전 수준을 평가하였고; 혈청 페리오스틴 및 혈액 호산구 사이에서 중간 정도이지만 통계적으로 유의한 양의 상관관계가 관찰되었다 (도 3a, EXTRA; 도 3b, MILLY). 그러나, 소아 천식 환자에서, 혈액 호산구 및 혈청 페리오스틴은 양의 상관관계가 없었다 (도 3c, 환자 연령 12-17, EXTRA; 3d, 환자 연령 6-12, 연구 010). 소아 천식 환자에서 약간 상승된 혈액 호산구 카운트는 보다 큰 아토피 성향의 기능일 수 있고, 혈청 페리오스틴에 대한 경우에 보이는 바와 같은 독립적인 생리학상 원인으로 인한 것일 가능성은 없다.
실시예 4 - 말초 혈액 내 유전자 발현 패턴은 호산구 카운트와 관련된다
혈청 페리오스틴은 성인 천식 환자에서 기도 호산구증가증 (Jia et al. (2012) J Allergy Clin Immunol 130: 647-654 e10) 및 레브리키주맙에 대한 반응성 (Corren et al. (2011) N Engl J Med 365: 1088-98) 둘 다를 예측하게 하고, 혈액 호산구 카운트는 성인 (Jia et al. (2012) J Allergy Clin Immunol 130: 647-654 e10) 및 소아 (Baraldo et al. (2011) Eur Respir J 38: 575-83) 천식 환자 둘 다에서 기도 호산구와 상관관계가 있기 때문에, 혈액 호산구 카운트에 상응하는 말초 혈액 내 유전자 발현 패턴이 레브리키주맙으로부터의 임상 이익을 예측하게 하는데 적합한 바이오마커일 수 있다고 가정하였다. 중등도-중증 천식 환자에서 혈액 호산구 카운트와 연관된 말초 혈액 내 전사체를 확인하기 위해, EXTRA 연구에서 기준선에서 321명의 대상체로부터의 전혈 (팍스젠) 샘플의 게놈 전반 발현 마이크로어레이 분석을 수행하였다. 문헌 [Hanania et al. (2013) Am J Respir Crit Care Med 187: 804-11; Hanania et al. (2011) Ann Intern Med 154: 573-82]을 참조한다. 혈액 호산구 카운트의 상위 vs. 하위 삼분위수에서 유의하게 더 높은 수준으로 발현된 150개 초과의 전사체 (q-값 < 0.05)를 확인하였다. 표 5는 혈액 호산구 카운트의 상위 및 하위 삼분위수 사이의 상위 150개의 차등 발현된 전사체를 열거한다. 전사체 수준 및 호산구 카운트 사이의 순위 (스피어만) 상관관계를 검사함으로써, 이들 전사체는 혈액 호산구 카운트와 연속적으로 관련됨을 확인하였다.
<표 5> 혈액 호산구 카운트의 상위 및 하위 삼분위수 사이의 상위 150개의 차등 발현된 전사체
Figure pct00005
Figure pct00006
Figure pct00007
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Figure pct00009
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실시예 5 - 호산구 카운트와 상관관계가 있는 전사체는 호산구-제한적 및 광범위하게 발현되는 유전자를 포함한다
천식 환자에서, 기도 내 염증성 시토카인 IL5 및 IL13은 상보적 방식으로 전신 호산구증가증에 기여할 수 있다: 1) IL5의 1차 기능은 호산구 조혈, 가동화, 및 생존을 촉진하는 것이며, 따라서 기도에서의 상승된 IL5 발현은 골수에 대해 호산구를 생산하도록 신호를 전송한다; 2) 특히 IL13의 많은 기능은 기관지 점막의 구조 세포, 예컨대 상피 세포 및 섬유모세포에서 CCR3-결합 시토카인, 예컨대 CCL11, 13, 23, 24, 및 26의 발현을 유도하는 것이며, 따라서 IL5에 의해 가동화된 호산구는 케모카인 구배를 따라 IL13 발현 부위로 이동한다. 예를 들어, 문헌 [Wen et al. (2013) Proc Natl Acad Sci U S A 110: 6067-72]을 참조한다. 케모카인 유도를 통해 호산구 화학주성을 촉진하는 것에 더하여, IL13은 말초 혈액 내 가용성 및 세포성 매개체의 변경된 수준을 생성할 수 있는, 기도에 대한 다중의 추가 효과를 발휘한다. 예를 들어, 문헌 [Arron et al. (2013) Adv Pharmacol 66: 1-49]을 참조한다. 따라서, 말초 호산구증가증을 촉진하는 과정은 또한 혈액 세포에서 유전자 발현에 대한 다른 호산구-독립적 효과를 생성할 수 있다.
말초 혈액 호산구 카운트와 관련된 전사체가 호산구에서의 또는 다른 세포 유형에서의 그의 발현으로 인한 것인지 여부를 결정하기 위해, 분류된 혈액 세포를 포함하는 공중 이용가능한 데이터세트 (GSE3982)에서의 호산구-관련 전사체의 상대적 발현 수준을 검사하였다. 문헌 [Liu et al. (2006) J Allergy Clin Immunol 118: 496-503]을 참조한다. GSE3982 데이터세트에서도 또한 나타내어지는 EXTRA 데이터세트에서의 가장 높은 호산구-관련 전사체 사이에, 3가지 주요 발현 패턴: 1) 전사체의 발현이 검사한 모든 세포 유형 중 호산구에서 우세하게 발견되는 호산구-제한적; 2) 발현이 호산구 및 호염기구 둘 다에서 발견되지만 다른 세포 유형에서는 그렇지 않은 호산구/호염기구-제한적, 및 3) 전사체가 호산구를 포함할 수 있거나 포함하지 않을 수 있는 다중 혈액 세포 유형에서 발견되는 넓은 발현이 확인되었다. 흥미롭게도, 말초 혈액 백혈구 중에서 호염기구에 특이적인 많은 공지된 전사체 (이는 또한 조직-상주 비만 세포에서도 발견될 수 있음), 예컨대 FcεRI 및 트립타제 유전자에도 불구하고 선택된 전사체 중 어떠한 것도 호염기구에서 고유하게 발현되지 않았고, 이는 호산구/호염기구-제한적 전사체가 호염기구에서는 반드시 그러하지 않지만 호산구에서의 그의 발현으로 인해 본 발명자들의 분석에서 유의함을 시사한다. 표 5는 둘 다의 데이터세트에서 나타내어진 전사체에 대한 발현 패턴을 열거하고, 여기서 "eo"는 우세하게 호산구-제한적인 발현을 나타내고, "eobaso"는 주로 호산구 및 호염기구에 제한적인 발현을 나타내고, "기타"는 보다 넓은 발현 및/또는 호산구 또는 호염기구 이외의 다른 백혈구에 제한적인 발현을 나타낸다. 많은 전사체가 GSE3982 데이터세트에서 나타내어지지 않았고, 따라서 주석을 달지 않았다. 3가지 패턴의 예를 도 4에 예시하며, 여기서 모든 3개의 전사체가 혈액 호산구 카운트와 매우 상관관계가 있다는 사실에도 불구하고, SIGLEC8은 주로 호산구 제한적이고 (도 4a), CLC는 호산구 및 호염기구에서 우세하게 발현되고 (도 4b), CSF1은 다중 세포 유형에 걸쳐 보다 광범위하게 발현된다 (도 4c). 이들 데이터는 말초 혈액 내 일부 호산구-관련 전사체가 호산구 카운트와 연관되지만 전적으로 그로 인한 것은 아닌 생물학적 과정을 반영할 수 있음을 시사하고, 이는 단순히 호산구를 카운트하는 것을 넘어 기도에서 병리생리학적 과정을 예측하게 하는 말초 혈액 전사체의 능력에 강건성을 더하는 잠재력을 갖는다.
실시예 6 - 말초 혈액 내의 호산구-관련 전사체는 레브리키주맙으로부터 증가된 임상 이익을 갖는 중등도-중증 천식 환자를 확인시켜준다
본 발명자들은 제II상 MILLY 연구에서, 연구에서 중앙 수준 초과의 치료전 혈청 페리오스틴 또는 FeNO 수준을 갖는, ICS에도 불구하고 불량하게 제어되는 천식을 갖는 중등도-중증 환자가 위약에 비해 레브리키주맙 치료에 대해 유의하게 개선된 폐 기능을 나타낸 반면에, 중앙값 미만의 기준선 혈청 페리오스틴 또는 FeNO 수준을 갖는 환자는 위약에 비해 레브리키주맙으로부터 유의한 이익을 나타내지 않았음을 밝혀내었다. 예를 들어, 문헌 [Corren et al. (2011) N Engl J Med 365: 1088-98; Arron et al. (2011) N Engl J Med 365: 2433-34]을 참조한다. 말초 혈액 내 호산구-관련 유전자 발현이 레브리키주맙으로부터의 임상 이익을 유사하게 예측하게 할 수 있는지 여부를 결정하기 위해, MILLY 연구의 환자로부터의 기준선 팍스젠 혈액 RNA 샘플에서 qPCR에 의해 47개의 호산구-관련 전사체의 발현을 평가하였다. 샘플은 연구 약물의 최초 투약 직전에 무작위로 채취하였고, 변형된 치료 의향 집단에서 219명의 환자 중 208명에 대해 이용가능하였다.
발현 데이터의 평가에서 제1 단계는 품질을 고려하는 것이다. 선택된 프라이머 및 프로브 세트를 사용한 PCR 증폭은 3개의 유전자 (IDO2, KBTBD11, 및 P2RY2)에 대해 실패하였다. IL5RA는 qPCR 동안 허용되지 않는 기술 성능을 나타내었고 (플레이트 효과), 이는 추가의 분석에서 생략하였다. LRRC17 데이터는 샘플의 25%를 초과하는 300개 초과에서 누락되었고, 그에 기초하여 추가의 분석에서 생략하였다. 8개의 샘플은 유전자의 25% 초과에 대해 데이터를 누락하여 생략하였다. 나머지 누락 데이터는 소수이고 분명하게 무작위로 분포하기 때문에 귀속시켰다.
평가된 결과는 12주의 FEV1에서의 위약-조정된 변화에서의 차이로, 환자를 기준선에서의 각각의 유전자의 중앙 발현 수준 근처에서 양분하였다. 반응의 일관성을 확실하게 하기 위해, 사후 분석으로 양분된 군의 성능을 검사하여 연구의 32-주 과정에 걸쳐 연속적으로 FEV1 반응을 예측하였다.
20개 초과의 전사체가 페리오스틴, FeNO, 및 혈액 호산구와 대등하거나 보다 우수한 성능을 보여, 제12주에 레브리키주맙으로부터의 위약-조정된 FEV1 이익을 풍부화시켰다. 기준선에서 중앙 발현 수준에 따라 양분한 경우에, 중앙값 초과의 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2의 발현 수준을 갖는 환자는 모두 중앙값 미만의 그러한 유전자의 발현 수준을 갖는 환자보다 12주에 레브리키주맙으로부터 유의하게 더 큰 위약-조정된 FEV1 개선을 나타내었다 (95% 신뢰 구간은 0을 포함하지 않음, 도 5). CD9, P2RY14, PMP22, BACE2, RNASE2, FAM124B, UGT2828, ACOT11, CYSLTR1, IL1RL1, 및 MYB를 비롯한 몇몇 유전자의 발현은 레브리키주맙으로부터의 위약-조정된 FEV1 이익을 실질적으로 풍부화시키지 않는 반면에, OLIG1, PRSS33, HRH4, SPNS3, SLC29A1, CYSLTR2, DACH1, 및 SLC16A14를 비롯한 다른 것들은 임상 이익을 풍부화시켰지만 위약-조정된 FEV1 개선에 대해 0을 포함하는 95% 신뢰 구간을 가졌다 (도 5). 중앙값 근처에서 양분된 기준선 값의 사용 시, 12주에 위약-조정된 FEV1 이익에 대해 차별화되는 유전자는 연구 지속기간 전반의 모든 시점에서 FEV1 이익을 풍부화시키는 경향이 있었다 (도 6). 종합하면, 이들 데이터는 말초 혈액 내 20개 초과의 개별 유전자 전사체가 레브리키주맙으로부터 증진된 임상 이익을 경험할 가능성이 있는 중등도-중증 천식 환자 집단을 풍부화시킬 수 있음을 보여준다.
실시예 7 - 말초 혈액 유전자 발현 수준은 성인 및 소아 대상체에서 혈액 호산구와 상관관계가 있다
혈청 페리오스틴은 소아 천식 환자에서 현저하게 상이한 수준으로 발현되고 혈액 호산구와 상관관계가 없기 때문에, 말초 혈액 내 호산구-관련 전사체가: 1) 소아 대상체에서 혈액 호산구와 상관관계가 있는지 및 2) 성인 및 소아 대상체에서 대등하게 스케일화되는지 여부를 결정하였다. "GALA II" 연구에서, 277명은 의사-진단된 천식을 갖고 134명은 연령-매칭되는 건강한 대조군인 8-21세의 411명의 대상체로부터 매칭되는 팍스젠 혈액 RNA 샘플, 혈액 호산구 백분율, FeNO, 및 혈청 IgE 수준 (Nishimura et al. (2013) Am J Respir Crit Care Med 188: 309-18; Kumar et al. (2013) J Allergy Clin Immunol doi: 10.1016/j.jaci.2013.02.046. [Epub ahead of print]; Borrell et al. (2013) Am J Respir Crit Care Med 187: 697-702)을 수득하였다. GALA에서 천식 환자 대상체는 대조 대상체보다 유의하게 더 낮은 FEV1 % 예측치 및 유의하게 더 높은 혈청 IgE, 혈액 호산구, 및 FeNO를 가졌다. GALA에서 소아 천식 대상체는 유의하게 상관관계가 있는 혈액 호산구 백분율 및 FeNO 수준을 가졌고, 그의 범위 및 분포는 BOBCAT 코호트의 성인 중등도-중증 천식 환자 대상체로부터의 혈액 호산구 백분율 및 FeNO와 중첩되었다 (Jia et al. (2012) J Allergy Clin Immunol 130: 647-654 e10) (표 6). GALA의 천식 환자 대상체 및 건강한 대조군 둘 다에서, 혈액 호산구 백분율 및 연령 사이에 약하지만 유의한 음의 상관관계가 존재하였지만 (도 7, 도 3의 다른 코호트에서 제시된 관찰과 유사), 혈액 호산구 백분율은 성인 대상체에 비해 실질적으로 치우치지 않았다.
<표 6> BOBCAT (성인) 및 GALA II (소아) 코호트의 임상 및 인구통계 특색
Figure pct00013
본원은 항-RSPO 항체, 특히 항-RSPO2 항체 및/또는 항-RSPO3 항체, 및 그의 사용 방법을 제공한다.
성인 천식 환자에서 혈액 호산구증가증과 관련된 전사체가 소아 대상체의 혈액 호산구증가증과 관련되는지 및 대등하게 스케일화되는지 여부를 평가하기 위해, 상기 기재된 43개의 유전자를 GALA에서 qPCR에 의해 평가하고 (제1 GALA 연구는 예를 들어 문헌 [Corvol et al., Pharmacogenet Genomics. 2009 Jul;19(7):489-96]에 기재됨), 배치 효과를 완화시키기 위해 BOBCAT로부터의 88개의 기준선 샘플을 동시에 평가하였다. 대부분의 유전자에서 성인 천식 환자 및 천식의 존재 및 부재 하의 소아 대상체에서의 발현 수준 및 혈액 호산구 백분율 사이에 유사한 관계가 관찰되었고, 이는 유전자 발현이 혈액 호산구증가증을 예측하게 하는 능력은 연령 또는 진단과 독립적으로 일관됨을 시사한다 (예를 들어, CCL23, 도 8a). 그러나, 일부 전사체에서는 GALA 및 BOBCAT 사이에 다른 패턴이 관찰되었고, 예를 들어 CLC는 성인 및 소아 대상체에서 혈액 호산구 백분율에 관하여 대등한 상관 계수를 가졌지만, 주어진 혈액 호산구 백분율에 대해 소아 대상체에서보다 성인에서 실질적으로 더 높은 수준으로 발현되었거나 (도 8b); 또는 CSF1은 성인 및 소아 대상체에서 다른 상관 계수 및 다른 스케일화 둘 다가 관찰되었다 (도 8c). 혈액 호산구 카운트와 매우 관련되면서 또한 연령에 최소한으로 의존적인 전사체를 확인하기 위해, BOBCAT, MILLY, 및 GALA로부터의 모든 데이터를 선형 회귀 모델에 포함시켰고, 여기서 유전자 발현을 혈액 호산구 백분율, 연령, 연령과 혈액 호산구 백분율 사이의 상호작용항, 및 구축된 배치의 함수로서 평가하였다. 혈액 호산구 백분율에 대한 모델 추정치에서 최대화되고 연령에 대한 모델 추정치에서 최소화된 유전자를 확인하였다 (도 9). 유전자 선택을 위한 추가의 고려사항은 기준선 유전자 발현 수준이 MILLY 연구에서 레브리키주맙으로부터 증진된 임상 이익 및 말초 혈액에서 발현 수준의 증가된 동적 범위를 갖는 환자를 확인시켜주는 능력을 포함한다. 표 7은 MILLY에서 제12주에 FEV1에서의 위약-조정된 변화에 의해 등급화된 상위 20개의 유전자 (도 5), BOBCAT 및 GALA의 천식 환자 대상체에서 유전자 발현과 혈액 호산구 백분율 사이의 피어슨 상관 계수, 소아 및 성인 환자 천식 대상체 사이의 도 8에 예시된 바와 같은 ΔΔCt vs. (혈액 호산구 백분율)-2의 회귀에 대한 Y-절편의 비, 및 각각의 유전자에 대해 모든 GALA 및 BOBCAT 샘플에서 관찰된 발현 수준의 10th 및 90th 백분위수 사이의 ΔΔCt에서의 차이에 의해 결정된 바와 같은 발현의 동적 범위를 보여준다. BOBCAT 및 GALA 사이에 대등한 상관 계수 (0-10%)를 갖는 유전자는 다른 상관 계수를 갖는 유전자보다 높은 우선순위를 갖는 것으로 여겨지고; 보다 작은 절편 비 (0-10%)를 갖는 유전자는 보다 높은 절편 비를 갖는 유전자보다 높은 우선순위인 것으로 여겨지고, 보다 큰 동적 범위 (> 3 사이클)를 갖는 유전자는 보다 작은 동적 범위를 갖는 유전자보다 높은 우선순위인 것으로 여겨진다.
종합하면, 선형 회귀 모델 (도 9) 및 카테고리 분석 (표 7)에서 많은 유전자의 성능은 그들이 소아 천식 환자에서 제2형 염증 매개체를 표적화하는 요법으로부터 증진된 임상 이익을 예측하게 하는 바이오마커로서 적합할 수 있음을 시사한다.
<표 7> 성인 및 소아 천식에서 레브리키주맙 임상 이익, 및 유전자 발현과 혈액 호산구 백분율 사이의 관계를 예측하게 하는 혈액 호산구-관련 전사체의 요약
Figure pct00014
실시예 8 - 참고문헌
Figure pct00015
Figure pct00016
Figure pct00017
Figure pct00018
상기 본 발명은 이해의 명확성을 위해 예시 및 예의 방식으로 어느 정도 상세하게 기재되었지만, 상기 설명 및 예는 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다. 본원에 인용된 모든 특허 및 과학 문헌의 개시내용은 그 전문이 명백하게 참조로 포함된다.
<서열 표>
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Figure pct00020
SEQUENCE LISTING <110> GENENTECH, INC. ET AL. <120> METHODS OF DIAGNOSING AND TREATING EOSINOPHILIC DISORDERS <130> P5689R1-WO <140> <141> <150> 61/894,831 <151> 2013-10-23 <160> 67 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 117 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 1 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr 20 25 30 Gly Ile Ala Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Phe Ile Ser Asp Leu Ala Tyr Thr Ile Tyr Tyr Ala Asp Thr Val 50 55 60 Thr Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Asp Asn Trp Asp Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu 100 105 110 Val Thr Val Ser Ser 115 <210> 2 <211> 112 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 2 Asp Ile Gln Met Thr Gln 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Claims (112)

  1. 천식 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하는 단계,
    샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계,
    샘플에서 검출된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계, 및
    샘플에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준과 비교하여 상승된 경우에 환자가 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 것으로 예측하고, 샘플에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준과 비교하여 감소된 경우에 환자가 상기 요법에 반응하지 않을 것으로 예측하는 단계
    를 포함하는, TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 대한 천식 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자의 반응을 예측하는 방법.
  2. 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계를 포함하며, 참조 수준과 비교하여 상승된 mRNA 수준은 환자를 TH2 경로 억제제 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로서 확인시켜 주는 것인, TH2 경로 억제제 치료에 대한 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자의 반응성을 예측하는 방법.
  3. (a) 천식 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계;
    (b) (a)에서 측정된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) (a)에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에, 환자를 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 더 큰 것으로서 확인하는 단계
    를 포함하는, 천식 또는 호흡기 장애를 앓고 있는 환자가 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 있는지 확인하는 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 ITK, BTK, IL-9 (예를 들어, MEDI-528), IL-5 (예를 들어, 메폴리주맙, CAS 번호 196078-29-2; 레실리주맙), IL-13 (예를 들어, IMA-026, IMA-638 (안루킨주맙으로도 지칭됨, INN 번호 910649-32-0; QAX-576; IL4/IL13 trap), 트랄로키누맙 (CAT-354로도 지칭됨, CAS 번호 1044515-88-9); AER-001, ABT-308 (인간화 13C5.5 항체로도 지칭됨), IL-4 (예를 들어, AER-001, IL4/IL13 trap), OX40L, TSLP, IL-25, IL-33 및 IgE (예를 들어, 졸레어(XOLAIR)®, QGE-031; MEDI-4212; 퀼리주맙); 및 수용체, 예컨대: IL-9 수용체, IL-5 수용체 (예를 들어, MEDI-563 (벤랄리주맙, CAS 번호 1044511-01-4), IL-4수용체 알파 (예를 들어, AMG-317, AIR-645, 두필루맙), IL-13수용체알파1 (예를 들어, R-1671) 및 IL-13수용체알파2, OX40, TSLP-R, IL-7R알파 (TSLP에 대한 보조-수용체), IL17RB (IL-25에 대한 수용체), ST2 (IL-33에 대한 수용체), CCR3, CCR4, CRTH2 (예를 들어, AMG-853, AP768, AP-761, MLN6095, ACT129968), Fc엡실론RI, Fc엡실론RII/CD23 (IgE에 대한 수용체), Flap (예를 들어, GSK2190915), Syk 키나제 (R-343, PF3526299); CCR4 (AMG-761), TLR9 (QAX-935)의 억제제이거나, 또는 CCR3, IL5, IL3, GM-CSF (예를 들어, TPI ASM8)의 다중-시토카인 억제제인 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IL13/IL4 경로 억제제 또는 항 IgE 결합제인 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IL-13 항체 또는 항-IL-13 이중특이적 항체인 방법.
  7. 제6항에 있어서, 항-IL-13 항체가 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항체; HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며, 여기서 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체; 또는 레브리키주맙인 방법.
  8. 제4항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IgE 항체인 방법.
  9. 제8항에 있어서, 항-IgE 항체가 (i) 졸레어® 항체, (ii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 서열 1이고 가변 경쇄가 서열 2인 항-M1' 항체 또는 (iii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3을 추가로 포함하고 가변 경쇄가 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 추가로 포함하며, (a) HVR-H1이 서열 3 [GFTFSDYGIA]의 서열을 갖고; (b) HVR-H2가 서열 4 [AFISDLAYTIYYADTVTG]의 서열을 갖고; (c) HVR-H3이 서열 5 [ARDNWDAMDY]의 서열을 갖고; (d) HVR-L1이 서열 6 [RSSQSLVHNNANTYLH]의 서열을 갖고; (e) HVR-L2가 서열 7 [KVSNRFS]의 서열을 갖고; (f) HVR-L3이 서열 8 [SQNTLVPWT]의 서열을 갖는 것인 항-M1' 항체인 방법.
  10. (a) 천식 또는 호흡기 장애에 걸린 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계;
    (b) (a)에서 측정된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계;
    (c) (a)에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에, 환자를 TH2 경로 억제제를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 더 큰 것으로서 확인하는 단계; 및
    (d) (a)에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에, 요법을 투여하여 천식 또는 호흡기 장애를 치료하는 단계
    를 포함하는, 천식 또는 호흡기 장애에 걸린 환자를 치료하는 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA 수준을 측정하는 단계가 증폭을 포함하는 것인 방법.
  12. 제11항에 있어서, mRNA 수준을 측정하는 단계가 정량적 PCR을 포함하는 것인 방법.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA 수준을 측정하는 단계가 mRNA를 증폭시키는 단계 및 증폭된 산물을 검출하여 mRNA의 수준을 측정하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 참조 수준이 참조 집단에서의 각각의 마커의 중앙 수준인 방법.
  15. 환자에게 TH2 경로 억제제의 치료 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준은 참조 집단에서의 각각의 마커의 mRNA 수준과 비교하여 상승된 것으로 결정된 것인, 환자에서 천식 또는 호흡기 장애를 치료하는 방법.
  16. 환자에게 TH2 경로 억제제의 치료 유효량을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 환자는 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준이 참조 집단에서의 각각의 마커의 mRNA 수준과 비교하여 상승된 것에 기초하여 치료를 위해 선택된 것인, 환자에서 천식 또는 호흡기 장애를 치료하는 방법.
  17. 제15항 또는 제16항에 있어서, mRNA 수준이 증폭을 포함하는 방법에 의해 결정된 것인 방법.
  18. 제17항에 있어서, mRNA 수준이 정량적 PCR을 포함하는 방법에 의해 결정된 것인 방법.
  19. 제15항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA 수준이 mRNA를 증폭시키는 단계 및 증폭된 산물을 검출하는 단계를 포함하는 방법에 의해 결정된 것인 방법.
  20. 제15항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 참조 수준이 참조 집단에서의 각각의 마커의 중앙 수준인 방법.
  21. 제15항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 ITK, BTK, IL-9 (예를 들어, MEDI-528), IL-5 (예를 들어, 메폴리주맙, CAS 번호 196078-29-2; 레실리주맙), IL-13 (예를 들어, IMA-026, IMA-638 (안루킨주맙으로도 지칭됨, INN 번호 910649-32-0; QAX-576; IL4/IL13 trap), 트랄로키누맙 (CAT-354로도 지칭됨, CAS 번호 1044515-88-9); AER-001, ABT-308 (인간화 13C5.5 항체로도 지칭됨), IL-4 (예를 들어, AER-001, IL4/IL13 trap), OX40L, TSLP, IL-25, IL-33 및 IgE (예를 들어, 졸레어®, QGE-031; MEDI-4212; 퀼리주맙); 및 수용체, 예컨대: IL-9 수용체, IL-5 수용체 (예를 들어, MEDI-563 (벤랄리주맙, CAS 번호 1044511-01-4), IL-4수용체 알파 (예를 들어, AMG-317, AIR-645, 두필루맙), IL-13수용체알파1 (예를 들어, R-1671) 및 IL-13수용체알파2, OX40, TSLP-R, IL-7R알파 (TSLP에 대한 보조-수용체), IL17RB (IL-25에 대한 수용체), ST2 (IL-33에 대한 수용체), CCR3, CCR4, CRTH2 (예를 들어, AMG-853, AP768, AP-761, MLN6095, ACT129968), Fc엡실론RI, Fc엡실론RII/CD23 (IgE에 대한 수용체), Flap (예를 들어, GSK2190915), Syk 키나제 (R-343, PF3526299); CCR4 (AMG-761), TLR9 (QAX-935)의 억제제이거나, 또는 CCR3, IL5, IL3, GM-CSF (예를 들어, TPI ASM8)의 다중-시토카인 억제제인 방법.
  22. 제15항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IL13/IL4 경로 억제제 또는 항 IgE 결합제인 방법.
  23. 제15항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IL-13 항체인 방법.
  24. 제23항에 있어서, 항-IL-13 항체가 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항체; HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며, 여기서 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체; 또는 레브리키주맙인 방법.
  25. 제24항에 있어서, 환자에게 37.5 mg 또는 125 mg 또는 250 mg의 균일 용량을 4주마다 투여하는 방법.
  26. 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 항-IL-13 항체를 피하로 투여하는 방법.
  27. 제23항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 항-IL-13 항체를 사전충전된 시린지 또는 자가주사기 장치를 사용하여 투여하는 방법.
  28. 제23항에 있어서, 항-IL-13 항체가 이중특이적 항-IL-13 항체인 방법.
  29. 제28항에 있어서, 이중특이적 항-IL13 항체가 IL-13 및 IL-4에 결합하는 것인 방법.
  30. 제22항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IgE 항체인 방법.
  31. 제30항에 있어서, 항-IgE 항체가 (i) 졸레어® 항체, (ii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 서열 1이고 가변 경쇄가 서열 2인 항-M1' 항체 또는 (iii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3을 추가로 포함하고 가변 경쇄가 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 추가로 포함하며, (a) HVR-H1이 서열 3 [GFTFSDYGIA]의 서열을 갖고; (b) HVR-H2가 서열 4 [AFISDLAYTIYYADTVTG]의 서열을 갖고; (c) HVR-H3이 서열 5 [ARDNWDAMDY]의 서열을 갖고; (d) HVR-L1이 서열 6 [RSSQSLVHNNANTYLH]의 서열을 갖고; (e) HVR-L2가 서열 7 [KVSNRFS]의 서열을 갖고; (f) HVR-L3이 서열 8 [SQNTLVPWT]의 서열을 갖는 것인 항-M1' 항체인 방법.
  32. 제31항에 있어서, 항-IgE 항체가 항-M1' 항체인 방법.
  33. 제31항에 있어서, 항-M1' 항체를 12주마다 1회 150 mg, 4주마다 1회 300 mg, 또는 12주마다 1회 450 mg의 균일 용량으로 피하로 투여하는 방법.
  34. 제33항에 있어서, 항-M1' 항체를 12주마다 1회 150 mg의 균일 용량으로 피하로 투여하는 방법.
  35. 제33항에 있어서, 항-M1' 항체를 12주마다 1회 450 mg의 균일 용량으로 피하로 투여하는 방법.
  36. 제34항 또는 제35항에 있어서, 초기 용량의 투여 4주 후에 추가의 용량의 피하 투여를 추가로 포함하는 방법.
  37. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커가 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 것인 방법.
  38. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커가 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 것인 방법.
  39. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커가 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 것인 방법.
  40. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커가 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 것인 방법.
  41. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커가 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 것인 방법.
  42. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커가 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 것인 방법.
  43. 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA 수준이 상승되면, 환자는 호산구성 염증 양성 (EIP)인 방법.
  44. 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 중등도 내지 중증 천식을 앓고 있는 것인 방법.
  45. 제1항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 천식 또는 호흡기 장애가 코르티코스테로이드 비제어 상태인 방법.
  46. 제45항에 있어서, 코르티코스테로이드가 흡입용 코르티코스테로이드인 방법.
  47. 제46항에 있어서, 흡입용 코르티코스테로이드가 큐바르(Qvar)®, 풀미코르트(Pulmicort)®, 심비코르트(Symbicort)®, 에어로비드(Aerobid)®, 플로벤트(Flovent)®, 플로나제(Flonase)®, 애드베어(Advair)® 또는 아즈마코르트(Azmacort)®인 방법.
  48. 제1항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 제2 제어제로 치료받고 있는 것인 방법.
  49. 제48항에 있어서, 제2 제어제가 장기 작용 기관지 확장제 (LABD)인 방법.
  50. 제49항에 있어서, LABD가 장기 작용 베타-2 효능제 (LABA), 류코트리엔 수용체 길항제 (LTRA), 장기 작용 무스카린성 길항제 (LAMA), 테오필린, 또는 경구 코르티코스테로이드 (OCS)인 방법.
  51. 제49항에 있어서, LABD가 심비코르트®, 애드베어®, 브로바나(Brovana)®, 포라딜(Foradil)®, 퍼포로미스트(Perforomist)™ 또는 세레벤트(Serevent)®인 방법.
  52. 제1항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 0-17세, 2-17세, 2-6세, 6-11세, 8-17세, 12-17세, 2세 이상, 6세 이상, 또는 12세 이상인 방법.
  53. 제52항에 있어서, 환자가 18세 이상인 방법.
  54. 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 인간인 방법.
  55. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 샘플이 혈액, 혈청, 혈장, 및 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)로부터 선택된 것인 방법.
  56. 제55항에 있어서, 생물학적 샘플이 PBMC인 방법.
  57. 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자를 TH2 경로 억제제를 사용한 치유적 치료를 위한 가능성 있는 반응자 및 비-반응자로 계층화하기 위한, 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하기 위한 키트의 용도.
  58. 제57항에 있어서, 키트가 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하기 위한 것인 용도.
  59. 제57항에 있어서, 키트가 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하기 위한 것인 용도.
  60. 제57항에 있어서, 키트가 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하기 위한 것인 용도.
  61. 제57항에 있어서, 키트가 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커의 수준을 결정하기 위한 것인 용도.
  62. 제57항에 있어서, 키트가 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커의 수준을 결정하기 위한 것인 용도.
  63. 제57항에 있어서, 키트가 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 수준을 결정하기 위한 것인 용도.
  64. 제57항 내지 제63항 중 어느 한 항에 있어서,
    a) 천식 환자로부터 수득된 샘플에서 적어도 1개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계;
    b) 단계 a)에서 결정된 적어도 1개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및
    c) 단계 b)에서 수득된 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 단계
    를 포함하는 키트의 용도.
  65. 제64항에 있어서, 참조 수준이 참조 집단에서의 각각의 마커의 중앙 수준인 용도.
  66. 제64항 또는 제65항에 있어서, 적어도 1개의 마커의 mRNA 수준이 참조 수준 초과이면, 환자를 반응자 카테고리로 계층화하는 용도.
  67. 제64항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1개의 마커의 수준이 참조 수준 초과이면, 환자가 호산구성 염증 양성 (EIP)인 용도.
  68. 제67항에 있어서, 환자가 EIP이면, TH2 경로 억제제를 포함하는 요법을 선택하는 단계를 포함하는 용도.
  69. 제57항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 중등도 내지 중증 천식을 앓고 있는 것인 용도.
  70. 제57항 내지 제69항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계가 증폭을 포함하는 것인 용도.
  71. 제70항에 있어서, 적어도 1개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계가 정량적 PCR을 포함하는 것인 용도.
  72. 제57항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 천식 또는 호흡기 장애가 코르티코스테로이드 비제어 상태인 용도.
  73. 제72항에 있어서, 코르티코스테로이드가 흡입용 코르티코스테로이드인 용도.
  74. 제73항에 있어서, 흡입용 코르티코스테로이드가 큐바르®, 풀미코르트®, 심비코르트®, 에어로비드®, 플로벤트®, 플로나제®, 애드베어® 또는 아즈마코르트®인 용도.
  75. 제57항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 또한 제2 제어제로 치료받고 있는 것인 용도.
  76. 제75항에 있어서, 제2 제어제가 장기 작용 기관지 확장제 (LABD)인 용도.
  77. 제76항에 있어서, LABD가 LABA, LTRA, LAMA, 테오필린 또는 OCS인 용도.
  78. 제76항에 있어서, LABD가 심비코르트®, 애드베어®, 브로바나®, 포라딜®, 퍼포로미스트™ 또는 세레벤트®인 용도.
  79. 제57항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 표적 ITK, BTK, IL-9 (예를 들어, MEDI-528), IL-5 (예를 들어, 메폴리주맙, CAS 번호 196078-29-2; 레실리주맙), IL-13 (예를 들어, IMA-026, IMA-638 (안루킨주맙으로도 지칭됨, INN 번호 910649-32-0; QAX-576; IL4/IL13 trap), 트랄로키누맙 (CAT-354로도 지칭됨, CAS 번호 1044515-88-9); AER-001, ABT-308 (인간화 13C5.5 항체로도 지칭됨), IL-4 (예를 들어, AER-001, IL4/IL13 trap), OX40L, TSLP, IL-25, IL-33 및 IgE (예를 들어, 졸레어, QGE-031; MEDI-4212; 퀼리주맙); 및 수용체, 예컨대: IL-9 수용체, IL-5 수용체 (예를 들어, MEDI-563 (벤랄리주맙, CAS 번호 1044511-01-4), IL-4수용체 알파 (예를 들어, AMG-317, AIR-645, 두필루맙), IL-13수용체알파1 (예를 들어, R-1671) 및 IL-13수용체알파2, OX40, TSLP-R, IL-7R알파 (TSLP에 대한 보조-수용체), IL17RB (IL-25에 대한 수용체), ST2 (IL-33에 대한 수용체), CCR3, CCR4, CRTH2 (예를 들어, AMG-853, AP768, AP-761, MLN6095, ACT129968), Fc엡실론RI, Fc엡실론RII/CD23 (IgE에 대한 수용체), Flap (예를 들어, GSK2190915), Syk 키나제 (R-343, PF3526299); CCR4 (AMG-761), TLR9 (QAX-935)을 억제하거나, 또는 CCR3, IL5, IL3, GM-CSF (예를 들어, TPI ASM8)의 다중-시토카인 억제제인 용도.
  80. 제57항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IL13/IL4 경로 억제제 또는 항 IgE 결합제인 용도.
  81. 제57항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IL-13 항체 또는 항-IL-13 이중특이적 항체인 용도.
  82. 제81항에 있어서, 항-IL-13 항체가 서열 9, 19, 및 21로부터 선택된 서열을 포함하는 VH 및 서열 10, 20, 및 22로부터 선택된 서열을 포함하는 VL을 포함하는 항체; HVRH1, HVRH2, HVRH3, HVRL1, HVRL2, 및 HVRL3을 포함하며, 여기서 각각의 HVR이 서열 11, 서열 12, 서열 13, 서열 14, 서열 15, 및 서열 16의 아미노산 서열을 갖는 것인 항-IL13 항체; 또는 레브리키주맙인 용도.
  83. 제80항에 있어서, TH2 경로 억제제가 항-IgE 항체인 용도.
  84. 제83항에 있어서, 항-IgE 항체가 (i) 졸레어® 항체, (ii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 서열 1이고 가변 경쇄가 서열 2인 항-M1' 항체 또는 (iii) 가변 중쇄 및 가변 경쇄를 포함하며, 여기서 가변 중쇄가 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3을 추가로 포함하고 가변 경쇄가 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3을 추가로 포함하며, (a) HVR-H1이 서열 3 [GFTFSDYGIA]의 서열을 갖고; (b) HVR-H2가 서열 4 [AFISDLAYTIYYADTVTG]의 서열을 갖고; (c) HVR-H3이 서열 5 [ARDNWDAMDY]의 서열을 갖고; (d) HVR-L1이 서열 6 [RSSQSLVHNNANTYLH]의 서열을 갖고; (e) HVR-L2가 서열 7 [KVSNRFS]의 서열을 갖고; (f) HVR-L3이 서열 8 [SQNTLVPWT]의 서열을 갖는 것인 항-M1' 항체인 용도.
  85. 제57항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 0-17세, 2-17세, 2-6세, 6-11세, 8-17세, 12-17세, 2세 이상, 6세 이상, 또는 12세 이상인 용도.
  86. 제85항에 있어서, 환자가 18세 이상인 용도.
  87. 제57항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 인간인 용도.
  88. 제57항 내지 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 샘플이 혈액, 혈청, 혈장, 및 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)로부터 선택된 것인 용도.
  89. 제88항에 있어서, 생물학적 샘플이 PBMC인 용도.
  90. a) 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하기 위한 시약; 및
    b) (i) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 것, (ii) 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 수준을 참조 수준과 비교하는 것, 및 (iii) 상기 비교결과에 기초하여 상기 환자를 반응자 또는 비-반응자 카테고리로 계층화하는 것에 대한 지침서
    를 포함하는, 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자를 계층화하기 위한 키트.
  91. 제90항에 있어서, 환자로부터 수득된 샘플에서 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트.
  92. 제90항에 있어서, 환자로부터 수득된 샘플에서 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트.
  93. 제90항에 있어서, 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트.
  94. 제90항에 있어서, 환자로부터 수득된 샘플에서 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트.
  95. 제90항에 있어서, 환자로부터 수득된 샘플에서 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트.
  96. 제90항에 있어서, 환자로부터 수득된 샘플에서 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커의 mRNA 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트.
  97. 제90항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 EIP 또는 EIN인지 여부를 결정하기 위한 패키지 삽입물을 포함하는 키트.
  98. 제90항 내지 제97항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 TH2 경로 억제제에 반응할 가능성이 있는지 여부를 결정하기 위한 패키지 삽입물을 포함하는 키트.
  99. 제90항 내지 제98항 중 어느 한 항에 있어서, 제51항 내지 제77항 중 어느 한 항에 따른 용도를 기재한 정보가 담긴 패키지 삽입물을 추가로 포함하는 키트.
  100. 제90항 내지 제99항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 샘플을 수용하기 위한 빈 용기를 추가로 포함하는 키트.
  101. 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하는 단계,
    샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계,
    샘플에서 검출된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계, 및
    샘플에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준과 비교하여 상승된 경우에, 환자가 중증 악화를 앓을 가능성이 있는 것으로 예측하는 단계
    를 포함하는, 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자가 중증 악화를 앓을 가능성이 있는지 확인하는 방법.
  102. (a) 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자로부터의 생물학적 샘플에서 CSF1, MEIS2, LGALS12, IDO1, THBS4, OLIG2, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, SORD, ASB2, CACNG6, GPR44, MGAT3, SLC47A1, SMPD3, CCR3, CLC, CYP4F12, 및 ABTB2로부터 선택된 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커의 mRNA 수준을 측정하는 단계;
    (b) (a)에서 측정된 mRNA 수준을 참조 수준과 비교하는 단계; 및
    (c) (a)에서 측정된 mRNA 수준이 참조 수준 초과인 경우에, 환자를 중증 악화를 앓을 가능성이 더 큰 것으로서 확인하는 단계
    를 포함하는, 천식 환자 또는 호흡기 장애 환자가 중증 악화를 앓을 가능성이 있는지 확인하는 방법.
  103. 제101항 또는 제102항에 있어서, mRNA 수준을 측정하는 단계가 증폭을 포함하는 것인 방법.
  104. 제103항에 있어서, mRNA 수준을 측정하는 단계가 정량적 PCR을 포함하는 것인 방법.
  105. 제101항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA 수준을 측정하는 단계가 mRNA를 증폭시키는 단계 및 증폭된 산물을 검출하여 mRNA의 수준을 측정하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  106. 제101항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, 참조 수준이 참조 집단에서의 각각의 마커의 중앙 수준인 방법.
  107. 제101항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커가 CSF1, MEIS2, CCL23, HSD3B7, SORD, CACNG6, MGAT3, SLC47A1, 및 ABTB2로부터 선택된 것인 방법.
  108. 제101항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커가 MEIS2, LGALS12, IDO1, ALOX15, SIGLEC8, CCL23, PYROXD2, HSD3B7, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 것인 방법.
  109. 제101항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 적어도 3개의 마커가 CCL23, IDO1, HSD3B7, 및 CACNG6으로부터 선택된 것인 방법.
  110. 제101항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커가 CCL23, IDO1, 및 CACNG6으로부터 선택된 것인 방법.
  111. 제101항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 또는 3개의 마커가 HSD3B7, SIGLEC8, 및 GPR44로부터 선택된 것인 방법.
  112. 제101항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 또는 4개의 마커가 SIGLEC8, CCL23, CACNG6, 및 GPR44로부터 선택된 것인 방법.
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