ME01720B

ME01720B - Lentiviralni vektori pseudotipizirani sa omotačem od glikobelančevine iz sindbis-virusa

Info

Publication number: ME01720B
Application number: MEP-2014-29A
Authority: ME
Inventors: James M Allen; Hoeven Neal S Van; jin zhong Li; Derek D Sloan; Thomas W Dubensky Jr
Original assignee: Immune Design Corp
Priority date: 2009-07-24
Filing date: 2010-07-22
Publication date: 2014-09-20
Also published as: US20120039932A1; SI2770061T1; TR201819229T4; AU2010276194B2; CY1121159T1; DK2770061T3; SG177744A1; EP2456786B1; CA2768938A1; HUE043032T2; HRP20140327T1; PT2456786E; IL217679A; DK2456786T3; SI2456786T2; US8187872B2; EA032403B1; US20160076055A1; JP6701280B2; JP2013500015A

Description

Opis

TEHNIČKO POLJE

Ova patentna aplikacija se, opšte uzeto, odnosi na ciljanu dostavu gena, a posebno na upotrebu pseudotipiziranih lentivirusa koji sadrže omotač koji cilja dendrite (dendritske ćelije) pa može da se koristi za vakcinaciju dendrita.

POZADINA

Dendriti (DC) su esencijalne ćelije koje izlažu antigene za inicijaciju i kontrolu imuno-odgovora. DC mogu da uhvate i procesiraju antigene, migriraju sa periferije u neki limfoidni organ, i da izlože antigene mirujućim T-ćelijama u glavnom histokompatibilnom kompleksu (MHC)-ograničeni način. Ove ćelije nastaju u koštanoj srži (BM) i pokazuju dendritnu morfologiju i visoku mobilnost. Otkriće DC kao specijalizovanih ćelija koje izlažu antigen (APC) pokrenulo je pokušaje razvijanja strategija za imunizaciju/vakcinaciju na bazi DC koje uključuju davanje DC sa specifičnim antigenima in vitro (Banchereau & Palucka, A. K. 2005. Nat. Rev. Immunol. 5:296-306; Figdor, et al. 2004. Nat. Med. 10:475-480). Svi dosadašnji pokušaji, međutim, uključuju zahtevnu pripremu terapije koja je specifična za nekog pacijenta i koja uključuje davanje autolognih DC sa specifičnim antigenima ex vivo, koji se tada administriraju pacijentu.

Alternativna strategija je da se koriste vektori koji se baziraju na rekombinantnim virusima kao mehanizam za direktnu dostavu nekog gena koji kodira određeni antigen(e) u ćeliji-domaćinu. U ovom slučaju, preko indukovanja željenog adaptivnog imuno-odgovora, eksprimirani genski produkt obezbeđuje terapeutsku korist. Međutim, brojni su izazovi koji se moraju rešiti da bi se postigao bezbedan i efektivan sistem. Neki od pomenutih izazova uključuju dizajniranje vektora koji cilja željenu grupu ćelija-domaćina, obezbeđivanje prikladnog sistema za dostavu, eksprimiranje željenog antigena sa ciljem da se potakne efektivan imuno-odgovor i konzistentnu proizvodnju dovoljno visoko-titrirane farmaceutske kompozicije sa rekombinantnim virusnim vektorom sa ciljem da se postigne široka primena na većem populacionom primerku ljudi. Zadnji zahtev je poseban izazov za razvijanje sistema u laboratorijskim uslovima koji može da zadovolji proizvodnju produkata i na skali koju koristi farmaceutska industrija.

[0004] U laboratoriji, mnogi lentiviralni vektori su pseudotipizirani preko VSV-G belančevina iz omotača. Ovo se široko primenjuje kao model-sistem zbog toga šta su VSV belančevine iz omotača sposobne da ciljaju mnoge tipove ćelija ("pantropni" omotač), a sistemi za proizvodnju, opšte uzeto, obezbeđuju visoki titar.

[0005] Glikobelančevine iz omotača Sindbis-virusa (virus hemoragčne groznice) i drugih alfavirusa ovde razotkrivenih se inkorporiraju u lipidni dvosloj membrane viralne čestice. Tipično, viralna membrana (omotač) uključuje višestruke kopije trimera od po dva heterodimera glikobelančevina, E1 i E2, koji nastaju cepanjem pojedinačne belančevine-prekursora. Ova belančevina-prekursor obuhvata, gledano od njenog N- pa prema C-terminalu, belančevine E3, E2, 6K i E1. Mala E3 glikobelančevina služi kao signalna sekvenca za translokaciju E2 belančevine u membranu, a nastaje cepanjem iz E2 uz pomoć furina ili neke druge Ca2+-zavisne serinske proteinaze. 6K belančevina služi kao signalna sekvenca za translokaciju E1 belančevine u membranu pri čemu nastaje cepanjem od belančevine-prekursora.

[0006] E1 i E2 belančevine poseduju trans-membranske regione; E2 ima citoplazmatski domen od oko 33 ostataka dok je citoplazmatski rep E1 veoma kratak (oko 2 ostatka). Obe, E1 i E2 imaju palmitinske kiseline koje su spojene na trans-membranskim regionima ili blizu njih.

[0007] Izolati Sindbis-virusa koji su opisani u stanju tehnike se veruje da inficiraju ćelije preko interakcije sa heparanskim sulfatom (HS). U dokumentu WO 2008/011636 je opisan lentiviralni sistem pakovanja u kojem E3/E2 fuziona belančevina iz omotača (nazvana SVGmu) sadrži brojne modifikacije, šta ima za namenu da se smanji vezanje pomenute belančevine na HS, ali da se pri tome zadrži mogućnost vezanja i inficiranja DC, preko DC-SIGN površinskog molekula. U dokumentu WO 2008/011636 je dobivena cDNK za divlji-tip SVG iz laboratorija D-r. J. H. Straussa na Institutu za tehnologiju iz Kalifornije pa je klonirana u pcDNK3 vektor (Invitrogen) uz pomoć PCR sa ciljem da se dobije plazmid pSVG. U E2 belančevinu je uvedena sekvenca-privesak od deset ostataka između amino-kiselina 71 i 74 uz pomoć PCR-mutageneze koja razara HS-vezno mesto. Dodatna delecija je uvedena u E3 glikobelančevinu iz SVG sa ciljem da se odstrane amino-kiseline 61-64. Ovako modifikovani SVG je označen kao SVGmu (SEQ ID Br: 11 iz dokumenta WO2008/011636). cDNK za SVGmu je klonirana nizvodno od CMV-promotora u pcDNK3 vektoru (označen kao pSVGmu, SEQ ID Br: 3 iz dokumenta WO2008/011636).

NEKE IZVEDBE OVOG PRONALASKA

[0008] Mada su SVGmu pseudotipizirane viralne čestice bile sposobne da selektivno prodru u ćelije koje eksprimiraju DC-SIGN antigen, nekoliko aspekata čini ovaj sistem neprikladnim za terapeutsku upotrebu. Na primer, E3/E2 fuziona belančevina prikazuje antigeni-epitop za hemaglutinin iz influence, virusni genom se ugrađuje u hromozom domaćina, šta može da aktiviše štetne gene iz domaćina, a ovi pronalazači su pronašli da su titri virusa niski u odnosu na titre čestica koje su pseudotipizirane sa VSV-G iz omotača. Značajno, sojevi Sindbis-virusa sa mutacijom koja sprečava tačno procesiranje E3 iz E2 glikobelančevine (takozvani "pE2 mutanti"), poput SVGmu, rastu sporo u permisivnim ćelijskim linijama i su značajno usporeni što se tiče patogenosti kod miša.

[0009] Alajniranje SVGmu E3-E2 belančevine koja je korišćena u dokumentu WO2008/011636 sa ciljem da se pseudotipizira lentiviralni vektor sa tri ogledne E belančevinske varijante iz ovoga pronalaska je prikazano na Slici 1. Numerisanje navedeno u Slici 1 je prema referenci za belančevine iz omotača HR soja Sindbis-virusa. Osim ako je drugačije navedeno, numerisanje koje se ovde koristi se referira na ovaj soj Sindbis-virusa. Ovi pronalazači su modifikovali SVGmu belančevinu sa ciljem da se obezbedi poboljšani sistem za proizvodnju lentivirusa. Viralne čestice iz ovoga pronalaska se proizvode sa značajno višim titrom u odnosu na one koji koriste SVGmu, a takođe stimulišu jači imuno-odgovor. Dodatno, pseudotipizirane lentiviralne čestice pokazuju poboljšani titar i poboljšanu infektivnost uz istovremeno zadržavanje selektivnosti za DC.

[0010] U jednoj izvedbi, ovaj pronalazak obezbeđuje čestice lentiviralnog vektora koje obuhvataju: (a) omotač koji se sastoji od (i) E2 glikobelančevine iz Sindbis-virusa sa SEQ ID Br: 1 u kojoj 160X nedostaje ili je amino-kiselina koja je drugačija od glutaminske kiseline, ili varijantu SEQ ID Br: 1 koja ima najmanje 80% identičnost sa SEQ ID Br: 1 i u kojoj 160X nedostaje ili je amino-kiselina koja je drugačija od glutaminske kiseline, a koji omotač je sposoban da inficira dendritnu ćeliju; pri čemu E2 nije deo fuzione belančevine sa E3 iz Sindbis-virusa; i (b) genom lentiviralnog vektora koji obuhvata jednu ili više sekvenci od interesa.

[0011] Pomenuta varijanta može da bude sposobna da veže DC-SIGN. Preferirano, takođe može da pokazuje smanjeno vezivanje na heparanski sulfat u uporedbi sa referentnom belančevinom iz HR soja. E2 belančevina iz HR soja je prikazana kao SEQ ID Br: 18.

[0012] Preferirano, 160X je jedna od malih ili alifatskih amino-kiselina, uključujući glicin, alanin, valin, leucin ili izoleucin. U jednom aspektu, 160X nedostaje ili je glicin, valin, leucin ili izoleucin. U jednoj izvedbi, X je glicin.

[0013] Varijanta sa SEQ ID Br: 1 je definisana kao da sadrži sekvencu koja obuhvata najmanje 80% identičnosti, ili najmanje 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95% ili 98% identičnosti u odnosu na SEQ ID Br: 1 u kojoj 160X je zadržana ili i je kao šta je malopre definisano. Ova varijanta može da ima jedan ili više lizina i arginina, u region koji obuhvata ostatke 50 do 180, nezavisno deletiranih ili supstituisanih sa nekom ne-baznom amino-kiselinom. U jednoj izvedbi, ne-bazna amino-kiselina je glutaminska kiselina ili asparaginska kiselina.

[0014] U jednom aspektu, ostatak X je izabran iz delecije, glicina, valina, leucina ili izoleucina, a jedan ili više lizina i arginina, u regionu koji pokriva ostatke 50 do 180, su nezavisno deletirani ili supstituisani sa ne-baznom amino-kiselinom.

[0015] U drugom aspektu, X je izabran iz delecije, glicina, alanina, valina, leucina ili izoleucina, a jedan ili više lizina i arginina, u regionu koji pokriva ostatke 50 do 180, preferirano uključujući barem poziciju 159, su nezavisno deletirani ili supstituisani sa glutaminskom kiselinom ili asparaginskom kiselinom.

[0016] Pozitivno nabijene amino-kiseline (kandidati) koje mogu da budu supstituisane ili deletirane uključuju lizine na pozicijama 63, 70, 76, 84, 97, 104, 129, 131, 133, 139, 148, 149 i 159 i arginin na poziciji 65, 92, 128, 137, 157, 170 i 172 (numerisanje se odnosi na SEQ ID Br: 1). Kada su supstituisane, supstitucija može da bude nezavisno izabrana iz glutaminske kiseline ili asparaginske kiseline.

[0017] U posebnim izvedbama, jedan ili više lizinskih ostataka 70, 76 i 159 je deletirano ili supstituisano. Kada su supstituisani, supstitucije mogu da budu nezavisno izabrane iz glutaminske kiseline ili asparaginske kiseline.

[0018] Budući Sindbis-virus ima RNK genom, varijacije – uključujući supstitucije, insercije ili delecije – osim one koje su već pomenute mogu da budu načinjene od delova E2 sekvence SEQ ID Br: 1, unutar procenta homologije u odnosu na SEQ ID Br: 1 koji je bio definisan malopre. Na primer, postoje varijante SEQ ID Br: 1 u kojima pozicija 3 je T ili V, 23 je V, 209 je R, 264 je G, a 393 je H. Jedna ili više od ovih promena, ili drugih varijacija u odnosu na SEQ ID Br: 1 mogu da se načine, pod uslovom da pomenuta varijanta zadržava sposobnost da inficira DC.

[0019] U jednoj izvedbi, varijante ne sadrže nijednu inserciju u regionu između ostataka 70 i 76 iz SEQ ID Br: 1. U ovoj izvedbi sekvenca ostataka 71-75 iz SEQ ID Br: 1 može da ostane nepromenjena, ili može da obuhvata jednu ili dve supstitucije koje ne deluju na sposobnost da pomenuta varijanta inficira DC.

[0020] U nekim slučajevima, E2 belančevina se prvo eksprimira kao poli-belančevina koja je fuzionisana sa najmanje E3 ili je fuzionisana sa vodećom sekvencom. U nekim izvedbama, E2 je eksprimira kao deo E3-E2-6K-E1 poli-belančevine. Sindbis-virus prirodno eksprimira E2 kao deo poli-belančevine, a regioni spajanja za E3/E2, E2/6K i 6K/E1 imaju sekvence koje mogu da budu prepoznate i pocepane sa endopeptidazama. Sekvenca E3/E2 poli-belančevine je prikazana kao SEQ ID NO: 20. Normalno, E3/E2 spajanje može da se cepa sa furinom ili serinskom endopeptidazom koja je slična sa furinom između ostataka 65 i 66 iz E3/E2 poli-belančevine. Furin pokazuje specifičnost za sparene argininske ostatke koji su odvojeni sa dvije amino-kiseline. Sa ciljem da se cepanje E3/E2 spajanja uz pomoć furina održava, ostaci 62-66 (RSKRS; SEQ ID Br: 26) treba da zadrže dva argininska ostatka odvojena sa dve amino-kiseline i serinski ostatak.

[0021] U jednoj izvedbi iz ovoga pronalaska, poli-belančevina obuhvata E3 sekvencu koja odgovara ostacima 1-65 iz SEQ ID BR: 20, ili neku njenu varijantu koja ima najmanje 80% identičnosti, ili najmanje 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95% ili 98% identičnosti sa ostacima 1-65 iz SEQ ID BR: 20, pri čemu ostaci 62-65 su RSKR (SEQ ID BR: 27), a pomenuta varijanta je sposobna da se ugradi u pseudotipizirani viralni omotač. Preferirano, E2 deo iz poli-belančevine je bilo koja izvedba kao šta je definisano malopre.

[0022] Alternativno, može da se koristi različita sekvenca za cepanje umesto sekvence E3/E2 koja se cepa sa furinom ili bilo koja od ostalih sekvenci za cepanje. Mogu da se ugrade mesta prepoznavanja i cepanja za endopeptidaze, uključujući, bez ograničenja, aspartičke endopeptidaze (na primer, katepsin D, himozin, HIV proteaza), cisteinske endopeptidaze (bromelaini, papain, kalpain), metaloendopeptidaze (na primer, kolagenaza, termolizin), serinske endopeptidaze (na primer, himotripsin, faktor IXa, faktor X, trombin, tripsin), streptokinaze. Prepoznavanje i rezanje odgovarajućih sekvenci za pomenute encime je dobro poznato.

[0023] Kada se koriste pomenuta mesta za cepanje, mogu da se uvedu u E3 poli-belančevinu koja obuhvata najmanje ostatke 1-60, poput ostataka 1-61 ili 1-62 iz SEQ ID BR: 20 ili u neku njenu varijantu koja ima najmanje 80% identičnost, ili najmanje 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95% ili 98% identičnost u odnosu na odgovarajući broj ostataka iz SEQ ID BR: 20, spojenih direktno na C-terminalni kraj u odnosu na pomenutu sekvencu rezanja, koja je sa svoje strane fuzionisana na E2 deo iz poli-belančevine. Preferirano, E2 deo iz poli-belančevine je bilo koja izvedba kao šta je ovde definisano.

[0024] Sekvenca E2 belančevine iz ovoga pronalaska uključuje varijante SEQ ID BR: 1 u kojima 160X je kao šta je definisano u sledećoj Tabeli, a sekvenca belančevine se nalazi u SEQ ID BR: 1 osim sledećih ostataka 70, 76 i 159 i 160, koji su kako sledi:

SEQ ID Br:

70

76

159

160X

3

E

K

E

G

4

E

G

5

E

K

E

Δ

6

E

A

7

K

E

G

8

K

E

Δ

9

K

E

G

10

K

E

Δ

11

K

E

K

G

12

K

E

K

Δ

13

E

K

G

14

E

K

Δ

15

E

K

G

16

E

K

Δ

[0025] Ponekad, svaka od gornjih sekvenca može da sadrži jednu ili više promena u odnosu na SEQ ID BR: 1, ali poseduje ostatke 71-75 iz SEQ ID BR: 1 koji nisu promenjeni, ili može da ima jednu ili dve supstitucije koje ne utiču na sposobnost pomenute varijante da inficira DC, ali se ne menja broj amino-kiselina u ovom regionu.

[0026] Dodatno, sekvence E2 belančevine iz ovoga pronalaska obuhvataju SEQ ID BR: 3, SEQ ID BR: 4, SEQ ID BR: 7, SEQ ID BR: 9, SEQ ID BR: 11, SEQ ID BR: 13 ili SEQ ID BR: 15 u kojima ostatak 160 je Ala, Ile, Leu ili Val umesto Gly. Takve varijante mogu takođe da sadrže ostatke 71-75 iz SEQ ID BR: 1 koji nisu promenjeni, ili mogu da imaju jednu ili dve supstitucije koje ne utiču na sposobnost pomenute varijante da inficira DC, ali se broj amino-kiselina u regionu ne menja.

[0027] Ponekad, E2 sekvenca iz SEQ ID BR: 3-15, ili dodatne varijante koje su opisane u prethodna dva paragrafa, mogu da se promene na drugim pozicijama sa ciljem da se obezbedi E2 sekvenca koja ima najmanje 80% identičnosti sa SEQ ID BR: 1. "Najmanje 80% identičnosti" uključuje najmanje 82%, 85%, 87%, 90%, 92%, 95% ili 98% identičnosti.

[0028] U već pomenutim izvedbama, prvi E2 ostatak, koji odgovara na poziciji 66 iz SEQ ID BR: 20, može da bude Ser.

[0029] Kao šta je ovde navedeno, E2 sekvence iz ovoga pronalaska, koje uključuju bilo koju sekvencu iz SEQ ID BR: 3-15 i njihove varijante koje su opisane u prethodna tri paragrafa, mogu da eksprimiraju iz poli-belančevine koja obuhvata najmanje jednu E3/E2 sekvencu, a preferirano sekvencu iz poli-belančevine E3/E2/6K/E1 iz Sindbis. Sekvenca E3 poli-belančevine u svakoj od pomenutih izvedbi može da bude ona sa ostacima 1-65 iz SEQ ID BR: 20 ili bilo koja njena varijanta koja je već opisana, uključujući varijante sa ne-nativnim mestom cepanja.

SAŽETAK PRONALASKA

[0030] Ova patentna aplikacija je usmerena na pseudotipizirane lentiviralne vektore koji sadrže genom koji ima sekvencu od interesa i omotač koji sadrži glikobelančevinu nekog arbovirusa. Pomenuta glikobelančevina iz arbovirusa može da bude iz Sindbis-virusa, Denga-virusa i virusa venecuelanskog encefalitisa konja. Posebno, kada je pomenuta glikobelančevina E2 belančevina iz Sindbis-virusa, E2 belančevina ima najmanje jednu promenjenu amino-kiselinu na ostatku 160 u uporedbi sa SEQ ID BR: 1. Pomenuta promena amino-kiseline može da bude delecija ili amino-kiselina koja je drugačija od glutaminske kiseline. E2 glikobelančevina može alternativno da bude varijanta belančevine koja ima najmanje 80% identičnosti u odnosu na SEQ ID BR: 1 i takođe ima promenu na ostatku 160 koji je delecija ili amino-kiselina koja je drugačija od glutaminske kiseline. Pomenuta glikobelančevina omogućava infekciju dendrita. U svim slučajevima, E2 glikobelančevina nije deo fuzione belančevine sa E3 iz Sindbis-virusa. U nekim izvedbama, E2 glikobelančevina ili varijanta može da veže DC-SIGN. Pomenuti lentiviralni vektor takođe obuhvata lentiviralni genom koji sadrži neku sekvencu od interesa.

[0031] U nekim izvedbama, ostatak 160 nedostaje ili je glicin, alanin, valin, leucin ili izoleucin. U jednoj izvedbi, ostatak 160 je glicin. Dodatno, druge promene E2 glikobelančevine mogu da se pojave u kombinaciji sa već pomenutim promenama ostatka 160. Jedna takva promena je promena amino-kiseline sa ciljem da se smanji neto pozitivni naboj u E2. Jedna način da se smanji pomenuti neto pozitivni naboj je da se promeni jedan od lizina u neku amino-kiselinu koja nije bazna. U nekim izvedbama, jedan ili više od lizina 70, lizina 76 ili lizina 159 se menja. U nekim izvedbama, jedan ili više od pomenutih lizina se menja u glutaminsku kiselinu ili asparaginsku kiselinu. U specifičnim izvedbama, E2 glikobelančevina je ona sa sekvencama SEQ ID BR: 3-16. Primeri za kombinacije promena uključuju, ali bez ograničenja, promenu glutaminske kiseline na poziciji 160, i promenu jednog od lizina 70, lizina 76 ili lizina 159 sa nekim ne-baznim ostatkom. Druge promene mogu takođe da se uvedu zajedno sa promenom ostatka 160 i ponekad bilo kojom drugom promenom koja je ovde razotkrivena. Na primer, bilo koja od pre pomenutih E2 belančevina može ponekad da sadrži jednu ili više dodatnih supstitucija, insercija ili delecija. Kao jedan specifičan primer, mesto rezanja belančevine između E2 i E3 može da bude nativna sekvenca ili neka promenjena sekvenca koju reže neka druga endopeptidaza. U drugim izvedbama, koje mogu da se kombinuju sa bilo kojom od pre, sekvenca sa ostacima 71-75 iz SEQ ID NO: 1 nije promenjena ili ima jednu ili dve amino-kiselinske supstitucije koje ne utiču na sposobnost pomenute varijante da inficira DC.

[0032] U nekim izvedbama, genom lentiviralnog vektora iz već pomenutih čestica sadrži sekvencu od interesa koja kodira tumor-specifičan antigen ili antigen iz virusa, poput antigena iz HIV ili SIV. U nekim izvedbama, bilo koja vektorska čestica koja je ovde opisana se proizvodu u titru od najmanje 105/mL IU.

[0033] U drugom aspektu je obezbeđen sistem pakovanja lentiviralnog vektora sa ciljem da se stvori pseudotipizirana lentiviralna vektorska čestica, a koji sustem obuhvata: molekul nukleinske kiseline (prvi) koji kodira E2 glikobelančevinu iz Sindbis-virusa sa SEQ ID NO: 1 u kojoj je ostatak 160 odsutan ili amino-kiselina koja je drugačija od glutaminske kiseline, ili neku njegovu varijantu koja je sposobna da inficira dendrite i koja ima najmanje 80% identičnosti sa SEQ ID NO: 1 i gde je ostatak 160 odsutan ili je amino-kiselina koja nije glutaminska kiselina, molekul nukleinske kiseline (drugi) koji kodira gag- i pol-belančevine; molekul nukleinske kiseline (treći) koji kodira rev; i genom lentiviralnog vektora koji sadrži sekvencu od interesa. E2 glikobelančevina ili varijanta iz pomenutog sistema za pakovanje ima amino-kiselinsku sekvenca kao šta je definisano u bilo kojoj od već pomenutih izvedba. U nekim izvedbama, pol-belančevina ima ne-funkcionalnu integrazu. U posebnoj izvedbi, ne-funkcionalna Integraza ima D64V mutaciju. U nekim izvedbama, drugi molekul nukleinske kiseline je lentiviralni genom koji ne može da se integriše. U posebnim izvedbama, mesto att je mutirano ili deletirano ili je PPT mesto mutirano ili deletirano ili su oba. Lentiviralni genom koji ne može da se integriše može da se koristi u kombinaciji sa ne-funkcionalnom Integrazom i u kombinaciji sa bilo kojom od E2 belančevina ili varijanata. Preferirano je da se čestice lentiviralnog vektora proizvode u titru od najmanje 105 IU/mL. U nekim instancama, ćelija se transfektuje sa prvim i četvrtim molekulom nukleinske kiseline koji su ovde opisani. Ćelija može da sadrži drugi i treći molekul nukleinske kiseline, kao stabilnu transformaciju.

[0034] Obezbeđen je izolovani molekul nukleinske kiseline koji kodira pomenutu glikobelančevinu kao šta je opisano malopre ili E3/E2 glikobelančevinu ponekad u formi E3/E2/6K/E1 poli-belančevine iz Sindbis, ili E3/E2 glikobelančevinu gde E3 sekvenca odgovara ostacima od 1-65 iz SEQ ID BR: 20, ili njihovu varijantu koja ima najmanje 80% identičnosti sa ostacima 1-65 iz SEQ ID BR: 20, gde ostaci 62-65 su RSKR (SEQ ID BR: 27), a pomenuta varijanta je sposobna da se inkorporira u pseudotipozirani viralni omotač, pri čemu ponekad ostatak 1 iz E2 poli-belančevine je dodatno Ser. E2 glikobelančevina može da bude bilo koja od varijanata koje su opisane ovde, uključujući pomenute kombinacije promena. Dodatno, obezbeđen je ekspresijski vektor koji sadrži molekul nukleinske kiseline, kao i ćelija-domaćin koja sadrži pomenuti ekspresijski vektor.

[0035] Obezbeđen je postupak za proizvodnju čestica lentiviralnog vektora bilo koje varijante ili kombinacije koja je već pomenuta, koji obuhvata ćelijsku ekspresiju prvog molekula nukleinske kiseline koji kodira E2 glikobelančevinu iz Sindbis-virusa sa sekvencom SEQ ID BR: 1 u kojoj ostatak 160 je drugačiji od glutaminske kiseline, ili njegovu varijantu koja je sposobna da inficira dendrite i koja ima najmanje 80% identičnosti sa SEQ ID BR: 1 i gde ostatak 160 nedostaje ili je amino-kiselina koja je različita od glutaminske kiseline, i; (ii) drugi molekul nukleinske kiseline pri čemu pomenuti drugi molekul nukleinske kiseline može da se transkribira pri čemu se transkript sklapa u pseudotipiziranu česticu lentiviralnog vektora.

[0036] Bilo koja čestica lentiviralnog vektora može da se koristi u postupku za tretman čoveka ili životinje. Tretman može da bude vakcina za imunizovanje, gde je pomenuta vakcina profilaktička ili terapeutska. Vakcina sadrži česticu lentiviralnog vektora sa farmaceutski prihvatljivim ekscipijentom. Alternativno, čestice lentiviralnog vektora mogu da se administriraju u ćelije in vitro, šta obuhvata mešanje pomenutih ćelija sa bilo kojom od već pomenutih čestica lentiviralnog vektora.

[0037] Ovi i drugi aspekti ovoga pronalaska će postati vidljivi nakon sledećeg detaljnog opisa i pridodanih patentnih zahteva.

KRATKI OPIS SLIKA

Slika 1 je uporedba (alajniranje) sekvenca belančevina omotača od četiri Sindbis-virusa, SVGmu, SIN-Var1, SIN-Var2 i SIN-Var3. Alajniranje je provedeno u odnosu na SVGmu, od pre opisan omotač iz Sindbis. Glavne razlike u odnosu na SVGmu uključuju obnavljanje mesta za cepanje proteaze koja je slična furinu (RSKR; SEQ ID BR: 27) između E3 i E2, odstranjivanje priveska HA-epitop, i serija supstitucija lizina sa ciljem smanjivanja heparinskog vezanja.

Slika 2 je šematski prikaz nekoliko vektora koji se koriste za pakovanje viralnih čestica.

Slika 3 predstavlja grafikone grubih titara supernatanta od preparata čestica lentiviralnog vektora u kojima je genom vektora pseudotipiziran sa tri različite belančevine omotača iz Sindbis-virusa, SVGmu i SIN-HR. Virusni supernatanti su dobiveni uz pomoć prolazne transfekcije koristeći standardne postupke, a sakupljeni su 48 h nakon transfekcije. U titrima je određeno dali 293T ćelije eksprimiraju humani DC-SIGN (293T-DC-SIGN). Titri su izraženi kao broj GFP-ekspresijskih jedinica po ml supernatanta i predstavljaju tri nezavisne transfekcije. Pogreška predstavlja standardnu devijaciju u odnosu na srednju vrednost.

Slike 4A, 4B i 4C su grafikoni koji prikazuju imunološke odgovore T-ćelija kod miševa nakon administracije pseudotipiziranih čestica lentiviralnog vektora. (A) C57BL/6 miševi su imunizovani supkutano sa jednom od dvije doze (označenih kao ng p24) lentiviralnog vektora koji ne može da se integriše i koji kodira OVA. Broj i funkcija OVA257-specifičnih CD8 T-ćelija u slezini je određen tokom 9. dana uz pomoć bojanja MHC-I/peptidnog multimera i intraćelijskog citokina. (B) C57BL/6 miševi su imunizovani supkutano sa doznim rasponom lentiviralnog vektora koji ne može da se integriše i koji kodira OVA. Procenat OVA257-specifičnih CD8 T-ćelija u slezini je određen tokom 11. dana uz pomoć bojanja MHC-I/peptidnog multimera. (C) C57BU6 miševi su bili imunizovani supkutano sa doznim rasponom lentiviralnog vektora koji ne može da se integriše i koji kodira OVA. Procenat OVA257-specifičnih CD8 T-ćelija u slezini je određen tokom 9. dana uz pomoć bojanja intraćelijskog citokina.

Slika 5A predstavlja primere lentiviralnih genoma. Slika 5B predstavlja sekvencu U3-regiona iz tri vektorska konstrukta. (A) Elementi koji se nalaze u svim lentivirusnim vektorima su prikazani u oglednom vektorskom genomu na vrhu. Promotori koji se koriste uključuju humani Ubikvitin-C promotor (UbiC), neposredni rani promotor iz citomegalovirusa (CMV), ili promotor iz virusa Rouzovog sarkoma (RSV). Osim standardnog SIN U3 regiona, prikazane su serije proširenih delecija. Uporedba sekvenca iz U3-regiona za sva 3 vektora je prikazana u (B). Prikazana sekvenca uključuje polipurinski deo (PPT), koji nije deletiran u konstruktu 704, i produženu U3 deleciju koja je prisutna u oba konstrukta, 703 i 704.

Slike 6A i 6B prikazuju GFP ekspresiju lentivirusnog vektora nakon transdukcije 293T-ćelija. Na Slici 6A, GFP je operativno spojen na UbiC promotor, a na Slici 6B, GFP je operativno spojen na CMV promotor. Nivoi GFP ekspresije su određeni u lentivirusnim vektorima koji nemaju integrazu 48 h nakon transdukcije 293T-ćelija koje eksprimiraju DC-SIGN. GFP ekspresija u transdukovanim ćelijama je određena uz pomoć standardnih postupaka protočne citometrije; ukupno 50,000 događaja je sakupljeno iz svake grupe ćelija koje su bile transfektovane sa ciljem da se odredi srednji nivo ekspresije.

Slika 7 prikazuje broj GFP pozitivnih ćelija tokom pet pasaža. Ćelije su transdukovane sa različitim vektorskim preparatima i pasažirane svaka 72 časa. Određeni su relativni GFP titri u kulturama 293T-ćelija koje su bile transdukovane sa različitim NILV konstruktima. Vektori su pakovani uz pomoć divljeg-tipa Integraze (IN+) ili D64V mutirane Integraze (IN-), pa su korišćeni da se transdukuju 293-ćelije koje eksprimiraju DC-SIGN. Kulture sa transdukovanim ćelijama su tada pasažirane svaka 72 časa tokom 15 dana. Kod svake pasaže, broj GFP+ ćelija u kulturi je određen uz pomoć standardnih postupaka protočne citometrije. Gubitak GFP ekspresije tokom pasaže pokazuje da se vektorski episomi gube tokom vremena.

Slika 8 prikazuje odgovor CD8 T-ćelije nakon administracije integrirajućeg (Intwt) ili neintegrirajućeg (IntD64V) lentivirusnog vektora. C57BU6 miševi su imunizovani sa 2.5x1010 genoma integrirajućeg (Intwt) ili neintegrirajućeg (IntD64V) lentivirusnog vektora koji kodira Gag-antigen iz simian-imunodificijentnog virusa (SIV). Broj antigen-specifičnih T-ćelija u slezini i njihov profil sekrecije citokina je određen tokom 10. dana uz pomoć bojanja intraćelijskog citokina.

Slika 9 predstavlja grafikone koji prikazuju veličinu tumora kod miševa koji su primili samo prenosnik ili viralne čestice koje kodiraju tumorski antigen (levi grafikon) i procenat preživljavanja (desni grafikon). BALB/c miševi su injektirani supkutano sa 2x104 ćelija CT26 karcinoma debelog creva. Jedan dan kasnije, miševi su bili tretirani supkutano sa prenosnikom ili sa 3.2 µg (p24 kapsid) neintegrirajućeg lentivirusnog vektora koji cilja DC (DC-NILV) i koji kodira AH1A5 peptid (SPSYAYHQF; SEQ ID BR: 25), modifikovani epitop CT26 CD8 T-ćelija. Prikazan je početni rast tumora i dugotrajno preživljavanje vakcinisanih u odnosu na kontrolne miševe.

DETALJAN OPIS

[0039] Ovo razotkrivanje obezbeđuje postupke i kompozicije za ciljanje dendrita (DC) uz pomoć čestica lentiviralnog vektora (na primer, virion, lentivirusna čestica) sa ciljem da se dostavi sekvenca od interesa u DC. Čestica lentiviralnog vektora sadrži varijantu glikobelančevine iz omotača koja je izvedena iz Sindbis-virusa E2, i genom koji obuhvata pomenutu sekvencu od interesa, i ponekad druge komponente. Pomenuta varijanta glikobelančevine pokazuje smanjeno vezanje na heparanski sulfat kada se uporedi sa HR, referentnim sojem Sindbis-virusa. Pomenuta glikobelančevina iz omotača omogućava infekciju dendrita uz pomoć čestica lentiviralnog vektora. "Omogućava" infekciju, kao šta se ovde koristi, je isto kao i omogućava transdukciju i se odnosi na ulogu glikobelančevine iz omotača, koja deluje sama za sebe ili zajedno sa drugim molekulima, tokom omogućavanja ili olakšavanja (pomoću receptora) ulaska pseudotipizirane čestice retrovirusa ili lentivirusa u ciljanu ćeliju.

[0040] Opšte uzeto, čestice lentiviralnog vektora se proizvode uz pomoć ćelijske linije koja sadrži jedan ili više plazmidnih vektora i/ili integrisanih elemenata koji zajedno kodiraju komponente koje su neophodne da generišu funkcionalne vektorske čestice. Ove čestice lentiviralnog vektora su tipično nesposobne za replikaciju, tj., sposobni su samo za jednu rundu infekcije. Najčešće se koriste multipli plazmidni vektori ili pojedinačne kasete za ekspresiju koje su stabilno integrisane u hromosomu proizvodnih ćelija sa ciljem da se odvoje različite genetičke komponente koje generišu čestice lentiviralnog vektora, međutim, može da se koristi i pojedinačni plazmidni vektor koji sadrži sve lentiviralne komponente. U jednom primeru, transfektovana je ćelijska linija za pakovanje sa jednim ili više plazmida koji sadrže genom viralnog vektora, uključujući LTR, cis-delujuća sekvenca za pakovanje, i sekvenca(e) od interesa, najmanje jedan plazmid koji kodira virusne encimske i strukturne komponente (tj., gag i pol), i najmanje jedan plazmid koji kodira glikobelančevinu iz omotača Arbovirusa. Viralne čestice izlaze kroz ćelijsku membranu i sadrže jedro koje uključuje tipično dva RNK-genoma koja sadrže sekvencu od interesa i glikobelančevinu iz omotača Arbovirusa koja cilja dendrite. Kada je glikobelančevina iz Arbovirusa E2 glikobelančevina iz Sindbis-virusa, pomenuta glikobelančevina se priprema tako da ima smanjeno vezanje heparanskog sulfata upoređeno sa referentnim sojem HR. Ovo uobičajeno uključuje najmanje jednu amino-kiselinsku promenu u odnosu na sekvencu E2 glikobelančevine iz HR.

[0041] Bez da se vezujemo za teoriju, veruje se da vezanje viralne čestice na površinu ćelije inducira endocitozu, šta uvodi virus u endosom, potičući fuziju membrane, šta omogućava virusnoj srži da uđe u citosol. Za neke izvedbe, koje koriste integracione čestice lentiviralnog vektora, nakon reverzne transkripcije i migracije produkta u jedro, genom virusa se integriše u genom ciljane ćelije, ugrađujući sekvencu(e) od interesa u genom ciljne ćelije. Sa ciljem da se smanji šansa mutageneze usled ugradnje i da se promoviše privremena ekspresija određenog antigena, druge izvedbe koriste ne-integrirajuće čestice lentiviralnog vektora, koje se ne integrišu u genom ciljne ćelije, ali umesto toga eksprimiraju sekvencu(e) od interesa iz nekog episoma. Bilo kako bilo, inficirana DC tada eksprimira sekvencu(e) od interesa, na primer, neki antigen, stimulatorni molekul. Antigen tada može da se procesira u dendritu i da se izloži na T- i B-ćelije, šta generiše antigen-specifični imuno-odgovor. Specifičan put koji je malopre opisan nije potreban sve dok je dendrit sposoban da stimuliše antigen-specifičan imuno-odgovor.

[0042] Viralne čestice mogu da se administriraju subjektu sa ciljem da se obezbedi profilaktički ili terapeutski efekt. Produkt pomenute sekvence od interesa je tipično neki antigen iz agensa koji uzrokuje bolest ili iz mrtve ćelije (na primer, tumorska ćelija). Nakon infekcije dendrita i ekspresije produkta, generiše se imuno-odgovor na produkt. Ovaj imuno-odgovor može da bude humoralni ili ćelijski ili odgovor oba tipa.

A. Omotač viralnog vektora

[0043] Virusi iz zglavkara (Arthropoda) (Arbovirusi) su virusi koji se prenose na neki domaćin, poput ljudi, konja ili ptica preko inficiranih zglavkara (služe kao vektori) poput komaraca. Arbovirusi se dodatno dele u podfamilije virusa uključujući alfaviruse i flaviviruse, koji imaju genom od jedno-lančane RNK sa pozitivnom polarnosti i omotač koji sadrži glikobelančevinu. Na primer, virus denga groznice, virus žute groznice i virus Zapadnog Nila pripadaju familiji flavivirusa, a Sindbis-virus, virus iz šume Semliki i virus venecuelanskog encefalitisa konja su članovi familije alfavirusa (Wang et al. J. Virol. 66, 4992 (1992)). Omotač Sindbis-virusa uključuje dve transmembranske belančevine (Mukhopadhyay et al. Nature Rev. Microbio. 3, 13 (2005)): E1, za koju se veruje da je odgovorna za fuziju, i E2, za koju se veruje da je odgovorna za vezanje na ćeliju. Belančevine iz omotača Sindbis-virusa su poznate da pseudotipiziraju druge retroviruse, uključujući onkoretroviruse i lentiviruse.

[0044] Kao šta je ovde već diskutovano, glikobelančevina iz omotača arbovirusa može da se koristi za pseudotipoziranje genoma lentiviralnog vektora. "Pseudotipizirani" lentivirus je lentiviralna čestica koja ima jednu ili više belančevina iz omotala koje su kodirane sa virusom koji je različit od lentiviralnog genoma. Glikobelančevina iz omotača može da se modifikuje, mutira ili izmeni kao šta je već opisano ovde.

[0045] Omotač Sindbis-virusa i drugih alfavirusa se uključuje u lipidni dvosloj membrane viralne čestice, i tipično sadrži više kopija obe belančevine, E1 i E2. Svaka glikobelančevina ima regione koji se protežu kroz membranu; E2 ima citoplazmatski domen od oko 33 ostataka dok je citoplazmatski rep od E1 veoma kratak (oko 2 ostatka). Obe E1 i E2 belančevine imaju palmitinske kiseline spojene na ili blizu regiona koji se prostiru kroz membranu. E2 se inicijalno sintetizuje kao belančevina-prekursor koja se cepa preko furina ili drugih Ca2+-zavisnih serinskih proteinaza u E2 i jednu malu glikobelančevinu koja se zove E3. Između sekvenca koje kodiraju za E2 i E1 se nalazi sekvenca koja kodira za belančevinu koja se zove 6K. E3 i 6K su signalne sekvence koje služe da se translociraju E2 i E1 belančevine u membranu. U genomu Sindbis-virusa, kodirajući region za belančevine iz omotača Sindbis uključuje sekvencu koja kodira E3, E2, 6K i E1. Kao šta se ovde koristi, "omotač" nekog arbovirusa uključuje najmanje E2, i može da takođe uključi E1, 6K i E3. Primer sekvence za belančevinu iz omotača Sindbis-virusa, soj HR, je predstavljen u SEQ ID Br. 17. Sekvence belančevina omotača za druge arboviruse mogu da se pronađu u na primer GenBank. Na primer, sekvenca koja kodira belančevine iz Denga-virusa mogu da se pronađu u Accession GQ252677 (među drugima iz GenBank) i u bazama podataka sa varijacijama na NCBI, a sekvenca koja kodira belančevinu iz omotača venecuelanskog encefalitisa konja u Accession NP 040824.

[0046] Mada ćelijski receptor(i) na dendritima za alfaviruse, a posebno za Sindbis-virus, nisu definitivno identifikovani, jedan receptor se čini da je DC-SIGN (Klimstra et al., J Virol 77: 12022, 2003). Termini "spajanje", "vezanje", "ciljanje" i slično se koriste kao sinonimi i ne treba da ukazuju na mehanizam interakcije između glikobelančevina iz omotača Sindbis-virusa i ćelijske komponente. DC-SIGN (Dendritic Cell Specific ICAM-3 (Intracellular Adhesion Molecules 3)-Grabbing Nonintegrin; takođe poznat kao CD209) je C-tip lektinski receptor koji je sposoban za brzo vezanje i endocitozu materijala (Geijtenbeek, T. B., et al. Annu. Rev. Immunol. 22: 33-54, 2004). E2 se čini da cilja virus na dendrit preko DC-SIGN. Kao šta je ovde pokazano, ćelije koje eksprimiraju DC-SIGN se bolje transdukuju sa česticama viralnog vektora koji je pseudotipiziran sa E2 iz Sindbis-virusa (najmanje 2-puta, najmanje 3-puta, najmanje 4-puta, najmanje 5-puta, najmanje 6-puta, najmanje 7-puta, najmanje 8-puta, najmanje 9-puta ili najbolje najmanje 10-puta) nego izogenične ćelije koje ne eksprimiraju DC-SIGN. Mehanizam kako E2 glikobelančevina omogućava viralnu infekciju se čini da uključuje DC-SIGN, moguće preko direktnog vezanja na DC-SIGN ili uzrokovanjem promene u konformaciji ili preko nekog drugog mehanizma. Bez razlike na aktualni mehanizam, ciljanje sa E2 je preferencijalno za ćelije koje eksprimiraju DC-SIGN, naime dendriti.

[0047] Sindbis-virus se takođe čini da se veže na ćelije preko heparanskog sulfata (Klimstra et al., J Virol 72: 7357, 1998; Burmes & Griffin, J Virol 72: 7349, 1998). Budući da se heparanski sulfat i drugi glikozaminoglikani na površini ćelije nalaze i na površinama najvećeg broja drugih ćelija, poželjno je da se smanji interakcija između heparanskog sulfata i belančevina iz omotača Sindbis. Ovo može da se postigne uz pomoć smanjivanje vezanja omotača Sindbis-virusa na heparanski sulfat ili povećanja vezanja, na primer, povećan afinitet, omotača Sindbis-virusa za dendrite ili oboje. Kao rezultat, nespecifično vezanje na druge molekule, koje može da se izrazi preko drugih tipova ćelija i koje može da se javi čak i kada je omotač specifičan za DC-SIGN, se smanjuje, a poboljšana specifičnost može da služi da se izbegnu nepoželjne pojave, poput nus-pojava koje smanjuju željeni imuno-odgovor, ili nus-pojava koje su povezane sa promašenom transdukcijom, tj. transdukcija drugih tipova ćelija. Alternativno ili dodatno u odnosu na napredak relativno specifične transdukcije ćelija koje eksprimiraju DC-SIGN, viralne čestice koje su pseudotipizirane sa E2 glikobelančevinom iz omotača Sindbis-virusa mogu da ponude druge prednosti u odnosu na viralne čestice koje su pseudotipizirane sa belančevinama poput VSVG. Primeri takvih iskoraka uključuju smanjenu lizu pomoću komplementa i/ili smanjeno ciljanje neuronskih ćelija, pri čemu se za oba efekta veruje da su povezani sa administracijom VSV-G pseudotipiziranih viralnih čestica.

[0048] U brojnim primerima, čestice lentiviralnog vektora specifično se vežu na ćelije koje eksprimiraju DC-SIGN i imaju smanjeno ili narušeno vezanje na heparanski sulfat. Odnosno, E2 glikobelančevina iz omotača Sindbis-virusa može da se modifikuje tako da preferencijalno usmerava virus na dendrite koje eksprimiraju DC-SIGN u odnosu na druge tipove ćelija. Na osnovi informacija dobivenih iz strukturnih studija i između ostalog studija molekularnog modeliranja, varijante sekvenca belančevina iz omotača, posebno E2 i E1 belančevine, su dizajnirane i proizvedene tako da belančevine zadržavaju svoje funkcije kao belančevine omotača, ali imaju željenu veznu specifičnost, afinitet, ili nivo vezanja. Sekvence varijanata-kandidata mogu da se stvore za svaku glikobelančevinu i da se testiraju uz pomoć postupaka koji su opisani ispod, ili drugih postupaka koji su poznati stanju tehnike, sa ciljem da se identifikuju belančevine iz omotača sa najpoželjnijim karakteristikama.

[0049] Određene sekvence-varijante za E2 iz Sindbis imaju najmanje jednu amino-kiselinu promenjenu u ostatku 160 kada ih se uporedi sa SEQ ID BR: 1. Ostatak 160 je deletiran ili promenjen u amino-kiselinu koja je drugačija od glutaminske kiseline. Promena je najčešće neka supstitucija od najmanje jedne amino-kiseline, ali alternativno može da se radi i o adiciji ili deleciji jedne ili više amino-kiselina. Preferirano, broj bilo koje dodatne amino-kiselina je mali i ne sadrži antigenski epitop (tj., hemaglutininsku sekvencu za privesak), koji može da kompromitira bezbednost. Kada se radi o dve ili više promena, sve mogu da budu istoga tipa (tj., supstitucija) ili različitih tipova (tj., supstitucija ili delecija). Višestruke promene mogu da budu raspršene ili locirane kontinuirano u sekvenci belančevine.

[0050] U prvoj instanci, varijanta sekvence obuhvata najmanje jednu promenu amino-kiseline u regionu od ostatka 50 do ostatka 180. Unutar ovog regiona su amino-kiseline koje su uključene u vezanje na heparanski sulfat. Uz pomoć smanjivanja neto pozitivnog naboja u E2, elektrostatske interakcije sa heparanskim sulfatom mogu da se smanje, šta rezultuje u smanjeno vezanje na heparanski sulfat. Kandidati pozitivno nabijene amino-kiseline u ovom regionu uključuju lizine u ostacima 63, 70, 76, 84, 97, 104, 129, 131, 133, 139, 148, 149, 159 i arginine u ostacima 65, 92, 128, 137, 157, 170, 172 (Bear et al., Virology 347: 183-190, 2006). Najmanje nekoliko ovih amino-kiselina je direktno uključeno u vezanje E2 na heparanski sulfat. Neto pozitivni naboj može da se smanji uz pomoć delecije lizina ili arginina ili supstitucije lizina ili arginina sa neutralnom ili negativno nabijenom amino-kiselinom. Na primer, jedan ili više od ovih lizina i arginina može da se zameni sa glutaminskom ili asparaginskom kiselinom. Određene izvedbe imaju najmanje jednu supstituciju lizina 70, 76 ili 159. U slučaju kada se E2 eksprimira kao poli-belančevina sa E3, lizin lociran odmah do prirodnog mesta cepanja E3/E2 se održava - odnosno, sekvenca za prepoznavanje i mesto za cepanje ostaju nepromenjeni. Alternativno, nativna sekvenca za cepanje endopeptidaze je zamenjena sa sekvencom za prepoznavanje neke druge endopeptidaze.

[0051] Određene varijante E2 su takođe modifikovane tako da pozitivno utiču na vezanje za dendrit. Promena glutaminske kiseline iz ostatka 160 u referentnoj HR sekvenci može da poboljša vezanje na dendrit (vidi Gardner et al., J Virol 74, 11849, 2000). Promene, poput delecije ostatka 160 ili supstitucija ostatka 160 su prisutne u nekim varijantama. U posebnim varijantama, amino-kiselina koja nije nabijena je zamenjena sa Glu, a u drugim varijantama, amino-kiselina koja nije kisela je zamenjena sa Glu. Tipično, Glu160 je zamenjen sa jednom od malih ili alifatskih amino-kiselina, uključujući glicin, alanin, valin, leucin ili izoleucin.

[0052] Druge varijante obuhvataju dve ili više amino-kiselinske promene. Tipično u ovim varijantama jedna od promena je Glu160, a ostale promene su promene jednog ili više lizina i arginina u regionu koji se proteže na ostatke od oko 50 do oko 180. Određene varijante obuhvataju promenu Glu160 u neki ostatak koji nije kiseo ili deleciju i jednu ili više promena lizina 70, lizina 76 ili lizina 159 sa nekom ne-baznom amino-kiselinom. Neke specifične varijante obuhvataju promenu Glu160 u Gly, Lys 70 u Glu i Lys 159 u Glu; Glu 160 u Gly, Lys 70, 76 i 159 u Glu; deleciju Glu 160 i Lys 70 i 159 u Glu; i deleciju Glu 160 i Lys 70, 76 i 159 u Glu.

[0053] U nekim slučajevima, E2 belančevina se najpre eksprimira kao poli-belančevina koja je fuzionisana na najmanje E3 ili na vodeću sekvencu. Bez razlike dali je vodeća sekvenca E3 ili neka druga sekvenca, E2 u viralnom omotaču treba da bude oslobođena od E3 ili neke druge vodeće sekvence. Drugim rečima, E2 preferirano nije E3/E2 fuziona belančevina (tj., E3/E2 fuziona belančevina koja se naziva SVGmu). U nekim izvedbama, E2 se eksprimira kao deo E3-E2-6K-E1 poli-belančevine. Sindbis-virus prirodno eksprimira E2 kao deo poli-belančevine, a regioni spajanja za E3/E2, E2/6K i 6K/E1 poseduju sekvence koje mogu da budu prepoznate i pocepane sa endopeptidazama. Normalno, E3/E2 spajanje može da se pocepa sa furinom ili serinskom endopeptidazom koja je slična furinu između ostataka 65 i 66. Furin je specifičan za sparene argininske ostatke koji su odvojeni sa dve amino-kiseline. Kako bi se održavalo funkcionalno cepanje E3/E2 sa furinom, ostaci 62-66 (RSKRS; SEQ ID BR: 26) treba da sadrže dva argininska ostatka koji su odvojeni sa dve amino-kiseline i serinski ostatak. Alternativno, može da se koristi drugačija sekvenca za cepanje umesto E3/E2 furinska sekvenca ili bilo koja od drugih sekvenca za cepanje. Mogu da se ugrade mesta za prepoznavanje i cepanje endopeptidaza, uključujući, ali bez ograničenja, aspartičke endopeptidaze (tj., katepsin D, himozin, HIV proteaza), cisteinske endopeptidaze (bromelaini, papain, kalpain), metaloendopeptidaze, (tj., kolagenaza, termolizin), serinske endopeptidaze (tj., himotripsin, faktor IXa, faktor X, trombin, tripsin), streptokinaze. Sekvence za mesta prepoznavanja i cepanja pomenutih encima su dobro poznate.

[0054] Amino-kiseline u E2, drugačije od već pomenutih koje su promenjene, mogu takođe da se promene. Opšte uzeto, varijanta E2 sekvence će imati najmanje 80% identičnih amino-kiselina u odnosu na referentnu E2 sekvencu, ili može da ima najmanje 82%, najmanje 85%, najmanje 87%, najmanje 90%, najmanje 92%, najmanje 95% ili najmanje 98% identičnosti. Varijanta glikobelančevine treba da pokazuje biološku funkciju, poput sposobnosti da omogućava infekciju dendrita uz pomoć viralne čestice koja ima omotač koji sadrži E2. Eksperimenti su identifikovali regione iz belančevine omotača koji se smatra da imaju važnu ulogu u brojnim aspektima viralnog sklapanja, spajanja za ćelijsku površinu i infekcije. Kada se proizvode varijante, sledeće informacije mogu da se koriste kao upute. Citoplazmatski rep iz E2 – približno ostaci 408 do 415 – je važan za sklapanje virusa (West et al. J Virol 80: 4458-4468, 2006). Drugi regioni su uključeni u formiranju sekundarne strukture (približno ostaci 33-53); i su uključeni u transport i stabilnost belančevina (približno ostaci 86-119) (Navaratmarajah et al., J Virol 363: 124-147, 2007). Pomenuta varijanta može da zadrži hidrofobni karakter regiona koji se proteže kroz membranu, približno ostaci 370-380. Pomenuta varijanta može da zadrži jedno ili više N-spojenih mesta za glikozilaciju u ostacima NIT (ostaci 196-198) i NFT (ostaci 318-320) i može da zadrži jedno ili više mesta koja su palmitoilovana (C-396, C416 i C417) (Strauss & Strauss Microbiol Rev 58, 491-562, 1994; str. 499-509). Sa druge strane, mnogi regioni iz E2 mogu da budu promenjeni bez da se uvode delecije. Na primer, insercije transpozona u mnoge različite lokacije u E2 još uvek omogućavaju stvaranje vijabilnog virusa (Navaratmarajah, ibid).

[0055] U nekim izvedbama, peptid-privesak može da se ugradi u E3, 6K ili E1 belančevinu. Za neke ciljeve, privesak može da se ugradi u E2, ali privesak nije poželjan za upotrebu u produktu koji je namenjen administriranju u ljudske pacijente. Peptid-privesak, koji je kratka sekvenca (tj., 5-30 amino-kiselina), može da se koristi sa ciljem da ubrza detekciju ekspresije omotača i njegovu prisutnost u viralnim česticama. Za detekcijske svrhe, sekvenca privesak će tipično da se detektuje uz pomoć antitela ili hemikalija. Druga namena priveska je da ubrza purifikovanje viralnih čestica. Supstrat koji sadrži vezni partner za privesak može da se koristi sa ciljem da apsorbira virus. Elucija virusa može da se postigne uz pomoć tretmana sa ostatkom koji zamenjuje privesak sa veznog partnera ili kada je sekvenca-privesak spojena sa sekvencom, koja može da se pocepa, tretman sa odgovarajućom endopeptidazom će prikladno da oslobodi virus. (vidi, na primer, katalog od Qiagen, Factor Xa Protease System). Odstranjivanje peptida-priveska je opšte uzeto poželjno zbog bezbednosti virusnih čestica koji se koriste u životinjskom subjektu. Ako se privesak ne odstrani, može da se pojavi imuno-odgovor na sam privesak.

[0056] Prikladni privesci uključuju, bez ograničenja, FLAG (DYKDDDDK) (U.S. Patent Br. 4,703,004), za kojeg su antitela komercijalno dostupna, belančevinu koja se veže na hitin, belančevinu koja se veže na maltozu, glutation-S-transferazu, poli(His) (U.S. Patent Br. 4,569,794), tioredoksiin, HA (hemaglutinin)-privesak, među drugima. Poli(His) može da se apsorbira na afinitetni medijum koji sadrži vezane metalne jone, tj., nikal ili kobalt, i može da se eluira u medijumu sa niskim pH.

[0057] Viralne čestice mogu da se procene sa ciljem da se odredi specifičnost glikobelančevine iz omotača koja je ugrađena u virus koji cilja dendrite. Na primer, mešana populacija ćelija iz koštane srži može da se uzme iz pacijenta i kultivira in vitro. Alternativno, mogu da se dobiju i koriste izogene ćelijske linije koje eksprimiraju ili ne eksprimiraju DC-SIGN. Rekombinantni virus može da se administrira u mešanu populaciju ćelija iz koštane srži ili u izogene ćelijske linije, a ekspresija reporter-gena koji je ugrađen u virus može da se testira u kultiviranim ćelijama. Određene izvedbe mogu da koriste analizu ograničenog razređenja, u kojoj se mešana populacija ćelija podeli u odvojene delove, koje se tada posebno inkubiraju sa opadajućim količinama virusa (tj., 2-puta, 5-puta, 10-puta manje virusa u svakom delu). U nekim izvedbama, najmanje oko 50%, preferirano najmanje oko 60%, 70%, 80% ili 90%, još bolje najmanje oko 95% inficiranih ćelija u mešanoj populaciji ćelija su dendriti koji eksprimiraju DC-SIGN. U nekim izvedbama, omer inficiranih dendrita u odnosu na inficirane ćelije koje nisu dendriti (ili ćelije koje ne eksprimiraju DC-SIGN) je najmanje oko 2:1, najmanje oko 3:1, najmanje oko 4:1, najmanje oko 5:1, najmanje oko 6:1, najmanje oko 7:1, najmanje oko 8:1, najmanje oko 9:1, najmanje oko 10:1, najmanje oko 20:1, najmanje oko 30:1, najmanje oko 40:1, najmanje oko 50:1, najmanje oko 100:1, najmanje oko 200:1, najmanje oko 500:1, najmanje oko 1000:1, najmanje oko 5000:1, najmanje oko 10,000:1 ili više. Kod ograničavajućeg razređenja, veća selektivnost je tipično primećena kod većih razređenja (tj., manjih količina) dodanog virusa.

[0058] Delovanje pseudotipiziranih čestica može da se odredi uz pomoć brojnih tehnika. Na primer, preferirani postupak koji meri efikasnost infektivnosti (IU, infektivne jedinice) je uz pomoć administriranja viralnih čestica u ćelije i merenje ekspresije produkta koji je kodiran u vektorskom genomu. Bilo koji produkt koji može da se testira može da se koristi. Jedan prikladan tip produkta je fluorescentna belančevina, poput zelene fluorescentne belančevine (GFP). GFP i test su prikazani u Primerima, odnosno u Primeru 3. Drugi produkti koji mogu da se koriste uključuju belančevine koje se eksprimiraju na površini ćelije (tj., detektovanje uz pomoć vezanja antitela), encime i slično. Ako je produkt neki antigen, a ćelije su dendriti, infektivnost/delovanje može da se proceni uz pomoć određivanja imuno-odgovora. Dodatno, moguće je da se procene i nus-pojave kod sisara. Sposobnost da se specifično ciljaju dendriti takođe može da se testira direktno, na primer, u kulturi ćelija kao šta je već opisano.

[0059] Viralne čestice mogu takođe da se pripreme i testiraju na njihovu selektivnost i/ili sposobnost da omogućavaju penetraciju membrane ciljane ćelije. Viralne čestice koje imaju omotač sa nemodifikovanom belančevinom mogu da se koriste kao kontrole za upoređivanje. Ukratko, ćelije koje eksprimiraju receptor za glikobelančevine omotača su inficirane sa virusom uz pomoć standardnog testa infekcije. Nakon određenog vremena, na primer 48 h post-infekcije, ćelije mogu da se sakupe, a procenat inficiranih ćelija sa virusom može da se odredi uz pomoć protočne citometrije, na primer. Selektivnost može da se odredi uz pomoć izračunavanja procenta ćelija inficiranih sa virusom. Slično, efekt glikobelančevine-varijante iz omotača na viralni titar može da se kvantifikuje uz pomoć deljenja procenta ćelija inficiranih sa virusom koji sadrži pomenutu varijantu iz omotača sa procentom ćelija koje su inficirane sa virusom koji sadrži odgovarajući divlji tip glikobelančevine (nemodifikovanu) iz omotača. Posebno prikladna varijanta će imati najbolju kombinaciju selektivnosti i infekcijskog titra. Jednom kada se varijanta selektira, mogu da se primene testovi viralne koncentracije sa ciljem da se odredi dali ovi virusi mogu da se koncentrišu bez da se naruši delovanje. Viralni supernatanti se sakupljaju i koncentrišu uz pomoć ultracentrifuge. Titri virusa mogu da se odrede uz pomoć ograničenog razređenja osnovnog viralnog rastvora i infekcije ćelija koje eksprimiraju receptor za glikobelančevinu iz omotača, uz merenje ekspresije produkta koji se eksprimira od strane virusa kao šta je već ovde opisano.

[0060] Ulazak čestice lentiviralnog vektora u ciljanu ćeliju je drugi tip evaluacije delovanja. BlaM-Vpr (beta-laktamaza Vpr) fuziona belančevina se koristi da se proceni HIV-1 viralna penetracija; fuzija BlaM i glikobelančevine iz omotača Sindbis-virusa, poput E1 ili E2/E1 fuzione belančevine može da se koristi sa ciljem da se proceni efikasnost belančevine iz omotača da omogućava fuziju i penetraciju u ciljanu ćeliju. Viralne čestice mogu da se pripreme, na primer, uz pomoć privremene transfekcije ćelija za pakovanje sa jednim ili više vektora koji sadrže viralne elemente BlaM-Vpr, i varijante od interesa iz omotača (i jedan afinitetni molekul ako je prikladno). Nastali virusi mogu da se koriste sa ciljem da se inficiraju ćelije koje eksprimiraju molekul za ciljanje (ili afinitetni molekul) koji se specifično veže u odsutnosti ili u prisutnosti slobodnog inhibitora vezanja (poput nekog antitela). Ćelije se tada plakne sa CO2-nezavisnim medijumom i nabijaju bojom CCF2 (Aurora Bioscience). Nakon inkubacije na sobnoj temperaturi sa ciljem da se omogući kompletovanje reakcije cepanja, ćelije mogu da se fiksiraju uz pomoć paraformaldehida i analiziraju uz pomoć protočne citometrije i mikroskopije. Procenat plavih ćelija pokazuje penetraciju virusa u citoplazmu; očekuje se manje plavih ćelija kada se dodano blokirajuće antitelo (Cavrois et al. Nat Biotechnol 20: 1151-1154, 2002).

[0061] Sa ciljem da se istraži dali penetracija zavisi o niskom pH, i da se identifikuje belančevina iz omotača sa željenom zavisnosti o pH, NH4Cl ili drugo jedinjenje koje menja pH može da se doda tokom koraka infekcije (NH4Cl će neutralisati kisele kompartimente endosoma). U slučaju NH4Cl, nestanak plavih ćelija će da pokaže da je penetracija virusa zavisna o niskom pH. Dodatno, sa ciljem da se potvrdi da je delovanje zavisno o pH, mogu da se dodaju lizosomotropni agensi, poput amonijum hlorida, hlorokina, konkanamicina, bafilomicina A1, monenzina, nigericina itd., u pufer za inkubaciju. Ovi agensi povećavaju pH unutar endosomalnih kompartimenata (na primer, Drose & Altendorf, J. Exp. Biol. 200, 1-8, 1997). Inhibitorni efekat pomenutih agenasa će otkriti ulogu pH tokom viralne fuzije i ulaska. Različite kinetike ulaska među virusima koji imaju različite fuzogeničke molekule može da se uporedi, a najprikladniji se izabere za određenu primenu.

[0062] Testovi ulaska koji se baziraju na PCR-u mogu da se koriste sa ciljem da se prati reverzna transkripcija i izmeri kinetika viralne DNK sinteze kao indikacija za kinetiku viralnog ulaska. Na primer, viralne čestice koje obuhvataju određeni molekul belančevine iz omotača se inkubiraju sa ciljanim ćelijama, poput 293T ćelija, DC ili bilo kojih drugih ćelija koje su pripremljene da eksprimiraju, ili koje prirodno eksprimiraju, odgovarajući vezni partner (receptor) za molekul belančevine iz omotača. Nevezani virusi su odmah ili nakon određenog vremena (sa ciljem da se omogući infekcija) odstranjeni, a alikvoti ćelija su analizirani na viralne nukleinske kiseline. DNK je izolovana iz pomenutih alikvota pa je podvrgnuta amplifikacijskoj analizi, opšte uzeto kroz neki polu-kvantitativni test, uz pomoć LTR-specifičnih prajmera. Pojava LTR-specifičnih DNK produkata pokazuje uspeh viralnog ulaska.

B. Genom lentiviralnog vektora

[0063] Čestice viralnog vektora sadrže genom, koji obuhvata sekvencu(e) od interesa. Druge sekvence mogu da se uključe, poput sekvenca koje omogućavaju genomu da se pakuje u virusnu česticu i sekvenca koje promovišu ekspresiju sekvence(a) od interesa nakon transdukcije ciljane ćelije. Pomenuti genom može da se izvede iz velikog broja prikladnih, dostupnih vektora čija je osnova lentiviralni genom, uključujući one koji su identifikovani za primenu u genskoj terapiji kod ljudi, poput onih koji su opisani od Pfeifer & Verma (Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2:177-211, 2001). Zbog jednostavnosti, pomenuti genom se takođe naziva "genom viralnog vektora" ili "genom vektora".

1. Okosnica

[0064] Prikladni genomi lentiviralnog vektora uključuju one koji se baziraju na virusu humane imunodificijencije (HIV-1), HIV-2, virusu imunodificijencije mačaka (FIV), virusu infektivne anemije konja, virusu imunoidificijencije Simijana (SIV) i virusu midi/visna. Poželjna karakteristika lentivirusa je ta šta su sposobni da inficiraju ćelije koje se dele i one koje se ne dele, a nije neophodno da se ciljana ćelija deli (ili da ih se stimuliše da se dele). Opšte uzeto, pomenuti genom i belančevine iz omotača će se bazirati na različitim virusima, tako da je nastala čestica viralnog vektora pseudotipizirana. Bezbednosne karakteristike vektorskog genoma su poželjno uključene. Bezbednosne karakteristike uključuju samo-inaktivirajući LTR i ne-integrirajući genom. Primeri za vektore su razotkriveni dodatno u Primeru 5 na Slici 5, a takvi vektori mogu da se koriste u izvedbama iz ovoga pronalaska za ekspresiju antigena od interesa.

[0065] U nekim primernim izvedbama, genom viralnog vektora obuhvata sekvence iz genoma lentivirusa, poput genoma HIV-1 ili genoma SIV. Pomenuti konstrukti viralnog genoma mogu da obuhvate sekvence sa 5' i 3' LTR iz lentivirusa, a posebno mogu da obuhvate R- i U5-sekvence iz 5' LTR iz lentivirusa i jedan inaktivisani ili samo-inaktivirajući 3' LTR iz lentivirusa. LTR-sekvence mogu da budu LTR-sekvence iz bilo kojeg lentivirusa iz bilo koje vrste. Na primer, mogu da budu LTR-sekvence iz HIV, SIV, FIV ili BIV. Tipično, LTR-sekvence su HIV LTR-sekvence.

[0066] Genom vektora može da obuhvata neki inaktivisani ili samo-inaktivirajući 3' LTR (Zufferey et al. J Virol 72: 9873, 1998; Miyoshi et al., J Virol 72:8150, 1998). Samo-inaktivirajući vektor, opšte uzeto, ima deletirani pojačivač i promotor iz 3'-dugog terminalnog ponavljanja (LTR), koja se kopira u 5' LTR tokom integracije vektora. U jednoj instanci, U3-element iz 3' LTR sadrži deleciju sekvence pojačivača, TATA-kutiju, Sp1 i NF-kapa B mesta. Kao rezultat samo-inaktivisanja 3' LTR, provirus koji nastaje nakon ulaska i reverzne transkripcije će sadržavati inaktivisani 5' LTR. Ovo se radi zbog poboljšanja bezbednosti preko smanjivanja rizika od mobiliziranja genoma pomenutog vektora i uticaja LTR na bliske ćelijske promotore. Samo-inaktivirajući 3' LTR može da se konstruira uz pomoć bilo kojeg postupka koji je poznat stanju tehnike.

[0067] Ponekad, U3-sekvenca iz lentiviralnog 5' LTR može da bude zamenjena sa promotorom u viralnom konstruktu, poput neke sekvence nekog heterolognog promotora. Ovo može da poveća titar virusa koji se dobija iz ćelijske linije za pakovanje. Takođe može da bude uključena i sekvenca nekog pojačivača. Bilo koja kombinacija pojačivač/promotor koja povećava ekspresiju viralnog RNK genoma u ćelijskoj liniji za pakovanje može da se koristi. U jednom primeru se koristi sekvenca CMV pojačivaća/promotora (US 5385839 i US 5168062).

[0068] U nekim izvedbama, rizik od insercijske mutageneze je minimizovan uz pomoć konstruisanja genoma lentiviralnog vektora koji ne može da se integriše. Brojni pristupi mogu da se provode sa ciljem da se proizvede ne-integrirajući vektorski genom. Ovi pristupi podrazumevaju uvođenje mutacije(a) u komponentu gena pol za encim integraza, poput onih koje kodiraju belančevinu koja je inaktivna integraza. Pomenuti vektorski genom sam za sebe može da se modifikuje sa ciljem da se spreći integracija uz pomoć, na primer, mutiranja ili deletiranja jednog ili više mesta spajanja, ili narušavanja funkcionalnosti polipurinskog trakta proksimalno od 3' LTR-a (PPT) preko delecija ili modifikacije. Dodatno, ne-genetički pristupi su takođe dostupni; oni uključuju farmakološke agense koji inhibiraju jednu ili više funkcija integraze. Pomenuti pristupi nisu međusobno isključivi, odnosno, može da se istovremeno koristi više njih. Na primer, integraza i mesta spajanja mogu da budu ne-funkcionalna ili integraza i PPT-mesto mogu da budu ne-funkcionalni, ili mesta spajanja i PPT-mesto mogu da budu ne-funkcionalni, ili svi od pomenutih mogu da budu ne-funkcionalni.

[0069] Kao šta je ovde navedeno, jedan pristup je da se proizvede i koristi ne-funkcionalna integraza. Integraza je uključena u cepanju viralne dvo-lančane DNK sa tupim krajevima i spajanju krajeva na 5'-fosfate u dva lanca iz hromosomskog ciljanog mesta. Integraza ima tri funkcionalna domena: N-terminalni domen, koji sadrži cink-vezni motiv (HHCC), srž centralnog domena, koji sadrži katalitičku srž i konzervisani DD35E motiv (D64, D116, E152 u HIV-1), i C-terminalni domen, koji ima DNK-vezne karakteristike. Tačkaste mutacije uvedene u integrazu su dovoljne da razore normalnu funkciju. Mnoge mutacije integraze su konstruirane i karakterizovane (vidi, Philpott & Thrasher, Human Gene Therapy 18:483, 2007; Apolonia, Disertacija predana University College London, April 2009, str., 82-97; Engelman et al. J Virol 69: 2729, 1995; Nightingale et al. Mol Therapy, 13: 1121, 2006). Sekvenca koja kodira belančevinu integraze može da se deletira ili mutira sa ciljem da se dobije inaktivna belančevina, preferirano bez da značajno utiče na aktivnost reverzne transkriptaze ili na nuklearno ciljanje, a samo sprečava integraciju provirusa u genom ciljane ćelije. Prihvatljive mutacije mogu da smanje katalizu sa integrazom, prenos lanca, vezanje na att-mesta, vezanje na hromosomsku DNK iz domaćina i druge funkcije. Na primer, supstitucija pojedinačne asparaginske kiseline u asparagin kod ostatka 35 u integrazi iz HIV ili SIV kompletno ukida integrisanje viralne DNK. Delecije integraze će, opšte uzeto, da se odnose na C-terminalni domen. Delecija kodirajuće sekvence za ostatke 235-288 rezultuje sa korisnom ne-funkcionalnom integrazom (Engelman et al. J Virol 69:2729, 1995). Kao dodatni primeri, mutacije mogu da se generišu kod, na primer, Asp64 (brojevi ostatka su prikazani za HIV-1, a odgovarajući brojevi ostatke u integrazi iz drugih lentivirusa ili retrovirusa mogu da se lako odrede od strane stručnjaka) (tj., D64E, D64V), Asp116 (tj., D116N), Asn120 (tj., N120K), Glu152, Gln148 (tj., Q148A), Lys156, Lys159, Trp235 (tj., W235E), Lys264 (tj., K264R), Lys266 (tj., K266R), Lys273 (tj., K273R). Druge mutacije mogu da se konstruišu i testiraju na delovanje na integraciju, ekspresiju transgena, i na bilo koje druge poželjne parametre. Testovi za ove funkcije su dobro poznati. Mutacije mogu da se generišu uz pomoć brojnih tehnika, uključujući mesto-usmerenu mutagenezu i hemijsku sintezu sekvence nukleinske kiseline. U integrazi može da se proizvede jedna mutacija ili može da se proizvede više od pomenutih mutacija. Na primer, integraza može da ima mutacije u dve amino-kiseline, tri amino-kiseline, četiri amino-kiseline itd.

[0070] Alternativno ili u zajedno sa upotrebom mutanata integraze, mesta spajanja (att) u U3 i U5 mogu takođe da budu mutirana. Integraza se veže na ova mesta, a 3'-terminalni dinukleotid je pocepan na oba kraja vektorskog genoma. CA dinukleotid je lociran na skraćenom 3'-kraju; CA je potreban za procesiranje, pa mutiranje nukleotida blokira integraciju u hromozom domaćina. A iz CA dinukleotida je najkritičniji nukleotid za integraciju, a mutacije na oba kraja genoma daju najbolje rezultate (Brown et al J Virol 73:9011 (1999). U jednom primeru, CA na svakom kraju je promenjen u TG. U drugim primerima, CA na svakom kraju je promenjen u TG na jednom kraju i u GT na drugom kraju. U drugom primeru, CA na svakom kraju je deletiran; u drugim primerima, A iz CA je deletiran na svakom kraju.

[0071] Integracija može takođe da se inhibira uz pomoć mutacije ili delecije polipurinskog trakta (PPT) (WO 2009/076524), koji se nalazi proksimalno od 3' LTR. PPT je polipurinska sekvenca od oko 15 nukelotida koja služi kao vezno mesto za prajmer za sintezu plus-lanca DNK. U ovom slučaju, mutacije ili delecije u PPT ciljaju proces reverzne transkripcije. Bez da se vezujemo za mehanizam, mutiranjem ili deletiranjem PPT, proizvodnja linearne DNK je radikalno smanjena i, u stvari, se proizvode samo DNK krugovi sa 1-LTR. Integracija zahteva postojanje vektora sa linearnim dvo-lančanim DNK genomom, a bez toga je integracija esencijalno eliminisana. Kao šta je već pomenuto, PPT može da se učini nefunkcionalnim uz pomoć mutacije ili delecije. Tipično se deletira svih 15 nt u PPT-u, mada se u nekim izvedbama uvode kraće delecije, od 14 nt, 13, nt, 12 nt, 11 nt, 10 nt, 9 nt, 8 nt, 7 nt, 6 nt, 5 nt, 4 nt, 3 nt i 2 nt. Kada se uvode mutacije, uobičajeno se uvode multiple mutacije, posebno na 5'-delu PPT (McWilliams et al., J Virol 77:11150, 2003), mada pojedinačne ili dvostruke mutacije u prve četiri baze takođe smanjuju transkripciju. Mutacije koje su uvedene u 3'-kraj PPT, opšte uzeto, imaju snažniji efekat (Powell & Levin J Virol 70:5288, 1996).

[0072] Ovi različiti pristupi za proizvodnju vektora sa genomom koji ne može da se integriše mogu da se koriste pojedinačno ili kombinovano. Primena više od jednog pristupa može da se koristi sa ciljem da se stvori vektor potpune bezbednosti koja je garantovana sa više mehanizama. Tako, PPT mutacije ili delecije mogu da se kombinuju sa mutacijama ili delecijama att-mesta ili sa mutacijama Integraze ili PPT mutacije ili delecije mogu da se kombinuju istovremeno sa mutacijama ili delecijama att-mesta i mutacijama Integraze. Slično, mutacije ili delecije att-mesta i mutacije Integraze mogu da se kombinuju jedni sa drugima ili sa mutacijama ili delecijama PPT.

2. Regulacioni elementi

[0073] Kao šta je ovde opisano, genom viralnog vektora obuhvata sekvencu od interesa koja je poželjna za ekspresiju u ciljanoj ćeliji. Tipično, sekvenca od interesa je locirana među sekvence 5' LTR i 3' LTR. Dodatno, pomenuta sekvenca od interesa je preferirano u funkcionalnom odnosu sa drugim genetičkim elementima, na primer sekvencama za regulaciju transkripcije uključujući promotore ili pojačivače, sa ciljem da se reguliše ekspresija pomenute sekvence od interesa na neki određeni način. U nekim instancama, korisne regulacione sekvence za transkripciju su one koje su visoko regulisane u odnosu na delovanje, privremeno ili udaljeno (spatijalno). Elementi koji kontrolišu ekspresiju i koji mogu da budu korisni za regulisanje ekspresije pomenutih komponenti su poznati stanju tehnike i uključuju, ali bez ograničenja, inducibilne promotore, konstitutivne promotore, signale za sekreciju, pojačivače i druge regulacione elemente.

[0074] Pomenuta sekvenca od interesa i bilo koja druga sekvenca koja može da se eksprimira je tipično u funkcionalnom odnosu sa internom regulacionom sekvencom, promotor/pojačivač. "Interni" promotor/pojačivač je onaj koji je lociran između sekvence 5' LTR i 3' LTR u konstruktu viralnog vektora i je operativno vezan za sekvencu od interesa. Pomenuti interni promotor/pojačivač može da bude bilo koji promotor, pojačivač ili kombinacija promotor/pojačivač za koju se zna da pojačava ekspresiju gena sa kojim je u funkcionalnom odnosu. "Funkcionalni odnos" i "operativno spojen" znači, bez ograničenja, da se pomenuta sekvenca nalazi na pravoj lokaciji i u pravoj orijentaciji u odnosu na promotor i/ili pojačivač tako da se sekvenca od interesa eksprimira kada je pomenuti promotor i/ili pojačivač kontaktiran sa odgovarajućim molekulima.

[0075] Izbor internog promotora/pojačivača se bazira na željenom ekspresijskom obrascu sekvence od interesa i specifičnih karakteristika poznatih promotora/pojačivača. Tako, interni promotor može da bude konstitutivno aktivan. Ne-ograničavajući primeri za konstitutivne promotore koji mogu da se koriste uključuju promotor za ubikvitin (US 5510474; WO 98/32869), CMV (Thomsen et al., PNAS 81:659, 1984; US 5168062, ), beta-aktin (Gunning et al. 1989 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:4831-4835) i pgk (vidi, na primer, Adra et al. 1987 Gene 60:65-74; Singer-Sam et al. 1984 Gene 32:409-417; i Dobson et al. 1982 Nucleic Acids Res. 10:2635-2637).

[0076] Alternativno, promotor može da bude tkivno-specifični promotor. U nekim preferiranim izvedbama, pomenuti promotor je neki promotor koji je specifičan za ciljnu ćeliju. Na primer, promotor može da dolazi iz bilo kojeg produkta koji se eksprimira u dendritima, uključujući CD11c, CD103, TLR, DC-SIGN, BDCA-3, DEC-205, DCIR2, manoza-receptor, Dektin-1, Clec9A, MHC klasa II. Dodatno, promotori mogu da se selektiraju sa ciljem da dozvoljavaju inducibilnu ekspresiju sekvence od interesa. Brojni sistemi za inducibilnu ekspresiju su poznati stanju tehnike, uključujući sistem tetraciklinskog odgovora, sistem sa lac-operator/represorom, kao i promotori koji odgovaraju na brojne promene u okolišu i u fiziologiji, uključujući toplinski-šok, metalne jone, poput metalotioneinskog promotora, interferone, hipoksiju, steroide, poput progesterona ili promotora za glukokortikoidni receptor, radijaciju, poput VEGF-promotora. Kombinacija promotora takođe može da se koristi sa ciljem da se dobije željena ekspresija gena od interesa. Stručnjak u polju je sposoban da izabere promotor koji se bazira na željeni ekspresijski obrazac pomenutog gena u organizmu ili ciljnoj ćeliji od interesa.

[0077] Viralni genom može da obuhvata najmanje jedan promotor koji odgovara na RNK Polimerazu II ili III. Ovaj promotor može da se operativno spoji na sekvencu od interesa i može takođe da se spoji na terminacijsku sekvencu. Dodatno, više od jednog promotora za RNK Polimerazu II ili III može da se ugradi. Promotori za RNK polimerazu II i III su dobro poznati stručnjacima u polju. Prikladan raspon promotora za RNK polimerazu III može da se pronađe, na primer, kod Paule & White, Nucleic Acids Research., Vol. 28, str. 1283-1298 (2000). Promotori za RNK polimerazu II ili III takođe uključuju sintetički ili promenjen DNK fragment koji može da usmeri RNK polimerazu II ili III da transkribira nizvodnu RNK kodirajuću sekvencu. Nadalje, promotor ili promotori RNK polimeraze II ili III (Pol II ili III) koji se ovde koriste kao deo genoma viralnog vektora mogu takođe da budu inducibilni. Bilo koji prikladni inducibilan promotor za Pol II ili III može da se koristi sa postupcima za ovaj pronalazak. Posebno prikladni promotori za Pol II ili III uključuju promotore koji odgovaraju na tetraciklin, a koji su obezbeđeni od Ohkawa & Taira, Human Gene Therapy, Vol. 11, str. 577-585 (2000) i od Meissner et al. Nucleic Acids Research, Vol. 29, str. 1672-1682 (2001).

[0078] Interni pojačivač može takođe da bude prisutan u viralnom konstruktu sa ciljem da poveća ekspresiju gena od interesa. Na primer, može da se koristi CMV-pojačivač (Boshart et al. Cell, 41:521, 1985). Karakterizovani su brojni pojačivači u viralnim genomima, poput HIV, CMV, a identifikovani i karakterizovani su i u genomima sisara (vidi GenBank). Pojačivač može da se koristi u kombinaciji sa heterolognim promotorom. Stručnjak u polju je sposoban da izabere odgovarajući pojačivač na bazi željenog ekspresijskog obrasca.

[0079] Genom viralnog vektora uobičajeno sadrži promotor kojeg prepoznaje ciljana ćelija i koji je operativno spojen na sekvencu od interesa, viralne komponente i druge sekvence o kojima se ovde diskutovalo. Promotor je element koji kontroliše ekspresiju, sastoji se od sekvence nukleinske kiseline koja omogućava vezanje RNK-polimeraze i ostvarivanje transkripcije. Promotori mogu da budu inducibilni, konstitutivni, privremeno aktivni ili tkivno-specifični. Delovanje inducibilnih promotora je potaknuto u prisustvu ili odsustvu biotičkih ili abiotičkih faktora. Inducibilni promotori mogu da budu korisni alati u genetičkom inženjerstvu zbog toga šta ekspresija gena na koje su operativno spojeni može da se pali i gasi u tačno određenim fazama razvoja organizma, proizvodnje, ili u određenom tkivu. Inducibilni promotori mogu da se grupišu u dve grupe, hemijski-regulisani promotori i fizički-regulisani promotori. Tipični hemijski-regulisani promotori uključuju, ali bez ograničenja, promotore koji su regulisani alkoholom (tj., promotor gena alkohol dehidrogenaze I (alcA)), promotore koji su regulisani tetraciklinom (tj., promotor koji odgovara na tetraciklin), promotor koji je regulisan steroidom (tj., promotor na bazi glukokortikoidnog receptora (GR) iz pacova, promotor na bazi ljudskog estrogenskog receptora (ER), promotor na bazi ekdizonskog receptora iz moljca, i promotori na bazi steroidne/retinoidne/tiroidne receptorske superfamilije), promotore koji su regulisani metalom (tj., promotori na bazi metalotioneinskog gena), i promotore povezane sa patogenezom (tj., promotori na bazi belančevina iz Arabidopsis i oni koji su povezani sa patogenima iz kukuruza (PR)). Tipični fizički-regulisani promotori uključuju, ali bez ograničenja, promotore koji su regulisani temperaturom (tj., promotori toplinskog šoka), i promotore koji su regulisani svetlom (tj., SSU-promotor iz soje). Drugi primeri za promotore su opisni u na drugim mestima, na primer, u " Promoters used to regulate gene expression" na Patent Lens web-stranici, pristup od 18 maja 2009.

[0080] Stručnjak u polju je sposoban da izabere odgovarajući promotor na bazi specifičnih okolnosti. Brojni različiti promotori su dobro poznati stanju tehnike, kao i postupci za operativno spajanje promotora na gene koji će se eksprimirati. Mogu da se koriste nativne promotorske sekvence i brojni heterologni promotori sa ciljem usmeravanja ekspresije u ćelijama za pakovanje i ciljnim ćelijama. Heterologni promotori su preferirani, međutim, jer oni, opšte uzeto, dozvoljavaju snažniju transkripciju i veće prinose željene belančevine u uporedbi sa nativnim promotorom.

[0081] Pomenuti promotor može da se dobije, na primer, iz genoma virusa poput polioma-virusa, fowlpox-virusa, adenovirusa, kravljeg papiloma-virusa, ptičijeg sarkom-virusa, citomegalovirusa, retrovirusa, virusa hepatitisa B i Simian-virusa 40 (SV40). Promotor može takođe da bude, na primer, heterologni promotor sisara, tj., aktinski promotor ili neki imunoglobulinski promotor, promotor toplinskog šoka, ili promotor koji je prirodno spojen sa nativnom sekvencom, pod uslovom da su takvi promotori kompatibilni sa ciljanom ćelijom. U jednoj izvedbi, pomenuti promotor je viralni promotor koji se javlja prirodno u nekom viralnom ekspresijskom sistemu. U nekim izvedbama, pomenuti promotor je takav da je specifičan za dendrit. Promotor koji je specifičan za dendrit može da bude, na primer, CD11 c-promotor.

[0082] Transkripcija može da se poveća uz pomoć ubacivanja sekvence pojačivaća u pomenuti vektor(e). Pojačivači su tipično cis-delujući elementi DNK, uobičajeno oko 10 do 300 bp u dužini, koji deluju na promotor sa ciljem da pojačaju njegovu transkripciju. Mnoge sekvence pojačivača su poznate za gene iz sisara (globin, elastaza, albumin, alfa-fetobelančevina i insulin) i iz virusa eukariotske ćelije. Primeri uključuju SV40-pojačivač na kasnoj strani replikacijskog početka (bp 100-270), pojačivač ranog promotora citomegalovirusa, polioma-pojačivač na kasnoj strani replikacijskog početka i pojačivače iz adenovirusa. Pojačivač može da bude ubačen u vektor na poziciji 5' ili 3' u odnosu na antigen-specifičnu polinukleotidnu sekvencu, ali je preferirano lociran na 5'-strani od samog promotora.

[0083] Ekspresijski vektori mogu takođe da sadrže sekvence koje su neophodne za terminaciju transkripcije i za stabilizovanje mRNK. Ove sekvence se često nalaze na 5' i, ponekad na 3', netranslatiranim regionima eukariotske ili viralne DNK ili cDNK i su dobro poznati stanju tehnike.

[0084] Genom viralnog vektora može takođe da sadrži dodatne genetičke elemente. Tipovi elemenata koji mogu da budu uključeni u pomenuti konstrukt nisu ograničeni na bilo koji način i mogu da budu izabrani sa ciljem postizanja tačno određenih rezultata. Na primer, signal koji omogućava nuklearni ulazak viralnog genoma u ciljanu ćeliju može takođe da se uvede. Primer takvog signala je flap-signal iz HIV-1. Dodatno, mogu da se uključe elementi koji omogućavaju karakterizovanje mesta provirusne integracije u ciljanoj ćeliji. Na primer, tRNK-amber supresorska sekvenca može da se uvede u konstrukt. Insulatorna sekvenca iz na primer, kokošijeg β-globina može da se uključi u konstrukt sa viralnim genomom. Ovaj element smanjuje šansu utišavanja integrisanog provirusa u ciljanoj ćeliji zbog metilacije i efekata heterohromatinizacije. Dodatno, insulator može da zaštiti interni pojačivač, promotor i egzogeni gen od pozitivnih ili negativnih pozicionih efekata od susedne DNK na mestu integracije u hromosomu. Dodatno, genom vektora može da sadrži jedan ili više genetičkih elemenata koji su predviđeni da pojačavaju ekspresiju gena od interesa. Na primer, u konstrukt može da se postavi element koji odgovara na woodchuck-hepatitis virus (WRE) (Zufferey et al. 1999. J. Virol. 74:3668-3681; Deglon et al. 2000. Hum. Gene Ther. 11:179-190).

[0085] Genom viralnog vektora je tipično konstruisan u plazmidu iz kojeg može da se transfektuje u ćelijsku liniju za pakovanje ili za proizvodnju. Plazmid, opšte uzeto, sadrži sekvence koje su korisne za replikaciju samog plazmida u bakteriji. Takvi plazmidi su dobro poznati stanju tehnike. Dodatno, vektori koji uključuju prokariotski početak replikacije mogu takođe da uključe gen čija ekspresija daje detektabilan ili selektivan marker poput rezistencije na neku supstancu. Tipični produkti bakterijske rezistencije na neku supstancu su oni koji stvaraju rezistenciju na ampicilin ili tetraciklin.

[0086] Plazmidi koji sadrže jednu ili više od ovde opisanih komponenti lako mogu da se konstruišu uz pomoć standardnih tehnika koje su dobro poznate stanju tehnike. Za analizu sa ciljem da se potvrde tačne sekvence u konstruisanim plazmidima, pomenuti plazmid može da se replicira u E. coli, purifikuje i analizira uz pomoć cepanja sa restrikcijskim endonukleazama ili njegova DNK sekvenca može da se odredi uz pomoć konvencionalnih postupaka.

[0087] Vektori koji su konstruisani za privremenu ekspresiju u ćelijama sisara takođe mogu da se koriste. Privremena ekspresija uključuje upotrebu ekspresijskog vektora koji je sposoban da se efikasno replicira u ćeliji domaćina, na način da ćelija-domaćin akumuliše mnogo kopija ekspresijskog vektora i, zauzvrat, sintetizuje visoke nivoe polipeptida koji je kodiran sa antigen-specifičnim polinukleotidom u pomenutom ekspresijskom vektoru. Vidi Sambrook et al., supra, str. 16.17-16.22. Drugi vektori i postupci koji su prikladni za adaptaciju ekspresije polipeptida su dobro poznati stanju tehnike i mogu da se jednostavno adaptiraju na specifične uslove.

[0088] Uz pomoć tehnika koje su ovde obezbeđene, stručnjak u polju može da prepozna da efikasnost pojedinog ekspresijskog sistema može da se testira uz pomoć transfektovanja ćelija za pakovanje sa vektorom koji obuhvata gen koji kodira reporter-belančevinu i uz merenje ekspresije koristeći prikladnu tehniku, na primer, merenje fluorescencije iz konjugata zelene fluorescentne belančevine. Prikladni reporter-geni su dobro poznati stanju tehnike.

3. Tipovi sekvenca od interesa

[0089] Sekvenca od interesa nije ograničena na bilo koji način i uključuje bilo koju nukleinsku kiselinu koja stručnjak želi da ugradi, transkribira i eksprimira u nekoj ciljanoj ćeliji. Produkt može da bude belančevina ili nukleinska kiselina. Pomenuta sekvenca od interesa može da kodira molekul belančevine ili nukleinske kiseline, uključujući siRNK, mikroRNK, samo-komplementarnu dvolančanu RNK u kojoj je komplementarni region veći od oko 20 ribonukleotida u dužini, ili RNK koja je komplementarna sa mRNK, gde vezanje pomenute komplementarne (antisens) RNK u odnosu na mRNK blokira njenu sposobnost da se translatira u belančevinu. U nekim instancama, pomenuta sekvenca od interesa može da kodira neki antigen protiv kojeg je poželjan imuno-odgovor. Posebno su poželjni tumorski antigeni i antigeni za infektivne bolesti poput HIV, HSV, HCV, HPV, malarije ili tuberkuloze.

[0090] U nekim slučajevima, pomenuta sekvenca od interesa može da bude gen koji kodira malu inhibirajuću RNK (siRNK) ili mikroRNK (miRNK) od interesa koja negativno reguliše ekspresiju nekog molekula. Na primer, pomenuti gen koji kodira siRNK ili mikroRNK može da se koristi da negativno reguliše ekspresiju negativnih regulatora u ćeliji, uključujući one koji inhibiraju aktivisanje ili sazrevanje dendrita. siRNK i mikroRNK su dobro poznati stanju tehnike (Fire et al., Nature 391:806, 1998; vidi takođe "The RNA Interference Resource" od Applied Biosystems, Trang et al., Oncogene Suppl 2:S52, 2008; Taganov, K., et al. 2007. Immunity 26:133-137; Dahlberg, J. E. & E. Lund. 2007. Sci. STKE 387:pe25; Tiemann & Rossi, EMBO Mol Med 1: 142, 2009). Alternativno, sekvenca od interesa može da kodira samo-komplementarnu dvolančanu RNK u kojoj je komplementaran region veći od oko 20 ribonukleotida u dužini, ili antisens-RNK koja je veća od oko 20 ribonukleotida u dužini. Stručnjaci će razumeti da siRNK, miRNK, dsRNK i antisens-RNK molekuli mogu da se eksprimiraju iz promotora RNK polimeraze III, ili, alternativno, mogu da budu komponenta ne-kodirajuće RNK koja se transkribira iz promotora RNK polimeraze II.

[0091] Dodatno, pomenuta sekvenca od interesa može da kodira više od jednog produkta. U nekim konfiguracijama, pomenuta sekvenca koje treba da se dostavi može da obuhvata više gena koji kodiraju najmanje jednu belančevinu, najmanje jednu siRNK, najmanje jednu mikroRNK, najmanje jednu dsRNK ili najmanje jednu antisens-RNK ili bilo koju kombinaciju od pomenutih. Na primer, pomenuta sekvenca koja treba da se dostavi može da uključuje jedan ili više gena koji kodiraju jedan ili više antigena protiv koji je poželjan imuno-odgovor. Pomenuti jedan li više antigena mogu da budu povezani sa jednom bolesti ili poremećajem, ili mogu da budu povezani sa više bolesti i/ili poremećaja. U nekim instancama, gen koji kodira imuno-regulacionu belančevinu može da bude uključen zajedno sa genom koji kodira neki antigen protiv kojeg je poželjan imuno-odgovor, a pomenuta kombinacija može da izazove i reguliše pomenuti imuno-odgovor u željenom smeru i sa željenom jačinom. U drugim instancama, sekvenca koja kodira siRNK, mikroRNK, dsRNK ili antisens-RNK molekul može da se konstruiše zajedno sa genom koji kodira neki antigen protiv kojeg je poželjan imuno-odgovor, a pomenuta kombinacija može da reguliše okvir pomenutog imuno-odgovora. Pomenuti produkti mogu da se proizvedu kao inicijalni fuzioni produkt u kojem kodirajuća sekvenca se nalazi u funkcionalnom odnosu sa jednim promotorom. Alternativno, produkti mogu da budu kodirani odvojeno, a svaka kodirajuća sekvenca je u funkcionalnom odnosu sa nekim promotorom. Promotori mogu da budu isti ili različiti.

[0092] U nekim konfiguracijama, vektori sadrže polinukleotidnu sekvencu koja kodira faktore za sazrevanje/stimulisanje dendrita. Primeri za stimulatorne molekule uključuju GM-CSF, IL-2, IL-4, IL-6, IL-7, IL-15, IL-21; IL-23, TNFα, B7.1, B7.2, 4-1BB, CD40 ligand (CD40L), CD40 (iCD40) koji može da se inducira sa nekom hemikalijom i slično. Ovi polinukleotidi su tipično pod kontrolom jednog ili više regulacionih elemenata koji usmeravaju ekspresiju kodirajuće sekvence u dendritima. Sazrevanje dendrita doprinosi uspešnoj vakcinaciji (Banchereau, J & Palucka, A. K. Nat. Rev. Immunol. 5:296-306 (2005); Schuler, G. et al. Curr. Opin. Immunol. 15:138-147 (2003); Figdor, C. G. et al. Nat. Med. 10:475-480 (2004)). Sazrevanje može da transformiše DC od ćelija koje su aktivno uključene u zarobljavanju antigena u ćelije koje su specijalizovane primarne T-ćelije. Na primer, uključivanje CD40 preko CD40L na CD4-helper T-ćelija je kritični signal za sazrevanje DC, šta dovodi do snažno aktivisanja CD8 T-ćelija. Takvi stimulatorni molekuli su takođe poznati kao faktori sazrevanja ili faktori koji stimulišu sazrevanje. Imuno-kontrolne tačke su značajne barijere aktivisanju funkcionalnog ćelijskog imuniteta kod raka, a antagonistička antitela koja su specifična za inhibitorne ligande na T-ćelijama, uključujući CTLA4 i programiranu smrt-1 (PD-1), su primeri za ciljane agente koji su klinički evaluirani. Značajni mehanizam tolerancije kod hroničnih infekcija i raka je funkcionalno iscrpljivanje Ag-specifičnih T-ćelija koji eksprimiraju PD-1 u velikim nivoima. Budući je pokazano da je potencija terapeutskog imunizovanja značajno pojačana uz pomoć kombinovanja sa kontrolom imunih kontrolnih tačaka, kao ne-ograničavajući primer, stručnjaci u polju će razumeti da alternativan pristup inhibiranju imuno-kontrolnih tačaka je da se inhibira ekspresija liganada za programiranu smrt (PD), jednog i drugog (PD-L1/L2). Jedan način da se postigne inhibicija je uz pomoć ekspresije RNK molekula poput onih koji su ovde opisani, koji suprimiraju ekspresiju PD-L1/L2 u DC koje su transdukovane sa lentivirusnim vektorom koji kodira jednu ili više pomenutih RNK molekula. Sazrevanje DC ili ekspresija posebnih elemenata poput imuno-kontrolnih tačaka, na primer PD-1 liganada, može da se karakterizuje uz pomoć analize sa protočnom citometrijom povećanog regulisanja površinskog markera poput MHC II, a uz pomoć profila ekspresije hemokina i citokina.

[0093] Sekvenca koja kodira detektabilni produkt, uobičajeno belančevina, može da se uključi sa ciljem omogućavanja identifikacije ćelija koje eksprimiraju željeni produkt. Na primer, belančevina koja je fluorescentan marker, poput zelene fluorescentne belančevine (GFP), se ugrađuje u pomenuti konstrukt zajedno sa sekvencom od interesa (na primer, kodira neki antigen). Drugim rečima, pomenuta belančevina može da se detektuje uz pomoć antitela ili pomenuta belančevina može da bude encim koji deluje na nekom supstratu sa ciljem da se dobije detektabilan produkt, ili produkt koji dozvoljava selekciju transfektovane ili transdukovane ciljne ćelije, na primer omogućava rezistenciju na neki lek, poput rezistencije na higromicin. Tipični selekcioni geni kodiraju belančevine koje omogućavaju rezistenciju na antibiotike ili druge toksine koji su prikladni za upotrebu u eukariotskoj ćeliji, tj., neomicin, metotreksat, blasticidin, među drugima koji su poznati stanju tehnike, ili komplementiraju auksotrofne nedostatke, ili stvaraju kritične nutriente koji nisu dodani u medijum. Selektivni marker ponekad može da bude prisutan na odvojenom plazmidu i može da se uvede uz pomoć ko-transfekcije.

[0094] Jedna ili više multicistronskih ekspresijska jedinica može da se koristi, a pomenute uključuju dva ili više elemenata (tj., sekvenca od interesa, molekul omotača, faktora za sazrevanje DC) koji su neophodni za proizvodnju željenog virusa u ćelijama za pakovanje. Upotreba multicistronskih vektora smanjuje ukupan broj molekula nukleinskih kiselina koji su potrebni i tako izbegava moguće poteškoće povezane sa koordinacijom ekspresije iz multi-vektorskih genoma. U multicistronskom vektoru različiti elementi koji treba da se eksprimiraju su operativno spojeni na jedan ili više promotora (a potrebni su i drugi elementi koji kontrolišu ekspresiju). U nekim konfiguracijama, multicistronski vektor obuhvata sekvencu od interesa, sekvencu koja kodira reporter-produkt i viralne elemente. Pomenuta sekvenca od interesa tipično kodira antigen i, ponekad, faktor za sazrevanje DC. Ponekad, multicistronski vektor obuhvata gen koji kodira antigen, gene koji kodira faktor za sazrevanje DC i viralne elemente.

[0095] Svaka komponenta koja treba da se eksprimira u multicistronskom ekspresijskom vektoru može da bude odvojena, na primer, uz pomoć elementa sa internim mestom za ulazak ribozoma (IRES) ili viralnog 2A elementa, sa ciljem da se omogući odvojena ekspresija različitih belančevina iz istog promotora. IRES-elementi i 2A-elementi su poznati stanju tehnike (U.S. Pat. Br. 4,937,190; de Felipe et al. 2004. Traffic 5: 616-626). U jednoj izvedbi, oligonukleotidi koji kodiraju sekvencu za cepanje sa furinom (RAKR) (Fang et al. 2005. Nat. Biotech 23: 584-590, spojenu sa 2A-sličnom sekvencom iz virusa slinavke i šapa (FMDV), virusa konjskog rinitisa A (ERAV), i virusa Thosea asigna (TaV) (Szymczak et al. 2004. Nat. Biotechnol. 22: 589-594) se koriste da se odvoje genetički elementi u multicistronskom vektoru. Efikasnost pojedinog multicistronskog vektora može da se jednostavno testira uz pomoć detektovanja ekspresije svakog od pomenutih gena koristeći standardne protokole.

[0096] U specifičnom primeru, genom viralnog vektora obuhvata: sekvencu pojačivaća/promotora iz citomegalovirusa (CMV); R- i U5-sekvence iz HIV 5' LTR; sekvencu za pakovanje (ψ); HIV-1 flap-signal; interni pojačivač; interni promotor; gen od interesa; element koji odgovara na woodchuck-hepatitis virusu; tRNK-amber supresorsku sekvencu; U3-element sa delecijom svoje sekvence za pojačivač; insulator iz kokošijeg β-globina; i R- i U5-sekvence iz 3' HIV LTR. U nekim primerima, vektorski genom uključuje intaktni lentiviralni 5' LTR i samo-inaktivirajući 3' LTR. (Iwakuma et al. Virology 15:120, 1999).

[0097] Konstrukcija vektorskog genoma može da se postigne uz pomoć bilo koje prikladne tehnike genetičkog inženjerstva koja je poznata stanju tehnike, uključujući, bez ograničenja, standardne tehnike cepanja sa restrikcijskim endonukleazama, ligacije, transformacije, purifikacije plazmida i DNK-sekvenciranja, na primer kao šta je opisano u Sambrook et al. (1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, N.Y.), Coffin et al. (Retroviruses. Cold Spring Harbor Laboratory Press, N.Y. (1997)) i "RNA Viruses: A Practical Approach" (Alan J. Cann, Ed., Oxford University Press, (2000).

4. Proizvodnja viralnih čestica

[0098] Bilo koji od brojnih postupak koji su već poznati stanju tehnike mogu da se koriste sa ciljem da se proizvedu infektivne lentiviralne čestice čiji genom obuhvata RNK kopiju viralnog vektorskog genoma. U jednom postupku, viralni vektorski genom je uveden u ćelijsku liniju za pakovanje koja sadrži sve komponente koje su bile neophodne za pakovanje viralne genomske RNK, transkribirane iz viralnog vektorskog genoma, u viralne čestice. Alternativno, viralni vektorski genom može da obuhvata jedan ili više gena koji kodiraju viralne komponente zajedno sa jednom ili više sekvenci od interesa. Sa ciljem da se spreći replikacija genoma u ciljnoj ćeliji, međutim, endogeni viralni geni koji su potrebni za replikaciju će uobičajeno da se odstrane, ali će biti obezbeđeni odvojeno u ćelijskoj liniji za pakovanje.

[0099] Opšte uzeto, lentiviralne vektorske čestice se proizvode u ćelijskoj liniji koja je transfektovana sa jednim ili više plazmidnih vektora koji sadrže komponente koje su neophodne da se stvore pomenute čestice. Ove lentiviralne vektorske čestice su tipično nekompetentne za replikaciju, tj., sposobni su da izvrše samo jednu rundu infekcije. Najčešće se koriste multipli plazmidni vektori sa ciljem da se odvoje različite genetičke komponente koje generišu čestice lentiviralnog vektora, uglavnom sa ciljem da se smanji šansa rekombinacijskih događaja koji mogu da na drugi način stvore viruse koji su kompetentni za replikaciju. Međutim, vektor sa jednim plazmidom koji sadrži sve lentiviralne komponente takođe može da se koristi ako je poželjno. Kao jedan primer za sistem koji koristi vektore sa više plazmida: transfektuje se ćelijska linija sa najmanje jednim plazmidom koji sadrži genom viralnog vektora (tj., plazmid sa genomom vektora), uključujući LTR, cis-delujuću sekvencu za pakovanje, i sekvencu(e) od interesa, koje su često operativno vezane za heterologni promotor, najmanje jedan plazmid koji kodira virusne encimske i strukturne komponente (tj., plazmid za pakovanje koji kodira komponente poput, Gag i Pol), i najmanje jedan plazmid za omotač koji kodira glikobelančevinu iz omotača Arbovirusa. Dodatni plazmidi mogu da se koriste sa ciljem da se pojača proizvodnja čestica retrovirusa, tj., Rev-ekspresijski plazmidi, kao šta je opisno ovde i poznato stanju tehnike. Viralne čestice izlaze kroz ćelijske membrane i stvaraju srž koja uključuje genom koji sadrži sekvencu od interesa i glikobelančevinu iz omotača Arbovirusa koja cilja dendrite. Kada je glikobelančevina iz Arbovirusa E2-glikobelančevina iz Sindbis-virusa, pomenuta glikobelančevina je izmenjena tako da pokazuje smanjeno vezanje na heparanski sulfat u uporedbi sa referentnim sojem HR.

[0100] Transfekcija ćelijske linije za pakovanje sa plazmidnim vektorima iz ovoga pronalaska može da se postigne uz pomoć dobro poznatih postupak, a postupak koji se koristi nije ograničen na bilo koji način. Stanju tehnike su poznati brojni ne-viralni sistemi za dostavu, uključujući na primer, elektroporaciju, sisteme za dostavu na bazi lipida uključujući liposome, dostavu "gole" DNK, i dostavu koja koristi policiklodekstrinska jedinjenja, poput onih koji su opisani kod Schatzlein AG. (2001. Non-Viral Vectors in Cancer Gene Therapy: Principles and Progresses. Anticancer Drugs, šta je ovde uključeno referencom u celosti). Postupci sa katijonskim lipidom ili tretman sa solima se tipično koriste, vidi, na primer, Graham et al. (1973. Virol. 52:456; Wigler et al. (1979. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76:1373-76). Najčešće se koristi i postupak precipitacije sa kalcijum fosfatom. Međutim, drugi postupci za uvođenje vektora u ćelije takođe mogu da se koriste, uključujući nuklearnu mikroinjekciju i fuziju bakterijskih protoplasta.

[0101] Ćelijska linija za pakovanje obezbeđuje pomenute komponente, uključujući viralne regulacione i strukturne belančevine, koje su potrebne da budu u trans-konfiguraciji za pakovanje viralne genomske RNK u čestice lentiviralnog vektora. Ćelijska linija za pakovanje može da bude bilo koja ćelijska linija koja je sposobna da eksprimira lentiviralne belančevine i da proizvodi funkcionalne čestice lentiviralnog vektora. Neke prikladne ćelijske linije za pakovanje uključuju 293 (ATCC CCL X), 293T, HeLa (ATCC CCL 2), D17 (ATCC CCL 183), MDCK (ATCC CCL 34), BHK (ATCC CCL-10) i Cf2Th (ATCC CRL 1430) ćelije. Ćelijske linije za pakovanje mogu da stabilno eksprimiraju potrebne viralne belančevine. Takve ćelijske linije za pakovanje su opisane, na primer, u U.S. Pat. Br. 6,218,181. Alternativno, ćelijska linija za pakovanje može da bude privremeno transfektovana sa molekulima nukleinske kiseline koji kodiraju jedu ili više neophodnih viralnih belančevina zajedno sa genomom viralnog vektora. Nastale viralne čestice se sakupljaju i koriste za inficiranje ciljane ćelije. Gen(i) koji kodiraju glikobelančevinu(e) iz omotača su uobičajeno klonirani u neki vektor za ekspresiju, poput pcDNK3 (Invitrogen, CA SAD). Ekspresijski vektori za eukariotsku ćeliju su dobro poznati stanju tehnike i su dostupni iz brojnih komercijalnih izvora. Ćelije za pakovanje, poput 293T-ćelija se tada ko-transfektiraju sa genomom viralnog vektora koji kodira sekvencu od interesa (tipično, kodira neki antigen), najmanje sa jednim plazmidom koji kodira komponente za pakovanje virusa, i sa vektorom za ekspresiju ciljanog molekula. Omotač se eksprimira na membrani ćelije za pakovanje pa se ugrađuje u viralni vektor.

[0102] U jednom scenariju, jedan ili više vektora se koristi sa ciljem da se uvede polinukleotidna sekvenca u ćelijsku liniju za pakovanje sa ciljem da se proizvode čestice lentiviralnog vektora koje su pseudotipizirane sa glikobelančevinom, poput E2, iz Sindbis-virusa, kao šta je ovde opisano. Vektori mogu da sadrže polinukleotidnu sekvencu koja kodira brojne komponente virusa uključujući omotač Sindbis-virusa, sekvencu(e) od interesa (tipično, kodira neki antigen), i bilo koju drugu komponentu koja je neophodna za proizvodnju pomenutog virusa koja nije obezbeđena u ćeliji za pakovanje.

[0103] U drugim scenarijima, ćelije za pakovanje su ko-transfektovane sa genomom viralnog vektora koji kodira neki antigen i sa jednim ili više dodatnih vektora. Na primer, osim viralnog vektora koji kodira antigen, drugi vektor preferirano nosi gene koje kodiraju modifikovani (takođe nazvan varijanta) omotač iz Sindbis-virusa. U nekim situacijama, genom viralnog vektora koji kodira neki antigen takođe uključuje polinukleotidnu sekvencu koja kodira izabran imuno-modulirajući faktor, uključujući ne-ograničavajuće primere za hemokin, citokin, faktor za sazrevanje DC, ili faktor koji reguliše mehanizme imuno-kontrolnih tačaka. U drugim situacijama, polinukleotidna sekvenca koja kodira izabrani imuno-modulirajući faktor sadrži treći vektor koji je ko-transfektovan zajedno sa viralnim vektorom koji kodira neki antigen i sa jednim ili više dodatnih vektora i ćelijama za pakovanje.

[0104] Proizvodnja virusa se meri kao šta je ovde opisano, a izražava se kao IU po volumenu. IU označava infektivnu jedinicu, ili alternativno transdukcijsku jedinicu (TU); IU i TU mogu da se koriste kao sinonimi za kvantitativnu meru titra za pripremu čestica viralnog vektora. Kao šta je ovde opisano, proizvodi se takav virus u kojem genom može da eksprimira produkt koji može jednostavno da se meri. Preferirana je fluorescentna belančevina, zelena fluorescentna belančevina. Lentiviralni vektor je tipično ne-integrirajući. Virus se tada administrira u ciljane ćelije, pa se određuje broj ciljanih ćelija koje eksprimiraju GFP, na primer sa protočnom citometrijom (vodi Primer 3). Titar se tada izračunava. Titar je preferirano visok koliko je moguće, ali najmanje 1x105 IU/mL, najmanje 3x105 IU/mL, najmanje 1x106 IU/mL, najmanje 3x106 IU/mL ili najmanje 1x107 IU/mL ćelijskog supernatanta (pre bilo kakvog koncentrisanja). Alternativno, titar je najmanje 80%, najmanje 90%, najmanje 95%, najmanje 100% od titra istog lentiviralnog vektora koji je pseudotipiziran u istoj ćeliji uz pomoć omotača VSV-G.

C. Dostava virusa

[0105] Virus može da se dostavi u ciljanu ćeliju na bilo koji način koji dozvoljava pomenutom virusa da kontaktira ciljane dendrite (DC) pri čemu je poželjna dostava polinukleotida od interesa. Ponekad, prikladna količina virusa može da bude uvedena u ljude ili životinje direktno (in vivo), tj., uz pomoć injekcije u telo. Prikladne životinje uključuju, bez ograničenja, konje, pse, mačke, stoku, svinje, ovce, zečeve, kokoši ili druge ptice. Viralne čestice mogu da se injektiraju preko brojnih ruta, poput intravenozne, intra-dermalne, supkutane, intranodalne rute, intra-peritonealne šupljine, ili mukozalno. Virus može da se dostavi uz pomoć supdermalne naprave za injektiranje poput naprava koje su opisane u U.S. Pat. Br. 7,241,275, 7,115,108, 7,108,679, 7,083,599, 7,083,592, 7,047,070, 6,971,999, 6,808,506, 6,780,171, 6,776,776, 6,689,118, 6,670,349, 6,569,143, 6,494,865, 5,997,501, 5,848,991, 5,328,483, 5,279,552, 4,886,499. Druge lokacije za injekciju su takođe dostupne, poput direktno u organe koje sadrže ciljane ćelije. Na primer injekcija u intra-limfalni čvor, injekcija u slezinu, ili injekcija u kost takođe mogu da se koriste sa ciljem da se dostavi pomenuti virus u limfni čvor, slezinu i koštanu srž. U zavisnosti o posebnim prilikama i prirodi ciljanih ćelija, uvođenje može da se provodi preko drugih sredstava, na primer, inhalacije, ili preko direktnog kontakt sa epitelijalnim tkivom, na primer onog u očima, ustima ili koži.

[0106] Alternativno, ciljane ćelije mogu da se obezbede i kontaktiraju sa virusom u uslovima in vitro, poput na primer u pločama za kulturu. Ciljane ćelije su tipično populacije ćelija koje obuhvataju dendrite dobivene iz zdravog subjekta ili subjekta koji ima potrebu od tretmana ili kod kojeg je poželjno da se stimuliše imuno-odgovor na neki antigen. Postupci za dobivanje ćelija iz nekog subjekta su dobro poznati stanju tehnike i uključuju flebotomije, hirurške zahvate i biopsije. Ljudski DC mogu takođe da se dobiju uz pomoć dobivanja CD34α+ humanih hematopoetskih progenitora i uz korišćenje in vitro kulture kao šta je opisano na drugim mestima (tj., Banchereau et al. Cell 106, 271-274 (2001)).

[0107] Virus može da se suspenduje u medijumu i doda u rupice pločice za kulturu, tubu ili neki drugi kontejner. Medijum koji sadrži virus može da se doda pre uzgoja ćelija ili nakon šta su ćelije bile uzgojene. Ćelije se tipično inkubiraju u nekoj prikladnoj količini medijuma sa ciljem da se obezbedi vijabilnost i da se omoguće prikladne koncentracije virusa u medijumu poput takvih koji omogućavaju da se dogodi transdukcija ćelija-domaćina. Ćelije se preferirano inkubiraju sa virusom sa ciljem da se ostavi dovoljno vremena da virus može da inficira ćelije. Preferirano, ćelije se inkubiraju sa virusom tokom najmanje 1 h, najmanje 5 h ili najmanje 10 h.

[0108] Tokom dostava in vivo i in vitro, može da se koristi alikvot viralnih čestica koji sadrži dovoljan broj čestica da može da se inficiraju željene ciljane ćelije. Kada ciljane ćelije treba da se kultiviraju, koncentracija viralnih čestica je, opšte uzeto, najmanje 1 IU/µL, bolje najmanje 10 IU/µl, još bolje najmanje 300 IU/µL, čak još bolje najmanje 1x104 IU/µL, još bolje najmanje 1x105 IU/µL, još bolje najmanje 1x106 IU/µL, ili još bolje najmanje 1x107 IU/µL

[0109] Nakon infekcije sa virusom in vitro, ciljane ćelije mogu da se uvedu (ili vrate) u telo čoveka ili druge životinje. Ćelije mogu da se uvedu u kožu, ispod kože, ili u periferni krvotok. Ćelije koje su uvedene u neku životinju su preferirano ćelije koje su dobivene iz te životinje, sa ciljem da se izbegne nepovoljan imuno-odgovor. Ćelije koje su dobivene iz nekog donora koji ima sličnu imuno-podlogu mogu takođe da se koriste. Druge ćelije koje mogu takođe da se koriste uključuju one koje su predviđene da izbegnu nepovoljan imunološki odgovor.

[0110] Ciljane ćelije mogu da se analiziraju za integraciju, transkripciju i/ili ekspresiju sekvenca ili gen(a) od interesa, za broj kopija integriranog gena, i lokaciju same integracije, na primer. Takve analize mogu da se provode bilo kada i mogu da se provode sa bilo kojim postupkom koji je poznat stanju tehnike.

[0111] Subjekti kojima je administriran virus ili kojima su administrirani dendriti inficirani sa virusom mogu da budu analizirani sa ciljem da se proveri lokacija inficiranih ćelija, ekspresija polinukleotida koji se dostavlja sa virusom ili gena od interesa, stimulacija imuno-odgovora, i sa ciljem da se prate simptomi koji su povezani sa nekom bolesti ili poremećaja uz pomoć bilo kojeg postupka koji je poznat stanju tehnike.

[0112] Postupci za inficiranje ćelija koji su ovde razotkriveni ne zavise o individualnim specifičnim karakteristikama ćelije. Kao rezultat, mogu da se koriste kod više životinjskih vrsta. U nekim instancama, viralne čestice se dostavljaju čoveku ili ljudskim dendritima, a u drugim slučajevima pomenute se dostavljaju životinji poput miša, konja, psa, mačke ili miša ili ptice. Kao šta je ovde opisano, genom iz viralnog vektora je pseudotipiziran sa ciljem da se omogući pristup širem krugu domaćina tako da se ostvari specifičnost za ciljane ćelije. Stručnjak u polju će takođe da bude svestan postojanja određenih internih promotora i drugih elemenata sa ciljem ostvarivanja željene ekspresije sekvence od interesa u nekoj određenoj životinjskoj vrsti. Tako, stručnjak će biti sposoban da modifikuje pomenuti postupak inficiranja dendrita iz bilo koje vrste.

D. Terapeutske i profilaktičke imunizacije

[0113] Dendriti mogu da budu inficirani sa česticama lentivirusnog vektora kao šta je ovde opisano sa ciljem prevencije ili tretmana bolesti ili poremećaja, posebno onih kod kojih je aktivisanje imuno-odgovora u pacijenta korisno. Mnoge takve bolesti su dobro poznate. Na primer, bolesti ili poremećaji koji su prikladni za tretman ili prevenciju uz pomoć postupaka iz ovoga pronalaska uključuju, bez ograničenja, razne tipove raka, autoimune bolesti i infekcije, uključujući viralne, bakterijske, gljivične i parazitske infekcije. U jednom postupku, određena bolest se tretira uz pomoć viralnih čestica koje su ovde opisane sa ciljem da se dostavi sekvenca od interesa u dendrit, gde ekspresija pomenute sekvence od interesa stvara antigen koji je specifičan za pomenutu bolest i dovodi do stimulacije antigen-specifičnih ćelijskih imuno-odgovora i humoralnih imuno-odgovora. Opšte uzeto, pomenuta sekvenca od interesa kodira neki antigen protiv kojeg je poželjan imuno-odgovor, ali koji se normalno ne eksprimira u dendritu. Pomenuti antigen se eksprimira i izlaže na dendritu. Genom viralnog vektora može dodatno da kodira i neki faktor za sazrevanje DC.

[0114] U tipičnoj upotrebi, viralne čestice dendritu dostavljaju sekvence koje kodiraju neki antigen protiv kojeg je poželjan imuno-odgovor. Dostava može da se ostvari uz pomoć kontaktiranja dendrita sa pomenutim virusom in vitro, a nakon toga se inficirane ćelije uvode u pacijenta. U drugim slučajevima, dostava može da se ostvari uz pomoć uvođenja virusa u subjekt sa ciljem inficiranja dendrita in vivo. Pomenuti dendriti tada stimulišu antigen-specifične T-ćelije ili B-ćelije u pacijenta sa ciljem indukovanja ćelijskih ili humoralnih imuno-odgovora na eksprimirani antigen. Na taj način, pacijent koji boluje od neke bolesti ili poremećaja se tretira uz pomoć generisanja imuno-ćelija sa željenom specifičnosti.

[0115] Bilo koji antigen koji je povezan sa nekom bolešću ili poremećajem može da se dostavi u dendrite uz pomoć korišćenja viralnih čestica kao šta je ovde opisano. Antigen koji je povezan sa pomenutom bolešću ili poremećajem se identifikuje sa ciljem proizvodnje viralne čestice koja cilja dendrite. Antigeni koji su povezani sa brojnim bolestima i poremećajima su dobro poznati stanju tehnike. Antigen može da bude poznat od pre da se povezuje sa određenom bolešću ili poremećajem, ili može da se identifikuje uz pomoć bilo kojeg postupka koji je poznat stanju tehnike. Na primer, antigen za neki tip raka od kojeg pati neki pacijent može da bude poznat od pre, poput antigena povezanog sa tumorom ili može da se identifikuje na osnovu samog tumora uz pomoć brojnih postupa poznatih stanju tehnike.

[0116] Antigeni koji su povezani sa tumorima su poznati za brojne tipove raka uključujući, na primer, karcinom bubrežnih ćelija, rak prostate, melanom i rak dojke. Kod nekih tipova raka dojke, na primer, Her-2 receptor je prekomerno eksprimiran na površini kancerogene ćelije. Primeri tumorskih antigena uključuju, ali bez ograničenja, MAGE, BAGE, RAGE i NY-ESO-1, koji nisu mutirani antigeni koji se eksprimiraju u imuno-privilegovanim delovima testisa kod brojnih tumorskih ćelija; tumorske antigene koji su specifični za određenu liniju poput antigena MART-1/Melan-A iz linija melanocitnog melanoma, gp100, gp75, mda-7, tirozinazu i belančevinu koja je povezana sa tirozinazom, karcinom bubrežnih ćelija - 5T4, SM22-alfa, karbonske anhidraze I i IX (takođe poznata kao G250), faktore koji se induciraju tokom hipoksije (tj., HIF-1alfa i HIF-2alfa), VEGF ili membranski antigen koji je specifičan za prostatu (PSMA), antigen koji je specifičan za prostatu (PSA), kisele fosfate iz prostate, i šest-transmembranskih epoihelijalnih antigena iz prostate (STEAP), NKX3.1, koji su antigeni koji se eksprimiraju u normalnim i neoplastičnim ćelijama koje su dobivene iz istog tkiva; epitopne belančevine/peptida koji su dobiveni iz gena koji su mutirani u tumorskim ćelijama ili gena koji se transkribiraju u drugačijim nivoima u tumoru u uporedbi sa normalnim ćelijama, poput encima telomeraza, survivina, mezotelina, mutiranog ras-a, bcr/abl rearanžmana, Her2/neu, mutiranog ili divljeg-tipa p53, citohroma P450 1B1, i nenormalno eksprimiranih intronskih sekvenca poput N-acetilglukozaminiltransferaza-V; klonskih rearanžmana imunoglobulinskih gena koji generišu jedinstvene idiotipove u mijelomu i limfomima B-ćelija; epitopne belančevine/peptida koji su dobiveni tokom onkoviralnih procesa, poput belančevina E6 i E7 iz humanog papiloma virusa; ne-mutirane onkofetalne belančevine sa tumor-selektivnom ekspresijom, poput karcinoembrionskog antigena i alfa-fetobelančevine. Brojni antigeni koji su povezani sa tumorom su poznati (vidi, na primer, "Tumor-Antigens Recognized By T-Lymphocytes," Boon T, Cerottini J C, Vandeneynde B, Vanderbruggen P, Vanpel A, Annual Review Of Immunology 12: 337-365, 1994; "A listing of human tumor antigens recognized by T cells," Renkvist N, Castelli C, Robbins P F, Parmiani G. Cancer Immunology Immunotherapy 50: (1) 3-15 MAR 2001.)

[0117] Pomenuti antigen takođe može da bude neki antigen koji je povezan sa nekom infektivnom bolesti, poput, na primer, HIV/AIDS. Antigen može da bude, na primer, gp120 (Klimstra, W. B., et al. 2003. J Virol 77:12022-12032; Bernard, K. A., et al. 2000. Virology 276:93-103; Byrnes, A. P., et al. 1998. J Virol 72: 7349-7356). Drugi primeri za antigene uključuju, ali bez ograničenja: gag, pol, env, tat, nef i rev (Lieberman, J. et al. 1997. AIDS Res Hum Retroviruses 13(5): 383-392; Menendez-Arias, L. et al. 1998. Viral Immunol 11(4): 167-181).

[0118] Primeri viralnih antigena uključuju, ali bez ograničenja, adenovirusne polipeptide, alfavirusne polipeptide, kalicivirusne polipeptide, tj., antigen iz kapsida kalicivirusa, koronavirusne polipeptide, polipeptide iz distemper-virusa, polipeptide iz Ebola-virusa, enterovirusne polipeptide, flavivirusne polipeptide, polipeptide iz virusa hepatitisa (AE), tj., antigen iz srži ili površine hepatitisa B, ili belančevine E1 ili E2 iz virusa hepatitisa C, belančevine srži, ili ne-strukturne belančevine, herpesvirusne polipeptide, tj., glikobelančevina iz virusa herpesa (herpes-simplex) ili virusa zostera (varicella-zoster), polipeptide iz virusa imunodificijencije, tj., omotač ili proteaza virusa humane imunodificijencije, polipeptide iz virusa infektivnog peritonitisa, polipeptide iz virusa influence, tj., A hemaglutinin iz influence, neuraminidazu, ili nukleobelančevinu, polipeptide iz virusa leukemije, polipeptide iz Marburg-virusa, ortomiksovirusne polipeptide, polipeptide iz papiloma virusa, polipeptide iz virusa parainfluence, tj., hemaglutinin/neuraminidaza, paramiksovirusne polipeptide, parvovirusne polipeptide, pestivirusne polipeptide, polipeptide iz pikorna virusa, tj., polipeptid iz kapsida poliovirusa, polipeptide iz pox-virusa, tj., polipeptid iz vaccinia-virusa, polipeptide iz virusa besnila, tj., glikobelančevina G iz virusa besnila, reovirusne polipeptide, retrovirusne polipeptide i rotavirusne polipeptide.

[0119] Primeri bakterijskih antigena uključuju, ali bez ograničenja, polipeptide iz roda Actinomyces, polipeptide iz roda Bacillus, polipeptide iz roda Bacteroides, polipeptide iz roda Bordetella, polipeptide iz roda Bartonella, polipeptide iz roda Borrelia, tj., OspA iz B. burgdorferi, polipeptide iz roda Brucella, polipeptide iz roda Campilobacter, polipeptide iz roda Capnocytophaga, polipeptide iz roda Chlamydia, polipeptide iz roda Clostridium, polipeptide iz roda Corynebacterium, polipeptide iz roda Coxiella, polipeptide iz roda Dermatophilus, polipeptide iz roda Enterococcus, polipeptide iz roda Ehrlichia, polipeptide iz roda Escherichia, polipeptide iz roda Francisella, polipeptide iz roda Fusobacterium, polipeptide iz roda Haemobartonella, polipeptide iz roda Haemophilus, tj., belančevina tipa b iz spoljne membrane H. influenzae, polipeptide iz roda Helicobacter, polipeptide iz roda Klebsiella, L-forma bakterijskih polipeptida, polipeptide iz roda Leptospira, polipeptide iz roda Listeria, polipeptide iz roda Mycobacteria, polipeptide iz roda Mycoplasma, polipeptide iz roda Neisseria, polipeptide iz roda Neorickettsia, polipeptide iz roda Nocardia, polipeptide iz roda Pasteurella, polipeptide iz roda Peptococcus, polipeptide iz roda Peptostreptococcus, polipeptide iz roda Pneumococcus, polipeptide iz roda Proteus, polipeptide iz roda Pseudomonas, polipeptide iz roda Rickettsia, polipeptide iz roda Rochalimaea, polipeptide iz roda Salmonella, polipeptide iz roda Shigella, polipeptide iz roda Staphilococcus, polipeptide iz roda Streptococcus, tj., M belančevine iz S. pyogenes, polipeptide iz roda Treponema, i polipeptide iz roda Yersinia, tj., F1 i V antigeni iz Y. pestis.

[0120] Primeri gljivičnih antigena uključuju, ali bez ograničenja, polipeptide iz roda Absidia, polipeptide iz roda Acremonium, polipeptide iz roda Alternaria, polipeptide iz roda Aspergillus, polipeptide iz roda Basidiobolus, polipeptide iz roda Bipolaris, polipeptide iz roda Blastomyces, polipeptide iz roda Candida, polipeptide iz roda Coccidioides, polipeptide iz roda Conidiobolus, polipeptide iz roda Cryptococcus, polipeptide iz roda Curvalaria, polipeptide iz roda Epidermophyton, polipeptide iz roda Exophiala, polipeptide iz roda Geotrichum, polipeptide iz roda Histoplasma, polipeptide iz roda Madurella, polipeptide iz roda Malassezia, polipeptide iz roda Microsporum, polipeptide iz roda Moniliella, polipeptide iz roda Mortierella, polipeptide iz roda Mucor, polipeptide iz roda Paecilomyces, polipeptide iz roda Penicillium, polipeptide iz roda Phialemonium, polipeptide iz roda Phialophora, polipeptide iz roda Prototheca, polipeptide iz roda Pseudallescheria, polipeptide iz roda Pseudomicrodochium, polipeptide iz roda Pythium, polipeptide iz roda Rhinosporidium, polipeptide iz roda Rhizopus, polipeptide iz roda Scolecobasidium, polipeptide iz roda Sporothrix, polipeptide iz roda Stemphilium, polipeptide iz roda Trichophyton, polipeptide iz roda Trichosporon, i polipeptide iz roda Xilohypha.

[0121] Primeri antigena iz parazitskih praživotinja uključuju, ali bez ograničenja, polipeptide iz roda Babesia, polipeptide iz roda Balantidium, polipeptide iz roda Besnoitia, polipeptide iz roda Cryptosporidium, polipeptide iz roda Eimeria, polipeptide iz roda Encephalitozoon, polipeptide iz roda Entamoeba, polipeptide iz roda Giardia, polipeptide iz roda Hammondia, polipeptide iz roda Hepatozoon, polipeptide iz roda Isospora, polipeptide iz roda Leishmania, polipeptide iz roda Microsporidia, polipeptide iz roda Neospora, polipeptide iz roda Nosema, polipeptide iz roda Pentatrichomonas, Plasmodium, tj. cirkumsporozoitnu belančevinu (PfCSP) iz P. falciparum, sporozoitnu površinsku belančevinu 2 (PfSSP2), karboksilni terminus iz jetrinog antigena 1 (PfLSA1 c-term), i izvezenu belančevinu 1 (PfExp-1), polipeptide iz roda Pneumocystis, polipeptide iz roda Sarcocystis, polipeptide iz roda Schistosoma, polipeptide iz roda Theileria, polipeptide iz roda Toxoplasma, i polipeptide iz roda Trypanosoma.

[0122] Primeri antigena iz parazitskih nematoda uključuju, ali bez ograničenja, polipeptide iz roda Acanthocheilonema, polipeptide iz roda Aelurostrongilus, polipeptide iz roda Ancilostoma, polipeptide iz roda Angiostrongilus, polipeptide iz roda Ascaris, polipeptide iz roda Brugia, polipeptide iz roda Bunostomum, polipeptide iz roda Capillaria, polipeptide iz roda Chabertia, polipeptide iz roda Cooperia, polipeptide iz roda Crenosoma, polipeptide iz roda Dictyocaulus, polipeptide iz roda Dioctophyme, polipeptide iz roda Dipetalonema, polipeptide iz roda Diphillobothrium, polipeptide iz roda Diplydium, polipeptide iz roda Dirofilaria, polipeptide iz roda Dracunculus, polipeptide iz roda Enterobius, polipeptide iz roda Filaroides, polipeptide iz roda Haemonchus, polipeptide iz roda Lagochilascaris, polipeptide iz roda Loa, polipeptide iz roda Mansonella, polipeptide iz roda Muellerius, polipeptide iz roda Nanophyetus, polipeptide iz roda Necator, polipeptide iz roda Nematodirus, polipeptide iz roda Oesophagostomum, polipeptide iz roda Onchocerca, polipeptide iz roda Opisthorchis, polipeptide iz roda Ostertagia, polipeptide iz roda Parafilaria, polipeptide iz roda Paragonimus, polipeptide iz roda Parascaris, polipeptide iz roda Physaloptera, polipeptide iz roda Protostrongilus, polipeptide iz roda Setaria, polipeptide iz roda Spirocerca, polipeptide iz roda Spirometra, polipeptide iz roda Stephanofilaria, polipeptide iz roda Strongiloides, polipeptide iz roda Strongilus, polipeptide iz roda Thelazia, polipeptide iz roda Toxascaris, polipeptide iz roda Toxocara, polipeptide iz roda Trichinella, polipeptide iz roda Trichostrongilus, polipeptide iz roda Trichuris, polipeptide iz roda Uncinaria, i polipeptide iz roda Wuchereria.

[0123] Primeri ektoparazitnih antigena uključuju, ali bez ograničenja, polipeptide (uključujući zaštitne antigene kao i alergene) iz buva; krpelja, uključujući krpelje iz familije Ixodidae (tvrdi) i iz familije Argasidae (meki); dvokrilaca (muva), poput malih muva iz podreda Nematocera, komaraca, peščanih muva, crnih muva iz familije Simuliidae, muva iz familije Tabanidae (obadi), hom-muva, muva iz roda Chrysops, cece muva, muva pecara, muva koje uzrokuju mijazu i malih muva iz podreda Nematocera koje grizu; mrave; pauke, vaške; grinje; i riličare (Hemiptera), poput stenica iz familije Cimicidae i stenica iz podfamilije Triatomina.

[0124] Jednom kada se neki antigen identifikuje i izoluje, nastoji se identifikovati sekvenca koja kodira pomenuti antigen. Preferirano, pomenuta sekvenca obuhvata cDNK. Nakon viralne infekcije, pomenuta sekvenca od interesa (tj., ona koja kodira antigen) se eksprimira u ciljanom dendritu. Ako se kontakt obavlja ex vivo, ciljani dendriti se tada prenose nazad u pacijenta, na primer preko injekcije, gde pomenuti reaguju sa imuno-ćelijama koje su sposobne da generišu imuno-odgovor protiv željenog antigena. U preferiranim izvedbama, rekombinantni virus se injektira u pacijenta gde transdukcijom uđe u ciljane dendrite in situ. Dendriti tada eksprimiraju tačno određeni antigen koji je povezan sa nekom bolesti ili poremećajem koji treba da se tretira, a pacijent je sposoban da stvori efektivan imuno-odgovor protiv pomenute bolesti ili poremećaja.

[0125] Genom viralnog vektora može da sadrži polinukleotidnu sekvencu koja kodira više od jednog antigena, a nakon transdukcije ciljanih dendrita, generiše imuno-odgovore na više antigena koji su dostavljeni u ćeliju. U nekim izvedbama, pomenuti antigeni su povezani sa pojedinačnom bolesti ili poremećajem. U drugim izvedbama, pomenuti antigeni su povezani sa više bolesti ili poremećaja.

[0126] U nekim od pomenutih virusa, faktori sazrevanja DC koji aktivišu i/ili stimulišu sazrevanje DC se dostavljaju zajedno sa sekvencom od interesa. U alternativama, DC se aktivišu uz pomoć dostave faktora sazrevanja DC pre, simultano, ili nakon dostave samog virusa. Faktori sazrevanja DC mogu da se obezbede odvojeno od administracije samog virusa.

[0127] Kao šta je ovde opisano, jedan ili više faktora za imuno-modulaciju ili sazrevanje DC mogu da budu kodirani sa jednim ili više sekvenca koje se nalaze u pomenutom viralnom genomu i se eksprimiraju nakon šta virus inficira dendrite. Pomenute sekvence koje kodiraju faktore za imuno-modulaciju mogu takođe da se obezbede u odvojenom vektoru koji se ko-transfektira sa viralnim vektorom koji kodira jedan ili više antigena u ćelijskoj liniji koja služi za pakovanje.

[0128] Postupci koji su ovde opisani mogu da se koriste za adaptivnu imuno-terapiju nekog pacijenta. Kao šta je malopre opisano, najpre se identifikuje neki antigen protiv kojeg je poželjan imuno-odgovor. Dobiva se polinukleotid koji kodira željeni antigen koji se pakuje u rekombinantni virus. Ciljani dendriti se dobijaju iz pacijenta pa se transduciraju sa rekombinantnim virusom koji sadrži polinukleotid koji kodira željeni antigen. Dendriti se tada vraćaju nazad u pacijenta.

[0129] Pomenute viralne čestice mogu da budu injektirane in vivo, nakon čega inficiraju DC i dostavljaju sekvencu od interesa, koja tipično kodira neki antigen. Količina viralnih čestica je najmanje 3x106 IU, a može da bude najmanje 1x107 IU, najmanje 3x107 IU, najmanje 1x108 IU, najmanje 3x108 IU, najmanje 1x109 IU, ili najmanje 3x109 IU. Tokom izabranih intervala, DC iz limfoidnih organa recipijenta mogu da se koriste sa ciljem da se izmeri ekspresija, na primer, uz pomoć merenja ekspresije markera, poput GFP ili luciferaze. Tehnike za posmatranje nukleinskih kiselina i merenje aktivnosti reverzne transkriptaze (RT) takođe mogu da se koriste sa ciljem da se analizira biodistribucija viralnih čestica. T-ćelije iz mononuklearnih ćelija iz periferne krvi, limfnih čvorova, slezine, ili malignih tkiva ili tkiva koja su inficirana sa ciljanim patogenom iz recipijenata koji su tretirani sa česticama lentiviralnog vektora mogu da se izmere na osnovu veličine i trajanja odgovora na stimulaciju sa antigenom. Tkivne ćelije koje nisu DC, poput epitelijalnih ćelija i limfoidnih ćelija, mogu da se analiziraju na specifičnost dostave gena in vivo.

[0130] Često se argumentuje da je najefektivniji potencijalni postupak da se zaustavi epidemija SIDA (i drugih virusnih bolesti) efektivna preventivna vakcina. Do sada, niti jedan postupak vakcinacije protiv HIV nije uspešno prošao fazu III iz postupka provere. Tako, postoji hitna potreba za novim, efektivnim strategijama vakcinacije. Jedna strategija je vakcinacija DC. U ovoj implementaciji, sekvenca koja kodira viralnu belančevinu, poput onih koje su ovde opisane, se klonira u viralni vektor. Pacijenti se inficiraju sa virusima koji su konstruisani kao šta je ovde opisano. U nekom životinjskom modelu, mogu da se koriste molekularno klonirani HIV-reporter virusi (NFNSZ-r-HSAS, NL-r-HSAS) i klinički izolati sa ciljem da se provere životinje tokom injekcije u repnu venu. Dokaz infekcije može da se posmatra tokom vremena u ćelijama slezine, limfnim čvorovima, i u perifernoj krvi. Amplifikacija HIV-gag belančevine uz pomoć PCR-a i protočna citometrija za HAS u reporter-virusima može da se koristi sa ciljem da se testira viralna integracija i replikacija. Produktivna in situ DC vakcinacija može da poveća rezistenciju na HIV napad.

[0131] Vakcine često sadrže i neki dodatak. Čestice lentiviralnog vektora koje su ovde opisane mogu takođe da se administriraju zajedno sa nekim dodatkom. Ovaj dodatak može da se administrira zajedno sa česticama rekombinantnog virusa, pre čestica rekombinantnog virusa, ili nakon čestica rekombinantnog virusa. Ako se administrira sa virusnim česticama, poželjni dodaci ne narušavaju značajno integritet samih virusnih čestica, poput razaranja viralne membrane koja sadrži belančevine iz omotača.

[0132] Brojni dodaci mogu da se koriste zajedno sa pomenutim virusom sa ciljem da se postigne imuno-odgovor na neki antigen koji je kodiran preko genoma viralnog vektora. Preferirani dodaci pojačavaju pravi odgovor na neki antigen bez da uzrokuju konformacijske promene u samom antigenu koje kvalitativno utiču na sam odgovor. Preferirani dodaci uključuju stipsu (alaun), 3 De-O-acilovani monofosforil lipid A (MPL) (vidi dokument GB 2220211). QS21 je triterpenski glikozid ili saponin izolovan iz kore drveta Quillaja saponaria molina koje raste u Južnoj Americi (vidi Kensil et al., u Vaccine Design: The Subunit and Adjuvant Approach (ur. Powell and Newman, Plenum Press, NY, 1995); U.S. Pat. Br. 5,057,540). Drugi dodaci su emulzije ulja u vodi (poput skvalena ili ulja od kikirikija), ponekad zajedno sa imuno-stimulansima, poput monofosforil lipida A (vidi Stoute et al., N. Engl. J. Med. 336, 86-91 (1997)). Drugi dodatak je CpG (Bioworld Today, 15 novembar, 1998). Alternativno, Aβ može da se spoji sa nekim dodatkom. Na primer, lipopeptidna verzija Aβ može da se pripremi uz pomoć spajanja palmitinske kiseline ili drugih lipida direktno na N-terminus Aβ kao šta je opisno za vakcinaciju sa antigenom za hepatitis B (Livingston, J. Immunol. 159, 1383-1392 (1997)). Međutim, takvo spajanje ne sme značajno da promeni konformaciju Aβ tako da pomenuta deluje na prirodu imuno-odgovora. Dodaci mogu da se administriraju kao komponenta terapeutske kompozicije sa nekim aktivnim agensom ili mogu da se administriraju odvojeno, pre, konkurentno sa, ili nakon administracije terapeutskog agensa.

[0133] Jedna klasa dodataka su aluminijumske soli (alaun), poput aluminijum hidroksida, aluminijum fosfata, aluminijum sulfata. Takvi dodaci mogu da se koriste sa ili bez drugih specifičnih imunostimulatornih agenasa poput MPL ili 3-DMP, QS21, polimernih ili monomernih amino-kiselina poput poliglutamske kiseline ili polilizina. Druga klasa dodataka su formulacije sa emulzijama ulje-u-vodi. Takvi dodaci mogu da se koriste sa ili bez drugih specifičnih imunostimulatornih agenasa poput muramil peptida (tj., N-acetilmuramil-L-treonil-D-izoglutamin (thr-MDP), N-acetil-normuramil-L-alanil-D-izoglutamina (nor-MDP), N-acetilmuramil-L-alanil-D-izoglutaminil-L-alanin-2-(1'-2'dipalmitoil-sn-glicero-3-hidroksifosforiloksi)-etilamina (MTP-PE), N-acetilglukozaminil-N-acetilmuramil-L-Al-D-izoglu-L-Ala-dipalmitoksi propilamida (DTP-DPP) theramid.TM.), ili drugih komponenti bakterijskog ćelijskog zida. Emulzije ulje-u-vodi uključuju (a) MF59 (WO 90/14837), koji sadrži 5% Skvalen, 0.5% Tween 80, i 0.5% Span 85 (ponekad sadrži različite količine MTP-PE) koji je formulisan u supmikronske čestice uz pomoć mikrofluidizera poput Model 110Y microfluidizer (Microfluidics, Newton Mass.), (b) SAF, koji sadrži 10% Skvalana, 0.4% Tween 80, 5% pluronski-blokiranog polimera L121, i thr-MDP, koji je mikrofluidizovan u supmikronsku emulziju ili je vorteksovan sa ciljem da se dobije emulzija sa većim česticama, i (c) Ribi adjuvant system (RAS), (Ribi Immunochem, Hamilton, Mont.) koji sadrži 2% skvalena, 0.2% Tween 80, i jednu ili više komponenti iz bakterijskog ćelijskog zida iz grupe koja se sastoji od monofosforilipida A (MPL), trehaloza dimikolata (TDM), i skeleta ćelijskog zida (CWS), preferirano MPL+CWS (Detox™). Druga klasa dodataka su saponinski dodaci, poput Stimulon.TM. (QS21, Aquila, Worcester, Mass.) ili čestica koje su generisane iz, na primer, ISCOM (imunostimulirajući kompleksi) i ISCOMATRIX. Drugi dodaci uključuju Complete Freund's Adjuvant (CFA) i Incomplete Freund's Adjuvant (IFA). Drugi dodaci uključuju citokine, poput interleukina (IL-1, IL-2 i IL-12), faktora koji stimuliše kolonije makrofaga (M-CSF), faktora nekroze tumora (TNF).

[0134] Drugi dodatak koji može da se koristi sa pomenutom kompozicijama je identifikovan uz pomoć hemijske formule (I):

gde ostaci A1 i A2 su nezavisno izabrani iz grupe koja obuhvata vodonik, fosfat, i fosfatne soli. Natrijum i kalijum su primeri kontra-jona za fosfatne soli. Ostaci R1, R2, R3, R4, R5 i R6 su nezavisno izabrani iz grupe ugljovodonika koji imaju 3 do 23 atoma ugljenika, i koji su predstavljeni sa C3-C23. Radi dodatne jasnoće će biti objašnjeno da kada je neki ostatak "nezavisno izabran iz" neke grupe koja ima više članova, treba da se razume da ostatak koji je izabran kao prvi ne utiče na bilo koji način ili ograničava izbor drugog ostataka kao drugi član. Atomi ugljenika na koje su spojeni R1, R3, R5 i R6 su asimetrični, pa tako mogu da postoje u R ili S stereohemiji. U jednoj izvedbi svi pomenuti atomi ugljenika su u R stereohemiju, dok u drugoj izvedbi svi pomenuti atomi ugljenika su u S stereohemiji.

[0135] "Ugljovodonik" se odnosi na hemijski ostatak koji je potpuno formiran od atoma vodonika i ugljenika, pri čemu aranžman atoma ugljenika može da bude ravan ili razgranat lanac, neciklički ili ciklički, a veze između susednih atoma ugljenika mogu da budu potpuno pojedinačne veze, tj., mogu da obezbeđuju zasićeni ugljovodonik, ili mogu da postoje dvostruke ili trostruke veze između dva susedna atoma ugljenika, tj., mogu da obezbeđuju nezasićeni ugljovodonik, a broj atoma ugljenika u ugljovodoničkoj grupi se kreće među 3 i 24 atoma ugljenika. Pomenuti ugljovodonik može da bude alkil, pri čemu reprezentativni alkili sa ravnim lancem uključuju metil, etil, n-propil, n-butil, n-pentil, n-heksil, i slično, uključujući undecil, dodecil, tridecil, tetradecil, pentadecil, heksadecil, heptadecil, oktadecil, itd.; dok razgranati alkili uključuju izopropil, sek-butil, izobutil, tert-butil, izopentil, i slično. Reprezentativni zasićeni ciklički ugljovodonici uključuju ciklopropil, ciklobutil, ciklopentil, cikloheksil, i slično; dok nezasićeni ciklički ugljovodonici uključuju ciklopentenil i cikloheksenil, i slično. Nezasićeni ugljovodonici sadrže najmanje jednu dvostruku ili trostruku vežu između susednih atoma ugljenika (označene kao "alkenil" ili "alkinil", ako pomenuti ugljovodonik nije ciklički, a cikloalkenil i cikloalkinil, ako pomenuti ugljovodonik je barem delomično cikličan). Reprezentativni alkenili sa ravnim lancem i razgranatim lancem uključuju etilenil, propilenil, 1-butenil, 2-butenil, izobutilenil, 1-pentenil, 2-pentenil, 3-metil-1-butenil, 2-metil-2-butenil, 2,3-dimetil-2-butenil, i slično; dok reprezentativni alkinili sa ravnim lancem i razgranatim lancem uključuju acetilenil, propinil, 1-butinil, 2-butinil, 1-pentinil, 2-pentinil, 3-metil-1-butinil, i slično.

[0136] Dodatak sa formulom (I) može da se dobije uz pomoć sintetičkih postupaka koji su poznati stanju tehnike, na primer, sintetička metodologija koja je opisana u PCT Međunarodnoj Publikaciji Br. WO 2009/035528, kao i u publikacijama koje su identifikovane u dokumentu WO 2009/035528. Određeni dodaci mogu takođe da se nabave komercijalno. Preferirani dodatak je Produkt Br. 699800 kao šta je identifikovan u katalogu Avanti Polar Lipids, Alabaster AL, vidi E1 zajedno sa E10, ispod.

[0137] U brojnim izvedbama ovoga pronalaska, pomenuti dodatak ima hemijsku strukturu sa formulom (I) ali ostaci A1, A2, R1, R2, R3, R4, R5 i R6 su izabrani iz pod-grupe opcija koje su obezbeđene za ove ostatke, gde pomenute pod-grupe su identifikovane ispod uz pomoć E1, E2, itd.

E1: A1 je fosfat ili fosfatna so, a A2 je vodonik.

E2: R1, R3, R5 i R6 su C3-C21 alkil; a R2 i R4 su C5-C23 hidrokarbil.

E3: R1, R3, R5 i R6 su C5-C17 alkil; a R2 i R4 su C7-C19 hidrokarbil.

E4: R1, R3, R5 i R6 su C7-C15 alkil; a R2 i R4 su C9-C17 hidrokarbil.

E5: R1, R3, R5 i R6 su C9-C13 alkil; a R2 i R4 su C11-C15 hidrokarbil.

E6: R1, R3, R5 i R6 su C9-C15 alkil; a R2 i R4 su C11-C17 hidrokarbil.

E7: R1, R3, R5 i R6 su C7-C13 alkil; a R2 i R4 su C9-C15 hidrokarbil.

E8: R1, R3, R5 i R6 su C11-C20 alkil; a R2 i R4 su C12-C20 hidrokarbil.

E9: R1, R3, R5 i R6 su C11 alkil; a R2 i R4 su C13 hidrokarbil.

E10: R1, R3, R5 i R6 su undecil, a R2 i R4 su tridecil.

[0138] U nekim opcijama, svaka opcija od E2 pa do E10 je kombinovana sa izvedbom E1, i/ili ugljovodoničke grupe iz E2 pa do E9 su alkilne grupe, preferirano ravno-lančane alkilne grupe.

[0139] Dodatak sa formulom (I) može da se formuliše u neku farmaceutsku kompoziciju, ponekad sa nekim ko-dodatkom, a svaki je diskutovan ispod. U tom pogledu je navedena referenca na US Patentnu Publikaciju Br. 2008/0131466 koja obezbeđuje formulacije, tj., vodenu formulaciju (AF) i prikladne emulzijske formulacije (SE) za dodatak GLA, pri čemu ove formulacije mogu da se koriste za bilo koji dodatak sa formulom (I).

[0140] Dodatak može da se administrira sa virusom iz ovog pronalaska kao pojedinačna kompozicija, ili može da se administrira pre, konkurentno sa ili nakon administracije rekombinantnog virusa iz ovoga pronalaska. Imunogen i dodatak mogu da se pakuju i obezbede u istom kontejneru ili mogu da se pakuju u različitim kontejnerima, ali tada se neposredno pre upotrebe pomešaju. Imunogen i dodatak su tipično pakovani sa nalepnicom koja pokazuje predviđenu terapeutsku primenu. Ako su imunogen i dodatak spakovani odvojeno, pakovanje tipično uključuje instrukcije za mešanje neposredno pre upotrebe. Izbor dodatka i/ili nosioca zavisi o stabilnosti vakcine koja sadrži dodatak, rute administracije, doznog rasporeda, efikasnosti dodatka kod vrste koja se vakcinira, a kod ljudi, farmaceutski prihvatljiv dodatak je onaj koji je odobren ili je bezbedan za humanu administraciju od strane odgovarajućih regulatornih ustanova. Na primer, Complete Freund's adjuvant nije prikladan za humanu administraciju. Alaun, MPL i QS21 se preferiraju. Ponekad, dva ili više različitih dodataka mogu da se koriste istovremeno, poput alaun sa MPL, alaun sa QS21, MPL sa QS21, i alaun, QS21 i MPL zajedno. Takođe, može da se koristi Incomplete Freund's adjuvant (Chang et al., Advanced Drug Delivery Reviews 32, 173-186 (1998)), ponekad zajedno sa bilo kojim od alauna, QS21 i MPL i sve njihove kombinacije.

E. Farmaceutske kompozicije i kompleti hemikalija

[0141] Takođe su ovde predviđene farmaceutske kompozicije i kompleti hemikalija koji sadrže virus koji je ovde obezbeđen i jednu ili više komponenti. Farmaceutske kompozicije mogu da uključe čestice viralnog vektora kao šta je ovde obezbeđeno i neki farmaceutski nosilac. Kompleti hemikalija uključuju farmaceutske kompozicije i/ili kombinacije koje su ovde obezbeđene, i jednu ili više komponenti, poput instrukcija za korišćenje, napravu za administriranje jedinjenja nekom subjektu.

[0142] Ovde su obezbeđene farmaceutske kompozicije koje sadrže viralne čestice kao šta je ovde obezbeđeno i neki prikladni farmaceutski nosilac. Farmaceutske kompozicije koje su ovde obezbeđene mogu da budu u različitim formama, tj., u krutoj, tečnoj, puderskoj, vodenoj ili liofilizovanoj formi. Primeri prikladnih farmaceutskih nosioca su već poznati stanju tehnike. Takvi nosioci i/ili dodaci mogu da se formulišu uz pomoć konvencionalnih postupaka i mogu da se administriraju nekom subjektu u nekoj prikladnoj dozi. Agensi za stabilizovanje poput lipida, inhibitora nukleaze, polimera i agenasa za heliranje mogu da štite pomenute kompozicije od raspadanja u telu.

[0143] Čestice viralnog vektora koje su ovde obezbeđene mogu da budu pakovane kao kompleti hemikalija. Kompleti hemikalija ponekad mogu da uključuju jednu ili više komponenti poput instrukcija za korišćenje, naprava, i dodatnih reagenasa, i komponente, poput tuba, kontejnera i šprica za praktikovanje pomenutih postupaka. Primeri za komplete hemikalija mogu da uključuju viruse koji su ovde obezbeđeni, a ponekad mogu da uključuju instrukcije za korišćenje, napravu za detektovanje virusa u subjektu, napravu za administriranje virusa nekom subjektu, i napravu za administriranje jedinjenja nekom subjektu.

[0144] Kompleti hemikalija koji obuhvataju polinukleotide koji kodiraju gen od interesa (tipično neki antigen) su takođe ovde razmatrani. Pomenuti komplet hemikalija može da uključuje najmanje jedan plazmid koji kodira komponente za pakovanje virusa i vektor koji kodira varijantu E2 glikobelančevine iz Sindbis-virusa. Neki kompleti hemikalija sadrže najmanje jedan plazmid koji kodira komponente za pakovanje virusa, vektor koji kodira varijantu E2 glikobelančevine iz Sindbis-virusa, i vektor koji kodira najmanje jedan faktor za sazrevanje DC.

[0145] Kompleti hemikalija koji sadrže viralni vektor koji kodira sekvencu od interesa (tipično neki antigen) i ponekad, polinukleotidnu sekvencu koja kodira faktor za sazrevanje DC su takođe razmatrani ovde. U nekim kompletima hemikalija, pomenuti komplet hemikalija uključuje najmanje jedan plazmid koji kodira komponente za pakovanje virusa i vektor koji kodira varijantu E2 glikobelančevine iz Sindbis-virusa.

[0146] Komplet hemikalija takođe sadrži instrukcije. Instrukcije tipično uključuju opipljiv izraz koji opisuje virus i, ponekad, druge komponente koje su uključene u samom kompletu hemikalija, i postupke za administriranje, uključujući postupke za određivanje odgovarajućeg stanja samog subjekta, odgovarajuće dozne količine, i odgovarajućeg postupka za administriranje virusa. Instrukcije mogu takođe da uključe upute za posmatranje subjekta tokom perioda trajanja samog tretmana.

[0147] Kompleti hemikalija koji su ovde obezbeđeni mogu da uključuju napravu za administriranje virusa nekom subjektu. Brojne naprave za administriranje lekova ili vakcina koje su poznate stanju tehnike mogu da se uključe u komplete hemikalija koji su ovde obezbeđeni. Primeri za pomenute naprave uključuju, ali bez ograničenja, hipodermičku iglu, intravenoznu iglu, kateter, naprava za injektiranje bez igle, inhaler i dispenzer za tečnost, poput kapalice za oči. Tipično, pomenuta naprava za administriranje virusa iz kompleta hemikalija će biti kompatibilna sa virusom iz kompleta hemikalija; na primer, naprava za injektiranje bez igle poput naprava za injektiranje pod visokim pritiskom može da bude uključena u kompletima hemikalija sa virusima koji ne mogu da se oštete tokom injektiranja pod visokim pritiskom, ali tipično nije uključena u kompletima hemikalija sa virusima koji mogu da se oštete tokom injektiranja pod visokim pritiskom.

[0148] Kompleti hemikalija koji su ovde obezbeđeni mogu takođe da uključuju napravu za administriranje jedinjenja, poput aktivatora ili stimulatora DC, nekom subjektu. Brojne naprave za administriranje lekova nekom subjektu su poznate stanju tehnike, i mogu da budu uključene u kompletima hemikalija koji su ovde obezbeđeni. Primeri za pomenute naprave uključuju hipodermičku iglu, intravenoznu iglu, kateter, napravu za injektiranje bez igle, ali nisu ograničeni na pomenuto, tj. na hipodermičku iglu, intravenoznu iglu, kateter, napravu za injektiranje bez igle, inhaler, i dispenzer tečnosti poput kapalice za oči. Tipično pomenuta naprava za administriranje jedinjenja iz kompleta hemikalija će biti kompatibilna sa željenim postupkom za administraciju pomenutog jedinjenja.

[0149] Sledeći primeri su prikazani kao ilustracija, a ne kako ograničenje.

PRIMERI

PRIMER 1

KONSTRUISANJE VARIJANTE OMOTAČA SINDBIS-VIRUSA

[0150] Sindbis-virus (SV) – član roda Alfavirusa i familije Togaviridae – je sposoban da inficira DC, verovatno preko DC-SIGN (Klimstra, W. B., et al. 2003. J. Virol. 77: 12022-12032, koji je ovde uključen u celosti preko reference). Kanonički viralni receptor za laboratorijske sojeve SV, međutim, je heparan sulfat (HS) sa površine ćelije, koji dolazi u više tipova ćelija (Strauss, J. H., et al. 1994. Arch. Virol. 9: 473-484; Byrnes, A. P., & D. E. Griffin. 1998. J. Virol. 72: 7349-7356). Sa ciljem da se smanji vezanje heparan sulfata, konstruisan je mutirani E2 omotač (nazvan SVGmu) od strane autora Wang et al. (US 2008/0019998). Jedan deo njihove strategije je uključivao deletiranje četiri amino-kiselina na mestu spajanja E3/E2 pro-belančevina i deletiranje dve amino-kiseline uz dodavanje sekvence od 10 amino-kiselina iz hemaglutinina (vidi Slike 1A i 1B). Nastala E2 belančevina je eksprimirana kao fuzija E3 i E2 (takođe poznata kao pE2) zbog toga šta je prirodna sekvenca za cepanje bila razorena, a takođe prikazuje i strani epitop (hemaglutinin). Kao šta je pokazano ispod, SVGmu se slabo eksprimira, a pokazuje i druge probleme.

[0151] Koristeći različitu strategiju, ovi pronalazači su promenili E2 glikobelančevinu iz Sindbis-virusa tako da joj smanje vezanje na heparanski sulfat, povećaju specifičnost za dendrite, i poboljšaju ekspresiju. Opšti pristup koji je doveo do ovih karakteristika je povećavanje infektivnosti dendrita preko menjanja ostatka 160 iz E2 (ostaci 233 na Slici 1) sa ne-kiselom amino-kiselinom, posebno nekom amino-kiselinom koja je različita od alanina, ili deletiranja pomenutog ostatka, sa ciljem da se smanji heparinsko vezanje preko smanjenja neto-pozitivnog naboja same belančevine, odstranjivanja HA (hemaglutinin) epitopa, i obnavljanja mesta cepanja na N-terminusu E2, pri čemu se tu radi o furinskom mestu cepanja. Kao deo viralnog omotača, pomenute E2 belančevine su sposobne da omoguće infekciju DC, ali i to da smanje ili ukinu infekciju drugih tipova ćelija.

[0152] Sledeći ove principe, bilo je dizajnirano nekoliko varijanata sekvence E2, a pomenute su prikazane u sledećoj tabeli. Masno štampana slova pokazuju promenu u odnosu na sekvencu omotača iz HR-soja Sindbis-virusa (GenBank NC 001547.1).

SEQ ID Br:

70

76

159

160

3

E

K

E

G

4

E

G

5

E

K

Δ

6

E

Δ

7

K

E

G

8

K

E

Δ

9

K

E

G

10

K

E

Δ

11

K

E

K

G

12

K

E

K

Δ

13

E

K

G

14

E

K

Δ

15

E

K

G

16

E

K

Δ

[0153] Sekvence nukleinske kiseline koje kodiraju neke od pomenutih varijanata su bile sintetizovane (takođe vidi Sliku 1), uključujući sekvence nukleinske kiseline koje su kodon-optimizovane za ljude. DNK pomenutih varijanata je klonirana u ekspresijski vektor, poput pcDNK3.

PRIMER 2

PRIPREMA ČESTICA VIRALNOG VEKTORA KOJE OBUHVATAJU VARIJANTU GLIKOBELANČEVINE E2 IZ OMOTAČA SINDBIS-VIRUSA

[0154] Pseudotipizirani omotač iz Sindbis-virusa se priprema uz pomoć standardne privremene transfekcije 293T ćelija, koja je potpomognuta sa kalcijum fosfatom, sa lentiviralnim vektorom, poput FUGW ili njegovih derivata, plazmida za pakovanje koji kodiraju gag, pol i rev, i sekvencu varijante omotača iz Sindbis-virusa. FUGW je samo-inaktivirajući lentiviralni vektor koji sadrži humani promotor za ubikvitin-C sa ciljem da se omogući ekspresija GFP-reporter gena (Lois, C., et al. 2002. Science 295: 868-872). Pomenuti lentiviralni vektori za prenos (FUGW i njegovi derivati) su treća generacija HIV-baziranih lentiviralnih vektora (vidi, Cockrell & Kafri Mol. Biotechnol. 36: 184, 2007), u kojima je najveći deo U3-regiona sa 3' LTR deletiran, šta rezultuje u samo-inaktivisanje 3'-LTR.

[0155] Proizvodnja rekombinantnih lentivirusnih vektora je postignuta uz pomoć privremene transfekcije 293T ćelija koja je bila potpomognuta sa kalcijum fosfatom (CaPO4) (293LTV ćelijska linija; CELL BIOLABS INC, LTV-100). 293T ćelije su transfektovane sa četiri plazmida koja su zajedno precipitovana uz pomoć CaPO4. Sledeća četiri plazmida su korišćena sa ciljem da se stvori lentiviralni vektor, a njihova priprema je prikazana šematski na Slici 3 šta odgovara sledećem: i) lentiviralni vektor; ii) plazmid koji kodira Rev iz HIV; iii) plazmid koji kodira Gag/Pol iz HIV; i, iv) plazmid koji kodira omotač. Lentiviralni vektori mogu da kodiraju željene antigene ili imuno-modulatorne elemente, i da sadrže posebne ciljane delecije sa ciljem da se spreči integracija u hromozom domaćina (inficirana ćelija). Dodatni primeri alternativnih plazmida koji mogu da se koriste za prenos uključuju one koji kodiraju holoencim Polimeraza koji sadrži mutaciju u svojoj integrazi šta ju čini defektnom, poput D64V-mutacije koja je ovde već opisana. Za neke svrhe, plazmid koji kodira omotač može da kodira pantropni omotač koji cilja ćelije koje nisu DC, poput VSV-G.

[0156] Za eksperimente koji su ovde opisani, CaPO4 precipitacije sadrže 120 µg vektora i 60 µg svakog od plazmida za Gag/Pol i Rev i 240 µg plazmida sa omotačem koji su bili filtrirani kroz filter sa porama veličine 0.45 µm pa su dodane u približno 6x107 293T ćelija koje su rasle u okruglim bocama koje su sadržavale 75 mL medijuma DMEM koji je sadržavao 10% fetalni teleći serum. 6 h nakon transfekcije, medijum je bio zamenjen sa 100 mL svežeg medijuma koji je bio sakupljen 36 h nakon transfekcije. Supernatanti iz kultura su centrifugovani kod niske brzine (1200 rpm) sa ciljem da se utalože ćelijski ostaci, a nakon toga je sve filtrirano kroz filtere od 0.45 µm. Filtrat koji je sadržavao lentivirusni vektor je ponekad koncentrisan uz pomoć centrifugovanja kod 17,700x g tokom 5 h na 20° C. Utaloženi lentivirusni vektor je tada ponovo suspendovan u PBS u željenom volumenu. Ovaj proces tipično daje prinos od ≥5x105 IU/mL kada se koristi glikobelančevina iz omotača Sindbis-virusa koja je ovde opisana, ili totalno 5x107 IU za svaku kulturi iz okruglih boca. Još tipičnije ovaj proces daje prinos od najmanje 1x108 IU (totalno) za svaku kulturu iz okruglih boca.

[0157] Detaljnije, tokom dana -4, 150 mL medijuma za ćelijsku kulturu je dodan u okrugle boce (Roller Bottles; RB) koje su držane u inkubatoru za takve boce (0.2 rpm) na 37° C tokom ∼1 h. U svaku RB se nalazi konfluentan sadržaj od 15 cm. Tokom dana -2, medijum je isisan iz RB i zamenjen sa 100 mL medijuma koji je bio ugrejan. Tokom dana -1, ćelije su posejane u preparat za transfekciju. RB su ugrejane sa 100 mL medijuma za ćelijsku kulturu tokom ∼1 h. Medijum je isisan pa je dodano 10-12 mL PBS. RB su postavljene bočno i rotirane dva puta oko svoje osi sa ciljem da ćelije omotaju zid boca. PBS je isisan pa je dodano 10-12 mL rastvora tripsina. RB su ponovo postavljene bočno i rotirane dva puta oko svoje osi sa ciljem da ćelije omotaju zidove boca. Rastvor tripsina je isisan pa su RB ostavljene u inkubatoru tokom 5 min. U RB je dodano 10 mL ugrejanog medijuma, a RB su jednom snažno rotirane oko svoje osi sa ciljem da se ćelije odlepe od zidova. Koristeći 10 mL pipeta, ćelije su pipetirane primjerice 10 puta sa ciljem da se obezbedi suspenzija sa pojedinačnim ćelijama. Ćelije su odstranjene u novi kontejner i razređene sa medijumom (40 mL medijuma po RB). Ćelije su izbrojane i posejane u nove RB u koncentraciji od 7x107/mL) pa su držane u inkubatoru tokom noći.

[0158] Tokom dana 0, približno 22 h nakon sejanja, pripremljen je rastvor plazmida na sledeći način. Za svaku RB, pomešaj plazmidni rastvor (120 µg vektora, 60 µg Gag/Pol, 60 µg Rev, 60 µg omotača), 2.5 mL 1.25 M CaCl2, i filtriranu-sterilnu vodu do konačnog volumena od 12.5 mL. Dodaj 2.7 ml 2xHBS (50 mM HEPES, 10 mM KCI, 12 mM dekstroza, 280 mM NaCl, 1.5 mM Na2HPO4·7H2O, pH 7.0, sterilno filtriran) pufer u tubu od 50 ml (jedna tuba/RB). Kap po kap dodaj mešavinu 12.7 mL voda-CaCl2-DNK u 12.7 mL 2xHBS uz vorteksovanje na srednjoj brzini. Zatvori tubu i nastavi s vorteksovanjem (maksimalna brzina) tokom 5-10 s. Odstrani 25 ml medijuma iz RB i dodaj precipitat (25 ml) u RB. Inkubiraj 6 h, a tada isiši medijum i dodaj 100 ml svežeg, od pre ugrejanog medijuma za kulturu. Stavi sve u inkubator na 37° C.

[0159] Tokom 36 do 48 h nakon transfekcije, supernatanti iz RB su sakupljeni u konusne boce od 250 mL i obrađene kako sledi. Supernatante obradi centrifugom tokom 10 min na 2000 rpm. Filtriraj supernatante kroz filter od 0.45 μm. Centrifugiraj supernatante u tubu od 500 ml tokom 5 h na 10,000 rpm na 20° C. Ponovo suspenduj vektor u PBS ili HBSS do željene koncentracije i skladišti na -80° C.

[0160] Dobiveni pseudotipizirani viralni vektori se od sada nazivaju FUGW/V1, FUGW/V2 itd. Genomi viralnih vektora koji su zamotani sa VSV-G glikobelančevinom od sada se nazivaju FUGW/VSV-G.

PRIMER 3

PROIZVODNJA ČESTICA LENTIVIRALNOG VEKTORA KOJE SADRŽE BELANČEVINE IZ OMOTAČA SINDBIS-VIRUSA

[0161] U ovom primeru, određeni su titri za lentivirusne vektore koji su pseudotipizirani sa različitim omotačima iz Sindbis-virusa. E2 belančevine koje su korišćene su SIN-Var1 (SEQ ID Br. 3), SIN-Var2 (SEQ ID Br. 4), SIN-Var3 (SEQ ID Br. 5), SVGmu (SEQ ID Br. 2), HR (SEQ ID Br. 18).

[0162] Čestice lentiviralnog vektora pseudotipizirane sa glikobelančevinom iz Sindbis-virusa su generisane preko transfekcije 293T-ćelija kao šta je opisano u Primeru 2. Grubi supernatanti su sakupljeni 48 h nakon transfekcije i su korišćeni sa ciljem da se transdukcijom uvedu u 293T-ćelije koje eksprimiraju humani DC-SIGN (293-DCSIGN) koje su bile uzgajane prethodnog dana u posudama sa 6 rupica kod koncentracije od 2E5 ćelija/rupici. Titar je određen nakon inkubacije tokom 72 h na 37° C uz pomoć analiziranja transdukovanih ćelija na citometru tipa Guava Easy-Cyte (Millipore). Ukupno 25,000 događaja je izbrojano sa ciljem da se odredi procenat transdukovanih ćelija koje su bile GFP+, šta je nakon toga korišćeno da se izračuna GFP-titar (IU, infektivna jedinica) za svaki virus.

[0163] Sa ciljem da se ubrza studija ciljane transdukcije, konstruisane su ćelijske linije koje eksprimiraju humani DC-SIGN. Pomenute ćelijske linije su generisane uz pomoć stabilne transdukcije parentalnih 293T-ćelija sa VSVG-pseudotipiziranim lentivektorom koji je sadržavao sekvencu koja kodira humani DC-SIGN. cDNK humanog DC-SIGN je amplifikovana iz plazmida pUNO-hDCSIGN1Aa (InvivoGene) pa je klonirana nizvodno od promotora za humani ubikvitin-C u lentiviralnom plazmidu FUW sa ciljem da se stvori FUW-hDCSIGN. Alternativno, ćelijske linije su generisane uz pomoć stabilne transdukcije parentalnih 293T-ćelija sa VSVG-pseudotipiziranim amfotrofnim (ne-lentiviralni) vektorom koji je sadržavao sekvencu koja kodira DC-SIGN, sa ciljem poboljšavanja analize transdukcije sa česticama lentiviralnog vektora uz pomoć nizvodne nukleinske kiseline. Lentivektori ili amfotrofni vektori se tada pseudotipiziraju sa VSVG pa se koriste za transdukciju 293T-ćelija. Alternativno, ćelijske linije su generisane uz pomoć stabilne transdukcije parentalnih 293T-ćelija sa plazmidom koji kodira humani DC-SIGN. Nastale ćelije se tada boje uz pomoć antitela (antitelo protiv humanog DC-SIGN (BD Biosciences) pa se sortiraju sa ciljem da se dobije uniformna populacija ćelijskih linija DC-SIGN+.

[0164] U tri nezavisna eksperimenta, lentiviralni vektor koji je pseudotipiziran sa omotačem SIN-Var1 pokazuje približno 10-puta veći titar kada se uporedi sa onim koji su pseudotipizirani sa SVGmu ili sa HR-sojem Sindbis-virusa (Slika 3, gornji grafikon). U naknadnoj studiji je upoređena produktivnost tri varijante omotača Sindbisa. Prikazan je reprezentativan rezultat. Omotači Sin-Var1, Sin-Var2 i SIN-Var3 stvaraju čestice lentivirusnog vektora sa sličnim ukupnim titrom.

[0165] Specifičnost čestica viralnog vektora koji sadrži varijantu E2 glikobelančevine iz Sindbis-virusa je procenjena uz pomoć transdukcije 293T.hDC-SIGN ili parentalnih 293T-ćelija i merenja ekspresije vidljivog markera (tj., GFP) u ćelijskim linijama.

[0166] Ciljane ćelije (293T.hDC-SIGN ili 293T-ćelije) su posejane u posudu za kulturu sa 24 rupica (0.2x106 ćelija po rupici) pa su transdukovane sa viralnim supernatantima (1 ml po rupici) uz pomoć centrifugovanja posuda na 2,500 rpm i na 30° C tokom 90 min. Nakon toga, supernatanti su zamenjeni sa svežim medijumom za kulturu pa su inkubirani tokom 3 dana na 37° C. Procenat ćelija koje eksprimiraju pomenuti marker se meri uz pomoć protočne citometrije.

[0167] Kao šta je prikazano u tabeli ispod, obe belančevine, E2 varijanta 1 i E2 varijanta 3 preferencijalno ciljaju ćelije (specifične su za ćelije) koje su eksprimirale hDC-SIGN.

PRIMER 4

IMUNOGENOST ČESTICA LENTIVIRALNOG VEKTORA KOJE SADRŽE BELANČEVINE IZ OMOTAČA SINDBIS-VIRUSA

[0168] U ovom Primeru je određena imunogenost lentivirusnih vektora pseudotipiziranih sa različitim omotačima iz Sindbis-virusa. Specifičnije, određena je količina antigen-specifičnih CD8 T-ćelija i njihovi profili lučenja citokina. Korišćene E2 belančevine su bile SIN-Var1 (SEQ ID Br. 3), SIN-Var2 (SEQ ID Br. 4), SIN-Var3 (SEQ ID Br. 5), SVGmu (SEQ ID Br. 2).

[0169] Viralni genom obuhvata sekvencu koja kodira Ovalbumin (OVA). Čestice lentivirusnog vektora su generisane uz pomoć transfekcije 293T-ćelija kao šta je opisano u Primeru 2. Sakupljeni su spernatanti, a količina p24 je određena uz pomoć kompleta hemikalija ELISA (Advanced Bioscience Labs, Kensington MD). Pomenuta belančevina p24 je belančevina iz srži HIV koja dolazi u više pseudotipiziranih varijacija i je produkt gag gena. Miševi soja C57BU6 (5 miševa po grupi) su imunizovani nakon toga sa lentivektorom koji ne može da se integrira i koji kodira OVA. Određeni su broj i funkcija OVA257 (SIINFEKL) (SEQ ID BR 24) peptid-specifičnih CD8 T-ćelija i profili sekrecije citokina u slezini tokom dana 9 uz pomoć MHC-I/peptidnog multimera i bojanja intracelularnog citokina.

[0170] Ukratko, slezine su ekstrahovane i homogenizovane uz pomoć propuštanja kroz najlonski filter od 70 µM. Crvene krvne ćelije su lizirane uz pomoć hipotoničnog šoka kratkim izlaganjem destilovanoj vodi pa su odmah obnovljene u izotoničnoj sredini uz pomoć dodavanja 10x PBS. Približno 5x106 ćelija iz slezine po primerku je obojeno sa PE-označenim H-2Kb/OVA257 pentamerom (Prolmmune) na 25° C u PBS sa 2% FCS i 2 mM EDTA (FACS pufer). Ćelije su tada isprane dva puta pa su obojene sa bojom za žive ćelije LIVE/DEAD Near-Infrared (L/D NIR; Invitrogen) i sa sledećim antitelima označenim sa fluorohromom: CD44 FITC, CD19 PerCP-Cy5.5 i CD8 Pacific Blue (eBioscience) na 4° C. Podaci su sakupljeni na protočnom citometru tipa BD LSR II (50,000 CD8+ događaji) pa su analizirani sa programom FlowJo (TreeStar). Osnovna strategija za identifikovanje CD8 T-ćelija je bila kako sledi: limfociti (prema napred raspršeno lo-med, bočno raspršeno lo), pojedinačne ćelije (bočno raspršeni areal = bočno raspršeno u visini), žive ćelije (L/D NIR-), CD8 T-ćelije (CD8+ CD19-). Procenat ćelija koje eksprimiraju IFN-γ u CD8+-ulazu je određen i prikazan na Slikama 4A i 4B. Horizontalna linija prikazuje srednje vrednosti. Ne-specifično IFN-γ bojanje je određeno kod ćelija slezine miševa koji su primili (injekcijom) prenosnik (HBSS) i kod kojih su ćelije bile stimulisane in vitro sa peptidom. IFN-γ bojanje je ispod 0.2% za sve primerke koji su kultivirani bez peptida (nije prikazano). Osim frakcije CD8 T-ćelija koje proizvode IFN-γ, prikazana je frakcija IFN-γ+ ćelija koje takođe proizvode TNFα i/ili IL-2, kao šta je navedeno u legendi.

[0171] U jednom setu eksperimenata, količina korišćenih virusa je sadržavala 2500 ng ili 125 ng belančevine p24. Slika 4A ilustruje da lentivektori pseudotipizirani sa varijantom omotača iz Sindbisa imaju sličnu aktivnost in vivo. Kao šta je prikazano u lijevom panelu, srednja vrednost za antigen-specifične CD8 T-ćelije je gotovo ista kod dve različite dozne količine. Dodatno, srednja vrednost procenta IFN-γ ćelija je takođe slična. Obrasci sekrecije citokina, specifično frakcija IFN-gama pozitivnih ćelija koje takođe eksprimiraju IL-2 ili TNF-alfa, je takođe slična, sa najvećim procentom I IFN-γ ćelija negativnih za IL-2 i TNF-α.

[0172] U drugom setu eksperimenata, grupe od po 5 miševa su primile serijski razređenu dozu virusa ili prenosnika. Virus je pseudotipizovan sa SinVar1 ili SVGmu. Procenat ćelija sa fenotipom CD44hi H-2Kb/OVA257 pentamer+ je prikazan na Slici 4B. Linija koja povezuje prikazuje srednje vrednosti. Kao šta je prikazano na Slici 4B, SinVar1-pseudotipizirani LV je indukovao značajno veću ekspanziju antigen-specifičnih CD8 T-ćelija upoređeno sa SVGmu. Štaviše, SinVar1-pseudotipizirani lentivektori indukuju veći funkcionalni odgovor CD8 T-ćelija upoređeno sa SVGmu (Slika 4C). Ne-specifično IFN-γ bojanje je određeno u miševima koji su primili HBSS (prenosnik) i koji su bili ponovo stimulisani sa peptidom. IFN-γ bojanje je ispod 0.2% za sve primerke koji su kultivirani bez peptida (nije prikazano).

PRIMER 5

KONSTRUKCIJA LENTIVIRALNIH VEKTORA KOJI NE MOGU DA SE INTEGRIŠU (N I LV)

[0173] Konstruisani su brojni lentiviralni vektori koji ne mogu da se integrišu. Šeme primera lentivirusnih vektora su prikazane na Slici 5A. Gornji crtež prikazuje vektor u formi provirusa. Svi vektori sadrže donor za splajsovanje, signal za pakovanje (psi), element koji odgovara na Rev (RRE), donor za splajsovanje, akceptor za splajsovanje, centralni poli-purinski trakt (cPPT) i WPRE element. Dodatno, svi vektorski konstrukti sadrže promotor za ekspresiju u ćelijama sisara, i sekvencu od interesa, koja je označena kao "antigen" u primeru samog konstrukta. Promotori koji se koriste u Primerima uključuju promotor za humani ubikvitin C (UbiC), neposredni rani promotor iz citomegalovirusa (CMV), i promotor iz virusa Rousovog sarkoma (RSV).

[0174] Povećani pogled na U3-region je prikazan kao otvorena kutija sa sekvencom PPT (polipurinski trakt) odmah uzvodno. Ispod su prikazana tri različita U3-regiona u šematskoj formi; njihove sekvence su prikazane na Slici 5B i u SEQ ID BR: 21-23. Konstrukti sadrže delecije u U3-regionima. SIN-konstrukt ima deleciju od oko 130 nukleotida u U3 (Miyoshi, et al. J Virol 72: 8150, 1998; Yu et al. PNAS 83: 3194, 1986), koja otklanja TATA-kutiju, šta ukida aktivnost LTR-promotora. Delecije u konstruktima 703 i 704 povećavaju ekspresiju iz lentivirusnih vektora (Bayer et al. Mol Therapy 16: 1968, 2008). Dodatno, konstrukt 704 sadrži deleciju 3' PPT, koja smanjuje integraciju vektora (WO 2009/076524). Sekvence U3-regiona iz svih konstrukata su prikazane na Slici 5B. 3' PPT započinje na poziciji 3, a takođe su prikazane proširene delecije u odnosu na SIN-deletirani vektor.

PRIMER 6

EKSPRESIJA U DENDRITIMA NAKON TRANSDUKCIJE SA ČESTICAMA LENTIVIRALNOG VEKTORA

[0175] Ovaj Primer prikazuje nivo GFP (zelena fluorescentna belančevina) ekspresije u dendritima koja dolazi iz vektora sa proširenim U3 delecijama.

[0176] Serije virusa su proizvedene uz pomoć transfekcije 293T-ćelija kao šta je ovde opisano. Svi virusi su sadržavali SIN-Var1 omotač, vektorski genom koji sadrži UbiC- ili CMV-promotor koji je operativno spojen sa GFP transgenom, i nisu sadržavali integrazu zbog toga šta su imali D64V mutaciju. Grubi supernatanti su sakupljeni 48 h nakon transdukcije, a ekvivalentni volumeni svakog supernatanta su korišćeni da se transdukuju 293T-DCSIGN-ćelije. GFP ekspresija je određena 72 h nakon transdukcije koristeći protočni citometar tipa GUAVA Easy-Cyte. Ukupno 50,000 događaja je izbrojano za svaku transdukovanu ćelijsku populaciju. Podaci su analizirani uz pomoć programa za citometrijsku analizu FlowJo.

[0177] Slični rezultati su dobiveni za oba promotora, UbiC (Slika 6, panel A) i CMV (Slika 6, panel B). Lentivirusni vektori koji sadrže proširene U3-delecije (703 i 704) pokazuju veću ukupnu ekspresiju transgena u odnosu na SIN-deletirane vektore. Delecija PPT u konstruktu 704 je malo smanjila ekspresiju u odnosu na konstrukt 703.

PRIMER 7

VEKTORI SA VELIKIM DELECIJAMA U U3 NE MOGU DA SE INTEGRIŠU

[0178] Ovaj primer pokazuje relativnu efikasnost integracije SIN-Var1 pseudotipiziranih vektora koji sadrže kombinacije različitih vektorskih delecija bez integraze ili sa integrazom divljeg-tipa nakon transdukcije 293-DC-SIGN-ćelija.

[0179] Vektorski stokovi su generisani uz pomoć brojnih različitih kombinacija gena za Integrazu i U3-delecija. Vektori sa U3-delecijama (vidi Slike 5A i 5B), SIN, 703 i 704 su transfektovani kao šta je već opisano sa divljim-tipom gena za integrazu ili sa mutiranim genom za integrazu. Vektori u ovim eksperimentima sadrže GFP-2A-Neo transgen koji omogućava rezistenciju na GFP i G418. Okviri čitanja su spojeni preko 2A samo-cepajućeg peptida sa ciljem da se generišu individualne belančevine. GFP titri za sve vektorske stokove su određeni uz pomoć standardnih postupaka protočne citometrije. Vektorski stokovi su tada korišćeni da se inficiraju 293-DC-SIGN ćelije koje su bile uzgajane od prethodnog dana u posudama sa 6 rupica u koncentraciji od 5x105 ćelija/po rupici. Nakon transdukcije, ćelije su tretirane sa tripsinom svaka 72 h. Tokom svake pasaže, 2x105 ćelija je bilo ponovo posađeno u posude sa 6 rupica u 2 mL DMEM + 10% FBS. Preostale ćelije su korišćene da se odredi broj GFP+ ćelije uz pomoć protočne citometrije.

[0180] Na Slici 7, relativni GFP titar je predstavljen kao frakcija titra koji je primećen u prvoj pasaži. Gubitak GFP ekspresije reflektuje gubitak GFP transgena, šta je posledica nedostatka integracije tokom inicijalnog koraka transdukcije. Kao šta je očekivano, svi virusi koji sadrže D64V-mutiranu integrazu (IN-) nisu mogli da se integrišu. Dodatno, virusi koji sadrže PPT-deleciju (704) ne mogu da se integrišu čak i u prisutnosti divljeg-tipa IN gena. Ovo pokazuje da delecija 3' PPT obezbeđuje višestruki mehanizam bezbednosti kombinovan sa mutacijom integraze.

PRIMER 8

LENTIVIRUSNI VEKTORI KOJI MOGU I KOJI NE MOGU DA SE INTEGRIŠU POKAZUJU EKVIVALANTNU IMUNOGENOST

[0181] U ovom Primeru odgovori CD8 T-ćelija su procenjeni nakon imunizacije uz pomoć virusa koji mogu ili koji ne mogu da se integrišu.

[0182] Miševi soja C57BL/6 su imunizovani supkutano sa 2.5x1010 genoma lentivektora koji može da se integriše (Intwt) ili koji ne može da se integriše (IntD64V) i koji kodira Gag antigen iz virusa imunodificijencije simian-primata (SIV). Broj i funkcija SIV Gag-specifičnih CD8 T-ćelija u slezini su određeni tokom 10. dana uz pomoć bojanja citokina, kao šta je ovde opisano, uz iznimku da je za ponovno stimulisanje korišćen SIV Gag-derivisani peptid AAVKNWMTQTL. Slika 8 ilustruje da lentivektori koji ne mogu da se integrišu potiču odgovor CD8 T-ćelija koji je ekvivalentan sa onim kod lentivektora koji mogu da se integrišu. Štaviše, obrazac ekspresije citokina je sličan.

PRIMER 9

IMUNIZOVANJE SA DC-NILV OBEZBEĐUJE TERAPEUTSKI EFEKAT

[0183] U ovom Primeru, miševi koji su primili tumorske ćelije su tretirani uz pomoć imunizovanja sa DC-NILV koji eksprimiraju tumorski antigen.

[0184] BALB/c miševi su injektirani supkutano sa 2x104 CT26-ćelija karcinoma kolona. Jedan dan kasnije, miševi su tretirani supkutano sa prenosnikom ili sa preparatom SINvar1 pseudotipiziranih čestica lentivirusnog vektora koji je sadržavao 3.2 µg p24-kapsidne belančevine. Omotač viralnog vektora obuhvata varijantu E2 iz Sindbis-virusa kao šta je ovde opisano, pri čemu vektor ne može da se integriše i kodira AH1A5 peptid (SPSYAYHQF;SEQ ID BR. 25), modifikovani omotač MMTV gp70 CD8 T-ćelija koji je antigen odbacivanja važan za CT26-tumorske ćelije. Prikazan je početni tumorski rast kao i dugotrajno preživljavanje imunizovanih miševa u odnosu na kontrolne. Slika 9 pokazuje da tumor raste sporije kod miševa koji su primili DC-NILV i dodatno, rata preživljavanja (merena tokom 75 dana) je značajno bolja (60% preživljavanja u odnosu na 20%). Prema tome, lentivektori koji ciljaju DC i koji ne mogu da se integrišu (DC-NILV) su efektivni u terapeutskom tretmanu tumora.

LISTA SEKVENCI

<110> Immune Design Corporation

<120> LENTIVIRALNI VEKTORI PSEUDOTIPIZIRANI SA OMOTAČEM OD GLIKOBELANČEVINE IZ SINDBIS-VIRUSA

<130> IDC 203PC

<160> 27

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 423

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<220>

<221> misc_feature

<222> (160)..(160)

<223> Xaa može da bude bilo koja prirodna amino kiselina

<400> 1

<210> 2

<211> 986

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 2

<210> 3

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 3

<210> 4

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 4

<210> 5

<211> 980

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 5

<210> 6

<211> 981

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 6

<210> 7

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 7

<210> 8

<211> 981

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 8

<210> 9

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 9

<210> 10

<211> 981

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 10

<210> 11

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 11

<210> 12

<211> 981

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 12

<210> 13

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 13

<210> 14

<211> 981

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 14

<210> 15

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 15

<210> 16

<211> 981

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 16

<210> 17

<211> 982

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 17

<210> 18

<211> 423

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 18

<210> 19

<211> 65

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 19

<210> 20

<211> 488

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 20

<210> 21

<211> 683

<212> DNA

<213> Virus ljudske imunodeficijencije tip 1

<400> 21

<210> 22

<211> 416

<212> DNA

<213> Virus ljudske imunodeficijencije tip 1

<400> 22

<210> 23

<211> 401

<212> DNA

<213> Virus ljudske imunodeficijencije tip 1

<400> 23

<210> 24

<211> 8

<212> PRT

<213> Gallus gallus

<400> 24

<210> 25

<211> 9

<212> PRT

<213> Mus musculus

<400> 25

<210> 26

<211> 5

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 26

<210> 27

<211> 4

<212> PRT

<213> Sindbis virus

<400> 27

Claims

1. Čestice lentiviralnog vektora, naznačene time, što obuhvataju: (a) omotač koji se sastoji od (i) E2 glikobelančevine iz Sindbis-virusa sa SEQ ID BR: 1 gde 160X je odsutna ili je neka amino-kiselina koja je različita od glutaminske kiseline, ili od varijante SEQ ID BR: 1 koja ima najmanje 80% identičnosti sa SEQ ID BR: 1 i gde 160X je odsutna ili je neka amino-kiselina koja je različita od glutaminske kiseline, koja je sposobna da inficira dendrite; pri čemu E2 nije deo fuzione belančevine sa E3 iz Sindbis-virusa; i (b) genom lentiviralnog vektora koji obuhvata jednu ili više sekvenci od interesa.

2.Čestica lentiviralnog vektora iz zahteva 1, naznačena time, što je u njoj 160X odsutna ili je glicin, alanin, valin, leucin ili izoleucin, na primer je izabrana iz glicina, valina, leucina ili izoleucina.

3. Čestica lentiviralnog vektora iz zahteva 1 ili 2, naznačena time, što varijanta E2 glikobelančevine ima najmanje jednu amino-kiselinu koja je promenjena sa ciljem da se smanji njen neto pozitivni naboj.

4. Čestica lentiviralnog vektora iz zahteva 3, naznačena time, što najmanje jedna amino-kiselina koja treba da se promeni sa ciljem da se smanji neto pozitivni naboj je izabrana iz lizina 70, lizina 76 ili lizina 159 iz SEQ ID BR: 1, pri čemu su supstitucije preferirano nezavisno izabrane iz glutaminske kiseline ili asparaginske kiseline.

5. Čestica lentiviralnog vektora iz zahteva 1, naznačena time, što sekvenca E2 varijante sadrži amino-kiselinske ostatke 66 do 488 iz SEQ ID BR: 3, amino-kiselinske ostatke 66 do 488 iz SEQ ID BR: 4, ili amino-kiselinske ostatke 66 do 486 iz SEQ ID BR: 5; (varijante 1, 2 i 3).

6. Čestica lentiviralnog vektora iz zahteva 1-5, naznačena time, što predstavlja varijantu u kojoj sekvenca sa ostacima 71-75 iz SEQ ID BR: 1 nije promenjena ili ima jednu ili dve supstitucije koje ne utiču na sposobnost pomenute varijante da inficira DC, ali ne menjaju broj amino-kiselina u tom regionu.

7. Čestica lentiviralnog vektora iz bilo kojeg od zahteva od 1-6, naznačena time, što sekvenca od interesa eksprimira produkt koji je antigen iz agensa koji uzrokuje bolest ili iz bolesne ćelije.

8. Čestica lentiviralnog vektora iz bilo kojeg od zahteva od 1-6, naznačena time, što sekvenca od interesa kodira tumor-specifični antigen, ponekad NY-ESO-l, MAGE, MART-l/Melan-A, BAGE, RAGE, antigen iz linije melanocitnog melanoma, poput gplOO, gp75, mda-7, tirozinaze ili belančevine slične tirozinaze; antigen iz karcinoma bubrežnih ćelija, 5T4, SM22-alfa, karbonsku anhidrazu I, karbonsku anhidrazu IX (takođe poznatu kao G250), faktore koji se induciraju hipoksijom (ponekad, HIF-1 alfa ili HIF-2alfa), VEGF ili membranski antigen specifičan za prostatu (PSMA), antigen specifičan za prostatu (PSA), fosfati prostatne kiseline, šest-transmembranski epoitelijalni antigen iz prostate (STEAP), NKX3. 1, epitop belančevina/peptida koji su dobiveni iz gena koji mutiraju u tumorskim ćelijama ili gena koji se transkribiraju u drugačijim nivoima u tumoru u odnosu na normalne ćelije, poput encima telomeraze, survivina, mezotelina, mutiranog ras, bcr/abl rearanžmana, Her2/neu, mutiranog ili divljeg-tipa p53, citohroma P450 1B1, nenormalno eksprimiranih intronskih sekvenca poput N-acetilglukozaminiltransferaze-V; klonalni rearanžmani imunoglobulinskih gena koji generišu jedinstvene idiotipove mijeloma ili limfoma B-ćelija; epitop belančevina/peptida koji su dobiveni tokom onkoviralnih procesa, poput belančevine E6 ili E7 iz humanog papiloma-virusa; ili ne-mutirane onkofetalne belančevine sa tumor-selektivnom ekspresijom, poput karcinoembrionskog antigena ili alfa- fetobelančevine.

9. Čestica lentiviralnog vektora iz bilo kojeg od zahteva od 1- 7, naznačena time, što sekvenca od interesa kodira antigen izveden iz virusa, poput antigena iz HIV ili SIV, polipeptida adenovirusa, polipeptida alfavirusa, polipeptida kalicivirusa, tj., antigen iz kapsida kalicivirusa, polipeptida koronavirusa, polipeptida distemper-virusa, polipeptida Ebola-virusa, polipeptida enterovirusa, polipeptida flavivirusa, polipeptida hepatitis virusa (AE), tj., antigen iz srži ili površine hepatitisa B, ili belančevine E1 ili E2 iz virusa hepatitisa C, srž, ili ne-strukturne belančevine, polipeptida herpesvirusa, tj., glikobelančevine iz herpes-simpleks virusa ili virusa varicella-zoster, polipeptida virusa imunodificijencije, tj., omotač ili proteaza iz virusa humane imunodificijencije, polipeptida virusa infektivnog peritonitisa, polipeptida virusa influence, tj., hemaglutinin, neuraminidazu iz influence A; ili nukleobelančevina, polipeptida iz virusa leukemije, polipeptida Marburg-virusa, polipeptida ortomiksovirusa, polipeptida papiloma-virusa, polipeptida virusa parainfluence, tj., hemaglutinin/neuraminidaza, polipeptida paramiksovirusa, polipeptida parvovirusa, polipeptida pestivirusa, polipeptida pikoma-virusa, tj., polipeptida iz kapsida poliovirusa, polipeptida poks-virusa, tj., polipeptida vakcinija-virusa, polipeptida virusa besnila, tj., glikobelahčevina G iz virusa besnila, polipeptida reovirusa, polipeptida retrovirusa, ili polipeptida rotavimsa.

10. Kompozicija koja obuhvata česticu lentiviralnog vektora iz bilo kojeg od zahteva od 1-9, naznačena time, što sadrži IU od najmanje 105/mL.

11. Sistem za pakovanje lentiviralnog vektora za proizvodnju pseudotipizirane čestice lentiviralnog vektora iz bilo kojeg od zahteva od 1-9, ili kompozicija iz zahteva 10, naznačeni time, što obuhvataju: (i)prvi molekul nukleinske kiseline koji kodira E2 glikobelančevinu iz Sindbis- virusa iz zahteva 1 (a)(i), i; (ii)drugi molekul nukleinske kiseline koji kodira gag- i pol-belančevinu, (iii)treći molekul nukleinske kiseline koji kodira rev; (iv)genom lentiviralnog vektora koji sadrži sekvencu od interesa; i (v)ćeliju za pakovanje.

12. Sistem za pakovanje lentiviralnog vektora iz zahteva 11, naznačen time, što: (a)pol-belančevina sadrži ne-funkcionalnu integrazu; i/ili (b)pol-belančevina sadrži ne-funkcionalnu integrazu sa D64V mutacijom; i/ili (c)genom lentiviralnog vektora je takav da ne može da se integriše; i/ili (d)ćelija za pakovanje je stabilno transformisana sa (ii) i (iii); i/ili (e)ćelija za pakovanje je transformisana sa (i) i (iv).

13. lzolovan molekul nukleinske kiseline, naznačen time, što obuhvata nukleotidnu sekvencu koja kodira E2 glikobelančevinu ili varijantu iz zahteva 1 (a)(i), ili bilo kojeg od zahteva od 2-9.

14. Molekul nukleinske kiseline iz zahteva 13, naznačen time, što pomenuta belančevina je E3/E2/6K/El-polibelančevina iz Sindbis-a koja se obrađuje na način da E2 belančevina nije deo fuzione belančevine sa E3 kada se ugradi u viralni omotač.

15. Molekul nukleinske kiseline iz zahteva 14, naznačen time, što E3 sekvenca odgovara (a) ostacima 1-65 iz SEQ ID BR: 20, ili (b) njena varijanta ima najmanje 80% identičnosti sa ostacima 1-65 iz SEQ ID BR: 20, pri čemu ostaci 62-65 su RSKR (SEQ ID BR: 27), a pomenuta varijanta je sposobna da se ugradi u pseudotipizirani viralni omotač.

16. Postupak za proizvodnju Čestice lentiviralnog vektora iz bilo kojeg od zahteva od 1-9, ili kompozicija iz zahteva 10 koja sadrži kultiviranje lentiviralnog sistema iz zahteva 11.

17. Lentiviralna čestica iz bilo kojeg od zahteva od 1-9, ili kompozicija iz zahteva 10, naznačeni time, što genom lentiviralnog vektora (a)sadrži inaktivisano ili samo-inaktivirajuće 3' dugo terminalno ponavljanje (LTR); i/ili (b)obuhvata U3-element kojemu nedostaje najmanje: (i)sekvenca-pojačivač; (j) (ii) TATA-kutija (iii) Spl-mesto (iv) NK-kapa B-mesto i (v) polipurinski trakt (PPT); i/ili (c)obuhvata nukleotidnu sekvencu iz SEQ ID BR: 21, 22 ili 23; i/ili, (d)obuhvata nukleotidnu sekvencu koja kodira faktor za sazrevanje/stimulisanje dendrita.

18. Čestica lentiviralnog vektora u skladu sa bilo kojem od zahteva od 1-9, ili kompozicija iz zahteva 10, naznačeni time, što se koriste u postupku za tretman ljudskog ili životinjskog subjekta, pri čemu tretman ponekad obuhvata dostavu čestica lentiviralnog vektora u dendrite ex vivo.

19. Čestice lentiviralnog vektora prema bilo kojeg od zahteva od 1-9, ili kompozicija iz zahteva 10, naznačeni time, što se koriste za indukovanje antigen-speciflčnog imuno odgovora, ponekad humoralnog odgovora i/ili ćelijskog odgovora.

20. Terapeutsku ili profilaktičku vakcinu, naznačena time, što obuhvata čestice lentiviralnog vektora iz bilo kojeg od zahteva od 1-9, ili kompoziciju iz zahteva 10, i neki farmaceutski prihvatljivi ekscipijent.

21. Terapeutska ili profilaktička vakcina u skladu sa zahtevom 20, naznačena time, što dodatno obuhvata neki dodatak.

22. Terapeutska ili profilaktička vakcina u skladu sa zahtevom 21, naznačena time, što pomenuti dodatak je neki dodatak sa formulom (I): gde A1 i A2 su nezavisno izabrani iz grupe koja obuhvata vodonik, fosfat, i fosfatne soli, a ostaci R1, R2, R3, R4, R5 i R6 su nezavisno izabrani iz grupe ugljovodonika koji imaju 3 do 23 ugljenika, a su predstavljeni sa C3-C23.

23. Terapeutska ili profilaktička vakcina u skladu sa zahtevom 22, naznačena time, što (a) A1 je fosfat ili fosfatna so, a A2 je vodonik, i(b) (i) R1, R3, R5 i R6 su C11-C20 alkil, a R2 i R4 su C12-C20 ugljovodonik; ili(ii) R1, R3, R5 i R6 su C11 alkil, a R2 i R4 su C13 ugljovodonik; ili(iii) R1, R3, R5 i R6 su undecil, a R2 i R4 su tridecil.