PL189322B1 - Sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego oraz sposób wyznaczania odpowiedzi genomowej komórek na ekstrakt roślinny - Google Patents

Sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego oraz sposób wyznaczania odpowiedzi genomowej komórek na ekstrakt roślinny

Info

Publication number
PL189322B1
PL189322B1 PL97333181A PL33318197A PL189322B1 PL 189322 B1 PL189322 B1 PL 189322B1 PL 97333181 A PL97333181 A PL 97333181A PL 33318197 A PL33318197 A PL 33318197A PL 189322 B1 PL189322 B1 PL 189322B1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
extract
cells
treated
rna
isolated
Prior art date
Application number
PL97333181A
Other languages
English (en)
Other versions
PL333181A1 (en
Inventor
Albert Beaufour
Jacques-Pierre Moreau
Original Assignee
Sod Conseils Rech Applic
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Sod Conseils Rech Applic filed Critical Sod Conseils Rech Applic
Publication of PL333181A1 publication Critical patent/PL333181A1/xx
Publication of PL189322B1 publication Critical patent/PL189322B1/pl

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicines Containing Plant Substances (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)

Abstract

1. Sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego, znamienny tym, ze najpierw ko- mórki poddaje sie dzialaniu ekstraktu roslinnego, nastepnie z komórek traktowanych eks- traktem wyizolowuje sie bialko lub RNA, po czym identyfikuje sie w przypadku których bialek lub RNA wyizolowanego z komórek traktowanych ekstraktem nastapila zmiana ste- zenia wzgledem komórek nie traktowanych ekstraktem, komórki poddaje sie dzialaniu zwiazku Iub zwiazków otrzymanych z ekstraktu roslinnego, z komórek traktowanych zwiazkiem lub zwiazkami wyizolowuje sie bialko lub RNA i identyfikuje sie zwiazki po- wodujace ekspresje lub supresje bialka lub RNA, wystepujacego w innym stezeniu niz w komórkach nie traktowanych ekstraktem, przy czym wyklucza sie podawanie ekstraktu czlowiekowi. PL PL PL

Description

Przedmiotem wynalazku jest zatem sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego, w którym komórki najpierw poddaje się działaniu ekstraktu roślinnego, następnie z komórek traktowanych ekstraktem wyizolowuje się białko Iub RNA, po czym identyfikuje się w przypadku których białek Iub rNa wyizolowanego z komórek traktowanych ekstraktem nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem, komórki poddaje się działaniu związku Iub związków otrzymanych z ekstraktu roślinnego, z komórek traktowanych związkiem Iub związkami wyizolowuje się białko Iub RNA i identyfikuje się związki powodujące ekspresję Iub supresję białka Iub RNA, występującego w innym stężeniu niż w komórkach nie traktowanych ekstraktem, przy czym wyklucza się podawanie ekstraktu człowiekowi.
W jednym z korzystnych wariantów realizacji w sposobie według wynalazku białko wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym oraz z komórek traktowanych wspomnianym związkiem Iub związkami.
W innym korzystnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku RNA wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym oraz z komórek traktowanych wspomnianym związkiem Iub związkami, przy czym RNA korzystnie jest matrycowym RNA.
W jeszcze innym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku ekstrakt roślinny i wspomniany związek Iub związki stosuje się in vitro.
W kolejnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku identyfikuje się w przypadku których białek Iub RNA wyizolowanego z komórek traktowanych ekstraktem nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystnie, w sposobie według wynalazku sekwencjonuje się zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystniej, w sposobie według wynalazku identyfikuje się gen kodujący zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
W następnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku identyfikuje się RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystnie, w sposobie według wynalazku sekwencjonuje się zidentyfikowany RNA z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystniej, w sposobie według wynalazku identyfikuje się gen zidentyfikowany przez RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
W dalszym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku rodzaj komórek ma związek z biologicznym miejscem działania ekstraktu roślinnego.
189 322
W kolejnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku RNAjest matrycowym RNA.
Przedmiotem wynalazku jest również sposób wyznaczania odpowiedzi genomowej komórek na ekstrakt roślinny, polegający na tym, że najpierw komórki poddaje się działaniu ekstraktu roślinnego, następnie z komórek traktowanych ekstraktem wyizolowuje się białko lub RNA, po czym porównuje się białko lub RNA wyizolowane komórek traktowanych ekstraktem roślinnym z białkiem Iub RNA z komórek nie traktowanych ekstraktem, przy czym wyklucza się podawanie ekstratu człowiekowi.
W jednym z korzystnych wariantów realizacji w sposobie według wynalazku białko wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym.
W innym korzystnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku RNA wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, przy czym RNA korzystnie jest matrycowym RNA.
W jeszcze innym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku ekstrakt roślinny stosuje się in vitro.
W kolejnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku identyfikuje się w przypadku których białek Iub RNA wyizolowanego z komórek traktowanych ekstraktem nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystnie, w sposobie według wynalazku sekwencjonuje się zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystniej, w sposobie według wynalazku identyfikuje się gen kodujący zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
W następnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku identyfikuje się RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystnie, w sposobie według wynalazku sekwencjonuje się zidentyfikowany RNA z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem. Korzystniej, w sposobie według wynalazku identyfikuje się gen zidentyfikowany przez RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
W dalszym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku rodzaj komórek ma związek z biologicznym miejscem działania ekstraktu roślinnego. Na przykład, jeśli wiadomo, że ekstrakt roślinny działa leczniczo w astmie, raku, zaburzeniach krążenia Iub schorzeniach neurologicznych, to stosowanymi do badań komórkami są odpowiednio: komórki płuc, naczyń Iub komórki nerwowe.
W kolejnym wariancie realizacji w sposobie według wynalazku RNAjest matrycowym RNA.
Pojęcie „ekstrakt roślinny” oznacza wiele różnych naturalnych związków, które są izolowane z rośliny (np. z liści, kory, owoców, kwiatów, nasion Iub korzeni). Przykładem takiego ekstraktu jest ekstrakt z drzewa Ginkgo biloba. Pojęcie „komórki” może oznaczać izolowaną komórkę (np. otrzymaną z organizmu człowieka Iub zwierzęcia) Iub komórki tkanek Iub narządów organizmu. Komórka może być komórką zdrową Iub chorą (np. komórka patologicznie Iub fizjologicznie różniąca się od zdrowej, jak komórka guza nowotworowego).
Ekstrakt roślinny i związek Iub związki mogą być podane komórkom in vitro Iub in vivo (np. komórkom zdrowego zwierzęcia, od którego komórki są następnie pobierane po zastosowaniu ekstraktu roślinnego, związku Iub związków). Gdy stosuje się metodę badań in vitro, białko Iub RNA może być na przykład wyizolowane bezpośrednio po zastosowaniu ekstraktu roślinnego, związku Iub związków Iub w czasie do 1 dnia po ich zastosowaniu. Gdy stosuje się metodę in vivo, białko Iub RNA może być na przykład wyizolowane bezpośrednio po podaniu zwierzęciu ekstraktu roślinnego, związku Iub związków Iub w czasie do 1 dnia po ich podaniu. Białko może pozostawać w komórkach Iub być wydzielone na zewnątrz. Przykładami takich białek są receptory, czynniki wzrostu, enzymy Iub czynniki transkrypcyjne.
Inne cechy i zalety wynalazku są opisane w dalszej, szczegółowej części opisu.
Znany jest fakt, że osoba biegła w dziedzinie może, na podstawie niniejszego opisu, w pełni wykorzystać wynalazek. Dlatego przedstawione dalej szczegółowe zastosowania wynalazku nie ograniczają jego zakresu.
189 322
O ile nie podano innej definicji, wszystkie terminy techniczne i naukowe użyte w opisie mają takie samo znaczenie, jak terminy powszechnie używane przez osoby biegłe w dziedzinie wynalazku. Podano także źródła wszystkich publikacji, zgłoszeń patentowych, patentów i inne, na które powołano się w opisie.
Ekstrakty roślinne mogą być sporządzone za pomocą standardowych technik ekstrakcji (np. przy użyciu wody do ekstrakcji związków rozpuszczalnych w wodzie, alkoholi i acetonu do ekstrakcji związków rozpuszczalnych w tłuszczach lub ich mieszanin).
Ekstrakt może być dalej oczyszczany w celu zmniejszenia liczby obecnych w nim związków Iub nawet izolacji pojedynczego związku Iub klasy związków przy użyciu standardowych technik takich, jak chromatografia i krystalizacja, patrz np. Ginkgolides-Chemistry, Biology, Pharmacology and Clinical Perspectives, wydane przez P. Braquet (J. R. Prous, Science Publishers, Barcelona, Spain 1988); Okabe, J. Chem. Soc. (c) str. 2201 (1967) i Nakauishi, Pure & Applied Chemistry 19:89 (1967).
Komórki docelowe, z hodowli, są zbierane przed i po zadziałaniu na nie ekstraktem roślinnym w ustalonych stężeniach (np. ekstrakt z Ginkgo biloba). Procedura ta może być zastosowana w stosunku do komórek pochodzących z docelowej tkanki lub narządu organizmu, który poddano działaniu dawki lub wielu dawek ekstraktu roślinnego. Komórki są poddawane lizie, a białka są rozpuszczane w buforach z detergentami (np. Tween 20, SDS lub NP-40 dostarczane przez Sigma Chemicals, St. Louis, MO, USA). Białka są rozdzielane za pomocą dwuwymiarowej elektroforezy w żelu, w jednym wymiarze rozdziela się pod kątem punktu izolelektrycznego, zaś w drugim gradientu, patrz np. Ausubel, A.M. i wsp., Current Protocols in Molecular Biology, str. 10.3.1-10.4.5 (John Wiley & Sons, 1987). Jest to najbardziej czuła metoda badania złożonych mieszanin białek (np. na pojedynczym żelu 2-D można rozdzielić aż 1500 białek, patrz np. O'Farrell, P.H., J. Biol. Chem. 250:4007-4021 (1975).
Obraz ekspresji białka może być uwidoczniony za pomocą barwienia barwnikiem Coomasie Blue (Ausubel, A.M. i wsp., Current Protocols in Molecular Biology, str. 10.6.1 (John Wiley & Sons, 1987) lub barwienia azotanem srebra (Ausubel, A.M. i wsp., Current Protocols in Molecular Biology, str. 10.6.1-10.6.3. John Wiley & Sons, 1987). Komórki mogą być także znakowane radioaktywnymi aminokwasami, np. ‘^S-metioniną (Amersham Corp., Arlington Heights, ll), obraz ekspresji znakowanych białek na żelach 2-D jest odczytywany za pomocą autoradiografii. W przypadku, gdy badany jest obraz białek zmodyfikowanych potranslacyjnie, np. białek ufosforylowanych, do inkubowanego podłoża dodaje się radioaktywny donor fosforanowy taki, jak P32-yATP (Amersham Corp., Arlington Heights, ll), wówczas obraz ufosforylowanego białka w żelach 2-D może być uwidoczniony za pomocą autoradiografii, patrz Hansen, K. i wsp., Electrophoresis 14:112-116 (1993) i Guy, R., Electrophoresis 15:417440 (1994). W ostatnim przypadku ekspresja nie znakowanej fosfoproteiny może być uwidoczniona przy użyciu przeciwciał fosfotyrozyny lub fosfoseryny przez przenoszenie żeli na filtr nitrocelulozowy patrz, np. Ausubel, A.M. i wsp., Current Protocols in Molecular Biology, str. 10.7.1-10.8.6 (John Wiley & Sons, 1987).
Specyficzne procesy genomowe są wykrywane dzięki porównywaniu wzoru ekspresji białka w komórkach przed i po zadziałaniu ekstraktu roślinnego. Specyficzne prążki białkowe w żelach 2-D, które wykazują nasilenie lub ograniczenie ekspresji, jak wynika z intensywności barwienia na mapie białkowej, reprezentują zmiany aktywności genomowej wywołane przez ekstrakt roślinny. Sposób jest w wysokim stopniu powtarzalny i może służyć pozyskiwaniu małych ilości maksymalnie czystych białek do analizy sekwencji aminokwasów przy użyciu standardowych technik (np. Edmans amino-terminal chemistry) patrz np. Graven i wsp., J. Biol. Chem. 269-24446 (1994).
W przypadku białek, które ulegają ekspresji w małych ilościach, niewystarczających do wykonania sekwencjonowania, prążki białkowe mogą być wycięte z żelów 2-D i użyte bezpośrednio immunizacji królików w celu wytworzenia przeciwciał, patrz Harlow, E. & Lane, D., Anitibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988, str. 61. Dostępność przeciwciała pozwala na oczyszczenie immunologicznymi metodami powinowactwa większych ilości pożądanego białka do celów jego zsekwencjono wania.
Znając sekwencję peptydu, można zsyntezować oligonukleotydy (w oparciu o najczęściej spotykany lub najbardziej pożądany kod genetyczny), które będą służyły jako sondy do
189 322 przeszukiwania biblioteki cDNA w celu uzyskania pełnej długości sekwencji kodującej gen lub geny, patrz np. Sambrook, J. i wsp., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Book 2, (drugie wydanie, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989).
Innym sposobem wykrywania zmian zachodzących procesów genomowych w odpowiedzi na ekstrakt roślinny jest monitorowanie zmian matrycowego RNA (mRNA) w komórce (Liang, P. & Pardee, A.B., Science 257:967-971, 1992). Komórka poddawana jest działaniu ekstraktu w hodowli, Iub komórki z docelowej tkanki Iub narządu organizmu są poddawane działaniu miejscowemu Iub systemowemu dawki albo wielu dawek ekstraktu roślinnego przez określony czas, a następnie są ekstrahowane.
Matrycowe RNA otrzymuje się standardowymi metodami ekstrakcji całkowitego RNA według sposobów opisanych w Ausubel, A.M. i wsp., Current Protocols in Molecular Biology, str. 4.1.2-4.3.4 (John Wiley & Sons, 1987). Następnie, stosując technikę chromatografii oligo-dT otrzymuje się Poly(A+) RNA (Aviv, H. & Leder, P., J. Mol. Biol. 134-743 (1972), jak opisano w Ausubel, A.M. i wsp. Current Protocols in Molecular Biology, str. 4.5.1-4.5.3 (John Wiley & Sons, 1987).
Przygotowuje się dwie pule mRNA, jedną z komórek, którym nie podano ekstraktu roślinnego a drugą z komórek po zadziałaniu tego ekstraktu. Specyficzne procesy genomowe występują w obu pulach w zależności od tego, czy ekstrakt roślinny wywołuje supresję aktywności genu, czy aktywację ekspresji genu. W przypadku, gdy w odpowiedzi na działanie ekstraktu roślinnego gen jest hamowany, mRNA będzie obecne w większych ilościach w puli mRNA otrzymanej z komórek kontrolnych. W przypadku, gdy w odpowiedzi na działanie ekstraktu roślinnego, gen jest aktywowany mRNA będzie obecne w większych ilościach w puli mRNA otrzymanej z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym. W celu zidentyfikowania populacji mRNA, które są aktywowane Iub hamowane można zastosować wiele technik, np. hybrydyzację subtraktywną Iub obrazowanie dyferencyjne.
Techniki hybrydyzacji subtraktywnej (Lee, S.W. i wsp., Proc. Natl. Acad. Sei. 88:2825, 1991), zostały rozwinięte, gdy mRNA z jednej Iub dwóch puli przekształcano w pierwszą nić cDNA (antysensową) przy użyciu primerów oligo-dT przyłączonych do cząstki celulozy Iub wolnych primerów i odwrotnej transkryptazy, patrz np. Sambrook, J. i wsp., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Book 2, str. 10.46 (drugie wydanie, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989). W przypadku, gdy pierwsza nić jest przyłączona do cząstki celulozy, subtraktywna chromatografia mRNA może być wykonana poprzez przepuszczenie drugiej puli mRNA przez kolumnę. mRNA obecne w obu pulach będzie hybrydyzować (np. mRNA z drugiej puli będzie hybrydyzować z anty-sensownym cDNA na kolumnie i pozostanie na kolumnie). Frakcja ruchoma, która nie hybrydyzuje ze złożem w kolumnie, będzie zawierała cząsteczki mRNA wytworzone na skutek zmian aktywności genomowej wynikającej z działania na komórki ekstraktu roślinnego. Stosując opisanego wyżej metody, wykorzystując cząsteczki mRNA z frakcji ruchomej, można stworzyć bakteriofagową bibliotekę cDNA, patrz np. Sambrook, J. i wsp., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Book 2, str. 8.11-8.45 (drugie wydanie, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989).
Klony, których mRNA nie występowało w pierwszej puli mRNA są identyfikowane jako płytki nie-hybrydyzujące, jeśli biblioteka jest przeszukiwana sondami znakowanymi na końcach 32P, wytworzonymi w pierwszej puli. Opisano również inne podobne sposoby identyfikacji, patrz Sambrook, J. i wsp., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Book 2, str. 10.41, 10.42 (drugie wydanie, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989).
Zaangażowane geny będą identyfikowane przez sekwencjonowanie DNA otrzymanego z klonów cDNA, patrz np. Sambrook, J. i wsp., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Book 2, str. 13.3-13.20 (drugie wydanie, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989).
Metoda dyferencyjnego obrazowania mRNA jest dobrze opisana w literaturze, patrz Liang, P. & Pardee, A.B., Science 257:967-970 (1992); Callard, D. i wsp., BioTechniques 16:1096-1103 (1994); Chen, Z. i wsp. BioTechniques 16:1003-1006 (1994) i Zhao, S. i wsp., BioTechniques 20:400-404 (1996). Częściowe sekwencje cDNA są przygotowywane przez odwrotną transkrypcję z mRNA otrzymanego z ekstraktu roślinnego Iub komórek, na które działano ekstraktem i na które nie działano ekstraktem roślinnym, patrz np. Sambrook, J. i wsp. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Book 2, str. 10.46 (drugie wydanie, Cold
189 322
Spring Harbor Laboratory Press, 1989) i amplifikowane w reakcji łańcuchowej polimerazy, np. zastosowanie 5'-TnCAjako primera 3' i krótkiego (6-7 zasad) primera 5'. W reakcji amplifikacji stosuje się znakowanie a35S-dATP. Znakowane, krótkie fragmenty po amplifikacji PCR, z każdej puli mRNA, są następnie frakcjonowane (np. rozdzielane) na żelach sekwencyjnych DNA. Prążki, których natężenie różni się w zależności od puli mRNA są wycinane z żelu, ponownie poddane amplifikacji i używane jako próbka do przeszukiwania biblioteki cDNA, jak opisano powyżej, w celu identyfikacji genów, na których aktywność wpływa ekstrakt roślinny.
W ten sposób, profil genowy specyficznych komórek odpowiadających na działanie określonego ekstraktu roślinnego może być skatalogowany bez znajomości komponentów zawartych w ekstrakcie roślinnym. Zastosowanie ekstraktu roślinnego może być rozszerzane dzięki roli niektórych genów w specyficznych procesach biologicznych. W ten sposób potencjał terapeutyczny produktu może wykraczać poza znane właściwości farmakologiczne lub znana właściwość farmakologiczna może być weryfikowana genomowo. Co więcej, podobnie działające związki ekstraktu mogą być zidentyfikowane jako środki lecznicze w oparciu o aktywność ekstraktu w zakresie określonych zdarzeń genomowych. Jest zrozumiałe, że o ile wynalazek został przedstawiony szczegółowo w opisie, opis ten ma na celu zilustrowanie wynalazku bez ograniczania jego zakresu, ujętego w załączonych zastrzeżeniach patentowych.
Departament Wydawnictw UP RP. Nakład 50 egz.
Cena 2,00 zł.

Claims (24)

  1. Zastrzeżenia patentowe
    1. Sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego, znamienny tym, że najpierw komórki poddaje się działaniu ekstraktu roślinnego, następnie z komórek traktowanych ekstraktem wyizolowuje się białko lub RNA, po czym identyfikuje się w przypadku których białek lub RNA wyizolowanego z komórek traktowanych ekstraktem nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem, komórki poddaje się działaniu związku Iub związków otrzymanych z ekstraktu roślinnego, z komórek traktowanych związkiem Iub związkami wyizolowuje się białko Iub RNA i identyfikuje się związki powodujące ekspresję Iub supresję białka Iub RNA, występującego w innym stężeniu niż w komórkach nie traktowanych ekstraktem, przy czym wyklucza się podawanie ekstraktu człowiekowi.
  2. 2. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że białko wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym oraz z komórek traktowanych wspomnianym związkiem Iub związkami.
  3. 3. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że RNA wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym oraz z komórek traktowanych wspomnianym związkiem Iub związkami, przy czym RNA korzystnie jest matrycowym RNA.
  4. 4. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że ekstrakt roślinny i wspomniany związek Iub związki stosuje się in vitro.
  5. 5. Sposób według zastrz. 2, znamienny tym, że identyfikuje się w przypadku których białek Iub RNA wyizolowanego z komórek traktowanych ekstraktem nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  6. 6. Sposób według zastrz. 5, znamienny tym, że sekwencjonuje się zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  7. 7. Sposób według zastrz. 6, znamienny tym, że identyfikuje się gen kodujący zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  8. 8. Sposób według zastrz. 3, znamienny tym, że identyfikuje się RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  9. 9. Sposób według zastrz. 8, znamienny tym, że sekwencjonuje się zidentyfikowany RNA z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  10. 10. Sposób według zastrz. 9, znamienny tym, że identyfikuje się gen zidentyfikowany przez RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  11. 11. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że rodzaj komórek ma związek z biologicznym miejscem działania ekstraktu roślinnego.
  12. 12. Sposób według zastrz. 3, znamienny tym, że RNA jest matrycowym RNA.
  13. 13. Sposób wyznaczania odpowiedzi genomowej komórek na ekstrakt roślinny, znamienny tym, że najpierw komórki poddaje się działaniu ekstraktu roślinnego, następnie z komórek traktowanych ekstraktem wyizolowuje się białko Iub RNA, po czym porównuje się białko Iub RNA wyizolowane komórek traktowanych ekstraktem roślinnym z białkiem Iub RNA z komórek nie traktowanych ekstraktem, przy czym wyklucza się podawanie ekstraktu człowiekowi.
  14. 14. Sposób według zastrz. 13, znamienny tym, że białko wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym.
    189 322
  15. 15. Sposób według zastrz. 13, znamienny tym, że RNA wyizolowuje się z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, przy czym RnA korzystnie jest matrycowym RNA.
  16. 16. Sposób według zastrz. 13, znamienny tym, że ekstrakt roślinny stosuje się in vitro.
  17. 17. Sposób według zastrz. 13 albo 14, znamienny tym, że identyfikuje się w przypadku których białek lub RNA wyizolowanego z komórek traktowanych ekstraktem nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  18. 18. Sposób według zastrz. 17, znamienny tym, że sekwencjonuje się zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  19. 19. Sposób według zastrz. 18, znamienny tym, że identyfikuje się gen kodujący zidentyfikowane białko z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  20. 20. Sposób według zastrz. 13 albo 15, znamienny tym, że identyfikuje się RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  21. 21. Sposób według zastrz. 20, znamienny tym, że sekwencjonuje się zidentyfikowany RNA z komórek traktowanych ekstraktem, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  22. 22. Sposób według zastrz. 21, znamienny tym, że identyfikuje się gen zidentyfikowany przez RNA wyizolowany z komórek traktowanych ekstraktem roślinnym, w którego przypadku nastąpiła zmiana stężenia względem komórek nie traktowanych ekstraktem.
  23. 23. Sposób według zastrz. 13, znamienny tym, że rodzaj komórek ma związek z biologicznym miejscem działania ekstraktu roślinnego.
  24. 24. Sposób według zastrz. 15, znamienny tym, że RNA jest matrycowym RNA.
    Królestwa drobnoustrojów, roślin i zwierząt (np. bezkręgowców) zawierają bogate, naturalne źródła substancji czynnych o zróżnicowanych właściwościach fizykochemicznych i leczniczych. W farmakopei amerykańskiej i europejskiej występuje wiele przykładów leków otrzymywanych ze źródeł naturalnych, patrz U.S. Pharmacopeia 1995 (United States Pharmacopeial Convention, Inc., 1994) i Martindale, The Extra Pharmacopeia 31 (Royal Pharmaceutical Society, 1996). Wiele środków przeciwko drobnoustrojom (np. penicyliny, cefalosporyny i aminoglikozydy), środki przeciwgrzybicze (np. amfoterycyna B i nystatyna), środki przeciwpasożytnicze (np. chinina), środki kardio- i wazoaktywne (np. glikozyd nasercowy digoxin, alkaloidy sporyszu, nikotyna i oksytocyna), środki przeciwzapalne (np. aspiryna), środki muskarynowe (np. acetylocholina) i przeciwmuskarynowe (np. atropina i skopolamina), środki neuroaktywne (np. kurara, fizostygmina i opiaty), środki przeciwkrzepliwe (np. heparyna), środki przeciwnowotworowe (np. alkaloidy vinca, taksol i pochodna podofilotoksyny - etopozyd) i hormony (np. estrogeny, androgeny, progestyny, hormony peptydowe i czynniki wzrostu) zostały odkryte jako produkty pochodzenia naturalnego, patrz, np. Goodman & Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics (wydanie 9, McGraw-Hill, 1996). Przykłady te wskazują na to, że niektóre aktywne komponenty zawarte w ekstraktach roślinnych mogą także być oczyszczone i wciąż będą zachowywać aktywność biologiczną.
    W większości z powyższych przykładów właściwości farmakologiczne związków były określone za pomocą znanych testów farmakologicznych jedynie na podstawie izolacji związku ze źródła naturalnego, patrz, np. Turner, R.A. Screening Methods in Pharmacology (Academic Press, 1965) i Turner, R.A., Peter Hebbom Screening Methods in Pharmacology, (Vol. II, Academic Press, 1971). Podczas gdy proces oznaczania aktywności ekstraktów roślinnych może być oparty na badaniach poszczególnych komponentów, wiele ekstraktów może posiadać dodatkowe właściwości farmakologiczne, które nie muszą być oczywiste na podstawie znajomości właściwości poszczególnych komponentów (np. zdolność ekstraktu do wpływania na przekazywanie sygnałów do jądra, zmieniania przewodzenia powierzchniowych receptorów komórki i regulowania procesów genomowych).
    189 322
    Charakterystyka określonych związków naturalnych, otrzymanych ze źródeł naturalnych lub wyprodukowanych syntetycznie lub półsyntetycznie, tworzy farmakologiczne podstawy znacznej części zachodniej medycyny. Jednakże z wielu powodów proces destylowania farmakologicznie czynnego składnika z ekstraktu roślinnego może spowodować utratę aktywności biologicznej, np. z powodu niestabilności danego związku w procesie ekstrakcji Iub w formie oczyszczonej Iub dlatego, że w czasie oczyszczania może on reagować z innymi składnikami chemicznymi ekstraktu, dlatego, że związek ulega frakcjonowaniu w czasie oczyszczania, albo też, co ważniejsze, że właściwości farmakologiczne nie zależą od pojedynczego składnika ekstraktu, lecz są wynikiem interakcji dwu Iub więcej składników ekstraktu. Zatem hipoteza, że więcej niż jeden związek obecny w ekstrakcie roślinnym odpowiada za właściwości farmakologiczne ekstraktu, jak również zastosowanie czynników genomowych do identyfikacji tych związków w produkcie naturalnym stanowią nowatorską koncepcję farmakologiczną.
    Wynalazek dotyczy przeszukiwania genomów organizmów żywych, umożliwiającego scharakteryzowanie potencjalnych właściwości biologicznych ekstraktu roślinnego, które mogą być (Iub nie) znanymi właściwościami ekstraktu. Wynalazek ten przedstawia nowe podejście do zagadnienia analizy możliwych mechanizmów działania ekstraktów roślinnych, jako podstaw ich skuteczności leczniczej oraz środki służące identyfikowaniu poszczególnych związków, które wykorzystują odkryte właściwości biologiczne w celu identyfikacji nowego leku Iub określenia nowego zastosowania farmaceutycznego znanego leku.
PL97333181A 1996-11-07 1997-11-05 Sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego oraz sposób wyznaczania odpowiedzi genomowej komórek na ekstrakt roślinny PL189322B1 (pl)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US08/744,983 US20020018989A1 (en) 1996-11-07 1996-11-07 Method of identifying pharmaceuticals from plant extracts
PCT/US1997/020103 WO1998020163A1 (en) 1996-11-07 1997-11-05 Method of identifying pharmaceuticals from plant extracts

Publications (2)

Publication Number Publication Date
PL333181A1 PL333181A1 (en) 1999-11-22
PL189322B1 true PL189322B1 (pl) 2005-07-29

Family

ID=24994734

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL97333181A PL189322B1 (pl) 1996-11-07 1997-11-05 Sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego oraz sposób wyznaczania odpowiedzi genomowej komórek na ekstrakt roślinny

Country Status (19)

Country Link
US (2) US20020018989A1 (pl)
EP (1) EP0938589B1 (pl)
JP (1) JP2001502920A (pl)
KR (1) KR100463639B1 (pl)
AT (1) ATE248229T1 (pl)
AU (1) AU744788B2 (pl)
BR (1) BR9713335A (pl)
CA (1) CA2270115A1 (pl)
CZ (1) CZ158399A3 (pl)
DE (1) DE69724447T2 (pl)
DK (1) DK0938589T3 (pl)
ES (1) ES2206750T3 (pl)
HU (1) HUP0003940A3 (pl)
IL (1) IL129786A (pl)
NZ (1) NZ335534A (pl)
PL (1) PL189322B1 (pl)
PT (1) PT938589E (pl)
RU (2) RU2244751C2 (pl)
WO (1) WO1998020163A1 (pl)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030211456A1 (en) * 2001-03-27 2003-11-13 Vassilios Papadopoulos Method of profiling a plant extract
ATE320003T1 (de) * 2001-06-05 2006-03-15 Advanced Gene Technology Corp Chip mit pflanzenextrakten auf der oberfläche
RU2271001C1 (ru) * 2004-06-21 2006-02-27 Лидия Васильевна Савина Способ экспресс-идентификации фарма- и парафармацевтиков, вводимых в организм человека
CA2758546C (en) 2009-04-17 2019-02-26 President And Fellows Of Harvard College Quality control bioassays for nutriceutical and medicinal products

Family Cites Families (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CH663900A5 (de) * 1985-05-06 1988-01-29 Cernitin Sa Pharmazeutisches praeparat zur prophylaktischen behandlung von allergien und verfahren zur herstellung dieses praeparates.
DE3717337A1 (de) * 1987-05-22 1988-12-15 Hoechst Ag Verfahren zum nachweis der antiaggregatorischen wirkung von vasoaktiven stoffen, speziell von phosphodiesterase- und/oder cyclooxygenase-hemmern
SU1540804A1 (ru) * 1987-06-05 1990-02-07 Сыктывкарский Государственный Университет Им.50-Летия Ссср Способ отбора биологически активных веществ, взаимодействующих с @ - адренорецепторами
DE4038898A1 (de) * 1990-12-06 1992-06-11 Michaelis Peter Dr Verfahren zum vergleich der wirkung und/oder der bioverfuegbarkeit therapeutisch wirksamer stoffgemische
RU2016888C1 (ru) * 1991-06-26 1994-07-30 Институт молекулярной биологии им.В.А.Энгельгардта РАН Биодатчик для определения биологически активных веществ, взаимодействующих с двухцепочечными молекулами нуклеиновых кислот
EP0534640B1 (en) * 1991-09-23 1996-10-02 Pfizer Inc. Process for detecting specific mRNA and DNA in cells
US5589358A (en) * 1993-12-29 1996-12-31 Univ Wake Forest Ileal bile acid transporter compositions and methods
RU2046341C1 (ru) * 1994-06-28 1995-10-20 Борис Федорович Дибров Способ отбора лекарственных препаратов, обладающих противораковой активностью
US5834248A (en) * 1995-02-10 1998-11-10 Millennium Pharmaceuticals Inc. Compositions and methods using rchd534, a gene uregulated by shear stress
US5736376A (en) * 1995-12-19 1998-04-07 Board Of Regents, The University Of Texas System Recombinant endothelin converting enzyme-2 and its use in ECE inhibitor screening
HK1053150A1 (zh) * 2000-03-31 2003-10-10 Societe De Conseils De Recherches Et D'applications Scientifiques S.A.S. 籍由基因图像绘制在植物萃取物中监定银杏之方法

Also Published As

Publication number Publication date
CZ158399A3 (cs) 1999-09-15
ATE248229T1 (de) 2003-09-15
WO1998020163A1 (en) 1998-05-14
DE69724447D1 (de) 2003-10-02
RU2244751C2 (ru) 2005-01-20
HUP0003940A2 (en) 2001-03-28
AU5104398A (en) 1998-05-29
US20020018989A1 (en) 2002-02-14
KR100463639B1 (ko) 2004-12-29
RU2251690C2 (ru) 2005-05-10
IL129786A (en) 2004-05-12
EP0938589A1 (en) 1999-09-01
KR20000053157A (ko) 2000-08-25
IL129786A0 (en) 2000-02-29
US20030026857A1 (en) 2003-02-06
JP2001502920A (ja) 2001-03-06
ES2206750T3 (es) 2004-05-16
HUP0003940A3 (en) 2002-09-30
CA2270115A1 (en) 1998-05-14
DK0938589T3 (da) 2003-11-24
PL333181A1 (en) 1999-11-22
PT938589E (pt) 2004-01-30
BR9713335A (pt) 2000-05-09
DE69724447T2 (de) 2004-06-17
AU744788B2 (en) 2002-03-07
EP0938589B1 (en) 2003-08-27
NZ335534A (en) 2000-05-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Dobner et al. Cloning and sequence analysis of cDNA for the canine neurotensin/neuromedin N precursor.
WO1998008856A2 (de) Spiegelselektion und spiegelevolution von nucleinsäuren
DE69631409T2 (de) Cathepsin-G-hemmende Aptamere
DE69736002T2 (de) GEN ASSOZIIERT MIT IgA GLOMERULONEPHRITIS
PL189322B1 (pl) Sposób identyfikacji preparatu farmaceutycznego oraz sposób wyznaczania odpowiedzi genomowej komórek na ekstrakt roślinny
CN109439745A (zh) 绝经后骨质疏松的诊疗标志物
JP2002517456A (ja) 虚血からのニューロンの保護
DE10021834A1 (de) mRNA Moleküle zur Verwendung als Indikatoren für den Aktivierungs- und Funktionszustand von T-Lymphozyten
IL146247A (en) Method of identifying pharmaceuticals from plant extracts
MXPA99004285A (en) Method of identifying pharmaceuticals from plant extracts
Benkovic et al. Regional and cellular localization of presenilin-2 RNA in rat and human brain
CN109468375A (zh) 分子标志物在骨质疏松症中的应用
DE10164805B4 (de) Verfahren und Mittel zur Modifikation humaner Angiogenese
DE60119524T2 (de) Screening-verfahren
CN118813627B (zh) 一种fus蛋白水解靶向嵌合体及其制备方法和应用
US5262528A (en) cDNA probe differentiating normal and cancer tissues
Bronstein et al. cDNA cloning and spatiotemporal expression during avian embryogenesis of hnRNP A1, a regulatory factor in alternative splicing
WO2019107440A1 (ja) コレステロール合成促進剤
WO1999042477A2 (de) Transporterprotein für saccharid-gekoppelte arzneimittel
WO1999019477A1 (de) Cadherin derived growth factor und seine verwendung
CN119909066A (zh) 一种t-5224用于制备预防和治疗阿霉素诱导心脏毒性药物的用途
CN120284945A (zh) 3'-二甲基烯丙基染料木黄酮在治疗钙化性血管疾病中的应用
US20030216339A1 (en) Gene sequences associated with neural plasticity and methods related thereto
WO2006027260A1 (de) Verwendung einer genveränderung im gen des humanen cdca3-proteins in der medizinischen diagnostik und therapie
DE102005046526A1 (de) Variante des humanen SV2A-Proteins und deren Einfluss auf die Therapieantwort bei Epilepsie

Legal Events

Date Code Title Description
LAPS Decisions on the lapse of the protection rights

Effective date: 20051105