PL206152B1 - Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów - Google Patents
Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydówInfo
- Publication number
- PL206152B1 PL206152B1 PL361149A PL36114903A PL206152B1 PL 206152 B1 PL206152 B1 PL 206152B1 PL 361149 A PL361149 A PL 361149A PL 36114903 A PL36114903 A PL 36114903A PL 206152 B1 PL206152 B1 PL 206152B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- general formula
- group
- compound
- vinyl
- blocked
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 47
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 title claims description 8
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims description 3
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 64
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 23
- 239000011669 selenium Chemical group 0.000 claims description 23
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 22
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 22
- BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N Selenium Chemical group [Se] BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 18
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical group [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 18
- 229910052711 selenium Chemical group 0.000 claims description 18
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 18
- 239000011593 sulfur Chemical group 0.000 claims description 18
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 16
- 125000000391 vinyl group Chemical group [H]C([*])=C([H])[H] 0.000 claims description 16
- 229920002554 vinyl polymer Polymers 0.000 claims description 16
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 claims description 13
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 claims description 11
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims description 11
- 125000000022 2-aminoethyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])N([H])[H] 0.000 claims description 10
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 claims description 10
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000004202 aminomethyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])* 0.000 claims description 9
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 8
- CVZUPKFPOSRRSK-UHFFFAOYSA-N 9-phenylxanthen-9-ol Chemical compound C12=CC=CC=C2OC2=CC=CC=C2C1(O)C1=CC=CC=C1 CVZUPKFPOSRRSK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 229920001774 Perfluoroether Polymers 0.000 claims description 8
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 claims description 8
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 claims description 8
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 claims description 8
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 8
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 8
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 8
- 125000004183 alkoxy alkyl group Chemical group 0.000 claims description 7
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 7
- 125000000852 azido group Chemical group *N=[N+]=[N-] 0.000 claims description 7
- 125000004965 chloroalkyl group Chemical group 0.000 claims description 7
- 150000002825 nitriles Chemical class 0.000 claims description 7
- 125000005010 perfluoroalkyl group Chemical group 0.000 claims description 7
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 claims description 6
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims description 6
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N Purine Natural products N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical group [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical group [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 claims description 5
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 claims description 5
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims description 5
- IGFXRKMLLMBKSA-UHFFFAOYSA-N purine Chemical compound N1=C[N]C2=NC=NC2=C1 IGFXRKMLLMBKSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000001369 canonical nucleoside group Chemical group 0.000 claims description 4
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 4
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 claims description 3
- 239000011261 inert gas Substances 0.000 claims description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 3
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000000010 aprotic solvent Substances 0.000 claims description 2
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 claims description 2
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 claims description 2
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 claims description 2
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 claims description 2
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 claims description 2
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 claims 1
- URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N sodium aluminosilicate Chemical compound [Na+].[Al+3].[O-][Si]([O-])=O.[O-][Si]([O-])=O URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 claims 1
- 150000003512 tertiary amines Chemical class 0.000 claims 1
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O triethylammonium ion Chemical compound CC[NH+](CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O 0.000 claims 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 14
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 13
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- -1 chloroalkyl nitrile azide Chemical class 0.000 description 6
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 6
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 5
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 5
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 description 5
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 4
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 4
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 3
- 238000005731 phosphitylation reaction Methods 0.000 description 3
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 3
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 3
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- NSPMIYGKQJPBQR-UHFFFAOYSA-N 4H-1,2,4-triazole Chemical compound C=1N=CNN=1 NSPMIYGKQJPBQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000029936 alkylation Effects 0.000 description 2
- 238000005804 alkylation reaction Methods 0.000 description 2
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- WVPKAWVFTPWPDB-UHFFFAOYSA-M dichlorophosphinate Chemical compound [O-]P(Cl)(Cl)=O WVPKAWVFTPWPDB-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 2
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 2
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 2
- 230000000865 phosphorylative effect Effects 0.000 description 2
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 description 2
- 125000003808 silyl group Chemical group [H][Si]([H])([H])[*] 0.000 description 2
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N tert-butyl(dimethyl)silicon Chemical group C[Si](C)C(C)(C)C ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CIHOLLKRGTVIJN-UHFFFAOYSA-N tert‐butyl hydroperoxide Chemical compound CC(C)(C)OO CIHOLLKRGTVIJN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- QWENRTYMTSOGBR-UHFFFAOYSA-N 1H-1,2,3-Triazole Chemical compound C=1C=NNN=1 QWENRTYMTSOGBR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RWSOTUBLDIXVET-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen sulfide Chemical compound S RWSOTUBLDIXVET-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OWHASRLBQYEPLV-UHFFFAOYSA-N P1(O[Se]O1)=O Chemical class P1(O[Se]O1)=O OWHASRLBQYEPLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical class OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 230000010933 acylation Effects 0.000 description 1
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- LDDQLRUQCUTJBB-UHFFFAOYSA-N ammonium fluoride Chemical class [NH4+].[F-] LDDQLRUQCUTJBB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000006615 aromatic heterocyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- STNNHWPJRRODGI-UHFFFAOYSA-N carbonic acid;n,n-diethylethanamine Chemical compound [O-]C([O-])=O.CC[NH+](CC)CC.CC[NH+](CC)CC STNNHWPJRRODGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006482 condensation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003431 cross linking reagent Substances 0.000 description 1
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 1
- CDPKWOKGVUHZFR-UHFFFAOYSA-N dichloro(methyl)phosphane Chemical compound CP(Cl)Cl CDPKWOKGVUHZFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XDLCMHDXDUGTMG-UHFFFAOYSA-N dichloro-(1,1,1-trichloro-2-methylpropan-2-yl)oxyphosphane Chemical compound ClC(Cl)(Cl)C(C)(C)OP(Cl)Cl XDLCMHDXDUGTMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LWNLXVXSCCLRRZ-UHFFFAOYSA-N dichlorophosphane Chemical class ClPCl LWNLXVXSCCLRRZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 229910000037 hydrogen sulfide Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000013067 intermediate product Substances 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Natural products C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VSDUZFOSJDMAFZ-VIFPVBQESA-N methyl L-phenylalaninate Chemical compound COC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 VSDUZFOSJDMAFZ-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- AXRXYILTIWBHEP-UHFFFAOYSA-N n,n-dimethyl-1-naphthalen-1-ylethanamine Chemical compound C1=CC=C2C(C(N(C)C)C)=CC=CC2=C1 AXRXYILTIWBHEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MPSJHJFNKMUKCN-OUCADQQQSA-N n-[1-[(2r,4s,5r)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)N=C(NC(=O)C=2C=CC=CC=2)C=C1 MPSJHJFNKMUKCN-OUCADQQQSA-N 0.000 description 1
- 239000012038 nucleophile Substances 0.000 description 1
- 239000012434 nucleophilic reagent Substances 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 150000007530 organic bases Chemical group 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 1
- 238000005954 phosphonylation reaction Methods 0.000 description 1
- 125000004437 phosphorous atom Chemical group 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000007867 post-reaction treatment Methods 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- JRPHGDYSKGJTKZ-UHFFFAOYSA-N selenophosphoric acid Chemical compound OP(O)([SeH])=O JRPHGDYSKGJTKZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 1
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000012306 spectroscopic technique Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 230000019635 sulfation Effects 0.000 description 1
- 238000005670 sulfation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000005691 triesters Chemical class 0.000 description 1
- NTJBWZHVSJNKAD-UHFFFAOYSA-N triethylazanium;fluoride Chemical compound [F-].CC[NH+](CC)CC NTJBWZHVSJNKAD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XFSPFPFUBRZQFO-UHFFFAOYSA-N trifluoromethyl dihydrogen phosphate Chemical compound OP(O)(=O)OC(F)(F)F XFSPFPFUBRZQFO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 238000010626 work up procedure Methods 0.000 description 1
Landscapes
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów o ogólnym wzorze 1 lub 2, w którym R1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px), R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową nitrylową azydową zablokowaną grupę aminową perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową winylową OQ1, SQ1 i NHQ1, gdzie Q1 oznacza grupy alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkinylowe (C3-C12), Z oznacza grupę wybraną z Q1 lub grupę winylową aminometylową lub aminoetylową, X oznacza tlen, siarkę lub selen, R4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililową i B oznacza zablokowaną zasadę purynową lub pirymidynową, a R3 oznacza resztę nukleozydową pochodzącą od związku o wzorze ogólnym 3 lub 4, grupę alkoksylową OR2, grupę aminokwasową o wzorze ogólnym 5, w którym R oznacza grupę protekcyjną korzystnie grupę metylową lub pirofosforową o wzorze ogólnym 6, ze związków o ogólnym wzorze 3 lub 4, w których R1, R2 i R4 oraz B mają podane wyżej znaczenie oraz odczynnika fosfitylującego o wzorze ogólnym 7, aktywowanego za pomocą aromatycznych związków heterocyklicznych, do związków o wzorze ogólnym 8.
Zadaniem wynalazku jest opracowanie dogodnych wysokowydajnych metod syntezy modyfikowanych nukleotydów i ich analogów, m.in. odpowiednich (α-tio lub selenofosfoniano)-trifosforanów, z wykorzystaniem dwufunkcyjnego odczynnika fosfitylującego (PIII), który charakteryzuje się dużą reaktywnością w połączeniu z wysoką selektywnością w celu przeprowadzenia ilościowego usiarczenia lub uselenienia przejściowych produktów.
Odczynniki fosforylujące wykorzystywane w syntezie pochodnych i analogów kwasów nukleinowych można podzielić w zależności od stopnia utlenienia fosforu na odczynniki trikoordynacyjnego fosforu (PIII) i pentakoordynacyjnego fosforu (PV).
Literatura na ten temat jest zebrana w szeregu monografiach (np. ostatnio w Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry).
Odczynniki (PIII) są bardziej reaktywne i zostały wykorzystane w metodzie amidofosforynowej i H-fosfonianowej oraz wielu odmianach tych najbardziej popularnych metod (Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, ed. A. Boyle, J. Wiley & Sons, Inc, 1999). Odczynniki bifunkcyjne (tzn mające dwa takie same ligandy np. RP(NR')2 czy RPCI2 wykazują wysoką reaktywność ale małą selektywność.
1,2,4-triazol był wykorzystywany do aktywowania dichlorofosforanów (PV) w różnych warunkach (J. C.H.M. Wijkmans, et al. Synthesis, 1995, 97- 100, i literatura tam cytowana; J. E. Marug, et al. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 2171-21).
W metodzie H-fosfonianowe (PJ. Garregg, et al Chem. Scr. 25, 1985, 280; ibid.26, 1986, 59) i jej licznych modyfikacjach, 2-cyanoetylonukleozydo 3'-O-fosfoniany wykorzystywane są jako monomery. (T. Wada, R. Kato, T. Hata, J.Org. Chem. 56, 1991, 1243-1250, i literatura tam cytowana) 3'-H-fosfoniany otrzymuje się w reakcji fosfonylowania nukleozydów za pomocą trichlorofosfinyimidazolu lub 2-cyjanoetylophosphorobistriazolidu jako odczynnika fosfitylującego (S. Mikkola, et al. J.Chem Soc. Perkin 2, 1999, 1619-1625) Triazolo monoestry, otrzymane z bistriazolidu kwasu trifluorometylofosfinowego używano w reakcji z blokowanymi nukleozydami, a tworzące się w tej reakcji (PIII) triazolomonoestry były hydrolizowane do H-fosfonianów a następnie utleniane do odpowiednich monoestrów trifluorometylofosfnianowych (G.M. Blackburn, M-Y. Guo, ibid., 34,1993,149-152).
Analogicznie otrzymano H-tiofosfoniany, wykorzystując siarkowodór zamiast wody do hydrolizy utworzonych triazolidów (G.M. Porrit, C.B.Reese, Tetrahedron Lett. 31, 1990, 1319-1322. W. K- D. Brill, E. K. Yu, M. H. Caruthers, Tetrahedron Letters, 30, 1989, 6621-6624).
Fourrey et al. zastosowali po raz pierwszy aktywację triazolem aby wymusić selektywność w reakcjach fosforylowania oligonukleotydów metodą triestrową (J.L. Fourrey, J. Varrenne, Tetrahedron Lett. 26, 1985, 2663-2666; ibid. 25, 1984, 4511-4514; ibid. 22, 1981, 729-732).
Wenzel et al. używali do fosfitylowania cukrów mieszaninę 1,1,1-trichloro-2-metyloprop-2-ylo dichlorofosforynu i 1,2,4-triazolu (N. El-Abadla, et al., Tetrahedron, 55, 1999, 699-722; H. Hohgardt, et al. ibid. 44, 1988, 5771-5790; M. Heuer, et al., ibid. 50, 1994, 2029-2046), a otrzymane estry (PIII) poddawali reakcji utlenienia w warunkach bezwodnych.
Przedmiotem niniejszego zgłoszenia jest wykorzystanie jako uniwersalnych odczynników fosfitylujących odpowiednich bistriazolidów (PIII), generowanych ilościowo in situ z odpowiednich dichlorofosfin, w łagodnych warunkach w obniżonej temperaturze (około 0°C). Związki te zostały użyte do generowania różnych pochodnych tio- i selenofosforanowych (lub fosfonianowych) nukleotydów zawierających
PL 206 152 B1 zróżnicowane podstawniki wprowadzone selektywnie, w wyniku prowadzonych kolejno etapów reakcji następczych, bez wyodrębniania nietrwałych produktów pośrednich (PIII).
Według cytowanej powyżej wiedzy autorów, wykorzystanie bistriazolidów (PIII) opisane do tej pory w literaturze, jest różne od przedstawionego w opisanym zgłoszeniu i nie stanowi ograniczenia dla istoty przedstawionego wynalazku. Zaskakująco wysoka selektywność pozwala bowiem na wprowadzanie cząsteczki substratu dwóch różnych podstawników o podobnej strukturze, bez tworzenia produktów symetrycznych, które obniżają wydajność końcowych produktów, utrudniają oczyszczenie i znacznie podnoszą koszty. Ma to szczególne znaczenie w przypadku kosztownych substratów np. modyfikowanych deoksy lub rybonukleozydów.
Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów o wzorze ogólnym 1 lub 2, w których
R1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px),
R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową, nitrylową, azydową, zablokowaną grupę aminową, perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową, winylową, OQ1, SQ1 i NHQ1, gdzie Q1 oznacza grupy alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkynylowe (C3-C12)
Z oznacza grupę wybraną z Q1, lub grupę winylową, aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1
X oznacza atom tlenu, siarki lub selenu
R3 oznacza resztę nukleozydową pochodzącą od związku o wzorze ogólnym 3 lub 4, grupę alkoksylową OR2, grupę aminokwasową o wzorze ogólnym 5, w którym R oznacza grupę protekcyjną, np. grupę metylową lub pirofosforanową o wzorze ogólnym 6
R4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililową
B' oznacza nieblokowaną lub zablokowaną zasadę purynową lub pirymidynową, z wykorzystaniem związku fosfitylującego o ogólnym wzorze 8, w którym Z oznacza grupę wybraną z Q1, lub grupę winylową, aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1 oraz związków o wzorze ogólnym 3 i 4, w których:
R1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px),
R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową, nitrylową, azydową, zablokowaną grupę aminową, perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową, winylową, OQ1, SQ1 i NHQ1, metoksylową, gdzie Q1 oznacza grupy alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkynylowe (C3-C12)
R4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililową według wynalazku polega na tym, że związek o wzorze ogólnym 8 otrzymany in situ ze związku o wzorze ogólnym 7 poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 3 i bez wyodrębniania produktu o wzorze ogólnym 9, poddaje się kolejnej reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 4. Otrzymany produkt o wzorze ogólnym 10 poddaje się reakcji z siarką lub selenem a otrzymany produkt o wzorze ogólnym 1 w postaci mieszaniny diastereomerów poddaje się odblokowaniu funkcji 3'OH i ewentualnie rozdziałowi na diastereomery.
W sposobie według wynalazku związki o ogólnym wzorze 1, otrzymuje się bez wyodrębniania produktów pośrednich 9 i 10 a oczyszczanie i rozdział na diastereomery przeprowadza się znanymi dostępnymi metodami, korzystnie metodą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, najkorzystniej przeprowadzoną po reakcji deprotekcji grupy R4, dokonanej znanymi metodami, a następnie otrzymuje się diastereomerycznie czyste związki o wzorze ogólnym 1, gdzie podstawniki R1, R2, R3, B' i Z mają podane wyżej znaczenie, a R3=H.
W sposobie według wynalazku, reakcje prowadzi się w warunkach bezwodnych, w rozpuszczalnikach aprotycznych, korzystnie w tetrahydrofuranie.
W sposobie według wynalazku, odczynnik fosfitylujący o wzorze ogólnym 8 generuje się in situ, z trwałych odczynników o wzorze ogólnym 7, w obniżonej temperaturze, w warunkach bezwodnych, w atmosferze gazu obojętnego.
Odmiana sposobu według wynalazku polega na tym, że związek o wzorze ogólnym 8 otrzymany in situ ze związku o wzorze ogólnym 7 poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 3 lub 4 i bez wyodrębniania produktu o wzorze ogólnym 9 lub 11 poddaje się kolejnej reakcji ze związkiem nukleofilowym o wzorze ogólnym 5 lub 6, a następnie, bez wyodrębniania produktów pośrednich,
PL 206 152 B1 reakcji z siarką lub selenem do wytworzenia związków o wzorze 1 lub 2, które ewentualnie poddaje się rozdziałowi na diastereomery.
Inna odmiana sposobu według wynalazku polega na tym, że związek o wzorze ogólnym 8 otrzymany in situ ze związku o wzorze ogólnym 7 poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 3 lub 4, a nastę pnie reakcji z siarką lub selenem i bez wyodrę bniania produktów poś rednich poddaje reakcji hydrolizy do wytworzenia związków o wzorze 1 lub 2, które ewentualnie poddaje się rozdziałowi na diastereomery.
Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów o wzorze ogólnym 1, z wykorzystaniem związków fosfitylujących o ogólnym wzorze 8 do wytwarzania wiązania estrowego, według wynalazku polega na tym, że związkiem o ogólnym wzorze 8, gdzie Z oznacza grupę wybraną z grupy obejmującej grupy alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkinylowe (C3-C12) (Q1), lub grupę winylową, aminometylową lub aminoetylową, fosfityluje się alkohole pierwszorzędowe lub drugorzędowe, korzystnie będące resztą 3'-hydroksylową lub 5'-hydroksylową nukleozydu o wzorze ogólnym 3 lub 4, gdzie R1, R2 i R4 mają podane wyżej znaczenie a otrzymany produkt o wzorze 9, bez wyodrębnienia, wykorzystuje się jako odczynnik fosfonylujący w stosunku do innego alkoholu, korzystnie nukleozydu o wzorze ogólnym 3 lub 4, w którym R2 ma podane wyżej znaczenie a R4 oznacza grupę protekcyjną acylową lub sililową, korzystnie t-butylodimetylosililową. Powstający związek o wzorze ogólnym 10, poddaje się bez wyodrębnienia reakcji z siarką lub selenem, a następnie bez oczyszczania, odblokowaniu grupy protekcyjnej R4 za pomocą znanych metod literaturowych.
W sposobie według wynalazku otrzymany powyżej związek o wzorze ogólnym 1 wyodrębnia się znanymi metodami, korzystnie za pomocą chromatografii na żelu krzemionkowym w postaci mieszaniny diastereomerów (FAST i SLOW).
Opisana metoda polega na zastosowaniu jako substratów 5' lub 3'-O-blokowanych nukleozydów, zwłaszcza 5'-O-DMT-2'-R2-nukleozydów o ogólnym wzorze 1, korzystnie, za pomocą grup sililowych, np. t-butylodimetylosililowej lub t-butylodifenylosililowej, albo 2'-R2-nukleozydów o ogólnym wzorze 2, które poddawane są fosfitylowaniu za pomocą odczynnika fosfitylującego o wzorze ogólnym 7, aktywowanego za pomocą aromatycznych związków heterocyklicznych, korzystnie triazoli w obecności aminy. Dwufunkcyjny odczynnik fosfitylujący o wzorze ogólnym 8, utworzony „in situ” wykorzystuje się do fosfitylacji w sposób selektywny, grupy 3-hydroksylowej 5'-blokowanego odpowiednio nukleozydu, a utworzony w ten sposób triazolidofosforyn (PIII) o wzorze ogólnym 9, bez wyodrębnienia, ulega następnie reakcji kondensacji z grupą 5'-hydroksylową 3'-blokowanego 2'-R2-nukleozydu, a tworzący się di(2'-R2-rybonukleozydo) fosfotriester o wzorze ogólnym 10, poddaje się, bez wyodrębnienia, reakcji w mieszaninie reakcyjnej z siarką lub selenem, prowadzą c do mieszaniny diastereomerycznej produktów o wzorze ogólnym 1.
Katalizatorami tych reakcji są trzeciorzędowe zasady organiczne, korzystnie Et3N, diizopropyloetyloamina lub α-naftyloetylodimetyloamina w postaci enancjomerycznie czystej.
Otrzymane mieszaniny diastereomeryczne dinukleotydów o wzorze ogólnym 1 są rozdzielone na czyste diastereomery za pomocą metod chromatograficznych. Szczególnie dogodnie są rozdzielane metodą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym związki, które mają usuniętą grupę 3'-protekcyjną. Usuwanie 3'-grup protekcyjnych może odbywać się znanymi z literatury metodami, korzystnie za pomocą fluorków amoniowych, np. fluorku tetrabutyloamoniowego lub fluorowodorku trietyloaminy.
Otrzymane, korzystnie diastereomerycznie czyste dinukleotydy o wzorze ogólnym 1, odpowiednio „szybko” i „wolno” wymywany z żelu krzemionkowego), po 3'-fosfitylacji za pomocą odpowiedniego odczynnika fosfitylującego, korzystnie standardową metodą amidofosforynową mogą być z powodzeniem wbudowane do łańcuchów chimerycznych oligonukleotydów zawierających modyfikowane związki o wzorze ogólnym 1 i zdefiniowanej konfiguracji na atomie fosforu, oraz wiązania fosfodiestrowe lub tiofosforanowe, w dowolnej kombinacji sekwencyjnej.
Inne wykorzystanie opisanego wynalazku polega na wytworzeniu, bez wyodrębniania produktów pośrednich związków o wzorze ogólnym 9 lub 11 i poddaniu ich reakcjom z innymi nukleofilami, np. odpowiednio zablokowanymi funkcjonalizowanymi aminokwasami, lub pirofosforanem nieorganicznym i poddaniu, bez wyodrębniania kolejnych produktów pośrednich, reakcjom z siarką lub selenem w celu uzyskania połączeń typu koniugatów, które finalnie poddawane są oczyszczeniu i deprotekcji znanymi metodami,
Odmianą wynalazku jest utworzenie związków jak wyżej, o wzorze ogólnym 9 lub 11, poddanie ich reakcji z siarką lub selenem i bez wyodrębniana produktów pośrednich, hydroliza za pomocą wody w obecności trietyloaminy. Otrzymane w ten sposób związki o wzorze ogólnym 1 lub 2, w których
PL 206 152 B1
R3=Et3NH, mogą być bez oczyszczania poddane dalszym reakcjom np. alkilowania lub acylowania dając związki o wzorze ogólnym 1 lub 2, gdy R3=acyl, lub związki o wzorze ogólnym 12, które mogą finalnie być poddane oczyszczeniu i deprotekcji znanymi metodami
Przedstawiona metoda wyróżnia się od innych, opisanych wcześniej w literaturze metod otrzymywania związków o wzorach ogólnych 1 i 2 następującymi cechami:
1. Reakcje prowadzące do związków 1 i 2 są wysokowydajne i przebiegają w łagodnych warunkach. Istnieje możliwość wykorzystania tych reakcji do syntezy na dużą skalę.
2. Nie ma potrzeby wyodrębniania produktów pośrednich o wzorach ogólnych 8, 9 i 10.
3. Odczynnik fosfitylujący o wzorze ogólnym 8, generowany ilościowo „in situ”, cechuje wysoka selektywność i duża reaktywność i dlatego nie wymaga użycia dodatkowych katalizatorów lub aktywatorów.
4. Obserwuje się bardzo niską wydajność związków symetrycznych, częstych produktów ubocznych w reakcjach z wykorzystaniem innych dwufunkcyjnych odczynników fosfitylujących np. o wzorze 7.
5. W związku z p.3 możliwe jest wykonanie reakcji podstawienia w związku o wzorze ogólnym 9 lub 11 za pomocą różnych reagentów nukleofilowych, bez wyodrębniania produktów pośrednich.
6. Reakcje fosfitylacji za pomocą generowanego „in situ” odczynnika o wzorze ogólnym 8 nie wymagają protekcji egzoaminowych grup funkcyjnych nukleozydów.
Poniżej przedstawiono przykłady wykonania wynalazku, nie ograniczające jego zakresu.
P r z y k ł a d y I - IX.
Procedura ogólna do otrzymywania soli trietyloamoniowych nukleozydometanotio(seleno)fosfonianów o wzorze 1 lub 2 (R':=NHEt3N)
Do roztworu triazolu i trietyloaminy w suchym THF, schłodzonego do temperatury 0°C w łaźni lodowej dodano w jednej porcji ZPCI2 (Z = Me, OCH2CH2CN) i mieszano przez 20 minut w tej temperaturze. Do tej zawiesiny wkraplano powoli odpowiednio blokowany związek o ogólnym wzorze 3 lub 4 w suchym THF i kontynuowano mieszanie w temperaturze pokojowej przez 30 minut. Do mieszaniny reakcyjnej dodano odczynnik utleniający (odpowiednio siarkę lub selen) i pozostawiono na noc w temperaturze pokojowej i rozpuszczono w mieszaninie woda/ trietyloamina. Po 1 godzinie roztwór reakcyjny rozcieńczono 0.1 M węglanem trietyloamoniowym. Wykonano trzykrotnie ekstrakcję chloroformem. Połączone warstwy wodne ekstrahowano ponownie chloroformem. Połączone warstwy organiczne suszono bezwodnym MgSO4 i zatężono. Otrzymany produkt o wzorze 1 lub 2 (R3=NHEt3N) poddano analizie za pomocą dostępnych technik spektroskopowych. Stwierdzono, ze czystość otrzymanych związków jest wystarczająca do wykorzystania w dalszej syntezie.
W Tabeli 1 zawarte są charakterystyki produktów o wzorze ogólnym 1, uzyskane zgodnie z powyższą procedurą ogólną (przykłady 1-9)
P r z y k ł a d y X - XIV.
Procedura ogólna syntezy dinukleozydo (3',5') metanotio(seleno)fosfonianów o wzorze ogólnym 1
Roztwór triazolu (2,5 równoważnika) i trietyloaminy (3 równoważniki) w suchym THF schłodzono to temp. 0°C (łaźnia lodowa) i dodano metylodichlorofosfinę (1 równoważnik). Mieszaninę reakcyjną mieszano w temp. 0°C przez 25-35 minut i wkraplano powoli roztwór odpowiednio blokowanego nukleozydu o wzorze ogólnym 3. Kontynuowano mieszanie przez 45 minut w temperaturze pokojowej. Po tym czasie do kolby reakcyjnej dodano w jednej porcji roztwór odpowiednio blokowanego nukleozydu o wzorze ogólnym 4 i mieszaninę reakcyjna mieszano w temperaturze pokojowej przez 1.5 godziny, po czym dodano nadmiar odczynnika utleniającego (siarki, selenu lub wodoronadtlenku t-butylowego) i pozostawiono na noc w temperaturze pokojowej. Po zakończeniu reakcji roztwór zatężono do 1/3 objętości i rozcieńczono chloroformem. Roztwór reakcyjny ekstrahowano NaHCO3 (0.1 M) i wodą. Warstwę organiczną suszono za pomocą MgSO4 i zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem. Surowy produkt o wzorze ogólnym 1 poddano reakcji z odczynnikiem desililującym (np. Et3N-3HF lub Bu4NF w THF) i po zakończeniu reakcji oraz standardowej obróbce wodnej poddano oczyszczeniu i rozdziałowi chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym.
W Tabeli 2 zawarte są charakterystyki dotyczące produktów o wzorze ogólnym 1, uzyskanych zgodnie z powyższą procedurą ogólną (przykłady 10-14)
P r z y k ł a d XV.
Do roztworu triazolu i trietyloaminy w suchym THF, schłodzonego do temperatury 0°C w łaźni lodowej dodano w jednej porcji ZPCI2 (Z = Me, OCH2CH2CN) i mieszano przez 20 minut w tej temperaturze. Do tej zawiesiny wkraplano powoli odpowiednio blokowany związek o ogólnym wzorze 3 lub 4 w suchym THF i kontynuowano mieszanie w temperaturze pokojowej przez 30 minut.
PL 206 152 B1
Po tym czasie do kolby reakcyjnej dodano w jednej porcji roztwór odpowiedniego związku o wzorze ogólnym 5 lub 6 i mieszaninę reakcyjna mieszano w temperaturze pokojowej przez 1.5 godziny, po czym dodano nadmiar odczynnika utleniającego (siarki, selenu lub wodoronadtlenku t-butylowego) i pozostawiono na noc w temperaturze pokojowej. Po zakończeniu reakcji roztwór zatężono do 1/3 objętości i rozcieńczono chloroformem. W zależności od właściwości utworzonych związków o charakterze pirofosforanów lub koniugatów o wzorach ogólnych 1 lub 2, stosowano odpowiednią obróbkę poreakcyjną a produkty oczyszczano metodami chromatograficznymi.
Otrzymano:
5'-a-tiofosfono-e,x-difosforan N-benzoilo 2'-deoksycytydyny [31P NMR:73.35 (α), -10.3 (χ),- 22.8 (β) ppm] (wyd. 44%)
5'-DMT-tymidyno-3'-O-metanotionosfonian (O-metylo fenyloalaninowy) z wyd. 48%. [31P NMR:95.88, 95.52 ppm].
T a b e l a 1
| r2/x | Z | Wyd.* | 31P NMR | MS | ||||
| 1 (R3=NEt3H) | 12 | |||||||
| 1 | Thy | H | S | Me | <96 | 75.78, 75.55 | 57.04, 57.23 | |
| 2 | Gibu | Me | 90 | 76.51, 76.79 | 57.9, 58.06 | |||
| 3 | ABz | H | S | Me | 95 | 77.48, 77.26 | 56.98, 56.65 | 766.4 |
| 4 | U | OMe | S | Me | 94 | 78.72, 78.49 | 58.71, 58.56 | |
| 5 | CBz | H | S | Me | <96 | 77.23, 77.02 | - | 554.1 |
| 6 | Thy | H | S | CH2CH2CN | 95 | 57.67, 57.66 | 30.06, 30.5 | |
| 7 | Ade | H | Se | Me | 74** | 55.05, 54.34*** | 710 | |
| 8 | Thy | H | Se | Me | 80 | 71.45, 71.19**** | 55.12, 54.44 | |
| 9 | Thy | H | O | Me | 75 | 24.11 |
* na podstawie widma 31PNMR; produkty (jako mieszaniny diastereomeryczne) były uż yte bez oczyszczania, ** po alkilowaniu, i kolumnie chromatograficznej *** JP-Se: 440, 441 Hz **** JP-Se: 703 i 704, odpowiednio.
T a b e l a 2
| 2 | 7 | X | 31P NMR | Stos. diast. | Wyd. | |
| 10 | T | C | s | 100.1, 99.29 | 1:1 | 83% |
| 11 | T | C | Se | 103.05, JP.Se: 867 101.97, JP-Se: 865 | 9:10 | 86% |
| 12 | G | C | S | 102.12, 101.30 | 1:1 | 82% |
| 13 | ABr | T | S | 99.13, 97.62 | 3:2 | ~50% |
| 14 | rU2'-OMe | rC2'-OMe | s | 100.16, 98.29 | 1:2 | 81% |
PL 206 152 B1
Claims (9)
- Zastrzeżenia patentowe1. Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów o wzorze ogólnym 1 lub 2, w którychR1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px),R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową, nitrylową, azydową, zablokowaną grupę aminową, perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową, winylową, OQ1, SQ1 i NHQ1, gdzie Q1 oznacza grupę alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkynylowe (C3-C12)Z oznacza grupę wybraną z Q1, lub grupę winylową, aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1X oznacza atom tlenu, siarki lub selenuR3 oznacza resztę nukleozydową pochodzącą od związku o wzorze ogólnym 3 lub 4, grupę alkoksylową OR2, grupę aminokwasową o wzorze ogólnym 5, w którym R oznacza grupę protekcyjną, korzystnie grupę metylową lub pirofosforanową o wzorze ogólnym 6R4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililowąB' oznacza nieblokowaną lub zablokowaną zasadę purynową lub pirymidynową, z wykorzystaniem związku fosfitylującego o ogólnym wzorze 8, w którym Z oznacza grupę wybraną z Q1, lub grupę winylową, aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1 oraz związków o wzorze ogólnym 3 i 4, w których:R 1 R2 Q1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px),R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową, nitrylową, azydową, zablokowaną grupę aminową, perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową, winylową, OQ1, SQ1 i NHQ1 metoksylową, gdzie Q1 oznacza grupy alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkinylowe (C3-C12)R4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililową, znamienny tym, że związek o wzorze ogólnym 8 otrzymany in situ ze związku o wzorze ogólnym 7 poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 3 i bez wyodrębniania produkt o wzorze ogólnym 9, poddaje się kolejnej reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 4, a otrzymany produkt o wzorze ogólnym 10 poddaje się reakcji z siarką lub selenem do wytworzenia produktu o wzorze ogólnym 1, w postaci mieszaniny diastereomerów, który poddaje się odblokowaniu funkcji 3'OH i ewentualnie rozdziałowi na diastereomery.
- 2. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że związki o ogólnym wzorze 1, otrzymuje się bez wyodrębniania produktów pośrednich 9 i 10 a oczyszczanie i rozdział na diastereomery przeprowadza się dostępnymi metodami, korzystnie metodą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, najkorzystniej przeprowadzoną po reakcji deprotekcji grupy R4, dokonanej znanymi metodami, a następnie otrzymuje się diastereomerycznie czyste związki o wzorze ogólnym 1, w których podstawniki R1, R2, R3, B' i Z mają podane wyżej znaczenie a R4 = H.
- 3. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że reakcje prowadzi się w warunkach bezwodnych, w rozpuszczalnikach aprotycznych, korzystnie w tetrahydrofuranie.
- 4. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że odczynnik fosfitylujący o wzorze ogólnym 8 generuje się in situ, z trwałych odczynników o wzorze ogólnym 7, w obniżonej temperaturze, w warunkach bezwodnych, w atmosferze gazu obojętnego.
- 5. Sposób otrzymywania modyfikowanych nukleotydów o wzorze ogólnym 1 lub 2, w którychR1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px),R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową, nitrylową, azydową, zablokowaną grupę aminową, perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową, winylową, OQ1, SQ1 i NHQ1 gdzie Q1 oznacza grupę alkilową (C1-C4), arylową (C6-C12), alkenylową (C3-C12) lub alkinylową (C3-C12)Z oznacza grupę wybraną z Q1, lub grupę winylową, aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1X oznacza atom tlenu, siarki lub selenuPL 206 152 B1R3 oznacza resztę nukleozydową pochodzącą od związku o wzorze ogólnym 3 lub 4, grupę alkoksylową OR2, grupę aminokwasową o wzorze ogólnym 5, w którym R oznacza grupę protekcyjną, korzystnie grupę metylową lub pirofosforanową o wzorze ogólnym 6R4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililowąB' oznacza nieblokowaną lub zablokowaną zasadę purynową lub pirymidynową, z wykorzystaniem związku fosfitylującego o ogólnym wzorze 8, w którym Z oznacza grupę wybraną z Q1, lub grupę winylową , aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1 oraz związków o wzorze ogólnym 3 lub 4, w którychR1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px),R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową, nitrylową, azydową, zablokowaną grupę aminową, perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową, winylową, grupę o wzorze OQ1, SQ1 i NHQ1 metoksylową, gdzie Q1 oznacza grupy alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkynylowe (C3-C12)R4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililową, znamienny tym, że związek o wzorze ogólnym 8 otrzymany in situ ze związku o wzorze ogólnym 7 poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 3 lub 4 i bez wyodrębniania produktu o wzorze ogólnym 9 lub 11 poddaje się kolejnej reakcji ze związkiem nukleofilowym o wzorze ogólnym 5 lub 6, a następnie, bez wyodrębniania produktów pośrednich, reakcji z siarką lub selenem do wytworzenia związków o wzorze 1 lub 2, które ewentualnie poddaje się rozdziałowi na diastereomery.
- 6. Sposób według zastrz. 5, znamienny tym, że reakcję prowadzi się w warunkach bezwodnych i w atmosferze gazu obojętnego, a związki o wzorze 5 lub 6 rozpuszcza się w rozpuszczalnikach aprotycznych, dipolarnych, korzystnie w DMF.
- 7. Sposób wg zastrzeżenia 5, znamienny tym, że reakcję prowadzi się w warunkach bezwodnych, korzystnie w obecności sit molekularnych.
- 8. Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów o wzorze ogólnym 1 lub 2, w których:R1 oznacza 4,4'-dimetoksytrytyl (DMT) lub 9-fenyloksanten-9-ol (Px),R2 oznacza atom wodoru, zablokowana grupę wodorotlenową, halogenową, chloroalkilową, nitrylową, azydową, zablokowaną grupę aminową, perfluoroalkilową (zawierającą do czterech atomów węgla), perfluoroalkoksylową (zawierającą do czterech atomów węgla i do dziewięciu atomów fluoru), alkoksyalkilową, winylową, OQ1, SQ1 i NHQ1 gdzie Q1 oznacza grupy alkilowe (C1-C4), arylowe (C6-C12), alkenylowe (C3-C12) lub alkynylowe (C3-C12)Z oznacza grupę wybraną z Q1 lub grupę winylową , aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1X oznacza atom tlenu, siarki lub selenuR3 oznacza grupę trietyloamoniowąR4 oznacza grupę acylową lub grupę triorganosililowąB' oznacza nieblokowaną lub zablokowaną zasadę purynową lub pirymidynową, z wykorzystaniem związku fosfitylującego o ogólnym wzorze 8, w którym Z oznacza grupę wybraną z Q1, lub grupę winylową, aminometylową lub aminoetylową lub grupę OQ1, znamienny tym, że związek o wzorze ogólnym 8 otrzymany in situ ze związku o wzorze ogólnym 7 poddaje się reakcji ze związkiem o wzorze ogólnym 3 lub 4, a następnie reakcji z siarką lub selenem i bez wyodrębniania produktów pośrednich poddaje reakcji hydrolizy do wytworzenia związków o wzorze 1 lub 2, które ewentualnie poddaje się rozdziałowi na diastereomery.
- 9. Sposób według zastrz. 8, znamienny tym, że reakcję hydrolizy prowadzi się w obecności trzeciorzędowej aminy, korzystnie trietyloaminy.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL361149A PL206152B1 (pl) | 2003-07-08 | 2003-07-08 | Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL361149A PL206152B1 (pl) | 2003-07-08 | 2003-07-08 | Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL361149A1 PL361149A1 (pl) | 2005-01-10 |
| PL206152B1 true PL206152B1 (pl) | 2010-07-30 |
Family
ID=34432518
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL361149A PL206152B1 (pl) | 2003-07-08 | 2003-07-08 | Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL206152B1 (pl) |
-
2003
- 2003-07-08 PL PL361149A patent/PL206152B1/pl not_active IP Right Cessation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL361149A1 (pl) | 2005-01-10 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP2479182B1 (en) | Novel protecting group for synthesizing rna and derivative thereof | |
| US4980460A (en) | Protected nucleosides which permit more efficient oligonucleotide syntheses | |
| DE60315444T2 (de) | Synthese von locked nucleic acid-derivaten | |
| JPS6250479B2 (pl) | ||
| Sung et al. | Modified phosphotriester method for chemical synthesis of ribooligonucleotides. Part I. Synthesis of riboundecaadenylate and two fragments constituting the sequence of R-17 translation control signal | |
| WO2005005450A1 (ja) | 環状ビスジヌクレオシドの合成方法 | |
| EP3960749B1 (en) | Multi-fluorous blockmer used in oligonucleotide synthesis and oligonucleotide synthesis method using same | |
| US5986084A (en) | Ribonucleoside-derivative and method for preparing the same | |
| EP0611075B1 (en) | Modified oligodeoxyribonucleotides, their preparation and their therapeutic use | |
| EP1317466B1 (en) | Synthons for oligonucleotide synthesis | |
| WO2004085454A1 (en) | Silylated oligonucleotide compounds | |
| US5204456A (en) | Derivatives of nucleosides and their use for the synthesis of oligonucleotides | |
| JPWO2021075538A5 (pl) | ||
| PL206152B1 (pl) | Sposób wytwarzania modyfikowanych nukleotydów | |
| EP0064796B1 (en) | Phosphorylating agent and process for the phosphorylation of organic hydroxyl compounds | |
| Honda et al. | New type of prefabricated fully protected ribonucleotide monomer units as useful synthetic intermediates in rapid oligoribonucleotide synthesis | |
| EP0270885A1 (en) | Synthesis of purin-9-ylalkylenoxymethyl phosphonic acids | |
| JP4709959B2 (ja) | ヌクレオシドホスホロアミダイト化合物 | |
| US7820810B2 (en) | Process for the synthesis of 2′-O-substituted purine nulceosides | |
| JP2000512288A (ja) | オリゴヌクレオチド合成用中間体 | |
| JPH0588240B2 (pl) | ||
| JP2022177332A (ja) | オリゴヌクレオチドを製造する方法 | |
| JP4383126B2 (ja) | ４’−ｃ−エチニル−２’−デオキシプリンヌクレオシドの製造法 | |
| CN119101089A (zh) | 一种嵌合pmo结构的寡核酸合成工艺 | |
| PL193592B1 (pl) | Analogi dinukleozydopolifosforanów modyfikowane w łańcuchu polifosforanowym i sposób ich wytwarzania |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| LAPS | Decisions on the lapse of the protection rights |
Effective date: 20110708 |