PL218608B1 - Nowy polimer deoksyrybonukleotydowy o właściwościach przeciwwirusowych i przeciwnowotworowych oraz monomery wyjściowe tego polimeru - Google Patents
Nowy polimer deoksyrybonukleotydowy o właściwościach przeciwwirusowych i przeciwnowotworowych oraz monomery wyjściowe tego polimeruInfo
- Publication number
- PL218608B1 PL218608B1 PL360421A PL36042103A PL218608B1 PL 218608 B1 PL218608 B1 PL 218608B1 PL 360421 A PL360421 A PL 360421A PL 36042103 A PL36042103 A PL 36042103A PL 218608 B1 PL218608 B1 PL 218608B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- group
- ppm
- dmt
- hydrogen
- compound
- Prior art date
Links
- 239000000178 monomer Substances 0.000 title claims description 24
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 title claims description 12
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 title description 5
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 title description 3
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 30
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 25
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 25
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 21
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims description 20
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 19
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 17
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 16
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 claims description 15
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 14
- 125000004665 trialkylsilyl group Chemical group 0.000 claims description 12
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical group N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims description 10
- 125000000561 purinyl group Chemical group N1=C(N=C2N=CNC2=C1)* 0.000 claims description 10
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 claims description 9
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims description 8
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 7
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 claims description 7
- 125000003431 oxalo group Chemical group 0.000 claims description 7
- 125000002730 succinyl group Chemical group C(CCC(=O)*)(=O)* 0.000 claims description 7
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical group C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 125000005369 trialkoxysilyl group Chemical group 0.000 claims description 6
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 4
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 claims description 3
- JOOXCMJARBKPKM-UHFFFAOYSA-N 4-oxopentanoic acid Chemical compound CC(=O)CCC(O)=O JOOXCMJARBKPKM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 150000005697 5-halopyrimidines Chemical class 0.000 claims description 3
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 3
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 claims description 3
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 claims description 3
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 3
- IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N palmitic acid group Chemical group C(CCCCCCCCCCCCCCC)(=O)O IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 229910052711 selenium Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 3
- ACVYVLVWPXVTIT-UHFFFAOYSA-N phosphinic acid Chemical group O[PH2]=O ACVYVLVWPXVTIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 claims 1
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 57
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 40
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 38
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 36
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 36
- 229940125904 compound 1 Drugs 0.000 description 35
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 33
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 32
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 30
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 27
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 26
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 20
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 238000000034 method Methods 0.000 description 18
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 17
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 17
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 16
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- WORJEOGGNQDSOE-UHFFFAOYSA-N chloroform;methanol Chemical compound OC.ClC(Cl)Cl WORJEOGGNQDSOE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 14
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 14
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 14
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 12
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 12
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 12
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical compound CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Natural products N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 10
- 125000004005 formimidoyl group Chemical group [H]\N=C(/[H])* 0.000 description 10
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N triphenylphosphine Chemical compound C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 9
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 9
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 8
- -1 diester phosphate Chemical class 0.000 description 8
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 7
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 7
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 description 7
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 7
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 7
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 7
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonium chloride Substances [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N Dimethyl sulfoxide Chemical compound [2H]C([2H])([2H])S(=O)C([2H])([2H])[2H] IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 6
- KEAYESYHFKHZAL-UHFFFAOYSA-N Sodium Chemical compound [Na] KEAYESYHFKHZAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000000010 aprotic solvent Substances 0.000 description 6
- MRVZORUPSXTRHD-UHFFFAOYSA-N bis(hydroxymethyl)phosphorylmethanol Chemical compound OCP(=O)(CO)CO MRVZORUPSXTRHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000009833 condensation Methods 0.000 description 6
- 230000005494 condensation Effects 0.000 description 6
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 6
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 description 6
- 239000012312 sodium hydride Substances 0.000 description 6
- 229910000104 sodium hydride Inorganic materials 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 5
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- ZFFMLCVRJBZUDZ-UHFFFAOYSA-N 2,3-dimethylbutane Chemical group CC(C)C(C)C ZFFMLCVRJBZUDZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- YYROPELSRYBVMQ-UHFFFAOYSA-N 4-toluenesulfonyl chloride Chemical compound CC1=CC=C(S(Cl)(=O)=O)C=C1 YYROPELSRYBVMQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N Thymine Natural products CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000009471 action Effects 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 4
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- VVWRJUBEIPHGQF-MDZDMXLPSA-N propan-2-yl (ne)-n-propan-2-yloxycarbonyliminocarbamate Chemical compound CC(C)OC(=O)\N=N\C(=O)OC(C)C VVWRJUBEIPHGQF-MDZDMXLPSA-N 0.000 description 4
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 4
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 4
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 4
- FINYOTLDIHYWPR-UHFFFAOYSA-N 2-cyanoethoxy-n,n-di(propan-2-yl)phosphonamidous acid Chemical group CC(C)N(C(C)C)P(O)OCCC#N FINYOTLDIHYWPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- FCQCLMZIGUFTQR-UHFFFAOYSA-N 3-benzoyl-5-methyl-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound O=C1C(C)=CNC(=O)N1C(=O)C1=CC=CC=C1 FCQCLMZIGUFTQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 3
- 239000012300 argon atmosphere Substances 0.000 description 3
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 3
- 238000006482 condensation reaction Methods 0.000 description 3
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 3
- 235000019256 formaldehyde Nutrition 0.000 description 3
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 3
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 230000001293 nucleolytic effect Effects 0.000 description 3
- 229940127073 nucleoside analogue Drugs 0.000 description 3
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 3
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- 238000007070 tosylation reaction Methods 0.000 description 3
- CRIZPXKICGBNKG-UHFFFAOYSA-N 3,7-dihydropurin-2-one Chemical group OC1=NC=C2NC=NC2=N1 CRIZPXKICGBNKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N Argon Chemical compound [Ar] XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 241000700588 Human alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 2
- LFZAGIJXANFPFN-UHFFFAOYSA-N N-[3-[4-(3-methyl-5-propan-2-yl-1,2,4-triazol-4-yl)piperidin-1-yl]-1-thiophen-2-ylpropyl]acetamide Chemical compound C(C)(C)C1=NN=C(N1C1CCN(CC1)CCC(C=1SC=CC=1)NC(C)=O)C LFZAGIJXANFPFN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 2
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical class [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- JJIPIYZWDNKHCN-UHFFFAOYSA-N azane;propan-2-ol;hydrate Chemical compound N.O.CC(C)O JJIPIYZWDNKHCN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- INZLXIUOICFWDW-UHFFFAOYSA-N bis(hydroxymethyl)phosphinic acid Chemical compound OCP(O)(=O)CO INZLXIUOICFWDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 2
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CBOIHMRHGLHBPB-UHFFFAOYSA-N hydroxymethyl Chemical compound O[CH2] CBOIHMRHGLHBPB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 2
- PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N n,n-dimethylpyridin-2-amine Chemical compound CN(C)C1=CC=CC=N1 PSHKMPUSSFXUIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010534 nucleophilic substitution reaction Methods 0.000 description 2
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 229940124276 oligodeoxyribonucleotide Drugs 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 2
- CTSLXHKWHWQRSH-UHFFFAOYSA-N oxalyl chloride Chemical compound ClC(=O)C(Cl)=O CTSLXHKWHWQRSH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000035484 reaction time Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 2
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- FIQMHBFVRAXMOP-UHFFFAOYSA-N triphenylphosphane oxide Chemical compound C=1C=CC=CC=1P(C=1C=CC=CC=1)(=O)C1=CC=CC=C1 FIQMHBFVRAXMOP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- VBICKXHEKHSIBG-UHFFFAOYSA-N 1-monostearoylglycerol Chemical group CCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OCC(O)CO VBICKXHEKHSIBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 1
- FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 2-(chloromethyl)pyridine-3-carbonitrile Chemical compound ClCC1=NC=CC=C1C#N FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AFXKCBFBGDUFAM-UHFFFAOYSA-N 2-methylpropan-2-amine;hydrofluoride Chemical compound [F-].CC(C)(C)[NH3+] AFXKCBFBGDUFAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RJAJHSYADHZMNA-UHFFFAOYSA-N 3-benzoyl-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1C(=O)C1=CC=CC=C1 RJAJHSYADHZMNA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QAXDVKBGZRMSHF-UHFFFAOYSA-N 6-acetyl-5-hydroxy-4-methoxy-7,8-dihydro-3h-pyrrolo[3,2-e]indole-2-carboxylic acid Chemical compound C1=2C=C(C(O)=O)NC=2C(OC)=C(O)C2=C1CCN2C(C)=O QAXDVKBGZRMSHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TYNSUEXNGLNQSS-UHFFFAOYSA-N 6-carbamoyl-5-hydroxy-4-methoxy-7,8-dihydro-3h-pyrrolo[3,2-e]indole-2-carboxylic acid Chemical compound C1=2C=C(C(O)=O)NC=2C(OC)=C(O)C2=C1CCN2C(N)=O TYNSUEXNGLNQSS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 1
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 241000701022 Cytomegalovirus Species 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 108091027757 Deoxyribozyme Proteins 0.000 description 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical class C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- 241000701074 Human alphaherpesvirus 2 Species 0.000 description 1
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000006751 Mitsunobu reaction Methods 0.000 description 1
- 241000713862 Moloney murine sarcoma virus Species 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N Phosphine Natural products P XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100037357 Thymidylate kinase Human genes 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 238000005903 acid hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 150000001263 acyl chlorides Chemical class 0.000 description 1
- SUPKOOSCJHTBAH-UHFFFAOYSA-N adefovir Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2CCOCP(O)(O)=O SUPKOOSCJHTBAH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WOZSCQDILHKSGG-UHFFFAOYSA-N adefovir depivoxil Chemical compound N1=CN=C2N(CCOCP(=O)(OCOC(=O)C(C)(C)C)OCOC(=O)C(C)(C)C)C=NC2=C1N WOZSCQDILHKSGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002152 alkylating effect Effects 0.000 description 1
- 238000005804 alkylation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 1
- 229910052786 argon Inorganic materials 0.000 description 1
- KQQCTWHSWXCZHB-UHFFFAOYSA-N azane;propan-2-ol Chemical compound N.CC(C)O KQQCTWHSWXCZHB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RWCCWEUUXYIKHB-UHFFFAOYSA-N benzophenone Chemical group C=1C=CC=CC=1C(=O)C1=CC=CC=C1 RWCCWEUUXYIKHB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PASDCCFISLVPSO-UHFFFAOYSA-N benzoyl chloride Chemical compound ClC(=O)C1=CC=CC=C1 PASDCCFISLVPSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GCSVCUMDOQKEMT-UHFFFAOYSA-N butan-1-amine;hydrofluoride Chemical compound [H+].[F-].CCCCN GCSVCUMDOQKEMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000309466 calf Species 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 108010000742 dTMP kinase Proteins 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- UAOMVDZJSHZZME-UHFFFAOYSA-N diisopropylamine Chemical compound CC(C)NC(C)C UAOMVDZJSHZZME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 108700039708 galantide Proteins 0.000 description 1
- 229960002963 ganciclovir Drugs 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 125000004029 hydroxymethyl group Chemical group [H]OC([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001841 imino group Chemical group [H]N=* 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000010534 mechanism of action Effects 0.000 description 1
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N nitrogen Substances N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 1
- 239000012434 nucleophilic reagent Substances 0.000 description 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- MPQXHAGKBWFSNV-UHFFFAOYSA-N oxidophosphanium Chemical group [PH3]=O MPQXHAGKBWFSNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 229940083251 peripheral vasodilators purine derivative Drugs 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 238000005731 phosphitylation reaction Methods 0.000 description 1
- 125000001476 phosphono group Chemical group [H]OP(*)(=O)O[H] 0.000 description 1
- 229910000073 phosphorus hydride Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000004952 protein activity Effects 0.000 description 1
- VTGOHKSTWXHQJK-UHFFFAOYSA-N pyrimidin-2-ol Chemical group OC1=NC=CC=N1 VTGOHKSTWXHQJK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940083082 pyrimidine derivative acting on arteriolar smooth muscle Drugs 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 1
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 1
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 1
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- FSYKKLYZXJSNPZ-UHFFFAOYSA-N sarcosine Chemical class C[NH2+]CC([O-])=O FSYKKLYZXJSNPZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JRPHGDYSKGJTKZ-UHFFFAOYSA-K selenophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=[Se] JRPHGDYSKGJTKZ-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000003998 snake venom Substances 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 1
- 108010068698 spleen exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 1
- 229940014800 succinic anhydride Drugs 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- BCNZYOJHNLTNEZ-UHFFFAOYSA-N tert-butyldimethylsilyl chloride Chemical compound CC(C)(C)[Si](C)(C)Cl BCNZYOJHNLTNEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 125000002088 tosyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1C([H])([H])[H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 241001529453 unidentified herpesvirus Species 0.000 description 1
- 230000006648 viral gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Landscapes
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Description
Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest nowy polimer deoksyrybonukleotydowy o ogólnym wzorze 1, w którym
Np stanowi grupę o wzorze 3, gdzie B jest N-1-tyminą, N-1-cytozyną, Ν-9-adeniną lub Ν-9-guaniną, bądź pochodną tych zasad, zaś X stanowi O, S lub Se; px stanowi grupę o wzorze 4, w której R2 stanowi grupę hydroksylową, purynową lub pirymidynową bądź ich pochodne, najkorzystniej 5-fluorouracyl, ppx stanowi grupę o wzorze 5, w której X i R2 mają wyżej podane znaczenie, pN stanowi grupę o wzorze 6, w której B i X mają wyżej podane znaczenie, przy czym n1, n2, n3, n4 są takie same lub różne i oznaczają liczby naturalne od 0 do trzydziestu, z tym, że wszystkie nie oznaczają jednocześnie 0, i określają liczbę danych grup występujących po sobie, będący lekiem nowej generacji o korzystnych właściwościach biofizycznych i biochemicznych.
Przedmiotem wynalazku jest także monomer wyjściowy tego polimeru o strukturze tlenku fosfiny o ogólnym wzorze 1, w którym R1 oznacza wodór, grupę alkilową, korzystnie grupę DMT, grupę benzylową bądź allilową, grupę trialkilosililową, trialkoksysililową, lewulinową lub acylową inną niż grupa palmitynowa lub stearynowa, R2 stanowi grupę hydroksylową, resztę purynową korzystnie N1-tyminy, N1-cytozyny, N9-adeniny lub N9-guaniny lub resztę 5-halogenopirymidyny, korzystnie 5-fluoro-N-1-uracylu, bądź ich pochodne, najkorzystniej 5-fluorouracyl, zaś R3 stanowi wodór, grupę trialkilosililowa, alkilową lub acylową o 2 - 6 atomach węgla, zwłaszcza wybraną z grupy obejmującej grupę bursztynylową, oksalilową lub sarkozynylową, ewentualnie przyłączoną do złoża LCA CPG lub resztę alkilo-N,N-dialkilo-amidofosforynową lub fosforanową.
Przedmiotem wynalazku jest także monomer o strukturze kwasu bis(hydroksymetylo)fosfinowego o wzorze ogólnym 7, w którym R1 oznacza wodór, grupę alkilową lub acylową, korzystnie grupę DMT, grupę trialkilosililową, trialkoksysililową, lewulinową lub acylową lub grupę fosforanową, R2 stanowi wodór lub grupę alkilową o 1 do 5 atomów węgla, Z stanowi grupę hydroksylową, resztę purynową, korzystnie N9-adeniny lub N9-guaniny, pirymidynową, korzystnie N1-tyminy lub N1-cytozyny lub 5-chlorowcopirymidynową, korzystnie 5-fluorouracylu, przy czym równocześnie R1 i R3 nie mogą być atomami wodoru, a grupa Z - hydroksylem lub równocześnie R1 nie może być atomem wodoru, Z grupą hydroksylową i R2 grupą metylową.
Oligodeoksyrybonukleotydy należą do leków nowej generacji. Mechanizm działania tej grupy leków opiera się na modulowaniu procesu ekspresji genów wirusowych i hamowaniu biosyntezy białek chorobotwórczych. Istnieje kilka możliwych strategii działania syntetycznych oligonukleotydów. Według strategii antysensowej komplementarne (zgodnie z regułami Watsona - Cricka) oligonukleotydy oddziaływują z jednoniciowym mRNA lub pre-mRNA tworząc heterodupleksy rozpoznawane przez białkowe enzymy degradujące (Uhlmann, E. & Peyman, A.,1990 Chem. Rev. 90, 544). Strategia rozpoznania sekwencyjnego typu antysensowego stosowana jest również w degradacji mRNA za pomocą enzymów oligonukleotydowych - rybozymów (Uhlenbeck, O. C. 1987, Nature 328, 596) i deoksyrybozymów (Santoro, S.W., Joyce, G.F. 1997 Proc Natl Acad Sci USA 94: 4262-4266; Kuwabara,
T., Warashina, M., Tanabe, T., Tani, K., Asano, S. & Taira, K. 1997 Nucleic Acids Res. 25, 3074). Innym podejściem jest tzw. terapia antygenowa, w której syntetyczne oligonukleotydy rozpoznają zgodnie z regułami Hoogsteena dwuniciowe sekwencje DNA i wpływają na proces transkrypcji genów (Giovannangeli, C. & Helene, C., 1997, Antisense Nucleic Acids Drug Dev., 7, 413). Kolejną strategią hamowania aktywności białek jest zastosowanie tzw. aptamerów białek - oligonukleotydów wyselekcjonowanych w procesie selekcji in vitro i tworzących z białkami trwałe kompleksy (Tuerk, C. & Gold,
L. , 1990, Science, 249, 505). Poznany niedawno efekt interferencji RNA (Fire A., Xu S., Montgomery
M. K., Kostas S.A., Driver S.E., Mello C.C., Nature 391, 806-811, 1998) pozwala na wyciszanie ekspresji niepożądanych genów poprzez zastosowanie krótkich interferujących RNA - siRNA (Elbashir S., Tuschl T., Nature 411, 494-498, 2001). Dwuniciowe RNA o długości 21-23 nt są obiecującymi narzędziami o szczególnie istotnym znaczeniu terapeutycznym (Miyagishi M., Taira K., Nat. Biotech. 19, 497-500, 2002; Xia H., Mao Q., Paulson H.L., Davidson B.L., Nat. Biotech. 20, 1006-1010, 2002).
Poszukiwania nowych terapeutyków skupione są na badaniach analogów oligonukleotydów wykazujących bądź zwiększone powinowactwo do cząsteczek docelowych, bądź charakteryzujących się zwiększoną odpornością na działanie enzymów nukleolitycznych uczestniczących w procesach in vivo.
Syntetyczne oligonukleotydy stanowiące potencjalne terapeutyki są analogami oligonukleotydowymi zawierającymi różnorodnie modyfikowane elementy struktury naturalnych kwasów nukleinowych. Grupę analogów oligonukleotydowych zawierających modyfikowany szkielet fosforanowy stanowią oligonukleotydowe tiofosforany (Stec, W. J., Zon, G., Egan, W. & Stec, B., 1984, J. Am. Chem.
PL 218 608 B1
Soc., 106. 6077), metanofosfoniany (Miller, P.S., Annan, N.D., McParland, S.M., 1980, J. Biot. Chem., 2,
9659, Miller, P.S., Annan, N.D., McParland, S.M., Pulford, K.B., 1982, Biochemistry, 21, 2507) i amidofosforany (Gryaznov, S. M., Skorski, T., Cucco, C., Nieborowska-Skorska, M., Chiu, C.,Y., Lloyd, D. H., Chen, J., Koziołkiewicz, M. & Calabretta, B., 1996, Nucleic Acids Res., 24, 1508). Kolejną grupę modyfikowanych syntetycznych oligonukleotydów stanowią połączenia zawierające modyfikowane nukleozydy [LNA - Locked Nucleic Acids (Koshkin, A. A., Singh, S. K., Nielsen, P., Rajwanshi, V.
K., Kumar, R., Meldgaard, M., Olsen, C. E. & Wengel, J., 1998, Tetrahedron, 3607), a-nukleozydy (Aramini, J. M., van de Sande, J. M. & Germann, M. W., 1997, Biochemistry, 36, 9715] a także związki polimeryczne oparte na innym niż fosforanowy szkielecie [PNA - Peptide Nucleic Acids (Nielsen, P. E., 1999, Curr. Opin. Struct. Biol., 9, 353]. Większość tych połączeń wykazuje zwiększone powinowactwo do sekwencji docelowych oraz zwiększoną lub całkowitą odporność na działanie enzymów nukleolitycznych, zarówno endo- jak i egzonukleaz.
Zwiększoną odporność na działanie egzonukleaz uzyskano wprowadzając na 3'- i/lub 5'-końce oligonukleotydów glikole polietylenowe (Jaschke, A., Fϋrste, J. P., Cech, D. & Erdmann, V.A., 1993, Tetrahedron Lett., Μ, 301) lub modyfikowane monomery rybonukleozydowe takie jak pochodne 2'-O-alkilowe (Sproat, B. S., Lamond, A. I., Garcia, R. G., Beijer, B., Pieles, U., Douglas, M., Bohmann, K., Carmo-Fonseco, M., Weston, S. & O'Loughlin, S., 1991, Nucleic Acids Symp. Ser., 24, 59), 2'-aminowe (Hobbs, J., Sternbach, H., Sprinzl, M. & Eckstein, F., 1973, Biochemistry, 12, 5138) Iub 2'-fluorowe (Olsen, D. B., Benseler, F., Aurup, H., Pieken, W. A. & Eckstein, F., 1991, Biochemistry, 30, 9735). Efekt zwiększonej odporności na działanie egzonukleaz uzyskano także poprzez cyrkularyzację oligonukleotydów (Alazzouzi, E., Escaja, N., Grandas, A. & Pedroso, E., 1997, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 36, 1506) lub tworzenie terminalnych struktur dupleksowych (Tang JY, Temsamani J, Agrawal S., 1993, Nucleic Acids Res, 21,2729).
Dotychczas opisano pochodne kwasu bis-hydroksymetylofosfinowego - polimer o wzorze 2 i jego monomer o wzorze 7, gdzie Z stanowi podstawioną grupę hydroksylową (B. Nawrot, O. Michalak, M. Nowak, A. Okruszek, M. Dera and W.J. Stec, Tetrahedron Lett. 2002, 5397-5400).
Natomiast nie są dotychczas znane ani polimer o wzorze 2, ani jego monomer o wzorze 1, będące pochodnymi tlenku tris(hydroksymetylo)fosfinowego, stanowiące przedmiot niniejszego wynalazku. Nie opisano dotychczas także monomeru o wzorze 7, zawierającego podstawniki jest takie jak opisane poniżej.
Polimer deoksyrybonukleotydowy o ogólnym wzorze 2, w którym Np stanowi grupę o wzorze 3, gdzie B jest N-1-tyminą, N-1-cytozyną, Ν-9-adeniną lub Ν-9-guaniną, zaś X stanowi O, S lub Se, px stanowi grupę o wzorze 4, w której R2 stanowi grupę hydroksylową, grupę purynową, pirymidynową bądź ich pochodne, wszystkie o strukturze zasad heterocyklicznych DNA lub RNA, ppx stanowi grupę o wzorze 5, w której X i R2 mają wyżej podane znaczenie, pN stanowi grupę o wzorze 6, w której B i X mają wyżej podane znaczenie, przy czym n są takie same lub różne i oznaczają liczby naturalne od 0 do trzydziestu, z tym, że wszystkie n (n1, n2, n3, n4) nie oznaczają jednocześnie 0.
Polimer deoksyrybonukletydowy o wzorze 2, w którym wszystkie poszczególne oznaczenia mają podane wyżej znaczenie, można otrzymać metodą zautomatyzowanej syntezy amidofosforynowej z monomeru o ogólnym wzorze 1, gdzie R1 stanowi grupę DMT, R2 stanowi grupę hydroksylową, pirymidynową lub purynową, ewentualnie podstawione grupami ochronnymi na egzocyklicznych grupach aminowych, grupach iminowych lub grupach karbonylowych zaś R3 stanowi grupę acylową o 2 - 6 atomach węgla, zwłaszcza grupę bursztynylową, oksalilową lub sarkozynylową, ewentualnie przyłączoną do złoża LCA CPG lub grupę alkilo-N,N-dialkiloamidofosforynową, najkorzystniej 2-cyjanoetylo-N,N-diizopropyloamidofosforynową.
Związki o wzorze ogólnym 2, zawierające w swej strukturze reszty tlenku tris-alkilofosfiny otrzymane z pochodnych tlenku tris(hydroksymetylo)fosfiny - związków 1, wykorzystanych w charakterze monomerów do syntezy kwasów nukleinowych, mają bardzo korzystne właściwości biofizyczne i biochemiczne.
W połączeniach o wzorze ogólnym 2 monomer korzystnie px wbudowany jest na 5'- i/lub 3'- końcu oligomeru nukleotydowego, albo jako polimer monomeru px (łączonego za pomocą diestrowego wiązania fosforanowego, tiofosforanowego, lub selenofosforanowego) stanowi fragment zawarty pomiędzy sekwencjami oligonukleotydowymi, lub wbudowany jest w dowolnym miejscu łańcucha oligonukleotydowego.
Do wytwarzania związków o wzorze ogólnym 2 ze związków o wzorze 1, wykorzystuje się metody syntezy oligodeoksyrybonukleotydów na podłożu polimerowym, dobierając, według wynalazku,
PL 218 608 B1 odpowiednio łącznik złoża LCA CPG (bursztynylowy, oksalilowy lub sarkozynylowy), czas kondensacji monomerów (od 60 do 600 s) oraz odpowiednie warunki usuwania grup ochronnych (przykładowo 28% wodny roztwór amoniaku, czas od 2 do 16 godzin, temperatury 25-55°C) i usuwania oligomeru ze złoża LCA CPG (przykładowo 28% wodny roztwór amoniaku, czas 30-120 minut), a także sposób oczyszczania oligomeru według sposobu Zona i Steca metodą wysokosprawnej chromatografii cieczowej na odwróconej fazie - jednoetapowy dla oligomeru nie zawierającego 5'-końcowej grupy DMT, DMT OFF, oraz dwuetapowy dla oligomeru zawierającego 5'-końcową grupę DMT, DMT ON (Zon, G. and Stec, W.J. Phosphorothioate oligonucleotides. In: Oligonucleotides and Analogues: A practical Approach., edited by Eckstein, F. Oxford:IRL Press, 1991, p. 87-108)).
Pochodne purynowe i pirymidynowe tlenku tris-(hydroksymetylo)fosfiny px, wprowadzone do łańcucha oligonukleotydowego 2 wykazują własności naturalnych kwasów nukleinowych.
Na podstawie badań własnych, prowadzonych za pomocą spektrometrii masowej MALDI-TOF i elektroforezy żelowej wykazano, że monomery px wprowadzone do łańcucha oligonukleotydowego są rozpoznawane przez, odpowiednio, 3'-egzonukleazy (PDE I z jadu węża, egzonukleaza z osocza ludzkiego) i 5'-egzonukleazy (PDE II ze śledziony cielęcej) i nie stanowią substratów dla wymienionych enzymów nukleolitycznych. Wprowadzenie terminalnych grup px do łańcucha oligonukleotydowego stanowi zabezpieczenie potencjalnych terapeutyków przed degradującym działaniem egzonukleaz obecnych w płynach komórkowych, przy nie zmienionym powinowactwie hybrydyzacyinym do komplementarnej sekwencji kwasu nukleinowego. Nonadekamery o wzorze ogólnym 2, gdzie Np oznacza grupę o wzorze ogólnym 3 (n1=8 lub 9, B=N-1-tymina, X=O), px oznacza grupę o wzorze ogólnym 4 (R2=N-1-tymina), ppx oznacza grupę o wzorze ogólnym 5 (n2=2 lub O, odpowiednio, X=O, R2=N-1-tymina), pN oznacza grupę o wzorze ogólnym 6 (n3=8 lub 9, B=N-1-tymina, X=O) a n4 = 0, wykazują nieco zwiększone powinowactwo do dwuniciowego DNA d(A21C4T21). Temperatury mięknięcia odpowiednich trypleksów są wyższe o 3,5 i 4,5°C w porównaniu do trypleksu niemodyfikowanego T19/d(A21C4T21).
Monomer o strukturze tlenku trialkilofosfiny, o wzorze ogólnym 1, w którym R1 oznacza wodór, grupę alkilową, korzystnie grupę DMT, grupę benzylową bądź allilową, grupę trialkilosililową, trialkoksysililową, lewulinową lub acylową, R2 stanowi grupę hydroksylową, resztę purynową korzystnie N1-tyminy, N1-cytozyny, N9-adeniny lub N9-guaniny lub resztę 5-halogenopirymidyny, korzystnie 5-fluoro-N-1-uracylu, bądź ich pochodne, najkorzystniej 5-fluorouracyl, zaś R3 stanowi wodór, grupę trialkilosililowa, alkilową lub acylową o 2 - 6 atomach węgla, zwłaszcza wybraną z grupy obejmującej grupę bursztynylową, oksalilową lub sarkozynylową, ewentualnie przyłączoną do złoża LCA CPG lub resztę alkilo-N,N-dialkilo-amidofosforynową lub fosforanową.
Monomer o strukturze kwasu fosfinowego, o wzorze ogólnym 7, w którym R1 oznacza wodór, grupę alkilową lub acylową, korzystnie grupę DMT, grupę trialkilosililową, trialkoksysililową, lewulinową lub acylową inną niż grupa palmitynowa lub stearynowa lub grupę fosforanową, R2 stanowi wodór lub grupę alkilową o 1 do 5 atomów węgla, Z stanowi grupę hydroksylową, resztę purynową, korzystnie N9-adeniny lub N9-guaniny, pirymidynową, korzystnie N1-tyminy lub N1-cytozyny lub 5-chlorowcopirymidynową, korzystnie 5-fluorouracylu.
Monomery według wynalazku stanowią nową klasę acyklicznych analogów nukleozydów, związków o potencjalnym działaniu przeciwwirusowym i przeciwnowotworowym.
Acykliczne analogi nukleozydów stanowią znaną grupę związków o silnych właściwościach przeciwwirusowych. Wśród nich najbardziej znane to acyklowir (Elion, G.B., Furman, P.A., Fyfe, J.A., de Miranda, P., Beauchamp, L., Schaeffer, HJ., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 5716), gancyklowir [(a) Martin, J.C., Dvorak, C.A., Smee, D.F., Matthews, T.R., Julien, P.hl., Verheyden, J.P.H.,
J. Med. Chem., 1983, 26, 759; (b) Smee, D.F., Martin, J.C., Verheyden, J.P.H., Matthews, T.R., Antimicrob. Agents Chemother. 1983, 23, 576; (c). Field E.K., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 4139)] i pencyklowir [(a) Harnden, M.R., Jarvest, R.L., Bacon, T.H., Boyd, M.R., J. Med. Chem. 1987, 30, 1636; (b) Vere Hodge, R.A., Perkins, R.M., Antimicrob. Agents Chemother. 1989, 33, 223]. Wykazano, że obecność dwóch grup hydroksylowych gancyklowiru jest zaangażowana w oddziaływania z wirusową kinazą tymidylanową HSV-1, odpowiedzialną za fosforylację grupy OH i terminację syntezy DNA, spowodowaną włączeniem tego analogu nukleotydowego do rosnącego łańcucha kwasu nukleinowego. Od tego czasu wytworzono szereg nowych analogów acyklicznych nukleozydów, wykazujących szerokie spektrum właściwości przeciwwirusowych przeciwko wirusom opryszczki typu 1 i 2 (HSV-1 i HSV-2), przeciwko wirusowi ospy wietrznej (VZV) oraz wirusowi cytomegalii (HCMV). Także fosfonowe analogi acyklicznych nukleozydów takie jak 9-[2-(fosfonometoksy)etylo]adenina
PL 218 608 B1 (PMEA) wykazują szerokie spektrum aktywności przeciwko wirusom DNA (De Clercq, E., Holy, A., Rosenberg, I. Skuma, T., Balzarini, J., Maudgal, P.C., Nature, 1986, 323, 464)) jak i przeciwko retrowirusom (Pauwels, R., Balzarini, J., Schols, D., Baba, M., Desmyter, P., Rosenberg, I., Holy, A., De Clercq, E., Antimicrob. Agents Chemother. 1988, 32, 1025). Aktywność PMEA w stosunku do mysiego wirusa mięsaka Moloneya w badaniach in vivo jest porównywalna, a w niektórych przypadkach wyższa, niż aktywność znanego leku przeciwwirusowego AZT (Balzarini, J., Naesens, L., Slachmuylders, J., Niphuis, H., Rosenberg, I., Holy, A., Schellekens, H., De Clercq, E., AIDS, 1991, 5, 21). Nowe związki, zawierające zasady heterocykliczne DNA i RNA podstawione resztą alkilofosfonowa bądź alkilofosfinową stanowią potencjalnie interesujące związki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe.
Sposób wytwarzania monomeru o ogólnym wzorze 1, gdzie R1 oznacza DMT a R2 i R3 są grupami hydroksylowymi, polega na tym, że tlenek tris(hydroksymetylo)fosfiny poddaje się reakcji kontrolowanego alkilowania za pomocą chlorku 4,4'-dimetoksytrytylowego w aprotonowym rozpuszczalniku organicznym, korzystnie w pirydynie do wytworzenia związku o wzorze 1, gdzie R1, R2 i R3 mają wyżej podane znaczenie.
Sposób wytwarzania monomeru o wzorze 1, w którym R1 oznacza DMT, R2 stanowi chronioną grupami ochronnymi resztę zasady heterocyklicznej DNA lub RNA zaś R3 jest grupą 2-cyjanoetylo-N,N-diizopropylo-amidofosforynową albo grupą bursztynylową, oksalilową lub sarkozynylową polega na selektywnym wprowadzeniu jednej grupy trialkilosililowej, korzystnie dimetylo-tert-butylosililowej, do cząsteczki substratu w aprotonowym rozpuszczalniku organicznym, w obecności katalizatora o charakterze zasadowym, korzystnie w acetonitrylu w obecności imidazolu, i oczyszczaniu otrzymanego połączenia metodą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, a następnie na kondensacji według reakcji Mitsunobu (O. Mitsunobu, Synthesis, 1981, 1-28) grupy hydroksymetylowej substratu z resztą chronionej zasady heterocyklicznej na atomie azotu zasady heterocyklicznej, korzystnie N-9 puryny, zwłaszcza adeniny lub guaniny, w środowisku bezwodnym, korzystnie w tetrahydrofuranie, wobec trifenylofosfiny i azadikarboksylanu diizopropylowego lub na wprowadzeniu do związku 1, gdzie R1 jest grupą DMT i R3 jest grupą trialkilosililową łatwoopuszczającej grupy alkilosulfonowej, korzystnie tosylowej, i kondensacji tego połączenia z generowanym pod wpływem wodorku sodu, korzystnie w temperaturze pokojowej, anionem azotu N-1-pirymidyny, zwłaszcza N4-benzoilowanej cytozyny w rozpuszczalniku aprotonowym, korzystnie w dimetyloformamidzie w podwyższonej temperaturze, korzystnie w 60°C. Z wyodrębnionego chromatograficznie związku o wzorze 1, w którym R1 oznacza DMT, R2 stanowi grupę pirymidynową lub purynową, zaś R3 stanowi grupę trialkilosililową usuwa się selektywnie jedną grupę ochronną w środowisku silnego odczynnika nukleofilowego, korzystnie za pomocą fluorku tert-butyloamoniowego, korzystnie w bezwodnym tetrahydrofuranie. Alternatywnie związek 1, gdzie R1 stanowi grupę DMT a R2 i R3 są atomami wodoru poddaje się reakcji selektywnej osłony jednej grupy hydroksylowej za pomocą reszty acylowej, korzystnie benzoilowej, w rozpuszczalniku o charakterze zasadowym, korzystnie w pirydynie, z równomolową ilością chlorku acylowego, a otrzymany związek 1, w którym R1, oznacza DMT, a R3 oznacza grupę benzoilową, poddaje się reakcji Mitsonobu z Ν-3-benzoilowaną tyminą, a otrzymany związek poddaje się reakcji deprotekcji w warunkach zasadowych, korzystnie w 28% wodnym roztworze amoniaku w temperaturze pokojowej. Otrzymany związek o wzorze 1, w którym R1 oznacza DMT, R2 stanowi grupę pirymidynową lub purynową, zaś R3 oznacza wodór, poddaje się albo reakcji fosfitylacji, korzystnie za pomocą chloro-2-cyjanoetylo-N,N-diizopropyIoamidofosforynu w bezwodnym rozpuszczalniku aprotonowym z dodatkiem etylo-N,N-diizopropyloaminy, korzystnie w chlorku metylenu, do uzyskania związku o wzorze 1, w którym R1 stanowi grupę DMT, R2 stanowi grupę pirymidynową lub purynową, zaś R3 stanowi grupę 2-cyjanoetylo-N,N-diizopropylo-amidofosforynową, albo reakcji kondensacji z bezwodnikiem kwasu bursztynowego, chlorkiem oksalilu lub odpowiednio zablokowaną pochodną sarkozyny, w bezwodnej pirydynie, do uzyskania związku o wzorze 1, gdzie R1 stanowi grupę DMT, R2 stanowi grupę pirymidynową lub purynową, zaś R3 stanowi grupę bursztynylową, oksalilową lub sarkozynylową, który następnie poddaje się reakcji kondensacji ze zaktywowanym złożem LCA CPG wobec DCC w znany sposób.
Sposób wytwarzania monomeru o ogólnym wzorze 1, w którym R1 i R3 stanowią atomy wodoru a R2 stanowi zasadę heterocykliczną DNA lub RNA, lub modyfikowaną 5-halogenopirymidynę, korzystnie, 5-fluorouracyl, polega według wynalazku na tym, że najpierw wytwarza się związek o wzorze ogólnym 1, gdzie R1 i R3 stanowią grupy DMT, zaś R2 jest grupą hydroksylową przez selektywne alkilowanie dwóch funkcji hydroksylowych tlenku tris(hydroksymetylo)fosfiny, korzystnie za pomocą dwóch ekwiwalentów chlorku 4,4'-dimetoksytrytylowego, w rozpuszczalniku aprotonowym, korzystnie
PL 218 608 B1 w pirydynie, w temperaturze pokojowej otrzymując związek 1, gdzie R1 i R3 oznacza DMT zaś R2 jest grupą hydroksylową, który poddaje się reakcji Mitsunobu, to jest kondensacji z chronioną Ν-3-benzoilotyminą, -uracylem lub -5-halogenouracylem, lub z N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonyloguaniną lub z niechronioną adeniną, korzystnie za pomocą trifenylofosfiny w bezwodnym rozpuszczalniku aprotonowym z dodatkiem aza-dikarboksylanu diizopropylowego, korzystnie w tetrahydrofuranie, lub grupę hydroksylową związku 1, w którym R1 i R3 stanowią grupy DMT a R2 jest grupą hydroksylową poddaje się reakcji alkilosulfonowania, korzystnie tosylowania, wobec chlorku p-toluenosulfonowego w bezwodnym rozpuszczalniku aprotonowym, korzystnie w chlorku metylenu w obecności katalizatora zasadowego, korzystnie 4-N,N-dimetylopirydyny, a następnie podstawienia nukleofilowego wobec anionu niechronionej cytozyny, otrzymywanego przez działanie wodorkiem sodu w dimetyloformamidzie na niechroniona cytozynę do uzyskania związku o wzorze 1, w którym R1 i R3 stanowią grupy DMT a R2 stanowi zasadę heterocykliczną. Związek 1, w którym grupy R1, R2 i R3 mają powyższe znaczenie poddaje się następnie działaniu deprotekcji alkalicznej, usuwając grupy zasadowo-labilne, korzystnie wobec 28% wodnego roztworu amoniaku, a następnie hydrolizie w warunkach kwaśnych, korzystnie wobec roztworu kwasu p-toluenosulfonowego w metanolu do uzyskania związku o wzorze 1, gdzie R1 i R3 stanowią atomy wodoru zaś R2 stanowi zasadę pirymidynową lub purynową.
Sposób wytwarzania monomeru o ogólnym wzorze 7, w którym R1 i R2 stanowią atomy wodoru a Z stanowi zasadę heterocykliczną DNA lub RNA, lub modyfikowaną 5-halogenopirymidynę, korzystnie 5-fluorouracyl, polega według wynalazku na tym, że związek o wzorze ogólnym 1, gdzie R1 jest grupą DMT, R2 stanowi grupa alkilowa, korzystnie metylowa zaś Z jest grupą hydroksylową (synteza tego związku opisana w patencie PL 198175 oraz w publikacji B. Nawrot, O. Michalak, M. Nowak, A. Okruszek, M. Dera and WJ. Stec, Tetrahedron Lett. 2002, 5397-5400), poddany jest reakcji kondensacji z chronioną Ν-3-benzoilo-tyminą, -uracylem lub -5-halogenouracylem, z N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonyloguaniną lub z niechronioną adeniną, korzystnie za pomocą trifenylofosfiny w bezwodnym rozpuszczalniku aprotonowym z dodatkiem aza-dikarboksylanu diizopropylowego, korzystnie w tetrahydrofuranie, lub reakcji alkilosulfonowania, korzystnie tosylowania, wobec chlorku p-toluenosulfonowego w bezwodnym rozpuszczalniku aprotonowym, korzystnie w chlorku metylenu w obecności katalizatora zasadowego, korzystnie 4-N,N-dimetylopirydyny, a następnie reakcji podstawienia nukleofilowego wobec anionu niechronionej cytozyny, otrzymywanego przez działanie wodorkiem sodu w dimetyloformamidzie na niechronioną cytozynę do uzyskania związku o wzorze 1, w którym R1 stanowi grupa DMT, R2 stanowi grupę alkilową, korzystnie metylową, zaś Z jest N-1 podstawioną cytozyną. Związek 1, w którym grupy R1 i R2 mają powyższe znaczenie zaś Z stanowi zasadę heterocykliczną DNA lub RNA, lub modyfikowaną 5-halogenopirymidynę, korzystnie 5-fluorouracyl, poddaje się deprotekcji alkalicznej, usuwając grupy zasadowo-labilne, benzoilową, izobutyrylową i difenylokarbonylową, korzystnie wobec 28% wodnego roztworu amoniaku, a następnie hydrolizie w warunkach kwaśnych, korzystnie wobec roztworu kwasu p-toluenosulfonowego w metanolu do uzyskania związku o wzorze 1, gdzie R1 i R2 stanowią atomy wodoru zaś Z stanowi zasadę pirymidynową lub purynową.
Poniżej przedstawiono przykłady wykonania wynalazku.
P r z y k ł a d I.
Synteza związku 1, gdzie R1 stanowi grupa DMT, R2 stanowi grupa hydroksylowa, zaś R3 stanowi atom wodoru
Do roztworu tlenku tris(hydroksymetylo)fosfinowego (1 mmol) w bezwodnej pirydynie (10 ml) dodano chlorek 4,4'-dimetoksytrytylowy (1 mmol). Po 20 godzinach mieszania, roztwór reakcyjny zatężono do gęstego oleju, pozostałość koewaporowano kilkakrotnie z bezwodnym etanolem i następnie z bezwodnym toluenem. Produkt oczyszczono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-3% metanolu) jako eluent.
Wydajność 51%, 1H NMR (CDCI3): 7,41-6,74 ppm (m, 13H, protony aromatyczne); 4,19 ppm (m, JP-H=3 Hz, 4H, CH2OH); 3,74 ppm (s, 3H, OCH3); 3,73 ppm (s, 3H, OCH3); 3,64 ppm (d, JP-H=6 Hz, 2H, CH2ODMT); 31P NMR (CDCI3): 46,51 ppm; NS FAB (m/z): 544,3 [M + 102];
P r z y k ł a d II.
Synteza związku 1, gdzie R1 stanowi grupa DMT, R2 stanowi grupa hydroksylowa zaś
R3 stanowi grupa dimetylo-tert-butylosililowa
Do roztworu związku 1 (4,5 mmola), gdzie R1 stanowi grupa DMT, R2 stanowi grupa hydroksylowa, zaś R3 stanowi atom wodoru w acetonitrylu dodano imidazol (18 mmoli), a następnie chlorek tertbutylodimetylosililowy (4,5 mmola). Po 20 h mieszania roztwór reakcyjny zadano 5 ml trietyloaminy,
PL 218 608 B1 a następnie odparowano rozpuszczalnik. Produkt oczyszczono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0 - 5% metanolu) jako eluent.
Wydajność 45%; 1H NMR (CDCI3): 7,46-6,80 ppm (m, 13H, protony aromatyczne); 4,14-4,07 ppm (m, J=6 Hz, J4 Hz, 4H); 3,78 ppm (s, 3H, OCH3); 3,77 ppm (s, 3H, OCH3); 3,62-3,53 ppm (m, J 31P=7 Hz, J=11 Hz, 2H); 0,81 ppm (s, 9H, 3 x CH3); 0,06 ppm (s, 3H, Si-CH3); 0,02 ppm (s, 3H, Si-CH3); NMR (CDCI3): 44,55 ppm
MS FAB (m/z): 579,4 [M + 23]; 709,3 [M + 153];
P r z y k ł a d III.
Synteza związku 1, gdzie R1 stanowi grupa DMT, R2 stanowi grupa hydroksylowa zaś R3 stanowi grupa benzoilowa
Do roztworu związku 1 (7,8 mmola), gdzie R1 stanowi grupa DMT, R2 grupa hydroksylowa i R3 stanowi atom wodoru w bezwodnej pirydynie (50 ml) wkroplono chlorek benzoilu (7,8 mmola). Mieszaninę reakcyjną pozostawiono w temperaturze pokojowej na 16 godzin, po czym odparowano rozpuszczalnik pod zmniejszonym ciśnieniem, pozostałość ko-ewaporowano kilkakrotnie z bezwodnym etanolem i następnie z bezwodnym toluenem. Produkt oczyszczono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-5% metanolu) jako eluent.
Wydajność 55%; 1H NMR (CDCl3): 8,12-6,73 ppm (m, 18H, protony aromatyczne); 4,90-4,77 ppm (m, J=5 Hz, J=7 Hz, 2H); 4,24 ppm (s, 2H); 3,79-3,73 ppm (m, J=7Hz, J=3 Hz, 2H); 3,75 ppm (s, 3H, OCH3); 3,74 ppm (s, 3H, OCH3); 31P NMR (CDCI3): 42,40 ppm; MS FAB (m/z): [M + 153]: 699,2.
P r z y k ł a d IV.
Synteza związku 1, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 stanowi grupa N-7-(N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonyloguanina) zaś R3 jest grupą dimetylo-tert-butylosililową
Do roztworu związku 1, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 jest grupą hydroksylową, zaś R3 grupą dimetylo-tert-butylosililową (0,3 mmol), N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonyloguaniny (0,39 mmol) oraz tlenku trifenylofosfiny (0,63 mmol) wkroplono DIAD (azadikarboksylan diizopropylowy) (0,63 mmol). Reakcję prowadzono w atmosferze argonu i bez dostępu światła. Po 48 h odparowano rozpuszczalnik. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-5% metanolu) jako eluent.
Wydajność: 90%; 1H NMR (CDCI3): 8,21 ppm (s, 1H, H-8); 7,46-6,78 ppm (m, 23H, protony aromatyczne); 4,75 ppm (d, JP-H=7 Hz, 2H, CH2N); 4,15 ppm (q, J=2,5 Hz, J=5,5 Hz, 2H, CH2Si); 3,75 ppm (s, 3H, OCH3); 3,74 ppm (s, 3H, OCH3); 3,57 ppm (d, JP-H=5 Hz, 2H, CH2ODMT); 2,95-2,81 ppm (m, 1H, CH(CH3)2); 1,22 ppm (d, J=7 Hz, 6H, 2 x CH3); 0,75 ppm (s, 9H, 3 XCH3); -0,03 ppm (s, 3H, Si-CH3); -0,05 ppm (s, 3H, Si-CH3); 31P NMR (CDCI3): 40,99 ppm;
MS FAB (m/z): [M + H] 955,2; [M - H] 953,2
P r z y k ł a d V.
Synteza związku 1, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 stanowi N-7-(N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonyloguanina) zaś R3 jest atomem wodoru.
Do roztworu związku 1 (0,063 mmol), gdzie R1 jest grupa DMT, R2 stanowi grupa N-9-(N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonylguanylowa) zaś R3 jest grupą dimetylo-tert-butylosililową w bezwodnym THF (2 ml) dodano roztwór 1M fluorku n-butyloamoniowego w THF (0,1 mmol). Po 24 h mieszania odparowano rozpuszczalnik, a pozostałość ekstrahowano 3 x chloroformem. Warstwy organiczne połączono, suszono i zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem. Produkt oczyszczono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując chloroform-metanol (gradient 0-10% MeOH).
Wydajność: 51%; 1H NMR (CDCI3): 8,08 ppm (s, 1H, H-8); 7,39-6,73 ppm (m, 23H, protony aromatyczne); 4,83 ppm (d, Jp-h=5Hz, 2H, CH2OH); 4,45 ppm (dd, J=9Hz, J=16 Hz, 1H, CHN); 4,22 ppm (dd, J=5 Hz, J=16 Hz, 1H, CHN); 3,79 ppm (s, 3H, OCH3); 3,78 ppm (s, 3H, OCH3); 3,40 ppm (dd, JP-H=7 Hz, J=13 Hz, 1H, CHODMT); 3,25 ppm (dd, JP-H=4 Hz, J=13 Hz, 1H, CH'ODMT); 2,90-2,28 ppm (m, J=7 Hz, J=14 Hz, 1Η, CH(CH3)2); 0,98 ppm (d, J=5Hz, 6H, 2 x CH3); 31P NMR (CDCI3): 36,91 ppm;
MS FAB (m/z): [M + H] 841,5; [M - H] 839,2
P r z y k ł a d VI.
Synteza związku 1 gdzie R1 jest grupą DMT, R2 stanowi grupa N-1-(N-3-benzoilotymina) zaś R3 jest grupą benzoilową
Do roztworu związku 1, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 jest grupą hydroksylową, zaś R3 grupa benzoilową (0,4 mmol), N-3-benzoilotyminy (0,48 mmol) oraz tlenku trifenylofosfiny (0,84 mmol) wkroplono DIAD (0,84 mmol). Reakcję prowadzono w atmosferze argonu i bez dostępu światła. Po 48 h
PL 218 608 B1 odparowano rozpuszczalnik. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-5% metanolu) jako eluent.
1H NMR (CDCI3): 7,93-6,73 ppm (m, 24H, protony aromatyczne); (4,88 ppm (dd, J=5 Hz, J=14 Hz,
1H, CH'OBz); 4,75 ppm (dd, J=4 Hz, J=14 Hz, 1H, CHOBz); 4,58 ppm (dd, J=4 Hz, J=16 Hz, 1H, CHN); 4,13 ppm (dd, J=6 Hz, J=16 Hz, 1H, CH'N); 3,82-37,1 ppm (m, J=5 Hz, J=7 Hz, 2H, CH2ODMT); 3,75 ppm (s, 3H, OCH3); 3,74 ppm (s, 3H, OCH3); 1,9 ppm (d, J=1 Hz, CH3); 31P NMR (CDCI3): 38,52 ppm; MS FAB (m/z): [M + H] 758,5; [M - H] 912.8
Wydajność produktu nie była obliczana, gdyż wyodrębniony związek był zanieczyszczony tlenkiem trifenylofosfiny.
P r z y k ł a d VII.
Synteza związku 1, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 stanowi N-1-tymina, zaś R3 jest atomem wodoru
Roztwór związku 1, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 stanowi N-1-(N-3-benzoilotymina) zaś R3 jest grupą benzoilową w metanolu zadano 28% wodnym roztworem amoniaku. Po 24 h roztwór reakcyjny zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem, pozostałość ko-ewaporowano kilkakrotnie z bezwodnym etanolem, i następnie z bezwodnym toluenem. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując chloroform-metanol (gradient 0-5% metanolu) jako eluent.
Wydajność po 2 etapach: 51%; 1H NMR (CDCI3): 9,81 (br s, 1H, NH); 7,83-6,73 ppm (m, 14H, protony aromatyczne +H6); 6,06 ppm (br s, 1H, OH); 4,67-4,47 ppm (m, J=15 Hz, J=2 Hz, 2H); 4,11 (dd, J=7 Hz, J=14 Hz, 2H); 3,94-3,66 (m, J=7,5 Hz, J=15,5 Hz, 2H); 3,79 (s, 3H, OCH3); 3,78 (s, 3H, OCH3); 31P NMR (CDCI3): 43,10 ppm; MS FAB (m/z): [M + H] 551,5; [M - H] 549,0.
P r z y k ł a d VIII.
Synteza związku 1, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 stanowi N-1-tymina, zaś R3 jest grupą
2-cyjanoetylo-N,N-diizopropylo amidofosforynową
Do roztworu związku 1 (0,15 mmola), gdzie R1 jest DMT, R2 stanowi N-1-tymina, zaś R3 stanowi atom wodoru w CH3CN (1 ml) i CH2CI2 (1 ml), dodano N,N-diizopropyloaminę (0,45 mmola), a następnie wkroplono 2-cyjanoetylo-N,N-diizopropylo chlorofosforyn (0,18 mmola). Po 1 h odparowano rozpuszczalnik. Produkt wyodrębniono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując chloroform-metanol (gradient 0-2% metanolu).
Wydajność: 70%; 31P NMR: 152,19 ppm; 151 ppm, 79; 39, 30 ppm; 39,24 ppm; 38,98 ppm; 38,92 ppm.
P r z y k ł a d IX.
Synteza związku 2, gdzie Np: n1=9, B=T, X=O; px: R2=N-1-tymina; pN: n3=9, B=T, X=O; n2=n4=0.
Syntezę przeprowadzono według standardowej procedury syntezy DNA metodą amidofosforynową na aparacie firmy Applied Biosystem Model 394 (DNA/RNA Synthesizer). Standard oznacza zakończenie syntezy na DMT ON i dwustopniową procedurę oczyszczania i usuwania grupy DMT. Syntezę wykonano wykorzystując odpowiednio chronioną tymidynę przyłączoną do złoża LCA CPG. W etapie kondensacji użyto 2-cyjanoetylo-N,N-diizopropyloamidofosforyn odpowiednio chronionej tymidyny lub związku 1, w którym R1 stanowi grupę DMT a R2 stanowi grupę N-1-tymidylową. W procesie kondensacji (coupling) modyfikowanego monomeru stosowano wydłużony czas reakcji (do 120 s). Pozostałe parametry procedury syntezy nie odbiegały od warunków standardowych. Produkt zawierający 5'-terminalną grupę DMT usuwano ze złoża za pomocą stężonego wodnego roztworu amoniaku (2h, temperatura pokojowa) i oczyszczano dwustopniowo metodą RP-HPLC według procedury Zona i Steca.
Wydajność syntezy w skali 1 μmola - 14.0 jednostek optycznych (A260), MALDI-TOF: m/z 5721 (M.cz. 5720).
P r z y k ł a d X.
Synteza związku 2, gdzie Np: n1=8, B=T, X=O; px: R2=N-1-tymina; pN: n3=8, B=r, X=O; n2=n4=0.
Syntezę przeprowadzono według standardowej procedury syntezy DNA metodą amidofosforynową na aparacie firmy Applied Biosystem Model 394 (DNA/RNA Synthesizer). Standard oznacza zakończenie syntezy na DMT ON i dwustopniową procedurę oczyszczania i usuwania grupy DMT. Syntezę wykonano wykorzystując odpowiednio chronioną tymidynę przyłączoną do złoża LCA CPG. W etapie kondensacji użyto 2-cyjanoetylo-N,N-diizopropyloamidofosforyn odpowiednio chronionej tymidyny lub związku 1, w którym R1 stanowi grupę DMT a R2 stanowi grupę N-1-tymidylową. W procesie kondensacji (coupling) modyfikowanego monomeru stosowano wydłużony czas reakcji (do 120 s). Pozostałe paraPL 218 608 B1 metry procedury syntezy nie odbiegały od warunków standardowych. Produkt zawierający 5'-terminalną grupę DMT usuwano ze złoża za pomocą stężonego wodnego roztworu amoniaku (2 h, temperatura pokojowa) i oczyszczano dwustopniowo metodą RP-HPLC według procedury Zona i Steca.
Wydajność syntezy w skali 1 μmola - 10,0 jednostek optycznych (A260), MALDI-TOF: m/z 5733 (M.cz. 5732).
P r z y k ł a d XI.
Synteza związku 1, gdzie R1 i R3 są grupami DMT, zaś R2 stanowi grupę hydroksylową.
Do roztworu tlenku tris(hydroksymetylo)fosfinowego (1 mmol) w bezwodnej pirydynie (10 ml) dodano chlorek 4,4'-dimetoksytrytylowy (2 mmol). Po 20 godzinach mieszania roztwór reakcyjny zatężono do gęstego oleju, pozostałość ko-ewaporowano kilkakrotnie z bezwodnym etanolem i następnie z bezwodnym toluenem. Produkt oczyszczono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-2% metanolu) jako eluent.
Wydajność: 50%; 1H NMR (CDCI3): 7,72-6,51 ppm (m, 26H, protony aromatyczne); 4,02 ppm (d, J=4,7 ppm, 2H); 3,90-3,80 ppm (m, J=9 Hz, J=12 Hz, 2H); 3,77 ppm (s, 6H, 2 x OCH3); 3,76 ppm (s, 6H, 2 x OCH3); 3,54 ppm (dd, J=5,5 Hz, J=12,4 Hz, 2H); 31P NMR (CDCI3): 43,87 ppm; MS FAB (m/z): [M + 23] 767,3; [M + 153 (matryca)] 897,6
P r z y k ł a d XII.
Synteza związku 1 gdzie R1 i R2 są grupami DMT, zaś R3 stanowi N-9-adeninę.
Do roztworu związku 1 (0,67 mmol), gdzie R1 i R2 stanowią grupy DMT, zaś R3 jest grupą hydroksylową, adeniny (0,87 mmol) oraz Ph3P (1,4 mmol) w bezwodnym THF wkroplono DIAD (1,4 mmol). Reakcję prowadzono w atmosferze argonu i bez dostępu powietrza. Po 24 h odparowano rozpuszczalnik. Produkt wyodrębniono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-2% metanolu) jako eluent.
Wydajność: 56%; 1H NMR (CDCI3): 8,23 ppm (s, 1H, H-2); 7,94 ppm (s, 1H, H-8); 7,63-6,49 ppm (m, 26H, protony aromatyczne); 5,52 ppm (s, 1H, NH2); 4,67 ppm (d, J=7 Hz, 2H, CH2N); 3,77 ppm (s, 6H, 2 x OCH3); 3,76 ppm (s, 6H, 2 x OCH3); 3,68 (s, J=1,22Hz, 4H, CH2ODMT); 31P NMR (CDCI3): 41,43 ppm; MS FAB (m/z): [M + H] 862,2; [M - H] 860,3
P r z y k ł a d XIII.
Synteza związku 1, gdzie R1 i R3 są atomami wodoru, R2 zaś stanowi N-9-adeninę.
Do roztworu związku 1 (0,40 mmol), gdzie R1 i R3 są grupami DMT, zaś R2 stanowi Ν-9-adeninę, w chlorku metylenu dodano kwas p-toluenosulfonowy (0.8 mmol). Przebieg reakcji kontrolowano za pomocą TLC. Reakcję zakończono przez dodanie 1 ml pirydyny, a następnie zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem. Pozostałość przemyto chloroformem, warstwę wodną zatężono. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując izopropanol-amoniakwoda (7:1:1) jako eluent.
Wydajność: 60%; 1H NMR (DMSO-d6): 8,16 ppm (s, 1H, H-2); 8,08 ppm (s, 1H, H-8); 4,69 ppm (d, J=5 Hz, 2H, CH2N); 3,88 ppm (s, 4H, 2 x CH2OH); NMR (DMSO-d6): 444\]I:7.1. 30; 13C NMR (DMSO-d6): 156,0 ppm (C-6); 152,49 ppm (C-2); 149,52 ppm (C-4); 141,15 ppm (C-8); 118,24 (C-5); 56,18 i 55,57 (CH2O); 37,18 i 36,70 (CH2N); MS FAB (m/z): [M + H] 258,2
P r z y k ł a d XIV.
Synteza związku 1, gdzie R1 i R3 są grupami DMT, zaś R2 stanowi N-1-tyminę.
Roztwór związku 1, gdzie R1 i R2 stanowią grupy DMT, zaś R3 jest resztą N-1(N-3 benzoilowaną)tyminy, w metanolu zadano 28% wodnym roztworem amoniaku. Po 24 h roztwór reakcyjny zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem, pozostałość ko-ewaporowano kilkakrotnie z bezwodnym etanolem, i następnie z bezwodnym toluenem. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-1% metanolu) jako eluent.
Wydajność po dwóch etapach 92%; 1H NMR (CDCI3): 7,36-6,72 ppm (m, 27H, protony aromatyczne); 4,14 ppm (d, J=5,7 Hz, 2H, CH2N); 3,81-3,71 ppm (m, J=7,3 Hz, J=12,7 Hz, 2H, CH2ODMT); 3,54 ppm (dd, J=6,7 Hz, J=12,7 Hz, 2H, CH2ODMT); 1,82 ppm (d, J=1 Hz, 3H, CH3); 31P NMR (CDCI3): 41,06 ppm; MS FAB (m/z): [M + 23(Na+)] 875,1; [M - H] 851,5
P r z y k ł a d XV.
Synteza związku 1 gdzie R1 i R3 stanowią grupy DMT, zaś R2 jest grupa p-toluenosulfonianową
Roztwór związku 1, gdzie R1, i R3 stanowią grupy DMT, zaś R2 jest grupą hydroksylową (0,53 mmol) i dimetyloaminopirydyny (3,36 mmol) w bezwodnym chlorku metylenu schłodzono do temperatury 0°C. Dodano chlorek p-toluenosulfonowy (1,59 mmol). Reakcję prowadzono przez 2 h w temperaturze
PL 218 608 B1
0-5°C. Następnie roztwór reakcyjny rozcieńczono chlorkiem metylenu i przemyto nasyconym roztworem NaHCO3. Warstwy organiczne połączono, suszono, a następnie zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem. Produkt wydzielono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując chloroform jako eluent.
Wydajność 40%; 1H NMR (CDCI3): 7,69-6,66 ppm (m, 20H, protony aromatyczne); 4,35 ppm (d, J=6Hz, 2H, CH2OTs); 3,78 ppm (s, 6H, 2 x OCH3); 3,77 ppm (s, 6H, 2 x OCH3); 3,70-3,52 ppm (m, J=7Hz, J=17Hz, 4H, CH2ODMT); 2,43 ppm (s, 3H, CH3); 1H NMR (CDCI3): 39,87 ppm; NS FAB (m/z): [M - H] 898,1; [M + H] 922,5
P r z y k ł a d XVI.
Synteza związku 1, gdzie R1 i R3 stanowią grupę DMT, a R2 stanowi N-1-cytozynę.
Do roztworu cytozyny w DMF (0,19 mmol) dodano wodorek sodu (0,19 mmol) i mieszaninę reakcyjną mieszano w temperaturze pokojowej przez 20 minut. Następnie wkroplono roztwór związku 1, gdzie R1 i R3 stanowią grupę DMT zaś R2 stanowi grupę OTs w DMF. Roztwór reakcyjny ogrzewano przez 3 godziny w 60°C. Następnie odparowano rozpuszczalnik pod zmniejszonym ciśnieniem. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-10% metanolu) jako eluent.
Wydajność 70%; 1H NMR (CDCI3): 7,32-6,66 ppm (m, 27H, protony aromatyczne + H6); 5,59 (d, J=7Hz, 1H, H-5); 4,12 ppm (d, J=5,6Hz, 2H, CH2N); 3,81 ppm (dd, J=8,5Hz, J=12,5 Hz, CH2ODMT); 3,73 ppm (s, 6H, 3 x OCH3); 3,72 ppm (s, 6H, 3 x OCH3); 3,52 ppm (dd, J=5 Hz, J=12,5Hz, 2H, CH2ODMT); 31P MNR (CDCI3): 41,92 ppm ; MS FAB (m/z): [M + H] 838,2; [M - H] 836,5.
P r z y k ł a d XVII.
Synteza związku 7, gdzie R1 jest grupa DMT, R2 grupa metylowa, zaś Z stanowi N-2-izobutyrylo-O-6-difenyIokarbonyIoguaninę
Związek 7, gdzie R1 jest grupą DMT, R2 jest grupą metylową, zaś Z grupą hydroksylową (0,9 mmol) oraz N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonyloguaninę (1,08 mmol) zawieszono w bezwodnym THF. Mieszaninę reakcyjną ogrzewano do wrzenia przez 20 min. Następnie dodano Ph3P (1,8 mmol) i wkroplono DIAD (1,8 mmol). Reakcje prowadzono w atmosferze argonu i bez dostępu powietrza w temperaturze pokojowej. Po 24 h odparowano rozpuszczalnik. Produkt oczyszczono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując chloroform jako eluent.
Wydajność 85%; 1H NMR (CDCl3): 8,49 ppm (s, 1H, H-8); 8,10-6,73 ppm (m, 23H, protony aromatyczne); 4,84-4,60 ppm (m, J=9 Hz, J=6 Hz, 2H, CH2N); 3,78 ppm (d, J= 1 Hz, P-OCH3); 3,74 ppm (s, 3H, OCH3); 3,73 ppm (s, 3H, OCH3); 3,47 ppm (dd, J=8,5 Hz, J=13,5 Hz, 1H, CHODMT); 3,26 ppm (dd, J=8,5 Hz, J=13,5 Hz, 1H, CH'ODMT); 2,96-2,82 ppm (m, 1H, CH(CH3)2); 1,21 ppm (d, J=7 Hz, 6H, 2 x CH3) 31P NMR (CDCI3): 42,63 ppm; MS FAB (m/z); [M - H] 839,5; [M + H] 841,5; [M-15(CH3)] 825,7.
P r z y k ł a d XVIII.
Synteza związku 7, gdzie R1 stanowi grupę DMT, R2 jest grupą metylową, zaś Z jest Ν-9-guaniną
Roztwór związku 7, gdzie R1 stanowi grupę DMT, R2 jest grupą metylową, zaś Z stanowi N-2-izobutyrylo-O-6-difenylokarbonyloguaninę, w metanolu zadano 28% wodnym roztworem amoniaku. Po 24 h roztwór reakcyjny zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem, pozostałość koewaporowano kilkakrotnie z bezwodnym etanolem, i następnie z bezwodnym toluenem. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żel krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0-10% metanolu) jako eluent.
Wydajność 50%; 1H NMR (CDCl3): 12,00 ppm (brs, 1H, NH); 7,41-6,73 ppm (m, 13H, protony aromatyczne); 6,20 ppm (brs, 1H, NH2); 7,57 ppm (s, 1H, H-8); 4,68-4,53 ppm (m, J=9Hz, J=4Hz, 2H, CH2N); 3,73 ppm (d, J=11Hz, 3H, P-OCH3); 3,74 ppm (2s, 6H, 2 x OCH3); 3,54-3,31 ppm (m, J=13 Hz, J=7,5 Hz, 2H, CH2ODMT); 31P NMR (CDCI3): 43,64 ppm; MS FAB (m/z): [M - H] 574,3.
P r z y k ł a d XIX.
Synteza związku 7, gdzie R1 i R2 stanowią atomy wodoru, zaś Z stanowi Ν-9-guaninę
Do roztworu związku 7 (0,56 mmol), gdzie R1 jest grupą DMT, R2 jest grupą metylową, zaś Z stanowi Ν-9-guaninę w chlorku metylenu dodano kwas p-toluenosulfonowy. Przebieg reakcji kontrolowano za pomocą TLC. Reakcję zakończono przez dodanie 1 ml pirydyny, a następnie zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem. Pozostałość przemyto chloroform, warstwę wodną zatężono. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując izopropanolamoniak-woda (7:1:1) jako eluent.
PL 218 608 B1
Wydajność 50%; 1H NMR (D2O): 7,79 ppm (s, 1H, H-8); 4,26 ppm (d, J=9 Hz, 2H, CH2N); 3,58 ppm (d, J=5,5 Hz, 2H, CH2O); NMR (D2O): 31,72 ppm; 13C NMR (D2O): 158,53 ppm; 154,28 ppm; 152, 22 ppm; 140,06 ppm; 115,15 ppm; 61,06 ppm; 58,85 ppm; 42,67 ppm; 40,75 ppm; MS FAB (m/z): [M - H] 258,4.
P r z y k ł a d XX.
Synteza związku 7, gdzie R1 jest grupą DMT, R2 grupą metylową, zaś Z jest grupą p-toluenosulfonianową
Roztwór związku 7, gdzie R1 stanowi grupę DMT, R2 jest atomem wodoru, zaś Z jest grupą hydroksylową, (1,2 mmol) i dimetyloaminopirydyny (6 mmol) w bezwodnym chlorku metylenu schłodzono do temperatury 0°C i dodano chlorek p-toluenosulfonowy (2,4 mmol). Reakcję mieszano przez 2 h w temperaturze 0 - 5°C. Następnie roztwór reakcyjny rozcieńczono chlorkiem metylenu i warstwę organiczną przemyto dwukrotnie nasyconym roztworem NaHCO3. Warstwy organiczne połączono, suszono bezwodnym siarczanem magnezu, a następnie zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem. Produkt wydzielono za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując chloroform jako eluent.
Wydajność 78%; 1H NMR (CDCl3): 7,82-6,73 ppm (m, 17H, protony aromatyczne); 4,46-4,02 ppm (m, J=9 Hz, J=13 Hz, 2H); 3,79 ppm (s, 3H, OCH3); 3,78 ppm (s, 3H, OCH3); 3,68 ppm (d, J=11 Hz, 6H, P-OCH3); 3,64-3,32 ppm (m, J=9 Hz, J=11 Hz, 2H); 2,43 ppm (s, 3H, CH3); 31P NMR (CDCI3): 42,02 ppm; MS FAB (m/z): [M - H] 595,7; [M-IS(CH3)] 581,5.
P r z y k ł a d XXI.
Synteza związku 7, gdzie R1 jest grupą DMT, R2 grupą metylową, zaś Z stanowi N-1-cytozynę
Do roztworu cytozyny w DMF (0,40 mmol) dodano wodorek sodu (0,40 mmol) i mieszaninę reakcyjną mieszano w temperaturze pokojowej przez 20 minut. Następnie wkropiono roztwór związku 7, gdzie R1 stanowi grupa DMT, R2 stanowi grupa metylowa, zaś Z stanowi grupę OTs w DMF. Roztwór reakcyjny ogrzewano przez 3 godziny w 60°C. Następnie odparowano rozpuszczalnik pod zmniejszonym ciśnieniem. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując gradient chloroform-metanol (0 - 10% metanolu) jako eluent.
Wydajność 65%; 1H NMR (CDCI3): 7,78-6,73 ppm (m, 14H, protony aromatyczne i proton H6); 5,55 ppm (d, J=7 Hz, 1H, H5); 4,47 ppm (dd, J=8 Hz, J=15,5 Hz, 1H, CH'-N); 4,31 ppm (dd, J=B Hz, J=15,5 Hz, 1H, CHN); 3,79 ppm (s, 3H, OCH3); 3,78 ppm (s, 3H, OCH3); 3,72 ppm (d, J=11 Hz, 3H, POCH3); 3,56 ppm (dd, J=9 Hz, J=13 Hz, 1H, CHO); 3,31 ppm (dd, J=8,4 Hz, J=13 Hz, 1H, CHO); NMR (CDCI3): 43,86 ppm; MS FAB (m/z): [M + H] 536,3; [M - H] 534,3; [M + 2Na] 581,4.
P r z y k ł a d XXII.
Synteza związku 7, gdzie R1 i R2 stanowią atomy wodoru, zaś Z jest N-1-cytozyną
Do roztworu związku 7 (0,19 mmol), gdzie R1 stanowi grupę DMT, R2 jest grupą metylową, zaś Z stanowi N-1-cytozynę w chlorku metylenu dodano kwas p-toluenosulfonowy (0,19 mmol). Przebieg reakcji kontrolowano za pomocą TLC. Reakcję zakończono przez dodanie 1 ml pirydyny, a następnie zatężono pod zmniejszonym ciśnieniem. Pozostałość przemyto chloroform, warstwę wodną zatężono. Produkt oczyszczano za pomocą chromatografii kolumnowej na żelu krzemionkowym, stosując izopropanol-amoniak-woda (7:1:1)
Wydajność: 62%; 1H NMR (D2O): 7,57 ppm (d, J=7,3 Hz, 1H, H-6); 6,01 ppm (d, J=7,3 Hz, 1H, H-5); 4,04 ppm (d, J=9 Hz, 2H, CH2N); 3,58 ppm (d, J=5 Hz, 2H, CH2O); 31P NMR (D2O): 32,78 ppm; 31P NMR (D2O): 169,02 ppm; 160,81 ppm; 149,86 ppm; 98,72 ppm; 63,16 ppm; 60,98 ppm; 50,41 ppm; 48,59 ppm; MS FAB (m/z): [M - H] 218,0.
Claims (3)
1. Polimer deoksyrybonukleotydowy o ogólnym wzorze 2, w którym Np stanowi grupę o wzorze 3, gdzie B jest N-1-tyminą, N-1-cytozyną, Ν-9-adeniną lub N-9-guaniną, zaś X stanowi O, S lub Se, px stanowi grupę o wzorze 4, w której R2 stanowi grupę hydroksylową, grupę purynową, pirymidynową bądź ich pochodne, wszystkie o strukturze zasad heterocyklicznych DNA lub RNA, ppx stanowi grupę o wzorze 5, w której X i R2 mają wyżej podane znaczenie, pN stanowi grupę o wzorze 6, w której B i X mają wyżej podane znaczenie, zaś n1, n2, n3, n4 są takie same lub różne, i oznaczają liczby naturalne od 0 do trzydziestu, z tym, że wszystkie n nie oznaczają jednocześnie 0, i określają liczbę danych grup występujących po sobie.
PL 218 608 B1
2. Monomer o strukturze tlenku trialkilofosfiny, o wzorze ogólnym 1, w którym R1 oznacza wodór, grupę alkilową, korzystnie grupę DMT, grupę benzylową bądź allilową, grupę trialkilosililową, trialkoksysililową, lewulinową lub acylową inną niż grupa palmitynowa i stearynowa, R2 stanowi grupę hydroksylową, resztę purynową korzystnie N1-tyminy, N1-cytozyny, N9-adeniny lub N9-guaniny lub resztę 5-halogenopirymidyny, korzystnie 5-fluoro-N-1-uracylu, bądź ich pochodne, najkorzystniej 5-fluorouracyl, zaś R3 stanowi wodór, grupę trialkilosililową, alkilową lub acylową o 2 - 6 atomach węgla, zwłaszcza wybraną z grupy obejmującej grupę bursztynylową, oksalilową lub sarkozynylową, ewentualnie przyłączoną do złoża LCA CPG lub resztę alkilo-N,N-dialkiloamidofosforynową lub fosforanową.
3. Monomer o strukturze kwasu fosfinowego, o wzorze ogólnym 7, w którym R1 oznacza wodór, grupę alkilową lub acylową, korzystnie grupę DMT, grupę trialkilosililową, trialkoksysililową, lewulinową lub acylową lub grupę fosforanową, R2 stanowi wodór lub grupę alkilową o 1 do 5 atomów węgla, Z stanowi grupę hydroksylową, resztę purynową, korzystnie N9-adeniny lub N9-guaniny, pirymidynową, korzystnie N1-tyminy lub N1-cytozyny lub 5-chlorowcopirymidynową, korzystnie 5-fluorouracylu, przy czym równocześnie R1 i R3 nie są atomami wodoru, a grupa Z - hydroksylem, lub równocześnie R1 nie jest atomem wodoru, Z grupą hydroksylową i R2 grupą metylową.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL360421A PL218608B1 (pl) | 2003-05-30 | 2003-05-30 | Nowy polimer deoksyrybonukleotydowy o właściwościach przeciwwirusowych i przeciwnowotworowych oraz monomery wyjściowe tego polimeru |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL360421A PL218608B1 (pl) | 2003-05-30 | 2003-05-30 | Nowy polimer deoksyrybonukleotydowy o właściwościach przeciwwirusowych i przeciwnowotworowych oraz monomery wyjściowe tego polimeru |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL360421A1 PL360421A1 (pl) | 2004-12-13 |
| PL218608B1 true PL218608B1 (pl) | 2015-01-30 |
Family
ID=34432334
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL360421A PL218608B1 (pl) | 2003-05-30 | 2003-05-30 | Nowy polimer deoksyrybonukleotydowy o właściwościach przeciwwirusowych i przeciwnowotworowych oraz monomery wyjściowe tego polimeru |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL218608B1 (pl) |
-
2003
- 2003-05-30 PL PL360421A patent/PL218608B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL360421A1 (pl) | 2004-12-13 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7025818B2 (ja) | ５位修飾ピリミジンとその使用 | |
| Clavé et al. | Modified internucleoside linkages for nuclease-resistant oligonucleotides | |
| KR102143384B1 (ko) | 변형 올리고뉴클레오타이드 및 이의 합성방법 | |
| US6593466B1 (en) | Guanidinium functionalized nucleotides and precursors thereof | |
| AU2005328382C1 (en) | Oligonucleotides comprising a modified or non-natural nucleobase | |
| US9035041B2 (en) | Process for triphosphate oligonucleotide synthesis | |
| AU2005325262A1 (en) | Single-stranded and double-stranded oligonucleotides comprising a 2-arylpropyl moiety | |
| WO2011028218A1 (en) | Process for triphosphate oligonucleotide synthesis | |
| Fettes et al. | Synthesis and nucleic-acid-binding properties of sulfamide-and 3′-N-sulfamate-modified DNA | |
| WO2019241729A1 (en) | Synthesis and biological activity of phosphoramidimidate and phosphoramidate dna | |
| Guga et al. | Recent advances in stereocontrolled synthesis of P-chiral analogues of biophosphates | |
| CA2227491C (en) | In situ preparation of nucleoside phosphoramidites and oligonucleotide synthesis | |
| Krishna et al. | Exploring site‐specific activation of bis‐N, N’‐dialkylaminophosphordiamidites and the synthesis of morpholinophosphoramidate oligonucleotides | |
| PL218608B1 (pl) | Nowy polimer deoksyrybonukleotydowy o właściwościach przeciwwirusowych i przeciwnowotworowych oraz monomery wyjściowe tego polimeru | |
| Nawrot et al. | 1, 3, 2-Oxathiaphospholane approach to the synthesis of P-chiral stereodefined analogs of oligonucleotides and biologically relevant nucleoside polyphosphates | |
| CN106459133B (zh) | 用于“z核苷酸”的保护基团及其方法 | |
| Rejman et al. | Synthesis and hybridization of oligonucleotides modified at AMP sites with adenine pyrrolidine phosphonate nucleotides | |
| Mathis et al. | Synthesis and properties of 2′-O-neopentyl modified oligonucleotides | |
| JPWO2006027862A1 (ja) | ヌクレオシド類似体、およびそれを含むオリゴヌクレオチド類似体 | |
| PL198175B1 (pl) | Polimer deoksyrybonukleotydowy oraz monomer wyjściowy tego polimeru o strukturze kwasu bis-(hydroksymetylo) fosfinowego | |
| PL219355B1 (pl) | Modyfikowany deoksyrybozym 10-23 o ustabilizowanej odporności na hydrolizę oraz podwyższonej aktywności katalitycznej i sposób jego wytwarzania | |
| GRASBY et al. | Nucleotides and Nucleic Acids | |
| Repkova et al. | Oligoribonucleotides containing an aminoalkyl group at the N (4) atom of cytosine as precursors of new reagents for site-specific modifications of biopolymers | |
| CN116568696A (zh) | 二硫代磷酸酯寡核苷酸的新颖合成 | |
| Wiederholt | Synthesis and properties of DNA conjugates |