PL242924B1 - Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków jelita grubego u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów - Google Patents
Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków jelita grubego u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów Download PDFInfo
- Publication number
- PL242924B1 PL242924B1 PL442000A PL44200020A PL242924B1 PL 242924 B1 PL242924 B1 PL 242924B1 PL 442000 A PL442000 A PL 442000A PL 44200020 A PL44200020 A PL 44200020A PL 242924 B1 PL242924 B1 PL 242924B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- blood
- colorectal cancer
- arsenic
- gpx1
- concentration
- Prior art date
Links
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 title claims abstract description 24
- 239000008280 blood Substances 0.000 title claims abstract description 24
- 229910052785 arsenic Inorganic materials 0.000 title claims abstract description 23
- RQNWIZPPADIBDY-UHFFFAOYSA-N arsenic atom Chemical compound [As] RQNWIZPPADIBDY-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 23
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 17
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 15
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 5
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 title 1
- 102200155575 rs1050450 Human genes 0.000 claims abstract description 9
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 13
- 101150115464 GPX1 gene Proteins 0.000 claims description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 4
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 3
- 239000012620 biological material Substances 0.000 claims 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 10
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 8
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 8
- 102100033039 Glutathione peroxidase 1 Human genes 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 108010086596 glutathione peroxidase GPX1 Proteins 0.000 description 7
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 7
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 6
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 4
- WGTYBPLFGIVFAS-UHFFFAOYSA-M tetramethylammonium hydroxide Chemical compound [OH-].C[N+](C)(C)C WGTYBPLFGIVFAS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 238000001095 inductively coupled plasma mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009015 Human TaqMan MicroRNA Assay kit Methods 0.000 description 2
- LRHPLDYGYMQRHN-UHFFFAOYSA-N N-Butanol Chemical compound CCCCO LRHPLDYGYMQRHN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 2
- 239000012503 blood component Substances 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 229960001484 edetic acid Drugs 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 description 2
- 230000036542 oxidative stress Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- MHOVAHRLVXNVSD-UHFFFAOYSA-N rhodium atom Chemical compound [Rh] MHOVAHRLVXNVSD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 102100033350 ATP-dependent translocase ABCB1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040755 CREB-regulated transcription coactivator 3 Human genes 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 102000016938 Catalase Human genes 0.000 description 1
- 108010053835 Catalase Proteins 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 101100226017 Dictyostelium discoideum repD gene Proteins 0.000 description 1
- 101150105460 ERCC2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100030943 Glutathione S-transferase P Human genes 0.000 description 1
- 102000006587 Glutathione peroxidase Human genes 0.000 description 1
- 108700016172 Glutathione peroxidases Proteins 0.000 description 1
- 101000891906 Homo sapiens CREB-regulated transcription coactivator 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001010139 Homo sapiens Glutathione S-transferase P Proteins 0.000 description 1
- 101001027956 Homo sapiens Metallothionein-1B Proteins 0.000 description 1
- 108010047230 Member 1 Subfamily B ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 description 1
- 102100037509 Metallothionein-1B Human genes 0.000 description 1
- 241000551546 Minerva Species 0.000 description 1
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 102100032891 Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102000053196 Xeroderma Pigmentosum Group D Human genes 0.000 description 1
- 108700031763 Xeroderma Pigmentosum Group D Proteins 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000003078 antioxidant effect Effects 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 231100000357 carcinogen Toxicity 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 239000003183 carcinogenic agent Substances 0.000 description 1
- 230000006835 compression Effects 0.000 description 1
- 238000007906 compression Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 231100000003 human carcinogen Toxicity 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000010197 meta-analysis Methods 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 1
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 239000002736 nonionic surfactant Substances 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 1
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000012495 reaction gas Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 239000012925 reference material Substances 0.000 description 1
- 229910052703 rhodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010948 rhodium Substances 0.000 description 1
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 1
- 108010045815 superoxide dismutase 2 Proteins 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N triton Chemical compound [3H+] GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000022814 xenobiotic metabolic process Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/84—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving inorganic compounds or pH
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Inorganic Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Nieoczekiwanie ustalono, że istnieje korelacja między stężeniem arsenu we krwi pełnej przy jednoczesnej ocenie genotypu GPX1 rs1050450 z bardzo wysoką częstością występowania raka jelita grubego u kobiet w populacji polskiej.
Description
Opis wynalazku
Arsen (As)
Bez wątpienia arsen i jego związki są jednymi z najbardziej rozpoznawalnych trucizn. Według klasyfikacji międzynarodowej agencji do badań nad rakiem (IARC, ang. International Agency for Cancer Research) arsen i jego związki zostały określone jako bezwzględne ludzkie karcynogeny - grupa 1 (strona internetowa: http:/monographs.iarc.fi/ENG/Classification/latest classif.php; data wejścia 2017-08-26).
Bardzo ważnym problemem onkologicznym jest nie tylko ekspozycja na karcinogeny i zwiększone ryzyko raków, ale i jak najwcześniejsze wykrywanie nowotworów złośliwych, ponieważ wiąże się z to ze znacznie zwiększoną skutecznością leczenia.
W pracy postanowiono ocenić, czy występowanie raków jest powiązane ze zmianami stężenia arsenu we krwi.
Ryzyko rozwoju nowotworów jest zależne także od wybranych mutacji, jak również wybranych funkcjonalnych polimorfizmów DNA. Do polimorfizmów związanych ze zwiększonym ryzykiem raków należą polimorfizmy w genach zaangażowanych w proces karcinogenezy, metabolizm ksenobiotyków czy też stres oksydacyjny. Do takich polimorfizmów należą między innymi polimorfizmy SOD2, CRTC3, GPX1, MT1B, GSTP1, ERCC2 oraz ABCB1.
GPX1 rs1050450
Jednym z ważniejszych enzymów antyoksydacyjnych jest peroksydaza glutationowa typu I (GPX1). Jej skuteczność w obronie przed stresem oksydacyjnym jest około 14-krotnie większa w porównaniu do innych enzymów z grupy antyoksydantów np. katalaz (Haan JB, 2003). Polimorfizm Pro200Leu (rs 1050450) w genie GPX1 związany jest ze zmianą aktywności enzymu. Badania wykazały, że polimorfizm ten może mieć związek z ryzykiem raków o różnorodnej lokalizacji (Hu YJ, 2003; Ravn-Haren G, 2006; Kucukgergin C, 2011; Erdem O, 2012; Raaschou-Nielsen O, 2007; Ratnasinghe D. 2000; Ichimura Y.2004; Meplan C. 2010; Hu YJ 2004). Metaanaliza 35 badań oceniająca związek zmiany GPX1 Pro200Leu z ryzkiem raka wskazała, że obecność wariantu 200Leu wiąże się z ok. 20% zwiększeniem ryzyka raka (Zhigiang Hong, 2013).
Nieoczekiwanie stwierdzono silną korelację pomiędzy występowaniem raka jelita grubego u kobiet (nie u mężczyzn) a stężeniem arsenu we krwi i genotypem GPX1 (rs1050450).
Częstość występowania raka jelita grubego była zwiększona przy obniżonym stężeniu arsenu we krwi. Korelacje te nasilały się bardzo znacznie w genotypie GPX1.
Protokół badań
Grupa badana
Do badań włączono 201 pacjentów Kliniki Chirurgii Ogólnej i Onkologicznej Samodzielnych Publicznych Szpitali Klinicznych nr 1/2 ze zdiagnozowanym i potwierdzonym histopatologicznie rakiem jelita grubego. Od każdego z pacjentów włączonych do badania uzyskano świadomą zgodę na udział w badaniu, pobrano próbkę krwi oraz uzyskano dane rodowodowo-kliniczne. Próbki krwi były pobierane od pacjentów przed leczeniem, a pacjenci byli poinformowani o konieczności bycia na czczo przez co najmniej 4 godziny przed pobraniem. Dla każdego pacjenta z rakiem jelita grubego została przyporządkowana/sparowana jedna osoba zdrowa zarejestrowana w Międzynarodowym Centrum Nowotworów Dziedzicznych Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie. Osoby zdrowe były częścią populacyjnego badania 1,3 miliona mieszkańców Polski, mającego na celu identyfikację rodzinnych agregacji raka przeprowadzoną przez nasz ośrodek. Uczestnicy badania zostali dobrani pod względem roku urodzenia (±3 lata), płci, statusu palenia (paczkolata ±20%) oraz łącznej liczba nowotworów jelita grubego i innych nowotworów wśród krewnych pierwszego stopnia.
PL 242924 Β1
Charakterystyka grupy badanej została przedstawiona w Tabeli 1.
Tabela 1 Charakterystyka grupy badanej
| Rak jelita grubego | ||
| Chorzy | Zdrowi | |
| Liczba osób | 201 | 201 |
| -kobiety | 92 | 92 |
| -mężczyźni | 109 | 109 |
| Średnia wieku | 63,93 | 63,59 |
| -kobiety | 64,30 | 64,21 |
| -mężczyźni | 63,89 | 63,37 |
Materiał
Od każdej osoby włączonej do badania pobrano próbkę krwi w celu izolacji DNA oraz pomiaru stężenia arsenu. Krew pełną po pobraniu przechowywano w -80°C do momentu oznaczenia stężenia arsenu; DNA przechowywano w temperaturze 4°C do momentu wykonania oceny genotypów.
Metoda oznaczania zawartości arsenu we krwi pełnej 1.1 Aparat
Do określenia zawartości arsenu wykorzystana została technika spektrometrii mas ze wzbudzeniem w plazmie indukcyjnie sprzężonej (ICP-MS). Do wykonania pomiaru wykorzystano spektrometr mas ELAN DRC-e (PerkinElmer) oraz NexlON 350D (PerkinElmer). Wykorzystanie ICP-MS pozwala uzyskać limity detekcji < 0,1 pg/l. Podczas prowadzenia oznaczeń populacji nieeksponowanej zawodowo na metale i ich związki czułość aparatury odgrywa kluczową rolę.
1.2 Przygotowanie do pomiaru
Zebrane próby krwi zostały rozmrożone z temperatury -80°C do temperatury pokojowej w dniu wykonywania analiz. Każda próbka została dokładnie wymieszana przy użyciu wstrząsarki lub worteksu w celu uzyskania możliwie największej homogenności materiału. Proces ten został powtórzony bezpośrednio przed pobraniem objętości krwi do rozcieńczeń z uwagi na zjawisko rozwarstwiania się krwi. Stosując możliwie najprostszą technikę, próbki krwi zostały rozcieńczone w stosunku 1 :30 (50 pi krwi: 1450 pi buforu). Z uwagi na specyfikę pomiaru do rozcieńczeń zastosowano roztwór wodorotlenku tetrametyloamonowego (TMAH). Alkaliczne pH zapewnia dobrą rozpuszczalność składników krwi, nie powodując tym samym precypitacji żadnej z frakcji. Dodatkowo w celu lepszej dyspersji rozpuszczonych składników krwi zastosowano dodatek niejonowego surfaktantu w postaci Trytonu Χ-100. Wykorzystanie tego związku nie tylko ułatwia rozpuszczanie m.in. białek, ale także przyczynia się do szybszego wypłukiwania próbki z układu wprowadzenia spektrometru. Do korekcji efektu matrycy oraz dryfu aparatu użyty został standard wewnętrzny w postaci rodu (105Rh). Do uzyskania stabilności jonów metali rozpuszczonych w roztworze zastosowany został dodatek kwasu wersenowego (EDTA). Dodatkowo, z racji zawartości związków zawierających węgiel, zastosowano dodatek butanolu do wszystkich roztworów w celu niwelacji efektu związanego ze znaczną ilością węgla w badanej próbie.
1.3 Warunki pomiaru
Oznaczenie arsenu przeprowadzono z wykorzystaniem kwadrupolowej celi reakcyjnej spektrometru, tzw. trybie DRC (ang. Dynamie Reaction Celi) aparatu Elan DRC-e oraz NexlON 350D (PerkinElmer) z tlenem jako gazem reakcyjnym.
1.4 Walidacja pomiarów
Do walidacji pomiarów zastosowano następujący materiał referencyjny ClinCheck (Recipe, Niemcy). Są to standardy odniesienia powszechnie stosowane w spektrometrii, pozwalające na potwierdzenie precyzji, czułości i specyfiki pomiaru.
PL 242924 Β1
Ocena genotypu
Analizy molekularne zostały wykonane za pomocą łańcuchowej reakcji polimerazy DNA z analizą ilości produktu w czasie rzeczywistym („real-time PCR”) z użyciem aparatu LightCycler 480, Roche. W badaniach wykorzystano sondy molekularne typu „Taqman” w postaci mieszaniny TaqMan Assay zawierającej sondy oraz startery reakcji PCR zakupione w firmie Applied Biosystem. System do analizy GPX1 rs1050450 wykonany został na zamówienie indywidualne. Każda analiza wykonana była w objętości 5 pi według proporcji przedstawionej w tabeli 2.
Tabela 2 Skład mieszaniny reakcyjnej do analizy wybranego SNP techniką „real-time PCR”
Mieszanina
| Probe qPCR MMx 2x (Promega) 2,5 μΐ | |
| TaqMan Assay 40x (App. Biosys) | 0,125 μΐ |
| Woda | 1,375 μΐ |
| DNA (25 ng/ μΐ) | 1 μΐ |
Analiza została przeprowadzona na aparacie LightCycler 480, Roche w warunkach przedstawionych w tabeli 3.
Tabela 3 Warunki analizy wybranych SNP-ów techniką „real-time PCR” w aparacie LightCycler 480, Roche
| Program | Nazwa cyklu | Temperatura °C | Czas | Liczba cykli | Odczyt danych |
| Inkubacja | HotStart | 95 | 10 min | 1 | - |
| Amplifikacja i | Denaturacja | 95 | 10 sek | - | |
| gromadzenie | Annealing | 52 | 30 sek | 50-55 | jednorazowo |
| danych | Wydłużanie | 72 | 10 sek | - | |
| Chłodzenie | Chłodzenie | 40 | 30 sek | - | - |
| Denaturacja | 95 | 1 sek | - | - | |
| Kompresja kolorów | Chłodzenie | 40 | 30 sek | - | |
| Hybrydyzacja | 80 | - | 1 odczyCC | Przez cały czas | |
| Chłodzenie | 40 | 45 sek | - | - | |
| Chłodzenie | Chłodzenie | 40 | 30 sek | - | - |
Statystyka
Różnice w częstościach pomiędzy analizowanymi grupami oceniano przy pomocy Testu Zgodności Fishera.
Grupy l-IV utworzono w zależności od stężeń arsenu we krwi poprzez podział na ćwiartki (o bardzo zbliżonej liczebności) osób zdrowych tworzących dla danego narządu i płci grupę kontrolną.
Wyniki
Analiza otrzymanych wyników wykazała istotną zależność między prawdopodobieństwem wystąpienia jelita grubego u kobiet a stężeniem arsenu we krwi oraz oceną genotypu GPX1 (rs 1050450).
Rak jelita grubego
Stwierdzono istotną statystycznie zależność pomiędzy stężeniem arsenu a prawdopodobieństwem wystąpienia raka jelita grubego u kobiet (już bez dodatkowej oceny wybranych genotypów).
Nie stwierdzono istotnej statystycznie zależności pomiędzy stężeniem arsenu a prawdopodobieństwem wystąpienia raka jelita grubego u mężczyzn. Wyniki przedstawiono w poniższych tabelach.
PL 242924 Β1
Tabela 4 Częstotliwość występowania raka jelita grubego u kobiet w zależności od stężenia arsenu we krwi
| Grupa | Stężenie As pg/l | Chore | Zdrowe |
| I | <0,65 | 38 | 21 |
| II | 0,66-0,84 | 15 | 20 |
| III | 0,85-1,3 | 18 | 21 |
| IV | >1,3 | 21 | 24 |
i 21 vs 54 i 65
OR= 2,2, p= 0,018, 95%CI: 1,1-4,1
Tabela 5 Częstość występowania raka jelita grubego u mężczyzn w zależności od stężenia arsenu we krwi
| Grupa | Stężenie As pgd | Chore | Zdrowe |
| I | <0,55 | 25 | 19 |
| 11 | 0,55-0,69 | 22 | 16 |
| III | 0,70-1,19 | 30 | 20 |
| IV | >1,2 | 30 | 15 |
Stwierdzono istotny związek między występowaniem genotypu CC w genie GPX1 rs1050450 i stężeniem arsenu we krwi a prawdopodobieństwem wystąpienia raka jelita grubego u kobiet. Kobiety ze stężeniem arsenu we krwi < 0,65 pg/l oraz z genotypem CC w genie GPX1 wykazują istotnie ponad 15-krotnie zwiększoną częstość występowania raka jelita grubego (ćwiartka I vs ll-IV: OR = 15,2, p<0,0001; 95%CI: 3,2-72,4).
Tabela 6 Częstość występowania raka jelita grubego u kobiet w zależności od stężenia As dla genotypu CC w genie GPX1
| Grupa | Stężenie As pg/l | Chore | Zdrowe |
| I | <0,65 | 19 | 2 |
| TI | 0,66-0,84 | 5 | 10 |
| ΙΠ | 0,85-1,3 | 6 | 9 |
| IV | >1,3 | 9 | 13 |
i 2 vs 20 i 32
OR=15,2, p<0,0001; 95%C1: 3,2-72,4
Literatura
Erdem O. et al.: Association of GPX1 polymorphism, GPX activity and prostatę cancer risk. Hum. Exp. Toxicol, 2012; 31, 24-31.
Haan JB.:An imbalance in antioxidant defense affects cellular function: the pathophysiological consequence of a reduction in antioxidant defense it the glutathione peroxidases-1 (Gpx1) knockout mouse. Redox Rep., 8, 69-79 (2003).
Hu YJ, et al.: Role of glutathione peroxidase 1 in breast cancer: loss of heterozygosity and allelic differences in the response to selenium. Cancer Res, 2003; 63, 3347-3351.
Ichimura Y. et al.: Increased risk of bladder cancer associated with a glutathione peroxidase 1 codon 198 variant. J Uroi, 2004; 172, 728-732.
Kucukgergin C, et al. Association between genetic variants in glutathione peroxidase 1 (GPX1) gene, GPX activity and the risk of prostatę cancer. Minerva. Uroi. Nefrol, 2011; 63, 183-190.
Meplan C. et al.: Genetic variants in selenoprotein genes increase risk of colorectal cancer. Carcinogenesis, 2010; 31, 1074-1079.
Raaschou-Nielsen O, et al.: GPX1 Pro198Leu polymorphism, interactions with smoking and alcohol consumption and risk for lung cancer. Cancer Lett, 2007; 247, 293-300.
Ratnasinghe D. et al.: Glutathione peroxidase codon 198 polymorphism variant increases lung cancer risk. Cancer Res, 2000; 60, 6381-6383.
Ravn-Haren G, et al.: Associations between GPX1 Pro198Leu polymorphism, erythrocyte GPX activity, alcohol consumption and breast cancer risk in a prospective cohort study. Carcinogenesis, 2006; 27, 820-825.
Strona internetowa: http://monographs.iarc.fr/ENG/Classification/latest_classif.php. Data wejścia: 2017-08-26.
Zhigiang Hong: GPX1 gene Pro200Leu polymorphism erytrocyte GPX activity and cancer risk. Mol Biol Rep, 2013,40:1801-1812.
Claims (4)
1. Sposób określenia prawdopodobieństwa wystąpienia raka jelita grubego u kobiet, znamienny tym, że obejmuje ilościową ocenę zawartości arsenu we krwi pełnej oraz występowanie genotypu GPX1 rs1050450 osoby badanej, przy czym kombinacja stężenia arsenu <0,65 μg/l z występowaniem genotypu CC w genie GPX1 wskazuje na ponad 15-krotnie podwyższoną częstość występowania raka jelita grubego.
2. Sposób wg zastrz. 1, znamienny tym, że próbkę materiału biologicznego stanowi krew żylna oraz DNA.
3. Sposób wg zastrz. 1, znamienny tym, że stężenie As w próbce oznacza się przez bezpośredni pomiar As we krwi żylnej.
4. Sposób wg zastrz. 1, znamienny tym, że testowanie DNA jest wykonywane przy pomocy konwencjonalnej techniki bezpośredniego wykrywania zmian takich jak sekwencjonowanie lub przy pomocy jakiejkolwiek konwencjonalnej techniki bezpośredniego wykrywania zmian wyselekcjonowanych.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL442000A PL242924B1 (pl) | 2020-05-14 | 2020-05-14 | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków jelita grubego u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL442000A PL242924B1 (pl) | 2020-05-14 | 2020-05-14 | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków jelita grubego u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL442000A1 PL442000A1 (pl) | 2022-12-19 |
| PL242924B1 true PL242924B1 (pl) | 2023-05-15 |
Family
ID=84487963
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL442000A PL242924B1 (pl) | 2020-05-14 | 2020-05-14 | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków jelita grubego u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL242924B1 (pl) |
-
2020
- 2020-05-14 PL PL442000A patent/PL242924B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL442000A1 (pl) | 2022-12-19 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Burt et al. | The significance of haemochromatosis gene mutations in the general population: implications for screening | |
| Godschalk et al. | A critical evaluation of DNA adducts as biological markers for human exposure to polycyclic aromatic compounds | |
| Pavanello et al. | Mitochondrial DNA copy number and exposure to polycyclic aromatic hydrocarbons | |
| Duraisamy et al. | Epigenetic modifications in peripheral blood as potential noninvasive biomarker of diabetic retinopathy | |
| Behl et al. | Founder BRCA1/BRCA2/PALB2 pathogenic variants in French-Canadian breast cancer cases and controls | |
| EP2686451A1 (en) | Line-1 hypomethylation as a biomarker for early-onset colorectal cancer | |
| Takata et al. | Selenium, selenoenzymes, oxidative stress and risk of neoplastic progression from Barrett's esophagus: results from biomarkers and genetic variants | |
| Al-Jamea et al. | Genetic analysis of TMPRSS6 gene in Saudi female patients with iron deficiency anemia | |
| Ren et al. | Interaction effects of environmental response gene polymorphisms and benzene exposure on telomere length in shoe-making workers | |
| Poehls et al. | Saliva samples as a source of DNA for high throughput genotyping: an acceptable and sufficient means in improvement of risk estimation throughout mammographic diagnostics | |
| Udomsinprasert et al. | Telomere length in peripheral blood leukocytes is associated with severity of biliary atresia | |
| Wang et al. | Identification of ten novel SLC5A2 mutations and determination of the renal threshold for glucose excretion in Chinese patients with familial renal glucosuria | |
| Kverneng et al. | Mitochondrial complex I deficiency occurs in skeletal muscle of a subgroup of individuals with Parkinson’s disease | |
| US20210214807A1 (en) | Method and kit for the diagnosis of colorectal cancer | |
| EP1847615A1 (en) | Expression and polymorphism of the ornithine transcarbamylase (OTC) gene as markers for diagnosing Alzheimer's disease | |
| Opattova et al. | A pooled analysis of molecular epidemiological studies on modulation of DNA repair by host factors | |
| Pedroni et al. | A mononucleotide markers panel to identify hMLH1/hMSH2 germline mutations | |
| Levpuscek et al. | The influence of genetic variability of DNA repair mechanisms on the risk of malignant mesothelioma | |
| PL242924B1 (pl) | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków jelita grubego u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów | |
| Karami Hezarcheshmeh et al. | Methylation status of cAMP-responsive element modulator (CREM) gene in infertile men and its association with sperm parameters | |
| Liu et al. | Genetic screening and functional analysis of CASP 9 mutations in a Chinese cohort with neural tube defects | |
| Oropeza-Valdez et al. | Transcriptome Analysis Identifies Oxidative Stress Injury Biomarkers for Diabetic Nephropathy | |
| CN110029165B (zh) | 一种用于检测子宫内膜癌易感相关遗传标记的试剂盒 | |
| Kristiansen et al. | Concordance of Hypermethylated DNA and the Tumor Markers CA 15‐3, CEA, and TPA in Serum during Monitoring of Patients with Advanced Breast Cancer | |
| PL242925B1 (pl) | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków piersi u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów |