PL242925B1 - Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków piersi u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów - Google Patents
Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków piersi u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów Download PDFInfo
- Publication number
- PL242925B1 PL242925B1 PL442001A PL44200120A PL242925B1 PL 242925 B1 PL242925 B1 PL 242925B1 PL 442001 A PL442001 A PL 442001A PL 44200120 A PL44200120 A PL 44200120A PL 242925 B1 PL242925 B1 PL 242925B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- breast cancer
- blood
- arsenic
- genotype
- concentration
- Prior art date
Links
- 229910052785 arsenic Inorganic materials 0.000 title claims abstract description 25
- RQNWIZPPADIBDY-UHFFFAOYSA-N arsenic atom Chemical compound [As] RQNWIZPPADIBDY-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 25
- 239000008280 blood Substances 0.000 title claims abstract description 24
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 title claims abstract description 24
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 21
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 21
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 5
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 title 1
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 10
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 9
- 101150105460 ERCC2 gene Proteins 0.000 claims description 7
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 5
- 102200063830 rs4880 Human genes 0.000 claims description 5
- 102200049562 rs13181 Human genes 0.000 claims description 4
- 101150005399 sod2 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 4
- 239000012620 biological material Substances 0.000 claims 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 10
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 7
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 6
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 6
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 6
- 102100032891 Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial Human genes 0.000 description 5
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 5
- 108010045815 superoxide dismutase 2 Proteins 0.000 description 5
- WGTYBPLFGIVFAS-UHFFFAOYSA-M tetramethylammonium hydroxide Chemical compound [OH-].C[N+](C)(C)C WGTYBPLFGIVFAS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 101100226017 Dictyostelium discoideum repD gene Proteins 0.000 description 3
- 108700031763 Xeroderma Pigmentosum Group D Proteins 0.000 description 3
- 238000001095 inductively coupled plasma mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000009015 Human TaqMan MicroRNA Assay kit Methods 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LRHPLDYGYMQRHN-UHFFFAOYSA-N N-Butanol Chemical compound CCCCO LRHPLDYGYMQRHN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012503 blood component Substances 0.000 description 2
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 229960001484 edetic acid Drugs 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 2
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- MHOVAHRLVXNVSD-UHFFFAOYSA-N rhodium atom Chemical compound [Rh] MHOVAHRLVXNVSD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- -1 <0.55 pg/l Chemical compound 0.000 description 1
- 102100033350 ATP-dependent translocase ABCB1 Human genes 0.000 description 1
- 102100040755 CREB-regulated transcription coactivator 3 Human genes 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 102100030943 Glutathione S-transferase P Human genes 0.000 description 1
- 102100033039 Glutathione peroxidase 1 Human genes 0.000 description 1
- 101000891906 Homo sapiens CREB-regulated transcription coactivator 3 Proteins 0.000 description 1
- 101001010139 Homo sapiens Glutathione S-transferase P Proteins 0.000 description 1
- 101001014936 Homo sapiens Glutathione peroxidase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001027956 Homo sapiens Metallothionein-1B Proteins 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 108010047230 Member 1 Subfamily B ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 description 1
- 102100037509 Metallothionein-1B Human genes 0.000 description 1
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010063493 Premature ageing Diseases 0.000 description 1
- 208000032038 Premature aging Diseases 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 208000000102 Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck Diseases 0.000 description 1
- 102000053196 Xeroderma Pigmentosum Group D Human genes 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 230000036765 blood level Effects 0.000 description 1
- 201000008275 breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 231100000357 carcinogen Toxicity 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 239000003183 carcinogenic agent Substances 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 230000006835 compression Effects 0.000 description 1
- 238000007906 compression Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 201000000459 head and neck squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 231100000003 human carcinogen Toxicity 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 208000022368 idiopathic cardiomyopathy Diseases 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 1
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 239000002736 nonionic surfactant Substances 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000036542 oxidative stress Effects 0.000 description 1
- 150000002978 peroxides Chemical class 0.000 description 1
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 1
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000012495 reaction gas Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 239000012925 reference material Substances 0.000 description 1
- 229910052703 rhodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010948 rhodium Substances 0.000 description 1
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N triton Chemical compound [3H+] GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000022814 xenobiotic metabolic process Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/84—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving inorganic compounds or pH
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Inorganic Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Nieoczekiwanie ustalono, że istnieje korelacja między stężeniem arsenu we krwi pełnej przy jednoczesnej ocenie wybranych genotypów z bardzo wysoką częstością występowania raka piersi u kobiet w populacji polskiej.
Description
Opis wynalazku
Arsen (As)
Bez wątpienia arsen i jego związki są jednymi z najbardziej rozpoznawalnych trucizn. Według klasyfikacji międzynarodowej agencji do badań nad rakiem (IARC, ang. International Agency for Cancer Research) arsen i jego związki zostały określone jako bezwzględne ludzkie karcynogeny - grupa 1 (strona internetowa: http://monographs.iarc.fr/ENG/Classification/latest_classif.php; data wejścia 201708-26).
Bardzo ważnym problemem onkologicznym jest nie tylko ekspozycja na karcinogeny i zwiększone ryzyko raków, ale i jak najwcześniejsze wykrywanie nowotworów złośliwych ponieważ wiąże się z to ze znacznie zwiększoną skutecznością leczenia.
W pracy postanowiono ocenić czy występowanie raków jest powiązane ze zmianami stężenia arsenu we krwi.
Ryzyko rozwoju nowotworów jest zależne także od wybranych mutacji jak również wybranych funkcjonalnych polimorfizmów DNA. Do polimorfizmów związanych ze zwiększonym ryzykiem raków należą polimorfizmy w genach zaangażowanych w proces karcinogenezy, metabolizm ksenobiotyków czy też stres oksydacyjny. Do takich polimorfizmów należą między innymi polimorfizmy SOD2, CRTC3, GPX1, MT1B, GSTP1, ERCC2 oraz ABCB1.
SOD2 rs4880
Dysmutaza ponadtlenkowa 2 (SOD2) może przekształcić toksyczny nadtlenek w nadtlenek wodoru oraz tlen okrzemkowy. Najczęstszym polimorfizmem jest zmiana typu missense - Val16Ala (rs4880). Zmiany w genie SOD2 związane są z rozwojem raków a także idiopatyczną kardiomiopatią i przedwczesnym starzeniem się (strona internetowa: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6648, data wejścia 2020-05-08).
ERCC2 rs13181
Polimorfizm genetyczny rs13181 w genie ERCC2 bierze udział w naprawie DNA. Związany jest między innymi ze zwiększonym ryzykiem raka płuca (Kiyohara C, 2012), glejakiem (McKean-Cowdin R, 2009), jajnika (Michalska MM, 2015), piersi oraz płaskonabłonkowego raka głowy i szyi (Mitra AK, 2009).
W pracy oceniono korelację pomiędzy występowaniem raków piersi a stężeniami arsenu we krwi i genotypami w genach SOD2, ERCC2.
Nieoczekiwanie stwierdzono silną korelację pomiędzy występowaniem raka u kobiet (nie u mężczyzn) a stężeniem arsenu we krwi i wybranymi genotypami. Częstość występowania raka piersi była zwiększona przy podwyższonym stężeniu we krwi. Korelacje te nasilały się bardzo znacznie w wybranych genotypach w genach SOD2 oraz ERCC2.
Protokół badań
Grupa badana
Do badań włączono 305 pacjentów Onkologicznej Poradni Genetycznej w SPSK1/2 ze zdiagnozowanym i potwierdzonym histopatologicznie rakiem piersi. Od każdego z pacjentów włączonych do badania uzyskano świadomą zgodę na udział w badaniu, pobrano próbkę krwi oraz uzyskano dane rodowodowo-kliniczne. Próbki krwi były pobierane od pacjentów przed leczeniem, a pac jenci byli poinformowani o konieczności bycia na czczo przez co najmniej 4 godziny przed pobraniem. Dla każdego pacjenta z rakiem piersi została przyporządkowana/sparowana jedna osoba zdrowa zarejestrowana w Międzynarodowym Centrum Nowotworów Dziedzicznych Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie. Osoby zdrowe były częścią populacyjnego badania 1,3 miliona mieszkańców Polski, mającego na celu identyfikację rodzinnych agregacji raka przeprowadzoną przez nasz ośrodek. Uczestnicy badania zostali dobrani pod względem roku urodzenia (± 3 lata), statusu palenia (paczkolata ± 20%) oraz łącznej liczba nowotworów piersi i innych nowotworów wśród krewnych pierwszego stopnia. Średnia wieku kobiet ze zdiagnozowanym rakiem piersi wynosiła 57,19 a u kobiet zdrowyc h 57,89.
Materiał
Od każdej osoby włączonej do badania pobrano próbkę krwi w celu izolacji DNA oraz pomiaru stężenia arsenu. Krew pełną po pobraniu przechowywano w -80°C do momentu oznaczenia stężenia arsenu; DNA przechowywano w temperaturze 4°C do momentu wykonania oceny genotypów.
PL 242925 Β1
Metoda oznaczania zawartości arsenu we krwi pełnej.
1.1 . Aparat
Do określenia zawartości arsenu wykorzystana została technika spektrometrii mass ze wzbudzeniem w plazmie indukcyjnie sprzężonej (ICP-MS). Do wykonania pomiaru wykorzystano spektrometr mas ELAN DRC-e (PerkinElmer) oraz NexlON 350D (PerkinElmer). Wykorzystanie ICP-MS pozwala uzyskać limity detekcji <0,1 pg/l. Podczas prowadzenia oznaczeń populacji nieeksponowanej zawodowo na metale i ich związki, czułość aparatury odgrywa kluczową rolę.
1.2 Przygotowanie do pomiaru
Zebrane próby krwi, zostały rozmrożone z temperatury -80°C do temperatury pokojowej, w dniu wykonywania analiz. Każda próbka została dokładnie wymieszana przy użyciu wstrząsarki lub worteksu w celu uzyskania możliwie największej homogenności materiału. Proces ten został powtórzony bezpośrednio przed pobraniem objętości krwi do rozcieńczeń z uwagi na zjawisko rozwarstwiania się krwi. Stosując możliwie najprostszą technikę, próbki krwi zostały rozcieńczone w stosunku 1:30 (50 μΙ krwi : 1450 μΙ buforu). Z uwagi na specyfikę pomiaru do rozcieńczeń zastosowano roztwór wodorotlenku tetrametyloamonowego (TMAH). Alkaliczne pH zapewnia dobrą rozpuszczalność składników krwi, nie powodując tym samym precypitacji żadnej z frakcji. Dodatkowo w celu lepszej dyspersji rozpuszczonych składników krwi zastosowano dodatek niejonowego surfaktantu w postaci Trytonu Χ-100. Wykorzystanie tego związku nie tylko ułatwia rozpuszczanie m.in. białek ale także przyczynia się do szybszego wypłukiwania próbki z układu wprowadzenia spektrometru. Do korekcji efektu matrycy oraz dryfu aparatu użyty został standard wewnętrzny w postaci rodu (105Rh). Do uzyskania stabilności jonów metali rozpuszczonych w roztworze zastosowany został dodatek kwasu wersenowego (EDTA). Dodatkowo, z racji zawartości związków zawierających węgiel, zastosowano dodatek butanolu do wszystkich roztworów w celu niwelacji efektu związanego ze znaczną ilością węgla w badanej próbie.
1.3 Warunki pomiaru
Oznaczenie arsenu przeprowadzono z wykorzystaniem kwadrupolowej celi reakcyjnej spektrometru, tzw. trybie DRC (ang. Dynamie Reaction Celi) aparatu Elan DRC-e oraz NexlON 350D (PerkinElmer) z tlenem jako gazem reakcyjnym.
1.4 Walidacja pomiarów
Do walidacji pomiarów zastosowano następujący materiał referencyjny ClinCheck (Recipe, Niemcy). Są to standardy odniesienia powszechnie stosowane w spektrometrii, pozwalające na potwierdzenie precyzji, czułości i specyfiki pomiaru.
Ocena genotypu
Analizy molekularne zostały wykonane za pomocą łańcuchowej reakcji polimerazy DNA z analizą ilości produktu w czasie rzeczywistym („real-time PCR”) z użyciem aparatu LightCycler 480, Roche. W badaniach wykorzystano sondy molekularne typu „Taqman” w postaci mieszaniny TaqMan Assay zawierającej sondy oraz startery reakcji PCR zakupione w firmie Applied Biosystem. Każda analiza wykonana była w objętości 5 μΙ według proporcji przedstawionej w tabeli 2.
Tabela 1 Skład mieszaniny reakcyjnej do analizy wybranego SNP techniką „real-time PCR”
Mieszanina
| Probc qPCR MMx 2x (Promcga) 2,5 μΐ | |
| TaqMan Assay 40x (App. Biosys) | 0,125 μΐ |
| Woda | 1,375 μΐ |
| DNA (25 ng/ μΐ) | Ιμΐ |
Analiza została przeprowadzona na aparacie LightCycler 480, Roche w warunkach przedstawionych w tabeli 3.
PL 242925 Β1
Tabela 2 Warunki analizy wybranych SNP-ów techniką „real-time PCR” w aparacie LightCycler 480, Roche
| Program | Nazwa cyklu | Temperatura °C | Czas | Liczba cykli | Odczyt danych |
| Inkubacja | HotStait | 95 | 10 min | 1 | - |
| Amplifikacja i | Denaturacja | 95 | 10 sek | - | |
| gromadzenie | Annealing | 52 | 30 sek | 50-55 | jednorazowo |
| danych | Wydłużanie | 72 | 10 sek | - | |
| Chłodzenie | Chłodzenie | 40 | 30 sek | - | - |
| Denaturacja | 95 | 1 sek | - | - | |
| Kompresja | Chłodzenie | 40 | 30 sek | - | |
| kolorów | Hybrydyzacja | 80 | - | 1 odczyt/°C | Przez cały czas |
| Chłodzenie | 40 | 45 sek | - | - | |
| Chłodzenie | Chłodzenie | 40 | 30 sek | - | - |
Statystyka
Różnice w częstościach pomiędzy analizowanymi grupami oceniano przy pomocy Testu Zgodności Fishera.
Grupy I—IV utworzono w zależności od stężeń arsenu we krwi poprzez podział na ćwiartki (o bardzo zbliżonej liczebności) osób zdrowych tworzących dla danego narządu grupę kontrolną.
Wyniki
Analiza otrzymanych wyników wykazała istotną zależność między prawdopodobieństwem wystąpienia raka piersi u kobiet a stężeniem arsenu we krwi oraz oceną wybranych genotypów.
Rak piersi
Stwierdzono istotny związek między stężeniem arsenu we krwi a prawdopodobieństwem wystąpienia raka piersi u kobiet. Kobiety z niskim stężeniem arsenu tj. <0,55 pg/l wykazały blisko 2,5 krotnie zmniejszoną częstość występowania raka piersi (niezależnie od badanych genotypów). Wyniki przedstawiono w tabeli poniżej.
Tabela 3 Częstość występowania raka piersi u kobiet w zależności od stężenia arsenu we krwi
| Grupa | Stężenie As pgl | Chore | Zdrowe |
| I | <0,55 | 37 | 78 |
| II | 0,55-0,79 | 79 | 74 |
| ITT | 0,80-1,2 | 94 | 79 |
| IV | >1,2 | 21 | 24 |
i 78 vs 194 i 177
OR= 2,3, p=0,0002, 95%CI: 1,5-3,6
Stwierdzono istotny związek między występowaniem równocześnie genotypu AA w genie SOD2 rs4880 i genotypu TT w genie ERCC2 rs13181 oraz stężeniem arsenu we krwi a prawdopodobieństwem wystąpienia raka piersi u kobiet. Kobiety ze stężeniem arsenu we krwi < 0,55 pg/l oraz z genotypem AA w genie SOD2 i genotypem TT w genie ERCC2 wykazują istotnie 30 krotnie zmniejszoną częstość występowania raka piersi w stosunku do podgrup ze stężeniem arsenu >1,2 pg/l (ćwiartka I vs IV: OR=30, p=0,0063; 95%CI: 2,2-406,2) i blisko 9 krotnie zmniejszoną częstość występowania raka piersi w porównaniu do wszystkich podgrup (ćwiartka I vs ll-IV: OR=8,8, p=0,041, 95%CI: 0,97-80,1). W tym genotypie u kobiet ze stężeniem arsenu >1,2 pg/l stwierdzono około 6,5 krotnie zwiększone prawdopodobieństwo występowania raka piersi (ćwiartka IV vs I-III: OR=6,6, p=0,021,95%CI: 1,3-34,2).
PL 242925 Β1
Tabela 2 Częstość występowania raka piersi u kobiet w zależności od stężenia As dla genotypu AA w genie SOD2 oraz genotypu TT w genie ERCC2
| Grupa | Stężenie As pgA | Chore | Zdrowe |
| I | <0,55 | 1 | 6 |
| II | 0,55-0,79 | 4 | 9 |
| III | 0,8-1,2 | 11 | 6 |
| IV | >1,2 | 10 | 2 |
i 6 vs 10 i 2
OR=30, p=O,OO63; 95%CI: 2,2-406,2 i 6 vs 25117
OR= 8,8, p=0,041, 95%CI: 0,97-80,1 i 2 vs 16 i 21
OR=6,6, p=0,021,95%CI: 1,3-34,2
Literatura
McKean-Cowdin R1, Barnholtz-Sloan J, Inskip PD, Ruder AM, Butler M, Rajaraman P, Razavi P, Patoka J, Wiencke JK, Bondy ML, Wrensch M. (2009), Associations between polymorphisms in DNA repair genes and glioblastoma., Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2009 Apr;18(4):1118-26. doi: 10.1158/1055-9965.EPI-08-1078. Epub2009 Mar 24.
Michalska MM, Samulak D, Romanowicz H, Bobkowski M, Smolarz B. (2015), An Association between Single Nucleotide Polymorphisms of Lys751Gln ERCC2 Gene and Ovarian Cancer in Polish Women., Adv Med. 2015;2015:109593. doi: 10.1155/2015/109593. Epub 2015 Oct 7.
Mitra AK, Singh N, Garg VK, Chaturvedi R, Sharma M, Rath SK, (2009) Statistically significant association of the single nucleotide polymorphism (SNP) rs13181 (ERCC2) with predisposition to Squamous Celi Carcinomas of the Head and Neck (SCCHN) and Breast cancer in the north Indian population. J Exp Clin Cancer Res. 2009 Jul 18;28:104. doi: 10.1186/1756-9966-28-104.
Strona internetowa: http://monographs.iarc.fr/ENG/Classification/latest_classif.php. Data wejścia: 2017-08-26
Strona internetowa: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6648. Data wejścia: 2020-05-08
Claims (4)
1. Sposób określenia prawdopodobieństwa wystąpienia raka piersi u kobiet, znamienny tym, że obejmuje ilościową ocenę zawartości arsenu we krwi pełnej, występowanie genotypu ERCC2 rs13181 oraz genotypu SOD2 rs4880 u osoby badanej, przy czym kombinacja stężenia arsenu < 0,55 pg/l z oceną genotypu TT w genie ERCC2 oraz występowaniem genotypu AA w genie SOD2 wskazuje na 30 krotnie zmniejszoną częstość występowania raka piersi w stosunku do podgrupy ze stężeniem arsenu > 1,2 pg/l i blisko 9 krotnie zmniejszoną częstość występowania raka piersi w porównaniu do wszystkich podgrup.
2. Sposób wg zastrzeżenia 1, znamienny tym, że próbkę materiału biologicznego stanowi krew żylna oraz DNA.
3. Sposób wg zastrzeżenia 1, znamienny tym, że stężenie As w próbce oznacza się przez bezpośredni pomiar As we krwi żylnej.
4. Sposób wg zastrzeżenia 1, znamienny tym, że testowanie DNA jest wykonywane przy pomocy konwencjonalnej techniki bezpośredniego wykrywania zmian takich jak sekwencjonowanie lub przy pomocy jakiejkolwiek konwencjonalnej techniki bezpośredniego wykrywania zmian wyselekcjonowanych.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL442001A PL242925B1 (pl) | 2020-05-14 | 2020-05-14 | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków piersi u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL442001A PL242925B1 (pl) | 2020-05-14 | 2020-05-14 | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków piersi u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL442001A1 PL442001A1 (pl) | 2022-12-19 |
| PL242925B1 true PL242925B1 (pl) | 2023-05-15 |
Family
ID=84487959
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL442001A PL242925B1 (pl) | 2020-05-14 | 2020-05-14 | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków piersi u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL242925B1 (pl) |
-
2020
- 2020-05-14 PL PL442001A patent/PL242925B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL442001A1 (pl) | 2022-12-19 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Medeiros et al. | Platinum/paclitaxel-based chemotherapy in advanced ovarian carcinoma: glutathione S-transferase genetic polymorphisms as predictive biomarkers of disease outcome | |
| Gaur et al. | Aureobasidium pullulans, an economically important polymorphic yeast with special reference to pullulan | |
| Shi et al. | Sensitive and quantitative detection of KRAS2 gene mutations in pancreatic duct juice differentiates patients with pancreatic cancer from chronic pancreatitis, potential for early detection | |
| WO2013158984A1 (en) | Biomarkers to identify patients that will respond to treatment and treating such patients | |
| Gao et al. | Arsenic exposure, telomere length, and expression of telomere-related genes among Bangladeshi individuals | |
| Hooker et al. | Replication of prostate cancer risk loci on 8q24, 11q13, 17q12, 19q33, and Xp11 in African Americans | |
| WO2012129008A1 (en) | Line-1 hypomethylation as a biomarker for early-onset colorectal cancer | |
| Xiong et al. | Association of polymorphisms in glutathione S-transferase genes (GSTM1, GSTT1, GSTP1) with idiopathic azoospermia or oligospermia in Sichuan, China | |
| Al-Jamea et al. | Genetic analysis of TMPRSS6 gene in Saudi female patients with iron deficiency anemia | |
| Aimé et al. | Somatic c. 34G> T KRAS mutation: a new prescreening test for MUTYH-associated polyposis? | |
| Hong et al. | Acrolein contributes to urothelial carcinomas in patients with chronic kidney disease | |
| Paik et al. | Prevalence and clinical characterization of BRCA1 and BRCA2 mutations in Korean patients with epithelial ovarian cancer | |
| US20210214807A1 (en) | Method and kit for the diagnosis of colorectal cancer | |
| Kachakova et al. | Polymorphisms in androgen metabolism genes AR, CYP1B1, CYP19, and SRD5A2 and prostate cancer risk and aggressiveness in Bulgarian patients | |
| Anderson et al. | The effect of nitric oxide pollution on oxidative stress in pregnant women living in Durban, South Africa | |
| PL242925B1 (pl) | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków piersi u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów | |
| Levpuscek et al. | The influence of genetic variability of DNA repair mechanisms on the risk of malignant mesothelioma | |
| Talabnin et al. | Ring finger protein 43 expression is associated with genetic alteration status and poor prognosis among patients with intrahepatic cholangiocarcinoma | |
| CN110029165B (zh) | 一种用于检测子宫内膜癌易感相关遗传标记的试剂盒 | |
| PL242924B1 (pl) | Test diagnostyczny wczesnego wykrywania raków jelita grubego u kobiet oparty o ocenę stężeń arsenu we krwi i wybranych genotypów | |
| de Lima et al. | Glycidamide genotoxicity modulated by Caspases genes polymorphisms | |
| Ansari et al. | Analysis of glutathione S-transferase (M1, T1 and P1) gene polymorphisms in Iranian prostate cancer subjects | |
| Said et al. | RECK gene polymorphisms in hepatitis B-related hepatocellular carcinoma: A case-control study | |
| WO2022197659A2 (en) | Fluorescence detection of circulating cell free dna including within extracellualr vesicles in biospecimens and liquid biopsies | |
| Pessôa et al. | IDH1 and IDH2 mutations in different histologic subtypes and WHO grading gliomas in a sample from Northern Brazil |