RS59836B2 - Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora - Google Patents

Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora

Info

Publication number
RS59836B2
RS59836B2 RS20191606A RSP20191606A RS59836B2 RS 59836 B2 RS59836 B2 RS 59836B2 RS 20191606 A RS20191606 A RS 20191606A RS P20191606 A RSP20191606 A RS P20191606A RS 59836 B2 RS59836 B2 RS 59836B2
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
peptide
cell
cells
cancer
tumor
Prior art date
Application number
RS20191606A
Other languages
English (en)
Inventor
Toni Weinschenk
Andrea Mahr
Jens Fritsche
Phillip Müller
Anita Wiebe
Sarah Missel
Original Assignee
Immatics Biotechnologies Gmbh
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=52630910&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RS59836(B2) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Immatics Biotechnologies Gmbh filed Critical Immatics Biotechnologies Gmbh
Publication of RS59836B1 publication Critical patent/RS59836B1/sr
Publication of RS59836B2 publication Critical patent/RS59836B2/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/14—Blood; Artificial blood
    • A61K35/17—Lymphocytes; B-cells; T-cells; Natural killer cells; Interferon-activated or cytokine-activated lymphocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/04—Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001102—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/001103—Receptors for growth factors
    • A61K39/00111—Hepatocyte growth factor receptor [HGFR or c-met]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/18—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for pancreatic disorders, e.g. pancreatic enzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/12—Drugs for disorders of the urinary system of the kidneys
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K2035/124—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells the cells being hematopoietic, bone marrow derived or blood cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5154—Antigen presenting cells [APCs], e.g. dendritic cells or macrophages
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5158—Antigen-pulsed cells, e.g. T-cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K51/00—Preparations containing radioactive substances for use in therapy or testing in vivo
    • A61K51/02—Preparations containing radioactive substances for use in therapy or testing in vivo characterised by the carrier, i.e. characterised by the agent or material covalently linked or complexing the radioactive nucleus
    • A61K51/04—Organic compounds
    • A61K51/08—Peptides, e.g. proteins, carriers being peptides, polyamino acids, proteins
    • A61K51/10—Antibodies or immunoglobulins; Fragments thereof, the carrier being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. a camelised human single domain antibody or the Fc fragment of an antibody
    • A61K51/1045—Antibodies or immunoglobulins; Fragments thereof, the carrier being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. a camelised human single domain antibody or the Fc fragment of an antibody against animal or human tumor cells or tumor cell determinants
    • A61K51/1057—Antibodies or immunoglobulins; Fragments thereof, the carrier being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. a camelised human single domain antibody or the Fc fragment of an antibody against animal or human tumor cells or tumor cell determinants the tumor cell being from liver or pancreas
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/08—Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/16—Aptamers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/998—Proteins not provided for elsewhere

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)

Description

Opis
Pozadina pronalaska
[0001] Hepatocelularni karcinom (HCC) je jedan od najčešćih tumora u svetu i čini oko 6% svih novih dijagnostikovanih slučajeva karcinoma širom sveta. U svetu je 2012. godine dijagnostikovano oko 782.000 novih slučajeva HCC, što ga čini petim najčešćim malignim tumorom kod muškaraca (554.000 slučajeva) i devetim kod ž ena (228.000 slučajeva) (http://globocan.iarc.fr). HCC je najčešći primarni malignitet jetre i čini preko 80% svih primarnih karcinoma jetre kod odraslih.
[0002] Distribucija HCC se razlikuje geografski, a stope incidencije zavise od pola. Stopa incidencije standardizovana za starosnu dob (eng. age-standardized incidence rate; ASR) HCC kod muškaraca je najviša u Istočnoj Aziji (31,9) i Jugoistočnoj Aziji (22,2), srednja u Južnoj Evropi (9,5) i Severnoj Americi (9,3), a najniža je u Severnoj Evropi (4,6) i Jugocentralnoj Aziji (3,7). Stope incidencije HCC kod žena su manje u odnosu na ASR kod muškaraca. Najviša ASR kod žena je u Istočnoj Aziji (10,2) i Zapadnoj Africi (8,1), dok je najniža u Severnoj Evropi (1,9) i Mikroneziji (1,6).
[0003] Celokupna prognoza za pacijente sa HCC je loša. Relativna stopa 5-godišnjeg preživljavanja (5Y-RSR) HCC je oko 15%, u zavisnosti od stadijuma u vreme postavljanja dijagnoze. Za lokalizovan HCC, kod kojeg je karcinom još uvek ograničen na jetru, 5Y-RSR je oko 28%. Za regionalni i udaljen HCC, kod kojeg je karcinom urastao u okolne ili prešao u udaljene organe, stopa 5Y-RSR iznosi 7% odnosno 2%.
[0004] Incidencija HCC povezana je sa nekoliko faktora rizika, od čega je ciroza najbitniji. Ciroza se često javlja zajedno sa zloupotrebom alkohola ili HBV ili HCV infekcijom, ali može takođe biti izazvana metaboličkim bolestima kao što je dijabetes tipa II. Kao posledica, zdravo tkivo jetre biva zamenjeno ožiljnim tkivom, koje povećava rizik za razvoj karcinoma.
[0005] Lečenje bolesti zavisi od stadijuma tumora u vreme postavljanja dijagnoze i celokupnog stanja jetre. Ako je to moguće, delovi jetre (parcijalna hepatektomija) ili čitava jetra (resekcija jetre) se uklanjaju operacijom. Naročito pacijenti sa malim ili kompletno resektabilnim tumorima su kvalifikovani za transplantaciju jetre.
[0006] Ako operacija nije opcija lečenja, dostupne su razne druge terapije. Za ablaciju tumora, u jetru se umeće sonda a tumor se uništava radio ili mikrotalasima ili krioterapijom. U procedurama embolizacije, snabdevanje tumora krvlju se blokira pomoću mehaničkih ili hemijskih sredstava. Radio talasi visoke energije mogu da se koriste za uništavanje tumora u zračnoj terapiji.
[0007] Hemioterapija protiv HCC obuhvata kombinacije doksorubicina, 5-fluorouracila i cisplatina za sistemsku terapiju i doksorubicin, floksuridin i mitomicin C za infuzije u hepatičku arteriju. Međutim, većina HCC pokazuje visoku rezistenciju na hemioterapeutike (Enguita-German and Fortes, 2014).
[0008] Terapijske opcije kod uznapredovalog neresektabilnog HCC su ograničene na Sorafenib, inhibitor više tirozin kinaza (Chang et al., 2007; Wilhelm et al., 2004). Sorafenib je jedini sistemski lek za koji je potvrđeno da povećava preživljavanje za oko 3 meseca i trenutno predstavlja jedinu eksperimentalnu terapijsku opciju za takve pacijente (Chapiro et al., 2014; Llovet et al., 2008).
[0009] U poslednje vreme je sproveden ograničen broj imunoterapijskih ispitivanja za HCC. Citokini su korišćeni za aktivaciju podskupova imunskih ćelija i/ili povećavanje imunogenosti tumora (Reinisch et al., 2002; Sangro et al., 2004). Ostala ispitivanja su bila fokusirana na infuziju tumor-infiltrišućih limfocita ili aktiviranih limfocita periferne krvi (Shi et al., 2004a; Takayama et al., 1991; Takayama et al., 2000).
[0010] Do sada je sproveden mali broj ispitivanja sa terapijskom vakcinacijom. Butterfield i sar. su sproveli dva ispitivanja primenom peptida izvedenih iz alfa-fetoproteina (AFP) u vidu vakcine ili DĆ napunjenih AFP peptidima ex vivo (Butterfield et al., 2003; Butterfield et al., 2006). U dve različite studije, autologne dendritične ćelije (DĆ) su bile pulsirane ex vivo sa autolognim lizatom tumora (Lee et al., 2005) ili lizatom ćelijske linije hepatoblastoma HepG2 (Palmer et al., 2009). Do sada su ispitivanja sa vakcinacijom pokazala samo ograničena poboljšanja u kliničkim ishodima.
[0011] Patent WO 2014/118552 iznosi sekvencu proteina CFHR5 kompletne dužine i njenu primenu u terapiji, uključujući lečenje malignih tumora, ali ne iznosi peptid CFHR5 koji sadrži ID BR. SEKV: 53 dužine 10 do 30 aminokiselina.
[0012] U prvom aspektu predmetnog pronalaska, predmetni pronalazak se odnosi na peptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu ID BR. SEKV 53 i njegovu farmaceutski prihvatljivu so, naznačeno time što navedeni peptid ima celokupnu dužinu od 10 do 30 aminokiselina, naznačeno time što navedeni peptid ima sposobnost da se vezuje za molekul humanog glavnog kompleksa gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I, i naznačeno time što navedeni peptid, kada je vezan za MHC, ima sposobnost da ga prepoznaju CD8 T ćelije.
Kratak pregled pronalaska
[0013] U sledećim tabelama prikazani su ovde predstavljeni peptidi, njihovi odgovarajući ID BR. SEKV i prospektivni izvorni (osnovni) geni za ove peptide. Svi peptidi u tabeli 1 vezuju se za HLA-A*02, peptidi u tabeli 2 vezuju se za HLA-A*24 alele. Peptidi u tabeli 3 objavljeni su ranije u velikim spiskovima kao rezultati visoko propusnih skrininga sa velikim stopama greške ili su izračunati pomoću algoritama, ali nisu nikada ranije bili povezani sa malignim tumorom. Oni se vezuju za HLA-A*02. Peptidi u tabeli 4 su dodatni peptidi koji mogu biti korisni u kombinaciji sa peptidom pronalaska. Peptidi vezuju A*02 ili, gde je naznačeno, A*24. Peptidi u tabeli 5 su pored toga korisni u dijagnostikovanju i/ili lečenju različitih maligniteta, koji podrazumevaju prekomernu ekspresiju ili prekomernu prezentaciju dotičnog osnovnog polipeptida.
Tabela 1: HLA-A*02 peptidi, ID BR. SEKV 53 je u skladu sa predmetnim pronalaskom - S* = fosfoserin
Tabela 2: Predstavljeni HLA-A*24 peptidi sa ID brojevima SEKV
Tabela 3: Dodatni predstavljeni peptidi bez prethodno poznate povezanosti sa malignim tumorima ID br.
SEKV Sekvenca ID gena Zvanični simbol(i) gena
219 GVMAGDIYSV 123 PLIN2
220 SLLEKELESV 1819 DRG2
221 ALCEENMRGV 1938 EEF2
222 LTDITKGV 1938 EEF2
223 FLFNTENKLLL 3422 IDI1
224 ALASVIKEL 28981 IFT81
225 KMDPVAYRV 5859 QARS
226 AVLGPLGLQEV 79178 THTPA
227 ALLKVNQEL 25813 SAMM50
228 YLITSVELL 2182 ACSL4
229 KMFESFIESV 5576 PRKAR2A
230 VLTEFTREV 55705 IPO9
231 RLFNDPVAMV 10195 ALG3
232 KLAEIVKQV 8550 MAPKAPK5
233 ALLGKLDAI 5876 RABGGTB
234 YLEPYLKEV 727947,7381 UQCRB
235 KLFEEIREI 255394 TCP11L2
236 ALADKELLPSV 84883 AIFM2
237 ALRGEIETV 10128 LRPPRC
238 AMPPPPPQGV 5885 RAD21
ID br.
SEKV Sekvenca ID gena Zvanični simbol(i) gena 239 FLLGFIPAKA 5976 UPF1
240 FLWERPTLLV 79922 MRM1
241 FVLPLLGLHEA 55161 TMEM33
242 GLFAPVHKV 6249 CLIP1
243 GLLDNPELRV 26263 FBXO22
244 KIAELLENV 9100 USP10
245 KLGAVFNQV 23450 SF3B3
246 KLISSYYNV 84928 TMEM209
247 KLLDTMVDTFL 100527963,1124 PMF1-BGLAP,PMF1
3
248 KLNDLIQRL 1314 COPA
249 LLLGERVAL 23475 QPRT
250 NLAEVVERV 26263 FBXO22
251 RLFADILNDV 64755 C16orf58
252 RTIEYLEEV 3030 HADHA
253 RVPPPPQSV 6464 SHC1
254 RVQEAIAEV 57678 GPAM
255 SLFGQDVKAV 26036 ZNF451
256 SLFQGVEFHYV 3930 LBR
257 SLLEKAGPEL 54625 PARP14
258 SLMGPVVHEV 5116 PCNT
259 TLITDGMRSV 29894 CPSF1
260 TLMDMRLSQV 24148 PRPF6
261 VLFQEALWHV 2194 FASN
262 VLPNFLPYNV 10299 MARCH6
263 VLYPSLKEI 50717,5824 DCAF8,PEX19 264 VMQDPEFLQSV 266971,5710 PIPSL,PSMD4 265 WLIEDGKVVTV 10726 NUDC
266 SLLESNKDLLL 6520 SLC3A2
267 ALNENINQV 80025 PANK2
268 KLYQEVEIASV 5976 UPF1
269 YLMEGSYNKV 5714 PSMD8
270 SVLDQKILL 9875 URB1
271 LLLDKLILL 85440 DOCK7
272 QQLDSKFLEQV 6772 STAT1
273 AILETAPKEV 6238 RRBP1
274 ALAEALKEV 55164 SHQ1
275 ALIEGAGILL 10440 TIMM17A
276 ALLEADVNIKL 6729 SRP54
277 ALLEENSTPQL 83933 HDAC10
278 ALTSVVVTL 1021 CDK6
279 ALWTGMHTI 51479 ANKFY1
280 ATLNIIHSV 51542 VPS54
281 GLLAGDRLVEV 9368 SLC9A3R1
ID br.
SEKV Sekvenca ID gena Zvanični simbol(i) gena 282 GQFPSYLETV 54919 HEATR2
283 ILSGIGVSQV 3703 STT3A
284 KLDAFVEGV 528 ATP6V1C1
285 KLLDLSDSTSV 6093 ROCK1
286 KVLDKVFRA 375056 MIA3
287 LIGEFLEKV 8731 RNMT
288 LLDDSLVSI 25824 PRDX5
289 LLLEEGGLVQV 7353 UFD1L
290 NLIDLDDLYV 57187 THOC2
291 QLIDYERQL 11072 DUSP14
292 RIPAYFVTV 7407 VARS
293 FLASESLIKQI 4736 RPL10A
294 RLIDLHTNV 23256 SCFD1
295 SLFSSPPEI 252983 STXBP4
296 SLLSGRISTL 51133,92799 KCTD3,SHKBP1 297 TLFYSLREV 80233 C17orf70
298 TMAKESSIIGV 1429 CRYZ
299 ALLRVTPFI 401505 TOMM5
300 TLAQQPTAV 4802 NFYC
348 AYKPGALTF AIFM2
Tabela 4: Peptidi korisni za npr. personalizovane antitumorske terapije
ID br. SEKV Sekvenca ID gena Zvanični simbol(i) gena 301 VLADFGARV 114899,23600 C1QTNF3,AMACR 302 KIQEILTQV 10643 IGF2BP3
303 GVYDGEEHSV 4113 MAGEB2
304 SLIDQFFGV 9097 USP14
305 GVLENIFGV 399909 PCNXL3
306 KLVEFDFLGA 10460 TACC3
307 AVVEFLTSV 29102 DROSHA
308 ALLRTVVSV 2590 GALNT2
309 GLIEIISNA 23020 SNRNP200
310 SLWGGDVVL 157680 VPS13B
311 FLIPIYHQV 31 ACACA
312 RLGIKPESV 1466 CSRP2
313 LTAPPEALLMV 79050 NOC4L
314 YLAPFLRNV 23019 CNOT1
315 KVLDGSPIEV 29974 A1CF
316 LLREKVEFL 4779 NFE2L1
317 KLPEKWESV 26156 RSL1D1
318 KLNEINEKI 1373 CPS1
319 KLFNEFIQL 10885 WDR3
320 GLADNTVIAKV 6897 TARS
ID br. SEKV Sekvenca ID gena Zvanični simbol(i) gena 321 GVIAEILRGV 10528 NOP56
322 ILYDIPDIRL 10667 FARS2
323 KIIDEDGLLNL 5981 RFC1
324 RLFETKITQV 100293534,720,721 C4A,C4B
325 RLSEAIVTV 51249 TMEM69
326 ALSDGVHKI 55179 FAIM
327 GLNEEIARV 10403 NDC80
328 RLEEDDGDVAM 10482 NXF1
329 SLIEDLILL 64754 SMYD3
330 SMSADVPLV 5111 PCNA
331 SLLAQNTSWLL 7070 THY1
332 AMLAVLHTV 60673 C12orf44
333 GLAEDIDKGEV 1938 EEF2
334 SILTIEDGIFEV 100287551,3306,3312 HSPA8P8,HSPA2,HSPA8
335 SLLPVDIRQYL 6773 STAT2
336 YLPTFFLTV 54898 ELOVL2
337 TLLAAEFLKQV 100288772,10574 CCT7P2, CCT7
338 KLFDSDPITVTV 1191 CLU
339 RLISKFDTV 1977 EIF4E
340 KVFDEVIEV 8908 GYG2
341 YLAIGIHEL 3034 HAL
342 AMSSKFFLV 7474 WNT5A
343 LLLPDYYLV 27044 SND1
344 VYISSLALL (A*24) 10213 PSMD14
345 SYNPLWLRI (A*24) 259266 ASPM
346 LYQILQGIVF (A*24) 983 CDK1
347 ALNPADITV 51497 TH1L
[0014] Predmetni pronalazak se dalje uopšteno odnosi na peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom za upotrebu u lečenju proliferativnih bolesti, kao što su, na primer, karcinom pankreasa, karcinom kolona ili rektuma, karcinom bubrega, maligni tumor mozga i/ili leukemije.
[0015] Predstavljeni su peptidi – samostalni ili u kombinaciji – izabrani iz grupe koju čine ID BR. SEKV: 1 do ID BR. SEKV: 300. Predstavljeni su peptidi – samostalni ili u kombinaciji – izabrani iz grupe koju čine ID BR. SEKV: 1 do ID BR. SEKV: 124 (vidite tabelu 1), poželjno za vezivanje A*02, i iz grupe koju čine ID BR. SEKV: 187 do ID BR. SEKV: 218 (vidite tabelu 2) poželjno za vezivanje A*24, i njihove primene u imunoterapiji HCC, malignog tumora mozga, karcinoma bubrega, karcinoma pankreasa, karcinoma kolona ili rektuma ili leukemije, a poželjno HCC.
[0016] Kako je prikazano u sledećim tabelama 5A i B, mnogi od predstavljenih peptida se takođe mogu koristiti u imunoterapiji drugih indikacija. U tabelama je prikazano, za izabrane peptide, na kojim dodatnim vrstama tumora je pronađeno da pokazuju prekomernu prezentaciju (uključujući specifičnu prezentaciju) na više od 5% izmerenih uzoraka tumora, ili prezentaciju na više od 5% izmerenih uzoraka tumora pri čemu je odnos geometrijskih srednjih vrednosti tumora u odnosu na normalna tkiva veći od 3. Prekomerna prezentacija se definiše kao viša prezentacija na uzorku tumora u poređenju sa normalnim uzorkom sa najvišom prezentacijom. Normalna tkiva u odnosu na koja je prekomerna prezentacija testirana su bila: masno tkivo, nadbubrežna žlezda, ćelije krvi, krvni sud, kostna srž, mozak, hrskavica, jednak, oko, žučna kesa, srce, bubreg, debelo crevo, jetra, pluća, limfni čvor, nerv, pankreas, paraštitasta žlezda, peritoneum, hipofiza, pleura, pljuvačna žlezda, skeletni mišić, koža, tanko crevo, slezina, želudac, štitasta žlezda, trahea, ureter, mokraćna bešika.
Tabela 5A: Predstavljeni peptidi i njihove specifične primene u drugim proliferativnim oboljenjima, posebno u drugim malignim bolestima – S* = fosfoserin
ID br. SEKV Sekvenca Drugi relevantni organi / oboljenja
1 VMAPFTMTI Pankreas
6 KLSPTVVGL Kolon, rektum
10 SLLEEFDFHV Bubreg
14 ALADLTGTVV Bubreg, mozak, pankreas
15 LLYGHTVTV Bubreg, mozak, kolon, rektum, pankreas
16 SLLGGNIRL Mozak, kolon, rektum
17 RVAS*PTSGV Mozak
22 RIAGIRGIQGV Bubreg, kolon, rektum
26 SLLHTIYEV Kolon, rektum
30 YLGEGPRMV Kolon, rektum, HLL
34 SLAEGTATV Kolon, rektum
36 ILNVDGLIGV Bubreg, mozak, kolon, rektum
39 ALDPKANFST Bubreg, mozak
41 ALLELDEPLVL Pankreas
43 ALLGVWTSV Pankreas
47 FLDTPIAKV Mozak, kolon, rektum
51 GLAEELVRA Mozak
54 GLLDPNVKSIFV Bubreg, mozak
55 GLYGRTIEL Bubreg
58 ILADLNLSV Pankreas
59 ILADTFIGV Kolon, rektum, pankreas
60 ILSPLSVAL Bubreg, pankreas
65 KLFSGDELLEV Mozak, kolon, rektum
69 KLLDEVTYLEA Kolon, rektum
70 KLLDLETERILL Kolon, rektum
72 KLSEAVTSV Bubreg
77 LLHEENFSV Bubreg, kolon, rektum
80 LLYEGKLTL Kolon, rektum
81 NLASFIEQVAV Bubreg, kolon, rektum, pankreas
88 RLIDRIKTV Mozak, kolon, rektum
90 RLLDVLAPLV Bubreg
96 SLLEEPNVIRV Bubreg
ID br. SEKV Sekvenca Drugi relevantni organi / oboljenja 101 SLWEGGVRGV Mozak
112 VLGEVKVGV Bubreg
116 WVIPAISAV Bubreg
119 YLDKNLTVSV Bubreg
121 YLITGNLEKL Bubreg, kolon, rektum, pankreas 123 YLWDLDHGFAGV Mozak, kolon, rektum
125 ALYGRLEVV Mozak, kolon, rektum
127 VLIGSNHSL Kolon, rektum
133 ALLEMDARL Bubreg, mozak, kolon, rektum 134 ALLETNPYLL Mozak
135 ALLGKIEKV Mozak, pankreas
137 ALPTVLVGV Bubreg, mozak, kolon, rektum 138 ALSQVTLLL Bubreg
139 ALSSKPAEV Kolon, rektum, pankreas 141 AMGEKSFSV Mozak
144 FIQLITGV Pankreas
147 GLAPGGLAVV Mozak
148 GLFAPLVFL Bubreg
161 RLLDEQFAV Mozak
166 SILDIVTKV Mozak
169 SLFEWFHPL Bubreg, mozak, kolon, rektum 170 SLHNGVIQL Bubreg
172 SLLNFLQHL Bubreg, kolon, rektum, HLL 173 SLTSEIHFL HLL
176 TLGQIWDV Mozak, kolon, rektum, pankreas 177 VLDEPYEKV Bubreg
179 YIHNILYEV Mozak
181 YLLEKFVAV Kolon, rektum
184 VVLDGGQIVTV Mozak
186 VLLAQIIQV Bubreg, mozak, kolon, rektum 187 SYPTFFPRF Bubreg, mozak
189 AFSPDSHYLLF Bubreg, mozak
191 KYPDIISRI Mozak
192 SYITKPEKW Bubreg, mozak
193 IYPGAFVDL Mozak
194 QYASRFVQL Mozak
195 RYAPPPSFSEF Mozak
196 AYLKWISQI Mozak
197 RWPKKSAEF Bubreg, mozak
198 LYWSHPRKF Bubreg
199 KFVTVQATF Mozak
203 YYGILQEKI Bubreg, mozak
206 KWPETPLLL Bubreg, mozak
208 SYNPAENAVLL Mozak
ID br. SEKV Sekvenca Drugi relevantni organi / oboljenja 214 IYVTSIEQI Mozak
219 GVMAGDIYSV Bubreg
220 SLLEKELESV Mozak
221 ALCEENMRGV Bubreg, mozak, kolon, rektum 223 FLFNTENKLLL Kolon, rektum
224 ALASVIKEL Mozak
229 KMFESFIESV Bubreg, mozak, kolon, rektum 230 VLTEFTREV Bubreg, mozak, kolon, rektum 231 RLFNDPVAMV Mozak, kolon, rektum
232 KLAEIVKQV Kolon, rektum
233 ALLGKLDAI Bubreg, kolon, rektum
234 YLEPYLKEV Bubreg, mozak, kolon, rektum 236 ALADKELLPSV Bubreg, kolon, rektum, pankreas 237 ALRGEIETV Kolon, rektum
238 AMPPPPPQGV Mozak, kolon, rektum
239 FLLGFIPAKA Mozak
240 FLWERPTLLV HLL
244 KIAELLENV Mozak, kolon, rektum
245 KLGAVFNQV Mozak
247 KLLDTMVDTFL Kolon, rektum
248 KLNDLIQRL Pankreas
249 LLLGERVAL Kolon, rektum
250 NLAEVVERV Mozak, kolon, rektum, HLL 251 RLFADILNDV Mozak, kolon, rektum
255 SLFGQDVKAV Bubreg, mozak, kolon, rektum 258 SLMGPVVHEV Mozak
259 TLITDGMRSV Mozak
260 TLMDMRLSQV Bubreg, mozak, kolon, rektum 261 VLFQEALWHV Kolon, rektum
266 SLLESNKDLLL Kolon, rektum
268 KLYQEVEIASV Mozak
269 YLMEGSYNKV Mozak, kolon, rektum
270 SVLDQKILL Bubreg, mozak
271 LLLDKLILL Mozak, kolon, rektum
272 QQLDSKFLEQV Bubreg, mozak
274 ALAEALKEV Kolon, rektum
275 ALIEGAGILL Bubreg, kolon, rektum, pankreas 276 ALLEADVNIKL Pankreas
277 ALLEENSTPQL Bubreg
278 ALTSVVVTL Bubreg, mozak
279 ALWTGMHTI Bubreg, mozak
281 GLLAGDRLVEV Bubreg
282 GQFPSYLETV Bubreg, mozak, kolon, rektum 283 ILSGIGVSQV Pankreas
ID br. SEKV Sekvenca Drugi relevantni organi / oboljenja
285 KLLDLSDSTSV Bubreg, kolon, rektum
286 KVLDKVFRA Pankreas
287 LIGEFLEKV HLL
288 LLDDSLVSI Pankreas
289 LLLEEGGLVQV Bubreg, kolon, rektum, pankreas
290 NLIDLDDLYV Mozak, kolon, rektum, pankreas
291 QLIDYERQL Bubreg, kolon, rektum, pankreas
292 RIPAYFVTV Bubreg
293 FLASESLIKQI Mozak, kolon, rektum
295 SLFSSPPEI Bubreg, mozak
296 SLLSGRISTL Bubreg
297 TLFYSLREV Bubreg, mozak, kolon, rektum
299 ALLRVTPFI HLL
300 TLAQQPTAV Pankreas
301 VLADFGARV Bubreg, kolon, rektum
302 KIQEILTQV Bubreg, mozak, kolon, rektum, pankreas, HLL 304 SLIDQFFGV Mozak, kolon, rektum, pankreas
305 GVLENIFGV Bubreg, mozak
306 KLVEFDFLGA Mozak, kolon, rektum
308 ALLRTVVSV Bubreg, pankreas
309 GLIEIISNA Mozak
310 SLWGGDVVL Mozak, kolon, rektum
311 FLIPIYHQV Bubreg, mozak
312 RLGIKPESV Mozak
313 LTAPPEALLMV Bubreg, mozak, kolon, rektum, pankreas 315 KVLDGSPIEV Bubreg
316 LLREKVEFL Bubreg, mozak, kolon, rektum, pankreas 317 KLPEKWESV Mozak, kolon, rektum, pankreas
319 KLFNEFIQL Bubreg, mozak, kolon, rektum
321 GVIAEILRGV Bubreg, mozak
324 RLFETKITQV Bubreg
325 RLSEAIVTV Mozak, pankreas
326 ALSDGVHKI Pankreas
327 GLNEEIARV Mozak, kolon, rektum
328 RLEEDDGDVAM Bubreg, mozak, kolon, rektum
329 SLIEDLILL Bubreg, mozak, kolon, rektum, pankreas 330 SMSADVPLV Mozak, kolon, rektum
331 SLLAQNTSWLL Mozak, kolon, rektum, pankreas
332 AMLAVLHTV Mozak, kolon, rektum
333 GLAEDIDKGEV Bubreg, mozak
334 SILTIEDGIFEV Bubreg, mozak, kolon, rektum, pankreas, HLL 335 SLLPVDIRQYL Bubreg, HLL
336 YLPTFFLTV Bubreg, mozak
337 TLLAAEFLKQV Mozak
ID br. SEKV Sekvenca Drugi relevantni organi / oboljenja
338 KLFDSDPITVTV Mozak
339 RLISKFDTV Mozak
340 KVFDEVIEV Mozak
342 AMSSKFFLV Mozak, kolon, rektum, pankreas
343 LLLPDYYLV Mozak, pankreas
344 VYISSLALL (A*24) Mozak
345 SYNPLWLRI (A*24) Mozak
346 LYQILQGIVF (A*24) Bubreg
347 ALNPADITV Mozak
Tabela 5B: Predstavljeni peptidi i njihove specifične primene u drugim proliferativnim oboljenjima, posebno u drugim malignim bolestima – S* = fosfoserin
[0017] NSCLC = nesitnoćelijski karcinom pluća, SCLC = sitnoćelijski karcinom pluća, RCC = karcinom bubrega, CRC = karcinom kolona ili rektuma, GC = karcinom želuca, HCC = karcinom jetre, PC = karcinom pankreasa, PrC = karcinom prostate, leukemija, BRCA = karcinom dojke, MCC = karcinom Merkelovih ćelija, OC = karcinom jajnika, NHL = non-Hočkin limfom, AML = akutna mijeloidna leukemija, HLL = hronična limfocitna leukemija.
[0018] Predstavljena je upotreba najmanje jednog peptida u skladu sa bilo kojom od ID BR. SEKV 1, 14, 15, 41, 43, 58, 59, 60, 81, 121, 135, 139, 144, 176, 236, 248, 275, 276, 283, 286, 288, 289, 290, 291, 300, 302, 304, 308, 313, 316, 317, 325, 326, 329, 331, 334, 342, i 343 za – u jednom poželjnom otelotvorenju kombinovano – lečenje karcinoma pankreasa.
[0019] Predstavljena je upotreba najmanje jednog peptida u skladu sa ID BR. SEKV 6, 15, 16, 22, 26, 30, 34, 36, 47, 59, 65, 69, 70, 77, 80, 81, 88, 121, 123, 125, 127, 133, 137, 139, 169, 172, 176, 181, 186, 221, 223, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 236, 237, 238, 240, 244, 247, 249, 250, 251, 255, 260, 261, 266, 269, 271, 274, 275, 282, 285, 289, 290, 291, 293, 297, 301, 302, 304, 306, 310, 313, 316, 317, 319, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 334, i 342 za – u jednom poželjnom otelotvorenju kombinovano – lečenje karcinoma kolona ili bubrega.
[0020] Predstavljena je upotreba najmanje jednog peptida u skladu sa ID BR. SEKV 10, 14, 15, 22, 36, 39, 54, 55, 60, 72, 77, 81, 90, 96, 112, 116, 119, 121, 133, 137, 138, 148, 169, 170, 172, 177, 186, 187, 189, 192, 197, 198, 203, 206, 219, 221, 229, 230, 233, 234, 236, 255, 260, 270, 272, 275, 277, 278, 279, 281, 282, 285, 289, 291, 292, 295, 296, 297, 301, 302, 305, 308, 311, 313, 315, 316, 319, 321, 324, 328, 329, 333, 334, 335, 336, i 346 za – u jednom poželjnom otelotvorenju kombinovano – lečenje karcinoma bubrega.
[0021] Predstavljena je upotreba najmanje jednog peptida u skladu sa ID BR. SEKV 14, 15, 16, 17, 36, 39, 47, 51, 54, 65, 88, 101, 123, 125, 133, 134, 135, 137, 141, 147, 161, 166, 169, 176, 179, 184, 186, 187, 189, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 199, 203, 206, 208, 214, 220, 221, 224, 229, 230, 231, 234, 238, 239, 244, 245, 250, 251, 255, 258, 259, 260, 268, 269, 270, 271, 272, 278, 279, 282, 295, 297, 302, 304, 305, 306, 309, 310, 311, 312, 313, 316, 317, 319, 321, 325, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 336, 337, 338, 339, 340, 342, 343, 344, 345, i 347 za – u jednom poželjnom otelotvorenju kombinovano – lečenje malignog tumora mozga.
[0022] Predstavljena je upotreba najmanje jednog peptida u skladu sa od ID BR. SEKV 172, 173, 240, 250, 287, 299, 302, 334 i 335 za – u jednom poželjnom otelotvorenju kombinovano – lečenje HLL.
[0023] Slično tome, peptidi navedeni u tabeli 5B iznad mogu da obrazuju bazu za – u jednom poželjnom otelotvorenju kombinovano – lečenje navedenih bolesti.
[0024] Predstavljena je upotreba najmanje jednog peptida za – poželjno kombinovano – lečenje proliferativne bolesti izabrane iz grupe koju čine HCC, maligni tumor mozga, karcinom bubrega, karcinom pankreasa, karcinom kolona ili rektuma i leukemija.
[0025] Predmetni pronalazak se pored toga odnosi na peptide u skladu sa predmetnim pronalaskom koji imaju sposobnost da se vežu za molekul klase I humanog glavnog kompleksa gena tkivne podudarnosti (MHC).
[0026] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptide u skladu sa predmetnim pronalaskom naznačene time što navedeni peptidi (svaki) sadrže aminokiselinsku sekvencu prema ID BR. SEKV: 53.
[0027] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptide u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što navedeni peptid sadrži nepeptidne veze.
[0028] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptide u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što je navedeni peptid deo fuzionog proteina, fuziranog sa N-terminalnim aminokiselinama HLA-DR antigen-asociranog nepromenjivog lanca (Ii).
[0029] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na nukleinsku kiselinu koja kodira peptide u skladu sa predmetnim pronalaskom. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom koja je DNK, cDNK, PNK, RNK ili njihova kombinacija.
[0030] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na vektor ekspresije koji eksprimira nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0031] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom, nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom ili vektor ekspresije u skladu sa predmetnim pronalaskom za upotrebu u lečenju bolesti i u medicini, konkretno u lečenju bolesti koje uključuju maligne tumore i autoimunske/zapaljenske/imunske patološke bolesti.
[0032] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na antitela protiv peptida u skladu sa predmetnim pronalaskom ili kompleksa navedenih peptida u skladu sa predmetnim pronalaskom sa MHC i metode za pravljenje istih.
[0033] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na T-ćelijske receptore (TCR), konkretno solubilne TCR (sTCR) i klonirane TCR ubačene u autologne ili alogene T ćelije, i metode za pravljenje istih, kao i NK ćelije ili druge ćelije koje nose navedeni TCR ili koje unakrsno reaguju sa navedenim TCR.
[0034] Antitela i TCR su dodatna otelotvorenja imunoterapijske upotrebe peptida u skladu sa prikazanim pronalaskom.
[0035] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na ćeliju domaćina koja sadrži nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom ili vektor ekspresije kako je ranije opisan. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na ćeliju domaćina u skladu sa predmetnim pronalaskom koja je antigen-prezentujuća ćelija, a poželjno dendritična ćelija.
[0036] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na metod za proizvodnju peptida u skladu sa predmetnim pronalaskom, pri čemu se navedeni metod sastoji od kultivisanja ćelije domaćina u skladu sa predmetnim pronalaskom i izolovanja peptida iz navedene ćelije domaćina ili njenog medijuma za kultivaciju.
[0037] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na navedeni metod u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što se antigen postavlja na MHC molekule klase I eksprimirane na površini prikladne antigen-prezentujuće ćelije ili veštačke antigen-prezentujuće ćelije tako što se dovoljna količina antigena dovodi u kontakt sa antigen-prezentujućom ćelijom.
[0038] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na metod u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što antigen-prezentujuća ćelija sadrži vektor ekspresije koji eksprimira navedeni peptid koji sadrži ID BR. SEKV 53.
[0039] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na aktivirane T ćelije, proizvedene pomoću metoda u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time š to navedena T ć elija selektivno prepoznaje ć eliju koja eksprimira polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0040] Predmetni pronalazak dalje predstavlja metod ubijanja ciljnih ćelija kod pacijenta čije ciljne ćelije aberantno eksprimiraju polipeptid koji sadrži bilo koju aminokiselinsku sekvencu u skladu sa predmetnim pronalaskom, pri čemu metod obuhvata davanje pacijentu efikasnog broja T ćelija proizvedenih u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0041] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu bilo kog opisanog peptida, nukleinske kiseline u skladu sa predmetnim pronalaskom, vektora ekspresije u skladu sa predmetnim pronalaskom, ćelije u skladu sa predmetnim pronalaskom, aktiviranog T limfocita, T-ćelijskog receptora ili antitela ili drugog peptida – i/ili molekula koji vezuju peptid-MHC u skladu sa predmetnim pronalaskom u vidu leka ili u proizvodnji leka. Poželjno, lek je aktivan protiv malignog tumora.
[0042] Poželjno, navedeni lek je za ćelijsku terapiju, vakcinu ili zasnovan na proteinu na solubilnom TCR ili antitelu.
[0043] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što su navedene ćelije malignog tumora HCC, maligni tumor mozga, karcinom bubrega, karcinom pankreasa, karcinom kolona ili rektuma ili leukemija i poželjno HCC ćelije.
[0044] Postoje dve klase MHC molekula, MHC klasa I i MHC klasa II. MHC molekuli su sastavljeni od alfa teškog lanca i beta-2 mikroglobulina (MHC klasa I receptori) odnosno alfa i beta lanca (MHC klasa II receptori). Njihova trodimenzionalna konformacija rezultuje stvaranjem udubljenja za vezivanje, koje se koristi za nekovalentnu interakciju sa peptidima. MHC molekuli klase I se nalaze na većini ć elija koje sadrže jedro. Oni prezentuju peptide koji nastaju kao posledica proteolitičkog cepanja predominantno endogenih proteina, defektnih proizvoda ribozoma (DRIP-ova) i većih peptida. MHC molekuli klase II predominantno se nalaze na profesionalnim antigen-prezentujućim ćelijama (APĆ), i primarno prezentuju peptide egzogenih ili transmembranskih proteina koje APĆ preuzimaju u toku endocitoze, i nakon toga obrađuju. Komplekse peptida i MHC klase I prepoznaju CD8-pozitivne T ćelije koje nose odgovarajući TCR (T-ćelijski receptor), dok komplekse peptida i MHC molekula klase II prepoznaju CD4-pozitivne pomoćničke T ćelije koje nose odgovarajući TCR. Dobro je poznato da su TCR, peptid i MHC pritom prisutni u stehiometrijskom odnosu od 1:1:1.
[0045] CD4-pozitivne pomoćničke T ćelije imaju važnu ulogu u indukovanju i održavanju efikasnih odgovora od strane CD8-pozitivnih citotoksičnih T ćelija. Identifikacija CD4-pozitivnih T-ćelijskih epitopa dobijenih iz tumor-asociranih antigena (TAA) je od velikog značaja za razvoj farmaceutskih proizvoda za izazivanje antitumorskih imunskih odgovora (Gnjatic S, et al. Survey of naturally occurring CD4+ T cell responses against NY-ESO-1 in cancer patients: correlation with antibody responses. Proc Natl Acad Sci U S A.2003 Jul 22;100(15):8862-7). Na mestu tumora T-pomoćničke ćelije podržavaju citokinski milje koji je povoljan za citotoksičnu T ćeliju (CTL-) Mortara L, et al. CIITA-induced MHC class II expression in mammary adenocarcinoma leads to a Th1 polarization of the tumor microenvironment, tumor rejection, and specific antitumor memory. Clin Cancer Res. 2006 Jun 1;12(11 Pt 1):3435-43) i privlače efektorske ćelije, npr. CTL, NK ć elije, makrofage, granulocite (Hwang ML, et al. Cognate memory CD4+ T cells generated with dendritic cell priming influence the expansion, trafficking, and differentiation of secondary CD8+ T cells and enhance tumor control. J Immunol.2007 Nov 1;179(9):5829-38).
[0046] U odsustvu zapaljenja, ekspresija MHC molekula klase II je uglavnom ograničena na ćelije imunskog sistema, naročito profesionalne antigen-prezentujuće ćelije (APĆ), npr. monocite, ćelije izvedene iz monocita, makrofage, dendritične ćelije. Kod pacijenata koji boluju od raka, otkriveno je da ćelije tumora eksprimiraju MHC molekule klase II (Dengjel J, et al. Unexpected abundance of HLA class II presented peptides in primary renal cell carcinomas. Clin Cancer Res. 2006 Jul 15;12(14 Pt 1):4163-70).
[0047] Elongirani (duži) peptidi mogu da deluju kao MHC klasa II aktivni epitopi. T-pomoćničke ćelije, aktivirane od strane MHC klasa II epitopa, imaju važnu ulogu u orkestriranju efektorske funkcije CTL u antitumorskoj imunosti. T-pomoćnički ćelijski epitopi koji izazivaju T-pomoćnički ćelijski odgovor TH1 tipa podržavaju efektorske funkcije CD8-pozitivnih T ćelija ubica, koje obuhvataju citotoksične funkcije usmerene protiv tumorskih ćelija koje prikazuju komplekse tumor-asocirani peptid/MHC na površini ćelije. Na ovaj način tumor-asocirani peptidni epitopi T-pomoćničke ćelije, samostalno ili u kombinaciji sa drugim tumor-asociranim peptidima, mogu da služe kao aktivni farmaceutski sastojci smeša za vakcinu koje stimulišu antitumorske imunske odgovore.
[0048] Na životinjskim modelima na sisarima, npr. miševi, dokazano je da su čak i u odsustvu CD8-pozitivnih T limfocita, CD4-pozitivne T ćelije dovoljne za inhibiranje manifestacija tumora putem inhibicije angiogeneze pomoću sekrecije interferona-gama (IFNγ).
[0049] Postoje dokazi da su CD4 T ćelije direktni antitumorski efektori (Braumuller et al., 2013; Tran et al., 2014).
[0050] Budući da je konstitutivna ekspresija HLA molekula klase II obično ograničena na imunske ćelije, mogućnost izolovanja peptida klase II direktno iz primarnih tumora nije se smatrala mogućom. Međutim, Dengjel i saradnici su uspešno identifikovali određeni broj epitopa MHC klase II direktno iz tumora (WO 2007/028574, EP 1760088 B1).
[0051] Antigeni koje prepoznaju tumor-specifični citotoksični T limfociti, to jest, njihovi epitopi, mogu biti molekuli dobijeni iz svih klasa proteina, kao što su enzimi, receptori, faktori transkripcije, itd. koji se eksprimiraju i, u poređenju sa neizmenjenim ćelijama istog porekla, obično ushodno regulišu u ćelijama datog tumora.
[0052] Budući da obe vrste odgovora, CD8 i CD4-zavisan, zajednički i sinergistički doprinose antitumorskom efektu, identifikacija i karakterizacija tumor-asociranih antigena prepoznatih pomoću ili CD8+ T ćelija (ligand: MHC molekul klase I peptidni epitop) ili pomoću CD4-pozitivnih T pomoćničkih ćelija (ligand: MHC molekul klase II peptidni epitop) je važna u razvoju tumorskih vakcina.
[0053] Da bi peptid MHC klase I pokrenuo (izazvao) ćelijski imunski odgovor, on takođe mora da se veže za MHC molekul. Ovaj proces zavisi od alela MHC molekula i specifičnih polimorfizama aminokiselinske sekvence peptida. Peptidi koji vezuju MHC klasa I su obično dužine 8-12 aminokiselinskih ostataka i obično sadrže dva konzervirana ostatka („sidra“) u svojoj sekvenci koji interaguju sa odgovarajućim udubljenjem za vezivanje MHC molekula. Na ovaj način, svaki MHC alel ima „vezujući motiv“ koji određuje koji peptidi mogu specifično da se vežu za udubljenje za vezivanje.
[0054] U MHC klasa I-zavisnoj imunskoj reakciji, peptidi ne samo da moraju da budu sposobni da se vežu za određene MHC molekule klase I koje eksprimiraju tumorske ćelije, već njih takođe moraju da naknadno prepoznaju T ćelije koje nose specifične T-ćelijske receptore (TCR).
[0055] Trenutno važeća klasifikacija tumor-asociranih antigena sadrži sledeće velike grupe:
a) Karcinom-testis antigeni: Prvi TAA koji su ikad identifikovani koje mogu da prepoznaju T ćelije pripadaju ovoj klasi, koja je originalno nazvana karcinom-testis (CT) antigeni zbog ekspresije njenih članova u histološki različitim humanim tumorima i, među normalnim tkivima, samo u spermatocitima/spermatogonijama testisa i, povremeno, u placenti. Budući da ćelije testisa ne eksprimiraju HLA molekule klase I i II, ove antigene ne mogu da prepoznaju T ćelije u normalnim tkivima te se stoga mogu smatrati imunološki tumor-specifičnim. Dobro poznati primeri za CT antigene su pripadnici MAGE familije ili NY-ESO-1.
b) Antigeni diferencijacije: Ove TAA dele tumori i normalno tkivo iz kojeg je tumor nastao; većina njih nalazi se u melanomima i normalnim melanocitima. Mnogi od ovih proteina povezanih sa melanocitnom linijom uključeni su u biosintezu melanina te stoga nisu tumor-specifični, ali bez obzira na to naširoko se koriste za imunoterapiju raka. Primeri uključuju, ali nisu i ograničeni na, tirozinazu i Melan-A/MART-1 za melanom ili PSA za karcinom prostate.
c) Prekomerno eksprimirani TAA: Geni koji kodiraju naširoko eksprimirane TAA detektovani su u histološki različitim tipovima tumora kao i u mnogim normalnim tkivima, generalno sa nižim nivoima ekspresije. Moguće je da su mnogi od epitopa koje normalna tkiva obrađuju i potencijalno prezentuju ispod nivoa praga za prepoznavanje od strane T ćelija, dok njihova prekomerna ekspresija u ćelijama tumora može da pokrene antitumorski odgovor probijanjem prethodno uspostavljene tolerancije. Istaknuti primeri za ovu klasu TAA su Her-2/neu, survivin, telomeraza ili WT1.
d) Tumor-specifični antigeni: Ovi jedinstveni TAA nastaju iz mutacija normalnih gena (kao što je β-katenin, CDK4, itd). Neke od ovih molekularnih promena su u vezi sa neoplastičnom transformacijom i/ili progresijom. Tumor-specifični antigeni su generalno u stanju da indukuju jake imunske odgovore a da pritom ne nose rizik od autoimunskih reakcija protiv normalnih tkiva. S druge strane, ovi TAA su u većini slučajeva relevantni samo za određeni tumor na kojem su identifikovani i obično ih ne deli mnogo individualnih tumora. Tumorska specifičnost (ili asociranost) peptida može takođe biti posledica toga što peptid potiče iz tumor- (-asociranog) egzona u slučaju proteina sa tumor-specifičnim (-asociranim) izoformama.
e) TAA koji nastaju iz abnormalnih posttranslacionih modifikacija: Takvi TAA mogu nastati iz proteina koji su niti specifični niti prekomerno eksprimirani u tumorima, ali bez obzira na to postaju tumor-asocirani pomoću posttranslacionih procesa koji su primarno aktivni u tumorima.
Primeri za ovu klasu nastaju iz izmenjenih obrazaca glikozilacije koji dovode do novih epitopa u tumorima kao za MUC1 ili događaja poput spajanja proteina u toku degradacije, koji mogu i ne moraju biti tumor-specifični.
f) Onkovirusni proteini: Ovi TAA su virusni proteini koji mogu imati kritičnu ulogu u procesu onkogeneze i, zbog toga što su stranog (a ne humanog) porekla, oni mogu pokrenuti T-ćelijski odgovor. Primeri takvih proteina su proteini humanog papiloma virusa tip 16, E6 i E7, koji se eksprimiraju u karcinomu grlića materice.
[0056] Da bi proteini mogli da budu prepoznati od strane citotoksičnih T limfocita kao tumor-specifični ili tumor-asocirani antigeni, i da bi mogli da se koriste u terapiji, moraju da budu ispunjeni određeni preduslovi. Antigen bi trebalo da bude uglavnom eksprimiran od strane ćelija tumora a ne ili u uporedivo malim količinama od strane normalnih zdravih tkiva. U poželjnom otelotvorenju, peptid bi trebalo da bude prekomerno prezentovan od strane ćelija tumora u poređenju sa normalnim zdravim tkivima. Nadalje je poželjno da dati antigen ne bude samo prisutan u određenoj vrsti tumora, već takođe i u visokim koncentracijama (tj. broj kopija datog peptida po ć eliji). Tumor-specifični i tumor-asocirani antigeni se često dobijaju od proteina koji su direktno uključeni u transformaciju normalne ćelije u tumorsku ćeliju zbog njihove funkcije npr. u kontroli ćelijskog ciklusa ili supresiji apoptoze. Pored toga, nishodni ciljevi proteina koji su direktno odgovorni za transformaciju mogu biti ushodno regulisani i tako mogu indirektno biti tumor-asocirani. Takvi indirektni tumor-asocirani antigeni mogu takođe biti ciljevi vakcinalnog pristupa (Singh-Jasuja et al., 2004). Esencijalno je da epitopi budu prisutni u aminokiselinskoj sekvenci antigena, kako bi se osiguralo da takav peptid („imunogeni peptid“) koji je dobijen iz tumor-asociranog antigena dovede do in vitro ili in vivo T-ćelijskog odgovora.
[0057] U osnovi, svaki peptid koji je u stanju da veže MHC molekul može funkcionisati kao T-ćelijski epitop. Preduslov za indukciju in vitro ili in vivo T-ćelijskog odgovora je prisustvo T ć elije koja ima odgovarajući TCR i odsustvo imunološke tolerancije za ovaj konkretni epitop.
[0058] Stoga su TAA početna tačka za razvoj terapije zasnovane na T ćelijama uključujući, bez ograničavanja, tumorske vakcine. Metodi za identifikaciju i karakterizaciju TAA zasnovani su na upotrebi T ćelija koje mogu biti izolovane iz pacijenata ili zdravih ispitanika, ili se oni zasnivaju na stvaranju diferencijalnih profila transkripcije ili diferencijalnih obrazaca ekspresije peptida između tumora i normalnih tkiva.
[0059] Ipak, identifikacija gena koji su prekomerno eksprimirani u tumorskim tkivima ili humanim tumorskim ćelijskim linijama, ili selektivno eksprimirani u takvim tkivima ili ćelijskim linijama, ne obezbeđuje precizne informacije o upotrebi antigena koji se transkribuju iz ovih gena u imunskoj terapiji. Ovo je iz razloga što je samo pojedinačna potpopulacija epitopa ovih antigena prikladna za takvu primenu budući da mora da bude prisutna T ćelija sa odgovarajućim TCR i da imunološka tolerancija za ovaj naročit epitop bude odsutna ili minimalna. U veoma poželjnom otelotvorenju pronalaska je zato važno da se odaberu samo oni prekomerno ili selektivno prezentovani peptidi protiv kojih se može naći funkcionalna i/ili proliferišuća T ćelija. Takva funkcionalna T ćelija je definisana kao T ćelija koja nakon stimulacije sa specifičnim antigenom može klonalno da se proširi i koja je sposobna da izvrši efektorske funkcije („efektorska T ćelija“).
[0060] U slučaju TCR i antitela u skladu sa pronalaskom, imunogenost osnovnih peptida je sekundarna. Za TCR i antitela u skladu sa pronalaskom prezentacija je određujući faktor.
[0061] I terapijske i dijagnostičke primene protiv dodatnih malignih bolesti predstavljene su u sledećem detaljnijem opisu osnovnih proteina (polipeptida) peptida u skladu sa pronalaskom.
[0062] Prekomerna ekspresija CSRP2 je povezana sa de-diferencijacijom hepatocelularnog karcinoma (Midorikava et al., 2002).
[0063] CIB5A kodira enzim koji detoksikuje kancerogene molekule i prognostički je faktor za karcinom pankreasa (Blanke et al., 2014; Giovannetti et al., 2014).
[0064] Povišeni nivoi ekspresije CIP27A1 su povezani sa karcinomom endometrijuma, rakom dojke i kolorektalnim karcinomom (Bergada et al., 2014; Nelson et al., 2013; Matusiak i Benya, 2007).
[0065] Prekomerna ekspresija CIP2E1 je prijavljena kod kolorektalnog karcinoma, specifični polimorfizmi povezani su sa karcinomom mokraćne bešike i pluća i ćelijama raka dojke (Yeetal., 2014; Pateletal., 2014; Deng etal., 2014; Leung etal., 2013).
[0066] CYP2J2 je enzim za koji se pokazalo da je prekomerno eksprimiran kod raznih humanih kancera, uključujući kancer jednjaka, pluća, dojke, želuca, jetre i debelog creva (Jiang et al., 2005; Narjoz et al., 2014 ).
[0067] Pokazalo se da je CYP4F8 naročito eksprimiran u raku prostate (Vainio et al., 2011). Pokazalo se da su CYP4F2 i CYP4F3 prekomerno eksprimirani kod duktalnog adenokarcinoma pankreasa a sam CYP4F2, kod raka jajnika (Gandhi et al., 2013; Alexanian et al., 2012).
[0068] Pokazalo se da ekspresiju CIP4F11 regulišu NF-KB i p53 (Kalsotra et al., 2004; Bell i Strobel, 2012; Goldstein et al., 2013).
[0069] Genetske varijante CYPAF12 su značajno povezane sa odgovorom gemcitabina kod pacijenata obolelih od karcinoma pankresa (Goldstein et al., 2013; Harris et al., 2014).
[0070] Visoki nivoi DAP3 su sa jedne strane u korelaciji sa boljim odgovorima na hemoterapiju kod raka želuca i boljim kliničkim ishodom kod karcinoma dojke, ali je sa druge strane zabeležena prekomerna ekspresija DAP3 kod onkocitnih tumora štitne žlezde i invazivnog glioblastoma (Jia et al., 2014; Wazir et al., 2012; Jacques et al., 2009; Mariani et al., 2001).
[0071] PEX19 je neophodan za peroksizomalnu biogenezu, ali je takođe pokazano da direktno interaguje sa p19ARF, š to na kraju dovodi do zadržavanja ovog faktora u citoplazmi i do inaktivacije tumorsupresivne funkcije p53 (Sugihara et al., 2001).
[0072] DDX11, koji pripada DEAH porodici DNK helikaza, je naročito eksprimiran kod uznapredovalog melanoma (Bhattacharya et al., 2012).
[0073] NME4 je nukleozid difosfat kinaza, prekomerno eksprimirana u karcinomu debelog creva i želuca, kao i u mijelodisplastičnom sindromu, pri č emu je druga bolest povezana sa lošom prognozom (Kracmarova et al., 2008; Seifert et al., 2005) .
[0074] DENND5B deluje kao GDP-GTP faktor razmene za aktiviranje Rab-GTPaza (Yoshimura et al., 2010).
[0075] Pokazano je da DlEXF posreduje ne-proteazomalnu degradaciju tumor-supresora p53 (Tao et al., 2013).
[0076] DOCK7 je faktor razmene guanin nukleotida, za koji se pokazalo da je prekomerno eksprimiran u glioblastomu i da povećava invaziju ćelija glioblastoma kao odgovor na HGF aktiviranjem Rac-1 (Murray et al., 2014).
[0077] U ćelijskim linijama hepatocelularnog karcinoma, pokazalo se da je DRG2 nishodno regulisan tokom apoptoze izazvane hemoterapeutskim lekovima, a prekomerna ekspresija DRG2 inhibira doksorubicinom indukovanu apoptozu u ovim ćelijama (Chen et al., 2012a).
[0078] DROSHA, jedan od dva kritična enzima u biosintezi mikroRNK, je prekomerno eksprimiran u velikom broju karcinoma, uključujući tumore gastrointestinalnog sistema, rak dojke i rak grlića materice i čini se da povećava proliferaciju, stvaranje kolonije i migraciju ćelija tumora (Avery-Kiejda et al., 2014; Havens et al., 2014; Zhou et al., 2013b).
[0079] SNP-i u DUSP14 genu su povezani sa rizikom od izmenjenog melanoma (Yang et al., 2014a; Liu et al., 2013b).
[0080] Studija sekvenciranja celog egzoma je otkrila somatske mutacije unutar gena DYNC1H1 kod pacijenata sa intra-duktalnom papilarnom mucinoznom neoplazmom pankreasa (Furukawa et al., 2011).
[0081] Pokazano je da je protein EEF2 prekomerno eksprimiran u karcinomu pluća, jednjaka, pankreasa, dojke i prostate, u multiformnom glioblastomu i ne-Hočkinovom limfomu i da ima ulogu onkogena u rastu ćelija kancera (Oji et al., 2014 Zhu et al., 2014a).
[0082] Mutacije unutar gena EFR3A su identifikovane u uzorcima kolorektalnog adenoma (Bojjireddy et al., 2014; Zhou et al., 2013a).
[0083] EIF2B5 kodira jednu podjedinicu faktora B inicijacije translacije. Opisano je da su pojedinačni nukleotidni polimorfizmi u ovom genu povezani sa vremenom preživljavanja kod raka jajnika (Goode et al., 2010).
[0084] EIF3A, faktor inicijacije eukariotske transformacije 3, podjedinica A se prekomerno eksprimira kod karcinoma dojke, pluća, grlića materice, jednjaka, želuca i debelog creva i pokazano je da učestvuje u regulaciji ćelijskog ciklusa (Dong i Zhang, 2006).
[0085] EIF4E je moćan onkogen povišen u do 30% humanih malignih oboljenja, uključujući karcinom dojke, prostate, pluća, glave i vrata, kao i kod mnogih leukemija i limfoma (Carroll i Borden, 2013).
[0086] Pokazano je da se ELOVL2 prekomerno eksprimira u hepatocelularnom karcinomu (Jakobsson et al., 2006; Zekri et al., 2012).
[0087] EPRS kodira multifunkcionalnu aminoacil-tRNK sintetazu, za koju je nađeno da je tumor asocirani antigen kod raka debelog creva (Line et al., 2002).
[0088] Aktivnost promotera EXOSC4 je povećana u hepatocelularnom karcinomu, zahvaljujući hipometilaciji DNK. EXOSC4 efikasno i specifično inhibira rast ćelija raka i invazivnu sposobnost ćelija (Drazkowska et al., 2013; Stefanska et al., 2014).
[0089] Nađeno je da je hidrolitički enzim FUCA2 neophodan za adheziju H. pylori na ćelije raka želuca kod čoveka (Liu et al., 2009a).
[0090] GABRQ kodira teta podjedinicu receptora GABAA. Pokazano je da GABA stimuliše rast humanog hepatocelularnog karcinoma preko prekomerno eksprimirane teta podjedinice GABAA receptora (Li et al., 2012).
[0091] Objavljeno je da prekomerna ekspresija GALNT2 u karcinomu skvamoznih ćelija pojačava invazivni potencijal tumorskih ćelija modifikujući O-glikozilaciju i EGFR aktivnost (Lin et al., 2014; Hua et al., 2012a; Vu et al., 2011).
[0092] Visoki nivoi GGH su povezani sa ćelijskom rezistencijom na anti-folate, naročito na metotreksat i sa lošom prognozom kod invazivnog karcinoma dojke i plućnih endokrinih tumora (Schneider i Ryan, 2006; Shubbar et al., 2013; He et al., 2004).
[0093] GLUL je prekomerno eksprimiran u ćelijama karcinoma dojke i astrocitomima (Zhuang et al., 2011; Collins et al., 1997; Christa et al., 1994; Cadoret et al., 2002).
[0094] Nađeno je da je GNPAT uključen u inhibiciju rasta i indukciju apoptoze u metastatskom melanomu (Ofman et al., 2001; Qin et al., 2013).
[0095] Nađene su delecije u hromozomalnom regionu GOLGA4 kod karcinoma grlića materice i in-frame fuzije mRNK GRGA4 sa PDGFRB u mijeloproliferativnim neoplazmama (Senchenko et al., 2003; Hidalgo-Curtis i dr., 2010).
[0096] GPAM se eksprimira u humanom karcinomu dojke, što je povezano sa promenama ćelijskog metabolizma i boljim ukupnim preživljavanjem (Brockmoller et al., 2012).
[0097] Objavljeno je da su visoki nivoi GPT u serumu povećali rizik od gastrointestinalnog karcinoma i da su povezani sa karcinogenezom i recidivom hepatocelularnog karcinoma izazvanog virusom hepatitisa C (Kunutsor et al ., 2014; Tarao et al., 1997; Tarao et al.1999).
[0098] Pokazano je da je GRB14 ushodno regulisan kod raka dojke, pri čemu je visoka ekspresija značajno povezana s boljim preživljavanjem bez bolesti i ukupnim preživljavanjem (Huang et al., 2013; Balogh et al., 2012).
[0099] Za pojedinačne nukleotidne polimorfizme gena GTF2H4 je objavljeno da povećavaju rizik od razvoja pušačkog karcinoma pluća i raka materice izazvanog papilomom (Mydlikova et al., 2010; Buch et al., 2012; Wang et al., 2010) .
[0100] Različite studije sugerišu važnu ulogu HSPA2 u progresiji bolesti raka grlića materice, karcinoma bubrežnih ćelija i raka mokraćne bešike. Polimorfizmi unutar gena su povezani sa razvojem karcinoma želuca (Singh i Suri, 2014; Ferrer-Ferrer et al., 2013; Garg et al., 2010a; Garg et al., 2010b).
[0101] Pokazalo se da je HSPA8 prekomerno eksprimiran u karcinomu skvamoznih ćelija jednjaka. Osim toga, HSPA8 je prekomerno eksprimiran u multiplom mijelomu i karcinomu debelog creva, a ekspresija HSPA8 izazvana sa BCR-ABL1 promoviše ćelijsko preživljavanje kod hronične mijeloidne leukemije (Dadkhah et al., 2013; Wang et al., 2013a; Chatterjee et al., 2013; Kubota et al., 2010; Jose-Eneriz et al., 2008).
[0102] MDN1 je opisan kao kandidat tumor supresor gen, mutiran u karcinomima dojke luminalnog tipa B (Cornen et al., 2014).
[0103] Objavljeno je da je MIA3, takođe poznat i kao transportni i Goldžijev organizacioni protein 1 (TANGO), nishodno regulisan u karcinomu debelog creva i hepatocelularnim karcinomima i da ima ulogu supresora u ovim entitetima (Arndt i Bosserhoff, 2007). Za razliku od toga, studija skvamoznih ćelija karcinoma usta ukazuje na povezanost ekspresije MIA3 sa progresijom tumora, formiranjem metastaza i kliničkim stadijumom, ukazujući na onkogeno delovanje MIA3 (Sasahira et al.2014).
[0104] CPSF6 je identifikovan kao jedan gen unutar „pripremljene genske kasete“ povezane sa značajnim razlikama metastatskog i invazivnog potencijala nekoliko vrsta tumora, kao š to su karcinom dojke, debelog creva, jetre, pluća, jednjaka i štitne žlezde (Yu et al., 2008 ).
[0105] Objavljeno je da su niski nivoi ekspresije MPDZ povezani sa lošom prognozom kod pacijenata sa karcinomom dojke (Martin et al., 2004).
[0106] NAA35, takođe poznat kao MAK10, kodira N(alfa)-acetiltransferazu 35, NatC pomoćnu podjedinicu. Kod pacijenata sa karcinomom skvamoznih ćelija jednjaka otkrivena je visoko kancerom obogaćena himerna GOLM1-MAK10 RNK koja kodira izlučeni fuzioni protein, potencijalno koristan kao molekularni marker (Zhang et al., 2013b).
[0107] Pokazalo se da je NAV2 specifično eksprimiran u grupi karcinoma debelog creva i tretmanu ćelija raka debelog creva antisens oligonukleotidima za apoptozu izazvanu sa NAV2 (Ishiguro et al., 2002).
[0108] NCSTN prekomerna ekspresija ukazuje na lošije ukupno preživljavanje kod estrogen-receptor negativnih pacijenata obolelih od karcinoma dojke, a visoki nivoi Nikastrina i Notch4 su detektovani u ćelijama raka dojke otpornim na endokrinu terapiju, gde njihova aktivacija na kraju pokreće invazivno ponašanje (Sarajlic et al ., 2014; Lombardo et al., 2014).
[0109] NKD1 protein je smanjen, ali NKD1 iRNK je povišena kod karcinoma pluća ne-malih ćelija, prethodno je u korelaciji sa povećanim invazivnim potencijalom i lošom prognozom (Zhang et al., 2011). Takođe je otkriveno da je NKD1 iRNK povišena u ćelijama humanih tumora debelog creva (Yan et al., 2001; Zhang et al., 2011).
[0110] Kod karcinoma jednjaka, nađeno je da je NUDC povezan sa nodalnim metastazama, dok prekomerna ekspresija NUDC u ćelijama raka prostate dovodi do blokade deobe ćelija (Hatakeiama et al., 2006; Lin et al., 2004).
[0111] Studija koja istražuje ulogu Notch signalnog puta u karcinomu jajnika, je izvestila o većoj učestalosti ekspresije RFNG kod adenoma u poređenju sa karcinomom (Gu et al., 2012; Hopfer et al., 2005).
[0112] RlNT1 je opisan kao onkogen u multiformnom glioblastomu i kao umereno penetrantni gen susceptibilnosti za rak uočen kod karcinoma dojke kao i kod karcinoma povezanog sa Lynch sindromom (Ngeow i Eng, 2014; Quayle et al., 2012).
[0113] Nađeno je da je visoka ekspresija RORC-a povezana sa dužim preživljavanjem bez metastaza kod raka dojke. Pojačana RORC ekspresija u somatotrofnim adenomima je povezana sa povećanom veličinom tumora i slabim kliničkim odgovorom na lečenje somatostatinom (Cadenas et al., 2014; Lekva et al., 2013).
[0114] Nađeno je da RPL17 pojačava rezistentnost na više lekova supresijom lekovima izazvane apoptoze(Shi et al., 2004b).
[0115] Prijavljena je povećana ekspresija RPS29 kod raka želuca i debelog creva (Takemasa et al., 2012; Sun et al., 2005).
[0116] SAMM50 kodira komponentu Sorting and Assembly Machinery (SAM) mitohondrijske spoljne membrane, koja funkcioniše u sastavljanju beta-barel proteina u spoljašnjoj membrani mitohondrije. Otkrivena je himerna iRNK koji potstiče rast (SAMM50-PARVB) u ćelijama raka dojke i jajnika i u velikom broju uzoraka iz karcinoma dojke, želuca, debelog creva, bubrega i materice (Plebani et al., 2012).
[0117] SERPINF2 kodira glavni inhibitor plazmina, koji razgrađuje fibrin i razne druge proteine. Pokazalo se da je nivo kompleksa inhibitora plazmin-alfa 2-plazmina u plazmi, prediktor preživljavanja kod karcinoma ne-malih ćelija pluća i da je primećena niska aktivnost alfa 2-antiplazmina u krvi pacijenata sa karcinomom prostate (Zietek et al., 1996; Taguchi et al., 1996).
[0118] Prekomerna ekspresija SF3B3 je u značajnoj korelaciji sa ukupnim preživljavanjem i endokrinom rezistencijom kod estrogen receptor-pozitivnog karcinoma dojke (Gokmen-Polar et al., 2014).
[0119] Nivoi proteina SHC1 su povišeni kod raka prostate, metastaze dojke, jajnika i štitne žlezde i različitih izoformi i smatra se da deluju kao primarni adapterni proteini za posredovanje mitogenih signala steroida na ne-genomskom nivou (Alam et al. , 2009; Rajendran i dr., 2010).
[0120] AMACR se koristi kao biomarker kod raka prostate, jer je u ovom entitetu izrazito prekomerno eksprimiran (Vu et al., 2014). Osim toga, koristi se kao imunohistohemijski marker za dijagnozu karcinoma renalnih ćelija (Ross et al., 2012).
[0121] Eksperimentalni podaci sugerišu da ekspresija C1QTNF3 može igrati ulogu u rastu tumora osteosarkoma, povezanu sa aktiviranjem signalnog puta ERK1/2 i da se radi o novom anti-apoptotičnom adipokinu koji štiti mezenhimske matične ćelije od apoptoze izazvane hipoksijom/deprivacijom seruma preko PI3K/Akt signalnog puta (Hou et al., 2014; Akiyama et al., 2009).
[0122] GPC3 je eksprimiran u većini hepatocelularnih karcinoma. Dva terapeutska pristupa za HCC koji ciljaju GPC3 se trenutno testiraju u kliničkim studijama faze II: humanizovano GPC3 monoklonsko antitelo i vakcina koja se sastoji od dva peptida izvedena iz GPC3. Peptidi koji su korišćeni u poslednjoj studiji se razlikuju od peptida predstavljenog u ovom dokumentu. Ekspresija GPC3 je takođe identifikovana kod svih tumora kesice žumanceta, nekih karcinoma skvamoznih ćelija pluća i karcinoma svetlih ćelija jajnika (Filmus i Capurro, 2013; Kandil i Cooper, 2009).
[0123] MAGEB2 je klasifikovan kao antigen raka testisa, budući da se eksprimira u testisima i placenti i u značajnom delu tumora raznih histoloških tipova, između ostalih multiplog mijeloma i karcinoma skvamoznih ćelija glave i vrata (Pattani et al., 2012; van et al., 2011).
[0124] MAPKAPK5 kodira tumorski supresor i član porodice serin/treonin kinaza. Pokazano je da je MAPKAPK5 nedovoljno eksprimiran u kolorektalnom karcinomu, dovodeći do povećane aktivnosti myc onkoproteina i do smanjenja formacije kancera suzbijanjem onkogene ras aktivnosti u mišjem modelu hematopoetskog karcinoma (Yoshizuka et al., 2012; Kress et al., 2011).
[0125] Prekomerna ekspresija USP14 je povezana sa povećanom proliferacijom tumorskih ćelija i lošom prognozom kod epitelijskog karcinoma jajnika, karcinoma ne-malih ćelija pluća i kolorektalnog karcinoma (Wang et al., 2015; Vu et al., 2013a; Shinji et al., 2006).
[0126] C4A je opisan kao biomarker za sindrom policističnih ovarijuma i karcinoma endometrijuma, a eksperimentalni podaci sugerišu da C4 može posredovati u rastu karcinoma (Galazis et al., 2013; Rutkowski et al., 2010).
[0127] Prijavljeno je da je CAPZB prekomerno eksprimiran u HPV 18-pozitivnim karcinomima oralnih skvamoznih ćelija i bio je identifikovan kao lokus osetljivosti za rak prostate (Lo et al., 2007; Nvosu et al., 2001).
[0128] Polimorfizmi pojedinačnih nukleotida unutar gena za CFHR5 su povezani sa preživljavanjem bez događaja kod folikularnog limfoma (Charbonneau et al., 2012).
[0129] CLIP1 kodira CAP-GLY domen koji sadrži linker protein 1, koji povezuje endocitne vezikule sa mikrotubulama. Ovaj gen je izrazito eksprimiran u Reed-Sternbergovim ćelijama Hočkinove bolesti i karcinomu dojke i čini se da je umešan u migraciju i invaziju ćelija kod karcinoma dojke i pankreasa (Sun et al., 2013; Suzuki i Takahashi, 2008; Li et al. , 2014a; Sun et al., 2012).
[0130] CLU može da inhibira progresiju tumora, dok kod uznapredovale neoplazije može da ponudi značajnu prednost preživljavanja kod tumora suzbijanjem mnogih terapeutskih stresora i pojačavanjem metastaza. Pokazano je da CLU igra kritičnu ulogu u patogenezi raka prostate, za regulisanje agresivnog ponašanja humanih svetlih ćelija karcinoma bubrega kroz modulaciju ERK112 signalizacije i ekspresije MMP-9 i pružanje rezistencije na lečenje u uznapredovalim stadijumima raka pluća (Trougakos, 2013; Panico et al., 2009; Takeuchi et al., 2014; Wang et al., 2014).
[0131] Fuzioni gen SEC16A-NOTCH1 je prijavljen kao prvi rekurentni fuzioni gen kod raka dojke (Edwards i Howarth, 2012).
[0132] Primećena je rekurentna delecija SHQ1 gena kod raka prostate i grlića materice, koja implicira tumorsku supresijsku ulogu SHQ1 (Krohn et al., 2013; Lando et al., 2013).
[0133] U karcinomima bubrežnih ćelija i kanceru ćelija mokraćne bešike, visoka ekspresija SLC16A1 je povezana sa lošim faktorima prognoze i predviđa progresiju tumora. Kod kolorektalnog karcinoma jednonukleotidni polimorfizmi gena SLC16A1 mogu uticati na kliničke ishode i mogu se koristiti za predviđanje odgovora na adjuvantnu hemoterapiju (Kim et al., 2015; Fei et al., 2014a; Fei et al., 2014a).
[0134] Pokazano je da glioblastom oslobađa glutamat u visokim nivoima, što može da stimuliše proliferaciju ćelija tumora i olakša invaziju tumora, kao i da nishodno reguliše SLC1A2, koji je u korelaciji sa višim stadijumom tumora, implicirajući njegovu potencijalnu ulogu u progresiji glijalnog tumora. Dalje, kod karcinoma ž eluca je detektovan fuzioni gen SLC1A2 sa CD44 i može predstavljati klasu genskih fuzija koja uspostavlja pro-onkogeni metabolički milje favorizujući rast tumora i preživljavanje (Tao et al., 2011; de Groot et al., 2005).
[0135] Visoka ekspresija SLC3A2 je povezana sa rastom tumora, biološkom agresivnošću i preživljavanjem pacijenata sa karcinomom bilijarnog trakta i značajno doprinosi lošoj prognozi pacijenata sa karcinomom ne-malih ćelija pluća kroz promovisanje proliferacije ćelija preko putanje PI3K/Akt. Osim toga, prekomerna ekspresija SLC3A2 zajedno sa integrinom β1, integrinom β3 i Fak je povezana sa progresijom i metastazama kolorektalnog karcinoma u jetri (Kaira et al., 2014; Fei et al., 2014b; Sun et al., 2014).
[0136] Dokazi o uključenosti SLC9A3R1 u razvoju karcinoma su prisutni u hepatocelularnom karcinomu, švanomu, glioblastomu, kolorektalnom karcinomu a posebno u karcinomu dojke (Saponaro et al., 2014).
[0137] Za NFYC je objavljeno da promoviše ekspresiju onkogena u karcinomu želuca i ćelijama raka prostate (Zhang et al., 2014a; Gong et al., 2013).
[0138] THY1 je tumor supresor gen kandidat u nazofaringealnom karcinomu koji ima antiinvazivnu aktivnost (Lung et al., 2010).
[0139] TIMM17A je prekomerno eksprimiran u 21T ćelijama raka dojke a ekspresija iRNK u tkivima karcinoma dojke je bila u korelaciji sa progresijom tumora (Xu et al., 2010).
[0140] TMEM209 se široko eksprimira u karcinomu pluća (Fujitomo et al., 2012).
[0141] TNK2 takođe poznata i kao ACK1 tirozin kinaza se aktivira, pojačava ili mutira u velikom broju različitih humanih kancera. Deregulisana kinaza je onkogena i njena aktivacija je u korelaciji sa napredovanjem u stadijum metastaze. ACK1 inhibitori su se pokazali obećavajućim u pretkliničkim studijama (Mahajan i Mahajan, 2013).
[0142] TRIM55 kodira protein RING cinkov prst koji se privremeno povezuje sa mikrotubulama, miozinom i titinom tokom sklapanja sarkomera mišića i takođe je uključen u signalizaciju iz sarkomera u jedro (Pizon et al., 2002).
[0143] RNK interferencija proteina Ufd1 može senzitizovati hidroksikamptotecin-rezistentnu ćelijsku liniju karcinoma debelog creva SV1116/HCPT za hidroksil-kamptotecin (Chen et al., 2011a; Chen et al., 2011c).
[0144] U kolorektalnom karcinomu gen UGT1A1 se utišava metilacijom i na taj način se smatra ciljnom tačkom istraživanja rezistencije na lek irinotekan (CPT-11) i kontrolnih mehanizama za ukidanje rezistencije na lek (Xie et al., 2014).
[0145] UGT1A10 se eksprimira u želudačnom i bilijarnom tkivu (Strassburg et al., 1997) i njegova prekomerna ekspresija je značajno povećala citotoksičnost antitumorskog agensa 5-dimetil aminopropilamino-8-hidroksitriazoloakridinona C-1305 (Pawlowska et al., 2013.). Pored toga, UGT1A10 katalizuje glukuronidaciju ksenobiotika, mutagena i reaktivnih metabolita i tako deluje kao indirektni antioksidans. Elementi odgovora Ksenobiotika (XRE) i antioksidansa (ARE) su otkriveni u promoterima UGT1A8, UGT1A9 i UGT1A10 (Kalthoff et al., 2010).
[0146] UGT1A8 se primarno eksprimira u gastrointestinalnom traktu (Gregori et al., 2003), a ekspresija iRNK se ushodno reguliše nakon tretmana hemo-preventivnim agensom sulforafanom (SFN) (Wang et al., 2012).
[0147] UGT1A7 haplotip je povezan sa povećanim rizikom od hepatocelularnog karcinoma kod nosilaca hepatitisa B (Kong et al., 2008).
[0148] UGT1A6 je prekomerno eksprimiran u ćelijama raka dojke rezistentnim na metotreksat (de Almagro et al., 2011) i indukovan od strane β-Naftoflavona kao potencijalnog hemo-preventivnog agensa (Hanioka et al., 2012).
[0149] UGT1A9 se uglavnom eksprimira u jetri i bubrezima (Gregori et al., 2003). Polimorfizmi embrionske linije UGT1A9 su potencijalni prediktori za recidiv raka prostate nakon prostatektomije (Laverdiere et al., 2014).
[0150] Polimorfizmi promotera i kodirajućeg regiona UGT1A4 dovode do varijabilnosti glukuronidacije anastrozola, inhibitora aromataze za pacijente sa karcinomom dojke (Edavana et al.2013).
[0151] UPF1 je deo mašinerije za degradaciju iRNK posredovanu prevremenim stop kodonom (NMD) i može imati funkcionalnu ulogu u progresiji i metastazi karcinoma prostate (Yang et al., 2013). Osim toga, nadzorni gen UPF1 RNK obično mutira u adenoskvamoznom karcinomu pankreasa (Liu et al., 2014).
[0152] UQCRB je podjedinica mitohondrijalnog kompleksa III. Inhibicija UQCRB u tumorskim ćelijama suzbija tumorsku angiogenezu izazvanu hipoksijom (Jung et al., 2013). Dva SNP-a u 3' netransliranom regionu UQCRB su kandidati kao prognostički markeri za kolorektalni karcinom (Lascorz et al., 2012).
[0153] Promene broja kopija USO1 su povezane sa diferencijalnom ekspresijom gena u površinskom širenju melanoma u poređenju sa nodularnim melanomom (Rose et al., 2011).
[0154] Značajna smanjenja ekspresije proteina za USP10 i za SIRT6 je otkrivena u humanom karcinomu debelog creva (Lin et al., 2013).
[0155] UTP18 takođe menja translaciju kako bi promovisao rezistentnost na stres i rast, a često se dobija i prekomerno eksprimira u karcinomu (Yang et al., 2014b).
[0156] Polimorfizam VARS rs2074511 je povezan sa preživljavanjem kod pacijenata sa trostruko negativnim tipom karcinomoma dojke i stoga se može smatrati prognostičkim faktorom za preživljavanje kod pacijenata sa ranim karcinomom dojke (Chae et al., 2011).
[0157] VMP1, stresom indukovan protein udružen sa autofagijom, se takođe indukuje onkogenom KRAS (Lo Re et al., 2012). VMP1 se prekomerno eksprimira u slabo diferenciranom karcinomu pankreasa kao odgovor na hemoterapijske lekove (Gilabert et al., 2013). Pronađena je značajna nishodna regulacija VMP1 u humannim HCC tkivima i u tesnoj je korelaciji sa višestrukim tumorskim čvorovima, odsustvom kapsularne formacije, venskom invazijom i lošom prognozom HCC-a (Guo et al., 2012).
[0158] VDR26 štiti ćelije miokarda od oksidativnog stresa (Feng et al., 2012).
[0159] ZC3H7A je deo familije proteina cinkovog prsta CCCH poznate kao regulatori aktivacije makrofaga (Liang et al., 2008). Otkriveno je da ZC3H7A ima veće frekvencije alela funkcionalnih mutacija u metastatskom tumoru duktalnog adenokarcinoma pankreasa (Zhou et al., 2012).
[0160] FASN je sintaza masnih kiselina i uključena je u pojačanu sintezu lipida u različitim tipovima karcinoma, uključujući karcinom dojke, pankreasa, prostate, jetre, jajnika, debelog creva i endometrijuma (Vu et al., 2014; Zhao et al., 2013).
[0161] FGG je ushodno regulisan u hepatocelularnom karcinomu, kao i u karcinomu prostate, pluća i dojke (Vejda et al., 2002; Zhu et al., 2009).
[0162] FMO5 je monooksigenaza koja je dominantna FMO specifična za jetru i ushodno je regulisana u estrogen receptor alfa-pozitivnim tumorima dojke (Bieche et al., 2004; Zhang i Cashman, 2006).
[0163] HADHA iRNK se smanjuje sa progresijom de-diferencijacije u HCC (Tanaka et al., 2013) i u estrogen receptor alfa-negativnim tumorima dojke (Mamtani i Kulkarni, 2012).
[0164] Genetska varijacija HAL gena može igrati ulogu u razvoju raka kože (Welsh et al., 2008).
[0165] HLTF je član SWI/SNF familije regulatora transkripcije sa aktivnošću helikaze i E3 ubikvitin ligaze, a utvrđeno je da se inaktivira hipermetilacijom u tumorima debelog creva, želuca, materice, bešike i pluća (Debauve et al., 2008; Castro et al., 2010; Garcia-Bakuero et al., 2014).
[0166] Prekomerna ekspresija CSRP2 je povezana sa de-diferencijacijom hepatocelularnog karcinoma (Midorikava et al., 2002). [0167] HDAC10 je histon deacetilaza i regulator transkripcije. Ekspresija HDAC10 je značajno smanjena u tkivima karcinoma želuca u poređenju sa susednim tkivima (Jin et al., 2014). HDAC10 je u obrnutoj srazmeri sa metastazama limfnih čvorova kod pacijenata sa karcinomom skvamoznih ć elija grlića materice (Song et al., 2013). HDAC10 je hipermetilovan u malignim adrenokortikalnim tumorima (Fonseca et al., 2012). Nivoi HDAC10 se povećavaju kod hronične limfocitne leukemije (Wang et al., 2011). Polimorfizam HDAC10-589C>T promotera je bio značajno povezan sa pojavom HCC među hroničnim bolesnicima sa HBV-om, kao i sa ubrzanjem HCC-a među hroničnim HBV pacijentima (Park et al., 2007). Smanjena ekspresija gena histon deacetilaze klase II je povezana sa lošom prognozom kod pacijenata sa karcinomom pluća (Osada et al., 2004).
[0167] Niska ekspresija HIP1R je snažno povezana sa lošim ishodom kod pacijenata sa difuznim limfomom velikih B-ćelija (Wong et al., 2014).
[0168] HM13 je peptidaza signalnog peptida i utiče na vijabilnost ćelija u kolorektalnom adenomu (Sillars-Hardebol et al., 2012).
[0169] Nivoi HPR u serumu kod pacijenata sa malignim limfomom su bili značajno viši nego kod neobolelih kontrolnih grupa i HPR ekspresija se povećavala s napredovanjem bolesti (Epelbaum et al., 1998). Paralele HPR ekspresije su povećale maligne potencijale u karcinomu dojke i HPR-pozitivni karcinomi dojke imaju veću verovatnoću da se ponove nakon primarne resekcije i povezani su sa kraćim intervalima bez bolesti (Shurbaji et al., 1991). Varijanta (rs932335) u HSD11B1 genu je povezana sa kolorektalnim karcinomom i rakom dojke (Feigelson et al., 2008; Wang et al., 2013b).
[0170] Ekspresija HSD17B6 u tkivima kod pacijenata sa karcinomom prostate koja su bila podvrgnuta terapiji androgene deprivacije (ADT) je bila znatno veća od one u tkivima netretiranih pojedinaca (Ishizaki et al., 2013).
[0171] HSPE1 je mitohondrijalni šapeperon sa funkcijama u presavijanju proteina i ćelijskoj signalizaciji (NF-kappaB i WNT signalizacija). Nađeni su povećani nivoi Hsp10 u ć elijama tumora debelog creva, egzocervikalnog karcinoma, raka prostate, limfoma ćelija plašta i seroznog karcinoma jajnika. U bronhijalnoj karcinogenezi su zabeleženi smanjeni nivoi Hsp 10 (David et al., 2013).
[0172] Ksenografti karcinoma jajnika koji su transplantirani u bokove golih miševa i tretirani paklitakselom su pokazali smanjenu IDI1 ekspresiju u poređenju sa netretiranim ksenograftom (Bani et al., 2004).
[0173] IGFBPL1 je regulator insulinskih faktora rasta i nishodno je regulisan pomoću aberantne hipermetilacije u ćelijskim linijama karcinoma dojke. Metilacija u IGFBPL1 je očigledno bila povezana sa lošim ukupnim preživljavanjem i preživljavanjem bez bolesti (Smith et al., 2007).
[0174] Androgen senzitivan mikrozom-asocirani IKBKAP protein je modulisao ekspresiju epitelijalnih i neuronskih markera prostate, atenuiranu proliferaciju kroz mehanizam zavisan od receptora androgena i ko-regulisanu transkripciju posredovanu receptorima androgena u ćelijama adenokarcinoma prostate LNCaP (Martinez et al ., 2011).
[0175] INTS8 je deo panela markera koji razlikuje karcinom želuca od susednih nekanceroznih tkiva (Cheng et al., 2013).
[0176] Peptid pIRS-21097-1105 dobijen od IRS2 je prezentovan na HLA-A2(+) melanomima i karcinomima dojke, jajnika i kolorektalnim karcinomima (Zarling et al., 2014). IRS-21057 DD genotip i D alel su značajno povezani sa rizikom od HCC-a (Rashad et al., 2014).
[0177] ITGA7 je alfa lanac laminin-1 receptora, dimera integrina alfa-7lbeta-1. ITGA7 je tumor supresorski gen koji je kritičan za suzbijanje rasta malignih tumora. Analiza mutacija je otkrila mutacije ITGA7 kod raka prostate, hepatocelularnog karcinoma, leiomiosarkoma mekog tkiva i multiformnog glioblastoma. ITGA7 je nishodno regulisan kod nemetastatskog karcinoma prostate i leiomiosarkoma (Tan et al., 2013).
[0178] ITIH4 je bio nishodno regulisan u nekoliko tumorskih tkiva, uključujući debelo crevo, želudac, jajnik, pluća, bubreg, rektum i prostatu (Hamm et al., 2008). Niski nivoi ITIH4 u serumu su povezani sa kraćim preživljavanjem HCC bolesnika koji su povezani sa virusom hroničnog hepatitisa B (HBV) (Noh et al., 2014). Znatno povećane koncentracije ITIH4 u serumu su primećene kod karcinoma dojke, a nivoi ITIH4 u serumu su značajno smanjeni nakon operacije (van, I et al., 2010).
[0179] Misens mutacija je identifikovana u SHKBP1, koja deluje nizvodno od FLT3, receptorske tirozin kinaze mutirane u oko 30% slučajeva AML (Greif et al., 201 1). SHKBP1 je jedan od nekoliko potencijalnih proteina kandidata za biomarker za klasifikovanje dobro diferenciranih neuroendokrinih tumora tankog creva (WD-SI-NET) u različitim stadijumima bolesti (Darmanis et al., 2013).
[0180] Ekspresija KLB je povišena u HCC tkivima u poređenju sa odgovarajućim ne-tumorskim tkivom (Poh et al., 2012).
[0181] LBP polimorfizam rs2232596 je asociran sa značajno povećanim rizikom kolorektalnog karcinoma kod Han Kineza (Chen et al., 2011b). LBP je kandidat za serumski biomarker karcinoma jajnika (Boilan et al., 2010). LBP je značajno smanjen nakon lečenja hemoterapijom kod pacijenata sa karcinomom malih ćelija pluća (Staal-van den Brekel AJ et al., 1997).
[0182] Ekspresija LBR iRNK je direktno povezana sa stadijumom tumora i Notingem prognostičkim indeksom kod raka dojke (Wazir et al., 2013). LBR je snažno eksprimiran u ć elijama papilarnog karcinoma š titne ž lezde, ali abnormalno presavijanje proteina može objasniti njegov nedostatak imunohistohemijske reaktivnosti i biti povezano sa anomalijskim savijanjem membrane jedra (Recupero et al., 2010).
[0183] Zabeležena je disregulacija LEPR u različitim malignim ćelijama, uključujući rak debelog creva, hepatocelularni karcinom, rak endometrijuma, rak štitne žlezde, rak dojke i pluća (Ntikoudi et al., 2014; Surmacz, 2013; Uddin et al., 2011 ).
[0184] Jedno-nukleotidni LlG1 polimorfizmi su povezani sa rizikom od raka pluća, raka endometrijuma i glioma (Doherti et al., 2011; Lee et al., 2008; Liu et al., 2009b).
[0185] Ekspresija LRPPRC u tkivima karcinoma želuca je značajno veća od one u uparenom kontrolnom tkivu (Li et al., 2014b). Nivoi LRPPRC služe kao markeri prognoze kod pacijenata sa adenokarcinomom prostate (PCA), i pacijenti sa visokim nivoom LRPPRC preživljavaju kraći priod nakon operacije nego oni sa niskim nivoima LRPPRC (Jiang et al., 2014). LRPPRC se obilno eksprimira u različitim vrstama tumora, kao što su adenokarcinom pluća, karcinom skvamoznih ćelija jednjaka, adenokarcinom i limfom želuca, debelog creva, dojke i endometrijuma (Tian et al., 2012).
[0186] MANEA ekspresija je regulisana androgenima u ćelijama raka prostate (Romanuik et al., 2009).
[0187] OPLAH se eksprimira u normalnim i tumorskim tkivima pluća, dojke, bubrega, debelog creva i jajnika, i OPLAH nivoi su znatno viši u normalnim uzorcima nego u tumorima za individualne pacijente (Srivenugopal i Ali-Osman, 1997).
[0188] ORM2 glikoformi obezbeđuju dragocene informacije za diferencijaciju između primarnog i sekundarnog karcinoma jetre (Mackievicz i Mackievicz, 1995). Utvrđeno je da su nivoi ORM2 u plazmi značajno povišeni kod pacijenata koji pate od kolorektalnog karcinoma u poređenju sa kontrolama (Zhang et al., 2012). Nivoi fukozilovanih glikoformi ORM2 je bio značajno viši u slučajevima adenokarcinoma pluća u poređenju sa kontrolama (Ahn et al., 2014). ORM2 je potencijalni biomarker za ranu dijagnostiku holangiokarcinoma (Rucksaken et al., 2012).
[0189] Povećani nivoi tetrahidrobiopterina rezultiraju u pojačanju PAH aktivnosti i PAH proteina u ćelijama humanog hepatoma (McGuire, 1991).
[0190] PARP14 je visoko eksprimiran u ćelijama mijeloma u plazmi i povezan sa napredovanjem bolesti i slabim preživljavanjem. PARP14 je kritično uključen u JNK2-zavisno preživljavanje. Otkriveno je da PARP14 promoviše preživljavanje ćelija mijeloma vezivanjem i inhibicijom JNK1 (Barbarulo et al., 2013).
[0191] PC nivoi su povišeni kod tumora jetre i raka pluća (Chang i Morris, 1973; Fan et al., 2009).
[0192] Povišeni nivoi PCNT i abnormalnosti centrozoma su opisane u različitim hematološkim malignitetima i čvrstim tumorima, uključujući AML, CML, limfom ćelija plašta, karcinom dojke i rak prostate (Delaval i Doxey, 2010).
[0193] PlGN je tumor supresorski gen hromozomske nestabilnosti (CIN) koji podleže čestom gubitku broja kopija u CIN(+) kolorektalnom karcinomu (Burrell et al., 2013).
[0194] PlPOX ekspresija je varirala u zavisnosti od podtipa karcinoma dojke, pri č emu su tumori tipa HER-2 pokazivali povišenu ekspresiju, a trostruko negativni podtip raka dojke je pokazivao smanjenu ekspresiju. Tumorska PlPOX negativnost je povezana sa kraćim preživljavanjem bez bolesti (Yoon et al., 2014). PlPOX je smanjen u tumorima prostate i smanjen je onkogeni potencijal ćelija prostate metabolizovanjem sarkozina (Khan et al., 2013). Povišeni nivoi PSMD4 su detektovani kod raka debelog creva, mijeloma i hepatocelularnog karcinoma (Arlt et al., 2009; Midorikawa et al., 2002; Shaughnessy, Jr. et al., 2011).
[0195] PLIN2 se značajno povećava kod pacijenata sa bistrim ćelijama i papilarnim karcinomom bubrežnih ćelija u poređenju sa kontrolama. Preoperativne koncentracije PLIN2 u mokraći odražavaju veličinu i stadijum tumora (Morrissey et al., 2014). Ekspresija PLIN2 je značajno veća u uzorcima adenokarcinoma pluća nego u normalnim tkivima i karcinomima skvamoznih ćelija pluća (Zhang et al., 2014b).
[0196] PLK4 se često podvrgava preuređivanju ili gubitku u humanim karcinomima, sa posebno visokim stepenom u hepatocelularnim karcinomima, ali i u kolorektalnom karcinomu, karcinomu glave i vrata (Svallov et al., 2005). PLK4 je prekomerno eksprimiran u karcinomu dojke (Marina i Saavedra, 2014).
[0197] QARS je član aminoacil-tRNK sintetaze (ARS) i puni tRNK sa glutaminom. ARS ekspresija i polimorfizmi su povezani sa karcinomom dojke i glioblastomom (He et al., 2014b; Kim et al., 2012).
[0198] Metilovani PMF1 gen je dijagnostički i prognostički biomarker za pacijente sa karcinomom mokraćne bešike (Kandimalla et al., 2013).
[0199] Nekoliko humanih tumora i hematoloških malignih oboljenja su ushodno reguliše PON2, uključujući kancer štitne žlezde, prostate, pankreasa, testisa, endometrijuma/materice, jetre i bubrega, limfoidnih tkiva, tumore mokraćne bešike, ALL i CML, i takva prekomerna ekspresija obezbeđuje rezistenciju na različite hemoterapeutike (imatinib, doksorubicin, staurosporin ili aktinomicin) (Witte et al., 2011).
[0200] PRKAR2A je regulatorna podjedinica protein kinaze A. PRKAR2A značajno povećava preživljavanje ćelijskih linija raka prostate tretiranih sa Taksolom i Taxotere (Zinda et al., 2014). PRKAR2A je prekomerno eksprimiran u adenokarcinomu pluća (Bidkhori et al., 2013). PRPF6 je član trisnRNP (mali ribonukleoprotein) splajsozomskog kompleksa koji pokreće proliferaciju karcinoma debelog creva preferencijalnim splajsovanjem gena povezanih sa regulacijom rasta (Adler et al., 2014). PRPF6 se prekomerno eksprimira u adenokarcinomu pluća (Bidkhori et al., 2013).
[0201] PSMC4 je značajno i koherentno ushodno regulisan u ćelijama karcinoma prostate u poređenju sa odgovarajućim susednim normalnim tkivom prostate (Hellvinkel et al., 2011).
[0202] QPRT ekspresija se povećava sa malignitetom glioma i kod rekurentnog glioblastoma posle radiohemoterapije, ekspresija QPRT je povezana sa lošom prognozom (Sahm et al., 2013). QPRT je potencijalni marker za imunohistohemijski skrining folikularnih tiroidnih nodusa (Hinsch et al., 2009).
[0203] RABGGTB se prekomerno eksprimira u hemoterapijskom-refraktornom difuznom limfomu velikih B-ćelija (Linderoth et al., 2008).
[0204] RAD21 je prekomerno eksprimiran u gastrointestinalnim tumorima, karcinomu debelog creva, uznapredovalom karcinomu endometrijuma, kanceru prostate i kanceru dojke (Atienza et al., 2005; Deb et al., 2014; Porkka et al., 2004; Supernat et al., 2012; Xu et al., 2014).
[0205] RAD23B ima potencijalnu ulogu u progresiji raka dojke (Linge et al., 2014). Jedno-nukleotidni polimorfizam RAD23B rs 1805329 je bio značajno povezan sa razvojem i recidivom HCC-a kod Japanskih pacijenata sa HCV-om (Tomoda et al., 2012).
[0206] RASAL2 je RAS-GTPaze-aktivirajući protein sa funkcijama tumor supresora u estrogen receptorpozitivnom karcinomu dojke, karcinomu jajnika i karcinomu pluća (Li i Li, 2014; Huang et al., 2014). Za razliku od toga, RASAL2 je onkogen u trostruko negativnom karcinomu dojke i pokreće mezenhimsku invaziju i metastaze (Feng et al., 2014a). Osiromašenje na RNMT efikasno i specifično inhibira rast ćelija raka i invazivne kapacitete ćelija kod različitih vrsta karcinoma, uključujući karcinom jetre (Stefanska et al., 2014).
[0207] Prekomerna ekspresija ROCK1 ili mutacije u genu ROCK1 koje dovode do povišene aktivnosti kinaze su prijavljene za nekoliko karcinoma, uključujući karcinom pluća, karcinom ž eluca, CML i AML (Rath i Olson, 2012).
[0208] RPL1OA je c-Myc ciljani gen i može doprineti transformaciji hepatocita (Hunecke et al., 2012).
[0209] Prelomne tačke lnv(3) i t(3;3), koje su povezane sa naročito lošom prognozom mijeloidne leukemije ili mijelodisplazije, se grupišu u regionu koji je smešten centromerno i nizvodno od gena RPN1 (Wieser, 2002).
[0210] RRBP1 je prekomerno eksprimiran u karcinomu pluća i karcinomu dojke (Telikicherla et al., 2012; Tsai et al., 2013).
[0211] Ekspresija SCFD1 je povećana kod erozivnog gastritisa, koji je povezan sa karcinomom želuca (Galamb et al., 2008).
[0212] ABCB1 kodira P-glikoprotein (P-gp) koji se eksprimira u normalnim ćelijama različitih organa poput creva, jetre, bubrega, mozga i placente. Otkrivena je prekomerna ekspresija P-gp i genetski polimorfizmi u kolorektalnom karcinomu, tumorima koji potiču iz nadbubrežne žlezde, raka pluća i ALL (Zhang et al., 2013a; Fojo et al., 1987; Gervasini et al., 2006; Jamroziak et al. 2004).
[0213] ABCB10 kodira ABC transporter iz pod-familije B (MDR/TAP). Pokazano je da je ABCB10 uključen u rezistenciju na cisplatin KCP-4 ćelija humanog epidermoidnog karcinoma (Oiso et al., 2014).
[0214] Pokazalo se da je ekspresija ABCB11 ushodno regulisana u duktalnom adenokarcinomu pankreasa, jednom od karcinoma koji su najrezistentniji na lekove. Prema tome on može doprineti generalno lošem odgovoru na lečenje ovog karcinoma (Mohelnikova-Duchonova et al., 2013).
[0215] Ushodno regulisana ekspresija ABCC2 u karcinomima primarne Falopijeve cevi je povezana sa lošom prognozom (Halon et al., 2013).
[0216] ABCC6 je bio nishodno regulisan kod kolorektalnog karcinoma pacijenata koji ne odgovaraju na palijativnu hemoterapiju (Hlavata et al., 2012). Za razliku od toga, bio je ushodno regulisan u humanim NSCLC A549 ćelijama otpornim na gemcitabin, (Ikeda et al., 2011).
[0217] Pokazano je da je ekspresija ACACA ushodno regulisana kod mnogih humanih karcinoma, kao što su karcinom dojke, prostate i jetre i da je u korelaciji sa pojačanom lipogenezom ćelija raka. Različiti ACACA inhibitori su pokazali terapeutski efekat u lečenju ćelijskih linija raka supresijom ćelijske proliferacije i izazivanjem ćelijske smrti apoptozom (Zu et al., 2013).
[0218] ACLY se aberantno eksprimira u različitim tumorima, kao što su karcinom dojke, jetre, debelog creva, pluća i prostate, a u obrnutoj je korelaciji sa stadijumom tumora i diferencijacijom (Zu et al., 2012).
[0219] ACSL3 je prekomerno eksprimiran u karcinomu pluća i na osnovu pretkliničkih ispitivanja je obećavajući novi terapeutski cilj kod raka pluća (Pei et al., 2013). Ushodno regulisana ekspresija ACSL3 može poslužiti kao potencijalni biomarker rizika za estrogen receptor-specifičan rak dojke (Wang et al., 2013c).
[0220] ACSL4 je prekomerno eksprimiran u estrogen receptor-negativnim tumorima dojke i estrogen receptor-negativnim tumorima dojke i prostate. Gubitak senzitivnosti na steroidne hormone je povezan sa indukcijom ekspresije ACSL4 (Monaco et al., 2010). Pokazano je da početak ushodne regulacije ACSL4 nastaje tokom transformacije iz adenoma u adenokarcinom (Cao et al., 2001).
[0221] Nađeno je da je metilacija ACSS3 povezana sa najmanje jednim od klasičnih faktora rizika, naime starošću, stadijumom ili MYCN statusom u neuroblastomu (Decock et al., 2012).
[0222] Delecija ADSSL1 se često uočava kod karcinogen-indukovanog mišjeg primarnog adenokarcinoma pluća, ćelijskih linija mišjeg i humanog adenokarcinoma pluća i povezana je sa fenotipom sve veće nestabilnosti hromozoma u primarnim tumorima pluća miša (Miller et al., 2009).
[0223] AGFG2 je identifikovan kao jedan od 14 kandidata za prognostičke gene u identifikovanju slučajeva hormon receptor negativnih ili trostruko-negativnih karcinoma dojke koji verovatno ostaju bez recidiva metastaza (Yau et al., 2010).
[0224] AGT je veoma moćan anti-angiogeni faktor, za koji je pokazano da ispoljava anti-tumorsko dejstvo in vitro i in vivo (Bouquet et al., 2006). Kod transgenih miševa je pokazano da prekomerna ekspresija humanog AGT smanjuje angiogenezu i tako odlaže tumorsku progresiju hepatokarcinoma (Vincent et al., 2009).
[0225] AKR1C4 kodira humanu aldo-keto reduktazu familije 1 član C4 i katalizuje redukciju retinaldehida u retinol (Ruiz et al., 201 1). Prema tome, osiromašenje retinaldehida nishodno reguliše biosintezu retinoične kiseline i praćeno je blokadom retinoidne signalizacije, što pogoduje progresiji tumora (Tang i Gudas, 2011; Ruiz et al., 2012)
[0226] Pokazalo se da je ekspresija ALDH1L1 nishodno regulisana u HCC i gliomima. Nishodna regulacija ALDH1L1 kod ovih karcinoma je bila povezana sa lošijom prognozom i agresivnijim fenotipom (Rodriguez et al., 2008; Chen et al., 2012b)
[0227] Pokazalo se da je ekspresija ALG3 pojačana u karcinomu skvamoznih ćelija jednjaka i karcinomu grlića materice (Shi et al., 2014; Choi et al., 2007). U karcinomu skvamoznih ćelija jednjaka povećana ekspresija ALG3 je u korelaciji sa metastazama na limfnim čvorovima (Shi et al., 2014).
[0228] ANKS1A je identifikovana kao nova meta porodice Src kinaza za koju se zna da je uključena u razvoj nekih kolorektalnih karcinoma (Emaduddin et al., 2008).
[0229] APOA1 kodira za apolipoprotein A-1, glavnu proteinsku komponentu lipoproteina visoke gustine (HDL) u plazmi. U više animalnih modela tumora, APOA1 je pokazao snažnu imuno-modulatornu ulogu u tumorigenezi i pokazalo se da suzbija rast i metastaze tumora podržavajući urođene i adaptivne imunske procese (Zamanian-Darioush et al., 2013).
[0230] Pokazalo se da je APOA2 značajno smanjen kod pacijenata sa karcinomom pankreasa (Honda et al., 2012). Za razliku od toga, pojačana ekspresija APOA2 je bila povezana sa HCC (Liu et al., 2007).
[0231] U alfa-fetoprotein-negativnom HBV-povezanom HCC-u, nađeno je da je APOB jedan od 14 diferencijalno eksprimiranih proteina koji mogu biti asocirani sa progresijom HCC (He et al., 2014a). Otkriveno je da je kod uznapredovalog karcinoma dojke APOB jedan od šest različito eksprimiranih proteina koji mogu predvideti reakciju na neoadjuvantnu hemoterapiju i preživljavanje pacijenata bez relapsa (Hiung et al., 2011).
[0232] U stadiju III kolorektalnog karcinoma i u ljudskim ćelijama melanoma AKP9 je bio povezan sa povećanom hemoresistencijom (Dou et al., 2013; Gao et al., 2012).
[0233] Pokazalo se da je ARG1 senzitivan i specifičan marker za razlikovanje HCC od ostalih metastatskih tumora jetre (Sang et al., 2013). ARG1 može doprineti lokalnoj imunološkoj supresiji kod NSCLC (Rotondo et al., 2009).
[0234] Nađeno je da je fosforilisani i tako aktivniji oblik ARSB proteina povećan u perifernim leukocitima kod pacijenata sa hroničnom mijelogenom leukemijom u poređenju sa zdravim donorima (Uehara et al., 1983).
[0235] U ćelijama raka jajnika pokazalo se da nishodna regulacija ASNA1 povećava senzitivnost na lekove za hemoterapiju cisplatina, karboplatina, oksaliplatina i arsenita (Hemmingsson et al., 2009).
[0236] Pokazano je da je ASPH prekomerno eksprimiran u različitim karcinomima i ćelijskim linijama karcinoma (Yang et al., 2010). Imunizacija ASPH-napunjenim dendritičnim ćelijama je generisala citotoksičnost protiv ćelija holangiokarcinoma in vitro i značajno suzbila rast i metastazu intrahepatičkog tumora (Noda et al., 2012).
[0237] ATP1A2 je nađen između 31 proteina koji su bili značajno ushodno regulisani u glioblastomu (Com et al., 2012). Za razliku od toga, pokazalo se da je ATP1A2 nishodno regulisan u metastatskim neuroblastomima koji infiltriraju koštanu srž (Morandi et al., 2012).
[0238] ATP1A3 je nađen između 31 proteina koji su bili značajno ushodno regulisani u glioblastomu (Com et al., 2012).
[0239] ATP6V1 C1 može pospešiti rast karcinoma dojke i metastazu kostiju regulacijom aktivnosti Iizozomalne V-ATPaze. Nokdaun ATP6V1 C1 je značajno inhibirao rast tumora u mišjem ksenograft modelu 4T1 ćelija tumora dojke, metastaze i osteolitičke lezije in vivo (Feng et al., 2013). Pokazalo se da je ATP6V1C1 prekomerno eksprimiran u oralnom karcinomu skvamoznih ćelija i da je bio povezan sa mobilnošću tumorskih ćelija (Otero-Rei et al., 2008).
[0240] ATP7B je povezan sa rezistencijom raka na cisplatin, široko korišćeni lek protiv raka (Dmitriev, 2011).
[0241] AXIN2 kodira Axin- (axis inhibicija) povezani protein 2, koji verovatno igra važnu ulogu u regulaciji stabilnosti beta-katenina u Wnt signalnom putu (Salahshor i Voodgett, 2005). Pored toga, pokazano je da AXIN2 suzbija ekspresiju onkogena c-MYC (Rennoll et al., 2014).
[0242] U HCC, slaba BAAT ekspresija je bila povezana sa lošijim preživljavanjem u poređenju sa pacijentima sa višom BAAT ekspresijom (Furutani et al., 1996).
[0243] Snažno smanjenje transkripta BHMT i BHMT2 je pokazano u HepG2 ćelijama i u HCC uzorcima u poređenju sa normalnim tkivom jetre (Pellanda et al., 2012).
[0244] Pokazalo se da je C12orf44 ključan za autofagiju i da interaguje sa ULK1 na način zavisan od Atg13 (Mercer et al., 2009). Autofagija ima dvojnu ulogu u kanceru, delujući i kao tumor supresor sprečavanjem akumulacije oštećenih proteina i organela i kao mehanizam preživljavanja ćelija koji može da pospeši rast utvrđenih tumora (Yang et al., 2011 b).
[0245] C17orf70 je komponenta kompleksa jezgra Fanconi anemije i od suštinskog je značaja za stabilnost kompleksa. Kompleks jezgra Fanconi anemije igra centralnu ulogu u mreži odgovora na oštećenja DNK. Fanconi anemija kompleksom jezgra-posredovani odgovor na oštećenje DNK uključuje genske produkte senzitivnosti za rak dojke, BRCA1 i BRCA2 (Ling et al., 2007).
[0246] C19orf80 kodira gen TD26 povezan sa hepatocelularnim karcinomom i pokazano je da je on jedan od 5 lokusa sa najvišim nivoima metilacije u HCC i najnižim u kontrolnom tkivu (Ammerpohl et al., 2012).
[0247] Otkriveno je da CCT7 predstavlja deo proteinske pod-mreže, koja je značajno diskriminativna u kasnom stadijumu humanog kolorektalnog karcinoma (Nibbe et al., 2009).
[0248] Pokazano je da CDK6 reguliše aktivnost tumor supresorskog proteina Rb. CDK6 može izvršiti svoju funkciju promovisanja tumora povećanjem proliferacije i stimulacijom angiogeneze (Kollmann et al., 2013). Pokazalo se da farmakološka inhibicija CDK6 inhibira diferencijaciju rasta abnormalnih ćelija leukemije (Placke et al., 2014).
[0249] CFH može igrati ulogu u progresiji karcinoma skvamoznih ćelija kože (Riihila et al., 2014). CFH može igrati ključnu ulogu u rezistentnosti komplementom-posredovane lize u različitim ćelijama raka i pokazalo se da je prekomerno eksprimiran u NSCLC, što je povezano sa lošijom prognozom (Cui et al., 2011).
[0250] Pronađena je inaktivirajuća mutacija CLPTM1 u ćelijama raka prostate (Rossi et al., 2005).
[0251] CMAS kodira sintetazu citidin monofosfat N-acetilneuraminske kiseline, koja katalizuje aktivaciju sijalne kiseline i njenu transformaciju u dietil citidin monofosfat diestar. Aktivirana sijalna kiselina se koristi za N-glikozilaciju, uobičajenu post-translacionu modifikaciju tokom ćelijske diferencijacije. Pojačana ekspresija šećera sijalne kiseline na površini ćelija raka je jedna od dobro poznatih karakteristika tumora (Bull et al., 2014).
[0252] TF (Transferin) je jedan od najčešće korišćenih tumor-ciljanih liganda, pošto su TF receptori (TFR) prekomerno eksprimirani na malignim ćelijama i igraju ključnu ulogu u ćelijskom preuzimanju gvožđa kroz interakciju sa TF (Biswas et al., 2013). Sugerisano je da su nivoi ekspresije TFR-a u korelaciji sa stadijumom tumora ili napredovanjem karcinoma (Tortorella i Karagiannis, 2014).
[0253] TH1 L može igrati važnu ulogu u regulaciji proliferacije i invazije u humanom karcinomu dojke i mogao bi biti potencijalna meta za lečenje raka dojke kod ljudi (Zou et al., 2010).
[0254] THTPA hidroliza može biti odgovorna za antiproliferativne efekte Ndrg-1. Pokazano je da Ndrg-1 smanjuje invaziju i metastaze karcinoma dojke, debelog creva, prostate i pankreasa (Kovacevic et al., 2008).
[0255] SMYD3 promoviše invaziju kancera epigenetskom ushodnom regulacijom metaloproteinaze MMP-9 (Medjkane et al., 2012). Ekspresija SMYD3 je nedetektabilna ili vrlo slaba u mnogim tipovima normalnog humanog tkiva, dok je prekomerna ekspresija SMYD3 povezana sa razvojem i napredovanjem karcinoma želuca, debelog creva, hepatocelularnog karcinoma, karcinoma prostate i dojke (Hamamoto et al., 2006; Liu et al. , 2014; Liu et al., 2013a).
[0256] Primećena je veza između STAT2 i tumorigeneze kod transgenskih miševa kojima nedostaje STAT2 (Yue et al., 2015) ili je IFN-α konstitutivno eksprimiran u mozgu (Wang et al., 2003).
[0257] TACC3 je prekomerno eksprimiran u mnogim kancerima kod ljudi, uključujući rak jajnika, rak dojke, rak pluća, karcinom i limfom skvamoznih ćelija (Ma et al., 2003; Jacquemier et al., 2005; Lauffart et al., 2005).
[0258] Takođe je pokazano da SPBP potiskuje aktivnost transkripcije estrogenskog receptora α (ERα). Prekomerna ekspresija SPBP je inhibirala proliferaciju ERα-zavisne ć elijske linije karcinoma dojke (Gburcik et al., 2005). U ćelijskom jedru SPBP pokazuje relativno nisku mobilnost i obogaćen je gustim regionima hromatina, što jasno ukazuje da je on hromatin-vezujući protein (Darvekar et al., 2012). TCF20 je važan za pojačanu indukciju proteina uključenih u ćelijski odbrambeni program protiv oksidativnog stresa (Darvekar et al., 2014).
[0259] C3 je istaknuti element mikro-okruženja inflamatornog tumora (Rutkowski et al., 2010) i aktivacija može dati prednost rastu tumora (Markiewski et al., 2008). Enzimsko cepanje C3 dovodi do produkcije anafilatoksina C3a, inflamatornog medijatora i hemoatraktanta i C3b (Sahu et al., 1998).
[0260] CLN3 je anti-apoptotički gen u NT2 ćelijama neuronskim prekursorima i nekoliko vrsta karcinoma (Zhu et al., 2014b). Uključen je u unutarćelijsko cirkulisanje i regulaciju u neuronskim i ne-neuronskim ćelijama (Rakheja et al., 2008; Getty i Pearce, 2011) i uključen je u veliki broj važnih signalnih puteva (Persaud-Sawin et al., 2002). CLN3 iRNK i protein su prekomerno eksprimirani u većem broju ćelijskih karcinoma, uključujući dojku, debelo crevo, maligni melanom, prostatu, jajnike, neuroblastom i multiformni oblik glioblastoma, ali ne i u ćelijskim linijama raka pluća ili pankreasa (Rylova et al., 2002).
[0261] SLC13A5 je jedan od 7 CIMP-marker gena. ClMP (CpG island methylator phenotype) svetlih ćelijskih karcinoma bubrežnih ćelija (ccRCC) karakteriše akumulacija DNK metilacije na CpG ostrvima i lošiji ishod za pacijenta (Tian et al., 2014; Arai et al., 2012).
[0262] SLC35B2 je uključen u koordiniranu regulaciju transkripcije tokom indukcije biosinteze sijalil sulfo-Lex glikana tokom akutne upale (Huopaniemi i dr., 2004) i u sulfaciji 6-sulfolaktozamin epitopa u humanoj ćelijskoj liniji kolorektalnog karcinoma (Kamiyama et al., 2006). Ćelijske linije kolorektalnog karcinoma i humana kolorektalna tkiva eksprimiraju SLC35B2 (Kamiyama et al., 2011).
[0263] Ekspresija PLOD1 je povezana sa razvojem humanog karcinoma dojke (Gilkes et al., 2013).
[0264] PRDX5 je ushodno regulisan u mnogim malignim tumorima (Urig i Becker, 2006), a inhibicija PRDX5 može da spreči inicijaciju i razvoj tumora, sugerišući da je PRDX5 obećavajuća meta za terapiju kancera. Njegovo visoko nukleofilno i dostupno selenocisteinsko aktivno mesto može biti glavna meta za dizajn leka (Liu et al., 2012).
[0265] Pojačana ekspresija PSMD8 u perifernim plućnom tkivu može biti potencijalno informativna o tome koje kritične ćelijske populacije su uključene u razvoj invazivnih karcinoma (Zhou et al., 1996).
[0266] SNRPD1 je splajseozomalni protein jezgra, koji je ushodno regulisan u malignim tumorima.
[0267] Smanjena ekspresija SPTBN1 je povezana sa pogoršanom prognozom karcinoma pankreasa (Jiang et al., 2010).
[0268] SQSTM1 funkcioniše kao signalno čvorište za različite puteve transdukcije signala, kao što su NF-KB signalizacija, apoptoza i Nrf2 aktivacija, čija je disregulacija povezana sa Pagetovom bolešću kostiju i tumorigenezom (Komatsu et al., 2012).
[0269] PCNA ekspresija predviđa preživljavanje u anorektalnom malignom melanomu (Ben-lzhak et al., 2002). Identifikovana je sa kancerom asocirana izoforma PCNA (caPCNA) koja sadrži neobičan obrazac metil estar grupa na brojnim reziduama glutaminske i asparaginske kiseline unutar PCNA (Hoelz et al., 2006).
[0270] Osiromašenje SRP54 u nekoliko tumorskih ćelijskih linija nije proizvelo jasne ćelijske fenotipove, kao š to su zaustavljanje rasta ili smrt, č ak ni u ć elijama odabranim za stabilnu redukciju SRP komponenata (Ren et al., 2004).
[0271] Na molekularnom nivou, STAT1 inhibira proliferaciju i mišjih i humanih tumorskih ćelija tretiranih sa IFN-γ preko njegove sposobnosti da poveća ekspresiju inhibitora ciklin zavisne kinaze p21 Cip1, ili da smanji c-myc ekspresiju (Ramana et al., 2000). Anti-tumorska aktivnost STAT1 je dodatno podržana njegovom sposobnošću da inhibira angiogenezu i metastazu tumora u mišjim modelima (Huang et al., 2002). Pokazano je da su povećani nivoi STAT1 iRNK deo molekularnog potpisa povezanog sa boljom prognozom metastatskog ishoda za pacijente sa hormon receptor negativnim i trostruko-negativnim karcinomom dojke (Yau et al., 2010).
[0272] Uzorci sitno-igličastog aspirata sa folikularnih neoplazmi su pokazali da maligni čvorovi prekomerno eksprimiraju STT3A u poređenju sa benignim obolenjem (Patel et al., 2011).
[0273] Meta-analiza je pokazala da je polimorfizam STXBP41COX11 rs6504950 značajno u korelaciji sa rizikom od karcinoma dojke (Tang et al., 2012).
[0274] Peptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu kako je navedena u ovom dokumentu može imati zamenjenu jednu ili dve nesidrene aminokiseline (vidite u nastavku u pogledu sidrenog motiva) bez značajnog menjanja ili negativnog uticaja na sposobnost da se veže za molekul humanog glavnog kompleksa gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I, kada se uporedi sa nemodifikovanim peptidom. U peptidu koji se esencijalno sastoji od aminokiselinske sekvence kako je navedena u ovom dokumentu, jedna ili dve aminokiseline mogu biti zamenjene njihovim partnerima za konzervativnu zamenu (vidite u nastavku dokumenta) bez značajnog menjanja ili negativnog uticaja na sposobnost da se veže za molekul humanog glavnog kompleksa gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I ili II, kada se uporedi sa nemodifikovanim peptidom.
[0275] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što navedeni peptid sadrži nepeptidne veze kako je opisano u nastavku.
[0276] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što je navedeni peptid deo fuzionog proteina, fuziranog sa N-terminalnim aminokiselinama HLA-DR antigen-asociranog nepromenjivog lanca (Ii).
[0277] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na nukleinsku kiselinu koja kodira peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom koja je DNK, cDNK, PNK, RNK ili njihova kombinacija.
[0278] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na vektor ekspresije koji eksprimira, i/ili prezentuje nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0279] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom, nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom ili vektor ekspresije u skladu sa predmetnim pronalaskom za upotrebu u medicini.
[0280] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na antitela opisana dalje u nastavku, kao i metode njihove proizvodnje. Poželjna su antitela koja su specifična za peptide predmetnog pronalaska, i/ili za peptide predmetnog pronalaska kada su vezani za svoje MHC. Poželjna antitela mogu biti monoklonalna.
[0281] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na T-ćelijske receptore (TCR), konkretno solubilne TCR (sTCR) koji ciljaju peptide u skladu sa pronalaskom i/ili njihove komplekse peptid-MHC, kao i metode njihove proizvodnje.
[0282] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na antitela ili druge vezujuće molekule koji ciljaju peptide u skladu sa pronalaskom i/ili njihove komplekse peptid-MHC, kao i metode njihove proizvodnje.
[0283] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na ćeliju domaćina koja sadrži nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom ili vektor ekspresije kako je ranije opisan. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na ćeliju domaćina u skladu sa predmetnim pronalaskom koja je antigen-prezentujuća ćelija. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na ćeliju domaćina u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što je antigen-prezentujuća ćelija dendritična ćelija.
[0284] Predmetni pronalazak dalje predstavlja aptamere. Aptameri (vidite na primer WO 2014/191359 i tamo citiranu literaturu) su kratki jednolančani molekuli nukleinske kiseline ili peptida, koji mogu da se presaviju u definisane trodimenzionalne strukture i prepoznaju specifične ciljne strukture. Ispostavilo se da su pogodne alternative za razvoj ciljanih terapija. Pokazalo se da se aptameri selektivno vezuju za raznolike kompleksne ciljeve sa visokim afinitetom i specifičnošću.
[0285] U poslednjoj dekadi su identifikovani aptameri koji prepoznaju molekule koji se nalaze na površini ćelije i obezbeđuju načine za razvoj dijagnostičkih i terapeutskih pristupa. Budući da se pokazalo da aptameri praktično nemaju toksičnost i imunogenost oni su obećavajući kandidati za biomedicinske primene. Aptameri su zaista, na primer aptameri koji prepoznaju membranski antigen specifičan za prostatu, uspešno upotrebljeni za ciljane terapije i pokazalo se da su funkcionalni u in vivo modelima ksenografta. Pored toga, identifikovani su aptameri koji prepoznaju specifične tumorske ćelijske linije.
[0286] Mogu da se izaberu DNK aptameri kako bi se otkrila svojstva prepoznavanja širokog spektra za različite ćelije malignih tumora, a naročito one dobijene iz solidnih tumora, dok se netumorogene i primarne zdrave ćelije ne prepoznaju. Ako identifikovani aptameri prepoznaju ne samo specifični podtip tumora već interaguju sa nizom tumora, ovo čini aptamere primenjivim kao takozvana dijagnostička i terapeutska sredstva širokog spektra.
[0287] Nadalje, ispitivanje ponašanja ćelijskog vezivanja pomoću protočne citometrije pokazalo je da aptameri pokazuju veoma dobre jasne afinitete u nanomolarnom opsegu.
[0288] Aptameri su korisni za dijagnostičke i terapeutske svrhe. Pored toga, moglo je da se pokaže da neke od aptamera preuzimaju tumorske ćelije i tako mogu da imaju funkciju kao prenosioci molekula za ciljano dostavljanje antitumorskih agenasa kao što je siRNK u tumorske ćelije.
[0289] Mogu da se izaberu aptameri protiv kompleksnih ciljeva kao što su ćelije i tkiva i kompleksi peptida koji sadrže, poželjno sastoje se od, sekvence u skladu sa bilo kojom od ID BR. SEKV 1 do ID BR. SEKV 300, kako je izloženo sa MHC molekulom, koristeći cell-SELEX (sistematska evolucija liganada pomoću eksponencijalnog obogaćivanja) tehniku.
[0290] Na način kako je korišćen u ovom tekstu, termin „skela“ odnosi se na molekul koji se specifično vezuje za (npr. antigenu) determinantu. U jednom otelotvorenju, skela je u stanju da usmeri jedinicu za koju je zakačena (npr. (drugo) jedinjenje koje vezuje antigen) na ciljno mesto, na primer specifičnu vrstu tumorske ćelije ili stromu tumora koja nosi antigenu determinantu (npr. kompleks peptida u skladu sa predmetnom prijavom). U drugom otelotvorenju skela je u stanju da aktivira signalizaciju kroz njen ciljni antigen, na primer T-ćelijski receptor kompleksni antigen. Skele obuhvataju ali nisu i ograničene na antitela i njihove fragmente, antigen-vezujuće domene antitela, koji sadrže varijabilni region teškog lanca antitela i varijabilni region lakog lanca antitela, vezujuće proteine koji sadrže najmanje jedan ponovljeni motiv ankirina i antigen-vezujuće molekule sa jednim domenom (SDAB), aptamere, (solubilne) TCR i (modifikovane) ćelije kao što su alogene ili autologne T ćelije.
[0291] Svaka skela može da sadrži oznaku koja omogućava da vezana skela može da se detektuje određivanjem prisustva ili odsustva signala koji daje oznaka. Na primer, skela može da se obeleži fluorescentnom bojom ili bilo kojim drugim primenjivim ćelijskim markerskim molekulom. Takvi markerski molekuli su dobro poznati u predmetnoj oblasti. Na primer fluorescentno obeležavanje, na primer koje obezbeđuje fluorescentna boja, može da obezbedi vizuelizaciju vezanog aptamera pomoću fluorescentne ili laserske skenirajuće mikroskopije ili protočne citometrije.
[0292] Svaka skela može da se konjuguje sa drugim aktivnim molekulom kao što su na primer IL-21, anti-CD3, anti-CD28. Polipeptidne skele su opisane, na primer, u odeljku uvoda WO 2014/071978A1 i referencama citiranim u istom dokumentu.
[0293] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na metod proizvodnje peptida u skladu sa predmetnim pronalaskom, pri čemu se navedeni metod sastoji od kultivisanja ćelije domaćina u skladu sa predmetnim pronalaskom i izolovanja peptida iz ćelije domaćina i/ili njenog medijuma za kultivaciju.
[0294] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na in vitro metod za proizvodnju aktiviranih T ćelija, pri čemu se metod sastoji od dovođenja u kontakt in vitro T ćelija sa humanim MHC molekulima klase I sa ubačenim antigenom eksprimiranim na površini prikladne antigen-prezentujuće ćelije u toku vremenskog perioda koji je dovoljan da se navedene T ćelije aktiviraju na antigen-specifičan način, naznačeno time što je navedeni antigen najmanje jedan peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na metod, naznačeno time što se antigen postavlja na MHC molekule klase I eksprimirane na površini prikladne antigen-prezentujuće ćelije tako što se dovoljna količina antigena dovodi u kontakt sa antigen-prezentujućom ćelijom.
[0295] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na metod u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što antigen-prezentujuća ćelija sadrži vektor ekspresije koji eksprimira navedeni peptid koji sadrži ID BR. SEKV: 53.
[0296] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na aktivirane T ćelije, proizvedene pomoću metoda u skladu sa predmetnim pronalaskom, koje selektivno prepoznaju ćeliju koja aberantno eksprimira polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0297] Predstavljen je metod ubijanja ciljnih ćelija kod pacijenta čije ciljne ćelije aberantno eksprimiraju polipeptid koji sadrži bilo koju aminokiselinsku sekvencu u skladu sa predmetnim pronalaskom, pri čemu metod obuhvata davanje pacijentu efikasnog broja T ćelija u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0298] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptid kako je opisan, nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom, vektor ekspresije u skladu sa predmetnim pronalaskom, ćeliju u skladu sa predmetnim pronalaskom, ili aktiviranu T ćeliju u skladu sa predmetnim pronalaskom za primenu u vidu leka.
[0299] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što je navedeni lek vakcina, ćelija, ćelijska populacija, kao, na primer, ćelijska linija, sTCR i monoklonalna antitela.
[0300] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što je lek aktivan protiv malignog tumora.
[0301] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što su navedene ćelije malignog tumora ćelije HCC.
[0302] Stimulacija imunskog odgovora zavisi od prisustva antigena koje imunski sistem domaćina prepoznaje kao strane. Otkriće postojanja tumor-asociranih antigena otvorilo je mogućnost primene imunskog sistema domaćina za intervenciju u rastu tumora. Trenutno se istražuju različiti mehanizmi za iskorišćavanje kako humoralnog tako i ćelijskog dela imunskog sistema za imunoterapiju raka.
[0303] Specifični elementi ćelijskog imunskog odgovora su u stanju da specifično prepoznaju i unište ćelije tumora. Izolacija T ćelija iz ćelijskih populacija koje infiltriraju tumor ili iz periferne krvi navodi na to da takve ćelije imaju značajnu ulogu u prirodnoj imunskoj odbrani protiv raka. U ovom odgovoru naročito važnu ulogu imaju CD8-pozitivne T ćelije, koje prepoznaju peptide koji nose molekule klase I glavnog kompleksa gena tkivne podudarnosti (MHC) i koji obično imaju 8 do 10 aminokiselinskih ostataka i dobijeni su iz proteina ili defektnih proizvoda ribozoma (DRIP-ovi) koji se nalaze u citosolu. MHC molekuli ljudi se takođe nazivaju humani leukocitni antigeni (HLA).
[0304] Termin „peptid“ je korišćen u ovom tekstu da označi seriju aminokiselinskih ostataka, povezanih jedan sa drugim tipično pomoću peptidnih veza između alfa-amino i karbonilnih grupa susednih aminokiselina. Peptidi su poželjno dužine 9 aminokiselina, ali mogu biti i kraći sa dužinom od 8 aminokiselina, ili duži sa dužinom od 10, 11, 12 ili 13, a u slučaju peptida MHC klase II (elongirane varijante peptida pronalaska) oni mogu biti dužine od 14, 15, 16, 17, 18, 19 ili 20 aminokiselina.
[0305] Pored toga, termin „peptid“ će obuhvatati soli serija aminokiselinskih ostataka, povezanih jedan sa drugim tipično pomoću peptidnih veza između alfa-amino i karbonilnih grupa susednih aminokiselina.
Poželjno, soli su farmaceutski prihvatljive soli peptida, kao što su, na primer, hloridne ili acetatne (trifluoroacetat) soli. Napomenuto je da se soli peptida u skladu sa predmetnim pronalaskom značajno razlikuju od peptida u njihovim stanjima in vivo, zato što peptidi in vivo nisu soli.
[0306] Termin „peptidi predmetnog pronalaska“ će takođe obuhvatati peptide koji se sastoje od peptida kako je definisan ranije u skladu sa ID BR. SEKV: 53.
[0307] Termin „polipeptid“ označava seriju aminokiselinskih ostataka, povezanih jedan sa drugim tipično pomoću peptidnih veza između alfa-amino i karbonilnih grupa susednih aminokiselina. Dužina polipeptida nije presudna za pronalazak, sve dok su u njemu zadržani ispravni epitopi. Suprotno terminima peptid ili oligopeptid, termin polipeptid je namenjen da označi molekule koji sadrže više od oko 30 aminokiselinskih ostataka.
[0308] Peptid, oligopeptid, protein ili polinukleotidni kod za takav molekul je „imunogen“ (pa je zato „imunogen“ u okviru predmetnog pronalaska), ako je sposoban da indukuje imunski odgovor. U slučaju predmetnog pronalaska, imunogenost je specifičnije definisana kao sposobnost indukovanja T-ćelijskog odgovora. Tako bi „imunogen“ bio molekul koji je u stanju da indukuje imunski odgovor, a u slučaju predmetnog pronalaska, molekul koji je u stanju da indukuje T-ćelijski odgovor. U drugom aspektu, imunogen može biti peptid, kompleks peptida sa MHC, oligopeptid i/ili protein koji se koristi za pokretanje specifičnih antitela ili TCR protiv njega.
[0309] T-ćelijski „epitop“ klase I zahteva kratak peptid koji je vezan za MHC receptor klase I, obrazujući trojni kompleks (alfa lanac MHC klase I, beta-2-mikroglobulin i peptid), koji može da prepozna T ćelija koja nosi podudarni T-ćelijski receptor koji se vezuje za kompleks MHC/peptid sa odgovarajućim afinitetom. Peptidi koji se vezuju za MHC molekule klase I su tipično dužine 8-14 aminokiselina, a najčešće su dugački 9 aminokiselina.
[0310] Kod ljudi postoje tri različita genska lokusa koji kodiraju MHC molekule klase I (MHC molekuli ljudi se takođe nazivaju humani leukocitni antigeni (HLA)): HLA-A, HLA-B i HLA-C. HLA-A*01, HLA-A*02 i HLA-B*07 su primeri različitih alela MHC klase I koji mogu biti eksprimirani od ovih lokusa.
[0311] Tabela 6: Učestalosti ekspresije F HLA-A*02 i HLA-A*24 i najučestaliji serotipovi HLA-DR. Učestalosti su izvedene iz učestalosti haplotipova Gf unutar američke populacije adaptirane iz rada Mori i sar. (Mori M, et al. HLA gene and haplotype frequencies in the North American population: the National Marrow Donor Program Donor Registry. Transplantation. 1997 Oct 15;64(7):1017-27) primenom Hardi-Vajnberg formule F=1-(1-Gf)². Kombinacije A*02 ili A*24 sa određenim HLA-DR alelima mogu biti obogaćene ili manje učestale nego što je očekivano u odnosu na njihove pojedinačne učestalosti usled neravnoteže povezivanja. Za detalje pogledajte rad Chanock i sar. (S.J. Chanock, et al (2004) HLA-A, -B, -Cw, -DQA1 and DRB1 in an African American population from Bethesda, USA Human Immunology, 65: 1223-1235).
[0312] Peptidi pronalaska, poželjno kada su uključeni u vakcinu pronalaska kako je ovde opisana, vezuju se za A*02 ili A*24. Vakcina može takođe da uključuje sve-vezujuće MHC klasa II peptide. Stoga, vakcina pronalaska može da se koristi za lečenje malignog tumora kod pacijenata koji su ili A*02 pozitivni, A*24 pozitivni ili pozitivni za A*02 i A*24, a nije neophodan nikakav izbor za MHC klasa II alotipove zbog svevezujuće prirode ovih peptida.
[0313] Kombinovanje, na primer, A*02 i A*24 peptida u jednoj vakcini ima prednost da veći procenat bilo koje populacije pacijenata može da se leči u poređenju sa tim kada se cilja bilo koji od ova dva MHC klasa I alela sam. Dok u većini populacija pomoću bilo kog od ova dva alela samog može da se targetira manje od 50% pacijenata, vakcina pronalaska može da leči najmanje 60% pacijenata u bilo kojoj relevantnoj populaciji. Konkretno, sledeći procenti pacijenata će biti pozitivni na najmanje jedan od ovih alela u različitim regionima: SAD 61%, Zapadna Evropa 62%, Kina 75%, Južna Koreja 77%, Japan 86% (izračunato sa www.allelefrequencies.net).
[0314] Na način kako je korišćeno u ovom dokumentu, upućivanje na DNK sekvencu obuhvata i jednolančanu i dvolančanu DNK. Tako, specifična sekvenca, sem ako kontekst ne ukazuje drugačije, odnosi se na jednolančanu DNK takve sekvence, dupleks takve sekvence sa njenim komplementarnim delom (dvolančana DNK) i komplementarni deo takve sekvence. Termin „kodirajući region“ odnosi se na onaj deo gena koji ili prirodno ili normalno kodira proizvod ekspresije datog gena u njegovoj prirodnoj genomskoj sredini, tj. region koji in vivo kodira proizvod prirodne ekspresije tog gena.
[0315] Kodirajući region može biti izveden iz nemutiranog („normalnog“), mutiranog ili izmenjenog gena, ili čak izveden iz DNK sekvence, ili gena, koji su u potpunosti sintetizovani u laboratoriji pomoću metoda koji su dobro poznati stručnjacima iz oblasti sinteze DNK.
[0316] U poželjnom otelotvorenju, termin „nukleotidna sekvenca“ odnosi se na heteropolimer deoksiribonukleotida.
[0317] Nukleotidna sekvenca koja kodira određeni peptid, oligopeptid ili polipeptid može biti prirodno postojeća ili mogu biti sintetički napravljene. Uopšteno, DNK segmenti koji kodiraju peptide, polipeptide i proteine ovog pronalaska sastavljaju se iz cDNK fragmenata i kratkih oligonukleotidnih povezivača, ili iz serije oligonukleotida, kako bi se obezbedio sintetički gen koji je u stanju da bude eksprimiran u rekombinantnoj transkripcionoj jedinici koja sadrži regulatorne elemente dobijene iz mikrobnog ili virusnog operona.
[0318] Na način kako je korišćen u ovom dokumentu termin „nukleotidni kod za peptid“ (ili koji kodira) odnosi se na nukleotidnu sekvencu koja kodira peptid uključujući veštačke (napravljene od strane ljudi) start i stop kodone kompatibilne za biološki sistem koji će eksprimirati sekvencu, na primer, dendritičnu ćeliju ili drugi ćelijski sistem koristan za proizvodnju TCR.
[0319] Termin „proizvod ekspresije“ označava polipeptid ili protein koji je prirodni proizvod translacije gena i bilo koje sekvence nukleinskih kiselina koja kodira ekvivalente koji nastaju iz degeneracije genetskog koda i tako kodiraju istu aminokiselinu(e).
[0320] Termin „fragment“, kada se odnosi na kodirajuću sekvencu, označava deo DNK koji sadrži manje od kompletnog kodirajućeg regiona, čiji proizvod ekspresije esencijalno zadržava istu biološku funkciju ili aktivnost kao i proizvod ekspresije kompletnog kodirajućeg regiona.
[0321] Termin „DNK segment“ odnosi se na DNK polimer, u obliku zasebnog fragmenta ili kao komponenta većeg DNK konstrukta, koji je dobijen iz DNK koja je izolovana najmanje jednom u suštinski čistom obliku, tj. ne sadrži kontaminirajuće endogene materijale i u količini ili koncentraciji koja omogućava identifikaciju, manipulaciju i ponovno dobijanje segmenta i njegovih komponentnih nukleotidnih sekvenci pomoću standardnih biohemijskih metoda, na primer upotrebom vektora za kloniranje. Takvi segmenti se obezbeđuju u obliku otvorenog okvira č itanja koji nije prekinut unutrašnjim netranslatornim sekvencama, ili intronima, koji su tipično prisutni u eukariotskim genima. Sekvence netranslatorne DNK mogu biti prisutne nishodno od otvorenog okvira čitanja, gde iste ne ometaju manipulaciju ili ekspresiju kodirajućih regiona.
[0322] Termin „prajmer“ označava kratku sekvencu nukleinskih kiselina koja može biti uparena sa jednim lancem DNK i obezbeđuje slobodan 3'-OH kraj na kojem DNK polimeraza započinje sintezu deoksiribonukleotidnog lanca.
[0323] Termin „promoter“ označava region DNK koji je uključen u vezivanje RNK polimeraze kako bi se inicirala transkripcija.
[0324] Termin „izolovan“ označava da je materijal uklonjen iz njegove originalne sredine (npr. prirodne sredine ako se on prirodno javlja). Na primer, prirodno postojeći polinukleotid ili polipeptid prisutan u živoj životinji nije izolovan, ali isti polinukleotid ili polipeptid, izdvojen iz nekog ili svih koegzistirajućih materijala u prirodnom sistemu, jeste izolovan. Takvi polinukleotidi mogu biti deo vektora i/ili takvi polinukleotidi ili polipeptidi mogu biti deo smeše, a da i dalje budu izolovani tako što takav vektor ili smeša nije deo njegove prirodne sredine.
[0325] Polinukleotidi, i rekombinantni ili imunogeni polipeptidi, predstavljeni u skladu sa predmetnim pronalaskom mogu takođe biti u „prečišćenom“ obliku. Termin „prečišćen“ ne zahteva apsolutnu čistoću; on je pre namenjen kao relativna definicija, i može obuhvatati preparate koji su visoko prečišćeni ili preparate koji su samo delimično prečišćeni, shodno razumevanju tih termina od strane stručnjaka u relevantnoj oblasti. Na primer, pojedinačni klonovi izolovani iz biblioteke cDNK su dogovorno prečišćeni do elektroforetske homogenosti. Prečišćavanje početnog materijala ili prirodnog materijala do najmanje jednog reda veličine, poželjno dva ili tri reda, i još poželjnije četiri ili pet redova veličine se izričito razmatra. Pored toga, polipeptid patentnog zahteva koji ima čistoću od poželjno 99,999%, ili najmanje 99,99% ili 99,9%; i čak poželjno 99% po težini ili veću izričito se razmatra.
[0326] Nukleinske kiseline i proizvodi ekspresije polipeptida predstavljeni u skladu sa predmetnim pronalaskom, kao i vektori ekspresije koji sadrže takve nukleinske kiseline i/ili takve polipeptide, mogu biti u „obogaćenom obliku“. Na način kako je korišćen u ovom dokumentu, termin „obogaćen“ znači da je koncentracija materijala najmanje oko 2, 5, 10, 100 ili 1000 puta veća od njegove prirodne koncentracije (na primer), pri čemu prednost ima 0,01% po težini, poželjno najmanje oko 0,1% po težini. Obogaćeni preparati od oko 0,5%, 1%, 5%, 10% i 20% po težini takođe se razmatraju. Sekvence, konstrukti, vektori, klonovi i drugi materijali koji sačinjavaju predmetni pronalazak mogu pogodno biti u obogaćenom ili izolovanom obliku.
[0327] Termin „aktivni fragment“ označava fragment, obično peptida, polipeptida ili sekvence nukleinske kiseline, koji izaziva imunski odgovor (tj. ima imunogenu aktivnost) kada se primeni, samostalno ili opciono sa prikladnim adjuvansom ili u vektoru, na životinji, kao što je sisar, na primer, zec ili miš, i takođe uključujući ljude, pri čemu takav imunski odgovor po obliku stimuliše T-ćelijski odgovor unutar životinje primaoca, kao š to je č ovek. Alternativno, „aktivni fragment“ može takođe da se koristi za indukciju T-ćelijskog odgovora in vitro.
[0328] Na način kako su korišćeni ovde, termini „deo“, „segment“ i „fragment“, kada se koriste u vezi sa polipeptidima, odnose se na kontinuiranu sekvencu ostataka, kao što su aminokiselinski ostaci, čija sekvenca obrazuje podskup veće sekvence. Na primer, ako je polipeptid bio podvrgnut tretmanu sa bilo kojom od uobičajenih endopeptidaza, kao š to su tripsin ili himotripsin, oligopeptidi nastali kao posledica takvog tretmana bi predstavljali delove, segmente ili fragmente početnog polipeptida. Kada se koriste u vezi sa polinukleotidima, ovi termini se odnose na proizvode koji se dobijaju tretiranjem navedenih polinukleotida sa bilo kojom od endonukleaza.
Procenat identičnosti = 100 [1 -(C/R)]
[0329] Originalni (nemodifikovani) peptidi kako su ovde predstavljeni mogu biti modifikovani supstitucijom jednog ili više ostataka na različitim, poželjno selektivnim, položajima unutar peptidnog lanca, ako nije navedeno drugačije. Poželjno, te supstitucije nalaze se na kraju aminokiselinskog lanca. Takve supstitucije mogu biti konzervativne prirode, na primer, kada se jedna aminokiselina zamenjuje aminokiselinom slične strukture i sličnih karakteristika, kao kada se hidrofobna aminokiselina zamenjuje drugom hidrofobnom aminokiselinom. Još konzervativnija bi bila zamena aminokiselina iste ili slične veličine i hemijske prirode, kao kada se leucin zamenjuje izoleucinom. U studijama varijacija sekvenci u familijama prirodno javljajućih homolognih proteina, određene supstitucije aminokiselina se češće tolerišu od drugih, i one često pokazuju korelaciju sa sličnostima u veličini, naelektrisanju, polaritetu i hidrofobnosti između originalne aminokiseline i njene zamene, i kao takve predstavljaju osnovu za definisanje „konzervativnih supstitucija“.
[0330] Konzervativne supstitucije su ovde definisane kao zamena u okviru jedne od sledećih pet grupa: Grupa 1 – mali alifatični, nepolarni ili malo polarni ostaci (Ala, Ser, Thr, Pro, Gly); Grupa 2 – polarni, negativno naelektrisani ostaci i njihovi amidi (Asp, Asn, Glu, Gln); Grupa 3 – polarni, pozitivno naelektrisani ostaci (His, Arg, Lys); Grupa 4 – veliki, alifatični, nepolarni ostaci (Met, Leu, Ile, Val, Cys); i Grupa 5 – veliki aromatični ostaci (Phe, Tyr, Trp).
[0331] Manje konzervativne supstitucije bi mogle da uključuju zamenu jedne aminokiseline drugom koja ima slične karakteristike ali je malo drugačije veličine, kao što je zamena alaninskog ostatka izoleucinskim ostatkom. Veoma nekonzervativne zamene bi mogle da uključuju supstituisanje kisele aminokiseline polarnom, ili čak i aminokiselinom baznog karaktera. Takve „radikalne“ supstitucije ne mogu, ipak, da se odbace kao potencijalno neefikasne jer hemijski efekti nisu potpuno predvidivi a radikalne supstitucije bi mogle da dovedu do srećnih slučajnih otkrića koja inače ne bi mogla da se predvide iz jednostavnih hemijskih principa.
[0332] Naravno, takve supstitucije mogu uključivati strukture koje nisu uobičajene L-aminokiseline. Tako, D-aminokiseline bi mogle da supstituišu L-aminokiseline koje se uobičajeno nalaze u antigenim peptidima pronalaska a da i dalje budu obuhvaćene onim što je ovde objavljeno. Pored toga, aminokiseline koje poseduju nestandardne R grupe (tj. R grupe koje se ne nalaze u uobičajenih 20 aminokiselina prirodnih proteina) takođe se mogu koristiti u svrhe supstituisanja da bi se proizveli imunogeni i imunogeni polipeptidi u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0333] Ako se utvrdi da supstitucije na više od jednog položaja rezultuju peptidom sa značajnom jednakom ili većom antigenom aktivnošću kako je definisano u nastavku, onda ć e kombinacije tih supstitucija biti testirane kako bi se utvrdilo da li kombinovane supstitucije rezultuju aditivnim ili sinergističkim efektima na antigenost peptida. Najviše, u okviru peptida neće biti istovremeno supstituisano više od četiri položaja.
[0334] Aminokiseline za elongaciju/produžavanje mogu biti peptidi originalne sekvence proteina ili bilo koja druga aminokiselina(e). Elongacija može da se koristi za poboljšavanje stabilnosti ili rastvorljivosti peptida.
[0335] Termin „T-ćelijski odgovor“ označava specifičnu proliferaciju i aktivaciju efektorskih funkcija indukovanih peptidom in vitro ili in vivo. Za MHC klasa I restrikovane CTL, efektorske funkcije mogu biti liza ciljnih ćelija pulsiranih peptidom, pulsiranih prekursorom peptida ili ciljnih ćelija koje prirodno prezentuju peptid, sekrecija citokina, poželjno interferon-gama, TNF-alfa ili IL-2, indukovana peptidom, sekrecija efektorskih molekula, poželjno granzima ili perforina, indukovana peptidom, ili degranulacija.
[0336] Poželjno, kada se T ćelije specifične za peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom testiraju na supstituisane peptide, koncentracija peptida pri kojoj supstituisani peptidi dostižu polovinu maksimalnog povećanja lize u odnosu na pozadinu nije veća od oko 1 mmol/l, poželjno nije veća od oko 1 µmol/l, poželjnije nije veća od oko 1 nmol/l, a još poželjnije nije veća od oko 100 pmol/l, i najpoželjnije nije veća od oko 10 pmol/l. Takođe je poželjno da supstituisani peptid bude prepoznat od strane T ćelija dobijenih od više od jedne osobe, najmanje dve, a još poželjnije tri osobe.
[0337] Tako, ovde predstavljeni epitopi mogu biti identični prirodno javljajućim tumor-asociranim ili tumorspecifičnim epitopima ili mogu obuhvatati epitope koji se razlikuju za ne više od č etiri ostataka od referentnog peptida, dokle god imaju značajno identičnu antigenu aktivnost.
[0338] MHC molekuli klase I se mogu naći na većini ćelija koje sadrže jedro koje prezentuju peptide koji nastaju kao posledica proteolitičkog cepanja uglavnom endogenih proteina, proteina citosola ili jedra, DRIP-ova i većih peptida. Međutim na MHC molekulima klase I se č esto nalaze i peptidi dobijeni iz endozoma ili egzogenih izvora. Ovaj neklasičan način prezentacije klase I se u literaturi naziva unakrsna prezentacija.
[0339] Budući da obe vrste odgovora, CD8 i CD4-zavisan, zajednički i sinergistički doprinose antitumorskom efektu, identifikacija i karakterizacija tumor-asociranih antigena prepoznatih pomoću ili CD8-pozitivnih T ćelija (MHC molekul klase I) ili pomoću CD4-pozitivnih T ćelija (MHC molekul klase II) važna je u razvoju tumorskih vakcina.
[0340] Imajući u vidu ozbiljna neželjena dejstva i trošak u vezi sa lečenjem raka preko su potrebni bolji metodi prognoze i dijagnostikovanja. Zato, postoji potreba da se identifikuju drugi faktori koji predstavljaju biomarkere za rak uopšte i konkretno za HCC. Pored toga, postoji potreba da se identifikuju faktori koji mogu da se koriste u lečenju raka uopšte i konkretno HCC.
[0341] Predmetni pronalazak obezbeđuje peptide koji su korisni u lečenju raka / tumora, poželjno HCC koji prekomerno ili isključivo prezentuju peptide pronalaska. Za ove peptide je pokazano masenom spektrometrijom da ih prirodno prezentuju HLA molekuli na primarnim humanim uzorcima HCC.
[0342] Dokazano je da su izvorni gen/protein (koji se takođe naziva „protein kompletne dužine“ ili „osnovni protein“) iz kojih su dobijeni peptidi visoko prekomerno eksprimirani u karcinomu u poređenju sa normalnim tkivima – „normalna tkiva“ u pogledu ovog pronalaska će označavati ili zdrave ćelije jetre ili normalne ćelije drugih tkiva, što pokazuje visok stepen tumorske asocijacije izvornih gena (pogledajte primer 2). Štaviše, sami peptidi su snažno prekomerno prezentovani na tumorskom tkivu – „tumorsko tkivo“ u pogledu ovog pronalaska će označavati uzorak od pacijenta koji boluje od HCC, ali ne na normalnim tkivima (vidite primer 1).
[0343] HLA-vezani peptidi mogu da budu prepoznati od strane imunskog sistema, specifično T limfocita. T ćelije mogu da unište ćelije koje prezentuju prepoznati kompleks HLA/peptid, npr. ćelije HCC koje prezentuju dobijene peptide.
[0344] Za peptide predmetnog pronalaska je dokazano da su sposobni da stimulišu T-ćelijske odgovore i/ili da su prekomerno prezentovani i da samim tim mogu da se koriste za proizvodnju antitela i/ili TCR, konkretno sTCR, u skladu sa predmetnim pronalaskom (pogledajte primer 3). Pored toga, peptidi, kada su u kompleksu sa odgovarajućim MHC, mogu takođe da se koriste za proizvodnju antitela i/ili TCR, konkretno sTCR, u skladu sa predmetnim pronalaskom. Odgovarajući metodi dobro su poznati osobi stručnoj u ovoj oblasti i mogu se naći i u odgovarajućoj literaturi. Tako su peptidi predmetnog pronalaska korisni za generisanje imunskog odgovora kod pacijenta pomoću kojeg mogu da se unište tumorske ćelije. Imunski odgovor kod pacijenta može da se indukuje direktnim davanjem opisanih peptida ili prikladnih prekursorskih supstanci (npr. produženi peptidi, proteini, ili nukleinske kiseline koje kodiraju ove peptide) pacijentu, idealno u kombinaciji sa agensom koji pojačava imunogenost (tj. adjuvansom).
[0345] Može se očekivati da imunski odgovor koji potiče od takve terapeutske vakcinacije bude visoko specifičan protiv tumorskih ć elija zato š to ciljni peptidi predmetnog pronalaska nisu prezentovani na normalnim tkivima u uporedivom broju kopija, čime se sprečava rizik od neželjenih autoimunskih reakcija protiv normalnih ćelija kod pacijenta.
[0346] „Farmaceutska smeša“ je poželjno smeša koja je pogodna za davanje ljudskom biću u medicinskim okolnostima. Poželjno, farmaceutska smeša je sterilna i proizvedena u skladu sa smernicama Dobre proizvođačke prakse (DPP).
[0347] Farmaceutske smeše sadrže peptide ili u slobodnom obliku ili u obliku farmaceutski prihvatljive soli (pogledajte ranije u tekstu). Na način kako je korišćen u ovom tekstu, termin „farmaceutski prihvatljiva so“ odnosi se na derivat opisanih peptida, naznačeno time što je peptid modifikovan pravljenjem kiselih ili baznih soli agensa. Na primer, kisele soli se dobijaju od slobodne baze (tipično naznačeno time što neutralni oblik leka ima neutralnu –NH2 grupu) što uključuje reakciju sa pogodnom kiselinom. Pogodne kiseline za dobijanje kiselih soli uključuju i organske kiseline, npr. sirćetna kiselina, propionska kiselina, glikolna kiselina, piruvična kiselina, oksalna kiselina, jabučna kiselina, malonska kiselina, ćilibarna kiselina, maleinska kiselina, fumarna kiselina, vinska kiselina, limunska kiselina, benzoeva kiselina, cimetna kiselina, bademova kiselina, metansulfonska kiselina, etansulfonska kiselina, p-toluensulfonska kiselina, salicilna kiselina i slične, kao i neorganske kiseline, npr. hlorovodonična kiselina, bromovodonična kiselina, sumporna kiselina, azotna kiselina, fosforna kiselina i slične. Obratno, preparati baznih soli iz kiselih delova koji mogu biti prisutni na peptidu dobijaju se upotrebom farmaceutski prihvatljive baze kao što je natrijum hidroksid, kalijum hidroksid, amonijum hidroksid, kalcijum hidroksid, trimetilamin ili slične.
[0348] U jednom posebno poželjnom otelotvorenju, farmaceutske smeše sadrže peptide u vidu soli sirćetne kiseline (acetati), trifluoro acetata ili hlorovodonične kiseline (hloridi).
[0349] Posebno poželjna je upotreba smeše, npr. vakcine, koja sadrži peptide koji imaju sekvencu u skladu sa ID BR. SEKV 1, 2, 7, 225, 228, 301, 303 i 312 ili skelu koja je reaktivna protiv peptida koji imaju sekvencu u skladu sa ID BR. SEKV 1, 2, 7, 225, 228, 301, 303 i 312 i njihovih kompleksa sa MHC molekulima.
[0350] Peptidi predmetnog pronalaska mogu da se koriste za stvaranje i razvoj specifičnih antitela protiv kompleksa MHC/peptid. Ona se mogu koristiti za terapiju, tako što će ciljno dovoditi toksine ili radioaktivne supstance u obolelo tkivo. Druga primena ovih antitela može biti ciljno dovođenje radionuklida u obolelo tkivo u svrhe imidžinga kao što je PET. Ova primena može pomoći da se detektuju male metastaze ili utvrdi veličina i precizna lokacija obolelih tkiva.
[0351] Stoga, predstavljen je metod za proizvodnju rekombinantnog antitela koje se specifično vezuje za humani glavni kompleks gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I koji je u kompleksu sa HLA-restrikovanim antigenom, pri čemu se metod sastoji od: imunizacije genetičkim inžinjeringom napravljenog nehumanog sisara koji sadrži ćelije koje eksprimiraju navedeni humani glavni kompleks gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I sa solubilnim oblikom MHC molekula klase I ili II koji je u kompleksu sa navedenim HLA-restrikovanim antigenom; izolacije molekula mRNK iz ćelija navedenog sisara koji nije čovek koje proizvode antitela; proizvodnje biblioteke prikaza faga koja prikazuje molekule proteina kodiranih navedenim molekulima mRNK; i izolacije najmanje jednog faga iz navedene biblioteke prikaza faga, pri čemu taj navedeni najmanje jedan fag prikazuje navedeno antitelo koje se specifično vezuje za navedeni humani glavni kompleks gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I koji je u kompleksu sa navedenim HLA-restrikovanim antigenom.
[0352] Dalji je aspekt pronalaska da se obezbedi antitelo koje se specifično vezuje za humani glavni kompleks gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I koji je u kompleksu sa HLA-restrikovanim antigenom u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time š to je antitelo poželjno poliklonalno antitelo, monoklonalno antitelo, bispecifično antitelo i/ili himerno antitelo.
[0353] Predstavljen je metod proizvodnje navedenog antitela koje se specifično vezuje za humani glavni kompleks gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I koji je u kompleksu sa HLA-restrikovanim antigenom, pri čemu se metod sastoji od: imunizacije genetičkim inžinjeringom napravljenog nehumanog sisara koji sadrži ćelije koje eksprimiraju navedeni humani glavni kompleks gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I sa solubilnim oblikom MHC molekula klase I koji je u kompleksu sa navedenim HLA-restrikovanim antigenom; izolacije molekula mRNK iz ćelija navedenog sisara koji nije čovek koje proizvode antitela; proizvodnje biblioteke prikaza faga koja prikazuje molekule proteina kodiranih navedenim molekulima mRNK; i izolacije najmanje jednog faga iz navedene biblioteke prikaza faga, pri čemu taj navedeni najmanje jedan fag prikazuje navedeno antitelo koje je u stanju da se specifično veže za navedeni humani glavni kompleks gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I koji je u kompleksu sa navedenim HLA-restrikovanim antigenom. Odgovarajući metodi za proizvodnju takvih antitela i jednolančanih glavnih kompleksa gena tkivne podudarnosti klase I, kao i ostali alati za proizvodnju ovih antitela izneti su u patentima WO 03/068201, WO 2004/084798, WO 01/72768, WO 03/070752, kao i radovima Cohen CJ, et al. Recombinant antibodies with MHC-restricted, peptide-specific, T-cell receptor-like specificity: new tools to study antigen presentation and TCR-peptide-MHC interactions. J Mol Recognit. 2003 Sep-Oct;16(5):324-32.; Denkberg G, et al. Selective targeting of melanoma and APCs using a recombinant antibody with TCR-like specificity directed toward a melanoma differentiation antigen. J Immunol. 2003 Sep 1;171(5):2197-207; i Cohen CJ, et al. Direct phenotypic analysis of human MHC class I antigen presentation: visualization, quantitation, and in situ detection of human viral epitopes using peptidespecific, MHC-restricted human recombinant antibodies. J Immunol.2003 Apr 15; 170(8):4349-61.
[0354] Poželjno, antitelo se vezuje za kompleks sa afinitetom vezivanja manjim od 20 nanomol/l, poželjno ispod 10 nanomol/l, što se u kontekstu predmetnog pronalaska smatra „specifičnim“.
[0355] Dalji je aspekt pronalaska da se obezbedi metod za proizvodnju rastvorljivog T-ćelijskog receptora (sTCR) koji prepoznaje specifični kompleks peptid-MHC. Takvi rastvorljivi T-ćelijski receptori mogu da se naprave od specifičnih T-ćelijskih klonova, a njihov afinitet može da se poveća pomoću mutageneze koja cilja komplementarne determinišuće regione. U svrhe odabira T-ćelijskog receptora, može se koristiti prikaz faga (US 2010/0113300, Liddy N, et al. Monoclonal TCR-redirected tumor cell killing. Nat Med 2012 Jun;18(6):980-987). U svrhu stabilizacije T-ćelijskih receptora u toku prikaza faga i u slučaju praktične primene u vidu leka, alfa i beta lanac mogu da se povežu, npr. neprirodnim disulfidnim vezama, bilo kovalnetnim vezama (jednolančani T-ćelijski receptor) ili pomoću domena dimerizacije (vidite rad Boulter JM, et al. Stable, soluble T-cell receptor molecules for crystallization and therapeutics. Protein Eng 2003 Sep;16(9):707-711.; Card KF, et al. A soluble single-chain T-cell receptor IL-2 fusion protein retains MHC-restricted peptide specificity and IL-2 bioactivity. Cancer Immunol Immunother 2004 Apr;53(4):345-357; i Willcox BE, et al. Production of soluble alphabeta T-cell receptor heterodimers suitable for biophysical analysis of ligand binding. Protein Sci 1999 Nov; 8 (11):2418-2423). T-ćelijski receptor može biti povezan sa toksinima, lekovima, citokinima (vidite, na primer, patent US 2013/0115191), domenima koji regrutuju efektorske ćelije kao što je anti-CD3 domen, itd. kako bi se izvršile određene funkcije na ciljnim ćelijama. Pored toga, on može biti eksprimiran u T ćelijama koje se koriste za adoptivni transfer. Dalje informacije se mogu naći u patentima WO 2004/033685A1 i WO 2004/074322A1. Kombinacija sTCR opisana je u WO 2012/056407A1. Dalji metodi za proizvodnju izneti su u WO 2013/057586A1.
[0356] Pored toga, peptidi i/ili TCR-ovi ili antitela ili drugi vezujući molekuli predmetnog pronalaska mogu da se koriste da se potvrdi dijagnoza karcinoma patologa na osnovu bioptiranog uzorka.
[0357] Da bi se izabrali prekomerno prezentovani peptidi, izračunava se profil prezentacije koji pokazuje srednju prezentaciju uzorka kao i varijaciju replikata. Profil postavlja jedno uz drugo uzorke tumora od interesovanja sa polaznim vrednostima uzoraka normalnog tkiva. Svaki od ovih profila može zatim biti konsolidovan u rezultat prekomerne prezentacije pomoću izračunavanja p-vrednosti modela linearnih mešovitih efekata (J. Pinheiro, et al. The nlme Package: Linear and Nonlinear Mixed Effects Models.
2007) uz prilagođavanje za višestruko testiranje pomoću stope lažnog otkrivanja (Y. Benjamini and Y. Hochberg. Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing. Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological), svezak 57 (br.1):289-300, 1995).
[0358] Radi identifikacije i relativne kvantifikacije HLA liganada pomoću masene spektrometrije, HLA molekuli iz uzoraka tkiva zamrznutih brzim zamrzavanjem su prečišćeni a HLA-asocirani peptidi su izolovani. Izolovani peptidi su razdvojeni a sekvence su identifikovane pomoću onlajn eksperimenata nano-elektrosprej-jonizacije (nanoESI) tečne hromatografije-masene spektrometrije (LC-MS). Tako dobijene peptidne sekvence su potvrđene poređenjem obrasca fragmentacije prirodnih TUMAP zabeleženog iz uzoraka HCC (N = 16 A*02-pozitivnih uzoraka uključujući trinaest A*02:01-pozitivnih uzoraka, N = 15 A*24-pozitivnih uzoraka) sa obrascima fragmentacije odgovarajućih sintetičkih referentnih peptida identičnih sekvenci. Budući da su peptidi direktno identifikovani kao ligandi HLA molekula primarnih tumora, ovi rezultati daju direktan dokaz za prirodnu obradu i prezentaciju identifikovanih peptida na tkivu primarnog karcinoma dobijenog od 31 pacijenta sa HCC.
[0359] Linija korišćena u otkriću XPRESIDENT® v2.1 (vidite na primer US 2013-0096016) omogućava identifikaciju i selekciju relevantnih prekomerno prezentovanih peptida kandidata za vakcinu na osnovu direktne relativne kvantifikacije nivoa HLA-restrikovanog peptida na malignim tkivima u poređenju sa nekoliko različitih nemalignih tkiva i organa. Ovo je postignuto razvojem diferencijalne kvantifikacije bez obeležavanja primenom podataka dobijenih pomoću LC-MS koji su obrađeni vlasničkom linijom za analizu podataka, kombinovanjem algoritama za identifikaciju sekvence, grupisanje spektra, brojanje jona, poravnanje vremena zadržavanja, slabljenje naelektrisanog stanja i normalizaciju.
[0360] Ustanovljeni su nivoi prezentacije uključujući procene greške za svaki peptid i uzorak. Identifikovani su peptidi koji su isključivo prezentovani na tumorskom tkivu i peptidi koji su prekomerno prezentovani u tumorskim u poređenju sa nemalignim tkivima i organima. Kompleksi HLA-peptid iz uzoraka tumorskog tkiva HCC su prečišćeni a HLA-asocirani peptidi su izolovani i analizirani pomoću LC-MS (vidite primere). Svi TUMAP koji su sadržani u predmetnoj aplikaciji ovim pristupom su identifikovani na uzorcima primarnog HCC čime je potvrđena njihova prezentacija na primarnom HCC.
[0361] TUMAP identifikovani na multiplim HCC tumorskim i normalnim tkivima kvantifikovani su pomoću brojanja jona LC-MS podataka bez obeležavanja. Metod pretpostavlja da oblasti LC-MS signala peptida koreliraju sa njegovom obilnošću u uzorku. Svi kvantitativni signali peptida u raznim LC-MS eksperimentima su normalizovani na osnovu centralne tendencije, uprosečene po uzorku i sjedinjeni u stubičasti dijagram, koji se naziva profil prezentacije. Profil prezentacije objedinjuje različite metode analize kao što su pretraživanje baze podataka proteina, grupisanje spektra, slabljenje naelektrisanog stanja (gubitak naelektrisanja) i poravnanje vremena zadržavanja i normalizaciju.
[0362] Ovaj pronalazak se odnosi na peptid koji se sastoji od aminokiselinske sekvence SEK ID br. 53 i njegove farmaceutski prihvatljive soli, pri čemu navedeni peptid ima sposobnost da se veže za molekul humanog glavnog kompleksa histokompatibilnosti (MHC) klase-I i pri čemu navedeni peptid, kada je vezan za MHC, može da bude prepoznat od strane CD8 T ćelija.
[0363] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptide u skladu sa pronalaskom koji imaju sposobnost da se vežu za molekul klase I humanog glavnog kompleksa gena tkivne podudarnosti (MHC).
[0364] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptid u skladu sa pronalaskom naznačen time što peptid sadrži aminokiselinsku sekvencu prema ID BR. SEKV: 53.
[0365] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptide u skladu sa pronalaskom, naznačene time što peptid sadrži nepeptidne veze.
[0366] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptide u skladu sa pronalaskom, naznačene time što je peptid deo fuzionog proteina, koji sadrži N-terminalne aminokiseline HLA-DR antigen-asociranog nepromenjivog lanca (Ii).
[0367] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na nukleinsku kiselinu koja kodira peptide u skladu sa pronalaskom.
[0368] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na nukleinsku kiselinu u skladu sa pronalaskom koja je DNK, cDNK, PNK, RNK ili njihova kombinacija.
[0369] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na vektor ekspresije koji eksprimira nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom.
[0370] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom, nukleinsku kiselinu u skladu sa predmetnim pronalaskom ili vektor ekspresije u skladu sa predmetnim pronalaskom za upotrebu u medicini, konkretno u lečenju HCC.
[0371] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na ćeliju domaćina koja sadrži nukleinsku kiselinu u skladu sa pronalaskom ili vektor ekspresije u skladu sa pronalaskom.
[0372] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na ćeliju domaćina u skladu sa predmetnim pronalaskom koja je antigen-prezentujuća ćelija, a poželjno dendritična ćelija.
[0373] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na metod u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što se antigen postavlja na MHC molekule klase I eksprimirane na površini prikladne antigenprezentujuće ćelije tako š to se dovoljna količina antigena dovodi u kontakt sa antigen-prezentujućom ćelijom.
[0374] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na metod u skladu sa pronalaskom, naznačeno time što antigen-prezentujuća ćelija sadrži vektor ekspresije koji eksprimira navedeni peptid koji sadrži ID BR. SEKV: 53.
[0375] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu bilo kog opisanog peptida, nukleinske kiseline u skladu sa predmetnim pronalaskom, vektora ekspresije u skladu sa predmetnim pronalaskom, ćelije u skladu sa predmetnim pronalaskom, ili aktiviranog citotoksičnog T limfocita u skladu sa predmetnim pronalaskom u vidu leka ili u proizvodnji leka. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa predmetnim pronalaskom, naznačeno time što je lek aktivan protiv malignog tumora.
[0376] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa pronalaskom, naznačeno time što je lek vakcina. Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa pronalaskom, naznačeno time što je lek aktivan protiv malignog tumora.
[0377] Predmetni pronalazak se dalje odnosi na upotrebu u skladu sa pronalaskom, naznačenu time što su navedene ćelije malignog tumora HCC ćelije ili ćelije drugih solidnih ili hematoloških tumora kao što su karcinom pankreasa, maligni tumor mozga, karcinom bubrega, karcinom kolona ili rektuma ili leukemija.
[0378] Termin „antitelo“ ili „antitela“ je u ovom dokumentu korišćen u širokom smislu i uključuje kako poliklonalna tako i monoklonalna antitela. Pored intaktnih ili „kompletnih“ molekula imunoglobulina, pod terminom „antitela“ su takođe obuhvaćeni i fragmenti (npr. CDR-ovi, Fv, Fab i Fc fragmenti) ili polimeri tih molekula imunoglobulina i humanizovane verzije molekula imunoglobulina, ukoliko oni ispoljavaju bilo koje od željenih svojstava (npr. specifično vezivanje markerskog polipeptida HCC-a, isporučivanje toksina ćeliji HCC koja eksprimira markerski gen za karcinom u povećanom stepenu, i/ili inhibicija aktivnosti markerskog polipeptida HCC-a) u skladu sa pronalaskom.
[0379] Kad god je to moguće, antitela pronalaska mogu da se nabave iz komercijalnih izvora. Antitela pronalaska mogu takođe biti napravljena pomoću dobro poznatih metoda. Osobi stručnoj u predmetnoj oblasti će biti poznato da za stvaranje antitela pronalaska mogu da se koriste ili markerski polipeptidi za HCC kompletne dužine ili njihovi fragmenti. Polipeptid koji će se koristiti za stvaranje antitela pronalaska može biti parcijalno ili kompletno prečišćen iz prirodnog izvora, ili može biti proizveden pomoću tehnika rekombinantne DNK.
[0380] Na primer, cDNK koja kodira peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom, kao što je peptid u skladu sa ID BR. SEKV: 53, polipeptid, ili njegov fragment, može biti eksprimirana u prokariotskim ćelijama (npr. bakterije) ili eukariotskim ćelijama (npr. kvasnice, insekti ili ćelije sisara), nakon čega rekombinantni protein može da se prečisti i koristi za stvaranje preparata monoklonalnog ili poliklonalnog antitela koje se specifično vezuje za markerski polipeptid za HCC koji se koristi za stvaranje antitela u skladu sa pronalaskom.
[0381] Osoba stručna u predmetnoj oblasti će shvatiti da stvaranje dva ili više različitih skupova monoklonalnih ili poliklonalnih antitela maksimizira verovatnoću dobijanja antitela sa specifičnošću i afinitetom neophodnim za njegovu namenu (npr. ELISA, imunohistohemija, in vivo imidžing, terapija imunotoksinima). Antitela se testiraju za njihovu željenu aktivnost pomoću poznatih metoda, u skladu sa svrhom za koju će se antitela koristiti (npr. ELISA, imunohistohemija, imunoterapija, itd; za dalje smernice o stvaranju i testiranju antitela pogledajte, npr. Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1988, novo 2. izdanje 2013). Na primer, antitela mogu da se testiraju u ELISA testovima, ili Western blot testovima, imunohistohemijskim bojenjem uzoraka malignog tumora fiksiranih u formalinu ili zamrznutih isečaka tkiva. Nakon njihove inicijalne in vitro karakterizacije, antitela namenjena za terapeutsku ili in vivo dijagnostičku upotrebu testiraju se u skladu sa poznatim metodama kliničkog testiranja.
[0382] Termin „monoklonalno antitelo“ na način na koji je korišćen u ovom dokumentu odnosi se na antitelo dobijeno iz značajno homogene populacije antitela, to jest, pojedinačna antitela koja sačinjavaju populaciju su identična izuzev za moguće prirodno javljajuće mutacije koje mogu biti prisutne u manjim količinama. Monoklonalna antitela opisana u ovom dokumentu specifično obuhvataju „himerna“ antitela u kojima je deo teškog i/ili lakog lanca identičan sa ili homologan sa korespondentnim sekvencama u antitelima dobijenim iz određenih vrsta ili koja pripadaju određenoj klasi ili potklasi antitela, dok je preostali deo lanca (lanaca) identičan sa ili homologan sa korespondentnim sekvencama u antitelima dobijenim iz drugih vrsta ili koja pripadaju drugoj klasi ili potklasi antitela, kao i fragmente takvih antitela, sve dok oni ispoljavaju željenu antagonističku aktivnost (US 4,816,567).
[0383] Monoklonalna antitela pronalaska mogu da se pripreme pomoću metoda hibridoma. U metodu hibridoma, miš ili druga odgovarajuća životinja domaćin se obično imunizuje sa sredstvom za imunizaciju kako bi se izazvali limfociti koji proizvode ili su u stanju da proizvode antitela koja će specifično da se vezuju za sredstvo za imunizaciju. Alternativno, imunizacija limfocita može da se izvrši in vitro.
[0384] Monoklonalna antitela mogu takođe da se naprave pomoću metoda rekombinantne DNK, kao što su one koje su opisane u patentu US 4,816,567. DNK koja kodira monoklonalna antitela pronalaska može lako da se izoluje i sekvencionira pomoću konvencionalnih procedura (npr. primenom oligonukleotidnih proba koje su sposobne da se specifično vežu za gene koji kodiraju teške i lake lance mišjih antitela).
[0385] Za pripremanje monovalentnih antitela takođe su pogodne i in vitro metode. Digestija antitela u cilju proizvodnje njihovih fragmenata, konkretno, Fab fragmenata, može da se izvrši pomoću rutinskih tehnika poznatih u predmetnoj oblasti. Na primer, digestija može da se izvrši pomoću papaina. Primeri papainske digestije opisani su u dokumentu WO 94/29348 i patentu US 4,342,566. Papainska digestija antitela tipično proizvodi dva identična fragmenta koja vezuju antigen, koji se nazivaju Fab fragmenti, i svaki sadrži jedno mesto za vezivanje antigena i rezidualni Fc fragment. Tretiranje pepsinom proizvodi F(ab')2 fragment i pFc' fragment.
[0386] Fragmenti antitela, bilo da su povezani sa drugim sekvencama ili ne, mogu takođe uključivati insercije, delecije, supstitucije, ili druge izabrane modifikacije konkretnih regiona ili specifičnih aminokiselinskih ostataka, pod uslovom da aktivnost fragmenta nije značajno izmenjena ili narušena u poređenju sa nemodifikovanim antitelom ili fragmentom antitela. Ove modifikacije mogu obezbediti neka dodatna svojstva, kao što je uklanjanje/dodavanje aminokiselina sposobnih za disuflidno vezivanje, povećanje njegove biološke dugovečnosti, menjanje njegovih sekretornih karakteristika itd. U svakom slučaju, fragment antitela mora da poseduje bioaktivno svojstvo, kao što je aktivnost vezivanja, regulacija vezivanja na domenu za vezivanje, itd. Funkcionalni ili aktivni regioni antitela mogu biti identifikovani pomoću mutageneze specifičnog regiona proteina, nakon čega sledi ekspresija i testiranje eksprimiranog polipeptida. Takvi metodi su očigledni osobi stručnoj u predmetnoj oblasti i mogu uključivati mutagenezu specifičnu za mesto nukleinske kiseline koja kodira fragment antitela.
[0387] Antitela pronalaska mogu dalje da sadrže humanizovana antitela ili humana antitela. Humanizovani oblici nehumanih (npr. mišjih) antitela su himerni imunoglobulini, imunoglobulinski lanci ili njihovi fragmenti (poput Fv, Fab, Fab' ili druge podsekvence antitela koje vezuju antigen) koji sadrže najmanju sekvencu dobijenu iz nehumanog imunoglobulina. Humanizovana antitela uključuju humane imunoglobuline (recipijentno antitelo) u kojim su ostaci iz komplementarnog determinišućeg regiona (CDR) recipijenta zamenjeni ostacima iz CDR nehumanih vrsta (donorsko antitelo) kao što je miš, pacov ili zec koji imaju željenu specifičnost, afinitet i kapacitet. U nekim slučajevima, ostaci okvira Fv (FR) humanog imunoglobulina se zamenjuju odgovarajućim nehumanim ostacima. Humanizovana antitela mogu takođe da sadrže ostatke koji se ne nalaze niti u recipijentnom antitelu niti u uvezenim sekvencama CDR ili okvira. Uopšteno, humanizovano antitelo će u značajnoj meri da sadrži sve od najmanje jednog, i tipično dva, varijabilna domena, u kojem svi ili značajno svi CDR regioni odgovaraju regionima nehumanog imunoglobulina i svi ili značajno svi FR regioni su regioni konsenzus sekvence humanog imunoglobulina. Humanizovano antitelo će takođe optimalno sadržati najmanje deo konstantnog regiona imunoglobulina (Fc), tipično iz humanog imunoglobulina.
[0388] Metodi humanizacije nehumanih antitela dobro su poznati u predmetnoj oblasti. Uopšteno, humanizovano antitelo ima jedan ili više aminokiselinskih ostataka uvedenih u njega iz izvora koji nije ljudski. Ovi nehumani aminokiselinski ostaci se često nazivaju „uvozni“ ostaci, koji se tipično uzimaju iz „uvoznog“ varijabilnog domena. Humanizacija se u suštini može izvršiti supstitucijom glodarskih CDR ili CDR sekvenci za korespondentne sekvence humanog antitela. Saglasno tome, takva „humanizovana“ antitela su himerna antitela (US 4,816,567), naznačeno time što je značajno manje od intaktnog humanog varijabilnog domena supstituisano odgovarajućim sekvencama iz nehumanih vrsta. U praksi, humanizovana antitela su tipično humana antitela u kojima su neki CDR ostaci, a moguće i neki FR ostaci, supstituisani ostacima sa analognih mesta u antitelima glodara.
[0389] U ovu svrhu mogu da se upotrebe transgenske životinje (npr. miševi) koji su sposobni da nakon imunizacije proizvedu kompletan repertoar humanih antitela u odsustvu endogene proizvodnje imunoglobulina. Na primer, opisano je da homozigotna delecija gena koji kodira region spajanja teškog lanca antitela kod miševa sa himernom i gametskom mutacijom rezultira kompletnom inhibicijom endogene proizvodnje antitela. Transfer humanog gametskog niza gena za imunoglobuline u takve miševe sa gametskom mutacijom rezultovaće proizvodnjom humanih antitela nakon izazivanja od strane antigena. Humana antitela mogu takođe da se proizvedu u bibliotekama prikaza faga.
[0390] Antitela pronalaska se poželjno daju ispitaniku u farmaceutski prihvatljivom nosaču. Tipično, koristi se odgovarajuća količina farmaceutski prihvatljive soli za pravljenje formulacije kako bi se napravila izotona formulacija. Primeri farmaceutski prihvatljivog nosača uključuju fiziološki rastvor, Ringerov rastvor i rastvor dekstroze. pH rastvora je poželjno od oko 5 do oko 8, još poželjnije od oko 7 do oko 7,5. Dalji nosači obuhvataju preparate sa održivim oslobađanjem, kao što su polupropustljive matrice solidnih hidrofobnih polimera koji sadrže antitelo, pri čemu su matrice u obliku oblikovanih proizvoda, npr. filmovi, lipozomi ili mikročestice. Osobama stručnim u predmetnoj oblasti će biti očigledno da određeni nosači mogu biti poželjniji u zavisnosti od, na primer, načina primene i koncentracije antitela koje se primenjuje.
[0391] Antitela se mogu dati ispitaniku, pacijentu ili ćeliji pomoću injekcije (npr. intravenska, intraperitonealna, potkožna, intramuskularna) ili pomoću drugih metoda kao što je infuzija, koje osiguravaju isporučivanje u cirkulaciju u efikasnom obliku. Antitela mogu takođe da se primene intratumorskim ili peritumorskim putevima, kako bi ispoljila lokalne kao i sistemske terapijske efekte. Preferira se lokalna ili intravenska injekcija.
[0392] Efikasne doze i režimi primene antitela mogu da se utvrde empirijski a takva određivanja spadaju u okvir veštine predmetne oblasti. Osobe stručne u predmetnoj oblasti će razumeti da će doza antitela, koja mora da se primeni, zavisiti od, na primer, ispitanika koji će dobiti antitelo, načina primene, konkretne vrste korišćenog antitela i drugih lekova koji se primenjuju. Tipična dnevna doza antitela koje se koristi samostalno može se kretati od oko 1 µg/kg do 100 mg/kg telesne težine ili više dnevno, u zavisnosti od gorepomenutih faktora. Nakon primene antitela, poželjno za tretiranje HCC, efikasnost terapijskog antitela može da se proceni na različite načine koji su dobro poznati osobi stručnoj u predmetnoj oblasti. Na primer, veličina, broj i/ili distribucija malignog tumora kod ispitanika koji prima terapiju, može da se prati pomoću standardnih tehnika za imidžing tumora. Antitelo koje se primenjuje u terapijske svrhe, koje zaustavlja rast tumora, rezultuje smanjivanjem veličine tumora i/ili sprečava nastanak novih tumora u poređenju sa tokom bolesti koji bi nastao u odsustvu primene antitela, jeste efikasno antitelo za lečenje malignog tumora.
transkripcija genomske DNK koja kodira ciljani tumorski antigen, ili obrada/transport/ translacija i/ili stabilnost iRNK ciljanog tumorskog antigena.
[0393] Antisens nukleinske kiseline mogu biti isporučene pomoću različitih pristupa. Na primer, antisens oligonukleotidi ili antisens RNK mogu biti direktno administrirane (npr., intravenskom injekcijom) subjektu u obliku koji omogućava preuzimanje u tumorske ćelije. Alternativno, virusni ili plazmidni vektori koji kodiraju antisens RNK (ili fragmente RNK) mogu biti uvedeni u ćelije in vivo. Antisens efekti mogu biti indukovani i pomoću sens sekvenci; međutim, stepen fenotipskih promena je jako promenljiv. Fenotipske promene indukovane efektivnom antisens terapijom se procenjuju prema promenama, npr., ciljnih nivoa iRNK, ciljnih nivoa proteina i/ili nivoa aktivnosti ciljnih proteina.
[0394] U specifičnom primeru, inhibicija funkcije HCC cilja/markera pomoću antisens genske terapije se može izvesti direktnom administracijom subjektu antisens RNK tumor markera. Antisens RNK tumor marker može biti proizveden i izolovan bilo kojom standardnom tehnikom, ali se najlakše proizvodi transkripcijom in vitro korišćenjem antisens tumor markera kDNK pod kontrolom visoko efikasnog promotera (npr., T7 promoter). Administracija RNK antisens tumor markera se može izvesti bilo kojom metodom za direktnu administraciju nukleinske kiseline opisanom dalje u tekstu.
[0395] Alternativna strategija za inhibiciju funkcije proteina izabranog iz grupe koja se sastoji od gore pomenutih proteina, a najpoželjnija je APOB, FASN, i/ili COPA, uključuje upotrebu nukleinske kiseline (npr. siRNA (eng. small interfering. RNA), ili nukleinske kiseline koja kodira za anti-protein antitelo ili njegov deo, koji se može preneti u ćelije raka ili druge ćelije, dovodeći do ekspresije i sekrecije intracelularnog antitela), proteina ili malog molekula ili bilo kojeg drugog jedinjenja ciljajući ekspresiju, translaciju i/ili biološku funkciju ovog proteina.
[0396] U gore opisanim metodama, koje uključuju administraciju i preuzimanje egzogene DNK u ćelije subjekta (tj. transdukciju ili transfekciju gena), nukleinske kiseline iz ovog pronalaska mogu biti u obliku gole DNK ili nukleinske. Antitela se takođe mogu koristiti za in vivo dijagnostičke eseje. Uopšteno, antitelo se obeležava radionuklidom (kao š to je<111>In,<99>Tc,<14>C,<131>I,<3>H,<32>P ili<35>S) tako da se tumor može lokalizovati upotrebom imunoscintigrafije. U jednom otelotvorenju, antitela ili njihovi fragmenti se vezuju za ekstraćelijske domene dva ili više ciljeva proteina izabranih iz grupe koju čine gore navedeni proteini, a vrednost afiniteta (Kd) je manja od 1x10 µmol/l.
[0397] Antitela za dijagnostičku primenu mogu biti obeležena probama koje su prikladne za detekciju različitim imidžing metodama. Metode za detekciju proba uključuju, ali nisu i ograničene na, fluorescenciju, svetlosnu, konfokalnu i elektronsku mikroskopiju; imidžing magnetnom rezonancom i spektroskopiju; fluoroskopiju, kompjuterizovanu tomografiju i pozitronsku emisionu tomografiju. Prikladne probe uključuju, ali nisu i ograničene na, fluorescein, rodamin, eozin i druge fluorofore, radioizotope, zlato, gadolinijum i druge lantanide, paramagnetsko gvožđe, fluorin-18 i druge radionuklide koji emituju pozitrone. Pored toga, probe mogu biti bi- ili multi-funkcionalne i mogu se detektovati pomoću više od jednog od navedenih metoda. Ova antitela mogu biti direktno ili indirektno obeležena navedenim probama. Vezivanje proba za antitela uključuje kovalentno vezivanje probe, inkorporaciju probe u antitelo, i kovalentno vezivanje helirajućeg jedinjenja za vezivanje probe, među ostalima koji su dobro poznati u predmetnoj oblasti. Za imunohistohemiju, uzorak obolelog tkiva može biti svež ili zamrznut ili može biti ukalupljen u parafin i fiksiran konzervansom kao što je formalin. Fiksirani ili ukalupljeni isečci koji sadrže uzorak dovode se u kontakt sa obeleženim primarnim antitelom i sekundarnim antitelom, naznačeno time što se antitelo koristi za detekciju ekspresije proteina in situ.
[0398] Kao što je napred navedeno, ovaj pronalazak tako obezbeđuje peptid koji se sastoji od aminokiselinske sekvence SEK ID BR. 53 i njegove farmaceutski prihvatljive soli, pri čemu navedeni peptid ima sposobnost da se veže za molekul ljudskog kompleksa glavne histokompatibilnosti (MHC) klase-I, i gde navedeni peptid, kada je vezan za MHC, može da bude prepoznat od strane CD8 T ćelija.
[0399] Osoba stručna u predmetnoj oblasti će moći da proceni da li će T ćelije koje su indukovane varijantom specifičnog peptida biti sposobne da unakrsno reaguju sa samim peptidom (Fong L, et al. Altered peptide ligand vaccination with Flt3 ligand expanded dendritic cells for tumor immunotherapy. Proc Natl Acad Sci USA. 2001 Jul 17;98(15):8809-14; Zaremba S, et al. Identification of an enhancer agonist cytotoxic T lymphocyte peptide from human carcinoembryonic antigen. Cancer Res. 1997 Oct 15;57(20):4570-7; Colombetti S, et al. Impact of orthologous melan-A peptide immunizations on the antiself melan-A/HLA-A2 T cell cross-reactivity. J Immunol. 2006 Jun 1;176(11):6560-7; Appay V, et al. Decreased specific CD8+ T cell cross-reactivity of antigen recognition following vaccination with Melan-A peptide. Eur J Immunol.2006 Jul;36(7):1805-14).
[0400] Pod „varijantom“ date aminokiselinske sekvence pronalazači podrazumevaju da bočni lanci, na primer, jednog ili dva aminokiselinska ostatka budu izmenjeni (na primer tako što će biti zamenjeni bočnim lancem drugog aminokiselinskog ostatka koji se prirodno pojavljuje ili nekim drugim bočnim lancem) tako da peptid i dalje bude sposoban da se vezuje za HLA molekul na značajno isti način kao i peptid koji sadrži datu aminokiselinsku sekvencu koja sadrži ID BR. SEKV: 53. Na primer, peptid može biti modifikovan tako da najmanje zadrži, ako ne i poboljša, sposobnost interakcije sa i vezivanja za udubljenje za vezivanje prikladnog MHC molekula, kao što su HLA-A*02 ili -DR, i na taj način najmanje zadrži, ako ne i poboljša, sposobnost vezivanja za TCR aktiviranih T ćelija.
[0401] Ove T ćelije mogu naknadno da unakrsno reaguju sa ćelijama i ubijaju ćelije koje eksprimiraju polipeptid koji sadrži prirodnu aminokiselinsku sekvencu srodnog peptida kako je definisan u aspektima pronalaska. Kako se može izvesti iz naučne literature (Godkin A, et al. Use of eluted peptide sequence data to identify the binding characteristics of peptides to the insulin-dependent diabetes susceptibility allele HLA-DQ8 (DQ 3.2). Int Immunol. 1997 Jun;9(6):905-11) i baza podataka (Rammensee H. et al. SYFPEITHI: database for MHC ligands and peptide motifs. Immunogenetics. 1999 Nov; 50(3-4):213-9), određene pozicije peptida koji vezuju HLA su tipično sidreni ostaci koji obrazuju jezgrenu sekvencu koja se uklapa u vezujući motiv HLA receptora, koji je definisan polarnim, elektrofizičkim, hidrofobnim i prostornim svojstvima polipeptidnih lanaca koji čine udubljenje za vezivanje. Tako će osoba stručna u predmetnoj oblasti moći da modifikuje aminokiselinske sekvence navedene u ID BR. SEKV: 53, zadržavanjem poznatih sidrenih ostataka, i biće u stanju da utvrdi da li takve varijante zadržavaju sposobnost vezivanja za MHC molekule klase I. Predstavljene varijante zadržavaju sposobnost vezivanja za TCR aktiviranih T ćelija, koje naknadno mogu unakrsno reagovati sa i ubiti ćelije koje eksprimiraju polipeptid koji sadrži prirodnu aminokiselinsku sekvencu srodnog peptida kako je definisan u aspektima pronalaska.
[0402] Aminokiselinski ostaci koji ne doprinose značajno interakcijama sa T-ćelijskim receptorom mogu da se modifikuju zamenom sa drugom aminokiselinom čija inkorporacija ne utiče značajno na T-ćelijsku reaktivnost i ne eliminiše vezivanje za relevantni MHC.
Tabela 8: Varijante i motiv peptida u skladu sa ID BR. SEKV: 1, 117 i 246
(nastavak)
[0403] Takođe, mogu biti prikladni i duži peptidi. Takođe je moguće da se obradom peptida iz dužih peptida ili proteina koji sadrže sam epitop, stvore epitopi MHC klase I, mada su oni obično dužine između 8 i 11 aminokiselina. Poželjno je da ostaci koji su bočni na aktuelni epitop budu ostaci koji ne ometaju u značajnoj meri proteolitičko cepanje koje je neophodno da bi se aktuelni epitop eksponirao tokom obrade.
[0404] Naravno, peptid u skladu sa predmetnim pronalaskom će imati sposobnost da se veže za molekul humanog glavnog kompleksa gena tkivne podudarnosti (MHC) klase I ili II. Vezivanje peptida ili varijante za MHC kompleks može da se testira pomoću metoda poznatih u predmetnoj oblasti.
[0405] U naročito preferiranom otelotvorenju pronalaska peptid se sastoji od aminokiselinske sekvence u skladu sa ID BR. SEKV: 53.
[0406] U jednom otelotvorenju predmetnog pronalaska, peptid je deo fuzionog proteina koji sadrži, na primer, 80 N-terminalnih aminokiselina HLA-DR antigen-asociranog nepromenljivog lanca (p33, u nastavku koji je dobijen od američkog Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI), GenBank pristupni broj X00497.
[0407] Pored toga, peptid može biti dalje modifikovan da bi se poboljšala stabilnost i/ili vezivanje za MHC molekule kako bi se izazvao jači imunski odgovor pomoću uvođenja nepeptidnih veza.
[0408] U reverznoj peptidnoj vezi, aminokiselinski ostaci nisu povezani peptidnim (-CO-NH-) vezama već je peptidna veza obrnuta. Takvi retro-inverzni peptidomimetici mogu biti napravljeni pomoću metoda poznatih u predmetnoj oblasti, na primer poput onih opisanih u radu Meziere et al (1997) J. Immunol.159, 3230-3237. Ovaj pristup obuhvata pravljenje pseudopeptida koji sadrže izmene koje uključuju kostur, a ne orijentaciju bočnih lanaca. Meziere i saradnici (1997) pokazuju da su ovi pseudopeptidi korisni za vezivanje MHC i T-pomoćničke ćelijske odgovore. Retro-inverzni peptidi, koji sadrže NH-CO veze umesto CO-NH peptidnih veza, mnogo su otporniji na proteolizu.
[0409] Nepeptidna veza je, na primer, -CH2-NH, -CH2S-, -CH2CH2-, -CH=CH-, -COCH2-, -CH(OH)CH2- i -CH2SO-. Patent US 4,897,445 obezbeđuje metod za sintezu nepeptidnih veza (-CH2-NH) u solidnoj fazi u polipeptidnim lancima koji uključuje polipeptide sintetisane pomoću standardnih postupaka i nepeptidnu vezu sintetisanu reakcijom amino-aldehida i aminokiseline u prisustvu NaCNBH3.
Stabilnost, bioraspoloživost i/ili afinitet peptida. Na primer, hidrofobne grupe kao što su karbobenzoksil, dansil ili t-butiloksikarbonilne grupe mogu biti dodate na amino terminalne krajeve peptida. Slično tome, acetil grupa ili 9-fluorenilmetoksi-karbonilna grupa se mogu smestiti na amino terminalne krajeve peptida. Pored toga, hidrofobna grupa, tbutiloksikarbonil ili amido grupa mogu biti dodate na karboksi terminalne krajeve peptida.
[0410] Osim toga, peptidi iz ovog pronalaska se mogu sintetizovati da se izmeni njihova prostorna konfiguracija. Na primer, može se koristiti D-izomer jedne ili više aminokiselinskih rezidua peptida, umesto uobičajenog L-izomera. Dalje, bar jedna od aminokiselinskih rezidua peptida iz ovog pronalaska može biti supstituisana jednom od dobro poznatih ne-prirodnih aminokiselinskih rezidua. Promene poput ovih mogu poslužiti za povećanje stabilnosti, bioraspoloživosti i/ili akcije vezivanja peptida iz ovog pronalaska.
[0411] Slično tome, peptid ili varijanta iz ovog pronalaska mogu biti hemijski modifikovani reakcijom specifičnih aminokiselina pre ili posle sinteze peptida. Primeri takvih modifikacija su dobro poznati u tehnici i sumirani su npr. u R. Lundblad, Chemical Reagents for Protein Modification, 3. izd. CRC Press, 2005, koji je ovde uključen referencom. Hemijska modifikacija aminokiselina uključuje, ali nije ograničena na, modifikaciju pomoću acilacije, amidinacije, piridoksilacije lizina, reduktivnog alkilovanja, trinitrobenzilacije amino grupa sa 2,4,6-trinitrobenzen sulfonskom kiselinom (TNBS), amidne modifikacije karboksilnih grupa i sulfidrilne modifikacije oksidacijom cisteina performinskom kiselinom u cisteinsku kiselinu, formiranja derivata ž ive, formiranja mešanih disulfida sa drugim tiolnim jedinjenjima, reakcije sa maleimidom, karboksimetilacije sa jodosirćetnom kiselinom ili jodacetamidom i karbamoilacije sa cijanatom pri alkalnom pH, ne ograničavajući se samo na njih. S tim u vezi, za opširniju metodologiju koja se odnosi na hemijsku modifikaciju proteina, stručnjake upućujemo na Poglavlje 15 Current Protocols In Protein Science, Eds. Coligan et al. (John Wiley and Sons NY 1995-2000).
[0412] Ukratko, modifikacije npr. rezidue arginila u proteinima se često baziraju na reakciji vicinalnih dikarbonilnih jedinjenja, poput fenilglioksala, 2,3-butandiona i 1,2-cikloheksandiona da se formira adukt. Drugi primer je reakcija metilglioksala sa reziduama arginina. Cistein može biti modifikovan bez istovremene modifikacije drugih nukleofilnih položaja kao što su lizin i histidin. Kao rezultat, na raspolaganju je veliki broj reagensa za modifikaciju cisteina. Web stranice kompanija kao što je Sigma-Aldrich (http://www.sigma-aldrich.com) pružaju informacije o konkretnim reagensima.
[0413] Takođe je uobičajena selektivna redukcija disulfidnih veza u proteinima. Disulfidne veze mogu da se formiraju i oksiduju tokom termičke obrade biofarmaceutika. Woodvard-ov Reagens K se može koristiti za modifikovanje specifičnih rezidua glutaminske kiseline. N-(3-(dimetilamino)propil)-N'-etilkarbodiimid se može koristiti za formiranje intra-molekularnih unakrsnih veza između lizinske rezidue i rezidue glutaminske kiseline. Na primer, dietilpirokarbonat je reagens za modifikaciju histidin rezidua u proteinima. Histidin takođe može biti modifikovan korišćenjem 4-hidroksi-2-nonala. Reakcija lizinskih rezidua i drugih α -amino grupa je, na primer, korisna u vezivanju peptida na površine ili unakrsnom povezivanju proteina/peptida. Lizin je mesto vezivanja poli (etilen) glikola i glavno mesto modifikacije u glikozilaciji proteina. Metioninske rezidue u proteinima se mogu modifikovati npr. jodacetamid, bromoetilamin i hloramin T.
[0414] Tetranitrometan i N-acetilimidazol mogu biti korišćeni za modifikaciju tirozil rezidua. Umrežavanje putem stvaranja ditirozina se može postići sa vodonik peroksid/bakarnim jonima.
[0415] Nedavne studije modifikacije triptofana su koristile N-bromosukcinimid, 2-hidroksi-5-nitrobenzil bromid ili 3-bromo-3-metil-2-(2-nitrofenilmerkapto)-3H-indol (BPNS-hemijsko jedinjenje).
[0416] Peptid naznačen time što peptid sadrži nepeptidne veze je poželjno otelotvorenje pronalaska. Uopšteno, peptidi (najmanje oni koji sadrže peptidne veze između aminokiselinskih ostataka) mogu da se sintetišu pomoću Fmoc-poliamid režima sinteze peptida u solidnoj fazi kako je izloženo u radu Lukas et al. (Solid-phase peptide synthesis under continuous-flow conditions. Proc Natl Acad Sci U S A. May 1981; 78(5): 2791–2795) i referencama citiranim u istom. Privremenu zaštitu N-amino grupe obezbeđuje 9-fluorenilmetiloksikarbonil (Fmoc) grupa. Ponovljeno cepanje ove zaštitne grupe koja je veoma labilna u bazama vrši se pomoću 20% piperidina u N,N-dimetilformamidu. Funkcionalnosti bočnog lanca mogu da se zaštite u obliku njihovih butil etara (u slučaju serina, treonina i tirozina), butil estara (u slučaju glutaminske kiseline i asparaginske kiseline), butiloksikarbonil derivata (u slučaju lizina i histidina), tritil derivata (u slučaju cisteina) i 4-metoksi-2,3,6-trimetilbenzensulfonil derivata (u slučaju arginina). Kada su glutamin ili asparagin C-terminalni ostaci, za zaštitu amido funkcionalnosti bočnog lanca koristi se 4,4'-dimetoksibenzhidril grupa. Potpora solidne faze zasniva se na polidimetil-akrilamid polimeru koji se sastoji od tri monomera dimetilakrilamida (monomer kostura), bisakriloiletilen diamina (unakrsni povezivač) i akriloilsarkozin metil estra (agens za funkcionalizaciju). Peptid-smola odvojivi vezani agens koji se koristi je derivat 4-hidroksimetil-fenoksisirćetne kiseline koji je labilan u kiselinama. Svi derivati aminokiselina se dodaju u obliku njihovih preformiranih simetričnih anhidridnih derivata sa izuzetkom asparagina i glutamina, koji se dodaju pomoću procedure reverznog spajanja posredovane N, N-dicikloheksil-karbodiimid/1hidroksibenzotriazolom. Sve reakcije spajanja i deprotekcije se prate pomoću ninhidrin, trinitrobenzen sulfonska kiselina ili izotin test procedura. Nakon završetka sinteze, peptidi se odvajaju od potpore od smole sa istovremenim uklanjanjem zaštitnih grupa bočnog lanca tretiranjem sa 95% trifluorosirćetnom kiselinom koja sadrži 50% smešu čistača. Čistači koji se uobičajeno koriste obuhvataju etanditiol, fenol, anizol i vodu, pri čemu tačan izbor zavisi od konstituentnih aminokiselina peptida koji se sintetizuje. Takođe je moguća kombinacija metodologija za solidnu fazu i fazu rastvora za sintezu peptida (pogledajte, na primer, rad Bruckdorfer et al., 2004 i reference koje su tamo citirane).
[0417] Trifluorosirćetna kiselina se uklanja evaporacijom in vacuo, sa naknadnom trituracijom sa dietil etrom što obezbeđuje sirovi peptid. Svi prisutni čistači se uklanjaju jednostavnim postupkom ekstrakcije koji po liofilizaciji vodene faze obezbeđuje sirovi peptid bez č istača. Reagensi za sintezu peptida su generalno dostupni kod npr. kompanije Calbiochem-Novabiochem (Nottingham, UK).
[0418] Prečišćavanje može da se vrši pomoću bilo koje tehnike, ili kombinacije tehnika kao što su rekristalizacija, ekskluziona hromatografija, jonoizmenjivačka hromatografija, hidrofobna hromatografija i (obično) reverzno-fazna tečna hromatografija visokih performansi upotrebom npr. acetonitril/voda gradijenta separacije.
[0419] Analiza peptida može da se sprovede upotrebom hromatografije na tankom sloju, elektroforeze, konkretno kapilarne elektroforeze, ekstrakcije iz čvrste faze (CSPE), reverzno-fazne tečne hromatografije visokih performansi, analizom aminokiselina nakon kisele hidrolize i pomoću maseno spektrometrijske analize korišćenjem bombardovanja brzim atomima (FAB), kao i MALDI i ESI-Q-TOF maseno spektrometrijske analize.
[0420] Dalji aspekt pronalaska obezbeđuje nukleinsku kiselinu (na primer polinukleotid) koja kodira peptid ili varijantu peptida pronalaska. Polinukleotid može biti, na primer, DNK, cDNK, PNK, RNK ili njihove kombinacije, bilo jedno- i/ili dvolančana, ili nativni ili stabilizovani oblici polinukleotida, kao što su, na primer, polinukleotidi sa fosforotioatnim kosturom i oni mogu i ne moraju sadržati introne sve dok kodiraju peptid. Naravno, polinukleotid može da kodira isključivo peptide koji sadrže prirodno postojeće aminokiselinske ostatke spojene prirodnim peptidnim vezama. Još jedan aspekt pronalaska obezbeđuje vektor ekspresije koji eksprimira polipeptid u skladu sa pronalaskom.
[0421] Razvijeni su raznovrsni metodi za povezivanje polinukleotida, naročito DNK, sa vektorima, na primer, preko komplementarno kohezivnih terminusa. Na primer, komplementarni homopolimerni traktovi mogu da se dodaju na DNK segment koji se umeće u vektorsku DNK. Vektor i DNK segment se zatim spajaju vodoničnom vezom između komplementarnih homopolimernih repova kako bi se obrazovali molekuli rekombinantne DNK.
[0422] Sintetički povezivači koji sadrže jedno ili više restrikcionih mesta obezbeđuju alternativni metod za spajanje DNK segmenta sa vektorima. Sintetički povezivači koji sadrže raznovrsna restrikciona endonukleazna mesta komercijalno su dostupni iz velikog broja izvora, uključujući International Biotechnologies Inc., New Haven, CN, SAD.
[0423] Poželjan metod modifikovanja DNK koja kodira predstavljeni polipeptid koristi lančanu reakciju polimeraze koja je izneta od strane Saiki RK, et al. (Diagnosis of sickle cell anemia and beta-thalassemia with enzymatically amplified DNA and nonradioactive allele-specific oligonucleotide probes. N Engl J Med. 1988 Sep 1;319(9):537-41). Ovaj metod može da se koristi za uvođenje DNK u pogodan vektor, na primer, ugradnjom u prikladna restrikciona mesta, ili se može koristiti za modifikaciju DNK na druge korisne načine koji su poznati u predmetnoj oblasti. Ako se koriste virusni vektori, poželjni su poks- ili adenovirus vektori.
[0424] DNK (ili u slučaju retrovirusnih vektora, RNK) može zatim da se eksprimira u prikladnom domaćinu kako bi proizvodio polipeptid koji sadrži peptid pronalaska. Tako, DNK koja kodira peptid pronalaska može da se koristi u skladu sa poznatim tehnikama, odgovarajuće modifikovanih u smislu ovde sadržanih učenja, da se konstruiše vektor ekspresije, koji se zatim koristi da se odgovarajuća ćelija domaćin transformiše za ekspresiju i proizvodnju polipeptida pronalaska. Takve tehnike uključuju one izložene u, na primer, patentima US 4,440,859, 4,530,901, 4,582,800, 4,677,063, 4,678,751, 4,704,362, 4,710,463, 4,757,006, 4,766,075 i 4,810,648.
[0425] DNK (ili u slučaju retrovirusnih vektora, RNK) koja kodira polipeptid koji sačinjava jedinjenje pronalaska može da se spoji sa š irokim spektrom drugih DNK sekvenci za uvođenje u odgovarajućeg domaćina. Pridružena DNK će zavisiti od prirode domaćina, načina uvođenja DNK u domaćina, i od toga da li se želi epizomalno održavanje ili integracija.
[0426] Uopšteno, DNK se umeće u vektor ekspresije, kao što je plazmid, u pravilnoj orijentaciji i pravom okviru čitanja za ekspresiju. Ako je neophodno, DNK može da se poveže sa odgovarajućim regulatornim kontrolnim nukleotidnim sekvencama za transkripciju i translaciju koje prepoznaje željeni domaćin, iako su takve kontrole generalno dostupne u vektoru ekspresije. Vektor se zatim standardnim tehnikama uvodi u domaćina. Uopšteno, vektor neće transformisati sve domaćine. Zato će biti neophodno da se izaberu transformisane ćelije domaćini. Jedna tehnika selekcije obuhvata inkorporiranje DNK sekvence u vektor ekspresije, sa svim neophodnim kontrolnim elementima, koja kodira osobinu po izboru u transformisanoj ćeliji, kao što je otpornost na antibiotike.
[0427] Alternativno, gen za takvu osobinu po izboru može biti na drugom vektoru, koji se koristi za kotransformaciju željene ćelije domaćina.
[0428] Ćelije domaćini koje su transformisane pomoću rekombinantne DNK pronalaska se zatim kultiviraju dovoljno dugo i u odgovarajućim uslovima koji su poznati osobama stručnim u predmetnoj oblasti, uzimajući u obzir učenja izneta u ovom dokumentu, kako bi se omogućila ekspresija polipeptida, koji nakon toga može da se prikupi.
[0429] Poznati su mnogi sistemi za ekspresiju, uključujući bakterije (na primer E. coli i Bacillus subtilis), kvasnice (na primer Saccharomyces cerevisiae), filamentozne gljivice (na primer Aspergillus spec.), biljne ćelije, ž ivotinjske ćelije i ćelije insekata. Poželjno, sistem mogu biti ćelije sisara kao š to su CHO ćelije dostupne iz ATCC kolekcije biologije ćelija.
[0430] Tipični plazmidni vektor ćelije sisara za konstitutivnu ekspresiju sadrži CMV ili SV40 promoter sa prikladnim poli A repom i markerom rezistencije, kao što je neomicin. Jedan primer je pSVL koji je dostupan kod kompanije Pharmacia, Piscataway, NJ, SAD. Primer inducibilnog sisarskog vektora ekspresije je pMSG, koji je takođe dostupan kod kompanije Pharmacia. Korisni kvasnički plazmidni vektori su pRS403-406 i pRS413-416 koji su generalno dostupni kod kompanije Stratagene Cloning Systems, La Jolla, CA 92037, SAD. Plazmidi pRS403, pRS404, pRS405 i pRS406 su integrišući plazmidi kvasnice (YIps) i inkorporiraju selektivne markere kvasnica HIS3, TRP1, LEU2 i URA3. Plazmidi pRS413-416 su centromerni plazmidi kvasnice (Ycps). Vektori zasnovani na CMV promoteru (na primer, kompanije Sigma-Aldrich) obezbeđuju prolaznu ili stabilnu ekspresiju, citoplazmatsku ekspresiju ili sekreciju, i N-terminalno ili C-terminalno označavanje u različitim kombinacijama FLAG, 3xFLAG, c-myc ili MAT. Ovi fuzioni proteini omogućavaju detekciju, prečišćavanje i analizu rekombinantnog proteina. Dvostruko označene fuzije obezbeđuju fleksibilnost prilikom detekcije.
[0431] Snažni regulatorni region, humani citomegalovirus (CMV) promoter dovodi nivoe ekspresije konstitutivnog proteina čak i do 1 mg/l u COS ćelijama. Za manje potentne ćelijske linije, nivoi proteina su tipično ~0,1 mg/l. Prisustvo izvora SV40 replikacije će rezultovati visokim nivoima DNK replikacije u COS ćelijama koje dozvoljavaju replikaciju SV40. CMV vektori, na primer, mogu sadržati izvor pMB1 (derivat pBR322) za replikaciju u bakterijskim ćelijama, gen za b-laktamazu za izbor rezistencije na ampicilin u bakterijama, hGH poliA i izvor f1. Vektori koji sadrže pre-pro-tripsin (PPT) vodeću sekvencu mogu usmeriti sekreciju FLAG fuzionih proteina u medijum za kultivaciju za prečišćavanje pomoću ANTI-FLAG antitela, smola i pločica. Drugi vektori i sistemi za ekspresiju su dobro poznati u predmetnoj oblasti za upotrebu sa raznim ćelijama domaćinima.
[0432] U drugom otelotvorenju dva ili više predstavljenih peptida su kodirani i samim tim eksprimirani po sukcesivnom redosledu (slično konstruktima „brojanica“). Pritom, peptidi ili varijante peptida mogu biti povezani ili spojeni zajedno pomoću regija povezujućih aminokiselina, kao š to je na primer LLLLLL, ili mogu biti povezani bez bilo kakvih dodatnih peptida između njih. Ovi konstrukti mogu takođe da se koriste za antitumorsku terapiju i mogu indukovati imunske odgovore koji uključuju i MHC I i MHC II.
[0433] Predmetni pronalazak se takođe odnosi na ćeliju domaćina koja je transformisana sa konstruktom vektora polinukleotida predmetnog pronalaska. Ćelija domaćin može biti prokariotska ili eukariotska. Bakterijske ćelije mogu biti preferirane prokariotske ćelije domaćini u nekim okolnostima i tipično su soj E. coli kao š to su, na primer, sojevi E. coli DH5 dostupan kod kompanije Bethesda Research Laboratories Inc., Bethesda, MD, SAD, i RR1 dostupan kod organizacije American Type Culture Collection (ATCC) iz mesta Rockville, MD, SAD (br. ATCC 31343). Preferirane eukariotske ćelije domaćini obuhvataju kvasnice, ćelije insekata i sisara, poželjno ćelije kičmenjaka kao što su ćelije miševa, pacova, majmuna ili humane fibroblastne ćelijske linije i ć elijske linije kolona. Ćelije domaćini kvasnica uključuju YPH499, YPH500 i YPH501, koje su generalno dostupne kod kompanije Stratagene Cloning Systems, La Jolla, CA 92037, SAD. Preferirane ćelije domaćini sisara uključuju ovarijalne ćelije kineskog hrčka (CHO) dostupne kod organizacije ATCC kao CCL61, NIH embrionske ć elije š vajcarskog miša NIH/3T3 dostupne kod organizacije ATCC kao CRL 1658, COS-1 ćelije dobijene iz bubrega majmuna dostupne kod organizacije ATCC kao CRL 1650 i 293 ćelije koje su humane embrionske ćelije bubrega. Preferirane ćelije insekata su Sf9 ćelije koje mogu da se transfektuju sa bakulovirusnim vektorima ekspresije. Kratak pregled izbora pogodnih ćelija domaćina za ekspresiju može se naći u, na primer, udžbeniku autora Paulina Balbás i Argelia Lorence „Methods in Molecular Biology Recombinant Gene Expression, Reviews and Protocols“, deo jedan, drugo izdanje, ISBN 978-1-58829-262-9, i drugoj literaturi poznatoj stručnoj osobi.
[0434] Transformacija odgovarajućih ćelija domaćina sa DNK konstruktom predmetnog pronalaska postiže se dobro poznatim metodama koje tipično zavise od vrste korišćenog vektora. U pogledu transformacije prokariotskih ćelija domaćina, pogledajte, na primer, Cohen et al (1972) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 69, 2110, i Sambrook et al (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY.
[0435] Transformacija ćelija kvasnica opisana je u radu Sherman et al (1986) Methods In Yeast Genetics, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, NY. Metod koji je izložio Beggs (1978) Nature 275,104-109 takođe je koristan. U pogledu ćelija kičmenjaka, reagensi koji su korisni za transfekciju takvih ćelija, na primer kalcijum fosfat i DEAE-dekstran ili formulacije lipozoma, dostupni su kod kompanije Stratagene Cloning Systems ili Life Technologies Inc., Gaithersburg, MD 20877, SAD. Elektroporacija je takođe korisna za transformaciju i/ili transfekciju ćelija i dobro je poznata u predmetnoj oblasti za transformaciju ćelija kvasnica, bakterijskih ćelija, ćelija insekata i ćelija kičmenjaka.
[0436] Uspešno transformirane ćelije, tj. ćelije koje sadrže DNK konstrukt predmetnog pronalaska, mogu da se identifikuju pomoću dobro poznatih tehnika kao što je PCR. Alternativno, prisustvo proteina u supernatantu može da se detektuje pomoću antitela.
[0437] Podrazumeva se da su određene ćelije domaćini pronalaska korisne za pripremanje peptida pronalaska, na primer, bakterijske, ćelije kvasnica i insekata. Međutim, u određenim terapeutskim metodama mogu biti korisne druge ćelije domaćini. Na primer, antigen-prezentujuće ćelije, kao što su dendritične ćelije, mogu korisno da se upotrebe za ekspresiju peptida pronalaska tako da oni mogu da se ubace u odgovarajuće MHC molekule. Tako, prikazani pronalazak obezbeđuje ćeliju domaćina koja se sastoji od nukleinske kiseline ili vektora ekspresije u skladu sa pronalaskom.
[0438] U jednom poželjnom otelotvorenju ćelija domaćin je antigen-prezentujuća ćelija, konkretno dendritična ćelija ili antigen-prezentujuća ćelija. APĆ u koje je postavljen rekombinantni fuzioni protein koje sadrže prostatičnu kiselu fosfatazu (PAP) odobrene su od strane Američke uprave za hranu i lekove (FDA) 29. aprila 2010. godine za lečenje asimptomatskog ili minimalno simptomatskog metastatskog karcinoma prostate refraktornog na hormone – HRPC (Sipuleucel-T) (Small EJ, et al. Placebo-controlled phase III trial of immunologic therapy with sipuleucel-T (APC8015) in patients with metastatic, asymptomatic hormone refractory prostate cancer. J Clin Oncol. 2006 Jul 1;24(19):3089-94. Rini et al. Combination immunotherapy with prostatic acid phosphatase pulsed antigen-presenting cells (provenge) plus bevacizumab in patients with serologic progression of prostate cancer after definitive local therapy. Cancer.2006 Jul 1;107(1):67-74).
[0439] Dalji aspekt pronalaska obezbeđuje metod za proizvodnju peptida, pri čemu metod obuhvata kultivisanje ćelije domaćina i izolaciju peptida iz ćelije domaćina ili njegovog medijuma za kultivaciju.
[0440] U drugom otelotvorenju, peptid, nukleinska kiselina ili vektor ekspresije pronalaska koriste se u medicini. Na primer, peptid može biti pripremljen za intravensku (i.v.) injekciju, potkožnu (s.c.) injekciju, intradermalnu (i.d.) injekciju, intraperitonealnu (i.p.) injekciju, intramuskularnu (i.m.) injekciju. Poželjni načini primene injekcije peptida obuhvataju s.c., i.d., i.p., i.m. i i.v. Poželjni načini primene injekcije DNK obuhvataju i.d., i.m., s.c., i.p. i i.v. Mogu se dati doze od npr. između 50 µg i 1,5 mg, poželjno 125 µg do 500 µg, peptida ili DNK i one će zavisiti od datog peptida ili DNK. Doze u ovom opsegu su uspešno korišćene u ranijim ispitivanjima (Walter et al Nature Medicine 18, 1254–1261 (2012)).
[0441] Drugi aspekt predmetnog pronalaska uključuje in vitro metod za proizvodnju aktiviranih T ćelija, pri čemu se metod sastoji od dovođenja u kontakt in vitro T ćelija sa humanim MHC molekulima sa ubačenim antigenom eksprimiranim na površini prikladne antigen-prezentujuće ćelije u toku vremenskog perioda koji je dovoljan da se T ćelija aktivira na antigen-specifičan način, naznačeno time što je antigen peptid u skladu sa pronalaskom. Poželjno, sa antigen-prezentujućom ćelijom se koristi dovoljna količina antigena.
[0442] Poželjno, ćelija sisara ne poseduje ili ima smanjen nivo ili funkciju TAP peptidnog transportera. Pogodne ćelije kojima nedostaje TAP peptidni transporter obuhvataju T2, RMA-S i ćelije vinske mušice. TAP je transporter koji je u vezi sa obradom antigena.
[0443] Ćelijska linija T2 koja je deficijentna za ubacivanje humanih peptida dostupna je kod organizacije American Type Culture Collection, 12301 Parklawn Drive, Rockville, Maryland 20852, SAD pod kataloškim brojem CRL 1992; ć elijska linija vinske mušice Schneider 2 dostupna je kod organizacije ATCC pod kataloškim brojem CRL 19863; mišja RMA-S ćelijska linija opisana je u radu Karre et al. (Ljunggren, H.-G., and K. Karre.1985. J. Exp. Med.162:1745).
[0444] Poželjno, pre transfekcije ćelija domaćin značajno ne eksprimira MHC molekule klase I. Takođe je poželjno da stimulatorna ćelija eksprimira molekul koji je važan za obezbeđivanje kostimulatornog signala za T ćelije kao što su bilo koji od B7.1, B7.2, ICAM-1 i LFA 3. Sekvence nukleinskih kiselina brojnih MHC molekula klase I i kostimulatornih molekula javno su dostupne iz GenBank i EMBL baza podataka.
[0445] U slučaju epitopa MHC klase I koji se koristi kao antigen, T ćelije su CD8-pozitivne T ćelije.
[0446] Ako se antigen-prezentujuća ćelija transficira da eksprimira takav epitop, ćelija se poželjno sastoji od vektora ekspresije koji eksprimira peptid koji sadrži ID BR. SEKV: 53.
[0447] Brojne druge metode mogu da se koriste za generisanje T ćelija in vitro. Na primer, za generisanje CTL mogu da se koriste autologni tumor-infiltrišući limfociti. Plebanski i sar. (Induction of peptide-specific primary cytotoxic T lymphocyte responses from human peripheral blood. Eur J Immunol. 1995 Jun;25(6):1783-7) upotrebljavaju autologne limfocite iz periferne krvi (PLB) za pripremanje T ćelija. Pored toga, moguća je proizvodnja autolognih T ćelija pulsiranjem dendritičnih ćelija sa peptidom ili polipeptidom, ili putem infekcije sa rekombinantnim virusom. Takođe, za proizvodnju autolognih T ćelija mogu da se koriste B ćelije. Pored toga, makrofagi pulsirani sa peptidom ili polipeptidom, ili inficirani sa rekombinantnim virusom, mogu da se koriste za pripremu autolognih T ćelija. S. Walter i sar. 2003 (Cutting edge: predetermined avidity of human CD8 T cells expanded on calibrated MHC/anti-CD28-coated microspheres. J Immunol. 2003 Nov 15;171(10):4974-8) opisuju in vitro prajming T ćelija upotrebom veštačkih antigen-prezentujućih ćelija (aAPĆ), što je takođe prikladan način za generisanje T ćelija protiv peptida izbora. U predmetnom pronalasku, aAPĆ su generisane spajanjem preformiranih kompleksa MHC:peptid za površinu polistirenskih č estica (mikroperle) pomoću biohemije biotin:streptavidin. Ovaj sistem dozvoljava egzaktnu kontrolu gustine MHC na aAPĆ, što omogućava da se selektivno izazovu visoko- ili nisko-aviditetni antigen-specifični T-ćelijski odgovori sa visokom efikasnošću iz uzoraka krvi. Pored ovih kompleksa MHC:peptid, aAPĆ bi trebalo da nose druge proteine sa kostimulatornom aktivnošću poput anti-CD28 antitela spojenih za njihovu površinu. Osim toga takvi sistemi zasnovani na aAPĆ često iziskuju dodavanje odgovarajućih solubilnih faktora, npr. citokina, kao što je interleukin-12.
[0448] Alogene ćelije mogu takođe da se koriste u pripremanju T ćelija a metod je detaljno opisan u patentu WO 97/26328. Na primer, pored ćelija vinske mušice i T2 ćelija, mogu da se koriste druge ćelije za prezentovanje antigena kao š to su CHO ć elije, ć elije insekata inficirane bakulovirusom, bakterije, kvasnice, ciljne ćelije inficirane vakcinijom. Pored toga, mogu se koristiti biljni virusi (vidite, na primer, rad Porta et al. (1994) Development of cowpea mosaic virus as a high-yielding system for the presentation of foreign peptides. Virology. 1994 Aug 1;202(2):949-55) koji opisuje razvoj mozaičkog virusa kravljeg graška kao sistem sa visokim prinosom za prezentaciju stranih peptida.
[0449] Aktivirane T ćelije koje su usmerene protiv peptida pronalaska korisne su u terapiji. Tako, dalji aspekt pronalaska obezbeđuje aktivirane T ćelije koje se mogu dobiti prethodno navedenim metodima pronalaska.
[0450] Aktivirane T ćelije, koje su proizvedene pomoću gore navedenog metoda, selektivno će prepoznati ćeliju koja aberantno eksprimira polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu sa ID BR. SEKV: 53.
[0451] Poželjno, T ćelija prepoznaje ćeliju pomoću interakcije kroz njen TCR sa kompleksom HLA/peptid (na primer, vezivanje). T ćelije su korisne u metodu ubijanja ciljnih ćelija kod pacijenta čije ciljne ćelije aberantno eksprimiraju polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu pronalaska, naznačeno time što se pacijentu daje efikasan broj aktiviranih T ćelija. T ćelije koje se daju pacijentu mogu biti dobijene od pacijenta i aktivirane na način opisan ranije (tj. one su autologne T ćelije). Alternativno, T ćelije nisu od dotičnog pacijenta već od druge osobe. Naravno da je poželjno da osoba bude zdrava osoba. Pod „zdravom osobom“ pronalazači podrazumevaju da osoba bude uopšteno dobrog zdravlja, poželjno da ima kompetentan imunski sistem i, još poželjnije, da ne boluje ni od jedne bolesti za koju se mogu izvršiti testovi i koja se može detektovati.
[0452] In vivo, ciljne ćelije za CD8-pozitivne T ćelije u skladu sa predmetnim pronalaskom mogu biti ćelije tumora (koje ponekad eksprimiraju MHC klase II) i/ili ćelije strome koje okružuju tumor (tumorske ćelije) (koje ponekad takođe eksprimiraju MHC klase II; (Dengjel et al., 2006)).
[0453] T ćelije predmetnog pronalaska mogu da se koriste kao aktivni sastojci terapeutske smeše. Na taj način, pronalazak takođe predstavlja metod ubijanja ciljnih ćelija kod pacijenta čije ciljne ćelije aberantno eksprimiraju polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu pronalaska, pri čemu metod obuhvata davanje efikasnog broja T ćelija pacijentu kako je definisano ranije.
[0454] Pod pojmom „aberantno eksprimiran“ pronalazači takođe podrazumevaju da je polipeptid prekomerno eksprimiran u poređenju sa normalnim nivoima ekspresije ili da je gen neaktivan u tkivu iz kojeg je tumor nastao ali da je eksprimiran u tumoru. Pod pojmom „prekomerno eksprimiran“ pronalazači podrazumevaju da je polipeptid prisutan u nivou koji je najmanje 1,2 puta veći od nivoa prisutnog u normalnom tkivu; poželjno je najmanje 2 puta veći, a još poželjnije najmanje 5 puta ili 10 puta veći od nivoa prisutnog u normalnom tkivu.
[0455] T ćelije mogu da se dobiju pomoću metoda poznatih u predmetnoj oblasti, npr. ranije opisanih.
[0456] Protokoli za ovaj takozvani adoptivni transfer T ćelija dobro su poznati u predmetnoj oblasti. Pregledi se mogu naći u: Gattinoni L, et al. Adoptive immunotherapy for cancer: building on success. Nat Rev Immunol. 2006 May;6(5):383-93. Pregled, i Morgan RA, et al. Cancer regression in patients after transfer of genetically engineered lymphocytes. Science. 2006 Oct 6;314(5796):126-9).
[0457] Svaki molekul pronalaska, tj. peptid, nukleinska kiselina, antitelo, vektor ekspresije, ćelija, aktivirana T ćelija, T-ćelijski receptor ili nukleinska kiselina koja ga kodira koristan je za lečenje poremećaja, koji karakterišu ćelije koje izbegavaju imunski odgovor. Zato svaki molekul predmetnog pronalaska može da se koristi kao lek ili u proizvodnji leka. Molekul može da se koristi samostalno ili u kombinaciji sa drugim molekulom(ima) pronalaska ili poznatim molekulom(ima).
[0458] Poželjno, lek predmetnog pronalaska je vakcina. Ona se može dati direktno pacijentu, primeniti u zahvaćeni organ ili sistemski i.d., i.m., s.c., i.p. i i.v., ili primeniti ex vivo u ćelije dobijene od pacijenta ili humane ćelijske linije koje se nakon toga daju pacijentu, ili koristiti in vitro za odabir subpopulacije imunskih ćelija dobijenih od pacijenta, koje se zatim ponovo daju pacijentu. Ako se nukleinska kiselina primenjuje u ćelije in vitro, može biti od koristi da ćelije budu transficirane tako da koeksprimiraju imunostimulišuće citokine, kao što je interleukin-2. Peptid može biti značajno prečišćen, ili kombinovan sa imunostimulišućim adjuvansom (pogledajte u nastavku), ili da se koristi u kombinaciji sa imunostimulatornim citokinima, ili da se primenjuje sa pogodnim dostavnim sistemom, kao na primer lipozomima. Peptid može takođe da bude konjugovan sa prikladnim nosačem kao što je hemocijanin iz puža Megathura crenulata (keyhole limpet haemocyanin – KLH) ili manan (pogledajte na primer patent WO 95/18145). Peptid takođe može biti obeležen, može biti fuzioni protein, ili može biti hibridni molekul. Od peptida čija je sekvenca data u predmetnom pronalasku se očekuje da stimulišu CD4 ili CD8 T ćelije. Ipak, stimulacija CD8 T ćelija je efikasnija u prisustvu pomoći koju pružaju CD4 T-pomoćničke ćelije. Tako, za epitope MHC klase I koji stimulišu CD8 T ćelije, fuzioni partner ili delovi hibridnog molekula prikladno obezbeđuju epitope koji stimulišu CD4-pozitivne T ćelije. CD4- i CD8-stimulišući epitopi su dobro poznati u predmetnoj oblasti i uključuju one identifikovane u predmetnom pronalasku.
[0459] U jednom aspektu, vakcina sadrži najmanje jedan peptid koji ima aminokiselinsku sekvencu iznetu u ID BR. SEKV 53 i najmanje jedan dodatni peptid, poželjno dva do 50, poželjnije dva do 25, još poželjnije dva do 20 i najpoželjnije dva, tri, četiri, pet, šest, sedam, osam, devet, deset, jedanaest, dvanaest, trinaest, četrnaest, petnaest, šesnaest, sedamnaest ili osamnaest peptida. Peptid(i) može biti dobijen od jednog ili više specifičnih TAA i može se vezivati za MHC molekule klase I.
[0460] Polinukleotid može biti značajno prečišćen ili sadržan u pogodnom vektoru ili sistemu za dostavljanje. Nukleinska kiselina može biti DNK, cDNK, PNK, RNK ili njihova kombinacija. Metodi za dizajniranje i uvođenje takve nukleinske kiseline su dobro poznati u predmetnoj oblasti. Pregled je obezbeđen od strane npr. (Pascolo et al., Human peripheral blood mononuclear cells transfected with messenger RNA stimulate antigen-specific cytotoxic T-lymphocytes in vitro. Cell Mol Life Sci. 2005 Aug;62(15):1755-62). Polinukleotidne vakcine se lako pripremaju, ali način delovanja ovih vektora u indukovanju imunskog odgovora nije u potpunosti jasan. Prikladni vektori i sistemi za dostavljanje uključuju virusnu DNK i/ili RNK, kao što su sistemi zasnovani na adenovirusu, virusu vakcinije, retrovirusima, herpes virusu, adeno-asociranom virusu ili hibridima koji sadrže elemente više od jednog virusa. Nevirusni sistemi za dostavljanje uključuju katjonske lipide i katjonske polimere i dobro su poznati u oblasti dostavljanja DNK. Fizičko dostavljanje, kao što je preko „genskog pištolja“, može takođe da se koristi. Peptid ili peptidi koje kodira nukleinska kiselina mogu biti fuzioni protein, na primer sa epitopom koji stimuliše T ćelije za dati suprotni CDR kako je navedeno ranije.
[0461] Lek pronalaska može takođe da sadrži jedan ili više adjuvanasa. Adjuvansi su supstance koje nespecifično pojačavaju ili potenciraju imunski odgovor (npr. imunske odgovore posredovane CD8-pozitivnim T ćelijama i pomoćničkim T (TH) ćelijama na antigen, i na taj način se smatraju korisnim u leku predmetnog pronalaska. Pogodni adjuvansi uključuju, ali nisu i ograničeni na, 1018 ISS, soli aluminijuma, AMPLIVAX®, AS15, BCG, CP-870,893, CpG7909, CyaA, dSLIM, flagelin ili TLR5 ligande dobijene od flagelina, FLT3 ligand, GM-CSF, IC30, IC31, imikvimod (ALDARA®), rezikvimod, ImuFact IMP321, interleukine poput IL-2, IL-13, IL-21, interferon-alfa ili -beta, ili njihove pegilovane derivate, IS Patch, ISS, ISCOMATRIX, ISCOMs, JuvImmune®, LipoVac, MALP2, MF59, monofosforil lipid A, Montanide IMS 1312, Montanide ISA 206, Montanide ISA 50V, Montanide ISA-51, emulzije voda u ulju i ulje u vodi, OK-432, OM-174, OM-197-MP-EC, ONTAK, OspA, PepTel® vektorski sistem, poli(laktid ko-glikolid) [PLG]-zasnovane i mikročestice dekstrana, talaktoferin, SRL172, virozome i druge virusu slične partikule, YF-17D, VEGF klopku, R848, beta-glukan, Pam3Cys, QS21 stimulon kompanije Aquila, koji je dobijen od saponina, mikobakterijske ekstrakte i sintetičke mimetike bakterijskog ć elijskog zida i druge zaštićene adjuvanse kao što su Ribi-jev Detox, Quil, ili Superfos. Preferirani su adjuvansi kao što je Freund-ov ili GM-CSF. Nekoliko imunoloških adjuvanasa (npr. MF59) specifičnih za dendritične ćelije i njihova priprema su opisani ranije (Allison and Krummel, 1995 The Yin and Yang of T cell costimulation. Science.
1995 Nov 10;270(5238):932-3). Takođe, mogu se koristiti citokini. Nekoliko citokina je direktno dovedeno u vezu sa uticajem na migraciju dendritičnih ćelija u limfna tkiva (npr. TNF-), ubrzavanjem sazrevanja dendritičnih ćelija u efikasne antigen-prezentujuće ćelije za T limfocite (npr. GM-CSF, IL-1 i IL-4) (patent registrovan u SAD pod br. 5,849,589, posebno i u celosti inkorporiran u ovom dokumentu pomoću reference), i delovanjem kao imunoadjuvansi (npr. IL-12, IL-15, IL-23, IL-7, IFN-alfa, IFN-beta) (Gabrilovich, 1996 Production of vascular endothelial growth factor by human tumors inhibits the functional maturation of dendritic cells Nat Med.1996 Oct;2(10):1096-103).
[0462] Takođe, objavljeno je da CpG imunostimulatorni oligonukleotidi poboljšavaju efekte adjuvanasa u sastavu vakcine. Bez ograničavanja postojećom teorijom, CpG oligonukleotidi deluju aktiviranjem urođenog (neadaptivnog) imunskog sistema preko Toll-like receptora (TLR), uglavnom TLR9. Aktivacija TLR9 pokrenuta CpG-om pojačava antigen-specifične humoralne i ć elijske odgovore na š irok spektar antigena, uključujući peptidne ili proteinske antigene, žive ili mrtve viruse, vakcine dendritičnim ćelijama, autologne ćelijske vakcine i polisaharidne konjugate kako u profilaktičkim tako i terapijskim vakcinama. Što je važnije, on poboljšava sazrevanje i diferencijaciju dendritičnih ćelija, što dovodi do pojačane aktivacije TH1 ćelija i snažnog stvaranja citotoksičnih T limfocita (CTL), čak i u odsustvu pomoći CD4 T ćelija. Predominacija TH1 indukovana pomoću TLR9 stimulacije se održava čak i u prisustvu adjuvanasa u vakcini kao što je aluminijum ili nekompletni Freund-ov adjuvans (IFA) koji normalno promovišu predominaciju TH2. CpG oligonukleotidi pokazuju još veću adjuvansnu aktivnost kada se formulišu ili istovremeno primenjuju sa drugim adjuvansima ili u formulacijama kao što su mikročestice, nanočestice, lipidne emulzije ili slične formulacije, koje su naročito neophodne za indukovanje snažnog odgovora kada je antigen relativno slab. Oni takođe ubrzavaju imunski odgovor i omogućavaju da se doze antigena smanje za približno dva reda veličine, sa uporedivim odgovorima antitelima na punu dozu vakcine bez CpG u pojedinim eksperimentima (Krieg, 2006). US 6,406,705 B1 opisuje kombinovanu upotrebu CpG oligonukleotida, adjuvanasa u obliku nenukleinskih kiselina i antigena za indukovanje antigen-specifičnog imunskog odgovora. Antagonist CpG TLR9 je dSLIM (double Stem Loop Immunomodulator) kompanije Mologen (Berlin, Nemačka) koji je preferirana komponenta farmaceutske smeše predmetnog pronalaska. Takođe, mogu se koristiti i drugi molekuli koji vezuju TLR kao što su RNK koja vezuje TLR 7, TLR 8 i/ili TLR 9.
[0463] Drugi primeri korisnih adjuvanasa uključuju, ali nisu i ograničeni na, hemijski modifikovane CpG-jeve (npr. CpR, Idera), analoge dsRNK kao što su Poly(I:C) i njegovi derivati (npr. AmpliGen®, Hiltonol®, poli-(ICLC), poli(IC-R), poli(I:C12U), ne-CpG bakterijska DNK ili RNK kao i imunoaktivne male molekule i antitela poput ciklofosfamida, sunitiniba, Bevacizumab®-a, celebreksa, NCX-4016, sildenafila, tadalafila, vardenafila, sorafeniba, temozolomida, temsirolimusa, XL-999, CP-547632, pazopaniba, VEGF klopke, ZD2171, AZD2171, anti-CTLA4, druga antitela koja ciljaju ključne strukture imunskog sistema (npr. anti-CD40, anti-TGFbeta, anti-TNFalfa receptor) i SC58175, koji mogu delovati terapijski i/ili kao adjuvans. Količine i koncentracije adjuvanasa i aditiva korisnih u kontekstu predmetnog pronalaska, stručnjak iz ove oblasti može lako da utvrdi bez izvođenja suvišnih eksperimenata.
[0464] Poželjni adjuvansi su anti-CD40, imikvimod, rezikvimod, GM-CSF, ciklofosfamid, sunitinib, bevacizumab, interferon-alfa, CpG oligonukleotidi i derivati, poli-(I:C) i derivati, RNK, sildenafil i formulacije čestica sa PLG ili virozomima.
[0465] U poželjnom otelotvorenju, farmaceutskoj smeši u skladu sa pronalaskom adjuvans je izabran iz grupe koja se sastoji od faktora stimulacije kolonija, kao što je faktor stimulacije granulocitno-makrofagne kolonije (GM-CSF, sargramostim), ciklofosfamida, imikvimoda, rezikvimoda i interferona alfa.
[0466] U poželjnom otelotvorenju, farmaceutskoj smeši u skladu sa pronalaskom adjuvans je izabran iz grupe koja se sastoji od faktora stimulacije kolonija, kao što je faktor stimulacije granulocitno-makrofagne kolonije (GM-CSF, sargramostim), ciklofosfamida, imikvimoda i rezikvimoda. U poželjnom otelotvorenju farmaceutske smeše u skladu sa pronalaskom, adjuvans je ciklofosfamid, imikvimod ili rezikvimod. Još poželjniji adjuvansi su Montanide IMS 1312, Montanide ISA 206, Montanide ISA 50V, Montanide ISA-51, poli-ICLC (Hiltonol®) i anti-CD40 mAT ili njihove kombinacije.
[0467] Ova smeša se koristi za parenteralnu primenu, kao što je supkutana, intradermalna, intramuskularna ili oralnu primenu. Za navedeno, peptidi i opciono drugi molekuli se rastvaraju ili suspenduju u farmaceutski prihvatljivom, poželjno, vodenom nosaču. Pored toga, smeša može sadržati pomoćne materije, poput pufera, vezujućih agenasa, raspršivača, rastvarača, aroma, lubrikanata itd. Peptidi takođe mogu biti primenjeni zajedno sa imunostimulišućim supstancama kao što su citokini.
Opsežna lista pomoćnih materija koje se mogu koristiti u navedenom sastavu može, na primer, biti preuzeta od A. Kibbe, Handbook of Pharmaceutical Excipients, 3rd Ed., 2000, American Pharmaceutical Association and pharmaceutical press. Smeša se može koristiti za prevenciju, profilaksu i/ili terapiju adenomatoznih ili malignih oboljenja. Primerne formulacije se mogu naći u, na primer, patentu EP2112253.
[0468] Predmetni pronalazak obezbeđuje lek koji je koristan u lečenju raka, posebno HCC i drugih maligniteta.
[0469] Predmetni pronalazak je dalje usmeren na komplet koji se sastoji od:
(a) posude koja sadrži farmaceutsku smešu kako je opisana iznad, u obliku rastvora ili u liofiliziranom obliku;
(b) opciono druge posude koja sadrži rastvarač ili rastvor za rekonstituciju za liofiliziranu formulaciju; i
(c) opciono, uputstva za (i) upotrebu rastvora ili (ii) rekonstituciju i/ili upotrebu liofilizirane formulacije.
[0470] Komplet dalje može da se sastoji od jednog ili više od navedenih (iii) pufer, (iv) rastvarač, (v) filter, (vi) igla ili (v) brizgalica. Posuda je preferirano boca, bočica, brizgalica ili epruveta; i ona može biti višekratna posuda. Farmaceutska smeša je preferirano liofilizirana.
[0471] Kompleti predmetnog pronalaska se poželjno sastoje od liofilizirane formulacije predmetnog pronalaska u pogodnoj posudi i uputstava za njenu rekonstituciju i/ili upotrebu. Pogodne posude uključuju, na primer, boce, bočice (npr. bočice sa dve šupljine), brizgalice (kao što su brizgalice sa dve šupljine) i epruvete. Posuda može biti izrađena od različitih materijala kao š to su staklo ili plastika. Poželjno, komplet i/ili posuda sadrži/e uputstva o ili u vezi sa posudom koja navode uputstva za rekonstituciju i/ili upotrebu. Na primer, na nalepnici može biti navedeno da liofilizirana formulacija treba da se rekonstituiše do koncentracija peptida kako je opisano ranije. Na nalepnici može dalje da bude naznačeno da je formulacija korisna ili namenjena za potkožnu primenu.
[0472] Posuda u kojoj se nalazi formulacija može da bude višekratna bočica, što omogućava ponavljane primene (npr. 2-6 primena) rekonstituisane formulacije. Komplet može dalje da sadrži i drugu posudu u kojoj se nalazi pogodni rastvarač (npr. rastvor natrijum bikarbonata).
[0473] Nakon mešanja rastvarača i liofilizirane formulacije, konačna koncentracija peptida u rekonstituisanoj formulaciji je poželjno najmanje 0,15 mg/ml/peptida (=75 µg) a poželjno ne više od 3 mg/ml/peptida (=1500 µg). Komplet može dalje da uključuje druge materijale poželjne sa komercijalne ili korisničke tačke gledišta, uključujući druge pufere, rastvarače, filtere, igle, brizgalice i uputstva za upotrebu uz pakovanje.
[0474] Kompleti predmetnog pronalaska mogu da imaju jednu posudu koja sadrži formulaciju farmaceutskih smeša u skladu sa predmetnim pronalaskom sa ili bez drugih komponenti (npr. druga jedinjenja ili farmaceutske smeše ovih drugih jedinjenja) ili mogu da imaju zasebnu posudu za svaku komponentu.
[0475] Poželjno, kompleti pronalaska obuhvataju formulaciju pronalaska upakovanu za upotrebu u kombinaciji sa istovremenom primenom drugog jedinjenja (kao š to su adjuvansi (npr. GM-CSF), hemioterapijski agens, prirodni proizvod, hormon ili antagonist, antiangiogeni agens ili inhibitor, agens koji indukuje apoptozu ili helirajući agens) ili njegove farmaceutske smeše. Komponente kompleta mogu biti u vidu prethodno napravljenog kompleksa ili svaka komponenta može biti u odvojenoj zasebnoj posudi pre primene kod pacijenta. Komponente kompleta mogu biti obezbeđene u jednom ili više tečnih rastvora, poželjno, vodenom rastvoru, poželjnije sterilnom vodenom rastvoru. Komponente kompleta mogu takođe biti obezbeđene kao čvrste materije, koje se mogu pretvoriti u tečnosti dodavanjem pogodnih rastvarača, koji su preferirano obezbeđeni u drugoj zasebnoj posudi.
[0476] Posuda terapeutskog kompleta može biti bočica, epruveta, pljosnata boca, boca, brizgalica ili neka druga posuda za čuvanje čvrstih supstanci ili tečnosti. Obično, kada postoji više od jedne komponente, komplet će sadržati drugu bočicu ili drugu posudu, koja omogućava zasebno doziranje. Komplet takođe može sadržati drugu posudu za farmaceutski prihvatljivu tečnost. Poželjno, terapeutski komplet će sadržati pribor (npr. jednu ili više igala, brizgalice, kapaljke, pipete itd) koji omogućava primenu agenasa pronalaska koji su komponente prikazanog kompleta.
[0477] Prikazana formulacija je jedna koja je pogodna za primenu peptida na bilo koji prihvatljiv način primene kao što je oralni (enteralni), nazalni, očni, supkutani, intradermalni, intramuskularni, intravenski ili transdermalni. Poželjno, primena je s.c., a najpoželjnije i.d. primena može biti pomoću infuzione pumpe.
[0478] Budući da su peptidi pronalaska izolovani iz HCC, lek pronalaska se poželjno koristi za lečenje HCC.
[0479] Kako se ovde koristi, termin "skladište" se odnosi na grupu peptida koji su prethodno prošli skrining za imunogeničnost i/ili prekomernu prezentaciju u određenom tipu tumora. Izraz "skladište" ne treba da podrazumeva da su određeni peptidi uključeni u vakcinu prethodno proizvedeni i skladišteni u fizičkom uređaju, mada se razmatra takva mogućnost. Izričito se predviđa da peptidi mogu biti proizvedeni de novo za svaku proizvedenu individualizovanu vakcinu, ili mogu unapred biti proizvedeni i skladišteni. Skladište (npr. u obliku baze podataka) č ine tumor-asocirani peptidi koji su bili prekomerno eksprimirani u tumorskom tkivu HCC pacijenata sa različitim HLA-A HLA-B i HLA-C alelima. Ono može da sadrži peptide MHC klase I i MHC klase II ili izdužene MHC peptide klase I. Pored tumor-asociranih peptida sakupljenih iz nekoliko HCC tkiva, skladište može da sadrži HLA-A*02 i HLA-A*24 marker peptide. Ovi peptidi omogućavaju poređenje magnitude imuniteta T-ćelija koje indukuju TUMAP-i na kvantitativan način i prema tome omogućavaju izvođenje važnog zaključka o kapacitetu vakcine za izazivanje antitumorskih odgovora. Drugo, oni deluju kao važni peptidi za pozitivnu kontrolu, izvedeni iz "non-self“ antigena u slučaju da kod pacijenta nisu uočeni bilo kakvi vakcinom-indukovani odgovori T-ćelija na TUMAP-e izvedene iz "self" antigena. I kao treće, može biti omogućeno izvođenje zaključaka, u pogledu statusa imunokompetentnosti pacijenta.
[0480] TUMAP-i za skladište su identifikovani korišćenjem integrisanog funkcionalnog genomičkog pristupa kombinovanjem analize ekspresije gena, masene spektrometrije i imunologije T-ćelija (XPresident®). Pristup osigurava da se za dalju analizu izaberu samo TUMAP-i koji su zaista prisutni u visokom procentu tumora, ali ne oni koji nisu ili su samo minimalno eksprimirani u normalnom tkivu. Za inicijalnu selekciju peptida, uzorci HCC-a od pacijenata i krv zdravih davalaca su analizirani na postupan način:
1. HLA ligandi iz malignog materijala su identifikovani masenom spektrometrijom
2. Analiza ekspresije celog genoma informacione ribonukleinske kiseline (iRNK) je korišćena za identifikaciju prekomerno eksprimiranih gena u malignom tkivu (HCC) u poređenju sa rasponom normalnih organa i tkiva
3. Identifikovani HLA ligandi su poređeni sa podacima o genskoj ekspresiji. Prekomerno prezentovani ili selektivno prezentovani peptidi u tumorskom tkivu, poželjno su kodirani selektivno
[0481] Važno je da se razume da imunski odgovor izazvan vakcinom u skladu sa pronalaskom napada maligni tumor u različitim ćelijskim fazama i različitim stadijumima razvoja. Pored toga napadaju se i različiti signalni putevi povezani sa malignim tumorom. Ovo je prednost u odnosu na vakcine koje ciljaju samo jedan ili nekoliko ciljeva, što može dovesti do toga da se tumor lako adaptira na napad (izbegavanje tumora). Pored toga, ne eksprimiraju svi pojedinačni tumori isti obrazac antigena. Zbog toga, kombinacija nekoliko tumor-asociranih peptida osigurava da svaki pojedinačan tumor nosi najmanje neki od ciljeva. Smeša je specifično dizajnirana na takav način da se očekuje da svaki HLA-A*02 i/ili HLA-A*24-pozitivan tumor eksprimira nekoliko antigena i pokriva nekoliko nezavisnih puteva neophodnih za rast i održavanje tumora. Za svaki od podskupova peptida specifičnih za dva alela HLA klase I (A*02 i A*24) ovo je nezavisno osigurano na osnovu osnovnih eksperimentalnih analiza. Tako, vakcina se lako može koristi „iz zaliha“ za veću populaciju pacijenata. Ovo znači da prethodna selekcija pacijenata koji će biti lečeni vakcinom može da se ograniči na HLA tipizaciju, ne zahteva bilo kakve dodatne procene biomarkera za ekspresiju antigena, ali se i dalje osigurava da nekoliko ciljeva bude napadnuto istovremeno od strane indukovanog imunskog odgovora, što je važno za efikasnost (Banchereau et al., 2001; Walter et al., 2012).
[0482] U jednom aspektu, peptidi su pre uključivanja u skladište imali skrining na imunogenost. Putem neograničavajućeg primera, imunogenost peptida uključenih u skladište se određuje metodom koja uključuje prajming T-ćelija in vitro kroz ponovljene stimulacije CD8+T ćelija zdravih donora sa veštačkim antigenom koji prezentuju ćelije napunjene kompleksima peptid/MHC i anti-CD28 antitelom.
[0483] Ovaj postupak je poželjan za retke karcinome i pacijente sa retkim profilom ekspresije. Za razliku od koktela multi-peptida sa fiksnim sastavom, kako je trenutno razvijeno, skladište omogućava znatno veće podudaranje stvarne ekspresije antigena u tumoru sa vakcinom. Odabrani pojedinačni ili kombinacije nekoliko komercijalno dostupnih peptida će biti korišćeni za svakog pacijenta u multi-target pristupu. Teoretski, pristup zasnovan na izboru npr. 5 različitih antigenih peptida iz biblioteke od 50 bi već vodio do oko 17 miliona mogućih kompozicija leka.
[0484] U jednom aspektu, peptidi se, za uključivanje u vakcinu, biraju na osnovu njihove pogodnosti za pojedinog pacijenta, na bazi metode prema ovom pronalasku kako je opisano ovde, ili prema sledećem.
[0485] Podaci o HLA fenotipu, transkriptomski i peptidomski podaci se prikupljaju iz tumorskog materijala i uzoraka krvi pacijenta, da se identifikuju najprikladniji peptidi za svakog pacijenta koji sadrži "skladište" i jedinstveni za pacijenta (tj. mutirani) TUMAP-i. Biće izabrani oni peptidi, koji se selektivno ili prekomerno eksprimiraju u tumoru pacijenata i kada je moguće, pokazuju jaku in vitro imunogenost kada se testiraju sa pacijentovim individualnim PBMC-ima.
[0486] Poželjno, peptidi uključeni u vakcinu su identifikovani pomoću metode koja sadrži: (a) identifikaciju tumor-asociranih peptida (TUMAP-a) prezentovanih u uzorku tumora pojedinog pacijenta; (b) poređenje identifikovanih peptida (a) sa skladištem (bazom podataka) peptida kako je gore opisano; i (c) izbor najmanje jednog peptida iz skladišta (baze podataka) koji je u korelaciji sa tumor-asociranim peptidom identifikovanim kod pacijenta. Na primer, TUMAP-i prezentovani uzorkom tumora su identifikovani: (a1) upoređivanjem podataka o ekspresiji iz uzorka tumora sa podacima o ekspresiji iz uzorka normalnog tkiva koji odgovara tipu tkiva uzorka tumora da se identifikuju proteini koji su prekomerno eksprimirani ili su aberantno eksprimirani u uzorku tumora; i (a2) korelacija podataka o ekspresiji sa sekvencama MHC liganda povezanih sa molekulima MHC klase I i/ili klase II u uzorku tumora da se identifikuju MHC ligandi izvedeni iz proteina prekomerno eksprimiranih ili aberantno eksprimiranih u tumoru. Po mogućnosti, sekvence MHC liganda se identifikuju eluiranjem vezanih peptida iz MHC molekula izolovanih iz uzorka tumora, i sekvenciranjem eluiranih liganda. Poželjno, uzorak tumora i normalno tkivo se dobijaju od istog pacijenta.
[0487] Dodatno, ili kao alternativa izborom peptida korišćenjem modela skladišta (baze podataka), TUMAP-i mogu biti identifikovani kod pacijenta de novo, a zatim uključeni u vakcinu. Kao jedan primer, kandidatski TUMAP-i mogu biti identifikovani kod pacijenta (a1) poređenjem podataka o ekspresiji iz uzorka tumora sa podacima o ekspresiji iz uzorka normalnog tkiva koji odgovara tipu tkiva uzorka tumora da se identifikuju proteini koji su prekomerno eksprimirani ili aberantno eksprimirani u uzorku tumora; i (a2) korelacijom podataka o ekspresiji sa sekvencama MHC liganda vezanih za molekule MHC klase I ili klase II u uzorku tumora da se identifikuju MHC ligandi izvedeni iz proteina koji su prekomerno eksprimirani ili aberantno eksprimirani u tumoru. Kao još jedan primer, mogu se identifikovati proteini koji sadrže mutacije koje su jedinstvene za uzorak tumora u odnosu na normalno odgovarajuće tkivo pojedinog pacijenta, i mogu biti identifikovani TUMAP-i koji specifično ciljaju mutaciju. Na primer, genom tumora i odgovarajućeg normalnog tkiva mogu biti sekvencionirani sekvenciranjem celog genoma: Za otkrivanje nesinonimnih mutacija u protein-kodirajućim regionima gena, genomska DNK i RNK se izvlače iz tumorskih tkiva i normalna nemutirana genomska DNK embrionske linije se izvlači iz mononuklearnih ćelija periferne krvi (PBMC). Primenjeni NGS pristup je ograničen na re-sekvenciranje regiona koji kodiraju protein (re-sekvenciranje egzoma). U tu svrhu, egzonska DNK iz humanih uzoraka se uzima korišćenjem kitova za obogaćivanje isporučenih od strane prodavca, nakon čega sledi sekvencioniranje npr. sa HiSeq2000 (Illumina). Pored toga, iRNK tumora se sekvencionira za direktnu kvantifikaciju ekspresije gena i validaciju da se mutirani geni eksprimiraju u pacijentima' Svaki peptid koji će biti uključen u proizvod se rastvara u DMSO. Koncentracija rastvora pojedinačnih peptida treba da se izabere u zavisnosti od broja peptida koji će biti uključeni u proizvod. Rastvori pojedinačan peptid-DMSO se mešaju u jednakim delovima kako bi se dobio rastvor koji sadrži sve peptide koji treba da budu uključeni u proizvod sa koncentracijom od ~2,5 mg/ml po peptidu. Pomešani rastvor se zatim razblažuje u odnosu 1:3 sa vodom za injekcije kako bi se dobila koncentracija od 0,826 mg/ml po peptidu u 33% DMSO.
[0488] Razblaženi rastvor se filtrira kroz sterilni filter veličine 0,22 µm. Dobijen je konačan ukupni rastvor.
[0489] Konačni ukupni rastvor se puni u bočice i čuva na -20 °C do upotrebe. Jedna bočica sadrži 700 µl rastvora koji sadrži 0,578 mg svakog peptida. Od toga će 500 µl (pribl. 400 µg po peptidu) biti primenjeno za intradermalnu injekciju.
[0490] Predmetni pronalazak će sada biti opisan u sledećim primerima koji opisuju njegova poželjna otelotvorenja, ali to neće biti ograničeno na ovde navedeno.
[0491] Na slikama,
Na slici 1 je prikazana prekomerna prezentacija različitih peptida u normalnim tkivima (tamnosiva) i HCC (svetlosiva). Slika 1A) APOB, Peptid: ALVDTLKFV (A*02) (ID BR. SEKV: 7), tkiva s leva u desno; 1 adipozno tkivo, 3 nadbubrežne žlezde, 2 arterije, 2 kostne srži, 7 mozgova, 3 dojke, 13 kolona, 4 jednjaka, 2 žučne kese, 3 GI trakta, 3 srca, 16 bubrega, 4 uzoraka leukocita, 45 pluća, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 7 pankreasa, 1 periferni nerv, 1 hipofiza, 3 pleure, 1 prostata, 6 rektuma, 3 skeletna mišića, 1 serozna membrana, 3 kože, 4 slezine, 7 želudaca, 1 testis, 2 timus, 3 štitaste žlezde, 2 materice, 2 vene i 20 jetri; Slika 1B) ALDH1L1, Peptid: KLQAGTVFV (A*02) (ID BR. SEKV: 2), tkiva s leva u desno: 1 adipozno tkivo, 3 nadbubrežne žlezde, 2 arterije, 2 kostne srži, 7 mozgova, 3 dojke, 13 kolona, 4 jednjaka, 2 žučne kese, 3 GI trakta, 3 srca, 16 bubrega, 4 uzoraka leukocita, 45 pluća, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 7 pankreasa, 1 periferni nerv, 1 hipofiza, 3 pleure, 1 prostata, 6 rektuma, 3 skeletna mišića, 1 serozna membrana, 3 kože, 4 slezine, 7 želudaca, 1 testis, 2 timusa, 3 štitaste žlezde, 2 materice, 2 vene i 20 jetri; Slika 1C) C8B, Peptid: AYLLQPSQF (A*24) (ID BR. SEKV: 200), tkiva s leva u desno: uključujući 2 nadbubrežne žlezde, 1 arteriju, 4 mozga, 1 dojku, 5 kolona, 1 srce, 13 bubrega, 9 pluća, 3 pankreasa, 2 rektuma, 3 kože, 1 slezinu, 12 želudaca, 1 timus, 2 materice i 9 jetri; Slika 1D) RAD23B Peptid: KIDEKNFVV (ID BR. SEKV: 63) 1 serozna membrana, 1 adipozno tkivo, 3 nadbubrežne žlezde, 2 arterije, 2 kostne srži, 7 mozgova, 3 dojke, 13 kolona, 2 žučne kese, 3 GI trakta, 3 srca, 12 bubrega, 4 leukocita, 19 jetri, 43 pluća, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 6 pankreasa, 1 periferni nerv, 1 hipofiza, 3 pleure, 1 prostata, 6 rektuma, 3 skeletna mišića, 3 kože, 4 slezine, 5 želudaca, 1 testis, 2 timusa, 3 štitaste žlezde, 2 materice, 2 vene i 4 jednjaka; Slika 1E) RAD23B Peptid: KIDEKNFVV (ID BR. SEKV: 63) 5 ćelijskih linija, 1 normalno tkivo (1 nadbubrežna žlezda), 16 malignih tkiva (2 maligna tumora mozga, 4 karcinoma jetre, 5 karcinoma pluća, 1 karcinom rektuma, 1 karcinom mokraćne bešike, 3 karcinom materice) (s leva u desno); Slika 1F) RFNG RLPPDTLLQQV (ID BR. SEKV: 92) 1 serozna membrana, 1 adipozno tkivo, 3 nadbubrežne žlezde, 2 arterije, 2 kostne srži, 7 mozgova, 3 dojke, 13 kolona, 2 žučne kese, 3 GI trakta, 3 srca, 12 bubrega, 4 leukocita, 19 jetri, 43 pluća, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 6 pankreasa, 1 periferni nerv, 1 hipofiza, 3 pleure, 1 prostata, 6 rektuma, 3 skeletna mišića, 3 kože, 4 slezine, 5 želudaca, 1 testis, 2 timusa, 3 štitaste žlezde, 2 materice, 2 vene i 4 jednjaka; Slika 1G) RFNG Peptid: RLPPDTLLQQV (ID BR. SEKV: 92) 2 ćelijske linije, 2 normalna tkiva (2 nadbubrežne ž lezde), 17 malignih tkiva (1 maligni tumor mozga, 1 karcinom dojke, 1 karcinom jednjaka, 5 karcinoma jetre, 4 karcinoma pluća, 1 karcinom jajnika, 1 karcinom prostate, 2 karcinoma mokraćne bešike, 1 karcinom materice) (s leva u desno); Slika 1H) FLVCR1 Peptid: SVWFGPKEV (ID BR. SEKV: 104) 1 serozna membrana, 1 adipozno tkivo, 3 nadbubrežne žlezde, 2 arterije, 2 kostne srži, 7 mozgova, 3 dojke, 13 kolona, 2 žučne kese, 3 GI trakta, 3 srca, 12 bubrega, 4 leukocita, 19 jetri, 43 pluća, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 6 pankreasa, 1 periferni nerv, 1 hipofiza, 3 pleure, 1 prostata, 6 rektuma, 3 skeletna mišića, 3 kože, 4 slezine, 5 želudaca, 1 testis, 2 timusa, 3 štitaste žlezde, 2 materice, 2 vene i 4 jednjaka; Slika 1I) FLVCR1 Peptid: SVWFGPKEV (ID BR. SEKV: 104) 9 ćelijskih linija, 1 normalno tkivo (1 tanko crevo), 16 malignih tkiva (1 maligni tumor mozga, 1 karcinom dojke, 5 karcinoma jetre, 5 karcinoma pluća, 1 karcinom kože, 1 karcinom želuca, 1 karcinom mokraćne bešike, 1 karcinom materice) (s leva u desno); Slika 1J) IKBKAP Peptid: LLFPHPVNQV (ID BR. SEKV: 156) 1 serozna membrana, 1 adipozno tkivo, 3 nadbubrežne žlezde, 2 arterije, 2 kostne srži, 7 mozgova, 3 dojke, 13 kolona, 2 žučne kese, 3 GI trakta, 3 srca, 12 bubrega, 4 leukocita, 19 jetri, 43 pluća, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 6 pankreasa, 1 periferni nerv, 1 hipofiza, 3 pleure, 1 prostata, 6 rektuma, 3 skeletna mišića, 3 kože, 4 slezine, 5 želudaca, 1 testis, 2 timusa, 3 štitaste žlezde, 2 materice, 2 vene i 4 jednjaka; Slika 1K) IKBKAP Peptid: LLFPHPVNQV (ID BR. SEKV: 156) 7 ćelijskih linija, 2 primarne kulture, 1 normalno tkivo (1 kolon), 34 malignih tkiva (1 malignitet kostne srži, 1 karcinom dojke, 1 karcinom kolona, 2 karcinoma jednjaka, 2 leukocitne leukemije, 4 karcinoma jetre, 11 karcinoma pluća, 3 maligna tumora limfnih čvorova, 5 karcinoma jajnika, 4 karcinoma mokraćne bešike) (s leva u desno); Slika 1L) NKD1 Peptid: FLDTPIAKV (ID BR. SEKV: 47) 1 serozna membrana, 1 adipozno tkivo, 3 nadbubrežne žlezde, 2 arterije, 2 kostne srži, 7 mozgova, 3 dojke, 13 kolona, 2 žučne kese, 3 GI trakta, 3 srca, 12 bubrega, 4 leukocita, 19 jetri, 43 pluća, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 6 pankreasa, 1 periferni nerv, 1 hipofiza, 3 pleure, 1 prostata, 6 rektuma, 3 skeletna mišića, 3 kože, 4 slezine, 5 želudaca, 1 testis, 2 timusa, 3 štitaste žlezde, 2 materice, 2 vene i 4 jednjaka; Slika 1M) NKD1 Peptid: FLDTPIAKV (ID BR. SEKV: 47) 1 drugo tkivo, 2 normalna tkiva (1 pluća, 1 slezina), 35 malignih tkiva (5 malignih tumora mozga, 6 karcinoma kolona, 1 karcinom jednjaka, 6 karcinoma jetre, 9 karcinoma pluća, 1 karcinom jajnika, 1 karcinom prostate, 4 karcinoma rektuma, 2 karcinoma želuca) (s leva u desno).
Na slici 2 prikazani su primerni profili ekspresije (relativna ekspresija u poređenju sa normalnim bubregom) ovde predstavljenih izvornih gena koji su visoko prekomerno eksprimirani ili ekskluzivno eksprimirani u HCC u panelu normalnih tkiva (tamnosiva) i 12 uzoraka HCC (siva). Slika 2A) APOB, tkiva s leva u desno: 1 nadbubrežna žlezda, 1 arterija, 1 kostna srž, 1 mozak (ceo), 1 dojka, 1 kolon, 1 jednjak, 1 srce, 3 bubrega, 1 uzorak leukocita, 1 jetra, 1 pluće, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 1 pankreas, 1 placenta, 1 prostata, 1 pljuvačna ž lezda, 1 skeletni mišić, 1 koža, 1 tanko crevo, 1 slezina, 1 želudac, 1 testis, 1 timus, 1 štitasta žlezda, 1 mokraćna bešika, 1 grlić materice, 1 materica, 1 vena; Slika 2B) AMACR, tkiva s leva u desno: 1 nadbubrežna žlezda, 1 arterija, 1 kostna srž, 1 mozak (ceo), 1 dojka, 1 kolon, 1 jednjak, 1 srce, 3 bubrega, 1 uzorak leukocita, 1 jetra, 1 pluće, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 1 pankreas, 1 placenta, 1 prostata, 1 pljuvačna žlezda, 1 skeletni mišić, 1 koža, 1 tanko crevo, 1 slezina, 1 želudac, 1 testis, 1 timus, 1 š titasta žlezda, 1 mokraćna bešika, 1 grlić materice, 1 materica, 1 vena; Slika 2C) ALDH1L1, tkiva s leva u desno: 1 nadbubrežna žlezda, 1 arterija, 1 kostna srž, 1 mozak (ceo), 1 dojka, 1 kolon, 1 jednjak, 1 srce, 3 bubrega, 1 uzorak leukocita, 1 jetra, 1 pluće, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 1 pankreas, 1 placenta, 1 prostata, 1 pljuvačna žlezda, 1 skeletni mišić, 1 koža, 1 tanko crevo, 1 slezina, 1 želudac, 1 testis, 1 timus, 1 štitasta žlezda, 1 mokraćna bešika, 1 grlić materice, 1 materica, 1 vena; Slika 2D) FGG, tkiva s leva u desno: 1 nadbubrežna žlezda, 1 arterija, 1 kostna srž, 1 mozak (ceo), 1 dojka, 1 kolon, 1 jednjak, 1 srce, 3 bubrega, 1 uzorak leukocita, 1 jetra, 1 pluće, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 1 pankreas, 1 placenta, 1 prostata, 1 pljuvačna žlezda, 1 skeletni mišić, 1 koža, 1 tanko crevo, 1 slezina, 1 želudac, 1 testis, 1 timus, 1 štitasta žlezda, 1 mokraćna bešika, 1 grlić materice, 1 materica, 1 vena; Slika 2E) C8B, tkiva s leva u desno: 1 nadbubrežna žlezda, 1 arterija, 1 kostna srž, 1 mozak (ceo), 1 dojka, 1 kolon, 1 jednjak, 1 srce, 3 bubrega, 1 uzorak leukocita, 1 jetra, 1 pluće, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 1 pankreas, 1 placenta, 1 prostata, 1 pljuvačna žlezda, 1 skeletni mišić, 1 koža, 1 tanko crevo, 1 slezina, 1 želudac, 1 testis, 1 timus, 1 š titasta žlezda, 1 mokraćna bešika, 1 grlić materice, 1 materica, 1 vena; i Slika 2F) HSD17B6, tkiva s leva u desno: uključujući 1 nadbubrežnu žlezdu, 1 arteriju, 1 kostnu srž, 1 mozak (ceo), 1 dojku, 1 kolon, 1 jednjak, 1 srce, 3 bubrega, 1 uzorak leukocita, 1 jetru, 1 pluće, 1 limfni čvor, 1 jajnik, 1 pankreas, 1 placentu, 1 prostatu, 1 pljuvačnu žlezdu, 1 skeletni mišić, 1 kožu, 1 tanko crevo, 1 slezinu, 1 želudac, 1 testis, 1 timus, 1 štitastu žlezdu, 1 mokraćnu bešiku, 1 grlić materice, 1 matericu, 1 venu.
Na slici 3 prikazani su primerni rezultati protočne citometrije nakon peptid-specifičnog bojenja multimera.
Na slici 4 je prikazano 2D bojenje multimera sa A*24/ KLHL24-001 (A) ili A*24/ APOB-006 (B). Levi paneli (A i B) prikazuju kontrolno bojenje ćelija stimulisanih sa irelevantnim kompleksima A*24/peptid.
PRIMERI
PRIMER 1: Identifikacija i kvantifikacija tumor-asociranih peptida prezentovanih na površini ćelije
Uzorci tkiva
[0492] Tkiva tumora pacijenata dobijeni su od Universitätsklinik für Allgemeine, Viszeral- und Transplantationschirurgie, Tübingen, Nemačka; Istituto Nazionale Tumori "Pascale". Molecular Biology and Viral Oncology Unit, Via Mariano, Napulj, Italija; Bio-Options Inc., Brea, CA, SAD; ProteoGenex Inc., Culver City, CA, SAD; Asterand Europe, Royston Herts, Ujedinjeno Kraljevstvo. Pre operacije su od svih pacijenata pribavljeni pisani informisani pristanci. Tkiva su zamrznuta brzim zamrzavanjem neposredno nakon operacije i uskladištena na -70 °C ili manje do izolacije TUMAP.
Izolacija HLA peptida iz uzoraka tkiva
[0493] Pulovi HLA peptida iz uzoraka tkiva zamrznutih brzim zamrzavanjem dobijeni su imunskom precipitacijom iz čvrstih tkiva u skladu sa blago modifikovanim protokolom (Falk, K., 1991; Seeger, F.H.T., 1999) primenom HLA-A*02-specifičnog antitela BB7.2, HLA-A, -B, -C-specifičnog antitela W6/32, CNBraktivirane sefaroze, tretiranja kiselinom i ultrafiltracije.
Analize masenom spektrometrijom
[0494] Dobijeni pulovi HLA peptida su odvojeni prema njihovoj hidrofobnosti pomoću reverzno-fazne hromatografije (nanoAcquity UPLC sistem, Waters) a eluirani peptidi su analizirani u LTQ-velos i fuzionim hibridnim masenim spektrometrima (ThermoElectron) opremljenim ESI izvorom. Pulovi peptida su direktno postavljeni na analitičku mikrokapilarnu kolonu od fuzirane silike (75 µ m i.d. x 250 mm) upakovanu sa 1,7 µm C18 reverzno-faznim materijalom (Waters) uz primenu brzine protoka od 400 nl u minutu. Nakon toga, peptidi su izdvojeni primenom dvostepenog 180-minutnog binarnog gradijenta iz 10% do 33% B pri brzini protoka od 300 nl u minutu. Gradijent su činili rastvarač A (0,1% mravlja kiselina u vodi) i rastvarač B (0,1% mravlja kiselina u acetonitrilu). Staklena kapilara obložena zlatom (PicoTip, New Objective) je korišćena za uvođenje u nanoESI izvor. LTQ-Orbitrap maseni spektrometri su radili u režimu zavisnom od podataka primenom strategije TOP5 (5 najvećih). Ukratko, iniciran je ciklus skeniranja sa kompletnim skeniranjem visoke masene preciznosti u orbitrap (R = 30 000), š to je bilo praćeno MS/MS skeniranjima takođe u orbitrap (R = 7500) na 5 najzastupljenijih prekursorskih jona sa dinamičkim isključivanjem prethodno odabranih jona. Tandem maseni spektri su interpretirani pomoću SEQUEST i dodatnom ručnom kontrolom. Identifikovana peptidna sekvenca je potvrđena poređenjem generisanog obrasca fragmentacije prirodnog peptida sa obrascem fragmentacije sintetičkog referentnog peptida identične sekvence.
[0495] Relativna LC-MS kvantifikacija bez obeležavanja izvršena je pomoću brojanja jona tj. ekstrakcijom i analizom LC-MS karakteristika (Mueller et al. 2007a). Metod pretpostavlja da oblast LC-MS signala peptida korelira sa njegovom obilnošću u uzorku. Ekstrahovane karakteristike su dalje obrađene pomoću slabljenja naelektrisanog stanja i poravnanja vremena zadržavanja (Mueller et al. 2007b; Sturm et al.
2008). Na kraju, sve LC-MS karakteristike su referencirane sa rezultatima identifikacije sekvence kako bi se kvantitativni podaci od različitih uzoraka i tkiva kombinovali u profile prezentacije peptida. Kvantitativni podaci su normalizovani na dvostepeni način u skladu sa centralnom tendencijom kako bi se uračunala varijacija u okviru tehničkih i bioloških replikata. Tako svaki identifikovani peptid može biti povezan sa kvantitativnim podacima š to omogućava relativnu kvantifikaciju između uzoraka i tkiva. Pored toga, svi kvantitativni podaci dobijeni za peptidne kandidate su ručno pregledani kako bi se osigurala doslednost podataka i potvrdila tačnost automatizovane analize. Za svaki peptid je izračunat profil prezentacije koji pokazuje srednju prezentaciju uzorka kao i varijacije replikata. Profili postavljaju jedno uz drugo uzorke HCC sa polaznim vrednostima uzoraka normalnog tkiva.
[0496] Profili prezentacije primernih prekomerno prezentovanih peptida prikazani su na slici 1. Rezultati prezentacije za primerne peptide prikazani su u tabeli 8.
Tabela 8: Rezultati prezentacije. U tabeli su navedeni peptidi koji su veoma visoko prekomerno prezentovani na tumorima u poređenju sa panelom normalnih tkiva (+++), visoko prekomerno prezentovani na tumorima u poređenju sa panelom normalnih tkiva (++) ili prekomerno prezentovani na tumorima u poređenju sa panelom normalnih tkiva (+). S* = fosfoserin
ID br. SEKV Sekvenca Prezentacija peptida
1 VMAPFTMTI ++
2 KLQAGTVFV ++
4 KLQDFSDQL ++
5 ALVEQGFTV ++
6 KLSPTVVGL ++
7 ALVDTLKFV ++
8 KLLEEATISV
9 ALANQKLYSV
10 SLLEEFDFHV ++
11 SLSQELVGV
12 FLAELAYDL ++
14 ALADLTGTVV ++
15 LLYGHTVTV
16 SLLGGNIRL +
17 RVAS*PTSGV
ID br. SEKV Sekvenca Prezentacija peptida 19 FLEETKATV ++
20 KLSNVLQQV ++
21 QLIEVSSPITL ++
22 RIAGIRGIQGV ++
23 RLYDPASGTISL
24 SLAEEKLQASV ++
25 SLDGKAALTEL ++
26 SLLHTIYEV ++
27 TLPDFRLPEI ++
28 TLQDHLNSL ++
29 YIQDEINTI ++
30 YLGEGPRMV +
31 YQMDIQQEL +
32 ALNAVRLLV ++
33 LLHGHIVEL
34 SLAEGTATV ++
38 ALADVVHEA
39 ALDPKANFST ++
40 ALLAEGITWV
42 ALLGGNVRMML ++
44 ALQDAIRQL
47 FLDTPIAKV
49 FLYPEKDEPT ++
51 GLAEELVRA
52 GLFNAELLEA
53 GLIHLEGDTV ++
54 GLLDPNVKSIFV ++
55 GLYGRTIEL
56 GVLPGLVGV
57 HLTEAIQYV +
58 ILADLNLSV
59 ILADTFIGV +
60 ILSPLSVAL
61 KIADFELPTI ++
62 KIAGTNAEV +
66 KLHEEIDRV +
67 KLKETIQKL ++
70 KLLDLETERILL +
71 KLLDNWDSV ++
72 KLSEAVTSV
75 KQMEPLHAV
76 LLADIGGDPFAA ++
77 LLHEENFSV
79 LLLSTGYEA ++
ID br. SEKV Sekvenca Prezentacija peptida 81 NLASFIEQVAV +
82 NVFDGLVRV
83 QLHDFVMSL ++
84 QLTPVLVSV +
85 RILPKVLEV
86 RLAAFYSQV ++
88 RLIDRIKTV ++
89 RLIEEIKNV ++
91 RLPDIPLRQV
93 RLYTMDGITV ++
94 RMSDVVKGV ++
96 SLLEEPNVIRV +
97 SLLPQLIEV +
98 SLLSPEHLQYL +
99 SLSAFLPSL ++
101 SLWEGGVRGV ++
103 SMGDHLWVA ++
107 TLGQFYQEV ++
108 TLLKKISEA ++
109 TLYALSHAV
111 TVMDIDTSGTFNV
113 VLMDKLVEL +
114 VLSQVYSKV ++
116 WVIPAISAV ++
117 YAFPKSITV ++
119 YLDKNLTVSV
120 YLGEEYVKA ++
121 YLITGNLEKL
122 YLSQAADGAKVL ++
123 YLWDLDHGFAGV +
124 LLIDVVTYL ++
126 TLLDSPIKV +
127 VLIGSNHSL
128 GLAFSLNGV
129 SQADVIPAV
130 ALDAGAVYTL +
131 ALDSGAFQSV +
132 ALHEEVVGV
133 ALLEMDARL
134 ALLETNPYLL +
135 ALLGKIEKV
137 ALPTVLVGV +
139 ALSSKPAEV
142 AVIGGLIYV +
ID br. SEKV Sekvenca Prezentacija peptida 144 FIQLITGV
146 FLWTEQAHTV
147 GLAPGGLAVV
148 GLFAPLVFL ++
151 HLAKVTAEV
154 KLTDHLKYV
161 RLLDEQFAV
162 RLMSALTQV +
163 RLTESVLYL +
164 RMLIKLLEV
167 SLAESSFDV +
168 SLAVLVPIV
169 SLFEWFHPL
170 SLHNGVIQL
171 SLIPAVLTV
172 SLLNFLQHL
173 SLTSEIHFL
174 TLAELGAVQV
176 TLGQIWDV
177 VLDEPYEKV
179 YIHNILYEV +
180 YLGPHIASVTL +
181 YLLEKFVAV
184 VVLDGGQIVTV
185 ALFPALRPGGFQA +
186 VLLAQIIQV
187 SYPTFFPRF
188 RYSAGWDAKF
189 AFSPDSHYLLF ++
190 RYNEKCFKL ++
191 KYPDIISRI +
192 SYITKPEKW
193 IYPGAFVDL ++
194 QYASRFVQL ++
195 RYAPPPSFSEF ++
196 AYLKWISQI ++
197 RWPKKSAEF
198 LYWSHPRKF
200 AYLLQPSQF ++
201 AYVNTFHNI ++
202 AYGTYRSNF ++
203 YYGILQEKI ++
204 KYRLTYAYF +
205 VYGLQRNLL
ID br. SEKV Sekvenca Prezentacija peptida 206 KWPETPLLL ++
208 SYNPAENAVLL +
210 AYPAIRYLL +
211 IYIPSYFDF +
212 VYGDVISNI ++
213 YYNKVSTVF
214 IYVTSIEQI ++
217 DYIPYVFKL ++
218 VYQGAIRQI
219 GVMAGDIYSV
220 SLLEKELESV +
221 ALCEENMRGV
224 ALASVIKEL
225 KMDPVAYRV
226 AVLGPLGLQEV
227 ALLKVNQEL
228 YLITSVELL +
229 KMFESFIESV +
230 VLTEFTREV
231 RLFNDPVAMV +
233 ALLGKLDAI
234 YLEPYLKEV
236 ALADKELLPSV +
237 ALRGEIETV ++
238 AMPPPPPQGV +
239 FLLGFIPAKA
240 FLWERPTLLV ++
241 FVLPLLGLHEA +
242 GLFAPVHKV
243 GLLDNPELRV ++
244 KIAELLENV
245 KLGAVFNQV
248 KLNDLIQRL
249 LLLGERVAL ++
250 NLAEVVERV +
251 RLFADILNDV +
252 RTIEYLEEV
253 RVPPPPQSV
255 SLFGQDVKAV ++
256 SLFQGVEFHYV
257 SLLEKAGPEL ++
258 SLMGPVVHEV
260 TLMDMRLSQV +
261 VLFQEALWHV +
ID br. SEKV Sekvenca Prezentacija peptida 263 VLYPSLKEI
264 VMQDPEFLQSV +
265 WLIEDGKVVTV +
266 SLLESNKDLLL
267 ALNENINQV
268 KLYQEVEIASV
269 YLMEGSYNKV
270 SVLDQKILL +
271 LLLDKLILL
272 QQLDSKFLEQV
273 AILETAPKEV +
274 ALAEALKEV
275 ALIEGAGILL +
276 ALLEADVNIKL
277 ALLEENSTPQL
278 ALTSVVVTL
279 ALWTGMHTI
281 GLLAGDRLVEV
282 GQFPSYLETV +
283 ILSGIGVSQV
284 KLDAFVEGV
286 KVLDKVFRA
288 LLDDSLVSI
289 LLLEEGGLVQV +
290 NLIDLDDLYV +
292 RIPAYFVTV
293 FLASESLIKQI +
295 SLFSSPPEI +
297 TLFYSLREV
298 TMAKESSIIGV +
299 ALLRVTPFI
301 VLADFGARV ++
302 KIQEILTQV ++
303 GVYDGEEHSV
304 SLIDQFFGV ++
305 GVLENIFGV
308 ALLRTVVSV
309 GLIEIISNA
310 SLWGGDVVL
311 FLIPIYHQV
312 RLGIKPESV ++
313 LTAPPEALLMV
314 YLAPFLRNV
315 KVLDGSPIEV
ID br. SEKV Sekvenca Prezentacija peptida
316 LLREKVEFL
317 KLPEKWESV +
318 KLNEINEKI
319 KLFNEFIQL
320 GLADNTVIAKV
322 ILYDIPDIRL
324 RLFETKITQV +
326 ALSDGVHKI +
327 GLNEEIARV +
328 RLEEDDGDVAM
329 SLIEDLILL ++
330 SMSADVPLV +
332 AMLAVLHTV
334 SILTIEDGIFEV
335 SLLPVDIRQYL +
336 YLPTFFLTV
337 TLLAAEFLKQV
338 KLFDSDPITVTV ++
340 KVFDEVIEV
342 AMSSKFFLV
343 LLLPDYYLV
345 SYNPLWLRI (A*24) ++
346 LYQILQGIVF (A*24) ++
347 ALNPADITV
PRIMER 2
Profiliranje ekspresije gena koji kodiraju peptide pronalaska
[0497] Prekomerna prezentacija ili specifična prezentacija peptida na tumorskim ćelijama u poređenju sa normalnim ćelijama je dovoljna za njihovu korisnost u imunoterapiji, a neki peptidi su tumor-specifični iako se njihov izvorni protein takođe javlja u normalnim tkivima. Ipak, profiliranje ekspresije mRNK dodaje dodatni nivo bezbednosti u izboru peptidnih ciljeva za imunoterapije. Naročito za terapijske opcije sa visokim rizicima u pogledu bezbednosti, kao što su afinitetno sazreli TCR, idealni ciljni peptid će biti dobijen od proteina koji je jedinstven za tumor i ne nalazi se na normalnim tkivima.
RNK izvori i priprema
[0498] Hirurški odstranjeni uzorci tkiva obezbeđeni su kako je navedeno ranije (pogledajte primer 1) nakon što je od svakog pacijenta pribavljen pisani informisani pristanak. Uzorci tumorskog tkiva su zamrznuti brzim zamrzavanjem neposredno nakon operacije i kasnije homogenizovani avanom i tučkom u prisustvu tečnog azota. Ukupna RNK je pripremljena iz ovih uzoraka pomoću TRI reagensa (Ambion, Darmstadt, Nemačka) nakon čega je sledilo čišćenje sa RNeasy (QIAGEN, Hilden, Nemačka); oba metoda su izvedena u skladu sa protokolom proizvođača.
[0499] Ukupna RNK iz zdravih humanih tkiva dobijena je komercijalno (Ambion, Huntingdon, UK; Clontech, Heidelberg, Nemačka; Stratagene, Amsterdam, Holandija; BioChain, Hayward, CA, SAD). RNK od nekoliko pojedinaca (između 2 i 123 osobe) izmešana je tako da je RNK od svakog pojedinca bila težinski podjednaka.
[0500] Kvalitet i kvantitet svih uzoraka RNK procenjen je na Agilent 2100 bioanalizatoru (Agilent, Waldbronn, Nemačka) upotrebom RNA 6000 Pico LabChip kompleta (Agilent).
Eksperimenti na mikročipu
[0501] Analiza genske ekspresije svih uzoraka RNK iz tumorskih i normalnih tkiva izvršena je pomoću Affymetrix Human Genome (HG) U133A ili HG-U133 Plus 2.0 oligonukleotidnih mikročipova (Affymetrix, Santa Clara, CA, SAD). Svi koraci su izvršeni u skladu sa priručnikom za Affymetrix. Ukratko, sintetisana je dvolančana cDNK iz 5–8 µ g ukupne RNK, primenom SuperScript RTII (Invitrogen) i oligo-dT-T7 prajmera (MWG Biotech, Ebersberg, Nemačka) kako je opisano u priručniku. In vitro transkripcija je izvršena sa kompletom BioArray High Yield RNA Transcript Labelling Kit (ENZO Diagnostics, Inc., Farmingdale, NY, SAD) za U133A čipove ili sa kompletom GeneChip IVT Labelling Kit (Affymetrix) za U133 Plus 2.0 čipove, nakon čega je sledila fragmentacija, hibridizacija i bojenje cRNK sa streptavidinfikoeritrin i biotiniliranim anti-streptavidin antitelom (Molecular Probes, Leiden, Holandija). Slike su skenirane skenerom Agilent 2500A GeneArray Scanner (U133A) ili Affymetrix Gene-Chip Scanner 3000 (U133 Plus 2.0), a podaci su analizirani pomoću GCOS softvera (Affymetrix), upotrebom podrazumevanih podešavanja za sve parametre. Za normalizaciju je korišćeno 100 konstitutivnih gena obezbeđenih od strane kompanije Affymetrix. Vrednosti relativne ekspresije izračunate su iz logaritamskih odnosa signala datih od strane softvera a normalni uzorak bubrega je arbitrarno podešen na 1,0. Primerni profili ekspresije ovde predstavljenih izvornih gena koji su veoma prekomerno eksprimirani ili isključivo eksprimirani u HCC prikazani su na slici 2. Rezultati ekspresije za dalje primerne gene prikazani su u tabeli 9.
Tabela 9: Rezultati ekspresije. U tabeli su navedeni peptidi iz gena koji su veoma visoko prekomerno eksprimirani u tumorima u poređenju sa panelom normalnih tkiva (+++), visoko prekomerno eksprimirani u tumorima u poređenju sa panelom normalnih tkiva (++) ili prekomerno eksprimirani u tumorima u poređenju sa panelom normalnih tkiva (+).
ID BR. SEKV Sekvenca Ekspresija gena 1 VMAPFTMTI ++
2 KLQAGTVFV +
3 ILDDNMQKL
4 KLQDFSDQL ++
5 ALVEQGFTV ++
7 ALVDTLKFV ++
10 SLLEEFDFHV
13 GLIDTETAMKAV ++
19 FLEETKATV ++
20 KLSNVLQQV ++
21 QLIEVSSPITL ++
25 SLDGKAALTEL ++
27 TLPDFRLPEI ++
28 TLQDHLNSL ++
29 YIQDEINTI ++
31 YQMDIQQEL ++
38 ALADVVHEA
39 ALDPKANFST
41 ALLELDEPLVL ++
42 ALLGGNVRMML
44 ALQDAIRQL
45 ALQDQLVLV +
46 AMAEMKVVL +
48 FLLEQPEIQV
49 FLYPEKDEPT ++
50 FTIPKLYQL ++
52 GLFNAELLEA ++
53 GLIHLEGDTV ++
55 GLYGRTIEL ++
60 ILSPLSVAL
61 KIADFELPTI ++
62 KIAGTNAEV
66 KLHEEIDRV ++
67 KLKETIQKL ++
68 KLLAATVLLL ++
73 KLTLVIISV ++
74 KLYDLELIV ++
76 LLADIGGDPFAA
81 NLASFIEQVAV
82 NVFDGLVRV ++
83 QLHDFVMSL ++
84 QLTPVLVSV +
85 RILPKVLEV +
87 RLFEENDVNL ++ RLLDVLAPLV RLYTMDGITV ++ RMSDVVKGV SICNGVPMV + SLLPQLIEV ++ SLVGDIGNVNM ++ SMGDHLWVA SVYDGKLLI TLAAIIHGA + TLGQFYQEV ++ TLYALSHAV ++ TVGGSEILFEV ++ VLMDKLVEL ++ VLSQVYSKV ++ WVIPAISAV + YAFPKSITV YLDKNLTVSV + YLGEEYVKA ++ LLIDVVTYL ++ TLLDSPIKV ++ SQADVIPAV + ALDAGAVYTL + ALHEEVVGV + AMGEKSFSV AVIGGLIYV ++ FLIAEYFEHV + FLWTEQAHTV + GLFAPLVFL GLLSGLDIMEV ++ KLTDHLKYV ++ QLLPNLRAV RIISGLVKV + RLLAKIICL ++ RLTESVLYL + RVIEHVEQV + SLAVLVPIV ++ SLLNFLQHL SLTSEIHFL TLFEHLPHI + VLDEPYEKV + YLLHFPMAL ++ YLYNNEEQVGL ++ SYPTFFPRF RYSAGWDAKF ++ SYITKPEKW 193 IYPGAFVDL
200 AYLLQPSQF ++
204 KYRLTYAYF ++
206 KWPETPLLL
215 IYTGNISSF ++
217 DYIPYVFKL ++
218 VYQGAIRQI ++
228 YLITSVELL
233 ALLGKLDAI
249 LLLGERVAL
255 SLFGQDVKAV
259 TLITDGMRSV
263 VLYPSLKEI
273 AILETAPKEV
275 ALIEGAGILL
286 KVLDKVFRA
296 SLLSGRISTL
298 TMAKESSIIGV
301 VLADFGARV +
302 KIQEILTQV
315 KVLDGSPIEV +
318 KLNEINEKI ++
320 GLADNTVIAKV
324 RLFETKITQV +
327 GLNEEIARV
336 YLPTFFLTV
341 YLAIGIHEL +
345 SYNPLWLRI (A*24) +
PRIMER 3: Izmena liganada pod UV
[0502] Peptidi kandidati za terapije zasnovane na T ćelijama kako su predstavljeni su dalje testirani u pogledu njihovog kapaciteta vezivanja MHC (afinitet). Pojedinačni kompleksi peptid-MHC su proizvedeni pomoću izmene liganada pod UV, gde je peptid osetljiv na UV odvojen odmah nakon UV zračenja i zamenjen peptidom od interesa prema analizi. Samo peptidi kandidati koji mogu efikasno da vežu i stabilizuju peptid-receptivne MHC molekule sprečavaju disocijaciju MHC kompleksa. Da bi se utvrdio prinos reakcije zamene, sprovedena je ELISA zasnovana na detekciji lakog lanca (β2m) stabilizovanih MHC kompleksa. Esej je sproveden kako je uopšteno opisano u radu Rodenko et al. (Rodenko B, Toebes M, Hadrup SR, van Esch WJ, Molenaar AM, Schumacher TN, Ovaa H. Generation of peptide-MHC class I complexes through UV-mediated ligand exchange. Nat Protoc.2006;1(3):1120-32.).
[0503] MAXISorp pločice sa 96 mesta (NUNC) obložene su preko noći sa 2 ug/ml streptavidina u PBS na sobnoj temperaturi, isprane 4 puta i blokirane tokom 1 h na 37 °C u 2% BSA koji sadrži pufer za blokiranje. Ponovo presavijeni HLA-A*0201/MLA-001 monomeri služili su kao standardi, pokrivajući opseg od 15-500 ng/ml. Monomeri peptid-MHC iz UV-izmenjivačke reakcije razblaženi su 100 puta u puferu za blokiranje. Uzorci su inkubirani tokom 1 h na 37 °C, isprani četiri puta, inkubirani sa 2 µg/ml HRP konjugovanog anti-β2m tokom 1 h na 37 °C, isprani ponovo i detektovani sa rastvorom TMB koji je zaustavljen sa NH2SO4. Apsorpcija je izmerena na 450 nm. Peptidi kandidati koji pokazuju visok prinos izmene (poželjno veći od 50%, najpoželjnije veći od 75%) se generalno preferiraju za generisanje i proizvodnju antitela ili njihovih fragmenata, i/ili T-ćelijskih receptora ili njihovih fragmenata, jer oni pokazuju dovoljan aviditet prema MHC molekulima i sprečavaju disocijaciju MHC kompleksa.
Tabela 10A: Rezultati vezivanja MHC klase I
Tabela 10B: Rezultati vezivanja MHC klase I
Vezivanje HLA klasa I-restrikovanih peptida za HLA-A*02 ili HLA-A*24 u zavisnosti od peptidne sekvence klasifikovano je pomoću prinosa izmene peptida: >10% = ; >20% = +; >50 = ++; > 75% = +++.
PRIMER 4
In vitro imunogenost za MHC klasa I-prezentovane peptide
[0504] Da bi se dobile informacije u pogledu imunogenosti predstavljenih TUMAP, istraživači su sproveli ispitivanja pomoću eseja za in vitro prajming T ćelija zasnovanog na ponovljenim stimulacijama CD8+ T ćelija sa veštačkim antigen-prezentujućim ćelijama (aAPĆ) napunjenim kompleksima peptid/MHC i anti-CD28 antitelom. Na ovaj način istraživači su mogli da pokažu imunogenost za 22 HLA-A*0201-restrikovanih TUMAP koji su do sada predstavljeni, dokazujući da su ovi peptidi T-ćelijski epitopi protiv kojih kod ljudi postoje CD8+ prekursorske T ćelije (tabela 10).
In vitro priprema CD8+ T ćelija
[0505] Da bi izvršili in vitro stimulacije pomoću veštačkih antigen-prezentujućih ćelija napunjenih kompleksom peptid-MHC (pMHC) i anti-CD28 antitelom, istraživači su prvo izolovali CD8+ T ćelije iz svežih proizvoda leukafereze HLA-A*02 putem pozitivne selekcije primenom CD8 mikroperli (Miltenyi Biotec, Bergisch-Gladbach, Nemačka) zdravih donora dobijenih iz Univerzitetskih klinika u Manhajmu, Nemačka, nakon pribavljanja informisanog pristanka. PBMC i izolovani CD8+ limfociti su inkubirani do primene u T-ćelijskom medijumu (TCM) koji je sadržao RPMI-Glutamax (Invitrogen, Karlsruhe, Nemačka) u koji je dodat 10% humani toplotom inaktiviran AB serum (PAN-Biotech, Aidenbach, Nemačka), 100 U/ml penicilina / 100 µg/ml streptomicina (Cambrex, Cologne, Nemačka), 1 mmol/l natrijum piruvata (CC Pro, Oberdorla, Nemačka), 20 µg/ml gentamicina (Cambrex). U ovom koraku u TCM je takođe dodato 2,5 ng/ml IL-7 (PromoCell, Heidelberg, Nemačka) i 10 U/ml IL-2 (Novartis Pharma, Nürnberg, Nemačka).
[0506] Stvaranje perli obloženih sa pMHC/anti-CD28, stimulacije T ćelija i očitavanje su izvršeni u visoko definisanom in vitro sistemu primenom četiri različita pMHC molekula po uslovu stimulacije i 8 različitih pMHC molekula po uslovu očitavanja.
[0507] Prečišćeno kostimulatorno mišje IgG2a anti-humano CD28 At 9.3 (Jung et al., 1987) bilo je hemijski biotinilirano pomoću sulfo-N-hidroksisukcinimidobiotina kako je preporučeno od strane proizvođača (Perbio, Bonn, Nemačka). Korišćene perle bile su polistirenske čestice obložene streptavidinom prečnika 5,6 µm (Bangs Laboratories, Illinois, SAD).
[0508] pMHC korišćeni za stimulacije pozitivne i negativne kontrole bili su A*0201/MLA-001 (peptid ELAGIGILTV iz modifikovanog Melan-A/MART-1), odnosno A*0201/DDX5-001 (YLLPAIVHI iz DDX5).
[0509] 800.000 perli / 200 µ l je bilo obloženo u pločicama sa 96 mesta u prisustvu 4 x 12,5 ng različitih biotin-pMHC, isprano i naknadno je dodato 600 ng biotin anti-CD28 u zapremini od 200 µl. Stimulacije su bile pokrenute u pločicama sa 96 mesta istovremenim inkubiranjem 1x10<6>CD8+ T ćelija sa 2x10<5>ispranih obloženih perli u 200 µl TCM u koji je dodato 5 ng/ml IL-12 (PromoCell) u toku 3 dana na 37 °C.
Polovina medijuma je zatim zamenjena sa svežim TCM u koji je dodato 80 U/ml IL-2 i inkubacija je nastavljena u toku 4 dana na 37 °C. Ovaj ciklus stimulacije je izvršen ukupno tri puta. Za očitavanje pMHC multimera pomoću 8 različitih pMHC molekula po uslovu, korišćen je pristup dvodimenzionalnog kombinatornog kodiranja kako je ranije opisano (Andersen et al., 2012) sa manjim modifikacijama koje obuhvataju spajanje sa 5 različitih fluorohroma.
[0510] Na kraju, analize multimera su izvršene bojenjem ćelija sa bojom Live/dead near IR dye (Invitrogen, Karlsruhe, Nemačka), klonom CD8-FITC antitela SK1 (BD, Heidelberg, Nemačka) i fluorescentnim pMHC multimerima. Za analizu je korišćen BD LSRII SORP citometar opremljen odgovarajućim laserima i filterima. Peptid-specifične ć elije izračunate su kao procenat ukupnih CD8+ ćelija. Evaluacija analize multimera izvršena je primenom FlowJo softvera (Tree Star, Oregon, SAD). In vitro prajming specifičnih multimer+ CD8+ limfocita detektovan je upoređivanjem sa stimulacijama negativne kontrole. Imunogenost datog antigena detektovana je ako je pronađeno da najmanje jedno procenjivo in vitro stimulisano mesto jednog zdravog donora sadrži specifičnu CD8+ T-ćelijsku liniju nakon in vitro stimulacije (tj. ovo mesto je sadržalo najmanje 1% specifičnih multimer+ među CD8+ T ćelijama a procenat specifičnih multimer+ ćelija je bio najmanje 10x veći od srednje vrednosti stimulacija negativne kontrole).
In vitro imunogenost za HCC peptide
[0511] Za testirane HLA klasa I peptide, in vitro imunogenost je mogla da se pokaže stvaranjem peptidspecifičnih T-ćelijskih linija. Primerni rezultati protočne citometrije nakon bojenja TUMAP-specifičnog multimera za tri ovde predstavljena peptida prikazani su na slici 3 zajedno sa odgovarajućim negativnim kontrolama. Rezultati za 22 predstavljena peptida sumirani su u tabeli 11A.
Tabela 11A: in vitro imunogenost predstavljenih HLA klasa I peptida
Primerni rezultati in vitro eksperimenata imunogenosti izvršenih od strane podnosioca za ovde predstavljene peptide. <20% = ; 20%-49% = +; 50%-69% = ++; >= 70% = +++
Tabela 11B: in vitro imunogenost dodatnih predstavljenih HLA klasa I peptida Primerni rezultati in vitro eksperimenata imunogenosti izvršenih od strane podnosioca za ovde predstavljene HLA-A*24-restrikovane peptide. Rezultati in vitro eksperimenata imunogenosti su naznačeni. Procenat pozitivnih mesta i donora (među procenjivim) su sumirani kako je naznačeno 1-20% = ; 20%-49% = +; 50%-69% = ++; >= 70% = +++
Primerni rezultati peptid-specifičnih in vitro CD8+ T-ćelijskih odgovora zdravog HLA-A*02+ donora (slika 3)
[0512] CD8 T ćelije su priprmljene uporebom veštačkih APĆ obloženih sa anti-CD28 mAb i HLA-A * 02 u kompleksu sa peptidom IMA-APOB-002 (SEK ID BR. 7) (A, desni panel) ili IMA-APOB-003 (B, desni panel, SEK ID BR. 1) ili IMAALDH1L1- 001 (C, desni panel, SEK ID BR. 2). Nakon tri ciklusa stimulacije, detekcija ćelija koje reaguju na peptid sprovedena je 2D multimernim bojenjem sa A * 02 / APOB-002(A) ili A*02/ APOB-003 (B), ili A* 02/ ALDH1L1-001. Levi paneli (A, B, C) pokazuju kontrolno bojenje ćelija stimulisanih irelevantnim A*02/ peptidnim kompleksima. Stabilne singlet ćelije su gejtovane za CD8 limfocite. Boleova logička funkcija je pomogla da su isključiti lažno pozitivni događaji pomoću multimerima specifičnih za različite peptide. Naznačene su učestalosti specifičnih multimer+ ć elija među CD8+ limfocitima.
Primerni rezultati peptid-specifičnih in vitro CD8+ T-ćelijskih odgovora zdravog HLA-A*24+ donora (slika 4)
[0513] CD8+ T ćelije su pripremljene primenom veštačkih APĆ obloženih sa anti-CD28 mAt i HLA-A*24 u kompleksu sa peptidom IMA-KLHL24-001 (ID br. sekv. 190) (A, desni panel) odnosno IMA-APOB-006 (B, desni panel, ID br. sekv. 218). Nakon tri ciklusa stimulacije, detekcija ćelija koje reaguju na peptid izvršena je bojenjem 2D multimera sa A*24/ KLHL24-001 (A) ili A*24/ APOB-006 (B). Levi paneli (A i B) prikazuju kontrolno bojenje ćelija stimulisanih sa irelevantnim kompleksima A*24/peptid. Održive singlet ćelije su gejtovane za CD8+ limfocite. Logički gejtovi su pomogli da se isključe lažno-pozitivni događaji detektovani pomoću multimera specifičnih za različite peptide. Naznačene su učestalosti specifičnih multimer+ ćelija među CD8+ limfocitima.
Primer 5: Sinteze peptida
[0514] Svi peptidi su sintetisani pomoću standardne i dobro ustanovljene sinteze peptida u čvrstoj fazi primenom strategije Fmoc. Identitet i prečišćenost svakog pojedinačnog peptida utvrđeni su masenom spektrometrijom i analitičkom RP-HPLC. Peptidi su dobijeni u vidu belih do krem liofilizata (trifluoroacetatne soli) u čistoćama >50%. Svi TUMAP se poželjno primenjuju u obliku trifluoro-acetatnih soli ili acetatnih soli, mogući su i drugi oblici soli.
[0515] Lista Refernci
Adler, A. S. et al., Genes Dev.28 (2014)
Ahn, Y. H. et al., J Proteomics. 106 (2014)
Akiyama, H. et al., Oncol Rep. 21 (2009)
Alam, S. M. et al., Endocr.Relat Cancer 16 (2009) Aleman, G. et al., Am J Physiol Endocrinol.Metab 289 (2005) Alexanian, A. et al., Cancer Genomics Proteomics.9 (2012) Altenhofer, S. et al., J Biol.Chem.285 (2010)
Alvarez, C. et al., J Biol.Chem. 276 (2001)
Ammerpohl, O. et al., Int.J Cancer 130 (2012)
Andersen, R. S. et al., Nat.Protoc.7 (2012)
Arai, E. et al., Carcinogenesis 33 (2012)
Araki, T. et al., J Biol.Chem.286 (2011)
Arlt, A. et al., Oncogene 28 (2009)
Arndt, S. et al., Oncol Rep.18 (2007)
Arner, E. S. et al., Eur.J Biochem. 267 (2000)
Atienza, J. M. et al., Mol Cancer Ther 4 (2005)
Avery-Kiejda, K. A. et al., BMC.Cancer 14 (2014) Bachmann, S. B. et al., Mol Cancer 13 (2014)
Balogh, K. et al., Oncogene 31 (2012)
Bani, M. R. et al., Mol Cancer Ther 3 (2004)
Bansal, N. et al., PLoS.One.6 (2011)
Barbarulo, A. et al., Oncogene 32 (2013)
Bell, J. C. et al., Drug Metab Dispos.40 (2012)
Ben-Izhak, O. et al., Histopathology 41 (2002)
Bergada, L. et al., Lab Invest 94 (2014)
Bergeron, M. J. et al., Mol Aspects Med.34 (2013) Bhattacharya, C. et al., Mol Cancer 11 (2012)
Bhogaraju, S. et al., Science 341 (2013)
Bidkhori, G. et al., PLoS.One.8 (2013)
Bieche, I. et al., Breast Cancer Res 6 (2004)
Biswas, S. et al., Biochim.Biophys.Acta 1832 (2013) Blanke, K. L. et al., Cancer Causes Control 25 (2014) Bodine, S. C. et al., Science 294 (2001)
Boehringer, J. et al., Biochem.J 448 (2012)
Bojjireddy, N. et al., J Cell Sci. (2014)
Booth, D. G. et al., EMBO J 30 (2011)
Bouquet, C. et al., Mol Ther 14 (2006)
Boylan, K. L. et al., Proteome.Sci. 8 (2010)
Braumuller, H. et al., Nature (2013)
Brockmoller, S. F. et al., J Proteome.Res 11 (2012) Buch, S. C. et al., Mol Carcinog.51 Suppl 1 (2012)
Bull, C. et al., Cancer Res 74 (2014)
Burrell, R. A. et al., Nature 494 (2013)
Butterfield, L. H. et al., Clin Cancer Res 12 (2006) Butterfield, L. H. et al., Clin.Cancer Res.9 (2003)
Byrne, A. et al., Exp.Cell Res 316 (2010)
Cadenas, C. et al., Cell Cycle 13 (2014)
Cadoret, A. et al., Oncogene 21 (2002)
Cao, H. et al., Biochemistry 41 (2002)
Cao, Y. et al., Cancer Research 61 (2001)
Cao-Ehlker, X. et al., J Biol.Chem.288 (2013)
Carroll, M. et al., J Interferon Cytokine Res 33 (2013) Carrouel, F. et al., J Dent.Res 87 (2008)
Castro, M. et al., J Transl.Med. 8 (2010)
Chae, Y. S. et al., Med.Oncol 28 (2011)
Chang, L. O. et al., Cancer Res 33 (1973)
Chang, Y. S. et al., Cancer Chemother.Pharmacol. 59 (2007) Chapiro, J. et al., Radiol.Med.119 (2014)
Charbonneau, B. et al., Am J Hematol.87 (2012) Chatterjee, M. et al., Haematologica 98 (2013)
Chen, J. et al., Biochem.Biophys.Res Commun. 420 (2012a) Chen, M. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 108 (2011a) Chen, R. et al., World J Gastroenterol.17 (2011b)
Chen, X. et al., J Dig.Dis.12 (2011c)
Chen, X. Q. et al., Med.Oncol 29 (2012b)
Cheng, L. et al., Genomics 102 (2013)
Choi, Y. W. et al., Int.J Gynecol.Cancer 17 (2007) Christa, L. et al., Gastroenterology 106 (1994)
Clark, A. G. et al., Cytoskeleton (Hoboken.) 69 (2012) Claro da, Silva T. et al., Mol.Aspects Med. 34 (2013) Cohen, L. et al., Nature 395 (1998)
Collins, C. L. et al., Surgery 122 (1997)
Com, E. et al., J Proteomics. 75 (2012)
Copps, K. D. et al., Diabetologia 55 (2012)
Cornen, S. et al., PLoS.ONE. 9 (2014)
Cornez, I. et al., Biochem.Pharmacol.75 (2008) Cowling, V. H., Oncogene 29 (2010)
Cui, T. et al., Int.J Oncol 39 (2011)
da Silva, M. G. et al., Exp.Clin Cardiol. 17 (2012) Dadkhah, E. et al., Arch.Iran Med. 16 (2013)
Darmanis, S. et al., PLoS.One. 8 (2013)
Darvekar, S. et al., Biochem.J 442 (2012)
Darvekar, S. R. et al., PLoS.One.9 (2014)
Datta, K. et al., J Biol.Chem.284 (2009)
David, S. et al., Front Biosci.(Elite.Ed) 5 (2013)
de Almagro, M. C. et al., Biochem.Pharmacol.81 (2011) de Groot, J. F. et al., Cancer Res 65 (2005)
Deb, S. et al., Br.J Cancer 110 (2014)
Debauve, G. et al., Cell Mol Life Sci.65 (2008)
Decker, T. et al., J Clin Invest 109 (2002)
Decock, A. et al., Genome Biol. 13 (2012)
Del Campo, E. M. et al., Mol Phylogenet.Evol.66 (2013) Delaval, B. et al., J Cell Biol.188 (2010)
Deng, X. D. et al., Asian Pac.J Cancer Prev.15 (2014)
Di, Gregorio E. et al., J Med.Genet.50 (2013)
Diggle, C. P. et al., PLoS.Genet.10 (2014)
Dimitrov, A. et al., Hum.Mol Genet.18 (2009)
Dmitriev, O. Y., Biochem.Cell Biol.89 (2011)
Doherty, J. A. et al., Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev.20 (2011) Dong, Z. et al., Crit Rev.Oncol Hematol.59 (2006)
Dou, R. et al., Cancer Lett.336 (2013)
Drazkowska, K. et al., Nucleic Acids Res 41 (2013)
Edavana, V. K. et al., Drug Metab Dispos.41 (2013)
Edwards, P. A. et al., Breast Cancer Res 14 (2012)
Elvenes, J. et al., PLoS.One. 6 (2011)
Emaduddin, M. et al., Cell Commun.Signal. 6 (2008)
Enguita-German, M. et al., World J Hepatol.6 (2014) Epelbaum, R. et al., Pathol.Oncol Res 4 (1998)
Fan, T. W. et al., Mol Cancer 8 (2009)
Fang, Z. Q. et al., Genet.Mol Res 12 (2013)
Fassas, A. B. et al., Leuk.Lymphoma 45 (2004)
Feferman, L. et al., Prostate Cancer Prostatic.Dis.16 (2013) Fei, F. et al., J Cancer Res Clin Oncol (2014a)
Fei, F. et al., Ann Surg.Oncol 21 (2014b)
Feigelson, H. S. et al., Breast Cancer Res 10 (2008)
Feng, L. et al., Cell Biochem.Funct.29 (2011)
Feng, M. et al., J Clin Invest 124 (2014a)
Feng, S. et al., Int.J Biol.Sci.9 (2013)
Feng, Y. et al., J Biol.Chem.289 (2014b)
Feng, Y. et al., Free Radic.Res 46 (2012)
Fernandes, C. F. et al., Biochem.Biophys.Res Commun.361 (2007) Ferre, S. et al., J Am Soc Nephrol.25 (2014)
Ferrer-Ferrer, M. et al., Arch.Med.Res 44 (2013)
Filmus, J. et al., FEBS J 280 (2013)
Fiorito, V. et al., Biochim.Biophys.Acta 1839 (2014)
Fojo, A. T. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 84 (1987)
Fonseca, A. L. et al., Genes Chromosomes.Cancer 51 (2012) Fossdal, G. et al., ScientificWorldJournal. 2012 (2012)
Fournier, T. et al., Biochim.Biophys.Acta 1482 (2000)
Fu, W. et al., J Cell Sci. 123 (2010)
Fujitomo, T. et al., Cancer Res 72 (2012)
Furukawa, T. et al., Sci.Rep.1 (2011)
Furutani, M. et al., Hepatology 24 (1996)
Gadd, S. et al., Lab Invest 90 (2010)
Gailani, D., Trends Cardiovasc.Med.10 (2000)
Galamb, O. et al., Helicobacter.13 (2008)
Galazis, N. et al., Gynecol.Endocrinol.29 (2013)
Gandhi, A. V. et al., Ann Surg.Oncol 20 Suppl 3 (2013)
Gao, L. et al., Mol Oncol 6 (2012)
Garcia-Baquero, R. et al., Tumour.Biol.35 (2014)
Gardner-Stephen, D. A. et al., Drug Metab Dispos.35 (2007) Garg, M. et al., Cancer 116 (2010a)
Garg, M. et al., Eur.J Cancer 46 (2010b)
Gburcik, V. et al., Mol Cell Biol.25 (2005)
Gergely, F. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 97 (2000) Gervasini, G. et al., Cancer 107 (2006)
Getty, A. L. et al., Cell Mol Life Sci.68 (2011)
Gilabert, M. et al., J Cell Physiol 228 (2013)
Gilkes, D. M. et al., Mol Cancer Res 11 (2013)
Giovannetti, E. et al., J Natl.Cancer Inst.106 (2014) Gokmen-Polar, Y. et al., Mod.Pathol. (2014)
Goldstein, I. et al., Carcinogenesis 34 (2013)
Gong, Y. et al., Genet.Mol Res 12 (2013)
Goode, E. L. et al., Clin Cancer Res 16 (2010)
Gordon, E. M. et al., Am.J Pediatr.Hematol.Oncol 15 (1993) Gotzmann, J. et al., Crit Rev.Eukaryot.Gene Expr.9 (1999) Gray, L. R. et al., Cell Mol Life Sci.71 (2014)
Gregory, P. A. et al., J Biol.Chem.278 (2003)
Greif, P. A. et al., Leukemia 25 (2011)
Gu, W. et al., PLoS.One.7 (2012)
Guo, L. et al., Cancer Sci.103 (2012)
Halon, A. et al., Arch.Gynecol.Obstet.287 (2013) Hamamoto, R. et al., Cancer Sci.97 (2006)
Hamilton, S. R. et al., Glycobiology 15 (2005)
Hamm, A. et al., BMC.Cancer 8 (2008)
Hanioka, N. et al., Basic Clin Pharmacol.Toxicol.110 (2012) Harris, M. et al., Pharmacogenet.Genomics 24 (2014) Hatakeyama, H. et al., Proteomics.6 (2006)
Havens, M. A. et al., PLoS.Genet.10 (2014)
He, P. et al., Hum.Pathol.35 (2004)
He, X. et al., Neoplasma 61 (2014a)
He, Y. et al., Mol Carcinog. (2014b)
Hellwinkel, O. J. et al., Prostate Cancer Prostatic.Dis.14 (2011) Hemmingsson, O. et al., Oncol Rep. 22 (2009)
Hidalgo-Curtis, C. et al., Br.J Haematol.148 (2010)
Hider, J. L. et al., BMC.Evol.Biol.13 (2013)
Hinsch, N. et al., BMC.Cancer 9 (2009)
Hirota, Y. et al., Nucleic Acids Res 28 (2000)
Hlavata, I. et al., Mutagenesis 27 (2012)
Hoelz, D. J. et al., Proteomics.6 (2006)
Holden, H. M. et al., Cell Mol Life Sci. 61 (2004)
Honda, K. et al., PLoS.One.7 (2012)
Hong, Y. et al., J Biol.Chem.274 (1999)
Hood, F. E. et al., Bioarchitecture.1 (2011)
Hood, F. E. et al., J Cell Biol.202 (2013)
Hopfer, O. et al., Br.J Cancer 93 (2005)
Horani, A. et al., Am J Hum.Genet.91 (2012)
Hou, M. et al., Int.J Mol Med.33 (2014)
Hu, D. G. et al., Drug Metab Rev.46 (2014)
Hua, D. et al., Int.J Mol Med. 30 (2012a)
Hua, T. et al., J Biol.Chem. 287 (2012b)
Huang, O. et al., Jpn.J Clin Oncol 43 (2013)
Huang, S. et al., Oncogene 21 (2002)
Huang, Y. et al., Oncotarget.5 (2014)
Hughes, H. et al., J Cell Sci. 123 (2010)
Hunecke, D. et al., J Pathol.228 (2012)
Huopaniemi, L. et al., Glycobiology 14 (2004)
Hyung, S. W. et al., Mol Cell Proteomics. 10 (2011)
Iannitti, T. et al., Mar.Drugs 8 (2010)
Ichida, K. et al., Biochem.Biophys.Res Commun.282 (2001) Ignatova, I. D. et al., Am J Physiol Endocrinol.Metab 296 (2009) Ikeda, R. et al., Int.J Oncol 38 (2011)
Inuzuka, M. et al., J Biol.Chem.280 (2005)
Ishiguro, H. et al., Oncogene 21 (2002)
Ishizaki, F. et al., Sci.Rep.3 (2013)
Ivashchenko, A. T. et al., Biomed.Res Int.2013 (2013) Jacquemier, J. et al., Cancer Res 65 (2005) Jacques, C. et al., Br.J Cancer 101 (2009)
Jaffe, E. K. et al., Arch.Biochem.Biophys.530 (2013) Jakobsson, A. et al., Prog.Lipid Res 45 (2006) Jamroziak, K. et al., Eur.J Haematol.72 (2004) Jeung, H. C. et al., Oncologist.12 (2007)
Jia, Y. et al., Br.J Cancer 110 (2014)
Jiang, J. G. et al., Cancer Res 65 (2005)
Jiang, X. et al., Histol.Histopathol.25 (2010)
Jiang, X. et al., Mol Carcinog. (2014)
Jin, Z. et al., Int.J Clin Exp.Pathol.7 (2014) Jockusch, H. et al., Proteomics.14 (2014)
Johnson, M. A. et al., Ann N.Y.Acad.Sci. 1012 (2004) Jose-Eneriz, E. S. et al., Br.J Haematol.142 (2008) Jung, G. et al., Proc Natl Acad Sci U S A 84 (1987) Jung, H. J. et al., J Mol Med.(Berl) 91 (2013)
Kaira, K. et al., Hepatobiliary.Pancreat.Dis.Int. 13 (2014) Kalsotra, A. et al., Toxicol.Appl.Pharmacol. 199 (2004) Kalthoff, S. et al., J Biol.Chem. 285 (2010) Kamiyama, S. et al., Glycobiology 21 (2011) Kamiyama, S. et al., J Biol.Chem. 281 (2006) Kandil, D. H. et al., Adv.Anat.Pathol.16 (2009) Kandimalla, R. et al., Nat Rev.Urol.10 (2013) Karvonen, U. et al., J Mol Biol. 382 (2008)
Kelleher, D. J. et al., Glycobiology 16 (2006) Khan, A. P. et al., Neoplasia.15 (2013)
Kim, Y. et al., Hum.Pathol.46 (2015)
Kim, Y. W. et al., PLoS.One.7 (2012)
Klein, C. J. et al., Neurology 82 (2014)
Kobayashi, T. et al., Biochem.J 400 (2006) Kollmann, K. et al., Cancer Cell 24 (2013) Komatsu, M. et al., Pharmacol.Res 66 (2012) Kong, S. Y. et al., Cancer Sci.99 (2008) Kovacevic, Z. et al., Biochim.Biophys.Acta 1783 (2008) Kracmarova, A. et al., Leuk.Lymphoma 49 (2008) Kraemer, N. et al., Cell Mol Life Sci.68 (2011) Kress, T. R. et al., Mol Cell 41 (2011)
Krohn, A. et al., J Pathol. 231 (2013)
Krupenko, S. A. et al., Cell Growth Differ.13 (2002) Kubota, H. et al., Cell Stress.Chaperones.15 (2010) Kummel, D. et al., EMBO Rep.6 (2005)
Kunutsor, S. K. et al., Int.J Cancer (2014) Kuriyama, H. et al., Gene 253 (2000)
Laezza, F. et al., Mol Cell Neurosci.34 (2007) Lahiri, S. et al., PLoS.Biol.12 (2014)
Lando, M. et al., J Pathol.230 (2013)
Lapucci, A. et al., FASEB J 24 (2010)
Lascorz, J. et al., BMC.Med.Genet.13 (2012) Lauffart, B. et al., BMC.Womens Health 5 (2005) Laverdiere, I. et al., Endocr.Relat Cancer (2014) Leasure, C. D. et al., Plant Physiol 150 (2009)
Lee, C. H. et al., Hum.Reprod.24 (2009)
Lee, K. W. et al., J Biol.Chem.288 (2013)
Lee, S. J. et al., Toxicol.Lett. (2014)
Lee, W. C. et al., J Immunother.28 (2005)
Lee, Y. C. et al., Int.J Cancer 122 (2008)
Lekva, T. et al., PLoS.One.8 (2013)
LeRoy, P. J. et al., Cancer Res 67 (2007)
Leung, T. et al., Breast Cancer Res 15 (2013) Levenson, V. V. et al., Somat.Cell Mol Genet.25 (1999) Levi, S. et al., Front Pharmacol.5 (2014)
Li, D. et al., Protein Cell 5 (2014a)
Li, N. et al., Biochem.Biophys.Res Commun.455 (2014) Li, X. et al., Med.Oncol 31 (2014b)
Li, Y. et al., Mol Cell Biol.29 (2009)
Li, Y. H. et al., World J Gastroenterol.18 (2012) Liang, J. et al., PLoS.One.3 (2008)
Lillig, C. H. et al., Antioxid.Redox.Signal.9 (2007) Lin, C. H. et al., J Cell Biol.189 (2010)
Lin, M. C. et al., Oral Oncol 50 (2014)
Lin, S. H. et al., Oncogene 23 (2004)
Lin, Z. et al., Cell Rep.5 (2013)
Linderoth, J. et al., Br.J Haematol.141 (2008)
Line, A. et al., Cancer Immunol Immunother. 51 (2002) Ling, C. et al., EMBO J 26 (2007)
Linge, A. et al., J Proteome.Res 13 (2014)
Lioutas, A. et al., EMBO Rep.14 (2013)
Liu, C. et al., Nat Med.20 (2014)
Liu, C. et al., J Natl.Cancer Inst.105 (2013a)
Liu, H. et al., Carcinogenesis 34 (2013b)
Liu, T. W. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 106 (2009a) Liu, W. et al., J Biol.Chem.279 (2004)
Liu, Y. et al., Curr.Drug Targets.13 (2012)
Liu, Y. et al., Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev.18 (2009b) Liu, Y. et al., Oncol Rep.18 (2007)
Ljungberg, B., Curr.Opin.Urol.17 (2007)
Llovet, J. M. et al., N.Engl.J Med.359 (2008)
Lo Re, A. E. et al., J Biol.Chem.287 (2012)
Lo, W. Y. et al., J Proteome.Res 6 (2007)
Lombardo, Y. et al., Breast Cancer Res 16 (2014)
Lourenco, G. J. et al., Breast Cancer Res Treat.100 (2006) Lovelace, L. L. et al., J Biol.Chem.286 (2011)
Lung, H. L. et al., Int J Cancer 127 (2010)
Lutcke, H., Eur.J Biochem.228 (1995)
Ma, X. J. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 100 (2003) Mackiewicz, A. et al., Glycoconj.J 12 (1995)
Mahajan, K. et al., Cancer Lett.338 (2013)
Mamtani, M. et al., BMC.Res Notes 5 (2012)
Mariani, L. et al., Clin Cancer Res 7 (2001)
Marina, M. et al., Front Biosci.(Landmark.Ed) 19 (2014) Markiewski, M. M. et al., Nat Immunol 9 (2008)
Martin, T. A. et al., Eur.J Cancer 40 (2004)
Martinez, H. D. et al., Genes Cancer 2 (2011)
Mathison, J. et al., Pathobiology 59 (1991)
Matsubara, J. et al., Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev.20 (2011) Matusiak, D. et al., J Histochem.Cytochem. 55 (2007) McGuire, T. A., Md Med.J 40 (1991)
Medjkane, S. et al., Cell Cycle 11 (2012)
Meijers, J. C. et al., Br.J Haematol. 108 (2000)
Mercer, C. A. et al., Autophagy.5 (2009)
Mercurio, F. A. et al., Biochemistry 51 (2012)
Midorikawa, Y. et al., Jpn.J Cancer Res.93 (2002)
Miled, C. et al., Cancer Res 65 (2005)
Milkereit, P. et al., J Biol.Chem.278 (2003)
Miller, J. C. et al., Mol Carcinog.48 (2009)
Mohelnikova-Duchonova, B. et al., Pancreas 42 (2013) Monaco, M. E. et al., Transl.Oncol 3 (2010)
Morandi, F. et al., PLoS.One.7 (2012)
Morrissey, J. J. et al., Urology 83 (2014)
Mu, J. et al., J Biol.Chem.272 (1997)
Murray, D. W. et al., Br.J Cancer 110 (2014)
Murray, J. I. et al., Mol Biol.Cell 15 (2004)
Murrin, L. C. et al., J Neuroimmune.Pharmacol.2 (2007) Murthy, K. G. et al., Genes Dev.9 (1995)
Mydlikova, Z. et al., Neoplasma 57 (2010)
Narita, T. et al., Mol Cell Biol.23 (2003)
Narjoz, C. et al., PLoS.One.9 (2014)
Nelson, E. R. et al., Science 342 (2013)
Ngeow, J. et al., Cancer Discov. 4 (2014)
Nibbe, R. K. et al., Mol.Cell Proteomics.8 (2009) Nielsen, M. J. et al., Blood 108 (2006)
Noda, T. et al., Hepatology 55 (2012)
Noh, C. K. et al., Clin Biochem.47 (2014)
Ntikoudi, E. et al., Cancer Treat.Rev.40 (2014)
Nwosu, V. et al., Hum.Mol Genet.10 (2001)
Obholz, K. L. et al., Dev.Biol.298 (2006)
Oeffner, F. et al., Am J Hum.Genet.84 (2009)
Ofman, R. et al., Biochem.Biophys.Res Commun.281 (2001) Ohshima, K. et al., Mol Biol.Evol. 27 (2010)
Oiso, S. et al., Oncol Rep.31 (2014)
Oji, Y. et al., Int.J Oncol 44 (2014)
Osada, H. et al., Int.J Cancer 112 (2004)
Otero-Rey, E. M. et al., Oral Oncol 44 (2008)
Palmer, D. H. et al., Hepatology 49 (2009)
Panico, F. et al., Adv.Cancer Res 105 (2009)
Park, B. L. et al., Biochem.Biophys.Res Commun.363 (2007) Patel, M. R. et al., Laryngoscope 121 (2011)
Patel, S. A. et al., Br.J Cancer (2014)
Pattani, K. M. et al., PLoS.ONE.7 (2012)
Pavelec, D. M. et al., Genetics 183 (2009)
Pawlowska, M. et al., Drug Metab Dispos. 41 (2013)
Pehlivan, D. et al., Eur.J Hum.Genet.22 (2014)
Pei, Z. et al., PLoS.One.8 (2013)
Pellanda, H. et al., Int.J Biochem.Cell Biol.44 (2012)
Peng, R. et al., J Cell Biol. 157 (2002)
Perera, S. et al., J Muscle Res Cell Motil.33 (2012)
Persaud-Sawin, D. A. et al., Hum.Mol Genet. 11 (2002) Peters, D. G. et al., Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev. 14 (2005) Pizon, V. et al., J Cell Sci.115 (2002)
Placke, T. et al., Blood 124 (2014)
Plebani, R. et al., Neoplasia.14 (2012)
Poh, W. et al., Mol Cancer 11 (2012)
Porkka, K. P. et al., Genes Chromosomes.Cancer 39 (2004) Pylypenko, O. et al., Mol Cell 11 (2003)
Qi, L. et al., Cancer Res 74 (2014)
Qin, Y. et al., Pigment Cell Melanoma Res 26 (2013)
Quayle, S. N. et al., Neuro Oncol 14 (2012)
Quek, H. H. et al., DNA Cell Biol.16 (1997)
Quidville, V. et al., Cancer Res 73 (2013)
Rajadhyaksha, A. M. et al., Am.J Hum.Genet.87 (2010) Rajasekaran, A. K. et al., Nucleic Acids Res 23 (1995) Rajendran, M. et al., Cancer Metastasis Rev. 29 (2010) Rakheja, D. et al., Mol Genet.Metab 93 (2008)
Ramana, C. V. et al., EMBO J 19 (2000)
Rashad, N. M. et al., Cytokine 68 (2014)
Rath, N. et al., EMBO Rep.13 (2012)
Recupero, D. et al., Rom.J Morphol.Embryol.51 (2010) Reinisch, W. et al., J Immunother.25 (2002)
Rekdal, C. et al., J Biol.Chem. 275 (2000)
Ren, Y. G. et al., Mol Biol.Cell 15 (2004)
Rennoll, S. A. et al., Biochem.Biophys.Res Commun. 443 (2014) Rifas, L. et al., Arthritis Rheum. 60 (2009)
Riihila, P. M. et al., J Invest Dermatol. 134 (2014)
Rodriguez, F. J. et al., J Neuropathol.Exp.Neurol.67 (2008) Rogov, V. et al., Mol Cell 53 (2014)
Romanuik, T. L. et al., BMC.Genomics 10 (2009)
Roodman, G. D., Ann N.Y.Acad.Sci.1192 (2010)
Rosado, I. V. et al., RNA.10 (2004)
Rose, A. E. et al., Cancer Res 71 (2011)
Ross, H. et al., Arch.Pathol.Lab Med. 136 (2012)
Rossi, M. R. et al., Cancer Genet.Cytogenet. 161 (2005) Rotondo, R. et al., Int.J Cancer 125 (2009)
Rucksaken, R. et al., Cancer Biomark.12 (2012)
Ruiz, F. X. et al., Biochem.J 440 (2011)
Ruiz, F. X. et al., Front Pharmacol.3 (2012)
Rutkowski, M. J. et al., Mol Cancer Res 8 (2010)
Rylova, S. N. et al., Cancer Res 62 (2002)
Sahm, F. et al., Cancer Res 73 (2013)
Sahu, A. et al., Immunol Res 17 (1998)
Saito, T. et al., J Biol.Chem.278 (2003)
Salahshor, S. et al., J Clin Pathol.58 (2005)
Sang, W. et al., Zhonghua Bing.Li Xue.Za Zhi. 42 (2013) Sangro, B. et al., J Clin Oncol 22 (2004)
Sanz, L. et al., Mol Cell Biol.15 (1995)
Saponaro, C. et al., Cancer Biomark. 14 (2014) Sarajlic, A. et al., Breast Cancer Res Treat.143 (2014) Sasahira, T. et al., Eur.J Cancer 50 (2014)
Schneider, E. et al., Clin Chim.Acta 374 (2006) Schofield, A. V. et al., Crit Rev.Biochem.Mol Biol.48 (2013) Schulz, E. G. et al., Immunity. 30 (2009)
Seifert, M. et al., J Pathol. 205 (2005)
Senchenko, V. et al., Oncogene 22 (2003) Shaughnessy, J. D., Jr. et al., Blood 118 (2011)
Shen, F. et al., J Cell Biochem.112 (2011)
Shi, M. et al., World J Gastroenterol.10 (2004a)
Shi, Y. et al., Exp.Cell Res 296 (2004b)
Shi, Z. Z. et al., Clin Transl.Oncol 16 (2014)
Shinji, S. et al., Oncol Rep. 15 (2006)
Shodeinde, A. et al., J Mol Biochem. 2 (2013)
Shubbar, E. et al., BMC.Cancer 13 (2013)
Shurbaji, M. S. et al., Am J Clin Pathol.96 (1991)
Sillars-Hardebol, A. H. et al., Gut 61 (2012)
Singh, S. et al., Tumour.Biol. (2014)
Smith, P. et al., Clin Cancer Res 13 (2007)
Song, C. et al., J Biol.Chem.288 (2013)
Srivenugopal, K. S. et al., Cancer Lett. 117 (1997) Staal-van den Brekel AJ et al., Br.J Cancer 76 (1997) Steen, H. C. et al., J Interferon Cytokine Res. 32 (2012) Stefanska, B. et al., Clin Cancer Res 20 (2014)
Strassburg, C. P. et al., J Biol.Chem.273 (1998)
Strassburg, C. P. et al., Mol Pharmacol.52 (1997)
Sudo, H. et al., Genomics 95 (2010)
Sugihara, T. et al., J Biol.Chem. 276 (2001)
Sun, C. et al., Pathol.Res Pract. 210 (2014)
Sun, X. et al., J Pathol. 226 (2012)
Sun, X. et al., Protein Cell 4 (2013)
Sun, X. J. et al., Zhonghua Yi.Xue.Yi.Chuan Xue.Za Zhi.22 (2005) Supernat, A. et al., Oncol Lett.4 (2012)
Surmacz, E., J Mammary.Gland.Biol.Neoplasia. 18 (2013) Suzuki, K. et al., Biochem.Biophys.Res Commun.368 (2008) Swallow, C. J. et al., Oncogene 24 (2005)
Tabuchi, K. et al., J Neurosci.22 (2002)
Taguchi, O. et al., Clin Chim.Acta 244 (1996)
Takayama, T. et al., Cancer 68 (1991)
Takayama, T. et al., Lancet 356 (2000)
Takeda, Y. et al., Glycobiology 24 (2014)
Takemasa, I. et al., Int.J Oncol 40 (2012)
Takeuchi, A. et al., Mol Cell Endocrinol.384 (2014)
Tan, L. Z. et al., Am J Pathol.183 (2013)
Tan, M. K. et al., Mol Cell Biol.31 (2011)
Tanahashi, N. et al., Biochem.Biophys.Res Commun.243 (1998) Tanaka, M. et al., Mol Med.Rep. 7 (2013)
Tang, L. et al., Arch.Med.Res 43 (2012)
Tang, X. H. et al., Annu.Rev.Pathol.6 (2011)
Tao, J. et al., Sci.Transl.Med. 3 (2011)
Tao, R. H. et al., Biochem.Biophys.Res Commun. 341 (2006) Tao, T. et al., Cell Res 23 (2013)
Tarao, K. et al., Cancer 86 (1999)
Tarao, K. et al., Cancer 79 (1997)
Tasker, P. N. et al., Osteoporos.Int. 17 (2006) Telikicherla, D. et al., Clin Proteomics. 9 (2012)
Tian, T. et al., Eur.J Cancer 48 (2012)
Tian, Y. et al., BMC.Cancer 14 (2014)
Tomiyama, K. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 107 (2010) Tomoda, T. et al., J Gastroenterol.Hepatol.27 (2012) Tong, J. et al., PLoS.One.8 (2013)
Tortorella, S. et al., J Membr.Biol.247 (2014)
Tran, E. et al., Science 344 (2014)
Trougakos, I. P., Gerontology 59 (2013)
Tsai, H. Y. et al., Oncogene 32 (2013)
Uddin, S. et al., Int.J Clin Exp.Pathol.4 (2011) Uehara, Y. et al., Cancer Res 43 (1983)
Urig, S. et al., Semin.Cancer Biol.16 (2006)
Vainio, P. et al., Am.J Pathol.178 (2011)
van der Spek, P. J. et al., Genomics 31 (1996)
van Zuylen, W. J. et al., PLoS.Pathog.8 (2012)
van, den Broek, I et al., Proteomics.Clin Appl.4 (2010) van, Duin M. et al., Haematologica 96 (2011)
Vejda, S. et al., Mol Cell Proteomics.1 (2002) Vincent, F. et al., Cancer Res 69 (2009)
Wang, B. S. et al., Cell Stress.Chaperones.18 (2013a) Wang, D. et al., J Biol.Chem.277 (2002)
Wang, J. et al., Eur.J Cancer Prev.22 (2013b) Wang, J. et al., J Clin Invest 112 (2003)
Wang, J. et al., Cancer Prev.Res (Phila) 6 (2013c) Wang, J. C. et al., Oncology 81 (2011)
Wang, M. et al., Chin J Physiol 55 (2012) Wang, S. K. et al., PLoS.Genet. 9 (2013d) Wang, S. S. et al., PLoS.One.5 (2010) Wang, X. et al., Urol.Int.92 (2014)
Wang, Y. et al., J Biol.Chem.274 (1999) Wang, Y. et al., Med.Oncol 32 (2015)
Wazir, U. et al., Cell Mol Biol.Lett.18 (2013) Wazir, U. et al., Anticancer Res 32 (2012) Weiss, J. et al., Int.J Antimicrob.Agents 41 (2013) Welsh, M. M. et al., Carcinogenesis 29 (2008) Wieser, R., Leuk.Lymphoma 43 (2002) Wilhelm, S. M. et al., Cancer Res.64 (2004) Williams, A. L. et al., Nature 506 (2014) Witte, I. et al., Cell Death.Dis.2 (2011)
Wong, K. K. et al., Leukemia 28 (2014) Wong, N. et al., J Hepatol.38 (2003)
Wu, L. et al., Ann Hematol.91 (2012)
Wu, N. et al., Int.J Mol Sci.14 (2013a)
Wu, W. et al., Sci.China Life Sci.56 (2013b) Wu, X. et al., Am.J Clin Exp.Urol.2 (2014) Wu, Y. M. et al., Cancer Res 71 (2011)
Xiao, J. et al., J Biol.Chem.276 (2001)
Xie, F. W. et al., Neoplasma 61 (2014)
Xu, H. et al., Cell Rep.9 (2014)
Xu, X. et al., Proteomics. 10 (2010)
Yan, D. et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 98 (2001) Yang, C. et al., Virchows Arch.463 (2013) Yang, C. Y. et al., J Immunol 192 (2014a) Yang, H. et al., Oncol Rep. 24 (2010)
Yang, H. W. et al., Oncogene 0 (2014b)
Yang, R. et al., Mol Cell Biol. 31 (2011a)
Yang, Z. J. et al., Mol Cancer Ther 10 (2011b)
Yau, C. et al., Breast Cancer Res 12 (2010)
Ye, X. H. et al., Mol Genet.Genomics (2014)
Yoon, J. K. et al., J Transl.Med. 12 (2014)
Yoshimura, S. et al., J Cell Biol.191 (2010)
Yoshizuka, N. et al., Mol Cancer Res 10 (2012)
Yosten, G. L. et al., Am J Physiol Regul.Integr.Comp Physiol 303 (2012) Yu, J. H. et al., RNA.11 (2005)
Yu, K. et al., PLoS.Genet. 4 (2008)
Yue, C. et al., Int.J Cancer 136 (2015)
Zamanian-Daryoush, M. et al., J Biol.Chem.288 (2013)
Zarling, A. L. et al., Cancer Res 74 (2014)
Zekri, A. R. et al., Asian Pac.J Cancer Prev. 13 (2012)
Zelcer, N. et al., Mol Cell Biol. 34 (2014)
Zhang, D. et al., Pak.J Med.Sci. 29 (2013a)
Zhang, H. et al., Oncotarget.4 (2013b)
Zhang, H. T. et al., Biochim.Biophys.Acta 1839 (2014a)
Zhang, J. et al., Drug Metab Dispos. 34 (2006)
Zhang, S. et al., BMC.Cancer 11 (2011)
Zhang, X. et al., PLoS.One.7 (2012)
Zhang, X. D. et al., Int.J Clin Exp.Med.7 (2014b)
Zhao, Y. et al., Cell Death.Dis.4 (2013)
Zhou, B. et al., Cancer Biol.Ther 13 (2012)
Zhou, D. et al., PLoS.One.8 (2013a)
Zhou, J. et al., Oncol Rep. 30 (2013b)
Zhou, J. et al., Lung Cancer 14 (1996)
Zhu, H. et al., Cell Stress.Chaperones. (2014a)
Zhu, W. L. et al., Anticancer Res 29 (2009)
Zhu, X. et al., Biomed.Pharmacother.68 (2014b) Zhuang, Z. et al., J Neurosurg. 115 (2011)
Zietek, Z. et al., Pol.Tyg.Lek. 51 (1996)
Zou, W. et al., Cancer Sci. 101 (2010)
Zu, X. et al., Molecules.18 (2013)
Zu, X. Y. et al., Recent Pat Anticancer Drug Discov. 7 (2012) Zynda, E. R. et al., Cell Cycle 13 (2014)
<211> 9

Claims (14)

PATENTNI ZAHTEVI
1. Peptid koji se sastoji od aminokiselinske sekvence SEK ID BR 53 i njegove farmaceutski prihvatljive soli, pri č emu navedeni peptid ima sposobnost da se veže za molekul humanog glavnog kompleksa histokompatibilnosti (MHC) klase-I, i pri čemu navedeni peptid, kada je vezan za MHC, može da bude prepoznat od strane CD8 T ćelija.
2. Peptid prema patentnom zahtevu 1, pri čemu navedeni peptid uključuje nepeptidne veze, i/ili pri čemu je navedeni peptid deo fuzionog proteina koji sadrži N-terminalne aminokiseline nepromenljivog lanca (li) povezanog sa HLA-DR antigenom.
3. Antitelo, rastvorljivo ili vezano za membranu, koje specifično prepoznaje peptid prema patentnom zahtevu 1, poželjno peptid prema patentnom zahtevu 1 ili 2 koji je vezan za MHC molekul.
4. T-ćelijski receptor (TCR), rastvorljiv ili vezan za membranu, koji je reaktivan sa HLA ligandom, koji se sastoji od aminokiselinske sekvence SEK ID BR 53.
5. Nukleinska kiselina, koja kodira peptid prema patentnim zahtevima od 1 do 2, antitelo prema patentnom zahtevu 3, TCR prema patentnom zahtevu 4, ili ekspresioni vektor koji eksprimira navedenu nukleinsku kiselinu.
6. Ćelija domaćin koja sadrži peptid prema patentnim zahtevima od 1 do 2, ili nukleinsku kiselinu ili ekspresioni vektor prema patentnom zahtevu 5, pri čemu je navedena ćelija domaćin poželjno ćelija koja predstavlja antigen kao što je dendritična ćelija, ili T ćelija ili NK. ćelija.
7. Metod za proizvodnju peptida prema patentnim zahtevima od 1 do 2, ili TCR prema patentnom zahtevu 4, metod koja obuhvata kultivisanje ćelije domaćina prema patentnom zahtevu 6 koja predstavlja peptid prema patentnim zahtevima od 1 do 2, ili eksprimira nukleinsku kiselinu ili ekspresioni vektor prema patentnom zahtevu 5, i izolovanje navedenog peptida, ili navedenog TCR iz ćelije domaćina i/ili njenog medijuma za kulturu.
8. Metod in vitro za proizvodnju aktiviranih T limfocita, metod koji obuhvata dovođenje u kontakt in vitro T ćelija sa antigenom napunjenim humanim MHC molekulima klase I eksprimiranim na površini odgovarajuće ćelije koja predstavlja antigen ili veštački konstrukt koji oponaša ć eliju koja predstavlja antigen za vremenski period dovoljan da aktivira navedene T ćelije na antigen specifičan način, pri čemu je navedeni antigen peptid prema patentnom zahtevu 1 ili 2.
9. Aktivirana T ćelija, proizvedena postupkom prema patentnom zahtevu 8, koja selektivno prepoznaje ćeliju koja predstavlja polipeptid koji sadrži aminokiselinsku sekvencu prema patentnom zahtevu 1.
10. Farmaceutska kompozicija koja sadrži najmanje jedan aktivni sastojak izabran iz grupe koju čine peptid prema bilo kojem od patentnih zahteva od 1 do 2, antitelo prema patentnom zahtevu 3, TCR prema patentnom zahtevu 4, nukleinsku kiselinu ili ekspresioni vektor prema patentnom zahtevu 5, ćeliju domaćina koja sadrži ekspresioni vektor prema patentnom zahtevu 6, aktiviranu T ć eliju prema patentnom zahtevu 9 i farmaceutski prihvatljiv nosač, i opciono, farmaceutski prihvatljive ekscipijente i/ili stabilizatore.
11. Peptid prema bilo kojem od patentnih zahteva od 1 do 2, antitelo prema patentnom zahtevu 3, TCR prema patentnom zahtevu 4, nukleinsku kiselinu ili ekspresioni vektor prema patentnom zahtevu 5, ćeliju domaćina koja sadrži ekspresioni vektor prema zahtevu 6, aktiviranu T ćeliju prema patentnom zahtevu 9, ili farmaceutsku kompoziciju prema patentnom zahtevu 10 za upotrebu u medicini.
12. Peptid prema bilo kojem od patentnih zahteva od 1 do 2, antitelo prema patentnom zahtevu 3, TCR prema patentnom zahtevu 4, nukleinska kiselinu ili ekspresioni vektor prema zahtevu 5, ćeliju domaćina koja sadrži ekspresioni vektor prema patentnom zahtevu 6, aktiviranu T ćeliju prema patentnom zahtevu 9, ili farmaceutsku kompoziciju prema patentnom zahtevu 10 za upotrebu u lečenju raka.
13. Peptid prema bilo kojem od patentnih zahteva od 1 do 2, antitelo prema patentnom zahtevu 3, TCR prema patentnom zahtevu 4, nukleinsku kiselinu ili ekspresioni vektor prema zahtevu 5, ćeliju domaćina koja sadrži ekspresioni vektor prema patentnom zahtevu 6, aktiviranu T ćeliju prema patentnom zahtevu 9, ili farmaceutsku kompoziciju prema patentnom zahtevu 10 za upotrebu prema patentnom zahtevu 12, pri čemu je navedeni rak izabran iz grupe HCC, raka mozga, raka bubrega, raka pankreasa, debelog creva ili raka rektuma ili leukemije i drugih tumora koji pokazuju prekomernu ekspresiju CFHR5.
14. Komplet koji se sastoji od:
(a) posude koje sadrži farmaceutsku kompoziciju prema patentnom zahtevu 10, u rastvoru ili u liofilizovanom obliku;
(b) opciono, drugu posudu koja sadrži razblaživač ili rastvor za rekonstituisanje za liofilizovanu formulaciju;
(c) opciono, najmanje još jedan peptid izabran iz grupe koju čine od SEK ID BR 1 do SEK ID BR 52, i od SEK ID BR 54 do SEK ID BR 346, i
(d) opciono, uputstva za (i) upotrebu rastvora ili (ii) rekonstituciju i/ili upotrebu liofilizovane formulacije, i, opciono, koji dalje sadrži jedan ili više od (iii) pufera, (iv) razblaživača, (v) filtera, (vi) igala ili (vii) špriceva.
RS20191606A 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora RS59836B2 (sr)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201462096165P 2014-12-23 2014-12-23
GB201423016 2014-12-23
GBGB1501017.6A GB201501017D0 (en) 2014-12-23 2015-01-21 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (HCC) and other cancers
PCT/EP2015/080018 WO2016102272A1 (en) 2014-12-23 2015-12-16 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (hcc) and other cancers
EP15813809.9A EP3236985B2 (en) 2014-12-23 2015-12-16 Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (hcc) and other cancers

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RS59836B1 RS59836B1 (sr) 2020-02-28
RS59836B2 true RS59836B2 (sr) 2023-01-31

Family

ID=52630910

Family Applications (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20211341A RS62508B1 (sr) 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora
RS20211033A RS62237B1 (sr) 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora
RS20191606A RS59836B2 (sr) 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora
RS20211276A RS62448B1 (sr) 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora

Family Applications Before (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20211341A RS62508B1 (sr) 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora
RS20211033A RS62237B1 (sr) 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20211276A RS62448B1 (sr) 2014-12-23 2015-12-16 Novi peptidi i kombinacija peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih malignih tumora

Country Status (25)

Country Link
US (8) US10064926B2 (sr)
EP (8) EP3545965B1 (sr)
JP (2) JP6906156B2 (sr)
KR (1) KR102284493B1 (sr)
CN (4) CN107001414A (sr)
AR (2) AR103220A1 (sr)
AU (3) AU2015371490B2 (sr)
BR (1) BR112017008972A2 (sr)
CA (1) CA2972126A1 (sr)
CL (1) CL2017001391A1 (sr)
CR (1) CR20170282A (sr)
DK (4) DK3626731T3 (sr)
EA (2) EA201791150A1 (sr)
GB (1) GB201501017D0 (sr)
IL (1) IL250989B (sr)
MA (3) MA49158B1 (sr)
MX (1) MX377144B (sr)
PE (1) PE20170940A1 (sr)
PH (1) PH12017500484B1 (sr)
PL (1) PL3236985T5 (sr)
RS (4) RS62508B1 (sr)
SG (1) SG11201703322UA (sr)
SI (3) SI3626729T1 (sr)
TW (1) TWI687436B (sr)
WO (1) WO2016102272A1 (sr)

Families Citing this family (75)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10704021B2 (en) 2012-03-15 2020-07-07 Flodesign Sonics, Inc. Acoustic perfusion devices
US9458450B2 (en) 2012-03-15 2016-10-04 Flodesign Sonics, Inc. Acoustophoretic separation technology using multi-dimensional standing waves
US9950282B2 (en) 2012-03-15 2018-04-24 Flodesign Sonics, Inc. Electronic configuration and control for acoustic standing wave generation
US10967298B2 (en) 2012-03-15 2021-04-06 Flodesign Sonics, Inc. Driver and control for variable impedence load
US10689609B2 (en) 2012-03-15 2020-06-23 Flodesign Sonics, Inc. Acoustic bioreactor processes
US9752113B2 (en) 2012-03-15 2017-09-05 Flodesign Sonics, Inc. Acoustic perfusion devices
US10322949B2 (en) 2012-03-15 2019-06-18 Flodesign Sonics, Inc. Transducer and reflector configurations for an acoustophoretic device
US9745548B2 (en) 2012-03-15 2017-08-29 Flodesign Sonics, Inc. Acoustic perfusion devices
US10737953B2 (en) 2012-04-20 2020-08-11 Flodesign Sonics, Inc. Acoustophoretic method for use in bioreactors
US9745569B2 (en) 2013-09-13 2017-08-29 Flodesign Sonics, Inc. System for generating high concentration factors for low cell density suspensions
US9725710B2 (en) 2014-01-08 2017-08-08 Flodesign Sonics, Inc. Acoustophoresis device with dual acoustophoretic chamber
WO2015164826A2 (en) * 2014-04-24 2015-10-29 Rhode Island Hospital ASPARTATE-β-HYDROXYLASE INDUCES EPITOPE-SPECIFIC T CELL RESPONSES IN TUMORS
US9744483B2 (en) 2014-07-02 2017-08-29 Flodesign Sonics, Inc. Large scale acoustic separation device
GB201501017D0 (en) 2014-12-23 2015-03-04 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (HCC) and other cancers
EA032416B1 (ru) 2014-12-23 2019-05-31 Новартис Аг Соединения триазолопиримидина и их применения
HRP20211754T1 (hr) 2014-12-23 2022-03-04 Immatics Biotechnologies Gmbh Novi peptidi i kombinacije peptida za upotrebu u imunoterapiji protiv hepatocelularnog karcinoma (hcc) i drugih rakova
US11708572B2 (en) 2015-04-29 2023-07-25 Flodesign Sonics, Inc. Acoustic cell separation techniques and processes
US11021699B2 (en) 2015-04-29 2021-06-01 FioDesign Sonics, Inc. Separation using angled acoustic waves
US11377651B2 (en) 2016-10-19 2022-07-05 Flodesign Sonics, Inc. Cell therapy processes utilizing acoustophoresis
US11459540B2 (en) 2015-07-28 2022-10-04 Flodesign Sonics, Inc. Expanded bed affinity selection
US11474085B2 (en) 2015-07-28 2022-10-18 Flodesign Sonics, Inc. Expanded bed affinity selection
HK1258386A1 (zh) 2015-10-05 2019-11-08 Immatics Biotechnologies Gmbh 用於小细胞肺癌和其他癌症免疫治疗的肽和肽组合物
US11020429B2 (en) 2015-11-05 2021-06-01 Juno Therapeutics, Inc. Vectors and genetically engineered immune cells expressing metabolic pathway modulators and uses in adoptive cell therapy
US20170199961A1 (en) 2015-12-16 2017-07-13 Gritstone Oncology, Inc. Neoantigen Identification, Manufacture, and Use
US11085035B2 (en) 2016-05-03 2021-08-10 Flodesign Sonics, Inc. Therapeutic cell washing, concentration, and separation utilizing acoustophoresis
US11214789B2 (en) 2016-05-03 2022-01-04 Flodesign Sonics, Inc. Concentration and washing of particles with acoustics
GB201609193D0 (en) 2016-05-25 2016-07-06 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides, combination of peptides as targets for use in immunotherapy against gallbladder cancer and cholangiocarcinoma and other cancers
JP7075125B2 (ja) 2016-05-25 2022-05-25 イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー 標的としてのおよび胆嚢がんおよび胆管がんおよびその他のがんに対する免疫療法で使用するための新規ペプチド、ペプチド組み合わせ
WO2017221092A1 (en) 2016-06-20 2017-12-28 Novartis Ag Triazolopyridine compounds and uses thereof
EP3472168B1 (en) 2016-06-20 2024-01-10 Novartis AG Crystalline forms of triazolopyrimidine compound
US10676479B2 (en) 2016-06-20 2020-06-09 Novartis Ag Imidazolepyridine compounds and uses thereof
ES2992031T3 (es) * 2016-10-07 2024-12-05 Io Biotech Aps Péptidos de arginasa inmunógenos
KR20190127655A (ko) 2016-10-19 2019-11-13 프로디자인 소닉스, 인크. 음향학에 의한 친화성 세포 추출
DE102016123893A1 (de) 2016-12-08 2018-06-14 Immatics Biotechnologies Gmbh T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung
KR102379955B1 (ko) 2016-12-08 2022-03-29 이매틱스 바이오테크놀로지스 게엠베하 짝짓기가 향상된 t 세포 수용체
ES2946584T3 (es) * 2017-01-27 2023-07-21 Immatics Biotechnologies Gmbh Nuevos péptidos y nuevas combinaciones de péptidos para el uso en la inmunoterapia contra el cáncer de ovario y otros tipos de cáncer
CN111164103A (zh) 2017-06-14 2020-05-15 西奈山伊坎医学院 检测和治疗对免疫疗法应答的肝细胞癌类别的方法
DE102017115966A1 (de) 2017-07-14 2019-01-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Polypeptidmolekül mit verbesserter zweifacher Spezifität
US20190016802A1 (en) 2017-07-14 2019-01-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Dual specificity polypeptide molecule
EP3665301B1 (en) * 2017-08-09 2023-10-04 PamGene B.V. Method for predicting the response of non-small-cell lung carcinoma patients to a medicament
GB201713700D0 (en) * 2017-08-25 2017-10-11 Anastasis Biotec Ltd Peptide conjugates
ES3029080T3 (en) 2017-10-10 2025-06-23 Seattle Project Corp Neoantigen identification using hotspots
US11885815B2 (en) 2017-11-22 2024-01-30 Gritstone Bio, Inc. Reducing junction epitope presentation for neoantigens
JP2021507561A (ja) 2017-12-14 2021-02-22 フロデザイン ソニックス， インク．Ｆｌｏｄｅｓｉｇｎ Ｓｏｎｉｃｓ， Ｉｎｃ． 音響トランスデューサドライバ及びコントローラ
CA3101310A1 (en) 2018-03-12 2019-09-19 The Children's Hospital Of Philadelphia Methods and compositions for use of tumor self-antigens in adoptive immunotherapy
EP3802568A4 (en) 2018-06-08 2022-07-13 The Board of Regents of the University of Oklahoma PEPTIDE THERAPEUTICS USED TO TREAT ALZHEIMER'S DISEASE AND RELATED DISEASES
DE102018122546B3 (de) * 2018-09-14 2019-12-05 Immatics Biotechnologies Gmbh Verfahren zum Hochdurchsatz-Peptid-MHC-Affinitätsscreening für TCR-Liganden
GB201815549D0 (en) 2018-09-24 2018-11-07 Io Biotech Aps Arginase1 polypeptides
AU2019367647B2 (en) * 2018-10-26 2026-02-26 Ethadox Ltd. Compositions and methods for biodegrading alcohol
CN109663128A (zh) * 2018-11-21 2019-04-23 中国农业大学 一种肺动脉高压标志物及其作为治疗靶点的应用
US20220054614A1 (en) * 2018-12-13 2022-02-24 Rhode Island Hospital Inhibition of asph expressing tumor growth and progression
EP3721899A1 (en) 2019-04-08 2020-10-14 China Medical University Combination therapies comprising dendritic cells-based vaccine and immune checkpoint inhibitor
CN110850086B (zh) * 2019-11-18 2023-05-02 西安交通大学 一种肝移植术后缺血性胆道病变血清诊断标志物acly的应用
CN113388024A (zh) * 2020-03-18 2021-09-14 北京鼎成肽源生物技术有限公司 一种输卵管癌靶标抗原、输卵管癌靶标抗原刺激培养的ctl细胞及其应用
US20230287505A1 (en) * 2020-03-30 2023-09-14 Rophelbio Co., Ltd. Biomarker for cancer immunotherapy and use thereof
EP4153633A1 (en) 2020-05-19 2023-03-29 Amgen Inc. Mageb2 binding constructs
CN116333999A (zh) * 2020-07-14 2023-06-27 广州泛恩生物科技有限公司 基于cxcl13阳性t细胞的用于杀伤肿瘤的tcr-t细胞及其制备方法和应用
CN112063718A (zh) * 2020-09-18 2020-12-11 中国医科大学 Usp14在肝细胞肝癌诊断、预后判断以及治疗中的应用
CN112043722B (zh) * 2020-09-25 2022-02-15 中国医科大学 Prpf6在前列腺癌及去势抵抗前列腺癌治疗中的应用
CN114574486B (zh) * 2020-12-01 2024-04-16 中国科学院大连化学物理研究所 作用于OPLAH的siRNA、DNA及构建物和应用
CN117157713A (zh) * 2021-02-05 2023-12-01 亚马逊科技公司 对用于个性化癌症疫苗的新抗原进行排序
CN114163511B (zh) * 2021-03-24 2025-02-25 深圳市新靶向生物科技有限公司 一种与肝癌驱动基因突变相关的抗原肽组合及其应用
EP4314078A1 (en) 2021-04-02 2024-02-07 Amgen Inc. Mageb2 binding constructs
JP2024529907A (ja) * 2021-07-19 2024-08-14 ユニバーシティ オブ ピッツバーグ － オブ ザ コモンウェルス システム オブ ハイヤー エデュケイション Ｔ細胞機能の疲弊を処置し、がん免疫療法を強化するためのｍｃｔ１１抗体
CN115634281B (zh) * 2021-07-20 2025-12-02 肖伯端 Ctrp3蛋白的抗瘤作用及编码其的重组溶瘤病毒及制备方法和应用
CN113502300B (zh) * 2021-07-21 2024-02-06 徐州医科大学 一种含有hdac10基因启动子序列和报告基因的重组质粒、制备方法及应用
EP4419548A4 (en) * 2021-10-18 2025-12-17 Univ Texas PEPTIDES AND MANIPULATED T-CELL RECEPTORS FOR TARGETTING NDC80 ANTIGEN AND METHOD FOR USE
CN115572764B (zh) * 2022-03-30 2024-06-21 江苏鹍远生物技术有限公司 一组肿瘤检测标志物及其用途
CN116334031A (zh) * 2022-07-21 2023-06-27 中国人民解放军陆军军医大学 三个多肽及其在制备ⅰ型糖尿病免疫防治疫苗或药物中的应用
CN116042825B (zh) * 2022-09-28 2025-07-01 南方医科大学 一种评估5-fu治疗胃癌癌敏感性的探针引物组及其试剂盒
WO2024235848A1 (en) * 2023-05-12 2024-11-21 Fundación Para La Investigación Médica Aplicada Novel t cell receptors
WO2025021979A1 (en) 2023-07-27 2025-01-30 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel t cell receptors targeting melanoma-associated antigen (mage) b2 and immune therapy using the same
TW202506719A (zh) 2023-07-27 2025-02-16 德商艾瑪提克生物技術有限公司 針對mageb2之抗原結合蛋白
WO2026033136A1 (en) 2024-08-09 2026-02-12 Immatics Biotechnologies Gmbh Advanced treatment modalities for anti-prame tcr-engineered immune cells
CN119524137A (zh) * 2024-12-11 2025-02-28 徐州医科大学 Fbxo22在诊断、治疗非酒精性脂肪性肝病中的应用

Family Cites Families (88)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4440859A (en) 1977-05-27 1984-04-03 The Regents Of The University Of California Method for producing recombinant bacterial plasmids containing the coding sequences of higher organisms
US4704362A (en) 1977-11-08 1987-11-03 Genentech, Inc. Recombinant cloning vehicle microbial polypeptide expression
IE53176B1 (en) 1978-12-22 1988-08-17 Biogen Nv Recombinant dna molecules and their method of production
US4530901A (en) 1980-01-08 1985-07-23 Biogen N.V. Recombinant DNA molecules and their use in producing human interferon-like polypeptides
US4342566A (en) 1980-02-22 1982-08-03 Scripps Clinic & Research Foundation Solid phase anti-C3 assay for detection of immune complexes
US4678751A (en) 1981-09-25 1987-07-07 Genentech, Inc. Hybrid human leukocyte interferons
US4766075A (en) 1982-07-14 1988-08-23 Genentech, Inc. Human tissue plasminogen activator
US4582800A (en) 1982-07-12 1986-04-15 Hoffmann-La Roche Inc. Novel vectors and method for controlling interferon expression
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4757006A (en) 1983-10-28 1988-07-12 Genetics Institute, Inc. Human factor VIII:C gene and recombinant methods for production
US4677063A (en) 1985-05-02 1987-06-30 Cetus Corporation Human tumor necrosis factor
US4810648A (en) 1986-01-08 1989-03-07 Rhone Poulenc Agrochimie Haloarylnitrile degrading gene, its use, and cells containing the gene
US4897445A (en) 1986-06-27 1990-01-30 The Administrators Of The Tulane Educational Fund Method for synthesizing a peptide containing a non-peptide bond
ATE183513T1 (de) 1993-06-03 1999-09-15 Therapeutic Antibodies Inc Herstellung von antikörperfragmenten
AUPM322393A0 (en) 1993-12-24 1994-01-27 Austin Research Institute, The Mucin carbohydrate compounds and their use in immunotherapy
ES2203782T3 (es) 1996-01-17 2004-04-16 Imperial College Innovations Limited Inmunoterapia que utiliza linfocitos t citotoxicos (ctl).
US5849589A (en) 1996-03-11 1998-12-15 Duke University Culturing monocytes with IL-4, TNF-α and GM-CSF TO induce differentiation to dendric cells
US6406705B1 (en) 1997-03-10 2002-06-18 University Of Iowa Research Foundation Use of nucleic acids containing unmethylated CpG dinucleotide as an adjuvant
US20020061552A1 (en) * 1999-12-17 2002-05-23 Dong Yan Mammalian dishevelled-associated proteins
AU2001232204A1 (en) 2000-02-22 2001-09-03 Ahuva Nissim Chimeric and tcr phage display libraries, chimeric and tcr reagents and methods of use thereof
US20040191260A1 (en) 2003-03-26 2004-09-30 Technion Research & Development Foundation Ltd. Compositions capable of specifically binding particular human antigen presenting molecule/pathogen-derived antigen complexes and uses thereof
CA2404489A1 (en) 2000-03-27 2001-10-04 Technion Research And Development Foundation Ltd. Single chain class i major histo-compatibility complexes, constructs encoding same and methods of generating same
US20030144474A1 (en) 2000-06-05 2003-07-31 Sunol Molecular Corporation T cell receptor fusions and conjugates and methods of use thereof
WO2002007783A2 (en) 2000-07-20 2002-01-31 Regents Of The University Of Minnesota Radiolabeled immunotoxins
US20050053918A1 (en) 2001-05-16 2005-03-10 Technion Research & Development Foundation Ltd. Method of identifying peptides capable of binding to MHC molecules, peptides identified thereby and their uses
US6867283B2 (en) 2001-05-16 2005-03-15 Technion Research & Development Foundation Ltd. Peptides capable of binding to MHC molecules, cells presenting such peptides, and pharmaceutical compositions comprising such peptides and/or cells
US6992176B2 (en) 2002-02-13 2006-01-31 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibody having a T-cell receptor-like specificity, yet higher affinity, and the use of same in the detection and treatment of cancer, viral infection and autoimmune disease
US20030223994A1 (en) 2002-02-20 2003-12-04 Hoogenboom Henricus Renerus Jacobus Mattheus MHC-peptide complex binding ligands
US7311914B2 (en) 2002-08-13 2007-12-25 Ludwig Institute For Cancer Research MAGE-A4 antigenic peptides and uses thereof
AU2003254950A1 (en) * 2002-08-26 2004-03-11 Kirin Beer Kabushiki Kaisha Peptides and drugs containing the same
NZ539225A (en) 2002-10-09 2006-09-29 Avidex Ltd Single chain recombinant T cell receptors
ES2327229T3 (es) 2002-11-09 2009-10-27 Immunocore Ltd. Presentacion del receptor de linfocitos t.
US20040096982A1 (en) 2002-11-19 2004-05-20 International Business Machines Corporation Methods and apparatus for analysis of mass spectra
PT1581812E (pt) * 2003-01-06 2008-09-22 Wyeth Corp Composições e métodos para diagnóstico e tratamento de cancros do cólon
GB0304068D0 (en) 2003-02-22 2003-03-26 Avidex Ltd Substances
US20090075304A1 (en) 2004-05-27 2009-03-19 Weidanz Jon A Methods of assaying vaccine potency
US20090304679A1 (en) 2004-05-27 2009-12-10 Weidanz Jon A Antibodies as T cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
US20090233318A1 (en) 2004-12-28 2009-09-17 Weidanz Jon A Methods of assaying vaccine potency
EP1760089B1 (en) * 2005-09-05 2009-08-19 Immatics Biotechnologies GmbH Tumor-associated peptides binding to human leukocyte antigen (HLA) class I or II molecules and related anti-cancer vaccine
ATE461215T1 (de) 2005-09-05 2010-04-15 Immatics Biotechnologies Gmbh Tumor-assoziierte peptide, welche an unterschiedliche menschliche leukozytenantigene der klasse ii binden
WO2008021290A2 (en) 2006-08-09 2008-02-21 Homestead Clinical Corporation Organ-specific proteins and methods of their use
HUE032379T2 (en) * 2007-07-27 2017-09-28 Immatics Biotechnologies Gmbh Composition of tumour-associated peptides and related anti-cancer vaccine
RS54147B1 (sr) * 2007-07-27 2015-12-31 Immatics Biotechnologies Gmbh Nova imunoterapija protiv tumora mozga
WO2009026547A1 (en) 2007-08-22 2009-02-26 Receptor Logi, Ltd. Methods of assaying vaccine potency
ES2573458T3 (es) * 2007-09-14 2016-06-08 Vrije Universiteit Brussel Mejoramiento de la capacidad estimulatoria de las células T de las células que presentan antígeno humano y su uso en vacunación
WO2009108372A2 (en) * 2008-02-27 2009-09-03 Receptor Logic, Inc. Antibodies as t cell receptor mimics, methods of production and uses thereof
ES2554981T3 (es) * 2008-03-27 2015-12-28 Immatics Biotechnologies Gmbh Nueva inmunoterapia contra tumores neuronales y cerebrales
US20090263574A1 (en) 2008-04-21 2009-10-22 Quinn Daniel E Method of restoring an article
WO2009151487A1 (en) * 2008-06-13 2009-12-17 Receptor Logic, Inc. Methods of assaying vaccine potency
DE102008049136B4 (de) 2008-09-26 2012-10-25 Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie e.V. Neue Regulatoren des angeborenen Immunsystems
PL2172211T3 (pl) * 2008-10-01 2015-05-29 Immatics Biotechnologies Gmbh Kompozycja związanych z guzem peptydów i związana z tym szczepionka przeciwrakowa do leczenia glejaka (GBM) i innych rodzajów raka
JP2013510586A (ja) 2009-11-14 2013-03-28 チュウ、カン−ユウ アテローム性動脈硬化を治療及び／又は予防するための免疫調節方法及びシステム
US8506964B2 (en) 2010-02-05 2013-08-13 Cardiovax, Llc Fusion proteins and related compositions, methods and systems for treatment and/or prevention of atherosclerosis
GB201006360D0 (en) 2010-04-16 2010-06-02 Immatics Biotechnologies Gmbh Method for differentially quantifying naturally processed HLA-restricted peptides for cancer, autoimmune and infectious diseases immunotherapy development
EP2632955A1 (en) 2010-10-26 2013-09-04 Technion Research & Development Foundation Ltd. Antibodies which bind soluble t-cell receptor ligands
EP2637685A1 (en) 2010-11-12 2013-09-18 Cedars-Sinai Medical Center Immunomodulatory methods and systems for treatment and/or prevention of aneurysms
CA2817548A1 (en) 2010-11-12 2012-05-18 Cedars-Sinai Medical Center Immunomodulatory compositions, methods and systems comprising immunogenic fragments of apob100
RU2013126626A (ru) 2010-11-12 2014-12-20 Седарс-Синаи Медикал Сентер Иммуномодулирующие способы и системы для лечения и/или предотвращения гипертензий
WO2013057586A1 (en) 2011-10-19 2013-04-25 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for producing soluble t - cell receptors
US9221876B2 (en) * 2011-11-11 2015-12-29 Cardiovax, Llc Methods for treating kidney disease with fragments of ApoB-100
GB201208293D0 (en) * 2012-05-11 2012-06-20 Circassia Ltd Hydrochlorice salt of peptide
EP2892544A4 (en) * 2012-09-05 2016-11-02 Univ Virginia Patent Found TARGET PEPTIDES FOR THERAPY AND DIAGNOSIS OF COLORECTAL CARCINOMAS
WO2014071978A1 (en) 2012-11-08 2014-05-15 Roche Diagnostics Gmbh Nucleic acids encoding chimeric polypeptides for library screening
GB201301632D0 (en) * 2013-01-30 2013-03-13 Imp Innovations Complement System
WO2014160275A2 (en) * 2013-03-14 2014-10-02 Battell Memorial Institute Biomarkers for liver fibrosis
EP2808392A1 (en) 2013-05-28 2014-12-03 Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Aptamers and use of the aptamers in the diagnosis and treatment of cancer
CN103739667B (zh) * 2013-09-24 2017-08-25 上海宇研生物技术有限公司 卵巢癌特异的肿瘤抗原肽及其制备方法
BR112016021004A2 (pt) 2014-03-14 2018-01-23 Immunocore Limited biblioteca de partículas; receptor de células t (tcr) isolado não natural; uso de uma biblioteca; método de obtenção de um receptor de células t que se liga especificamente a um antígeno de peptídeo; ácido nucleico; método de construção de uma biblioteca de partículas; método de obtenção de um receptor de células t que se liga especificamente a um antígeno de peptídeo; e partícula
GB201501017D0 (en) 2014-12-23 2015-03-04 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (HCC) and other cancers
GB201507719D0 (en) * 2015-05-06 2015-06-17 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides and scaffolds thereof for use in immunotherapy against colorectal carcinoma (CRC) and other cancers
US20180179283A1 (en) 2015-06-08 2018-06-28 Adicet Bio Inc. T cell receptor like antibodies having fine specificity
NL2014935B1 (en) 2015-06-08 2017-02-03 Applied Immune Tech Ltd T cell receptor like antibodies having fine specificity.
CN116239669A (zh) 2016-04-08 2023-06-09 艾达普特免疫有限公司 T细胞受体
HRP20211493T1 (hr) 2016-04-08 2022-01-21 Adaptimmune Limited Receptori t stanica
ES2991142T3 (es) 2016-04-08 2024-12-02 Adaptimmune Ltd Receptores de linfocitos T
WO2018022573A1 (en) 2016-07-27 2018-02-01 Sharp Laboratories Of America, Inc. Wireless telecommuncations methods and apparatus using system information value tag
US20200325244A1 (en) 2020-05-18 2020-10-15 Abexxa Biologics, Inc. Antibodies and methods of use thereof
JP7303750B2 (ja) 2017-01-24 2023-07-05 ベーリンガー インゲルハイム ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド 癌における非古典的ｈｌａ－ｉおよびネオ抗原を含む複合体を標的とするための方法および組成物
EP3636761B1 (en) 2017-06-05 2024-07-31 Mie University Antigen-binding protein recognizing mage-a4-derived peptide
BR112019028280A2 (pt) 2017-07-04 2020-07-14 Curevac Ag moléculas de ácido nucleico
MX2020001879A (es) 2017-08-18 2020-07-29 Gritstone Oncology Inc Proteínas de fijación al antígeno que se dirigen a antígenos compartidos.
WO2019051001A1 (en) 2017-09-06 2019-03-14 California Institute Of Technology SIGNALING AND BIFUNCTIONAL RECEPTORS HAVING ANTIGENS (SABR)
JP2021508475A (ja) 2017-12-28 2021-03-11 グリットストーン オンコロジー インコーポレイテッド 共有抗原を標的とする抗原結合タンパク質
CA3097399A1 (en) 2018-04-19 2019-10-24 The Board Of Regents, The University Of Texas System T cell receptors with mage-b2 specificity and uses thereof
TW202000907A (zh) 2018-05-23 2020-01-01 美商葛利史東腫瘤科技公司 共有抗原
US20200291127A1 (en) 2020-05-18 2020-09-17 Abexxa Biologics, Inc. Antibodies and methods of use thereof
US20200291128A1 (en) 2020-05-18 2020-09-17 Abexxa Biologics, Inc. Antibodies and methods of use thereof
US20200291116A1 (en) 2020-05-18 2020-09-17 Abexxa Biologics, Inc. Antibodies and methods of use thereof

Also Published As

Publication number Publication date
EP3545965A3 (en) 2019-12-25
EP3626729B1 (en) 2021-09-08
TW201629096A (zh) 2016-08-16
EP3236985B2 (en) 2022-09-07
DK3626729T3 (da) 2021-11-01
EP3626731B1 (en) 2021-09-08
EP3620168A1 (en) 2020-03-11
EP3715357A1 (en) 2020-09-30
CA2972126A1 (en) 2016-06-30
PL3236985T3 (pl) 2020-04-30
CN112646025A (zh) 2021-04-13
CR20170282A (es) 2018-01-29
IL250989A0 (en) 2017-04-30
SI3236985T2 (sl) 2023-01-31
MX377144B (es) 2025-03-07
KR102284493B1 (ko) 2021-08-02
US11786583B2 (en) 2023-10-17
SI3236985T1 (sl) 2020-01-31
RS59836B1 (sr) 2020-02-28
PL3236985T4 (pl) 2020-12-14
US11406693B2 (en) 2022-08-09
SG11201703322UA (en) 2017-07-28
AR122964A2 (es) 2022-10-19
SI3626729T1 (sl) 2021-11-30
MA41237B1 (fr) 2019-12-31
US20180207253A1 (en) 2018-07-26
US20180207252A1 (en) 2018-07-26
PH12017500484B1 (en) 2024-01-05
WO2016102272A1 (en) 2016-06-30
JP7713309B2 (ja) 2025-07-25
AU2020213295B2 (en) 2022-09-01
CN112646021A (zh) 2021-04-13
AU2020213294A1 (en) 2020-09-03
EA202190587A3 (ru) 2021-09-30
EP3236985B1 (en) 2019-09-25
US20160250307A1 (en) 2016-09-01
AR103220A1 (es) 2017-04-26
GB201501017D0 (en) 2015-03-04
AU2015371490B2 (en) 2020-08-13
EP3545965A2 (en) 2019-10-02
SI3545965T1 (sl) 2021-11-30
AU2015371490A1 (en) 2017-03-23
KR20170090447A (ko) 2017-08-07
MA40136A1 (fr) 2018-05-31
JP2018509135A (ja) 2018-04-05
DK3626731T3 (da) 2021-11-22
PH12017500484A1 (en) 2017-08-07
US20210268089A1 (en) 2021-09-02
EA201791150A1 (ru) 2018-03-30
AU2020213295A1 (en) 2020-09-03
EP3715357B1 (en) 2024-11-06
RS62448B1 (sr) 2021-11-30
CN107001414A (zh) 2017-08-01
JP2021104033A (ja) 2021-07-26
EP3616706A1 (en) 2020-03-04
EP3626731A1 (en) 2020-03-25
EP3236985A1 (en) 2017-11-01
DK3616706T3 (da) 2021-11-15
BR112017008972A2 (pt) 2018-01-16
DK3545965T3 (da) 2021-09-13
EP3616706B1 (en) 2021-10-13
EP3626729A1 (en) 2020-03-25
MA41237A (fr) 2017-11-01
AU2020213294B2 (en) 2022-10-06
MX2017008329A (es) 2017-10-26
CN112538109A (zh) 2021-03-23
EA202190587A2 (ru) 2021-06-30
RS62237B1 (sr) 2021-09-30
PE20170940A1 (es) 2017-07-13
IL250989B (en) 2021-04-29
US20170080070A1 (en) 2017-03-23
MA49158B1 (fr) 2021-12-31
US10064926B2 (en) 2018-09-04
US20200405831A1 (en) 2020-12-31
JP6906156B2 (ja) 2021-07-21
TWI687436B (zh) 2020-03-11
PL3236985T5 (pl) 2023-03-06
CL2017001391A1 (es) 2017-12-29
MA49158A (fr) 2020-03-25
RS62508B1 (sr) 2021-11-30
US20190000947A1 (en) 2019-01-03
EP3545965B1 (en) 2021-07-21
US20200376103A1 (en) 2020-12-03
EP3626730A1 (en) 2020-03-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11786583B2 (en) Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against Hepatocellular carcinoma (HCC) and other cancers
US20240408166A1 (en) Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (hcc) and other cancers
HK40028447A (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (hcc) and other cancers
HK40016905A (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (hcc) and other cancers
HK1246148A1 (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (hcc) and other cancers
HK1246148B (en) Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against hepatocellular carcinoma (hcc) and other cancers