RS60230B1 - Kompozicije za moduliranje ekspresije c9orf72 - Google Patents

Kompozicije za moduliranje ekspresije c9orf72

Info

Publication number
RS60230B1
RS60230B1 RS20200535A RSP20200535A RS60230B1 RS 60230 B1 RS60230 B1 RS 60230B1 RS 20200535 A RS20200535 A RS 20200535A RS P20200535 A RSP20200535 A RS P20200535A RS 60230 B1 RS60230 B1 RS 60230B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
c9orf72
antisense
rna
nucleic acid
compound
Prior art date
Application number
RS20200535A
Other languages
English (en)
Inventor
Frank Rigo
Original Assignee
Ionis Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ionis Pharmaceuticals Inc filed Critical Ionis Pharmaceuticals Inc
Publication of RS60230B1 publication Critical patent/RS60230B1/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A61P21/02—Muscle relaxants, e.g. for tetanus or cramps
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/02—Drugs for disorders of the nervous system for peripheral neuropathies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/14—Drugs for disorders of the nervous system for treating abnormal movements, e.g. chorea, dyskinesia
    • A61P25/16—Anti-Parkinson drugs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/22—Anxiolytics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/322—2'-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
    • C12N2310/3231—Chemical structure of the sugar modified ring structure having an additional ring, e.g. LNA, ENA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/341—Gapmers, i.e. of the type ===---===
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/346—Spatial arrangement of the modifications having a combination of backbone and sugar modifications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
    • C12N2310/3525—MOE, methoxyethoxy
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physical Education & Sports Medicine (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Psychology (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Psychiatry (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Acyclic And Carbocyclic Compounds In Medicinal Compositions (AREA)
  • Steroid Compounds (AREA)

Description

Opis
Oblast
[0001] Ove su obezbeđene kompozicije i postupci za moduliranje ekspresije C9ORF72 mRNK i proteina u ćelijama i životinjama. Takve kompozicije i postupci su korisni u lečenju, sprečavanju, ublažavanju i sporom napredovanju neurodegenerativnih bolesti, uključujući amiotrofnu lateralnu sklerozu (ALS), frontotemporalnu demenciju (FTD), kortikobazalni degenrativni sindrom (CBD), atipični Parkinsonov sindrom, i olivopontocerebelarnu degeneraciju (OPCD).
Stanje tehnike
[0002] Amiotrofna lateralna skleroza (ALS) je fatalna neurodegenerativna bolest karakterisana klinički progresivnom paralizom koja vodi do smrti ulsed respiratornog zastoja, tipično u okivru dve do tri godine od početka simptoma (Rowland and Shneider, N. Engl. J. Med., 2001, 344, 1688-1700). ALS je treća najuobičajenija neurodegenerativna bolest u Zapadnom svetu (Hirtz et al., Neurology, 2007, 68, 326-337), i trenutno ne postoje efikasne terapije. Približno 10% slučajeva se javlja u porodici, dok gomila pacijenta kod kojih je dijagnozirana bolest su klasifikovani kao sporadični zato što se javljaju nasumučno u populaciji (Chio et al., Neurology, 2008, 70, 533-537). Na osnovu kliničkih, genetičkih i epidemioloških podataka razvija se saznanje da ALS i frontotemporalna demencija (FTD) predstavljaju preklapajući kontinum bolesti, karakterisan patološkim prisustvom TDP-43 pozitivnih inkluzija u centralnom nervnom sistemu (Lillo and Hodges, J. Clin. Neurosci., 2009, 16, 1131-1135; Neumann et al., Science, 2006, 314, 130-133).
[0003] Do danas, brojni geni su otkriveni kao uzrok za klasičnu porodičnu ALS, na primer, SOD1, TARDBP, FUS, OPTN, i VCP (Johnson et al., Neuron, 2010, 68, 857-864; Kwiatkowski et al., Science, 2009, 323, 1205-1208; Maruyama et al., Nature, 2010, 465, 223-226; Rosen et al., Nature, 1993, 362, 59-62; Sreedharan et al., Science, 2008, 319, 1668-1672; Vance et al., Brain, 2009, 129, 868-876). Nedavno, analize veza uključenih u višestruke slučajeve srodnika sa ALS, FTD, i ALS-FTD su sugerisale da je bio važan lokus za bolest na kratkom kraku hromozama 9 (Boxer et al., J. Neurol. Neurosurg. Psychiatry, 2011, 82, 196-203; Morita et al., Neurology, 2006, 66, 839-844; Pearson et al. J. Nerol., 2011, 258, 647-655; Vance et al., Brain, 2006, 129, 868-876). Mutacija u genu C9ORF72 je najuobičajeniji genetiski uzrok ALS i FTD. Mutacija koja izaziva ALS-FTD je velika ekspanzija heksanukleotidnog ponovka (GGGGCC) u prvom intronu gena C9ORF72 (Renton et al., Neuron, 2011, 72, 257-268; DeJesus-Hernandez et al., Neuron, 2011, 72, 245-256). Halotip osnivača, koji pokriva gen C9ORF72, je prisutan u većini slučajeva povezanih sa ovim regionom (Renton et al., Neuron, 2011, 72, 257-268). Ovaj lokus na hromozomu 9p21 čini blizu polovine porodične ALS i blizu jedne četvrtine svih ALS slučajeva u kohorti 405 finskih pacijenata (Laaksovirta et al, Lancet Neurol., 2010, 9, 978-985).
[0004] Halotip osnivača, koji pokriva gen C9ORF72, je prisutan u većini slučajeva koji su povezani sa ovim regionom.
[0005] Trenutno ne postoje efikasne terapije za lečenje takvih degenerativnih poremećaja. Prema tome, cilj je obezbediti kompozicije i postupke za lečenje takvih neurodegenerativnih bolesti.
[0006] Riboldi et al., 2014 je revijalni članak koji diskutuje hipotezu da izgradnja "toksične" RNK koja sadrži ponovak GGGGCC doprinosi smrti motornih neurona u amiotrofnoj lateralnoj sklerozi (ALS).
[0007] Donnelly et al., 2013 takođe istražuje mehanizam kojim ekspanzija ponovka u C9ORF72 može izazvati bolest.
[0008] WO 2014/062736 opisuje biomarkere i postupke za praćenje ekspresije C9ORF72 mRNK i proteina kod životinje sa specifičnim inhibitorima C9ORF72.
Kratak prikaz
[0009] Pronalazak obezbeđuje modifikovani oligonukleotid prema sledećoj formuli:
(SEQ ID NO: 33) ili njegovu so.
[0010] Pronalazak takođe obezbeđuje modifikovani oligonukleotid prema sledećoj formuli:
(SEQ ID NO: 33).
[0011] Pronalazak takođe obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži modifikovani oligonukleotid prema pronalasku i farmaceutskiprihvatljiv nosač ili razblaživač.
[0012] Pronalazak takođe obezbeđuje jedinjenje koje sadrži modifikovani oligonukleotid koji sadrži modifikovani oligonukleotid, gde modifikovani oligonukleotid je gapmer koji se sastoji od 5’ segmenta ’krila’(engl. wing) , centralnog segmenta ’razmaka’ (engl. gap), i 3’ segmenta ’krila’, gde:
5’ segment ’krila’ se sastoji od četiri 2’-O-metoksietil nukleozida,
centralni segment ’razmaka’ se sastoji od osam β-D-dezoksiribonukleozida, i
3’ segment ’krila’ se sastoji od šest 2’-O-metoksietil nukleozida; gde modifikovani oligonukleotid ima sekvencu nukleobaza 5’-GCCCCTAGCGCGCGACTC-3’ (SEQ ID NO: 33), gde svaki citozin je 5-metil-citozin; i gde internukleozidne veze modifikovanog oligonukleotida su, od 5’ do 3’, soosssssssssoooss, gde svaki s je fosforotioatna veza i svaki o je fosfodiestarska veza.
[0013] Pronalazak takođe obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži jedinjenje prema pronalasku i farmaceutski prihvatljiv razblaživač ili nosač.
[0014] Pronalazak takođe obezbeđuje modifikovani oligonukleotid, jedinjenje ili farmaceutsku kompoziciju prema pronalasku, za upotrebu u lečenju, prevenciji ili ublažavanju neurodegenerativne bolesti.
[0015] Izvesni slučajevi obezbeđuju postupak, jedinjenja i kompozicije za inhibiciju ekspresije C9ORF72 mRNK i proteina u ćelijama, tkivima i životinjama. Izvesni slučajevi obezbeđuju postupke, jedinjenja i kompozcije za smanjenje C9ORF72 mRNK i nivoa protiena u ćelijama, tkivima i životinjama. U određenim slučajevima obezbeđena su antisens jedinjenja koja su ciljala nukleinsku kiselinu C9ORF72. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja su modifikovani oligonukleotidi. U izvesnim slučajevima, modifikovani oligonukleotidi su jednolančani.
[0016] U izvesnim izvođenjima, smanjeni su proizvodi C9ORF72 vezanog ponovka vezani sa ne-ATG translacijom (engl.Repeat Associated Non-ATG Translation - RAN translacija). U izvesnim izvođenjima, proizvodi C9ORF72 vezane RAN translacije su poli-(glicin-prolin), poli-(glicin-alanin), i poli-(glicinarginin). U izvesnim izvođenjima, izvesne C9ORF72 mRNK varijante su preferencijalno redukovane. U izvesnim izvođenjima, preferencijalno redukovane C9ORF72 mRNK varijante su varijante obrađene iz pre-m-RNK koja sadrži intron 1. U izvesnim izvođenjima, intron 1 sadrži ekspanziju heksanukleotidnog ponovka. U izvesnim izvođenjima, C9ORF72 m-RNK varijanta je preferencijano redukovana C9ORF72 patogeno vezana m-RNK varijanta. U izvesnim izvođenjima, C9ORF72 patogeno vezana m-RNK varijanta je NM_001256054.1 (SEQ ID NO: 1). U izvesnim izvođenjima, ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka je vezana sa bolestima u vezi C9ORF72. U izvesnim izvođenjima, ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka je u vezi sa C9ORF72 ekspanzijom heksanukleotidnih ponovaka koja je u vezi sa bolešću. U izvesnim izvođenjima, ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka sadrži bar 30 GGGGCC ponovaka, više od 30 GGGGCC ponovaka, više od 100 GGGGCC pponovaka, više od 500 GGGGCC ponovaka, ili više od 1000 GGGGCC ponovaka. U izvesnim izvođenjima, ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka je u vezi sa nuklearnim žarištima. U izvesnim izvođenjima, proizvodiC9ORF72 u vezi sa RAN translacijom su u vezi sa nuklearnim žarištima. U izvesnim izvođenjima, proizvodi C9ORF72 u vezi sa RAN translacijom su su poli-(glicin-prolin), poli-(glicin-alanin), i poli-(glicin-arginin). Ovde opisane kompozicije i postupci mogu biti korisni u smanjenju nivoa C9ORF72 m-RNK, nivoa C9ORF72 proteina, C9ORF72 RAN translacionih proizvoda, i nuklearnim žarištima. Ovde opisani kompozicije i postupci mogu biti korisni za selektivno smanjenje C9ORF72 u patogenoj vezi sa m-RNK varijantama. Takvo smanjenje se može javiti na vremenski –zavistan način ili na dozno-zavistan način.
[0017] Takođe su ovde opisani postupci korisni u sprečavanju, lečenju, ublažavanju i usporavanju napredovanja bolesti u vezi sa C9ORF72. U izvesnim slučajevima, takve bolesti u vezi sa C9ORF72 su neurodegenerativne bolesti. U izvesnim slučajevima, neurodegenerativna bolest je amiotrofna lateralna skleroza (ALS), frontotemporalna demencija (FTD), kortikobazalni degeneracioni sindrom (CBD), atipični Parkinsonov sindrom i olivopontocerebelarna degeneracija (OPCD).
[0018] Takve bolesti mogu imati jedan ili više zajedničkih faktora rizika, uzroka ili kranjih ishoda. Izvesni faktori rizika i uzroka za razvoj neurodegenerativne bolesti i posebno, ALS i FTD, uključuju genetičku predispoziciju i stariji uzrast.
[0019] U izvesnim slučajevima, postupci lečenja obuhvataju davanje C9ORF72 antisens jedinjenja pojedincu kome je to potrebno. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenje je jednolančani modifikovani oligonukleotid. U izvesnim slučajevima, jednolančani modifikovani oligonukleotid je komplementaran sa C9ORF72 nukleinskom kiselinom.
Detaljan opis
[0020] Razume sa da prethodni opšti opis i sledeći detaljni opis su samo kao primeri i za objašnjenje pronalaska za koji je zatražena zaštita i nisu da ga ograniče. Ovde, upotreba jednine obuhvata množinu osim ako nije specifično navedeno drugačije. Kako je ovde korišćeno, upotreba "ili" označava "i/ili" osim ako nije drugačije navedeno. Dodatno, kako je ovde korišćeno, upotreba "i" označava "i/ili" osim ukoliko nije drugačije navedeno. Pored toga, upotreba izraza "uključujući" kao i ostalih oblika, kao što su "uključuje" i "uključivalo je", nije ograničavajući. Takođe izraz "element" ili "komponenta" obuhvta oba elemente i komponente koji čine jednu jedinicu i elemente i komponente koji sadrže više od jedne podjedinice, osim ako nije specifično navedeno drugačije.
[0021] Jedinjenja prema pronalasku uključuju varijacije u kojima jedan ili više atoma vodonika, ugljenika, azota, kiseonika ili sumpora je zamenjeno sa stabilnim izotopom istog elementa.
Definicije
[0022] Osim ako nisu obezbeđene specifične definicije, nomenklatura koja je korišćena u vezi sa, i postupcima i tehnikama, analitičkom hemijom, sintetskom organskom hemijom i medicinskom i farmaceutskom hemijom koja je ovde opisana su one dobro poznate i uobičajeno korišćene u ovoj oblasti. Standardne tehnike mogu biti korišćene za hemijsku sintezu i hemijsku analizu.
[0023] Osim ako nije nije drugačije navedeno, sledeći izrazi imaju sledeća značenja:
"2’-O-metoksietil" (takođe 2’-MOE i 2’-OCH2CH2-OCH3i MOE) odnosi se na O-metoksi-etil modifikacije 2’ položaja furanoznog prstena.2’-O-metoksietil modifikovani šećer je modifikovani šećer.
[0024] "2’-MOE nukleozid" (takođe 2’-O-metoksietil nukleozid) označavaa nukleozid koji sadrži MOE modifikovani šećerni deo.
[0025] "2’-supstitusiani nukleozid" označava nukleozid koji sadrži supstituent na 2’-položaju furanoznog prstena koji je drugačiji od H ili OH.2’-supstituisani nukleozidi mogu uključivati nukleozide sa bicikličnim šećernim modifikacijama.
[0026] "5-metilcitozin" označava citozin modifikovan sa metil grupom vezanom za 5’ položaj. 5-metilcitozin je modifikovana nukleobaza.
[0027] "Istovremeno davanje" odnosi se na zajedničko davanje dva farmaceutska sredstva na način u kome farmakološki efekti oba se manifestuju kod pacijenta u isto vreme. Istovremeno davanje ne zahteva da oba farmaceutska sredstva budu davana u jednoj farmaceutskoj kompoziciji, u istom doznom obliku, ili istim načinom davanja. Efekti oba farmaceutska sredstva treba da se manifestiju u isto vreme. Potrebni efekti treba da se preklapaju u toku vremenskom prerioda i ne treba da se nastavljaju jedan na drugi.
[0028] "Davanje" označava obezbeđivanje farmaceutskog sredstva životinji, i obuhvata, ali bez ograničenja davanje od strane medicinskog osoblja i samo-davanje.
[0029] "Ublažavanje" odnosi se na smanjenje, usporavanje, zaustavljanje ili preokretanje bar jednog indikatora ozbiljnosti stanja ili bolesti. Ozbiljnost indikatora može biti određena subjektivnim ili objektivnim merama, koje su dobro poznate osobi iz struke.
[0030] "Životinja" odnosi se na humanu ili nehumanu životinju, uključujući, ali bez ograničenja miševe, pacove, zečeve, pse, mačke, svinje i nehumane primate, uključujući, ali bez ograničenja, majmune i šimpanze.
[0031] "Antitelo" se odnosi na molekul koji se karakteriše specifičnim reagovanjem sa antigenom na neki način, gde antitelo i antigen su svaki definisan pomoću onog drugog. Antitelo može da se odnosi na kompletan molekul antitela ili na bilo koji njegov fragment ili region, kao što je težak lanac, laki lanac, Fab region, i Fc region.
[0032] "Antisens aktivnost" označava bilo koju detektovanu ili merljivu aktivnost koja se može pripisati hibridizaciji antisens jedinjenja sa njegovom ciljanom nukleinskom kiselinom. U izvesnim izvođenjima, antisens aktivnost je pad u količini ili ekspresiji ciljne nukleinske kiseline ili kodiranog proteina sa tom ciljnom nukleinskom kiselinom.
[0033] "Antisens jedinjenje" označava oligomerno jedinjenja koje je u stanju da podlegne hibridizaciji sa nukleinskom kiselinom pomoću vodoničnog vezivanja. Primeri antisens jedinjenja obuhvataju jednolančana i dvolančana jedinjenja, kao što su, antisens oligonukleotidi, siRNKs, shRNKs, ssRNKs, i jedinjenja zasnovana na zauzetosti (engl.occupancy-based compounds).
[0034] "Antisens inhibicija" označava nivoe ciljne nukleinske kiseline u prisustvu antisens jedinjenja komplementarnog sa ciljnom nukleinskom kiselinom u poređenju sa nivoima ciljne nukleinske kiseline ili bez prisustva antisens jedinjenja.
[0035] "Antisens mehanizmi" su svi oni mehanizmi koji uključuju hibridizaciju jedinjenja sa ciljnom nukleinskom kiselinom, gde izlaz ili efekat hibridizacije je ili ciljna degradacija ili ciljna zauzetost sa istovremenim zaustavljanjem ćelijske mašinerije koja uključuje, na primer transkripciju ili splajsovanje.
[0036] "Antisens oligonukleotid" označava jednolančani oligonukleotid koji ima nukleobaznu sekvencu koja dozvoljava hibiridizaciju sa odgovarajućim segmentom ciljne nukleinske kiseline.
[0037] "Komplementarnost baza" odnosi se na kapacitet za precizno bazno sparivanje nukleobaza antisens oligonukleotida sa odgovarajućim nukleobazama u ciljnoj nukleinskoj kiselini (tj. hibiridizaciju), i posredovana je Watson-Crick-ovim, Hoogsteen-ovim ili reverznim Hoogsteen-ovim vodoničnim vezivanjem odgovarajućih nukleobaza.
[0038] "Biciklični šećer" označava furanozni prsten modifikovan premošćavanjem sa dva atoma. Biciklični šećer je modifikovani šećer.
[0039] "Biciklični nukleozid" (takođe BNA) označava nukleozid koji ima šećerni deo koji sadrži premošćavajući deo koji povezuje dva ugljenikova atoma šećernog prstena, na taj način obrazujući bisiklični sistem prstenova. Premošćavajući deo može povezivati 4’-ugljenik i 2’-ugljenik na šećernom prstenu.
[0040] "C9ORF72 antisens transkript" označava transkripte dobijen iz nekodirajućeg lanca (takođe antisens lanca i matričnog lanca) gena C9ORF72. C9ORF72 antisens transkript se razlikuje od kanonski transkribovanog "C9ORF72 sens transkripta", koji je dobijen od kodirajućeg lanca (takođe sens lanca) C9ORF72 gena. C9ORF72 antisens transkript može biti SEQ ID NO: 18.
[0041] " Specifični inhibitor C9ORF72 antisens transkripta " odnosi se na bilo koje sredstvo koje je u stanju da specifično inhibira ekspresiju C9ORF72 antisens transkripta i/ili ili njegove ekspresione proizvode na molekularnom nivou. Kako je ovde korišćeno, "specifično" označava redukovanje ili inhbiranje ekspresije C9ORF72 antisens transkripta bez redukovanja neciljnog transkripta do primetnog stepena (npr., specifični inhibitor C9ORF72 antisens transkripta smanjuje ekspresiju C9ORF72 antisens transkripta, ali ne smanjuje ekspresiju C9ORF72 sens transkripta u značajnom stepenu). C9ORF72 specifični inhibitori antisens transkripta uključuju antisens jedinjenja, siRNKs, aptamere, antitela, peptide, male molekule, i ostala sredstva koja su u stanju da inhibiraju ekspresiju C9ORF72 antisens transkripta i/ili njegovih ekspresionih proizvoda, kao što je C9ORF72 antisens transkript u vezi sa RAN translacionim proizvodima.
[0042] "Bolesti u vezi sa C9ORF72 " označavaju bolesti u vezi sa bilo kojom C9ORF72 nukleinskom kiselinom ili njenim ekspresionim proizvodom. Takve bolesti mogu uključivati neurodegenerativnu bolest. Takva neurodegenerativna bolest može uključivati ALS i FTD. U izvesnim izvođenjima, bolest u vezi sa C9ORF72 je izazvana sa (ili je u vezi sa) ekspanzijom heksanukleotidnog ponovka. U izvesnim izvođenjima, ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka može sadržati GGGGCC, GGGGGG, GGGGGC, ili GGGGCG ponovljene bar 30 puta, više od 30 puta, više od 100 puta, više od 500 puta ili više od 1000 puta.
[0043] "RAN translacioni proizvodi u vezi sa C9ORF72 " označavaju nenormalane peptidne ili dipeptidne polimere prevođene preko RAN translacije (tj., u vezi sa ponavljanjem, i ne-ATG-zavisnom translacijom). U izvesnim izvođenjima, RAN translacioni proizvodi u vezi sa C9ORF72 su bilo koji poli-(glicin-prolin), poli-(glicin-alanin), i poli-(glicin-arginin).
[0044] "C9ORF72 nukleinska kiselina" označava bilo koju nukleinsku kiselinu koja kodira C9ORF72. C9ORF72 nukleinska kiselina može uključivati DNK sekvencu koja kodira C9ORF72, RNK sekvencu transkribovanu iz DNK koja kodira C9ORF72 uključujući genomsku DNK koja sadrži introne i egzone (tj., pre-m-RNK), i m-RNK sekvencu koja kodira C9ORF72. "C9ORF72 m-RNK" označava m-RNK koja kodira C9ORF72 protein.
[0045] " m-RNK varijanta u patogenoj vezi sa C9ORF72 " označava C9ORF72 m-RNK varijantu obrađenu iz C9ORF72 pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak. C9ORF72 pre-m-RNK sadrži heksanukleotidni ponovak kada počinje transkripcija pre-m-RNK u regionu od početnog mesta egzona 1A do početnog mesta egzona 1B, npr., nukleotida 1107 do 1520 genomske sekvence (SEQ ID NO: 2, komplement GENBANK pristupni br. NT_008413.18 skraćen od nukleozida 27535000 do 27565000). U izvesnim izvođenjima, nivo m-RNK varijante u patogenoj vezi sa C9ORF72 je meren da se odredi nivo C9ORF72 pre-m-RNK koji sadrži heksanukleotidni ponovak u uzorku.
[0046] " Specifični inhibitor C9ORF72 " odnosi se na bilo koje sredstvo koje je u stanju da specifično inhibira ekspresiju C9ORF72 m-RNK i/ili C9ORF72 proteina na molekulskom nivou. Na primer, specifični inhibitori C9ORF72 uključuju nukleinske kiseline (uključujući antisens jedinjenja), siRNKs, aptamere, antitela, peptide, male molekule, i ostala sredstva koja su u stanju da inhibiraju ekspresiju C9ORF72 m-RNK i/ili C9ORF72 proteina. Slično, u izvesnim izvođenjima, specifični inhibitori C9ORF72 mogu uticati na druge molekulske procese u životinji.
[0047] " Struktura kape" ili "terminalni ostatak kape" označava hemijsku modifikaciju, koja je ugrađena na bilo kom kraju antisens jedinjenja.
[0048] "cEt" ili "kruti etil" označava biciklični nukleozid koji ima šećerni deo koji sadrži premošćavajući deo koji povezuje 4’-ugljenik i 2’-ugljenik, gde premošćavajući deo ima formulu: 4’-CH(CH3)-O-2’.
[0049] "Kruti etil nukleozid" (takođe cEt nukleozid) označava nukleozid koji sadrži biciklični šećerni deo koji sadrži 4’-CH(CH3)-O-2’ premošćavajući deo.
[0050] "Hemijski različiti region" odnosi se na region antisens jedinjenja koji je na neki način hemijski različiti od drugih regiona istog antisens jedinjenja. Na primer, region koji ima 2’-O-metoksietil nukleozid je hemijski različit od regiona koji ima nukleozide bez 2’-O-metoksietil modifikacija.
[0051] "Himerna antisens jedinjenja" označavaju antisens jedinjenje koje ima bar dva hemijski različita regiona, od koji svaki položaj ima mnoštvo podjedinica.
[0052] "Zajedničko davanje" označava davanje dva ili više farmaceutska sredstva pojedincu. Dva ili više farmaceutskih sredstava mogu biti u pojedinačnoj farmaceutskoj kompoziciji, ili mogu biti u odvojenim farmaceutskim kompozicijama. Svako od dva ili više farmaceutskih sredstava mogu biti davani na isti ili različit način. Istovremeno davanje obuhvata paralelno ili sekvencionalno davanje.
[0053] "Komplementarnost" označava kapacitet sparivanja između nukleobaza prve nukleinske kiseline i druge nukleinske kiseline .
[0054] "Sadrži," "obuhvata," i "sastoji se" se razume da se odnose na uključivanje navedenog koraka ili elementa ili grupe koraka ili elemenata ali ne isključivanje bilo kog drugog navedenog koraka ili elementa ili grupe koraka ili elemenata.
[0055] "Susedne nukleobaze" označavaju nukleobaze neposredno jedne pored druge.
[0056] "Konstruisani" ili"konstruisani za" odnosi se na postupak konstruisanja oligomernog jedinjenja koje je specifično hibridizovano sa odabranim molekulom nukleinske kiselline.
[0057] "Razblaživač" označava sastojak u kompoziciji kome nedostaje farmakološka aktivnost, ali je farmakološki neophodan ili poželjan. Na primer, u lekovima koji su injektovani, razblaživač može biti tečnost, npr rastvor soli.
[0058] "Doza" označava specifičnu količinu farmaceutskog sredstva obezbeđenu u pojedinačnom davanju, ili u specifičnom vremenskom periodu. U izvesnim slučajevima, doza može biti davana u jednom, dva ili više bolusa, tableta, ili injekcija. Na primer, u izvesnim slučajevima gde je pogodno subkutanozno davanje, željena doza zahteva zapreminu koju nije lako dati pojedinačnom injekcijom, prema tome, dve ili više injekcija mogu biti korišćene za postizanje željene doze. U izvesnim slučajevima, farmaceutsko sredstvo je davano infuzijom u produženom vremenskom periodu ili kontinulano. Doze mogu biti navedene kao količina farmaceutskog sredstva po satu, danu, nedelji ili mesecu.
[0059] "Efikasna količina" u kontekstu modulacije aktivnosti ili lečenja ili prevencije stanja označava davanje količine farmaceutskog sredstva subjektu kome je potrebna modulacija, lečenje ili profilaksa ili u pojedinačnoj dozi ili kao deo serije, koja je efikasna za modulaciju tog efekta, ili za lečenje ili profilaksu ili poboljšanje tog stanja. Efikasna količina može varirati među pojedincima u zavisnosti od zdravstvenog i fizičkog stanja pojedinca koji se leči, formulacije kompozicije, procene medicionskog stanja pojedinca, i ostalih relevantih faktora.
[0060] "Efikasnost" označava sposobnost da se proizvede željeni efekat.
[0061] "Ekspresija" uključuje sve funkcije kojima genski kodirana informacija se pretvara u strukture prisutne i koje su operativne u ćeliji. Takve strukture uključuju, ali bez ograničenja na proizvode transkripcije i translacije.
[0062] "Žarište" ili "žarišta" (engl. fucus ili foci) označava nuklearno ili citoplazmatično telo koje sadrži C9ORF72 transkript. U izvesnim izvođenjima, žarište sadrži bar jedan C9ORF72 transkript. U izvesnim izvođenjima, C9ORF72 žarišta sadrži transkripte koji sadrže bilo koji od sledećih heksanukleotidnih ponovaka: GGGGCC, GGGGGG, GGGGGC, i/ili GGGGCG.
[0063] "Potpuno komplementaran" ili "100% komplementaran" označava da svaka nukleobaza prve nukleinske kiseline ima komplementarnu nukleobazu u sekundarnoj nukleinskoj kiselini. Prva nukleinska kiselina može biti antisens jedinjenje i ciljna nukleinska ksielina može biti druga nukleinska kiselina.
[0064] "Gapmer" označva himerno antisens jedinjenje u kome unutrašnji region koji ima mnoštvo nukleozida koji podržavaju H cepanje RNaze je smešten između eksternih regiona koji imaju jedan ili više nukleozida, gde nukleozidi koji čine unutrašnji region su hemijski različiti od nukleozida ili nukleozida koji čine eksterne regione. Unutrašnji region se može nazivati "razmak" i spoljašnji regioni mogu se nazivati "krila."
[0065] "Ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka" označava seriju od šest baza (na primer, GGGGCC, GGGGGG, GGGGCG, ili GGGGGC) koja se ponavlja bar dva puta. U izvesnim izvođenjima, ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka može biti smeštena u intronu 1 C9ORF72 nukleinske kiseline. U izvesnim izvođenjima, patogena ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka obuhvata bar 30, više od 30, više od 100, više od 500, ili više od 1000 ponovaka GGGGCC, GGGGGG, GGGGCG, ili GGGGGC u C9ORF72 nukleinskoj kiseline i u vezi je sa bolešću. U izvesnim izvođenjima, ponavljanja su uzastopna. U izvesnim izvođenjima, ponavljanja su prekinuta sa 1 ili više nukleobaza. U izvesnim izvođenjima, prirodna ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka uključuje 23 ili manje ponovaka GGGGCC, GGGGGG, GGGGCG, ili GGGGGC u C9ORF72 nukleinskoj kiselini. U izvesnim izvođenjima, ponovci su uzastopni. U izvesnim izvođenjima, ponavljanja su prekinuta sa 1 ili više nukelobaza.
[0066] "Hibridizacija" označava sparivanje komplementarnih molekula nukleinske kiseline. Komplementarni molekuli nukleinske kiseline mogu uljučivati, ali bez ograničenja, antisens jedinjenje i ciljnu nukleinsku kiselinu. Molekuli komplementarne nukleinske kiseline mogu uključivati ali bez ograničenja, antisens oligonukleotid i ciljnu nukleinsku kiselinu.
1
[0067] "Identifikovanje životinje koja ima bolest u vezi sa C9ORF72 " označava identifikovanje životinje kod kojoj je dijagnozirana bolest u vezi sa C9ORF72 ili je predisponirana za razvijanje bolesti u vezi sa C9ORF72. Predisponirani pojedinci za razvijanje bolesti u vezi sa C9ORF72 uključuju one koji imaju jedan ili više faktora rizika za razvijanje bolesti u vezi sa C9ORF72 uključujući one koji imaju ličnu ili porodičnu istoriju ili genetičku predispoziciju jedne ili više bolesti u vezi sa C9ORF72. Takva identifikacija može se postići bilo kojim postupkom uključujući procenjivanje medicinske istorije pojedinca i standarnih kliničkih testova ili procene, kao što su genetska testiranja.
[0068] "Odmah pored" označava da nema drugih elemenata između elemenata koji su odmah pored.
[0069] "Pojedinac" označava humanu ili nehumanu životinju izabranu za lečenje ili terapiju.
[0070] "Inhibiranje C9ORF72" označava smanjenje nivo ili ekspresije C9ORF72 m-RNK i/ili proteina. U izvesnim slučajevima C9ORF72 m-RNK i/ili nivoi proteina su inhibiranu u prisustvu antisens jedinjenja koje cilja C9ORF72, uključujući antisens oligonukleotid koji cilja C9ORF72, u odnosu na ekspresiju C9ORF72 m-RNK i/ili nivoa proteina bez prisustva C9ORF72 antisens jedinjenja, kao što je antisens oligonukleotid.
[0071] "Inhibicija ekspresije ili aktivnosti" odnosi se na smanjenje ili blokadu ekspresije ili aktivnosti i neophodno ne ukazuje na ukupnu eliminaciju ekspresije ili aktivnosti.
[0072] "Internukleozidna veza" odnosi se na hemijsku vezu između nukleozida.
[0073] "Vezani nukleozidi" označavaju susedne nukleozide povezane zajedno internukleozidnom vezom.
[0074] "Zaključana nukleinska kiselina" ili "LNA" ili "LNA nukleozidi" označavaju monomere nukleinske kiseline koji imaju premošćavajući deo koji povezuje dva ugljenikova atoma između 4’ i 2’ položaja nukleozidne šećerne jedinice, tako obrazujući biciklični šećer. Primeri takvog bicikličnog šećera uključuju, ali nisu ograničeni na A) α-L-Metilenoksi (4’-CH2-O-2’) LNA, (B) β-D-Metilenoksi (4’-CH2-O-2’) LNA, (C) Etilenoksi(4’-(CH2)2-O-2’) LNA, (D) Aminooksi (4’-CH2-O-N(R)-2’) LNA i (E) Oksiamino (4’-CH2-N(R)-O-2’) LNA, kao što je dole prikazano.
[0075] Kako je ovde korišćeno, LNA jedinjenja uključuju, ali bez ograničenja, jedinjenja koja imaju bar jedan premošćavajući deo između 4’ i 2’ položaja šećera, gde svaki od premošćavajućih delova nezavisno sadrži 1 ili od 2 do 4 vezane grupe nezavisno izabrane od -[C(R1)(R2)]n-, -C(R1)=C(R2)-, -C(R1)=N-, -C(=NR1)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(R1)2-, -S(=O)x-i -N(R1)-; gde: x je 0, 1, ili 2; n je 1, 2, 3, ili 4; svaki R1i R2je, nezavisno, H, zaštitna grupa, hidroksil, C1-C12alkil, supstitusiani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisani C5-C20aril, heterociklični radikal, supstituisani heterociklični radikal, heteroaril, supstituisani heteroaril, C5-C7aliciklični radikal, supstituisani C5-C7aliciklični radikal, halogen, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, acil (C(=O)-H), supstituisani acil, CN, sulfonil (S(=O)2-J1), ili sulfoksil (S(=O)-J1); i svaki J1i J2je, nezavisno, H, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisani C5-C20aril, acil (C(=O)-H), supstituisani acil, heterociklični radikal, supstituisani heterociklični radikal, C1-C12aminoalkil, supstituisani C1-C12aminoalkil ili zaštitne grupe.
[0076] Primeri 4’-2’ premošćavajućih grupa obuhvaćeni u okviru definicije LNA obuhvataju, ali nisu ograničeni na one formule: -[C(R1)(R2)]n-, -[C(R1)(R2)]n-O-, -C(R1R2)-N(R1)-O- or-C(R1R2)-O-N(R1)-. Pored toga, druge premošćavajuće grupe obuhvaćene sa definicijom LNA su 4’-CH2-2’, 4’-(CH2)2-2’, 4’-(CH2)3-2’, 4’-CH2-O-2’, 4’-(CH2)2-O-2’, 4’-CH2-O-N(R1)-2’ i 4’-CH2-N(R1)-O-2’-premošćavajući delovi, gde svaki R1i R2je, nezavisno, H, zaštitna grupa ili C1-C12alkil.
[0077] Takođe obuhvaćeni definicijom LNA prema opisu su LNAs u kojima 2’-hidroksilna grupa ribozilnog šećernog prstena je povezana sa 4’ ugljenikovim atomom šećernog prstena na taj način obrazujući metilenoksi premošćavajući deo da bi se obrazovao biciklični šećerni deo . Premošćavajući deo može biti isto metilenska (-CH2-) grupa koja povezuje 2’ kiseonikov atom i 4’ ugljenikov atom, za koji je korišćen izraz metileneoksi LNA. Pored toga; u slučaju bicikličnih šećernih delova koji imaju etilensku premošćavajuću grupu u ovom položaju, korišćen je izraz etilenoksi (4’-CH2CH2-O-2’) LNA. α -L-metilenoksi (4’-CH2-O-2’), izomer metilenoksi (4’-CH2-O-2’) LNA je takođe obuhvaćen u okviru definicije LNA, koja je ovde korišćena.
[0078] "Neslaganje" ili "nekomplementarnost nukleobaza" odnosi se na slučaj kada nukleobaza prve nukleinske kiseline nije u stanju da se sparuje da odgovarajućom nukleobazom druge ili ciljne nukleinske kiseline.
[0079] "Modifikovana internukleozidna veza" odnosi se na supstituciju ili bilo koji izmenjeni oblik internukleozidne veze (tj., fosfodiestarske internukleozidne veze).
[0080] "Modifikovana nukleobaza" označava bilo koju nukleobazu koja je drugačija od adenina, citozina, guanina, timidina, ili uracila. "Nemodifikovana nukleobaza" označava purinske baze adenin (A) i gvanin (G), i pirimidinske baze timin (T), citozin (C), i uracil (U).
[0081] "Modifikovani nukleozid" označava nukleozid koji ima, nezavisno, modifikovani šećerni deo i/ili modifikovanu nukleobazu.
[0082] "Modifikovani nukleotid " označava nukleotid koji ima, nezavisno, modifikovani šećerni deo, modifikovanu internukleozidnu vezu i/ili modifikovanu nukleobazu.
[0083] "Modifikovani oligonukleotid" označava oligonukleotid koji sadrži bar jednu modifikovanu internukleozidnu vezu, modifikovani šećer i/ili modifikovanu nukleobazu.
[0084] "Modifikovani šećer" označava supstituciju i/ili bilo koji izmenjeni oblik prirodnog šećernog dela.
[0085] "Monomer" označava pojedinačnu jedinicu ili oligomer. Monomeri uključuju, ali bez ograničenja, nukleozide i nukleotide, bilo one koji se javljaju u prironi ili modifikovane.
[0086] "Motiv’ označava uzorak nemodifikovanog i modifikovanog nukleozida u antisens jedinjenju.
[0087] "Prirodni šećerni deo" označava šećerni deo koji se nalazi kod DNK (2’-H) ili RNK (2’-OH).
[0088] "Internukleozidna veza koja se javlja u prirodi " označava 3’ do 5’ fosfodiestarsku vezu.
[0089] "Nekomplementarna nukleobaza" odnosi se na par nukleobaze koje ne obrazuju vodonične veze jedna sa drugom ili na drugi način podržavaju hibridizaciju.
[0090] "Nukleinska kiselina" odnosi se na molekule koji su sastavljeni od monomernih nukleotida. Nukleinska kiselina obuhvata, ali nije ograničena na, ribonukleinske kiseline (RNK), dezoksiribonukleinske kiseline (DNK), jednolančane nukleinske kiseline, dvolančane nukleinske kiseline, male interferirajuće ribonukleinske kiseline (siRNA), i mikroRNAs (miRNA).
[0091] "Nukleobaza" označava heterociklični deo koji je u stanju da se spari sa bazom druge nukleinske kiseline.
[0092] "Nukleobazna komplementarnost" odnosi se na nukleobaze koje su u stanju da se sparuju sa bazama drugih nukleobaza. Na primer, u DNK, adenin (A) je komplementaran sa timinom (T). Na primer, u RNK, adenin (A) je komplementaran sa uracilom (U). Komplementarnost nukleobaza odnosi se nukleobazu antisens jedinjenja koja je u stanju da se sparuje sa bazama nukleobaza njegove ciljne nukleinske kiseline. Na primer, ukoliko je nukleobaza u određenom položaju antisens jedinjenja u stanju da se vodonično veže sa nukleobazom u izvesnim položajima ciljne nukleinske kiseline, zatim se smatra da je položaj vodoničnog vezivanja između oligonukleotida i ciljne nuklinske kiseline komplementaran sa onim nukleobazanog para.
[0093] "Nukleobazna sekvenca" označava redosled uzastopnih nukleobaza nezavisno od bilo kog šećera, veze i/ili modifikacije nukleobaze.
[0094] "Nukleozid" označava nukleobazu povezanu sa šećerom.
[0095] "Nukleozidni mimetik" označava one strukture korišćene da se zameni šećer ili šećer i baza, a ne neophodno i veza u jednom ili više položaja oligomernog jedinjenja kao što su na primer nukleozidni mimetici koji imaju morfolino, cikloheksenil, cikloheksil, tetrahidropiranil, biciklo ili triciklo šećerne mimetike npr., nefuranozne šećerne jedinice. Nukleotidni miketik obuhvata one strukture korišćene za zamenu nukleozida i veze na jednom ili više položaja oligomernog jedinjenja kao što su na primer pepetidne nukleinske kiseline ili morfolino (morfolino povezani sa -N(H)-C(=O)-O-ili drugom nefosfodiestarskom vezom). Šećerni surogat se preklapa sa nešto širim izrazom nukleozidni mimetik ali ima nameru da ukazuje na samo zamenu šećerne jedinice (furanoznog prstena). Tetrahidropiranilni prsteni koji su ovde obezbeđeni su prikazani na primer kao šećerni surogati u kojima furanozna šećerna grupa je zamenjena sa tetrahidropiranilnim sistemom prstena. "Mimetik" se odnosi na grupe koje sadrže zamene za šećer, nukleobazu, i/ili internukleozidnu vezu. Generalno, mimetik je korišćen na mestu šećera ili kombinacije šećer-internukleozidna veza, a nukleobaza je zadržana radi hibridizacije da bi se izabrala meta.
[0096] "Nukleotid" označava nukleozid koji ima fosfatnu grupu koja je kovalentno vezana za šećerni deo nukleozid.
[0097] "Efekat van mete" odnosi se na neželjeni ili štetni biološki efekat koji je u vezi sa modulacijom RNK ili ekspresije proteina gena koji je drugi od nameravane ciljne nukleinske kiseline.
1
[0098] "Oligomerno jedinjenje " ili "oligomer" označava polimer povezanih monomernih podjedinica koje su u stanju da hibridizuju sa bar jednim regionom molekula nukleinske kiseline.
[0099] "Oligonukleotid" označava polimer povezanih nukleozida od kojih svaki može biti modifikovan ili nemodifikovan, nezavisno jedan od drugog.
[0100] "Parenteralno davanje" označava davanje preko injekcije (npr., bolus injekcije) ili infuzije. Parenteralno davanje uključuje subkutanozno davanje, intravensko davanje, intramuskularno davanje, intrarterijsko davanje, intraperitonealno davanje ili intrakranijalno davanje, npr. intratekalno ili intracerebroventrikulano davanje .
[0101] "Peptid" označava molekul koji je obrazovan vezivanjem bar dve aminokiseline amidnim vezama. Bez ograničenja, kao je ovde korišćeno, peptid se odnosi na polipeptid i proteine.
[0102] "Farmaceutsko sredstvo" označava supstancu koja obezbeđuje terapeutski korsit kada se daje pojedincu. Na primer, u izvesnim izvođenjima, antisens oligonukleotid koji cilja u C9ORF72 je farmaceutsko sredstvo.
[0103] "Farmaceutski prihvatljiv derivat " obuhvata farmaceutski prihvatljive soli, konjugate, prolekove ili izomere ovde opisanih jedinjenja.
[0104] "Farmaceutski prihvatljive soli" označava fiziološki i farmaceutski prihvatljive soli antisens jedinjenja, tj., soli koji zadržavaju željenu biološku aktivnost osnovnih oligonukleotida i uz to ne doprinose neželjenim toksikološkim efektima.
[0105] "Fosforotioatna veza" označava vezu između nukleozida gde je fosfodiestarska veza modifikovana zamenom jednog od nepremošćavajućih kiseonikovih atoma sa atomom sumpora. Fosforotioatna veza je modifikovana internukleozidna veza.
[0106] "Deo" označava definisani broj susednih (tj., povezanih) nukleobaza nukleinske kiseline. Deo može biti definisani broj susednih nukleobaza ciljne nukleinske kiseline. Deo može biti definisani broj susednih nukleobaza antisens jedinjenja.
[0107] "Sprečavanje" ili "prevencija" odnosi se na odlaganje ili sprečavanje početka ili razvoja bolesti, poremećaja ili stanja za vremenski period od minuta do dana, nedelja ili meseci ili neograničeno.
[0108] "Prolek" označava terapeutsko sredstvo koje je pripremljeno u neaktivnom obliku koje je pretvoreno u aktivni oblik u okviru njegovog tela ili ćelija dejstvom endogenih enzima ili drugih kliničkih stanja.
[0109] "Profilaktička efikasna količina" odnosi se na količinu farmaceutskog sredsta koje obezbeđuje profilaktičku ili preventivnu korist životinji.
[0110] "Region" je definisan kao deo ciljne nukleinske kiseline koji ima bar jednu prepoznatljivu strukturu, fukciju ili karakteristiku.
[0111] "Ribonukleotid" označava nukleotid koji ima hidroksi na 2’ položaju šećernog dela nukleotida. Ribonukleotidi mogu biti modifikovani sa bilo kojim od različitim supstituentima.
[0112] "Soli" označavaju fiziološki i farmaceutski prihvatljive soli antisens jedinjenja, tj., soli koje zadržavaju željenu biološku aktivnost osnovnih oligonukleotida i ne doprinose uz to neželjenim toksikološkim efektima.
[0113] "Segmenti" su definisani manji pod-delovi u okviru ciljne nukleinske kiseline.
[0114] "Skraćene" ili "okrnjene" verzije antisens oligonukleotida se smatra da imaju jedan, dva ili više izbrisanih nukleozida.
[0115] "Neželjeni efekti" označavaju fiziološke odgovore koji se pripisuju lečenju koja su drugačija od željenih efekata. U izvesnim izvođenjima, neželjeni efekti uključuju, bez ograničenja, reakcije na mestu injektovanja, abnormalnosti u testu funkcije jetre, abnormalnosti funkcije bubrega, toksičnost jetre, bubrežnu toksičnost, anbormalnosti centralnog nervnog sistema i miopatije.
[0116] "Jednolančani oligonukleotid" označava oligonukleotid koji nije hibridizovan sa komplementarnim lancem. "Jednolančani modifikovani oligonuklotid" označava modifikovani oligonukleotid koji nije hibridizovan sa kompmentarnim lancem.
[0117] "Mesta," kako je ovde korišćeno, su definisana kao jedinstveni položaji nukleobaza u okviru ciljane nukleinske kiseline.
[0118] "Sporo napredovanje" označava pad u razvoju bolesti.
[0119] "Specifično hibiridzuje" odnosi se na antisens jedinjenje koje ima dovoljan stepen komplementarnosti između antisens oligonukleotida i ciljne nukleinske kiselinse da bi se izazvao željeni efekat, dok se pokazuje minimalni efekat ili bez efekta na neciljane nukleinske kiseline i pod uslovima u kojima je specifično vezivanje poželjno, tj., pod fiziološkim uslovima u slučaju in vivo testova i terapeutskih lečenja.
[0120] "Strogi uslovi hibridizacije" ili "strogi uslovi" odnose se na uslove u kojima oligomerno jedinejnje će da hibridizuje sa njegovom ciljnom sekvencom, ali sa malim brojem ostalih sekvenci.
[0121] "Subjekat" označava humanu ili nehumanu životinju izabrani izabranu za lečenje ili terapiju.
[0122] "Cilj" odnosi se na protein, čija je modulacija poželjna.
[0123] "Ciljani gen" odnosi se na gen koji kodira metu.
[0124] "Ciljni" ili "ciljani" označava postupak dizajniranja i selekcije antisens jedinjenja koja specifično hibridizuju sa ciljnom nukleinskom ksielinu i izazivaju željeni efekat.
[0125] "Ciljna nukleinska," "ciljana RNK," i "ciljni RNK transkript" i "ciljna nuklearna kiselina" svi označavaju nukleinsku kiselinu koja je u stanju da je cilja antisens jedinjenje.
[0126] "Ciljani region" označava deo ciljne nukleinske kiseline koju cilja jedno ili više antisens jedinjenja.
[0127] "Ciljni segment" označava sekvencu nukleotida ciljne nukleinske kiselnie koju cilja antisens jedinjenje . "5’ ciljno mesto" odnosi se na 5’-most nukleotid ciljnog segmenta. "3’ ciljno mesto" odnosi se na 3’-most nukleotid ciljnog segmenta.
1
[0128] "Terapeutski aktivno jedinjenje" označava količinu farmaceutskog sredstva koje obezbeđuje terapeutski korist pojedincu.
[0129] "Tretiranje" ili "lečenje" ili "treatman" označava davanje kompozicije da bi se postigle promene ili poboljšanja bolesti ili stanja.
[0130] "Nemodifikovane nukleobaze" označavaju purinske baze adenin (A) i gvanin (G), i pirimidinske baze (T), citozin (C), i uracil (U).
[0131] "Nemodifikovani nukleotidi" označava nukleotid koji se sastoji od nukleobaza koje se javljaju u prirodi, šćerenih delova i internukleozidnih veza. Nemodifikovani nukleotid može biti RNK nukleotid (tj. β-D-ribonukleozidi) ili DNK nukleotid (i.e. β-D-dezoksiribonukleozid).
[0132] " Segment ’krila’" označava mnoštvo nukleozida modifikovanih da doprinesu oligonukleotidnim osobinama kao što su pospešena inhibitorana aktivnost, povećani vezujući afinitet za ciljnu nukleinsku kiselinu ili otpornost na degradaciju sa in vivo nukleazama.
Izvesna izvođenja
[0133] Izvesna izvođenja obezbeđuju kompozicije i postupke za smanjenje ukupne C9ORF72 m-RNK i ekspresije proteina.
[0134] Izvesni slučajevi obezbeđuju kompozicije i postupke za smanjenje C9ORF72 patogeno vezanih m-RNK varijanti.
[0135] Ovde su opisani postupci za lečenje, prevenciju, ublažavanje ili usporavanje napredovanja bolesti u vezi sa C9ORF72 kod pojedinca kome je potrebno. Takođe su razmatrani postupci za dobijanje leka za lečenje, prevenciju ili ublažavanja bolesti u vezi sa C9ORF72. Bolesti u vezi sa C9ORF72 uključuju neurodegenerativne bolesti. U izvesnim slučajevima, neurodegenerativne bolesti mogu biti ALS ili FTD. U izvesnim slučajevima, neurodegenerativna bolest može biti porodična ili sporadična.
[0136] Prikazani opisi obezbeđuje sledeća neograničavajuća izvođenja:
Izvođenje 1. Jedinjenje se sastoji od modifikovanih oligonukleotida prema sledećoj formuli ili njegove soli:
1
Izvođenje 2. Kompozicija se sastoji od natrijumove soli modifikovanog oligonukleotida prema sledećoj formuli:
1
Izvođenje 3. Jedinjenje ili kompozicija prema bilo kom od izvođenja 1-2, gde jedinjenje je u stanju da smanji humani C9ORF72 m-RNK ili ekspresiju proteina kod sisara.
Izvođenje 4. Jedinjenje ili kompozicija prema bilo kom od izvođenja 1-2, gde jedinjenje ili kompozicija je u stanju da ublaži bar jedan simptom amiotrofne lateralne skleroze (ALS), frontotemporalne demencije (FTD), kortikobazalnog degeneracionog sindroma (CBD), atipičnog Parkinsonovog sindroma, ili olivopontocerebelarne degeneracije (OPCD).
Izvođenje 5. Jedinjenje ili kompozicija prema izvođenju 4, gde je simptom ALS bilo koji motorni deficit, uznemirenost i denervacija.
Izvođenje 6. Jedinjenje ili kompozicija prema bilo kom od izvođenja 1-2, gde je jedinjenje ili kompozicija u stanju da usporava napredovanje bolesti.
Izvođenje 7. Jedinjenje ili kompozicija prema bilo kom od izvođenja 1-2, gde je jedinjenje ili kompozicija u stanju da produži preživljavanje.
Izvođenje 8. Jedinjenje ili kompozicija prema bilo kom od izvođenja 1-2, gde je jedinjenje ili kompozicija u stanju da smanji RAN translacione proizvode u vezi sa C9ORF72.
1
Izvođenje 9. Jedinjenje ili kompozicija prema bilo kom od izvođenja 1-2, gde je jedinjenje ili kompozicija u stanju da selektivno smanji smanjenje C9ORF72 patogeno vezanih m-RNK varijanti.
Izvođenje 10. Jedinjenje ili kompozicija prema bilo kom od izvođenja 1-2, gde je jedinjenje ili kompozicija u stanju da smanji nuklearna žarišta.
Antisens jedinjenja
[0137] Oligomerna jedinjenja uključuju, ali bez ograničenja, oligonukleotide, oligonukleozide, oligonukleotidne analoge, oligonukleotidne mimetike, antisens jedinjenja, antisens oligonukleotide, i siRNAs. Oligomerno jedinjenje može biti "antisens" za ciljnu nukleinsku kiseline, što znači da je u stanju da podlegne hibiridizaciji sa ciljnom nukleinskom kiselinom preko vodoničnog vezivanja.
[0138] Antisens jedinjenje može imati nukleobaznu sekvencu koja, kada je napisana u 5’ do 3’ smeru, koja sadrži reverzni komplement ciljnog segmenta ciljne nukleinske kiseline u koju je ciljao. Antisens oligonukleotid može imati nukleobaznu sekvencu koja, kada je napisana u 5’ do 3’ smeru, sadrži reverzni komplement ciljnog segmenta ciljne nukleinske kiseline u koju cilja.
[0139] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenje koje cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu je dužine 12 do 30 podejdinica. Drugim rečima, takva antisens jedinjenja su od 12 do 30 povezanih podjedinica. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenje je 8 do 80, 12 do 50, 15 do 30, 18 do 24, 19 do 22, ili 20 povezanih podjedinica. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja su dužine 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, ili 80 povezanih podjedinice, ili opseg definisan sa bilo koje dve vrednosti. U nekim slučajevima antisens jedinjenje je antisens oligonukleotid, i povezane podjedinice su nukleozidi.
[0140] Antisens oligonukleotidi koji ciljaju C9ORF72 nukleinsku kiselinu mogu biti skraćeni ili okrnjeni. Na primer, jedna podjedinica može biti izbrisana od 5’ kraja (5’ skraćivanjem), ili alternativno od 3’ kraja (3’ skraćivanjem). Sraćivanje ili okrnjivanje antisens jedinjenja koje cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu može imati izbrisane dve podjedinice od 5’ kraja, ili alternativno može imati dve pojedinice izbrisane sa 3’ kraja, antisens jedinjenja. Alternativno, izbrisani nukleozid može biti rasut kroz antisens jedinjenje, na primer, u antisens jedinjenju koje ima jedan izbrisani nukleozid sa 5’ kraja i jedan nukleozid izbrisan sa 3’ kraja.
[0141] Kada je dodatna podjedinica prisutna u produženom antisens jedinjenju, dodatna podjedinica može biti smeštena na 5’ ili 3’ kraju antisens jedinjenja. Kada više od dve dodatne podjedinice je prisustno, dodatne podjedinice mogu biti susedne jedna drugoj, na primer u antisens jedinjenju koje ima dve podjedinice dodatne na 5’ kraj (5’ dodavanje), ili alternativno na 3’ kraj (3’ dodavanje), antisens jedinjenja. Alternativno, dodate podjedinice mogu biti rasute kroz antisens jedinjenja, na primer antisens jedinjenje ima jednu podjedinicu dodatu na 5’ kraju i jednu podjedinicu dodatu na 3’ kraju.
[0142] Moguće je da se poveća ili smanji dužina antisens jedinjenja, kao što je antisens oligonukleotid, i/ili uvedu neusklađene baze bez eliminacije aktivnosti. Na primer, u Woolf et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7305-7309, 1992), serije antisens oligonukleotida dužine 13-25 nukleobaza su testirane na njihovu sposobnost da uvedu cepanje ciljnog RNK u injekcionom modelu oocita. Antisens
1
oligonukleotidi dužine 25 nukleobaza sa 8 ili 11 neusklađenih baza blizu krajeva antisens oligonukleotida je bilo u stanju da usmeri specifično cepanje ciljne m-RNK, mada umanjenom stepenu u odnosu na antisens oligonukleotide koji nisu sadržali neslaganje. Slično, ciljano specifično cepanje je postignuto korišćenjem 13 nukleobaza antisens oligonukleotida, uključujući ona sa 1 ili 3 neslaganja.
[0143] Gautschi et al (J. Natl. Cancer Inst. 93:463-471, March 2001) su pokazali sposobnost oligonukleotida koji ima 100% komplementarnost sa bcl-2 m-RNK i koji ima 3 neslaganja prema bcl-xL m-RNK da bi se smanjila ekspresija oba bcl-2 i bcl-xL in vitro i in vivo. Pored toga, ovaj oligonukleotid je prikazao jaku anti-tumornu aktivnost in vivo.
[0144] Maher and Dolnick (Nuc. Acid. Res. 16:3341-3358,1988) su testirali seriju tandem 14 nukleobaznih antisens oligonukleotida, i 28 i 42 nukleobaznih antisens oligonukleotida koji sadrže sekvencu od dva ili tri tandem antisens oligonukleotida, respektivno, na njihovu sposobnost da zaustave translaciju humanog DHFR u zečijem retikulocitnom testu. Svaki od tri 14 nukleobazana antisens oligonukleotida sam je bio u stanju da inhibira translaciju, mada na mnogo skromnijem nivou u odnosu na 28 ili 42 nukleobazana antisens oligonukleotida.
Motivi antisens jedinjenja
[0145] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja ciljaju C9ORF72 nukleinsku kiselinu imaju hemijski modifikovane podjedinice raspoređenje u uzorcima ili motivima, da daju antisens jedinjenjima osobine kao što su poboljšana inhibitorna aktivnost, povećani afinitet vezivanja za ciljne nukleinske kiseline ili otpornost na degradaciju sa in vivo nukleazama.
[0146] Himerna antisens jedinjenja tipično sadrže bar jedan modifikovani region jednjenja tako da daju povećanu otpornost na nukleaznu degradaciju, povećani ćelijski unos, povećanji afinitet vezivanja za ciljanu nukleinsku kiselinu i/ili povećanu inhibitornu aktivnost. Drugi region himernog antisens jedinjenja može opciono služiti kao supstat za celularno endonukleazu RNaze H, koja cepa RNK lanac dupleksa RNK:DNK.
[0147] Antisens jedinjenja koja imaju gapmer motiv se smatraju himernim antisens jedinjenjima. U gapmeru internacionlni region koji ima mnoštvo nukelotida koji podržavaju cepanje Rnaze H je smešteno između spoljašnjih regiona koji imaju mnoštvo nukleotida koji su hemijski različiti od nukleozida unutrašnjeg regiona. U slučaju antisens oligonukleotida koji imaju gapmer motiv, segment ’razmaka’ generalno služi kao supstrat za endonukealzno cepanje, dok segmenti ’krila’ sadrže modifikovane nukleozide. U izvesnim slučajevima, regioni gapmera su diferencirani sa tipovima šećernih motiva koji sadrže svaki različiti region. Tipovi šećernih motiva koji su korišeni za diferencirane regione gapmera mogu u nekim slučajevima uključivati β-D-ribonukleozide, β-D-dezoksiribonukleozide, 2’-modifikovane nukleozide (kao što je 2’-modifikovani nukleozidi mogu uključivati 2’-MOE, i 2’-O-CH3, između ostalog), i modifikovane nukleozide sa bicikličnim šećerom (takvi modifikovani nukleozidi sa bicikličnim šećerom mogu uključivati one koji imaju 4’-(CH2)n-O-2’ premošćavajući deo, gde n=1 ili n=2 i 4’-CH2-O-CH2-2’). Poželjno, svaki određeni region sadrži jednoobrazne šećerne motive. ’Krilo-razmak-krilo’ motiv je često opisan "X-Y-Z", gde "X" predstavlja dužinu 5’ regiona ’krila’ , "Y" predstavlja dužinu regiona ’razmaka’ , i "Z" predstavlja dužinu 3’ regiona ’krila’. Kako je ovde korišćeno, gapmer opisan kao "X-Y-Z" ima konfiguraciju takvu da je segment ’razmaka’ smešten neposredno pored svakog 5’ segmenta ’krila’ i 3’ segmenta ’krila’. Prema tome, ne postoje umetnuti nukleotidi između 5’ segmenta ’krila’ i segmenta ’razmaka’ ili segmenta ’razmaka’ i
2
3’ segmenta ’krila’. Bilo koje od antisens jedinjenja koje je ovde opisano može imati gapmer motiv. U nekim slučajevima, X i Z su isti, u drugim slučajevima oni su različiti. U poželjnom slučaju, Y je između 8 i 15 nukleotida. X, Y ili Z mogu biti bilo koji od 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30 ili više nukleotida. Prema tome, gapmeri ovde opisani uključuju, ali bez ograničenja, na primer 5-10-5, 5-10-4, 4-10-4, 4-10-3, 3-10-3, 2-10-2, 5-9-5, 5-9-4, 4-9-5, 5-8-5, 5-8-4, 4-8-5, 5-7-5, 4-7-5, 5-7-4, ili 4-7-4.
[0148] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenje ima "vingmer" (engl. wingmer) motiv, koji ima konfiguraciju ’krilo-razmak’ ili ’razmak-krilo’ , tj. X-Y ili Y-Z konfiguraciju kao što je gore opisano za gapmer konfiguraciju. Prema tome, ’vingmer’ konfiguracije koje su ovde opisane uključuju, ali bez ograničenja, na primer 5-10, 8-4, 4-12, 12-4, 3-14, 16-2, 18-1, 10-3, 2-10, 1-10, 8-2, 2-13, 5-13, 5-8, ili 6-8.
[0149] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja ciljaju C9ORF72 nukleinsku kiselinu imaju 5-10-5 gapmer motiv.
[0150] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja ciljaju C9ORF72 nukleinsku kiselinu imaju 5-8-5 gapmer motiv.
[0151] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja ciljaju C9ORF72 nukleinsku kiselinu imaju šećerne modifikacije u bilo kom od sledećih uzoraka: eeekkdddddddkkeee, eekkddddddddkkeee, ekddddddddekekeee, kekeddddddddekeke, i ekekddddddddkekee; gde,
e = 2’-O-metoksietil modifikovani nukleozid
d = 2’-dezoksinukleozid, i
k = cEt nukleozid.
[0152] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenje koje cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu ima gapsuženi motiv ’razmaka’. U izvesnim slučajevima, antisens oligonukleotid sa suženim ’razmakom’ koji cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu ima segment ’razmaka’ 9, 8, 7, ili 62’-dezoksinukleotida postavljenih neposredno pored i između segmentata ’krila’ 5, 4, 3, 2, ili 1 hemijski modifikovanih nukleozida. U izvesnim slučajevima, hemijske modifikacije sadrže biciklični šećer. U izvesnim slučajevima, biciklični šećer sadrži 4’ do 2’ premošćavajući deo izabran između : 4’-(CH2)n-O-2’ premošćavajući deo, gde n je 1 ili 2; i 4’-CH2-O-CH2-2’. U izvesnim slučajevima, biciklični šećer se sastoji od 4’-CH(CH3)-O-2’ premošćavajućeg dela. U izvesnim slučajevima, hemijska modifikacija sadrži nebiciklični 2’-modifikovani šećerni deo. U izvesnim slučajevima, nebiciklični 2’-modifikovani šečerni deo sadrži 2’-O-metiletil grupu ili 2’-O-metil grupu.
Ciljne nukleinske kiseline, ciljni regioni i nukleotidne sekvence
[0153] Nukleotidne sekvence koje kodiraju C9ORF72 uključuju, bez ograničenja, sledeći komplement GENBANK pristupni br. NM_001256054.1 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 1), komplement GENBANK pristupni br. NT_008413.18 skraćen od nukleobaza 27535000 do 27565000 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 2), GENBANK pristupni br. BQ068108.1 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 3), GENBANK pristupni br. NM_018325.3 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 4), GENBANK pristupni br. DN993522.1 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 5), GENBANK pristupni br. NM_145005.5 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 6), GENBANK pristupni br. DB079375.1 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 7), GENBANK pristupni br. BU194591.1 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 8), Identifikator sekvence 4141_014_A (uključen ovde kao SEQ ID NO: 9), i identifikator sekvence 4008_73_A (uključen ovde kao SEQ ID NO: 10), i GENBANK pristupni br. NW_001101662.1 skraćen od nukleozida 8522000 do 8552000 (uključen ovde kao SEQ ID NO: 11).
[0154] Razume se da sekvenca navedena u svakoj SEQ ID NO u primerima koji se ovde nalaze je nezavisna od bilo kakvih modifikacija šećernog dela, internukleozidne veze ili nukleobaza. Kao takva, antisens jedinjenja definisana sa SEQ ID NO mogu sadržati, nezavisno, jednu ili više modifikacija šećernih delova, internukleozidne veze ili nukleobaza. Antisens jedinjenja opisana sa Isis brojem (Isis br) ukazuju na kombinaciju nukleobazne sekvence i motiva.
[0155] Ciljni region može biti strukturno definisani region ciljane nukleinske kiseline. Na primer, ciljni region može sadržati 3’ UTR, 5’ UTR, egzon, intron, spoj egzon/intron, kodirajući region, region inicijacije translacije, region terminacije translacije, ili druge definisane regione nukleinske kiseline. Strukturno definisani regioni za C9ORF72 mogu biti dobijeni pomoću pristupnog broja iz baze podataka sekvenci kao što je NCBI. Ciljni region može obuhvatati sekvencu od 5’ ciljnog mesta jednog ciljnog segmenta u okviru ciljnog regiona do 3’ ciljnog mesta drugog ciljnog segmenta u okviru istog ciljnog regiona.
[0156] Ciljanje uključuje određivanje bar jednog ciljnog segmenta za koji antisens jedinjenje hibridizuje, tako da se željeni efekti jave. U izvesnim izvođenjima, željeni efekat je smanjenje u nivoima m-RNK ciljne nukleinske kiseline. U izvesnim izvođenjima, željeni efekt je smanjenje nivoa proteina kodiranih sa ciljnom nukleinskom kiselinom ili fenotipnom promenom u vezi sa ciljnom nukleinskom kiselinom.
[0157] Ciljni region može sadržati jedan ili više ciljnih segmenata. Višestruki ciljni segmenti u okviru ciljnog regiona mogu se preklapati. Alternativno, oni mogu biti nepreklapajući. Ciljni segmenti u okviru ciljnog regiona mogu biti odvojeni sa ne više od oko 300 nukleotida. U izvesnim izvođenjima, ciljni segmenti u okviru ciljnog regiona su odvojeni sa brojem nukleotida koji je, je oko, je veći od, je veći od oko, 250, 200, 150, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20, ili 10 nukleotida na ciljnoj nukleinskoj kiselini, ili je u opsegu definisanog sa bilo koje dve prethodnih vrednosti. Ciljani segmenti u okviru ciljnog regiona mogu biti odvojeni sa jednim ili više. Ili ne više od, ne više od oko, 5 nukleotida na ciljnoj nukleinskoj kiselini. Ciljni segmenti mogu biti susedni. Razmatrani su ciljni regioni definisani sa opsegom koji ima polaznu nukleinsku kiselinu koja je bilo koja od 5’ ciljnih mesta ili 3’ ciljnih mesta ovde navedenih.
[0158] Pogodni ciljni segmenti mogu se naći u okviru 5’ UTR, kodirajućeg regiona, 3’ UTR, introna, egzona, ili egzon/intron spoja. Ciljni segmenti koji sadrže start kodon ili stop kodon su takođe pogodni ciljni segmenti. Pogodni ciljni segment može specifično isključivati izvesne strukturno definisane regione kao što su start kodon ili stop kodon.
[0159] Određivanje pogodnih ciljnih segmenta može uključivati upoređivanje sekvence ciljne nukleinske kiseline sa drugim sekvencama kroz genom. Na primer, BLAST algoritam može biti korišćen da identifikuje regione slične duž različitih nukleinskih kiselina. Ovo upoređivanje može sprečiti odabir sekvenca antisens jedinjenja koje mogu hibridizovati na nespecifični način sa sekvencom koja je drugačija od odabrane ciljne nukleinske sekvence (tj., neciljne sekvence ili sekvence van cilja).
[0160] Mogu biti varijacije u aktivnosti (npr., kao što je definisano procentnom redukcijom nivoa ciljne nukleinske kiseline) antisens jedinjenja u okviru ciljnog regiona. U izvesnim izvođenjima, smanjenje u C9ORF72 m-RNK nivoima je indikativno za inhibiciju C9ORF72 ekspresije. Smanjenja u nivoima C9ORF72 proteina su takođe indikativna za inhbiciju ciljne m-RNK ekspresije. Redukcija u prisustvu proširenih C9ORF72 RNK žarišta je indikativna za inhibiciju C9ORF72 ekspresije. Dalje, fenotipne promene su indikativne za inhibiciju C9ORF72 ekspresije. Na primer, poboljšana motorna funkcija i respiracija mogu biti indikativni za inhibiciju C9ORF72 ekspresije.
Hibridizacija
[0161] Hibidizacija se javlja između antisens jedinjenja ovde opisanog i C9ORF72 nukleinske kiseline. Najobičniji mehanizam hibridizacije uključuje vodonično vezivanje (npr., Watson-Crick-ovo, Hoogsteen-ovo ili reverzno Hoogsteen-ovo vodonično vezivanja) između komplementarnih nukleobaza molekula nukleinskih kiselina.
[0162] Hibridizacija se može javiti pod različitim uslovima. Strogi uslovi su zavisni od sekvence i određeni su prirodom i kompozicijom molekula nukleinske kiseline koja se hibridizuje.
[0163] Postupci određivanja da li se sekvenca specifično hibridizuje sa ciljnom nukleinskom kiselinom je dobro poznata u stanju tehnike. Antisens jedinjenja koja su ovde obezbeđena specifično hibridizuju sa C9ORF72 nukleinskom kiselinom.
Komplementarnost
[0164] Antisens jedinjenje i ciljna nukleinska kiselina su komplementarni jedan sa drugim kada dovoljan broj nukleobaza antisens jedinjenje može da se veže vodoničnom vezom sa odgovarajućim nukleobazama ciljne nukelinske ksieline, tako da se može javiti željeni efekat (npr., antisens inhibicija ciljane nukleinske kiseline, kao što je C9ORF72 nukleinska kiselina).
[0165] Nekomplementarne nukleobaze između antisens jedinjenja i C9ORF72 nukleinske kiseline mogu biti tolerisani uz uslove da antisens jedinjenje ostaje u stanju da specifično hibridizuje ciljnu nukleinsku kiselinu. Pored toga, antisens jedinjenje može hibridizovati preko jednog ili više segmenata C9ORF72 nukleinske kiseline kao što je da interventni ili susedni segmenti nisu uključeni u slučaj hibridizacije (npr., struktura petlje, nesparivanje ili struktura ukosnice).
[0166] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja su ovde obezbeđena, ili specifični njihovi delovi, su ili bar 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, ili 100% komplementarni sa C9ORF72 nukleinskom kiselinom, ciljnim regionom, ciljnim segmentom, ili njihovim specifičnim delovima. Procenat komplementarnosti antisens jedinjenja sa ciljnom nukleinskom kiselinom može biti određen rutinskim postupcima.
[0167] Na primer, antisens jedinjenje u kome 18 od 20 nukleobaza antisens jedinjenja je komplementarno sa ciljnim regionom i prema tome će specifično hibridizovati, će predstavljati 90 procentnu komplementarnost . U ovom primeru, preostale nekomplementarne nukleobaze mogu biti grupisane ili isprepletane sa komplementarnim nukleobazama i nije potrebno da budu uzastopne jedna za drugom ili sa komplementarnim nukleobazama. Kao takva, antisens jedinjenja koja sadrže u dužini 18 nukleobaza imaju 4 (četiri) nekomplementarne nukleobaze koje su okružene sa dva regiona potpune komplementarnosti sa ciljnom nukleinskom kiselinom bi imala 77.8% celokupne komplementarnosti sa ciljnom nukleinskom kiselinom i spadala bi u obim prikazanog opisa. Procenat komplementarnosti antisens jedinjenja sa regionom ciljne nukleinske kiseline može biti određen
2
rutinski korišćenjem BLAST programa (alatke ze pretragu baznog lokalnog poravnavanja) i PowerBLAST programi poznati u stanju tehnike (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649656). Procentna homologija, identičnost sekvence ili komplementarnost, mogu biti određeni sa, na primer,’gap’programom (Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis.), korišćenje podrazumevajućih vrednosti podešavanja, koje koriste algoritam Smith and Waterman (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482489).
[0168] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja su ovde obezbeđena, ili navedeni njegovi delovi, su potpuno komplementarni (tj., 100% komplementarni) sa ciljnom nukleinskom kiselinom, ili navedenim njihovim delovima. Na primer, antisens jedinjenje može biti potpuno komplementarno sa C9ORF72 nukleinskom kiselinom, ili ciljnim regionom, ili ciljnim segmentom ili njenom ciljnom sekvencom. Kako je ovde korišćeno, "potpuno komplementarno" označava da svaka nukleobaza antisens jedinjenja je u stanju da se precizno spari sa bazom odgovarajuće nukleobaze ciljne nukleinske kiseline. Na primer, 20 nukleobaza antisens jedinjenja je potpuno komplementarno sa ciljnom sekvencom koja je duga 400 nukleobaza, toliko duga da je odgovarajući deo od 20 nukleobaza ciljne nukleinske kiseline koje je potpuno komplementaran sa antisens jedinjenjem. Potpuno komplementaran može takođe biti korišćen kao referenca sa specifičnim delom prve i /ili druge nukleinske kiseline. Na primer, nukleobazni deo 20 od 30 nukleobaza antisens jedinjenja može biti "potpuno komplementaran" sa ciljnom sekvencom koja je duga 400 nukleobaza.20 nukleobazni deo od 30 nukleobaza oligonukleotida je potpuno komplementaran sa ciljnom sekvencom ukoliko ciljna sekvenca odgovara 20 nukleobazom delu u kome svaka nukleobaza je komplementarna sa 20 nukleobaznim delom antisens jedinjenja. U isto vreme, celo 30 nukleobazno antisens jedinjenje može ili ne mora biti potpuno komplementarno sa ciljnom sekvencom, u zavisnosti da li preostalih 10 nukleobaza antisens jedinjenja je takođe komplementarno sa ciljnom sekvencom.
[0169] Lokacija nekomplementarne nukleobaze može biti na 5’ kraju ili 3’ kraju antisens jedinjenja. Alternativno, nekomplementarna nukleobaza ili nukleobaze mogu biti unutrašnji deo antisens jedinjenja. Kada dve ili više nekomplementarne nukleobaze su prisutne, one mogu biti susedne (tj., povezane) ili nesusedne. U jednom slučaju, nekomplementarna nukleobaza je smeštena u segment ’krila’ gapmer antisens oligonukleotida.
[0170] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja su, ili su dužine do12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, ili 20 nukleobaza sadrže ne više od 4, ili ne više od 3, ne više od 2, ili ne više od 1 nekomplementarne nukleobaze relativno u odnosu na ciljnu nukleinsku kiselinu, kao što je C9ORF72 nukleinska kiselina, ili njen specifični deo.
[0171] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja su, ili su dužine do 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, ili 30 nukleobaza sadrže ne više od 6, ne više od 5, ne više od 4, ne više od 3, ne više od 2, ili ne više od 1 nekomplementarnih nukleobaza u odnosu na ciljnu nukleinsku kiselinu, kao što je C9ORF72 nukleinska kiselina ili njen specifični deo.
[0172] Antisens jedinjenja koja su ovde opisana uključuju ona koja su komplementarna sa delom ciljne nukleinske kiseline. Kako je ovde korišćeno, "deo" odnosi se na definisani broj uzastopnih (tj. povezanih) nukleobaza u okviru regiona ili segmenta ciljne nukleinske kiseline. "Deo" može takođe da se odnosi na definisani broj susednih nukleobaza antisens jedinjenja. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja, su kompelemntarna sa bar delom od 8 nukleobaza cilnog segmenta. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja su komplementarna sa bar delom od 9 nukleobaza ciljnog segmenta. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja su komplementarna sa bar delom od 10 nukleobaza ciljnog segmenta. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja, su komplementarna sa bar delom 11 nukleobaznog ciljnog segmenta. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja, su komplementarna sa bar delom od 12 nukleobaznog ciljnog segmenta. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja, su komplementarna sa bar delom od 13 nukleobaznog ciljnog segmenta. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja, su komplementarna sa bar delom od 14 nukleobaznog ciljnog segmenta. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja, su komplementarna sa bar delom od 15 nukleobaznog ciljnog segmenta. Takođe razmatrana su antisens jedinjenja koja su komplementarna sa bar 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, ili više delova nukleobaznog ciljnog segmenta, ili opsega definisanog sa bilo koje dve vrednosti.
Identičnost
[0173] Antisens jedinjenja koja su ovde obezbeđena mogu takođe imati procentnu identičnost sa određenom nukleotidnom sekvencom, SEQ ID NO, ili jedinjenjem prikazanim sa specifičnim Isis brojem, ili njenim delom. Kako je ovde korišćeno, antisens jedinjenje je identično sa ovde opisanom sekvencom ukoliko ima istu sposobnost nukleobaznog sparivanja. Na primer, RNK koja sadrži uracil na mestu timidina u opisanoj DNK sekvenci će se smatrati identičnom sa DNK sekvencom, jer oba uracil i timidin se sparuju sa adeninom. Skraćene i produžene verzije ovde opisanih antisens jedinjenja su dobro poznate kao i jedinjenja koja imaju neidentične baze relativno u odnosu na antisens jedinjenja koja su ovde takođe razmatrana. Neidentične baze mogu biti susedne jedna drugoj ili rasute kroz antisens jedinjenje. Procentna identičnost antisens jedinjenja je izračunata prema brojnim bazama koje imaju identično bazno sparivanje u odnosu na sekvencu sa kojom su poređene.
[0174] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja, ili njihovi delovi, su bar 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ili 100% identične sa jednim ili više antisens jedinjenja ili SEQ ID NOs, ili njenim delom, ovde opisanim.
[0175] U izvesnim slučajevima, deo antisens jedinjenja je poređen sa delom jednake dužine ciljne nukleinske kiseline. U izvesnim slučajevima, deo 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, ili 25 nukleobaza je poređen sa delom jednake dužine ciljne nukleinske kiseline.
[0176] U izvesnim slučajevima, deo antisens oligonukleotida je poređen sa delom jednake dužine ciljne nukleinske kiseline. U izvesnim slučajevima, deo 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, ili 25 nukleobaza je poređena sa delom jednake dužine ciljne nukleinske kiseline.
Modifikacije
[0177] Nukleozid je baza-šećer kombinacija. Nukleobazni (takođe poznata kao bazni) deo nukleozida je normalno heterociklični bazni deo. Nukleotidi su nukleozidi koji dalje uključuju fosfatnu grupu koja je kovalentno vezana sa šećernim delom nukleozida. Za one nukleozide koji uključuju pentofuranozilni šećer, fosfatna grupa može biti povezana sa 2’, 3’ ili 5’ hidroksilnim delom šećera. Oligonukleotidi su obrazovani kroz kovalento vezivanje susednog nukleozida za jedan drugi, da bi se obrazovao linearni polimerni oligonukleotid. U okviru oligonukleotidne strukture, fosfatne grupe se uobičajeno pozivaju za obrazovanje internukleozidnih veza oligonukleotida.
[0178] Modifikacije antisens jedinjenja koja obuhvataju supstitucije ili promene na internukleozidnim vezama, šećernim delovima ili nukleobazama. Modifikovana antisens jedinjenja su često poželjna u
2
odnosu na prirodne oblike jer poželjene osobine kao što su na primer, povećani ćelijski unos, povećani afinitet za ciljnu nukleinsku kiselinu, povećana stabilnost u prisustvu nukleaza ili povećanu inhibitornu aktivnost.
[0179] Hemijski modifikovani nukleozidi mogu takođe biti korišćeni da povećaju sposobnost vezivanja skraćenih ili okrnjenih antisens oligonukleotida za njihovu ciljnu nukleinsku sekvencu. Posledično, Uporedivi rezultati mogu često biti dobijeni sa kraćim antisens jedinjenjima koja imaju takve hemijski modifikovane nukleozide.
Modifikovane internukleozidne veze
[0180] Internukleozidna veza koja se javlja u prirodi u RNK i DNK je 3’ do 5’ fosfodiestarska veza. Antisens jedinjenja koja imaju jednu ili više modifikovanih, tj., internukleozidnih veza koja se ne javljaju u prirodi su često izabrane u odnosu na antisens jedinjenja koja imaju internukleozidne veze koje se javljaju u prirodi zbog poželjnih osobina kao što su , na primer, poboljšano preuzimanje od strane ćelije, poboljšani afinitet za ciljne nukleinske kiseline i povećana stabilnost u prisustvu nukleaza.
[0181] Oligonukleotid koji ima modifikovane internukleozidne veze koje uključuju internukleozidne veze koje zadržavaju fosforni atom kao i internukleozidne veze koje nemaju fosforni atom. Odgovarajuće internukleozidne veze koje sadrže fosfor uključuju, ali bez ograničenja, fosfodiestre, fosfotriestre, metilfosfonate, fosforamidat, i fosforotioate. Postupci za dobijanje veza koji sadrže fosfor i koje ne sadrže fosfor su dobro poznati.
[0182] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja ciljaju C9ORF72 nukleinske kiseline sadrže jedan ili više modifikovanih internukleozidnih veza. U izvesnim slučajevima, modifikovane internukleozidne veze su razbacane u antisens jedinjenju. U izvesnim slučajevima, modifikovane internukleozidne veze su fosforotioatne veze. U izvesnim slučajevima, svaka internukleozidna veza antisens jedinjenja je fosforotioatna internukleozidna veza. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja ciljaju C9ORF72 nukleinsku kiselinu sadrže bar jednu fosforodiestarsku vezu i bar jednu fosforotioatnu vezu.
[0183] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja ciljaju C9ORF72 nukleinsku kiselinu imaju internukleozidne veze u bilo kojom od sledećih uzoraka: soooossssssssssooss, sooosssssssssooss, soosssssssssooss, i sosssssssssoooss; gde,
s = fosforotiatna veza, i
o = fosforodiestarska veza.
Modifikovani šećerni delovi
[0184] Antisens jedinjenja mogu ovde da sadrže opciono jedan ili više nukleozida u kojima je šećerna grupa bila modifikovana. Takvi modifikovani šećerni nukleozidi mogu doprineti povećanoj nukleaznoj stabilnosti, povećavajući afinitet vezivanja, ili neke druge biološke osobine antisens jedinjenja. U izvesnim slučajevima, nukleozidi sadrže hemijski modifikovane ribofuranozne prstenaste delove. Primeri hemijski modifikovanih ribofuranoznih prstena uključuju bez ograničavanja, dodavanje naknadnih grupa (uključujući 5’ i 2’ grupe supstituenata, koje premošćavaju negeminalne atome prstena da bi se obrazovale biciklične nukleinske kiseline (BNA), zamena kiseonikovog atoma ribozilnog prstena sa S, N(R), ili C(R1)(R2) (R, R1i R2su svaki nezavisno H, C1-C12alkil ili zaštitna grupa) i njihove
2
kombinacije. Primeri hemijski modifikovanih šećera uključuju 2’-F-5’-metil supstituisani nukleozid (videti PCT međunarodnu prijavu WO 2008/101157 objavljenu 8/21/08 za druge opisane 5’,2’-bis supstituisani nukleozid) ili zamenu kiseonikovog atoma ribozilnog prstena sa S sa daljom supstitucijom u položaju 2’ (videti obajavu U.S. patentne prijave US2005-0130923, objavljene juna 16, 2005) ili alternativno 5’-supstituciju BNA (videti PCT međunarodnu prijavu WO 2007/134181 objavljenu 11/22/07, gde LNA je supstituisan sa na primer 5’-metil ili 5’-vinil grupom).
[0185] Primeri nukleozida koji imaju modifikovani šećerni deo uključuju bez ograničenja nukleozide koji sadrže 5’-vinil, 5’-metil (R ili S), 4’-S, 2’-F, 2’-OCH3, 2’-OCH2CH3, 2’-OCH2CH2F i 2’-O(CH2)2OCH3supstituisane grupe. Supstituent u položaju 2’ može takođe biti izabran između alil, amino, azido, tio, O-alil, O-C1-C10alkil, OCF3, OCH2F, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn), O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn), i O-CH2-C(=O)-N(R1)-(CH2)2-N(Rm)(Rn), gde svaki R1, Rmi Rnje, nezavisno, H ili supstituisani ili nesupstituisani C1-C10alkil.
[0186] Kako je ovde korišćeno, "biciklični nukleozid" odnosi se na modifikovani nukleozid koji sadrži biciklični šećerni deo. Primeri bicikličnih nukleinskih kiselina (BNAs) uključuju bez ograničenja nukleozide koje sadrže premošćavajući deo između 4’ i 2’ ribozilnih atoma prstena. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja koja su ovde obezbeđena uključuju jedan ili više BNA nukleozida gde premošćavajući deo obuhvata jednu od formula: 4’-(CH2)-O-2’ (LNA); 4’-(CH2)-S-2’; 4’-(CH2)2-O-2’ (ENA); 4’CH(CH3)-O-2’ i 4’-CH(CH2OCH3)-O-2’ (i njihove analoge videti U.S. Patent 7,399,845, izdat jula 15, 2008); 4’-C(CH3)(CH3)-O-2’ (i njegove anolge videti PCT/US2008/068922 objavljenu kao WO/2009/006478, objavljenu januara 8, 2009); 4’-CH2-N(OCH3)-2’ (i njihove analoge videti PCT/US2008/064591 objavljenu kao WO/2008/150729, objavljenu decembra 11, 2008); 4’-CH2-ON(CH3)-2’ (videti U.S. patentnu prijavu US2004-0171570, objavljenu septembra 2, 2004); 4’-CH2-N(R)-O-2’, gde R je H, C1-C12alkil, ili zaštitna grupa (videti U.S. patent 7,427,672, objavljen septembra 23, 2008); 4’-CH2-C(H)(CH3)-2’ (videti Chattopadhyaya et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134); i 4’-CH2-C(=CH2)-2’ (i njihovi analozi videti PCT/US2008/066154 objavljen kao WO 2008/154401, objavljen decembra 8, 2008).
[0187] Drugi biciklični nukleozidi su zabeleženi u objavljenoj literaturi (videti na primer: Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(26) 8362-8379; Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372; Elayadi et al., Curr. Opinion Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 5633-5638; Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; U.S. patenti br.: 7,399,845; 7,053,207; 7,034,133; 6,794,499; 6,770,748; 6,670,461; 6,525,191; 6,268,490; U.S. patenti br.: US2008-0039618; US2007-0287831; US2004-0171570; U.S. patentne prijave, serijski brojevi.: 12/129,154; 61/099,844; 61/097,787; 61/086,231; 61/056,564; 61/026,998; 61/026,995; 60/989,574; Međunarodne prijave WO 2007/134181; WO 2005/021570; WO 2004/106356; i PCT međunarodne prijave br.: PCT/US2008/068922; PCT/US2008/066154; i PCT/US2008/064591). Svaka od gore navedenih bicikličnih nukleozida može se dobiti da ima jednu ili više sterohemijskih šećernih konfiguracija koje uključuju na primer α-L-ribofuranozu i β-D-ribofuranozu (videti PCT međunarodnu prijavu PCT/DK98/00393, objavljenu marta 25, 1999 kao WO 99/14226).
2
[0188] Kako je ovde korišćeno, "monociklični nukleozid" odnosi se na nukleozid koji sadrži modifikovane delove koji nisu biciklični delovi. U izvesnim slučajevima, šećerni deo, analog šećernog dela nukleozida može biti modifikovan ili supstituisan u bilo kom položaju.
[0189] Kako je ovde korišćeno, "4’-2’ biciklični nukleozid" ili "4’ do 2’ biciklični nukleozid" odnosi se na biciklični nukleozid koji sadrži furanozni prsten koji sadrži premošćavajući deo koji spaja dva ugljovodonična atoma furanoznog prstena koji spajaju 2’ ugljenikov atom i 4’ ugljenikov atom šećernog prstena.
[0190] U izvesnim slučajevima, biciklični šećerni delovi BNA nukleozida uključuju, ali bez ograničenja, jedinjenja koja imaju bar jedan premošćavajući deo između 4’ i 2’ ugljenikovih atoma pentofuranozil šećernog dela koji uključuje bez organičenja, premošćavajuće delove koji sadrže 1 ili od 1 do 4 povezanih grupa nezavisno izabranih između -[C(Ra)(Rb)]n-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=NRa)-,-C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, i -N(Ra)-; gde: x je 0, 1, ili 2; n je 1, 2, 3, ili 4; svaki Rai Rbje, nezavisno, H, zaštitna grupa, hidroksil, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisani C5-C20aril, heterociklični radikal, supstituisani heterociklični radikal, heteroaril, supstituisani heteroaril, C5-C7alicikličnni radikal, supstituisani C5-C7aliciklični radikal, halogen, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, acil (C(=O)-H), supstituisani acil, CN, sulfonil (S(=O)2-J1), ili sulfoksil (S(=O)-J1); i
[0191] svaki J1i J2je, nezavisno, H, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisani C5-C20aril, acil (C(=O)-H), supstituisani acil, heterociklični radikal, supstituisani heterociklični radikal, C1-C12aminoalkil, supstituisani C1-C12aminoalkil ili zaštitna grupa.
[0192] U izvesnim slučajevima, premošćeni biciklični šećerni deo je, -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(RaRb)-N(R)-O- ili -C(RaRb)-O-N(R)-. U izvesnim slučajevima, premošćavajući deo je 4’-CH2-2’, 4’-(CH2)2-2’, 4’-(CH2)3-2’, 4’-CH2-O-2’, 4’-(CH2)2-O2’, 4’-CH2-O-N(R)-2’ i 4’-CH2-N(R)-O-2’-gde svaki R je, nezavisno, H, zaštitna grupa ili C1-C12alkil.
[0193] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozidi su dalje definisani sa izomernom konfiguracijom. Na primer, nukleozid koji sadrži 4’-(CH2)-O-2’ premošćavajući deo, može biti u α-L konfiguraciji ili u β-D konfiguraciji. Ranije, α-L-metilenoksi BNA su ugrađeni u antisens oligonukleotid koji pokazuje antisens aktivnost (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372).
[0194] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozid uključuje one koji imaju 4’ do 2’ premošćavajući deo gde takvi premošćavajući delovi uključuju bez ograničenja, α-L-4’-(CH2)-O-2’, β-D-4’-CH2-O-2’, 4’-(CH2)2-O-2’, 4’-CH2-O-N(R)-2’, 4’-CH2-N(R)-O-2’, 4’CH(CH3)-O-2’, 4’-CH2-S-2’, 4’-CH2-N(R)-2’, 4’-CH2-CH(CH3)-2’, i 4’-(CH2)3-2’, gde R je H, zaštitna grupa ili C1-C12alkil.
[0195] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozidi imaju formulu:
2
gde:
Bx je heterociklični bazni deo;
-Qa-Qb-Qc- je -CH2-N(Rc)-CH2-, -C(=O)-N(Rc)-CH2-, -CH2-O-N(Rc)-, -CH2-N(Rc)-O- ili-N(Rc)-O-CH2; Rcje C1-C12alkil ili amino zaštitna grupa; i
Tai Tbsu svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa,
fosforni deo ili kovalentna veza sa medijumom nosača.
[0196] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozidi imaju formulu:
gde:
Bx je heterociklični bazni deo;
Tai Tbsu svaki, nezvisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentna veza za medijum nosača;
Zaje C1-C6alkil, C2-C6alkenil, C2-C6alkinil, supstituisani C1-C6alkil, supstituisani C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkinil, acil, supstituisani acil, supstituisani amid, tiol ili supstituisani tiol.
[0197] U jednom slučaju, svaka od supstituisanih grupa, je, nezavisno, mono ili poli supstituisana sa grupama supstituenata nezavisno izabranim između halogen, okso, hidroksil, OJc, NJcJd, SJc, N3, OC(=X)Jc, i NJeC(=X)NJcJd, gde svaki Jc, Jdi Jeje, nezavisno, H, C1-C6alkil, ili supstituisani C1-C6alkil i X je O ili NJc.
[0198] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozidi imaju formulu:
gde:
Bx je heterociklični bazni deo;
Tai Tbsu svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentna veza za medijum nosača;
Zbje C1-C6alkil, C2-C6alkenil, C2-C6alkinil, supstituisani C1-C6alkil, supstituisani C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkinil ili supstituisani acil (C(=O)-).
[0199] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozidi imaju formulu:
2
gde:
Bx je heteroiklični bazni deo;
Tai Tbsu svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentna veza za medijum nosača;
Rdje C1-C6alkil, supstituisani C1-C6alkil, C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkenil, C2-C6alkinil ili supstituisani C2-C6alkinil;
svaki qa, qb, qci qdje, nezavisno, H, halogen, C1-C6alkil, supstituisani C1-C6alkil, C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkenil, C2-C6alkinil ili supstituisani C2-C6alkinil, C1-C6alkoksil, supstituisani C1-C6alkoksil, acil, supstituisani acil, C1-C6aminoalkil ili supstituisani C1-C6aminoalkil;
[0200] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozidi imaju formulu:
gde:
Bx je heterociklični bazni deo;
Tai Tbsu svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentna veza za medijum nosača;
qa, qb, qei qfsu svaki, nezavisno, vodonik, halogen, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C1-C12alkoksi, supstituisani C1-C12alkoksi, OJj, SJj, SOJj, SO2Jj, NJjJk, N3, CN, C(=O)OJj, C(=O)NJjJk, C(=O)Jj, O-C(=O)NJjJk, N(H)C(=NH)NJjJk, N(H)C(=O)NJjJkili N(H)C(=S)NJjJk;
ili qei qfzajedno su =C(qg)(qh);
qgi qhsu svaki, nezavisno, H, halogen, C1-C12alkil ili supstituisani C1-C12alkil.
[0201] Sinteza i dobijanje adenin, citozin, gvanin, 5-metil-citozin, timin i uracil bicikličnih nukleozida koji imaju 4’-CH2-O-2’ premošćavajući deo, zajedno sa njihovom oligomerizacijom, i osobinama prepoznavanja nukleinskih kiselina su opisani (Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630). Sinteza bicikličnih nukleozida je takođe opisana u WO 98/39352 i WO 99/14226.
[0202] Analozi različitih bicikličnih nukleozida koji imaju 4’ do 2’ premošćavajuće grupe kao što su 4’-CH2-O-2’ i 4’-CH2-S-2’, su takođe pripremani (Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222). Dobijanje oligodezoksiribonukleotidnog dupleksa koji sadrži biciklični nukleozid za upotrebu kao supstrati za polimeraze nukleinske kiseline su takođe opisani (Wengel et al., WO 99/14226). Pored toga, sinteza 2’-amino-BNA, novi konformatorno ograničeni visokoafinitetni oligonukleotidni analog je opisan u stanju tehnike (Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039). Pored toga , 2’-amino-i 2’-metilamino-BNA’s su pripremani i termalna stabilnost njihovih dupleksa sa komplementarnim lancima RNK i DNK je ranije zabeležena.
[0203] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozid ima formulu:
gde:
Bx je heterobiciklični bazni deo;
Tai Tbsu svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentna veza za medijum nosača;
svaki qi, qj, qki qlje, nezavisno, H, halogen, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C1-C12alkoksil, supstituisani C1-C12alkoksil, OJj, SJj, SOJj, SO2Jj, NJjJk, N3, CN, C(=O)OJj, C(=O)NJjJk, C(=O)Jj, O-C(=O)NJjJk, N(H)C(=NH)NJjJk, N(H)C(=O)NJjJkili N(H)C(=S)NJjJk; i
qii qjor qli qkzajedno su =C(qg)(qh), gde qgi qhsu svaki, nezavisno, H, halogen, C1-C12alkil ili supstituisani C1-C12alkil.
[0204] Jedan karbociklični biciklični nukleozid koji ima 4’-(CH2)3-2’ premošćavajući deo i alkenil analogni premošćavajući deo 4’-CH=CH-CH22’ je opisan (Frier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443 i Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740). Sinteza i dobijanje karbocikličnog bicikličnog nukleozidnog analoga sa njihovom oligomerizacijom i biohemijskim ispitivanjima je takođe opisana (Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc.2007, 129(26), 8362-8379).
[0205] U izvesnim slučajevima, biciklični nukleozid uključuje, ali bez ograničenja, (A) α-L-metilenoksi (4’-CH2-O-2’) BNA, (B) β-D-metilenoksi (4’-CH2-O-2’) BNA, (C) etilenoksi (4’-(CH2)2-O-2’) BNA, (D) aminooksi (4’-CH2-O-N(R)2’) BNA, (E) oksiamino (4’-CH2-N(R)-O-2’) BNA, (F) metil(metilenoksi) (4’-CH(CH3)-O-2’) BNA (na koji se takođe poziva kao na kruti etil ili cEt), (G) metilen-tio BNA, (H) metilen-amino (4’-CH2-N(R)-2’) BNA, (I) metil karbocikl (4’-CH2-CH(CH3)-2’) BNA, (J) propilen karbociklični BNA, i (K) vinil BNA kao što je dole prikazano.
1
gde Bx je bazni deo i R je, nezavisno, H, zaštitna grupa, C1-C6alkil ili C1-C6alkoksi.
[0206] Kako je ovde korišćeno, izraz "modifikovani tetrahidropiranski nukleozid" ili "modifikovani THP nukleozid" označava nukleozid koji ima šestočlani tetrahidropiranski "šećer" supstituisan sa pentofuranozilnim ostatkom u normalom nukleozidu i može se nazivati kao na surogat šećera. Modifikovani THP nukleozidi uključuju, ali bez ograničenja, ono šta se naziva u stanju tehnike heksitol nukleinska kiselina (HNA), anitol nukleinska kiselina (ANA), manitol nukleinska kiselina (MNA) (videti Leumann, Bioorg. Med. Chem., 2002, 10, 841-854) ili fluoro HNA (F-HNA) koja ima tetrahidropiranilni sistem prstena kao što je dole prikazano.
[0207] U izvesnim slučajevima, šećerni surogati su izabrani da imaju sledeću formulu:
gde:
Bx je heterociklični bazni deo;
T3i T4su svaki, nezavisno, internukleozidna vezujuća grupa koja povezuje tetrahidropiranski nukleozidni analog za oligomerno jedinjenje ili jedan T3i T4je internukleozidna vezujuća grupa koja povezuje tetrahidropiranski nukleozidni analog za oligomerno jedinjenje ili oligonukleotid i drugi T3i T4je H, hidroksilna zaštitna grupa, povezana konjugovana grupa ili 5’ ili 3’-terminalna grupa;
q1, q2, q3, q4, q5, q6i q7su svaki nezavisno, H, C1-C6alkil, supstituisani C1-C6alkil, C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkenil, C2-C6alkinil ili supstituisani C2-C6alkinil; i jedan od Ri i R2je vodonik i drugi je izabran između halogena, supstituisanog ili nesusptituisanog alkoksi, NJ1J2, SJ1, N3,
2
OC(=X)J1, OC(=X)NJ1J2, NJ3C(=X)NJ1J2i CN, gde X je O, S ili NJ1i svaki J1, J2i J3je, nezavisno, H ili C1-C6alkil.
[0208] U izvesnim slučajevima, q1, q2, q3, q4, q5, q6i q7su svaki H. U izvesnim slučajevima, bar jedan od q1, q2, q3, q4, q5, q6i q7je drugačiji od H. U izvesnim slučajevima, bar jedan od q1, q2, q3, q4, q5, q6i q7je metil. U izvesnim slučajevima, THP nukleozidi su obezbeđeni gde jedan od R1i R2je F. U izvesnim slučajevima, R1je fluoro i R2je H; R1je metoksi i R2je H, i R1je metoksietoksi i R2je H.
[0209] U izvesnim slučajevima, šećerni surogati sadrže prstenove koji imaju više od 5 atoma i više od jednog heteroatoma. Na primer nukleozidi koji sadrže morfolino šećerne delove i njihova upotreba u oligomernim jedinjenjima je zabeležena (videti na primer: Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510; i U.S. patenti 5,698,685; 5,166,315; 5,185,444; i 5,034,506). Kako je ovde korišćeno, izraz "morfolino" označava šećerni surogat koji ima sledeću formulu:
[0210] U izvesnim slučajevima, morfolino mogu biti modifikovani, na primer dodavanjem ili menjanjem različitih grupa supstituenata iz gornje morfolino strukture. Takvi šećerni surogati se ovde nazivaju kao "modifikovani morfolino."
[0211] Kombinacije modifikacija su takođe obezbeđene bez ograničenja, kao što su 2’-F-5’-metil supstituisani nukleozidi (videti PCT međunarodna prijava WO 2008/101157 objavljena 8/21/08 za ostale opisane 5’, 2’-bis supstituisani nukleozidi) i zamena kiseonikovog atoma u ribozil prstenu sa S i dalja supstitucija u položaju 2’ (videti obajvu U.S. Patentne prijave US2005-0130923, objavljene juna 16, 2005) ili alternativno 5’-supstituciju biciklične nukleinske kiseline (videti PCT međunarodnu prijavu WO 2007/134181, objavljenu 11/22/07 gde 4’-CH2-O-2’ biciklični nukleozid je dalje supstituisan u položaju 5’ sa 5’-metil ili 5’-vinil grupom). Sinteza i dobijanje karbocikličnih bicikličnih nukleozida zajedno sa njihovom oligomerizacijom i biohemijskim ispitivanjima je takođe opisana (videti na primer., Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc.2007, 129(26), 8362-8379).
[0212] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja sadrže jedan ili više modifikovanih cikloheksenil nukleozida, koji je nukleozid koji ima šestočlani cikloheksenil na mestu pentofuranozil ostatka u nukleozidima koji se javiljaju u prirodi. Modifikovani cikloheksenil nukleozidi uključuju, ali nisu ograničeni na one opisane u stanju tehnike (videti na primer u opšte poznatu, objavljenu PCT prijavu WO 2010/036696, objavljenu aprila 10, 2010, Robeyns et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130(6), 1979-1984; Horváth et al., Tetrahedron Letters, 2007, 48, 3621-3623; Nauwelaerts et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(30), 9340-9348; Gu et al.,, Nukleozida, Nukleotida & Nucleic Acids, 2005, 24(5-7), 993-998; Nauwelaerts et al., Nucleic Acids Research, 2005, 33(8), 2452-2463; Robeyns et al., Acta Crystallographica, Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2005, F61(6), 585-586; Gu et al., Tetrahedron, 2004, 60(9), 2111-2123; Gu et al., Oligonukleotida, 2003, 13(6), 479-489; Wang et al., J. Org. Chem., 2003, 68, 4499-4505; Verbeure et al., Nucleic Acids Research, 2001, 29(24), 4941-4947; Wang et al., J. Org. Chem., 2001, 66, 8478-82; Wang et al., Nukleozida, Nukleotida & Nucleic Acids, 2001, 20(4-7), 785-788; Wang et al., J. Am. Chem., 2000, 122, 8595-8602; obajavljenuPCT prijavu, WO 06/047842; i obajavljenu PCT prijavu WO 01/049687). Izvesni modifikovani cikloheksenilni nukleozdi imaju formulu X.
gde nezavisno za svaki od pomenutih u bar jedanom cikloheksenil nukleozidnom analogu formule X:
Bx je heterociklični bazni deo;
T3i T4su svaki, nezavisno, internukleozidna vezujuća grupa koja povezuje cikloheksenil nukleozidni analog sa antisens jedinjenjem ili jedan T3i T4je internukleozidna vezujuća grupa koja povezuje tetrahidropiranski nukleozidni analog sa antisens jedinjenjem i drugi T3i T4je H, hidroksilna zaštitna grupa, vezana konjugovana grupa, ili 5’-ili 3’-terminalna grupa; i q1, q2, q3, q4, q5, q6, q7, q8i q9su svaki , nezavisno, H, C1-C6alkil, supstituisani C1-C6alkil, C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkenil, C2-C6alkinil, supstituisani C2-C6alkinil ili druge šećerne grupe supstituenata.
[0213] Mnogo drugih monocikličnih, bicikličnih i tricikličnih sistema prstenova je dobro poznato u stanju tehnike i pogodno kao šećerni surogati koji mogu biti korišćeni za modifikovanje nukleozida za ugrađivanje u oligomerna jedinjanja kao što je ovde obezbeđeno (videti na primer revijalni članak: Leumann, Christian J. Bioorg. & Med. Chem., 2002, 10, 841-854). Takvi sistemi prstena podležu različitim dodatnim supstitucijama da bi se dalje poboljšala aktivnost.
[0214] Kako je ovde korišćeno, "2’-modifikovani šećer" označava furanozilni šećer modifikovan u položaju 2’. U izvesnim slučajevima, takve modifkacije uključuju supstituente koji su izabrani između: halida, uključujući, ali bez ograničenja supstituisani i nesupstituisani alkoksi, supstituisani i nesupstituisani tioalkil, supstituisani i nesupstituisani amino alkil, supstituisani i nesupstituisani alkil, supstituisani i nesupstituisani alil, i supstituisani i nesupstituisani alkinil. U izvesnim slučajevima, 2’ modifikacije su izabrane između supstituenata koji uključuju, ali bez ogranilčenja: O[(CH2)nO]mCH3, O(CH2)nNH2, O(CH2)nCH3, O(CH2)nF, O(CH2)bONH2, OCH2C(=O)N(H)CH3, i O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2, gde n i m su od 1 do oko 10. Druge 2’- grupe supstituenata mogu takođe biti izabrane između: C1-C12alkil, supstituisani alkil, alkenil, alkinil, alkaril, aralkil, O-alkaril ili O-aralkil, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, F, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, heterocikloalkil, heterocikloalkaril, aminoalkilamino, polialkilamino, supstituisani silil, RNK cepajuća grupa, reporter grupa, interhalator, grupa za poboljšanje farmako-kinetičkih osobina, ili grupa za poboljšanje farmakodinamičkih antisens jedinjenja, i ostalih supstituenata koji imaju slične osobine. U izvesnim slučajevima, modifikovani nukleozidi sadrže 2’-MOE bočni lanac (Baker et al., J. Biol. Chem., 1997, 272, 11944-12000). Takve 2’-MOE supstitucije je opisano da imaju poboljšani afinitet vezivanja u poređenju sa nemodifikovanim nukleozidima i sa ostalim modifikovanim nukleozidima, kao što su 2’-O-metil, O-propil, i O-aminopropil. Oligonukleotidi koji imaju 2’-MOE supstituent takođe je pokazano da su antisens inhibitori ekspresije gena sa obećavajućim karakteristikama za in vivo upotrebu (Martin, Helv. Chim.
4
Acta, 1995, 78, 486-504; Altmann et al., Chimia, 1996, 50, 168-176; Altmann et al., Biochem. Soc. Trans., 1996, 24, 630-637; and Altmann et al., Nukleozida Nukleotida, 1997, 16, 917-926).
[0215] Kako je ovde korišćeno, "2’-modifikovani" ili "2’-supstituisani" odnosi se na nukleozid koji sadrži šećerni deo koji sadrži supstituent u položaju 2’ drugačijem od H ili OH. 2’-modifikovani nukleozidi, uključuju, ali nisu ograničeni, biciklične nukleozide u kojima premošćavajući deo koji sadrži ugljenikove atome šećernog prstena sadrži povezuje 2’ ugljenik i drugi ugljenik šećernog prstena; i nukleozidi sa nepremošćavajućim 2’supstituentima, kao što su alil, amino, azido, tio, O-alil, O-C1-C10alkil, -OCF3, O-(CH2)2-O-CH3, 2’-O(CH2)2SCH3, O-(CH2)2-O-N(Rm)(Rn), ili O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn), su bili svaki Rmi Rnje, nezavisno, H ili supstituisani ili nesusptituisani C1-C10alkil. 2’-modifikovani nukleozidi mogu dalje sadržati ostale modifikacije, a primer u drugim položajima šećera i/ili nukleobaza.
[0216] Kako je ovde korišćeno, "2’-F" odnosi se na nukleozid koji sadrži šećer koji ima fluoro grupu u položaju 2’ šećernog prstena.
[0217] Kako je ovde korišćeno, "2’-OMe" ili "2’-OCH3", "2’-O-metil" ili "2’-metoksi" svaki se odnosi na nukleozid koji ima šećer koji ima -OCH3grupu u 2’ položaju šećernog prstena.
[0218] Kako je ovde korišćeno, "MOE" ili "2’-MOE" ili "2’-OCH2CH2OCH3" ili "2’-O-metoksietil" svaki se odnosi na nukleozid koji sadrži šećer koji ima -OCH2CH2OCH3grupu u položaju 2’ šećernog prstena.
[0219] Postupci za dobijanje modifikovanih šećera su dobro poznati osobama iz struke. Neki reprezentativni U.S. patenti koji opisuju dobijanje takvih modifikovanih šećera uključuju bez organičenja, U.S.: 4,981,957; 5,118,800; 5,319,080; 5,359,044; 5,393,878; 5,446,137; 5,466,786; 5,514,785; 5,519,134; 5,567,811; 5,576,427; 5,591,722; 5,597,909; 5,610,300; 5,627,053; 5,639,873; 5,646,265; 5,670,633; 5,700,920; 5,792,847 i 6,600,032 i međunarodnu prijavu PCT/US2005/019219, podnetu juna 2, 2005 i objavljenu kao WO 2005/121371 u decembru 22, 2005.
[0220] Kako je ovde korišćeno, "oligonukleotid" odnosi se na jedinjenje koje sadrži mnoštvo povezanih nukleozida. U izvesnim slučajevima, jedan ili više nukleozida je modifikovano. U izvesnim slučajevima, oligonukleotid sadrži jedina ili više ribonukleozida (RNK) i/ili dezoksiribonukleozida (DNK).
[0221] U nukleotidima koji imaju modifikovane šećerne delove, nukleobazni delovi (prirodni, modifikovani ili njihova kombinacija) su održavani za hibridizaciju sa odgovarajućom ciljnom nukleinskom kiselinom.
[0222] U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenja jedan ili više nukleozida koji imaju modifikovane šećerne delove. U izvesnim slučajevima, modifikovani šećerni deo je 2’-MOE. U izvesnim slučajevima, 2’-MOE modifikovani nukleozidi su raspoređeni u gapmer motiv. U izvesnim slučajevima, modifikovani šećerni deo je biciklični nukleozid koji ima premošćavajuću grupu. U izvesnim slučajevima, modifikovani nukleozidi su raspoređeni kroz ’krila’ gapmer motiva.
Kompozicije i postupci za formulisanje farmaceutskih kompozicija
[0223] Antisens oligonukleotidi mogu biti mešani sa farmaceutski prihvatljivim ili inertnim supstancama za dobijanje farmaceutskih kompozicija ili formulacija. Kompozicije i postupci za formulsanje farmaceutskih kompozicija zavisno od brojnih kriterijuma uključuju, ali bez ograničenja, način davanja, stepen bolesti ili dozu koja se daje.
[0224] Antisens jedinjenje koje cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu može biti korišćeno u farmaceutskim kompozicijama kombinovanjem antisens jedinjenja sa pogodnim farmaceutski prihvatljivim razblaživačima ili nosačima. Farmaceutski prihvatljiv razblaživač uključuje fosfatno puferisani rastvor soli (PBS). PBS je razblaživač pogodan za upotrebu u kompozicijama koje se daju parenteralno. Prema tome, u jednom slučaju, u ovde opisanim postupcima je korišćena farmaceutska kompozicija koja sadrži antisens jedinjenje koje cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu i farmaceutski prihvatljiv razblaživač. U izvesnim slučajevima, farmaceutski prihvatljiv razblaživač je PBS. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenje je antisens oligonukleotid.
[0225] Farmaceutske kompozicije koje sadrže antisens jedinjenja obuhvataju bilo koje farmaceutski prihvatljive soli, estre ili soli kao estre, ili bilo koje druge oligonukleotide koji, koji posle davanja životinji, uključujući čoveku, su u stanju da obezbede (direktno ili indirektno) biološki aktivni metabolit ili njegovog ostatak. Prema tome, na primer, opis se takođe odnosi naprihvatljive soli antisens jedinjenja, prolekova, farmaceutski prihvatljivih soli kao što su prolekovi, i ostalih bioekvivalenata. Pogodne farmaceutske prihvatljive soli uključuju, ali bez ograničenja, natrijumove i kalijumove soli.
[0226] Prolek može uključivati ugrađivanje dodatnih nukleozida na jednom ili oba kraja antisens jedinjenja koja su cepana endogenim nukleazama u telu, da bi se obrazovalo antisens jedinjenje.
Konjugovana antisens jedinjenja
[0227] Antisens jedinjenja mogu biti kovalentno povezana sa jednim ili više delova ili konjugata koji pospešuju aktivnost, ćelijsku raspoređenost ili ćelijsko preuzimanje dobijenog antisens oligonukleotida. Tipične konjugovane grupe uključuju holesterolske delove i lipidne delove. Dodatne konjugovane grupe uključuju ugljenehidrate, fosfolipide, biotin, fenazin, folat, fenantridin, antrahinon, akridin, fluorescentne, rodamine, kumarine, i boje.
[0228] Antisens jedinjenja mogu takođe biti modifikovana da imaju jednu ili više stabilizujućih grupa koje su generalno vezana za jedan ili oba kraja antisens jedinjenja da bi se pospešile osobine kao što su, na primer, nukleazna stabilnost. Uključena u stabilizujuće grupe struktura ’kape’. Ove terminalne modifikacije štite antisens jedinjenje koje ima terminalnu nukleinsku kiselinu od egzonukleazne degradacije, i mogu pomoći u davanju i/ili lokalizaciji u okviru ćelije. ’Kapa’ može biti prisutna na 5’-kraju (5’-’kapa’), ili na 3’-kraju (3’-’kapa’), ili može biti prisutna na oba kraja. Strukture ’kape’ dobro poznate u ovoj oblasti uključuju, na primer, invertovane dezoksi abazne ’kape’. Dalje 3’ i 5’-stabilizirajuće grupe koje mogu biti korišćene da ’kapiraju’ jedan ili oba kraja antisens jedinjenja da doprinsu nukleaznoj stabilnosti uključujući one opisane u WO 03/004602 objavljene januara 16, 2003.
Lečenje ćelijskim kulturama i antisens jedinjenjima
[0229] Efekti antisens jedinjenja na nivo aktivnosti ili ekspresije C9ORF72 nukleinskih kiselina može biti testiran in vitro u različitim ćelijskim tipovima. Ćelijski tipovi korišćeni u takvim analizama su dostupnu kod komercijalnih prodavaca (npr. American Type Culture Collection, Manassus, VA; Zen-Bio, Inc., Research Triangle Park, NC; Clonetics Corporation, Walkersville, MD) i kultivisani su prema instrukcijam prodavaca korišćenjem komercijalno dostupnih (npr. Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Ilustrativni ćelijski tipovi uključuju, ali bez ograničenja, HepG2 ćelije, Hep3B ćelije, i primarne hepatocite.
In vitro testiranje antisens oligonukleotida
[0230] Ovde su opisani postupci za lečenje ćelijama sa antisens oligonukleotidima, koji mogu biti modifikovani adekvatno za lečenje sa ostalim antisens jedinjenjima.
[0231] Generalno, ćelije su tretirane sa antisens oligonukleotidima kada ćelije dosežu približno 60-80% konfluence u kulturi.
[0232] Uobičajeno korišćen jedan režim za uvođenje antisens oligonukleotida u kultivisane ćelije uključuju katjonski lipidni trasfekcioni reagens LIPOFECTIN (Invitrogen, Carlsbad, CA). Antisens oligonukleotidi su pomešani sa LIPOFECTIN u OPTI-MEM 1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) da bi se postigla željena krajnja koncentracija antisens oligonukleotida i koncentracija LIPOFECTIN koja je tipično u opsegu 2 do 12 ug/mL po 100 nM antisens oligonukleotida.
[0233] Drugo sredstvo korišćeno za uvođenje antisens oligonukleotida u kultivisanim ćelijama uključuje LIPOFECTAMINE (Invitrogen, Carlsbad, CA). Antisens oligonukleotid je pomešan sa LIPOFECTAMINE u OPTI-MEM 1 redukovanom medijumu za serumu (Invitrogen, Carlsbad, CA) da bi se postigla željena koncentracija antisens oligonukleotida i koncentracija LIPOFECTAMINE koja je tipično u opsegu 2 do 12 ug/mL po 100 nM antisens oligonukleotida.
[0234] Još jedna tehnika korišćena da se unese antisens oligonukleotid u kultivisane ćelije uključuje elektroporaciju.
[0235] Ćelije su tretirane sa antisens oligonukleotidima rutinskim postupcima. Ćelije su tipično sakupljene u toku 16-24 sati posle antisens oligonukleotidnog lečenja, u koje vreme RNK ili nivoi proteina ciljnih nukleinskih kiselina su mereni sa poznatim postupcima u ovoj oblasti i ovde su opisani. Generalno, kada su lečenja izvedena u višestrukim replikatima, prikazani su podaci kao srednja vrednost repilikatnih lečenja.
[0236] Koncentracija antisens oligonukleotida korišćenog varira od ćelijske linije do ćelijske linije. Postupci za određivanje optimalne antisens oligonukleotidne koncentracije za posebne ćelijske linije je dobro poznata u stanju tehnike . Antisens oligonukleotid su tipično korišćeni u koncentracionim opsezima koji su u opsegu 1 nM do 300 nM kada se trasfektuju sa LIPOFECTAMINE-om.
Antisens oligonukleotidi su korišćeni pri višim koncentracijama koje su u opsegu od 625 do 20,000 nM kada su transfektovni korišćenim elektroporacija.
RNK izolacija
[0237] RNK analize mogu biti ozvedena na ćelijskoj RNK ili poli(A)+ m-RNK. Postupci RNK izolacije su dobro poznati u stanju tehnike. RNK je pripremljen pomoću postupaka dobro poznatih u stanju tehnike, na primer, korišćenjem TRIZOL Reagensa (Invitrogen, Carlsbad, CA) prema protokolima preporučenim od proizvođača.
Analiza inhibicije ciljnih nivoa ili ekspresije
[0238] Inhibicija nivoa ili ekspresije C9ORF72 nukleinske kiseline može biti testirana u različitim načinima poznatim u stanju tehnike. Na primer, ciljni nivo nukleinskog kiseline može biti kvantifikovan sa, npr., Northern blot analizama, kompetitivnim lančanim reakcijama polimeraze (PCR), ili kvantitativnim PCR u realnom vremenu. RNK analiza može biti izvedena na ukupnoj ćelijskoj RNK ili poli(A)+ m-RNK. Postupci RNK izolacije su dobro poznati u ovoj oblasti. Northern blot analize su takođe rutinske u stanju tehnike. Kvantitativni PCR u realnom vremenu može biti konvencionalno postignut pomoću komercijalno dostupnih ABI PRISM 7600, 7700, ili 7900 Sequence Detection System, dostupnih iz PE-Applied Biosystems, Foster City, CA i korišćenih prema uputstvima proizvođača.
Kvantitativne PCR u realnom vremenu analize nivoa ciljne RNK
[0239] Kvantifikacija ciljnih RNK nivoa može se postići kvantitativnom PCR u realnom vremenu korišćenjem ABI PRISM 7600, 7700, ili 7900 Sistema za detekciju sekvenci (PE-Applied Biosystems, Foster City, CA) prema upustvima proizvođača. Postupci kvantifikacije u PCR u realnom vremenu su dobro poznati u stanju tehnike.
[0240] Pre PCR u realnom vremenu, izolovana RNK je podvrgnuta reakciji reverzne transkripaze (RT), koja proizvodi komplementarnu DNK (cDNK) koja je zatim korišćena kao substrat PCR u realnom vremenu amplifikaciju. RT i PCR u realnom vremenu reakcije su izvedene sekvencionalno u istom bunarčiću za uzorak. RT i PCR u realnom vremenu reagensi su dobijeni iz Invitrogena (Carlsbad, CA). RT ’real-time’-PCR reakcije su izvedene postupcima dobro poznatim u stanju tehnike .
[0241] Količine ciljnog gena (ili RNK) dobijeni u PCR u realnom vremenu su normalizovane korišćenjem ili ekspresionog nivoa gena čija je ekspresija konstantna, kao što je ciklofilin A, ili kvantifikovanjem ukupne RNK korišćenje RIBOGREEN (Invitrogen, Inc. Carlsbad, CA). Ekspresija ciklofilina A je kvantifikovana u PCR u realnom vremenu, tako što je pokrenuta simultano sa ciljom, multipleksiranjem ili odvojeno. Ukupna RNK je kvantifikovana pomoću RIBOGREEN RNK kvantifikacionog reagensa (Invetrogen, Inc. Eugene, OR). Postupci RNK kvantifikvaije sa RIBOGREEN se uče u Jones, L.J., et al, (Analytical Biochemistry, 1998, 265, 368-374). A CYTOFLUOR 4000 instrument (PE Applied Biosystems) je korišćen za merenje RIBOGREEN fluorescence.
[0242] Probe i prajmeri su napravljeni za hibridizaciju C9ORF72 nukleinske kiseline. Postupci za dizajniranje PCR u realnom vremenu proba i prajmera su dobro poznati u stanju tehnike, i mogu uključivati upotrebu softvera kao što su PRIMER EXPRESS Software (Applied Biosystems, Foster City, CA).
Analiza nivoa proteina
[0243] Antisens inhibicija C9ORF72 nukleinskih kiselina može biti procenjena merenjem nivoa proteina C9ORF72. Nivoi proteina C9ORF72 mogu biti porcenjeni ili kvantifikovani na različite načine dobro poznate u stanju tehnike, kao što su imunoprecipitacija, Western blot analiza (imunoblotovanje), imunosorbentni test sa vezanim enzimom (ELISA), kvantitativni proteinski testovi, testovi proteinske aktivnosti (na primer, testovi aktivnosti kaspaze), imunohistohemijski, imunocitohemijski ili sortiranje ćelija aktiviranih florescencijom (FACS). Antitela koja se usmerena na metu mogu biti identifikovana i dobijena iz različitih izvora, kao što su MSRS katalog antitela (Aerie Corporation, Birmingham, MI), ili mogu biti pripremljena pomoću konvencionalnih postupaka dobijanja monoklonalnih ili poliklonalnih antitela dobro poznatih u stanju tehnike. Antitela korisna za detektovanje mišjeg, pacovskog, majmunskog i humanog C9ORF72 su komercijalno dostupna.
In vivo testiranje antisens jedinjenja
[0244] Antisens jedinjenja, na primer, antisens oligonukleotidi, su testirani na životinajma da bi se procenila njihova sposobnost da inhibiraju ekspresiju C9ORF72 i proizvode fenotipske promene, kao što su, poboljšana motorna funkcija i respiracija. U izvesnim izvođenjima, motorna funkcija je merena pomoću rotacione šipke, jačine stiska, penjanja na šipku, performansi na otvorenom polju, balansnog snopa, testiranja otiska zadnje šape kod životinje. U izvesnim izvođenjima, disanje je mereno sa pletizmografom, invazivnom otpornošću , i merenjem usklađenosti kod životinje. Testiranje može biti izvedeno kod normalne životinje, ili na eksprerimentalnim modelima bolesti . Za davanje životinjama, antisens oligonukleotidi su formulisanu u farmaceutski prihvatljivom razblaživaču, kao što su fosfatno puferisani rastvor soli (PBS) ili artificijelna cerebrospinalna tečnost (aCSF). Davanje uključuje parenteralne načine davanja, kao što su intraperitonealni, intravenski, i subkutanozni, kao i centralni načini davanja kao što su intracerebroventrikularni ili intratekalni. Izračunavanje antisens oligonukleotidne doze i frekvence doziranja je u okiru sposobnosti ljudi iz stuke, i zavisi od faktora kao što su način davanja i masa životinjskog tela. Posle perioda lečenja sa antisens oligonukleotidima, RNK je izolovana iz CNS tkiva ili CSF i merene su promene u ekspresiji C9ORF72 nukleinske kiseline.
Ciljanje C9ORF72
[0245] Antisens oligonukleotid koji je ovde opisan može hibridizovati sa C9ORF72 nukleinskom kiselinom u bilo kom stadijumu obrade RNK. Na primer, ovde su opisani antisens oligonukleotidi koji su komplementarni sa pre-m-RNK ili zrelom m-RNK. Dodatno, antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu hibridizovati sa bilo kojim elementom C9ORF72 nukleinske kiseline. Na primer, ovde su opisani antisens oligonukleotidi koji su komplementarni sa egzonom, intronom, 5’ UTR, 3’ UTR, regionom ponovka, ekspanzijom heksanukleotidnog ponovka, spojem splajsovanja, spojem splasovanja egzon: egzon, utišivačem splajsovanja egzona (ESS), pospešivačem spjasovanja egzona (ESE), egzonom 1a, egzonom 1b, egzonom 1c, egzonom 1d, egzonom 1e, egzonom 2, egzonom 3, egzonom 4, egzonom 5, egzonom 6, egzonom 7, egzonom 8, egzonom 9, egzonom 10, egronom 11, intronom 1, intronom 2, intronom 3, intronom 4, intronom 5, intronom 6, intronom 7, intronom 8, intronom 9, ili intronom 10 C9ORF72 nukleinske kiseline.
[0246] Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu hibridizovati sa svim varijantama C9ORF72. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu selektivno da hibrididzuju sa izvesnim varijanatama C9ORF72. Antisens oligonukleotidi ovde opisani mogu selektivno da hibridizuju sa varjantama C9ORF72 koje sadrže ekspanziju heksanukleotidnih ponovaka. Antisens oligonukleotidi ovde opisani mogu selektivno da hibridizuju sa pre-m-RNK varijantama koje sadrže heksanukleotidne ponovke. U izvesnim izvođenjima, pre-m-RNK varijante C9ORF72 koje sadrže ekspanziju heksanukleotidnih ponovaka uključuju SEQ ID NO: 1-3 i 6-10. U izvesnim izvođenjima, takva ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka sadrži bar 24 ponovka bilo kog od GGGGCC, GGGGGG, GGGGGC, ili GGGGCG.
[0247] Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu inhibirati ekspresiju svih varjanti C9ORF72. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu inhibirati ekspresiju svih varijanti C9ORF72 jednako. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu preferencijalno inhibirati ekspresiju jedne ili više varjanti C9ORF72. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu preferencijelno inhibirati ekspresiju varijanti C9ORF72 koje sadrže ekspanziju heksanukleotidnog ponovka. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu selektivno inhibirati ekspresiju pre-m-RNK varijanti koje sadrže heksanukleotidni ponovak. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu selektivno inhibirati ekspresiju C9ORF72 patogena koji je u vezi sa m-RNK varijantma. U izvesnim izvođenjima, pre-m-RNK varijante C9ORF72 koje sadrže ekspanziju heksanukleotidnih ponovaka uključuju SEQ ID NO: 1-3 i 6-10. U izvesnim izvođenjima, takva ekspanzija heksanukeotidnog ponovka sadrži bar 24 ponovka bilo kog od GGGGCC, GGGGGG, GGGGGC, ili GGGGCG. U izvesnim izvođenjima, ekspanzija heksanukleotidnih ponovaka obrazuje nuklearna žarišta. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu biti korisni za smanjenje nuklearnih žarišta. Nuklearna žarišta mogu biti redukovana u smislu procenata ćelija sa žarištima kao i broja žarišta po ćeliji.
Selektivna inhibicija izvesnih patogeno vezih varijanti
[0248] U izvesnim primerima ovde, set prajmer proba RTS3905 detektuje m-RNK varijantu (npr. NM_001256054.1) obrađenu iz pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak. m-RNK varijanta je obrađena iz pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak (tj. "C9ORF72 patogeno vezana m-RNK varijanta"). Pre-m-RNK sadrži heksanukleotidni ponovak kada transkripcija pre-m-RNK počinje u regionu od startnog mesta egzona 1A do startnog mesta egzona 1B, npr., nukleotida 1107 do 1520 genomske sekvence (SEQ ID NO: 2, komplement GENBANK pristupnog br. NT_008413.18 skraćen od nukleozida 27535000 do 27565000). Oligonukleotidi su napravljeni u ovom regionu da selektivno ciljaju pre-m-RNK varijantu koja sadrži heksanukleotidni ponovak. RTS3905 meri m-RNK proizvod (tj C9ORF72 patogeno vezane m-RNK varijante) pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak i prema tome, meri smanjenje pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak.
C9ORF72 karakteristike
[0249] Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu hibiridizovati sa bilo kojom C9ORF72 varijantom u bilo kom stanju obrade u okviru bilo kog elementa C9ORF72 gena. Na primer, antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu hibridozvati sa egzonom, intronom, 5’ UTR, 3’ UTR, regionom ponovka, ekspanzijom heksanukleotidnog ponovka, spojem splajsovanja, spojem spjasovanja egzon:egzon, utišivačem spjasovanja egzona (ESS), pospešivačem spjasovanja egzona (ESE), egzonom 1a, egzonom 1b, egzonom 1c, egzonom 1d, egzonom 1e, egzonom 2, egzonom 3, egzonom 4, egzonom 5, egzonom 6, egzonom 7, egzonom 8, egzonom 9, egzonom 10, egzonom 11, intron 1, intron 2, intron 3, intron 4, intron 5, intron 6, intron 7, intron 8, intron 9, ili intron 10. Na primer, antisens oligonukleotidi mogu ciljati bilo koje egzone koji su dole karakterisani u tabelama 1-5 za različite dole opisane C9ORF72 varijante. Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani mogu takođe ciljati varijante koje nisu dole karakterisane i takve varijante su karakterisane u GENBANK. Pored toga, antisens oligonukleotidi koji su ovde opsiani mogu takođe ciljati elemente koji su drugačiji od egzona i takvi elementi su karakterisani u GENBANK.
4
Tabela 1
Tabela 2
Tabela 3
Tabela 4
Tabela 5
Izvesne indikacije
[0250] Ovde su opisani postupci lečenja pojedinca koji obuhvataju davanje jedne ili više farmaceutskih kompozicija koje su opisane ovde. U izvesnim slučajevima, pojedinac ima neurodegenerativnu bolest. U izvesnim slučajevima, pojedinac je u riziku od razvijanja neurodegenerativne bolesti, uključujuči, ali bez ograničenja na, ALS ili FTD. U izvesnim slučajevima, pojedinac je identifikovano da ima bolest u vezi sa C9ORF72. U izvesnim slučajevima, ovde su obezbeđeni postupci za proflaktično smanjenje ekspresije C9ORF72 kod pojedinca. Izvesni slučajevi lečenja pojedinca kome je to potrebno davanjem pojedincu terapeutski efikasne količine antisens jedinjenja koje cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu.
[0251] U jednom slučaju, davanje terapeutski efikasne količine antisens jedinjenja koje cilja C9ORF72 nukleinsku kiselinu praćenjem C9ORF72 nivoa kod pojedinca, da bi se odredio odgovor pojedinca na davanje antisens jedinjenja. Odgovor pojedinca na davanje antisens jedinjenja može biti korišćen od strane lekara da se odredi količina i trajanje terapijske intervencije.
[0252] U izvesnim slučajevima, davanje antisens jedinjenja koje je ciljalo u C9ORF72 nukleinsku kiselinu dovodi do smanjenja C9ORF72 ekspresije bar 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 ili 99%, ili opsega definisanog sa bilo koje dve od ovih vrednosti. U izvesnim slučajevima, davanje antisens jedinjenja koje cilja u C9ORF72 nukleinsku kiselinu dovodi do poboljšane motorne funkcije i respiracije životinja. U izvesnim slučajevima, davanje C9ORF72 antisens jedinjenja poboljšava motornu funkciju i respiraciju bar 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 ili 99%, ili opsega definisanog sa bilo koje dve od ovih vrednosti.
[0253] U izvesnim slučajevima, farmaceutske kompozicije koje sadrže antisens jedinjenje koje cilja u C9ORF72 su korišćene za pripremanje leka za lečenje pacijenta koji pati od ili je podložan neurodegenerativnoj bolesti uključujući ALS i FTD.
Izvesne kombinovane terapije
[0254] U izvesnim slučajevima, jedna ili više ovde opisanih farmaceutskih kompozicija se zajedno daje sa jednim ili više drugih farmaceutskih sredstava. U izvesnim slučajevima, takvo jedno ili više farmaceutskih sredstava je označeno za lečenje iste bolesti, poremećaja ili stanja kao jedna ili više farmaceutskih kompozicija koje su ovde opisane. U izvesnim slučajevima, takvo jedno ili više farmaceutskih sredstava je namenjeno za lečenje bolesti, poremećaja ili stanja kao jedna ili više ovde opisanih kompozicija. U izvesnim slučajevima, takvo jedno ili više drugih farmaceutskih sredstava je namenjeno za lečenje neželjenih efekata jedne ili više farmaceutskih kompozicija koje su ovde opisane. U izvesnim slučajevima, jedna ili više ovde opisanih kompozicija je zajedno davana sa drugim farmaceutskim sredstvom za lečenje neželjenih efekata tog drugog farmaceutskog sredstva. U izvesnim slučajevima, jedno ili više farmaceutskih ovde opisanih kompozicija se daje zajedno sa drugim farmaceutskim sredstvom da bi se dobio kombinovani efekat. U izvesnim slučajevima, jedna ili više ovde opisanih kompozicija je zajedno davana sa drugim farmaceutskim sredstvom da se proizvede sinergijski efekat.
[0255] U izvesnim slučajevima, jedna ili više ovde opisanih kompozicija i jedno ili više farmaceutskih sredstava je davano u isto vreme. U izvesnim slučajevima, jedna ili više farmaceutskih kompozicija koje su ovde opisane i jedno ili više drugih farmaceutskih sredstava je davano u različito vreme. U izvesnim slučajevima, jedna ili više farmaceutskih kompozicija koje su ovde opisane i jedna ili više farmaceutskih sredstava je pripremljena zajedno u pojedinačnoj formulaciji. U izvesnim slučajevima, jedna ili više farmaceutskim kompozicija ovde opisanih i jedno ili više drugih farmaceutskih sredstava je pripremljeno odvojeno.
[0256] U izvesnim slučajevima, farmaceutska sredstva koja mogu biti zajedno davana sa farmaceutskom kompozicijom ovde opisanom uključuju Riluzol (Rilutek), Lioresal (Lioresal), i Dekspramipeksol.
[0257] U izvesnim slučajevima, farmaceutska sredstva koja mogu biti zajedno davana sa ovde opisanim C9ORF72 specifičnim inhibitorom, ali nisu ograničena na dodatni C9ORF72 inhibitor.
[0258] U izvesnim slučajevima, farmaceutska sredstva koja mogu biti zajedno davana sa C9ORF72 specifičnim inhibitorom koji je ovde opisan, uključuju, ali bez ograničenja, specifični inhibitor C9ORF72 antisens transkripta. U izvesnim slučajevima, specifični inhibitor C9ORF72 antisens transkripta je antisens jedinjenje. U izvesnim slučajevima, antisens jedinjenje je modifikovani oligonukleotid. U izvesnim slučajevima, modifikovani oligonukleotid je jednolančani.
[0259] U izvesnim slučajevima, zajednički davano farmaceutsko sredstvo je davano pre davanja ovde opisane farmaceutske kompozicije. U izvesnim slučajevima, zajednički davano farmaceutsko sredstvo je davano posle davanje ovde opisane farmaceutske kompozicije. U izvesnim slučajevima zajednički davano farmaceutsko sredstvo je davano u isto vreme kao ovde opisana farmaceutska kompozicija. U izvesnim slučajevima doza zajednički davanog farmaceutskog sredstva je ista kao doza koja bi bila davana da je zajednički davano farmaceutsko sredstvo davano samo. U izvesnim slučajevima doza
4
zajednički davanog farmacetuskog sredstva je niža od doze koja bi bila davana da je zajedničko davano farmaceutsko sredstvo davano samo. U izvesnim slučajevima doza zajednički davanog farmaceutskog sredstva je veća od doze koja bi bila davana da je zajednički davano farmaceutsko sredstvo davano samo.
[0260] U izvesnim slučajevima, zajedničko davanje drugog jedinjenja je pospešilo efekat prvog jedinjenja, tako da je zajediničko davanje jedinjenja dovodi do efekata koji je veći od efekata davanja samo prvog jedinjenja. U drugim slučajevima, zajedničko davanje dovodi do efekata koji su aditivni efektima jedinjenja koja su sama davana. U izvesnim slučajevima, zajedničko davanje dovodi do efekata koji su supra-aditivni efektima jedinjanja kada se daju sama. U izvesnim slučajevima, prvo jedinjenje je antisens jedinjenje. U izvesnim slučajevima, drugo jedinjenje je antisens jedinjenje.
Izvesne komparativne kompozicije
[0261] Ovde opisana jedinjenja mogu biti tolerabilnija od ISIS 576816, ISIS 576974, ISIS 577061, ISIS 577065, i/ili ISIS 577083. ISIS 576816, ISIS 576974, ISIS 577061, ISIS 577065, i ISIS 577083 koja su izabrana kao komparativna jedinjenje jer prikazuju visoke nivoe dozno-zavisne redukcije C9ORF72 m-RNK u različitim ispitivanjima opisanim u WO2014/062691. Prema tome, ISIS 576816, ISIS 576974, ISIS 577061, ISIS 577065, i ISIS 577083 se smatraju visoko efikasnim i jakim jedinjenjima. Dodatno, ISIS 577065, ISIS 577056, i ISIS 576816 opisani u WO2014/062691 su strukturno slični kao ovde opisana jedinjenja. Na primer, ISIS 577065 ima 16 nukleobaza koje se preklapaju ISIS 801287; ISIS 577056 ima 16 nukleobaza koje se prekalapaju sa ISIS 806679; ISIS 576816 ima 18 nukleobaza koje se preklapaju sa ISIS 802473 (18-mer); i ISIS 576816 ima 18 nukleobaza koje se preklapaju sa ISIS 802459.
[0262] ISIS 576816, 5-10-5 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) GCCTTACTCTAGGACCAAGA (uključenu ovde kao SEQ ID NO: 21), gde svaka internukleozidna veza je fosforotioatna veza, svaki citozin je 5-metilcitozin, i svaki nukleozid 1-5 i 16-20 sadrži 2’-O-metoksietil grupu, koja je ranije opisana u WO2014/062691, može biti komparativno jedinjenje. ISIS 576816 postiže srednju vrednost FOB rezultata od 7.00 u ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miševa (videti dole primer 3). Izvesna ovde opisana jedinjenja postižu niži FOB rezultat u sličnom ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miševa (videti primer 2), uključujući ISIS 801287, ISIS 806679, ISIS 802473, i ISIS 802459. Prema tome, izvesna jedinjenja koja su ovde opisana su tolerabilnija od komparativnog jedinjenja ISIS 576816.
[0263] ISIS 576974, 5-10-5 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) GGGACACTACAAGGTAGTAT (uključen ovde kao SEQ ID NO: 56), gde svaka internukleozidna veza je fosforotiatna veza, svaki citozin je 5-metilcitozin, i svaki od nukleozida 1-5 i 16-20 sadrži 2’-O-metoksietil grupu, koja je ranije opisana u WO2014/062691, može biti komparativno jedinjenje. ISIS 576974 postiže srednju vrednost FOB rezultata 5.67 u ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miševa (videti dole primer 3 ). Izvesna jedinjenja koja su ovde opisana postižu niži FOB rezultat u sličnom ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miševa (videti dole primer 2), uključujući ISIS 801287, ISIS 806679, ISIS 802473, i ISIS 802459. Prema tome, izvesna ovde opisana jedinjenja su tolerabilnija nego komparativno jedinjenje ISIS 576974.
[0264] ISIS 577061, 5-10-5 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) TACAGGCTGCGGTTGTTTCC (uključen ovde kao SEQ ID NO: 57), gde svaka internukleozidna veza je fosforotiatna veza, svaki citozin je 5-metilcitozin, i svaki od nukleozida 1-5 i 16-20 sadrži 2’-O-metoksietil grupu, koja je ranije opisana u WO2014/062691, može biti komparatorno jedinjenje. ISIS 577061 postiže srednju vrednost FOB rezultata 7.00 u ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miševa (videti dole primer 3). Izvesna jedinjenja koja su ovde postižu niži FOB rezultat u sličnom ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miša (videti dole primer 2), uključujući ISIS 801287, ISIS 806679, ISIS 802473, i ISIS 802459. Prema tome, izvesna ovde opisana jedinjenja su tolerabilnija u odnosu na komparativno jedinjenje ISIS 577061.
[0265] ISIS 577065, 5-10-5 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) CCCGGCCCCTAGCGCGCGAC (uključen ovde kao SEQ ID NO: 58), gde svaka internukleozidna veza je fosforotioatna veza, svaki citozin je 5-metilcitozin, i svaki od nukleozida 1-5 i 16-20 sadrži 2’-O-metoksietil grupu, koja je ranije opisana u WO2014/062691, može biti komparativno jedinjenje. ISIS 577065 postiže srednju vrednost FOB rezultata 6.00 u ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miša (videti dole primer 3). Izvesna ovde opisana jedinjenja postižu niži FOB rezultat u sličnom ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miša (videti dole primer 2), uključujući ISIS 801287, ISIS 806679, ISIS 802473, i ISIS 802459. Prema tome, izvesna ovde opisana jedinjenja su tolerabilnija od komparativnog jedinjenja ISIS 577065.
[0266] ISIS 577083, 5-10-5 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) GGTAACTTCAAACTCTTGGG (uključen ovde kao SEQ ID NO: 59), gde svaka internukleozidna veza je fosforotioatna veza, svaki citozin je 5-metilcitozin, i svaki od nukleozida 1-5 i 16-20 sadrži 2’-O-metoksietil grupu, koja je ranije opisana u WO2014/062691, može biti komparativno jedinjenje. ISIS 577083 postiže srednju vrednost FOB rezultata 7.00 u ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miša (videti dole primer 3). Izvesna ovde opisana jedinjenja postižu niži FOB rezultat u sličnom ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miša (videti dole primer 2), uključujući ISIS 801287, ISIS 806679, ISIS 802473, i ISIS 802459. Prema tome, izvesna ovde opisana jedinjenja su tolerabilnija od komparativnog jedinjenja ISIS 577083.
[0267] ISIS 577056, 5-10-5 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) AATCTTTATCAGGTCTTTTC (uključen ovde kao SEQ ID NO: 60), gde svaka internukleozidna veza je fosforotioatna veza, svaki citozin je 5-metilcitozin, i svaki od nukleozida 1-5 i 16-20 sadrži 2’-O-metoksietil grupu, koja je ranije opisana u WO2014/062691, može biti komparativno jedinjenje. ISIS 577056 postiže srednju vrednost FOB rezultata 6.5 u ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miša (videti dole primer 3). Izvesna ovde opisana jedinjenja postižu niži FOB rezultat u sličnom ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miša (videti dole primer 2), uključujući ISIS 801287, ISIS 806679, ISIS 802473, i ISIS 802459. Prema tome, izvesna ovde opisana jedinjenja su tolerabilnija od komparativnog jedinjenja ISIS 577056.
Izvesna humana terapeutska sredstva
[0268] Humani C9ORF72 antisens oligonukleotidi ovde opisani su humana terapeutska sredstva. Različiti parametri jačine, efikasnosti i/ili tolerabilnosti su bili ispitivani. Takvi parametri uključuju in vitro inhibiciju ukupne C9ORF72 RNA ekspresije, in vitro inhibiciju ekspresije C9ORF72 patogeno vezane RNK varijante, in vitro dozni odgovor (IC50), in vivo inhibiciju ukupne ili patogene RNK i/ili proteina u transgenoj životinji koja sadrži humani C9ORF72 transgen u relevantim tkivima (npr., mozak i/ili kičmena moždina), tolerabilnost kod miševa, tolerabilnost kod pacova, i/ili tolerabilnost kod primata. Markeri tolerabilnosti koji mogu biti mereni uključuju parametre hemije krvi i seruma, hemijske parametre CSF, mase tela i organa, opšte testove zapažanja i/ili ponašanja kao što su GFAP i/ili AIF1. Akutna ili dugoročna tolerabilnost može biti merena.
4
Izvesne kompozicije
1. ISIS 801287
[0269] ISIS 801287, modifikovani oligonukleotid prema pronalasku, je karakterisan kao 4-8-6 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) GCCCCTAGCGCGCGACTC (uključen ovde kao SEQ ID NO: 33), gde svaki od nukleozida 1-4 i 13-18 su 2’-O-metoksietilribozno modifkovani nukleozidi, i svaki od nukleozida 5-12 su 2’-dezoksinukleozidi, gde internukleozidne veze između nukleozida 2 do 3, 3 do 4, 13 do 14, 14 do 15, i 15 do 16 su fosfodiestarske veze između nukleozida 1 do 2, 4 do 5, 5 do 6, 6 do 7, 7 do 8, 8 do 9, 9 do 10, 10 do 11, 11 do 12, 12 do 13, 16 do 17, i 17 do 18 su fosforotioatna veze, i gde svaki citozin je 5’-metilcitozin.
[0270] ISIS 801287, modifikovani oligonukleotid prema pronalasku, je opisan sledećim hemijskim obeležavanjem: Ges mCeo mCeo mCes mCds Tds Ads Gds mCds Gds mCds Gds mCeo Geo Aeo mCes Tes mCe; gde,
A = adenin,
mC = 5’-metilcitozin
G = gvanin,
T = timin,
e = 2’-O-metoksietilribozno modifikovani šećer
d = 2’-dezoksiribozni šećer,
s = fosforotioatna internukleozidna veza, i
o = fosfodiestarska internukleozidna veza.
[0271] ISIS 801287, modifikovani oligonukleotid prema pronalasku, je opisan sa sledećom hemijskom strukturom ili njegovom soli:
4
Struktura 1. ISIS 801287
[0272] Natrijumova so ISIS 801287, modifikovanog oligonukleotida prema pronalasku, je opisana sa sledećom hemijskom strukturom:
4
Struktura 2. Natrijumova so ISIS 801287
2. ISIS 806679
[0273] U izvesnim slučajevima, ISIS 806679 je karakterisan kao 6-10-4 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) GGTTAATCTTTATCAGGTCT (uključen ovde kao SEQ ID NO: 49), gde svaki od nukleozida 1-6 i 17-20 su 2’-O-metoksietilribozni modifikovani nukleozidi, i svaki od nukleozida 7-16 su 2’-dezoksinukleozida, gde internukleozidne veze između nukleozida 2 do 3, 3 do 4, 4 do 5, 5 do 6, 6 do 7, i 17 do 18 su fosforodiestarske veze i internukleozidne veze između nukleozida 1 do 2, 7 do 8, 8 do 9, 9 do 10, 10 do 11, 11 do 12, 12 do 13, 13 do 14, 14 do 15, 15 do 16, 16 do 17, 18 do 19, i 19 do 20 su fosforotioatna veze, i gde svaki citozin je 5’-metilcitozin.
[0274] U izvesnim slučajevima, ISIS 806679 je opisan sa sledećim hemijskim obelažavanjem: Ges Geo Teo Teo Aeo Aeo Tds mCds Tds Tds Tds Ads Tds mCds Ads Gds Geo Tes mCes Te; gde,
A = adenin,
mC = 5’-metilcitozin
G = gvanin,
4
T = timin,
e = 2’-O-metoksietilribozni modifikovani šećer
d = 2’-dezoksiribozni šećer,
s = fosforotioatna internukleozidna veza, i
o = fosforodiestarska internukleozidma veze.
[0275] U izvesnim slučajevima, ISIS 806679 je opisan sledećom hemijskom strukturom ili njegovom soli:
Struktura 3. ISIS 806679
[0276] U izvesnim slučajevima, natrijumova so ISIS 806679 je opisana sa sledećom hemijskom strukturom:
4
Struktura 4. Natrijumova so ISIS 806679
3. ISIS 802473
[0277] U izvesnim slučajevima, ISIS 802473 je karakterisan kao 4-8-6 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) GCCTTACTCTAGGACCAA (uključen ovde kao SEQ ID NO: 47), gde svaki od nukleozida 1-4 i 13-18 su 2’-O-metoksietilribozno modifkovani nukleozidi, i svaki od nukleozida 5-12 su 2’-dezoksinukleozidi, gde internukleozidne veze između nukleozida 2 do 3, 3 do 4, 13 do 14, 14 do 15, i 15 do 16 su fosfodiestarske veze i internukleozidne veze između nukleozida su 1 do 2, 4 do 5, 5 do 6, 6 do 7, 7 do 8, 8 do 9, 9 do 10, 10 do 11, 11 do 12, 12 do 13, 16 do 17, i 17 do 18 su fosforotioatna veze, i gde svaki citozin je 5’-metilcitozin.
[0278] U izvesnim slučajevima, ISIS 802473 je opisan sa sledećim hemijskim obeležavanjem: Ges mCeo mCeo Tes Tds Ads mCds Tds mCds Tds Ads Gds Geo Aeo mCeo mCes Aes Ae; gde,
A = adenin,
mC = 5’-metilcitozin
G = gvanin,
T = thimin,
e = 2’-O-metoksietilribozni modifikovani šećer
d = 2’-dezoksiribozni šećer,
s = fosforotioatna internukleozidna veza, i
o = fosforodiestarska internukleozidna veza.
[0279] U izvesnim slučajevima, ISIS 802473 je opisan sledećom hemijskom strukturom, ili njenom soli:
Struktura 5. ISIS 802473
[0280] U izvesnim slučajevima, natrijumova so ISIS 802473 je opisana sa sledećom hemijskom strukturom:
1
Struktura 6. Natrijumova so ISIS 802473
4. ISIS 802459
[0281] U izvesnim slučajevima, ISIS 802459 je karakterisan kao 3-10-7 MOE gapmer, ima sekvencu (od 5’ do 3’) GCCTTACTCTAGGACCAAGA (uključen ovde kao SEQ ID NO: 21), gde svaki od nukleozida 1-3 i 14-20 su 2’-O-metoksietilribozno modifikovani nukleozidi, i svaki od nukleozida 4-13 su 2’-dezoksinukleozidi, gde internukleozidne veze između nukleozida 2 do 3, 3 do 4, 14 do 15, 15 do 16, 16 do 17, i 17 do 18 su fosforodiestarse veze i internukleozidne veze između nukleozida su 1 do 2, 4 do 5, 5 do 6, 6 do 7, 7 do 8, 8 do 9, 9 do 10, 10 do 11, 11 do 12, 12 do 13, 13 do 14, 18 do 19, i 19 do 20 su fosforotioatne veze, i gde svaki citozin je 5’-metilcitozin.
[0282] U izvesnim slučajevima, ISIS 802459 je opisan sledećim hemijskim obeležavanjem: Ges mCeo mCeo Tds Tds Ads mCds Tds mCds Tds Ads Gds Gds Aeo mCeo mCeo Aeo Aes Ges Ae; gde,
A = adenin,
mC = 5’-metilcitozin
G = gvanin,
2
T = timin,
e = 2’-O-metoksietilribozni modifikovani šećer
d = 2’-dezoksiribozni šećer,
s = fosforotioatna internukleozidna veza, i
o = fosforodiestarska internukleozidna veza.
[0283] U izvesnim slučajevima, ISIS 802459 je opisan sledećom hemijskom strukturom, ili njenom soli:
Struktura 7. ISIS 802459
[0284] U izvesnim slučajevima, natrijumova so ISIS 802459 je prikazana sa sledećom hemijskom strukturom:
Struktura 8. Natrijumova so ISIS 802459
PRIMERI
Neograničavajući opis
[0285] Dok izvesna jedinjenja, kompozicije i opisani postupci su bili opisani sa specifičnošću prema izvesnim izvođenjima, sledeći primeri će služiti samo da ilustruju ovde opisana jedinjenja i nemaju nameru da iste ograniče.
Primer 1: Antisens oligonukleotidi koji ciljaju humani C9ORF72
[0286] Antisens oligonukleotid u donjoj tabeli su označeni kao MOE gapmeri. Centralni segment ’razmaka’ svakog gapmera koji sadrži 2’-dezoksinukleozide je okružen sa segmentima ’krila’ na oba, 5’ kraju i na 3’ kraju koji sadrže nukleozide gde svaki sadrži 2’-MOE grupu. Specifični motiv svakog gapmera je izlistan dole u tabeli, predstavljen sa tri broja odvojena sa crticama. Brojevi predstavljaju broj nukleozida u 5’-’krilu’, ’razmaku’, i 3’-’krilu’, respektivno. Svi citozin ostaci kroz svaki oligonukleotid su 5-metilcitozini. Internukleozidne veze za gapmere su pomešane fosforotioatne i foforodiestarske veze. Internukleozidne veze za svaki gapmer su predstavljene u koloni veze, gde ’o’ ukazuje na fosfordiestarsku vezu i ’s’ ukazuje na fosforotioatnu vezu.
4
[0287] Svaki antisens oligonukleotid dole dat u tabeli cilja humanu C9ORF72 genomsku sekvencu, obeleženu ovde kao SEQ ID NO: 2 (komplement GENBANK pristupni br. NT_008413.18 skraćen od nukleozida 27535000 do 27565000). "Start mesto" ukazuje na 5’-most nukleozid u koji gapmer ciljao u humanoj genomskoj sekvenci. "Stop mesto" ukazuje na 3’-most nukleozid u koji je gapmer ciljao humanu genomsku sekvencu.
6 lae Tab
k)tava s na (
k)tava(nas
k) atav (nas
Primer 2: Tolerabilnost antisens oligonukleotida koji ciljaju humani C9ORF72 kod miševa
[0288] Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani su testirani na miševima da se proceni tolerabilnost oligonukleotida. Prirodni tip C57/Bl6 miševa je svaki primio pojedinačnu ICV dozu od 700 µg antisens oligonukleotida prikazanog dole u tabeli. Svaka tretirana grupa se sastojala od 4 miša. 3 sata posle injekcije, svaki miš je procenjivan na osnovu 7 različitih kriterijuma.7 kriterijuma su (1) miš je bio vedar, budan i reaguje; (2) miš je stajao ili je ukočen bez stimulanasa; (3) miš je pokazao bilo kakav pokret bez stimulansa; (4) miš je prikazao kretanje ka napred pošto je podignut; (5) miš je pokazao bilo kakve pokret pošto je podignut; (6) miš je odgovorio na štipanje repa; (7) regularno disanje. Za svaki od 7 različitih kriterijuma, svaki miš je bodovan sa 0 ukoliko je ispunjavao kriterijum ili 1 ako nije. Posle procenjivanja svih 7 kriterijuma, bodovi za svakog miša su sabrani i zatim je prikazana srednja vrednost za grupu. Na primer, ukoliko je miš bio vedar, budan i reagovao je 3 sata posle doze 700 µg ICV, i ispunjavao je sve ostale kriterijume, dobiće zbirni rezultat 0. Ukoliko drugi miš nije bio vedar, budan i nije reagova 3 sata posle 700 µg ICV doze, ali je ispunjavao sve ostale kriterijume, imaće rezultat 1. Rezultati su prikazani kao srednja vrednost rezultata za svaku lečenu grupu.
Tabela 7
1
Primer 3: Tolerabilnost oligonukleotida iz WO 2014/062691
[0289] Oligonukleotidi opisani u WO 2014/062691 su testirani u ispitivanju akutne tolerabilnosti kod miševa. Grupe od 3 prirodna tipa C57/Bl6 mišava su tretirane i analizairane kao što je opisano u primeru 2. Testirani oligonukleotidi uključuju one dole prikazane u tabeli koji su 5-10-5 MOE gapmeri sa punom fosforotiatnom osnovnom strukturom i svaki citozin je 5-metilcitozin. Start i Stop mesta na SEQ ID NO: 2 tog svakog oligonukleotida su ciljala kao što je prikazano. Rezultati su prikazani kao srednja vrednost za svaku tretiranu grupu u dole tabeli. Ovi rezultati pokazuju da ISIS 576816, ISIS 576974, ISIS 577061, ISIS 577065, ISIS 577083, i ISIS 577056 su slabo tolerisani.
2
Tabela 8
Tabela 9
Primer 4: Antisens inihhbicija humane C9ORF72 m-RNK varijante u HepG2 ćelijama
[0290] Antisens oligonukleotidi gore opisani su testirani na njihovu efikasnost na C9ORF72 m-RNK in vitro. Kultivisane HepG2 ćelije pri gustini od 20,000 ćelija po bunarčiću su elektroporisane sa antisens oligonukleotidima. Posle perioda lečenja od približno 24 sata, RNK je izolovana iz ćelija i nivoi C9ORF72 m-RNK su mereni kvantitativnom PCR u realnom vremenu. Set nehumanih proba prajmera RTS3905 (napredna sekvenca prajmera GGGTCTAGCAAGAGCAGGTG, ovde označena kao SEQ ID NO: 12; sekvenca reverznog prajmera GTCTTGGCAACAGCTGGAGAT, označana ovde kao SEQ ID NO: 13; sekvenca probe TGATGTCGACTCTTTGCCCACCGC, označena ovde kao SEQ ID NO: 14 -a TAQ-man set prajmer proba) su korišćeni. RTS3905 detektuje m-RNK varijantu (npr. NM_001256054.1) obrađenu od pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak. m-RNK varijanta obrađena iz pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak je ovde "C9ORF72 patogeno vezana m-RNK varijanta." Pre-m-RNK sadrži heksanukleotidni ponovak kada transkripcija pre-m-RNK počinje u regionu od start mesta egzona 1A do start mesta egzona 1B (generalno nukleotida 1107 do 1520 genomske sekvence: SEQ ID NO: 2, komplement GENBANK pristupni br. NT_008413.18 skraćen od nukleozida 27535000 do 2756500. Prema tome, oligonukleotidi označeni u ovom regionu selektivno ciljaju pre-m-RNK varijantu koja sadrži heksanukleotidne ponovke. RTS3905 meri m-RNK proizvod (tj. C9ORF72 patogeno vezanu m-RNK varijantu) pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak i, prema tome meri redukciju pre-m-RNK varijante koja sadrži heksanukleotidni ponovak. Nivoi C9ORF72 patogeno vezane m-RNK varijante su normalizovani u odnosu na ukupni RNK sadržaj ćelije, kao što je mereno RIBOGREEN®, zatim sunormalizovani m-RNK varijantni nivoi poređeni sa onima ćelija koje nisu tretirane sa antisens oligonukleotidima.
Primer 5: Dozno-zavisna antisens inhibicija humane C9ORF72 m-RNK varijante
[0291] Antisens oligonukleotidi koji su ovde opisani su testirani u različitim dozama u HepG2 ćelijama. Ćelije su stavljane na ploču pri gustini od 20,000 ćelija po bunarčiću i elektroporisane sa antisens oligonukleotidom. Posle perioda tretiranja od približno sati ili 24 sata, RNK je izolovan iz ćelija i nivoi C9ORF72 m-RNK su mereni sa kvantitativnom PCR u realnom vremenu. Set humanih C9ORF72 prajmer proba RTS3905 je korišćen za merenje C9ORF72 patogeno vezanih m-RNK varijanti. Nivoi C9ORF72 patogeno vezanih m-RNK varijanti su prilagođeni prema ukupnom RNK sadržaju, kako je mereno od stane RIBOGREEN®. Polovina maksimalne inhibicione koncentracije (IC50) svakog oligonukleotida je izračunata na osnovu inhibicije nivoa m-RNK varijante pri svakoj pojedinačnoj dozi antisens oligonukleotida.
Primer 6: Antisens inhibicija C9ORF72 sa human-rezus unakrsno reaktivnim antisens oligonukleotidom u LLC-MK2 ćelijama
[0292] Gore opisani antisens oligonukleotidi koji su potpuno unakrsno reaktivni sa rezus C9ORF72 nukleinskom kiselinom su testirani na njihove efekte na rezus C9ORF72 m-RNK in vitro. Kultivisane rezus LLC-MK2 ćelije pri gustini od 20,000 ćelija po bunarčiću su elektroporisane sa antisens oligonukleotidom. Posle perioda tretianja od približno 24 sata, RNK je izolovan iz ćelija i C9ORF72 m-RNK nivoi su mereni kvantitativnom PCR u realnom vremenu. Set prajmer proba RTS3750 (napredna sekvenca TGTGACAGTTGGAATGCAGTGA, označan ovde kao SEQ ID NO: 15; reverzna sekvenca GCCACTTAAAGCAATCTCTGTCTTG, označana ovde kao SEQ ID NO: 16; sekvenca probe TCGACTCTTT-GCCCACCGCCA, označena ovde kao SEQ ID NO: 17 -a TAQ-man set prajmer probe) je korišćen za merenje ukupnih nivoa C9ORF72 m-RNK. RTS3750 cilja egzon 2 m-RNK transkripta i prema tome, meri ukupne m-RNK transkripte. C9ORF72 m-RNK nivoi su prilagođeni prema ukupnom RNK sadržaju, kao što je mereno RIBOGREEN®, zatim normalizovani nivoi m-RNK varijante su poređeni sa ovim ćelijama koje nisu tretirane sa antisens oligonukleotidom.
Primer 7: Dozno-zavisna antisens inhibicija humanog C9ORF72 m-RNK u LLC-MK2
[0293] Gore opisani antisens oligonukleotidi su testirani pri različitim dozama u LLC-MK2 ćelijama. Ćelije su stavljene na ploču pri gustini od 20,000 ćelija po bunarčiću i elektroporisane sa antisens oligonukleotidom. Posle perioda tretiranja od približno 16 sati ili 24 sata, RNK je izolovan iz ćelija i C9ORF72 m-RNK nivoi su mereni kvantitativnom PCR u realnom vremenu. Set prajmer proba RTS3750 je korišćen za merenje ukupnih nivoa C9ORF72 m-RNK l. C9ORF72 m-RNK nivoi su podešeni prema ukupnom sadržaju RNK, kako je mereno sa RIBOGREEN®, zatim normalizovani nivoi m-RNK varijanti su poređeni sa onima ćelija koje nisu tretirane sa antisens oligonukleotidom.
Primer 8: Antisens inhibicija humane C9ORF72 m-RNKna modelu transgenog miša
[0294] Gore opisani antisens oligonukleotidi su testirani na dve BAC transgene mišje linije, označene ovde kao C9B41 i C9B183, gde svaka eksprimuje skaraćeni humani C9ORF72 gen koji sadrži egzone 1-5. Skraćeni humani C9ORF72 geni C9B41 i C9B183 mišjih linija sadrže 110 450 heksanukleotidne ponovke, respektivno. Svaki miš u svakoj grupi za tretiranje je primio 350 µg antisens oligonukleotida, a zatim su ekspresioni nivoi humane C9ORF72 RNK alalizirani sa RT-PCR. Dozni odgovori su takođe izvedeni.
Primer 9: Antisens inhibicija C9ORF72 m-RNK u pacijentovim fibroblastima
[0295] Gore opisani antisens oligonukleotidi su testirani na njihove efekte na C9ORF72 m-RNK in vitro. Antisens oligonukleotidi izlisatani dole u tabeli su dodati na ploču pre dodavanja fibroblasta pacijenata F09-152 pri gustini od 20,000 ćelija po bunarčiću. Krajnje koncentracije antisens oligonukleotida posle dodavanja ćelija su izlistane dole u tabeli. Posle 30 sekundi mućkanja, ćelije su elektroporisane i zatim premeštene na obložene Primaria ploče za kulture. Posle 16 sati, RNK je izolovana iz ćelija, i nivoi ukupne C9ORF72 m-RNK (tj., m-RNK koja počinje od egzona 1A i m-RNK polazeći od egzona 1B) i nivoi
4
patogeno vezane m-RNK (videti primer 4) su mereni sa RT-qPCR. Setovi humanih prajmer proba RTS 3750 (videti primer 6) i RTS3905 (videti primer 4) su korišćeni da se detektuje ukupno C9ORF72 m-RNK i C9ORF72 patogeno vezanih m-RNK, respektivno. Nivoi C9ORF72 ukupne m-RNK i C9ORF72 patogeno vezanih m-RNK su normalizovani prema ukupnom sadržaju RNK ćelije, kako je mereno sa RIBOGREEN®, zatim normalizovani nivoi m-RNK su poređeni sa onim ćelija koje nisu tretirane sa antisens oligonukleotidima. Rezultati su prikazani dole u tabeli. Ulaz "nd" označva nije određeno. IC50vrednosti navedene kao "nd" nisu određene, jer meta nije dovoljno uspešno inhibirana za određivanje IC50. Rezultati prikazuju da svi oligonukleotidi izlistani dole inhibiraju patogeno vezanu C9ORF72 m-RNK varijantu. Oligonukleotidi koji specifično ne ciljaju ponovljenu varijantu pre-m-RNK inihibiraju oboje patogeno vezani C9ORF72 m-RNK i ukupni C9ORF72 m-RNK. Oligonukleotidi koji specifično ciljaju ponovljenu varjantu pre-m-RNK selektivno inhibiranu patogeno vezanu C9ORF72 m-RNK.
Tabela 10
Primer 10: Antisens inhibicija humanog C9ORF72 m-RNK na modelu transgenog miša
[0296] Antisens oligonukleotid koji je gore opisan je testiran u BAC liniji transgenog miša, C9B41 (videti primer 8), koji eksprimuje humani C9ORF72 gen koji sadrži promoter region kroz egzon 5 i 110 heksanukleotidnih ponovke. Svaka grupa za tretiranje se sastojala od 2-3 miša. Svaki miš koji je primio jedan ICVB od 350 µg antisens oligonukleotid izlistan dole u tabelama ili PBS. Dve nedelje kasnije, miševi su eutanizirani, i ekspresioni nivoi humane patogeno vezane C9ORF72 m-RNK varijante i/ili ukupni human C9ORF72 m-RNK su analizirani sa RT-qPCR kao što je opisano u primeru 9. Analiza nivoa patogeno vezane C9ORF72 varijante m-RNK nije završena za oligonukleotide koji specifično ne ciljaju C9ORF72 ponovak varijante pre-m-RNK. Rezultati dole u tablema pokazuju srednju vrednost procenta hormalizovanih humanih C9ORF72 m-RNK nivoa u odnosu na normalizovanu srednju vrednost za PBS tretiranu grupu.
Tabela 11
(nastavak)
Tabela 12
Primer 11: Dozno zavisna antisens inhibicija humane C9ORF72 m-RNK na transgenom modelu miša
[0297] Gore opisan antisens oligonukleotid je testiran na dve BAC linije transgenog miša, C9B41 i C9B183, koji svaki eksprimuje skraćeni humani C9ORF72 gen koji sadrži egzone 1-5. Skraćeni humani C9ORF72 geni C9B41 i C9B183 mišjih linija sadrže 110 i 450 heksanukleotisnih ponovaka, respektivno (videti primer 8). Svaka tretirana grupa se sastojala od 2-4 miša. Svaki miš je primio pojedinačno ICVB 30 µg, 100 µg, 300 µg, ili 700 µg antisens oligonukleotida koji su izlistani dole u tabelama ili PBS. Dve nedelje kasnije, miševi su eutanizirani i ekspresioni nivoi humane patogeno vezane C9ORF72 m-RNK varijante i/ili ukupni humani C9ORF72 m-RNK su analizirani sa RT-qPCR kao što je opisano u primeru 9. Rezultati u donjim tabelama pokazuju da srednja vrednost procenta normalizovanih nivoa humane C9ORF72 m-RNK u odnosu na normalizovanu srednju vrenost za PBS treatirane grupe. Vrednost 100 ili veća označava da antisens oligonukleotid ne smanjuje m-RNK ili povećava količinu m-RNK.
Tabela 13
Tabela 14
Primer 12: Tolerabilnost antisens oligonukleotida koji ciljaju humani C9Orf72 kod miševa
[0298] Divlji tip C57/B16 miševa od kojih je svaki primio pojedinačnu ICV dozu od 700 µg antisens oligonukleotida izlistanog dole u tabelama, kao što je opisano primeru 2. Svaka tretirana grupa se sastojala od 4 miša. U 8. nedelji posle injekcije, miševi su procenjivani prema 7 različitih kriterijuma. Kriterijumi su (1) miš je bio vedar, budan i reagovao je; (2) miš je stajao ili bio ukočen bez stimulansa; (3) miš je pokazao bilo kakve pokrete bez stimulansa; (4) miš je pokazao kretanje ka napred pošto je podigut; (5) miš je pokazano bilo kakav pokret pošto je podignut; (6) miš je odgovorio na štipanje repa; (7) regularno disanje. Za svaki od 7 kriterijuma, mišu su davani bodovi od 0 ukoliko ispunjava kriterijum i 1 ako ne. Posle procenjivanja svih 7 kriterijuma, rezultati su sumirani za svakog miša i izračunata je srednja vrednost za svaku tretiranu grupu. Rezultati su prikazani dole u tabeli.
[0299] Životinje su žrtvovane u 8. nedelji. Korteks i kičmena moždina su sakupljeni od svake životinje, i RT-PCR je izveden. Ekspersioni nivo alografta inflamatornog faktora (AIF1) su određeni kao mera inflamacije. Ekspresioni nivoi glijalnog fibrilarnog kiselog proteina (GFAP) su takođe određeni kao mera za aktivaciju glijalnih ćelija. Rezultati su normalizovani prema Gpadh i prikazani su relativno prema PBS kontrolil (1.0) dole u tabeli. "N.D." ukazuje da podaci ne postoje jer eksperiment nije izvršen. Zvezdica ukazuje da je odgovarajući rezultat srednja vrednost 1-3 miša.
Tabela 15
1
2
Primer 13: Tolerabilnost antisens oligonukleotida koji cilja humani C9Orf72 kod pacova
[0300] Sprague Dawley pacovi su odvojeni u grupe od 4 ili 6 pacova. Svakom pacovu u svakoj grupi je davano jedna intratekalna (IT) doza od 3 mg oligonukleotida navednog dole u tabeli. U 3 satu i u 8 nedelji posle IT doze, pokret 7 različitih delova tela je procenjivan za svakog pacova.7 delova telova je (1) rep pacova; (2) stražnje državnje pacova; (3) zadnji udovi pacova; (4) zadnje šape pacova; (5) prednje šape šacova; (6) prednje držanje pacova; (7) glava pacova. Za svaki od 7 različitih delova tela, svaki pacov je bodovan od 0 ukoliko se delovi tela kreću ili 1 ukoliko su delovi tela paralizovani. Posle procenjivanja svakog od 7 delova tela, bodovi su sumirani za svakog pacova i zatim je izračunata srednja vrednost za svaku grupu. Na primer, ukoliko rep pacova, glava i svi ostali procenjeni, delovi tela se kreću 3 sata posledoze 3 mg IT, dobiće zbirni rezultat od 0. Ukoliko se drugom pacovu ne kreće njegov rep posle 3 sata posle doze 3 mg IT, a svi ostali procenjivani delovi tela se krteću, imaće rezulat 1. Pacovi tretirani sa rastvorom soli generalno su imali rezultat 0. Rezultat gornjeg kraja i opsega bi sugerisali na akutnu toksičnost. Rezultati su prikazani dole u tabli kao srednja vrednost rezultata za svaku tretiranu grupu.
[0301] Životinje su žrtvovane u 8. nedelji. Korteks i kičmena moždina su sakupljeni iz svake životinje, i RT-PCR je izveden. Ekspresioni nivoi AIF1 su određeni kao mera inflamacije. Ekspresioni nivoi (GFAP) su takođe određeni kao mera aktivacije glijalnih ćelija. Zvezdica ukazuje da je odgovarajući rezultat srednja vrednost 2-3 miša. Rezultati su normalizovani prema Gapdh i prikazani su relativno u odnosu na PBS kontrolu (1.0) dole u tabeli.
Tabela 16
Primer 14: Tolerabilnost antisens oligonukleotida koji ciljaju humani C9ORF72 u nehumanim primatima
[0302] Ženskim cinomolgus majmunima (2-6kg) su date 3 doze od 35mg antisens oligonukleotida dana 1, 14, i 28 pomoću intratekalne bolus injekcije (1mL spori bolus praćen sa ispiranjem 0.25mL). Svaka tretirana grupa koja je sadržala četiri majmuna. Dve nedelje posle krajnje doze, životinje su žrtvovane i RT-PCR je izvedena na različitim CNS tkivima. Ekspresioni nivi AIF1 su određeni kao mera inflamacije i ekspresioni nivoi GFAP su određivani kao mera aktivacije glijalnih ćelija. Rezultati su normalizovani prema GADPH i predstavljeni su relativno prema PBS kontroli (1.0) dole u tabeli za Isis br. 801287, 802459, i 806679.
Tabela 17
4
�
�
�
�
�
�
�
11
12
1
��
�
�
�
�
�
11
11
11
11
11
11
11
12
12
12
12
12
12
12

Claims (13)

  1. PATENTNI ZAHTEVI 1. Modifikovani oligonukleotid prema sledećoj formuli:
    (SEQ ID NO: 33) ili njegova so.
  2. 2. Modifikovani oligonukleotid prema sledećoj formuli:
    (SEQ ID NO: 33).
  3. 3. Modifikovani oligonukleotid prema zahtevu 1, koji je natrijumova so formule.
  4. 4. Farmaceutska kompozicija koja sadrži modifikovani oligonukleotid prema bilo kom prethodnom zahtevu i farmaceutski prihvatljiv nosač ili razblaživač.
  5. 5. Farmaceutska kompozicija prema zahtevu 4, gde je farmaceutski prihvatljiv razblaživač fosfatno puferisani rastvor soli (PBS).
  6. 6. Farmaceutska kompozicija prema zahtevu 4, gde se farmaceutska kompozicija sastoji suštinski od modifikovanog oligonukleotida i fosfatno puferisanog rastvora soli (PBS).
  7. 7. Jedinjenje koje sadrži modifikovani oligonukleotid, gde je modifikovani oligonukleotid gapmer koji se sastoji od 5’ segmenta ’krila’, centralnog segmenta ’razmaka’, i 3’ segmenta ’krila’, gde: 5’ segment ’krila’ se sastoji od četiri 2’-O-metoksietil nukleozida, 1 1 centralni segment ’razmaka’ se sastoji od osam β-D-dezoksiribonukleozida, i 3’ segment ’krila’se sastoji od šest 2’-O-metoksietil nukleozida; gde modifikovani oligonukleotid ima nukleobaznu sekvencu 5’-GCCCCTAGCGCGCGACTC-3’ (SEQ ID NO: 33), gde je svaki citozin 5-metilcitozin; i gde su internukleozidne veze modifikovanih oligonukleotida, od 5’ do 3’, soosssssssssoooss, gde je svaki s fosforotioatna veza i svaki o fosforodiestarska veza.
  8. 8. Jedinjenje prema zahtevu 7, koje sadrži modifikovani oligonukleotid kovalentno vezan sa konjugovanom grupom.
  9. 9. Farmaceutska kompozicija koja sadrži jedinjenje prema zahtevu 7 ili zahtevu 8 i farmaceutski prihvatljiv razblaživač ili nosač.
  10. 10. Farmaceutska kompozicija prema zahtevu 9, gde je farmaceutski prihvatljiv razblaživač fosfatno puferisani rastvor soli (PBS).
  11. 11. Farmaceutska kompozicija prema zahtevu 9, gde se farmaceutska kompozicija suštinski sastoji od jedinjenja i fosfatno puferisanog rastvora soli (PBS).
  12. 12. Modifikovani oligonukleotid prema bilo kom od zahteva 1-3, jedinjenje prema zahtevu 7 ili zahtevu 8, ili farmaceutska kompozicija prema bilo kom od zahteva 4-6 i 9-11, za upotrebu u lečenju, sprečavanju ili ublažavanju neurodegenerativne bolesti.
  13. 13. Modifikovani oligonukleotid, jedinjenje, ili farmaceutska kompozicija za upotrebu prema zahtevu 12, gde je neurodegenerativna bolest amiotrofna lateralna skleroza (ALS), frontotemporalna demencija (FTD), kortikobazalni degeneracioni sindrom (CBD), atipični Parkinsonov sindrom, ili olivopontocerebelarna degeneracija (OPCD). Izdaje i štampa: Zavod za intelektualnu svojinu, Beograd, Kneginje Ljubice 5 1 2
RS20200535A 2015-04-16 2016-04-15 Kompozicije za moduliranje ekspresije c9orf72 RS60230B1 (sr)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562148691P 2015-04-16 2015-04-16
US201562232941P 2015-09-25 2015-09-25
US201562239400P 2015-10-09 2015-10-09
PCT/US2016/027747 WO2016168592A2 (en) 2015-04-16 2016-04-15 Compositions for modulating c9orf72 expression
EP16780833.6A EP3283080B1 (en) 2015-04-16 2016-04-15 Compositions for modulating c9orf72 expression

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS60230B1 true RS60230B1 (sr) 2020-06-30

Family

ID=57126261

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20200535A RS60230B1 (sr) 2015-04-16 2016-04-15 Kompozicije za moduliranje ekspresije c9orf72

Country Status (30)

Country Link
US (4) US9605263B2 (sr)
EP (2) EP3722424A1 (sr)
JP (3) JP6606557B2 (sr)
KR (2) KR102258516B1 (sr)
CN (2) CN113265404A (sr)
AU (2) AU2016249002B2 (sr)
BR (1) BR112017016068A2 (sr)
CA (1) CA2978103A1 (sr)
CL (4) CL2017002567A1 (sr)
CO (1) CO2017007671A2 (sr)
CY (1) CY1122981T1 (sr)
DK (1) DK3283080T3 (sr)
ES (1) ES2791995T3 (sr)
HR (1) HRP20200843T1 (sr)
HU (1) HUE049233T2 (sr)
IL (2) IL253557B (sr)
LT (1) LT3283080T (sr)
MX (2) MX385674B (sr)
MY (1) MY181815A (sr)
NZ (1) NZ733882A (sr)
PH (2) PH12017501875B1 (sr)
PL (1) PL3283080T3 (sr)
PT (1) PT3283080T (sr)
RS (1) RS60230B1 (sr)
RU (1) RU2736574C2 (sr)
SA (3) SA517390168B1 (sr)
SG (2) SG10202001856WA (sr)
SI (1) SI3283080T1 (sr)
SM (1) SMT202000165T1 (sr)
WO (1) WO2016168592A2 (sr)

Families Citing this family (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2572826C2 (ru) 2008-12-02 2016-01-20 Чиралджен, Лтд. Способ синтеза модифицированных по атому фосфора нуклеиновых кислот
CA2767253A1 (en) 2009-07-06 2011-01-13 Ontorii, Inc. Novel nucleic acid prodrugs and methods of use thereof
JP5868324B2 (ja) 2010-09-24 2016-02-24 株式会社Wave Life Sciences Japan 不斉補助基
AU2012284265B2 (en) 2011-07-19 2017-08-17 Wave Life Sciences Ltd. Methods for the synthesis of functionalized nucleic acids
SG11201500239VA (en) 2012-07-13 2015-03-30 Wave Life Sciences Japan Asymmetric auxiliary group
ES2762326T5 (es) 2012-10-15 2023-04-27 Ionis Pharmaceuticals Inc Métodos para modular la expresión de C9ORF72
HK1212597A1 (zh) 2012-10-15 2016-06-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. 用於調節c90rf72表達的組合物
WO2014062736A1 (en) 2012-10-15 2014-04-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for monitoring c9orf72 expression
EP4166667A3 (en) 2013-10-11 2023-08-02 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating c9orf72 expression
ES2917473T3 (es) 2014-01-16 2022-07-08 Wave Life Sciences Ltd Diseño quiral
US11260073B2 (en) 2015-11-02 2022-03-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating C90RF72
AU2017248637A1 (en) * 2016-04-13 2018-09-27 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing C9ORF72 expression
WO2018081728A1 (en) * 2016-10-31 2018-05-03 Emendobio Inc. Compositions for genome editing
TW201920672A (zh) * 2017-08-08 2019-06-01 新加坡商波濤生命科學有限公司 寡核苷酸組合物及其使用方法
WO2019094694A1 (en) 2017-11-10 2019-05-16 University Of Massachusetts Compositions and methods for the treatment of expanded repeat-associated disorders
EA202091693A1 (ru) 2018-01-12 2021-04-14 Бристол-Маерс Сквибб Компани Антисмысловые олигонуклеотиды, целенаправленно воздействующие на альфа-синуклеин, и их применения
BR112020013994A2 (pt) 2018-01-12 2020-12-08 Bristol-Myers Squibb Company Oligonucleotídeos antissenso que direcionam alfa-sinucleína e seus usos
CN113164557A (zh) * 2018-07-23 2021-07-23 因柯利尔疗法公司 治疗神经性病症的方法
US20210317455A1 (en) 2018-08-03 2021-10-14 National University Corporation Tokyo Medical And Dental University Inhibitor of tdp-43 aggregation
SG11202103794QA (en) * 2018-11-21 2021-05-28 Ionis Pharmaceuticals Inc Compounds and methods for reducing prion expression
MA54383A (fr) 2018-12-06 2021-10-13 Biogen Ma Inc Protéine neurofilamenteuse pour guider une intervention thérapeutique dans la sclérose laterale amyotrophique
US20200385737A1 (en) * 2019-03-29 2020-12-10 University Of Massachusetts OLIGONUCLEOTIDE-BASED MODULATION OF C9orf72
CN114072501A (zh) * 2019-05-06 2022-02-18 马萨诸塞大学 抗c9orf72寡核苷酸及相关方法
KR20220070324A (ko) * 2019-10-06 2022-05-30 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 이용 방법
EP4569116A2 (en) * 2022-08-09 2025-06-18 The University of Massachusetts Identification of allele-specific target sequences for c9orf72

Family Cites Families (100)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5118800A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide
FR2567892B1 (fr) 1984-07-19 1989-02-17 Centre Nat Rech Scient Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5506337A (en) 1985-03-15 1996-04-09 Antivirals Inc. Morpholino-subunit combinatorial library and method
US5591722A (en) 1989-09-15 1997-01-07 Southern Research Institute 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity
ATE269870T1 (de) 1989-10-24 2004-07-15 Isis Pharmaceuticals Inc 2'-modifizierte oligonukleotide
US5646265A (en) 1990-01-11 1997-07-08 Isis Pharmceuticals, Inc. Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
US5670633A (en) 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
GB9009980D0 (en) 1990-05-03 1990-06-27 Amersham Int Plc Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides
ES2116977T3 (es) 1990-05-11 1998-08-01 Microprobe Corp Soportes solidos para ensayos de hibridacion de acidos nucleicos y metodos para inmovilizar oligonucleotidos de modo covalente.
US6582908B2 (en) 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
EP0538194B1 (de) 1991-10-17 1997-06-04 Novartis AG Bicyclische Nukleoside, Oligonukleotide, Verfahren zu deren Herstellung und Zwischenprodukte
US5359044A (en) 1991-12-13 1994-10-25 Isis Pharmaceuticals Cyclobutyl oligonucleotide surrogates
KR940703846A (ko) 1991-12-24 1994-12-12 비. 린네 파샬 갭(gap)이 형성된 2′ 변성된 올리고뉴클레오티드(gapped 2′ modifed oligonucleotides)
FR2687679B1 (fr) 1992-02-05 1994-10-28 Centre Nat Rech Scient Oligothionucleotides.
EP0577558A2 (de) 1992-07-01 1994-01-05 Ciba-Geigy Ag Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte
AU6449394A (en) 1993-03-30 1994-10-24 Sterling Winthrop Inc. Acyclic nucleoside analogs and oligonucleotide sequences containing them
US5801154A (en) 1993-10-18 1998-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of multidrug resistance-associated protein
US5446137B1 (en) 1993-12-09 1998-10-06 Behringwerke Ag Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides
US5519134A (en) 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
US5627053A (en) 1994-03-29 1997-05-06 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid
US5597909A (en) 1994-08-25 1997-01-28 Chiron Corporation Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use
US5681940A (en) * 1994-11-02 1997-10-28 Icn Pharmaceuticals Sugar modified nucleosides and oligonucleotides
US6770748B2 (en) 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
AU9063398A (en) 1997-09-12 1999-04-05 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US6794499B2 (en) 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US20030228597A1 (en) 1998-04-13 2003-12-11 Cowsert Lex M. Identification of genetic targets for modulation by oligonucleotides and generation of oligonucleotides for gene modulation
US6043352A (en) 1998-08-07 2000-03-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-O-Dimethylaminoethyloxyethyl-modified oligonucleotides
US5998148A (en) 1999-04-08 1999-12-07 Isis Pharmaceuticals Inc. Antisense modulation of microtubule-associated protein 4 expression
EP1178999B1 (en) 1999-05-04 2007-03-14 Santaris Pharma A/S L-ribo-lna analogues
US6525191B1 (en) 1999-05-11 2003-02-25 Kanda S. Ramasamy Conformationally constrained L-nucleosides
ES2261270T3 (es) 1999-12-30 2006-11-16 K.U. LEUVEN RESEARCH & DEVELOPMENT Acidos nucleicos que contienen ciclohexeno.
USH2191H1 (en) 2000-10-24 2007-06-05 Snp Consortium Identification and mapping of single nucleotide polymorphisms in the human genome
US20050019915A1 (en) 2001-06-21 2005-01-27 Bennett C. Frank Antisense modulation of superoxide dismutase 1, soluble expression
JP2005504020A (ja) 2001-07-03 2005-02-10 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド ヌクレアーゼ耐性キメラオリゴヌクレオチド
CA2504694C (en) 2002-11-05 2013-10-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
US8604183B2 (en) 2002-11-05 2013-12-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2′-modified nucleosides for use in gene modulation
US7250496B2 (en) 2002-11-14 2007-07-31 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory genes and uses thereof
EP2305812A3 (en) 2002-11-14 2012-06-06 Dharmacon, Inc. Fuctional and hyperfunctional sirna
US7790867B2 (en) 2002-12-05 2010-09-07 Rosetta Genomics Inc. Vaccinia virus-related nucleic acids and microRNA
WO2004106356A1 (en) 2003-05-27 2004-12-09 Syddansk Universitet Functionalized nucleotide derivatives
EP1661905B9 (en) 2003-08-28 2012-12-19 IMANISHI, Takeshi Novel artificial nucleic acids of n-o bond crosslinkage type
WO2005027962A1 (en) 2003-09-18 2005-03-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4’-thionucleosides and oligomeric compounds
US20050261233A1 (en) 2004-04-21 2005-11-24 Sanjay Bhanot Modulation of glucose-6-phosphatase translocase expression
EP1752536A4 (en) 2004-05-11 2008-04-16 Alphagen Co Ltd POLYNUCLEOTIDE CAUSING RNA INTERFERENCE AND METHOD OF REGULATING GENE EXPRESSION WITH THE USE OF THE SAME
AU2005252663B2 (en) 2004-06-03 2011-07-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Double strand compositions comprising differentially modified strands for use in gene modulation
EP1766052A4 (en) 2004-06-03 2009-12-16 Isis Pharmaceuticals Inc OLIGOMERIC CHIMERIC COMPOSITIONS WITH BRECH
US20080261905A1 (en) 2004-11-08 2008-10-23 K.U. Leuven Research And Development Modified Nucleosides for Rna Interference
PT2161038E (pt) 2006-01-26 2014-03-10 Isis Pharmaceuticals Inc Composições e suas utilizações dirigidas à huntingtina
JP5342881B2 (ja) 2006-01-27 2013-11-13 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド ６−修飾された二環式核酸類似体
EP2023940B1 (en) 2006-05-05 2011-06-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating expression of sglt2
AU2007249349B2 (en) 2006-05-11 2012-03-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-Modified bicyclic nucleic acid analogs
ES2603379T3 (es) 2006-10-09 2017-02-27 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Compuestos antagonistas de ARN para la modulación de PCSK9
AU2007334502B2 (en) 2006-12-14 2011-12-15 Novartis Ag Compositions and methods to treat muscular & cardiovascular disorders
US20100190837A1 (en) 2007-02-15 2010-07-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-Substituted-2-F' Modified Nucleosides and Oligomeric Compounds Prepared Therefrom
EP2170917B1 (en) 2007-05-30 2012-06-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
EP2173760B2 (en) 2007-06-08 2015-11-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs
ATE462787T1 (de) 2007-06-18 2010-04-15 Commissariat Energie Atomique Reversibles sirna-silencing eines mutierten und endogenen huntington-wildtypgens und dessen anwendung zur behandlung von morbus huntington
CA2692579C (en) 2007-07-05 2016-05-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-disubstituted bicyclic nucleic acid analogs
US20090123928A1 (en) 2007-10-11 2009-05-14 The Johns Hopkins University Genomic Landscapes of Human Breast and Colorectal Cancers
WO2009060124A2 (en) * 2007-11-05 2009-05-14 Baltic Technology Development, Ltd. Use of oligonucleotides with modified bases in hybridization of nucleic acids
US8546556B2 (en) 2007-11-21 2013-10-01 Isis Pharmaceuticals, Inc Carbocyclic alpha-L-bicyclic nucleic acid analogs
WO2009100320A2 (en) 2008-02-07 2009-08-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
US8604192B2 (en) 2008-09-24 2013-12-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Cyclohexenyl nucleic acids analogs
WO2010036698A1 (en) 2008-09-24 2010-04-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted alpha-l-bicyclic nucleosides
WO2010120820A1 (en) 2009-04-13 2010-10-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulation of smn2 splicing
NZ595891A (en) * 2009-04-15 2013-06-28 Isis Pharmaceuticals Inc Modulation of inflammatory responses by factor xi
NZ597504A (en) 2009-06-15 2013-10-25 Alnylam Pharmaceuticals Inc Lipid formulated dsrna targeting the pcsk9 gene
EP2451476A4 (en) 2009-07-06 2013-07-03 Alnylam Pharmaceuticals Inc BIOTRAITEMENT BASED ON CELLS
US8927513B2 (en) 2009-07-07 2015-01-06 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. 5′ phosphate mimics
EP2462153B1 (en) 2009-08-06 2015-07-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
WO2011135396A1 (en) 2010-04-30 2011-11-03 Cellectis Method for modulating double-strand break-induced homologous recombination
WO2012005898A2 (en) 2010-06-15 2012-01-12 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Chinese hamster ovary (cho) cell transcriptome, corresponding sirnas and uses thereof
WO2012012467A2 (en) * 2010-07-19 2012-01-26 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of nuclear-retained rna
CA3077910A1 (en) * 2010-11-17 2012-05-24 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of alpha synuclein expression
DK2655621T3 (en) 2010-12-20 2018-08-13 Massachusetts Gen Hospital Polycomb-associated non-coding RNAS
US20140050778A1 (en) 2010-12-28 2014-02-20 University Of Rochester Nucleic acid binding compounds, methods of making, and use thereof
JP5943993B2 (ja) * 2011-04-01 2016-07-05 アイオーニス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッドＩｏｎｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ． 転写のシグナル伝達及び活性化因子３（ｓｔａｔ３）発現の調節
PH12019502377A1 (en) * 2011-04-21 2022-11-14 Isis Pharmaceuticals Inc Modulation of hepatitis b virus (hbv) expression
EP2751284B1 (en) * 2011-08-31 2017-01-11 The University Of Manchester Method for diagnosing a neurodegenerative disease.
WO2013036833A1 (en) 2011-09-09 2013-03-14 Mayo Foundation For Medical Education And Research Detecting frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
JP2015501155A (ja) * 2011-10-25 2015-01-15 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド Ｇｃｃｒ発現のアンチセンス調整
JP2014533508A (ja) * 2011-11-17 2014-12-15 リーアニクス・インコーポレイテッドＲｈｅｏｎｉｘ， Ｉｎｃ． 選択的分子分析のためのシステムおよび方法
US10066228B2 (en) 2011-11-30 2018-09-04 Sarepta Therapeutics, Inc. Oligonucleotides for treating expanded repeat diseases
US9725716B2 (en) 2011-12-06 2017-08-08 Ohio State Innovation Foundation and Research Institute at Nationwide Children's Hospital Non-ionic, low osmolar contrast agents for delivery of antisense oligonucleotides and treatment of disease
SMT201700339T1 (it) * 2012-04-23 2017-09-07 Biomarin Tech Bv Oligonucleotidi di modulazione dell'rna con caratteristiche migliorate per il trattamento dei disturbi neuromuscolari
RU2748495C2 (ru) * 2012-05-24 2021-05-26 Ионис Фармасьютикалз, Инк. Способы и композиции для модулирования экспрессии аполипопротеина (а)
HK1212597A1 (zh) 2012-10-15 2016-06-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. 用於調節c90rf72表達的組合物
WO2014062736A1 (en) * 2012-10-15 2014-04-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for monitoring c9orf72 expression
ES2762326T5 (es) 2012-10-15 2023-04-27 Ionis Pharmaceuticals Inc Métodos para modular la expresión de C9ORF72
PT2948777T (pt) * 2013-01-22 2019-09-26 Deutsches Zentrum Fuer Neurodegenerative Erkrankungen E V Proteínas de repetição por dipeptídeos como alvo terapêutico em doenças neurodegenerativas com expansão de hexanucleotídico repetido
EP4166667A3 (en) 2013-10-11 2023-08-02 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating c9orf72 expression
WO2016024205A1 (en) * 2014-08-15 2016-02-18 Pfizer Inc. Oligomers targeting hexanucleotide repeat expansion in human c9orf72 gene
WO2016060919A1 (en) 2014-10-14 2016-04-21 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Allele selective inhibition of mutant c9orf72 foci expression by duplex rnas targeting the expanded hexanucleotide repeat
US11260073B2 (en) 2015-11-02 2022-03-01 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating C90RF72
AU2017248637A1 (en) 2016-04-13 2018-09-27 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing C9ORF72 expression
US10399845B2 (en) 2017-09-22 2019-09-03 Emco Wheaton Retail Corporation Testable overfill prevention valve for a liquid storage container

Also Published As

Publication number Publication date
IL253557B (en) 2020-11-30
PH12019502724A1 (en) 2021-03-15
EP3283080A4 (en) 2018-12-19
SA520412451B1 (ar) 2021-02-22
MY181815A (en) 2021-01-08
JP6606557B2 (ja) 2019-11-13
KR102104163B1 (ko) 2020-04-23
KR20200043513A (ko) 2020-04-27
SG10202001856WA (en) 2020-04-29
US10138482B2 (en) 2018-11-27
NZ733882A (en) 2020-04-24
SA517390168B1 (ar) 2020-08-26
EP3283080B1 (en) 2020-03-18
EP3722424A1 (en) 2020-10-14
KR102258516B1 (ko) 2021-05-31
CY1122981T1 (el) 2021-10-29
PT3283080T (pt) 2020-06-08
CL2017002567A1 (es) 2018-06-01
CL2020002019A1 (es) 2020-12-11
HUE049233T2 (hu) 2020-09-28
IL277624A (en) 2020-11-30
LT3283080T (lt) 2020-05-25
AU2016249002A1 (en) 2017-08-10
RU2017139121A (ru) 2019-05-16
EP3283080A2 (en) 2018-02-21
ES2791995T3 (es) 2020-11-06
KR20170136597A (ko) 2017-12-11
WO2016168592A3 (en) 2016-11-24
US20170349897A1 (en) 2017-12-07
CN107427532A (zh) 2017-12-01
HRP20200843T1 (hr) 2020-08-21
MX385674B (es) 2025-03-18
SMT202000165T1 (it) 2020-05-08
WO2016168592A2 (en) 2016-10-20
RU2017139121A3 (sr) 2019-06-10
JP2018512127A (ja) 2018-05-17
IL253557A0 (en) 2017-09-28
CO2017007671A2 (es) 2018-01-31
CA2978103A1 (en) 2016-10-20
MX2019007834A (es) 2019-09-06
US20160304871A1 (en) 2016-10-20
MX2017013199A (es) 2018-02-09
US10815483B2 (en) 2020-10-27
JP2020022483A (ja) 2020-02-13
RU2736574C2 (ru) 2020-11-18
PH12017501875B1 (en) 2020-02-19
CN113265404A (zh) 2021-08-17
US9605263B2 (en) 2017-03-28
SA520412450B1 (ar) 2022-01-24
US20190264204A1 (en) 2019-08-29
PH12017501875A1 (en) 2018-02-26
JP6924242B2 (ja) 2021-08-25
CL2018003582A1 (es) 2019-04-05
AU2019250156A1 (en) 2019-10-31
PL3283080T3 (pl) 2020-07-27
SI3283080T1 (sl) 2020-06-30
AU2019250156B2 (en) 2021-11-25
US20210230589A1 (en) 2021-07-29
AU2016249002B2 (en) 2019-07-18
CN107427532B (zh) 2021-06-04
MX366128B (es) 2019-06-28
BR112017016068A2 (pt) 2018-04-03
HK1250255A1 (en) 2018-12-07
CL2020002018A1 (es) 2020-12-11
DK3283080T3 (da) 2020-04-06
JP2021184720A (ja) 2021-12-09
SG11201708468YA (en) 2017-11-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US10815483B2 (en) Compositions for modulating C9ORF72 expression
US11339393B2 (en) Compositions for modulating C9ORF72 expression
EP2906696B1 (en) Methods for modulating c9orf72 expression
CN104968783B (zh) 用于调节c9orf72表达的组合物
EP3058068B1 (en) Compositions for modulating expression of c9orf72 antisense transcript
RS60707B1 (sr) Kompozicije za modulaciju ekspresije sod-1
RS62054B1 (sr) Kompozicije za modulaciju ekspresije tau
RS62526B1 (sr) Kompozicije za modulaciju ekspresije ataksina 2
CA2926341A1 (en) Methods for modulating expression of c9orf72 antisense transcript
HK40039446A (en) Compositions for modulating c9orf72 expression
HK40088775A (en) Compositions for modulating sod-1 expression
HK1250255B (en) Compositions for modulating c9orf72 expression