RS63873B1 - Antigenski peptidi za prevenciju i lečenje raka - Google Patents

Antigenski peptidi za prevenciju i lečenje raka

Info

Publication number
RS63873B1
RS63873B1 RS20230005A RSP20230005A RS63873B1 RS 63873 B1 RS63873 B1 RS 63873B1 RS 20230005 A RS20230005 A RS 20230005A RS P20230005 A RSP20230005 A RS P20230005A RS 63873 B1 RS63873 B1 RS 63873B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
peptide
antigenic peptide
seq
cancer
antigenic
Prior art date
Application number
RS20230005A
Other languages
English (en)
Inventor
Laurent Chene
Christophe Bonny
Francesco Strozzi
Original Assignee
Enterome S A
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Enterome S A filed Critical Enterome S A
Publication of RS63873B1 publication Critical patent/RS63873B1/sr

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001152—Transcription factors, e.g. SOX or c-MYC
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001102—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/001116—Receptors for cytokines
    • A61K39/001119—Receptors for interleukins [IL]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001148—Regulators of development
    • A61K39/00115—Apoptosis related proteins, e.g. survivin or livin
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A61K39/001154—Enzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/14—Particulate form, e.g. powders, Processes for size reducing of pure drugs or the resulting products, Pure drug nanoparticles
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4748—Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/06—Linear peptides containing only normal peptide links having 5 to 11 amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0639—Dendritic cells, e.g. Langherhans cells in the epidermis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/555—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by a specific combination antigen/adjuvant
    • A61K2039/55511—Organic adjuvants
    • A61K2039/55566—Emulsions, e.g. Freund's adjuvant, MF59

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)

Description

Opis
[0001] Predmetni pronalazak se odnosi na oblast terapije raka, tačnije imunoterapijske metode. Posebno, predmetni pronalazak obezbeđuje peptid, koji je koristan u imunoterapiji raka.
[0002] Rak je jedan od vodećih uzroka smrti širom sveta. Prema podacima Svetske zdravstvene organizacije (SZO), samo u 2012. godini, širom sveta je prijavljeno 14 miliona novih slučajeva i 8,2 miliona smrtnih slučajeva povezanih sa rakom, a očekuje se da će broj novih slučajeva raka porasti za oko 70% u naredne dve decenije. Do sada se više od 60% ukupnog broja novih slučajeva godišnje u svetu dešava u Africi, Aziji i Centralnoj i Južnoj Americi. Ovi regioni, takođe, čine 70% smrtnih slučajeva od raka u svetu. Među muškarcima, pet najčešćih mesta pojave raka su pluća, prostata, kolorektum, želudac i jetra; dok su kod žena to dojke, kolorektum, pluća, grlić materice i želudac.
[0003] Rak se već dugo leči operacijom, terapijom zračenjem, citotoksičnom hemoterapijom i endokrinom manipulacijom, koje se obično kombinuju u sekvencijalnom redosledu kako bi se bolest najbolje kontrolisala. Međutim, glavna ograničenja za stvarnu efikasnost ovih standardnih terapija su njihova neprecizna specifičnost koja dovodi do kolateralnog oštećenja normalnih tkiva nastalog tokom lečenja, niske stope izlečenja i intrizične rezistencije na lekove.
[0004] Poslednjih godina došlo je do ogromnog porasta u razvoju terapija raka zbog velikog napretka u profilisanju ekspresije tumora i normalnih ćelija, a nedavna istraživanja i prvi klinički rezultati u imunoterapiji, odnosno molekularno ciljanoj terapiji, počeli su da menjaju našu percepciju ove bolesti.
[0005] Imunoterapije protiv raka koje obećavaju sada su postale stvarnost i dokazi da imuni sistem domaćina može prepoznati tumorske antigene doveli su do razvoja lekova protiv raka koje su sada odobrile regulatorne agencije kao što su Američka uprava za hranu i lekove (FDA) i Evropska agencija za lekove (EMA). Različiti terapijski pristupi uključuju, između ostalog, usvajanje ex vivo prošireni limfociti koji infiltriraju tumor (TIL), vakcine ćelija raka, imunostimulatorni citokini i njihove varijante, agonisti receptora za prepoznavanje uzoraka (PRR) i imunomodulatorna monoklonska antitela koja ciljaju tumorske antigene ili imunološke kontrolne tačke (Galuzzi et al., Classification of current anticancer immunotherapies. Oncotarget.2014 Dec 30;5(24):12472-508).
[0006] Nažalost, značajan procenat pacijenata još uvek može imati intrinzičnu otpornost na neke od ovih imunoterapija ili čak steći otpornost tokom lečenja. Na primer, prijavljeno je da je trogodišnja stopa preživljavanja oko 20% sa anti-CTLA-4 antitelom ipilumumabom kod neresektabilnog ili metastatskog melanoma (Snyder et al., Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. N Engl J Med. 2014 Dec 4;371(23):2189-2199; Schadendorf et al., Pooled Analysis of Long-Term Survival Data From Phase II and Phase III Trials of Ipilimumab in Unresectable or Metastatic Melanoma. J Clin Oncol.2015 Jun 10;33(17):1889-94), dok je prijavljeno da je trogodišnja stopa preživljavanja sa drugim inhibitorom kontrolne tačke, Nivolumabom koji cilja na PD-1, od 44% kod karcinoma bubrežnih ćelija (RCC) i 18% kod nemikrocelularnog karcinoma pluća (NSCLC) (Mc Dermott et al., Survival, Durable Response, and Long-Term Safety in Patients With Previously Treated Advanced Renal Cell Carcinoma Receiving Nivolumab. J Clin Oncol. 2015 Jun 20;33(18):2013-20; Gettinger et al., Overall Survival and Long-Term Safety of Nivolum- ab (Anti-Programmed Death 1 Antibody, BMS-936558, ONO-4538) in Patients With Previously Treated Advanced Non- Small-Cell Lung Cancer. J Clin Oncol. 2015 Jun 20;33(18):2004-12). Fundamentalna rezistencija na lekove stoga predstavlja fiksnu barijeru efikasnosti ovih imunoterapija. Stoga je jasno da je potreban drugačiji pristup lečenju raka da bi se razbila ova barijera.
[0007] Odsustvo odgovora kod velikog broja subjekata lečenih ovim imunoterapijama može biti povezano sa nedostatkom antitumorskog imunološkog odgovora (kao defekt u prezentaciji antigena od strane ćelija koje predstavljaju antigen (APC) ili prepoznavanje antigena od strane T ćelija). Drugim rečima, pozitivan odgovor na imunoterapiju korelira sa sposobnošću imunog sistema da razvije specifične podskupine limfocita sposobne da prepoznaju antigene ograničene MHC klase I koji se eksprimuju u humanim ćelijama raka (Kvistborg et al., Human cancer regression antigens. Curr Opin Immunol. 2013 Apr;25(2):284-90). Ova hipoteza je snažno podržana podacima koji pokazuju da je odgovor na adaptivni transfer limfocita koji infiltriraju tumor (TIL) u direktnoj korelaciji sa brojem CD8+ T-ćelija transfuzovanih pacijentu (Besser et al., Adoptive transfer of tumor-infiltrating lymphocytes in patients with metastatic melanoma: intent-to-treat analysis and efficacy after failure to prior immunotherapies. Clin Cancer Res. 2013 Sep 1;19(17):4792-800). Snažan antitumorski odgovor će stoga zavisiti od prezentacije imunoreaktivnih peptida i prisustva dovoljnog broja reaktivnih ćelija „obučenih“ da prepoznaju ove antigene.
[0008] Vakcinacija zasnovana na tumorskim antigenima predstavlja jedinstven pristup terapiji raka koji je zadobio veliko interesovanje jer može da angažuje imuni sistem pacijenta da prepozna, napadne i uništi tumore, na specifičan i trajan način. Zaista je poznato da tumorske ćelije eksprimuju veliki broj peptidnih antigena podložnih prepoznavanju od strane imunog sistema. Vakcine zasnovane na takvim antigenima stoga pružaju velike mogućnosti ne samo za poboljšanje ukupnog preživljavanja pacijenata već i za praćenje imunoloških odgovora i pripremu proizvoda GMP-klase zahvaljujući niskoj toksičnosti i maloj molekularnoj težini tumorskih antigena. Primeri tumorskih antigena uključuju, između ostalog, nusproizvode proteina transkribovanih iz normalno tihih gena ili prekomerno eksprimovanih gena i iz proteina eksprimovanih onkovirusom (Kvistborg et al., Human cancer regression antigens. Curr Opin Immunol. 2013 Apr;25(2):284-90), i neo-antigene, koji su rezultat tačkastih mutacija ćelijskih proteina. Ovi poslednji su od posebnog interesa jer se pokazalo da su direktno povezani sa povećanim ukupnim preživljavanjem kod pacijenata lečenih CTLA-4 inhibitorima (Snyder et al., Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. N Engl J Med. 2014 Dec 4;371(23):2189-2199; Brown et al., Neo-antigens predicted by tumor genome meta-analysis correlate with increased patient survival. Genome Res.2014 May;24(5):743-50).
[0009] Ipak, broj humanih tumorskih antigena na kojima se mogu razviti vakcine protiv raka je ograničen. Konkretno, antigeni izvedeni iz mutiranih ili modifikovanih sopstvenih proteina mogu izazvati imunološku toleranciju i/ili neželjena autoimuna neželjena dejstva. Na primer, WO 2004/067023 A2 stavlja na uvid javnosti različite MHC klase I-ograničenih epitopnih peptida izvedenih iz survivina uključujući peptid „2M”, pri čemu je „T” na poziciji 2 survivina 96-104 zamenjeno sa „M” (LMLGEFLKL; SEQ ID NO: 899).
[0010] Stoga postoji potreba u tehnici da se identifikuju alternativni lekovi za lečenje raka, koji mogu da prevaziđu ograničenja na koja se susreću u ovoj oblasti.
[0011] Pronalazak ima za cilj da zadovolji gore navedene potrebe. Ovaj cilj se postiže pomoću predmeta koji je izložen u priloženim patentnim zahtevima.
DEFINICIJE
[0012] Osim ako nije drugačije definisano ovde, naučni i tehnički izrazi koji se koriste u predmetnoj prijavi imaće značenja koja su razumljiva prosečnom stručnjaku u tehnici. Dalje, osim ako kontekst ne zahteva drugačije, nomenklature koje se ovde koriste i tehnike kulture ćelija i tkiva su one koje su dobro poznate i koje se obično koriste u tehnici.
[0013] Takve tehnike su u potpunosti objašnjene u literaturi, kao npr. Owen et al. (Kuby Immunology, 7th, edition, 2013 - W. H. Freeman) i Sambrook et al. (Molecular cloning: A laboratory manual 4th edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press - Cold Spring Harbor, NY, USA, 2012).
[0014] Ipak, s obzirom na upotrebu različitih izraza u predmetnoj specifikaciji, sledeće definicije se secifičnije primenjuju.
[0015] Izrazi „peptid”, „polipeptid”, „protein” i varijacije ovih izraza odnose se na peptide, oligopeptide, polipeptide ili proteine koji sadrže najmanje dve amino-kiseline povezane jedna sa drugom, poželjno normalnom peptidnom vezom, ili, alternativno, pomoću modifikovane peptidne veze, kao što je na primer u slučajevima izosteričnih peptida. Izraz „(poli)peptid” se odnosi na peptid i/ili na polipeptid. Konkretno, izrazi „peptid”, „polipeptid” i „protein” odnose se na sekvencijalni lanac amino-kiselina bilo koje dužine povezanih zajedno preko peptidnih veza (-NHCO-). Peptidi, polipeptidi i proteini mogu igrati strukturnu i/ili funkcionalnu ulogu u ćeliji in vitro i/ili in vivo. Izrazi „peptid”, „polipeptid”, „protein” poželjno obuhvataju lance amino-kiselina veličine u rasponu od 2 do najmanje oko 1000 aminokiselinskih ostataka. Izraz „peptid” poželjno obuhvata ovde lance amino-kiselina veličine manje od oko 30 amino-kiselina, dok izrazi „polipeptid” i „protein” poželjno obuhvataju lance amino-kiselina veličine najmanje 30 amino-kiselina. Izrazi „polipeptid” i „protein” se ovde koriste naizmenično. U poželjnoj realizaciji, izrazi „peptid”, „polipeptid”, „protein” takođe obuhvataju „peptidomimetike” koji su definisani kao analozi peptida koji sadrže nepeptidne strukturne elemente, a ti peptidi su sposobni da oponašaju ili antagonizuju biološko dejstvo(a) prirodnog roditeljskog peptida. Peptidomimetiku nedostaju klasične peptidne karakteristike kao što su enzimski cepajuće peptidne veze. Konkretno, peptid, polipeptid ili protein mogu da sadrže amino-kiseline koje nisu 20 amino-kiselina definisanih genetskim kodom uz ove aminokiseline, ili mogu da budu sastavljeni od amino-kiselina koje nisu 20 amino-kiselina definisanih genetskim kodom. Konkretno, peptid, polipeptid ili protein u kontekstu predmetnog pronalaska može da se podjednako sastoji od aminokiselina modifikovanih prirodnim procesima, kao što su procesi posttranslacionog sazrevanja ili hemijskim procesima, koji su dobro poznati stručnjaku u tehnici. Takve modifikacije su detaljno opisane u literaturi. Ove modifikacije se mogu pojaviti bilo gde u polipeptidu: u peptidnom skeletu, u lancu amino-kiselina ili čak na karboksi ili amino krajevima. Konkretno, peptid ili polipeptid može biti razgranat nakon ubikvitinacije ili biti cikličan sa grananjem ili bez njega. Ova vrsta modifikacije može biti rezultat prirodnih ili sintetičkih posttranslacionih procesa koji su dobro poznati stručnjacima u tehnici. Izrazi „peptid”, „polipeptid”, „protein” u kontekstu predmetnog pronalaska posebno, takođe, obuhvataju i modifikovane peptide, polipeptide i proteine. Na primer, modifikacije peptida, polipeptida ili proteina mogu da uključuju acetilaciju, acilaciju, ADP-ribozilaciju, amidaciju, kovalentnu fiksaciju nukleotida ili derivata nukleotida, kovalentnu fiksaciju lipida ili derivata lipida, kovalentnu fiksaciju fosfatidilinozitola, kovalentno ili nekovalentno umrežavanje, ciklizacija, formiranje disulfidne veze, demetilacija, glikozilacija uključujući pegilaciju, hidroksilaciju, jodizaciju, metilaciju, miristoilaciju, oksidaciju, proteolitičke procese, fosforilaciju, prenilaciju, racemizaciju, senelojlaciju, sulfataciju, aminokiselinske adicije kao što je aminorgilacija ili ubikvitinacija. Takve modifikacije su detaljno opisane u literaturi (Proteins Structure and Molecular Properties (1993) 2nd Ed., T. E. Creighton, New York ; Post-translational Covalent Modifications of Proteins (1983) B. C. Johnson, Ed., Academic Press, New York ; Seifter et al. (1990) Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors, Meth. Enzymol.
182: 626-646 and Rattan et al., (1992) Protein Synthesis: Post-translational Modifications and Aging, Ann NY Acad Sci, 663: 48-62). Shodno tome, izrazi „peptid”, „polipeptid”, „protein” poželjno uključuju na primer lipopeptide, lipoproteine, glikopeptide i glikoproteine.
[0016] U poželjnoj realizaciji, (poli)peptid ili protein je „klasični” (poli)peptid ili protein, pri čemu se „klasični” (poli)peptid ili protein obično sastoji od amino-kiselina izabranih iz 20 amino-kiselina definisanih genetskim kodom, međusobno povezanih normalnom peptidnom vezom.
[0017] Kao što je dobro poznato u tehnici, peptidi, polipeptidi i proteini mogu biti kodirani nukleinskim kiselinama. Izrazi „nukleinska kiselina”, „molekul nukleinske kiseline”, „sekvenca nukleinske kiseline”, „polinukleotid”, „nukleotidna sekvenca” se ovde koriste kao zamenljivi i odnose se na precizan niz prirodnih nukleotida (npr. A, T, G, C i U), ili sintetičkih nukleotida, tj. na lanac od najmanje dva nukleotida. Posebno, izrazi „nukleinska kiselina”, „molekul nukleinske kiseline”, „sekvenca nukleinske kiseline”, „polinukleotid”, „nukleotidna sekvenca” odnose se na DNK ili RNK. Nukleinske kiseline poželjno obuhvataju jednolančanu, dvolančanu ili delimično dvolančanu DNK ili RNK, poželjno izabranu iz genomske DNK (gDNK), komplementarne DNK (cDNK), ribozomske DNK (rDNK) i proizvoda transkripcije date DNK, kao što je RNK. Poželjni primeri nukleinskih kiselina uključuju ribozomsku RNK (rRNK), informacionu RNK (mRNK); antisens DNK, antisens RNK; komplementarne RNK i/ili DNK sekvence, ribozim, (komplementarne) RNK/DNK sekvence sa ili bez ekspresionih elemenata, vektor; mini-gen, fragmente gena, regulatorne elemente, promotore i njihove kombinacije. Dalji poželjni primeri nukleinske kiseline (molekula) i/ili polinukleotida uključuju, na primer, rekombinantni polinukleotid, vektor, oligonukleotid, RNK molekul kao što je rRNK, mRNK ili transportnu RNK (tRNK) ili molekul DNK kao što je gore opisano. Stoga je poželjno da nukleinska kiselina (molekul) bude molekul DNK ili RNK molekul; poželjno izabran iz gDNK; cDNK; rRNK; mRNK; antisens DNK; antisens RNK; komplementarne RNK i/ili DNK sekvence; RNK i/ili DNK sekvence sa ili bez ekspresionih elemenata, regulatornih elemenata i/ili promotora; vektora; i njihove kombinacije. U okviru je veštine stručnjaka u tehnici da odredi nukleotidne sekvence koje mogu da kodiraju specifičnu sekvencu amino-kiseline.
[0018] (Poli)peptidi i/ili nukleinske kiseline prema pronalasku mogu biti pripremljeni bilo kojim poznatim postupkom u tehnici uključujući bilo koji sintetički postupak, bilo koji rekombinantni postupak, bilo koju ex vivo metodu generisanja i bilo koju njihovu kombinaciju. Takve tehnike su u potpunosti objašnjene u literaturi kao što je gore pomenuto.
[0019] Izraz „antigenski peptid” kako se ovde koristi odnosi se na peptid, koji je sklon da izazove/pokrene, poveća, produži ili održi imuni odgovor kod subjekta kome se daje. Posebno, antigenski peptid je varijanta sekvence (fragmenta/epitopa) (humanog) tumorskog antigena. Drugim rečima, antigenski peptid je poželjno različit od (fragmenta/epitopa) (humanog) tumorskog antigena, ali poželjno ima sličnost amino-kiselina sa (fragmentom/epitom) (humanog) tumorskog antigena. Poželjno, imuni odgovor indukovan/izazvan, povećan, produžen ili održavan antigenskim peptidom (takođe) cilja na odgovarajući (fragment/epitop) (humanog) tumorskog antigena.
[0020] Kako se ovde koristi, izraz „tumorski antigen” obuhvata tumor-specifične antigene i antigene povezane sa tumorom. Uopšteno, izraz „tumorski antigen” ili „tumorski protein” ovde označava antigenu supstancu proizvedenu u tumorskim ćelijama, a ponekad i u normalnim ćelijama, a koja može da izazove imuni odgovor nakon davanja subjektu. Kod ljudi, oni su klasifikovani prema njihovom obrascu ekspresije, funkciji ili genetskom poreklu i uključuju prekomerno eksprimovane autoantigene (kao što su HER2/neu i njegova varijanta dHER2, p53, Vilmov tumor 1, efrinski receptor, proteinaza-3, mucin- 1, mezotelin, EGFR, CD20); antigeni karcinoma testisa (CT) (kao što su MAGE-1, BAGE, GAGE, NY-ESO-1); mutacioni antigeni, takođe poznati kao neo-antigeni (kao što su mutanti MUM-1, bcr-abl, ras, b-raf, p53, CDK-4, CDC27, beta-katenina, alfa-aktenina-4); antigeni diferencijacije specifični za tkivo (kao što su antigeni melanoma Melan A/MART-1, tirozinaza, TRP1/pg75, TRP2, gp100 i gangliozidi GM3, GM2, GD2 i GD3; antigeni raka prostate PSMA, PSA i PAP); virusni antigeni koji se eksprimuju onkovirusima (kao što su HPV, EBV); onkofetalni antigeni (kao što su alfa-fetoprotein AFP i karcinoembrionalni antigen CEA); i univerzalni antigeni (telomeraza, hTERT, survivin, mdm-2, CIP-1B1) (Srinivasan and Wolchok, Tumor antigens for cancer immunotherapy: therapeutic potential of xenogeneic DNA vaccines. J Transl Med. 2004 Apr 16;2(1):12). Shodno tome, humani tumorski antigeni su dobro poznati u tehnici. Na primer, podjedinica receptora interleukina-13 alfa-2 (IL-13R α2 ili IL13RA2) je protein vezan za membranu koji je kod ljudi kodiran IL13RA2 genom. Na neiscrpni način, IL13RA2 je prijavljen kao potencijalna meta imunoterapije (videti Beard et al.; Clin Cancer Res; 72(11); 2012). Visoka ekspresija IL13RA2 je dalje povezana sa invazijom, metastazama u jetri i lošom prognozom kod kolorektalnog karcinoma (Barderas et al.; Cancer Res; 72(11); 2012). Posebno, antigenski peptidi prema predmetnom pronalasku su poželjno varijante sekvence (epitopa/fragmenta) tumorskih antigena prikazanih u Tabeli 1B i mogu se posebno koristiti kod bolesti koja je navedena za odgovarajući tumorski antigen u Tabeli 1B.
[0021] Izraz „mikrobiota”, kako se ovde koristi, odnosi se na komenzalne mikroorganizme pronađene u i na svim višećelijskim organizmima koji su do sada proučavani, od biljaka do životinja. Posebno, utvrđeno je da je mikrobiota ključna za imunološku, hormonsku i metaboličku homeostazu svog domaćina. Mikrobiota uključuje bakterije, arheje, protiste, gljive i viruse. Shodno tome, „varijanta sekvence mikrobiote” je varijanta sekvence referentne sekvence (naročito epitop/fragment humanog tumorskog antigena), koja se javlja u mikrobioti (npr. može biti sadržana u proteinu mikrobiote). „Varijanta sekvence” tipično deli, posebno po celoj dužini sekvence, najmanje 50% identičnosti sekvence sa referentnom sekvencom, naime, fragmentom/epitopom (referentnog) tumorskog antigena. Poželjno, varijanta sekvence deli najmanje 60%, poželjno najmanje 70%, poželjno najmanje 75%, poželjnije najmanje 80%, još poželjnije najmanje 85%, još poželjnije najmanje 90%, posebno poželjno najmanje 95%, a najpoželjnije najmanje 99% identiteta sekvence sa referentnom sekvencom, naime, fragmentom/epitopom (referentnog) tumorskog antigena. Identitet sekvence se može izračunati kao što je poznato u tehnici, posebno kao što je opisano u nastavku teksta. Poželjno, varijanta sekvence čuva specifičnu funkciju referentne sekvence, na primer, njenu funkciju epitopa tumora i/ili njenu sposobnost da izazove ili održi imuni odgovor. Varijanta sekvence mikrobiote je poželjno izabrana iz grupe koju čine varijante bakterijske sekvence, varijante sekvence arheja, varijante sekvence protista, varijante sekvence gljiva i varijante sekvence virusa. Još poželjnije, varijanta sekvence mikrobiote je varijanta bakterijske sekvence.
[0022] Anatomski, mikrobiota se nalazi na ili unutar bilo kojeg od brojnih tkiva i biofluida, uključujući kožu, konjuktivu, mlečne žlezde, vaginu, placentu, semensku tečnost, matericu, folikule jajnika, pluća, pljuvačku, oralnu duplju (posebno oralnu sluzokožu), i gastrointestinalni trakt, posebno creva. U kontekstu predmetnog pronalaska, varijanta sekvence mikrobiote je poželjno varijanta sekvence mikrobiote gastrointestinalnog trakta (mikroorganizmi koji žive u gastrointestinalnom traktu), poželjnije varijanta sekvence mikrobiote creva (mikroorganizmi koji žive u crevima). Shodno tome, najpoželjnije je da varijanta sekvence mikrobiote bude varijanta sekvence bakterije (humanog) creva (tj. varijanta sekvence bakterija koje borave u (ljudskom) crevu).
[0023] Dok se mikrobiota može naći u i na mnogim višećelijskim organizmima (svim višećelijskim organizmima proučavanim do danas, od biljaka do životinja), mikrobioti koja se nalazi u i na ljudima se daje prednost. Takva mikrobiota se ovde pominje kao „ljudska/humana mikrobiota” (gde se izraz čovek odnosi specifično na lokalizaciju/prebivalište mikrobiote). U kontekstu predmetnog pronalaska, varijanta sekvence mikrobiote je varijanta sekvence humane mikrobiote.
[0024] Poželjno, antigenski peptid kao što je ovde opisan može se ko-administrirati ili povezati, na primer, kovalentnom ili nekovalentnom vezom, sa proteinom/peptidom koji ima imuno-adjuvantna svojstva, kao što je obezbeđivanje stimulacije CD4+ Th1 ćelija. Dok se antigenski peptid, kako je ovde opisan, poželjno vezuje za MHC klasu I, CD4+ epitopi pomagači mogu se dodatno koristiti da bi se obezbedio efikasan imuni odgovor. Th1 ćelije pomagači su u stanju da održe efikasnu aktivaciju dendritskih ćelija (DC) i specifičnu aktivaciju CTL tako što luče interferon-gama (IFN- γ), faktor nekroze tumora-alfa (TNF- α) i interleukin-2 (IL-2) i pojačavaju ekspresiju kostimulatornog signala na DC i T ćelijama (Galaine et al., Interest of Tumor-Specific CD4 T Helper 1 Cells for Therapeutic Anticancer Vaccine. Vaccines (Basel).2015 Jun 30;3(3):490-502).
[0025] Na primer, adjuvantni peptid/protein može poželjno da se razlikuje od antigenskog peptida prema predmetnom pronalasku. Poželjno, adjuvantni peptid/protein je sposoban da opozove imunološku memoriju ili obezbedi nespecifičnu pomoć ili može da bude specifični peptid pomagač. Nekoliko peptida pomagača je opisano u literaturi za pružanje nespecifične pomoći T ćelijama, kao što je peptid pomagač tetanusa, peptid hemocijanina ključaonice ili PADRE peptid (Adotévi et al., Targeting antitumor CD4 helper T cells with universal tumor-reactive helper peptides derived from telomerase for cancer vaccine. Hum Vaccin Immunother. 2013 May;9(5):1073-7, Slingluff CL, The present and future of peptide vaccines for cancer: single or multiple, long or short, alone or in combination? Cancer J. 2011 Sep- Oct;17(5):343-50). Shodno tome, peptid pomagač tetanusa, peptid hemocijanina ključaonice i PADRE peptid su poželjni primeri takvih adjuvantnih peptida/proteina. Posebno, antigenski peptid kako je ovde opisan, ili polipeptid koji sadrži dati antigenski peptid, može biti vezan, na primer kovalentnom ili nekovalentnom vezom, za HHD-DR3 peptid sekvence MAKTIAYDEEARRGLERGLN (SEQ ID NO: 856). Ovaj peptid predstavlja još jedan primer peptida pomagača (koji ima svojstva imuno-adjuvansa), koji je poželjan u kontekstu predmetnog pronalaska. Drugi poželjni primer je h-pAg T13L (sekvenca: TPPAYRPPNAPIL; SEQ ID NO: 860; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MHCBN: sveobuhvatna baza podataka o MHC vezujućim i nevezujućim peptidima. Bioinformatics 19: 665-666). Dalji primeri poželjnih peptida pomagača uključuju UCP2 peptid (na primer, kako je opisano u WO 2013/135553 A1 ili u Dosset M, Godet Y, Vauchy C, Beziaud L, Lone YC, Sedlik C, Liard C, Levionnois E, Clerc B, Sandoval F, Daguindau E, Wain-Hobson S, Tartour E, Langlade-Demoyen P, Borg C, Adotévi O: Universal cancer peptide-based therapeutic vaccine breaks tolerance against telomerase and eradicates established tumor. Clin Cancer Res. 2012 Nov 15;18(22):6284-95. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-12-0896. Epub 2. oktobar 2012) i BIRC5 peptid (na primer kako je opisano u EP2119726 A1 ili u Widenmeyer M, Griesemann H, Stevanovic ́ S, Feyerabend S, Klein R, Attig S, Hennenlotter J, Wernet D, Kuprash DV, Sazykin AY, Pascolo S, Stenzl A, Gouttefangeas C, Rammensee HG: Promiscuous survivin peptide induces robust CD4+ T-cell responses in the majority of vaccinated cancer patients. Int J Cancer. 1. jul 2012;131(1):140-9. doi: 10.1002/ijc.26365. Epub, 14. septembar 2011). Najpoželjniji peptid pomagač je UCP2 peptid (sekvenca amino-kiseline: KSVWSKLQSIGIRQH; SEQ ID NO: 859, na primer kako je opisanu u WO 2013/135553 A1 ili u Dosset et al., Clin Cancer Res.15. novembar 2012;18(22):6284-95.
[0026] Kako se ovde koristi, izraz „imunogena kompozicija” se odnosi na kompoziciju koja je u stanju da izazove, indukuje, poveća, produži ili održi imuni odgovor, posebno koja izaziva, indukuje, povećava, produžava ili održava imuni odgovor, kada se primenjuje kod sisara, a posebno kada se daje ljudskom pojedincu. Poželjno, imunogena kompozicija dalje sadrži jednu ili više imuno-adjuvansnih supstanci.
[0027] Pod „farmaceutski prihvatljivim ekscipijensom ili nosačem”, ovde se misli na jedinjenje farmaceutskog kvaliteta koje poboljšava isporuku, stabilnost ili biodostupnost aktivnog sredstva, i može se metabolisati od strane subjekta kome je administrirano i za koga je netoksično. Poželjni ekscipijensi i nosači prema pronalasku uključuju bilo koji od ekscipijenasa ili nosača koji se obično koriste u farmaceutskim proizvodima, kao što su, na primer, voda, fiziološki rastvor, fiziološki rastvor puferovan fosfatom, dekstroza, glicerol i etanol, kao i njihove kombinacije. U mnogim slučajevima, biće poželjno uključiti izotonične agense, na primer, šećere, polialkohole kao što su manitol, sorbitol, ili natrijum hlorid u kompoziciju. Farmaceutski prihvatljivi ekscipijensi ili nosači mogu dalje da sadrže manje količine pomoćnih supstanci kao što su sredstva za vlaženje ili emulgatori, ili konzervanse.
[0028] Pod „vakcinom” se ovde podrazumeva kompozicija koja je sposobna da stimuliše imuni sistem živog organizma tako da se obezbedi zaštita od štetnog antigena, bilo kroz profilaksu ili kroz terapiju. Poželjne su profilaktičke vakcine. Poželjno, vakcina ili kompozicija vakcine dalje sadrži jednu ili više imuno-adjuvantnih supstanci.
[0029] U skladu sa različitim aspektima i realizacijama pronalaska koji su ovde opisani, „subjekat” ili „domaćin” se prvenstveno odnosi na sisara, a najpoželjnije na ljudsko biće. Dati subjekt je možda imao, sumnjao da ima ili je u riziku od razvoja raka.
[0030] Izraz „rak”, kako se ovde koristi, odnosi se na malignu neoplazmu. Posebno, izraz „rak” se ovde odnosi na bilo kog člana klase bolesti ili poremećaja koje karakteriše nekontrolisana podela ćelija i sposobnost ovih ćelija da napadnu druga tkiva, bilo direktnim rastom u susedno tkivo putem invazije ili implantacijom u udaljena mesta putem metastaza. Metastaze se definišu kao stadijum u kome se ćelije raka transportuju kroz krvotok ili limfni sistem. Obuhvata, između ostalog, rak jednjaka, rak želuca, rak dvanaestopalačnog creva, rak tankog creva, rak slepog creva, rak debelog creva, rak kolona, rak rektuma, kolorektalni karcinom, analni rak, rak pankreasa, rak jetre, rak žučne kese, rak slezine, rak bubrega, rak mokraćne bešike, rak prostate, rak testisa, rak materice, rak endometrijuma, rak jajnika, rak vagine, rak vulve, rak dojke, rak pluća, rak štitne žlezde, rak timusa, rak mozga, rak nervnog sistema, gliomi, rak usne duplje, rak kože, rak krvi, limfomi, rak oka, rak kostiju, rak kosne srži, rak mišića. U kontekstu predmetnog pronalaska, poželjni su melanom, karcinom glave i vrata, dojke, kolorektalnog ili bubrežnog karcinoma (kao što je lucidocelularni karcinom bubrežnih ćelija).
[0031] Kako se ovde koristi, izraz „koji prevenira”, „prevencija”, „profilaksa” ili „sprečavanje” uopšteno znači izbegavanje ili minimiziranje početka ili razvoja bolesti ili stanja pre njenog početka, dok izraz „koji leči, „lečenje” ili „lečiti” obuhvata smanjenje, poboljšanje ili izlečenje bolesti ili stanja (ili simptoma bolesti ili stanja) nakon njenog početka. Izraz „prevencija” obuhvata „smanjenje verovatnoće pojave” ili „smanjenje verovatnoće ponovnog pojavljivanja”.
[0032] „Efektivna količina” ili „efikasna doza” kako se ovde koristi je količina koja obezbeđuje željeni efekat. Za terapeutske svrhe, efektivna količina je količina dovoljna da obezbedi koristan ili željeni klinički rezultat. Poželjnu efektivnu količinu za datu primenu stručnjak može lako odrediti uzimajući u obzir, na primer, veličinu, starost, težinu subjekta, tip bolesti/poremećaja koji treba sprečiti ili lečiti, i količinu vremena otkako je bolest/poremećaj počeo. U kontekstu predmetnog pronalaska, u smislu prevencije ili lečenja, efektivna količina kompozicije je količina koja je dovoljna da izazove humoralni i/ili ćelijski posredovan imuni odgovor usmeren protiv bolesti/poremećaja.
[0033] U celoj ovoj specifikaciji i patentnim zahtevima koji slede, osim ako kontekst ne zahteva drugačije, izraz „sadrži” i varijacije kao što su „sadrže” i „koji sadrži”, podrazumevaće uključivanje navedenog elementa, celog broja ili koraka, ali ne i isključivanje bilo kog drugog nenavedenog elementa, celog broja ili koraka. Izraz „sastoji se od” je posebna realizacija izraza „sadrži”, pri čemu je isključen bilo koji drugi nenavedeni element, ceo broj ili korak. U kontekstu predmetnog pronalaska, izraz „sadrži” obuhvata izraz „sastoji se od”. Izraz „sadrži” stoga obuhvata „uključuje” kao i „koji se sastoji od” npr. kompozicija „koja sadrži” X može se sastojati isključivo od X ili može uključivati nešto dodatno npr. X Y.
[0034] Izrazi „a” i „an” i „the” (u engleskoj verziji) i slične reference koje se koriste u kontekstu opisa pronalaska (posebno u kontekstu patentnih zahteva) treba da se tumače tako da pokrivaju i jedninu i množinu, osim ako je drugačije naznačeno ovde ili je jasno naznačeno suprotno kontekstom. Navođenje raspona vrednosti ovde je samo namenjeno da služi kao stenografski metod za pojedinačno upućivanje na svaku zasebnu vrednost koja spada u raspon. Osim ako nije drugačije naznačeno ovde, svaka pojedinačna vrednost je uključena u specifikaciju kao da je ovde pojedinačno navedena. Nijedan jezik u specifikaciji ne bi trebalo da se tumači kao da ukazuje na bilo koji element na koji se ne traži zaštita bitna za primenu pronalaska.
[0035] Izraz Izraz „u suštini” ne isključuje „potpuno”, na primer, kompozicija koja je „u suštini bez” od Y može biti potpuno bez Y. Gde je potrebno, izraz „u suštini” može biti izostavljen iz definicije pronalaska.
[0036] Izraz „oko” u odnosu na numeričku vrednost x znači x ± 10%.
[0037] Dodatne definicije su date kroz čitavu specifikaciju.
[0038] Predmetni pronalazak se može lakše razumeti uz upućivanje na sledeći detaljni opis, uključujući poželjne realizacije pronalaska i primere ovde uključene.
DETALJNI OPIS PRONALASKA
[0039] Predmetni pronalazači su identifikovali skup antigenskih peptida koji se mogu koristiti da izazovu specifičan imuni odgovor protiv tumorskih ćelija. Ti antigenski peptidi se razlikuju od (fragmenata) humanih tumorskih antigena, ali imaju sličnost amino-kiselina, kao što je prikazano u Tabeli 1A i Tabeli 1B.
[0040] Posebno, antigenski peptidi koji su ovde stavljeni na uvid javnosti su sadržani u polipeptidima i proteinima koje proizvode komenzalne bakterije iz creva čoveka. Shodno tome, antigenski peptidi kako su ovde opisani nisu humane sekvence, već bakterijske sekvence. Bez želje da budu vezani nekom posebnom teorijom, pronalazači veruju da humani imunološki repertoar sadrži klonove T-ćelija koji su reaktivni na bakterijske peptide (sadrže ih proteini koje proizvode komenzalne bakterije iz creva), koji imaju sličnost amino-kiselina sa fragmentima humanih tumorskih antigena. Posebno, antigenski peptidi kao što su ovde opisani mogu izazvati jači imuni odgovor od odgovarajućih humanih peptida, pošto su T ćelije sposobne da prepoznaju striktno humane peptide iscrpljene da prepoznaju autoantigene tokom sazrevanja, što nije slučaj za antigene peptide kako je ovde opisano. Ovo može objasniti zašto su antigenski peptidi opisani ovde u stanju da indukuju imuni odgovor, a posebno T-ćelijski odgovor, kada se ovi peptidi daju (ljudskom) pojedincu.
[0041] Shodno tome, pronalazači veruju da su proteini koje proizvode komenzalne bakterije iz creva u stanju da „imitiraju” tumorske antigene i da se mogu koristiti za pokretanje specifičnog imunološkog odgovora protiv tumorskih ćelija. Ovi nalazi pružaju dodatne dokaze da komenzalne bakterije mogu doprineti iskorenjivanju tumorskih ćelija.
[0042] Antigenski peptidi koji su ovde stavljeni na uvid javnosti mogu biti pripremljeni korišćenjem dobro poznatih tehnika. Na primer, peptidi se mogu pripremiti sintetički, tehnologijom rekombinantne DNK ili hemijskom sintezom. Peptidi koji su ovde stavljeni na uvid javnosti mogu se sintetizovati pojedinačno ili kao duži polipeptidi koji sadrže dva ili više peptida (npr. dva ili više peptida ili peptid i nepeptid). Antigenski peptidi mogu biti izolovani, tj. prečišćeni da budu suštinski bez drugih proteina koji se prirodno javljaju u ćeliji domaćina i njihovih fragmenata, npr. najmanje oko 70%, 80% ili 90% prečišćeni. Poželjno, antigenski peptidi koji su ovde stavljeni na uvid javnosti su izolovani antigenski peptidi.
Antigenski peptidi
[0043] U prvom aspektu, predmetni pronalazak obezbeđuje antigenski peptid koji se sastoji od sekvence aminokiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32.
[0044] Ovde su opisani antigenski peptidi koji imaju sličnost amino-kiselina sa tumorskim antigenom. Izraz „koji ima sličnost amino-kiselina sa tumorskim antigenom” kako se ovde koristi, odnosi se posebno na varijantu sekvence fragmenata (referentnog) humanog tumorskog antigena, kao što je IL13RA2 ili druge date primere humanih tumorskih antigena opisanih ispod u Tabelama 1A i 1B. „Varijanta sekvence” obično deli, posebno po celoj dužini sekvence, najmanje 50% identiteta sekvence sa referentnom sekvencom, naime, fragmentom (referentnog) tumorskog antigena. Poželjno, varijanta sekvence deli najmanje 60%, poželjno najmanje 70%, poželjno najmanje 75%, poželjnije najmanje 80%, još poželjnije najmanje 85%, još poželjnije najmanje 90%, posebno poželjno najmanje 95%, a najpoželjnije najmanje 99% identiteta sekvence sa referentnom sekvencom, naime, fragmentom (referentnog) tumorskog antigena. Identitet sekvence može da se izračuna kao što je poznato u tehnici, posebno kao što je opisano u nastavku teksta. Poželjno, varijanta sekvence čuva specifičnu funkciju referentne sekvence, na primer, njenu funkciju epitopa tumora i/ili njenu sposobnost da izazove ili održi imuni odgovor. Posebno, varijanta sekvence amino-kiseline ima izmenjenu sekvencu u kojoj je jedna ili više amino-kiselina u referentnoj sekvenci mutirana, npr. obrisana ili supstituisana, ili je jedna ili više amino-kiselina umetnuta u sekvencu referentne sekvence amino-kiseline. Na primer, varijantne sekvence koje su najmanje 90% identične nemaju više od 10 alteracija, tj. bilo koje kombinacije delecija, insercija ili supstitucija, na 100 amino-kiselina referentne sekvence.
[0045] Postupci za poređenje identiteta (sličnosti) dve ili više sekvenci su dobro poznati u tehnici. Procenat u kome su dve sekvence identične može se, na primer, odrediti korišćenjem matematičkog algoritma. Preferirani primer matematičkog algoritma koji se može koristiti je algoritam od Karlin et al. (1993), PNAS USA, 90:5873-5877. Takav algoritam je integrisan u BLAST familiju programa, npr. BLAST ili NBLAST program (videti, takođe, Altschul et al., 1990, J. Mol. Biol. 215, 403-410 ili Altschul et al. (1997), Nucleic Acids Res, 25:3389-3402), koji su dostupni preko početne stranice NCBI na sajtu ncbi.nlm.nih.gov) i FASTA (Pearson (1990), Methods Enzymol. 183, 63-98; Pearson and Lipman (1988), Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 85, 2444-2448). Ovi programi mogu identifikovati sekvence koje su u određenoj meri identične drugim sekvencama. Štaviše, programi dostupni u Viskonsin paketu za analizu sekvenci (Wisconsin Sequence Analysis Package), verzija 9.1 (Devereux et a/., 1984, Nucleic Acids Res., 387-395), na primer, programi BESTFIT i GAP, takođe mogu da se koriste za određivanje % identiteta između dva polinukleotida i % identiteta između dve (poli)peptidne sekvence. BESTFIT koristi algoritam „lokalne homologije” od Smith and Waterman (1981), J. Mol. Biol.147, 195-197 i pronalazi najbolji pojedinačni region sličnosti između dve sekvence.
[0046] „Fragment” (referentnog) tumorskog antigena, koji obično služi kao referentna sekvenca, poželjno sadrži najmanje sedam, poželjnije najmanje osam i najpoželjnije (najmanje) devet amino-kiselina ili deset amino-kiselina. Podrazumeva se da „fragment” (referentnog) tumorskog antigena (proteina) nije tumorski antigen (protein) pune dužine. Shodno tome, „fragment” (referentnog) tumorskog antigena može imati maksimalnu dužinu od 95%, 90%, 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55%, 50%, 45 %, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2% ili 1% punog (referentnog) tumorskog antigena. U nekim realizacijama, dužina fragmenta (referentnog) tumorskog antigena ne prelazi 50% dužine (pune dužine) (referentnog) tumorskog antigena. U drugim realizacijama, dužina fragmenta (referentnog) tumorskog antigena ne prelazi 20% ili 10% dužine (pune dužine) (referentnog) tumorskog antigena.
[0047] Tabela 1A u nastavku daje pregled antigenskih peptida opisanih ovde, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, sa njihovim sekvencama amino-kiselina i SEQ ID NOs i sa odgovarajućim fragmentom/epitopom humanog tumorskog antigena (koji se ovde, takođe, naziva „humani referentni peptid”). Tabela 1A, takođe, pruža informacije o tome na koji tumorski antigen se odnosi svaki antigenski peptid. SEQ ID NOs 1 do 580 i 861 do 887 odnose se na antigenske peptide kako je ovde opisano.
Tabela 1A. Antigenski peptidi
(nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
1 (nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
1 (nastavak)
(nastavak)
1 (nastavak)
1 (nastavak)
1 (nastavak)
1 (nastavak)
1 (nastavak)
2 (nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
2 (nastavak)
[0048] Kao što se može zaključiti iz Tabele 1A, antigenski peptidi kao što su ovde opisani mogu da se kategorišu prema odgovarajućem „humanom referentnom peptidu” i prema odgovarajućem tumorskom antigenu.
[0049] Antigenski peptid prema predmetnom pronalasku je varijanta sekvence mikrobiote fragmenta tumorskog antigena BIRC5 (humani referentni peptid), kao što je „LTLGEFLKL” (SEQ ID NO: 593). Antigenski peptid se sastoji od SEQ ID NO: 32.
[0050] Kao što je prikazano u primerima ovde, dati primeri antigenskih peptida kako su ovde stavljeni na uvid javnosti, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, omogućavaju podizanje snažnog imunološkog odgovora protiv samih sebe, i što je najvažnije, omogućavaju podizanje snažnog imunog odgovora protiv peptida koji imaju sličnosti amino-kiselina sa njima, a koji su sadržani u tumorskom antigenu, čak i ako humani referentni peptidi sadržani u tumorskom antigenu mogu biti tolerogeni.
Peptid-MHC (pMHC) multimeri koji sadrže antigenski peptid
[0051] U daljem aspektu, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje peptid-MHC (pMHC) multimer koji sadrži antigenski peptid prema predmetnom pronalasku.
[0052] Kako se ovde koristi, izraz „peptid-MHC multimer” (pMHC) se odnosi na stabilan multimerni kompleks sastavljen od proteinskih podjedinica glavnog kompleksa histokompatibilnosti (MHC) napunjenih antigenskim peptidom pronalaska. Generalno, „MHC multimeri” su oligomerni oblici MHC molekula. Glavna funkcija MHC molekula je da se veže za antigen. Prema pronalasku, dati antigen je antigenski peptid prema pronalasku. Shodno tome, kompleks MHC proteina „napunjen” antigenskim peptidom pronalaska obično znači da je antigenski peptid pronalaska vezan za jedan ili više MHC proteina. „Peptid-MHC multimeri” (pMHC) pronalaska uključuju peptid-MHC dimer, trimer, tetramer, pentamer, heksamer, heptamer ili oktamer. MHC tetrameri i pentameri su poželjni. Izraz „Glavni kompleks histokompatibilnosti” (MHC) je generička oznaka namenjena da obuhvati sisteme antigena histokompatibilnosti opisane u različitim vrstama, uključujući humane leukocitne antigene (HLA). Kod ljudi postoje tri glavna različita genska lokusa koji kodiraju molekule MHC klase I: HLA- A, HLA-B i HLA-C. HLA-A*01, HLA-A*02 i HLA-A*11 su primeri različitih alela MHC klase I koji se mogu eksprimovati iz ovih lokusa.
[0053] U jednoj realizaciji pronalaska, pMHC multimer je peptidni / MHC klase I multimer. U drugoj posebnoj realizaciji, pMHC multimer je HLA koji odgovara MHC klasi I / peptidnom multimeru. Shodno tome, pMHC multimer može biti HLA-peptidni multimer izabran iz grupe koju čine HLA-A-peptidni multimer, HLA-B-peptidni multimer, HLA-C-peptidni multimer, HLA-E-peptidni multimer, MICA-peptidni multimer i MICB-peptidni multimer.
[0054] Postupci za dobijanje pHMC multimera su poznati u tehnici i opisani, na primer, u WO96/26962 i WO01/18053.
[0055] Pored MHC molekula i antigenskog peptida pronalaska, pMHC može sadržati dalje komponente, kao što je agens za multimerizaciju i/ili oznaku (npr. za vizuelizaciju). Primeri oznaka uključuju fluorescentne oznake, npr. fluorescentno obeležene proteine, kao što je streptavidin. Fluorescentne oznake uključuju alofikocijanin (APC), fikoeritrin (PE), R-fikoeritrin (R-PE) i fluorescein izotiocijanat (FITC). Poželjna oznaka je biotin.
[0056] U jednoj realizaciji pronalaska, dati pMHC multimer može da se koristi za vizuelizaciju populacija T ćelija koje su specifične za peptidni kompleks MHC klase I ili HLA koji odgovaraju MHC klasi I / peptidnom kompleksu kao što je gore opisano. Na primer, pMHC multimer može biti multimer gde je teški lanac MHC biotinilovan, što omogućava kombinaciju kao tetramer sa streptavidinom. Takav pMHC tetramer ima povećanu avidnost za odgovarajuće TCR-nosače T limfocite i stoga se može koristiti za vizuelizaciju reaktivnih populacija imunofluorescencijom. U drugoj realizaciji pronalaska, dati pMHC multimer se može koristiti za detekciju i/ili izolaciju skriningom (protočnom citometrijom ili imunomagnetnim skriningom) populacija T ćelija koje su specifične za pMHC kompleks kao što je gore opisano.
Ćelije napunjene antigenskim peptidom
[0057] U daljem aspektu, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje ćeliju napunjenu antigenskim peptidom prema predmetnom pronalasku. Posebno, poželjne realizacije antigenskog peptida kao što je gore opisano takođe se primenjuju na takvu ćeliju prema predmetnom pronalasku. Na primer, antigenski peptid napunjen u ćeliju poželjno sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580 i 861 do 887, kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580. Na primer, antigenski peptidi koji sadrže ili se sastoje od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 30, 32, 194, 220, 254 ili 255 su posebno poželjni. Takođe su poželjne njihove kombinacije, naime, ćelije napunjene različitim antigenskim peptidima kao što je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku).
[0058] Poželjna ćelija napunjena antigenskim peptidom prema predmetnom pronalasku je antigen prezentujuća ćelija (APC), poželjnije dendritska ćelija (DC).
[0059] APC su od posebnog interesa, jer je njihova glavna funkcija da obrađuju antigene i da ih na površini ćelije prezentuju T ćelijama imunog sistema, kako bi inicirali i modulirali odgovore T-ćelija in vivo. U kontekstu predmetnog pronalaska, poželjno je da su APC napunjeni antigenskim peptidom. Ovo se može postići izlaganjem APC-a in vitro sa datim antigenskim peptidom (kao što je opisano u Rizzo MM, Alaniz L, Mazzolini G. Ex vivo loading of autologous dendritic cells with tumor antigens. Methods Mol Biol. 2014;1139:41-4; Rolinski J, Hus I. Breaking immunotolerance of tumors: a new perspective for dendritic cell therapy. J Immunotoxicol.2014 Oct;11(4):311-8).
[0060] Poželjni APC prema pronalasku su dendritske ćelije (DC). Zaista može biti korisno kombinovati najmanje jedan antigenski peptid kao što je ovde opisano sa DC, pošto su oni najmoćniji APC i za koje se prijavljuje da su često funkcionalno defektni kod pacijenata sa rakom. Stručnjak u ovoj oblasti može lako da dobije DC ili od zdravih kompatibilnih donora (tj. DC su povezani sa HLA) ili od samog pacijenta pod uslovom da su funkcionalni (tj. DC su autologni), na primer direktnom izolacijom iz periferne krvi ili derivacijom iz ćelija periferne krvi kao što su CD14+ monociti ili CD34+ hematopoetski prekursori (Figdor CG, de Vries IJ, Lesterhuis WJ, Melief CJ. Dendritic cell immunotherapy: mapping the way. Nat Med.2004 May;10(5):475-80). DC se zaista mogu razlikovati od drugih ćelija periferne krvi po svojim površinskim markerima, kao što su 5100, p55, CD83 i/ili OX62, i stoga mogu biti izolovani i prečišćeni na osnovu navedenih markera korišćenjem tehnika ćelijskih kultura koje su dobro poznate u tehnici.
Nukleinske kiseline koje kodiraju antigene peptide i ćelije domaćina koje sadrže nukleinske kiseline
[0061] U daljem aspektu, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje nukleinsku kiselinu koja kodira antigenski peptid prema predmetnom pronalasku. Posebno, poželjne realizacije antigenskog peptida kao što je gore opisano, takođe, se primenjuju na takvu nukleinsku kiselinu prema predmetnom pronalasku. Na primer, antigenski peptid kodiran nukleinskom kiselinom poželjno sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580 i 861 do 887, kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580. Na primer, antigenski peptidi koji sadrže ili se sastoje od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 30, 32, 194, 220, 254 ili 255 su posebno poželjni. Takođe su poželjne njihove kombinacije, naime, nukleinske kiseline koje kodiraju različite antigene peptide kako je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku.
[0062] Nukleinske kiseline poželjno obuhvataju jednolančane, dvolančane ili delimično dvolančane nukleinske kiseline, poželjno izabrane iz gDNK, cDNK, RNK, antisens DNK, antisens RNK, komplementarnih RNK/DNK sekvenci sa ili bez ekspresionih elemenata, mini-geni, fragmenati gena, regulatorni elementi, promotori i njihove kombinacije. Dalji poželjni primeri nukleinske kiseline (molekula) i/ili polinukleotida uključuju, npr., rekombinantni polinukleotid, vektor, oligonukleotid, RNK molekul kao što je rRNK, mRNK ili tRNK, ili DNK molekul kao što je gore opisano. Stoga je poželjno da nukleinska kiselina (molekul) bude molekul DNK ili RNK molekul; poželjno izabran iz gDNK; cDNK; rRNK; mRNK; antisens DNK; antisens RNK; komplementarne RNK i/ili DNK sekvence; RNK i/ili DNK sekvence sa ili bez ekspresionih elemenata, regulatornih elemenata i/ili promotora; vektor; i njihove kombinacije.
[0063] Od velikog je interesovanja u oblastima terapije, dijagnostike, reagenasa i bioloških testova da se može isporučiti nukleinska kiselina, na primer, ribonukleinska kiselina (RNK) unutar ćelije, bilo in vitro, in vivo, in situ ili ex vivo, kako bi se izazvala intracelularna translacija nukleinske kiseline i proizvodnja kodiranog peptida od interesa. Od posebnog značaja je isporuka i funkcija neintegrativnog polinukleotida. Shodno tome, poželjne su nukleinske kiseline, koje se ne integrišu u hromozome domaćina, kao što je mRNK. Generalno, nukleinske kiseline, kao što je mRNK, mogu biti optimizovane za ekspresiju antigenskog peptida pronalaska, npr. postupcima poznatim u tehnici, kao što je optimizacija kodona. Pored toga, nukleinska kiselina može biti modifikovana, na primer, da bi se poboljšala njena stabilnost, produžio njen životni vek i/ili da bi se povećala ekspresija antigenskog peptida pronalaska. Shodno tome, poželjna je optimizovana ili modifikovana mRNK (mmRNK), koja kodira antigenski peptid prema predmetnom pronalasku. mmRNK se razlikuje od mRNK divljeg tipa po svojim funkcionalnim i/ili strukturnim karakteristikama dizajna za optimalnu isporuku mRNK i/ili za optimalnu ekspresiju antigenskog peptida pronalaska (na primer kako je opisano u WO 2013/151672 A2, WO 2013/101690 A1, WO2013/052523 A). Uopšteno, nukleinske kiseline se mogu isporučiti „gole” ili povezane sa nosačem, npr. katjonskim nosačem. Katjonski nosači (pozitivno naelektrisani) se obično lako povezuju sa nukleinskim kiselinama, koje su negativno naelektrisane. Nosač može biti bilo koje vrste uključujući, na primer, polimere, proteine, lipide i nanočestice. Katjonski lipidi i nanočestice (naročito lipidne nanočestice, LNP) su poželjni za isporuku nukleinske kiseline. Shodno tome, predmetni pronalazak, takođe,
2
obezbeđuje nukleinsku kiselinu kako je ovde opisana povezanu sa nosačem (npr. lipid, posebno katjonski lipid ili LNP).
[0064] U nekim realizacijama, molekul nukleinske kiseline može biti vektor. Izraz „vektor”, kako se koristi u kontekstu predmetnog pronalaska, odnosi se na molekul nukleinske kiseline, poželjno na molekul veštačke nukleinske kiseline, tj. na molekul nukleinske kiseline koji se ne pojavljuje u prirodi. Vektor u kontekstu predmetnog pronalaska je pogodan za inkorporaciju ili ukotvljavanje željene sekvence nukleinske kiseline. Takvi vektori mogu biti vektori za skladištenje, ekspresioni vektori, vektori za kloniranje, vektori za prenos. Vektor za skladištenje je vektor koji omogućava pogodno skladištenje molekula nukleinske kiseline. Dakle, vektor može da sadrži sekvencu koja odgovara, na primer, antigenskom peptidu prema predmetnom pronalasku. Ekspresioni vektor se može koristiti za proizvodnju ekspresionih proizvoda kao što je RNK, npr. mRNK, ili peptidi, polipeptidi ili proteini. Na primer, ekspresioni vektor može da sadrži sekvence potrebne za transkripciju dela sekvence vektora, kao što je sekvenca promotora. Vektor za kloniranje je obično vektor koji sadrži mesto za kloniranje, koje se može koristiti za inkorporiranje sekvenci nukleinske kiseline u vektor. Vektor za kloniranje može biti, na primer, vektor plazmida ili vektor bakteriofaga. Vektor za prenos može biti vektor koji je pogodan za prenos molekula nukleinske kiseline u ćelije ili organizme, na primer, virusni vektor. Vektor u kontekstu predmetnog pronalaska može biti, na primer, RNK vektor ili DNK vektor. Poželjno, vektor je molekul DNK. Na primer, vektor u smislu ove prijave sadrži mesto kloniranja, selekcioni marker, kao što je faktor otpornosti na antibiotike, i sekvencu pogodnu za umnožavanje vektora, kao što je početak replikacije. Poželjno, vektor u kontekstu predmetne prijave je plazmidni vektor. Poželjno, vektor u kontekstu predmetne prijave je ekspresioni vektor. Poželjni vektor je vektor za ekspresiju u bakterijskim ćelijama. Još poželjnije, vektor je koristan za ekspresiju u takozvanim „vektorima žive bakterijske vakcine”, pri čemu žive bakterijske ćelije (kao što su bakterije ili bakterijske spore, npr. endospore, egzospore ili mikrobne ciste) mogu da služe kao vakcine. Nјihovi poželjni primeri su opisani u da Silva et al., Live bacterial vaccine vectors: an overview; Braz J Microbiol. 4. mart 2015;45(4):1117-29.
[0065] Nukleinske kiseline koje kodiraju antigenski peptid prema pronalasku mogu biti u obliku golih nukleinskih kiselina, ili nukleinskih kiselina kloniranih u plazmide ili virusne vektore (Tregoning and Kinnear, Using Plasmids as DNA Vaccines for Infectious Diseases. Microbiol Spectr. 2014 Dec;2(6). doi: 10.1128/microbiolspec.PLAS-0028-2014), ovo drugo je posebno poželjno. Primeri pogodnih virusnih vektora prema pronalasku obuhvataju vektore retrovirusa, adenovirusa, adeno asociranog virusa (AAV), virusa herpesa i poksvirusa. U okviru veštine stručnjaka u tehnici je da klonira nukleinsku kiselinu u plazmid ili virusni vektor, koristeći standardne rekombinantne tehnike u stanju tehnike.
[0066] U daljem aspektu, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje ćeliju domaćina koja sadrži nukleinsku kiselinu prema predmetnom pronalasku. Takođe su poželjne njihove kombinacije, naime ćelije domaćina koje sadrže različite nukleinske kiseline koje kodiraju različite antigenske peptide kao što je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku.
[0067] Poželjno, nukleinska kiselina sadržana u ćeliji domaćinu je poželjno vektor. Poželjno, ćelija domaćin je bakterijska ćelija. Takva ćelija domaćin može se poželjno koristiti za proizvodnju antigenskog peptida prema predmetnom pronalasku. Štaviše, takva ćelija domaćina, takođe, može biti aktivna komponenta u vakcini.
[0068] Poželjno, ćelija domaćin je bakterijska ćelija, poželjnije bakterijska ćelija creva. Izraz „bakterijska ćelija creva” odnosi se na bakterije koje žive u (ljudskim) crevima.
[0069] Takva bakterijska ćelija domaćin može poslužiti kao „živi bakterijski vektor vakcine”, pri čemu žive bakterijske ćelije (kao što su bakterije ili bakterijske spore, npr. endospore, egzospore ili mikrobne ciste) mogu da služe kao vakcine. Nјihovi poželjni primeri su opisani u da Silva et al., Live bacterial vaccine vectors: an overview; Braz J Microbiol.2015 Mar 4;45(4):1117-29.
[0070] Bakterijske ćelije (kao što su bakterije ili bakterijske spore, na primer, endospore, egzospore ili mikrobne ciste), posebno (čitave) vrste crevnih bakterija, mogu biti od prednosti, jer imaju potencijal da izazovu veći imuni odgovor od (poli)peptida ili nukleinske kiseline koje sadrže.
[0071] Alternativno, bakterijske ćelije, posebno crevne bakterije, prema pronalasku mogu biti u obliku probiotika, tj. žive crevne bakterije, koje se na taj način mogu koristiti kao dodatak uz ishranu zbog zdravstvenih koristi koje mogu da pruže. Oni mogu biti, na primer, liofilizovani u granulama, pilulama ili kapsulama, ili direktno pomešani sa mlečnim proizvodima za konzumaciju.
Nanočestice koje sadrže antigenski peptid
[0072] U daljem aspektu, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje nanočesticu napunjenu antigenskim peptidom prema predmetnom pronalasku; i, opciono, sa pomoćnim sredstvom.
[0073] Posebno, poželjne realizacije antigenskog peptida kao što je gore opisano, takođe se primenjuju na takve nanočestice koje su prema predmetnom pronalasku. Na primer, antigenski peptid napunjen nanočesticom poželjno sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580 i 861 do 887, kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580. Na primer, antigenski peptidi koji sadrže ili se sastoje od sekvence amino-kiseline kao što
2
je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 30, 32, 194, 220, 254 ili 255 su posebno poželjni. Takođe su poželjne njihove kombinacije, naime, nanočestice napunjene različitim antigenskim peptidima kao što je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku.
[0074] Nanočestice, posebno za upotrebu kao vakcine, poznate su u tehnici i opisane, na primer, u Shao et al., Nanoparticle-based immunotherapy for cancer, ACS Nano 2015, 9(1):16-30; Zhao et al., Nanoparticle vaccines, Vaccine 2014, 32(3):327-37; i u Gregory et al., Vaccine delivery using nanoparticles, Front Cell Infect Microbiol.2013, 3:13, doi: 10.3389/fcimb.2013.00013. eCollection 2013, Review. Posebno, nanočestica se koristi za isporuku antigenskog peptida i opciono može, takođe, da deluje kao pomoćno sredstvo. Antigenski peptid je obično ili inkapsuliran unutar nanočestice ili povezan/vezan za (dekorisan na) površinu nanočestice („prevlaka”). U poređenju sa konvencionalnim pristupima, nanočestice mogu da zaštite teret (antigen/adjuvans) od okolnog biološkog miljea, povećaju poluživot, minimiziraju sistemsku toksičnost, promovišu isporuku u APC, ili čak direktno pokrenu aktivaciju TAA-specifičnih T- ćelija. Poželjno, nanočestica ima veličinu (prečnik) ne veću od 300 nm, poželjnije ne više od 200 nm i najpoželjnije ne više od 100 nm. Takve nanočestice su adekvatno zaštićene od unosa fagocita, sa visokim strukturnim integritetom u cirkulaciji i dugim vremenima cirkulacije, sposobne su da se akumuliraju na mestima rasta tumora i sposobne da prodru duboko u tumorsku masu.
[0075] Primeri nanočestica uključuju polimerne nanočestice kao što su poli(etilen glikol) (PEG) i poli (D,L-mlečnakoglikolna kiselina) (PLGA); neorganske nanočestice kao što su nanočestice zlata, zrna od gvožđe-oksida, nanočestice cink-oksida gvožđe-oksida, ugljenične nanocevi i mezoporozne nanočestice silicijum dioksida; lipozomi, kao što su katjonski lipozomi; imunostimulirajući kompleksi (ISCOM); čestice slične virusu (VLP); i proteini koji se samosastavljaju.
[0076] Polimerne nanočestice su nanočestice zasnovane na / sastoje se od polimera, kao što su poli(D,L-laktid-koglikolid) (PLG), poli(D,L-mlečna-koglikolna kiselina)(PLGA), poli(i-glutaminska kiselina) ( γ-PGA), poli(etilen glikol) (PEG) i polistiren. Polimerne nanočestice mogu da zarobe antigen (npr. antigenski peptid ili (poli)peptid koji ga sadrži) ili da se vežu za / konjugiraju sa antigenom (npr. antigenski peptid ili (poli)peptid koji ga sadrži). Polimerne nanočestice se mogu koristiti za isporuku, npr. određenim ćelijama, ili za održavanje oslobađanja antigena zahvaljujući njihovoj sporoj stopi biorazgradnje. Na primer, g-PGA nanočestice se mogu koristiti za inkapsulaciju hidrofobnih antigena. Nanočestice polistirena mogu se konjugovati sa različitim antigenima jer mogu biti površinski modifikovane različitim funkcionalnim grupama. Polimeri, kao što su poli(L-mlečna kiselina) (PLA), PLGA, PEG, i prirodni polimeri kao što su polisaharidi se, takođe, mogu koristiti za sintezu hidrogelnih nanočestica, koje su tip nano-veličine hidrofilne trodimenzionalne polimerne mreže. Nanogeli imaju povoljna svojstva uključujući fleksibilnu veličinu mreže, veliku površinu za multivalentnu konjugaciju, visok sadržaj vode i visok kapacitet punjenja za antigene. Shodno tome, poželjna nanočestica je nanogel, kao što je hitozan nanogel. Poželjne polimerne nanočestice su nanočestice zasnovane na / koje sadrže PEG i PLGA.
[0077] Neorganske nanočestice su nanočestice zasnovane na / koje sastoje se od neorganskih supstanci, a primeri takvih nanočestica uključuju nanočestice zlata, zrna oksida gvožđa, nanočestice cink-oksida gvožđe-oksida, nanočestice ugljenika (npr. ugljenične nanocevi) i mezoporozne nanočestice silicijum dioksida. Neorganske nanočestice obezbeđuju krutu strukturu i kontrolisanu sintezu. Na primer, nanočestice zlata mogu se lako proizvesti u različitim oblicima, kao što su sfere, šipke, kocke. Neorganske nanočestice mogu biti površinski modifikovane, npr. sa ugljenim hidratima. Ugljenične nanočestice obezbeđuju dobru biokompatibilnost i mogu se proizvoditi, na primer, kao nanocevi ili (mezoporozne) sfere. Na primer, više kopija antigenskog peptida prema predmetnom pronalasku (ili (poli)peptida koji ga sadrži) mogu biti konjugovane na nanočestice ugljenika, npr. ugljenične nanocevi. Mezoporozne ugljenične nanočestice su poželjnije za oralnu primenu. Nanočestice na bazi silicijum-dioksida (SiNP) su, takođe, poželjne. SiNPs su biokompatibilni i pokazuju odlična svojstva u selektivnom ciljanju tumora i isporuci vakcine. Obilne silanolne grupe na površini SiNP-a mogu se koristiti za dalju modifikaciju da bi se uvela dodatna funkcionalnost, kao što je prepoznavanje ćelija, apsorpcija specifičnih biomolekula, poboljšanje interakcije sa ćelijama i poboljšanje ćelijskog preuzimanja. Mezoporozne nanočestice dioksida su posebno poželjne.
[0078] Lipozomi se obično formiraju od fosfolipida, kao što je 1,2-dioleoil-3-trimetilamonijum propan (DOTAP). Generalno, poželjni su katjonski lipozomi. Lipozomi se samosastavljaju sa fosfolipidnom dvoslojnom membranom i vodenim jezgrom. Lipozomi se mogu generisati kao jednoslojni vezikuli (koji imaju jedan fosfolipidni dvosloj) ili kao višeslojni vezikuli (koji imaju nekoliko koncentričnih fosfolipidnih membrana razdvojenih slojevima vode). Shodno tome, antigeni mogu biti inkapsulirani u jezgru ili između različitih slojeva/membrana. Sistemi liposoma kojima se daje prednost su oni odobreni za upotrebu kod ljudi, kao što je Inflexal® V i Epaxal®.
[0079] Imunostimulišući kompleksi (ISCOM) su čestice poput kaveza od oko 40 nm (prečnika), koje su micele koje sadrže koloidni saponin, na primer, napravljene od pomoćnog saponina Quil-A, holesterola, fosfolipida i (poli)peptidnog antigena (kao što je antigenski peptid ili polipeptid koji ga sadrži). Ove sferne čestice mogu uhvatiti antigen apolarnim interakcijama. Opisana su dva tipa ISCOM-a, od kojih se oba sastoje od holesterola, fosfolipida (obično ili fosfatidiletanolamina ili fosfatidilholina) i saponina (kao što je Quil-A).
[0080] Čestice slične virusu (VLP) su samosastavljajuće nanočestice formirane samosastavljanjem biokompatibilnih kapsidnih proteina. Zbog prirodno optimizovane veličine nanočestica i ponavljajućeg strukturnog reda, VLP mogu da izazovu moćne imune odgovore. VLP-ovi mogu biti izvedeni iz različitih virusa sa veličinama u rasponu od 20 nm do
2
800 nm, obično u rasponu od 20 - 150 nm. VLP-ovi se mogu konstruisati da eksprimuju dodatne peptide ili proteine bilo spajanjem ovih peptida/proteina sa česticom ili ekspresijom više antigena. Štaviše, antigeni se mogu hemijski spojiti na površinu virusa da bi se proizveli biokonjugovani VLP.
[0081] Primeri samosastavljajućih proteina uključuju feritin i glavni svodni protein (MVP). Feritin je protein koji se može samostalno sastaviti u skoro sferičnu strukturu od 10 nm. Devedeset šest jedinica MVP-a može se samostalno sastaviti u nanočesticu svoda u obliku burenceta, veličine približno od 40 nm u širinu i 70 nm u dužinu. Antigeni koji su genetski fuzionisani sa minimalnim domenom interakcije mogu se upakovati u nanočestice svoda procesom samosastavljanja kada se pomešaju sa MVP-ovima. Shodno tome, antigen (kao što je antigenski peptid prema predmetnom pronalasku polipeptida koji ga sadrži) može biti fuzionisan sa samosastavljajućim proteinom ili sa njegovim fragmentom/domenom, kao što je domen minimalne interakcije MVP-a. Shodno tome, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje fuzioni protein koji sadrži samosastavljajući protein (ili njegov fragment/domen) i antigenski peptid prema predmetnom pronalasku.
[0082] Generalno, poželjni primeri nanočestica (NP) uključuju zrna od gvožđe oksida, polistirenske mikrosfere, poli(yglutaminske kiseline) ( γ-PGA) NP, gvožđe oksid-cink oksid NP, katjonizovane želatinske NP, pluronski stabilizovani poli(propilen sulfid) (PPS) NP, PLGA NP, (katjonske) lipozome, (pH-reagujuće) polimerne micele, PLGA, PLGA obložene membranom ćelija raka, lipid-kalcijum-fosfatne (LCP) NP, NP lipozoma-protamin-hijaluronske kiseline (LPH), zrna od polistirenskog lateksa, magnetna zrna, čestice gvožđe-dekstran i nanokristale kvantnih tačaka.
[0083] Poželjno, nanočestica dalje sadrži pomoćno sredstvo, na primer agonist toličnih receptora (TLR). Na taj način, antigenski peptid se može isporučiti zajedno sa adjuvansom, na primer, u antigen prezentujuće ćelije (APC), kao što su dendritske ćelije (DC). Adjuvans može biti inkapsuliran sa nanočesticama ili vezan/konjugovan sa površinom nanočestice, poželjno slično antigenskom peptidu.
[0084] Posebno poželjni adjuvansi su poliinozinska:policitidilna kiselina (takođe nazvana „poli I:C”) i/ili njen derivat poli-ICLC. Poli I:C je neusklađena dvolančana RNK pri čemu je jedan lanac polimer inozinske kiseline, a drugi polimer citidilne kiseline. Poli I:C je imunostimulant za koji je poznato da reaguje sa toličnim receptorom 3 (TLR3). Poli I:C je strukturno slična dvolančanoj RNK, koja je „prirodni” stimulans TLR3. Shodno tome, poli I:C se može smatrati sintetičkim analogom dvolančane RNK. Poli-ICLC je sintetički kompleks karboksimetilceluloze, poliinozinskepolicitidilne kiseline i dvolančane RNK poli-L-lizina. Slično poli I:C, poli-ICLC je takođe ligand za TLR3. Poli I:C i poli-ICLC tipično stimulišu oslobađanje citotoksičnih citokina. Poželjni primer poli-ICLC je Hiltonol®.
Farmaceutske kompozicije
[0085] U daljem aspektu, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži najmanje jedno od sledećeg:
- antigenski peptid prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisan,
- nanočesticu prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano, ili
- ćeliju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano,
i, opciono, jedan ili više farmaceutski prihvatljivih ekscipijenasa ili nosača.
[0086] Posebno, poželjne realizacije antigenskog peptida kao što je gore opisano se, takođe, primenjuju na takvu farmaceutsku kompoziciju prema predmetnom pronalasku. Na primer, antigenski peptid sadržan u farmaceutskoj kompoziciji ili antigenski peptid sadržan u bilo kojoj nanočestici ili ćeliji koju čini farmaceutska kompozicija poželjno sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580 i 861 do 887, kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580. Na primer, antigenski peptidi koji sadrže ili se sastoje od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo koji od SEQ ID NOs 30, 32, 194, 220, 254 ili 255 su posebno poželjni.
[0087] Takođe su poželjne njihove kombinacije, naime, farmaceutske kompozicije koje sadrže različite antigenske peptide kako je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku. Na primer, farmaceutska kompozicija može da sadrži
(i) najmanje dva različita antigena peptida prema predmetnom pronalasku; ili
(ii) najmanje dve različite nanočestice prema predmetnom pronalasku.
[0088] Shodno tome, predmetni pronalazak obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži (najmanje) jedan antigenski peptid prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano. Štaviše, predmetni pronalazak takođe obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži (najmanje) jednu nanočesticu prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano. Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži (najmanje) jednu ćeliju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano.
2
[0089] Poželjno, farmaceutska kompozicija sadrži najmanje dva različita antigenska peptida prema predmetnom pronalasku.
[0090] Posebno, predmetni pronalazak obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, i drugi antigenski peptid kao onaj koji je ovde opisan, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXM1. Prvi antigenski peptid se sastoji od varijante sekvence mikrobiote BIRC5 fragmenta (humani referentni peptid) „LTLGEFLKL” (SEQ ID NO: 593), naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32 , a drugi antigenski peptid poželjno sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta FOXM1 (humani referentni peptid) „LMDLSTTPL” (SEQ ID NO: 674), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence aminokiseline koja je izneta u SEQ ID NO: 220 ili 868. Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 32 i antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 220.
[0091] Posebno, predmetni pronalazak takođe obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, i drugi antigenski peptid kao što je ovde opisano, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta tumorskog antigena IL13RA2. Prvi antigenski peptid se sastoji od varijante sekvence mikrobiote BIRC5 fragmenta (humani referentni peptid) „LTLGEFLKL” (SEQ ID NO: 593), naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32 , a drugi antigenski peptid poželjno sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta IL13RA2 (humani referentni peptid) „WLPFGFILI” (SEQ ID NO: 691) ili „WLPFGFILIL” (SEQ ID NO: 692), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879. Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 32 i antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od od SEQ ID NO: 255.
[0092] Posebno, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži prvi antigenski peptid kako je ovde opisano, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXM1, i drugi antigenski peptid kako je ovde opisano, koji obuhvata ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena IL13RA2. Poželjno, prvi antigenski peptid sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote FOXM1 fragmenta (humani referentni peptid) „LMDLSTTPL” (SEQ ID NO: 674), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 220 ili 868, a drugi antigenski peptid sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta IL13RA2 (humani referentni peptid) „WLPFGFILI” (SEQ ID NO: 691) ili „WLPFGFILIL” (SEQ ID NO: 692), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879. Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 220 i antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 255.
[0093] Poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži najmanje tri različita antigenska peptida kako je ovde opisano prema predmetnom pronalasku.
[0094] Posebno, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje farmaceutsku kompoziciju koja sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, drugi antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXM1, i treći antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena IL13RA2. Poželjno, prvi antigenski peptid se sastoji od varijante sekvence mikrobiote BIRC5 fragmenta (humani referentni peptid) „LTLGEFLKL” (SEQ ID NO: 593), naime, antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kako je navedeno u SEQ ID BR: 32; drugi antigenski peptid sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote FOXM1 fragmenta (humani referentni peptid) „LMDLSTTPL” (SEQ ID NO: 674), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID BR: 220 ili 868; a treći antigenski peptid sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta IL13RA2 (humani referentni peptid) „WLPFGFILI” (SEQ ID NO: 691) ili „WLPFGFILIL” (SEQ ID NO: 692), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879.
[0095] Podrazumeva se da farmaceutska kompozicija može takođe da sadrži - umesto gore opisanih poželjnih kombinacija antigenskih peptida - odgovarajuću kombinaciju nanočestica pronalaska.
[0096] Poželjno, farmaceutska kompozicija dalje sadrži jedan ili više farmaceutski prihvatljivih ekscipijenasa ili nosača.
[0097] Farmaceutska kompozicija pronalaska može biti u bilo kom obliku pogodnom za svrhe pronalaska. Na primer, data kompozicija može biti u obliku pogodnom za parenteralnu, enteralnu ili topikalnu primenu, kao što je tečna suspenzija, čvrsti dozni oblik (granule, pilule, kapsule ili tablete) ili pasta ili gel. U okviru veštine stručnjaka u tehnici je da odabere odgovarajući oblik kompozicije za predviđenu svrhu.
[0098] Kompozicija prema pronalasku može dalje da sadrži druga aktivna sredstva, na primer takva koja mogu da pojačaju efekte antigenskog peptida. Alternativno, kompozicija može da ne sadrži bilo koje druge aktivne agense (tj.
2
osim antigenskog peptida prema predmetnom pronalasku, nanočestice prema predmetnom pronalasku ili ćelije prema predmetnom pronalasku).
[0099] Farmaceutska kompozicija kako je ovde definisana je poželjno imunogena kompozicija, tj. kompozicija koja je u stanju da indukuje, poveća, produži ili održi imuni odgovor. Ovo se može postići antigenskim peptidom prema predmetnom pronalasku. Poželjno, farmaceutska kompozicija dalje sadrži jednu ili više supstanci imuno-adjuvansa. Farmaceutska kompozicija, posebno imunogena kompozicija, se takođe može nazvati „kompozicija vakcine” u predmetnoj specifikaciji.
[0100] Poželjno, farmaceutska kompozicija dalje sadrži najmanje jedno imunostimulatorno sredstvo, posebno da bi se povećao, pojačao, produžio ili održao imunološki odgovor posredovan antigenskim peptidom. Poželjni imunostimulatorna sredstva prema pronalasku uključuju imunološke adjuvanse, antigen prezentujuće ćelije i njihove kombinacije. Poželjno, imunostimulatorno sredstvo je imunološki adjuvans ili antigen prezentujuće ćelije (APC).
[0101] Poželjno, imunostimulatorno sredstvo je imunološki adjuvans. Neki imunološki adjuvansi su sposobni da favorizuju i produže trajanje interakcije između antigena i imunog sistema, dok su drugi sposobni da regrutuju i aktiviraju ćelije prirodnog imuniteta tako da izazovu adaptivni odgovor. Adjuvansi koji pripadaju prvoj kategoriji uključuju mineralna jedinjenja kao što su stipsa, aluminijum hidroksid, aluminijum fosfat, kalcijum fosfat hidroksid; i emulzije na bazi ulja kao što su parafinsko ulje, skrobno ulje, Frojndov kompletan/nepotpuni adjuvans (FCA/FIA), saponini (npr. iz biljaka kvilaja, soja, senega). Adjuvansi koji pripadaju poslednjoj kategoriji uključuju imunostimulativne komplekse (ISCOM) kao što su citokini (npr. GM-CSF; interleukine kao što su IL-1, IL-2, IL6, IL8 ili IL12; faktore tumorske nekroze (TNF) kao što je TNF αili TNP β; Interferone IFNS kao što su IFN α, IfN β, IFN γor IFN δ,); ligande toličnih receptora (TLR) kao što su imikvimod, resikvimod ili MPL; egzozome kao što su egzozomi izvedeni iz dendritskih ćelija (DC) ili iz tumorskih ćelija; bakterijske proizvode kao što su proteini toplotnog šoka (HSP-ovi kao što su gp96, hsp90, hsp70, kalretikulin, hsp110, hsp170), molekularne obrasce povezane sa patogenom (PAMP), dimikolat (TDM), muramildipeptid (MDP), polisaharid (PLS) kao što je kao polisaharid-K.
[0102] Još poželjnije, imunološki adjuvans je protein/peptid koji ima svojstva imuno-adjuvansa, kao što je obezbeđivanje stimulacije CD4+ Th1 ćelija, kao što je ovde opisano. Njegov poželjan primer je netumorski antigen koji podseća na imunološku memoriju ili pruža nespecifičnu pomoć ili može biti specifičan peptid pomagač dobijen iz tumora, kao što je peptid pomagač tetanusa, peptid hemocijanina ključaonice ili PADRE peptid, kao što je ovde opisano. Drugi poželjni primer je specifični peptid pomagač izveden iz tumora, koji može biti predstavljen sa MHC II, posebno sa HLA-DR, HLA-DP ili HLA-DQ, kao što su fragmenti zajedničkih prekomerno eksprimovanih tumorskih antigena, npr. HER2, NY-ESO-1, hTERT ili IL13RA2, kao što je gore opisano. Posebno, imunološki adjuvans može biti HHD-DR3 peptid sekvence MAKTIAYDEEARRGLERGLN (SEQ ID NO: 856). Ovaj peptid predstavlja još jedan primer peptida pomagača (koji ima svojstva imuno-adjuvansa), koji je poželjan u kontekstu predmetnog pronalaska. Drugi poželjni primer je h-pAg T13L (sekvenca: TP- PAYRPPNAPIL; SEQ ID NO: 860; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MHCBN: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides. Bioinformatics 19: 665-666). Dalji primeri poželjnih imunoloških adjuvansa, posebno peptida pomagača, uključuju UCP2 peptid (na primer, kako je opisano u WO 2013/135553 A1 ili u Dosset et al.,. Clin Cancer Res. 2012 Nov 15;18(22):6284-95) i BIRC5 peptid (na primer, kako je opisano u EP2119726 A1 ili u Widenmeyer et al., Int J Cancer. 2012 Jul 1;131(1):140-9). Najpoželjniji peptid pomagač je UCP2 peptid (sekvenca amino-kiselina: KSVWSKLQSIGIRQH; SEQ ID NO: 859).
[0103] Poželjno, farmaceutska kompozicija sadrži najmanje dva različita antigenska peptida kao što je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859).
[0104] Poželjno, farmaceutska kompozicija sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, drugi antigenski peptid kako je ovde opisano koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXM1 i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859). Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32; drugi antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 220 ili 868; i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859). Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 32; antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 220; i UCP2 peptid pomagač (SEQ ID NO: 859).
[0105] Takođe je poželjno da farmaceutska kompozicija sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, drugi antigenski peptid kako je ovde opisano, koji sadrži ili koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena IL13RA2 i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859). Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32; drugi antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879; i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859). Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 32; antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 255; i UCP2 peptid pomagač (SEQ ID NO: 859).
[0106] Takođe je poželjno da farmaceutska kompozicija sadrži prvi antigenski peptid kako je ovde opisano koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXSM1; drugi antigenski peptid kako je ovde opisano koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta tumorskog antigena IL13RA2; i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859). Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži prvi antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta FOXM1 (humani referentni peptid) „LMDLSTTPL” (SEQ ID NO: 674), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiselinska kao što je navedeno u SEQ ID NO: 220 ili 868; drugi antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta IL13RA2 (humani referentni peptid) „WLP-FGFILI” (SEQ ID NO: 691) ili „WLPFGFILIL” (SEQ ID NO: 692), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879; i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859). Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 220; antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 255; i UCP2 peptid pomagač (SEQ ID NO: 859).
[0107] Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži najmanje tri različita antigenska peptida kao što je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859).
[0108] Posebno, farmaceutska kompozicija može da sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, drugi antigenski peptid kako je ovde opisano koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXM1, treći antigenski peptid kako je ovde opisano koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena IL13RA2 i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NE: 859). Još poželjnije, farmaceutska kompozicija sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32; drugi antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 220 ili 868; treći antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence aminokiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879; i peptid pomagač, poželjno UCP2 peptid (SEQ ID NO: 859).
[0109] Posebno poželjni imunološki adjuvansi su poliinozinska:policitidilna kiselina (takođe nazvana „poli I:C”) i/ili njen derivat poli-ICLC. Poli I:C je neusklađena dvolančana RNK pri čemu je jedan lanac polimer inozinske kiseline, a drugi polimer citidilne kiseline. Poli I:C je imunostimulant za koji je poznato da reaguje sa toličnim receptorom 3 (TLR3). Poli I:C je strukturno sličan dvolančanoj RNK, koja je „prirodni” stimulans TLR3. Shodno tome, poli I:C se može smatrati sintetičkim analogom dvolančane RNK. Poli-ICLC je sintetički kompleks karboksimetilceluloze, poliinozinske-policitidilne kiseline i dvolančane RNK poli-L-lizina. Slično poli I:C, takođe poli-ICLC je ligand za TLR3. Poli I:C i poli-ICLC obično stimulišu oslobađanje citotoksičnih citokina. Poželjni primer poli-ICLC je Hiltonol®.
[0110] Najpoželjnije, pomoćno sredstvo je Montanid, kao što je Montanide ISA 51 VG i/ili Montanide ISA 720 VG. Ovi adjuvansi daju stabilne emulzije voda u ulju kada se pomešaju sa antigenskim medijumima na bazi vode. Montanide ISA 51 VG je zasnovan na smeši manid monooleatnog surfaktanta i mineralnog ulja, dok Montanide ISA 720 VG koristi nemineralno ulje (Aucouturier J, Dupuis L, Deville S, Ascarateil S, Ganne V. Montanide ISA 720 and 51: a new generation of water in oil emulsions as adjuvants for human vaccines. Expert Rev Vaccines. 2002 Jun;1(1):111-8; Ascarateil S, Puget A, Koziol M-E. Safety data of Montanide ISA 51 VG and Montanide ISA 720 VG, two adjuvants dedicated to human therapeutic vaccines. Journal for Immunotherapy of Cancer. 2015;3(Suppl 2):P428. doi:10.1186/2051-1426-3-S2-P428).
[0111] Takođe je poželjno da imunostimulatorno sredstvo bude antigen prezentujuća ćelija (APC). APC su, takođe, od posebnog interesa, jer je njihova glavna funkcija da obrađuju antigene i da ih na površini ćelije prezentuju T ćelijama imunog sistema, kako bi inicirali i modulirali odgovore T-ćelija in vivo. U predmetnoj kompoziciji, poželjno je da su APC napunjeni antigenskim peptidom prema pronalasku, što se može uraditi izlaganjem APC in vitro datom antigenskom peptidom (Rizzo et al., Methods Mol Biol. 2014;1139:41-4; Rolinski and Hus, J Immunotoxicol. 2014 Oct;11(4):311-8).
[0112] Poželjno je da je APC dendritska ćelija (DC). DC su najmoćniji APC i prijavljeno je da su često funkcionalno defektni kod pacijenata sa rakom. DC može lako dobiti stručnjak u tehnici ili od zdravih kompatibilnih donora (tj. dendritske ćelije su povezane sa HLA) ili od samog pacijenta pod uslovom da su funkcionalne (tj. DC su autologne), na primer, direktnom izolacijom iz periferne krvi ili derivacijom iz ćelija periferne krvi kao što su CD14+ monociti ili CD34+ hematopoetski prekursori (Emens et al., 2008). DC se zaista mogu razlikovati od drugih ćelija periferne krvi po svojim površinskim markerima, kao što su S100, p55, CD83 i/ili OX62, i stoga mogu biti izolovani i prečišćeni na osnovu navedenih markera korišćenjem tehnika ćelijskih kultura koje su dobro poznate u tehnici.
[0113] U skladu sa poželjnom realizacijom, farmaceutska kompozicija može dalje da sadrži najmanje jedno terapeutsko sredstvo protiv raka. Dato terapeutsko sredstvo je stoga poželjno sposobno da spreči i/ili leči isti tip raka za koji se koristi antigenski peptid prema pronalasku. Poželjno, terapeutsko sredstvo protiv raka je izabrano iz
1
antitela, lizata tumorskih ćelija, hemoterapeutskih sredstava, radioterapeutskih sredstva, modulatora imunoloških kontrolnih tačaka i njihovih kombinacija.
[0114] Antitela su posebno korisna u terapiji raka jer se mogu ili vezati za specifične antigene na površini ćelija raka, usmeravajući tako terapiju na tumor (tj. ona se nazivaju antitela koja ciljaju tumor), ili blokiraju imunološke kontrolne tačke koje su neregulisane kod raka (tj. ona se ovde nazivaju imunomodulatorna antitela). Svrha drugog tipa antitela je da inhibira imunološku otpornost na rak, koja se može primetiti protiv T ćelija koje su specifične za tumorske antigene. Zaista, kao što je dobro poznato u tehnici, u normalnim fiziološkim uslovima, imunološke kontrolne tačke su ključne za održavanje samotolerancije (tj. prevenciju autoimunosti) i štite tkiva od oštećenja kada imuni sistem reaguje na patogenu infekciju. Međutim, kod raka, ekspresija imunoloških kontrolnih tačaka može biti disregulisana kao važan mehanizam imunološke rezistencije. Data rezistencija je naročito primećena kod melanoma, karcinoma jajnika, pluća, glioblastoma, dojke i pankreasa u pogledu kontrolne tačke PD-L1 (Konishi et al., B7-H1 expression on non-small cell lung cancer cells and its relationship with tumor- infiltrating lymphocytes and their PD-1 expression. Clin Cancer Res. 2004 Aug 1;10(15):5094-100; Ghebeh et al., The B7-H1 (PD-L1) T lymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breast cancer patients with infiltrating ductal carcinoma: correlation with important high-risk prognostic factors. Neoplasia. 2006 Mar;8(3):190-8; Hino et al., Tumor cell expression of programmed cell death-1 ligand 1 is a prognostic factor for malignant melanoma. Cancer.2010 Apr 1;116(7):1757-66). Drugi primeri imunoloških kontrolnih tačaka uključuju PD-L2, PD-1, CD80, CD86, CTLA-4, B7H3, B7H4, PVR, TIGIT, GAL9, LAG-3, GITR, CD137, TIM3, VISTA, VISTA-R (Pico de Coana et al., Checkpoint blockade for cancer therapy: revitalizing a suppressed immune system. Trends Mol Med. 2015 Aug;21 (8):482-91; Pardoll DM. The blockade of immune check- points in cancer immunotherapy. Nat Rev Cancer.2012 Mar 22;12(4):252-64).
[0115] Antitela se obično koriste za gore navedene svrhe ili u obliku golih monoklonskih antitela (tj. nekonjugovanih), ili konjugovanih sa drugim molekulom koji može biti toksičan za ćelije ili radioaktivan.
[0116] Primeri dobro poznatih monoklonskih antitela za ciljanje tumora koji se koriste u imunoterapiji raka uključuju alemtuzumab (hronična limfocitna leukemija), bevacizumab (kolorektalni rak, multiformni glioblastom, rak grlića materice, rak pluća, rak bubrega), brentuksimab/vedotin (limfomi), blinatumumab (akutna limfoblastna leukemija), katumaksomab (maligni ascites kod EPCAM+ raka), cetuksimab (rak glave i vrata, kolorektalni rak), denosumab (rak dojke, prostate i kostiju), gemtuzumab/ozogamicin (akutna mijeloidna keulemija), ibritumomab/tiuksetan (Nekočkinovi limfomi), panitumumab (korektalni karcinom), pertuzumab (rak dojke), obinutuzumab (hronična limfocitna leukemija), ofatumumab (hronična limfocitna leukemija), opilimumab (melanom), ramucirumab (rak želuca i gastroezofagealni rak), rituksimab (hronična limfocitna leukemija i Nehočkinovi limfomi), siltuksimab (multicentrična Katslemanova bolest), tositumomab (Nehočkinovi limfomi) i trastuzumab (rak dojke, želuca i gastroeazofagijalni); dok primeri imunomodulatornih antitela uključuju ipilimumab (melanom) koji blokira imunološku kontrolnu tačku zavisnu od CTLA4, nivolumab (melanom, rak pluća) i prembrolizubmab (melanom) koji blokiraju imunološku kontrolnu tačku zavisnu od PDCD1, kao i MPDL3280A, MEDI4736, MEDI0680, i MSB0010718C koji svi blokiraju imunološku kontrolnu tačku zavisnu od PD-L1 (Sharma and Allison, The future of immune checkpoint therapy. Science.2015 Apr 3;348(6230):56-61).
[0117] Druga antitela za imunoterapiju raka su opisana Buqué et al., Trial Watch: Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncological indications. Oncoimmunology. 2015 Mar 2;4(4):e1008814. eCollection 2015 Apr; Redman et al., Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer. Mol Immunol.2015 Oct;67(2 Pt A):28-45; Simpson and Caballero, Monoclonal antibodies for the therapy of cancer MC Proc.2014; 8(Suppl 4): 06 kao i na internet sajtu društva za antitela (lista terapeutskih monoklonskih antitela odobrenih ili na pregledu u Evropskoj uniji ili Sjedinjenim Državama dostupna na linku http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php).
[0118] Lizati tumorskih ćelija se, takođe, mogu kombinovati sa antigenskim peptidom prema pronalasku. Tumorske ćelije su zaista sposobne da aktiviraju imuni odgovor, predstavljanjem endogenih peptida-MHC kompleksa, kao i preko dendritskih ćelija (DC) domaćina koje mogu da obrađuju i prezentuju antigen koji isporučuju navedeni lizati. Na taj način se povećava raspon antigena protiv kojih se može indukovati imuni odgovor. Lizati tumorskih ćelija mogu se lako dobiti tretiranjem tumorskih ćelija toplotnim šokom i/ili hemijskim tretmanom, i mogu biti autologni (tj. izolovani od pacijenta), ili alogeni (tj. izolovani od drugog subjekta).
[0119] Standardni hemoterapeutski lekovi i radioterapeutska sredstva ne moraju biti dalje opisani ovde jer su oni opširno opisani u literaturi, posebno od strane Baskar et al. (Baskar et al., Cancer and radiation therapy: current advances and future directions. Int J Med Sci. 2012;9(3):193-9), Paci et al., (Paci et al., Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics. Eur J Cancer. 2014 Aug;50(12):2010-9) i Widmer et al. (Widmer et al., Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part twotargeted therapies. Eur J Cancer. 2014 Aug;50(12):2020-36). Spisak takvih lekova i sredstava je, takođe, dostupan na sajtu cancer.gov (http://www.cancer.gov/about-cancer/treatment/drugs).
[0120] Poželjno, modulator imunološke kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom kako je ovde definisan je aktivator ili inhibitor jednog ili više molekula imunske kontrolne tačke izabranih iz CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR, ICOS, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, GITR, TNFR i/ili FasR/DcR3; ili aktivator ili inhibitor jednog ili više njihovih liganada.
2
[0121] Još poželjnije, modulator imunološke kontrolne tačke je aktivator (ko-)stimulativnog molekula kontrolne tačke ili inhibitor molekula inhibitorne kontrolne tačke ili njihova kombinacija. Shodno tome, modulator imunološke kontrolne tačke je poželjnije (i) aktivator CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR i/ili ICOS ili (ii) inhibitor A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR i/ili FasR/DcR3.
[0122] Još poželjnije, modulator imunološke kontrolne tačke je inhibitor molekula inhibitorne kontrolne tačke (ali poželjno nije inhibitor molekula stimulativne kontrolne tačke). Shodno tome, modulator imunološke kontrolne tačke je još poželjnije inhibitor A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR i/ili DcR3 ili njihovog liganda.
[0123] Takođe je poželjno da modulator imunološke kontrolne tačke bude aktivator stimulativnog ili kostimulativnog molekula kontrolne tačke (ali poželjno nije aktivator inhibitornog molekula kontrolne tačke). Shodno tome, modulator imunološke kontrolne tačke je poželjnije aktivator CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR i/ili ICOS ili njihovog liganda.
[0124] Još je poželjnije da modulator imunološke kontrolne tačke bude modulator CD40 puta, IDO puta, LAG3 puta, CTLA-4 puta i/ili PD-1 puta. Posebno, modulator imunološke kontrolne tačke je poželjno modulator CD40, LAG3, CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1 i/ili IDO, poželjnije je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1, LAG3 i/ili IDO ili aktivator CD40, još poželjnije da je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor CTLA-4, PD-L1, PD-1, LAG3 i/ ili IDO, još poželjnije da je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor LAG3, CTLA-4 i/ili PD-1, a najpoželjnije je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor CTLA-4 i/ili PD-1.
[0125] Shodno tome, modulator kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom može biti izabran između poznatih modulatora CTLA-4 puta ili PD-1 puta. Poželjno, modulator kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom kako je ovde definisan može biti izabran iz poznatih modulatora CTLA-4 puta ili PD-1 puta. Posebno poželjno, modulator imunološke kontrolne tačke je PD-1 inhibitor. Poželjni inhibitori CTLA-4 puta i PD-1 puta uključuju monoklonska antitela Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) i Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune) kao i Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab, poznat i kao Lambrolizumab ili MK-3475; Merck), Imfinzi® (Durvalumab, poznat i kao MEDI4736; MedImmune/Astra- Zeneca), Tecentriq® (Atezolizumab, poznat i kao MPDL3280A; Roche/Genentech), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), Bavencio® (Avelumab; Merck KGaA/Pfizer, poznat i kao MSB-0010718C), MIH1 (Affymetrix), LY3300054 (Eli Lilly) i Spartalizumab (poznat i kao PDR001; Novartis). Poželjniji inhibitori kontrolnih tačaka uključuju CTLA-4 inhibitore Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) i Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune) kao i PD-1 inhibitore Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; Merck), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), AMP-224 (PD-L2 Fc fuzionisani protein; Medlmmune).
[0126] Takođe je poželjno da modulator imunološke kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom kako je ovde definisan bude izabran iz grupe koju čine Pembrolizumab, Ipilimumab, Nivolumab, Atezolizumab, Durvalumab, Tremelimumab, Avelumab, Spartalizumab, LAG525 (anti-LAG-3 monoklonsko antitelo), Epacadostat (takođe poznat kao INCB24360; IDO inhibitor), Varlilumab (anti-CD27 monoklonsko antitelo), Urelumab (anti-CD137 monoklonsko antitelo), AMP-224 i CM-24 (anti-CEACAM1 monoklonsko antitelo).
[0127] U okviru veštine prosečnog stručnjaka u tehnici je da izabere odgovarajuće imunološko terapeutsko sredstvo protiv raka za svrhe pronalaska. Na primer, ako neko želi da spreči ili leči melanom, poželjno je da se koristi lizat ćelija melanoma i/ili antitelo Ipilimumab, zajedno sa odgovarajućim antigenskim peptidom. Odgovarajući antigenski peptidi mogu biti odabrani (i) izborom odgovarajućeg tumorskog antigena za određeni tip raka kao što je poznato u tehnici i/ili kao što je ovde opisano u tabeli 1B i (ii) izborom odgovarajućeg antigenskog peptida za izabrani tumorski antigen, kao što je gore opisano, npr. u tabeli 1A.
[0128] Terapeutsko sredstvo protiv raka može da se, takođe, daje u kombinaciji sa kompozicijom pronalaska, bilo istovremeno, odvojeno ili sekvencijalno. Ako se kompozicija i terapeutsko sredstvo primenjuju na odvojen ili sekvencijelni način, oni se mogu primeniti u različitim farmaceutskim oblicima.
[0129] Prema tome, u drugom aspektu, pronalazak se odnosi na kompoziciju pronalaska i najmanje jedno terapeutsko sredstvo protiv raka kao što je gore opisano, kao kombinovani preparat za istovremenu, odvojenu ili sekvencijalnu primenu. Drugim rečima, pronalazak predlaže kombinovanu upotrebu kompozicije prema pronalasku i najmanje jednog terapeutskog sredstva protiv raka kao što je gore opisano, za istovremenu, odvojenu ili sekvencijalnu primenu.
Kompleti delova
[0130] U daljem aspektu, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje komplet delova (koji se ovde takođe naziva „komplet”) koji sadrži najmanje jedno od sledećeg:
- antigenski peptid prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisan,
- nanočestice prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano,
- ćeliju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano, i/ili
- farmaceutsku kompoziciju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano.
[0131] Posebno, poželjne realizacije antigenskog peptida kao što je gore opisano takođe se primenjuju za takav komplet prema predmetnom pronalasku. Na primer, antigenski peptid koga sadrži komplet ili antigenski peptid koga sadrži bilo koja od nanočestica, ćelije ili farmaceutske kompozicije koje sadrži komplet poželjno sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kako je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580 i 861 do 887, kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580. Na primer, antigenski peptidi koji sadrže ili se sastoje od sekvence amino-kiseline kako je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NO 30, 32, 194, 220, 254 ili 255 su posebno poželjni.
[0132] Takođe su poželjne njihove kombinacije, naime, kompleti koji sadrže različite antigenske peptide kao što je ovde opisano. Posebno, komplet delova pronalaska može da sadrži više od jedne od gore opisanih komponenti, npr.
2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili 10 različitih komponenti. Na primer, komplet delova prema predmetnom pronalasku može da sadrži najmanje dva (npr.2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili 10) različita antigenska peptida, najmanje dve (npr.2 , 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili 10) različite nanočestice, najmanje dve (npr.2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili 10) različite ćelije i/ ili najmanje dve (npr.2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 ili 10) različite farmaceutske kompozicije. Poželjno, takve različite komponente koje sadrži komplet delova kao što je gore opisano razlikuju se u antigenskim peptidima, na primer, jedna komponenta koja se odnosi na prvi antigenski peptid, i jedna komponenta koja se odnosi na drugi antigenski peptid (razlikuje se od prvog antigenskog peptida). Na primer, komplet može da sadrži najmanje dva različita antigenska peptida prema predmetnom pronalasku. Na primer, komplet može da sadrži najmanje dve različite nanočestice prema predmetnom pronalasku.
[0133] Poželjne kombinacije antigenskih peptida prema predmetnom pronalasku uključene u komplet odgovaraju poželjnim kombinacijama antigenskih peptida prema predmetnom pronalasku uključenih u farmaceutsku kompoziciju kao što je gore opisano.
[0134] Shodno tome, predmetni pronalazak obezbeđuje komplet koji sadrži (najmanje jedan) antigenski peptid prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano. Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje komplet koji sadrži (najmanje jednu) nanočesticu prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano. Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje komplet koji sadrži (najmanje jednu) ćeliju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano.
[0135] Različite komponente kompleta delova mogu biti upakovane u jedan ili više kontejnera. Gore navedene komponente mogu biti obezbeđene u liofilizovanom ili suvom obliku ili rastvorene u odgovarajućem puferu. Komplet, takođe, može da sadrži dodatne reagense uključujući, na primer, konzervanse, medijume za rast i/ili pufere za skladištenje i/ili rekonstituciju gore navedenih komponenti i rastvore za pranje.
[0136] Shodno tome, predmetni pronalazak obezbeđuje komplet koji sadrži najmanje dva, poželjno tri različita antigenska peptida kao što je ovde opisano (ili nanočestice ili ćelije kao što je gore opisano, koje se razlikuju u pogledu antigenskog peptida), i, opciono, peptid pomagač, kao što je UCP2 peptid, i/ili pomoćno sredstvo, kao što je MONTANIDE ISA 51. Različiti antigenski peptidi (ili ćelije nanočestica kao što je gore opisano, koje se razlikuju u pogledu antigenskog peptida) mogu biti u istim ili u različitim kontejnerima. Na primer, komplet može da sadrži (jedan) kontejner koji sadrži prvi antigenski peptid kako je ovde opisano i drugi antigenski peptid kao što je ovde opisano. Dati (jedan) kontejner može dodatno da sadrži peptid pomagač, kao što je UCP2. Opciono, prvi i drugi antigenski peptid (i opciono peptid pomagač) koji se nalazi u (jednom) kontejneru mogu biti formulisani zajedno, npr. u vodi za injekcije i/ili dimetil sulfoksidu (DMSO). Dodatno, komplet može da sadrži dodatni kontejner (za razliku od kontejnera koji sadrži antigenske peptide), koji sadrži pomoćno sredstvo, npr. MONTANIDE ISA 51.
[0137] Stoga je poželjno da komplet sadrži
(i) prvu bočicu koja sadrži jedan ili više antigenskih peptida kako je ovde opisano, uključujući antigenski peptid pronalaska (npr. najmanje 200 ili 300 µg svakog antigenskog peptida), i, opciono, peptid pomagač, kao što je UCP2 (npr. najmanje 200 ili 300 ug peptida pomagača), opciono formulisanog u vodi za injekcije i dimetil sulfoksidu (DMSO); i
(ii) drugu bočicu koja sadrži MONTANIDE ISA 51 (npr. najmanje 0,4 ili 0,5 ml).
[0138] Pored toga, komplet može da sadrži jedan ili više (npr. 2 ili 3) špriceva, na primer špriceve bez silikona i gume. Komplet, takođe, može da sadrži konektor, kao što je I-konektor.
[0139] Primeri takvih konektora su:
I-konektor koji je razvio Green Peptide (Japan),
referentni konektor DIDRACDLLFT iz Didanorma (Francuska),
I-konektor (ref: ODG0015ST) iz Promepla (Monaco), i
I-konektor (ref: MX494) iz Smiths medical (SAD).
4
[0140] Špricevi su poželjno pogodni za MONTANIDE, tj. bez silicijuma i bez gume (tj. bez gumenog vrha na klipu), a poželjno je i bez lateksa. Primeri takvih špriceva su:
2 ml INKJET (Ref: 4606701V od B-Braun, Nemačka),
5 ml INKJET (Ref: 4606710V od B-Braun, Nemačka),
2 ml Norm-Ject (Ref: 4020.000V0 od Henke Sass Wolf GMBH, Nemačka), i
5 ml Norm-Ject (Ref: 4050.000V0 od Henke Sass Wolf GMBH, Nemačka).
[0141] Na primer, komplet može da sadrži (i) prvu fiolu koja sadrži najmanje 300 µg antigenskog peptida pronalaska (ili dva ili tri antigenska peptida, najmanje 300 µg svakog), i opciono najmanje 300 µg UCP2, formulisane u vodi za injekcije i dimetil sulfoksidu (DMSO), (ii) drugu fiolu koja sadrži najmanje 0,5 ml MONTANIDE ISA 51, (iii) dva šprica bez silicijuma i gume i (iv) I-konektor.
[0142] Opciono, komplet takođe može da sadrži fiolu sa vodom za injekcije i/ili adapter za fiolu. Sterilna igla takođe može biti uključena, npr. za vakcinaciju pacijenta nakon dobijanja emulzije. Špricevi u kompletu mogu biti, na primer, špricevi od 2 ml.
[0143] U jednoj posebnoj realizaciji, komplet sadrži tri različita antigenska peptida kako je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, UCP2 peptid i MONTANIDE ISA 51, pri čemu navedeni komplet sadrži (i) prvu fiolu koja sadrži najmanje 300 µg svaki od tri antigena peptida kako je ovde opisano uključujući antigenski peptid pronalaska, najmanje 300 µg UCP2 (SEQ ID NO: 859), formulisanog u vodi za injekcije i DMSO, (ii) drugu folu koja sadrži najmanje 0,5 ml MONTANIDE ISA 51, (iii) dva šprica bez silicijuma i gume i (iv) I-konektor. Tri antigenska peptida kao što su ovde opisana uključujući antigenski peptid pronalaska uključen u komplet su poželjno antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32, antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 220 i antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 255.
[0144] Pored toga, komplet delova prema predmetnom pronalasku može opciono da sadrži uputstva za upotrebu. Shodno tome, poželjno je da komplet sadrži umetak za pakovanje ili letak sa uputstvima sa uputstvima za prevenciju ili lečenje kancera korišćenjem antigenskog peptida prema predmetnom pronalasku, nanočestice prema predmetnom pronalasku, ćelije prema predmetnom pronalasku ili farmaceutske kompozicije prema predmetnom pronalasku.
[0145] Takođe je poželjno da, pored bilo koje komponente kao što je gore opisano, komplet sadrži terapeutsko sredstvo protiv raka kao što je ovde opisano.
[0146] Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje komplet za vakcinaciju za lečenje, prevenciju i/ili stabilizaciju raka, koji sadrži farmaceutsku kompoziciju kako je ovde opisano ili vakcinu kako je ovde opisano i uputstva za upotrebu date farmaceutske kompozicije ili date vakcine u prevenciji i/ili lečenju raka.
Medicinski tretman i upotreba
[0147] Kao što je gore navedeno, kompozicija pronalaska može biti posebno korisna u terapeutske svrhe, posebno za pokretanje specifičnog imunološkog odgovora prema određenom tumorskom antigenu/proteinu, na primer, za prevenciju ili lečenje raka kod pacijenta kome je to potrebno.
[0148] S obzirom na to, predmetni pronalazak obezbeđuje
- antigenski peptid prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisan,
- nanočestice prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano,
- ćeliju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano,
- farmaceutsku kompoziciju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano, ili
- komplet prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano
za upotrebu u prevenciji i/ili u lečenju raka.
[0149] Posebno, poželjne realizacije antigenskog peptida kao što je gore opisano takođe se primenjuju za upotrebu prema predmetnom pronalasku u prevenciji i/ili u lečenju raka. Na primer, antigenski peptid koji se koristi u prevenciji i/ili u lečenju raka ili antigenski peptid koji se sastoji od bilo koje nanočestice, ćelije ili farmaceutske kompozicije koja se koristi u prevenciji i/ili u lečenju raka, poželjno sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kako je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580 i 861 do 887, kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 1 do 580. Na primer, posebno su poželjni antigenski peptidi koji sadrže ili se sastoje od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 30, 32, 194, 220, 254 ili 255.
[0150] Takođe su poželjne njihove kombinacije, naime, različiti antigenski peptidi prema predmetnom pronalasku za upotrebu u prevenciji i/ili u lečenju raka. Posebno, više od jedne od gore opisanih komponenti može se koristiti u prevenciji i/ili u lečenju raka. Na primer, najmanje dva različita antigenska peptida, najmanje dve različite nanočestice, najmanje dve različite ćelije, i/ili najmanje dve različite farmaceutske kompozicije mogu se koristiti u prevenciji i/ili u lečenju raka. Poželjno, takve različite komponente koje se koriste u prevenciji i/ili u lečenju raka kao što je gore opisano razlikuju se u antigenskim peptidima, na primer, jedna komponenta koja se odnosi na prvi antigenski peptid, i jedna komponenta koja se odnosi na drugi antigenski peptid (razlikuje se od prvog antigenskog peptida). Na primer, najmanje dva različita antigenska peptida prema predmetnom pronalasku mogu se koristiti u prevenciji i/ili u lečenju raka. Na primer, najmanje dve različite nanočestice prema predmetnom pronalasku mogu se koristiti u prevenciji i/ili u lečenju raka.
[0151] Shodno tome, predmetni pronalazak obezbeđuje (najmanje jedan) antigenski peptid prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisan za upotrebu u prevenciji i/ili u lečenju raka. Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje (najmanje jednu) nanočesticu prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano za upotrebu u prevenciji i/ili u lečenju raka. Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje (najmanje jednu) ćeliju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano za upotrebu u prevenciji i/ili u lečenju raka. Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje (najmanje jednu) farmaceutsku kompoziciju prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano za upotrebu u prevenciji i/ili u lečenju raka. Štaviše, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje komplet prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisan za upotrebu u prevenciji i/ili u lečenju raka.
[0152] Poželjno, rak koji treba sprečiti i/ili lečiti se bira između glioma, raka bubrega, raka kože, posebno melanoma, raka pluća, raka jajnika, raka dojke, kolorektalnog karcinoma, raka jetre, raka pankreasa, raka glave i vrata, urotelnog raka i raka prostate.
[0153] Štaviše,
- antigenski peptid prema predmetnom pronalasku,
- nanočestice prema predmetnom pronalasku,
- ćelija prema predmetnom pronalasku,
- farmaceutska kompozicija prema predmetnom pronalasku,
- komplet prema predmetnom pronalasku, ili
- kombinacija prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisana
može se koristiti kao vakcina za imunoterapiju raka.
[0154] Kako se koristi u kontekstu predmetnog pronalaska, izraz „vakcina” se odnosi na (biološki) preparat koji obezbeđuje urođeni i/ili adaptivni imunitet, obično za određenu bolest, poželjno rak. Dakle, vakcina posebno podržava urođeni i/ili adaptivni imuni odgovor imunog sistema subjekta koji se leči. Na primer, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku obično dovodi do ili podržava adaptivni imuni odgovor kod pacijenta koji se leči.
[0155] U kontekstu predmetnog pronalaska, vakcina (kompozicija) može da izazove specifičan imuni odgovor protiv tumorskog antigena, i stoga se poželjno koristi za prevenciju ili lečenje raka. Vakcina za prevenciju ili lečenje raka se, takođe, može nazvati „vakcinom protiv raka”.
[0156] Poželjno je rak koji treba sprečiti i/ili lečiti
- antigenskim peptidom prema predmetnom pronalasku,
- nanočesticama prema predmetnom pronalasku,
- ćelijama prema predmetnom pronalasku,
- farmaceutskom kompozicijom prema predmetnom pronalasku,
- kompletom prema predmetnom pronalasku, ili
- kombinacijom prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisana
se odnosi na (referentni) tumorski antigen antigenskog peptida kako je ovde opisano. Naime, odgovarajući antigenski peptidi mogu biti odabrani (i) izborom odgovarajućeg tumorskog antigena za određeni tip raka kao što je poznato u tehnici i/ili kao što je ovde opisano u Tabeli 1B (dole) i (ii) odabirom odgovarajućeg antigenskog peptida za odabrani tumorski antigen, kao što je gore opisano, npr. u tabeli 1A. Stručnjak u tehnici lako će razumeti da se antigenski peptid može izabrati na osnovu prirode raka koji treba sprečiti ili lečiti, i/ili na osnovu humanog gena / humanog tumorskog antigena uključenog u dati rak.
[0157] Shodno tome, poželjni primeri raka prikazani su u tabeli 1B ispod. Posebno, ovde opisani antigenski peptidi su varijante sekvence fragmenata tumorskih antigena prikazanih u Tabeli 1B i mogu se posebno koristiti u bolesti koja je navedena za odgovarajući tumorski antigen u Tabeli 1B.
Tabela 1B: lista tumorskih anti ena i ovezanih tera iskih indikacia
(nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
[0158] Uopšteno govoreći, antigenski peptidi pronalaska se mogu davati „goli” ili u obliku ćelija napunjenih njima prema predmetnom pronalasku, nanočestica prema predmetnom pronalasku, i/ili farmaceutske kompozicije prema predmetnom pronalasku.
[0159] U poželjnoj realizaciji, oni se mogu primeniti u obliku mikroorganizma kao što je vrsta crevnih bakterija. Celokupne bakterijske vrste creva, takođe, mogu biti korisne jer imaju potencijal da izazovu veći imuni odgovor od (poli)peptida ili nukleinskih kiselina koje sadrže. Alternativno, crevne bakterije prema pronalasku mogu biti u obliku probiotika, tj. žive crevne bakterije, koje se stoga mogu koristiti kao dodatak uz ishranu zahvaljujući zdravstvenim prednostima koje mogu da pruže. Oni mogu biti, na primer, liofilizovani u granulama, pilulama ili kapsulama, ili direktno pomešani sa mlečnim proizvodima za konzumaciju.
[0160] Postupci primene su dobro poznati stručnjacima u tehnici. Što se tiče kompozicije pronalaska, može se direktno dati subjektu, u zahvaćeni organ (tj. lokalna primena) ili sistemski (tj. enteralna ili parenteralna primena), ili čak primeniti ex vivo ćelijama dobijenim od subjekta ili humane ćelijske linije koje se naknadno daju subjektu, ili čak koriste in vitro da se izabere subpopulacija imunih ćelija izvedenih od subjekta, koje se zatim ponovo daju datom subjektu. Enteralne primene obuhvataju oralnu i rektalnu primenu, kao i davanja putem gastrične sonde, duodenalne sonde za hranjenje ili gastrostome, dok parenteralne primene uključuju, između ostalog, subkutane, intravenske, intramuskularne, intraarterijalne, intradermalne, intraosealne, intracerebralne i intratekalne injekcije. Postupak davanja/primene će često zavisiti od antigenskog/ih peptida prisutnih u kompoziciji, i tipa raka koji se leči i drugih aktivnih agenasa koji se mogu nalaziti u datoj kompoziciji. Na primer, primena je poželjno intramuskularna, intradermalna ili oralna primena ako je antigenski peptid, peptid kao što je gore definisan ili ako je napunjen u/na nanočestici kao što je ovde opisano. Ipak, još uvek alternativno, primena je poželjno oralna primena ako se antigenski peptid isporučuje u obliku crevne bakterije kao što je gore definisano, posebno ako je crevna bakterija u obliku probiotika.
[0161] Antigenski peptidi prema pronalasku mogu dalje biti inkapsulirani tako da se olakša njihovo davanje subjektu kome je to potrebno. Na primer, oni mogu biti inkapsulirani u peptidne nanonosače, u virozome ili u sisteme nosača zasnovane na lipidima, kao što je kompleks lipozom-polikacija-DNK (Trovato M, De Berardinis P. Novel antigen delivery systems. World J Virol.2015 Aug 12;4(3):156-68; Saade F, Petrovsky N. Technologies for enhanced efficacy of DNA vaccines. Expert Rev Vaccines. 2012 Feb;11(2):189-209; Li et al., Peptide Vaccine: Progress and Challenges. Vaccines (Basel).2014 Jul 2;2(3):515-36).
[0162] Kompozicija se, takođe, može primeniti više puta da bi se postigao željeni efekat. U poželjnoj realizaciji, data kompozicija se primenjuje više puta, najmanje dva puta, a poželjno više od dva puta. Ovo se može uraditi tokom dužeg vremenskog perioda, na primer jednom nedeljno, svake druge nedelje, mesečno, godišnje ili čak nekoliko godina nakon prve primene kako bi se osiguralo da je subjekt pravilno imunizovan.
Kombinovana terapija
[0163] Primena antigenskog peptida prema predmetnom pronalasku, nanočestice prema predmetnom pronalasku, ćelije prema predmetnom pronalasku i farmaceutske kompozicije prema predmetnom pronalasku, posebno u upotrebama prema pronalasku, može biti sprovedeno samostalno ili u kombinaciji sa ko-agensom korisnim za lečenje i/ili prevenciju raka, kao što je terapeutsko sredstvo protiv raka.
[0164] Dato terapeutsko sredstvo je stoga poželjno sposobno da spreči i/ili leči isti tip raka kao onaj za koji se koristi antigenski peptid prema pronalasku. Naročito poželjna terapeutska sredstva protiv raka prema pronalasku uključuju antitela, lizate tumorskih ćelija, hemoterapeutska sredstva, radioterapeutska sredstva, modulatore imunoloških kontrolnih tačaka i njihove kombinacije.
[0165] Antitela su posebno korisna u terapiji raka jer se mogu ili vezati za specifične antigene na površini ćelija raka, usmeravajući tako terapiju na tumor (tj. ona se nazivaju antitela koja ciljaju tumor), ili blokiraju imunološke kontrolne tačke koje su neregulisane kod raka (tj. ona se ovde nazivaju imunomodulatorna antitela). Svrha drugog tipa antitela je da inhibira imunološku otpornost na rak, koja se može primetiti protiv T ćelija koje su specifične za tumorske antigene. Zaista, kao što je dobro poznato u tehnici, u normalnim fiziološkim uslovima, imunološke kontrolne tačke su ključne za održavanje samotolerancije (tj. prevenciju autoimunosti) i štite tkiva od oštećenja kada imuni sistem reaguje na patogenu infekciju. Međutim, kod raka, ekspresija imunoloških kontrolnih tačaka može biti disregulisana kao važan mehanizam imunološke rezistencije. Data rezistencija je naročito primećena kod melanoma, karcinoma jajnika, pluća, glioblastoma, raka dojke i pankreasa u pogledu kontrolne tačke PD-L1 (Konishi et al., B7-H1 expression on non-small cell lung cancer cells and its relationship with tumor- infiltrating lymphocytes and their PD-1 expression. Clin Cancer Res. 2004 Aug 1;10(15):5094-100; Ghebeh et al., The B7-H1 (PD-L1) T lymphocyteinhibitory molecule is expressed in breast cancer patients with infiltrating ductal carcinoma: correlation with important high-risk prognostic factors. Neoplasia. 2006 Mar;8(3):190-8; Hino et al., Tumor cell expression of programmed cell death-1 ligand 1 is a prognostic factor for malignant melanoma. Cancer. 2010 Apr 1;116(7):1757-66). Drugi primeri imunoloških kontrolnih tačaka uključuju PD-L2, PD-1, CD80, CD86, CTLA4, B7H3, B7H4, PVR, TIGIT, GAL9, LAG-3, GITR, CD137, TIM3, VISTA, VISTA-R (Pico de Coana et al., Checkpoint blockade for cancer therapy: revitalizing a
4
suppressed immune system. Trends Mol Med.2015 Aug;21(8):482-91; Pardoll DM1. The blockade of immune checkpoints in cancer immunotherapy. Nat Rev Cancer.2012 Mar 22;12(4):252-64).
[0166] Antitela se obično koriste za gore navedene svrhe ili u obliku golih monoklonskih antitela (tj. nekonjugovanih), ili konjugovanih sa drugim molekulom koji može biti toksičan za ćelije ili radioaktivan.
[0167] Primeri dobro poznatih monoklonskih antitela za ciljanje tumora koji se koriste u imunoterapiji raka uključuju alemtuzumab (hronična limfocitna leukemija), bevacizumab (kolorektalni rak, multiformni glioblastom, rak grlića materice, rak pluća, rak bubrega), brentuksimab/vedotin (limfomi), blinatumumab (akutna limfoblastna leukemija), katumaksomab (maligni ascites kod EPCAM+ raka), cetuksimab (rak glave i vrata, kolorektalni rak), denosumab (rak dojke, prostate i kostiju), gemtuzumab/ozogamicin (akutna mijeloidna keulemija), ibritumomab/tiuksetan (Nekočkinovi limfomi), panitumumab (korektalni karcinom), pertuzumab (rak dojke), obinutuzumab (hronična limfocitna leukemija), ofatumumab (hronična limfocitna leukemija), opilimumab (melanom), ramucirumab (rak želuca i gastroezofagealni rak), rituksimab (hronična limfocitna leukemija i Nehočkinovi limfomi), siltuksimab (multicentrična Katslemanova bolest), tositumomab (Nehočkinovi limfomi) i trastuzumab (rak dojke, želuca i gastroeazofagijalni); dok primeri imunomodulatornih antitela uključuju ipilimumab (melanom) koji blokira imunološku kontrolnu tačku zavisnu od CTLA4, nivolumab (melanom, rak pluća) i prembrolizubmab (melanom) koji oba blokiraju imunološku kontrolnu tačku zavisnu od PDCD1, kao i MPDL3280A, MEDI4736, MEDI0680, i MSB0010718C koji svi blokiraju imunološku kontrolnu tačku zavisnu od PD-L1 (Sharma and Allison, The future of immune checkpoint therapy. Science.2015 Apr 3;348(6230):56-61).
[0168] Druga antitela za imunoterapiju raka opisana su u Buqué et al. (Buqué et al., Trial Watch: Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncological indications. Oncoimmunology. 2015 Mar 2;4(4):e1008814. eCollection 2015 Apr), Redman et al. (Redman et al., Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer. Mol Immunol. 2015 Oct;67(2 Pt A):28-45), and in Simpson and Caballero, Monoclonal antibodies for the therapy of cancer MC Proc.
2014; 8(Suppl 4): O6 kao i na internet stranici društva za antitela (lista terapeutskih monoklonskih antitela odobrenih ili na pregledu u Evropskoj uniji ili Sjedinjenim Državama dostupna na linku http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php).
[0169] Lizati tumorskih ćelija se, takođe, mogu kombinovati sa antigenskim peptidom prema pronalasku. Tumorske ćelije su zaista sposobne da aktiviraju imuni odgovor, prezentovanjem endogenih peptida-MHC kompleksa, kao i preko dendritskih ćelija (DC) domaćina koje mogu da obrađuju i prezentuju antigen koji isporučuju navedeni lizati. Na taj način se povećava raspon antigena protiv kojih se može indukovati imuni odgovor. Lizati tumorskih ćelija mogu se lako dobiti tretiranjem tumorskih ćelija toplotnim šokom i/ili hemijskim tretmanom, i mogu biti autologni (tj. izolovani od pacijenta), ili alogeni (tj. izolovani od drugog subjekta).
[0170] Standardni hemoterapeutski lekovi i radioterapeutska sredstva ne moraju biti dalje opisani ovde jer su oni opširno opisani u literaturi, posebno od strane Baskar et al. (Baskar et al., Cancer and radiation therapy: current advances and future directions. Int J Med Sci. 2012;9(3):193-9), Paci et al. (Paci et al., Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics. Eur J Cancer.2014 Aug;50(12):2010-9) and Widmer et al. (Widmer et al., Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part twotargeted therapies. Eur J Cancer. 2014 Aug;50(12):2020-36). Spisak takvih lekova i agenasa je, takođe, dostupan na sajtu cancer.gov (http://www.cancer.gov/about-cancer/treatment/drugs).
[0171] Poželjno, modulator imunološke kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom kako je ovde definisan je aktivator ili inhibitor jednog ili više molekula imunološke kontrolne tačke izabranih iz CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR, ICOS, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, GITR, TNFR i/ili FasR/DcR3; ili aktivator ili inhibitor jednog ili više njihovih liganada.
[0172] Još poželjnije, modulator imunološke kontrolne tačke je aktivator (ko-)stimulativnog molekula kontrolne tačke ili inhibitor molekula inhibitorne kontrolne tačke ili njihova kombinacija. Shodno tome, modulator imunološke kontrolne tačke je poželjnije (i) aktivator CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR i/ili ICOS ili (ii) inhibitor A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR i/ili FasR/DcR3.
[0173] Još poželjnije, modulator imunološke kontrolne tačke je inhibitor molekula inhibitorne kontrolne tačke (ali poželjno nije inhibitor molekula stimulativne kontrolne tačke). Shodno tome, modulator imunološke kontrolne tačke je još poželjnije inhibitor A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR i/ili DcR3 ili njihovog liganda.
[0174] Takođe je poželjno da modulator imunološke kontrolne tačke bude aktivator stimulativnog ili kostimulativnog molekula kontrolne tačke (ali poželjno nije aktivator inhibitornog molekula kontrolne tačke). Shodno tome, modulator imunološke kontrolne tačke je poželjnije aktivator CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR i/ili ICOS ili njihovog liganda.
[0175] Još je poželjnije da modulator imunološke kontrolne tačke bude modulator CD40 puta, IDO puta, LAG3 puta, CTLA-4 puta i/ili PD-1 puta. Posebno, modulator imunološke kontrolne tačke je poželjno modulator CD40, LAG3, CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1 i/ili IDO, poželjnije je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1, LAG3 i/ili IDO ili aktivator CD40, još poželjnije da je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor CTLA-4, PD-L1, PD-1, LAG3 i/ ili IDO, još poželjnije da je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor LAG3, CTLA-4 i/ili PD-1, a najpoželjnije je modulator imunološke kontrolne tačke inhibitor CTLA-4 i/ili PD-1.
[0176] Shodno tome, modulator kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom može biti izabran iz poznatih modulatora CTLA-4 puta ili puta PD-1. Poželjno, modulator kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom kako je ovde definisan može biti izabran iz poznatih modulatora CTLA-4 puta ili PD-1 puta. Posebno poželjno, modulator imunološke kontrolne tačke je PD-1 inhibitor. Poželjni inhibitori CTLA-4 puta i PD-1 puta uključuju monoklonska antitela Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) i Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune) kao i Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; poznat i kao Lambrolizumab ili MK-3475; Merck), Imfinzi® (Durvalumab poznat i kao MEDI4736; Medlmmune/Astra- Zeneca), Tecentriq® (Atezolizumab poznat i kao MPDL3280A; Roche/Genentech), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), Bavencio® (Avelumab; Merck KGaA/Pfizer poznat i kao MSB-0010718C), MIH1 (Affymetrix), LY3300054 (Eli Lilly) i Spartalizumab (poznat i kao PDR001; Novartis). Poželjniji inhibitori kontrolnih tačaka uključuju CTLA-4 inhibitore Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) i Tremelimumab (Pfizer/MedImmune) kao i PD-1 inhibitore Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; Merck), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), AMP-224 (a PD-L2 Fc fuzionisani protein; MedImmune).
[0177] Takođe je poželjno da modulator imunološke kontrolne tačke za kombinaciju sa antigenskim peptidom kako je ovde definisan bude izabran iz grupe koju čine Pembrolizumab, Ipilimumab, Nivolumab, Atezolizumab, MEDI4736, Tremelimumab, Avelumab, Spartalizumab, LAG525 (anti-LAG3 monoclonsko antitelo), Epacadostat (ranije INCB24360; IDO inhibitor), Varlilumab (anti-CD27 monoklonsko antitelo), Urelumab (anti-CD137monoklonsko antitelo), AMP-224 i CM-24 (anti-CEACAM1 monoklonsko antitelo).
[0178] U okviru veštine prosečnog stručnjaka u tehnici je da izabere odgovarajuće imunološko terapeutsko sredstvo protiv raka za svrhe pronalaska. Na primer, ako neko želi da spreči ili leči melanom, poželjno je da se koristi lizat ćelija melanoma i/ili antitelo Ipilimumab, zajedno sa odgovarajućim antigenskim peptidom prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano.
[0179] Terapeutsko sredstvo protiv raka se, takođe, može davati zajedno sa antigenskim peptidom prema predmetnom pronalasku, nanočesticom prema predmetnom pronalasku, ćelijom prema predmetnom pronalasku ili farmaceutskom kompozicijom prema predmetnom pronalasku, bilo otprilike u isto vreme ili uzastopno kao što je ovde opisano i u istim ili različitim farmaceutskim oblicima. Dakle, pronalazak predlaže kombinovanu upotrebu kompozicije prema pronalasku i najmanje jednog terapeutskog sredstva protiv raka kao što je gore opisano, za istovremenu, odvojenu ili sekvencijalnu primenu kao što je ovde opisano.
[0180] Dalje, predmetni pronalazak se, takođe, odnosi na kombinaciju najmanje dva različita antigenska peptida kao što je ovde opisano uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka. Dalje, predmetni pronalazak se, takođe, odnosi na kombinaciju najmanje dve različite nanočestice, npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka.
[0181] Prema tome, u skladu sa poželjnom realizacijom, najmanje dva antigenska peptida kao što je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, mogu se davati u kombinaciji, na primer, u istoj farmaceutskoj kompoziciji. Na primer, najmanje 3 antigenska peptida, najmanje 4 antigenska peptida, najmanje 5 antigenskih peptida, najmanje 6 antigenskih peptida, najmanje 7 antigenskih peptida, najmanje 8 antigenskih peptida, najmanje 9 antigenskih peptida, najmanje 10 antigenskih peptida, najmanje 11 antigenskih peptida, najmanje 12 antigenskih peptida, najmanje 13 antigenskih peptida, najmanje 14 antigenskih peptida, najmanje 15 antigenskih peptida, najmanje 20 antigenskih peptida, najmanje 25 antigenskih peptida, najmanje 50 antigenskih peptida najmanje 100 antigenskih peptida, najmanje 500 antigenskih peptida, najmanje 1000 antigenskih peptida, ili najmanje 1500 antigenskih peptida se primenjuje u kombinaciji, na primer, u istoj farmaceutskoj kompoziciji. U okviru veštine stručnjaka u tehnici je da odabere kombinaciju antigenskih peptida koja je pogodna za predviđenu svrhu. Na primer, ako neko želi da spreči ili leči melanom koji uključuje tumorski antigen kodiran genom prema tabeli 1B, može se izabrati bilo koja kombinacija odgovarajućih antigenskih peptida kao što je opisano u tabeli 1A.
[0182] U posebno poželjnoj realizaciji kombinuju se dva različita antigenska peptida prema predmetnom pronalasku (npr. koji se odnose na isti tip raka i/ili na isti referentni antigen). Na primer,
(i) najmanje dva različita antigenska peptida prema predmetnom pronalasku; ili
(ii) najmanje dve različite nanočestice prema predmetnom pronalasku mogu biti kombinovane.
[0183] Na primer, predmetni pronalazak obezbeđuje kombinaciju
(i) prvog antigenskog peptida, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, i
(ii) drugog antigenskog peptida kao što je ovde opisano (razlikuje se od prvog) poželjno za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka.
[0184] Štaviše, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, takođe, može biti kombinovan sa odgovarajućim (humanim) epitopom tumorskog antigena. Time se dobija/podržava selekcija klonova T-ćelija, koji su veoma efikasni protiv tumora. Posebno, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku i odgovarajući epitop (humanog) tumorskog antigena mogu se davati zajedno. Takva ko-administracija može biti otprilike u isto vreme (istovremeno) ili uzastopno, pri čemu je pri uzastopnoj primeni poželjno da se antigenski peptid prema predmetnom pronalasku primeni prvi, a da se nakon toga primeni odgovarajući (humani) epitop tumorskog antigena. Posebno, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku može se primeniti prvi, a odgovarajući (humani) epitop tumorskog antigena može se koristiti kao (ponovno) pojačavanje. Na primer, antigenski peptid prema SEQ ID NO: 32 može se kombinovati sa referentnim peptidom prema SEQ ID NO: 593.
[0185] Peptidi, koji treba da se kombinuju, kao što su (a) antigenski peptid prema predmetnom pronalasku i odgovarajući epitop (humanog) tumorskog antigena ili (b) dva različita antigenska peptida uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, mogu biti administrirani
- (napunjeni) u istoj nanočestici prema predmetnom pronalasku ili u različitim nanočesticama prema predmetnom pronalasku,
- (napunjeni) u istoj ćeliji prema predmetnom pronalasku ili u različitim ćelijama prema predmetnom pronalasku, ili - (da se nalaze) u istoj farmaceutskoj kompoziciji prema predmetnom pronalasku ili u različitoj farmaceutskoj kompoziciji prema predmetnom pronalasku.
[0186] U nastavku se može uputiti na „dve različite komponente” (kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku). Generalno, izraz „dve različite komponente” u kontekstu kombinacije, npr. za upotrebu prema predmetnom pronalasku (kombinovana terapija), odnosi se na
(1) prvu komponentu, kao što je antigenski peptid prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisan, nanočestica prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano, ćelija prema predmetnom pronalasku kako je ovde opisano, ili farmaceutska kompozicija prema predmetnom pronalasku kao opisano ovde; i
(2) drugu komponentu (koja se razlikuje od prve komponente), kao što je terapeutsko sredstvo protiv raka kao što je gore opisano, poseban antigenski peptid kako je ovde opisano, posebna nanočestica kako je ovde opisano, posebna ćelija kako je ovde opisano, različiti farmaceutski kompozicija kako je ovde opisano, ili jedan ili više (fragmenata) humanih tumorskih antigena u bilo kom obliku („goli”, kao nanočestice kako je ovde opisano, kao ćelija kako je ovde opisano ili kao farmaceutska kompozicija kako je ovde opisano).
[0187] Shodno tome, „dve različite komponente”, kako se ovde pominje u kontekstu kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku (kombinovana terapija), su poželjno aktivne komponente u kontekstu bolesti (rak) koje treba sprečiti i/ ili lečeni. Drugim rečima, svaka od najmanje dve različite komponente, takođe, može biti korisna za prevenciju i/ili lečenje datog raka, ako se primenjuje odvojeno (ne u kombinaciji kako je ovde opisano) - iako kombinacija (tj. kombinovana primena) obično pojačava njihovu prevenciju i /ili terapeutski efekat (kao što je imuni odgovor), posebno na sinergistički način.
[0188] Shodno tome, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje kombinaciju (najmanje) dva različita antigenska peptida kako je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku. U ovom kontekstu, (najmanje) dva različita antigenska peptida mogu biti u bilo kom obliku, npr., „goli”, sadržani u nanočesticama, farmaceutskim kompozicijama ili ćelijama napunjenim njima. Shodno tome, (najmanje) dva različita antigenska peptida mogu biti sadržana u (najmanje) dve različite komponente (koje se kombinuju). U poželjnoj realizaciji, najmanje dve različite komponente kombinacije prema predmetnom pronalasku su različiti antigenski peptidi kako je ovde opisano, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku (u bilo kom obliku, npr. sadržan u nanočesticama, ćelijama ili farmaceutskim kompozicijama).
[0189] Poželjno, najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku odnose se na isti tip raka, na primer, na iste ili različite antigene povezane sa tim rakom i/ili na iste ili različite (referentne) epitope unutar antigena povezanog sa tim rakom. Još poželjnije, najmanje dve različite komponente se odnose na isti tumorski antigen.
[0190] U određenim realizacijama, najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku se nalaze u istim ili različitim kompozicijama. U određenim realizacijama, najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku daju se istim ili različitim putevima primene. U određenim realizacijama, najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku daju se približno u isto vreme (istovremeno) ili uzastopno.
[0191] Poželjno je da se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku daju otprilike u isto vreme. Uopšteno govoreći, poželjno je da se prva komponenta primenjuje u približno isto vreme kada i druga komponenta, pri čemu se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku poželjno daju u istom obliku (tj. u istoj vrsti formulacije, npr. kao nanočestice ili kao farmaceutske kompozicije).
4
[0192] „Otprilike u isto vreme”, kako se ovde koristi, znači posebno istovremenu primenu ili da se neposredno nakon primene prve komponente primenjuje druga komponenta ili direktno nakon primene druge komponente, prva komponenta se primenjuje. Stručnjak u tehnici razume da „direktno posle” uključuje vreme potrebno za pripremu druge primene - posebno vreme potrebno za izlaganje i dezinfekciju lokacije za drugu primenu, kao i odgovarajuću pripremu „uređaja za davanje” (npr. špric, pumpa). Istovremena primena, takođe, uključuje ako se periodi primene prve komponente i druge komponente preklapaju ili ako se, na primer, jedna komponenta primenjuje tokom dužeg vremenskog perioda, kao što je 30 min, 1 h, 2 h ili čak duže, na primer, putem infuzije, a druga komponenta se primenjuje u nekom trenutku tokom tako dugog perioda. Primena prve komponente i druge komponente u približno isto vreme je posebno poželjna ako se koriste različiti putevi primene i/ili različita mesta primene.
[0193] Takođe je poželjno da se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku daju uzastopno. Uopšteno govoreći, poželjno je da se prva komponenta i druga komponenta daju uzastopno, pri čemu se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku poželjno daju u istom obliku (tj. u istom tipu formulacije, npr. kao nanočestice ili kao farmaceutske kompozicije).
[0194] To znači da se prva komponenta primenjuje pre ili posle druge komponente. U uzastopnoj primeni, vreme između primene prve komponente i primene druge komponente poželjno nije više od jedne nedelje, poželjnije ne više od 3 dana, još poželjnije ne više od 2 dana i najpoželjnije ne više od 24 h. Posebno je poželjno da se prva komponenta i druga komponenta daju istog dana sa vremenom između primene prve komponente i primene druge komponente poželjno ne više od 6 sati, poželjnije ne više od 3 sata, čak i poželjnije ne više od 2 sata i najpoželjnije ne više od 1 h.
[0195] Poželjno, prva komponenta i druga komponenta se daju istim načinom primene. Uopšteno govoreći, poželjno je da se prva komponenta i druga komponenta daju istim načinom primene, pri čemu se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku poželjno daju u istom obliku (tj. u istoj vrsti formulacije, npr. kao nanočestice, kao farmaceutske kompozicije).
[0196] Takođe je poželjno da se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku daju različitim načinima primene. Uopšteno govoreći, poželjno je da se prva komponenta i druga komponenta daju različitim načinima primene, pri čemu se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku poželjno daju u istom obliku (tj. u istoj vrsti formulacije, npr. kao nanočestice, kao farmaceutske kompozicije).
[0197] Poželjno, najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku su sadržane u istoj kompoziciji. Uopšteno govoreći, poželjno je da prva komponenta i druga komponenta budu sadržane u istoj kompoziciji, pri čemu se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku poželjno daju u istom obliku (tj. isti tip formulacije, npr. kao nanočestice).
[0198] Takođe je poželjno da se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku nalaze u različitim kompozicijama. Uopšteno govoreći, poželjno je da se prva komponenta i druga komponenta nalaze u različitim kompozicijama, pri čemu se najmanje dve različite komponente kombinacije za upotrebu prema predmetnom pronalasku poželjno daju u istom obliku (tj. isti tip formulacije, npr. kao nanočestice).
[0199] Posebno, predmetni pronalazak obezbeđuje kombinaciju, npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka, koja sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, i drugi antigenski peptid kako je ovde opisano, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXM1. Prvi antigenski peptid se sastoji od varijante sekvence mikrobiote BIRC5 fragmenta (humani referentni peptid) „LTLGEFLKL” (SEQ ID NO: 593), naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32, a drugi antigenski peptid poželjno sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta FOXM1 (humani referentni peptid) „LMDLSTTPL” (SEQ ID NO: 674), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline koja je navedena u SEQ ID NO: 220 ili 868. Još poželjnije, kombinacija, npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka, sadrži antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 32 i antigenskog peptida koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 220.
[0200] Posebno, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje kombinaciju, npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka, koji sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, i drugi antigenski peptid kako je ovde opisano, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta tumorskog antigena IL13RA2. Prvi antigenski peptid se sastoji od varijante sekvence mikrobiote BIRC5 fragmenta (humani referentni peptid) „LTLGEFLKL” (SEQ ID NO: 593), naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32 , a drugi antigenski peptid poželjno sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta IL13RA2 (humani referentni peptid) „WLPFGFILI” (SEQ ID NO: 691) ili „WLPFGFILIL” (SEQ ID NO: 692), kao što je antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879. Još poželjnije, kombinacija, npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka, sadrži antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 32 i antigenski peptid koji sadrži ili se sastoji od SEQ ID NO: 255.
[0201] Još poželjnije, kombinacija prema predmetnom pronalasku (npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka) sadrži najmanje tri različite komponente kao što je gore opisano, posebno najmanje tri različita antigenska peptida prema predmetnom pronalasku. Gornji opis u vezi sa kombinacijom dve različite komponente se shodno tome primenjuje za tri različite komponente.
[0202] Shodno tome, predmetni pronalazak, takođe, obezbeđuje kombinaciju, npr. za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka, koja sadrži, kao prvi antigenski peptid, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena BIRC5, a drugi antigenski peptid kako je ovde opisano, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena FOXM1, i treći antigenski peptid kako je ovde opisano, koji sadrži ili se sastoji od varijante sekvence mikrobiote fragmenta humanog tumorskog antigena IL13RA2. Prvi antigenski peptid se sastoji od varijante sekvence mikrobiote BIRC5 fragmenta (humani referentni peptid) „LTLGEFLKL” (SEQ ID NO: 593), naime, antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32; drugi antigenski peptid sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 220 ili 868; i treći antigenski peptid sadrži ili se sastoji od sekvence amino-kiseline kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254, 255, 878 ili 879.
KRATAK OPIS CRTEŽA
[0203] U nastavku će biti dat kratak opis priloženih slika. Slike su namenjene da detaljnije prikažu predmetni pronalazak.
Slika 1: pokazuje za Primer 2 in vitro afinitet za antigenske peptide IL13RA2-B i IL13RA2-L u poređenju sa odgovarajućim humanim epitopom IL13RA2 IL13RA2-H.
Slika 2: pokazuje za Primer 2 in vitro afinitet za antigene peptide BIRC5-B1, BIRC5-B2 i BIRC5-B3 u poređenju sa odgovarajućim humanim BIRC5 epitopom BIRC5-H.
Slika 3: pokazuje za Primer 2 in vitro afinitet za (A) antigenski peptid EZH2-B u poređenju sa odgovarajućim humanim EZH2 epitopom EZH2-H i (B) antigenski peptid EZH2-B2 u poređenju sa odgovarajućim humanim EZH2 epitopom EZH2-H2.
Slika 4: pokazuje za Primer 2 in vitro afinitet za (A) antigenski peptid TIMS-B u poređenju sa odgovarajućim humanim TIMS epitopom TIMS-H i (B) antigenski peptid TIMS-B2 u poređenju sa odgovarajućim humanim TIMS epitopom TIMS-H2.
Slika 5: pokazuje za Primer 2 in vitro afinitet za (A) antigenski peptid FOXM1-B u poređenju sa odgovarajućim humanim FOXM1 epitopom FOXM1-H i (B) antigenski peptid FOXM1-B2 u poređenju sa odgovarajućim humanim FOXM1 epitopom FOXM1-H2.
Slika 6: pokazuje za Primer 2 in vitro afinitet za antigene peptide CHI3L1-B i CHI3L1-B3 u poređenju sa odgovarajućim humanim CHI3L1 epitopom CHI3L1-H.
Slika 7: prikazuje za Primer 3 shematski prikaz sheme imunizacije. d: dan.
Slika 8: prikazuje za Primer 3 ELISPOT rezultate za miševe vakcinisane antigenskim peptidima kao što je prikazano na slici (BIRC5-H, BIRC5-B1, BIRC5-B2, BIRC5-B3, FOXM1-H2, FOXM1-B2, EZH2-H2, EZH2-B2, IL13RA2-H, IL13RA2-B. Za svaku grupu je prikazan normalizovani broj ćelija koje formiraju tačke (SFC). Svaka tačka predstavlja prosečnu vrednost za jednog pojedinca/miša. Slika 9: prikazuje za Primer 4 ELISPOT rezultate za HLA-A2 transgene miševe vakcinisane antigenskim peptidom IL13R2A-L kao što je prikazano na slici i unakrsnu reaktivnost sa odgovarajućim humanim peptidom IL13RA2-H. Za svaku grupu je prikazan normalizovani broj ćelija koje formiraju tačke (SFC).
Slika 10: prikazuje za Primer 5 ELISPOT rezultate za HLA-A2 transgene miševe vakcinisane antigenskim peptidom BIRC5-B1 kao što je naznačeno na slici i unakrsnu reaktivnost sa odgovarajućim humanim peptidom BIRC5-H. Za svaku grupu je prikazan normalizovani broj ćelija koje formiraju tačke (SFC).
Slika 11: prikazuje za Primer 6 ELISPOT rezultate za HLA-A2 transgene miševe vakcinisane antigenskim peptidom FOXM1-B2 kao što je prikazano na slici i unakrsnu reaktivnost sa odgovarajućim
4
humanim peptidom FOXM1-H2. Za svaku grupu je prikazan normalizovani broj ćelija koje formiraju tačke (SFC).
Slika 12: pokazuje za Primer 8 in vitro afinitet za antigene peptide IL13RA2-B i IL13RA2-L u poređenju sa odgovarajućim humanim epitopom IL13RA2 IL13RA2-H, uporednim peptidom 1A9V i HIV pozitivnom kontrolom.
Slika 13: pokazuje za primer 9 in vitro afinitet za antigene peptide BIRC5-B1 u poređenju sa odgovarajućim humanim BIRC5 epitopom BIRC5-H, uporednim peptidom 2M i HIV pozitivnom kontrolom.
PRIMERI
[0204] U nastavku su predstavljeni konkretni primeri koji ilustruju različite realizacije i aspekte pronalaska. Sledeće pripreme i primeri su dati da bi se omogućilo stručnjacima da jasnije razumeju i primenjuju predmetni pronalazak.
PRIMER 1: Antigenski peptidi imaju superiorni afinitet vezivanja u poređenju sa humanim peptidima.
[0205] Predviđen je afinitet vezivanja antigenskih peptida sa primerima i odgovarajućih fragmenata humanih tumorskih antigena (humani referentni peptidi) za MHC klasu I in silico. Takvo predviđanje je dobijeno korišćenjem NetMHC 4.0 servera (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/) i kao što je opisano u Andreatta M, Nielsen M Gapped sequence alignment using artificial neural networks: application to the MHC class I system. Bioinformatics (2016) Feb 15;32(4):511-7. Ovaj postupak generiše predviđanja visoke preciznosti glavnog kompleksa histokompatibilnosti (MHC): vezivanje peptida, posebno za peptide koji imaju dužinu od 8-11 amino-kiselina.
[0206] Tabela 2 ispod prikazuje rezultate, tj. informacije o predviđanju vezivanja peptida-MHC klase I.
Tabela 2: In silico redviđane vezivana e tid-MCH klase I.
4
(nastavak)
4 (nastavak)
4 (nastavak)
4 (nastavak)
(nastavak)
1 (nastavak)
2 (nastavak)
(nastavak)
4 (nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
1 (nastavak)
2 (nastavak)
[0207] Poređenje između afiniteta vezivanja predviđenog za svaki antigenski peptid i za humani referentni peptid otkriva superiorni afinitet vezivanja antigenskog peptida.
PRIMER 2: Antigenski peptidi imaju superioran afinitet prema HLA-A*0201 alelu.
[0208] Zatim, afinitet vezivanja različitih odabranih antigenskih peptida i odgovarajućih fragmenata humanih tumorskih antigena (humani referentni peptidi) za HLA-A*0201 alel je potvrđen in vitro. Naime, antigenski peptidi sekvence SEQ ID NO: 32 («FMLGEFLKL» ovde takođe označen i kao BIRC5-B1); SEQ ID NO: 30 («YTLGEFLYI» ovde takođe označen i kao BIRC5-B2); i SEQ ID NO: 31 («GLLGEFLQI» ovde takođe označen i kao BIRC5-B3) upoređeni su sa odgovarajućim referentnim humanim peptidima izvedenim iz BIRC5 («LTLGEFLKL», SEQ ID NO: 593, ovde takođe označen i kao BIRC5-H). Štaviše, antigenski peptidi sekvence SEQ ID NO: 97 («LLLSAALSV» ovde takođe označen i kao CHI3L1 B); i SEQ ID NO: 87 («YLLSAALTI» also referred herein as CHI3L1 B3) upoređeni su sa odgovarajućim referentnim humanim peptidom izvedenim iz CHI3L1 («LLLSAALSA», SEQ ID NO: 617, ovde takođe označen i kao CHI3L1 H). Štaviše, antigenski peptid sekvence SEQ ID NO: 145 («ILDEAYVRV» ovde takođe označen i kao EGFR-B) je upoređen sa odgovarajućim referentnim humanim peptidom izvedenim iz EGFR («ILDEAYVMA», SEQ ID NO: 637, ovde takođe označen i kao EGFR-H). Štaviše, antigenski peptidi sekvence SEQ ID NO: 193 («FLVEDETVI» ovde takođe označen i kao EZH2-B) and sequence SEQ ID NO: 194 («AVFRVLIPV» ovde takođe označen i kao EZH2-B2) upoređeni su sa odgovarajućim referentnim humanim peptidima izvedenim iz EZH2 («FMVEDETVL », SEQ ID NO: 659, ovde takođe označen i kao EZH2-H i «SMFRVLIGT», SEQ ID NO: 660 ovde takođe označen i kao EZH2-H2, tim redosledom). Štaviše, antigenski peptidi sekvence SEQ ID NO: 221 («RLSSYLVEI» ovde takođe označen i kao FOXM1-B) i sekvence SEQ ID NO: 220 («LMDLSTTEV» ovde takođe označen i kao FOXM1-B2) upoređeni su sa odgovarajućim referentnim humanim peptidima izvedenim iz FOXM1 («RVSSYLVPI», SEQ ID NO: 675, ovde takođe označen i kao FOXM1-H i «LM-DLSTTPL», SEQ ID NO: 674, ovde takođe označen i kao FOXM1-H2, tim redosledom). Štaviše, antigenski peptidi sekvence SEQ ID NO: 254 («FLPFGFILV» ovde takođe označen i kao IL13RA2-B) i sekvence SEQ ID NO: 255 («FLP- FGFILPV» ovde takođe označen i kao IL13RA2-L) upoređeni su sa odgovarajućim referentnim humanim peptidom izvedenim iz IL13RA2 («WLPFGFILI», SEQ ID NO: 691, ovde takođe označen i kao IL13RA2-H). Štaviše, antigenski peptidi sekvence SEQ ID NO: 524 («SMEELLWFV» ovde takođe označen i kao TYMS-B) i sekvence SEQ ID NO: 521 («FLDSLGFSL» ovde takođe označen i kao TYMS-B2) upoređeni su sa odgovarajućim referentnim humanim peptidima izvedenim iz TYMS («VLEELLWFI», SEQ ID NO: 826, » ovde takođe označen i kao TYMS-H, i «FLDSLGFST», SEQ ID NO: 824, » ovde takođe označen i kao TYMS-H2, tim redosledom).
A. Materijali i postupci
A1. Merenje afiniteta peptida prema T2 ćelijskoj liniji.
[0209] Eksperimentalni protokol je sličan onom koji je potvrđen za peptide predstavljene od strane HLA-A∗0201 (Tourdot et al., A general strategy to enhance immunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides: implication in the identification of cryptic tumor epitopes. Eur J Immunol.2000 Dec; 30(12):3411-21). Merenje afiniteta peptida se postiže pomoću humane tumorske ćelije T2 koja eksprimuje HLA-A∗0201 molekul, ali koja je TAP1/2 negativna i nesposobna da prezentuje endogene peptide.
[0210] T2 ćelije (2.105 ćelije po ležištu) se inkubiraju sa opadajućim koncentracijama peptida sa 100 μM do 1.5625 μM u AIMV medijumu sa dodatkom 100 ng/μl humanog β2m na 37°C tokom 16 sati. Ćelije su zatim isprane dva puta i obeležene anti-HLA-A2 antitelom kuplovanim sa PE (klon BB7.2, BD Pharmagen).
[0211] Analiza se vrši pomoću FACS (Guava Easy Cyte).
[0212] Za svaku koncentraciju peptida, geometrijska sredina označavanja povezanog sa peptidom od interesa se oduzima od pozadinskog šuma i prijavljuje kao procenat geometrijske sredine HLA-A∗0202 obeležavanja dobijenog za referentni peptid HIV pol 589-597 u koncentraciji od 100mM. Relativni afinitet se tada određuje na sledeći način:
relativni afinitet = koncentracija svakog peptida koja izaziva 20% ekspresije HLA-A*0201 / koncentracija referentnog peptida koja izaziva 20% ekspresije HLA-A*0201.
A2. Solubilizacija peptida
[0213] Svaki peptid se rastvori uzimajući u obzir sastav amino-kiselina. Za peptide koji ne sadrže cistein, metionin ili triptofan, dodavanje DMSO je moguće do 10% ukupne zapremine. Ostali peptidi su resuspendovani u vodi ili PBS pH7,4.
B. Rezultati
[0214] Srednje vrednosti relativnog intenziteta fluorescencije (podaci su normalizovani na srednju fluorescenciju HIV peptida, tj. vrednost od 100 je jednaka najboljem vezivanju primećenom sa HIV peptidom) T2 ćelija dobijene za različite koncentracije svakog peptida prikazane su u tabeli 3. ispod:
Tabela 3.
(nastavak)
4
[0215] Tabela 4 u nastavku rezimira za svaki testirani peptid koncentraciju koja je potrebna da se indukuje 20% ekspresije HLA-A2 i in vitro afinitet vezivanja.
Tabela 4. ND – nie utvrđeno
[0216] Pored toga, slike 1 - 6 prikazuju rezultate za odabrane primere, odnosno za antigenske peptide IL13RA2-B i IL13RA2-L u poređenju sa odgovarajućim fragmentom humanog IL13RA2 IL13RA2-H (slika 1), za antigenske peptide BIRC5-B1, BIRC5 -B2 i BIRC5-B3 u poređenju sa odgovarajućim humanim BIRC5 fragmentom BIRC5-H (slika 2), za antigenski peptid EZH2-B u poređenju sa odgovarajućim humanim EZH2 fragmentom EZH2-H (slika 3A) i antigenski peptid EZH2- B2 u poređenju sa odgovarajućim humanim EZH2 fragmentom EZH2-H2 (slika 3B), za antigenski peptid TYMS-B u poređenju sa odgovarajućim humanim TYMS fragmentom TYMS-H (slika 4A) i antigenski peptid TYMS-B2 u poređenju sa odgovarajućim humanim TYMS fragmentom TYMS-H2 (slika 4B), za antigenski peptid FOXM1-B u poređenju sa odgovarajućim humanim FOXM1 fragmentom FOXM1-H (slika 5A) i antigenski peptid FOXM1-B2 u poređenju sa odgovarajućim humanim FOXM1 fragmentom FOXM1-H2 (slika 5B), i za antigene peptide CHI3L1-B i CHI3L 1-B3 u poređenju sa odgovarajućim humanim CHI3L1 fragmentom CHI3L1-H (Sl.6).
[0217] Ukratko, rezultati pokazuju da antigenski peptidi kako su ovde opisani pokazuju barem sličan afinitet vezivanja za HLA-A∗0201 kao odgovarajući fragmenti humanog tumorskog antigena. U većini slučajeva, afinitet vezivanja primećen za antigenske peptide kako je ovde opisano bio je jači od onog kod odgovarajućih humanih epitopa. Bez vezivanja ni za jednu teoriju, pretpostavlja se da tako jak afinitet vezivanja antigenskih peptida kao što je ovde opisan odražava njihovu sposobnost da podignu imuni odgovor (tj. njihovu imunogenost).
PRIMER 3: Vakcinacija miševa antigenskim peptidima izaziva poboljšane T ćelijske odgovore u ELISPOT-IFN γ testu.
A. Materijali i postupci
A.1 Mišji model
[0218] Shema imunizacije je prikazana na slici 7. Ukratko, HLA-A2 humanizovani miševi (HLA-A2 (CB6F1-Tg(HLA-A*0201/H2-K<b>)A*0201) su podeljeni nasumično (na osnovu pola i starosti miša) u eksperimentalne grupe, pri čemu je svaka grupa imunizovana specifičnim peptidom za vakcinaciju (vacc-pAg) kombinovanim sa zajedničkim peptidom pomagačem (h-pAg T13L; sekvenca: TPPAYRPPNAPIL; SEQ ID NO: 860; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MHCBN: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides. Bioinformatics 19: 665-666) (kao što je navedeno u tabeli 5 ispod). Vacc-pAg je upoređen u parovima (grupa 1 naspram grupe 2, grupa 1 naspram grupe 3; grupa 1 naspram grupe 4; grupa 5 naspram grupe 6; grupa 7 naspram grupe 8; grupa 9 naspram grupe 10 ). Tako su u svakom talasu upoređene i nativne i optimizovane verzije jednog peptida.
Tabela 5. Sastav eksperimentalne grupe. h-pAg: peptid „pomagač”; vacc-pAg: peptid za vakcinaciju. Broj buster inekcia e naveden u za radama.
[0219] Peptidi su obezbeđeni na sledeći način:
• vacc-pAg: BIRC5-H, BIRC5-B1, BIRC5-B2, BIRC5-B3, FOXM1-H2, FOXM1-B2, EZH2-H2, EZH2-B2, IL13RA2-H i IL13RA2-B; sve proizvedeno i obezbeđeno u koncentraciji od 4 mg/ml (4 mM);
• h-pAg: h-pAg: T13L; Eurogentec serija 1713334 ponovo suspendovana u čistoj destilovanoj vodi u koncentraciji od 10 mg/mL
[0220] Životinje su imunizovane na dan 0 (d0) sa udarnom (prvom dozom) injekcijom, a na d14 sa buster injekcijom. Svakom mišu je ubrizgano s.c. na bazi repa 100 µL emulzije na bazi ulja koja je sadržala:
• 100 μg vacc-pAg (25 μL od 4 mg/mL zaliha po mišu);
• 150 μg h-pAg (15 μL zaliha od 10 mg/mL po mišu);
• 10 μL da se postigne ukupna zapremina od 50 μL (po mišu);
• Nepotpuni Frojndov adjuvans (IFA) je dodat u odnosu 1:1 (v:v) (50 μL po mišu).
[0221] Za svaki vac-pAg pripremljena je posebna emulzija, na sledeći način: IFA reagens je dodat u smešu vaccpAg/h-pAg/PBS u epruveti od 15 mL i mešan na vorteksu u ponovljenim ciklusima od 1 min dok se nije formirala gusta emulzija.
A.2 Analiza
[0222] Sedam dana nakon buster injekcije (tj. na d21), životinje su eutanazirane i slezina je sakupljena. Splenociti su pripremljeni mehaničkim razbijanjem organa nakon čega je usledilo 70 µm-filtriranje i prečišćavanje Ficoll gradijentom gustine.
[0223] Splenociti su odmah korišćeni u ELISPOT-IFN γtestu (Tabela 6). Eksperimentalni uslovi su ponovljeni u tri primerka, koristeći 2*10<5>ukupnih splenocita po ležištu, i kultivisani su u prisustvu vac-pAg (10 μM), lonomicina (0.1μM) plus PMA (1μM) ili samo medijuma da bi se procenio njihov kapacitet da luče IFN γ. Komercijalni ELIS- POT-IFN γ komplet (Diaclone Kit Mujrine IFN γELISpot) je korišćen prema uputstvima proizvođača, a test je izveden nakon oko 19 sati inkubacije.
Tabela 6. Podešavane ELISPOT-IFN γtesta.
(nastavak)
[0224] Tačke su prebrojane na CTL ELISpot čitaču. Crtanje grafikona i statistička analiza vršeni su softverom Prism-5 (GraphPad Software Inc.).
B. Rezultati
[0225] Ukupno 50 HLA-A2 (CB6F1-Tg(HLA-A∗0201/H2- K<b>)A*0201) miševa je korišćeno za ovaj eksperiment. Svi miševi su bili stari od 6 do 9 nedelja na dan početka eksperimenta. U studiji su korišćeni i mužjaci i ženke. Životinje su smeštene u grupama od najviše 5 po kavezu. U vreme žrtvovanja, populacija T ćelija slezine je analizirana protočnom citometrijom, pokazujući da velika većina pripada podskupu CD4+ T ćelija.
[0226] Posle postavljanja na ploče i inkubacije sa odgovarajućim stimulusima, ćelije koje proizvode IFN γ su otkrivene i izbrojane.
Podaci su zatim normalizovani kao broj specifičnih tačaka (oduzimaju se prosečni brojevi dobijeni u stanju „samo medijum”) na 50*10<3>ukupnih T ćelija.
[0227] Pojedinačne prosečne vrednosti (dobijene iz tri primerka) su zatim korišćene za iscrtavanje prosečnih vrednosti grupe. Kako funkcionalni kapacitet T ćelija može da varira od pojedinca do pojedinca, podaci su, takođe, izraženi kao procenat jonomicina plus PMA odgovora po jedinci (videti sliku 8).
[0228] Sve u svemu, vakcinacija antigenskim peptidima (BIRC5-B1, BIRC5-B2, BIRC5-B3, FOXM1-B2, EZH2-B2 i IL13RA2-B) izazvala je poboljšane T ćelijske odgovore u ELISPOT-IFN γ testu, u poređenju sa odgovarajućim humanim referentnim epitopima (BIRC5-H, FOXM1-H2, EZH2-H2 i IL13RA2-H).
PRIMER 4: Imunogenost L13R2A-L kod HLA-A2 transgenih miševa i unakrsna reaktivnost sa odgovarajućim humanim peptidom.
A. Materijali i postupci
[0229] Antigenski peptid IL13RA2-L (SEQ ID NO: 255) i odgovarajući humani referentni peptid IL13RA2-H (SEQ ID NO: 691) su testirani u različitim grupama mužjaka i ženki HHD DR3 miševa koji eksprimuju humani HLA-A2 i HLA-DR3 MHC i nedostatak mišjih H-2 klase I i klase II MHC. Grupama od 5 miševa (mužjaci i ženke) je subkutano ubrizgano 0. i 14. dana 100 µg IL13RA2-L (SEQ ID NO: 255) ili IL13RA2-H (SEQ ID NO: 691), 150 µg peptida pomagača (DR3) i IFA.21. dana, miševi su eutanazirani i splenociti su pripremljeni i stimulisani in vitro sa IL13RA2-L ili humanim odgovarajućim peptidom IL13RA2-H da se proceni njihov kapacitet da luče IFN- kao što je procenjeno pomoću ELISpot. Konkanavalin A (ConA) je korišćen kao pozitivna kontrola.
B. Rezultati
[0230] Broj ćelija koje formiraju tačke (SFC) (normalizovan na broj CD8 ćelija) je prikazan na Slici 9. Rezultati su prikazani za miševe imunizovane sa IL13RA2-L. Rezultati pokazuju da imunizacija miševa sa IL13RA2-L omogućava da se indukuju T-ćelije koje su u stanju da reaguju snažno nakon izazivanja bilo sa IL13RA2-L ili odgovarajućim humanim peptidom. Dakle, IL13RA2-L je snažno imunogen i u stanju je da pokrene efikasan imuni odgovor protiv odgovarajućeg humanog peptida. Kao što se i očekivalo, imunizacija miševa odgovarajućim humanim peptidom IL13RA2-H ne indukuje imuni odgovor nakon izazivanja bilo sa IL13RA2-L ili humanim odgovarajućim peptidom IL13RA2-H (podaci nisu prikazani).
[0231] Ovi rezultati su potvrđeni kod HHD DR1 miševa koji eksprimuju humani HLA-A2 i HLA-DR1 MHC i nemaju mišje H-2 klase I i klase II MHC (grupe od 5 miševa).
PRIMER 5: Imunogenost BIRC5-B1 kod HLA-A2 transgenih miševa i unakrsna reaktivnost sa odgovarajućim humanim peptidom.
A. Materijali i postupci
[0232] Antigenski peptid pronalaska BIRC5-B1 (SEQ ID NO: 32) i odgovarajući humani peptid BIRC5-H (SEQ ID NO: 593) su testirani u različitim grupama mužjaka i ženki HHD DR3 miševa koji eksprimuju humani HLA-A2 i HLA -DR3 MHC i nemaju mišje H-2 klase I i klase II MHC. Grupama od 5 miševa (mužjaci i ženke) je subkutano ubrizgano 0. i 14. dana 100 µg BIRC5-B1 ili BIRC5-H, 150 µg peptida pomagača (DR3) i IFA. 21. dana, miševi su eutanazirani i splenociti su pripremljeni i stimulisani in vitro sa BIRC5-B1 ili humanim peptidom BIRC5-H da bi se procenio njihov kapacitet da luče IFNas procenjen pomoću ELISpot-a. ConA je korišćen kao pozitivna kontrola.
B. Rezultati
[0233] Broj SFC (normalizovan na broj CD8 ćelija) je prikazan na slici 10. Rezultati su prikazani za miševe imunizovane sa BIRC5-B1. Rezultati pokazuju da imunizacija miševa sa BIRC5-B1 omogućava da se indukuju T-ćelije koje su u stanju da reaguju snažno nakon izazivanja sa BIRC5-B1 ili humanim odgovarajućim peptidom BIRC5-H. Dakle, BIRC5-B1 je snažno imunogen i sposoban je da pokrene efikasan imuni odgovor protiv odgovarajućeg humanog peptida. Imunizacija miševa odgovarajućim humanim peptidom BIRC5-H ne izaziva nikakav imuni odgovor protiv BIRC5-B1 ili humanog odgovarajućeg peptida (podaci nisu prikazani).
[0234] Ovi rezultati su potvrđeni kod HHD DR1 miševa koji eksprimuju humani HLA-A2 i HLA-DR1 MHC i nemaju mišje H-2 klase I i klase II MHC (grupe od 5 miševa).
PRIMER 6: Imunogenost FOXM1-B2 kod HLA-A2 transgenih miševa i unakrsna reaktivnost sa odgovarajućim humanim peptidom.
A. Materijali i postupci
[0235] Antigenski peptid FOXM1-B2 (SEQ ID NO: 220) i odgovarajući humani peptid FOXM1-H2 (SEQ ID NO: 674) su testirani u različitim grupama mužjaka i ženki HHD DR3 miševa koji eksprimuju humani HLA-A2 i HLA-DR3 MHC i nemaju mišje H-2 klase I i klase II MHC. Grupama od 5 miševa (mužjaci i ženke) je subkutano ubrizgano 0. i 14. dana sa 100 µg FOXM1-B2 ili FOXM1-H2, 150 µg peptida pomagača (DR3) i IFA. 21. dana, miševi su eutanazirani i splenociti su pripremljeni i stimulisani in vitro sa FOXM1-B2 ili humanim odgovarajućim peptidom FOXM1-H2 da se proceni njihov kapacitet da luče IFN kao što je procenjeno pomoću ELISpot. ConA je korišćen kao pozitivna kontrola
B. Rezultati
[0236] Broj SFC (normalizovan na broj CD8 ćelija) je prikazan na Slici 11. Rezultati su prikazani za miševe imunizovane sa FOXM1-B2. Rezultati pokazuju da imunizacija miševa sa FOXM1-B2 omogućava da se indukuju T-ćelije koje su u stanju da reaguju snažno nakon izazivanja bilo sa FOXM1-B2 ili humanim odgovarajućim peptidom. Dakle, FOXM1-B2 je snažno imunogen i u stanju je da pokrene efikasan imuni odgovor protiv humanog odgovarajućeg peptida FOXM1-H2. Imunizacija miševa odgovarajućim humanim peptidom FOXM1-H2 ne indukuje imuni odgovor protiv FOXM1-B2 ili humanog odgovarajućeg peptida (podaci nisu prikazani).
[0237] Ovi rezultati su potvrđeni kod HHD DR1 miševa koji eksprimuju humani HLA-A2 i HLA-DR1 MHC i nemaju mišje H-2 klase I i klase II MHC (grupe od 5 miševa).
[0238] Sve u svemu, ove studije imunogenosti opisane u Primerima 4 do 6 sprovedene na miševima HHD DR3 i HHD DR1 pokazale su da su tri antigenska peptida, uključujući antigenski peptid pronalaska, IL13RA2-L, BIRC5-B1 i FOXM1-B2, izazvala jake imune odgovore. Unakrsna reaktivnost T ćelija generisanih protiv IL13RA2-L, BIRC5-B1 i FOXM1-B2 za odgovarajuće humane peptide prikazana je kod HHD DR3 i HHD DR1 miševa. Shodno tome, ovi rezultati pružaju eksperimentalni dokaz da je imunoterapija zasnovana na antigenima u stanju da poboljša odgovor T ćelija in vivo i da su antigenski peptidi kako su ovde opisani, uključujući antigenski peptid prema predmetnom pronalasku, posebno efikasni za tu svrhu.
PRIMER 7: IL13RA2-B ima superioran afinitet prema HLA-A*0201 alelu.
[0239] Ovaj primer pruža dokaz da antigenski peptid kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254 (FLPFGFILV, ovde takođe označen i kao IL13RA2-B) ima veći afinitet prema HLA-A∗0201 alela od drugih varijanti sekvence odgovarajućeg referentnog humanog peptida izvedenog iz IL13RA2 (IL13RA2-H, WLPFGFILI, SEQ ID NO: 691). U ovom eksperimentu, antigenski peptid sekvence SEQ ID NO: 254 (IL13RA2-B) je upoređen sa
- uporednim peptidom „1A9V” (SEQ ID NO: 896), kako ga opisuje Eguchi Junichi et al., 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891, u kojoj je triptofan na poziciji 1 SEQ ID NO: 691 zamenjen alaninom (1A), a izoleucin na poziciji 9 SEQ ID NO: 691 zamenjen valinom (9V);
- peptidom „1I9A” (SEQ ID NO: 897), pri čemu je triptofan na poziciji 1 SEQ ID NO: 691 zamenjen izoleucinom (1I), a izoleucin na poziciji 9 SEQ ID NO: 691 je zamenjen alaninom (9A); i
- peptidom „1F9M” (SEQ ID NO: 898), pri čemu je triptofan na poziciji 1 SEQ ID NO: 691 zamenjen fenilalaninom (1F), a izoleucin na poziciji 9 SEQ ID NO: 691 je zamenjen metioninom (9M).
A. Materijali i postupci
[0240] Eksperimentalni protokol, materijali i postupci odgovaraju onima navedenim u Primeru 2, sa jedinom razlikom što su korišćeni gore pomenuti (poli)peptidi.
B. Rezultati
[0241] Sledeći in vitro afiniteti vezivanja su dobijeni:
Tabela 7.
[0242] Shodno tome, antigenski peptid (IL13RA2-B; SEQ ID NO: 254) pokazao je znatno veći afinitet vezivanja za HLA-A∗0201 nego svi ostali testirani peptidi, dok je peptid „1A9V”, kako je opisano od Eguchi Junichi et al., 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891, pokazao najniži afinitet testiranih peptide.
PRIMER 8: IL13RA2-L ima superiorniji afinitet prema HLA-A*0201 alelu.
[0243] Ovaj primer pruža dokaz da antigenski peptid kao što je navedeno u SEQ ID NO: 255 (koji se ovde takođe naziva IL13RA2-L) ima sličan visok afinitet prema HLA-A∗0201 alelu kao antigenski peptid kako je navedeno u SEQ ID NO: 254 (FLPFGFILV, ovde takođe označen i kao IL13RA2-B) - i veći afinitet od odgovarajućeg referentnog humanog peptida izvedenog iz IL13RA2 (IL13RA2-H, WLPFGFILI, SEQ ID NO: 691) i drugih njihovih varijanti sekvence. U ovom eksperimentu, antigenski peptid sekvence SEQ ID NO: 255 (IL13RA2-L) je upoređen sa
- uporednim peptidom „1A9V” (SEQ ID NO: 896), kako ga opisuje Eguchi Junichi et al., 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891, u kojoj je triptofan na poziciji 1 SEQ ID NO: 691 zamenjen alaninom (1A), a izoleucin na poziciji 9 SEQ ID NO: 691 zamenjen valinom (9V);
- antigenskim peptidom kao što je navedeno u SEQ ID NO: 254 (IL13RA2-B);
- odgovarajućim referentnim humanim peptidom IL13RA2-H (SEQ ID NO: 691); i
- pozitivnom kontrolom (HIV).
A. Materijali i postupci
[0244] Eksperimentalni protokol, materijali i postupci odgovaraju onima navedenim u Primeru 2, sa jedinom razlikom što su korišćeni gore pomenuti (poli)peptidi.
B. Rezultati
[0245] Sledeći in vitro afiniteti vezivanja su dobijeni:
Tabela 8.
[0246] Shodno tome, antigenski peptidi (IL13RA2-B; SEQ ID NO: 254 i IL13RA2-L; SEQ ID NO: 255) su pokazali znatno veći afinitet vezivanja za HLA-A∗0201 nego odgovarajući humani epitop (IL13RA2-H) i uporedni peptid „1A9V”, kako je opisano od Eguchi Junichi et al., 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891. Posebno, antigenski peptid IL13RA2-L (SEQ ID NO: 255) pokazuje jak afinitet vezivanja za HLA-A∗0201, naime, 69% maksimalne aktivnosti vezivanja HIV pol 589-597 na 100 μM; 96% na 25mM i 43% na 6.25 μM. Rezultati su, takođe, prikazani na slici 12.
PRIMER 9: BIRC5-B1 ima superioran afinitet prema HLA-A*0201 allele.
[0247] Ovaj primer pruža dokaze da antigenski peptid pronalaska kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32 (koji se ovde takođe pominje kao BIRC5-B1) ima veći afinitet od odgovarajućeg referentnog humanog peptida izvedenog iz BIRC5 (BIRC5-H, SEQ ID NO: 593) i njegove komparativne varijante sekvence („2M”; SEQ ID NO: 899). U ovom eksperimentu, antigenski peptid sekvence SEQ ID NO: 32 (BIRC5-B1) je upoređen sa
- peptidom „2M” (LMLGEFLKL; SEQ ID NO: 899), u kome je treonin na poziciji 2 SEQ ID NO: 593 zamenjen metioninom (2M);
- odgovarajućim referentnim humanim peptidom BIRC5-H (SEQ ID NO: 593); i
- pozitivnom kontrolom (HIV).
A. Materijali i postupci
[0248] Eksperimentalni protokol, materijali i postupci odgovaraju onima navedenim u Primeru 2, sa jedinom razlikom što su korišćeni gore pomenuti (poli)peptidi.
B. Rezultati
[0249] Sledeći in vitro afiniteti vezivanja su dobijeni:
Tabela 9.
Tabela 10.
1
[0250] Ukratko, antigenski peptid prema predmetnom pronalasku (BIRC5-B1; SEQ ID NO: 32) pokazao je znatno veći in vitro afinitet vezivanja za HLA-A∗0201 nego odgovarajući humani epitop (BIRC5-H) i uporedni peptid „2M”. Rezultati su, takođe, prikazani na slici 13.
2
4
1
2
4
1
2
4
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
11
11
11
11
11
11
11
12
12
12
12
12
12
12
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
14
14
14
14
14
14
14
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
1
11
12
1
14
1
1
1
1
1
2
21
22
2
24
2
2
2
2
2
21
21
21
21
21
21
21
22
22
22
22
22
22
22
2
21
22
2
24
2
2
2
2
2
24
24
24
24
24
24
24
2
21
22
2
24
2
2
2
2
2
2
21
22
2
24
2
2
2
2
2
2
21
22
2
24
2
2
2
2
2
2
21
22
2
24
2
2

Claims (19)

Patentni zahtevi
1. Antigenski peptid koji se sastoji od sekvence amino-kiselina kao što je navedeno u SEQ ID NO: 32.
2. Nanočestica napunjena antigenskim peptidom prema zahtevu 1.
3. Ćelija napunjena antigenskim peptidom prema zahtevu 1.
4. Nukleinska kiselina koja kodira antigenski peptid prema zahtevu 1.
5. Ćelija domaćin ili virusni vektor koji sadrži nukleinsku kiselinu prema zahtevu 4.
6. Farmaceutska kompozicija koja sadrži
- antigenski peptid prema zahtevu 1,
- nanočesticu prema zahtevu 2, ili
- ćeliju prema zahtevu 3.
7. Farmaceutska kompozicija prema zahtevu 6, koja dalje sadrži imuno-adjuvans.
8. Farmaceutska kompozicija prema zahtevu 7, naznačena time što je imuno-adjuvans Montanid.
9. Farmaceutska kompozicija prema bilo kom od zahteva 6 do 8, naznačena time što kompozicija sadrži antigenski peptid prema zahtevu 1 i antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 220.
10. Farmaceutska kompozicija prema bilo kom od zahteva 6 do 9, naznačena time što kompozicija sadrži antigenski peptid prema zahtevu 1 i antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 255.
11. Farmaceutska kompozicija prema bilo kom od zahteva 6 do 10, pri čemu kompozicija dalje sadrži UCP2 peptid prema SEQ ID NO: 859.
12. Farmaceutska kompozicija prema bilo kom od zahteva 6 do 9 i 11, naznačena time što kompozicija sadrži:
- antigenski peptid prema zahtevu 1;
- antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 220; i
- UCP2 peptid prema SEQ ID NO: 859.
13. Farmaceutska kompozicija prema bilo kom od zahteva 6 do 12, naznačena time što kompozicija sadrži:
- antigenski peptid prema zahtevu 1;
- antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 220;
- antigenski peptid koji se sastoji od SEQ ID NO: 255; i
- UCP2 peptid prema SEQ ID NO: 859.
14. Komplet koji sadrži
- antigenski peptid prema zahtevu 1,
- nanočestice prema zahtevu 2,
- ćeliju prema zahtevu 3, i/ili
2
- farmaceutsku kompoziciju prema bilo kom od zahteva 6 do 13.
15. Komplet prema zahtevu 14, naznačen time što komplet sadrži kontejner koji sadrži jedan ili više antigenskih peptida i poseban kontejner koji sadrži pomoćno sredstvo.
16. Kombinacija antigenskog peptida prema zahtevu 1 i antigenskog peptida koji se sastoji od sekvence aminokiseline kao što je navedeno u bilo kojoj od SEQ ID NOs 220, 1 - 31, 33 - 219, 221 - 580 i 861 - 887.
17. Antigenski peptid prema zahtevu 1,
nanočestica prema zahtevu 2,
ćelija prema zahtevu 3,
farmaceutska kompozicija prema bilo kom od zahteva 6 do 13,
komplet prema zahtevu 14 ili 15, ili
kombinacija antigenskih peptida prema zahtevu 16,
za upotrebu u prevenciji i/ili lečenju raka.
18. Multimer peptida-MHC (pMHC) koji sadrži antigenski peptid prema zahtevu 1.
19. In vitro upotreba pMHC multimera prema zahtevu 18 za detekciju i/ili izolaciju populacije T ćelija koja je specifična za pMHC multimer skriningom populacija T ćelija.
RS20230005A 2018-04-11 2019-04-11 Antigenski peptidi za prevenciju i lečenje raka RS63873B1 (sr)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP18305444 2018-04-11
EP2018077512 2018-10-09
PCT/EP2019/059329 WO2019197567A2 (en) 2018-04-11 2019-04-11 Antigenic peptides for prevention and treatment of cancer
EP19716176.3A EP3773689B1 (en) 2018-04-11 2019-04-11 Antigenic peptides for prevention and treatment of cancer

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS63873B1 true RS63873B1 (sr) 2023-02-28

Family

ID=66092357

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20230005A RS63873B1 (sr) 2018-04-11 2019-04-11 Antigenski peptidi za prevenciju i lečenje raka

Country Status (19)

Country Link
US (2) US12016910B2 (sr)
EP (2) EP3773689B1 (sr)
JP (2) JP7384819B2 (sr)
CN (2) CN120535570A (sr)
AU (1) AU2019253217B2 (sr)
BR (1) BR112020020780A2 (sr)
CA (1) CA3094262A1 (sr)
DK (1) DK3773689T5 (sr)
ES (1) ES2935702T3 (sr)
FI (1) FI3773689T3 (sr)
HR (1) HRP20230007T1 (sr)
HU (1) HUE060791T2 (sr)
LT (1) LT3773689T (sr)
MX (2) MX2020010701A (sr)
PL (1) PL3773689T3 (sr)
RS (1) RS63873B1 (sr)
SI (1) SI3773689T1 (sr)
SM (1) SMT202300021T1 (sr)
WO (1) WO2019197567A2 (sr)

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB201604458D0 (en) 2016-03-16 2016-04-27 Immatics Biotechnologies Gmbh Peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against cancers
US11712465B2 (en) 2016-10-07 2023-08-01 Enterome S.A. Microbiota sequence variants of tumor-related antigenic epitopes
IL296165B2 (en) 2016-10-07 2023-10-01 Enterome S A Immunogenic compounds for cancer treatment
CN117801069A (zh) 2016-10-07 2024-04-02 恩特罗姆公司 用于癌症疗法的免疫原性化合物
DE102016123893A1 (de) 2016-12-08 2018-06-14 Immatics Biotechnologies Gmbh T-Zellrezeptoren mit verbesserter Bindung
MX2022004598A (es) * 2019-10-16 2022-09-23 Enterome S A Compuestos inmunogenicos para el tratamiento del cancer suprarrenal.
PL4021487T3 (pl) * 2019-11-15 2024-04-15 Enterome S.A. Peptydy antygenowe do zapobiegania i leczenia nowotworów złośliwych wywodzących się z limfocytów b
CN111197040B (zh) * 2020-01-21 2023-08-08 福建亿彤生物科技有限公司 壳多糖酶3样蛋白1（chi3l1）抗原表位肽、抗原、抗体、用途及试剂盒
CN114163510B (zh) * 2021-03-24 2024-12-06 深圳市新靶向生物科技有限公司 一种与肝癌驱动基因突变相关的抗原肽组合及其应用
AU2023246941A1 (en) * 2022-03-31 2024-10-24 Enterome S.A. Antigenic peptides for prevention and treatment of cancer.
IT202200006785A1 (it) * 2022-04-06 2023-10-06 Istituto Naz Tumori Irccs Fondazione G Pascale Analoghi di antigeni tumorali da microbiota e usi relativi
KR20240017325A (ko) * 2022-07-29 2024-02-07 주식회사 엘지화학 항원 전달용 재조합 융합 단백질 및 이의 이용

Family Cites Families (53)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE3841091A1 (de) 1988-12-07 1990-06-13 Behringwerke Ag Synthetische antigene, verfahren zu ihrer herstellung und ihre verwendung
CA2006700A1 (en) 1989-01-17 1990-07-17 Antonello Pessi Synthetic peptides and their use as universal carriers for the preparation of immunogenic conjugates suitable for the development of synthetic vaccines
IT1237764B (it) 1989-11-10 1993-06-17 Eniricerche Spa Peptidi sintetici utili come carriers universali per la preparazione di coniugati immunogenici e loro impiego per lo sviluppo di vaccini sintetici.
IT1262896B (it) 1992-03-06 1996-07-22 Composti coniugati formati da proteine heat shock (hsp) e oligo-poli- saccaridi, loro uso per la produzione di vaccini.
US5550214A (en) 1994-02-10 1996-08-27 Brigham And Women's Hospital Isolated antigenic oncogene peptide fragments and uses
US5635363A (en) 1995-02-28 1997-06-03 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Compositions and methods for the detection, quantitation and purification of antigen-specific T cells
GB9713156D0 (en) 1997-06-20 1997-08-27 Microbiological Res Authority Vaccines
CA2366152A1 (en) 1999-03-19 2000-09-28 Smithkline Beecham Biologicals S.A. Streptococcus pneumoniae vaccine
WO2000061761A2 (en) 1999-04-09 2000-10-19 Techlab, Inc. Recombinant clostridium toxin a protein carrier for polysaccharide conjugate vaccines
EP1189624A4 (en) 1999-06-29 2005-02-23 Epimmune Inc Hla binding peptides and their uses
FR2798128B1 (fr) 1999-09-06 2001-11-16 Inst Nat Sante Rech Med Moyens de detection et de purification de populations lymphocytaires t cd8+ specifiques de peptides presentes dans le contexte hla
WO2001058479A1 (en) 2000-02-08 2001-08-16 The Penn State Research Foundation Immunotherapy using interleukin 13 receptor subunit alpha 2
JP2003524016A (ja) 2000-02-23 2003-08-12 エピミューン， インコーポレイテッド Ｈｌａ結合ペプチドおよびそれらの用途
US7892559B2 (en) 2002-01-30 2011-02-22 Survac Aps Survivin-derived peptides and use thereof
CA2480008C (en) 2002-03-22 2015-10-06 The Penn State Research Foundation Use of il-13 receptor subunit alpha 2 as an anti-cancer vaccine
JP2006512300A (ja) 2002-10-03 2006-04-13 エピミューン インコーポレイテッド Ｈｌａ結合ペプチド及びその使用
CN1954217B (zh) 2004-02-06 2013-05-08 国立健康与医学研究所 衍生自gp41的多肽、含有所述多肽的疫苗组合物以及用于治疗个体HIV病毒感染的用途
WO2006034334A2 (en) 2004-09-21 2006-03-30 University Of Pittsburgh Of The Commonwealth System Of Higher Education Peptide analogs capable of enhancing stimulation of a glioma-specific ctl response
US7666622B2 (en) 2005-10-19 2010-02-23 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Monomeric self-associating fusion polypeptides and therapeutic uses thereof
CA2672215A1 (en) 2006-12-11 2008-06-19 Wyeth Methods and compositions for treating and monitoring treatment of il-13-associated disorders
KR101543624B1 (ko) * 2007-08-20 2015-08-11 온코세라피 사이언스 가부시키가이샤 Ｆｏｘｍ１ 펩티드 및 이를 포함하는 약학적 조성물
PT2119726E (pt) 2008-05-14 2015-03-30 Immatics Biotechnologies Gmbh Novos e poderosos peptídeos para mhc classe ii derivados de survinina e neurocano
US20110182926A1 (en) 2008-08-12 2011-07-28 Nicola La Monica Minigene
ES2536465T3 (es) * 2008-10-01 2015-05-25 Immatics Biotechnologies Gmbh Composición de péptidos tumor-asociados y relacionados con la vacuna contra el cáncer para el tratamiento de glioblastoma (GBM) y otros cánceres
TWI469791B (zh) * 2009-02-18 2015-01-21 Oncotherapy Science Inc Ｆｏｘｍ１胜肽以及含此胜肽之疫苗
US20110033389A1 (en) 2009-04-29 2011-02-10 Zhifeng Chen Modified antibodies for passive immunotherapy
JP5722334B2 (ja) 2009-11-03 2015-05-20 コリア・ユニバーシティ・リサーチ・アンド・ビジネス・ファウンデーション 酸化亜鉛−結合性ペプチドを含むタンパク質と酸化亜鉛ナノ粒子の複合体及びその用途
GB201004575D0 (en) * 2010-03-19 2010-05-05 Immatics Biotechnologies Gmbh Composition of tumor associated peptides and related anti cancer vaccine for the treatment of gastric cancer and other cancers
US9314516B2 (en) 2010-05-04 2016-04-19 Cassian Yee Conditional superagonist CTL ligands for the promotion of tumor-specific CTL responses
WO2012027379A2 (en) 2010-08-24 2012-03-01 University Of Pittsburgh - Of The Commonwealth System Of Higher Education Interleukin-13 receptor alpha 2 peptide-based brain cancer vaccines
PT3682905T (pt) 2011-10-03 2022-04-07 Modernatx Inc Nucleósidos, nucleótidos e ácidos nucleicos modificados e respetivas utilizações
US20140371302A1 (en) 2011-12-29 2014-12-18 Modema Therapeutics, Inc. Modified mrnas encoding cell-penetrating polypeptides
WO2013151664A1 (en) 2012-04-02 2013-10-10 modeRNA Therapeutics Modified polynucleotides for the production of proteins
EP2639299A1 (en) 2012-03-16 2013-09-18 Invectys Universal cancer peptides derived from telomerase
CA2902415C (en) 2012-03-19 2024-02-06 Stemline Therapeutics, Inc. Methods for treating and monitoring the status of cancer
WO2013148147A1 (en) 2012-03-26 2013-10-03 The U.S.A., As Represented By The Secretary Dept. Of Health And Human Services Dna methylation analysis for the diagnosis, prognosis and treatment of adrenal neoplasms
WO2013173411A1 (en) 2012-05-16 2013-11-21 Stemline Therapeutics, Inc Cancer stem cell targeted cancer vaccines
US20140141044A1 (en) 2012-11-12 2014-05-22 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Cord Colitis Syndrome Pathogen
EP2929045B1 (en) 2012-12-05 2020-12-02 SOLA Biosciences LLC Protein expression enhancing polypeptides
JP6548579B2 (ja) 2012-12-06 2019-07-24 ヴィクトリア リンク リミテッド コンジュゲート化合物
GB201315946D0 (en) 2013-09-06 2013-10-23 Immune Targeting Systems Its Ltd Oncology vaccine
AU2015271324B2 (en) 2014-06-06 2019-09-12 Herlev Hospital Determining antigen recognition through barcoding of MHC multimers
WO2016146143A1 (en) 2015-03-16 2016-09-22 Amal Therapeutics Sa Cell penetrating peptides and complexes comprising the same
SG11201706418QA (en) 2015-03-31 2017-10-30 Agency Science Tech & Res Method for antigen loading of dendritic cells and vaccine
SG11201802881YA (en) * 2015-10-08 2018-05-30 Oncotherapy Science Inc Foxm1-derived peptide, and vaccine including same
US12018331B2 (en) 2016-05-23 2024-06-25 Yissum Research Development Company Of The Hebrew University Of Jerusalem Ltd. Methods of diagnosing cancer using cancer testis antigens
IL296165B2 (en) 2016-10-07 2023-10-01 Enterome S A Immunogenic compounds for cancer treatment
CN117801069A (zh) 2016-10-07 2024-04-02 恩特罗姆公司 用于癌症疗法的免疫原性化合物
US11712465B2 (en) 2016-10-07 2023-08-01 Enterome S.A. Microbiota sequence variants of tumor-related antigenic epitopes
AU2018348432B2 (en) 2017-10-09 2025-08-28 Enterome S.A. Microbiota sequence variants of tumor-related antigenic epitopes
US20210106652A1 (en) 2018-04-11 2021-04-15 Enterome S.A. Immunogenic Compounds For Treatment Of Fibrosis, Autoimmune Diseases And Inflammation
MX2022004598A (es) 2019-10-16 2022-09-23 Enterome S A Compuestos inmunogenicos para el tratamiento del cancer suprarrenal.
PL4021487T3 (pl) 2019-11-15 2024-04-15 Enterome S.A. Peptydy antygenowe do zapobiegania i leczenia nowotworów złośliwych wywodzących się z limfocytów b

Also Published As

Publication number Publication date
ES2935702T3 (es) 2023-03-09
AU2019253217B2 (en) 2025-09-25
WO2019197567A3 (en) 2019-11-28
HRP20230007T1 (hr) 2023-03-03
US20210113678A1 (en) 2021-04-22
EP3773689B1 (en) 2022-11-09
JP7384819B2 (ja) 2023-11-21
BR112020020780A2 (pt) 2021-03-02
JP2024016203A (ja) 2024-02-06
MX2023014457A (es) 2023-12-15
SMT202300021T1 (it) 2023-03-17
CN120535570A (zh) 2025-08-26
US20240293520A1 (en) 2024-09-05
HUE060791T2 (hu) 2023-04-28
PL3773689T3 (pl) 2023-03-13
JP2021520818A (ja) 2021-08-26
DK3773689T3 (da) 2023-01-16
JP7670445B2 (ja) 2025-04-30
MX2020010701A (es) 2021-01-20
FI3773689T3 (fi) 2023-01-31
AU2019253217A1 (en) 2020-10-15
SI3773689T1 (sl) 2023-02-28
LT3773689T (lt) 2023-01-25
US12016910B2 (en) 2024-06-25
CA3094262A1 (en) 2019-10-17
EP3773689A2 (en) 2021-02-17
DK3773689T5 (da) 2024-08-19
CN112118863B (zh) 2025-05-30
CN112118863A (zh) 2020-12-22
EP4169528A1 (en) 2023-04-26
WO2019197567A2 (en) 2019-10-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7670445B2 (ja) 癌の予防及び治療のための抗原性ペプチド
US12364743B2 (en) Microbiota sequence variants of tumor-related antigenic epitopes
JP7232825B2 (ja) 腫瘍関連抗原エピトープの微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ）配列変異体
KR102686875B1 (ko) 암 치료를 위한 면역원성 화합물
US11759508B2 (en) Antigenic peptides for treatment of B-cell malignancy
US12447201B2 (en) Immunogenic compounds for cancer therapy
JP2025511086A (ja) 癌の防止及び処置のための抗原性ペプチド
RU2812911C2 (ru) Антигенные пептиды для профилактики и лечения рака
BR122026004847A2 (pt) Peptídeo antigênico, nanoárticula, célula, ácido nucleico, célula hospedeira, composição farmacêutica e uso do mesmo para prevenção e tratamento do câncer