ES2935702T3 - Péptidos antigénicos para la prevención y el tratamiento del cáncer - Google Patents

Abstract

La presente invención se refiere a la inmunoterapia basada en antígenos, en particular, a la inmunoterapia contra el cáncer. En particular, la presente invención proporciona péptidos antigénicos, que son distintos, pero tienen similitud de aminoácidos con fragmentos de antígenos tumorales humanos. La presente invención proporciona además compuestos inmunogénicos, nanopartículas, células y composiciones farmacéuticas que comprenden tales péptidos antigénicos y ácidos nucleicos que codifican dichos péptidos antigénicos. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN

Péptidos antigénicos para la prevención y el tratamiento del cáncer

La presente invención se relaciona con el campo de la terapia del cáncer, más particularmente mediante los métodos inmunoterapéuticos. En particular, la presente invención proporciona un péptido, que es útil en la inmunoterapia del cáncer.

El cáncer es una de las principales causas de muerte en todo el mundo. De acuerdo con la Organización Mundial de la Salud (OMS), solo en 2012, se reportaron 14 millones de casos nuevos y 8,2 millones de muertes relacionadas con el cáncer en todo el mundo, y se espera que el número de casos nuevos de cáncer aumente en aproximadamente un 70 % dentro de las próximas dos décadas. Hasta el momento, más del 60 % del total de nuevos casos anuales en el mundo ocurren en África, Asia y América Central y del Sur. Estas regiones también representan el 70 % de las muertes por cáncer en el mundo. Entre los hombres, los cinco sitios más comunes de cáncer son pulmón, próstata, colon y recto, estómago e hígado; mientras que, en las mujeres, son mama, colon y recto, pulmón, cuello uterino y estómago.

El cáncer se ha tratado durante mucho tiempo con cirugía, terapia de radiación, quimioterapia citotóxica y manipulación endocrina, que típicamente se combinan en orden secuencial para controlar mejor la enfermedad. Sin embargo, las principales limitaciones a la verdadera eficacia de estas terapias estándar son su especificidad imprecisa que conduce al daño colateral de los tejidos normales que se produce con el tratamiento, una baja tasa de curación y resistencia intrínseca a los medicamentos.

En los últimos años, hay un enorme aumento en el desarrollo de terapias contra el cáncer debido, en particular, a los grandes avances en el perfil de expresión de tumores y células normales, y las investigaciones recientes y los primeros resultados clínicos en inmunoterapia, o terapia molecular dirigida, comienzan a cambiar nuestra percepción de esta enfermedad.

Las inmunoterapias prometedoras contra el cáncer ahora se convierten en una realidad y las evidencias de que el sistema inmunitario del huésped puede reconocer los antígenos tumorales han llevado al desarrollo de medicamentos contra el cáncer que ahora están aprobados por agencias reguladoras como la Administración de Alimentos y Medicamentos de los EE. UU. (FDA) y la Agencia Europea de Medicamentos (EMA). Varios enfoques terapéuticos incluyen, entre otros, la transferencia adoptiva de linfocitos infiltrantes de tumores expandidos ex-vivo (TIL), vacunas de células cancerosas, citocinas inmunoestimuladoras y sus variantes, agonistas de receptores de reconocimiento de patrones (PRR) y anticuerpos monoclonales inmunomoduladores dirigidos a antígenos tumorales o puntos de control inmunitarios (Galuzzi y otros, Classification of current anticancer immunotherapies. Oncotarget.

30 de diciembre de 2014;5(24):12472-508).

Desafortunadamente, un porcentaje significativo de pacientes aún puede presentar una resistencia intrínseca a algunas de estas inmunoterapias o incluso adquirir resistencia durante el curso del tratamiento. Por ejemplo, se reportó que la tasa de supervivencia a los tres años es de alrededor del 20 % con el anticuerpo anti-CTLA-4 Ipilumumab en melanoma no resecable o metastásico (Snyder y otros, Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. N Engl J Med. 4 de diciembre de 2014;371(23):2189-2199; Schadendorf y otros, Pooled Analysis of Long-Term Survival Data From Phase II and Phase III Trials of Ipilimumab in Unresectable or Metastatic Melanoma. J Clin Oncol. 10 de junio de 2015;33(17):1889-94), mientras que la tasa de supervivencia a tres años con otro inhibidor de puntos de control, Nivolumab dirigido a PD-1, se reportó que es del 44 % en el carcinoma de células renales (RCC) y del 18 % en carcinoma de pulmón de células no pequeñas (CPCNP) (Mc Dermott y otros, Survival, Durable Response, and Long-Term Safety in Patients With Previously Treated Advanced Renal Cell Carcinoma Receiving Nivolumab. J Clin Oncol. 20 de junio de 2015;33(18):2013-20; Gettinger y otros, Overall Survival and Long-Term Safety of Nivolum- ab (Anti-Programmed Death 1 Antibody, BMS-936558, ONO-4538) in Patients With Previously Treated Advanced Non-Small-Cell Lung Cancer. J Clin Oncol. 20 de junio de 2015;33(18):2004-12). Por lo tanto, la resistencia fundamental a los medicamentos representa una barrera fija para la eficacia de estas inmunoterapias. Por lo tanto, está claro que se necesita un enfoque diferente para el tratamiento del cáncer para romper esta barrera.

La ausencia de respuesta en un gran número de sujetos que se trataron con estas inmunoterapias podría estar asociada con una respuesta inmune antitumoral deficiente (como defecto en la presentación de antígenos por las células presentadoras de antígenos (APC) o reconocimiento de antígenos por las células T). En otras palabras, la respuesta positiva a la inmunoterapia se correlaciona con la capacidad del sistema inmunitario para desarrollar subconjuntos de linfocitos específicos capaces de reconocer antígenos restringidos al MHC de clase I expresados por las células cancerosas humanas (Kvistborg y otros, Human cancer regression antigens. Curr Opin Immunol. Abril de 2013;25(2):284-90). Esta hipótesis está fuertemente soportada por datos que demuestran que la respuesta a la transferencia adoptiva de linfocitos infiltrantes de tumores (TIL) está directamente relacionada con el número de células T CD8+ que se transfunden al paciente (Besser y otros, Adoptive transfer of tumor-infiltrating lymphocytes in patients with metastatic melanoma: intent-to-treat analysis and efficacy after failure to prior immunotherapies. Clin Cancer Res. 1 de septiembre de 2013;19(17):4792-800). Una respuesta antitumoral potente dependerá, por tanto, de la presentación de péptidos inmunorreactivos y de la presencia de un número suficiente de células reactivas "entrenadas" para reconocer estos antígenos.

La vacunación basada en antígenos tumorales representa un enfoque único para la terapia del cáncer que ha ganado un interés considerable, ya que puede involucrar al propio sistema inmunitario del paciente para reconocer, atacar y destruir tumores, de una manera específica y duradera. De hecho, se sabe que las células tumorales expresan un gran número de antígenos peptídicos susceptibles de ser reconocidos por el sistema inmunitario. Las vacunas basadas en dichos antígenos proporcionan grandes oportunidades no solo para mejorar la supervivencia general del paciente, sino también para monitorear las respuestas inmunitarias y la preparación de productos de grado GMP gracias a la baja toxicidad y el bajo peso molecular de los antígenos tumorales. Los ejemplos de antígenos tumorales incluyen, entre otros, subproductos de proteínas transcritas de genes normalmente silenciosos o genes sobreexpresados y de proteínas expresadas por oncovirus (Kvistborg y otros, Human cancer regression antigens. Curr Opin Immunol. Abril de 2013;25(2):284-90), y neoantígenos, resultantes de mutaciones puntuales de proteínas celulares. Los últimos son de particular interés ya que se demostró que están asociados directamente con un aumento de la supervivencia general en pacientes que se trataron con inhibidores de CTLA-4 (Snyder y otros, Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. N Engl J Med. 4 de diciembre de 2014;371(23):2189-2199; Brown y otros, Neo-antigens predicted by tumor genome meta-analysis correlate with increased patient survival. Genome Res. Mayo de 2014;24(5):743-50).

Sin embargo, el número de antígenos tumorales humanos sobre los que se pueden desarrollar vacunas contra el cáncer es limitado. En particular, los antígenos que se derivan de autoproteínas mutadas o modificadas pueden inducir tolerancia inmunitaria y/o efectos secundarios de autoinmunidad que no se desean. Por ejemplo, el documento WO 2004/067023 A2 describe varios péptidos epitópicos restringidos por el MHC de clase I que se derivan de la survivina, que incluye el péptido "2M", en donde la "T" en la posición 2 de la survivina 96-104 está sustituida por una "M" (LMLGEFLKL; SEQ ID NO: 899).

Por lo tanto, existe la necesidad en la técnica de identificar terapias contra el cáncer alternativas, que puedan superar las limitaciones encontradas en este campo.

La invención tiene por objetivo satisfacer las necesidades antes mencionadas. Este objetivo se logra por medio de la materia que se expone en las reivindicaciones adjuntas.

Definiciones

A menos que se defina de cualquier otra manera en la presente descripción, los términos científicos y técnicos usados en la presente solicitud tendrán los significados que entienden comúnmente los expertos en la técnica. Además, a menos que el contexto lo requiera de cualquier otra manera, las nomenclaturas usadas en la presente descripción y las técnicas de cultivo de células y tejidos se conocen bien y comúnmente usadas en la técnica.

Tales técnicas se explican completamente en la literatura, como Owen y otros. (Kuby Immunology, 7ma edición, 2013 - W. H. Freeman) y Sambrook y otros. (Molecular cloning: Manual de aboratorio 4ta edición, Cold Spring Harbor Laboratory Press - Cold Spring Harbor, NY, EE.UU., 2012).

Sin embargo, con respecto al uso de diferentes términos a lo largo de la especificación actual, se aplican más particularmente las siguientes definiciones.

Los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" y variaciones de estos términos se refieren a péptidos, oligopéptidos, polipéptidos o proteínas que comprenden al menos dos aminoácidos que se unen entre sí preferentemente por un enlace peptídico normal o, alternativamente, por un enlace peptídico modificado, tal como por ejemplo en el caso de los péptidos isotéricos. El término "(poli)péptido" se refiere a un péptido y/o a un polipéptido. En particular, los términos "péptido", "polipéptido" y "proteína" se refieren a una cadena secuencial de aminoácidos de cualquier longitud que se unen entre sí mediante enlaces peptídicos (-NHCO-). Los péptidos, polipéptidos y proteínas pueden desempeñar un papel estructural y/o funcional en una célula in vitro y/o en vivo. Los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" preferentemente abarcan cadenas de aminoácidos en un tamaño que está en un intervalo entre 2 y al menos aproximadamente 1000 residuos de aminoácidos. El término "péptido" en la presente descripción preferentemente abarca cadenas de aminoácidos con un tamaño de menos de aproximadamente 30 aminoácidos, mientras que los términos "polipéptido" y "proteína" preferentemente abarcan cadenas de aminoácidos con un tamaño de al menos 30 aminoácidos. Los términos "polipéptido" y "proteína" se usan en la presente descripción de manera intercambiable. En una modalidad preferida, los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" también incluyen "peptidomiméticos" que se definen como análogos peptídicos que contienen elementos estructurales no peptídicos, cuyos péptidos son capaces de imitar o antagonizar la(s) acción(es) biológica(s) de un péptido parental natural. Un peptidomimético carece de características peptídicas clásicas tales como enlaces peptídicos escindibles enzimáticamente. En particular, un péptido, polipéptido o proteína puede comprender aminoácidos distintos de los 20 aminoácidos definidos por el código genético además de estos aminoácidos, o puede estar compuesto por aminoácidos distintos de los 20 aminoácidos definidos por el código genético. En particular, un péptido, polipéptido o proteína en el contexto de la presente invención puede estar igualmente compuesto por aminoácidos modificados por procesos naturales, tales como procesos de maduración postraduccional o por procesos químicos, que se conocen bien por un experto en la técnica. Tales modificaciones se detallan completamente en la literatura. Estas modificaciones pueden aparecer en cualquier parte del polipéptido: en el esqueleto del péptido, en la cadena de aminoácidos o incluso en los extremos carboxilo o amino terminal. En particular, un péptido o polipéptido puede ramificarse después de una ubiquitinación o ser cíclico con o sin ramificación. Este tipo de modificación puede ser el resultado de procesos postraduccionales naturales o sintéticos que se conocen bien por el experto en la técnica. Los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" en el contexto de la presente invención en particular también incluyen péptidos, polipéptidos y proteínas modificados. Por ejemplo, las modificaciones de péptidos, polipéptidos o proteínas pueden incluir acetilación, acilación, ADP-ribosilación, amidación, fijación covalente de un nucleótido o de un derivado de nucleótido, fijación covalente de un lípido o de un derivado lipídico, fijación covalente de un fosfatidilinositol, reticulación covalente o no covalente, ciclación, formación de enlaces disulfuro, desmetilación, glicosilación que incluye la pegilación, hidroxilación, yodización, metilación, miristoilación, oxidación, procesos proteolíticos, fosforilación, prenilación, racemización, senelilación, sulfatación, adición de aminoácidos tales como la arginilación o ubiquitinación. Dichas modificaciones están completamente detalladas en la literatura (Proteins Structure and Molecular Properties (1993) 2da Ed., T. E. Creighton, New York; Post-translational Covalent Modifications of Proteins (1983) B. C. Johnson, Ed., Academic Press, New York; Seifter y otros. (1990) Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors, Meth. Enzymol. 182: 626-646 y Rattan y otros, (1992) Protein Synthesis: Post-translational Modifications and Aging, Ann ⁿY Acad Sci, 663: 48-62). En consecuencia, los términos "péptido", "polipéptido", "proteína" incluyen preferentemente, por ejemplo, lipopéptidos, lipoproteínas, glicopéptidos y glicoproteínas.

En una modalidad preferida, un (poli)péptido o proteína es un (poli)péptido o proteína "clásico", de manera que un (poli)péptido o proteína "clásico" se compone típicamente de aminoácidos que se seleccionan de los 20 aminoácidos definidos por el código genético, que se unen entre sí por un enlace peptídico normal.

Como se conoce en la técnica, los ácidos nucleicos pueden codificar péptidos, polipéptidos y proteínas. Los términos "ácido nucleico", "molécula de ácido nucleico", "secuencia de ácido nucleico", "polinucleótido", "secuencia de nucleótidos" se usan en la presente descripción de manera intercambiable y se refieren a una sucesión precisa de nucleótidos naturales (por ejemplo, A, T, G, C y U), o nucleótidos sintéticos, es decir, a una cadena de al menos dos nucleótidos. En particular, los términos "ácido nucleico", "molécula de ácido nucleico", "secuencia de ácido nucleico", "polinucleótido", "secuencia de nucleótidos" se refieren a ADN o ARN. Los ácidos nucleicos comprenden preferentemente ADN o ARN monocatenario, bicatenario o parcialmente bicatenario, preferentemente se selecciona de ADN genómico (ADNg), ADN complementario (ADNc), ADN ribosómico (ADNr) y el producto de transcripción de dicho ADN, tal como ARN. Los ejemplos de ácidos nucleicos que se prefieren incluyen ARN ribosómico (ARNr), ARN mensajero (ARNm); ADN antisentido, ARN antisentido; secuencias de ARN y/o ADN complementarias, ribozima, secuencias de ARN/ADN (complementarias) con o sin elementos de expresión, un vector; un minigen, fragmentos de genes, elementos reguladores, promotores y sus combinaciones. Otros ejemplos de ácido nucleico que se prefieren (moléculas) y/o polinucleótidos incluyen, por ejemplo, un polinucleótido recombinante, un vector, un oligonucleótido, una molécula de ARN tal como un ARNr, un ARNm o un ARN de transferencia (ARNt) o una molécula de ADN como se describió anteriormente. Por lo tanto, se prefiere que el ácido nucleico (molécula) sea una molécula de ADN o una molécula de ARN; preferentemente se selecciona de ADNg; ADNc; ARNr; ARNm; ADN antisentido; ARN antisentido; secuencias complementarias de ARN y/o ADN; secuencias de ARN y/o ADN con o sin elementos de expresión, elementos reguladores y/o promotores; un vector; y sus combinaciones. Está dentro de la experiencia del experto en la técnica determinar las secuencias de nucleótidos que pueden codificar una secuencia de aminoácidos específica.

Los (poli)péptidos y/o ácidos nucleicos de acuerdo con la invención pueden prepararse mediante cualquier método conocido en la técnica, que incluye cualquier método sintético, cualquier método recombinante, cualquier método de generación ex-vivo y cualquiera de sus combinaciones. Tales técnicas se explican completamente en la literatura como se mencionó anteriormente.

El término "péptido antigénico", como se usa en la presente descripción, se refiere a un péptido que es propenso a inducir/provocar, aumentar, prolongar o mantener una respuesta inmunitaria en un sujeto al que se administra. En particular, el péptido antigénico es una variante de secuencia de (un fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano). En otras palabras, el péptido antigénico es preferentemente distinto de (un fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano), pero tiene preferentemente una similitud de aminoácidos con (un fragmento/epítopo de) el antígeno tumoral (humano). Preferentemente, la respuesta inmunitaria inducida/provocada, aumentada, prolongada o mantenida por el péptido antigénico (también) se dirige al respectivo (fragmento/epítopo de) un antígeno tumoral (humano).

Como se usa en la presente descripción, el término "antígeno tumoral" comprende antígenos específicos de tumores y antígenos asociados a tumores. En general, el término "antígeno tumoral" o "proteína tumoral" designa en la presente descripción una sustancia antigénica que se produce en células tumorales, ya veces también en células normales, y que puede desencadenar una respuesta inmunitaria tras su administración en un sujeto. En humanos, se clasifican de acuerdo con su patrón de expresión, función u origen genético, e incluyen autoantígenos sobreexpresados (tales como HER2/neu y su variante dHER2, p53, Tumor de Wilms 1, receptor de efrinas, proteinasa-3, mucina-1, mesotelina, EGFR, CD20); antígenos de cáncer de testículo (CT) (tales como MAGE-1, BAGE, GAGE, NY-ESO-1); antígenos mutacionales, también conocidos como neoantígenos (tales como mutantes de MUM-1, bcr-abl, ras, b-raf, p53, CDK-4, CDC27, beta-catenina, alfa-actenina-4); antígenos de diferenciación específicos de tejido (tales como los antígenos de melanoma Melan A/MART-1, tirosinasa, TRP1/pg75, TRP2, gp100 y los gangliósidos GM3, GM2, GD2 y GD3; los antígenos de cáncer de próstata PSMA, PSA y PAP); antígenos virales que son expresados por oncovirus (tales como HPV, EBV); antígenos oncofetales (tales como la alfafetoproteína AFP y el antígeno carcinoembrionario CEA); y antígenos universales (telomerasa, hTERT, survivina, mdm-2, CYP-1B1) (Srinivasan y Wolchok, Tumor antigens for cancer immunotherapy: therapeutic potential of xenogeneic DNA vaccines. J Transl Med. 16 de abril de 2004;2(1):12). En consecuencia, los antígenos tumorales humanos se conocen bien en la técnica. Por ejemplo, la subunidad alfa-2 del receptor de interleucina-13 (IL-13Ra2 o IL13RA2) es una proteína enlazada a la membrana que en humanos está codificada por el gen IL13RA2. De manera no exhaustiva, se reportó que el IL13RA2 es un posible objetivo de inmunoterapia (ver Beard y otros; Clin Cancer Res; 72(11); 2012). La alta expresión de IL13RA2 se ha asociado además con invasión, metástasis hepáticas y mal pronóstico en cáncer colorrectal (Barderas y otros; Cancer Res; 72(11); 2012). En particular, los péptidos antigénicos de acuerdo con la presente invención son preferentemente variantes de secuencia de (un epítopo/fragmento de) los antígenos tumorales que se muestran en la Tabla 1B y pueden usarse en particular en la enfermedad que se describe para el respectivo antígeno tumoral en la Tabla 1B.

El término "microbiota", como se usa en la presente descripción, se refiere a microorganismos comensales que se encuentran en y sobre todos los organismos multicelulares estudiados hasta la fecha, desde las plantas hasta los animales. En particular, se encontró que la microbiota es crucial para la homeostasis inmunológica, hormonal y metabólica de su huésped. La microbiota incluye bacterias, arqueas, protistas, hongos y virus. En consecuencia, una "variante de secuencia de microbiota" es una variante de secuencia de una secuencia de referencia (en particular, un epítopo/un fragmento de un antígeno tumoral humano), que ocurre en la microbiota (por ejemplo, puede estar contenida en una proteína de la microbiota). Una "variante de secuencia" típicamente comparte, en particular en toda la longitud de la secuencia, al menos un 50 % de identidad de secuencia con una secuencia de referencia, específicamente, un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral (de referencia). Preferentemente, la variante de secuencia comparte al menos el 60 %, preferentemente al menos el 70 %, preferentemente al menos el 75 %, con mayor preferencia al menos el 80 %, aún con mayor preferencia al menos el 85 %, aún con mayor preferencia al menos el 90 %, particularmente preferentemente al menos el 95%, y con la máxima preferencia al menos el 99% de identidad de secuencia con la secuencia de referencia, específicamente, un fragmento/epítopo de un antígeno tumoral (de referencia). La identidad de secuencia puede calcularse como se conoce en la técnica, en particular como se describe más abajo. Preferentemente, una variante de secuencia conserva la función específica de la secuencia de referencia, por ejemplo, su función como epítopo tumoral y/o su capacidad para provocar o mantener una respuesta inmunitaria. La variante de secuencia de microbiota se selecciona preferentemente del grupo que consiste en variantes de secuencia bacteriana, variantes de secuencia de arqueas, variantes de secuencia de protista, variantes de secuencia de hongos y variantes de secuencia viral. Con mayor preferencia, la variante de secuencia de microbiota es una variante de secuencia bacteriana.

Anatómicamente, la microbiota reside sobre o dentro de varios tejidos y biofluidos, que incluye la piel, la conjuntiva, las glándulas mamarias, la vagina, la placenta, el líquido seminal, el útero, los folículos ováricos, los pulmones, la saliva, la cavidad oral (en particular, la mucosa oral), y el tracto gastrointestinal, en particular el intestino. En el contexto de la presente invención, la variante de secuencia de microbiota es preferentemente una variante de secuencia de microbiota del tracto gastrointestinal (microorganismos que residen en el tracto gastrointestinal), con mayor preferencia una variante de secuencia de microbiota del intestino (microorganismos que residen en el intestino). En consecuencia, la máxima preferencia es que la variante de secuencia de microbiota sea una variante de secuencia bacteriana del intestino (humano) (es decir, una variante de secuencia de bacterias que residen en el intestino (humano)).

Mientras la microbiota se puede encontrar dentro y sobre muchos organismos multicelulares (todos los organismos multicelulares estudiados hasta la fecha, desde las plantas hasta los animales), se prefiere la microbiota que se encuentra dentro y sobre los humanos. Dicha microbiota se denomina en la presente descripción como "microbiota humana" (en donde el término humano se refiere específicamente a la localización/residencia de la microbiota). Dentro del contexto de la presente invención, la variante de secuencia de microbiota es una variante de secuencia de microbiota humana.

Preferentemente, el péptido antigénico como se describe en la presente descripción puede coadministrarse o unirse, por ejemplo, mediante un enlace covalente o no covalente, a una proteína/péptido que tenga propiedades inmunoadyuvantes, tales como proporcionar estimulación de células Th1 CD4+. Mientras que el péptido antigénico como se describe en la presente descripción se une preferentemente al MHC de clase I, los epítopos auxiliares CD4+ pueden usarse adicionalmente para proporcionar una respuesta inmunitaria eficiente. Las células auxiliares Th1 son capaces de mantener la activación eficiente de las células dendríticas (DC) y la activación específica de CTL al secretar interferón gamma (IFN-y), factor de necrosis tumoral alfa (TNF-a) e interleucina-2 (IL-2) y mejora la expresión de la señal coestimuladora en las DC y las células T (Galaine y otros, Interest of Tumor-Specific CD4 T Helper 1 Cells for Therapeutic Anticancer Vaccine. Vaccines (Basel). 30 de junio de 2015;3(3):490-502).

Por ejemplo, el péptido/proteína adyuvante puede ser preferentemente distinto del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Preferentemente, el péptido/proteína adyuvante es capaz de recuperar la memoria inmunitaria o proporciona una ayuda no específica o podría ser un péptido auxiliar específico. Se describen varios péptidos auxiliares en la literatura para proporcionar una ayuda inespecífica de las células T, tales como el péptido auxiliar del tétanos, el péptido de hemocianina de lapa californiana o el péptido PADRE (Adotévi y otros, Targeting antitumor CD4 helper T cells with universal tumor-reactive helper peptides derived from telomerase for cancer vaccine. Hum Vaccin Immunother.Mayo de 2013;9(5):1073-7, Slingluff CL, The present and future of peptide vaccines for cancer: single or multiple, long or short, alone or in combination? Cancer J. Septiembre-octubre de 2011;17(5):343-50). En consecuencia, el péptido auxiliar del tétanos, el péptido de hemocianina de lapa californiana y el péptido PADRE son ejemplos que se prefieren de tales péptidos/proteínas adyuvantes. En particular, el péptido antigénico como se describe en la presente descripción, o un polipéptido que comprende dicho péptido antigénico, puede unirse, por ejemplo, mediante un enlace covalente o no covalente, al péptido HHD-DR3 de secuencia MAKTIAYDEEARRGLERGLN (SEQ ID NO: 856). Este péptido representa otro ejemplo de péptido auxiliar (que tiene propiedades inmunoadyuvantes), que se prefiere en el contexto de la presente invención. Otro ejemplo que se prefiere es h-pAg T13L (secuencia: TPP^a Y^r PPNAPIL; SEQ ID NO: 860; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MHCBN: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides. Bioinformatics 19: 665-666). Otros ejemplos de péptidos auxiliares que se prefieren incluyen el péptido UCP2 (por ejemplo, como se describe en el documento WO 2013/135553 A1 o en Dosset M, Godet Y, Vauchy C, Beziaud L, Lone YC, Sedlik C, Liard C, Levionnois E, Clerc B, Sandoval F, Daguindau E, Wain-Hobson S, Tartour E, Langlade-Demoyen P, Borg C, Adotévi O: Universal cancer peptide-based therapeutic vaccine breaks tolerance against telomerase and eradicates established tumor. Clin Cancer Res. 15 de noviembre de 2012;18(22):6284-95. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-12-0896. Epub 2 de octubre de 2012) y el péptido BIRC5 (por ejemplo, como se describe en EP2119726 A1 o en Widenmeyer M, Griesemann H, Stevanovic' S, Feyerabend S, Klein R, Attig S, Hennenlotter J, Wernet D, Kuprash DV, Sazykin AY, Pascolo S, Stenzl A, Gouttefangeas C, Rammensee HG: Promiscuous survivin peptide induces robust CD4+ T-cell responses in the majority of vaccinated cancer patients. Int J Cancer. 1 de julio de 2012;131(1):140-9. doi: 10.1002/ijc.26365. Epub 14 de septiembre de 2011). El péptido auxiliar con la máxima preferencia es el péptido UCP2 (secuencia de aminoácidos: KSVWSKLQSIGIRQH; SEQ ID NO: 859, por ejemplo, como se describe en el documento WO 2013/135553 A1 o en Dosset y otros, Clin Cancer Res. 15 de noviembre de 2012;18(22):6284-95.

Como se usa en la presente descripción, el término "composición inmunogénica" se refiere a una composición que es capaz de provocar, inducir, aumentar, prolongar o mantener una respuesta inmunitaria, en particular que provoca, induce, aumenta, prolonga o mantiene una respuesta inmunitaria, cuando se administra a un mamífero, y especialmente cuando se administra a un individuo humano. Preferentemente, una composición inmunogénica comprende además una o más sustancias inmunoadyuvantes.

Por "excipiente o portador farmacéuticamente aceptable" se entiende en la presente descripción un compuesto de calidad farmacéutica que mejora la administración, la estabilidad o la biodisponibilidad de un agente activo, y que se puede metabolizar por un sujeto para quien no es tóxico y que no es tóxico para quien se administra. Los excipientes y vehículos que se prefieren de acuerdo con la invención incluyen cualquiera de los excipientes o portadores comúnmente usados en productos farmacéuticos, tales como, por ejemplo, agua, solución salina, solución salina tamponada con fosfato, dextrosa, glicerol y etanol, así como también sus combinaciones. En muchos casos, será preferente incluir en la composición agentes isotónicos, por ejemplo, azúcares, polialcoholes tales como manitol, sorbitol o cloruro de sodio. Los excipientes o portadores farmacéuticamente aceptables pueden comprender además cantidades menores de sustancias auxiliares tales como agentes humectantes o emulsionantes o conservantes.

Por "vacuna", se entiende en la presente descripción una composición capaz de estimular el sistema inmunitario de un organismo vivo de modo que se proporciona protección contra un antígeno dañino, ya sea mediante profilaxis o mediante terapia. Se prefieren las vacunas profilácticas. Preferentemente, una vacuna o una composición de vacuna comprenden además una o más sustancias inmunoadyuvantes.

De acuerdo con los diferentes aspectos y modalidades de la invención que se describen en la presente descripción, un "sujeto" o "huésped" se refiere preferentemente a un mamífero, y con la máxima preferencia a un ser humano. Dicho sujeto puede tener, se sospecha que tiene, o puede estar en riesgo de desarrollar cáncer.

El término "cáncer", como se usa en la presente descripción, se refiere a una neoplasia maligna. En particular, el término "cáncer" se refiere en la presente descripción a cualquier miembro de una clase de enfermedades o trastornos que se caracterizan por la división descontrolada de las células y la capacidad de estas células para invadir otros tejidos, ya sea por crecimiento directo en el tejido adyacente a través de la invasión o por implantación en sitios distantes por metástasis. La metástasis se define como la etapa en la que las células cancerosas son transportadas a través del torrente sanguíneo o del sistema linfático. Abarca, entre otros, cáncer de esófago, cáncer gástrico, cáncer de duodeno, cáncer de intestino delgado, cáncer de apéndice, cáncer de intestino grueso, cáncer de colon, cáncer de recto, cáncer colorrectal, cáncer anal, cáncer de páncreas, cáncer de hígado, cáncer de vesícula biliar, cáncer de bazo, cáncer renal, cáncer de vejiga, cáncer de próstata, cáncer testicular, cáncer de útero, cáncer de endometrio, cáncer de ovario, cáncer de vagina, cáncer de vulva, cáncer de mama, cáncer pulmonar, cáncer de tiroides, cáncer de timo, cáncer de cerebro, cáncer del sistema nervioso, gliomas, cáncer de la cavidad oral, cáncer de piel, cáncer de sangre, linfomas, cáncer de ojos, cáncer de huesos, cáncer de médula ósea, cáncer de músculos.

En el contexto de la presente invención, se prefieren el melanoma, el cáncer de cabeza y cuello, de mama, colorrectal o renal (tal como el carcinoma de células renales de células claras).

Como se usa en la presente descripción, el término "prevenir", "prevención", "profilaxis" o "prevenir" generalmente significa evitar o minimizar el inicio o desarrollo de una enfermedad o afección antes de su inicio, mientras que el término "tratar", "tratamiento" o "tratar" abarca reducir, mejorar o curar una enfermedad o afección (o síntomas de una enfermedad o afección) después de su aparición. El término "prevenir" abarca "reducir la posibilidad de ocurrencia de" o "reducir la posibilidad de que vuelva a ocurrir".

Una "cantidad efectiva" o "dosis efectiva" tal como se usa en la presente descripción es una cantidad que proporciona el efecto que se desea. Para propósitos terapéuticos, una cantidad efectiva es una cantidad suficiente para proporcionar un resultado clínico beneficioso o que se desea. El experto en la técnica puede determinar fácilmente la cantidad efectiva que se prefiere para una aplicación determinada teniendo en cuenta, por ejemplo, la talla, la edad, el peso del sujeto, el tipo de enfermedad/trastorno a prevenir o tratar y la cantidad de tiempo desde que comenzó la enfermedad/trastorno. En el contexto de la presente invención, en términos de prevención o tratamiento, una cantidad efectiva de la composición es una cantidad que es suficiente para inducir una respuesta inmune humoral y/o mediada por células dirigida contra la enfermedad/trastorno.

A lo largo de esta descripción y las reivindicaciones que siguen, a menos que el contexto requiera de cualquier otra manera, se entenderá que el término "comprende" y variaciones tales como "comprender" y "que comprende" implican la inclusión de un miembro, número entero o etapa establecida, pero no la exclusión de cualquier otro miembro, entero o etapa no declarada. El término "consiste de" es una modalidad particular del término "comprende", en donde se excluye cualquier otro miembro, número entero o etapa no declarada. En el contexto de la presente invención, el término "comprende" abarca el término "consiste de". El término "que comprende", por lo tanto, abarca tanto "que incluye" así como también "que consiste de" por ejemplo, una composición que "comprende" X puede consistir exclusivamente en X o puede incluir algo adicional, por ejemplo, X Y.

Los términos "un" y "una" y "el" y referencias similares usadas en el contexto de la descripción de la invención (especialmente en el contexto de las reivindicaciones) deben interpretarse para cubrir tanto el singular como el plural, a menos que se indique de otra forma en la presente descripción o claramente contradicho por el contexto. La enumeración de los intervalos de valores en la presente descripción solo pretende servir como un método abreviado para referirse individualmente a cada valor separado que se encuentra dentro del intervalo. A menos que se indique de otra forma en la presente descripción, cada valor individual se incorpora a la descripción como si se enumerara individualmente en la presente descripción. Ningún lenguaje en la descripción debe interpretarse como una indicación de cualquier elemento no reivindicado esencial para la práctica de la invención.

La palabra "sustancialmente" no excluye "completamente", por ejemplo, una composición que está "sustancialmente libre" de Y puede estar completamente libre de Y. Cuando sea necesario, la palabra "sustancialmente" puede omitirse de la definición de la invención.

El término "aproximadamente" en relación con un valor numérico x significa x ± 10 %.

Se proporcionan definiciones adicionales a lo largo de la descripción.

La presente invención puede entenderse más fácilmente por referencia a la siguiente descripción detallada, que incluye las modalidades preferidas de la invención y los ejemplos que se incluyen en la presente descripción.

Descripción detallada

Los presentes inventores identificaron un conjunto de péptidos antigénicos que pueden usarse para inducir una respuesta inmunitaria específica contra las células tumorales. Esos péptidos antigénicos son distintos de (fragmentos de) antígenos tumorales humanos, pero tienen similitud de aminoácidos, como se muestra en la Tabla 1A y la Tabla 1B.

En particular, los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción están comprendidos en polipéptidos y proteínas producidos por bacterias comensales del intestino humano. En consecuencia, los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción no son secuencias humanas, sino secuencias bacterianas. Sin querer limitarse a ninguna teoría en particular, los inventores creen que el repertorio inmunitario humano contiene clones de células T que son reactivos contra péptidos bacterianos (que comprenden proteínas producidas por bacterias comensales del intestino), que tienen una similitud de aminoácidos con fragmentos de antígenos tumorales humanos. En particular, los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción pueden provocar una respuesta inmunitaria más fuerte que los péptidos humanos correspondientes, ya que las células T capaces de reconocer péptidos estrictamente humanos se agotaron para reconocer autoantígenos durante la maduración, lo que no es el caso de los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción. Esto puede explicar por qué los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción son capaces de inducir una respuesta inmunitaria, y especialmente una respuesta de células T, cuando estos péptidos se administran a un individuo (humano).

En consecuencia, los inventores creen que las proteínas producidas por las bacterias comensales del intestino son capaces de "imitar" los antígenos tumorales y pueden usarse para desencadenar una respuesta inmunitaria específica contra las células tumorales. Estos hallazgos proporcionan evidencia adicional de que las bacterias comensales pueden contribuir a la erradicación de las células tumorales.

Los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción se pueden preparar mediante el uso de técnicas bien conocidas. Por ejemplo, los péptidos pueden prepararse sintéticamente, mediante tecnología de ADN recombinante o síntesis química. Los péptidos que se describen en la presente descripción se pueden sintetizar individualmente o como polipéptidos más largos que comprenden dos o más péptidos (por ejemplo, dos o más péptidos o un péptido y un no péptido). Los péptidos antigénicos se pueden aislar, es decir, purificar para que estén sustancialmente libres de otras proteínas de células huésped naturales y sus fragmentos, por ejemplo, al menos aproximadamente 70 %, 80 % o 90 % purificados. Preferentemente, los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción son péptidos antigénicos aislados.

Péptidos antigénicos

En un primer aspecto, la presente invención proporciona un péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32.

En la presente descripción se describen péptidos antigénicos que tienen una similitud de aminoácidos con un antígeno tumoral. La expresión "que tiene similitud de aminoácidos con un antígeno tumoral", como se usa en la presente descripción, se refiere en particular a una variante de secuencia de fragmentos de un antígeno tumoral humano (de referencia), tal como el IL13RA2 o los otros antígenos tumorales humanos ejemplificados que se describen más abajo en las Tablas 1A y 1B. Una "variante de secuencia" típicamente comparte, en particular en toda la longitud de la secuencia, al menos un 50 % de identidad de secuencia con una secuencia de referencia, específicamente, un fragmento de un antígeno tumoral (de referencia). Preferentemente, la variante de secuencia comparte al menos el 60 %, preferentemente al menos el 70 %, preferentemente al menos el 75 %, con mayor preferencia al menos el 80 %, aún con mayor preferencia al menos el 85 %, aún con mayor preferencia al menos el 90 %, particularmente preferentemente al menos el 95 %, y con la máxima preferencia al menos el 99 % de identidad de secuencia con la secuencia de referencia, específicamente, un fragmento de un antígeno tumoral (de referencia). La identidad de secuencia puede calcularse como se conoce en la técnica, en particular como se describe más abajo. Preferentemente, una variante de secuencia conserva la función específica de la secuencia de referencia, por ejemplo, su función como epítopo tumoral y/o su capacidad para provocar o mantener una respuesta inmunitaria. En particular, una variante de la secuencia de aminoácidos tiene una secuencia alterada en la que uno o más de los aminoácidos de la secuencia de referencia están mutados, por ejemplo, eliminados o sustituidos, o uno o más aminoácidos se insertan en la secuencia de la secuencia de aminoácidos de referencia. Por ejemplo, las variantes de secuencias que son al menos un 90 % idénticas no tienen más de 10 alteraciones, es decir, cualquier combinación de deleciones, inserciones o sustituciones, por 100 aminoácidos de la secuencia de referencia.

Los métodos para comparar la identidad (similitud) de dos o más secuencias son se conocen bien en la técnica. El porcentaje en el que dos secuencias son idénticas puede, por ejemplo, determinarse mediante el uso de un algoritmo matemático. Un ejemplo que se prefiere de un algoritmo matemático que puede usarse es el algoritmo de Karlin y otros. (1993), PNAS USA, 90:5873-5877. Tal algoritmo está integrado en la familia de programas BLAST, por ejemplo, el programa BLAST o NBLAST (ver también Altschul y otros, 1990, J. Mol. Biol. 215, 403-410 o Altschul y otros (1997), Nucleic Acids Res, 25:3389-3402), accesible a través de la página de inicio del NCBI en el sitio web mundial ncbi.nlm.nih.gov) y FASTA (Pearson (1990), Methods Enzymol. 183, 63-98; Pearson y Lipman (1988), Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 85, 2444-2448). Las secuencias que son idénticas a otras secuencias hasta cierto punto pueden ser identificadas por estos programas. Además, los programas disponibles en el paquete de análisis de secuencia de Wisconsin, versión 9.1 (Devereux y otros, 1984, Nucleic Acids Res., 387-395), por ejemplo, los programas BESTFIT y GAP, también pueden usarse para determinar el % de identidad entre dos polinucleótidos y el % de identidad entre dos secuencias de (poli)péptidos. BESTFIT usa el algoritmo de "homología local" de Smith y Waterman (1981), J. Mol. Biol. 147, 195-197 y encuentra la mejor región única de similitud entre dos secuencias.

El "fragmento" del antígeno tumoral (de referencia), que típicamente sirve como secuencia de referencia, preferentemente comprende al menos siete, con mayor preferencia al menos ocho y con la máxima preferencia (al menos) nueve aminoácidos o diez aminoácidos. Se entiende que el "fragmento" del antígeno (proteína) tumoral (de referencia) no es el antígeno (proteína) tumoral completo. En consecuencia, el "fragmento" del antígeno tumoral (de referencia) puede tener una longitud máxima del 95 %, 90 %, 85 %, 80 %, 75 %, 70 %, 65 %, 60 %, 55 %, 50 %, 45 %, 40%, 35 %, 30 %, 25 %, 20 %, 19 %, 18 %, 17 %, 16 %, 15 %, 14 %, 13 %, 12 %, 11 %, 10 %, 9 %, 8 %, 7 %, 6 %, 5 %, 4 %, 3 %, 2 % o 1 % del antígeno tumoral de longitud completa (referencia). En algunas modalidades, la longitud del fragmento del antígeno tumoral (referencia) no supera el 50 % de la longitud del antígeno tumoral (de longitud completa) (referencia). En otras modalidades, la longitud del fragmento del antígeno tumoral (de referencia) no supera el 20 % o el 10 % de la longitud del antígeno tumoral (de longitud completa) (referencia).

La Tabla 1A más abajo proporciona una descripción general de los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, con sus secuencias de aminoácidos y SEQ ID NO y con el fragmento/epítopo correspondiente de un antígeno tumoral humano (también denominado en la presente descripción como "péptido de referencia humano"). La Tabla 1A también proporciona información con qué antígeno tumoral se relaciona cada péptido antigénico. SEQ ID NO 1 a 580 y 861 a 887 se refieren a péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción.

Tabla 1A. Pé tidos anti énicos

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Como puede recuperarse de la Tabla 1A, los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción pueden clasificarse de acuerdo con el "péptido de referencia humano" respectivo y de acuerdo con el antígeno tumoral respectivo.

El péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral BIRC5 (péptido de referencia humano), tal como "LTLGEFLKL" (SEQ ID NO: 593). El péptido antigénico consiste de la SEQ ID NO: 32.

Como se muestra en los ejemplos en la presente descripción, los péptidos antigénicos ejemplificados como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, permiten el aumento de una fuerte respuesta inmunitaria contra ellos mismos y, lo que es más importante, permiten el aumento de una fuerte respuesta inmunitaria contra péptidos que tienen aminoácidos similares con los mismos que están comprendidos en el antígeno tumoral, que incluye si los péptidos humanos de referencia comprendidos en el antígeno tumoral pueden ser tolerogénicos.

Multímeros de péptido-MHC (pMHC) que comprenden el péptido antigénico

En otro aspecto, la presente invención también proporciona un multímero de péptido-MHC (pMHC) que comprende el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención.

Como se usa en la presente descripción, el término "multímero de péptido-MHC" (pMHC) se refiere a un complejo multimérico estable compuesto por subunidades de proteína del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) cargadas con un péptido antigénico de la invención. En general, los "multímeros de MHC" son formas oligoméricas de moléculas de ^m H^c . La función principal de una molécula de MHC es unirse a un antígeno. De acuerdo con la invención, dicho antígeno es el péptido antigénico de acuerdo con la invención. En consecuencia, un complejo de proteínas de MHC "cargado" con el péptido antigénico de la invención típicamente significa que el péptido antigénico de la invención está enlazado a una o más de las proteínas de MHC. Los "multímeros de péptido-MHC" (pMHC) de la invención incluyen un dímero, trímero, tetrámero, pentámero, hexámero, heptámero u octámero de péptido-MHC. Se prefieren tetrámeros y pentámeros de MHC. El término "Complejo Principal de Histocompatibilidad" (MHC) es una designación genérica destinada a abarcar los sistemas de antígenos de histocompatibilidad que se describen en diferentes especies, que incluye los antígenos leucocitarios humanos (HLA). En los seres humanos, hay tres loci genéticos diferentes principales que codifican moléculas de MHC de clase I: HLA-A, HLA-B y HLA-C. HLA-A*01, HLA-A*02 y HLA-A*11 son ejemplos de diferentes alelos del MHC de clase I que se pueden expresar a partir de estos loci.

En una modalidad de la invención, el multímero de pMHC es un multímero de péptido/MHC de clase I. En otra modalidad particular, el multímero pMHC es un HLA correspondiente al multímero MHC clase I/péptido. En consecuencia, el multímero de pMHC puede ser un multímero de péptido HLA que se selecciona del grupo que consiste en multímero de péptido HLA-A, multímero de péptido HLA-B, multímero de péptido HLA-C, multímero de péptido HLA-E, multímero de péptido MICA y multímero de péptido MICB.

Los métodos para obtener multímeros de pHMC se conocen en la técnica y se describen, por ejemplo, en los documentos WO 96/26962 y WO 01/18053.

Además de la molécula de MHC y el péptido antigénico de la invención, el pMHC puede contener otros componentes, tal como un agente de multimerización y/o un marcador (por ejemplo, para visualización). Los ejemplos de marcadores incluyen marcadores fluorescentes, por ejemplo, proteínas marcadas con fluorescencia, como la estreptavidina. Los marcadores fluorescentes incluyen aloficocianina (APC), ficoeritrina (PE), R-ficoeritrina (R-PE) e isotiocianato de fluoresceína (FITC). Un marcador preferido es la biotina.

En una modalidad de la invención, dicho multímero pMHC puede usarse para visualizar poblaciones de células T que son específicas para el complejo peptídico MHC clase I o un HLA correspondiente al complejo peptídico MHC clase I como se describió aquí anteriormente. Por ejemplo, el multímero pMHC puede ser un multímero donde la cadena pesada del MHC está biotinilada, lo que permite la combinación como tetrámero con estreptavidina. Tal tetrámero de pMHC tiene una mayor avidez por los linfocitos T portadores de TCR apropiados y, por lo tanto, puede usarse para visualizar poblaciones reactivas por inmunofluorescencia. En otra modalidad de la invención, dicho multímero pMHC puede usarse para la detección y/o aislamiento mediante exploración (en citometría de flujo o mediante exploración inmunomagnética) de poblaciones de células T que son específicas para un complejo pMHC como se describió aquí anteriormente.

Células cargadas con el péptido antigénico

En otro aspecto, la presente invención también proporciona una célula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican a dicha célula de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el péptido antigénico cargado en la célula preferentemente comprende o consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580 y 861 a 887, tal como un péptido antigénico que comprende o consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580. Por ejemplo, se prefieren particularmente los péptidos antigénicos que comprenden o consisten de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 30, 32, 194, 220, 254 o 255. También se prefieren sus combinaciones, específicamente, células cargadas con distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención).

Una célula cargada preferida con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención es una célula presentadora de antígeno (APC), con mayor preferencia una célula dendrítica (DC).

Las APC son de particular interés, ya que su función principal es procesar antígenos y presentarlos en la superficie celular a las células T del sistema inmunitario, para iniciar y modular las respuestas de las células T in vivo. En el contexto de la presente invención, se prefiere que las APC estén cargadas con el péptido antigénico. Esto se puede hacer mediante la exposición de las APC in vitro con dicho péptido antigénico (como se describe en Rizzo MM, Alaniz L, Mazzolini G. Ex vivo loading of autologous dendritic cells with tumor antigens. Methods Mol Biol.

2014;1139:41-4; Rolinski J, Hus I. Breaking immunotolerance of tumors: a new perspective for dendritic cell therapy. J Immunotoxicol. Octubre de 2014;11(4):311-8).

Las APC que se prefieren de acuerdo con la invención son las células dendríticas (DC). De hecho, puede ser ventajoso combinar al menos un péptido antigénico como se describe en la presente descripción con DC, ya que son las APC más potentes y se reportó que son funcionalmente defectuosas con frecuencia en pacientes con cáncer. Los expertos en la técnica pueden obtener fácilmente las DC de donantes sanos compatibles (es decir, las DC están relacionadas con HLA) o del propio paciente, siempre y cuando sean funcionales (es decir, las DC son autólogas), por ejemplo, mediante aislamiento directo de la sangre periférica, o por derivación de células sanguíneas periféricas tales como monocitos CD14+ o precursores hematopoyéticos CD34+ (Figdor CG, de Vries IJ, Lesterhuis WJ, Melief CJ. Dendritic cell immunotherapy: mapping the way. Nat Med. Mayo de 2004;10(5):475-80). De hecho, las CD se pueden distinguir de otras células de la sangre periférica por sus marcadores de superficie, como 5100, p55, CD83 y/o OX62, y por lo tanto se pueden aislar y purificar en base a dichos marcadores mediante el uso de técnicas de cultivos celulares que se conocen bien en la técnica.

Ácidos nucleicos que codifican los péptidos antigénicos y células huésped que comprenden ácidos nucleicos

En otro aspecto, la presente invención también proporciona un ácido nucleico que codifica el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican a dicho ácido nucleico de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el péptido antigénico codificado por el ácido nucleico preferentemente comprende o consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580 y 861 a 887, como un péptido antigénico que comprende o consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580. Por ejemplo, se prefieren particularmente los péptidos antigénicos que comprenden o consisten de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 30, 32, 194, 220, 254 o 255. También se prefieren sus combinaciones, específicamente, ácidos nucleicos que codifican distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención.

Los ácidos nucleicos comprenden preferentemente ácidos nucleicos monocatenarios, bicatenarios o parcialmente bicatenarios, preferentemente se seleccionan de ADNg, ADNc, ARN, ADN antisentido, ARN antisentido, secuencias complementarias de ARN/ADN con o sin elementos de expresión, un minigen, fragmentos de genes, elementos reguladores, promotores y sus combinaciones. Otros ejemplos que se prefieren de ácido nucleico (moléculas) y/o polinucleótidos incluyen, por ejemplo, un polinucleótido recombinante, un vector, un oligonucleótido, una molécula de ARN tal como un ARNr, un ARNm o un ARNt o una molécula de ADN como se describió anteriormente. Por lo tanto, se prefiere que el ácido nucleico (molécula) sea una molécula de ADN o una molécula de ARN; preferentemente se selecciona de ADNg; ADNc; ARNr; ARNm; ADN antisentido; ARN antisentido; secuencias complementarias de ARN y/o ADN; secuencias de ARN y/o ADN con o sin elementos de expresión, elementos reguladores y/o promotores; un vector; y sus combinaciones.

Es de gran interés en los campos de la terapéutica, el diagnóstico, los reactivos y los ensayos biológicos poder administrar un ácido nucleico, por ejemplo, un ácido ribonucleico (ARN) dentro de una célula, ya sea in vitro, in vivo, in situ o ex vivo, tal como para provocar la traducción intracelular del ácido nucleico y la producción de un péptido codificado de interés. De particular importancia es la entrega y función de un polinucleótido no integrativo. En consecuencia, se prefieren los ácidos nucleicos, que no se integran en los cromosomas del huésped, tales como el ARNm. En general, los ácidos nucleicos, tales como el ARNm, pueden optimizarse para la expresión del péptido antigénico de la invención, por ejemplo, mediante métodos que se conocen en la técnica, como la optimización de codones. Además, el ácido nucleico puede modificarse, por ejemplo, para mejorar su estabilidad, prolongar su vida útil y/o aumentar la expresión del péptido antigénico de la invención. En consecuencia, se prefiere el ARNm optimizado o modificado (ARNm), que codifica el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. El ARNm se distingue del ARNm de tipo salvaje en sus características de diseño funcional y/o estructural para la administración óptima del ARNm y/o para la expresión óptima del péptido antigénico de la invención (por ejemplo, como se describe en los documentos WO 2013/151672 A2, WO 2013 /101690 A1, WO2013/052523 A). En general, los ácidos nucleicos pueden administrarse "desnudos" o asociados con un portador, por ejemplo, un portador catiónico. Los portadores catiónicos (cargados positivamente) típicamente se asocian fácilmente con los ácidos nucleicos, que están cargados negativamente. El portador puede ser de cualquier tipo, que incluye, por ejemplo, polímeros, proteínas, lípidos y nanopartículas. Se prefieren los lípidos catiónicos y las nanopartículas (en particular, las nanopartículas lipídicas, LNP) para la administración de ácidos nucleicos. En consecuencia, la presente invención también proporciona un ácido nucleico como se describe en la presente descripción asociado con un portador (por ejemplo, un lípido, en particular un lípido catiónico o una LNP).

En algunas modalidades, la molécula de ácido nucleico puede ser un vector. El término "vector", como se usa en el contexto de la presente invención, se refiere a una molécula de ácido nucleico, preferentemente a una molécula de ácido nucleico artificial, es decir, una molécula de ácido nucleico que no existe en la naturaleza. Un vector en el contexto de la presente invención es adecuado para incorporar o albergar una secuencia de ácido nucleico que se desea. Dichos vectores pueden ser vectores de almacenamiento, vectores de expresión, vectores de clonación, vectores de transferencia. Un vector de almacenamiento es un vector que permite el almacenamiento conveniente de una molécula de ácido nucleico. Así, el vector puede comprender una secuencia correspondiente, por ejemplo, al péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Puede usarse un vector de expresión para la producción de productos de expresión tales como ARN, por ejemplo, ARNm, o péptidos, polipéptidos o proteínas. Por ejemplo, un vector de expresión puede comprender secuencias necesarias para la transcripción de una secuencia del vector, tal como una secuencia promotora. Un vector de clonación es típicamente un vector que contiene un sitio de clonación, que puede usarse para incorporar secuencias de ácido nucleico en el vector. Un vector de clonación puede ser, por ejemplo, un vector de plásmido o un vector de bacteriófago. Un vector de transferencia puede ser un vector que sea adecuado para transferir moléculas de ácido nucleico a células u organismos, por ejemplo, vectores virales. Un vector en el contexto de la presente invención puede ser, por ejemplo, un vector de ARN o un vector de ADN. Preferentemente, un vector es una molécula de a Dn . Por ejemplo, un vector en el sentido de la presente solicitud comprende un sitio de clonación, un marcador de selección, tal como un factor de resistencia a antibióticos, y una secuencia adecuada para la multiplicación del vector, tal como un origen de replicación. Preferentemente, un vector en el contexto de la presente solicitud es un vector plasmídico. Preferentemente, un vector en el contexto de la presente solicitud es un vector de expresión. Un vector que se prefiere es un vector para expresión en células bacterianas. Con mayor preferencia, el vector es útil para la expresión en los llamados "vectores de vacunas bacterianas vivas", en donde las células bacterianas vivas (tales como bacterias o esporas bacterianas, por ejemplo, endosporas, exoesporas o quistes microbianos) pueden servir como vacunas. Los ejemplos que se prefieren de los mismos se describen en da Silva y otros, Live bacterial vaccine vectors: an overview; Braz J Microbiol. 4 de marzo de 2015; 45(4):1117-29.

Los ácidos nucleicos que codifican el péptido antigénico de acuerdo con la invención pueden estar en forma de ácidos nucleicos desnudos, o ácidos nucleicos clonados en plásmidos o vectores virales (Tregoning and Kinnear, Using Plasmids as DNA Vaccines for Infectious Diseases. Microbiol Spectr. Diciembre de 2014; 2 (6).doi: 10.1128/microbiolspec.PLAS-0028-2014), se prefiere particularmente este último. Ejemplos de vectores virales adecuados de acuerdo con la invención incluyen vectores de retrovirus, adenovirus, virus adenoasociados (AAV), herpesvirus y poxvirus. Está dentro de las habilidades de la persona en la técnica clonar un ácido nucleico en un plásmido o vector viral, mediante el uso de técnicas recombinantes estándar en la técnica.

En otro aspecto, la presente invención también proporciona una célula huésped que comprende el ácido nucleico de acuerdo con la presente invención. También se prefieren sus combinaciones, específicamente, células huésped que comprenden distintos ácidos nucleicos que codifican distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención.

Preferentemente, el ácido nucleico comprendido en la célula huésped es preferentemente un vector. Preferentemente, la célula huésped es una célula bacteriana. Dicha célula huésped se puede usar preferentemente para la producción del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Además, dicha célula huésped también puede ser un componente activo en una vacuna.

Preferentemente, la célula huésped es una célula bacteriana, con mayor preferencia una célula bacteriana intestinal. El término "célula bacteriana intestinal" se refiere a las bacterias que residen en el intestino (humano).

Dicha célula huésped bacteriana puede servir como "vector de vacuna bacteriana vivo", en donde las células bacterianas vivas (tales como bacterias o esporas bacterianas, por ejemplo, endosporas, exoesporas o quistes microbianos) pueden servir como vacunas. Los ejemplos que se prefieren de los mismos se describen en da Silva y otros, Live bacterial vaccine vectors: an overview; Braz J Microbiol. 4 de marzo de 2015; 45(4):1117-29.

Las células bacterianas (tales como bacterias o esporas bacterianas, por ejemplo, endosporas, exosporas o quistes microbianos), en particular (todas) las especies bacterianas intestinales, pueden ser ventajosas, ya que tienen el potencial de desencadenar una respuesta inmunitaria mayor que los (poli)péptidos o ácidos nucleicos que contienen. Alternativamente, las células bacterianas, en particular las bacterias intestinales, de acuerdo con la invención pueden estar en forma de probióticos, es decir, bacterias intestinales vivas, que pueden usarse como aditivo alimentario debido a los beneficios para la salud que puede proporcionar. Éstos pueden ser, por ejemplo, liofilizados en gránulos, pastillas o cápsulas, o directamente mezclados con productos lácteos para consumo.

Nanopartículas que comprenden el péptido antigénico

En otro aspecto, la presente invención también proporciona una nanopartícula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención; y, opcionalmente, con un adyuvante.

En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican a dicha nanopartícula de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el péptido antigénico cargado en la nanopartícula preferentemente comprende o consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580 y 861 a 887, como un péptido antigénico que comprende o consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580. Por ejemplo, se prefieren particularmente los péptidos antigénicos que comprenden o consisten de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 30, 32, 194, 220, 254 o 255. También se prefieren sus combinaciones, específicamente, nanopartículas cargadas con distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención.

Las nanopartículas, en particular para su uso como vacunas, son conocidas en la técnica y se describen, por ejemplo, en Shao y otros, Nanoparticle-based immunotherapy for cancer, ACS Nano 2015, 9(1):16-30; Zhao y otros, Nanoparticle vaccines, Vaccine 2014, 32(3):327-37; y Gregory y otros, Vaccine delivery using nanoparticles, Front Cell Infect Microbiol. 2013, 3:13, doi: 10.3389/fcimb.2013.00013. eCollection 2013, Review. En particular, la nanopartícula se usa para la administración del péptido antigénico y, opcionalmente, también puede actuar como adyuvante. El péptido antigénico típicamente está encapsulado dentro de la nanopartícula o unido/enlazado a (decorado sobre) la superficie de la nanopartícula ("recubrimiento"). En comparación con los enfoques convencionales, las nanopartículas pueden proteger la carga útil (antígeno/adyuvante) del entorno biológico circundante, aumentar la vida media, minimizar la toxicidad sistémica, promover la entrega a las APC o incluso desencadenar directamente la activación de células T-específicas de TAA. Preferentemente, la nanopartícula tiene un tamaño (diámetro) de no más de 300 nm, con mayor preferencia de no más de 200 nm y con la máxima preferencia de no más de 100 nm. Tales nanopartículas están adecuadamente protegidas de la captación de fagocitos, con alta integridad estructural en la circulación y largos tiempos de circulación, capaces de acumularse en los sitios de crecimiento tumoral y capaces de penetrar profundamente en la masa tumoral.

Los ejemplos de nanopartículas incluyen nanopartículas poliméricas tales como poli(etilenglicol) (PEG) y poli(ácido D,L-láctico-coglicólico) (PLGA); nanopartículas inorgánicas tales como nanopartículas de oro, perlas de óxido de hierro, nanopartículas de óxido de hierro y óxido de zinc, nanotubos de carbono y nanopartículas de sílice mesoporosas; liposomas, tales como liposomas catiónicos; complejos inmunoestimulantes (ISCOM); partículas similares a virus (VLP); y proteínas autoensambladas.

Las nanopartículas poliméricas son nanopartículas que se basan en/que comprenden polímeros, tales como poli(D,L-láctido-co-glicólido) (PLG), poli(D,L-ácido láctico-coglicólico)(PLGA), poli(y-ácido glutámico) (y-PGA), poli(etilenglicol) (PEG) y poliestireno. Las nanopartículas poliméricas pueden atrapar un antígeno (por ejemplo, el péptido antigénico o un (poli)péptido que comprende el mismo) o unirse/conjugarse con un antígeno (por ejemplo, el péptido antigénico o un (poli)péptido que comprende el mismo). Las nanopartículas poliméricas pueden usarse para la administración, por ejemplo, a ciertas células, o mantener la liberación de antígenos en virtud de su velocidad de biodegradación lenta. Por ejemplo, pueden usarse nanopartículas de g-PGA para encapsular antígenos hidrofóbicos. Las nanopartículas de poliestireno pueden conjugarse con una variedad de antígenos, ya que pueden modificarse en la superficie con varios grupos funcionales. Polímeros, tal como el poli(ácido L-láctico) (PLA), PLGA, PEG, y polímeros naturales tales como los polisacáridos también se pueden usar para sintetizar nanopartículas de hidrogel, que son un tipo de red polimérica tridimensional hidrofílica de tamaño nanométrico. Los nanogeles tienen propiedades favorables que incluyen un tamaño de malla flexible, una gran área superficial para la conjugación multivalente, un alto contenido de agua y una alta capacidad de carga para antígenos. En consecuencia, una nanopartícula que se prefiere es un nanogel, tal como un nanogel de quitosano. Las nanopartículas poliméricas que se prefieren son nanopartículas que se basan en/que comprenden PEG y PLGA.

Las nanopartículas inorgánicas son nanopartículas que se basan en/que comprenden sustancias inorgánicas, y ejemplos de tales nanopartículas incluyen nanopartículas de oro, perlas de óxido de hierro, nanopartículas de óxido de hierro y óxido de zinc, nanopartículas de carbono (por ejemplo, nanotubos de carbono) y nanopartículas de sílice mesoporosas. Las nanopartículas inorgánicas proporcionan una estructura rígida y una síntesis controlable. Por ejemplo, las nanopartículas de oro se pueden producir fácilmente en diferentes formas, tales como esferas, barras, cubos. Las nanopartículas inorgánicas pueden modificarse en la superficie, por ejemplo, con carbohidratos. Las nanopartículas de carbono proporcionan una buena biocompatibilidad y pueden producirse, por ejemplo, como nanotubos o esferas (mesoporosas). Por ejemplo, se pueden conjugar múltiples copias del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención (o un (poli)péptido que comprende el mismo) en nanopartículas de carbono, por ejemplo, nanotubos de carbono. Se prefieren las nanopartículas de carbono mesoporosas para la administración oral. También se prefieren las nanopartículas que se basan en sílice (SiNP). Las SiNP son biocompatibles y muestran excelentes propiedades en el direccionamiento selectivo de tumores y la administración de vacunas. Los abundantes grupos silanol en la superficie de las SiNP pueden usarse para modificaciones adicionales para introducir funcionalidad adicional, tales como el reconocimiento celular, la absorción de biomoléculas específicas, la mejora de la interacción con las células y la mejora de la captación celular. Se prefieren particularmente las nanopartículas de sílice mesoporosas.

Los liposomas típicamente están formados por fosfolípidos, tales como el 1,2-dioleoil-3-trimetilamonio propano (DO-TAP). En general, se prefieren los liposomas catiónicos. Los liposomas se autoensamblan con una cubierta de bicapa de fosfolípidos y un núcleo acuoso. Los liposomas se pueden generar como vesículas unilamelares (que tienen una sola bicapa de fosfolípidos) o como vesículas multilamelares (que tienen varias capas concéntricas de fosfolípidos separadas por capas de agua). En consecuencia, los antígenos se pueden encapsular en el núcleo o entre diferentes capas/cubiertas. Los sistemas de liposomas que se prefieren son los aprobados para uso humano, como Inflexal® V y Epaxal®.

Los complejos inmunoestimulantes (ISCOM) son partículas en forma de jaula de aproximadamente 40 nm (diámetro), que son micelas que contienen saponina coloidal, por ejemplo, hechas del adyuvante de saponina Quil­ A, colesterol, fosfolípidos y el antígeno (poli)peptídico (tal como el péptido antigénico o un polipéptido que comprende el mismo). Estas partículas esféricas pueden atrapar el antígeno mediante interacciones apolares. Se han descrito dos tipos de ISCOM, los cuales consisten de colesterol, fosfolípidos (típicamente fosfatidiletanolamina o fosfatidilcolina) y saponina (tal como Quil-A).

Las partículas similares a virus (VLP) son nanopartículas autoensamblables formadas por el autoensamblaje de proteínas biocompatibles de la cápside. Debido al tamaño de nanopartícula optimizado de forma natural y al orden estructural repetitivo, las VLP pueden inducir potentes respuestas inmunitarias. Las VLP se pueden derivar de una variedad de virus con tamaños que van desde 20 nm a 800 nm, típicamente en el intervalo de 20 - 150 nm. Las VLP pueden diseñarse para expresar péptidos o proteínas adicionales mediante la fusión de estos péptidos/proteínas a la partícula o mediante la expresión de múltiples antígenos. Además, los antígenos pueden acoplarse químicamente a la superficie viral para producir VLP bioconjugadas.

Los ejemplos de proteínas autoensambladas incluyen ferritina y proteína de bóveda principal (MVP). La ferritina es una proteína que puede autoensamblarse en una estructura casi esférica de 10 nm. Noventa y seis unidades de MVP pueden autoensamblarse en una nanopartícula de bóveda en forma de barril, con un tamaño de aproximadamente 40 nm de ancho y 70 nm de largo. Los antígenos que se fusionan genéticamente con un dominio de interacción mínimo se pueden empaquetar dentro de las nanopartículas de bóveda mediante un proceso de autoensamblaje cuando se mezclan con las MVP. En consecuencia, el antígeno (tal como el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención o un polipéptido que comprende el mismo) puede fusionarse con una proteína de autoensamblaje o con un fragmento/dominio de la misma, como el dominio de interacción mínima de la MVP. En consecuencia, la presente invención también proporciona una proteína de fusión que comprende una proteína de autoensamblaje (o un fragmento/dominio de la misma) y el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. En general, los ejemplos de nanopartículas que se prefieren (NP) incluyen perlas de óxido de hierro, microesferas de poliestireno, NP de poli(y-ácido glutámico) (y-PGA), NP de óxido de hierro-óxido de zinc, NP de gelatina cationizada, NP de poli(sulfuro de propileno) plurónico estabilizado (PPS), NP de PLGA, liposomas (catiónicos), micelas poliméricas (sensibles al pH), PLGA, membrana de células cancerosas con recubrimiento de PLGA, NP de fosfato de calcio y lípidos (LCP), NP de liposoma-protamina-ácido hialurónico (LPH), perlas de látex de poliestireno, perlas magnéticas, partículas de hierro-dextrano y nanocristales de puntos cuánticos.

Preferentemente, la nanopartícula que comprende además un adyuvante, por ejemplo, un agonista del receptor de tipo toll (TLR). De esta manera, el péptido antigénico puede administrarse junto con un adyuvante, por ejemplo, a las células presentadoras de antígeno (APC), tales como las células dendríticas (DC). El adyuvante puede estar encapsulado por la nanopartícula o enlazado/conjugado a la superficie de la nanopartícula, preferentemente de manera similar al péptido antigénico.

Los adyuvantes que se prefiere particularmente son el ácido poliinosínico:policitidílico (también denominado "poli I:C") y/o su derivado poli-ICLC. El poli I:C es un ARN bicatenario no emparejado, una cadena es un polímero de ácido inosínico y la otra un polímero de ácido citidílico. El poli I:C es un inmunoestimulante que se conoce por interactuar con el receptor tipo toll 3 (TLR3). El poli I:C es estructuralmente similar al ARN bicatenario, que es el estimulante "natural" de TLR3. En consecuencia, el poli I:C puede considerarse un análogo sintético del ARN bicatenario. El poli-ICLC es un complejo sintético de carboximetilcelulosa, ácido poliinosínico-policitidílico y ARN bicatenario de poli-L-lisina. Similar al poli I:C, el poli-ICLC también es un ligando para TLR3. El poli I:C y poli-ICLC típicamente estimulan la liberación de citocinas citotóxicas. Un ejemplo de poli-ICLC que se prefiere es Hiltonol®. Composiciones farmacéuticas

En otro aspecto, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende al menos uno de los siguientes:

- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, - la nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, o

- la célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,

y, opcionalmente, uno o más excipientes o portadores farmacéuticamente aceptables.

En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican a una composición farmacéutica de este tipo de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el péptido antigénico comprendido en la composición farmacéutica o el péptido antigénico comprendido en cualquiera de las nanopartículas o la célula comprendida por la composición farmacéutica preferentemente que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580 y 861 a 887, tales como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580. Por ejemplo, se prefieren particularmente los péptidos antigénicos que comprenden o consisten de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 30, 32, 194, 220, 254 o 255.

También se prefieren sus combinaciones, específicamente, las composiciones farmacéuticas que comprenden distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, la composición farmacéutica puede comprender

(i) al menos dos péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención; o

(ii) al menos dos nanopartículas distintas de acuerdo con la presente invención.

En consecuencia, la presente invención proporciona una composición farmacéutica que comprende (al menos) un péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción. Además, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende (al menos) una nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción. Además, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende (al menos) una célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.

Preferentemente, la composición farmacéutica comprende al menos dos péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención.

En particular, la presente invención proporciona una composición farmacéutica que comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, el cual consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, y un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1. El primer péptido antigénico que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento BIRC5 (péptido de referencia humano) "LTLGEFLKL" (SEQ ID NO: 593), específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32, y el segundo péptido antigénico preferentemente que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento FOXM1 (péptido de referencia humano) "LMDLSTTPL" (SEQ ID NO: 674), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece adelante en la SEQ ID NO: 220 o 868. Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende un péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 32 y un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 220.

En particular, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, el cual consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, y un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral IL13RA2. El primer péptido antigénico que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento BIRC5 (péptido de referencia humano) "LTLGEFLKL" (SEQ ID NO: 593), específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32, y el segundo péptido antigénico preferentemente que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento IL13RA2 (péptido de referencia humano) "WLPFGFILI" (SEQ ID NO: 691) o "WLPFGFILIL" (SEQ ID NO: 692), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 o 879. Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende un péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 32 y un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 255.

En particular, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1, y un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano IL13RA2. Preferentemente, el primer péptido antigénico que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento FOXM1 (péptido de referencia humano) "LMDLSTTPL" (SEQ ID NO: 674), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220 o 868, y el segundo péptido antigénico que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento IL13RA2 (péptido de referencia humano) "WLPFGFILI" (SEQ ID NO: 691) o "WLPFGFILIL" (SEQ ID NO: 692), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 u 879. Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 220 y un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 255.

Con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende al menos tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción de acuerdo con la presente invención.

En particular, la presente invención también proporciona una composición farmacéutica que comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, el cual consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, un segundo péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1, y un tercer péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano antígeno tumoral IL13RA2. Preferentemente, el primer péptido antigénico consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento BIRC5 (péptido de referencia humano) "LTLGEFLKL" (SEQ ID NO: 593), específicamente, el péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32; el segundo péptido antigénico que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento FOXM1 (péptido de referencia humano) "LMDLSTTPL" (SEQ ID NO: 674), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220 o 868; y el tercer péptido antigénico que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento IL13RA2 (péptido de referencia humano) "WLPFGFILI" (SEQ ID NO: 691) o "WLPFGFILIL" (SEQ ID NO: 692), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 o 879.

Se entiende que la composición farmacéutica también puede contener, en lugar de las combinaciones de péptidos antigénicos que se prefieren descritas anteriormente, una combinación respectiva de nanopartículas de la invención. Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además uno o más excipientes o portadores farmacéuticamente aceptables.

La composición farmacéutica de la invención puede estar en cualquier forma adecuada para los propósitos de la invención. Por ejemplo, dicha composición puede estar en una forma adecuada para la administración parenteral, enteral o tópica, tal como una suspensión líquida, una forma de dosificación sólida (gránulos, píldoras, cápsulas o tabletas), o una pasta o gel. Está dentro de las habilidades de la persona en la técnica seleccionar la forma apropiada de la composición para el propósito que se pretende.

La composición de acuerdo con la invención puede comprender además otros agentes activos, por ejemplo, tales, que pueden potenciar los efectos del péptido antigénico. Alternativamente, la composición puede no comprender ningún otro agente activo (es decir, que no sea el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, la nanopartícula de acuerdo con la presente invención o la célula de acuerdo con la presente invención).

La composición farmacéutica tal como se define en la presente descripción es preferentemente una composición inmunogénica, es decir, una composición que es capaz de inducir, aumentar, prolongar o mantener una respuesta inmunitaria. Esto se puede lograr mediante un péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además una o más sustancias inmunoadyuvantes. Una composición farmacéutica, en particular una composición inmunogénica, también puede denominarse "composición de vacuna" en la presente descripción.

Preferentemente, la composición farmacéutica comprende además al menos un agente inmunoestimulador, en particular para aumentar, potenciar, prolongar o mantener la respuesta inmune mediada por el péptido antigénico. Los agentes inmunoestimuladores que se prefieren de acuerdo con la invención incluyen adyuvantes inmunitarios, células presentadoras de antígenos y sus combinaciones. Preferentemente, el agente inmunoestimulador es un adyuvante inmunitario o una célula presentadora de antígeno (APC).

Preferentemente, el agente inmunoestimulador es un adyuvante inmunitario. Algunos adyuvantes inmunitarios son capaces de favorecer y prolongar la duración de la interacción entre un antígeno y el sistema inmune, mientras que otros son capaces de reclutar y activar las células de la inmunidad natural para inducir una respuesta adaptativa. Los adyuvantes pertenecientes a la primera categoría incluyen compuestos minerales tales como alumbre, hidróxido de aluminio, fosfato de aluminio, hidróxido de fosfato de calcio; y emulsiones a base de aceite tales como aceite de parafina, aceite de almidón, adyuvante completo/incompleto de Freund (FCA/FIA), saponinas (por ejemplo, de las plantas Quillay, Soja, Polygala senega). Los adyuvantes pertenecientes a esta última categoría incluyen complejos inmunoestimuladores (ISCOM) tales como citocinas (por ejemplo, GM-CSF; interleucinas tales como IL-1, IL-2, IL6, IL8 o IL12; factores de necrosis tumoral (TNF) tales como TNFa o TNPp ; interferones IFNS tales como IFNa, IfNp, IFNy o IFN8,); ligandos de receptores tipo toll (TLR) tales como imiquimod, resiquimod o MPL; exosomas tales como exosomas que se derivan de células dendríticas (DC) o de células tumorales; productos bacterianos tales como proteínas de choque térmico (HSP tales como gp96, hsp90, hsp70, calreticulina, hsp110, hsp170), patrones moleculares asociados a patógenos (PAMP), dimicolato de trehalosa (TDM), muramildipéptido (MDP), polisacárido (PLS) tal como el polisacárido-K.

Con mayor preferencia, el adyuvante inmunitario es una proteína/péptido que tiene propiedades inmunoadyuvantes, tales como proporcionar la estimulación de las células Th1 CD4+, como se describe en la presente descripción. Un ejemplo del mismo que se prefiere es un antígeno no tumoral que recuerda la memoria inmunitaria o proporciona una ayuda no específica o podría ser un péptido auxiliar que se deriva de un tumor específico, como el péptido auxiliar del tétanos, el péptido de hemocianina de lapa californiana o el péptido PADRE, como se describe en la presente descripción. Otro ejemplo que se prefiere es un péptido auxiliar que se deriva de un tumor específico, que puede ser presentado por MHC II, en particular por HLA-DR, HLA-DP o HLA-DQ, tal como fragmentos de antígenos tumorales sobreexpresados compartidos, por ejemplo, HER2, NY-ESO-1, hTERT o IL13RA2, como se describió anteriormente. En particular, el adyuvante inmunitario puede ser el péptido HHD-DR3 de secuencia MAKTIAYDEEARRGLERGLN (SEQ ID NO: 856). Este péptido representa otro ejemplo de péptido auxiliar (que tiene propiedades inmunoadyuvantes), que se prefiere en el contexto de la presente invención. Otro ejemplo que se prefiere es el h-pAg T13l (secuencia: TP-PAYRPPNAPIL; SEQ ID NO: 860; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MHCBN: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides. Bioinformatics 19: 665-666). Otros ejemplos de que se prefieren de adyuvantes inmunitarios, en particular de péptidos auxiliares, incluyen el péptido UCP2 (por ejemplo, como se describe en el documento WO 2013/135553 A1 o en Dosset y otros, Clin Cancer Res.

15 de noviembre de 2012; 18(22):6284-95) y el péptido BIRC5 (por ejemplo, como se describe en el documento EP2119726 A1 o en Widenmeyer y otros, Int J Cancer. 1 de julio de 2012; 131(1):140-9). El péptido auxiliar con la máxima preferencia es el péptido UCP2 (secuencia de aminoácidos: KSVWSK^lQ^s IGIR^q H; SEQ ID NO: 859).

Preferentemente, la composición farmacéutica comprende al menos dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (s Eq ID NO: 859).

Preferentemente, la composición farmacéutica comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859). Con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32; un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220 u 868; y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859). Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 32; un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 220; y el péptido auxiliar UCP2 (SEQ ID NO: 859).

También se prefiere que la composición farmacéutica comprenda, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano IL13RA2 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859). Con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32; un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 o 879; y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859). Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende un péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 32; un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SeQ ID NO: 255; y el péptido auxiliar UCP2 (SEQ ID NO: 859).

También se prefiere que la composición farmacéutica comprenda un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1; un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral IL13RA2; y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859). Más preferentemente, la composición farmacéutica comprende un primer péptido antigénico que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento FOXM1 (péptido de referencia humano) "LMDLSTTPL" (SEQ ID NO: 674), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220 o 868; un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento IL13RA2 (péptido de referencia humano) "WLP-FGFILI" (SEQ ID NO: 691) o "WLPFGFILIL" (SEQ ID NO: 692), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 o 879; y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859). Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 220; un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 255; y el péptido auxiliar UCP2 (SEQ ID NO: 859).

Con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende al menos tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SeQ ID NO: 859).

En particular, la composición farmacéutica puede comprender, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, un segundo péptido antigénico como se describe en el presente documento en la presente descripción que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1, un tercer péptido antigénico como se describe en la presente descripción que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano IL13RA2 y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859). Aún con mayor preferencia, la composición farmacéutica comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32; un segundo péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220 u 868; un tercer péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 o 879; y un péptido auxiliar, preferentemente el péptido UCP2 (SEQ ID NO: 859).

Los adyuvantes inmunitarios que se prefieren particularmente son el ácido poliinosínico:policitidílico (también denominado "poli I:C") y/o su derivado poli-ICLC. El poli I:C es un ARN bicatenario no emparejado, una cadena es un polímero de ácido inosínico y la otra un polímero de ácido citidílico. El poli I:C es un inmunoestimulante que se conoce por interactuar con el receptor tipo toll 3 (TLR3). El poli I:C es estructuralmente similar al ARN bicatenario, que es el estimulante "natural" de TLR3. En consecuencia, el poli I:C puede considerarse un análogo sintético del ARN bicatenario. El poli-ICLC es un complejo sintético de carboximetilcelulosa, ácido poliinosínico-policitidílico y ARN bicatenario de poli-L-lisina. Similar al poli I:C, el poli-ICLC también es un ligando para TLR3. El poli I:C y poli-ICLC típicamente estimulan la liberación de citocinas citotóxicas. Un ejemplo de poli-ICLC que se prefiere es Hiltonol®.

Con la máxima preferencia, el adyuvante es Montanide, tal como Montanide ISA 51 VG y/o Montanide ISA 720 VG. Esos adyuvantes generan emulsiones de agua en aceite estables cuando se mezclan con medios antigénicos a base de agua. El Montanide ISA 51 VG se basa en una mezcla de surfactante monooleato de manida y aceite mineral, mientras que el Montanide ISA 720 VG usa un aceite no mineral (Aucouturier J, Dupuis L, Deville S, Ascarateil S, Ganne V. Montanide ISA 720 and 51: a new generation of water in oil emulsions as adjuvants for human vaccines. Expert Rev Vaccines. Junio de 2002;1(1):111 -8; Ascarateil S, Puget A, Koziol M-E. Safety data of Montanide ISA 51 VG and Montanide ISA 720 VG, two adjuvants dedicated to human therapeutic vaccines. Journal for Immunotherapy of Cancer. 2015;3(Supl 2): P428. doi:10.1186/2051-1426-3-S2-P428).

También se prefiere que el agente inmunoestimulador sea una célula presentadora de antígeno (APC). Las APC también son de particular interés, ya que su función principal es procesar antígenos y presentarlos en la superficie celular a las células T del sistema inmunitario, para iniciar y modular las respuestas de las células T in vivo. En la presente composición, se prefiere que las APC se carguen con el péptido antigénico de acuerdo con la invención, lo que se puede hacer mediante la exposición de las APC in vitro con dicho péptido antigénico (Rizzo y otros, Methods Mol Biol. 2014;1139:41-4; Rolinski and Hus, J Immunotoxicol. Octubre de 2014;11(4):311-8).

Preferentemente, la APC es una célula dendrítica (DC). Las CD son las APC más potentes y se reportó que con frecuencia son funcionalmente defectuosas en pacientes con cáncer. Los expertos en la técnica pueden obtener fácilmente las CD de donantes sanos compatibles (es decir, las células dendríticas están relacionadas con HLA) o del propio paciente, siempre y cuando sean funcionales (es decir, las CD son autólogas), por ejemplo, mediante aislamiento directo de la sangre periférica, o mediante derivación de células de sangre periférica como monocitos CD14+ o precursores hematopoyéticos CD34+ (Emens y otros, 2008). De hecho, las CD se pueden distinguir de otras células de la sangre periférica por sus marcadores de superficie, como S100, p55, CD83 y/o OX62, y por lo tanto se pueden aislar y purificar en base a dichos marcadores mediante el uso de técnicas de cultivos celulares que se conocen bien en la técnica.

De acuerdo con una modalidad preferida, la composición farmacéutica puede comprender además al menos un agente terapéutico anticancerígeno. Dicho agente terapéutico es por lo tanto preferentemente capaz de prevenir y/o tratar el mismo tipo de cáncer que aquel para el que se usa el péptido antigénico de acuerdo con la invención. Preferentemente, el agente terapéutico contra el cáncer se selecciona de anticuerpos, lisados de células tumorales, agentes quimioterapéuticos, agentes radioterapéuticos, moduladores de puntos de control inmunitarios y sus combinaciones.

Los anticuerpos son particularmente ventajosos en la terapia del cáncer, ya que pueden unirse a antígenos específicos en las superficies de las células cancerosas, de esta manera se dirige la terapia al tumor (es decir, estos se denominan anticuerpos dirigidos contra el tumor), o bloquear los puntos de control inmunitarios que están desregulados en el cáncer (es decir, estos se denominan en la presente descripción anticuerpos inmunomoduladores). El propósito de este último tipo de anticuerpos es inhibir la resistencia inmune del cáncer, que se puede observar en particular contra las células T que son específicas para los antígenos tumorales. De hecho, como se conoce bien en la técnica, en condiciones fisiológicas normales, los puntos de control inmunitarios son cruciales para el mantenimiento de la autotolerancia (es decir, la prevención de la autoinmunidad) y protegen los tejidos del daño cuando el sistema inmunitario responde a una infección patógena. Sin embargo, en el cáncer, la expresión de los puntos de control inmunitarios puede estar desregulada como un mecanismo importante de resistencia inmunitaria. Dicha resistencia se observa especialmente en los cánceres de melanoma, ovario, pulmón, glioblastoma, mama y páncreas con respecto al punto de control PD-L1 (Konishi y otros, B7-H1 expression on nonsmall cell lung cancer cells and its relationship with tumor-infiltrating lymphocytes and their PD-1 expression. Clin Cancer Res. 1 de agosto de 2004;10(15):5094-100; Ghebeh y otros, The B7-H1 (PD-L1) T lymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breast cancer patients with infiltrating ductal carcinoma: correlation with important high-risk prognostic factors. Neoplasia. Marzo de 2006;8(3):190-8; Hino y otros, Tumor cell expression of programmed cell death-1 ligand 1 is a prognostic factor for malignant melanoma. Cancer. 1 de abril de 2010;116(7):1757-66). Otros ejemplos de puntos de control inmunitarios incluyen PD-L2, PD-1, CD80, CD86, CTLA-4, B7H3, B7H4, PVR, TIGIT, GAl9, LAG-3, GITR, CD137, TIM3, VISTA, VISTA-R (Pico de Coana y otros, Checkpoint blockade for cancer therapy: revitalizing a suppressed immune system. Trends Mol Med. Agosto de 2015;21 (8):482-91; Pardoll DM. The blockade of immune check- points in cancer immunotherapy. Nat Rev Cancer. 22 de marzo de 2012;12(4):252-64).

Los anticuerpos se emplean normalmente para los propósitos anteriores en forma de anticuerpos monoclonales desnudos (es decir, no conjugados) o conjugados con otra molécula que puede ser tóxica para las células o radiactiva.

Los ejemplos de anticuerpos monoclonales que se dirigen contra tumores que se usan en la inmunoterapia contra el cáncer se conocen bien, incluyen alemtuzumab (leucemia linfocítica crónica), bevacizumab (cáncer colorrectal, glioblastoma multiforme, cáncer de cuello uterino, cáncer de pulmón, cáncer renal), brentuximab/vedotina (linfomas), blinatumumab (leucemia linfoblástica aguda), catumaxomab (ascitis maligna en cánceres EPCAM+), cetuximab (cáncer de cabeza y cuello, cáncer colorrectal), denosumab (cáncer de mama, próstata y hueso), gemtuzumab/ozogamicina (leucemia mieloide aguda), ibritumomab/tiuxetan (linfoma no Hodgkin), panitumumab (cáncer colorrectal), pertuzumab (cáncer de mama), obinutuzumab (leucemia linfocítica crónica), ofatumumab (leucemia linfocítica crónica), opilimumab (melanoma), ramucirumab (cáncer gástrico y gastroesofágico), rituximab (leucemia linfocítica crónica leucemia y linfoma no Hodgkin), siltuximab (enfermedad de Catsleman multicéntrica), tositumomab (linfoma no Hodgkin) y trastuzumab (cáncer de mama, gástrico y gastroesofágico); mientras que los ejemplos de anticuerpos inmunomoduladores incluyen ipilimumab (melanoma) que bloquea el punto de control inmunitario dependiente de CTLA4, nivolumab (melanoma, cáncer de pulmón) y prembrolizubmab (melanoma) que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PDCD1, así como también MPDL3280A, MEDI4736, MEDI0680, y MSB0010718C, que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PD-L1 (Sharma y Allison, The future of immune checkpoint therapy. Science. 3 de abril de 2015;348(6230):56-61).

Otros anticuerpos para la inmunoterapia del cáncer se describen en Buqué y otros, Trial Watch: Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncological indications. Oncoimmunology. 2 de marzo de 2015;4(4): e1008814. eCollection abril de 2015; Redman y otros, Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer. Mol Immunol. Octubre de 2015;67(2 Pt A):28-45; Simpson and Caballero, Monoclonal antibodies for the therapy of cancer MC Proc. 2014; 8 (Suplemento 4): 06, así como también en el sitio web de la sociedad de anticuerpos (lista de anticuerpos monoclonales terapéuticos aprobados o en revisión en la Unión Europea o Estados Unidos disponible en el enlace web http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php).

Los lisados de células tumorales también pueden combinarse con el péptido antigénico de acuerdo con la invención. De hecho, las células tumorales son capaces de estimular la respuesta inmunitaria, mediante la presentación de complejos péptidos-MHC endógenos, así como también a través de células dendríticas (DC) del huésped que pueden procesar y presentar el antígeno que se administra por dichos lisados. De esta manera se aumenta la gama de antígenos contra los que se puede inducir una respuesta inmunitaria. Los lisados de células tumorales pueden obtenerse fácilmente mediante el tratamiento de las células tumorales con un choque térmico y/o un tratamiento químico, y pueden ser autólogos (es decir, aislados del paciente) o alogénicos (es decir, aislados de otro sujeto). Los fármacos quimioterapéuticos estándar y los agentes radioterapéuticos no necesitan describirse en la presente descripción ya que se describen ampliamente en la literatura, especialmente por Baskar y otros. (Baskar y otros, Cancer and radiation therapy: current advances and future directions. Int J Med Sci. 2012;9(3):193-9), Paci y otros, (Paci y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics. Eur J Cancer. Agosto de 2014;50(12):2010-9) y Widmer y otros. (Widmer y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part twotargeted therapies. Eur J Cancer. Agosto de 2014;50(12):2020-36). También se encuentra disponible una lista de dichos medicamentos y agentes en el sitio web cancer.gov (http://www.cancer.gov/aboutcancer/treatment/drugs).

Preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción es un activador o un inhibidor de una o más molécula(s) del punto de control inmunitario que se seleccionan de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR, ICOS, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, GITR, TNFR y/o FasR/DcR3; o un activador o un inhibidor de uno o más de sus ligandos.

Con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un activador de una molécula (co)estimuladora del punto de control o un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control o sus combinaciones. En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia (i) un activador de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o (ii) un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o FasR /DcR3.

Aún con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control (pero preferentemente ningún inhibidor de una molécula estimuladora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es aún con mayor preferencia un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o DcR3 o de uno de sus ligandos.

También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario sea un activador de una molécula estimuladora o coestimuladora del punto de control (pero preferentemente no activador de una molécula inhibidora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia un activador de CD27, Cd28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o de uno de sus ligandos.

Es aún con mayor preferencia que el modulador del punto de control inmunitario sea un modulador de la vía CD40, de la vía IDO, de la vía LAG3, de la vía CTLA-4 y/o de la vía PD-1. En particular, el modulador del punto de control inmunitario es preferentemente un modulador de CD40, LAG3, CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1 y/o IDO, con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1, LAG3 y/o IDO o un activador de CD40, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-1, LAG3 y/o IDO, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de LAG3, CTLA-4 y/o PD-1, y con la máxima preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4 y/o PD-1.

En consecuencia, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Preferentemente, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Particularmente preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de PD-1. Los inhibidores que se prefieren de la vía CTLA-4 y de la vía PD-1 incluyen los anticuerpos monoclonales Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune), así como también Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab, también se conoce como Lambrolizumab o MK-3475; Merck), Imfinzi® (Durvalumab, también se conoce como MEDI4736; MedImmune/Astra-Zeneca), Tecentriq® (Atezolizumab, también se conoce como MPDL3280A; Roche/Genentech), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), Bavencio® (Avelumab; Merck KGaA/Pfizer, también se conoce como MSB-0010718C), MIH1 (Affymetrix), LY3300054 (Eli Lilly) y Spartalizumab (también se conoce como PDR001; Novartis). Los inhibidores de puntos de control con mayor preferencia incluyen los inhibidores de CTLA-4 Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune), así como también los inhibidores de PD-1 Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; Merck), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), AMP-224 (una proteína de fusión PD-L2 Fc; Medlmmune).

También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción se seleccione del grupo que consiste en Pembrolizumab, Ipilimumab, Nivolumab, Atezolizumab, Durvalumab, Tremelimumab, Avelumab, Spartalizumab, LAG525 (un anticuerpo monoclonal anti-LAG-3), Epacadostat (también se conoce como INCB24360; un inhibidor de IDO), Varlilumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD27), Urelumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD137), AMP-224 y CM-24 (un anticuerpo monoclonal anti-CEACAM1).

Está dentro de la habilidad del experto en la técnica seleccionar el agente terapéutico anticanceroso inmunitario apropiado para los propósitos de la invención. Por ejemplo, si se desea prevenir o tratar el melanoma, se puede usar preferentemente un lisado de células de melanoma y/o el anticuerpo Ipilimumab, junto con un péptido antigénico apropiado. Los péptidos antigénicos apropiados pueden seleccionarse mediante (i) la selección de un antígeno tumoral apropiado para un cierto tipo de cáncer como se conoce en la técnica y/o como se describe en la presente descripción en la Tabla 1B y (ii) la selección de un péptido antigénico apropiado para el antígeno tumoral seleccionado, como se describió anteriormente, por ejemplo, en la Tabla 1A.

El agente terapéutico contra el cáncer también se puede administrar en combinación con la composición de la invención, ya sea simultáneamente, por separado o secuencialmente. En caso de que la composición y el agente terapéutico se administren de manera separada o secuencial, estos pueden administrarse en formas farmacéuticas distintas.

Por lo tanto, en otro aspecto, la invención se relaciona con una composición de la invención y al menos un agente terapéutico contra el cáncer como se describió anteriormente, como una preparación combinada para una administración simultánea, separada o secuencial. En otros términos, la invención propone un uso combinado de la composición de la invención y al menos un agente terapéutico anticancerígeno como se describió anteriormente, para una administración simultánea, separada o secuencial.

Kits de partes

En otro aspecto, la presente invención también proporciona un kit de partes (también se denomina en la presente descripción "kit") que comprende al menos uno de los siguientes:

- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, - la nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,

- la célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, y/o

- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción. En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican para tal kit de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el péptido antigénico comprendido en el kit o el péptido antigénico comprendido en cualquiera de las nanopartículas, la célula o la composición farmacéutica comprendida en el kit preferentemente que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID N^o 1 a 580 y 861 a 887, como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580. Por ejemplo, se prefieren particularmente los péptidos antigénicos que comprenden o consisten de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 30, 32, 194, 220, 254 o 255.

También se prefieren sus combinaciones, específicamente, los kits que comprenden distintos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción. En particular, el kit de partes de la invención puede comprender más de uno de los componentes que se describieron anteriormente, por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 componentes distintos. Por ejemplo, el kit de partes de acuerdo con la presente invención puede comprender al menos dos (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) péptidos antigénicos diferentes, al menos dos (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) nanopartículas diferentes, al menos dos (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) células diferentes, y/o al menos dos (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10) composiciones farmacéuticas diferentes. Preferentemente, tales componentes diferentes comprendidos por el kit de partes como se describió anteriormente difieren en los péptidos antigénicos, por ejemplo, un componente relacionado con un primer péptido antigénico y un componente relacionado con un segundo péptido antigénico (distinto del primer péptido antigénico). Por ejemplo, el kit puede comprender al menos dos péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, el kit puede comprender al menos dos nanopartículas distintas de acuerdo con la presente invención.

Las combinaciones de péptidos antigénicos que se prefieren de acuerdo con la presente invención que se incluyen en el kit corresponden a las combinaciones de péptidos antigénicos que se prefieren de acuerdo con la presente invención que se incluyen en la composición farmacéutica como se describió anteriormente.

En consecuencia, la presente invención proporciona un kit que comprende (al menos un) péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción. Además, la presente invención también proporciona un kit que comprende (al menos una) nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción. Además, la presente invención también proporciona un kit que comprende (al menos una) célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.

Los diversos componentes del kit de partes se pueden empaquetar en uno o más contenedores. Los componentes anteriores pueden proporcionarse en forma liofilizada o seca o disueltos en un tampón adecuado. El kit también puede comprender reactivos adicionales que incluyen, por ejemplo, conservantes, medios de crecimiento y/o tampones para almacenamiento y/o reconstitución de los componentes que se mencionaron anteriormente y soluciones de lavado.

En consecuencia, la presente invención proporciona un kit que comprende al menos dos, preferentemente tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción (o nanopartículas o células como se describió anteriormente, que difieren en cuanto al péptido antigénico) y, opcionalmente, un péptido auxiliar, como el péptido UCP2 y/o un adyuvante, como MONTANIDE ISA 51. Lo péptidos antigénicos distintos (o nanopartículas o células como se describió anteriormente, que difieren en cuanto al péptido antigénico) pueden estar contenidos en el mismo o en contenedores distintos. Por ejemplo, el kit puede comprender un contenedor (único) que contiene un primer péptido antigénico como se describe en la presente descripción y un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción. Dicho contenedor (único) también puede comprender adicionalmente un péptido auxiliar, tal como el UCP2. Opcionalmente, el primer y segundo péptido antigénico (y opcionalmente el péptido auxiliar) contenidos en el contenedor (único) pueden formularse juntos, por ejemplo, en agua para inyección y/o dimetilsulfóxido (DMSO). Adicionalmente, el kit puede comprender otro contenedor (distinto del contenedor que contiene los péptidos antigénicos), el cual contiene el adyuvante, por ejemplo, MONTANIDE ISA 51.

Por lo tanto, se prefiere que el kit comprenda

(i) un primer vial que comprende uno o más péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de la invención (por ejemplo, al menos 200 o 300 |jg de cada péptido antigénico) y, opcionalmente, un péptido auxiliar, tal como el UCP2 (por ejemplo, al menos 200 o 300 jg del péptido auxiliar), opcionalmente formulado en agua para inyección y dimetilsulfóxido (DMSO); y

(ii) un segundo vial que comprende MONTANIDE ⁱS^a 51 (por ejemplo, al menos 0,4 o 0,5 ml).

Además, el kit puede comprender una o más (por ejemplo, 2 o 3) jeringas, por ejemplo, jeringas libres silicona y goma. El kit también puede comprender un conector, tal como un conector I.

Ejemplos de tales conectores son:

el conector I desarrollado por Green Peptide (Japón),

el conector de referencia DlDRACDLLFT de Didanorm (Francia),

el conector I (ref: ODG0015ST) de Promepla (Mónaco), y

el conector I (ref: MX494) de Smiths medical (EE. UU.).

Las jeringas son preferentemente adecuadas para MONTANIDE, es decir, libres de silicona y goma (es decir, sin punta de goma libre en el émbolo), y preferentemente también libres de látex. Ejemplos de tales jeringas son: INKJET de 2 ml (Ref: 4606701V de B-Braun, Alemania),

INKJET de 5 ml (Ref: 4606710V de B-Braun, Alemania),

Norm-Ject de 2 ml (Ref: 4020.000V0 de Henke Sass Wolf GMBH, Alemania), y

Norm-Ject de 5 ml (Ref: 4050.000V0 de Henke Sass Wolf GMBH, Alemania).

Por ejemplo, el kit puede comprender (i) un primer vial que comprende al menos 300 |jg del péptido antigénico de la invención (o dos o tres péptidos antigénicos, al menos 300 jg de cada uno), y opcionalmente al menos 300 jg de UCP2, formulado en agua para inyección y dimetilsulfóxido (DMSO), (ii) un segundo vial que comprende al menos 0,5 ml de MONTANIDE ISA 51, (iii) dos jeringas libres de silicona y goma, y (iv) un conector I.

Opcionalmente, el kit también puede comprender un vial de agua para inyección y/o un adaptador de vial. También puede comprender una aguja estéril, por ejemplo, para vacunar al paciente después de obtener la emulsión. Las jeringas del kit pueden ser, por ejemplo, jeringas de 2 ml.

En una modalidad particular, el kit comprende tres péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, el péptido UCP2 y MONTANIDE ISA 51, en donde dicho kit comprende (i) un primer vial que comprende al menos 300 jg de cada uno de los tres péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de la invención, al menos 300 jg de UCP2 (SEQ ID NO: 859), formulado en agua para inyección y DMSO, (ii) un segundo vial que comprende al menos 0,5 ml de MONTANIDE ISA 51, (iii) dos jeringas libres de silicona y goma, y (iv) un conector I. Los tres péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de la invención que se incluye en el kit, son preferentemente el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32, un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220 y un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la s Eq ID NO: 255.

Además, el kit de partes de acuerdo con la presente invención puede contener opcionalmente instrucciones de uso. En consecuencia, se prefiere que el kit comprenda un prospecto o folleto de instrucciones con instrucciones para prevenir o tratar un cáncer mediante el uso del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, la nanopartícula de acuerdo con la presente invención, la célula de acuerdo con la presente invención o la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención.

También se prefiere que, además de cualquiera de los componentes como se describió anteriormente, el kit comprenda un agente terapéutico contra el cáncer como se describe en la presente descripción.

Además, la presente invención también proporciona un kit de vacunación para tratar, prevenir y/o estabilizar un cáncer, que comprende la composición farmacéutica como se describe en la presente descripción o una vacuna como se describe en la presente descripción e instrucciones para el uso de dicha composición farmacéutica o de dicha vacuna en la prevención y/o tratamiento de un cáncer.

Tratamiento médico y usos

Como se indicó anteriormente, la composición de la invención puede ser particularmente útil para propósitos terapéuticos, especialmente para desencadenar una respuesta inmune específica hacia un antígeno/proteína tumoral particular, por ejemplo, para prevenir o tratar el cáncer en un paciente que lo necesite.

En vista de ello, la presente invención proporciona

- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, - la nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,

- la célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción,

- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, o

- el kit de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción

para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer.

En particular, las modalidades preferidas del péptido antigénico como se describió anteriormente también se aplican para el uso de acuerdo con la presente invención en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Por ejemplo, el péptido antigénico usado en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer o el péptido antigénico comprendido en cualquiera de las nanopartículas, la célula o la composición farmacéutica usada en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer preferentemente que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580 y 861 a 887, tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 1 a 580 por ejemplo, se prefieren particularmente los péptidos antigénicos que comprenden o que consisten de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID NO 30, 32, 194, 220, 254 o 255.

También se prefieren sus combinaciones, específicamente, péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. En particular, puede usarse más de uno de los componentes que se describieron anteriormente en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Por ejemplo, al menos dos péptidos antigénicos diferentes, al menos dos nanopartículas diferentes, al menos dos células diferentes y/o al menos dos composiciones farmacéuticas diferentes pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Preferentemente, tales componentes diferentes usados en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer como se describió anteriormente difieren en los péptidos antigénicos, por ejemplo, un componente relacionado con un primer péptido antigénico y un componente relacionado con un segundo péptido antigénico (distinto del primer péptido antigénico). Por ejemplo, al menos dos péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Por ejemplo, al menos dos nanopartículas distintas de acuerdo con la presente invención pueden usarse en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer.

En consecuencia, la presente invención proporciona (al menos un) péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Además, la presente invención también proporciona (al menos una) nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Además, la presente invención también proporciona (al menos una) célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Además, la presente invención también proporciona (al menos una) composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer. Además, la presente invención también proporciona un kit de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción para su uso en la prevención y/o en el tratamiento de un cáncer.

Preferentemente, el cáncer a prevenir y/o tratar se selecciona de glioma, cáncer de riñón, cáncer de piel, en particular melanoma, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, cáncer de mama, cáncer colorrectal, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer de cabeza y cuello, cáncer urotelial y cáncer de próstata.

Además,

- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,

- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención,

- la célula de acuerdo con la presente invención,

- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención,

- el kit de acuerdo con la presente invención, o

- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción

puede usarse como vacuna para la inmunoterapia contra el cáncer.

Tal como se usa en el contexto de la presente invención, el término "vacuna" se refiere a una preparación (biológica) que proporciona inmunidad innata y/o adaptativa, típicamente a una enfermedad particular, preferentemente el cáncer. Así, una vacuna apoya en particular una respuesta inmunitaria innata y/o adaptativa del sistema inmunitario de un sujeto a tratar. Por ejemplo, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención conduce o apoya típicamente una respuesta inmunitaria adaptativa en el paciente que se va a tratar.

En el contexto de la presente invención, la vacuna (composición) puede inducir una respuesta inmunitaria específica contra un antígeno tumoral y, por lo tanto, se usa preferentemente para prevenir o tratar el cáncer. Una vacuna para prevenir o tratar el cáncer también puede denominarse como "vacuna contra el cáncer".

Preferentemente, el cáncer a prevenir y/o tratar mediante

- el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención,

- la nanopartícula de acuerdo con la presente invención,

- la célula de acuerdo con la presente invención,

- la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención,

- el kit de acuerdo con la presente invención, o

- la combinación de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción

se refiere al antígeno tumoral (referencia) del péptido antigénico como se describe en la presente descripción. Específicamente, los péptidos antigénicos apropiados pueden seleccionarse mediante (i) la selección de un antígeno tumoral apropiado para un cierto tipo de cáncer como se conoce en la técnica y/o como se describe en la presente descripción en la Tabla 1B (más abajo) y (ii) la selección un péptido antigénico apropiado para el antígeno tumoral seleccionado, como se describió anteriormente, por ejemplo, en la Tabla 1A. Un experto en la técnica comprenderá fácilmente que un péptido antigénico puede seleccionarse basándose en la naturaleza del cáncer que se va a prevenir o tratar, y/o en el gen humano/antígeno tumoral humano implicado en dicho cáncer.

En consecuencia, los ejemplos de cáncer que se prefieren se muestran en la Tabla 1B más abajo. En particular, los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción son variantes de secuencia de fragmentos de los antígenos tumorales que se muestran en la Tabla 1B y pueden usarse en particular en la enfermedad que se describe para el antígeno tumoral respectivo en la Tabla 1B.

Tabla 1B: lista de antí enos tumorales e indicaciones tera éuticas asociadas

(continuación)

(continuación)

(continuación)

En general, los péptidos antigénicos de la invención pueden administrarse "desnudos" o en forma de células cargadas con los mismos de acuerdo con la presente invención, nanopartículas de acuerdo con la presente invención y/o composiciones farmacéuticas de acuerdo con la presente invención.

En una modalidad preferida, pueden administrarse en forma de un microorganismo tal como una especie de bacteria intestinal. Las especies enteras de bacterias intestinales también pueden ser ventajosas, ya que tienen el potencial de desencadenar una respuesta inmunitaria mayor que los (poli)péptidos o ácidos nucleicos que contienen. Alternativamente, las bacterias intestinales de acuerdo con la invención pueden estar en forma de probióticos, es decir, de bacterias intestinales vivas, que pueden usarse como aditivo alimentario gracias a los beneficios para la salud que puede proporcionar. Éstos pueden ser, por ejemplo, liofilizados en gránulos, pastillas o cápsulas, o directamente mezclados con productos lácteos para consumo.

Los métodos de administración se conocen bien por los expertos en la técnica. Con respecto a la composición de la invención, puede administrarse directamente al sujeto, en el órgano afectado (es decir, administración local) o sistémicamente (es decir, administración enteral o parenteral), o incluso aplicarse ex-vivo a células derivadas del sujeto o de una línea celular humana que subsecuentemente se administran al sujeto, o incluso se usan in vitro para seleccionar una subpoblación de células inmunitarias derivadas del sujeto, que luego se vuelven a administrar a dicho sujeto. Las administraciones enterales incluyen administraciones orales y rectales, así como también administraciones a través de sondas de alimentación gástrica, sondas de alimentación duodenales o gastrostomía, mientras que las administraciones parenterales incluyen, entre otras, inyecciones subcutáneas, intravenosas, intramusculares, intraarteriales, intradérmicas, intraóseas, intracerebrales e intratecales. El método de administración a menudo dependerá del(de los) péptido(s) antigénico(s) presente(s) en la composición y del tipo de cáncer a tratar y otros agentes activos que puedan contenerse en dicha composición. Por ejemplo, la administración es preferentemente una administración intramuscular, intradérmica u oral si el péptido antigénico es un péptido como se definió anteriormente o si se carga en/sobre una nanopartícula como se describe en la presente descripción. Sin embargo, todavía alternativamente, la administración es preferentemente una administración oral si el péptido antigénico se administra en forma de una bacteria intestinal como se definió anteriormente, especialmente si la bacteria intestinal está en forma de probióticos.

Los péptidos antigénicos de acuerdo con la invención pueden además encapsularse para facilitar su administración al sujeto que los necesite. Por ejemplo, estos pueden encapsularse en nanoportadores peptídicos, en virosomas o en sistemas portadores que se basan en lípidos como el complejo liposoma-policatión-ADN (Trovato M, De Berardinis P. Novel antigen delivery systems. World J Virol. 12 de agosto de 2015;4(3):156-68; Saade F, Petrovsky N. Technologies for enhanced efficacy of DNA vaccines. Expert Rev Vaccines. Febrero de 2012;11(2):189-209; Li y otros, Peptide Vaccine: Progress and Challenges. Vaccines (Basel). 2 de julio de 2014;2(3):515-36).

La composición también se puede administrar más de una vez para lograr el efecto que se desea. En una modalidad preferida, dicha composición se administra repetidamente, al menos dos veces, y preferentemente más de dos veces. Esto se puede hacer durante un período prolongado de tiempo, tal como semanalmente, cada dos semanas, mensualmente, anualmente o incluso varios años después de la primera administración para garantizar que el sujeto esté correctamente inmunizado.

Terapia de combinación

La administración del péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, la nanopartícula de acuerdo con la presente invención, la célula de acuerdo con la presente invención y la composición farmacéutica presente invención la presente invención, en particular en los usos de acuerdo con la invención, se puede llevar a cabo solo o en combinación con un coagente útil para tratar y/o prevenir el cáncer, tal como un agente terapéutico contra el cáncer. Dicho agente terapéutico es así preferentemente capaz de prevenir y/o tratar el mismo tipo de cáncer que aquel para el que se usa el péptido antigénico de acuerdo con la invención. Los agentes terapéuticos contra el cáncer que se prefieren particularmente de acuerdo con la invención incluyen anticuerpos, lisados de células tumorales, agentes quimioterapéuticos, agentes radioterapéuticos, moduladores de puntos de control inmunitarios y sus combinaciones. Los anticuerpos son particularmente ventajosos en la terapia del cáncer, ya que pueden unirse a antígenos específicos en las superficies de las células cancerosas, de esta manera se dirige la terapia al tumor (es decir, estos se denominan anticuerpos dirigidos contra el tumor), o bloquear los puntos de control inmunitarios que están desregulados en el cáncer (es decir, estos se denominan en la presente descripción anticuerpos inmunomoduladores). El propósito de este último tipo de anticuerpos es inhibir la resistencia inmunitaria del cáncer, que se puede observar en particular contra las células T que son específicas para los antígenos tumorales. De hecho, como se conoce bien en la técnica, en condiciones fisiológicas normales, los puntos de control inmunitarios son cruciales para el mantenimiento de la autotolerancia (es decir, la prevención de la autoinmunidad) y protegen los tejidos del daño cuando el sistema inmunitario responde a una infección patógena. Sin embargo, en el cáncer, la expresión de los puntos de control inmunitarios puede estar desregulada como un mecanismo importante de resistencia inmunitaria. Dicha resistencia se observa especialmente en los cánceres de melanoma, ovario, pulmón, glioblastoma, mama y páncreas con respecto al punto de control PD-L1 (Konishi y otros, B7-H1 expression on nonsmall cell lung cancer cells and its relationship with tumor-infiltrating lymphocytes and their PD-1 expression. Clin Cancer Res. 1 de agosto de 2004;10(15):5094-100; Ghebeh y otros, The B7-H1 (PD-L1) T lymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breast cancer patients with infiltrating ductal carcinoma: correlation with important high-risk prognostic factors. Neoplasia. Marzo de 2006;8(3):190-8; Hino y otros, Tumor cell expression of programmed cell death-1 ligand 1 is a prognostic factor for malignant melanoma. Cancer. 1 de abril de 2010;116(7):1757-66). Otros ejemplos de puntos de control inmunitarios incluyen PD-L2, PD-1, CD80, CD86, CTLA4, B7H3, B7H4, PVR, TIGIT, GA^l9, LAG-3, GITR, CD137, TIM3, VISTA, VISTA-R (Pico de Coana y otros, Checkpoint blockade for cancer therapy: revitalizing a suppressed immune system. Trends Mol Med. Agosto de 2015;21(8):482-91; Pardoll DM1. The blockade of immune check- points in cancer immunotherapy. Nat Rev Cancer. 22 de marzo de 2012;12(4):252-64). Los anticuerpos se emplean normalmente para los propósitos anteriores en forma de anticuerpos monoclonales desnudos (es decir, no conjugados) o conjugados con otra molécula que puede ser tóxica para las células o radiactiva.

Los ejemplos de anticuerpos monoclonales que se dirigen contra tumores que se usan en la inmunoterapia contra el cáncer se conocen bien, incluyen alemtuzumab (leucemia linfocítica crónica), bevacizumab (cáncer colorrectal, glioblastoma multiforme, cáncer de cuello uterino, cáncer de pulmón, cáncer renal), brentuximab/vedotina (linfomas), blinatumumab (leucemia linfoblástica aguda), catumaxomab (ascitis maligna en cánceres EPCAM+), cetuximab (cáncer de cabeza y cuello, cáncer colorrectal), denosumab (cáncer de mama, próstata y hueso), Gemtuzumab/ozogamicina (leucemia mieloide aguda), ibritumomab/tiuxetan (linfoma no Hodgkin), panitumumab (cáncer colorrectal), pertuzumab (cáncer de mama), obinutuzumab (leucemia linfocítica crónica), ofatumumab (leucemia linfocítica crónica), opilimumab (melanoma), ramucirumab (cáncer gástrico y gastroesofágico), rituximab (leucemia linfocítica crónica y linfoma no Hodgkin), siltuximab (enfermedad de Catsleman multicéntrica), tositumomab (linfoma no Hodgkin) y trastuzumab (cáncer de mama, gástrico y gastroesofágico); mientras que los ejemplos de anticuerpos inmunomoduladores incluyen ipilimumab (melanoma) que bloquea el punto de control inmunitario dependiente de CTLA4, nivolumab (melanoma, cáncer de pulmón) y prembrolizubmab (melanoma) que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PDCD1, así como también MPDL3280A, MEDI4736, MEDI0680, y MSB0010718C, que bloquean el punto de control inmunitario dependiente de PD-L1 (Sharma and Allison, The future of immune checkpoint therapy. Science. 3 de abril de 2015;348(6230):56-61).

Otros anticuerpos para la inmunoterapia del cáncer se describen en Buqué y otros. (Buqué y otros, Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncological indications. Oncoimmunology. 2 de marzo de 2015;4(4):e1008814. eCollection abril de 2015), Redman y otros. (Redman y otros, Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer. Mol Immunol. Octubre de 2015;67(2 Pt A):28-45), y en Simpson and Caballero, Monoclonal antibodies for the therapy of cancer MC Proc. 2014; 8 (Suplemento 4): O6 así como también en el sitio web de la sociedad de anticuerpos (lista de anticuerpos monoclonales terapéuticos aprobados o en revisión en la Unión Europea o Estados Unidos disponible en el enlace web http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php).

Los lisados de células tumorales también pueden combinarse con el péptido antigénico de acuerdo con la invención. De hecho, las células tumorales son capaces de estimular la respuesta inmunitaria, mediante la presentación de complejos péptidos-MHC endógenos, así como también a través de células dendríticas (DC) del huésped que pueden procesar y presentar el antígeno que se administra por dichos lisados. De esta manera se aumenta la gama de antígenos contra los que se puede inducir una respuesta inmunitaria. Los lisados de células tumorales pueden obtenerse fácilmente mediante el tratamiento de las células tumorales con un choque térmico y/o un tratamiento químico, y pueden ser autólogos (es decir, aislados del paciente) o alogénicos (es decir, aislados de otro sujeto). Los fármacos quimioterapéuticos estándar y los agentes radioterapéuticos no necesitan describirse en la presente descripción ya que se describen ampliamente en la literatura, especialmente por Baskar y otros. (Baskar y otros, Cancer and radiation therapy: current advances and future directions. Int J Med Sci. 2012;9(3):193-9), Paci y otros. (Paci y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics. Eur J Cancer. Agosto de 2014;50(12):2010-9) y Widmer y otros. (Widmer y otros, Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part twotargeted therapies. Eur J Cancer. Agosto de 2014;50(12):2020-36). También se encuentra disponible una lista de dichos medicamentos y agentes en el sitio web cancer.gov (http://www.cancer.gov/aboutcancer/treatment/drugs).

Preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción es un activador o un inhibidor de una o más molécula(s) del punto de control inmunitario que se seleccionan de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR, ICOS, A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, GITR, TNFR y/o FasR/DcR3; o un activador o un inhibidor de uno o más de sus ligandos.

Con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un activador de una molécula (co)estimuladora del punto de control o un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control o sus combinaciones. En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia (i) un activador de CD27, CD28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o (ii) un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CD40, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o FasR /DcR3.

Aún con mayor preferencia, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de una molécula inhibidora del punto de control (pero preferentemente ningún inhibidor de una molécula estimuladora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es aún con mayor preferencia un inhibidor de A2AR, B7-H3, B7-H4, BTLA, CTLA-4, IDO, KIR, LAG3, PD-1, PDL-1, PD-L2, TIM-3, VISTA, CEACAM1, GARP, PS, CSF1R, CD94/NKG2A, TDO, TNFR y/o DcR3 o de uno de sus ligandos.

También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario sea un activador de una molécula estimuladora o coestimuladora del punto de control (pero preferentemente no activador de una molécula inhibidora del punto de control). En consecuencia, el modulador del punto de control inmunitario es con mayor preferencia un activador de CD27, C^d28, CD40, CD122, CD137, OX40, GITR y/o ICOS o de uno de sus ligandos.

Es aún con mayor preferencia que el modulador del punto de control inmunitario sea un modulador de la vía CD40, de la vía IDO, de la vía LAG3, de la vía CTLA-4 y/o de la vía PD-1. En particular, el modulador del punto de control inmunitario es preferentemente un modulador de CD40, LAG3, CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1 y/o IDO, con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-L2, PD-1, LAG3 y/o IDO o un activador de CD40, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4, PD-L1, PD-1, LAG3 y/o IDO, aún con mayor preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de LAG3, CTLA-4 y/o PD-1, y con la máxima preferencia el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de CTLA-4 y/o PD-1.

En consecuencia, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Preferentemente, el modulador del punto de control para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción puede seleccionarse de moduladores que se conocen de la vía CTLA-4 o la vía PD-1. Particularmente preferentemente, el modulador del punto de control inmunitario es un inhibidor de PD-1. Los inhibidores que se prefieren de la vía CTLA-4 y de la vía PD-1 incluyen los anticuerpos monoclonales Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/Medlmmune), así como también Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; también se conoce como Lambrolizumab o MK-3475; Merck), Imfinzi® (Durvalumab también se conoce como MEDI4736; Medlmmune/Astra-Zeneca), Tecentriq® (Atezolizumab también se conoce como MPDL3280A; Roche/Genentech), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), Bavencio® (Avelumab; Merck KGaA/Pfizer también se conoce como MSB-0010718C), MI^h 1 (Affymetrix), LY3300054 (Eli Lilly) y Spartalizumab (también se conoce como PDR001; Novartis). Los inhibidores de puntos de control con mayor preferencia incluyen los inhibidores de CTLA-4 Yervoy® (Ipilimumab; Bristol Myers Squibb) y Tremelimumab (Pfizer/MedImmune), así como también los inhibidores de PD-1 Opdivo® (Nivolumab; Bristol Myers Squibb), Keytruda® (Pembrolizumab; Merck), Pidilizumab (CT-011; CureTech), MEDI0680 (AMP-514; AstraZeneca), AMP-224 (una proteína de fusión PD-L2 Fc; MedImmune).

También se prefiere que el modulador del punto de control inmunitario para la combinación con el péptido antigénico como se define en la presente descripción se seleccione del grupo que consiste en Pembrolizumab, Ipilimumab, Nivolumab, Atezolizumab, MEDI4736, Tremelimumab, Avelumab, Spartalizumab, LAG525 (un anticuerpo monoclonal anti-LAG3), Epacadostat (anteriormente INCB24360; un inhibidor de IDO), Varlilumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD27), Urelumab (un anticuerpo monoclonal anti-CD137), AMP-224 y CM-24 (un anticuerpo monoclonal anti-CEACAM1).

Está dentro de la habilidad del experto en la técnica seleccionar el agente terapéutico anticanceroso inmunitario apropiado para los propósitos de la invención. Por ejemplo, si se desea prevenir o tratar el melanoma, se puede usar preferentemente un lisado de células de melanoma y/o el anticuerpo Ipilimumab, junto con el péptido antigénico correspondiente de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción.

El agente terapéutico anticancerígeno también se puede administrar en asociación con el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, la nanopartícula de acuerdo con la presente invención, la célula de acuerdo con la presente invención o la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención, ya sea en aproximadamente al mismo tiempo o consecutivamente como se describe en la presente descripción y en las mismas formas farmacéuticas o distintas. Por lo tanto, la invención propone un uso combinado de la composición de la invención y al menos un agente terapéutico anticancerígeno como se describió anteriormente, para una administración simultánea, separada o secuencial como se describe en la presente descripción.

Además, la presente invención también se refiere a una combinación de al menos dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer. Además, la presente invención también se refiere a una combinación de al menos dos nanopartículas distintas, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer.

Por lo tanto, de acuerdo con una modalidad preferida, al menos dos péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, pueden administrarse en combinación, por ejemplo, en la misma composición farmacéutica. Por ejemplo, al menos 3 péptidos antigénicos, al menos 4 péptidos antigénicos, al menos 5 péptidos antigénicos, al menos 6 péptidos antigénicos, al menos 7 péptidos antigénicos, al menos 8 péptidos antigénicos, al menos 9 péptidos antigénicos, al menos 10 péptidos antigénicos, al menos 11 péptidos antigénicos, al menos 12 péptidos antigénicos, al menos 13 péptidos antigénicos, al menos 14 péptidos antigénicos, al menos 15 péptidos antigénicos, al menos 20 péptidos antigénicos, al menos 25 péptidos antigénicos, al menos 50 péptidos antigénicos, al menos se administran en combinación al menos 100 péptidos antigénicos, al menos 500 péptidos antigénicos, al menos 1000 péptidos antigénicos o al menos 1500 péptidos antigénicos, por ejemplo en la misma composición farmacéutica. Está dentro de la habilidad de la persona en la técnica seleccionar la combinación de péptidos antigénicos que sea adecuada para el propósito que se pretende. Por ejemplo, si se desea prevenir o tratar el melanoma que involucra un antígeno tumoral codificado por un gen de acuerdo con la Tabla 1B, se puede seleccionar cualquier combinación de los péptidos antigénicos correspondientes como se describe en la Tabla 1A.

En una modalidad preferida particularmente, se combinan dos péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención (por ejemplo, que se relacionan con el mismo tipo de cáncer y/o con el mismo antígeno de referencia). Por ejemplo,

(i) al menos dos péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención; o

(ii) se pueden combinar al menos dos nanopartículas distintas de acuerdo con la presente invención.

Por ejemplo, la presente invención proporciona una combinación de

(i) como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, y

(ii) un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción (distinto del primero) preferiblemente para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer.

Además, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención también se puede combinar con el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente. De esta manera, se obtiene/apoya la selección de clones de células T, que son muy eficaces contra el tumor. En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente pueden administrarse conjuntamente. Tal coadministración puede ser aproximadamente al mismo tiempo (simultáneamente) o consecutivamente, de manera que se prefiere que en la administración consecutiva se administre primero el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y después se administre el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente. En particular, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención se puede administrar primero, y el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente puede usarse como (re)refuerzo. Por ejemplo, el péptido antigénico de acuerdo con la SEQ ID NO: 32 puede combinarse con el péptido de referencia de acuerdo con la SEQ ID NO: 593.

Los péptidos que se van a combinar, tales como (a) el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención y el epítopo del antígeno tumoral (humano) correspondiente o (b) dos péptidos antigénicos distintos que incluyen el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, se pueden administrar

- (cargado) en la misma nanopartícula de acuerdo con la presente invención o en distintas nanopartículas de acuerdo con la presente invención,

- (cargado) en la misma célula de acuerdo con la presente invención o en células distintas de acuerdo con la presente invención, o

- (comprendido) en la misma composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención o en una composición farmacéutica distinta de acuerdo con la presente invención.

En lo que sigue se puede hacer referencia a "dos componentes distintos" (de una combinación para su uso de acuerdo con la presente invención). En general, la expresión "dos componentes distintos" en el contexto de una combinación, por ejemplo, para su uso de acuerdo con la presente invención (una terapia de combinación), se refiere a

(1) un primer componente, tal como el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, la nanopartícula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, la célula de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción, o la composición farmacéutica de acuerdo con la presente invención como se describe en la presente descripción; y

(2) un segundo componente (que es distinto del primer componente), tal como el agente terapéutico contra el cáncer como se describió anteriormente, un péptido antigénico distinto como se describe en la presente descripción, una nanopartícula distinta como se describe en la presente descripción, una célula distinta como se describe en la presente descripción, una composición farmacéutica distinta como se describe en la presente descripción, o uno o más (fragmentos de) antígenos tumorales humanos en cualquier forma ("desnudo", como nanopartícula como se describe en la presente descripción, como célula como se describe en la presente descripción o como composición farmacéutica como se describe en la presente descripción).

En consecuencia, los "dos componentes distintos", tal como se hace referencia en la presente descripción en el contexto de una combinación para su uso de acuerdo con la presente invención (una terapia de combinación), son preferentemente componentes activos en el contexto de la enfermedad (cáncer) a prevenir y/o tratar. En otras palabras, al menos cada uno de los dos componentes distintos también pueden ser útiles para prevenir y/o tratar dicho cáncer, si se administran por separado (no en combinación como se describe en la presente descripción), aunque la combinación (es decir, la administración combinada) típicamente potencia su acción preventiva y/o efecto terapéutico (tal como la respuesta inmunitaria), en particular de manera sinérgica.

En consecuencia, la presente invención también proporciona la combinación de (al menos) dos péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención. En este contexto, los (al menos) dos péptidos antigénicos distintos pueden estar en cualquier forma, por ejemplo, "desnudos", comprendidos en nanopartículas, composiciones farmacéuticas o células cargadas con los mismos. En consecuencia, los (al menos) dos péptidos antigénicos distintos pueden estar comprendidos en (al menos) dos componentes distintos (para combinar). En una modalidad preferida, al menos los dos componentes distintos de la combinación de acuerdo con la presente invención son péptidos antigénicos distintos como se describe en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención (en cualquier forma, por ejemplo, comprendido en nanopartículas, células o composiciones farmacéuticas).

Preferentemente, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se relacionan con el mismo tipo de cáncer, por ejemplo, con los mismos o distintos antígenos asociados con este cáncer y/o con los mismos o distintos epítopos (de referencia) dentro de un antígeno asociado con este cáncer. Con mayor preferencia, al menos los dos componentes distintos se relacionan con el mismo antígeno tumoral.

En ciertas modalidades, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención están comprendidos en la misma composición o en composiciones distintas. En ciertas modalidades, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran a través de la misma o distintas vías de administración. En ciertas modalidades, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran aproximadamente al mismo tiempo (simultáneamente) o consecutivamente.

Preferentemente, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran aproximadamente al mismo tiempo. En términos más generales, se prefiere que el primer componente se administre aproximadamente al mismo tiempo que el segundo componente, en donde al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas o como composiciones farmacéuticas).

"Aproximadamente al mismo tiempo", como se usa en la presente, significa en particular, administración simultánea o que directamente después de la administración del primer componente, se administra el segundo componente o que directamente después de la administración del segundo componente, se administra el primer componente. El experto en la técnica entiende que "directamente después" incluye el tiempo necesario para preparar la segunda administración, en particular el tiempo necesario para exponer y desinfectar el lugar para la segunda administración, así como también la preparación adecuada del "dispositivo de administración" (por ejemplo, jeringa, bomba). La administración simultánea también incluye si los períodos de administración del primer componente y del segundo componente se superponen o si, por ejemplo, un componente se administra durante un período de tiempo más largo, tal como 30 min, 1 h, 2 h o incluso más, por ejemplo, por infusión, y el otro componente se administra en algún momento durante un período tan largo. En particular, se prefiere la administración del primer componente y del segundo componente aproximadamente al mismo tiempo si se usan diferentes vías de administración y/o diferentes sitios de administración.

También se prefiere que al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administren consecutivamente. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente se administren consecutivamente, en donde al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente de la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas o como composiciones farmacéuticas).

Esto significa que el primer componente se administra antes o después del segundo componente. En la administración consecutiva, el tiempo entre la administración del primer componente y la administración del segundo componente es preferentemente de no más de una semana, con mayor preferencia de no más de 3 días, aún con mayor preferencia de no más de 2 días y con la máxima preferencia de no más de 24 h. Se prefiere particularmente que el primer componente y el segundo componente se administren el mismo día donde el tiempo entre la administración del primer componente y la administración del segundo componente preferentemente no es más de 6 horas, con mayor preferencia no más de 3 horas, aún con mayor preferencia no más de 2 horas y con la máxima preferencia no más de 1 h.

Preferentemente, el primer componente y el segundo componente se administran por la misma vía de administración. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente se administren a través de la misma vía de administración, en donde al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente de la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas, como composiciones farmacéuticas). También se prefiere que al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administren a través de vías de administración distintas. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente se administren a través de vías de administración distintas, en donde al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas, como composiciones farmacéuticas).

Preferentemente, al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención están comprendidos en la misma composición. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente estén comprendidos en la misma composición, en donde al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas). También se prefiere que al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención estén comprendidos en composiciones distintas. En términos más generales, se prefiere que el primer componente y el segundo componente estén comprendidos en composiciones distintas, en donde al menos los dos componentes distintos de la combinación para su uso de acuerdo con la presente invención se administran preferentemente en la misma forma (es decir, en el mismo tipo de formulación, por ejemplo, como nanopartículas). En particular, la presente invención proporciona una combinación, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o el tratamiento de un cáncer, que comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, el cual consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, y un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1. El primer péptido antigénico que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento BIRC5 (péptido de referencia humano) "LTLGEFLKL" (SEQ ID NO: 593), específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32, y el segundo péptido antigénico preferentemente que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento FOXM1 (péptido de referencia humano) "LMDLSTTPL" (SEQ ID NO: 674), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece adelante en la SEQ ID NO: 220 o 868. Aún con mayor preferencia, la combinación, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer, que comprende un péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 32 y un péptido antigénico que comprende o que consiste de la SEQ ID NO: 220.

En particular, la presente invención también proporciona una combinación, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer, que comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, el cual consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, y un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral IL13RA2. El primer péptido antigénico que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento BIRC5 (péptido de referencia humano) "LTLGEFLKL" (SEQ ID NO: 593), específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32, y el segundo péptido antigénico preferentemente que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento IL13RA2 (péptido de referencia humano) "WLPFGFILI" (SEQ ID NO: 691) o "WLPFGFILIL" (SEQ ID NO: 692), tal como un péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 o 879. Aún con mayor preferencia, la combinación, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer, que comprende un péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 32 y un péptido antigénico que comprende o que consiste de la s Eq ID NO: 255.

Con mayor preferencia, la combinación de acuerdo con la presente invención (por ejemplo, para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer) comprende al menos tres componentes distintos como se describió anteriormente, en particular al menos tres péptidos antigénicos distintos de acuerdo con la presente invención. La descripción anterior con respecto a la combinación de dos componentes distintos se aplica en consecuencia para tres componentes distintos.

En consecuencia, la presente invención también proporciona una combinación, por ejemplo, para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer, que comprende, como primer péptido antigénico, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano BIRC5, un segundo péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano FOXM1, y un tercer péptido antigénico como se describe en la presente descripción, que comprende o que consiste de una variante de secuencia de microbiota de un fragmento del antígeno tumoral humano IL13RA2. El primer péptido antigénico que consiste de una variante de secuencia de microbiota del fragmento BIRC5 (péptido de referencia humano) "LTLGEFLKL" (SEQ ID NO: 593), específicamente, el péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32 ; el segundo péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 220 u 868; y el tercer péptido antigénico que comprende o que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 254, 255, 878 u 879.

Breve descripción de las figuras

A continuación, se dará una breve descripción de las figuras adjuntas. Las figuras pretenden ilustrar la presente invención con más detalle.

Figura 1: muestra para el ejemplo 2 la afinidad in vitro para los péptidos antigénicos IL13RA2-B e IL13RA2-L en comparación con el epítopo IL13RA2-H de IL13RA2 humano correspondiente.

Figura 2: muestra para el ejemplo 2 la afinidad in vitro para los péptidos antigénicos BIRC5-B1, BIRC5-B2 y BIRC5-B3 en comparación con el correspondiente epítopo BIRC5 humano BIRC5-H.

Figura 3: muestra para el ejemplo 2 la afinidad in vitro para (A) el péptido antigénico EZH2-B en comparación con el epítopo EZH2-H de EZH2 humano correspondiente y (B) el péptido antigénico EZH2-B2 en comparación con el epítopo EZH2-H2 de EZH2 humano correspondiente.

Figura 4: muestra para el ejemplo 2 la afinidad in vitro para (A) el péptido antigénico TYMS-B en comparación con el epítopo TYMS-H de TYMS humano correspondiente y (B) el péptido antigénico TYMS-B2 en comparación con el epítopo TYMS-H2 de TYMS humano correspondiente.

Figura 5: muestra para el ejemplo 2 la afinidad in vitro para (A) el péptido antigénico FOXM1-B en comparación con el epítopo FOXM1-H de FOXM1 humano correspondiente y (B) el péptido antigénico FOXM1-B2 en comparación con el epítopo FOXM1-H2 de FOXM1 humano correspondiente.

Figura 6: muestra para el ejemplo 2 la afinidad in vitro por los péptidos antigénicos CHI3L1-B y CHI3L1-B3 en comparación con el epítopo CHI3L1-H de CHI3L1 humano correspondiente.

Figura 7: muestra para el Ejemplo 3 una vista esquemática del esquema de inmunización. d: día.

Figura 8: muestra para el Ejemplo 3 los resultados de ELISPOT para ratones vacunados con los péptidos antigénicos como se indica en la figura (BIRC5-H, BIRC5-B1, BIRC5-B2, BIRC5-B3, FOXM1-H2, FOXM1-B2, EZH2-H2, EZH2-B2, IL13RA2-H, IL13RA2-B. Para cada grupo se muestra el número normalizado de células formadoras de manchas (SFC). Cada punto representa el valor promedio para un individuo/ratón.

Figura 9: muestra para el Ejemplo 4 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 vacunados con el péptido antigénico IL13R2A-L como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano IL13RA2-H correspondiente. Para cada grupo se muestra el número normalizado de células formadoras de manchas (SFC).

Figura 10: muestra para el Ejemplo 5 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 vacunados con el péptido antigénico BIRC5-B1 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente BIRC5-H. Para cada grupo se muestra el número normalizado de células formadoras de manchas (SFC).

Figura 11: muestra para el Ejemplo 6 los resultados de ELISPOT para ratones transgénicos HLA-A2 vacunados con el péptido antigénico FOXM1-B2 como se indica en la figura y la reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente FOXM1-H2. Para cada grupo se muestra el número normalizado de células formadoras de manchas (SFC).

Figura 12: muestra para el Ejemplo 8 la afinidad in vitro para los péptidos antigénicos IL13RA2-B e IL13RA2-L en comparación con el epítopo IL13RA2-H de IL13RA2 humano correspondiente, con el péptido comparativo 1A9V y con el control positivo VIH.

Figura 13: muestra para el ejemplo 9 la afinidad in vitro para los péptidos antigénicos BIRC5-B1 en comparación con el epítopo BIRC5-H de BIRC5 humano correspondiente, con el péptido comparativo 2M y con el control positivo VIH.

Ejemplos

A continuación, se presentan ejemplos particulares que ilustran diversas modalidades y aspectos de la invención. Las siguientes preparaciones y ejemplos se dan para permitir que los expertos en la técnica entiendan más claramente y pongan en práctica la presente invención.

Ejemplo 1: Los péptidos antigénicos tienen una afinidad de unión superior en comparación con los péptidos humanos.

Se predijo la afinidad de unión de los péptidos antigénicos ejemplificados y de los fragmentos de antígenos tumorales humanos correspondientes (péptidos de referencia humanos) al MHC de clase I in silico. Dicha predicción se obtuvo mediante el uso de NetMHC 4.0 Server (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/) y como se describe en Andreatta M, Nielsen M Gapped sequence alignment using artificial neural networks: application to the MHC class I system. Bioinformatics (2016) 15 de febrero;32(4):511-7. Este método genera predicciones de alta precisión del complejo principal de histocompatibilidad (MHC): unión de péptidos, en particular para péptidos que tienen una longitud de 8-11 aminoácidos.

La Tabla 2 más abajo muestra los resultados, es decir, información sobre la predicción de la unión péptido-MHC de clase I.

T l 2: Pr i i n in ili l ni n i -MH l I.

nin i n'

nin i n'

(continuación)

nin i n'

nin i n'

nin i n'

nin i n'

nin i n'

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Una comparación entre la afinidad de unión que predicha para cada péptido antigénico y para el péptido de referencia humano revela una afinidad de unión superior del péptido antigénico.

Ejemplo 2: Los péptidos antigénicos tienen una afinidad superior al alelo HLA-A*0201.

A continuación, se confirmó in vitro la afinidad de unión de varios péptidos antigénicos que se seleccionaron y de los fragmentos de antígenos tumorales humanos correspondientes (péptidos de referencia humanos) al alelo HLA-A*0201.Específicamente. los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 32 («FMLGEFLKL» también se denomina en la presente descripción como BIRC5-B1); SEQ ID NO: 30 («YTLGEFLYI» también se denomina en el presente documento BIRC5-B2); y SEQ ID NO: 31 («GLLGEFLQI» también se denomina en la presente descripción BIRC5-B3) se compararon con los péptidos humanos de referencia correspondientes derivados de BIRC5 («LTLGEFLKL», SEQ ID NO: 593. también se denomina en la presente descripción BIRC5-H). Además. los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 97 («LLLSAALSV» también se denomina en la presente descripción como CHI3L1 B); y SEQ ID NO: 87 («YLLSAALTI» también se denomina en la presente descripción como CHI3L1 B3) donde se compararon con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de CHI3L1 («LLLSAALSA», SEQ ID NO: 617. también se denomina en la presente descripción CHI3L1 H). Además. el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 145 («ILDEAYVRV» también se denomina en la presente descripción como EGFR-B) se comparó con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de EGFR («ILDEAYVMA». SEQ ID NO: 637. también se denomina en la presente descripción como EGFR-H). Además. los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 193 («FLVEDETVI» también se denomina en la presente descripción como EZH2-B) y la secuencia SEQ ID NO: 194 («AVFRVLIPV» también se denomina en la presente descripción como EZH2-B2) con los péptidos humanos de referencia correspondientes derivados de EZH2 («FMVEDEt VL». SEQ ID NO: 659. también se denomina en la presente descripción como EZH2-H y «SMFRVLIGT». SEQ ID NO: 660. también se denomina en la presente descripción como EZH2-H2. respectivamente). Además. los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 221 («^r L^s SYLVEI» también se denomina en la presente descripción como FOXM1-B) y la secuencia SEQ ID NO: 220 («LMDLSTTEV» también se denomina en la presente descripción como FOXM1-B2) con los péptidos humanos de referencia correspondientes derivados de FOXM1 («RVSSYLVPI». SEQ ID NO: 675. también se denomina en la presente descripción como FOXM1-H y «LM-DLSTTPL». SEQ ID NO: 674. también se denomina en la presente descripción como FOXM1-H2. respectivamente). Además. los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 254 («FLPFGFILV» también se denomina en la presente descripción como IL13RA2-B) y la secuencia SEQ ID NO: 255 («FLP-FGFILPV» también se denomina en la presente descripción como IL13RA2-L) con el péptido humano de referencia correspondiente derivado de IL13RA2 («WLPFGFILI». SEQ ID NO: 691. también se denomina en la presente descripción como IL13RA2-H). Además. los péptidos antigénicos de la secuencia SEQ ID NO: 524 («SMEELLWFV» también se denomina en la presente descripción como TYMS-B) y la secuencia SEQ ID NO: 521 («FLDSLGFSL» también se denomina en la presente descripción como TYMS-B2) con los péptidos humanos de referencia correspondientes derivados de TYMS («VLEELLWFI». SEQ ID NO: 826. también se denomina en la presente descripción como TYMS-H. y «FLDSLGFST». SEQ ID NO: 824. también se denomina en la presente descripción como TYMS-H2. respectivamente).

A. Materiales y Métodos

A1. Medición de la afinidad del péptido por la línea celular T2.

El protocolo experimental es similar al que se validó para los péptidos presentados por el HLA-A*0201 (Tourdot y otros. A general strategy to enhance immunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides: implication in the identification of cryptic tumor epitopes. Eur J Immunol. Diciembre de 2000; 30(12):3411-21). La medición de la afinidad de los péptidos se logra con la célula tumoral humana T2 que expresa la molécula HLA-A*0201. pero que es TAP1/2 negativa e incapaz de presentar péptidos endógenos.

Las células T2 (2.105 células por pocillo) se incubaron con concentraciones decrecientes de péptidos de 100 pM a 1.5625 pM en medio AIMV suplementado con 100 ng/pl p2m humana a 37°C durante 16 horas. A continuación. las células se lavaron dos veces y se marcaron con el anticuerpo anti-HLA-A2 acoplado a PE (clon BB7.2. BD Pharmagen).

El análisis se logró mediante FACS (Guava Easy Cyte).

Para cada concentración de péptido. la media geométrica del marcaje asociado con el péptido de interés se resta del ruido de fondo y se reportó como un porcentaje de la media geométrica del marcaje ^h LA-A*0202 que se obtuvo para el péptido de referencia VIH pol 589-597 en una concentración de 100mM. La afinidad relativa se determinó entonces como sigue:

afinidad relativa = concentración de cada péptido que induce el 20 % de la expresión de HLA-A*0201 / concentración del péptido de referencia que induce el 20 % de expresión de HLA-A*0201.

A2. Solubilización de péptidos

Cada péptido se solubiliza teniendo en cuenta la composición de aminoácidos. Para los péptidos que no incluyen cisteína. metionina o triptófano. es posible la adición de DMSO hasta en un 10 % del volumen total. Otros péptidos se resuspenden en agua o PBS pH 7.4.

B. Resultados

Los valores medios de intensidad de fluorescencia relativa (los datos se normalizan a la fluorescencia media del péptido del VIH, es decir, un valor de 100 es igual a la mejor unión que se observó con el péptido del VIH) de las células T2 obtenidas para las distintas concentraciones de cada péptido se muestran en la Tabla 3 más abajo: Tabla 3.

La Tabla 4 más abajo resume para cada péptido probado la concentración requerida para inducir el 20 % de la expresión de HLA-A2 y la afinidad de unión in vitro.

Tabla 4. ND - no determinado

continuación

Además, las Figuras 1 - 6 ilustran los resultados de ejemplos que se seleccionaron, específicamente para los péptidos antigénicos IL13RA2-B e IL13RA2-L en comparación con el fragmento IL13RA2-H humano de IL13RA2 correspondiente (Figura 1), para los péptidos antigénicos BIRC5-B1, BIRC5 -B2 y BIRC5-B3 en comparación con el fragmento de BIRC5 humano de BIRC5-H correspondiente (Figura 2), para el péptido antigénico EZH2-B en comparación con el fragmento de EZH2 humano de EZH2-H correspondiente (Figura 3A) y el péptido antigénico EZH2-B2 en comparación con el fragmento EZH2 humano de EZH2-H2 correspondiente (Figura 3B), para el péptido antigénico TYMS-B en comparación con el fragmento TYMS humano de TYMS-H correspondiente (Figura 4a ) y el péptido antigénico TYMS-B2 en comparación con el fragmento TYMS humano de TYMS-H2 correspondiente (Figura 4B), para el péptido antigénico FOXM1-B en comparación con el fragmento FOXM1 humano de FOXM1-H correspondiente (Figura 5A) y el péptido antigénico FOXM1-B2 en comparación con el fragmento FOXM1 humano de FOXM1-H2 correspondiente (Figura 5B), y para los péptidos antigénicos CHI3L1-B y CHI3L1-B3 en comparación con el fragmento CHI3L1 humano de CHI3L1-H correspondiente (Figura 6).

En resumen, los resultados muestran que los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción muestran una afinidad de unión por HLA-A*0201 al menos similar a la de los fragmentos de antígeno tumoral humano correspondientes. En la mayoría de los casos, la afinidad de unión observada por los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción fue más fuerte que la de los epítopos humanos correspondientes. Sin estar ligado a ninguna teoría, se supone que una afinidad de unión tan fuerte de los péptidos antigénicos como se describe en la presente descripción refleja su capacidad para generar una respuesta inmunitaria (es decir, su inmunogenicidad).

Ejemplo 3: La vacunación de ratones con péptidos antigénicos induce respuestas de células T mejoradas en el ensayo ELlSPOT-IFNy.

A. Materiales y Métodos

A.1 Modelo de ratón

El esquema de inmunización se muestra en la Figura 7. Brevemente, ratones humanizados HLA-A2 (HLA-A2 (CB6F1-Tg(HLA-A*0201/H2-Kb)A*0201) se asignaron al azar (de acuerdo con el sexo y la edad del ratón) a grupos experimentales, en donde cada grupo se inmunizó con un péptido de vacunación específico (vacc-pAg) se combinó con un péptido auxiliar común (h-pAg T13L; secuencia: TPPAYRPPNAPIL SEQ ID NO: 860; Bhasin M, Singh H, Raghava GP (2003) MHCBN: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides. Bioinformatics 19: 665-666) (como se describe en la Tabla 5 más abajo). Los vacc-pAg se compararon en parejas (grupo 1 contra grupo 2, grupo 1 contra grupo 3; grupo 1 contra grupo 4; grupo 5 contra grupo 6; grupo 7 contra grupo 8; grupo 9 contra grupo 10). De esta manera, se compararon las versiones nativa y optimizada de un solo péptido en cada curva.

Tabla 5. Composición del grupo experimental. h-pAg: péptido 'auxiliar'; vacc-pAg: péptido de vacunación. El número de inyecci n r f rz in i nr r n i .

continuación

Los péptidos se proporcionaron de la siguiente manera:

• vacc-pAg: BIRC5-H, BIRC5-B1, BIRC5-B2, BIRC5-B3, FOXM1-H2, FOXM1-B2, EZH2-H2, EZH2-B2, IL13RA2-H e IL13RA2-B; todos se produjeron y se proporcionaron a una concentración de 4 mg/ml (4 ^|j M);

• h-pAg: T13L; Eurogentec lote 1713334 se resuspendió en agua destilada pura a una concentración de 10 mg/ml Los animales se inmunizaron el día 0 (d0) con una inyección inicial y el día 14 con una inyección de refuerzo. Cada ratón se inyectó s.c. en la base de la cola 100 j l de una emulsión a base de aceite que contiene:

• 100 jg de vacc-pAg (25 j l de la reserva de 4 mg/ml por ratón);

• 150 jg de h-pAg (15 j l de la reserva de 10 mg/ml por ratón);

• 10 j l de PBS para alcanzar un volumen total de 50 j l (por ratón);

• Se añadió adyuvante incompleto de Freund (IFA) en una relación 1:1 (v:v) (50 j l por ratón).

Se preparó una emulsión separada para cada vacc-pAg, como sigue: Se añadió reactivo IFA a la mezcla vaccpAg/h-pAg/PBS en un tubo de 15 ml y se mezcló en vórtex durante ciclos repetidos de 1 min hasta formar una emulsión espesa.

A.2 Análisis

Siete días después de la inyección de refuerzo (es decir, el día 21), se sacrificó a los animales y se extrajo el bazo. Los esplenocitos se prepararon mediante disrupción mecánica del órgano seguida de filtración por 70 jm y purificación en gradiente de densidad de Ficoll.

Los esplenocitos se usaron inmediatamente en un ensayo ELISPOT-IFNy (Tabla 6). Las condiciones experimentales se repitieron por triplicado, usando 2 x 105 esplenocitos totales por pocillo, y se cultivaron en presencia de vacc-pAg (10 jM), lonomicina (0,1jM) más PMA (1jM) o medio solo para evaluar su capacidad de secretar IFNy. El kit comercial de ELIS-POT-IFNy (Diaclone Kit Mujrine IFNy ELISpot) se usó siguiendo las instrucciones del fabricante y el ensayo se realizó después de aproximadamente 19 h de incubación.

Tabla 6. Configuración del ensa o ELISPOT-IFN .

continuación

Los puntos se contaron en un lector CTL ELISpot. El trazado de datos y el análisis estadístico se realizaron con el software Prism-5 (GraphPad Software Inc.).

B. Resultados

Se usaron total de 50 ratones HLA-A2 (CB6F1-Tg(HLA-A*0201/H2-Kb)A*0201) para estos experimentos. Todos los ratones tenían una edad de 6 a 9 semanas en la fecha de inicio del experimento. En el estudio se usaron tanto machos como hembras. Los animales se alojaron en grupos de 5 por jaula como máximo. En el momento del sacrificio, la población de células T del bazo se analizó mediante citometría de flujo, mostrando que la gran mayoría pertenecía al subconjunto de células T CD4+.

Después de sembrar e incubar con los estímulos apropiados, se revelaron y contaron las células productoras de IFNy.

Luego, los datos se normalizaron como un número de puntos específicos (se restaron los recuentos promedio que se obtuvieron en la condición de 'solo medio') por 50*103 células T totales.

Los valores promedio individuales (que se obtuvieron a partir de los triplicados) se usaron a continuación para trazar los valores promedio del grupo. Como la capacidad funcional de las células T puede variar de un individuo a otro, los datos también se expresaron como el porcentaje de la respuesta de ionomicina más PMA por individuo (ver Figura 8).

En general, la vacunación con los péptidos antigénicos (BIRC5-B1, BIRC5-B2, BIRC5-B3, FOXM1-B2, EZH2-B2 e IL13RA2-B) indujo mejores respuestas de células T en el ensayo ELISPOT-IFNy, en comparación con los respectivos epítopos humanos de referencia (BIRC5-H, FOXM1-H2, EZH2-H2 e IL13RA2-H).

Ejemplo 4: Inmunogenicidad de L13R2A-L en ratones transgénicos HLA-A2 y reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente.

A. Materiales y Métodos

El péptido antigénico IL13RA2-L (SEQ ID NO: 255) y el péptido de referencia humano IL13RA2-H correspondiente (s Eq ID NO: 691) se probaron en distintos grupos de ratones HHD DR3 machos y hembras que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humanos y que carecen de los MHC de clase I y clase II H-2 murinos. Se inyectaron por vía subcutánea grupos de 5 ratones (machos y hembras) en los días 0 y l4 con 100 |jg de IL13RA2-L (SEQ ID NO: 255) o IL13RA2-H (SEQ ID NO: 691), 150 jg de péptido auxiliar (DR3) e IFA. El día 21, se sacrificaron a los ratones y se prepararon y estimularon los esplenocitos in vitro con IL13RA2-L o el péptido humano IL13RA2-H correspondiente para evaluar su capacidad para secretar IFN- de acuerdo con lo evaluado por ELISpot. Se usó Concanavalina A (ConA) como control positivo.

B. Resultados

El número de células formadoras de manchas (SFC) (normalizado al número de células CD8) se muestra en la Figura 9. Se muestran los resultados para ratones inmunizados con IL13RA2-L. Los resultados muestran que la inmunización de ratones con IL13RA2-L permite inducir células T que son capaces de reaccionar fuertemente después del desafío con IL13RA2-L o el péptido humano correspondiente. Por tanto, IL13RA2-L es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano correspondiente. Como se esperaba, la inmunización de ratones con el péptido IL13RA2-H humano correspondiente no induce una respuesta inmunitaria después del desafío con IL13RA2-L o el péptido IL13RA2-H humano correspondiente (no se muestran lo datos).

Estos resultados se confirmaron en ratones HHD DR1 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR1 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos (grupos de 5 ratones).

Ejemplo 5: Inmunogenicidad de BIRC5-B1 en ratones transgénicos HLA-A2 y reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente.

A. Materiales y Métodos

El péptido antigénico de la invención BIRC5-B1 (SEQ ID NO: 32) y el péptido humano BIRC5-H correspondiente (SE^q ID NO: 593) se probaron en distintos grupos de ratones macho y hembra HHD DR3 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humanos y que carece de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos. Se inyectaron por vía subcutánea grupos de 5 ratones (machos y hembras) en los días 0 y 14 con 100 jg de BIRC5-B1 o BIRC5-H, 150 jg de péptido auxiliar (DR3) e IFA. El día 21, los ratones se sacrificaron y los esplenocitos se prepararon y se estimularon in vitro con BIRC5-B1 o el péptido humano BIRC5-H para evaluar su capacidad de secretar IFN de acuerdo con lo evaluado por ELISpot. Se usó ConA como control positivo.

B. Resultados

El número de SFC (se normalizó al número de células CD8) se muestra en la Figura 10. Se muestran los resultados para ratones inmunizados con BIRC5-B1. Los resultados muestran que la inmunización de ratones con BIRC5-B1 permite inducir células T que son capaces de reaccionar fuertemente después del desafío con BIRC5-B1 o el péptido humano BIRC5-H correspondiente. Por lo tanto, BIRC5-B1 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmune efectiva contra el péptido humano correspondiente. La inmunización de ratones con el péptido humano BIRC5-H correspondiente no induce ninguna respuesta inmunitaria contra BIRC5-B1 o el péptido humano correspondiente (no se muestran los datos).

Estos resultados se confirmaron en ratones HHD DR1 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR1 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos (grupos de 5 ratones).

Ejemplo 6: Inmunogenicidad de FOXM1-B2 en ratones transgénicos HLA-A2 y reactividad cruzada con el péptido humano correspondiente.

A. Materiales y Métodos

El péptido antigénico FOXM1-B2 (SEQ ID NO: 220) y el péptido humano FOXM1-H2 correspondiente (SEQ ID NO: 674) se probaron en distintos grupos de ratones macho y hembra HHD DR3 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR3 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos. Se inyectaron por vía subcutánea grupos de 5 ratones (machos y hembras) en los días 0 y 14 con 100 jg de FOXM1-B2 o FOXM1-H2, 150 jg de péptido auxiliar (DR3) e IFA. El día 21, se sacrificaron a los ratones y se prepararon y estimularon los esplenocitos in vitro con FOXM1-B2 o el péptido humano FOXM1-H2 correspondiente para evaluar su capacidad para secretar IFN- de acuerdo con lo evaluado por ELISpot. Se usó ConA como control positivo

B. Resultados

El número de SFC (se normalizó al número de células CD8) se muestra en la Figura 11. Se muestran los resultados para ratones inmunizados con FOXM1-B2. Los resultados muestran que la inmunización de ratones con FOXM1-B2 permite inducir células T que pueden reaccionar fuertemente después del desafío con FOXM1-B2 o con el péptido humano correspondiente. Por lo tanto, FOXM1-B2 es fuertemente inmunogénico y es capaz de impulsar una respuesta inmunitaria efectiva contra el péptido humano FOXM1-H2 correspondiente. La inmunización de ratones con el péptido humano FOXM1-H2 correspondiente no induce una respuesta inmunitaria contra FOXM1-B2 o el péptido humano correspondiente (no se muestran los datos).

Estos resultados se confirmaron en ratones HHD DR1 que expresan MHC HLA-A2 y HLA-DR1 humanos y que carecen de los MHC H-2 de clase I y clase II murinos (grupos de 5 ratones).

En conjunto, estos estudios de inmunogenicidad que se describen en los Ejemplos 4 a 6 realizados en ratones HHD DR3 y HHD DR1 mostraron que los tres péptidos antigénicos, que incluye el péptido antigénico de la invención, IL13RA2-L, BIRC5-B1 y FOXM1-B2, indujeron fuertes respuestas inmunitarias. La reactividad cruzada de las células T generadas contra IL13RA2-L, BIRC5-B1 y FOXM1-B2 para los péptidos humanos correspondientes se mostró en ratones HHD DR3 y HHD DR1. En consecuencia, esos resultados proporcionan evidencia experimental de que la inmunoterapia basada en antígenos puede mejorar la respuesta de las células T. in vivo y que los péptidos antigénicos que se describen en la presente descripción, que incluye el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención, son particularmente eficaces para ese propósito.

Ejemplo 7: IL13RA2-B tiene una afinidad superior al alelo HLA-A*0201.

Este Ejemplo proporciona evidencia de que el péptido antigénico como se establece en la SEQ ID NO: 254 (FLPFGFILV, también se denomina en la presente descripción como IL13RA2-B) tiene mayor afinidad por el alelo HLA-A*0201 que otras variantes de secuencia del péptido humano de referencia correspondiente derivado de IL13RA2 (IL13RA2-H, WLPFGFILI, SEQ ID NO: 691). En este experimento, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 254 (IL13RA2-B) se comparó con

- el péptido comparativo "1A9V" (SEQ ID NO: 896), como se describió por Eguchi Junichi y otros, 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891, en el que el triptófano en la posición 1 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por alanina (1A) y la isoleucina en la posición 9 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por valina (9V); - el péptido "1I9A" (SEQ ID NO: 897), en donde el triptófano en la posición 1 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por isoleucina (1I) y la isoleucina en la posición 9 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por alanina (9A); y

- el péptido "1F9M" (SEQ ID NO: 898), en donde el triptófano en la posición 1 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por fenilalanina (1F) y la isoleucina en la posición 9 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por metionina (9M).

A. Materiales y métodos

El protocolo experimental, los materiales y los métodos corresponden a los que se describen en el Ejemplo 2, con la única diferencia de que se usaron los (poli)péptidos mencionados anteriormente.

B. Resultados

Se obtuvieron las siguientes afinidades de unión in vitro:

Tabla 7.

En consecuencia, el péptido antigénico (IL13RA2-B; SEQ ID NO: 254) mostró una afinidad de unión considerablemente mayor a HLA-A*0201 que todos los demás péptidos que se probaron, mientras que el péptido "1A9V", como se describió por Eguchi Junichi y otros, 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891, mostró la afinidad más baja de los péptidos probados.

Ejemplo 8: IL13RA2-L tiene mayor afinidad por el alelo HLA-A*0201.

Este ejemplo proporciona evidencia de que el péptido antigénico como se establece en la SEQ ID NO: 255 (también se denomina en la presente descripción como IL13RA2-L) tiene una afinidad de manera similar por el alelo HLA-A*0201 que el péptido antigénico como se establece en la SEQ ID NO: 254 (FLPFGFILV, también se denomina en el presente documento en la presente descripción como IL13RA2-B) - y una mayor afinidad que el péptido humano de referencia correspondiente derivado de IL13RA2 (IL13RA2-H, WLPFGFILI, SEQ ID NO: 691) y otras variantes de secuencia del mismo. En este experimento, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 255 (IL13RA2-L) se comparó con

- el péptido comparativo "1A9V" (SEQ ID NO: 896), como se describió por Eguchi Junichi y otros, 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891, en el que el triptófano en la posición 1 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por alanina (1A) y la isoleucina en la posición 9 de la SEQ ID NO: 691 se sustituyó por valina (9V); - el péptido antigénico como se establece en la SEQ ID NO: 254 (IL13RA2-B);

- el péptido humano de referencia correspondiente IL13RA2-H (SEQ ID NO: 691); y

- un control positivo (VIH).

A. Materiales y Métodos

El protocolo experimental, los materiales y los métodos corresponden a los que se describen en el Ejemplo 2, con la única diferencia de que se usaron los (poli)péptidos mencionados anteriormente.

B. Resultados

Se obtuvieron las siguientes afinidades de unión in vitro:

Tabla 8.

En consecuencia, los péptidos antigénicos (IL13RA2-B; SEQ ID NO: 254 e IL13RA2-L; SEQ ID NO: 255) mostraron una afinidad de unión considerablemente mayor a HLA-A*0201 que el epítopo humano correspondiente (IL13RA2-H) y el péptido comparativo "1A9V", como se describió por Eguchi Junichi y otros, 2006, Identification of interleukin-13 receptor alpha 2 peptide analogues capable of inducing improved antiglioma CTL responses. Cancer Research 66(11): 5883-5891. En particular, el péptido antigénico IL13RA2-L (SEQ ID NO: 255) muestra una fuerte afinidad de unión a HLA-A*0201, específicamente, el 69 % de la actividad máxima de unión de VIH pol 589-597 a 100 |iM; 96 % a 25mM y 43 % a 6,25 |iM. Los resultados también se muestran en la Figura 12.

Ejemplo 9: BIRC5-B1 tiene una afinidad superior al alelo HLA-A*0201.

Este ejemplo proporciona evidencia de que el péptido antigénico de la invención como se establece en la SEQ ID NO: 32 (también se denomina en la presente descripción como BIRC5-B1) tiene una mayor afinidad que el péptido humano de referencia correspondiente derivado de BIRC5 (BIRC5-H, SEQ ID NO: 593) y una variante de secuencia comparativa del mismo ("2M"; SEQ ID NO: 899). En este experimento, el péptido antigénico de la secuencia SEQ ID NO: 32 (BIRC5-B1) se comparó con

- el péptido "2M" (LMLGEFLKL; SEQ ID NO: 899), en el que la treonina en la posición 2 de la SEQ ID NO: 593 se sustituyó por metionina (2M);

- el péptido humano de referencia BIRC5-H correspondiente (SEQ ID NO: 593); y

- un control positivo (VIH).

A. Materiales y Métodos

El protocolo experimental, los materiales y los métodos corresponden a los que se describen en el Ejemplo 2, con la única diferencia de que se usaron los (poli)péptidos mencionados anteriormente.

B. Resultados

Se obtuvieron las siguientes afinidades de unión in vitro:

Tabla 9.

Tabla 10.

En resumen, el péptido antigénico de acuerdo con la presente invención (BIRC5-B1; SEQ ID NO: 32) mostró considerablemente mayor afinidad de unión a HLA-A*0201 in vitro que el epítopo humano correspondiente (BIRC5-H) y el péptido comparativo "2M". Los resultados también se muestran en la Figura 13.

Claims (19)

REIVINDICACIONES

1. Un péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en la SEQ ID NO: 32.

2. Una nanopartícula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.

3. Una célula cargada con el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.

4. Un ácido nucleico que codifica el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.

5. Una célula huésped o un vector viral que comprende el ácido nucleico de acuerdo con la reivindicación 4.

6. Una composición farmacéutica que comprende

- el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1,

- la nanopartícula de acuerdo con la reivindicación 2, o

- la célula de acuerdo con la reivindicación 3.

7. La composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 6, que comprende además un inmunoadyuvante.

8. La composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 7, en donde el inmunoadyuvante es Montanide.

9. La composición farmacéutica de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 6 a 8, en donde la composición comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y un péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 220.

10. La composición farmacéutica de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 6 a 9, en donde la composición comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y un péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 255.

11. La composición farmacéutica de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 6 a 10, en donde la composición comprende además el péptido UCP2 de acuerdo con la SEQ ID NO: 859.

12. La composición farmacéutica de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 6 a 9 y 11, en donde la composición comprende:

- el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1;

- el péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 220; y

- el péptido UCP2 de acuerdo con la SEQ ID NO: 859.

13. La composición farmacéutica de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 6 a 12, en donde la composición comprende:

- el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1;

- el péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 220;

- el péptido antigénico que consiste de la SEQ ID NO: 255; y

- el péptido UCP2 de acuerdo con la SEQ ID NO: 859.

14. Un kit que comprende

- el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1,

- la nanopartícula de acuerdo con la reivindicación 2,

- la célula de acuerdo con la reivindicación 3, y/o

- la composición farmacéutica de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 6 a 13.

15. El kit de acuerdo con la reivindicación 14, en donde el kit comprende un contenedor que contiene uno o más de los péptidos antigénicos y un contenedor distinto que contiene un adyuvante.

16. Una combinación del péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1 y un péptido antigénico que consiste de una secuencia de aminoácidos como se establece en cualquiera de las SEQ ID N^o 220, 1 - 31, 33 - 219, 221 - 580 y 861 - 887.

17. El péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1,

la nanopartícula de acuerdo con la reivindicación 2,

la célula de acuerdo con la reivindicación 3,

la composición farmacéutica de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 6 a 13,

el kit de acuerdo con la reivindicación 14 o 15, o

la combinación de los péptidos antigénicos de acuerdo con la reivindicación 16,

para su uso en la prevención y/o tratamiento de un cáncer.

18. Un multímero de péptido-MHC (pMHC) que comprende el péptido antigénico de acuerdo con la reivindicación 1.

19. Uso in vitro del multímero pMHC de acuerdo con la reivindicación 18 para la detección y/o aislamiento de una población de células T que es específica para el multímero pMHC mediante la exploración de poblaciones de células T.