RU2012138298A - Способ определения вариантов последовательности полипептидов - Google Patents
Способ определения вариантов последовательности полипептидов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2012138298A RU2012138298A RU2012138298/15A RU2012138298A RU2012138298A RU 2012138298 A RU2012138298 A RU 2012138298A RU 2012138298/15 A RU2012138298/15 A RU 2012138298/15A RU 2012138298 A RU2012138298 A RU 2012138298A RU 2012138298 A RU2012138298 A RU 2012138298A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- amino acid
- polypeptide
- samples
- acid sequence
- sample
- Prior art date
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/34—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
- C12Q1/37—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase involving peptidase or proteinase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IG], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N30/00—Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
- G01N30/02—Column chromatography
- G01N30/62—Detectors specially adapted therefor
- G01N30/72—Mass spectrometers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2560/00—Chemical aspects of mass spectrometric analysis of biological material
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
1. Способ определения полипептида с мутантной аминокислотной последовательностью, включающий следующие стадии:a) предоставление по меньшей мере двух образцов полипептида,b) инкубация каждого из образцов с одной и той же протеазой,c) анализ инкубированных образцов путем применения двумерного анализа данных с использованием комбинации обращенно-фазовой распределительной жидкостной хроматографии и масс-спектрометрического анализа и/или MS/MS-анализа,d) установление набора данных, полученного для одного из образцов на стадии с), выбранного в качестве образца сравнения, и сравнение наборов данных, полученных для других образцов на стадии с), с набором данных для образца сравнения, при этом любое различие аминокислотной последовательности с соотношением интенсивности сигнала масс-спектра исследуемого образца и интенсивности сигнала масс-спектра образца сравнения, составляющим более чем 3, представляет собой мутацию аминокислотной последовательности данного полипептида, и тем самым определение полипептида с мутантной аминокислотной последовательностью.2. Способ по п.1, где ширина интервала m/z для сравнения образцов составляет 1,6 или более.3. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию:e) определения идентичности и положения аминокислотных мутаций в аминокислотной последовательности посредством MS/MS-анализа.4. Способ по п.1, где предоставлен дополнительный образец, содержащий указанный полипептид, дополненный полипептидом с известной вариацией (мутацией) аминокислотной последовательности, и этот дополнительный образец инкубируют, анализируют и сравнивают наряду с предоставленными образцами.5. Способ по п.1, �
Claims (15)
1. Способ определения полипептида с мутантной аминокислотной последовательностью, включающий следующие стадии:
a) предоставление по меньшей мере двух образцов полипептида,
b) инкубация каждого из образцов с одной и той же протеазой,
c) анализ инкубированных образцов путем применения двумерного анализа данных с использованием комбинации обращенно-фазовой распределительной жидкостной хроматографии и масс-спектрометрического анализа и/или MS/MS-анализа,
d) установление набора данных, полученного для одного из образцов на стадии с), выбранного в качестве образца сравнения, и сравнение наборов данных, полученных для других образцов на стадии с), с набором данных для образца сравнения, при этом любое различие аминокислотной последовательности с соотношением интенсивности сигнала масс-спектра исследуемого образца и интенсивности сигнала масс-спектра образца сравнения, составляющим более чем 3, представляет собой мутацию аминокислотной последовательности данного полипептида, и тем самым определение полипептида с мутантной аминокислотной последовательностью.
2. Способ по п.1, где ширина интервала m/z для сравнения образцов составляет 1,6 или более.
3. Способ по п.1, дополнительно включающий стадию:
e) определения идентичности и положения аминокислотных мутаций в аминокислотной последовательности посредством MS/MS-анализа.
4. Способ по п.1, где предоставлен дополнительный образец, содержащий указанный полипептид, дополненный полипептидом с известной вариацией (мутацией) аминокислотной последовательности, и этот дополнительный образец инкубируют, анализируют и сравнивают наряду с предоставленными образцами.
5. Способ по п.1, где приготовление образцов осуществляют при величине рН меньше рН 8,0 и при температуре меньше 40°С.
6. Способ по п.1, где образцы предоставлены в трис(гидроксиметил)аминометановом буфере.
7. Способ по п.1, где инкубация образцов с протеазой приводит к расщеплению указанного полипептида протеазой на фрагменты аминокислотных последовательностей, длина которых составляет 3-60 аминокислотных остатков.
8. Способ по п.1, где сравнение на стадии d) выполняют с использованием данных для одного, нескольких или всех MS-зарядовых состояний.
9. Способ по п.1, где полипептид представляет собой иммуноглобулин, фрагмент иммуноглобулина или иммуноглобулиновый конъюгат.
10. Способ по п.1, где образцы инкубируют с протеазой в течение от 16 часов до 18 часов и после этого добавляют муравьиную кислоту или трифторуксусную кислоту.
11. Способ по п.1, где образцы инкубируют с протеазой в течение 4 часов и после этого добавляют муравьиную кислоту или трифторуксусную кислоту.
12. Способ по п.1, где сравнение заключается в наложении масс-спектрометрически детектированных хроматограмм по полному ионному току (MS-TIC) для образца сравнения и каждого из других анализируемых образцов, на основании чего рассчитывают соотношение интенсивностей для всех перекрывающихся и выравненных масс, при этом пики с соотношением более чем 10 оценивают как мутацию аминокислотной последовательности.
13. Способ по любому из пп.1-12, где сравнение дополнительно включает сравнение картины транслированных с ДНК пептидных протеолитических фрагментов теоретической аминокислотной последовательности и масс-спектрометрически детектированной хроматограммы по полному ионному току (MS-TIC) для анализируемого образца, и мутации аминокислотной последовательности идентифицируют путем добавления к каждой теоретически рассчитанной массе теоретической аминокислотной последовательности или путем вычитания из нее, соответственно, разности в массах, обусловленной мутацией нуклеиновой кислоты, делецией или вставкой в триплете оснований (кодоне), приводящей к изменению аминокислоты.
14. Способ получения полипептида, включающий следующую стадию:
- отбор клетки, продуцирующей полипептид, при этом указанный полипептид содержит наименьшее число мутаций в аминокислотной последовательности и соответственно наименьшее соотношение, определенные с использованием способа по любому из пп.1-13, относительно образца сравнения полипептида или предварительно определенной аминокислотной последовательности полипептида.
15. Способ получения иммуноглобулина, включающий стадии:
а) предоставления по меньшей мере двух клеток, содержащих нуклеиновую кислоту, кодирующую иммуноглобулин,
b) раздельного хранения и культивирования клеток,
c) осуществления способа по любому из пп.1-13,
d) отбора клетки, продуцирующей иммуноглобулин, при этом иммуноглобулин содержит наименьшее число мутаций в аминокислотной последовательности относительно образца сравнения,
e) культивирования данной клетки,
f) получения полипептида путем извлечения полипептида из клетки или среды культивирования.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP10001645 | 2010-02-18 | ||
| EP10001645.0 | 2010-02-18 | ||
| PCT/EP2011/052282 WO2011101370A1 (en) | 2010-02-18 | 2011-02-16 | Method for the determination of sequence variants of polypeptides |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2012138298A true RU2012138298A (ru) | 2014-03-27 |
Family
ID=42224873
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2012138298/15A RU2012138298A (ru) | 2010-02-18 | 2011-02-16 | Способ определения вариантов последовательности полипептидов |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| US (4) | US20120322093A1 (ru) |
| EP (1) | EP2537035B1 (ru) |
| JP (1) | JP5903051B2 (ru) |
| KR (1) | KR20120120500A (ru) |
| CN (1) | CN102762987B (ru) |
| BR (1) | BR112012017532A2 (ru) |
| CA (1) | CA2787898A1 (ru) |
| ES (1) | ES2609669T3 (ru) |
| MX (1) | MX2012009538A (ru) |
| RU (1) | RU2012138298A (ru) |
| SG (2) | SG10201501080VA (ru) |
| WO (1) | WO2011101370A1 (ru) |
Families Citing this family (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US10371675B2 (en) * | 2014-06-24 | 2019-08-06 | Shimadzu Corporation | Data processing device for comprehensive two-dimensional chromatograph |
| US10781484B1 (en) | 2015-09-30 | 2020-09-22 | Agilent Technologies, Inc. | Method of oligonucleotide analysis |
| EP3565908A1 (en) * | 2017-02-03 | 2019-11-13 | Lonza Ltd | Methods of analyzing pluralities of cells and detecting protein sequence variants in biological product manufacturing |
| WO2019051103A1 (en) * | 2017-09-06 | 2019-03-14 | Lawrence Livermore National Security, Llc | METHODS AND SYSTEMS FOR EXECUTING GENETICALLY MODIFIED PROTEIN ANALYSIS, AND ASSOCIATED MARKER PROTEIN GENETIC VARIATIONS AND DATABASES |
| JP7135561B2 (ja) * | 2018-08-08 | 2022-09-13 | 株式会社島津製作所 | 分析制御装置、分析システムおよび分析方法 |
| JP6996451B2 (ja) * | 2018-08-24 | 2022-01-17 | 株式会社島津製作所 | 分析支援装置および分析支援方法 |
| US11726096B2 (en) * | 2018-10-04 | 2023-08-15 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Fast protein sequencing |
| CN113406336B (zh) * | 2021-06-15 | 2024-06-07 | 上海臻复医疗科技有限公司 | 一种适用于质谱鉴定的毛干蛋白质提取方法及其应用 |
| EP4463706A1 (en) * | 2022-01-10 | 2024-11-20 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Improved sequence variance analysis by proteominer |
| CN115508551B (zh) * | 2022-09-09 | 2025-01-07 | 上海药明生物医药有限公司 | 一种抗体评估检测方法及其在抗体可开发性评估中的应用 |
| CN116959568B (zh) * | 2023-07-27 | 2025-09-02 | 大理大学 | 一种蛋白质突变稳定性判断方法及其在多肽拼接的应用 |
Family Cites Families (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2114168A1 (en) * | 1993-03-05 | 1994-09-06 | Zlatko Dembic | Chimeric human interferon-gamma-receptor/immunoglobulin polypeptides |
| US7158862B2 (en) * | 2000-06-12 | 2007-01-02 | The Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona | Method and system for mining mass spectral data |
| CN1376692A (zh) * | 2001-03-22 | 2002-10-30 | 上海博德基因开发有限公司 | 一种多肽——免疫球蛋白轻链κ1蛋白－26.07和编码这种多肽的多核苷酸 |
| US20030129760A1 (en) * | 2001-11-13 | 2003-07-10 | Aguilera Frank Reinaldo Morales | Mass intensity profiling system and uses thereof |
| WO2003046577A1 (en) * | 2001-11-30 | 2003-06-05 | The European Molecular Biology Laboratory | A system and method for automatic protein sequencing by mass spectrometry |
| AU2003298733B2 (en) * | 2002-11-27 | 2009-06-18 | Agena Bioscience, Inc. | Fragmentation-based methods and systems for sequence variation detection and discovery |
| CN100383244C (zh) * | 2003-01-07 | 2008-04-23 | 西福根有限公司 | 用于生产重组多克隆蛋白质的方法 |
| GB0308202D0 (en) * | 2003-04-09 | 2003-05-14 | King S College London | A screening method using mass spectrometry |
| EP1798291B1 (en) * | 2005-12-13 | 2011-05-18 | Institut Curie | Methods and compositions for assaying mutations and/or large scale alterations in nucleic acids and their uses in diagnosis of genetic diseases and cancers |
-
2011
- 2011-02-16 RU RU2012138298/15A patent/RU2012138298A/ru unknown
- 2011-02-16 BR BR112012017532A patent/BR112012017532A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2011-02-16 SG SG10201501080VA patent/SG10201501080VA/en unknown
- 2011-02-16 EP EP11704217.6A patent/EP2537035B1/en active Active
- 2011-02-16 WO PCT/EP2011/052282 patent/WO2011101370A1/en not_active Ceased
- 2011-02-16 SG SG2012060265A patent/SG183320A1/en unknown
- 2011-02-16 KR KR1020127021621A patent/KR20120120500A/ko not_active Ceased
- 2011-02-16 MX MX2012009538A patent/MX2012009538A/es not_active Application Discontinuation
- 2011-02-16 ES ES11704217.6T patent/ES2609669T3/es active Active
- 2011-02-16 JP JP2012552430A patent/JP5903051B2/ja active Active
- 2011-02-16 CN CN201180010053.6A patent/CN102762987B/zh active Active
- 2011-02-16 CA CA2787898A patent/CA2787898A1/en not_active Abandoned
- 2011-02-16 US US13/579,402 patent/US20120322093A1/en not_active Abandoned
-
2014
- 2014-07-31 US US14/448,887 patent/US20150064735A1/en not_active Abandoned
-
2021
- 2021-06-15 US US17/348,084 patent/US20210371897A1/en not_active Abandoned
-
2024
- 2024-11-19 US US18/952,600 patent/US20250263773A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN102762987A (zh) | 2012-10-31 |
| EP2537035B1 (en) | 2016-11-16 |
| BR112012017532A2 (pt) | 2019-09-24 |
| US20210371897A1 (en) | 2021-12-02 |
| KR20120120500A (ko) | 2012-11-01 |
| CA2787898A1 (en) | 2011-08-25 |
| SG10201501080VA (en) | 2015-04-29 |
| CN102762987B (zh) | 2016-03-30 |
| MX2012009538A (es) | 2012-08-31 |
| SG183320A1 (en) | 2012-09-27 |
| US20150064735A1 (en) | 2015-03-05 |
| JP5903051B2 (ja) | 2016-04-13 |
| JP2013519099A (ja) | 2013-05-23 |
| US20250263773A1 (en) | 2025-08-21 |
| ES2609669T3 (es) | 2017-04-21 |
| EP2537035A1 (en) | 2012-12-26 |
| US20120322093A1 (en) | 2012-12-20 |
| WO2011101370A1 (en) | 2011-08-25 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2012138298A (ru) | Способ определения вариантов последовательности полипептидов | |
| Myers et al. | Streamlined protocol for deep proteomic profiling of FAC-sorted cells and its application to freshly isolated murine immune cells | |
| Aebersold | A mass spectrometric journey into protein and proteome research | |
| Keilhauer et al. | Accurate protein complex retrieval by affinity enrichment mass spectrometry (AE-MS) rather than affinity purification mass spectrometry (AP-MS) | |
| Smith et al. | An accurate mass tag strategy for quantitative and high‐throughput proteome measurements | |
| Yang et al. | Mass spectrometric analysis of asparagine deamidation and aspartate isomerization in polypeptides | |
| Brewis et al. | Proteomics technologies for the global identification and quantification of proteins | |
| US8694264B2 (en) | Mass spectrometry system | |
| US20110294700A1 (en) | High-throughput quantitation of crop seed proteins | |
| JP2013531225A (ja) | タンデム質量分析を用いるペプチド試料ストリームの分析のための方法およびシステム | |
| Chen et al. | An integrated strategy for highly sensitive phosphoproteome analysis from low micrograms of protein samples | |
| Fan et al. | Mass spectrometry in the discovery of peptides involved in intercellular communication: From targeted to untargeted peptidomics approaches | |
| CN113777178A (zh) | 基于混合谱图库的蛋白质组学背景库、其构建方法及应用 | |
| CN116026937A (zh) | 一种超敏且易用的多重单细胞蛋白质组学分析方法和应用 | |
| Wong et al. | Comparison of different signal thresholds on data dependent sampling in Orbitrap and LTQ mass spectrometry for the identification of peptides and proteins in complex mixtures | |
| Sidoli et al. | SWATH analysis for characterization and quantification of histone post-translational modifications | |
| GB2586300A (en) | Methods for determining isomeric amino acid residues | |
| Frejno et al. | CHIMERYS: an AI-driven leap forward in peptide identification | |
| Merkley et al. | A proteomics tutorial | |
| WO2018042454A2 (en) | Method of hyperplexing in mass spectrometry to elucidate temporal dynamics of proteome | |
| CN110763784B (zh) | 基于数据挖掘的高纯多肽中肽段杂质分析方法 | |
| Robitaille et al. | Real-Time Search enables a new gold standard for TMT quantitation accuracy on the Orbitrap Eclipse Tribrid mass spectrometer | |
| Olsen et al. | A deeper look at carrier proteome effects for single-cell proteomics | |
| Riley | Peptide detectability algorithm and mass tag labeling, fractionation, and ion acquisition methods in mass spectrometry-based proteomics | |
| EP4562639A1 (en) | System and method for optimizing analysis of dia data by combining spectrum-centric with peptide-centric analysis |