TR201909533T4 - Niceliksel pcr ile bir insan dışkısı numunesinden kolorektal kanserin teşhis edilmesine yönelik yöntem. - Google Patents

Niceliksel pcr ile bir insan dışkısı numunesinden kolorektal kanserin teşhis edilmesine yönelik yöntem. Download PDF

Info

Publication number
TR201909533T4
TR201909533T4 TR2019/09533T TR201909533T TR201909533T4 TR 201909533 T4 TR201909533 T4 TR 201909533T4 TR 2019/09533 T TR2019/09533 T TR 2019/09533T TR 201909533 T TR201909533 T TR 201909533T TR 201909533 T4 TR201909533 T4 TR 201909533T4
Authority
TR
Turkey
Prior art keywords
sequence
crc
identification number
sequence identification
colorectal cancer
Prior art date
Application number
TR2019/09533T
Other languages
English (en)
Inventor
Serra Pagès Mariona
Garcia-Gil Jesús
Mas De Xaxars Teresa
ALDEGUER Xavier
Original Assignee
Fundacio Inst Dinvestigacio Biomedica De Girona Dr Josep Trueta
Univ Girona
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Fundacio Inst Dinvestigacio Biomedica De Girona Dr Josep Trueta, Univ Girona filed Critical Fundacio Inst Dinvestigacio Biomedica De Girona Dr Josep Trueta
Publication of TR201909533T4 publication Critical patent/TR201909533T4/tr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

Bir insan dışkı numunesinden kolorektal kanserin teşhis edilmesine yönelik yöntem ve kit olup, (a) PCR vasıtasıyla, söz konusu insan dışkısı numunesinde, seçilen primerler kullanılarak en az bir 16S rDNA bakteriyel sekansın konsantrasyonunun belirlenmesini, (b) sekansların konsantrasyonlarına ait oranlardan en az birinin belirlenmesini ve (c) adım (a)'daki sekanslardan en az birine ait konsantrasyondan ve/veya adım (b)'de elde edilen en az bir oranın değerinden kolorektal kanserin teşhis edilmesini içermektedir. Buluş ayrıca PRC primerleri sağlamaktadır.

Description

TARIFNAME NICELIKSEL PCR ILE BIR INSAN DISKISI NUMUNESINDEN KOLOREKTAL KANSERIN TESHIS EDILMESINE YÖNELIK YÖNTEM TEKNIK ALAN Mevcut bulus, kolorektal kanserin (CRC) tespit edilmesi alanEile ilgilidir. Spesifik olarak, dlgklölaki bir veya daha fazla 168 rDNA bakteriyel sekansII nicemlenmesine dayanarak bir Insan sujede CRC'nin erken teshisi, risk taramaslîle izlenmesine yönelik yöntemler ile ilgilidir. AyrlEh, kolorektal kanserin biyoisaretçileri olarak söz konusu bakteriyel sekanslarI kullannEl ile ilgilidir. öNCEKI TEKNIK Kolorektal kanser (CRC), Avrupa ve Birlesik Devletler'de ikinci en büyük kanser kaynaklEölüm Avrupa'da en sllZl teshis konulan kanserdir. Bu veriler, önleyici önlemlerin allElnasügerektigini yanlelnaktadlEl CRC InsidanslZl/e mortalitesinin azaltHÜias- yönelik enetkili ve ekonomik önlem, CRC riski tarama ve izleme testleridir. Tarama testleri, kanseri öncelikli olarak erkenden tespit edenler; ve kanseri erkenden tespit edebilenler ve ayrlîla adenomatöz polipleri de tespit edebilenler olmak üzere gruplara ayrllîhaktadlîl böylelikle polipektomi (yani, poliplerin ç[lZlar[lIIias[Il vasiliislýla önlemeye yönelik daha büyük bir potansiyel saglanmaktadü bakim American Cancer Society (ACS) 2008 tarama ve gözetim küâvuzlarÇlLevin ve meslektaslarÇl(CA Cancer artan riske veya yüksek riske sahip insanlarda uygulanmaktadlîl (http://www.cancer.org/cancer/colonandrectumcancer/moreinformation/colonandrectumcanc erearIydetection/colorec-taI-cancer-early-detection-acs-recommendations). Günümüzde, birincil olarak CRC'yi tespit eden testler dlgklîtestleridir, bunlar, yandakileri kapsamaktadlB i) dlgkEkan testleri: dlSklîgizli kan testi ("FOBT") ve dlgkljlmmünokimya testi ("FIT"); ve II) gaita DNA ("sDNA") testi (bakIEJ http://www.can- cer.0rg/cancer/colonandrectumcancer/moreinformation/colonandrectumcance rearlydetection/colorectaI-cancer-early-detection-screening-tests-used). i) Dglah Kan Testleri Hem FOBT hem de FIT, dISkIZhumunesindeki kan miktarIEtespit ederek CRC'ye yönelik tarama yapmaktadlE Testler, neoplastik dokunun, özellikle malignan dokunun, tipik mukozadan daha fazla kanadiglÇI kanama miktarII polip boyutu ve kanser asamasEiIe birlikte artt[gil:| önermesine dayanmaktadlEl AralilZlü kanamadan dolaylZl çoklu test önerilmektedir. DlSkEkan testleri, alt kolonda erken asama tümörlerinden bazilârIEtespit edebilmekteyken, (i) üst kolonda CRC'yi tespit edememektedir, zira herhangi bir kan metabolize edilecektir ve/veya ii) daha küçük adenomatöz polipleri tespit edememektedir, böylelikle yanllgl negatifler üretmektedir. Hemoroid, fisür, infalamatuvar rahatslîliKlar (ülseratif kolit, Crohn hastaligim bulaslîljiastalllîlar, hatta uzun mesafe kosusundan bile kaynakIElolan hehrangi bri gastro-intestinal kanama, yani& pozitifler üretecektir (Beg ve (gFOBT) kullanilârak, 50 yasIaki veya daha yaslEblan ortalama riske sahip eriskinlere yönelik senelik tarama önermektedir. FOBT, Avrupa Birligi'nde önerilen tek testtir (Segnan N. ve meslektaslarm 2010, European guidelines for quality assurance in colorectal cancer screening and diagnosis. Luxembourg: Office for Official Publications of the European Communities). Her iki kllâvuz da, herhangi bir pozitif FOBT testini kolonoskopinin takip etmesini önermekedir. ii) Gaita DNA ("sDNA") Testi sDNA testi, bir gaita numunesinden çesitli DNA isaretçilerini ölçmektedir. Exact Sciences Corp. (Madison, WI)'da mevcut olan sDNA testi CologuardTM, K-ras, APC, ve PS3 genlerinde ayrlîhokta mutasyonlarllîlBAT-Zö'ya yönelik bir probu; DNA bütünlügüne (DIA) yönelik bir isaretçiyi; ve vimentin geninin metilasyonunu içeren bir çoklu isaretçi panelini ölçmektedir testini önerirken, diger kilâvuzlar ise daha muhafazakardE ve bunu önermemektedir. Bir çallgtnada, sDNA testinin bir versiyonu FOBT'den üstündü, ancak ilerlemis adenomalarI 2714). Adenomatöz polipleri ve kanseri tespit edebildigi ACS kllâvuzlarIa belirtilen testler, sunlarü içeren yapisal testlerdir: (i) kolonoskoi, (ii) esnek sigmoidoskopi ("FSIG"), (iii) çift-kontrastlEl baryum IavmanEl("DCBE") ve (iv) CT kolonografi ("CTC", sanal kolonoskopi). Tüm bu yöntemler, hastanI baglEaklarII temizlenmesini ve görsellestirmeye yardlchlmasElçin kolon içerisinde hava pompalanmasIEIgerektirmektedir. Mevcut küâvuzlar; kaynaklar. mevcut olmasü/e hastalar. bir invaziv teste girmeye istekli olmasEiHurumunda, hem erken kanseri ve hem de adenomatöz polipleri tespit etmesi için tasarlanan testlerin kullanIiIiZi tesvik etmektedir. Bir kolonoskopi, tüm mukozal ekstraksiyon biyopsilerinin dogrudan incelenmesini ve tek seferde kolon ve rektum poliplerinin rezeksiyonunu mümkün kllân bir invaziv tekniktir. Bu, kolorektal kanserin prognozunu gelistirmekle kalmamakta, ayniZlzamanda hastal[g]üda önlemektedir. Ancak bu teknik ile iliskilendirilen ana dezavantajlar sunlardlîi egitimli personel gerektirdigi için yüksek maliyet, anestezi ile iliskili ölüm riski ve Intestinal perforasyon riski Deneylimli bir profesyonelin gerçeklestirdigi kolonoskopi %100 hassastlüve %100 spesifiktir, ancak kolonoskopinin riski ve maliyetinden dolayÇl kolonoskopiden önce, yukarüh bahsedildigi üzere, önemli say-ki yanllgi pozitif sonuca, dolaylglEa esit say-ki gereksiz kolonoskopiye yol açan, diski kan tespitine yönelik yukari bahsi geçen dlgkEtiestleri, yani gFOBT veya FIT gibi invaziv olmayan testler kullanilarak, bir risk popülasyonu taramasII gerçeklestirilmesi gerekmektedir. Bu, etkili bir noninvaziv CRC tarama aletine yönelik ihtiyaci] yansitîinaktadiü Etkili bir CRC tarama aletinin bu eksikligi, kolonoskopiye yönelik uzun bekleme listeleri ( 6 hafta) ve yanllgyönlendirilen kolonoskopilere ayriiân yüksek miktardaki ekonomik kaynaklar ile sonuçlanmaktadlEl Bu durum, hem kamu sagl[giEhem de özel sagliEl için ciddi bir harcamaya isaret etmektedir ve sistemin satürasyonu ile sonuçlanmaktadiîi (Allison J. ve meslektaslarüPractical Gastroenterology, 2007, 3: 21-32). Dolaylîlîla, CRC'nin ve/veya adenomatöz poliplerin erken tespitine ve izlenmesine yönelik gerçek yöntemlerin hassas, invaziv ve/veya uygun maliyetli olmasEI bakIiIdan bir gelistirmeye ihtiyaç vard lü CRC'Ierin %5'inden azII kallßal olmasEive çogunlugunun ise sporadik olmasÇI kolonik neoplazma dair hiçbir kisisel veya aile geçmisi olmayan hastalarda teshis edilmesi göz önüne aII[g]EUa CRC'nin genetik temeli ve dogal geçmisi iyi tanilanmlgtlü Bu hastaliglI etiyolojisi hala bilinmemektedir, ancak tümör gelisimine endojen ve eksojen faktörlerin aktif olarak dahil oldlügu bir çok faktörlü kaynaktan süphelenilmektedir. Bu faktörler sunlardlEl yas, tütün, inflamatuvar baglBak hastallglrîb dair kisisel geçmis, beslenme, yasam tarzElve mikrobiyota. Son zamanlarda, CRC hastalarIlEJ kolonik mukozaslTitlaki bakteriyel komunitelerin sagIlEIIZI bireylerden farkllîcbldugu gösterilmistir ve intestinal mikrobiyotanlEl, CRC'nin asamalarElbyunca gelisimi ve ilerlemesinde belirleyici bir ajan olarak öne sürülmüstür (Chen W ve kanserin tespit edilmesine yönelik yöntemler ile ilgilidir. Mukozal biyopsilerden yaplgkan bakteriyel komünitelerin karakterize edilmesi için 16rRNA geni pirosekanslamasEl gerçeklestirilmistir. Adenoma ve adenoma olmayan sujeler arasIaki göreli bolluklar hesaplanmlgl olup, adenomalarlEg elisiminin, baglßak mukozasia mevcut olan çesitli bakteriyel taksonlarI göreli bollugundaki degisimler ile iliskili oldugu çiEbrIiElyapllBilStE Spesifik olarak, qPCR nicemlemesi vasißslýla adenomalara sahip veya bunlara sahip olmayan sujelerin normal rektal mukozasIa Fusobacteri'umnuc/eatum bollugu belirlenmis olup, bollugun, kontrollere klýlasla adenoma vakalarlüha daha yüksek oldugu çilZbrIiÜ/aplli'îilgEl Söz konusu verilere göre, kolorektal karsinojenezin biyoisaretçisi olarak Enuc/eatum kullan Eönerilmektedir. AsamalarEboyunca CRC'nin gelisimi ve evriminde bir ajan olarak bag Esak mikrobiyotasII önemi, ayrlîh, mukozal niyopsi numunelerinde bulus sahiplerinden biri taraflEUan gerçeklestirilen bir arastIElnada dogrulanmü olup, bu, kolorektal kansere sahip hastalarda firmikütler, aktinobakteriler ve Escher/'chila co//nin ve saglllalîlsujelerde Faeca//bacterium prausnitz/nin bollugunun iliskisini göstermektedir (Mas de Xaxars T., 2012, Diposit legal: GI. Bununla birlikte, mukozal biyopsilerde ve dEkÜiumunelerinde mikrobiyota bilesimi arasIa farkliEilZJarI oldugu da teknikte iyi bilinmektedir. Lepage ve meslektaslarEUnflamm Bowel mikrobiyotaslZlarasIa farkIUIKJ gösterdigini sergilemektedir. Benzer sekilde, Eckburg ve bulunan filogenetik soylar arasIa istatistik olarak anlamlEfarklUJKlarEtapor etmekte olup, dlgkElmikrobiyotasIlEl, dökülen mukozal bakteriler ve ayrü yaplîskan olmayan luminal popülasyonun bir kombinasyonunu temsil ettigini varsaymaktadE intestinal bakterilerin ve inssan kanser isaretçilerinin epidemiyolojik olarak çallgliiaslîl bakIiIan bir kaynak olarak kullanllâbildigini göstermislerdir. Özellikle, insan dEk-dan DNA öztülerindeki bakteriyel ve insan sekanslarlEliEl gerçek-zamanllîihiceliksel PCR vasißsüla nicemlenmesini açilZlamaktadlEl Balamurugan ve emslektaslarEl(J GastroenterolHepatol., olduklarEl(yani bütirat-üreten bakteriler olan Eubacter/um recta/e ve Faeca//bacter/'um prausn/tzß) veya toksik veya karsinojenik olduklarEl(yani Desu/foi//br/b (sülfaindirgeyici bakteriler) ve Enterococcus faecae/i's (hücre dßîtüperoksit üreten) metabolizma ürünleri ile spesifik bakterilerin gerçek-zamanlljiiceliksel PCR vasltâslýla nicemlenmesini açiKlamaktadlEl Bununla birlikte, ikisi de, CRC'ye yönelik biyoisaretçiler olarak bu tür bakteriyel sekanslarI teshis veya tahmin degerinin belirlenmesi bak [Eldan sessizdir. yöntem açllîlamakta olup, bu, CRC hastalarElve kontrollerin insan dEkllârIan qPCR vaslßalýla Enuc/eatum (FNN)'nin nusG geninin nicemlenmesini, %57 degerindeki bir duyarlIIJIZlve %895 degerindeki bir özgüllük ile birlikte CRC'nin tespit edilmesini içermektedir. ve pirosekanslama kullanilârak, kolon poliplerine sahip hastalar ve saglllZlEbireylere ait dlgklîl numunelerinde bakteriyel sekanslarI taksonomik olarak profillenmesine isaret etmektedir. Kolon poliplerinin mevcudiyetinin, malignant ilerlemenin %10'u ile iliskili oldugu söylenmektedir. Iki grup aralelda, cins seviyesinde, mikrobiyota bilesiminde hiçbir fark rapor edilmemistir. Alt-cins seviyesinde, Bakteroidler grubundan bakterilerin, polip hastalarII numunelerinde dominant oldugu bulunmustur. Bununla birlikte, metagenomik analiz; analiz ve klýbslamalar mevcut olan Bakteroid genomlarElle klîltlbndlglia bile, iki grup aras-a bakteriyel gen prevalansfübolluklar arasIda önemli farkllülîlar açlgb çüaarmamlgtlü DlSkllBrda CRC'ye yönelik DNA biyoisaretçilerinin tespitine ve/veya nicemlenmesine yöneik yöntemler açiElanmlglolsa da, dlgkljhumunelerinden, bir insan dujede, CRC'nin erken teshisi, risk taramasEve hasta izlemesine yönelik güvenilir yöntemlere hala ihtiyaç vardlEl Bu tür bir yöntemin kullanüâbilirligi, erken tespit vasfüslsîla CRC'nin etkili bir sekilde önlenmesini ve günümüzde, CRC tespitine yönelik mevcut standart tarama yöntemleri olan FOBT ve FIT testlerinin düsük dogrulugundan dolayü CRC'si oldugundan süphelenilen bireylerde gerektiginden fazla gerçeklestirilen, kolonoskopiler gibi gereksiz yaplgl inceleme testlerinin say-I azaltllîhaslüinümkün kllâbilmektedir. BULUSUN KISA AÇIKLAMASI Bulusun birinci yönü, bir insan sujede kolorektal kanseri (CRC) gelisimi riskinin belirlenmesine yönelik bir yöntem ile ilgili olup, bu, asag-kileri içermektedir: i. söz konusu sujeye ait bir dlgkühumunesinden, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekansII nicemlenmesi; ii. bir kontrol numunesindeki nicemleme seviyeleri ile (i)'deki suje numunesi nicemleme seviyelerinin külaslanmaslîlve iii. suje numunesi degerleri, söz konusu kontrol numunesindeki degerlerden saptEglEda, söz konusu insan sujede CRC gelisim riskinin belirlenmesi. Bir ikinci yönde, bulus, bir insan sujede kolorektal kanserin (CRC) tarasnmas- yönelik bir yöntem ile ilgili olup, bu, asaglElhkileri içermektedir: i. söz konusu sujeye ait bir dgkühumunesinden, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekansII nicemlenmesi; ii. bir kontrol numunesindeki nicemleme seviyeleri ile (i)'deki suje numunesi nicemleme seviyelerinin klýlaslanmaslîlve iii. söz konusu insan sujede CRC'nin teshisi, erken tespiti veya yinelenmesinin belirlenmesi veya suje numunesi degerlerinin söz konusu kontrol numunesindeki degerlerden sagmasEl durumunda söz konusu insan sujede bir kolonoskopinin gerçeklestirilmesi gerekliliginin belirlenmesi. Bir üçüncü yönde, bulus, Istemler 1 ila 11'den herhangi birine ait yönteme göre, bir insan sujenin bir dlgklîinumunesinden, CRC'nin teshis edilmesi, erkenden tespit edilmesi veya yinelenmesinin belirlenmesi, CRC gelisimi riskinin belirlenmesi veya CRC için tahminde bulunumasD veya bir kolonoskopinin gerçeklestirilmesine gerek olup olmadigiII belrilenmesine yönelik bir kitin kullanIiEiile ilgili olup, söz konusu kit asaglkileri içermektedir: a.sunlardan olusan gruptan seçilen bir tepken: i. SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMAASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA Sekansüle spesiûk olarak melezlenebilen nükleik asit problarlîlveya ii. SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMAASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA sekanslßpesifik oalrak çogaltabilen bir çift nükleik asit primeri; ve b. bir insan dlSkEinumunesinden söz konusu sekanslarI bir veya daha fazlasiîib ait seviyelerin nicemlenmesine yönelik talimatlar. SEKILLERIN KISA AÇIKLAMASI Asaglêlhki semboller, asaglEIhki anlamlara gelecek sekilde sekiller 1 ila 7'de kullanilüiaktadlîi - * istatistik anlamIIIJglI p= 0.05 oldugu anlamiEia gelmektedir - ** istatistik anlamIHJgiI p= 0.01 oldugu anlam. gelmektedir - *** istatistik anlamIHJgI p= 0.005 oldugu anlamlEia gelmektedir - Sekiller 8 ila 26'da, istatistik anlamIlHlZJ * ile gösterilemktedir ve p-degeri ilgili tablolarda bulunmaktadlE Sekil 1. 2 sekansa yönelik Ct degerlerinin oran EISEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4. CRC, kolorektal kanseri hastalar. ait digdjhumunelerinden elde edilen degerleri temsil etmektedir ve C ise, sagliEthastalaradn elde edilen kontrol Sekil 2. 2 sekansa yönelik Ct degerlerinin oranli-_iSEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4. CRC, kolorektal kanseri hastalar. ait dlSkühumunelerinden elde edilen degerleri temsil etmektedir ve C ise, saglilZlElhastalaradn elde edilen kontrol Sekil 3. 2 sekansa yönelik Ct degerlerinin oranlîlSEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1. CRC, kolorektal kanseri hastalar. ait dlgklîhumunelerinden elde edilen degerleri temsil etmektedir ve C ise, sagliEIEihastalaradn elde edilen kontrol Sekil 4. SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 sekansii yönelik mutiak Ct degerleri. CRC, kolorektal kanseri hastalar. ait dlg etmektedir ve C ise, saglilZiEiiiastalaradn elde edilen kontrol degerlerini temsil etmektedir. Sekil 5. SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 sekanlela yönelik mutlak Ct degerleri. CRC, kolorektal kanseri hastalarlEla ait dlgkünumunelerinden elde edilen degerleri temsil etmektedir ve C ise, sagliElEiiiastalaradn elde edilen kontrol degerlerini temsil etmektedir. & 2 sekansa yönelik Ct degerlerinin oranEISEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1. CRC, kolorektal kanserine ait digklîlnumunesinden elde edilen degerleri temsil etmektedir, Yüksek Risk, son kolonoskopisinde polipleri olan ve kolorektal kanser gelisimine yönelik artan bir riske sahip, Lynch sendromu olan bireylerden elde edilen degerleri temsil etmektedir, Düsük Risk, son kolonoskopisinde polipi olmayan, Lynch sendromuna sahip bireylerden elde edilen degerleri temsil etmektedir. SM SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 sekansii yönelik mutlak Ct degerleri. CRC, kolorektal kanserine ait dlgkElnumunesinden elde edilen degerleri temsil etmektedir, Yüksek Risk, son kolonoskopisinde polipleri olan ve kolorektal kanser gelisimine yönelik artan bir riske sahip, Lynch sendromu olan bireylerden elde edilen degerleri temsil etmektedir, Düsük Risk, son kolonoskopisinde polipi olmayan, Lynch sendromuna sahip bireylerden elde edilen degerleri temsil etmektedir. Sekil 8. B3 çogaltmas- yönelik primerlerin dogrulanmasEÇOgaltma grafikleri (8a) ve ayrlgina egrisi (8b). Sekil 9. 810 çogaltmas- yönelik primerlerin dogrulanmaslIlÇogaltma grafikleri (9a) ve ayrlgna egrisi (9b). Sekil 10. B41 çogaltmasIEb yönelik primerlerin dogrulanmaslüÇogaltma grafikleri (10a) ve ayrlgma egrisi (10b). Sekil 11. 346 çogaltmasIEla yönelik primerlerin dogrulanmasEIÇogaltma grafikleri (11a) ve ayrlgfna egrisi (11b). Sekil 12. 848 çogaltmas- yönelik primerlerin dogrulanmasElÇogaltma grafikleri (12a) ve ayrlSfna egrisi (12b). Sekil 13. 850 çogaltmas- yönelik primerlerin dogrulanmasElÇogaltma grafikleri (13a) ve ayrgna egrisi (13b). Sekil 14. CRC ve C gruplarIa B3'e yönelik mutlak Ct degerleri. Sekil 15. CRC ve C gruplar-a B48'e yönelik mutlak Ct degerleri. Sekil 16. CRC ve C gruplarIa BlO'a yönelik mutlak Ct degerleri. Sekil 17. CRC ve C gruplarIa B46'ya yönelik mutlak Ct degerleri. Sekil 18. CRC, L ve C gruplarIda B3'e yönelik mutlak Ct degerleri: Sekil 19. CRC, L ve C gruplarlîilda B48'e yönelik mutlak Ct degerleri: Sekil 20. CRC, L ve C gruplarIa BlO'a yönelik mutlak Ct degerleri: Sekil 21. CRC, L ve C gruplarlülda B46'ya yönelik mutlak Ct degerleri: Sekil 23: CRC, Yüksek Risk L, Düsük Risk L ve C gruplarlEUa mutlak Ct degerlerinin B48/BlO oranEl Sekil 24: CRC, Yüksek Risk L, Düsük Risk L ve C gruplarIda mutlak Ct degerlerinin B3/BlO oranEl Sekil 25: CRC, Yüksek Risk L, Düsük Risk L ve C gruplarIda mutlak Ct degerlerinin B46/810 oranEi Sekil 26: CRC, Yüksek Risk L, Düsük Risk L ve C gruplar-a mutlak Ct degerlerinin B3/B48 oranlîl AYRINTILI AÇIKLAMA Mevcut bulusta, CRC ve/veya adenomatöz polipler teshisi, erken tespiti, risk taramasEl/e izlenmesi ile iliskilendirilen spesifik bakteriyel sekanslar tanIiIanmlstlÜ Bulusun birinci yönü, bir insan sujede kolorektal kanserin (CRC) ve/veya adenomatöz poliplerin taranmas- yönelik bir yöntem ile ilgili olup, bu, asag-kileri içermektedir: i. söz konusu sujeye ait bir dlSkljhumunesinden, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 veya bunun bir tamamlaylEIJRNA sekansIan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekansII nicemlenmesi; ve ii. bir insan sujede CRC ve/veya poliplere yönelik teshis, erken tespit, yineleme belirlemesi, gelisim riski belirlemesi veya tahmin; veya söz konusu insan sujede kolonoskopinin gerçeklestirilig gerçeklestirilmeyeceginin belirlenmesi; veya prognozun belirlenmesi, burada söz konusu insan suje, CRC ve/veya polip teshisi koyulan bir hastadB veya söz konusu sekanslardan en az birinin nicemleme seviyelerinden, CRC ve/veya poliplere sahip bir hastada bir terapinin yönlendirilmesi. Mevcut basvuruda, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1 ile tanIilanan sekans ayrlîla "BB" olarak tanIilanmaktadB Benzer sekilde, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, ayrlEia "810" olarak tanIilanmaktadB SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ayrlîla "846" olarak taniianmaktadur ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 ise ayrlîia "B48" olarak tanIilanmaktadlElbu isimler degisimli olarak kullanüîhaktadlü B3, B10, 846 ve B48, mevcut bulusa ulasllîhaslîiçin yapllân tüm deneylerin gerçeklestirilmesi SlßsIa sekanslarI tanilanmaslîliçin mevcut basvurunun sahipleri tarafiiian kullanilan isimlerdir. SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, 4, 7 ve 10 ile tanIilanan sekanslar, yandaki erisim numaralarElaltIa, EMBL-EBI kamusal sekans veri tabaniiia mevcuttur: GQ, GQ411118.1 (SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4), GQ, GQ411152.1 (SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10). B3, 810, 846 ve B48 sekanslarü önceden, kültürsüz bakteri IzolatlarlEtlan izole edilen denatüran gradyan jel elektroforez (DGGE) jel bantlarlEia karsltiK] gelmektedir. BLAST analizleri, karsiIJKIgelen bakteriyel türlerin tanilanmasümacüla gerçeklestirilmistir: B3 165 rDNA için en iyi eslesen BLAST: Gol/inse//a aerofac/ens; 810 165 rDNA için en iyi eslesen BLAST: Faeca//bacter/um prausn/tz/r; 846 165 rDNA için en iyi eslesen BLAST: Faeca//bacter/um prausnitz/i, Subdo/i'granu/um B48 165 rDNA için en iyi eslesen BLAST: Rum/nococcus, Roseburia, Coprococcus. Burada kullan-[gilîüzere, "kolorektal kanser" veya "CCR" veya "CRC" terimi, kolonda veya rektumda baslayan kanser için kullanilîhaktadlîl Bu kanserler, nerede basladlgllEb bagIEl olarak, ayrEbyrEkolon kanseri veya rektal kanser olarak da adlandlElâbilmektedir. Kolon kanseri veya rektal kanser ortak birçok özellige sahiptir. ACS'ye göre, çesitli kanser tipleri, kolonda veya rektumda baslayabilmektedir. Kolorektal kanserlerin %95'inden fazlasÇladenokarsinomlar olarak bilinen kanser tipidir. Bu kanserler, kolonun veya rektumun içerisinde mukusun kaymaslßaglayan bezler olusturan hücrelerde baslamaktadlB Tümörlerin diger, daha az yaygI olan tipleri ayrlîh kolonda veya rektumda da baslayabilmektedir. Bunlar yandakileri kapsamaktadlE karsinoid tümörler, gastrointestinal stromal tümörler (GIST'ler), lenfomalar ve sarkomalar. Kanser taramasII amaclÇlileri seviyedeki hastal[glEl insidanletlaki azalma ile ölümlülügün azaltllîhasllü Bu amaçla, modern CRC taramasElerken-asamalEladenokarsinomalarl tespit edilmesi ve adenomatöz poliplerin tespit edilmesi ve çiEarUBiasüvasßslýla bu amaca ulasabilmekte olup, sonraki, genel olarak zorunlu olmayan öncül lezyonlar olarak kabul edilmektedir. Bir "adenomatöz polip", kolon gibi bir organ. iç zarIa anormal bezel hücrelerin kanserli olmayan sekilde büyümesidir. Örnegin, kolonda büyüyebilen üç tip adenomatöz polip, borumsu, vilöz, ve tüberovilöz adenomlardlE Adenomatöz polipler, 50 yas. üzerindeki yetiskinlerde yaygIlÜ ancak poliplerin çogu, adenokarsinoma dönüsmemektedir; hidtoloji ve blýLit, bunlarI klinik önemlini belirlemektedir. ACS'ye göre, hem polipleri hem de kanseri bulma sansßn iyi olan testler tercih edilmektedir, poliplerinin bulunmasElve allErnasElise bazElinsanlarElkolorektal kansere yakalanmaktan kurtarmaktadlEl Tercihen, bulusa ait yöntem, CRC ve adenomatöz poliplerin taranmas. yönelik bir yöntemdir. Belirli bir yapilândlîilnada, bulusa ait yöntem, CRC ve/veya adenomatöz poliplerin teshisine veya tespitine yönelik, tercihen CRC ve/veya adenomatöz poliplerin erken tespitine yönelik bir tarama yöntemidir. "Erken tespit" ifadesi, klinik göstergelerin mevcudiyetinden önceki tespite isaret etmektedir. "Tespit" ve "teshis" terimleri, mevcut tarifnamede degisimli olarak kullaniEhaktadlE Bulusa ait yöntemin, bir erken asama hastaliiZJteshisi ile kolorektal kanserin önlenmesi için etkili bir araç oldugu bulunmustur. Belirli bir yapllândEmada, bulusa ait tarama yöntemi, 50 yaslEtlaki veya daha yaslßujelerde gerçeklestirilmektedir. 50 yasIaki veya daha yasllZblan ortalama riske sahip kadIar ve erkekler, kolorektal kanseri tarama testlerini takip etmeleri için desteklenmektedir (bakIlîl Bir baska yapllândlElnada, bulusa ait tarama yöntemi, artan riske ve/veya yüksek riske sahip sujelerde gerçeklestirilmektedir. Spesifik kilâvuzlar, artan riske veya yüksek riske sahip hastalara yöneliktir. referansIaki Tablo 3, artan riske veya yüksek riske sahip sujeler asagIkileri ka psamaktad lü Artan risk önceki kolonoskopide polip geçmisine sahip olan sujeler; kolorektal kanser geçmisine sahip olan sujeler; ve kolorektal kanser veya adenomatöz poliplere yönelik aile geçmisi olan sujeler. Yüksek risk genetik testler ile teshis edilen ailevi adenomatöz polipozise (FAP) veya genetik test olmaks- süphelenilen FAP'a sahip sujeler; genetik test olmadan aile geçmisine dayanarak, kallßal, polipozis olmayan kolon kanserine sahip (HNPCC veya Lynch sendromu) veya artan HNPCC riskine sahip sujeler; kronik ülseratif kolit veya Crohn hastallgllîgibi, Inflamatuvar baglîsîak hastaligi. sahip sujeler. Mevcut bulusun bir amacübir ön-teshis aracII saglanmasIlEl Spesifik olarak, mevcut bulus, egilimi olan veya CRC ve/veya adenomatöz polip gelistirme riski olan sujelerin tanIiIanmasEl vaslüsüa, klinik göstergelere sahip olmadan önce kolorektal kanserin teshis edilmesine yönelik bir yöntem saglamaktadlü Belirli bir yapllândlîilnada, mevcut bulusa ait tarama yöntemi, bir insan sujede CRC ve/veya adenomatöz poliplerin gelisim riskinin belirlenmesine yönelik bir yöntem olup, asaglîzlbkileri içermektedir: i. söz konusu sujeye ait bir dlgkühumunesinden, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 veya bunun bir tamamlaylEElöS rRNA sekansIan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekansII nicemlenmesi; ve ii. söz konusu sekanslarI en az birine ait nicemleme seviyelerinden CRC ve/veya adenomatöz polip gelisim riskinin belirlenmesi. Tercih edilen bir yapilândlîünada, mevcut bulusa ait tarama yöntemi, artan riskli ve/veya yüksek riskli sujelerde, tercihe Lynch sendromu taslEEllârIa CRC ve/veya adenomatöz polip gelisimi riskinin belirlenmesine yönelik bir yöntemdir. kanser), over kanseri ve diger bazEkanserlere yönelik riski kisilerde fazlaca artIEin bir Bi durum olan, kal[t3al, polipozis olmayan kolorektal kansere veya HNPCC'ye isaret etmektedir. Bu duruma sahip insanlar, genelde ilk olarak çoklu poliplere sahip olmadan, genç yasta kanser gelistirmektedir. Mevcut bulusa ait tarama yöntemi, polipleri olan (yüksek riskli popülasyon) ve polipleri olmayan (düsük riskli popülasyon) Lnych sendromu hastalarljrasIa istatistik olarak anlamlEl bir sekilde ayrIi yapabilme yetisini, Örnek 4'te (Tablolar 3 ve 4) gösterimistir. SEKANS KIMLIK NUMARASI:4'ün ( / SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 (810) oranII belirlenmesi, Örnek 4'teki sonuçlara göre iyi göstergeler olarak görülmektedir. Bu baglamda, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 (810) ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ( oranüpoliplerin mevcudiyetinin taranmalela yönelik bulusa ait yöndemte kullanIi için tercih edilen biyoisaretçilerdir. Önceki kolonoskopide polip geçmisi olan veya kanser rezeksiyonundan sonra kolorektal kanser geçmisine sahip olan sujelere, izleme veya gözetim amaçlarüla, yani söz konusu insan sujelerde kanser ve/veya adenomatöz polip yinelenmesinin tespit edilmesi için tarama testleri gerçeklestirilmektedir. Bir diger belirli yapllândlEInada, mevcut bulusa ait tarama yöntemi, poliplere veya kolorektal kansere dair bir geçmisi olan bir insan sujede kolorektal kanserin (CRC) ve/veya adenomatöz poliplerin tespit edilmesine yönelik bir izleme yöntemi olup, asaglkileri içermektedir: i. söz konusu sujeye ait bir dlgkljhumunesinden, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:1O veya bunun bir tamamlayEElöS rRNA sekansian olusan listeden seçilen en az bir 168 rDNA bakteriyel sekansII nicemlenmesi; ve Il. söz konusu sekanslarI en az birine ait nicemleme seviyelerinden, CRC ve/veya adenomatöz poliplerin yinelenmesinin belirlenmesi. Mevcut bulusa ait tarama yöntemi, CRC'ye dair bir geçmisi olan ve son kolonoskopisinde polipleri olan Lynch hastalarlîiyüksek riskli popülasyon) ve CRC'ye dair bir geçmisi olmayan ve son kolonoskopisinde polipleri olmayan (düsük riskli popülasyon) Lnych hastalarßrasia istatistik olarak anlamlübir sekilde ayrIi yapabilme yetisini, Örnek 8'de (Tablo 8) göstermistir. Özellikle önemli sonuçlar, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 (B3/BlO), SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 (BlO/B46), SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10 (B3/B48) ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 (848/810) oranlarII nicemlenmesi ile elde edilmektedir. Bu baglamda, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 (B3/BlO), SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 (BlO/B46), SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10 (B3/B48) ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 (B48/BlO) oranlarIÇItercihen, CRC geçmisine sahip Lynch hastalarIZI gibi, artan riskteki veya yüksek riskteki hastalarda polip mevcudiyetinin taranmaslülzlenmesine yönelik bulusa ait yöntemde kullann için tercih edilen biyoisaretçilerdir. Belirli bir diger yapllândünada, mevcut bulusa ait tarama yöntemi, bir insan sujede kolonoskopinin gerçeklestirilip gerçeklestirilmeyeceginin belirlenmesine yönelik bir yöntem olup, asaglElhkileri içermektedir: i. söz konusu sujeye ait bir dlgklîihumunesinden, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 veya bunun bir tamamlaylîlîlöS rRNA sekansIan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekansII nicemlenmesi; ve ii. söz konusu sekanslarI en az birine ait nicemleme seviyelerinden, söz konusu insan sujede kolonoskopinin gerçeklestirilip gerçeklestirilmeyeceginin belirlenmesi. Teknikte orta derecede uzman bir kisi, bulusa ait bakteriyel isaretçilerin nicemlenmesine ve analizine yönelik çelitli yöntemleri ve cihazlarübilmektedir. "Nicemleme" terimi, bir numunede bir spesifik nükleik asit sekansIZImiktarII nicemlenebilmesine isaret etmektedir. Hedef nükleik asit sekanslarlEllEl niceliklerinin ölçülmeisne yönelik moleküler biyoloji yöntemleri teknikte iyi bilinmektedir. BU yöntemler, bunlarla sIlHilZlolmamak üzere, uç noktaPCR, kompetitif PCR, revers transkriptaz-PCR (RT-PCR), niceliksel PCR (qPCR), revers transkriptaz qPCR (RT-qPCR), PCR-ELISA, DNA mikro tahlilleri, dot-blot veya Floresan In SlEli Melezleme tahlili (FISH) gibi in situ melezleme tahlilleri, dallanmlgl DNA (Nolte, Adv. Clin. Chem., 2073). Tercih edilen primerler ve/veya problar, tipik olarak, bakteriyel nükleik asit sekanslarII artan miktarlarlînh dogrudan veya lineer bir yan[EI sunarak, tahmin edilebilir sekilde reaksiyon göstermektedir. Uygun standartlar. hazlElIanmaslýla ve bunlara klýlasla, bir numunede belirli bir nükleik asit sekansII miktarERolayca nicemlenebilmektedir. Tercihen, söz konusu nükleik asit sekanslÇlSEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen bir 168 rDNA sekansIlîl Özellikle tercih edilen bir nicemleme yöntemi FISH olup, bu, bireysel bakteriyel sekanslarI dogrudan nicemlenmesi için, prob melezlemeu ile floresan EEmikroskopisini, konfokal lazer mikroskopisini veya aklgl sitometrisini birlestirmektedir. FISH metodolojisine dair incelemeler meslektaslarÇl Genet. Anal. Tech. Appl., 1991;8:67-74; Trask ve meslektaslarÇl Trends Özellikle tercih edilen bir baska nicemleme yöntemi ise, ayrIEh gerçek-zamanlElPCR olarak da bilinen niceliksel PCR'dir (qPCR). PCR prosesi teknikte iyi bilinmektedir ve dolayElýla burada ayrlEtElE olarak açllZlanmamaktadEl Q-PCR teknolojisine dair genel degerlendirme ve protokoller, SYBR Green qPCR uygulamalarEüzerine Sigma-Aldrich gibi satlEllârda mevcuttur, bakIlîl örnegin http://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/protocols/biology/sybr- green-qpcr.html veya http://www.sig-maaldrich.com/life-science/molecular- biology/pcr/quantitative-pcr/qpcr-technical-guide.html. Bakteriyel gen isaretçilerinin bollugu ve ekspresyonunun nicemlenmesine yönelik qPCR yöntemlerine dair bir inceleme için, bas. DNA miktarüdöngü esik degeri (Ct degeri) veya bunun herhangi bir matematiksel dönüümü olabilmektedir. Tercih edilen bir yapüândünada, söz konusu bakteriyel sekanslarI nicemlemesi qPCR ile gerçeklestirilmektedir. Daha çok tercih edilen bir yapllândlElnada, söz konusu bakteriyel sekanslarI nicemlemesi, qPCR ile gerçeklestirilmektedir ve nicemleme seviyeleri ise Ct degerleridir. Ct (döngü esigi) degeri, floresan sinyalin esigin geçmesi için gereken qPCR döngüsü saylîEblarak tanIiIanmaktadE Ct seviyeleri, numunedeki hedef nükleik asit say_ ters orantHJHllE(yani, Ct seviyesi düstükçei numunedeki hedef nükleik asit miktarßrtmaktadlî). Bir dlgkü numunesindeki bir hedef nükleik sit sekanlellEl (örnegin SEKANS KIMLIK NUMARASI:1) bollugunun nicemlemesi, mutlak veya göreli olabilmektedir. Göreli nicemleme, evrensel primerler kullanilarak toplam bakterilerin (Öbakteriler) belirlenmesi ve Öbakterilerin bir yüzdesi olarak hedef nükleik asit sekansII bollugunun fiade edilmesi (örnegin SEKANS KIMLIK NUMARASI:1/Öbakteri oranLIIgibi, bir veya daha fazla iç referans gene, yani referans suslardan 165 rRNA genlerine dayanmaktadlE Mutlak nicemleme, DNA standartlarlîlile klýlaslama vasßsüa hedef moleküllerin kesin say-Elermektedir. Belirli bir yapllândlünada, bulusa ait yöntem ayri, aclIi i)'den sonra, sujenin numune seviyelerinin, bir kontrol numunesindeki seviyeler ile klýlaslanmasllîiçermektedir, burada kontrol numunesindeki ilgili sekanslarlEls eviyelerinden, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olusan listeden seçilen bir veya daha fazla sekas- ait seviyeler saptfgütla (tercihen, istatistik olarak anlamlElbir sapma), bu, CRC ve/veya adenomatöz poliplerin göstergesidir. Örnegin, nicemleme seviyeleri,art[(})/eksi(-) ortalama (kesik) degerden bir sapma sergilediginde, bir kontrol numunesinde ölçülen ilgili degerlerin standart sapmasÇlCRC ve/veya adenomatöz polipin göstergesidir. Söz konusu suje numunesindeki söz konusu sekanslarlEl bir veya daha fazlaslüb ait konsantrasyon seviyelerinin, eksi ortalama (kesik) degerden daha düsük oldugu tercih edilen bir yapllând Binada, bir kontrol numunesinde ölçülen ilgili sekanslarI seviyelerindeki standart sapma, CRC ve/veya adenomatöz poliplerin göstergesidir. Söz konusu suje numunesinde söz konusu sekanslardan bir veya daha fazlasi ait Ct seviyelerinin, ortalama (kesik) degerinden daha yüksek oldugu tercih edilen bir baska yapüândlünada, bir kontrol numunesinde ölçülen ilgili sekanslarI seviyelerine ait standart sapma, CRC ve/veya adenomatöz poliplerin göstergesidir. isareet edebilmektedir, örnegin kontrol numuneleri, sagliEllEujelere ait, adenomatöz poliplere sahip olmayan sujelere ait, geçmiste adenomatöz poliplere ve/veya kolorektal kansere ve bunlar. kombinasyonlari sahip olmayan sujelere ait numuneler olabilmektedir. Insan sujelerin, yukar- bahsi geçen referans popülasyonlarIan biri aItIa sIEhndlElBiale bir kolonoskopi arastlEnasDile gerçeklestirilmektedir. Örnegin, "sagliEIEl sujeler", önceden gerçeklestirilen bir kolonsokopide, adenomatöz polip veya kolorektal kanser sergilememis olan sujelerdir. Tercihen, bulusa ait yöntem, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olgn listeden seçilen 2, 3 veya 4 sekanslîil, tercihen 4 sekansltümünün nicemlenmesini içermektedir. Belirli bir yapilândlElnada, bulusa ait yöntem, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olusan listeden seçilen en az iki sekansI nicemlenmesini ve söz konusu sekanslardan en az ikisi arasiEUaki iliskinin belirlenmesini içermektedir. Tercihen, söz konusu sekanslardan Ikisi, üçü veya dördü arasIaki iliski (örnegin oran, çok-varyantlünaliz, vb.) belirlenmektedir. Tercih edilen bir yapilândlünada, bu en az iki sekans araslühaki oran, bir birinci sekansI nicemleme seviyelerinin, bir ikinci sekans. nicemleme seviyelerine bölünmesi ile elde edilmektedir. Örnegin, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 sekanslarII konsantrsayon oranü SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 sekansII konsantrasyonunun, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4 sekansII konsantrasyonuna bölünmesi ile elde edilmektedir. SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranEl ayrIEia, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1O olarak tanilanan sekansI Ct degerinin, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4 olarak tanIilanan sekansI Ct degerine bölünmesi ile de elde edilebilmektedir. Bulusa ait yöntemin bir baska yapilândlîrlnasia, söz konusu bakteriyel sekanslardan en az biri ad! i)'de nicemlenmektedir ve suje numunesindeki söz konusu sekans seviyelerinin en az bir oranÇlbelirlenmektedir, yöntem ayrlîla, bir kontrol numunesindeki ilgili oranlar ile söz konusu sujedeki söz konusu oranlardan en az birinin klýbslanmaslülçermektedir, burada söz konusu kontrol numunesindeki orandan bir sapma (tercihen istatistik olarak anlamlübir sapma) CRC ve/veya adenomatöz poliplerin göstergesidir. Örnegin, söz konusu oranalrdan biri veya daha fazlasllül, art[(3I-)/eksi(-) ortalama (kesik) degerden bir sapma sergilediginde, bir kontrol numunesinde ölçülen ilgili oranlar. standart sapmasÇlCRC ve/veya adenomatöz poliplerin göstergesidir. edilirken, uygun istatistik analizin kullanllBiasEldurumunda, aynEbIan gruplar. olasllTgJ.. rastgele sekilde aynElsonuçIar. elde edilmesi olaslIJgiÇl 100 girisimden 5'inden daha azdlEl Teknikte uzman bir kisi, uygun istatistik analizi nasllîbeçecegini bilecektir. Tipik olarak, uygun sitatistik analiz; örnegin Kolmogorov-Smirnov testi kullanilârak, çallginadaki degiskenin normal bir dagllllîha sahip olup olmadg. baglüilarak belirlenmektedir. Tercihen, normal bir dagllllîli. oldugu durumlarda, t-testi veya ANOVA testi gibi bir parametrik model kullanilâbilmektedir; ve normal bir daglElEi). olmadglîdurumlarda ise, Mann-Whitney U testi veya KruskaI-Wallis testi gibi parametrik olmayan bir model kullanlßbilmektedir. Belirli bir yapilândßmda, duyarllIJE özgüllük, dogruluk, ROC analizi sonuçlarÜ/eya bunlar. bir kombinasyonu, bulusa ait tarama yönteminin açllZIanmasEiçin kullanllßîaktadlEI Özellikle, bunlar, yöntemin ne kadar iyi ve güvenilir oldugunun nicemlenmesi için kullanilEwaktadE DuyarlHJKl özgüllük ve dogruluk açlElamasEile birlikte yayg. olarak kullanliân çesitli terimler mevcuttur. Bunlar, gerçek pozitif (TP), gerçek negatif (TN), yanlE negatif (FN) ve yanllg pozitiftir (FP). Bir hastada bir hastallgl. mevcut oldugu kanlflbnd[giIa, verilen tarama testi ayri& hastal[g]lEl mevcudiyetini göstermekte olup, testin sonucu gerçek pozitif olarak degerlendirilmektedir. Benzer sekilde, bir hastada bir hastallgl. mevcut olmadlgllîl kanlflhndlgllElda, tarama testi aynüamanda hastallgi. mevcut olmad[gl.Egöstermekte olup, test sonucu gerçek negatiftir (TN). Hem gerçek pozitif hem de gerçek negatif, tarama testi ve kanEIbnan durum araslda tutarlEbir sonucu göstermektedir (ayrüa gerçeklik standardü olarak adlandlEllßîaktadlE). Bununla birlikte hiçbir medikal test kusursuz degildir. Tarama testinin, asIIa hiçbir hastallglüilmayan bir hastada, hastallgl. mevcut oldugunu göstermesi durumunda, test sonucu yanllg pozitiftir (FP). Benzer sekilde, tarama testi sonucunun, kesinlikle hastallglÜJIan bir hasta için hastallgilEl mevcut olmadlgillgöstermesi durumunda ise test sonucu yanlgnegatiftir (FN). Hem yanlgpozitif hem de yanllglnegatif, test sonuçlar. gerçek durumun tersi oldugunu göstermektedir. DuyarllÜKi özgüllük ve dogruluk, TP, TN, FN ve FP bakIiIan açlElanmaktadlEl DuyarllIJKl = TP/(TP + FN) = (Gerçek pozitif degerlendirme saylgDÇl(Tüm pozitif degerlendirmelerin saylîm Özgüllük = TN/(TN + FP) = (Gerçek nehatif degerlendirme saylElIlUüm negatif degerlendirmelerin saylîlIj Dogruluk = (TN + TP)/(TN+TP+FN+FP) = (Dogru degerlendirmelerin saylEDJTüm degerlendirmelerin saylîlîl Tercih edilen bir yapllândlElnada, mevcut bulusa ait tarama yöntemi, bir insan sujede CRC ve/veya polipleri teshis etmekte, erkenden tespit etmekte, yinelenmeyi beliylemekte, gelisim riskini belirlemekte veya buna yönelik tahmin gerçeklestiemektedir; veya kolonoskopinin söz konusu insan sujede gerçeklestirilip gerçeklestirilmeyecegini belirlemekedir; veya prognozu belirlemektedir, burada söz konusu suje, CRC ve/veya polip teshisi konulan bir hastadlÜ veya en az %90, en az %95 veya tercihen %100 degerinde bir duyarl- ve/veya özgüllük ile birlikte istatistik olarak anlamlElbir sekilde CRC ve/veya poliplere sahip bir hastada bir terapiyi yönlendirmektedir. YukarIki denklemler ile gösterildigi üzere, burada kullanIlgßekliyle "duyarlllJKl' terimi, bir tarama testi ile dogru sekilde tannlanan gerçek pozitiflerin oranlEla isaret etmektedir. Bu, bir hastallglEl tespit edilmesinde testin ne kadar iyi oldugunu göstermektedir. DuyarIIJIKl("duy."), 0 (%0) süîlEh esitlenmektedir veya sm esitlenmeye yakIEI ve duyarllIJIZl bire esitlenmektedir Burada kullanI[gElsekliyle "özgüllük" terimi, bir tarama testi ile dogru sekilde tanIilanan gerçek negatiflerin oran. isaret etmektedir. Bu, normal (negatif) durumun tanIilanmasIa testin ne kadar iyi oldugunu göstermektedir. Özgüllük ("özg."), 0 (%0) <özg.< 1 (%100) araligllda olabilmektedir ve ideal olarak, yanllgl pozitiflerin saylîüsiflü esitlenmektedir veya sm esitlenmeye yakI lElve özgüllük bire esitlenmektedir (%100) veya ila %100 veya %90 ila %100 degerinde bir özgüllüge sahiptir. Daha tercihen, bulusa ait Burada kullanI[g`ll:L'izere "dogruluk" terimi, bir popülasyonda, gerçek pozisitf veya gerçek negatif olmak üzere gerçek sonuçlarlEl oran-IE] Bir durum üzerinde bir tarama testinin dogruluk derecesini, yani belirli bir durumun belirlenmesinin ve dlglanmasII ne kadar dogru oldugunu ölçmektedir. Dogruluk ("dogr."), 0 (%0) olabilmektedir ve ideal olarak, yanllî pozitiflerin saylgüsm esitlenmektedir veya sllei esitlenmeye yakIlElve dogruluk bire esitlenmektedir (%100) veya bire esitlenmeye yakilEl (%100). Tercihen, bulusa ait yöntemin dogrulugu, en az %60, en az %65, en az %70, en az tarama testine yönelik en iyi esigin (optimal kesme noktasm belirlenmesi vasiûislsîla optimal modelin kararlastiEllBwasI yardIiclZdJlmaktadlEI ROC egrisi altIaki alan (AUC), bir tarama testinin dogrulugunun ölçülmesi için bir yol sunmaktadB Tercihen, bulusa ait yöntemin AUC aralgmegerleri, 0.6 ila 1, daha tercihen 0.7 ila 1'dir, daha tercih edilen degerler ise 0.8 ila 1, tercihen 0.9 ila 1 aral[glIadlEl Belirli bir yapllândlElnada, AUC, 0.6 ila 0.8, örnegin 0.6 ila 0.75 veya 0.65 ila 0.75'tir. DahasüduyarllIJKl özgüllük ve dogruluk oranlardlEl dolaylîlîtla ilgili güven aralilZlarüteknikte iyi bilinen, oranlara yönelik standart yöntemler kullanüârak hesaplanabilmektedir. Iki tip %95 güven aral[gll,`_lgenel olarak oranlarI etrafIa tanIilanmaktadB Kesin güven arallglükesin bir tahmine ulasmak için iki terimli dagIIJEli kullanilârak tanllanmaktadlEl Asimptotik güven araliglÇl numune dagIIJEliII normal bir yaklasilaiglll varsayllüiaslýla hesaplanmaktadE Teknikte uzman bir kisi, uygun güven aral[g]lEll:hasl1]tanIiIlayacagEbilecektir. Bir veya bir baska tipteki güven arallgllîseçimi, tipik olarak, numune oranlEllEI, normal bir dagHIEla yönelik iyi bir yaklaslEllElolup olmad [gil baglüilacaktlü Bulusa ait belirli bir yapllândlîilnada, söz konusu bakteriyel sekanslarI nicemlenmesinden önce, DNA, dlgklîhumunesinden özütlenmektedir. DISkEhumunelerinden DNA özütlemeye yönelik çesitli yöntemler bilinmektedir, bu yöntemlerin tümü, kimyasal veya mekanik parçalama, deterjan kullanIiMa liziS veya bu yaklasIiIarI bir kombinasyonuna numunelerindeki bakteriyel DNA'nI özütlenmesine yönelik yöntemler, örnegin M Corist ve meslektaslarÇlJournal of Molecular Diagnostics, American Society for Investigative Pathology, Tercih edilen yöntemler, yüksek hlîlü boncuk dövmeli özütleme gibi mekanik parçalama, kimyasal lizis ve tercihen piyasada mevcut DNA özütleme kitleri "M0bioPowerSoiI® DNA extraction procedure" (Mo-Bio Laboratories Inc.,), toprak prosedürüne yönelik FastDNA® SPIN Kiti (MP biomedicals) ve NucleoSpin® Soil (Macherey-Nagel Gmbh& C0. KG)'de bulunanlar gibi bir silika membran kolonunun kullanIlglEbir nihai saflastIElna adli.. bir kombinasyonunu kullanmaktadB Bilirubinler, safra tuzlarü/e kompleks karbonhidratlar gibi, dSkElnumunelerinden DNA özütlerinde PCR inhibitörlerinin mevcudiyeti, dlgkllârdan DNA özütlerindeki DNA biyoisaretöilerinin belirlenmesine yönelik karsllâsliân zorluklardan biridir yöntemleri, örnegin %S'ten az, tercihen %Z'den az, daha tercihen %l'den az, daha da özütlerine düsük miktarda PCR inhibitörleri saglayan yöntemlerdir. Belirli bir yapllândlElriada, bulusa ait yöntem asaglElbkiIeri içermektedir: (a) SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olusan gruptan seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekansII seviyelerinin, söz konusu insan dlSkEEhumunesinden, niceliksel PCR ile belirlenmesi, burada SEKANS KIMLIK NUMAASI:1 seviyeleri, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2-13'e göre en az %90 özdeslige sahip primerlerin kullanllBIaSMa belirlenmektedir, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4 seviyeleri, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5- 6'ya göre en az %90 özdeslige sahip primerlerin kullanllöiaslýla belirlenmeketedir, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 seviyeleri, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9'a göre en az NUMARASI:10 seviyeleri ise SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12'ye göre en az %90 özdeslige sahip primerlerin kullanllîhaslýla belirlenmektedir; ve/veya (b) ad a)'da bahsi geçtigi üzere, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olusan gruptan seçilen en az iki 165 rDNA bakteriyel sekansII seviyelerinin, söz konusu insan dlgklgjîumunesinden, niceliksel PCR kullanilârak belirlenmesi ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1; SEKANS KIMLIK NUMARASI:7/SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEQ ID 1'den olusan gruptan seçilen oranlardan en az birinin belirlenmesi. Tercih edilen bir yapllândlEmada, bulusa ait bir insan dlgklîhumunesinden, CRC ve/veya adenomatöz poliplere yönelik tarama yöntemi asaglahkileri içermektedir: (a) SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olusan gruptan seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekanSII konsantrasyonunun, SÖZ konusu insan dlgklgEl numunesinden, niceliksel PCR ile belirlenmesi, burada SEKANS KIMLIK NUMARASI:1 konsantrsayonu, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2-13'e göre en az %90 özdeslige sahip primerlerin kullanilBiasMa belirlenmektedir, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4 konsantrasyonu SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5-6'ya göre en az %90 özdeslige sahip primerlerin kullanllIhasMa belirlenmeketedir, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 konsantrasyonu, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9'a göre en az %90 özdeslige sahip primerlerin kullanllîhaslýla belirlenmektedir ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 konsantrasyonu ise SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12'ye göre en az %90 özdeslige sahip primerlerin kullanllBIaslîla belirlenmektedir, (b)0psiy0nel olarak, adli a)'da bahsi geçtigi üzere, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olusan gruptan seçilen en az iki 165 rDNA bakteriyel sekansII seviyelerinin, söz konusu insan dügünumunesinden, niceliksel PCR kullanliârak belirlenmesi ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1; SEKANS KIMLIK NUMARASI:7/SEKANS KIMLIK NUMARASI:10 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI 1'den olusan gruptan seçilen konsantrasyon oranlardan en az birinin belirlenmesi ve (c) adi (a)'ya ait sekanslardan en az birinin konsantrasyonundan ve/veya adi (b)'de elde edilen en az bir oran.. degerinden, CRC ve/veya adenomatöz poliplerin tashis edilmesi, riskinin belirlenmesi veya yinelenmesinin belirlenmesi. Bulusa ait yöntemin bir baska yapilândlElnasIa, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2-13'ye göre en az %90 özdeslige sahip söz konusu primerler, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2-13'ye göre en az %95 özdeslige sahip primerlerdir, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5-6'ya göre en az %90 özdeslige sahip Söz konusu primerler, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5-6'ya göre en az %95 özdeslige sahip primerlerdir, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9'ya göre en az %90 özdeslige sahip söz konusu primerler, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9'a göre en az %95 özdeslige sahip primerlerdir ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12'ya göre en az %90 özdeslige sahip primerler ise SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12'ye göre en az %95 özdeslige sahip primerlerdir. Özellikle tercih edilen bir yapilândlElnada, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2-13'ye göre en az primerlerdir, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5-6'ya göre en az %95 özdeslige sahip söz konusu primerler, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5-6 ile tanIilanan primerlerdir, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9'a göre en az %95 özdeslige sahip söz konusu primerler, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9 ile tanIilanan primerlerdir ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12'ye göre en az %95 özdeslige sahip söz konusu primerler ise SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12 ile tanIilanan primerlerdir. Mevcut basvuruda, problem sekansII kallEtilârIiEl %95'inin, belirlenen sekansI kaliEtilEr- özdes olmasüiurumunda, bir problem sekansübelirlenen bir sekansa göre %95 özdeslige sahiptir. Tercih edilen bir yapllândlünada, mevcut bulusa ait yöntem, kolorektal kanserin teshisine yönelik bir yöntemdir ve kolorektal kanser; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1'e ait Ct degerinin, 37.2'Iik kesim Ct esik degerinin üzerinde olmaslîldurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4'e ait Ct degerinin, 16.56'l|]Z]esik Ct degerinin üzerinde olmaslîdlurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7'ye ait Ct degerinin, 22.97'lik esik Ct degerinin Üzerinde oimasü durumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'a ait Ct degerinin, 19.24'lük esik Ct degerinin üzerinde olmasüjurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranlEb ait degerin,1.16'l[lZl esik degerinin altIa olmasEUurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranii ait degerin, 1.40'IllZl esik degerin aItIa olmasüiurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oranlEb ait degerin, 0.44'Iük esik degerinin üzerinde olmasElIurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oranli-ah ait degerin, 0.62'Iik esik degerin üzerinde oimsEidurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEQ ID: 1 oran. ait degerin, 0.52'Iik esik degerin üzerinde olmasEtlurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEQ ID: 7 oranlEla ait degerin 1.2'lik esik degeri üzerinde olmasülurumunda, adli (c)'de teshis edilmektedir. Tercih edilen bir baska yapllândlülnada, mevcut bulusa ait yöntem, kolorektal kanserin gelisimine yönelik riskin teshisine yönelik bir yöntemdir, burada kolorektal kanserin gelisimine yönelik bir sisk; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1'e ait Ct degerinin, 36.45'Iik kesim Ct esik degerinin üzerinde olmaslîtlurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4'e ait Ct degerinin, 14.02'Iik esik Ct degerinin üzerinde olmaslîllurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7'ye ait Ct degerinin, 24.76'llElesik Ct degerinin üzerinde olmaslîlurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'a ait Ct degerinin, 21.42'lik esik Ct degerinin üzerinde olmaSEUurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranli ait degerin,1.56'llEl esik degerinin altlEkIa olmasEdurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranIEla ait degerin, 1.78'lik esik degerin altlEtla olmasEI durumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oran. ait degerin, 0.38'lik esik degerinin üzerinde olmasljlurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oran. ait degerin, 0.68'lik esik degerin üzerinde oImSEI durumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI 1 oranlEla ait degerin, 0.59'Iuk esik degerin üzerinde olmaslîlurumunda veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: /SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 orani ait degerin 1.16'l[lZl esik degeri üzerinde olmasEl durumunda, adli (c)'de teshis edilmektedir. Bir baska yaplßndlîilnada, mevcut bulusa ait yöntem, ayrlEla, CRC'nin göstergesi oldugu bilinen bir veya daha fazla moleküler biyoisaretçinin tespit edilmesini ve/veya nicemlenmesini içermektedir. Tercihen bir çoklu Isaretçi paneli kullanilBiaktadlB Söz konusu çoklu isaretçi paneli, su genlerden biri veya daha fazlasIa mevcut olan nokta mutasyonlarII belirlenmesini içerebilmektedir: APC, K-ras, BRAF, p53, NRAS, PIK3CA, CDK8, CMYC, CCNE1, CTNNBl, NEU (HERZ), MYB, FBXW7, PTEN, SMAD4, SMADZ, SMAD3, TGFBIIR, TCF7L2, Belirlenebilen, bilinen diger CRC isaretçileri, CpG adaslIImetilsayonu, gaita aglEllgElbirimi bas. insan DNA'sII miktarlîle gaita agHJgIEbirimi bas. toplam DNA'nI miktarIlEl Bir baska yapilândlEinada, mevcut bulusa ait yöntem ayrlEla bilgisayarda okunabilir bir ortamda, belirleme sonuçlar.. saklanmasIIZIiçermektedir. Burada kullanI[gll:l üzere, saklayabilen, iletebilen, yayabilen veya aktarabilen herhangi bir aparat olabilmektedir. Ortam, bir elektronik, manyetik, optik, elektromanyetik, k-tesi veya yarEiIetken sistem (veya aparat veya cihaz) veya bir yayma ortam lîiilabilmektedir. Bir ikinci yönde, bulus, bir insan sujede CRC ve/veya poliplerin teshis edilmesi, erkenden tespit edilmesi, yinelenmesinin belirlenmesi, gelisim riskinin belirlenmesi veya tahminde bulunulmaslüveya söz konusu insan sujede bir kolonoskopinin gerçeklestirilmesinin gerekip gerekmediginin belirlenmesi; veya veya prognozun belirlenmesi, burada söz konusu insan sujenin CRC ve/veya polip teshisi koyulan bir hsata olmaslîlveya CRC ve/veya polipleri olan bir hastada bir terapinin yönlendirilmesi için bir biyoisaretçi olarak, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'dan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA bakteriyel sekansI veya bunun tamamlaylEÜRNA sekansII kullannEille ilgilidir, burada söz konusu bakteriyel sekanslar, söz konusu insan sujenin bir dlgküiumunesinden nicemlendirilmektedir. Tercihen, söz konusu nükleik asit sekansÇlSEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen bir 165 rDNA sekansllîl Burada kullanIiglEüzere "biyoisaretçi" terimi, tipik olarak, kolayllEla ölçülebilen bir vücut numunesinde bulunan maddeler olan, hastaliKl isaretçilerine atifiia bulunmaktadE Ölçülen miktar, CRC ve/veya poliplerin mevcudiyeti veya yoklugu veya gelecekte CRC ve/veya poliplerin olasIIlglgibi, altta yatan hastalllZIpatofizyolojisi ile iliskili olabilmektedir. DurumlarlEb yönelik olarak tedavi alan hastalarda, ölçülen miktar, ayrEla terapiye yaniÜile de iliskili olacaktlü Bir üçüncü yönde, bulus, asag-kileri içeren bir kit ile ilgilidir: a. sunlardan olusan gruptan seçilen bir tepken: i) SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA sekansEl veya bunun tamamlaylEElrRNA sekanslIlile spesifik olarak melezlenebilen nükleik asit problarlZlveya ii) SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen en az bir 165 rDNA sekansIBpesifik oalrak çogaltabilen bir çift nükleik asit primeri; ve b. mevcut bulusa at bir yönteme göre, bir insan dlgklîlnumunesinden söz konusu sekanslarI bir veya daha fazlasi ait seviyelerin nicemlenmesine yönelik talimatlar. Burada kullanIlglEüzere "prob" terimi, hedef nükleik asit sekanslarlüla, önceden belirlenen kosullar altlEtla spesifik ve tercihe bagIIZImelezlenmeyi mümkün kllân spesifik nükleotit sekanslarIEilçeren ve tercihe bagllîblarak, tahlil performansli artElIhasüçin veya tespit için bir k-i içeren, uzunluk baklilEUan 10 ve 285 baz çifti arasEUa olan, sentetik veya biyolojik olarak üretilmis nükleik asit sekanslar- isaret etmektedir. Minimum on nükleotit, genel olarak, istatistik olarak özgüllügün elde edilmesi ve stabil melezleme ürünlerinin olusturulmasEl için gereklidir ve maksimum 285 nükleotit, genel olarak, yanllgleslesen sekanslarI ve tercihe bagllIImelezlemenin belirlenmesi için reaksiyon parametrelerinin kolaylllZla ayarlanabildigi, uzunluk bak"an bir üst sIlEEtemsil etmektedir. Problar opsiyonel olarak, belirli tahlil kosullarlZbltlEUa bunlarI uygun ve optimal islevselligine katki bulunan belirli bilesenleri içerebilmektedir. Örnegin problar, nükleaz bozunmas- karsEldirençlerinin artlElIBiasEl (örnegin uç kaplama vasltâslýla), tespit IigandlarII taslErnasEl(örnegin floresin) veya bunlarIEI, bir kati] destek üzerinde yakalanmasII kolaylastlEIlBiasEl (örnegin poli- deoksiadenosin "kuyruklarlZ) için modifiye edilebilmektedir. Burada kullan-[gllîlüzere "primerler" terimi, bir nükleotit sekansII çogaltilüiaslîliçin polimeraz zincir reaksiyonu ("PCR") gibi bir çogaltma yönteminde kullanllâbilen oligonükleotitlere isaret etmektedir. Primerler, örnegin bir spesifik 16S rDNA sekansEblmak üzere berlili bir hedef sekansa ait polinükleotit sekanlela dayanarak tasarlanmaktadlB Primerlerin ve problarI tasarliüie onaylanmasÇIteknikte iyi bilinmektedir. Niceliksel gerçek zamanlEPCR yöntemleri için, bakIEl örnegin Rodriguez A ve meslektaslarlÇl(Methods Mol Burada kullan-[gEüzere "spesifik" bir nükleotit sekansIlEl, önceden belirlenen bir hedef sekans- melezlenecegi/bunu çogaltacaglîlve büyük oranda, tahlil kosullarElaltIa hedef olmayan bir sekansa melezlenmeyecegi/bunu çogaltmayacagElanIamlEh gelmektedir, genel olarak zorlaylEEkosullar kullan [IBiaktadlB Burada kullan-[giülizere "melezleme", önceden belirlenen kosullar altlEL'Ia, hangi nükleik asit bazlarII birbiriyle eslesebildigi ile ilgili olan belirli kurallarEliakiben, nükleik asidin iki klîinen veya tamamen tamamlayiEßlan zincirinin, spesifik ve stabil hidrojen baglarEIIe bir çift-Zincirli nükleik asidi meydana getirmek için antiparalel sekilde bir araya gelmesine izin verildigi bir prosese isaret etmektedir. kisinin, pozitif ve negatif kontrollerdeki melezleme verilerine göre sonucu pozitif olarak degerlendirecegi sekilde olacagüanlam. gelmektedir. "Arka plan gürültüsü" olarak degerlendirilen veriler, önemli melezleme degildir. yaklasim 35°C ila 65°C anlam. gelmektedir. Zorlaylîllllg ayrlEla, melezmele çözeltisi içerisinde mevcut olan iyonik türlerin konsantrasyonu ve tipi, mevcut olan denatüre etme ajanlarII tipleri ve konsantrasyonlarlZlve melezleme lelakl[gIl:lgibi reaksiyon parametreleri ile de belirlenebilmektedir. Genel olarak, melezleme kosullarEtIaha zorlaylEEhale geldikçe, stabil hibritler olusturulacaksa daha uzun problar tercih edilmektedir. Bir kural olarak, melezlemenin gerçeklesecegi kosullar. zorlaylEIDgÇlkullanllâcak olan tercih edilen problarI belirli Özelliklerini dikte edecektir. Tercihen, söz konusu nükleik asit sekansÇISEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen bir 168 rDNA sekansIlEI Belirli bir yapUândlEinada, söz konusu kit, bir insan sujede CRC ve/veya poliplere yönelik teshis, erken tespit, yineleme belirlemesi, gelisim riski belirlemesi veya tahmin; veya söz konusu insan sujede kolonoskopinin gerçeklestirilip gerçeklestirilmeyeceginin belirlenmesi; veya CRC ve/veya polip teshisi koyulan bir hastada prognozun belirlenmesi; veya CRC ve/veya poliplere sahip bir hastada bir terapinin yönlendirilmesi için kullanllüiaktadß Tercih edilen bir yapHândlElnada, kit ayrlEla, DNA özütleme araçlarümelezleme ve/veya çogaltmanI gerçeklestirilmesine yönelik araçlar, tespit araçsarEl/e/veya biyolojik numunenin toplanmasü ve/veya tutulmasi yönelik bir veya daha fazla kap içerebilmektedir. Belirli bir yapüândlîilnada, mevcut bulus, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2-13, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5-6, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12'den olusan primer çifti frubundan seçilen en az bir çift PCR primeri içeren, bir insan dlgklîlîl numunesinden kolorektal kanserin teshis edilmesine yönelik bir kit ile ilgilidir. Bir dördüncü yönde, mevcut bulus, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 13, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 6, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 9, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11, ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:12'den olusan gruptan seçilen; veya bunun en az %90 veya %100 özdeslige sahip bir nükleik asit sekansElile ilgilidir. Tercihen, Söz konusu sekanslar, SEKANS KIMLIK NUMARASI:1, SEKANS KIMLIK NUMARASI:4, SEKANS KIMLIK NUMARASI:7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:10'dan olusan listeden seçilen en az bir primerler olarak veya bir melezleme tahlilinde nükleik asit problarlîolarak kullanÜIhaktadlB Belirli bir yapilând [Binada, söz konusu nükleik asit sekansüSEKANS KIMLIK NUMARASI: 2-13, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5-6, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8-9 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11-12'den olusan gruptan seçilen bir çift PCR primeridir. Belirli bir baska yapllândlîtlnada, söz konusu nükleik asit sekansÇlSEKANS KIMLIK NUMARASI: 2, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 13, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 6, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 9, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11, ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:12'den olusan gruptan seçilen bir nükleik asit probudur. Bir besinci yönde, mevcut bulus, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 13, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 6, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 9, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11, ve SEKANS KIMLIK NUMARASI:12'den olusan gruptan seçilen; veya bunun en az %90 özdesligine sahip bir nükleik asit sekansIlEI, bulusa ait bir tarama yönteminde kullanIiEIle ilgilidiri burada SEKANS KIMLIK NUMARASI: 2 ve/veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 13, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1'in nicemlenmesinde kullanllîhaktadlîj SEKANS KIMLIK NUMARASI: 5 ve/veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 6, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4'ün nicemlenmesinde kuiianiiîhaktadia SEKANS KIMLIK NUMARASI: 8 ve/veya SEKANS KIMLIK NUMARASI: 9, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7'nin nicemlenmesinde kullanlIBIaktadlîj ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 11 ve/veya SEKANS KIMLIK NUMARASI:12, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10'un nicemlenmesinde kullan IIB1aktad lü Örnekler'de açlKlanan belirli yapllândlEinalarI örnek olarak gösterildigi ve bulusu sIlEllandlElnadgßnlasllâcaktlE Tarifnamede bahsi geçen tüm yayIar ve patent basvurularÇl bu bulusun ilgili oldugu, teknikte uzman kisilerin beceri seviyesini göstermektedir. Bu basvuru boyunca, "yaklasllZl' terimi, degerin belirtilen degeri ± %5, tercihen degerin belirtilen degeri ± %2 anlam. gelmektedir, en çok tercih edilecek sekilde "yaklasllZi' terimi, tamEliam- belirtilen deger (± %0) anlam. gelmektedir. ÖRNEKLER Örnek 1.-Malzemeler ve Yöntemler 1. Biyolojik numuneler Dlgklîhumuneleri, yakI zamanda kolorektal kanseri (CRC) (evre O-I) teshisi koyulan 27 hasta, Lynch sendromu tasEIEEJL) olan 24 hasta ve 19 saglllZlEliJireyden (C) elde edilmistir. Tüm hastalar, numunelerin aIlEl'nasIan en az 15 gün önce kolonoskopiye girmistir. Tamamüilgili bilgilendirilmis onamlîlmzalamlgtlB DISJama kriterleri, çallginadan önce 1 ay içerisinde antibiyotik tedavisini ve < 18 yas altIElkapsamaktadlEl 2.165 rDNA bakteriyel sekanslar: edilmis olan denatüran gradyan jeli elektroforezi (DGGE) jel bantlarlEla karsHJElgelmektedir. - , GQ411111.1 altIa EMBL-EBI Avrupa Nükleotit Arsivi (ENA) veritaban a yay-anmlSIIÜ - , GQ411118.1 aItIia EMBL-EBI Avrupa Nükleotit Arsivi (ENA) veritabanIa yaylanmlgtlü - , GQ411150.1 altlEUa, EMBL-EBI Avrupa Nükleotit Arsivi (ENA) veritaban a yay-anmlStlü - , GQ411152.1 altlfiha, EMBL-EBI Avrupa Nükleotit Arsivi (ENA) veritaban a yayIanmlgtlEi (ENA) veritabanEUa yayIanmlStB ve 3. Numune toplama, koruma ve saklama 24 saatlik dlgklîiumuneleri, bir ay boyunca -20°C'de dlgkEkabonda ve depoda toplanmlgtEve 4. Numunenin islenmesi ve DNA özütlemesi Dlgkljös-DNA özütlemesi için, NucleoSpin® Soil. (Macherey-Nagel) kullanilBilStE Biyo sI[t]II güvenlik kosullarültIa, 200mg-500mg dlgkljhumunesi, Nükleospin boncuk-tüp içerisine yerlestirilmistir. 700pl SL1 ve 150p| ArtlmISX, cam-tüpe eklenmistir. . Bunun ardIan, imalatçII talimatlarlîcllogrultusunda DNA özütlenmistir ve saflastlElIIhStlrîl ve 50UI elüsyon tamponu veya 10mM Tris HCI Ph=7.4 ile ayrlgtlElBilgtlEl 6. DNA konsantrasyonunun hesaplanmasü Özütün DNA konsantrasyonu, Quant-IT dsDNA Genis-ArallElEl'ahlil Kiti kullanllârak, Qubit ® 2.0 Florometre Katalog n° Q32866 ile florimetrik analiz vasitâslýla belirlenmistir. Bu yöntem, RNA'ya göre dsDNA için fazlaca seçicidir ve 2ng ila 1,000ng arallgiIa dogru bir nicemleme saglamaktadlEl Bu araIEIZta, floresan, DNA konsantrasyonu ile lineer olarak iliskilidir. DNA ölçümleri Sul özüt üzerinde gerçeklestirilmistir. 7. Dlgklîiumunelerinden özütlenen DNA'nIniceliksel qercek-zamanlIJPCR'si (GPCR) Digkiîhumunelerine ait DNA, niceliksel gerçek-zamanIEPCR ile analiz edilmistir. Özellikle, numune bas. dört bakteriyel popülasyonun niceligi taraflilîta degerlendirilmistir: B3, 810, 848 ve 846. Bakteriyel sekanslar, bir floresan dsDNA susu ile bir niceliksel gerçek zamanllIPCR kullan [lârak nicemlenmistir. Bu çallginada, Promega (Madison, ABD)'den ön-kariglînl BRYT ® kullanilîhlgtlü Öbakteriler, Furet ve meslektaslarEllarafIan açlKIanan prosedür takip edilerek Her bir numuneye yönelik bakteriyel bolluklar, toplam DNA konsantrasyonuna normalize edilen Ct olarak ifade edilmistir. Ct (döngü esigi), floresan sinyalin esigin geçmesi için gereken q-PCR döngüsü sayEZblarak tanIiIanmaktadE Ct seviyeleri, numune içindeki hedef nükleik asit konsantrasyonunun logaritmasEile ters orantllilîiß (yani Ct seviyesi azaldllîça, numunedeki hedef nükleik asit miktarlîirtmaktadî). Gerçek zamanlEliahliller, 40 çogaltma döngüsünden geçmistir. 8. Istatistik analiz vöntemleri Verilerin istatistiksel olarak normal dagIIJEHÇIKoImogorov - Smirnov Testi ile analiz edilmistir. Verilerin istatistiksel olarak normal bir dagllliîiiII olup olmad[glEb göre, asaglîzlhki gruplar. klibslanmasiüh yönelik uygun bir istatistik test kullanmlgtß Analiz edilen gruplar sunlardlîICRC'ye karsßagllKlEJ CRC'ye karsilynch, buna karsiBlsagIiEIEl CRC+Lynch'e karsElsaglllZIüve CRC'ye karsilynch-yüksek risk, buna karsELynch düsük risk, buna karsßagllKlEi Bu gruplar için, analiz edilen degiskenler sunlardlü - Ct'de ifade edilen dört bakteriyel sekans nicemlemesi; - Dört bakteriyel sekans nicemlemesinin oranlîl - AglElllEl ve - DNA konsantrasyonu Bir ikili regresyon ve ROC analizi kullanllârak, sagl[lZlEi/e CRC durumu ve risk (teçhizat içerisinde ve iki risk kosuluna ayrllîhgl arasIaki bakteriyel sekans nicemlemesinin korelasyonu, ve testin duyarlülglüle özgüllügü belirlenmistir. DNA ve aglEllEl bak"an gruplar arasIa bir fark gözlemlenmemistir. Öbakteri (Eub) miktarin, Lynch ve CRC+Lynch ve saglllîllîdonörler (C) arasIa farklüildugu bulunmustur ancak bu normal olarak degerlendirilmistir, zira hastal[g]I durumu, daha az sayilaki DNA kopyas- sahip bakterileri içeren filogenetik çekirdegin bir degisimini göstermektedir. Bu, toplam bakterinin azald[glIEgöstermemektedir (bakIlîJ örnegin, Sobhani ve meslektaslarlgl iç referans olarak kullanlEhamlStB Ornek 2. Primer TasarlEi üre onaylama Biyopsideki bakteriyel isaretçiler B3, BlO, B46, 848, 541 ve BSO'nin nicemlenmesine yönelik primer, biyoenformatik araçlar kullanllârak filogenetik gruplardan önceden elde edilen sekanslar ile klýbslama analizinden tasarlanmlgtß European Bioinformatics Institute (www.ebi.ac.uk), Netprimer (Premier Biosoft) ve PrimerExpress (Life Tecnologies-Thermo Fischer)'den CIustaIX. Seçilen tespit sistemi SybrGreen®'di. YaklEUaki gruplara göre farkllîblan 3'ten az pozisyona sahip primer kümesi dahil edilmemistir. Beklenenlerden farklljblan ayrlglna egrilerindeki Tm degerlerine sahip primer kümesi de dahil edilmemistir. Primer onaylamasü biyopsi numunesinde ve dlgkü numunesinde gerçeklestirilmistir. Ayrlgl'na egrisi, primer performanas analiz edilmesi için belirlenmistir. primerlerin onaylanmasi yönelik çogaltma çizimleri ve ayrllüia egrileri gösterilmektedir. Yeterli bir ayrlglna egrisini (her bir primer kümesi için tek tepe noktasmgösteren primerler, dlSkEhumunelerinde 165 rDNA'nI bakteriyel olarak nicemlenmesi için seçilmistir, AçlEgasü gösterilmektedir. Özgüllük eksikliginden dolayüerime egrilerinde her bir primer kümesi Için çoklu tepeler) 551 ve B40 dahil edilmemistir. seçilmis primer çiftleri. 33 Ileri (SEKANS KIMLIK NO: 2) GGAGGCCTTCGGGTCGTAA 33 Ters (SEKANS KIMLIK NO: 13) AGGTI'CCGGGGGC'I'l'CGG B46 Ileri (SEKANS KIMLIK NO: 8) TCCACGTAAGTCACAAGCG B46 Ters (SEKANS KIMLIK NO: 9) CGCCTACCTGTGCACTACTC B48 Ileri (SEKANS KIMLIK NO: 11) GTACGGGGAGCAGCAGTG B48 Ters (SEKANS KIMLIK NO: 12) GACACTCTAGATGCACAGTTTCC Örnek 3: Saglüillüsujelere karsEl kolorektal kanser hastalarIda 165 rDNA biyoisaretçilerinin analizi 7 kontrol ve 9 kolorektal kanser hastasi ait dlgkllârl toplamda 16 numunesi analiz edilmistir. Analiz edilen dlgkühumunelerinde, Örnek 1'de bahsi geçen bakteri isaretçilerinden her birinin nicemlemesi, Ct degeri olarak ifade edilmektedir. Ct (döngü esigi), floresan sinyalin esigin geçmesi Için gereken q-PCR döngüsü saylîüolarak tanIiIanmaktadlE Ct seviyeleri, numune içindeki hedef nükleik asit konsantrasyonunun IogaritmasElile ters orantlIJBJB (yani Ct seviyesi azaldllZga, numunedeki hedef nükleik asit miktarElartmaktadlE). Gerçek zamanlüahliller, 40 çogaltma döngüsünden geçmistir. Elde edilen sonuçlar, asaglîlla Tablolar 1 ve 2'de gösterilmektedir. Tablo 1, Ct mutlak degerlerini temsil etmektedir ve Tablo 2 ise Ct oranlarIEliemsil etmektedir. Iki numune t-testi uygulanmlîstlü Tablo 1. C1: tuz degerleri Kimlik Grup Durum B48 B46 B10 B3 *Dogruluk 60 68.75 68. F4 CRC 1 1.1 1.4 1.27 F16 CRC 1 1.45 KarsECl: Kolorektal kanserin teshisine ait duyarlilIlZl ve özgüllük, SEKANS KIMLIK NUMARASI: /SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranEliçin %75 ve 71; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranEliçin sßslýla %77 ve %71; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oranEiçin sEasMa %100 ve %100; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oranIZilçin sifaslîla %100 ve %100; ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/ SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oranEiçin sßisma %75 ve Sekiller 1, 2 ve 3, Ct degerlerinin oranlarlEb ait grafiksel temsillerdir (SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1). Sekiller 4 ve 5, Ct mutlaklarII grafiksel temsilleridir (SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7). Örnek 4. Lynch sendromu hastalarIda 165 rDNA biyoisaretçileri analizi: CRC'ye karslîyüksek risk (poliplere sahip), buna karsülüsük risk (poliplere sahip degil) Bu analizin amacÇIklinik göstergelerden önce kolorektal aknserin tespit edilmesine yönelik biyoisaretçi tahmini degerinin belirlenmediri. Lynch sendromuna sahip toplamda 8 birey (kolorektal kanser gelisimi bakIiIan genetik, artan risk) analiz edilmistir. Tüm bireyler, dEkEhumunesinin toplanmaslîitlan önce, bir yilllß maksimum zaman aralEgEtla kolonoskopiye girmistir. Endoskopik incelemeye göre, bunlardan 4'ü malign polipe (Yüksek Risk olarak adlandlEIlân) sahipti ve 4'ü ise polipe sahip degildi (Düsük Risk olarak adlandlElllân). Analiz edilen dlgküiumunelerinde, Örnek 1'de bahdi geçen bakteri isaretçilerinden her birinin nicemlemesi, Örnek 2'de aç[Elanan primerler kullanüârak belirlenmistir ve Ct degeri cinsinden nicemlenmistir. Elde edilen sonuçlar, asaglah Tablolar 3 ve 4'te gösterilmektedir. Tablo 3, Ct mutlakdegerlerini temsil etmektedir ve Tablo 4 ise Ct oranlarlElEiiemsil etmektedir. Iki numune t-testi uygulanmlgtlü Tablo 3. Ct tuz degerleri Kimlik Grup Durum B48 B46 B10 B3 P-degeri Risk Düsük Risk Tablo 4. Ct oranlarü F16 CRC 1 1.45 P-degeri Düsük Risk Düsük Risk Bikrobiyolojik oran isaretçileri, kolorektal kanser gelisimi baklEilEUan Yüksek Riske sahip birey grubunu (Lynch sendromuna ve poliplere sahip hastalar) ayI edebildi. Kolorektal kanserin yüksek riskli popülasyonunun tespitine ait duyarIUJIZJve özgüllük, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 için %80 ve %100; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASIzl oranüiçin süsüla %75 ve %75; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4 oranEl için siîasma %80 ve %100; SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1 oranüiçin sßsma %75 ve %75; ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10/SEKANS KIMLIK NUMARASI:1 oran [Için Sßslýla %75 ve %75 idi. Sekil 6, Ct degerlerinin oranlEla (SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4/SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1) ait bir grafiksel temsildir ve Sekil 7 ise Ct mutlaklarII (SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4) bir grafiksel temsilidir. Örnek 5: SaglEEIEIsujelere karsü kolorektal kanser hastalarIda 165 rDNA biyoisaretçilerinin analizi Dlgküiumuneleri, yak zamanda kolorektal kanser (CRC) (evre O-I) teshisi koyulan 27 hasta, ve sagllElEbireylerden (C) elde edilmistir. Tüm hastalar, numunelerin allEmaSlEUan en az 15 gün önce kolonoskopiye girmistir. Tamamüilgili bilgilendirilmis onamlîlmzalamlgtlü Dlglama kriterleri, çallglnadan önce 1 ay içerisinde antibiyotik tedavisini ve < 18 yas altIEkapsamaktadlB Tablo 5'te (asagübakllî), dört bakteriyel sekanSI nicemlemesinin, CRC hastalarEla ait dlgkllârdaki Ct'te anlamlEbir artigi sergiledigi gösterilmektedir. Bu, bu grupta dört bakteritel sekansI daha düsük bir yükünün oldugu anlam. gelmektedir. Bu dört bakteriye ait anlamlüsekilde azalan yük, CRC hastalar.. taranmasEiçin güçlü bir araç olabilmektedir. Bakteriyel isaretçilerin performansli ayrlZl ayrEl analiz edilmesi durumunda, CRC hastalarIIZ'P/094 özgüllük ve %48 duyarllIlKl ve 0.7 dogruluk ile tanIilayan sonuçlar. elde edildigi tarafIilîta anlasllßiaktadlîl duyarllülîlve %57 özgüllük ve %895 duyarIlIJJleergilemektedir. Bakteriyel sekanSIarI nicemlemesinin Ct'Si arasIakI oran hesaplanmlgtlB Hiçbir istatistiksel fark gözlemlenmese de, artlülEnE bir numunede bu oran. uygulanmasllîil, CRC'nin taramaSII tamamlanmasi: için kullanlgllîl bir algoritma olabilecegi göz önünde bulundurulmalIlEl Bu amaçla, ayrlEh, dört sekanSI kombinasyonu da, testin duyarlülglEl/e özgüllügünün artlEllBwasEbakIiIan göz önünde bulundurulmalIlEl Tablo 5. SagllElEbireyler ve CRC hastalarII (Ct'de ifade edilen) 4 bakteriyel sekanslarII ölçümü, Iki numune t-testi ve ROC analizi ile istatistiki analiz. Kimlik Grup Durum B3 B48 BiO B46 Duyarimiia %48 %36 %57 %615 Sekiller 14 ila 17, CRC ve sagllEllZKC) gruplarda, süslîda B3, BlO, B46 ve B48'e yönelik mutlak Ct degerlerinin grafiksel temsilini saglamaktadlü saglamaktadlB buna karsEsagIEIallZbireyler Bu analizin amacÇlklinik göstergelerden önce kolorektal aknserin tespit edilmesine yönelik biyoisaretçi tahmini degerinin belirlenmesidir. DlgkEhumuneleri, yakI zamanda kolorektal kanseri (CRC) (evre 0-I) teshisi koyulan 27 hasta, Lynch sendromu taslîlEIEIJL) olan 24 hasta ve 19 sagllElElbireyden (C) elde eidmistir. Tüm hastalar, numunelerin allEmaslîildan en az 15 gün önce kolonoskopiye girmistir. Tamamüilgili bilgilendirilmis onamszalamlSitE Dlglama kriterleri, çallgl'nadan önce 1 ay içerisinde antibiyotik tedavisini ve < 18 yas altIlIlkapsamaktadlEl Saglüîlübireyler, yakI zamanda CRC teshisi koyulan hastalar ve Lynch sendromu taslsîlîllârll dlgklîhumunelerindeki dört bakteriyel sekans nicemlenmîstir. Lynch sendromu taslsîlîllârükanser, spesifik olarak kolorektal kanser gelisimine genetik olarak yatkIlE Bu grup, kolorektal kanser neoplazmalela ve klinik göstergeye sahip olmayan bireylerden olusmaktad lîlve bir kolorektal kanser risk grubu olarak degerlendirilmektedir. Lynch sendromu grubunun, saglllîlühasta grubuna klýhsla B3 ve B48 Ct degerinin önemli bir artlgülihergiledigi gözlemlenmistir. DolayEMa, Lynch grubunda, dlSkEhumunesinde B3 ve Elbette ki, Lynch grubu, B10 dlglEtla, CRC'ye klîlasla bakteriyel sekans nicemlemesin bakIiIdan hiçbir istatistiksel fark sergilememektedir. Lynch grubunun mikrobiyolojik profilinin CRC'ye benzer oldugu anlasllüiaktadlü ancak bu grupta hiçbir klinik gösterge ve neoplazma gözlemlenmemektedir. Bu, bu dört bakteri sekansIan biri veya daha fazlalellEl tespit edilmesinin, CRC riskine sahip olan ve kolonoskopi arastlElnalela IhtiyacEloIabilen insanlar taranmasübakan etkili bir araç olabilecegi anlamlEb gelmektedir. Tablo 6. SaglllZJEbireyler, CRC hastalarüle Lynch sendromu taslîLIElErIa (Ct'de ifade edilen) 4 bakteriyel sekanslarII nicemlemesi, tek yönlü ANOVA ve ROC analizi ile istatistiki analiz. CRC'ye karsEC DuyarllHE %48 %36 %57 %615 Sekiller 18 ila 21, süsüa, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10 sekanslarII CRC, L ve c gruplarIaki mutlak Ct degerlerinin grafiksel temsilini saglamaktadE Sekil 28, saglllîllgh (C) karsllynch (L) analizinde B3, B10, B46 ve B48'e yönelik ROC egrilerini saglamaktad [El Sekil 30, CRC'ye karsElLynch analizinde B3, BlO, B46 ve B48'e yönelik ROC egrilerini saglamaktad [El Örnek 7: 165 rDNA biyoisaretçi analizi CRC + Lynch'e karsl3agl[lillü›ireyler Örnek 6 analizine göre, Lynch sendromu taslîlâlârÇICRC hastalar., dlgk. benzer bir mikrobiyolojik progile sahiptir. Dolaylgüa, bu deneyde, kolonoskopi arastlünasian önce, sagl[lZ]l:|bireerrde ve kolorektal kanseri riski olan bireylerde (CRC+L) kolorektal kanseri riskinin taranmas. yönelik dört bakteriyel sekansI nicemleme tespiti kullanIiI ait potansiyelin test edilmesi amaçlanmaktadB Tablo 7'de, Ct olarak ifade edilen bakteriyel sekanslarI nicemlemesi temsil edilmektedir. B3, Ct degerini anlamlElsekilde artlîrtlfgügözlemlenmistir. Dolayßîda, dlâklEIh bu bakterilerin seviyesi azalmaktadß CRC+L'de B10 ayrlEa, hiçbir istatistiksel fark gözlemlenmese de daha düsük bir sevye sergilemektedir (p=0.137). Kolorektal kanserin tespit edilmesinde bakteriyel nicemleme performanslîlegerlendiriIdiginde, sahiptir. Bakteriyel sekanslarlEl nicemlemesinin Ct'si arasIaki oran hesaplanmßtlü Hiçbir istatistiksel fark gözlemlenmese de (Mann-Whitney U testi ile B3/B46 p=0.061; iki numuneli t-testi analizi bu oran. uygulanmasIlEl, CRC'nin taramasII tamamlanmaslîlçin kullanSlEbir algoritma olabilecegi göz önünde bulundurulmalIlEl Bu amaçla, ayrlîa, dört sekansI kombinasyonu da, testin duyarIUJgiElve özgüllügünün artlîlllîhaslîbaklian göz önünde bulundurulmal- Tablo 7. SaglllZlübireylerin (C) ve kolorektal kanser riski taslýlan bireylerin (CRC+L) Ct'de ifade edilmis 4 bakteriyel sekanslarII ölçümü, iki numune t-testi ve ROC analizi ile istatistiki analiz. Sekil 22, süslýla CRC+ Lynch (L) ve saglilZ]El(C) gruplarda, sßslýla SEKANS KIMLIK NUMARASI: 1, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 4, SEKANS KIMLIK NUMARASI: 7 ve SEKANS KIMLIK NUMARASI: 10 sekanslarII mutlak Ct degerlerinin grafiksel temsilini saglamaktadlE saglamaktadlB Örnek 8: 165 rDNA biyoisaretçi analizi CRC'ye karsEL-Yüksek Risk, buna karsEL- Düsük Risk, buna karsBaglililEbireyler Bu örnekte, Lynch sendromu taslýlîllâria bakteriyel sekanslarI nicemlenmesi kullanllârak kolorektal kanser riskinin farklljsamalarII tanIilanmasIljimaçlamaktayEl Kolorektal neoplazma arkaplanlîila ve son kolonoskopisinde adenomalarI varlIg'lEla göre, Lynch sendromu taslýiîilârIÇl Yüksek risk (L-Yüksek Risk) ve Düsük risk (L-Düsük risk) kolorektal kanser olarak sIifIiandlîcliiEl 6 Yüksek riski ve 18 Düsük riskli birey bulunmaktaydlîl Dört bakteriyel sekansI nicemlenmesi gerçeklestirilmitsir ve farklEI gruplar arasEUa istatistiksel olarak hiçbir farklUIlZJgözlemlenmemistir. Yalnlîta BB seviyeleri için, C'ye karsil- Düsük riski (p=0.088, KruskaI-Wallis testi) ve C'ye karsEL-Yüksek riski (p=0.143, Kruskal- Wallis testi) klýbslayan, Ct'nin azalma egilimi mevcuttu. Bakteriyel sekanslarlEl nicemlenmesine ait Ct araletiaki oran hesaplanmlgtE KruskaI-Wallis testi uygulanmigtElve B3/BlO ve BlO/B46 oranlarÇlC ve L-Düsük risk arasEUa anlamllîbir fark sergilemistir. B3/B48 oranüC'ye karsEL-Yüksek riski klýhslayan anlamlEbir fark sergilemektedir. B3/BlO ve B48/BlO oranlarü CRC'ye karsElL-Yüksek Riskte anlamlEI sekilde farklIlmustur. ROC analizleri numune boyutundan dolaylîgerçeklestiriImemistir, ancak istatistiksek analizler göz önünde bulunduruldugunda, L-Düsük riskli grubu aylEil edebildiginden dolayßn iyi oranI B3/Blo olabildigi tahmin edilebilmektedir. Bu amaçla, dört sekansI kombinasyonunun ayrlEla testin gücünü artlmigllîl düsünülebilmektedir ve çok degiskenli lojistik regresyon analizleri gerçeklestirilmelidir, ancak numunenin boyutunun artlEllIhasgerekmektedir. TR TR TR TR TR TR TR
TR2019/09533T 2014-03-03 2015-03-03 Niceliksel pcr ile bir insan dışkısı numunesinden kolorektal kanserin teşhis edilmesine yönelik yöntem. TR201909533T4 (tr)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP14382074.4A EP2915884B1 (en) 2014-03-03 2014-03-03 Method for diagnosing colorectal cancer from a human feces sample by quantitive PCR

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TR201909533T4 true TR201909533T4 (tr) 2019-07-22

Family

ID=50241352

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TR2019/09533T TR201909533T4 (tr) 2014-03-03 2015-03-03 Niceliksel pcr ile bir insan dışkısı numunesinden kolorektal kanserin teşhis edilmesine yönelik yöntem.

Country Status (17)

Country Link
US (1) US10927416B2 (tr)
EP (2) EP2915884B1 (tr)
JP (2) JP7053146B2 (tr)
KR (1) KR102354660B1 (tr)
CN (1) CN106574294A (tr)
AU (1) AU2015226203B2 (tr)
CA (1) CA2941502C (tr)
DK (1) DK3114234T3 (tr)
ES (2) ES2661684T3 (tr)
HR (1) HRP20191108T1 (tr)
IL (1) IL247370B (tr)
MX (1) MX375586B (tr)
PT (1) PT3114234T (tr)
RU (1) RU2692555C2 (tr)
SI (1) SI3114234T1 (tr)
TR (1) TR201909533T4 (tr)
WO (1) WO2015132273A1 (tr)

Families Citing this family (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3130680A1 (en) 2015-08-11 2017-02-15 Universitat de Girona Method for the detection, follow up and/or classification of intestinal diseases
CN105543354B (zh) * 2015-12-31 2019-07-26 广州市康立明生物科技有限责任公司 一种肿瘤分子检测/诊断试剂
US20190125808A1 (en) * 2016-03-30 2019-05-02 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Methods of preventing, treating and detecting colorectal cancer using butyrate producing bacteria
CN108690864A (zh) * 2017-10-31 2018-10-23 中山大学 一种粪便样本中菌群稳态评价方法及在结直肠癌筛查中的应用
KR102282490B1 (ko) 2018-01-12 2021-07-28 주식회사 엠디헬스케어 패칼리박테리움 프라우스니찌 유래 나노소포 및 이의 용도
WO2019226035A1 (ko) * 2018-05-25 2019-11-28 주식회사 엠디헬스케어 Qpcr 분석을 통한 대장암 진단방법
CN110857450B (zh) * 2018-08-22 2023-04-07 深圳华大生命科学研究院 结直肠癌标志物及其应用
WO2020093040A1 (en) * 2018-11-02 2020-05-07 The Regents Of The University Of California Methods to diagnose and treat cancer using non-human nucleic acids
JP2022523596A (ja) 2019-03-13 2022-04-25 グッドガット エッセ．エッレ． 結腸直腸進行新生物、進行腺腫、及び／又は結腸直腸癌をスクリーニング、診断、及び／又はモニタリングする改善された方法
EP3950929A4 (en) * 2019-03-28 2023-01-04 CJ Bioscience, Inc. FAECALIBACTERIUM SP. MICROBE AND ANTI-CANCER COMPOSITION WITH IT
AU2020277502A1 (en) * 2019-05-23 2021-12-23 American Molecular Laboratories, Inc. Methods for detection of rare DNA sequences in fecal samples
KR102308931B1 (ko) * 2019-05-24 2021-10-06 주식회사 엠디헬스케어 qPCR 분석을 통한 대장염 진단방법
CN111500732A (zh) * 2020-05-25 2020-08-07 福建医科大学 微生物在作为子宫内膜癌的诊断标志物中的应用和试剂盒
CN117305487A (zh) 2020-05-27 2023-12-29 微度(苏州)生物科技有限公司 一种用于结直肠癌早期诊断的生物标志物组合物及应用
CN112048564A (zh) * 2020-08-11 2020-12-08 康美华大基因技术有限公司 一种快速检测瘤胃球菌的荧光定量pcr引物组、试剂盒及其应用
CN114107527A (zh) * 2021-12-10 2022-03-01 中国药科大学 用于检测丁酰辅酶a脱氢酶基因的引物对及试剂盒
CN115261271B (zh) * 2022-08-01 2023-12-12 厦门承葛生物科技有限公司 一种肠道菌群的高通量分离培养与筛选方法
CN115963268B (zh) * 2023-02-14 2023-09-19 浙江大学 一种用于结直肠癌早期诊断的血浆分泌蛋白组合及应用
CN117051113B (zh) * 2023-10-12 2023-12-29 上海爱谱蒂康生物科技有限公司 生物标志物组合在制备预测结直肠癌的试剂盒中的应用

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6054278A (en) 1997-05-05 2000-04-25 The Perkin-Elmer Corporation Ribosomal RNA gene polymorphism based microorganism identification
WO2001023608A2 (en) 1999-09-27 2001-04-05 Merck Sharp & Dohme De Espana, S.A.E. Hybridization probes which specifically detect strains of the genera microbispora, microtetraspora, nonomuria and planobispora
JPWO2009057695A1 (ja) * 2007-10-30 2011-03-10 オリンパス株式会社 遺伝子解析による腺腫又はがんの検出方法
JP2009165401A (ja) * 2008-01-16 2009-07-30 Olympus Corp 標的物質の定量方法
WO2010010914A1 (ja) * 2008-07-23 2010-01-28 オリンパス株式会社 糞便試料からの核酸回収方法、核酸解析方法及び糞便試料処理装置
US20140171339A1 (en) * 2011-06-06 2014-06-19 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and kits for detecting adenomas, colorectal cancer, and uses thereof
MX2015011700A (es) * 2013-03-05 2016-07-20 Univ Groningen Uso de la bacteria faecalibacterium prausnitzii htf-f (dsm 26943) para suprimir la inflamacion.
EP2971127B1 (en) * 2013-03-14 2018-02-28 University Of Ottawa Methods for the diagnosis and treatment of inflammatory bowel disease
CN105473738B (zh) * 2013-08-06 2018-09-21 深圳华大基因科技有限公司 结直肠癌生物标志物

Also Published As

Publication number Publication date
ES2734143T3 (es) 2019-12-04
RU2016138766A (ru) 2018-04-03
CN106574294A (zh) 2017-04-19
US10927416B2 (en) 2021-02-23
JP2020146052A (ja) 2020-09-17
SI3114234T1 (sl) 2019-09-30
EP3114234B1 (en) 2019-04-24
ES2661684T3 (es) 2018-04-03
EP2915884B1 (en) 2017-12-06
KR102354660B1 (ko) 2022-01-24
CA2941502A1 (en) 2015-09-11
EP2915884A1 (en) 2015-09-09
PT3114234T (pt) 2019-07-12
US20170096709A1 (en) 2017-04-06
WO2015132273A1 (en) 2015-09-11
DK3114234T3 (da) 2019-07-15
MX375586B (es) 2025-03-06
AU2015226203A1 (en) 2016-10-20
AU2015226203B2 (en) 2020-11-12
CA2941502C (en) 2023-09-26
JP7053146B2 (ja) 2022-04-12
MX2016011377A (es) 2017-05-04
IL247370B (en) 2020-07-30
IL247370A0 (en) 2016-11-30
RU2016138766A3 (tr) 2018-04-03
RU2692555C2 (ru) 2019-06-25
KR20170028296A (ko) 2017-03-13
EP3114234A1 (en) 2017-01-11
HRP20191108T1 (hr) 2019-09-20
JP2017508464A (ja) 2017-03-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP3114234B1 (en) Method for diagnosing colorectal cancer from a human feces sample by quantitive pcr
Lopez-Siles et al. Mucosa-associated Faecalibacterium prausnitzii and Escherichia coli co-abundance can distinguish Irritable Bowel Syndrome and Inflammatory Bowel Disease phenotypes
JP7095210B2 (ja) フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ系統群ｉ及び／又は系統群ｉｉのメンバーの定量方法並びに該メンバーのバイオマーカーとしての使用
JP7139248B2 (ja) 孤発性大腸癌発症可能性の判定方法
CN107075446A (zh) 用于肥胖症相关疾病的生物标记物
CN105473738A (zh) 结直肠癌生物标志物
TWI456197B (zh) 作為早發性大腸直腸癌之生物標記的（ｌｉｎｅ－１低甲基化作用）
CN105473739A (zh) 结直肠癌生物标志物
CN118043480A (zh) 用于检测肝癌的otx1甲基化标志物
WO2017137427A1 (en) Detection of cancer of the esophagus
Yu et al. Novel DNA methylation biomarker panel for detection of esophageal adenocarcinoma and high-grade dysplasia
Tocia et al. Tissue and Circulating MicroRNA-31, MicroRNA-200b, and MicroRNA-200c Reflects Disease Activity in Crohn's Disease Patients: Results from the BIOMIR Study.
CN118043481A (zh) 用于检测肝癌的hist1h3g甲基化标志物
CN110283910A (zh) 目标基因dna甲基化作为分子标志物在制备判别结直肠组织癌变进展试剂盒中的应用
US8568984B2 (en) Methods of diagnosing non-urinary tract diseases by detecting aberrant methylation
WO2024156754A1 (en) Cancer associated microbiota and its use in predicting cancer progression
CN114746551A (zh) 大肠癌诊断用标志物、辅助大肠癌的诊断的方法、收集数据以用于大肠癌诊断的方法、大肠癌的诊断试剂盒、大肠癌治疗药物、大肠癌的治疗方法、大肠癌的诊断方法
TWI626314B (zh) 評估罹患大腸直腸癌風險的方法
HK1232919A1 (en) Method for diagnosing colorectal cancer from a human feces sample by quantitive pcr
HK1232919B (en) Method for diagnosing colorectal cancer from a human feces sample by quantitive pcr
Borgognone et al. Performance of 16S metagenomic profiling in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded versus Fresh-Frozen colorectal cancer tissues. Cancers (Basel). 2021; 13: 21
WO2024192053A1 (en) Methods of developing cancer diagnostic models and uses thereof in developing cancer detection methods
US20190218617A1 (en) Prognostic method
HK1240980B (zh) 用於肥胖症相关疾病的生物标记物