WO1998010102A2 - Bacteries multiresistantes, procedes d'obtention et utilisation - Google Patents

Bacteries multiresistantes, procedes d'obtention et utilisation Download PDF

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    • C12R2001/01—Bacteria or Actinomycetales ; using bacteria or Actinomycetales
    • C12R2001/46—Streptococcus ; Enterococcus; Lactococcus

Definitions

  • the present invention relates to new strains of lactic acid bacteria having resistance to stress, the process for obtaining said strains as well as their use in particular in fermentation processes.
  • the subject of the present invention is new bacterial strains which exhibit increased resistance to stress.
  • bacterial growth in laboratories has been studied for decades and it is known that the growth of bacteria in the laboratory. follows a sigoid curve, thus, when inoculating a fresh medium, there is a latency period during which the bacteria prepares for growth, followed by cell multiplication in which the cells grow exponentially up to 'that the environment becomes a limiting condition for growth. It is at this point that the cells enter what is called the stationary phase during which multiplication is stopped and the metabolism of the cells decreases. Survival during these three growth phases, i.e. the latency, exponential and stationary phases. can vary very significantly depending on the specific growth conditions and the type of strain used.
  • laboratory conditions are optimal conditions for growth, in industrial fermentation processes one can find conditions that lead to the death of bacteria. Below are given examples in which the survival of lactic acid bacteria depends on the growth conditions.
  • L. lactis like other lactic acid bacteria, acidify the medium during their growth and are able to withstand acidic conditions up to pH 4, which is reached during the stationary phase. However, if the culture medium is brutally acidified during the exponential phase, the cells die quickly.
  • the cells can be adapted to low pH by first exposing them to intermediate pH, between pH 5 and 6 for example, before moving to lower pH. In this case, better survival is obtained.
  • L. lactis cells die if they are exposed to high temperatures (eg 55 ° C). However, if they are exposed to intermediate temperatures (37 ° C) before a thermal shock, there is a better survival of the cells.
  • the heat shock genes include in particular dnaJ, grpE-dnaK, groELS and h ⁇ B
  • the genes to involve in repairing damage caused by oxygen include in particular recA and sodA
  • each bacterial species has a specific niche and must therefore be adapted to its particular environment Under these conditions, the regulators of the stress response genes may be different for different organizations
  • control There is a great deal of information concerning the control of stress responses in different bacteria Essentially two types of control seem to exist * one type of control which induces genes in response only to specific stress, the other type of control resulting in the expression of many genes that will protect the cell against different types of stress In bacteria, the first type of control can be done via activators, repressors or metabolites, while the second type of control can be carried out by transcription enzymes, RNA polymerase (by ⁇ factors)
  • the present invention relates to the discovery of genes involved in stress resistance and whose mutation leads to an increase in stress resistance of the corresponding bacteria
  • the present invention relates to bacteria having an improved resistance to stress compared to the parental strain, characterized in that they comprise at least one mutation in a gene which alters the normal activity of said gene, this gene being involved.
  • GTP GTP, (p) ppGpp which we will call GP in the rest of the text, the genes of the clone RI 1 (pstS), RI 4 (arll), RI 5 (glnP), RI 7 (carB), RI 8 ( glnP), RI 14 (arl2), RI 16 (glnP), RI 17 (glnQ), RI 20 (arl3), R2 6 (pstB), R2 9 (reciV), R2 1 1 (arl4), R2 15 (arl5 ), R2 17 (arlT), R2 20 (arl8,
  • the mutation in question may also be a mutation by insertion of a DNA sequence, deletion of a DNA sequence and / or point mutation by means for example of a mutagenic agent or by spontaneous mutation
  • insertion of a DNA sequence use will be made of the introduction of mobile genetic elements such as insertion sequences as will be described in the example with ISS /
  • the DNA when the DNA is inserted, it will be DNA coming from the same species, this so as to keep the acceptability on the agri-food level of the strain thus obtained
  • lactic acid bacteria in particular Lactobacilhts, Lactococcus and Streptococcus
  • the bacteria thus obtained exhibit an increase in resistance to certain stresses or to a set of stress conditions. It is possible to envisage multiple mutations on different genes For each specific problem posed, it is preferable to compose a set of bacteria mutated in different genes and to select the most appropriate mutants for the stress conditions which are likely to arise during the fermentation process.
  • the present invention also relates to a fermentation process using a bacterium according to the present invention and in particular the fermentation processes using milk or milk by-products as the fermentation medium.
  • a fermentation process using a bacterium according to the present invention and in particular the fermentation processes using milk or milk by-products as the fermentation medium.
  • fermented milk products such as yogurts and equivalent products as well as the preparation of cheeses.
  • the bacteria according to the present invention can also be used for the preservation of food products or for probiotic purposes.
  • Figure 1 illustrates the mutagenesis system via the plasmid pGh: ISS /.
  • Figure 2 illustrates the obtaining of mutants lacking foreign DNA.
  • Figure 3 illustrates the identification process of the mute gene
  • Figure 4 represents the biosynthetic pathway of GP SEQ ID N ° 1 to 34 represent the sequences of the mutated genes, at the origin of multiresistance, at the junctions of the insertion plasmid, the microorganisms concerned being from what has been called Selection 1 in the example
  • SEQ ID N ° 35 to 44 represent the sequences of the mutated genes, at the origin of multiresistance, at the junctions of plasmid insertion, the microorganisms concerned being from what has been called Selection 2 in the example
  • SEQ ID N ° 45 to 52 represent the sequences of mutated genes by site-directed mutagenesis
  • SEQ ID N ° 53 to 71 represent a list of the sequences of the mutated genes, in the presence of an acid resistance superior to the parental strain (data not shown) at the junctions of the plasmid insertion, the mutants being derived from the
  • FIG. 1A represents a microorganism cell with its chromosome, into which the plasmid pGh ISS / which contains the replicon pG + host (Ts on), an antibiotic resistance gene (Ab * ⁇ ) and a mobile element ISS / At 30 ° C, the plasmid replicates in the microorganism cell
  • FIG. 1B represents the population of mutant bacterial cells resulting from the integration of the plasmid into the bacterial chromosome after duplication of the ISS / Indeed, at 37 ° C., the plasmid repation is inactive and the plasmid is lost unless the bacteria undergoes transposition event
  • FIG. 2 A represents the chromosomal structure of a mutant obtained by transposition of the ISS / The duplicated ISS elements /, frame the plasmid pG + host At 30 ° C., the rephcation of the pG + host is activated and stimulates the recombination homologous between ISS / duplicate sequences
  • Figure 2B shows the homologous recombination taking place between the two ISS sequences / leading to the excision of the plasmid pGh ISS / which is then lost when the strain is spread at a non-permissive temperature of 37 ° C.
  • the mutated strain contains only one copy of ITSS / which is a sequence originating from the mutated microorganism, which therefore contains no trace of foreign DNA
  • FIG. 3 represents the cloning of the junctions between the ISS / and the chromosome
  • the Hindlll and EcoR ⁇ restriction sites are unique in the transposed structure and are located on either side of the plasmid pG + host
  • Digestion by Hindlll of the Chromosomal DNA of the mutant produces a fragment consisting of the pG + host and the right junction ISS / - chromosome After circularization, this fragment is established as a plasmid in E. coli or other bacteria.
  • the junction is then sequenced by means of primers corresponding to the sequence of the ISS / or that of the pG + host.
  • the left junction ISS / - chromosome is obtained by applying the same procedure after digestion with
  • SEQ ID Nos. 1 to 34 represent the sequences of the mutated genes as they could be determined in accordance with the protocol illustrated in FIG. 3 An "R" code was given to identify each gene concerned Each sequenced junction was compared, in terms of homology, to the sequences of already known microorganisms, and when one of them was identified, it was mentioned NS means that no significant homology with an already known gene could be established The data numeric appearing (for each junction identified), corresponds to the probability that the sequence represented will not be identical to the already known genes mentioned
  • SEQ ID N ° 35 to 44 represent the sequences of the mutated genes as determined in accordance with the protocol illustrated in Figure 3 (unless otherwise indicated)
  • SEQ ID N ° 45 to 52 represent the sequences of internal fragment of certain genes whose junction sequence had already been determined in accordance with SEQ ID N ° 1 to 34.
  • the internal fragment of the gene in question was amplified by PCR then sequenced on the two strands. These fragments were then used to inactivate, by homologous recombination, the corresponding genes in the wild strain so as to verify that the multidrug resistance phenotypes were indeed due to the inactivation of these genes.
  • SEQ ID Nos. 53 to 71 represent only the sequences of the genes whose inactivation has made it possible to demonstrate at least one resistance to the acid of the strains concerned.
  • Lactococcus lactis is a bacterium which, in the wild state, has the following characteristics: on a medium at 30 ° C., whether the pH is 7 or 5.5, it has the same spreading efficiency; on a medium at 37 ° C, the spreading efficiency on pH 7 is 10 ⁇ times higher than that obtained on pH 5.5 or pH 5.
  • a group of mutants comes from the wild strain MG1363 of .Lactococcus lactis and consists of mutants having at 37 ° C a spreading efficiency on a medium at 37 ° C at pH 5.5 between 1 and 0.01 relative to pH 7. Thirty mutants were thus isolated.
  • a second group of mutants comes from the wild strain MG1363 of Lactococcus lactis previously mutated in the recA gene making it sensitive to ultraviolet radiation.
  • This strain called VEL1 122, is sensitive to temperature. It was found that at the temperature of 39.3 ° C. (with a pH of the medium of approximately 7 but not determining) the strain recA had a spreading efficiency of less than 10 " - ⁇ when the wild strain MG1363 had a spreading efficiency of 1. Mutants were selected from the VEL1 122 strain capable of growing at a temperature of 39.3 ° C. About twenty mutants were thus isolated.
  • thermosensitive plasmid pGh ISS / (cf. reference 16).
  • This plasmid consists of the replicon pG + host (Ts ori), a gene for resistance to an antibiotic (in the present case erythromycin) and the mobile element ISS / (cf. FIG. 1).
  • This plasmid has the particularity of replicating in cells at 30 ° C, but not at 37 ° C or more.
  • This plasmid can integrate into the chromosome of bacteria via an ISS / transposition event. During transposition, the entire plasmid, flanked on either side by 1TSS / is integrated into the chromosome.
  • the transposon integration sites are random.
  • the bacteria that have integrated the plasmid pGh: ISS / into their chromosome therefore retain resistance to erythromycin at 37 ° C or more. Consequently, among the bacteria having undergone the above mutagenesis, those which are still capable of growing in the presence of antibiotics on a medium at 37 ° C. or higher are selected. These bacteria have undergone a transposition event which generates random mutations.
  • mutants more resistant to stress were selected according to the methods previously indicated (Selection 1 or 2).
  • the mutants resulting from Selections 1 and 2 are subjected to a temperature of 30 ° C. which activates the rephcation of the pG + host and stimulates the homologous recombination between the ISS / duplicated sequences which results in the excision of the plasmid pGh: ISS /.
  • the bacteria in question therefore contain, inserted in their chromosome, only one copy of the ISS / (cf. Figure 2)
  • the final strain mutated by insertion of the ISS / is stable and does not contain DNA foreign to Lactococcus, it therefore constitutes a food-grade mutant.
  • Lactococcus lactis bacteria thus obtained (Selection 1 or Selection 2 mutants) are then subjected to different stress conditions in respect of which their resistance has been tested compared to that of the parental strain subjected to the same conditions.
  • the genes identified in Table I correspond to SEQ ID Nos. 1 to 34.
  • microorganisms grown at 30 ° C, are directly subjected to a thermal stress of 55 ° C.
  • microorganisms, cultured at 30 ° C are subjected for 15 minutes to a temperature of 37 ° C and then to a thermal stress of 55 ° C. actual survival of the parental strain; this value is then reduced to 1.
  • NAME / KEY RI. 1-EcoRI junction: clone SS80 L. lactis (3e-14)
  • NAME / KEY RI. 1-Hindlll junction: clone SS80 L. lactis (3e-47)
  • NAME / KEY RI. 5-EcoRI junction: GlnQ. E. coli (3. e-1!
  • NAME / KEY RI. 5-Hindlll junction: GlnQ. E. coli (6.6e-3)
  • NAME / KEY RI. 7-Hindlll junction: carbamoyl-phosphate synthase.B.caldolyticus (3.9e-ll)
  • NAME / KEY RI. 8-EcoRI junction: GlnH. E. coli (5.3e-29)
  • CGTNCAATTC CGCTTTTAGT GTTAANAATC TTTATCTTCT ANGGGATTCC TAANCTTCTA 420
  • CAAATCATT 429 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO: 10:
  • CTCGTTTAAC TTATCGTGGC ATAATCTTAT ATCAAGCTAT CTAATCATGT TTTATCACTG 120
  • AACACGTTGT TTGTGTCCTC CAGAAAGCAT TCTGGCATCG CGTCTTTTTT GTCTGCCAAG 300
  • TTTACTTCAC CAGAAGATTT TGTTCCTCCG TGATAGCTTG ATACGGTCAT AAAATCAGTT 300
  • NAME / KEY R2.2-EcoRI junction: Rel. S. equisimilis (1.4e-53)
  • NNATCTCAAC TCGGTCCCCT GTTTTTAATT GAACAGATAA AGGTTTCATA CGTCCATTIA 120
  • GAGCGGCCGC CACCGCGGTG GGATCCTCTA GAGTCTAGGG ACCTCTTTAG CTCCTTGGAA 540
  • AAAATAGTAA AAAGAAAGTC CATGAATTGA TAGCGTGTTT TC ⁇ CCTCCCA AATGATGGTA 540
  • GGTTTTTNNN NNNNNNTGAC TTTATTTAGC TTAAGAGCCG AATGNTATAA ACCTTGTATT 60
  • NAME / KEY R2.3-Hindi junction 11: GuaA. B. subtilis (2.4e-33)
  • TATTACGANC AAACCACCAG CAACTGTTGA GTGGCANTAC CAATAAAAAA ACTGATAGCA 360
  • NAME / KEY R2.6-EcoRI junction: Hypothetical ABC transporter.
  • GACTATTCAA GCCTGAATAA TATTCGGACG ACAATGACCG AATTGGATAG AATGGCAATT 180
  • AACATCTCCT AAAGAATATC ATAATATTAG GGAAAAGAGT AAAAATGAAA GCGCTATAGT 240
  • AAAGCAACTT CCTAAAGACT TGTCAAAAAG AATCCTAAAC CTAGTGTACG CCAAAGTCCT 480
  • TCAACTCNTA TCATTCCTTT AAGGNGCCCC CATTGACAAT ATACCTTGTA TTTGATTTCN 60
  • TAAACTTTGC AACAGAACCC TTGNAAAGTC ATTTTTGGCA GATAAGCGGT CATGGTGTGC 120
  • AAGATTGAGC AAAATGAAAG GATATTTATC CCATTCAACG CCAAAGAGGC CAGTCACATT 240
  • GACAAACATC CAGACTACTA ⁇ ATACCGAGA TAGGTGATAA TAAAAGCCCA CGAACCGACG 300
  • CAACTTTTTC ACGAATATCT TTGATTTGCA TATCAATGAA GTTTTCCATT GACCAGTTCC 300
  • CTCGAGGTCG ACGGTATCGA TAAGCTTGAT ATCGAATTCC TGCAGCCCTG AATTAGTCGA 60
  • NAME / CLE relA gene (inactive in mutant R2.2) strand 2 sequence (complementary)
  • NAME / CLE guaA gene (inactive in mutants R2.3 and R2.14) strand 1 sequence
  • NAME / CLE guaA gene (inactive in mutants R2.3 and R2.14) strand 2 sequence (complementary)
  • AAATTAAAAA ACGATTATTA ATCGTTTTTTTT TATCTTATAA TGAATTAAAT AATTCTTGAA 240
  • CTGTTCAAAA AATTTTTGAA AAAAGCCCTA ANATAAATTC ATCAATCTCC AAGTTCAAAA 660
  • GGTTTTTNNN NNNNNNTGAC TTTATTTAGC TTAAGAGCCG AATGNTATAA ACCTTGTATT 60

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Abstract

L'invention concerne des bactéries présentant une résistance aux stress améliorée par rapport à la souche sauvage, caractérisées en ce qu'elles comportent au moins une mutation dans un gène qui altère l'activité normale dudit gène, ce gène étant impliqué dans le transport d'électron, d'acides aminés, d'oligopeptides, du phosphate, de la réparation de l'ADN, de la stabilité des ARN ou de nouveaux gènes et choisi parmi: les gènes de la voie de biosynthèse des GP, les gènes du clone R1.1 (pstS), R1.4 (arl1), R1.5 (glnP), R1.7 (carB), R1.8 (glnP), R1.14 (arl2), R1.16 (glnP), R1.17 (glnQ), R1.20 (arl3), R2.6 (pstB), R2.9 (recN), R2.11 (arl4), R2.15 (arl5), R2.17 (arl7), R2.20 (arl8, yybT), pstS, pnpA, et trl1.

Description

BACTERIES MU TIRESISTANTES, PROCEDES D'OBTENTION
ET UTILISATION
La présente invention concerne des nouvelles souches de bactéries lactiques présentant des résistances aux stress, le procédé d'obtention desdites souches ainsi que leur utilisation notamment dans des procédés de fermentation
L'un des facteurs importants dans les procédés de fermentation est la qualité de la croissance et de la survie des ferments bactériens, ainsi que la survie bactérienne dans le produit final Ainsi, les souches qui se sont révélées croître très bien en laboratoire peuvent tout à fait se révéler sensibles à des conditions de stress intervenant lors des fermentations industrielles, par exemple par acidification du milieu (qui est une conséquence naturelle de la croissance), augmentation de la température, présence ou absence d'oxygène, présence de sel (en particulier pour la préparation des fromages) ou problèmes liés au froid (durant le stockage) Des taux de survie insuffisants des bactéries peuvent conduire à des mauvaises fermentations et à un accroissement de la mortalité dans la conservation des cultures ferments
C'est pourquoi la présente invention a pour objet de nouvelles souches bactériennes qui présentent une résistance accrue aux stress De façon générale, la croissance bactérienne dans les laboratoires a été étudiée depuis des dizaines d'années et on sait que la croissance des bactéries en laboratoire suit une courbe sig oide, ainsi, lors de l'inoculation d'un milieu frais, il y a une période de latence pendant laquelle la bactérie se prépare à la croissance, suivie par une multiplication cellulaire dans laquelle les cellules croissent de manière exponentielle jusqu'à ce que le milieu devienne une condition limitante pour la croissance. C'est à ce point que les cellules rentrent dans ce qui est appelé la phase stationnaire durant laquelle la multiplication est arrêtée et le métabolisme des cellules diminue. La survie durant ces trois phases de croissance, c'est-à-dire les phases de latence, exponentielle et stationnaire. peut varier de façon très importante en fonction des conditions spécifiques de croissance et du type de souche utilisée Bien que les conditions de laboratoire soient des conditions optimales pour la croissance, dans les processus de fermentation industrielle on peut trouver des conditions qui conduisent à la mort des bactéries. Ci-après on donne des exemples dans lesquels la survie des bactéries lactiques dépend des conditions de croissance.
1. L. lactis, comme d'autres bactéries lactiques, acidifient le milieu durant leur croissance et sont capables de supporter les conditions acides allant jusqu'à pH 4, pH qui est atteint durant la phase stationnaire. Toutefois, si le milieu de culture est acidifié brutalement durant la phase exponentielle, les cellules meurent rapidement. Les cellules peuvent être adaptées à des bas pH en les exposant tout d'abord à des pH intermédiaires, entre pH 5 et 6 par exemple, avant de passer à des pH plus bas. Dans ce cas, on obtient une meilleure survie.
2. Les cellules de L. lactis meurent si elles sont exposées à des hautes températures (par exemple 55°C). Toutefois, si on les expose à des températures intermédiaires (37°C) avant un choc thermique, on note une meilleure survie des cellules.
3. L'oxygénation par agitation constitue une partie du processus de fermentation, L. lactis est tolérant à l'oxygène durant la croissance. Néanmoins, les cellules oxygénées meurent plus rapidement lors de la phase stationnaire.
4. Lors de la préparation du fromage durant la phase de maturation on ajoute du sel. Les cellules en phase stationnaire sont plus résistantes au traitement par le sel que dans la phase exponentielle.
Ces exemples montrent des conditions de stress qui peuvent conduire à une survie très faible de L. lactis, même si dans certains cas le taux de survie peut être augmenté par une préadaptation des cellules aux stress.
L'existence d'un mécanisme de résistance au stress a été établie dans toutes les bactéries examinées jusqu'à présent. Dans chaque cas, un stress particulier conduit à l'induction de l'expression d'un ensemble de gènes qui aide la cellule à survivre au stress Les différentes protéines qui sont synthétisées en réponse au stress sont souvent fortement conservées De nombreux gènes requis pour un stress particulier, par exemple l'endommagement de l'ADN (induit par l'oxygène ou les rayonnements ultraviolets) ou le choc thermique, ont été identifiés dans L. lactis par homologie avec les gènes connus dans E. coli ou d'autres organismes Les gènes du choc thermique (Heat shock gènes) comprennent notamment dnaJ, grpE-dnaK, groELS et hβB Les gènes à impliquer dans la réparation des dommages causés par l'oxygène comprennent notamment recA et sodA Néanmoins, chaque espèce bactérienne présente une niche spécifique et doit par conséquent être adaptée à son environnement particulier Dans ces conditions, les régulateurs des gènes de réponse au stress peuvent être différents pour différents organismes
Il existe un grand nombre d'informations concernant le contrôle de réponses aux stress dans différentes bactéries Essentiellement deux types de contrôle semblent exister * un type de contrôle qui induit les gènes en réponse seulement à un stress spécifique, l'autre type de contrôle résultant en l'expression de nombreux gènes qui vont protéger la cellule contre différents types de stress Dans les bactéries, le premier type de contrôle peut se faire par l'intermédiaire d'activateurs, de represseurs ou de métabolites, tandis que le second type de contrôle peut être effectué par les enzymes de transcription, l'ARN polymérase (par les facteurs σ)
Dans E. coll. le facteur σ impliqué dans la réponse aux stress en général, est σs, le facteur σ de la phase stationnaire Dans B. subtilis, la réponse générale aux stress semble être régulée par un facteur σ*°. Dans L. lactis, aucun facteur σ de stress spécifique n'a pu être isolé Toutefois, il existe une évidence physiologique d'une protection croisée lorsqu'on expose les cellules à un stress déterminé. Par exemple en soumettant L. lactis à une irradiation on obtient un taux de survie amélioré en présence d'acide, d'éthanol, d'H2θ2 ou d'un choc thermique D'autres résultats montrent que le gène recA est nécessaire pour une résistance complète à l'oxygène et à la chaleur En outre, conformément aux observations sur E. coli, les cellules en phase stationnaire de L. lactis sont plus résistantes aux stress que les cellules en croissance exponentielle Ces résultats suggèrent qu'une réponse générale aux stress est induite à la fois en cas d'insuffisance du milieu de croissance ou lorsque les bactéries sont soumises à un stress particulier Jusqu'à présent, rien n'était connu sur la régulation de ces systèmes, ni sur les gènes qui y étaient impliqués
La présente invention concerne la mise en évidence des gènes impliqués dans la résistance aux stress et dont la mutation conduit à une augmentation de la résistance aux stress des bactéries correspondantes
C'est pourquoi la présente invention concerne des bactéries présentant une résistance aux stress améliorée par rapport à la souche parentale, caractérisées en ce qu'elles comportent au moins une mutation dans un gène qui altère l'activité normale dudit gène, ce gène étant impliqué dans le transport d'électron, d'acides aminés, d'oligopeptides, du phosphate, de la réparation de l'ADN, de la stabilité des ARN ou de nouveaux gènes décrits dans ce document et choisi parmi les gènes de la voie de biosynthèse des purines : GTP, (p)ppGpp que nous appellerons GP dans la suite du texte, les gènes du clone RI 1 (pstS), RI 4 (arll), RI 5 ( glnP), RI 7 (carB), RI 8 (glnP), RI 14 (arl2), RI 16 (glnP), RI 17 (glnQ), RI 20 (arl3), R2 6 (pstB), R2 9 (reciV), R2 1 1 (arl4), R2 15 (arl5), R2 17 (arlT), R2 20 (arl8, yybl), pstS, pnpA et trll Avantageusement, le gène de la voie de biosynthèse des GP est choisi parmi deoB, hpt , g a , relhlspoT, tkiA
Comme cela sera démontré dans l'exemple, une mutation introduite dans ces gènes conduit à l'augmentation de la résistance aux stress qui dans la plupart des cas sera une résistance générale Il faut préciser que la terminologie employée "altération de l'activité normale dudit gène" peut également signifier une diminution voire la disparition ou une augmentation de l'activité du gène ou d'un gène appartenant à la même unité de transcription (opéron) lorsque celui-ci conduit à une amélioration de la résistance aux stress
La mutation en cause pourra être aussi bien une mutation par insertion d'une séquence d'ADN, délétion d'une séquence d'ADN et/ou mutation ponctuelle au moyen par exemple d'un agent mutagène ou par mutation spontanée Dans le cas d'insertion d'une séquence d'ADN, on utilisera l'introduction d'éléments génétiques mobiles tels que des séquences d'insertion comme cela sera décrit dans l'exemple avec ISS/
Bien entendu, il est possible de prévoir d'autres techniques assurant la mutation en cause, on pourra utiliser les systèmes de mutation connus de l'homme du métier ainsi que les insertions ou autres modifications d'ADN obtenues par les techniques de recombinaison homologue
De préférence, lorsque l'ADN sera inséré, il s'agira d'un ADN provenant de la même espèce, ceci de façon à garder l'acceptabilité sur le plan agro-alimentaire de la souche ainsi obtenue Parmi les bactéries multiples qui pourront bénéficier des avantages de la présente invention, il faut citer tout particulièrement les bactéries lactiques en particulier Lactobacilhts, Lactococcus et Streptococcus
Comme cela sera montré dans l'exemple, on a pu insérer des séquences d'ADN dans les gènes qui ont été ensuite déterminés, les bactéries ainsi obtenues présentent un accroissement de la résistance à certains stress ou bien à un ensemble de conditions de stress. Il est possible d'envisager des mutations multiples sur différents gènes Pour chaque problème spécifique posé, il est préférable de composer un ensemble de bactéries mutées dans différents gènes et de sélectionner les mutants les plus appropriés pour les conditions de stress qui sont susceptibles de survenir durant le procédé de fermentation.
Bien que l'on préfère utiliser les méthodes mettant en oeuvre le génie génétique, il est également possible de prévoir de sélectionner des mutants dans les mêmes gènes par des moyens traditionnels de mutations en sélectionnant en particulier lorsque l'on connaît, comme cela sera décrit ci-après, les voies métaboliques dans lesquelles sont impliqués les gènes en cause et que l'on aura les moyens d'agir directement sur ces voies métaboliques par l'intermédiaire d'agents appropriés. La présente invention concerne également un procédé de fermentation mettant en oeuvre une bactérie selon la présente invention et en particulier les procédés de fermentation utilisant comme milieu de fermentation le lait ou des sous-produits du lait. On peut également envisager l'utilisation de ces bactéries pour la production et la conservation des ferments. Parmi les fermentations qui peuvent bénéficier des bactéries selon la présente invention, il faut citer en particulier les produits lactés fermentes tels que les yaourts et produits équivalents ainsi que la préparation des fromages.
Les bactéries conformes à la présente invention peuvent également être utilisées pour la conservation des produits alimentaires ou à des fins probiotiques.
Il est important de rappeler que les gènes décrits dans le cadre de la présente invention ont pour un grand nombre d'entre eux été isolés chez iMctococcus mais que leurs équivalents existent chez E. coli et/ou dans d'autres souches. Dans ces conditions, la présente invention n'est nullement limitée à des fermentations de type lactique mais peut également s'envisager pour d'autres bactéries et d'autres types de fermentations.
La Figure 1 illustre le système de mutagénèse via le plasmide pGh : ISS/.
La Figure 2 illustre l'obtention de mutants dépourvus d'ADN étranger. La Figure 3 illustre le procède d'identification du gène mute La Figure 4 représente la voie de biosynthese des GP SEQ ID N° 1 a 34 représentent les séquences des gènes mutés, à l'origine de la multiresistance, aux jonctions de l'insertion plasmidique, les microorganismes concernes étant issus de ce que l'on a appelé la Sélection 1 dans l'exemple
SEQ ID N° 35 à 44 représentent les séquences des gènes mutés, à l'origine de la multiresistance, aux jonctions de l'insertion plasmidique, les microorganismes concernes étant issus de ce que l'on a appelé la Sélection 2 dans l'exemple
SEQ ID N° 45 a 52 représentent les séquences des gènes mutes par mutagénèse dirigée
SEQ ID N° 53 à 71 représentent liste les séquences des gènes mutés, à l'oπgine d'une résistance à l'acide supérieur à la souche parentale (données non montrées) aux jonctions de l'insertion plasmidique, les mutants étant issus de la
Sélection 1
La Figure 1A représente une cellule de microorganisme avec son chromosome, dans laquelle a été introduit par transformation le plasmide pGh ISS/ lequel contient le réplicon pG+host (Ts on), un gène de résistance à un antibiotique (Ab*^) et un élément mobile ISS/ A 30°C, le plasmide se réplique dans la cellule du microorganisme
La Figure 1B représente la population de cellules bactériennes mutantes résultant de l'intégration du plasmide dans le chromosome bactérien après duplication de l'ISS/ En effet, à 37°C, la rép cation plasmidique est inactive et le plasmide est perdu sauf si la bactérie subit un événement de transposition
La Figure 2 A représente la structure chromosomique d'un mutant obtenu par transposition de l'ISS/ Les éléments ISS/, dupliqués, encadrent le plasmide pG+host A 30°C, la réphcation du pG+host est activée et stimule la recombinaison homologue entre les séquences ISS/ dupliquées La Figure 2B représente la recombinaison homologue ayant lieu entre les deux séquences ISS/ aboutissant à l'excision du plasmide pGh ISS/ qui est ensuite perdu lorsque la souche est étalée à la température non permissive de 37°C Suite à l'événement de recombinaison, la souche mutée contient seulement un exemplaire de ITSS/ qui est une séquence originaire du microorganisme muté, lequel ne contient donc aucune trace d'ADN étranger
La Figure 3 représente le clonage des jonctions entre l'ISS/ et le chromosome Les sites de restriction Hindlll et EcoR\ sont uniques dans la structure transposée et se situent de part et d'autre du plasmide pG+host La digestion par Hindlll de l'ADN chromosomique du mutant produit un fragment constitué du pG+host et de la jonction droite ISS/ - chromosome Après circularisation, ce fragment s'établit comme un plasmide chez E. coli ou d'autres bactéries. La jonction est alors séquencée au moyen d'amorces correspondant à la séquence de l'ISS/ ou à celle du pG+host La jontion gauche ISS/ - chromosome est obtenue en appliquant la même procédure après digestion par
EcoRl de l'ADN chromosomique du mutant
SEQ ID N° 1 à 34 représentent les séquences des gènes mutés telles qu'elles ont pu être déterminées conformément au protocole illustré par la Figure 3 Un code en "R" a été donné pour identifier chaque gène concerné Chaque jonction séquencée a été comparée, en terme d'homologie, aux séquences de microorganismes déjà connues, et quand l'une d'entre elles a été identifiée, elle a été mentionnée NS signifie qu'aucune homologie significative avec un gène déjà connu n'a pu être établie La donnée numérique apparaissant (pour chaque jonction identifiée), correspond à la probabilité qu'a la séquence représentée de ne pas être identique aux gènes déjà connus mentionnés
SEQ ID N° 35 à 44 représentent les séquences des gènes mutés telles qu'elles ont été déterminées conformément au protocole illustré par la Figure 3 (sauf indications contraires) SEQ ID N° 45 à 52 représentent les séquences de fragment interne de certains gènes dont on avait déjà déterminé la séquence des jonctions conformément à SEQ ID N° 1 à 34. Le fragment interne du gène en question a été amplifié par PCR puis séquence sur les deux brins. Ces fragments ont ensuite été utilisés pour inactiver, par recombinaison homologue, les gènes correspondants dans la souche sauvage de façon à vérifier que les phénotypes de multiresistance étaient bien dus à I'inactivation de ces gènes.
SEQ ID N° 53 à 71 ne représentent que les séquences des gènes dont I'inactivation a permis de mettre en évidence au moins une résistance à l'acide des souches concernées.
La présente invention sera mieux comprise au moyen de l'exemple qui suit. Cet exemple n'est cependant qu'illustratif et ne limite aucunement l'invention. EXEMPLE Lactococcus lactis est une bactérie qui, à l'état sauvage, présente les caractéristiques suivantes : sur un milieu à 30°C, que le pH soit de 7 ou de 5,5, elle présente une même efficacité d'étalement ; sur un milieu à 37°C, l'efficacité d'étalement sur pH 7 est 10^ fois supérieure à celle obtenue sur pH 5,5 ou pH 5.
Deux groupes de mutants de Lactococcus lactis ont été sélectionnés.
Un groupe de mutants, appelé Sélection 1, est issu de la souche sauvage MG1363 de .Lactococcus lactis et est constitué de mutants présentant à 37°C une efficacité d'étalement sur un milieu à 37°C à pH 5,5 comprise entre 1 et 0,01 par rapport à pH 7. Une trentaine de mutants ont ainsi été isolés.
Un deuxième groupe de mutants, appelé Sélection 2, est issu de la souche sauvage MG1363 de Lactococcus lactis préalablement mutée dans le gène recA la rendant sensible aux rayonnements ultra-violets. Cette souche, appelée VEL1 122 est sensible à la température. On a constaté qu'à la température de 39,3°C (avec un pH du milieu d'environ 7 mais non déterminant) la souche recA présentait une efficacité d'étalement inférieure à 10"-^ quand la souche sauvage MG1363 présentait une efficacité d'étalement de 1. On a sélectionné des mutants à partir de la souche VEL1 122 capables de croître à une température de 39,3°C. Une vingtaine de mutants ont ainsi été isolés.
Les mutants de la Sélection 1 et de la Sélection 2 ont été obtenus après mutagénèse par l'intermédiaire du plasmide thermosensible pGh : ISS/ (cf. référence 16). Ce plasmide se compose du réplicon pG+host (Ts ori), d'un gène de résistance à un antibiotique (dans le cas présent l'érythromycine) et de l'élément mobile ISS/ (cf. Figure 1). Ce plasmide présente la particularité de se répliquer dans les cellules à 30°C, mais pas à 37°C ou plus. Ce plasmide peut s'intégrer dans le chromosome des bactéries via un événement de transposition de l'ISS/. Lors de la transposition, la totalité du plasmide, flanquée de part et d'autre de 1TSS/ est intégrée dans le chromosome. Les sites d'intégration du transposon sont aléatoires. Les bactéries ayant intégré dans leur chromosome le plasmide pGh : ISS/ conservent donc une résistance à l'érythromycine à 37°C ou plus. Par conséquent, parmi les bactéries ayant subi la susdite mutagénèse, on sélectionne celles encore capables de croître en présence d'antibiotiques sur un milieu à 37°C ou plus. Ces bactéries ont subi un événement de transposition qui génère des mutations aléatoires.
Par rapport au nombre de bactéries de départ contenant le pGh : ISS/ , on obtient de 1 à 5 % de bactéries mutantes. A partir de cette population de bactéries mutantes, des mutants plus résistants aux stress ont été sélectionnés suivant les méthodes précédemment indiquées (Sélection 1 ou 2). Les mutants résultant des Sélections 1 et 2 sont soumis à une température de 30°C qui active la réphcation du pG+host et stimule la recombinaison homologue entre les séquences ISS/ dupliquées ce qui aboutit à l'excision du plasmide pGh : ISS/. Les bactéries en question ne contiennent donc, inséré dans leur chromosome, plus qu'un exemplaire de l'ISS/ (cf. Figure 2) La souche finale mutée par insertion de l'ISS/ est stable et ne comporte pas d'ADN étranger à Lactococcus, elle constitue donc un mutant alimentaire («food-grade»).
Les bactéries Lactococcus lactis ainsi obtenues (mutants Sélection 1 ou Sélection 2), sont ensuite soumises à différentes conditions de stress à l'égard desquelles leur résistance a été testée comparativement à celle de la souche parentale soumise aux mêmes conditions
Chaque fois qu'il a été constaté qu'une souche présentait une résistance supérieure à celle de la souche parentale, on a cherché à identifier le gène responsable de cette résistance, c'est-à-dire le gène au niveau duquel le plasmide pGh : ISS/ s'était inséré Les jonctions entre l'ISS/ et le chromosome ont donc été clonées puis séquencées. Puis, les séquences ainsi déterminées ont été comparées aux séquences des banques de données afin de rechercher le degré d'homologie qu'elles présentaient avec d'autres gènes connus issus des bactéries lactiques ou d'autres organismes (cf. Figure 3)
Les résultats de ces tests sont rassemblés dans le tableau I pour ce qui concerne une partie des mutants issus de la Sélection 1 et dans le tableau II pour ce qui concerne les mutants issus de la Sélection 2.
Les gènes identifiés dans le tableau I correspondent à SEQ ID N° 1 à 34.
Les gènes identifiés dans le tableau II correspondent à SEQ ID N° 35 à 44
Ces tableaux rassemblent des données calculées par rapport à la mesure de la résistance à chacun des stress concernés de la souche parentale qui sert donc de référence. En fonction des conditions imposées, on remarquera que les mutants survivent jusqu'à environ 2 500 fois mieux que la souche parentale correspondante. Ces résultats montrent que lesdits mutants, c'est-à-dire les souches présentant une altération du gène concerné, sont potentiellement capables de survivre mieux dans les conditions de stress des procédés industriels. TABLEAU I
Figure imgf000014_0001
Légendes du tableau I
A les bactéries, en phase exponentielle sur un milieu à pH 7, ont été étalées sur un milieu à pH 3,7 B * les bactéries, en phase stationnaire sur un milieu à pH 7, ont été étalées sur un milieu à pH 3,0 C les bactéries, en phase exponentielle sur un milieu à pH 7, ont été étalées pendant 30 min sur un milieu à pH 5,5 puis sur un milieu à pH 3,2 les microorganismes, cultivés à 30°C, sont directement soumis à un stress thermique de 55°C les microorganismes, cultivés à 30°C sont soumis pendant 15 min à une température de 37°C puis à un stress thermique de 55°C O les bactéries ont été maintenues en carence en glucose et à pH acide durant
2 jours avant d'être étalées sur un milieu à pH 7 A les bactéries en phase exponentielle à pH neutre ont été incubées 30 min en présence de ImM de H202 avant d'être étalées sur un milieu à pH 7 Δ survie réelle de la souche parentale (MG1363) qui sert de référence et à laquelle on attribut la valeur de 1
TABLEAU II
Figure imgf000016_0001
les microorganismes, cultivés à 30°C, sont directement soumis à un stress thermique de 55°C. les microorganismes, cultivés à 30°C, sont soumis pendant 15 minutes à une température de 37°C puis à un stress thermique de 55°C. survie réelle de la souche parentale ; cette valeur est ensuite ramenée à 1.
LISTE DE SEQUENCES
(1) INFORMATIONS GENERALES:
(1) DEPOSANT:
(A) NOM: INRA (INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE
AGRONOMIQUE)
(B) RUE: 147 RUE DE L'UNIVERSITE
(C) VILLE: PARIS (E) PAYS: FRANCE
(T) CODE POSTAL: 75007
(il) TITRE DE L' INVENTION: BACTERIES MULTIRESISTANTES, PROCEDES D'OBTENTION ET UTILISATION
(m) NOMBRE DE SEQUENCES: 71
(îv) FORME DECHIFFRABLE PAR ORDINATEUR:
(A) TYPE DE SUPPORT: Floppy disk
(B) ORDINATEUR: IBM PC compatible
(C) SYSTEME D' EXPLOITATION: PC-DOS/MS-DOS
(D) LOGICIEL: Patentln Release #1.0, Version #1.30 (OEB)
(vi) DONNEES DE LA DEMANDE ANTERIEURE:
(A) NUMERO DE LA DEMANDE: FR 9610926
(B) DATE DE DEPOT: 06-SEP-1996
(vi) DONNEES DE LA DEMANDE ANTERIEURE:
(A) NUMERO DE LA DEMANDE: FR 9611555
(B) DATE DE DEPOT: 23-SEP-1996
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 1:
(î) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 317 paires de bases
(B) TYPE: nucléotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(îx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .1-Jonctιon EcoRI : clone SS80 L. lactis (3e-14)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 1:
GCTATGAAGA AGAAAATTTT TATTGCTTTG ATGGCCAGTG TAAGTTTATT TACATTGGCA 60
GCTTGTGGTT CTGGAAATAA ACAGGTCACA GCTGGTGGCT CAACTGCTTT GCAGCCAATG 120
GTTGAACATG CTTCTATGTC ATATATGAAG CAAAATCCTG ATGAAATTAT CATGGTTCAA 180
GGGGGCGGTT CTGGTGTTGG CTTGGCTCAA GTTGCTGCTG GTTCTTTTCA AATTGGTAAT 240
TCTGAIATTT TTGGCGAAGA AAAGTCAGGA ATAGCGGTTG ATAAAATTAT TGACCAGAAA 300
GTTGCTGTTA TTGGTTT 317 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 2*
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE.
(A) LONGUEUR: 379 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(îx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .1-Jonction Hindlll : clone SS80 L. lactis (3e-47)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 2:
TTCATAGCTT AATTATAACA TAATGCCCCC TCAAAGGTCG GTTGATGACA GCGCTTCTTA 60
TGTAAATGTT GTTGTAAATA ATACGGGAAA ATGCTCAATT CTTAGAGAAT GAGCAGCTTC 120
CTGTCTTTAG GGAAAGAATA TGATGATATA TTTAAAGCCC AATGCTCAGT AACCCCTGTT 180
TAAATCCACC GAGCATTGAT TTTATAAAAA AGTAGCTGAG CATAAAATTT TAATTTATGA 240
AGAAGAAAAT TTTTATTGCT GTGAATGATG CGATTAGCCA CTACTTCTTA TACATAATTA 300
TTTTACTGAC AAACTGATTT CTGTCGAAAT TGAATCAGCA TCCGTCTTAT TTTTTAGTAA 360
TATTTCCGGC AGCATCACG 379 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 3:
(î) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 174 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(îx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .4-Jonction HmdIII:NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 3:
AAACTTTGCA ACAGAACCTT CCCCAGCCAC TCGCGATAAC ACCTAACATA TAACTGATAG 60
TACCTTGTGT TTGAATAGTT CTATATACCT CCATACTTGT TTTCGGGAAA ATTGGTATAA 120
GGGGCCAAAA GTTTCACCCA AATAAATAAC CAATTCCAAT TTTTAAAAAT ACTC 174 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 4:
(î) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 482 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .5-Jonction EcoRI : GlnQ. E. coli ( 3. e-1 !
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 4:
GGGCACATCA TCGTGGGCCG TAACTTCCAA GCCTTCCGCG TTTATGGGTT AATTGGTTTA 60
GTGTACATGA TTGTTCTGCT CTTCTTGATG TGGGTTGGAC GTCGTGTAGA AAAAAGAATG 120
AAATAATAAA TAAGGAGAAC ATACTAACAT GGGAATCAAT ACTCAAATTG AAGTCACTGA 180
TCTTCACAAA TCTTTTGGAA AAAATGAAGT TCTAAAAGGA ATTACTACAA AATTTGAAAA 240
AGGGGATGTC GTATGTATTA TCGGTCCCTC AGGTTCTGGA AAATCGACTT TTCTGAGAGC 300
TTGGAATGGT CTTGAAACAG CTACTGCTGG TGATATCATT ATTGACGGGA TTTAATCTTG 360
ACTGATAAAA ATACAAATCT CAATCTCGCC CGCCAAAAAC GTTGGGAATG GGCTTTCAAC 420
AATATCAATC TTTGTCCAAA CAATGACTTG TTTTGGGAAA ATTTTTACTT TATTGCCCCC 480
AC 482 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 5:
(1) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 365 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(îx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .5-Jonction Hindlll : GlnQ . E . coli ( 6.6e-3 )
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 5: ATTTGACCTG TGTGGAGTAA TTCAACAAGT CCGATAACTG AAACCAATGT TGTGTCTGTC 60 AAAGTGATGA TGAATTGGTT AGTCAAGCTA GGAATTGTGA TTTTAATGGC TTGAGGCAAG 120 ATAACCTTAC GCATTGAAGT TAGGTATGTC ACACCAAGTG AACGGCTGGC TTCCATTTGT 180
CCAGAAGGTA CTGCTTGGAC ACCΛGAACGA ACGATTTCTG CGATATAAGC AGAAGAGTTT 240
AAGGTAAGGG CAATAACACC GGCCGTAAAT TCATTGAGTG GAGATTGATG ACCAGGAATG 300
ATTTGTAGAA GGTTAGGAAT CCCGTAGAAG ATAAAGATTG TTAACACTAA ACGCGGAATT 360
GACCG 365 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 6:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 489 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(îx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .7-Jonction EcoRI:NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 6:
TAAAAAATAA ACAGCCCCAA ATGGGGCTTT GTTTATTTCT GAATAAAAGT TAATAAGTAT 60
TTGAAGGGAG TGTATTATTA TTCGGACAAA GGAGGCGTGA GAAAGCGTCT TATTAGACTT 120
AAGTTAGAAA ATAGGTTATA AATGATATAT AGGCTACAAA GTAATTTATA AACGACAACA 180
TGTTGAAAGA GGGTAGGTGA ATGACTGACA TAAATAAAGC AAAAATATTC ATATTTAGTT 240
TAATTTTTAT TAGTATCCCC TGGCTAATTT TTGTTGAAAG CCCTGTGTCA TCAGATACAG 300
CAATTGACAG CCAAAATTCT ACAGCAAATG GCTATATAAA TGTTACCGCT CCAACAACAA 360
ATATTTGGAG TTTGACTGCT CCACACTTTA ATTTGGGGAC CCAGCCATCA AGTGCATCAG 420
CTAATTAATA GCAATGCAAC AGGAGATGCA GCAATGAGAA TTGGGAATTT GTCTGGAAGC 480
TCAACAAGT 489 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 7:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 294 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN (ιx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .7-Jonctιon Hindlll : carbamoyl-phosphate synthase.B.caldolyticus (3.9e-ll)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 7:
TTTTATATTG GTGGTTGTAA AACTACGACT TGGCATCACC TTAAGAATGG CCGCAACTGT 60
ATCTAGCGAA GTAAAGAGAG GAGTTCGTCG GCTGATTGCT TCTTGTCGAA TGCGGAAACC 120
ATCAGTGGCT GTTGTTAATG AAGCTCGCGT ATCACCCATG GTATGGACAA CGGCTTGAGC 180
TCGCCCCTGA CGAATATCTC AACAAGCGTT CCTCCACATC TTCTCCAGCA GCAAGTTTCT 240
CCACTTCGCG CACATAAAGT CCGTTTTCTG TAAGAAAGGC TGCTGCTCCT GCGG 294 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 8:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 554 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .8-Jonction EcoRI : GlnH . E . coli (5.3e-29)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 8:
CTTTAATGGC ATATTTGATG ACAGGTTCAT CGTCCATTAA AGCATTGATA GAGCCGTTAT 60
TTAATGATGA GTACATGGTT GTTGCATCAG TAAATGTTTT TACAGTATAA CCGTATTCTT 120
TTGCGTGATC ATTAAGATAA TCGAAAGAGG CAGTACCGTT TTTAGCCCCA AGTGTTTTAC 180
CTTTTAGGTC TTTCCATGAT TTGATAGAAT CATCGGTACT TGATGTAGCA ATGGTTAAGT 240
TAGATGAATA GTAAGGATTA CCATAATCAA AAACTTGTTT ACGGGCATCG GTAATTGACA 300
TCCCTGACAT CATTCCGTCA GCATGACCAG ATTGAACAGA GTCAACAGCT GCTTGGAAAC 360
CAATGAAATT CCATTTGAGT TTGAATCCTT GGTTCTTGGC GATGGCATTT AGTAAGTCAA 420
CGTCGATACC AGTGATTGTT TGTTGTCATT TTGAAATTCA AAAGGGGCAA AGCTATTATC 480
TGAGGCAATG GTATAAACAT CTTTTTTCGG TGTTTGCTTT TTTAGAATTT GTTATTCCAT 540
ATTTTTTCAA GATT 554 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 9:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 429 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .8-Jonctιon Hindi 11 : GlnJ . E . coli ( 4.2e-7 )
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 9:
ATTAAACCAA TCCCTGACGG TCAATATGGA TTTGCCGTTA AAAAAGGAAG CAΛTCCTGAA 60
CTGATTGAAA TGTTTAATAA TGGTTTAGCT AATCTCCGTG CAAATGGTGA ATATGATAAA 120
ATCATTGATA AATATTTAGC TAGTGATACT AAAACCATTC AATCAAGTGC AAAAGAAAAT 180
ACTTCNTTTG GTATTTTGCA AAACAACTGG GAACAAATCG GACGCGGGTT GCTCGTTACA 240
CTTGAACTTG CTGTTCTCTC ATTTATCCTA NCAATGATTG TCGGAATTAT CTTTGGACTC 300
TTCTCTGTAG CTCCAAGCAA GATTCTTCGT ANAATTGCAC GAATTTATGT CGACCTTAAN 360
CGTNCAATTC CGCTTTTAGT GTTAANAATC TTTATCTTCT ANGGGATTCC TAANCTTCTA 420
CAAATCATT 429 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 10:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 424 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .14-Jonction EcoRI : NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 10:
TTCAGAGGGA AAAATTGAAT GATAATAGGC AAAAAATATT GTTGATAATT TATCTCCAAG 60
CTCGTTTAAC TTATCGTGGC ATAATCTTAT ATCAAGCTAT CTAATCATGT TTTATCACTG 120
CATTAAGATA ATTATATCTC GCTTGAAATA GGGCGGATAG CAACTTTTTG TACCAAAATA 180 TAGAATCCAC TACTGTTCAG AACAAGAGCG AAAATAAAAA GCGCAATGTG CGCGTGAAAG 240
GAGAAATCGA TAAGCTTGAA GTTTCGGCAA GCTTTAAAAA AGAAGTCACT GAAAAAACAA 300
TTGCTGAAAT TAACTTAGCA GTTTCTTATA TTGAAGGACT GGTTGGATAG CTTTTCAAGT 360
CTTATTGATG AAGGACTTAT GGCAAACCCG ATAACTTAAA TGATAAAAAA GATTATCTTA 420
TGTT 424 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 11:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 123 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE ADN
(ix) CARACTERISTIQUE*
(A) NOM/CLE: RI .14-Jonction HιndIII:NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 11: CCTCTGAACA ATCTTCAACT TGGGGGTGTG ATTCTGGATT AGATTTCTTA ATCTTTAAAG 60 CTGCAAAACG AGGGGTCCCA CCGACACTTA TTGAGAACTA TAAATCAGTC ATTGAAGATA 120 AGC 123
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 12:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 522 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .16-Jonctιon Hindlll: GlnP. E. coli (2.3e-30)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 12:
GCCCCCGTGA NAAATTTAAA NNNNNCGGGG CCNGGGGACC CAANAAACAA ANGNNACAGA 60
ATTTCCTAAC CTTCTACAAA TCATTACTGG TCATCAATCT CCACTCAATN AATTTACGGC 120
CGGTGTTATT GCCCTTACCT TAAACTCTTC TGCTTATATC NTATAAATNN TTCGTTCTGG 180 71
TGTCCAAACA NTACCTTCTG GACAAATGGA AGCCANCCGT TCACTTGGTG TGACATACCT 240
AACTTCAΛTG CGTAAGGTTA TCTTGCCTCA AGCCATTAAA ATCACAATTC CTANCTTGAT 300
TAACCAATTC ATCATCACTT TGAAAGATAC AACATTGGTT TTATTTATCG GACTTGTTGA 360
ATTACTCCAA ACAGGTCAAA TCATCGTGGC CCGTAACTTC CAANCCTTCC GCGTNTATGG 420
GTTAATTGGT TTANTTTACΛ TGATTGTNCT TCTCTTCTNG ATGTGGGTTG GACGTCNTGT 480
ANAAAAAANA ATGAAATAAT AAATAANGAG AACATACTAA CT 522 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO* 13:
(1) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR. 375 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS* simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(11) TYPE DE MOLECULE: ADN
!ιx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .17-Jonction EcoRI : NS
(XI) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 13:
TTTTTGACAA TCCTAAACAT CCACGTTTAC AAGACTTTTT ATCAAAAGTT TTAAATGCCT 60
AATAATAAAA AAACACCTTA CGGTGTTTTT TTATTGAAAT AAATAAGAGA TGACTTACTC 120
TTATTTAATT AAATTGCTTA ATTTTCCAAA ATGTTGCAAC ATCATTTTTA AGGCACGTAA 180
GATTCCATAA GCCGATGCTG TCCCAGCCGC TAAACCAGCT GCTCCAGCAA TTCTTAATTT 240
AAGAATATGT GCTTTTTGAT TCACTTCACT AGCAATAGAA CGATTAGCTA TTGCTTTTTG 300
CGTTGTTGAA AATGATGGCG TAGGAGGAGC TAACGGAGCT TTTTATCTGA TTTTCAGGCG 360
ATTGACTTGG GTCGG 375 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 14:
(1) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 435 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
( 11 ) TYPE DE MOLECULE : ADN
( îx j CARACTERI ST IQUE :
(A ) NOM/CLE : RI . 17 - Jonct i on Hindl l l : G lnQ . E . col i ( 7 e- 35 ) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 14*
GTCAGAACGT CTTCAGGGGT ACCATCTTCT AGGATTACTC CACCATCAGT GAGAATCACG 60
CGATTGGCAA CTTGACGAGC AACGCCCATG TCGTGAGTGA CAATTAGCAT TGTCATTCCT 120
TCTTCAGCAA GTGGGTGGAT ACCCGGGGAG GACATCTCCG GCCATTTCAG GGTCAAGCGC 180
TGAGGTTGGC TCATCAAAGA GCATAACATC AGGATTCATT GCGAGGGCAC GAGCACTCGC 240
AACACGTTGT TTGTGTCCTC CAGAAAGCAT TCTGGCATCG CGTCTTTTTT GTCTGCCAAG 300
GCATCTGTGT CGAGAAGCTG GATGGGTTCC ACATGTGTAT CATCTTGAGA TAGTTTCACA 360
TCTCAATTGG GGGATAAGTA ATATTGTGGA AAACAGTCAT GTGTGGGAAA AAGATTGATA 420
TGTTGGAGAG CACCA 435 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 15:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 485 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .19-Jonctιon EcoRI : Hpt . L. lactis ( 5e-101 )
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 15:
ATCGTGTAGG TTTTTCATTT TACACTAAAA TAGATTATCA GAAAATTTGC AACAGAACCA 60
TCTGGTTTAA TTTCAACAAT TCTTCCTTCT GGTTTATCAA GAAGCGTAAC AATTTTTACA 120
TTTGGTCCAC GATGTTCCAA AAGTTCTTTT AGATATTTTA AAGTGCGACC TGTGTCGATA 180
ATATCTTCAA CAATCAAAAT TTCACGACCT TTAACCGCTG TATCAACGTC TAAAATCAAT 240
TTTACTTCAC CAGAAGATTT TGTTCCTCCG TGATAGCTTG ATACGGTCAT AAAATCAGTT 300
TCAAGATGAC AATCAATATG TTTGATTAGT TCAGCTAAGA AAGGAACTGA CCCACGAAGA 360
ATTCCCAATT CCTGCAAGAT AAGTTTGGAA GTTATCATGG TCATAACTTT CACGGGGAAG 420
GTGGGACCTT TGGCAACTCA ACCATGATTT CTTGTACAGG GAACCATATT TAATATCTTG 480
CTTGT 485 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 16:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR. 263 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .19-Jonctιon Hindlll : Hp . L . lactis ( 1.9e-62 )
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 16:
AGCAGATTAT TCAGGATTTA CCATGCCAAA TGAATTTGTT GTTGGCTTTG GTTTAGACTA 60
CGAAGGAAAA CTACCGTGAC CTCCCATATG TTGGGGTTGT TGAAGCCTGA GGTTTATAGT 120
AAATAATACA TTGATTTAAG TAGGTTAAAA ATTCTCTCAG ACTAAAGTAT GAAAAAATCT 180
CTGCCCAATA CTTACTATTA GGAGGCCAAA AGGAAATATG CTATAGCTAG GTATAGCTGT 240
TATTGATTAG CTTGTCTCCT TAT 263 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 17:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 403 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .20-Jonction EcoRI :NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 17:
TGTTGGGCTC ACTTAGTTCA GGAAACATCG CAGGAGCAAT GGATGAAGTC CCAGTTATCT 60
CTTATGCTAT GAAACAAGGT CAAGATTTAG CTACAAACTT CCCTTCTATC TCTCTTTCAG 120
GAGGTTATGG GTTTGCTGTG ATGAAAGGCA AAAACCAAAC GCTCGTGGAT GGTTTCAATA 180
AAGCATTGAC TGAAATGAAA TCAAATGGAG ATTATGATAA AATCCTGAAA AAATATGGAA 240
TAACAACTTC TAAAAAAGCA ACACCGAAAA AAGATGTTTA TACCATTGCC TCAGATAATA 300
GCTTTGGCCC TTTTGAATTT CAAAATGACA ACAAACAATT CACTGGTTCG ACGTTGACTT 360
ACTAAATGCC ATCGCCAAGA ACCAAGGGAT TCAAAACTCA AAT 403 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 18:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE
(A) LONGUEUR: 769 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(iλ) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.2-Jonctιon EcoRI : Rel . S . equisimilis ( 1.4e-53 )
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO. 18. CGGATAANTT ACGGATAATT TGTCCCAATT GGGCCCACTT TAAAATTTGC NGGACAACCA 60
NNATCTCAAC TCGGTCCCCT GTTTTTAATT GAACAGATAA AGGTTTCATA CGTCCATTIA 120
CTTTAGCACC CGTCGCATGA TCTCCAACTT TAGTGTGAAT CGCATAAGCA AAGTCAATTG 180
GACCAGAGCC TCTAGGGAGT TCTTGGACTT CACCATTCGG AGTAAAGACA TAAATCTTGT 240
CTGATAAGAT ATCTTCTTGA ACTGCTTTAA CAAAATCTTC GGCTGAGTCG CCTGCTTCTT 300
CGCGCAATTC GACTAATTCA TGAATCCAAT TCAATGTTTC TGAGATTTCA TGAAACATCA 360
ACTTTTGATT TAATTCCTTG TTTGTAAGCC CAGTGAGCGG CAACCCCATA TTCCGCAATT 420
TGGTGCATTT CCCGCGTTCT AATCTGGAAT TCCTGCAGCC CGGGGGATCC ACTAGTTCTA 480
GAGCGGCCGC CACCGCGGTG GGATCCTCTA GAGTCTAGGG ACCTCTTTAG CTCCTTGGAA 540
GCTGTCAGTA NTATACCTAA TAATTTATCT ACATTCCCTT TAGTAACGTG TAACTTTCCA 600
AATTTACAAA AGCGACTCAT ANAATTATTT CCTCCCCGTT AAATAATAGA TAACTATTAA 660
AAATAGACAA TACTTGCTCA TAANTTAACG GTACTTAAAT TGTTTACTTT GGCGTGTTTC 720
ATTGCTTGAT GAAACTGATT TTTANTAAAC ANTTGAAGAA ATTCTCGAT 769 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 19:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 648 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.2-Jonction H: ndlll : Rel . S . equisimilis ( 1. le-9) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 19:
GAAATTATTA CCAGCTCAAG CTCTTTTGGA CCAAGTCGTG ACTGGATTAA TTTAGTTAAA 60
CCAATAAGGC TCGAAACAAA ATTAAGCAAT TCTTTAAAAA CCAAGACAAA GAATTGTCGG 120
TTAATAAAGG CCGTGAAATG TTGCAAGAAG CTTAACGGGC TCAAAAAAAA ATGATAGGAA 180
TAATCTATCA TCATAAAACA ATCTAAATTT AGATTTGAAA AATACATAAA CTATTAAATA 240
GGAAATAATC ACTAGGAAAG GATTAGTCCT CCCAAAACAA CCACTTAGTA AGTCACCTAT 300
CΛATATTGAG CGCAAACAAC AGATAAATGT CTGCTTTTAT GTTTTTTANA ACAGGCACTT 360
TCTGAATTCT TTATAAGGTA GGTAATTTTA GCATAAATAA AAATTGACTA ATTTANAAAC 420
TTATAAATTT CTAAAAATTA TCTTTTTCAA AATATTCAAC CATTGCATAG ACTCCTACAA 480
AAAATAGTAA AAAGAAAGTC CATGAATTGA TAGCGTGTTT TCΛCCTCCCA AATGATGGTA 540
TGAAAAAGGG TTATTCCAAA TATTATCANT AATGATAATA AAATAGAATT TCTAGGATTG 600
GTTTCCTTAC GTTAATAATT CTAAAACTAA AAAAAATAAA AACAGACT 648 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 20:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 712 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.3- onction EcoRI : NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 20:
GGTTTTTNNN NNNNNNTGAC TTTATTTAGC TTAAGAGCCG AATGNTATAA ACCTTGTATT 60
TGATTTTNAA ACTTTGCAAC AGAACCCTGA AAGTGATACA TTTCTTTTCA AAAACTCCAT 120
TTGATTTCTC AATAAAAAAT GTAAAATTTC CTACAAGATT TCCAGTAATG ACAAGCGCTA 180
AGTCCTTTGA GTCATTTAAA ATCTTTAACC AGCTATTGGA ATTTAAAATA TATTGTATCC 240
CGGCTTCATC ATTAAAAGTT AGGATATGGG AAAATTGAAG CTTATCGATA CCGTCGACCT 300
CGAGGGGGGG CCCGGTACCC AATTCGCCCT ATAGTGAGTC GTATTACGCG CGCTCACTGG 360
CCGTCGTTTT ACAACGTCGT GACTGGGAAA AACCCTGGCG TTACCCAACT TAATCGCCTT 420 GCAGCACATC CCCCTTTCGC CAGGGGGATA NACTGTAACA TTCTCACGCA TAAAATCCCC 480
TTTCATTTTC TAATGTAAAT CTATTACCTT ATTATTAATT CAATTCGCTC ATAATTAATC 540
CTTTTTCTTA TTACGCAAAA TGGCCCGATT TAAGCACACC CTTTATTCCG TTAATGCGCC 600
ΛTGACAGCCA TGATAATTΛC TAATACTAGG AAAAANTTAA TAAATACGTA ACCAACATGA 660
TTAACAATTA TTANANGTCA TCGTTCAAAA TGGTATGCGT TTTTGACACA TC 712 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO* 21:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 781 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.3-Jonction Hindi 11 : GuaA. B . subtilis (2.4e-33 )
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 21: NCCCNGNGTT TCCTTCCCCC NNNCTNTNTG GGATGNNNNT CCTTTTANTA AAAANCCTNG 60
TATGGGGCCC CNAAACTNAG CAACANAACC TGTTTGGCAA TATTTCACAG TAAATACAGA 120
CGTGAAATCA GTCGGTGTCA TGGGAGACCA ACGGACATAT GACTATACAT TAGCCATCCG 180
TGCCATCACT TCAATTGATG GGATGACAGC NNACTTTGCC CAACTTCCTT GGGATCTTCT 240
CCANAAAATC TCAAAACGTA TCGTCAATGA GGTTGACCAC GTCNACCGTA TCGTCTACGA 300
TATTACGANC AAACCACCAG CAACTGTTGA GTGGCANTAC CAATAAAAAA ACTGATAGCA 360
ACTTACTGTT ANCNGNNTCN NCNGTNATNA AAAATAAGAA AGCGTCAGTT NTAAACTGGC 420
GCTTTTTGCT ANCAAGAAAC NTGCCNGNAT NTNNACAAAG GGAGGTAAGT NNCCNTACNA 480
ANTTAACATA GACAACCATT CCCTAAANGA AATATCNCTA NTCATTAGGT ANANAAAGTN 540
AAANATGAAA ANCGCCATNN NTCNNTNTAA CGCCCAANAC TTNTATCTCA CGTCTTGGTN 600
ATCCAATACC GGGGGATGAN NAAANTAANC TTATCCTNTN CAAAAATGNA NACTTNTTGA 660
AACTCAACCC CNCGAGATGA ATCCCCCCCC CCCCAACAAA GGGAAANATT CTNNANNACN 720
GANAACTCCT ATCCANACNA NCTCTNGGGC CCGCCCCCCC TCCCANTNGC GGGGCTACCC 780
C 781 INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 22:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 807 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.6-Jonction EcoRI : Hypothetical ABC transporter. B.subtιlιs( 6.3e-22)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO. 22:
TNNNNANNNN NNNNTNAAGG ATCCTTTTTN TTTTTTTGGG CCCCTTGGGC CCCTTTTNAA 60
AATCAGAGGC CCNTGCGGAC CAACCTTCAA ANAACATTTA CTTTGTTGTC GTTAATATTG 120
ACCCCTTCAT AATTGATTTC ACCAGTTACG CGCGCTCCAT CAATCGTATC ATTCATTCGA 180
TTTAATGCAC GCAGATAAGT CGATTTACCA GAACCAGAAG GGCCAATAAG TGCAGTTATT 240
TCATTTTTGG GAAATGACAT TGTCACACCA TGAATTGCTT CTTTTGTTCC ATTATAGAAA 300
ACACGCAAAT CATTGGTTGA TAATGCTATT TCTTCTTTCT CAGGCACCAT AATTTTGCGC 360
TGGAGTCCAG TCATATGTTT GTTTGCCATA ATTATTCTTT CTGTTTAAAC TTATAAGTTT 420
TTCTTAATTT GAAANAGGTT AATTTCTTGG TGAAATTCCT GCAGCCCGGG GGGATCCACT 480
AGTTCTAGAA GCGGCCGCCA CCGCGGTGGG ATCCTCTANA AGTCTAGGGA CCTCTTTAGC 540
TCCTTGGGAA NCTGTCAGTT ANTATACCTA AATAATTTAT CTACATTCCC TTTAGTAACG 600
TGTAACTTTC CAAATTTACA AAAGCGACTC ATANAATTAT TTCCTCCCGT TAAATAATAN 660
ATAACTATTA AAAATAGACA ATACTTGCTC ATAANTTAAC GGTACTTAAA TTGTTTACTT 720
TGGCGTGTTT CATTGCTTGA TGAAACTGNA TTTTTAATTA ACCAGTTNAC AANATTCCCC 780
CAATTGAACC CTTTTTGAAA NCAAAAC 807 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 23:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 705 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN (ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.6-Jonction Hindlll : Hypothetical ABC transporter. B.subtilis (5.6e-56)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 23:
TNNNTNNNNN NNNNGTTAAT GTCTATACGT CCTTAAGGGC CNNAGGGACN ATATCCTTGT 60
ATTTGATTTC NTAAACTTTG CAACAGAACC CTTTGNAAGT TCGTAAGCAA ATTGGGATGG 120
TTTTTCAAAG ACCCAATCCA TTTCCTAAAT CAATTTATGA AAATATTGCC TTCATTCATC 180
GCCGCGATGG GGTGAGAGAT AAGAAAAAAT TGGACGAGAT TGTTGAAACC TCACTGAAGC 240
AAGCTGCTTT GTGGGAGCAA GTCAAAGATA ATCTTAATCA ATCGGCTTTG GCTATGTCTG 300
GCGGACAAGC ACAGCGTTTG TGTATTGCAC GTGCCTTGTC AGTAAAACCΛ GAAATTATCT 360
TGATGGATGA ACCGGCTTCT GCCCTTGACC CAATTTCAAC AATGCAAATT GAAGAAACGA 420
TGATGGAACT TAAAGAAAAT TATACGATCA TTATCGTGAC TCACAATATG GCTCAAGCTT 480
ATCGATACCG TCGACCTCGA GGGGGGGCCC GGTACCCAAT TCGCCCTATA GTGAGTCGTA 540
TTACGCGCGC TCACTGGCCG TCGTTTTACA ACGTCGTGAC TGGGAAAACC CTGGCGTTAC 600
CCAACTTAAT CGCCTTGCAG CACATCCCCC TTTCGCCAGG GGGATAGACT GTAACATTCT 660
CACGCCATAA AATCCCCTTT CATTTTCTAA TGTTAATCTA TTACC 705 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 24:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 269 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.9-recN de B.subtilis
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 24:
GCAGGAAATT AATCTTGAAG AAGATGAGCT TTTAGTTAAT CGCCGTGAAA AATTAAATAA 60
TATAAAAAAT ATTGCGGATT CTCTAATACG GCATATTTAG CACTAGAAGA TGAAGACAAC 120
GACTATTCAA GCCTGAATAA TATTCGGACG ACAATGACCG AATTGGATAG AATGGCAATT 180
TTGATAAGGA TTATCAAGAA CTTGCTGACA AAACTGCTGA AAGTTATTAT ATATTAGAAG 240
AAGTTGCCAA TCAAATTCAA CATCATGAG 269 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 25:
(j) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 335 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.9- recN de B.subtilis
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 25:
ATTTCTGCTG CTTCAGTTTC TTCAGCCTGA AATTGGAGAA TGTCACTTCT GTGGGCAAGT 60
TCTTGTTCAT TTGGTTGACG AATATTAGTT GTTGCCGAAG ATTTTTAAAG TGGCAAATTT 120
ATTTGTGTAA TTATTTTTAA TGACTACAAA ATTACATCTC CAATCTCATC CΛTAAACGAA 180
GATGACTTGT GGGATTCATC AGCTCTTGAC TGACATGTTG AGCATGAATG TCTACTAAAA 240
ATTCTCCAAT GTGACGAATC TTGTTAGGTT GCACATGTGG CCATTATTTC GACAGACAGA 300
GCGACCAGTC GCAAAGTCAC ACGTCGCAAA ATAAT 335 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 26:
(1) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 196 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.11-NS/supE. L . lactis
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 26:
TCTGTCAGTA ATATGAACGT GACAAATTGG TTGAAAAATG CTATGATTGA GAAAGAAAAT 60
TTTCAAAAAT CAAAGATTAA GCACTTAATA GAGCTTAAAA AAACGATAAG GAGTTTGAGA 120
TGTCAAAGAA AAAAGATACA GAACTTGAAA TCATTGATAC AGCTGATGGA GTGTATCAAA 180
AGTGGGAAAA AAACAA 196 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 2 1 :
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE.
(A) LONGUEUR: 267 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(li) TYPE DE MOLECULE* ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.14-*j onction ecoRI : GuaA. B . subtilis ( le-2£
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 27:
GGCTACGATA TTACGAGCAA ACCACCAGCA ACTGTTGAGT GGCAATAGAA TAAAAAAACT 60
GATAGCAACT TACTGTTATC AGTTTTTATT AAAAATAAGA AGCGTTAGTT TAAACTGGCG 120
CTTTGTGGTA TCAAGAACAT GCAAGATATT AAGAAGGAGG TAAGTACATA ATACATAGAC 180
AACATCTCCT AAAGAATATC ATAATATTAG GGAAAAGAGT AAAAATGAAA GCGCTATAGT 240
TCTATTAACG CAATACTTAA TATTAGC 267 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 28:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 240 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.14 -] onction Hindi 11 : GuaA. B. subtilis (5e-2 )
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 28:
TCGTAGACGA TACGGTTGAC GTNGTCACCT CATTGACGAT ACGTGTTGAG ATTTGTTGGA 60
GAAGATCCCA AGGAAGTTGG GCAAAGCTGC TGTCATCCCA TCAATTGAAG TGATGGCACG 120
GATGGCTAAT GTATAGACAT ATGTCCGGTG GTCTCCCATG ACACCGACTG ATTCACGTCT 180
GTATTTACTG TGAAATATTG NCAAACATCA CGNACANGTC CTGAAGGAGC AATTTCTTCG 240 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 29:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 682 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.15-*] onction EcoRI :NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 29:
AATTNTATNT TATTNNNNGG GCCCNTTGGC CANNTTTAAA ANANNATGNN ANAACNTTGC 60
AACAGAACCG TTGCTAAAAT AGCGGGTGTT AGTCCAGCAA CTATCTACGT CTATTATAAA 120
GATAAAGCTG ATATGTTAAG TCAAATTTTG ATTGGAGTTA AAGATATTCT GGATGAAGGG 180
CAAAAGGAAA TTATCCTCTC TGTTTCTGAC CCACTTGAAC AGTTCAAAAA ATTACTTAGA 240
CATCTTATTG ACAAGTGGAC AACTTATCCC AAACATGCTA TCTTTATGCG GGCAGCCCTT 300
GAAAATCCAA GTGAAATAGC TCCTCATGGT ATTGCTTATT CAAATAACGG GCCGAGGTCA 360
TCGTCGCACT TTATGATCGT CTTCTTGACT CTGGTAAAAT TAAACCTCTC TCCCAACATC 420
TTCTAATCAG TTGGTGCAGG CGGAATTATG AATAACTTAC TTTACCATGC ACAGATGGGT 480
ACCCAACCTG ACGATGCTGA AATCCAACAA ATGATTGAAC TTTCTGTTGA TGCCATTAAN 540
AAAAACCTCT AAAAATTTGA TGTTGAACCC CAAAAGTTAG ACTTTTTATC CAAGTTANAA 600
ATACTTGGTT TTTTTATTTG TTCTTGAAAC TCTTCCGATA TTCAATCGGA GACAACCAGG 660
ATAGATTTTT CTTAATTCGG AA 682 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 30:
(1) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 686 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.15-*]onction HmdIII:NS (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 30:
TNΛTGTTTAT ATTAGCTTAT GNGCCNGATT GATNΛTAAAC CTTGTATTTG ATTTTTAAAC 60
TTTGCAACAG AAACCTTAGC AACCTTAGCA ATTGAAAGTC CGACCAATCC TACTTCCTTG 120
GTCAGTTGAA AAACAGCTTG TGTGATTGCC TCTTTTTTAT TTTCATCAAT TTTTCTCATA 180
CTTATATTTT AAGTAAATGA ACATTCATTT GTCAAGTCGC TTAGATTTTA GTTTCAGTAA 240
AGTCAAATTT TAGCAATATT TAAGAGAAAC TTACTATACT ATAGTTATTC CAATAAAATT 300
TTTCATAAAA GTTTACTCCT AAACAAAAAA AGAGCGGCTG GTTACCGCTC ATTTTTTTAT 360
TCTATTTCAA CTTTTTTGTA GACTTGAAAG ATTCATAAGA TAAACAAAGA GTAGGATTGA 420
AAAGCAACTT CCTAAAGACT TGTCAAAAAG AATCCTAAAC CTAGTGTACG CCAAAGTCCT 480
ATAAAAGTTT CTGGCGATAG GGCCAATTTT AAGGAAACAC CAACAAATAT TCTTCCTAGA 540
ACGACTTCTA AAAACAAGTC ATAAATATAA AGAAGCATAA AGCTAAAAGA GAGAAAGGGA 600
GTTAATTTTC CATTTTCGTA AACAAGACAA GATTATCCAA AGAATTNATA AAATTAGGAG 660
GGTACTCGTC ACTGGTTTTT GCACCC 686 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 31:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 137 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.16-jonction Hindlll : S
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 31:
AAANAAACCT TGTATNGGAC CNTTAAACTT AGCAACAGAA CCAGCAAAAC TAACTAATTC 60
TATTATACAT AAACTATCCA AAAAAGGGCA GTCAAAGCTG TTAAGAAAAA GACATTCTTT 120
TTGCCAAAAA TTGCTTT 137
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 32:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 689 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN ,ιx) CARACTERISTIQUE*
(A) NOM/CLE: R2.17-*] onction HιndIII:NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO* 32:
TCAACTCNTA TCATTCCTTT AAGGNGCCCC CATTGACAAT ATACCTTGTA TTTGATTTCN 60
TAAACTTTGC AACAGAACCC TTGNAAAGTC ATTTTTGGCA GATAAGCGGT CATGGTGTGC 120
GGCGCGGTTT TGGCTCATCA TAATCAGTGG CGCTTGCATT GCAGCAGTGA TTGAGAGGAA 180
AAGATTGAGC AAAATGAAAG GATATTTATC CCATTCAACG CCAAAGAGGC CAGTCACATT 240
GACAAACATC CAGACTACTA ΛATACCGAGA TAGGTGATAA TAAAAGCCCA CGAACCGACG 300
AATTCGGTGA CTTTGTCAGC CACTCGTTCA CCAATAGTTT CTTGAGTTTG GAGCTGTTCT 360
TCAACGTCGT GAATTTCAAA GTTTGCTTTA GTTAATTCTT CATTAAGCAA ATCATTGACG 420
GTGAAGTTTT TTTGAAGGTC AAGGTGAAAC AATGTATCTA AGACCTCTAA CCGAAATTTA 480
ACCTGATGTT CATTACAAAT GAAGTCATGA CTAGTCGCTT CAGGATAGTC ACGCATAATG 540
ACGGTTTGAA GGCTAGGGTC AAGATTCTCA AGAAAGTCTC CTCCTGATCT ACGGTGAATA 600
CGACCGTTAA CGAGACAGAC GACTTTGTTC TTATTAATTG GAGTTGGAGC CATTTTATAG 660
CATGGTTCAA GCTTATCGAT ACCGTCNAC 689 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 33:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE.
(A) LONGUEUR. 472 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.20-*onctιon EcoRI : hypothetical protein of B.subtilis (le-4)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 33:
CTGATTTAAA AGCAACTTCT TTGGGGGCAT CAATTAAATA AATAAGGTTT TTATCGGAAT 60
CAAGTTCTGC AACATACTTT TGGTTACCAA TAGTGATATA TTGGTCATCA CTTGCATTTT 120
TTAATATTTT TTTAATATCA TCACGATTAA TTACTTTGTC ATTCCCTTTΛ AAAATCATA1 180
CAATAAAGGG ATTAAACCAT TCAGGCTCGA AGGTTTCATT ATTGAAACGA ATGACTCCAA 240 TTGGCATATT ATCCAAAGTA GGATTAAGTG AATTTTCTGC TTCATCATTG ATTTTACGAA 300
TAAAATCTGG ACGGCGCAAC TGATAATTTC GGGTTTGAGA TAGTAAGATG AGCGTAATCA 360
CAATATTCAA AATCAACAAA TAAACCAAGA TTGACCAACG AGTTGCTGAA GCATGGACAA 420
CTATGGTTTC AATGTTTGAA CAATCAACCA TTATGACAAT AATAGCAAGC GG 472 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 34:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 332 paires de bases
(B) TYPE, nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION, linéaire
(II) TYPE DE MOLECULE ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.20-3 onction Hindlll : Hypothetical protein of B.subtilis (8.5e-12)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 34:
ATAATTATGA TGATGCAACT GAGTTGATTA CTGATAGTGG TCGAGCAGCG ATTAATAGTT 60
TGATCGCATC ATTTGTAGAA GAATTTGCTG ACAAGTATGG AATTTATCTC CGTCGAATAA 120
GCAGCAGTCG ACATTATTTC TCTGTGATTA TCGTATTCTG GAAAAAATGA TTAATGATAA 180
ATTCGCTGGT CTCAAAGAAT TTAGAGAACT CACAGCTCAA AAAGAACTCC GGAGACACTC 240
TCTGTCGGTG TGGGTTATGG GTGGGATGAT TCCCCGGCCA TCGGAAAAGT TGCCCGCAAT 300
GCCCTTGAGT TGGCTCAAGT ACGCGGTGGT GC 332 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 35:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 300 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: tkt A-*jonctιon Hindlll (xi ) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 35.
CACATTGCAG AACCATGACC AGCCGACAAG ACAAAACGGT CACGATTTGA CCATTTACGA 60
CTCGTTTGTG GGTTTACATT AAGAAACTTG CTCCAAAGTA CATΛAGCCAT TGGGGCAGAG 120
CCCATTGGAA GTCCAGGATG TCCTGAATTT GCTTTGTGAN TCGCATCTAA TGATAGAGTA 180
CGAATCGTAT TTACAGCCAA TTGATCAGTA GTATCAAACA TAAGATNTCT CCΛTATTTTT 240
TATTTATACT CACATTATAA CACAAGTTAG AAACGGTTTN CANTCTCTGA AATTAAAATC 300
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 36:
( i ) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 300 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: t kt A- -jonction EcoRI
(XI) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 36:
AACAGAACCT GCAATGTTAT ATAGTTTGTT ACACTTGGCA GGATATAATG TAACGACTGA 60
TGATTTAAAA GGTTTCCGTC AATGGCAATC AAAAACACCA GGACATCCAG AAGTTAACCA 120
TACAGATGGT GTCGAAGCAA CAACAGGTCC TTTGGGACAA GGAATTGCCA ATGCTGTTGG 180
AATGGCAATG GCTGAGGCAC ATTTAGCTGC ACAATATAAT AAACCTGGTT TTGATATTGT 240
TGACCATTAT ACTTATGCCT TAAATGGTGA TGGTGATTTA NTGGAAGGTG TTTCACAAGA 300
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 37:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 380 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: guaA-*] onction EcoRI (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 37:
TTTCTGGGTC TGAAAGGCCA ACAAGTTTGT CCATGAAACG TTTTTGAGCA TCTACTTTGA 60
TGATATTAAG ACCANATTTT CCGCCCAATG TTTCCATGAC TTGGTCAGCT TCGCCTTTAC 120
GAAGGAAACC GTGGTCAACA AAGATTGATG TCAATTGGNC ACCAATGGCA CGTTGTAAAA 180
GAACACCCAC AACTGATGAA TCTACACCGC CTGAAAGTCC AAGGAGTACT TTTTTGTCGC 240
CAACTTTTTC ACGAATATCT TTGATTTGCA TATCAATGAA GTTTTCCATT GACCAGTTCC 300
CTTTGGCTCC ACAGATGTTA AGCGCAAAGT TTCTGAGCAT TTCTGTTCCG TGAACTGAAT 360
GACGAACTTC TGGGTGAAAT 380 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 38:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 1121 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: deoB-sequence partielle
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 38:
CCCCGTTTGC TTCTGTTCCT TTGTAAGAAT CATCAGCAAT TGGTATTCCG NCAAGATTGN 60
CAAAATGCTT TTTTAGCCAT AAATAGATTT TTCTTTCTAA TTCTGTCAGT AAAATTGACT 120
GACAGAAGCA CTTTATTTTA AACTAATGCA TCCAAGAATG ATTCACCCGT TTGAGCTTTT 180
TTAACAGAGA AGTTTTCAGC AATAGTTGCT GAAATGTCAN CAAAATGTCC CACAGGTAAA 240
ΛCTTTAGGTT CTTTAAATGA TTTAGAGAAA ATTACGAGTG GAATATATTC ACGAGTATGG 300
TCAGTTCCTA CGTATGAAGG GTCATTCCCG TGGTCAGCAG TAATCATCAA CAAATCATCT 360
TCTTTCATTG CATCAATGAT TTCTGGCAAG CGACCGTCAA AGTCTTCAAT TGCTTTTCCG 420
TAACCTTCAA CATCGCGACG ATGTCCATAT TTCGCATCGA AATCAACTAA GTTTGTANAA 480
GAAAATCCTT CAGTAAATTC AGTTTTCGTC ATTGCTTTAA GTAGACGATC AACCCCATCC 540
ATGTCATTAT GGTTATGACC CATATCATAT NTAACACCTA CTGTGTNGAA AATATCTGAA 600
ATTTTTCCGA CTGAGTAAGT ATCAATCCCT GCCTTGTAAA GTNTTTCTAA TACAGTTTCA 660
GCAAATGGTG AGAGCGCATA GTCACGANGT CCATCAGTCC GNTCAAANTT TCCGGNTTCT 720 CCAACATAAN GGCGΛGCGAT GATTCGGCCA ATCATGATAC CAGAACCTTC TAGGGTAATI 780
GAACGAACAT ATTCACANAT TTTATAAAGT TCTTCACGAG AAATAACA'IC TTCATGTGCA 840
GCAATTTGTA AAACAGGGTC AGCTGAAGTA TNAATAATCA ACTCTCCAGT TTCCAATTGA 900
CGAGGGNCGA AΛTCTTCAAT GACCGCTGTC CCAGAATAAG GTTTATTCGC TTCACGAATG 960
ATTTTACGAC CAGAAAATTC CTCAATTTTT TCAAGTAAAT CTTCTGGATA TCCTTCTGGA 1020
TAAGTTGGGA ATGGCGTTTG AATATTCAAG CCCATAATTT CCCAGTGCCC AGTCATTGTA 1080
TCTTTACCTT TTGAAATTTC TTCAAGTTTT GTGACATAAG C 1121
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 39*
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 300 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION* linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gpps ou pnp -jonction Hindlll
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 39:
CCATAACGNA CAACCACAGC TCCANTTGGT TGTGTNGCAA CTTGCACCTG TNTCAACAGT 60
TAAAGTTCGT CCTGCAAATT CGATTGAAAA TGTTTCTTTT GNCAATGTTA TTCTCCTTGA 120
CTTGAAATGC TTAGAATTTT NTCTAACAGC CCAGTCTCCT GCTTGTGAAT TATTTTCAGT 180
CTACGTNTNT CTAAACAAAA CTCAAATTGT CATCACTGAT TATTGTGACA GTAANTTTTT 240
NTCTGATGAG TGATTNTCTT NTCTGNCAGT AAACTTTGTG TTGACAAATA CATCTGTGTA 300
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 40:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 300 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gppS ou pnp -jonction EcoRI (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 40.
CGTTATGGAG ATACAACAGT TTTGNCAGCT GCTACAATGG GTAAAATGGC TACAGGTGAT 60
TTCTTCCCAC TACAAGTGAA TTΛTGAAGAA AAAATGTATG CTGCAGGAAA ATTTCCAGGA 120
GGTTTTAACA AACGTGAAGC GCGTCCTTCA ACAGATGCGA CTTTGACAGC TCGTTTGATT 180
GACCGTCCAA TTCGTCCAAT GTTTGCCGAA GGTTTTCGTA ATGAAGTGCA AGTAATCAAT 240
ACTGTCCTTT CTTATGATGA AAATGCGTCT GGTCGTGTGG CAGCTATGTT TGGGTTCANC 300
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 41.
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 380 paires de bases
(B) TYPE* nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: trll- onction Hindlll
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 41:
TTTANTACTA TTAGATAAAT AAATATACAC GAAGGAGAGA CGATGATCAC ATTCTATNCA 60
GCACCCTCTT GTACAAGCTG TAAGAAAGCT AAGACATGGC TTTCATATCA CCATATCCCA 120
TTTAACGAAA GAAATCTCAT CGCGGATCCT TTATCACCCA CAGAGATTAG CCAAATTTTA 180
CAAAAATGTG ATGATGGTGT NGAAGGATTG ATTTCAAGCA GANNCCGTTG TGTGAAAACT 240
TTAGGTGTTG ATTGTGGAAG ACATTTCACT TTCACAAGCA ATTAACATCA TTTCTGAAAA 300
TCCACAAATT ATGCGTCGNC CAGTAATCAT GGACGAAAAA CGTCTTCATG TAGGTTATAA 360
CGAAGAAGAA ATTCGTGCAT 380 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 42:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 400 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN (ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: trll -jonction EcoRI
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 42:
GTATTAAACA TCAATGATTG TACAATTATA CCATATTTAT AGACTTAAAA AAAGACCTTT 60
TCAAAGTTTT TTCACAAATT TTTTCAAACA GCAAAAGTA'X AAAAAGTCAC CTAAAATAGN 120
GGCTTTTTTT ATCATCTTAA ATΛTTATAAT GTTGCTTTTT CAACΛTTGAA GGATAAACAT 180
TTTTNGNCTT CTGTAACTCT CGTTTTNNGG CTTCAATATC ATCTGTAATT TCAΛCAGAAA 240
AGTTTTCAAA GATTGTTCGT GATTCTTTGA AAATATATCC GCCGNTTTTC AAATCTTGTT 300
CATCGNCAAA TACTGCTAAA TGATGTGACA ATTTNTTGGA AAAAAGTATT CANAAAATAA 360
OTNΓ-OOATOT ATTΛNNTATN CΛTTGAGGGT ΛTTGGCCTTC 400 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 43:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 300 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: pstB-j onction Hindlll
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 43:
TTATAACATA ATGCCCCCTC AAAGGTCGCT TGATGACAGC GTTCTTATGT AAATGTTTTG 60
TAAATAATAC GGGAAAATGC TCAATTCTTA GAGAATGAGC AGCTTCCTGT CTTTAGGGAA 120
AGAATATGAT GATATATTTA AAGCCCAATG CTCAGTAAAC CCTGTTTAAG TCCACCGAGC 180
ATNGATTTTA TANAAAAGTA GCTGAGCATA AAATTTTAAT TTATGAAGAA GAAAATTTTT 240
ATTGCTTTGA ATGATGCGAT TAACCACTAC TTCTTATACA TAATTATTTT ACTGACAAAC 300
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 44:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 300 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire (il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: pstB - jonction EcoRI
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 44:
TGTTATAATT AAGCTATGAA GAAGAAAATT TTTATTGCTT TGATGGCCAG TGTAAGTTTA 60
TTTACATTGG CAGCTTGTGG TTCTGGAAAT AAACAGGTCA CAGCTGGTGG CTCAACTGCT 120
TTGCAGCCAA TGGTTGAACA TGCTTCTATG TCATATATGA AGCAAAATCC TGATGAAATT 180
ATCATGGTTC AAGGGGGCGG TTCTGGTGTT GGCTTGGCTC AAGTTGCTGC TGGTTCTTTT 240
CAAATTGGTA ATTCTGATAT TTNTGCCGAA GAAAAGTCAG GAATAGCGGN TGATAAAATT 300
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 45:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 435 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène ahrC (inactive dans le mutant R2.9) séquence brin 1
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 45:
CAGCAGTTTT GTCAGCAAGT TCTTGATAAT CCTTATCAAA ATTGCCAATT CTATCCAATT 60
CGGTCATTGT CGTCCGAATA TTATTCAGGC TTGAATAGTC GTTGTCTTCA TCTTCTAGTG 120
CTAAATATGC CGTACTTAGA GAATCCGCAA TATTTTTTAT ATTATTTAAT TTTTCACGGC 180
GATTAACTAA AAGCTCATCT TCTTCAAGAT TAATTTCTGC TGGCTTCAAT TTCTTCAGCC 240
TGGAAATTGG AGAATTTCAA TTCTTTGGGG CAAATTCTTG TTCATTTTTT TGACGAATAT 300
TCAATTGTTG GCCGAAGATT TTTAAAGTTT TCAAATTTAT TTTTGTATTA TTTTTAATGA 360
CTTCAAAATT TTCATCTCCA AACTCATCCA ATAAACGAAG ATGACTTTTG GGGATCATCA 420
GTTCTTGACT GTCGT 435 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ I D NO : 46:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 261 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
;ιx) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène ahrC (inactive dans le mutant R2.9) séquence brin 2 (complémentaire)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 46:
CTGGTCGCTC TGTCTGTCGA ATTAATGGAC AAATGGTCAA TTTAACAAGA CTTCGTCAAA 60
TTGGAGAATT TTTAGTAGAC ATTCATTCAA CATGACAGTC AAGAACTGAT GAATCCCAAA 120
AGTCATCTTC GTTTATTGGA TGAGTTTGGA GATGAAAATT TTGAAGTCAT TAATAATTAC 180
AAAAATAAAT TTGAAAACTT TAAAAATCTT CGGCAACAAT TGATTATTCG TCAAAAAAAT 240
GAACAAGGAA TTTGCCCAAG A 261 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 47:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 468 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène hpt (inactive dans le mutant RI.19) séquence brin 1
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 47:
CTTAGGAATT CTTCGCGGGT CAGTTCCTTT CTTAGCTGAA CTAATCAAAC ATATTGATTG 60
TCATCTTGAA ACTGATTTTA TGACCGTATC AAGCTATCAC GGAGGAACAA AATCTTCTGG 120
TGAAGTAAAA TTGATTTTAG ACGTTGATAC AGCGGTTAAA GGTCGTGAAA TTTTGATTGT 180
TGAAGATATT ATCGACACAG GTCGCACTTT AAAATATCTA AAAGAACTTT TGGAACΛTCG 240
TGGAGCAAAT GTAAAAATTG TTACGCTTCT TGATAAACCA GAAGGAAGAA TTGTTGAAAT 300
TAAACCAGAT TATTCAGGAT TTACCATTCC AAATGAATTT GTTGTTGGCT TTGGTTTAGA 360 CTACGAGGAA AACTACCGTA ATCTTCCAGA TGTCGGGGGG GGATCCACTA GTTCTATAGC 420 GGGCCGCCAC CGCGTGGAGC TCCAGCTTTT GTTCCCTTTT AGTGAGGG 468
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 48:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 391 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène hpt (mactive dans le mutant RI.19) séquence bran 2 (complémentaire)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 48:
CGACATATGG AAGATTACGG TAGTTTTCTT CGTAGTCTAA ACCAAAGCCA ACAACAAATT 60
CATTTGGAAT GGTAAATCCT GAATAATCTG GTTTAATTTC AACAATTCTT CCTTCTGGTT 120
TATCAAGAAG CGTAACAATT TTTACATTTG CTCCACGATG TTCCAAAAGT TCTTTTAGAT 180
ATTTTAAAGT GCGACCTGTG TCGATAATAT CTTCAACAAT CAAAATTTCA CGACCTTTAA 240
CCGCTGTATC AACGTCTAAA ATCAATTTTA CTTCACCAGA AGATTTTGTT CCTCCGTGAT 300
AGCTTGATAC GGTCATAAAA TCAGTTTCAA GATGACAATC AATATGTTTG ATTAGTTCAG 360
CTAAGAAAGG AACTGACCCG CGAAGAATTC C 391 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 49:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 434 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène relA (inactive dans le mutant R2.2 ) séquence brin 1 (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 49:
CTCGAGGTCG ACGGTATCGA TAAGCTTGAT ATCGAATTCC TGCAGCCCTG AATTAGTCGA 60
ATTGCGCGAA GAAGCAGGCG ACTCAGCCGA AGATTTTGTT AAAGCAGTTC AAGAAGATAT 120
CTTATCAGAC AAGATTTATG TCTTTACTCC GAATGGTGAA GTCCAAGAAC TCCCTAGAGG 180
CTCTGGTCCA ATTGACTTTG CTTATGCGAT TCACACTAAA GTTGGAGATC ATGCGΛCGGG 240
TGCTAAAGTA AATGGACGTA TGAAACCTTT ATCTGTTCAA TTAAAAACAG GGGACCGAGT 300
TGAAATTATT ACCAGCTCAA GCTCTTTTGG ACCAAGTCGT GACTGGATTA ATTTAGTTAA 360
AACCAATAAG GCTCGAAACA AAATTAAGCA ATTCTTTAAA AACCAAGACA AAGAATTGTC 420
GGTTAATAAA GGCC 434
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 50:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 459 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène relA (inactive dans le mutant R2.2 ) séquence brin 2 (complémentaire)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 50:
CACGGCCTTT ATTAACCGAC AATTCTTTGT CTTGGTTTTT AAAGAATTGC TTAATTTTGT 60
TTCGAGCCTT ATTGGTTTTA ACTAAATTAA TCCAGTCACG ACTTGGTCCA AAAGAGCTTG 120
AGCTGGTAAT AATTTCAACT CGGTCCCCTG TTTTTAATTG AACAGATAAA GGTTTCATAC 180
GTCCATTTAC TTTAGCACCC GTCGCATGAT CTCCAACTTT AGTGTGAATC GCATAAGCAA 240
AGTCAATTGG ACCAGAGCCT CTAGGGAGTT CTTGGACTTC ACCATTCGGA GTAAAGACAT 300
AAATCTTGTC TGATAAGATA TCTTCTTGAA CTGCTTTAAC AAAATTTTCG GCTGAGTCGC 360
CTGCTTCTTC GCGCAATTCG ACTAATTCAG GGCTGCAGGA ATTCGATATC AAGCTTATCG 420
ATACCGTCGA CCTCGAGGGG GGGCCCGGTA CCCAATTCG 459 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 51:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 530 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
[ x) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène guaA (inactive dans les mutants R2.3 et R2.14) séquence brin 1
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 51:
TCCAGGAACT CCAGAAGTCC AAGATGTTTT GATGAGCCAT GGTGACCGTG TAACAGCTAT 60
TCCTGAAGGT TTCCACGTTG TCGGAACTTC ACCAAACAGT CCATTTGCTG CCGTTGAAAA 120
CACTGAACGC AATTTGTACG GCATCCAATT TCACCCAGAA GTTCGTCATT CAGTTCACGG 180
AACAGAAATG CTCAGAAACT TTGCGCTTAA CATCTGTGGA GCCAAAGGGA ACTGGTCAAT 240
GGAAAACTTC ATTGATATGC AAATCAAAGA TATTCGTGAA AAAGTTGGCG ACAAAAAAGT 300
ACTCCTTGGA CTTTCAGGCG GTGTAGATTC ATCAGTTGTG GGTGTTCTTT TACAACGTGC 360
CATTGGTGAC CAATTGACAT CAATCTTTGT TGACCACGGT TTCCTTCGTA AAGGGCGANT 420
GANCCAAGTC ATGGAAACAT TGGGCGGAAA ATTTGGTCTT AATATCATCA AAGTAGATGG 480
CTCAAAAACG TTTCATGGAC AAACTTGTTG GGCCTTTCAG ACCCAGAAAC 530 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 52:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 320 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: gène guaA (inactive dans les mutants R2.3 et R2.14) séquence brin 2 (complémentaire)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 52: CGNGTNTGAA TTCGAGAGNA GCTTCTTATT TTNTTTCTGT TAANTCACCA NGGACACGAT 60 TGGCAAGTNC TGGCCCTGGG ANAGGTTGAC GCCAAACNTT TTCNTCAGGC ATTAAAAGTT 120
GTGTTCCAAG CGNACGAACT TCATNTTTGA AAAGTGTGTT CAATGGTTCA TTCAATTGGN 180
ΛTTGCNTGTN TTCTGGAAGT CCACCAACAT TATGGTNTGA CTTAATNGTT TNAGCTGTAT 240
CTGTTCCTGA TTAANTGACA TANGTGTAAA GTGTTCCTNG ANCAAGGAAG TCAACTCCTN 300
CTAAATTTGN NTGCTTCATC 320 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 53:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 268 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .2- onction HindII I : DtpT . L . lactis (5.9e-41)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 53:
ATCGTTGGAA TCATCCTCCT TATTATCAAA AAACTATGTT GAAATTAATG GGAGATGTTC 60
GTTAATTAGT AAAGGAATGA AAAGACTATC TTGAGAGATA GGTTTTGTTG TATCTTTAAA 120
ATGACATTGT TGCCCTGAGG TTACTCTTGT TAAATAATTT CACAACACAA TCGTTTTTAT 180
TCGCGCTTAC ATTATGATAG AATAAAGTGT AACGTGATTT TAGATTATGT GCAGATGTTA 240
GGGCCTGTGT TTAGACACTC AAAGACAT 268
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 54:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 735 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .6- onction EcoRI :NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 54: TNNNNNNNTT AANNNNMNNN TCAATGGNNT NTATNGGNTG TNCCTTTTTA AAANNNGGCC 60 CCTTTGAANC CATCANAAAA CNGGGCCCAN AACCANTTTC AGTAAGAATG GAATCTATAG 120
ATTAACCCAT GCGCCAGTCG AGCAAATCTA TTTGACTACT AATGCTTTAA AAATTGATAA 180
AAATTAAAAA ACGATTATTA ATCGTTTTTT TATCTTATAA TGAATTAAAT AATTCTTGAA 240
TTGTTTCAAA CTCATAGTCA GCAATGGTTC CTTTTTCTGC CCCAATATAG GCTGTTTGAA 300
GTCCTAAATC TTTAGCTGGC TTTATATCAT GTTCTAGTAA ATCTCCAACC ATTAAGGTTT 360
CACTAGCTTT AAAATTTNCC TTGTTCAGTT AAATTTGTAA AAGCACGCGC GTCTGGTTTT 420
AAATAGCCTG TTTCTCCTGA AAATATAAAC TGGAAATAAT TCTTCAACAT TTGAACGCCG 480
TAATTTCTCT CTTTGTTTCA ACACGTCCAC TATTACTTAA TAGTGCAAGT TTGATTTTTT 540
TTGAAAGATT TTTCAAATTT TGAATGAAGT TGCTCATCAG GTTCTATCAA CTCAAATAAT 600
CTGTTCAAAA AATTTTTGAA AAAAGCCCTA ANATAAATTC ATCAATCTCC AAGTTCAAAA 660
TATTCGAAAA TTCAAGCGTT AATCCTTTCT TCTCTTAAAC TCTTCAATGG TCATCTGTCT 720
TTGAATGAAA CTTGC 735 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 55:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 712 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .6-jonction HιndIII:NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 55:
GGTTTTTNNN NNNNNNTGAC TTTATTTAGC TTAAGAGCCG AATGNTATAA ACCTTGTATT 60
TGATTTTNAA ACTTTGCAAC AGAACCCTGA AAGTGATACA TTTCTTTTCA AAAACTCCAT 120
TTGATTTCTC AATAAAAAAT GTAAAATTTC CTACAAGATT TCCAGTAATG ACAAGCGCTA 180
AGTCCTTTGA GTCATTTAAA ATCTTTAACC AGCTATTGGA ATTTAAAATA TATTGTATCC 240
CGGCTTCATC ATTAAAAGTT AGGATATGGG AAAATTGAAG CTTATCGATA CCGTCGACCT 300
CGAGGGGGGG CCCGGTACCC AATTCGCCCT ATAGTGAGTC GTATTACGCG CGCTCACTGG 360
CCGTCGTTTT ACAACGTCGT GACTGGGAAA AACCCTGGCG TTACCCAACT TAATCGCCTT 420
GCAGCACATC CCCCTTTCGC CAGGGGGATA NACTGTAACA TTCTCACGCA TAAAATCCCC 480 TTTCATTTTC TAATGTAAAT CTATTACCTT ATTATTAΛTT CAATTCGCTC ATAATTAATC 540
CTTTTTCTTA TTACGCAAAA TGGCCCGATT TAAGCACACC CTTTATTCCG TTAATGCGCC 600
ATGACAGCCA TGATAATTΛC TAATACTAGG AAAAANTTAA TAAATACGTA ACCAACATGA 660
TTAACAATTA TTANANGTCA TCGTTCAAAA TGGTATGCGT TTTTGACACA TC 712 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 56:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 317 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .9-jonction HindII I : Orotate phosphoribosyltransferase. B.subtilis (2.2e-9)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 56:
TAATATGTAT CAGCAAACAG CAACTTCGCT GACAAAGATT TTTTAACTTC TATCAGTAAA 60
TTATGGTTGC CAAGTTTCTT GATTTTCTTT GAATTTGTTG AGTAACTCTA GTTCTTCTTT 120
GGTGACATAT CCTGTTCTGT AGCAATTTCA ACAACTCAGA ATAATGTGTC AGTGTCGACA 180
ATGTTGACAT CGGCGTCAGC AAATTTACTG CGCGCTTTCT CTAATGCATA AGTGAAAATG 240
GCACCACACC AGGGACATCA GCGGCACACG TTCTGGGGGC GGGAGCGCTT CTAAGACAGA 300 CCCTCCAGTG GAAATCA 317
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 57:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 684 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .10-jonction EcoRI : NS (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 57:
CCCTTTCACC TTTTNCGGGC CCNTGGGCCN CTTTTAAAAG ACTTATCAGA AAAGNTGCAA 60
CAGAACCAAA TTTTTTATTT CTTTTTCAGC AGATATCAGA GAAATTTGAT ΛTTTCAAACA 120
GATAAATAAT AAAGCACCTΛ CCAAGAAATA TAAAGCTAAT GAGGTTAATG TTCCAATTCC 180
CAACAGGTGT GCAATACTTG TACCCAAATC TGGAATAATC GAACCAATCA GCAATATAAG 240
AGCTAAAATG AACCATTTTA ACATATGTCT TATTTCTGCT CTATCTTTAC GAACCAAACG 300
AATCGTATAG ATAAAGAAGA AAGCTGCCAA AATAATTGCT AAGATACGAA GTTGAATAGG 360
CATTACTTAC TCTCCTTTCC TAATAACGAG CTCGCAATAA TCGCCAAAGA TACGCTTATC 420
ATATAACTTA TCCCTTTTAC CATGTTAATΛ CTTGAAACAC CAGTTGTCCG CTCAAACATT 480
TTTACACCCA CCTCTTTGAC ACGAATGTTC TTAGAGAATA ΛATGCATGTA ACTTTCAGGT 540
TCTGGATATT GTCTTGGGTA TCTCTTAACA AATTGCTCAA TCACTTTACG GTTACCTGCG 600
CGATAACCAC TAGTAACATC TTTGATTTTA ATTTTTGAGG ACATGTAAAT GAGTTGAAGA 660
TAAAATTCTT ATTCCCATTT GACG 684
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 58:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 680 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .10-jonction Hindlll : NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 58:
GTTNCACNTT CATGGGCCTC ATGGCCCACT TCNATNTACT TNNNTTTANT ACCTGNGCAA 60
CAGCAACCAA AAATTTAGTA CAAGAGTTGT CCTTATTGAA AAAGAAGATT TCCGATAAAG 120
ATAAGGAAAA TTAAGAAATT ATAAATACTA ATAATAGAAT AAGGTAGTAA TGAATAAAGT 180
CATCAAACAT ACTTTCGTCA TATGTGCGTA TATGCAATCT CCGTATTTAG AGGAAAGTAT 240
AAAATCAATT TTAGACCAAG GATCTATTAA AGAAGGAATA TCAGAAGTGG TTTTATATAC 300
TTCTACTCCT AATGATTATA TAGAAAATAT TTGTCATAAA TATAATATCA AAATATTTAT 360
TGGTGAAGGT GGAGGCATTG GAGCAGATTG GAATGGAGCT TTAGCGGCAG TTCAAACTAA 420 ATATGCTACA ATTGTTCATC NAGACGATCT ATATGATAAG AAATATGGAG AAATGATAAT 480
PAATGATTTT GAGTCTCAAΆ AAGACTCTAA TATTGTTTTT ACTGACTATT AΓGAAATTGA 540
TGAATACTCT AAACCTAGAA AAAGAAATAT TAATTTAAAA ATAAAAAGTT TAGGΛTTAAA 600
ACTAATGTCT TTTTGGGAAA ATAAAAAATA TCNAAGAAGA NTTTACTCTT TTGGTAATTT 660
TATTTGTTGC CCAGCTGTTT 680 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 59:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 402 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .11-jonction EcoRI : NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 59:
TTCTGATGAA AGTTCTAGTC CAGAATCACT GACTGACAAA AAAACTAGTT CAAGTTCGGA 60
AATCAAAACG GACCAATCTG TCCCAACTTT TGGTTTAGAA GAGTCAGAAG GAAGTCCAAC 120
TACGAACACA AGTGTTATTA ATAAAATTAC CGAAAGTAGA AAAGATACAG AAGAAACAAT 180
AGCATCAGCT CAAAGTAAAG TTGATTCTAA TAAATCTACT ACTGTAAATT CAGCAAAAGA 240
AGTGGATAAA AATCAACTAG TTGATGAAAA CCCACTAAAA GAGTCGTCAC CTGATAAGTC 300
AGCTGTTTCG GGCAAGCAGC TTCCAGTTGC TCCAGCAAAT AATCAGGAGA GCAGTGATAA 360
AGCAGGCAGT CCACAAAAAC ATTTTACACA ATATGGCCTA AT 402 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 60:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 687 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .13-j onction EcoRI : NRAMP1. ouse (1.6e-18) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 60:
CTTTCACGNC TCTTCGGGCC CAGTNNCCAC TTTAAAAAGA CTTATCNGAN CAANTTNCAA 60
CAGAACNAGT TCGATTATTA GGAATAAATC CCTCAATAAT TCCTTTCCAA TCTGGATTGG 120
ATAAAGCAAC TTGATAAGCA AATATTGCTA GAATAACTAG AATCAAACAA ATAACCAAGG 180
CTTCAATCTT ACGGAAACCA ATTCTTGTCA GTAATAAAAG CAAAAAGACA TCAAGGACTG 240
TGATAAAAAC AGCTAATATT AACGGAATAT TAAACAGAAG ATATAAGGCA ATAGCCGCAC 300
CGATGACTTC AGCAATATCA GTAGCCATGA TTGCCAGTTC AGTTAAAATC CATNNTTNNN 360
ATACCCAGAG TCTTGCTGGT GCGCGCCCTG ATAGCCTGAG CTAAATCCAT CTGGCTGACA 420
ATTCCTAATT TTGCTGACAT ATACTGAAGG AGCATTGCAA TCAGACTGGA CATCAGAATA 480
ACCGAAATCΛ GTAAGTATTG AAAGTTCTGC CCTCCAGTAA TTGACGTTGA CCAATTCCCA 540
GGGTCCATGT NACCAACCGC GACCAGTGCA CCTGGTCCTG AGTAAGTCAA CAACATTTTG 600
AAAAAACCAA CATTTTTAGG CACTTCTACT GTCCCATTTA TTTCCTCTAA NGGATTTTCC 660
ATTCCGTATG ATAAATCAAT CGATGTN 687 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 61:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 755 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .13-jonction Hindi II : NRAMP1. ouse (2e-20)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 61:
TAATTGGGAT NTTAGGNCCG ATTNAGAAGA TATAAACCTT GNGTTTGATT TTTAAACTTT 60
GCAACAGAAC CATCGAACTT TTGCTTCCTC ACCAACAGTA GCGGGGGATG TCGCCTTTAA 120
CAGGCGCATT AGGAATTATT GGCGCTACGG TTATGCCTCA TAATTTATAT CTTCATTCTT 180
CTATTTCACA AAGTAGAAAA ATTAATCATC AAGATAAAAG TGATGTTGCC AGAGCAGTAA 240
GATTCTCGAC ATGGGACTCT AATATTCAGC TGACAGTCGC TTTTGTTGTA AATTCTCTTT 300
TACTAATTAT GGGTGTAGCG GTCTTTAAAA CAGGAGTAAT TGATGATCCG TCATTCTTTG 360
GTTTATACGA TGCATTATCT AACCCTTCGG TTTTAAGTTA TGGTCTTCCT TGCANACGTT 420 GCAAAAACGG GTGCACTTTC AACCTTATTT GCCGTGGCTC TCCTTGCTCT GGACAAAACT 480
CAACCATTAC TGGAACTTTA ACAGGACAGG TTATTATGGA AGGΛTTTATT CCATATTGAG 540
AATGCCAATG TTGGGCAANA AGGTTGGTAA CTCGCCTGCT ATCGGTAGTT CCTGTCTTGA 600
TTTGTGTCTC TATGACTAGA GGACAAACTT TGAAAAGCTC AACATGAAGC AATAAATAAT 660
TTGATGATAA TTCTCAAGTT TTTCTAGCTT TTGCCCTTCC TTTTTCGATT ATTCCATTGT 720
TTAATGCTCN CTAATNCAAG GAANAAATNG GGTGC 755 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 62:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 629 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .15-jonction EcoRI : Hypothetical protem B. stearothermophilus (1.6e-46)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 62:
CCCCCAACTA GACTTCTTGC TGAGATTGAC TCCGAGGGGT CTAGTTTTTT TGTTTTTTAC 60
TTTAATTAAT TTACTGACGG GTGCTGACAT AACCGTCAGT AAAATTTGTG TTATTAAGAA 120
AGTGTATCAC ATGAGTCATA TTGCTCTGTG TGAACCTCGG ATCCATTTCA ATACAGGAAA 180
TATTGCTCGT ACCTGTGCAG CTACAAATAC TGTTTTACAT GTGATTGAAC CTTGGGGGTT 240
TGAAATTTCA GATAAACACC TCAAACGTGC TGGTCTGGAC TATTGGGATA AAGTAAATAT 300
TGTCTATCAT AAAAATTTAC AAGACTTTAT GAACTCAATT GCTGACGGAG GCCAACTTTA 360
TTTGGTCAGT AAATTTGCAG AACACGTTTA TTCTGATGTG GACTATTCTG ATGATAAAAA 420
AGACCACTAC TTCTGGTTTG GGCCGTGAAG ATACTGGACT ACCTGAAGAA TTTTGCACGA 480
ACACCGTGAC GAATGTATCC GTATCCCAAT GAATGACGAA CACGTCCGCT CATTAAATCT 540
TTCTTAACTG CGCATGCATG ATCGTCTACG AAGCACTCAA CCAACAAGAC TCCTGCAGGC 600
CCGGGGGATC CACTAGTTCT TGAGCCGGC 629 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 63:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 100 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .18-jonction EcoRI : NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 63: ATCAAAAGTT TTAGATGCCT AATAATACAA AAACACCTTA CGGTGTTTTT TTΛTTGAAAT 60 AAATAAGAGA TGACTTACTC TTATTTACTT AAATTGGTTA 100
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 64:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 561 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: RI .18-jonction hindll I : Hypothetical protem B.subtilis (7e-30)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 64:
TTGGNGGGGG NNTTGNNATN CCTTANTNNN TNTNNGGCCC CTAGTNNCAA GTTTGAATAT 60
AAACCNTGTA TTGGGACNTT TAAACTTTGC AACAGAACCG CTCAGGGTCA TAAACCACAA 120
AGGCTTCTTT CCCTGACATA TTAGCAAAAG CCTTCATTGC CACTGCTGCC CCTAAAGCGT 180
CCATATCTGT AAATCGATGA CCCACGATAA AAACGTCTTC TGACTCAGCA ATGATTGTCC 240
GAAGGGCAGT TGAGATAGCC CGTGCTCTTG TTCTACTTTT TTGAGTTCTA CTTTCTGAAT 300
TTCCCCCAAA ATAAACTGGA CGAGCCTGCG GTGTATTTTC ACGCAAAACA ACCTGGTCAC 360
CACCGCGTAC TTGAGCCAAC TCAAGGTTAT TGAGGGCAAC TTTTCCGATG GTAGGAAAAT 420
CATTCCAACC ATAAGCCACA CCGATAGAAA GTGTCNACGG AATTTCTTTT TGAGCTGAAA 480
GTTCTCTAAA TTCTTTGANA ACAGCGAATT TATCATTAAT CATTTTTTCN AGAATACNAT 540
AATCACAGAA AAAATAATGG G 561 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 65:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 720 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.1-jonction EcoRI : NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 65:
NNATGGTCCT TTAGGATTCN TGGGGCCNAA TTTTGTAAGA CTTAGGGCCN AATTTNGGCC 60
NCAGAAACCT TCTGANGCAA AGTTCTAGTC CAGAATCACT GACTGACAAA AAAACTAGTT 120
CAAGTTCGGA AATCAAAACG GACCAATCTG TCCCAACTTT TGATTTAGAA GAGTCAGAAG 180
GAAGTCCAAC TACGAACCAA GTGTTATTAA TAAAATTACC GAAAGTAGAA AAGATACAGA 240
AGAAACAATA GCATCAGCTC AAAGTAAAGT TGATTCTAAT AAATCTACTA CTGTAAATTC 300
AGCAAAAGAA GTGGATAAAA ATCAACTAGT TGATGAAAAC CCACTAAAAG AGTCGTCACC 360
TGATAAGTCA GCTGTTTCGG GCAAGCAGCT TCCAGTTGCT CCAGCAAATA ATCAGGAGAG 420
CAGTGATAAA GCAGCCAGTC CACAAAACAT TTTACACATA TTGCCTAATT TACCTAAAAA 480
AAATACGATT AATAAAGTTG AGCCAGAGGA TTCAAATTCA TACTTAACAG AACAAAATCC 540
GGCCCAGAAT TTGAAAGAAA TTCTGCCTAT ACTAAAAAAC AGTCCGATAG ATTCAGCGAA 600
CATTGATCAA GGGAATAATT AAAAAAATAT TAAAGTCCAA TAAAGANGTT CAAAAGAGTC 660
AGTCACNACT TTCGAAAGAT TTACCGCTAG CTTTAGATTC AGATAAAATC AGTAATGTTA 720
(2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 66:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 483 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.1- onction Hmdll I : Dhfr . L . lactis ( 10e-43) (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 66:
AGAACCACAG GAAAGATTGΛ AACAAATTAA TATAATTGAT ATCATACCAC TTCTTTTTGC 60
ATTTGTAAAG GAAAAACTTA AATTTTTTTA TAAAAAACAA AATAATTGAT TAAAAGGTGT 120
ACGGAGAACT GAACTTGTCA AAGCGAAAAT AGCAAAATTT TGCTATAATA GAAAAAGTAA 180
AAATCAATGΛ NAGGGGTTGC TATGATAATT GGAATATGGG CAGAANATGA GCAAGGACTT 240
ATCGGANAAG CTGACAAAAT GCCTTGGTCT TTACCTGCTG AACAAAAACA TTTTAAAGNA 300
AACAACCATG NAATCAAGTG ATTTTGATGG ACGAAAAACC TTTGCAAGGG AATGAAACAA 360
ACGTNTTTTG CCGGGGGANA AATAAGTATT ATTTTAACTC CGTGACGAAA CTTATCAATC 420
TGAAAAATGA AAAAAGTTCT CATCATGCAC AGCCCTAAGG AAAGTTCTGG ATTGGTATTA 480
TAA 483 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 67:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 338 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(ii) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.12-jonction EcoRI : NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 67:
GGTTTTAGGT TTATTGATTT TGATGATTGC TTGTCAATTC ATCGATAATG AGCCTTTGGT 60
TATGGAAACT AAAGTGAATC AATTTAATAA AGTTGAAACT TCTATCTTCG TTGTTTTGAT 120
GTTGTTAATG GCAGCTTCTG TTTGTGGTTA TGTGAATTTT TATCTTGCTG GAGCAATCGT 180
TGCTCTAGTT GTGCTAATTT ATCGGCCGCG ACTTTTTAAA GGAATTGAGT ATCATCTTTT 240
ATGTACTGCC ATCTCTCCTT TGGGATTGTG GGTAATATCG CTAATATTCA TGTGTTGACT 300
GATTTTATCA GTAATACCTT AGTTGGACCA CAGGCTTC 338 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 68:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 708 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire [il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.12- jonction HιndIII:NS
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 68: TGGGCCTTTA TTTTANCTTA AGAGGCCNAA TGANGATNCN CCTTGTATTT GATTTTNNAA 60
ACTTTGCAAC AGAACCCTAA AATCCATAAA GCCCCAGTTC CTTTGAAAAA GTCTAAATTT 120
GTCAGAGGAA CACCACCATG ATGTGCCGCT ACCTTATAAA ACGAATAAAG ATAGΛGATTA 180
TGCGGATTTC CTTGCGGAAG CAAGGCAGAA CCGATATGAC AAGCTGGAAC AATTAAAGCT 240
GCCCCAATAT AAACTGATTT TCGATTTTTA ATTTCTTTAG TAATCGCTAA ATAGAGCGGT 300
AAAACCGTCA AAATTGTTAA ATCGTTTGTA AAAAAAACGG CTAAAAAGAA AGGTANGTAG 360
CGTCGTAAAT CGAACAAGCT GACGCGTTGT TGTACTTCTT TTGACTAAGG TCTGTCCCAA 420
ATACTGTAAC AATCCTGTTT CCTTAAAACC ACCAATTACA AGCATCAATC CTGAAACCGT 480
AACAATGACA TGATAATTGA AAAAACGAGT TGTCACTCCA CCCAAACTAA TGGCAATAAT 540
TGCAATAATA AACGAAATCA GAAAAAACTT TGTCCACTAG AAACCAGTTT TTAATGGGCG 600
TCCANAATTT TTTTTGGTAT TCGCGCTGAG TANCTGAATG TTCCACTACT TCTCCTAAAC 660
TAGCCATNTA AAATTTTGGC ACCCCNATAA ATTATAACAT CTAAAGAC 708 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 69:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 774 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(il) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.13- onction HmdIII:NS
(xi ) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 69:
CCCACNTTTT TNNNNNNNNN NGGGCCNTTT TTTNAAANNN NNGGGCCCAT TTNGAACCNC 60
CTTGTATTTG ANTTNCCNAA CTTTGCAACA GNAACCCTAA AATCCATAAA GCCCCAGTTC 120
CTTTGAAAAA GTCTAAATTT GTCAGAGGAA CACCACCATG ATGTGCCGCT ACCTTATAAA 180 ACGAATAAAG ATAGAGATTA TGCGGATTTC CTTGCGGAAG CAAGGCAGAA CCGATATGAC 240
AAGCTGGAAA CAATTAAAGC TGCCCCAATA TAAACTGATT TTCGATTTTT AATTTCTTTA 300
GTAATCGCTA AATAGAGCGG TAAAACCGTC AAAATTGTTA AATCGTTTGT AAAAAAAACG 360
GCTAAAAAGA AAGGTAAGTT AGCGTCGTAA NTCGAAACAA GCTGACGCGT TGTTNGTACT 420
NCTTTGGACT AAGGTCTGTC CCAAATACTG TAACAATCCT GTTTCCTTTA AAACCCCCCA 480
ATTACAACCA TCAATCCTGA AAACCGTACC AATGAACTTG AATANTTGGA AAAAAANCCN 540
ANTTGGTCNC TCCCCCCCCC AAACTAANTG GCAATAATTT GCANTTATTT AANCGAATTC 600
CNAAAAACTT TTGTCCCCCT AAAAACCCAT TTTTTTAATG GGCCGTCCCA AATTTTTTNG 660
GGTTTTNCCC CCCCTGAANT TACCTGGAAA TNTNCCCCNT TACNTNCCCC TAACCTANCC 720
NTTTTTAAAA TTTTTGNCCC CCCCCAATTA ATTTTTTTNN CCCTCTTAAA ANAC 774 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 70:
(l) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 808 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.19-jonctιon EcoRI : DeoB . subtilis (2. le-19)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 70:
NTNNNNNNTN NNNNNNNNNA CNNNTCTTAC NCATATTTTG GGCCCCTTTG TGCCCCTTTA 60
AAATATCAGA GAACNTTGCG GNACCAACCG ATTTGTTGAT GATTACTGCT GACCACGGGA 120
ATGACCCTTC ATACGTAGGA ACTGACCATA CTCGTGAATA TATTCCACTC GTAATTTTCT 180
CTAAATCATT TAAAGAACCT AAAGTTTTAC CTGTGGGACA TTTTGCTGAC ATTTCAGCAA 240
CTATTGCTGA AAACTTCTCT GTTAAAAAAG CTCAAACGGG TGAATCATTC TTGGATGCAT 300
TAGTTTAAAA TAAAGTGCTT CTGTCAGTCA ATTTTACTGA CAGAATTAGA AAGAAAAAAT 360
CTATTTATGG GCTAAAAAAG CATTTTGCCA ATCTTGCGGG AATACCAATT GCTGNATGAA 420
TTCTTACAAA GGGAACAGNA AGCCAAACGG CGAAATTTTC AGCCAGACTA CTGTTATCTA 480
TTGCTATATG CAAGGTCGTT TTGTTAAACC AGATCTTACT TTTGATGAAA TGGTTGAAAT 540
TGGACAAAAA GGTTTGGAAT AATAATCCAA TGCCTAAAAT GCAAAAATGG CTTTTCAAAA 600 AACTTTATCC AATGCAACTC AAAGGGTTTG AAAACGCTGG AAAAATTAAG TTCTTAACTT 660
ACTGACGAAA AATTCTGTCA GTAAATTTGA TAATTATATT AAAAGAAAAG GAAATTAAAA 720
ATGCCAACΛC CACNTATCNA ANCTCAAAAA NGCGAAATCG CCNATAAAAT TCTCCTTACC 780
ANGAAATCCA CTTCCCCCAA AATTTATC 808 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ I D NO : 71:
(i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE:
(A) LONGUEUR: 791 paires de bases
(B) TYPE: nucleotide
(C) NOMBRE DE BRINS: simple
(D) CONFIGURATION: linéaire
(n) TYPE DE MOLECULE: ADN
(ix) CARACTERISTIQUE:
(A) NOM/CLE: R2.19- onc ion HindII I : DeoB . B . subtil îs (5.2e-44)
(xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 71:
TTTTCCCCCC CCCGGGGCCC CTTCTNGGGA NATAGGNCCG ATTNAGAAGA TATAAACCTT 60
GTNTTTGATT TTTAAACTTT GCAACAGAAC CAACAAATCΛ TCTTCTTTCA TTGCATCAAT 120
GATTTCTGGC AAGCGACCGT CAAAGTCTTC AATTGCTTTT CCGTAACCTT CAACATCGCG 180
ACGATGTCCA TATTTCGCAT CGAAATCAAC TAAGTTTGTA AAAGAAAATC CTTCAGTAAA 240
TTCAGTTTTC GTCATTGCTT TAAGTANACG ATCAACCCCA TCCATGTCAT TATGGTTATG 300
ACCCATATCA TATTTAACAC CTACTGTGTT GAAAATATCT GAAATTTTTC CGACTGAGTA 360
AGTATCAATC CCTGCCTTGG TAAAGTTTTT CTAATACAGT TTCAGCAAAT GGTGGAGGAG 420
CGCATAGTCA CGACGTCCAT CAGTCCGTTC AAAGTTTCCG GCTTCTCCAA CATAAGGGGG 480
GGAGCGAATG ATTCGGCCAA TCATGATACC AGAACCTTCT AGGGTTAATT GAACGAACAT 540
ATTCACAAAT TTTATAAAGT TCTTCACGAG AAAATAACAT CTTCATGTGC AGCAATTTGT 600
TAAAACAGGG TCNGCTGAAA GTTNTAAATA ATCAACTCTC CANTTTTCCA ATTGACGAGG 660
GCCGAAATCT TCAATGACCG CTGTCCCAGA AATAAGGGTT TATTCGCCTT CNCGAAATGA 720
TTTTACGACC AAGAAAATTC CCTCCATTTT TTCAAGTTAA ATCTCTGGAT NTCCTNCCNG 780
GAAAAGTTGG N 791

Claims

REVENDICATIONS
1/ Bactéries présentant une résistance aux stress améliorée par rapport à la souche sauvage, caractérisées en ce qu'elles comportent au moins une mutation dans un gène qui altère l'activité normale dudit gène ou d'un gène appartenant à la même unité de transcription, ce gène étant impliqué dans le transport d'électron, d'acides aminés, d'oligopeptides, du phosphate, de la réparation de l'ADN, de la stabilité des ARN ou de nouveaux gènes et choisi parmi : - les gènes de la voie de biosynthèse des GP, les gènes du clone Rl. l (pstS), RI .4 (arll), RI .5 ( glnP), RI .7 (carB), RI .8 (glnP), RI.14 (arl2), RI .16 (glnP), RI.17 (glnQ), R1.20 (arl3), R2.6 (pstB), R2.9 (reciV), R2. l l (arl4), R2.15 (arl5), R2.17 (arl7), R2.20 (arl8, yybl), pstS, pnpA et trll. 2/ Bactéries selon la revendication 1, caractérisées en ce que le gène de la voie de synthèse des GP est choisi parmi deoB, hpt , guaA, relAJspoT, tktA.
3/ Bactéries selon la revendication 1 ou 2, caractérisées en ce que la mutation provient de l'introduction ou de la délétion d'une séquence d'ADN par voie recombinante dans ledit gène. 4/ Bactéries selon la revendication 1 ou 2, caractérisées en ce que la mutation est induite par un agent mutagène ou obtenue par des mutations spontanées.
5/ Bactéries selon la revendication 3, caractérisées en ce que la séquence d'ADN introduite comporte au moins un élément génétique mobile. 6/ Bactéries selon l'une des revendications 1 à 5, caractérisées en ce que la séquence d'ADN introduite provient de la même espèce bactérienne.
Il Bactéries selon l'une des revendications 1 à 6, caractérisées en ce que la mutation inactive ou modifie l'expression dudit gène ou d'un gène appartenant à la même unité de transcription. 8/ Bactéries selon l'une des revendications 1 à 7, caractérisées en ce que la bactérie est une bactérie lactique.
9/ Bactéries selon la revendication 8, caractérisées en ce que la bactérie lactique est choisie parmi Lactococcus, Lactobacillus et Streptococcus. 10/ Procédé de préparation d'une bactérie présentant une résistance aux stress améliorée par rapport à la souche sauvage, caractérisé en ce qu'il consiste à altérer par mutation un gène desdites bactéries, le gène étant impliqué dans le transport d'électron, d'acides aminés, d'oligopeptides, du phosphate, e la réparation de l'ADN, de la stabilité des ARN ou de nouveaux gènes et choisi parmi : les gènes de la voie de biosynthèse des GP, les gènes du Rl . l (pstS), R1.4 (arll), RI.5 ( glnP), RI.7 (carB), RI .8
(glnP), RI .14 (arl2), RI.16 (glnP), RI .17 (glnQ), R1.20 (arl3), R2.6
(pstB), R2.9 (recN), R2. l l (arl4), R2.15 (arl5), R2. I 7 (arlT), R2.20 (arl8, yybT), pstS, pnp A et trll .
11/ Procédé d'obtention de bactéries selon la revendication 10, caractérisé en ce que l'altération consiste à insérer dans le gène visé le plasmide pGh : ISS/, puis, de façon facultative, à exciser ledit plasmide.
12/ Procédé d'obtention de bactéries selon la revendication 10, caractérisé en ce que l'altération du gène consiste à insérer dans le gène visé une séquence d'ADN par recombinaison homologue.
13/ Procédé de fermentation, caractérisé en ce qu'il met en oeuvre, sur le milieu à fermenter, des bactéries selon l'une des revendications 1 à 9.
14/ Procédé selon la revendication 13, caractérisé en ce que le milieu à fermenter est du lait ou un dérivé du lait.
15/ Utilisation de bactéries selon l'une des revendications 1 à 9, dans des procédés de production et conservation des ferments.
16/ Utilisation de bactéries selon l'une des revendications 1 à 9, dans des procédés de fermentation. 17/ Utilisation des bactéries selon l'une des revendications 1 à 9, dans des procédés de conservation de produits alimentaires
18/ Utilisation des bactéries selon l'une des revendications 1 à 9, à des fins probiotiques.
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