BRPI0709635A2 - bactéria pertencendo ao gênero bacillus, e, métodos para produzir uma substáncia derivada de purina, e um nucleotìdeo de purina - Google Patents
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Abstract
BACTéRIA PERTENCENDO AO GêNERO BACILLUS, E, MéTODOS PARA PRODUZIR UMA SUBSTáNCIA DERIVADA DE PURINA, E UM NUCLEOTìDEO DE PURINA. Uma substância de purina pode ser produzida cultivando uma bactéria Bacilius que é capaz de produzir a substância de purina e tem uma atividade enzimática reduzida de transaldolase em um meio de cultura para produzir e acumular a substância de purina no meio de cultura ou uma célula da bactéria, e coletar a substância de purina do meio de cultura ou da célula.
Description
bacteria pertencendo ao gênero bacillus, e, métodos
PARA PRODUZIR UMA SUBSTÂNCIA DERIVADA DE PURINA, E UMNUCLEOTÍDEO DE PURINA"
Campo Técnico
A presente invenção se refere a um método para produzirsubstâncias derivadas de purina tal como nucleotídeos de purina tipicamenteincluindo ácido 5'-inosínico e ácido 5'-guanílico, e nucleosídeos de purina talcomo inosina e guanosina, que são substâncias importantes como matérias-primas para síntese dos nucleotídeos de purina, e assim por diante, e umabactéria pertencendo ao gênero Bacillus usado para o método. Substânciasderivadas de purina são úteis como condimentos, drogas, matérias-primasdestes, e assim por diante.
Técnica anterior
Métodos para produzir inosina e guanosina por fermentaçãousando cepas auxotróficas de adenina de bactérias Bacillus e derivados destasque são adicionalmente concedidos com resistência a várias drogas tal comoanálogos de purina (Documentos de patente 1 a 8), e tais microorganismos dogênero Brevibacterium (Documentos de patente 9 e 10, Documento de nãopatente 1), e assim por diante foram conhecidos.
Tais cepas mutantes são tipicamente obtidas tratando ummicroorganismo com radiação ultravioleta ou nitrosoguanidina (N-metil-N'-nitro-N-nitrosoguanidina), e selecionando um mutante alvo usando um meiode seleção adequado.
Além disso, cepas que produzem substâncias derivadas depurina também foram criadas usando técnicas de engenharia genética embactérias Bacillus (Documentos de patente lia 20), bactérias Brevibacterium(Documento de patente 21), e bactérias Escherichia (Documento de patente22). Especificamente, por exemplo, um método para produzir eficientementeum composto derivado de ácido nucleico tal como hipoxantina, uracila,guanina e adenina com uma bactéria Bacillus na qual um gene (purR)codificando o repressor de operon de purina é rompido é descrito (Documentode patente 23).
Em Bacillus subtilis, o repressor de operon de purina comodescrito acima é conhecido por regular, além dos genes de operon de purina, ogene purA que está envolvido em biossíntese de AMP (Documento de nãopatente 2), o gene glyA que está envolvido em biossíntese de ácidoformiltetrahidrofólico (Documento de não patente 3), o gene pbuG quecodifica o transportador de hipoxantina/guanina (Documento de não patente 4), e assim por diante.
Além disso, um microorganismo que produz eficientementederivado de inosina por fornecimento de auxotrofia de adenina porrompimento do gene de succinil-AMP sintase (purA) em adição arompimento do gene purR, e supressão de decomposição de inosina em hipoxantina por rompimento do gene de nucleosídeo de purina fosforilase(deoD), e um método para produzir inosina usando o microorganismo foramdescritos (Documento de patente 8).
Transaldolase é uma das enzimas da via de pentose fosfato,que catalisa a reação reversível gerando D-eritrose-4-fosfato e D-frutose-6-fosfato a partir de sedoheptulose-7-fosfato e D-gliceraldeído-3-fosfato. Existeapenas pouco conhecimento sobre a relação entre esta enzima e a viabiossintética de substâncias derivadas de purina, e não foi tentado criar umabactéria produtora de substância derivada de purina reduzindo a atividadedesta enzima.
Documento de patente 1: Publicação de Patente Japonesa (KOKOKU) No.38-23099
Documento de patente 2: Publicação de Patente Japonesa No. 54-17033Documento de patente 3: Publicação de Patente Japonesa No. 55-2956Documento de patente 4: Publicação de Patente Japonesa No. 55-45199Documento de patente 5: Publicação de Patente Japonesa No. 57-14160Documento de patente 6: Publicação de Patente Japonesa No. 57-41915Documento de patente 7: Patente Japonesa Não Examinada (KOKAI) No. 59-42895
Documento de patente 8: Patente Japonesa Não Examinada No. 2004-242610Documento de patente 9: Publicação de Patente Japonesa No. 51-5075Documento de patente 10: Publicação de Patente Japonesa No. 58-17592Documento de patente 11: Patente Japonesa Não Examinada No. 58-158197Documento de patente 12: Patente Japonesa Não Examinada No. 58-175493Documento de patente 13: Patente Japonesa Não Examinada No. 59-28470Documento de patente 14: Patente Japonesa Não Examinada No. 60-156388Documento de patente 15: Patente Japonesa Não Examinada No. 1 -27477Documento de patente 16: Patente Japonesa Não Examinada No. 1-174385Documento de patente 17: Patente Japonesa Não Examinada No. 3-58787Documento de patente 18: Patente Japonesa Não Examinada No. 3-164185Documento de patente 19: Patente Japonesa Não Examinada No. 5-84067Documento de patente 20: Patente Japonesa Não Examinada No. 5-192164Documento de patente 21: Patente Japonesa Não Examinada No. 63-248394Documento de patente 22: Publicação de Patente Internacional W099/03988Documento de patente 23: Patente Norte-Americana No. 6.284.495Documento de não patente 1: Agric. Biol. Chem., 1978, 42, 399-405Documento de não patente 2: Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1995, 92, 7455-7459
Documento de não patente 3: J. Bacteriol., 2001, 183, 6175-6183Documento de não patente 4: J. Bacteriol., 2003, 185, 5200-5209Descrição da invenção
Objetivo a ser atingido pela invenção
Um objetivo da presente invenção é criar uma bactériaBacillus adequada para a produção de substâncias derivadas de purina talcomo nucleosídeos de purina e/ou nucleotídeos de purina por fermentação, efornecer um método para produzir uma substância derivada de purina usandouma tal bactéria.
Meios para atingir o objetivo
Os requerentes da presente invenção conduziram váriaspesquisas a fim de atingir o objetivo mencionado acima. Como um resultado,foi encontrado que se a atividade enzimática de transaldolase da via depentose fosfato fosse diminuída em uma bactéria Bacillus, uma capacidade dabactéria de produzir um nucleosídeo de purina ou um nucleotídeo de purinafosse melhorada, e consumada a presente invenção.
A presente invenção assim fornece os seguintes.
(1) Uma bactéria pertencendo ao gênero Bacillus tendo umacapacidade de produzir substância derivada de purina caracterizado pelo fatode que a bactéria foi modificada de forma que atividade enzimática detransaldolase é diminuída.
(2) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus, caracterizadopelo fato de que a substância derivada de purina é nucleosídeo de purinaselecionado a partir do grupo consistindo de inosina, xantosina, guanosina eadenosina.
(3) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, caracterizado pelo fato de que a substância derivada de purina énucleotídeo de purina selecionado a partir do grupo consistindo de ácidoinosínico, ácido xantílico, ácido guanílico e ácido adenílico.
(4) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, caracterizado pelo fato de que a atividade de transaldolase é diminuídapela ruptura de um gene codificando transaldolase, ou reduzindo quantidadede expressão do gene codificando transaldolase.
(5) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, caracterizado pelo fato de que o gene codificando transaldolase é umgene codificando uma proteína das seguintes (A) ou (B):
(A) uma proteína compreendendo a seqüência de aminoácidosde SEQ ID NO: 1,
(B) uma proteína compreendendo uma seqüência deaminoácidos de SEQ ID NO: 1 o que inclui substituições, deleções, inserções,adições ou inversões de um ou diversos resíduos de aminoácidos e tematividade de transaldolase.
(6) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, que é adicionalmente modificada de forma que atividade defosforribosil pirofosfato sintetase deve aumentar.
(7) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, que foi adicionalmente modificada de forma que quantidade deexpressão do operon de purina é aumentada.
(8) A Bacillus como descrito acima, caracterizada pelo fato deque quantidade de expressão do operon de purina é aumentada por ruptura dogene purR, que é um gene codificando um repressor do operon de purina, oudeleção de uma parte de região atenuadora do operon de purina.
(9) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, que foi adicionalmente modificada de forma que atividade defosforilase de nucleosídeo de purina é diminuída.
(10) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, que foi adicionalmente modificada de forma que atividade frutosebifosfatase é diminuída.
(11)A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, que foi adicionalmente modificada de forma que a atividade de IMPdesidrogenase é diminuída.
(12) A bactéria pertencendo ao gênero Bacillus como descritoacima, que é Bacillus subtilis.
(13) Um método para produzir uma substância derivada depurina, que compreende cultivar a bactéria pertencendo ao gênero Bacilluscomo descrito acima em um meio para causar acumulação de uma substânciaderivada de purina em células da bactéria ou no meio, e coletar a substânciaderivada de purina das células ou meio.
(14) O método como descrito acima, caracterizado pelo fato deque a substância derivada de purina é um nucleosídeo de purina ou umnucleotídeo de purina.
(15) O método como descrito acima, caracterizado pelo fato deque a substância derivada de purina é um nucleosídeo de purina selecionado apartir do grupo consistindo de inosina, xantosina, guanosina e adenosina.
(16) O método como descrito acima, caracterizado pelo fato deque a substância derivada de purina é um nucleotídeo de purina selecionado apartir do grupo consistindo de ácido inosínico, ácido xantílico, ácido guanílicoe ácido adenílico.
(17) Um método para produzir um nucleotídeo de purina, quecompreende produzir um nucleosídeo de purina pelo método como descritoacima, reagir o nucleosídeo de purina com um doador de fosfato selecionadoa partir do grupo consistindo de ácido polifosfórico, fenil fosfato e carbamilfosfato, e um microorganismo tendo uma capacidade de produzir um éster deácido 5'-fosfórico de nucleosídeo ou fosfatase ácida para produzir umnucleotídeo de purina, e coletar o nucleotídeo de purina.
Melhor modo para realizar a invenção
<1> Bactéria Bacillus da presente invenção
(I) Fornecer a capacidade de produzir uma substância derivadade purina
A bactéria Bacillus da presente invenção é uma bactériaBacillus tendo uma capacidade de produzir uma substância derivada de purinae foi modificada de forma que atividade enzimática de transaldolase édiminuída.O termo "substância derivada de purina" significa umasubstância tendo um esqueleto de purina, e exemplos destas incluemnucleosídeos de purina, nucleotídeos de purina, e assim por diante. Osnucleosídeos de purina incluem inosina, xantosina, guanosina, adenosina, eassim por diante, e os nucleotídeos de purina incluem ésteres de 5'-ácidofosfórico de nucleosídeos de purina, por exemplo, ácido inosínico (inosina -5'-fosfato, de agora em diante também referido como "IMP"), ácido xantílico(xantosina-5'-fosfato, de agora em diante também referido como "XMP"),ácido guanílico (guanosina-5'-monofosfato, de agora em diante tambémreferido como "GMP"), ácido adenílico (adenosina-5'-monofosfato, de agoraem diante também referido como "AMP"), e assim por diante.
A frase "capacidade de produzir uma substância derivada depurina" significa uma capacidade da bactéria Bacillus da presente invenção deproduzir, secretar ou causar acumulação de uma substância derivada de purinanas células bacterianas ou em um meio quando a bactéria é cultivada no meioaté um ponto em que a substância derivada de purina pode ser coletada dascélulas ou meio. A bactéria Bacillus da presente invenção pode ter umacapacidade de produzir dois ou mais tipos das substâncias derivadas de purinamencionadas acima.
A bactéria Bacillus tendo a capacidade de produzir umasubstância derivada de purina pode ser uma bactéria tendo inerentemente acapacidade de produzir uma substância derivada de purina, ou uma bactériaviável modificando tais bactérias Bacillus como descrito abaixo usando umatécnica de mutagênese ou DNA recombinante de forma que elas tenham acapacidade de produzir uma substância derivada de purina. Além disso, elapode ser uma bactéria Bacillus à qual a capacidade de produzir umasubstância derivada de purina é concedida ou de qual a capacidade deproduzir uma substância derivada de purina é melhorada modificando abactéria de forma que atividade enzimática de transaldolase seja diminuída,de uma maneira tal como descrito posteriormente.
Na presente invenção, a frase "atividade enzimática édiminuída" abrange um estado que atividade enzimática de transaldolasemencionada acima, ou uma enzima de decompõe uma substância derivada depurina mencionada posteriormente tal como inosina monofosfato (IMP)desidrogenase é menor do que aquela em uma cepa não modificada, porexemplo, uma cepa tipo selvagem da bactéria Bacillus, e um estado em que aatividade substancialmente desapareceu. O mesmo deve se aplicar à atividadedo repressor de operon de purina descrito posteriormente.
Exemplos da bactéria Bacillus usada para obter a bactériaBacillus da presente invenção incluem Bacillus subtilis, Bacillusamyloliquefaciens, Bacillus pumilus, e assim por diante.
Exemplos de Bacillus subtilis incluem Bacillus subtilis 168Marburg (ATCC 6051), Bacillus subtilis PY79 (Plasmid, 1984, 12, 1-9) eassim por diante, e exemplos de Bacillus amyloliquefaciens incluem Bacillusamyloliquefaciens T (ATCC 23842), Bacillus amyloliquefaciens N (ATCC23845), e assim por diante. Exemplos de Bacillus pumilus incluem Bacilluspumilus Gottheil No. 3218 (ATCC No. 21005, Patente Norte-Americana No.3.616.206), e assim por diante. Estas cepas podem ser obtidas a partir daAmerican Type Culture Collection (Endereço: P.O. Box 1549, Manassas, VA20108, Estados Unidos da América).
Uma bactéria Bacillus tendo a capacidade de produzir umasubstância derivada de purina pode ser obtida fornecendo, por exemplo,auxotrofia de nucleosídeo de purina ou resistência a uma droga tal comoanálogo de purina para tais bactérias Bacillus como descrito acima(Publicação Patente Japonesa Nos. 38-23099, 54-17033, 55-45199, 57-14160,57-41915 e 59-42895). Uma bactéria Bacillus tendo auxotrofia ou resistênciaa droga pode ser obtida tratando a bactéria com agente mutagênico que éusado para mutagênese usual tal como N-metil-N'-nitro-N-nitrosoguanidina(NTG) ou EMS (etil metanossulfonato).
Exemplos de bactérias Bacillus que produzem um nucleosídeode purina incluem os seguintes.
Como um exemplo específico de cepa produtora de inosinapertencendo ao gênero Bacillus, a cepa KMBS16 de Bacillus subtilis pode serusada. Esta cepa é derivada da cepa trpC2 conhecida de Bacillus subtilis (168Marburg), caracterizada pelo fato de que um gene purR codificando orepressor de operon de purina (purR::spc), um gene purA codificandosuccinil-AMP sintase (purA::erm), e um gene deoD codificando fosforilase denucleosídeo de purina (deoD::kan) são rompidos (Patente Japonesa Não-examinada No. 2004-242610, US2004166575A1). Cepa AJ3772 de Bacillussubtilis (FERM P-2555, Patente Japonesa Não-examinada No. 62-014794) eassim por diante também pode ser usado.
Exemplos de bactérias Bacillus que tem uma capacidade deproduzir guanosina incluem uma bactéria Bacillus que tem atividadeaumentada de IMP desidrogenase (Patente Japonesa Não-examinada No. 3-58787), uma bactéria Bacillus que é obtida introduzindo um vetorcompreendendo um gene conferindo resistência a análogo de purina oudecoinina em um mutante auxotrófico de adenina (Publicação PatenteJaponesa No. 4-28357), e assim por diante.
Exemplos de bactérias Bacillus que produzem um nucleotídeode purina incluem os seguintes.
Como uma bactéria Bacillus produtora de ácido inosínico,cepas produtoras de inosina de Bacillus subtilis que têm atividade de fosfataseatenuada foram relatadas (Uchida, K. et al., Agr. Biol. Chem., 1961, 25, 804-805; Fujimoto, M., Uchida, K., Agr. Biol. Chem., 1965, 29, 249-259).Exemplos de bactérias Bacillus produtoras de ácido guanílico incluemmutantes de bactérias Bacillus que têm auxotrofia de adenina, resistência adecoinina ou sulfóxido de metionina, e uma capacidade de produzir ácido 5'-guanílico (guanosina-5'-monofosfato, de agora em diante referido como"GMP") (Publicação Patente Japonesa No. 56-12438).
Além disso, uma bactéria produtora de ácido xantílico pode serconstruída pelo método usado para melhoramento de bactérias corineformesdas quais exemplo típico é Corynebacterium ammoniagenes. Por exemplo,obtendo uma cepa melhorada de PRPP amidotransferase (Patente JaponesaNão-examinada No. 8-168383), uma cepa resistente a aminoácido alifático(Patente Japonesa Não-examinada No. 4-262790), ou uma cepa resistente adihidroprolina (Publicação Não Examinada de Patente Sul Coreana No. 2003-56490), uma bactéria produtora de ácido xantílico pode ser construída.
Além disso, exemplo de um método para melhorar bactériasBacillus que têm a capacidade de produzir uma substância derivada de purinatambém inclui melhorar as atividades de enzimas envolvidas em biossíntesede purina que são comuns à biossíntese de nucleosídeos de purina enucleotídeos de purina, i.e., enzimas de biossíntese de purina, em célulasbacterianas. A atividade da enzima nas células é preferivelmente aumentadapara um nível maior do que aquele de uma cepa não modificada de bactériaBacillus, por exemplo, uma bactéria Bacillus tipo selvagem. A frase"atividade é aumentada" abrange, por exemplo, quando número de moléculasde enzima por célula é aumentado, e quando a atividade específica pormolécula de enzima é aumentada, e assim por diante. Por exemplo, aatividade pode ser aumentada aumentando a quantidade de expressão do geneda enzima.
Exemplos de uma enzima envolvida na biossíntese de purinaincluem, por exemplo, fosforribosil pirofosfato amidotransferase, fosforribosilpirofosfato sintetase (PRPP sintetase [EC: 2.7.6.1]), e assim por diante.
Alguns dos catabólitos produzidos por metabolismo de fontesde açúcar tal como glicose que circula na via de pentose fosfato sãoconvertidos em ribose-5-fosfato via ribulose-5-fosfato. A partir da ribose-5-fosfato biossintetizada, fosforribosil pirofosfato (PRPP) é produzido, o qual éum precursor indispensável para biossíntese de nucleosídeo de purina,histidina e triptofano. Especificamente, ribose-5-fosfato é convertido emPRPP por fosforribosil pirofosfato sintetase. Portanto, uma capacidade deproduzir substância derivada de purina pode ser concedida a uma bactériaBacillus modificando de forma que a atividade de fosforribosil pirofosfatosintetase desta seja aumentada.
A frase "atividade de fosforribosil pirofosfato sintetase éaumentada" significa que a atividade de fosforribosil pirofosfato sintetaseaumenta se comparada com aquela de uma cepa não modificada tal como umacepa tipo selvagem ou uma cepa parental. A atividade da fosforribosilpirofosfato sintetase pode ser medida, por exemplo, pelo método de Switzer etal. (Methods Enzymol., 1978, 51, 3-11) ou Roth et al. (Methods Enzymol.,1978, 51, 12-17). Uma bactéria Bacillus na qual a atividade de fosforribosilpirofosfato sintetase é aumentada pode ser produzida, por exemplo,aumentando expressão de um gene codificando a fosforribosil pirofosfatosintetase em uma bactéria Bacillus de acordo com um método de usar umplasmídeo contendo o gene ou integrando o gene em um cromossomo, o quepode ser realizado da mesma maneira que aquela do método descrito emPatente Japonesa Não-examinada No. 2004-242610. Embora o gene prs deSEQ ID NO: 3 derivado de uma bactéria Bacillus (No. de Acesso de GenBankX16518) possa ser mencionado como o gene codificando fosforribosilpirofosfato sintetase utilizável para a presente invenção, qualquer dos genesderivados de outras bactérias, animais ou plantas codificando uma proteínatendo a atividade de fosforribosil pirofosfato sintetase pode ser usado.
Além disso, quando PRPP que é um precursor indispensávelpara biossíntese de nucleosídeo de purina, histidina e triptofano é produzidouma vez, uma parte é convertida em nucleotídeos de purina e nucleosídeos depurina pelas enzimas envolvidas na biossíntese de purina. Exemplos de genescodificando tais enzimas incluem os genes do operon de purina de Bacillussubtilis, especificamente, genes do operon de purD purEKB-purC(orf) QLF-purMNH(J) (Ebbole D.J. and Zalkin H., J. BioL Chem., 1987, 262, 17, 8274-87) (no momento, também chamado purEKBCSQLFMNHD, Bacillus subtilisand Its Closest Relatives, Editor in Chief: A.L. Sonenshein, ASM Press,Washington D.C., 2002, No. de Acesso de GenBank NC 000964), e os genesdo regulon pur de Escherichia coli (Escherichia and Salmonella, SecondEdition, Editor in Chief: F.C. Neidhardt, ASM Press, Washington D.C.,1996).
Por conseguinte, melhorar expressão destes genes concede oumelhora a capacidade de produzir uma substância derivada de purina pode serfornecido ou melhorado. Em adição, genes do operon de purina que podemser usados para a presente invenção não são limitados a estes, e genesderivados de outros microorganismos, animais e plantas também pode serusado.
Exemplos do método para aumentar quantidade de expressãodo operon de purina incluem aumentar expressão de genes dos genes deoperon de purina em uma bactéria Bacillus por um método de usar umplasmídeo contendo os genes ou integrando os genes em um cromossomo ouos semelhantes.
O segundo método para aumentar quantidade de expressão dooperon de purina inclui, substituir um promotor do operon de purina por umpromotor mais forte, e substituir a região -35 ou -10 do promotor nativo poruma seqüência consenso.
Por exemplo, em Bacillus subtilis (B. subtilis cepa 168Marburg, ATCC 6051), a seqüência de -35 do operon de purina é umaseqüência consenso (TTGACA), mas a seqüência de -10 é TAAGAT, quedifere da seqüência consenso TATAAT (Ebbole, D.J. and H. Zalikn, J. Biol.Chem., 1987, 262, 8274-8287). Portanto, mudando a seqüência de -10(TAAGAT) para a seqüência consenso similar TATAAT, TATGAT ouTAAAAT, a atividade transcricional do operon de purina pode ser aumentada.Uma seqüência de promotor pode ser substituída pelo mesmo método queaquele da substituição gênica, que é descrito abaixo.
O terceiro método para aumentar quantidade de expressão dooperon de purina inclui reduzir quantidade de expressão do repressor deoperon de purina (Patente Norte-Americana No. 6.284.495). A frase"expressão de um repressor de operon de purina" inclui tanto transcrição deum gene de operon como tradução de um produto de transcrição. Além disso,"quantidade de expressão é diminuída" inclui quando a quantidade deexpressão é menor do que aquela em uma cepa não modificada tal como umabactéria Bacillus tipo selvagem, e quando a expressão foi substancialmenteeliminada.
Quantidade de expressão do repressor de operon de purina(repressor de purina) pode ser diminuída, por exemplo, tratando uma bactériaBacillus com radiação de raios ultravioleta ou agente mutagênico usado emum tratamento de mutagênese usual tal como NTG ou EMS e selecionandoum mutante mostrando quantidade de expressão diminuída do repressor depurina pode ser empregado.
Além disso, uma bactéria Bacillus exibindo uma quantidade deexpressão diminuída do repressor de purina também pode ser obtida por, porexemplo, além de um tratamento de mutagênese, substituindo um genecodificando o repressor de purina em um cromossomo (purR, Acesso deGenBank NC_000964, região de codificação corresponde aos números 54439a 55293 de nucleotídeos, SEQ ID NO: 5) com um gene correspondente quenão funciona normalmente (daqui para frente, também referido como "genetipo rompido") por recombinação homóloga utilizando uma técnica derecombinação gênica (Experiments in Molecular Genetics, Cold SpringHarbor Laboratory Press (1972); Matsuyama, S. and Mizushima, S., J.Bacteriol., 1985, 162, 1196-1202).
Por exemplo, um gene tipo rompido para um gene normalpode ser substituído por um gene tipo rompido no cromossomo hospedeiro deuma maneira como descrito abaixo. A seguir, a ruptura do gene purR éexplicada. Outros genes tal como genes purA, deoD, guaB, fbp e ywjH podemser similarmente rompidos.
Quando um plasmídeo ou o semelhante que tem umaseqüência homóloga a uma seqüência no cromossomo e que não é capaz de sereplicar em células de bactérias Bacillus é introduzido na célula, resultandoem recombinação no sítio da seqüência tendo homologia em uma certafreqüência. O plasmídeo inteiro é então recombinado no cromossomo.Posteriormente, se recombinação é adicionalmente causada no sítio daseqüência tendo homologia no cromossomo, o plasmídeo é removido docromossomo. Neste momento, dependendo do sítio onde a recombinaçãoocorre, o gene tipo rompido pode ser mantido no cromossomo, e o genenormal original pode ser removido do cromossomo com o plasmídeo.Selecionando uma tal cepa, é possível obter uma cepa na qual o gene purRnormal no cromossomo foi substituído pelo gene purR tipo rompido.
Tais técnicas de ruptura gênica baseadas em recombinaçãohomóloga já foram estabelecidas e incluem um método de utilizar um DNAlinear, um método de utilizar um plasmídeo sensível a temperatura e assimpor diante. Além disso, o gene purR também pode ser rompido usando umplasmídeo que contém o gene purR no qual um gene marcador tal como umgene de resistência a droga foi inserido e que não é capaz de replicar na célulabacteriana alvo. Isto é, em um transformante que foi transformado com umplasmídeo tal como descrito acima, o gene marcador é incorporado no DNAcromossômico e concede resistência a droga. Uma vez que o gene marcador éincorporado no cromossomo em uma alta taxa por recombinação homólogadas seqüências de gene purR que coloca o gene marcador no plasmídeo entreo gene purR no cromossomo, uma cepa com gene purR rompido pode sereficientemente selecionada.
O gene purR tipo rompido usado para a ruptura gênica podeser obtido, especificamente, deletando uma certa região do gene purR pordigestão com uma enzima de restrição e re-ligação, inserindo outro fragmentode DNA (gene marcador etc.) no gene purR, ou causando substituição,deleção, inserção, adição ou inversão de um ou mais nucleotídeos in aseqüência de nucleotídeos da região de codificação, região promotora ou ossemelhantes do gene purR por uma mutagênese específica de sítio (Kramer,W. and Frits, HJ., Methods in Enzymology, 1987, 154, 350-367) ou por PCRrecombinante (PCR Technology, Stockton Press (1989)) ou por tratamentocom um agente químico tal como hipossulfito de sódio ou hidroxilamina(Shortle, D. and Nathans, D., Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A., 1978, 75, 2170-2174), seguido por seleção de uma cepa na qual a atividade do repressorcodificado pelo gene purR é diminuída ou transcrição do gene é diminuída.
Entre estes métodos, deletar uma certa região do gene purR por digestão comuma enzima de restrição e re-ligação ou inserir outro fragmento de DNA nogene purR é preferível em vista de confiabilidade e estabilidade. A regiãocerta do gene purR a ser deletada pode ser uma seqüência de extremidade 5',seqüência interna ou seqüência de extremidade 3' do gene purR. Entretanto, sea região responde por 90% ou mais, mais preferivelmente 95% ou mais,particularmente 97% ou mais, do comprimento completo de gene purR,certeza de redução da atividade de repressor é aumentada. Além disso,quando uma mutação de mudança de quadro é causada por deleção ouinserção de nucleotídeos na região de codificação do gene purR, é preferívelcausar deleção ou inserção de nucleotídeos em múltiplos sítios e causardeleção ou inserção de nucleotídeos no lado de extremidade 3', em vista dereduzir seguramente a atividade de repressor.
Redução da atividade de repressor de purina também pode seratingida, além da ruptura gênica mencionada acima, introdução de umamutação que reduz a atividade intracelular de repressor de purina no genepurR no cromossomo baseado em um método de mutagênese convencional.Por exemplo, ela pode ser atingida introduzindo uma substituição deaminoácido (mutação de sentido incorreto), um códon de parada (mutaçãosem sentido), ou uma mutação de mudança de quadro que adiciona ou deletaum ou dois nucleotídeos, ou deletando o gene parcialmente ou inteiramente.Além disso, a atividade do repressor também pode ser diminuída inserindoum transposon no gene purR no cromossomo.
Redução da atividade do repressor de purina também pode seratingida substituindo uma seqüência de controle de expressão do gene purRtal como promotor no DNA cromossômico por um mais fraco. A força de umpromotor é definida pela freqüência de iniciação de síntese de RNA.
Exemplos de método para avaliar a força de promotores e promotores fortessão descritos no artigo de Goldstein et al. (Prokaryotic promoters inbiotechnology, Biotechnol. Annu. Rev., 1995, 1, 105-128), e assim por diante.
Além disso, também é possível introduzir substituição de nucleotídeo paradiversos nucleotídeos em uma região promotora de um gene alvo e com issomodificar o promotor a ser enfraquecido como descrito em Publicação dePatente Internacional WOOO/18935. Além disso, sabe-se que substituição dediversos nucleotídeos no espaçador entre o sítio de ligação de ribossomo(RBS) e o códon de início, em particular, uma seqüência imediatamente antesdo códon de início, afeta fortemente eficiência de tradução de mRNA. Estamodificação de RBS pode ser combinada com transcrição decrescente de umgene alvo.
Além disso, um DNA recombinante no qual uma mutação quedesestabiliza RNA mensageiro transcrito a partir do gene purR é introduzidopode ser preparado e transformado em uma bactéria Bacillus hospedeira.
Atividades de enzimas codificadas pelos genes purA, deoD,guaB, fbp e ywjH descritos posteriormente também podem ser diminuídas damesma maneira como descrito acima.
O gene purR pode ser obtido a partir de um DNAcromossômico de um microorganismo tendo o operon de purina por PCRusando oligonucleotídeos preparados baseado na seqüência de nucleotídeosconhecida do gene purR como iniciadores. O gene purR também pode serobtido a partir de uma biblioteca de DNA cromossômico de ummicroorganismo tendo o operon de purina por hibridização usando umoligonucleotídeo preparado com base na seqüência conhecida de nucleotídeosdo gene purR como uma sonda. A seqüência de nucleotídeos do gene purR dacepa 168 Marburg de Bacillus subtilis foi relatada (No. de Acesso deGenBank D26185 (a região de codificação corresponde aos números denucleotídeos 118041 a 118898), ou NC_000964 (a região de codificaçãocorresponde aos números de nucleotídeos 54439 a 55296)). A seqüência denucleotídeos do gene purR e a seqüência de aminoácidos codificada pelo genesão mostradas em SEQ ID NOS: 5 e 6 de Listagem de Seqüências (PatenteJaponesa Não-examinada No. 2004-242610).
Iniciadores usados para PCR para obter o gene purR podemser quaisquer daqueles possibilitando amplificação de uma parte oucomprimento completo do gene purR, e exemplos específicos incluemoligonucleotídeos tendo as seqüências de nucleotídeos mostradas em SEQ IDNO: 17 (GAAGTTGATGATCAAAA) e SEQ ID NO: 18(AC AT ATTGTTG ACGAT AAT).
O gene purR usado para preparação do gene tipo rompido nãoprecisa ser necessariamente o gene purR de comprimento completo, e elepode ter um comprimento requerido para causar ruptura gênica. Além disso, omicroorganismo usado para obter cada gene não é particularmente limitado,contanto que um microorganismo no qual o gene tenha uma homologia com ogene purR da bactéria Bacillus usada para construção de uma cepa com generompido em um grau tal que cause recombinação homóloga. Entretanto,normalmente é preferível usar o gene originário da mesma bactéria Bacilluscomo a bactéria Bacillus objetiva.
Exemplos do gene marcador descrito acima incluem genes deresistência a droga tal como um gene de resistência a espectinomicina, genede resistência a canamicina e gene de resistência a tetraciclina. O gene deresistência a espectinomicina de Enterococcus faecalis pode ser obtidopreparando o plasmídeo pDG1726 da cepa ECElOl de Escherichia colicomercialmente disponível a partir do Bacillus Genetic Stock Center (BGSC) e removendo o gene de resistência como uma gaveta do plasmídeo. O gene deresistência a eritromicina de Staphylococcus aureus pode ser obtidopreparando o plasmídeo pDG646 da cepa ECE91 de Escherichia colicomercialmente disponível a partir do Bacillus Genetic Stock Center (BGSC)e removendo o gene de resistência como uma gaveta do plasmídeo. O gene deresistência a canamicina derivado de Streptococcus faecalis pode ser obtidopreparando o plasmídeo pDG783 da cepa ECE94 de Escherichia colicomercialmente disponível a partir do Bacillus Genetic Stock Center (BGSC)e removendo o gene de resistência como uma gaveta do plasmídeo. Alémdisso, o gene de resistência a cloranfenicol de Staphylococcus aureus pode ser obtido preparando o plasmídeo pC194 da cepa IEl7 de Bacillus subtiliscomercialmente disponível a partir do Bacillus Genetic Stock Center (BGSC)e realizando PCR usando tal plasmídeo como um modelo para amplificar oplasmídeo. O gene de resistência a tetraciclina de Streptococcus agalactiaepode ser obtido preparando o plasmídeo pDG1513 da cepa ECE99 de Escherichia coli, e removendo o plasmídeo como uma gaveta do plasmídeo(Gene, 1995, 167:335-336).
Quando um gene de resistência a droga é usado como o genemarcador, uma cepa com gene purR rompido pode ser obtida inserindo o genede resistência a droga no gene purR em um plasmídeo em um sítioapropriado, transformando um microorganismo com o plasmídeo obtido eselecionando um transformante que se tornou resistente a droga. Ruptura dogene purR no cromossomo pode ser confirmada analisando o gene purR ou ogene marcador no cromossomo usando Southern blotting ou PCR.Incorporação do gene de resistência a espectinomicina, gene de resistência aeritromicina ou gene de resistência a canamicina mencionados acima em umDNA cromossômico pode ser confirmada por PCR usando iniciadores quepodem amplificar estes genes.
Também se sabe que expressão do operon de purina é reguladapela seqüência de terminador-antiterminador localizada depois do promotor(de agora em diante referido como seqüência atenuadora) (Ebbole, D.J. andZalkin, H., J. Biol. Chem., 1987, 262, 8274-8287; Ebbole D.J. and Zalkin H.,J. Biol. Chem., 1988, 263, 10894-10902; Ebbole, D.J. and Zalkin, H., J.Bacteriol., 1989, 171, 2136-2141). Portanto, quantidade de expressão dooperon de purina pode ser aumentada deletando a seqüência atenuadora.Deleção da seqüência atenuadora pode ser atingida pelo mesmo método queaquele para ruptura de purR.
A fim de adicionalmente aumentar transcrição do operon depurina, os métodos descritos acima podem ser combinados. Por exemplo, ogene purR pode ser rompido, e depois, o operon de purina do qual a seqüênciaatenuadora é deletada pode ser amplificado usando um plasmídeo oumúltiplas cópias de um tal operon de purina podem ser introduzidas em umcromossomo.
As atividades de uma enzima envolvida em biossíntese depurina também podem ser melhoradas dessensibilizando a enzima queparticipa na biossíntese de purina para regulação desta, por exemplo, deacordo com o método mencionado acima para dessensibilizar uma enzimapara inibição por retroalimentação (Patente Internacional 99/03988).
Além disso, a capacidade de produzir substância derivada depurina também pode ser melhorada atenuando absorção de substânciasderivadas de purina pelas células. Por exemplo, a absorção de nucleosídeos depurina pelas células pode ser atenuada bloqueando uma reação envolvida naabsorção de nucleosídeos de purina pelas células. Um exemplo da reaçãoenvolvida na absorção de os nucleosídeos de purina pelas células incluireações catalisadas por nucleosídeo permeases.
Além disso, quando um nucleosídeo de purina é produzido,atividade de uma enzima de decompõe o nucleosídeo de purina pode serdiminuída a fim de melhorar a capacidade de produzir um nucleosídeo depurina. Um exemplo de uma tal enzima inclui nucleosídeo de purinafosforilase.
Nucleotídeos de purina biossintetizados a partir de PRPP porenzimas envolvidas em biossíntese de purina são desfosforilados e com issoconvertidos em um nucleosídeo de purina. Para causar eficientementeacumulação de um nucleosídeo de purina, é preferível reduzir uma atividadede nucleosídeo de purina fosforilases, o que adicionalmente degradanucleosídeos de purina em hipoxantina ou os semelhantes. Isto é, é preferívelatenuar ou eliminar uma atividade de um nucleosídeo de purina fosforilaseque emprega nucleosídeos de purina, tal como inosina, como um substrato.
Especificamente, a atividade de nucleosídeo de purinafosforilase pode ser diminuída rompendo os genes deoD e pupG codificandonucleosídeo de purina fosforilase em bactérias Bacillus. A bactéria Bacillusda presente invenção pode ser modificada rompendo um ou ambos os genesdeoD e pupG. Como os genes deoD e pupG, por exemplo, aqueles genesderivados de bactérias Bacillus (deoD: No. de Acesso de GenBankNC_000964 (SEQ ID NO: 7), pupG: No. de Acesso de GenBank NC_000964(SEQ ID NO: 9)) podem ser usados, e uma cepa com gene rompido pode serobtida da mesma maneira que aquela usada para a ruptura mencionada acimado gene purR.A capacidade de produzir uma substância derivada de purinatambém pode ser melhorada diminuindo a atividade de succinil-AMP sintase.Um exemplo do gene codificando succinil-AMP sintase inclui o gene purA.Um exemplo do gene purA inclui, por exemplo, aqueles tendo a seqüência denucleotídeos registrada como No. de Acesso de GenBank NC_000964 (regiãode codificação corresponde aos números de nucleotídeos 4153460 a 4155749da fita complementar, SEQ ID NO: 11).
A capacidade de produzir uma substância derivada de purinatambém pode ser melhorada diminuindo uma atividade de inosinamonofosfato (IMP) desidrogenase. Um exemplo do gene codificando IMPdesidrogenase inclui o gene guaB. Um exemplo do gene guaB inclui, porexemplo, aqueles tendo a seqüência de nucleotídeos registrada como No. deAcesso de GenBank NC_000964 (região de codificação corresponde aosnúmeros de nucleotídeos 15913 a 17376, SEQ ID NO: 13).
Além disso, a capacidade de produzir uma substância derivadade purina, também pode ser aumentada diminuindo uma atividade de frutosebifosfatase. Um exemplo do gene codificando frutose bifosfatase inclui ogene fbp. Um exemplo do gene fbp inclui, por exemplo, aqueles tendo aseqüência de nucleotídeos registrada como No. de Acesso de GenBankNC_000964 (região de codificação corresponde aos números de nucleotídeos4127053 a 4129065, SEQ ID NO: 15).
Além disso, como um método para melhorar uma capacidadede produzir substância derivada de purina, amplificação de um genecodificando uma proteína tendo uma atividade de secretar uma substânciaderivada de purina pode ser contemplada. Um exemplo de uma bactéria naqual um tal gene foi amplificado inclui uma bactéria Bacillus na qual o generhtA é amplificado (Patente Japonesa Não Examinada No. 2003-219876).
Os genes purR, deoD, pupG, purA, guaB e fbp a seremrompidos como descrito acima, e o gene prs cuja expressão deve sermelhorada podem ser variantes conservativas, por exemplo, DNAscodificando proteínas tendo seqüências de aminoácidos de SEQ ID NOS: 6, 8,10, 12, 14, 16 e 4 o que inclui substituições, deleções, inserções, adições ouinversões de um ou diversos resíduos de aminoácidos, respectivamente, etendo atividade do repressor de purina, nucleosídeo de purina fosforilase,succinil-AMP sintase, IMP desidrogenase, frutose bifosfatase ou fosforribosilpirofosfato sintetase, respectivamente. Número pretendido pelo termomencionado acima "diversos" é, por exemplo, 2 a 50, preferivelmente 2 a 30,mais preferivelmente 2 a 10.
Tal mudança de seqüências de aminoácidos como descritoacima normalmente é mudança conservativa que mantém atividades deproteínas. Exemplos de substituição conservativa de aminoácidos incluem:substituição de Ser ou Thr por Ala; substituição de Gln5 His ou Lys por Arg;substituição de Glu, Gln, Lys, His ou Asp por Asn; substituição de Asn, Gluou Gln por Asp; substituição de Ser ou Ala por Cys; substituição de Asn, Glu,Lys, His, Asp ou Arg por Gln; substituição de Asn, Gln, Lys ou Asp por Glu;substituição de Pro por Gly; substituição de Asn, Lys, Gln, Arg ou Tyr porHis; substituição de Leu, Met, Val ou Phe por lie; substituição de lie, Met,Val ou Phe por Leu; substituição de Asn, Glu, Gln, His ou Arg por Lys;substituição de lie, Leu, Val ou Phe por Met; substituição de Trp, Tyr, Met,Ile ou Leu por Phe; substituição de Thr ou Ala por Ser; substituição de Ser ouAla por Thr; substituição de Phe ou Tyr por Trp; substituição de His, Phe ouTrp por Tyr; e substituição de Met, Ile ou Leu por Vai.
Exemplos específicos de variantes conservativas dos genespurR, deoD, pupG, purA, guaB e fbp e do gene prs descritos acima incluemDNAs mostrando uma homologia de, por exemplo, 70% ou mais,preferivelmente 80% ou mais, mais preferivelmente 90% ou mais,particularmente preferivelmente 95% ou mais, com DNAs tendo asseqüências de nucleotídeos de SEQ ID NOS: 5, 7, 9, 11, 13, 15 e 3,respectivamente. Mais especificamente, os exemplos das variantesconservativas incluem DNAs que são capazes de hibridizar com DNAs tendoseqüências de nucleotídeos complementares às seqüências de nucleotídeos deSEQ ID NOS: 5, 7, 9, 11, 13, 15 e 3 em condições estringentes. Um exemplodas condições estringentes inclui condições de lavagem a 60°C econcentrações salinas de lxSSC, 0,1% de SDS, preferivelmente 0,lxSSC,0,1% de SDS, uma vez ou mais vezes, preferivelmente duas vezes ou trêsvezes.
Homologia de DNAs pode ser avaliada por busca BLAST,busca FASTA, o método de cálculo de Crustal W, e assim por diante.
BLAST (ferramenta básica de busca de alinhamento local) éum algoritmo de busca heurística usado pelos programas blastp, blastn, blastx,megablast, tblastn e tblastx, e os resultados obtidos por estes programas sãoconsiderados significantes com base em uso do método estatístico de Karlin,Samuel, and Stephen F. Altschul ("Methods for assessing the statisticalsignificance of molecular sequence features by using general scoringschemes", Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1990, 87:2264-68; "Applications andstatisties for multiple high-scoring segments in molecular sequences", Proc.Natl. Acad. Sei. USA, 1993, 90:5873-7). O método de busca FASTA foidescrito por W.R. Pearson ("Rapid and Sensitive Sequence Comparison withFASTP and FASTA", Methods in Enzymology, 1990 183:63-98). O métodode Clustal W é descrito por Thompson J.D., Higgins D.G., and Gibson TJ.("CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequencealignment through sequence weighting, position-specific gap penalties andweight matrix choice", Nucleic Acids Res., 1994, 22:4673-4680).
Além disso, DNA usado para preparação de um gene tiporompido também pode ser uma variante conservativa de gene purR, deoD,pupG, purA ou guaB.
Incorporação de um gene alvo no DNA cromossômico debactéria Bacillus pode ser realizada da mesma maneira que aquela para o genecodificando transaldolase descrito posteriormente.
(2) Modificação para diminuir atividade enzimática detransaldolase
A bactéria Bacillus da presente invenção pode ser obtidamodificando uma cepa tendo a capacidade de produzir uma substânciaderivada de purina tal como aquelas descritas acima de forma que a atividadeenzimática de transaldolase é diminuída. A ordem da modificação não élimitada, e depois de modificar uma bactéria de forma que a atividadeenzimática de transaldolase desta seja diminuída, capacidade produtora denucleotídeo de purina pode ser concedida à bactéria.
Transaldolase é uma enzima catalisando a reação reversívelgerando D-eritrose-4-fosfato e D-frutose-6-fosfato a partir de sedoheptulose-7-fosfato e D-gliceraldeído-3-fosfato, e esta reação é uma das reações da viade pentose fosfato. A "via de pentose fosfato" significa a via na qual glicoseabsorvida em células é fosforilada por glicose quinase para biossintetizarglicose-6-fosfato, e glicose-6-fosfato é oxidativamente convertido em ribose-5-fosfato, e a via consistindo de processo reversível para interconversão defosfatos de triose, tetrolose, pentose, hexose e heptose pelas ações deepimerase, transcetolase (EC: 2.2.1.1) e transaldolase (EC: 2.2.1.2).
A atividade enzimática de transaldolase pode ser medida pelométodo seguinte. Por exemplo, a atividade pode ser medida convertendo D-gliceraldeído-3-fosfato gerado em hidroxiacetona fosfato com triosefosfatoisomerase e medindo hidroxiacetona fosfato usando glicerol-3-fosfatodesidrogenase e NADH (Ochoa, T., and Horecker, B.L., 1966, MethodsEnzymol., 9, 499-505).
Tal modificação que a atividade enzimática de transaldolase édiminuída pode ser atingida, por exemplo, como explicado acima para rupturado gene purR, substituindo um gene correspondente que não funcionanormalmente (e.g., gene tipo rompido obtido inserindo um gene marcador talcomo gene de resistência a droga no gene de transaldolase) para o gene detransaldolase no cromossomo por recombinação homóloga. Além disso, comodescrito para o gene purR, uma mutação para reduzir atividade enzimática detransaldolase intracelular pode ser introduzida no gene de transaldolase nocromossomo por métodos convencionais de mutagênese.
Exemplos de transaldolase de Bacillus subtilis incluem umaproteína consistindo de 212 resíduos de aminoácidos mostrada em SEQ IDNO: 2, e um gene codificando a proteína, preferivelmente um gene tendo aseqüência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 1 (gene ywjH, No. de Acesso deGenBank NC_000964), pode ser usado para a modificação. O gene ywjHexiste a cerca de 325° no cromossomo de Bacillus subtilis.
O gene codificando transaldolase também pode ser umavariante conservativa do gene ywjH como os genes mencionados acima.Especificamente, exemplos incluem um DNA codificando uma proteína tendoa seqüência de aminoácidos de SEQ ID NO: 1 incluindo substituições,deleções, inserções, adições ou inversões de um ou diversos resíduos deaminoácidos e tendo a atividade enzimática de transaldolase. Exemplosincluem adicionalmente um DNA codificando uma proteína mostrando umahomologia de 50% ou mais, preferivelmente 70% ou mais, maispreferivelmente 80% more, particularmente preferivelmente 90% ou mais,mais preferivelmente 95% ou mais, com a seqüência de aminoácidosmostrada em SEQ ID NO: 2, e tendo a atividade enzimática de transaldolase.Mais especificamente, exemplos incluem um DNA que é capaz de hibridizarcom um DNA tendo a seqüência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 1 emcondições estringentes. As condições estringentes incluem condições delavagem a 60°C e concentrações salinas de lxSSC, 0,1% de SDS,preferivelmente 60°C, 0,1><SSC, 0,1% de SDS, uma vez ou mais vezes,preferivelmente duas vezes ou três vezes.Um tal DNA codificando uma proteína substancialmenteidêntica a transaldolase como descrito acima pode ser obtido, por exemplo,modificando uma seqüência de nucleotídeos codificando uma tal enzima deforma que o resíduo de aminoácido de uma parte específica é substituído,deletado, inserido, adicionado ou invertido pela mutagênese específica desítio. Um tal DNA modificado como descrito acima também pode ser obtidopor um tratamento de mutagênese convencionalmente conhecido. Exemplosdo tratamento de mutagênese incluem um tratamento in vitro de DNA antesde tratamento de mutagênese com hidroxilamina, e um tratamento de um microorganismo tal como bactéria Escherichia contendo DNA antes detratamento de mutagênese com radiação ultravioleta ou um agentemutagênico usado para tratamento de mutagênese convencional tal como N-metil-N-nitro-N-nitrosoguanidina (NTG) ou ácido nitroso.
O gene alvo pode ser obtido, por exemplo, por método de PCR(reação em cadeia da polimerase, White, T.J. et al., Trends Genet., 1989, 5,185-189) usando um DNA cromossômico de uma bactéria Bacillus como ummodelo e oligonucleotídeos preparados baseado em seqüência de nucleotídeosde gene alvo como iniciadores. O DNA cromossômico pode ser preparado apartir de uma bactéria servindo como uma doadora de DNA, por exemplo,pelo método de Saito e Miura (H. Saito and K. Miura, Biochem. Biophys.Acta, 1963, 72, 619-629; Text for Bioengineering Experiments, Editado pelaSociety for Bioscience and Bioengineering, Japan, pp.97-98, Baifükan, 1992)ou os semelhantes. Os iniciadores para PCR pode ser preparado baseado emuma seqüência gênica conhecida de uma bactéria Bacillus, ou baseado em informação em uma região conservada entre genes de outras bactérias cujasseqüências são conhecidas.
Exemplos do vetor para incorporar um gene alvo em um DNAcromossômico de bactéria Bacillus incluem um vetor tendo uma origem dereplicação sensível a temperatura, tal como pHV1248 (Prtit, M.-A., et. al., J.Bacteriol., 1990, 172, 6736-6740), vetores para Ε. coli tal como pHSG398(Takara Shuzo) e pBluescript SK- (Stratagene), e assim por diante.
A fim de ligar um gene objetivo e um vetor carregando ummarcador que funciona em bactérias Bacillus para preparar um DNArecombinante, o vetor é digerido com uma enzima de restrição se combinandocom a extremidade do gene objetivo. A ligação normalmente é realizadausando uma ligase tal como T4 DNA ligase.
Para introduzir um DNA recombinante preparado comodescrito acima em uma bactéria Bacillus, qualquer dos métodos detransformação conhecidos que foram até agora relatados pode ser empregado.Exemplos incluem, por exemplo, um método de preparar células competentesa partir de células que estão na fase de crescimento seguido por introduzir oDNA nestas, (Dubunau D. and Davidoff-Abelson, R., J. Mol. Biol., 1971, 56,209-221) e um método de fazer células hospedeiras em protoplastos ouesferoplastos, que podem facilmente adquirir DNA recombinante, seguido porintroduzir o DNA recombinante nas células aceptoras de DNA (Chang, S. andChoen, S.N., Molec. Gen. Genet., 1979, 168, 111-115).
<2> Método para produzir uma substância derivada de purina
A bactéria Bacillus da presente invenção produzeficientemente uma substância derivada de purina. Portanto, cultivando abactéria Bacillus da presente invenção em um meio apropriado, umasubstância derivada de purina, tal como nucleosídeo de purina e nucleotídeode purina pode ser produzida e acumulada em células da bactéria ou no meio.
Como para o meio usado para a presente invenção, culturapode ser realizada de uma maneira convencional usando um meioconvencional contendo uma fonte de carbono, fonte de nitrogênio e saisminerais assim como nutrientes traço orgânicos tal como aminoácidos evitaminas, como requerido. Ou um meio sintético ou um meio natural podeser usado. Quaisquer tipos de fonte de carbono e fonte de nitrogênio podemser usados contanto que eles possam ser utilizados por uma cepa a sercultivada.
Como a fonte de carbono, açúcares tal como glicose, frutose,sucrose, maltose, manose, galactose, arabinose, xilose, trealose, ribose,hidrolisados de amido e melaço, e álcoois tal como glicerol e manitol sãousados, e ácidos orgânicos tal como ácido glucônico, ácido acético, ácidocítrico, ácido maleico, ácido fumárico e ácido succínico também podem serusados independentemente ou em combinação com outras fontes de carbono.
Como a fonte de nitrogênio, amônia, sais de amônio tal comosulfato de amônio, carbonato de amônio, cloreto de amônio, fosfato deamônio e acetato de amônio, sais de ácido nítrico, nitrogênio orgânico talcomo hidrolisado de soja, e assim por diante são usados.
Como os nutrientes traço orgânicos, aminoácidos, vitaminas,ácidos graxos, ácidos nucleicos, aqueles contendo estas substâncias tal comopeptona, ácido casamino, extrato de levedura e produto de decomposição deproteína de soja e assim por diante são usados. Quando uma cepa mutanteauxotrófica que requer um aminoácido ou os semelhantes para crescimento éusada, é necessário suplementar o nutriente requerido.
Como os sais minerais, sais de ácido fosfórico, sais demagnésio, sais de cálcio, sais de ferro, sais de manganês e assim por diantesão usados.
Embora as condições de cultura possam variar dependendo dotipo de bactéria Bacillus a ser usado, Bacillus subtilis, por exemplo, écultivada como cultura sob aeração, enquanto que a temperatura defermentação é controlada para ser de 20 a 50°C, e pH para ser de 4 a 9.Quando pH cai durante a cultura, o meio é neutralizado com uma basealcalina tal como gás amônia. Um nucleosídeo de purina é acumulado nomeio depois de cerca de 40 horas a 3 dias de cultura de uma maneira tal comodescrito acima.Depois de término da cultura, inosina acumulada no meio podeser coletada de uma maneira convencional. Por exemplo, ela pode ser isoladapor precipitação, cromatografia de troca iônica e assim por diante.
Além disso, se o microorganismo usado para a presenteinvenção carece de um gene codificando uma nucleosidase ou nucleotidase,um nucleosídeo ou nucleotídeo correspondente pode ser acumulado. Alémdisso, se auxotrofia de inosina é concedida, um precursor ou substânciasrelevantes envolvidas na via de biossíntese desta podem ser acumulados.
Além disso, reagindo inosina ou guanosina preparada pelométodo da presente invenção com nucleosídeo de purina fosforilase oufosforribosiltransferase, ácido 5'-inosínico ou ácido 5'-guanílico podem serobtidos.
Além disso, também é possível fosforilar o nucleosídeo depurina produzido usando o microorganismo da presente invenção reagindofosfotransferase no nucleosídeo de purina para produzir um nucleotídeo depurina (éster de ácido 5'-fosfórico de nucleosídeo) (Patente Japonesa Não-examinada No. 2000-295996). Por exemplo, o método para produzir umnucleotídeo de purina usando uma bactéria Escherichia na qual um genecodificando inosina guanosina quinase de Escherichia coli é introduzido(Patente Internacional 91/08286), e o método para produzir um nucleotídeo depurina usando Corynebacterium ammoniagenes na qual um gene codificandoinosina guanosina quinase de Exiguobacterium acetylicum é introduzido(Patente Internacional 96/30501) pode ser usado.
Além disso, também é possível produzir um nucleotídeo depurina (éster de ácido 5'-fosfórico de nucleosídeo) reagindo o nucleosídeo depurina produzido usando o microorganismo da presente invenção com umdoador de fosfato selecionado a partir do grupo consistindo de ácidopolifosfórico, fenil fosfato e carbamil fosfato, e um microorganismo tendouma capacidade de produzir um éster de ácido 5'-fosfórico de nucleosídeo oufosfatase ácida (EC 3.1.3.2). Embora o microorganismo tendo umacapacidade de produzir um éster de ácido 5'-fosfórico de nucleosídeo não sejaparticularmente limitado contanto que um microorganismo tendo umacapacidade de converter um nucleosídeo de purina em um nucleotídeo depurina seja escolhido, exemplos incluem, por exemplo, o microorganismodescrito em Publicação de Patente Internacional W096/37603.
Além disso, Escherichia blattae JCM 1650, Serratia ficariaATCC 33105, Klebsiella planticola IFO 14939 (ATCC 33531), Klebsiellapneumoniae IFO 3318 (ATCC 8724), Klebsiella terrigena IFO 14941 (ATCC33257), Morganella morganii IFO 3168, Enterobacter aerogenes IFO 12010,Enterobacter aerogenes IFO 13534 (ATCC 13048), Chromobacteriumfluviatile IAM 13652, Chromobacterium violaceum IFO 12614, Cedecealapagei JCM 1684, Cedecea davisiae JCM 1685, Cedecea neteri JCM 5909, eassim por diante descritas em Patente Japonesa Não-examinada No. 07-231793 também podem ser usadas.
Como a fosfatase ácida, por exemplo, a fosfatase ácida descritaem Patente Japonesa Não-examinada No. 2002-000289 pode ser usada, e umafosfatase ácida cuja afinidade com um nucleosídeo é aumentada (PatenteJaponesa Não-examinada No. 10-201481), uma fosfatase ácida mutante cujaatividade de nucleotidase é diminuída (Patente Internacional 96/37603), umafosfatase ácida mutante cuja atividade de hidrólise de éster de ácido fosfóricoé diminuída (Patente Japonesa Não-examinada No. 2001-245676) e assim pordiante podem ser mais preferivelmente usadas.
Também é possível obter um nucleotídeo de purinafosforilando quimicamente um nucleosídeo de purina produzido usando omicroorganismo da presente invenção (Bulletin of the Chemical Society ofJapan, 42, 3505). Além disso, um método de obter GMP acoplando omicroorganismo tendo uma capacidade de produzir XMP da presenteinvenção e atividade de XMP aminase usando o sistema regenerante de ATPde um microorganismo, e um método de obter IMP acoplando inosina quinase(Biosci. Biotech. Biochem., 51, 840 (1997); Patente Japonesa Não-examinadaNo. 63-230094) também podem ser usados.
Nucleosídeo de inosina, guanosina ou purina preparado pelométodo da presente invenção usado para a preparação mencionada acima denucleotídeo de purina pode ser um produto purificado, ou caldo defermentação de nucleosídeo de purina, ou um produto bruto contendo umnucleosídeo de purina.
Exemplos
Daqui para frente, a presente invenção será maisespecificamente explicada com referência a exemplos.
Exemplo 1
<Construção de cepa bacteriana deficiente em genes pupG edeoD codificando nucleosídeo de purina fosforilases>
Uma cepa deficiente no gene de nucleosídeo de purinafosforilase (deoD) foi construída a partir da cepa recombinante KMBS310como descrito abaixo. A cepa KMBS310 (Pedido de Patente Japonesa No.2005-280186), que é derivada de Bacillus subtilis (cepa 168 Marburg de B.subtilis, ATCC 6051), é deficiente no gene de repressor de operon de purina(purR), gene de succinil-AMP sintase (purA) e gene de nucleosídeo de purinafosforilase (pupG), e tem gene de IMP desidrogenase (guaB) atenuado,caracterizado pelo fato de que a região promotora de operon de purina eseqüência SD do gene de PRPP sintetase(prs) foram modificadas (Pedido dePatente Japonesa No. 2005-280186). Expressão do operon de purina e dogene de PRPP sintetase foram melhoradas pelas modificações da regiãopromotora e da seqüência SD, respectivamente.
Um DNA genômico preparado a partir da cepa KMBS16(purR::spc purA::erm deoD::kan, Patente Japonesa Não-examinada No. 2004-242610) pelo método de Fouet e Sonenshein (J. Bacteriol., 1990, 172, 835-844) foi usado para transformar células competentes da cepa 168 Marburg deB. subtilis preparada pelo método de Dubnau e Davidoff-Abelson (J. Mol.Biol., 1971, 56, 209-221), e colônias cultivadas em uma placa de ágar LBcontendo 5 μg/ml de canamicina foram obtidas. Colônias que não se tornaramresistentes a espectinomicina nem resistentes a eritromicina foramselecionadas a partir das colônias obtidas, e uma cepa entre estas foidesignada KMBS5 (deoD::kan).
Um DNA genômico preparado a partir de KMBS5 pelométodo de Fouet e Sonenshein (J. Bacteriol., 1990, 172, 835-844) foi usadopara transformar células competentes da cepa KMBS310 preparada pelométodo de Dubnau e Davidoff-Abelson (J. Mol. Biol., 1971, 56, 209-221), ecolônias cultivadas em uma placa de ágar LB contendo 5 μg/ml decanamicina e 20 μg/ml de guanina foram obtidas. Diversas colônias foramselecionadas a partir das colônias obtidas como descrito acima, e um dostransformantes para o qual pode ser confirmado que deoD::kan substituiu ogene deoD tipo selvagem, e todas as mutações derivadas de KMBS310 nãoforam substituídas pelas seqüências tipo selvagem foi designado KMBS321.
Exemplo 2
<Construção de cepa bacteriana deficiente em um ou ambos degene fbp codificando frutose bifosfatase e gene ywjH codificandotransaldolase, cultura e avaliação desta>
(1) Preparação de cepa deficiente em gene fbp
Uma cepa deficiente no gene de frutose bifosfatase (fbp) foiconstruída a partir da cepa recombinante KMBS321 mencionada acima comodescrito abaixo. A cepa KMBS321, que é derivada de Bacillus subtilis (cepa168 Marburg de B. subtilis, ATCC 6051), é deficiente no gene de repressor deoperon de purina (purR), gene de succinil-AMP sintase (purA) e gene denucleosídeo de purina fosforilase (pupG), e tem gene de IMP desidrogenase(guaB) atenuado, caracterizada pelo fato de que região promotora modificadade operon de purina e seqüência SD do gene de PRPP sintetase (prs) forammodificadas.
(i) Amplificação de região antes de fbp por PCR
Iniciadores de PCR 28-mero e 50-mero tendo as seguintesseqüências de nucleotídeos foram preparados baseado na informação de umbanco de dados de genes (Nos. de Acesso de GenBank NC_000964 eV01277).
TTCCCTTAGGGTTATTTTCGTTTCAAAA (SEQ ID NO:19) cgtttgttgaactaatgggtgctTTTATGAGC ATGTGC ATGATAAGGTGA(SEQ ID NO: 20, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem à região antes de promotor do gene de resistência acloranfenicol (cat) clonada em pC194)
PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por1,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o DNA cromossômico da cepa 168 Marburg de B.subtilis como um modelo e os iniciadores mencionados acima para obter umfragmento de amplificação contendo um região de extremidade 5' de gene fbpe cerca de 1350 bp antes de região.
(ii) Amplificação de região depois de fbp por PCR
Iniciadores de PCR 50-mero e 27-mero tendo as seguintesseqüências de nucleotídeos foram preparados baseado na informação de umbanco de dados de genes (Nos. de Acesso de GenBank NC_000964 eV01277).
acagctccagatccatatccttcttTTTTAGAGAGTTTGCGGGAGTATCG (SEQ ID NO: 21, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem a uma região depois de gene estrutural do gene de resistência acloranfenicol (cat) clonada em pC194)
TAAAGGTTTTTCGGGATAAGATTGAAA (SEQ ID NO: 22)PCR (98°C por 10 segundos, 550C por 30 segundos, 72°C por1,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o DNA cromossômico da cepa 168 Marburg de B.subtilis como um modelo e os iniciadores mencionados acima para obter umfragmento de amplificação contendo uma região de extremidade 3' de genefbp e cerca de 1770 bp depois de região.
(iii) Amplificação de gene cat por PCR
Iniciadores de PCR 50-mero tendo as seguintes seqüências denucleotídeos foram preparados baseado na informação de um banco de dadosde genes (Nos. de Acesso de GenBank VO1277 e NC_000964).
tcaccttatcatgcacatgctcataaaAGCACCCATTAGTTCAACAAACG (SEQ ID NO: 23, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem à seqüência de região de extremidade 5' do gene fbp, e elesforam designados como sendo complementares à região de extremidade 3' deSEQ ID NO: 20)
cgatactcccgcaaactctctaaaaAAGAAGGATATGGATCTGGAGCTGT (SEQ ID NO: 24, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem à seqüência de região de extremidade 3' do gene fbp, e elesforam designados como sendo complementares à região de extremidade 3' de
SEQ ID NO: 21)
PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por1,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o plasmídeo pC194 carregando o gene de resistência acloranfenicol (cat) como um modelo e os iniciadores mencionados acima paraobter um fragmento de amplificação de cerca de 980 bp contendo o gene cat.
(iv) Amplificação de fragmento compreendendo região de fbpinserida com gene cat por PCR recombinante
Os fragmentos de DNA amplificados em (i) a (iii) descritosacima foram purificados usando Coluna MicroSpin S-400 (AmershamPharmacia Biotech), e então uma mistura destes em quantidades apropriadasfoi usada como um modelo junto com as seqüências de SEQ ID NOS: 19 e 22para realizar PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por4,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer) ecom isso obter um fragmento compreendendo a região de fbp inserida com ogene cat.
(v) Preparação de cepa produtora de inosina com fbp rompido
O fragmento de DNA compreendendo a região de fbp na qualo gene cat (fbp::cat) obtido em (iv) havia sido inserido foi sujeito aeletroforese em gel de agarose, e o fragmento alvo foi extraído do gel. Ofragmento de DNA purificado como descrito acima foi usado paratransformar células competentes da cepa KMBS321 de B. subtilis preparadapelo método de Dubnau e Davidoff-Abelson (J. Mol. Biol., 1971, 56, 209-221), e colônias cultivadas em uma placa de ágar LB contendo 2,5 μg/ml decloranfenicol e 20 μg/ml de guanina foram obtidas. DNAs cromossômicosforam preparados a partir destas colônias, cepas nas quais região de fbp emum cromossomo foi substituída pela região de fbp cuja seqüência interna foisubstituída pelo gene de resistência a cloranfenicol (fbp::cat) por duplarecombinação foram identificadas pelo método de PCR descrito em (iv), euma destas cepas foi designada TABS133.
(2) Preparação de cepa deficiente em gene ywjH
Uma cepa deficiente no gene de transaldolase (ywjH) foiconstruída a partir da cepa recombinante KMBS321 mencionada acima comodescrito abaixo. A cepa KMBS321 (Pedido de Patente Japonesa No. 2005-280186), que é derivada de Bacillus subtilis (cepa 168 Marburg de B. subtilis,ATCC 6051), é deficiente no gene de repressor de operon de purina (purR),gene de succinil-AMP sintase (purA) e gene de nucleosídeo de purinafosforilase (pupG), e tem gene de IMP desidrogenase (guaB) atenuado,caracterizada pelo fato de que a região promotora de operon de purina eseqüência SD do gene de PRPP sintetase (prs), e deficiente no gene denucleosídeo de purina fosforilase (deoD) são modificadas.
(i) Amplificação de região antes de ywjH por PCRIniciadores de PCR 28-mero e 50-mero tendo as seguintes
seqüências de nucleotídeos foram preparados baseado na informação de umbanco de dados de genes (Nos. de Acesso de GenBank NC_000964 eVO1277).
ATGGACGGAATCGAAATCTTAAAACGGA (SEQ ID NO:25) cgtttgttgaactaatgggtgctttAGAATTCCTAATTCATTCGCTTCTC (SEQID NO: 26, os nucleotídeos indicados com letras minúsculas correspondem àregião antes de promotor do gene de resistência a cloranfenicol (cat) clonadaem pC194)
PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por1,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o DNA cromossômico da cepa 168 Marburg de B.subtilis como um modelo e os iniciadores mencionados acima para obter umfragmento de amplificação contendo uma região de extremidade 5' de geneywjH e cerca de 1420 bp antes de região.
(ii) Amplificação de região depois de ywjH por PCRIniciadores de PCR 50-mero e 28-mero tendo as seguintes
seqüências de nucleotídeos foram preparados baseado na informação de umbanco de dados de genes (Nos. de Acesso de GenBank NC_000964 eV01277).
acagctccagatccatatccttctTTGACCTGATTTCAGAAGTTAAACAG (SEQ ID NO: 27, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem a uma região depois de gene estrutural do gene de resistência acloranfenicol (cat) clonada em pC194)
GGATGACGTTATCGATAATGACTTCCTT (SEQ ID NO:28)PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por1,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o DNA cromossômico da cepa 168 Marburg de B.subtilis como um modelo e os iniciadores mencionados acima para obter umfragmento de amplificação contendo uma região de extremidade 3' de geneywjH e cerca de 1370 bp depois de região.
(iii) Amplificação de gene cat por PCR
Iniciadores de PCR 50-mero tendo as seguintes seqüências denucleotídeos foram preparados baseado na informação de um banco de dadosde genes (Nos. de Acesso de GenBank VO1277 e NC_000964).gagaagcgaatgaattaggaattctAAAGCACCCATTAGTTCAACAAACG (SEQ ID NO: 29, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem à seqüência de região de extremidade 5' do gene ywjH, e elesforam designados como sendo complementares à região de extremidade 3' deSEQ ID NO: 26)
ctgtttaacttctgaaatcaggtcaaAGAAGGATATGGATCTGGAGCTGT (SEQ ID NO: 30, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem à seqüência de região de extremidade 3' do gene ywjH, e elesforam designados como sendo complementares à região de extremidade 3' deSEQ ID NO: 27)
PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por1,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o plasmídeo pC194 carregando o gene de resistência acloranfenicol (cat) como um modelo e os iniciadores mencionados acima paraobter um fragmento de amplificação de cerca de 980 bp contendo o gene cat.
(iv) Amplificação de fragmento compreendendo região deywjH inserida com gene cat por PCR recombinante
Os fragmentos de DNA amplificados em (i) a (iii)mencionados acima foram purificados usando Coluna MicroSpin S-400(Amersham Pharmacia Biotech), e então uma mistura destes em quantidadesapropriadas foi usada como um modelo junto com as seqüências de SEQ IDNOS: 25 e 28 para realizar PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30segundos, 72°C por 4 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model9600, Perkin-Elmer) e com isso obter um fragmento compreendendo a regiãode ywjH inserida com o gene cat.
(v) Preparação de cepa produtora de inosina com ywjHrompido
O fragmento de DNA compreendendo a região de ywjH naqual o gene cat (ywjH::cat) obtido em (iv) havia sido inserido foi sujeito aeletroforese em gel de agarose, e o fragmento alvo foi extraído do gel. Ofragmento de DNA purificado como descrito acima foi usado paratransformar células competentes da cepa KMBS321 de B. subtilis preparadapelo método de Dubnau e Davidoff-Abelson (J. Mol. Biol., 1971, 56, 209-221), e colônias cultivadas em uma placa de ágar LB contendo 2,5 μg/ml decloranfenicol e 20 μg/ml de guanina foram obtidas. DNAs cromossômicosforam preparados a partir destas colônias, cepas nas quais região de ywjH emum cromossomo foi substituída pela região de ywjH cuja seqüência internafoi substituída pelo gene de resistência a cloranfenicol (ywjH::cat) por duplarecombinação foram identificadas pelo método de PCR descrito em (iv), euma destas cepas foi designada TABS135.(3) Construção de cepa com deficiência dupla de fbp e ywjH
Uma cepa deficiente no gene de transaldolase (ywjH) foiconstruída a partir da cepa recombinante TABS133 como descrito abaixo. Acepa TABS133, que é derivada de Bacillus subtilis (cepa 168 Marburg de B.subtilis, ATCC 6051), é deficiente no gene de repressor de operon de purina(purR), gene de succinil-AMP sintase (purA), gene de nucleosídeo de purinafosforilase (pupG) e gene de frutose bifosfatase (fbp), e tem gene de IMPdesidrogenase (guaB) atenuado, caracterizada pelo fato de que a regiãopromotora de operon de purina e seqüência SD do gene de PRPP sintetase(prs) são modificadas.
(i) Amplificação de região antes de ywjH por PCR
Iniciadores de PCR 26-mero e 50-mero tendo as seguintesseqüências de nucleotídeos foram preparados baseado na informação de umbanco de dados de genes (Nos. de Acesso de GenBank NC_000964 eM29725).
TAAAGCGTGATAGACATACAGTGCTG (SEQ ID NO: 31)cattgcaagacttttttcaccaagcAGAATTCCTAATTCATTCGCTTCTC (SEQ IDNO: 32, os nucleotídeos indicados com letras minúsculas correspondem àregião antes de promotor do gene de resistência a tetraciclina (tet) clonada empDG1513)
PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por2,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o DNA cromossômico da cepa 168 Marburg de B.subtilis como um modelo e os iniciadores mencionados acima para obter umfragmento de amplificação contendo uma região de extremidade 5' de geneywjH e cerca de 2250 bp antes de região.
(ii) Amplificação de região depois de ywjH por PCR
Iniciadores de PCR 50-mero e 26-mero tendo as seguintesseqüências de nucleotídeos foram preparados baseado na informação de umbanco de dados de genes (Nos. de Acesso de GenBank NC_000964 eM29725).
gagagagttcaaaattgatcctttTTGACCTGATTTCAGAAGTTAAACAG (SEQ ID NO: 33, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem a uma região depois de gene estrutural do gene de resistência atetraciclina (tet) clonada em pDG1513)
TTGCATATACATGTCAGGAGCATTCA (SEQ ID NO: 34)
PCR (98°C por 10 segundos, 5 50C por 30 segundos, 72°C por2,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o DNA cromossômico da cepa 168 Marburg de B.subtilis como um modelo e os iniciadores mencionados acima para obter umfragmento de amplificação contendo uma região de extremidade 3' de geneywjH e cerca de 2280 bp depois de região.
(iii) Amplificação de gene tet por PCR
Iniciadores de PCR 50-mero tendo as seguintes seqüências denucleotídeos foram preparados baseado na informação de um banco de dadosde genes (Nos. de Acesso de GenBank M29725 e NC_000964).
gagaagcgaatgaattaggaattctGCTTGGTGAAAAAAGTCTTGCAATG (SEQ ID NO: 35, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem à seqüência de região de extremidade 5' do gene ywjH, e elesforam designados como sendo complementares à região de extremidade 3' deSEQ ID NO: 32)
ctgtttaacttctgaaatcaggtcaaAAAGGATCAATTTTGAACTCTCTC (SEQ ID NO: 36, os nucleotídeos indicados com letras minúsculascorrespondem à seqüência de região de extremidade 3' do gene ywjH, e elesforam designados como sendo complementares à região de extremidade 3' deSEQ ID NO: 33)
PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30 segundos, 72°C por2,5 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model 9600, Perkin-Elmer)foi realizado usando o plasmídeo pDG1513 carregando o gene de resistência atetraciclina (tet) como um modelo e os iniciadores mencionados acima paraobter um fragmento de amplificação de cerca de 2070 bp contendo o gene cat.
(iv) Amplificação de fragmento compreendendo região deywjH inserida com gene tet por PCR recombinante
Os fragmentos de DNA amplificados em (i) a (iii)mencionados acima foram purificados usando Coluna MicroSpin S-400(Amersham Pharmacia Biotech), e então uma mistura destes em quantidadesapropriadas foi usada como um modelo junto com as seqüências de SEQ IDNOS: 31 e 34 para realizar PCR (98°C por 10 segundos, 55°C por 30segundos, 72°C por 7 minutos, 30 ciclos, Gene Amp PCR System Model9600, Perkin-Elmer) e com isso obter um fragmento compreendendo a regiãoywjH inserida com o gene tet.
(v) Preparação de cepa produtora de inosina com fbp e ywjHrompidos
O fragmento de DNA compreendendo a região ywjH na qual ogene tet (ywjH::tet) obtido em (iv) havia sido inserido foi sujeito a eletroforese emgel de agarose, e o fragmento alvo foi extraído do gel. O fragmento de DNApurificado como descrito acima foi usado para transformar células competentes dacepa TABS133 de B. subtilis preparada pelo método de Dubnau e Davidoff-Abelson (J. Mol. Biol., 1971, 56,209-221), e colônias cultivadas em uma placa deágar LB contendo 12,5 μg/ml de tetraciclina e 20 μg/ml de guanina foram obtidas.DNAs cromossômicos foram preparados a partir destas colônias, cepas nas quaisregião de ywjH em um cromossomo foi substituída pela região de ywjH cujaseqüência interna foi substituída pelo gene de resistência a tetraciclina (ywjH::tet)por dupla recombinação foram identificadas pelo método de PCR descrito em (iv),e uma destas cepas foi designada TABS174.
(4) Produção de nucleosídeo de purina por cepa produtora de inosinadeficiente em um ou ambos de gene fbp e gene ywjH
A cepa TABS133 deficiente em gene fbp, a cepa TABS135deficiente em gene ywjH, a cepa TABS174 deficiente em ambos os genes, euma cepa de controle KMBS321 foram cada uniformemente aplicadas emuma placa de meio LB contendo 20 mg/L de guanina, e cultivadas durante anoite a 34°C. As células correspondendo a 1/8 da placa foram inoculadas em20 ml de meio de fermentação contido em um frasco Sakaguchi com volumede 500-ml, então 50 g/L de carbonato de cálcio foi adicionado ao meio, e ascélulas foram cultivadas a 34°C com agitação. Setenta e duas horas depois doinício da cultura, o meio foi amostrado, e quantidades de inosina ehipoxantina contidas no meio foram medidas por métodos conhecidos. Asquantidades de inosina acumuladas observadas com a cepa TABS133deficiente em gene fbp e com a cepa TABS135 deficiente em gene ywjHforam superiores do que aquelas observadas com a cepa KMBS321 comouma cepa de controle. Além disso, a quantidade de inosina acumuladaobservada com a cepa deficiente em ambos os genes foi maior do que aquelaobservada com a cepa TABS133 ou cepa TABS135.
[Composição de meio de fermentação]
Glicose30 g/LKH2PO4I g/LNH4CB2 g/LMameno (T-N)* 1,35 g/LDL-Metionina0,4 g/LL-Triptofano0,02 g/L
AdeninaO5I g/LGuanosina0,075 g/LMgS040,4 g/LFeSO4O5Ol g/LMnSO4O5Ol g/L
Adecanol (antiespuma)0,5 ml/L(ajustado para pH 7,0 com KOH)Carbonato de Cálcio50 g/L*: Hidrolisado de proteína de soja
Tabela 1
<table>table see original document page 43</column></row><table>
[Explicação de Listagem de Seqüências]SEQ ID NO: 1: Seqüência de nucleotídeos de gene ywjHSEQ ID NO: 2: Seqüência de aminoácidos de transaldolaseSEQ ID NO: 3: Seqüência de nucleotídeos de gene prsSEQ ID NO: 4: Seqüência de aminoácidos de fosforribosil pirofosfatosintetase
SEQ ID NO: 5: Seqüência de nucleotídeos de gene purRSEQ ID NO: 6: Seqüência de aminoácidos de repressor de purinaSEQ ID NO: 7: Seqüência de nucleotídeos de gene deoDSEQ ID NO: 8: Seqüência de aminoácidos de produto de gene deoD(nucleosídeo de purina fosforilase)
SEQ ID NO: 9: Seqüência de nucleotídeos de gene pupGSEQ ID NO: 10: Seqüência de aminoácidos de produto de gene pupG(nucleosídeo de purina fosforilase)SEQ ID NO: 11: Seqüência de nucleotídeos de gene purASEQ ID NO: 12: Seqüência de aminoácidos de succinil-AMP sintaseSEQ ID NO: 13: Seqüência de nucleotídeos de gene guaBSEQ ID NO: 14: Seqüência de aminoácidos de IMP desidrogenaseSEQ ID NO: 15: Seqüência de nucleotídeos de gene fbpSEQ ID NO: 16: Seqüência de aminoácidos de frutose bifosfataseSEQ ID NO: 17: Iniciador para amplificação de gene purRSEQ ID NO: 18: Iniciador para amplificação de gene purRSEQ ID NO: 19: Iniciador para amplificação de região antes de gene fbpSEQ ID NO: 20: Iniciador para amplificação de região antes de gene fbpSEQ ID NO: 21: Iniciador para amplificação de região depois de gene fbpSEQ ID NO: 22: Iniciador para amplificação de região depois de gene fbpSEQ ID NO: 23: Iniciador para amplificação de gene catSEQ ID NO: 24: Iniciador para amplificação de gene catSEQ ID NO: 25: Iniciador para amplificação de região antes de gene ywjHSEQ ID NO: 26: Iniciador para amplificação de região antes de gene ywjHSEQ ID NO: 27: Iniciador para amplificação de região depois de gene ywjHSEQ ID NO: 28: Iniciador para amplificação de região depois de gene ywjHSEQ ID NO: 29: Iniciador para amplificação de gene catSEQ ID NO: 30: Iniciador para amplificação de gene catSEQ ID NO: 31: Iniciador para amplificação de região antes de gene ywjHSEQ ID NO: 32: Iniciador para amplificação de região antes de gene ywjHSEQ ID NO: 33: Iniciador para amplificação de região depois de gene ywjHSEQ ID NO: 34: Iniciador para amplificação de região depois de gene ywjHSEQ ID NO: 35: Iniciador para amplificação de gene tetSEQ ID NO: 36: Iniciador para amplificação de gene tet
Aplicabilidade Industrial
Usando a bactéria Bacillus da presente invenção, eficiência deprodução de um nucleosídeo de purina e/ou um nucleotídeo de purina podeser melhorada.LISTAGEM DA SEQÜENCIA
<110><120>
<130><150><151><160><170><210><211><212><213><220><221><222><400>atg ttaMet Leu1
aat gaaAsn Glu
gca aagAla Lys
gac gtcAsp Val
50gag gaaGlu Glu65
att acgIle Thr
gca cttAla Leu
gcc aacAla Asn
Ajinomoto Co., Inc.
"Bactéria capaz de produzir substância de purina e processo para
produção de substância de purina"C757-C7064JP2006-1193242006-04-2436
PatentIn version 3.31
636DNA
Bacillus subtilis
CDS(1) ·1
ttcPhe
ttaLeu
gaa
Glu
35
gtg
Val
(636)
ttt gttPhe Val5
gga attGly Ile20
gct aacAla Asn
aaa gggLys Gly
atg ate gagMet Ile Glu
ccaPro
attIle145ateIle
ttcPhe130tcaSer
attIle
gtgVal
actThr
cagGln115ctgLeu
aaa ateLys Ile
85ggc ttaGly Leu100
gcg cttAla Leu
gga cgtGly Arg
gaa gtt aaaGlu Val Lys
ctt agaLeu Arg
ctc actLeu Thr
gac tggAsp Trp210<210><211><212>
gcaAla
ggg
Gly
aaaLys195aacAsn
2
212
PRT
gcgAla
gctAla180cacHis
aaaLys
tcaSer165catHis
ccgPro
gatAsp
ctcLeu
gtaVal
tetSer
gaa
Glu
70
cca
Pro
ggcGly
cttLeu
ttaLeu
cagGln150ateIle
ateIle
ttaLeu
aca gcc aatThr Ala Asn
gcc ggt gtaAla Gly Val25
tca ttc cacSer Phe His40
gta age gcaVal Ser Ala55
gga aaa gaaGly Lys Glu
atg acg tetMet Thr Ser
ate aaaIle Lys
gct gccAla Ala120gat gacAsp Asp135
att tttIle Phe
acaThr105agaArg
ateIle
gacAsp
cgc cat ccgArg His Pro
ggc aca atgGly Thr Met185
aca gac aaaThr Asp Lys200
ateIle10acgThr
gacAsp
gagGlu
ctgLeu
gac
Asp
90
aac
Asn
gcgAla
ggcGly
attIle
cagGln170ccgPro
ggaGly
gat gaa att agaAsp Glu Ile Arg
acgThr
cgtArg
gttVal
gcg
Ala
75
ggt
Gly
aatAsn
cttLeu
attIle60aagLys
cct agtPro Ser
3.0cgc gagArg Glu45
tet ttgSer Leu
ate gctIle Ala
tta aaa gcgLeu Lys Ala
gtt acaVal Thr
ggg gcaGly Ala
cac aacHis Asn140cac ggcHis Gly155
cac gtgHis Val
ttgLeu
acaThr125
ggg
Gly
ateIle110tatTyr
cttLeu
gaa gcgGlu Ala15
tta gtaLeu Val
ate acaIle Thr
aaa gctLys Ala
ccg aacPro Asn80gta agaVal Arg95
ttc aatPhe Asn
gta tetVal Ser
gac ctgAsp Leu
ctt gacLeu Asp
aca gaaThr Glu
ctg aaa gtc attLeu Lys Val Ile190
ate gaa caa ttcIle Glu Gln Phe205
acgThr
gctAla175catHis
caaGln160gctAla
gcgAla
ctg gcaLeu Ala
48
96
144
192
240
28!
336
384
432
480
528
576
624
636<213> Bacillus subtilis<400> 2
Met Leu Phe Phe Val Asp Thr Ala Asn Ile Asp Glu Ile Arg Glu Ala1 5 10 15
Asn Glu Leu Gly Ile Leu Ala Gly Val Thr Thr Asn Pro Ser Leu Val
20 25 30
Ala Lys Glu Ala Asn Val Ser Phe His Asp Arg Leu Arg Glu Ile Thr
35 40 45
Asp Val Val Lys Gly Ser Val Ser Ala Glu Val Ile Ser Leu Lys Ala
50 55 60
Glu Glu Met Ile Glu Glu Gly Lys Glu Leu Ala Lys Ile Ala Pro Asn65 70 75 80
Ile Thr Val Lys Ile Pro Met Thr Ser Asp Gly Leu Lys Ala Val Arg
85 90 95
Ala Leu Thr Gly Leu Gly Ile Lys Thr Asn Val Thr Leu Ile Phe Asn
100 105 110
Ala Asn Gln Ala Leu Leu Ala Ala Arg Ala Gly Ala Thr Tyr Val Ser
115 120 125
Pro Phe Leu Gly Arg Leu Asp Asp Ile Gly His Asn Gly Leu Asp Leu
130 135 140
Ile Ser Glu Val Lys Gln Ile Phe Asp Ile His Gly Leu Asp Thr Gln145 150 155 160
Ile Ile Ala Ala Ser Ile Arg His Pro Gln His Val Thr Glu Ala Ala
165 170 175
Leu Arg Gly Ala His Ile Gly Thr Met Pro Leu Lys Val Ile His Ala
180 185 190
Leu Thr Lys His Pro Leu Thr Asp Lys Gly Ile Glu Gln Phe Leu Ala
195 200 205
Asp Trp Asn Lys210<210> 3<211> 954<212> DNA
<213> Bacillus subtilis<220>
<221> CDS<222> (1)..(954)<400> 3
atg tct aat caa tac gga gat aag aat tta aag att ttt tct ttg aat 48
Met Ser Asn Gln Tyr Gly Asp Lys Asn Leu Lys Ile Phe Ser Leu Asn15 10 15
tcg aat cca gag ctt gca aaa gaa ate gea gat ata gtt gga gtt caa 96
Ser Asn Pro Glu Leu Ala Lys Glu Ile Ala Asp Ile Val Gly Val Gln
20 25 30
tta ggg aaa tgt tct gtc aca aga ttt agt gac ggg gaa gtc caa att 144
Leu Gly Lys Cys Ser Val Thr Arg Phe Ser Asp Gly Glu Val Gln Ile
35 40 45
aat ate gaa gaa agt att cgc gga tgt gat tgt tac ate ate cag tct 192
Asn Ile Glu Glu Ser Ile Arg Gly Cys Asp Cys Tyr Ile Ile Gln Ser
50 55 60
aca agt gac ccc gtt aac gag cat att atg gaa ctg ctg att atg gta 240
Thr Ser Asp Pro Val Asn Glu His Ile Met Glu Leu Leu Ile Met Val65 70 75 80
gat gcg tta aaa cgc gct tct gca aaa acg att aac att gtt att cct 288
Asp Ala Leu Lys Arg Ala Ser Ala Lys Thr Ile Asn Ile Val Ile Pro
85 90 95
tat tac ggt tat gcg cgt caa gac aga aaa gca aga tcc cgt gag cca 336
Tyr Tyr Gly Tyr Ala Arg Gln Asp Arg Lys Ala Arg Ser Arg Glu Pro
100 105 110
ate aca gct aaa ctt ttc gct aac ctg ctt gaa aca gcc ggt gcg act 384
Ile Thr Ala Lys Leu Phe Ala Asn Leu Leu Glu Thr Ala Gly Ala Thr
115 120 125
cgt gtg att gca ctt gac ctg cat gcg ccg caa att caa gga ttc ttt 432Arg Val Ile Ala Leu Asp Leu His Ala Pro Gln Ile Gln Gly Phe Phe
130 135 140
gat ata ccg att gac cac tta atg ggt gtt ccg att tta gga gaa tat 480
Asp Ile Pro Ile Asp His Leu Met Gly Val Pro Ile Leu Gly Glu Tyr145 150 155 160
ttt gaa ggc aaa aat ctt gaa gat ate gtc att gtt tca cca gac cat 528
Phe Glu Gly Lys Asn Leu Glu Asp Ile Val Ile Val Ser Pro Asp His
165 170 175
ggc ggt gtg aca cgt gcc cgc aaa ctg gct gac cga cta aaa gcg cca 576
Gly Gly Val Thr Arg Ala Arg Lys Leu Ala Asp Arg Leu Lys Ala Pro
180 185 190
att gcg att ate gat aaa cgc cgt ccg cgt cca aac gtg gcg gaa gtc 624
Ile Ala Ile Ile Asp Lys Arg Arg Pro Arg Pro Asn Val Ala Glu Val
195 200 205
atg aat att gta ggt aac ate gaa ggg aag act gct ate etc ate gat 672
Met Asn Ile Val Gly Asn Ile Glu Gly Lys Thr Ala Ile Leu Ile Asp
210 215 220
gac att att gat act gea ggt acg att aca ctt gct gct aat gcg ctc 720
Asp Ile Ile Asp Thr Ala Gly Thr Ile Thr Leu Ala Ala Asn Ala Leu225 230 235 240
gtt gaa aac gga gcg aaa gaa gta tat gea tgc tgt aca cac cct gta 7 68
Val Glu Asn Gly Ala Lys Glu Val Tyr Ala Cys Cys Thr His Pro Val
245 250 255
cta tca ggc cct gcg gtt gaa cgg att aat aat tca aca att aaa gag 816
Leu Ser Gly Pro Ala Val Glu Arg Ile Asn Asn Ser Thr Ile Lys Glu
260 265 270
ctt gtt gtg aca aac age ate aag ctt cct gaa gaa aag aaa att gaa 864
Leu Val Val Thr Asn Ser Ile Lys Leu Pro Glu Glu Lys Lys Ile Glu
275 280 285
cgc ttt aag cag ctt tca gtc gga ccg ctt ctg gcc gaa gcg att att 912
Arg Phe Lys Gln Leu Ser Val Gly Pro Leu Leu Ala Glu Ala Ile Ile
290 295 300
cgc gtt cat gag cag caa tca gtc age tat ctg ttc age taa 954
Arg Val His Glu Gln Gln Ser Val Ser Tyr Leu Phe Ser305 310 315
<210> 4<211> 317<212> PRT
<213> Bacillus subtilis<400> 4
Met Ser Asn Gln Tyr Gly Asp Lys Asn Leu Lys Ile Phe Ser Leu Asn1 5 10 15
Ser Asn Pro Glu Leu Ala Lys Glu Ile Ala Asp Ile Val Gly Val Gln
20 25 30
Leu Gly Lys Cys Ser Val Thr Arg Phe Ser Asp Gly Glu Val Gln Ile
35 40 45
Asn Ile Glu Glu Ser Ile Arg Gly Cys Asp Cys Tyr Ile Ile Gln Ser
50 55 60
Thr Ser Asp Pro Val Asn Glu His Ile Met Glu Leu Leu Ile Met Val65 70 75 80
Asp Ala Leu Lys Arg Ala Ser Ala Lys Thr Ile Asn Ile Val Ile Pro
85 90 95
Tyr Tyr Gly Tyr Ala Arg Gln Asp Arg Lys Ala Arg Ser Arg Glu Pro
100 105 110
Ile Thr Ala Lys Leu Phe Ala Asn Leu Leu Glu Thr Ala Gly Ala Thr
115 120 125
Arg Val Ile Ala Leu Asp Leu His Ala Pro Gln Ile Gln Gly Phe Phe
130 135 140
Asp Ile Pro Ile Asp His Leu Met Gly Val Pro Ile Leu Gly Glu Tyr145 150 155 160
Phe Glu Gly Lys Asn Leu Glu Asp Ile Val Ile Val Ser Pro Asp His
165 170 175
Gly Gly Val Thr Arg Ala Arg Lys Leu Ala Asp Arg Leu Lys Ala Pro180 185 190 Ile Ala Ile 195 Ile Asp Lys Arg Arg 200 Pro Arg Pro Asn Val 205 Ala Glu ValMet Asn 210 Ile Val Gly Asn Ile 215 Glu Gly Lys Thr Ala 220 Ile Leu Ile AspAsp Ile Ile Asp Thr Ala Gly Thr Ile Thr Leu Ala Ala Asn Ala Leu225 230 235 240Val Glu Asn Gly Ala 245 Lys Glu Val Tyr Ala 250 Cys Cys Thr His Pro 255 ValLeu Ser Gly Pro 260 Ala Val Glu Arg Ile 265 Asn Asn Ser Thr Ile 270 Lys GluLeu Val Val 275 Thr Asn Ser Ile Lys 280 Leu Pro Glu Glu Lys 285 Lys Ile GluArg Phe 290 Lys Gln Leu Ser Val 295 Gly Pro Leu Leu Ala 300 Glu Ala Ile IleArg Val His Glu Gln Gln Ser Val Ser Tyr Leu Phe Ser 305 310 315 <210> 5 <211> 858 <212> DNA <213> Bacillus subtilis <220> <221> CDS <222> (1) .. ,(858) <4 00> 5 atg aag ttt cgt cgc age ggc aga ttg gtg gac tta aca aat tat ttgMet Lys Phe Arg Arg Ser Gly Arg Leu Val Asp Leu Thr Asn Tyr Leu
48
: Leu
15 10 15
tta acc cat ccg cac gag tta ata ccg cta acc ttt ttc tct gag cgg 96
Leu Thr His Pro His Glu Leu Ile Pro Leu Thr Phe Phe Ser Glu Arg
20 25 30
tat gaa tct gca aaa tca tcg ate agt gaa gat tta aca att att aaa 144
Tyr Glu Ser Ala Lys Ser Ser Ile Ser Glu Asp Leu Thr Ile Ile Lys
35 40 45
caa acc ttt gaa cag cag ggg att ggt act ttg ctt act gtt ccc gga 192
Gln Thr Phe Glu Gln Gln Gly Ile Gly Thr Leu Leu Thr Val Pro Gly
50 55 60
gct gcc gga ggc gtt aaa tat att ccg aaa atg aag cag gct gaa gct 240
Ala Ala Gly Gly Val Lys Tyr Ile Pro Lys Met Lys Gln Ala Glu Ala65 70 75 80
gaa gag ttt gtg cag aca ctt gga cag tcg ctg gca aat cct gag cgt 288
Glu Glu Phe Val Gln Thr Leu Gly Gln Ser Leu Ala Asn Pro Glu Arg
85 90 95
ate ctt ccg ggc ggt tat gta tat tta acg gat ate tta gga aag cca 336
Ile Leu Pro Gly Gly Tyr Val Tyr Leu Thr Asp Ile Leu Gly Lys Pro
100 105 110
tct gta ctc tcc aag gta ggg aag ctg ttt gct tcc gtg ttt gca gag 384
Ser Val Leu Ser Lys Val Gly Lys Leu Phe Ala Ser Val Phe Ala Glu
115 120 125
cgc gaa att gat gtt gtc atg acc gtt gcc acg aaa ggc ate cct ctt 432
Arg Glu Ile Asp Val Val Met Thr Val Ala Thr Lys Gly Ile Pro Leu
130 135 140
gcg tac gca gct gca age tat ttg aat gtg cct gtt gtg ate gtt cgt 480
Ala Tyr Ala Ala Ala Ser Tyr Leu Asn Val Pro Val Val Ile Val Arg145 150 155 160
aaa gac aat aag gta aca gag ggc tcc aca gtc age att aat tac gtt 528
Lys Asp Asn Lys Val Thr Glu Gly Ser Thr Val Ser Ile Asn Tyr Val
165 170 175
tca ggc tcc tca aac cgc att caa aca atg tca ctt gcg aaa aga age 57 6
Ser Gly Ser Ser Asn Arg Ile Gln Thr Met Ser Leu Ala Lys Arg Ser
180 185 190
atg aaa acg ggt tca aac gta ctc att att gat gac ttt atg aaa gca 624
Met Lys Thr Gly Ser Asn Val Leu Ile Ile Asp Asp Phe Met Lys Ala195 200 205
ggc ggc acc att aat ggt atg att aac ctg ttg gat gag ttt aac gca 672
Gly Gly Thr Ile Asn Gly Met Ile Asn Leu Leu Asp Glu Phe Asn Ala
210 215 220
aat gtg gcg gga ate ggc gtc tta gtt gaa gcc gaa gga gta gat gaa 720
Asn Val Ala Gly Ile Gly Val Leu Val Glu Ala Glu Gly Val Asp Glu225 230 235 240
cgt ctt gtt gac gaa tat atg tca ctt ctt act ctt tca acc ate aac 768
Arg Leu Val Asp Glu Tyr Met Ser Leu Leu Thr Leu Ser Thr Ile Asn
245 250 255
atg aaa gag aag tcc att gaa att cag aat ggc aat ttt ctg cgt ttt 816
Met Lys Glu Lys Ser Ile Glu Ile Gln Asn Gly Asn Phe Leu Arg Phe
260 265 270
ttt aaa gac aat ctt tta aag aat gga gag aca gaa tca tga 858
Phe Lys Asp Asn Leu Leu Lys Asn Gly Glu Thr Glu Ser275 280 285
<210> 6<211> 285<212> PRT
<213> Bacillus subtilis<4 00> 6
Met Lys Phe Arg Arg Ser Gly Arg Leu Val Asp Leu Thr Asn Tyr Leu15 10 15
Leu Thr His Pro His Glu Leu Ile Pro Leu Thr Phe Phe Ser Glu Arg
20 25 30
Tyr Glu Ser Ala Lys Ser Ser Ile Ser Glu Asp Leu Thr Ile Ile Lys
35 40 45
Gln Thr Phe Glu Gln Gln Gly Ile Gly Thr Leu Leu Thr Val Pro Gly
50 55 60
Ala Ala Gly Gly Val Lys Tyr Ile Pro Lys Met Lys Gln Ala Glu Ala65 70 75 80
Glu Glu Phe Val Gln Thr Leu Gly Gln Ser Leu Ala Asn Pro Glu Arg
85 90 95
Ile Leu Pro Gly Gly Tyr Val Tyr Leu Thr Asp Ile Leu Gly Lys Pro
100 105 110
Ser Val Leu Ser Lys Val Gly Lys Leu Phe Ala Ser Val Phe Ala Glu
115 120 125
Arg Glu Ile Asp Val Val Met Thr Val Ala Thr Lys Gly Ile Pro Leu
130 135 140
Ala Tyr Ala Ala Ala Ser Tyr Leu Asn Val Pro Val Val Ile Val Arg145 150 155 160
Lys Asp Asn Lys Val Thr Glu Gly Ser Thr Val Ser Ile Asn Tyr Val
165 170 175
Ser Gly Ser Ser Asn Arg Ile Gln Thr Met Ser Leu Ala Lys Arg Ser
180 185 190
Met Lys Thr Gly Ser Asn Val Leu Ile Ile Asp Asp Phe Met Lys Ala
195 200 205
Gly Gly Thr Ile Asn Gly Met Ile Asn Leu Leu Asp Glu Phe Asn Ala
210 215 220
Asn Val Ala Gly Ile Gly Val Leu Val Glu Ala Glu Gly Val Asp Glu225 230 235 240
Arg Leu Val Asp Glu Tyr Met Ser Leu Leu Thr Leu Ser Thr Ile Asn
245 250 255
Met Lys Glu Lys Ser Ile Glu Ile Gln Asn Gly Asn Phe Leu Arg Phe
260 265 270
Phe Lys Asp Asn Leu Leu Lys Asn Gly Glu Thr Glu Ser275 280 285
<210> 7<211> 702<212> DNA
<213> Bacillus subtilis<220>
<221> CDS<222> (1)..(702)<400> 7
atg agt gta cat ata ggt gct gaa.aaa gga caa att gcg gat act gtg 48
Met Ser Val His Ile Gly Ala Glu Lys Gly Gln Ile Ala Asp Thr Val1 5 10 15
ctt ttg ccg gga gat cct ctc aga gca aaa ttt att gca gaa acg tat 96
Leu Leu Pro Gly Asp Pro Leu Arg Ala Lys Phe Ile Ala Glu Thr Tyr
20 25 30
ctt gaa aat gta gaa tgc tac aat gaa gtc aga ggc atg tat gga ttt 144
Leu Glu Asn Val Glu Cys Tyr Asn Glu Val Arg Gly Met Tyr Gly Phe
35 40 45
acg ggt aca tat aaa ggt aaa aaa ate tca gta caa ggc acg gga atg 192
Thr Gly Thr Tyr Lys Gly Lys Lys Ile Ser Val Gln Gly Thr Gly Met
50 55 60
gga gtt ccg tet att tca att tat gtg aat gaa tta att caa age tac 240
Gly Val Pro Ser Ile Ser Ile Tyr Val Asn Glu Leu Ile Gln Ser Tyr65 70 75 80
gat gtg caa aat cta ata aga gtc ggt tcc tgc ggc gct att cgt aaa 288
Asp Val Gln Asn Leu Ile Arg Val Gly Ser Cys Gly Ala Ile Arg Lys
85 90 95
gat gtc aaa gtg cga gac gtc att ttg gcg atg acc tcc tca act gat 336
Asp Val Lys Val Arg Asp Val Ile Leu Ala Met Thr Ser Ser Thr Asp
100 105 110
tca caa atg aac aga gtt gct ttc gga age gtt gat ttt gcg cct tgc 384
Ser Gln Met Asn Arg Val Ala Phe Gly Ser Val Asp Phe Ala Pro Cys
115 120 125
gca gat ttc gag ctt tta aaa aat gcc tat gat gcc gca aag gat aaa 432
Ala Asp Phe Glu Leu Leu Lys Asn Ala Tyr Asp Ala Ala Lys Asp Lys
130 135 140
ggt gtg ccg gtg act gta gga age gta ttt aca gct gac cag ttc tac 480
Gly Val Pro Val Thr Val Gly Ser Val Phe Thr Ala Asp Gln Phe Tyr145 150 155 160
aat gac gat tcg caa att gaa aaa ctt gca aaa tac ggt gtg ctt ggc 528
Asn Asp Asp Ser Gln Ile Glu Lys Leu Ala Lys Tyr Gly Val Leu Gly
165 170 175
gtt gaa atg gaa aca act gca ttg tat aca tta gca gcg aag cac gga 57 6
Val Glu Met Glu Thr Thr Ala Leu Tyr Thr Leu Ala Ala Lys His Gly
180 185 190
aga aaa gcc ctg tca att ctc acc gtg agt gat cac gta tta aca gga 624
Arg Lys Ala Leu Ser Ile Leu Thr Val Ser Asp His Val Leu Thr Gly
195 200 205
gaa gaa acg aca gcg gaa gag cgt caa acg aca ttt cat gat atg ata 672
Glu Glu Thr Thr Ala Glu Glu Arg Gln Thr Thr Phe His Asp Met Ile
210 215 220
gaa gtg gct tta cat tcc gta tca caa taa 702
Glu Val Ala Leu His Ser Val Ser Gln225 230
<210> 8<211> 233<212> PRT
<213> Bacillus subtilis<400> 8
Met Ser Val His Ile Gly Ala Glu Lys Gly Gln Ile Ala Asp Thr Val1 5 10 15
Leu Leu Pro Gly Asp Pro Leu Arg Ala Lys Phe Ile Ala Glu Thr Tyr
20 25 30
Leu Glu Asn Val Glu Cys Tyr Asn Glu Val Arg Gly Met Tyr Gly Phe
35 40 45
Thr Gly Thr Tyr Lys Gly Lys Lys Ile Ser Val Gln Gly Thr Gly Met
50 55 60
Gly Val Pro Ser Ile Ser Ile Tyr Val Asn Glu Leu Ile Gln Ser Tyr65 70 75 80
Asp Val Gln Asn Leu Ile Arg Val Gly Ser Cys Gly Ala Ile Arg Lys85 90 95
Asp Val Lys Val Arg Asp Val Ile Leu Ala Met Thr Ser Ser Thr Asp
100 105 110
Ser Gln Met Asn Arg Val Ala Phe Gly Ser Val Asp Phe Ala Pro Cys
115 120 125
Ala Asp Phe Glu Leu Leu Lys Asn Ala Tyr Asp Ala Ala Lys Asp Lys
130 135 140
Gly Val Pro Val Thr Val Gly Ser Val Phe Thr Ala Asp Gln Phe Tyr145 150 155 160
Asn Asp Asp Ser Gln Ile Glu Lys Leu Ala Lys Tyr Gly Val Leu Gly
165 170 175
Val Glu Met Glu Thr Thr Ala Leu Tyr Thr Leu Ala Ala Lys His Gly
180 185 190
Arg Lys Ala Leu Ser Ile Leu Thr Val Ser Asp His Val Leu Thr Gly
195 200 205
Glu Glu Thr Thr Ala Glu Glu Arg Gln Thr Thr Phe His Asp Met Ile
210 215 220
Glu Val Ala Leu His Ser Val Ser Gln225 230
<210> 9<211> 816<212> DNA
<213> Bacillus subtilis<220>
<221> CDS<222> (1)..(816)<4 00> 9
ttg aag gac aga att gaa cgc gca gcc gct ttt att aaa caa aac ctg 48
Leu Lys Asp Arg Ile Glu Arg Ala Ala Ala Phe Ile Lys Gln Asn Leu15 10 15
ccg gaa tct cca aag ate ggc ctt att tta ggc tca ggt ctt ggc att 96
Pro Glu Ser Pro Lys Ile Gly Leu Ile Leu Gly Ser Gly Leu Gly Ile
20 25 30
ttg gcg gac gaa ate gaa aat ccg gtc aag ctg aaa tat gaa gat ata 144
Leu Ala Asp Glu Ile Glu Asn Pro Val Lys Leu Lys Tyr Glu Asp Ile
35 40 45
cct gaa ttc ccg gta tct act gtt gaa ggg cat gcc gga cag ctt gtg 192
Pro Glu Phe Pro Val Ser Thr Val Glu Gly His Ala Gly Gln Leu Val
50 55 60
ctt ggc act ctt gaa gga gtt tcc gtc att gca atg cag ggc cgc ttt 240
Leu Gly Thr Leu Glu Gly Val Ser Val Ile Ala Met Gln Gly Arg Phe65 70 75 80
cat ttt tat gaa ggc tac tca atg gag aaa gtc aca ttc cct gta cgc 288
His Phe Tyr Glu Gly Tyr Ser Met Glu Lys Val Thr Phe Pro Val Arg
85 90 95
gtg atg aaa gcg ctc ggt gtg gaa gcg ttg ate gtg aca aat gcc gca 336
Val Met Lys Ala Leu Gly Val Glu Ala Leu Ile Val Thr Asn Ala Ala
100 105 110
ggc ggt gtc aac act gaa ttc cgt gcg gga gat tta atg att att acc 384
Gly Gly Val Asn Thr Glu Phe Arg Ala Gly Asp Leu Met Ile Ile Thr
115 120 125
gat cat ate aac ttt atg gga aca aac ccg tta ate ggg cca aac gaa 432
Asp His Ile Asn Phe Met Gly Thr Asn Pro Leu Ile Gly Pro Asn Glu
130 135 140
gca gat ttc ggc gcc aga ttt cca gat atg tct tca gcc tat gac aaa 480
Ala Asp Phe Gly Ala Arg Phe Pro Asp Met Ser Ser Ala Tyr Asp Lys145 150 155 160
gat ctg tcc age ctg gct gaa aag att gcg aaa gac ctt aat ate cca 528
Asp Leu Ser Ser Leu Ala Glu Lys Ile Ala Lys Asp Leu Asn Ile Pro
165 170 175
att caa aaa ggc gtg tac act gct gtg aca gga cct tct tac gaa aca 57 6
Ile Gln Lys Gly Val Tyr Thr Ala Val Thr Gly Pro Ser Tyr Glu Thr180 185 190ccg gca gaa gtc cgt ttc tta aga acg atg ggc tct gat gca gtc ggc 624
Pro Ala Glu Val Arg Phe Leu Arg Thr Met Gly Ser Asp Ala Val Gly
195 200 205
atg tct act gtt ccg gaa gtc att gta gcg aat cat gcg gga atg cgg 672
Met Ser Thr Val Pro Glu Val Ile Val Ala Asn His Ala Gly Met Arg
210 215 220
gtt ctt ggc att tcc tgc ate tct aac gcg gca gcc gga att ctg gat 720
Val Leu Gly Ile Ser Cys Ile Ser Asn Ala Ala Ala Gly Ile Leu Asp225 230 235 240
cag cct tta agt cac gat gaa gtt atg gaa gtg acc gaa aaa gta aaa 768
Gln Pro Leu Ser His Asp Glu Val Met Glu Val Thr Glu Lys Val Lys
245 250 255
gct gga ttc tta aag ctt gtt aaa gcg ate gtc gct cag tac gaa taa 816
Ala Gly Phe Leu Lys Leu Val Lys Ala Ile Val Ala Gln Tyr Glu260 265 270
<210> 10<211> 271<212> PRT
<213> Bacillus subtilis<4 00> 10
Leu Lys Asp Arg Ile Glu Arg Ala Ala Ala Phe Ile Lys Gln Asn Leu15 10 15
Pro Glu Ser Pro Lys Ile Gly Leu Ile Leu Gly Ser Gly Leu Gly Ile
20 25 30
Leu Ala Asp Glu Ile Glu Asn Pro Val Lys Leu Lys Tyr Glu Asp Ile
35 40 45
Pro Glu Phe Pro Val Ser Thr Val Glu Gly His Ala Gly Gln Leu Val
50 55 60
Leu Gly Thr Leu Glu Gly Val Ser Val Ile Ala Met Gln Gly Arg Phe65 70 75 80
His Phe Tyr Glu Gly Tyr Ser Met Glu Lys Val Thr Phe Pro Val Arg
85 90 95
Val Met Lys Ala Leu Gly Val Glu Ala Leu Ile Val Thr Asn Ala Ala
100 105 110
Gly Gly Val Asn Thr Glu Phe Arg Ala Gly Asp Leu Met Ile Ile Thr
115 120 125
Asp His Ile Asn Phe Met Gly Thr Asn Pro Leu Ile Gly Pro Asn Glu
130 135 140
Ala Asp Phe Gly Ala Arg Phe Pro Asp Met Ser Ser Ala Tyr Asp Lys145 150 155 160
Asp Leu Ser Ser Leu Ala Glu Lys Ile Ala Lys Asp Leu Asn Ile Pro
165 170 175
Ile Gln Lys Gly Val Tyr Thr Ala Val Thr Gly Pro Ser Tyr Glu Thr
180 185 190
Pro Ala Glu Val Arg Phe Leu Arg Thr Met Gly Ser Asp Ala Val Gly
195 200 205
Met Ser Thr Val Pro Glu Val Ile Val Ala Asn His Ala Gly Met Arg
210 215 220
Val Leu Gly Ile Ser Cys Ile Ser Asn Ala Ala Ala Gly Ile Leu Asp225 230 235 240
Gln Pro Leu Ser His Asp Glu Val Met Glu Val Thr Glu Lys Val Lys
245 250 255
Ala Gly Phe Leu Lys Leu Val Lys Ala Ile Val Ala Gln Tyr Glu260 265 270
<210> 11
<211> 1293
<212> DNA
<213> Bacillus subtilis<220>
<221> CDS
<222> (1)..(1293)
<4 00> 11atg tct tca gta gtt gta gta ggt acg caa tgg ggc gat gaa gga aaa 48
Met Ser Ser Val Val Val Val Gly Thr Gln Trp Gly Asp Glu Gly Lys
1 5 10 15
ggt aaa att aca gat ttc cta tca gaa aat gca gaa gtg ate gcc cgt 96
Gly Lys Ile Thr Asp Phe Leu Ser Glu Asn Ala Glu Val Ile Ala Arg
20 25 30
tat caa ggc gga aat aac gca ggg cat aca ate aag ttt gac gga ate 144
Tyr Gln Gly Gly Asn Asn Ala Gly His Thr Ile Lys Phe Asp Gly Ile
35 40 45
aca tat aag ctt cac tta ate ccg tct gga att ttc tat aag gat aaa 192
Thr Tyr Lys Leu His Leu Ile Pro Ser Gly Ile Phe Tyr Lys Asp Lys
50 55 60
acg tgt gta ate gga aac gga atg gtt gta gat ccg aaa gca tta gtc 240
Thr Cys Val Ile Gly Asn Gly Met Val Val Asp Pro Lys Ala Leu Val
65 70 75 80
aca gag ctt gcg tat ctt cat gag cgc aac gtg agt aca gat aac ctg 288
Thr Glu Leu Ala Tyr Leu His Glu Arg Asn Val Ser Thr Asp Asn Leu
85 90 95
aga ate age aac aga gct cac gtc att ctg ccg tat cat ttg aaa ttg 336
Arg Ile Ser Asn Arg Ala His Val Ile Leu Pro Tyr His Leu Lys Leu
100 105 110
gat gaa gtg gaa gaa gag cgt aaa ggg gct aac aag ate ggc aca acg 384
Asp Glu Val Glu Glu Glu Arg Lys Gly Ala Asn Lys Ile Gly Thr Thr
115 120 125
aaa aaa gga ate ggc cct gct tac atg gat aaa gca gcc cgc ate gga 432
Lys Lys Gly Ile Gly Pro Ala Tyr Met Asp Lys Ala Ala Arg Ile Gly
130 135 140
att cgc ate gcg gat ctg tta gac cgt gac gcg ttt gcg gaa aag ctt 480
Ile Arg Ile Ala Asp Leu Leu Asp Arg Asp Ala Phe Ala Glu Lys Leu
145 150 155 160
gag cgc aat ctt gaa gaa aaa aac cgt ctt ctc gag aaa atg tac gag 528
Glu Arg Asn Leu Glu Glu Lys Asn Arg Leu Leu Glu Lys Met Tyr Glu
165 170 175
aca gaa ggg ttt aaa ctt gag gat ate tta gac gaa tat tat gag tac 576
Thr Glu Gly Phe Lys Leu Glu Asp Ile Leu Asp Glu Tyr Tyr Glu Tyr
180 185 190
gga cag cag att aaa aag tat gtt tgc gat aca tct gtt gtc tta aac 624
Gly Gln Gln Ile Lys Lys Tyr Val Cys Asp Thr Ser Val Val Leu Asn
195 200 205
gat gct ctt gat gaa ggg cgc cgt gta tta ttt gaa ggc gca caa ggg 672
Asp Ala Leu Asp Glu Gly Arg Arg Val Leu Phe Glu Gly Ala Gln Gly
210 215 220
gtt atg ctc gat ate gac caa gga aca tac ccg ttt gtt acg tca tct 720
Val Met Leu Asp Ile Asp Gln Gly Thr Tyr Pro Phe Val Thr Ser Ser
225 230 235 240
aac ccg gtt gcc ggc ggt gtc acg ate ggt tct ggt gtc ggc ccg acc 768
Asn Pro Val Ala Gly Gly Val Thr Ile Gly Ser Gly Val Gly Pro Thr
245 250 255
aaa ate aag cac gtt gtc ggt gta tca aaa gca tat acg act cgt gtc 816
Lys Ile Lys His Val Val Gly Val Ser Lys Ala Tyr Thr Thr Arg Val
260 265 270
ggc gac ggt cct ttt ccg act gag ctg aaa gat gaa ate ggc gat caa 864
Gly Asp Gly Pro Phe Pro Thr Glu Leu Lys Asp Glu Ile Gly Asp Gln
275 280 285
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Ile Arg Glu Val Gly Arg Glu Tyr Gly Thr Thr Thr Gly Arg Pro Arg
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cgt gtc ggc tgg ttt gac age gtt gtt gtc cgc cac gcc cgc cgt gtg 960
Arg Val Gly Trp Phe Asp Ser Val Val Val Arg His Ala Arg Arg Val
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age gga att aca gat ctt tct ctg aac tca att gac gtc cta gca gga 1008
Ser Gly Ile Thr Asp Leu Ser Leu Asn Ser Ile Asp Val Leu Ala Gly
325 330 335att gaa acg ttg aaa ate tgt gtg gcg tac cgc tac aaa ggc gaa ate 1056
Ile Glu Thr Leu Lys Ile Cys Val Ala Tyr Arg Tyr Lys Gly Glu Ile
340 345 350
att gaa gaa ttc cca gea agt ctt aag gea ctt gct gaa tgt gag ccg 1104
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355 360 365
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age ttg age gag ctt ccg gaa aat gcg cgc cat tat ctt gag cgt gtg 1200
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405 410 415
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<213> Bacillus subtilis<400> 12
Met Ser Ser Val Val Val Val Gly Thr Gln Trp Gly Asp Glu Gly Lys1 5 10 15
Gly Lys Ile Thr Asp Phe Leu Ser Glu Asn Ala Glu Val Ile Ala Arg
20 25 30
Tyr Gln Gly Gly Asn Asn Ala Gly His Thr Ile Lys Phe Asp Gly Ile
35 40 45
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85 90 95
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Lys Lys Gly Ile Gly Pro Ala Tyr Met Asp Lys Ala Ala Arg Ile Gly
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Thr Glu Gly Phe Lys Leu Glu Asp Ile Leu Asp Glu Tyr Tyr Glu Tyr
180 185 190
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195 200 205
Asp Ala Leu Asp Glu Gly Arg Arg Val Leu Phe Glu Gly Ala Gln Gly
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245 250 255
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Gly Asp Gly Pro Phe Pro Thr Glu Leu Lys Asp Glu Ile Gly Asp Gln
275 280 285
Ile Arg Glu Val Gly Arg Glu Tyr Gly Thr Thr Thr Gly Arg Pro Arg
290 295 300
Arg Val Gly Trp Phe Asp Ser Val Val Val Arg His Ala Arg Arg Val305 310 315 320Ser Gly Ile Thr Asp Leu Ser Leu Asn Ser Ile Asp Val Leu Ala Gly
325 330 335
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370 375 380
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Ser Gln Leu Thr Gly Ile Pro Leu Ser Ile Phe Ser Val Gly Pro Asp
405 410 415
Arg Ser Gln Thr Asn Val Leu Arg Ser Val Tyr Arg Ala Asn420 425 430
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<213> Bacillus subtilis<220>
<221> CDS<222> (1)..(1542)<400> 13
atg tgg gaa agt aaa ttt tca aaa gaa ggc tta acg ttc gac gat gtg 48
Met Trp Glu Ser Lys Phe Ser Lys Glu Gly Leu Thr Phe Asp Asp Val1 5 10 15
ctg ctt gtg cca gca aag tct gag gta ctt ccg cat gat gtg gat tta 96
Leu Leu Val Pro Ala Lys Ser Glu Val Leu Pro His Asp Val Asp Leu
20 25 30
tct gta gaa ctt aca aaa acg tta aag cta aat att cct gtc ate age 144
Ser Val Glu Leu Thr Lys Thr Leu Lys Leu Asn Ile Pro Val Ile Ser
35 40 45
gca ggt atg gac act gta aca gaa tca gca atg gca att gca atg gca 192
Ala Gly Met Asp Thr Val Thr Glu Ser Ala Met Ala Ile Ala Met Ala
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aga cag ggc ggc ttg ggc ate att cac aaa aat atg tcc att gaa cag 240
Arg Gln Gly Gly Leu Gly Ile Ile His Lys Asn Met Ser Ile Glu Gln65 70 75 80
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Gln Ala Glu Gln Val Asp Lys Val Lys Arg Ser Glu Arg Gly Val Ile
85 90 95
aca aat ccc ttc ttt tta act cct gat cac caa gta ttt gat gcg gag 336
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100 105 110
cat ttg atg ggg aaa tac aga att tcc ggt gtt ccg att gta aat aac 384
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115 120 125
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130 135 140
ttt att tct gac tac tca atg aaa ate age gac gtc atg acg aaa gaa 480
Phe Ile Ser Asp Tyr Ser Met Lys Ile Ser Asp Val Met Thr Lys Glu145 150 155 160
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att ttg caa aaa cat aaa att gaa aag ctt cct ctc gta gat gac cag 576
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aat aaa tta aaa ggt ctt ate aca att aaa gac att gaa aaa gtc att 624
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195 200 205
gag ttc ccg aac tca tct aaa gac att cac ggc cgc ctg ate gtt ggc 672
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gcg gca gtt ggt gtaAla Ala Val Gly Val225
gtt gaa gcc aat gttVal Glu Ala Asn Val245
tct caa ggc gtt ttaSer Gln Gly Val Leu260
gaa tta aac att attGlu Leu Asn Ile Ile275
gcg ctt ate gaa gctAla Leu Ile Glu Ala290
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att aca gca att tatIle Thr Ala Ile Tyr325
aca ate ate gcc gacThr Ile Ile Ala Asp340
gca ttg gca gcc ggcAla Leu Ala Ala Gly355
ggc aca tca gaa ageGly Thr Ser Glu Ser370
ttt aag gta tac cgcPhe Lys Val Tyr Arg385
agt aaa gac cgt tacSer Lys Asp Arg Tyr405
gga att gaa gga cgcGly Ile Glu Gly Arg420
tat cag cta gtc ggaTyr Gln Leu Val Gly435
aaa gat ctg cgt gcgLys Asp Leu Arg Ala450
ggc gca gga ctt cgcGly Ala Gly Leu Arg465
cat cgt aat aag gcgHis Arg Asn Lys Ala485
aca gga ttt gtg tatThr Gly Phe Val Tyr500
gat tgaAsp
215
act ggc gat acaThr Gly Asp Thr230
gat gtg att gttAsp Val Ile Val
aac aca gtt acaAsn Thr Val Thr265
gct gga aac gtgAla Gly Asn Val280
gga gca gac gttGly Ala Asp Val295
aca cgt gtt gtaThr Arg Val Val310
gat tgt gcg actAsp Cys Ala Thr
ggt ggg att aaaGly Gly Ile Lys345
gga cat gct gttGly His Ala Val360
cct ggt gaa actPro Gly Glu Thr375
ggc atg gga tcaGly Met Gly Ser390
ttc caa gaa gaaPhe Gln Glu Glu
aca cct tac aaaThr Pro Tyr Lys425
ggc ctt cgt tctGly Leu Arg Ser440
cta aga gaa gaaLeu Arg Glu Glu455
gaa age cat ccgGlu Ser His Pro470
ctt cct ggt ctaLeu Pro Gly Leu
gat gaa tgt tgtAsp Glu Cys Cys505
220
atg act cgc gtc aaaMet Thr Arg Val Lys235
ate gat aca gct cacIle Asp Thr Ala His250
aaa ate cgt gaa acgLys Ile Arg Glu Thr270
gca aca gct gaa gcgAla Thr Ala Glu Ala285
gtc aaa gtt gga ataVal Lys Val Gly Ile300
gcc ggg gtg ggt gttAla Gly Val Gly Val315
gaa gca aga aaa cacGlu Ala Arg Lys His330
ttc tct ggc gat atePhe Ser Gly Asp Ile350
atg ctc gga age ttgMet Leu Gly Ser Leu365
gaa ate tac caa ggcGlu Ile Tyr Gln Gly380
gtt gct gca atg gaaVal Ala Ala Met Glu395
aac aaa aaa ttt gttAsn Lys Lys Phe Val410
ggg cca gtt gaa gaaGly Pro Val Glu Glu430
ggt atg ggg tat tgcGly Met Gly Tyr Cys445
gct cag ttc att cgcAla Gln Phe Ile Arg460
cat gac gta cag attHis Asp Val Gln Ile475
ttt ggt tct cat cagPhe Gly Ser His Gln490
caa tcc ggc ttt tttGln Ser Gly Phe Phe510
aag ctt 720
Lys Leu240
gga cac 7 68
Gly His
255
tat ccc 816
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aca aga 864
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ggg cct 912
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ccg caa 960
Pro Gln320
ggc aaa 1008
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335
act aaa 1056
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aaa gga 1200
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415
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ggg tcc 1344
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aca gtg 1440
Thr Val480
aaa aaa 1488
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50 55 60
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Ser Gln Gly Val Leu Asn Thr Val Thr Lys Ile Arg Glu Thr Tyr Pro
260 265 270
Glu Leu Asn Ile Ile Ala Gly Asn Val Ala Thr Ala Glu Ala Thr Arg
275 280 285
Ala Leu Ile Glu Ala Gly Ala Asp Val Val Lys Val Gly Ile Gly Pro
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Gly Ser Ile Cys Thr Thr Arg Val Val Ala Gly Val Gly Val Pro Gln305 310 315 320
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340 345 350
Ala Leu Ala Ala Gly Gly His Ala Val Met Leu Gly Ser Leu Leu Ala
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gct catAla His
age aagSer Lys
gtg gtaVal Val
50ggc accGly Thr65
cag cacGln His
gac ateAsp Ile
gea ttgAla Leu
ttt gatPhe Asp130cga atgArg Met145
aaa ttaLys Leu
ctg ttaLeu Leu
gaa ateGlu Ile
acc ggcThr Gly210gtg gtcVal Val225
gaa gaaGlu Glu
gat gtcAsp Val
aat attAsn Ile
500
15
2013DNA
Bacillus subtilis
505
510
CDS(1) · ■15aaaLys
aaaLys
tac
Tyr
35
aca
Thr
gagGlu
gtgVal
ttcPhe
gtcVal115gcgAla
attIle
cgcArg
tacTyr
attIle195cttLeu
ggcGly
ctgLeu
cttLeu
ateIle
(2013)
aat aat gtc ataAsn Asn Val Ile5
gag ggg ttt attGlu Gly Phe Ile20
cta gat cta etcLeu Asp Leu Leu
ctt ttaLeu Leu
gaaGlu
catHis
ttgLeu
ageSer100tatTyr
ate ateIle Ile
ttt gtcPhe Val
70cgc aatArg Asn85
ggt gtcGly Val
aat
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Ser
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Ala
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Lys
25
caa
Gln
aaaLys
tat ccg gaaTyr Pro Glu
aaa gaa gcgLys Glu Ala
aag etcLys Leu
aaa geaLys Ala165aaa acaLys Thr180
gat cagAsp Gln
gct tacAla Tyr
gat attAsp Ile
ate aacIle Asn245tgg ateTrp Ile260
cgc ateArg Ile
gttVal150ctgLeu
gaaGlu
ateIle
ageSer
tatTyr230tatTyr
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cctPro
caaGln
attIle
gttVal215gacAsp
catHis
ggc gccGly Ala
tgt gccCys Ala
gat ctgAsp Leu
tca ggaSer Gly
tac gatTyr Asp105gac aaaAsp Lys120
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gcc caaAla Gln
gct ggcAla Gly185gaa cttGlu Leu200
cag cgaGln Arg
cgc ggcArg Gly
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tat tccTyr Ser265cgc tacArg Tyr
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aaaLys
gcgAla
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Arg
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aga
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tttPhe170aacAsn
ggcGly
ttgLeu
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tca cct tat catSer Pro Tyr His
gga tggGly Trp
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ata ttgIle Leu60
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gtc aaaVal Lys
acg gttThr Val
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gaaGlu
aaaLys
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tta ateLeu Ile125aaa gaaLys Glu140
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caa tatGln Tyr190gat aagAsp Lys205
gac catAsp His
gat agaAsp Arg
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tcc aaa gtg tgcSer Lys Val Cys270
aac ctg gat attAsn Leu Asp Ile
gea catAla His15
ttg gaaLeu Glu
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cca aaaPro Lys
gea ttcAla Phe80ata cgcIle Arg95
tta geaLeu Ala
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cgc tccArg Ser160gag gagGlu Glu175
tac tccTyr Ser
ctg ateLeu Ile
ctg catLeu His
att atgIle Met240aat cacAsn His255
ctg gccLeu Ala
att gagIle Glu
96
144
192
240
288
336
384
432
480
528
576
624
672
720
768
S16
864275 280 285
gac gtg tac ggc ate aac ctg aga ccg ctg ctg aac ctg gcc gaa aaa 912
Asp Val Tyr Gly Ile Asn Leu Arg Pro Leu Leu Asn Leu Ala Glu Lys
290 295 300
tat tat gat gat aat cca gcg ttc cgt cca aaa gea gac gaa aac agg 960
Tyr Tyr Asp Asp Asn Pro Ala Phe Arg Pro Lys Ala Asp Glu Asn Arg
305 310 315 320
cca gag gat gag att aag caa ate aca aaa ate cat caa gcg att gcc 1008
Pro Glu Asp Glu Ile Lys Gln Ile Thr Lys Ile His Gln Ala Ile Ala
325 330 335
atg ate caa ttc aag ctt gag age ccg att ate aag aga cgg ccg aac 1056
Met Ile Gln Phe Lys Leu Glu Ser Pro Ile Ile Lys Arg Arg Pro Asn
340 345 350
ttt aat atg gaa gag cgg ctg tta tta gag aaa ata gac tat gac aaa 1104
Phe Asn Met Glu Glu Arg Leu Leu Leu Glu Lys Ile Asp Tyr Asp Lys
355 360 365
aat gaa ate acg ctg aac gga aaa aca tat caa ctg gaa aac acc tgc 1152
Asn Glu Ile Thr Leu Asn Gly Lys Thr Tyr Gln Leu Glu Asn Thr Cys
370 375 380
ttt gcg acg att aat ccg gag cag cca gat cag cta tta gaa gaa gaa 1200
Phe Ala Thr Ile Asn Pro Glu Gln Pro Asp Gln Leu Leu Glu Glu Glu
385 390 395 400
gea gaa gtc ata gac aag ctg cta ttc tet gtc cag cat tcc gaa aag 1248
Ala Glu Val Ile Asp Lys Leu Leu Phe Ser Val Gln His Ser Glu Lys
405 410 415
ctg ggc cgc cat atg aat ttt atg atg aaa aaa ggc age ctt tat tta 1296
Leu Gly Arg His Met Asn Phe Met Met Lys Lys Gly Ser Leu Tyr Leu
420 425 430
aaa tat aac ggc aac ctg ttg att cac ggc tgt att cca gtt gat gaa 1344
Lys Tyr Asn Gly Asn Leu Leu Ile His Gly Cys Ile Pro Val Asp Glu
435 440 445
aac ggc aat atg gaa acg atg atg att gag gat aaa ccg tat gcg ggc 1392
Asn Gly Asn Met Glu Thr Met Met Ile Glu Asp Lys Pro Tyr Ala Gly
450 455 460
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Arg Glu Leu Leu Asp Val Phe Glu Arg Phe Leu Arg Glu Ala Phe Ala
465 470 475 480
cac ccg gaa gaa acc gat gac ctg gcg aca gat atg gct tgg tat tta 1488
His Pro Glu Glu Thr Asp Asp Leu Ala Thr Asp Met Ala Trp Tyr Leu
485 490 495
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Trp Thr Gly Glu Tyr Ser Ser Leu Phe Gly Lys Arg Ala Met Thr Thr
500 505 510
ttt gag cgc tat ttc ate aaa gag aag gaa acg cat aaa gag aag aaa 1584
Phe Glu Arg Tyr Phe Ile Lys Glu Lys Glu Thr His Lys Glu Lys Lys
515 520 525
aac ccg tat tat tat tta cga gaa gac gag gea acc tgc cga aac ate 1632
Asn Pro Tyr Tyr Tyr Leu Arg Glu Asp Glu Ala Thr Cys Arg Asn Ile
530 535 540
ctg gea gaa ttc ggc ctc aat cca gat cac ggc cat ate ate aac ggc 1680
Leu Ala Glu Phe Gly Leu Asn Pro Asp His Gly His Ile Ile Asn Gly
545 550 555 560
cat aca cct gta aaa gaa ate gaa gga gaa gac cca ate aaa gea aac 1728
His Thr Pro Val Lys Glu Ile Glu Gly Glu Asp Pro Ile Lys Ala Asn
565 570 575
gga aaa atg ate gtc ate gac ggc ggc ttc tcc aaa gcc tac caa tcc 1776
Gly Lys Met Ile Val Ile Asp Gly Gly Phe Ser Lys Ala Tyr Gln Ser
580 585 590
aca aca ggc ate gcc ggc tac acg ctg cta tac aac tcc tac ggc atg 1824
Thr Thr Gly Ile Ala Gly Tyr Thr Leu Leu Tyr Asn Ser Tyr Gly Met
595 600 605
cag ctc gtc gcc cat aaa cac ttc aat tcc aag gea gaa gtc cta age 1872
Gln Leu Val Ala His Lys His Phe Asn Ser Lys Ala Glu Val Leu Ser610 615 620
acc gga acc gac gtc tta acg gtc aaa cga tta gtg gac aaa gag ctt 1920
Thr Gly Thr Asp Val Leu Thr Val Lys Arg Leu Val Asp Lys Glu Leu625 630 635 640
gag cgg aag aaa gtg aag gaa acg aat gtg ggt gag gaa ttg ttg cag 1968
Glu Arg Lys Lys Val Lys Glu Thr Asn Val Gly Glu Glu Leu Leu Gln
645 650 655
gaa gtt gcg att tta gag agt ttg cgg gag tat cgg tat atg aag 2013
Glu Val Ala Ile Leu Glu Ser Leu Arg Glu Tyr Arg Tyr Met Lys660 665 670
<210> 16<211> 671<212> PRT
<213> Bacillus subtilis<400> 16
Met Phe Lys Asn Asn Val Ile Leu Leu Asn Ser Pro Tyr His Ala His1 5 10 15
Ala His Lys Glu Gly Phe Ile Leu Lys Arg Gly Trp Thr Val Leu Glu
20 25 30
Ser Lys Tyr Leu Asp Leu Leu Ala Gln Lys Tyr Asp Cys Glu Glu Lys
35 40 45
Val Val Thr Glu Ile Ile Asn Leu Lys Ala Ile Leu Asn Leu Pro Lys
50 55 60
Gly Thr Glu His Phe Val Ser Asp Leu His Gly Glu Tyr Gln Ala Phe65 70 75 80
Gln His Val Leu Arg Asn Gly Ser Gly Arg Val Lys Glu Lys Ile Arg
85 90 95
Asp Ile Phe Ser Gly Val Ile Tyr Asp Arg Glu Ile Asp Glu Leu Ala
100 105 110
Ala Leu Val Tyr Tyr Pro Glu Asp Lys Leu Lys Leu Ile Lys His Asp
115 120 125
Phe Asp Ala Lys Glu Ala Leu Asn Glu Trp Tyr Lys Glu Thr Ile His
130 135 140
Arg Met Ile Lys Leu Val Ser Tyr Cys Ser Ser Lys Tyr Thr Arg Ser145 150 155 160
Lys Leu Arg Lys Ala Leu Pro Ala Gln Phe Ala Tyr Ile Thr Glu Glu
165 170 175
Leu Leu Tyr Lys Thr Glu Gln Ala Gly Asn Lys Glu Gln Tyr Tyr Ser
180 185 190
Glu Ile Ile Asp Gln Ile Ile Glu Leu Gly Gln Ala Asp Lys Leu Ile
195 200 205
Thr Gly Leu Ala Tyr Ser Val Gln Arg Leu Val Val Asp His Leu His
210 215 220
Val Val Gly Asp Ile Tyr Asp Arg Gly Pro Gln Pro Asp Arg Ile Met225 230 235 240
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245 250 255
Asp Val Leu Trp Ile Gly Ala Tyr Ser Gly Ser Lys Val Cys Leu Ala
260 265 270
Asn Ile Ile Arg Ile Cys Ala Arg Tyr Asp Asn Leu Asp Ile Ile Glu
275 280 285
Asp Val Tyr Gly Ile Asn Leu Arg Pro Leu Leu Asn Leu Ala Glu Lys
290 295 300
Tyr Tyr Asp Asp Asn Pro Ala Phe Arg Pro Lys Ala Asp Glu Asn Arg305 310 315 320
Pro Glu Asp Glu Ile Lys Gln Ile Thr Lys Ile His Gln Ala Ile Ala
325 330 335
Met Ile Gln Phe Lys Leu Glu Ser Pro Ile Ile Lys Arg Arg Pro Asn
340 345 350
Phe Asn Met Glu Glu Arg Leu Leu Leu Glu Lys Ile Asp Tyr Asp Lys
355 360 365
Asn Glu Ile Thr Leu Asn Gly Lys Thr Tyr Gln Leu Glu Asn Thr Cys370 375 380Phe Ala Thr Ile Asn Pro Glu Gln Pro Asp Gln Leu Leu Glu Glu Glu385 390 395 400
Ala Glu Val Ile Asp Lys Leu Leu Phe Ser Val Gln His Ser Glu Lys
405 410 415
Leu Gly Arg His Met Asn Phe Met Met Lys Lys Gly Ser Leu Tyr Leu
420 425 430
Lys Tyr Asn Gly Asn Leu Leu Ile His Gly Cys Ile Pro Val Asp Glu
435 440 445
Asn Gly Asn Met Glu Thr Met Met Ile Glu Asp Lys Pro Tyr Ala Gly
450 455 460
Arg Glu Leu Leu Asp Val Phe Glu Arg Phe Leu Arg Glu Ala Phe Ala465 470 475 480
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485 490 495
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500 505 510
Phe Glu Arg Tyr Phe Ile Lys Glu Lys Glu Thr His Lys Glu Lys Lys
515 520 525
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580 585 590
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595 600 605
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610 615 620
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Glu Arg Lys Lys Val Lys Glu Thr Asn Val Gly Glu Glu Leu Leu Gln
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Glu Val Ala Ile Leu Glu Ser Leu Arg Glu Tyr Arg Tyr Met Lys660 665 670
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<220>
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<210> 19
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<212> DNA
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<220>
<223> Iniciador<400> 19
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<400> 21
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<210> 22
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<400> 22
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<211> 50
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<220>
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<400> 23
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<211> 50
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<220>
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<400> 24
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<4 00> 25
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<210> 26
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<4 00> 26
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<210> 27
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<220>
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<210> 28
<211> 28
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27
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<213> Artificial
<220>
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<400> 28
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<210> 29
<211> 50
<212> DNA
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<220>
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<400> 34
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<210> 35
<211> 50
<212> DNA
<213> Artificial
<220>
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<400> 35
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28
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26
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tgatttcaga agttaaacag 50
26
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<212> DNA
<213> Artificial<220>
<223> Iniciador
<400> 36
ctgtttaact tctgaaatca ggtcaaaaag gatcaatttt gaactctctc
Claims (17)
1. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus, caracterizada pelofato de que tem uma capacidade de produzir uma substância derivada depurina, em que a bactéria foi modificada de forma que atividade enzimáticade transaldolase seja diminuída.
2. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comreivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a substância derivada de purinaé um nucleosídeo de purina selecionado a partir do grupo consistindo deinosina, xantosina, guanosina e adenosina.
3. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comreivindicação 1, caracterizada pelo fato de que a substância derivada de purinaé um nucleotídeo de purina selecionado a partir do grupo consistindo de ácidoinosínico, ácido xantílico, ácido guanílico e ácido adenílico.
4. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comqualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizada pelo fato de que aatividade de transaldolase é diminuída pela ruptura de um gene codificandotransaldolase, ou diminuindo quantidade de expressão do gene codificandotransaldolase.
5. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comreivindicação 4, caracterizada pelo fato de que o gene codificandotransaldolase é um gene codificando uma proteína das seguintes (A) ou (B):(A) uma proteína compreendendo a seqüência de aminoácidosde SEQ ID NO: 1,(B) uma proteína compreendendo a seqüência de aminoácidosde SEQ ID NO:l o que inclui substituições, deleções, inserções, adições ouinversões de um ou diversos resíduos de aminoácidos e tem atividade detransaldolase.
6. Bactéria pertencendo, ao gênero Bacillus de acordo comqualquer uma das reivindicações 1 a 5, caracterizada pelo fato de que foiadicionalmente modificada de forma que atividade frutose bifosfatase édiminuída.
7. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comqualquer uma das reivindicações 1 a 6, caracterizada pelo fato de que foiadicionalmente modificada de forma que atividade de fosforribosil pirofosfatosintetase é aumentada.
8. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comqualquer uma das reivindicações 1 a 7, caracterizada pelo fato de que foiadicionalmente modificada de forma que quantidade de expressão do operonde purina é aumentada.
9. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comreivindicação 8, caracterizada pelo fato de que quantidade de expressão dooperon de purina é aumentada por ruptura do gene purR, que é um genecodificando um repressor do operon de purina.
10. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comqualquer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizada pelo fato de que foiadicionalmente modificada de forma que atividade de fosforilase denucleosídeo de purina é diminuída.
11. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comqualquer uma das reivindicações 1 a 10, caracterizada pelo fato de que foiadicionalmente modificada de forma que Atividade de IMP désidrogenase édiminuída.
12. Bactéria pertencendo ao gênero Bacillus de acordo comqualquer uma das reivindicações 1 a 11, caracterizada pelo fato de que éBacillus subtilis.
13. Método para produzir uma substância derivada de purina,caracterizado pelo fato de compreendercultivar a bactéria pertencendo ao gênero Bacillus comodefinido em qualquer uma das reivindicações 1 a 12 em um meio para causaracumulação de uma substância derivada de purina em células da bactéria ouno meio, ecoletar a substância derivada de purina das células ou meio.
14. Método de acordo com reivindicação 13, caracterizadopelo fato de que a substância derivada de purina é um nucleosídeo de purinaou um nucleotídeo de purina.
15. Método de acordo com reivindicação 14, caracterizadopelo fato de que a substância derivada de purina é um nucleosídeo de purinaselecionado a partir do grupo consistindo de inosina, xantosina, guanosina eadenosina.
16. Método de acordo com reivindicação 14, caracterizadopelo fato de que a substância derivada de purina é um nucleotídeo de purinaselecionado a partir do grupo consistindo de ácido inosínico, ácido xantílico,ácido guanílico e ácido adenílico.
17. Método para produzir um nucleotídeo de purina,caracterizado pelo fato de compreender:produzir um nucleosídeo de purina pelo método como definidona reivindicação 15,reagir o nucleosídeo de purina com um doador de fosfatoselecionado a partir do grupo consistindo de ácido polifosfórico, fenil fosfatoe carbamil fosfato, e um microorganismo tendo uma capacidade de produzirum éster de ácido 5'-fosfórico de nucleosídeo ou fosfatase ácida para produzirum nucleotídeo de purina, ecoletar o nucleotídeo de purina.
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