CZ20021897A3 - Sloučeniny pro léčbu a diagnostiku infekcí způsobených Chlamydiemi a způsoby jejich provedení - Google Patents
Sloučeniny pro léčbu a diagnostiku infekcí způsobených Chlamydiemi a způsoby jejich provedení Download PDFInfo
- Publication number
- CZ20021897A3 CZ20021897A3 CZ20021897A CZ20021897A CZ20021897A3 CZ 20021897 A3 CZ20021897 A3 CZ 20021897A3 CZ 20021897 A CZ20021897 A CZ 20021897A CZ 20021897 A CZ20021897 A CZ 20021897A CZ 20021897 A3 CZ20021897 A3 CZ 20021897A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- seq
- polypeptide
- sequence
- polynucleotide
- amino acid
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 144
- 241000606161 Chlamydia Species 0.000 title abstract description 49
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 title abstract description 20
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title abstract description 6
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 title description 47
- 230000008569 process Effects 0.000 title description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 440
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 300
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 277
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims abstract description 169
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims abstract description 169
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims abstract description 169
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims abstract description 58
- 206010061041 Chlamydial infection Diseases 0.000 claims abstract description 49
- 201000000902 chlamydia Diseases 0.000 claims abstract description 40
- 208000012538 chlamydia trachomatis infectious disease Diseases 0.000 claims abstract description 40
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims abstract description 29
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract description 29
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims abstract description 29
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 25
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 claims abstract description 11
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 274
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 237
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 165
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 164
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 144
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 144
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 144
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 134
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims description 117
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims description 100
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims description 100
- 241000498849 Chlamydiales Species 0.000 claims description 93
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 67
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 62
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 51
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 claims description 46
- 238000010367 cloning Methods 0.000 claims description 44
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 44
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 claims description 43
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 42
- 230000004927 fusion Effects 0.000 claims description 42
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 39
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 39
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 39
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 32
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 claims description 31
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 31
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 28
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 28
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 claims description 27
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 27
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 claims description 25
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 18
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 claims description 17
- 125000006853 reporter group Chemical group 0.000 claims description 16
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 claims description 15
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 claims description 15
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 13
- 238000011534 incubation Methods 0.000 claims description 13
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 12
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims description 12
- 208000007190 Chlamydia Infections Diseases 0.000 claims description 10
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 10
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 10
- 230000036039 immunity Effects 0.000 claims description 8
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 8
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 8
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 7
- 230000006052 T cell proliferation Effects 0.000 claims description 7
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims description 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 6
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 claims description 6
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 claims description 5
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 5
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims description 5
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 claims description 5
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 5
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 claims description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 4
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 3
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 3
- 239000000975 dye Substances 0.000 claims description 3
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 claims description 2
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 claims description 2
- 101710120037 Toxin CcdB Proteins 0.000 claims description 2
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 claims description 2
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 claims description 2
- 239000002523 lectin Substances 0.000 claims description 2
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 claims description 2
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000004976 peripheral blood cell Anatomy 0.000 claims 5
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 abstract description 215
- 238000011282 treatment Methods 0.000 abstract description 10
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 abstract description 4
- 241000606153 Chlamydia trachomatis Species 0.000 description 357
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 153
- 241001647372 Chlamydia pneumoniae Species 0.000 description 108
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 94
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 74
- 229940038705 chlamydia trachomatis Drugs 0.000 description 57
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 49
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 46
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 46
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 40
- 102100035954 Choline transporter-like protein 2 Human genes 0.000 description 33
- 101000948115 Homo sapiens Choline transporter-like protein 2 Proteins 0.000 description 33
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 33
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 31
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 31
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 30
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 29
- 101150077194 CAP1 gene Proteins 0.000 description 28
- 230000004044 response Effects 0.000 description 28
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 26
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 26
- 101150106828 pmpD gene Proteins 0.000 description 26
- 101100245221 Mus musculus Prss8 gene Proteins 0.000 description 25
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 25
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 24
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 23
- 101000956368 Trittame loki CRISP/Allergen/PR-1 Proteins 0.000 description 22
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 22
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 21
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 20
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 20
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 20
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 19
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 19
- 101150050161 pmpC gene Proteins 0.000 description 19
- 230000009696 proliferative response Effects 0.000 description 19
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 18
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 18
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 18
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 17
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 17
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 16
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 15
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 14
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 14
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 14
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 14
- 101150059608 pmpE gene Proteins 0.000 description 14
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 14
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 14
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 13
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 13
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 description 13
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 12
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 12
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 12
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 12
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 12
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 12
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 12
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 12
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 12
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 12
- 210000003101 oviduct Anatomy 0.000 description 12
- 101150053615 pmpG gene Proteins 0.000 description 12
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 12
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 11
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 11
- 230000001177 retroviral effect Effects 0.000 description 11
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 10
- COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N Thr-Thr-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N 0.000 description 10
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 10
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 10
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 10
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 10
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 10
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 10
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 10
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 10
- 210000004989 spleen cell Anatomy 0.000 description 10
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 10
- 102000009016 Cholera Toxin Human genes 0.000 description 9
- 108010049048 Cholera Toxin Proteins 0.000 description 9
- 101100462201 Mus musculus Opn4 gene Proteins 0.000 description 9
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 9
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 9
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 9
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 9
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 9
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 9
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 9
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 9
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 9
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 9
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 8
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 8
- 239000011651 chromium Substances 0.000 description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 8
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 8
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 8
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 8
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 8
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 8
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 8
- -1 rRNA Proteins 0.000 description 8
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 8
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 8
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 8
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 8
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 8
- 238000011735 C3H mouse Methods 0.000 description 7
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 7
- 108010028127 Dihydrolipoamide Dehydrogenase Proteins 0.000 description 7
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 7
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 7
- 108010000605 Ribosomal Proteins Proteins 0.000 description 7
- 102000002278 Ribosomal Proteins Human genes 0.000 description 7
- 102100036011 T-cell surface glycoprotein CD4 Human genes 0.000 description 7
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 7
- 230000001358 anti-chlamydial effect Effects 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 7
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 7
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 7
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 7
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 101100494773 Caenorhabditis elegans ctl-2 gene Proteins 0.000 description 6
- 241001647378 Chlamydia psittaci Species 0.000 description 6
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 6
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 6
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 6
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 6
- RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N Progesterone Chemical compound C1CC2=CC(=O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H](C(=O)C)[C@@]1(C)CC2 RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N 0.000 description 6
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 6
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 6
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 208000028512 chlamydia infectious disease Diseases 0.000 description 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 6
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 6
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 6
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 6
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 6
- BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O BYXHQQCXAJARLQ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 5
- RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N Ala-Ala-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O RLMISHABBKUNFO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 5
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 5
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 5
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 5
- 102000028526 Dihydrolipoamide Dehydrogenase Human genes 0.000 description 5
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 5
- 241000713673 Human foamy virus Species 0.000 description 5
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 5
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 5
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 5
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 5
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 5
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 5
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 5
- 238000003114 enzyme-linked immunosorbent spot assay Methods 0.000 description 5
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 5
- 229940127121 immunoconjugate Drugs 0.000 description 5
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 5
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 5
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 5
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 5
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 description 5
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 5
- 108030002458 peroxiredoxin Proteins 0.000 description 5
- 101150067195 pmpB gene Proteins 0.000 description 5
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 5
- 210000004988 splenocyte Anatomy 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 5
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 5
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 5
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 5
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 5
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 5
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 5
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 4
- 101100438368 Caenorhabditis elegans cap-1 gene Proteins 0.000 description 4
- 241000759568 Corixa Species 0.000 description 4
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 4
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 4
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 4
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 4
- 241000187479 Mycobacterium tuberculosis Species 0.000 description 4
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 208000029082 Pelvic Inflammatory Disease Diseases 0.000 description 4
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 4
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 4
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 4
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 108090000792 Ribosomal protein L1 Proteins 0.000 description 4
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 4
- 101710183681 Uncharacterized protein 7 Proteins 0.000 description 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 4
- 229960003767 alanine Drugs 0.000 description 4
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 4
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 4
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 4
- 238000001516 cell proliferation assay Methods 0.000 description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 4
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 4
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 4
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 4
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 4
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 4
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 4
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 4
- 238000012552 review Methods 0.000 description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 4
- 235000020183 skimmed milk Nutrition 0.000 description 4
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 4
- 238000013268 sustained release Methods 0.000 description 4
- 239000012730 sustained-release form Substances 0.000 description 4
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 4
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 4
- 208000000143 urethritis Diseases 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-OFKYTIFKSA-N 1-[(2r,4s,5r)-4-hydroxy-5-(tritiooxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO[3H])O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(C)=C1 IQFYYKKMVGJFEH-OFKYTIFKSA-N 0.000 description 3
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- MDNAVFBZPROEHO-UHFFFAOYSA-N Ala-Lys-Val Natural products CC(C)C(C(O)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(C)N)CCCCN MDNAVFBZPROEHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000710929 Alphavirus Species 0.000 description 3
- CELPEWWLSXMVPH-CIUDSAMLSA-N Asp-Asp-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CELPEWWLSXMVPH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 3
- 208000004926 Bacterial Vaginosis Diseases 0.000 description 3
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 3
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 3
- VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N Chromium Chemical compound [Cr] VYZAMTAEIAYCRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 3
- 101710088194 Dehydrogenase Proteins 0.000 description 3
- 102100037840 Dehydrogenase/reductase SDR family member 2, mitochondrial Human genes 0.000 description 3
- 238000011510 Elispot assay Methods 0.000 description 3
- 206010048461 Genital infection Diseases 0.000 description 3
- CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N Gentamicin Chemical compound O1[C@H](C(C)NC)CC[C@@H](N)[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](NC)[C@@](C)(O)CO2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N CEAZRRDELHUEMR-URQXQFDESA-N 0.000 description 3
- 229930182566 Gentamicin Natural products 0.000 description 3
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 3
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 3
- 102100039620 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor Human genes 0.000 description 3
- 101000599940 Homo sapiens Interferon gamma Proteins 0.000 description 3
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 3
- 241000725303 Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 3
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 3
- 102000001706 Immunoglobulin Fab Fragments Human genes 0.000 description 3
- 108010054477 Immunoglobulin Fab Fragments Proteins 0.000 description 3
- 102000008070 Interferon-gamma Human genes 0.000 description 3
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 description 3
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 3
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- KWTVLKBOQATPHJ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ala-Lys Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N KWTVLKBOQATPHJ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 3
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 3
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 3
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 3
- 102000007456 Peroxiredoxin Human genes 0.000 description 3
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 3
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 3
- 101710188053 Protein D Proteins 0.000 description 3
- 239000012980 RPMI-1640 medium Substances 0.000 description 3
- 101710132893 Resolvase Proteins 0.000 description 3
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 3
- 102000004191 Ribosomal protein L1 Human genes 0.000 description 3
- 241000714474 Rous sarcoma virus Species 0.000 description 3
- 101100428373 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) POR1 gene Proteins 0.000 description 3
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 3
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 3
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 3
- 101150109085 TSA gene Proteins 0.000 description 3
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 3
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 3
- 101710117021 Tyrosine-protein phosphatase YopH Proteins 0.000 description 3
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 3
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 3
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 3
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 3
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 3
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 3
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 3
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 3
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 3
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 3
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 3
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 3
- 229910052804 chromium Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 3
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 3
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 3
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 3
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 3
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 3
- 108010030074 endodeoxyribonuclease MluI Proteins 0.000 description 3
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 3
- 238000001400 expression cloning Methods 0.000 description 3
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 3
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 3
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 3
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 3
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 3
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 3
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 3
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 3
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 3
- 229960003130 interferon gamma Drugs 0.000 description 3
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 3
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 3
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 3
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 3
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 3
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 3
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 3
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 101150087557 omcB gene Proteins 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 3
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 3
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 3
- 239000000186 progesterone Substances 0.000 description 3
- 229960003387 progesterone Drugs 0.000 description 3
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 3
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 3
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 3
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 3
- 210000005000 reproductive tract Anatomy 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 3
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 3
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 3
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 3
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 3
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 3
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 3
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 3
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 3
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 3
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 3
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 3
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 3
- 210000001215 vagina Anatomy 0.000 description 3
- UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 3,3',5,5'-tetramethylbenzidine Chemical compound CC1=C(N)C(C)=CC(C=2C=C(C)C(N)=C(C)C=2)=C1 UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100038222 60 kDa heat shock protein, mitochondrial Human genes 0.000 description 2
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N Alpha-Lactose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-XLOQQCSPSA-N 0.000 description 2
- 108700023418 Amidases Proteins 0.000 description 2
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 2
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 2
- QPOARHANPULOTM-GMOBBJLQSA-N Arg-Asn-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N QPOARHANPULOTM-GMOBBJLQSA-N 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000653197 Beet necrotic yellow vein virus (isolate Japan/S) Movement protein TGB3 Proteins 0.000 description 2
- 101000609456 Beet necrotic yellow vein virus (isolate Japan/S) Protein P26 Proteins 0.000 description 2
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N Butyric acid Chemical compound CCCC(O)=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010058432 Chaperonin 60 Proteins 0.000 description 2
- 241001227713 Chiron Species 0.000 description 2
- ACTIUHUUMQJHFO-UHFFFAOYSA-N Coenzym Q10 Natural products COC1=C(OC)C(=O)C(CC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C)=C(C)C1=O ACTIUHUUMQJHFO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100031725 Cortactin-binding protein 2 Human genes 0.000 description 2
- 241000557626 Corvus corax Species 0.000 description 2
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000710188 Encephalomyocarditis virus Species 0.000 description 2
- 241000672609 Escherichia coli BL21 Species 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010015514 Glutamate-tRNA ligase Proteins 0.000 description 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 2
- 229920002527 Glycogen Polymers 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 108090000604 Hydrolases Proteins 0.000 description 2
- 101150017040 I gene Proteins 0.000 description 2
- CCHSQWLCOOZREA-GMOBBJLQSA-N Ile-Asp-Met Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)O)N CCHSQWLCOOZREA-GMOBBJLQSA-N 0.000 description 2
- ADDYYRVQQZFIMW-MNXVOIDGSA-N Ile-Lys-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)N ADDYYRVQQZFIMW-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 2
- 102000018071 Immunoglobulin Fc Fragments Human genes 0.000 description 2
- 108010091135 Immunoglobulin Fc Fragments Proteins 0.000 description 2
- 108010065805 Interleukin-12 Proteins 0.000 description 2
- 102000013462 Interleukin-12 Human genes 0.000 description 2
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 2
- 241000713666 Lentivirus Species 0.000 description 2
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 2
- PHKBGZKVOJCIMZ-SRVKXCTJSA-N Met-Pro-Arg Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O PHKBGZKVOJCIMZ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- WEDDFMCSUNNZJR-WDSKDSINSA-N Met-Ser Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O WEDDFMCSUNNZJR-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 2
- 241001467552 Mycobacterium bovis BCG Species 0.000 description 2
- YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001429 N-terminal alpha-amino-acid group Chemical group 0.000 description 2
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 2
- 101710116435 Outer membrane protein Proteins 0.000 description 2
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 2
- 101710197985 Probable protein Rev Proteins 0.000 description 2
- 102100026126 Proline-tRNA ligase Human genes 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000006044 T cell activation Effects 0.000 description 2
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- AZDRQVAHHNSJOQ-UHFFFAOYSA-N alumane Chemical class [AlH3] AZDRQVAHHNSJOQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000005922 amidase Human genes 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 229960000190 bacillus calmette–guérin vaccine Drugs 0.000 description 2
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 2
- 210000004900 c-terminal fragment Anatomy 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 230000005859 cell recognition Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 2
- 101150096566 clpX gene Proteins 0.000 description 2
- 235000017471 coenzyme Q10 Nutrition 0.000 description 2
- ACTIUHUUMQJHFO-UPTCCGCDSA-N coenzyme Q10 Chemical compound COC1=C(OC)C(=O)C(C\C=C(/C)CC\C=C(/C)CC\C=C(/C)CC\C=C(/C)CC\C=C(/C)CC\C=C(/C)CC\C=C(/C)CC\C=C(/C)CC\C=C(/C)CCC=C(C)C)=C(C)C1=O ACTIUHUUMQJHFO-UPTCCGCDSA-N 0.000 description 2
- 238000012875 competitive assay Methods 0.000 description 2
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 2
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 2
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 2
- YPHMISFOHDHNIV-FSZOTQKASA-N cycloheximide Chemical compound C1[C@@H](C)C[C@H](C)C(=O)[C@@H]1[C@H](O)CC1CC(=O)NC(=O)C1 YPHMISFOHDHNIV-FSZOTQKASA-N 0.000 description 2
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 2
- GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N d-alpha-tocopherol Natural products OC1=C(C)C(C)=C2OC(CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 2
- 230000002939 deleterious effect Effects 0.000 description 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 2
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 2
- 108700004025 env Genes Proteins 0.000 description 2
- 101150030339 env gene Proteins 0.000 description 2
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 2
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 210000004392 genitalia Anatomy 0.000 description 2
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 2
- RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N glutathione Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- 229940096919 glycogen Drugs 0.000 description 2
- 108010089804 glycyl-threonine Proteins 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000004820 halides Chemical class 0.000 description 2
- 235000014304 histidine Nutrition 0.000 description 2
- 230000028996 humoral immune response Effects 0.000 description 2
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002513 implantation Methods 0.000 description 2
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 2
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 2
- 208000000509 infertility Diseases 0.000 description 2
- 230000036512 infertility Effects 0.000 description 2
- 231100000535 infertility Toxicity 0.000 description 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 2
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 2
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 2
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 2
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 2
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 2
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 2
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 2
- 239000000693 micelle Substances 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 229940126619 mouse monoclonal antibody Drugs 0.000 description 2
- 208000031225 myocardial ischemia Diseases 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 description 2
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N nickel Substances [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 2
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 101150095517 pmpH gene Proteins 0.000 description 2
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 2
- 239000004800 polyvinyl chloride Substances 0.000 description 2
- 229920000915 polyvinyl chloride Polymers 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 2
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 101150079601 recA gene Proteins 0.000 description 2
- NPCOQXAVBJJZBQ-UHFFFAOYSA-N reduced coenzyme Q9 Natural products COC1=C(O)C(C)=C(CC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C)C(O)=C1OC NPCOQXAVBJJZBQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 2
- CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N saccharin Chemical compound C1=CC=C2C(=O)NS(=O)(=O)C2=C1 CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 2
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 2
- 238000010254 subcutaneous injection Methods 0.000 description 2
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 239000000454 talc Substances 0.000 description 2
- 229910052623 talc Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 2
- 239000011732 tocopherol Substances 0.000 description 2
- 229960001295 tocopherol Drugs 0.000 description 2
- 229930003799 tocopherol Natural products 0.000 description 2
- 235000010384 tocopherol Nutrition 0.000 description 2
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 2
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 2
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 2
- 201000008827 tuberculosis Diseases 0.000 description 2
- 229940035936 ubiquinone Drugs 0.000 description 2
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 2
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- GVJHHUAWPYXKBD-IEOSBIPESA-N α-tocopherol Chemical compound OC1=C(C)C(C)=C2O[C@@](CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-IEOSBIPESA-N 0.000 description 2
- OCUSNPIJIZCRSZ-ZTZWCFDHSA-N (2s)-2-amino-3-methylbutanoic acid;(2s)-2-amino-4-methylpentanoic acid;(2s,3s)-2-amino-3-methylpentanoic acid Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O.CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O.CC(C)C[C@H](N)C(O)=O OCUSNPIJIZCRSZ-ZTZWCFDHSA-N 0.000 description 1
- RVLOMLVNNBWRSR-KNIFDHDWSA-N (2s)-2-aminopropanoic acid;(2s)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O.NCCCC[C@H](N)C(O)=O RVLOMLVNNBWRSR-KNIFDHDWSA-N 0.000 description 1
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 1
- 125000003088 (fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- DHBXNPKRAUYBTH-UHFFFAOYSA-N 1,1-ethanedithiol Chemical compound CC(S)S DHBXNPKRAUYBTH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 1,2-bis(ethenyl)benzene;1-ethenyl-2-ethylbenzene;styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1.CCC1=CC=CC=C1C=C.C=CC1=CC=CC=C1C=C NWUYHJFMYQTDRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AZQWKYJCGOJGHM-UHFFFAOYSA-N 1,4-benzoquinone Chemical compound O=C1C=CC(=O)C=C1 AZQWKYJCGOJGHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 2,3-bis(butanoylsulfanyl)propyl butanoate Chemical compound CCCC(=O)OCC(SC(=O)CCC)CSC(=O)CCC NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 2-diethylaminoethanol Chemical compound CCN(CC)CCO BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010600 3H thymidine incorporation assay Methods 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- TVZGACDUOSZQKY-LBPRGKRZSA-N 4-aminofolic acid Chemical compound C1=NC2=NC(N)=NC(N)=C2N=C1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 TVZGACDUOSZQKY-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 1
- 101710117373 92 kDa protein Proteins 0.000 description 1
- 108010066676 Abrin Proteins 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YLTKNGYYPIWKHZ-ACZMJKKPSA-N Ala-Ala-Glu Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O YLTKNGYYPIWKHZ-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- JBVSSSZFNTXJDX-YTLHQDLWSA-N Ala-Ala-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)N JBVSSSZFNTXJDX-YTLHQDLWSA-N 0.000 description 1
- SITWEMZOJNKJCH-WDSKDSINSA-N Ala-Arg Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCN=C(N)N SITWEMZOJNKJCH-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- ZIWWTZWAKYBUOB-CIUDSAMLSA-N Ala-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ZIWWTZWAKYBUOB-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N Ala-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SOBIAADAMRHGKH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- DYXOFPBJBAHWFY-JBDRJPRFSA-N Ala-Ser-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](C)N DYXOFPBJBAHWFY-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 1
- VHAQSYHSDKERBS-XPUUQOCRSA-N Ala-Val-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O VHAQSYHSDKERBS-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O Ammonium Chemical compound [NH4+] QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 206010002091 Anaesthesia Diseases 0.000 description 1
- 241000024188 Andala Species 0.000 description 1
- 241000272478 Aquila Species 0.000 description 1
- NUBPTCMEOCKWDO-DCAQKATOSA-N Arg-Asn-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N NUBPTCMEOCKWDO-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- XUUXCWCKKCZEAW-YFKPBYRVSA-N Arg-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N XUUXCWCKKCZEAW-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- YBIAYFFIVAZXPK-AVGNSLFASA-N Arg-His-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O YBIAYFFIVAZXPK-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- KMFPQTITXUKJOV-DCAQKATOSA-N Arg-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KMFPQTITXUKJOV-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- AUZAXCPWMDBWEE-HJGDQZAQSA-N Arg-Thr-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AUZAXCPWMDBWEE-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- DDBMKOCQWNFDBH-RHYQMDGZSA-N Arg-Thr-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N)O DDBMKOCQWNFDBH-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- XYOVHPDDWCEUDY-CIUDSAMLSA-N Asn-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O XYOVHPDDWCEUDY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- YGHCVNQOZZMHRZ-DJFWLOJKSA-N Asn-His-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CN=CN1)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N YGHCVNQOZZMHRZ-DJFWLOJKSA-N 0.000 description 1
- PTSDPWIHOYMRGR-UGYAYLCHSA-N Asn-Ile-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O PTSDPWIHOYMRGR-UGYAYLCHSA-N 0.000 description 1
- ALHMNHZJBYBYHS-DCAQKATOSA-N Asn-Lys-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O ALHMNHZJBYBYHS-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- KHCNTVRVAYCPQE-CIUDSAMLSA-N Asn-Lys-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O KHCNTVRVAYCPQE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- OOXUBGLNDRGOKT-FXQIFTODSA-N Asn-Ser-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O OOXUBGLNDRGOKT-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- KLYPOCBLKMPBIQ-GHCJXIJMSA-N Asp-Ile-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N KLYPOCBLKMPBIQ-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- RVMXMLSYBTXCAV-VEVYYDQMSA-N Asp-Pro-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O RVMXMLSYBTXCAV-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- XQFLFQWOBXPMHW-NHCYSSNCSA-N Asp-Val-His Chemical compound N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)O XQFLFQWOBXPMHW-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 description 1
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 102100021277 Beta-secretase 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710150190 Beta-secretase 2 Proteins 0.000 description 1
- 241001436672 Bhatia Species 0.000 description 1
- 201000004569 Blindness Diseases 0.000 description 1
- 241000588832 Bordetella pertussis Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 101100439426 Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / BCRC 13528 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) groEL4 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 108010029697 CD40 Ligand Proteins 0.000 description 1
- 101150013553 CD40 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100032937 CD40 ligand Human genes 0.000 description 1
- 101100371648 Caenorhabditis elegans usp-14 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 102000009410 Chemokine receptor Human genes 0.000 description 1
- 108050000299 Chemokine receptor Proteins 0.000 description 1
- 241001185363 Chlamydiae Species 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091029430 CpG site Proteins 0.000 description 1
- GHUVBPIYQYXXEF-SRVKXCTJSA-N Cys-Cys-Tyr Chemical compound SC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 GHUVBPIYQYXXEF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- YVGGHNCTFXOJCH-UHFFFAOYSA-N DDT Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1C(C(Cl)(Cl)Cl)C1=CC=C(Cl)C=C1 YVGGHNCTFXOJCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010054814 DNA Gyrase Proteins 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 102000016607 Diphtheria Toxin Human genes 0.000 description 1
- 108010053187 Diphtheria Toxin Proteins 0.000 description 1
- 208000004145 Endometritis Diseases 0.000 description 1
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 1
- 208000001860 Eye Infections Diseases 0.000 description 1
- 206010065789 Fallopian tube obstruction Diseases 0.000 description 1
- 241000282324 Felis Species 0.000 description 1
- 108700004714 Gelonium multiflorum GEL Proteins 0.000 description 1
- 208000022555 Genital disease Diseases 0.000 description 1
- FHPXTPQBODWBIY-CIUDSAMLSA-N Glu-Ala-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O FHPXTPQBODWBIY-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- MTAOBYXRYJZRGQ-WDSKDSINSA-N Glu-Gly-Asp Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O MTAOBYXRYJZRGQ-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- ITBHUUMCJJQUSC-LAEOZQHASA-N Glu-Ile-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(O)=O ITBHUUMCJJQUSC-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- DWBBKNPKDHXIAC-SRVKXCTJSA-N Glu-Leu-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O DWBBKNPKDHXIAC-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 108010024636 Glutathione Proteins 0.000 description 1
- UGVQELHRNUDMAA-BYPYZUCNSA-N Gly-Ala-Gly Chemical compound [NH3+]CC(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC([O-])=O UGVQELHRNUDMAA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- OVSKVOOUFAKODB-UWVGGRQHSA-N Gly-Arg-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CCCN=C(N)N OVSKVOOUFAKODB-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- CEXINUGNTZFNRY-BYPYZUCNSA-N Gly-Cys-Gly Chemical group [NH3+]CC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC([O-])=O CEXINUGNTZFNRY-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- DKEXFJVMVGETOO-LURJTMIESA-N Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN DKEXFJVMVGETOO-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N Gly-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CN OLIFSFOFKGKIRH-WUJLRWPWSA-N 0.000 description 1
- DBUNZBWUWCIELX-JHEQGTHGSA-N Gly-Thr-Glu Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O DBUNZBWUWCIELX-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 1
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 description 1
- 101710154606 Hemagglutinin Proteins 0.000 description 1
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- DZMVESFTHXSSPZ-XVYDVKMFSA-N His-Ala-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DZMVESFTHXSSPZ-XVYDVKMFSA-N 0.000 description 1
- VTMLJMNQHKBPON-QWRGUYRKSA-N His-Gly-His Chemical compound C([C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1NC=NC=1)C(O)=O)C1=CN=CN1 VTMLJMNQHKBPON-QWRGUYRKSA-N 0.000 description 1
- MLZVJIREOKTDAR-SIGLWIIPSA-N His-Ile-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O MLZVJIREOKTDAR-SIGLWIIPSA-N 0.000 description 1
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 description 1
- 101000599852 Homo sapiens Intercellular adhesion molecule 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001033279 Homo sapiens Interleukin-3 Proteins 0.000 description 1
- 101001057156 Homo sapiens Melanoma-associated antigen C2 Proteins 0.000 description 1
- 101000914484 Homo sapiens T-lymphocyte activation antigen CD80 Proteins 0.000 description 1
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000009490 IgG Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010073807 IgG Receptors Proteins 0.000 description 1
- BGZIJZJBXRVBGJ-SXTJYALSSA-N Ile-Asp-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)O)N BGZIJZJBXRVBGJ-SXTJYALSSA-N 0.000 description 1
- DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N Ile-Asp-Ser Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O DCQMJRSOGCYKTR-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- JLWLMGADIQFKRD-QSFUFRPTSA-N Ile-His-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)CC1=CN=CN1 JLWLMGADIQFKRD-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 1
- BCVIOZZGJNOEQS-XKNYDFJKSA-N Ile-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)[C@@H](C)CC BCVIOZZGJNOEQS-XKNYDFJKSA-N 0.000 description 1
- WIZPFZKOFZXDQG-HTFCKZLJSA-N Ile-Ile-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O WIZPFZKOFZXDQG-HTFCKZLJSA-N 0.000 description 1
- CSQNHSGHAPRGPQ-YTFOTSKYSA-N Ile-Ile-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N CSQNHSGHAPRGPQ-YTFOTSKYSA-N 0.000 description 1
- GVNNAHIRSDRIII-AJNGGQMLSA-N Ile-Lys-Lys Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N GVNNAHIRSDRIII-AJNGGQMLSA-N 0.000 description 1
- PELCGFMHLZXWBQ-BJDJZHNGSA-N Ile-Ser-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)N PELCGFMHLZXWBQ-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000029462 Immunodeficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 102100037877 Intercellular adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000174 Interleukin-10 Proteins 0.000 description 1
- 108090000176 Interleukin-13 Proteins 0.000 description 1
- 102100039064 Interleukin-3 Human genes 0.000 description 1
- 108010002616 Interleukin-5 Proteins 0.000 description 1
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 1
- 108010002586 Interleukin-7 Proteins 0.000 description 1
- 102000000704 Interleukin-7 Human genes 0.000 description 1
- 206010056254 Intrauterine infection Diseases 0.000 description 1
- 108091008143 L ribosomal proteins Proteins 0.000 description 1
- HGCNKOLVKRAVHD-UHFFFAOYSA-N L-Met-L-Phe Natural products CSCCC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 HGCNKOLVKRAVHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N L-alanine-L-arginine Natural products CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCNC(N)=N SITWEMZOJNKJCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000998 L-alanino group Chemical group [H]N([*])[C@](C([H])([H])[H])([H])C(=O)O[H] 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 1
- 125000000174 L-prolyl group Chemical group [H]N1C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[C@@]1([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 125000000773 L-serino group Chemical group [H]OC(=O)[C@@]([H])(N([H])*)C([H])([H])O[H] 0.000 description 1
- 101100521429 Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) prsA gene Proteins 0.000 description 1
- 241000880493 Leptailurus serval Species 0.000 description 1
- CZCSUZMIRKFFFA-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O CZCSUZMIRKFFFA-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FJUKMPUELVROGK-IHRRRGAJSA-N Leu-Arg-His Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N FJUKMPUELVROGK-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- MLTRLIITQPXHBJ-BQBZGAKWSA-N Leu-Asn Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(N)=O MLTRLIITQPXHBJ-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- NEEOBPIXKWSBRF-IUCAKERBSA-N Leu-Glu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O NEEOBPIXKWSBRF-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- LIINDKYIGYTDLG-PPCPHDFISA-N Leu-Ile-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O LIINDKYIGYTDLG-PPCPHDFISA-N 0.000 description 1
- IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N Leu-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N Leu-Ser-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(C)C XOWMDXHFSBCAKQ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 108090001030 Lipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004895 Lipoproteins Human genes 0.000 description 1
- WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N Lithium Chemical compound [Li] WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SJNZALDHDUYDBU-IHRRRGAJSA-N Lys-Arg-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O SJNZALDHDUYDBU-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- MYZMQWHPDAYKIE-SRVKXCTJSA-N Lys-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O MYZMQWHPDAYKIE-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- HVAUKHLDSDDROB-KKUMJFAQSA-N Lys-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O HVAUKHLDSDDROB-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- YSZNURNVYFUEHC-BQBZGAKWSA-N Lys-Ser Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YSZNURNVYFUEHC-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- TXTZMVNJIRZABH-ULQDDVLXSA-N Lys-Val-Phe Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 TXTZMVNJIRZABH-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 1
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 1
- 102000043131 MHC class II family Human genes 0.000 description 1
- 108091054438 MHC class II family Proteins 0.000 description 1
- 208000007466 Male Infertility Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 108010031099 Mannose Receptor Proteins 0.000 description 1
- 102100027252 Melanoma-associated antigen C2 Human genes 0.000 description 1
- KAKJTZWHIUWTTD-VQVTYTSYSA-N Met-Thr Chemical compound CSCC[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C([O-])=O KAKJTZWHIUWTTD-VQVTYTSYSA-N 0.000 description 1
- IHRFZLQEQVHXFA-RHYQMDGZSA-N Met-Thr-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN IHRFZLQEQVHXFA-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- BZLVMXJERCGZMT-UHFFFAOYSA-N Methyl tert-butyl ether Chemical compound COC(C)(C)C BZLVMXJERCGZMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000003979 Mineralocorticoid Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108090000375 Mineralocorticoid Receptors Proteins 0.000 description 1
- MSFSPUZXLOGKHJ-UHFFFAOYSA-N Muraminsaeure Natural products OC(=O)C(C)OC1C(N)C(O)OC(CO)C1O MSFSPUZXLOGKHJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 description 1
- KTHDTJVBEPMMGL-VKHMYHEASA-N N-acetyl-L-alanine Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(C)=O KTHDTJVBEPMMGL-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- KTHDTJVBEPMMGL-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-L-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(C)=O KTHDTJVBEPMMGL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NSTPXGARCQOSAU-VIFPVBQESA-N N-formyl-L-phenylalanine Chemical compound O=CN[C@H](C(=O)O)CC1=CC=CC=C1 NSTPXGARCQOSAU-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010002311 N-glycylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- QIVLXDXPYZOGPQ-UHFFFAOYSA-N NC(CCC(=O)O)(CCC(=O)O)N Chemical compound NC(CCC(=O)O)(CCC(=O)O)N QIVLXDXPYZOGPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 108700001237 Nucleic Acid-Based Vaccines Proteins 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- 101710093908 Outer capsid protein VP4 Proteins 0.000 description 1
- 101710135467 Outer capsid protein sigma-1 Proteins 0.000 description 1
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108090000526 Papain Proteins 0.000 description 1
- 108010013639 Peptidoglycan Proteins 0.000 description 1
- YEEFZOKPYOUXMX-KKUMJFAQSA-N Phe-Gln-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O YEEFZOKPYOUXMX-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- QPVFUAUFEBPIPT-CDMKHQONSA-N Phe-Gly-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O QPVFUAUFEBPIPT-CDMKHQONSA-N 0.000 description 1
- PYOHODCEOHCZBM-RYUDHWBXSA-N Phe-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 PYOHODCEOHCZBM-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- NHHZWPNMYQUNEH-ACRUOGEOSA-N Phe-Tyr-His Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC2=CC=C(C=C2)O)C(=O)N[C@@H](CC3=CN=CN3)C(=O)O)N NHHZWPNMYQUNEH-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 1
- 102000004861 Phosphoric Diester Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 1
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ILMLVTGTUJPQFP-FXQIFTODSA-N Pro-Asp-Asp Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O ILMLVTGTUJPQFP-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- ZAUHSLVPDLNTRZ-QXEWZRGKSA-N Pro-Val-Asn Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O ZAUHSLVPDLNTRZ-QXEWZRGKSA-N 0.000 description 1
- 101710176177 Protein A56 Proteins 0.000 description 1
- 101800004937 Protein C Proteins 0.000 description 1
- 102000017975 Protein C Human genes 0.000 description 1
- 208000003251 Pruritus Diseases 0.000 description 1
- 101000762949 Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) Exotoxin A Proteins 0.000 description 1
- 108010007131 Pulmonary Surfactant-Associated Protein B Proteins 0.000 description 1
- 102100032617 Pulmonary surfactant-associated protein B Human genes 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000007313 Reproductive Tract Infections Diseases 0.000 description 1
- 206010057190 Respiratory tract infections Diseases 0.000 description 1
- 101710137010 Retinol-binding protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100038247 Retinol-binding protein 3 Human genes 0.000 description 1
- 241000712907 Retroviridae Species 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 108010039491 Ricin Proteins 0.000 description 1
- 239000006146 Roswell Park Memorial Institute medium Substances 0.000 description 1
- 208000007893 Salpingitis Diseases 0.000 description 1
- 101800001700 Saposin-D Proteins 0.000 description 1
- 206010070834 Sensitisation Diseases 0.000 description 1
- SSJMZMUVNKEENT-IMJSIDKUSA-N Ser-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CO SSJMZMUVNKEENT-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- QPFJSHSJFIYDJZ-GHCJXIJMSA-N Ser-Asp-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO QPFJSHSJFIYDJZ-GHCJXIJMSA-N 0.000 description 1
- HEQPKICPPDOSIN-SRVKXCTJSA-N Ser-Asp-Tyr Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 HEQPKICPPDOSIN-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- WTPKKLMBNBCCNL-ACZMJKKPSA-N Ser-Cys-Glu Chemical compound C(CC(=O)O)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CO)N WTPKKLMBNBCCNL-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- QBUWQRKEHJXTOP-DCAQKATOSA-N Ser-His-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O QBUWQRKEHJXTOP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 102000012479 Serine Proteases Human genes 0.000 description 1
- 108010022999 Serine Proteases Proteins 0.000 description 1
- 208000019802 Sexually transmitted disease Diseases 0.000 description 1
- 108010079723 Shiga Toxin Proteins 0.000 description 1
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 description 1
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 1
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- 102100027222 T-lymphocyte activation antigen CD80 Human genes 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 206010043376 Tetanus Diseases 0.000 description 1
- 101100310092 Thauera selenatis serD gene Proteins 0.000 description 1
- 241000906446 Theraps Species 0.000 description 1
- NAXBBCLCEOTAIG-RHYQMDGZSA-N Thr-Arg-Lys Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](NC(=O)[C@@H](N)[C@H](O)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O NAXBBCLCEOTAIG-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- JTEICXDKGWKRRV-HJGDQZAQSA-N Thr-Asn-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O JTEICXDKGWKRRV-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- QNJZOAHSYPXTAB-VEVYYDQMSA-N Thr-Asn-Met Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O QNJZOAHSYPXTAB-VEVYYDQMSA-N 0.000 description 1
- UDQBCBUXAQIZAK-GLLZPBPUSA-N Thr-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O UDQBCBUXAQIZAK-GLLZPBPUSA-N 0.000 description 1
- JMGJDTNUMAZNLX-RWRJDSDZSA-N Thr-Glu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O JMGJDTNUMAZNLX-RWRJDSDZSA-N 0.000 description 1
- HJOSVGCWOTYJFG-WDCWCFNPSA-N Thr-Glu-Lys Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N)O HJOSVGCWOTYJFG-WDCWCFNPSA-N 0.000 description 1
- XOWKUMFHEZLKLT-CIQUZCHMSA-N Thr-Ile-Ala Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O XOWKUMFHEZLKLT-CIQUZCHMSA-N 0.000 description 1
- RPECVQBNONKZAT-WZLNRYEVSA-N Thr-Tyr-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)N RPECVQBNONKZAT-WZLNRYEVSA-N 0.000 description 1
- 108010046722 Thrombospondin 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100036034 Thrombospondin-1 Human genes 0.000 description 1
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- GRQCSEWEPIHLBI-JQWIXIFHSA-N Trp-Asn Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O)=CNC2=C1 GRQCSEWEPIHLBI-JQWIXIFHSA-N 0.000 description 1
- OFCKFBGRYHOKFP-IHPCNDPISA-N Trp-Asp-Tyr Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC3=CC=C(C=C3)O)C(=O)O)N OFCKFBGRYHOKFP-IHPCNDPISA-N 0.000 description 1
- 102100040245 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Human genes 0.000 description 1
- AKXBNSZMYAOGLS-STQMWFEESA-N Tyr-Arg-Gly Chemical compound NC(N)=NCCC[C@@H](C(=O)NCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 AKXBNSZMYAOGLS-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- FNWGDMZVYBVAGJ-XEGUGMAKSA-N Tyr-Gly-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N FNWGDMZVYBVAGJ-XEGUGMAKSA-N 0.000 description 1
- 208000025865 Ulcer Diseases 0.000 description 1
- CKTMJBPRVQWPHU-JSGCOSHPSA-N Val-Phe-Gly Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)O)N CKTMJBPRVQWPHU-JSGCOSHPSA-N 0.000 description 1
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 1
- 241000711975 Vesicular stomatitis virus Species 0.000 description 1
- UZQJVUCHXGYFLQ-AYDHOLPZSA-N [(2s,3r,4s,5r,6r)-4-[(2s,3r,4s,5r,6r)-4-[(2r,3r,4s,5r,6r)-4-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)-4-[(2s,3r,4s,5s,6r)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxyoxan-2-yl]oxy-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-dihydroxy-6-(hy Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]([C@@H]1O)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]([C@@H]1O)O[C@H]1CC[C@]2(C)[C@H]3CC=C4[C@@]([C@@]3(CC[C@H]2[C@@]1(C=O)C)C)(C)CC(O)[C@]1(CCC(CC14)(C)C)C(=O)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O[C@H]4[C@@H]([C@@H](O[C@H]5[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O5)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O4)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O3)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1)O)[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O UZQJVUCHXGYFLQ-AYDHOLPZSA-N 0.000 description 1
- FHICGHSMIPIAPL-HDYAAECPSA-N [2-[3-[6-[3-[(5R,6aS,6bR,12aR)-10-[6-[2-[2-[4,5-dihydroxy-3-(3,4,5-trihydroxyoxan-2-yl)oxyoxan-2-yl]ethoxy]ethyl]-3,4,5-trihydroxyoxan-2-yl]oxy-5-hydroxy-2,2,6a,6b,9,9,12a-heptamethyl-1,3,4,5,6,6a,7,8,8a,10,11,12,13,14b-tetradecahydropicene-4a-carbonyl]peroxypropyl]-5-[[5-[8-[3,5-dihydroxy-4-(3,4,5-trihydroxyoxan-2-yl)oxyoxan-2-yl]octoxy]-3,4-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl]methoxy]-3,4-dihydroxyoxan-2-yl]propoxymethyl]-5-hydroxy-3-[(6S)-6-hydroxy-2,6-dimethylocta-2,7-dienoyl]oxy-6-methyloxan-4-yl] (2E,6S)-6-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-methylocta-2,7-dienoate Chemical compound C=C[C@@](C)(O)CCC=C(C)C(=O)OC1C(OC(=O)C(\CO)=C\CC[C@](C)(O)C=C)C(O)C(C)OC1COCCCC1C(O)C(O)C(OCC2C(C(O)C(OCCCCCCCCC3C(C(OC4C(C(O)C(O)CO4)O)C(O)CO3)O)C(C)O2)O)C(CCCOOC(=O)C23C(CC(C)(C)CC2)C=2[C@@]([C@]4(C)CCC5C(C)(C)C(OC6C(C(O)C(O)C(CCOCCC7C(C(O)C(O)CO7)OC7C(C(O)C(O)CO7)O)O6)O)CC[C@]5(C)C4CC=2)(C)C[C@H]3O)O1 FHICGHSMIPIAPL-HDYAAECPSA-N 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 238000005903 acid hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 1
- 125000003172 aldehyde group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 description 1
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 1
- ILRRQNADMUWWFW-UHFFFAOYSA-K aluminium phosphate Chemical compound O1[Al]2OP1(=O)O2 ILRRQNADMUWWFW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 125000004103 aminoalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229960003896 aminopterin Drugs 0.000 description 1
- 230000037005 anaesthesia Effects 0.000 description 1
- 239000002269 analeptic agent Substances 0.000 description 1
- 150000008064 anhydrides Chemical class 0.000 description 1
- 230000005809 anti-tumor immunity Effects 0.000 description 1
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 1
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 1
- 230000008350 antigen-specific antibody response Effects 0.000 description 1
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 1
- 235000006708 antioxidants Nutrition 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010018691 arginyl-threonyl-arginine Proteins 0.000 description 1
- 239000000823 artificial membrane Substances 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 108010077245 asparaginyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 1
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-FPRJBGLDSA-N beta-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-FPRJBGLDSA-N 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003124 biologic agent Substances 0.000 description 1
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 description 1
- 229960000074 biopharmaceutical Drugs 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 239000002981 blocking agent Substances 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 239000007975 buffered saline Substances 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- 229910002091 carbon monoxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000010370 cell cloning Methods 0.000 description 1
- 239000013553 cell monolayer Substances 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000030570 cellular localization Effects 0.000 description 1
- 239000013522 chelant Substances 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 210000000991 chicken egg Anatomy 0.000 description 1
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 1
- 229960001231 choline Drugs 0.000 description 1
- OEYIOHPDSNJKLS-UHFFFAOYSA-N choline Chemical compound C[N+](C)(C)CCO OEYIOHPDSNJKLS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150043719 clpP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000001246 colloidal dispersion Methods 0.000 description 1
- 239000000084 colloidal system Substances 0.000 description 1
- 230000009918 complex formation Effects 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 230000001268 conjugating effect Effects 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 1
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 1
- 230000000120 cytopathologic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 210000001787 dendrite Anatomy 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 1
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 101150052825 dnaK gene Proteins 0.000 description 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005538 encapsulation Methods 0.000 description 1
- 230000008029 eradication Effects 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 210000001808 exosome Anatomy 0.000 description 1
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 208000011323 eye infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 108700014844 flt3 ligand Proteins 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 229940083124 ganglion-blocking antiadrenergic secondary and tertiary amines Drugs 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 1
- 238000001476 gene delivery Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 239000003365 glass fiber Substances 0.000 description 1
- 239000003292 glue Substances 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003180 glutathione Drugs 0.000 description 1
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 1
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 1
- 101150077981 groEL gene Proteins 0.000 description 1
- 101150107092 had gene Proteins 0.000 description 1
- 229940047650 haemophilus influenzae Drugs 0.000 description 1
- 230000005802 health problem Effects 0.000 description 1
- 239000000185 hemagglutinin Substances 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002411 histidines Chemical class 0.000 description 1
- 125000000487 histidyl group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C([H])=N1 0.000 description 1
- 108010028295 histidylhistidine Proteins 0.000 description 1
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000008348 humoral response Effects 0.000 description 1
- 210000004754 hybrid cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 208000030843 hydrosalpinx Diseases 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000036737 immune function Effects 0.000 description 1
- 238000003365 immunocytochemistry Methods 0.000 description 1
- 230000007813 immunodeficiency Effects 0.000 description 1
- 230000006054 immunological memory Effects 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 201000001371 inclusion conjunctivitis Diseases 0.000 description 1
- 210000004969 inflammatory cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000002054 inoculum Substances 0.000 description 1
- 150000007529 inorganic bases Chemical class 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 229940030980 inova Drugs 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000014828 interferon-gamma production Effects 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- 238000007917 intracranial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 238000007852 inverse PCR Methods 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000002427 irreversible effect Effects 0.000 description 1
- 108010044374 isoleucyl-tyrosine Proteins 0.000 description 1
- 108010027338 isoleucylcysteine Proteins 0.000 description 1
- 230000007803 itching Effects 0.000 description 1
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- GZQKNULLWNGMCW-PWQABINMSA-N lipid A (E. coli) Chemical compound O1[C@H](CO)[C@@H](OP(O)(O)=O)[C@H](OC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCCCC)[C@@H](NC(=O)C[C@@H](CCCCCCCCCCC)OC(=O)CCCCCCCCCCC)[C@@H]1OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](OC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](NC(=O)C[C@H](O)CCCCCCCCCCC)[C@@H](OP(O)(O)=O)O1 GZQKNULLWNGMCW-PWQABINMSA-N 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 229910052744 lithium Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 230000002934 lysing effect Effects 0.000 description 1
- 108010044348 lysyl-glutamyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010009298 lysylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010064235 lysylglycine Proteins 0.000 description 1
- 108010054155 lysyllysine Proteins 0.000 description 1
- 230000002101 lytic effect Effects 0.000 description 1
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229910044991 metal oxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000004706 metal oxides Chemical class 0.000 description 1
- 108010068488 methionylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000010172 mouse model Methods 0.000 description 1
- 230000016379 mucosal immune response Effects 0.000 description 1
- 238000006452 multicomponent reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002887 multiple sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000004296 naive t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000002088 nanocapsule Substances 0.000 description 1
- 210000002850 nasal mucosa Anatomy 0.000 description 1
- 238000011392 neighbor-joining method Methods 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 1
- 239000007764 o/w emulsion Substances 0.000 description 1
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 1
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 239000013307 optical fiber Substances 0.000 description 1
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 1
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 description 1
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 229940055729 papain Drugs 0.000 description 1
- 235000019834 papain Nutrition 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 210000003200 peritoneal cavity Anatomy 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000004633 phorbol derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 239000002644 phorbol ester Substances 0.000 description 1
- 150000003904 phospholipids Chemical class 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 101150010607 pmpA gene Proteins 0.000 description 1
- 101150116202 pmpF gene Proteins 0.000 description 1
- 229920001606 poly(lactic acid-co-glycolic acid) Polymers 0.000 description 1
- 229920000058 polyacrylate Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 1
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 210000004986 primary T-cell Anatomy 0.000 description 1
- 150000003141 primary amines Chemical class 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 238000002731 protein assay Methods 0.000 description 1
- 229960000856 protein c Drugs 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 239000001397 quillaja saponaria molina bark Substances 0.000 description 1
- 150000003248 quinolines Chemical class 0.000 description 1
- 230000000601 reactogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000002207 retinal effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical group 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 239000006152 selective media Substances 0.000 description 1
- 230000008313 sensitization Effects 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 238000013207 serial dilution Methods 0.000 description 1
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 239000002356 single layer Substances 0.000 description 1
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 1
- 210000001626 skin fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 230000003393 splenic effect Effects 0.000 description 1
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 description 1
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- WROMPOXWARCANT-UHFFFAOYSA-N tfa trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F.OC(=O)C(F)(F)F WROMPOXWARCANT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150090882 tgt-1 gene Proteins 0.000 description 1
- HNKJADCVZUBCPG-UHFFFAOYSA-N thioanisole Chemical compound CSC1=CC=CC=C1 HNKJADCVZUBCPG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 230000036962 time dependent Effects 0.000 description 1
- 238000012090 tissue culture technique Methods 0.000 description 1
- 206010044325 trachoma Diseases 0.000 description 1
- 230000005030 transcription termination Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003146 transient transfection Methods 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003668 tyrosines Chemical class 0.000 description 1
- 231100000397 ulcer Toxicity 0.000 description 1
- 241000712461 unidentified influenza virus Species 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 1
- 229940125575 vaccine candidate Drugs 0.000 description 1
- 229940126580 vector vaccine Drugs 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
- QAOHCFGKCWTBGC-QHOAOGIMSA-N wybutosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)N3C(CC[C@H](NC(=O)OC)C(=O)OC)=C(C)N=C3N(C)C=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O QAOHCFGKCWTBGC-QHOAOGIMSA-N 0.000 description 1
- QAOHCFGKCWTBGC-UHFFFAOYSA-N wybutosine Natural products C1=NC=2C(=O)N3C(CCC(NC(=O)OC)C(=O)OC)=C(C)N=C3N(C)C=2N1C1OC(CO)C(O)C1O QAOHCFGKCWTBGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003751 zinc Chemical class 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/295—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Chlamydiales (O)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Public Health (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Description
Sloučeniny pro léčbu a diagnostiku infekcí způsobených Chlamydiemi a způsoby j ej ich provedení
Oblast techniky
Předkládaný vynález se týká obecně detekce a léčby chlamydiovych infekcí. Přesněji se vynález týká polypeptidů obsahujících chlamydiový antigen a použití takových polypeptidů pro serodiagnostiku a léčbu chlamydiových infekcí.
Dosavadní stav techniky
Chlamydie jsou intracelulární bakteriální patogeny, které jsou odpovědné za mnoho významných lidských a živočišných infekcí. Chlamydia trachomatis je jednou z nej častějších příčin sexuálně přenosných nemocí a může vést k zánětlivému onemocnění pánve (PID), které vede k obstrukci vejcovodů a neplodnosti. Chlamydia trachomatis může mít také úlohu v neplodnosti mužů. V roce 1990 byly náklady na léčbu PID v USA přibližně 4 biliony dolarů. Trachom, který je způsobený oční infekcí Chlamydia trachomatis, je hlavní příčinou slepoty ve světě. Chlamydia pneumoniae je významnou příčinou akutních infekcí respiračního traktu u člověka a také se předpokládá, že má úlohu v patogenesi atherosklerosy a, zejména, ischemické choroby srdeční. Bylo prokázáno, že jedinci s vysokým titrem protilátek proti Chlamydia pneumoniae mají alespoň dvojnásobné riziko vzniku ischemické choroby srdeční než seronegativní jedinci. Chlamydiové infekce tak tvoří značný zdravotnický problém v USA a jinde ve světě.
Chlamydiové infekce jsou často asymptomatické. Například, v době, kdy ženy vyhledají lékaře pro PID, již často došlo k ireverzibilnímu postižení vedoucímu k neplodnosti. Proto existuje potřeba lepších vakcín a farmaceutických prostředků pro léčbu a prevenci Chlamydiových infekcí. Předkládaný vynález splňuje tuto potřebu a poskytuje další související výhody.
Podstata vynálezu
Předkládaný vynález poskytuje prostředky a způsoby pro diagnostiku a terapii Chlamydiových infekcí. V jednom aspektu vynález poskytuje polypeptidy obsahující imunogenní část chlamydiového antigenu, nebo varianty takového antigenu. Některé části a jiné varianty jsou imunogenní, takže schopnost varianty reagovat s antisérem specifickým pro antigen není významným způsobem narušena. V některých provedeních obsahuje polypeptid aminokyselinové sekvence kódované polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (a) sekvence SEQ ID NO: 1, 15, 21-25, 44-64, 66-76, 79-88, 110-119, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 169-174, 181-188, 263,265a 267-290; (b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (a); a (c) sekvence, které hybridizují ha sekvence (a) nebo (b) za středně přísných podmínek. Ve specifickém provedení obsahují polypeptidy podle předkládaného vynálezu alespoň část chlamydiového proteinu, který obsahuje aminokyselinovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující sekvence uvedené v SEQ ID NO: 5-14, 17-20, 26, 28, 30-32, 34, 39-43, 65, 89-109, 138-158, 167, 168, 224-262, 246, 247, 254-256, 292,
394-305 a jejich varianty.
Předkládaný vynález dále poskytuje polynukleotidy, které kódují polypeptid popsaný výše nebo jeho část (jako je část kódující alespoň 15 aminokyselinových zbytků chlamydiového proteinu), expresní vektory obsahující takové polynukleotidy a hostitelské buňky transformované nebo transfektované takovými expresními vektory.
V příbuzném aspektu vynález poskytuje polynukleotidové sekvence •β ···♦ .3. :
kódující výše uvedené polypeptidy, rekombinantní expresní vektory obsahující jednu nebo více těchto polynukleotidových sekvencí a hostitelské buňky transformované nebo transfektováné takovými expresními vektory..
V jiném aspektu vynález poskytuje fúzní proteiny obsahující polypeptid podle předkládaného vynálezu nebo, alternativně, polypeptid podle předkládaného vynálezu a známý chlamydiový antigen, stejně jako polynukleotidy kódující takové fúzní proteiny, v kombinaci s fyziologicky přijatelným nosičem nebo imunostimulačním činidlem pro použití jako farmaceutické prostředky nebo vakcíny.
Předkládaný vynález dále poskytuje farmaceutické prostředky, které obsahují: (a) protilátku, monoklonální nebo polyklonální, nebo její vazebný fragment pro antigen, která se specificky váže na chlamydiový protein; a (b) fyziologicky přijatelný nosič. V jiném aspektu vynález poskytuje farmaceutické prostředky, které obsahují jeden nebo více chlamydiových polypeptidů podle předkládaného vynálezu, nebo polynukleotidovou molekulu kódující takový polypeptid, a fyziologicky přijatelný nosič. Vynález také poskytuje vakcíny pro profylaktické a terapeutické účely obsahující jeden nebo více popsaných polypeptidů a imunostimulační činidlo, jak je zde definováno, společně s vakcínami obsahujícími jednu nebo více polynukleotidových sekvencí kódujících takové polypeptidy, a imunostimulační činidlo.
V ještě jiném aspektu vynález poskytuje způsoby pro indukci protektivní imunity u pacienta, při kterých je pacientovi podáno účinné množství jednoho nebo více výše uvedených farmaceutických prostředků nebo vakcín.
V ještě dalším aspektu vynález poskytuje způsoby pro léčbu ·· • · * .· · · · ·«£· · ··· · chlamydiových infekcí u pacienta, které zahrnují získání mononukleárních buněk periferní krve (PBMC) od pacienta, inkubaci PBMC s polypeptidem podle předkládaného vynálezu (nebo s polynukleotidem kódujícím takový polypeptid) za zisku inkubovaných T-lymfocytů a podání inkubovaných T-lymfocytů pacientovi. Předkládaný vynález dále poskytuje způsoby pro léčbu chlamydiových infekcí, které zahrnují inkubaci buněk prezentujících antigen s polypeptidem podle předkládaného vynálezu (nebo s polynukleotidem kódujícím takový polypeptid) za zisku inkubovaných buněk prezentujících antigen a podání inkubovaných buněk prezentujících antigen pacientovi. Přoliferované buňky mohou, ale nemusí, být před podáním pacientovi klonovány. V některých provedeních jsou buňky prezentující antigen vybrány že skupiny zahrnující dendritické buňky, makrofágy, monocyty, B-lymfocyty a fibroblasty. Vynález také poskytuje prostředky pro léčbu chlamydiových infekcí obsahující T-lymfocyty nebo buňky prezentující antigen, které byly inkubovány s polypeptidem nebo polynukleotidem podle předkládaného vynálezu. V příbuzném aspektu vynález poskytuje vakcíny, které obsahují: (a) buňku prezentující antigen, která exprimuje polypeptid popsaný výše; a (b) imunostimulační činidlo.
Předkládaný vynález dále poskytuje, v dalších aspektech, způsoby pro odstranění buněk infikovaných chlamydiemi z biologického vzorku, které zahrnují kontaktování biologického vzorku s T-lymfocyty, které specificky reagují s chlamydiovým proteinem, kde toto kontaktování je provedeno za podmínek a po dobu dostatečnou pro odstranění buněk exprimujících protein ze vzorku.
V příbuzných aspektech vynález poskytuje způsoby pro inhibici vývoje chlamydiové infekce u pacienta, při kterých je pacientovi podán biologický vzorek zpracovaný způsobem uvedeným výše. V dalších aspektech vynález poskytuje způsoby a diagnostické kity • · pro detekci chlamydiové infekce u pacienta. V jednom provedení způsob zahrnuje: (a) kontaktování biologického vzorku s alespoň jedním polypeptidem nebo fúzním proteinem podle předkládaného vynálezu; a (b) detekci přítomnosti vazebného činidla, které se váže na polypeptid nebo na fúzní protein, ve vzorku, a tím detekci chlamydiové infekce v biologickém vzorku. Vhodnými biologickými vzorky jsou například plná krev, sputum, sérum, plasma, sliny, mozkomíšní mok a moč. V jednom provedení diagnostické kity obsahují jeden nebo více polypeptidů nebo fúzních proteinů podle předkládaného vynálezu v kombinaci s detekčním činidlem. V jiném provedení obsahuje diagnostický kit monoklonální protilátku nebo polyklonální protilátku, která se váže na polypeptid podle .předkládaného vynálezu.
Předkládaný vynález také poskytuje způsoby pro detekci chlamydiové infekce, které zahrnují: (a) získání biologického vzorku od pacienta; (b) kontaktování vzorku s alespoň dvěma polynukleotidovými primery v polýmerasové řetězové reakci, kde .alespoň jeden oligonukleotidový primer je specifický pro pólynukleotidovou sekvenci podle předkládaného vynálezu; a (c) detekci. polynukleotidové sekvence; ve vzorku, která se amplifikuje za přítomnosti oligonukleotidového primeru. V jednom provedení obsahuje oligonukleotidový primer alespoň 10 kontinuálních nukleotidů polynukleotidové sekvence podle předkládaného vynálezu, nebo sekvence, která hybridizuje na tuto. sekvenci.
Předkládaný vynález také poskytuje způsoby pro detekci chlamydiové infekce u pacienta, které zahrnují: (a) získání biologického vzorku od pacienta; (b) kontaktování vzorku s oligonukleotidovou sondou specifickou pro polynukleotidovou sekvenci podle předkládaného vynálezu; a (c) detekci polynukleotidové sekvence ve vzorku, která hybridizuje na oligonukleotidovou sekvenci, v jednom provedení obsahuje ♦ · . ···· oligonukleotidová sonda alespoň 15 kontinuálních nukleotidů polynukleotidové sekvence podle předkládaného vynálezu, nebo sekvence, která hybridizuje na tuto sekvenci.
Tyto a další aspekty předkládaného vynálezu budou jasné z následujícího podrobného popisu. Všechny citace jsou zde uvedeny jako odkazy ve své úplnosti.
Popis sekvencí
SEQ ID NO: 1 je určená DNA sekvence pro klon l-Bl-66 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 2 je určená DNA sekvence pro klon 4-D7-28 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 3 je určená DNA sekvence pro klon 3-G3-10 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 4 je určená DNA sekvence pro'klon 10-C10-31 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 5 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro l-Bl-66.
SEQ ID NO: 6 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 4-D7-28.
SEQ ID NO: 7 je první předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 8 je druhá předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 9 je třetí předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 10 je čtvrtá předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: ll je pátá předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 12 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro • · ···· .7..
10-C10-31.
SEQ ID NO: 13 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidu 1-B1-66/48-67.
SEQ ID NO: 14 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidu 1-B1-66/58-77.
SEQ ID NO: 15 je určená DNA sekvence pro klon 2C7-8 serovaru LGV II C. trachomatis.
SEQ ID NO: 16 je určená DNA sekvence pro domnělý otevřený čtecí rámec genomu C. trachomatis serovaru D, kam se mapuje 2C7-8.
SEQ ID NO: 17 je předpokládaná aminokyselinová sekvence kódovaná DNA sekvencí SEQ ID NO: 16.
SEQ ID NO: 18 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidu CtC7.8-12.
SEQ ID NO: 19 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidu CtC7.8-13.
SEQ ID NO: 20 je předpokládaná aminokyselinová sekvence kódovaná druhým domnělým otevřeným čtecím rámcem od C. trachomatis serovaru
D.
SEQ ID NO: 21 je určená DNA sekvence pro klon 4C9-18 z C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 22 je určená DNA sekvence homologická k lipoamid-dehydrogenase z G. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 23 je určená DNA sekvence homologická k hypotetickému proteinu z C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 24 je určená DNA sekvence homologická k ubichinon-methyltransferase C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 25 je určená DNA sekvence pro klon 4C9-18#2 BL21 pLysS z C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 26 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 4C9-18#2 z C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 27 je určená DNA sekvence pro Cp-SWIB z C. pneumonia kmene TWAR.
SEQ ID NO: 28 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro ·♦ . ··♦♦
J3..
Cp-SWIB z C. pneumonia kmene TWAR.
SEQ ID NO: 29 je určená DNA sekvence pro Cp-S13 z C. pneumonia kmene TWAR.
SEQ ID NO: 30 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro Cp-S13 z C. pneumonia kmene TWAR.
SEQ ID NO: 31 je aminokyselinová sekvence pro 10 měrový konvenční peptid z CtC7.8-12 a CtC7.8-13.
SEQ ID NO: 32 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro klon 2C7-8 z C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 33 je DNA sekvence odpovídající nukleotidům 597304-597445 genomu C. trachomatis serovaru D (NCBI, BLASTN vyhledávání), který je homologický ke klonu 2C7-8.
SEQ ID NO: 34 je předpokládaná aminokyselinová sekvence kódovaná sekvencí SEQ ID NO: 33.
SEQ ID NO: 35 je DNA sekvence pro C.p. SWIB Nde (5' primer)’ z C. pneumoniae. SEQ ID NO: 36 je DNA sekvence pro C.p. SWIB EcoRI (3' primer) z C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 37 je DNA sekvence pro C.p. S13 Nde (5' primer) z C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 38 je DNA sekvence pro C.p. S13 EcoRI (3' primer) z C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 39 je aminokyselinová sekvence pro CtSwib 52-67 peptid z C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 40 je aminokyselinová sekvence pro CpSwib 53-68 peptid z C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 41 je aminokyselinová sekvence pro HuSwib 288-302 peptid z lidské SWI domény.
SEQ ID NO: 42 je aminokyselinová sekvence pro CtSWI-T 822-837 peptid z fúze topoizomerasa-SWIB C.trachomatis.
SEQ ID NO: 43 je aminokyselinová sekvence pro CtSWI-T 828-842 peptid z fúze topoizomerasa-SWIB C.pneumoniae.
SEQ ID NO: 44 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis ··
Λ.
• · » . · ' • · · · *’ ···♦
LGVII klon 19783.3,jen.seq(l>509)CTL2#ll-3 ', představující 3' konec.
SEQ ID NO: 45 je druhá určená DŇA sekvence pro C. trachomatis LGVII klón 19783.4,jen.seq(1>481)CTL2#ll-5' , představující 5' konec. SEQ ID NO: 46 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19784CŤL2_12consensus.seq(1>427)CTL2#12 .
SEQ ID NO: 47 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 19785.4,jen.seq(l>600)CTL2#16-5’, představující 5' konec.· SEQ ID NO: 48 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 19786.3, jen. seq(l>600)CTL2#18-3',. představující 3' konec.
SEQ ID NO: 49 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 19786.4,jen.seq(l>600)CTL2#18-51, představující 5' konec.
SEQ ID NO: 50 je určená. DNA sekvence pro C. klon 19788CTL2_21consensus.seq{l>406)CTL2#21
SEQ ID NO: 51 je určená DNA sekvence pro C. klon 19790CTL2_23consensus.seq(l>602)CTL2#23
SEQ ID NO: 52 je určená DNA.sekvence pro C. klon 19791CTL2_24consensus.seq(1>145)CTL2#24
SEQ ID NO: 53 je určená DNA sekvence pro C. klon CTL2#4.
trachomatis trachomatis trachomatis trachomatis
LGVII
LGVII
LGVII
LGVII
SEQ ID NO: 54 j e určená DNA sekvence pro C trachomatis LGVII klon CTL2#8b.
SEQ ID NO: 55 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 15-G1-89, která vykazuje homologii s genem pro lipoamiddehydrogenasu CT557.
SEQ ID NO: 56 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 14-H1-4, která vykazuje homologii s thiol-specifickým antioxidačním genem CT603.
SEQ ID NO: 57 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 12-G3-83, která vykazuje homologii s hypotetickým proteinem ·· . ··««
ΛΡ. :
CT622.
SEQ ID NO: 58 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 12-B3-95, která vykazuje homologii s genem pro Tipoamid dehydrogenasu CT557.
SEQ ID-NO: 59 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 11-H4-28, která vykazuje homologii s dnaK genem CT396.
SEQ IĎ NO: 60 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 1Ϊ-Η3-68, která vykazuje částečnou homologii s PGP6-D proteinem virulence a LI ribosomálním genem CT318.
SEQ ID NO: 61 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 11-G1-34, která vykazuje částečnou homologii s genem pro malat-dehydrogenasu CT376 a s genem pro glykogen-hydrolasu CT042.
SEQ ID NO: 62 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 11-G10-46, která vykazuje homologii s hypotetickým proteinem CT610.
SEQ ID NO: 63 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 11-C12-91, která vykazuje homologii s OMP2 genem CT443.
SEQ ID NO: 64 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 11-A3-93, která vykazuje homologii s genem pro HAD superrodinu CT103.
SEQ ID NO: 65 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 14-H1-4, která vykazuje homologii s thiol-specifickým antioxidačním genem CT 603.
| SEQ | ID NO: | 66 | je | určená | DNA | sekvence | pro | C. | trachomatis | LGVII |
| klon | CtL2#9 | • | ||||||||
| SEQ | ID NO: | 67 | je | určená | DNA | sekvence | pro | C. | trachomatis | LGVII |
| klon | CtL2#7 | • | ||||||||
| SEQ | ID NO: | 68 | je | určená | DNA | sekvence | pro | C. | trachomatis | LGVII |
| klon | CtL2#6 | • | ||||||||
| SEQ | ID NO: | 69 | je | určená | DNA | sekvence | pro | C. | trachomatis | LGVII |
| klon | CtL2#5 | • | ||||||||
| SEQ | ID NO : | 70 | je | určená | DNA | sekvence | pro | C. | trachomatis | LGVII |
klon CtL2#2.
SEQ ID NO: 71 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon CtL2#l.
SEQ ID NO: 72 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 23509.2CtL2#3-5' , představující 5' konec.
SEQ ID NO: 73 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 23509.lCtL2#3-3', představující 3' konec.
SEQ ID NO; 74 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 22121.2CtL2#10-5', představující 5' konec.
SEQ ID NO; 75 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 22121.!CtL2#10-3', představující 3' konec.
| SEQ | ID NO: 76 je určená | DNA | sekvence | pro | C. | trachomatis | LGVII |
| klon | 19787.6CtL2#19-5', představující | 51 konec. | |||||
| SEQ | ID ŇÓ: 77 je určená | DNA | sekvence | pro | C. | pneumoniae | LGVII |
| klon | CpS13-His. | ||||||
| SEQ | ID NO: 78 je určená | DNA | sekvence | pro | C. | pneumoniae | LGVII |
| klon | CpSWIB-His. | ||||||
| SEQ | ID NO: 79 je určená | DNA | sekvence | pro | c. | trachomatis | LGVII |
klon 23-G7-68, která vykazuje částečnou homologii s Lil, L10 a LI ribosomálním proteinem.
SEQ ID NO: 80 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 22-F8-91, která vykazuje částečnou homologii s pmpC genem.
SEQ ID NO: 81 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 21-E8-95, která vykazuje homologii s CT610-CT613 geny.
SEQ ID NO: 82 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 19-F12-57, která vykazuje homologii s CT858 a recA geny.
SEQ ID NO: 83 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 19-F12-53, která vykazuje homologii s CT445 genem kódujícím glutamyl tRNA synthasu.
SEQ ID NO: 84 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 19-A5-54, která vykazuje homologii s kryptickým plasmidovým genem.
SEQ ID NO: 85 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 17-E11-72, která vykazuje homologii s OppC_2 a pmpD geny.
| 4< ·«♦· • ‘i. · • · | • · • | • · • | ·· ·· 'i ♦ · · · |
| Λ2. : | • • · · · | • .<'· · | • · · , < · · · « |
SEQ ID NO: 86 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 17-Cl-77, která vykazuje částečnou homologii s otevřenými čtecími rámci CT857 a CT585.
SEQ ID NO: 87 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 15-H2-76, která vykazuje částečnou homologii s pmpD a SycE geny a s ORF CT089.
SEQ ID NO: 88 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGVII klon 15-A3-26, která vykazuje homologii s ORF CT858.
SEQ ID NO: 89 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae klon Cp_SWIB-His.
SEQ ID NO: 90 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae klon Ctl2_LPDA_FL.
SEQ ID NO: 91 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae klon CpS13-His.
SEQ ID NO: 92 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae klon Ctl2_TSAr_FL.
SEQ ID NO: 93 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 43-61 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 94 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 48-67 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 95 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 52-71 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 96 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 58-77 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 97 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 63-82 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 98 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 51-66 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 99 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 52-67 peptid C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 100 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 37-51 peptid C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 101 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 32-51 «ί 3·
• · · · peptid C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 102 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 37-56 peptid C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 103 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 36-50 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 104 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 46-65 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 105 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 60-80 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 106 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 1-20 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 107 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 46-65 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 108 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 56-75 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 109 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 56-75 peptid C. pneumoniae. '
SEQ ID NO: 110 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 21-G12-60, obsahující částečné otevřené čtecí rámce pro hypotetické proteiny CT875, CT229 a CT228.
SEQ ID NO: 111 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 22-B3-53, vykazující homologii s CT110 ORF GroEL.
SEQ ID NO: 112 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 22-A1-49, vykazující částečnou homologii s CT660 a~CT659 ORF.
SEQ ID NO: 113 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 17-E2-9, vykazující částečnou homologii s CT611 a CT610 ORF.
SEQ ID NO: 114 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 17-C10-31, vykazující částečnou homologii s CT858 ORF.
SEQ ID NO: 115 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 21-C7-66, vykazující částečnou homologii s dnaK-like genem.
SEQ ID NO: 116 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 20-G3-45, obsahující část pmpB genu CT413.
SEQ ID NO: 117 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II
| ’4 4 , 444 4 · '· * · • · | • 4 4 • | • 4 4 | '4 4 4 4 4 ·' Í4 ·' |
| 24, : | • 4 4· | 4 4 4 4 | •4·4 ·· 4 44 |
klon 18-C5-2, vykazující homologii s ORF S1 ribosomálního proteinu.
SEQ ID NO: 118 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 17-C5-19, obsahující část ORF pro CT431 a CT430.
SEQ ID NO: 119 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 16-D4-22, obsahující částečné sekvence ORF3 a ORF4 plasmidu pro růst v savčích buňkách.
SEQ ID NO: 120 je určená kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru LGV II.
SEQ ID NO: 121 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru LGV II.
SEQ ID NO: 122 je určená kompletní DNA sekvence.pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru E.
SEQ ID NO: 123 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru E.
SEQ ID NO: 124 je určená kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru IA.
SEQ ID NO: 125 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru IA.
SEQ ID NO: 126 je určená kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru G.
SEQ ID NO: 127 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru G.
SEQ ID NO: 128 je určená kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru F1 NII.
SEQ ID NO: 129 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru F1 NII.
SEQ ID NO: 130 je určená kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru LI.
SEQ ID NO: 131 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru LI.
SEQ ID NO: 132 je určená kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru L3.
45. ?
♦ » 4· • 4 4« • - 4 ·
SEQ ID NO: 133 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru L3.
SEQ ID NO: 134 je určená. kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru Ba.
SEQ ID NO: 135 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru Ba.
SEQ ID NO: 136 je určená kompletní DNA sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru MOPN.
SEQ ID NO: 137 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro Čapl gen CT529 C. trachomatis serovaru MOPN.
SEQ ID NO: 138 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #124-139 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 139 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #132-147 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 140 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #138-155 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 141 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #146-163 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 142 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #154-171 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 143 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #162-178 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 144 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #138-147 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 145 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #139-147 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 146 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #140-147 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 147 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #138-146 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 148 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #138-145 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 149 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl
J86.
CT529 ORF peptid #F140->I C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 150 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #S139->Ga C. trachomatis serovaru L2. ·
SEQ ID NO: 151 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #S139->Gb C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 152 je určená aminokyselinová sekvence pro peptid'#2 C7.8-6 216aa ORF C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 153 je určená aminokyselinová sekvence pro peptid #2 C7.8-7 216aa ORF C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 154 je určená aminokyselinová sekvence pro peptid #2 C7.8-8 216aa ORF C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 155 je určená aminokyselinová sekvence pro peptid #2 C7.8-9 216aa ORF C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 156 je určená aminokyselinová sekvence pro peptid #2 C7.8-10 216aa ORF C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 157 je určená aminokyselinová sekvence pro 53 aminokyselinový peptid 2l6aa v klonu 2C7.8 C. trachomatis serovaru L2 .
SEQ ID NO: 158 je určená aminokyselinová sekvence pro 52 aminokyselinový peptid CT529 ORF v klonu 2C7.8 C. trachomatis serovaru L2.
SEQ ID NO: 159 je určená pro klonování kompletního
SEQ ID NO: 160 je určená pro klonování kompletního
SEQ ID NO: 161 je určená pro klonování kompletního
SEQ ID NO: 162 je určená pro klonování kompletního
SEQ ID NO: 163 je určená pro klonování kompletního
SEQ ID NO: 164 je určená pro klonování kompletního
DNA sekvence pro 5' (kódující) CT529 serovaru L2.
DNA sekvence pro 5' (reverzní) CT529 serovaru L2.
DNA sekvence pro 5' (kódující) CT529 serovaru jiných než L2 a DNA sekvence pro 5' (reverzní)
CT529 serovarů jiných než L2 a DNA sekvence pro 5' (kódující) CT529 serovaru MOPN.
DNA sekvence pro 5' (reverzní) CT529 serovaru MOPN.
primer primer primer
MOPN.
primer
MOPN.
primer primer ·· . ·· '·
| SEQ ID NO: | 165 | je | určená | DNA | sekvence | pro | 5’ | (kóduj ící) | primer |
| pro pBIB-KS | - | ||||||||
| SEQ ID NO: | 166 | je | určená | DNA | sekvence | pro | 5’ | (reverzní) | primer |
| pro pBIB-KS | • | ||||||||
| SEQ ID NO: | 167 | je | určená | aminokyselinová | sekvence pro 9 | -měrový |
epitop peptidu Cap#139-147 ze serovaru L2.
SEQ ID NO: 168 je určená aminokyselinová sekvence pro 9-měrový epitop peptidu Cap#139-147 ze serovaru D.
| SEQ ID NO: | 169 | je | určená | kompletní | DNA | sekvence | pro | pmpl | gen | C |
| trachomatis | . | |||||||||
| SEQ ID NO: | 170 | je | určená | kompletní | DNA | sekvence | pro | pmpG | gen | C |
| trachomatis | • | |||||||||
| SEQ ID NO: | 171 | je | určená | kompletní | DNA | sekvence | pro | pmpE | gen | c |
trachomatis.
| SEQ ID NO: | 172 | je | určená | kompletní | DNA sekvence pro pmpD | gen | C |
| trachomatis SEQ ID NO: | 173 | je | určená | kompletní | DNA sekvence pro pmpC | gen | C |
| trachomatis SEQ ID NO: | 174 | je | určená | kompletní | DNA sekvence pro pmpB | gen | c |
| trachomatis SEQ ID NO: | 175 | je | předpokládaná kompletní aminokyselinová |
sekvence pro pmpl gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 176 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro pmpG gen G. trachomatis.
SEQ ID NO: 177 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro pmpE gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 178 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro pmpD gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 179 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro pmpC gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 180 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro pmpB gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 181 je určená DNA sekvence minus, signální sekvence pro ·♦ ·♦·· is.
pmpl gen C. trachomátis.
SEQ ID NO: 182 je následně určená kompletní DNA sekvence pro pmpG gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 183 je určená DNA sekvence minus signální sekvence pro pmpE gen C. trachomatis..
SEQ ID NO: 184 je první určená DNA sekvence představující karboxy-konec pmpD genu C. trachomatis.
SEQ ID NO: 185 je druhá určená DNA sekvence představující amino-konec minus Signální sekvence pro pmpD.gen G. trachomatis.
SÉQ ID NO: 186 je první určená DNA sekvence představující karboxy-konec pmpC genu C. trachomatis.
SEQ ID NO: 187 je druhá určená DNA sekvence představující aarnino-konec minus signální sekvence pro pmpC gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 188 je určená DNA sekvence představující pmp gen C. pneumohiae serovaru MOMPS ve fúzní molekule s Ral2.
SEQ ID,NO: 189 je předpokládaná aminokyselinová sekvence minus signální sekvence pro pmpl gen G. trachomatis.
SEQ ID NO: 190 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro pmpG gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 191 je předpokládaná aminokyselinová sekvence minus signální sekvence pro pmpE gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 192 je první předpokládaná aminokyselinová sekvence představující karboxy-konec pmpD genu C. trachomatis.
SEQ ID NO: 193 je druhá předpokládaná aminokyselinová sekvence představující amino-konec minus signální sekvence pro pmpD gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 194 je první předpokládaná aminokyselinová sekvence představující karboxy-konec pmpC genu C. trachomatis.
SEQ ID NO: 195 je druhá předpokládaná aminokyselinová sekvence představující amino-konec minus signální sekvence pro pmpC gen C. trachomatis.
SEQ ID NO: 196 je předpokládaná aminokyselinová sekvence představující pmp gen C. pneumoniae. serovaru MOMPS ve fúzní
| 4 9 | 9999 • | 9 9 | 9 9 9 • | 44 '·· • · · jj ; . |
| r\ | . 9 | 9 | • | 1· 9 9 |
| i. | '4 | .9,9 9 | •44 | ·<' 44 4 |
molekule s Ral2.
SEQ ID NO: 197 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování pmpC genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 198 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování pmpC genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 199 je určená DNA sekvence pro inserční sekvenci pro klonování pmpC genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 200 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování pmpD genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 201 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování pmpD genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 202 je určená DNA sekvence pro inserční sekvenci pro ..klonování pmpD genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 203 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování pmpE genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 204 ge určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování pmpE genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 205 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování pmpG genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 206 je určená DNA sekvence pro 3’ oligo primer pro klonování pmpG genu C. trachomatis v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 207 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování amino-koncové části pmpC genu C. trachomatis v pETl7b vektoru.
SEQ ID NO: 208 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování amino-koncové části pmpC genu C. trachomatis v pETl7b vektoru.
SEQ ID NO: 209 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování karboxy-koncové části pmpC genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 210 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování karboxy-koncové části pmpC genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
·· ·««· '· ” » ' · ι'· <4
23.
SEQ ID NO: 211 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování amino-koncové části pmpD genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 212 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování amino-koncové části pmpD genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 213 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování karboxy-koncové části pmpD genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 214 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování karboxy-koncové části pmpD genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 215 je určená DNA sekvence pro 5’ oligo primer pro klonování pmpE genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 216 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování pmpE genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 217 je určená DNA sekvence pro inserční sekvence pro klonování pmpE genu C, trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 218 je aminokyselinová sekvence pro inserční sekvence pro klonování pmpE genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 219 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování pmpG genu C. trachomatis v pETl7b vektoru.
SEQ ID NO: 220 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování pmpG genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 221 je aminokyselinová sekvence pro inserční sekvence pro klonování pmpG genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 222 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování pmpl genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 223 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování pmpl genu C. trachomatis v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 224 je určená aminokyselinová sekvence pro Swib peptid 1-20 C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 225 je určená aminokyselinová sekvence pro Swib peptid £U :
ΐ· :·»ί·
| SEQ ID | ΝΟ: 226 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 12-31 C | . pneumoniae. | |||||
| SEQ ID | NO; 227 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 17-36 C | . pneumoniae.. | |||||
| SEQ ID | NO: 228 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 22-41 C | . pneumoniae. | |||||
| SEQ ID | NO: 229 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 27-46 C | . pneumoniae. | |||||
| SEQ ID | NO: 230 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 42-61 C | . pneumoniae. | |||||
| SEQ ID | NO: 231 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 46-65 C | . pneumoniae: | |||||
| SEQ ID | NO: 232 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 51-70 C | . pneumoniae. | |||||
| SEQ ID | NO: 233 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 56-75 C | . pneumoniae. | X. | ||||
| SEQ ID | NO: 234 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 61-80 C | . pneumoniae. | |||||
| SEQ ID | NO: 235 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | Swib | peptid |
| 66-87 C | . pneumoniae. | |||||
| SEQ ID | NO: 236 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 103-122 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ ID | NO: 237 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 108-127 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ ID | NO: 238 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 113-132 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ ID | NO: 239 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 118-137 | G. trachomatis. | |||||
| SEQ ID | NO: 240 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 123-143 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ ID | NO: 241 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 128-147 | C. trachomatis. |
| SEQ | ID | NO: 242 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 133- | 152 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 243 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 137- | 156 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 244 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 142- | 161 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 245 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 147- | 166 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 246 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 152- | 171 | C. t rachomat i s. | |||||
| SEQ | ID | NO: 247 je určená | ami noky seli nová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 157- | 176 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 248 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 162- | 181 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 249 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 167- | 186 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 250 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 171- | 190 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 251 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 171- | 186 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 252 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 175- | 186 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 253 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | OMCB | peptid |
| 185-: | 198 | C. pneumoniae. | |||||
| SEQ | ID | NO: 254 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | TSA peptid |
96-115 C. trachomatis.
| SEQ | ID | NO: 255 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | TSA | peptid |
| 101- | 120 | C. trachomat is. | |||||
| SEQ | ID | NO: 256 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | TSA | peptid |
| 106- | 125 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 257 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | TSA | peptid |
| 111- | 130 | C. trachomatis. | |||||
| SEQ | ID | NO: 258 je určená | aminokyselinová | sekvence | pro | TSA | peptid |
32·· • « ·· ·» ·· ·· · · · • » · · * • · .· · · • · · » · ··· ··· ·· ··*·
SEQ ID NO: 259 je určená aminokyselinová sekvence pro TSA peptid 121-140 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 260 je určená aminokyselinová sekvence pro TSA peptid 126-145 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 261 je určená aminokyselinová sekvence pro TSA peptid 131-150 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 262 je určená aminokyselinová sekvence pro TSA peptid 136-155 C. trachomatis.
SEQ ID NO: 263 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis CT529/Cap 1 gen serovaru I.
SEQ ID NO: 264 je předpokládaná kompletní aminokyselinová .sekvence pro CT529/Cap 1 gen C. trachomatis serovaru I.
SEQ ID NO: 265 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis CT529/Cap 1 gen C. trachomatis serovaru K.7
SEQ ID NO: 266 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro CT529/Cap 1 gen C. trachomatis serovaru K:
SEQ ID NO: 267 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon 17-G4-36, který vykazuje homologii s částí ORF beta podjednotky CT315 DNA-řízené RNA polymerasy v serD.
SEQ ID NO: 268 je určená DNA sekvence pro částečnou sekvenci C. trachomatis CT016 genu v klonu 2E10.
SEQ ID NO: 269 je určená DNA sekvence pro částečnou sekvenci C. trachomatis genu pro tRNA synthasu v klonu 2E10.
SEQ ID NO: 270 je určená DNA sekvence pro částečnou sekvenci C. trachomatis genu clpX v klonu 2E10.
SEQ ID NO: 271 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-30 představující 5' konec.
SEQ ID NO: 272 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-30 představující 3' konec.
SEQ ID NO: 273 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-28.
SEQ ID NO: 274 je určená DNA Sekvence pro C. trachomatis klon «« ···· · « · ♦ * · · '· ·» ·• · · · · ·«· *»· ·· ·«*·
CtL2gam-27.
| SEQ ID NO: | 275 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-26. | ||||
| SEQ ID NO: | 276 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-24. | ||||
| SEQ ID NO: | 277 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon - |
| CtL2gam-23. | ||||
| SEQ ID NO: | 278 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-21. | ||||
| SEQ ID NO: | 279 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-18. | ||||
| SEQ ID NO: | 280 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-17. | ||||
| SEQ ID NO: | 281 | je | první určená DNA sekvence pro C. trachomatis | |
| klon GtL2gam-15 | představující 5' konec. | - | ||
| SEQ ID NO: | 282 | je | první určená DNA sekvence pro C. trachomatis | |
| klon CtL2gam-l5 | představující 3' konec. | •χ | ||
| SEQ ID NO: | 283 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-13. | ||||
| SEQ ID NO: | 284 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-10. | ||||
| SEQ ID NO: | 285 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-8. | ||||
| SEQ ID NO: | 286 | je | první určená DNA sekvence pro C. trachomatis | |
| klon CtL2gam-6 představující 5' konec. | ||||
| SEQ ID NO: | 287 | je | první určená DNA sekvence pro C. trachomatis | |
| klon CtL2gam-6 představující 3' konec. | ||||
| SEQ ID NO: | 288 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-5. | ||||
| SEQ ID NO: | 289 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-2. | ||||
| SEQ ID NO: | 290 | je | určená DNA sekvence pro C. trachomatis | klon |
| CtL2gam-l. |
| • • | ···· · · | «e *;· 9 · 9 9 · · | ||
| ·· | ·· | ·· • | ||
| • | • | • | • · · | |
| ·· | • | ··· | 999 | 99 9999 |
SEQ ID NO: 291 je určená kompletní DNA sekvence pro C. pneumoniae homolog genu CT529.
SEQ ID NO: 292 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae homolog genu CT529.
SEQ ID NO: 293 je určená DNA sekvence pro inserční sekvence pro klonování C. trachomatis pmpG genu v SKB vakcinačním vektoru,
SEQ ID NO: 294 je aminokyselinová sekvence otevřeného čtecího rámce klonu CT603.
SEQ ID NO: 295 je aminokyselinová sekvence prvního otevřeného čtecího rámce klonu CT875.
SEQ ID NO: 296 je aminokyselinová sekvence druhého otevřeného čtecího rámce klonu CT875.
- SEQ ID NO: 297 je aminokyselinová sekvence prvního otevřeného čtecího rámce klonu CT858.
SEQ ID NO: 298 je aminokyselinová sekvence druhého otevřeného čtecího rámce klonu CT858.
SEQ ID NO: 299 je aminokyselinová sekvence otevřeného čtecího rámce klonu CT622.
| SEQ | ID NO: | 300 je | aminokyselinová | sekvence | otevřeného | čtecího |
| rámce | klonu | CT610, | ||||
| SEQ | ID NO: | 301 je | aminokyselinová | sekvence | otevřeného | čtecího |
| rámce | klonu | CT396. | ||||
| SEQ | ID NO: | 302 je | aminokyselinová | sekvence | otevřeného | čtecího |
| rámce | klonu | CT318. | ||||
| SEQ | ID NO: | 304 je | aminokysel inová | sekvence | pro C. |
trachomatis, serovar L2 rCt529cl-125, mající modifikovanou N-koncovou sekvenci (6-His koncovka).
SEQ ID NO: 305 je aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis, serovar L2 rCt529cl-125.
SEQ ID NO: 306 je kódující primer použitý při syntéze PmpA(N-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 307 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpA(N-term) fúzního proteinu.
• 9 6' • · · ν'
SEQ ID NO: 308 je DNA sekvence kódující PmpA(N-term) fúzní protein.
SEQ ID NO: 309 je aminokyselinová sekvence PmpA (N-term) fúzního proteinu. . .
SEQ ID NO: 310 je kódující primer použitý při syntéze PmpA(C-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 311 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpA(C-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 312 je DNA sekvence kódující PmpA(C-term) fúzní protein.
SEQ ID NO: 313 je aminokyselinová sekvence PmpA (C-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 314 je kódující primer použitý při syntéze PmpF(N-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 315 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpF(N-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 316 je DNA sekvence kódující PmpF(N-term) fúzní protein.
SEQ ID NO: 317 je aminokyselinová sekvence PmpF(N-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 318 je kódující primer použitý při syntéze PmpF(C-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 319 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpF(C-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 320 je DNA sekvence kódující PmpF(C-term) fúzní protein.
SEQ ID NO: 321 je aminokyselinová sekvence PmpF(C-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 322 je kódující primer použitý při syntéze PmpH(N-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 323 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpH(N-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 324 je DNA sekvence kódující PmpH(N-term) fúzní protein.
SEQ ID NO: 325 je aminokyselinová sekvence PmpH(N-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 326 je kódující primer použitý při syntéze PmpH(C-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 327 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpHC-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 328 je DNA sekvence kódující PmpH(C-term) fúzní protein.
SEQ ID NO: 329 je aminokyselinová sekvence PmpHC-term) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 330 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 331 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpB(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 332 je DNA sekvence kódující PmpB(l) fúzní protein. >
SEQ ID NO: 333 je aminokyselinová sekvence PmpB(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 334 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 335 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpB(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 336 je DNA sekvence kódující PmpB(2) fúzní protein.
SEQ ID NO: 337 je aminokyselinová sekvence PmpB (2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 338 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 339 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpB(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 340 je DNA sekvence kódující PmpB(3) fúzní protein.
SEQ ID NO: 341 je aminokyselinová sekvence PmpB(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 342 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(4) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 343 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpB(4) fúzního proteinu. '
SEQ ID NO: 344 je DNA sekvence kódující PmpB(4) fúzní protein.
SEQ ID NO: 345 je aminokyselinová sekvence PmpB(4) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 346 je kódující primer použitý při syntéze PmpC(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 347 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpC(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 348 je DNA sekvence kódující PmpC(l) fúzní protein. .
SEQ ID NO- 349 je aminokyselinová sekvence PmpC(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 350 je kódující primer použitý při syntéze PmpC(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 351 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpC(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 352 je DNA sekvence kódující PmpC(2) fúzní protein.
SEQ ID NO: 353 je aminokyselinová sekvence PmpC(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 354 je kódující primer použitý při syntéze PmpC{3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 355 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpC(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 356 je DNA sekvence kódující PmpC(3) fúzní protein.
SEQ ID NO: 357 je aminokyselinová sekvence PmpC(3) fúzního proteinu.
Popis obrázků na připojených výkresech
Obr. 1 ilustruje indukci produkce IFN-gamma linii T-lymfocytů specifických pro Chlamydie aktivovanou cílovými buňkami exprimujícími klon 4C9-18#2.
Obr. 2 ilustruje retrovirové vektory pBIB-KSl,2,3 modifikované tak, aby obsahovaly Kosakovo translační iniciační místo a stop kodony.
Obr. 3 ukazuje specifickou lýzu v testu uvolňování chrómu provedeném na P815 buňkách pulsovaných chlamydiovými peptidy CtC7.8-12 (SEQ ID NO: 18) a CtC7.8-13 (SEQ ID NO: 19).
Obr. 4 ukazuje titry izotypů protilátek u C57B1/6 myší imunizovaných C. trachomatis SWIB proteinem.
Obr. 5 ukazuje proliferativní reakci T-lymfocytů specifických pro Chlamydie ve splenocytech od C3H myší imunizovaných C. trachomatis SWIB proteinem.
Obr. 6 ukazuje sekvence 5' a 3' primerů, které byly odvozeny od C. pneumoniae a které byly použity pro izolaci SWIB a S13 genů z C. pneumoniae.
Obr. 7A a 7B ukazují indukci IFN-gamma z lidské anti-chlamydiové T-lymfocytární linie (TCL-8) schopné zkříženě reagovat s C. trachomatis a C. pneumoniae po aktivaci dendritickými buňkami odvozenými od monocytů exprimujícími chlamydiové proteiny.
Obr. 8 ukazuje identifikaci epitopů pro T-lymfocyty v chlamydiovém
Λ· ·'···
ribosomálním S13 proteinu za použití T-lymfocytárni linie TCL 8 EB/DC.
Obr. 9 ukazuje proliferativní reakci CP-21 T-lymfocytů připravených proti dendritickým buňkám infikovaným C. pneumoniae na rekombinantní SWIB protein C. pneumoniae, ale ne na C. trachomatis SWIB protein.
Obr. 10 ukazuje proliferativní reakci T-lymfocytární linie (TCT-10 EB) od asymptomatického dárce na specifickou pro SWIB C. trachomatis.
Obr. 11 ukazuje identifikaci epitopu pro T-lymfocyty na C. trachomatis SWIB za použití T-lymfocytární linie specifické pro antigen (TCL-10 EB). '
Podrobný popis předkládaného vynálezu
Jak bylo uvedeno výše, je předkládaný vynález obecně zaměřen na prostředky a způsoby pro diagnostiku a terapii chlamydiových infekcí. V jednom aspektu obsahuje prostředek podle předkládaného vynálezu polypeptidy, které obsahují alespoň jednu imunogenní část chlamydiového antigenů, nebo jeho varianty.
Ve specifických provedeních popisuje předkládaný vynález polypeptidy obsahujících imunogenní část chlamydiového antigenů, kde chlamydiový antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kódovanou polynukleotidovou molekulou obsahující sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující: (a) nukleotidové sekvence uvedené v SEQ ID NO: 1, 15, 21-25, 44-64, 66-76, 79-88, 110-119, 120, 122, 124,
126, 128, 130, 132, 134, 136, 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-290; (b) sekvence, komplementární k uvedeným nukleotidovým sekvencím; a varianty takových sekvencí.
Termín polypeptid, jak je zde použit, označuje aminokyselinový řetězec jakékoliv délky, včetně kompletních proteinů (t.j. antigenů), ve kterém jsou aminokyselinové zbytky vázány peptidovými vazbami. Termín polypeptid tedy zahrnuje imunogenní část jakéhokoliv antigenu podle předkládaného vynálezu samotnou nebo obsahující další sekvence. Další sekvence mohou být odvozeny od přirozeného chlamydiového antigenu nebo mohou být heterologní a takové sekvence mohou (ale nemusí) být imunogenní.
Termín polynukleotid, jak je zde použit, označuje jednořetězcový nebo dvouřetězcový polymer deoxyribonukleotidových nebo ribonukleotidovych baží a označuje DNA a příslušné RNA molekuly, včetně HnRNA a mRNA molekul, kódující a protismyslné řetězce a cDNA, genomovou DNA a rekombinantní DNA,., stejně jako zcela nebo částečně syntetické polynukleotidy. HnRNA molekula obsahuje introny a odpovídá DNA molekule jedna ku jedné. mRNA molekula odpovídá HnRNA a DNA molekule, ze kterých byly excidovány introny. Polynukleotid se může skládat z celého genu nebo z jakékoliv jeho části. Operabilní protismyslné polynukleotidy mohou obsahovat fragment příslušného polynukleotidu a výraz polynukleotid proto zahrnuje všechny takové operabilní protismyslné fragmenty.
Imunogenní část antigenu je část, která je schopná reagovat se sérem získaným od jedinců infikovaných Chlamydiemi (t.j. generuje absorbanci při testování séra od infikovaného jedince, která je o alespoň tři standardní odchylky vyšší než absorbance získaná při testování séra od ne infikovaného jedince v ELISA testu podle předkládaného vynálezu). Takové imunogenní části obvykle obsahují alespoň 5 aminokyselinových zbytků, lépe alespoň 10 a ještě lépe alespoň 20 aminokyselinových zbytků. Způsoby pro • 32 • · · · ^· přípravu imunogenních částí antigenů známých sekvencí jsou dobře známé a j sou shrnuty v Paul, Fundamental Immunology, 3 . vydání, 243-247 (Raven Press, 1993) a odkazech zde citovaných. Mezi takové techniky patří vyšetřování polypeptidů na schopnost reagovat s protilátkami, antisérem a/nebo T-lymfocytárními liniemi nebo klony specifickými pro antigen. Antisérum a protilátky jsou specifické pro antigen tehdy, když se specificky váží na antigen (t.j. když reagují s proteinem v ELISA nebo v jiných imunotestech a nereagují detekovatelně s nepříbuznými proteiny). Takové antisérum a protilátky mohou být připraveny zde popsaným způsobem a za použití dobře známých technik. Imunogenní část přirozeného chlamydiového proteinu je část, která reaguje s takovým antisérem a/nebo T-lymfocyty v úrovni, která není významně nižší než reaktivita s kompletním polypeptidem (například v ELISA a/nebo testu reaktivity T-l’ymfocytů) . Takové imunogenní části mohou reagovat v takových testech v úrovni reaktivity, která je stejná nebo vyšší než úroveň reaktivity s kompletním proteinem. Taková ' vyšetření mohou být provedena za použití metod dobře známých v oboru, jako jsou metody popsané v Harlow and Lané, Antibodies:
A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988.
Například může být polypeptid imobilizován na pevném nosiči a může být kontaktován se sérem pacienta pro umožnění vazby protilátek v séru na imobilizovaný polypeptid. Nenavázané sérum může být potom odstraněno a navázané protilátky mohou být detekovány za použití, například, 12SI-značeného Proteinu A.
Příklady imunogenních částí antigenů podle předkládaného vynálezu zahrnují, například, stimulační epitopy pro T-lymfocyty uvedené v SEQ ID NO: 9, 10, 18, 19, 31, 39, 93-96, 100-102, 106, 108, 138-140, 158, 167, 168, 246, 247 a 254-256. Polypeptidy obsahující alespoň imunogenní část jednoho nebo více chlamydiových antigenů podle předkládaného vynálezu mohou být použity, samostatně nebo v kombinaci, pro detekci čhlamydiové infekce u pacienta.
Prostředky a způsoby podle předkládaného vynálezu mohou také obsahovat varianty výše uvedených polypeptidových a polynukleotidových molekul. Takové varianty zahrnují, například, přirozené alelové varianty sekvencí podle předkládaného vynálezu. Konkrétně, varianty zahrnují jiné serovary Chlamydií, jako jsou serovary D, E a F, stejně jako několik LGV serovarů, které vykazují homologii s polypeptidovými a polynukleotidovými molekulami podle předkládaného vynálezu. Výhodně mají serovarové homology 95-99% homologii s příslušnými polypeptidovými sekvencemi podle předkládaného vynálezu.
Termín varianta polypeptidu, jak je zde použit, označuje pólypeptid, který se liší od uvedeného polypeptidu pouze v jedné konzervativní substituci a/nebo modifikaci, takže jsou zachovány antigenní vlastnosti polypeptidu. Ve výhodném provedení se varianta polypeptidu liší od identifikované sekvence substitucí, delecí nebo adicí pěti nebo méně aminokyselin. Takové varianty mohou být obecně identifikovány modifikací jedné z výše uvedených polypeptidových sekvencí a hodnocením antigenních vlastností modifikovaného polypeptidu za použití například, zde popsaných způsobů. Jinými slovy, schopnost varianty reagovat s antisérem specifickým pro antigen může být zvýšena nebo nezměněna ve srovnání s přirozeným proteinem, nebo může být snížena o méně než 50% a výhodně o méně než 20% ve srovnání s přirozeným proteinem. Takové varianty mohou být obecně identifikovány modifikací jedné z výše uvedených polypeptidových sekvencí a hodnocením reaktivity modifikovaného polypeptidu s protilátkami nebo antisérem specifickým pro antigen, jak je zde popsáno. Výhodnými variantami jsou ty, ve kterých je odstraněna jedna nebo více částí, jako například N-koncová vedoucí sekvence nebo transmembránová doména. Dalšími výhodnými variantami jsou ty, ve kterých byla z N- a/nebo .:.3<
C-konce zralého proteinu odstraněna malá část (například 1-30,. aminokyselin, lépe 5-15 aminokyselin).
Konzervativní substituce je taková, při které je aminokyselina substituována za jinou aminokyselinu, která má podobné vlastnosti, takže se předpokládá, žé sekundární struktura a hydropatický charakter polypeptidu zůstane v podstatě nezměněn. Aminokyselinové substituce mohou být provedeny na základě podobnosti v polaritě, náboji, rozpustnosti, hydrofobnosti, hydrofilnosti a/nebo amfipatického charakteru zbytků. Například, mezi aminokyseliny s negativním nábojem patří kyselina glutamová a kyselina asparagová; mezi aminokyseliny s pozitivním nábojem patří lysin a arginin; a mezi aminokyseliny s nepolárními skupinami mající podobné hodnoty hydrofnosti patří leucin, isoleucin a valin; glycin a alanin; asparagin a glutamin; a serin, threonin, fenylalanin a tyrosin. Jiné skupiny aminokyselin, které mohou představovat konzervativní změny, jsou: (1) ala, pro, gly, glu, asp, gin, asn, ser, thr; (2) cys, ser, tyr, thr; (3) val, ile, leu, met, ala, phe; (4) lys, arg, his; a (5) phe, tyr, trp, his. Varianta může také, nebo alternativně, obsahovat nekonzervativní změny. Ve výhodném provedení se varianta polypeptidu liší od přirozené sekvence substitucí, delecí nebo adicí pěti nebo méně aminokyselin. Varianty mohou být také (nebo alternativně) modifikovány například delecí nebo adicí aminokyselin, které mají minimální vliv na imunogenicitu, sekundární strukturu a hydropatický charakter polypeptidu. Varianty mohou také (nebo alternativně) obsahovat další modifikace, včetně delecí nebo adicí aminokyselin, které mají minimální vliv na imunogenicitu, sekundární strukturu a hydropatický charakter polypeptidu. Například může být polypeptid konjugován na signální (nebo vedoucíú sekvenci na N-konci proteinu, kde tato sekvence ko-translačně nebo post-translačně řídí transport proteinu. Polypeptid může být také konjugován na spojovací nebo jinou sekvenci pro usnadnění syntézy, přečištění nebo identifikace polypeptidu (například na poly-His) nebo pro zvýšení vazby polypeptidu na pevný nosič. Například může být polypeptid konjugován na Fc region imunoglobulinu.
Varianta polynukleotidu je sekvence, která se liší od uvedené nukleotidové sekvence v tom, že obsahuje jednu nebo více nukleotidových delecí, substitucí nebo adicí takových, že imunogenicita kódovaného polypeptidu není snížena, ve srovnání s přirozeným proteinem. Vliv na imunogenicitu kódovaného polypeptidu může být hodnocen způsobem, který je zde popsán. Takové modifikace mohou být snadno připraveny za použití standardních technik pro mutagenesi, jako je oligonukleotidy řízená místně specifická mutagenbese (viz, například, Adelman et al., DNA 2: 183, 1983). Nukleotidové varianty mohou být přirozené alelické varianty nebo přirozeně se nevyskytující varianty. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu také zahrnují varianty, které jsou kódované polynukleotidovými sekvencemi, které jsou v podstatě homologní s jednou nebo více uvedenými polynukleotidovými sekvencemi. Termín v podstatě homologní znamená, že polynukleotidové sekvence jsou schopné hybridizovat za středně přísných podmínek. Vhodné středně přísné podmínky jsou předpromytí v roztoku 5xSSC, 0,5%
SDS, 1,0 mM EDTA (pH 8); hybridizace při 50 °C - 65 °C, 5 x SSC přes noc, nebo v případě mezidruhové homologie, při 45 ° C s 0,5 x SSC; a potom promývání dvakrát po dobu 20 minut při 65 °C ve 2x, 0,5x a 0,2xSC obsahujícím 0,1% SDS. Takové hybridizující polynukleotidové sekvence také spadají do rozsahu předkládaného vynálezu, stejně jako nukleotidové sekvence, které v důsledku degenerace genetického kódu kódují polypeptid, který je stejný jako polypeptid podle předkládaného vynálezu.
Dvě nukleotidové nebo polypeptidové sekvence jsou identické, pokud je sekvence nukleotidů nebo aminokyselinových zbytků ve dvou sekvencích stejná, pokud jsou tyto sekvence přiřazeny tak, aby si maximálně odpovídaly. Srovnání dvou sekvencí je obvykle provedeno ve srovnávacím oknu za účelem identifikace a srovnání lokálních regionů podobnosti sekvence. Termín srovnávací okno, jak je zde použit, označuje segment alespoň 20 následujících pozic, obvykle 35 až 75 nebo 40 až 50, ve kterých může být sekvece srovnávána s referenční sekvencí o stejném počtu pozic po optimálním přiřazení dvou sekvencí.
Optimální přiřazení dvou sekvencí pro srovnání může být provedeno, například, za použití Megalign programu v Lasergene bioinformatickém softwaru (DNASTAR, lne., Madison, WI) , za použit chybových parametrů. Tento program provádí několik schémat přiřazení, které jsou popsány v následujících odkazech: Dayhoff, M.O. (1978) A model of evolutionar change in proteins - Matrices for detecting distant relationships, v Dayhoff, M.O. (ed.) Atlas of Protein Sequence and Structure, national Biomedical Research Foundation, Washington D.C., svazek 5, Suppl. 3, str. 345-358; Hein J. (1990) Unified Approach to Alignment and Phylogenes, str. 626-645, Methods in Enzymology svazek 183, Academie Press, lne., San Diego, CA; Higgins, D.G. and Sharp, P.M., (1989), Fast and sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer CABIOS 5: 151153; Myers, E.W. and Muller, W. (1988), Optimal alignments in linear space CABIOS, 4: 11-17; Robinson, E.D. (1971) Comb. theor. 11: 105; Santou, N., Nes, M. (1987), The neighbor joining method. A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4: 406-425; Sneatht, P.H.A. and Sokal, R.R. (1973), Numerical Taxonomy - the Principles and Practise of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisko, CA; Wilbur, W.J., and Lipman, D.J., 1983, Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks, Proč. Nati. Acad. Sci. USA 80: 726-730.
Alternativně může být optimální seřazení sekvencí pro srovnání ·· 9999 » · · ·9
9 provedeno za použití algoritmu lokální identity podle Smitha a Watermana (1981) Add. APL Math. 2:482, algoritmu identity seřazení (Needleman and Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48: 443, vyhledávání podobnosti za použití způsobů dle Pearsona a Lipmana (1988) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 85: 2444, počítačových programů využívajících těchto algoritmů (GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA a TFASTA ve Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, WI), nebo prohlížením.
Jedním ilustrativní příkladem algoritmů, které jsou vhodné pro stanovení procenta identity sekvence a podobnosti sekvence jsou BLAST a BLAST 2.0 algoritmy, které jsou popsány v ALtschul et al., (1977) Nuc. Acids Res. 25: 3389-3402; a Altschul et al., (1990) J.
Mol. Biol. 215: 403-410, v příslušném pořadí. BLAST a BLAST 2.0 mohou být použity, například se zde uvedenými parametry, pro stanovení procenta identity sekvence pro polynukleotidy a polypeptidy podle předkládaného vynálezu. Software pro BLAST analýzu je veřejně dostupný přes National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). V jednom ilustrativním případu mohou být kumulativní skóre vypočtena za použit - pro nukleotidové sekvence - parametru M (reward skoré pro párování odpovídajících zbytků; vždy >0) a N (penále za chybně spárované zbytky; vždy < 0) . Pro aminokyselinové sekvence může být skórovací matrice použita pro výpočet kumulativního skóre. Prodlužování výrazů v každém směru se zastaví, když: kumulativní skóre poklesne na 0 nebo méně, v důsledku akumulace jednoho nebo více přiřazení zbytků s negativním skóre; nebo po dosažení konce sekvence. Parametry BLAST algoritmu W, T a X určují sensitivitu a rychlost přiřazení. BLASTN program (pro nukleotidové sekvence) používá jako chybu délku výrazu (W) =11, a předpoklad (E) = 10, a
BLOSUM62 skórovací matrici (viz Henikoff and Henikoff (1989) Proč. Nati. Acad. Sci USA 89: 10915), (B) = 50, předpoklad (E) = 10,
M = 5, N = 4 a srovnání obou řetězců.
·· ·*··
4* * * · Μ
4 4 4
4 · •4 44«· .J..33 ··· ···
Výhodně je procento identity sekvencí určeno srovnáním dvou optimálně přiřazených sekvencí ve srovnávacím okénku velikosti alespoň 20 pozic, kde část polynukleotidové nebo polypeptidové sekvence v okénku může obsahovat adice nebo delece (t.j. mezery) z 20% nebo méně, obvykle z 5 až 15%, nebo 10 až T2%, vzhledem k referenční sekvenci (která neobsahuje adice ani delece). Procento identity může být vypočteno určením počtu pozic, ve kterých se vyskytují identické baze nebo aminokyseliny v obou sekvencích za zisku počtu odpovídajících pozic, dělením počtu odpovídajících pozic celkovým počtem pozic v referenční sekvenci (t.j. velikostí okna) a násobením výsledku 100 za zisku procenta identity sekvencí.
Proto předkládaný vynález zahrnuje polynukleotidové a polypeptidové sekvence mající významnou identitu se sekvencemi podle předkládaného vynálezu, například ty sekvence, které mají alespoň 50% nebo vyšší identitu sekvence, výhodně alespoň 55%,
60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% nebo 99% nebo vyšší identitu sekvence ve srovnání s polynukleotidovými nebo polypeptidovými sekvencemi podle předkládaného vynálezu, při použití zde popsaných způsobů (například BLAST analýzy za použití standardních parametrů, jak jsou popsány dále). Odborníkům v oboru bude jasné, že tyto hodnoty mohou být vhodným způsobem upraveny pro určení identity proteinů kódovaných dvěma polynukleotidovými sekvencemi, když se bere v úvahu degenerace kodonů, podobnost aminokyselin, pozice čtecího rámce a podobně.
V dalších provedeních předkládaný vynález' poskytuje izolované polynukleotidy nebo polypeptidy obsahující různě dlouhé kontinuální řetězce sekvence identické k nebo komplementární k jedné nebo více sekvencím podle předkládaného vynálezu. Například mohou polynukleotidy a polypeptidy podle předkládaného vynálezu • · »
* • · ««· • · • 1
obsahovat alespoň 15, 20, 30, 40, 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400
500 nebo 1000 nebo více sousedních nukleotidů jedné nebo více popsaných sekvencí, stejně jako všechny délky v uvedeném rozmezí. Je třeba si uvědomit, že mezi tyto délky patří 16, 17, 18, 19 atd.; 21, 22, 23, atd.; 30, 31, 32 atd.; 50, 51, 52, 53 atd.; 100
101, 102, 103 atd.; 150, 151, 152, 153 atd.; včetně celých čísel mezi 200-500, 500-1000 a podobně.
Polynukleotidy podle předkládaného vynálezu, nebo jejich fragmenty, bez ohledu na délku kódující sekvence samotné, mohou být kombinovány s jinými DNA sekvencemi, jako jsou promotory, pólyadenylační signály, další místa pro restrikční enzymy, klonovací místa, jiné kódující segmenty, a podobně, takže jejich celková délka může být velmi různá. Proto se předpokládá, že mohou být použity fragmenty nukleových kyselin téměř jakékoliv délky, kde celková délka je výhodně limitována snadností přípravy a použitím v daném rekombinantním DNA protokolu. Například DNA segmenty délky přibližně 10000, přibližně 5000, přibližně 3000, přibližně 2000, přibližně 1000, přibližně 500, přibližně 200, přibližně 100, přibližně 50 párů baží, a podobně (včetně délekm v uvedeném rozmezí) se považují za segmenty použitelné v mnoha aspektech předkládaného vynálezu.
Předkládaný vynález dále zahrnuje alely genů kódující popsané nukleotidové sekvence. Termín alela nebo alelická sekvence označuje alternativní formu genu, která může vzniknout alespoň jednou mutací sekvence nukleové kyseliny. Alely mohou vést ke vzniku pozměněných mRNA nebo polypeptidů, jejichž struktura nebo funkce nemusí být pozměněna. Jakýkoliv daný gen může, ale nemusí, mít alelické formy. Mezi běžné změny, které způsobují vznik alel, patří přirozené delece, adice nebo substituce nukleotidů. Každá taková změna se může vyskytovat samostatně nebo v kombinaci, jedou nebo vícekrát v dané sekvenci. Ve specifických provedeních
• · popisuje vynález polypeptidy obsahující alespoň imunogenní část chlamydiového antigenu (nebo varianty takového antigenu), která obsahuje jednu nebo více aminokyselinových sekvencí kódovaných (a) polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 1-4, 15, 21-25, 44-64, 66-76 a 79-88; (b) sekvence komplementární k takovým sekvencím; nebo (c) DNA sekvence v podstatě homologní k sekvencím (a) nebo (b) . Jak je popsáno dále v příkladech, několik chlamydiových antigenů podle předkládaného vynálezu je rozpoznáváno T-lymfocytárními liniemi, které rozpoznávají dendritické buňky odvozené od monocytů infikované jak Chlamydia trachomatis, tak Chlamydia pneumoniae, což naznačuje, že se může jednat o antigeny představující imunoreaktivní epitopy vlastní jak Chlamydia trachomatis, tak Chlamydia pneumoniae. Tyto antigeny mohou být tedy využity ve vakcíně jak proti infekcím genitálního traktu C. trachomatis, tak proti infekcím C. pneumoniae. Další charakterizace těchto chlamydiových antigenů od Chlamydia trachomatis a Chlamydia pneumoniae pro určení rozsahu zkřížené reaktivity je uvedena v příkladu 6. Dále, příklad 4 popisuje cDNA fragmenty (SEQ ID NO: 15, 16 a 33) izolované od C. trachomatis, které kódují proteiny (SEQ ID NO: 17-19 a 32), které stimulují myší CD8+ T-lymfocytární linie specifické pro Chlamydie.
Obecně, chlamydiové antigeny a polynukleotidové sekvence kódující takové antigeny mohou být připraveny mnoha technikami. Například, polynukleotidové molekuly kódující chlamydiové antigeny mohou být izolovány z chlamydiové genomové nebo cDNA expresní knihovny pomocí skríningu T-lymfocytární linií specifickou pro Chlamydie, jak je popsán dále, a tyto molekuly mohou být sekvencovány za použití technik známých odborníkům v oboru. Dále může být polynukleotid identifikován, jak je podrobněji popsáno dále, skríningem mikročipů cDNA na expresi asociovanou s Chlamydiemi (t.j. na expresi, která je alespoň dvakrát vyšší v buňkách infikovaných Chlamidiemi než v kontrolních buňkách, jak
4.Í se určí representativním testem, který je zde popsán) . Taková vyšetření mohou být provedena za použití Synteni mikrosestav (Palo Alto, CA) podle návodu výrobce (a v podstatě tak, jak je popsáno v Schena et al., Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 93: 10614-10619,
1996, a Heller et al., Proč. Nati. Acad. Sci. USA , 94:
2150-2155, 1997) . Alternativně mohou být polynukleotidy amplifikovány z cDNA připravené z buněk exprimujících zde popsané proteiny. Takové polynukleotidy mohou být amplifikovány polymerasovou řetězovou reakcí (PCR). V tomto způsobu mohou být primery specifické pro sekvenci navrženy podle zde uvedených sekvencí a mohou být zakoupeny nebo syntetizovány.
Antigeny mohou být produkovány rekombinantně, jak je popsáno dále, insercí polynukleotidové sekvence kódující antigen do expresního vektoru a expresí antigenu ve vhodném hostitely. Antigeny mohou být hodnoceny požadované vlastnosti, jako je schopnost reagovat se sérem získaným od jedinců infikovaných Chlamydiemi, jak je zde popsáno, a mohou být sekvencovány za použití, například, tradičních Edmanových čindel. Viz Edman and Berg, Eur. J. Biochem. 80: 116-132, 1967.
Polynukleotidové sekvence kódující antigeny mohou být také získány vyšetřováním vhodných chlamydiových cDNA nebo genomových DNA knihoven na polynukleotidové sekvence, které hybridizují na degenerované oligonukleotidy odvozené z částečných aminokyselinových sekvencí izolovaných antigenů. Degenerované oligonukleotidové sekvence pro použití v takových vyšetřeních mohou být navrženy a syntetizovány a vyšetřování může být provedeno, například, způsobem popsaným v Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY, (a odkazech zde citovaných), polymerasová řetězová reakce (PCR) může být také použita, za použití výše uvedených oligonukleotidů v metodách dobře známých v oboru, pro izolaci nukleokyselinových sond z cDNA nebo genomové knihovny. Vyšetřování knihovny může být potom provedeno za použití izolované sondy.
Amplifikovaná část může být použita pro izolaci kompletního genu z vhodné knihovny (například knihovny Chlamydiové cDNA) za použití dobře známých technik. V takových postupech je knihovna (cDNA nebo genomová) vyšetřována za použití jedné nebo více polynukleotidových sond nebo primerů vhodných pro amplifikaci. Výhodně zahrnuje knihovna větší molekuly. Náhodně sondované knihovny mohou být také výhodě pro identifikaci 5'.
a předcházejících regionů genů. Genomové knihovny jsou výhodné pro získání intronů a 5' přesahujících sekvencí.
Pro hybridizační techniky může být částečná sekvence značená (například nick-translací nebo na konci 32P) za použití dobře známých technik. Bakteriální nebo bakteriofágová knihovna se potom vyšetřuje hybridizací filtrů obsahujícími denaturované bakteriální kolonie (nebo deskách obsahujících plaky fágů) pomocí značené sondy (viz Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY, 1989). Hybridizující kolonie nebo plaky se selektují a expandují a DNA se z nich izoluje pro další analýzu. cDNA klony mohou být analyzovány pro určení množství dalších sekvencí například pomocí PCR za použití primeru z částečné sekvence a primeru z vektoru.
Pro identifikaci jednoho nebo více překrývajících se klonů mohou být připraveny restrikční mapy. Kompletní sekvence může být potom určena pomocí standardních technik, které mohou zahrnovat tvorbu serie delečních klonů. Získané překrývající se sekvence se potom sestaví do jedné kontinuální sekvence. Kompletní cDNA molekula může být připravena ligaci vhodných fragmentů, za použití dobře známých technik.
Alternativně, existuje mnoho amplifikačních technik pro získání kompletní kóduj icí sekvence z částečné cDNA sekvence. V takových technikách se amplifikace obvykle provádí pomocí PCR. Pro provedení amplifikace může být použit jakýkoliv z mnoha komerčně dostupných kitů. Primery mohou být navrženy, například, za použití technik známých v oborů (viz například Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51: 263, 1987; Erlich ed., PCR Technology, Stocton Press, NY, 1989) a může být použit software dobře známý v oboru. Primery mají výhodně délku 22-30 nukleotidů, obsah GC alespoň 50% a tepelně se váží na cílovou sekvenci při teplotě přibližně 68 °C až 72 °C. Amplifikovaný region může být sekvencován způsobem popsaným výše a překrývající se sekvence mohou být sestaveny do kontinuální sekvence.
Jednou takovou amplifikační technikou je inverzní PCR (viz Triglia et al., Nucl. Acids Res. 16:8186, 1988), která využívá restrikčních enzymů pró generování fragmentu ve známém regionu genu. Fragment se potom cirkularizuje intramolekulovou ligací a použije se jako templát pro PCR s divergentními primery odvozenými od známého regionu genu. V alternativním postupu může být sekvence sousedící s částečnou sekvencí získána amplifikací s primerem pro spojovací sekvenci a s primerem specifickým pro známý region. Amplifikované sekvence jsou obvykle zpracovány ve druhém kole amplifikace se stejným spojovacím primerem a s druhým primerem specifickým pro známý region. Variace tohoto postupu, která využívá dva primery, které iniciují prodloužení v opačných směrech ze známé sekvence, je popsána ve WO 96/38591. Další technikou je záchytná PCR (Lagerstrom et al., PCR Methods Applic., 1: 111-19, 1991); a procházecí PCR (Parker et al., Nucl. Acids. Res. 19: 3055-60, 1991). Transkripcí-zprostředkovaná amplifikace, neboli TMA, je další metodou, která může být použita pro amplifikací DNA, rRNA nebo mRNA, a je popsáno v patentu č. PCT/US91/03184. Tato autokatalytická a isotermická metoda
4*4· • *' nezávislá na PCR využívá dva primery a dva enzymy: RNA polymerasu ra reverzní transkriptasu. Jeden primer obsahuje promotorovou sekvenci pro RNA polymerasu. V první amplifikaci promotor-primer hybridizuje na cílovou rRNA v definovaném místě. Reverzní transkriptasa vytváří DNA kopii cílové rRNA prodloužením z 3' konce promotoru-primeru. RNA ve 'vzniklém komplexu se degraduje a druhý primer se naváže na DNA kopii. Nový řetězec DNA se syntetizuje z konce primeru reverzní transkriptasou vytvářející dvouřetězcovou DNA. RNA polymerasa rozpoznává promotorovou sekvenci v DNA templátu a iniciuje transkripci. Každý nově syntetizovaný RNA amplikon znovu vstupuje do TMA procesu a slouží jako templát pro nové kolo replikace vedoucí k exponenciálnímu ^namnožení RNA amplikonu. Další metody využívající amplifikace mohou být také použity pro získání kompletní cDNA sekvence.
V některých případech je možno získat kompletní cDNA sekvenci analýzou sekvence uvedené v datábázy exprimovaných koncovek sekvencí (EST), která je dostupná od GenBank. Vyhledávání přěkrývaj ících se EST může být provedeno pomocí známých programů (například NCBI BLAST prohledávání) a takové EST mohou být použity pro generování kontinuální kompletní sekvence. Kompletní cDNA sekvence mohou být získány také analýzou genomových fragmentů.
Varianty polynukleotidů mohou být připraveny jakoukoliv metodou známou v oboru, včetně chemické syntézy, napříkad včetně fosforoamiditové syntézy na pevné fázi. Modifikace polynukleotidové sekvence mohou být také připraveny standardními technikami mutagenese, jako je oligonukleotidy řízená místně cílená mutagenese (viz Adelman et al., DNA 2: 183, 1983) . Alternativně mohou být RNA molekuly generovány in vitro nebo in vivo transkripcí DNA sekvencí kódujících chlamydiový protein, nebo jeho část, s podmínkou, že DNA je inkorporována do vektoru s vhodným RNA polymerasovým promotorem (jako je T7 nebo SP6) .
4*5
9999
Některé části mohou být použity pro přípravu kódovaného polypeptidu, jak je zde popsáno. Dále nebo alternativně může být část podána pacientovi tak, že kódovaný polypeptid je generován in vivo (například pomocí transfekce buněk prezentujících antigen, jako jsou dendritické buňky, cDNA konstruktem kódujícím chlamydiový polypeptid, a podáním transfěktovaných buněk pacientovi).
Část sekvence komplementární ke kódující sekvenci (t.j. protismyslný polynukleotid) může být také použita jako sonda nebo pro modulování genové exprese. cDNA konstrukty, které mohou být transkribovány do protismyslné RNA, mohou být také vloženy do buněk nebo tkání pro usnadnění produkce protismyslné RNA. Protismyslný polynukleotid může být použit, jak je zde popsáno, pro inhibici exprese chlamydiového proteinu. Protismyslná technologie může být použita pro kontrolu .genové exprese prostřednictvím tvorby trojšroubovice, ktěrá narušuje schopnost dostatečného otevření dvoušroubovíce pro umožnění vazby polymeras, transkripčních faktorů nebo regulačních molekul (viz Gee et al., v Huber and Carr, Molecular and Immunologic Approaches, Futura Publishing Co. (Mt. Kisko, NY; 1994). Alternativně může být protismyslná molekula navržena tak, aby hybridizovala na kontrolní region genu (například na promotor, zesilovač transkripce nebo transkripční iniciační místo) a blokovala transkripci genu; nebo aby blokovala translaci inhibici vazby transkřiptu na ribozomy.
Část kódující sekvence, nebo komplementární sekvence, může být také použita jako sonda nebo primer pro detekci exprese genu.
Sondy mohou být značeny různými reportérovými skupinami, jako jsou radionuklidy nebo enzymy, a mají výhodně délku alespoň 10 nukleotidů, lépe alespoň 20 nukleotidů a ještě lépe alespoň 30 nukleotidů. Primery mají, jak bylo uvedeno výše, délku výhodně 22-30 nukleotidů.
4·&
| • ·»·· · • · | • • · • | • • · • | • · '·· • * · • * * |
| • | « | • ' | • · · |
| • · · | ·· · | ··· | • fr · · · · |
Jakýkoliv polynukleotid může být dále modifikován pro zvýšení stability in vivo. Možnými modifikacemi jsou, například, přidání sousedních sekvencí na 5’ a/nebo 3' konce; použití fosforothioatových nebo 2' O-methylových vazeb místo fosfodiesterasových vazeb ve skeletu; a/nebo použití netradičních baží, jako je inosin, quenosin a wybutosin, stejně jako acetyl-, methyl-thio- a jiné modifikované formy adeninu, cytidinu, guaninu, thymidinu a uridinu.
Nukleotidové sekvence, jak jsou zde popsány, mohou být navázány na různé další nukleotidové sekvence za použití zavedených technik rekombinantní DNA. Například může být polynukleotid klonován do různých klonovacích vektorů, včetně plasmidů, fágemidů, derivátů fágu lambda a kosmidů. Zejména výhodné jsou expresní vektory, replikační vektory, vektory pro generování sond a sekvencovací vektory. Vektor obvykle obsahuje sekvenci rozpoznávající počátek replikace funkční v alespoň jednom organismu, běžná'místa pro restrikční endonukleasy a jeden nebo více selektovatelných markérů. Další prvky závisí na zamýšleném použití a jsou zřejmé odborníkům v oboru.
Syntetické polypeptidy mající méně než přibližně 100 aminokyselin, a obecně méně než přibližně 50 aminokyselin, mohou být také připraveny za použití technik dobře známých odborníkům v oboru. Například mohou být takové polypeptidy syntetizovány za použití jakékoliv komerčně dostupné techniky syntézy na pevné fázi, jako je Merrifieldova technika syntézy na pevné fázi, ve které jsou aminokyseliny postupně přidávány k rostoucímu aminokyselinovému řetězci. Viz Merrifield, J. Am. Chem. Soc. 85: 2149-2146, 1963. Vybavení pro automatickou syntézu polypeptidů je komerčně dostupné od dodavatelů jako jsou Applied Biosystems, lne. (Foster City, CA) a může být použito podle návodu výrobce.
• 4 444«
4#·«
Jak bylo uvedeno výše, imunogenní části chlamydiových antigenů mohou být připraveny a identifikovány za použití dobře známých technik, jako jsou techniky uvedené v Paul, Fundamental Immunology, 3. vydání, 243-247 (Raven Press, 1993) a odkazech zde citovaných. Mezi takové techniky patří vyšetřování polypeptidových částí přirozeného antigenů na imunogenní vlastnosti. V těchto vyšetřováních mohou být použity ELISA testy, které jsou zde popsány. Imunogenní část polypeptidu je část, která v takových testech generuje signál, který je v podstatě stejný jakosignál generovaný kompletním antigenem. Jinými slovy, imunogenní část chlamydiového antigenů generuje alespoň přibližně 20% a výhodně alespoň 100% signál ve srovnání se signálem indukovaným kompletním antigenem v modelovém ELISA testu, jak je zde popsán.
Části a jiné varianty chlamydiových antigenů mohou být připraveny synteticky nebo rekombinantně. Varianty přirozeného antigenů mohou být připraveny za použití standardních technik mutagenese, jako je oligonukleotidy řízená místně cílená mutagenese. Pro přípravu zkrácených polypeptidů mohou být také za použití standardních technik odstraněny části polynukleotidové sekvence.
Rekombinantní polypeptidy obsahuj ící části a/nebo varianty přirozeného antigenů mohou být snadno připraveny z polynukleotidové sekvence kódující polypeptid za použití mnoha technik známých odborníkům v oboru. Například, supernatanty z vhodných systémů hostitel/vektor, které secernují rekombinantní protein nebo polypeptid do kultivačního media, mohou být nejprve koncentrovány za použití komerčně dostupného filtru. Po koncentrování může být koncentrát aplikován na vhodnou přečišúovací matrici, jako je afinitní matrice nebo iontoměničová pryskyřice. Pro další přečištění rekombinantního polypeptidu může být nakonec použito jednoho nebo více stupňů HPLC s reverzní fází.
4F
| • · ·· · * * • · | • • · * | • · | ·· ·· • * * |
| • • · · | • ·· · | • · · | • * * • · · · · |
Jakýkoliv z mnoha expresních vektorů známých v oboru může být použit pro expresi rekombinantních polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Exprese může být provedena v jakýchkoliv vhodných hostitelských buňkách, které mohou být transformovány nebo transfektovány expresním vektorem obsahujícím polynukleotidovou molekulu kódující rekombinantní polypeptid. Vhodnými hostitelskými buňkami jsou prokaryotické buňky, kvasinky a vyšší eukaryotické buňky. Výhodně jsou použitými hostitelskými buňkami E. coli, kvasinky nebo savčí buněčné linie jako je COS nebo CHO. DNA sekvence exprimované tímto způsobem mohou kódovat přirozené antigeny, části přirozených antigenů nebo jejich varianty.
Obecně, bez ohledu na způsob přípravy, jsou polypeptidy podle předkládaného vynálezu připraveny v izolované, v podstatě čisté formě. Výhodně mají polypeptidy alespoň 80% čistotu, lépe alespoň 90% čistotu a nejlépe alespoň 99% čistotu.
V některých specifických provedeních může být polypeptid fúzní protein, který obsahuje více polypeptidů, jak jsou zde popsány, nebo který obsahuje alespoň jeden, zde popsaný polypeptid a nepříbuznou sekvenci, jako je známý chlamydiový protein. Fúzní partner může, například, napomáhat v poskytnutí epitopů pro T-pomocné lymfocyty (pak se jedná o imunologický fúzní partner), výhodně epitopy pro T-pomocné lymfocyty rozpoznávané člověkem, nebo může napomáhat při expresi proteinu (pak se jedná o zesilovač exprese) a vést k zisku většího výtěžku přirozeného rekombinantního proteinu. Některé výhodné fúzní partnery jsou.jak imunologickými fúzními partnery, tak fúzními partnery zesilujícími expresi. Další fúzní partnery mohou být vybrány tak, aby zvyšovaly rozpustnost proteinu nebo aby umožňovaly cílený přesun proteinu do vybraných intracelulárních kompartmentů. Ještě dalšími fúzními partnery jsou afinitní koncovky, které usnadňují přečištění proteinu. DNA sekvence kódující fúzní protein podle předkládaného vynálezu mohou být připraveny za použití známých technik rekombinantní DNA pro sestavení samostatných DNA sekvencí kódujících, například, první a druhé polypeptidy, do vhodného expresního vektoru. 3' konec DNA sekvence kódující první polypeptid je ligován, s nebo bez peptidové spojovací sekvence, na 5' konec DNA sekvence kódující druhý polypeptid tak, že čtecí rámce sekvencí jsou ve fázi, což umožňuje mRNA translaci dvou DNA sekvencí do jediného fúzního proteinu, který si zachovává biologickou aktivitu obou polypeptidových složek.
Peptidová spojovací sekvence může být použita pro separování první a druhé polypeptidové složky takovou vzdáleností, že každý polypeptid se skládá do svých správných sekundárních a terciárních struktur. Taková peptidová spojovací sekvence je inkorporována do fúzního proteinu za použití standardních technik, které jsou dobře známé v oboru. Vhodné peptidové spojovací sekvence mohou být vybrány podle následujících vlastností: (1) jejich schopnosti přijímat flexibilní konformaci; (2) jejich neschopnosti přijímat takovou sekundární strukturu, která by mohla interagovat s funkčními epitopy na prvním a druhém polypeptidu; a (3) chybění hydrofobních nebo nabitých zbytků, které by mohly reagovat s funkčními epitopy polypeptidu. Výhodné peptidové spojovací sekvence obsahují Gly, Asn a Ser zbytky. Ve spojovacích sekvencích mohou být také použity další téměř neutrální aminokyseliny, jako je Thr a Ala. Mezi aminokyselinové sekvence, které mohou být použity jako spojovací sekvence, patří ty, které jsou popsány v Maratea et al., Gene, 40: 39-46, 1985; Murphy et al., Proč.
Nati. Acad. Sci. USA, 83: 8258-8262; US patent č. 4935233 a US patent č. 4751180. Spojovací sekvence mohou mít délku od 1 do přibližně 50 aminokyselin. Alternativně k peptidovým spojovacím sekvencím (pokud je to žádoucí) je možno využít neesenciálních N-koncových aminokyselinových regionů (když jsou přítomny) na
| • ···· 4 4 · | 4 * • | 4 -44 | • 4 ·» > · • 4 |
| 4 | 4 | 4 4 4 | |
| 44 4 | 4 · · | 4 4 4 | 4 4 4 · 4 |
prvním a druhém polypeptidů pro separování funkčních domén a pro zabránění sterické interference.
Ligované DNA sekvence jsou operativně navázané na vhodné transkripční nebo translační regulační elementy. Regulační elementy odpovědné za expresi DNA jsou umístěny pouze 5' k DNA sekvenci kódující první polypeptid. Podobně, stop kodony nutné pro ukončení translace a transkripční terminační signály jsou přítomny pouze 3' k DNA sekvenci kódující druhý polypeptid.
Vynález také poskytuje fúzní proteiny, které obsahují .polypeptid podle předkládaného vynálezu společně s nepříbuzným imunogenním proteinem. Výhodně může imunogenní protein vyvolat recall odpověď. Příklady takových proteinů zahrnují proteiny tetanu, tuberkulosy a hepatitidy (viz například Stoute et al., New England J. Med.„336: 86-91, 1997).
Ve výhodných provedeních je imunologický fúzní partner odvozen od proteinu D, povrchového proteinu gram-negativní bakterie Haemophilus influenzae B (WO 91/18926). Výhodně obsahuje derivát proteinu D přibližně první třetinu proteinu (například prvních 100-110 aminokyselin) a derivát proteinu D může být lipidovaný. V některých výhodných provedeních je prvních 109 zbytků lipoproteinu D obsaženo na N-konci a tyto zbytky dodávají další exogenní T-lymfocytární epitop a zesilují expresi v E. coli (a tak účinkují jako zesilovače exprese). Lipidová koncovka zajišťuje optimální prezentaci antigenů buňkám prezentujícím antigen. Dalšími fúzními partnery jsou nestrukturální protein chřipkového viru, NS 1 (hemaglutinin) . Obvykle se použije N-koncových 81 aminokyselin, ačkoliv mohou být použity i jiné fragmenty obsahující epitopy pro T-helper lymfocyty.
V jiném provedení je imunologickým fúzním partnerem protein δ’ϊ** * známý jako LYTA nebo jeho část (výhodně C-koncová část) . LYTA je odvozen od Streptococcus pneumoniae, který syntetizuje N-acetyl-L-alanín amidasu známou jako amidasa LYTA (kódovanou LytA genem; Gene 43: 265-292, 1986). LYTA je autolysin, který specificky degraduje některé vazby v peptidoglykanovém skeletu. C-koncová doména LYTA proteinu je odpovědná za afinitu k cholinu nebo některým analogům cholinu, jako je DEAE. Tato vlastnost byla využita pro vývoj E. coli plasmidů exprimujících C-LYTA využitelných pro expresi fúzních proteinů. Přečištění hybridních proteinů obsahujících C-LYTA fragment na amino konci bylo popsáno (viz Biotechnology 10: 795-798, 1992). Ve výhodném provedení může fúzní protein obsahovat opakující se část LYTA. Opakující se část se v C-LYTA nachází v C-koncovém regionu od zbytku 178. Zejména výhodná opakující se část obsahuje zbytky 188-305.
V jiném provedení je polynukleotid Ral2 z Mycobacterium tuberculosis navázán na álespoň imunogenní část polynukleotidu podle předkládaného vynálezu. Prostředky obsahující Ral2 způsoby pro použití Ral2 pro zesílení exprese heterologních polynukleotidových sekvencí jsou popsány v US patentové přihlášce 60/158585, která je zde uvedena jako odkaz ve své úplnosti. Stručně, Ral2 označuje polynukleotidový region, který je subsekvencí nukleové kyseliny MTB32A Mycobacterium tuberculosis. MTB32A je serin proteasa molekulové hmotnosti 32 kD kódovaná genem ve virulentních a avirulentních kmenech M. tuberculosis. Nukleotidová sekvence MTB32A byly popsány (US patentová přihláška 60/158585; viz též Skeiky et al., Infection and Immun. (1999) 67: 3988-4007, zde uvedeno jako odkaz). V jednom provedení Ral2 polypeptid použitý při produkci fúzních polypeptidů obsahuje C-koncový fragment kódující sekvence MTB32A, který je účinný při zesílení exprese a/nebo imunogenicity heterologních chlamydiových antigenních polypeptidů, se kterými je fúzován. V jiném provedení odpovídá Ral2 polypeptid přibližně 14 kD C-koncovému fragmentu
52’ • · « ·
MTB3A obsahujícímu některé nebo všechny aminokyselinové zbytky MTB32A.
Rekombinantní nukleové kyseliny, které kódují fúzní polypeptid obsahující Ral2 polypeptid a daný heterologní chlamydiový polypeptid, mohou být snadno konstruovány běžnými technikami genového inženýrství. Rekombinantní nukleové kyseliny jsou konstruovány tak, že je sekvence Ral2 polynukleotidu umístěna 5' k vybrané heterologní chlamydiové polynukleotidové sekvenci. Může být také vhodné umístit Ral2 polynukleotidovou sekvenci 3 ’ na vybranou heterologní polynukleotidovou sekvenci nebo insertovat heterologní polynukleotidovou sekvenci do místa v Ral2 polynukleotidové sekvenci.
Dále, jakékoliv vhodné polynuklěotidy, které kódují Ral2 nebo jeho část nebo variantu, mohou být,použity pro konstrukci rekombinantních fúzních polynukleotidu obsahujících Ral2 a jeden nebo více zde popsaných chlamydiových polynukleotidů. Výhodné Ral2 polynuklěotidy obvykle obsahují alespoň přibližně 15 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 30 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 60 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 100 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 200 sousedních nukleotidů, nebo alespoň přibližně 300 sousedních nukleotidů, které kódují část Ral2 polypeptidu.
Ral2 polynuklěotidy mohou obsahovat přirozené sekvence (t.j. endogenní sekvence kódující Ral2 polypeptid nebo jeho část) , nebo mohou obsahovat variantu takové sekvence. Varianty Ral2 polynukleotidů mohou obsahovat jednu nebo více substitucí, deleci, adicí a/nebo insercí, které jsou takové, že biologická aktivita kódovaného fúzního polypeptidu není významně snížena, ve srovnání s fúzním polypeptidem obsahujícím přirozený Ral2 polypeptid. Varianty výhodně vykazuj i alespoň přibližně 90% identitu s polynukleotidovou sekvencí, která kóduje přirozený Ral2 polypeptid nebo j eho část.
V jiném aspektu poskytuje předkládaný vynález způsoby pro,' použití jednoho nebo více z výše uvedených polypeptidů nebo fúzních proteinů (nebo polynukleotidů kódujících takové polypeptidy nebo fúzní proteiny) pro indukci protektivní imunity proti chlamydiové infekci u pacienta. Termín pacient, jak je zde použit, označuje teplokrevného živočicha, výhodně člověka. Pacient může být postižený onemocněním, nebo nemusí mít detekovatelné onemocnění a/nebo infekci. Jinými slovy, protektivní imunita může být indukována pro prevenci nebo léčbu chlamydiové infekce.
V tomto aspektu je polypeptid, fúzní protein nebo polynukleotid obvykle přítomen ve farmaceutickém prostředku nebo vakcíně. Farmaceutické prostředky mohou obsahovat jeden nebo více polypeptidů, kde každý z nich může obsahovat jednu nebo více výše uvedených sekvencí (nebo jejich variant) a fyziologicky přijatelný nosič. Vakcíny mohou obsahovat jeden nebo více výše uvedených polypeptidů a imunostimulační činidlo, jako je adjuvans nebo liposom (do kterého je polypeptid inkorporován) . Takové farmaceutické prostředky a vakcíny mohou také obsahovat další chlamydiové antigeny, -buď zapracované do polypeptidů nebo přítomné jako samostatné polypeptidy.
Alternativně může vakcína obsahovat polynukleotid kódující jeden nebo více polypeptidů popsaných výše tak, že takový polypeptid je generován in šitu,. V takových vakcínách může být polynukleotid přítomen v jakémkoli z mnoha systému pro podání známých odborníkům v oboru, včetně systémů pro expresi nukleových kyselin, bakteriálních a virových expresních systémů. Vhodné systémy pro expresi nukleových kyselin obsahují polynukleotidové sekvence nutné pro expresi u pacienta (jako jsou vhodné promotory
| -4'4 | 4 ··· 4 · • 4' | 9 4 4 4 | 4 44 4 | . .4 4 a 4 | 44 ·- ♦ '« |
| * | 4 | 4 | • | 4 4' | |
| 5*4* | 4 ' · | »·· | 444 | ·· | 4444 |
a terminační signály). Bakteriální systémy vyžadují podání bakterie (jako je Bacillus Calmette-Gueriinové) , která exprimuje na svém povrchu imunogenní část polypeptidů. Ve výhodném provedení mohou být polynukleotidy vloženy pomocí virového expresního systému (například viru vakcinie nebo jiného pox viru, retroviru nebo adenoviru), což může vyžadovat použití nepatogenního (defektního) viru schopného replikace. Techniky pro inkorporaci polynukleotidů do takových expresních systémů jsou dobře známé odborníkům v oboru. Polynukleotidy mohou být také podány jako holé plasmidové vektory, jak je popsáno v, například, Ulmer et al., Science 259: 1745-1749, 1993 a přehled těchto technik je uveden v Cohen, Science 259: 1691-1692, 1993. Techniky pro inkorporaci DNA do takových vektorů jsou dobře známé odborníkům v oboru. Retrovirový vektor může dále přenášet nebo obsahovat gen pro selektovatelný markér (za účelem identifikace nebo selekce transformovaných buněk) a/nebo zaměřovači skupinu, jako je gen kódující ligand pro receptor na specifických cílových'buňkách, který udílý vektoru specificitu. Specificita vektoru může být také dosažena pomocí protilátky, za použití metod dobře známých odborníkům v oboru.
Dalšími prostředky pro terapeutické účely jsou koloidní disperzní systémy, jako jsou makromolekulové komplexy, nanokapsle, mikrosféry, korálky a systémy na bázi lipidů, včetně emulzí olej-ve-vodě, micel a směsných micel a liposomů. Výhodný koloidní systém pro použití jako přepravní vehikulum in vitro a in vivo jsou liposomy (t.j. artificiální membránové vesikuly). Vychytávání holé DNA může být zvýšeno potažením DNA na biodegradovatelné korálky, které jsou účinně transportovány do buněk.Příprava a použití takových systémů je dobře známá v oboru.
V souvisejícím aspektu může být polynukleotidové vakcína popsaná výše podána simultáně nebo sekvenčně s polypeptidem podle .'· · · · • ··' * • · ·
55*·* předkládaného vynálezu nebo se známým chlamydiovým antigenem. Například, po podání polynukleotidu kódujícího polypeptid podle předkládaného vynálezu může následovat podání antigenu za účelem zesílení protektivního účinku vakcíny.
Polypeptidy a polynukleotidy podle předkládaného vynálezu mohou být také použity v adoptivní imunoterapii pro léčbu chlamydiové infekce. Adoptivní imunoterapie může být obecně rozdělena na aktivní a pasivní imunoterapii. V aktivní imunoterapii spočívá léčba v in vivo stimulaci endogenního imunitního systému hostitele pomocí podání činidla modifikujícího imunitní reakci (například vakcín, bakteriální adjuvans a/nebo cytokinů).
V pasivní imunoterapii léčba spočívá v podání biologických činidel majících danou imunoreaktivitu (jako jsou efektorové buňky nebo protilátky), která mohou přímo nebo nepřímo zprostředkovat anti-Chlamydiové účinky a nejsou závislá nutně na intaktním imunitním systému hostitele. Příklady efektorových buněk jsou T-lymfocyty (například CD8+ cytotoxické T-lymfocyty a CD4 +
T-helper lymfocyty), zabiječi (jako jsou přirození zabiječi a zabiječi aktivovaní lymfokiny), B-lymfocyty a buňky prezentující antigen (jako jsou dendritické buňky a makrofágy) exprimující popsané antigeny. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být také použity pro generování protilátek nebo anti-idiotypových protilátek (jak je popsáno například v US patentu č. 4918164) pro pasivní imunoterapii.
Hlavní metodou pro produkci adekvátního počtu T-lymfocytů pro adoptivní imunoterapii je kultivace imunitních T-lymfocytů in vitro. Kultivační podmínky pro namnožení jediného T-lymfocytu specifického pro antigen na počet několika milionů za zachování rozpoznávání antigenu in vivo jsou dobře známé v oboru. Takové in vitro kultivační podmínky obvykle využívají intermitentní
| ·.· '···· • · · · .♦ | 9 9 9 • | • 99 | »· 99 '9 « » ;>· 9 ' 9 |
| 9 | 9 9 9' | ||
| 56··* ' | ··· | 999 | •9 9999 |
stimulace antigenem, často za přítomnosti cytokinů (jako je IL-2) a nedělících se podpůrných buněk. Jak bylo uvedeno výše, imunoreaktivní polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být použity pro rychlou expanzi kultur T-lymfocytů specifických pro antigen za účelem získání dostatečného počtu buněk pro imunoterapii. Konkrétně, buňky prezentující antigen, jako jsou dendritické buňky, makrofágy nebo B-lymfocyty, mohou být pulsovány imunoreaktivními polypeptidy nebo mohou být polynukleotidové sekvence vloženy do buněk prezentujících antigen, za použití standardních technik známých v oboru. Například mohou být buňky prezentující antigen transfektovány polynukleotidem, který obsahuje promotor vhodný pro zvýšení exprese v rekombinantním viru nebo v jiném expresním systému. Několik virových vektorů může být použito pro transfekci buněk prezentujících antigen, včetně pox viru, viru vakcinie a adenoviru; buňky prezentující antigen mohou být také transfektovány polynukleotidovými sekvencemi podle předkládaného vynálezu za použití různých technik, včetně techniky genového děla, přenosu zprostředkovaného lipidy, elektroporace, osmotického šoku a přenosu pomocí částic, kde tyto techniky vedou k účinné expresi v přijatelné úrovni, jak je určena odborníky v oboru. Kultivované T-lymfocyty pro použití v terapii musí být schopny růstu a distribuce a musí dlouhodobě přežívat in vivo. Studie prokázaly, že růstu a dlouhodobého přežívání kultivovaných T-lymfocytů může být in vivo dosaženo opakovanou stimulací antigenem společně s IL-2 (viz například Cheever, M. et al., Therapy with Cultured T Cells: Principles Revisited, Immunological Reviews 157: 177, 1997).
Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být také použity pro generování a/nebo izolování T-lymfocytů reaktivních s chlamydiemi, které mohou být potom podány pacientovi. V jedné technice mohou být T-lymfocytární linie,.specifické pro antigen generovány in vivo imunizací krátkými peptidy odpovídajícími
| 44 '4' 4 4 | 1« 4 4 4 • | • -4 · 4 | • 4 4 | 4 4.. 4 4 ·· '4 | 4· 4 • |
| • | 4 | 4 | • 4 | 4 | |
| *«·· | • | • 4 4 | .··· | • * | ···· |
imunogenním částím popsaných polypeptidů. Vzniklé CD8+ nebo CD4+ T-lymfocytární klony specifické pro antigen mohou být potom izolovány od pacienta, namnoženy za použití standardních technik tkáňové kultivace a navráceny pacientovi.
Alternativně mohou být peptidy odpovídající imunogenním částím polypeptidů použity pro přípravu T-lymfocytů reaktivních s Chlamydiemi pomocí selektivní stimulace in vitro a expanze autologních T-lymfocytů za zisku T-lymfocytů specifických pro antigen, které mohou být potom podány pacientovi, jak je popsáno, například, v Chang et al., {Crit. Rev. Oncol. Hematol. 22(3): 213 (1996)). Buňky imunitního systému, jako jsou T-lymfocyty, mohou ;být izolovány z periferní krve pacienta za použití komerčně dostupných systémů pro izolaci buněk, jako je Isolex™ Systém od Nexell Ťherapeutic, lne., Irvine, CA. Separované buňky mohou být stimulovány jedním nebo více polypeptidem obsaženým v transportním vehikulů, jako je mikrosféra, za zisku T-lymfocytů specifických pro antigen. Populace T-lymfocytů specifických pro antigen se potom expanduje za použití standardních technik a buňky se podají zpět pacientovi.
V jiném provedení mohou být T-lymfocyty a/nebo protilátkové receptory specifické pro antigen klonovány, expandovány a přeneseny do jiných vektorů nebo efektorových buněk pro použití v adoptivní imunoterapii. Konkrétně, T-lymfocyty mohou být transfektovány vhodnými geny tak, aby exprimovaly variabilní domény monoklonálních protilátek specifických pro chlamydie jako extracelulární rozpoznávací prvky, které mohou být navázány na signální řetězce receptoru T-lymfocytů, což vede k aktivaci T-lymfocytů, specifické lýze a uvolnění cytokinů. Toto umožňuje přesměrování specificity T-lymfocytů nezávisle na MHC. Viz například3Eshhar, Z., Cancer Immunol. Immunother. 45(3-4): 131-6; a Hwu, P. et al., Cancer Res. 55(15): 3369-73, 1995. Jiné
5V*· provedení využívá transfekci alfa a beta řetězců receptorů T-lymfocytů specifických pro antigen do jiných T-lymfocytů, jak je popsáno v Cole, D.J., et al., Cancer Res. 55(4): 748-52, 1995.
V dalším provedení mohou být syngenní nebo autologní dendritické buňky'pulsovány peptidy odpovídajícími alespoň imunogenní části polypeptidů podle předkládaného vynálezu.
Výsledné dendritické buňky specifické pro antigen mohou být bud' přeneseny do pacienta, nebo mohou být použity pro stimulaci T-lymfocytů za účelem přípravy T-lymfocytů specifických pro antigen, které mohou být potom podány pacientovi. Použití peptidem pulsovaných dendritických buněk pro přípravu T-lymfocytů ťspecifických pro antigen a následné použití takových T-lymfocytů specifických pro antigen pro eradikaci onemocnění v myším modelu bylo popsáno v Chěever et al., Immunological Reviews, 157: 177, 1997. Dále, vektory exprimující popsané polynukleotidy mohou být vloženy do kmenových buněk odebraných od pacienta, které mohu být klonálně propagovány in vitro pro autologní transplantaci zpět stejnému pacientovi.
V některých aspektech mohou být polypeptidy, polynukleotidy, vazebná činidla a/nebo T-lymfocyty, jak jsou zde popsány, inkorporovány do farmaceutických prostředků nebo imunogenních prostředků (t.j. vakcín). Farmaceutické prostředky obsahují jednu nebo více takových sloučenin a fyziologicky přijatelný nosič. Vakcíny mohou obsahovat jednu nebo více takových sloučenin a imunostimulační činidlo. Imunostilačním činidlem může být jakákoliv substance, která zesiluje nebo potencuje imunitní reakci na exogenní antigen. Příklady imunostimulačních činidel zahrnují adjuvans, biodegradovatelné mikrosféry (například polylaktidgalaktid) a liposomy (do kterých je zapracována sloučenina; viz například Fullerton, US patent č. 4235877). Příprava vakcín je obecně popsána například ve M.F. Powell and • 9
M.J. Newman, ed., Vaccine Design (the subunit and adjuvant approach), Plenům Press (NY, 1995). Farmaceutické prostředky a vakcíny podle předkládaného vynálezu mohou také obsahovat další sloučeniny, které mohou být biologicky aktivní nebo inaktivní. Například mohou prostředky nebo vakcíny obsahovat jednu nebo více imunogenních částí jiných chlamydiových antigenů, bud' ve formě fúzního polypeptidu, nebo jako samostatnou sloučeninu.
Farmaceutický prostředek nebo vakcína může obsahovat DNA kódující jeden nebo více polypeptid popsaných výše tak, že takový polypeptid je generován in šitu. Jak bylo uvedeno výše, může být DNA přítomna v jakémkoli z mnoha systému pro podání známých odborníkům v oboru, včetně systémů pro expresi nukleových kyselin, bakteriálních a virových expresních systémů. V oboru je známo mnoho technik pro přenos genů a tyto techniky jsou popsány například v Rolland, Crit. Rev. Therap. Drug Carrier Systems 15: 143-198, 1998 a v odkazech zde citovaných. Vhodné systémy pro expresi nukleových kyselin obsahují DNA sekvence nutné pro expresi u pacienta (jako jsou vhodné promotory a terminační signály). Bakteriální systémy vyžadují podání bakterie (jako je Bacillus Calmette-Gueriinové), která exprimuje na svém povrchu imunogenní část polypeptidu nebo secernuje takový epitop.
Ve výhodném provedení může být DNA vložena pomocí virového expresního systému (například viru vakcinie nebo jiného pox viru, retroviru nebo adenoviru), což může vyžadovat použití nepatogenního (defektního) viru schopného replikace.
Například, mnoho virových expresních vektorů je odvozeno od virů čeledi retroviridae. Tato čeleď zahrnuje viry myší leukemie, viry myších nádorů mléčné žlázy, lidský foamy virus, virus Rousova sarkomu a viry imunodeficience, včetně lidské, opičí a kočičí. Popis toho, kdy použít retrovirové expresní vektory, je uveden v
6U**‘
| 9 9 9·· | * | 9 | 99 | ||
| .9 · | • 9 | 99 | « | • | 9 |
| • · | 9 | 9 | 9 | 9 | |
| 9 | |||||
| 9 | 9 | • | • | • | 9 |
| ·· · | • 9 · | 99 9 | 99 | 9999 |
Comstock et al., 1997.
Vynikající virové expresní vektory na bázi viru myší leukemie (MLV) vyvinuli Kim et al. (1998) . Při tvorbě MLV vektorů Kim et al. zjistili, že celá gag sekvence, spolu s bezprostředně předcházej ícím regionem, může být deletována bez významného ovlivnění sbalování viru nebo genové exprese. Dále zjistili, že téměř celý U3 region může být nahrazen okamžitým-časným promotorem lidského cytomegaliviru bez škodlivých účinků. Dále mohou být přidány bez škodlivých účinů MCR a vnitřní ribosomální vstupní místa (IRES). Podle těchto výsledků navrhli Kim et al. sérii expresnch vektorů na bázi MLV majících jednu nebo více vlastností popsaných výše.
Při studiu lidského foamy viru (HFV) byly objeveny charakteristiky HFV, které jsou výhodné pro jeho použití jako expresního vektoru. Mezi tyto charakteristiky patří exprese pol pomocí sestřihu a startu translace v definovaném iniciačním kodonu. Další aspekty HFV virových expresních vektorů jsou uvedeny v Bodem et al., 1997.
Murakami et al. (1997) popsali ptačí retrovirové vektory schopné replikace na bázi viru Rousova sarkomu (RSV) IR1 a IR2 určené pro expresi genů ve vysoké úrovni. V těchto vektorech je IRES z viru encephalomyokarditidy (EMCV) insertováno mezi env gen a heterologní gen. IR1 vektor si zachovává sestřižené akceptorové místo, které je přítomné za env genem, zatímco IR2 vektor jej nemá. Murakami et al. prokázali vysokou úroveň exprese několika různých heterologních genů za použití těchto vektorů.
Nedávno byly vyvinuty retrovirové expresní vektory na bázi lentiviru. Kafri et al. (1997) prokázaly dlouhodobou expresi genů dopravených přímo do jater a svalu pomocí expresního vektoru na
| • 9 * . 9 • | ···· · 9 | »♦ 9 9 | 99 9 9 | |||
| 9 9 | 9 9 9 | 99 9 | 9 • | |||
| • | 9 | 9 | 9 | 9 | 9 | • |
| 9 | 99 9 | 999 | 99 | ···· |
bázi viru lidské imunodeficience (HIV). Jednou z výhod tohoto systému je vlastni schopnost HIV transdukovat nedělící se buňky. Protože jsou viry podle Kafriho et al. pseudotypovány glykoproteinem G viru vesikulární stomatitidy (VSVG) , mohou transdukovat různé tkáně a typy buněk.
Byl vyvinut velký počet expresních vektorů na bázi adenoviru, hlavně z důvodu výhod těchto vektorů v aplikacích genové terapie. Adenovirové expresní vektory a způsoby použití takových vektorů jsou předmětem mnoha US patentů, včetně US patentu č. 5698202, US patentu č. 5616326, US patentu č. 5585362 a US patentu č. 5518913, které jsou zde uvedeny jako odkazy.
Další adenovirové konstrukty jsou popsány v Khatri et al.
(1997) a Tomamin et al. (1997) . Khatri et al. popisují nové ovčí adenovirové expresní vektory a jejich schopnosi infikovat hovězí buěky nosní sliznice a buňky králičí ledviny, 'stejně jako různé typy lidských buněk, včetně plicních a kožních fibroblastů, jaterních, prostatických, prsních, střevních a retinálních linií. Tomanin et al. popisují adenovirové expresní vektory obsahující gen pro T7 RNA polymerasu. Po vložení do buněk obsahujících heterologní gen operativně navázaný na Ť7 promotor byly vektory schopné řízení exprese genu z T7 promotoru. Autoři naznačují, že tento systém může být užitečný pro klonování a expresi genů kódujících cytotoxické proteiny.
Poxviry jsou používány pro expresi heterologních genů v savčích buňkách. Během let byly vektory vylepšeny tak, aby umožňovaly vysokou úroveň exprese heterologního genu a aby byly zjednodušena integrace více heterologních genů do jediné molekuly. Ve snaze o snížení cytopatických účinků a zlepšení bezpečnosti se hlavní pozornost věnuje mutantnímu viru vakcinie a dalším poxvirům, které způsobují abortivní infekci savčích buněk (Oertli et al., 1997).
•4 ·«»« ** 44»· » » *>
• 4
62'
Použití poxvirů jako expresních vektorů je uvedeno v Carroll and Moss (1997).
Togavirové expresní vektory, mezi které patří alfavirové expresní vektory, se používají pro studium struktury a funkce proteinů a pro produkci proteinů. Atraktivní vlastnosti togavirovych expresních vektorů je rychlá a účinná genová exprese, široká škála hostitelů a RNA genom (Huang, 1996). Dále bylo prokázáno, že rekombinantní vakcíny na bázi alfavirových expresních vektorů indukují silnou humorální a buněčnou imunitní reakci s dobrou imunologickou pamětí a protektivními účinky (Tubulekas et al., 1997). Alfavirové expresní vektory a jejich použití je popsáno, například, v Lundstrom (1997).
V jedné studii použili Li a Garoff (1996) Semliki Fořest virové (SFV) expresní vektory pro expresi retrovirových genů a,produkci retrovirových částic c BHK-21 buňkách. Částice produkované tímto způsobem měly proteasovou a reverzní transkriptasovou aktivitu a byly infekční. Dále, v v zásobě viru nebyly detekovány žádné pomocné viry. Proto má tento systém vlastnosti, které jsou atraktivní pro použití v protokolech genové terapie.
Bakulovirové expresní vektory byly tradičně používány pro expresi heterologních proteinů v hmyzích buňkách. Příklady proteinů jsou savčí chemokinové receptory (Wang et al., 1997), reportérové proteiny, jako je zelený fluorescentní protein (Wu et al.,1997) a FLAG fúzní proteiny (Wu et al., 1997; Koh et al.,
1997) . Nové pokroky v technologii bakulovirových expresních vektorů, včetně jejich použití ve virionových zobrazovacích vektorech a exprese v savčích buňkách, jsou popsané v Possee (1997). Další přehled týkající se bakulovirových expresních vektorů je popsán v Jones a Morikawa (1996) a O'Reilly (1997).
> · ¢3
Další vhodné systémy jsou popsány, například, ve Fisher-Hoch et al., PNAS 86: 317-321, 1989; Flexner et al., Ann. N.Y. Acad. Sci. 569: 86-103, 1989; Flexner et al., Vaccine 8: 17-21, 1990; US patentech č. 4603112, 4769330 a 5017487; WO 89/01973; US patentu č. 4777127; GB 2200651; EP 0345242; WO 91/02805; Berkner, Biotechniques 6: 616-627, 1988; Rosenfeld et al., Science 252: 431-434, 1991; Kolls et al., PNAS 91: 215-219, 1994; Kass-Eisler et al., PNAS 90: 11498-11502, 1993; Guzman et al., Circulation 88: 2838-2848, 1993; a Guzman et al., Cir. Res. 73 : 1202-1207,
1993. Techniky pro inkorporaci DNA do takových expresních systémů jsou dobře známé odborníkům v oboru. DNA může být také holá, jak je popsáno v, například, Ulmer et al., Science 259: 1745-1749,
1993 a přehled těchto technik je uveden v Cohen, Science 259: <1691-1692, 1993. Vychytávání holé DNA může být zvýšeno potažením DNA na biodegradovatelné korálky, které jsou účinně transportovány do buněk.
Je jasné, že vakcína může obsahovat polynukleotidovou a/nebo polypeptidovou složku, podle potřeby. Je také jasné, že vakcína může obsahovat farmaceuticky přijatelné soli polynukleotidů a/nebo polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Takové soli mohou být připraveny z farmaceuticky přijatelných netoxických baží, včetně organických baží (například solí primárních, sekundárních a terciárních aminů a bazických aminokyselin) a anorganických baží (například sodných, draselných, lithných, ammoných, vápenatých a hořečnatých solí). Jakýkoliv nosič známý odborníkům v oboru může být použit ve farmaceutických prostředcích podle předkládaného vynálezu a typ nosiče závisí na způsobu podání. Prostředky podle předkládaného vynálezu mohou být připraveny pro jakýkoliv způsob podání, včetně například lokálního, orálního, nasálního, intrakraniálního, intraperitoneálního, podkožního nebo intramuskulárního. Pro parenterální podání, jako je podání podkožní injekcí, je nosičem obvykle voda, salinický roztok, alkohol, tuk, vosk nebo pufr. Pro orální podání může být použit jakýkoliv z výše uvedených nosičů a nebo pevný nosič, jako je manitol, laktosa, škrob, stearan horečnatý, sacharin sodný, talek, celulosa, glukosa, sacharosa a uhličitan horečnatý.
Biodegradovatelné mikrosféry (například polylaktatpolyglykolat) mohou být také použity jako nosiče pro farmaceutické prostředky podle předkládaného vynálezu. Vhodné biodegradovatelné mikrosféry jsou popsány, například, v US patentech č. 4897268 a 5075109.
Takové prostředky mohou také obsahovat pufry (například neutrální pufrovaný salinický roztok nebo fosfátem pufrovaný salinický roztok), uhlovodany (napříkad glukosu, mannosu, sacharosu nebo dextrany), manitol, proteiny, polypeptidy nebo aminokyseliny jako je glycin, antioxidační činidla, chelatační činidla jako je EDTA neo glutathion, adujuvans (například hydroxid hlinitý) a/nebo konzervační činidla. Alternativně může být prostředek podle předkládaného vynálezu připraven jako lyofilizovaný prostředek. Sloučeniny mohou být také obaleny v liposomech, za použití dobře známé technologie.
Ve vakcínách podle předkládaného vynálezu mohou být použity jakékoliv z mnoha imunostimulačních činidel. Například může být použito adjuvans. Většina adjuvans obsahuje substance navržené pro chránění antigenu před rychlou degradací, jako je hydroxid hlinitný nebo anorganický olej, a činidlo stimulující imunitní odpověď, jako je lipid A nebo proteiny odvozené od Bordetella pertussis nebo Mycobacterium tuberculosis. Vhodná adjuvans jsou komerčně dostupná, jako například Freundovo nekompletní a kompletní adjuvans (Difco Laboratories, Detroit, MI) , Merck adjuvans 65 (Merck and Company, lne., Rahway, NJ) , soli hliníku, jako je hydroxid hlinitý ve formě gelu (kamenec) nebo fosforečnan hlinitý; soli vápníku, železa a nebo zinku; nerozpustná suspenze acylovaného tyrosinu; acylované sacharidy; kationtově nebo aniontově derivatizované polysacharidy; biodegradovatelné mikrosféry; monófosforyl lipid A a quil A. Jako adjuvans mohou být také použity cytokiny, jako je interleukin-2·, -7 nebo -12 nebo GM-CSF.
Ve vakčínách podle předkládaného vynálezu může být - za určitých okolností - složení adjuvans takové, aby indukovalo imunitní odpověď především Thl typu nebo Th2 typu. Vysoké koncentrace cytokinů Thl typu {například IFN-gamma, TNF-alfa,
IL-2 a IL-12) indukují převážně buněčnou imunitní reakci na podaný antigen. Naopak, vysoké koncetrace cytokinů Th2-typu (například IL-4, IL-5, IL-6 a IL-10) upřednostňují indukci humorální imunitní reakce. Po aplikaci vakcíny podle předkládaného vynálezu dojde u pacienta k imunitní reakci, která zahrnuje reakci Thl- a Th-2 typu. Ve výhodném provedení je reakce převážně Thl-typu a koncentrace cytokinů Thl-typu se zvyšuje více než koncentrace cytokinů Th2-typu. Koncentrace těchto cytokinů mohou být hodnoceny za použití standardních testů. Pro přehled skupin cytokinů viz Mosmann and Cofman, Ann. Rev. Immunol. 7: 145-173, 1989.
Výhodnými adjuvans pro vyvolání odpovědi převážně Thl-typu jsou, například, kombinace monofosforyllipidu A, výhodně 3-de-0-acetyl-monofosforyl-lipidu A (3D-MPL) a soli hliníku. MPL adjuvans jsou dostupná od Corixa Corporation (Seattle, WA; viz US patenty č. 4436727; 4877611; 4866034; a 4912094). Oligonukleotidy obsahující CpG (ve kterých je CpG dinukleotid nemethylováný) také indukují přednostně Thl odpověď. Takové oligonukleotidy jsou dobře známé a jsou popsány, například, ve WO 96/02555 a WO 99/33488. Imunostimulační DNA sekvence jsou také popsány například v Sáto et al., Science 273: 352, 1996). Jiným výhodným adjuvans je saponin, výhodně QS21 (Aquila Biopharmaceuticals lne., Framingham, MA) , který může být použit samostatně nebo v kombinaci s jinými adjuvans. Účinným systémem je například kombinace
Ž6 monofosforyl-lipidu A a saponinovšho derivátu, jako je kombinace QS21 a 3D-MPL, jak je popsána ve WO 94/00153, nebo méně reaktogenní prostředek, ve kterém je QS21 oslaben cholesterolem, jak je popsána ve WO 96/33739. Dalšími výhodnými prostředky obsahují emulze olej-ve-vodě a tokoferol. Zejména účinný adjuvantní prostředek obsahuje QS21, 3D-MPL a tokoferol v emulzi olej-ve-vodě, jak je popsáno ve WO 95/17210.
Dalšími výhodnými adjuvans jsou Montanide ISA 720 (Seppic, France), SAF (Chiron, California, US), ISCOMS (CSL), MF-59 (Chiron), SBAS série adjuvans (například SBAS-2 nebo SBAS-4 od SmithKline Beecham, Rixensart, Belgium) , Detox (Corixa Corporation; Seattle, WA), RC-529 (Corixa Corporation; Seattle,
WA) a jiné aminoalkyl-glukosaminid-4-fosfáty (AGP), jako jsoou ty, které jsou popsány v projednávané US patentové přihlášce pořadové č. 08/853826 a 09/074720, které jsou zde uvedeny jako odkazy.
Jakákoliv zde popsaná vakcína může být připravena za použití dobře známých technik, které vedou ke smísení antigenů, zesilovače imunitní odpovědi a vhodného nosiče nebo přísady. Prostředky podle předkládaného vynálezu mohou být podány jako součást prostředku s prodlouženým uvolňováním (t.j. prostředku jako je kapsle nebo porézní materiál, který po aplikaci pomalu uvolňuje sloučeninu). Takové prostředky mohou být připraveny dobře známými technikami (viz Coombes et al., Vaccine 14: 1429-1438, 1996) a jsou podány orálně, rektálně nebo podkožní implantací, nebo implantací do daného cílového místa. Prostředky s prodlouženým uvolňováním mohou obsahovat polypeptid, polynukleotid nebo protilátku obsaženou v matrici a/nebo obsaženou v zásobníku ohraničeném membránou kontrolující rychlost uvolňování.
Nosiče pro použití v takových prostředcích jsou biokompatibilní a mohou být také biodegradovatelné; výhodně poskytuje prostředek relativně konstantní rychlost uvolňování aktivní složky. Mezi takové nosiče patří mikročástice póly (laktid-ko-glykolidu), stejně jako polyakrylát, latex, škrob, celulosa a dextran. Mezi další nosiče s oddáleným uvolňováním patří sup rámolekulově biovektory, které obsahují nekapalné hydrofilní jádro (například zesítěný polysacharid nebo oligosacharid), a případně zevní vrstvu obsahující amfifilní sloučeninu, jako je fosfolipid (viz například Us patent č. 5151254 a PCT přihlášky WO 94/20078, WO 94/23701 a WO 96/06638). Množství aktivní sloučeniny obsažené v prostředku s prodlouženým uvolňováním závisí na místě implantace, rychlosti a předpokládaném trvání uvolňování a na typu léčeného onemocnění.
Jakékoliv z mnoha známých přepravních vehikul může být použito ve farmaceutických prostředcích a vakcínách pro usnadnění produkce imunitní reakce specifické pro antigen, která je namířena proti buňkám infikovaným Chlamydiemi. Mezi přepravní vehikula patří buňky prezentující antigen (APC), jako jsou dendritické buňky, makrofágy, B-lymfocyty a jiné buňky, které mohou být upraveny tak, aby byly účinnými APC. Takové buňky mohou být, ale nemusí, geneticky modifikovány za.účelem zvýšení kapacity pro prezentaci antigenu, pro zlepšení aktivace a/nebo udržování aktivity T-lymfocytů, pro to, aby měly sami o sobě anti-Chlamydiový účinek a/nebo pro to, aby byly imunologicky kompatibilní s příjemcem (například aby měly odpovídající HLA haplotyp) . APC mohou být izolovány z různých biologických kapalin a orgánů a mohou být autologní, allogenní, syngenní nebo xenogenní.
Některá výhodná provedení předkládaného vynálezu využívají dendritických buněk nebo jejich progenitorů jako buněk prezentujících antigen. Dendritické buňky jsou výkonými APC (Bamcherau and Steinman, Nátuře 392: 245-251) a bylo prokázáno, že jsou účinné jako fyziologické adjuvans pro vyvolání profylaktické nebo terapeutické protinádorové imunity (viz Timmerman and Levý, •68
Ann. Rev. Med. 50: 507-529, 1999). Obecně, dendritické buňky mohou být identifikovány podle svého typického tvaru (hvězdicovitý in šitu, s vyznačenými cytoplasmatickými výběžky (dendrity) viditelnými in vitro) a podle jejich schopnosti vychytávat, zpracovávat a prezentovat antigeny s vysokou účinností a podle jejich schopnosti aktivovat naivní T-lýmfocyty. Dendritické buňky mohou být samozřejmě zpracovány tak, aby exprimovaly na svém povrchu specifické receptory nebo ligandy, které se nevyskytují běžně na dendritických buňkách in vivo nebo ex vivo, a takové modifikované dendritické buňky spadají do rozsahu předkládaného vynálezu. Alternativně k dendritickým buňkám mohou být ve vakcínách použity secernované vesikuly dendritických buněk naplněné antigenem (nazývané exosomy) (viz Zitvogel et al., Nátuře Med. 4: 594-600, 1998).
Dendritické buňky a jejich progenitory mohou být získány z periferní krve, kostní dřeně, lymfatických uzlin, sleziny, kůže, pupečníkové krve nebo z jakékoliv vhodné tkáně nebo tekutiny. Dendritické buňky mohou být například diferencovány ex vivo přidáním kombinace cytokinů, jako je GM-CSF, IL4, IL-13 a/nebo TNFalfa, do kultury monocytů získaných z periferní krve.
Alternativně mohou být CD34 pozitivní buňky získáné z periferní krve, pupečníkové krve nebo kostní dřeně diferencovány na dedndritické buňky přidáním kombinace GM-CSF, IL3, TNFalfa, CD40 ligandu, LPS, flt3 ligandu a/nebo jiných sloučenin, které indukují zrání a proliferaci dendritických buněk, do kultivačního media.
Dendritické buňky jsou obecně děleny na nezralé a zralé buňky, což odlišuje dva dobře charakterizované fenotypy. Nicméně, toto rozdělení by nemělo vylučovat všechny možné mezistupně diferenciace. Nezralé dendritické buňky jsou charakterizovány jako APC s vysokou kapacitou pro vychytávání antigenu a jeho zpracování, což koreluje s vysokou expresí Fc-gamma receptoru a mannosového receptoru. Zralý fenotyp je charakterizován nižší expresí těchto markérů, ale vysokou expresí povrchových molekul odpovědných za aktivaci T-lymfocytů, jako jsou MHC třídy I a II, adhesní molekuly (například CD54 a CDU) a ko-stimulační molekuly (například CD40, CD80, CD86 a 4-lBB).
APC mohou být transfektovány polynukleotidem kódujícím chlamydiovový protein (nebo jeho část nebo variantu) tak, že chlamydiový polypeptid, nebo jeho imunogenní část, je exprimován na povrchu buněk. Taková transfekce může proběhnout ex vivo a prostředky nebo vakcíny obsahující takové transfektované buňky mohou být potom použity pro terapeutické účely, jak je zde popsáno. Alternativně může být vehikulum pro přenos genu, které je zaměřeno na dendritické buňky nebo na jiné buňky prezentujícía antigen, podáno pacientovi, což vede k transfekči, která probíhá in vivo. In vivo a ex vivo transfekce dendritických buněk může být provedena, například, za použití jakýchkoliv metod známých v oboru, jako jsou metody popsané ve WO 97/24447, nebo technika genového děla popsaná v Mahvi et al.ř Immunology and Cell Biology, 75: 456-460, 1997. Naplnění dendritických buněk antigenem může být dosaženo inkubací dendritických buněk nebo progenitořových buněk s chlamydiovým polypeptidem, DNA (holou nebo v plasmidovém vektoru) nebo RNA; nebo s rekombinantní bakterií nebo virem (například virem vakcinie, drůbežích neštovic, adenovirem nebo lentivirem) exprimujícím antigen. Před naplněním může být polypeptid kovalentně konjugován na imunologický partner, který napomáhá T-lymfocytům (například nosič) . Alternativně mohou být dendritické buňky pulsovány nekonjugovaným imunologickým partnerem, samostatně nebo za přítomnosti polypeptidu.
Způsoby a frekvence podání farmaceutických prostředků a vakcín, stejně jako dávkování, se velmi liší mezi jedinci. Obecně, farmaceutické prostředky a vakcíny mohou být podány injekčně
7o (například podkožně, intrakutáně, intramuskulárně nebo intravenosně), intranasálně (například aspirací) nebo orálně. 1-3 dávky se mohou podat během 1-36 týdnů. Výhodně se podají 3 dávky, v intervalu 3-4 měsíců, a potom mohou být periodicky aplikovány dosycovací vakcinace. Jiné protokoly mohou být vhodné pro jednotlivé pacienty. Vhodná dávka je množství polypeptidu nebo DNA, které při podání výše uvedenými způsoby vyvolá imunitní reakci u imunizovaného pacienta, která je dostatečná pro ochranu pacienta před Chlamydiovou infekcí podobu alespoň 1-2 let.
Obecně, množství polypeptidu v dávce (nebo produkované in šitu DNA v dávce) je v rozmezí od přibližně 1 pg do přibližně 100 mg na kg tělesného hmotnosti pacienta, obvykle od přibližně 10 pg do 'přibližně 1 mg a výhodně od přibližně 100 pg do přibližně 1 ug. Vhodné dávky se liší podle velikosti pacienta, ale obvykle jsou v rozmezí od přibližně 0,1 ml do přibližně 5 ml.
Jakýkoliv nosič známý odborníkům v oboru může být použit ve farmaceutických prostředcích podle předkládaného vynálezu a typ nosiče závisí na způsobu podání. Pro parenterální podání, jako je podání podkožní injekcí, je nosičem obvykle voda, salinický roztok, alkohol, tuk, vosk nebo pufr. Pro orální podání může být použit jakýkoliv z výše uvedených nosičů a nebo pevný nosič, jako je manitol, laktosa, škrob, stearan hořečnatý, sacharin sodný, talek, celulosa, glukosa, sacharosa a uhličitan hořečnatý. Biodegradovatelné mikrosféry (například polylaktatpolyglykolat) mohou být také použity jako nosiče pro farmaceutické prostředky podle předkládaného vynálezu. Vhodné biodegradovatelné mikrosféry jsou popsány, například, v US patentech č. 4897268 a 5075109.
Obecně, vhodný dávkovači a léčebný režim dodává aktivní sloučeninu v množství dostatečném pro dosažení terapeutického a/nebo profylaktického přínosu. Taková odpověď může být monitorována podle zlepšení klinického stavu u léčených pacientů ve srovnání s neléčenými pacienty. Zvýšení preexistující imunitní »··· reakce na chlamydiový protein obvykle koreluje se zlepšeným klinickým stavem. Takové imunitní reakce mohou být hodnoceny pomocí standardních testů na proliferaci, cytotoxicitu nebo produkci cytokinů, které mohou být provedeny na vzorcích získaných od pacienta před a po léčbě.
V jiném aspektu vynález poskytuje způsoby pro použití polypeptidů popsaných výše pro diagnostiku chlamydiové infekce. V tomto aspektu vynález poskytuje způsoby pro detekci chlamydiové infekce v biologickém vzorku, za použití jednoho nebo více z výše uvedených polypeptidů, samostatně nebo v kombinaci. Termín polypeptid je použit při popisu specifických provedení diagnostických metod podle předkládaného vynálezu. Nicméně, odborníkům v oboru bude jasné, že v takových způsobech mohou být také použity fúzní proteiny podle předkládaného vynálezu,.
Termín biologický vzorek, jak jezde použit, je jakýkoliv vzorek obsahující protilátky získaný od pacienta. Výhodně je vzorkem plná krev, sputum, sérum, plasma, sliny, mozkomíšní mok nebo moč. Lépe je vzorkem krev, sérum nebo plasma získaná od pacienta. Polypeptidy jsou použity v testech popsaných dále pro určení přítomnosti nebo nepřítomnosti protilátek k polypeptidu ve vzorku, ve srovnání s předem určenou hraniční hodnotou. Přítomnost takových protilátek ukazuje na předchozí senzibilizaci chlamydiovými antigeny, což může ukazovat na chlamydiovou infekci.
V provedeních, ve kterých je použito více než jednoho polypeptidu, jsou použité polypeptidy komplementární (t.j. jeden polypeptid detekuje infekci ve vzorku, kterou nedetekuje druhý polypeptid). Komplementární polypeptidy mohou být identifikovány za použití každého polypeptidu samostatně pro hodnocení vzorků séra získaných od pacientů, o kterých je známo, že mají Chlamydiovou infekci. Po určení toho, který vzorek je pozitivní za ·· ···· • · · ·· ···· použití jednotlivých polypeptidů mohou být vybrány kombinace dvou nebo více polypeptidů, které mohou detekovat infekci ve většině, nebo všech, testovaných vzorcích.
Odborníci v oboru znají mnoho testovacích formátů, které mohou být použity pro pro detekci protilátek ve vzorku pomocí jednoho nebo více polypeptidů. Viz například Harlow and Lané, Antibodies:
A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Ve výhodném provedení test obsahuje použití polypeptidů imobilizovaného na pevném nosiči pro vazbu a odstranění protilátky ze vzorku. Navázaná protilátka může být potom detekována pomocí detekčního činidla, které obsahuje reportérovou skupinu. Vhodným detekčním činidlem jsou protilátky, které se váží na komplex polypeptid/protilátka a volné polypeptidy značené reportérovou skupinou (např. v semi-kompetitivním testu). Alternativně může být použit kompetitivní test, ve kterém je protilátka, která se váže na polypeptid, značena reportérovou skupinou a váže se na imobilizovaný antigen po inkubaci antigenů se vzorkem. Rozsah, ve kterém složky vzorku inhibují vazbu značené protilátky na polypeptid, ukazuje na reaktivitu vzorku s imobiližovaným polypeptidem.
Pevným nosičem může být jakýkoliv materiál známý odborníkům v oboru, na který může být navázán antigen. Například může být pevným nosičem testovací jamka v mikrotitrační plotně nebo nitrocelulosová nebo jiná vhodná membrána. Alternativně může být nosičem korálek nebo disk, jako je skleněný, latexový plastový materiál, jako je polystyren nebo polyvinylchlorid, nebo materiál ze skelného vlákna. Nosičem může být také magnetická částice nebo sensor optického vlákna, jak je popsáno, například, v US patentu č. 5359681.
Polypeptidy mohou být navázány na pevném nosiči za použití
ί.. ί73 »· ···· různých technik známých odborníkům v oboru. V předkládaném vynálezu označuje termín navázání jak nekovalentní asociaci, jako je adsorpce, tak kovalentní navázání (které může být přímou vazbou mezi antigenem a funkčními skupinami na nosiči, tak vazbou prostřednictvím zesilovacího činidla). Výhodné je navázání adsorpcí na jamku mikrotitrační plotny nebo na membránu. '
V takových případech může být adsorpce dosažena kontaktováním polypeptidů, ve vhodném pufru, s pevným nosičem po dostatečně dlouhou dobu. Doba kontaktu se liší podle teploty, ale obvykle je v rozmezí mezi přibližně 1 hodinou a přibližně l dnem. Obecně, kontaktování jamky plastové mikrotitrační plotny (například polystyrénové nebo polyvinylchloridové) s množstvím polypeptidů v rozmezí od přibližně 10 ng do přibližně 1 ug, a lépe přibližně 100 ng, je dostatečné pro navázání adekvátního množství antigenu.
Kovalentní navázání polypeptidů na pevný nosič může být provedeno nejprve reakcí nosiče s bifunkčním činidlem, které reaguje jak s nosičem, tak s funkčními skupinami, jako je hydroxylová a amino skupina, na polypeptidů. Například může být polypeptid kovalentně navázán na nosiče mající vhodný polymerový potah za použití benzochinonu nebo kondenzací aldehydové skupiny na nosiči s aminem a aktivním vodíkem na polypeptidů (viz například Pierce Immunotechnology Catalog and Handbook, 1991, A12-A13).
V některých provedeních je testem imunosorbentní test využívající navázaného enzymu (ELISA). Tento test může být proveden nejprve kontaktováním polypeptidového antigenu, který byl imobilizován na pevném nosiči, obvykle na jamce mikrotitrační plotny, se vzorkem tak, že protilátky k polypeptidů se mohou vázat na imobilizovaný polypeptid. Nenavázaný vzorek se potom odstraní od imobilizovaného polypeptidů a přidá se detekční činidlo, které se váže na imobilizovaný komplex protilátka - polypeptid. Množství ?74 detekčního činidla, které zůstává navázané na pevný nosič, se potom určí za použití metody vhodné pro specifické detekční činidlo.
Přesněji, když je polypeptid imobilizován na nosiči způsobem popsaným výše, tak jsou zbývající vazebná místa pro proteiny na nosiči obvykle blokována. Může být použito jakékoliv blokovací činidlo známé odborníkům v oboru, jako je hovězí sérový albumin (BSA) nebo Tween 20™ (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO) . Imobilizovaný polypeptid se potom inkubuje se vzorkem a protilátka se nechá navázat na antigen. Vzorek může být před inkubací naředěn vhodným ředidlem, jako je fosfátem pufrovaný salinický roztok (PBS). Obecně, vhodná doba kontaktu (t.j. inkubační čas) je doba, která je dostatečná pro detekci přítomnosti protilátky ve vzorku infikovaném HGE. Výhodně je kontaktní doba dostatečná pro dosažení úrovně vazbyj která je alespoň 95% vzhledem k rovnováze mezi navázanou a nenavázanou protilátkou. Odborníkům v oboru bude jasné, že doba. nutná pro dosažení rovnováhy může být snadno určena testováním vazby v závislosti na čase. Při teplotě místnosti je obvykle dostatečná doba přibližně 30 minut.
Nenavázaný vzorek může být potom odstraněn promytím pevného nosiče vhodným pufrem, jako je PBS obsahující 0,1% Tween 20™. Potom může být k pevnému nosiči přidáno detekční činidlo. Vhodným detekčním čindilem je jakákoliv sloučenina, která se váže na imobilizovaný komplex protilátka-polypeptid a která může být detekována různými způsoby známými v oboru. Výhodně obsahuje detekční činidlo vazebné činidlo (jako je, například, protein A, protein G, imunoglobulin, lektin nebo volný antigen) konjugované na reportérovou skupinu. Výhodnými reportérovými skupinami jsou enzymy (jako je křenová peroxidasa), substráty, kofaktory, inhibitory, barviva, radionuklidy, luminiscentní skupiny, fluorescentní skupiny a biotin. Konjugace vazebného činidla na ** >·»4
4444 *75 ·-> *· « · · • 4 · » · ·
4» «Α 4444 reportérovou skupinu může být provedena standardními metodami známými odborníkům v oboru. Běžná vazebná činidla mohou být také zakoupena již konjugovaná na různé reportérové skupiny z mnoha komerčních zdrojů {například Zymed Laboratories, San Francisko,
CA, a Pierce, Rockford, II).
Detekční činidlo se potom inkubuje s imobilizovaným komplexem polypeptid-protilátka po dobu dostatečnou pro detekci navázané protilátky. Vhodná doba se obvykle určí podle návodu výrobce nebo hodnocením závislosti vazba-čas. Nenavázané detekční činidlo se potom odstraní a navázané detekční činidlo se detekuje pomocí reportérové skupiny. Způsob použitý pro detekci reportérové ;skupiny závisí na charakteru použité reportérové skupiny. Pro radioaktivní skupiny jsou obvykle vhodné scintilační nebo autoradiografické metody. Spektroskopické metody mohou být použity pro detekci barviv, luminiscentních skupin a fluorescentních skupin. Biotin může být detekován pomocí avidinu, navázaného na různé reportérové skupiny (obvykle radioaktivní nebo fluorescentní skupiny nbeo enzym) . Enzymové reportérové skupiny mohou být detekovány adicí substrátu (obvykle na určitou dobu) a potom spektroskopickou nebo jinou analýzou reakčních produktů.
Pro stanovení přítomnosti nebo nepřítomnosti anti-chlamydiových protilátek ve vzorku je signál detekovaný z reportérové skupiny, která zůstává navázaná na pevný nosič, obvykle srovnáván se signálem korespondujícím s předem určenou hraniční hodnotou. V jednom výhodném provedení je hraniční hodnota průměrný signál získaný tehdy, když je imobilizovaný antigen inkubován se vzorky od neinfikovaných pacientů. Obecně, vzorek generující signál, který je o tři standardní odchylky vyšší než předem určená hraniční hodnota, je považován za pozitivní z hlediska chlamydiové infekce. V alternativním provedení je hraniční hodnota určena za použití Receiver Operátor Curve, podle metody popsané v Sackett et al., Clinical Epidemiology: A Basic Science for Clinical Medicine, Little Brown and Co., 1985, str.
106-107. Stručně, v tomto provedení může být hraniční hodnota určena z grafu párů správně pozitivních výsledků <t.j. sensitivity) a falešně pozitivních výsledků (100% specificita), které korespondují každé možné hraniční hodnotě pro výsledek diagnostického testu. Hraniční hodnota v grafu, která je nejvíce v levém horním rohu (t.j. hodnota, která ohraničuje největší plochu) je'nejpřesnější hraniční hodnotou, a vzorek generující signál, který je vyšší než hraniční hodnota určená tímto způsobem, může být považován za pozitivní. Alternativně může být hraniční hodnota v grafu posunuta doleva, což minimalizuje falešně pozitivní výsledky, nebo doprava, což minimalizuje falešně negativní výsledky. Obecně, vzorek generující signál, který je vyšší než hraniční hodnota určená tímto způsobem, může být považován za pozitivní z hlediska chlamydiové infekce.
V příbuzném provedení je test proveden v průtokovém nebo proužkovém testovacím formátu, ve kterém je antigen imobilizován na membráně, jako. je nitrocelulosová membrána. V průtokovém testu se protilátky ve vzorku váží na imobilizované polypeptidy při průchodu vzorku membránou. Detekční činidlo (například protein A-koloidní zlato) se potom váže na komplex protilátka-polypeptid při průtoku roztoku obsahujícího detekční činidlo membránou. Detekce navázaného detekčního činidla může být provedena způsobem popsaným výše. V proužkovém testovacím formátu je jeden konec membrány, na který je navázán polypeptid, ponořen do roztoku osbahujícího vzorek. Vzorek migruje membránou skrz region obsahující vazebné činidlo a do oblasti obsahující imobilizovaný polypeptid. Koncentrování detekčního činidla v oblasti polypeptidů ukazuje na přítomnost anti-chlamydiových protilátek ve vzorku. Obvykle vyvolává koncentrování detekčního činidla v tomto místě jev, jako je proužek, který může být snadno detekován vizuálně.
• · .LW
Nepřítomnost takového jevu ukazuje na negativní výsledek. Obecně, množství polypeptidu imobilizovaného na membráně je vybráno tak, aby byl generován vizuálně odlišitelný efekt tehdy, když biologický vzorek obsahuje takové množství protilátek, které bude dostatečné pro generování pozitivního signálu v ELISA testu, jak byl popsán výše. Výhodně je množství polypeptidu imobilizovaného na membráně v rozmezí od přibližně 25 ng do přibližně 1 ug, a lépe od přibližně 50 ng do přibližně 500 ng. Takové testy mohou být obvykle provedeny na velmi malém vzorku (například jedné kapce) krve nebo séra od pacienta.
Samozřejmě, že existuje mnoho jiných testovacích protokolů, Skteré jsou vhodné pro použití s polypeptidy podle předkládaného vynálezu. Výše uvedený popis je pouze příkladný. Jedním příkladem alternativního testovacího protokolu, který může být použit v takových metodách, je westernový přenos, při kterém jsou proteiny přítomné v biologickém vzorku separovány na gelu před tím, než jsou vystaveny působení vazebného činidla. Takové techniky jsou dobře známé odborníkům v oboru.
Předkládaný vynález dále poskytuje činidla, jako jsou protilátky nebo jejich vazebné fragmenty pro antigen, které se specificky váží na chlamydiový protein. Protilátka nebo její vazebný fragment pro antigen se specificky váže na chlamydiový protein tehdy, když reaguje detekovatelně (například v ELISA) s chlamydiovým proteinem, a nereaguje detekovatelně s nepříbuznými proteiny za podobných podmínek. Termín vazba označuje nekovalentní asociaci mezi dvěma separovanými molekulami, při které vzniká komplex. Schopnost vazby může být hodnocena, například, určením vazebné konstanty pro tvorbu komplexu. Vazebná konstanta je hodnota získaná při dělení koncentrace komplexu koncentracemi složek. Obecně, v kontextu předkládaného vynálezu se dvě sloučeniny váží tehdy, když vazebná konstanta pro tvorbu • ·
·· ···· komplexu přesahuje přibližně 103 1/mol. Vazebná konstanta může být určena metodami dobře známými v oboru.
Vazebná činidla mohou dále rozlišovat pacienty s a bez chlamydiové infekce, za použití reprezentativních testů podle předkládaného vynálezu. Jinými'slovy, protilátky nebo jiná vazebná činidla, která se váží na chlamydiový protein, budou generovat signál ukazující na přítomnost chlamydiové infekce u alespoň 20% pacientů s onemocněním, a budou generovat signál ukazující na nepřítomnost onemocnění u alespoň 90% jedinců bez onemocnění. Pro stanovení toho, zda vazebné činidlo splňuje tyto požadavky, mohou být biologické vzorky (například krve, séra, sputa, moči a/nebo .tkáňových biopsií) od pacientů s a bez chlamydiové infekce (jak je určeno standardními klinickými testy) testovány na přítomnost polypeptidů, které se váží na vazebná činidla. Je jasné, že by měl být testován statisticky významný počet vzorků s a bez onemocnění. Každé vazebné činidlo by mělo splňovat tato kriteria; nicméně, odborníkům v oboru bude jasné, že vazebná činidla mohou být použita v kombinaci pro zvýšení sensitivity.
Jakékoliv činidlo splňující výše uvedené požadavky může být vazebným činidlem. Například může být vazebným činidlem ribosom, s nebo bez peptidové složky, RNA molekula nebo polypeptid. Ve výhodném provedení je vazebným činidlem protilátka nebo její vazebný fragment pro antigen. Protilátky mohou být připraveny jakoukoliv technikou známou odborníkům v oboru. Viz například Harlow and Lané, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Obecně, protilátky mohou být produkovány v buněčných kulturách, včetně výroby monoklonálních protilátek, jak je zde popsána, nebo transfekcí genů pro protilátky do vhodných bakteriálních nebo savčích hostitelských buněk, za produkce rekombinantních protilátek. V jedné technice je imunogen obsahující polypeptid nejprve injikován různým savcům (například • · .:?9 myším, králíkům, ovcím nebo kozám). V tomto kroku může polypeptid podle předkládaného vynálezu sloužit jako imunogen bez modifikací. Alternativně, zejména pro relativně krátké polypeptidy, může být lepší imunitní reakce vyvolána tehdy, je-li polypeptid navázán na poteinový nosič, jako je hovězí sérový albumin nebo přílipkový hemokyanin. Imunogen se injekčně aplikuje zvířecímu hostiteli, výhodně podle před určeného protokolu zahrnujícího jednu nebo více dosycovacích imunizací, a zvířeti se periodicky odebírá krev. Polyklonální protilátky specifické pro polypeptid mohou být potom přečištěny z takového antiséra pomocí, například, afinitní chromatografie za použití polypeptidu navázaného na vhodný pevný nosič.
Monoklonální protilátky specifické pro daný antigenní polypeptid mohou být připraveny, například, za použití techniky podle Kohlera a Milsteina, Eur. J. Immunology 6: 511-519, 1976, a jejích vylepšení. Stručně, tato metoda? vyžaduje přípravu imortalizované buněčné linie schopné produkce protilátek majících požadovanou specificitu (t.j. reaktivitu s daným polypeptidem). Takové buněčné linie mohou být produkovány, například, z buněk sleziny získaných od zvířat imunizovaných způsobem popsaným výše. Buňky sleziny jsou potom imortalizovány, například, fúzí s myelomovými buňkami, výhodně takovými, které jsou syngenní s imunizovaným zvířetem. Mohou být použity různé fúzní techniky. Například mohou být buňky sleziny a myelomové buňky kombinovány v neiontovém detergentním činidle po dobu několika minut a potom mohou být umístěny v nízké hustotě na selektivní medium, které podporuje růst hybridních buněk, ale ne myelomových buněk. Výhodnou selekční technikou je použití HAT (hypoxantin, aminopterin, thymidin) selekce. Po dostatečné době, obvykle po 1 až 2 týdnech, se pozorují kolonie hybridů. Vyberou se jednotlivé kolonie a supernatanty jejich kultur se testují na vazebnou aktivitu proti polypeptidu. Výhodné jsou hybridomy s vysokou • · ,&0 *· reaktivitou a specificitou.
Monoklonální protilátky mohou být izolovány ze supernatantů kultivovaných kolonií hybrídomů. Dále, různé techniky mohou být použity pro zvýšení výtěžku, jako je injekce hybridomových buněk do peritoneální dutiny vhodného obratlovce, jako je myš. Monoklonální protilátky mohou být získány z ascitu nebo z krve. Kontaminace může být odstraněna od protilátek běžnými technikami, jako je chromatografie, gelová filtrace, srážení a extrakce. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být použity v přečišúovacím procesu například ve stupni afinitní chromatografie.
V některých provedeních může být výhodné použití vazebných fragmentů protilátek pro antigen. Mezi takové fragmenty patří Fab fragmenty, které mohou být připraveny standardními technikami. Stručně, imunoglobuliny mohou být přečištěny z králičího séra afinitní chromatografií na kolonách s protein A korálky (Harlow and Lané, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988) a mohou být tráveny papainem za zisku Fab a Fc fragmentů. Fab a Fc fragmenty mohou být separovány afinitní chromatografií na kolonách obsahujících protein A korálky.
Monoklonální protilátky podle předkládaného vynálezu mohou být navázány na jedno nebo více terapeutických činidel. Takovými vhodnými terapeutickými činidly jsou radionuklidy, induktory diferenciace, léky, toxiny a jejich deriváty. Výhodnými radionuklidy jsou 9OY, 123I, 125I, 131I, 18SRe, 211At a 212Bi. Výhodnými léky jsou methotrexat a analogy pyrimidinu a purinu. Výhodnými induktory diferenciace jsou estery forbolu a kyselina máselná. Výhodnými toxiny jsou ricin, abrin, difterický toxin, cholera toxin, gelonin, Pseudomonádový exotoxin, Shigella toxin a antivirový protein líčidla amerického.
• ·
Terapeutické činidlo může být navázáno (například kovalentně) na vhodnou monoklonální protilátku buď přímo, nebo nepřímo (například prostřednictvím spojovací skupiny). Přímá reakce mezi činidlem a protilátkou je možná tehdy, když každý z nich obsahuje vhodný substituent schopný reakce s jiným substituentem.
Například, nukleofilní skupina, jako je amino- nebo sulfhydrylová skupina, na jedné složce může reagovat se skupinou obsahující karbonyl, jako je anhydrid nebo halogenid kyseliny, nebo s alkylovou skupinou obsahující dobře odštěpitelnou skupinu ' (například halogenid) na druhé složce.
Alternativně může být žádoucí navázání terapeutického činidla a protilátky prostřednictvím spojovací skupiny. Spojovací skupina může působit jako oddělovací skupina pro oddělení protilátky od činidla z toho důvodu, aby se zabránilo interferenci s vazebnou schopností. Spojovací skupina může také sloužit pro zvýšení chemické reaktivity substituentu na činidle nebo protilátce a tak může zvyšovat účinnost vazby. Zvýšení chemické reaktivity může také usnadnit použití činidel, nebo funkčních skupin na činidlech, které by jinak nebylo možno použít.
Odborníkům v oboru bude jasné, že jako spojovací skupiny mohou být použity různá bifunkční nebo polyfunkční činidla, jak homo-, tak hetero-bifunkční (jako jsou činidla popsaná v katalogu Pierce Chemical Co., Rockford, IL). Vazba může být provedena, například prostřednictvím amino skupin, karboxylových skupin, sulfhydrylových skupin nebo oxidovaných karbohydrátových zbytků. Existuje mnoho odkazů popisujících takové techniky, například US patent č. 4671985 (Rodwell et al.).
Když je terapeutické činidlo účinnější tehdy, není-li navázáno na protilátkovou část imunokonjugátu podle předkládaného vynálezu, může být žádoucí použití spojovací skupiny, která se štěpí během .^2 nebo po internalizaci do buněk. Bylo popsáno mnoho různých štěpitelných spojovacích skupin. Mechanismy pro intracelulární uvolnění činidel z těchto spojovacích skupin zahrnují štěpení redukcí disulfidové vazby {například US patent č. 4489710,
Spitler), ozáření fotolabilní vazby (například US patent č.
. 4625014, Senter et al.), hydrolýzu derivátizovaných aminokyselinových vedlejších řetězců (například US patent č. 4638045, Kohn et al.), hydrolýzu zprostředkovanou sérovým komplementem (například US patent č. 4671958, Rodwell et al.) a hydrolýzu katalyzovanou kyselinou (například US patent č. 4569789, Blatter et al.).
Může být žádoucí navázat na protilátku více než jedno činidlo.
V jednom provedení je na jednu molekulu protilátky navázáno více molekul činidla. V jiném provedení je na jednu protilátku navázáno více typů činidel. Bez ohledu na konkrétní provedení mohou být imunokonjugáty s více než jedním činidlem připraveny různými způsoby. Například, více než jedno činidlo může být navázáno přímo na molekulu protilátky, nebo může být použita spojovací skupina poskytující více míst pro navázání. Alternativně může být použit nosič.
Nosič může nést činidla různými způsoby, včetně kovalentní vazby, buď přímé nebo prostřednictvím spojovací skupiny. Vhodnými nosiči jsou albuminy (např. US patent č. 4507234, Kato et al.), peptidy a polysacharidy jako je aminodextran (např. US patent č. 4699784, Shih et al.) . Nosič může přenášet činidlo také nekovalentní vazbou nebo prostřednictvím enkapsulace, jak je tomu například v liposomech (např. US patenty č. 4429008 a 4873088). Nosiče specifické pro radionuklidová činidla zahrnují radiohalogenované malé molekuly a chelatační sloučeniny. Například US patent č. 4735792 popisuje representativní radiohalogenované malé molekuly a jejich syntézu. Radionuklidový chelát může být připraven z chelatačních sloučenin, mezi které patří ty, které obsahují atomy dusíku a síry jako donorové atomy pro vazbu kovu, nebo oxidu kovu, radionuklidu. Například US patent č. 4673562, Davison et al., popisuje representativní chelatační sloučeniny a jejich syntézu.
Pro protilátky a imunokonjugáty mohou být použity různé způsoby podání. Obvykle je podání intravenosní, intramuskulární, podkožní nebo do určitého regionu. Je jasné, že přesná dávka -------------------protilátky/imunokonjugátu závisí na použité protilátce, hustotě antigenu a na rychlosti eliminace protilátky.
Protilátky mohou být použity v diagnostických testech pro 'detekci přítomnosti chlamydiových antigenů za použití testů podobných již popsaným testům a za použití jiných technik dobře známých odborníkům v oboru, což poskytuje metodu pro detekci chlamydiové infekce u pacienta.
Diagnostická činidla podle předkládaného vynálezu mohou také obsahovat DNA sekvence kódující jeden nebo více polypeptidů uvedených výše, nebo jejich částí. Například, alespoň dva oligonukleotidové primery mohou být použity v testu na bázi polymerasové řetězové reakce (PCR) pro amplifikací cDNA specifické pro Chlamydie v biologickém vzorku, kde alespoň jeden oligonukleotidový primer je specifický pro DNA molekulu kódující polypeptid podle předkládaného vynálezu. Přítomnost amplifikované cDNA se potom detekuje za použití technik dobře známých v oboru, jako je gelová elektroforesa. Obdobně, oligonukleotidové sondy specifické pro DNA molekulu kódující polypeptid podle předkládaného vynálezu mohou být použity v hybridizačním testu pro detekci přítomnosti polypeptidů podle předkládaného vynálezu v biologickém vzorku.
• · ·· ···· • 9 ·
Λ*
Termín oligonukleotidový primer/sonda specifický pro DNA molekulu, jak je zde použit, označuje oligonukleotidovou sekvenci, která má alespoň 80%, lépe alespoň 90% a nejlépe alespoň 95% identitu s danou DNA molekulou. Oligonukleotidové primery a/nebo sondy, které mohou být použity v diagnostických metodách podle předkládaného vynálezu, mají délku alespoň 10-40 nukleotidů. Ve výhodném provedení obsahují oligonukleotidové primery alespoň kontinuálních oligonukleotidů DNA molekuly kódující jeden z polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Výhodně obsahují-----------oligonukleotidové primery pro použití v diagnostických metodách podle předkládaného vynálezu alespoň 15 kontinuálních oligonukleotidů DNA molekuly kódující jeden z polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Techniky pro testy na bázi PCR a pro hybridizační testy jsou dobře známé v oboru (viz například Mullis et al., tamtéž; Erlich, tamtéž). Primery nebo sondy mohou být takto použity pro detekci sekvencí specifických pro Chlámydie v biologických vzorcích. DNA sondy nebo primery obsahující oligonukleotidové sekvence popsané výše mohou být použity samostatně nebo v kombinaci.
Následující příklady jsou pouze ilustrativní a nijak neomezují rozsah předkládaného vynálezu.
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1: Izolace DNA sekvencí kódujících chlamydiové antigeny
Chlamydiové antigeny podle předkládaného vynálezu byly izolovány expresí knihovny genomové DNA Chlamydia trachomatis LGV způsobem popsaným v Sanderson et al. (J. Exp. Med., 1995, 182: 1751-1757) a bylo prokázáno, že indukují proliferaci PBMC a IFN-gamma v imunoreaktivní T-lymfocytární linii.
T-lymfocytární linie specifická pro Chlamydie byla generována stimulací PBMC od normálního dárce bez anamnesy chlamydiové genitální infekce elementárními tělísky Chlamydia trachomatis LGV I.I. Bylo zjištěno, že tato T-lymfocytární linie, označená jako TCL-8, rozpoznává dendritické buňky odvozené od monocytů infikované jak Chlamydia trachomatis, tak Chlamydia pneumoniae.
Náhodně štěpená genomová knihovna Chlamydia trachomatis LGV II byla připravena v Lambda ZAP (Stratagene, La Jolla, CA) a amplifikovaná knihovna byla umístěna v 96-jamkové mikrotitrační plotně v hustotě 30 klonů/jamku. Bakterie byly indukovány k expresi rekombinantního proteinu za. přítomnosti 2 mM IPTG po dobu 3 hodin a potom byly peletovány a resuspendovány ve 200 ul RPMI a 10% FBS. 10 ul indukované bakteriální suspenze se přeneslo do 96-jamkových ploten obsahujících autologní dendritické buňky odvozené od monocytů. Po 2 hodinové inkubaci se dendritické buňky promyly pro odstranění volné E. coli a přidaly se T-lymfocyty specifické pro Chlamydie. Pozitivní E. coli soubory se identifikovaly podle produkce IFN-gamma a podle proliferace T-lymfocytů v reakci na soubory.
Identifikovaly se čtyři pozitivní klony, které se rozdělily na čtyři čisté klony (označené l-Bl-66, 4-D7-28, 3-G3-10 a 10-C10-31) , s velikostí insertu 481 bp, 183 bp, 110 bp a 1400 bp, v příslušném pořadí. Určené DNA sekvence pro 1-B1-66, 4-D7-28, 3-G3-10 a 10-C10-31 jsou uvedeny v SEQ ID NO: 1-4, v příslušném pořadí. Klon 1-B1-66 je přibližně v regionu 536690 genomu C.trachomatis (NCBI C.trachomatis databáze). V klonu l-Bl-66 byl identifikován otevřený čtecí rámec (ORF) (nukleotidy 115-375), který kóduje dříve identifikovaný 9 kDa protein (Stephens et al., GenBank přírůstkové č. AE001320), jehož sekvence je uvedena v SEQ ID NO: 5) . Klon 4-D7-28 je menší region stejného ORF (aminokyseliny 22-82 l-Bl-66). Klon 3-G3-10 je přibližně v regionu • · ·· ·♦ 9 9' • · • · »· ····
74559 genomu C.trachomatis. Insert je klonován v protismyslné orientaci vzhledem k jeho orientaci v genomu. Klon 10-C10-31 obsahuje otevřený čtecí rámec, který odpovídí dříve publikované sekvenci pro S13 ribosomální protein od Chlamydia trachomatis (Gu, L. et al., J. Bacteriology 177: 2594-2601, 1995). Předpokládané proteinové sekvence přo 4-D7-28 á 10-C10-31 jsou uvedeny v SEQ ID NO: 6 a 12, v příslušném pořadí. Předpokládané proteinové sekvence pro 3-G3-10 jsou uvedeny v SEQ ID NO: 7-11.
V příbuzné sérii skríningových testů byla další T-lymfocytární linie použita pro vyšetřování knihovny genomové DNA Chlamydia trachomatis LGV II popsané výše. T-lymfocytární linie specifická pro chlamydie (TGT-1) byla získána od pacientů s chlamydiovou genitální infekcí stimulací PBMC autologiními dendritickými buňkami odvozenými od monocytů infikovanými elementárními tělísky Chlamydia trachomatis LGV II. Jeden klon, 4C9-18 {SEQ ID NO: 21), obsahující 1256 bp insert, vyvolává specifickou imunitní odpověď, jak bylo měřeno standardními proliferačními testy, u T-lymfocytární linie TCT-1 specifické pro chlamydie. Další analýza ukázala, že tento klon obsahuje tři známé sekvence: lipoamid dehydrogenasu (GenBank přírůstkové č. AE001326) , popsanou v SEQ ID NO: 22; hypotetický protein CT429 {GenBank přírůstkové č. AE001316) , popsaný v SEQ ID NO: 23; a část otevřeného čtecího rámce ubichinon-methyltransferasy CT428 (GenBank přírůstkové č. AE001316), popsanou v SEQ ID NO: 24.
V dalších pokusech s klonem 4C9-18 (SEQ ID NO: 21) byla kompletní aminokyselinová sekvence pro lipoamid-dehydrogenasu (SEQ ID NO: 22) z Chlamydia trachomatis (LGV II) exprimována v klou CtL2-LPDA-FL, který je popsán v SEQ ID NO: 90.
Pro další charakterizaci otevřeného čtecího rámce obsahujícího stimulační epitop pro T-lymfocyty byl cDNA fragment obsahující
4·· · nukleotidy 1-695 klonu 4C9-18 s cDNA sekvencí kódující 6X-histidinovou koncovku na amino-konci subklonován do Ndel/EcoRI místa pET17b vektoru (Novagen, Madison, WI) a vzniklý klon byl označen jako 4C9-18#2 BL21 pLysS {SEQ ID NO: 25, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí popsanou v SEQ ID NO: 26) a tento klon byl transformován do E. coli. Selektivní indukce trasformované E. coli 2 mM IPTG po dobu 3 hodin vedla k expresi 26 kDa proteinu z klonu 4C9-18#2 BL21 pLysS, jak bylo potvrzeno SDS-PAGE s barvením
-----Coomasie modří. Pro stanovení imunogenicity proteinu kódovaného klonem 4C9-18#2 BL21 pLysS byly E. coli exprimující 26 kDa protein titrovány na 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů a provedla se inkubace po dobu 2 hodin. Kultury dendritických buněk «se prómyly a přidalo se 2,5 x 104 T-lymfocytů (TCT-1) a provedla se inkubace po dobu dalších 72 hodin a potom se koncentrace IFN-gamma v supernatantu kultury určila EL’ISA. Jak je uvedeno na obr. 1, bylo zjištěno, že T-lymfocytární linie TCT-1 reaguje na indukované kultury, jak je měřeno podle koncentrace IFN-gamma, což ukazuje na T-lymfocytární odpověď na sekvece lipoamid dehydrogenasy specifickou pro Chlamydie. Podobně bylo zjištěno, že protein kódovaný klonem 4C9-18#2 BL21 pLysS stimuluje TCT-1 T-lymfocytární linii ve standardních proliferačních testech.
Další testy pro identifikaci dalších antigenů Chlamydia trachomatis za použití výše popsané klonovací techniky na CD4+ T-lymfocytech vedly k zisku dalších klonů. TCT-1 a TCL-8 T-lymfocytární linie specifické pro Chlamydie, stejně jako TCP-21 T-lymfocytární linie, byly použity pro vyšetřování genomové knihovny Chlamydia trachomatis LGVII. TCP-21 T-lymfocytární linie byla získaná od pacientů s humorální reakcí na Chlamydia pneumoniae. TCT-1 buněčná linie identifikovala 37 pozitivních souborů, TCT-3 buněčná linie identifikovala 41 pozitivních souborů a TCP-21 buněčná linie identifikovala 2 pozitivní soubory. Z těchto 10 pozitivních souborů byly identifikovány následující *·*· «9 · • · klony. Klon 11-A3-93 (SEQ ID NO: 64), identifikovaný TCP-21 buněčnou linií, je 1339 bp genomový fragment vykazující homologii s HAD superrodinou (CT103). Druhý insert ve stejném klonu vykazuje homologii s fab I genem (CT104) přítomném na komplementárním řetězci. Klon 11-C12-91 (SEQ ID NO: 63), identifikovaný TCP-21 buněčnou linií, obsahuje 269 bp insert, který je částí OMP2 genu (CT443) a vykazuje homologii s 60 kDa proteinem vnitřní membrány bohatým na cystein v C. pneumoniae.
Klon 11-G10-46 (SEQ ID NO: 62), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 688 bp insert vykazující homologii s hypotetickým proteinem CT610. Klon 11-G1-34 (SEQ ID NO: 61), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje dva částečné otevřené čtecí rámce (ORF) s velikostí insertu 1215 bp. Jeden ORF vykazuje homologii s genem pro malat-dehydrogenasu ((CT376)) a druhý ORF vykazuje homologii s genem pro glykogen-hydrolasu (CT042). Klon 11-H3-68 (SEQ ID NO: 60) , identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje dva ORF s celkovou velikostí insertu 1180 bp. Jeden částečný ORF kóduje plasmidem kódovaný PGP6-D protein virulence a druhý ORF je kompletní ORF pro LI ribosomální gen (CT318) . Klon 11-H4-28 (SEQ ID NO: 59), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, má velikost insertu 552 bp a je součástí ORF pro dnaK gen (CT396) . Klon 12-B3-95 (SEQ ID NO: 58), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, má velikost insertu 463 bp a je součástí ORF pro gen pro lipoamid-dehydrogenasu (CT557). Klony 15-G1-89 a 12-B3-95 (SEQ ID NO: 55 a SEQ ID NO: 58, v příslušném pořadí) jsou identické, jsou identifikované TCT-1 buněčnou linií, a mají velikost insertu 463 bp a jsou součástí ORF pro gen pro lipoamid-dehydrogenasu (CT557) . Klon 12-G3-83 (SEQ ID NO: 57), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, má velikost insertu 1537 bp a je součástí ORF pro gen pro hypotetický protein (CT662).
Klon 23-G7-68 (SEQ ID NO: 79) , identifikovaný TCT-3 buněčnou
QG · · · · · · · ··· ··· ♦· ···· linií, obsahuje 950 bp insert a obsahuje malou část Lil ribosomálního ORF, celý ORF pro Li ribosomální protein a část ORF pro L10 ribosomální protein. Klon 22-F8-91 (SEQ ID NO: 80), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, obsahuje 395 bp insert, který obsahuje část pmpC ORF na komplementárním řetězci klonu. Klon 21-E8-95 (SEQ ID NO: 81), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 2085 bp insert, který obsahuje část CT613 ORF, kompletní ORF pro ČŤ6l2ý kompletní-ORF-prxi CT611 a část ORF pro CT610. Klon 19-F12-57 (SEQ ID NO: 82), identifikovaný TCT-3 buněčnou 1rinii obsahuje 405 bp insert, který obsahuje část CT858 ORF a malou část recA ORF. Klon 19-F12-53 (SEQ ID NO: 83), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 379 bp insert, který je součástí ORF pro CT455 kódující glutamyl tRNA syntethasu. Klon 19-A5-54 (SEQ ID NO: 84), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 715 bp insert, který je součástí ORF3 (komplementárního řetězce klonu) kryptického plasmidu. Klon 17-E11-72 (SEQ ID NO: 85) , identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, obsahuje 476 bp insert, 'který je součástí ORF pro Opp_2 a pmpD. pmpD region tohoto klonu je pokryt pmpD regionem klonu 15-H2-76, Klon 17-C1-77 (SEQ ID NO:
86), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 1551 bp insert, který je součástí CT857 ORF, stejně jako CT858 ORF. Klon 15-H2-17 (SEQ ID NO: 87), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, obsahuje 3031 bp insert, který obsahuje větší část pmpD ORF, část CT089 ORF, stejně jako část ORF pro SycE. Klon 15-A3-26 (SEQ ID NO: 88) , obsahuje 976 bp insert, který obsahuje část CT858 ORF. Klon 17-G4-36 (SEQ ID NO: 267), identifikovaný TCT-10 buněčnou linií, obsahuje 680 bp insert, který je ve čtecím rámci s beta-gal v plasmidu a vykazuje homologii s částí ORF pro beta-podjednotku DNA-řízené RNA polymerasy (CT315 v SerD).
Několik klonů popsaných výše vykazuje homologii s různými polymorfními membránovými proteiny. Genomová sekvence Chlamydia trachomatis obsahuje rodinu devíti polymorfních membránových
proteinů, která je označena jako pmp. Tyto geny jsou označeny pmpA, pmpB, pmpC, pmpD, pmpE, pmpF, pmpG, pmpH a pmpl. Předpokládá se, že proteiny exprimované z těchto genů jsou biologicky významné v generování protektivní imunitní reakce při chlamidiové infekci. Konkrétně, pmpC, pmpD, pmpE a pmpl obsahují pravděpodobné signální peptidy, což naznačuje, že se jedná o proteiny zevní membrány a proto potenciální imunologické cíle.
Podle sekvence Chlamydia trachomatis LGVII serovaru byly—------------navrženy páry primerů pro PCR amplifikaci kompletních fragmentů pmpC, pmpD, pmpE, pmpG, pmpH a pmpl. Získané fragmenty byly subklonovány do DNA vakcinačních vektorů JA4304 nebo JAL což je JA4304 modifikovaný spojovací sekvencí (SmithKline Beecham,
London, England). Přesněji, PmpC byl subklonován do JAL vektoru za použití 5 ' oligonukleotidu GAT AGG CGC GCC CCA ATC ATG AAA TTT ATG TCA GCT ACT GCT G a 3' oligonukleotidu CAG AAC GCG TTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC A, jak jsou uvedeny v SEQ ID NO: 197 a 198, v příslušném pořadí. PCR amplifikace genu za podmínek dobře známých v oboru a ligace do 5' ASCI/3* Mlul míst vektoru JAL byla dokončena po inserci krátké nukleotidové sekvence GCAATC {SEQ ID NO: 199) před ATG za vzniku sekvence podobné Kozákově sekvenci. Vzniklý expresní vektor obsahoval kompletní pmpC gen obsahující 5325 nukleotidů (SEQ ID NO: 173) obsahující hypotetickou signální sekvenci, který kóduje 187 kDa protein (SEQ ID NO: 179) . PmpD gen byl subklonován do JA4304 vakcinačního vektoru po PCR amplifikaci genu za použití následujících oligonukleotidů: 5f oligonukleotidu TGC AAT CAT GAG TTC GCA GAA AGA TAT AAA AAG C (SEQ ID NO: 200) a 3' oligonukleotidu CAG AGC TAG CIT AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TC (SEQ ID NO: 201) . Gen byl ligován do 5’-lepivého HIII/3' Mlul místa JA4304 vakcinačního vektoru za použití, technik dobře známých v oboru. CAATC (SEQ ID NO: 202) sekvence byla insertována před ATG za vzniku sekvence podobné Kozákově sekvenci. Tento klon je jedinečný v tom, že poslední threonín HindlII místa chybí z důvodů procesu navázání, stejně jako poslední glycin sekvence podobné Kozákově sekvenci. Insert, 4593 nukleotidový fragment (SEQ ID NO: 172) je kompletní gen pro pmpD obsahující hypotetickou signální sekvenci, která kóduje 161 kDa protein (SEQ ID NO: 178) . PmpE gen byl subklonován do JA4304 vakcinačního vektoru za použití následujících oligonukleotidů: 5' oligonukleotidu TGA AAT CAT GAA AAA AGC GTT TTT CTT TTT C (SEQ ID NO: 203) a 3' oligonukleotidu CAG AAC GCG TCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C (SEQ ID NO: 204). Po PCR amplifikaci byl gen ligován do 51-lepivého HIII/3' Mlul místa--------JA4304. Pro usnadnění této ligace byla krátká nukleotidová sekvence, TGCAATC (SEQ ID NO: 293), insertována před iniciační kodon za vzniku sekvence podobné Kozákově sekvenci a pro rekonstrukci HindiII místa, insert je kompletní pmpE gen (SEQ ID NO: 171) obsahující hypotetickou signální sekvenci. PmpE gen kóduje/105 kDa protein (SEQ ID NO: 177) . PmpG gen byl PCR amplifikován za použití 5' oligonukleotidu GTG CAA TCA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG (SEQ ID NO: 205} a 3’ oligonukleotidu CAG AAC GCG TTT AGA ACC GGA CTT TAC TTC C (SEQ ID NO: 206) a byl subklonován do JA4304 vektoru. Podobné klonovací strategie byly použity pro pmpl a pmpK geny. Dále byly navrženy páry primerů pro PCR amplifikaci kompletních a překrývajících se fragmentů pmp genů, které byly potom subklonovány pro expresi proteinu v pET17b vektoru (Novagen, Madison, WI) a byly transfektovány do E. coli BL21 pLysS pro expresi a následné přečištění za použití histidinové-niklové chromatografické metody od Novagen. Několik těchto genů kódujících rekombinantní proteiny, jak jsou popsány dále, postrádá přirozené signální sekvence pro usnadnění exprese proteinu. Exprese kompletního pmpC proteinu byla provedena pomocí exprese dvou překrývajících se fragmentů, které představují aminoa karboxylový konec. Subklonování pmpC-amino-koncové části, která postrádá signální sekvenci (SEQ ID NO: 187, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 195), bylo provedeno za použití 5’ oligonukleotidu CAG ACA TAT GCA TCA CCA
TCA CCA TCA CGAGGC GAG CTC GAT CCA AGA TC (SEQ ID NO: 207) a 3’ oligonukleotidu CAG AGG TAC CTC AGA TAG CAC TCT CTC CTA TTA AAG TAG G (SEQ ID NO: 208) do 5’ NdeI/3' KPN klonovacího místa vektoru. Karboxy-koncová část genu, pmpC-karboxy-koncový fragment (SEQ ID NO: 186, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 194) ; byl subklonován do 5’ NheI/31 KPN klonovacího místa expresního vektoru za použití následujících primerů: 5’
Oligonukleotidu CAG AGC TAG CAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGT TAA GAT TGA GAA CTT CTC TGG C (SEQ ID NO: 209), a 3’ oligonukleotidu CAG AGG TAC CTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC AG (SEQ ID NO: 210) . PmpD byl také exprimován jako dva přesahující proteiny.
Amino-koncová část pmpD, která postrádá signální sekvenci (SEQ ID NO: 185, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 193), obsahuje iniciační kodon pET17b a je exprimována jako 80 kDa protein. Pro expresi proteinu a přečištění následuje po iniciačním kodonu koncovka tvořená 6 histidiny a je fúzovaná na
28. aminokyselinu (nukleotid 84) genu. Následující primery (5' oligonukleotid CAG ACA TAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG GTT AGC (SEQ ID NO: 211) a 3’ oligonukleotid CAG AGG TAC CTC AGC TCC TCC AGC ACA CTC TCT TC (SEQ ID NO: 212) pro vložení do 5' NdeI/3’ KPN klonovacího místa vektoru. Karboxy-koncová část pmpD (SEQ ID NO: 184) byla exprimována jako 92 kda protein (SEQ ID NO: 192) . Pro expresi a následné přečištění byly přidány další methionin, alanin a serin, které představují iniciační kodon a první dvě aminokyseliny z pET17b vektoru. Koncovka tvořená šesti histidiny za methioninem, alaninem a serinem je fúzovaná na 691. aminokyselinu (nukleotid 2073) genu. Následující oligonukleotidy (5' Oligonukleotid CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG TGC TAT TTC TTG CTT ACG TGG (SEQ ID NO: 213) a 3' oligonukleotid CAG AGG TAC TTn AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TCG (SEQ ID NO: 214) byly použity pro subklonování insertu do 5' NdeI/3' KPN klonovacího místa expresního vektoru. PmpE gen byl exprimován jako 106 kDa protein (SEQ ID NO: 183 s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 191) . PmpE insert také postrádá přirozenou signální sekvenci. PCR amplifikace genu za podmínek dobře známých v oboru byla provedena za použití následujících oligonukleotidových primerů: 5' oligonukleotidu CAG AGG ATC CAC ATC ACC ATC ACC ATC ACG GAC TAG CTA GAG AGG TTC (SEQ ID NO: 215) a 3' oligonukleotidu CAG AGA ATT CCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C (SEQ ID NO: 216) a amplifikovaný insert byl ligován do 5'
BamHI/3 '—EcoRI místa JA4304. Krátká nukleotidová sekvence, která je uvedena v SEQ ID NO: 217, byla isertována přeď iniciační- kodon pro vytvoření sekvence podobné Kozákově sekvenci a pro znovuvytvoření HindlII místa. Exprimovaný protein obsahoval iniciační kodon a následujících 21 aminokyselin z pET17b expresního vektoru, t.j. MASMTGGQQMGRDSSLVPSSDP (SEQ ID NO: 218). Dále, před sekvencí uvedenou výše byla obsažena šesti-histidinová koncovka, která byla fúzovaná na 28. aminokyselinu (nukleotid 84) genu, což eliminuje hypotetický signální peptid. Sekvence uvedená v SEQ ID NO: 183 s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 191 neobsahují tyto další sekvence. PmpG gen (SEQ ID NO: 182, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 190) , byl PCR amplifikován za podmínek dobře známých v oboru za použití následujících oligonukleotidových primerů: 5' oligonukleotidu CAG AGG TAC CGC ATC ACC ATC ACC ATC ACA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG (SEQ ID NO: 219) a 3' oligonukleotidu CAG AGC GGC CGC TTA GAA CCG GAC TTT ACT TCC (SEQ ID NO: 220) a byl ligován do 5' KPN/3' Notl místa expresního vektoru. Exprimovaný protein obsahoval další aminokyselinovou sekvenci na amino- konci, konkrétně MASMTGGQQNGRDSSLVPHHHHHH (SEQ ID NO: 221), která obsahuje iniciační kodon a další sekvenci z pET17b expresního vektoru. Pmpl gen (SEQ ID NO: 181, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 189), byl PCR amplifikován za podmínek dobře známých v oboru za použití následujících oligonukleotidových primerů: 5' oligonukleotidu CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CCT CTT TGG CCA GGA TCC C (SEQ ID NO: 222) • ·’ · · · · a 3' oligonukleotidu CAG AAC TAG TCT AGA ACC TGT AAG TGG TCC (SEQ ID NO: 223) a byl ligován do 5' NheI/3' Spěl místa expresního vektoru. Exprimovaný protein velikosti 95 kDa obsahoval další iniciační kodon a další alanin a serin z pET17b vektoru na aminokonci proteinu. Dále, na 21. aminokyseliny byla fúzovaná koncovka tvořená šesti histidiny, která eliminuje hypotetický signální peptid.
Klon 14H1-4 (SEQ ID NO: 56), identifikovaný za použití TCT-3_____ buněčné linie, obsahuje kompletní ORF pro TSA gen, thiol specifický antioxidant - CT603 (CT603 ORF je homolog CPnO778 z C. pneumoniae). TSA otevřený čtecí rámec v klonu 14-H1-4 byl amplifikován tak, že exprimovaný protein obsahoval další methionin a koncovku tvořenou šesti histidiny (na amino-konci). Tento amplifikovaný insert byl subklonován do Nde/EcoRI míst pET17b vektoru. Po indukci tohoto klonu IPTG byl 22,6 kDa protein přečištěn Ni-NTA agarosovou afinitní chromatografií. Určená aminokyselinová sekvence pro 195 aminokyselinový ORF klonu 14-H1-4 kódující TSA gen je uvedena v SEQ ID NO: 65. Další analýza vedla k zisku kompletního klonu pro TSA gen, který byl označen jako CTL2-TSA-FL, s kompletní aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 92.
Další pokusy vedly k zisku 10 dalších klonů, které byly identifikovány pomocí TCT-1 a TCT-3 T-lymfocytárních linií, jak je popsáno výše. Klony identifikované TCT-1 linií jsou: 16-D4-22, 17-C5-19, 18-C5-2, 20-G3-45 a 21-C7-66; klony identifikované TCT-3 linií jsou: 17-C10-31, 17-E2-9, 22-A1-49 a 22-B3-53. Klon 21-G12-60 byl rozpoznáván oběma T-lymfocytárními liniemi. Klon 16-D4-22 (SEQ ID NO: 119), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 953 bp insert obsahující dva geny, části otevřeného čtecího rámce 3 (ORF3) a ORF4 C. trachomatis plasmidů pro růst v savčích buňkách. Klon 17-C5-19 ((SEQ ID NO: 118) obsahuje 951 bp ·* &$· •·· ·* ···· insert obsahující část ORF pro DT431, kódující clpP_l proteasu a část ORF pro CT430 (diaminopimelat epimerasu). Klon 18-C5-2 (SEQ ID NO: 117) je část ORF pro S1 ribosomální protein s 446 bp insertem, který byl identifikován pomocí TCT-1 buněčné linie. Klon
20- G3-45 (SEQ ID NO: 116), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 437 bp insert, který je částí pmpB genu (CT413). Klon
21- C7-66 (SEQ ID NO: 115), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 995~bp~insert,—kterýýkóduje část dnaK-like proteinu. Insert tohoto klonu se nepřekrývá s insertem TCT-3 klonu 11-H4-28 (SEQ ID NO: SEQ ID NO: 59)), který je částí dnaK genu CT396. Klon 17-C10-31 (SEQ ID NO: 114), identifikovaný pomocí TCT-3 linie,
•..obsahuje 976 bp insert. Tento klon obsahuje část ORF pro CT858, proteasu obsahující IRBP a DHR domény. Klon 17-E2-9 (SEQ ID NO: 113) obsahuje část ORF dvou genů, CT611 a CT610, které jsou obsaženy v 1142 bp insertu. Klon 22-Al-49 (SEQ ID NO: 112), identifikovaný pomocí TCT-3 linie, také obsahuje dva geny v 698 bp insertu. Část ORF pro CT660 (DNA gyrasa(gyrA_2)) je přítomen na horním řetězci, a kompletní ORF pro hypotetický protein CT659 je přítomen na komplementáním řetězci. Klon 22-B3-53 (SEQ ID NO: lil), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 267 bp insert, který k=oduje část ORF pro GroEL (CT110). Klon 21-G12-60 (SEQ ID NO: 110), identifikovaný pomocí TCT-1 i TCT-3 buněčné linie, obsahuje 1461 bp insert, který obsahuje části ORF pro hypotetické proteiny CT875, CT229 a CT228.
Další chlamydiové antigeny byly získány vyšetřováním genomové expresní knihovny Chlamydia trachomatis (serovar LGV II) v Lambda-Screen-1 vektoru (Novagen, Madison, WI) se s=rem shromážděným od jedinců infikovaných Chlamydiemi za použití technik dobře známých v oboru. Byly identifikovány následující imunoreaktivní klony a inserty obsahující chlamydiové geny byly sekvencovány: CTL2#1 (SEQ ID NO: 71); CTL2#2 (SEQ ID NO: 70) ; CTL2#3-5' (SEQ ID NO: 72,- první určená genomová sekvence • 9
.. 9 9 9 9 9 9 · ·
9«á· představující 5’ konec); CTL2#3-3' (SEQ ID NO: 73; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2#4 {SEQ ID NO: 53); CTL2#5 (SEQ ID NO: 69); CTL2#6 (SEQ ID NO: 68) ; CTL2#7 (SEQ ID NO: 67); CTL2#8b (SEQ ID NO: 54); CTL2#9 (SEQ ID NO: 66); CTL2#10-5' (SEQ ID NO: 74; první určená genomová sekvence představující 5’ konec); CTL2#10-3' (SEQ ID NO: 75; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2#ll-5' (SEQ ID NO: 45; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2#ll-3’ (SEQ ID NO: 4; druhá určená genomová sekvence představující 3 ’ konec) ; 7
CTL2#12 (SEQ ID NO: 46); CTL2#16-5’ (SEQ ID NO: 47); CTL2#18-5' (SEQ ID NO: 49; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2#18-3' (SEQ ID NO: 48; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2#19-5' (SEQ ID NO: 76; určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2#21 (SEQ ID NO:
50); CTL2#23 (SEQ ID NO: 51); a ’CTL2#24 (SEQ ID NO: 52).
Další antigený Chlamydia trachomatis byly identifikovány serologickým expresním klonováním. Tyto pokusy využily séra shormážděného od několika jedinců infikovaných Chlamydiemi, jak bylo popsáno výše, ale kromě IgA protilátek byly jako sekundární protilátky použity také IgA a IgM protilátky. Klony získané tímto způsobem zesílily detekci antigenů rozpoznávaných v časné imunitní reakci na chlamydiovou infekci, t.j. ve slizniční imunitní reakci. Byly identifikovány následující imunoreaktivní klony a inserty obsahující chlamydiové geny byly sekvencovány: CTL2gam-l (SEQ ID NO: 290); CTL2gam-2 (SEQ ID NO: 289); CTL2gam-5 (SEQ ID NO: 288); CTL2gam-6-3' (SEQ ID NO: 287; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2gam-6-51 (SEQ ID NO: 286; první určená genomová sekvence představující 5’ konec); CTL2gam-8 (SEQ ID NO: 285); CTL2gam-10 (SEQ ID NO: 284) ; CTL2gam-13 (SEQ ID NO: 283); CTL2gam-15-5' (SEQ ID NO: 282 druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2gam-15-5' (SEQ ID NO: 281; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2gam-17 (SEQ
ID NO: 280); CTL2gam-18 (SEQ ID NO: 279); CTL2gam-21 (SEQ ID NO: 278); CTL2gam-23 (SEQ ID NO: 277); CTL2gam-26 (SEQ ID NO: 275); CTL2gam-27 (SEQ ID NO: 274); CTL2gam-28 (SEQ ID NO: 273); CTL2gam-30-5' (SEQ ID NO: 272 druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2gam-30-5' (SEQ ID NO: 271; první určená genomová sekvence představující 5' konec).
Příklad 2: Indukce proliferace T-lymfocytů a produkce interferonu-gamma antigeny Chlamydia trachomatis
Schopnost rekombinantních antigenů Chlamydia trachomatis indukovat proliferaci T-lymfocytů a produkci interferonu gamma byla určena následujícím způsobem.
Proteiny se indukovaly IPTG a přečistily se afinitní chromátografií na Ni-NTA agarose (Webb et al., J. Immunology 157: 5034-5041, 1996). Přečištěné polypeptidy se potom vyšetřovaly na schopnost indukovat proliferaci T-lymfocytů v přípravcích PBMC, PBMC od pacientů s C.trachomatis, stejně jako od normálních dárců, o kterých je známo, že jejich T-lymfocyty proliferují v reakci na chlamydiové antigeny, se kultivovaly v mediu obsahujícím RPMI 1640 doplněné 10% lidským sérem a 50 ug/ml gentamycinu. Přečištěné polypeptidy se přidaly dvojmo v koncentracích 0,5 až 10 ug/ml. Po 6 dnech kultivace v 96-jamkových plotnách s oblým dnem v objemu 200 ul se z každé jamky odebralo 50 ul media za účelem stanovení koncentrace IFN-gamma, jak je popsáno dále. Plotny se potom pulsovaly l uCi/jamku tritiovaného thymidinu po dalších 18 hodin a potom se vyhodnocovalo vychytávání thymidinu za použití plynového scintilačního detektoru. Frakce, které vedly k proliferaci - v obou provedeních - vyšší než trojnásobné než je proliferace pozorovaná u buněk kultivovaných v samotném mediu, se považovaly za pozitivní.
Interferon gamma se měřil pomocí ELISA. ELISÁ plotny se potáhly myší monoklonální protilátkou namířenou proti lidskému IFN-gamma (PharMingen, San Diego, CA) v PBS během 4 hodin při teplotě místnosti. Jamky se potom blokovaly PBS obsahujícím 5% (hmot./obj.) odtučněného mléka během l hodiny při teplotě místnosti. Plotny.se potom šestkrát promyly v PBS/0,2% Tween 20 a vzorky se naředily 1:2 v kultivačním mediu a v ELISA plotně se inkubovaly přes noc při teplotě místnosti. Plotny se znovu promyly a do každé jamky se přidalo polyklonálniTkráričí-sérum proti lidskému IFN-gamma naředěné 1:3000 v PBS/10% normálním kozím séru. Plotny se potom inkubovaly po dobu 2 hodin při teplotě místnosti, promyly se a přidal se anti-králičí IgG konjugovaný na křenovou peroxidasu (Sigma Chemical Co, St. Louis, MO) v ředění 1:2000 v PBS/5% odtučněném sušeném mléku. Po dalších 2 hodinách inkubace při teplotě místnosti se plotny promyly a přidal se TMB substrát. Reakce se ukončila za 20 minut přidáním IN kyseliny sírové.
Optická densita se určila při 450 nm za použití 570 nm jako referenční vlnové délky. Frakce, které v obou provedeních dávaly OD dvakrát vyšší než je průměrná OD pro buňky kultivované pouze v mediu, plus 3 standardní odchylky, byly považovány za pozitivní.
Za použití výše uvedeného způsobu bylo zjištěno, že rekombinantní 1B1-66 protein (SEQ ID NO: 5) , stejně jako dva syntetické peptidy odpovídající aminokyselinovým zbytkům 48-67 (SEQ ID NO: 13; označená jako 1-B1-66/48-67) a 58-77 (SEQ ID NO: 14, označená jako 1B1-66/58-77) , v příslušném pořadí, SEQ ID NO:
5, indukují proliferaci a produkci IFN-gamma v T-lymfocytární linii specifické pro Chlamydie použité při vyšetřování genomové knihovny C. trachomatis LGV II.
Další pokusy odhalily epitop C. trachomatis specifický pro T-lymfocyty v ribosomálním S13 proteinu. Za použití standardní techniky mapování epitopů dobře známé v oboru byly dva
93.. :
• · · : · · • · * • · ·
T-lymfocytární epitopy v ribosomálním S13 proteinu (rS13) identifikovány v T-lymfocytární linie specifické pro Chlamydie od dárce CL-8 (T-lymfocytární linie TCL-8 EB/DC). Obr. 8.ukazuje, že první peptid, rS13 1-20 (SEQ ID NO: 106) je 100% identický s příslušnou sekvencí C. pneumoniae, což vysvětluje zkříženou reaktivitu T-lymfocytární linie k rekombinantní C. trachomatis a C. pneumoniae-rS13. Odpověď na druhý peptid rS13-56-77 (SEQ ID NO: 108) je specifická pro C. trachomatis, což naznačuje, že odpověď na rS13u tohotoasymptomatického zdravého dárce byla vyvolánaexpozicí C. trachomatis a nikoliv C. pneumoniae nebo jakýmkoliv jiným mikrobem.
Jak je popsáno v příkladu 1, klon 11-C12-91 (SEQ ID NO: 63) identifikovaný za použití TCP-21 buněčné linie, obsahuje 269 bp insert, který je součástí OMP2 genu (CT443) a vykazuje homologii s 60 kDa proteinem zevní membrány bohatým na cystein od C. pneumoniae, který se označuej jako OMCB. Pro další definování reaktivních epitopů se provedlo epitopové mapování za použití série překrývajících se peptidů a imunotestu popsaného výše. Stručně, proliferační odpovědi byly stanoveny stimulací 2,5 x 104 TCP-21 T-lymfocytů za přítomnosti 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů buď neinfekčními elementárními tělísky od C. trachomatis a C. pneumoniae, nebo peptidy odvožené od proteinové sekvence C. trachomatis nebo C. pneumoniae OMCB peptidů (0,1 ug/ml). TCP-21 T-lymfocyty odpovídají na epitopy
CT-OMCB#167-186, CT-OMCB#171-190, CT-OMCB#171-186 a v menším rozsahu na CT-0MCB#175-186 (SEQ ID NO: 249-252, v příslušném pořadí). Významné je, že TCP-21 T-lymfocytární linie také proliferuje v reakci na homologní peptid C. pneumoniae CP-OMCB#17l-186 (SEQ ID NO: 253), kde tato proliferace je stejná nebo lepší než proliferace v reakci na peptidy C. trachomatis. Aminokyselinová substituce v pozici 2, t.j. Asp za Glu, a v pozici 4, t.j. Cys za Ser, nemění proliferativní reakce T-lymfocytů a tak ' 4
♦ 4 · 4 • 4 4 · · · · 4
4 4 · · 4 4 4 4 i£5Q.
dokazuje, že tento epitop je zkříženě reaktivní epitop mezi C. trachomatis a C. pneumoniae.
Pro další definování epitopu popsaného výše byla další T-lymfocytární linie, TCT-3, použita v pokusech o mapování epitopů. Imunotesty byly provedeny způsobem popsaným výše s tou výjimkou, že byly testovány pouze epitopy C. trachomatis. T-lymfocyty proliferovaly v reakci na dva peptidy, CT-OMCB#152-171 a CT-OMCB#157-176 (SEQ ID NO: 246 a 247, v příslušném pořadí) , což definovalo další imunogenní epitop v proteinu zevní membrány bohatém na cystei C. trachomatis.
Klon 14-H1-4 (SEQ ID NO: 56, s odpovídající úplnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 92) , byl identifikován pomočí TCT-3 buněčné linie v CD4 T-lymfocytárním expresním klonovacím systému popsaném výše a bylo prokázáno, že obsahuje kompletní ORF genu pro thiol-specifické antioxidační činidlo (CT603), označované jako TSA. Byly provedeny imunotesty pro epitopové mapování, jak byly popsány výše, za účelem dalšího definování epitopu. TCT-3 T-lymfocytární linie vykazovala silnou proliferaci v reakci na překrývající se peptidy CT-TSA#96-115, CT-TSA#101-120 a CT-TSA#106-125 (SEQ ID NO: 254-256, v příslušném pořadí), což prokázalo imunoreaktivní epitop v genu pro thiol-specifické antioxidační činidlo C. trachomatis serovaru LGV II.
Příklad 3: Příprava syntetických polypeptidů.
Polypeptidy mohou být syntetizovány na Millipore 9050 peptidovém syntezátoru za použití FMOC chemikálií s HPTU (0-benzotriazol-N, N, N', N' -tetramethyluroniumhexaf luorf osf atové) aktivace. Gly-Cys-Gly sekvence může být navázána na amino- konec peptidu za zisku způsobu pro konjugování nebo značení peptidu.
·· ·»··
1Q5>.
'· * · • 9 · • · ·
Štěpení peptidu z pevného nosiče může být provedeno za použití následující štěpící směsi: kyselina trifluóroctová: ethandithiol: thioanisol: voda: fenol (40:1:2:2:3) Po štěpení po dobu 2 hodin mohou být peptidy vysráženy chladným methyl - terč. bu tyl-etherem. Peptidové pelety mohou být potom rozpuštěny ve vodě obsahující 0,1% kyselinu trifluoroctovou (TFA) a mohou být lyofilizovány před přečištěním na C18 HPLC s reverzní fází. Gradient 0-60% acetonitrilu (obsahující 0,1% TFA) ve vodě (obsahující 0,1% TFA) mů ž e být použ i t pro eluc ipept±dŮT~Po~lyofilizaci— čistých frakcí— mohou být peptidy charakterizovány pomocí hmotnostní spektrometrie s elektrosprayem·a aminokyselinovou analýzou.
iPříklad 4: Izolace a charakterizace DNA sekvencí kódujících chlamydiové antigeny za použití retrovirových expresních systémů a následné imunologické analýzy
Genomová knihovna Chlamydia trachomatis LGV II bylapřipravena omezeným trávením za použití BamHI, BglII, BstYi a Mbol restrikčních enzymů. Fragmenty získané restrikčním trávením byly potom ligovány do BamHI místa retrovirových vektorů pBIB-KSl, 2,3. Tato sada vektorů byla modifikována tak, aby obsahovala Kosakovo translační iniciační místo a stop kodony pro umožnění exprese proteinů z krátkých fragmentů genomové DNA, jak je uvedeno na obr. 2. Byly připraveny DNA soubory z 80 klonů a byly transfektovány do retrovirové sbalovací linie Phoenix-Ampho, jak je popsáno v Pear, W.S., Scott, M.L. a Nolan, G.P., Generation of High Titre, Hepler free Retroviruses by Transient Transfection. Methods in Molecular Medicine: Gene Therapy Protocols, Humana Press, Totowa, , NJ, str. 41-57. Chlamydiová knihovna v retrovirové formě byla potom přenesena do P815 buněk exprimujících H2-Ld, které byly potom použity jako cílové buňky pro stimulaci T-lymfocytární buněčné linie specifické proantigen.
• 4 4' · 4.4 • · 4 · 4 • 44 444 '·♦ 4444
Pro Chlamydie-specifická, myší Η2Λ restrihovaná CD8+ T-lymfocytární linie byla expandována v kultuře opakovanými stimulacemi pomocí ozářených J774 buněk infikovaných chlamydiemi a ozářených syngenních buněk sleziny, jak je popsáno ve Starnbach, M., J. Immunol. 153: 5183, 1994. Tato T-lymfocytární linie specifická pro chlamydie byla použitápro vyšetřování chlamydiové genomové expresní knihovny exprimované retrovirem-transdukovanými P815 buňkami. Pozitivní DNA soubory byly identifikovány detekci produkce—rFN=gamma—za použití—ELISPOT analýzy ( viz Lalváni et—al .^, J. Experimental Medicine 186: 859-865, 1997).
Dva pozitivní soubory, označené jako 2C7 a 2E10, byly identifikovány IFN-gamma ELISPOT testem. Stabilní transduktanty P815 buněk ze souboru 2C7 byly klonovány limitním ředěním a jednotlivé klony byly selektovány podle jejich kapacity vyvolat produkci CTL linie specifické pro Chlamydie. Z tohoto skríningového procesu byly selektovány čtyři pozitivní klony, označené jako 2C7-8, 2C7-9, 2C7-19 a 2C7-21. Podobně byl dále vyšetřován pozitivní soubor 2E10, což vedlo k zisku dalšího pozitivního klonu, který obashuje tři inserty. Tři inserty jsou fragmenty CT016, tRNA synthasy a clpX genů (SEQ ID NO: 268-270, v příslušném pořadí).
Transgenni DNA z těchto čtyř pozitivních 2C7.8 klonů byly amplifikovány PCR za použití pBIB-KS specifických primerů pro selektivní amplifikaci insertu chlamydiové DNA. Amplifikované fragmenty byly přečištěny na gelu a sekvencovány. Jeden imunoreaktivní klon, 2C7-8 (SEQ ID NO: 15, s předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 32) , je 160 bp fragment s homologii k nukleotidům 597304-597145 Chlamydia trachomatis, serovaru D (NCBI, BLAST vyhledávání; SEQ ID NO: 33, s předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO:
34). Sekvence klonu 2C7-8 se mapuje do dvou domnělých otevřených .· * '· · 4 ·
·..» ·
• « · '.· · · • · · 4 • ·
»· čtecích rámců z regionu s vysokou homologií popsanou bezprostředně výše, a konkrétně, jeden z těchto dvou domnělých otevřených čtecích rámců, který se skládá z 298 aminokyselinového fragmentu (SEQ ID NO: 16, s předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 17) vykazoval imunologickou aktivitu.
Kompletní klonování 298 aminokyselinového fragmentu (označeného jako CT529 a/nebo Čapl gen) ze serovaru L2 bylo získáno PCR ampTřfikací—za—použití.5 ' - ttttgaagcaggtaggtgaatatg (kódující)—(SEQ ID NO: 159) a 5'-ttaagaaatttaaaaaatccctta (reverzní) (SEQ ID NO: 160) primerů, a za použití přečištěné L2 genomové DNA C. trachomatis jako templátu. Tento PCR produkt byl přečištěn na gelu, byl klonován ďo pCRBlunt (Invitrogen, Carlsbad, CA) pro sekvencování a potom byl subklonován do EcoRI místa pBIB-KMS, derivátu pBIB-KS pro expresi. Homolog CT529 Chlamydia pneumoniae je uveden v SEQ ID NO: 291, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 292.
Kompletní DNA kódující různé CT529 serovary byly amplifikovány z bakteriálních lyzátů obsahujících 105 IFU, za použití popsaného způsobu (Denamur, E., C. Sayada, A. Souriau, J. Orfila, A. Rodolakis, and J. Elion, 1991, J. Gen. Microbiol. 137: 2525). Následující serovary byly amplifikovány popsaným způsobem: Ba (SEQ ID NO: 134, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 135); E (BOUŘ) a E(MTW447) (SEQ ID NO: 122, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 123); F(NI1) (SEQ ID NO: 128, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 129) ; G (SEQ ID NO: 126, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO:
127) ; Ia (SEQ ID NO: 124, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 125) ; LI (SEQ ID NO: 130, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 131) ; L3 (SEQ ID NO: 132, s příslušnou
9 ···· * · · iQík.
• 9
99
9
9
9'9 9 -9 9 9 předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO:
133) ; I (SEQ ID NO: 263, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 264); K (SEQ ID NO: 265, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 266); a MoPn (SEQ ID NO: 136, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO:
137) . PCR reakce byly provedeny s Advantage Genomic PCR kitem (Clontech, Palo Alto, CA) za použití primerů specifických pro
DNA serovaru L2 (ěxtemiTcURFn Sěkvence^primerů—byly-—
5'-ggtataatatctctctaaattttg (kódující - SEQ ID NO: 161) a 5'-agataaaaaaggctgtttg' (reverzní - SEQ ID NO: 162), s výjimkou MoPn, který vyžadoval 5'-ttttgaagcaggtaggtgaatatg (kódující - SEQ ID NO: 163) a 5'-tttacaataagaaaagctaagcactttgt (reverzní - SEQ ID NO: 164) . DNA amplifikovaná PCR byla přečištěna Qiaquick PCR purufication krtem (Qiagen, Valencia, CA) a byla klonována do pCR2.1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) pro sekvencování.
•v
Sekvencování DNA získané z insertů amplifikovaných PCR od imunoreaktivních klonů bylo provedeno na automatizovaném sekvenátoru (ABI 337) za použití pBIB-KS specifického kódujícího primeru 5'-ccttacacagtcctgctgac (SEQ ID NO: 165) a reverzního primeru 3'-gtttccgggccctcacattg (SEQ ID NO: 166). PCRBlunt klonovaná DNA kódující CT529 serovaru L2 a pCR2.1 klonovaná DNA kódující CT529 serovaru Ba, E(BOUŘ), E(MTW447) , F (Nil), G, Ia, K, LI, L3 a MoPn byly sekvencovány za použití T7 promotoru primeru a univerzálních M13 kódujících a M13 reverzních primerů.
Pro stanovení toho, zda tyto domnělé otevřené čtecí rámce (SEQ ID NO: 16 as 20) kódují protein s imunologickou funkcí, byly syntetizovány překrývající se peptidy (délky 17-20 aminokyselin) pokrývající délku dvou otevřených čtecích rámců, jak je popsáno vpříkladu 3. Standardní test uvolňování chrómu byl použit pro stanovení procenta specifické lýzy peptidem pulsovaných H2Ů .4« ···# 4 » 4« · « 44 <4 «44 « 4 · >4 » • 4 4 4 4 4 4 · 4
Π<< · · · 4 · ·
T-V4-4 4 4 «4« 44 4 4 4 ··*· restrihovaných cílových buněk. V tomto testu byly podíly P815 buněk (Η2Λ) značeny při teplotě 37 °C po dobu jedné hodiny 100 uCi 51Cr za přítomnosti nebo nepřítomnosti 1 ug/ml uvedeného peptidu. Po této inkubaci byly značené P815 buňky promyty pro odstranění nadbytku slCr a peptidu a potom byly umístěny dvojmo na mikrokultivační plotny v koncentraci 1000 buněk/jamku. Efektorové CTL (CD8 T-lymfocyty specifické pro Chlamydie) byly přidány v uvedenýchpoměrech efektor:cíl. Po 4 hodinové inkubaci byly odebránysupernatantya gammakamerou bylo měřeno uvolňování _^±Cr_ do supernatantu. Dva překrývající se peptidy z 298 aminokyselinového otevřeného čtecího rámce specificky stimulovaly CTL linii. Peptidy uvedené v SEQ ID NO: 138-156 byly syntetizovány á představují translaci L2 homologu otevřeného čtecího rámce pro CT529 (Čapl gen) serovaru D a 216 aminokyselinový otevřený čtecí rámec, jak je uvedeno na obr. 3, peptidy CtC7.8-12 (SEQ ID NO: 18~; též označovaný jako Capl#132-147, SEQ ID NO: 139) a CtC7.8-13 (SEQ ID NO: 19, též označovaný jako Capl#138-155, SEQ ID NO: 140), byly schopné vyvolat 38 až 52% specifickou lýzu, v příslušném pořadí, při poměru efektor.-cíl 10:1. Významné je, že přesah mezi těmito dvěma peptidy obsahoval předpokládaný Η2ύ (ΚΛ a La) vazebný peptid. 10 aminokyselinový peptid byl syntetizován tak, aby odpovídal této přesahující sekvenci (SEQ ID NO: 31) a bylo zjištěno, že generuje silnou imunitní odpověď v anti-chlamydiové CTL linii v Elispot testu. Významné je to, že prohledávání nejnovější GenBank databáze neodhalilo žádné proteiny, které by byly dříve přisouzeny tomuto genu. Proto domnělý otevřený čtecí rámec kódující klon 2C7-8 (SEQ ID NO: 15) definuje gen, který zahrnuje antigen od Chlamydie, který je schopný stimulovat CD8+ . T-lymfocyty specifické pro antigen MHC-I restrihovaným způsobem, což dokazuje, že tento antigen může být použit pro vývoj vakcíny proti Chlamydiím.
Pro potvrzení těchto výsledků a pro další mapování epitopu byly u
· Λ ιαεί.
··· «
• · * · ·« (*· • 9 9 · · · * • · · · * • 4» · 9 · · • · · 9 · «*« 999 ·· ··*· připraveny zkrácené peptidy (SEQ ID NO: 138-156) a byly testovány na rozpoznávání T-lymfocyty v IFN-gamma ELISPOT testu. Zkrácení Serl39 (Capl#140-147, SEQ ID NO: 146) nebo Leu 147 (Capl#138-146, SEQ ID NO: 147) rušilo rozpoznávání T-lymfocyty. Tyto výsledky naznačují, že 9-měrový peptid Capl#139-147 (SFIGGITYL, SEQ ID NO: 145) je minimální epitop rozpoznávaný T-lymfocyty specifickými pro Chlamydie.
Srovnání sekvencí Čapl (TC529) od vybraných serovarů C. -— trachomatis (SEQ ID NO: 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 137 a 139) ukázalo, že jedna aminokyselinová odlišnost se nachází v pozici 2 navrženého epitopu. Homologický peptid serovarů D je SIIGGITYL (SEQ ID NO: 168) . Byla srovnávána schopnost SFIGGITYL a SIIGGITYL umožnit rozpoznávání cílových buněk T-lymfocyty specifickými pro Chlamydie. Sériová ředění každého peptidu byla inkubována s P815 buňkami a byla testována na rozpoznávání T-lymfocyty v testu uvolňování 51Cr, jak byl popsán výše. T-lymfocyty specifické pro Chlamydie rozpoznávají peptid serovarů L2 při minimální koncetraci 1 nM a peptid serovarů D při minimální koncentraci 10 nM.
Další pokusy prokázaly, že Capl#139-147 specifický T-lymfocytární klon rozpoznává buňky infikované C. trachomatis.
Pro potvrzení toho, že Capl^ je přítomen na povrchu buněk infikovaných Chlamydiemi byly Balb-3T3 (Η-2ύ) buňky infikovány C. trachomatis serovarů L2 a byly testovány pro určení toho, zda jsou tyto buňky rozpoznávány CD8+ T-lymfocytárním klonem specifickým pro Capl#139-147 epitop (SEQ ID NO: 145). T-lymfocytární klon specifický pro Capl#139-147 epitop byl získán limitním ředěním T-lymfocytární linie 69. T-lymfocytární klon specificky rozpoznává buňky infikované Chlamydiemi. V těchto pokusech byly cílovými buňkami buňky infikované Chlamydiemi (pozitivní kontrola) nebo neinfikované Balb/3T3 buňky, vykazující 45%, 36% a 30% specifickou
.··· lýzu při poměrech efektorových a cílových buněk 30:1, 10:1 a 3:1, v příslušném pořadí; nebo buňky P815 potažené Capl#139-147 epitopem (SEQ ID NO: 145) nebo neošetřené P815 buňky, vykazující 83%, 75% a 58% specifickou lýzu při poměrech efektorových a cílových buněk 30:1, 10:1 a 3:1, v příslušném pořadí (negativní kontroly vykazovaly menší než 5% lýzu ve všech případech). Tato data naznačují, že epitop je přítomen během infekce.
Pokusy in vivo prokázaly, že T-lymfocyty specifické pro-Capl#139-147 epitop jsou aktivovány během infekce myši C. tachomatis. Pro .stanovení toho, zda C. tachomatis aktivuje odpověď T-lymfocytů specifických pro Čapl#139-147 epitop, byly myši infikovány i.p. 10® IFU C. tachomatis serovaru L2. 2 týdny po i nfekci byly myši utraceny a buňky sleziny byly stimulovány na ozářených šyngenních buňkách sleziny pulsovaných Capl#139-147 peptidovým epitopem. Po 5 dnech inkubace byly kultury použity ve standardním testu uvolňování 5xCr pro určení toho, zda byly v kultuře přítomny T-lymfocyty specifické pro Capl#139-147 epitop. Konkrétně, buňky sleziny od myši imunizované C. trachomatis serovaru L2 nebo od kontrolní myši, které byl injekčně podán PBS, po 5 dnech kultivace se syngenními buňkami sleziny potaženými Capl#139-147 peptidem a CD8+ T-lymfocyty schopnými specificky rozpoznávat Capl#139-147 epitop, dávaly 73%, 60% a 32% specifickou lýzu při poměru efektorových a cílových buněk 30:1, 10:1 a 3:1, v příslušném pořadí. Kontrolní myši měly procento lýzy přibližně 10% při poměru cílových a efektorových buněk přibližně 30:1 a tato lýza se rovnoměrně snižovala při snižování poměru efektorových a cílových buněk. Cílové buňky byly P815 buňky potažené Capl#139-147 peptidem nebo nepotažené P815 buňky. Tato data naznačují, že T-lymfocyty specifické pro Capl#139-147 peptid jsou aktivovány během infekce myši C. trachomatis.
Byly provedeny pokusy demonstrující to, že Ct529 (zde ···· •T08* označovaný jako. Cap-1) se lokalizuje do inklusní membrány buněk infikovaných C. trachomatis a není asociován s elementárními tělísky nebo retikulačními tělísky. Jak bylo popsáno výše, byl Cap-1 identifikován jako.produkt Chlamydií, které stimulují CD8+
CT1. Tyto CTL jsou protektivní v myším modelu infekce, což činí z Cap-1 dobrý kandidát na vakcínu. Dále, protože jsou tyto CTL MHC restrihované, musí mít Cap-1. gen přístup do cytosolu infikovaných buněk, což může být jedinečnou charakteristikou specifických
Chlamydiových genových produktů. Proto můžexbýt—určení—buněčné --— lokalizace genových produktů užitečné pro charakterizaci Cap-1 jako kandidáta pro vakcinaci. Pro detekci intracelulární lokalizace Cap-1 se králičí polyklonální protilátky namířené proti rekombinantnímu polypeptidů obsahujícímu N-koncových 125 aminokyselin Cap-1 (SEQ ID NO: 305, s aminokyselinovou sekvencí zahrnující N-koncúvóů 6-His koncovku uvedenou v SEQ ID NO: 304) použity pro barvení McCoy buněk infikovaných Chlamyidií.
Králičí anti-Cap-1 polyklonální protilátky byly získány hyperimunizací králíků rekombinantním polypeptidem, rCt529cl-125 (SEQ ID NO: 305) obsahujícím N-koncovou část Cap-1. Rekombinantní rCt529el-125 protein byl získán z E. coli transformované pET expresním plasmidem (jak je popsáno výše) kódujícím nukleotidy 1-375 kódující N-koncové aminokyseliny 1-125 Cap-1. Rekombinantní protein byl přečištěn Ni-NTA za použití technik dobře známých v oboru. Jako pozitivní kontrolní antisérum se použilo polyklonální antisérum namířené proti elementárním tělískům připravené imunizací králíků přečištěnými elementárními tělísky C. trachomatis (Biodesign, Sacco, Maine). Pre-imunní sérum získané od králíků před imunizací Cap-1 polypeptidem se použilo jako negativní kontrola.
Imunocytochemické vyšetření se provedlo na monovrstvách McCoy buněk kultivovaných na skleněných krycích sklíčkách inokulovaných
buď C. trachomatis serovarem L2, nebo C. psitacci kmenem 6BC, v koncentraci 106 IFU (jednotek vytvářejících inkluse) na ml. Po 2 hodinách se medium aspirovalo a nahradilo se čerstvím RP-10 ediem doplněným cykloheximidem (1.0 ug/ml j . Infikované buňky se inkubovaly v 7% CO2 po dobu 24 hodin a fixovaly se aspirací media, vypláchnutím buněk jednou PBS“ a fixací v methanolu po dobu 5 minut. Pro barvení na antigen se fixovaná monovrštva buněk promyla PBS a provedla se inkubace při 37 °C po dobu 2 hodin s 1:100 ^eděnimi^pecifickeho^neboHkontrolního—antiséra—Buňky se ._ propláchly PBS a inkubovaly se po dobu 1 hodiny s fluoresceinem isothiokyanatanem (FITC)-značeným anti-králičím IgG (KPL,
Gaithersburg) a barvily se Evansovou modří (0,05%) v PBS.
Fluorescence se pozorovala za použití 100X objektivu (Zeiss epifluořescenční mikroskop) a vyfotografovala se (Nikon UFX-11A kamera) . . ' '
Výsledky tohoto pokusu ukazují, že Cap-1 se lokalizuje do inklusní membrány buněk infikovaných C. trachomatis. Protilátka specifická pro Cap-1 značkovala inklusní membrány buněk infikovaných C. trachomatis, ale ne chlamydiové elementární tělíska obsažaná v těchto inklusích nebo uvolněná během procesu fixace. Naopak, protilátka proti elementárním tělískům jasně značila bakteriální tělíska, nejen v inklusích, ale i ta, která byla uvolněna během procesu fixace. Specificita anti-Cap-1 protilátky je demonstrována skutečností, že nebarví buňky infikovaná C. psittaci. Specificita Cap-1 značení je také prokázána nepřítomností reaktivity v preimuním séru. Tyto výsledky naznačují, že Cap-1 je uvolňována z bakterií a asociuje se s chlamydiovou inklusní membránou. Proto je Cap-1 genový produkt, který může být užitečný pro stimulaci CD8+ T-lymfocyt při vývoji vakcíny proti infekcím způsobeným chlamydiemi.
Význam Cap-1 genu jako potenciálního CTL antigenu ve vakcíně ···· proti chlamydiovým infekcím je dále ilustrován dvěma dalšími sériemi pokusů. Nejprve bylo prokázáno, že CTL specifické pro MHC-I epitop Cap-l CT529#138-147 peptid C. trachomatis (SEQ ID NO: 144) jsou indukovány na vysokou frekvenci během přirozené infekce. Konkrétně, Balb/C myši byly naočkovány 10s IFU C. trachomatis, serovaru L2. Po 2 týdnech se odebraly sleziny a provedla se kvantifikace pomocí Elispot analýzy na počet buněk secernujících IFn-gamma v reakci na buňky prezentující antigen pulsované “Cap^TLVOB-i^^eptidem^Ve-dvou^-pGkuseeh-^byl počet buněk _ secernuj ících IFN-gama v 10s splenocytů přibližně 1% všech CD8+ T-lymfocytů. Tato vysoká frekvence CD8+ CTL odpovídajících na MHC-1 epitop (Cap-1 CT529#138-147 peptid) naznačuje, že Cap-1 je při infekci vysoce imunogenní.
Výsledky z druhé série pokusů ukazují, že Cap-l protein je po infekci téměř okamžitě detekovatelný v cytosolu hostitelské buňky. Toto je ukázáno na časovém průběhu prezentace Cap-1 CT529#138-147 peptidu. Stručně, 3T3 buňky se infikovaly C. trachomatis serovaru L2 po různou dobu. a potom se testovaly na rozpoznávání CTL specifickými pro Cap-l CT529#138-147 peptid. Výsledky ukazují, že 3T3 buňky infikované C. trachomatis jsou cílem rozpoznávání CTL specifickými pro antigen již za 2 hodiny po infekci. Tyto výsledky ukazují, že Cap-l je časný protein syntetizovaný při vývoji elementárních tělísek C. trachomatis na retikulární tělíska. CD8+ CTL imunitní reakce namířená proti genovému produktu exprimovanému časně při infekci může být účinná ve vakcíně proti chlamydiovým infekcím.
Příklad 5: Vyvolání protilátkové a T-lymfocytární odpovědi u myší imunizovaných chlamydiovými antigeny
Testy imunogenicity byly provedeny pro stanovení protilátkové a CD4+ T-lymfocytární odpovědi u myší imunizovaných bud' přečištěným • ·
I
Ίϊ’ι ‘
SWIB, nebo S13 proteinem připravenými s Montanide adjuvans, nebo DNA imunizací pcDNA-3 expresními vektory obsahujícími DNA sekvence pro SWIB nebo S13. SWIB je také označován jako klon 1-B1-66 (SEQ ID NO: 1, s odpovídající aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 5) , a S13 ribosomální protein je také označován jako klon 10-C10-31 (SEQ ID NO: 4, s odpovídající aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 12) . V prvním pokusu byly skupiny tří C57BL/6 myší imunizovány dvakrát a byla sledována protilátková a CD4+ T-lymfocytární odpověď. DNA imunizace byla provedena intradermálně na bázi ocasu a polypeptidové imunizace byly provedeny podkožně. Výsledky standardního testu inkorporace 3H v buňkách sleziny od imunizovaných myší ukázaly silnou proliferativní odpověď ve skupině imunizované přečištěným rekombinantním SWIB polypeptidem (SEQ ID NO: 5) . Další analýzy v testech na indukci cytokinů, jak byly popsány výše, prokázaly, že skupina imunizovaná SWB polypeptidem produkovala .měřitelné IFN-gamma a IL-4 odpovědi. Potom byly provedeny ELISA testy pro určení převládajícího izotypu v protilátková odpovědi ve skupině imunizované SWIB polypeptidem. Obr. 4 ilustruje to, že skupina imunizovaná SWIB měla protilátkovou odpověď především IgGl.
Ve druhém pokusu byly C3H myši imunizované třikrát 10 ug přečištěného SWIB proteinu (který je označován také jako klon 1-B1-66, SEQ ID NO: 5), který byl připraven buď v PBS nebo Montanide, ve 3 týdenních intervalech, a odběry byly provedeny dva týdny po třetí imunizaci. Titry protilátek proti SWIB proteinu byly určeny standardním ELISA testem známým v oboru a bylo zjištěno, že SWIB protein připravený s Montanide adjuvans indukoval silnou protilátkovou odpověď. Proliferační reakce T-lymfocytů byla určena pomocí XTT testu (Scudiero et al., Cancer Research, 1988, 48: 4827) . Jak je uvedeno na obr. 5, splenocyty od myší imunizovaných SWIB polypeptidem plus Montanide indukovaly proliferační odpověď specifickou pro antigen. Dále, kapacita ···· *11*2* splenocytů od imunizovaných myší secernovat IFN-gamma v reakci na rozpustný rekombinantní SWIB polypeptid byla určena za použití testu indukce cytokinů, jak byl popsán dříve. Splenocyty od všech zvířa ve skupině imunizované SWIB polypeptidem připraveným s Montanide adjuvans secemovaly IFN-gamma v reakci na expozici SWIB antigenu od Chlamydie, což dokazuje imunitní reakci specifickou pro Chlamydie. '
V dalším pokusuNbyly C3H myši imunizované ve třech dobách na bázi ocasu 10 ug SWIB nebo S13 proteinu (C. trachomatis, SWIB protein, klon 1-B1-66, SEQ ID NO: 5; a S13 protein, klon 10-C10-31, SEQ ID NO: 4), který byl připraven s SBAS2 adjuvans (SmithKline Beecham, London, England). Titry protilátek specifických pro antigen byly měřeny ELISA a ukázalo se, že oba polypeptidy indukovaly silnou IgG odpověď, v rozmezí titrů’1x10 do 1x10_Ξ. IgGl a IgG2a složky této odpovědi byly přítomné., v téměř stejných množstvích, proliferační odpovědi T-lymfocytů specifické pro antigen, které byly určeny standardními testy inkorporace 3H na buňkách sleziny izolovaných od imunizovaných myší, byly dosti silné pro SWIB (o 50000 vyšší než pro negativní kontrolu) a ještě silnější pro S13 (o 100000 cpm než pro negativní kontrolu) . Produkce IFN-gamma byla testována standardním ELISA testem ze supernatantu proliferující kultury. In vitro restimulace kultury S13 proteinem indukovala vysokou produkci IFN-gamma, přibližně 25 ng/ml versus 2 ng/ml pro negativní kontrolu. Restimulace SWIB proteinem také indukovala produkci IFN-gamma, i když v menším rozsahu.
V podobném pokusu byly C3H myši imunizované ve teřch dobách na bázi ocasu 10 ug SWIB nebo S13 proteinu (C. trachomatis, SWIB protein, klon 1-B1-66, SEQ ID NO: 5; a S13 protein, klon 10-C10-31, SEQ ID NO: 4), který byl připraven s 10 ug cholera-toxinu. Slizniční imunizace byla provedena intranasální
11’3 ’ inokulací. Antigen-specifická protilátková odpověď byla měřena standardní ELISA technikou. Antigen-specifické IgG protilátky byly přítomny v krvi myší imunizovaných SWIB, s titry v rozmezí lxl CM 3 až lxlO-4, ale žádné nebyly detekovatelné u zvířat imunizovaných S13. T-lymfocytární reakce specifické pro antigen, jak jsou měřeny podle produkce IFN-gamma, dávaly podobné výsledky, jako jsou výsledky popsané výše pro systémovou imunizaci.
Pokus na zvířatech byl proveden pro určení imunogenicity CT529 serovaru LGV II CTL epitopu, který je definován CT529 10-měrovým konvenčním peptidem (CSFIGGITYL - SEQ ID NO: 31), o kterém bylo zjištěno, že je restrihovaným H2-Kd CTL epitopem. BALB/c myši (3 myši na skupinu) byly imunizované třikrát 25 ug peptidu spoleu s /různými adjuvans. Peptid byl podáván systémově na bázi ocasu buď v SKB aduvantním systému SBAS-21', SBAS-7 (SmithKline Beecham, London, England) nebo v Montanide. Peptid byl také podáván intranasálně v kombinaci s 10 ug cholera-toxinu (CT) . Naivní myši byly použity jako kontroly. 4 týdny po 3. imunizaci byly buňky sleziny restimulovány LPS-blasty pulsovanými 10 ug/ml CT529 10-měrového konvenčního peptidu při třech různých poměrech efektorových buněk ku LPS-blastům: 6, 1,5 a 0,4 při lxl06 buňkách/ml. Po 2 restimulacích byly efektorové buňky testovány na svou schopnost lyžovat peptidem pulsované P815 buňky pomocí standardního testu uvolňování chrómu. Nepříbuzný peptid z kuřecího vaječného ovalbuminu byl použit jako negativní kontrola, výsledky dokazují, že signifikantní imunitní odpověď byla vyvolána proti CT529 10-merovému konvenčnímu peptidu a že T-lymfocyty specifické pro antigen schopné lyžovat peptidem pulsované cíle byly indukovány imunizací peptidem. Přesněji, lytické aktivity specifické pro antigen byly zjištěny u skupin s SBAS-7 a CT adjuvans, zatímco SBAS-2'' a Montanide selhaly v indukci imunizace CTL epitopem.
···· ·♦ ···· •rri4e
Příklad 6: Exprese a charakterizace genů Chlamydia pneumoniae
Lidská T-lymfocytární linie, TCL-8, popsaná v příkladu 1, rozpoznává dendritické buňky odvozené od monocytů infikované Chlamydia trachomatis, stejně jako Chlamydia pneumoniae, což naznačuje, že Chlamydia pneumoniae a Chlamydia trachomatis mohou obsahovat zkříženě reaktivní T-lymfocytární epitopy. Pro izolování genů Chlamydia pneumoniae homologních s geny Chlamydia trachomatis -LGV—;IIklony 1-B1-66,—které—3 sou—také—označovány—jako SWIB (SEQ ID NO: l) a klonem 10-C10-31, který je též označován jako S13 ribosomální protein (SEQ ID NO: 4), byly HeLa 229 buňky infikovány C. pneumoniae kmene TWAR (CDC/CWL-029) . Po třech dnech inkubace byly HeLa buňky infikované C. pneumoniae sklízeny, promyty a re suspendovány ve 200 ul vody a zahřívaly se ve vroucí vodní lázni po 'dobu 20 minut. 10 ul suspenze rozrušených buněk se použilo jako temlát pro PCR.
Primery specifické pro C. pneumoniae byly navrženy pro klony 1-B1-66 a 10-C10-31 tak, že 5' konec obsahoval 6x-histidinovou koncovku a Ndel místo a 3' konec obsahoval stop kodon a BamHI místo (obr. 6) . PCR produkty byly amplifikovány a sekvencovány za použití standardních technik dobře známých v oboru. Produkty PCR specifické pro C. pneumoniae byly klonovány do expresního vektoru pETl7B (Novagen, Madison, WI) a byly transfektovány do E. coli BL21 pLysS pro expresi a následné přečištění za použití histidin-niklové chromatografické metody od Novagen. Takto byly připraveny dva proteiny C. pneumoniae, 10-11 kDa protein označený jako CpSWIB (SEQ ID NO: 27 a SEQ ID NO: 78 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 28), a 15 kDa protein označený jako CpS13 (SEQ ID NO: 29 a SEQ ID NO: 77 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 30 a 91, v příslušném pořadí).
l*ř5 * ···
Příklad 7: Indukce proliferace T-lymfocytů a produkce interferonu-gamma antigeny Chlamydia pneumoniae
Schopnost rekombinantních antigenů Chlamydia pneumoniae indukovat proliferaci T-lymfocytů a produkci interferonu gamma byla určena následujícím způsobem.
Proteiny se indukovaly IPTG a přečistily se afinitní chromátogr^afií—na NÍ--NTAagarose (Webb e^al.., 34 Immunology 157 5034-5041, 1996) . Přečištěné polypeptidy se potom vyšetřovaly na schopnost indukovat proliferaci T-lymfocytů v přípravcích PBMC. PBMC od pacientů s C. pneumoniae, stejně jako od normálních dárců, o kterých je známo, že jejich T-lymfocyty proliferují v reakci na chlamydiové antigeny, se kultivovaly v mediu bsahujícím RPMI 1640 doplněné 10%'.lidským sérem a 50 ug/ml gentamycinu. Přečištěné polypeptidy se přidaly dvojmo v koncentracích 0,5 až 10 ug/ml. Po 6 dnech kultivace v 96-jamkových plotnách s oblým dnem v objemu 200 ul se z každé jamky odebralo 50 ul media za účelem stanovení koncentrace IFN-gamma, jak je popsáno dále. Plotny se potom pulsovaly 1 uCi/jamku tritiovaného thymidinu po dalších 18 hodin a potom se vyhodnocovalo vychytávání thymidinu za použití plynového scintilačního detektoru. Frakce, které vedly k proliferaci - v obou provedeních - vyšší než trojnásobné než je proliferace pozorovaná u buněk kultivovaných v samotném mediu, se považovaly za pozitivní.
Interferon gamma se měřil pomocí ELISA. ELISA plotny se potáhly myší monoklonální protilátkou namířenou proti lidskému IFN-gamma (PharMingen, San Diego, CA) v PBS během 4 hodin při teplotě místnosti. Jamky se potom blokovaly PBS obsahujícím 5% (hmot./obj.) odtučněného sušeného mléka během 1 hodiny při teplotě místnosti. Plotny se potom šestkrát promyly v PBS/0,2% Tween 20 a vzorky se naředily 1:2 v kultivačním mediu a v ELISA plotně se • · 4 · •••ί .· :
tfl‘6 ···· inkubovaly přes noc při teplotě místnosti. Plotny se znovu promyly a do každé jamky se přidalo polyklonální králičí sérum proti lidskému IFN-gamma naředěné 1:3000 v PBS/10% normálním kozím seru. Plotny se potom inkubovaly po dobu 2 hodin při teplotě místnosti, promyly se a přidal se anti-králičí IgG konjugovaný na křenovou peroxidasu (Sigma Chemical Co, St. Louis, MO) v ředění 1:2000 v PBS/5% odtučněném sušeném mléku. Po dalších 2 hodinách inkubace při teplotě místnosti se plotny promyly a přidal se TMB substrát. Reakce—se ukončila za^o minut—přidáním IN kyseliny sírovém Optická densita se určila při 450 nm za použití 570 nm jako referenční vlnové délky. Frakce, které v obou provedeních dávaly OD dvakrát vyšší než je průměrná OD pro buňky kultivované pouze v mediu, plus 3 standardní odchylky, byly považovány za pozitivní.
Lidská anti-chlamydiová T-lymfocytární linie (TCL-8) zkříženě reagující s C. trachomatis a C. pneumoniae byla použita pro stanovení toho, zda exprimované proteiny popsané v předešlém přikladu (CpSWIB, SEQ ID NO: 27 a SEQ ID NO: 78 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 28, a 15 kDa protein označený jako CpS13, SEQ ID NO: 29 a SEQ ID NO: 77 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 30 a 91, v příslušném pořadí) obsahují T-lymfocytární epitopy společné C. trachomatis a C. pneumoniae. Stručně, E. coli exprimující chlamydiové proteiny se titrovaly na lxl 04 dendritických buněk odvozených od monocytů. Po dvou hodinách se kultury dendritických buněk promyly a přidalo se 2,5 x 104 T-lymfocytů (TCL-8) a inkubace pokračovala po dobu dalších 72 hodin. Množství IFN-gamma v supernatantu kultury se určilo ELISA. Jak je uvedeno na obr. 7A a 7B, TCL-8 T-lymfocytární linie specificky rozpoznávala S13 ribosomální protein od C. trachomatis i od C. pneumoniae, jak je dokázáno antigenněspecifickou indukcí IFN-gamma, zatímco tyto T-lymfocyty rozpoznávaly pouze SWIB protein od C. trachomatis. Pro ověření e·· · ·· l··· '•sir těchto výsledků byl T-lymfocytární epitop C. trachomatis SWIB identifikován epitopovým mapováním za použití cílových buněk pulsovaných sérií překrývajících se peptidů a T-lymfocytární linie TCL-8. Testy inkorporace 3H-thymidinu prokázaly, že peptid, označený jako C.t.SWIB 52-67, SEQ ID NO: 39, vyvolává nej silnější proliferaci TCL-8 linie. Homologní peptidy odpovídající sekvenci SWIB C. pneumoniae (SEQ ID. NO: 40), fúzi topoizomerasa-SWIB C. pneumoniae (SEQ ID NO: 43) a C. trachomatis (SEQ ID NO: 42), stejně jako lidská—SWIdoména (SEQ IDHSTO:—41) byly syntetizovány a byly testovány v tomto testu. T-lymfocytární linie TCL-8 rozpoznávala pouze C. trachomatis peptid SEQ ID NO: 39 a nikoliv příslušný peptid C. pneumoniae (SEQ ID NO: 40) ani jiné příslušné peptidy uvedené výše (SEQ ID NO: 41-43) .
T-lymfocytární linie specifické pro chlamydie byly připraveny od dárce CP-21 s pozitivním titrem séra proti C. pneumoniae stimulací PBMC od dárce dendrit-ickými buňkami odvozenými od monocytů infikovanými buď C. trachomatis, nebo C. pneumoniae, v příslušném pořadí. T-lymfocyty připravené proti C. pneumoniae odpovídaly na rekombinantní C. pneumoniae-SWIB, ale ne na C. trachomatis-SWIB, zatímco T-lymfocyty připravené proti C. trachomatis neodpovídaly na C. trachomatis ani na C. pneumoniae-SWIB (viz obr. 9). Imunitní odpověď dárce CP-21 specifická pro C. pneumoniae-SWIB potvrdila infekci C. pneumoniae a naznačila indukci T-lymfocytů specifických pro C. pneumoniae-SWIB behem infekce C. pneumoniae in vivo.
Epitopové mapování T-lymfocytární reakce na C. pneumoniae-SWIB ukázalo, že Cp-SWIB-specifické T-lymfocyty odpovídají na překrývající se peptidy Cp-SWIB 32-51 (SEQ ID NO: 101) a Cp-SWIB 37-56 (SEQ ID NO: 102), což ukazuje na C. pneumoniae-SWIB specifický T-lymfocytární epitop Cp-SWIB 37-51 (SEQ ID NO: 100).
·*·· • ί •lf 8
V dalších pokusech byly T-lymfocytární linie připraveny od dárce CPI, též C. pneumoniae seropozitivního dárce, stimulací PBMC neinfekčními elementáními tělísky od C. trachomatis a C.
pneumoniae, v příslušném pořadí. Konkrétně, proliferační reakce byly určeny stimulací 2,5 x 104 T-lymfocytů za přítomnosti 1 x 104 dendritických buněk odvozených od makrofágů a neinfekčních elementárních tělísek odvozených od C. trachomatis a C.
pneumoniae, nebo jedním z rekombinantní ch C. trachomatis nebo C. pneumoniae SWIB proteinů. T-lymfocytární reakce naSWIB napodobovala data získaná pro T-lymfocytární linii od CP-21 v tom, že C. pneumoniae-SWIB, ale nikoliv C. trachomatis-SWIB, vyvolávaly odpověď u C. pneumoniae T-lymfocytární linie. Dále, C. trachomatis T-lymfocytárni linie neproliferovala v reakci ani na C. trachomatis, ani na C. pneumoniae SWIB, ačkoliv proliferovala v reakci na CT i na CP elementární tělíska.’? Jak je popsáno v příkladu 1, klon 11-C12-91 {SEQ ID NO: 63J , identifikovaný za použití TCP-21 buněčné linie, obsahuje 269 bp insert, který je součástí 0MP2 genu (CT443) a vykazuje homologii s 60 kDa proteinem zevním membrány bohatým na cystein od C. pneumoniae, který se označuje jako OMCB. Pro další definování reaktivních epitopů se provedlo epitopové mapování za použití série překrývajících se peptidů a imunotestu popsaného výše. Stručně, proliferační odpovědi byly stanoveny stimulací 2,5 x 104 TCP-21 T-lymfocytů za přítomnosti 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů s buď neinfekčními elementárními tělísky od C. trachomatis a C. pneumoniae, nebo peptidy odvozené od proteinové sekvence C. trachomatis nebo C. pneumoniae OMCB peptidu (0,1 ug/ml) . TCP-21 T-lymfocyty odpovídají na epitopy CT-OMCB#167-186,
CT-OMCB#171-190, CT-0MCB#171-186 a v menším rozsahu na CT-OMCB#175-186 (SEQ ID NO: 249-252, v příslušném pořadí).
Významné je, že TCP-21 T-lymfocytární linie také proliferuje v reakci na homologní peptid C. pneumoniae CP-OMCB#171-186 (SEQ ID NO: 253) , kde tato proliferace je stejná nebo lepší než • · iia :
proliferace v reakci na peptidy C. trachomatis. Aminokyselinová substituce v pozici 2, t.j. Asp za Glu, a v pozici 4, t.j. Cys za Ser, nemění proliferativní reakce T-lymfocytů a tak dokazuje, že tento epitop je zkříženě reaktivní epitop mezi C. trachomatis a C. pneumoniae.
Příklad 8: Imunitní reakce lidských PBMC a T-lymfocytárních linií na chlamydiové antigeny
Uvedené příklady naznačují, že v populaci existuje podskupina zdravých dárců, kteří byly infikováni C. trachomatis a vyvinula se u nich protektivní imunita kontrolující infekci C. trachomatis. Tito dárci zůstávají klinicky asymptomatiční a seronegativní pro C. trachomatis. Pro charakterizování imunitních reakcí normálních dárců na chlamydiové antigeny, které byly identifikovány CD4 expresním klonováním, byly PBMC získané od 12 zdravých dárců testovány proti panelu rekombinantních chlamydiových antigenů včetně C. trachomatis-, C. pneumoniae-SWIB a C. trachomatis-, C. pneumoniae-S13. Data jsou shrnuta v následující tabulce 1. Všichni dárci byly seronegativní na C. trachomatis, zatímco 6/12 mělo pozitivní titr pro C. pneumoniae. Za použití stimulačního indexu >4 jako pozitivní reakce odpovídalo 11/12 jedinců na elementární tělíska C. trachomatis a 12/12 na elementární tělíska C.
pneumoniae. Jeden jedinec, AD104, reagoval na rekombinantní S13 protein C. pneumoniae, ale ne na rekombinantní protein S13 C. trachomatis, což ukazuje na reakci specifickou pro C. pneumoniae. Tři z 12 dárců vykazovaly odpověď specifickou pro C. trachomatis-SWIB, ale ne C. pneumoniae-SWIB, což potvrzuje infekci C. trachomatis. C. trachomatis- a C. pneumoniae-S13 vyvolal odpověď u 8/12 jedinců, což ukazuje na chlamydiovou infekci. Tato data dokazují schopnost SWIB a S13 vyvolat T-lymfocytární reakci v PBMC u normálních pokusných jedinců.
1Ϊ3Θ
4 · 4 4 4 ·
444 4
Tabulka 1: Imunitní reakce normální pokusných jedinců na Chlámydie
| Donor | Pohlaví Titr Chlam.IgG | CT EB | CP EB | CT Swib | CP Swib | CT S13 | CP S13 | CT ípd; | CP k TSA | |
| AD100 | muž | negativní | + + | ++ + | + | - | ++ | ++ | - | nt ' |
| ADI 04 | žena | negativní | ++ + | ++ | ' - | - | - | + + | - | nt |
| AD108 | muž | CP 1:256 | ++ | ++ | + | + | + | + | nt | |
| AD112 | žena | negativní | ++ | ++ | + | — | + | nt | ||
| AD120 | muž | negativní | - | + | - | - . | - | - | - | nt |
| AD124 | žena | CP 1:128 | + + | + + | - | - | - | - | - | nt |
| AD128 | muž | CP 1:512 | + | ++ | - | - | ++ | + | ++ | - |
| AD132 | žena | negativní | ++ | ++ | - | + | + | - | - | |
| AD136 | žena | CP 1:128 | + | ++ | - | - | - | - | - | |
| AD140 | muž | CP 1:256 | ++ | + + | - | - | + | + | - | - |
| AD142 | žena | CP 1:512 | + t | + + | - | + | + | + | - | |
| AD146 | žena | negativní | ++ | ++ | - | ++ | + | + | - |
CT = Chlamydia trachomatis; CP = Chlamydia pneumoniae; EB = chlamydiová elementární tělíska; SWIB = rekombinantní chlamydiový SWIB protein; S13 = rekombinantní chlamydiový S13 protein; lpdA = rekombinantní chlamydiový lpdA protein; TSA = rekombinantní chlamydiový TSA protein. Hodnoty představují výsledky ze standardních proliferačních testů. Proliferační odpovědi byly určeny stimulací 3 x 105 PBMC 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů, které byly preinkubovány s příslušnými rekombinantními antigeny nebo elementárními tělísky (EB) . Testy byly hodnoceny po 6 dnech s alespoň 18 hodinovým pulsem 3H-thymidinem.
SI: Stimulační index : SI přibl. 4; +: SI > 4; ++: SI =10-30; +++: SI > 30.
»· ·· · · · • · · * • · · · · ·
1&1 : ·:« «·· ··
V první sérii pokusů byla T-lymfocytární linie připravena od zdravé ženy (CT-10) s anamnesou genitální infekce C. trachomatis pomocí stimulace T-lymfocytů elementárními tělísky c. trachomatis LGV II, jak bylo popsáno výše. Ačkoliv měl jedinec anamnesu infekce C. trachomatis, neserokonvertoval a neměl klinické příznaky, což naznačuje, že měl protektivní imunitu proti C. trachomatis. Jak je uvedeno na obr. 10, primární T-lymfocytární linie specifická pro chlamydie získaná od CT10 reagovala na C.
trachomatis-SWIB, ale ne na C. pneumoniae-SWIBrekombinantníproteiny, což potvrzuje infekci CT-10 C. trachomatis. Epitopové mapování T-lymfocytární odpovědi na C. trachomatis-SWIB ukázalo, že tento jedinec odpovídal na stejný epitop Ct-SWIB 52-67 (SEQ ID NO: 39) jako T-lymfocytární linie TCL-8, jak je uvedeno na obr. 11.
Další T-lymfocytární linie byly připraveny způsobem popsaným výše pro různé pacienty s infekcí C. trachomatis. Souhrn klinického profilu pacientů a proliferáčních reakcí na různá elementární tělíska C. trachomatis a C. pneumoniae a na rekombinantní proteiny je uveden v tabulce 2.
• ·
12.2 :
Tabulka 2: Proliferativní odpověď pacientů s infekcí C. trachomatis
| Pacient | Klinický proj ev | Titr IgG | CT EB | CP EB | CT Swib | CP Swib | CT S13 | CP S13 | CT lpdZ | CT l TSA |
| CT-1 | NGU | ' negat. | + | + | - | - | ++ | ++ | ++ | + |
| CT-2 | NGU | negat. | + + | ++ | - | - | + | - | - | |
| CT-3 | asymptomat .· | Cti:512 | + | + | - | - | + | - | - | |
| měl Eb | Cpi:1024 | |||||||||
| Dx byl HPV | Cpsl:256 | |||||||||
| CT-4 | asymptomat. | Cti:1024 | + | + | - | - | - | - | - | |
| měl Eb | ||||||||||
| CT-5 | BV | Cti:256 | ++ | ++ | - | - | + | - | - | - |
| Cti:256 | ||||||||||
| CT-6 | perineální | Cpi :1024 | + | + | - | - | - | - | - | - |
| exantem | ||||||||||
| CT-7 | BV | ' Cti:512 | + | + | - | - | + | + | + | - |
| vřed na genitálu | Cpi:1024 | |||||||||
| CT-8 | neznámo | netest. | + + | ++ | - | - | - | - | - | - |
| CT-9 | asymptomat. | Cti:128 | +++ | + + | - | - | ++ | + | + | - |
| Cpi:128 | ||||||||||
| CT-10 | Svědění v | negat. | ++ | ++ | - | - | - | - | - | - |
| obl. pochvy | ||||||||||
| CT-11 | BV | Cti:512 | +++ | +++ | - | - | +++ | ++ | + | |
| abnormální | ||||||||||
| PAP | ||||||||||
| CTI 2 | asymptomat. | Cti:512 | ++ | ++ | - | - | ++ | + | + | - |
NGU = negonokoková urethritis; BV = bakteriální vaginitis; CT = Chlamydia trachomatis; CP = Chlamydia pneumoniae; EB = chlamydiová elementární tělíska; SWIB = rekombinantní chlamydiový SWIB protein; S13 = rekombinantní chlamydiový S13 protein; lpdA = rekombinantní chlamydiový lpdA protein; TSA = rekombinantní chlamydiový TSA protein. Hodnoty představují výsledky ze standardních proliferačních-testů. Proliferační odpovědi byly určeny stimulací 3 x 1OS PBMC l x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů, které byly preinkubovány s příslušnými rekombinantními antigeny nebo elementárními tělísky (EB) . Testy byly hodnocceny po 6 drnech s alespoň 18 hodinovým pulsem 3H-thymidinem.
SI: Stimulační index ----: SI přibl. 4; +: SI > 4; ++: SI = 10-30; +++: SI. > 30.
Za použití panelu asymptomatických (jak byly definováni výše) pokusných jedinců a pacientů s infekcí C. trachomatis, jak jsou shrnuti v tabulkách 1 a 2, byl proveden pokus pro určení imunitních odpovědí PBMC získaných od těchto dvou skupin jedinců. Stručně, PBMC od pacentů s infekcí C. pneumoniae, stejně jako od normálních jedinců, se kultivovaly v mediu obsahujícím RPMI 1640 doplněné 10% lidským sérem a 50 ug/ml gentamycinu. Přečištěné polypeptidy, panel rekombinantních chlamydiových antigenů včetně C. trachomatis-, C. pneumoniae-SWIB a S13, stejně jako C. trachomatis lpdA a TSA, se přidaly dvojmo v koncentracích 0,5 až 10 ug/ml. Po 6 dnech kultivace v 96-jamkových plotnách s oblým dnem v objemu 200 ul se z každé jamky odebralo 50 ul media za účelem stanovení koncentrace IFN-gamma, jak je popsáno dále.
Plotny se potom pulsovaly 1 uCi/jamku tritiovaného thymidinu po dalších 18 hodin a potom se vyhodnocovalo vychytávání thymidinu za použití plynového scintilačního detektoru. Frakce, které vedly k proliferaci - v obou provedeních - vyšší než trojnásobné, než je proliferace pozorovaná u buněk kultivovaných v samotném mediu, se považovaly za pozitivní.
Proliferační odpovědi na rekombinantní chlamydiové antigeny prokázaly, že většina asymptomatických jedinců a jedinců s infekcí C. trachomatis rozpoznává S13 antigen G. trachomatis (8/12) a většina pacientů s infekcí C. trachomatis rozpoznává S13 antigen C. pneumoniae (8/12) , a 4/12 asymptomatických jedinců také rozpoznávaly S13 antigen C, pneumoniae. 6/12 pacientů s infekcí C. trachomatis a 4/12 asymptomatických jedinců měly proliferační reakci na IpdA antigen C. trachomatis. Tyto výsledky prokazují, že S13 antigen C. trachomatis a C. pneumoniae, Swib antigen C. trachomatis a IpdA antigen C. trachomatis jsou rozpoznávány u asymptomattických jedinců, což naznačuje, že tyto antigeny byly rozpoznány během infekce chlamydiemi—a že—byla proti—nim--— indukována imunitní reakce. Toto naznačuje, že tyto antigeny mohou mít úlohu v indukci protektivní imunity u člověka. Dále, S13 antigen C. trachomatis a C. pneumoniae je rozpoznáván stejně dobře ,u pacientů s infekcí C. trachomatis, což naznačuje, že v S13 proteinu mohou existovat společné epitopy u C. trachomatis a C. pneumoniae. Tabulka 3 shrnuje výsledky těchto pokusů.
Tabulka 3
| Ant igen | Normální jedinci | C.t. pacienti |
| C.t.-Swib | 3/12 | 0/12 |
| C-p.-Swib | 0/12 | 0/12 |
| C.t.-S13 | 8/12 | 8/12 |
| C.p.-S13 | 4/12 | 8/12 |
| IpdA | 4/12 | 6/12 |
| TSA | 0/12 | 2/12 |
Byla zahájena série pokusů pro určení buněčné imunitní reakce na krátkodobé T-lymfocytární linie připravené od asymptomatických dárců a od pacientů s infekcí C. trachomatis. Buněčné imunitní odpovědi byly měřeny standardními testy prolíferace a produkce IFN-gamma, jak byly popsány v příklad 7. Přesněji, většina antigenů byla ve formě jednotlivých E. coli klonů exprimujících chlamydiové antigený, ačkoliv byly v testu použity také některé rekombinantní proteiny. Jednotlivé E. coli klony byly titrovány na' lxlO4 dendritických buňkách odvozených od monocytů a po dvou hodinách byla kultura promyta a přidalo se 2,5 x 104 T-lymfocytů. Test za použití rekombinantních proteinů se provedl způsobem popsaným dříve. Proliferace byla určena po 4 dnech se standardním pulsem 3H thymidinem po dobu alespoň 18 hodin. Indukce IFN-gamma byla určena ze supernatantů kultur získaných po 4 dnech za použití
ELISA testu, jak je popsáno výše. Výsledky ukazují,—že všechnytestované antigený C. trachomatis, s výjimkou C.t. Swib, vyvolávaly proliferativní reakci u jedné nebo více různých T-lymfocytárních linií připravených od pacientů s infekcí C. trachomatis. Proliferativní reakce byly indukovány pro pacienty s infekcí C. trachomatis i pro asymptomatické jedince pro následující chlamydiové geny, CT622, groEL, pmpD, CT610 a rS13.
Klon 12-G3-83 také obsahuje kromě sekvence CT622 také sekvence CT734 a CT764 a proto mohou obsahovat tyto sekvence také imunoreaktivní epitopy. Obdobně, klon 21-G12-60 obsahuje sekvence ke egnům pro hypotetické proteiny CT229 a CT228, kromě CT875; a 15-H2-76 také obsahuje sekvence z GT812 a CT088, a také vykazuje homologii se sycE genem. Klon 11-H3-61 také obsahuje sekvence vykazující homologii s PGP6-D proteinem virulence.
Tabulka 4
Příklad 9: Protektivní pokusy za použití chlaraydiových antigenů
Protektivní studie byly provedeny na myši za účelem stanovení toho, zda může mít imunizace chlamydiovými antigeny vliv na onemocnění genitálu způsobené chlamydiovou infekcí. Byly použity dva modely; model intravaginální infekce, který využívá lidský izolát obsahující kmen Chlamydia psittaci (MTW 447), a model intrauterinní infekce, který -využívá lidský izolát identifikovaný jako Chlamydia trachomatis, serovar F (kmen Nil). Oba kmeny indukují zánět horního genitálu, který napodobuje endometritis a salpingitis způsobenou Chlamydia trachomatis u žen.
V prvním pokusu byly C3H myši (4 myši na skupinu) imunizovány třikrát 100 ug pcDNA-3 expresního vektoru osbahujícího C. trachomatis SWIB DNA (SEQ ID NO: 1, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 5) . Inokulace byly provedeny na bázi ocasu systémově . Dva týdny po-posledníimunizaci—byla—zvířata ošetřena progesteronem a infikována, bud' vagínou nebo injekcí inokula do dělohy. Dva týdny po infikování byly myši utraceny a genitální trakty byly vyjmuty, barveny a histopatologicky vyšetřeny. Byla vyhodnocena úroveň zánětu (+ pro slabý až +++++ pro velmi těžký). Skóre přidělená každému vejcovodu/vaječníku byla sečtena a dělena počtem vyšetřených orgánů za zisku průměrného skóre zánětu pro skupinu. V modelu uterinní inokulace byl u negativních kontrolních imunizovaných zvířat, kterým byl podán prázdný vektor, pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 6,12, oproti 2,62 pro skupinu imunizovanou DNA.
V modelu vaginální inokulace a následné ascendentní infekce byl u negativních kontrolních imunizovaných zvířat, kterým byl podán prázdný vektor, pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 8,37, oproti 5,00 pro skupinu imunizovanou DNA. Také v tomto posledním uvedeném modelu avkcinované myši nevykazovaly známky okluse vejcovodu, zatímco ve skupině vakcinované negativní kontrolou byly přítomny zánětlivé buňky v lumen vejcovodu.
Ve druhém pokusu byly C3H myši (4 myši na skupinu) imunizovány třikrát 50 ug pcDNA-3 expresního vektoru osbahujícího C. trachomatis SWIB DNA (SEQ ID NO: 1, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 5) , který byl enkapsulován v Polylaktid-ko-glykolidových mikrosférách (PLG); inokulace byly *· ····
J£8 :
·· ♦ · · ♦ · · • · · • · · ···· provedeny intraperitoneálně. Dva týdny po poslední imunizaci byla zvířata ošetřena progesteronem a infikována inokulací C. psittaci do vagíny. Dva týdny po infikování byly myši utraceny a genitální trakty byly vyjmuty, barveny a histopatologicky vyšetřeny. Byla vyhodnocena úroveň zánětu za použití skóre uvedeného výše. Skóre přidělená každému vejcovodu/vaječníku byla sečtena a dělena počtem vyšetřených orgánů za zisku průměrného skóre zánětu pro skupinu. Negativní kontrolou imunizovaná zvířata, kterým byl podán prázdný vektor enkapsulovaný v PLS^mělazánět s průměrným zánětlivýmskóre pro vaječník/vejcovod 7,28, oproti 5,71 pro skupinu imunizovanou DNA enkapsulovanou v PLG. Zánět v peritoneu byl 1,75 pro vakcinovanou skupinu a 3,75 pro kontrolní skupinu.
Ve třetím pokusu byly C3H myši (4 myši na skupinu) imunizovány třikrát 10 ug přečištěného rekombinantního proteinu, bud' SWIB (SEQ ID NO: 1, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO:'5), nebo S13 (SEQ ID NO: 4, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 12) ve směsi s cholera-toxinem (CT); přípravek byl podán intranasálně za anestesie v objemu 20 ul. Dva týdny po poslední imunizaci byla zvířata ošetřena progesteronem a infikována, bud' vaginální inokulací C. psittaci, nebo injekcí C. trachomatis serovaru F do dělohy. Dva týdny po infikování byly myši utraceny a genitální trakty byly vyjmuty, barveny a histopatologicky vyšetřeny. Úroveň zánětu byla hodnocena způsobem uvedeným výše. Skóre přidělená každému vejcovodu/vaječníku byla sečtena a dělena počtem vyšetřených orgánů za zisku průměrného skóre zánětu pro skupinu. V modelu uterinní inokulace byl u negativní kontrolou imunizovaných zvířat, kterým byl podán samotný cholera-toxin, pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 4,25 (analyzovány byly pouze 2 myši, zbylé 2 uhynuly) oproti 5,00 pro skupinu imunizovanou s!3 + cholera-toxinem, a 1,00 pro SWIB + cholera-toxin. Neléčená infikovaná zvířata měla průměrné zánětlivé • 4 •i.S>9 •4 4444 skóre pro vejcovod/vaječník 7. V modelu vaginální inokulace a následné ascendentní infekce byl u negativní kontrolou imunizovaných zvířat pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 7,37, oproti 6,75 pro skupinu imunizovanou sl3 + cholera-toxinem a 5,37 pro skupinu imunizovanou SWIB + cholera-toxinem. Neléčená infikovaná zvířata měla průměrné zánětlivé skóre pro vejcovod/vaječník 8.
Tři pokusy uvedené výše naznačují/že je možno dosáhnout ochrany specifické pro SWIB. Tento ochranný účinek je více vyznačen v modelu homologní infekce, ale je stále ještě přítomen při heterologní infekci C. psíttaci.
Příklad 10: PMP/Ral2 fúzní proteiny
Různé PMP/Ral2 fúzní konstrukty se připravily nejprve syntetizováním PCR fragmentů Pmp genu za použití primerů obsahujících NotI restrikční místo. Každý PCR fragment byl potom ligován do Notl restrikčního místa pCRXl. pCRXl vektor obsahuje 6HisRal2 část fúze. Ral2 část fúzního konstruktu kóduje polypeptid odpovídající aminokyselinovým zbytkům 192-323 Mycobacterium tuberculosis MTB32A, jak je popsán v US patentové přihlášce 60/158585, která je zde uvedena jako odkaz. Správná orientace každého insertu byla určena podle charakteru restrikčního trávení a jeho sekvence byla verifikována. Byly připraveny fúzní konstrukty pro PmpA, PmpB, PmpC, PmpF a PmpH, jak jsou popsány dále:
PmpA fúzní proteiny
PmpA je 107 kD protein obsahující 982 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E. PmpA protein byl rozdělen na 2 překrývající se fragmenty, PmpA (N-koncovou) a (C-koncovou) část.
·· »··· • · •4 ·«·· íaao:
PmpA (N-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGTTTATAACAAAGGAACTTATG (SEQ
IDNO:306)
GAGAGCGGCCGCTTACTTAGGTGAGAAGAAGGGAGTTTC (SEQ ID NO:307) v—pří. s lušném-pořadtr^Výsďedný—fúzní kons t rukt mě1 DNA sekvenc i uvedenou v SEQ ID NO: 308, kódující 66 kD protein (619 aa) exprimující segment 1-473 aa PmpA. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 309.
PmpA (C-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů: '
GAGAGGGGCCGCTCCATTCTATTCATTTCTTTGATCCTG (SEQ
IDNO:310)
GAGAGCGGCCGCTTAGAAGCCAACATAGCCTCC (SEQ ID
NO:311) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 312, kódující 74 kD protein (691 aa) exprimující segment 438-982 aa PmpA. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 313.
PmpF fúzní proteiny
PmpF je 112 kD protein obsahující 1034 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E. PmpF protein byl rozdělen na 2 překrývající se fragmenty, PmpF (N-koncovou) a (G-koncovou) část
PmpF (N-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
·»*· .131:
• 9 ·« ·· • · • * • .
·«· ··*
·.
..
• * • · • 4 .9 ·<··
GAGAGCGGCCGCTCATGATTAAAAGAACTTCTCTATCC (SEQ IDNO:314)
GAGAGCGGCCGCTTATAATTCTGCATCATCTTCTATGGC (SEQ IDNO315) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 316, kódující 69 kD protein (646 aa) exprimující segment 1-499 aa PmpF. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 317.-—
PmpF (C-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGGGGCCGCTCGACATACGAACTCTGATGGG (SEQ ID NO:318) . GAGAGCGGCCGCTTAAAAGACCAGAGCTCCTCC (SEQ ID NO:319) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 320, kódující 77 kD protein (715 aa) exprimující segment 466-1034 aa PmpF. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 321.
PmpH fúzní proteiny
PmpH je 108 kD protein obsahující 1016 aminokyselin a byl klonován ze serovarů E. PmpH protein byl rozdělen na 2 překrývající se fragmenty, PmpH (N-koncovou) a (C-koncovou) část.
PmpH (N-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGCCTTTTTCTTTGAGATCTAC (SEQ ID NO:322)
GAGAGCGGCCGCTTACACAGATCCATTACCGGACTG (SEQ ID NO:323)
Λ22
v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 324, kódující 64 kD protein (631 aa) exprimujicí segment 1-484 aa PmpH. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 325.'
PmpH (C-konec) byl amplifikován za použití kódujících a proti srny siných pr imerů:gagagcggccgctcgatcctgtagtacaaaataattcagc (SEQ ID ŇO:326)
GAGAGCGGCCGCrrAAAAGATTCTATTCAAGCC (SEQ ID NO-.327) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 328, kódující 77 kD protein $715 aa) exprimujicí segment 449-1016 aa PmpH. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 329.
PmpB fúzní proteiny
PmpB je 183 kD protein obsahující 1750 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E. PmpB protein byl rozdělen na 4 překrývající se fragmenty, PmpB(l), (2), (3) a (4).
PmpB(l) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGAAATGGCTGTCAGCTACTGCG (SEQ IDNO-330)
GAGAGCGGCCGCTTACTTAATGCGAATTTCTTCAAG (SEQ ID NO:331) • · v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 332, a kodoval 53 kD protein (518 aa) exprimující segment 1-372 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 333.
PmpB(2) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGGTGACCTCTCAATTCAATCTTC (SEQ ID NO:334)—--GAGAGCGGCCGCTTAGTTCTCTGTTACAGATAAGGAGAC (SEQ IDNO:335) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 336, a kodoval 60 kD protein (585 aa) exprimující segment 330-767 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 337.
PmpB(3) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGACCAACTGAATATCTCTGAGAAC (SEQ IDNO:338)
GAGCGGCCGCTTAAGAGACTACGTGGAGTTCTG (SEQ ID NO:339) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 340, a kodoval 67 kD protein (654 aa) exprimující segment 732-1236 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 341.
PmpB(4) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGGAACTATTGTGTTCTCTTCTG (SEQ ID NO:342)
GAGAGCGGCCGCTTAGAAGATCATGCGAGCACCGC (SEQ ID NO:343) .
v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 344, a kodoval 76 kD protein (700 aa) exprimující segment 1160-1750 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 345.
PmpC fúzní proteiny
PmpC je 187 kD protein obsahující 1774 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E/L2. PmpC protein byl rozdělen na 3 překryvaj íe-íse fragmenty^—PmpG4i)-ž(2) a (3¼PmpC(l) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGAAATTTATGTCAGCTACTGC (SEQ ID
NO:346)
GAGAGCGGCCGCTTACCCTGTAATTCCAGTGATGGTC (SEQ ID
NO:347) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 348, a kodoval 51 kD protein (487 aa) exprimující segment 1-340 aa PmpC. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 349.
PmpC(2) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGATACACAAGTATCAGAATCACC (SEQ ID NO:350)
GAGAGCGGCCGCTTAAGAGGACGATGAGACACTCTCG (SEQ IDNO.-351) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 352, a kodoval 60 kD protein (583 aa) exprimující segment 305-741 aa PmpC. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 353.
• · • · • ·
PmpC(3) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGATCAATCTAACGAAAACACAGACG (SEQ ID NO:354)
GAGAGCGGCCGCTTAGACCAAAGCTCCATCAGCAAC (SEQ ID NO:355) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 356, a kodoval 70 kD protein (683 aa) exprimuj ícísegment '714^1250 aa PmpC__Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 357.
Ačkoliv byl předkládaný vynález popsán podrobně v popisu a 'příkladech, existují modifikace a změny, které se neodchylují rozsahu předkládaného vynálezu, jehož rozsah je omezen pouze připojenými patentovými nároky.
/ A //// V Λ
Z/?//
advokát
JUDt Petr Kalenský VS A PARTNER» _ , O ·· ···.· .2.36:
Seznam sekvencí <110> Corixa Corporation
Probst, Peter·.
Bhatia, Ajay Skeiky, Yasir Fling, Steve Maisonneuve, Jeff <120> Sloučeniny pro léčbu a diagnostiku infekcí způsobených Chlamydiemi a způsoby jejich provedení <130> 210121.46901PC <140> PCT <141> 2000-12-04 <160> 357 <170> FastSEQ pro Windows verze 3
0/4.0 <210> 1 <211> 481 <212> DNA <213:
<400:
ctgaagactt gcgaaggaag caaaataaga gttggtgcag gagaatagtc aaagtttttg cacatcatta agttcattct g
> Chlamydia > 1 . ggctatgttt agccctcaac actctgcttt gacctatgcc ttcaagatcc gaactgaaaa aataaaatag ttttgttcgt trachomatis tttattttga ttttcttatc catgcagcct tcgcacagag tacaaacaaa acctatcgat aaattgactc ttttgtgggt cgataaacct accttcttta gtgaacgtat atcattaaga cgtaatatca atgttccaaa acgtgttcct attactgtat
| agttaaggca | taaaagagtt | 60 |
| actaggagtc | atccatgagt | 120 |
| ccgctgattt | agctgccatc | 180 |
| aaatgtggga | ttacattaag | 240 |
| atcccgatga | taaattggct | 300 |
| tgacaaaáat | ggtttctcaa | 360 |
| cgtctttaag | atgaggaact | 420 |
| ctttaacaac | tatcttagca | 480 481 |
<210> 2 <211> 183 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 2 atcgttggtg caggacctat aaggagaata gtcttcaaga gctaaagttt ttggaactga caa trachomatis gcctcgcaca gagatcatta tcctacaaac aaacgtaata aaaacctatc gatatgttcc
| agaaaatgtg ggattacatt | 60 |
| tcaatcccga tgataaattg | 120 |
| aaatgacaaa aatggtttct | 180 183 |
<210> 3 <211> 110 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 3 ·· ···« • · gctgcgacat catgcgagct tgcaaaccaa catggacatc tccaatttcc ccttctaact cgctctttgg aactaatgct gctaccgagt caatcacaat cacatcgacc <210> 4 <211> 555 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 4 cggcacgagc ctaagatgct tatactačtt taagggaggc ccttcgtatg ccgcgcatca ttggaataga tattcctgcg aaaaagaaat taaaaataag tcttacatat atttatggaa tagggccagc tctttctaaa gagattattg ctagattgca gttgaatccc gaagctagag ctgcagagtt gactgaggaa gaggttggtc gactaaacgc tcttttacag tcggattacg ttgttgaagg ggatttgcgc cgtcgtgtgc aatctgatat caaacgtctg attactatcc atgcttatcg tggacaaaga catagacttt ctttgcctgt tcgtggtcag agaacaaaaa caaattctcg cacgcgtaag ggtaaacgta aaactattgc aggtaagaag aaataataat ttttaggaga gagtgttttg gttaaaaatc aagcgcaaaa aagaggcgta aaaagaaaac aagtaaaaaa cattccttcg ggcgttgtcc atgttaaggc tacttttaat aatacaattg taaccataac agacc <210> 5 <211> 86 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 5 1
110
120
180
240
300
360
420
480
540
555
| Met | Ser | Gin Asn Lys Asn Ser Ala, Phe Met | Gin Pro Val Asn Val Ser |
| 1 | 5 10 | 15 | |
| Ala | Asp | Leu Ala Ala Ile Val Gly Ala Gly | Pro Met Pro Arg Thr Glu |
| 20 25 | 30 | ||
| Ile | Ile | Lys Lys Met Trp Asp Tyr Ile Lys | Glu Asn Ser Leu Gin Asp |
| 35 40 | 45 | ||
| Pro | Thr | Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val | |
| 50 | 55 | 60 | |
| Phe | Gly | Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met Phe | Gin Met Thr Lys Met Val |
| 65 | 70 | 75 80 | |
| Ser | Gin | His Ile Ile Lys | |
| 85 | |||
| <210> 6 | |||
| <211> 61 | |||
| <212> PRT | |||
| <213> Chlamydia trachomatis | |||
| <400> 6 | |||
| Ile | Val | Gly Ala Gly Pro Met Pro Arg Thr | Glu Ile Ile Lys Lys Met |
| 1 | 5 10 | 15 | |
| Trp | Asp | Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gin | Asp Pro Thr Asn Lys Arg |
| 20 25 | 30 | ||
| Asn | Ile | Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys | Val Phe Gly Thr Glu Lys |
| 35 40 | 45 | ||
| Pro | Ile | Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Met | Val Ser Gin |
| 50 | 55 | 60 | |
| <2I0> 7 | |||
| <211> 36 | |||
| <212> PRT | |||
| <213> Chlamyida trachomatis |
·· ···
···· · ·· ·· ·· ····
138 <400> 7
| Ala | Ala | Thr | Ser | Cys | Glu | Leu | Ala | Asn | Gin | His Gly | His | Leu | Gin | Phe |
| 1 | 5 ' | 10 | 15 | |||||||||||
| Pro | Leu | Leu | Thr | Arg | Ser | Leu | Glu | Leu | Met | Leu Leu | Pro | Ser | Gin | Ser |
| 20 | 25 | 30 | ||||||||||||
| Gin | Ser | His | Arg |
| <210> | 8 | |
| <211> | 18 | |
| <212> | PRT | |
| <213 > | Chlamydia trachomatis |
- <400>8 -_Leu Arg His His Ala Ser Leu Gin Thr Asn Met Asp Ile Ser Asn Phe 1 5 10 15
Pro Phe <210> 9 <211> 5 <212> PRT <213 > Chlamydia trachomatis <400>
Leu Ala Leu
Trp Asn 5 <210> 10 <211> 11 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 10
Cys Cys Tyr Arg Val Asn His Asn His Ile Asp 1 5 10 <210> 11 <211> 36 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 11
| Val | Asp | Val | Ile | Val | Ile Asp Ser Val | Ala | Ala | Leu | Val | Pro | Lys | Ser |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||||||||
| Clu | Leu | Glu | Gly | Glu | Ile Gly Asp Val | His | Val | Gly | Leu | Gin | Ala | Arg |
| 20 | 25 | 30 | ||||||||||
| Met | Ser | Gin |
<210> 12 <211> 122 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> Met Pro Arg
Ile Ile Gly Ile Asp Ile
Pro Ala Lys
Lys Lys Leu Lys »» ««·!
• * »* ·»··
139
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Ile | Ser | Leu | Thr | Tyr | Ile | Tyr | Gly | Ile | Gly | Pro | Ala | Leu | Ser | Lys | Glu |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Ile | Ile | Ala | Arg | Leu | Gin | Leu | Asn | Pro | Glu | Ala | Arg | Ala | Ala | Glu | Leu |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Thr | Glu | Glu | Glu | Val | Gly | Arg | Leu | Asn | Ala | Leu | Leu | Gin | Ser | Asp | Tyr |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Val | Val | Glu | Gly Asp | Leu | Arg' Arg | Arg | Val | Gin | Ser | Asp | Ile | Lys | Arg | ||
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Leu | Ile | Thr | Ile | His | Ala | Tyr | Arg | Gly | Gin | Arg | His | Arg | Leu | Ser | Leu |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Pro | Val | Arg | Gly | Gin | Arg | Thr | Lys | Thr | Asn | Ser | Arg | Thr | Arg | Lys | Gly |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| Lys | Arg | Lys H.5 | Thr | Ile | Ala | Gly | Lys 120 | Lys | Lys |
<210> 13 <211> 20 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 13
Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys 15 10 - 15
Val Phe Gly Thr .
<210> 14 <211> 20 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 14
Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met 1 5 10 15
Phe Gin Met Thr 20 <210> 15 <211> 161 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 15 atcfttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg a <210> 16 <211> 897 <212> DNA <213> Chlymidia trachomatis <400> 16 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc gcgggCtctt ccgcacacát tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga
120
161
120
180
240 ·· ···· · · ea ..
• * · ' · · · · * i Φ • · · · · · · • · · · ····· • · · · · · · ···· · ··· '··· ·« ····
140 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc.gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa <210> 17 <211> 298 <212> PRT ;
<213> Chlamydia trachomatis
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897
| <400> | 17 | |
| Met 1 | Ala Ser | Ile Cys Gly Arg Leu 5 |
| Lys | Ala Phe | Phe Thr Gin Pro Asň 20 |
| Lys | Thr Lys 35 | Gly Met Asp Lys Thr 40 |
| Glu | Leu Thr 50 | Ala Asn Ile Leu Glu 55 |
| Ala 65 | His Ile | Thr Ala Ser Gin Val 70 |
| Thr | Val Val | Ala Leu Gly Asn Ala 85 |
| Val | Gin Ser | Ala Gin Ser Phe Phe 100 |
| Lys | Thr Gin 115 | Glu Gly Asp Glu Gly 120 |
| His | Lys Arg 130 | Arg Ala Ala Ala Ala 135 |
| Thr 145 | Tyr Leu | Ala Thr Phe Gly Ala 150 |
| Lys | Met Leu | Ala Lys Pro Phe Leu 165 |
| Gly | Ser Ser | Val Ser Tyr Ile Met 180 |
| Val | Gly Ala 195 | Gly Leu Ala Ile Ser 200 |
| Arg | Cys Ala 210 | Arg Ile Ala Arg Glu 215 |
| Glu 225 | Glu Asn | Ala Cys Glu Lys Lys 230 |
| Phe | Thr Arg | Ile Lys Tyr Ala Leu 245 |
| Glu | Cys Val | Ala Asp Val Phe Lys 260 |
| Gly | Ile Arg 275 | Ala Ile Val Ala Ala 280 |
| Ile | Gly Leu 290 | Cys Thr Phe Cys Ala 295 |
<210> 18
| Gly | Ser 10 | Gly | Thr | Gly | Asn | Ala 15 | Leu |
| Asn 25 | Lys | Met | Ala | Arg | Val 30 | Val | Asn |
| Ile | Lys | Val | Ala | Lys 45 | Ser | Ala | Ala |
| Gin | Ala | Gly | Gly 60 | Ala | Gly | Ser | Ser |
| Ser | Lys | Gly 75 | Leu | Gly | Asp | Ala | Arg 80 |
| Phe | Asn 90 | Gly | Ala | Leu | Pro | Gly 95 | Thr |
| Ser 105 | His | Met | Lys | Ala | Ala 110 | Ser | Gin |
| Leu | Thr | Ala | Asp | Leu 125 | Cys | Val | Ser |
| Val | Cys | Ser | Ile 140 | Ile | Gly | Gly | Ile |
| Ile | Arg | Pro 155 | Ile | Leu | Phe | Val | Asn 160 |
| Ser | Ser 170 | Gin | Thr | Lys | Ala | Asn 175 | Met |
| Ala 185 | Ala | Asn | His | Ala | Ala 190 | Ser | Val |
| Ala | Glu | Arg | Ala | Asp 205 | Cys | Glu | Ala |
| Glu | Ser | Leu | Leu 220 | Glu | Val | Pro | Gly |
| Val | Ala | Gly 235 | Glu | Lys | Ala | Lys | Thr 240 |
| Leu | Thr 250 | Met | Leu | Glu | Lys | Phe 255 | Leu |
| Leu 265 | Val | Pro | Leu | Pro | Ile 270 | Thr | Met |
| Gly Arg | Cys Ala | Thr | Phe | Thr 285 | Ser | Ala | Ile |
141 <211> 18 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> Arg Ala Ala
Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr 5 10 . 15
Tyr Leu <210> 19 <211> 18 <212> PRT < 213 :> Chlamydia trachomatis <400> Cys Ser Phe
Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile 5 10 15
Arg Pro <210> 20 <211> 216 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 20
| Met 1 | Arg | Gly | Ser | Gin 5 | Gin | Ile | Phe | Val | Cys 10 | Leu | Ile | Ser | Ala | Glu 15 | Arg |
| Leu | Arg | Leu | Ser 20 | Val | Ala | Ser | Ser | Glu 25 | Glu | Leu | Pro | Thr | Ser 30 | Arg | His |
| Ser | Glu | Leu 35 | Ser | Val | Arg | Phe | Cys 40 | Leu | Ser | Thr | Lys | Cys 45 | Trp | Gin | Asn |
| Arg | Phe 50 | Phe | Leu | Pro | Lys | Leu 55 | Lys | Gin | Ile | Trp | Asp 60 | Leu | Leu | Leu | Ala |
| Ile 65 | Leu | Trp | Arg | Leu | Thr 70 | Met | Gin | Arg | Leu | Trp 75 | Trp | Val | Leu | Asp | Ser 80 |
| Leu | Ser | Val | Arg | Lys 85 | Glu | Gin | Ile | Ala | Lys 90 | Pro | Ala | Ala | Leu | Val 95 | Leu |
| Arg | Glu | Lys | Ser 100 | Arg | Tyr | Ser | Lys | Cys 105 | Arg | Glu | Arg | Lys | Met 110 | Leu | Ala |
| Arg | Arg | Lys 115 | Ser | Leu | Glu | Arg | Lys 120 | Pro | Arg | Arg | Ser | Arg 125 | Ala | Ser | Ser |
| Met | His 130 | Ser | Ser | Leu | Cys | Ser 135 | Arg | Ser | Phe | Trp | Asn 140 | Ala | Leu | Pro | Thr |
| Phe 145 | Ser | Asn | Trp | Cys | Arg 150 | Cys | Leu | Leu | Gin | Trp 155 | Val | Phe | Val | Arg | Leu 160 |
| Trp | Leu | Leu | Asp | Val 165 | Arg | Ser | Leu | Leu | Gin 170 | Leu | Leu | Asp | Cys | Ala 175 | Leu |
| Ser | Ala | Pro | Glu 180 | His | Lys | Gly | Phe | Phe 185 | Lys | Phe | Leu | Lys | Lys 190 | Lys | Ala |
| Val Leu | Ser Ile | Lys 195 Val | Lys Lys | Lys' Ile | Gin Val | Pro. Phe | Phe 200 Leu | Leu | Ser | Thr | Lys | Cys 205 | Leu | Ala | Phe |
210 215 <210> 21 <211> 1256
142
<212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 21 ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga 60 tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct gtgatcgaag 120 caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg ttcgataaat 180 tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt gaggatatag 240 gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac gttctcgtat 300
- ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt gttatttgtg 360 atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct aacatttatg 420 ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat caaggaatca 480 ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga ttactctgct gtcccttctg 540 tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc cccaacagca gctcaacaac 600 atctccttct tcgcttactt tttctgaaaa atttgataca gaagaagaat tcctcgcaca660 cttgcgagga ggagggcgtc tggaagacca gttgaattta gctaagtttt ctgagcgttt 720 tgattctttg cgagaattat ccgctaagct tggttacgat agcgatggag agactgggga 780 tttcttcaac gaggagtacg acgacgaaga agaggaaatc aaaccgaaga aaactacgaa 840 acgtggacgt aagaagagcc gttcataagc cttgctttta aggtttggta gttttacttc 900 tctaaaatcc aaatggttgc tgtgccaaaa agtagtttgc gtttccggat agggcgtaaa 960 tgcgctgcat gaaagattgc ttcgagagcg gcatcgcgtg ggagatcccg gatactttct 1020 ttcagatacg aataagcata gctgttccca gaataaaaac ggccgacgct aggaacaaca 1080 agatttagat agagcttgtg tagcaggtaa actgggttat atgttgctgg gcgtgttagt 1140
-tctagaatac ccaagtgtcc tccaggttgt aatactcgat acacttccct aagagcctct 1200 aatggatagg ataagttccg taatccatag gccatagaag ctaaacgaaa cgtatt 1256 <210> 22 <211> 601 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 22 ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga 60 tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct gtgatcgaag 120 caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg ttcgataaat 180 tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt gaggatatag 240 gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac gttctcgtat 300 ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt gttatttgtg 360 atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct aacatttatg 420 ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat caaggaatca 480 ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga ttactctgct gtcccttctg 540 tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc cccaacagca gctcaacaac 600 a 601 <210> 23 <211> 270 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 23 acatctcctt cttcgcttac tttttctgaa aaatttgata cagaagaaga attcctcgca 60 cacttgcgag gaggagggcg tctggaagac cagttgaatt tagctaagtt ttctgagcgt 120 tttgattctt tgcgagaatt atccgctaag cttggttacg atagcgatgg agagactggg 180 gatttcttca acgaggagta cgacgacgaa gaagaggaaa tcaaaccgaa gaaaactacg 240 aaacgtggac gtaagaagag ccgttcataa 270 <210> 24 <211> 363
143
<212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400:
ttacttctct gcgtaaatgc actttctttc aacaacaaga tgttagttct agcctctaatatt aaaatccaaa gctgcatgaa agatacgaat tttagataga agaataccca ggataggata tggttgctgt agattgcttc aagcatagct gcttgtgtag agtgtcctcc agttccgtaa gccaaaaagt gagagcggca gttcccagaa caggtaaact aggttgtaat tccataggcc agtttgcgtt tcgcgtggga taaaaacggc gggttatatg actcgataca atagaagcta tccggatagg gatcccggat cgacgctagg ttgctgggcg cttccctaag aacgaaacgt
120
180
240
300
360
363 <210> 25 <211> 696 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 25 gctcgtgccg gcacgagcaa agaaatccct caaaaaatgg ccattattgg cggtggtgtg atcggttgcg aattcgcttc cttattccat acgttaggct ccgaagtttc tgtgatcgaa gcaagctctc aaatccttgc tttgaataat ccagatattt caaaaaccat gttcgataaa ttcacccgac aaggactccg tttcgtacta gaagcctctg tatcaaatat tgaggatata ggagatcgcg ttcggttaac tatcaatggg aatgtcgaag aatacgatta cgttctcgta tctataggac-gccgtttgaa tacagaaaat attggcttgg ataaagctgg tgttatttgt gatgaacgcg gagtcatccc taccgatgcc acaatgcgca caaacgtacc taacatttat gctatťggag atatcacagg aaaatggcaa cttgcccatg tagcttctca tcaaggaatc attgcagcac ggaatatagg tggccataaa gaggaaatcg attactctgc tgtcccttct gtgatcttta ccttccctga agtcgcttca gtaggcctct ccccaacagc agctcaacaa catctccttc ttcgcttact ttttctgaaa aatttgatac agaagaagaa ttcctcgcac acttgcgagg aggagggcgt ctggaagacc agttga <210> 26 <211> 231 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
696 <400> 26
| Ala | Arg Ala | Gly | Thr | Ser | Lys | Glu | Ile | Pro | Gin | Lys | Met | Ala | Ile | Ile | |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Gly Gly Gly | Val | Ile | Gly | Cys | Glu | Phe | Ala | Ser | Leu | Phe | His | Thr | Leu | ||
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Gly | Ser | Glu | Val | Ser | Val | Ile | Glu | Ala | Ser | Ser | Gin | Ile | Leu | Ala | Leu |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Asn | Asn | Pro | Asp | Ile | Ser | Lys | Thr | Met | Phe | Asp | Lys | Phe | Thr | Arg | Gin |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Gly | Leu | Arg | Phe | Val | Leu | Glu | Ala | Ser | Val | Ser | Asn | Ile | Glu | Asp | Ile |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Gly | Asp | Arg | Val | Arg | Leu | Thr | Ile | Asn | Gly | Asn | Val | Glu | Glu | Tyr | Asp |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Tyr | Val | Leu | Val | Ser | Ile | Gly | Arg | Arg | Leu | Asn | Thr | Glu | Asn | Ile | Gly |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| Leu | Asp | Lys | Ala | Gly | Val | Ile | Cys | Asp | Glu | Arg | Gly | Val | Ile | Pro | Thr |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| Asp | Ala | Thr | Met | Arg | Thr | Asn | Val | Pro | Asn | Ile | Tyr | Ala | Ile | Gly | Asp |
| 130 | 135 | r | 140 | ||||||||||||
| Ile | Thr | Gly | Lys | Trp | Gin | Leu | Td-a, | His | Val | Ala | Ser | His | Gin | Gly | Ile |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Ile | Ala | Ala | Arg | Asn | Ile | Gly Gly | His | Lys | Glu | Glu | Ile | Asp | Tyr | Ser |
144
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Ala | Val | Pro | Ser | Val | Ile | Phe | Thr | Phe | Pro | Glu | Val | Ala | Ser | Val | Gly |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||||
| Leu | Ser | Pro | Thr | Ala | Ala | Gin | Gin | His | Leu | Leu | Leu | Arg | Leu | Leu | Phe |
| 195 | 20Ú | 205 | |||||||||||||
| Leu | Lys | Asn | Leu | Xle | Gin | Lys | Lys | Asn | Ser | Ser | His | Thr | Cys | Glu | Glu |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Glu | Gly | Val | Trp | Lys | Thr | Ser | |||||||||
| 225 | 230 |
<210> 27 <211> 264 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 27 atgagtcaaa gcagttatag tacattaaaa aatcttgcca ctttccaaac aaaataaaaa ttggcaaggg aacacaactg aagtctttgg atattgtaaa ctctgctttt atgcatcccg tgaatatttc cacagattta acctatgccc agaaccgaaa ttgtaaagaa agtttgggaa tcaggatcaa aaaaataaac gtaatatcct tcccgatgcg ctctagtgat cctatcgaca tgttccaaat gaccaaagcc ataa
120
180
240
264 <210> 28 <211> 87 <212> PRT <213 > Chlamydia pneumoniae <4Ó0> 28
| Met | Ser | Gin | Lys | Asn | Lys | Asn | Ser | Ala | Phe | Met | His | Pro | Val | Asn | Ile |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Ser | Thr | Asp | Leu | Ala | Val | Ile | Val | Gly | Lys | Gly | Pro | Met | Pro | Arg | Thr |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Glu | Ile | Val | Lys | Lys | Val | Trp | Glu | Tyr | Ile | Lys Lys | His | Asn | Cys | Gin | |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Asp | Gin | Lys | Asn | Lys | Arg | Asn | Ile | Leu | Pro | Asp | Ala | Asn | Leu | Ala | Lys |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Val | phe Gly | Ser | Ser | Asp | Pro | Ile | Asp | Met | Phe | Gin | Met | Thr | Lys | Ala | |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Leu | Ser | Lys | His | Ile | Val | Lys | |||||||||
| 85 |
<210> 29 <211> 369 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 29 atgccacgca tcattggaat tgatattcct gcaaagaaaa agttaaaaat aagtctgaca tatatttatg gaataggatc agctcgttct gatgaaatca ttaaaaagtt gaagttagat cctgaggcaa gagcctctga attaactgaa gaagaagtag gacgactgaa ctctctgcta caatcagaat ataccgtaga aggggatttg cgacgtcgtg ttcaatcgga tatcaaaaga ttgatcgcca tccattctta tcgaggtcag agacatagac tttctttacc agtaagagga caacgtacaa aaactaattc tcgtactcga aaaggtaaaa gaaaaacagt cgcaggtaag aagaaataa <210> 30 <211> 122 <212> PRT
120
180
240
300
360
369
145 <213> Chlamydia pneumoniae
| <400> | 30 | ||||||||||||
| Met | Pro | Arg | Ile | Ile | Gly | Ile | Asp | Ile | Pro | Ala Lys | Lys | Lys | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||
| Ile | Ser | Leu | Thr | Tyr | Ile | Tyr | Gly | Ile | Gly | Ser Ala | Arg | Ser | Asp |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||
| Ile | Ile | Lys | Lys | Leu | Lys | Leu | Asp | Pro | Glu | Ala Arg | Ala | Ser | Glu |
| 35 | 40 | 1 · | 45 | ||||||||||
| Thr | Glu | Glu | Glu | Val | Gly | Arg | Leu | Asn | Ser | Leu Leu | Gin | Ser | Glu |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||
| Thr | Val | Glu | Gly | Asp | Leu | Arg | Arg | Arg | Val | Gin Ser | Asp | Ile | Lys |
| 65 | 70 | 75 | |||||||||||
| Leu | Ile | Ala | Ile | His | Ser | Tyr | Arg | Gly | Gin | Arg, His | Arg | Leu | Ser |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||
| Pro | Val | Arg | Gly Gin Arg | Thr | Lys | Thr | Asn | Ser Arg | Thr | Arg | Lys | ||
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||
| Lys | Arg Lys | Thr | Val | Ala Gly Lys | Lys | Lys |
115 120
Lys
Glu
Leu
Tyr
Arg
Leu
Gly <210> 31 <211> 10 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence <220>
<22 3 > Vyrobeno v laboratoři <40O> 31
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 15 10 <210> 32 <211> 53 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
| Leu | <400> Cys Val | 32 Ser | His | Lys | Arg | Arg |
| 1 Ile | Gly Gly | Ile | 5 Thr | Tyr | Leu | Ala |
| Leu | Phe Val | 20 Asn | Lys | Met | Leu | Ala |
| Lys | 35 Ala Asn | Met | Gly | 40 |
| Ala | Ala 10 | Ala | Ala | Val | Cys | Ser 15 | Phe |
| Thr 25 | Phe | Gly | Ala | Ile | Arg 30 | Pro | Ile |
| Gin | Pro | Phe | Leu | Ser 45 | Ser | Gin | Thr |
<210> 33 <211> 161 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <40O> 33 atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg a <210> 34
120
161
146
<211> 53 <212> PRT <213 > Chlamydia trachomatis <400> 34
| Leu | Cys Val | Ser | His | Lys | Arg | Arg |
| 1 | 5 | |||||
| Ile | Gly Gly | Ile | Thr | Tyr | Leu | Ala |
| 20 | ||||||
| Leu | Phe Val | Asn | Lys | Met | Leu | Ala |
| 35 | 40 | |||||
| Lys | Ala Asn | Met | Gly |
| Ala | Ala 10 | Ala Ala | Val | Cys | Ser 15 | Ile |
| Thr 25 | Phe | Gly Ala | Ile | Arg 30 | Pro | Ile |
| Lys | Pro | Phe Leu | Ser 45 | Ser | Gin | Thr |
<210> 35 <211> 55 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 35 gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgagtcaaa aaaaataaaa actct <210> 36 <211> 33 ~ · .
<212> DNA <213 > Chlamydia pneumoniae <40O> 36 ctcgaggaat tcttatttta caatatgttt gga <210> 37 <211> 53 <212> DNA <213 > Chlamydia pneumoniae <400> 37 gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgccacgca tcattggaat gat <210> 38 <211> 30 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 38 ctcgaggaat tcttatttct tcttacctgc <210> 39 <211> 16 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence <220>
<223 > Vyrobeno v laboratoři <400> 39
Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp bys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr 1 5 10 15
147 <210> 40 <211> 16 <212> PRT <213> Artifíciální sekvencelC <220> v. <223> Vyrobeno v laboratoři <400> 40
Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser 1 5 10 15 <210> 41 <211> 15 <212> PRT <213 > Artifíciální sekvence <220>
<223 > Vyrobeno v laboratoři <400> 41
Lys Glu Tyr Ile Asn Gly Asp Lys Tyr Phe Gin Gin Ile Phe Asp 1 5 10 15 <210> 42 <211> 16 <212 > PRT <213 > Artifíciální sekvence <220> v <223 > Vyrobeno v laboratoři <400> 42
Lys Lys Ile Ile Ile Pro Asp Ser Lys Leu Gin Gly Val Ile Gly Ala 1 5 10 15 <210> 43 <211> 15 <212> PRT < 213 > Artifíciální sekvence <220>
<223 > Vyrobeno v laboratoři <400> 43
Lys Lys Leu Leu Val Pro Asp Asn Asn Leu Ala Thr Ile Ile Gly 1 5 10 15 <210> 44 <211> 509 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 44 ggagctcgaa ttcggcacga gagtgcctat tgttttgcag gctttgtctg atgatagcga 60 taccgtacgt gagattgctg tacaagtagc tgttatgtat ggttctagtt gcttactgcg 120* cgccgtgggc gatttagcga aaaatgattc ttctattcaa gtacgcatca ctgcttatcg 180
148
tgctgcagcc tacacaatta gcctcatagt ggaatatcct agaagtgcag ttctataatg gtgttggaga gatggaacgg ggtgtattaa gaaaagtgta gtagctactt gaatcggttc tacaagatct aaagaagaga ctggcataga cggaagaaca tacagatcat tcgtgccgg tgtgcctcat agcttggaga tcaagcttta gattcgtaca tctgagagga ttacgagttg tctttatgtg atgacctgtg ttattggctg ggtagagtat tagtccaaaa ttcttactcg agatgttaaa cagatcatcc tccggtcatc
240
300
360
420
480
509 <210> 45 <211> 481 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<22i> nejistý <222>ΓΠ(23) <223> n=A,T,c nebo G <400> 45 gatccgaatt aggtcttcta ttgcaaccgc gacaaaaata ttttccttat attgtcccca atccgcctat aatcagaaag <210> 46 <211> 427 <212> DNA cggcacgagg ataaggaagt acgcgattga caaaggaggt atacacccgt agcgaatttt ggtaacgcaa ctcataggtg cantatttac taatgtaaga atgatacgca tcactcctaa ttcacacaat gttcctgttt ttagctgtag cctgcagcaa tcccaacatt ggctttttta agccatttcc .ccagaaaaag taggagccgc cagggatttc taggaagatc taacaacatt acggttccaa ttgcttttcg atcatggaaa ggagagttag gtctagtatt tcctaattgt aactccaaac cttgtctgag ataagcgata taaggtagta agaacccttg tttccatggg tggaatacaa tctgtcagcc aggtcataga tgagcgaatt
120
180
240
300
360
420
480
481 <213> Chlamydia <220>
<22i> nejistý» <222> (20) <223> n=A,T,C nebo G <400> 46 gatccgaatt ataacacaga tctaagccct cgcccccgaa tgctttgctt atacgcactt tacttcccgt cgaattc cggcacgagn tcaaagaacg gacacattct acatacaaga tcgtaagaaa ggtgctgtgc agtccatgat tttttcctgt gccattcagt ttgaacaacc aacctttact gtcgttatca tttcttacta tttgcacaca tttttcttag ttaggctctg ttatgcccgt ttatttcctt tcgatattag tctttttctt ggaggctctg tttttagtgt actcaacaaa gttcgggata tctcaataaa gcttaagctt ttttagttat agtttgaagc tcccggagca acctatgtcc agccaactct ggctctagct aacctctttg gtcgtaacga aacctcgtgc
120
180
240
300
360
420
427 <210> 47 <211> 600 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<22i> nejistý.
<222> (522) <223> n=A,T,c nebo G
149 • »· »· :· « <400> 47 gatccgaatt cagcttattc gatagtacag aaagctttta aggaacattg agctctggga gttgttctag tcatcaggcg ccgacaacgt ctttctaatg cggcacgaga tagaaaagtt tccaagatat acaactttcc aaactttatt gcatgttctt ctttggtacg ttcctaattt attcattacg gcaatgatat tgcttctatt gggagatcaa tttagacaaa aatcactaat aggaggaact agtctcagca agaaggtgat atgtagtcta tgtaggcggt tttaggaata acaattggtt attcttggtg atcacaacag aaaattcaat gaaataggaa gatattattg tctaagccct agaaccagaa ttagaaagcg acaaatcttc tggatgcgga gaattgctga acccttctct gcaacgggtt aattcacagt catcaagaat acgcgattag ttattaatač gngtggtatg taatgtatct aaaagcttac tactattgtt aggtttgttg attcactccc cacacccaaa ggaaggcggc ttatggatac aggattgact ggttaatgcc tttttggagg
120
180
240
300
360
420
480
540
600 <210> 48 <211> 600 <212> DNA <213 > Chlamydia <400> 48 ggagctcgaa atgatgcagg cgtttgatgt atccagaaga attgggccaa aagagcaaaa ccttggaaaa aactgttatc ctatttgttg aatttaagaa <210> 49 <211>
<212>
<213>
<400> 49 gatccgaatt cagcttattc gatagtacag aaagctttta aggaacattg agctctggga gttgttctag tcatcaggcg ccgacaacgt ctttctaatg ttcggcacga aattaggtcc gtatactatg taaattggat gttgcatccc aactaaggtg catgtctttt ctctaatttt aagcagtcct agttactttt
DNA
Chlamydia gctctatgaa acactatctt tcgtgtaagc tgcgggtcta acgtttagag tgcaaatcaa ctagacaaga tcaagaacag agaattagtg tccttgttta tatccaattc tttttgtttc ctttttggtt ggtcagcaag aaagtgttgt ctccaacgtt taagcataat gagagtctgg agacactttt ctcgtatttt tctaaactgt gcaaatgatt acttctgaca taacactttt ttttccagtt agagtaagtt caaagccttt gaataatcct atggtagagt taggtctaat tcggataaaa gattttaaat ctagccccca ttccctaaaa cctcccttaa atctattcag tttagcttta aaagagtttt tctaagggag tcggggaaat
120
180
240
300
360
420
480
540
600 cggcacgaga tagaaaagtt tccaagatat acaactttcc aaactttatt gcatgttctt ctttggtacg ttcctaattt attcattacg gcaatgatat tgcttctatt gggagatcaa tttagacaaa aatcactaat aggaggaact agtctcagca agaaggtgat atgtagtcta tgtaggcggt tttaggaata acaattggtt attcttggtg atcacaacag aaaattcaat gaaataggaa gatattattg tctaagccct agaaccagaa ttagaaagcg acaaatactt tggatgcgga gaattgctga acccttctct gcaacgggtt aattcacagt catcaagaat acgcgattag ttattaatač gtgtggtatg ctaatgtatc aaaagcttac tactattgtt aggtttgttg attcactccc cacacccaaa ggaaggcggc ttatggatac aggattgact ggttaatgcc ttttttggag
120
180
240
300
360
420
480
540
600 <210> 50 <211> 406 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 50 gatccgaatt gctatcaaat tcctatgttc cattaaccac atctttcttt cttcttgaga cggcacgagt agcttattca ttcagctata aacataatca cttctggaaa gggagcttga tcttagcttg gtctttcatt aaaatacttc aattcgctag tctttctctg ataaaaatgt cttaattacg agttaaacga ttaaaacttg cggcagcaat aatcccgagc gactgccggc taattaacca tcttttctag atatgctgta ttcgacagcg attcaaacgg atttgcttct aactaaaggg ccatgactca atcaaatcat ctatgctcta cgctcaagtt tcagagccaa
120
180
240
300
360
150
| ♦ · ···· • · | 9 99 9 | • ·· • | 99 9 9 | 99 9 9 | |
| 9 | • | ||||
| • · | • | 9 | • | • | |
| ···· 9 | ··· | 999 | 9 9 | 9999 |
agctccttgt acatcaatca cggctatgca <210> 51 <211> 602 <212> DNA <213> Chlatnydia <400> 51 gatccgaatt ttgaaagctt cccaggaaca aaaagctctg ggcgttgttc tactcatcag actccgacaa gccctttcta gaggtaatac tatttagaga tc gtctcgtgcc gaattc 406 aaaatcacaa cagacccttc tctaggtttg 60 aataaaattc aatgcaacgg gttattcact 120 actgaaatag gaaaattcac agtcacaccc 180 gcagatatta ttgcatcaag aatggaaggc 240 gattctaagc cctacgcgat tagttatgga 300 ctaagaacca gaattattaa tacaggattg 360 cggcacgaga tattttagac ttaacaactt tccaatcact ttgaaacttt attaggagga ggagcatgtt cttagtctca tagctttggt acgagaaggt gcgttcctaa tttatgtagt cgtattcattacgtgtaggcggtttagaaargcggtgtggt atgggttaat420 atggcaatga tattttagga ataacaaata cttctaatgt atcttttttg 480 ctcaaacaaa cgcttaaaca atttttattg gatttttctt ataggtttta 540 aaaaagttcg aattacgggg tttgtta.tgc aaaataaact cgtgccgaat 600 602 <210> 52 <211> 145 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 52 gatccgaatt cggcacgagc caaatatact ccaagtaatt aacattttca gctcgtgccg <210> 53 <211> 450 <212> DNA <213> Chlamydia tcgtgccgat gtgttcaaca ctttttctct tttcaacaac aattc gcatccatag tccttaggag gatgggcagt agcgttggat
120
145 <400> 53 gatccgaatt gatcaaaccc cttcctcaga ttcgatagaa ctacagaaat attcttgata cagaaccaca ctgcaggcaa cggcacgagg acacttggga atacagctgt atcttgcaca tcccaatttc ccccatgcct aatatacaaa ataagcctcg taatcggcac cgcactgctg caagtaccta caacataacg tcggtcacct gattctctac atagcaggat gataagcgtt ttgaaggtat ctttatgaag gccaactctg cattaagggt acctctttgc cttgtagtct tgccgaattc acactcatct gtccgctaaa cagtccgcgt cgtagttctg cttatgatac aattgcgatt ctgaaaacgc cctcgagctc aacttccctt tcctgcaagt gaaaagaaat atgtcgacat ccgtattcat gcataaacat
120
180
240
300
360
420
450 <210> 54 <211> 716 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 54 gatcgaaatt acttttgcct tcgtcagggg atgtggaatt tcttaagaag agcttcggac ttcttaatcc cggcacgagc agagaggcac attctgctag acattccata aggtgacgtg tacctctgct caaagatcct ggcacgagtt ttctgatagc actatactaa gaagtttctt agggghaggg gaaaaaaccc gactttcgca tcattcccaa gattgggtgg ggcagccttg ctctacaccc attaccctgt gtactttcct ctctatctaa gatttacáat gggtgtgtgg ttattactat catttacaca gcaccaaggg agatggcaca tcgtcagcga cctttafctca cacagtcctg gaccatgcgc gctctacacc attccttttg ttctggctta ttgattgctg
120
180
240
300
360
420 ccatccaaaa ggaaaaactg gtgaagcaag ctttaggaac gctctccatc tccagaggga atcatagctc atcaagaagc aaattacttt gatatatccc aataatatta cgcgctgtca aaaaatgatc gacaaggagc acgctaaatt tgtacatacc aggcaaatgg aatatcaaag taaacagtat acaactgggg <210> 55 <211> 463 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 55 tctcaaatcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa cgacaaggac tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa cgcgttcggt taactatcaa tgggaatgtc gaagaatacg ggacgccgtt tgaatacaga aaatattggc ttggataaag cgcggagtca tccctaccga tgccacaatg cgcacaaačg ggagatatca caggaaaatg gcaacttgcc catgtagctt gcacggaata taggtggcca taaagaggaa atcgattact tttaccttcc ctgaagtcgc ttcagtaggc ctctccccaa <210> 56 <211> 829 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 56 gtactatggg atcattagtt ggaagacagg ctccggattt gtggagaaga gaaagaaatc tctctagcag actttcgtgg tttatcctaa agattttacc tatgtttgtc ctacagaatt tggtagattt tgaagagcat ggtgcagtcg tccttggttg cacattctcg ttggctcact gtagcgagag atgcaggagg ctctgttagc agacccctct tttaaaatat cagaagcttt gatcgctcgc tttaagagct actttcctta tcgataaaca ttatcaatga tcttccttta gggcgttcca ttgacgagga tgatcttctt tgagaaccac ggaatggttt gtccagctaa gaatggtgcc ttctgaagag ggattaaaag aatacttcca tgaaagtaag aaagtcgtac agatcttgat ctgaaaagag tgcagagagc cagcgaggct tcaataatgt tgaagtctcc cgacgatatt agttagtgaa gtctgagtat taaggaaatg caataaagaa gccttcttcc ttgactctaa agaatagtat <210> 57 <211> 1537 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 57 acatcaagaa atagcggact cgcctttagt gaaaaaagct acaacaagat attcaaacga tcacacctag tggtttggat tgggtcagct gcttccgcag gaagtgcggc aggagcgttg asgaatttcc ttgttgcttg atgatgtaga caatgaaatg ttttcgatct atgatcgaac aatttaatgt aaacaatcct agctatggag gct; gctga ctgcgatgtc agatcaactg cccagccgaa ata; agcaa tcaaagatgc tcttgcgcaa agatggttta gctacagcta tgggacaagt ggcttttgca ctccgcagga acagctggca ctgtccagat gaatgtaaaa ttcttcgact tcttccagct cttatgcagc agcactttcc acaatatcga ttctactcct gcgtttggcc ccaaaatcaa atctcgtgcc gtagctgaaa tttcctggga gaggtatcca tcagccatct gaattc
480
540
600
660
716 ccatgttcga atattgagga attacgttct ctggtgttat tacctaacat ctcatcaagg ctgctgtccc cag taaattcacc tataggagat cgtatctata ttgtgatgaa ttatgctatt aatcattgca ttctgtgatc
120
180
240
300
360
420
463 ttctggtaaa taagtatgta acatgctttt ctccgttgac gatagaggga tggtgttttg tggggttatt attgcgtatt ctggcgttct gacgatggat aagaaggctt gacaccaggc aaggccaaag gtcgtatcc gccgttgttt gtgctcttct caagatagat gacattgaga acagaatatc aatcctgaag cgtcatgcgg ttagattcat ggagagcgtg taagcatctt tttaattttc aatgctaagg aaatagctat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
829 gaggagcaga attcctatcg aaatcctcta gcagcgattg gcaacagcta gttggtgcgg gctttgaaac gctgccaagg cagctttaca gatggatatt ttaatcaagc ttggtccgag acaattcagg caatgcaagg aagagctaca atggcgagct aaccatcagc ttggaggagg agacagcgtt ctgcttacaa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
152 ·· • *
99·· <··
aacactgaac tctttatatt ccgaaagcag aagcggcgtg cagtcagcta ttagtcaaac 660 tgcaaatccc gcgctttcca gaagcgtttc tcgttctggc atagaaagtc aaggacgcag 720 tgcagatgct agccaaagag cagcagaaac tattgtcaga gatagccaaa cgttaggtga 780 tgtatatagc cgcttacagg ttctggattc tttgatgtct acgattgtga gcaatccgca 840 agcaaatcaa gaagagatta tgcagaagct cacggcatct attagcaaag ctccacaatt 900 tgggtatcct gctgttcaga attctgtgga tagcttgcag aagtttgctg cacaattgga 960 aagagagttt gttgatgggg aacgtagtct cgcagaatct caagagaatg cgtttagaaa 1020 acagcccgct ttcattcaac aggtgttggt aaacattgct tctctattct ctggttatct 1080 ttcttaacgt gtgattgaag tttgtgaatt gagggggagc caaaaaagaa tttctttttt 1140 ggctcttttt tcttttcaaa ggáatctcgt gtctacagaa gtcttttcaa taataagttc 1200 ttagttccaa aagaagaaaa tatataaaag aaaaaactcc taattcattt aaaaagtgct 1260 cggcagactt cgtggaaaat gtctgtaaag ctggagggga atcagcagaa agatgcaaga 1320 tatccgagaa aaaaggctca ggctcgtgcc gaattcggca cgagactacg aaagaaaggt 1380 cttttctttc ggaatctgtc attggatctg cgtaagactt aaagttcggc aacacaggct 1440 ctgtcttctc tttaggtttc ttgcgcgaga aaaattťtct^caagtaacaa—gaagatttct—1500 ttttacagcc ggcatccggc ttctcgcgaa gtataac 1537 <210> 58 <211> 463 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 58 tctcaaatcc cgacaaggac cgcgttcggt ggacgccgtt cgcggagtca ggagatatca gcacggaata tttaccttcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa ccatgttcga taaattcacc 60 tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa atattgagga tataggagat 120 taactatcaa tgggaatgtc gaagaatacg attacgttct cgtatctata 180 tgaatacaga aaatattggc ttggataaag ctggtgttat ttgtgatgaa· 240 tccctaccga tgccacaatg cgcacaaacg tacctaacat ttatgctatt 300 caggaaaatg gcaacttgcc catgtagctt ctcatcaagg aatcattgca 360 taggtggcca taaagaggaa atcgattact ctgctgtccc ttctgtgatc 420 ctgaagtcgc ttcagtaggc ctctccccaa cag 463 <210> 59 <211> 552 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 59 acattcctcc tgctcctcgc ggccatccac aaattgaggt aaccttcgat attgatgcca 60 acggaatttt acacgtttct gctaaagatg ctgctagtgg acgcgaacaa aaaatccgta 120 ttgaagcaag ctctggatta aaagaagatg aaattcaaca aatgatccgc gatgcagagc 180 ttcataaaga ggaagacaaa caacgaaaag aagcttctga tgtgaaaaat gaagccgatg 240 gaatgatctt tagagccgaa aaagctgtga aagattacca cgacaaaatt cctgcagaac 300 ttgttaaaga aattgaagag catattgaga aagtacgcca agcaatcaaa gaagatgctt 360 ccacaacagc tatcaaagca gcttctgatg agttgagtac tcgtatgcaa aaaatcggag 420 aagctatgca ggctcaatcc gcatccgcag cagcatcttc tgcagcgaat gctcaaggag 480 ggccaaacat taactccgaa gatctgaaaa aacatagttt cagcacacga cctccagcag 540 gaggaagcgc ct 552 <210> 60 <211> 1180 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 60 atcctagcgg cttttaggag acaacttttt taaaactgct tactggtcag ataaaatcca tacagaagca acacgtactt 60 aaaaaatcta taatgctaga aaaatcctga gtaaggatca cttctcctca 120 catcttggat agagttagtt tttagaacta agtcttctgc ttacaatgct 180 ·· 4
153 ·· ···· • 44 4 • · 4
cttgcatatt acgagctttt tataaacctc cccaaccaaa ctctacaaaa agagtttcaa 240 tcgatcccct ataaatccgc atatattttg gccgctagaa aaggcgattt aaaaaccaag 300 gtcgatgtga tagggaaagt atgtggaatc tcgtgccgaa ttcggcacga gcggcacgag 360 gatgtagagt aattagttaa agagctgcat aattatgaca aagcatggaa aacgcattcg 420 tggtatccaa gagacttacg atttagctaa gtcgtattct ttgggtgaag cgatagatat 480 tttaaaacag tgtcctactg tgcgtttcga tcaaacggtt gatgtgtctg ttaaattagg 540 gatcgatcca agaaagagtg atcagcaaat tcgtggttcg gtttctttac ctcacggtac 600 aggtaaagtt ttgcgaattt tagtttttgc tgctggagat aaggctgcag aggctattga 660 agcaggagcg gactttgttg gtagcgacga cttggtagaa aaaatcaaag gtggatgggt 720 tgacttcgat gttgcggttg ccactcccga tatgatgága gaggtcggaa agctaggaaa 780 agttttaggt ccaagaaacc ttatgcctac gcčtaaagcc ggaactgtaa caacagatgt 840 ggttaaaact attgcggaac tgcgaaaagg taaaattgaa tttaaagctg atcgagctgg 900 tgtatgcaac gtcggagttg cgaagctttc tttcgatagt gcgcaaatca aagaaaatgt 960 tgaagcgttg tgtgcagcct tagttaaagc taagcccgca actgctaaag gacaatattt 1020 agttaatttc actatttcct cgaccatggg gccaggggttaccgtggatactagggagttl080 gattgcgtta taattctaag tttaaagagg aaaaatgaaa gaagagaaaa agttgctgct 1140 tcgcgaggtt gaagaaaaga taaccgcttc tčggcacgag 1180 <210> 61 <211> 1215 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 61 attacagcgt gtgcaggtaa cgacatcatt gcatgatgct tttgatggca ttgatgcggc 60 attccttata gggtcagttc ctagaggccc aggaatggag agaagagatc ttctaaagaa 120 aaatggggag attgttgcta cgcaaggaaa agctttgaac acaacagcca agcgggatgc 180 aaagattttt gttgttggga accctgtgaa taccaattgc tggatagcaa tgaatcatgc 240 tcccágatta ttgagaaagá actttcatgc gatgctacga ttggaccaga atcgtatgca 300 tagcatgtta tcgcatagag cagaagtacc tttatcggct gtatcacaag ttgtggtttg 360 gggaaatcac tccgccaaac aagtgcctga ttttacgcaa gctctgatta atgaccgtcc 420 tatcgcagag acgatagcgg atcgtgattg gttagagaat attatggtgc cttctgtaca 480 gagtcgtggt agtgcagtaa ttgaagcacg agggaagtct tcggcagctt ctgcagcacg 540 agctttagca gaggctgctc gatcaatata tcagccaaaa gaaggactcg tgccgaattc 600 ggcacgagta tcgaaattgc aggcatttct agtgaatggt cgtatgctta taaactacgt 660 ggtacagact tgagctctca aaagtttgct acagattctt acatcgcaga cccttattct 720 aagaatatct actcccctca actatttgga tcccctaaac aagaaaagga ttacgcattt 780 agttacctga aatatgagga ttttgactgg gaaggcgaca ctcctttgca ccttccaaaa 840 gaaaattact tcatttatga aatgcatgtt cggtcattca cccgagatcc gtcttcccag 900 gtttcccatc ctggaacttt ccttggtatc atcgaaaaaa tagaccacct caaacaacta 960 ggcgttcatg cagttgaact ccttcctatt ttcgaattcg atgaaaccgt ccatccattt 1020 aaaaatcagg acttccccca cctgtgtaac tattgggggt attcttcggt gaattttttc 1080 tgcccctctc gccgttatac ttatggggca gacccttgcg ctccggcccg agagttcaag 1140 actcttgtca aagcgttaca ccgtgcggga atcgaagtca ttctcgatgt cgttttcaat 1200 catacaggct ttgaa 1215 <210> 62 <211> 688 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 62 gtggatccaa aaaagaatct aaaaagccat acaaagattg cgttacttct tgcgatgcct 60 ctaacacttt atcagcgtca tctttgagaa gcatctcaat gagcgctttt tcttctctag 120 catgccgcac atccgcttct tcatgttctg tgaaatatgc atagtcttca ggattggaaa 180 atccaaagta ctcagtcaat ccacgaattt tctctctagc gatacgtgga atttgactct 24 0 cataagaata caaagcagcc actcctgcag ctaaagaatc tcctgtacac caccgcatga 300 aagtagctac tttcgctttt gctgcttcac taggctcatg agcctctaac tcttctggag 360
154 ·· MM #9 ·· • · · • · · • · · • · · ·* ···· taactcctag agcaaacaca aactgcttcc acaaatcaat atgattaggg taaccgttct 420 cttcatccat caagttatct aacaataact tacgcgcctc taaatcatcg caacgactat 480 gaatcgcaga taaatattta ggaaaggctt tgatatgtaa ataatagtct ttggcacgag 540 cctgtaattg ctctttagta agctccccct tcgaccattt cacataaaac gtgtgttcta 600 gcatatgctt attttgaata attaaatcta actgatctaa aaaattcata aacacctcca 660 tcatttcttt tcttgactcc acgtaacc 688 <210> 63 <211> 269 <212 > DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 63 atgttgaaat cacacaagct gttcctaaat aaahtactgc^tacaggtaaa agggattgtg gtgaagcaga gttcgtacgc agtgatccag tttggaaaat tgaccgctta ggacaaggcg ctcttaaaga aggttgctgc tttacagct <210> 64 <211> 1339 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 64 cttttattat ggcttctggg gatgatgtca ttaaaattgt tatacagacg gctccagagg ccccggcgaa ggatcttggt attctctccg agctagttaa tccttaggaa acatttctgg cácatagaga gtttctcccg taattgcgct tgcgcctact tgctcagctt ccattggaga caccattctc tcaataaatc caatagcttt gatagtattc actcggactc cccaacgtcg actttctaaa gCagcttttg ctgcgttcat ggaagcaaga taagttagag agatggtgct agagagaagg ctgataaagg agtagctgga agaggtatca agtaatggtt tagcaatttc atcaatgtgt ccaaaatctt ttttcacctg aagatctttg taacgtttat tttccaaaat actggcatcc atgggataga ttttágcgaa agatgcattg aattttccta actcccaaga ggtccccaca agtatggttg cgcctgcttc cccgttatca tcgcctatgc cggctatgaa catgagctaa ccccattttg tcttcttgag gaaacgggcc tcataataca taaggagtag aaagagtttc cttgtcaaat tcttatatgg tatgtttatt ttaaaataat ttgttttaac tgaaaaacag gttttatat atgctacggt aggatctccc tatcctgttg 60 ttgatgttat—cattactcag caattaccat 120 cgacaactcc tactgctgat ggtaagctag 180 aaaagagtaa aattactgta tgggtaaaac 240
269 acgatatcga cctgctatct cgaggagatt 60 agatgcatgg attagcggac tttttggctc 120 cctgggaagc tggtgagctg cgttacaaac 180 acctatgccc atcacattgg ctccgtgatc 240 agctagggga gagactaaga aggctgctgc 300 aggtagtgga gcccagtctt ggtagtaatc 360 tcctgcacgg ctagctaatg gccctgccga 420 gccggcttcc caagccagta cttttgtatc 480 tcctccgcca taccctggaa cagcacgcat 540 agctcctgca ttcataattg ggccaaaatg 600 tgtacttaag gcggcaagat agcctttacg 660 cggactgttt gctaaagagt gaacaagaat 720 ttctacaact tcggatacag tgtacccaga 780 ttcctgagga atatcttctg gggtgtcgaa 840 agttagcaat tctccattgg agagttcacg 900 ttgagagaaa attttataga taggaaccca 960 tgctaacatt ttggcaatgc cccagccata 1020 agcaattttt cctgttaaat caattttcaa 1080 agaggagagt agcagattct ttattattga 1140 attcactggc tggatccagg tttctagagt 1200 gtagagttaa tcaactgttt tcaagtgatt 1260 aactgtttaa tagttttaat ttttaaagtg 1320
1339 <210> 65 <211> 195 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 65 /
Met Gly Ser Leu Val Gly Arg Gin Ala Pro Asp Phe Ser Gly Lys Ala 5 10 15
155 «9 9999 9 • 9 9 9 9 • 9 · 9
9 9 9
99999 9 «··
999«
| Val | Val | Cys | Gly 20 | Glu | Glu | Lys | Glu | Ile 25 | Ser | Leu | Ala | Asp | Phe 30 | Arg | Gly |
| Lys | Tyr | Val 35 | Val | Leu | Phe | Phe | Tyr 40 | Pro | Lys | Asp | Phe | Thr 45' | Tyr | Val | Cys |
| Pro | Thr 50 | Glu | Leu | His | Ala | Phe 55 | Gin | Asp | Arg | Leu | Val 60 | Asp | Phe | Glu | Glu |
| His 65 | Gly | Ala | Val | Val | Leu 70 | Gly | Cys | Ser | Val | Asp Asp 75 | Ile | Glu | Thr | His 80 | |
| Ser | Arg | Trp | Leu | Thr | Val | Ala | Arg | Asp | Ala | Gly Gly | Ile | Glu | Gly | Thr |
90 95
| Glu | Tyr | Pro | Leu 100 | Leu | Ala | Asp | Pro | Ser 105 | Phe | Lys | Ile | Ser | Glu 110 | Ala | Phe |
| Gly | Val | Leu 115 | Asn | Pro | Glu | Gly | Ser 120 | Leu | Ala | Leu | Arg | Ala 125 | Thr | Phe | Leu |
| Ile | Asp 130 | Lys | His | Gly | Val | Ile 135 | Arg | His | Ala | Val | Ile 140 | Asn | Asp | Leu | Pro |
| Leu 145 | Gly Arg | Ser | Ile | Asp 150 | Glu | Glu | Leu | Arg | Ile 155 | Leu | Asp | Ser | Leu | Ile 160 | |
| Phe | Phe | Glu | Asn | His 165 | Gly | Met | Val | Cys | Pro 170 | Ala | Asn | Trp | Arg | Ser 175 | Gly |
| Glu | Arg | Gly | Met 180 | Val | Pro | Ser. | Glu | Glu 185 | Gly | Leu | Lys | Glu | Tyr 190 | Phe | Gin |
Thr Met Asp 195 <210> 66 <211> 520 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 66 gatccgaatt cggcacgagg aggaatggaa gggccctccg attttaaatc tgctaccatg 60 ccattcacta gaaactccat aacagcggtt ttctctgatg gcgagtaaga agcaagcatt 120 tgatgtaaat tagcgcaatt agagggggat gaggttactt ggaaatataa ggagcgaagc 180 gatgaaggag atgtatttgc tctggaagca aaggtttctg aagctaacag aacattgcgt 240 cctccaacaa tcgcctgagg attctggctc atcagttgat gctttgcctg aatgagagcg 300 gacttaagtt tcccatcaga gggagctatt tgaattagat aatcaagagc tagatccttt 360 attgtgggat cagaaaattt acttgtgagc gcatcgagaa tttcgtcaga agaagaatca 420 tcatcgaacg aatttttcaa tcctcgaaaa tcttctccag agacttcgga aagatcttct 480 gtgaaacgat cttcaagagg agtatcgcct ttttcctctg 520 <210> 67 <211> 276 <212> DNA <213> Chlamydia
156
Β
Β ··*· ·· ·· · w « • * · · * • · Β · » * • · Β · · ··· ··<· ·» ··( <400> 67 gatccgaatt cggcacgagg tattgaagga gaaggatctg actcgatcta tgaaatcatg 60 atgcctatct atgaagttat gaatatggat ctagaaacac gaagatcttt tgcggtacag 120 caagggcact atcaggaccc aagagcttca gattatgacc tcccacgtgc tagcgactat 180 gatttgccta gaagcccata tcctactcca cctttgcctt ctagatatca gctacagaat 240 atggatgtag aagcagggtt ccgtgaggca gtttat 276 <210> 68 <211> 248 . . , \ <212> DNA <213> Chlamydia <400> 68 gatccgaatt cggcacgagg tgttcaagaa tatgtccttc aagaatgggt taaattgaaa 60 gatctaccgg tagaagagtt—gctagaaaaa cgatatcaga aattccgaac gataggtcta 120 tatgaaactt cttctgaaag cgattctgag gcataagaag catttagttt tattcggttt 180 ttctcttttá tccatattag ggctaacgat aacgtctcaa gcagaaattt tttctctagg 240 tcttattg 248 <210> 69 <211> 715 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<22i> nejistý.
<222> (34) <223> n=A,T,C ΟΓ G <400> 69 gatccgaatt cggcacgaga aggtagatcc gatntcagca aaagtgctcc taaaggaaga 60 ttccttcggt atcctgcagc aaataaggtg gcacactcca tctcggacag tttgagcttt 120 attttcatat agttttcgac ggaactcttt attaaáctcc caaaaccgaa tgttagtcgt 180 gtgggtgatg cctatatggt aagggaggtt tttggcttcg agaatattgg tgatcatttt 240 ttgtacgaca aaattagcta atgcagggac ctctgggggg aagtatgcat ctgatgttcc 300 atcttttcgg atgctagcaa cagggacaaa ataatctcct atttggtagt gggatcttaa 360 gcctccgcac atgcccaaca tgatcgctgc tgtagcattg ggaaggaaag aacacagatc 420 tacggtaaga gctgctcctg gagagcctaa tttaaaatcg atgattgagg tgtgaatttg 480 aggcgcatgc gctgccgaaa acatggatcc tcgagaaaca gggacctgat agatttcagc 540 gaaaacatcc acggtaatac ccmaaattag taagaaggag atagggctgg aactcttgaa 600 tggtagagcc ggtatagcgc tctagcatgt cacaggcgat tgtttcttcg ctgatttttt 660 tatgttgatg ggtcataaat cacagatatt ataatggtta gagaatcttt ttttc 715 <210> 70 <211> 323 <212 > DNA <213> Chlamydia <400> 70 gatccgaatt cggcacgagc agaacgtaaa cagcacactt aaaccgtgta tgaggtttaa 60 cactgtttgg caagcaaaca accattcctc tttccacatc gttcttacca atacctctga 120 ggagcaatcc aacattctct cctgcacgac cttctgggag ttcttttctg aacatttcaa 180 ccccagtaac aatcgtttct ttagtatctc taagaccgac caactgaact ttatcggaaa 240 ctttaacaat tccacgctca atacgtccag ttactacagt tcctcgtccg gagatagaga 300 acacgtcctc aatgggcatt aag 323 <210> 71 <211> 715
157
<212> DNA <213> Chlamydia <400> 71 gatccgaatt gacccatcaa ataccggctc acgtggatgt gcagcgcatg gcagctctta ggcatgtgcg agcatccgaa aattttgtcg ataggcatca aaactaťatg ggataccgaa cggcacgagg cataaaaaaa taccattcaa tttcgctgaa cgcctcaaat ccgtagatct gaggcttaag aagatggaac tacaaaaaat cccacacgac aaaataaagc ggaatcttcc aaaaaaagat tcagcgaaga gagttccagc atctatcagg tcacacctca gtgttctttc atcccactac atcagatgca gatcaccaat taacattcgg tcaaactgtc.
tttaggagca tctctaacca aacaatcgcc cctatctcct tccctgtttc atcatcgatt cttcccaatg caaaťaggag tacttccccc attctcgaag ttttgggagt gagatggagt cttttgctga ttataatatc tgtgacatgc tcttactaat tcgaggatcc ttaaattagg ctacagcagc attattttgt cagaggtccc ccaaaaacct tgtgatttat 60 tagagcggct 120 tttgggtatt 180 atgttttcgg 240 ctctccagga 300 gatcatgttg 360 ccctgttgct 420 tgcattagct 480 cccttaccat 540 ttaataaaga gttccgtcga 600 gtgccacctt atttgctgca 660~ tatcggatct acctt 715 <210> 72 <211> 641 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<22i> nejistý.
<222> (550) <223> n=A.T.c nebo G <22i> nejistý <222> (559) <223> n=A.T.c nebo G <221> nejistý <222> (575) <223> n=A.T,c nebo G <22i> nejistý, <222> (583) <223> n=A,T,C nebo G <22i> nejistý;
<222> (634) <223> π=α, t,c . nebo G <22i> nejistý· <222> (638) <223> n=A,T,C nebo G <400> 72 gatccgaatt cggcacgaga tctcctcgag ctcgatcaaa cccacacttg ggacaagtac 60 ctacaacata acggtccgct aaaaacttcc cttcttcctc agaatacagc tgttcggtca 120 cctgattctc taccagtccg cgttcctgca agtttcgata gaaatcttgc acaatagcag 180 gatgataagc gttcgtagtt ctggaaaaga aatctacaga aattcccaat ttcttgaagg 240 tatctttatg aagcttatga tacatgtcga catattcttg ataccccatg cctgccaact 300 ctgcattaag ggtaattgcg attccgtatt catcagaacc acaaatatac aaaacctctt 360 tgccttgtag tctctgaaaa cgcgcataaa catctgcagg caaataagca ccggtaatat 420 gtccaaaatg caaaggacca tttgcgtaag gcaacgcaga agtaataaga atacgggaag 480 attccactat ttcacgtcgc tccagttgta cagagaagga tcttttcttc tggatgttcc 540 gaaaccttgn tctcttcgnc tctctcctgt agcanacaaa tgnctctctc gacatctctt 600 tcagcgtatt cggactgatg ccctaaagat cccnggangt t 641 <210> 73 <211> 584 <212> DNA
158 <213> Chlamydia <220>
<221> nejistý.
<222> (460) <223> n=A,T,c nebo G <22i> nejistý:
<222> (523) <223> n=A,T.c nebo G <22i> i nejistý <222> (541) <223> n=A,T,c nebo G <221> nejistý <222> (546) <223>tti=A7T7C nebo G <400> 73 gaattcggca agatgacttt gacttattac catagccgtg tatttttatt agagaaagat tagcgaattt aagtattttt atgaaagact nagctpagaa <210> 74 <211>
<212>
<213>
<400> 74 gatccgaatt taagaaatta caatgcggcg actatatagg tagatgčctt tagcggtgat agtattgttc ttaccgtgga cgagacattt aagcaatctt ggaacgagta attgatgtac caagctccct ttccagaaga gattatgttg atagctgaag gaataagcta caaaattgct
465
DNA
Chlamydia cggcacgagc ttttcgagtg tggagtactg atcgctagat agcagttgcg agagcaggca tttgcgcata gtcaagaaaa <210> 75 <211> 545 -212> DNA
Chlamydia > 75 gaattcggca aaagttttct ctatatgttc atccacgaat ccactcctgc ttgctgcttc caaactgctt ctaacaataa taggaaaggc cgagatgaaa tccaaaaacc tgtgaaatat tttctctcta agctaaagaa actaggctca ccacaaatca cttacgcgcc tttgatatgt ctagaatgga accggcaaca tagataggga agattttttg aggcggagat ttctagagtt aaggagcttt ggctctgaag ctcaagaaga acttgagcgc aagaaagatt agagcatagc tggttaatga tgatttgatt aacataggat gagtcatggn tttgatagcc cctttagttt agaggagatg ttcgttcttc tcgtgccgtt tgggatcgtg aaagagctag gcgtaatcat ggtatcgggc tgtgttggta tgtttcggtc gtcccttaca gctgttgttt gtatgggaga cctaatatgg tctaccattc gatgaaacag aggacttata gaaatgatgg aggtgtttat agttagcgtc acaggggatt tcttcctctc ttgattagtg gcatagtctt caggattgga gcgatacgtg gaatttgact tctcctgtac accaccgcat tgagcctcta actcttctgg atatgattag ggtaaccgtt tctaaatcat cgcaacgact aaataatagt ctttggcata aacaaaaact ttgtatctga gaatgggtct ttttatttgg ctgcaaaagg gtaagcactg aagcaaatgc cggcagtcac cgtttgaatg ctcgggattc gctgtcgaaa ttgctgccgc acagcatatc aagttttaag tagaaaagat cgtttaacta ggntaattac gtaattaagc taac taatcgcatc ggagaatggt tacagatagc catactactc tggattttct ccattacaca gatgacgcaa agtaatcttg ggggaatgag caaacaccgt atatcctact tctcgagaag cggacctttt ttgcaagcgg gaatt ctcctaccaa agaattccga átccctctgc aactacttta aaatccaaag tactcagtca ctcataagaa tacaaagcag gaaagtagct actttcgctt agtaactcct agagcaaaca ctcttcatcc atcaagttat atgaatcgca gataaatatt cgcctgtaat tgctctttag
120
180
240
300
360
420
480
540
584
120
180
240
300
360
420
465
120
180
240
300
360
420
480
540
159
taagc <210> 76 <211> 797 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<22i> nejistý* <222> (788) <223> n=A,T,c nebo G <22i> nejistý <222> (789) <223> n=A,T,c nebo G
545 <400> 76 gatccgaatt cggcacgaga tacgctagat gcgataaatg cggataatga ggattatcct 60 aaaccaggtg acttcccacg atcttccttc tctagtacgc ctcctcatgc tccagtacct 120 caatctgaga ttccaacgtc acctacctca acacagcctc catcacccta acttgtaaaa 180 actgtaataa aaagagcgcg cttcctttat gcaaaatcaa tttgaacaac tccttactga 240 attagggact caaatcaaca gccctcttac tcctgattcc aataatgcct gtatagttcg 300 ctttggatac aacaatgttg ctgtacaaat tgaagaggat ggtaattcag gatttttagt 360 tgctggagtc atgcttggaa aacttccaga gaataccttt agacaaaaaa ttttcaaagc 420 tgctttgtct atcaatggat ctccgcaatc taatattaaa ggcactctag gatacggtga 480 aatctctaac caactctatc tctgtgatcg gcttaacatg acctatctaa atggagaaaa 540 gctcgcccgt tacttagttc ttttttcgca gcatgccaat atctggatgc aatctatctc 600 aaaaggagaa cttccagatt tacatgctct aggtatgtat cacctgtaaa ttatgccgtc 660 attatcccaa tcccgacgta tcatccagca atcttccatt cgaaagattt ggaatcagat 720 agatacttct cctaagcatg ggggtatgcg taccggttat ttttctcttc atactcaaaa 780 aaagttgnng gggaata 797 <210> 77 <211> 399 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 77 catatgcatc accatcacca tcacatgcca cgcatcattg gaattgatat tcctgcaaag 60 aaaeagttaa aaataagtct gacatatatt tatggaatag gatcagctcg ttctgatgaa 120 atcattaaaa agttgaagtt agatcctgag gcaagagcct ctgaattaac tgaagaagaa 180 gtaggacgac tgaactctct gctacaatca gaatataccg tagaagggga tttgcgacgt 240 cgtgttcaat cggatatcaa aagattgatc gccatccatt cttatcgagg tcagagacat 300 agactttctt taccagtaag aggacaacgt acaaaaacta attctcgtac tcgaaaaggt 360 aaaagaaaaa cagtcgcagg taagaagaaa taagaattc 399 <210> 78 <211> 285 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 78 atgcatcacc atcaccatca catgagtcaa aaaaataaaa actctgcttt tatgcatccc 60 gtgaatattt ccacagattt agcagttata gttggcaagg gacctatgcc cagaaccgaa 120 attgtaaaga aagtttggga atacattaaa aaacacaact gtcaggatca aaaaaataaa 180 cgtaatatcc ttcccgatgc gaatcttgcc aaagtctttg gctctagtga tcctatcgac 240 atgttccaaa tgaccaaagc cctttccaaa catattgtaa aataa 285 <21O> 79 • 9 9 9 9 9
160 <211> 950 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 79 aaattaactc gttcttttag gtagagtaat tatccaagag aaaacagtgt cgatccaaga taaagttttg aggagcggac cttcgatgtt tttaggtcca taaaactatt atgcaacgtc agcgttgtgt taatttcact tgcgttataa cgaggttgaa gagcacaaat agtccgccga tagttaaaga acttacgatt cctactgtgc aagagtgatc cgaattttag tttgttggta gcggttgcca agaaacctta gcggaactgc ggagttgcga gcagccttag atttcctcga ttctaagttt gaaaagataa tacggcaatt gagaatggtt gctgcataat tagctaagtc gtttcgatca agcaaattcg tttttgctgc gcgacgactt ctcccgatat tgcctacgcc gaaaaggtaa agctttcttt ttaaagctaa ccatggggcc aaagaggaaa ccgcttctca gctgagcaaa gaagggactg tatgacaaag gtattctttg aacggttgat tggttcggtt tggagataag ggtagaaaaa gatgagagag taaagccgga aattgaattt cgatagtgcg gcccgcaact aggggttacc aatgaaagaa aggttttatt agatgaagga cccgaagcat catggaaaac ggtgaagcga gtgtctgtta tctttacctc gctgcagagg atcaaaggtg gtcggaaagc catggatgtc 60 gggtgtagat 120 gcattcgtgg 180 tagatatttt 240 aattagggat 300 acggtacagg 360 ctattgaagc 420 gatgggttga 480 taggaaaagt 540 actgtaacaa aaagctgatc caaatcaaag gctaaaggac gtggatacta gagaaaaagt ttgttgagat cagatgtggt 600 gagctggtgt 660 aaaatgttga 720 aatatttagt 780 gggagttgat 840 tgctgcttcg 900
950 <210> 80 <211> 395 <212> DNA <213 > Chlamydia <400> 80 tttcaaggat ggctggttta agtaggtgtt gctaacttca gaccattgac ataagcccat ttgátcagga tttgttttcc gcatctaagg cctacttgcg tcaaagcgag atttgagatc tgtctataag tccagagtga cgatcatctt caacagaagc atagcatcgt ctagattcat ccagaatcga agtcaaattt gtgttcctgt actaaatgca tcctctgctg tcctagtcct tttatcgttg gttcgcatag ccagagcgct atatc gctccaacaa taataagtga gatatccaca agcaagcctt aaatgattgt gagatcgttc tcacatcatg 60 attcttcaga 120 ggttgttata 180 gtttgactgt 240 ctctaggtac 300 cattttgtag 360
395 <210> 81 <211> 2085 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 81 atttggcgaa gaccagattg agtctcagtt atccaggaat agcagtttaa tgagtatgtt tatctcttca gtgcqttagc tgctattgat agatctacgt ttgggagtct gatgcatcca gaatcatccg tctgaaagct tatcacgcga ttattattat ggagtttggg tgtactttct agaacaattt aggatttggg acgtgtttta gggccgattt tgatcgagga cgctgctgct cccagaggag ttttttgcag cttccagaca ccacaatgca tttttaattg tgttttgtca ttatcaggat gaaaataact ctacggctat tatgaagaat gctcaagtag aagactcccg gagtgtcctg aatagtgacg gttgattatc tgggctggta tgatgggagc aaaCcattcg agtataagca taggagtttc ggggagcgga cačatatcaa ggaagaagga ccgatcaaaa taataaatca ctcctattga gtttagatac ttcagtcgat tattaatagg atcgtgattg tacgtgtgca tgtttgtatg tttaggcaag aaatcatccc tgggcgggat ttcctttgca gctctttgaa aaagaaatat atgtatttgt cacgtaaagt ttcgtgttcg gcaaatgttg aagttggcaa gttattgatg ccattctaga ggáaacgatc tcaggttgaa atccaagcaa ctcccttgga atcattatgg atcgttgtct gagtatggga agttttttcc tggggcgata aatacagagg atttgcacat ctgcctccaa 60 cgttggggag 120 gttgttttcg 180 gatggagtaa 240 aaatcgtgtt 300 ggctgttctg 360 ggtaacagac 420 caggtatcgt 480 gttatcccga 540 gacgaaagac 600 tttctcgcag 660 cactatcttt 720 aacaaaacct 780 ctttcttccc 840 atttcagtat 900 gattcgcttc 960
161
aagagatctt caaagattgt tgataaaaaa aaaaagaagg ttgttttata attattttcg ggcgtggagt taggatcgct ccttagcagt tgatagagca gttctttgcg ggagtcaaga tattcaaaat tactaaagag taaatattta agataacttg tgtgtttgct aaaagcgaaa ggctgctttg gcaagaggct gagtttatgt agaagcggat tattttgatt tcctaaagat agtgaaagag actgggtatc agattgtttc tgcggctgtt ggcacctaat catagatgaa aaagaaatga aagcatatgc caattacagg tctgcgattc atggatgaag ctaggagtta gtagctactt tattcttatg ttgccgcctc gaaggcgctg gcttatttgt ccttctgcag attttgggat ctaggcgtaa gggctgtgtt ggtcgtccct gtttgtatgg atggtctacc acagaggact tggaggtgtt tagáacacac cgtatgccaa atagtcgttg agaacggtta ctccagaaga tcatgcggtg agagtcaaat tgcaagaacg gagtgtggta gttgtctctt 1020 tcgctgatgc aagaatgtgc aaagcagagt 1080 tttgtgagaa aagcgggata tatctaacga 1140 ggattgatga atcgaatacg gaccagcctt 1200 cgtgtaatcg catcggagaa tggttaagaa 1260 tcáttacaga tagccatact actccaatgc 1320 ggtatggatt ttctccatta cacaactata 1380 tacagatgac gcaaagtaat cttgtagatg 1440 gagaggggaa tgagcaaaca ccgttagcgg 1500 attcatatcc tacttctcga gaagagtatt 1560 tatacggacc ttttttgcaa gcggttacgt 1620 tatgaatttt ttagatcagt tagatttaat 1680 gttttatgtg aaatggtcga agggggagct 1740 agactattat ttacatatca aagcctttcc 1800 cgatgattta gaggcgcgta agttattgtt 1860 ccctaatcat attgatttgt ggaagcagtt 1920 gttagaggct catgagccta gtgaagcagc 1980 gtgtacagga gattctttag ctgcaggagt 2040 tccacgtatc gcctc 2085 <210> «2 <211> 405 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 82 ttcatcggtc gcaatcatta ttctccctgt cttcggtgac atagttggca attggctcca gcaaaaaata tágttcgcta tgcaacgagt cattgggcct tgatggggat ggacatggaa taaagggagg aattagctcc ttctactctc ggtttgaaaa gttatatggg ggtaagagcc gattttgatc agaaaacttc tccattccga caatggttcc gcatttttgg gcagagcttc 60 gcgggtacaa tattgggagt accgatgggt 120 agtcggaggg tcttttccgc gcttatattt 180 ataaagtagg atttctaaga attcctacat 240 cttcaggacc gcctccttgg gaagaattgt 300 gatataggga atcgtatcaa ggtgaaagta 360 actgcagaat ttgat 405 <210> 83 <211> 379 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 83 tataccattc ggtcgtgtcg ttccctacgt ttgcgagggg gggtgggagc ctttccaaga gaagcgttca gtttgaaagt ttttcccttg atcactttgc aagagtggtt ctccgcagtt gaaagaatcc tgaatttcc gcctttgacg ggcagatgtt taatgtagtt aagttctaca tttccatatg tacttctatt ggagaaagtg tttttgaaga tcaatgcaaa 60 gacgatcaag ttttggttaa atcagacggg 120 gatgatcatt tgatggggat tacccatgtg 180 cctaaacacc ttcttcttta caaagctttt 240 ccgcttcttc taaatcctga tggaagtaag 300 ttttactatc gggatgctgg atacaaaaaa 360
379 <210> 84 <211> 715 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 84 tcaatcctgt atccataact cgccttccat tgggtgtgac attaataatt aatcgcgtag tcttgatgca tgtgaatttt ctggttctta ggcttagaat ataatatctg cctatttcag gactacataa attaggaacg cctgatgagt 60 caccttctcg taccaaagct agaacaacgc 120 ctgagactaa gaacatgctc ccagagcttt 180 ttcctcctaa taaagttťca atgttcctgg 240
162 gagtgaataa cccgttgcat tgaattttat tagtgattgg aaagttgtta aaagctttca 300 acaaacctag agaagggtct gttgtgattt tgtctaaaat atcttggact gtactatcaa 360 caatagtatc agcaattcca ccaagaattt gatctcccaa cttttctaga ataagctggt 420 aagctttttc cgcatccaaa ccaattgtaa tagaagcatt ggttgatgga ttattggaga 480 ctgttaaaga tattccatca gaagctgtca ttttggctgc gacaggtgtt gatgttgtcc 540 caaggattat ttgctggtcc ttgagcggct ctgtcatttg cccaactttg atattatcag 600 caaagacgca gttttgagtg ttatacaaat aaaaaccaga atttcccatt ttaaaactct 660 tttttatttt gagctttaaa taaattaggt ttttagtttc aagtttgcta ttaat 715 <210> 85 . ..
<211> 476 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 85___.--ctcgtgccgc tcgtgccgct cgtgccggtc ttttagaaga gcgtgaagct ttaaataatt 60 cgattacgtt tatcatggat aagcgtaatt ggatagaaac cgagtctgaa caggtacaag 120 tggtfcttcag agatagtaca gcttgcttag gaggaggcgc tattgcagct caagaaattg 180 tttctattca gaacaatcag gctgggattt ccttcgaggg aggtaaggct agtttcggag 240 gaggtattgc gtgtggatct ttttctťccg caggcggtgc ttctgtttta gggactattg 300 atatttcgaa gaatttaggc gcgátttcgt tctctcgtac tttatgtacg acctcagatt 360 taggacaaat ggagtaccag ggaggaggag ctctatttgg tgaaaatatt tctctttctg 420 agaatgctgg tgtgctcacc tttaaagaca acattgtgaa gacttttgct tcgaat 476 <210> 86 <211> 1551 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 86 gcgtatcgat atttcttctg ttacattctt tatagggatt ctgttggctg ttaatgcgct 60 aacctactct catgtattac gggatttatc tgtgagtatg gatgcgctgt tttctcgtaa 120 čacgcttgct gttcttttag gtttagtcte tagcgtttta gataatgtgc cattagtcgc 180 tgcaacaata ggtatgtatg acttacctat gaacgatcct ctttggaaac tcattgccta 240 .
tacagcaggc acagggggaa gtattctcat cattggatcc gctgcaggtg ttgcctacat 300 gggaatggaa aaagtgagtt tcggctggta tgtcaaacac gcttcttgga ttgctttagc 360 cagttatttt ggaggtctag cagtctattt tctaatggaa aattgtgtga atttgttcgt 420 ttgaggfeagt cagtatggca gagtttcttt aaaaattctt ttaataaaag ggttctctgc 480 ctattctagg cccctttttg aatggaaaaa tgggtttttg gagaacatcg attatgaaaa 540 tgaataggat ttggctatta ctgcttacct tttcttctgc catacattct cctgtacgag 600 gagaaagctt ggtttgcaag aatgctcttc aagatttgag ttttttagag catttattac 660 aggttaaata tgctcctaaa acatggaaag agcaatactt aggatgggat cttgttcaaa 720 gctccgtttc tgcacagcag aagcttcgta cacaagaaaa tccatcaaca agtttttgcc 780 agcaggtcct tgctgatttt atcggaggat taaatgactt tcacgctgga gtaactttct 840 ttgcgataga aagtgcttac cttccttata ccgtacaaaa aagtagtgac ggccgtttct 900 actttgtaga tatcatgact ttttcttcag agatccgtgt tggagatgag ttgctagagg 960 tggatggggc gcctgtccaa gatgtgctcg ctactctata tggaagcaat cacaaaggga 1020 ctgcagctga agagtcggct gctttaagaa cactattttc tcgcatggcc tctttagggc 1080 acaaagtacc ttctgggcgc actactttaa agattcgtcg tccttttggt actacgagag 1140 aagttcgtgt gaaatggcgt tatgttcctg aaggtgtagg agatttggct accatagctc 1200 cttctatcag ggctccacag ttacagaaat cgatgagaag ctttttccct aagaaagatg 1260 atgcgtttca tcggtctagt tcgctattct actctccaat ggttccgcat ttttgggcag 1320 agcttcgcaa tcattatgca acgagtggtt tgaaaagcgg gtacaatatt gggagtaccg 1380 atgggttťct ccctgtcatt gggcctgtta tatgggagtc ggagggtctt ttccgcgctt 1440 atatttcttc ggtgactgat ggggatggta agagccataa agtaggattt ctaagaattc 1500 ctacatatag ttggcaggac atggaagatt ttgatccttc aggaccgcct c 1551 <210> 87
- —· · / ·♦
163 <211> 3031 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 87 atgtaggccc aagatagtca agaaagatgc atcccgtggt gtagttttac cttttgttgg ctggagcggc aatttgcatc ttcatgattg ctagtgcgaa ctggagagaa ctatatcttt ggaaagtgct ctggaggagc tcaaaggcaa cttctctagg ctgcttcgca cagtggtttt ttgtttctat gaggaggtat ttgatatttc atttaggaca ctgagaatgc ggaaaattct ccggaggaat agtttccttt gagcgatttt atcgtttgca ttcatgggat acgcaatggg gaaatggaag tagcttcaga atttccaagt actcgccatc taaaatcgga gcaatctcca aaaatagctt ctaaaacctt cattaaatga tccgcgctct tggcatcggt aaccaggtga aatctgagat ctgtaataaa ttagggactc tttggataca gctggagtca gctttgtcta atctctaacc ctcgcccgtt aaaggagaac tcaagcggtt ggctgaagga agatactctt tttccaaggt gagcagcaac ggatagtagt tttatattct atgttcttct tcaaggattg tgatcatcttr aagtctctat tgaaggaaac ttttgtcgct gattgcagcc ttgtgcaatt caccgttctt aggaggcgcc cagagatagt tcagaacaat tgčgtgtgga gaagaattta aatggagtac tggtgtgctc gggaggagga ttcttttaca attcagcaaa aggaagagaa gtgcagcgaa ggatagcact acaaggagtc cgtcgatttt aacctttgct aacctcatcc agagaaaacc gggcccttcc agccttacac aaagcatgaa cttacaatta actggtaggc taatggctgt tatcacaaat cttcccacga tccaacgtca aagagcgcgc aaatcaacag acaatgttgc tgcttggaaa tcaatggatc aactctatct acttagttct ttccagattt ttattgttag cagtataggt cccgggaagg gtggaccaac cttgattctc aaggctggaa acagaagatc ctagaacagg caggttaaac ggatttggag atgcctgcag agcgcgaact aatgataaaa tcttctgata ggaacagagg ttgcaaggga atttttggca acagcttgct caggctggga tctttttctt ggcgcgattt cagggaggag acctttaaag gcgattttag ggaaatgcga aaagaagggc gtagctattc gaagaagcga tcgattgttg tcaggaggag tctcgaaata tccagagcaa ccctctaatt gctgttatgg attcctcctg tctgtagata ggacatgccc gtagaagata ccagatactg tcgcctagaa acgctagatg tcttccttct cctacctcaa ttcctttatg ccctcttact tgtacaaatt acttccagag tccgcaatct ctgtgatcgg tttttcgcag acatgctcta accaaattcg taattgtagg tagagcaaag aggatcaagt cccgtgacgg tcacattaac ttatctttga ggggagcttg actgtactac gaggcgcttt gagatatggt ttgctaatgg agacttcttt ttgcctttca ataaaggttc atcacgggat aaaattgtca taggaggagg tttccttcga ccgcaggcgg cgttctctcg gagctctatt acaacattgt ctactggtaa gagctccaca gaccactctc tccacaacgc· cattattagg gcaačtcttc ctcttttatc ttgctagttt atacatctcc gcgctaattt agtttctagt caaaattgca gcttttttga ctattccatc aattcccttc gtcctcaaac tattctctgg cgataaatgc ctagtacgcc cacagcctcc caaaatcaat cctgattcca gaagaggatg aataccttta aatattaaag cttaacatga catgccaata
agatctattc agatccaagt tactttgttc ctcttcccaa agaatctttt tgacgtgaaa aaagattaag tgcagctcaa agccgtgaat ctttgttacg agttgcgaat aggagcgatt tatagagaac aaactgcgca tttaggtgga aacttgtgat gatttctgac cgetattgca gggaggtaag tgcttctgtt tactttatgt tggtgaaaat gaagactttt ggtggaaatt agctcttcca ttcaggatat tgcagtagta ttgttgtgga agtaagattt taaaacagtg gggaggacgc ttcatcgctt acatcaaatg gaatggcatg agtatatatg tagaaatatt cttaacgaca ctcttccaaa tgaagtttta agctgaaaaa ggataatgag tcctcatgct atcaccctaa ttgaacaáct ataatgcctg gtaattcagg gacaaaaaat gcactctagg cctatctaaa tctggatgca gttgggtcta tctttccaag tcagtaacca gggttaattt ttaggtattg gcttctttgt ggtggattgg agtattttga gctgaggggt ggttctcttt tgtgatgggg gctgcctctg cgagctttgt gaactagttt ggggctatat aataatgagt aacgaggggc gctcaagaaa gctagtttcg ttagggacta acgacctcag atttctcttt gcttcgaatg accaataatt actcaagagg tctgggggag tttgagcaaa ggaggcgctg ggtaataatt cagttagctg aatgttctgt cgctccttat cttgcttctt gtagcagatt acggaactaa gggaacttgg ggaaatttaa gctcaaaagg aacttattct aaacagcagc gattatccta ccagtacctc cttgtaaaaa ccttactgaa tatagttcgc atttttagtt tttcaaagct atacggtgaa tggagaaaag atctatctca
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3031 <210> 88
164 <211> 976 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 88 aggtggatgg ggactgcagc ggcacaaagt gagaagttcg ctccttctat atgatgcgtt cagagcttcg ccgatgggtt cttatatttc ttcctacata aagaatttgc aaacgaacaa accgtccttt ctttagattg tgggagacaa ttggacgtca ctctttttgg ggcgcctgtc tgaagagtcg accttctggg tgtgaaatgg cagggctcca tcatcggtct caatcattat tctccctgtc ttcggtgact tagttggcag taagattatt cccaggtggt agaacttcct gttaaccctg catggaagga agtattgaat ttttga caagatgtgc gctgctttaa cgcactactt cgttatgttc cagttacaga agttcgctat gcaacgagtg attgggcctg gatggggatg gacatggaag caagtatttt agtgtccttt aaacatagaa ttggaaaacg tatactgtgg tgttggagta tcgctactct gaacactatt taaagattcg ctgaaggtgt aatcgatgag tctactctcc gtttgaaaag ttatatggga gtaagagcca attttgatce cttctaatac atctttatgc tgattctgac tagacacaaa atctacaggt aaggggatat atatggaagc ttctcgcatg tcgtcctttt aggagatttg aagctttttc aatggttccg cgggtacaat gtcggagggt taaagtagga ttcaggaccg agaagctttg actgctttcc tcaggatgaa cgtggagtct tgccgagtat cgagttatca aatcacaaag 60 gcctctttag 120 ggtactacga 180 gctaccatag 240 cctaagaaag 300 catttttggg 360 attgggagta 420 cttttccgcg 480 tttctaagaa 540 cctccttggg^600 attatcgacc 660 atgttgacag 720 gtggttgatg 780 cgccttgctc 840 ttaaaaagct 900 acacctattc 960
976 <210> 89 <211> 94 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 89 -
| Met | His | His | His | His | His | His | Met | Ser | Gin | Lys | Asn | Lys | Asn | Ser | Ala |
| 5 | 10 | 15 | |||||||||||||
| Phe | Met | His | Pro | Val | Asn | Ile | Ser | Thr | Asp | Leu | Ala | Val | Ile | Val | Gly |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Lys | Gly | Pro | Met | Pro | Arg | Thr | Glu | Ile | Val | Lys | Lys | Val | Trp | Glu | Tyr |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Ile | Lys | Lys | His | Asn | Cys | Gin | Asp | Gin | Lys | Asn | Lys | Arg | Asn | Ile | Leu |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Pro | Asp | Ala | Asn | Leu | Ala | Lys | Val | Phe | Gly | Ser | Ser | Asp | Pro | Ile | Asp |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Met | Phe | Gin | Met | Thr | Lys | Ala | Leu | Ser | Lys | His | Ile | Val | Lys | ||
| 85 | 90 |
<210> 90 <211> 474 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 90
Met Ala Ser His His His His His His Met Asn Glu Ala Phe Asp Cys 5 10 15
Val Val lle Gly Ala Gly Pro Gly Gly Tyr Val Ala Ala Ile Thr Ala
165
-·· ···· ι · · • · . • * • ·
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Ala | Gin | Ala 35 | Gly | Leu | Lys | Thr | Ala 40 | Leu | Ile | Glu | Lys | Arg 45 | Glu | Ala | Gly |
| Gly | Thr 50 | Cys | Leu | Asn | Arg | Gly 55 | Cys | Ile | Pro | Ser | Lys 60 | Ala | Leu | Leu | Ala |
| Gly 65 | Ala | Glu | Val | Val | Thr 70 | Gin | Ile | Arg | His | Ala 75 | Asp | Gin | Phe | Gly | Ile 80 |
| His | Val | Glu | Gly | Phe | Ser | Ile | Asn | Tyr | Pro | Ala | Met | Val | Gin | Arg | Lys |
90 95
| Asp Ser Val Val | Arg | Šer Ile Arg Asp Gly Leu Asn Gly Leu Ile Arg | ||
| 100 | 105 | 110 | ||
| Ser Asn Lys 115 | Ile | Thr | Val Phe Ser Gly Arg 120 | Gly Ser Leu Ile Ser Ser 125 |
| Thr Glu Val 130 | Lys | Ile | Leu Gly Glu Asn Pro 135 | Ser Val Ile Lys Ala His 140 |
| Ser Ile Ile 145 | Leu | Ala | Thr Gly Ser Glu Pro 150 | Arg Ala Phe Pro Gly Ile 155 160 |
| Pro Phe Ser | Ala | Glu 165 | Ser Pro Arg Ile Leu 170 | Cys Ser Thr Gly Val Leu 175 |
| Asn Leu Lys | Glu 180 | Ile | Pro Gin Lys Met Ala 185 | Ile Ile Gly Gly Gly Val 190 |
| Ile Gly Cys 195 | Glu | Phe | Ala Ser Leu Phe His 200 | Thr Leu Gly Ser Glu Val 205 |
| Ser Val Ile 210 | Glu | Ala | Ser Ser Gin Ile Leu 215 | Ala Leu Asn Asn Pro Asp 220 |
| Ile Ser Lys 225 | Thr | Met | Phe Asp Lys Phe Thr 230 | Arg Gin Gly Leu Arg Phe 235 240 |
| Val Leu Glu | Ala | Ser 245 | Val Ser Asn Ile Glu 250 | Asp Ile Gly Asp Arg Val 255 |
| Arg Leu Thr | Ile 260 | Asn | Gly Asn Val Glu Glu 265 | Tyr Asp Tyr Val Leu Val 270 |
| Ser Ile Gly 275 | Arg | Arg | Leu Asn Thr Glu Asn 280 | Ile Gly Leu Asp Lys Ala 285 |
| Gly Val Ile 290 | Cys | Asp | Glu Arg Gly Val Ile 295 | Pro Thr Asp Ala Thr Met 300 |
| Arg Thr Asn 305 | Val | Pro | Asn Ile Tyr Ala Ile 310 | Gly Asp Ile Thr Gly Lys 315 320 |
| Trp Gin Leu | Ala | His 325 | Val Ala Ser His Gin 330 | Gly Ile Ile Ala Ala Arg 335 |
166
| Asn Ile Gly Gly His Lys Glu Glu Ile Asp Tyr Ser Ala Val Pro Ser | |||||||||||||||
| 340 | 345 | 350 | |||||||||||||
| Val | Ile | Phe 355 | Thr | Phe | Pro | Glu | Val 360 | Ala | Ser | Val | Gly | Leu 365 | Ser | Pro | Thr |
| Ala | Ala 37Q | Gin | Gin | Gin | Lys | Ile 375 | Pro | Val | Lys | Val | Thr 380 | Lys | Phe | Pro | Phe |
| Arg 385 | Ala | Ile | Gly | Lys | Ala 390 | Val | Ala | Met | Gly | Glu 395 | Ala | Asp | Gly | Phe | Ala 400 |
| Ala | Ile | Ile | Ser | His | Glu | Thr | Thr | Gin | Gin | Ile | Leu | Gly | Ala | Tyr | Val |
| 405 | 410 | 415 | |||||||||||||
| Ile | Gly | Pro | His 420 | Ala | Ser | Ser | Leu | Ile 425 | Ser | Glu | Ile | Thr | Leu 430 | Ala | Val |
| Arg | Asn | Glu 435 | Leu | Thr | Leu | Pro | Cys 440 | Ile | Tyr | Glu | Thr | Ile 445 | His | Ala | His |
| Pro | Thr 450 | Leu | Ala | Glu | Val | Trp 455 | Ala | Glu | Ser | Ala | Leu 460 | Leu | Ala | Val | Asp |
| Thr | Pro Leu | His | Met | Pro | Pro | Ala | Lys | Lys |
465 _ 470 <210> 91 <211> 129 <212 > PRT <213> Chlamydia <400> 91
| Met | His | His | His | His 5 | His | His | Met | Pro | Arg 10 | Ile | Ile | Gly | Ile | Asp 15 | Ile |
| Pro | Ala | Lys | Lys 20 | Lys | Leu | Lys | Ile | Ser 25 | Leu | Thr | Tyr | Ile | Tyr 30 | Gly | Ile |
| Gly | Ser | Ala 35 | Arg | Ser | Asp | Glu | Ile 40 | Ile | Lys | Lys | Leu | Lys 45 | Leu | Asp | Pro |
| Glu | Ala 50 | Arg | Ala | Ser | Glu | Leu 55 | Thr | Glu | Glu | Glu | Val 60 | Gly Arg | Leu | Asn | |
| Ser 65 | Leu | Leu | Gin | Ser | Glu 70 | Tyr | Thr | Val | Glu | Gly 75 | Asp | Leu | Arg | Arg | Arg 80 |
| Val | Gin | Ser | Asp | Ile 85 | Lys | Arg | Leu | Ile | Ala 90 | Ile | His | Ser | Tyr | Arg 95 | Gly |
| Gin | Arg | His | Arg 100 | Leu | Ser | Leu | Pro | Val 105 | Arg | Gly | Gin | Arg | Thr 110 | Lys | Thr |
| Asn | Ser | Arg | Thr | Arg | Lys | Gly Lys | Arg | Lys | Thr | Val | Ala | Gly | Lys | Lys |
115 120 125
.167
Lys <210> 92 <211> 202 <212> PRT <213 > Chlamydia <400> 92 ' · Met His His His His His His Met Gly Ser Leu Val Gly Arg Gin Ala 5 10 15
| Pro | Asp Phe Ser Gly Lys Ala Val Val | Cys | Gly Glu Glu Lys 30 | Glu Ile | ||||||||||
| 20 | 25 | |||||||||||||
| Ser | Leu Ala | Asp | Phe | Arg | Gly | Lys | Tyr | Val | Val | Leu | Phe | Phe | Tyr | Pro |
| 35 | 40 | 45 | ||||||||||||
| Lys Asp Phe | Thr | Tyr | Val | Cys | Pro | Thr | Glu | Leu | His | Ala | Phe | Gin | Asp | |
| 50 | 55 | 60 | ||||||||||||
| Arg | Leu Val | Asp | Phe | Glu | Glu | His | Gly | Ala | Val | Val | Leu | Gly | Cys | Ser |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||||||||||
| Val | Asp Asp | Ile | Glu | Thr | His | Ser | Arg | Trp | Leu | Thr | Val | Ala | Arg | Asp |
| 85 | 90 | 95 | ||||||||||||
| Ala | Gly Gly | Ile | Glu | Gly | Thr | Glu | Tyr | Pro | Leu | Leu | Ala | Asp | Pro | Ser |
| 100 | 105 | 110 | ||||||||||||
| Phe | Lys Ile | Ser | Glu | Ala | Phe | Gly | Val | Leu | Asn | Pro | Glu | Gly | Ser | Leu |
| 115 | 120 | 125 | ||||||||||||
| Ala | Leu Arg | Ala | Thr | Phe | Leu | Ile | Asp | Lys | His | Gly | Val | Ile | Arg | His |
| 130 | 135 | 140 | ||||||||||||
| Ala | Val Ile | Ašn | Asp | Leu | Pro | Leu | Gly | Arg | Ser | Ile | Asp | Glu | Glu | Leu |
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||||||||||
| Arg | Ile Leu | Asp | Ser | Leu | Ile | Phe | Phe | Glu | Asn | His | Gly | Met | Val | Cys |
| 165 | 170 | 175 | ||||||||||||
| Pro | Ala Asn | Trp | Arg | Ser | Gly Glu | Arg | Gly | Met | Val | Pro | Ser | Glu | Glu | |
| 180 | 185 | 190 | ||||||||||||
| Gly | Leu Lys | Glu | Tyr | Phe | Gin | Thr | Met | Asp | ||||||
| 195 | 200 | |||||||||||||
| <210> 93 <211> 19 <212> PRT | ||||||||||||||
| <213> Artifíciální sekvence’ | --··. ...... | .... |
<220>
168
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 93
Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp 1 5 10 15
Asp Lys Leu <210> 94 <2X1> 20 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence:
<220>___ <223> Vyrobeno v laboratoři r <400> 94
Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys 1 5 10 15
Val Phe Gly Thr 20 <210> 95 <211> 20 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence:
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 95
Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr 1 5 10 15
Glu Lys Pro Ile 20 <210> 96 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence <
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 96
Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met 1 5 10 15
Phe Gin Met Thr 20 <210> 97 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence c <220>______________________. .______......... ' <223 > Vyrobeno v laboratoři
169
| • · ·44 · • 4 · 4 .4 | 4 • 4 4 | • 4 4 4 | 4 4 | 44 44 4 4 4 |
| 4 4 | 4 | 4 | 4 | 4 · |
| ···· 4 | 4 4 4 | 444 | 4 4 4 4 4 |
<400> 97
Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro Ile Asp Met Phe Gin Met Thr Lys 1 5 10 15
Met Val Ser Gin 20 <210> 98 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 98
Asn Lys Arg Asn Ile Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly 1 5 10 15
Thr Glu Lys Pro 20 <210> 99 <211> 16 <212> PRT <213> Artificiální sekvence;
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 99
Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly 1 5 10 15 <210> 100 <211> 15 <212> PRT < 213 > Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 100
Lys Met Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr 1 5 10 15 <210> 101 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence( <220> v <223> Vyrobeno v laboratoři <400> 101
Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys 1 5 10 15
------------Gin Asp Gin Lys___________ _________________________________. 20 '«·««·· * 9 9 9 ' 9 · · ·· · ♦ ·
9 · 9 9 9
9 · · 9 9 9 9
9 9 9 9 9 9
9999 9 999 999 9 9 9999
170 <210> 102 <211> 20 <212> PRT <213> Artifíciální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 102
Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn
5 10 15
Lys Arg Asn Ile <210> 103 <211> 15 <212> PRT <213> ArtificiálnfseRvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 103
Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys 1 5 10 15 <210> 104 v <211> 20 <212> PRT <213> Artifíciální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 104
Ala Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gin
5 10 15
Ser Asp Tyr Val <210> 105 <211> 21 <212> PRT <213 > Artifíciální sekvence z <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 105
Leu Gin Ser Asp Tyr Val Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gin
5 10 15
Ser Asp Ile Lys Arg <210> 106 <211> 20__-_________ \ __-___ · \ _____________· __ <212> PRT <2i3> Artifíciální sekvencec
171 ·· • ' · * ·· ·· · * ' • · · ' · · · « • · · · · * · * · • · · · · <· * · ··»· * ··« »·· ·* ···· <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 106 · . ’
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys 1 5 10 15
Ile Ser Leu Thr <210> 107 <211> 20 <212> PRT <213> Artifíciální sekvence- —--— <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 107
Ala Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gin 1 5 10 15
Ser Asp Tyr Val <210> 108 <211> 20 ‘ ‘ <212> PRT .
<2i3> J Artifíciální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 108
Leu Asn Ala Leu Leu Gin Ser Asp Tyr Val Val Glu Gly Asp Leu Arg 1 5 10 15
Arg Arg Val Gin 20 <210> 109 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artifíciální sekvence .
<220>
<223> 'Vyrobeno v laboratoři <400> 109
Leu Asn Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg 1 5 10 15
Arg Arg Val Gin <210> 110 <211> 1461 <212> DNA <213> Chlamydia — - -—--------------;—------------- .
<400> 110
172 ctatctatga agttatgaat atggatctag aaacacgaag atcttttgcg gtacagcaag 60 ggcactatca ggacccaaga gcttcagatt atgacctccc acgtgctagc gactatgatt 120 tgcctagaag cccatatcct actccacctt tgccttctag atatcagcta cagaatatgg 180 atgtagaagc agggttccgt gaggcagttt atgcttcttt tgtagcagga atgtacaatt 240 atgtagtgac acagccgcaa gagcgtattc ccaatagtca gcaggtggaa gggattctgc 300 gtgatatgct taccaacggg tcacagacat ttagcaacct gatgcagcgt tgggatagag 360 aagtcgatag ggaataaact ggtatctacc ataggtttgt atcaaaaaac taagcccacc 420 aagaagaaat tctctttggt gggcttcttt ttttattcaa aaaagaaagc cctcttcaag 480 attatctcgt gccgctcgtg ccgaattcgg cacgagcggc acgaggagct gtaagtaagt 540 attgccaaga gttggaagaa aaaatattag atttgtgtaa gcgtcatgcc gcaacaattt 600 gctccattga ggaggatgct aaacaagaaa ttcgtcatca gacagaaagg tttaaacagc 660 ggttgcaaca aaatcagaac acttgcagtc aattaacagc agagttgtgt aaattgagat 720 ctgagaataa ggcattatcg gagcggctgc aggtgcaggc atcccgtcgt aaaaaataat 780 taaagactcc tcagatattgcatctgagagttaggggttc cttttgctta-cggcgcttta_84D_ gttctgcatg ttgcggattt atagtgattt gcgagtaaag cgccgttctg atacagtttt 900 tccgctttaa aaataaaaag gtggaaaaat gagtactact attagcggag acgcttcttc 960 tttaccgttg ccaacagctt cctgcgtaga gacaaaatct acttcgtctt caacaaaagg 1020 gaatacttgt tccaaaattt tggatatagc tttagctatc gtaggcgctt tagttgttgt 1080 cgctggggta ttagctttgg ttttgtgcgc tagcaatgtc atatttactg taataggtat 1140 tcctgcatta attattggat ctgcttgtgt gggtgcggga atatctcgtc ttatgtatcg 1200 atcctcttat gctagcttag aagcaaaaaa tgttttggct gagcaacgtt tgcgtaatct 1260 ttcagaagag aaggacgctt tggcctccgt ctctttcatt aataagatgt ttctgcgagg 1320 tcttacggac gatctccaag ctttggaagc taaggtaatg gaatttgaga ttgattgttt 1380 ggacagatta gagaaaaatg agcaagcttt attgtccgat gtgcgcttag ttttatctag 1440 ctacacaaga tggttggata g 1461 <210> 111 <211> 267 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 111 gtcctcttct tattatagca gaagacattg aaggcgaagc tttagctact ttggtcgtga 60 acagaattcg tggaggattc cgggtttgcg cagttaaagc tccaggcttt ggagatagaa 120 gaaaagctat gttggaagac átcgctatct taactggcgg tcaactcatt agcgaagagt 180 tgggcatgaa attagaaaac gctaacttag ctatgttagg taaagctaaa aaagttatcg 240 tttctaaaga agacacgacc atcgtcg 267 <210> 112 <211> 698 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 112 tgataagcaa gcaaccgctc aactagcagc tctaactatt aaaaaaatcc tctgttttga 60 tgaaaattcc tacgagaagg agctggcatg cttagaaaag aaacgcagta gcgtacaaaa 120 agatctgagc caactgaaaa aatacacagt tctctacatc aagaagctgc tcgaaaccta 180 cagacaacrc gggcatcgaa agacaaaaat tgcaaaattt gatgacctac ctaccgagag 240 agtctccact cataagaaag caaaagaact cgctgcgctc gatcaagaag agaacttcta 300 aaacgtgact cggcccttga gatccttaaa ctctcgggcc aaaaagacta cagtcttctc 360 -agaagaaaa acggtgttag aaaatacgcg cgctaagačt ttctctaaca atgactcaaa 420 aagctgtaaa cgtatacgtt taccgctčtt ccataatttc taggctgact ttcacattat 480 ctcgacttgc tacggaaacc aataaagtac ggatagcctt aatagtgcgt ccttctttac 540 cgataatttt accgatatct cccttagcaa cagtcaattc gtagataatc gtattggttc 600 cctgcacctc tttcagatgc acttcctctg gcttatcaač aagatttttt acaatgtacg 660, ctaaaaactc tttcatgcga agcaaatcct acacaagc— ------- 698 <210> 113 • 173 <211> 1142 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 113 ctcttcaaag attgtgagtt tatgtgaagg cgctgtcgct gatgcaagaa tgtgcaaagc 60 agagttgata aaaaaagaag cggatgctta tttgttttgt gagaaaagcg ggatatatct 120 aacgaaaaaa gaaggtattt tgattccttc tgcagggatt gatgaatcga atacggacca 180 gccttttgtt ttatatccta aagatatttt gggatcgtgt aatcgcatcg gagaatggtt 240 aagaaattat tttcgagtga aagagctagg cgtaatcatt acagatagcc atactactcc 300 aatgcggcgt ggagtactgg gtatcgggct gtgttggtat ggattttctc cattacacaa 360 ctatatagga tcgctagatt gtttcggtcg tcccttacag atgacgcaaa gtaatcttgt 420 agatgcctta gcagttgcgg ctgttgtttg tatgggagag gggaatgagc aaacaccgtt 480 agcqqtqata qaqcagqcac ctaatatggt ctaccattca tatcctactt ctcgagaaga 540 gtattgttct ttgcgcatag atgaaacaga ggacttatac ggaccttttt tgčaagcggt 600 tacgtggagt caagaaaaga aatgatggag gtgtttatga attttttaga tcagttagat 660 ttaattattc aaaataagca tatgctagaa cacacgtttt atgtgaaatg gtcgaagggg 720 gagcttacta aagagcaatt acaggcgtat gccaaagact attatttaca tatcaaagcc 780 tttcctaaat atttatctgc gattcatagt cgttgcgatg atttagaggc gcgtaagtta 840 ttgttagata acttgatgga tgaagagaac ggttacccta atcatattga tttgtggaag 900 cagtttgtgt ttgctctagg agttactcca gaagagttag aggctcatga gcctagtgaa 960 gcagcaaaag cgaaagtagc tactttcatg cggtggtgta caggagattc tttagctgca 1020 ggagtggctg ctttgtattc ttatgagagt caaattccac gtatcgctag agagaaaatt 1080 cgtggattga ctgagtactt tggattttcc aatcctgaag actatgcata tttcacagaa 1140 ca 1142 <210> 114' <211> 976' <212> DNA <213> Chlamydia <400> 114 a99t99at99 ggcgcctgtc caagatgtgc tcgctactct atatggaagc aatcacaaag 60 ggactgcagc tgaagagtcg gctgctttaa gaacactatt ttctcgcatg gcctctttag 120 ggcacaaagt accttctggg cgcactactt taaagattcg tcgtcctttt ggtactacga 180 gagaagttcg tgtgaaatgg cgttatgttc ctgaaggtgt aggagatttg gctaccatag 240 ctccttctat cagggctcca cagttacaga aatcgatgag aagctttttc cctaagaaag 300 atgatgcgtt tcatcggtct agttcgctat tctactctcc aatggttccg catttttggg 360 cagagcttcg caatcattat gcaacgagtg gtttgaaaag cgggtacaat attgggagta 420 ccgatgggtt tctccctgtc attgggcctg ttatatggga gtcggagggt cttttccgcg 480 cttatatttc ttcggtgact gatggggatg gtaagagcca taaagtagga tttctaagaa 540 ttcctacata tagttggcag gacatggaag attttgatcc ttcaggaccg cctccttggg 600 aagaatttgc taagattatt caagtatttt cttctaatac agaagctttg attatcgacc 660 aaacgaacaa cccaggtggt agtgtccttt atctttatgc actgctttcc atgttgacag 720 accgtccttt agaacttcct aaacatagaa tgattctgac tcaggatgaa gtggttgatg 780 ctttagattg gttaaccctg ttggaaaacg tagacacaaa cgtggagtct cgccttgctc 840 tgggagacaa catggaagga tatactgtgg atctacaggt tgccgagtat ttaaaaagct 900 ttggacgtca agtattgaat tgttggagta aaggggatat cgagttatca acacctattc 960 ctctttttgg ttttga 976 <210> 115 <211> 995 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 115 ttatcctaga aatttggtgt tcaatatgag cgaaaaaaga aagtctaaca aaattattgg 60 tatcgaccta gggacgacca actcttgcgt ctctgttatg gaaggtggcc aacctaaagfc 120
tattgcctct aactcttgtt ttctactaag cccctacaaa gtacactcca ttatctcgga tcaaagagct tcctgaacca cgccgtcttc agtttttgaa agtcatcatc agataacatg tggtgtatcg tctgaaggaa ggaattcctg cgattcatcg gttgctccta gaagaaatcg gaaacagtaa tctacaaaag acagcggccg gacttaggag gttctctčáa aactggatgc gctttgcaaa tctactgaaa ctcgtactac caaaacgtca gtagaaaatt actcgaaagg gcgctcagat cggaagcagt atgctggacg ctcttgctta gaggaacttt ccaacgggga ttgatgaatt gattgaaaga tcaatcagcc tccttctatc ggcagtaacc ctctgaagtc agatgcggtc cctcatgaag cattaccgta tatcgcagga tggtattgat cgatatttct tactcacttg caaaaaacaa tgctgctgaa attcatcact aeaVttggct—ttaacteVaa—ctcgcgctca attcgaacac gttgctttta aatcctgaaa gaatctgaaa tttgatgtgg atgaaggaaa ccagcttact ttagatgtta aaggaaggag atcttggaaa ggaggagacg gaaggcattg aaagcaaaaa atcgacgcta ctaqcttcct aaggtggcga aaacattggc ttaaaacagt aacaaaaact ctgctgaggc ttaacgattc aacgcattat ataaaaaaat tcggtgacgg acttcgacgg atctaagcaa tagaattgtc atggacctaa ctctcattga gcgaaccaaa caaccttgtg ctcaggcttt aaaag
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
995 <210> 116 <211> 437 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 116 gtcacagcta aaggcggtgg gctttatact gataagaatc ggaattatcg aaattgcaáa taacaaagcg acagatgttg ggaaccctta cttgtaaaaa ctctcaccgt ctacaatttt caaggtggag gaatctacgg agaagacaac atcaccctat ctattccaag agaatactgc caaaaaagag ggcggtggac aaagctctta caatgacagg actggatagt ttctgtttaa catggtggtg gagcctttgt taccaaagaa atctctcaga acaattccag gaatcac <210> 117 <211> 446 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 117 aagtttacct agaccaaact gaagatgacg aaggaaaagt caacaagaca acgacaatgg gaatacattc ttgctcactg agggacaaat tacccgaaaa gttaagggtg gtttgatcgt tccttccagg atcccaaata gacaataaga agatcaagaa aggtttgtga gttcaaaatt ctcaaaatca acgtggatcg gaagagaact tctcgaagct gaacgcattt ctaagaaagc ctatcggtga acgtcgcaaa ggtatcgtta agaatatcac atcttgatgg cattgacggc ctactc <210> 118 <211> 951 <212> DNA <213> Chlamydia tttcgattac taacatcaca 60 gaggtggtgc ttacgtaaaa 120 tgaaaaactc ttccgataaa 180 čtaatttgac agggaagact 240 tcttcataaa aggtacagat 300 ttaataacac atcagaaaaa 360 cttacacctc tgatgtggaa 420
437 tgttttatcc agagaaaaag 60 cgaggaaggt tctattgtta 120 agatattggt atggaagcct 180 cttagatgat tacgtaggca 240 tcggaacgtt gttgtatcta 300 agagttgatc gagcaaatca 360 agatttcgga gtattcttgg 420
446 <400> 118 agtattgcga gagagctgtc gattccctct tgaaggggaa tcgtattttc ttggtatttg aatattactg agaagggatc ttatcctgaa atgatgcata ttctccgaac gaactcacca tgagaagcaa gctcaggaag atcgatctgg agttgcaaga ctgtaačgga atcctgggca tgctgagagc cgagacaacg aaacgctagt tgtcatagat gaaaagtgct gccaattgta ggttctagta aaagtgaggg 60 tgtggctgat ttattaggaa 120 ttagtgggag actctatgcc 180 agaaagttgt tggattctcg 240 gcagaagcca tcaaaaagct 300 tttgtcatta atagccctgg 360
Λ75 • νζ agggtctgtt gactacagtt tccaggaaga aggaaccatt aaaagcacgc gaaagctatc agatgggatt acagtttcat aagagatggt ctgtttttaa gatgctgggt gttacaggtt cgttttgcta actggtcaag attattgatg gatcgagata ctcttctctt tttgggagaa tgatgggttt tagtgatgga ttgctgtttg ggaccaaatt aaaatgatct cttctccttt 420 tagcagcatc tatgggatct gtattgagtt tgtgtgctgt 480 cgcctcatgc gcgcattatg attcaccagc cttctattgg 540 ccacggactt ggatattcat gctcgtgaaa ttttaaaaac 600 tgtatgtcga ggcaactgga caatctccag aggtgataga 660 tgtggatgag tgcaaatgaa gcaatggagt ttggactgtt 720 ttaacgactt gtagatatct tttatattct ggagcaggaa 780 tcgatgcctt ctcttgagga tgttctgttt ttatgccagg 840 ttatgtgtag agtcttctga aatagcagat gctaaactca 900 tctatcgčgt ctatgtgcgg .gaatgggttg c 951 <210> 119 <211> 953 <212> DNA-_ <213> Chlamydia <400> 119 atatcaaagt tgggcaaatg acagagccgc tcaaggacca gcaaataatc cttgggacaa 60 catcaacaqc tgtcgcagcc aaaatgacag cttctgatgg aatatcttta acagtctcca 120 ataatccatc aaccaatgct tctattacaa ttggtttgga tgcggaaaaa gcttaccagc 180 ttattctaga aaagttggga gatcaaattc ttggtggaat tgctgatact attgttgata 240 gtacagtcca agatatttta gacaaaatca caacagaccc ttctctaggt ttgttgaaag 300 cttttaacaa ctttccaatc actaataaaa ttcaatgcaa cgggttattc actcccagga 360 acattgaaac tttattagga ggaactgaáa taggaaaatt cacagtcaca cccaaaagct 420 ctgggagcat gttcttagtc tcagcagata ttattgcatc aagaatggaa ggcggcgttg 480 ttctagcttt ggtacgagaa ggtgattcta agccctacgc gattagttat ggatactcat 540 caggcgttcc taatttatgt agtctaagaa ccagaattat taatacagga ttgactccga 600 caacgtattc attacgtgta ggcggtttag aaagcggtgt ggtatgggtt aatgcccttt 660 ctaatggcaa tgatatttta ggaataacaa atacttctaa tgtatctttt ttggaggtaa 720 tacctcaaac aaacgcttaa acaattttta ttggattttt cttataggtt ttatatttag 780 agaaaaaagt tcgaattacg gggtttgtta tgcaaaataa aagcaaagtg agggacgatt 840 ttattaaaat tgttaaagat tcctggtatc ggtctgcgat tccgactcgt ccaacatcaa 900 tacaacctat taatttcccc , tcgtcaaaaa taaggttatc aagtgagaaa tca 953 <210> 120 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> různé vlastnosti <222> (1)...(897) <223> n = A,T,CneboG <400> 120 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg ctcgtagcag atctttgtgt gtctcataag cgcanagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg cgcaačcgtt tctttcttcc caaattaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact cgctatcagt gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgtcactc gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aggagagtcg ctggagagaa agccaagacg
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
176 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg 840 ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 121 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 121
| Met Ala Ser Ile Cys | Gly Arg | Leu | Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu | ||
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||
| Lys Ala Phe Phe | Thr | Gin Pro | Ser | Asn Lys | Met Ala Arg Val Val Asn |
| 2 0 | 2-5 | --—--AU-—__ | |||
| Lys Thr Lys Gly | Met | Asp Lys | Thr | Val Lys | Val Ala Lys Ser Ala Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||
| Glu Leu Thr Ala | Asn | Ile Leu | Glu | Gin Ala | Gly Gly Ala Gly Ser Ser |
| 50 | 55 | 60 | |||
| Ala His Ile Thr | Ala | Ser Gin | Val | Ser Lys | Gly Leu Gly Asp Ala Arg |
| 65 | 70 | 75 80 | |||
| Thr Val Leu Ala | Leu | Gly Asn | Ala | Phe Asn | Gly Ala Leu Pro Gly Thr |
| 85 | 90 | 95 | |||
| Val Gin Ser Ala | Gin | Ser Phe | Phe | Ser Tyr | Met Lys Ala Ala Ser Gin |
| 100 | 105 | 110 | |||
| Lys Pro Gin Glu | Gly | Asp Glu | Gly | Leu Val | Ala Asp Leu Cys Val Ser |
| 115 | 120 | 125 | |||
| His Lys Arg Arg | Ala | Ala Ala | Ala | Val Cys | Ser Phe Ile Gly Gly Ile |
| 130 | 135 | 140 | |||
| Thr Tyr Leu Ala | Thr | Phe Gly | Ala | Ile Arg | Pro Ile Leu Phe Val Asn |
| 145 | 150 | 155 160 | |||
| Lys Met Leu Ala | Gin | Pro Phe | Leu | Ser Ser | Gin Ile Lys Ala Asn Met |
| 165 | 170 | 175 | |||
| Gly Ser Ser Val | Ser | Tyr Ile | Met | Ala Ala | Asn His Ala Ala Phe Val |
| 180 | 185 | 190 | |||
| Val Gly Ser Gly | Leu | Ala Ile | Ser | Ala Glu | Arg Ala Asp Cys Glu Ala |
| 195 | 200 | 205 | |||
| Arg Cys Ala Arg | Ile | Ala Arg | Glu | Glu Ser | Ser Leu Glu Leu Ser Gly |
| 210 | 215 | 220 | |||
| Glu Glu Asn Ala | Cys | Glu Arg | Arg | Val Ala | Gly Glu Lys Ala Lys Thr |
| 225 | 230 | 235 240 | |||
| Phe Thr Arg Ile | Lys | Tyr Ala | Leu | Leu Thr | Met Leu Glu Lys Phe Leu |
| 245 | 250 | 255 | |||
| Glu Cys Val Ala | Asp | Val Phe | Lys | Leu Val | Pro Leu Pro Ile Thr Met |
| 260 | 265 | 270 | |||
| Gly Ile Arg Ala | Ile | Val Ala | Ala | Gly Cys | Thr Phe Thr Ser Ala Val |
| 275 | 280 | 285 | |||
| Ile Gly Leu Trp | Thr | Phe Cys | Ala | Arg Ala |
290 295 <210> 122 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 122 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180
9 9999 gcgggctctt actgttgtcg caaagcttct ctcacagcag atcggaggaa aaaatgctgg agctatatta gcggaaagag gaagtgtcgg ttcacgcgca gacgttttca ggatgtacgt ccgcacacat ctttagggaa tctctcacat atctttgtgt ttacctacct tgaacccgtt tggcggctaa cagattgcga gagaggaaaa tcaagtatgc aattggtgcc tcacttctgc tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatacgaga tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtggcttc cgcgacattc ggagttatcc gtccgattct gtttgtcaac tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc tgcttgcgag aagagagtcg ctggagagaa agccaagacg actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897 <210> 123_ <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 123
| Met íl' | Ala | Ser | ile | Cys 5 | Gly Arg | Leu | Gly | Ser 10 | Gly | Thr | Gly | Asn | Ala 15 | Leu | |
| Lys | Ala | Phe | Phe 20 | Thr | Gin | Pro | Ser | Ásn 25 | Lys | Met | Ala | Arg | Val 30 | Val | Asn |
| Lys | Thr | Lys 35 | Gly | Met | Asp | Lys | Thr 40 | Val | Lys | Val | Ala | Lys 45 | Šer | Ala | Ala |
| Glu | Leu 50 | Thr | Ala | Asn | Ile | Leu 55 | Glu | Gin | Ala | Gly | Gly 60 | Ala | Gly | Ser | Šer |
| Ala 65 | His | Ile | Thr | Ala | Ser 70 | Gin | Val | Ser | Lys | Gly 75 | Leu | Gly Asp | Thr | Arg 80 | |
| Thr | Val | Val | Ala | Leu 85 | Gly | Asn | Ala | Phe | Asn 90 | Gly | Ala | Leu | Pro | Gly 95 | Thr |
| Val | Gin | Ser | Ala 100 | Gin | Ser | Phe | Phe | Ser 105 | His | Met | Lys | Ala | Ala 110 | Ser | Gin |
| Lys | Thr | Gin 115 | Glu | Gly | Asp | Glu | Gly 120 | Leu | Thr | Ala | Asp | Leu 125 | Cys | Val | Ser |
| His | Lys 130 | Arg | Arg | Ala | Ala | Ala 135 | Ala | Val | Cys | Gly | Phe 140 | Ile | Gly Gly | Ile | |
| Thr 145 | Tyr | Leu | Ala | Thr | Phe 150 | Gly | Val | Ile | Arg | Pro 155 | Ile | Leu | Phe | Val | Asn 160 |
| Lys | Met | Leu | Val | Asn 165 | Pro | Phe | Leu | Ser | Ser 170 | Gin | Thr | Lys | Ala | Asn 175 | Met |
| Gly | Ser | Ser | Val 180 | Ser | Tyr | Ile | Met | Ala 185 | Ala | Asn | His | Ala | Ala 190 | Ser | Val |
| Val | Gly | Ala 195 | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser 200 | Ala | Glu | Arg | Ala | Asp 205 | Cys | Glu | Ala |
| Arg | Cys 210 | Ala | Arg | Ile | Ala | Arg 215 | Glu | Glu | Ser | Leu | Leu 220 | Glu | Val | Ser | Gly |
| Glu 225 | Glu | Asn | Ala | Cys | Glu 230 | Lys | Arg | Val | Ala | Gly 235 | Glu | Lys | Ala | Lys | Thr 240 |
| Phe | Thr | Arg | Ile | Lys 245 | Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr 250 | Met | Leu | Glu | Lys | Phe 255 | Leu |
| Glu | Cys | Val | Ala 260 | Asp | Val | Phe | Lys | Leu 265 | Val | Pro | Leu | Pro | Ile 270 | Thr | Met |
| Gly Ile | Ile Gly | Arg 275 Leu | Ala Cys | Ile Thr | Val Phe | Ala Cys | Ala 280 Ala | Gly Arg | Cys Ala | Thr | Phe | Thr 285 | Ser | Ala | Ile |
290 295 • · · · · «
178 <210> 124 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400>
atggcttcta acacagccca attaaggttg gcgggctctt actgttgtcg caaagcttct ctcacagcag atcggaggaa
124 tatgcggacg acaataaaat ccaagtctgc ccgcacacat ctttagggaa tctctcacat atctttgtgt ttacctacct aaaatgctgg agctatatta gcggaaagag gaagtgccgg ttcacgcgca gacgttttca ggatgtacgt caaaaccgtt tggcggctaa cagattgcga gagaggaaaa tcaagtatgc aattggtgcc tcacttctgc tttagggtct ggcaagggta tgccgaattg tacagcttcc tgcctttaac gaaagctgct gtctcataag cgcgacattc tctttcttcc ccatgcagcg agcccgctgc tgcttgcgag actcctcact gctgcctatt aattattgga ggtacaggga gtaaataaga accgcaaata caagtgtcca ggagcgttgc agtcagaaaa cgcagagcgg ggagctatcc caaactaaag tctgtggtgg gctcgtattg aagaaagtcg atgctcgaga acaatgggta ttgtgcactt
| atgctctaaa | agcttttttt | 60 |
| cgaagggaat | ggataagact 1 | 120 |
| ttttggaaca | agctggaggc | 180 |
| aaggattagg | ggatgcgaga | 240 |
| caggaacagt | tcaaagtgčg | 300 |
| cgcaagaagg | ggatgagggg | 360 |
| ctgcggctgt | ctgtagcatc | 420 |
| gtccgattct | gtttgtcaac | 48Ó |
| caaatatggg | atcttctgtt | 540 |
| gtgctggact | cgctatcagt | 600 |
| cgagagaaga | gtcgttactc | 660 |
| ctggagagaa | agccaagacg | 720 |
| agtttttgga | atgcgttgcc | 780 |
| ttcgtgcgat | tgtggctgct | 840 |
| tctgcgccag | agcataa | 897 |
<210>
<211>
<212>
<213>
125
298
PRT
Chlamydia <400> 125
| Met | Ala | Ser | Ile | Cys | Gly | Arg | Leu | Gly | Ser | Gly | Thr | Gly | Asn | Ala | Leu |
| 1 ' | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Lys | Ala | Phe | Phe | Thr | Gin | Pro | Asn | Asn | Lys | Met | Ala | Arg | Val | Val | Asn |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Lys | Thr | Lys | Gly | Met | Asp | Lys | Thr | Ile | Lys | Val | Ala | Lys | Ser | Ala | Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Glu | Leu | Thr | Ala | Asn | Ile | Leu | Glu | Gin | Ala | Gly Gly | Ala | Gly | Ser | Ser | |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Ala | His | Ile | Thr | Ala | Ser | Gin | Val | Ser | Lys | Gly | Leu | Gly | Asp | Ala | Arg |
| £5 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Thr | Val | Val | Ala | Leu | Gly | Asn | Ala | Phe | Asn | Gly | Ala | Leu | Pro | Gly | Thr |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Val | Gin | Ser | Ala | Gin | Ser | Phe | Phe | Ser | His | Met | Lys | Ala | Ala | Ser | Gin |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| Lys | Thr | Gin | Glu | Gly | Asp | Glu | Gly | Leu | Thr | Ala | Asp | Leu | Cys | Val | Ser |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| His | Lys | Arg | Arg | Ala | Ala | Ala | Ala | Val | Cys | Ser | Ile | Ile | Gly | Gly | Ile |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||||
| Thr | Tyr | Leu | Ala | Thr | Phe | Gly | Ala | Ile | Arg | Pro | Ile | Leu | Phe | Val | Asn |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Lys | Met | Leu | Ala | Lys | Pro | Phe | Leu | Ser | Ser | Gin | Thr | Lys | Ala | Asn | Met |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Gly | Ser | Ser | Val | Ser | Tyr | Ile | Met | Ala | Ala | Asn | His | Ala | Ala | Ser | Val |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||||
| Val | Gly | Ala | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser | Ala | Glu | Arg | Ala | Ašp | Cys | Glu | Ala |
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||||
| Arg | Cys | Ala | Arg | Ile | Ala | Arg | Glu | Glu | Ser | Leu | Leu | Glu | Val | Pro | Gly |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Glu | Glu | Asn | Ala | Cys | Glu | Lys | Lys | Val | Ala | Gly | Glu | Lys | Ala | Lys | Thr |
| 225 | 230 | 235 | 240 |
179
| Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu 245 | Thr 250 Val | ||||||||
| Glu Cys | Val Ala 260 | Asp | Val | Phe | Lys | Leu 265 | |||
| Gly | Ile | Arg | Ala | Ile | Val | Ala | Ala | Gly | cys |
| 275 | 280 | ||||||||
| Ile | Gly | Leu | Cys | Thr | Phe | Cys | Ala | Arg | Ala |
| 290 | 295 |
| •« ·»·· '· 'Λ · | '« · | • 9 | • · 9 • |
| - · · · · · ♦ · • · · · 9 | 9 9 9 9 · | 9 9 <9 9 9 | • · • » » |
| Met Leu Glu | Lys | Phe | Leu |
| 255 | |||
| Pro Leu Pro | Ile | Thr | Met |
| 270 | |||
| Thr Phe Thr | Ser | Ala | Ile |
| 285 |
<210> 126 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 126 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660 gaagtgčcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 127 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 127
| Met | Ala Ser | Ile Cys Gly Arg Leu | Gly | Ser Gly Thr | Gly Asn Ala | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||
| Lys | Ala Phe | Phe Thr Gin Pro Asn | Asn | Lys Met Ala | Arg Val Val | Asn |
| 20 | 25 | 30 | ||||
| Lys | Thr Lys | Gly Met Asp Lys Thr | Ile | Lys Val Ala | Lys Ser Ala | Ala |
| 35 | 40 | 45 | ||||
| Glu | Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu | Gin | Ala Gly Gly | Ala Gly Ser | Ser | |
| 50 | 55 | 60 | ||||
| Ala | His Ile | Thr Ala Ser Gin Val | Ser | Lys Gly Leu | Gly Asp Ala | Arg |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||
| Thr | Val Val | Ala Leu Gly Asn Ala | Phe | Asn Gly Ala | Leu Pro Gly | Thr |
| 85 | 90 | 95 | ||||
| Val | Gin Ser | Ala Gin Ser Phe Phe | Ser | His Met Lys | Ala Ala Ser | Gin |
| 100 | 105 | 110 | ||||
| Lys | Thr Gin | Glu Gly Asp Glu Gly | Leu | Thr Ala Asp | Leu Cys Val | Ser |
| 115 | 120 | 125 | ||||
| His | Lys Arg | Arg Ala Ala Ala Ala | Val | Cys Ser Ile | Ile Gly Gly | Ile |
| 130 | 135 | 140 | ||||
| Thr | Tyr Leu | Ala Thr Phe Gly Ala | Ile | Arg Pro Ile | Leu Phe Val | Asn |
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||
| Lys | Met Leu | Ala Lys Pro Phe Leu | Ser | Ser Gin Thr | Lys Ala Asn | Met |
180
165 170 175
| Gly | Ser | Ser | Val | Ser | Tyr | Ile | Met | Ala | Ala | Asn | His | Ala | Ala | Ser | Val |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||||
| Val | Gly | Ala | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser | Ala | Glu | Arg | Ala | Asp | Cys | Glu | Ala |
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||||
| Arg | Cys | Ala | Arg | Ile | Ala | Arg | Glu | Glu | Ser | Leu | Leu | Glu | Val | Pro | Gly |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Glu | Glu | Asn | Ala | Cys | Glu | Lys | Lys | Val | Ala | Gly | Glu | Lys | Ala | Lys | Thr |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| - Phe | Thr | Arg | Ile | Lys | Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr | Met | Leu | Glu | Lys | Phe | Leu |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Glu | Cys | Val | Ala | Asp | Val | Phe | Lys | Leu | Val | Pro | Leu | Pro | Ile | Thr | Met |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Gly | Ile | Arg | Ala | Ile | Val | Ala | Ala | Gly | Cys | Thr | Phe | Thr | Ser | Ala | Ile |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Ile Gly Leu | Cys | Thr | Phe | Cys | Ala | Arg Ala |
290 295 <210> 128 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 128 atggcttcta tatgtggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatacgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtggcttc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagttatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg tgaacccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660 gaagtgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagagagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct. 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897 <210> 129 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia
| <400> | 129 | ||||||||||||||
| Met 1 | Ala | Ser | Ile | Cys 5 | Gly | Arg | Leu | Gly | Ser 10 | Gly | Thr | Gly | Asn | Ala 15 | Leu |
| Lys | Ala | Phe | Phe 20 | Thr | Gin | Pro | Ser | Asn 25 | Lys | Met | Ala | Arg | Val 30 . | Val | Asn |
| Lys | Thr | Lys 35 | Gly | Met | Asp | Lys | Thr 40 | Val | Lys | Val | Ala | Lys 45 | Ser | Ala | Ala |
| Glu | Leu 50 | Thr | Ala | Asn | Ile | Leu 55 | Glu | Gin | Ala | Gly Gly 60 | Ala | Gly | Ser | Ser | |
| Ala 65 | His | Ile | Thr | Ala | Ser 70 | Gin | Val | Ser | Lys | Gly 75 | Leu | Gly Asp | Thr | Arg 80 | |
| Thr | Val | Val | Ala | Leu 85 | Gly | Asn | Ala | Phe | Asn 90 | Gly | Ala | Leu | Pro | Gly 95 | Thr |
181 • · 9 9 9 «·· ··· ·»> 999 9
| Val Gin Ser Ála Gin Ser Phe Phe 100 | Ser 105 | His | Met Lys | Ala | Ala Ser 110 | Gin | |||||||||
| Lys | Thr | Gin | Glu | Gly Asp | Glu | Gly | Leu | Thr | Ala | Asp | Leu | Cys | Val | Ser | |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| His | Lys | Arg | Arg | Ala | Ala | Ala | Ala | Val | Cys | Gly | Phe | Ile | Gly | Gly | Ile |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||||
| Thr | Tyr | Leu | Ala | Thr | Phe | Gly | Val | Ile | Arg | Pro | Ile | Leu | Phe | Val | Asn |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Lys | Met | Leu | Val | Asn | Pro | Phe | Leu | Ser | Ser | Gin | Thr | Lys | Ala | Asn | Met |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Gly | Ser | Ser | Val | Ser | Tyr | Ile | Met | Ala | Ala | Asn | His | Ala | Ala | Ser | Val |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||||
| Val | Gly | Ala | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser | Ala | Glu | Arg | Ala | Asp | Cys | Glu | Ala |
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||||
| Arg | Cys | Ala | Arg | Ile | Ala | Arg | Glu | GliT | Ser | Leu | Leu | Glu | Val | Ser | Gly |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Glu | Glu | Asn | Ala | Cys | Glu | Lys | Arg | Val | Ala | Gly | Glu | Lys | Ala | Lys | Thr |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| Phe | Thr | Arg | Ile | Lys | Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr | Met | Leu | Glu | Lys | Phe | Leu |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Glu | Cys | Val | Ala | Asp | Val | Phe | Lys | Leu | Val | Pro | Leu | Pro | Ile | Thr | Met |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Gly | Ile | Arg | Ala | Ile | Val | Ala | Ala | Gly | Cys | Thr | Phe | Thr | Ser | Ala | Ile |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Ile | Gly | Leu | Cys | Thr | Phe | Cys | Ala | Arg | Ala | ||||||
| 290 | 295 |
<2lÓ> 130 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 130 atggctgcta tatgtggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg ctcgtagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact cgctatcagt gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgtcactc gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aggggagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcaacag agtataa <210> 131 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 131
Met Ala Ala Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 10 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897 *
182
« ·· ·· « « 4 * Λ *'
4 4* » • · < 4 4 4·
4 4 4 · «44 »4 4 4' 4444
| Lys | Thr | Lys | 20 Gly | Met | Asp | Lys | Thr | 25 Val | Lys | Val | Ala | Lys | 30 Ser | Ala | Ala |
| Glu | Leu | 35 Thr | Ala | Asn | Ile | Leu | 40 Glu | Gin | Ala | Gly | Gly | 45 Ala | Gly | Ser | Ser |
| Ala | 50 His | Ile | Thr | Ala | Ser | 55 Gin | Val | Ser | Lys | Gly | 60 Leu | Gly | Asp | Ala | Arg |
| 65 Thr | Val | Leu | Ala | Leu | 70 Gly | Asn | Ala | Phe | Asn | 75 Gly | Ala | Leu | Pro | Gly | 80 Thr |
| Val | Gin | Ser | Ala | 85 Gin | Ser | Phe | Phe | Ser | 90 Tyr | Met | Lys | Ala | Ala | 95 Ser | Gin |
| Lys | Pro | Gin | 100 Glu | Gly | Asp | Glu | Gly | 105 Leu | Val | Ala | Asp | Leu | 110 Cys | Val | Ser |
| His | Lys 130 Tyr | 115 Arq Leu | Arq Ala | Ala | Ala | Ala | 120 Ala | Val | Cys Arg | Ser | Phe | 125 Ile | Glv Glv | Ile | |
| Thr | Thr | Phe | 135 Gly | Ala | Ile | Pro | 140 Ile | Leu | Phe | Val | Asn | ||||
| 145 Lys | Met | Leu | Ala | Gin | 150 Pro | Phe | Leu | Ser | Ser | 155 Gin | Thr | Lys | Ala | Asn | 160 Met |
| Gly | Ser | Ser | Val | 165 Ser | Tyr | Ile | Met | Ala | 170 Ala | Asn | His | Ala | Ala | 175 Phe | Val |
| Val | Gly | Šer | 180 Gly | Leu | Ala | Ile | Ser | 185 Ala | Glu | Arg | Ala | Asp | 190 Cys | Glu | Ala |
| Arg | Cys | 195 Ala | Arg | Ile | Ala | Arg | 200 Glu | Glu | Ser | Ser | Leu | 205 Glu | Leu | Ser | Gly |
| Glu | 210 Glu | Asn | Ala | Cys | Glu | 215 Arg | Gly | Val | Ala | Gly | 220 Glu | Lys | Ala | Lys | Thr |
| 225 Phe | Thr | Arg | Ile | Lys | 230 Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr | 235 Met | Leu | Glu | Lys | Phe | 240 Leu |
| Glu | Cys | Val | Ala | 245 Asp | Val | Phe | Lys | Leu | 250 Val | Pro | Leu | Pro | Ile | 255 Thr | Met |
| Gly | Ile | Arg | 260 Ala | Ile | Val | Ala | Ala | 265 Gly | Cys | Thr | Phe | Thr | 270 Ser | Ala | Val |
| Ile | Gly 290 | 275 Leu | Trp | Thr | Phe | Cys 295 | 280 Asn | Arg | Val | 285 |
<210> 132 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 132 atggctgcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcgtagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact cgctatcagt 600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgtcactc 660 gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgtgag aggagagtcg ctggagagaa agccaagacg 720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780 gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg 840 ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcaacag agtataa 897
9t ·· » ’ <
'· · * « · ’ '»
| 183 | • · · · · | • · · | <-»· · | ||||||||||
| <210> <211> <212> <213> <400> | 133 298 PRT Chlamydia 133 | - | |||||||||||
| Met 1 | Ala | Ala | Ile | Cys 5 | Gly | Arg | Leu | Gly | Ser 10 | Gly Thr Gly | Asn | Ala 15 | Leu |
| Lys | Ala | Phe | Phe 20 | Thr | Gin | Pro | Ser | Asn 25 | Lys | Met Ala Arg | Val 30 | Val | Asn |
| Lys | Thr | Lys 35 | Gly | Met | Asp | Lys | Thr 40 | Val | Lys | Val Ala Lys 45 | Ser | Ala | Ala |
| Glu | Leu 50 | Thr | Ala | Asn | Ile | Leu 55 | Glu | Gin | Ala | Gly Gly Ala 60 | Gly | Ser | Ser |
| Ala 65 | His | Ile | Thr | Ala | Ser 70 | Gin | Val | .Sér | Lys | Gly Leu Gly Asp 75 | Ala | Arg 80 | |
| Thr | Val | Leu | Ala | Leu 85 | Gly | Asn | Ala | Phe | Asn 90 | Gly Ala Leu | Pro | Gly 95 | Thr |
| Val | Gin | Ser | Ala 100 | Gin | Ser | Phe | Phe | Ser 105 | Tyr | Met Lys Ala | Ala 110 | Ser | Gin |
| Lys | Pro | Gin 115 | Glu | Gly | Asp | Glu | Gly 120 | Leu | Val | Ala Asp Leu 125 | Cys | Val | Ser |
| His | Lys 130 | Arg | Arg | Ala | Ala | Ala 135 | Ala | Val | Cys | Ser Phe Ile 140 | Gly Gly | Ile | |
| Thr 145 | Tyr | Leu | Ala | Thr | Phe 150 | Gly | Ala | Ile | Arg | Pro Ile Leu 155 | Phe | Val | Asn 160 |
| Lys | Met | Leu | Ala | Gin 165 | Pro | Phe | Leu | Ser | Ser 170 | Gin Thr Lys | Ala | Asn 175 | Met |
| Gly | Ser | Ser | Val 180 | Ser | Tyr | Ile | Met | Ala 185 | Ala | Asn His Ala | Ala 190 | Phe | Val |
| Val | Gly | Ser 195 | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser 200 | Ala | Glu | Arg Ala Asp 205 | Cys | Glu | Ala |
| Arg | Cys 210 | Ala | Arg | Ile | Ala | Arg 215 | Glu | Glu | Ser | Ser Leu Glu 220 | Leu | Ser | Gly |
| Glu 225 | Glu | Asn | Ala | Cys | Glu 230 | Arg | Arg | Val | Ala | Gly Glu Lys 235 | Ala | Lys | Thr 240 |
| Phe | Thr | Arg | Ile | Lys 245 | Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr 250 | Met Leu Glu | Lys | Phe 255 | Leu |
| Glu | Cys | Val | Ala 260 | Asp | Val | Phe | Lys | Leu 265 | Val | Pro Leu Pro | Ile 270 | Thr | Met |
| Gly Ile | Ile Gly | Arg 275 Leu | Ala Trp | Ile Thr | Val Phe | Ala Cys | Ala 280 Asn | Gly Arg | Cys Val | Thr Phe Thr 285 | Ser | Ala | Val |
<210> 134 <211> 897 <212 > DNA <213> Chlamydia <400> 134 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60 acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120 attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420
184 atcggaggaa ttacctacct Cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc gaaatgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa <210> 135 “ <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia
480
540
600
660
720
780
840
897
| Met | <400> Ala Ser | 135 Ile | Cys | Gly | Arg | Leu | Gly | Ser | Gly | Thr | Gly | Asn | Ala | Leu | |
| 1 Lys | Ala | Phe | Phe | 5 Thr | Gin | Pro | Asn | Asn | 10 Lys | Met | Ala | Arg | Val | 15 Val | Asn |
| Lys | Thr | Lys | 20 Gly | Met | Asp | Lys | Thr | 25 Ile | Lys | Val | Ala | Lys | 30 Ser | Ala | Ala |
| Glu | Leu | 35 Thr | Ala | Asn | Ile | Leu | 40 Glu | Gin | Ala | Gly Gly | 45 Ala | Gly | Ser | Ser | |
| Ala | 50 His | Ile | Thr | Ala | Ser | 55 Gin | Val | Ser | Lys | 60 Gly Leu | Gly Asp | Ala | Arg | ||
| 65 Thr | Val | Val | Ala | 70 Leu Gly | Asn | Ala | Phe | Asn | 75 Gly Ala | Leu | Pro | Gly | 80 Thr | ||
| Val | Gin | Ser | Ala | 85 Gin | X. Ser | Phe | Phe | Ser | 90 His | Met | Lys | Ala | Ala | 95 Ser | Gin |
| Lys | Thr | Gin | 100 Glu | Gly Asp | Glu | Gly | 105 Leu | Thr | Ala | Asp | Leu | 110 Cys | Val | Ser | |
| His | Lys | 115 Arg | Arg | Ala | Ala | Ala | 120 Ala | Val | Cys | Ser | Ile | 125 Ile | Gly | Gly | Ile |
| Thr | 130 Tyr | Leu | Ala | Thr | Phe | 135 Gly | Ala | Ile | Arg | Pro | 140 Ile | Leu | Phe | Val | Asn |
| 145 Lys | Met | Leu | Ala | Lys | 150 Pro | Phe | Leu | Ser | Ser | 155 Gin | Thr | Lys | Ala | Asn | 160 Met |
| Gly | Ser | Ser | Val | 165 Ser | Tyr | Ile | Met | Ala | 170 Ala | Asn | His | Ala | Ala | 175 Ser | Val |
| Val | Gly | Ala | 180 Gly | Leu | Ala | Ile | Ser | 185 Ala | Glu | Arg | Ala | Asp | 190 Cys | Glu | Ala |
| Arg | Cys | 195 Ala | Arg | Ile | Ala | Arg | 200 Glu | Glu | Ser | Leu | Leu | 205 Glu | Met | Pro | Gly |
| Glu | 210 Glu | Asn | Ala | Cys | Glu | 215 Lys | Lys | Val | Ala | Gly | 220 Glu | Lys | Ala | Lys | Thr |
| 225 Phe | Thr | Arg | Ile | Lys | 230 Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr | 235 Met | Leu | Glu | Lys | Phe | 240 Leu |
| Glu | Cys | Val | Ala | 245 Asp | Val | Phe | Lys | Leu | 250 Val | Pro | Leu | Pro | Ile | 255 Thr | Met |
| Gly | Ile | Arg | 260 Ala | Ile | Val | Ala | Ala | 265 Gly | Cys | Thr | Phe | Thr | 270 Ser | Ala | Ile |
| Ile | Gly | 275 Leu | Cys | Thr | Phe | Cys | 280 Ala | Arg | Ala | 285 |
290 295 <210> 136 <211> 882 <212> DNA <213> Chlamydia
- 185 <400> 136 atggcttctg tatgtgggcg attaagtgct ggggtgggga acagatttaa cgcatttttc 60 acgcgtcccg gtaacaagct atcacggttt gtaaatagcg caaaaggatt agacagatca 120 ataaaggttg ggaagtctgc tgctgaatta acggcgagta ttttagagca aactgggggg 180 gcagggactg atgcacatgt tacggcggčc aaggtgtcta aagcacttgg ggacgcgcga 240 acagtaatgg ctctagggaa tgtcttcaat gggtctgtgc cagcaaccat tcaaagtgcg 300 cgaagctgtc tcgcccattt acgagcggcc ggcaaagaag aagaaacatg ctccaaggtg 360 aaagatctct gtgtttctca tagacgaaga gctgcggctg aggcttgtaa tgttattgga 420 ggageaactt atattacaac tttcggagčg attcgtccga cattactcgt taacaagctt 480 cttgccaaac cattcctttc ctcccaagcc aaagaagggt tgggagcttc tgttggttat 540 atcatggcag cgaaccatgc ggcatctgtg cttgggtctg ctttaagtat tagcgcagaa 600 agagcagact gtgaagagcg gtgtgatcgc attcgatgta gtgaggatgg tgaaatttgc 660 gaaggcaata aattaacagc tatttcggaa gagaaggcta gatcatggac tctcattaag_720 tacagattcc ttactatgat agaaaaacta tttgagatgg tggcggatat cttcaagtta 780 attcctttgc caatttcgca tggaattcgt gctattgttg ctgcgggatg tacgttgact 840 tctgcagtta ttggcttagg tactttttgg tctagagcat aa 882 <210> 137 <211> 293 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 137
| Met Ala Ser Val | Cys Gly | Arg | Leu Ser Ala Gly Val Gly | Asn | Arg | Phe |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||
| Asn Ala Phe Phe | Thr Arg | Pro | Gly^ Asn Lys Leu Ser Arg | Phe | Val | Asn |
| 20 | 25 | 30 | ||||
| Ser Ala Lys Gly | Leu Asp | Arg | Ser Ile Lys Val Gly Lys | Ser | Ala | Ala |
| 35 | 40 45 | |||||
| Glu Leu Thr Ala | Ser Ile | Leu | Glu Gin Thr Gly Gly Ala | Gly | Thr | Asp |
| 50 | 55 | 60 | ||||
| Ala His Val Thr | Ala Ala | Lys | Val Ser Lys Ala Leu Gly | Asp | Ala | Arg |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||
| Thr Val Met Ala | Leu Gly | Asn | Val Phe Asn Gly Ser Val | Pro | Ala | Thr |
| 85 | 90 | 95 | ||||
| Ile Gin Ser Ala | Arg Ser | Cys | Leu Ala His Leu Arg Ala | Ala | Gly | Lys |
| 100 | 105 | 110 | ||||
| Glu Glu Glu Thr | Cys Ser | Lys | Val Lys Asp Leu Cys Val | Ser | His | Arg |
| 115 | 120 125 | |||||
| Arg Arg Ala Ala | Ala Glu | Ala | Cys Asn Val Ile Gly Gly | Ala | Thr | Tyr |
| 130 | 135 | 140 | ||||
| Ile Thr Thr Phe | Gly Ala | Ile | Arg Pro Thr Leu Leu Val | Asn | Lys | Leu |
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||
| Leu Ala Lys Pro | Phe Leu | Ser | Ser Gin Ala Lys Glu Gly | Leu | Gly | Ala |
| 165 | 170 | 175 | ||||
| Ser Val Gly Tyr | Ile Met | Ala | Ala Asn His Ala Ala Ser | Val | Leu | Gly |
| 180 | 185 | 190 | ||||
| Ser Ala Leu Ser | Ile Ser | Ala | Glu Arg Ala Asp Cys Glu | Glu | Arg | Cys |
| 195 | 200 205 | |||||
| Asp Arg Ile Arg | Cys Ser | Glu | Asp Gly Glu Ile Cys Glu | Gly | Asn | Lys |
| 210 | 215 | 220 | ||||
| Leu Thr Ala Ile | Ser Glu | Glu | Lys Ala Arg Ser Trp Thr | Leu | Ile | Lys |
| 225 | 230 | 235 | 240 | |||
| Tyr Arg Phe Leu | Thr Met | Ile | Glu Lys Leu Phe Glu Met | Val | Ala | Asp |
| 245 | 250 | 255 | ||||
| Ile Phe Lys Leu | Ile Pro | Leu | Pro Ile Ser His Gly Ile | Arg | Ala | Ile |
| 260 | 265 | 270 |
• 4'. ····
186
Val Ala Ala Gly Cys Thr Leu Thr Ser Ala Val Ile Gly Leu Gly Thr 275 280 285
Phe Trp Ser Arg Ala
290 <210> 138 <211> 16 <212> PRT < 213 > Artificiální sekvence;
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři __<400> 138 _· ___
Asp Leu Cys Val Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser 1 5 10 15 <210> 139 <211> 16 <212> PRT < 213 > Artificiální sekvence c <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 139
Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile
5 10
Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 15 <210> 140 <211> 18 <212> PRT <213> Artificiální sekvence .<
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> Cys Ser Phe
Arg Pro
140
Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala Ile 5 10 15 <210> 141 <211> 18 <212> PRT <213> Artificiální sekvence<
<220>
<223> i Vyrobeno v laboratoři <400> 141
Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Alá Ile Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn Lys 1 5 10 15
Met Leu <210> 142
| ’♦ 9. < · : | 99-99 9 9 | V·· | ♦ 9 9 9 9 9 | |
| ···* | 9 • | 9 99 9 | • · f! '· • -š < » · · |
187 <211>
<212>
<213>
PRT
Artificiální sekvencec <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> Arg Pro Ile ·
Ser Gin
142
Leu Phe Val Asn Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser 5 10 ~ 15 <210> 143 <211> 17 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence' <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 143
Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met Gly B 1 5 10 15
Ser <210> 144 <211> 10 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence' <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 144
Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 10 <210> 145 <211> 9 <212 > PRT <213 > Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 145
Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 <210> 146 <211> 8 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence·.
<220> v.
<223> Vyrobeno v laboratoři
188 '·· 'i <400> 146
Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 <210> 147 <211> 9 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 147
| Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ilé Thr | ||
| 1 | 5 | |
| <210> | 148 | |
| <211> | 8 | |
| <212> | PRT | |
| <213> | Artificiální sekvencei | |
| <220> <223> | Vyrobeno v laboratoři | |
| <400> | 148 | |
| Cys | Ser Phe | Ile Gly Gly Ile Thr |
| 1 | 5 | |
| <210> | 149 | |
| <211> | 10 | |
| <212> | PRT | |
| <213> | Artificiální sekvence.c | |
| <220> <223> | Vyrobeno v laboratoři | |
| <400 > | 149 | |
| Cys | Ser Ile | Ile Gly Gly Ile Thr |
| 1 | 5 | |
| <210> | 150 | |
| <211> | 10 | |
| <212> | PRT | |
| <213> | • Artificiální sekvencec | |
| <220> <223> | Vyrobeno v laboratoři | |
| <400> | 150 | |
| Cys | Gly Phe | Ile Gly Gly Ile Thr |
| 1 | 5 | |
| <210> | 151 | |
| <211> | 9 | |
| <212> | PRT | |
| <213> | Artificiální sekvence l( |
Tyr
Tyr
Tyr
Leu
Leu
189 <* *··· <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400>,151
Gly Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 <210> 152 <211> 20 <212> PRT <213 > Artifíciální sekvencei <220>
<223 > Vyrobeno v laboratoři--—---—-
| <400> | 152 | |
| Gin | Ile Phe | Val Cys Leu Ile Ser |
| 1 | 5 | |
| Ser | Val Ala | Ser 20 |
| <2I0> | 153 | |
| <211> | 20 | |
| <212 > | PRT | |
| <213> <220> | Artifíciální sekvence« | |
| <223 > | Vyrobeno v laboratoři | |
| <400> | 153 | |
| Glu | Arg Leu | Arg Leu Arg Leu Ser |
| 1 | 5 | |
| Thr | Ser Arg | His |
| 20 | ||
| <210> | 154 | |
| <211> | 20 | |
| <212> | PRT | |
| <213> <220> | Artifíciální sekvence: | |
| <223> | Vyrobeno v laboratoři | |
| <400> | 154 | |
| Ala | Ser Ser | Glu Glu Leu Pro Thr |
| 1 | 5 | |
| Arg | Phe Cys | Leu 20 |
| <210> | 155 | |
| <211> | 20 | |
| <212> | PRT | |
| <213> <220> | Artifíciální sekvence i | |
| <223> | Vyrobeno v laboratoři | |
| <400> | 155 |
Ala Glu Arg Leu Arg Leu Arg Leu 10 15
Val Ala Ser Ser Glu Glu Leu Pro 10 15
Ser Arg His Ser Glu Leu Ser Val 10 15
190 ξ:
.9 9
Arg His Ser Glu Leu Ser Val Arg Phe Cys Leu Ser Thr Lys Cys Trp 1 5 10 . 15
Arg Asn Arg Phe <210> 156 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 156 _· _:_<__.
| Leu Ser | Thr Lys | Cys | Trp Arg Asn Arg Phe Phe Leu Pro Lys Leu Lys | |||
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||
| Gin | Ile | Trp | Asp |
| <210> 157 . <211> 53 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence’ | ||||||||||
| <220> | ||||||||||
| - | <223> | Vyrobeno v laboratoři | ||||||||
| X | <400> | 157 | ||||||||
| Ile | Phe Val | Cys Leu Xle Ser Ala | Glu | Arg | Leu | Arg | Leu | Ser | Val | Ala. |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||||||
| Ser | Ser Glu | Glu Leu Pro Thr Ser | Arg | His | Ser | Glu | Leu | Ser | Val | Arg |
| 20 | 25 | 30 | ||||||||
| Phe | Cys Leu | Ser Thr Lys Cys Trp | Arg | Asn | Arg | Phe | Phe | Leu | Pro | Lys |
| 35 | 40 | 45 | ||||||||
| Leu | Lys Gin 50 | Ile Trp | ||||||||
| <210> | 158 | |||||||||
| <211> | 52 | |||||||||
| <212> | PRT | |||||||||
| <213> | Artificiální sekvence: | |||||||||
| <220> <223> | Vyrobeno v laboratoři | |||||||||
| <400> | 158 | |||||||||
| Leu | Cys Val | Ser His Lys Arg Arg | Ala | Ala | Ala | Ala | Val | Cys | Ser | Phe |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||||||
| Ile | Gly Gly | Ile Thr Tyr Leu Ala | Thr | Phe | Gly Ala | Ile | Arg | Pro | Ile | |
| 20 | 25 | 30 | ||||||||
| Leu | Phe Val | Asn Lys Met Leu Ala | Gin | Pro | Phe | Leu | Ser | Ser | Gin | Ile |
| 35 | 40 | 45 | ||||||||
| Lys | Ala Asn 50 | Met | ||||||||
| <210> | 159 | |||||||||
| <211> | 24 | |||||||||
| <212> | DNA |
191
• · « <· ·. * « · » <213> Chlamydia <400> 159 ttttgaagca ggtaggtgaa tatg <210> 160 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 160 ttaagaaatt taaaaaatcc ctta 24 <210> 161____ _ <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 161 ggtataatat ctctctaaat tttg 24 <210> 162 <211> 19 <212> DNA <213> Chlamydia <400> .162 agataaaaaa ggctgtttc <210> 163 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 163 ttttgaagca ggtaggtgaa tatg 24 <210> 164 <211> 29 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 164 tttacaataa gaaaagctaa gcactttgt <210> 165 <211> 20 <212> DNA <213s> Chlamydia <400> 165 ccttacacag tcctgctgac 20 <210> 166 <211> 20 <212> DNA <213> Chlamydia ·· ·«*·
192 •
···· · <400> 166 gtttccgggc cctcacattg <210> 167 <211> 9 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence t <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 167
Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu
1_5_1::L <210> 168 <211> 9 <212> PRT <213> Artificiální sekvence' <220>
<223 > : Vyrobeno v laboratoři <400> Ser Ile Ile
168
Gly Gly Ile Thr Tyr 5
Leu <210> 169 <211> 2643 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 169 gcaatcatgc acagcggtcc aatcatgtcg tgtgctcatg gtatctaaac tccattcaaa tctattattc tgtcgaaatc cacaactatc caggctcaaa gcggatttaa cctctctttt ctaaacacct agcaattctg aacggtcctg tccggaggga caacgcacct ctttcttcct agtagcagca ccagccaccg agcgaacgtc cctatcgaac tctctctctc tcctctgatt agcgtaacta gacctgatca tctttggcca tctgtacatt catcacaaga tccatatcac actttcgctt atcaaaagaa atgctgaagg ttttcacagc ccttctcttt atggcggcgc tcactggaaa cagaaaaagg ctaaagaaaa tttccttcat gtctctctat ccgaccaagg tagaagctcg aagaatcgcc catctccttt tttctgaaga tgaaatccgg aggatcctca tgaagttagc tccacgcccc tatgaacttc ggatccctta ttttgaggac cgatcctttg ggaccccaaa cctttccttc tggtcagtta ctctggagga ttttgaagag atctagaaat tatttgctgt ctccgccacg ctctctctct aggcggggct taacaacagc ccttgcaggt tctagtaaga caacggagat tcttccctcc agttattcag agaaaaaact acgcttagtt agctctcctc tacgctaagt taatctttct tgttgtctat ggtgaaaccg tgtaccatgg tatgtacttg gaggctcttt acagattgct tccttgcgca gccatctctg aattcttcta gtgtcgccta agtaatctta aatggaggcg cttgcttgta atttatgcca gctaaaatag gaaggatctg aacgccatct attcťtttct tctttgcaag acaagtgcaa cctgataacc ttaaaagatc attatggaag attccccttc atccaaaaga gtgctgctat ccctcctcac agagcctctt gaaattccta ttaaagaaaa cttccaagga ataatggtag cggatgcctt aaggaaatgg tttctttcgc tttgttcagg ctatttgttg accaagaaac agcacatggt gtggagctat ttctgttcca acttaragaa ttgatcctat ccagcgtgac accgttcagt tcacttccca gcgctgtcct cgggaacttc attccttaga tcttcctctc
| tttgtcatcc | 60 |
| taaaaatcct | 120 |
| tcctgctctt | 180 |
| ctgttggttc | 240 |
| aggagatctt | 300 |
| aagctctcct | 360 |
| catgagtttc | 420 |
| ttctctacag | 480 |
| cggagccatt | 540 |
| ccgtaatcgt | 600 |
| gaatgtaaac | 660 |
| tatcagcgat | 720 |
| gctatttgca | 780 |
| attgcgttat | 840 |
| cgccatccág | 900 |
| gaataáctcc | 960 |
| agatgcgatt | 1020 |
| tgtacaagaa | 1080 |
| ttctcccacc | 1140 |
| gattttctcg | 1200 |
| actacagcag | 1260 |
| ttccgcgcct | 1320 |
| tttaaaaact | 1380 |
| tactgaaaaa | 1440 |
| taactctgga | 1500 |
193 •4 4·*· '4 ' 4 4
4 .· 4 ' ϊ ί* * *
MM · ··· -«V ** '· gatgagaatt tttatgaaaa tgtagagctt ctcagtaaag agcaaaacaa tattcctctc cttactctcc ctaaagagca atctcattta catcttcctg atgggaacct ctcttctcac tttggatatc aaggagattg gactttttct tggaaagatt ctgatgaagg gcattctctg attgctaatt ggácgcctaa aaactatgtg cctcatccag aacgtcaatc tacactcgtt gcgaacactc tttggaacac ctattccgat atgcaagctg tgcagtcgat gattaataca acagcgcacg gaggagccta tctatttgga acgtggggat ctgctgtttc taatttattc tatgttcacg acagctctgg gaaacctatc gataattggc atcatagaag ccttggctac ctattcggta tcagtactca cagtttagat gaccattctt tctgcttggc tgcaggacaa ttactcggga aatcgtccga ttcctttatt acgtctacag aaacgacctc ctatatagct actgtacaag cgcaactcgc tacctctcta atgaaaatct ctgcacaggc atgctacaat gaaagtatcc atgagctaaa aacaaaatat cgctccttct ctaaagaagg attcggatcc tggcatagcg ttgcagtatc cggagaagtg tgcgcatcga ttcctattgt atccaatggt tccggactgt tcagctcctt ctctattttc tctaaactgc aaggattttc aggaacacag gacggttttg aqgagagttc gqgaqagatt cggtcctttt ctgccagctc tttcaqaaat atttcacttc ctataggaat aacatttgaa aaaaaatccc aaaaaacacg aacctactat tactttctag gagcctacat ccaagacctg aaacgtgatg tggaatcggg acctgtagtg ttactcaaaa atgccgtctc ctgggatgct cctatggcga acttggattc acgagcctac atgttccggc ttacgaatca aagagctcta cacagacttc agacgctgtt aaatgtgtct tgtgtgctgc gtgggcaaag ccatagttac tccctggatc tggggaccac ttacaggttc tag <210> 170 <211> 2949 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 170 v atgattcctc aaggaattta cgatggggag acgttaactg tatcatttcc ctatactgtt ataggagatc cgagtgggae tactgttttt tctgcaggag agttaacatt aaaaaatctt gacaattcta ttgcagcttt gcctttaagt tgttttggga acttattagg gagttttact gttttaggga gaggacactc gttgactttc gagaacatac ggacttctac aaatggggca gctctaagta atagcgctgc tgatggactg tttactattg agggttttaa agaattatcc ttttccaatt gcaattcatt acttgccgta ctgcctgctg caacgactaa taagggtagc cagactccga cgacaacatc tacaccgtct aatggtacta tttattctaa aacagatctt ttgttactca ataatgagaa gttctcattc tatagtaatt tagtctctgg agatggggga gctatagatg ctaagagctt aacggttcaa ggaattagca agctttgtgt cttccaagaa aatactgctc aagctgatgg gggagcttgt caagtagtca ccagtttctc tgctatggct aacgaggctc ctattgcctt tgtagcgaat gttgcaggag taagaggggg agggattgct gctgttcagg atgggcagca gggagtgtca tcatctactt caacagaaga tccagtagta agtttttcca gaaatactgc ggtagagttt gatgggaacg tagcccgagt aggaggaggg atttactcct acgggaacgt tgctttcctg aataatggaa aaaccttgtt tctcaacaat gttgcttctc ctgtttacat tgctgctaag caaccaacaa gtggacaggc ttčtaatacg agtaataatt acggagatgg aggagctatc ttctgtaaga atggtgcgca agcaggatcc aataactctg gatcagtttc ctttgatgga gagggagtag ttttctttag tagcaatgta gctgctggga aagggggagc tatttatgcc aaaaagctct cggttgctaa ctgtggccct gtacaatttt taaggaatat cgctaatgat ggtggagcga tttatttagg agaatctgga gagctcagtt tatctgctga ttatggagat attattttcg atgggaatct taaaagaaca gccaaagaga atgctgccga tgttaatggc gtaactgtgt cctcacaagc catttcgatg ggatcgggag ggaaaataac gacattaaga gctaaagcag ggcatcagat tctctttaat gatcccatcg agatggcaaa cggaaataac cagccagcgc agtcttccaa acttctaaaa attaacgatg gtgaaggata cacaggggat attgtttttg ctaatggaag cagtactttg taccaaaatg ttacgataga gcaaggaagg attgttcttc gtgaaaaggc aaaattatca gtgaattctc taagtcagac aggtgggagt ctgtatatgg aagctgggag tacattggat tttgtaactc cacaaccacc acaacagcct cctgccgcta atcagttgat cacgctttcc aatctgcatt tgtctctttc ttctttgtta gcaaacaatg cagttacgaa tcctcctacc aatcctccag cgcaagattc tcatcctgca gtcattggta gcacaactgc tggttctgtt acaattagtg ggcctatctt ttttgaggat ttggatgatá cagcttatga taggtatgat tggctaggtt ctaatcaaaa aatcaatgtc ctgaaattac agttagggac taagccccca
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2643
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
194 gctaatgccc catcagattt gactctaggg aatgagatgc ctaagtatgg agctggaagc ttgcgtggga tcctaataca gcaaataatg gtccttatac acatggacta aaactgggta taatcctggg cctgagcgag tagcttcttt agtttatggg gatccatttt agatatacga tctgcgcatt cagcaattca gatgggcgct cttattgtcg aggattatgg gtttctggag tttcgaattt gaccgcgatg ctttaggtca gggatatcgg tatattagtg ggggttattc aactcctact ttggatcatc gatgtttggt ctagcattta ccgaagtatt aaagattatg tagtgtgtcg ttccaatcat catgcttgca taggatccgt acccaacaag ctttatgtgg atcctatttg ttcggagatg cgtttatccg gggtttggga atcagcatat gaaaacctca tatacatttg čágaggagag tgggataata actgtctggc tggagagatt ggagcgggat taccgattgt tctaagctct atttgaatga gttgcgtcct ttcgtgcaag ctgagttttc catgaatctt ttacagagga aggcgatcaa gctcgggcat tcaagagcgg aatctatcag ttcctgttgg agtgaagttt gatcgatgtt ctagtacaca tatagcttta tggcggctta tatctgtgat gcttatcgca ccatctctgg acgctcctat cccatcaaga gacatggaca acagatgcct ttcatttagc gttgtggtta gaggatctat gtatgcttct ctaacaagta atatagaagt ggaagatatg agtatcgaga tgcttctcga ggctatggtt tgagtgcagg yggttctaa <210> 171 <211> 2895 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 171 Á atgaaaaaag cgtttttctt tttccttatc ggaaactccc tatcaggact gttccttcta gaatctttct tatgcccaac tcagttccag atcctacgaa tcaaataaaa ttagtttgac aggagacact cacaatctca ctaactgcta ctacgctaca tactggctat tctacaaaaa actcccaatg aaggagctgc acagattacc taagcttttt tgatacacaa aaagaaggta tttattttgc acccctgaaa gtggtggtgc gattggttat gcgagtccca attctcctac cgtgatacaa taggtcctgt aatctttgaa aataatactt gttgcagact agaaatcctt atgctgctga taaaataaga gaaggcggag ccattcatgc tacataaatc ataatcatga tgtggtcgga tttatgaaga acttttctta ggagccatta gtaccgctaa tacctttgtt gtgagcgaga atcagtcttg atggacaaca tctgtattca aactaataca gcaggaaaag gtggcgctat acgagcaatt cttttgagag taataactgc gatctcttct tcatcaataa gcaggaggag cgatcttctc ccctatctgt tctctaacag gaaatcgtgg ttctataaca atcgctgctt taaaaatgta gaaacagctt cttcagaagc ggagcaatta aagtaactac tcgcctagat gttacaggca atcgtggtag agtgacaata tcacaaaaaa ttatggcgga gctatttacg ctcctgtagt gataatggcc ctacctactt tataaacaat atcgccaata ataagggggg atagacggaa ccagtaactc caaaatttct gccgaccgcc atgčtattat aatattgtga ctaatgtaac taatgcaaat ggtaccagta cgtcagctaa agaaatgcaa taacagtagc aagctcctct ggtgaaattc tattaggagc caaaatttaa ttttttatga tcctattgaa gttagcaatg caggggtctc aataaggaag ctgatcaaac aggctctgta gtattttcag gagctactgt gattttcatc aacgcaattt acaaacaaaa acacctgcac cccttactct tttctatgta tcgaagatca tgctcagctt acagtgaatc gattcacaca gttgtttctc ttgggaatgg agcagttctg agttgctata aaaatggtac gctagcaatg cctctataac actgaagcat attggattga atctttcttc agtggtgctg agattccttt attgtgggta gagcctacaa ataacagcaa gcagatactg cagctacctt ttcattaagt gatgtaaaac tctcactcat gggaactctc cttatgaatc cacagatctg acccatgctc tgtcatcaca tctatttctg aagctagcga taaccagcta caatcagaaa atatagattt aatgtccctc aťtatggatg gcaaggactt tggacttggg gctgggcaaa ccagaaccag catcttcagc aacaatcact gatccacaaa aagccaatag
| ctatcaagga | 1920 |
| tctgaaagct | 1980 |
| ggttccaaat | 2040 |
| agcaagtgtg | 2100 |
| cttctatcat | 2160 |
| cttaggagca | 2220 |
| tggtagatct | 2280 |
| ttatctatct | 2340 |
| tgctagctac | 2400 |
| cgatgttcgt | 2460 |
| gattactcca | 2520 |
| ttatgccgat | 2580 |
| acatctccta | 2640 |
| tcctaataaa | 2700 |
| tactgagaca | 2760 |
| aagacatgga | 2820 |
| atatggccat | 2880 |
| magtaaagtc | 2940 2949 |
| agctagagag | 60 |
| agagtcgcta | 120 |
| tctcgataac | 180 |
| tgtcacaata | 240 |
| aaaaaatctc | 300 |
| cgtggagatt | 360 |
| atttacatgg | 420 |
| tcaaaatctt | 480 |
| tgtccaagga | 540 |
| ttttctcttt | 600 |
| ctatgctgga | 660 |
| cgcctgttgt | 720 |
| taacatcgtt | 780 |
| ttctgatgga | 840 |
| gatctttttt | 900 |
| taccctagtg | 960 |
| cgctatctat | 1020 |
| ttttaatgaa | 1080 |
| tcctcctaga | 1140 |
| agggagtagc | 1200 |
| tgtgtccttc | 1260 |
| taattctgca | 1320 |
| cagtaatggt | 1380 |
| aactgggggt | 1440 |
| aggagattct | 1500 |
| cattctgaaa | 1560 |
| taactataca | 1620 |
| tgatgactac | 1680 |
| gcctatgcta | 1740 |
| ttcgggacta | 1800 |
| aactcaagat | 1860 |
| atttcataga | 1920 |
195 »♦ <··« • « · • ·« · · »· ;·· • · · • · · k · · • · ·
- ·· ··« · accttactac taacatggct tcctgccggg tatgttccta gcccaaaaca cagaagtccc 1980 ctcatagcta acaccttatg ggggaatatg ctgcttgcaa cagaaagctt aaaaaatagt 2040 gcagagctga cacctagtgg tcatcctttc tggggaatta caggaggagg actaggcatg 2100 atggtttacc aagatcctcg agaaaatcat cctggattcc atatgcgctc ttccggatac 2160 tctgcgggga tgatagcagg gcagacacac accttctcat tgaaattcag tcagacctac 2220 accaaactca atgagcgtta cgcaaaaaac aacgtatctt ctaaaaatta ctcatgccaa 2280 ggagaaatgc tcttctcatt gcaagaaggt ttcttgctga ctaaattagt tgggctttac 2340 agctatggag accataactg tcaccatttc tatactcaag gagaaaatct aacatctcaa 2400 gggacgttcc gcagtcaaac gatgggaggt gctgtctttt ttgatctccc tatgaaaccc 2460 tttggatcáa cgcatatact gacagctccc tttttaggtg ctcttggtat ttattctagc 2520 ctgtctcact.ttactgaggt gggagcctat ccgcgaagct tttctacaaa gactcctttg 2580 atcaatgtcc tagtccctat tggágttaaa ggtagcttta tgaatgctac ccacagacct 2640 caagcctgga ctgtagaatt ggcataccaa cccgttctgt atagacaaga accagggatc 2700 gcgacccagc tcctagccag taaaggtatt—tggtttggta-gtggaagccc ctcatcgcgt— 2760 catgccatgt cctataaaat ctcacagcaa acacaacctt tgagttggtt aactctccat 2820 ttccagtatc atggattcta ctcctcttca accttctgta attatctcaa tggggaaatt 2880 gctctgcgat tctag 2895 <210> 172 <211> 4593 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 172 atgagttccg agaaagatat aaaaagcacc tgttctaagt tttctttgtc tgtagtagca 60 gctatccttg cctctgttag cgggttagct agttgcgtag atcttcatgc tggaggacag 120 tctgtaaatg agctggtata tgtaggccct caagcggttt tattgttaga ccaaattcga 180 gatctattcg ttgggtctaa agatagtcag gctgaaggac agtataggtt aáttgtagga 240 gatccaagtt ctttccaaga gaaagatgca gatactcttc ccgggaaggt agagcaaagt 300 actttgttct cagtaaccaa tcccgtggtt ttccaaggtg tggaccaaca ggatcaagtc 360 tcttcccaag ggttaatttg tagttttacg agcagcaacc ttgattctcc ccgtgacgga 420 gaatcttttt taggtattgc ttttgttggg gatagtagta aggctggaat cacattaact 480 gacgtgaaag cttctttgtc tggagcggct ttatattcta cagaagatct tatctttgaa 540 aagattaagg gtggattgga atttgcatca tgttcttctc tagaacaggg gggagcttgt 600 gcagctcáaa gtattttgat tcatgattgt caaggattgc aggttaaaca ctgtactaca 660 gccgtgaatg ctgaggggtc tagtgcgaat gatcatcttg gatttggagg aggcgctttc 720 tttgttacgg gttctctttc tggagagaaa agtctctata tgcctgcagg agatatggta 780 gttgcgaatt gtgatggggc tatatctttt gaaggaaaca gcgcgaactt tgctaatgga 840 ggagcgattg ctgcctctgg gaaagtgctt tttgtcgcta atgataaaaa gacttctttt 900 atagagaacc gagctttgtc tggaggagcg attgcagcct cttctgatat tgcctttcaa 960 aactgcgcag aactagtttt caaaggcaat tgtgcaattg gaacagagga taaaggttct 1020 ttaggtggag gggctatatc ttctctaggc accgttcttt tgcaagggaa tcacgggata 1080 acttgtgata agaatgagtc tgcttcgcaa ggaggcgcca tttttggcaa aaattgtcag 1140 atttctgaca acgaggggcc agtggttttc agagatagta cagcttgctt aggaggaggc 1200 gctattgcag ctcaagaaat tgtttctatt cagaacaatc aggctgggat ttccttcgag 1260 ggaggtaagg ctagtttcgg aggaggtatt gcgtgtggat ctttttcttc cgcaggcggt 1320 gcttctgttt tagggactat tgatatttcg aagaatttag gcgcgatttc gttctctcgt 1380 actttatgta cgacctcaga tttaggacaa atggagtacc agggaggagg agctctattt 1440 ggtgaaaata tttctctttc tgagaatgct ggtgtgctca cctttaaaga caacattgtg 1500 aagacttttg cttcgaatgg gaaaattctg ggaggaggag cgattttagc tactggtaag 1560 gtggaaatta ccaataattc cggaggaatt tcttttacag gaaatgcgag agctccacaa 1620 gctcttccaa ctcaagagga gtttccttta ttcagcaaaa aagaagggcg accactctct 1680 tcaggatatt ctgggggagg agcgatttta ggaagagaag tagctattct ccacaacgct 1740 gcagtagtat ttgagcaaaa tcgtttgcag tgcagcgaag aagaagcgac attattaggt 1800 tgttgtggag gaggcgctgt tcatgggatg gatagcactt cgattgttgg caactcttca 1860 gtaagatttg gtaataatta cgcaatggga caaggagtct caggaggagc tcttttatct 1920 aaaacagtgc agttagctgg aaatggaagc gtcgattttt ctcgaaatat tgctagtttg 1980 ggaggaggag ctcttcaagc ttctgaagga aattgtgagc tagttgataa cggctatgtg 2040
196 »9 9999 •9 9 · • 9
9
9 «999 9
9.4 ctattcagag ataatcgagg gagggtttat gggggtgcta tttcttgctt acgtggagat gtagtcattt ctggaaacaa gggtagagtt gaatttaaag acaacatagc aacacgtctt tatgtggaag aaactgtaga aaaggttgaa gaggtagagc cagctcctga gcaaaaagac aataatgagc tttctttctt.agggagtgta gaacagagtt ttattactgc agctaatcaa gctctťttcg catctgaaga tggggattta tcacctgagt catccatttc ttctgaagaa cttgcgaaaa gaagagagtg tgctggagga gctatttttg caaaacgggt tcgtattgta gataaccaag aggccgttgt attctcgaat aacttctctg atatttatgg cggcgccatt tttacaggtt ctcttcgaga agaggataag ttagatgggc aaatccctga agtcttgatc tcaggcaatg caggggatgt tgttttttcc ggaaattcct cgaagcgtga tgagcatctt cctcatacag gtgggggagc catttgtact caaaatttga cgatttctca gaatacaggg aatgttctgt tttataacaa cgtggcctgt tcgggaggag ctgttcgtat agaggatcat ggtaatgttc ttttagaagc ttttggagga gatattgttt ttaaaggaaa ttcttctttc agagcacaag gatccgatgc tatctatttt gcaggtaaag aatcgcatat tacagccctg __aatgctacgg aaqgacatgc tat.tgt.tttc cacgacgcat tagtttttga aaatctaaaa gaaaggaaat ctgctgaagt attgttaatc aatagtcgag aaaatccagg ttacactgga tctattcgat ttttagaagc agaaagtaaa gttcctcaat gtattcatgt acaacaagga agccttgagt tgctaaatgg agctacatta tgtagttatg gttttaaaca agatgctgga gctaagttgg tattggctgc tggatctaaa ctgaagattt tagattcagg aactcctgta caagggcatg ctatcagtaa acctgaagca gaaatcgagt catcttctga accagagggt gcacattctc tttggattgc gaagaatgct caaacaacag ttcctatggt tgatatccat ačtatttctg tagatttagc ctccttctct tctagtcaac aggaggggac agtagaagct cctcaggtta ttgttcctgg. aggaagttat gttcgatctg gagagcttaa tttggagtta • gttaačacaa caggtactgg ttatgaaaat catgctttgt tgaagaatga ggctaaagtt ccattgatgt ctttcgttgc ttctagtgat gaagcttcag ccgaaatcag taacttgtcg gtttctgatt tacagattca tgtagcaact ccagagattg aagaagacac atacggccat atgggagatt ggtctgaggc taaaattcaa gatggaactc ttgtcattaa ttggaatcct actggatatc gattagatcc tcaaaaagca ggggctttag tatttaatgc attatgggaa gaaggggctg tcttgtctgc tctgaaaaat gcacgctttg ctcataatct cactgctcag cgtatggaat tcgattattc tacaaatgtg tggggattcg cctttggtgg tttccgaact ctatctgcag agaatctggt tgctattgat ggatacaaag gagcttatgg tggtgcttct gctggagtcg atattcaatt gatggaagat tttgttctag gagttagtgg agctgctttc ctaggtaaaa tggatagtca gaagtttgat gcggaggttt ctcggaaggg agttgttggt tctgtatata caggattttt agctggatcc tggttcttca aaggacaata tagccttgga gaaacacaga acgatatgaa aacgcgttat ggagtactag gagagtcgag tgcttcttgg acatctcgag gagtactggc agatgcttta gttgaatacc gaagtttagt tggtcctgtg agacctactt tttatgcttt gcatttcaat ccttatgtcg aagtatctta tgcttctatg aaattccctg gctttacaga acaaggaaga gaagcgcgtt cttttgaaga cgcttccctt accaatatca ccattccttt agggatgaag tttgaattgg cgttcataaa aggacagttt tcagaggtga actctttggg aataagttat gcatgggaag cttatcgaaa agtagaagga ggcgcggtgc agcttttaga agctgggttt gattgggagg gagctccaat ggatcttcct agacaggagc tgcgtgtcgc tctggaaaat aatacggaat ggagttctta cttcagcaca gtcttaggat taacagcttt ttgtggagga tttacttcta cagatagtaa actággatat gaggcgaata ctggattgcg attgatcttt taa <210> 173 <211> 5331 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 173 gcaatcatga aatttatgtc agctactgct gtatttgctg cagtactctc ctccgttact gaggcgagct cgatccaaga tcaaataaag aataccgact gcaatgttag caaagtagga tattcaactt ctcaagcatt tactgatatg atgctagcag acaacacaga gtatcgagct gctgatagtg tttcattcta tgacttttcg acatcttccg gattacctag aaaacatctt agtagtagta gtgaagcttc tccaacgaca gaaggagtgt cttcatcttc atctggagaa aatactgaga attcacaaga ttcagctccc tcttctggag aaactgataa gaaaacagaa gaagaactag acaatggcgg aatcatttat gctagagaga aactaactat ctcagaatct caggactctc tctčtaatcc aagcatagaa ctccatgaca atagtttttt cttcggagaa
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420 '3480
3540
-3600
3660
3720
3780
3840
3900
3960
4020
4080
4140
4200
4260
4320
4380
4440
4500
4560
4593
120
180
240
300
360
420
480 «·· 4··
197 et ···· 4 · * • «
Λ · · • · 4··ί 4 ·· ·· 4 • · · • · • · • · «
4.4 ·« *
·· ggtgaagtta aaagaggtag aaagggggta ttctcctcca atcagtgatt caatgtctgg gatacactgg tcgtctgaaa gatgttttag acagggacta aaagaaaact caacatggag agtataacta cacggtggtgactaaaaact acaacagata gtagttgctt tctctaacag gatatagacg aaaaaaggag ctttcaggga tttgatgcaa attcattcta actgttaaag ggagaagagt actaaccttg gagtctcaag acacaatcta acagacgaat tctaaaagtg ggagatcaat agctcccctg tcttcctcat tctacaacag attgagaact gaaggctcct aatctcgata caatctacaa actcctgtag cagagaaaag ggggctcatt acacaaaata gctttaaaac tttaaccaaa attgagtctt actacagaag tttggacaaa gcttcaggag ggaacctcta gggaaaacga gcaactgcct gcgtttacag caaaacgtag atttcttttg aaccagactg gtagagaaaa gacactacta agtgatgata tctttgatca tctttgaaaa gcgtctatgc atggtgggga gcaacaatgt atgaagaaat atagcactcc caaaagatac gtaaaggtgg tagattttgt tgtcttgcac gaggagccta ctccccctct gtatctgcacctgcaaagga ccccagagtc ctgctaaaat aggctgagtc tgtcgattga gggctattta attcatccca ttggatcgct aaacggttac caatagtaga ctacagcaac aaggatctca acacatcaga atgaagaaaa catctgatag gatcatctac ctatctctgc tatctaattc ctggagatag aaactcctac tctctggcca cttccáaatc gcgggagctc caggtcaggt tattttctaa acacctttgg tcttagaaaa cagaaacagt gagctactat acagatctct taggctctgt gcacaccagc tagcaagctc gaaatatttg ctttctgtag tcagtttctt acgatactct gaacgattct ttctacacag.
agcagaaaga ttgctgatgg atggtattgc caagtggaag ccaaggagca cagagttgcc cataaaatct aaaagaacga acaaggtggt acatttccaa gatcgtattg agaaacggaa acaagtatca tggtatctat cagtaacata caacacgaat cgttactcaa cgtaggagaa taacaaactt gtctggagga ttctaccccc aaatcgattc tgatcaaacg gaacattttg cgggaaaaaa ggatgtagga cttatcccac tctatctaac aagcactcct agaaaatccg aggggatact tactggaaac tacccttccc ccacactgag tcctcaagat aaacgcttgt ttcaggttca cgctggagac tttaatagga aggaatattt taacgtcctc tagacgaact tgctggagga aaactctgca aggagctatc cgttgctgac gaaattagag ttacgcacct agaagaagga tctcttcaca cacaacctca aaacggatct tttccgaaac tattgcggga tgatgcaatc cgatattaat gttctcctct tggatctctt aggctcttct agctttggtc tgaaggaaat cggtggaacc aaataataat ctcaaaaacg ctactagtag gtatctttag ggtggaatct gggaatgctg ctcacagaat cagactaagt gaatcaccag acagaaaaat gctaccgatt agcctacagt accatgtctg gtgattttct tctttatcta gctattttta tcttcctcct tttgcctcta gatcaaacag aatgtcgcta gctaaacttt ggaggtctct tataactctg ctcaagtcta gaagctccag aattctaata gctgatacag gctgaatctg aatagtagta gaaataactg ggaggagcag ttagctaaaa gacgttactg tctgáaggac ggaggtgcta tctggaaaca ggaggtgcgg gtcaccttct gctatctact acaaacaatg ggagctactt ctcggatctg tctggctcct gtcgtttcca agcgcgattt ggaaacttag ggagatgtaa cagacggata aatgaatacc gatgttaaat cggacctcta aaatctgagg gaattacatg gtattgaagc ctcgttatga ataaataaca atctttactc ccatctacag gacgcctcga gaggagctat aagtaaatat aaaatgttac attcagaaca caggagcaac gcgttgatag caaatggaaa aatcaactcc ctttgaccat ctggagcagg ttttgaaaaa ttactaatac ctgaaaatac atttaaaaac cagatctagc cgcctgcaag cggcagaacc aaacttctga tcaatcaaaa cccgtattaa gtttaactga ctgctaaaga ccttcacttt aagagattcc cagaaggaag ggactggtgt gagaacaact ttgatcaatc acgagagtgt cttcttcagg gctatgctgc catcttctga cgactgagcc tctatggaga aagctatcga tctatgctaa ccgggaatac ctcctactgt ctaataacgc čtgctgtttc ctattgggtt actactttga ttaaagccta actttacaaa taaccccaac caaaatatgg accttcccct gtcctacttc taaccatgca ctaagaaaac attcagaaac aaaataaatc caaataccga cacctggatc tgačcattga ctccagaatt atagtgaaag atcaaggaga ttatggagag ctcggtcgag cgaagcaacc agatatgtta agcagtaaaa cttatccgaa tcaagatggt tagccccgac cactggaatt tgtattcact ctcggcaggt aactagtgaa agctaaaggg ggtgactctc gtctatacca cactcccgaa ggcagcccct tactaatagc cacttctgcg caatcttgaa aagcgtágaa aggtggggtt tgcagataac tccagtagaa ttcggctaac tgttaacaat acaagattct taacgaaaac ctcatcgtcc ggctccctca gagtactgat taatccagac agaagctggt aactgttaag taacaccaca aacattgttt tgtctcttct aaccattgct tacagatact tctatcagga ggtgccagac aaaaaataaa tactgcgaca agaagcatct gctaagcaca tgctgctatc gaaactcatt ttctgatacc agctgcaaaa aggtacacag tgtaaactct ctatattcca gcttcatgtc tgttctttcg tttatccagc gagaatcata taaccagaat áagcgcgaat
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3720
3780
3840
3900
3960
Γ
9
198 ggatcgtctt gcagctacag atcctaggag ttaagatccg gctcagaaaa actctggatc tatagacaat tctcaaatgt cgctttgatg caagtaggaa ttagatgcta aaaacaaaat caagcatcgg tcgctaccgc actcactatc acagctctcc actgtttacg tacgatcctc gcattcgaag tacatgccat gaaggcggag acgcagctgt gcacatacac ctcctgcagt ccacacctac gagaaatcaa accaacaaat tagtactgac ctgatcaact gggcttatgt caatggtcac aagttagcta cacctacttc aaccagccca ccttgaaaag tatacggagg tattgttaca caacgatccg gtgtctcctc gagaattgga gttacttcga gagagctctc caatctatcg aaattatttg acccgggacc tagctcatat agctgctgca gacaacacca actcatcgat ctccttgtta gggtgatatt acaaaatgga acctagagac agtcaaacaa taacaacctg tgaagaattc tgatgtgatt agagaataac caaaccattc aggagtcate tgaacgaaac tgtcttaaga atactccagt caactgcacc tggtaacgat aaattctcca tggagtaccg tttgtggact gatgaactgc cacacatctc acggctacaa cctaatggga gtgctcccta gctcctcaga acgatctcag aatcatttct ggcttgctca tggatatcag acttattaca gttggagctg tácactcaca cactttgtaa tettaeggat^ caaggagaat actcctgcac atccgtcaga tatagaaact attttgatgt acatgcaaat acaagaaact ctgtatggat ggtgctcgta gtacaagaaa ctacaacaag ccttcttcca cagactcatc aaggatatac cgctctggaa atgcgaactc acgataaaat gactaggaac gcagaggagc cátttagtaa aaggatccga tcaataaaaa atatcaaaca gggaagactt aaggggatac aacaattcac tagcaattcc acaacagatt accaagtgct cagctcgcgg cctacacgat tgacattcta ctttgccgct caaccaagta gaaccctgca aaaaatgcaa aggaacactc atttgactct gattctggga gaatctagct gatgctatcg ttctgttgcc gatgatcggg atattcttac aacggaaaaa tgataeagtg aggatggctg taaacgtatc agaaacagaa tatggggtta ctctgtagca ctcttcagga agaatacagc agaagcagac a
4020
4080
4140
4200
4260
4320
4380
4440
4500
4560
4620
4680
4740
4800
4860
4920
4980
5040
5100
5160
5220
5280
5331 <210> 174 <211> 5265 <212> DNA <213 > .Chlamydia <400> '174 gcaatcatga aatggctgtc agctactgcg gtgtttgctg ctgttctccc ctcagtttca 60 gggttttgct tcccagaacc taaagaatta aatttctctc gcgtagaaac ttcttcctct 120 accactttta ctgaaacaat tggagaagct ggggcagaat atatcgtctc tggtaacgca 180 tctttcacaa aatttaccaa cattcctact accgatacaa caactcccac gaactcaaac 240 tcctctagct ctagcggaga aactgcttcc gtttctgagg atagtgactc tacaacaacg 300 actcctgatc ctaaaggtgg cggcgccttt tataacgcgc actccggagt tttgtccttt 360 atgacacgat caggaacaga aggttcctta actctgtctg agataaaaat gactggtgaa 420 ggcggtgcta tcttctctca aggagagctg ctatttacag atctgacaag tctaaccatc 480 caaaataact tatcccagct atccggagga gcgatttttg gaggatctac aatctcccta 540 tcagggatta ctaaagcgac tttctcctgc aactctgcag aagttcctgc tcctgttaag 600 aaacctacag aacctaaagc tcaaacagca agcgaaacgt cgggttctag tagttctagc 660 ggaaatgatt cggtgťcttc ccccagttcc agtagagctg aacccgcagc agctaatctt 720 caaagtcact ttatttgtgc tacagctact cctgctgctc aaaccgatac agaaacatca 780 actccctctc ataagccagg atctggggga gctatctatg ctaaaggcga ccttactatc 840 gcagactctc aagaggtact attctcaata aataaagcta ctaaagatgg aggagcgatc 900 tttgctgaga aagatgtttc tttcgagaat attacatcat taaaagtaca aactaacggt 960 gctgaagaaa agggaggagc tatctatgct aaaggtgacc tctcaattca atcttctaaa 1020 cagagtcttt ttaattctaa ctacagtaaa caaggtgggg gggctctata tgttgaagga 1080 ggtataaact tccaagatct tgaagaaatt cgcattaagt acaataaagc tggaacgttc 1140 gaaacaaaaa aaatcacttt accttcttta aaagctcaag catctgcagg aaatgcagat 1200 gcttgggcct cttcctctcc tcaatctggt tctggagcaa ctacagtctc cgactcagga 1260 gactctagct ctggctcaga ctcggatacc tcagaaacag ttccagtcac agctaaaggc 1320 ggtgggcttt atactgataa gaatctttcg attactaaca tcacaggaat tatcgaaatt 1380 gcaaataaca aagcgacaga tgttggaggt ggtgcttacg taaaaggaac ccttacttgt 1440 gaaaactctc accgtctaca atttttgaaa aactcttccg ataaacaagg tggaggaatc 1500 tacggagaag acaacatcac cctatctaat ttgacaggga agactctatt ccaagagaat 1560 • 4
199 actgccaaag acaggactgg tttgttacca acgcctgtac ggcgtgtgta tctgcagcag actgcagaac tcaactgctc tcttcacaag gacttattga ggtggaatct aactccgcta ctagtctcct aaaactgtaatcctcatcca caagcagccg ggaggagcta tctgggaacc gccatctatg ttctcgggga gcgatctact tctatagcta accattggag gggaatacgg gcaactagcg atttttgaaa aaagggaata tttacaaaag acagctacac gcagccatct cttcttgctt gatactcccg gctaaaggga tcaacacaaa acaggaacta gcaatccttc tttgagcaga aacatagcta actcctcaag agtgcatccg gcagcagtgc ctaacaggag ggaagcgatc tatgatttaa ttagattcta cgctgggtat aactcaatga gatgatatcg ggaactcctc gccaaaccta aaagccatca tctgtctatg cctttcctaa tacccttcta cttcgtatct tatggggaac ccaagacact gaaggagcta aagagggcgg atagtttctg aagaaatctc atggtgaaac caaaacgtct aaaatggtgg agcccgcagc taagcacačc cctctcctgc tcgattatgt atgctaaaaa cagagatagg tatctgtaac -atatttctaacaggagtcgc cagcagccgc tctatggaga aagctatcga ccaaaacctc acagtgtctc cccctactgt caccgaagac gagcčattgc ctgatttagg gatcťcaaaa gaaaccaagc atattacctt atgctacgat aagctagttc ttggagatcc cttctggaaa ctagcaagtt agactattag acgtttatga ttgtgttctc acaacggaac aagaagggtc acggagctct caggggaaat gaggaagcgg cttcaggttc. accttacttt tagatgtacc ctttatctgg atccacaaac acatacctag ttgttgtgaa cttacaataa tttccgaaga gacaagattt aaaaaatgca gaggtaaatt tacaaggagt tccatgaaag ctatggatct tcgagtattc tcgatgattg tcatgaactg tggactcttc tttaattaat tcagacttac agtcattact tgccttatct tggagcccac agcttctgcc ttcatcttct aacctctaat agttgatacg agccaagaťg tggaggtatc agagaacctt
-tctgaaatca aacaacagct accatcatct aaaggttaca taacaatccc tttgtctatť cactgggaaa tacattgaat ttcttctgaa agggacagcc agctgcaata tagcattaca taataaacgt caatcaaaat tgagtcttta tgcaacatct aggaaccact cattactttt ttgtagtatt ctttttcgat aactttagat ttctgaatta tttagttctt taaattaatt agctatcaat cttctctcct ggtcagcagt tgccgcaact aatagatcct actaattaag ggatcttttc agggaaactt ggataatcat gcaagggctt cttctgggtt attcagttac tatcctagga taattacttc cctgtatttc cgtgtcctat aaataaagga taaagaacct cagcattcgc tgcttacaga taatattctt ataaaaggta aacacatcag acctctgatg ggcaataaat aaccttcaaa acatgcccag gcgacgtcta accgtctctt aaggaaactc actatcagca tcccgcatag tgctgtaaag gttgggaaag
-ggcttctctt tcagcacctg ccagcaacac ttctctcaat tcccaatcat ggatcttccg tctcaaacaa tgtcctgcga gatggatcct attaqcctat ggaactctag gaaaaaatta ggagcgattt acatccactc ggatctgttc ggacaaaata caatcgtctc agcaacaaca gcaggatacg tgtgtgcaca attaataaag catgaaaaca aaagagaaaa atggaacccg gggttaacga ccagaattac agtataccaa actccaacta aatggaaact cttccgacta cctcagaaag caagccagat ttttatgcga atcaacaaca tcaggagtag tacagccgcg gctgcattta cataagggct ttgctcaata ggacatatta gattgggaag tctaaagatt cagaaacagt aatctgtcgc atgtataata cagataaagc aaaaacatgg tggaaacaat ctacaggagg gcatttctat atagcttccc ctcccaaatc cattaacctt aagatcctaa aaaacactgc accaactgaa aatctttaga aaggtggagg tctcgaacaactgcagctgc caacttattc gtagcgggac cgttgaacgt atgctggaac cagggcaaat cattctctaa caggaaattc ctggagtctc ctaatgcaaa ctttagaaaa actctcctag atgatggaag tttttácagg caaatactgc aaacagatgc gtttacagaa tcaaactctc cctctaccaa aagagaacag aatcttacat cagaactcca gagctgtgtt ttgatctttc gtatcgttgc caaatcctaa tgagcgagaa tttaccaaaa acacaagtga ggtacatggg ggacattcga actctatctt tgttgaataa gaactttctt gaacttcagt gtaagatagt ctgagtactc agcaacatgg aacatgatac atttaggatg cttctaaacg tcacagaaat ttcctgtggg agcttgcátt tcttacaatg tggtggagcc tccaggaatc taatggtgga atccgggaat aacggcggat tgccccggtc actagcagcc tgctgataca taagaaaggc tatctctgag actagatgct cttacatgct caaagcaaac tgcttcccta aggtgtagta ttgtcagttc acaaggagga ctcctatatt agcgggagga caatacagce tattaaagat tcgattttca tacacccagt cggttctttt cgtttccatt cgctatctac aaataacgtt caactatggg cattttaacc taaccaaggt tctacaagcc aaaaacaggt taatccatat cccacagaat cgtagtctct atctaaccaa cagtatgggg cacgacctct aaggatttct caaagttttc ccctatgtta cgtccaagtc aacctggaca tacctatcgt aggctcccaa tgcccgcttc agctcaacaa tgccatcgat ggggaaaacc ttaccaagct ttgggcactt aacaacactt gttagcggat gatcactgtc cgattacgat atgcgctgtc agcctacatg
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3720
3780
3840
3900
3960
4020
4080
4140
4200
4260
4320
4380
4440
4500
4560
4620
4680
4740
4800
4860
4920
4980
5040 • · · · · ·
20Ó ccttctatct ggtcaagtta ctatatcttg acgctatcgc acagaaataa tctgcggagt gtcccttctg aaatgactag tcctgtctgt gccaactaga gactctctac ctgcggtgct aaatatcggg acctctgcta ggaaactata cgcatgatct tattgtcttc gagcagaata ctatcgatgt tctaa gaatgaagct cagtactcaa aggcatgtat
5100
5160
5220
5265 <210> 175 <211> 880 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<22i>—varianta_-<222> (1) . . .(880) <223> xaa = jakákoliv aminokyselina <400> 175
| Ala 1 | Ile | Met | Arg | Pro 5 | Asp | His | Met | Asn | Phe 10 | Cys | Cys | Leu | Cys | Ala 15 | Ala |
| Ile | Leu | Ser | Ser 20 | Thr | Ala | Val | Leu | Phe 25 | Gly | Gin | Asp | Pro | Leu 30 | Gly | Glu |
| Thr | Ala | Leu 35 | Leu | Thr | Lys | Asn | Pro 40 | Asn | His | Val | Val | Cys 45 | Thr | Phe | Phe |
| Glu | Asp 50 | Cys | Thr | Met | Glu | Ser 55 | Leu | Phe | Pro | Ala | Leu 60 | Cys | Ala | His | Ala |
| Ser 65 | Gin | Asp | Asp | Pro | Leu 70 | Tyr | Val | Leu | Gly | Asn 75 | Ser | Tyr | Cys | Trp | Phe 80 |
| Val | Ser | Lys | Leu | His 85 | Ile | Thr | Asp | Pro | Lys 90 | Glu | Ala | Leu | Phe | Lys 95 | Glu |
| Lys | Gly Asp | Leu 100 | Ser | Ile | Gin | Asn | Phe 105 | Arg | Phe | Leu | Ser | Phe 110 | Thr | Asp | |
| Cys | Ser | Ser 115 | Lys | Glu | Ser | Ser | Pro 120 | Ser | Ile | Ile | His | Gin 125 | Lys | Asn | Gly |
| Gin | Leu 130 | Ser. | Leu | Arg | Asn | Asn 135 | Gly | Ser | Met | Ser | Phe 140 | Cys | Arg | Asn | His |
| Ala 145 | Glu | Gly | Ser | Gly Gly 150 | Ala | Ile | Ser | Ala | Asp 155 | Ala | Phe | Ser | Leu | Gin 160 | |
| His | Asn | Tyr | Leu | Phe 165 | Thr | Ala | Phe | Glu | Glu 170 | Asn | Ser | Ser | Lys | Gly 175 | Asn |
| Gly Gly | Ala | Ile 180 | Gin | Ala | Gin | Thr | Phe 185 | Ser | Leu | Ser | Arg | Asn 190 | Val | Ser | |
| Pro | Ile | Ser 195 | Phe | Ala | Arg | Asn | Arg 200 | Ala | Asp | Leu | Asn | Gly Gly 205 | Ala | Ile | |
| Cys | Cys 210 | Ser | Asn | Leu | Ile | Cys 215 | Ser | Gly | Asn | Val | Asn 220 | Pro | Leu | Phe | Phe |
| Thr 225 | Gly | Asn | Ser | Ala | Thr 230 | Asn | Gly Gly | Ala | Ile 235 | Cys | Cys | Ile | Ser | Asp 240 | |
| Leu | Asn | Thr | Ser | Glu 245 | Lys | Gly | Ser | Leu | Ser 250 | Leu | Ala | Cys | Asn | Gin 255 | Glu |
| Thr | Leu | Phe | Ala 260 | Ser | Asn | Ser | Ala | Lys 265 | Glu | Lys | Gly Gly | Ala 270 | Ile | Tyr | |
| Ala | Lys | His 275 | Met | Val | Leu | Arg | Tyr 280 | Asn | Gly | Pro | Val | Ser 285 | Phe | Ile | Asn |
| Asn | Ser 290 | Ala | Lys | Ile | Gly | Gly. 295 | Ala | Ile | Ala | Ile | Gin 300 | Ser | Gly | Gly | Ser |
| Leu 305 | Ser | Ile | Leu | Ala | Gly 310 | Glu | Gly | Ser | Val | Leu 315 | Phe | Gin | Asn | Asn | Ser 320 |
• · ··· ·
201
| Ile | Gly | Ile | Thr | Phe | Glu | Lys | Lys | Ser | Gin | Lys | Thr | Arg | Thr | Tyr | Tyr |
| 785 | 790 | 795 | 800 | ||||||||||||
| Tyr | Phe | Leu | Gly | Ala | Tyr | Ile | Gin | Asp | Leu | Lys | Arg | Asp | Val | Glu | Ser |
| 805 | 810 | 815 | |||||||||||||
| Gly | Pro | Val | Val | Leu | Leu | Lys | Asn | Ala | Val | Ser | Trp | Asp | Ala | Pro | Met |
| 820 | 825 | 830 | |||||||||||||
| Ala | Asn | Leu | Asp | Ser | Arg | Ala | Tyr | Met | Phe | Arg | Leu | Thr | Asn | Gin | Arg |
| 835 | 840 | 845 | |||||||||||||
| Ala | Leu | His | Arg | Leu | Gin | Thr | Leu | Leu | Asn | Val | Ser | Cys | Val | Leu | Arg |
| 850 | 855 | 860 | |||||||||||||
| Gly | Gin | Ser | His | Ser | Tyr | Ser | Leu | Asp | Leu | Gly | Thr | Thr | Tyr | Arg | Phe |
| 865 | 870 | 875 | 880 |
<210> 176___ -___ <211> 982 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<22i> varianta.
<222> (1)...(982) <223> xaa = jakákoliv aminokyselina <400> 176
| Met 1 | Ile | Pro | Gin | Gly 5 | Ile | Tyr | Asp | Gly | Glu 10 | Thr | Leu | Thr | Val | Ser 15 | Phe |
| Pro | Tyr | Thr | Val 20 | Ile | Gly | Asp | Pro | Ser 25 | Gly | Thr | Thr | Val | Phe 30 | Ser | Ala |
| Gly | Glu | Leu 35 | Thr | Leu | Lys | Asn | Leu 40 | Asp | Asn | Ser | Ile | Ala 45 | Ala | Leu | Pro |
| Leu | Ser 50 | Cys | Phe | Gly | Asn | Leu 55 | Leu | Gly | Ser | Phe | Thr 60 | Val | Leu | Gly Arg | |
| Gly 65 | His | Ser | Leu | Thr | Phe 70 | Glu | Asn | Ile | Arg | Thr 75 | Ser | Thr | Asn | Gly | Ala 80 |
| Ala | Leu | Ser | Asn | Ser 85 | Ala | Ala | Asp | Gly | Leu 90 | Phe | Thr | Ile | Glu | Gly 95 | Phe |
| Lys | Glu | Leu | Ser 100 | Phe | Ser | Asn | Cys | Asn 105 | Ser | Leu | Leu | Ala | Val 110 | Leu | Pro |
| Ala | Ala | Thr 115 | Thr | Asn | Lys | Gly | Ser 120 | Gin | Thr | Pro | Thr | Thr 125 | Thr | Ser | Thr |
| Pro | Ser 130 | Asn | Gly | Thr | Ile | Tyr 135 | Ser | Lys | Thr | Asp | Leu 140 | Leu | Leu | Leu | Asn |
| Asn 145 | Glu | Lys | Phe | Ser | Phe 150 | Tyr | Ser | Asn | Leu | Val 155 | Ser | Gly Asp | Gly Gly 160 | ||
| Ala | Ile | Asp | Ala | Lys 165 | Ser | Leu | Thr | Val | Gin 170 | Gly | Ile | Ser | Lys | Leu 175 | Cys |
| Val | Phe | Gin | Glu 180 | Asn | Thr | Ala | Gin | Ala 185 | Asp | Gly Gly Ala | Cys 190 | Gin | Val | ||
| Val | Thr | Ser 195 | Phe | Ser | Ala | Met | Ala 200 | Asn | Glu | Ala | Pro | Ile 205 | Ala | Phe | Val |
| Ala | Asn 210 | Val | Ala | Gly | Val | Arg 215 | Gly | Gly | Gly | Ile | Ala 220 | Ala | Val | Gin | Asp |
| Gly 225 | Gin | Gin | Gly | Val | Ser 230 | Ser | Ser | Thr | Ser | Thr 235 | Glu | Asp | Pro | Val | Val 240 |
| Ser | Phe | Ser | Arg | Asn 245 | Thr | Ala | Val | Glu | Phe 250 | Asp | Gly | Asn | Val | Ala 255 | Arg |
| Val | Gly Gly | Gly 260 | Ile | Tyr | Ser | Tyr | Gly 265 | Asn | Val | Ala | Phe | Leu 270 | Asn | Asn |
• ·
202
| Gly Lys Thr Leu Phe 275 | Leu Asn Asn Val Ala Ser Pro Val Tyr Ile Ala | |
| 280 | 285 | |
| Ala Lys Gin Pro Thr | Ser Gly Gin Ala Ser | Asn Thr Ser Asn Asn Tyr |
| 290 | 295 | 300 |
| Gly Asp Gly Gly Ala | Ile Phe Cys Lys Asn | Gly Ala Gin Ala Gly Ser |
| 305 | 310 | 315 320 |
| Asn Asn Ser Gly Ser | Val Ser Phe Asp Gly | Glu Gly Val Val Phe Phe |
| 325 | 330 | 335 |
| Ser Ser Asn Val Ala | Ala Gly Lýs Gly Gly | Ala Ile Tyr Ala Lys Lys |
| 340 | 345 | 350 |
| Leu Ser Val Ala Asn | Cys Gly Pro Val Gin | Phe Leu Arg Asn Ile Ala |
| 355 | 360 | 365 |
| Ásn Asp Gly Gly Ala | Ile Tyr Leu Gly Glu | Ser Gly Glu Leu Ser Leu |
| 370 | 375 | 380 |
| Ser Ala Asp Tyr Gly Asp Ile Ile Phe Asp | Gly Asn Leu Lys Arg Thr | |
| 385 | 390 | 395 * 400 |
| Ala Lys Glu Asn Ala | Ala Asp Val Asn Gly | Val Thr Val Ser Ser Gin |
| 405 | 410 | 415 |
| Ala Ile Ser Met Gly | Ser Gly Gly Lys Ile | Thr Thr Leu Arg Ala Lys |
| 420 | 425 | 430 |
| Ala Gly His Gin Ile | Leu Phe Asn Asp Pro | Ile Glu Met Ala Asn Gly |
| 435 | 440 | 445 |
| Asn Asn Gin Pro Ala | Gin Ser Ser Lys Leu | Leu Lys Ile Asn Asp Gly |
| 450 | 455 | 460 * |
| Glu Gly Tyr Thr Gly | Asp Ile Val Phe Ala | Asn Gly Ser Ser Thr Leu |
| 465 | 470 | 475 < - 480 |
| Tyr Gin Asn Val Thr | Ile Glu Gin Gly Arg | Ile Val Leu Arg Glu Lys |
| 485 | 490 | 495 |
| Ala Lys Leu Ser Val | Asn Ser Leu Ser Gin | Thr Gly Gly Ser Leu Tyr |
| 500 | 505 | 510 |
| Met Glu Ala Gly Ser | Thr Leu Asp Phe Val | Thr Pro Gin Pro Pro Gin |
| 515 | 520 | 525 |
| Gin Pro Pro Ala Ala | Asn Gin Leu Ile Thr | Leu Ser Asn Leu His Leu |
| 530 | 535 | 540 |
| Ser Leu Ser Ser Leu | Leu Ala Asn Asn Ala | Val Thr Asn Pro Pro Thr |
| 545 | 550 | 555 560 |
| Asn Pro Pro Ala Gin | Asp Ser His Pro Ala | Val Ile Gly Ser Thr Thr |
| 565 | 570 | 575 |
| Ala Gly Ser Val Thr | Ile Ser Gly Pro Ile | Phe Phe Glu Asp Leu Asp |
| 580 | 585 | 590 |
| Asp Thr Ala Tyr Asp | Arg Tyr Asp Trp Leu | Gly Ser Asn Gin Lys Ile |
| 595 | 600 | 605 |
| Asn Val Leu Lys Leu | Gin Leu Gly Thr Lys | Pro Pro Ala Asn Ala Pro |
| 610 | 615 | 620 |
| Ser Asp Leu Thr Leu | Gly Asn Glu Met Pro | Lys Tyr Gly Tyr Gin Gly |
| 625 | 630 | 635 640 |
| Ser Trp Lys Leu Ala | Trp Asp Pro Asn Thr | Ala Asn Asn Gly Pro Tyr |
| 645 | 650 | 655 |
| Thr Leu Lys Ala Thr | Trp Thr Lys Thr Gly Tyr Asn Pro Gly Pro Glu | |
| 660 | 665 | 670 |
| Arg Val Ala Ser Leu | Val Pro Asn Ser Leu | Trp Gly Ser Ile Leu Asp |
| 675 | 680 | 685 |
| Ile Arg Ser Ala His | Ser Ala Ile Gin Ala | Ser Val Asp Gly Arg Ser |
| 690 | 695 | 700 |
| Tyr Cys Arg Gly Leu | Trp Val Ser Gly Val | Ser Asn Phe Phe Tyr His |
| 705 | 710 | 715 720 |
| Asp Arg Asp Ala Leu | Gly Gin Gly Tyr Arg | Tyr Ile Ser Gly Gly Tyr |
| 725 | 730 | 735 |
• ·
203 • · · · • · • · · • ·
| Ser | Leu | Gly | Ala | Asn | Ser | Tyr | Phe | Gly | Ser | Ser | Met | Phe | Gly | Leu | Ala |
| 740 | 745 | 750 | |||||||||||||
| Phe | Thr | Glu | Val | Phe | Gly Arg | Ser | Lys | Asp | Tyr | Val | Val | Cys | Arg | Ser | |
| 755 | 760 | 765 | |||||||||||||
| Asn | His | His | Ala | Cys | Ile | Gly | Ser | Val | Tyr | Leu | Ser | Thr | Gin | Gin | Ala |
| 770 | 775 | 780 | |||||||||||||
| Leu | Cys | Gly | Ser | Tyr | Leu | Phe | Gly Asp | Ala | Phe | Ile | Arg | Ala | Ser | Tyr | |
| 785 | 790 | 795 | 800 | ||||||||||||
| Gly | Phe | Gly | Asn | Gin | His | Met | Lys | Thr | Ser | Tyr | Thr | Phe | Ala | Glu | Glu |
| 805 | 810 | 815 | |||||||||||||
| Ser | Asp | Val | Arg | Trp | Asp | Asn | Asn | Cys | Leu | Ala | Gly | Glu | Ile | Gly | Ala |
| 820 | 825 | 830 | |||||||||||||
| Gly | Leu | Pro | Ile | Val | Ile | Thr | Pro | Ser | Lys | Leu | Tyr | Leu | Asn | Glu | Leu |
| 835 | 840 | 845 | |||||||||||||
| Arg | Pro | Phe | Val | Gin | Ala | Glu | Phe | Ser | Tyr | Ala | Asp | His | Glu | Ser | Phe |
| 850 | 855 | 860 | |||||||||||||
| Thr | Glu | Glu | Gly Asp | Gin | Ala | Arg | Ala | Phe | Lys | Ser | Gly | His | Leu | Leu | |
| 865 | 870 | 875 | 880 | ||||||||||||
| Asn | Leu | Ser | Val | Pro | Val | Gly | Val | Lys | Phe | Asp | Arg | Cys | Ser. | Ser | Thr |
| 885 | 890 | 895 | |||||||||||||
| His | Pro | Asn | Lys | Tyr | Ser | Phe | Met | Ala | Ala | Tyr | Ile | Cys | Asp | Ala | Tyr |
| 900 | 905 | 910 | |||||||||||||
| Arq | Thr | Ile | Ser | Gly | Thr | Glu | Thr | Thr | Leu | Leu | Ser | His | Gin | Glu | Thr |
| 915 | 920 | 925 | |||||||||||||
| Trp | Thr | Thr | Asp | Ala | Phe | His | Leu | Ala | Arg | His | Gly | Val | Val | Val | Arg |
| 930 | 935 | 940 | |||||||||||||
| Gly | Ser | Met | Tyr | Ala | Ser | Leu | Thr | Ser | Asn | Ile | Glu | Val | Tyr | Gly | His |
| 945 | 950 | 955 | 960 | ||||||||||||
| Gly | Arg | Tyr | Glu | Tyr | Arg | Asp | Ala | Ser | Arg | Gly Tyr Gly | Leu | Ser | Ala | ||
| 965 | 970 | 975 | |||||||||||||
| Gly | Ser | Lys | Val | Xaa | Phe |
<210> 177 <211> 964 <212> PRT <213> Chlamydia
| Met | Lys | Lys | Ala | Phe | Phe | Phe | Phe | Leu | Ile | Gly | Asn | Ser | Leu | Ser | Gly |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Leu | Ala | Arg | Glu | Val | Pro | Ser | Arg | Ile | Phe | Leu | Met | Pro | Asn | Ser | Val |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Pro | Asp | Pro | Thr | Lys | Glu | Ser | Leu | Ser | Asn | Lys | Ile | Ser | Leu | Thr | Gly |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Asp | Thr | His | Asn | Leu | Thr | Asn | Cys | Tyr | Leu | Asp | Asn | Leu | Arg | Tyr | Ile |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Leu | Ala | Ile | Leu | Gin | Lys | Thr | Pro | Asn | Glu | Gly | Ala | Ala | Val | Thr | Ile |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Thr | Asp | Tyr | Leu | Ser | Phe | Phe | Asp | Thr | Gin | Lys | Glu | Gly | Ile | Tyr | Phe |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Ala | Lys | Asn | Leu | Thr | Pro | Glu | Ser | Gly | Gly | Ala | Ile | Gly | Tyr | Ala | Ser |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| Pro | Asn | Ser | Pro | Thr | Val | Glu | Ile | Arg | Asp | Thr | Ile | Gly | Pro | Val | Ile |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| Phe | Glu | Asn | Asn | Thr | Cys | Cys | Arg | Leu | Phe | Thr | Trp Arg | Asn | Pro | Tyr | |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||||
| Ala | Ala | Asp | Lys | Ile | Arg | Glu | Gly Gly | Ala | Ile | His | Ala | Gin | Asn | Leu |
• ·
204
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Tyr | He | Asn | His | Asn | His | Asp | Val | Val | Gly | Phe | Met | Lys | Asn | Phe | Ser |
| Tyr | Val | Gin | Gly | 165 Gly | Ala | Ile | Ser | Thr | 170 Ala | Asn | Thr | Phe | Val | 175 Val | Ser |
| Glu | Asn | Gin | 180 Ser | Cys | Phe | Leu | Phe | 185 Met | Asp | Asn | Ile | Cys | 190 Ile | Gin | Thr |
| Asn | Thr | 195 Ala | Gly | Lys | Gly | Gly | 200 Ala | Ile | Tyr | Ala | Gly | 205 Thr | Ser | Asn | Ser |
| Phe | 210 Glu | Ser | Asn | Asn | Cys | 215 Asp | Leu | Phe | Phe | Ile | 220 Asn | Asn | Ala | Cys | Cys |
| 225 Ala | Gly | Gly | Ala | Ile | 230 Phe | Ser | Pro | Ile | Cys | 235 Ser | Leu | Thr | Gly | Asn | 240 Arg |
| Gly | Asn | Ile | Val | 245 Phe | Tyr | Asn | Asn | Arg | 250 Cys | Phe | Lys | Asn | Val | 255 Glu | Thr |
| Ala | Ser | Ser | 260 Glu | Ala | Ser | Asp | .265 Gly Gly | Ala | Ile | Lys | Val | 270 Thr | Thr | Arg | |
| Leu | Asp | 275 Val | Thr | Gly | Asn | Arg | 280 Gly Arg | Ile | Phe | Phe | 285 Ser | Asp | Asn | Ile | |
| Thr | 290 Lys | Asn | Tyr | Gly Gly | 295 Ala | Ile | Tyr | Ala | Pro | 300 Val | Val | Thr | Leu | Val | |
| 305 Asp | Asn | Gly | Pro | Thr | 310 Tyr | Phe | Ile | Asn | Asn | 315 Ile | Ala | Asn | Asn | Lys | 320 Gly |
| Gly | Ala | Ile | Tyr | 325 Ile | Asp | Gly | Thr | Ser | 330 Asn | Ser | Lys | Ile | Ser | 335 Ala | Asp |
| Arg | His | Ala | 340 Ile | Ile | Phe | ASn | Glu | 345 Asn | Ile | Val | Thr | Asn | 350 Val | Thr | Asn |
| Ala | Asn | 355 Gly | Thr | Ser | Thr | Ser | 360 Ala | Asn | Pro | Pro | Arg | 365 Arg | Asn | Ala | Ile |
| Thr | 370 Val | Ala | Ser | Ser | Ser | 375 Gly | Glu | Ile | Leu | Leu | 380 Gly | Ala | Gly | Ser | Ser |
| 385 Gin | Asň | Leu | Ile | Phe | 390 Tyr | Asp | Pro | Ile | Glu | 395 Val | Ser | Asn | Ala | Gly | 400 Val |
| Ser | Val | Ser | Phe | 405 Asn | Lys | Glu | Ala | Asp | 410 Gin | Thr | Gly | Ser | Val | 415 Val | Phe |
| Ser | Gly | Ala | 420 Thr | Val | Asn | Ser | Ala | 425 Asp | Phe | His | Gin | Arg | 430 Asn | Leu | Gin |
| Thr | Lys | 435 Thr | Pro | Ala | Pro | Leu | 440 Thr | Leu | Ser | Asn | Gly | 445 Phe | Leu | Cys | Ile |
| Glu | 450 Asp | His | Ala | Gin | Leu | 455 Thr | Val | Asn | Arg | Phe | 460 Thr | Gin | Thr | Gly Gly | |
| 465 Val | Val | Ser | Leu | Gly | 470 Asn | Gly | Ala | Val | Leu | 475 Ser | Cys | Tyr | Lys | Asn | 480 Gly |
| Thr | Gly Asp | Ser | 485 Ala | Ser | Asn | Ala | Ser | 490 Ile | Thr | Leu | Lys | His | 495 Ile | Gly | |
| Leu | Asn | Leu | 500 Ser | Ser | Ile | Leu | Lys | 505 Ser | Gly | Ala | Glu | Ile | 510 Pro | Leu | Leu |
| Trp | Val | 515 Glu | Pro | Thr | Asn | Asn | 520 Ser | Asn | Asn | Tyr | Thr | 525 Ala | Asp | Thr | Ala |
| Ala | 530 Thr | Phe | Ser | Leu | Ser | 535 Asp | Val | Lys | Leu | Ser | 540 Leu | Ile | Asp Asp | Tyr | |
| 545 Gly | Asn | Ser | Pro | Tyr | 550 Glu | Ser | Thr | Asp | Leu | 555 Thr | His | Ala | Leu | Ser | 560 Ser |
| Gin | Pro | Met | Leu | 565 Ser | Ile | Ser | Glu | Ala | 570 Ser | Asp | Asn | Gin | Leu | 575 Gin | Ser |
| Glu | Asn | Ile | 580 Asp | Phe | Ser | Gly | Leu | 585 Asn | Val | Pro | His | Tyr | 590 Gly | Trp | Gin |
| Gly | Leu | 595 Trp | Thr | Trp | Gly | Trp | 600 Ala | Lys | Thr | Gin | Asp | 605 Pro | Glu | Pro | Ala |
205 ·· ·· • · 9·9·
| 610 Ser Ser | Ala Thr | Ile | 615 Thr Asp Pro Gin | 620 Lys Ala Asn Arg Phe | His Arg |
| 62S Thr Leu | Leu Leu | Thr | 630 Trp Leu Pro Ala | 635 Gly Tyr Val Pro Ser | 640 Pro Lys |
| His Arg | Ser Pro | 645 Leu | Ile Ala Asn Thr | 650 Leu Trp Gly Asn Met | 655 Leu Leu |
| Ala Thr | 660 Glu Ser | Leu | 665 Lys Asn Ser Ala | 670 Glu Leu Thr Pro Ser | Gly His |
| Pro Phe | 675 Trp Gly | Ile | 680 Thr Gly Gly Gly | 685 Leu Gly Met Met Val | Tyr Gin |
| 690 Asp Pro | Arg Glu | Asn | 695 His Pro Gly Phe | 700 His Met Arg Ser Ser | Gly Tyr |
| 705 Ser Ala Gly Met | Ile | 710 Ala Glv Gin Thr | 715 His Thr Phe Ser Leu | 720 Lys Phe | |
| Ser Gin | Thr Tyr | 725 Thr | Lys Leu Asn Glu | 730 Arg Tyr Ala Lys Asn | 735 Asn Val |
| Ser Ser | 740 Lys Asn | Tyr | 745 Ser Cys Gin Gly | 750 Glu Met Leu Phe Ser | Leu Gin |
| Glu Gly | 755 Phe Leu | Leu | 760 Thr Lys Leu Val | 765 Gly Leu Tyr Ser Tyr | Gly Asp |
| 770 His Asn | Cys His | His | 775 Phe Tyr.Thr Gin | 780 Gly Glu Asn Leu Thr | Ser Gin |
| 785 Gly Thr | Phe Arg | Ser | 790 795 Gin Thr Met “Gly Gly Ala Val Phe Phe | 800 Asp Leu | |
| Pro Met | Lys Pro | 805 Phe | Gly Ser Thr His | 810 Ile Leu Thr Ala Pro | 815 Phe Leu |
| Gly Ala | 820 Leu Gly | Ile | •825 Tyr Ser Ser Leu | 830 Ser His Phe Thr Glu | Val Gly |
| Ala Tyr | 835 Pro Arg | Ser | 840 Phe Ser Thr Lys | 845 Thr Pro Leu Ile Asn | Val Leu |
| 850 Val Pro | Ile Gly | Val | 855 Lys Gly Ser Phe | 860 Met Asn Ala Thr His | Arg Pro |
| 865 Gin Ala | Trp Thr | Val | 870 Glu Leu Ala Tyr | 875 Gin Pro Val Leu Tyr | 880 Arg Gin |
| Glu Pro | Gly Ile | 885 Ala | Thr Gin Leu Leu | 890 Ala Ser Lys Gly Ile | 895 Trp Phe |
| Gly Ser | 900 Gly Ser | Pro | 905 Ser Ser Arg His | 910 Ala Met Ser Tyr Lys | Ile Ser |
| Gin Gin | 915 Thr Gin | Pro | 920 Leu Ser Trp Leu | 925 Thr Leu His Phe Gin | Tyr His |
| 930 Gly Phe | Tyr Ser | Ser | 935 Ser Thr Phe Cys | 940 Asn Tyr Leu Asn Gly | Glu Ile |
| 945 Ala Leu | Arg Phe | 950 | 955 | 960 |
| <210> 178 <211> 1530 <212> PRT <213> Chlamydia | |||||||||||||
| <400> 178 Met Ser Ser | Glu | Lys | Asp | Ile | Lys | Ser | Thr | Cys | Ser | Lys | Phe | Ser | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||
| Ser Val Val | Ala | Ala | Ile | Leu | Ala | Ser | Val | Ser | Gly | Leu | Ala | Ser | Cys |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||
| Val Asp Leu | His | Ala | Gly | Gly | Gin | Ser | val | Asn | Glu | Leu | Val | Tyr | Val |
40 45
206 ·· ···; · i · • · · . · · ·
| Gly | Pro 50 | Gin | Ala | Val | Leu | Leu 55 | Leu | Asp | Gin | ile Arg 60 | Asp | Leu | Phe | Val |
| Gly 65 | Ser | Lys | Asp | Ser | Gin 70 | Ala | Glu | Gly | Gin | Tyr Arg 75 | Leu | Ile | Val | Gly 80 |
| Asp | Pro | Ser | Ser | Phe 85 | Gin | Glu | Lys | Asp | Ala 90 | Asp Thr | Leu | Pro | Gly Lys 95 | |
| Val | Glu | Gin | Ser 100 | Thr | Leu | Phe | Ser | Val 105 | Thr | Asn Pro | Val | Val 110 | Phe | Gin |
| Gly | Val | Asp 115 | Gin | Gin | Asp | Gin | Val 120 | Ser | Ser | Gin Gly | Leu 125 | Ile | Cys | Ser |
| Phe | Thr 130 | Ser | Ser | Asn | Leu | Asp 135 | Ser | Pro | Arg | Asp Gly 140 | Glu | Ser | Phe | Leu |
| Gly 145 | Ile | Ala | Phe | Val | Gly Asp 150 | Ser | Ser | Lys | Ala Gly 155 | Ile | Thr | Leu | Thr 160 |
| Asp | Val Lys Ala | Ser Leu Ser Gly Ala Ala Leu Tyr Ser Thr Glu Asp | ||
| 165 | 170 | 175 | ||
| Leu | Ile Phe Glu | Lys Ile Lys Gly Gly | Leu Glu | Phe Ala Ser Cys Ser |
| 180 | 185 | 190 | ||
| Ser | Leu Glu Gin | Gly Gly Ala Cys Ala | Ala Gin | Ser Ile Leu Ile His |
| 195 | 200 | 205 | ||
| Asp | Cys Gin Gly | Leu Gin Val Lys His | Cys Thr | Thr Ala Val Asn Ala |
| 210 | 215 | 220 | ||
| Glu | Gly Ser Ser | Ala Asn Asp His Leu | Gly Phe | Gly Gly Gly Ala Phe |
| 225 | 230 | 235 | 240 | |
| Phe | Val Thr Gly | Ser Leu Ser Gly Glu | Lys Ser | Leu Tyr Met Pro Ala |
| 245 | 250 | 255 | ||
| Gly Asp Met Val | Val Ala Asn Cys Asp | Gly Ala. | sIle Ser Phe Glu Gly | |
| 260 | 265 | 270 | ||
| Asn | Ser Ala Asn | Phe Ala Asn Gly Gly | Ala Ile | Ala Ala Ser Gly Lys |
| 275 | 280 | 285 | ||
| Val | Leu Phe Val | Ala Asn Asp Lys Lys | Thr Ser | Phe Ile Glu Asn Arg |
| 290 | 295 | 300 | ||
| Ala | Leu Ser Gly Gly Ala Ile Ala Ala | Ser Ser | Asp Ile Ala Phe Gin | |
| 305 | 310 | 3X5 | 320 | |
| Asn | Cys Ala Glu | Leu Val Phe Lys Gly | Asn Cys | Ala Ile Gly Thr Glu |
| 325 | 330 | 335 | ||
| Asp | Lys Gly Ser | Leu Gly Gly Gly Ala | Ile Ser | Ser Leu Gly Thr Val |
| 340 | 345 | 350 | ||
| Leu | Leu Gin Gly | Asn His Gly Ile Thr | Cys Asp | Lys Asn Glu Ser Ala |
| 355 | 360 | 365 | ||
| Ser | Gin Gly Gly | Ala Ile Phe Gly Lys | Asn Cys | Gin Ile Ser Asp Asn |
| 370 | 375 | 380 | ||
| Glu | Gly Pro Val | Val Phe Arg Asp Ser | Thr Ala | Cys Leu Gly Gly Gly |
| 385 | 390 | 395 | 400 | |
| Ala | Ile Ala Ala | Gin Glu Ile Val Ser | Ile Gin | Asn Asn Gin Ala Gly |
| 405 | 410 | 415 | ||
| Ile | Ser Phe Glu | Gly Gly Lys Ala Ser | Phe Gly Gly Gly Ile Ala Cys | |
| 420 | 425 | 430 | ||
| Gly | Ser Phe Ser | Ser Ala Gly Gly Ala | Ser Val | Leu Gly Thr Ile Asp |
| 435 | 440 | 445 | ||
| le | Ser Lys Asn | Leu Gly Ala Ile Ser | Phe Ser Arg Thr Leu Cys Thr | |
| 450 | 455 | .460 | ||
| Ser Asp Leu | Gly Gin Met Glu Tyr | Gin Gly Gly Gly Ala Leu Phe | ||
| 4C 5 | 470 | 475 | 480 | |
| Gly | Glu Asn Ile | Ser Leu Ser Glu Asn | Ala Gly Val Leu Thr Phe Lys | |
| 485 | 490 | 495 | ||
| Asp | Asn Ile Val | Lys Thr Phe Ala Ser | Asn Gly Lys Ile Leu Gly Gly | |
| 500 | 505 | 510 |
207 ·· ··*· » » » · • * · • · · » · * · • · · e 44 ····
| Gly Ala Ile Leu Ala Thr Gly Lys Val Glu Ile Thr Asn Asn Ser Gly | |||
| 515 | 520 | 525 | |
| Gly Ile | Ser | Phe Thr Gly Asn Ala Arg | Ala Pro Gin Ala Leu Pro Thr |
| 530 Gin Glu | Glu | 535 Phe Pro Leu Phe Ser Lys | 540 Lys Glu Gly Arg Pro Leu Ser |
| 545 Ser Gly Tyr | 550 Ser Gly Gly Gly Ala Ile | 555 560 Leu Gly Arg Glu Val Ala Ile | |
| Leu His | Asn | 565 Ala Ala Val Val Phe Glu | 570 575 Gin Asn Arg Leu Gin Cys Ser |
| Glu Glu | Glu | 580 585 Ala Thr Leu Leu Gly Cys | 590 Cys Gly Gly Gly Ala Val His |
| Gly Met | 595 Asp | 600 Ser Thr Ser Ile Val Gly | 605 Asn Ser Ser Val Arg Phe Gly |
| 610 Asn Asn | Tyr | -- 615- Ala Met Gly Gin Gly Val | --620 Ser Gly Gly Ala Leu Leu Ser |
| 625 Lys Thr, | Val | 630 Gin Leu Ala Gly Asn Gly | 635 640 Ser Val Asp Phe Ser Arg Asn |
| Ile Ala | Ser | 645 Leu Gly Gly Gly Ala Leu | 650 655 Gin Ala Ser Glu Gly Asn Cys |
| Glu Leu | Val | 660 665 Asp Asn Gly Tyr Val Leu | 670 Phe Arg Asp Asn Arg Gly Arg |
| Val Tyr | 675 680 Gly Gly Ala Ile Ser Cys Leu | 685 Arg Gly Asp Val Val Ile Ser | |
| 690 Gly Asn | Lys | 695 Gly Arg Val Glu Phe Lys | 700 Asp Asn Ile Ala Thr Arg Leu |
| 705 Tyr Val | Glu | 710 Glu Thr Val Glu Lys Val | 715 ' 720 Glu Glu Val Glu Pro Ala Pro |
| Glu Gin | Lys | 725 Asp Asn Asn Glu Leu Ser | 730 735 Phe Leu Gly Ser Val Glu Gin |
| Ser Phe | Ile | 740 745 Thř Ala Ala Asn Gin Ala | 750 Leu Phe Ala Ser Glu Asp Gly |
| Asp Leu | 755 Ser | 760 Pro Glu Ser Ser Ile Ser | 765 Ser Glu Glu Leu Ala Lys Arg |
| 770 Arg Glu | Cys | 775 Ala Gly Gly Ala Ile Phe | 780 Ala Lys Arg Val Arg Ile Val |
| 785 Asp Asn | Gin | 790 Glu Alh Val Val Phe Ser | 795 800 Asn Asn Phe Ser Asp Ile Tyr |
| Gly Gly | Ala | 805 Ile Phe Thr Gly Ser Leu | 810 815 Arg Glu Glu Asp Lys Leu Asp |
| Gly Gin | Ile | 820 825 Pro Glu Val Leu iíe Ser | 830 Gly Asn Ala Gly Asp Val Val |
| Phe Ser | 835 Gly | 840 Asn Ser Ser Lys Arg Asp | 845 'Glu His Leu Pro His Thr Gly |
| 850 Gly Gly | Ala | 855 Ile Cys Thr Gin Asn Leu | 860 Thr Ile Ser Gin Asn Thr Gly |
| 865 Asn Val | Leu | 870 Phe Tyr Asn Asn Val Ala | 875 880 Cys Ser Gly Gly Ala Val Arg |
| Ile Glu | Asp | 885 His Gly Asn Val Leu Leu | 890 895 Glu Ala Phe Gly Gly Asp Ile |
| Val Phe | Lys | 900 905 Gly Asn Ser Ser Phe Arg | 910 Ala Gin Gly Ser Asp Ala Ile |
| Tyr Phe | 915 920 Ala Gly Lys Glu Ser His Ile | 925 Thr Ala Leu Asn Ala Thr Glu | |
| 930 Gly His | Ala | 935 Ile Val Phe His Asp Ala | 940 Leu Val Phe Glu Asn Leu Lys |
| 945 Glu Arg | Lys | 950 Ser Ala Glu Val Leu Leu | 955 960 Ile Asn Ser Axg Glu Asn Pro |
965 970 975
G5/3X/2UVŽ JLJiQť fAJ. X 4.W vwo.
·» ·«·«
9-9 η ·«
• · · · r *m *·· ··· • · ··« · · '208
| Gly Tyr Thr Gly Ser | Ile Arg Phe Leu Glu Ala Glu Ser Lys Val Pro | ||
| 980 | 985 | 990 | |
| Gin | Cys Ile His Val | Gin Gin Gly Ser | Leu Glu Leu Leu Asn Gly Ala |
| 995 | 1000 | 1005 | |
| Tiix | Leu Cys Ser Tyr | úly Phe Lys Qln | Asp Ala Gly Ala Lye Leu Val |
| loio | 1015 | 1020 | |
| Leu | Ala Ala Gly Ser | Lya Leu Lys Tle | Leu Asp Ser Gly Thr Pro Val |
| 1025 | 1030 | 1035 1040 | |
| Cla. | úly Bis Ala Ile | Ser Lys Pro Glu Ala Glu Ile Glu Ser Ser Ser | |
| 1045 | 1050 1055 | ||
| Glu | Pro Glu Gly Ala | His Ser Leu Trp | ile Ala Lys Asn Ala Gin Thr |
| 1060 | 1065 1070 | ||
| Thr | Val Pro Met Val | Asp Ile His Thr | Ile Ser Val Asp Leu Ala Ser |
1075 ioao 1085
-------Phe SgrSžf.Ser Gin Gin Glu Gly Thr Val Glu Ala Pro Gin Val Ile
1090 1095 --—11-00-------Val Pro Gly Gly Ser Tyr Val Arg ser Gly Glu Leu Asn Leu Glť. Leu
1105 1110 1115 1120
Val Asn Thr Thr Gly Thr Gly Tyr Glu Asn His Ala Leu Leu Lys. Asn
1125 1130 HIS
Glu Ala Lys Val Pro Leu Met Ser Phe Val Ala Ser Ser Asp Glu Ala
1140 1145 1150
Sex Ala Glu. Ile Ser Asn Leu Sex val Sex Asp Leu Glu ile His Val
1155 1160 1165
Ala Thr Pro Glu Ile Glu Glu Asp Thr Tyr Gly Bis Met Gly Asp Trp
1170 117S 1180
Ser Glu Ala Lys Ile Glu. Asp Gly Thr Leu Val Xle Asn Trp Asn Pro
1185 1190 1195 1200
Thr Gly Tyr Arg Leu Asp Pro Gin Lys Ala Gly Ala Leu Val Phe ass '
1205 1210 1215 '
Ala Leu Trp Glu Glu Gly Ala Val Leu Ser Ala Leu Lys Asn Ala Arg
1220 1225 1230
Phe Ala His Asn Leu Thr Ala Gin Arg Met Glu Phe Asp Tyr Ser Thr
1235 1240 1245
Asn Val Trp Gly Phe Ala Phe Gly Gly Phe Arg Thr Leu Ser Ala Glu
1250 1255 - 1260
Asn Leu Val Ala Ile Asp Gly Tyr Lys Gly Ala Tyr Gly Gly Ala Sex
1265 1270 1275 1280
Ala dy Val Asp Ile Gin Leu Met Glu Asp Phe Val Leu Gly Val Ser
1285 1290 1295
Gly Ala Ala Phe Leu Gly Lys Met Asp Sex Gin Lys Phe Asp Ala Glu
1300 1305 1310
Val Sex Arg Lys Gly Val Val Gly Ber Val Tyx Thr Gly Phe Leu Ala
1315 1320 1325
Gly Sex Txp Phe Phe Lys Gly Gin Tyr Ser Lesu Gly Glu Thr Gin Asn
1330 1335 1340
Asp Met Lys Thr Arg Tyr Gly Val Leu Gly Glu Ser Ser Ala Ser Trp
1345 1350 1355 1360
Thr Ser Arg Gly Val Leu Ala Asp Ala Leu Val Glu Tyr Arg Ser Leu
1365 1370 . 1375
Val Gly Pro Val Arg Pro Thr Phe Tyr Ala Leu Bis && Asn Pro Tyr
1380 1385 1390
Val Glu Val Ser Tyr Ala Ser Met Lys Phe Pro Gly Vhe Thr Glu Gin
1395 1400 1405
Gly Arg Glu Ala Arg Ser Phe Glu Asp Ala ser Leu Thr Asu Ile Thr
1410 1415 1420 ile Pro Leu úly Met Lys Phe Glu Leu Ala Phe Ile Lys Gly Gin Phe 1425 1430 1435 1440 • ··
209
| Ser Glu Val Asn Ser Leu Gly Ile Ser Tyr Ala Trp Glu Ala Tyr Arg | |||
| 1445 | 1450 | 1455 | |
| Lys Val Glu Gly | Gly Ala Val Gin | Leu Leu Glu Ala | Gly Phe Asp Trp |
| 1460 | 1465 | 1470 | |
| Glu Gly Ala Pro | Met Asp Leu Pro | Arg Gin Glu Leu | Arg Val Ala Leu |
| 1475 | 1480 | 1485 | |
| Glu Asn Asn Thr | Glu Trp Ser Ser | Tyr Phe Ser Thr | Val Leu Gly Leu |
| 1490 | 1495 | 1500 | |
| Thr Ala Phe Cys | Gly Gly Phe Thr | Ser Thr Asp Šer Lys Leu Gly Tyr | |
| 1505 | 1510 | 1515 | 1520 |
| Glu Ala Asn Thr | Gly Leu Arg Leu | Ile Phe | |
| 1525 | 1530 |
<210 >17 9----:—,-:-:--------;--—:-:-<211> 1776 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 179
| Ala Ile | Met Lys Phe 5 | Met Ser Ala Thr | Ala Val Phe Ala Ala Val Leu | |
| 10 | 15 | |||
| Ser Ser | Val Thr Glu 20 | Ala Ser Ser Ile 25 | Gin Asp Gin Ilě Lys 30 | Asn Thr |
| Asp Cys | Asn Val Ser 35 | Lys Val Gly Tyr 40 | Ser Thr Ser Gin Ala 45 | Phe Thr |
| Asp Met 50 | Met Leu Ala | Asp Asn Thr Glu 55 | Tyr Arg Ala Ala Asp 60 | Ser Val |
| Ser Phe 65 | Tyr Asp Phe | Ser Thr Ser Ser 70 | Gly Leu Pro Arg Lys 75 | His Leu 80 |
| Ser Ser | Ser Ser Glu 85 | Ala Ser Pra Thr | Thr Glu Gly Val Ser 90 | Ser Ser 95 |
| Ser Ser | Gly Glu Asn 100 | Thr Glu Asn Ser 105 | Gin Asp Ser Ala Pro 110 | Ser Ser |
| Gly Glu | Thr Asp Lys 115 | Lys Thr Glu Glu 120 | Glu Leu Asp Asn Gly Gly Ile 125 | |
| Ile Tyr 130 | Ala Arg Glu | Lys Leu Thr Ile 135 | Ser Glu Ser Gin Asp 140 | Ser Leu |
| Ser Asn 145 | Pro Ser Ile | Glu Leu His Asp 150 | Asn Ser Phe Phe Phe 155 | Gly Glu 160 |
| Gly Glu | Val Ile Phe 165 | Asp His Arg Val | Ala Leu Lys Asn Gly Gly Ala 170 175 | |
| Ile Tyr | Gly Glu Lys 180 | Glu Val Val Phe 185 | Glu Asn Ile Lys Ser 190 | Leu Leu |
| Val Glu | Val Asn Ile 195 | Ser Val Glu Lys 200 | Gly Gly Ser Val Tyr 205 | Ala Lys |
| Glu Arg 210 | Val Ser Leu | Glu Asn Val Thr 215 | Glu Ala Thr Phe Ser 220 | Ser Asn |
| Gly Gly 225 | Glu Gin Gly | Gly Gly Gly Ile 230 | Tyr Ser Glu Gin Asp 235 | Met Leu 240 |
| Ile Ser | Asp Cys Asn 245 | Asn Val His Phe | Gin Gly Asn Ala Ala 250 | Gly Ala 255 |
| Thr Ala | Val Lys Gin 260 | Cys Leu Asp Glu 265 | Glu Met Ile Val Leu 270 | Leu Thr |
| Glu Cys | Val Asp Ser 275 | Leu Ser Glu Asp 280 | Thr Leu Asp Ser Thr 285 | Pro Glu |
| Thr Glu 290 | Gin Thr Lys | Ser Asn Gly Asn 295 | Gin Asp Gly Ser Ser 300 | Glu Thr |
| Lyš Asp | Thr Gin Val | Ser Glu Ser Pro | Glu Ser Thr Pro Ser | Pro Asp |
• · • · ·· • · · · »
210
| 305 | 310 | 315 | 320 |
| Asp Val Leu Gly Lys | Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Glu Lys | Ser Leu Thr | |
| 325 | 330 | 335 | |
| Ile Thr Gly Ile Thr | Gly Thr | Ile Asp Phe Val Ser Asn | Ile Ala Thr |
| 340 | 345 | 350 | |
| Asp Ser Gly Ala Gly | Val Phe | Thr Lys Glu Asn Leu Ser | Cys Thr Asn |
| 355 | 360 365 | ||
| Thr Asn Ser Leu Gin | Phe Leu | Lys Asn Ser Ala Gly Gin | His Gly Gly |
| 370 | 375 | 380 | |
| Gly Ala Tyr Val Thr | Gin Thr | Met Ser Val Thr ASn Thr | Thr Ser Glu |
| 385 | 390 | 395 | 400 |
| Ser Ile Thr Thr Pro | Pro Leu | Val Gly Glu Val Ile Phe | Ser Glu Asn |
| 405 | 410 | 415 | |
| Thr Ala Lys Gly His | Gly Gly Gly Ile Cys Thr Asn Lys | Leu Ser Leu | |
| 420 | 425 | 430 | |
| Ser Asn Leu Lys Thr | Val Thr | Leu Thr Lys Asn Ser Ala | Lys Glu Ser |
| 435 | 440 445 | ||
| Gly Gly Ala Ile Phe | Thr Asp | Leu Ala Ser Ile Pro Thr | Thr Asp Thr |
| 450 | 455 | 460 | |
| Pro Glu Ser Ser Thr | Pro Ser | Ser Ser Ser Pro Ala Ser | Thr Pro Glu |
| 465 | 470 | 475 | 480 |
| Vál Val Ala Ser Ala | Lys Ile | Asn Arg Phe Phe Ala Ser | Thr Ala Glu |
| 485 | 490 | 495 | |
| Pro Ala Ala Pro Ser | Leu Thr | Glu Ala Glu Ser Asp Gin | Thr Asp Gin |
| 500 | 505 | 510 | |
| Thr Glu Thr Ser Asp | Thr Asn | Ser Asp Ile Asp Val Ser | Ile Glu Asn |
| 515 | 520 525 | ||
| Ile Leu Asn Val Ala | Ile Asn | Gin Asn Thr Ser Ala Lys | Lys Gly Gly |
| 530 | 535 | 540 | |
| Ala Ile Tyr Gly Lys | Lys Ala | Lys Leu Ser Arg Ile Asn | Asn Leu Glu |
| 545 | 550 | 555 | 560 |
| Leu Ser Gly Asn Ser | Ser Gin | Asp Val Gly Gly Gly Leu | Cys Leu Thr |
| 565 | 570 | 575 | |
| Glu Ser Val Glu Phe | Asp Ala | Ile Gly Ser Leu Leu Ser | His Tyr Asn |
| 580 | 585 ·. | 590 | |
| Sér Ala Ala Lys Glu | Gly Gly | Val Ile His Ser Lys Thr | Val Thr Leu |
| 595 | 600 605 | ||
| Ser Asn Leu Lys Ser | Thr Phe | Thr Phe Ala Asp Asn Thr | Val Lys Ala |
| 610 | 615 | 620 | |
| Ile Val Glu Ser Thr | Pro Glu | Ala Pro Glu Glu Ile Pro | Pro Val Glu |
| 625 | 630 | 635 | 640 |
| Gly Glu Glu Ser Thr | Ala Thr | Glu Asn Pro Asn Ser Asn | Thr Glu Gly |
| 645 | 650 | 655 | |
| Ser Ser Ala Asn Thr | Asn Leu | Glu Gly Ser Gin Gly Asp | Thr Ala Asp |
| 660 | 665 | 670 | |
| Thr Gly Thr Gly Val | Val Asn | Asn Glu Ser Gin Asp Thr | Ser Asp Thr |
| 675 | 680 685 | ||
| Gly Asn Ala Glu Ser | Gly Glu | Gin Leu Gin Asp Ser Thr | Gin Ser Asn |
| 690 | 695 | 700 | |
| Glu Glu Asn Thr Leu | Pro Asn | Ser Ser Ile Asp Gin Sér | Asn Glu Asn |
| 705 | 710 | 715 | 720 |
| Thr Asp Glu Ser Ser | Asp Ser | His Thr Glu Glu Ile Thr | Asp Glu Ser |
| 725 | 730 | 735 | |
| Val Ser Ser Ser Ser | Lys Ser | Gly Ser Ser Thr Pro Gin | Asp Gly Gly |
| 740 | 745 | 750 | |
| Ala Ala Ser Ser Gly Ala Pro | Ser Gly Asp Gin Ser Ile | Ser Ala Asn | |
| 755 | 760 765 | ||
| Ala Cys Leu Ala Lys | Ser Tyr | Ala Ala Ser Thr Asp Ser | Ser Pro Val |
• ·.
211
| 770 | 775 | 780 | |||||||||||||
| Ser | Asn | Ser | Ser | Gly | Ser | Asp | Val | Thr | Ala | Ser | Ser | Asp | Asn | Pro | Asp |
| 785 | 790 | 795 | 800 | ||||||||||||
| Ser | Ser | Ser | Ser | Gly | Asp | Ser | Ala | Gly Asp | Ser | Glu | Gly | Pro | Thr | Glu | |
| 805 | 810 | 815 | |||||||||||||
| Pro | Glu | Ala | Gly | Ser | Thr | Thr | Glu | Thr | Pro | Thr | Leu | Ile | Gly Gly Gly | ||
| 820 | 825 | 830 | |||||||||||||
| Ala | Ile | Tyr | Gly | Glu | Thr | Val | Lys | Ile | Glu | Asn | Phe | Ser | Gly | Gin | Gly |
| 835 | 840 | 845 | |||||||||||||
| Ile | Phe | Ser | Gly | Asn | Lys | Ala | Ile | Asp | Asn | Thr | Thr | Glu | Gly | Ser | Ser |
| 850 | 855 | 860 | |||||||||||||
| Ser | Lys | Ser | Asn | Val | Leu | Gly | Gly | Ala | Val | Tyr | Ala | Lys | Thr | Leu | Phe |
| 865 | 870 | 875 | 880 | ||||||||||||
| Asn | LeuAsp | Ser | GlySer | Ser_Arg Arg | Thr | Val. | Thr | Phe | Ser | Gly Asn | |||||
| 885 | 890 | 895 | |||||||||||||
| Thr | Val | Ser | Ser | Gin | Ser | Thr | Thr | Gly | Gin | Val | Ala | Gly Gly | Ala | Ile | |
| 900 | 905 | 910 | |||||||||||||
| Tyr | Ser | Pro | Thr | Val | Thr | Ile | Ala | Thr | Pro | Val | Val | Phe | Ser | Lys | Asn |
| 915 | 920 | 925 | |||||||||||||
| Ser | Ala | Thr | Asn | Asn | Ala | Asn | Asn | Ala | Thr | Asp | Thr | Gin | Arg | Lys | Asp |
| 930 | 935 | 940 | |||||||||||||
| Thr | Phe | Gly Gly | Ala | Ile | Gly | Ala | Thr | Ser | Ala | Val | Ser | Leu | Ser | Gly | |
| 945 | 950 | 955 | 960 | ||||||||||||
| Gly | Ala | His | Phe | Leu | Glu | Asn | Val | Ala | Asp | Leu | Gly | Ser | Ala | Ile | Gly |
| 965 | 970 | 975 | |||||||||||||
| Leu | Val | Pro | Asp | Thr | Gin | Asn | Thr | Glu | Thr | Val | Lys | Leu | Glu | Ser | Gly |
| 980 | 985 | 990 | |||||||||||||
| Ser | Tyr | Tyr | Phe | Glu | Lys | Asn | Lys | Ala | Leu | Lys | Arg | Ala | Thr | Ile | Tyr |
| 995 | 1000 | 1005 | |||||||||||||
| Ala | Pro | Val | Val | Ser | Ile | Lys | Ala | Tyr | Thr | Ala | Thr | Phe | Asn | Gin | Asn |
| 1010 | 1015 | 1020 | |||||||||||||
| Arg | Ser | Leu | Glu | Glu | Gly | Ser | Ala | Ile | Tyr | Phe | Thr | Lys | Glu | Ala | Ser |
| 1025 | 1030 | 1035 | 1040 | ||||||||||||
| Ile | Glu | Ser | Leu | Gly | Ser | Val | Leu | Phe | Thr | Gly | Asn | Leu | Val | Thr | Pro |
| 1045 | 1050 | 1055 | |||||||||||||
| Thr | Leu | Ser | Thr | Thr | Thr | Glu | Gly | Thr | Pro | Ala | Thr | Thr | Ser | Gly Asp | |
| 1060 | 1065 | 1070 | |||||||||||||
| Val | Thr | Lys | Tyr | Gly | Ala | Ala | Ile | Phe Gly | Gin | Ile | Ala | Ser | Ser | Asn | |
| 1075 | 1080 | 1085 | |||||||||||||
| Gly | Ser | Gin | Thr | Asp | Asn | Leu | Pro | Leu Lys | Leu | Ile | Ala | Ser | Gly Gly | ||
| 1090 | 1095 | 1100 | |||||||||||||
| Asn | Ile | Cys | Phe | Arg | Asn | Asn | Glu | Tyr Arg | Pro | Thr | Ser | Ser | Asp Thr | ||
| 1105 | 1110 | 1115 | 1120 | ||||||||||||
| Gly | Thr | Ser | Thr | Phe | Cys | Ser | Ile | Ala Gly | Asp | Val | Lys | Leu | Thr | Met | |
| 1125 | 1130 | 1135 | |||||||||||||
| Gin | Ala | Ala | Lys | Gly | Lys | Thr | Ile | Ser | Phe | Phe | Asp | Ala | Ile | Arg | Thr |
| 1140 | 1145 | 1150 | |||||||||||||
| Ser | Thr | Lys | Lys | Thr | Gly | Thr | Gin | Ala | Thr | Ala | Tyr | Asp | Thr | Leu | Asp |
| 1155 | 1160 | 1165 | |||||||||||||
| Ile | Asn | Lys | Ser | Glu | Asp | Ser | Glu | Thr | Val | Asn | Ser | Ala | Phe | Thr | Gly |
| 1170 | 1175 | 1180 | |||||||||||||
| Thr | Ile | Leu | Phe | Ser | Ser | Glu | Leu | His | Glu | Asn | Lys | Ser | Tyr | Ile | Pro |
| 1185 | 1190 | 1195 | 1200 | ||||||||||||
| Gin | Asn | Val | Val | Leu | His | Ser | Gly | Ser | Leu | Val | Leu | Lys | Pro | Asn | Thr |
| 1205 | 1210 | 1215 | |||||||||||||
| Glu | Leu | His | Val | Ile | Ser | Phe | Glu | Gin | Lys Glu | Gly | Ser | Ser | Leu | Val | |
| 1220 | 1225 | 1230 | |||||||||||||
| Met | Thr | Pro | Gly | Ser | Val | Leu | Ser | Asn | Gin | Thr | Val | Ala | Asp Gly Ala |
212
1235 1240 1245
Leu Val Ile Asn Asn Met Thr Ile Asp Leu Ser Ser Val Glu Lys Asn
1250 1255 1260
Gly Ile Ala Glu Gly Asn Ile Phe Thr Pro Pro Glu Leu Arg Ile Ile
1265 1270 1275 1280
Asp Thr Thr Thr Ser Gly Ser Gly Gly Thr Pro Ser Thr Asp Ser Glu
1285 1290 1295
Ser Asn Gin Asn Ser Asp Asp Thr Lys Glu Gin Asn Asn Asn Asp Ala
1300 1305 1310
Ser Asn Gin Gly Glu Ser Ala Asn Gly Ser Ser Ser Pro Ala Val Ala
1315 1320 1325
Ala Ala His Thr Ser Arg Thr Arg Asn Phe Ala Ala Ala Ala Thr Ala
1330 1335 1340
Thr Pro Thr Thr Thr Pro Thr Ala Thr Thr Thr Thr Ser Asn Gin Val
1345 1350 1355 1360
Ile Leu Gly Gly Glu Ile Lys Leu Ile Asp Pro Asn Gly Thr Phe Phe
1365 1370 1375
Gin Asn Pro Ala Leu Arg Ser Asp Gin Gin Ile Ser Leu Leu Val Leu
1380 1385 1390
| Pro Thr Asp Ser Ser | Lys Met Gin Ala Gin Lys Ile Val Leu Thr Gly | ||
| 1395 | 1400 | 1405 | |
| Asp Ile | Ala Pro Gin | Lys Gly Tyr Thr Gly | Thr Leu Thr Leu Asp Pro |
| 1410 | 1415 | 1420 | |
| Asp Gin | Leu Gin Asn | Gly Thr Ile Ser Ala | Leu Trp Lys Phe Asp Ser |
| 1425 | 1430 | 1435 1440 | |
| Tyr Arg | Gin Trp Ala | Tyr-Val Pro Arg Asp | Asn His Phe Tyr Ala Asn |
| 1445 x 1450 1455 | |||
| Ser Ile | Leu Gly Ser | Gin Met Ser Met Val | Thr Val Lys Gin Gly Leu |
| 1460 | 1465 | 1470 | |
| Leu Asn | Asp Lys Met | Asn Leu Ala Arg Phe | Asp Glu Val Ser Tyr Asn |
| 1475 | 1480 | 1485 | |
| Asn Leu | Trp Ile Ser | Gly Leu Gly Thr Met | Leu Ser Gin Val Gly Thr |
| 1490 | 1495 | 1500 | |
| Pro Thr | Ser Glu Glu | Phe Thr Tyr Tyr Ser | Arg Gly Ala Ser Val Ala |
| 1505 | 1510 | 1515 1520 | |
| Leu Asp | Ala Lys Pro | Ala His Asp Val Ile | Val Gly Ala Ala Phe Ser |
| 1525 1530 1535 | |||
| Lys Met | Ile Gly Lys | Thř Lys Ser Leu Lys | Arg Glu Asn Asn Tyr Thr |
| 1540 | 1545 | 1550 | |
| His Lys | Gly Ser Glu | Tyr Ser Tyr Gin Ala | Ser Val Tyr Gly Gly Lys |
| 1555 | 1560 | 1565 | |
| Pro Phe | His Phe Val | Ile Asn Lys Lys Thr | Glu Lys Ser Leu Pro Leu |
| 1570 | 1575 | 1580 | |
| ,eu Leu | Gin Gly Val | Ile Ser Tyr Gly Tyr | Ile Lys His Asp Thr Val |
| 1585 | 1590 | 1595 1600 | |
| Thr His | Tyr Pro Thr | Ile Arg Glu Arg Asn | Gin Gly Glu Trp Glu Asp |
| 1605 1610 1615 | |||
| Leu Gly | Trp Leu Thr | Ala Leu Arg Val Ser | Ser Val Leu Arg Thr Pro |
| 1620 | 1625 | 1630 | |
| Ala Gin | Gly Asp Thr | Lys Arg Ile Thr Val | Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr |
| 1635 | 1640 | 1645 | |
| Ser Ser | Ile Arg Gin | Lys Gin Phe Thr Glu | Thr Glu Tyr Asp Pro Arg |
| 1650 | 1655 | 1660 | |
| Tyr Phe | Asp Asn Cys | Thr Tyr Arg Asn Leu | Ala Ile Pro Met Gly Leu |
| 1665 | 1670 | 1675 1680 | |
| Ala Phe | Glu Gly Glu | Leu Ser Gly Asn Asp | Ile Leu Met Tyr Asn Arg |
| 1685 1690 1695 | |||
| Phe Ser | Val Ala Tyr Met Pro Ser Ile Tyr Arg Asn Ser Pro Thr Cys |
'213
1700 1705 1710
Lys Tyr Gin Val Leu Ser Ser Gly Glu Gly Gly Glu Ile Ile Cys Gly
1715 1720 1725
Val Pro Thr Arg Asn Ser Ala Arg Gly Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr
1730 1735 1740
Pro Gly Pro Leu Trp Thr Leu Tyr Gly Ser Tyr Thr Ile Glu Ala Asp
1745 1750 1755 1760
Ala His Thr Leu Ala His Met Met Asn Cys Gly Ala Arg Met Thr Phe
| 1765 | 1770 | 1775 | ||
| <210> <211> <212> <213> | 180 1752 PRT Chlamvdia |
| <400> 180 | Ser Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala | Val Leu | Pro 15 | Ser | |||
| Met 1 | Lys | Trp Leu | |||||
| 5 | 10 | ||||||
| Val | Ser | Gly Phe 20 | Cys Phe Pro | Glu Pro Lys Glu Leu 25 | Asn Phe 30 | Ser | Arg |
| Val | Glu | Thr Ser 35 | Ser Ser Thr | Thr Phe Thr Glu Thr 40 | Ile Gly 45 | Glu | Ala |
| Gly | Ala 50 | Glu Tyr | Ile Val Sér 55 | Gly Asn Ala Ser Phe 60 | Thr Lys | Phe | Thr |
| Asn 65 | Ile | Pro Thr | Thr Asp Thr 70 | Thr Thr Pro Thr Asn 75 | Ser Asn | Ser | Ser 80 |
| Ser | Ser | Ser Gly | Glu Thr Ala 85 | Ser Val Ser Glu Asp 90 | Ser Asp | Ser 95 | Thr |
| Thr | Thr | Thr Pro 100 | Asp Pro Lys | Gly Gly Gly Ala Phe 105 | Tyr Asn 110 | Ala | His |
| Ser | Gly | Val Leu 115 | Ser Phe Met | Thr Arg Ser Gly Thr 120 | Glu Gly 125 | Ser | Leu |
| Thr | Leu 130 | Ser Glu | Ile Lys Met 135 | Thr Gly Glu Gly Gly 140 | Ala Ile | Phe | Ser |
| Gin 145 | Gly | Glu Leu | Leu Phe Thr 150 | Asp Leu Thr Ser Leu 155 | Thr Ile | Gin | Asn 160 |
| Asn | Leu | Ser Gin | Leu Ser Gly 165 | Gly Ala Ile Phe Gly Gly Ser 170 | Thr 175 | Ile | |
| Ser | Leu | Ser Gly 180 | Ile Thr Lys | Ala Thr Phe Ser Cys 185 | Asn Ser 190 | Ala | Glu |
| Val | Pro | Ala Pro 195 | Val Lys Lys | Pro Thr Glu Pro Lys 200 | Ala Gin 205 | Thr | Ala |
| Ser | Glu 210 | Thr Ser | Gly Ser Ser 215 | Ser Ser Ser Gly Asn 220 | Asp Ser | Val | Ser |
| Ser 225 | Pro | Ser Ser | Ser Arg Ala 230 | Glu Pro Ala Ala Ala 235 | Asn Leu | Gin | Ser 240 |
| His | Phe | Ile Cys | Ala Thr Ala 245 | Thr Pro Ala Ala Gin 250 | Thr Asp | Thr 255 | Glu |
| Thr | Ser | Thr Pro 260 | Ser His Lys | Pro Gly Ser Gly Gly 265 | Ala Ile 270 | Tyr | Ala |
| Lys | Gly Asp Leu 275 | Thr Ile Ala | Asp Ser Gin Glu Val 280 | Leu Phe 285 | Ser | Ile | |
| Asn | Lys 290 | Ala Thr | Lys Asp Gly 295 | Gly Ala Ile Phe Ala 300 | Glu Lys | Asp | Val |
| Ser 305 | Phe | Glu Asn | Ile Thr Ser 310 | Leu Lys Val Gin Thr 315 | Asn Gly | Ala | Glu 320 |
| Glu | Lys | Gly Gly | Ala Ile Tyr 325 | Ala Lys Gly Asp Leu 330 | Ser Ile | Gin 335 | Ser |
214
| Ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Asn Tyr Ser Lys Gin Gly Gly Gly | |||
| 340 | 345 | 350 | |
| Ala Leu Tyr 355 | Val Glu | Gly Gly Ile Asn Phe 360 | Gin Asp Leu Glu Glu Ile 365 |
| Arg Ile Lys 370 | Tyr Asn | Lys Ala Gly Thr Phe 375 | Glu Thr Lys Lys Ile Thr 380 |
| Leu Pro Ser 385 | Leu Lys | Ala Gin Ala Ser Ala 390 | Gly Asn Ala Asp Ala Trp 395 400 |
| Ala Ser Ser | Ser Pro 405 | Gin Ser Gly Ser Gly 410 | Ala Thr Thr Val Ser Asp 415 |
| Ser Gly Asp | Ser Ser 420 | Ser Gly Ser Asp Ser 425 | Asp Thr Ser Glu Thr Val 430 |
| Pro Val Thr 435 | Ala Lys | Gly Gly Gly Leu Tyr 440 | Thr Asp Lys Asn Leu Ser 445 |
| Ile Thr Asn 450 | Ile Thr Gly Ile Ile Glu Ile 455 | Ala Ásn Ásn Lys Ala Thr 460 | |
| Asp Val Gly 465 | Gly Gly Ala Tyr Val Lys Gly 470 | Thr Leu Thr Cys Glu Asn 475 480 | |
| Ser His Arg | Leu Gin 485 | Phe Leu Lys Asn Ser 490 | Ser Asp Lys Gin Gly Gly 495 |
| Gly Ile Tyr | Gly Glu 500 | Asp Asn Ile Thr Leu 505 | Ser Asn Leu Thr Gly Lys 510 |
| Thr Leu Phe 515 | Gin Glu | Asn Thr Ala Lys Glu 520 | Glu Gly Gly Gly Leu Phe 525 |
| Ile Lys Gly 530 | Thr Asp | Lys Ala Leu Thr Met 535 | Thr Gly Leu Asp Ser Phe 540 |
| Cys Leu Ile 545 | Asn Asn | Thr Ser Glu Lys His 550 | Gly Gly Gly Ala Phe Val 555 ' 560 |
| Thr Lys Glu | Ile Ser 565 | Gin Thr Tyr Thr Ser 570 | Asp Val Glu Thr Ile Pro 575 |
| Gly Ile Thr | Pro Val 580 | His Gly Glu Thr Val 585 | Ile Thr Gly Asn Lys Ser 590 |
| Thr Gly Gly 595 | Asn Gly | Gly Gly Val Cys Thr 600 | Lys Arg Leu Ala Leu Ser 605 |
| Asn Leu Gin 610 | Ser Ile | Ser Ile Ser Gly Asn 615 | Ser Ala Ala Glu Asn Gly 620 |
| Gly Gly Ala 625 | His Thr | Cys Pro Asp Ser Phe 630 | Pro Thr Ala Asp Thr Ala 635 640 |
| Glu Gin Pro | Ala Ala 645 | Ala Ser Ala Ala Thr 650 | Ser Thr Pro Lys Ser Alá 655 |
| Pro Val Ser | Thr Ala 660 | Leu Ser Thr Pro Ser 665 | Ser Ser Thr Val Ser Ser 670 |
| Leu Thr Leu 675 | Leu Ala | Ala Ser Ser Gin Ala 680 | Ser Pro Ala Thr Ser Asn 685 |
| Lys Glu Thr 690 | Gin Asp | Pro Asn Ala Asp Thr 695 | Asp Leu Leu Ile Asp Tyr 700 |
| Val Val Asp 705 | Thr Thr | Ile Ser Lys Asn Thr 710 | Ala Lys Lys Gly Gly Gly 715 720 |
| Ile Tyr Ala | Lys Lys 725 | Ala Lys Met Ser Arg 730 | Ile Asp Gin Leu Asn Ile 735 |
| Ser Glu Asn | Ser Ala 740 | Thr Glu Ile Gly Gly Gly Ile Cys Cys Lys Glu 745 750 | |
| Ser Leu Glu 755 | Leu Ásp | Ala Leu Val Ser Leu 760 | Ser Val Thr Glu Asn Leu 765 |
| Val Gly Lys 770 | Glu Gly | Gly Gly Leu His Ala 775 | Lys Thr Val Asn Ile Ser 780 |
| Asn Leu Lys 785 | Ser Gly | Phe Ser Phe Ser Asn 790 | Asn Lys Ala Asn Ser Ser 795 800 |
215
| Ser Thr Gly Val Ala | Thr | Thr Ala Ser | Ala Pro Ala Ala Ala Ala | Ala | ||
| 805 | 810 | 815 | ||||
| Ser Leu | Gin Ala Ala | Ala | Ala Ala Ala | Pro | Ser Ser Pro Ala Thr | Pro |
| 820 | 825 | 830 | ||||
| Thr Tyr | Ser Gly Val | Val | Gly Gly Ala | Ile | Tyr Gly Glu Lys Val | Thr |
| 835 | 840 | 845 | ||||
| Phe Ser | Gin Cys Ser | Gly | Thr Cys Gin | Phe | Ser Gly Asn Gin Ala | Ile |
| 850 | 855 | 860 | ||||
| Asp Asn | Asn Pro Ser | Gin | Sér Ser Leu | Asn | Val Gin Gly Gly Ala | Ile |
| 865 | 870 | 875 | 880 | |||
| Tyr Ala | Lys Thr Ser | Leu | Ser Ile Gly | Ser | Ser Asp Ala Gly Thr | Ser |
| 885 | 890 | 895 | ||||
| Tyr Ile | Phe Ser Gly | Asn | Ser Val Ser | Thr | Gly Lys Ser Gin Thr | Thr |
| ____:__ | 900 | 905 | 910 | |||
| Gly Gin | Ile Ala Gly Gly | Ala Ile Tyr | Ser | Pro Thr Val Thr Leu | Asn | |
| 915 | 920 | 925 | ||||
| Cys Pro | Ala Thr Phe | Ser | Asn Asn Thr | Ala | Ser Ile Ala Thr Pro | Lys |
| 930 | 935 | 940 | ||||
| Thr Ser | Ser Glu Asp | Gly | Ser Ser Gly | Asn | Ser Ile Lys Asp Thr | Ile |
| 945 | 950 | 955 | 960 | |||
| Gly Gly | Ala Ile Ala | Gly | Thr Ala Ile | Thr | Leu Ser Gly Val Ser | Arg |
| 965 | 970 | 975 | ||||
| Phe Ser | Gly Asn Thr | Ala | Asp Leu Gly | Ala | Ala Ile Gly Thr Leu | Ala |
| 980 | 985 | 990 | ||||
| Asn Ala | Asn Thr Pro | Ser | Ala Thr Ser | Gly | Ser Gin Asn Ser Ile | Thr |
| 995 | 1000 | 1005 | ||||
| Glu Lys | Ile Thr Leu | Glu | Asn Gly Ser | Phe | Ile Phe Glu Arg Asn | Gin |
| 1010 | 1015 | 1020 | ||||
| Ala Asn | Lys Arg Gly | Ala | Ile Tyr Ser | Pro | Ser Val Ser Ile Lys Gly | |
| 1025 | 1030 | 1035 | 1040 | |||
| Asn Asn | Ile Thr Phe | Asn | Gin Asn Thr | Ser | Thr His Asp Gly Ser | Ala |
| 1045 | - | 1050 1055 | ||||
| Ile Tyr | Phe Thr Lys | Asp | Ala Thr Ile | Glu | Ser Leu Gly Ser Val | .Leu |
| 1060 . | 1065 | 1070 | ||||
| Phe Thr | Gly Asn Asn | Val | Thr Ala Thr | Gin | Ala Ser Ser Ala Thr | Ser |
| 1075 | 1080 | 1085 | ||||
| Gly Gin | Asn Thr Asn | Thr | Ala Asn Tyr | Gly | Ala Ala Ile Phe Gly Asp | |
| 1090 | 1095 | 1100 | ||||
| Pro Gly Thr Thr Gin | Ser | Ser Gin Thr | Asp | Ala Ile Leu Thr Leu | Leu | |
| 1105 | 1110 | 1115 | 1120 | |||
| Ala Ser | Ser Gly Asn | Ile | Thr Phe Ser | Asn | Asn Ser Leu Gin Asn | Asn |
| 1125 | 1130 1135 | |||||
| Gin Gly Asp Thr Pro | Ala | Ser Lys Phe | Cys | Ser Ile Ala Gly Tyr | Val | |
| 1140 | 1145 | 1150 | ||||
| Lys Leu | Ser Leu Gin | Ala | Ala Lys Gly | Lys | Thr Ile Ser Phe Phe | Asp |
| 1155 | 1160 | 1165 | ||||
| Cys Val | His Thr Ser | Thr | Lys Lys Thr | Gly | Ser Thr Gin Asn Val | Tyr |
| 1170 | 1175 | 1180 | ||||
| Glu Thr | Leu Asp Ile | Asn | Lys Glu Glu | Asn | Ser Asn Pro Tyr Thr | Gly |
| 1185 | 1190 | 1195 | 1200 | |||
| Thr Ile | Val Phe Ser | Ser | Glu Leu His | Glu | Asn Lys Ser Tyr Ile | Pro |
| 1205 | 1210 1215 | |||||
| Gin Asn | Ala Ile Leu | His | Asn Gly Thr | Leu | Val Leu Lys Glu Lys | Thr |
| 1220 | 1225 | 1230 | ||||
| Glu Leu | His Val Val | Ser | Phe Glu Gin Lys | Glu Gly Ser Lys Leu | He | |
| 1235 | 1240 | 1245 | ||||
| Met Glu | Pro Gly Ala | Val | Leu Ser Asn | Gin | Asn Ile Ala Asn Gly | Ala |
1250 1255 1260
216
| Leu Ala Ile Asn | Gly | Leu Thr Ile Asp Leu | Ser Ser | Met | Gly Thr Pro |
| 1265 | 1270 | 1275 | 1280 | ||
| Gin Ala Gly Glu | Ile | Phe Ser Pro Pro Glu | Leu Arg | Ile | Val Ala Thr |
| 1285 | i 1290 | 1295 | |||
| Thr Ser Ser Ala | Ser | Gly Gly Ser Gly Val | Ser Ser | Ser | Ile Pro Thr |
| 1300 | 1305 | 1310 | |||
| Asn Pro Lys Arg | Ile | Ser Ala Ala Val Pro | Ser Gly | Ser | Ala Ala Thr |
| 1315 | 1320 | 1325 | |||
| Thr Pro Thr Met | Ser | Glu Asn Lys Val Phe | Leu Thr | Gly | Asp Leu Thr |
| 1330 | 1335 | 1340 | |||
| Leu Ile Asp Pro | Asn | Gly Asn Phe Tyr Gin | Asn Pro | Met | Leu Gly Ser |
| 1345 | 1350 | 1355 | 1360 | ||
| Asp Leu Asp Val | Pro | Leu Ile Lys Leu Pro | Thr Asn | Thr | Ser Asp Val |
| 1365 1370 | 1375 | ||||
| Gin Val Tyr Asp | Leu | Thr Leu Ser Gly Asp | Leu Phe | Pro | Gin Lys Gly |
| 1380 | 1385 | 1390 | |||
| Tyr Met Gly Thr | Trp | Thr Leu Asp Ser Asn | Pro Gin | Thr Gly Lys Leu | |
| 1395 | 1400 | 1405 | |||
| Gin Ala Arg Trp | Thr | Phe Asp Thr Tyr Arg | Arg Trp Val | Tyr Ile Pro | |
| 1410 | 1415 | 1420 | |||
| Arg Asp Asn His | Phe | Tyr Ala Asn Ser Ile | Leu Gly | Ser | Gin Asn Ser |
| 1425 | 1430 | 1435 | 1440 | ||
| Met Ile Val Val | Lys | Gin Gly Leu Ile Asn | Asn Met | Leu | Asn Asn Ala |
| 1445 1450 | 1455 | ||||
| Arg Phe Asp Asp | Ile | Ala Tyr Asn Asn Phe | Trp Val | Ser | Gly Val Gly |
| 1460 | 1465 | 1470 | |||
| Thr Phe Leu Ala | Gin | Gin Gly Thr Pro Leu | Ser Glu | Glu | Phe Ser Tyr |
| 1475 | 1480 | 1485 | |||
| Tyr Ser Arg Gly | Thr | Ser Val Ala Ile Asp | Ala Lys | Pro | Arg Gin Asp |
| 1490 | 1495 | 1500 | |||
| Phe Ile Leu Gly | Ala | Ala Phe Ser Lys Ile | Val Gly | Lys | Thr Lys Ala |
| 1505 | 1510 | 1515 | 1520 | ||
| Ile Lys Lys Met | His | Asn Tyr Phe His Lys | Gly Ser | Glu | Tyr Ser Tyr |
| 1525 1530 | 1535 | ||||
| Gin Ala Ser Val | Tyr | Gly Gly Lys Phe Leu | Tyr Phe | Leu | Leu Asn Lys |
| 1540 | 1545 | 1550 | |||
| Gin His Gly Trp | Ala | Leu Pro Phe Leu Ile | Gin Gly | Val | Val Ser Tyr |
| 1555 | 1560 | 1565 | |||
| Gly His Ile Lys | His | Asp Thr Thr Thr Leu | Tyr Pro | Ser | Ile His Glu |
| 1570 | 1575 | 1580 | |||
| Arg Asn Lys Gly | Asp | Trp Glu Asp Leu Gly | Trp Leu | Ala | Asp Leu Arg |
| 1585 | 1590 | 1595 | 1600 | ||
| Ile Ser Met Asp | Leu | Lys Glu Pro Ser Lys | Asp Ser | Ser | Lys Arg Ile |
| 1605 1610 | 1615 | ||||
| Thr Val Tyr Gly | Glu | Leu Glu Tyr Ser Ser | Ile Arg | Gin | Lys Gin Phe |
| 1620 | 1625 | 1630 | |||
| Thr Glu Ile Asp | Tyr | Asp Pro Arg His Phe | Asp Asp | Cys | Ala Tyr Arg |
| 1635 | 1640 | 1645 | |||
| Asn Leu Ser Leu | Pro | Val Gly Cys Ala Val | Glu Gly | Ala | Ile Met Asn |
| 1650 | 1655 | 1660 | |||
| Cys Asn Ile Leu | Met | Tyr Asn Lys Leu Ala | Leu Ala | Tyr | Met Pro Ser |
| 1665 | 1670 | 1675 | 1680 | ||
| Ile Tyr Arg Asn | Asn | Pro Val Cys Lys Tyr | Arg Val | Leu | Ser Ser Asn |
| 1685 1690 | 1695 | ||||
| Glu Ala Gly Gin | Val | Ile Cys Gly Val Pro | Thr Arg | Thr | Ser Ala Arg |
| 1700 | 1705 | 1710 | |||
| Ala Glu Tyr Ser | Thr | Gin Leu Tyr Leu Gly | Pro Phe | Trp | Thr Leu Tyr |
| 1715 | 1720 | 1725 |
'9' 9
217
Gly Asn Tyr Thr Ile Asp Val Gly Met Tyr Thr Leu Ser Gin Met Thr 1730 1735 1740
Ser Cys Gly Ala Arg Met Ile Phe
1745 1750 <210> 181 <211> 2601 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 181 atggctagcc ctcctcacta agcctctttc aattcctact aaagaaaaag tccaaggaaa aatggtagca gatgcctttt ggaaatggcg tctttcgccc tgttcaggga atttgttgta caaraaacgc cacatggtat ggagctatcg ctgttccaga ttagagaaag gatcctattg agcgtgactt cgttcagtga acttcccaac gctgtccttt ggaacttctt tccttagata ttcctctcta caaaacaata gggaacctct gatgaagggc cgtcaatcta cagtcgatga gctgtttcta catagaagcc tgcttggctg acgacctcct gcacaggcat aaagaaggat cctattgtat ggattttcag gccagctctt aaaacacgaa gaatcgggac ttggattcac acgctgttaa gggaccactt atcaccatca aaaatcctaa ctgctctttg gttggttcgt gagatctttc gctctccttc tgagtttctg ctctacagca gagccattca gtaatcgtgc atgtaaaccc tcagcgatct tatttgcaag tgcgttataa ccatecagtc ataactccca atgcgattct tacaagaaag ctcccacccc ttttctcgag tacagcagcc ccgsgccttc taaaaacttc ctgaaaaaag actctggaga ttcctctcct cttctcactt attctctgat čactcgttgc ttaatacaac atttattcta ttggctacct caggacaatt atatagctac gctacaatga tcggatcctg ccaatggttc gaacacagga tcagaaatat cctactatta ctgtagtgtt gagcctacat atgtgtcttg acaggttcta ccatcacctc tcatgtcgtc tgctcatgca atctaaactc cattčaaaac tattattcat tcgaaatcat caactatctt ggctcaaacc ggatttaaat tctctttttc aaacacctca caattctgct cggtcctgtt cggagggagt acgcacctcc ttcttcctta tagcagcaaa agccaccgca cgaacgtctt tatcgaactg tctctctcag ctytgatttg cgtaactatc tgagaatttt tactctccct tggatatcaa tgctaattgg gaacactctt agcgcacgga tgttcacgac attcggtatc actcgggaaa tgtacaagcg aagtatccat gcatagcgtt cggactgttc cggttttgag ttcacttcct ctttctagga actcaaaaat gttccggctt tgtgctgcgt tttggccagg tgtacatttt tcacaagacg catatcacgg tttcgcttcc caaaagaatg gctgaaggct ttcacagctt ttctctttat ggcggcgcta actggaaact gaaaaaggct aaagaaaaag tccttcatta ctctctatcc gaccaaggtc gaagctcgca gaatcgcctc tctcctttag tctgaagaag aaatccggac gatcctcaag aagttagsta cacgccccta tatgaaaatg aaagagcaat ggagattgga acgcctaaaa tggaacacct ggagcctatc agctctggga agtactcaca tcgtccgatt caactcgcta gagctaaaaa gcagtatccg agctccttct gagagttcgg ataggaataa gcctacatcc gccgtctcct acgaatcaaa gggcaaagcc atcccttagg ttgaggactg atcctttgta accccaaaga tttccttcac gtcagttatc ctggaggagc ttgaagagaa ctagaaatgt tttgctgtag ccgccacraa ctctctctct gcggggctat acaacagcgc ttgcaggtga tagtaagaaa acggagatat ttccctcctc ttattcagac aaaaaactcc gcttagtttt ctctcctcat cgstaagtat atctttctat tagagcttct ctcatttaca ctttttcttg actatgtgcc attccgatat tatttggaac aacctatcga gtttagatga cctttattac cctctctaat caaaatatcg gagaagtgtg ctattttctc gagagattcg catttgaaaa aagacctgaa gggaťgctcc gagctctaca atagttactc tgaaaccgcc taccatggag tgtacttgqa ggctcttttt agattgctct cttgcgcaat catctctgcg ttcttctaaa gtcgcctatt taatcttatt tggaggcsct tgcttgtaac ttatgccaag taaaataggt aggatctgtt cgccatctac tcttttcttt tttgcaagcc aagtgcaaac tgataacctc aaaagatcgc tatggaagcg tccccttcat ccaaaagatc cagtaaagag tcttcctgat gaaagattct tcatccagaa gcaagctgtg gtggggatct taattggcat ccattctttc gtctacagaa gaaaatctct ctccttctct cgcatcgatt taaactgcaa gtccttttct aaaatcccaa acgtgatgtg tatggcgaac cagacttcag cctggatctg
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2601 <210> 182 <211> 3021 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 182 atggctagca catcaccatc ccctatactg ttaaaaaatc gggagtttta acáaatgggg aaagaattat aataagggta aaaácagatc ggagatgggggtcttccaag tctgctatgg ggagggattg gatccagtag gtaggaggag tttctcaaca gcttctaata caagcaggat agtagcaatg aactgtggcc ggagaatctg cttaaaagaa gccatttcga attctcttta aaacttctaa agcagtactt gcaaaattat agtacattgg atcacgcttt aatcctccta gctggttctg gataggtatg actaagcccc ggctatcaag actctgaaag ttggttccaa caagcaagtg ttcttctatc tccttaggag tttggtagat gtttatctat cgtgctagct agcgatgttc gtgattactc tcttatgccg ggacatctcc catcctaata ggtactgaga gcaagacatg gtatatggcc ggaagtaaag tgactggtgg acatgattcc ttataggaga ttgacaattc ctgttttagg cagctctaag ccttttccaa gccagactcc ttttgttact gagctataga aaaatactgc ctaacgaggc ctgctgttca taagtttttc ggatttactc atgttgcttc cgagtaataa ccaataactc tagctgctgg ctgtacaatt gagagctcag cagccaaaga tgggatcggg atgatcccat aaattaacga tgtaccaaaa cagtgaattc attttgtaac ccaatctgca ccaatcctcc ttacaattag attggctagg cagctaatgc gaagctggaa ctacatggac atagtttatg tggatgggcg atgaccgcga caaactccta ctaaagatta ctacccaaca acgggtttgg gttgggataa catctaagct atcatgaatc taaatctatc aatatagctt caacgctcct gagttgtggt atggaagata tccggttcta acagcaaatg tcaaggaatt tccgagtggg tattgcagct gagaggacac taatagcgct ttgcaattca gacgacaaca caataatgag
-tgctaagagc tcaagctgat tcctattgcc ggatgggcag cagaaatact ctacgggaac tcctgtttac ttacggagat tggatcagtt gaaaggggga tttaaggaat tttatctgct gaatgctgcc agggaaaata cgagatggca tggtgaagga tgttacgata tctaagtcag tccacaacca tttgtctctt agcgcaagat tgggcctatc ttctaatcaa cccatcagat gcttgcgtgg taaaactggg gggatccatt ctcttattgt tgctttaggt ctttggatca tgtagtgtgt agctttatgt gaatcagcat taactgtctg ctatttgaat ttttacagag agttcctgtt tatggcggct atcccatcaa tagaggatct tgagtatcga a
<210> 183 <211> 2934
218 ggtcgggatt tacgatgggg actactgttt ttgcctttaa tcgttgactt gctgatggac ttacttgccg tctacaccgt aagttctcat ttaacggttegggggagctt tttgtagcga cagggagtgt gcggtagagt gttgctttcc attgctgcta ggaggagcta tcctttgatg gctatttatg atcgctaatg gattatggag gatgttaatg acgacattaa aacggaaata tacacagggg gagcaaggaa acaggtggga ccacaacagc tcttctttgt tctcatcctg ttttttgagg aaaatcaatg ttgactctag gatcctaata tataatcctg ttagatatac cgaggattat cagggatatc tcgatgtttg cgttccaatc ggatcctatt atgaaaacct gctggagaga gagttgcgtc gaaggcgatc ggagtgaagt tatatctgtg gagacatgga atgtatgctt gatgcttctc caagcttggt agacgttaac tttctgcagg gttgttttgg tcgagaacat tgtttactat tactgcctgc ctaatggtac tctatagtaa aaggaattag gtcaagtagt atgttgcagg catcatctac ttgatgggaa tgaataatgg acfcaaccaac tcttctgtaa gagagggagt ccaaaaagct atggtggagc atattatttt gcgtaactgt gagctaaagc accagccagc atattgtttt ggattgttct gtctgtatat ctcctgccgc tagcaaacaa cagtcattgg atttggatga tcctgaaatt ggaatgagat cagcaaataa ggcctgagcg gatctgcgca gggtttctgg ggtatattag gtctagcatt atcatgcttg tgttcggaga catatacatt ttggagcggg ctttcgtgca aagctcgggc ttgatcgatg atgcttatcg caacagatgc ctctaacaag gaggctatgg ·· ·♦ accgcatcac tgtatcattt agagttaaca gaacttatta acggacttct tgagggtttt tgcaacgact tatttattct tttagtctct eaagetttgt— caccagtttc agtaagaggg ttcaacagaa cgtágcccga aaaaaccttg aagtggacag gaatggtgcg agttttcttt ctcggttgct gatttattta cgatgggaat gtcctcacaa agggcatcag gcagtcttcc tgctaatgga tcgtgaaaag ggaagctggg taatcagttg tgcagttacg tagcacaact tacagcttat acagttaggg gcctaagtat tggtccttat agtagcttct ttcagcaatt agtttcgaat tgggggttat taccgaagta cataggatcc tgcgtttatc tgcagaggag attaccgatt agctgagttt attcaagagc ttctagtaca caccatctct ctttcattta taatatagaa tttgagtgca
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040 . 2100 2160 2220 2280 2340 2400 2460 2520 2580 2640 2700 2760 2820 2880 2940 3000 3021
1219 <212 > DNA <213> Chlamydia <400> 183 atggctagca gatccacatc atgcccaact ggagacactc ctacaaaaaa gatacacaaa attggťtatg atctttgaaa aaaataagag gtggtcggat acctttgttg actaatacag aataactgcg cctatctgtt aaaaaťgtag cgcctagatg tatggcggag ataaacaata aaaatttctg aatgcaaatg agctcctctg cctattgaag ggctctgtag caaacaaaaa gctcagctta gcagttctga ctgaagcata ttgtgggtag tcattaagtg acagatctga aaccagctac caaggacttt acaatcactg cctgccgggt gggaatatgc catcctttct gaaaatcatč cagacacaca gcaaaaaaca caagaaggtt caccatttct atgggaggtg acagctccct ggagcctatc ggagttaaag gcataccaac vaaggtattt tcacagcaaa tcctcttcaa tgactggtgg accatcacca cagttccaga acaatctcac ctéccaatga aagaaggtat cgagtcccaa ataatacttg aaggcggagc ttatgaagaa tgagcgagaa caggaaaagg atctcttctt ctctaacagg aaacagcttc ttacaggcaa ctatttacgc tcgccaataa ccgaccgcca gtaččagtac gtgaaattct ttagcaatgc tattttcagg cacctgcacc cagtgaatcg gttgctataa ttggattgaa agcctacaaa atgtaaaact cccatgctct aatcagaaaa ggacttgggg atccacaaaa atgttcctag tgcttgcaac ggggaattac ctggattcca ccttctcatt acgtatcttc tcttgctgac atactcaagg ctgtcttttt ttttaggtgc cgcgaagctt gtagctttat ccgttctgta ggtttggtag cacaaccttt ccttctgtaa acagcaaatg tcacggacta tcctacgaaa taactgctat aggagctgct ttattttgca ttctcctacc ttgcagacta cattcatgct cttttcttat tcagtcttgt tggcgctatc catcaaťaac aaatcgtggt ttcagaagct tcgtggtagg tcctgtagtt taaggggggc tgctattatt gtcagctaat attaggagca a9999tctct agctactgtt ccttactctc attcacacaa aaatggtaca tctttcttcc taacagcaat ctcactcatt gtcatcacag tatagatttt ctgggcaaaa agccaataga cccaaaacac agaaagctta aggaggagga tatgcgctct gaaattcagt taaaaattac taaattágtt agaaaatcta tgatctccct tcttggtatt ttctacaaag gaatgctacc tagacaagaa tggaagcccc gagttggtta ttatctcaat ggtcgggatt gctagagagg gagtcgctat ctcgataacc gtcacaataa aaaaatctca gtggagattc tttacatgga caaaatcttt gtccaaggag tttctcttta tatgctggaa gcctgttgtg aacatcgttt tctgatggag atctttttta accctagtgg gctatctata tttaatgaaa cctcctagaa gggagtagcc gtgtccttca aattctgcag agtaatggtt actgggggtg ggagattctg attctgaaaa aactatacag gatgactacg cctatgctat tcgggactaa actcaagatc tttcatagaa agaagtcccc aaaaatagtg ctaggcatga tccggatact cagacctaca tcatgccaag gggctttaca acatctcaag atgaaaccct tattctagcc actcctttga cacagacctc ccagggatcg tcatcgcgtc actctccatt ggggaaattg caagcttggt ttccttctag caaataaaat tacgctacat cagattacct cccctgaaag gtgatacaat gaaatcctta acataaatca gagccattagtggacaacat cgagcaattc caggaggagc tctataacaa gagcaattaa gtgacaatat ataatggccc tagacggaac atattgtgac gaaatgcaat aaaatttaať ataaggaagc attttcatca ttctatgtat ttgtttctct ctagcaatgc gtggtgctga cagatactgc ggaactctcc ctatttctga atgtccctca cagaaccagc ccttactact tcatagctaa cagagctgac tggtttacca ctgcggggat ccaaactcaa gagaaatgct gctatggaga ggacgttccg ttggatcaac tgtctcactt tcaatgtcct aagcctggac cgacccagct atgccatgtc tccagtatca ctctgcgatt accgagctcg aatctttctt tagtttgaca actggctatt aagctttttt tggtggtgcg aggtcctgta tgctgctgat taatcatgat taccgctaat ctgtattcaa ttttgagagt gatcttctcc tcgctgcttt agtaactact cacaaaaaat tacctacttt cagtaactcc taatgtaact aacagtagca tttttatgat tgatcaaaca acgcaattta cgaagatcat tgggaatgga ctctataaca gattccttta agctaccttt ttatgaatcc agctagcgat ttatggatgg atcttcagca aacatggctt caccťtatgg acctagtggt agatcctcga gatagcaggg tgagcgttac cttctcattg ccataactgt cagtcaaacg gcatatactg tactgaggtg agtccctatt tgtagaattg cctagccagt ctataaaátc tggattctac ctag
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2934 <210> 184 <211> 2547 <212> DNA <213> Chlamydia
220 <400> 184 , atggctagcc atcaccatca ccatcacggt gctatttctt gcttacgtgg agatgtagtc atttctggaa acaagggtag agttgaattt aaagacaaca tagcaacacg tctttatgtg gaagaaactg tagaaaaggt tgaagaggta gagccagctc ctgagcaaaa agacaataat gagctttctt tcttagggag tgtagaacag agttttatta ctgcagctaa tcaagctctt ttcgcatctg aagatgggga tttatcacct gagtcatcca tttcttctga agaacttgcg aaaagaagag agtgtgctgg aggagctatt tttgcaaaac gggttcgtat tgtagataac caagaggccg ttgtattctc gaataacttc tctgatattt atggcggcgc catttttaca ggttctcttc gagaagagga taágttagat gggcaaatcc ctgaagtctt gatctcaggc aatgcagggg atgttgtttt ttccggaaat tcctcgaagc gtgatgagca tcttcctcat acaggtgggg gagccatttg tactcaaaat ttgacgattt ctcagaatac agggaatgtt ctgttttata acaacgtggc ctgttcggga ggagctgttc gtatagagga tcatggtaat gttcttttag aagcttttggaggagatatt^gtttttaaag gaaattcttc-tttcagagca caaggatccg atgctatcta ttttgcaggt aaagaatcgc atattacagc cctgaatgct acggaaggac atgctattgt tttccacgac gcattagttt ttgaaaatct aaaagaaagg aaatctgctg aagtattgtt aatcaatagt cgagaaaatc caggttacac tggatctatt cgatttttag aagcagaaag taaagttcct caatgtattc atgtacaaca aggaagcctt gagttgctaa atggagctac attatgtagt tatggtttta aacaagatgc tggagctaag ttggtattgg ctgctggatc taaactgaag attttagatt caggaactcc tgtacaaggg catgctatca gtaaacctga agcagaaatc gagtcatctt ctgaaccaga gggtgcacat tctctttgga ttgcgaagaa tgctcaaaca acagttccta tggttgatat ccatactatt tctgtágatt tagcctcctt ctcttctagt caacaggagg ggacagtaga agctcctcag gttattgttc ctggaggaag ttatgttcga tctggagagc ttaatttgga gttagttaac acaacaggta ctggttatga aaatcatgct ttgttgaaga atgaggctaa agttccattg atgtctttcg ttgcttctag tgatgaagct tcagccgaaa tcagtaactt gtcggtttct gatttacaga ttcatgtagc aactccagag attgaagaag acacatacgg ccatatggga gattggtctg aggctaaaat tcaagatgga actcttgtca ttaattggaa tcctactgga tatcgattag atcctcaaaa agcaggggct ttagtattta atgcattatg ggaagaaggg gctgtcttgt ctgctctgaa aaatgcacgc tttgctcata atctcactgc tcagcgtatg gaattcgatt attctacaaa tgtgtgggga ttcgcctttg gtggtttccg aactctatct gcagagaatc tggttgctat tgatggatac aaaggagctt atggtggtgc ttctgctgga gtcgatattc aattgatgga agattttgtt ctaggagtta gtggagčtgc tttcctaggt aaaatggata gtcagaagtt tgatgcggag gtttctcgga agggagttgt tggttctgta tatacaggat ttttagctgg atcctggttc ttcaaaggac aatatagcct tggagaaaca cagaaCgata tgaaaacgcg ttatggagta ctaggagagt cgagtgcttc ttggacatct cgaggagtac tggcagatgc tttagttgaa taccgaagtt tagttggtcc tgtgagacct actttttatg ctttgcattt caatccttat gtcgaagtat cttatgcttc tatgaaattc cctggcttta cagaacaagg aagagaagcg cgttcttttg aagacgcttc ccttaccaat atcaccattc ctttagggat gaagtttgaa ttggcgttca taaaaggaca gttttcagag gtgaactctt tgggaataag ttatgcatgg gaagcttatc gaaaagtaga aggaggcgcg gtgcagcttt tagaagctgg gtttgattgg gagggagctc caatggatct tcctagacag gagctgcgtg tcgctctgga aaataatacg gaatggagtt cttacttcag cacagtctta ggattaacag ctttttgtgg aggatttact tctacagata gtaaactagg atatgaggcg aatactggat tgcgattgat cttttaa <210> 185 <211> 2337 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 185 atgcatcacc atcaccatca cgggttagct agttgcgtag atcttcatgc tggaggacag tctgtaaatg agctggtata tgtaggccct caagcggttt tattgttaga ccaaattcga gatctattcg ttgggtctaa agatagtcag gctgaaggac agtataggtt aattgtagga gatccaagtt ctttccaaga gaaagatgca gatactcttc ccgggaaggt agagcaaagt actttgttct cagtaaccaa tcccgtggtt ttccaaggtg tggaccaaca ggatcaagtc tcttcccaag ggttaatttg tagttttacg agcagcaacc ttgattctcc ccgtgacgga
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2547
120
180
240
300
360 • · ·♦·· ·· > ·' • ·
8221 gaatcttttt taggtattgc ttttgttggg gatagtagta aggctggaat cacattaact 420 gacgtgaaag cttctttgtc tggagcggct ttatattcta cagaagatct tatctttgaa 480 aagattaagg gtggattgga atttgcatca tgttcttctc tagaacaggg gggagcttgt 540 gcagctcaaa gtattttgat tcatgattgt caaggattgc aggttaaaca ctgtactaca 600 gccgtgaatg ctgaggggtc tagtgcgaat gatcatcttg gatttggagg aggcgctttc 660 tttgttacgg gttctctttc tggagagaaa agtctctata tgcctgcagg agatatggta 720 gttgcgaatt gtgatggggc tatatctttt gaaggaaaca gcgcgaactt tgctaatgga 780 ggagcgattg ctgcctctgg gaaagtgctt tttgtcgcta atgataaaaa gacttctttt 840 atagágaacc gagctttgtc tggaggagcg attgcagcct cttctgatat tgcctttcaa 900 aactgcgcag aactagtttt caaaggcaat tgťgcaattg gaacagagga taaaggttct 960 ttaggtggag gggctatatc ttctctaggc accgttcttt tgcaagggaa tcacgggata 1020 acttgtgata agaatgagtc tgcttcgcaa ggaggcgcca tttttggcaa aaattgtcag 1080 atttctgaca acgaggggcc agtggttttc agagatagta cagcttgctt aggaggaggc 1140 gctattgcag ctcaagaaat tgtttctatt cagaacaatc aggctgggat ttccttcgag____ 1200 ggaggtaagg ctagtttcgg aggaggtatt gcgtgtggat ctttttcttc cgcaggcggt 1260 gcttctgttt tagggactat tgatatttcg aagaatttag gcgcgatttc gttctctcgt 1320 actttatgta cgacctcaga tttaggacaa atggagtacc agggaggagg agctctattt 1380 ggtgaaaata tttctctttc tgagaatgct ggtgtgctca- cctttaaaga caacattgtg 1440 aagacttttg cttcgaatgg gaaaattctg ggaggaggag cgattttagc tactggtaag 1500 gtggaaatta ccaataattc cggaggaatt tcttttačag gaaatgcgag agctccacaa 1560 gctcttccaa ctcaagagga gtttccttta ttcagcaaaa aagaagggcg accactctct 1620 tcaggatatt ctgggggagg agcgatttta ggaagagaag tagctattct ccacaacgct 1680 gcagtagtat ttgagcaaaa tcgtttgcag tgcagcgaag aagaagcgac attattaggt 1740 tgttgtggag gaggcgctgt tcatgggatg gatagcactt cgattgttgg caactcttca 1800 gtaagatttg gtaataatta cgcaatggga caaggagtct caggaggagc tcttttatct 1860 aaaacagtgc agttagctgg aaatggaagc gtcgattttt ctcgaaatat tgctagtttg 1920 ggaggaggag ctcttcaagc ttctgaagga aattgtgagc tagttgataa cggctatgtg 1980 ctattcagag ataatcgagg gagggtttat gggggtgcta tttcttgctt acgtggagat 2040. gtagtcattt ctggaaacaa gggtagagtt gaatttaaag acaacatagc aacacgtctt 2100 tatgtggaag aaactgtaga aaaggttgaa gaggtagagc cagctcctga gcaaaaagac 2160· aataatgagc tttctttctt agggagtgta gaacagagtt ttattactgc agctaatcaa 2220 gctcttttcg catctgaaga tggggattta tcacctgagt catccatttc ttctgaagaa 2280 cttgcgaaaa gaagagagtg tgčtggagga gctgactcga gcagatccgg ctgctaa 2337.
<210> 186 <211> 2847 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 186 atggctagca tgcatcacca tcaccatcac gttaagattg agaacttctc tggccaagga 60 atattttctg gaaacaaagc tatcgataac accacagaag gctcctcttc caaatctaac 120 gtcctcggag gtgcggtc.ta tgctaaaaca ttgtttaatc tcgatagcgg gagctctaga 180 cgaactgtca ccttctccgg gaatactgtc tcttctcaat ctacaacagg tcaggttgct 240 ggaggagcta tctactctcc tactgtaacc attgctactc ctgtagtatt ttctaaaaac 300 tctgcaacaa acaatgctaa taacgctaca gatactcaga gaaaagacac ctttggagga 360 gctatcggag ctacttctgc tgtttctcta tcaggagggg ctcatttctt agaaaacgtt 420 gctgacctcg gatctgctat tgggttggtg ccagacacac aaaatacaga aacagtgaaa 480 ttagagtctg gctcctacta ctttgaaaaa aataaagctt taaaacgagc tactatttac 540 gcacctgtcg tttccattaa agcctatact gcgacattta accaaaacag atctctagaa 600 gaaggaagcg cgatttactt tacaaaagaa gcatctattg agtctttagg ctctgttctc 660 ttcacaggaa acttagtaac cccaacgcta agcacaacta cagaaggcac accagccaca 720 acctcaggag atgtaacaaa atatggtgct gctatctttg gacaaatagc aagctcaaac 780 ggatctcaga cggataacct tcccctgaaa ctcattgctt caggaggaaa tatttgtttc 840 cgaaacaatg aataccgtcc tacttcttct gátaccggaa cctctacttt ctgtagtatt 900 gcgggagatg ttaaattaac catgcaagct gcaaaaggga aaacgatcag tttctttgat 960 gcaatccgga cctctactaa gaaaacaggt acacaggcaa ctgcctacga tactctcgat 1020 attaataaat ctgaggattc agaaactgta aactctgcgt ttacaggaac gattctgttc 1080
222
tcctctgaat tctcttgtat tcttctctcg ttggtcátaa ggaaatatct ggaaccccat aataatgacg gctgcacaca acaccaacgg atcgatccta ttgttagtgc gatattgctc aatggaacga agagacaatc aaacaaggct aacctgtgga gaattcactt gtgattgttg aataactaca ccattccact gtcatctctt cgaaaccaag ttaagaactc tccagtatcc tgcacctata aacgatattt tctccaacat gtaccgacaa tggactctgt aactgcggtg tatatgaaaa tgaagccaaa ttatgacacc ataacatgac ttactcctcc ctacagatag cctcgaatca catctcgtac ctacaactac atgggacctt tccctacaga ctcagaaagg tctcagcgct atttctatgc tgctcaacga tatcaggact attacagcag gagctgcatt ctcacaaagg ttgtaatcáa acggatatat gagaatggga ctgčacaagg gtcagaaaca gaaacttagc tgatgtacaa gcaaatacca gaaactcagc atggatccta ctcgtatgac taaatcctat taccgagctt tggatctgtt cattgattta agaattgaga tgaaagtaac aggagaaagc aagaaacttt aacaagcaac cttccagaac ctcatcaaaa atatacagga ctggaaattt gaactcgatt taaaatgaat aggaacgatg aggagcttct tagtaagatg atccgaatat taaaaaaacg caaacatgat agacttagga ggatactaaa attcacagaa aattcctatg cagattctct agtgčtctct tcgcggagaa cacgatagaa attctaa attccacaaa catgtcattt ctttcgaacc tccagcgtag atcatagaca cagaatagtg gcgaatggat gccgctgcag caagtaatcc cctgcattaa atgcaagctc acactcactc gactcttata ctgggatctc ctagctcgct ctatcgcaag gttgccttag atcgggaaaa tcttaccaag gaaaaatcgc acagtgactc tggctgacag cgtatcactg acagaatacg gggttagcat gtagcataca tcaggagaag tacagcacgc gcagacgcac acgtagttct cttttgagca agactgttgc agaaaaatgg ctactacaag atgataccaa cgtcttctcc ctacagccac taggaggaga gatccgacca agaáaatagt tggatcctga gacaatgggc aaatgtcaat ttgaťgaagtr taggaacacc atgctaaacc caaaatcctt catcggtata taccgctatt actatccaac ctctccgtgt tttacggaga atcctcgtta tcgaaggaga tgccatcaat gcgg^gaaat agctgtaccc atacactagc acacagtgga gaaagaaggc tgatggagct tattgctgaa tggaagcggt ggagcaaaat tgcagtagct acctacgaca aatcaaactc acaaatctcc actgacgggt tcaactacaa ttatgtacct ggtcacagtc tagctataac tacttctgaa agcccatgat gaaaagagag cggaggcaaa gttacaagga gatccgtgaa ctcctctgtc attggaatac cttcgacaac gctctctggt ctatcgaaat tatttgtgga gggacctttg tcatatgatg
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2847 <210> 187 <211> 2466 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 187 atgcatcacc tgcaatgtta gacaacacag ggattaccta tcttcatctt gaaactgata aaactaacta aatagttttt ggaggagcta gaagtaaata gaaaatgtta tattcagaac gcaggagcaa tgcgttgata tcaaatggaa gaatcaactc tctttgacca tctggagcag tttttgaaaa gttactaata tctgaaaata atcaccatca gcaaagtagg agtatcgagc gaaaacatct catctggaga agaaaacaga tctcagaatc tcttcggaga tttatggaga tctcggtcga ccgaagcaac aagatatgtt cagcagtaaa gcttatccga atcaagatgg ctagccccga tcactggaat gtgtattcac actcggcagg caactagtga cagctaaagg cgaggcgagc atattcaact tgctgatagt tagtagtagt aaatactgag agaagaacta tcaggactct aggtgaagtt gaaagaggta gaaagggggt cttctcctcc aatcagtgat acaatgtctg agatacactg ttcgtctgaa cgatgtttta tacagggact taaagaaaac tcaacatgga aagtataact gcacggtggt tcgatccaag tctcaagcat gtttcattct agtgaagctt aattcacaag gacaatggcg ctctctaatc atctttgatc gtctttgaaa agcgtctatg aatggtgggg tgcaacaatg gatgaagaaa gatagcactc acaaaagata ggtaaaggtg atagattttg ttgtcttgca ggaggagcct actccccctc ggtatctgca atcaaataaa ttactgatat atgacttttc ctccaacgac attcagctcc gaatcattta caagcataga acagagttgc acataaaatc caaaagaacg aacaaggtgg tacatttcca tgatcgtatt cagaaacgga cacaagtatc gtggtatcta tcagtaacat ccaacacgaa acgttactca tcgtaggaga ctaacaaact gaataccgac gatgctagca gacatcttcc agaaggagtg ctcttctgga tgctagagag actccatgac cctcaaaaac tctactagta agtatcttta tggtggaatc agggaatgct gctcacagaa acagactaag agaatcacca tacagaaaaa agctaccgat tagcctacag aaccatgtct agtgattttc ttctttatct
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
·
223 aatttaaaaa acagatctag tcgcctgcaa acggcagaac gaaacttctg atcaatcaaa tcccgtatta tgtttaactg gctgctaaag accttcactt gaagagattc acagaaggaa gggactggtg ggagaacaac attgatcaat gacgagagtg gcttcttcag agctatgctg gcatcttctg ccgactgagc atctga cggtgactct cgtctatacc gcactcccga cggcagcccc atactaatag acacttctgc acaatcttga aaagcgtaga aaggtggggt ttgcagataa ctccagtaga gttcggctaa ttgttaacaa tacaagattc ctaacgaaaa tctcatcgtc gggctccctc cgagtactga ataatccaga cagaagctgg cactaaaaac aacaacagat agtagttgct ttctctaaca cgatatagac gaaaáaagga actttcaggg atttgatgca tattcattct cactgttaaa aggagaagag cactaacctt tgagtctcaa tacacaatct cacagacgaa ctctaaaagt aggagatcaa tagctcccct ctcttcctca ttctacaaca tctgcaaagg accccagagt tctgctaaaa gaggctgagt gtgtcgattg ggggctattt aattcatccc attggatcgc aaaacggtta gcaatagtag tctacagcaa gaaggatctc gacacatcag aatgaagaaa tcatctgata ggatcatcta tctatctctg gtatctaatt tctggagata gaaactccta agtctggagg cttctacccc taaatcgatt ctgatcaaac agaacatttt acgggaaaaa aggatgtagg tcttatccca ctctatctaa aaagcactcc cagaaaatcc aaggggatac atactggaaa atacccttcc_ gccacactga ctcctcaaga caaacgcttg cttcaggttc gcgctggaga ctttaatagg agctattttt ctcttcctcc ctttgcctct ggatcaaaca gaatgtcgct agctaaactt aggaggtctc ctataactct cctčaagtct tgaagctcca gaattctaat tgctgataca cgctgaatct caatagtagt _ ggaaataact tggaggagca tttagctaaa agacgttact ctctgaagga aggaggtgct
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
210.0
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2466
188
1578
DNA
Chlamydia <210>
<211>
<212>
<213>
<400> 188 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta cctagaggtt actatgtggg attagcatcc gtgaataaaa aatactaatc gatgcagagt attttctgca ttggttgggt cttcctaacg tggagcgtag ttccaatacg caatttgtga ataacggctg tggcaagtag aactggtcaa tcggagattc cccaataata aacaaaatga gacaaatggt gcacaattec <210> 189 <211> 866 atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt caccgctgcc aaggtgcttc gcgcaggata cttttagcgg agccagaagc ggttttcaaa ccttaggggc taatagggtt taggcattac gtgcacgtgg ctcaatctaa ttcacaaacc gaacaacaga gcctcgccct gagcaacttt ttaacattac gtggtaagga agtctagaaa caatcactgg gcttctaa cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc hgtggggaat aggagatcct ctacggagat catggctgca aaatggcaga tgcagccttc atccaatgga ttcagctgca ccaaggtgtt agctttatgg tcctaagatt aagaggctat agctacagac gtcttacaga tgatgctgat tacatggaac tgttctatct agcttgtggt tgaagcacgc tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc ccagctgaac tgcgatcctt tatgttttcg actcctacgc ccgaacatcg ctagccttaa tacttcaaag agctcaatct gtggaatttt gaatgtggtt gagatgctca aaaggagcta accaaatcag ttgaatatgc actatccgca ccaagcctta gatgtcttgc gtagctgttg ttaatcaatg tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt caagtttatt gcgctacttg atcgtgtatt aggctatagg cttacggaag acatttggga caagttcggc ctaccgatct atacagacac gtgcaacttt acgtcacttc gctcgaattt ctacaattaa ttgttceata ttgctcaacc taggatcaac aaattgcttc gtgcaacgtt aaagagctgc ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc cccgctagta aatcgatggc gtgtgacgcc aaaagttgat taacgcaagt gcatatgcaa tcgcttcgac tgcattcaac tccaatgcaa atcattttct aggagctgag aagcccagca tcctttacct ataccatgaa tattggcgta taaattaaaa cactgctttg gattcagatc aatcgacgct tcacatgaat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1578
224 <212> PRT <213 > Chlamydia <220>
<22i> varianta <222> (1) . . . (866) <223> xaa = jakákoliv aminokyselina <400> 189
| Met Ala Ser His His His | His | His | His Leu Phe 10 | Gly | Gin | Asp | Pro Leu 15 | |
| 1 | 5 | |||||||
| Gly Glu | Thr Ala Leu Leu | Thr | Lys | Asn Pro Asn | His | Val | Val | Cys Thr |
| Phe Phe | 20 Glu Asp Cys Thr | Met | Glu, | 25 Ser Leu Phe | Pro | Ala | 30 Leu | CysAla_ |
| His Ala | 35 Ser Gin Asp Asp | Pro | 40 Leu | Tyr Val Leu | Gly | 45 Asn | Ser | Tyr Cys |
| 50 Trp Phe | Val Ser Lys Leu | 55 His | Ile | Thr Asp Pro | 60 Lys | Glu | Ala | Leu Phe |
| 65 Lys Glu | 70 Lys Gly Asp Leu | Ser | Ile | 75 Gin Asn Phe | Arg | Phe | Leu | 80 Ser Phe |
| Thr Asp | 85 Cys Ser Ser Lys | Glu | Ser | 90 Ser Pro Ser | He | Ile | His | 95 Gin Lys |
| Asn Gly | 100 Gin Leu Ser Leu | Arg | Asn | 105 Asn Gly Ser | Met | Ser | 110 Phe | Cys Arg |
| Asn His | 115 Ala Glu Gly Ser | 120 Gly Gly | Ala Ile Ser | Ala | 125 Asp | Ala | Phe Ser | |
| 130 Leu Gin | His Asn Tyr Leu | 135 Phe | Thr | Ala Phe Glu | 140 Glu | Asn | Ser | Ser Lys |
| 145 Gly Asn | 150 Gly Gly Ala Ile | Gin | Ala | 155 Gin Thr Phe | Ser | Leu | Ser | 160 Arg Asn |
| Val Ser | 165 Pro Ile Ser Phe | Ala | Arg | 170 Asn Arg Ala | Asp | Leu | Asn | 175 Gly Gly |
| Ala Ile | 180 Cys Cys Ser Asn | Leu | Ile | 185 Cys Ser Gly | Asn | Val | 190 Asn | Pro Leu |
| Phe Phe | 195 Thr Gly Asn Ser | Ala | 200 Thr | Asn Gly Gly | Xaa | 205 Ile | Cys | Cys Ile |
| 210 Ser Asp | Leu Asn Thr Ser | 215 Glu | Lys | Gly Ser Leu | 220 Ser | Leu | Ala | Cys Asn |
| 225 Gin Xaa | 230 Thr Leu Phe Ala | Ser | Asn | 235 Ser Ala Lys | Glu | Lys | 240 Gly Gly Ala | |
| Ile Tyr | 245 Ala Lys His Met | Val | Leu | 250 Arg Tyr Asn | Gly | Pro | Val | 255 Ser Phe |
| Ile Asn | 260 Asn Ser Ala Lys | Ile | Gly | 265 Gly Ala Ile | Ala | He | 270 Gin | Ser Gly |
| Gly Ser | 275 Leu Ser Ile Leu | Ala | 280 Gly | Glu Gly Ser | Val | 285 Leu | Phe | Gin Asn |
| 290 Asn Ser | Gin Arg Thr Ser | 295 Asp | Gin | Gly Leu Val | 300 Arg | Asn | Ala | Ile Tyr |
| 305 Leu Glu | 310 Lys Asp Ala Ile | Leu | Ser | 315 Ser Leu Glu | Ala | Arg | Asn | 320 Gly Asp |
| Ile Leu | 325 Phe Phe Asp Pro | Ile | Val | 330 Gin Glu Ser | Ser | Ser | Lys | 335 Glu Ser |
| Pro Leu | 340 Pro Ser Ser Leu | Gin | Ala | 345 Ser Val Thr | Ser | Pro | 350 Thr | Pro Ala |
| Thr Ala | 355 Ser Pro Leu Val | Ile | 360 Gin | Thr Ser Ala | 365 Asn Arg | Ser | Val Ile | |
| 370 Phe Ser | Ser Glu Arg Leu | 375 Ser | Glu | Glu Glu Lys | 380 Thr | Pro | Asp | Asn Leu |
·« '9«9· « * • · 9 ♦ ♦ ·» ‘9 · * • 9 9 9 9 · ' 9 · •999 9 999 999 •9 9
9
226
850 855 860
Arg Phe 865 <210> 190 <211> 1006 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 190 .
| Met Ala . 1 | Ser Met | Thr Gly | Gly Gin Gin Met Gly Arg Asp Ser Ser Leu | ||||||||||
| 5 His | His | His | His Met 25 | 10 Ile | Pro | Gin | Gly | Ile 30 | 15 Tyr Asp | ||||
| Val | Pro | His | His 20 | ||||||||||
| Gly | Glu | Thr 35 | Leu | Thr | Val | Ser | Phe Pro 40 | Tyr | Thr Val | Ile 45 | Gly Asp Pro | ||
| Ser | Gly 50 | Thr | Thr | Val | Phe | Ser 55 | Ala Gly | Glu | Leu | Thr 60 | Leu | Lys | Asn Leu |
| Asp 65 | Asn | Ser | Ile | Ala | Ala 70 | Leu | Pro Leu | Ser | Cys 75 | Phe | Gly | Asn | Leu Leu 80 |
| Gly | Ser | Phe | Thr | Val 85 | Leu | Gly | Arg Gly | His 90 | Ser | Leu | Thr | Phe | Glu Asn 95 |
| Ile | Arg | Thr | Ser 100 | Thr | Asn | Gly | Ala Ala 105 | Leu | Ser | Asn | Ser | Ala 110 | Ala Asp |
| Gly | Leu | Phe 115 | Thr | Ile | GlU | Gly | Phe Lys 120 | Glu | Leu | Ser | Phe 125 | Ser | Asn Cys |
| Asn | Ser 130 | Leu | Leu | Ala | Val | Leu 135 | Pro Ala | Ala | Thr | Thr 140 | Asn | Lys | Gly Ser |
| Gin 145 | Thr | Pro | Thr | Thr | Thr 150 | Sér | Thr Pro | Ser | Asn 155 | Gly | Thr | Ile | Tyr Ser 160 |
| Lys | Thr | Asp | Leu | Leu 165 | Leu | Leu | Asn Asn | Glu 170 | Lys | Phe | Ser | Phe | Tyr Ser 175 |
| Asn | Leu | Val | Ser 180 | Gly Asp | Gly Gly Ala 185 | Ile | Asp | Ala | Lys | Ser 190 | Leu Thr | ||
| Val | Gin | Gly 195 | Ile | Ser | Lys | Leu | Cys Val 200 | Phe | Gin | Glu | Asn 205 | Thr | Ala Gin |
| Ala | Asp 210 | Gly | Gly | Ala | Cys | Gin 215 | Val Val | Thr | Ser | Phe 220 | Ser | Ala | Met Ala |
| Asn 225 | Glu | Ala | Pro | Ile | Ala 230 | Phe | Val Ala | Asn | Val 235 | Ala | Gly | Val | Arg Gly 240 |
| Gly | Gly | Ile | Ala | Ala 245 | Val | Gin | Asp Gly | Gin 250 | Gin | Gly | Val | Ser | Ser Ser 255 |
| Thr | Ser | Thr | Glu 260 | Asp | Pro | Val | Val Ser 265 | Phe | Ser | Arg | Asn | Thr 270 | Ala Val |
| Glu | Phe | Asp 275 | Gly | Asn | Val | Ala | Arg Val 280 | Gly Gly Gly | Ile 285 | Tyr | Ser Tyr | ||
| Gly | Asn 290 | Val | Ala | Phe | Leu | Asn 295 | Asn Gly | Lys | Thr | Leu 300 | Phe | Leu | Asn Asn |
| Val 305 | Ala | Ser | Pro | Val | Tyr 310 | Ile | Ala Ala | Lys | Gin 315 | Pro | Thr | Ser | Gly Gin 320 |
| Ala | Ser | Asn | Thr | Ser 325 | Asn | Asn | Tyr Gly Asp Gly Gly Ala 330 | Ile | Phe Cys 335 | ||||
| Lys | Asn | Gly | Ala 340 | Gin | Ala | Gly | Ser Asn 345 | Asn | Ser | Gly | Ser | Val 350 | Ser Phe |
| Asp | Gly | Glu 355 | Gly | Val | Val | Phe | Phe Ser 360 | Ser | Asn | Val | Ala 365 | Ala | Gly Lys |
| Gly Gly | Ala | Ile | Tyr | Ala | Lys | Lys Leu | Ser | Val | Ala | Asn | Cys | Gly Pro |
370 375 380
| »r • 4 4 | • ••4 ·'· 4 | 9 4 · 4 | • • 4 4 | 44 • 4 | 44 4 4 | |
| 4 | • | |||||
| 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | |
| ···· | 4 | • 44 | 44 4 | 4 4 | 4 44· |
227
| Val Gin Phe | Leu | Arg Asn | Ile Ala | Asn Asp | Gly Gly Ala | Ile | Tyr | Leu |
| 385 Gly Glu Ser | Gly | 390 Glu Leu | Ser Leu | Ser Ala | 395 Asp Tyr Gly Asp | Ile | 400 Ile | |
| Phe Asp Gly | Asn | 405 Leu Lys | Arg Thr | 410 Ala Lys | Glu Asn Ala | Ala | 415 Asp | Val |
| Asn Gly Val | 420 Thr | Val Ser | Ser Gin | 425 Ala Ile | Ser Met Gly | 430 Ser. | Gly Gly | |
| 435 Lys Ile Thr | Thr | Leu Arg | 440 Ala Lys | Ala Gly | 445 His Gin Ile | Leu | Phe | Asn |
| 450 Asp Pro Ile | Glu | Met Ala | 455 Asn Gly | Asn Asn | 460 Gin Pro Ala | Gin | Ser | Ser |
| 465 Lys Leu Leu | Lys | 470 Ile Asn | Asp Gly | Glu Gly | 475 Tyr Thr Gly | Asp | Ile 495 Glu | 480 Val |
| Phe Ala Asn | Gly | 485 Ser Ser | Thr Leu | -^490 Tyr Gin | Asn Val Thr | Ile | Gin | |
| Gly Arg Ile | 500 Val | Leu Arg | Glu Lys | 505 Ala Lys | Leu Ser Val | 510 Asn | Ser | Leu |
| 515 Ser Gin Thr | Gly | Gly Ser | 520 Leu Tyr | Met Glu | 525 Ala Gly Ser | Thr | Leu | Asp |
| 530 Phe Val Thr | Pro | Glh Pro | 535 Pro Gin | Gin Pro | 540 Pro Ala Ala | Asn | Gin | Leu |
| 545 Ile Thr Leu | Ser | 550 Asn Leu | His Leu | Ser Leu | 555 Ser Ser Leu | Leu | Ala | 560 Asn |
| Asn Ala Val | Thr | 565 Asn Pro | Pro Thr | 570 Asn Pro | Pro Ala Gin | Asp | 575 Ser | His |
| Pro Ala Val | 580 Ile | Gly Ser | Thr Thr | 585 Ala Gly | Ser Val Thr | 590 Ile | Ser | Gly |
| 595 Pro Ile Phe | Phe | Glu Asp | 600 Leu Asp | Asp Thr | 605 Ala Tyr Asp | Arg | Tyr | Asp |
| 610 Trp Leu Gly | Ser | Asn Gin | 615 Lys Ile | Asn Val | 620 Leu Lys Leu | Gin | Leu | Gly |
| 625 Thr Lys Pro | Pro | 630 Ala Asn | Ala Prč> | Ser Asp | 635 Leu Thr Leu | Gly | Asn | 640 Glu |
| Met Pro Lys | Tyr | 645 Gly Tyr | Gin Gly | 650 Ser Trp | Lys Leu Ala | Trp | 655 Asp | Pro' |
| Asn Thr Ala | 660 Asn | Asn Gly | Pro Tyr | 665 Thr Leu | Lys Ala Thr | 670 Trp | Thr | Lys |
| 675 Thr Gly Tyr | Asn | Pro Gly | 680 Pro Glu | Arg Val | 685 Ala Ser Leu | Val | Pro | Asn |
| 690 Ser Leu Trp | Gly | Ser Ile | 695 Leu Asp | Ile Arg | 700 Ser Ala His | Ser | Ala | Ile |
| 705 Gin Ala Ser | Val | 710 Asp Gly | Arg Ser | Tyr Cys | 715 Arg Gly Leu | Trp | Val | 720 Ser |
| Gly Val Ser | Asn | 725 Phe Phe | Tyr His | 730 Asp Arg | Asp Ala Leu | Gly | 735 Gin | Gly |
| Tyr Arg Tyr | 740 Ile | Ser Gly Gly Tyr | 745 Ser Leu | Gly Ala Asn | 750 Ser | Tyr | Phe | |
| 755 Gly Ser Ser | Met | Phe Gly | 760 Leu Ala | Phe Thr | 765 Glu Val Phe | Gly Arg | Ser | |
| 770 Lys Asp Tyr | Val | Val Cys | 775 Arg Ser | Asn His | 780 His Ala Cys | Ile | Gly | Ser |
| 785 Val Tyr Leu | Ser | 790 Thr Gin | Gin Ala | Leu Cys | 795 Gly Ser Tyr | Leu | Phe | 800 Gly |
| Asp Ala Phe | Ile | 805 Arg Ala | Ser Tyr | 810 Gly Phe | Gly Asn Gin His | 815 Met | Lys | |
| Thr Ser Tyr | 820 Thr | Phe Ala | Glu Glu | 825 Ser Asp | 830 Val Arg Trp Asp | Asn | Asn |
835 840 845
•4 ··*· • · · *
· • · ··· · * «·* ·· »· · 4 • · « • · Λ * · · e »4 4···
228
| Cys | Leu Ala 850 | Gly Glu | Ile Gly Ala Gly Leu Pro Ile Val | Ile Thr | Pro | |
| 855 | 860 | |||||
| Ser | Lys Leu | Tyr Leu | Asn Glu | Leu Arg Pro Phe Val Gin | Ala Glu | Phe |
| 865 | 870 | 875 | 880 | |||
| Ser | Tyr Ala | Asp His | Glu Ser | Phe Thr Glu Glu Gly Asp | Gin Ala | Arg |
| 885 | 890 | 895 | ||||
| Ala | Phe Lys | Ser Gly | His Leu | Leu Asn Leu Ser Val Pro | Val Gly | Val |
| 900 | 905 | 910 | ||||
| Lys | Phe Asp | Arg Cys | Ser Ser | Thr His Pro Asn Lys Tyr | Ser Phe | Met |
| 915 | 920 925 | |||||
| Ala | Ala Tyr | Ile Cys | Asp Ala | Tyr Arg Thr Ile Ser Gly | Thr Glu | Thr |
| 930 | 935 | 940 | ||||
| Thr | Leu Leu | Ser His | Gin Glu | Thr Trp Thr Thr Asp Ala | Phe His | Leu |
| 945 | 950 | 955 | 960 | |||
| Ala | Arg His | Gly Val | „Val Val | Arg Gly SerMet Tyr Ala | Ser Leu | -Thr |
| 965 | 970 | 975 | ||||
| Ser | Asn Ile | Glu Val | Tyr Gly | His Gly Arg Tyr Glu Tyr Arg Asp Ala | ||
| 980 | 985 | 990 | ||||
| Ser | Arg Gly | Tyr Gly | Leu Ser | Ala Gly Ser Lys Val Arg | Phe |
995 1000 1005 <210> 191 <211> 977 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 191
| Met 1 | Ala | Ser | Met | Thr 5 | Gly Gly | Gin | Gin | Met 10 | Gly | Arg | Asp | Ser | Ser 15 | Leu | |
| Val | Pro | Ser | Ser 20 | Asp | Pro | His | His | His 25 | His | His | His | Gly | Leu 30 | Ala | Arg |
| Glu | Val | Pro 35 | Ser | Arg | Ile | Phe | Leu 40 | Met | Pro | Asn | Ser | Val 45 | Pro | Asp | Pro |
| Thr | Lys 50 | Glu | Ser | Leu | Ser | Asn 55 | Lys | Ile | Ser | Leu | Thr 60 | Gly | Asp | Thr | His |
| Asn 65 | Leu | Thr | Asn | Cys | Tyr 70 | Leu | Asp | Asn | Leu | Arg 75 | Tyr | Ile | Leu | Ala | Ile 80 |
| Leu | Gin | Lys | Thr | Pro 85 | Asn | Glu | Gly | Ala | Ala 90 | Val | Thr | Ile | Thr | Asp 95 | Tyr |
| Leu | Ser | Phe | Phe 100 | Asp | Thr | Gin | Lys | Glu 105 | Gly | Ile | Tyr | Phe | Ala 110 | Lys | Asn |
| Leu | Thr | Pro 115 | Glu | Ser | Gly | Gly | Ala 120 | Ile | Gly | Tyr | Ala | Ser 125 | Pro | Asn | Ser |
| Pro | Thr 130 | Val | Glu | Ile | Arg | Asp 135 | Thr | Ile | Gly | Pro | Val 140 | Ile | Phe | Glu | Asn |
| Asn 145 | Thr | Cys | Cys | Arg | Leu 150 | Phe | Thr | Trp | Arg | Asn 155 | Pro | Tyr | Ala | Ala | Asp 160 |
| Lys | Ile | Arg | Glu | Gly 165 | Gly | Ala | Ile | His | Ala 170 | Gin | Asn | Leu | Tyr | Ile 175 | Asn |
| His | Asn | His | Asp 180 | Val | Val | Gly | Phe | Met 185 | Lys | Asn | Phe | Ser | Tyr 190 | Val | Gin |
| Gly Gly | Ala 195 | Ile | Ser | Thr | Ala | Asn 200 | Thr | Phe | Val | Val | Ser 205 | Glu | Asn | Gin | |
| Ser | Cys 210 | Phe | Leu | Phe | Met | Asp 215 | Asn | Ile | Cys | Ile | Gin 220 | Thr | Asn | Thr | Ala |
| Gly 225 | Lys | Gly | Gly Ala | Ile 230 | Tyr | Ala | Gly | Thr | Ser 235 | Asn | Ser | Phe | Glu | Ser 240 | |
| Asn | Asn | Cys | Asp | Leu | Phe | Phe | Ile | Asn | Asn | Ala | Cys | Cys | Ala | Gly | Gly |
'-74
229
245 250 255
| Ala Ile Phe | Ser 260 | Pro | Ile | Cys Ser Leu Thr Gly Asn Arg Gly Asn | Ile | |
| 265 | 270 | |||||
| Val Phe Tyr 275 | Asn | Asn | Arg | Cys Phe Lys Asn Val Glu 280 | Thr Ala Ser 285 | Ser |
| Glu Ala Ser 290 | Asp | Gly | Gly | Ala Ile Lys Val Thr Thr 295 300 | Arg Leu Asp | Val |
| Thr Gly Asn 305 | Arg | Gly | Arg 310 | Ile Phe Phe Ser Asp Asn 315 | Ile Thr Lys | Asn 320 |
| Tyr Gly Gly | Ala | Ile 325 | Tyr | Ala Pro Val Val Thr Leu 330 | Val Asp Asn 335 | Gly |
| Pro Thr Tyr | Phe 340 | Ile | Asn | Asn Ile Ala Asn Asn Lys 345 | Gly Gly Ala 350 | Ile |
| Tyr Ile Asp 355 | Gly | Thr | Ser | Asn Ser Lys Ile Ser Ala Asp Arg His 360 365 | Ala | |
| Ile Ile Phe 370 | Asn | Glu | Asn | Ile Val Thr Asn Val Thr 375 380 | Asn Ala Asn | Gly |
| Thr Ser Thr 385 | Ser | Ala | Asn 390 | Pro Pro Arg Arg Asn Ala 395 | Ile Thr Val | Ala 400 |
| Ser Ser Ser | Gly | Glu 405 | Ile | Leu Leu Gly Ala Gly Ser 410 | Ser Gin Asn 415 | Leu |
| Ile Phe Tyr | Asp 420 | Pro | Ile | Glu Val Ser Asn Ala Gly 425 | Val Ser Val 430 | Ser |
| Phe Asn Lys 435 | Glu | Ala | Asp | Gin Thr Gly Ser Val Val 440 | Phe Ser Gly 445 | Ala |
| Thr Val Asn 450 | Ser | Ala | Asp | Phe His Gin Arg Asn Leu 455 460 | Gin Thr Lys | Thr |
| Pro Ala Pro 465 | Leu | Thr | Leu 470 | Ser Asn Gly Phe Leu Cys 475 | Ile Glu Asp | His 480 |
| Ala Gin Leu | Thr | Val 485 | Asn | Arg Phe Thr Gin Thr Gly Gly Val Val 490 , 495 | Ser | |
| Leu Gly Asn | Gly 500 | Ala | Val | Leu Ser Cys Tyr Lys Asn 505 | Gly Thr Gly 510 | Asp |
| Ser Ala Ser 515 | Asn | Ala | Ser | Ile Thr Leu Lys His Ile 520 | Gly Leu Asn 525 | Leu |
| Ser Ser Ile 530 | Leu | Lys | Ser | Gly Ala Glu Ile Pro Leu 535 540 | Leu Trp Val | Glu |
| Pro Thr Asn 545 | Asn | Ser | Asn 550 | Asn Tyr Thr Ala Asp Thr 555 | Ala Ala Thr | Phe 560 |
| Ser Leu Ser | Asp | Val 565 | Lys | Leu Ser Leu Ile Asp Asp 570 | Tyr Gly Asn 575 | Ser |
| Pro Tyr Glu | Ser 580 | Thr | Asp | Leu Thr His Ala Leu Ser 585 | Ser Gin Pro 590 | Met |
| Leu Ser Ile 595 | Ser | Glu | Ala | Ser Asp Asn Gin Leu Gin 600 | Ser Glu Asn 605 | Ile |
| Asp Phe Ser 610 | Gly | Leu | Asn | Val Pro His Tyr Gly Trp 615 620 | Gin Gly Leu | Trp |
| Thr Trp Gly Trp 625 | Ala | Lys 630 | Thr Gin Asp Pro Glu Pro 635 | Ala Ser Ser | Ala 640 | |
| Thr Ile Thr | Asp | Pro 645 | Gin | Lys Ala Asn Arg Phe His 650 | Arg Thr Leu 655 | Leu |
| Leu Thr Trp | Leu 660 | Pro | Ala | Gly Tyr Val Pro Ser Pro 665 | Lys. His Arg 670 | Ser |
| Pro Leu Ile 675 | Ala | Asn | Thr | Leu Trp Gly Asn Met Leu 680 | Leu Ala Thr 685 | Glu |
| Ser Leu Lys 690 | Asn | Ser | Ala | Glu Leu Thr Pro Ser Gly 695 700 | His Pro Phe | Trp |
| Gly Ile Thr | Gly | Gly Gly | Leu Gly Met Met Val Tyr | Gin Asp Pro | Arg |
230
| 705 | 710 | 715 | 720 |
| Glu | Asn His Pro Gly Phe | His Met Arg Ser Ser Gly Tyr Ser | Ala Gly |
| 725 | 730 , | 735 | |
| Met | Ile Ala Gly Gin Thr | His Thr Phe Ser Leu Lys Phe Ser | Gin Thr |
| 740 | 745 750 | ||
| Tyr | Thr Lys Leu Asn Glu | Arg Tyr Ala Lys Asn Asn Val Ser | Ser Lys |
| 755 | 760 765 | ||
| Asn | Tyr Ser Cys Gin Gly | Glu Met Leu Phe Ser Leu Gin Glu | Gly Phe |
| 770 | 775 780 | ||
| Leu | Leu Thr Lys Leu Val | Gly Leu Tyr Ser Tyr Gly Asp His | Asn Cys |
| 785 | 790 | 795 | 800 |
| His | His Phe Tyr Thr Gin | Gly Glu Asn Leu Thr Ser Gin Gly | Thr Phe |
| 805 | 810 | 815 | |
| Arg | Ser Gin Thr Met Gly | Gly Ala Val Phe Phe Asp Leu Pro | Met -Lys- |
| 820 | 825 830 | ||
| Pro | Phe Gly Ser Thr His | Ile Leu Thr Ala Pro Phe Leu Gly | Ala Leu |
| 835 | 840 845 | ||
| Gly | Ile Tyr Ser Ser Leu | Ser His Phe Thr Glu Val Gly Ala | Tyr Pro |
| 850 | 855 860 | ||
| Arg | Ser Phe Ser Thr Lys | Thr Pro Leu Ile Asn Val Leu Val | Pro Ile |
| 865 | 870 | 875 | 880 |
| Gly | Val Lys Gly Ser Phe | Met Asn Ala Thr His Arg Pro Gin | Ala Trp |
| 885 | 890 | 895 | |
| Thr | Val Glu Leu Ala.Tyr | Gin Pro Val Leu Tyr Arg Gin Glu | Pro Gly |
| 900 | 905 910 | ||
| Ile | Ala Thr Gin Leu Leu | Ala Ser Lys Gly Ile Trp Phe Gly | Ser Gly |
| 915 | 920 925 | ||
| Šer | Pro Ser Ser Arg His | Ala Met Ser Tyr Lys Tle Ser Gin | Gin Thr |
| 930 | 935 940 | ||
| Gin | Pro Leu Ser Trp Leu | Thr Leu His Phé Gin Tyr His Gly | Phe Tyr |
| 945 | 950 | 955 | 960 |
| Ser | Ser Ser Thr Phe Cys | Asn Tyr Leu Asn Gly Glu Ile Ala | Leu Arg |
| 965 | 970 | 975 | |
| Phe |
<210> 192 <211> 848 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 192
| Met Ala 1 | Ser His His His His His His Gly Ala Ile Ser Cys Leu Arg | ||
| 5 | 10 | 15 | |
| Gly Asp | Val Val Ile | Ser Gly Asn Lys Gly Arg Val | Glu Phe Lys Asp |
| 20 | 25 | 30 | |
| Asn Ile | Ala Thr Arg | Leu Tyr Val Glu Glu Thr Val | Glu Lys Val Glu |
| 35 | 40 | 45 | |
| Glu Val | Glu Pro Ala | Pro Glu Gin Lys Asp Asn Asn | Glu Leu Ser Phe |
| 50 | 55 60 | ||
| Leu Gly | Ser Val Glu | Gin Ser Phe Ile Thr Ala Ala | Asn Gin Ala Leu |
| 65 | 70 75 | 80 | |
| Phe Ala | Ser Glu Asp | Gly Asp Leu Ser Pro Glu Ser | Ser Ile Ser Ser |
| 85 | 90 | 95 | |
| Glu Glu | Leu Ala Lys | Arg Arg Glu Cys Ala Gly Gly | Ala Ile Phe Ala |
| 100 | 105 | 110 | |
| Lys Arg | Val Arg Ile | Val Asp Asn Gin Glu Ala Val | Val Phe Ser Asn |
| 115 | 120 | 125 |
231
| Asn Phe Ser Asp | Ile | Tyr | Gly Gly Ala 135 | Ile | Phe | Thr Gly 140 | Ser | Leu | Arg | |
| 130 | ||||||||||
| Glu 145 | Glu Asp Lys | Leu | Asp 150 | Gly Gin Ile | Pro | Glu 155 | Val Leu | Ile | Ser | Gly 160 |
| Asn | Ala Gly Asp | Val 165 | Val | Phe Ser Gly | Asn 170 | Ser | Ser Lys | Arg | Asp 175 | Glu |
| His | Leu Pro His 180 | Thr | Gly | Gly Gly Ala 185 | Ile | Cys | Thr Gin | Asn 190 | Leu | Thr |
| Ile | Ser Gin Asn 195 | Thr | Gly | Asn Val Leu 200 | Phe | Tyr | Asn Asn 205' | Val | Ala | Cys |
| Ser | Gly Gly Ala 210 | Val | Arg | Ile Glu Asp 215 | His | Gly | Asn Val 220 | Leu | Leu | Glu |
| Ala 225 | Phe Gly Gly | Asp | Ile 230 | Val Phe Lys | Gly | Asn 235 | Ser Ser | Phe | Arg | Ala 240 |
| Gin Gly Ser Asp | Ala 245 | Ile | Tyr Phe Ala | Gly 250 | Lys | Glu Ser | His | Ile 255 | Thr | |
| Ala | Leu Asn Ala 260 | Thr | Glu | Gly His Ala 265 | Ile | Val | Phe His | Asp 270 | Ala | Leu |
| Val | Phe Glu Asn 275 | Leu | Lys | Glu Arg Lys ' 280 | Ser | Ala | Glu Val 285 | Leu | Leu | Ile |
| Asn | Ser Arg Glu 290 | Asn | Pro | Gly Tyr Thr 295 | Gly | Ser | Ile Arg 300 | Phe | Leu | Glu |
| Ala 305 | Glu Ser Lys | Val | Pro 310 | Gin Cys Ile | His | Val 315 | Gin Gin | Gly | Ser | Leu 320 |
| Glu | Leu Leu Asn | Gly 325 | Ala | Thr Leu Cys | Ser 330 | Tyr | Gly Phe | Lys | Gin 335 | Asp |
| Ala | Gly Ala Lys 340 | Leu | Val | Leu Ala Ala 345 | Gly | Ser | Lys Leu-Lys 350 | Ile | Leu | |
| Asp | Ser Gly Thr 355 | Pro | Val | Gin Gly His 360 | Ala | Ile | Ser Lys 365 | Pro | Glu | Ala |
| Glu | Ile Glu Ser 370 | Ser | Ser | Glu Pro Glu 375 | Gly | Ala | His Ser 380 | Leu | Trp | Ile |
| Ala 385 | Lys Asn Ala | Gin | Thr 390 | Thr Val Pro | Met | Val 395 | Asp Ile | His | Thr | Ile 400 |
| Ser | Val Asp Leu | Ala 405 | Ser | Phe Ser Ser | Ser 410 | Gin | Gin Glu | Gly | Thr 415 | Val |
| Glu | Ala Pro Gin 420 | Val | Ile | Val Pro Gly 425 | Gly | Ser | Tyr Val | Arg 430 | Ser | Gly |
| Glu | Leu Asn Leu 435 | Glu | Leu | Val Asn Thr 440 | Thr | Gly | Thr Gly 445 | Tyr | Glu | Asn |
| His | Ala Leu Leu 450 | Lys | Asn | Glu Ala Lys 455 | Val | Pro | Leu Met 460 | Ser | Phe | Val |
| Ala 465 | Ser Ser Asp | Glu | Ala 470 | Ser Ala Glu | Ile | Ser 475 | Asn Leu | Ser | Val | Ser 480 |
| Asp | Leu Gin Ile | His 485 | Val | Ala Thr Pro | Glu 490 | Ile | Glu Glu | Asp | Thr 495 | Tyr |
| Gly | His Met Gly 500 | Asp | Trp | Ser Glu Ala 505 | Lys | Ile | Gin Asp | Gly 510 | Thr | Leu |
| Val | Ile Asn Trp 515 | Asn | Pro | Thr Gly Tyr 520 | Arg | Leu | Asp Pro 525 | Gin | Lys | Ala |
| Gly | Ala Leu Val 530 | Phe | Asn | Ala Leu Trp 535 | Glu | Glu | Gly Ala 540 | Val | Leu | Ser |
| Ala 545 | Leu Lys Asn | Ala | Arg 550 | Phe Ala His | Asn | Leu 555 | Thr Ala | Gin | Arg | Met 560 |
| GlU | Phe Asp Tyr | Ser 565 | Thr | Asn Val Trp | Gly 570 | Phe | Ala Phe | Gly Gly 575 | Phe | |
| Arg | Thr Leu Ser 580 | Ala | Glu | Asn Leu Val 585 | Ala | Ile | Asp Gly | Tyr Lys 590 | Gly |
232
| Ala Tyr Gly 595 | Gly | Ala | Ser Ala Gly Val Asp 600 | Ile Gin | Leu 605 | Met | Glu | Asp |
| Phe Val Leu | Gly | Val | Ser Gly Ala Ala Phe | Leu Gly | Lys | Met | Asp | Ser |
| 610 | 615 | 620 | ||||||
| Gin Lys Phe | Asp | Ala | Glu Val Ser Arg Lys | Glý Val | Val | Gly | Ser | Val |
| 625 | 630 | 635 | 640 | |||||
| Tyr Thr Gly | Phe | Leu | Ala Gly Ser Trp Phe | Phe Lys | Gly | Gin | Tyr | Ser |
| 645 | 650 | 655 | ||||||
| Leu Gly Glu | Thr | Gin | Asn Asp Met Lys Thr | Arg Tyr | Gly | Val | Leu | Gly |
| 660 | 665 | 670 | ||||||
| Glu Ser Ser | Ala | Ser | Trp Thr Ser Arg Gly | Val Leu | Ala | Asp | Ala | Leu |
| 675 | 680 | 685 | ||||||
| Val Glu Tyr | Arg | Ser | Leu Val Gly Pro Val | Arg Pro | Thr | Phe | Tyr | Ala |
| 690 | 695 | 700 | ||||||
| Leu His Phe | Asn | Pro | Tyr vál Glu Vál Ser | Tyr Ala | Ser | Met | Lys | Phe |
| 705 | 710 | 715 | 720 | |||||
| Pro Gly Phe | Thr | Glu | Gin Gly Arg Glu Ala | Arg Ser | Phe | Glu | Asp | Ala |
| 725 | 730 | 735 | ||||||
| Ser Leu Thr | Asn | Ile | Thr Ile Pro Leu Gly | Met Lys | Phe | Glu | Leu | Ala |
| 740 | 745 | • | 750 | |||||
| Phe Ile Lys | Gly | Gin | Phe Ser Glu Val Asn | Ser Leu | Gly | Ile | Ser | Tyr |
| 755 | 760 | 765 | ||||||
| Ala Trp Glu | Ala | Tyr | Arg Lys Val Glu Gly | Gly Ala | Val | Gin | Leu | Leu |
| 770 | 775 | 780 | ||||||
| Glu Ala Gly | Phe | Asp | Trp Glu Gly Ala Pro | Met Asp | Leu | Pro | Arg | Gin |
| 785 | 790 | 795 | 800 | |||||
| Glu Leu Arg | Val | Ala | Leu Glu Asn Asn Thr | Glu Trp | Ser | Ser | Tyr | Phe |
| 805 | 810 | 815 | ||||||
| Ser Thr Val | Leu | Gly | Leu Thr Ala Phe Cys | Gly Gly | Phe | Thr | Ser | Thr |
| 820 | 825 | 830 | ||||||
| Asp Ser Lys | Leu | Gly | Tyr Glu Ala Asn Thr | Gly Leu | Arg | Leu | Ile | Phe |
835 840 845 <210> 193 <211> 778 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 193
| Met 1 | His | His | His | His 5 | His | His | Gly | Leu | Ala 10 | Ser | Cys | Val | Asp | Leu 15 | His |
| Ala | Gly | Gly | Gin 20 | Ser | Val | Asn | Glu | Leu 25 | Val | Tyr | Val | Gly | Pro 30 | Gin | Ala |
| Val | Leu | Leu 35 | Leu | Asp | Gin | Ile | Arg 40 | Asp | Leu | Phe | Val | Gly 45 | Ser | Lys | Asp |
| Ser | Gin 50 | Ala | Glu | Gly | Gin | Tyr 55 | Arg | Leu | Ile | Val | Gly 60 | Asp | Pro | Ser | Ser |
| Phe 65 | Gin | Glu | Lys | Asp | Ala 70 | Asp | Thr | Leu | Pro | Gly 75 | Lys | Val | Glu | Gin | Ser 80 |
| Thr | Leu | Phe | Ser | Val 85 | Thr | Asn | Pro | Val | Val 90 | Phe | Gin | Gly | Val | Asp 95 | Gin |
| Gin | Asp | Gin | Val 100 | Ser | Ser | Gin | Gly | Leu 105 | Ile | Cys | Ser | Phe | Thr 110 | Ser | Ser |
| Asn | Leu | Asp 115 | Ser | Pro | Arg | Asp | Gly 120 | Glu | Ser | Phe | Leu | Gly 125 | Ile | Ala | Phe |
| Val | Gly 130 | Asp | Ser | Ser | Lys | Ala 135 | Gly | Ile | Thr | Leu | Thr 140 | Asp | Val | Lys | Ala |
| Ser | Leu | Ser | Gly | Ala | Ala | Leu | Tyr | kSer | Thr | Glu | Asp | Leu | Ile | Phe | Glu |
• · • · · • ·· • · · • · * ·· ···«
233
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Lys | Ile | Lys | Gly Gly | Leu | Glu | Phe | Ala | Ser | Cys | Ser | Ser | Leu | Glu | Gin | |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Gly | Gly | Ala | Cys | Ala | Ala | Gin | Ser | Ile | Leu | Ile | His | Asp | Cys | Gin | Gly |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||||
| Leu | Gin | Val | Lys | His | Cys | Thr | Thr | Ala | Val | Asn | Ala | Glu | Gly | Ser | Ser |
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||||
| Ala | Asn | Asp | His | Leu | Gly | Phe | Gly | Gly | Gly | Ala | Phe | Phe | Val | Thr | Gly |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Ser | Leu | Ser | Gly | Glu | Lys | Ser | Leu | Tyr | Met | Pro | Ala | Gly Asp | Met | Val | |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| Val | Ala | Asn | Cys | Asp | Gly | Ala | Ile | Ser | Phe | Glu | Gly | Asn | Ser | Ala | Asn |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Phe | Ala | Asn | Gly Gly | Ala | Ile | Ala | Ala | Ser | Gly Lys | Val | Leu | Phe_ | Val | ||
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Ala | Asn | Asp | Lys | Lys | Thr | Ser | Phe | Ile | Glu | Asn | Arg | Ala | Leu | Ser | Gly |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Gly | Ala | Ile | Ala | Ala | Ser | Ser | Asp | Ile | Ala | Phe | Gin | Asn | Cys | Ala | Glu |
| 290 | 295 | 300 | |||||||||||||
| Leu | Val | Phe | Lys | Gly | Asn | Cys | Ala | Ile | Gly | Thr | Glu | Asp | Lys | Gly | Ser |
| 305 | 310 | • | 315 | 320 | |||||||||||
| Leu | Gly Gly Gly | Ala | Ile | Ser | Ser | Leu | Gly | Thr | Val | Leu | Leu | Gin | Gly | ||
| 325 | 330 | 335 | |||||||||||||
| Asn | His | Gly | Ile | Thr | Cys | Asp | Lys | Asn | Glu | Ser | Ala | Ser | Gin | Gly Gly | |
| 340 | 345 | 350 | |||||||||||||
| Ala | Ile | Phe | Gly | Lys | Asn | Cys | Gin | Ile | Ser | Asp | Asn | Glu | Gly | Pro | Val |
| 355 | 360 | 365 | |||||||||||||
| Val | Phe | Arg | Asp | Ser | Thr | Ala | Cys | Leu | Gly Gly Gly Ala | Ile | Ala | Ala | |||
| 370 | 375 | 380 | |||||||||||||
| Gin | Glu | Ile | Val | Ser | Ile | Gin | Asn | Asn | Gin | Ala | Gly | Ile | Ser | Phe | Glu |
| 385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
| Gly Gly Lys | Ala | Ser | Phe | Gly Gly Gly | Ile | Ala | Cys | Gly | Ser | Phe | Ser | ||||
| 405 | 410 | .415 | |||||||||||||
| Ser | Ala | Gly | Gly | Ala | Ser | Val | Leu | Gly | Thr | Ile | Asp | Ile | Ser | Lys | Asn |
| 420 | 425 | 430 | |||||||||||||
| Leu | Gly | Ala | Ile | Ser | Phe | Ser Arg | Thr | Leu | Cys | Thr | Thr | Ser | Asp | Leu | |
| 435 | 440 | 445 | |||||||||||||
| Gly | Gin | Met | Glu | Tyr | Gin | Gly Gly Gly Ala | Leu | Phe | Gly | Glu | Asn | Ile | |||
| 450 | 455 | 460 | |||||||||||||
| Ser | Leu | Ser | Glu | Asn | Ala | Gly | Val | Leu | Thr | Phe | Lys | Asp | Asn | Ile | Val |
| 465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
| Lys | Thr | Phe | Ala | Ser | Asn | Gly | Lys | Ile | Leu | Gly Gly Gly | Ala | Ile | Leu | ||
| 485 | 490 | 495 | |||||||||||||
| Ala | Thr | Gly | Lys | Val | Glu | Ile | Thr | Asn | Asn | Ser | Gly Gly | Ile | Ser | Phe | |
| 500 | 505 | 510 | |||||||||||||
| Thr | Gly | Asn | Ala | Arg | Ala | Pro | Gin | Ala | Leu | Pro | Thr | Gin | Glu | Glu | Phe |
| 515 | 520 | 525 | |||||||||||||
| Pro | Leu | Phe | Ser | Lys | Lys | Glu | Gly | Arg | Pro | Leu | Ser | Ser | Gly | Tyr | Ser |
| 530 | 535 | 540 | |||||||||||||
| Gly | Gly Gly | Ala | Ile | Leu | Gly Arg | Glu | Val | Ala | Ile | Leu | His | Asn | Ala | ||
| 545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
| Ala | Val | Val | Phe | Glu | Gin | Asn | Arg | Leu | Gin | Cys | Ser | Glu | Glu | Glu | Ala |
| 565 | 570 | 575 | |||||||||||||
| Thr | Leu | Leu | Gly | Cys | Cys | Gly | Gly | Gly | Ala | Val | His | Gly | Met | Asp | Ser |
| 580 | 585 | 590 | |||||||||||||
| Thr | Ser | Ile | Val | Gly | Asn | Ser | Ser | Val | Arg | Phe | Gly | Asn | Asn | Tyr | Ala |
| 595 | 600 | 605 | |||||||||||||
| Met | Gly | Gin | Gly | Val | Ser | Gly | Gly | Ala | Leu | Leu | Ser | Lys | Thr | Val | Gin |
234
610 615 620
| Leu Ala | Gly Asn Gly Ser Val | Asp | Phe Ser Arg Asn | Ile Ala Ser | Leu |
| 625 | 630 | 635 | 640 | ||
| Gly Gly | Gly Ala Leu Gin Ala | Ser | Glu Gly Asn Cys | Glu Leu Val | Asp |
| 645 | 650 | 655 | |||
| Asn Gly | Tyr Val Leu Phe Arg | Asp | Asn Arg Gly Arg | Val Tyr Gly | Gly |
| 660 | 665 | 670 | |||
| Ala Ile | Ser Cys Leu Arg Gly Asp | Val Val Ile Ser | Gly Asn Lys | Gly | |
| 675 | 680 | 685 | |||
| Arg Val | Glu Phe Lys Asp Asn | Ile | Ala Thr Arg Leu | Tyr Val Glu | Glu |
| 690 | 695 | 700 | |||
| Thr Val | Glu Lys Val Glu Glu | Val | Glu Pro Ala Pro | Glu Gin Lys | Asp |
| 705 | 710 | 715 | 720 | ||
| Asn Asn | Glu Leu Ser Phe Leu | Gly | Ser Val Glu Gin | Ser Phe Ile | Thr |
| 725 | 730 | 735 | |||
| Ala Ala | Asn Gin Ala Leu Phe | Ala | Ser Glu Asp Gly Asp Leu Ser | Pro | |
| 740 | 745 | 750 | |||
| Glu Ser | Ser Ile Ser Ser Glu | Glu | Leu Ala Lys Arg Arg Glu Cys | Ala | |
| 755 | 760 | 765 | |||
| Gly Gly | Ala Asp Ser Ser Arg | Ser | Gly Cys |
770 775 <210> 194 <211> 948 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 194
| Met 1 | Ala | Ser | Met | His 5 | His | His | His | His | His 10 | Val | Lys | Ile | Glu | Asn 15 | Phe |
| Ser | Gly | Gin | Gly 20 | Ile | Phe | Ser | Gly | Asn 25 | Lys | Ala | Ile | Asp | Asn 30 | Thr | Thr |
| Glu | Gly | Ser 35 | Ser | Ser | Lys | Ser | Asn 40 | Val | Leu | Gly Gly | Ala 45 | Val | Tyr | Ala | |
| Lys | Thr 50 | Leu | Phe | Asn | Leu | Asp 55 | Ser | Gly | Ser | Ser | Arg 60 | Arg | Thr | Val | Thr |
| Phe 65 | Ser | Gly | Asn | Thr | Val 70 | Ser | Ser | Gin | Ser | Thr 75 | Thr | Gly | Glft | Val | Ala 80 |
| Gly | Gly | Ala | Ile | Tyr 85 | Ser | Pro | Thr | Val | Thr 90 | Ile | Ala | Thr | Pro | Val 95 | Val |
| Phe | Ser | Lys | Asn 100 | Ser | Ala | Thr | Asn | Asn 105 | Ala | Asn | Asn | Ala | Thr 110 | Asp | Thr |
| Gin | Arg | Lys 115 | Asp | Thr | Phe | Gly | Gly 120 | Ala | Ile | Gly | Ala | Thr 125 | Ser | Ala | Val |
| Ser | Leu 130 | Ser | Gly | Gly | Ala | His 135 | Phe | Leu | Glu | Asn | Val 140 | Ala | Asp | Leu | Gly |
| Ser 145 | Ala | Ile | Gly | Leu | Val 150 | Pro | Asp | Thr | Gin | Asn 155 | Thr | Glu | Thr | Val | Lys 160 |
| Leu | Glu | Ser | Gly | Ser 165 | Tyr | Tyr | Phe | Glu | Lys 170 | Asn | Lys | Ala | Leu | Lys 175 | Arg |
| Ala | Thr | Ile | Tyr 180 | Ala | Pro | Val | Val | Ser 185 | Ile | Lys | Ala | Tyr | Thr 190 | Ala | Thr |
| Phe | Asn | Gin 195 | Asn | Arg | Ser | Leu | Glu 200 | Glu | Gly | Ser | Ala | Ile 205 | Tyr | Phe | Thr |
| Lys | Glu 210 | Ala | Ser | Ile | Glu | Ser 215 | Leu | Gly | Ser | Val | Leu 220 | Phe | Thr | Gly | Asn |
| Leu 225 | Val | Thr | Pro | Thr | Leu 230 | Ser | Thr | Thr | Thr | Glu 235 | Gly | Thr | Pro | Ala | Thr 240 |
:, · · · · • : · :
.:.. : ...... ·» ···
235
| Thr | Ser | Gly Asp | Val 245 | Thr | Lys | Tyr | Gly | Ala 250 | Ala | Ilě | Phe | Gly | Gin 255 | Ile | |
| Ala | Ser | Ser | Asn 260 | Gly | Ser | Gin | Thr | Asp 265 | Asn | Leu | Pro | Leu | Lys 270 | Leu | Ile |
| Ala | Ser | Gly Gly 275 | Asn | Ile | Cys | Phe 280 | Arg | Asn | Asn | Glu | Tyr 285 | Arg | Pro | Thr | |
| Ser | Ser 290 | Asp | Thr | Gly | Thr | Ser 295 | Thr | Phe | Cys | Ser | Ile 300 | Ala | Gly | Asp | Val |
| Lys 305 | Leu | Thr | Met | Gin | Ala 310 | Ala | Lys | Gly | Lys | Thr 315 | Ile | Ser | Phe | Phe | Asp 320 |
| Ala | Ile | Arg | Thr | Ser 325 | Thr | Lys | Lys | Thr | Gly 330 | Thr | Gin | Ala | Thr | Ala 335 | Tyr |
| Asp | Thr | Leu | Asp 340 | Ile | Asn | Lys | Ser | Glu 345 | Asp | Ser | Glu | Thr | Val 350 | Asn | Ser |
| Ala | Phe | Thr Gly Thr 355 | Ile | Leu | Phe 360 | Sér | Ser | Glu | Leu | His 365 | Glu | Asn | Lys | ||
| Ser | Tyr 370 | Ile | Pro | Gin | Asn | Val 375 | Val | Leu | His | Ser | Gly 380 | Ser | Leu | Val | Leu |
| Lys 385 | Pro | Asn | Thr | Glu | Leu 390 | His | Val | Ile | Ser | Phe 395 | Glu | Gin | Lys | Glu | Gly 400 |
| Ser | Ser | Leu | Val | Met 405 | Thr | Pro | Gly | Ser | Val 410 | Leu | Ser | Asn | Gin | Thr Val 415 | |
| Ala | Asp | Gly | Ala 420 | Leu | Val | Ile | Asn | Asn 425 | Met | Thr | Ile | Asp | Leu 430 | Ser | Ser |
| Val | Glu | Lys 435 | Asn | Gly | Ile | Ala | Glu 440 | Gly | Asn | Ile | Phe | Thr 445 | Pro | Pro | Glu |
| Leu | Arg 450 | Ile | Ile | Asp | Thr | Thr 455 | Thr | Ser | Gly | Sér | Gly 460 | Gly | Thr | Pro | Ser |
| Thr 465 | Asp | Ser | Glu | Ser | Asn 470 | Gin | Asn | Ser | Asp | Asp 475 | Thr | Lys | Glu | Gin | Asn 480 |
| Asn | Ásn | Asp | Ala | Ser 485 | Asn | Gin | Gly | Glu | Ser 490 | Ala | Asn | Gly | Ser | Ser 495 | Ser |
| Pro | Ala | Val | Ala 500 | Ala | Ala | His | Thr | Ser 505 | Arg | Thr | Arg | Asn | Phe 510 | Ala | Ala |
| Ala | Ala | Thr 515 | Ala | Thr | Pro | Thr | Thr 520 | Thr | Pro | Thr | Ala | Thr 525 | Thr | Thr | Thr |
| Ser | Asn 530 | Gin | Val | Ile | Leu | Gly 535 | Gly | Glu | Ile | Lys | Leu 540 | Ile | Asp | Pro | Asn |
| Gly 545 | Thr | Phe | Phe | Gin | Asn 550 | Pro | Ala | Leu | Arg | Ser 555 | Asp | Gin | Gin | Ile | Ser 560 |
| Leu | Leu | Val | Leu | Pro 565 | Thr | Asp | Ser | Ser | Lys 570 | Met | Gin | Ala | Gin | Lys 575 | Ile |
| Val | Leu | Thr | Gly Asp 580 | Ile | Ala | Pro | Gin 585 | Lys | Gly | Tyr | Thr | Gly 590 | Thr | Leu | |
| Thr | Leu | Asp 595 | Pro | Asp | Gin | Leu | Gin 600 | Asn | Gly | Thr | Ile | Ser 605 | Ala | Leu | Trp |
| Lys | Phe 610 | Asp | Ser | Tyr | Arg | Gin 615 | Trp | Ala | Tyr | Val | Pro 620 | Arg | Asp | Asn | His |
| Phe 625 | Tyr | Ala | Asn | Ser | Ile 630 | Leu | Gly | Ser | Gin | Met 635 | Ser | Met | Val | Thr | Val 640 |
| Lys | Gin | Gly | Leu | Leu 645 | Asn | Asp | Lys | Met | Asn 650 | Leu | Ala | Arg | Phe | Asp 655 | Glu |
| Val | Ser | Tyr | Asn 660 | Asn | Leu | Trp | Ile | Ser 665 | Gly | Leu | Gly | Thr | Met 670 | Leu | Ser |
| Gin | Val | Gly 675 | Thr | Pro | Thr | Ser | Glu 680 | Glu | Phe | Thr | Tyr | Tyr 685 | Ser | Arg | Gly |
| Ala | Ser | Val | Ala | Leu | Asp | Ala | Lys | Pro | Ala | His | Asp | Val | Ile | Val | Gly |
690 695 700
236
| Ala 705 | Ala | Phe | Ser | Lys | Met 710 | Ile | Gly | Lys | Thr | Lys 715 | Ser | Leu | Lys | Arg | Glu 720 |
| Asn | Asn | Tyr | Thr | His 725 | Lys | Gly | Ser | Glu | Tyr 730 | Ser | Tyr | Gin | Ala | Ser 735 | Val |
| Tyr | Gly Gly | Lys 740 | Pro | Phe | His | Phe | Val 745 | Ile | Asn | Lys | Lys | Thr 750 | Glu | Lys | |
| Ser | Leu | Pro 755 | Leu | Leu | Leu | Gin | Gly 760 | Val | Ile | Ser | Tyr | Gly 765 | Tyr | Ile | Lys |
| His | Asp 770 | Thr | Val | Thr | His | Tyr 775 | Pro | Thr | Ile | Arg | Glu 780 | Arg | Asn | Gin | Gly |
| Glu 785 | Trp | Glu | Asp | Leu | Gly 790 | Trp | Leu | Thr | Ala | Leu 795 | Arg | Val | Ser | Ser | Val 800 |
| Leu | Arg | Thr | Pro | Ala 805 | Gin | Gly Asp | Thr | Lys 810 | Arg | Ile | Thr | Val | Tyr 815 | Gly | |
| Glu | Leu | Glu | Tyr 820 | Ser | Ser | Ile Arg | dn 825 | Lys Gin | Phe | Thr | Glu 830 | Thr | Glu | ||
| Tyr | Asp | Pro 835 | Arg | Tyr | Phe | Asp | Asn 840 | Cys | Thr | Tyr | Arg | Asn 845 | Leu | Ala | Ile |
| Pro | Met 850 | cly | Leu | Ala | Phe | Glu 855 | Gly | Glu | Leu | Ser | Gly 860 | Asn | Asp | Ile | Leu |
| Met 865 | Tyr | Asn | Arg | Phe | Ser 870 | Val | Ala | Tyr | Meť | Pro 875 | Ser | Ile | Tyr | Arg | Asn 880 |
| Ser | Pro | Thr | Cys | Lys 885 | Tyr | Gin | Val | Leu | Ser 890 | Ser | Gly | Glu | Gly Gly 895 | Glu | |
| Ile | Ile | Cys | Gly 900 | Val | Pro | Thr | Arg | Asn 905 | Ser | Ala | Arg | Gly | Glu 910 | Tyr | Ser |
| Thr | Gin | Leu 915 | Tyr | Pro | Gly | Pro | Leu 920 | Trp | Thr | Leu | Tyr | Gly 925 | Ser | Tyr | Thr |
| Ile Arg | Glu 930 Met | Ala Thr | Asp Phe | Ala | His | Thr 935 | Leu | Ala | His | Met | Met 940 | Asn | Cys | Gly | Ala |
945 <210> 195 <211> 821 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 195
| Met His His His His His His Glu Ala Ser Ser Ile Gin Asp Gin Ile | |||||||||||||||
| 1 | - 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Lys | Asn | Thr | Asp | Cys | Asn | Val | Ser | Lys | Val | Gly | Tyr | Ser | Thr | Ser | Gin |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Ala | Phe | Thr | Asp | Met | Met | Leu | Ala | Asp | Asn | Thr | Glu | Tyr | Arg | Ala | Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Asp | Ser | Val | Ser | Phe | Tyr | Asp | Phe | Ser | Thr | Ser | Ser | Gly | Leu | Pro | Arg |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Lys | His | Leu | Ser | Ser | Ser | Ser | Glu | Ala | Ser | Pro | Thr | Thr | Glu | Gly | Val |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Ser | Ser | Ser | Ser | Ser | Gly | Glu | Asn | Thr | Glu | Asn | Ser | Gin | Asp | Ser | Ala |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Pro | Ser | Ser | Gly | Glu | Thr | Asp | Lys | Lys | Thr | Glu | Glu | Glu | Leu | Asp | Asn |
| 100 | - | 105 | 110 | ||||||||||||
| Gly | Gly | Ile | Ile | Tyr | Ala | Arg | Glu | Lys | Leu | Thr | Ile | Ser | Glu | Ser | Gin |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| Asp | Ser | Leu | Ser | Asn | Pro | Ser | Ile | Glu | Leu | His | Asp | Asn | Ser | Phe | Phe |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||||
| Phe | Gly | Glu | Gly | Glu | Val | Ile | Phe | Asp | His | Arg | Val | Ala | Leu | Lys | Asn |
237
| 145 | 150 | 155 | 160 |
| Gly Gly Ala Ile Tyr | Gly Glu | Lys Glu Val Val Phe | Glu Asn Ile Lys |
| 165 | 170 | 175 | |
| Ser Leu Leu Val Glu | Val Asn | Ile Ser Val Glu Lys | Gly Gly Ser Val |
| 180 | 185 | 190 | |
| Tyr Ala Lys Glu Arg | Val Ser | Leu Glu Asn Val Thr | Glu Ala Thr Phe |
| 195 | 200 | 205 | |
| Ser Ser Asn Gly Gly | Glu Gin | Gly Gly Gly Gly Ile | Tyr Ser Glu Gin |
| 210 | . 215 | 220 | |
| Asp Met Leu Ile Ser | Asp Cys | Asn Asn Val His Phe | Gin Gly Asn Ala |
| 225 | 230 | 235 | 240 |
| Ala Gly Ala Thr Ala | Val Lys | Gin Cys Leu Asp Glu | Glu Met Ile Val |
| 245 | 250 | 255 | |
| Leu Leu Thr Glu Cys | Val Asp | Ser Leu Ser Glu Asp | Thr Leu Asp Ser |
| -------- 26θ | 265 | 270 | |
| Thr Pro Glu Thr Glu | Gin Thr | Lys Ser Asn Gly Asn | Gin Asp Gly Ser |
| 275 | 280 | 285 | |
| Ser Glu Thr Lys Asp | Thr Gin | Val Ser Glu Ser Pro | Glu Ser Thr Pro |
| 290 | 295 | 300 | |
| Ser Pro Asp Asp Val | Leu Gly | Lys Gly Gly Gly Ile | Tyr Thr Glu Lys |
| 305 | 310 | 315 | 320 |
| Ser Leu Thr Ile Thr | Gly Ile | Thr Gly Thr Ile Asp | Phe Val Ser Asn |
| 325 | 330 | 335 | |
| Ile Ala Thr Asp Ser | Gly Ala | Gly Val Phe Thr Lys | Glu Asn Leu Ser |
| 340 | 345 | 350 | |
| Cys Thr Asn Thr Asn | Ser Leu | GlnPhe Leu Lys Asn | Ser Ala Gly Gin |
| 355 | 360, | 365 | |
| His Gly Gly Gly Ala | Tyr Val | Thr Gin Thr Met Ser | Val Thr Asn Thr |
| 370 | 375 | 380 | |
| Thr Ser Glu Ser Ile | Thr Thr | Pro Pro Leu Val Gly | Glu Val Ile Phe |
| 385 | 390 | 395 | 400 |
| Ser Glu Asn Thr Ala | Lys Gly | His Gly Gly Gly Ile | Cys Thr Asn Lys |
| 405 | 410 | 415 | |
| Leu Ser Leu Ser Asn | Leu Lys | Thr Val Thr Leu Thr | Lys Asn Ser Ala |
| 420 | 425 | 430 | |
| Lys Glu Ser Gly Gly | Ala Ile | Phe Thr Asp Leu Ala | Ser Ile Pro Thr |
| 435 | 440 | 445 | |
| Thr Asp Thr Pro Glu | Ser Ser | Thr Pro Ser Ser Ser | Ser Pro Ala Ser |
| 450 | 455 | 460 | |
| Thr Pro Glu Val Val | Ala Ser | Ala Lys Ile Asn Arg | Phe Phe Ala Ser |
| 465 | 470 | 475 | 480 |
| Thr Ala Glu Pro Ala | Ala Pro | Ser Leu Thr Glu Ala | Glu Ser Asp Gin |
| 485 | 490 | 495 | |
| Thr Asp Gin Thr Glu | Thr Ser | Asp Thr Asn Ser Asp | Ile Asp Val Ser |
| 500 | 505 | 510 | |
| Ile Glu Asn Ile Leu | Asn Val | Ala Ile Asn Gin Asn | Thr Ser Ala Lys |
| 515 | 520 | 525 | |
| Lys Gly Gly Ala Ile | Tyr Gly | Lys Lys Ala Lys Leu | Ser Arg Ile Asn |
| 530 | 535 | 540 | |
| Asn Leu Glu Leu Ser | Gly Asn | Ser Ser Gin Asp Val | Gly Gly Gly Leu |
| 545 | 550 | 555 | 560 |
| Cys Leu Thr Glu Ser | Val Glu | Phe Asp Ala Ile Gly | Ser Leu Leu Ser |
| 565 | 570 | 575 | |
| His Tyr Asn Ser Ala | Ala Lys | Glu Gly Gly Val Ile | His Ser Lys Thr |
| 580 | 585 | 590 | |
| Val Thr Leu Ser Asn | Leu Lys | Ser Thr Phe Thr Phe | Ala Asp Asn Thr |
| 595 | 600 | 605 | |
| Val Lys Ala Ile Val | Glu Ser | Thr Pro Glu Ala Pro | Glu Glu Ile Pro |
238
| 610 | 615 | 620 | |||||||||||||
| Pro | Val | Glu | Gly | Glu | Glu | Ser | Thr | Ala | Thr | Glu | Asn | Pro | Asn | Ser | Asn |
| 625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
| Thr | Glu | Gly | Ser | Ser | Ala | Asn | Thr | Asn | Leu | Glu | Gly | Ser | Gin | Gly | Asp |
| 645 | 650 | 655 | |||||||||||||
| Thr | Ala | Asp | Thr | Gly | Thr | Gly | Val | Val | Asn | Asn | Glu | Ser | Gin | Asp | Thr |
| 660 | 665 | 670 | |||||||||||||
| Ser | Asp | Thr | Gly | Asn | Ala | Glu | Ser | Gly | Glu | Gin | Leu | Gin | Asp | Ser | Thr |
| 675 | 680 | - | 685 | ||||||||||||
| Gin | Ser | Asn | Glu | Glu | Asn | Thr | Leu | Pro | Asn | Sér | Ser | Ile | Asp | Gin | Ser |
| 690 | 695 | 700 | |||||||||||||
| Asn | Glu | Asn | Thr | Asp | Glu | Ser | Ser | Asp | Ser | His | Thr | Glu | Glu | Ile | Thr |
| 705 | 710 | 715 | 720 | ||||||||||||
| Asp | Glu | Ser | Val | Ser | Ser | Ser | Ser Lys | Ser | Gly Ser | Ser | Thr | Pro | Gin | ||
| 725 | 730 | 735 | |||||||||||||
| Asp Gly Gly | Ala | Ala | Ser | Ser | Gly | Ala | Pro | Ser | Gly Asp | Gin | Ser | Ile | |||
| 740 | 745 | 750 | |||||||||||||
| Ser | Ala | Asn | Ala | Cys | Leu | Ala | Lys | Ser | Tyr | Ala | Ala | Ser | Thr | Asp | Ser |
| 755 | 760 | 765 | |||||||||||||
| Ser | Pro | Val | Ser | Asn | Ser | Ser | Gly | Ser | Asp | Val | Thr | Ala | Ser | Ser | Asp |
| 770 | 775 | 780 | |||||||||||||
| Asn | Pro | Asp | Ser | Ser | Ser | Ser | Gly Asp | Ser | Ala | Gly Asp | Ser | Glu | Gly | ||
| 785 | 790 | 795 | 800 | ||||||||||||
| Pro | Thr | Glu | Pro | Glu | Ala | Gly | Ser | Thr | Thr. | Glu | Thr | Pro | Thr | Leu | Ile |
| 805 | 810 | 815 | |||||||||||||
| Gly Gly | Gly | Ala | Ile | ...... ·>. | |||||||||||
| 820 | |||||||||||||||
| <210> 196 | |||||||||||||||
| <211> 525 | |||||||||||||||
| <212> PRT | |||||||||||||||
| <213> Chlamydia | |||||||||||||||
| <400> 196 | |||||||||||||||
| Met | His | His | His | His | His | His | Thr | Ala | Ala | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Ser | Gin | Gly | Gly | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala | Met | Ala |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Ile | Ala | Gly | Gin | Ile | Lys | Leu | Pro | Thr | Val | His | Ile | Gly | Pro | Thr | Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Phe | Leu | Gly | Leu | Gly | Val | Val | Asp | Asn | Asn | Gly | Asn | Gly | Ala | Arg | Val |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Gin | Arg | Val | Val | Gly | Ser | Ala | Pro | Ala | Ala | Ser | Leu | Gly | Ile | Ser | Thr |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Gly Asp | Val | Ile | Thr | Ala | Val | Asp | Gly | Ala | Pro | Ile | Asn | Ser | Ala | Thr | |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Ala | Met | Ala | Asp | Ala | Leu | Asn | Gly | His | His | Pro | Gly | Asp | Val | Ile | Ser |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| Val | Thr | Trp | Gin | Thr | Lys | Ser | Gly Gly | Thr | Arg | Thr | Gly | Asn | Val | Thr | |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| Leu | Ala | Glu | Gly | Pro | Pro | Ala | Glu | Phe | Pro | Leu | Val | Pro | Arg | Gly | Ser |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||||
| Pro | Leu | Pro | Val | Gly | Asn | Pro | Ala | Glu | Pro | Ser | Leu | Leu | Ile | Asp Gly | |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Thr | Met | Trp | Glu | Gly | Ala | Ser | Gly Asp | Pro | Cys | Asp | Pro | Cys | Ala | Thr | |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Trp | Cys | Asp | Ala | Ile | Ser | Ile | Arg Ala | Gly | Tyr Tyr Gly Asp | Tyr | Val |
180
185
190 ί· ·♦·· • · · *239
| Phe | Asp Arg Val Leu Lys Val Asp Val Asn Lys Thr Phe | Ser | Gly Met | ||||||||||||
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||||
| Ala | Ala | Thr | Pro | Thr | Gin | Ala | Ile | Gly | Asn | Ala | Ser | Asn | Thr | Asn | Gin |
| 210 | 215 | - | 220 | ||||||||||||
| Pro | Glu | Ala | Asn | Gly Arg | Pro | Asn | Ile | Ala | Tyr | Gly Arg | His | Met | Gin | ||
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| Asp | Ala | Glu | Trp | Phe | Ser | Asn | Ala | Ala | Phe | Leu | Ala | Leu | Asn | Ile | Trp |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Asp | Arg | Phe | Asp | Ile | Phe | Cys | Thr | Leu | Gly | Ala | Ser | Asn | Gly Tyr | Phe | |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Lys | Ala | Ser | Ser | Ala | Ala | Phe | Asn | Leu | Val | Gly | Leu | Ile | Gly Phe | Ser | |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Ala | Ala 290 | Ser | Ser | Ue | Ser | Thr | Asp | Leu | Pro | Met | Gin | Leu | Pro | Asn | Val |
| 295 | 300 | ||||||||||||||
| Gly | Ile | Thr | Gin | Gly | Val | Val | Glu | Phe | Tyr | Thr | Asp Thr | Ser | Phe | Sér | |
| 305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
| Trp | Šer | Val | Gly | Ala | Arg | Gly | Ala | Leu | Trp | Glu | Cys Gly | Cys | Ala | Thr | |
| 325 | 330 | 335 | |||||||||||||
| Leu | Gly | Ala | Glu | Phe | Gin | Tyr | Ala | Gin | Ser | Asn | Pro | Lys | Ile | Glu | Met |
| 340 | 345 | , · | 350 | ||||||||||||
| Leu | Asn | Val | Thr | Ser | Ser | Pro | Ala | Gin | Phe | Val | Ile | His | Lys | Pro | Arg |
| 355 | 360 | 365 | |||||||||||||
| Gly | Tyr | Lys | Gly | Ala | Ser | Ser | Asn | Phe | Pro | Leu | Pro | Ile | Thr | Ala | Gly |
| 370 | 375 | 380 | |||||||||||||
| Thr | Thr | Glu | Ala | Thr | Asp | Thr | Lys | Ser | Ala | Thr | Ile | Lys | Tyr | His | Glu |
| 385 | 390 | 395 | * | 400 | |||||||||||
| Trp | Gin | Val | Gly | Leu | Ala | Leu | Ser | Tyr | Arg | Leu | Asn | Met | Lěu | Val | Pro |
| 405 | 410 | 415 | |||||||||||||
| Tyr | Ile | Gly | Val | Asn | Trp | Ser | Arg | Ala | Thr | Phe | Asp | Ala | Asp | Thr | Ile |
| 420 | 425 | 430 | |||||||||||||
| Arg | Ile | Ala | Gin | Pro | Lys | Leu | Lys | Ser | Glu | Ile | Leu | Asn | Ile | Thr | Thr |
| 435 | '·' | 440 | 445 | ||||||||||||
| Trp | Asn | Pro | Ser | Leu | Ile | Gly | Ser | Thr | Thr | Ala | Leu | Pro | Asn | Asn | Ser |
| 450 | 455 | 460 | |||||||||||||
| Gly | Lys | Asp | Val | Leu | Ser | Asp | Val | Leu | Gin | Ile | Ala | Ser | ile | Gin | Ile |
| 465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
| Asn | Lys | Met | Lys | Ser | Arg | Lys | Ala | Cys | Gly | Val | Ala | Val | Gly | Ala | Thr |
| 485 | 490 | 495 | |||||||||||||
| Leu | Ile | Asp | Ala | Asp | Lys | Trp | Ser | Ile | Thr | Gly | Glu | Ala | Arg | Leu | Ile |
| 500 | 505 | 510 | |||||||||||||
| Asn | Glu | Arg | Ala | Ala | His | Met | Asn | Ala | Gin | Phe | Arg | Phe | |||
| 515 | 520 | 525 |
<210> 197 <211> 43 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 197 gataggcgcg ccgcaatcat gaaatttatg tcagctactg ctg <210> 198 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 198 cagaacgcgť ttagaatgtc atacgagcac cgca
240
| <210> 199 <211> 6 <212> DNA <213> Chlamydia | |
| <400> | 199 |
| gcaatc | |
| <210> | 200 |
| <2ll> | 34 |
| <212> | DNA |
| <213> | Chlamydia |
<400> 200 tgcaatcatg agttcgcaga aagatataaa aagc <210> 201 <211> 38 <212> DNA <213 > Chlamydia <400> 201 cagagctagc ttaaaagatc aatcgcaatc cagtattc
202 5
DNA
Chlamydia
202 <210>
<211>
<212>
<213>
<400>
caatc <210>
<211>
<212>
<213>
<400>
203 31 DNA
Chlamydia
203 tgcaatcatg aaaaaagcgt ttttcttttt c <210> 204 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 204 cagaacgcgt ctagaatcgc agagcaattt c <210> 205 <211> 30 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 205 gtgcaatcat gattcctcaa ggaatttacg <210> 206
241
<211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400>206 cagaacgcgt ttagaaccgg actttacttc c <210> 207 <211> 50 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 207 cagacatatgcateaceatcaccatcacgaggcgagctcgatccaagatc____________„50 <210> 208 <211> 40 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 208 cagaggtacc tcagatagca ctctctccta ttaaagtagg <210> 209 <211> 55 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 209 cagagctagc atgcatcacc atcaccatca cgttaagatt gagaacttct ctggc 55 <210> 210 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 210 cagaggtacc ttagaatgtc atacgagcac cgcag <210> 211 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 211 cagacatatg catcaccatc accatcacgg gttagc 36 <210> 212 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 212 cagaggtacc tcagctcctc cagcacactc tcttc <210> 213 <211> 51 <212> DNA «444 <213> Chlamydia
Ϊ4 4 · • 4 ♦ ·
1242 <400> 213 cagagctagc catcaccatc accatcacgg tgctatttct tgcttacgtg g
| <210> <211> <212> <213> | 214 38 DNA Chlamydia | |||
| <400> | 214 | |||
| cagaggtact taaaagatca | atcgcaatcc | agtattcg | ||
| <210> | 215 | |||
| <211> | 48 | |||
| <212> | DNA | |||
| <213> | Chlamydia | |||
| <400> | 215 | |||
| cagaggatcc acatcaccat | caccatcacg gactagctag | |||
| <21O> | 216 | |||
| <211> | 31 | |||
| <212> | DNA | |||
| <213> | Chlamydia | |||
| .<400> | 216 | |||
| cagagaattc ctagaatcgc | agagcaattt | c | ||
| <210> | 217 | |||
| <211> | 7 | |||
| <212> | DNA | |||
| <213> | Chlamydia | |||
| <400> | 217 | |||
| tgcaatc | ||||
| <210> | 218 | - | ||
| <211> | 22 | |||
| <212> | PRT | |||
| <213> | Chlamydia | |||
| <400> | 218 | |||
| Met Ala Ser Met | Thr Gly Gly Gin Gin Met Gly | |||
| 1 | 5 | 10 | ||
| Val Pro Ser Ser | Asp Pro | |||
| 20 | ||||
| <210> | 219 | |||
| <211> | 51 | |||
| <212> | DNA | |||
| <213> | Chlamydia | |||
| <400> | 219 | |||
| cagaggtacc gcatcaccat | caccatcaca | tgattcctca | ||
| <210> | 220 | |||
| <211> | 33 |
»··*
243 <212> DNA <213 > Chlamydia <400> 220 cagagcggcc gcttagaacc ggactttact tcc <210> 221 <211> 24 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 221
Met Ala Ser Met Thr Gly Gly Gin Gin Asn Gly Arg Asp Ser Ser Leu
----1-_------------__~_5--------------10---------------------15'------·Val Pro His His His His His His <210> 222 <211> 46 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 222 cagagctagc catcaccatc accatcacct ctttggccag gatccc <210> 223 <211> 30 ' <212> DNA <213> Chlamydia <400> 223 cagaactagt ctagaacctg taagtggtcc <210> 224 <211> 20 <212> PRT.
<213 > Artifíciální sekvence:
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 224
Met Ser Gin Lys Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile
5 10 — 15
Sér Thr Asp Leu <210> 225 <211> 20 <212> PRT <213> Artifíciální sekvence’ <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 225
Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala 1 5 10 15 • a ·»··
244
Val Ile Val Gly 20 <210> 226 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence r <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 226
His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly _1______________L-----:5__J-------------------------10----------------—15-------Pro Met Pro Arg 20 <210> 227 <211> 20 <212> PRT <213 >; Artificiální sekvence i <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 227 7
Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr 1 5 10 15
Glu Ile Val Lys 20 <210> 228 <211> 20 <212> PRT <213 > z Artificiální sekvencet <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 228
Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys 1 5 10 15
Val Trp Glu Tyr 20 <210> 229 <211> 20 <212> PRT <21.3; Artificiální sekvencer.
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 229
Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile 1 5 10 15
Lys Lys His Asn 20 ···♦
245 <210> 230 <211> 20 <212> PRT <2ΐ3> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 230
Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu 1 5 10 15
Pro Asp Ala Asn
_. . _20 _/ _________________
| <210> 231 <211> 20 <212> PRT <2i3> ; Artificiální sekvence i | ||
| <220> <223> | Vyrobeno v laboratoři | |
| <400 | 231 | — |
| Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn Lys Arg Asn | Ile Leu Pro Asp Ala Asn | |
| 1 | 5 10 | - ..Z is |
| Leu Ala Lys Val | ||
| 20 |
<210> 232 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence i, <220>
<223> Made in a lab <400 232
Lys Asn Lys Arg Asn Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe 1 5 10 15
Gly Ser Ser Asp 20 <210> 233 <211> 20 <212> PRT < 213 > Artificiální sekvence íce <220>
<223> Made in a lab <400> 233
Ile Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly sér Ser Asp Pro 1 5 10 15
Ile Asp Met Phe _
<210> 234 ·· ·*·« • · · ft · • · ♦ o · ·« « « · • · · • · · • · · ····
246 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artifíciální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 234
Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gin 1 5 10 15
Met Thr Lys Ala <210> 235 <211> 22----:----:---~~~——-------------------_ ' <212> PRT <213* Artifíciální sekvence· <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 235 . ? /
Phe Gly Sér Ser Asp Pro Ile Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Ala Leu 1 5 10 15 Ser Lys,His Ile Val Lys .. 20 <210> 236 ’ <211> 20 <212> PRT <2i3> , Artifíciální sekvence( <220>
<223 > Vyrobeno v laboratoři <400> 236
Val Glu Ile Thr Gin Ala Val Pro Lys Tyr Ala Thr Val Gly Ser Pro 1 5 10 15
Tyr Pro Val Glu 20
| <210> 237 <211> 20 <212> PRT <213 > Artifíciální sekvence < | ||
| <220> <223> Vyrobeno v laboratoři <400> 237 Ala Val Pro Lys Tyr Ala Thr Val | Gly Ser Pro Tyr Pro Val Glu Ile | |
| 1 | 5 | 10 15 |
Thr Ala Thr Gly
| 20 | ||
| <210> <211> <212> | 238 20 PRT |
]247 <2i3> Artificiální sekvence <
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 238
Ala Thr Val Gly Ser Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala Thr Gly Lys 1 5 10 15
Arg Asp Cys Val 20 <210> 239 <211> 20 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 239
| Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala | Thr | Gly Lys Arg Asp Cys Val Asp | ||
| 1 Val Ile Ile | 5 Thr 20 | 10 | 15 | |
| <210> 240 <2li> 21 <212> PRT <2i3> jArtificiáiní sekvence,. <220> <223> Vyrobeno v laboratoři <400> 240 Ile Thr Ala Thr Gly Lys Arg Asp | Cys | Val Asp Val | Xle Ile Thr Gin | |
| 1 Gin Leu Pro <210> 241 <211> 20 <212> PRT | 5 Cys Glu 20 | 10 | 15 |
<2i3> . Artificiální sekvence <220>
<22 3 > Vyrobeno v laboratoři <400> 2-.
Lys Arg :sp Cys Val Asp Val Ile Ile Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu 1 5 10 15
Ala Glu Phe Val 20 <210> 242 <211> 20 <212> PRT <2i3> JArtificiální sekvence ····
248 <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 242
Asp Val Ile Ile Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg 1 5 10 15
Ser Asp Pro Ala 20 <210> 243 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence ' <220>
<223 > ř Vyrobeno v laboratoři <400> 243
Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg Ser Asp Pro Ala 1 5 10 15
Thr Thr Pro Thr 20 <210> 244 <211> 20 <212> PRT -· , . - , <213> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 244
Cys Glu Ala Glu Phe Val Arg Ser Asp Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala 1 5 10 15
Asp Gly Lys Leu 20 <210> 245 <21I> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 245
Val Arg Ser Asp Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala Asp Gly Lys Leu Val 1 5 10 15
Trp Lys Ile Asp 20 <210> 246 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence;
<220>
<2 23 > Vyrobeno v laboratoři
V»’** ··· ·
249 <400> 246
Ala Thr Thr Pro Thr Ala Asp Gly Lys Leu Val Trp Lys Ile Asp Arg 1 5 10 15
Leu Gly Gin Gly 20 <210> 247 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvencei <220>
<223 > : Vyrobeno v laboratoři _____ _________ <400> 247
Ala Asp Gly Lys Leu Val Trp Lys Ile Asp Arg Leu Gly Gin Gly Glu 1 5 10 15
Lys Ser Lys Ile ,
<210> 248 <211> 20 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 248
Val Trp Lys Ile Asp Arg Leú Gly Gin Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr 1 5 10 15
Val Trp Val Lys 20 <210> 249 <211> 20 <212> PRT <2i3> ; Artificiální sekvence:
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 249
Arg Leu Gly Gin Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro 1 5 10 15
Leu.Lys Glu Gly 20 <210> 250 <211> 20 <212> PRT <2i3> ; Artificiální sekvence:
<220>
<223> iVyrobeno v laboratoři <400> 250 • ·
250
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 1 5 10 15
Cys Cys Phe Thr 20 <210> 251 <211> 16 <212> PRT <213> Artifíciální sekvencei <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 251 ____________
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly
5 10 15 <210> 252 <211> 12 <212> PRT <2i3> Artifíciální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 252
Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 1 5 10 <210> 253 <211> 16 <212> PRT <213> Artifíciální sekvence:
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 253
Gly Asp Lys Cys Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 1 5 10 15 <210> 254 <211> 20 <212> PRT <213 > Artifíciální sekvence:
<220>
<223 > i Vyrobeno v laboratoři <400> 254
Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Sér Glu Ala 1 5 10 15
Phe Gly Val Leu 20 <210> 255 <211> 20 <212> PRT K
251 <2i3> Artificiální sekvence<
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři ’<400> 255
Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn 1 5 10 15
Pro Glu Gly Ser \ 20 <210> 256 <211> 20 <212> PRT <213 >Artificiálnísekvence^ <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 256
Phe Lys Ile Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu 1 5 10 15
Ala Leu Arg Ala 20 <210> 257 . ; , <211> 20 .<212> PRT <213 > . Artihciální sekvence c <220>
<223 > Vyrobeno v laboratoři <400> 257
Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr1 5 10 15
Phe Leu Ile Asp 20 <210> 258 <211> 20 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence i <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 258
Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys 1 5 10 15
His Gly Val Ile '* '· <210> 259 <211> 20 <212> PRT <2i3> Artificiální sekvence:
252 <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 259
Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg I 5 10 15
His Ala Val Ile 20 <210> 260 <211> 20 <212> PRT <213 > Artificiální sekvence <220> ' . .
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 260
Thr Phe Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg His Ala Val Ile Asn 1 5 10 15
Asp Leu Pro Leu 20 <210> 261 <211> 20 <212> PRT „ <2i3> jArtificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 261
Lys His Gly Val Ile Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro Leu Gly 1 5 10 15
Arg Ser Ile Asp 20 <210> 262 <211> 20 <212> PRT <213 > ^Artificiální sekvence <220>
<2 2 3 > Vyrobeno v laboratoři <400> 262
Arg His Ala Val Ile Asn Asp Leu Pro Leu Gly Arg Ser Ile Asp Glu 1 5 10 15
Glu Leu Arg Ile 20 <210> 263 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<22i> různé vlastnosti
253 <222> (1)...(897) <223> n = A,T,CneboG <400> 263 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggagt ggataagact attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt gcgnaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa <210> 264 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<22i> variantár x <222> (1)...(298) <223> Xaa = jakákoliv aminokyselina
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897 <400> 264
| Met 1 | Ala | Ser | Ile | Cys 5 | Gly Arg | Leu | Gly | Ser 10 | Gly | Thr | Gly | Asn | Ala 15 | Leu | |
| Lys | Ala | Phe | Phe 20 | Thr | Gin | Pro | Asn | Asn 25 | Lys | Met | Ala | Arg | Val 30 | Val | Asn |
| Lys | Thr | Lys 35 | Gly | Val | Asp | Lys | Thr 40 | Ile | Lys | Val | Ala | Lys 45 | Ser | Ala | Ala |
| Glu | Leu 50 | Thr | Ala | Asn | Ile | Leu 55 | Glu | Gin | Ala | Gly Gly 60 | Ala | Gly | Ser | Ser | |
| Ala 65 | His | Ile | Thr | Ala | Ser 70 | Gin | Val | Ser | Lys | Gly 75 | Leu | Gly Asp | Ala | Arg 80 | |
| Thr | Val | Val | Ala | Leu 85 | Gly | Asn | Ala | Phe | Asn 90 | Gly | Ala | Leu | Pro | Gly 95 | Thr |
| Val | Gin | Ser | Ala 100 | Gin | Ser | Phe | Phe | Ser 105 | His | Met | Lys | Ala | Ala 110 | Ser | Gin |
| Lys | Thr | Gin 115 | Glu | Gly | Asp | Glu | Gly 120 | Leu | Thr | Ala | Asp | Leu 125 | Cys | Val | Ser |
| His | Lys 130 | Arg | Arg | Ala | Ala | Ala 135 | Ala | Val | Cys | Ser | Ile 140 | Ile | Gly Gly | Ile | |
| Thr 145 | Tyr | Leu | Ala | Thr | Phe 150 | Gly | Ala | Ile | Arg | Pro 155 | Ile | Leu | Phe | Val | Asn 160 |
| Lys | Met | Leu | Ala | Lys 165 | Pro· | • Phe | Leu | Ser | Ser 170 | Gin | Thr | Lys | Ala | Asn 175 | Met |
| Gly | Ser | Ser | Val 180 | Ser | Tyr | Ile | Met | Ala 185 | Ala | Asn | His | Ala | Ala 190 | Ser | Val |
| Val | Gly | Ala 195 | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser 200 | Ala | Xaa | Arg | Ala | Asp 205 | Cys | Glu | Ala |
| Arg | Cys | Ala | Arg | Ile | Ala | Arg | Glu | Glu | Ser | Leu | Leu | Glu | Val | Pro | Gly |
4 4444
254
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Glu | Glu | Asn | Ala | Cys | Glu | Lys | Lys | Val | Ala | Gly | Glu | Lys | Ala | Lys | Thr |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| Phe | Thr | Arg | Ile | Lys | Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr | Met | Leu | Glu | Lys | Phe | Leu |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Glu | Cys | Val | Ala | Asp | Val | Phe | Lys | Leu | Val | Pro | Leu | Pro | Ile | Thr | Met |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Gly | Ile | Arg | Ala | Ile | Val | Ala | Ala | Gly | Cys | Thr | Phe | Thr | Ser | Ala | Ile |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Ile | Gly | Leu | Cys | Thr | Phe | Cys | Ala | Arg | Ala | ||||||
| 290 | 295 |
<210> 265 <211> 897 .__________. _________'______________(________:________________...
<212> DNA <213> Chlamydia <220>
< 221 > různé vlastnosti <222> (1)...(897) <223> n = a,t,c nebo G <400> 265 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgčg caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt. tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt gcgnaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca, tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa <210> 266 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <220>
<22i> varianta <222> (1)...(298) <223> xaa = , jakákoliv aminokyselina <4?0> 266
120 180 240 . 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 897
| MeL | Ala | Ser | Ile | Cys | Gly Arg | Leu | Gly | Ser | Gly | Thr | Gly | Asn | Ala | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||||||||||
| Lys | Ala | Phe | Phe | Thr | Gin Pro | Asn | Asn | Lys | Met | Ala | Arg | Val | Val | Asn |
| 20 | 25 | 30 | ||||||||||||
| Lys | Thr | Lys | Gly | Met | Asp Lys | Thr | Ile | Lys | Val | Ala | Lys | Ser | Ala | Ala |
| 35 | 40 | 45 | ||||||||||||
| Glu | Leu | Thr | Ala | Asn | Ile Leu | Glu | Gin | Ala | Gly Gly | Ala | Gly | Ser | Ser | |
| 50 | 55 | 60 |
·· 4444
4' 4'
255
| Ala | His | Ile | Thr | Ala | Ser | Gin | Val | Ser | Lys | Gly | Leu | Gly Asp | Ala | Arg | |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Thr | Val | Val | Ala | Leu | Gly | Asn | Ala | Phe | Asn | Gly | Ala | Leu | Pro | Gly | Thr |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Val | Gin | Ser | Ala | Gin | Ser | Phe | Phe | Ser | His | Met | Lys | Ala | Ala | Ser | Gin |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| Lys | Thr | Gin | Glu | Gly | Asp | Glu | Gly | Leu | Thr | Ala | Asp | Leu | Cys | Val | Ser |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| His | Lys | Arg | Arg | Ala | Ala | Ala | Ala | Val | Cys | Ser | Ile | Ile | Gly | Gly | Ile |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||||
| Thr | Tyr | Leu | Ala | Thr | Phe | Gly | Ala | Ile | Arg | Pro | Ile | Leu | Phe | Val | Asn |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
| Lys | Met | Leu | Ala | Lys | Pro | Phe | Leu | Ser | Ser | Gin | Thr | Lys | Ala | Asn | Met |
| 165. | 170 | 175 | |||||||||||||
| Gly | Ser | Ser | Val | Ser | Tyr | Ile | Met | Ala | Ala | Asn | His | Ala | Ala | Ser | Val |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||||
| Val | Gly Ala | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser | Ala | Xaa | Arg | Ala | Asp | Cys | Glu | Ala | |
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||||
| Arg | Cys | Ala | Arg | Ile | Ala | Arg | Glu | Glu | Ser | Leu | Leu | Glu | Val | Pro | Gly |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Glu | Glu | Asn | Ala | Cys | Glu | Lys | Lys | Val | Ala | Gly | Glu | Lys | Ala | Lys | Thr |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| Phe | Thr | Arg | Ile | Lys | Tyr | Ala | Leu | Leu | Thr | Met | Leu | Glu | Lys | Phe | Leu |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Glu | Cys | Val | Ala | Asp | Val | Phe | Lys | Leu | Val | Pro | Leu | Pro | Ile | Thr | Met |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Gly | Ile | Arg | Ala | Ile | Val | Ala | Ala | Gly | Cys | Thr | Phe | Thr | Ser | Ala | Ile |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Ile | Gly | Leu | Cys | Thr | Phe | Cys | Ala | Arg | Ala | ||||||
| 290 | 295 |
<210> 267 <211> 680 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 267 tctatatcca tattgatagg aaaaaacgtc gcagaaagat tttagctatg gagctttagg atattcaaca gatgcagata ttattgaaga gttcttttct gttccttacg ttcagagaag gattttgtcg cgttagttgg taaagtttta tagttgatgc ggattcttca ttagtttacg ggaaagctgg agagaagcta tgctaaaacg catcttagat acgggagtcc aatctttgaa gattgctgtt aaaatcaccc aattattaag atgctcgcaa aagatcctac ggattcttac ttaaagattt ttatcgcaga ttacgaccag gagagcctgc aactttagct ccacaattat gcgtttattc ttcgatgcta aacgttataa tttaggccgc ataaattaaa taaaaaatta ggcttcccat tagacgacga aacattatct tgagaaaaga agatgttatc ggcgcgttga aatatttgat tcgtttgcga agaagacatc tatcgatgat attgaccatt tggcaaaccg acgagttcgc aactaattca gaatcactgt <210> 268 <211> 359 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 268 cttatgttct ggagaatgtt gcaacaacat attaatcgaa ccagctcctc agaaaccaag cccttttgag aaaaaaccťg tacttcgcat cctttagcca acgtttatcc gtagaggagc gctgataacg agtactgcta ggcgcagatg gaagctgctc aatgctcgat gttggacgtt caagtgactt atgggcgatg tctgttggag
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
680 ctagtaacat tttgttgaat
120
256 agctcctaac aaagagctaa ttttttcctc ttccttgttt ttctgaggcg ctgtggactc taaatatagc aagtgctctt ggaacacctc atcaacaatc gcttgtccta gattaggtat agagactgtc tctccatcaa ttaaatggag tttcaaagta atatcccctt ccgtccctcc atcacaagac tctatgaaag ctatctgatt ccatcgagca gaaatgtatg gggaaatac <210> 269 <211> 124 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 269 gatcgaatca attgagggag ctcattaaca agaatagctg cagtttcttt gcgttcttct ggaataacaa gaaataggta atcggtacca ttgatagaac gaacacgaca aatcgcagaa ggtt --------------------------------------------...----------;...----------_-------------------------180
240
300
359
120 - 124 <210> 270 <211> 219 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 270 gatcctgttg ggcctagtaa taatacgttg gatttcccat aactcacttg tttatcctgc ataagagcac ggatacgctt atagtggtta tagacggcaa ccgaaatcgt ttttttcgcg cgctcttgtc caatgacata agagtcgatg tggcgtttga tttctttagg ggttaacact ctcagacttg ttggagagct tgtggaagat gttgcgatc
120
180
219 <210> 271 <211> 511 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<22i> i různé vlastnosti <222> (1).7.(511) <223> n « A,T,c nebo G <400> 271 ggatccgaat acaaagaggt tgttatcgat cctgttctcc atggtgcggc ttgttgcgac tcagattaga tctctgttac cctccaccta tcggcacgag tttggcatag agcttggttc atagatagct tgctgcggct tcctgtggat aatatttaca agataaggag tctctgtagc gagaaaatat atggctcctc ccagagaact cctcctacta gcttgtaggg gaggagtttg gttttagcat actagangca ggagttctca aggaggttcc cttgtacgtt gacaagtccc cacctgaata aagcagcagc ctttgttgtt gtaagcctcc tctagtttta akcatcggaa caacgatgat gctacattga agttggtgtt tgcagcaggt cgagaaagag accttctttc aagatttttt gatctaatag tgggagggat gagaatgtaa gctggagatg gctgaagctg aagcctgatt ccaacaaggt acagcagata
120
180
240
300
360
420
480
511 <210> 272 <211> 598 <212 > DNA <213> Chlamydia <400> 272 ctcttcctct ctctggctca ttatactgat caaagcgaca tcaccgtcta cctcaatcta aactcggata aagaaťcttt gatgttggag caatttttga gttctggagc cctcaaaaac cgattactaa gtggtgctta aaaactcttc aactacagtc agttccagtc catcacagga cgtaaaagga cgataaacaa tccgactcag acagctaaag attatcgaaa acccttactt
33tggaggaa gagactctag gcggtgggct ttgcaaataa gtaaaaactc tctacggaga
120
180
240
300
WG ěi
257 agacaacatc accctatcta atttgacagg gaagactcta aaaagagggc ggtggactct tcataaaagg tacagataaa ggatagtttc tgtttaatta ataacacatc agaaaaacat ccaaagaaat ctctcagact tacacctctt gatgtggaaa gtacatggtg aaacagtcat tactggcaat aaatctacag <210> 273 <211> 126 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 213 ggatccgaat tcggcacgag atgagcctta tagtttaaca gatagctttt tattagccgt ttttagcatc ctaatgagat cgagag <210> 274 <211> 264 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 274 ggatccgaat tcggcacgag ctcttttaaa tcttaattac tttttcaaaa aagaatttaa acattaattg ttgtaaaaaa ataaccatag ttacggggga atctctttca tggtttattt atacgcctaa aacatttcct ttgaaagttč accattcgtt ttgctaaagc tatgtggatt acgg <210> 275 <211> 359 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 275 ggatccgaat tcggcacgag ataaaacctg aaccacaaca tttcagctgc aaattctttt agataaatat caaccatttc ttaaaacttg ttctcttaaa ttaattctag tatttaagta attgaattgg ataattttgc cttaataatt cacattcttt aaccgtaccg ctttttttct aaaattaatg tttcttcatt tcctttattt tttgattttg ttcttctgtt agtaatgctt <210> 276 <211> 357 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 276 aaaacaattg atataatttt ttttttcata acttccagac atgggtagta gtgactctaa cgttttttat tattaagacg tgatgaaaac ggaaacatcc tttcgccaga aactttagca gttagataag cctttattca cccagtatct tatctatttg tttcggggaa tctcttatct acaaagatcg aaatctcagc atcttccgct attcttggac ttgaaagctt gtgtttactc <210> 277 <211> 505 <212> DNA <213> Chlamydia ·· ·· '· * • ·
9 · · · · • · · · · · <
ttccaagaga gctcttacaa ggtggtggga caattccagg gaggtaatgg atactgccaa tgacaggact gcctttgtta aatcacgcct tggagggc
360
420
480
540
598 aaagcttctc acattccttc ctcctcgttc gtaacaaata aaaaagacaa acaatattta tagagctcat ctccgataag aagatctaaa ttcagtttca ttcaacatag ttcagtaatt attcattťta caataatagt tcctttctag atccccggag ctattaaaga aaatgtctgc attattgctg gtgcCgaatt
120
126 attaattcaa ttctaaaata caacctaggc cátcctcaaa acttcttgat tatcttggaa cccattatta ttaggttcta taagccactt taataattt aaaagtcttt atccttttaa atcgttacgg taacactaga ccgctcttcc cggatcc
120
180
240
264
120
180
240
300
359
120
180
240
300
357 1 258 <400> 277 ggatccgaat tcggcacgag ctcgtgccga ttgcttgctt cagtcacccc atcggtatag 60 agcactaaaa gagactcctc ttcaagaacg agagtgtaag cagggtgagg aggaacttca 120 ggtaaaaatc ctaaggccat accaggatgc gacaggaaag agatatctcc attaggagct 180 cggagacacg ctgggttgtg gccácaagaa tagtattcta gttctcgtgt tgcgtaatga 240 taacaataaa tgcatagtgt tacaaacatc ccagattcag ctgtctgttg atagaagaga 300 gcagctgttt gttgaacggc ttcttgaata gaggagagct cactcaaaaa ggtatgtaac 360 atgtttttca ggaataagga gtaggcgcac gcattgactc ctttcccgga agcatcagca 420 acgattagaa agagtttagc ttggggacct tcgcctataa caaagatatc aaagaaatct 480 cctcctaccg taactgcagg aatat 505 <210> 278 <211> 407__________________. . ·-----<212> DNA <213> Chlamydia <400> 278 ggatccgaat tcggcacgag aactactgag caaattgggt atccaacttc ctctttacga 60 aagaaaaaca gaaggcattc tccataccaa gatttgttgc atcgacaata aaactccaat 120 ctttggctct gctaactgga gcggtgctgg tatgattaaa aactttgaag acctattcat 180 ccttcgccca attacagaga cacagcttca ggcctttatg gacgtctggt ctcttctaga 240 aacaaatagc tcctatctgt ccccagagag cgtgcttácg gcccctactc cttcaagtag 300 acctactcaa caagatacag attctgatga cgaacaaccg agtaccagcc agcaagctat 360 ccgtatgaga aaataggatt agggaaačaa aacgacagca aaccaca 407 <210> 279 <211> 351 <212> DNA . <213> Chlamydia <400> 279 ctcgtgccgc ttacaggagg cttgtatcct ttaaaataga gtttttctta tgaccccatg 60 tggcgatagg ccgggtctag cgccgatagt agaaatatcg gttggttttt gtccttgagg 120 ggatcgtata ctttttcaaa gtatggtccc cgtatcgatt atctggaggc tcttatgtct 180 ttttttcata ctagaaaata taagcttatc ctcagaggac tcttgtgttt agcaggctgt 240 ttcttaatga acagctgttc ctctagtcga ggaaatcaac ccgctgatga gagcatctat 300 gtcttgtcta tgaatcgcat gatttgtgat tctcgtgccg aattcggatc c 351 <210> 280 <211> 522 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 280 ggatccgaat tcggcacgag cagaggaaaa aggcgatact cctcttgaag atcgtttcac 60 agaagatctt tccgaagtct ctggagaaga ttttcgagga ttgaaaaatt cgttcgatga 120 tgatccttct tctgacgaaa ttctcgatgc gctcacaagt aaattttctg atcccacaat 180 aaagcatcta gctcttgatt atctaattca aatagctccc tctgatggga aacttaagtc 240 cgccctcatt caggcaaagc atcaactgat gagccagaat cctcaggcga ttgttggagg 300 . aatgtt ctgttagctt cagaaacctt tgcttccaga gcaaatacat ctccttcatc 360 gcttcgctcc ttatatttcc aagtaacctc atccccctct aattgcgcta atttacatca 420 aatgcttgct tcttactcgc catcagágaa aaccgctgttatggagtttc tagtgaatgg 480 catggtagca gatttaaaat cggagggccc ttccattcct cc 522 <210> 281 <211> 577 <212> DNA • ·
259 <213 > Chlamydia <400> 281 ggatccgaat tcggcacgag atgcttctat tacaattggt ttggatgcgg ccagcttatt ctagaaaagt tgggagatca aattcttggt ggaattgctg tgatagtaca gtccaagata ttttagacaa aatcacaaca gacccttctc gaaagctttt aacaactttc caatcactaa taaaattcaa tgcaacgggt caggaacatt gaaactttat taggaggaac tgaaatagga aaattcacag aagctctggg agcatgttct tagtctcagc agatattatt gcatcaagaa cgttgttcta gctttggtac gagaaggtga ttctaagccc tacgcgatta ctcatcaggc gttcctaatt tatgtagtct aagaaccaga attattaata tccgacaacg tattcattac gtgtaggcgg tttagaaagc ggtgtggtat cctttctaat ggcaatgata ttttaggaat aacaaat <210> 282 <211> 607 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 282 actmatcttc cccgggctcg agtgcggccg caagcttgtc gacggagctc tgtgtgcgtg tgaaccgctt cttcaaaagc ttgtcttaaa agatattgtc attagttaca tgtttaaaaa ttgctagaac aatattattc ccaaccaagc gctgaaaaaa cctaaattca aaagaatgac tcgccgctca tcttcagaaa cttccataat tcgatgtctt tccccatggg gatctctgta gggagccagt gccattcaaa taatgttccc aagcccattt gtacttaata ggaacaagtt gacctggttg cagttcacta gacgcttgct atttagatta acgcgtttct taaaatatct gcttgcataa gaaccgttaa ttttattgtt aatttatatg gacatgcttc acacccttct tccaaagaac agacaggtgc tttcttcgct taattcctgc cgaagcagac ttattcttca tccaacgagg ctgaattcct tatctac <210> 283 <211> 1077 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 283 ggatccgaat tcggcacgag aagttaacga tgacgatttg ttcctttggt caatcgaaac taaatgtgcg agagcatgtg aagactccaa tgcaggaata ttctagtaag caggaaaaaa gctcgtaacg cctcttcatc ggtggctaat ctcgtcctga ctcatgcatt tcggcatgat ctggcccaac tgaaggataa cggaaatgga gtgagtttgt aatacttgtc catcgtcatc ttgaagaaga atccgtggaa tactccaggt cgccctgttg caaaacgtgc tgcatgtttt tgcccagtcc tcccccttcc actccaatta attggacttt tggattcggg ggaaaaatcc aatagcgttg gagccacctc cgatacatgc aatcagaata ttcctgcaac tgcatggatt tgctctttca cttcagcgct tataacagac gaacgatatc gggataaggt aaaggtccta aggccgatcc taagcaatag agtgtgttgt tgcccaatct tgtagagctt gattaactgc atctttgagt cttttgttac agaaacgact tcagcaccta aááagcgcat tttctctaca gtcgttccac atcttttgcť cccatgtata ctacacaatc taatcctaga ctgttgctgt tgctactcca tgttgtcccg cacctgtttc agctacaaca caagatattt agcaagcaaa cactgaccaa gagcattatt cagtttatgt gcaaaagatc ttcgcgttta agaaatactc tagggccatc aatagctcga taacttcagt cagaggagtt tgtctccccg catagttttt caaaatacaa ataaaaaact ttgctgagtt ttgagaatct cccattccgc ttttagattc <210> 284 aaaaagctta atactattgt taggtttgtt tattcactcc tcacacccaa tggaaggcgg gttatggata caggattgac gggttaatgc
120
180
240
300
360
420
480
540
577 gatacaaaaa tcgcttccgg tctctgcggt gacgatccga tatttgcgca ggttgacatc gttttccatc attaattact ctttcaacaa ctcttattaa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
6Ό7 agagaaggag atcccctcat gtataaaagg tctaatccag tacgaataaa cctgaagaaa ataaaatgat tcaggatctc tgaaaaaatc tgagtaaatg ccacaagatc tttggtttct taagcacacg cgtgttttcc gctcctgtat gcaaaattct tctagttcag tgtatag
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1077 «· ···· )260 <211> 407 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 284 ggatccgaat tcggcacgag aactactgag caaattgggt atccaacttc ctctttacga 60 aagaaaaaca gaaggcattc tccataccaa gatttgttgc atcgacaata aaactccaat 120 ctttggctct gctaactgga gcggtgctgg tatgattaaa aactttgaag acctattcat 180 ccttcgccca attacagaga cacagcttca ggcctttatg gacgtctggt ctcttctaga 240 aacaaatagc tcctatctgt ccccagagag cgtgcttacg gcccctactc cttcaagtag 300 acctactcaa caagatacag attctgatga cgaacaaccg agtaccagcc agcaagctat 360 ccgtatgaga aaataggatt agggaaacaa aacgacagca aaccaca 407 <210> 285-----------<211> 802 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 285 ggatccgaat tcggcacgag ttagcttaat gtctttgtca tctctaccta catttgcagc 60 taattctaca ggcacaattg gaatcgttaa tttacgtcgc tgcctagaag agtctgctct 120 tgggaaaaaa gaatctgctg aattcgaaaa gatgaaaaac caattctcta acagcatggg 180 gaagatggag gaagaactgt cttctatcta ttccaagctc caagacgacg attacatgga 240 aggtctatcc gagaccgcag ctgccgaatt aagaaaaaaa ttcgaagatc tatctgcaga 300 atacaacaca gctcaagggc agtattacca aatattaaac caaagtaatc tcaagcgcat 360 gcaaaagatt atggaagaag tgaaaaaagc ttctgaaact gtgcgtattc aagaaggctt 420 gtcagtcctt cttaacgaag atattgtctt atctatcgat agttcggcag ataaaaccga 480 tgctgttatt aaagttcttg atgattcttt tcaaaataat taacatgcga agctagccga 540 ggagtgccgt atgtctcaat ccacttattc tcttgaacaa ttagctgatt ttttgaaagt 600 cgagtttcaa ggaaatggag ctactcttct ttccggagtt gaagagatcg aggaagcaaa 660 aacggcacac atcacattct tagataatga aaaatatgct aaacatttaa aatcatcgga 720 agctggcgct atcatcatat ctcgaacaca gtttcaaaaa tatcgagact tgaataaaaa 780 ctttcttatc acttctgagt ct 802 <210> 286 <211> 588 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 286 ggatccgaat tcggcacgag gcaatattta ctcccaacat tacggttcca aataagcgat 60 aaggtcttct aataaggaag ttaatgtaag aggctttttt attgcttttc gtaaggtagt 120 attgcaaccg cacgcgattg aatgatacgc aagccatttc catcatggaa aagaaccctt 180 ggacaaaaat acaaaggagg ttcactccta accagaaaaa gggagagtta gtttccatgg 240 gttttcctta tatacacccg tttcacacaa ttaggagccg cgtctagtat ttggaataca 300 aattgtcccc aagcgaattt tgttcctgtt tcagggattt ctcctaattg ttctgtcagc 360 catccgccta tggtaacgca attagctgta gtaggaagat caactccaaa caggtcatag 420 aaatcagaaa gctcataggt gcctgcagca ataacaacat tcttgtctga gtgagcgaat 480 tgtttaaaag atgggcgatt atgagctacc tcatcagaga ctattttaaa tagatcattt 540 tgggtaatca atccttctat agacccatat tcatcaatga taatctcg 588
| <210> | 287 |
| <211> | 489 |
| <212> | DNA |
| <213> | Chlamydia |
| <220> | |
| <221> | různé vlastnosti |
·· ·· ♦ · ·
261 <222> (1) - - . (489) <223> n = a,t,c nebo G <400> 287 agtgcctatt acaagtagct aaatgattct acaagatctt aagaagagaa tggcatagat ggaagaacag acagatcatt cgtgccgnt gttttgcagg gttatgtatg tctattcaag gtgcctcatt gcttggagat caagctttaa attcgtacat ctgagaggag ctttgtctga gttctagttg tacgcatcac tacgagttgt ctttatgtgt tgacctgtga tattggctgc gtagagtatt tgatagcgat cttactgcgc tgcttatcgt agtccaaaat tcttactcgg gatgttaaag agatcatcca ccggtcatct accgtacgtg gccgtgggcg gctgcagccg acacaattag cctcatagtg gaatatcctg gaagtgcagg tctataatgg agattgctgt atttagcgaa tgttggagat atggaacgga gtgtattaac aaaagtgtac tagctacttt aatcggttct
120
180
240
300
360
420
480
489 <210> 288 <211> 191 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 288 ggatccgaat tcaggatatg ctgttgggtť atcaataaaa agggttttgc cattttttaa · 60 gacgactttg tagataacgc taggagctgt >agcaataata tcgagatcaa attctctaga 120 gattctctca aagatgattt ctaagtgcag cagtcctaaa aatccacagc ggaacccaaa 180.
tccgagagag t 191 <210> 289 <211> 515 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 289 ggatccgaat cttctgegtt tgcctgcaga gtggttctga atcaagaata tttctgtaga tctatcgaaa ctgaggaaga ggttťgatcg tcggcacgag gccttacgca tgtttatgcg tgaatacgga tgtcgácatg tttcttttcc cttgcaggaa agggaagttt agctcgagga gagcgacgtg aatggtcctt cgttttcaga atcgcaatta tatcataagc agaactacga cgcggactgg ttagcggacc gatgagtgtc aaatagtgga tgcattttgg gactacaagg cccttaatgc ttcataaaga acgcttatca tagagaatca gttatgttgt agcag atcttcccgt acatattacc caaagaggtt agagttggca taccttcaag tcctgctatt ggtgačcgaa aggtacttgt attčttatta ggtgcttatt ttgtatattt ggcatggggt aaattgggaa gtgcaagatt cagctgtatt cccaagtgtg
120
180
240
300
360
420
480
515 <210> 290 <211> 522 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 290 ggatccgaat tgccattcac tttgatgtaa gcgatgaagg gtcctccaác cggacttaag ttattgtggg catcatcgaa ctgtgaaacg tcggcacgag tagaaactcc attagcgcaa agatgtattt aatcgcctga tttcccatca atcagaaaat cgaatttttc atcttcaaga ggaggaatgg ataacagcgg ttagaggggg gctctggaag ggattctggc gagggagcta ttacttgtga aatcctcgaa ggagtatcgc aagggccctc ttttctctga atgaggttac caaaggtttc tcatcagttg tttgaattag gcgcatcgag aatcttctcc ctttttccyc cgattktama tggcgagtaa ttggaaatat tgaagctaac atgctttgcc ataatcaaga aatttcgtca agagacttcg tg tctgctacca gaagcaagca aaggagcgaa agaacattgc tgaatgagag gctagatcct gaagaagaat gaaagatctt
120
180
240
300
360
420
480
522 <210> 291 **> 9999 • · * • · · · • · .· a· ·*«·
262 <211> 1002 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 291 atggcgacta acgcaattag atcggcagga agtgcagcaa gtaagatgct gctgccagtt 60 gccaaagaac cagcggctgt cagctccttt gctcagaaag ggatttattg tattcaacaa 120 ttttttacaa accctgggaa taagttagca aagtttgtag gggcaacaaa aagtttagat 180 aaatgcttta agctaagtaa ggcggtttct gactgtgtcg taggatcgct ggaagaggcg · 240 ggatgcacag gggacgcatt gacctccgcg agaaacgccc agggtatgtt aaaaacaact 300 cgagaagttg ttgccttagc taatgtgctc aatggagctg ttccatctat cgttaactcg 360 actcagaggt gttaccaata cacacgtcaa gccttcgagt taggaagcaa gacaaaagaa 420 agaaaaacgc ctggggagta tagtaaaatg ctattaactc gaggtgatta cctattggca 480 gcttccaggg aagcttgtac ggcagtcggt gcaacgactt actcagcgac attcggtgtt___________540 ttacgtccgt taatgttaat caataaactc acagcaaaac cattcttaga caaagcgact 600 gtaggcaatt ttggcacggc tgttgctgga attatgacca ttaatcatat ggcaggagtt 660 gctggtgctg ttggcggaat cgcattagaa caaaagctgt tcaaacgtgc gaaggaatcc 720 ctatacaatg agagatgtgc cttagaaaac caacaatctc agttgagtgg ggacgtgatt 780 ctaagcgcgg aaagggcatt acgtaaagaa cacgttgcta ctctaaaaag aaatgtttta 840 actcttcttg aaaaagcttt agagttggta gtggatggag tcaaactcat tcctttaccg 900 attacagtgg cttgctccgc tgcaatttct ggagccttga cggcagcatc cgcaggaatt 960 ggcttatata gcatatggca gaaaacaaag tctggcaaat aa 1002 <210> 292 <211> 333 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 292
| Met 1 | Ala | Thr | Asn | Ala 5 . | Ile | Arg | Ser | Ala | Gly 10 | Ser | Ala | Ala | Ser | Lys 15 | Met |
| Leu | Leu | Pro | Val 20 | Ala | Lys | Glu | Pro | Ala 25 | Ala | Val | Ser | Ser | Phe 30 | Ala | Gin |
| Lys | Gly | Xle 35 | Tyr | Cys | Ile | Gin | Gin 40 | Phe | Phe | Thr | Asn | Pro 45 | Gly | Asn | Lys |
| Leú | Ala 50 | Lys | Phe | Val | Gly | Ala 55 | Thr | Lys | Ser | Leu | Asp 60 | Lys | Cys | Phe | Lys |
| Leu 65 | Ser | Lys | Ala | Val | Ser 70 | Asp | Cys | Val | Val | Gly 75 | Ser | Leu | Glu | Glu | Ala 80 |
| Gly | Cys | Thr | Gly Asp 85 | Ala | Leu | Thr | Ser | Ala 90 | Arg | Asn | Ala | Gin | Gly 95 | Met | |
| Leu | Lys | Thr | Thr 100 | Arg | Glu | Val | Val | Ala 105 | Leu | Ala | Asn | Val | Leu 110 | Asn | Gly |
| Ala | Val | Pro 115 | Ser | Ile | Val | Asn | Ser 120 | Thr | Gin | Arg | Cys | Tyr 125 | Gin | Tyr | Thr |
| Arg | Gin 130 | Ala | Phe | Glu | Leu | Gly 135 | Ser | Lys | Thr | Lys | Glu 140 | Arg | Lys | Thr | Pro |
| Gly 145 | Glu | Tyr | Ser | Lys | Met 150 | Leu | Leu | Thr | Arg | Gly Asp 155 | Tyr | Leu | Leu | Ala 160 | |
| Ala | Ser | Arg | Glu | Ala 165 | Cys | Thr | Ala | Val | Gly 170 | Ala | Thr | Thr | Tyr | Ser 175 | Ala |
| Thr | Phe | Gly | Val 180 | Leu | Arg | Pro | Leu | Met 185 | Leu | Ile | Asn | Lys | Leu 190 | Thr | Ala |
| Lys | Pro | Phe 195 | Leu | Asp | Lys | Ala | Thr 200 | Val | Gly | Asn | Phe | Gly 205 | Thr | Ala | Val |
| Ala | Gly 210 | Ile | Met | Thr | Ile | Asn 215 | His | Met | Ala | Gly | Val 220 | Ala | Gly Ala | Val | |
| Gly | Gly | Ile | Ala | Leu | Glu | Gin | Lys | Leu | Phe | Lys | Arg | Ala | Lys | Glu | Ser |
• 9
99(9 * • 9 «9 ► 9 9 »99 99 9999 pr·’ <U*
263
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| Leu | Tyr | Asn | Glu | Arg | Cys | Ala | Leu | Glu | Asn | Gin | Gin | Ser | Gin | Leu | Ser |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Gly | Asp | Val | Ile | Leu | Ser | Ala | Glu | Arg | Ala | Leu | Arg | Lys | Glu | His | Val |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Ala | Thr | Leu | Lys | Arg | Asn | Val | Leu | Thr | Leu | Leu | Glu | Lys | Ala | Leu | Glu |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Leu | Val | Val | Asp | Gly | Val | Lys | Leu | Ile | Pro | Leu | Pro | Ile | Thr | Val | Ala |
| 290 | 295 | . - | 300 | ||||||||||||
| Cys | Ser | Ala | Ala | Ile | Ser | Gly | Ala | Leu | Thr | Ala | Ala | Ser | Ala | Gly | Ile |
| 305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
| Gly | Leu | Tyr | Ser | Ile | Trp | Gin | Lys | Thr | Lys | Ser | Gly Lys | ||||
| 325 | 330 |
| <210> 293 <211> 7 <212> DNA <213> Chlamydia | |
| <400> 293 tgcáatc | |
| <210> <211> <212> <213> | 294 196 PRT Chlamydia |
| <400> | 294 |
| Thr | Met | Gly | Šer | Leu 5 | Val | Gly Arg | Gin | Ala 10 | Pro Asp | Phe | Ser | Gly 15 | Lys | ||
| Ala | Val | Val | Cys 20 | Gly | Glu | Glu | Lys | Glu 25 | Ile | Ser | Leu | Ala | Asp 30 | Phe | Arg |
| Gly | Lys | Tyr 35 | Val | Val | Leu | Phe | Phe 40 | Tyr | Pro | Lys Asp | Phe 45 | Thr | Tyr | Val | |
| Cys | Pro 50 | Thr | Glu | Leu | His | Ala 55 | Phe | Gin | Asp | Arg | Leu 60 | Val | Asp | Phe | Glu |
| Glu 65 | His | Gly | Ala | Val | Val 70 | Leu | Gly | Cys | Ser | Val 75 | Asp | Asp | Ile | Glu | Thr 80 |
| His | Ser | Arg | Trp | Leu 85 | Thr | Val | Ala | Arg | Asp 90 | Ala | Gly Gly | Ile | Glu 95 | Gly | |
| Thr | Glu | Tyr | Pro 100 | Leu | Leu | Ala | Asp | Pro 105 | Ser | Phe | Lys | Ile | Ser 110 | Glu | Ala |
| Phe | Gly | Val 115 | Leu | Asn | Pro | Glu | Gly 120 | Ser | Leu | Ala | Leu | Arg 125 | Ala | Thr | Phe |
| Leu | Ile 130 | Asp | Lys | His | Gly | Val 135 | Ile | Arg | His | Ala | Val 140 | Ile | Asn | Asp | Leu |
| Pro 145 | Leu | Gly | Arg | Ser | Ile 150 | Asp | Glu | Glu | Leu | Arg 155 | Ile | Leu | Asp | Ser | Leu 160 |
···· ·
264
| Ile Phe Phe Glu | Asn 165 | His | Gly Met val | Cys Pro Ala Asn Trp Arg Ser | ||||||||
| 170 | 175 | |||||||||||
| Gly | Glu | Arg | Gly | Met | Val | Pro Ser | Glu | Glu | Gly Leu Lys | Glu | Tyr | Phe |
| 180 | 185 | 190 | ||||||||||
| Gin | Thr | Met | Asp |
195 <210> 295 <211> 181 <212> PRT <213> Chlamydia
| <4Ó0> 295 | Lys | Met 5 | Ser | Thr | Thr | Xle | Ser Gly Asp Ala Ser Ser | Leu | ||
| Lys Gly | Gly | |||||||||
| 10 | 15 | |||||||||
| Pro Leu | Pro | Thr | Ala | Ser | Cys | Val | Glu | Thr Lys Ser Thr | Ser Ser | Ser |
| 20 | 25 | 30 | ||||||||
| Thr Lys | Gly | Asn | Thr | Cys | Ser | Lys | Ile | Leu Asp Ile Ala | Leu Ala | Ile |
| 35 | 40 | 45 | ||||||||
| Val Gly | Ala | Leu | Val | Val | Val | Ala | Gly | Val Leu Ala Leu | Val Leu | Cys |
| 50 | 55 | 60 | ||||||||
| Ala Ser | Asn | Val | Ile | Phe | Thr | Val | Ile | Gly Ile Pro Ala | Leu ile | Ile |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||||||
| Gly Ser | Ala | Cys | Val | Gly | Ala | Gly | Ile | Ser Arg Leu Met | Tyr Arg | Ser |
| 85 | 90 | 95 | ||||||||
| Ser Tyr | Ala | Ser | Leu | Glu | Ala | Lys | Asn | Val Leu Ala Glu | Gin Arg | Leu |
| 100 | 105 | 110 | ||||||||
| Arg Asn | Leu | Ser | Glu | Glu | Lys | Asp | Ala | Leu Ala Ser Val | Ser Phe | Ile |
| 115 | 120 | 125 | ||||||||
| Asn Lys | Met | Phe | Leu | Arg | Gly | Leu | Thr | Asp Asp Leu Gin | Ala Leu | Glu |
| 130 | 135 | 140 | ||||||||
| Ala Lys | Val | Met | Glu | Phe | Glu | Ile | Asp | Cys Leu Asp Arg | Leu Glu | Lys |
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||||||
| Asn Glu | Gin | Ala | Leu | Leu | Ser | Asp | Val | Arg Leu Val Leu | Ser Ser | Tyr |
165 170 175
Thr Arg Trp Leu Asp 180
<210> 296 <211> 124 <212> PRT <213> Chlamydia
265 <400> 296
| Ile | Tyr | Glu | Val | Met 5 | Asn | Met | Asp | Leu | Glu 10 | Thr | Arg | Arg | Ser | Phe 15 | Ala |
| Val | Gin | Gin | Gly 20 | His | Tyr | Gin | Asp | Pro 25 | Arg | Ala | Ser | Asp | Tyr 30 | Asp | Leu |
| Pro | Arg | Ala 35 | Ser | Asp | Tyr | Asp | Leu 40 | Pro | Arg | Ser | Pro | Tyr 45 | Pro | Thr | Pro |
| Pro | Leu 50 | Pró | Ser | Arg | Tyr | Gin 55 | Leu | Gin | Asn | Met | Asp 60 | Val | Glu | Ala | Gly |
| Phe | Arg | Glu | Ala | Val | Tyr | Ala | Ser | Phe | Val | Ala Gly | Met | Tyr Asn | Tyr | ||
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Val | Val | Thr | Gin | Pro 85 | Gin | Glu | Arg | Ile | Pro 90 | Asn | Ser | Gin | Gin | Val 95 | Glu |
| Gly | Ile | Leu | Arg 100 | Asp Met | Leu | Thr | Asn 105 | Gly | Ser | Gin | Thr | Phe 110 | Ser | Asn | |
| Leu | Met | Gin | Arg | Trp Asp | Arg | Glu | Val | Asp | Arg | Glu |
115 120 <210> 297 <211> 488 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 297
Lys Gly Ser Leu Pro Ile Leu Gly Pro Phe Leu Asn Gly Lys Met Gly 5 10 15
Phe Trp Arg Thr Ser Ile Met Lyš Met Asn Arg Ile Trp Leu Leu Leu 20 25 30
Leu Thr Phe Ser Ser Ala Ile His Ser Pro Val Arg Gly Glu Ser Leu 35 40 45
Val Cys Lys Asn Ala Leu Gin Asp Leu Ser Phe Leu Glu His Leu Leu 50 55 60
Gin Val Lys Tyr Ala Pro Lys Thr Trp Lys Glu Gin Tyr Leu Gly Trp
70 75 80
Asp Leu Val Gin Ser Ser Val Ser Ala Gin Gin Lys Leu Arg Thr Gin
90 95
Glu Asn Pro Ser Thr Ser Phe Cys Gin Gin Val Leu Ala Asp Phe Ile 100 105 110
Gly Gly Leu Asn Asp Phe His Ala Gly Val Thr Phe Phe Ala Ile Glu 115 120 125
Ser Ala Tyr Leu Pro Tyr Thr Val Gin Lys Ser Ser Asp Gly Arg Phe 130 135 140
266 • · 4 »4 4
| Tyr 145 | Phe | Val | Asp | Ile | Met 150 | Thr | Phe | Ser | Ser | Glu 155 | Ile | Arg | Val | Gly | Asp 160 |
| Glu | Leu | Leu | Glu | Val | Asp | Gly | Ala | Pro | Val | Gin | Asp | Val | Leu | Ala | Thr |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Leu | Tyr | Gly | Ser | Asn | His | Lys | Gly· | Thr | Ala | Ala | Glu | Glu | Ser | Ala | Ala |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||||
| Leu | Arg | Thr | Leu | Phe | Ser | Arg | Met | Ala | Ser | Leu | Gly | His | Lys | Val | Pro |
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||||
| Ser | Gly Arg | Thr | Thr | Leu | Lys | Ile | Arg | Arg | Pro | Phe | Gly | Thr | Thr | Arg | |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||||
| Glu | Val | Arg | Val | Lys | Trp | Arg | Tyr | Val | Pro | Glu | Gly | Val | Gly Asp | Leu | |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
| Ala | Thr | Ile | Ala | Pro | Ser | Ile | Arg | Ala | Pro | Gin | Leu | Gin | Lys | Ser | Met |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||||
| Arg | Ser | Phe | Phe | Pro | Lys | Lys | Asp | Asp | Ala | Phe | His | Arg | Ser | Ser | Ser |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Leu | Phe | Tyr | Ser | Pro | Met | Val | Pro | His | Phe | Trp | Ala | Glu | Leu | Arg | Asn |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| His | Tyr | Ala | Thr | Ser | Gly | Leu | Lys | Ser | Gly | Tyr | Asn | Ile | Gly | Ser | Thr |
| 290 | 295 | 300 | |||||||||||||
| Asp | Gly | Phe | Leu | Pro | Val | Ile | Gly | Pro | Val | Ile | Trp | Glu | Ser | Glu | Gly |
| 305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
| Leu | Phe | Arg | Ala | Tyr | Ile | Ser | Ser | Val | Thr | Asp | Gly Asp | Gly Lys | Ser | ||
| 325 | 330 | 335 | |||||||||||||
| His | Lys | Val | Gly | Phe | Leu | Arg | Ile | Pro | Thr | Tyr | Ser | Trp | Gin | Asp | Met |
| 340 | 345 | 350 | |||||||||||||
| Glu | Asp | Phe | Asp | Pro | Ser | Gly | Pro | Pro | Pro | Trp | Glu | Glu | Phe | Ala | Lys |
| 355 | 360 | 365 | |||||||||||||
| Ile | Ile | Gin | Val | Phe | Ser | Ser | Asn | Thr | Glu | Ala | Leu | Ile | Ile | Asp | Gin |
| 370 | 375 | 380 | |||||||||||||
| Thr | Asn | Asn | Pro | Gly Gly | Ser | Val | Leu | Tyr | Leu | Tyr | Ala | Leu | Leu | Ser | |
| 385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
| Met | Leu | Thr | Asp | Arg | Pro | Leu | Glu | Leu | Pro Lys | His | Arg | Met | Ile | Leu | |
| 405 | 410 | 415 | |||||||||||||
| Thr | Gin | Asp | Glu | Val | Val | Asp | Ala | ’ Leu | Asp Trp | Leu | Thr | Leu | Leu | Glu | |
| 420 | 425 | 430 | |||||||||||||
| Asn | Val | Asp | Thr | Asn | Val | Glu | Ser | Arg | Leu Ala | Leu | Gly Asp | Asn | Met |
435
440
445
267
| Glu Gly Tyr Thr Val Asp Leu Gin | |||||||
| 450 | 455 | ||||||
| Gly 465 | Arg | Gin | Val | Leu | Asn 470 | Cys | Trp |
| Thr | Pro | Ile | Pro | Leu | Phe | Gly | Phe |
485
Val Ala Glu Tyr Leu Lys Ser Phe 460
Ser Lys Gly Asp Ile Glu Leu Ser 475 480 <210> 298 <211> 140 <212> PRT
| <213> Chlamvdia | |||||||
| <400> 298 Arg Ile Asp | Ile | Ser 5 | Ser | Val | Thr | ||
| Val | Asn | Ala | Leu 20 | Thr | Tyr | Ser | His |
| Met | Asp | Ala 35 | Leu | Phe | Ser | Arg | Asn 40 |
| val | Ser 50 | Ser | Val | Leu | Asp | Asn 55 | Val |
| Met 65 | Tyr | Asp | Leu | Pro | Met 70 | Asn | Asp |
| Thr | Ala | Gly | Thr | Gly Gly 85 | Ser | Ile | |
| Val | Ala | Tyr | Met 100 | Gly | Met | Glu | Lys |
| His | Ala | Ser 115 | Trp | Ile | Ala | Leu | Ala 120 |
| Tyr | Phe | Leu | Met | Glu | Asn | Cys | Val |
130 135
| Phe | Phe 10 | Ile | Gly | Ile | Leu | Leu 15 | Ala |
| Val 25 | Leu | Arg | Asp | Leu | Ser 30 | Val | Ser |
| Thr | Leu | Ala | Val | Leu 45 | Leu | Gly | Leu |
| Pro | Leů | Val | Ala 60 | Ala | Thr | Ile | Gly |
| Pro | Leu | Trp 75 | Lys | Leu | ile | Ala | Tyr 80 |
| Leu | Ile 90 | Ile | Gly | Ser | Ala | Ala 95 | Gly |
| Val 105 | Ser | Phe | Gly | Trp | Tyr 110 | Val | Lys |
| Ser | Tyr | Phe | Gly Gly | Leu | Ala | Val |
125
Asn Leu Phe Val 140 <210> 299 <211> 361 <212> PRT <213> Chlamydia
| <400> 299 His Gin Glu Ile Ala Asp | Ser | Pro | |
| - | 5 | ||
| Ile Asn | Gin Ala Gin Gin 20 | Asp | Ile |
| Asp Ile | Pro Ile Val Gly | Pro | Ser |
40
| Leu | Val 10 | Lys | Lys | Ala | Glu | Glu Gin 15 |
| Gin 25 | Thr | Ile | Thr | Pro | Ser 30 | Gly Leu |
| Gly | Ser | Ala | Ala | Ser | Ala | Gly Ser |
• ·
268
| Ala Ala Gly 50 | Ala Leu Lys | Ser Ser Asn Asn 55 | Ser Gly 60 | Arg | Ile | Ser Leu |
| Leu Leu Asp | Asp Val Asp | Asn Glu Met Ala | Ala Ile | Ala | Met | Gin Gly |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||
| Phe Árg Ser | Met Ile Glu | Gin Phe Ásn Val | Asn Asn | Pro | Ala | Thr Ala |
| 85 | 90 | 95 | ||||
| Lys Glu Leu | Gin Ala Met | Glu Ala Gin Leu | Thr Ala | Met | Ser | Asp Gin |
| 100 | 105 | 110 | ||||
| Leu Val Gly | Ala Asd Glv Glu Leu Pro Ala | Glu Ile | Gin | Ala | Ile Lys | |
| 115 | 120 | 125 | ||||
| Asp Ala Leu | Ala Gin Ala | Leu Lys Gin Pro | Ser Ala | Asp | Gly Leu Ala | |
| 130 | 135 | 140 | ||||
| Thr Ala Met Gly Gin Val | Ala Phe Ala Ala | Ala Lys | Val | Gly Gly Gly | ||
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||
| Ser Ala Gly Thr Ala Gly | Thr Val Gin Met | Asn Val | Lys | Gin | Leu Tyr | |
| 165 | 170 | 175 | ||||
| Lys Thr Ala | Phe Ser Ser | Thr Ser Ser Ser | Ser Tyr | Ala | Ala | Ala Leu |
| 180 | 185 | 190 | ||||
| Ser Asp Gly Tyr Ser Ala | Tyr Lys Thr Leu | Asn Ser | Leu | Tyr | Ser Glu | |
| 195 | 200 | 205 | ||||
| Ser Arg Ser | Gly Val Gin | Ser Ala Ile Ser | Gin Thr | Ala | Asn | Pro Ala |
| 210 | 215 | 220 | • . | |||
| Leu Ser Arg | Ser Val Ser | Arg Ser GÍy Ile | Glu Ser | Gin | Gly Arg Ser | |
| 225 | 230 | 235 | 240 | |||
| Ala Asp Ala | Ser Gin Arg | Ala Ala Glu Thr | Ile Val | Arg Asp | Ser Gin | |
| 245 | 250 | 255 | ||||
| Thr Leu Gly Asp Val Tyr | Ser Arg Leu Gin | Val Leu | Asp | Ser | Leu Met | |
| 260 | 265 | 270 | ||||
| Ser Thr Ile | Val Ser Asn | Pro Gin Ala Asn | Gin Glu | Glu | Ile | Met Gin |
| 275 | 280 | 285 | ||||
| Lys Leu Thr | Ala Ser íle | Ser Lys Ala Pro | Gin Phe | Gly | Tyr | Pro Ala |
| 290 | 295 | . 300 | ||||
| Val Gin Asn | Ser Val Asp | Ser Leu Gin Lys | Phe Ala | Ala | Gin | Leu Glu |
| 305 | 310 | 315 | 320 | |||
| Arg Glu Phe | Val Ásp Gly | Glu Arg Ser Leu | Ala Glu | Ser | Gin | Glu Asn |
| 325 | 330 | 335 | ||||
| Ala Phe Arg | Lys Gin Pro | Ala Phe Ile Gin | Gin Val | Leu | Val | Asn Ile |
340 345 350
V
269
Ala Ser Leu Phe Ser Gly Tyr Leu Ser 355 360 <210> 300 <211> 207 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 300 ' -
| Ser Ser Lys Met Cys Lys | Ile Val | Ser Leu Cys Glu | Gly 10 Glu | Ala Val Ala Asp | Ala 15 Leu | Arg Phe | ||||
| Ala | 5 Glu | Ala Asp | Ala | Tyr | ||||||
| Leu | Ile Lys Lys | |||||||||
| 20 | 25 | 30 | ||||||||
| Cys Glu Lys | Ser | Gly | Ile | Tyr Leu Thr | Lys | Lys Glu | Gly | Ile | Leu | Ile |
| 35 | 40 | 45 | ||||||||
| Pro Ser Ala | Gly | Ile | Asp | Glu Ser Asn | Thr | Asp Gin | Pro | Phe | Val | Leu |
| 50 | 55 | 60 | ||||||||
| Tyr Pro Lys | Asp | Ile | Leu | Gly Ser Cys | Asn | Arg Ile | Gly | Glu | Trp | Leu |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||||||
| Arg Asn Tyr | Phe | Arg· | Val | Lys Glu Leu | Gly. | Val Ile | Ile | Thr | Asp | Ser |
| 85 | 90 | 95 | ||||||||
| His Thr Thr | Pro | Met | Arg | Arg Gly Val | Leu | Gly Ile | Gly | Leu | Cys | Trp |
| 100 | 105 | 110 | ||||||||
| Tyr Gly Phe | Ser | Pro | Leu | His Asn Tyr | Ile | Gly Ser | Leu | Asp | Cys | Phe |
| 115 | 120 | 125 | ||||||||
| Gly Arg Pro | Leu | Gin | Met | Thr Gin Ser | Asn | Leu Vál | Asp | Ala | Leu | Ala |
| 130 | 135 | 140 | ||||||||
| Val Ala Ala | Val | Val | Cys | Met Gly Glu | Gly | Asn Glu | Gin | Thr | Pro | Leu |
| 145 | 150 | 155 | 160 | |||||||
| Ala Val Ile | Glu | Gin | Ala | Pro Asn Met | Val | Tyr His | Ser | Tyr | Pro | Thr |
| 165 | 170 | 175 | ||||||||
| Ser Arg Glu | Glu | Tyr | Cys | Ser Leu Arg | Ile | Asp Glu | Thr | Glu | Asp | Leu |
| 180 | 185 | 190 | ||||||||
| Tyr Gly Pro | Phe | Leu | Gin | Ala Val Thr | Trp | Ser Gin | Glu | Lys | Lys |
195 200 205 <210> 301 <211> 183 <212» PRT <213» Chlamydia <400» 301
Ile Pro Pro Ala Pro Arg Gly His Pro Gin Ile Glu Val Thr Phe Asp 5 10 15 •v*· ·
270
| Ile | Asp | Ala | Asn | Gly | Ile | Leu | His | Val | Ser | Ala | Lys | Asp | Ala | Ala | Ser |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Gly | Arg | Glu | Gin | Lys | Ile | Arg | Ile | Glu | Ala | Ser | Ser | Gly | Leu | Lys | Glu |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Asp | Glu | Ile | Gin | Gin | Met | Ile | Arg | Asp | Ala | Glu | Leu | His | Lys | Glu | Glu |
| 50 | '.· | 55 | 60 | ||||||||||||
| Asp | Lys | Gin | Arg | Lys | Glu | Ala | Ser | Asp | Val | Lys | Asn | Glu | Ala | Asp | Gly |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Met | Ile | Phe | Arg | Ala | Glu | Lys | Ala | Val | Lys | Asp | Tyr | His | Asp | Lys | Ile |
| 85 | 90 | 95 | |||||||||||||
| Pro | Ala | Glu | Leu | Val | Lys | Glu | Ile | Glu | Glu | His | Ile | Glu | Lys | Val | Arg |
| 100 | 105 | 110 | |||||||||||||
| Gin | Ala | Ile | Lys | Glu | Asp | Ala | Ser | Thr | Thr | Ala | Ile | Lys | Ala | Ala | Ser |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||||
| Asp | Glu | Leu | Ser | Thr | Arg | Met | Gin | Lys | Ile | Gly | Glu | Ala | Met | Gin | Ala |
| 130 | - | 135 | 140 | ||||||||||||
| Gin | Ser | Ala | Ser | Ala | Ala | Ala | Ser | Ser | Ala | Ala | Asn | Ala | Gin | Gly | Gly |
| 145 | 15Ů . X. | 155 | 160 | ||||||||||||
| Pro | Asn | Ile | Asn | Ser | Glu | Asp | Leu | Lys | Lys | His | Ser | Phe | Ser | Thr | Arg |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Pro | Pro | Ala | Gly | Gly | Ser | Ala |
180
| <210> 302 <211> 232 <212> PRT <213> Chlamydia | |
| <400> | 302 |
| Met Thr Lys His |
Gly
Leu Ala Lys Ser Tyr 20
Cys Pro Thr Val Arg 35
Gly Ile Asp Pro Arg 50
Leu Pro His Gly Thr 65
Gly Asp Lys Ala Ala 85
| Lys | Arg | Ile | Arg | Gly 10 | Ile | Gin | Glu | Thr | Tyr 15 | Asp |
| Ser | Leu | Gly | Glu 25 | Ala | Ile | Asp | Ile | Leu 30 | Lys | Gin |
| Phe | Asp | Gin 40 | Thr | Val | Asp | Val | Ser 45 | Val | Lys | Leu |
| Lys | Ser 55 | Asp | Gin | Gin | Ile | Arg 60 | Gly | Ser | Val | Ser |
| Gly 70 | Lys | Val | Leu | Arg | Ile 75 | Leu | Val | Phe | Ala | Ala 80 |
| Glu | Ala | Ile | Glu | Ala | Gly | Ala | Asp | Phe | Val | Gly |
95
271
| Ser | Asp | Asp | Leu 100 | Val | Glu | Lys | Ile | Lys 105 | Gly | Gly | Trp | Val | Asp 110 | Phe | Asp |
| Val | Ala | Val 115 | Ala | Thr | Pro | Asp | Met 120 | Met | Arg | Glu | Val | Gly 125 | Lys | Leu Gly | |
| Lys | Val 130 | Leu | Gly | Pro | Arg | Asn 135 | Leu | Met | Pro | Thr | Pro 140. | Lys | Ala | Gly | Thr |
| Val 145 | Thr | Thr | Asp | Val | Val 150 | Lys | Thr | Ile | Ala | Glu 155 | Leu | Arg | Lys | Gly | Lys 160 |
| Ile | Glu | Phe | Lys | Ala | Asp | Arg | Ala | Gly | Val | Cys | Asn | Val | Gly | Val | Ala |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||||
| Lys | Leu | Ser | Phe 180 | Asp | Ser | Ala | Gin | Ile 185 | Lys | Glu | Asn | Val | Glu 190 | Ala | Leu |
| Cys | Ala | Ala 195 | Leu | Val | Lys | Ala | Lys 200 | Pro | Ala | Thr | Ala | Lys 205 | Gly | Gin | Tyr |
| Leu | Val 210 | Asn | Phe | Thr | Ile | Ser 215 | Ser | Thr | Met | Gly | Pro 220 | Glý | Val | Thr | Val |
| Asp | Thr | Arg | Glu | Leu | Ile | Ala | Leu | - |
225 230 <210> 303 <211> 238 <212> PRT <213> chlamydia <400> 303
| Ile | Asn | Ser | Lys | Leú 5 | Glu | Thr | Lys | Asn | Leu 10 | Ile | Tyr | Leu | Lys | Leu 15 | Lys |
| Ile | Lys | Lys | Ser 20 | Phe | Lys | Met | Gly | Asn 25 | Ser | Gly | Phe | Tyr | Leu 30 | Tyr | Asn |
| Thr | Gin | Asn 35 | Cys | Val | Phe | Ala | Asp 40 | Asn | Ile | Lys | Val | Gly 45 | Gin | Met | Thr |
| Glu | Pro 50 | Leu | Lys | Asp | Gin | Gin 55 | Ile | Ile | Leu | Gly | Thr 60 | Thr | Ser | Thr | Pro |
| Val 65 | Ala | Ala | Lys | Met | Thr 70 | Ala | Ser | Asp | Gly | Ile 75 | Ser | Leu | Thr | Val | Ser 80 |
| Asn | Asn | Pro | Ser | Thr 85 | Asn | Ala | Ser | Ile | Thr 90 | Ile | Gly | Leu Asp | Ala 95 | Glu | |
| Lys | Ala | Tyr | Gin 100 | Leu | Ile | Leu | Glu | Lys 105 | Leu | Gly Asp | Gin | Ile 110 | Leu | Gly | |
| Gly | Ile | Ala 115 | Asp | Thr | Ile | Val | Asp 120 | Ser | Thr | Val | Gin | Asp 125 | Ile | Leu | Asp |
272 ·· ···· ·' ♦· « · · • · · · • · * ·« · · · 1« · · ·· ·· « · · • · · • · · * », · · · ·
Lys Ile Thr Thr Asp Pro Ser Leu Gly Leu Leu Lys Ala Phe Asn Asn 130 135 140
Phe Pro Ile Thr Asn Lys Ile Gin Cys Asn Gly Leu Phe Thr Pro Arg
145 150 155 ‘ 160
Asn ile Glu Thr Leu Leu Gly Gly Thr Glu Ile Gly Lys Phe Thr Val
165 170 . 175
Thr Přo Lys Ser Ser Gly Ser Met Phe Leu Val Ser Ala Asp Ile Ile 180 185 190
Ala Ser Arg Met Glu Gly Gly Val Val Leu Ala Leu Val Arg Glu Gly 195 “ ~ 200 205
Asp Ser Lys Pro Tyr Ala Ile Ser Tyr Gly Tyr Ser Ser Gly Val Pro 210 215 220
Asn Leu Cys Ser Leu Arg Thr Arg Ile Ile Asn Thr Gly Leu 225 230 235 <210> 304 <211> 133 <212> PRT <213> Chlamydia . _ ,, <400> 304
His Met His His His His His His Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu 5 10 15
Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser 20 25 30
Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr 35 40 45
Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu 50 55 60
Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val
70 75 80
Ser Lys Gly Leu Gly Asp Thr Arg Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala
90 95
Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe 100 105 110
Ser Bis Met Lys Ala Ala Ser Gin Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly 115 120 125
Leu Thr Ala Asp Leu 130 <210> 305 <211> 125
273
| <212> PRT <213> Chlamydia | |||||||||||||||
| <400> 305 Met Ala Ser | Ile | Cys 5 | Gly | Arg | Leu | Gly | Ser 10 | Gly | Thr | Gly | Asň | Ala 15 | Leu | ||
| Lys | Ala | Phe | Phe 20 | Thr | Gin | Pro | Ser | Asn 25 | Lys | Met | Ala | Arg | Val 30 | Val | Asn |
| Lys | Thr | Lys 35 | Gly | Met | Asp | Lys | Thr 40 | Val | Lys | Val | Ala | Lys 45 | Ser | Ala | Ala |
| Glu | Leu | Thr | Ala | Asn | Ile | Leu | Glu | Gin | Ala | Gly | Gly | Ala | Gly | Ser | Ser |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Ala 65 | His | Ile | Thr | Ala | Ser 70 | Gin | Val | Ser | Lys | Gly 75 | Leu | Gly Asp | Thr | Arg 80 | |
| Thr | Val | Val | Ala | Leu 85 | Gly | Asn | Ala | Phe | Asn 90 | Gly | Ala | Leu | Pro | Gly 95 | Thr |
| Val | Gin | Ser | Ala 100 | Gin | Ser | Phe | Phe | Ser 105 | His | Met | Lys | Ala | Ala 110 | Ser | Gin |
| Lys | Thr | Gin 115 | Glu | Gly Asp | Glu | Gly 120 | Leu | Thr | Ala | Asp | Leu 125 |
<210> 306 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 306 gagagcggcc gctcatgttt ataacaaagg aacttatg <210> 307 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 307 gagagcggcc gcttacttag gtgagaagaa gggagtttc <210> 308 <211> 1860 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 308 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatca.tcc cacggccgcg tccgataact cgggcaggcg atggcgatcg cgccttcctc ggcttgggtg ggtcgggagc gctccggcgg cgacggcgct cčgatcaact cggtgacgtc atctcggtga
| tccagctgtc | ccagggtggg | 60 |
| cgggccagat | caagcttccc | 120 |
| ttgtcgacaa | caacggcaac | 180 |
| caagtctcgg | catctccacc | 240 |
| cggccaccgc | gatggcggac | 300 |
| cctggcaaac | caagtcgggc | 360 |
274
ggcacgcgta ccatcacact atccatgctc catcatcctt ccttattcgt gataccttta ctcatactca ctagcaggga attaatatca ttacgaaaac gacatctctt ggtggcgtta ggagctatca cgtggaggag “cáaáttáčtt cttgtcgagt aacgggggag ttctctcaaa gaacagaatc atcacctctt gccggagatc attgctcata gcttccctag gcagcgaaca tcttccccta cagggaacgt ggcggccgct actacgatca atcttactct ttgcagaaat ccatgatctc gtgatttctc aaatttcctt atggttttgg ttgttgcttt ttaaaaacaa tccagctcca tctttaccaa caattagcgg tcgáaggčáá tcttaggaaa ctatatacac atcatgcgaa aagatactat ctcaatgctc ttggaggagg gtggtaatat atcgacačaa aaaaccattc tacaaatcaa gacattggcc catgtttata aagacaactt tattcccaag ggaattagct ttcctgtcct gttactaaat cttaggaaaa agccggagtc tggatctgaa
Ccaccacatt aggagatatg taaccaagct tgacttcgca tagčgctgtg’ tgcaggacct aagtaatttc taagaaaggc tcgctttgaa aattactgct agcaattctt tgcatttagc ttctatctta tattcatttc tgctcctgag gagggacccc acaaaggaac tctcaatctc tttctactag atttctggac gaaggcacta aaagtttcat aattcttctg ttttctgaat agcacaggag gccttccgca aaaggaagcg gtaacttctt ggatccagaa “čátggággtg cttgccttta aaagcgaatc ggagcgattt aaaaataccg cataatacca ctagaaggga ggcaatacca atcaáagaag tttgatcctg tatgaaactc cggccgaatt ttatgaatcg caaatacaaa gagctctaat ataaacaagg attacatcat cagggggagc cgtccattca cctctattga gaatttttac ataatatcac tatcctttgt catcaatgaa ttctttttct átatčtacaa aagagaacac aacaaacatc acgcgcaata ctaaagaagg tcactttttc aaaaaccttc tgcttcatat ctccctataa tcatggcatt ccttcttctc ctgcagatat agttatagaa cttcttagta cgtctatgct taáagatcga caatcgcaaa ctttcggaat ttttaaacac atttactgat tgcgaaagag caaagggaat agatcaacgt acatagtggt taataaccaa taagaátggc aacaatagct ccccattcta tgtgaactta cggtggagcc cgataatgct tctaaccttg caccaaaaaa aatccaactt gtcagcatca — acctaagtaa
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860 <210> 309 <211> 619 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 309
| Met 1 | His | His | His | His 5 | His | His | Thr | Ala | Ala 10 | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin 15 | Leu |
| Ser | Gin | Gly Gly 20 | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile 25 | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala 30 | Met | Ala | |
| Xle | Ala | Gly 35 | Gin | Ile | Lys | Leu | Pro 40 | Thr | Val | His | Ile | Gly 45 | Pro | Thr | Ala |
| Phe | Leu 50 | Gly | Leu | Gly | Val | Val 55 | Asp | Asn | Asn | Gly | Asn 60 | Gly | Ala | Arg | Val |
| Gin 65 | Arg | Val | Val | Gly | Ser 70 | Ala | Pro | Ala | Ala | Ser 75 | Leu | Gly | Ile | Ser | Thr 80 |
| Gly Asp | Val | Ile | Thr 85 | Ala | Val | Asp | Gly | Ala 90 | Pro | Ile | Asn | Ser | Ala 95 | Thr | |
| Ala | Met | Ala | Asp 100 | Ala | Leu | Asn | Gly | His 105 | His | Pro | Gly Asp | Val 110 | Ile | Ser | |
| Val | Thr | Trp 115 | Gin | Thr | Lys | Ser | Gly 120 | Gly | Thr | Arg | Thr | Gly 125 | Asn | Val | Thr |
| Leu | Ala 130 | Glu | Gly | Pro | Pro | Ala 135 | Glu | Phe | Cys | Arg | Tyr 140 | Pro | Ser | His | Trp |
| Arg 145 | Pro | Leu | Met | Phe | Ile 150 | Thr | Lys | Glu | Leu | Met 155 | Asn | Arg | Val | Ile | Glu 160 |
| Ile | His | Ala | His | Tyr 165 | Asp | Gin | Arg | Gin | Leu 170 | Ser | Gin | Ser | Pro | Asn 175 | Thr |
| Asn | Phe | Leu | Val 180 | His | His | Pro | Tyr | Leu 185 | Thr | Leu | Ile | Pro | Lys 190 | Phe | Leu |
| Leu | Gly | Ala 195 | Leu | Ile | Val | Tyr | Ala 200 | Pro | Tyr | Ser | Phe | Ala 205 | Glu | Met | Glu |
«. .... * · .·* ♦ « · * · * >- * • · · Ϊ . i . · · · i · Ϊ • · · * ·
.... . .·· ♦·· · ·«
275 ««»«
| Leu | Ala 210 | Ile Ser | Gly His Lys Gin Gly Lys Asp Arg Asp Thr Phe Thr | |
| 215 | 220 | |||
| Met 225 | Ile | Ser Ser | Cys Pro Glu Gly 230 | Thr Asn Tyr Ile Ile Asn Arg Lys 235 240 |
| Leu | Ile | Leu Ser | Asp Phe Ser Leu 245 | Leu Asn Lys Val Ser Ser Gly Gly 250 255 |
| Ala | Phe | Arg Asn 260 | Leu Ala Gly Lys | Ile Ser Phe Leu Gly Lys Asn Ser 265 270 |
| Ser | Ala | Ser Ile 275 | His Phe Lys His 280 | Ile Asn Ile Asn Gly Phe Gly Ala 285 |
| Gly | Val 290 | Phe Ser | Glu Ser Ser Ile 295 | Glu Phe Thr Asp Leu Arg Lys Leu 300 |
| Val 305 | Ala | Phe Gly | Ser Glu Ser Thr 310 LysAsnAsnHis 325 | Gly Gly Ile Phe Thr Ala Lys Glu 315 320 |
| Asp | Ile | Sěr Phe | His Ile Ala Phe Arg Asn Asn Ile 330 335 | |
| Thr | Lys | Gly Asn 340 | Gly Gly Val Ile | Gin Leu Gin Gly Asp Met Lys Gly 345 350 |
| Ser | Val | Ser Phe 355 | Val Asp Gin Arg 360 | Gly Ala Ile Ile Phe Thr Asn Asn 365 |
| Gin | Ala 370 | Val Thr | Ser Ser Ser Met 375 | Lys His Ser Gly Arg Gly Gly Ala 380 |
| Ile 385 | Ser | Gly Asp | Phe Ala Gly Ser 390 | Arg Ile Leu Phe Leu Asn Asn Gin 395 400 |
| Gin | Ile | Thr Phe | Glu Gly Asn Ser 405 | Ala Val His Gly Gly Ala Ile Tyr 410 415 |
| Asn | Lys | Asn Gly 420 | Leu Val Glu Phe | Leu Gly Asn Ala Gly Pro Leu Ala 425 430 |
| Phe | Lys | Glu Asn 435 | Thr Thr Ile Ala 440 | Asn Gly Gly Ala Ile Tyr Thr Ser 445 |
| Asn | Phe 450 | Lys Ala | Asn Gin Gin Thr 455 | Ser Pro Ile Leu Phe Ser Gin Asn 460 |
| His 465 | Ala | Asn Lys | Lys Gly Gly Ala 470 | Ile Tyr Ala Gin Tyr Val Asn Leu 475 480 |
| Glu | Gin | Asn Gin | Asp Thr Ile.Arg 485 | Phe Glu Lys Asn Thr Ala Lys Glu 490 495 |
| Gly Gly Gly Ala 500 | Ile Thr Ser’Ser | Gin Cys Ser Ile Thr Ala His Asn 505 510 | ||
| Thr | Ile | Thr Phe 515 | Ser Asp Asn Ala 520 | Ala Gly Asp Leu Gly Gly Gly Ala 525 |
| Ile | Leu 530 | Leu Glu | Gly Lys Lys Pro 535 | Ser Leu Thr Leu Ile Ala His Ser 540 |
| Gly 545 | Asn | Ile Ala | Phe Set Gly Asn 550 | Thr Met Leu His Ile Thr Lys Lys 555 560 |
| Ala | Ser | Leu Asp | Arg His Asn Ser 565 | Ile Leu Ile Lys Glu Ala Pro Tyr 570 575 |
| Lys | Ile | Gin Leu 580 | Ala Ala Asn Lys | Asn His Ser Ile His Phe Phe Asp 585 590 |
| Pro Pro | Val Glu 610 | Met Ala 595 Tyr Glu | Leu Ser Ala Ser 600 Thr Pro Phe Phe 615 | Ser Ser Pro Ile Gin Ile Asn Ala 605 Ser Pro Lys |
<210> 310 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis
276 • · » ?
• · · · · • · * · «·«« · _ ··» »·· <400> 310 gagagcggcc gctccattct attcatttct ttgatcctg 39 <210> 311 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 311 gagagcggcc gcttagaagc caacatagcc tcc 33 <210> 312 <211> 2076 <212> DNA ___ _ <213> Chlamydia trachomatis <400> 312 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300 gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct ccattctatt catttctttg atcctgtcat ggcattgtca 480 gcatcatctt cccctataca aatcaatgct cctgagtatg aaactccctt cttctcacct 540 aagggtatga tcgttttctc gggtgcgaat cttttagatg atgctaggga agatgttgca 600 aatagaacat cgatttttaa ccaacccgtt catctatata atggcaccct atctatcgaa 660 aatggagccc atctgattgt ccaaagcttc aaacagaccg gaggacgtat cagtttatct 720 ccaggatcct ccttggctct atacacgatg aactcgttct tccatggcaa catatccagc 780 aaagaacccc tagaaattaa tggtttaagc tttggagtag atatctctcc ttctaatctt 840 caagcagaga tccgtgccgg caacgctcct ttacgattat ccggatcccc atctatccat 900 gatcctgaag gattattcta cgaaaatcgc gatactgcag catcaccata ccaaatggaa 960 atcttgctca cctctgataa aactgtagat atctccaaat ttactactga ttctctagtt 1020 acgaacaaac aatcaggatt ccaaggagcc tggcatttta gctggcagcc aaatactata 1080 aacaatacta aacaaaaaat attaagagct tcttggctcc caacaggaga atatgtcctt 1140 gaatccaatc gagtggggcg tgccgttcct aattccttat ggagcacatt tttactttta 1200 cagacagcct ctcataactt aggcgatcat ctatgtaata atcgatctct tattcctact 1260 tcatacttcg gagttttaat tggaggaact ggagcagaaa tgtctaccca ctcctcagaa 1320 gaagaaagct ttatatctcg tttaggagct acaggaacct ctatcatacg cttaactccc 1380 tccctgacac tctctggagg aggctcacat atgttcggag attcgttcgt tgcagactta 1440 ccagaacaca tcacttcaga aggaattgtt cagaatgtcg gtttaaccca tgtctgggga 1500 ccccttactg tcaattctac attatgtgca gccttagatc acaacgcgat ggtccgcata 1560 tgctccaaaa aagatcacac ctatgggaaa tgggatacat tcggtatgcg aggaacatta 1620 ggagcctfctt atacattcct agaatatgat caaactatgc gcgtattctc attcgccaac 1680 atcgaagcca caaatatctt gcaaagagct tttactgaaa caggctataa cccaagaagt 1740 ttttccaaga caaaacttct aaacatcgcc atccccatag ggattggtta tgaattctgc 1800 ttagggaata gctcttttgc tctactaggt aagggatcca tcggttactc tcgagatátt 1860 aaacgagaaa acccatccac tcttgctcac ctggctatga atgattttgc ttggactacc 1920 aatggctgtt cagttccaac ctccgcacac acattggcaa atcaattgat tcttcgctat 1980 aaagcatgtt ccttatacat cacggcatat actatcaacc gtgaagggaa gaacctctcc 2040 aatagcttat cctgcggagg ctatgttggc ttctaa 2076 <210> 313 <211> 691 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
4·4
277 '4 4 4 (·
4 -4 «4 4<4* <400> 313
| Met His His His His | His | His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu | ||
| 1 | 5 | 10 | 15 | |
| Ser Gin | Gly Gly Gin 20 | Gly | Phe Ala Ile Pro 25 | Ile Gly Gin Ala Met Ala 30 |
| Ile Ala | Gly Gin Ile 35 | Lys | Leu Pro Thr Val 40 | His Ile Gly Pro Thr Ala 45 |
| Phe Leu 50 | Gly Leu Gly | Val | Val Asp Asn Asn 55 | Gly Asn Gly Ala Arg Val 60 |
| Gin Arg 65 | Val Val Gly | Ser 70 | Ala Pro Ala Ala | Ser Leu Gly Ile Ser Thr 75 80 |
| Gly Asp | Val Ile Thr 85 | Ala | Val Asp Gly Ala 90 | Pro Ile Asn Ser Ala Thr 95 |
| Ala Met | Ala Asp Ala 100 | Leu | Asn Gly His His 105 | Pro Gly Asp Val Ile Ser 110 |
| Val Thr | Trp Gin Thr 115 | Lys | Ser Gly Gly Thr 120 | Arg Thr Gly Asn Val Thr 125 |
| Leu Ala 130 | Glu Gly Pro | Pro | Ala Glu Phe Cys 135 | Arg Tyr Pro Ser His Trp 140 |
| Arg Pro 145 | Leu His Ser | Ile 150 | His Phe Phe Asp | Pro Val Met Ala Leu Ser 155 160 |
| Ala Ser | Ser Ser Pro 165 | Ile | Gin Ile Asn Ala 170 | Pro Glu Tyr Glu Thr Pro 175 |
| Phe Phe | Ser Pro Lys 180 | Gly | Met Ile Val Phe 185 | Ser Gly Ala Asn Leu Leu 190 |
| Asp Asp | Ala Arg Glu 195 | Asp | Val Ala Asn Arg 200 | Thr Ser Ile Phe Asn Gin 205 |
| Pro Val 210 | His Leu Tyr | Asn | Gly Thr Leu Ser 215 | Ile Glu Asn Gly Ala His 220 |
| Leu Ile 225 | Val Gin Ser | Phe 230 | Lys Gin Thr Gly Gly Arg Ile Ser Leu Ser 235 240 | |
| Pro Gly | Ser Sér Leu 245 | Ala | Leu Tyr Thr Met 250 | Asn Ser Phe Phe His Gly 255 |
| Asn Ile | Ser Ser Lys 260 | Glu | Pro Leu Glu Ile 265 | Asn Gly Leu Ser Phe Gly 270 |
| Val Asp | Ile Ser Pro 275 | Ser | Asn Leu Gin Ala 280 | Glu Ile Arg Ala Gly Asn 285 |
| Ala Pro 290 | Leu Arg Leu | Ser | Gly Ser Pro Ser 295 | Ile His Asp Pro Glu Gly 300 |
| Leu Phe 305 | Tyr Glu Asn | Arg Asp Thr Ala Ala 310 | Ser Pro Tyr Gin Met Glu 315 320 | |
| Ile Leu | Leu Thr Ser 325 | Asp | Lys Thr Val Asp 330 | Ile Ser Lys Phe Thr Thr 335 |
| Asp Ser | Leu Val Thr 340 | Asn | Lys Gin Ser Gly 345 | Phe Gin Gly Ala Trp His 350 |
| Phe Ser | Trp Gin Pro 355 | Asn | Thr Ile Asn Asn 360 | Thr Lys Gin Lys Ile Leu 365 |
| Arg Ala 370 | Ser Trp Leu | Pro | Thr Gly Glu Tyr 375 | Val Leu Glu Ser Asn Arg 380 |
| Val Gly Arg Ala Val 385 | Pro 390 | Asn Ser Leu Trp | Ser Thr Phe Leu Leu Leu 395 400 | |
| Gin Thr | Ala Ser His 405 | Asn | Leu Gly Asp His 410 | Leu Cys Asn Asn Arg Ser 415 |
| Leu Ile | Pro Thr Ser 420 | Tyr | Phe Gly Val Leu 425 | Ile Gly Gly Thr Gly Ala 430 |
| Glu Met | Ser Thr His 435 | Ser | Ser Glu Glu Glu 440 | Ser Phe Ile Ser Arg Leu 445 |
| Gly Ala | Thr Gly Thr | Ser | Ile Ile Arg Leu | Thr Pro Šer Leu Thr Leu |
278
Jia tu ·· *· ·♦ · ·* ♦ * 1 · * »
| 450 | 455 | 460 |
| Ser Gly Gly Gly | Ser His Met Phe Gly Asp Ser | Phe Val Ala Asp Leu |
| 465 | 470 475 | 480 |
| Pro Glu His Ile | Thr Ser Glu Gly Ile Val Gin | Asn Val Gly Leu Thr |
| 485 490 | 495 | |
| His Val Trp Gly | Pro Leu Thr Val Asn Ser Thr | Leu Cys Ala Ala Leu |
| 500 | 505 | 510 |
| Asp His Asn Ala | Met Val Arg Ile Cys Ser Lys | Lys Asp His Thr Tyr |
| 515 | 520 | 525 |
| Gly Lys Trp Asp | Thr Phe Gly Met Arg Gly Thr | Leu Gly Ala Ser Tyr |
| 530 | 535 | 540 |
| Thr Phe Leu Glu | Tyr Asp Gin Thr Met Arg Val | Phe Ser Phe Ala Asn |
| 545 | 550 555 | 560 |
| Ile Glu Ala Thr | Asn Ile Leu Glh Arg Ala Phe | Thr Glu Thr Gly Tyr |
| 565 570 | 575 | |
| Asn Pro Arg Ser | Phe Ser Lys Thr Lys Leu Leu | Asn Ile Ala Ile Pro |
| 580 | 585 | 590 |
| Ile Gly Ile Gly | Tyr Glu Phe Cys Leu Gly Asn | Ser Ser Phe Ala Leu |
| 595 | 600 | 605 |
| Leu Gly Lys Gly | Ser Ile Gly Tyr Ser Arg Asp | Ile Lys Arg Glu Asn |
| 61Ó | 615 | 620 |
| Pro Ser Thr Leu | Ala His Leu Ala Met Asn Asp | Phe Ala Trp Thr Thr |
| 625 | 630 635 | 640 |
| Asn Gly Cys Ser | Val Pro Thr Ser Ala His Thr | Leu Ala Asn Gin Leu |
| 645 650 | 655 | |
| Ile Leu Arg Tyr | Lys Ala Cys Ser Leu Tyr Ile | Thr Ala Tyr Thr Ile |
| 660 | 665 | 670 |
| Asn Arg Glu Gly Lys Asn Leu Ser Asn Seř Leu | Ser Cys Gly Gly Tyr | |
| 675 | 680 | 685 |
Val Gly Phe
690 <210> 314 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 314 gagagcggcc gctcatgatt aaaagaactt ctctatcc <210> 315 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 315 agcggccgct tataattctg catcatcttc tatggc <210> 316 <211> 1941 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 316 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc
120
180
240
-i♦ · '· .·· - f·· \* ♦ t
-< · » » · * ·>» • · ·9 .279 ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact tttttttatc cggcgattta accgcccaaa tcaggcaata ggagcctttg tgcaacaact cgattcttaa gttggaacag actttgacag gccatctctg aacaatcaca gcaatctgta aactataacc aacaaagaaa gcaagtaacg tctatctact attgacatcc gcctttaatt, attgttttta ctttttcata gatactcgta aataacccac tctggagctg aaagaacača gaagatgatg tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct tttcaactat ctttttcgga acatcgtttt cgcaaactca atatggttac actgcacaca ataatcaaga gagatcacaa ggaatcgaac ctgacactca cgctcaatca gtagaagaga aaggcgggaa gaatcatctt gaggagccat tcgacagcaa gagataacgg ťatcgaaacc ataataacgt ttaataataa tctattttta catctcctac ttgtgttctc attacattaa cagaattata cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc catgattaaa atccattttg tagagagatt atctaattta aatcttttct tacctcattc taataaaggc cgtgcttttt cgaaaaaaat tcttgccttt aatatcaata tataccgtac cttgtgctca aggtggagct ttcaaacaat tcaaacgaca cactgctaca acccgtctat acgttcagcg tgtctttact tgagataaca tgatcttťtc cagtagaaac ctacaatcaa agaagcccca a
ccgatcaact atctcggtga gagggacccc agaacttctc caagctaatg cagttcgtcc cagtcaáacg aattccgtta acggcctctg ggaggagcta tátaataaca aggggcggtg attaacaata actgataccg acgcaagctg atcagcáata attagcgcta agttccctgg caaggattta cacgccgggg tttctaaáta acaaattata cttgacggta ccatatacat caatgggagc accattaccg atgtctagtg actactttaa cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt tatcctttgc aaacggatac tagatcccgc gaaccggagc acaccaccgc ataatgctaa ttcgttccgg tatcggcagg cgctttatgc tgtctggaga ttaaaggaat aaaatatggc attctggtcc cccgatgtgt gatggagcca ctttacgaaa gagccattaa actctgctgc tccatacagg atttattagg tgtctctcgg gtgttaaaga ttaacccgga acatacgaac aattcggaac gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat ttgcctcagt gctacagttc ctctttaatt ctgtaccatt agattctggt tctactcttc aggacctatt ggctaaatat aactactatc ctgcggtgga tttatttgaa acgaggagga catagttttt tattgacaat atcttcttct taataaaggc ctgtggttac ctggggagcg gacaggcgat gaaacggaaa cgctaaaaaa aaatactagc aacagagttt tctgatgggt gctagccata
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
194-1 <210> 317 <211> 646 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 317
| Met 1 | His | His | His | His 5 | His | His | Thr | Ala | Ala 10 | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin 15 | Leu |
| Ser | Gin | Gly Gly 20 | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile 25 | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala 30 | Met | Ala | |
| Ile | Ala | Gly 35 | Gin | Ile | Lys | Leu | Pro 40 | Thr | Val | His | Ile | Gly 45 | Pro | Thr | Ala |
| Phe | Leu 50 | Gly | Leu | Gly | Val | Val 55 | Asp | Asn | Asn | Gly | Asn 60 | Gly | Ala | Arg | Val |
| Gin 65 | Arg | Val | Val | Gly | Ser 70 | Ala | Pro | Ala | Ala | Ser 75 | Leu | Gly | Ile | Ser | Thr 80 |
| Gly | Asp | Val | Ile | Thr 85 | Ala | Val | Asp | Gly | Ala 90 | Pro | Ile | Asn | Ser | Ala 95 | Thr |
| Ala | Met | Ala | Asp 100 | Ala | Leu | Asn | Gly | His 105 | His | Pro | Gly Asp | Val 110 | Ile | Ser | |
| Val | Thr | Trp 115 | Gin | Thr | Lyš | Ser | Gly 120 | Gly | Thr | Arg | Thr | Gly 125 | Asn | Val | Thr |
| Leu | Ala 130 | Glu | Gly | Pro | Pro | Ala 135 | Glu | Phe | Cys | Arg Tyr 140 | Pro | Ser | His | Trp | |
| Arg 145 | Pro | Leu | Met | Ile | Lys 150 | Arg | Thr | Ser | Leu | Ser 155 | Phe | Ala | Cys | Leu | Ser 160 |
| Phe | Phe | Tyr | Leu | Ser 165 | Thr | Ile | Sér | Ile | Leu 170 | Gin | Ala | Asn | Glu | Thr 175 | Asp |
.
·«·· » »·» *·♦ bCA,
280
| Thr | Leu | Gin | Phe 180 | Arg | Arg | Phe | Thr |
| Val | Leu | Asp 195 | Pro | Ala | Ser | Leu | Ile 200 |
| Asn | Leu 210 | Gin | Ser | Asn | Gly | Thr 215 | Gly |
| Gin 225 | Thr | Gin | Ile | Phe | Ser 230 | Asn | Ser |
| Gly | Ala | Phe | Asp | Met 245 | Vál | Thr | Thr |
| Asn | Leu | Leu | Phe 260 | Cys | Asn | Asn | Tyr |
| Ala | Ile | Arg 275 | Ser | Gly | Gly | Pro | Ile 280 |
| Leu | Phe 290 | Tyr | Asn | Asn | Ile | Ser 295 | Ala |
| Asp 305 | His | Asn | Glu | Lys | Asn 310 | Arg | Gly |
| Thr | Leu | Thr | Gly | Asn 325 | Arg | Thr | Leu |
| Asp | Cys | Gly | Gly 340 | Ala | Ile | Ser | Ala |
| Thr | Val | Lys 355 | Gly | Ile | Leu | Phe | Glu 360 |
| Pro | Tyr 370 | Thr | Gin | Ala | Glu | Asn 375 | Met |
| Arg 385 | Arg | Asp | Leu | Cys | Ser 390 | Ile | Ser |
| Asn | Tyr | Asn | Gin | Gly 405 | Gly Lys | Gly | |
| Val | Ile | Asp | Asn 420 | Asn | Lys | Glu | Arg |
| Leu | Gly | Trp 435 | Ser | Gin | Ser | Ser | Ser 440 |
| Thr | Thr 450 | Gin | Gly | Phe | Thr' | Leu 455 | Arg |
| Asp 465 | Ser | Asn | Thr | Ala | Thr 470 | His | Ala |
| Ile | Asp | Ile | Arg | Asp 485 | Asn | Gly | Pro |
| Ala | Trp | Gly | Ala 500 | Ala | Phe | Asn | Leu |
| Tyr | Ile | His 515 | Thr | Gly | Thr | Gly | Asp 520 |
| Phe | Thr 530 | Leu | Asp | Gly | Asn | Leu 535 | Leu |
| Asn 545 | Asn | Asn | Glu | Ile | Thr 550 | Pro | Tyr |
| Asp | Thr | Arg | Ile | Tyr 565 | Phe | Tyr | Asp |
| Glu | Asn | Thr | Ser 580 | Asn | Asn | Pro | Pro |
| Thr | Val | Asn 595 | Pro | Glu | Thr | Glu | Phe 600 |
| Asn | Gin 610 | Met | Ser | Ser | Asp | Ile 615 | Arg |
| Tyr 625 | Ile | Lys | Glu | Ala | Pro 630 | Thr | Thr |
| Phe Ser Asp Arg Glu | Ile | Gin | Phe |
| 185 | 190 | ||
| Thr Ala Gin Asn Ile | Val | Leu | Ser |
| 205 | |||
| Ala Cys Thr Ile Ser | Gly | Asn | Thr |
| 220 | |||
| Val Asn Thr Thr Ala | Asp | Ser | Gly |
| 235 | 240 | ||
| Ser Phe Thr Ala Ser | Asp | Asn | Ala |
| 250 | 255 | ||
| Cys Thr His Asn Lys | Gly | Gly Gly | |
| 265 | 270 | ||
| Arg Phe Leu Asn Asn | Gin | Asp | Val |
| 285 | |||
| Gly Ala Lys Tyr Val | Gly | Thr | Gly |
| 300 | |||
| Gly Ala Leu Tyr Ala | Thr | Thr | Ile |
| 315 | 320 | ||
| Ala Phe Ile Asn Asn | Met | Ser | Gly |
| 330 | 335 | ||
| Asp Thr Gin Ile Ser | Ile | Thr | Asp |
| 345 | 350 | ||
| Asn Asn His Thr Leu | Asn | His | Ile |
| - 365 | |||
| Ala Arg Gly Gly Ala | Ile | Cys | Ser |
| 380 „ | |||
| Asn Asn Ser Gly Pro | Ile | Val | Phe |
| 395 | 400 | ||
| Gly Ala Ile Ser Ala | Thr | Arg | Cys |
| 410 | 415 | ||
| Ile Ile Phe Ser Asn | Asn | Ser | Ser |
| 425 | 430 | ||
| Ala Ser Asn Gly Gly | Ala | Ile | Gin |
| 445 | |||
| Asn Asn Lys Gly Ser | Ile | Tyr | Phe |
| 460 | |||
| Gly Gly Ala Ile Asn | Cys | Gly | Tyr |
| 475 | 480 | ||
| Val Tyr Phe Leu Asn | Asn | Ser | Ala |
| 490 | 495 | ||
| Ser Lys Pro Arg Ser | Ala | Thr | Asn |
| 505 | 510 | ||
| Ile Val Phe Asn Asn | Asn | Val | Val |
| 525 | |||
| Gly Lys Arg Lys Leu | Phe | His | Ile |
| 540 | |||
| Thr Leu Ser Leu Gly | Ala | Lys | Lys |
| 555 | 560 | ||
| Leu Phe Gin Trp Glu | Arg | Val | Lys |
| 570 | 575 | ||
| Ser Pro Thr Ser Arg | Asn | Thr | Ile |
| 585 | 590 | ||
| Ser Gly Ala Val Val | Phe | Ser | Tyr |
| 605 | |||
| Thr Leu Met Gly Lys | Glu | His | Asn |
| 620 | |||
| Leu Lys Phe Gly Thr | Leu | Ala | Ile |
| 635 | 640 |
281 rď’
Glu Asp Asp Ala Glu Leu 645 <210> 318 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 318 gagagcggcc gctcgacata cgaactctga tggg 34 <210> 319 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 319 gagagcggcc gcttaaaaga ccagagctcc tcc 33 <210> 320 <211> 2148 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 320 .
atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac . 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300. gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc -360. ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct cgacatacga actctgatgg gtaaagaaca caattacatt 480: aaagaagccc caactacttt aaaattcgga acgctagcca tagaagatga tgcagaatta 54a gaaatcttca atatcccgtt tacccaaaat ccgactagcc ttcttgcttt aggaagcggc 600 gctacgctga ctgttggaaa gcacggtaag ctcaatatta caaatcttgg tgttatttta 660 cccattattc tcaaagaggg gaagagtccg ccttgtattc.gcgtcaaccc acaagatatg 720 acccaaaata ctggtaccgg ccaaactcca tcaagcacaa gtagtataag cactccáatg 780 attatcttta atgggcgcct ctcaattgta gacgaaaatt atgaatcagt ctacgacagt 840 atggacctct ccagagggaa agcagaacaa ctaattctat ccatagaaac cactaatgat 900 gggcaattag actccaattg gcaaagttct ctgaatactt ctctactctc tcctccacac 960 tatggctatc aaggtctatg gactcctaat tggataacaa caacctatac catcacgctt 1020 aataataatt cttcagctcc aacatctgct acctccatcg ctgagcagaa aaaaactagt 1080 gaaactttta ctcctagtaa cacaactaca gctagtatcc ctaatattaa agcttccgca 1140 ggatcaggct ctggatcggc ttccaattca ggagaagtta cgattaccaa acataccctt 1200 gttgtaaact gggcaccagt cggctacata gtagatccta ttcgtagagg agatctgata 1260 gccaatagct tagtacattc aggaagaaac atgaccatgg gcttacgatc attactcccg 1320 gataactctt ggtttgcttt gcaaggagct gcaacaacat tatttacaaa acaacaaaaa 1380 cgtttgagtt atcatggcta ctcttctgca tcaaaggggt ataccgtctc ttctcaagca 1440 tcaggagctc atggtcataa gtttcttctt tccttctccc agtcatctga taagatgaáa 1500 gaaaaagaaa caaataaccg cctttcttct cgttactatc tttctgcttt atgtttcgaa 1560 catcctatgt ttgatcgcat tgctcttatc ggagcagcag cttgcaatta tggaacacat 1620 aacatgcgga gtttctatgg aactaaaaaa tcttctaaag ggaaatttca ctctacaacc 1680 ttaggagctt ctcttcgctg tgaactacgc gatagtatgc ctttacgatc aataatgctc 1740 accccatttg ctcaggcttt attctctcga acagaaccag cttctatccg agaaagcggt 1800 gatctagcta gattatttac attagagcaa gcccatactg ccgttgtctc tccaatagga 1860 atcaaaggag cttattcttc tgatacatgg ccaacactct cttgggaaat ggaactagct 1920 taccaaccca ccctctactg gaaacgtcct ctactcaaca cactattaat ccaaaataac 1980
282 « · ♦ · · · ' * '· • · .· -· · '·
•. · ,· « · · · • ·· ·· ·» '· · · !·,··· · ί» >· ·· · (··· ·· ··♦ ggttcttggg tcaccacaaa taccccatta gctaaacatt ccttttatgg gagaggttct cactccctca aattttctca tctgaaacta tttgctaact atcaagcaga agtggctact tccactgtct cacactacat caatgcagga ggagctctgg tcttttaa <2io> 321 <211> 715 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis i9
2040
2100
2148 <400> 321
| Met His 1 | His His | His 5 Gin | His His Thr Ala Ala Ser Asp 10 | Asn Phe Gin Leu | |||||||||
| Gin | Ala 30 | 15 Met | Ala | ||||||||||
| Ser | Gin | cly | Gly 20 | Gly Phe | Ala | Ile 25 | Pro Ile | Gly | |||||
| Ile | Ala | Gly | Gin | Ile | Lys Leu | Pro | Thr | Val His | Ile | Gly | Pro | Thr | Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||
| Phe | Leu | Gly | Leu | Gly | Val Val | Asp | Asn | Asn Gly | Asn | Gly | Ala | Arg | Val |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||
| Gin | Arg | Val | Val | Gly | Ser Ala | Pro | Ala | Ala Ser | Leu | Gly | Ile | Ser | Thr |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||
| Gly Asp | Val | Ile | Thr | Ala Val | Asp | Gly | Ala Pro | Ile | Asn | Ser | Ala | Thr | |
| 85 | 90 | .. | 95 | ||||||||||
| Ala | Met | Ala | Asp | Ala | Leu Asn | Gly His | His Pro | Gly Asp | Val | Ile | Ser | ||
| \ - | 100 | 105 | 110 | ||||||||||
| Val | Thr | Trp | Gin | Thr | Lys Ser | Gly | Gly | Thr Arg | Thr | Gly | Asn | Val | Thr |
| 115 | 120 | 125 | |||||||||||
| Leu | Ala | Glu | Gly | Pro | Pro Ala | Glu | Phe | Cys Arg | Tyr | Pro | Ser | His | Trp |
| 130 | 135 | 140 | |||||||||||
| Arg | Pro | Leu | Asp | Ile | Arg Thr | Leu | Met | Gly Lys | Glu | His | Asn | Tyr | Ile |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||
| Lys | Glu | Ala | Pro | Thr | Thr Leu | Lys | Phe | Gly Thr | Leu | Ala | Ile | Glu | Asp |
| 165 | 170 | 175 | |||||||||||
| Asp | Ala | Glu | Leu | Glu | -Ile Phe | Asn | Ile | Pro Phe | Thr | Gin | Asn | Pro | Thr |
| 180 | 185 | 190 | |||||||||||
| Ser | Leu | Leu | Ala | Leu | Gly Ser | Gly | Ala | Thr Leu | Thr | Val | Gly | Lys | His |
| 195 | 200 | 205 | |||||||||||
| Gly | Lys | Leu | Asn | Ile | Thr Asn | Leu | Gly | Val Ile | Leu | Pro | Ile | Ile | Leu |
| 210 | 215 | 220 | |||||||||||
| Lys | Glu | Gly | Lys | Ser | Pro Pro | Cys | Ile | Arg Val | Asn | Pro | Gin | Asp | Met |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||
| Thr | Gin | Asn | Thr | Gly | Thr Gly | Gin | Thr | Pro Ser | Ser | Thr | Ser | Ser | Ile |
| 245 | 250 | 255 | |||||||||||
| Ser | Thr | Pro | Met | Ile | Ile Phe | Asn | Gly | Arg Leu | Ser | Ile | Val | Asp | Glu |
| 260 | 265 | “· · | 270 | ||||||||||
| Asn | Tyr | Glu | Ser | Val | Tyr Asp | Ser | Met | Asp Leu | Ser | Arg | Gly Lys | Ala | |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||
| Glu | Gin | Leu | Ile | Leu | Ser Ile | Glu | Thr | Thr Asn | Asp | Gly | Gin | Leu | Asp |
| 290 | 295 | 300 | |||||||||||
| Ser | Asn | Trp | Gin | Ser | Ser Leu | Asn | Thr | Ser Leu | Leu | Ser | Pro | Pro | His |
| 305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||
| Tyr | Gly | Tyr | Gin | Gly | Leu Trp | Thr | Pro | Asn Trp | Ile | Thr | Thr | Thr | Tyr |
| 325 | 330 | 335 | |||||||||||
| Thr | Ile | Thr | Leu | Asn | Asn Asn | Ser | Ser | Ala Pro | Thr | Ser | Ala | Thr | Ser |
| 340 | 345 | 350 | |||||||||||
| Ile | Ala | Glu | Gin | Lys | Lys Thr | Ser | Glu | Thr Phe | Thr | Pro | Ser | Asn | Thr |
| 355 | 360 | 365 | |||||||||||
| Thr | Thr | Ala | Ser | Ile | Pro Asn | Ile | Lys | Ala Sěr | Ala | Gly | Ser | Gly | Ser |
| 370 | 375 | 380 |
·'· *·«<
283
| Gly Ser Ala Ser. | Asn Ser Gly | Glu Val Thr | Ile Thr | Lys | His Thr Leu |
| 385 | 390 | 395 | 400 | ||
| Val Val Asn Trp | Ala Pro Val | Gly Tyr Ile | Val Asp Pro | Ile Arg Arg | |
| 405 | 410 | 415, | |||
| Gly Asp Leu Ile | Ala Asn Ser | Leu Val His | Ser Gly Arg | Asn Met Thr | |
| 420 | 425 | 430 | |||
| Met Gly Leu Arg | Ser Leu Leu | Pro Asp Asn | Ser Trp | Phe | Ala Leu Gin |
| 435 | 440 | 445 | |||
| Gly Ala Ala Thr | Thr Leu Phe | Thr Lys Gin | Gin Lys | Arg | Leu Ser Tyr |
| 450 | 455 | 460 | |||
| His Gly Tyr Ser | Ser Ala Ser | Lys Gly Tyr | Thr Val | Ser | Ser Gin Ala |
| 465 | 470 | 475 | 480 | ||
| Ser Gly Ala His | Gly His Lys | Phe Leu Leu | Ser Phe | Ser | Gin Ser Ser |
| 485 | 490 | 495 | |||
| Asp Lys Met Lys | Glu Lys Glu | Thr Asn Asn | Arg Leu | Ser | Ser Arg Tyr |
| 500 | 505 | 510 | |||
| Tyr Leu Ser Ala | Leu Cys Phe | Glu His Pro | Met Phe | Asp | Arg Ile Ala |
| 515 | 520 | 525 | |||
| Leu Ile Gly Ala | Ala Ala Cys | Asn Tyr Gly | Thr His | Asn | Met. Arg Ser |
| 530 | 535 | 540 | |||
| Phe Tyr Gly Thr | Lys Lys Ser | Ser Lys Gly | Lys Phe | His | Ser Thr Thr |
| 545 | 550 | 555 | 560 | ||
| Leu Gly Ala Ser | Leu Arg Cys | Glu Leu Arg Asp Ser | Met | Pro Leu Arg | |
| — | 565 | 570 | 575 | ||
| Ser Ile Met Leu | Thr Pro Phe | Ala Gin Ala | Leu Phe | Ser | Arg Thr Glu |
| 580 | 585 | 590 | |||
| Pro Ala Ser Ile | Arg Glu Ser | Gly Asp Leu | Ala Arg | Leu | Phe Thr Leu |
| 595 | 600 | 605 | |||
| Glu Gin Ala His | Thr Ala Val | Val Ser Pro | Ile Gly | Ile | Lys Gly Ala |
| 610 | 615 | 620 | |||
| Tyr Ser Ser Asp | Thr Trp Pro | Thr Leu Ser | Trp Glu | Met | Glu Leu Ala |
| 625 | 630 | 635 | 640 | ||
| Tyr Gin Pro Thr | Leu Tyr Trp | Lys Arg Pro | Leu Leu | Asn | Thr Leu Leu |
| 645 | 650 | 655 | |||
| Ile Gin Asn Asn | Gly Ser Trp | Val Thr Thr | Asn Thr | Pro | Leu Ala Lys |
| 660 | 665 | 670 | |||
| His Ser Phe Tyr | Gly Arg Gly | Ser His Ser | Leu Lys | Phe | Ser His Leu |
| 675 | 680 | 685 | |||
| Lys Leu Phe Ala | Asn Tyr Gin | Ala Glu Val | Ala Thr | Ser | Thr Val Ser |
| 690 | 695 | 700 | |||
| His Tyr Ile Asn | Ala Gly Gly | Ala Leu Val | Phe |
705 710 715 <210> 322 <211> 37 <212> DNA <213 > Chlamydia trachomatis <400> 322 gagagcggcc gctcatgcct ttttctttga gatctac <210> 323 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 323 gagagcggcc gcttacacag atccattacc ggactg <· ·<·· · • « · ·· • « · • · · · • · · • · · · · · · ·
284 • fr · · • · · • ·· tm ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat <210> 324 <211> 1896 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 324 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ccatčačact ggcggccgct catgcctttt tctttgagat ctacatcatt ttgtttttta gcttgtttgt gttcctattc gtatggattc gcgagctctc ctcaagtgtt aacacctaat gtaaccactc Čttttaaggg ggacgatgtt tacttgaatg gagactgcgc ttttgtcaat gtctatgcag gggcagagaa cggctcaatt atctcagcta atggcgacaa tttaacgatt accggacaaa accatácatt atcatttaca gattctcaag ggccagttct tcaaaattat gccttcattt cagcaggaga gacacttact ctgaaagatt tttcgagttt gatgttctcg aaaaatgttt cttgcggaga aaagggaatg atctcaggga aaaccgtgag tatttccgga gcaggcgaag tgattttttg ggataactct gtggggtatt ctcctttgtc tattgtgcca gcatcgactc caactcctcc agcaccagca ccagctcctg ctgcttcaag ctctttatct ccaacagtta gtgatgctcg gaaagggtct attttttctg tagagactag tttggagatc tcaggcgtca aaaaaggggt catgttcgat aataatgccg ggaattttgg aacagttttt cgaggtaata gtaataataa tgctggtagt gggggtagtg ggtctgctac aacaccaagt tttacagtta aaaactgtaa agggaaagtt tctttcacag ataacgtagc čtcctgtgga ggcggagtag tctacaaagg aáctgtgctt ttcaaagaca atgaaggagg catattcttc cgagggaaca cagcatacga tgatttaggg attcttgctg ctactagtcg ggatcagaat acggagacag gaggcggtgg aggagttatt tgctctccag atgattctgt aaagtttgaa ggcaataaag gttctattgt ttttgattac aactttgcaa aaggcagagg cggaagcatc ctaacgaaag aattctctct tgtagcagat gattcggttg tctttagtaa caatacagca gaaaaaggcg gtggagctat ttatgctcct actatcgata taagcacgaa tggaggatcg attctgtttg aaagaaaccg agctgcagaa ggaggCgcca tctgcgtgag tgaagcaagc tctggttcaa etggaaatct tactttaagc gcttctgatg gggatattgt tttttctggg aatatgacga gtgatcgtcc tggagagcgc agcgcagcaa gaatcttaag tgatggaacg > actgtttctt taaatgcttc cggactatcg aagctgatct tttatgatcc tgtagtacaa aataattcag cagcgggtgc atcgacacca tcaccatctt cttcttctat gcctggtgct •gtcacgatta atcagtccgg taatggatct gtgtaa <210> 325 <211> 631 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320: 1380. 1440·' 1500 1560.· 16201680 1740 1800 1860 1896 <400> 325
| Met | His | His | His | His | His | His | Thr | Ala | Ala | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Ser | Gin | Gly | Gly | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala | Met | Ala |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Ile | Ala | GlY | Gin | Ile | Lys | Leu | Pro | Thr | Val | His | Ile | Gly | Pro | Thr | Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Phe | Leu | Gly | Leu | Gly | Val | Val | Asp | Asn | Asn | Gly Asn | Gly | Ala | Arg | Val | |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Gin | Arg | Val | Val | Gly | Ser | Ala | Pro | Ala | Ala | Ser | Leu | Gly | Ile | Ser | Thr |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
| Gly Asp | Val | Ile | Thr | Ala | Val | Asp | Gly | Ala | Pro | Ile | Asn | Ser | Ala | Thr | |
| 85 | 90 | 95 |
·· -«·«· • « • »·* * ··· '·*· <285
| Ala Met Ala Asp 100 | Ala Leu Asn Gly | His His Pro Gly Asp Val Ile Ser | |
| 105 | 110 | ||
| Val Thr Trp Gin | Thr Lys Ser Gly Gly | Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr | |
| 115 | 120 | 125 | |
| Leu Ala Glu Gly | Pro Pro Ala Glu | Phe | Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp |
| 130 | 135 | 140 | |
| Arg Pro Leu Met | Pro Phe Ser Leu | Arg | Ser Thr Ser Phe Cys Phe Leu |
| 145 | 150 | 155 160 | |
| Ala Cys Leu Cys | Ser Tyr Ser Tyr | Gly | Phe Ala Ser Ser Pro Gin Val |
| 165 | T70 175 - | ||
| Leu Thr Pro Asn | Val Thr Thr Pro | Phe | Lys Gly Asp Asp Val Tyr Leu |
| 180 | 185 | 190 | |
| Asn Gly Asp Cys | Ala Phe Val Asn | Val | Tyr Ala Gly Ala Glu Asn Gly |
| 195 | 200 | — | 205............... - - · |
| Ser Ile Ile Ser | Ala Asn Gly Asp | Asn | Leu Thr Ile Thr Gly Gin Asn |
| 210 | 215 | 220 | |
| His Thr Leu Ser | Phe Thr Asp Ser | Gin | Gly Pro Val Leu Gin Asn Tyr |
| 225 | 230 | 235 240 | |
| Ala Phe Ile Ser | Ala Gly Glu Thr | Leu | Thr Leu Lys Asp Phe Ser Ser |
| 245 | 250 255 | ||
| Leu Met Phe Ser | Lys Asn Val Ser | Cys | Gly Glu Lys Gly Met Ile Ser |
| 260 | 265 | 270 | |
| Gly Lys Thr Val | Ser Ile Ser Gly | Ala | Gly Glu Val Ile Phe Trp Asp |
| 275 | 280 | 285 | |
| Asn Ser Val Gly | Tyr Ser Pro Leu | Ser | ile Val Pro Ala Ser Thr Pro |
| 290 | 295 | 300 | |
| Thr Pro Pro Ala | Pro Ala Pro Ala | Pro | £la Ala Ser Ser Ser Leu Ser |
| 305 | ’ 310 | 315 320 | |
| Pro Thr Val Ser | Asp Ala Arg Lys | Gly | Ser Ile Phe Ser Val Glu Thr |
| 325 | 330 335 | ||
| Ser Leu Glu Ile | Ser Gly Val Lys | Lys | Gly Val Met· Phe Asp Asn Asn |
| 340 | 345 | 350 | |
| Ala Gly Asn Phe | Gly Thr Val Phe | Arg | Gly Asn Ser Asn Asn Asn Ala |
| 355 | .360 | 365 | |
| Gly Ser Gly Gly | Ser Gly Ser Ala | Thr | Thr Pro Ser Phe Thr Val Lys |
| 370 | 375 | 380 | |
| Asn Cys Lys Gly | Lys Val Ser Phe | Thr | Asp Asn Val Ala Ser Cys Gly |
| 385 | 390 | 395 400 | |
| Gly Gly Val Val | Tyr Lys Gly Thr | Val | Leu Phe Lys Asp Asn Glu Gly |
| 405 | 410 415 | ||
| Gly Ile Phe Phe | Arg Gly Asn Thr | Ala | Tyr Asp Asp Leu Gly Ile Leu |
| 420 | 425 | 430 | |
| Ala Ala Thr Ser | Arg Asp Gin Asn | Thr | Glu Thr Gly Gly Gly Gly Gly |
| 435 | 440 | 445 | |
| Val Ile Cys Ser | Pro Asp Asp Ser | Val | Lys Phe Glu Gly Asn Lys Gly |
| 450 | 455 | 460 | |
| Ser Ile Val Phe | Asp Tyr Asn Phe | Ala | Lys Gly Arg Gly Gly Ser Ile |
| 465 | 470 | 475 480 | |
| Leu Thr Lys Glu | Phe Ser Leu Val | Ala | Asp Asp Ser Val Val Phe Ser |
| 485 | 490 495 | ||
| Asn Asn Thr Ala | Glu Lys Gly Gly Gly | Ala Ile Tyr Ala Pro Thr Ile | |
| 500 | 505 | 510 | |
| Asp Ile Ser Thr | Asn Gly Gly Ser | Ile | Leu Phe Glu Arg Asn Arg Ala |
| 515 | 520 | 525 | |
| Ala Glu Gly Gly | Ala Ile Cys Val | Ser | Glu Ala Ser Ser Gly Ser Thr |
| 530 | 535 | 540 | |
| Gly Asn Leu Thr | Leu Ser Ala Ser | Asp | Gly Asp Ile Val Phe Ser Gly |
| 545 | 550 | 555 560 |
»· •· ·· • · · ··· • · · · « ··'·?
• · · ·
999 ·· 9999
286
| Asn | Met | Thr | Ser | Asp | Arg | Pro | Gly | Glu | Arg | Ser | Ala | Ala | Arg | Ile | Leu |
| 565 | 570 | 575 | |||||||||||||
| Ser | Asp | Gly | Thr | Thr | Val | Ser | Leu | Asn | Ala | Ser | Gly | Leu | Ser | Lys | Leu |
| 580 | 585 | 590 | |||||||||||||
| Ile | Phe | Tyr | Asp | Pro | Val | Val | Gin | Asn | Asn | Ser | Ala | Ala | Gly | Ala | Ser |
| 595 | 600 | 605 | |||||||||||||
| Thr | Pro | Ser | Pro | Ser | Ser | Ser | Ser | Met | Pro | Gly | Ala | Val | Thr | Ile | Asn |
| 610 | 615 | 620 | |||||||||||||
| Gin | Ser | Gly | Asn | Gly | Ser | Val | 1 · | ||||||||
| 625 | 630 |
<210> 326 <2I1> 40 <212> DNA -___________ - - <213> Chlamydia trachomatis <400> 326 gagagcggcc gctcgatcct gtagtacaaa ataattcagc <210> 327 <211> 33 <212> DNA <2l3> Chlamydia trachomatis <400> 327 gagagcggcc gcttaaaaga ttctattcaa gcc <210> 328 <211> 2148 <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 328 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ccatcacact ggcggccgct cgatcctgta gtacaaaata attcagcagc acaccatcac catcttcttc ttctatgcct ggtgctgtca cgattaatca ggatctgtga tttttaccgc cgagtcattg actccttcag aaaaacttca tctacttcta acttcccagg agctctgact gtgtcaggag gggagttggt ggagctacct taactactgg gaccattaca gccacctctg gacgagtgac ggagcttcgt tgtctgccgt tgcaggtgct gcaaataata attatacttg aagttgggga ttgatttaga atccttttta actcctaact ataagacggc gcggatggaa cagttactgt taacagcggc tctactttag acctagtgat gcagaggtct atgataatcc gctttttgtg ggatcgctga caattccttt tcttctagta gtgctagtaa cggagttaca aaaaattctg tcactattaa gctgcgcact atgggtatca aggctcttgg tctgcagatt ggacgaaacc cctgatgcta aggggatggt acctcctaat accaataaca ctctgtatct cctgcttcga attacggtga atatcgactg gatcctcaga gaaagggaga aactctcttt gggtagcggg atctgcatta agaaccttta ctaatggttt tatgtttcta gagatgttgg atttgtagca tctctgcatg ctctcgggga aattatacgc aagatgatcg ggatggcttt ttagctagat atgggggatt gcagcctccc attatgaaaa tgggtcaata tttggagtgg cttttggaca cagacaaagá gcagaatgta ttactctaaa gatgctggga acatgacgat
| ccagggtggg | έσ |
| caagcttccc | 120 |
| caacggcaac | 180 |
| catctccacc | 240 |
| gatggcggac | 300 |
| caagtcgggc | 360 |
| ctgcagatat | 420 |
| gggtgcatcg | 480 |
| gtccggtaat | 540 |
| agttcttaac | 600 |
| tgtgacggaa | 660 |
| tttaggatcc | 720 |
| tacagtatct | 780 |
| catactgggt | 840 |
| ggagaatgag | 900 |
| tgttactcta | 960 |
| tgatgcagac | 1020 |
| gcctctggct | 1080 |
| gacatggaga | 1140 |
| actagtaccc | 1200 |
| gaaagaacac | 1260 |
| ttatattctg | 1320 |
| ccaggcgacc | 1380 |
| actctatggt | 1440 |
| gttgtcctgt | 1500 |
V* «··· • · ·
9 • · * • · ···· · «
• 4»
9
9 ·
9 »9999
287 ttcggaagaa gttacgtaga tattaaagga acagaaactg ttatgtattg ggagacggct tatggctatt ctgtgcacag aatgcatacg cagtatttta atgacaaaac gcagaagttc gatcattcga aatgtcattg gcacaacaat aactattatg cgtttgtagg tgccgagcat aatttcttag agtactgcat tcctactcgt cagttagcta gagattatga gcttacaggg tttatgcgtt ttgaaatggc cggaggatgg tccagttcta cacgagaaac tggctcccta actagatatt tcgctcgcgg gtcagggcat aatatgtcgc ttccaatagg aattgtagct catgcagttt ctcatgtgcg aagatctcct ccttctaaac tgacactaaa tatgggatat agaccagaca tttggcgtgt cactccacat tgcaatatgg aaattattgc taacggagtg aagačaccta tacaaggatc cccgctggca cggcatgcct tcttcttaga agtgcatgat actttgtata ttcatcattt tggaagagcc tatatgaact attcattaga tgčťcgtcgt cgacaaaccg cacattttgt atctatgggc ttgaatagaa tcttttaa <210> 329 <211> 715 ____________ ______ ______________ --------<212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2148 <400> 329
| Met His His | His | His | His His Thr Ala | Ala Ser Asp Asn | Phe Gin Leu |
| 1 | 5 | io | 15 | ||
| Ser Gin Gly Gly | Gin | Gly Phe Ala Ile | Pro Ile Gly Gin | Ala Met Ala | |
| 20 | 25 | 30 | |||
| Ile Ala Gly | Gin | Ile | Lys Leu Pro Thr | Val His Ile Gly | Pro Thr Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||
| Phe Leu Gly | Leu | Gly | Val Val Asp Asn | Asn Gly Asn Gly | Ala Arg Val |
| 50 | 55 | 60 | |||
| Gin Arg Val | Val | Gly | Ser Ala Pro Ala | Ala Ser Leu Gly | Ile Ser Thr |
| 65 | 70 | 75 | 80 | ||
| Gly Asp Val | Ile | Thr | Ala Val Asp Gly | Ala Pro Ile Asn | Ser Ala Thr |
| 85 | 90 | 95 | |||
| Ala Met Ala | Asp | Ala | Leu Asn Gly His | His Pro Gly Asp | Val Ile Ser |
| 100 | 105 | 110 | |||
| Val Thr Trp | Gin | Thr | Lys Ser Gly Gly | Thr Arg Thr Gly | Asn Val Thr |
| 115 | 120 | 125 | |||
| Leu Ala Glu | Gly | Pro | Pro Ala Glu Phe | Cys Arg Tyr Pro | Ser His Trp |
| 130 | 135 | 140 | |||
| Arg Pro Leu | Asp | Pro | Val Val Gin Asn | Asn Ser Ala Ala | Gly Ala Ser |
| 145 | 150 | 155 | 160 | ||
| Thr Pro Ser | Pro | Ser | Ser Ser Ser Met | Pro Gly Ala Val | Thr Ile Asn |
| 165 | 170 | 175 | |||
| Gin Ser Gly | Asn | Gly | Ser Val Ile Phe | Thr Ala Glu Ser | Leu Thr Pro |
| 180 | 185 | 190 | |||
| Ser Glu Lys | Leu | Gin | Val Leu Asn Ser | Thr Ser Asn Phe | Pro Gly Ala |
| 195 | 200 | 205 | |||
| Leu Thr Val | Ser | Gly Gly Glu Leu Val | Val Thr Glu Gly | Ala Thr Leu | |
| 210 | 215 | 220 | |||
| Thr Thr Gly | Thr | Ile | Thr Ala Thr Ser | Gly Arg Val Thr | Leu Gly Ser |
| 225 | 230 | 235 | 240 | ||
| Gly Ala Ser | Leu | Ser | Ala Val Ala Gly | Ala Ala Asn Asn | Asn Tyr Thr |
| 245 | 250 | 255 | |||
| Cys Thr Val | Ser | Lys | Leu Gly Ile Asp | Leu Glu Ser Phe | Leu Thr Pro |
| 260 | 265 | 270 | |||
| Asn Tyr Lys | Thr | Ala | Ile Leu Gly Ala | Asp Gly Thr Val | Thr Val Asn |
| 275 | 280 | 285 | |||
| Ser Gly Šer | Thr | Leu | Asp Leu Val Met | Glu Asn Glu Ala | Glu Val Tyr |
| 290 | 295 | 300 | |||
| Asp Asn Pro | Leu | Phe | Val Gly Ser Leu | Thr Ile Pro Phe | Val Thr Leu |
| 305 | 310 | 315 | 320 |
'·· ·
288
| Ser Ser Ser Ser Ala | Ser Asn Gly | Val | Thr Lys 330 | Asn | Ser | Val | Thr Ile 335 | |
| 325 | ||||||||
| Asn Asp | Ala Asp Ala | Ala His Tyr | Gly Tyr Gin | Gly | Ser | Trp | Ser Ala | |
| 340 | 345 | 350 | ||||||
| Ásp Trp | Thr Lys Pro | Pro Leu Ala | Pro | Asp Ala | Lys | Gly | Met | Val Pro |
| 355 | 360 | 365 | ||||||
| Pro Asn | Thr Asn Asn | Thr Leu Tyr | Leu | Thr Trp | Arg | Pro | Ala | Ser Asn |
| 370 | 375 | 380 | ||||||
| Tyr Gly | Glu Tyr Arg | Leu Asp Pro | Gin | Arg Lys | Gly | Glu | Leu | Val Pro |
| 385 | 390 | 395 | 400 | |||||
| Asn Ser | Leu Trp Val | Ala Gly Ser | Ala | Leu Arg | Thr | Phe | Thr | Asn Gly |
| 405 | 410 | 415 | ||||||
| Leu Lys | Glu His Tyr | Val Ser Arg | Asp | Val Gly | Phe | Val | Ala | Ser Leu |
| 420 | 425 | .430. | ||||||
| His Ala | Leu Gly Asp | Tyr Ile Leu | Asn | Tyr Thr | Gin | Asp Asp | Arg Asp | |
| 435 | 440 | 445 | ||||||
| Gly Phe | Leu Ala Arg | Tyr Gly Gly | Phe | Gin Ala | Thr | Ala | Ala | Ser His |
| 450 | 455 | 460 | ||||||
| Tyr Glu | Asn Gly Ser | Ile Phe Gly | Val | Ala Phe | Gly | Gin | Leu | Tyr Gly |
| 465 | 470 | 475 | 480 | |||||
| Gin Thr | Lys Ser Arg | Met Tyr Tyr | Ser | Lys Asp | Ala | Gly | Asn | Met Thr |
| 485 | 490 | 495 | ||||||
| Met Leu | Ser Cys Phe | Gly Arg Ser | Tyr | Val Asp | Ile | Lys | Gly | Thr Glu |
| 500 | 505 | 510 | ||||||
| Thr Val | Met Tyr Trp | Glu Thr Ala | Tyr | Gly Tyr | Ser | Val | His | Arg Met |
| 515 | 520 | 525 | ||||||
| His Thr | Gin Tyr Phe | Asn Asp Lys | Thr | Gin Lys | Phe | Asp | His | Ser Lys |
| 530 | 535 | 540 | ||||||
| Cys His | Trp His Asn | Asn Asn Tyr | Tyr | Ala Phe | Val | Gly | Ala | Glu His |
| 545 | 550 | 555 | 560 | |||||
| Asn Phe | Leu Glu Tyr | Cys Ile Pro | Thr | Arg Gin | Leu | Ala | Arg | Asp Tyr |
| 565 | 570 | 575 | ||||||
| Glu Leu | Thr Gly Phe | Met Arg Phe | Glu | Met Ala | Gly Gly | Trp | Ser Ser | |
| 580 | 585 | 550 | ||||||
| Ser Thr | Arg Glu Thr | Gly Ser Leu | Thr | Arg Tyr | Phe | Ala | Arg | Gly Ser |
| 595 | 600 | 605 | ||||||
| Gly His | Asn Met Ser | Leu Pro Ile | Gly | Ile Val | Ala | His | Ala | Val Ser |
| 610 | 615 | 620 | ||||||
| His Val | Arg Arg Ser | Pro Pro Ser | Lys | Leu Thr | Leu | Asn | Met | Gly Tyr |
| 625 | 630 | 635 | 640 | |||||
| Arg Pro | Asp Ile Trp Árg Val Thr | Pro | His Cys | Asn | Met | Glu | Ile Ile | |
| 645 | 650 | 655 | ||||||
| Ala Asn | Gly Val Lys | Thr Pro Ile | Gin | Gly Ser | Pro | Leu | Ala | Arg His |
| 660 | 665 | 670 | ||||||
| Ala Phe | Phe Leu Glu | Val His Asp | Thr | Leu Tyr | Ile | His | His | Phe Gly |
| 675 | 680 | 685 | ||||||
| Arg Ala | Tyr Met Asn | Tyr Ser Leu | Asp | Ala Arg | Arg Arg | Gin | Thr Ala | |
| 690 | 695 | 700 | ||||||
| His Phe | Val Ser Met | Gly Leu Asn | Arg | Ile Phe |
705 710 715 <210> 330 <211> 38 <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 330 gagagcggcc gctcatgaaa tggctgtcag ctactgcg ····
289 <210> 331 <211> 34 <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 331 gagcggccgc ttacttaatg cgaatttctt <210> 332 <211> 1557 <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis caag <400> 332 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact ctcccctcag gaaacttctt gtctctggta cccacgaact gactctacaa ggagttttgt aaaatgactg acaagtctaa tctacaatct cctgctcctg tctagtagtt gcagcagcta gatácagaaa ggcgacctta gatggaggag gtacaaacta attcaatctt ctatatgttg <210> 333 <211> 518 <212>
<213>
atcaccatča ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct tttcagggtt cctctaccac acgcatcttt caaactcctc caacgactcc cctttatgac gtgaaggcgg ccatccaaaa ccctatcagg ttaagaaacc ctagcggaaa atcttcaaag catcaactcc ctatcgcaga cgatctttgc acggtgctga ctaaacagag aaggaggtat cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc catgaaatgg ttgcttccca ttttactgaa cacaaaattt tagctctagc tgatcctaaa acgatcagga tgctatcttc taácttatcc gattactaaa tacagaacct tgattcggtg tcactttatt ctctcataag ctctcaagag tgagaaagat agaaaaggga tctttttaat aaacttccaa tccgataact tccagctgtc atggcgatcg cgggccagat ggcttgggtg ttgtcgacaa gctccggcgg caagtctcgg ccgatcaact cggccaccgc atctcggtga cctggcaaac gagggacccc cggccgaatt ctgtcagcta ctgcggtgtt gaacctaaag aattaaattt acaattggag aagctggggc accaacattc ctactaccga ggagaaactg cttccgtttc ggtggcggcg ccttttataa acagaaggtt ccttaactct tctcaaggag agctgctatt cagctatccg gaggagcgat gcgactttct cctgcaactc aaagctcaaa cagcaagcga tcttccccca gttccagtag tgtgctacag ctactcctgc ccaggatctg ggggagctat gtactattct caataaataa gtttctttcg agaatattac ggagctatct atgctaaagg tctaactaca gtaaacaagg gatcttgaag aaattcgcat
| ccagggtggg | 60 |
| caagcttccc | 120 |
| caacggcaac | 180 |
| catctccacc | 240 |
| gatggcggac | 300 |
| caagtcgggc | 360 |
| ctgcagatat | 420 |
| tgctgctgtt | 480 |
| ctctcgcgta | 540 |
| agaatatatc | 600 |
| tacaacaact ‘ | 660 |
| tgaggatagt | 720 |
| cgcgcactcc | 780 |
| gtctgagata | 840 |
| tacagatctg | 900 |
| ttttggagga | 960 |
| tgcagaagtt | 1020 |
| aacgtcgggt | 1080 |
| agctgaaccc | 1140 |
| tgctcaaacc | 1200 |
| ctatgctaaa | 1260 |
| agctactaaa | 1320 |
| atcattaaaa | 1380 |
| tgacctctca | 1440 |
| tgggggggct | 1500 |
| taagtaa | 1557 |
PRT
Chlymadia trachomatis <400> 333
| Met | His | His | His | His | His | His | Thr | Ala | Ala | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Ser | Gin | Gly Gly | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala | Met | Ala | |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Ile | Ala | Gly | Gin | Ile | Lys | Leu | Pro | Thr | Val | His | Ile | Gly | Pro | Thr | Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Phe | Leu | Gly | Leu | Gly | Val | Val | Asp | Asn | Asn | Gly | Asn | Gly | Ala | Arg | Val |
| 50 | 55 | 60 | |||||||||||||
| Gin | Arg | Val | Val | Gly | Ser | Ala | Pro | Ala | Ala | Ser | Leu | Gly | Ile | Ser | Thr |
| 65 | 70 | 75 | 80 |
• . V W w ···· · ··· ···;
1290
| Gly Asp Val | Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr | ||
| 85 | 90 | 95 | |
| Ala Met Ala | Asp Ala Leu | Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser | |
| 100 | 105 | 110 | |
| Val Thr Trp | Gin Thr Lys | Ser Gly Gly Thr Arg Thr | Gly Asn Val Thr |
| 115 | 120 | 125 | |
| Leu Ala Glu | Gly Pro Pro | Ala Glu Phe Cys Arg Tyr | Pro Ser His Trp |
| 130 | 135 140 | ||
| Arg Pro Leu | Met Lys Trp | Leu Ser Ala Thr Ala Val | Phe Ala Ala Val |
| 145 - | 150 | 155 | 160 |
| Leu Pro Ser | Val Ser Gly | Phe Cys Phe Pro Glu Pro | Lys Glu Leu Asn |
| 165 | 170 | 175 | |
| Phe Ser Arg | Val Glu Thr | Ser Ser Ser Thr Thr Phe | Thr Glu Thr Ile |
| 180 | 185 | 190 | |
| Gly Glu Ala | Gly Ala Glu | Tyr Ile Val Ser Gly Asn | Ala Ser Phe Thr |
| 195 | 200 | 205 | |
| Lys Phe Thr | Asn Ile Pro | Thr Thr Asp Thr Thr Thr | Pro Thr Asn Ser |
| 210 | 215 220 | ||
| Asn Ser Ser | Ser Ser Ser | Gly Glu Thr Ala Ser Val | Ser Glu Asp Ser |
| 225 | 230 | 235 | 240 |
| Asp Ser Thr | Thr Thr Thr | Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala Phe Tyr | |
| 245 | 250 | 255 | |
| Asn Ala His | Ser Gly Val | Leu Ser Phe Met Thr Arg | Ser Gly Thr Glu |
| 260 | 265 | 270 | |
| Gly Ser Leu | Thr Leu Ser | Glu Ile Lys Met Thr Gly | Glu Gly Gly Ala |
| 275 | 280 | 285 | |
| Ile Phe Ser | Gin Gly Glu | Leu Leu Phe Thr Asp Leu | Thr Ser Leu Thr |
| 290 | 295 300 | ||
| Ile Gin Asn | Asn Leu Ser | Gin Leu Ser Gly Gly Ala | Ile Phe Gly Gly |
| 305 | 310 | 315 | 320 |
| Ser Thr Ile | Ser Leu Ser | Gly Ile Thr Lys Ala Thr | Phe Ser Cys Asn |
| 325 | 330 | 335 | |
| Ser Ala Glu | Val Pro Ala | Pro .Val Lys Lys Pro Thr | Glu Pro Lys Ala |
| 340 | 345 | 350 | |
| Gin Thr Ala | Ser Glu Thr | Ser Gly Ser Ser Ser Ser | Ser Gly Asn Asp |
| 355 | 360 | 365 | |
| Ser Val Ser | Ser Pro Ser | Ser Ser Arg Ala Glu Pro | Ala Ala Ala Asn |
| 370 | 375 380 | ||
| Leu Gin Ser | His Phe Ile | Cys Ala Thr Ala Thr Pro | Ala Ala Gin Thr |
| 385 | 390 | 395 | 400 |
| Asp Thr Glu | Thr Ser Thr | Pro Ser His Lys Pro Gly | Ser Gly Gly Ala |
| 405 | 410 | 415 | |
| Ile Tyr Ala | Lys Gly Asp | Leu Thr Ile Ala Asp Ser | Gin Glu Val Leu |
| 420 | 425 | 430 | |
| Phe Ser Ile | Asn Lys Ala | Thr Lys Asp Gly Gly Ala | Ile Phe Ala Glu |
| 435 | 440 | 445 | |
| Lys Asp Val | Ser Phe Glu | Asn Ile Thr Ser Leu Lys | Val Gin Thr Asn |
| 450 | 455 460 | ||
| Gly Ala Glu | Glu Lys Gly | Gly Ala Ile Tyr Ala Lys | Gly Asp Leu Ser |
| 465 | 470 | 475 | 480 |
| Ile Gin Ser | Ser Lys Gin | Ser Leu Phe Asn Ser Asn | Tyr Ser Lys Gin |
| 485 | 490. | 495 | |
| Gly Gly Gly | Ala Leu Tyr | Val Glu Gly Gly Ile Asn | Phe Gin Asp Leu |
| 500 | 505 | 510 | |
| Glu Glu Ile | Arg Ile Lys |
515 <210> 334
291 aatcttc <211> 37 <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 334 gagagcggcc gctcggtgac ctctcaattc <210> 335 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 335 gagagcggcc gcttagttct ctgttacaga taaggagac__________________________ ___________________39 ___ <210> 336 <211> 1758 <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 336 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc · 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300 gcgcttaacg ggcatqatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct cggtgacctc tcaattcaat cttctaaaca gagtcttttt 480 aattctaact acagtaaaca aggtgggggg gctctatatg ttgaaggagg tataaacttc · 540 caagatcttg aagaaattcg cattaagtac aataaagčtg gaacgttcga aacaaaaaaa 600 atcactttac cttctttaaa agctcaagca tctgcaggaa atgcagatgc ttgggcctct 660 tcctctcctc aatctggttc tggagcaact acagtctccg actcaggaga ctctagctct 7=20 ggctcagact cggatacctc agaaacagtt ccagtcacag ctaaaggcgg tgggctttat 780 actgataaga atctttcgat tactaacatc acaggaatta tcgaaattgc aaataacaaa 840 gcgacagatg ttggaggtgg tgcttacgta aaaggaaccc ttacttgtga aaactctcac 900 cgtctacaat ttttgaaaaa ctcttccgat aaacaaggtg gaggaatcta cggagaagac 960 aacatcaccc tatctaattt gacagggaag actctattcc aagagaatac tgccaaagaa 1020 gagggcggtg gactcttcat aaaaggtaca gataaagctc ttacaatgac aggactggat 1080 agtttctgtt taattaataa cacatcagaa aaacatggtg gtggagcctt tgttaccaaa 1140 gaaatctctc agacttacac ctctgatgtg gaaacaattc caggaatcac gcctgtacat 1200 ggtgaaacag tcattactgg caataaatct acaggaggta atggtggagg cgtgtgtaca 1260 aaacgtcttg ccttatctaa ccttcaaagc atttctatat ccgggaattc tgcagcagaa 1320 aatggtggtg gagcccacac atgcccagat agcttcccaa cggcggatac tgcagaacag 1380 cccgcagcag cttctgccgc gacgtctact cccaaatctg ccccggtctc aactgctcta 1440 agcacacctt catcttctac cgtctcttca ttaaccttac tagcagcctc ttcacaagcc 1500 tctcctgcaa cctctaataa ggaaactcaa gatcctaatg ctgatacaga cttattgatc 1560 gattatgtag ttgatacgac tatcagcaaa aacactgcta agaaaggcgg tggaatctat 1620 gctaaaaaag ccaagatgtc ccgcatagac caactgaata tctctgagaa ctccgctaca 1680 gagataggtg gaggtatctg ctgtaaagaa tctttagaac tagatgctct agtctcctta 1740 tctgtaacag agaactaa 1758 <210> 337 <211> 585 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 337
292
| Met | His | His His His His His | Thr Ala Ala | Ser Asp | Asn | Phe | Gin Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||
| Ser | Gin | Gly Gly Gin Gly Phe 20 | Ala Ile Pro 25 | Ile Gly | Gin | Ala 30 | Met Ala |
| Ile | Ala | Gly Gin Ile Lys Leu 35 | Pro Thr Val 40 | His Ile | Gly 45 | Pro | Thr Ala |
| Phe | Leu 50 | Gly Leu Gly Val Val 55 | Asp Asn Asn | Gly Asn 60 | Gly | Ala | Arg Val |
| Gin 65 | Arg | Val Val Gly Ser Ala 70 | Pro Ala Ala | Ser Leu 75 | Gly | Ile | Ser Thr 80 |
| Gly | Asp | Val Ile Thr Ala Val 85 | Asp Gly Ala 90 | Pro Ile | Asn | Ser | Ala Thr 95 |
| Ala | Met | Ala Asp Ala Leu Asn | Gly His His | Pro Gly | Asp | Val | Ile Ser |
| - | -·- - | 100 ------------- | 105 | ______,________ | _________ | 110 | |
| Val | Thr | Trp Gin Thr Lys Ser 115 | Gly Gly Thr 120 | Arg Thr | Gly 125 | Asn | Val Thr |
| Leu | Ala 130 | Glu Gly Pro Pro Ala 135 | Glu Phe Cys | Arg Tyr 140 | Pro | Ser | His Trp |
| Arg 145 | Pro | Leu Gly Asp Leu Ser 150 | Ile Gin Ser | Ser Lys 155 | Gin | Ser | Leu Phe 160 |
| Asn | Ser | Asn Tyr Ser Lys Gin 165 | Gly Gly Gly 170 | Ala Leu | Tyr | Val | Glu Gly 175 |
| Gly | Ile | Asn Phe Gin Asp Leu 180 | Glu Glu Ile 185 | Arg Ile | Lys | Tyr 190 | Asn Lys |
| Ala | Gly | Thr Phe Glu Thr Lys 195 | Lys Ile Thr 200 | Leu Pro | Ser 205 | Leu | Lys Ala |
| Gin | Ala 210 | Ser Ala Gly Ásn Ala 215 | Asp Ala Trp | Ala Ser 220 | Ser | Ser | Pro Gin |
| Ser 225 | Gly | Ser Gly Ala Thr Thr 230 | Val Ser Asp | Ser Gly Asp 235 | Ser | Ser Ser 240 | |
| Gly | Ser | Asp Ser Asp Thr Ser 245 | Glu Thr Val 250. | Pro Val | Thr | Ala | Lys Gly 255 |
| Gly | Gly | Leu Tyr Thr Asp Lys 260 | Asn Leu Ser 265 | Ile Thr | Asn | Ile 270 | Thr Gly |
| Ile | Ile | Glu Ile Ala Asn Asn 275 | Lys Ala Thr 280 | Asp Val | Gly Gly Gly Ala 285 | ||
| Tyr | Val 290 | Lys Gly Thr Leu Thr 295 | Cys Glu Asn | Ser His 300 | Arg | Leu | Gin Phe |
| Leu 305 | Lys | Asn Ser Ser Asp Lys 310 | Gin Gly Gly Gly Ile 315 | Tyr | Gly | Glu Asp 320 | |
| Asn | Ile | Thr Leu Ser Asn Leu 325 | Thr Gly Lys 330 | Thr Leu | Phe | Gin | Glu Asn 335 |
| Thr | Ala | Lys Glu Glu Gly Gly Gly Leu Phe 340 345 | Ile Lys | Gly | Thr 350 | Asp Lys | |
| Ala | Leu | Thr Met Thr Gly Leu 355 | Asp Ser Phe 360 | Cys Leu | Ile 365 | Asn | Asn Thr |
| Ser | Glu 370 | Lys His Gly Gly Gly 375 | Ala Phe Val | Thr Lys 380 | Glu | Ile | Ser Gin |
| Thr 385 | Tyr | Thr Ser Asp Val Glu 390 | Thr Ile Pro | Gly Ile 395 | Thr | Pro | Val His 400 |
| Gly | Glu | Thr Val Ile Thr Gly 405 | Asn Lys Ser 410 | Thr Gly Gly | Asn | Gly Gly 415 | |
| Gly | Val | Cys Thr Lys Arg Leu 420 | Ala Leu Ser 425 | Asn Leu | Gin | Ser 430 | Ile Ser |
| Ile | Ser | Gly Asn Ser Ala Ala 435 | Glu Asn Gly Gly Gly 440 | Ala 445 | His | Thr Cys | |
| Pro | Asp 450 | Ser Phe Pro Thr Ala 455 | Asp Thr Ala | Glu Gin 460 | Pro | Ala | Ala Ala |
293
| Ser | Ala | Ala | Thr | Ser | Thr | Pro | Lys | Ser Ala | Pro | Val | Ser | Thr | Ala | Leu |
| 465 | 470 | 475 | 480 | |||||||||||
| Ser | Thr | Pro | Ser | Ser | Ser | Thr | Vál | Ser Ser | Leu | Thr | Leu | Leu | Ala | Ala |
| 485 | 490 | 495 | ||||||||||||
| Ser | Ser | Gin | Ala | Ser | Pro | Ala | Thr | Ser Asn | Lys | Glu | Thr | Gin | Asp | Pro |
| 500 | 505 | 510 | ||||||||||||
| Asn | Ala | Asp | Thr | Asp | Leu | Leu | Ile | Asp Tyr | Val | Val | Asp | Thr | Thr | Ile |
| 515 | 520 | *· | 525 | |||||||||||
| Ser | Lys | Asn | Thr | Ala | Lys | Lys | Gly | Gly Gly | Ile | Tyr | Ala | Lys | Lys | Ala |
| 530 | 535 | 540 | ||||||||||||
| Lys | Met | Ser | Arg | Ile | Asp | Gin | Leu | Asn Ile | Ser | Glu | Asn | Ser | Ala | Thr |
| 545 | 550 | 555 | 560 | |||||||||||
| Glu | Ile | Gly Gly | Gly | Ile | Cys | Cys | Lys Glu | Ser | Leu | Glu | Leu | Asp | Ala | |
| 565 | 570 | 575 | ||||||||||||
| Leu | Val | Ser | Leu | Ser | Val | Thr | Glu | Asn | 7'. | |||||
| 580 | 585 |
<2lO> 338 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydai trachomatis <400> 338 gagagcggcc gctcgaccaa ctgaatatct ctgagaac 38· <210> 339 ..
<211> 35 \ <212> DNA <213> Chlamydia. trachomatis <400> 339 gagagcggcc gcttaagaga ctacgtggag ttctg 35 <210> 340 <211> 1965 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 340 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcg/3 gtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300 gcgctraacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct cgaccaactg aatatctctg agaactccgc tacagagata 480 ggtggaggta tctgctgtaa agaatcttta gaactagatg ctctagtctc cttatctgta 540 acagagaacc ttgttgggaa agaaggtgga ggcttacatg ctaaaactgt aaatatttct 600 aatctgaaat caggcttctc tttctcgaac aacaaagcaa actcctcatc cacaggagtc 660 gcaacaacag cttcagcacc tgctgcagct gctgcttccC tacaagcagc cgcagcagcc 720 gcaccatcat ctccagcaac accaacttat tcaggtgtag taggaggagc tatctatgga 780 gaaaaggtta cattctctca atgtagcggg acttgtcagt tctctgggaa ccaagctatc 840 gataacaatc cctcccaatc atcgttgaac gtacaaggag gagccatcta tgccaaaacc 900 tctttgtcta ttggatcttc cgatgctgga acctcctata ttttctcggg gaacagtgtc 960 tccactggga aatctcaaac aacagggcaa atagcgggag gagcgatcta ctcccctact 1020 gttacattga attgtcctgc gacattctct aacaatacag cctctatagc tacaccgaag 1080 acttcttctg aagatggatc ctcaggaaat tctattaaag ataccattgg aggagccatt 1140
294 gcagggacag ggagctgcaa aatagcatta gctaataaac ttcaatcaaa attgagtctt tctgcaacat ccaggaacca aacattactt ttttgtagta agctttttcg gaaactttag tcttctgaat actttagttc <210> 341 <211> 654 <212>
<213>
PRT
Chlamydia ccattaccct taggaactct cagaaaaaat gtggagcgat atacatccac taggatctgt ctggacaaaa ctcaatcgtc ttagcaacaa ttgcaggata
a.ttgtgtgca atattaataa tacatgaaaa ttaaagagaa trachomatis atctggagtc agctaatgca tactttagaa ttactctcct tcatgatgga tctttttaca tacaaatact tcaaacagat cagtttacag cgtcaaactc cacctctacc agaagagaac caaatcttac aacagaactc tctcgatttt aatacaccca aacggttctt agcgtttcca agcgctatct ggaaataacg gccaactatg gccattttaa aataaccaag tctctacaag aaaaaaacag agtaatccat atcccacaga cacgtagtct cagggaatác gtgcaactag ttatttttga ttaaagggaa actttacaaa ttacagctac gggcagccat cccttcttgc gtgatactcc ccgctáaagg gttcáacaca atacaggaac atgcaatcct cttaa ggctgattta cggatctcaa aagaaaccaa taatattacc agatgctacg acaagctagt ctttggagat ttcttctgga cgctagcaag gaagactatt aaacgtttat tattgtgttc tcacaacgga
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1965 <400> 341
| Met | His | His | His | His | His | His | Thr | Ala | Ala | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin | Leu |
| 1 Ser | Gin | Gly Gly | 5 Gin | Gly | Phe | Ala | Ile | 10 Pro | Ile | Gly | Gin | Ala | 15 Met | Ala | |
| Ile | Ala | Gly | 20 Gin | Ile | Lys | Leu | Pro | 25 Thr | Val | His | Ile | Gly | 30 Pro | Thr | Ala |
| Phe | Leu | 35 Gly | Leu | Gly | Val | Val | 40 Asp | Asn | Asn | Gly | Asn | 45, Gly | Ala | Arg | Val |
| Gin | 50 Arg | Val | Val | Gly | Ser | 55 Ala | Pro | Ala | Ala | Ser | 60 Leu | Gly | Ile | Ser | Thr |
| 65 Gly Asp | Val | Ile | Thr. | 70 Ala | Val | Asp | Gly | Ala | 75 Pró | Ile | Asn | Ser | Ala | 80 Thr | |
| Ala | Met | Ala | Asp | 85 Ala | Leu | Asn | Gly | His | 90 His | Pro | Gly Asp | Val | 95 Ile | Ser | |
| Val | Thr | Trp | 100 Gin | Thr | Lys | Ser | Gly | 105 Gly | Thr | Arg | Thr | Gly | 110 Asn | Val | Thr |
| Leu | Ala | 115 Glu | Gly | Pro | Pro | Ala | 120 Glu | Phe | Cys | Arg | Tyr | 125 Pro | Ser | His | Trp |
| Arg | 130 Pro | Leu | Asp | Gin | Leu | 135 Asn | Ile | Ser | Glu | Asn | 140 Ser | Ala | Thr | Glu | Ile |
| 145 Gly | Gly | Gly | Ile | Cys | 150 Cys | Lys | Glu | Ser | Leu | 155 Glu | Leu | Asp | Ala | Leu | 160 Val |
| Ser | Leu | Ser | Val | 165 Thr | Glu | Asn | Leu | Val | 170 Gly | Lys | Glu | Gly | 175 Gly Gly | Leu | |
| His | Ala | Lys | 180 Thr | Val | Asn | Ile | Ser | 185 Asn | Leu | Lys | Ser | Gly | 190 Phe | Ser | Phe |
| Ser | Asn | 195 Asn | Lys | Ala | Asn | Ser | 200 Ser | Ser | Thr | Gly | Val | 205 Ala | Thr | Thr | Ala |
| Ser | 210 Ala | Pro | Ala | Ala | Ala | 215 Ala | Ala | Ser | Leu | Gin | 220 Ala | Ala | Ala | Ala | Ala |
| 225 Ala | Pro | Ser | Ser | Pro | 230 Ala | Thr | Pro | Thr | Tyr | 235 Ser | Gly | Val | Val | 240 Gly Gly | |
| Ala | Ile | Tyr | Gly | 245 Glu | Lys | Val | Thr | Phe | 250 Ser | Gin | Cys | Ser | Gly | 255 Thr | Cys |
| Gin | Phe | Ser | 260 Gly | Asn | Gin | Ala | Ile | 265 Asp | Asn | Asn | Pro | Ser | 270 Gin | Ser | Ser |
| Leu | Asn | 275 Val | Gin | Gly Gly | Ala | 280 Ile | Tyr | Ala | Lys | Thr | 285 Ser | Leu | Ser | Ile |
295
| Gly | 290 Ser | Ser | Asp | Ala | Gly | 295 Thr | Ser | Tyr | Ile | Phe | 300 Ser Gly Asn | Ser | Val | ||
| 305 Ser | Thr | - y | Lys | Ser | 310 Gin | Thr | Thr | Gly | Gin | 315 Ile | Ala Gly Gly | Ala | 320 ile | ||
| Tyr | Ser | Přo | Thr | 325 Val | Thr | Leu | Asn | Cys | 330 Pro | Ala | Thr | Phe | Ser | 335 Asn | Asn |
| Thr | Ala | Ser | 340 Ile | Ala | Thr | Pro | Lys | 345 Thr | Ser | Ser | Glu | Asp | 350 Gly | Ser | Ser |
| Gly | Asn | 355 Ser | Ile | Lys | Asp | Thr | 360 Ile | Gly | Gly | Ala | Ile | 365 Ala | Gly | Thr | Ala |
| Ile | 370 Thr | Leu | Ser | Gly | Val | 375 Ser | Arg | Phe | Ser | Gly | 380 Asn | Thr | Ala | Asp | Leu |
| 385 Gly | Ala | Ala | Ile | Gly | 390 Thr | Leu | Ala | Asn | Ala | 395 Asn | Thr | Pro | Ser | Ala | 400 Thr |
| - - -- | 405 | 410 | - ·; - - ' | 415 | |||||||||||
| Ser | Gly | Ser | Gin | Asn | Ser | Ile | Thr | Glu | Lys | Ue | Thr | Leu | Glu | Asn | Gly |
| Ser | Phe | Ile | 420 Phe | Glu | Arg | Asn | Gin | 425 Ala | Asn | Lys | Arg | Gly | 430 Ala | Ile | Tyr |
| Ser | Pro | 435 Ser | Val | Ser | Ue | Lys | 440 Gly | Asn | Asn | Ile | Thr | 445 Phe | Asn | Gin | Asn |
| Thr | 450 Ser | Thr | His | Asp | Gly | 455 Ser | Ala | Ile | Tyr | Phe | 460 Thr | Lys | Asp | Ala | Thr |
| 465 Ile | Glu | Ser | Leu | Gly | 470 Ser | Val | Leu | Phe | Thr | 475 Gly | Asn | Asn | Val | Thr | 480 Ala |
| Thr | Gin | Ala | Ser | 485 Ser | Ala | Thr | Ser | Gly | 490 Gin | Asn | Thr | Asn | Thr | 495 Ala | Asn |
| Tyr | Gly | Ala | 500 Ala | Ile | Phe | Gly | Asp | 505 Pro | Gly | Thr | Thr | Gin | 510 Ser | Ser | Gin |
| Thr | Asp | 515 Ala | Ue | Leu | Thr | Leu | 520 Leu | Ala | Ser | Ser | Gly | 525 Asn | ile | Thr | Phe |
| Ser | 530 Asn | Asn | Ser | Leu | Gin | 535 Asn | Asn | Gin | Gly | Asp | 540 Thr | Pro | Ala | Ser | Lys |
| 545 Phe | Cys | Ser | Ile | Ala | 550 Gly | Tyr | Val | Lys | Leu | 555 Ser | Leu | Gin | Ala | Ala | 560 Lys |
| Gly Lys | Thr | Ile | 565 Ser | Phe | Phe | Asp | Cys | 570 Val | His | Thr | Ser | Thr | 575 Lys | Lys | |
| Thr | Gly | Ser | 580 Thr | Gin | Asn | Val | Tyr | 585 Glu | Thr | Leu | Asp | Ile | 590 Asn | Lys | Glu |
| Glu | Asn | 595 Ser | Asn | Pro | Tyr | Thr | 600 Gly | Thr | Ile | Val | Phe | 605 Ser | Ser | Glu | Leu |
| His | 610 Glu | Asn | Lys | Ser | Tyr | 615 Ile | Pro | Gin | Asn | Ala | 620 Ile | Leu | His | Asn | Gly |
| 625 Thr | Leu | Val | Leu | Lys | 630 Glu | Lys | Thr | Glu | Leu | 635 His | Val | Val | Ser | 640 |
645 650 <210> 342 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 342 gagagcggcc gctcggaact attgtgttct cttctg <210> 343 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis
296 <400> 343 gagagcggcc gcttagaaga tcatgcgagc accgc
344
2103
DNA
Chlamydia trachomatis <210>
<211>
<212>
<213>
<400> 344 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact tcttacatcc gaactccacg gctgtgttat gatctttcca atcgttgcca aatcctaaaa agcgagaaca taccaaaacc acaagtgacg tacatgggaa acattcgata tctatcttag ttgaataatg actttcttag acttcagttg aagatagtgg gagtactctt caacatggtt catgatacaa ttaggatggt tctaaacgga acagaaatcg cctgtgggat cttgcattag ttgtcttcga gcagaataca atcgatgtag taa atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct cacagaatgc tagtctcttt ctaaccaaaa gtatggggac cgacctctag ggatttctgc aagttttcct ctatgttagg tccaagtcta cctggacatt cctatcgtcg gctcccaaaa cccgcttcga ctcaacaagg ccatcgatgc ggaaaaccaa accaagcttc gggcacttcc caacacttta tagcggatct tcactgtcta attacgatcc gcgctgtcga cctacatgcc atgaagctgg gtactcaact gcatgtatac cacggccgčg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc cggaactatt aatccttcac tgagcagaaa catagctaac tcctcaagca tgcatccgga agcagtgcct aacaggagac aagcgatcta tgatttaact agattctaat ctgggtatac ctcaatgatt tgatatcgct aactcctctt caaacctaga agccatcaaa tgtctatgga tttcctaata cccttctatc tcgtatctct tggggaactc aagacacttc aggagctatc ttctatctac tcaagttatc atatcttggt gctatcgcaa tccgataact tccagctgtc atggcgatcg cgggccagat ggcttgggtg ttgtcgacaa gctccggcgg caagtctcgg ccgatcaact-cggčcaccgc atctcggtga cctggcaaac gagggacccc cggccgaatt gtgttctctt ctgaattaca aacggaactt tagttcttaa gaagggtctá aattaattat ggagctctag ctatcaatgg ggggaaatct tctctcctcc ggaagcgggg tcagcagtag tcaggttctg ccgcaactac cttactttaa tagatcctaa gatgtaccac taattaagct ttatctgggg atcttttccc ccacaaacag ggaaacttca atacctaggg ataatcattt gttgtgaagc aagggcttat tacaataact tctgggtttc tccgaagaat tcagttacta caagatttta tcctaggagc aáaatgcata attacttcca ggtaaattcc tgtatttctt caaggagtcg tgtcctatgg catgaaagaa ataaaggaga atggatctta aágaaccttc gagtattcca gcattcgcca gatgattgtg cttacagaaa atgaactgta atattcttat agaaataatc ctgtctgtaa tgcggagtgc caactagaac cccttctgga ctctctacgg atgactagct gcggtgctcg
| ccagggtggg | 60 |
| caagcttccc | 120 |
| caacggcaac | 180 |
| catctccacc | 240 |
| gatggcggac - | 200 |
| caagtcgggc | 360 |
| ctgcagatat | 420 |
| tgaaaacaaa | 480 |
| agagaaaaca | 540 |
| ggaacccgga | 600 |
| gttaacgatt | 660 |
| agaattacgt | 720 |
| tataccaaca | 780 |
| tccaactatg | 840 |
| tggaaacttt | 900 |
| tccgactaac | 960 |
| tcagaaaggg | 1020 |
| agccagatgg | 1080 |
| ttatgcgaac | 1140 |
| caacaacatg | 1200 |
| aggagtagga | 1260 |
| cagccgcgga | 1320 |
| tgcatttagt | 1380. |
| taagggctct | 1440 |
| gctcaataag | 1500 |
| acatattaaa | 1560 |
| ttgggaagat | 1620 |
| taaagattct | 1680 |
| gaaacagttc | 1740 |
| tctgtcgctt | 1800 |
| gtataataag | 1860 |
| atatcgggta | 1920 |
| ctctgctaga | 1980 |
| aaactatact | 2040 |
| catgatcttc | 2100 2103 |
<210> 345 <211> 700 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 345
| Met | His | His His | His | His | His | Thr | Ala | Ala | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | |||||||||||
| Ser | Gin | Gly Gly | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala | Met | Ala |
| 20 | 25 | 30 | ||||||||||||
| Ile | Ala | Gly Gin | .Ile | Lys | Leu | Pro | Thr | Val | His | Ile | Gly | Pro | Thr | Ala |
• · · »
297
40 45
| Phe Leu | Gly Leu | Gly Val Val 55 | Asp | Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg 60 | Val | |
| 50 | ||||||
| Gin | ® »*<*r *^79 | Val Val | Gly Ser Ala | Pro | Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser | Thr |
| 65 | 70 | 75 | 80 | |||
| Gly Asp | Val Ile | Thr Ala Val | Asp | Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala | Thr | |
| 85 | 90 95 | |||||
| Ala | Met | Ala Asp | Ala Leu Asn | Gly | His His Pro Gly Asp Val Ile | Ser |
| 100 | 105 110 | |||||
| Val | Thr | Trp Gin | Thr Lys Ser | Gly | Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val | Thr |
| 115 | 120 | 125 | ||||
| Leu | Ala | Glu Gly | Pro Pro Ala | Glu | Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His | Trp |
| 130 | 135 | 140 | ||||
| Arg | Pro | Leu Gly | Thr Ile Val | Phe | Ser Ser Glu Leu His Glu Asn | Lys |
| 145 | ........— | 150 | - | 155 | 160 | |
| Ser | Tyr | Ile Pro | Glh Asn Ala | Ile | Leu His Asn Gly Thr Leu Val | Leu |
| 165 | 170 175 | |||||
| Lys | Glu | Lys Thr | Glu Leu His | Val | Val Ser Phe Glu Gin Lys Glu | Gly |
| 180 | 185 190 | |||||
| Ser | Lys | Leu Ile | Met Glu Pro | Gly | Ala Val Leu Ser Asn Gin Asn | Ile |
| 195 | 200 | 205 | ||||
| Ala | Asn | Gly Ala | Leu Ala Ile | Asn | Gly Leu Thr Ile Asp Leu Ser | Ser |
| 210 | 215 | 220 | ||||
| Met | Gly | Thr Pro | Gin Ala Gly | Glu | Ile Phe Ser Pro Pro Glu Leu | Arg |
| 225 | 230 | 235 | 240 | |||
| Ile | Val | Ala Thr | Thr Ser Ser | Ala | Ser Gly Gly Ser Gly Val Ser | Ser |
| 245 | 250 255 | |||||
| Ser | Ile | Pro Thr | Asn Pro Lys | Arg | Ile Ser Ala Ala Val Pro Ser | Gly |
| 260 | 265 270 | |||||
| Ser | Ala | Ala Thr | Thr Pro Thr | Met | Ser Glu Asn Lys Val Phe Leu | Thr |
| 275 | 280 | 285 | ||||
| Gly Asp | Leu Thr | Leu Ile Asp | Pro | Asn Gly Asn Phe Tyr Gin Asn | Pro | |
| 290 | 295 | .300 | ||||
| Met | Leu | Gly Ser | Asp Leu Asp | Val | Pro Leu Ile Lys Leu Pro Thr | Asn |
| 305 | 310 | • | 315 | 320 | ||
| Thr | Ser | Asp Val | Gin Val Tyr | Asp | Leu Thr Leu Ser Gly Asp Leu | Phe |
| 325 | 330 335 | |||||
| Pro | Gin | Lys Gly | Tyr Met Gly Thr | Trp Thr Leu Asp Ser Asn Pro | Gin | |
| 340 | 345 350 | |||||
| Thr | Gly | Lys Leu | Gin Ala Arg | Trp | Thr Phe Asp Thr Tyr Arg Arg | Trp |
| 355 | 360 | 365 | ||||
| Val | Tyr | Ile Pro | Arg Asp Asn | His | Phe Tyr Ala Asn Ser Ile Leu | Gly |
| 370 | 375 | 380 | ||||
| Ser | Gin | Asn Ser | Met Ile Val | Val | Lys Gin Gly Leu Ile Asn Asn | Met |
| 385 | 390 | 395 | 400 | |||
| Leu | Asn | Asn Ala | Arg Phe Asp | Asp | Ile Ala Tyr Asn Asn Phe Trp | Val |
| 405 | 410 415 | |||||
| Ser | Gly | Val Gly | Thr Phe Leu | Ala | Gin Gin Gly Thr Pro Leu Ser | Glu |
| 420 | 425 430 | |||||
| Glu | Phe | Ser Tyr | Tyr Ser Arg | Gly | Thr Ser Val Ala Ile Asp Ala | Lys |
| 435 | 440 | 445 | ||||
| Pro | Arg | Gin Asp | Phe Ile Leu | Gly | Ala Ala Phe Ser Lys Ile Val | Gly |
| 450 | 455 | 460 | ||||
| Lys | Thr | Lys Ala | Ile Lys Lys | Met | His Asn Tyr Phe His Lys Gly | Ser |
| 465 | 470 | 475 | 480 | |||
| Glu | Tyr | Ser Tyr | Gin Ala Ser | Val | Tyr Gly Gly Lys Phe Leu Tyr | Phe |
| 485 | 490 495 | |||||
| Leu | Leu | Asn Lys Gin His Gly | Trp | Ala Leu Pro Phe Leu Ile Gin | Gly |
298
| 500 | 505 | 510 | |||||||||||||
| Val | Val | Ser | Tyr | Gly | His | Ile | Lys | His | Asp | Thr | Thr | Thr | Leu | Tyr | Pro |
| 515 | 520 | 525 | |||||||||||||
| Ser | Ile | His | Glu | Arg | Asn | Lys | Gly | Asp | Trp | Glu | Asp | Leu | Gly | Trp | Leu |
| 530 | 535 | 540 | |||||||||||||
| Ala | Asp | Leu | Arg | Ile | Ser | Met | Asp | Leu | Lys | Glu | Pro | Ser | Lys | Asp | Ser |
| 545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
| Ser | Lys | Arg | Ile | Thr | Val | Tyr | Gly | Glu | Leu | Glu | Tyr | Ser | Ser | Ile | Arg |
| 565 | 570 | 575 | |||||||||||||
| Gin | Lyš | Gin | Phe | Thr | Glu | Ile | Asp | Tyr | Asp | Pro | Arg | His | Phe | Asp | Asp |
| 580 | 585 | 590 | |||||||||||||
| Cys | Ala | Tyr | Arg | Asn | Leu | Ser | Leu | Pro | Val | Gly | Cys | Ala | Val | Glu | Gly |
| 595 | 600 | - | 605 | ||||||||||||
| Ala | Ile | Met | Asn | Cys | Asn | Ile | Leu | Met | Tyr | Asn | Lys | Leu | Ala | Leu | Ala |
610 ·._________________615 ______________________________620
| Tyr | Met | Pro | Ser | Ile | Tyr | Arg | Asn | Asn | Pro | Val | Cys | Lys | Tyr | Arg | Val |
| 625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
| Leu | Ser | Ser | Asn | Glu | Ala | Gly | Gin | Val | Ile | Cys | Gly | Val | Pro | Thr | Arg |
| 645 | 650 | 655 | |||||||||||||
| Thr | Ser | Ala | Arg | Ala | Glu | Tyr | Ser | Thr | Gin | Leu | Tyr | Leu | Gly | Pro | Phe |
| 660 | 665 | 670 | |||||||||||||
| Trp | Thr | Leu | Tyr | Gly | Asn | Tyr | Thr | Ile | Asp | Val | Gly | Met | Tyr | Thr | Leu |
| 675 | 680 | 685 | |||||||||||||
| Ser | Gin | Met | Thr | Ser | Cys | Gly | Ala | Arg | Met | Ile | Phe | ||||
| 690 | 695 | 700 |
<210> 346 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 346 gagagcggcc gctcatgaaa tttatgtcag ctactgc <210> 347 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 347 gagagcggcc gcttaccctg taattccagt gatggtc <210> 348 <211> 1464 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 348 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc ccatcacact ggcggccgct catgaaattt atgtcagcta ctctcctccg ťtactgaggc gagctcgatc caagatcaaa gttagcaaag taggatattc aacttctcaa gcatttactg .37
| tccagctgtc | ccagggtggg | 60 |
| cgggccagat | caagcttccc | 120 |
| ttgtcgacaa | caacggcaac | 180 |
| caagtctcgg | catctccacc | 240 |
| cggccaccgc | gatggcggac | 300 |
| cctggcaaac | caagtcgggc | 360 |
| cggccgaatt | ctgcagatat | 420 |
| ctgctgtatt | tgctgcagta | 480 |
| taaagaatac | cgactgcaat | 540 |
| atátgatgct | agcagacaac | 600 |
• 9 »♦·♦ ·' ♦ '9 · ♦ .♦ 9 · • - 9 f
9·· • 9 9 .···· 9 «99 9
«
1299 acagagtatc gagctgctga tagtgtttca ttctatgact tttcgacatc ttccggatta cctagaaaac atcttagtag tagtagtgaa gcttctccaa cgacagaagg agtgtcttca tcttcatctg gagaaaatac tgagaattca caagattcag ctccctcttc tggagaaact gataagaaaa cagaagaaga actagacaat ggcggaatca tttatgctag agagaaacta actatctcag aatctcagga ctctctctct aatccaagca tagaactcca tgacaatagt tttttcttcg gagaaggtga agttatcttt gatcacagag ttgccctcaa aaacggagga gctatttatg gagagaaaga ggtagtcttt gaaaacataa aatctctact agtagaagta aatatctcgg tcgagaaagg gggtagcgtc tatgcaaaag aacgagtatc tttagaaaat gttaccgaag caaccttctc ctccaatggt ggggaacaag gtggtggtgg aatctattca gaacaagata tgttaatcag tgattgcaac aatgtacatt tccaagggaa tgctgcagga gcaacagcag taaaacaatg tctggatgaa gaaatgatcg tattgctcac agaatgcgtt gatagcttat ccgaagatac actggatagc actccagaaa cggaacagac taagtcaaat ggaaatcaag atggttcgtc tgaaacaaaa gatacacaag tatcagaatc accagaatca actcctagcc ccgacgatgt tttaggtaaa ggtggtggta tctatacaga aaaatctttg accatcactg gaattacagg gtaa _ <210> 349 <21X> 487 <212> PRT <2X3> Chlamydia trachomatis <400> 349
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1464
| Met | His | His | His | His | His | His | Thr | Ala | Ala | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin | Leu |
| 1 Ser | Gin | Gly Gly | 5 Gin | Gly | Phe | Ala | Ile | 10 Pro | Ile | Gly | Gin | Ala | 15 Met | Ala | |
| Ile | Ala | 20 Gly Gin | Ile | Lys | Leu | Pro | 25 Thr | Val | His | Ile | Gly | 30 Pro | Thr | Ala | |
| Phe | Leu | 35 Gly | Leu | Gly | Val | Val | 40 Asp | Asn | Asn | Gly | Asn | 45 Gly | Ala | Arg | Val |
| Gin | 50 Arg | Val | Val | Gly | Ser | 55 Ala | Pro | Ala | Ala | Ser | 60 Leu | Gly | Ile | Ser | Thr |
| 65 Gly | Asp | Val | Ile | Thr | 70 Ala | Val | Asp | Gly | Ala | 75 Pro | Ile | Asn | Ser | Ala | 80 Thr |
| Ala | Met | Ala | Asp | 85 Ala | Leu | Asn | Gly | His | 90 His | Pro | Gly Asp | Val | 95 Ile | Ser | |
| Val | Thr | Trp | 100 Gin | Thr | Lys | Ser | 105 Gly Gly | Thr | Arg | Thr | Gly | 110 Asn | Val | Thr | |
| Leu | Ala | 115 Glu | Gly | Pro | Pro | Ala | 120 Glu | Phe | Cys | Arg | Tyr | 125 Pro | Ser | His | Trp |
| Arg | 130 Pro | Leu | Met | Lys | Phe | 135 Met | Ser | Ala | Thr | Ala | 140 Val | Phe | Ala | Ala | Val |
| 145 Leu | Ser | Ser | Val | Thr | 150 Glu | Ala | Ser | Ser | Ile | 155 Gin | Asp | Gin | Ile | Lys | 160 Asn |
| Thr | Asp | Cys | Asn | 165 Val | Ser | Lys | Val | Gly | 170 Tyr | Ser | Thr | Ser | Gin | 175 Ala | Phe |
| Thr | Asp | Met | 180 Met | Leu | Ala | Asp | Asn | 185 Thr | Glu | Tyr | Arg | Ala | 190 Ala | Asp | Ser |
| Val | Ser | 195 Phe | Tyr | Asp | Phe | Ser | 200 Thr | Ser | Ser | Gly | Leu | 205 Pro | Arg | Lys | His |
| Leu | 210 Ser | Ser | Ser | Ser | Glu | 215 Ala | Ser | Pro | Thr | Thr | 220 Glu | Gly | Val | Ser | Ser |
| 225 Ser | Seř | Ser | Gly | Glu | 230 Asn | Thr | Glu | Asn | Ser | 235 Gin | Asp | Ser | Ala | Pro | 240 Ser |
| Ser | Gly Glu | Thr | 245 Asp | Lys | Lys | Thr | Glu | 250 Glu | Glu | Leu | Asp | Asn | 255 Gly Gly | ||
| Ile | Ile | Tyr | 260 Ala | Arg | Glu | Lys | Leu | 265 Thr | Ile | Ser | Glu | Ser | 270 Gin | Asp | Ser |
275 280 285
300
| Leu | Ser 290 | Asn | Pro Ser Ile | Glu Leu His Asp Asn Ser Phe | Phe | Phe | Gly | ||||||||
| 295 | 300 | ||||||||||||||
| Glu | Gly | Glu | Val | Ile | Phe | Asp | His | Arg | Val | Ala | Leu | Lys | Asn | Gly | Gly |
| 305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
| Ala | Ile | Tyr | Gly | Glu | Lys | Glu | Val | Val | Phe | Glu | Asn | Ile | Lys | Ser | Leu |
| 325 | 330 | 335 | |||||||||||||
| Leu | Val | Glu | Val | Asn | Ile | Ser | Val | Glu | Lys | Gly Gly | Ser | Val | Tyr | Ala | |
| 340 | 345 | 350 | |||||||||||||
| Lys | Glu | Arg | Val | Ser | Leu | Glu | Asn | Val | Thr | Glu | Ala | Thr | Phe | Ser | Ser |
| 355 | 360 | 365 | |||||||||||||
| Asn | Gly Gly | Glu | Gin | Gly Gly Gly Gly | Ile | Tyr | Ser | Glu | Gin | Asp | Met | ||||
| 370 | 375 | 380 | |||||||||||||
| Leu | Ile | Ser | Asp | Cys | Asn | Asn | Val | His | Phe | Gin | Gly | Asn | Ala | Ala | Gly |
| 385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
| Ala | Thr | Ala | Val | Lys | Gin | Cys | Leu | Asp | Glu | Glu | Met | Ile | Val | Leu | JLeu |
| 405 | 410 | 415 | |||||||||||||
| Thr | Glu | Cys | Val | Asp | Ser | Leu | Ser | Glu | Asp | Thr | Leu | Asp | Ser | Thr | Pro |
| 420 | 425 | 430 | |||||||||||||
| Glu | Thr | Glu | Gin | Thr | Lys | Ser | Asn | Gly | Asn | Gin | Asp | Gly | Ser | Ser | Glu |
| 435 | 440 | 445 | |||||||||||||
| Thr | Lys | Asp | Thr | Gin | Val | Ser | Glu | Ser | Pro | Glu | Ser | Thr | Pro | Ser | Pro |
| 450 | 455 | 460 | |||||||||||||
| Asp Asp | Val | Leu | Gly | Lys | Gly Gly | Gly | Ile | Tyr | Thr | Glu | Lys | Ser | Leu | ||
| 465 | 470 | - | 475 | 480 | |||||||||||
| Thr | Ile | Thr | Gly | Ile | Thr | Gly | |||||||||
| 485 |
<210> 350 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 350 gagagcggcc gctcgataca caagtatcag <210> 351 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 351 gagagcggcc gcttaagagg acgatgagac aatcacc actctcg <210> 352 <211> 1752 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 352 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact cccgacgatg atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct ttttaggtaa cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc cgatacacaa aggtggtggt tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc gtatcagaat atctatacag tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt caccagaatc aaaaatcttt ccagggtggg 6 0 caagcttccc 120 caacggcaac 180 catctccacc 24 0 gatggcggac 300 caagtcgggc 360 ctgcagatat 420 aactcctagc 480 gaccatcact 540
K ····
WO i.
• · I • · · · • · · • · · · · ·'«
301 ggaattacag ggactataga ttttgtcagt aacatagcta ccgattctgg agcaggtgta ttcactaaag aaaacttgtc ttgcaccaac acgaatagcc tacagttttt gaaaaactcg gcaggtcaac atggaggagg agcctacgtt actcaaacca tgtctgttac taatacaact . agtgaaagta taactactcc ccctctcgta ggagaagtga ttttctctga aaatacagct aaagggcacg gtggtggtat ctgcactaac aaactttctt tatctaattt aaaaacggtg actctcacta aaaactctgc aaaggagtct ggaggagcta tttttacaga tctagcgtct ataccaacaa cagatacccc agagtcttct accccctctt cctcctcgcc tgcaagcact cccgaagtag ttgcttctgc taaaataaat cgattctttg cctctacggc agaaccggca gccccttctc taacagaggc tgagtctgat.caaacggatc aaacagaaac ttctgatact aatagcgata tagacgtgtc gattgagaac attttgaatg tcgctatcaa tcaaaacact tctgcgaaaa aaggaggggc tatttacggg aaaaaagcta aactttcccg tattaacaat cttgaacttt cagggaattc atcccaggat gtaggaggag gtctctgttt aactgaaagc gtagaatttg atgcaattgg atcgctctta tcccactata actctgctgc taaagaaggt ggggttattc attctaaaac ggttactcta tctaacctca agtctacctt cacttttgca gataacactg ttaaagcaat agtagaaagc actcctgaag ctccagaaga gattcctcca gtagaaggag aagagtctac agcaacagaa aatccgaatt ctaatacaga aggaagttcg gctaacacta accttgaagg atctcaaggg gatactgctg atacagggac tggtgttgtt aacaatgagt ctcaagacac atcagatact ggaaacgctg aatctggaga acaactacaa gattctacac aatctaatga agaaaatacc cttcccaata gtagtattga tcaatctaac gaaaacacag acgaatcatc tgatagccac actgaggaaa taactgacga gagtgtctca tcgtcctctt aa <210> 353 <211> 583 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1752 <400> 353
| Met 1 | His | His | His | His 5 | His | His | Thr | Ala | Ala 10 | Ser | Asp Asn | Phe | Gin 15 | Leu | |
| Ser | Gin | Gly | Gly 20 | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile 25 | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala 30 | Met | Ala |
| Ile | Ala | Gly 35 | Gin | Ile | Lys | Leu | Pro 40 | Thr | Val | His | Ile | Gly 45 | Pro | Thr | Ala |
| Phe | Leu 50 | Gly | Leu | Gly | Vál | Val 55 | Asp | Asn | Asn | Gly | Asn 60 | Gly | Ala | Arg | Val |
| Gin 65 | Arg | Val | Val | Gly | Ser 70 | Ala | Pro | Ala | Ala | Ser 75 | Leu | Gly | Ile | Ser | Thr 80 |
| Gly | Asp | Val | Ile | Thr 85 | Ala | Val | Asp | Gly | Ala 90 | Pro | Ile | Asn | Ser | Ala 95 | Thr |
| Ala | Met | Ala | Asp 100 | Ala | Leu | Asn | Gly | His 105 | His | Pro | Gly | Asp | Val 110 | Ile | Ser |
| Val | Thr | Trp 115 | Gin | Thr | Lys | Ser | Gly Gly 120 | Thr | Arg | Thr | Gly 125 | Asn | Val | Thr | |
| Leu | Ala 130 | Glu | Gly | Pro | Pro | Ala 135 | Glu | Phe | Cys | Arg | Tyr 140 | Pro | Ser | His | Trp |
| Arg 145 | Pro | Leu | Asp | Thr | Gin 150 | Val | Ser | Glu | Ser | Pro 155 | Glu | Ser | Thr | Pro | Ser 160 |
| Pro | Asp | Asp | Val | Leu 165 | Gly | Lys | Gly Gly | Gly 170 | Ile | Tyr | Thr | Glu | Lys 175 | Ser | |
| Leu | Thr | Ile | Thr 180 | Gly | Ile | Thr | Gly | Thr 185 | Ile | Asp | Phe | Val | Ser 190 | Asn | Ile |
| Ala | Thr | Asp 195 | Ser | Gly | Ala | Gly | Val 200 | Phe | Thr | Lys | Glu | Asn 205 | Leu | Ser | Cys |
| Thr | Asn 210 | Thr | Asn | Ser | Leu | Gin 215 | Phe | Leu | Lys | Asn | Ser 220 | Ala | Gly | Gin | His |
| Gly 225 | Gly | Gly | Ala | Tyr | Val 230 | Thr | Gin | Thr | Met | Ser 235 | Val | Thr | Asn | Thr | Thr 240 |
'9 ··♦· • · 9
9 9 9 9 · •9 9 · 9 9 9,9 9
9 9 ,9 * 9
9999 9 999 999 99 . . · v-r ι ·»
302
| Ser | Glu | Ser | Ile | Thr 245 | Thr | Pro Pro Leu | Val Gly Glu Val 250 | Ile Phe Ser 255 | |||||||
| Glu | Asn | Thr | Ala | Lys | Gly | His | Gly | Gly | Gly | Ile | Cys | Thr | Asn | Lys | Leu |
| 260 | 265 | 270 | |||||||||||||
| Ser | Leu | Ser | Asn | Leu | Lys | Thr | Val | Thr | Leu | Thr | Lys | Asn | Ser | Ala | Lys |
| 275 | 280 | 285 | |||||||||||||
| Glu | Ser | Gly Gly | Ala | Ile | Phe | Thr | Asp | Leu | Ala | Ser | Ile | Pro | Thr | Thr | |
| 290 | 295 | 300 | |||||||||||||
| Asp | Thr | Pro | Glu | Ser | Ser | Thr | Pro | Ser | Ser | Ser. | Ser | Pro | Ala | Seř | Thr |
| 305 | 310 | 315 | - | 320 | |||||||||||
| Pro | Glu | Val | Val | Ala | Ser | Ala | Lys | Ile | Asn | Arg | Phe | Phe | Ala | Ser | Thr |
| 325 | 330 | 335 | |||||||||||||
| Ala | Glu | Pro | Ala | Ala | Pro | Ser | Leu | Thr | Glu | Ala | Glu | Ser | Asp | Gin | Thr |
| 340 | 345 | 350 | |||||||||||||
| Asp | Gin | Thr | Glu | Thr | Ser | Asp | Thr | Asn | Ser | Asp | Ile | Asp Val | Ser | Ile | |
| 355 | 360 | 365 | |||||||||||||
| Glu | Asn | Ile | Leu | Asn | Val | Ala | Ile | Asn | Gin | Asn | Thr | Ser Ala | Lys | Lys | |
| 370 | 375 | 380 | |||||||||||||
| Gly Gly | Ala | Ile | Tyr | Gly | Lys | Lys | Ala | Lys | Leu | Ser | Arg | Ile | Asn | Asn | |
| 385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
| Leu | Glu | Leu | Ser | Gly | Asn | Ser | Ser | Gin | Asp | Val | Gly Gly Gly | Leu | Cys | ||
| 405 | 410 | 415 | |||||||||||||
| Leu | Thr | Glu | Ser | Val | Glu | Phe | Asp | Ala | Ile | Gly | Ser | Leu | Leu | Ser | His |
| 420 | 425 | — | 430 | ||||||||||||
| Tyr | Asn | Ser | Ala | Ala | Lys | Glu | Gly Gly | Val | Ile | His | Ser | Lys | Thr | Val | |
| 435 | 440 | 445 | |||||||||||||
| Thr | Leu | Ser | Asn | Leu | Lys | Ser | Thr | Phe | Thr | Phe | Ala | Asp | Asn | Thr | Val |
| 450 | 455 | 460 | |||||||||||||
| Lys | Ala | Ile | Val | Glu | Ser | Thr | Pro | Glu | Ala | Pro | Glu | Glu | Ile | Pro | Pro |
| 465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
| Val | Glu | Gly | Glu | Glu | Ser | Thr | Ala | Thr | Glu | Asn | Pro | Asn | Ser | Asn | Thr |
| 485 | 490 | 495 | |||||||||||||
| Glu | Gly | Ser | Ser | Ala | Asn | Thr | Asn | Leu | Glu | Gly | Ser | Gin | Gly | Asp | Thr |
| 500 | 505 | 510 | |||||||||||||
| Ala | Asp | Thr | Gly | Thr | Gly | Val | Val | Asn | Asn | Glu | Ser | Gin | Asp | Thr | Ser |
| 515 | 520 | 525 | |||||||||||||
| Asp | Thr | Gly | Asn | Ala | Glu | Ser | Gly | Glu | Gin | Leu | Gin | Asp | Ser | Thr | Gin |
| 530 | 535 | 540 | |||||||||||||
| Ser | Asn | Glu | Glu | Asn | Thr | Leu | Pro | Asn | Ser | Ser | Ile | Asp | Gin | Ser | Asn |
| 545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
| Glu | Asn | Thr | Asp | Glu | Ser | Ser | Asp | Ser | His | Thr | Glu | Glu | Ile | Thr | Asp |
| 565 | 570 | 575 | |||||||||||||
| Glu | Ser | Val | Ser | Ser | Ser | Ser |
580 <210> 354 <211> 39 <212> DNA <213 > Chlamydia trachomatis <400> 354 gagagcggcc gctcgatcaa tctaacgaaa acacagacg <210> 355 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis
303 <400> 355 gagagcggcc gcttagacca aagctccatc <210> 356 <211> 2052 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis agcaac <400> 356 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact cacactgagg cctcaagatg aacgcttgtt tcaggttcag gctggagact ttaataggag ggaatatttt aacgtcctcg agacgaactg gctggaggag aactctgcaa ggagctatcg gttgctgacc aaattagagt tacgcacctg gaagaaggaa ctcttcacag acaacctcág aacggatctc ttccgaaaca attgcgggag gatgcaatcc gatattaata ttctcctctg ggatctcttg ggctcttctc gctttggtct atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct aaataactga gaggagcagc tagctaaaag acgttactgc ctgaaggačc gaggwgctat ctggaaacaa gaggtgcggt tcaccttctc ctatctactc caaacaatgc gagctacttc tcggatctgc ctggctccta tcgtttccat gcgcgattta gaaacttagt gagatgtaac agacggataa atgaataccg atgttaaatt ggacctctac aatctgagga aattacatga tattgaagcc tcgttatgac aa cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc cgatcaatct cgagagtgtc ttcttcaggg ctatgctgcg atcttctgat gactgagcca ctatggagaa agctatcgat ctatgctaaa cgggaatact tcctactgta taataacgct tgctgtttct tattgggttg ctactttgaa taaagcctat ctttacaaaa aaccccaacg aaaatatggt ccttcccctg tcctacttct aaccatgcaa taagaaaaca ttcagaaact aaataaatcc aaataccgag acctggatct tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc aacgaaaaca tcatcgtcct gctccctcag agtačtgata aatccagact gaagctggtt actgttaaga aacaccacag acattgttta gtctcttctc accaťtgcta acagatáctc ctatcaggag gtgccagaca aaaaataaag actgcgacat gaagcatcta ctaagcacaa gctgctatct aaactcattg tctgataccg gctgcaaaag ggtacacagg gtaaactctg tatattccac cttcatgtca gttctttcga tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt cagacgaatc ctaaaagtgg gagatcaatc gctcccctgt cttcctcatc ctacaacaga ttgagaactt aaggctcctc atctcgatag aatctacaac ctcctgtagt agagaaaaga gggctcattt cacaaaatac ctttaaaacg ttaaccaaaa ttgagtcttt ctacagaagg ttggacaaat cttcaggagg gaacctctac ggaaaacgat caactgccta cgtttacagg aaaacgtagt tttcttttga accagactgt ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat atctgatagc atcatctact tatctctgca atctaattct tggagatagc aactcctact ctctggccaa ttccaaatct cgggagctct aggtcaggtt attttctaáa cacctttgga cttagaaaac agaaacagtg agctactatt cagatctcta aggctctgtt cacaccagcc agcaagctca aaatatttgt tttctgtagt cagtttcttt cgatactctc aacgattctg tctacacagt gcagaaagaa tgctgatgga
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
126.0
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2052 <210> 357 <211> 683 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 357
| Met | His | His | His | His | His | His | Thr | Ala | Ala | Ser | Asp | Asn | Phe | Gin | Leu |
| 1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
| Ser | Gin | Gly | Gly | Gin | Gly | Phe | Ala | Ile | Pro | Ile | Gly | Gin | Ala | Met | Ala |
| 20 | 25 | 30 | |||||||||||||
| Ile | Ala | Gly | Gin | Ile | Lys | Leu | Pro | Thr | Val | His | Ile | Gly | Pro | Thr | Ala |
| 35 | 40 | 45 | |||||||||||||
| Phe | Leu | Gly | Leu | Gly | Val | Val | Asp | Asn | Asn | Gly | Asn | Gly | Ala | Arg | Val |
···««» » « 9 9 8 9
4 · - · 9 '9 9 9 9 9 • 9 9 9 . · · 9 ♦ · » · 8 9 9 · · • · 9 9 9 8 9
9.989 9 999 999 19 9 <9989 ▼v v/ υι/4(Η /*»
304
| Gin | 50 Arg | Val | Val | Gly | Ser | 55 Ala | Pro | Ala | Ala | Ser | 60 Leu Gly | Ile | Ser | Thr | |
| 65 Gly | Asp | Val | Ile | Thr | 70 Ala | Val | Asp | Gly | Ala | 75 Pro | Ile | Asn | Ser | Ala | 80 Thr |
| Ala | Met | Ala | Asp | 85 Ala | Leu | Asn | Gly | His | 90 His | Pro | Gly Asp | Val | 95 Ile | Ser | |
| Val | Thr | Trp | 100 Gin | Thr | Lys | Ser | 105 Gly Gly | Thr | Arg | Thr | Gly | 110 Asn | Val | Thr | |
| Leu | Ala | 115 Glu | Gly | Pro | Pro | Ala | 120 Glu | Phe | Cys | Arg | Tyr | 125 Pro | Ser | His | Trp |
| Arg | 130 Pro | Leu | Asp | Gin | Ser | 135 Asn | Glu | Asn | Thr | Asp | 140 Glu | Ser | Ser | Asp | Ser |
| 145 His | Thr | Glu | Glu | Ile | 150 Thr | Asp | Glu | Ser | Val | 155 Ser | Ser | Ser | Ser | Lys | 160 Ser |
| - --— | 7*-- - | r — | 165 | 170 | - | 175 | - | ||||||||
| Gly | Ser | Ser | Thr | Pro | Gin | Asp | Gly Gly Ala | Ala | Ser | Ser | Gly | Ala | Pro | ||
| Ser | Gly Asp | 180 Gin | Ser | Ile | Ser | Ala | 185 Asn | Ala | Cys | Leu | Ala | 190 Lys | Ser | Tyr | |
| Ala | Ala | 195 Ser | Thr | Asp | Ser | Ser | 200 Pro | Val | Ser | Asn | Ser | 205 Ser | Gly | Ser | Asp |
| Val | 210 Thr | Ala | Ser | Ser | Asp | 215 Asn | Pro | Asp | Ser | Ser | 220 Ser | Ser | Gly Asp | Ser | |
| 225 Ala | Gly | Asp | Ser | Glu | 230 Gly | Pro | Thr | Glu | Pro | 235 Glu | Ala | Gly | Ser | Thr | 240 Thr |
| Glu | Thr | Pro | Ťhr | 245 Leu | Ile | Gly Gly Gly | 250 Ala | Ile | Tyr | Gly | Glu | 255 Thr | Val | ||
| Lys | Ile | Glu | 260 Asn | Phe | Ser | Gly | Gin | 265 Gly | Ile | Phe | Ser | Gly | 270 Asň | Lys | Ala |
| Ile | Asp | 275 Asn | Thr | Thr | Glu | Gly | 280 Ser | Ser | Ser | Lys | Ser | 285 Asn | Val | Leu | Gly |
| Gly | 290 Ala | Val | Tyr | Ala | Lys | 295 Thr | Leu | Phe | Asn | Leu | 300 Asp | Ser | Gly | Ser | Ser |
| 305 Arg | Arg | Thr | Val | Thr | 310 Phe | Ser | Giy | Asn | Thr | 315 Val | Ser | Ser | Gin | Ser | 320 Thr |
| Thr | Gly | Gin | Val | 325 Ala | Gly Gly Ala | Ile | 330 Tyr | Ser | Pro | Thr | Val | 335 Thr | Ile | ||
| Ala | Thr | Pro | 340 Val | Val | Phe | Ser | Lys | 345 Asn | Ser | Ala | Thr | Asn | 350 Asn | Ala | Asn |
| Asn | Ala | 355 Thr | Asp | Thr | Gin | Arg | 360 Lys | Asp | Thr | Phe | 365 Gly Gly | Ala | Ile | Gly | |
| Ala | 370 Thr | Ser | Ala | Val | Ser | 375 Leu | Ser | Gly Gly | Ala | 380 His | Phe | Leu | Glu | Asn | |
| 385 Val | Ala | Asp | Leu | Gly | 390 Ser | Ala | Ile | Gly | Leu | 395 Val | Pro | Asp | Thr | Gin | 400 Asn |
| Thr | Glu | Thr | Val | 405 Lys | Leu | Glu | Ser | Gly | 410 Ser | Tyr | Tyr | Phe | Glu | 415 Lys | Asn |
| Lys | Ala | Leu | 420 Lys | Arg Ala | Thr | Ile | 425 Tyr | Ala | Pro | Val | Val | 430 Ser | Ile | Lys | |
| Ala | Tyr | 435 Thr | Ala | Thr | Phe | Asn | 440 Gin | Asn | Arg | Ser | Leu | 445 Glu | Glu | Gly | Ser |
| Ala | 450 Ile | Tyr | Phe | Thr | Lys | 455 Glu | Ala | Ser | Ile | Glu | 460 Ser | Leu | Gly | Ser | Val |
| 465 Leu | Phe | Thr | Gly | Asn | 470 Leu | Val | Thr | Pro | Thr | 475 Leu | Ser | Thr | Thr | Thr | 480 Glu |
| Gly | Thr | Pro | Ala | 485 ' Thr | Thr | Ser | Gly | Asp | 490 Val | Thr | Lys | Tyr | Gly | 495 Ala | Ala |
| Ile | Phe | Gly | 500 Gin | Ile | Ala | Ser | Ser | 505 Asn | Gly | Ser | Gin | Thr | 510 Asp | Asn | Leu |
| » · 4 '· .4 | ·»·· · c | 4 4 ·'♦ • | • 4 4 * 4 4 | ||
| 4 4' | 4 · • | • 4 | |||
| v | 4 | 4 | • | ,· | 4 · |
| · .» · · | 4 | ··· | 4· · | ‘4 4 | ,4444 |
305
| Pro | Leu | 515 Lys | Leu | Ile | Ala | Ser | 520 Gly | Gly | Asn | Ile | Cys | 525 Phe | Arg | Asn | Asn |
| Glu | 530 Tyr | Arg | Pro | Thr | Ser | 535 Ser | Asp | Thr | Gly | Thr | 540 Ser | Thr | Phe | Cys | Ser |
| 545 ne | Ala | Gly Asp | Val | 550 Lys | Leu | Thr | Met | Gin | 555 Ala | Ala | Lys | Gly | Lys | 560 Thr | |
| Ile | Ser | Phe | Phe | 565 Asp | Ala | Ile | Arg | Thr | 570 Ser | Thr | Lys | Lys | Thr | 575 Gly | Thr |
| Gin | Ala | Thr | 580 Ala | Tyr | Asp | Thr | Leu | 585 Asp | Ile | Asn | Lys | Ser | 590 Glu | Asp | Ser |
| Glu | Thr | 595 Val | Asn | Ser | Ala | Phe | 600 Thr | Gly | Thr | Ile | Leu | 605 Phe | Ser | Ser | Glu |
| Leu | 610 His | Glu | Asn | Lys | Ser | 615 Tyr | Ile | Pro | Gin | Asn | 620 Val | Val | Leu | His | Ser |
| 625 | — | — | 630 | - | - — | - | 635 | .....· - | 640 | ||||||
| Gly | Ser | Leu | Val | Leu | Lys | Pro | Asn | Thr | Glu | Leu | His | Val | Ile | Ser | Phe |
| Glu | Gin | Lys | Glu | 645 Gly | Ser | Ser | Leu | Val | 650 Met | Thr | Pro | Gly | Ser | 655 Val | Leu |
| Ser | Asn | Gin 675 | 660 Thr | Val | Ala Sl | Asp | Gly 680 | 665 Ala | Leu | Val | 670 |
JUDr
Petr KalensKV advokát gpOí ADVOKÁTNÍ KANCELÁŘ
VŠfctE^ áh^hý švorCíkKALENSKÝ a PARTNEŘI 120 00 Praha 2, Hálkova2
Claims (69)
1. Izolovaný polypeptid obsahující imunogenní část chlamydiového antigenu, kde uvedený antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (a) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-290; (b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (a);
a (c) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (a) nebo (b) za středně přísných podmínek.
2. Polypeptid podle nároku 1, kde polypeptid obsahuje sekvence vybrané ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 175-180, 189-196, 264 a 266.
3. Izolovaná polynukleotidová molekula obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid podle jakéhokoliv z nároků 1 nebo 2.
4. Rekombinantní expresní vektor v yznačující se tím, že obsahuje polynukleotidovou molekulu podle nároku 3.
5. Hostitelská buňka vyznačuj ící se tím, že je transformovaná expresním vektorem podle nároku 4.
6. Hostitelská buňka podle nároku Svyznačující se tím, že je vybrána ze skupiny zahrnující E. coli, kvasinky a savčí buňky.
7. Fúzní protein vyznačující se tím, že obsahuje polypeptid podle jakéhokoliv z nároků 1 až 2.
8. Fúzní protein podle nároku 7vyznačující se tím, že obsahuje zesilovač exprese, který zvyšuje expresi fúzního proteinu v hostitelské buňce transfektováné
polynukleotidem kódujícím fúzní protein.
9. Fúzní protein podle nároku 7 vyznačující se tím, že obsahuje epitop pro T-pomocné lymfocyty, který není přítomen v polypeptidu podle nároku 1.
10. Fúzní protein podle nároku 7 vyznačující se tím, že obsahuje afinitní koncovku.
11. Izolovaný polynukleotid kódující fúzní protein podle nároku 7.
12..Izolovaná monoklonální protilátka, nebo její vazebný fragment pro antigen, vy z na čuj ící setí m, že se specificky váže na chlamydiový protein, který obsahuje aminokyselinovou sekvenci, která je kódovaná polynukleotidovou sekvencí podle nároku 1, jiebo sekvencí komplementární k jakékoliv z uvedených polynukleútidových sekvencí.
13. Farmaceutický prostředek vyzná č u j i c i s e t i m, že obsahuje polypeptid podle nároku 1 a fyziologicky přijatelný nosič.
14. Farmaceutický prostředek vyznačující se tím, že obsahuje polynukleotidovou molekulu podle nároku 3 a fyziologicky přijatelný nosič.
15. Farmaceutický prostředek vyznačující se tím, že obsahuje polypeptid a fyziologicky přijatelný nosič, kde polypeptid je kódovaný polynukleotidovou molekulou vybranou ze skupiny zahrnující (a) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (a); a (c) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (a) nebo (b) za středně přísných podmínek.
•«ř
9 >
« ···* ···« « • ·
JO 8 *«β
Λ· • » • · 4> '' ·>· »*
9 9 9 <t> 9 9
9 9 9
9 9 9
A9 9999
16. Farmaceutický prostředek v y z n a č u j i c i s e t i m, že obsahuje polynukleotidovou molekulu a fyziologicky přijatelný nosič, kde polynukleotidová molekula obsahuje sekvenci vybranou zé skupiny zahrnující (a) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (a) ; a (c) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (a) nebo (b) za středně přísných podmínek.
17. Farmaceutický prostředek vyznačující se tím, že obsahuje fyziologicky přijatelný nosič a alespoň jednu složku vybranou ze skupiny zahrnující:
(a) fúzní protein podle nároku 7;
(b) polynukleotid podle nároku 11; a (c) protilátku podle nároku 12.
18. Vakcína vyzmačující se tím, že obsahuje polypeptid podle nároku 1 a imunostimulační činidlo.
19. Vakcína vyznačuj ící setím, že obsahuj e polynukleotidovou molekulu podle nároku 3 a imunostimulační činidlo.
20. Vakcína vyznačuj ící setím, že obsahuje polypeptid a imunostimulační činidlo, kde polypeptid je kódovaný polynukleotidovou molekulou vybranou ze skupiny zahrnující (a) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (a) ; a (c) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (a) nebo (b) za středně přísných podmínek.
21. Vakcína v yznačující se tím, že obsahuje
DNA molekulu a imunostimulační činidlo, kde DNA molekula obsahuje • ·· · ' 3Í)9 sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující (a) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (a); a (c) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (a) nebo (b) za středně přísných podmínek.
22. Vakcína v y z n a č u j í c í s e tím, že obsahuje imunostimulační činidlo a alespoň jednu složku •vybranou ze skupiny zahrnující:
(a) fúzní protein podle nároku 7; ...............................
(b) polynukleotid podle nároku 11; a (c) protilátku podle nároku 12.
23. Vakcína podle jakéhokoliv z nároků 18-22 vyznačující se t í m, že imunostimulačním činidlem je adjuvans.
24. Způsob pro indukci protektivní imunity u pacienta vyznačující se t £ m, že zahrnuje podání farmaceutického prostředku jakéhokoliv z nároků 13-17 pacientovi.
25. Způsob pro indukci protektivní imunity u pacienta vyznačující se t í m, že zahrnuje podání vakcíny podle jakéhokoliv z nároků 18-22 pacientovi.
26. Izolovaná polyklonální protilátka, nebo její vazebný fragment pro antigen, vyznačující se tím, že se specificky váže na chlamydiový protein, který obsahuje aminokyselinovou sekvenci, která je kódovaná polynukleotidovou sekvencí podle nároku 1, nebo sekvencí komplementární k jakékoliv z uvedených polynukleotidových sekvencí.
27. Způsob pro detekci Chlamydiové infekce u pacienta vyznačuj ící setím, že zahrnuj e:
• · ”·· 3*10 (a) získání biologického vzorku od pacienta;
(b) kontaktování vzorku s polypeptidem obsahujícím imunogenní část chlamydiového antigenů, kde uvedený antigen obsahuje . aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (ii) sekvence, komplementární k sekvencím uvedeným v (i); a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) nebo (ii) za středně přísných podmínek; a _ ____________' . ___ __________ ________ _____ .
(c) detekování přítomnosti protilátek, které se váží na polypeptid.
28. Způsob pro detekci Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se tím, že zahrnuje:
(a) získání biologického vzorku od pacienta;
(b) kontaktování vzorku s fúzním proteinem obsahujícím polypeptid, kde polypeptid obsahuje imunogenní část chlamydiového antigenů, kde uvedený antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (ii) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (i) ; a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) nebo (ii) za středně přísných podmínek; a (c) detekování přítomnosti protilátek, které se váží na polypeptid.
29. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 27 a 28 vyznačuj ícísetím, že biologický vzorek je vybrán ze skupiny zahrnující plnou krev, sérum, plasmu, sliny, mozkomíšní mok a moč.
30. Způsob pro detekci Chlamydiové infekce v biologickém vzorku vyznačující se t i m, že zahrnuj e:
311 (a) kontaktování vzorku s alespoň dvěmi oligonukleotidovými primery v polymerasové řetězové reakci, kde alespoň j eden oligonúkleotidový primer je specifický pro polynukleotidovou molekulu obsahující sekvenci SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263,
265 a 267-291; a (b) detekování polynukleotidové sekvence, která'se amplifikuje za přítomnosti oligonukleotidových primerů, ve vzorku, a tím detekování Čhlamydiové infekce.
31. Způsob podle nároku 30 v y z na č u j ící se t í m,že alespoň jeden z oligonukleotidových primerů obsahuje alespoň 10 kontinuálních nukleotidů.polynukleotidové sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291.
32. Způsob pro detekci Čhlamydiové infekce v biologickém vzorku vy z na ču j í c í s e t í m, že zahrnuje:
(a) kontaktování vzorku s jednou nebo více oligonukleotidovými sondami specifickými pro polynukleotidovou molekulu obsahující sekvenci SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; a (b) detekování polynukleotidové sekvence, která se hybridizuje na oligonukleotidovou sondu, ve vzorku, a tim’detekování Čhlamydiové infekce.
33. Způsob podle nároku 32 v y z n a č u j í c í se t í m, že sonda obsahuje alespoň 15 kontinuálních nukleotidů polynukleotidové sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291.
34. Způsob pro detekci Čhlamydiové infekce v biologickém vzorku vyznačující se tím, že zahrnuje:
(a) kontaktování biologického vzorku s vazebným činidlem, které se váže na polypeptid obsahující imunogenní část chlamydiového antigenů, kde uvedený antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí í;
4 · · · · <
•J 4 • ' ·
... ·312 ..
vybranou ze skupiny zahrnující (i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (ii) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (i) ; a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) nebo (ii) za středně přísných podmínek; a (c) detekování přítomnosti polypeptidů, který se váže na vazebné činidlo, ve vzorku, a tím detekování Chlamydiové infekce v biologickém vzorku.
35. Způsob pro detekci Chlamydiové infekce v biologickém vzorku v y z n a č u j i c i s e ti m, že zahrnuje:
(a) kontaktování biologického vzorku s vazebným činidlem, které se váže na fúzní protein obsahující polypeptid, kde polypeptid obsahuje imunogenní část chlamydiového antigenů, kde uvedený antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující(i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188/ 263, 265 a 267-291;' (ii) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (i) ;, a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) nebo (ii) ža středně přísných podmínek; a (c) detekování přítomnosti polypeptidů, který se váže na vazebné činidlo, ve vzorku, a tím detekování Chlamydiové infekce v biologickém vzorku.
36. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 34 a 35 vyznačuj ící se tím, že vazebným činidlem je monoklonální protilátka.
37. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 34 a 35 vyznačující se tím, že vazebným činidlem je polyklonální protilátka.
38. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 34 a 35 • * · • ··· *33_3 ··· vyznačuj. ícísetím, že biologický vzorek je vybrán ze skupiny zahrnující plnou krev, sérum, plasmu, sliny, mozkomíšní mok a moč
39. Diagnostický kit vyznačující se t í m, že obsahuj e:
(a) polypeptid obsahující imunogenní část chlamydiového antigenů, kde uvedený antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (ii) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (i); a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) nebo (ii) za středně přísných podmínek; a (b) detekční činidlo.
40. Diagnostický kit v y z n a č u j í c í s e t í m, že obsahuje:
(a) fúzní protein obsahující polypeptid, kde polypeptid obsahuje . imunogenní část chlamydiového antigenů, kde uvedený antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (ii) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (i) ; a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) iiebo (ii) za středně přísných podmínek; a (b) detekční činidlo.
41. Kity podle nároků 39 nebo 40 vyznačující se tím, že polypeptid je imobilizován na pevném nosiči.
42. Kity podle nároků 39 nebo 40 vyznačující se tím, že detekční činidlo obsahuje reportérovou skupinu konjugovanou na vazebné činidlo.
• ·
314
43. Kit podle nároku 42 vyznačuj ící setím, že vazebné činidlo je vybráno ze skupiny zahrnující anti-imunoglobuliny, Protein G, Protein A a lektiny.
447 Kit podle nároku 42 v y z n a č u j i c i s e t i m, že reporterová skupina je vybrána ze skupiny zahrnující radioizotopy, fluorescentní skupiny, luminiscentní skupiny, enzymy, biotin a barviva...... . . . .
45. Diagnostický kit vyznačující se tím, že obsahuje alespoň dva oligonukleotidové primery, kde alespoň jeden oligonukleotidový primer je specifický pro polynukleotidovou · molekulu obsahující sekvenci SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263,
265 a 267-291.
467 Diagnostický kit podle nároku 43 v y z n a č u j i c i s e t i m, že alespoň jeden z oligonukleotidových primerů obsahuje alespoň přibližně 10 kontinuálních nukleotidů sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291.
47. Diagnostický kit vyznačující s e t i m, že obsahuje alespoň jednu oligonukleotidovou sondu specifickou pro polynukleotidovou molekulu obsahující sekvenci SEQ ID NO:
169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291.
48. Diagnostický kit podle nároku 47 vyznačující se tím, že oligonukleotidová sonda obsahuje alespoň přibližně 15 kontinuálních nukleotidů sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291
49. Diagnostický kit vyzná č u jící s e t i m, že obsahuje:
ji • · • · *315 (a) alespoň jednu protilátku, nebo její vazebný fragment pro antigen, podle nároku 22; a (b) detekční činidlo.
50. Způsob léčby Chlamydiové infekce u pacienta vyzná č u jící s e t í m, že zahrnuje:
(a) získání buněk periferní krve od pacienta;
(b) inkubaci buněk za přítomnosti alespoň jednoho polypeptidu, kde pólypeptid obsahuje imunogenní část chlamydiového antigenů, kde uvedený antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kodovanou polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (ii) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (i) ; a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) nebo (ii) za středně přísných podmínek, kde inkubace je taková, že dojde k proiiferaci T-lymfocytů; a (c) podání proliferovaných T-lymfocytů pacientovi.
51. Způsob léčby Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se t í m, že zahrnuje:
(a) získání buněk periferní krve od pacienta;
(b) inkubaci buněk za přítomnosti alespoň jednoho polyukleotidu obsahujícího polynukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující (i) sekvence SEQ ID NO: 169-174, 181-188, 263, 265 a 267-291; (ii) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (i); a (iii) polynukleotidové sekvence, které hybridizují na sekvence (i) nebo (ii) za středně přísných podmínek, kde inkubace je taková, že dojde k proiiferaci T-lymfocytů; a (c) podání proliferovaných T-lymfocytů pacientovi.
52. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 50 a 51 vyznačuj ícísetím, že krok inkubace T-lymfocytů je opakován jednou nebo vícekrát.
• · *·· *316
53. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 50 a 51 vyznačující se tím, že krok (a) dále zahrnuje separaci T-lymfocytů od buněk periferní krve, a tím, že buňky inkubované v kroku (b) jsou T-lymfocyty.
54. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 50 a 51 vyznačující se tím, že krok (a) dále zahrnuje separaci CD4+ nebo CD8+ T-lymfocytů od buněk periferní krve, a tím, že buňky inkubované v kroku (b) jsou CD4+ nebo CD8 + T-lymfocyty.
55. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 50 a 51 vyznačující se tím, že krok (a) dále zahrnuje separaci gamma/delta T-lymfocytů od buněk periferní krve, a tím, že buňky inkubované v kroku (b) jsou gamma/delta T-lymfocyty.
56. Způsob podle jakéhokoliv z nároků 50 a 51 vyznačující se tím, že krok (b) dále zahrnuje klonování jednoho nebo více T-lymfocytů, které proliferují za přítomnosti polypeptidu.
57. Farmaceutický prostředek pro léčbu Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se tím, že obsahuje T-lymfocyty, které proliferovaly za přítomnosti polypeptidu podle nároku 1, v kombinaci s fyziologicky přijatelným nosičem.
58. Farmaceutický prostředek pro léčbu Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se tím, že obsahuje T-lymfocyty, které proliferovaly za přítomnosti polynukleotidu podle nároku 3, v kombinaci s fyziologicky přijatelným nosičem.
*317
59. Způsob léčby Chlamydiové infekce u pacienta vyznačují cíše tím, že zahrnuje:
(a) inkubaci buněk prezentujících antigen za přítomnosti alespoň jednoho polypeptidu podle nároku i;
(b) podání inkubovaných buněk prezentujících antigen pacientovi.
60. Způsob léčby Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se tím, že zahrnuje:
(a) vložení alespoň jednoho polynukleotidu podle nároku 3 do buněk prezentujících antigen;
(b) podání buněk prezentujících antigen pacientovi.
61. Způsob podle nároků 59 nebo 60 vyznačující se t i m, že buňky prezentující antigen jsou vybrány ze skupiny zahrnující dendritické buňky, makrofágy, B-lymfocyty, fibroblasty, monocyty a kmenové buňky. , .
62. Farmaceutický prostředek pro léčbu Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se tím, že obsahuje buňky prezentující antigen inkubované za přítomnosti polypeptidu podle nároku 1, v kombinaci s fyziologicky přijatelným nosičem.
63. Farmaceutický prostředek pro léčbu Chlamydiové infekce u pacienta vyznačuj ící se tím, že obsahuje buňky prezentující antigen inkubované za přítomnosti polynukleotidu podle nároku 3, v kombinaci s fyziologicky přijatelným nosičem.
64. Polypeptid obsahující imunogenní část Chlamydiového antigenu, kde uvedená imunogenní část obsahuje sekvenci SEQ ID NO: 246, 247 a 254-256.
65. Imunogenní epitop Chlamydiového antigenu vyznačuj ící s é t i m, že obsahuje sekvenci SEQ ID NO:
*318
246, 247 nebo 254-256.
66. Izolovaný polypeptid obsahující sekvenci uvedenou v jakékoliv ze SEQ ID NO: 224-262, 246, 247, 254-256, 292 a 294-305.
67. Rekombinantní fúzní polypeptid obsahující aminokyselinovou sekvenci Ral2 polypeptidů a aminokyselinovou sekvenci Chlamydiového polypeptidů.
68. Rekombinantní polypeptid podle nároku 67, kde Chlamydiovým polypeptidem je Pmp polypeptid.
69..Rekombinantní polypeptid podle nároku 67, kde Chlamydiovým polypeptidem je PmpA, PmpF, PmpH, PmpB nebo PmpC. .
70. Rekombinantní polypeptid podle nároku 67, kde aminokyselinová sekvence fúzního polypeptidů je vybrána ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 309, 313, 317, 321, 325, 329, 333, 337, 341, 345, 349, 353 a 357.
71. Rekombinantní molekula DNA kódující fúzní polypeptid podle nároku 67
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US45468499A | 1999-12-03 | 1999-12-03 | |
| US09/556,877 US6432916B1 (en) | 1998-12-08 | 2000-04-19 | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| US09/598,419 US6565856B1 (en) | 1998-12-08 | 2000-06-20 | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ20021897A3 true CZ20021897A3 (cs) | 2003-02-12 |
Family
ID=27412613
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ20021897A CZ20021897A3 (cs) | 1999-12-03 | 2000-12-04 | Sloučeniny pro léčbu a diagnostiku infekcí způsobených Chlamydiemi a způsoby jejich provedení |
Country Status (16)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US6565856B1 (cs) |
| EP (1) | EP1238084A2 (cs) |
| JP (1) | JP2003515343A (cs) |
| KR (1) | KR20020073136A (cs) |
| CN (1) | CN1437652A (cs) |
| AU (1) | AU1815901A (cs) |
| BR (1) | BR0016066A (cs) |
| CA (1) | CA2390088A1 (cs) |
| CZ (1) | CZ20021897A3 (cs) |
| HU (1) | HUP0203705A2 (cs) |
| IL (1) | IL149754A0 (cs) |
| MX (1) | MXPA02005504A (cs) |
| NO (1) | NO20022592L (cs) |
| NZ (1) | NZ518917A (cs) |
| PL (1) | PL355977A1 (cs) |
| WO (1) | WO2001040474A2 (cs) |
Families Citing this family (52)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20030219453A1 (en) * | 1998-03-19 | 2003-11-27 | Smithkline Beecham Biologicals, Sa | Vaccines |
| US7459524B1 (en) * | 1997-10-02 | 2008-12-02 | Emergent Product Development Gaithersburg Inc. | Chlamydia protein, sequence and uses thereof |
| EP1105489A1 (en) | 1998-08-20 | 2001-06-13 | Aventis Pasteur Limited | Nucleic acid molecules encoding pomp91a protein of chlamydia |
| WO2000011181A1 (en) | 1998-08-20 | 2000-03-02 | Connaught Laboratories Limited | NUCLEIC ACID MOLECULES ENCODING INCLUSION MEMBRANE PROTEIN C OF $i(CHLAMYDIA) |
| US6686339B1 (en) | 1998-08-20 | 2004-02-03 | Aventis Pasteur Limited | Nucleic acid molecules encoding inclusion membrane protein C of Chlamydia |
| US6649370B1 (en) | 1998-10-28 | 2003-11-18 | Aventis Pasteur Limited | Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof |
| US6607730B1 (en) | 1998-11-02 | 2003-08-19 | Aventis Pasteur Limited/Aventis Pasteur Limitee | Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof |
| CA2353107A1 (en) | 1998-12-01 | 2000-06-08 | Andrew D. Murdin | Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof |
| US20080213264A1 (en) * | 1998-12-08 | 2008-09-04 | Corixa Corporation | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| JP2002531129A (ja) | 1998-12-08 | 2002-09-24 | コリクサ コーポレイション | クラミジア感染の処置および診断のための化合物および方法 |
| US6565856B1 (en) | 1998-12-08 | 2003-05-20 | Corixa Corporation | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| US20020061848A1 (en) * | 2000-07-20 | 2002-05-23 | Ajay Bhatia | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| US6555115B1 (en) | 1998-12-08 | 2003-04-29 | Corixa Corporation | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| GB9828000D0 (en) | 1998-12-18 | 1999-02-10 | Chiron Spa | Antigens |
| US7297341B1 (en) | 1998-12-23 | 2007-11-20 | Sanofi Pasteur Limited | Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof |
| JP2002541766A (ja) | 1998-12-28 | 2002-12-10 | アベンティス、パストゥール、リミテッド | クラミジア抗原および対応するｄｎａ断片ならびにその使用 |
| US6808713B1 (en) | 1998-12-28 | 2004-10-26 | Aventis Pasteur Limited | Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof |
| GB9902555D0 (en) | 1999-02-05 | 1999-03-24 | Neutec Pharma Plc | Medicament |
| MXPA01009256A (es) | 1999-03-12 | 2003-07-14 | Aventis Pasteur | Antigenos de chlamydia y fragmentos de acido desoxirribonucleico correspondientes y usos de los mismos. |
| DE60036698T2 (de) | 1999-05-03 | 2008-07-24 | Sanofi Pasteur Ltd., Toronto | Chlamydia-antigene und entsprechende dna-fragmente und deren verwendungen |
| NZ517952A (en) | 1999-09-20 | 2004-01-30 | Aventis Pasteur | Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof |
| US6632663B1 (en) | 1999-09-22 | 2003-10-14 | Aventis Pasteur Limited | DNA immunization against chlamydia infection |
| EP1240331B1 (en) | 1999-12-22 | 2010-04-07 | Aventis Pasteur Limited | Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof |
| WO2001081379A2 (en) * | 2000-04-21 | 2001-11-01 | Corixa Corporation | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| US6919187B2 (en) * | 2000-04-21 | 2005-07-19 | Corixa Corporation | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| AU2001258105A1 (en) | 2000-05-08 | 2001-11-20 | Aventis Pasteur Limited | Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof |
| JP2004502415A (ja) | 2000-07-03 | 2004-01-29 | カイロン エセ．ピー．アー． | Ｃｈｌａｍｙｄｉａｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する免疫化 |
| US7537772B1 (en) * | 2000-10-02 | 2009-05-26 | Emergent Product Development Gaithersburg Inc. | Chlamydia protein, gene sequence and the uses thereof |
| US7731980B2 (en) * | 2000-10-02 | 2010-06-08 | Emergent Product Development Gaithersburg Inc. | Chlamydia PMP proteins, gene sequences and uses thereof |
| GB0103169D0 (en) * | 2001-02-08 | 2001-03-28 | Smithkline Beecham Biolog | Vaccine composition |
| US6925469B2 (en) * | 2001-03-30 | 2005-08-02 | Intertainer, Inc. | Digital entertainment service platform |
| RU2331435C2 (ru) | 2001-12-12 | 2008-08-20 | Чирон Срл. | Иммунизация против chlamydia trachomatis |
| GB0203403D0 (en) | 2002-02-13 | 2002-04-03 | Chiron Spa | Chlamydia cytotoxic-T cell epitopes |
| JP2007512006A (ja) * | 2003-11-10 | 2007-05-17 | ザ ユーエービー リサーチ ファウンデーション | 細菌輸送およびｃｎｓ侵襲を低減させるための組成物およびこの組成物を使用する方法 |
| WO2006104890A2 (en) | 2005-03-31 | 2006-10-05 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Vaccines against chlamydial infection |
| US8541007B2 (en) | 2005-03-31 | 2013-09-24 | Glaxosmithkline Biologicals S.A. | Vaccines against chlamydial infection |
| US9259463B2 (en) * | 2006-01-16 | 2016-02-16 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services | Chlamydia vaccine |
| WO2008022299A1 (en) * | 2006-08-17 | 2008-02-21 | The Uab Research Foundation | Diagnosing pneumococcal pneumonia |
| NL1033345C1 (nl) | 2007-02-06 | 2008-08-07 | Vereniging Voor Christelijk Ho | Werkwijze voor het detecteren van Chlamydia trachomatis en een kit daarvoor. |
| EP2152303A4 (en) * | 2007-05-01 | 2011-10-05 | Univ Texas | CHLAMYDIENE ANTIGENES AS REAGENTS FOR THE DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CHLAMYDIEN INFECTION AND DISEASE |
| US20100260791A1 (en) * | 2007-08-03 | 2010-10-14 | President And Fellows Of Harvard | Chlamydia antigens |
| US7892567B2 (en) * | 2007-10-01 | 2011-02-22 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Methods and compositions for immunization against chlamydial infection and disease |
| CA2744739A1 (en) * | 2007-12-03 | 2009-06-11 | President And Fellows Of Harvard College | Chlamydia antigens |
| JP4798125B2 (ja) * | 2007-12-13 | 2011-10-19 | 株式会社デンソー | 照度センサ |
| AU2009302821A1 (en) | 2008-10-09 | 2010-04-15 | Board Of Regents, University Of Texas System | Methods and compositions for chlamydial antigens for diagnosis and treatment of chlamydial infection and disease |
| US8204859B2 (en) * | 2008-12-10 | 2012-06-19 | Commvault Systems, Inc. | Systems and methods for managing replicated database data |
| US8568732B2 (en) | 2009-03-06 | 2013-10-29 | Novartis Ag | Chlamydia antigens |
| WO2011118496A1 (ja) | 2010-03-23 | 2011-09-29 | 和光純薬工業株式会社 | クラミジア・トラコマティス検出用プライマー及びプローブ、並びにこれを用いたクラミジア・トラコマティスの検出方法 |
| CN121513216A (zh) | 2018-03-08 | 2026-02-13 | 应用分子转运公司 | 用于经口递送的毒素衍生的递送构建体 |
| WO2020096695A1 (en) * | 2018-11-07 | 2020-05-14 | Applied Molecular Transport Inc. | Cholix-derived carriers for oral delivery of heterologous payload |
| MX2022001975A (es) | 2019-08-16 | 2022-03-11 | Applied Molecular Transport Inc | Composiciones, formulaciones y produccion y purificacion de interleucinas. |
| CN112779248B (zh) * | 2021-02-04 | 2022-12-02 | 杭州遂曾生物技术有限公司 | 一种沙眼衣原体一体化核酸检测卡盒 |
Family Cites Families (14)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4118469A (en) | 1976-04-27 | 1978-10-03 | Research Corporation | Antigen for trachoma lymphogranuloma venereum (LGV) and non-gonococcal urethritis (NGU) |
| US4497863A (en) | 1984-03-07 | 1985-02-05 | Milliken Research Corporation | Laminated weft insertion fabric |
| US5166053A (en) | 1990-02-23 | 1992-11-24 | Miles Inc. | Specimen adequacy control for chlamydia assays |
| JP3018553B2 (ja) | 1990-05-08 | 2000-03-13 | 日立化成工業株式会社 | クラミジア・トラコマティス抗体測定方法及びクラミジア・トラコマティス感染症診断用製剤 |
| US5549978A (en) | 1992-10-30 | 1996-08-27 | Kabushiki Kaisha Toshiba | Magnetoresistance effect element |
| DE69535914D1 (de) | 1994-09-20 | 2009-03-26 | Hitachi Chemical Co Ltd | Polynukleotide die einen antigenes polypeptid aus chlamydia pneumoniae kodieren |
| GB9516293D0 (en) | 1995-08-09 | 1995-10-11 | Immunova Ltee | Novel peptides and their use as vaccines |
| ATE312920T1 (de) | 1996-07-12 | 2005-12-15 | Dna immunisierung gegen chlamydia infektion | |
| US6464979B1 (en) | 1996-09-12 | 2002-10-15 | Aventis Pasteur Limited | Chlamydial vaccines and methods of preparation thereof |
| JP2002536958A (ja) | 1997-11-21 | 2002-11-05 | ジェンセット | Ｃｈｌａｍｙｄｉａｐｎｅｕｍｏｎｉａｅゲノム配列およびポリペプチド、それらのフラグメント、ならびに特に感染症の診断、予防および治療のためのそれらの使用 |
| EP2218731A1 (en) | 1997-11-28 | 2010-08-18 | Merck Serono Biodevelopment | Chlamydia trachomatis genomic sequence and polypeptides, fragments thereof and uses thereof, in particular for the diagnosis, prevention and treatment of infection |
| PL202844B1 (pl) | 1998-04-07 | 2009-07-31 | Corixa Corp | Immunogeniczny polipeptyd, polinukleotyd, polipeptyd, kompozycja farmaceutyczna, wektor ekspresji, kompozycja szczepionki, polipeptyd do stosowania w leczeniu lub zapobieganiu infekcjom Mycobacterium tuberculosis, polinukleotyd do stosowania w leczeniu lub zapobieganiu infekcjom Mycobacterium tuberculosis i sposób wytwarzania polipeptydu |
| US6565856B1 (en) | 1998-12-08 | 2003-05-20 | Corixa Corporation | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection |
| JP2002531129A (ja) | 1998-12-08 | 2002-09-24 | コリクサ コーポレイション | クラミジア感染の処置および診断のための化合物および方法 |
-
2000
- 2000-06-20 US US09/598,419 patent/US6565856B1/en not_active Expired - Fee Related
- 2000-12-04 MX MXPA02005504A patent/MXPA02005504A/es unknown
- 2000-12-04 EP EP00980969A patent/EP1238084A2/en not_active Withdrawn
- 2000-12-04 CA CA002390088A patent/CA2390088A1/en not_active Abandoned
- 2000-12-04 BR BR0016066-0A patent/BR0016066A/pt not_active IP Right Cessation
- 2000-12-04 CN CN00818118A patent/CN1437652A/zh active Pending
- 2000-12-04 PL PL00355977A patent/PL355977A1/xx unknown
- 2000-12-04 HU HU0203705A patent/HUP0203705A2/hu unknown
- 2000-12-04 CZ CZ20021897A patent/CZ20021897A3/cs unknown
- 2000-12-04 JP JP2001542539A patent/JP2003515343A/ja not_active Withdrawn
- 2000-12-04 KR KR1020027007135A patent/KR20020073136A/ko not_active Withdrawn
- 2000-12-04 NZ NZ518917A patent/NZ518917A/xx unknown
- 2000-12-04 WO PCT/US2000/032919 patent/WO2001040474A2/en not_active Ceased
- 2000-12-04 IL IL14975400A patent/IL149754A0/xx unknown
- 2000-12-04 AU AU18159/01A patent/AU1815901A/en not_active Abandoned
-
2002
- 2002-05-31 NO NO20022592A patent/NO20022592L/no not_active Application Discontinuation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| NO20022592L (no) | 2002-07-19 |
| CA2390088A1 (en) | 2001-06-07 |
| IL149754A0 (en) | 2002-11-10 |
| HUP0203705A2 (hu) | 2003-03-28 |
| MXPA02005504A (es) | 2002-10-31 |
| BR0016066A (pt) | 2003-06-10 |
| NZ518917A (en) | 2004-06-25 |
| WO2001040474A2 (en) | 2001-06-07 |
| JP2003515343A (ja) | 2003-05-07 |
| KR20020073136A (ko) | 2002-09-19 |
| EP1238084A2 (en) | 2002-09-11 |
| AU1815901A (en) | 2001-06-12 |
| NO20022592D0 (no) | 2002-05-31 |
| WO2001040474A3 (en) | 2002-03-07 |
| US6565856B1 (en) | 2003-05-20 |
| PL355977A1 (en) | 2004-05-31 |
| CN1437652A (zh) | 2003-08-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US6565856B1 (en) | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection | |
| KR100829407B1 (ko) | 클라미디아 감염을 치료 및 진단하기 위한 조성물 및 이를 포함하는 약제학적 조성물 및 진단 키트 | |
| CZ2001200A3 (en) | Herbicidal agents containing substituted phenylsulfonyl ureas compounds for controlling weed in rice, process of their preparation and use | |
| CZ2003480A3 (cs) | Sloučeniny a způsoby léčení a diagnózy chlamydiální infekce | |
| US6448234B1 (en) | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection | |
| US6432916B1 (en) | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection | |
| CN101219215A (zh) | 用于治疗及诊断衣原体感染的化合物和方法 | |
| US6555115B1 (en) | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection | |
| US20080213264A1 (en) | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection | |
| HK1067381B (en) | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection | |
| ZA200204359B (en) | Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection. |