CZ2003480A3 - Sloučeniny a způsoby léčení a diagnózy chlamydiální infekce - Google Patents

Sloučeniny a způsoby léčení a diagnózy chlamydiální infekce Download PDF

Info

Publication number
CZ2003480A3
CZ2003480A3 CZ2003480A CZ2003480A CZ2003480A3 CZ 2003480 A3 CZ2003480 A3 CZ 2003480A3 CZ 2003480 A CZ2003480 A CZ 2003480A CZ 2003480 A CZ2003480 A CZ 2003480A CZ 2003480 A3 CZ2003480 A3 CZ 2003480A3
Authority
CZ
Czechia
Prior art keywords
seq
sequence
trachomatis
amino acid
polypeptide
Prior art date
Application number
CZ2003480A
Other languages
English (en)
Inventor
Steven P. Fling
Yasir A. W. Skeiky
Peter Probst
Ajay Bhatia
Original Assignee
Corixa Corporation
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from US09/620,412 external-priority patent/US6448234B1/en
Application filed by Corixa Corporation filed Critical Corixa Corporation
Publication of CZ2003480A3 publication Critical patent/CZ2003480A3/cs

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/295—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Chlamydiales (O)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/10—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K40/11—T-cells, e.g. tumour infiltrating lymphocytes [TIL] or regulatory T [Treg] cells; Lymphokine-activated killer [LAK] cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/10—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K40/19—Dendritic cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/20—Cellular immunotherapy characterised by the effect or the function of the cells
    • A61K40/24—Antigen-presenting cells [APC]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K40/00—Cellular immunotherapy
    • A61K40/40—Cellular immunotherapy characterised by antigens that are targeted or presented by cells of the immune system
    • A61K40/45—Bacterial antigens
    • A61K40/4568—Chlamydiaceae, e.g. Chlamydia trachomatis or Chlamydia psittaci
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Nitrogen And Oxygen Or Sulfur-Condensed Heterocyclic Ring Systems (AREA)

Description

Sloučeniny a způsoby léčení a diagnózy chlamydiální infekce
Oblast techniky
Předkládaný vynález se týká obecně detekce a léčby chlamydiových infekcí. Přesněji se. vynález-týká-polypeptídů_______ obsahujících chlamydiový antigen a použití takových polypeptidů pro serodiagnostiku a léčbu chlamydiových infekcí.
Dosavadní stav techniky
Chlamydie jsou intracelulární bakteriální patogeny, které jsou odpovědné za mnoho významných lidských a živočišných infekcí. Chlamydia trachomatis je jednou z nejčastějších příčin sexuálně přenosných nemocí a může vést k zánětlivému onemocnění pánve (PID), které vede k obstrukci vejcovodů a neplodnosti. Chlamydia trachomatis může mít také úlohu v neplodnosti mužů. V roce 1990 byly náklady na léčbu PID v USA přibližně 4 biliony dolarů. Trachom, který je způsobený oční infekcí Chlamydia trachomatis, je hlavní příčinou slepoty ve světě. Chlamydia pneumoniae je významnou příčinou akutních infekcí respiračního traktu u člověka a také se předpokládá, že má úlohu v patogenesi atherosklerosy a, zejména, ischemické choroby srdeční. Bylo prokázáno, že jedinci s vysokým titrem protilátek proti Chlamydia pneumoniae mají alespoň dvojnásobné riziko vzniku ischemické choroby srdeční než seronegativní jedinci. Chlamydiové infekce tak tvoří značný zdravotnický problém v USA a jinde ve světě.
Chlamydiové infekce jsou často asymptomatické. Například, v době, kdy ženy vyhledají lékaře pro PID, již často došlo k ireverzibilnímu postižení vedoucímu k neplodnosti. Proto existuje potřeba lepších vakcín a farmaceutických prostředků pro léčbu a prevenci Chlamydiových infekcí. Předkládaný vynález splňuje tuto potřebu a poskytuje další související výhody.
Podstata vynálezu
Předkládaný vynález poskytuje prostředky a způsoby pro diagnostiku a terapii Chlamydiových infekcí. V jednom aspektu vynález poskytuje polypeptidy obsahující imunogenní část chlamydiového antigenu, nebo varianty takového antigenu. Některé části a jiné varianty jsou imunogenní, takže schopnost varianty reagovat s antisérem specifickým pro antigen není významným způsobem narušena. V některých provedeních obsahuje polypeptid aminokyselinové sekvence kódované polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující (a) sekvence SEQ ID NO:358-361, 366-385, 406-430, 455-489, 516-517, 523-559 a 582-596; (b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v (a) ; a (c) sekvence, které hybridizují na sekvence (a) nebo (b) za středně přísných podmínek. Ve specifickém provedení obsahují polypeptidy podle předkládaného vynálezu alespoň část chlamydiového proteinu, který obsahuje aminokyselinovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující sekvence uvedené v SEQ ID NO: 362-365, 386-405, 431-454, 490-515, 518-522, 560-581 a 597-599, a jejich varianty.
Předkládaný vynález dále poskytuje polynukleotidy, které kódují polypeptid popsaný výše nebo jeho část (jako je část kódující alespoň 15 aminokyselinových zbytků chlamydiového proteinu), expresní vektory obsahující takové polynukleotidy a hostitelské buňky transformované nebo transfektované takovými expresními vektory.
V příbuzném aspektu vynález poskytuje polynukleotidové sekvence kódující výše uvedené polypeptidy, rekombinantní expresní vektory obsahující jednu nebo více těchto polynukleotidových sekvencí a hostitelské buňky transformované nebo transfektované takovými expresními vektory..
V jiném aspektu vynález poskytuje fúzní proteiny obsahující polypeptid podle předkládaného vynálezu nebo, alternativně, polypeptid podle předkládaného vynálezu a známý chlamydiový antigen, stejně jako polynukleotidy kódující takové fúzní proteiny, v kombinaci s fyziologicky přijatelným nosičem nebo imunostimulačním činidlem pro použití jako farmaceutické prostředky nebo vakcíny.
Předkládaný vynález dále poskytuje farmaceutické prostředky, které obsahují: (a) protilátku, monoklonální nebo polyklonální, nebo její vazebný fragment pro antigen, která se specificky váže na chlamydiový protein; a (b) fyziologicky přijatelný nosič. V jiném aspektu vynález poskytuje farmaceutické prostředky, které obsahují jeden nebo více chlamydiových polypeptidů podle předkládaného vynálezu, například polypeptidů podle SEQ ID NO: 362-365, 386-405, 431-454, 490-515, 518-522, 560-581 a 597-599, nebo polynukleotidovou molekulu kódující takový polypeptid, jako je polynukleotidová molekula podle SEQ ID NO:358-361, 366-385, 406-430, 455-489, 516-517, 523-559 a 582-596, a fyziologicky přijatelný nosič. Vynález také poskytuje vakcíny pro profylaktické a terapeutické účely obsahující jeden nebo více popsaných polypeptidů a imunostimulační činidlo, jak je zde definováno, společně s vakcínami obsahujícími jednu nebo více polynukleotidových sekvencí kódujících takové polypeptidy, a imunostimulační činidlo.
V ještě jiném aspektu vynález poskytuje způsoby pro indukci protektivní imunity u pacienta, pri kterých je pacientovi podáno účinné množství jednoho nebo více výše uvedených farmaceutických prostředků nebo vakcín.
V ještě dalším aspektu vynález poskytuje způsoby pro léčbu chlamydiových infekcí u pacienta, které zahrnují získání mononukleámích buněk periferní krve (PBMC) od pacienta, inkubaci PBMC s polypeptidem podle předkládaného vynálezu (nebo s polynukleotidem kódujícím takový polypeptid) za zisku inkubovaných T-lymfocytů a podání inkubovaných T-lymfocytů pacientovi. Předkládaný vynález dále poskytuje způsoby pro léčbu chlamydiových infekcí, které zahrnují inkubaci buněk prezentujících antigen s polypeptidem podle předkládaného vynálezu (nebo s polynukleotidem kódujícím takový polypeptid) za zisku inkubovaných buněk prezentujících antigen a podání inkubovaných buněk prezentujících antigen pacientovi. Proliferované buňky mohou, ale nemusí, být před podáním pacientovi klonovány. V některých provedeních jsou buňky prezentující antigen vybrány ze skupiny zahrnující dendritické buňky, makrofágy, monocyty, B-lymfocyty a fibroblasty. Vynález také poskytuje prostředky pro léčbu chlamydiových infekcí obsahující T-lymfocyty nebo buňky prezentující antigen, které byly inkubovány s polypeptidem nebo polynukleotidem podle předkládaného vynálezu. V příbuzném aspektu vynález poskytuje vakcíny, které obsahují: (a) buňku prezentující antigen, která exprimuje polypeptid popsaný výše; a (b) imunostimulační činidlo.
Předkládaný vynález dále poskytuje, v dalších aspektech, způsoby pro odstranění buněk infikovaných chlamydiemi z biologického vzorku, které zahrnují kontaktování biologického vzorku s T-lymfocyty, které specificky reagují s chlamydiovým proteinem, kde toto kontaktování je provedeno za podmínek a po dobu dostatečnou pro odstranění buněk exprimujících protein ze vzorku.
V příbuzných aspektech vynález poskytuje způsoby pro inhibici vývoje chlamydiové infekce u pacienta, při kterých je pacientovi podán biologický vzorek zpracovaný způsobem uvedeným výše. V
dalších aspektech vynález poskytuje způsoby a diagnostické kity pro detekci chlamydiové infekce u pacienta. V jednom provedení způsob zahrnuje: (a) kontaktování biologického vzorku s alespoň jedním polypeptidem nebo fúzním proteinem podle předkládaného vynálezu; a (b) detekci přítomnosti vazebného činidla, které se váze na polypeptid nebo na fúzní protein, ve vzorku, a tím detekci chlamydiové infekce v biologickém vzorku. Vhodnými biologickými vzorky jsou například plná krev, sputum, sérum, plasma, sliny, mozkomíšní mok a moč. V jednom provedení diagnostické kity obsahují jeden nebo více polypeptidů nebo fúzních proteinů podle předkládaného vynálezu v kombinaci s detekčním činidlem. V jiném provedení obsahuje diagnostický kit monoklonální protilátku nebo polyklonální protilátku, která se váže na polypeptid podle předkládaného vynálezu.
Předkládaný vynález také poskytuje způsoby pro detekci chlamydiové infekce, které zahrnují: (a) získání biologického vzorku od pacienta; (b) kontaktování vzorku s alespoň dvěma polynukleotidovými primery v polymerasové řetězové reakci, kde alespoň jeden oligonukleotidový primer je specifický pro polynukleotidovou sekvenci podle předkládaného vynálezu; a (c) detekci polynukleotidové sekvence ve vzorku, která se amplifikuje za přítomnosti oligonukleotidoveho primeru. V jednom provedení obsahuje oligonukleotidový primer alespoň 10 kontinuálních nukleotidů polynukleotidové sekvence podle předkládaného vynálezu, nebo sekvence, která hybridizuje na tuto sekvenci.
Předkládaný vynález také poskytuje způsoby pro detekci chlamydiové infekce u pacienta, které zahrnují: (a) získání biologického vzorku od pacienta; (b) kontaktování vzorku s oligonukleotidovou sondou specifickou pro polynukleotidovou sekvenci podle předkládaného vynálezu; a (c) detekci polynukleotidové sekvence ve vzorku, která hybridizuje na oligonukleotidovou sekvenci. V jednom provedení obsahuje oligonukleotidová sonda alespoň 15 kontinuálních nukleotidů polynukleotidové sekvence podle předkládaného vynálezu, nebo sekvence, která hybridizuje na tuto sekvenci.
Tyto a další aspekty předkládaného vynálezu budou jasné z následujícího podrobného popisu. Všechny citace jsou zde uvedeny jako odkazy ve své úplnosti.
Popis sekvencí
SEQ ID NO: 1 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon 1-B1-66.
SEQ ID NO: 2 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon 4-D7-28.
SEQ ID NO: 3 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis 3 klon 3-G3-10.
SEQ ID NO: 4 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon I0-C10-31.
SEQ ID NO: 5 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 1-B1-66.
SEQ ID NO: 6 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 4-D7-28.
SEQ ID NO: 7 je první předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 8 je druhá předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 9 je třetí předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 10 je čtvrtá předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
SEQ ID NO: 11 je pátá předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 3-G3-10.
Ί
SEQ ID NO: 12 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro
10-C10-31.
SEQ ID NO: 13 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidů
1-B1-66/48-67.
SEQ ID NO: 14 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidů 1-B1-66/58-77.
SEQ ID NO: 15 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis serovar LGV II, klon 2C7-8.
SEQ ID NO: 16 je DNA sekvence domnělého otevřeného čtecího rámce z regionu genomu C. trachomatis serovaru D, kam se mapuje 2C7-8. SEQ ID NO: 17 je předpokládaná aminokyselinová sekvence kódovaná DNA sekvencí SEQ ID NO: 16.
SEQ ID NO: 18 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidů CtC7.8-12.
SEQ ID NO: 19 je aminokyselinová sekvence syntetického peptidů CtC7.8-13.
SEQ ID NO: 20 je předpokládaná aminokyselinová sekvence kódovaná druhým domnělým otevřeným čtecím rámcem C. trachomatis serovaru D.
SEQ ID NO: 21 je určená DNA sekvence pro klon 4C9-18 C.trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 22 je určená DNA sekvence homologická s lipoamid-dehydrogenasou z C. trachomatis LGV II SEQ ID NO: 23 je určená DNA sekvence homologická s hypotetickým proteinem C. trachomatis LGV II SEQ ID NO: 24 je určená DNA sekvence homologická s ubichinon-mehtyltransferasou C. trachomatis LGV li SEQ ID NO: 25 je určená DNA sekvence pro klon 4C9-18-2 BL21 pLysS C. trachomatis LGV II
SEQ ID NO: 26 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro 4C9-182 C. trachomatis LGV II
SEQ ID NO: 27 je určená DNA sekvence pro Cp-SWIB C. pneumonia kmene TWAR
SEQ ID NO: 28 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro Cp-SWIB C. pneumonia kmene TWAR
SEQ ID NO: 29 je určená DNA sekvence pro Cp-S13 (CT509) C. pneumonia kmene TWAR
SEQ ID NO: 30 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro Cp-S13 C. pneumonia kmene TWAR
SEQ ID NO: 31 je aminokyselinová sekvence pro a 10-měrový konvenční peptid z CtC7.8-12 a CtC7.8-13
SEQ ID NO: 32 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro klon 2C7-8 C. trachomatis LGV II
SEQ ID NO: 33 je DNA sekvence odpovídající nukleotidům 597304-597145 genomu C. trachomatis serovaru D (NCBI, BLASTN prohledávání), která vykazuje homologii s klonem 2C7-8
SEQ ID NO: 34 je předpokládaná aminokyselinová sekvence kódovaná sekvencí SEQ ID NO: 33
SEQ ID NO: 35 je DNA sekvence pro C.p. SWIB Nde (5' primer) C. pneumonia
SEQ ID NO: 36 je DNA sekvence pro C.p. SWIB EcoRI (3' primer) C. pneumonia
SEQ ID NO : 37 je DNA sekvence pro C.p. S13 Nde (5’ primer) C. pneumonia
SEQ ID NO: 38 je DNA sekvence pro C.p. 813 EcoRI (3' primer) C. pneumonia
SEQ ID NO: 39 je aminokyselinová sekvence pro CtSwib 52-67 peptid C. trachomatis LGV II
SEQ ID NO: 40 je aminokyselinová sekvence pro CpSwib 53-68 peptid C. pneumonia
SEQ ID NO: 41 je aminokyselinová sekvence pro HuSwib 288-302 peptid lidské SWI domény
SEQ ID NO: 42 je aminokyselinová sekvence pro CtSWI-T 822-837 peptid z fúze topoisomerasa-SWIB C. trachomatis
SEQ ID NO: 43 je aminokyselinová sekvence pro CpSWI-T 828-842 peptid z fúze topoisomeras-SWIB C. pneumonia
SEQ ID NO: 44 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19783.3,jen.seq(l>509)CTL2#ll-3' , představující 3' konec. SEQ ID NO: 45 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19783.4jen.seq(1>481)CTL2#ll-5' , představující 5' konec. SEQ ID NO: 46 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV -II klon 19784CTL2_1 2consensus.seq(1>427)CTL2#12.
SEQ ID NO: 47 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19785.4,jen.seq(l>600)CTL2#16-5' , představující 5' konec. SEQ ID NO: 48 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19786.3,jen.seq(l>600)CTL2#18-3' , představující 3' konec. SEQ ID NO: 49 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19786.4,jen.seq(l>600)CTL2#18-5 ' , představující 5' konec. SEQ ID NO: 50 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19788CTL2_21 consensus.seq(1 >406)CTL21121.
SEQ ID NO: 51 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19790CTL2_23consensus.seq(l>602)CTL2#23.
SEQ ID NO: 52 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19791CTL2_24consensus.seq(1>145)CTL21124.
SEQ ID NO: 53 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CTL2II4.
SEQ ID NO: 54 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CTL2#8b.
SEQ ID NO: 55 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klonl5-Gl-89, vykazující homologii s lipoamid-dehydrogenasovým genem CT557.
SEQ ID NO: 56 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 14-H 1-4, vykazující homologii s thiol specifickým antioxidačním genem CT603.
SEQ ID NO: 57 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 12-G3-83, vykazující homologii s hypotetickým proteinem CT622.
SEQ ID NO: 58 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 12-B3-95, vykazující homologii s lipoamid- dehydrogenasovým genem CT5 5 7.
SEQ ID NO: 59 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 11-H4-28, vykazující homologii s dnaK genem CT396.
SEQ ID NO: 60 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 11-H3-68, vykazující částečnou homologii s POP6-D proteinem virulence a LI ribosomálním genem CT318.
SEQ ID NO: 61 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 11-01-34, vykazující částečnou homologii s malatdehydrogenasovým genem CT376 a s glykogen-hydrolasovým genem CT042.
SEQ ID NO: 62 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 11-01046, vykazující homologii s hypotetickým proteinem CT61O.
SEQ ID NO: 63 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 11-C 12-91, vykazující homologii s OMIP2 genem CT443.
SEQ ID NO: 64 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 11-A3-93, vykazující homologii s genem HAD superrodiny CT103.
SEQ ID NO: 65 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis LGV 11 klon 14-H1-4, vykazující homologii s thiol-specifickým antioxidačním genem CT603.
SEQ ID NO: 66 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CtL2119.
SEQ ID NO: 67 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CtL2#7.
SEQ ID NO: 68 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CtL2#6.
SEQ ID NO: 69 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CtL2#5.
SEQ ID NO: 70 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CtL2#2.
SEQ ID NO: 71 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV' II klon CtL21.
SEQ ID NO: 72 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV
II klon 23509.2CtL2#3-5', představující 5' konec.
SEQ ID NO: 73 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV
II klon 23509.1 CtL2#3-3', představující 3' konec.
SEQ ID NO: 74 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV
II klon 22121.2CIL2#10-5', představující 5' konec.
SEQ ID NO: 75 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 22121.lCtL2#10-3', představující 3' konec.
SEQ ID NO: 76 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19787.6CtL2#19-5', představující 5' konec.
SEQ ID NO: 77 je určená DNA sekvence pro C. pneumoniae LGV II klon CpS 13-His.
SEQ ID NO: 78 je určená DNA sekvence pro C. pneumoniae LGV II klon Cp_SWIB-His.
SEQ ID NO: 79 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 23-07-68, vykazující částečnou homologii s Lil, L10 a LI ribosomálním proteinem.
SEQ ID NO: 80 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 22-F8-91, vykazující homologii s pmpC genem.
SEQ ID NO: 81 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 21-E8-95, vykazující homologii s CT610-CT613 geny.
SEQ ID NO: 82 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19-F12-57, vykazující homologii s CT858 a recA geny.
SEQ ID NO: 83 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19-F12-53, vykazující homologii s CT445 genem kódujícím glutamyl tRNA synthetasu.
SEQ ID NO: 84 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 19-A5-54, vykazující homologii s kryptickým plasmidovým genem.
SEQ ID NO: 85 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 17-E1 1-72, vykazující částečnou homologii s OppC2 a pmpD geny.
SEQ ID NO: 86 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II
klon 17-C1-77, vykazující částečnou homologii s CT857 a CT858 otevřeným čtecím rámcem.
SEQ ID NO: 87 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 15-H2-76, vykazující částečnou homologii s pmpD a SycE geny, a s CT089 ORF.
SEQ ID NO: 88 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 15-A3-26, vykazující homologii s CT858 ORF.
SEQ ID NO: 89 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pnuemoniae klon CpSWIB-His.
SEQ ID NO: 90 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis LGV' II klon CtL2_LPDA_FL.
SEQ ID NO: 91 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pnuemoniae klon CpS 13-His.
SEQ ID NO: 92 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis LGV II klon CtL2_TSA_FL.
SEQ ID NO: 93 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 43-61 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 94 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 48-67 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 95 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 52-71 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 96 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 58-77 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 97 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 63-82 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 98 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 51-66 peptid C. trachomatis LGV II.
SEQ ID NO: 99 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 52-67 peptid C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 100 je aminokyselinová sekvence pro Cp-Swib 37-51 peptid C. pneumonia.
SEQ ID NO: 101 je aminokyselinová sekvence pro Cp-Swib 32-51 peptid C. pneumonia.
SEQ ID NO: 102 je aminokyselinová sekvence pro Cp-Swib 37-56 peptid C. pneumonia.
SEQ ID NO: 103 je aminokyselinová sekvence pro Ct-Swib 36-50 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 104 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 46-65 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 105 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 60-80 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 106 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 1-20 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 107 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 46-65 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 108 je aminokyselinová sekvence pro Ct-S13 56-75 peptid C. trachomatis.
SEQ ID NO: 109 je aminokyselinová sekvence pro Cp-S13 56-75 peptid C. pneumoniae.
SEQ ID NO: 110 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 2 1-012-60, obsahující částečné otevřené čtecí rámce pro hypotetické protein CT87S, CT229 a CT228.
SEQ ID NO: 111 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 22-B3-53, vykazující homologii s CT110 ORF GroEL.
SEQ ID NO: 112 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 22-A1-49, vykazující částečnou homologii s CT660 a CT659 ORF.
SEQ ID NO: 113 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 17-E2-9, vykazující částečnou homologii s CT611 a CT 610 ORF.
SEQ ID NO: 114 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 17-CIO-31, vykazující částečnou homologii s CT858 ORF.
SEQ ID NO: 115 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 2I-C7-8, vykazující homologii s dnaK-like genem.
SEQ ID NO: 116 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 20-0345, obsahující part část pmpB genu CT413.
SEQ ID NO: 117 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 1 8-C5-2, vykazující homologii s ORF SI ribosomálního proteinu.
SEQ ID NO: 118 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 17-C5-I9, obsahující část ORF pro CT431 a CT430.
SEQ ID NO: 119 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis LGV II klon 16-D4-22, obsahující částečné sekvence ORF3 a 0RF4 plasmidu pro růst v savčích buňkách
SEQ ID NO: 120 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis serovar LGV II Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 121 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar LGV II Čapl gen CT529. SEQ ID NO: 122 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis serovar E Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 123 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar E Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 124 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis serovar 1A Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 125 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar 1A Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 126 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis serovar G Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 127 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar G Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 128 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis serovar Fl NII Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 129 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar Fl NII Čapl gen CT529. SEQ ID NO: 130 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis serovar LI Čapl, gen CT529.
SEQ ID NO: 131 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar LI Čapl, gen CT529.
SEQ ID NO: 132 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis serovar L3 Čapl, gen CT529.
SEQ ID NO: 133 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar L3, Čapl gen CT529.
SEQ ID NO: 134 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis serovar Ba Čapl, gen CT529.
SEQ ID NO: 135 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar Ba Čapl, gen CT529. SEQ ID NO: 136 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis serovar MOPN Čapl, gen CT529.
SEQ ID NO: 137 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis serovar MOPN Čapl, gen CT529.
SEQ ID NO: 138 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid 11124-139 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 139 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid 11132-147 C. trachomatis serovar L2.
SEQ ID. NO: 140 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid 11138-155 C, trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 141 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid 11146-163 C. trachomatis serovar L2.
SEQ ID NO: 142 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid 11154-171 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 143 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #162-178 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 144 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #138-147 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 145 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #139-147 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 146 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid 11 140-147 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO; 147 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #138-146 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 148 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid #138-145 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 149 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529
ORF peptid F140->I C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 150 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529
ORF peptid 11 #S139>Ga C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 151 je určená aminokyselinová sekvence pro Čapl CT529 ORF peptid 111151 39>Gb C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 152 je určená aminokyselinová sekvence pro peptid #2 C7.8-6 216aa ORF C. trachomatis, serovar L2 .
SEQ ID NO: 153 je určená aminokyselinová sekvence pro 216 aa ORF peptidů 112C7.8-7 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 154 je určená aminokyselinová sekvence pro 216 aa ORF peptidu #2 C7.8-8 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 155 je určená aminokyselinová sekvence pro 216 aa ORF peptidu # 2 C7.8-9 C. trachomatis, serovar L2 .
SEQ ID NO: 156 je určená aminokyselinová sekvence pro 216 aa ORF peptidu #2 C7.8-10 ORF C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 157 je určená aminokyselinová sekvence pro 53 aminokyselinových zbytků 216aa ORF peptidu v klonu 2C7.8 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 158 je určená aminokyselinová sekvence pro 52 aminokyselinových zbytků ORF peptidu CT529 v klonu 2C7.8 C. trachomatis, serovar L2.
SEQ ID NO: 159 je určená DNA sekvence pro 5’ (kódující) primer pro klonování kompletního CT529 serovaru L2 .
SEQ ID NO: 160 je určená DNA sekvence pro 5’ (reversní) primer pro klonování kompletního CT529 serovaru L2.
SEQ ID NO: 161 je určená DNA sekvence pro 5· (kódující) primer pro klonování kompletního CT529 pro serovary jiné než L2 a MOPN. SEQ ID NO: 162 je určená DNA sekvence pro 5' (reversní) primer pro klonování kompletních CT529 serovarů jiných než L2 a MOPN. SEQ ID NO: 163 je určená DNA sekvence pro 5' (kódující) primer pro klonování kompletního CT529 serovaru MOPN.
SEQ ID NO: 164 je určená DNA sekvence pro 5' (reversní) primer
pro klonování kompletního CT529 serovaru MOPN.
SEQ ID NO: 165 je určená DNA sekvence pro 5' (kódující) primer pro pBIB-KS.
SEQ ID NO: 166 je určená DNA sekvence pro 5’ (reversní) primer pro pBIB-KS.
SEQ ID NO: 167 je určená aminokyselinová sekvence pro 9-měrový epitop peptidů Capl#139-147 ze serovaru L2.
SEQ ID NO: 168 je určená aminokyselinová sekvence pro 9-měrový
epitop peptidů Capll39-147 ze serovaru D.
SEQ ID NO: 169 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis pmpl (CT874) gen.
SEQ ID NO: 170 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis pmpG gen.
SEQ ID NO: 171 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis pmpE gen.
SEQ ID NO: 172 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis pmpD gen.
SEQ ID NO: 173 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis pmpC gen.
SEQ ID NO: 174 je určená kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis pmpB gen.
SEQ ID NO: 175 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis pmpl gen.
SEQ ID NO: 176 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis pmpO gen.
SEQ ID NO: 177 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis pmpE gen.
SEQ ID NO: 178 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis pmpD gen.
SEQ ID NO: 179 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis pmpC gen.
SEQ ID NO: 180 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis pmpB gen.
SEQ ID NO: 181 je určená DNA sekvence minus signální sekvence pro
C. trachomatis pmpl gen.
SEQ ID NO: 182 je poté určené kompletní DNA sekvence pro C.
trachomatis pmpG gen.
SEQ ID NO: 183 je určená DNA sekvence minus signální sekvence pro C. trachomatis pmpE gen.
SEQ ID NO: 184 je první určená DNA sekvence představující karboxy konec C. trachomatis pmpD genu.
SEQ ID NO: 185 je druhá určená DNA sekvence představující amino konec minus signální sekvence pro C. trachomatis pmpD gen.
SEQ ID NO: 186 je první určená DNA sekvence představující karboxy konec pro C. trachomatis pmpC gen.
SEQ ID NO: 187 je druhá určená DNA sekvence představující amino konec minus signální sekvence pro C. trachomatis pmpC gen.
SEQ ID NO: 188 je určená DNA sekvence představující pmp gen C. pneumoniae serovaru MOMPS ve fúzi s Ral2 .
SEQ ID NO: 189 je předpokládaná aminokyselinová sekvence minus signální sekvence pro C. trachomatis pmpl gen.
SEQ ID NO: 190 je předpokládaná aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis pmpG gen.
SEQ ID NO: 191 je předpokládaná aminokyselinová sekvence minus signální sekvence pro C. trachomatis pmpE gen.
SEQ ID NO: 192 je první předpokládaná aminokyselinová sekvence představující karboxy konec pro C. trachomatis pmpD gen.
SEQ ID NO: 193 je druhá předpokládaná aminokyselinová sekvence představující Amino konec minus signální sekvence pro C. trachomatis pmpD gen.
SEQ ID NO: 194 je první předpokládaná aminokyselinová sekvence představující karboxy konec pro C. trachomatis pmpC gen.
SEQ ID NO: 195 je druhá předpokládaná aminokyselinová sekvence představující amino konec pro C. trachomatis pmpC gen.
SEQ ID NO: 196 je předpokládaná aminokyselinová sekvence představující pmp gen C. pneumoniae serovaru MOMPS pmp gen ve
fúzi s Ral2.
SEQ ID NO: 197 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpC genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 198 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpC genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 199 je určená DNA sekvence pro inserční sekvenci pro klonování C. trachomatis pmpC genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 200 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpD genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 201 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpD gen v SKB vakcinačním vektoru.
SÉQ ID NO: 202 je určená DNA sekvence pro inserční sekvenci pro klonování C. trachomatis pmpD gen v SKB vakcinačním vektoru.
SEQ ID NO: 203 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpE genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 204 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpE genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 205 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpG genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 206 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpO gen v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 207 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování amino-konecinální části C. trachomatis pmpC genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 208 je určená DNA sekvence pro 3’ oligo primer pro klonování amino terminální části C. trachomatis pmpC genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 209 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování karboxy terminální části C. trachomatis pmpC genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 210 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování karboxy terminální části C. trachomatis pmpC genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 211 je určená DNA sekvence pro 5’ oligo primer pro klonování amino terminální části C. trachomatis pmpD genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 212 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování amino terminální části C. trachomatis pmpD gen pETITh vektoru.
SEQ ID NO: 213 je určená DNA sekvence pro 5’ oligo primer pro klonování karboxy terminální části C. trachomatis pmpD genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 214 je určená DNA sekvence pro 3' oligo primer pro klonování karboxy terminální části C. trachomatis pmpD genu v pETITh vektoru.
SEQ ID NO: 215 je určená DNA sekvence pro primer pro klonování C. trachomatis pmpE genu v pETITh vektoru.
SEQ ID NO: 216 je určená DNA sekvence pro primer pro klonování C. trachomatis pmpE genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 217 je určená DNA sekvence pro klonování C. trachomatis pmpE genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 218 je aminokyselinová sekvence pro inserci sekvence pro klonování C . trachomatis pmpE genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 219 je určená DNA sekvence pro 5' oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpG genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 220 je určená DNA sekvence pro 3’ oligo primer pro klonování C. trachomatis pmpO genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 221 je aminokyselinová sekvence pro inserci sekvence pro klonování C. trachomatis pmpO genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 222 je určená DNA sekvence pro primer pro klonování C. trachomatis prnpl genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 223 je určená DNA sekvence pro primer pro klonování C. trachomatis prnpl genu v pET17b vektoru.
SEQ ID NO: 224 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae Swib peptid 1-20.
SEQ ID NO: 225 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 6-25.
SEQ ID NO: 226 je určená aminokyselinová sekvence pro
C.pneumoniae Swib peptid 12-31.
SEQ ID NO: 227 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 17-36.
je určená aminokyselinová sekvence pro C. je určená aminokyselinová sekvence pro C je určená aminokyselinová sekvence pro C.
SEQ ID NO: 228 je určená aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae Swib peptid 22-41.
SEQ ID NO: 229 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 27-46.
SEQ ID NO: 230 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 42-61.
SEQ ID NO: 231 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 46-65.
SEQ ID NO: 232 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 51-70.
SEQ ID NO: 233 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 56-75.
SEQ ID NO: 234 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 61-80.
SEQ ID NO: 235 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
pneumoniae Swib peptid 66-87.
SEQ ID NO: 236 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis OMCB peptid 1103-122.
SEQ ID NO: 237 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
trachomatis OMCB peptid 108-127.
SEQ ID NO: 238 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis OMCB peptid 113-132.
SEQ ID NO: 239 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis OMCB peptid 118-137.
SEQ ID NO: 240 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
trachomatis OMCB peptid 123-143. SEQ ID NO: 241 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 128-147. sekvence pro C.
SEQ ID NO: 242 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 133-152. sekvence pro C.
SEQ ID NO: 243 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
trachomatis OMCB peptid 137-156. SEQ ID NO: 244 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 142-161. sekvence pro C.
SEQ ID NO: 245 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 147-166. sekvence pro C.
SEQ ID NO: 246 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 152-171. sekvence pro C.
SEQ ID NO: 247 je určená aminokyselinová sekvence pro c.
trachomatis OMCB peptid 157-176. SEQ ID NO: 248 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 162-181. sekvence pro C.
SEQ ID NO: 249 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 167-186. sekvence pro c.
SEQ ID NO: 250 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 171-190. sekvence pro c.
SEQ ID NO: 251 je určená aminokyselinová sekvence pro c.
trachomatis OMCB peptid 171-186. SEQ ID NO: 252 je určená aminokyselinová trachomatis OMCB peptid 175-186. sekvence pro c.
SEQ ID NO: 252 je určená aminokyselinová sekvence pro c.
trachomatis OMCB peptid 175-186. SEQ ID NO: 253 je určená aminokyselinová pneumoniae OMCB peptid 185-198. sekvence pro c.
SEQ ID NO: 254 je určená aminokyselinová trachomatis TSA peptid 96-115. sekvence pro c.
SEQ ID NO: 255 je určená aminokyselinová trachomatis TSA peptid 101-120. sekvence pro c.
SEQ ID NO: 256 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
trachomatis TSA peptid 106-125.
SEQ ID NO: 257 je určená aminokyselinová sekvence pro C.
trachomatis TSA peptid 111-130.
SEQ ID NO: 258 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis TSA peptid 116-135.
SEQ ID NO: 259 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis TSA peptid 121-140.
SEQ ID NO: 260 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis TSA peptid 126-145.
SEQ ID NO: 261 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis TSA peptid 131-150.
SEQ ID NO: 262 je určená aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis TSA peptid 136-155.
SEQ ID NO: 263 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis CT529/Capl gen, serovar I.
SEQ ID NO: 264 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis CT529/Cap 1 gen, serovar I.
SEQ ID NO: 265 je určená kompletní DNA sekvence pro C. trachomatis CT529/Cap 1 gen, serovar K.
SEQ ID NO: 266 je předpokládaná kompletní amino sekvence pro C. trachomatis CT529/Cap 1 gen, serovar K.
SEQ ID NO: 267 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon 17-04-36 vykazující homologii s částí ORF DNA-řízené RNA polymerasy, beta podjednotky- CT315 v serD.
SEQ ID NO: 268 je určená DNA sekvence pro částečnou sekvenci C. trachomatis CT016 genu v klonu 2E1O.
SEQ ID NO: 269 je určená DNA sekvence pro částečnou sekvenci C. trachomatis tRNA syntasového genu v klonu 2E10.
SEQ ID NO: 270 je určená DNA sekvence pro částečnou sekvenci pro C. trachomatis clpX genu v klonu 2E10.
SEQ ID NO: 271 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-30 představující 5'-konec.
SEQ ID NO: 272 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-30 představující 3'konec.
SEQ ID NO: 273 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon
CtL2gam-28.
SEQ ID NO: 274 je určená DNA sekvence pro C.trachomatis klon CtL2gam-27.
SEQ ID NO: 275 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-26.
SEQ ID NO: 276 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-24.
SEQ ID NO: 277 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-23.
SEQ ID NO: 278 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-21.
SEQ ID NO: 279 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-18.
SEQ ID NO: 280 je určená DNA sekvence pro C.trachomatis klon CtL2gamn-17.
SEQ ID NO: 281 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-15 představující 5' konec.
SEQ ID NO: 282 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-15 představující 3' konec.
SEQ ID NO: 283 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-13.
SEQ ID NO: 284 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-10.
SEQ ID NO: 285 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-8.
SEQ ID NO: 286 je první určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-6 představující 5' konec.
SEQ 1ID NO: 287 je druhá určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon CtL2gam-6 představující 3' konec.
SEQ ID NO: 288 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon
CtL2gam-5.
SEQ ID NO: 289 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon
CtL2gam-2.
SEQ ID NO: 290 je určená DNA sekvence pro C. trachomatis klon
Ctt2gam-1.
SEQ ID NO: 291 je určená kompletní DNA sekvence pro C. pneumoniae homolog CT529 genu.
SEQ ID NO: 292 je předpokládaná kompletní aminokyselinová sekvence pro C. pneumoniae homologu CT529 genu.
SEQ ID NO: 293 je určená DNA sekvence pro inserci sekvence pro klonování C. trachomatis pmpO genu v SKB vakcinačním vektoru. SEQ ID NO: 294 je aminokyselinová sekvence otevřeného čtecího rámce klonu CT603.
SEQ ID NO: 295 je aminokyselinová sekvence prvního otevřeného čtecího rámce klonu CT875.
SEQ ID NO: 296 je aminokyselinová sekvence druhého otevřeného čtecího rámce klonu CT875.
SEQ ID NO: 297 je aminokyselinová sekvence prvního otevřeného čtecího rámce klonu CT858.
SEQ ID NO: 298 je aminokyselinová sekvence druhého otevřeného čtecího rámce klonu CT858.
SEQ ID NO: 299 je aminokyselinová sekvence otevřeného čtecího rámce klonu CT622.
SEQ ID NO: 300 je aminokyselinová sekvence otevřeného čtecího rámce klonu CT61O.
SEQ ID NO: 301 je aminokyselinová sekvence otevřeného čtecího rámce klonu CT396.
SEQ ID NO: 302 je aminokyselinová sekvence otevřeného čtecího rámce klonu CT318.
SEQ ID NO: 304 je aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis, serovar L2 rCt529cl-125, majíc modifikovanou N-konecinální sekvenci (6-His koncovku).
SEQ ID NO: 305 je aminokyselinová sekvence pro C. trachomatis, serovar L2rCt529cl-125.
SEQ ID NO: 306 je kódující primer použitý v syntéze
PmpA(N-konce) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 307 je protismyslný primer použitý v syntéze
PmpA(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 308 je DNA sekvence kódující PmpA(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 309 je aminokyselinová sekvence PmpA(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 310 jé kódující primer použitý při syntéze PmpA(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 311 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpA(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 312 je DNA sekvence kódující PmpA(C-konec) fúzní protein.
SEQ ID NO: 313 je aminokyselinová sekvence PmpA(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 314 je kódující primer použitý při syntéze PmpF(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 315 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpF(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 316 je DNA sekvence kódující PmpF(N-konec) fúzní protein.
SEQ ID NO: 317 je aminokyselinová sekvence PmpF(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 318 je kódující primer použitý při syntéze PmpF(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 319 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpF(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 320 je DNA sekvence kódující PmpF(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 321 je aminokyselinová sekvence PmpF(C-konec) fúzního proteinu.
·······
SEQ ID NO: 322 je kódující primer použitý při syntéze PmpH (CT412) (N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 323 je protismyslný primer použitý při syntéze
PmpH(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 324 je DNA sekvence kódující PmpH(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 325 je aminokyselinová sekvence pro PmpH(N-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 326 je kódující primer použitý při syntéze
PmpH(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 327 je protismyslný primer použitý při syntéze
PmpH(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 328 je DNA sekvence kódující PmpH(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 329 je aminokyselinová sekvence PmpH(C-konec) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 330 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 331 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpB(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 332 je DNA sekvence kódující PmpB(l) fúzní protein.
SEQ ID NO: 333 je aminokyselinová sekvence PmpB(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 334 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 335 je protismyslný primer použitý při syntéze
PmpB(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 336 je DNA sekvence kódující PmpB(2) fúzní protein.
SEQ ID NO: 337 je aminokyselinová sekvence PmpB(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 338 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 339 je protismyslný primer použitý při syntéze
PmpB(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 340 je DNA sekvence kódující PmpB(3) fúzní protein.
SEQ ID NO: 341 je aminokyselinová sekvence PmpB{3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 342 je kódující primer použitý při syntéze PmpB(4) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 343 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpB(4) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 344 je DNA sekvence kódující PmpB(4) fúzní protein.
SEQ ID NO: 345 je aminokyselinová sekvence PmpB(4) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 346 je kódující primer použitý při syntéze PmpC(l) fúzního proteinu.
<SEQ ID NO: 347 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpC(l) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 348 je DNA sekvence kódující PmpC(l) fúzní protein.
SEQ ID NO: 349 je aminokyselinová sekvence PmpC(I) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 350 je kódující primer použitý při syntéze PmpC(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 351 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpC(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 352 je DNA sekvence kódující PmpC{2) fúzní protein.
SEQ ID NO: 353 je aminokyselinová sekvence PmpC(2) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 354 je kódující primer použitý při syntéze PmpC(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 355 je protismyslný primer použitý při syntéze PmpC(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 356 je DNA sekvence kódující PmpC(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 357 je aminokyselinová sekvence PmpC(3) fúzního proteinu.
SEQ ID NO: 358 je DNA sekvence oppAl proteinu, bez první transmembránové domény.
SEQ ID NO: 359 je kompletní DNA sekvence CT139.
SEQ ID NO: 360 je kompletní DNA sekvence ORF-3.
SEQ ID NO: 361 je kompletní DNA sekvence CT611.
SEQ ID NO: 362 je aminokyselinová sekvence oppAl od aminokyseliny .
SEQ ID NO: 363 je aminokyselinová sekvence CT139.
SEQ ID NO: 364 je aminokyselinová sekvence ORF-3.
SEQ ID NO: 365 je aminokyselinová sekvence CT611.
SEQ ID NO: 366 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog,
CPnO275, Chlamydia trachomatis genu CT190.
SEQ ID NO: 367 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae bomolog, CPn04O7, Chlamydia trachomatis genu CT1O3.
SEQ ID NO: 368 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn072O, Chlamydia trachomatis genu CT659.
SEQ ID NO: 369 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO716, Chlamydia trachomatis genu CT660.
SEQ ID NO: 370 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO519, Chlamydia trachomatis genu CT430.
SEQ ID NO: 371 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn052O, Chlamydia trachomatis genu CT431:
SEQ ID NO: 372 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn0078, Chlamydia trachomatis genu CT318.
SEQ ID NO: 373 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO628, Chlamydia trachomatis genu CT509.
SEQ ID NO: 374 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn054O, Chlamydia trachomatis genu CT414.
SEQ ID NO: 375 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, pmp20, Chlamydia trachomatis genu CT413.
SEQ ID NO: 376 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn0081, Chlamydia trachomatis genu CT315.
SEQ ID NO: 377 je DNA sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO761, Chlamydia trachomatis genu CT610.
SEQ ID NO: 378 je DNA sekvence CPnO557, Chlamydia trachomatis SEQ ID NO: 379 je DNA sekvence CPnO833, Chlamydia trachomatis SEQ ID NO: 380 je DNA sekvence CPnO134, Chlamydia trachomatis SEQ ID NO: 381 je DNA sekvence CPnO388, Chlamydia trachomatis SEQ ID NO: 382 je DNA sekvence Cpnl028, Chlamydia trachomatis SEQ ID NO: 383 je DNA sekvence CPnO875, Chlamydia trachomatis SEQ ID NO: 384 je DNA sekvence CPn0908, Chlamydia trachomatis SÉQ ID NO: 385 je DNA sekvence CPnO728, Chlamydia trachomatis SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO: pneumoniae SEQ ID NO:
pro Chlamydia pneumoniae homolog, genu CT622.
386 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPnO275, Chlamydia trachomatis genu CT19O. 387 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPn04O7, Chlamydia trachomatis , genu CT1 03. 388 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPn072O, Chlamydia trachomatis genu CT659. 389 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPnO716, Chlamydia trachomatis genu CT660. 390 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPnO519, Chlamydia trachomatis genu CT430. 391 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPn0520, Chlamydia trachomatis genu CT431. 392 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPn0O78, Chlamydia trachomatis genu CT318. 393 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia homolog, CPnO628, Chlamydia trachomatis genu CT509. 394 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pro Chlamydia pneumoniae homolog, genu CT443.
pro Chlamydia pneumoniae homolog, genu CT557.
pro Chlainydia pneumoniae homolog genu CT604.
pro Chlamydia pneumoniae homolog, genu CTO42.
pro Chlamydia pneumoniae homolog, genu CT376.
pro Chlamydia pneumoniae homolog, genu CT734.
pro Chlamydia pneumoniae homolog, genu CT764.
pneumoniae homolog, CPn0540, Chlamydia trachomatis genu CT414. SEQ ID NO: 395 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, pmp20, Chlamydia trachomnatis genu CT413. SEQ ID NO: 396 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn0081, Chlamydia trachomatis genu CT315. SEQ ID NO: 397 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO761, Chlamydia trachomatis genu CT610. SEQ ID NO: 398 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO557, Chlamydia trachomatis genu CT443. SEQ ID NO: 399 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO833, Chlamydia trachomatis genu CT557. SEQ ID NO: 400 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO134, Chlamydia trachomatis genu CT604. SEQ ID NO: 401 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pnemnnoniae homolog, CPnO3 88, Chlamydia trachomatis genu CT042. SEQ ID NO: 402 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnlO28, Chlamydia trachomatis genu CT376. SEQ ID NO: 403 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO875, Chlamydia trachomatis genu CT734. SEQ ID NO: 404 je aminokyselinová sekvence, pro Chlamydia pneumoniae, homolog, CPn09O8, Chlamydia trachomatis genu CT764. SEQ ID NO: 405 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO728, Chlamydia trachomatis genu CT622. SEQ ID NO: 406 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT287.
SEQ ID NO: 407 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT858.
SEQ ID NO: 408 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT764.
SEQ ID NO: 409 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT734.
SEQ ID NO: 410 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT660.
SEQ ID NO: 411 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT659.
SEQ ID NO: 412 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT622.
SEQ ID NO: 413 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT610.
SEQ ID NO: 414 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT604.
SEQ ID NO: 415 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT557.
SEQ ID NO: 416 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT509.
SEQ ID NO: 417 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT443, SEQ ID NO: 418 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT431.
SEQ ID NO: 419 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT430.
SEQ 1ID NO: 420 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT414.
SEQ ID NO: 421 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT413.
SEQ I] ) NO: 422 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT396.
SEQ ID NO: 423 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT376.
SEQ ID NO: 424 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT318.
SEQ ID NO: 425 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT315.
SEQ ID NO: 426 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT104.
SEQ ID NO: 427 je kompletní DNA sekvence pro Chlamydia
trachomatis, serovar D, gen SEQ ID NO: 428 je kompletní trachomatis, serovar D, gen SEQ ID NO: 429 je kompletní trachomatis, serovar D, gen SEQ ID NO: 430 je kompletní trachomatis, serovar D, gen SEQ ID NO: 431 je kompletní
CT103.
DNA sekvence pro Chlamydia CT102.
DNA sekvence pro Chlamydia CT098.
DNA sekvence pro Chlamydia
CT042.
aminokyselinová sekvence pro pro pro pro pro pro pro pro pro pro pro pro pro
Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT858.
SEQ ID NO: 432 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT764.
SEQ ID NO: 433 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT734.
SEQ ID NO: 434 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT660.
SEQ ID NO: 435 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT659.
SEQ ID NO: 436 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT622.
SEQ ID NO: 437 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT610.
SEQ ID NO: 438 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT604.
SEQ ID NO: 439 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT557.
SEQ ID NO: 440 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT509.
SEQ ID NO: 441 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT443.
SEQ ID NO: 442 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT431.
SEQ ID NO: 443 je kompletní aminokyselinová sekvence Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT430.
SEQ ID NO: 444 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT414.
SEQ ID NO: 445 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT413,
SEQ ID NO: 446 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT396.
SEQ ID NO: 447 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT376.
SEQ ID NO: 448 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT318.
SEQ ID NO: 449 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT315.
SEQ ID NO: 450 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT104.
SEQ ID NO: 451 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT103.
SEQ ID NO: 452 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT102.
SEQ ID NO: 453 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT098.
SEQ ID NO: 454 je kompletní aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis, serovar D, gen CT042.
SEQ ID NO: 455 odpovídá DNA sekvenci CPnO894, což je CP homolog CT751 (amn), který byl identifikován v klonech CTL2-1 a CTL2-5. SEQ ID NO: 456 odpovídá DNA sekvenci CPn0074, což je CP homolog CT322 (tuf), který byl identifikován v klonu CTL2-2.
SEQ ID NO: 457 odpovídá DNA sekvenci CPnO122, což je CP homolog CT032 (metG), který byl identifikován v klonech CTL2gam2, CTL2-3(5' ) a CTL2-4.
SEQ ID NO: 458 odpovídá DNA sekvenci CPnO121, což je CP homolog CT031, který byl identifikován v klonu CTL2-3(5'){3').
SEQ ID NO: 459 odpovídá DNA sekvenci CPn0120, což je CP homolog CT030 (gmK) , který byl identifikován v klonech CTL2-3(3')
a CTL2-21.
SEQ ID NO: 460 odpovídá DNA sekvenci CPnO359, což je CP homolog CT064 (lepA), který byl identifikován v klonu CTL2gam5.
SEQ ID NO: 461 odpovídá DNA sekvenci CPnO414, což je CP homolog CT265 (accA), který byl identifikován v klonu CTL2-6.
SEQ ID NO: 462 odpovídá DNA sekvenci CPnO413, což je CP homolog CT264 (msbA), který byl identifikován v klonu CTL2-6.
SEQ ID NO: 463 odpovídá DNA sekvenci CPnO394, což je CP homolog CT256 který byl identifikován v klonech CTL2gam6(5') a CTL2-11(5’).
SEQ ID NO: 464 odpovídá DNA sekvenci CPnO395, což je CP homolog CT257 který byl identifikován v klonech CTL2gam6(5') a CTL2-11(5 ’ ) .
SEQ ID NO: 465 odpovídá DNA sekvenci CPnO487, což je CP homolog CT384, který byl identifikován v klonech CTL2gam6 (3') a CTL2-11(3’).
SEQ ID NO: 466 odpovídá DNA sekvenci CPnO592, což je CP homolog CT473, který byl identifikován v klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 467 odpovídá DNA sekvenci CPnO593, což je CP homolog CT474, který byl identifikován v klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 468 odpovídá DNA sekvenci CPnO197, což je CP homolog CT139 (oppAl), který byl identifikován v klonu CTL28b.
SEQ ID NO: 469 odpovídá DNA sekvenci CPnO363, což je CP homolog CT060 (flhA), který byl identifikován v klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 470 odpovídá DNA sekvenci CPn0301, což je CP homolog CT242, který byl identifikován v klonu CTL2gam8.
SEQ ID NO: 471 odpovídá DNA sekvenci CPn03O2, což je CP homolog CT243 (IpxD), který byl identifikován v klonu CTL2gam8.
SEQ ID NO: 472 odpovídá DNA sekvenci CPnO324, což je CP homolog CT089 (IcrE), který byl identifikován v klonech CTL2-9, CTL2gaml, CTL2gaml7 a CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 473 odpovídá DNA sekvenci CPnO761, což je CP homolog
CT610, který byl identifikován v klonu CTL2-10(5')(3') .
SEQ ID NO: 474 odpovídá DNA sekvenci CPn0760, což je CP homolog
CT611, který byl identifikován v klonu CTL2-10(5').
SEQ ID NO: 475 odpovídá DNA sekvenci CPnO329, což je CP homolog CT154, který byl identifikován v klonech CTh2gamlO a CTL2gam21. SEQ ID NO: 476 odpovídá DNA sekvenci CPn0990, což je CP homolog CT833 (infC), který byl identifikován v klonu CTL2-12.
SEQ ID NO: 477 odpovídá DNA sekvenci CPnO984, což je CP homolog CT827 (nrdA) , který byl identifikován v klonech CTL2-16(3') a CTL2gaml5(3’).
SEQ ID NO: 478 odpovídá DNA sekvenci CPnO985, což je CP homolog CT828 (nrdl3), který byl identifikován v klonech CTL2-16(3') CTL2gaml5 (3’) .
SEQ ID NO: 479 odpovídá DNA sekvenci CPnO349, což je CP homolog CT067 (ytgA), který byl identifikován v klonu CTL2gaml8.
SEQ ID NO: 480 odpovídá DNA sekvenci CPnO325, což je CP homolog CT088 (sycE), který byl identifikován v klonu CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 481 odpovídá DNA sekvenci CPnO326, což je CP homolog CT087 (malQ) , který byl identifikován v klonu CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 482 odpovídá DNA sekvenci CPnO793, což je CP homolog CT588 (rbsu), který byl identifikován v klonu CTL2gam23.
SEQ ID NO: 483 odpovídá DNA sekvenci CPnO 199, which P homolog CT199 (oppBl), který byl identifikován v klonu CTL2gam24. SEQ ID NO: 484 odpovídá DNA sekvenci CPnO666, což je CP homolog CT545 (dnaE), který byl identifikován v klonu CTL2-24.
SEQ ID NO: 485 odpovídá DNA sekvenci CPn0065, což je CP homolog CT288, který byl identifikován v klonu CTL2gam27.
SEQ ID NO: 486 odpovídá DNA sekvenci CPnO444, což je CP homolog CT413 (pmpB), který byl identifikován v klonu CTL2gam30(5 ) (3 ) . SEQ ID NO: 487 odpovídá DNA sekvenci CPn-ORF5, což je CP homolog CT-0RE3, který byl identifikován v klonech CTL2gaml5{5'), CTL2-116(5'), CTh2-18(5'), aCTL2-23.
SEQ ID NO: 488 odpovídá DNA sekvenci CPn-ORF6, což je CP homolog
CT-0RF4, který byl identifikován v klonu CTL2- 18(3').
SEQ ID NO: 489 odpovídá DNA sekvenci CP-ORF7, což je CP homolog
CT-ORFS, který byl identifikován v klonu CTL2-18{3').
SEQ ID NO: 490 odpovídá aminokyselinová sekvenci CPnO894, což je CP bomolog CT751 (amn), který byl identifikován v klonech CTL2-1 a CTL2-5.
SEQ ID NO: 491 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn0O74, což je CP homolog CT332 (tuf), který byl identifikován v klonu CTL2-2. SEQ ID NO: 492 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO122, což je CP homolog CT032 (metG), který byl identifikován v klonech CTh2gam2, CTL2-3(5') a CTL2-4.
SEQ ID NO: 493 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO121, což je CP homolog CT031, který byl identifikován v klonu CTL2-3(5')(3 1). SEQ ID NO: 494 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn0120, což je CP homolog CT030 (gmK), který byl identifikován v klonech CTL2-3 (3 ' ) a CTL2-21.
SEQ ID NO: 495 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO359, což je CP homolog CT064 (lepA), který byl identifikován v klonu CTh2gamS.
SEQ ID NO: 496 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO414, což je CP homolog CT265 (accA) , který byl identifikován v klonu CTL2-6. SEQ ID NO: 497 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO413, což je CP homolog CT264 (msbA), který byl identifikován v klonu CTL2-6. SEQ ID NO: 498 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO394, což je CP homolog CT256, který byl identifikován v klonech CTL2gam6(5') a CTL2-11(5').
SEQ ID NO: 499 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO395, což je CP homolog CT257, který byl identifikován v klonech CTL2gam6(5') a CTL2-11(5') .
SEQ ID NO: 500 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO487, což je CP homolog CT384, který byl identifikován v klonech CTL2gam6(3') a CTL2-1 1(3').
SEQ ID NO: 501 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO592, což je
CP homolog CT473, který byl identifikován v klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 502 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO593, což je
CP homolog CT474, který byl identifikován v klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 503 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO197, což je CP homolog CT139 (oppAl), který byl identifikován v klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 504 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO363, což je CP homolog CTO6O (flhA), který byl identifikován v klonu CTL2-8b. SEQ ID NO: 505 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn03Ol, což je CP homolog CT242, který byl identifikován v klonu CTL2garnS.
SEQ ID NO: 506 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn03O2, což je CP homolog CT243 (IpxD), který byl identifikován v klonu CTh2gam8.
SEQ ID NO: 507 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO324, což je CP homolog CT089 (IcrE), který byl identifikován v klonech CTL2-9, CTL2garnl, CTh2gaml7 a CTL2-19(5’).
SEQ ID NO: 508 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn076I, což je CP homolog CT610, který byl identifikován v klonu
CTL2-10(5’)(3*)·
SEQ ID NO: 509 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn0760, což je CP homolog CT611, který byl identifikován v klonu CTL2-10(5'). SEQ ID NO: 510 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO329, což je CP homolog CT154, který byl identifikován v klonech CTL2gamlO a CTL2gam21.
SEQ ID NO: 511 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn099O, což je CP homolog CT833 (infC), který byl identifikován v klonu CTL2-12. SEQ ID NO: 512 odpovídá aminokyselinová sekvence CPn-ORF5, což je CP homolog CT ORF3, který byl identifikován v klonech CTL2gaml5(5'), CTL2-16(5'), CTL2-18(5'), a CTL2-23.
SEQ ID NO: 513 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO9S4, což je CP homolog CT827 (nrdA) který byl identifikován v klonech CTL2-16(3') a CTL2gaml5(3’).
SEQ ID NO: 514 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO985, což je
CP homolog CT828 (nrdB) který byl identifikován v klonech
CTh2-16(3') CTL2gaml5(3').
SEQ ID NO: 515 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO349, což je
CP homolog CT067 (ytgA), který byl identifikován v klonu
CTL2gaml8.
SEQ ID NO: 516 odpovídá DNA sekvenci CPn-ORF6, což je CP homolog CT-0RF4, který byl identifikován v klonu CTL2-18(3').
SEQ ID NO: 517 odpovídá DNA sekvenci CP-ORF7, což je CP homolog CT-ORF5, který byl identifikován v klonu CTL2-18(3').
SEQ ID NO: 518 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO326, což je CP homolog CT087 (malQ), který byl identifikován v klonu CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 519 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO325, což je CP homolog CTO88 (sycE), který byl identifikován v klonu CTL2-19(5')SEQ ID NO: 520 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO793, což je CP homolog CT588 (rbsu), který byl identifikován v klonu CTL2gam23.
SEQ ID NO: 521 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO199, což je CP homolog CT199 (oppBl), který byl identifikován v klonu CTL2gam24.
SEQ ID NO: 522 odpovídá aminokyselinová sekvence CPnO666, což je CP homolog CT545 (dna,E) , který byl identifikován v klonu CTL2-24. SEQ ID NO: 523 odpovídá DNA sekvenci CPn0065, což je CP homolog CT288, který byl identifikován v klonu CTL2gam27.
SEQ ID NO: 524 odpovídá DNA sekvenci CPnO444, což je CP homolog CT413 (pmpB), který byl identifikován v klonu CTL2gam30(51)(3'). SEQ ID NO: 525 je kompletní C. trachomatis, serovar D, DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT75 1 (amn) identifikovanou z klonů CTL2-1 a CTh2-5.
SEQ ID NO: 526 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT322 (tuft) identifikovanou z klonu CTL2-2.
SEQ ID NO: 527 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT032 (metG) identifikovanou z klonů CTL2gam2, CTL2-3(5') a CTL2-4.
SEQ ID NO: 528 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV IL sekvencí pro CTO3 1 identifikovanou z klonu CTL2-3(5') (3 ') .
SEQ ID NO: 529 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT030 (gmK) identifikovanou z klonů CTL2-3(3') a CTL2-21.
SEQ ID NO: 530 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT064 (lepA) identifikovanou z klonu CTL2gam5.
SEQ ID NO: 531 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT265 (accA) identifikovanou z klonu CTL2-6.
SEQ ID NO: 532 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV 11 sekvencí pro CT624 (msbA) identifikovanou z klonů CTL2-6.
SEQ ID NO: 533 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT256 identifikovanou z klonů CTL2gam6(5’) a CTL2-1Í(5’).
SEQ ID NO: 534 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT257 identifikovanou z klonů CTL2gam6{5') a CTL2-11(5').
SEQ ID NO: 535 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT384 identifikovanou z klonů CTL2gam6(3') a CTL2-11(3').
SEQ ID NO: 536 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT473 identifikovanou z klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 537 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT474 identifikovanou z klonů CTL2-8b.
SEQ ID NO: 538 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT139 (oppAl) identifikovanou z klonů CTL2-Sb.
SEQ ID NO: 539 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT060 (flhA) identifikovanou z klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 540 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT242 identifikovanou z klonu CTL2gam8.
SEQ ID NO: 541 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT243 (IpxD) identifikovanou z klonu CTL2gam8.
SEQ ID NO: 542 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT089 identifikovanou z klonů CTL2-9, CTL2gaml, CTL2gaml7, a CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 543 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT610 identifikovanou z klonu CTL2-10 (5’){3').
SEQ ID NO: 544 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT611 identifikovanou z klonu CTL2-10(5').
SEQ ID NO: 545 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT154 identifikovanou z klonů CTL2gamlO a CTL2gam21.
SEQ ID NO: 546 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT833 (infC) identifikovanou z klonu CTL2-12.
SEQ ID NO: 547 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT827 (nrdA) identifikovanou z klonů CTL2-16{3') a CTL2gaml5(3!).
SEQ ID NO: 548 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT828 (nrdB)
identifikovanou z klonů CTh2-16(3') a CTL2gaml5(31).
SEQ ID NO: 549 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT067 (ytgA) identifikovanou z klonu CTL2gaml8.
SEQ ID NO: 550 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT088 (sycE) identifikovanou z klonů CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 551 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT087 identifikovanou z klonu CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 552 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT588 (rsbu) identifikovanou z klonu CTL2gam23.
SEQ ID NO: 553 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT 199 (oppBl) identifikovanou z klonu CTL2gam24.
SEQ ID NO: 554 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT545 (dnaE) identifikovanou z klonu CTL2-4.
SEQ ID NO: 555 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT288 identifikovanou z klonů CTL2gam27.
SEQ ID NO: 556 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT413 (pmpB) identifikovanou z klonu CTL2gam30(51)(31).
SEQ ID NO: 557 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT-ORF3 identifikovanou z klonů CTL2gaml5{5'), CTL2-16(5'), CTL2-18(5') a CTL2-23.
SEQ ID NO: 558 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomnatis LGV II sekvencí pro pCTORF4 identifikovanou z klonu CTL2-18(3').
SEQ ID NO: 559 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT-0RF5 identifikovanou z klonů CTL2-18(3').
SEQ ID NO: 560 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT751 (amn) identifikovanou z klonů CTL2-1 a CTL2-5. SEQ ID NO: 561 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvenci homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT322 (tuff) identifikovanou z klonu CTL2-2.
SEQ ID NO: 562 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT032 (metO) identifikovanou z klonů CTL2gam2, CTL2-3(5 ' ) a CTh2-4.
SEQ ID NO: 563 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT031 identifikovanou z klonu CTL2-3(5’)(3').
SEQ ID NO: 564 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT030 (gmK) identifikovanou z klonů CTL2-3(3') a CTL2-21.
SEQ ID NO: 565 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT064 (lepA) identifikovanou z klonu CTL2gam5.
SEQ ID NO: 566 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT265 (accA) identifikovanou z klonu CTL2-6.
SEQ ID NO: 567 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT624 (msbA) identifikovanou z klonů CTL2-6.
SEQ ID NO: 568 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT256 identifikovanou z klonů CTL2gam6(5') a CTL2-1K5’) .
SEQ ID NO: 569 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT257 identifikovanou z klonů CTL2gam6(5') a CTL2-1H5’ ) .
SEQ ID NO: 570 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT384 identifikovanou z klonů CTL2gam6(3') a CTL2-11(3’).
SEQ ID NO: 571 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT473 identifikovanou z klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 572 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT474 identifikovanou z klonů CTL2-Sb.
SEQ ID NO: 573 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT139 (oppAl) identifikovanou z klonů CTL2-8b.
SEQ ID NO: 574 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT060 (flhA) identifikovanou z klonu CTL2-8b.
SEQ ID NO: 575 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT242 identifikovanou z klonu CTL2gam8.
SEQ ID NO: 576 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT243 (IpxD) identifikovanou z klonu CTh2gam8.
SEQ ID NO: 577 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT089 identifikovanou z klonů CTL2-9, CTL2gaml, CTh2gaml7, a CTL2-19(5')SEQ ID NO: 578 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV H sekvencí pro CT610 identifikovanou z klonu CTL2-10(5') (3 *) . SEQ ID NO: 579 je kompletní C. trachomatis serovar
45* *”
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT611 identifikovanou z klonu CTh2-10(5').
SEQ ID NO: 580 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT154 identifikovanou z klonů CTL2gamlO a CTL2gam21. SEQ ID NO: 581 je kompletní C. trachomatis serovar
D aminokyselinová sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT833 (infC) identifikovanou z klonu CTL2-12.
SEQ ID NO: 582 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV IL sekvencí pro CT-ORF3 identifikovanou z klonů CTL2gaml5(5'), CTL2-16(5'), CTL2-18(5') a CTL2-23.
SEQ ID NO: 583 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí (nrdA) identifikovanou z klonů CTL2-16(3’) a CTL2gaml5(3').
SEQ ID NO: 584 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí (nrdB) identifikovanou z klonů CTL2-16(3') a CTL2gaml5(3').
SEQ ID NO: 585 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí (ytgA) identifikovanou z klonu CTL2gaml8.
SEQ ID NO: 586 je kompletní C. trachomatis serovar D sekvence homologická s C. trachonmatis LGV II sekvencí pro CTORF4 identifikovanou z klonu CTL2-18(3')
SEQ ID NO: 587 je kompletní C. trachomatis serovar D sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT-ORF5 identifikovanou z klonů CTL2-18(3')SEQ ID NO: 588 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT087 identifikovanou z klonu CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 589 je kompletní C. trachomatis DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT088 (sycE) identifikovanou z klonů CTL2-19(5').
SEQ ID NO: 590 je kompletní C. trachomatis serovar D sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT588 identifikovanou z klonu CTL2gam23.
SEQ ID NO: 591 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT199 (oppBl) identifikovanou z klonu CTL2gam24.
SEQ ID NO: 592 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT545 (dnaE) identifikovanou z klonu CTL2-4.
SEQ ID NO: 593 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT288 identifikovanou z klonů CTL2gam27.
SEQ ID NO: 594 je kompletní C. trachomatis serovar D DNA sekvence homologická s C. trachomatis LGV II sekvencí pro CT413 (pmpB) identifikovanou z klonu CTL2gam30(5’)(3’).
SEQ ID NO: 595 je DNA sekvencí pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn0406, Chlamydia trachomatis genu CT102.
SEQ ID NO: 596 je DNA sekvencí pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO315, Chlamydia trachomatis genu CT098.
SEQ ID NO: 597 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPn04O6, Chlamydia trachomatis genu CT102. SEQ ID NO: 598 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia pneumoniae homolog, CPnO315, Chlamydia trachomatis genu CT098. SEQ ID NO: 599 je aminokyselinová sekvence pro Chlamydia trachomatis serovar D CT287 protein.
Popis obrázků na připojených výkresech
Obr. 1 ilustruje indukci produkce IFN-gamma linií T-lymfocytů specifických pro Chlamydie aktivovanou cílovými buňkami exprimujícími klon 4C9-18#2.
Obr. 2 ilustruje retrovirové vektory pBIB-KSl,2,3 modifikované
tak, aby obsahovaly Kosakovo translační iniciační místo a stop kodony.
Obr. 3 ukazuje specifickou lýzu v testu uvolňování chrómu provedeném na P815 buňkách pulsovaných chlamydiovými peptidy CtC7.8-12 (SEQ ID NO: 18) a CtC7.8-13 (SEQ ID NO: 19).
Obr. 4 ukazuje titry izotypů protilátek u C57B1/6 myší imunizovaných C. trachomatis SWIB proteinem.
Obr. 5 ukazuje proliferativní reakci T-lymfocytň specifických pro Chlamydie ve splenocytech od C3H myší imunizovaných C. trachomatis SWIB proteinem.
Obr. 6 ukazuje sekvence 5' a 3' primerů, které byly odvozeny od C. pneumoniae a které byly použity pro izolaci SWIB a S13 genů z C. pneumoniae.
Obr. 7A a 7B ukazují indukci IFN-gamma z lidské anti-chlamydiové T-lymfocytární linie (TCL-8) schopné zkříženě reagovat s C. trachomatis a C. pneumoniae po aktivaci dendritickými buňkami odvozenými od mónocytů exprimujícími chlamydiové proteiny.
Obr. 8 ukazuje identifikaci epitopů pro T-lymfocyty v chlamydiovém ribosomálním S13 proteinu za použití T-lymfocytární linie TCL 8 EB/DC.
Obr. 9 ukazuje proliferativní reakci CP-21 T-lymfocytů připravených proti dendritickým buňkám infikovaným C. pneumoniae na rekombinantní SWIB protein C. pneumoniae, ale ne na C. trachomatis SWIB protein.
Obr. 10 ukazuje proliferativní reakci primární T-lymfocytární linie (TCT-10 EB) od asymptomatického dárce specifickou pro
SWIB C. trachomatis.
Obr. 11 ukazuje identifikaci epitopu pro T-lymfocyty na C. trachomatis SWIB za použití T-lymfocytární linie specifické pro antigen (TCL-10 EB).
Obr. 12 ukazuje proliferativní odpověď primární T-lymfocytární buněčné linie generované od dvou pacientů proti CT specifickým antigenům CT622, CT875 a CT EB.
Podrobný popis předkládaného vynálezu
Jak bylo uvedeno výše, je předkládaný vynález obecně zaměřen na prostředky a způsoby pro diagnostiku a terapii chlamydiových infekcí. V jednom aspektu obsahuje prostředek podle předkládaného vynálezu polypeptidy, které obsahují alespoň jednu imunogenní část chlamydiového antigenu, nebo jeho varianty.
Ve specifických provedeních popisuje předkládaný vynález polypeptidy obsahujících imunogenní část chlamydiového antigenu, kde chlamydiový antigen obsahuje aminokyselinovou sekvenci kódovanou polynukleotidovou molekulou podle předkládaného vynálezu, sekvencí komplementární k uvedeným nukleotidovým sekvencím a nebo variantou takových sekvencí.
Termín polypeptid, jak je zde použit, označuje aminokyselinový řetězec jakékoliv délky, včetně kompletních proteinů (t.j. antigenů), ve kterém jsou aminokyselinové zbytky vázány peptidovými vazbami. Termín polypeptid tedy zahrnuje imunogenní část jakéhokoliv antigenu podle předkládaného vynálezu samotnou nebo obsahující další sekvence. Další sekvence mohou být
odvozeny od přirozeného chlamydiového antigenu nebo mohou být heterologní a takové sekvence mohou (ale nemusí) být imunogenní.
Termín polynukleotid, jak je zde použit, označuje jednořetězcový nebo dvouřetězcový polymer deoxyribonukleotidových nebo ribonukleotidových baží a označuje DNA a příslušné RNA molekuly, včetně HnRNA a mRNA molekul, kódující a protismyslné řetězce a cDNA, genomovou DNA a rekombinantní DNA, stejně jako zcela nebo částečně syntetické polynukleotidy. HnRNA molekula obsahuje introny a odpovídá DNA molekule jedna ku jedné. mRNA molekula odpovídá HnRNA a DNA molekule, ze kterých byly excidovány introny. Polynukleotid se může skládat z celého genu nebo z jakékoliv jeho části. Operabilní protismyslné polynukleotidy mohou obsahovat fragment příslušného polynukleotidu a výraz polynukleotid proto zahrnuje všechny takové operabilní protismyslné fragmenty.
Imunogenní část antigenu je část, která je schopná reagovat se sérem získaným od jedinců infikovaných Chlamydiemi (t.j. generuje absorbanci při testování séra od infikovaného jedince, která je o alespoň tři standardní odchylky vyšší než absorbance získaná při testování séra od rieinfikovaného jedince v ELISA testu podle předkládaného vynálezu). Takové imunogenní části obvykle obsahují alespoň 5 aminokyselinových zbytků, lépe alespoň 10 a ještě lépe alespoň 20 aminokyselinových zbytků. Způsoby pro přípravu imunogenních částí antigenů známých sekvencí jsou dobře známé a jsou shrnuty v Paul, Fundamental Immunology, 3. vydání, 243-247 (Raven Press, 1993) a odkazech zde citovaných. Mezi takové techniky patří vyšetřování polypeptidů na schopnost reagovat s protilátkami, antisérem a/nebo T-lymfocytárními liniemi nebo klony specifickými pro antigen. Antisérum a protilátky jsou specifické pro antigen tehdy, když se specificky váží na antigen (t.j. když reagují s proteinem v ELISA nebo v jiných imunotestech a nereagují detekovatělně s nepříbuznými proteiny). Takové antisérum a protilátky mohou být připraveny zde popsaným způsobem a za použití dobře známých technik. Imunogenní část přirozeného chlamydiového proteinu je část, která reaguje s takovým antisérem a/nebo T-lymfocyty v úrovni, která není významně nižší než reaktivita s kompletním polypeptidem (například v ELISA a/nebo testu reaktivity T-lymfocytů). Takové imunogenní části mohou reagovat v takových testech v úrovni reaktivity, která je stejná nebo vyšší než úroveň reaktivity s kompletním proteinem. Taková vyšetření mohou být provedena za použití metod dobře známých v oboru, jako jsou metody popsané v Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Například může být polypeptid imobilizován na pevném nosiči a může být kontaktován se sérem pacienta pro umožnění vazby protilátek v séru na imobilizovaný polypeptid. Nenavázané sérum může být potom odstraněno a navázané protilátky mohou být detekovány za použití, například, 125I-značeného Proteinu A.
Příklady imunogenních částí antigenů podle předkládaného vynálezu zahrnují, například, stimulační epitopy pro T-lymfocyty uvedené v SEQ ID NO: 9, 10, 18, 19, 31, 39, 93-96, 100-102, 106, 108, 138-140, 158, 167, 168, 246, 247 a 254-256. Polypeptidy obsahující alespoň imunogenní část jednoho nebo více chlamydiových antigenů podle předkládaného vynálezu mohou být použity, samostatně nebo v kombinaci, pro detekci chlamydiové infekce u pacienta.
Prostředky a způsoby podle předkládaného vynálezu mohou také obsahovat varianty výše uvedených polypeptidových a polynukleotidových molekul. Takové varianty zahrnují, například, přirozené alelové varianty sekvencí podle předkládaného vynálezu. Konkrétně, varianty zahrnují jiné serovary Chlamydií, jako jsou serovary D, E a F, stejně jako několik LGV serovarů, které
vykazují homologii s polypeptidovými a polynukleotidovými molekulami podle předkládaného vynálezu. Výhodně mají serovarové homology 95-99% homologii s příslušnými polypeptidovými sekvencemi podle předkládaného vynálezu.
Termín varianta polypeptidu, jak je zde použit, označuje polypeptid, který se liší od uvedeného polypeptidu pouze v jedné konzervativní substituci a/nebo modifikaci, takže jsou zachovány antigenní vlastnosti polypeptidu. Ve výhodném provedení se varianta polypeptidu liší od identifikované sekvence substitucí, delecí nebo adicí pěti nebo méně aminokyselin. Takové varianty mohou být obecně identifikovány modifikací jedné z výše uvedených polypeptidových sekvencí a hodnocením antigenních vlastností modifikovaného polypeptidu za použití například, zde popsaných způsobů. Jinými slovy, schopnost varianty reagovat s antisérem specifickým pro antigen může být zvýšena nebo nezměněna ve srovnání s přirozeným proteinem, nebo může být snížena o méně než 50% a výhodně o méně než 20% ve srovnání s přirozeným proteinem. Takové varianty mohou být obecně identifikovány modifikací jedné z výše uvedených polypeptidových sekvencí a hodnocením reaktivity modifikovaného polypeptidu s protilátkami nebo antisérem specifickým pro antigen, jak je zde popsáno. Výhodnými variantami jsou ty, ve kterých je odstraněna jedna nebo více částí, jako například N-koncová vedoucí sekvence nebo transmembránová doména. Dalšími výhodnými variantami jsou ty, ve kterých byla z N- a/nebo C-konce zralého proteinu odstraněna malá část (například 1-30 aminokyselin, lépe 5-15 aminokyselin).
Konzervativní substituce je taková, při které je aminokyselina substituována za jinou aminokyselinu, která má podobné vlastnosti, takže se předpokládá, že sekundární struktura a hydropatický charakter polypeptidu zůstane v podstatě nezměněn. Aminokyselinové substituce mohou být provedeny na základě podobnosti v polaritě, náboji, rozpustnosti, hydrofobnosti, hydrofilnosti a/nebo amfipatického charakteru zbytků. Například, mezi aminokyseliny s negativním nábojem patří kyselina glutamová a kyselina asparagová; mezi aminokyseliny s pozitivním nábojem patří lysin a arginin; a mezi aminokyseliny s nepolárními skupinami mající podobné hodnoty hydrofnosti patří leucin, isoleucin a valin; glycin a alanin; asparagin a glutamin; a serin, threonin, fenylalanin a tyrosin. Jiné skupiny aminokyselin, které mohou , představovat konzervativní změny, jsou: (1) ala, pro, gly, glu, asp, gin, asn, ser, thr; (2) cys, ser, tyr, thr; (3) val, ile, leu, met, ala, phe; (4) lys, arg, his; a (5) phe, tyr, trp, his. Varianta může také, nebo alternativně, obsahovat nekonzervativní změny. Ve výhodném provedení se varianta polypeptidu liší od přirozené sekvence substitucí, delecí nebo adicí pěti nebo méně aminokyselin. Varianty mohou být také (nebo alternativně) modifikovány například delecí nebo adicí aminokyselin, které mají minimální vliv na imunogenicitu, sekundární strukturu a hydropatický charakter polypeptidu. Varianty mohou také (nebo alternativně) obsahovat další modifikace, včetně delecí nebo adicí aminokyselin, které mají minimální vliv na imunogenicitu, sekundární strukturu a hydropatický charakter polypeptidu. Například může být polypeptid konjugován na signální (nebo vedoucíú sekvenci na N-konci proteinu, kde tato sekvence kp-translačně nebo post-translačně řídí transport proteinu. Polypeptid může být také konjugován na spojovací nebo jinou sekvenci pro usnadnění syntézy, přečištění nebo identifikace polypeptidu (například na poly-His) nebo pro zvýšení vazby polypeptidu na pevný nosič. Například může být polypeptid konjugován na Fc region imunoglobulinu.
Varianta polynukleotidu je sekvence, která se liší od uvedené nukleotidové sekvence v tom, že obsahuje jednu nebo více nukleotidových delecí, substitucí nebo adicí takových, že
imunogenicita kódovaného polypeptidu není snížena, ve srovnání s přirozeným proteinem. Vliv na imunogenicitu kódovaného polypeptidu může být hodnocen způsobem, který je zde popsán. Takové modifikace mohou být snadno připraveny za použití standardních technik pro mutagenesi, jako je oligonukleotidy řízená místně specifická mutagenbese (viz, například, Adelman et al., DNA 2: 183, 1983). Nukleotidové varianty mohou být přirozené alelické varianty nebo přirozeně se nevyskytující varianty. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu také zahrnují varianty, které jsou kódované polynukleotidovými sekvencemi, které jsou v podstatě homologní s jednou nebo více uvedenými polynukleotidovými sekvencemi. Termín v podstatě homologní znamená, že polynukleotidové sekvence jsou schopné hybridizovat za středně přísných podmínek. Vhodné středně přísné podmínky jsou předpromytí v roztoku 5xSSC, 0,5% SDS, 1,0 mM EDTA (pH 8); hybridizace při 50 °C - 65 °C, 5 x SSC přes noc, nebo v případě mezidruhové homologie, při 45 ° C s 0,5 x SSC; a potom promývání dvakrát po dobu 20 minut při 65 °C ve 2x, 0,5x a 0,2xSC obsahujícím 0,1% SDS. Takové hybridizující polynukleotidové sekvence také spadají do rozsahu předkládaného vynálezu, stejně jako nukleotidové sekvence, které v důsledku degenerace genetického kódu kódují polypeptid, který je stejný jako polypeptid podle předkládaného vynálezu.
Dvě nukleotidové nebo polypeptidové sekvence jsou identické, pokud je sekvence nukleotidů nebo aminokyselinových zbytků ve dvou sekvencích stejná, pokud jsou tyto sekvence přiřazeny tak, aby si maximálně odpovídaly. Srovnání dvou sekvencí je obvykle provedeno ve srovnávacím oknu za účelem identifikace a srovnání lokálních regionů podobnosti sekvence. Termín srovnávací okno, jak je zde použit, označuje segment alespoň 20 následujících pozic, obvykle 35 až 75 nebo 40 až 50, ve kterých může být sekvece srovnávána s referenční sekvencí o stejném počtu pozic po optimálním přiřazení dvou sekvencí.
Optimální přiřazení dvou sekvencí pro srovnání může být provedeno, například, za použití Megalign programu v Lasergene bioinformatickém softwaru (DNASTAR, Inc., Madison, WI), za použití chybových parametrů. Tento program provádí několik schémat přiřazení, které jsou popsány v následujících odkazech: Dayhoff, M.O. (1978) A model of evolutionar change in proteins - Matrices for detecting distant relationships, v Dayhoff, M.O. (ed.) Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, Washington D.C., svazek 5, Suppl. 3, str. 345-358; Hein J. (1990) Unified Approach to Alignment and Phylogenes, str. 626-645, Methods in Enzymology, svazek 183, Academic Press, Inc., San Diego, CA; Higgins, D.G. and Sharp, P.M., (1989), Fast and sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer CABIOS 5: 151153; Myers, E.W. and Muller, W. (1988), Optimal alignments in linear space CABIOS, 4: 11-17; Robinson, E.D. (1971) Comb, theor. 11: 105; Santou, N., Nes, M. (1987), The neighbor joining method. A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4: 406-425; Sneatht, P.H.A. and Sokal, R.R. (1973), Numerical Taxonomy - the Principles and Practise of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisko, CA; Wilbur, W.J., and Lipman, D.J., 1983, Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80: 726-730.
Alternativně může být optimální seřazení sekvencí pro srovnání provedeno za použití algoritmu lokální identity podle Smitha a Watermana (1981) Add. APL Math. 2:482, algoritmu identity seřazení (Needleman and Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48: 443, vyhledávání podobnosti za použití způsobů dle Pearsona a Lipmana (1988) Proč. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444, počítačových programů využívajících těchto algoritmů (GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA a TFASTA ve Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, WI), nebo prohlížením.
Jedním ilustrativní příkladem algoritmů, které jsou vhodné pro stanovení procenta identity sekvence a podobnosti sekvence jsou BLAST a BLAST 2.0 algoritmy, které jsou popsány v Altschul et al., (1977) Nuc. Acids Res. 25: 3389-3402; a Altschul et al., (1990) J. Mol. Biol. 215: 403-410, v příslušném pořadí. BLAST a BLAST 2.0 mohou být použity, například se zde uvedenými parametry, pro stanovení procenta identity sekvence pro polynukleotidy a polypeptidy podle předkládaného vynálezu. Software pro BLAST analýzu je veřejně dostupný přes National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). V jednom ilustrativním případu mohou být kumulativní skóre vypočtena za použit - pro nukleotidové sekvence - parametru M (reward skoré pro párování odpovídajících zbytků; vždy > 0) a N (penále za chybně spárované zbytky; vždy < 0). Pro aminokyselinové sekvence může být skórovací matrice použita pro výpočet kumulativního skóre. Prodlužování výrazů v každém směru se zastaví, když: kumulativní skóre poklesne na 0 nebo méně, v důsledku akumulace jednoho nebo více přiřazení zbytků s negativním skóre; nebo po dosažení konce sekvence. Parametry BLAST algoritmu W, T a X určují sensitivitu a rychlost přiřazení. BLASTN program (pro nukleotidové sekvence) používá jako chybu délku výrazu (W) =11, a předpoklad (E) =10, a BLOSUM62 skórovací matrici (viz Henikoff and Henikoff (1989) Proč. Nati. Acad. Sci USA 89: 10915), (B) = 50, předpoklad (E) = 10, M = 5, N = 4 a srovnání obou řetězců.
Výhodně je procento identity sekvencí určeno srovnáním dvou, optimálně přiřazených sekvencí ve srovnávacím okénku velikosti alespoň 20 pozic, kde část polynukleotidové nebo polypeptidové sekvence v okénku může obsahovat adice nebo delece (t.j. mezery) z 20% nebo méně, obvykle z 5 až 15%, nebo 10 až 12%, vzhledem k referenční sekvenci (která neobsahuje adice ani delece). Procento identity může být vypočteno určením počtu pozic, ve kterých se vyskytují identické baze nebo aminokyseliny v obou sekvencích za zisku počtu odpovídajících pozic, dělením počtu odpovídajících pozic celkovým počtem pozic v referenční sekvenci (t.j. velikostí okna) a násobením výsledku 100 za zisku procenta identity sekvencí.
Proto předkládaný vynález zahrnuje polynukleotidové a polypeptidové sekvence mající významnou identitu se sekvencemi podle předkládaného vynálezu, například ty sekvence, které mají alespoň 50% nebo vyšší identitu sekvence, výhodně alespoň 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% nebo 99% nebo vyšší identitu sekvence ve srovnání s polynukleotidovými nebo polypeptidovými sekvencemi podle předkládaného vynálezu, při použití zde popsaných způsobů (například BLAST analýzy za použití standardních parametrů, jak jsou popsány dále). Odborníkům v oboru bude jasné, že tyto hodnoty mohou být vhodným způsobem upraveny pro určení identity proteinů kódovaných dvěma polynukleotidovými sekvencemi, když se bere v úvahu degenerace kodonů, podobnost aminokyselin, pozice čtecího rámce a podobně.
V dalších provedeních předkládaný vynález poskytuje izolované polynukleotidy nebo polypeptidy obsahující různě dlouhé kontinuální řetězce sekvence identické k nebo komplementární k jedné nebo více sekvencím podle předkládaného -vynálezu. Například mohou polynukleotidy a polypeptidy podle předkládaného vynálezu obsahovat alespoň 15, 20, 30, 40, 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400, 500 nebo 1000 nebo více sousedních nukleotidů jedné nebo více popsaných sekvencí, stejně jako všechny délky v uvedeném rozmezí. Je třeba si uvědomit, že mezi tyto délky patří 16, 17, 18, 19 atd.; 21, 22, 23, atd.; 30, 31, 32 atd.; 50, 51, 52, 53 atd.; 100, 101, 102, 103 atd.; 150, 151, 152, 153 atd.; včetně celých čísel mezi 200-500, 500-1000 a podobně.
Polynukleotidy podle předkládaného vynálezu, nebo jejich
fragmenty, bez ohledu na délku kódující sekvence samotné, mohou být kombinovány s jinými DNA sekvencemi, jako jsou promotory, polyadenylační signály, další místa pro restrikční enzymy, klonovací místa, jiné kódující segmenty, a podobně, takže jejich celková délka může být velmi různá. Proto se předpokládá, že mohou být použity fragmenty nukleových kyselin téměř jakékoliv délky, kde celková délka je výhodně limitována snadností přípravy a použitím v daném rekombinantním DNA protokolu. Například DNA segmenty délky přibližně 10000, přibližně 5000, přibližně 3000, přibližně 2000, přibližně 1000, přibližně 500, přibližně 200, přibližně 100, přibližně 50 párů baží, a podobně (včetně délekm v uvedeném rozmezí) se považují za segmenty použitelné v mnoha aspektech předkládaného vynálezu.
Předkládaný vynález dále zahrnuje alely genů kódující popsané nukleotidové sekvence. Termín alela nebo alelická sekvence označuje alternativní formu genu, která může vzniknout alespoň jednou mutací sekvence nukleové kyseliny. Alely mohou vést ke vzniku pozměněných mRNA nebo polypeptidů, jejichž struktura nebo funkce nemusí být pozměněna. Jakýkoliv daný gen může, ale nemusí, mít alelické formy. Mezi běžné změny, které způsobují vznik alel, patří přirozené delece, adice nebo substituce nukleotidů. Každá taková změna se může vyskytovat samostatně nebo v kombinaci, jednou nebo vícekrát v dané sekvenci.
Ve specifických provedeních popisuje vynález polypeptidy obsahující alespoň imunogenní část chlamydiového antigenu (nebo varianty takového antigenu), která obsahuje jednu nebo více aminokyselinových sekvencí kódovaných (a) polynukleotidovou sekvencí vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 358-361, 407-430, 525-559, 582-598; (b) sekvencí komplementární k takovým sekvencím; nebo (c) DNA sekvencí v podstatě homologní k sekvencím (a) nebo (b). Jak je popsáno dále v příkladech, několik chlamydiových antigenů podle předkládaného vynálezu je rozpoznáváno T-lymfocytárními liniemi, které rozpoznávají dendritické buňky odvozené od monocytů infikované jak Chlamydia trachomatis, tak Chlamydia pneumoniae, což naznačuje, že se může jednat o antigeny představující imunoreaktivní epitopy vlastní jak Chlamydia trachomatis, tak Chlamydia pneumoniae. Tyto antigeny mohou být tedy využity ve vakcíně jak proti infekcím genitálního traktu C. trachomatis, tak proti infekcím C. pneumoniae. Další charakterizace těchto chlamydiových antigenů od Chlamydia trachomatis a Chlamydia pneumoniae pro určení rozsahu zkřížené reaktivity je uvedena v příkladu 6. Dále, příklad 4 popisuje cDNA fragmenty (SEQ ID NO: 15, 16 a 33) izolované od C. trachomatis, které kódují proteiny (SEQ ID NO: 17-19 a 32), které stimulují myší CD8+ T-lymfocytární linie specifické pro Chlamydie.
Obecně, chlamydiové antigeny a polynukleotidové sekvence kódující takové antigeny mohou být připraveny mnoha technikami. Například, polynukleotidové molekuly kódující chlamydiové antigeny mohou být izolovány z chlamydiové genomové nebo cDNA expresní knihovny pomocí skríningu T-lymfocytární linií specifickou pro Chlamydie, jak je popsán dále, a tyto molekuly mohou být sekvencovány za použití technik známých odborníkům v oboru. Dále může být polynukleotid identifikován, jak je podrobněji popsáno dále, skríningem mikročipů cDNA na expresi asociovanou s Chlamydiemi (t.j. na expresi, která je alespoň dvakrát vyšší v buňkách infikovaných Chlamidiemi než v kontrolních buňkách, jak se určí representativním testem, který je zde popsán). Taková vyšetření mohou být provedena za použití Synteni mikročipů (Palo Alto, CA) podle návodu výrobce (a v podstatě tak, jak je popsáno v Schena et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93: 10614-10619, 1996, a Heller et al., Proč. Nati. Acad. Sci. USA , 94: 2150-2155, 1997). Alternativně mohou být polynukleotidy amplifikovány z cDNA připravené z buněk exprimujících zde popsané proteiny. Takové polynukleotidy mohou být amplifikovány
polymerasovou řetězovou reakcí (PCR). V tomto způsobu mohou být primery specifické pro sekvenci navrženy podle zde uvedených sekvencí a mohou být zakoupeny nebo syntetizovány.
Antigeny mohou být produkovány rekombinantně, jak je popsáno dále, insercí polynukleotidové sekvence kódující antigen do expresního vektoru a expresí antigenů ve vhodném hostitely. Antigeny mohou být hodnoceny požadované vlastnosti, jako je schopnost reagovat se sérem získaným od jedinců infikovaných Chlamydiemi, jak je zde popsáno, a mohou být sekvencovány za použití, například, tradičních Edmanových čindel. Viz Edman and Berg, Eur. J. Biochem. 80: 116-132, 1967.
Polynukleotidové sekvence kódující antigeny mohou být také získány vyšetřováním vhodných chlamydiových cDNA nebo genomových DNA knihoven na polynukleotidové sekvence, které hybridizují na degenerované oligonukleotidy odvozené z částečných aminokyselinových sekvencí izolovaných antigenů. Degenerované oligonukleotidové sekvence pro použití v takových vyšetřeních mohou být navrženy a syntetizovány a vyšetřování může být provedeno, například, způsobem popsaným v Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY, (a odkazech zde citovaných). polymerasová řetězová reakce (PCR) může být také použita, za použití výše uvedených oligonukleotidů v metodách dobře známých v oboru, pro izolaci nukleokyselinových sond z cDNA nebo genomové knihovny. Vyšetřování knihovny může být potom provedeno za použití izolované sondy.
Amplifikovaná část může být použita pro izolaci kompletního genu z vhodné knihovny (například knihovny Chlamydiové cDNA) za použití dobře známých technik. V takových postupech je knihovna (cDNA nebo genomová) vyšetřována za použití jedné nebo více
polynukleotidových sond nebo primem vhodných pro amplifikaci.
Výhodně zahrnuje knihovna větší molekuly. Náhodně sondované knihovny mohou být také výhodě pro identifikaci 5’ a předcházejících regionů genů. Genomové knihovny jsou výhodné pro získání intronů a 5' přesahujících sekvencí.
Pro hybridizačni techniky může být částečná sekvence značená (například nick-translací nebo na konci 32P) za použití dobře známých technik. Bakteriální nebo bakteriofágová knihovna se potom vyšetřuje hybridizací filtrů obsahujícími denaturované bakteriální kolonie (nebo deskách obsahujících plaky fágů) pomocí značené sondy (viz Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratories, Cold Spring Harbor, NY, 1989). Hybridizující kolonie nebo plaky se selektují a expandují a DNA se z nich izoluje pro další analýzu. cDNA klony mohou být analyzovány pro určení množství dalších sekvencí například pomocí PCR za použití primem z částečné sekvence a primem z vektom. Pro identifikaci jednoho nebo více překrývajících se klonů mohou být připraveny restrikční mapy. Kompletní sekvence může být potom určena pomocí standardních technik, které mohou zahrnovat tvorbu serie delečních klonů. Získané překrývající se sekvence se potom sestaví do jedné kontinuální sekvence. Kompletní cDNA molekula může být připravena ligací vhodných fragmentů, za použití dobře známých technik.
Alternativně, existuje mnoho amplifikačních technik pro získání kompletní kódující sekvence z částečné cDNA sekvence. V takových technikách se amplifikace obvykle provádí pomocí PCR. Pro provedení amplifikace může být použit jakýkoliv z mnoha komerčně dostupných kitů. Primery mohou být navrženy, například, za použití technik známých v obom (viz například Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51: 263, 1987; Erlich ed., PCR Technology, Stocton Press, NY, 1989) a může být použit software
dobře známý v oboru. Primery mají výhodně délku 22-30 nukleotidů, obsah GC alespoň 50% a tepelně se váží na cílovou sekvenci při teplotě přibližně 68 °C až 72 °C. Amplifikovaný region může být sekvencován způsobem popsaným výše a překrývající se sekvence mohou být sestaveny do kontinuální sekvence.
Jednou takovou amplifikační technikou je inverzní PCR (viz Triglia et al., Nucl. Acids Res. 16:8186, 1988), která využívá restrikčních enzymů pro generování fragmentu ve známém regionu genu. Fragment se potom cirkularizuje intramolekulovou ligací a použije se jako templát pro PCR s divergentními primery odvozenými od známého regionu genu. V alternativním postupu může být sekvence sousedící s částečnou sekvencí získána amplifikaci s primerem pro spojovací sekvenci a s primerem specifickým pro známý region. Amplifikované sekvence jsou obvykle zpracovány ve druhém kole amplifikace se stejným spojovacím primerem a s druhým primerem specifickým pro známý region. Variace tohoto postupu, která využívá dva primery, které iniciují prodloužení v opačných směrech ze známé sekvence, je popsána ve WO 96/38591. Další technikou je záchytná PCR (Lagerstrom et al. , PCR Methods Applic., 1: 111-19, 1991); a procházecí PCR (Parker et al., Nucl. Acids. Res. 19: 3055-60, 1991). Transkripcí-zprostředkovaná amplifikace, neboli TMA, je další metodou, která může být použita pro amplifikaci DNA, rRNA nebo mRNA, a je popsáno v patentu č. PCT/US91/03184. Tato autokatalytická a isotermická metoda nezávislá na PCR využívá dva primery a dva enzymy: RNA polymerasu a reverzní transkriptasu. Jeden primer obsahuje promotorovou sekvenci pro RNA polymerasu. V první amplifikaci promotor-primer hybridizuje na cílovou rRNA v definovaném místě. Reverzní transkriptasa vytváří DNA kopii cílové rRNA prodloužením z 3' konce promotoru-primeru. RNA ve vzniklém komplexu se degraduje a druhý primer se naváže na DNA kopii. Nový řetězec DNA se syntetizuje z konce primeru reverzní transkriptasou vytvářející
dvouřetězcovou DNA. RNA polymerasa rozpoznává promotorovou sekvenci v DNA templátu a iniciuje transkripci. Každý nově syntetizovaný RNA amplikon znovu vstupuje do TMA procesu a slouží jako templát pro nové kolo replikace vedoucí k exponenciálnímu namnožení RNA amplikonu. Další metody využívající amplifikace mohou být také použity pro získání kompletní cDNA sekvence.
V některých případech je možno získat kompletní cDNA sekvenci analýzou sekvence uvedené v databázy exprimovaných koncovek sekvencí (EST), která je dostupná od GenBank. Vyhledávání překrývajících se EST může být provedeno pomocí známých programů (například NCBI BLAST prohledávání) a takové EST mohou být použity pro generování kontinuální kompletní sekvence. Kompletní cDNA sekvence mohou být získány také analýzou genomových fragmentů.
Varianty polynukleotidů mohou být připraveny jakoukoliv metodou známou v oboru, včetně chemické syntézy, napříkad včetně fosforoamiditové syntézy na pevné fázi. Modifikace polynukleotidové sekvence mohou být také připraveny standardními technikami mutagenese, jako je oligonukleotidy řízená místně cílená mutagenese (viz Adelman et al., DNA 2: 183, 1983). Alternativně mohou být RNA molekuly generovány in vitro nebo in vivo transkripcí DNA sekvencí kódujících chlamydiový protein, nebo jeho část, s podmínkou, že DNA je inkorporována do vektoru s vhodným RNA polymerasovým promotorem (jako je T7 nebo SP6) . Některé části mohou být použity pro přípravu kódovaného polypeptidu, jak je zde popsáno. Dále nebo alternativně může být část podána pacientovi tak, že kódovaný polypeptid je generován in vivo (například pomocí transfekce buněk prezentujících antigen, jako jsou dendritické buňky, cDNA konstruktem kódujícím chlamydiový polypeptid, a podáním transfektováných buněk pacientovi).
Část sekvence komplementární ke kódující sekvenci (t.j. protismyslný polynukleotid) může být také použita jako sonda nebo pro modulování genové exprese. cDNA konstrukty, které mohou být transkribovány do protismyslné RNA, mohou být také vloženy do buněk nebo tkání pro usnadnění produkce protismyslné RNA. Protismyslný polynukleotid může být použit, jak je zde popsáno, pro inhibici exprese chlamydiového proteinu. Protismyslná technologie může být použita pro kontrolu genové exprese prostřednictvím tvorby troj šroubovíce, která narušuje schopnost dostatečného otevření dvoušroubovice pro umožnění vazby polymeras, transkripčních faktorů nebo regulačních molekul (viz Gee et al. , v Huber and Carr, Molecular and Immunologic Approaches, Futura Publishing Co. (Mt. Kisko, NY; 1994) . Alternativně může být protismyslná molekula navržena tak, aby hybridizovala na kontrolní region genu (například na promotor, zesilovač transkripce nebo transkripční iniciační místo) a blokovala transkripci genu; nebo aby blokovala translaci inhibici vazby transkriptu na ribozomy.
Část kódující sekvence, nebo komplementární sekvence, může být také použita jako sonda nebo primer pro detekci exprese genu. Sondy mohou být značeny různými reportérovými skupinami, jako jsou radionuklidy nebo enzymy, a mají výhodně délku alespoň 10 nukleotidů, lépe alespoň 20 nukleotidů a ještě lépe alespoň 30 nukleotidů. Primery mají, jak bylo uvedeno výše, délku výhodně 22-30 nukleotidů.
Jakýkoliv polynukleotid může být dále modifikován pro zvýšení stability in vivo. Možnými modifikacemi jsou, například, přidání sousedních sekvencí na 5' a/nebo 3' konce; použití fosforothioatových nebo 2' O-methylových vazeb místo fosfodiesterasových vazeb ve skeletu; a/nebo použití netradičních baží, jako je inosin, quenosin a wybutosin, stejně jako acetyl-, methyl-, thio- a jiné modifikované formy adeninu, cytidinu, guaninu, thymidinu a uridinu.
Nukleotidové sekvence, jak jsou zde popsány, mohou být navázány na různé další nukleotidové sekvence za použití zavedených technik rekombinantní DNA. Například může být polynukleotid klonován do různých klonovacích vektorů, včetně plasmidů, fágemidů, derivátů fágu lambda a kosmidů. Zejména výhodné jsou expresní vektory, replikační vektory, vektory pro generování sond a sekvencovací vektory. Vektor obvykle obsahuje sekvenci rozpoznávající počátek replikace funkční v alespoň jednom organismu, běžná místa pro restrikční endonukleasy a jeden nebo více selektovatelných markérů. Další prvky závisí na zamýšleném použití a jsou zřejmé odborníkům v oboru.
Syntetické polypeptidy mající méně než přibližně 100 aminokyselin, a obecně méně než přibližně 50 aminokyselin, mohou být také připraveny za použití technik dobře známých odborníkům v oboru. Například mohou být takové polypeptidy syntetizovány za použití jakékoliv komerčně dostupné techniky syntézy na pevné fázi, jako je Merrifieldova technika syntézy na pevné fázi, ve které jsou aminokyseliny postupně přidávány k rostoucímu aminokyselinovému řetězci. Viz Merrifield, J. Am. Chem. Soc. 85: 2149-2146, 1963. Vybavení pro automatickou syntézu polypeptidů je komerčně dostupné od dodavatelů jako jsou Applied Biosystems, Inc. (Foster City, CA) a může být použito podle návodu výrobce.
Jak bylo uvedeno výše, imunogenni části chlamydiových antigenů mohou být připraveny a identifikovány za použití dobře známých technik, jako jsou techniky uvedené v Paul, Fundamental Immunology, 3. vydání, 243-247 (Raven Press, 1993) a odkazech zde citovaných. Mezi takové techniky patří vyšetřování polypeptidových částí přirozeného antigenu na imunogenni vlastnosti. V těchto vyšetřováních mohou být použity ELISA testy, které jsou zde popsány. Imunogenni část polypeptidu je část, která v takových
testech generuje signál, který je v podstatě stejný jakosignál generovaný kompletním antigenem. Jinými slovy, imunogenní část chlamydiového antigenu generuje alespoň přibližně 20% a výhodně alespoň 100% signál ve srovnání se signálem indukovaným kompletním antigenem v modelovém ELISA testu, jak je zde popsán.
Části a jiné varianty chlamydiových antigenů mohou být připraveny synteticky nebo rekombinantně. Varianty přirozeného antigenu mohou být připraveny za použití standardních technik mutagenese, jako je oligonukleotidy řízená místně cílená mutagenese. Pro přípravu zkrácených polypeptidů mohou být také za použití standardních technik odstraněny části polynukleotidové sekvence.
Rekombinantní polypeptidy obsahující části a/nebo varianty přirozeného antigenu mohou být snadno připraveny z polynukleotidové sekvence kódující polypeptid za použití mnoha technik známých odborníkům v oboru. Například, supernatanty z vhodných systémů hostitel/vektor, které secernují rekombinantní protein nebo polypeptid do kultivačního media, mohou být nejprve koncentrovány za použití komerčně dostupného filtru. Po koncentrování může být koncentrát aplikován na vhodnou přečišťovací matrici, jako je afinitní matrice nebo iontoměničová pryskyřice. Pro další přečištění rekombinantního polypeptidů může být nakonec použito jednoho nebo více stupňů HPLC s reverzní fází.
Jakýkoliv z mnoha expresních vektorů známých v oboru může být použit pro expresi rekombinantních polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Exprese může být provedena v jakýchkoliv vhodných hostitelských buňkách, které mohou být transformovány nebo transfektovány expresním vektorem obsahujícím polynukleotidovou molekulu kódující rekombinantní polypeptid. Vhodnými hostitelskými buňkami jsou prokaryotické buňky, kvasinky a vyšší eukaryotické
buňky. Výhodně jsou použitými hostitelskými buňkami E. coli, kvasinky nebo savčí buněčné linie jako je COS nebo CHO. DNA sekvence exprimované tímto způsobem mohou kódovat přirozené antigeny, části přirozených antigenů nebo jejich varianty.
Obecně, bez ohledu na způsob přípravy, jsou polypeptidy podle předkládaného vynálezu připraveny v izolované, v podstatě čisté formě. Výhodně mají polypeptidy alespoň 80% čistotu, lépe alespoň 90% čistotu a nejlépe alespoň 99% čistotu.
V některých specifických provedeních může být polypeptid fúzní protein, který obsahuje více polypeptidů, jak jsou zde popsány, nebo který obsahuje alespoň jeden zde popsaný polypeptid a nepříbuznou sekvenci, jako je známý chlamydiový protein. Fúzní partner může, například, napomáhat v poskytnutí epitopů pro T-pomocné lymfocyty (pak se jedná o imunologický fúzní partner), výhodně epitopy pro T-pomocné lymfocyty rozpoznávané člověkem, nebo může napomáhat při expresi proteinu (pak se jedná o zesilovač exprese) a vést k zisku většího výtěžku přirozeného rekombinantního proteinu. Některé výhodné fúzní partnery jsou jak imunologickými fúzními partnery, tak fúzními partnery zesilujícími expresi. Další fúzní partnery mohou být vybrány tak, aby zvyšovaly rozpustnost proteinu nebo aby umožňovaly cílený přesun proteinu do vybraných intracelulárních kompartmentů. Ještě dalšími fúzními partnery jsou afinitní koncovky, které usnadňují přečištění proteinu. DNA sekvence kódující fúzní protein podle předkládaného vynálezu mohou být připraveny za použití známých technik rekombinantní DNA pro sestavení samostatných DNA sekvencí kódujících, například, první a druhé polypeptidy, do vhodného expresního vektoru. 3' konec DNA sekvence kóduj ící první polypeptid je ligován, s nebo bez peptidové spojovací sekvence, na 5' konec DNA sekvence kódující druhý polypeptid tak, že čtecí rámce sekvencí jsou ve fázi, což umožňuje mRNA translaci dvou DNA
sekvencí do jediného fúzního proteinu, který si zachovává biologickou aktivitu obou polypeptidových složek.
Peptidová spojovací sekvence může být použita pro separování první a druhé polypeptidové složky takovou vzdáleností, že každý polypeptid se skládá do svých správných sekundárních a terciárních struktur. Taková peptidová spojovací sekvence je inkorporována do fúzního proteinu za použití standardních technik, které jsou dobře známé v oboru. Vhodné peptidové spojovací sekvence mohou být vybrány podle následujících vlastností: (1) jejich schopnosti přijímat flexibilní konformaci; (2) jejich neschopnosti přijímat takovou sekundární strukturu, která by mohla interagovat s funkčními epitopy na prvním a druhém polypeptidu; a (3) chybění hydrofobních nebo nabitých zbytků, které by mohly reagovat s funkčními epitopy polypeptidu. Výhodné peptidové spojovací sekvence obsahují Gly, Asn a Ser zbytky. Ve spojovacích sekvencích mohou být také použity další téměř neutrální aminokyseliny, jako je Thr a Ala. Mezi aminokyselinové sekvence, které mohou být použity jako spojovací sekvence, patří ty, které jsou popsány v Maratea et al., Gene, 40: 39-46, 1985; Murphy et al., Proč. Natl. Acad. Sci. USA, 83: 8258-8262; US patent č. 4935233 a US patent č. 4751180. Spojovací sekvence mohou mít délku od 1 do přibližně 50 aminokyselin. Alternativně k peptidovým spojovacím sekvencím (pokud je to žádoucí) je možno využít neesenciálních N-koncových aminokyselinových regionů (když jsou přítomny) na prvním a druhém polypeptidu pro separování funkčních domén a pro zabránění sterické interference.
Ligované DNA sekvence jsou operativně navázané na vhodné transkripční nebo translační regulační elementy. Regulační elementy odpovědné za expresi DNA jsou umístěny pouze 5’ k DNA sekvenci kódující první polypeptid. Podobně, stop kodony nutné pro ukončení translace a transkripční terminační signály jsou
přítomny pouze 3' k DNA sekvenci kódující druhý polypeptid.
Vynález také poskytuje fúzní proteiny, které obsahují polypeptid podle předkládaného vynálezu společně s nepříbuzným imunogenním proteinem. Výhodně může imunogenní protein vyvolat recall odpověď. Příklady takových proteinů zahrnují proteiny tetanu, tuberkulosy a hepatitidy (viz například Stoute et al., New England J. Med. 336: 86-91, 1997).
Ve výhodných provedeních je imunologický fúzní partner odvozen od proteinu D, povrchového proteinu gram-negativní bakterie Haemophilus influenzae B (WO 91/18926). Výhodně obsahuje derivát proteinu D přibližně první třetinu proteinu (například prvních 100-110 aminokyselin) a derivát proteinu D může být lipidovaný. V některých výhodných provedeních je prvních 109 zbytků lipoproteinu D obsaženo na N-konci a tyto zbytky dodávají další exogenní T-lymfocytární epitop a zesilují expresi v E. coli (a tak účinkují jako zesilovače exprese). Lipidová koncovka zajišťuje optimální prezentaci antigenu buňkám prezentujícím antigen. Dalšími fúzními partnery jsou nestrukturální protein chřipkového viru, NS 1 (hemaglutinin). Obvykle se použije N-koncových 81 aminokyselin, ačkoliv mohou být použity i jiné fragmenty obsahující epitopy pro T-helper lymfocyty.
V jiném provedení je imunologickým fúzním partnerem protein známý jako LYTA nebo jeho část (výhodně C-koncová část). LYTA je odvozen od Streptococcus pneumoniae, který syntetizuje N-acetyl-L-alanin amidasu známou jako amidasa LYTA (kódovanou LytA genem; Gene 43: 265-292, 1986). LYTA je autolysin, který specificky degraduje některé vazby v peptidoglykanovém skeletu. C-koncová doména LYTA proteinu je odpovědná za afinitu k cholinu nebo některým analogům cholinu, jako je DEAE. Tato vlastnost byla využita pro vývoj E. coli plasmidů exprimujících C-LYTA
využitelných pro expresi fúzních proteinů. Přečištění hybridních proteinů obsahujících C-LYTA fragment na amino konci bylo popsáno (viz Biotechnology 10: 795-798, 1992) . Ve výhodném provedení může fúzní protein obsahovat opakující se část LYTA. Opakující se část se v C-LYTA nachází v C-koncovém regionu od zbytku 178. Zejména výhodná opakující se část obsahuje zbytky 188-305.
V jiném provedení je polynukleotid Ral2 z Mycobacterium tuberculosis navázán na alespoň imunogenní část polynukleotidu podle předkládaného vynálezu. Prostředky obsahující Ral2 způsoby pro použití Ral2 pro zesílení exprese heterologních polynukleotidových sekvencí jsou popsány v US patentové přihlášce 60/158585, která je zde uvedena jako odkaz ve své úplnosti. Stručně, Ral2 označuje polynukleotidový region, který je subsekvencí nukleové kyseliny MTB32A Mycobacterium tuberculosis. MTB32A je serin proteasa molekulové hmotnosti 32 kD kódovaná genem ve virulentních a avirulentních kmenech M. tuberculosis. Nukleotidová sekvence MTB32A byly popsány (US patentová přihláška 60/158585; viz též Skeiky et al., Infection and Immun. (1999) 67: 3988-4007, zde uvedeno jako odkaz). V jednom provedení Ral2 polypeptid použitý při produkci fúzních polypeptidů obsahuje C-koncový fragment kódující sekvence MTB32A, který je účinný při zesílení exprese a/nebo imunogenicity heterologních chlamydiových antigenních polypeptidů, se kterými je fúzován. V jiném provedení odpovídá Ral2 polypeptid přibližně 14 kD C-koncovému fragmentu MTB3A obsahujícímu některé nebo všechny aminokyselinové zbytky MTB32A.
Rekombinantní nukleové kyseliny, které kódují fúzní polypeptid obsahující Ral2 polypeptid a daný heterologní chlamydiový polypeptid, mohou být snadno konstruovány běžnými technikami genového inženýrství. Rekombinantní nukleové kyseliny jsou konstruovány tak, že je sekvence Ral2 polynukleotidu umístěna 5' k
vybrané heterologní chlamydiové polynukleotidové sekvenci. Může být také vhodné umístit Ral2 polynukleotidovou sekvenci 3' na vybranou heterologní polynukleotidovou sekvenci nebo insertovat heterologní polynukleotidovou sekvenci do místa v Ral2 polynukleotidové sekvenci.
Dále, jakékoliv vhodné polynukleotidy, které kódují Ral2 nebo jeho část nebo variantu, mohou být použity pro konstrukci rekombinantních fúzních polynukleotidů obsahujících Ral2 a jeden nebo více zde popsaných chlamydiových polynukleotidů. Výhodné Ral2 polynukleotidy obvykle obsahují alespoň přibližně 15 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 30 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 60 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 100 sousedních nukleotidů, alespoň přibližně 200 sousedních nukleotidů, nebo alespoň přibližně 300 sousedních nukleotidů, které kódují část Ral2 polypeptidu.
Ral2 polynukleotidy mohou obsahovat přirozené sekvence (t.j. endogenní sekvence kódující Ral2 polypeptid nebo jeho část), nebo mohou obsahovat variantu takové sekvence. Varianty Ral2 polynukleotidů mohou obsahovat jednu nebo více substitucí, delecí, adicí a/nebo insercí, které jsou takové, že biologická aktivita kódovaného fúzního polypeptidu není významně snížena, ve srovnání s fúzním polypeptidem obsahujícím přirozený Ral2 polypeptid. Varianty výhodně vykazují alespoň přibližně 90% identitu s polynukleotidovou sekvencí, která kóduje přirozený Ral2 polypeptid nebo jeho část.
V jiném aspektu poskytuje předkládaný vynález způsoby pro použití jednoho nebo více z výše uvedených polypeptidů nebo fúzních proteinů (nebo polynukleotidů kódujících takové polypeptidy nebo fúzní proteiny) pro indukci protektivní imunity proti chlamydiové infekci u pacienta. Termín pacient, jak je zde
použit, označuje teplokrevného živočicha, výhodně člověka. Pacient může být postižený onemocněním, nebo nemusí mít detekovatelné onemocnění a/nebo infekci. Jinými slovy, protektivní imunita může být indukována pro prevenci nebo léčbu chlamydiové infekce.
V tomto aspektu je polypeptid, fúzní protein nebo polynukleotid obvykle přítomen ve farmaceutickém prostředku nebo vakcíně. Farmaceutické prostředky mohou obsahovat jeden nebo více polypeptidů, kde každý z nich může obsahovat jednu nebo více výše uvedených sekvencí (nebo jejich variant) a fyziologicky přijatelný nosič. Vakcíny mohou obsahovat jeden nebo více výše uvedených polypeptidů a imunostimulační činidlo, jako je adjuvans nebo liposom (do kterého je polypeptid inkorporován). Takové farmaceutické prostředky a vakcíny mohou také obsahovat další chlamydiové antigeny, buď zapracované do polypeptidu nebo přítomné jako samostatné polypeptidy.
Alternativně může vakcína obsahovat polynukleotid kódující jeden nebo více polypeptidů popsaných výše tak, že takový polypeptid je generován in situ. V takových vakcínách může být polynukleotid přítomen v jakémkoli z mnoha systému pro podání známých odborníkům v oboru, včetně systémů pro expresi nukleových kyselin, bakteriálních a virových expresních systémů. Vhodné systémy pro expresi nukleových kyselin obsahují polynukleotidové sekvence nutné pro expresi u pacienta (jako jsou vhodné promotory a terminační signály). Bakteriální systémy vyžadují podání bakterie (jako je Bacillus Calmette-Gueriinové), která exprimuje na svém povrchu imunogenní část polypeptidu. Ve výhodném provedení mohou být polynukleotidy vloženy pomocí virového expresního systému (například viru vakcinie nebo jiného pox viru, retroviru nebo adenoviru), což může vyžadovat použití nepatogenního (defektního) viru schopného replikace. Techniky pro inkorporaci polynukleotidů do takových expresních systémů jsou dobře známé odborníkům v oboru. Polynukleotidy mohou být také podány jako holé plasmidové vektory, jak je popsáno v, například, Ulmer et al.. Science 259: 1745-1749, 1993 a přehled těchto technik je uveden v Cohen, Science 259: 1691-1692, 1993. Techniky pro inkorporaci DNA do takových vektorů jsou dobře známé odborníkům v oboru. Retrovirový vektor může dále přenášet nebo obsahovat gen pro selektovatelný marker (za účelem identifikace nebo selekce transformovaných buněk) a/nebo zaměřovači skupinu, jako je gen kódující ligand pro receptor na specifických cílových buňkách, který udílý vektoru specificitu. Specificita vektoru může být také dosažena pomocí protilátky, za použití metod dobře známých odborníkům v oboru.
Dalšími prostředky pro terapeutické účely jsou koloidní disperzní systémy, jako jsou makromolekulové komplexy, nanokapsle, mikrosféry, korálky a systémy na bázi lipidů, včetně emulzí olej-ve-vodě, micel a směsných mi cel a liposomů. Výhodný koloidní systém pro použití jako přepravní vehikulum in vitro a in vivo jsou liposomy (t.j . artificiální membránové vesikuly). Vychytávání holé DNA může být zvýšeno potažením DNA na biodegradovatelné korálky, které jsou účinně transportovány do buněk.Příprava a použití takových systémů je dobře známá v oboru.
V souvisejícím aspektu může být polynukleotidová vakcína popsaná výše podána simultáně nebo sekvenčně s polypeptidem podle předkládaného vynálezu nebo se známým chlamydiovým antigenem. Například, po podání polynukleotidu kódujícího polypeptid podle předkládaného vynálezu může následovat podání antigenu za účelem zesílení protektivního účinku vakcíny.
Polypeptidy a polynukleotidy podle předkládaného vynálezu mohou být také použity v adoptivní imunoterapii pro léčbu chlamydiové infekce. Adoptivní imunoterápie může být obecně rozdělena na
aktivní a pasivní imunoterapii. V aktivní imunoterapii spočívá léčba v in vivo stimulaci endogenního imunitního systému hostitele pomocí podání činidla modifikujícího imunitní reakci (například vakcín, bakteriální adjuvans a/nebo cytokinů).
V pasivní imunoterapii léčba spočívá v podání biologických činidel majících danou imunoreaktivitu (jako jsou efektorové buňky nebo protilátky), která mohou přímo nebo nepřímo zprostředkovat anti-Chlamydiové účinky a nejsou závislá nutně na intaktním imunitním systému hostitele. Příklady efektorových buněk jsou T-lymfocyty (například CD8+ cytotoxické T-lymfocyty a CD4+ T-helper lymfocyty), zabíječi (jako jsou přirození zabíječi a zabíječi aktivovaní lymfokiny), B-lymfocyty a buňky prezentující antigen (jako jsou dendritické buňky a makrofágy) exprimující popsané antigeny. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být také použity pro generování protilátek nebo anti-idiotypových protilátek (jak je popsáno například v US patentu č. 4918164) pro pasivní imunoterapii.
Hlavní metodou pro produkci adekvátního počtu T-lymfocytů pro adoptivní imunoterapii je kultivace imunitních T-lymfocytů in vitro. Kultivační podmínky pro namnožení jediného T-lymfocytu specifického pro antigen na počet několika milionů za zachování rozpoznávání antigenu in vivo jsou dobře známé v oboru. Takové in vitro kultivační podmínky obvykle využívají intermitentní stimulace antigenem, často za přítomnosti cytokinů (jako je IL-2) a nedělících se podpůrných buněk. Jak bylo uvedeno výše, imunoreaktivní polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být použity pro rychlou expanzi kultur T-lymfocytů specifických pro antigen za účelem získání dostatečného počtu buněk pro imunoterapii. Konkrétně, buňky prezentující antigen, jako jsou dendritické buňky, makrofágy nebo B-lymfocyty, mohou být pulsovány imunoreaktivními polypeptidy nebo mohou být polynukleotidové
sekvence vloženy do buněk prezentujících antigen, za použití standardních technik známých v oboru. Například mohou být buňky prezentující antigen transfektovány polynukleotidem, který obsahuje promotor vhodný pro zvýšení exprese v rekombinantním viru nebo v jiném expresním systému. Několik virových vektorů může být použito pro transfekci buněk prezentujících antigen, včetně pox viru, viru vakcinie a adenoviru; buňky prezentující antigen mohou být také transfektovány polynukleotidovými sekvencemi podle předkládaného vynálezu za použití různých technik, včetně techniky genového děla, přenosu zprostředkovaného lipidy, elektroporace, osmotického šoku a přenosu pomocí částic, kde tyto techniky vedou k účinné expresi v přijatelné úrovni, jak je určena odborníky v oboru. Kultivované T-lymfocyty pro použití v terapii musí být schopny růstu a distribuce a musí dlouhodobě přežívat in vivo. Studie prokázaly, že růstu a dlouhodobého přežívání kultivovaných T-lymfocytů může být in vivo dosaženo opakovanou stimulací antigenem společně s IL-2 (viz například Cheever, M. et al., Therapy with Cultured T Cells: Principles Revisited, Immunological Reviews 157: 177, 1997).
Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být také použity pro generování a/nebo izolování T-lymfocytů reaktivních s chlamydiemi, které mohou být potom podány pacientovi. V jedné technice mohou být T-lymfocytární linie specifické pro antigen generovány in vivo imunizací krátkými peptidy odpovídajícími imunogenním částím popsaných polypeptidů. Vzniklé CD8+ nebo CD4+ T-lymfocytární klony specifické pro antigen mohou být potom izolovány od pacienta, namnoženy za použití standardních technik tkáňové kultivace a navráceny pacientovi.
Alternativně mohou být peptidy odpovídající imunogenním částím polypeptidů použity pro přípravu T-lymfocytů reaktivních s Chlamydiemi pomocí selektivní stimulace in vitro a expanze
autologních T-lymfocytů za zisku T-lymfocytů specifických pro antigen, které mohou být potom podány pacientovi, jak je popsáno, například, v Chang et al., (Crit. Rev. Oncol. Hematol. 22(3): 213 (1996)). Buňky imunitního systému, jako jsou T-lymfocyty, mohou být izolovány z periferní krve pacienta za použití komerčně dostupných systémů pro izolaci buněk, jako je Isolex™ Systém od Nexell Therapeutic, Inc., Irvine, CA. Separované buňky mohou být stimulovány jedním nebo více polypeptidem obsaženým v transportním vehikulu, jako je mikrosféra, za zisku T-lymfocytů specifických pro antigen. Populace T-lymfocytů specifických pro antigen se potom expanduje za použití standardních technik a buňky se podají zpět pacientovi.
V jiném provedení mohou být T-lymfocyty a/nebo protilátkové receptory specifické pro antigen klonovány, expandovány a přeneseny do jiných vektorů nebo efektorových buněk pro použití v adoptivní imunoterapii. Konkrétně, T-lymfocyty mohou být transfektovány vhodnými geny tak, aby exprimovaly variabilní domény monoklonálních protilátek specifických pro Chlamydie jako extracelulární rozpoznávací prvky, které mohou být navázány na signální řetězce receptoru T-lymfocytů, což vede k aktivaci T-lymfocytů, specifické lýze a uvolnění cytokinů. Toto umožňuje přesměrování specificity T-lymfocytů nezávisle na MHC. Viz například Eshhar, Z., Cancer Immunol. Immunother. 45(3-4): 131-6; a Hwu, P. et al., Cancer Res. 55(15): 3369-73, 1995. Jiné provedení využívá transfekci alfa a beta řetězců receptoru T-lymfocytů specifických pro antigen do jiných T-lymfocytů, jak je popsáno v Cole, D.J., et al., Cancer Res. 55(4): 748-52, 1995.
V dalším provedení mohou být syngenní nebo autologní dendritické buňky pulsovány peptidy odpovídajícími alespoň imunogenní části polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Výsledné dendritické buňky specifické pro antigen mohou být buď přeneseny do pacienta, nebo mohou být použity pro stimulaci T-lymfocytů za účelem přípravy T-lymfocytů specifických pro antigen, které mohou být potom podány pacientovi. Použití peptidem pulsovaných dendritických buněk pro přípravu T-lymfocytů specifických pro antigen a následné použití takových T-lymfocytů specifických pro antigen pro eradikaci onemocnění v myším modelu bylo popsáno v Cheever et al., Immunological Reviews, 157: 177, 1997. Dále, vektory exprimující popsané polynukleotidy mohou být vloženy do kmenových buněk odebraných od pacienta, které mohu být klonálně propagovány in vitro pro autologní transplantaci zpět stejnému pacientovi.
V některých aspektech mohou být polypeptidy, polynukleotidy, vazebná činidla a/nebo T-lymfocyty, jak jsou zde popsány, inkorporovány do farmaceutických prostředků nebo imunogenních prostředků (t.j. vakcín). Aletrnativně může farmaceutický prostředek obsahovat buňky prezentující antigen (například dendritické buňky) transfektovaná chlamydiovým polynukleotidem tak, že na svém povrchu exprimují chlamydiový polypeptid. Farmaceutické prostředky obsahují jednu nebo více takových sloučenin a fyziologicky přijatelný nosič. Vakcíny mohou obsahovat jednu nebo více takových sloučenin a imunostimulační činidlo. Imunostilačním činidlem může být jakákoliv substance, která zesiluje nebo potencuje imunitní reakci na exogenní antigen. Příklady imunostimulačních činidel zahrnují adjuvans, biodegradovatelné mikrosféry (například polylaktidgalaktid) a liposomy (do kterých je zapracována sloučenina; viz například Fullerton, US patent č. 4235877) . Příprava vakcín je obecně popsána například ve M.F. Powell and M.J. Newman, ed., Vaccine Design (the subunit and adjuvant approach), Plenum Press (NY, 1995) . Farmaceutické prostředky a vakcíny podle předkládaného vynálezu mohou také obsahovat další sloučeniny, které mohou být biologicky aktivní nebo inaktivní. Například mohou prostředky nebo vakciny obsahovat jednu nebo více imunogenních částí jiných chlamydiových antigenů, buď ve formě fúzního polypeptidu, nebo jako samostatnou sloučeninu.
Farmaceutický prostředek nebo vakcína může obsahovat DNA kódující jeden nebo více polypeptid popsaných výše tak, že takový polypeptid je generován in situ. Jak bylo uvedeno výše, může být DNA přítomna v jakémkoli z mnoha systému pro podání známých odborníkům v oboru, včetně systémů pro expresi nukleových kyselin, bakteriálních a virových expresních systémů. V oboru je známo mnoho technik pro přenos genů a tyto techniky jsou popsány například v Rolland, Crit. Rev. Therap. Drug Carrier Systems 15: 143-198, 1998 a v odkazech zde citovaných. Vhodné systémy pro expresi nukleových kyselin obsahují DNA sekvence nutné pro expresi u pacienta (jako jsou vhodné promotory a terminační signály). Bakteriální systémy vyžadují podání bakterie (jako je Bacillus Calmette-Gueriinové), která exprimuje na svém povrchu imunogenní část polypeptidu nebo secernuje takový epitop.
Ve výhodném provedení může být DNA vložena pomocí virového expresního systému (například viru vakcinie nebo jiného pox viru, retroviru nebo adenoviru), což může vyžadovat použití nepatogenního (defektního) viru schopného replikace.
Například, mnoho virových expresních vektorů je odvozeno od virů čeledi retroviridae. Tato čeleď zahrnuje viry myší leukemie, viry myších nádorů mléčné žlázy, lidský foamy virus, virus Rousova sarkomu a viry imunodeficience, včetně lidské, opičí a kočičí. Popis toho, kdy použít retrovirové expresní vektory, je uveden v Comstock et al., 1997.
Vynikající virové expresní vektory na bázi viru myší leukemie (MLV) vyvinuli Kim et al. (1998). Při tvorbě MLV vektorů Kim et al. zjistili, že celá gag sekvence, spolu s bezprostředně předcházejícím regionem, může být deletována bez významného ovlivnění sbalování viru nebo genové exprese. Dále zjistili, že téměř celý U3 region může být nahrazen okamžitým-časným promotorem lidského cytomegaliviru bez škodlivých účinků. Dále mohou být přidány bez škodlivých účinů MCR a vnitřní ribosomální vstupní místa (IRES). Podle těchto výsledků navrhli Kim et al. sérii expresních vektorů na bázi MLV majících jednu nebo více vlastností popsaných výše.
Při studiu lidského foamy viru (HFV) byly objeveny charakteristiky HFV, které jsou výhodné pro jeho použití jako expresního vektoru. Mezi tyto charakteristiky patří exprese pol pomocí sestřihu a startu translace v definovaném iniciačním kodonu. Další aspekty HFV virových expresních vektorů jsou uvedeny v Bodem et al., 1997.
Murakami et al. (1997) popsali ptačí retrovirové vektory schopné replikace na bázi viru Rousova sarkomu (RSV) IR1 a IR2 určené pro expresi genů ve vysoké úrovni. V těchto vektorech je IRES z viru enčephalomyokarditidy (EMCV) insert ováno mezi env gen a heterologní gen. IR1 vektor si zachovává sestřižené akceptorové místo, které je přítomné za env genem, zatímco IR2 vektor jej nemá. Murakami et al. prokázali vysokou úroveň exprese několika různých heterologních genů za použití těchto vektorů.
Nedávno byly vyvinuty retrovirové expresní vektory na bázi lentiviru. Kafri et al. (1997) prokázaly dlouhodobou expresi genů dopravených přímo do jater a svalu pomocí expresního vektoru na bázi viru lidské imunodeficience (HIV). Jednou z výhod tohoto systému je vlastní schopnost HIV transdukovat nedělící se buňky. Protože jsou viry podle Kafriho et al. pseudotypovány glykoproteinem G viru vesikulární stomatitidy (VSVG), mohou transdukovat různé tkáně a typy buněk.
Byl vyvinut velký počet expresních vektorů na bázi adenoviru, hlavně z důvodu výhod těchto vektorů v aplikacích genové terapie. Adenovirové expresní vektory a způsoby použití takových vektorů jsou předmětem mnoha US patentů, včetně US patentu č. 5698202, US patentu č. 5616326, US patentu č. 5585362 a US patentu č. 5518913, které jsou zde uvedeny jako odkazy.
Další adenovirové konstrukty jsou popsány v Khatri et al. (1997) a Tomamin et al. (1997). Khatri et al. popisují nové ovčí adenovirové expresní vektory a jejich schopnost infikovat hovězí buĚky nosní sliznice a buňky králičí ledviny, stejně jako různé typy lidských buněk, včetně plicních a kožních fibroblastů, jaterních, prostatických, prsních, střevních a retinálních linií. Tomanin et al. popisují adenovirové expresní vektory obsahující gen pro T7 RNA polymerasu. Po vložení do buněk obsahujících heterologní gen operativně navázaný na T7 promotor byly vektory schopné řízení exprese genu z T7 promotoru. Autoři naznačují, že tento systém může být užitečný pro klonování a expresi genů kódujících cytotoxické proteiny.
Poxviry jsou používány pro expresi heterologních genů v savčích buňkách. Během let byly vektory vylepšeny tak, aby umožňovaly vysokou úroveň exprese heterologního genu a aby byly zjednodušena integrace více heterologních genů do jediné molekuly. Ve snaze o snížení cytopatických účinků a zlepšení bezpečnosti se hlavní pozornost věnuje mutantnímu viru vakcinie a dalším poxvirům, které způsobují abortivní infekci savčích buněk (Oertli et al., 1997). Použití poxvirů jako expresních vektorů je uvedeno v Carroll and Moss (1997).
Togavirové expresní vektory, mezi které patří alfavirové expresní vektory, se používají pro studium struktury a funkce proteinů a pro produkci proteinů. Atraktivní vlastností togavirových expresních vektorů je rychlá a účinná genová exprese, široká škála hostitelů a RNA genom (Huang, 1996). Dále bylo prokázáno, že rekombinantní vakciny na bázi alfavirových expresních vektorů indukuj í silnou humorální a buněčnou imunitní reakci s dobrou imunologickou pamětí a protektivními účinky (Tubulekas et al., 1997). Alfavirové expresní vektory a jejich použití je popsáno, například, v Lundstrom (1997).
V jedné studii použili Li a Garoff (1996) Semliki Forest virové (SFV) expresní vektory pro expresi retrovirových genů a produkci retrovirových částic c BHK-21 buňkách. Částice produkované tímto způsobem měly proteasovou a reverzní transkriptasovou aktivitu a byly infekční. Dále, v v zásobě viru nebyly detekovány žádné pomocné viry. Proto má tento systém vlastnosti, které jsou atraktivní pro použití v protokolech genové terapie.
Bakulovirové expresní vektory byly tradičně používány pro expresi heterologních proteinů v hmyzích buňkách. Příklady proteinů jsou savčí chcmokinové receptory (Wang et al., 1997), reportérové proteiny, jako je zelený fluorescentní protein (Wu et aí.,1997) a FLAG fúzní proteiny (Wu et al., 1997; Koh et al., 1997). Nové pokroky v technologii bakulovirových expresních vektorů, včetně jejich použití ve virionových zobrazovacích vektorech a exprese v savčích buňkách, jsou popsané v Possee (1997). Další přehled týkající se bakulovirových expresních vektorů je popsán v Jones a Morikawa (1996) a O'Reilly (1997).
Další vhodné systémy jsou popsány, například, ve Fisher-Hoch et al., PNAS 86: 317-321, 1989; Flexner et al., Ann. N.Y. Acad. Sci. 569: 86-103, 1989; Flexner et al., Vaccine 8: 17-21, 1990; US patentech č. 4603112, 4769330 a 5017487; WO 89/01973; US patentu
Č. 4777127; GB 2200651; EP 0345242; WO 91/02805; Berkner, Biotechniques 6: 616-627, 1988; Rosenfeld et al., Science 252: 431-434, 1991; Kolls et al., PNAS 91: 215-219, 1994; Kass-Eisler et al., PNAS 90: 11498-11502, 1993; Guzman et al., Circulation 88: 2838-2848, 1993; a Guzman et al., Cir. Res. 73: 1202-1207, 1993. Techniky pro inkorporaci DNA do takových expresních systémů jsou dobře známé odborníkům v oboru. DNA může být také holá, jak je popsáno v, například, Ulmer et al., Science 259: 1745-1749, 1993 a přehled těchto technik je uveden v Cohen, Science 259: 1691-1692, 1993. Vychytávání holé DNA může být zvýšeno potažením DNA na biodegradovatelné korálky, které jsou účinně transportovány do buněk.
Je jasné, že vakcína může obsahovat polynukleotidovou a/nebo polypeptidovou složku, podle potřeby. Je také jasné, že vakcína může obsahovat farmaceuticky přijatelné soli polynukleotidů a/nebo polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Takové soli mohou být připraveny z farmaceuticky přijatelných netoxických baží, včetně organických baží (například solí primárních, sekundárních a terciárních aminů a bazických aminokyselin) a anorganických baží (například sodných, draselných, lithných, ammoných, vápenatých a horečnatých solí). Jakýkoliv nosič známý odborníkům v oboru může být použit ve farmaceutických prostředcích podle předkládaného vynálezu a typ nosiče závisí na způsobu podání. Prostředky podle předkládaného vynálezu mohou být připraveny pro jakýkoliv způsob podání, včetně například lokálního, orálního, nasálního, intrákraniálního, intraperitoneálního, podkožního nebo intramuskulámího. Pro parenterální podání, jako je podání podkožní injekcí, je nosičem obvykle voda, salinický roztok, alkohol, tuk, vosk nebo pufr. Pro orální podání může být použit jakýkoliv z výše uvedených nosičů a nebo pevný nosič, jako je manitol, laktosa, škrob, stearan horečnatý, sacharin sodný, talek, celulosa, glukosa, sacharosa a uhličitan horečnatý.
Biodegradovatelné mikrosféry (například polylaktatpolyglykolat) mohou být také použity jako nosiče pro farmaceutické prostředky podle předkládaného vynálezu. Vhodné biodegradovatelné mikrosféry jsou popsány, například, v US patentech č. 4897268 a 5075109.
Takové prostředky mohou také obsahovat pufry (například neutrální pufrovaný salinický roztok nebo fosfátem pufrovaný salinický roztok), uhlovodany (napříkad glukosu, mannosu, sacharosu nebo dextrany), manitol, proteiny, polypeptidy nebo aminokyseliny jako je glycin, antioxidační činidla, chelatační činidla jako je EDTA neo glutathion, adujuvans (například hydroxid hlinitý) a/nebo konzervační činidla. Alternativně může být prostředek podle předkládaného vynálezu připraven jako lyofilizovaný prostředek. Sloučeniny mohou být také obaleny v liposomech, za použití dobře známé technologie.
Ve vakcínách podle předkládaného vynálezu mohou být použity jakékoliv z mnoha imunostimulačních činidel. Například může být použito adjuvans. Většina adjuvans obsahuje substance navržené pro chránění antigenu před rychlou degradací, jako je hydroxid hlinitný nebo anorganický oíej, a činidlo stimulující imunitní odpověď, jako je lipid A nebo proteiny odvozené od Bordetella pertussis nebo Mycobacterium tuberculosis. Vhodná adjuvans jsou komerčně dostupná, jako například Freundovo nekompletní a kompletní adjuvans (Difco Laboratories, Detroit, MI), Merck adjuvans 65 (Merck and Company, Inc., Rahway, NJ), soli hliníku, jako je hydroxid hlinitý ve formě gelu (kamenec) nebo fosforečnan hlinitý; soli vápníku, železa a nebo zinku; nerozpustná suspenze acylovaného tyrosinu; acylované sacharidy; kationtově nebo aniontové derivátizované polysacharidy; biodegradovatelné mikrosféry; monofosforyl lipid A a quil A. Jako adjuvans mohou být také použity cytokiny, jako je interleukin-2, -7 nebo -12 nebo GM-CSF.
Ve vakcínách podle předkládaného vynálezu může být - za určitých okolností - složení adjuvans takové, aby indukovalo imunitní odpověď především Thl typu nebo Th2 typu. Vysoké koncentrace cytokinů Thl typu (například IFN-gamma, TNF-alfa, IL-2 a IL-12) indukují převážně buněčnou imunitní reakci na podaný antigen. Naopak, vysoké koncetrace cytokinů Th2-typu (například IL-4, IL-5, IL-6 a IL-10) upřednostňují indukci humorální imunitní reakce. Po aplikaci vakcíny podle předkládaného vynálezu dojde u pacienta k imunitní reakci, která zahrnuje reakci Thl- a Th-2 typu. Ve výhodném provedení je reakce převážně Thl-typu a koncentrace cytokinů Thl-typu se zvyšuje více než koncentrace •cytokinů Th2-typu. Koncentrace těchto cytokinů mohou být hodnoceny za použití standardních testů. Pro přehled skupin cytokinů viz Mosmann and Cofman, Ann. Rev. Immunol. 7: 145-173, 1989.
Výhodnými adjuvans pro vyvolání odpovědi převážně Thl-typu jsou, například, kombinace monofosforyllipidu A, výhodně 3-de-0-acetyl-monofosforyl-lipidu A (3D-MPL) a soli hliníku. MPL adjuvans jsou dostupná od Corixa Corporation (Seattle, WA; viz US patenty č. 4436727; 4877611; 4866034; a 4912094). Oligonukleotidy obsahující CpG (ve kterých je CpG dinukleotid nemethylováný) také indukují přednostně Thl odpověď. Takové oligonukleotidy jsou dobře známé a jsou popsány, například, ve WO 96/02555 a WO 99/33488. Imunostimulační DNA sekvence jsou také popsány například v Sáto et al., Science 273: 352, 1996) . Jiným výhodným adjuvans je saponin, výhodně QS21 (Aquila Biopharmaceuticals Inc., Framingham, MA), který může být použit samostatně nebo v kombinaci s jinými adjuvans. Účinným systémem je například kombinace monofosforyl-lipidu A a saponinového derivátu, jako je kombinace QS21 a 3D-MPL, jak je popsána ve WO 94/00153, nebo méně reaktogenní prostředek, ve kterém je QS21 oslaben cholesterolem, jak je popsána ve WO 96/33739. Dalšími výhodnými prostředky .* i i
if
obsahují emulze olej-ve-vodě a tokoferol. Zejména účinný adjuvantní prostředek obsahuje QS21, 3D-MPL a tokoferol v emulzi olej-ve-vodě, jak je popsáno ve WO 95/17210.
Dalšími výhodnými adjuvans jsou Montanide ISA 720 (Seppic, France), SAF (Chiron, California, US), ISCOMS (CSL) , MF-59 (Chiron), SBAS série adjuvans (například SBAS-2 nebo SBAS-4 od SmithKline Beecham, Rixensart, Belgium), Detox (Corixa Corporation; Seattle, WA) , RC-529 (Corixa Corporation; Seattle, WA) a jiné aminoalkyl-glukosaminid-4-fosfáty (AGP), jako jsoou ty, které jsou popsány v projednávané US patentové přihlášce pořadové č. 08/853826 a 09/074720, které jsou zde uvedeny jako odkazy.
Jakákoliv zde popsaná vakcína může být připravena za použití dobře známých technik, které vedou ke smísení antigenu, zesilovače imunitní odpovědi a vhodného nosiče nebo přísady. Prostředky podle předkládaného vynálezu mohou být podány jako součást prostředku s prodlouženým uvolňováním (t.j. prostředku jako je kapsle nebo porézní materiál, který po aplikaci pomalu uvolňuje sloučeninu). Takové prostředky mohou být připraveny dobře známými technikami (viz Coombes et al., Vaccine 14: 1429-1438, 1996) a jsou podány orálně, rektálně nebo podkožní implantací, nebo implantací do daného cílového místa. Prostředky s prodlouženým uvolňováním mohou obsahovat polypeptid, polynukleotid nebo protilátku obsaženou v matrici a/nebo obsaženou v zásobníku ohraničeném membránou kontrolující rychlost uvolňování.
Nosiče pro použití v takových prostředcích jsou biokompatibilní a mohou být také biodegradovatelné; výhodně poskytuje prostředek relativně konstantní rychlost uvolňování aktivní složky. Mezi takové nosiče patří mikročástice póly(laktid-ko-glykolidu), stejně jako polyakrylát, latex, škrob, celulosa a dextran. Mezi další nosiče s oddáleným uvolňováním patří supramolekulové biovektory,
které obsahují nekapalné hydrofilní jádro (například zesítěný polysacharid nebo oligosacharid), a případně zevní vrstvu obsahující amfifilní sloučeninu, jako je fosfolipid (viz například Us patent č. 5151254 a PCT přihlášky WO 94/20078, WO 94/23701 a WO 96/06638). Množství aktivní sloučeniny obsažené v prostředku s prodlouženým uvolňováním závisí na místě implantace, rychlosti a předpokládaném trvání uvolňování a na typu léčeného onemocnění.
Jakékoliv z mnoha známých přepravních vehikul může být použito ve farmaceutických prostředcích a vakcínách pro usnadnění produkce imunitní reakce specifické pro antigen, která je namířena proti buňkám infikovaným Chlamydiemi. Mezi přepravní vehikula patří buňky prezentující antigen (APC), jako jsou dendritické buňky, makrofágy, B-lymfocyty a jiné buňky, které mohou být upraveny tak, aby bylý účinnými APC. Takové buňky mohou být, ale nemusí, geneticky modifikovány za účelem zvýšení kapacity pro prezentaci antigenu, pro zlepšení aktivace a/nebo udržování aktivity T-lymfocytů, pro to, aby měly sami o sobě anti-Chlamydiový účinek a/nebo pro to, aby byly imunologicky kompatibilní s příjemcem (například aby měly odpovídající HLA haplotyp). APC mohou být izolovány z různých biologických kapalin a orgánů a mohou být autologní, allogenní, syngenní nebo xenogenní.
Některá výhodná provedení předkládaného vynálezu využívají dendritických buněk nebo jejich progenitorů jako buněk prezentujících antigen. Dendritické buňky jsou výkonými APC (Bamcherau and Steinman, Nature 392: 245-251) a bylo prokázáno, že jsou účinné jako fyziologické adjuvans pro vyvolání profylaktické nebo terapeutické protinádorové imunity (viz Timmerman and Levy, Ann. Rev. Med. 50: 507-529, 1999). Obecně, dendritické buňky mohou být identifikovány podle svého typického tvaru (hvězdicovitý in situ, s vyznačenými cytoplasmatickými výběžky (dendrity) viditelnými in vitro) a podle jejich schopnosti vychytávat,
zpracovávat a prezentovat antigeny s vysokou účinností a podle jejich schopnosti aktivovat naivní T-lymfocyty. Dendritické buňky mohou být samozřejmě zpracovány tak, aby exprimovaly na svém povrchu specifické receptory nebo ligandy, které se nevyskytují běžně na dendritických buňkách in vivo nebo ex vivo, a takové modifikované dendritické buňky spadají do rozsahu předkládaného vynálezu. Alternativně k dendritickým buňkám mohou být ve vakcínách použity secernované vesikuly dendritických buněk naplněné antigenem (nazývané exosomy) (viz Zitvogel et al., Nature Med. 4: 594-600, 1998).
Dendritické buňky a jejich progenitory mohou být získány z periferní krve, kostní dřeně, lymfatických uzlin, sleziny, kůže, pupečníkové krve nebo z jakékoliv vhodné tkáně nebo tekutiny. Dendritické buňky mohou být například diferencovány ex vivo přidáním kombinace cytokinů, jako je GM-CSF, IL4, IL-13 a/nebo TNFalfa, do kultury monocytů získaných z periferní krve. Alternativně mohou být CD34 pozitivní buňky získáné z periferní krve, pupečníkové krve nebo kostní dřeně diferencovány na dedndritické buňky přidáním kombinace GM-CSF, IL3, TNFalfa, CD40 ligandu, LPS, flt3 ligandu a/nebo jiných sloučenin, které indukují zrání a proliferaci dendritických buněk, do kultivačního media.
Dendritické buňky jsou obecně děleny na nezralé a zralé buňky, což odlišuje dva dobře charakterizované fenotypy. Nicméně, toto rozdělení by nemělo vylučovat všechny možné mezistupně diferenciace. Nezralé dendritické buňky jsou charakterizovány jako APC s vysokou kapacitou pro vychytávání antigenů a jeho zpracování, což koreluje s vysokou expresí Fc-gamma receptorů a mannosového receptorů. Zralý fenotyp je charakterizován nižší expresí těchto markérů, ale vysokou expresí povrchových molekul odpovědných za aktivaci T-lymfocytů, jako jsou MHC třídy I a II, adhesní molekuly (například CD54 a CDU) a ko-stimulační molekuly (například CD40, CD80, CD86 a 4-IBB).
APC mohou být transfektovány polynukleotidem kódujícím chlamydiovový protein (nebo jeho část nebo variantu) tak, že chlamydiový polypeptid, nebo jeho imunogenní část, je exprimován na povrchu buněk. Taková transfekce může proběhnout ex vivo a prostředky nebo vakcíny obsahující takové transfektováné buňky mohou být potom použity pro terapeutické účely, jak je zde popsáno. Alternativně může být vehikulum pro přenos genu, které je zaměřeno na dendritické buňky nebo na jiné buňky prezentujícía antigen, podáno pacientovi, což vede k transfekci, která probíhá in vivo. In vivo a ex vivo transfekce dendritických buněk může být provedena, například, za použití jakýchkoliv metod známých v oboru, jako jsou metody popsané ve WO 97/24447, nebo technika genového děla popsaná v Mahvi et al., Immunology and Cell Biology, 75: 456-460, 1997. Naplnění dendritických buněk antigenem může být dosaženo inkubací dendritických buněk nebo progenitořových buněk s chlamydiovým polypeptidem, DNA (holou nebo v plasmidovém vektoru) nebo RNA; nebo s rekombinantní bakterií nebo virem (například virem vakcinie, drůbežích neštovic, adenovirem nebo lentivirem) exprimujícím antigen. Před naplněním může být polypeptid kovalentně konjugován na imunologický partner, který napomáhá T-lymfocytům (například nosič). Alternativně mohou být dendritické buňky pulsovány nekonjugovaným imunologickým partnerem, samostatně nebo za přítomnosti polypeptidu.
Způsoby a frekvence podání farmaceutických prostředků a vakcín, stejně jako dávkování, se velmi liší mezi jedinci. Obecně, farmaceutické prostředky a vakcíny mohou být podány injekčně (například podkožně, intrakutáně, intramuskulárně nebo intravenosně), intranasálně (například aspirací) nebo orálně. 1-3 dávky se mohou podat během 1-36 týdnů. Výhodně se podají 3 dávky, v intervalu 3-4 měsíců, a potom mohou být periodicky aplikovány dosycovací vakcinace. Jiné protokoly mohou být vhodné pro jednotlivé pacienty. Vhodná dávka je množství polypeptidu nebo DNA, které při podání výše uvedenými způsoby vyvolá imunitní reakci u imunizovaného pacienta, která je dostatečná pro ochranu pacienta před Chlamydiovou infekcí po dobu alespoň 1-2 let. Obecně, množství polypeptidu v dávce (nebo produkované in situ DNA v dávce) je v rozmezí od přibližně 1 pg do přibližně 100 mg na kg tělesného hmotnosti pacienta, obvykle od přibližně 10 pg do přibližně 1 mg a výhodně od přibližně 100 pg do přibližně l.ug. Vhodné dávky se liší podle velikosti pacienta, ale obvykle jsou v rozmezí od přibližně 0,1 ml do přibližně 5 ml.
Jakýkoliv nosič známý odborníkům v oboru může být použit ve farmaceutických prostředcích podle předkládaného vynálezu a typ nosiče závisí na způsobu podání. Pro parenterální podání, jako je podání podkožní injekcí, je nosičem obvykle voda, salinický roztok, alkohol, tuk, vosk nebo pufr. Pro orální podání může být použit jakýkoliv z výše uvedených nosičů a nebo pevný nosič, jako je manitol, laktosa, škrob, stearan hořečnatý, sacharin sodný, talek, celulosa, glukosa, sacharosa a uhličitan hořečnatý. Biodegradovatelné mikrosféry (například polylaktatpolyglykolat) mohou být také použity jako nosiče pro farmaceutické prostředky podle předkládaného vynálezu. Vhodné biodegradovatelné mikrosféry jsou popsány, například, v US patentech č. 4897268 a 5075109.
Obecně, vhodný dávkovači a léčebný režim dodává aktivní sloučeninu v množství dostatečném pro dosažení terapeutického a/nebo profylaktického přínosu. Taková odpověď může být monitorována podle zlepšení klinického stavu u léčených pacientů ve srovnání s neléčenými pacienty. Zvýšení preexistující imunitní reakce na chlamydiový protein obvykle koreluje se zlepšeným klinickým stavem. Takové imunitní reakce mohou být hodnoceny pomocí standardních testů na proliferaci, cytotoxicitu nebo produkci cytokinů, které mohou být provedeny na vzorcích získaných
od pacienta před a po léčbě.
V jiném aspektu -vynález poskytuje způsoby pro použití polypeptidů popsaných výše pro diagnostiku chlamydiové infekce. V tomto aspektu vynález poskytuje způsoby pro detekci chlamydiové infekce v biologickém vzorku, za použití jednoho nebo více z výše uvedených polypeptidů, samostatně nebo v kombinaci. Termín polypeptid je použit při popisu specifických provedení diagnostických metod podle předkládaného vynálezu. Nicméně, odborníkům v oboru bude jasné, že v takových způsobech mohou být také použity fúzní proteiny podle předkládaného vynálezu.
Termín biologický vzorek, jak je zde použit, je jakýkoliv vzorek obsahující protilátky získaný od pacienta. Výhodně je vzorkem plná krev, sputum, sérum, plasma, sliny, mozkomíšní mok nebo moč. Lépe je vzorkem krev, sérum nebo plasma získaná od pacienta. Polypeptidy jsou použity v testech popsaných dále pro určení přítomnosti nebo nepřítomnosti protilátek k polypeptidů ve vzorku, ve srovnání s předem určenou hraniční hodnotou. Přítomnost takových protilátek ukazuje na předchozí senzibilizaci chlamydiovými antigeny, což může ukazovat na chlamydiovóu infekci.
V provedeních, ve kterých je použito více než jednoho polypeptidů, jsou použité polypeptidy komplementární (t.j. jeden polypeptid detekuje infekci ve vzorku, kterou nedetekuje druhý polypeptid). Komplementární polypeptidy mohou být identifikovány za použití každého polypeptidů samostatně pro hodnocení vzorků séra získaných od pacientů, o kterých je známo, že mají Chlamydiovou infekci. Po určení toho, který vzorek je pozitivní za použití jednotlivých polypeptidů mohou být vybrány kombinace dvou nebo více polypeptidů, které mohou detekovat infekci ve většině, nebo všech, testovaných vzorcích.
Odborníci v oboru znají mnoho testovacích formátů, které mohou být použity pro pro detekci protilátek ve vzorku pomocí jednoho nebo více polypeptidů. Viz například Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Ve výhodném provedení test obsahuje použití polypeptidu imobilizovaného na pevném nosiči pro vazbu a odstranění protilátky ze vzorku. Navázaná protilátka může být potom detekována pomocí detekčního činidla, které obsahuje reportérovou skupinu. Vhodným detekčním činidlem jsou protilátky, které se váží na komplex polypeptid/protilátka a volné polypeptidy značené reportérovou skupinou (např. v semi-kompetitivním testu) . Alternativně může být použit kompetitivní test, ve kterém je protilátka, která se váže na polypeptid, značena reportérovou skupinou a váže se na imobilizovaný antigen po inkubaci antigenu se vzorkem. Rozsah, ve kterém složky vzorku inhibují vazbu značené protilátky na polypeptid, ukazuje na reaktivitu vzorku s imobilizovaným polypeptidem.
Pevným nosičem může být jakýkoliv materiál známý odborníkům v oboru, na který může být navázán antigen. Například může být pevným nosičem testovací jamka v mikrotitrační plotně nebo nitrocelulosová nebo jiná vhodná membrána. Alternativně může být nosičem korálek nebo disk, jako je skleněný, latexový plastový materiál, jako je polystyren nebo polyvinylchlorid, nebo materiál ze skelného vlákna. Nosičem může být také magnetická částice nebo sensor optického vlákna, jak je popsáno, například, v US patentu č. 5359681.
Polypeptidy mohou být navázány na pevném nosiči za použití různých technik známých odborníkům v oboru. V předkládaném vynálezu označuje termín navázání jak nekovalentní asociaci, jako je adsorpce, tak kovalentní navázání (které může být přímou vazbou mezi antigenem a funkčními skupinami na nosiči, tak vazbou prostřednictvím zesilovacího činidla). Výhodné je navázání adsorpcí na jamku mikrotitrační plotny nebo na membránu. V takových případech může být adsorpce dosažena kontaktováním polypeptidů, ve vhodném pufru, s pevným nosičem po dostatečně dlouhou dobu. Doba kontaktu se liší podle teploty, ale obvykle je v rozmězí mezi přibližně 1 hodinou a přibližně 1 dnem. Obecně, kontaktování jamky plastové mikrotitrační plotny (například polystyrénové nebo polyvinylchloridové) s množstvím polypeptidů v rozmezí od přibližně 10 ng do přibližně 1 ug, a lépe přibližně 100 ng, je dostatečné pro navázání adekvátního množství antigenu.
Kovalentní navázání polypeptidů na pevný nosič může být provedeno nejprve reakcí nosiče s bifunkčním činidlem, které reaguje jak s nosičem, tak s funkčními skupinami, jako je hydroxylová a amino skupina, na polypeptidů. Například může být polypeptid kovalentně navázán na nosiče mající vhodný polymerový potah za použití benzochinonu nebo kondenzací aldehydové skupiny na nosiči s aminem a aktivním vodíkem na polypeptidů (viz například Pierce Immunotechnology Catalog and Handbook, 1991, A12-A13).
V některých provedeních je testem imunosorbentní test využívající navázaného enzymu (ELISA). Tento test může být proveden nejprve kontaktováním polypeptidového antigenu, který byl imobilizován na pevném nosiči, obvykle na jamce mikrotitrační plotny, se vzorkem tak, že protilátky k polypeptidů se mohou vázat na imobilizovaný polypeptid. Nenavázaný vzorek se potom odstraní od imobilizovaného polypeptidů a přidá se detekční činidlo, které se váže na imobilizovaný komplex protilátka - polypeptid. Množství detekčního činidla, které zůstává navázané na pevný nosič, se potom určí za použití metody vhodné pro specifické detekční činidlo.
«· · · · · · · β · «9 Ο ? β « «·· ··· · ·· • · ·· · ♦ '· · ·· · · « e © © e ··.··· ···· ··· ·· ·· ·♦ ··
Přesněji, když je polypeptid imobilizován na nosiči způsobem popsaným výše, tak jsou zbývající vazebná místa pro proteiny na nosiči obvykle blokována. Může být použito jakékoliv blokovací činidlo známé odborníkům v oboru, jako je hovězí sérový albumin (BSA) nebo Tween 20™ (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO). Imobilizovaný polypeptid se potom inkubuje se vzorkem a protilátka se nechá navázat na antigen. Vzorek může být před inkubací naředěn vhodným ředidlem, jako je fosfátem pufrovaný salinický roztok (PBS). Obecně, vhodná doba kontaktu (t.j. inkubační čas) je doba, která je dostatečná pro detekci přítomnosti protilátky ve vzorku infikovaném HGE. Výhodně je kontaktní doba dostatečná pro dosažení úrovně vazby, která je alespoň 95% vzhledem k rovnováze mezi navázanou a nenavázanou protilátkou. Odborníkům v oboru bude jasné, že doba nutná pro dosažení rovnováhy může být snadno určena testováním vazby v závislosti na čase. Při teplotě místnosti je obvykle dostatečná doba přibližně 30 minut.
Nenavázaný vzorek může být potom odstraněn promytím pevného nosiče vhodným pufrem, jako je PBS obsahující 0,1% Tween 20™. Potom může být k pevnému nosiči přidáno detekční činidlo. Vhodným detekčním čindilem je jakákoliv sloučenina, která se váže na imobilizovaný komplex protilátka-polypeptid a která může být detekována různými způsoby známými v oboru. Výhodně obsahuje detekční činidlo vazebné činidlo (jako je, například, protein A, protein G, imunoglobulin, lektin nebo volný antigen) konjugované na reportérovou skupinu. Výhodnými reportérovými skupinami jsou enzymy (jako je křenová peroxidasa), substráty, kofaktory, inhibitory, barviva, radionuklidy, luminiscentní skupiny, fluorescentní skupiny a biotin. Konjugace vazebného činidla na reportérovou skupinu může být provedena standardními metodami známými odborníkům v oboru. Běžná vazebná činidla mohou být také zakoupena již konjugovaná na různé reportérové skupiny z mnoha komerčních zdrojů (například Zymed Laboratories, San Francisko,
CA, a Pierce, Rockford, II).
Detekční činidlo se potom inkubuje s imobilizovaným komplexem polypeptid-protilátka po dobu dostatečnou pro detekci navázané protilátky. Vhodná doba se obvykle určí podle návodu výrobce nebo hodnocením závislosti vazba-čas. Nenavázané detekční činidlo se potom odstraní a navázané detekční činidlo se detekuje pomocí reportérové skupiny. Způsob použitý pro detekci reportérové skupiny závisí na charakteru použité reportérové skupiny. Pro radioaktivní skupiny jsou obvykle vhodné scintilační nebo autoradiografické metody. Spektroskopické metody mohou být použity pro detekci barviv, luminiscentních skupin a fluorescentních skupin. Biotin může být detekován pomocí avidinu, navázaného na různé reportérové skupiny (obvykle radioaktivní nebo fluorescentní skupiny nbeo enzym). Enzymové reportérové skupiny mohou být detekovány adicí substrátu (obvykle na určitou dobu) a potom spektroskopickou nebo jinou analýzou reakčních produktů.
Pro stanovení přítomnosti nebo nepřítomnosti anti-chlamydiových protilátek ve vzorku je signál detekovaný z reportérové skupiny, která zůstává navázaná na pevný nosič, obvykle srovnáván se signálem korespondujícím s předem určenou hraniční hodnotou. V jednom -výhodném provedení je hraniční hodnota průměrný signál získaný tehdy, když je zmobilizovaný antigen inkubován se vzorky od neinfikovaných pacientů. Obecně, vzorek generující signál, který je o tři standardní odchylky vyšší než předem určená hraniční hodnota, je považován za pozitivní z hlediska chlamydiové infekce. V alternativním provedení je hraniční hodnota určena za použití Receiver Operator Curve, podle metody popsané v Sackett et al., Clinical Epidemiology: A Basic Science for Clinical Medicine, Little Brown and Co., 1985, str. 106-107. Stručně, v tomto provedení může být hraniční hodnota určena z grafu párů správně pozitivních výsledků (t.j.
sensitivity) a falešně pozitivních výsledků (100% specificita), které korespondují každé možné hraniční hodnotě pro výsledek diagnostického testu. Hraniční hodnota v grafu, která je nejvíce v levém horním rohu (t.j. hodnota, která ohraničuje největší plochu) je nejpřesnější hraniční hodnotou, a vzorek generující signál, který je vyšší než hraniční hodnota určená tímto způsobem, může být považován za pozitivní. Alternativně může být hraniční hodnota v grafu posunuta doleva, což minimalizuje falešně pozitivní výsledky, nebo doprava, což minimalizuje falešně negativní výsledky. Obecně, vzorek generující signál, který je vyšší než hraniční hodnota určená tímto způsobem, může být považován za pozitivní z hlediska chlamydiové infekce.
V příbuzném provedení je test proveden v průtokovém nebo proužkovém testovacím formátu, ve kterém je antigen imobilizován na membráně, jako je nitrocelulosová membrána. V průtokovém testu se protilátky ve vzorku váží na imobilizované polypeptidy při průchodu vzorku membránou. Detekční činidlo (například protein A-koloidní zlato) se potom váže na komplex protilátka-polypeptid při průtoku roztoku obsahujícího detekční činidlo membránou. Detekce navázaného detekčního činidla může být provedena způsobem popsaným výše. V proužkovém testovacím formátu je jeden konec membrány, na který je navázán polypeptid, ponořen do roztoku osbahujícího vzorek. Vzorek migruje membránou skrz region obsahující vazebné činidlo a do oblasti obsahující imobilizovaný polypeptid. Koncentrování detekčního činidla v oblasti polypeptidu ukazuje na přítomnost anti-chlamydiových protilátek ve vzorku. Obvykle vyvolává koncentrování detekčního činidla v tomto místě jev, jako je proužek, který může být snadno detekován vizuálně. Nepřítomnost takového jevu ukazuje na negativní výsledek. Obecně, množství polypeptidu imobilizovaného na membráně je vybráno tak, Aby byl generován vizuálně odlišitelný efekt tehdy, když biologický vzorek obsahuje takové množství protilátek, které bude dostatečné pro generování pozitivního signálu v ELISA testu, jak byl popsán výše. Výhodně je množství polypeptidu imobilizovaného na membráně v rozmezí od přibližně 25 ng do přibližně 1 ug, a lépe od přibližně 50 ng do přibližně 500 ng. Takové testy mohou být obvykle provedeny na velmi malém vzorku (například jedné kapce) krve nebo séra od pacienta.
Samozřejmě, že existuje mnoho jiných testovacích protokolu, které jsou vhodné pro použití s polypeptidy podle předkládaného vynálezu. Výše uvedený popis je pouze příkladný. Jedním příkladem alternativního testovacího protokolu, který může být použit v takových metodách, je westernový přenos, při kterém jsou proteiny přítomné v biologickém vzorku separovány na gelu před tím, než jsou vystaveny působení vazebného činidla. Takové techniky jsou dobře známé odborníkům v oboru.
Předkládaný vynález dále poskytuje činidla, jako jsou protilátky nebo jejich vazebné fragmenty pro antigen, které se specificky váží na chlamydiový protein. Protilátka nebo její vazebný fragment pro antigen se specificky váže na chlamydiový protein tehdy, když reaguje detekovatelne (například v ELISA) s chlamydiovým proteinem, a nereaguje detekovatelně s nepříbuznými proteiny za podobných podmínek. Termín vazba označuje nekovalentní asociaci mezi dvěma separovanými molekulami, při které vzniká komplex. Schopnost vazby může být hodnocena, například, určením vazebné konstanty pro tvorbu komplexu. Vazebná konstanta je hodnota získaná při dělení koncentrace komplexu koncentracemi složek. Obecně, v kontextu předkládaného vynálezu se dvě sloučeniny váží tehdy, když vazebná konstanta pro tvorbu komplexu přesahuje přibližně 103 1/mol. Vazebná konstanta může být určena metodami dobře známými v oboru.
Vazebná činidla mohou dále rozlišovat pacienty s a bez chlamydiové infekce, za použití reprezentativních testů podle předkládaného vynálezu. Jinými slovy, protilátky nebo jiná vazebná činidla, která se váží na chlamydiový protein, budou generovat signál ukazující na přítomnost chlamydiové infekce u alespoň 20% pacientů s onemocněním, a budou generovat signál ukazující na nepřítomnost onemocnění u alespoň 90% jedinců bez onemocnění. Pro stanovení toho, zda vazebné činidlo splňuje tyto požadavky, mohou být biologické vzorky (například krve, séra, sputa, moči a/nebo tkáňových biopsií) od pacientů s a bez chlamydiové infekce (jak je určeno standardními klinickými testy) testovány na přítomnost polypeptidů, které se váží na vazebná činidla. Je jasné, že by měl být testován statisticky významný počet vzorků s a bez onemocnění. Každé vazebné činidlo by mělo splňovat tato kriteria; nicméně, odborníkům v oboru bude jasné, že vazebná činidla mohou být použita v kombinaci pro zvýšení sensitivity.
Jakékoliv činidlo splňující výše uvedené požadavky může být vazebným činidlem. Například může být vazebným činidlem ribosom, s nebo bez peptidové složky, RNA molekula nebo polypeptid. Ve výhodném provedení je vazebným činidlem protilátka nebo její vazebný fragment pro antigen. Protilátky mohou být připraveny jakoukoliv technikou známou odborníkům v oboru. Viz například Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988. Obecně, protilátky mohou být produkovány v buněčných kulturách, včetně výroby monoklonálních protilátek, jak je zde popsána, nebo transfekcí genů pro protilátky do vhodných bakteriálních nebo savčích hostitelských buněk, za produkce rekombinantních protilátek. V jedné technice je imunogen obsahující polypeptid nejprve injikován různým savcům (například myším, králíkům, ovcím nebo kozám). V tomto kroku může polypeptid podle předkládaného vynálezu sloužit jako imunogen bez modifikací. Alternativně, zejména pro relativně krátké polypeptidy, může být lepší imunitní reakce vyvolána tehdy, je-li polypeptid navázán na poteinovy nosič, jako je hovězí sérový albumin nebo přílipkový hemokyanin. Imunogen se injekčně aplikuje zvířecímu hostiteli, výhodně podle před určeného protokolu zahrnujícího jednu nebo více dosycovacích imunizací, a zvířeti se periodicky odebírá krev. Polyklonální protilátky specifické pro polypeptid mohou být potom přečištěny z takového antiséra pomocí, například, afinitní chromatografie za použití polypeptidů navázaného na vhodný pevný nosič.
Monoklonální protilátky specifické pro daný antigenní polypeptid mohou být připraveny, například, za použití techniky podle Kohlera a Milsteina, Eur. J. Immunology 6: 511-519, 1976, a jejích vylepšení. Stručně, tato metoda vyžaduje přípravu imortalizované buněčné linie schopné produkce protilátek majících požadovanou specificitu (t.j. reaktivitu s daným polypeptidem). Takové buněčné linie mohou být produkovány, například, z buněk sleziny získaných od zvířat imunizovaných způsobem popsaným výše. Buňky sleziny jsou potom imortalizovány, například, fúzí s myelomovými buňkami, výhodně takovými, které jsou syngenní s imunizovaným zvířetem. Mohou být použity různé fúzní techniky. Například mohou být buňky sleziny a myelomové buňky kombinovány v neiontovém detergentním činidle po dobu několika minut a potom mohou být umístěny v nízké hustotě na selektivní medium, které podporuje růst hybridních buněk, ale ne myelomových buněk. Výhodnou selekční technikou je použití HAT (hypoxantin, aminopterin, thymidin) selekce. Po dostatečné době, obvykle po 1 až 2 týdnech, se pozorují kolonie hybridů. Vyberou se jednotlivé kolonie a supernatanty jejich kultur se testují na vazebnou aktivitu proti polypeptidů. Výhodné jsou hybridomy s vysokou reaktivitou a specificitou.
Monoklonální protilátky mohou být izolovány ze supernatantů kultivovaných kolonií hybridomů. Dále, různé techniky mohou být použity pro zvýšení výtěžku, jako je injekce hybridomových buněk do peritoneální dutiny vhodného obratlovce, jako je myš. Monoklonální protilátky mohou být získány z ascitu nebo z krve. Kontaminace může být odstraněna od protilátek běžnými technikami, jako je chromatografie, gelová filtrace, srážení a extrakce. Polypeptidy podle předkládaného vynálezu mohou být použity v přečišúovacím procesu například ve stupni afinitní chromatografie.
V některých provedeních může být výhodné použití vazebných fragmentů protilátek pro antigen. Mezi takové fragmenty patří Fab fragmenty, které mohou být připraveny standardními technikami. Stručně, imunoglobuliny mohou být přečištěny z králičího séra afinitní chromatografií na kolonách s protein A korálky (Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1988) a mohou být tráveny papainem za zisku Fab a Fc fragmentů. Fab a Fc fragmenty mohou být separovány afinitní chromatografií na kolonách obsahujících protein A korálky.
Monoklonální protilátky podle předkládaného vynálezu mohou být navázány na jedno nebo více terapeutických činidel. Takovými vhodnými terapeutickými činidly jsou radionuklidy, induktory diferenciace, léky, toxiny a jejich deriváty. Výhodnými radionuklidy jsou 9OY, X23I, X2SI, X3XI, xesRe, 2XXAt a 2X2Bi. Výhodnými léky jsou methotrexat a analogy pyrimidinu a purinu. Výhodnými induktory diferenciace jsou estery forbolu a kyselina máselná. Výhodnými toxiny jsou ricin, abrin, difterický toxin, cholera toxin, gelonin, Pseudomonadový exotoxin, Shigella toxin a antivirový protein líčidla amerického.
Terapeutické činidlo může být navázáno (například kovalentně) na vhodnou monoklonální protilátku buď přímo, nebo nepřímo (například prostřednictvím spojovací skupiny). Přímá reakce mezi činidlem a protilátkou je možná tehdy, když každý z nich obsahuje vhodný substituent schopný reakce s jiným substituentem.
Například, nukleofilní skupina, jako je amino- nebo sulfhydrylová skupina, na jedné složce může reagovat se skupinou obsahující karbonyl, jako je anhydrid nebo halogenid kyseliny, nebo s alkylovou skupinou obsahující dobře odštěpitelnou skupinu (například halogenid) na druhé složce.
Alternativně může být žádoucí navázání terapeutického činidla a protilátky prostřednictvím spojovací skupiny. Spojovací skupina může působit jako oddělovací skupina pro oddělení protilátky od činidla z toho důvodu, aby se zabránilo interferenci s vazebnou schopností. Spojovací skupina může také sloužit pro zvýšení chemické reaktivity substituentu na činidle nebo protilátce a tak může zvyšovat účinnost vazby. Zvýšení chemické reaktivity může také usnadnit použití činidel, nebo funkčních skupin na činidlech, které by jinak nebylo možno použít.
Odborníkům v oboru bude jasné, že jako spojovací skupiny mohou být použity různá bifunkční nebo polyfunkční činidla, jak homo-, tak hetero-bifunkční (jako jsou činidla popsaná v katalogu Pierce Chemical Co., Rockford, IL). Vazba může být provedena, například prostřednictvím amino skupin, karboxylových skupin, sulfhydrylových skupin nebo oxidovaných karbohydrátových zbytků. Existuje mnoho odkazů popisujících takové techniky, například US patent č. 4671985 (Rodwell et al.).
Když je terapeutické činidlo účinnější tehdy, není-li navázáno na protilátkovou část imunokonjugátu podle předkládaného vynálezu, může být žádoucí použití spojovací skupiny, která se štěpí během nebo po internalizaci do buněk. Bylo popsáno mnoho různých štěpitelných spojovacích skupin. Mechanismy pro intracelulární uvolnění činidel z těchto spojovacích skupin zahrnují štěpení
100 redukcí disulfidové vazby (například US patent č. 4489710, Spitler), ozáření fotolabilní vazby (například US patent č. 4625014, Senter et al.), hydrolýzu derivatizovaných aminokyselinových vedlejších řetězců (například US patent č. 4638045, Kohn et al.), hydrolýzu zprostředkovanou sérovým komplementem (například US patent č. 4671958, Rodwell et al.) a hydrolýzu katalyzovanou kyselinou (například US patent č. 4569789, Blatter et al.).
Může být žádoucí navázat na protilátku více než jedno činidlo. V jednom provedení je na jednu molekulu protilátky navázáno více molekul činidla. V jiném provedení je na jednu protilátku navázáno více typů činidel. Bez ohledu na konkrétní provedení mohou být imunokonjugáty s více než jedním činidlem připraveny různými způsoby. Například, více než jedno činidlo může být navázáno přímo na molekulu protilátky, nebo může být použita spojovací skupina poskytující více míst pro navázání. Alternativně může být použit nosič.
Nosič může nést činidla různými způsoby, včetně kovalentní vazby, buď přímé nebo prostřednictvím spojovací skupiny. Vhodnými nosiči jsou albuminy (např. US patent č. 4507234, Kato et al.), peptidy a polysacharidy jako je aminodextran (např. US patent č. 4699784, Shih et al.) . Nosič může přenášet činidlo také nekovalentní vazbou nebo prostřednictvím enkapsulace, jak je tomu například v liposomech (např. US patenty č. 4429008 a 4873088). Nosiče specifické pro radionuklidová činidla zahrnují radiohalogenované malé molekuly a chelatační sloučeniny. Například US patent č. 4735792 popisuje representativní radiohalogenované malé molekuly a jejich syntézu. Radionuklidový chelát může být připraven z chelatačních sloučenin, mezi které patří ty, které obsahují atomy dusíku a síry jako donorové atomy pro vazbu kovu, nebo oxidu kovu, radionuklidu. Například US patent č. 4673562,
101
Davison et al., popisuje representativní chelatační sloučeniny a jejich syntézu.
Pro protilátky a imunokonjugáty mohou být použity různé způsoby podání. Obvykle je podání intravenosní, intramuskulární, podkožní nebo do určitého regionu. Je jasné, že přesná dávka protilátky/imunokonjugátu závisí na použité protilátce, hustotě antigenu a na rychlosti eliminace protilátky.
Protilátky mohou být použity v diagnostických testech pro detekci přítomnosti chlamydiových antigenů za použití testů podobných již popsaným testům a za použití jiných technik dobře známých odborníkům v oboru, což poskytuje metodu pro detekci chlamydiové infekce u pacienta.
Diagnostická činidla podle předkládaného vynálezu mohou také obsahovat DNA sekvence kódující jeden nebo více polypeptidů uvedených výše, nebo jejich částí. Například, alespoň dva oligonukleotidové primery mohou být použity v testu na bázi polymerasové řetězové reakce (PCR) pro amplifikaci cDNA specifické pro Chlamydie v biologickém vzorku, kde alespoň jeden oligonukleotidový primer je specifický pro DNA molekulu kódující polypeptid podle předkládaného vynálezu. Přítomnost amplifikované cDNA se potom detekuje za použití technik dobře známých v oboru, jako je gelová elektroforesa. Obdobně, oligonukleotidové sondy specifické pro DNA molekulu kódující polypeptid podle předkládaného vynálezu mohou být použity v hybridizačním testu pro detekci přítomnosti polypeptidů podle předkládaného vynálezu v biologickém vzorku.
Termín oligonukleotidový primer/sonda specifický pro DNA molekulu, jak je zde použit, označuje oligonukleotidovou sekvenci, která má alespoň 80%, lépe alespoň 90% a nejlépe alespoň
102
95% identitu s danou DNA molekulou. Oligonukleotidové primery a/nebo sondy, které mohou být použity v diagnostických metodách podle předkládaného vynálezu, mají délku alespoň 10-40 nukleotidů. Ve výhodném provedení obsahují oligonukleotidové primery alespoň 10 kontinuálních oligonukleotidů DNA molekuly kódující jeden z polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Výhodně obsahují oligonukleotidové primery pro použití v diagnostických metodách podle předkládaného vynálezu alespoň 15 kontinuálních oligonukleotidů DNA molekuly kódující jeden z polypeptidů podle předkládaného vynálezu. Techniky pro testy na bázi PCR a pro hybridizační testy jsou dobře známé v oboru (viz například Mullis et al., tamtéž; Erlich, tamtéž). Primery nebo sondy mohou být takto použity pro detekci sekvencí specifických pro Chlamydie v biologických vzorcích. DNA sondy nebo primery obsahující oligonukleotidové sekvence popsané výše mohou být použity samostatně nebo v kombinaci.
Následující příklady jsou pouze ilustrativní a nijak neomezují rozsah předkládaného vynálezu.
Příklady provedení vynálezu
Příklad 1: Izolace DNA sekvencí kódujících chlamydiové antigeny
Chlamydiové antigeny podle předkládaného vynálezu byly izolovány expresí knihovny genomové DNA Chlamydia trachomatis LGV II způsobem popsaným v Sanderson et al. (J. Exp. Med., 1995, 182: 1751-1757) a bylo prokázáno, že indukují proliferaci PBMC a IFN-gamma v imunoreaktivní T-lymfocytární linii.
T-lymfocytární linie specifická pro Chlamydie byla generována stimulací PBMC od normálního dárce bez anamnesy chlamydiové genitální infekce elementárními tělísky Chlamydia trachomatis LGV
103
II. Bylo zjištěno, že tato T-lymfocytámí linie, označená jako
TCL-8, rozpoznává dendritické buňky odvozené od monocytů infikované jak Chlamydia trachomatis, tak Chlamydia pneumoniae.
Náhodně štěpená genomová knihovna Chlamydia trachomatis LGV II byla připravena v Lambda ZAP (Stratagene, La Jolla, CA) a amplifikovaná knihovna byla umístěna v 96-jamkové mikrotitrační plotně v hustotě 30 klonů/jamku. Bakterie byly indukovány k expresi rekombinantního proteinu za přítomnosti 2 mM IPTG po dobu 3 hodin a potom byly peletovány a resuspendovány ve 200 ul RPMI a 10% FBS. 10 ul indukované bakteriální suspenze se přeneslo do 96-jamkových ploten obsahujících autologní dendritické buňky odvozené od monocytů. Po 2 hodinové inkubaci se dendritické buňky promyly pro odstranění volné E. coli a přidaly se T-lymfocyty specifické pro Chlamydie. Pozitivní E. coli soubory se identifikovaly podle produkce IFN-gamma a podle proliferace T-lymfocytů v reakci na soubory.
Identifikovaly se čtyři pozitivní klony, které se rozdělily na čtyři čisté klony (označené 1-B1-66, 4-D7-28, 3-G3-10 a 10-C10-31), s velikostí insertu 481 bp, 183 bp, 110 bp a 1400 bp, v příslušném pořadí. Určené DNA sekvence pro 1-B1-66, 4-D7-28, 3-G3-10 a 10-C10-31 jsou uvedeny v SEQ ID NO: 1-4, v příslušném pořadí. Klon 1-B1-66 je přibližně v regionu 536690 genomu C.trachomatis (NCBI C.trachomatis databáze). V klonu 1-B1-66 byl identifikován otevřený čtecí rámec (ORF) (nukleotidy 115-375), který kóduje dříve identifikovaný 9 kDa protein (Stephens et al., GenBank přírůstkové č. AE001320), jehož sekvence je uvedena v SEQ ID NO: 5). Klon 4-D7-28 je menší region stejného ORF (aminokyseliny 22-82 1-B1-66). Klon 3-G3-10 je přibližně v regionu 74559 genomu C.trachomatis. Insert je klonován v protismyslné orientaci vzhledem k jeho orientaci v genomu. Klon 10-C10-31 obsahuje otevřený čtecí rámec, který odpovídí dříve publikované
104
sekvenci pro S13 ribosomální protein od Chlamydia trachomatis (Gu,
L. et al., J. Bacteriology 177: 2594-2601, 1995). Předpokládané proteinové sekvence pro 4-D7-28 a 10-C10-31 jsou uvedeny v
SEQ ID NO: 6 a 12, v příslušném pořadí. Předpokládané proteinové sekvence pro 3-G3-10 jsou uvedeny v SEQ ID NO: 7-11.
V příbuzné sérii skríningových testů byla další T-lymfocytární linie použita pro vyšetřování knihovny genomové DNA Chlamydia trachomatis LGV II popsané výše. T-lymfocytární linie specifická pro chlamydie (TCT-1) byla získána od pacientů s chlamydiovou genitální infekcí stimulací PBMC autologiními dendritickými buňkami odvozenými od monocytů infikovanými elementárními tělísky Chlamydia trachomatis LGV II. Jeden klon, 4C9-18 (SEQ ID NO: 21), obsahující 1256 bp insert, vyvolává specifickou imunitní odpověď, jak bylo měřeno standardními proliferačními testy, u T-lymfocytární linie TCT-1 specifické pro chlamydie. Další analýza ukázala, že tento klon obsahuje tři známé sekvence: lipoamid dehydrogenasu (GenBank přírůstkové č. AE001326), popsanou v SEQ ID NO: 22; hypotetický protein CT429 (GenBank přírůstkové č. AE001316), popsaný v SEQ ID NO: 23; a část otevřeného čtecího rámce ubichinon-methyltransferasy CT428 (GenBank přírůstkové č. AE001316), popsanou v SEQ ID NO: 24.
V dalších pokusech s klonem 4C9-18 (SEQ ID NO: 21) byla kompletní aminokyselinová sekvence pro lipoamid-dehydrogenasu (SEQ ID NO: 22) z Chlamydia trachomatis (LGV II) exprimována v klonu CtL2-LPDA-FL, který je popsán v SEQ ID NO: 90.
Pro další charakterizaci otevřeného čtecího rámce obsahujícího stimulační epitop pro T-lymfocyty byl cDNA fragment obsahující nukleotidy 1-695 klonu 4C9-18 s cDNA sekvencí kódující 6X-histidinovou koncovku na amino-konci subklonován do Ndel/EcoRI místa pET17b vektoru (Novagen, Madison, WI) a vzniklý klon byl
105 označen jako 4C9-18#2 BL21 pLysS (SEQ ID NO: 25, S příslušnou aminokyselinovou sekvencí popsanou v SEQ ID NO: 26) a tento klon byl transformován do E. coli. Selektivní indukce trasformované E. coli 2 mM IPTG po dobu 3 hodin vedla k expresi 26 kDa proteinu z klonu 4C9-18#2 BL21 pLysS, jak bylo potvrzeno SDS-PAGE s barvením Coomasie modří. Pro stanovení imunogenicity proteinu kódovaného klonem 4C9-18#2 BL21 pLysS byly E. coli exprimující 26 kDa protein titrovány na 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů a provedla se inkubace po dobu 2 hodin. Kultury dendritických buněk se promyly a přidalo se 2,5 x 104 T-lymfocytů (TCT-1) a provedla se inkubace po dobu dalších 72 hodin a potom se koncentrace IFN-gamma v supernatantu kultury určila ELISA. Jak je uvedeno na obr. 1, bylo zjištěno, že T-lymfocytární linie TCT-1 reaguje na indukované kultury, jak je měřeno podle koncentrace IFN-gamma, což ukazuje na T-lymfocytární odpověď na sekvece lipoamid dehydrogenasy specifickou pro Chlamydie. Podobně bylo zjištěno, že protein kódovaný klonem 4C9-18#2 BL21 pLysS stimuluje TCT-1 T-lymfocytární linii ve standardních proliferačních testech.
Další testy pro identifikaci dalších antigenů Chlamydia trachomatis za použití výše popsané klonovací techniky na CD4+ T-lymfocytech vedly k zisku dalších klonů. TCT-1 a TCL-8 T-lymfocytární linie specifické pro Chlamydie, stejně jako TCP-21 T-lymfocytární linie, byly použity pro vyšetřování genomové knihovny Chlamydia trachomatis LGVII. TCP-21 T-lymfocytární linie byla získaná od pacientů s humorální reakcí na Chlamydia pneumoniae. TCT-1 buněčná linie identifikovala 37 pozitivních souborů, TCT-3 buněčná linie identifikovala 41 pozitivních souborů a TCP-21 buněčná linie identifikovala 2 pozitivní soubory. Z těchto 10 pozitivních souborů byly identifikovány následující klony. Klon 11-A3-93 (SEQ ID NO: 64), identifikovaný TCP-21 buněčnou linií, je 1339 bp genomový fragment vykazující homologii s HAD superrodinou (CT103). Druhý insert ve stejném klonu vykazuje homologii s fab I genem (CT104) přítomném na komplementárním řetězci. Klon 11-C12-91 (SEQ ID NO: 63), identifikovaný TCP-21 buněčnou linií, obsahuje 269 bp insert, který je částí OMP2 genu (CT443) a vykazuje homologii s 60 kDa proteinem vnitřní membrány bohatým na cystein v C. pneumoniae.
Klon 11-G10-46 (SEQ ID NO: 62), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 688 bp insert vykazující homologii s hypotetickým proteinem CT610. Klon 11-G1-34 (SEQ ID NO: 61), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje dva částečné otevřené čtecí rámce (ORF) s velikostí insertu 1215 bp. Jeden ORF vykazuje homologii s genem pro malat-dehydrogenasu ((CT376)) a druhý ORF vykazuje homologii s genem pro glykogen-hydrolasu (CT042). Klon 11-H3-68 (SEQ ID NO: 60), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje dva ORF s celkovou velikostí insertu 1180 bp. Jeden částečný ORF kóduje plasmidem kódovaný PGP6-D protein virulence a druhý ORF je kompletní ORF pro LI ribosomální gen (CT318). Klon 11-H4-28 (SEQ ID NO: 59), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, má velikost insertu 552 bp a je součástí ORF pro dnaK gen (CT396). Klon 12-B3-95 (SEQ ID NO: 58), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, má velikost insertu 463 bp a je součástí ORF pro gen pro lipoamid-dehydrogenasu (CT557). Klony 15-G1-89 a 12-B3-95 (SEQ ID NO: 55 a SEQ ID NO: 58, v příslušném pořadí) jsou identické, jsou identifikované TCT-1 buněčnou linií, a mají velikost insertu 463 bp a jsou součástí ORF pro gen pro lipoamid-dehydrogenasu (CT557). Klon 12-G3-83 (SEQ ID NO: 57), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, má velikost insertu 1537 bp a je součástí ORF pro gen pro hypotetický protein (CT662).
Klon 23-G7-68 (SEQ ID NO: 79), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 950 bp insert a obsahuje malou část Lil ribosomálního ORF, celý ORF pro LI ribosomální protein a část ORF pro L10 ribosomální protein. Klon 22-F8-91 (SEQ ID NO: 80), * · · · · · · · · 2
............·· identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, obsahuje 395 bp insert, který obsahuje část pmpC ORF na komplementárním řetězci klonu. Klon 21-E8-95 (SEQ ID NO: 81), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 2085 bp insert, který obsahuje část CT613 ORF, kompletní ORF pro CT612, kompletní ORF pro CT611 a část ORF pro CT610. Klon 19-F12-57 (SEQ ID NO: 82), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 405 bp insert, který obsahuje část CT858 ORF a malou část recA ORF. Klon 19-F12-53 (SEQ ID NO: 83), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 379 bp insert, který je součástí ORF pro CT455 kódující glutamyl tRNA syntethasu. Klon 19-A5-54 (SEQ ID NO: 84), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 715 bp insert, který je součástí ORF3 (komplementárního řetězce klonu) kryptického plasmidu. Klon 17-E11-72 (SEQ ID NO: 85), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, obsahuje 476 bp insert, který je součástí ORF pro Opp_2 a pmpD. pmpD region tohoto klonu je pokryt pmpD regionem klonu 15-H2-76, Klon 17-C1-77 (SEQ ID NO: 86), identifikovaný TCT-3 buněčnou linií, obsahuje 1551 bp insert, který je součástí CT857 ORF, stejně jako CT858 ORF. Klon 15-H2-17 (SEQ ID NO: 87), identifikovaný TCT-1 buněčnou linií, obsahuje 3031 bp insert, který obsahuje větší část pmpD ORF, část CT089 ORF, stejně jako část ORF pro SycE. Klon 15-A3-26 (SEQ ID NO: 88), obsahuje 976 bp insert, který obsahuje část CT858 ORF. Klon 17-G4-36 (SEQ ID NO: 267), identifikovaný TCT-10 buněčnou linií, obsahuje 680 bp insert, který je ve čtecím rámci s beta-gal v plasmidu a vykazuje homologii s částí ORF pro beta-podjednotku DNA-řízené RNA polymerasy (CT315 v SerD).
Několik klonů popsaných výše vykazuje homologii s různými polymorfními membránovými proteiny. Genomová sekvence Chlamydia trachomatis obsahuje rodinu devíti polymorfních membránových proteinů, která je označena jako pmp. Tyto geny jsou označeny pmpA, pmpB, pmpC, pmpD, pmpE, pmpF, pmpG, pmpH a pmpl. Předpokládá se, že proteiny exprimované z těchto genů jsou biologicky významné v generování protektivní imunitní reakce při chlamidiové infekci.
Konkrétně, pmpC, pmpD, pmpE a pmpl obsahují pravděpodobné signální peptidy, což naznačuje, že se jedná o proteiny zevní membrány a proto potenciální imunologické cíle.
Podle sekvence Chlamydia trachomatis LGVII serovaru byly navrženy páry primerů pro PCR amplifikaci kompletních fragmentů pmpC, pmpD, pmpE, pmpG, pmpH a pmpl. Získané fragmenty byly subklonovány do DNA vakcinačních vektorů JA4304 nebo JAL, což je JA4304 modifikovaný spojovací sekvencí (SmithKline Beecham, London, England). Přesněji, PmpC byl subklonován do JAL vektoru za použití 5' oligonukleotidu GAT AGG CGC GCC GCA ATC ATG ΑΛΑ TTT ATG TCA GCT ACT GCT G a 3' oligonukleotidu CAG AAC GCG TTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC A, jak jsou uvedeny v SEQ ID NO: 197 a 198, v příslušném pořadí. PCR amplifikace genu za podmínek dobře známých v oboru a ligace do 5' ASCI/3' Mlul míst vektoru JAL byla dokončena po inserci krátké nukleotidové sekvence GCAATC (SEQ ID NO: 199) před ATG za vzniku sekvence podobné Kozákově sekvenci. Vzniklý expresní vektor obsahoval kompletní pmpC gen obsahující 5325 nukleotidů (SEQ ID NO: 173) obsahující hypotetickou signální sekvenci, který kóduje 187 kDa protein (SEQ ID NO: 179). PmpD gen byl subklonován do JA4304 vakcinačního vektoru po PCR amplifikaci genu za použití následujících oligonukleotidů: 5' oligonukleotidu TGC AAT CAT GAG TTC GCA GAA AGA TAT AAA AAG C (SEQ ID NO: 200) a 3' oligonukleotidu CAG AGC TAG CTT AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TC (SEQ ID NO: 201). Gen byl ligován do 5'-lepivého HIII/3' Mlul místa JA4304 vakcinačního vektoru za použití technik dobře známých v oboru. CAATC (SEQ ID NO: 202) sekvence byla insertována před ATG za vzniku sekvence podobné Kozákově sékvenci. Tento klon je jedinečný v tom, že poslední threonin HindlII místa chybí z důvodů procesu navázání, stejně jako poslední glycin sekvence podobné Kozákově sekvenci. Insert, 4593 nukleotidový fragment (SEQ ID NO: 172) je kompletní gen pro pmpD obsahující hypotetickou signální
sekvenci, která kóduje 161 kDa protein (SEQ ID NO: 178). PmpE gen byl subklonován do JA4304 vakcinačního vektoru za použití následujících oligonukleotidů: 5' oligonukleotidu TGA AAT CAT GAA ΆΆΆ AGC GTT TTT CTT TTT C (SEQ ID NO: 203) a 3' oligonukleotidu CAG AAC GCG TCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C (SEQ ID NO: 204). Po PCR amplifikaci byl gen ligován do 5'-lepivého HIII/3' Mlul místa JA4304. Pro usnadnění této ligace byla krátká nukleotidová sekvence, TGCAATC (SEQ ID NO: 293), insertována před iniciační kodon za vzniku sekvence podobné Kozákově sekvenci a pro rekonstrukci HindlII místa. Insert je kompletní pmpE gen (SEQ ID NO: 171) obsahující hypotetickou signální sekvenci. PmpE gen kóduje 105 kDa protein (SEQ ID NO: 177). PmpG gen byl PCR amplifikován za použití 5' oligonukleotidu GTG CAA TCA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG (SEQ ID NO: 205) a 3' oligonukleotidu CAG AAC GCG TTT AGA ACC GGA CTT TAC TTC C (SEQ ID NO: 206) a byl subklonován do JA4304 vektoru. Podobné klonovací strategie byly použity pro pmpl a pmpK geny. Dále byly navrženy páry primerů pro PCR amplifikaci kompletních a překrývajících se fragmentů pmp genů, které byly potom subklonovány pro expresi proteinu v pET17b vektoru (Novagen, Madison, WI) a byly transfektovány do E. coli BL21 pLysS pro expresi a následné přečištění za použití histidinové-niklové chromatografické metody od Novagen. Několik těchto genů kódujících rekombinantní proteiny, jak jsou popsány dále, postrádá přirozené signální sekvence pro usnadnění exprese proteinu. Exprese kompletního pmpC proteinu byla provedena pomocí exprese dvou překrývajících se fragmentů, které představují aminoa karboxylový konec. Subklonování pmpC-amino-koncové části, která postrádá signální sekvenci (SEQ ID NO: 187, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 195) , bylo provedeno za použití 5' oligonukleotidu CAG ACA TAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGAGGC GAG CTC GAT CCA AGA TC (SEQ ID NO: 207) a 3' oligonukleotidu CAG AGG TAC CTC AGA TAG CAC TCT CTC CTA TTA AAG TAG G (SEQ ID NO: 208) do 5' NdeI/3' KPN klonovacího místa
vektoru. Karboxy-koncová část genu, pmpC-karboxy-koncový fragment (SEQ ID NO: 186, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 194), byl subklonován do 5' NheI/3' KPN klonovacího místa expresního vektoru za použití následujících primerů: 5' oligonukleotidu CAG AGC TAG CAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGT TAA GAT TGA GAA CTT CTC TGG C (SEQ ID NO: 209), a 3' oligonukleotidu CAG AGG TAC CTT AGA ATG TCA TAC GAG CAC CGC AG (SEQ ID NO: 210) . PmpD byl také exprimován jako dva přesahující proteiny. Amino-koncová část pmpD, která postrádá signální sekvenci (SEQ ID NO: 185, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 193), obsahuje iniciační kodon pET17b a je exprimována jako 80 kDa protein. Pro expresi proteinu a přečištění následuje po iniciačním kodonu koncovka tvořená 6 histidiny a je fúzovaná na 28. aminokyselinu (nukleotid 84) genu. Následující primery (5' oligonukleotid CAG ACA TAT GCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG GTT AGC (SEQ ID NO: 211) a 3' oligonukleotid CAG AGG TAC CTC AGC TCC TCC AGC ACA CTC TCT TC (SEQ ID NO: 212) pro vložení do 5' NdeI/3' KPN klonovacího místa vektoru. Karboxy-koncová část pmpD (SEQ ID NO: 184) byla exprimována jako 92 kda protein (SEQ ID NO: 192). Pro expresi a následné přečištění byly přidány další methionin, alanin a serin, které představují iniciační kodon a první dvě aminokyseliny z pET17b vektoru. Koncovka tvořená šesti histidiny za methioninem, alaninem a serinem je fúzovaná na 691.
aminokyselinu (nukleotid 2073) genu. Následující oligonukleotidy (5' oligonukleotid CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CGG TGC TAT TTC TTG CTT ACG TGG (SEQ ID NO: 213) a 3' oligonukleotid CAG AGG TAC TTn AAA AGA TCA ATC GCA ATC CAG TAT TCG (SEQ ID NO: 214) byly použity pro subklonování insertu do 5' NdeI/3' KPN klonovacího místa expresního vektoru. PmpE gen byl exprimován jako 106 kDa protein (SEQ ID NO: 183 s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 191). PmpE insert také postrádá přirozenou signální sekvenci. PCR amplifikace genu za podmínek dobře známých v oboru byla provedena za použití následujících
oligonukleotidových primerů: 5' oligonukleotidu CAG AGG ATC CAC ATC ACC ATC ACC ATC ACG GAC TAG CTA GAG AGG TTC (SEQ ID NO: 215) a 3' oligonukleotidu CAG AGA ATT CCT AGA ATC GCA GAG CAA TTT C (SEQ ID NO: 216) a amplifikovaný insert byl ligován do 5' BamHI/3' EcoRI místa JA4304. Krátká nukleotidová sekvence, která je uvedena v SEQ ID NO: 217, byla isertována před iniciační kodon pro vytvoření sekvence podobné Kozákově sekvenci a pro znovuvytvoření HindiII místa. Exprimovaný protein obsahoval iniciační kodon a následujících 21 aminokyselin z pET17b expresního vektoru, t.j. MASMTGGQQMGRDSSLVPSSDP (SEQ ID NO: 218). Dále, před sekvencí uvedenou výše byla obsažena šesti-histidinová koncovka, která byla fúzovaná na 28. aminokyselinu (nukleotid 84) genu, což eliminuje hypotetický signální peptid. Sekvence uvedená v SEQ ID NO: 183 s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 191 neobsahují tyto další sekvence. PrnpG gen (SEQ ID NO: 182, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 190), byl PCR amplifikován za podmínek dobře známých v oboru za použití následujících oligonukleotidových primerů: 5’ oligonukleotidu CAG AGG TAC CGC ATC ACC ATC ACC ATC ACA TGA TTC CTC AAG GAA TTT ACG (SEQ ID NO: 219) a 3' oligonukleotidu CAG AGC GGC CGC TTA GAA CCG GAC TTT ACT TCC (SEQ ID NO: 220) a byl ligován do 5' KPN/3' Notl místa expresního vektoru. Exprimovaný protein obsahoval další aminokyselinovou sekvenci na amino- konci, konkrétně MASMTGGQQNGRDSSLVPHHHHHH (SEQ ID NO: 221), která obsahuje iniciační kodon a další sekvenci z pET17b expresního vektoru. Pmpl gen (SEQ ID NO: 181, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 189), byl PCR amplifikován za podmínek dobře známých v oboru za použití následujících oligonukleotidových primerů: 5' oligonukleotidu CAG AGC TAG CCA TCA CCA TCA CCA TCA CCT CTT TGG CCA GGA TCC C (SEQ ID NO: 222) a 3' oligonukleotidu CAG AAC TAG TCT AGA ACC TGT AAG TGG TCC (SEQ ID NO: 223) a byl ligován do 5' NheI/3' Spěl místa expresního vektoru. Exprimovaný protein velikosti 95 kDa obsahoval další
iniciační kodon a další alanin a serin z pET17b vektoru na aminokonci proteinu. Dále, na 21. aminokyseliny byla fúzovaná koncovka tvořená šesti histidiny, která eliminuje hypotetický signální peptid.
Klon 14H1-4 (SEQ ID NO: 56), identifikovaný za použití TCT-3 buněčné linie, obsahuje kompletní ORF pro TSA gen, thiol specifický antioxidant - CT603 (CT603 ORF je homolog CPnO778 z C. pneumoniae). TSA otevřený čtecí rámec v klonu 14-H1-4 byl amplifikován tak, že exprimovaný protein obsahoval další methionin a koncovku tvořenou šesti histidiny (na amino-konci). Tento amplifikovaný insert byl subklonován do Nde/EcoRI míst pET17b vektoru. Po indukci tohoto klonu IPTG byl 22,6 kDa protein přečištěn Ni-NTA agarosovou afinitní chromatografii. Určená aminokyselinová sekvence pro 195 aminokyselinový ORF klonu 14-H1-4 kódující TSA gen je uvedena v SEQ ID NO: 65. Další analýza vedla k zisku kompletního klonu pro TSA gen, který byl označen jako CTL2-TSA-FL, s kompletní aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 92 .
Další pokusy vedly k zisku 10 dalších klonů, které byly identifikovány pomocí TCT-1 a TCT-3 T-lymfocytárních linií, jak je popsáno výše. Klony identifikované TCT-1 linií jsou: 16-D4-22, 17-C5-19, 18-C5-2, 20-G3-45 a 21-C7-66; klony identifikované TCT-3 linií jsou: 17-C10-31, 17-E2-9, 22-A1-49 a 22-B3-53. Klon 21-G12-60 byl rozpoznáván oběma T-lymfocytárními liniemi. Klon 16-D4-22 (SEQ ID NO: 119), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 953 bp insert obsahující dva geny, části otevřeného čtecího rámce 3 (ORF3) a 0RF4 C.trachomatis plasmidu pro růst v savčích buňkách. Klon 17-C5-19 ({SEQ ID NO: 118) obsahuje 951 bp insert obsahující část ORF pro DT431, kódující clpP_l proteasu a část ORF pro CT430 (diaminopimelat epimerasu). Klon 18-C5-2 (SEQ ID NO: 117) je část ORF pro S1 ribosomální protein s 446 bp insertem, který byl identifikován pomocí TCT-1 buněčné linie. Klon 20-G3-45 (SEQ ID NO: 116), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 437 bp insert, který je částí pmpB genu (CT413) . Klon 21-C7-66 (SEQ ID NO: 115), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 995 bp insert, který kóduje část dnaK-like proteinu. Insert tohoto klonu se nepřekrývá s insertem TCT-3 klonu 11-H4-28 (SEQ ID NO: SEQ ID NO: 59)), který je částí dnaK genu CT396. Klon 17-C10-31 (SEQ ID NO: 114), identifikovaný pomocí TCT-3 linie, obsahuje 976 bp insert. Tento klon obsahuje část ORF pro CT858, proteasu obsahující IRBP a DHR domény. Klon 17-E2-9 (SEQ ID NO: 113) obsahuje část ORF dvou genů, CT611 a CT610, které jsou obsaženy v 1142 bp insertu. Klon 22-A1-49 (SEQ ID NO: 112) , identifikovaný pomocí TCT-3 linie, také obsahuje dva geny v 698 bp insertu. Část ORF pro CT660 (DNA gyrasa(gyrA_2)) je přítomen na horním řetězci, a kompletní ORF pro hypotetický protein
CT659 je přítomen na komplementáním řetězci. Klon 22-B3-53 (SEQ ID NO: 111), identifikovaný pomocí TCT-1 linie, obsahuje 267 bp insert, který k=oduje část ORF pro GroEL (CT110) . Klon 21-G12-60 (SEQ ID NO: 110), identifikovaný pomocí TCT-1 i TCT-3 buněčné linie, obsahuje 1461 bp insert, který obsahuje části ORF pro hypotetické proteiny CT875, CT229 a CT228.
Další chlamydiové antigeny byly získány vyšetřováním genomové expresní knihovny Chlamydia trachomatis (serovar LGV II) v Lambda-Screen-1 vektoru (Novagen, Madison, WI) se s=rem shromážděným od jedinců infikovaných Chlamydiemi za použití technik dobře známých v oboru. Byly identifikovány následující imunoreaktivní klony a inserty obsahující chlamydiové geny byly sekvencovány: CTL2#1 (SEQ ID NO: 71); CTL2#2 (SEQ ID NO: 70); CTL2#3-5' (SEQ ID NO: 72; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2#3-3' (SEQ ID NO: 73; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2#4 (SEQ ID NO: 53); CTL2#5 (SEQ ID NO: 69); CTL2#6 (SEQ ID NO: 68); CTL2#7 (SEQ ID NO:
114
67); CTL2#8b (SEQ ID NO: 54); CTL2#9 (SEQ ID NO: 66); CTL2#10-5' (SEQ ID NO: 74; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2#10-3' (SEQ ID NO: 75; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2#ll-5' (SEQ ID NO: 45; první určená genomová sekvence představující 5’ konec); CTL2#ll-3' (SEQ ID NO: 4; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec);
CTL2#12 (SEQ ID NO: 46); CTL2#16-5' (SEQ ID NO: 47); CTL2#18-5' (SEQ ID NO: 49; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2#18-3' (SEQ ID NO: 48; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2#19-5' (SEQ ID NO: 76; určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2#21 (SEQ ID NO: 50); CTL2#23 (SEQ ID NO: 51); a CTL2#24 (SEQ ID NO: 52).
Další antigeny Chlamydia trachomatis byly identifikovány serologickým expresním klonováním. Tyto pokusy využily séra shromážděného od několika jedinců infikovaných Chlamydiemi, jak bylo popsáno výše, ale kromě IgA protilátek byly jako sekundární protilátky použity také IgA a IgM protilátky. Klony získané tímto způsobem zesílily detekci antigenů rozpoznávaných v časné imunitní reakci na chlamydiovou infekci, t.j. ve slizniční imunitní reakci. Byly identifikovány následující imunoreaktivní klony a inserty obsahující chlamydiové geny byly sekvencovány: CTL2gam-l (SEQ ID NO: 290); CTL2gam-2 (SEQ ID NO: 289); CTL2gam-5 (SEQ ID NO: 288); CTL2gam-6-3' (SEQ ID NO: 287; druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2gam-6-5' (SEQ ID NO: 286; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2gam-8 (SEQ ID NO: 285); CTL2gam-10 (SEQ ID NO: 284); CTL2gam-13 (SEQ ID NO: 283); CTL2gam-15-5’ (SEQ ID NO: 282 druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2gam-15-5' (SEQ ID NO: 281; první určená genomová sekvence představující 5' konec); CTL2gam-17 (SEQ ID NO: 280); CTL2gam-18 (SEQ ID NO: 279); CTL2gam-21 (SEQ ID NO: 278); CTL2gam-23 (SEQ ID NO: 277); CTL2gam-26 (SEQ ID NO: 275); CTL2gam-27 (SEQ ID NO: 274); CTL2gam-28 (SEQ ID NO: 273);
115
CTL2gam-30-5' (SEQ ID NO: 272 druhá určená genomová sekvence představující 3' konec); CTL2gam-30-5’ (SEQ ID NO: 271; první určená genomová sekvence představující 5’ konec).
Příklad 2: Indukce proliferace T-lymfocytů a produkce interferonu-gamma antigeny Chlamydia trachomatis
Schopnost rekombinantních antigenů Chlamydia trachomatis indukovat proliferaci T-lymfocytů a produkci interferonu gamma byla určena následujícím způsobem.
Proteiny se indukovaly IPTG a přečistily se afinitní chromatografií na Ni-NTA agarose (Webb et al., J. Immunology 157: 5034-5041, 1996). Přečištěné polypeptidy se potom vyšetřovaly na schopnost indukovat proliferaci T-lymfocytů v přípravcích PBMC. PBMC od pacientů s C.trachomatis, stejně jako od normálních dárců, o kterých je známo, že jejich T-lymfocyty proliferují v reakci na chlamydiové antigeny, se kultivovaly v mediu obsahujícím RPMI 1640 doplněné 10% lidským sérem a 50 ug/ml gentamycinu. Přečištěné polypeptidy se přidaly dvojmo v koncentracích 0,5 až 10 ug/ml. Po 6 dnech kultivace v 96-jamkových plotnách s oblým dnem v objemu 200 ul se z každé jamky odebralo 50 ul media za účelem stanovení koncentrace IFN-gamma, jak je popsáno dále. Plotny se potom pulsovaly 1 uCi/jamku tritiovaného thymidinu po dalších 18 hodin a potom se vyhodnocovalo vychytávání thymidinu za použití plynového scintilačního detektoru. Frakce, které vedly k proliferaci - v obou provedeních - vyšší než trojnásobné než je proliferace pozorovaná u buněk kultivovaných v samotném mediu, se považovaly za pozitivní.
Interferon gamma se měřil pomocí ELISA. ELISA plotny se potáhly myší monoklonální protilátkou namířenou proti lidskému IFN-gamma (PharMingen, San Diego, CA) v PBS během 4 hodin při teplotě
116 místnosti. Jamky se potom blokovaly PBS obsahujícím 5% (hmot./obj.) odtučněného mléka během 1 hodiny při teplotě místnosti. Plotny se potom šestkrát promyly v PBS/0,2% Tween 20 a vzorky se naředily 1:2 v kultivačním mediu a v ELISA plotně se inkubovaly přes noc při teplotě místnosti. Plotny se znovu promyly a do každé jamky se přidalo polyklonální králičí sérum proti lidskému IFN-gamma naředěné 1:3000 v PBS/10% normálním kozím séru. Plotny se potom inkubovaly po dobu 2 hodin při teplotě místnosti, promyly se a přidal se anti-králičí IgG konjugovaný na křenovou peroxidasu (Sigma Chemical Co, St. Louis, MO) v ředění 1:2000 v PBS/5% odtučněném sušeném mléku. Po dalších 2 hodinách inkubace při teplotě místnosti se plotny promyly a přidal se TMB substrát. Reakce se ukončila za 20 minut přidáním 1N kyseliny sírové. Optická densita se určila při 450 nm za použití 570 nm jako referenční vlnové délky. Frakce, které v obou provedeních dávaly OD dvakrát vyšší než je průměrná OD pro buňky kultivované pouze v mediu, plus 3 standardní odchylky, byly považovány za pozitivní.
Za použití výše uvedeného způsobu bylo zjištěno, že rekombinantní 1B1-66 protein (SEQ ID NO: 5), stejně jako dva syntetické peptidy odpovídající aminokyselinovým zbytkům 48-67 (SEQ ID NO: 13; označená jako 1-B1-66/48-67) a 58-77 (SEQ ID NO: 14, označená jako 1B1-66/58-77), v příslušném pořadí, SEQ ID NO: 5, indukují proliferaci a produkci IFN-gamma v T-lymfocytární linii specifické pro Chlamydie použité při vyšetřování genomové knihovny C. trachomatis LGV II.
Další pokusy odhalily epitop C. trachomatis specifický pro T-lymfocyty v ribosomálním S13 proteinu. Za použití standardní techniky mapování epitopů dobře známé v oboru byly dva T-lymfocytární epitopy v ribosomálním S13 proteinu (rS13) identifikovány v T-lymfocytární linie specifické pro Chlamydie od dárce CL-8 (T-lymfocytární linie TCL-8 EB/DC). Obr. 8 ukazuje, že
117 první peptid, rS13 1-20 (SEQ ID NO: 106) je 100% identický s příslušnou sekvencí C. pneumoniae, což vysvětluje zkříženou reaktivitu T-lymfocytární linie k rekombinantní C. trachomatis a C. pneumoniae-rS13. Odpověď na druhý peptid rS13-56-77 (SEQ ID NO: 108) je specifická pro C. trachomatis, což naznačuje, že odpověď na rS13 u tohoto asymptomatického zdravého dárce byla vyvolána expozicí C. trachomatis a nikoliv C. pneumoniae nebo jakýmkoliv j iným mikrobem.
Jak je popsáno v příkladu 1, klon 11-C12-91 (SEQ ID NO: 63) identifikovaný za použití TCP-21 buněčné linie, obsahuje 269 bp insert, který je součástí OMP2 genu (CT443) a vykazuje homologii s 60 kDa proteinem zevní membrány bohatým na cystein od C. pneumoniae, který se označuej jako OMCB. Pro další definování reaktivních epitopů se provedlo epitopové mapování za použití série překrývajících se peptidů a imunotestu popsaného výše. Stručně, proliferační odpovědi byly stanoveny stimulací 2,5 x 104 TCP-21 T-lymfocytů za přítomnosti 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů buď neinfekčními elementárními tělísky od C.. trachomatis a C. pneumoniae, nebo peptidy odvozené od proteinové sekvence C. trachomatis nebo C. pneumoniae OMCB peptidu (0,1 ug/ml). TCP-21 T-lymfocyty odpovídají na epitopy CT-OMCB#167-186, CT-OMCB#171-190, CT-OMCB#171-186 a v menším rozsahu na CT-OMCB#175-186 (SEQ ID NO: 249-252, v příslušném pořadí). Významné je, že TCP-21 T-lymfocytární linie také proliferuje v reakci na homologní peptid C. pneumoniae CP-OMCB#171-186 (SEQ ID NO: 253), kde tato proliferate je stejná nebo lepší než proliferace v reakci na peptidy C. trachomatis. Aminokyselinová substituce v pozici 2, t.j. Asp za Glu, a v pozici 4, t.j. Cys za Ser, nemění proliferativní reakce T-lymfocytů a tak dokazuje, že tento epitop je zkříženě reaktivní epitop mezi C. trachomatis a C. pneumoniae.
118
Pro další definování epitopu popsaného výše byla další T-lymfocytární linie, TCT-3, použita v pokusech o mapování epitopů. Imunotesty byly provedeny způsobem popsaným výše s tou výjimkou, že byly testovány pouze epitopy C. trachomatis. T-lymfocyty proliferovaly v reakci na dva peptidy, CT-OMCB#152-171 a CT-OMCB#157-176 (SEQ ID NO: 246 a 247, v příslušném pořadí), což definovalo další imunogenní epitop v proteinu zevní membrány bohatém na cystein C. trachomatis.
Klon 14-H1-4 (SEQ ID NO: 56, s odpovídající úplnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 92) , byl identifikován pomocí TCT-3 buněčné linie v CD4 T-lymfocytárním expresním klonovacím systému popsaném výše a bylo prokázáno, že obsahuje kompletní ORF genu pro thiol-specifické antioxidační činidlo (CT603), označované jako TSA. Byly provedeny imunotesty pro epitopové mapování, jak byly popsány výše, za účelem dalšího definování epitopu. TCT-3 T-lymfocytární linie vykazovala silnou proliferaci v reakci na překrývající se peptidy CT-TSA#96-115, CT-TSA#101-120 a CT-TSA#106-125 (SEQ ID NO: 254-256, v příslušném pořadí), což prokázalo imunoreaktivní epitop v genu pro thiol-specifické antioxidační činidlo C. trachomatis serovaru LGV II.
Příklad 3: Příprava syntetických polypeptidů.
Polypeptidy mohou být syntetizovány na Millipore 9050 peptidovém syntezátoru za použití FMOC chemikálií s HPTU (O-benzotriazol-Ν,Ν,Ν' ,N' -tetramethyluroniumhexafluorfosfatové) aktivace. Gly-Cys-Gly sekvence může být navázána na amino- konec peptidu za zisku způsobu pro konjugování nebo značení peptidu. Štěpení peptidu z pevného nosiče může být provedeno za použití následující štěpící směsi: kyselina trifluoroctová: ethandithiol: thioanisol: voda: fenol (40:1:2:2:3) Po štěpení po dobu 2 hodin
119 mohou být peptidy vysráženy chladným methyl-terč.butyl-etherem. Peptidové pelety mohou být potom rozpuštěny ve vodě obsahující 0,1% kyselinu trifluoroctovou (TFA) a mohou být lyofilizovány před přečištěním na C18 HPLC s reverzní fází. Gradient 0-60% acetonitrilu (obsahující 0,1% TFA) ve vodě (obsahující 0,1% TFA) může být použit pro eluci peptidů. Po lyofilizaci čistých frakcí mohou být peptidy charakterizovány pomocí hmotnostní spektrometrie s elektrosprayem a aminokyselinovou analýzou.
Příklad 4: Izolace a charakterizace DNA sekvencí kódujících chlamydiové antigeny za použití retrovirových expresních systémů a následné imunologické analýzy
Genomová knihovna Chlamydia trachomatis LGV II byla připravena omezeným trávením za použití BamHI, BglII, BstYi a Mbol restrikčních enzymů. Fragmenty získané restrikčním trávením byly potom ligovány do BamHI místa retrovirových vektorů pBIB-KSl,2,3. Tato sada vektorů byla modifikována tak, aby obsahovala Kosakovo translační iniciační místo a stop kodony pro umožnění exprese proteinů z krátkých fragmentů genomové DNA, jak je uvedeno na obr. 2. Byly připraveny DNA soubory z 80 klonů a byly transfektovány do retrovirové sbalovací linie Phoenix-Ampho, jak je popsáno v Pear, W.S., Scott, M.L. a Nolan, G.P., Generation of High Titre, Hepler free Retroviruses by Transient Transfection. Methods in Molecular Medicine: Gene Therapy Protocols, Humana Press, Totowa,, NJ, str. 41-57. Chlamydiová knihovna v retrovirové formě byla potom přenesena do P815 buněk exprimujících H2-Ld, které byly potom použity jako cílové buňky pro stimulaci T-lymfocytární buněčné linie specifické pro antigen.
Pro Chlamydie-specifická, myší H2° restrihovaná CD8+ T-lymfocytární linie byla expandována v kultuře opakovanými stimulacemi pomocí ozářených J774 buněk infikovaných chlamydiemi a
120 ozářených syngenních buněk sleziny, jak je popsáno ve Starnbach, M., J. Immunol. 153: 5183, 1994. Tato T-lymfocytární linie specifická pro chlamydie byla použitapro vyšetřování chlamydiové genomové expresní knihovny exprimované retrovirem-transdukovanými P815 buňkami. Pozitivní DNA soubory byly identifikovány detekcí produkce IFN-gamma za použití ELISPOT analýzy (viz Lalvani et al., J. Experimental Medicine 186: 859-865, 1997).
Dva pozitivní soubory, označené jako 2C7 a 2E10, byly identifikovány IFN-gamma ELISPOT testem. Stabilní transduktanty P815 buněk ze souboru 2C7 byly klonovány limitním ředěním a jednotlivé klony byly selektovány podle jejich kapacity vyvolat produkci CTL linie specifické pro Chlamydie. Z tohoto Skríningového procesu byly selektovány čtyři pozitivní klony, označené jako 2C7-8, 2C7-9, 2C7-19 a 2C7-21. Podobně byl dále vyšetřován pozitivní soubor 2E10, což vedlo k zisku dalšího pozitivního klonu, který obashuje tři inserty. Tři inserty jsou fragmenty CT016, tRNA synthasy a clpX genů (SEQ ID NO: 268-270, v příslušném pořadí).
Transgenní DNA z těchto čtyř pozitivních 2C7.8 klonů byly amplifikovány PCR za použití pBIB-KS specifických primerů pro selektivní amplifikaci insertu chlamydiové DNA. Amplifikované fragmenty byly přečištěny na gelu a sekvencovány. Jeden imunoreaktivní klon, 2C7-8 (SEQ ID NO: 15, s předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 32), je 160 bp fragment s homologií k nukleotidům 597304-597145 Chlamydia trachomatis, serovaru D (NCBI, BLAST vyhledávání; SEQ ID NO: 33, s předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 34). Sekvence klonu 2C7-8 se mapuje do dvou domnělých otevřených čtecích rámců z regionu s vysokou homologií popsanou bezprostředně výše, a konkrétně, jeden z těchto dvou domnělých otevřených čtecích rámců, který se skládá z 298 aminokyselinového fragmentu (SEQ ID NO: 16, s předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 17) vykazoval imunologickou aktivitu.
Kompletní klonování 298 aminokyselinového fragmentu (označeného jako CT529 a/nebo Čapl gen) ze serovaru L2 bylo získáno PCR amplifikací za použití 5'-ttttgaagcaggtaggtgaatatg (kódující) (SEQ ID NO: 159) a 5'-ttaagaaatttaaaaaatccctta (reverzní) (SEQ ID NO: 160) primerů, a za použití přečištěné L2 genomové DNA C. trachomatis jako templátu. Tento PCR produkt byl přečištěn na gelu, byl klonován do pCRBlunt (Invitrogen, Carlsbad, CA) pro sekvencování a potom byl subklonován do EcoRI místa pBIB-KMS, derivátu pBIB-KS pro expresi. Homolog CT529 Chlamydia pneumoniae je uveden v SEQ ID NO: 291, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 292.
Kompletní DNA kódující různé CT529 serovary byly amplifikovány z bakteriálních lyzátů obsahujících 105 IFU, za použití popsaného způsobu (Denamur, E., C. Sayada, A. Souriau, J. Orfila, A. Rodolakis, and J. Elion, 1991, J. Gen. Microbiol. 137: 2525). Následující serovary byly amplifikovány popsaným způsobem: Ba (SEQ ID NO: 134, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 135); E (BOUŘ) a E(MTW447) (SEQ ID NO: 122, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 123); F(NI1) (SEQ ID NO: 128, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 129); G (SEQ ID NO: 126, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 127); la (SEQ ID NO: 124, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 125); LI (SEQ ID NO: 130, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 131) ; L3 (SEQ ID NO: 132, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 133); I (SEQ ID NO: 263, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 264); K (SEQ ID
122
NO: 265, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 266); a MoPn (SEQ ID NO: 136, s příslušnou předpokládanou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 137) . PCR reakce byly provedeny s Advantage Genomic PCR kitem (Clontech, Palo Alto, CA) za použití primerů specifických pro DNA serovaru L2 (externí k ORF) . Sekvence primerů byly 5'-ggtataatatctctctaaattttg (kódující - SEQ ID NO: 161) a 5'-agataaaaaaggctgtttg' (reverzní - SEQ ID NO: 162), s výjimkou MoPn, který vyžadoval 5'-ttttgaagcaggtaggtgaatatg (kódující - SEQ ID NO: 163) a 5'-tttacaataagaaaagctaagcactttgt (reverzní - SEQ ID NO: 164). DNA amplifikovaná PCR byla přečištěna Qiaquick PCR pumfication kitem (Qiagen, Valencia, CA) a byla klonována do pCR2.1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) pro sekvencování.
Sekvencování DNA získané z insertů amplifikovaných PCR od imunoreaktivních klonů bylo provedeno na automatizovaném sekvenátoru (ABI 337) za použití pBIB-KS specifického kódujícího primerů 5'-ccttacacagtcctgctgac (SEQ ID NO: 165) a reverzního primem 3'-gtttccgggccctcacattg (SEQ ID NO: 166). PCRBlunt klonovaná DNA kódující CT529 serovaru L2 a pCR2.1 klonovaná DNA kódující CT529 serovaru Ba, E(BOUR), E(MTW447), F (NII), G, Ia, K, LI, L3 a MoPn byly sekvencovány za použití T7 promotoru primem a univerzálních M13 kódujících a M13 reverzních primem.
Pro stanovení toho, zda tyto domnělé otevřené čtecí rámce (SEQ ID NO: 16 as 20) kódují protein s imunologickou funkcí, byly syntetizovány překrývající se peptidy (délky 17-20 aminokyselin) pokrývající délku dvou otevřených čtecích rámců, jak je popsáno vpříkladu 3. Standardní test uvolňování chrómu byl použit pro stanovení procenta specifické lýzy peptidem pulsovaných Η2Λ restrihovaných cílových buněk. V tomto testu byly podíly P815 buněk (H2Ů) značeny při teplotě 37 °C po dobu jedné hodiny 100 uCi 5XCr za přítomnosti nebo nepřítomnosti 1 ug/ml uvedeného peptidu.
123
Po této inkubaci byly značené P815 buňky promyty pro odstranění nadbytku s:LCr a peptidů a potom byly umístěny dvojmo na mikrokultivační plotny v koncentraci 1000 buněk/jamku. Efektorové CTL (CD8 T-lymfocyty specifické pro Chlamydie) byly přidány v uvedených poměrech efektor:cíl. Po 4 hodinové inkubaci byly odebrány supernatanty a gamma kamerou bylo měřeno uvolňování 51Cr do supernatantu. Dva překrývající se peptidy z 298 aminokyselinového otevřeného čtecího rámce specificky stimulovaly CTL linii. Peptidy uvedené v SEQ ID NO: 138-156 byly syntetizovány a představují translaci L2 homologu otevřeného čtecího rámce pro CT529 (Čapl gen) serovaru D a 216 aminokyselinový otevřený čtecí rámec, jak je uvedeno na obr. 3, peptidy CtC7.8-12 (SEQ ID NO: 18, též označovaný jako Capl#132-147, SEQ ID NO: 139) a CtC7.8-13 (SEQ ID NO: 19, též označovaný jako Capl#138-155, SEQ ID NO: 140), byly schopné vyvolat 38 až 52% specifickou lýzu, v příslušném pořadí, při poměru efektor:cíl 10:1. Významné je, že přesah mezi těmito dvěma peptidy obsahoval předpokládaný H2Ů (Ků a L'1) vazebný peptid. 10 aminokyselinový peptid byl syntetizován tak, aby odpovídal této přesahující sekvenci (SEQ ID NO: 31) a bylo zjištěno, že generuje silnou imunitní odpověď v anti-chlamydiové CTL linii v Elispot testu. Významné je to, že prohledávání nejnovější GenBank databáze neodhalilo žádné proteiny, které by byly dříve přisouzeny tomuto genu. Proto domnělý otevřený čtecí rámec kódující klon 2C7-8 (SEQ ID NO: 15) definuje gen, který zahrnuje antigen od Chlamydie, který je schopný stimulovat CD8+ T-lymfocyty specifické pro antigen MHC-I restrihovaným způsobem, což dokazuje, že tento antigen může být použit pro vývoj vakcíny proti Chlamydiím.
Pro potvrzení těchto výsledků a pro další mapování epitopů byly připraveny zkrácené peptidy (SEQ ID NO: 138-156) a byly testovány na rozpoznávání T-lymfocyty v IFN-gamma ELISPOT testu. Zkrácení Serl39 (Capl#140-147, SEQ ID NO: 146) nebo Leu 147 (Capl#138-146,
124
SEQ ID NO: 147) rušilo rozpoznávání T-lymfocyty. Tyto výsledky naznačují, že 9-merový peptid Capl#139-147 (SFIGGITYL, SEQ ID NO: 145) je minimální epitop rozpoznávaný T-lymfocyty specifickými pro Chlamydie.
Srovnání sekvencí Čapl (TC529) od vybraných serovarů C. trachomatis (SEQ ID NO: 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 137 a 139) ukázalo, že jedna aminokyselinová odlišnost se nachází v pozici 2 navrženého epitopu. Homologický peptid serovarů D je SIIGGITYL (SEQ ID NO: 168). Byla srovnávána schopnost SFIGGITYL a SIIGGITYL umožnit rozpoznávání cílových buněk T-lymfocyty specifickými pro Chlamydie. Sériová ředění každého peptidů byla inkubována s P815 buňkami a byla testována na rozpoznávání T-lymfocyty v testu uvolňování slCr, jak byl popsán výše. T-lymfocyty specifické pro Chlamydie rozpoznávají peptid serovarů L2 při minimální koncetraci 1 nM a peptid serovarů D při minimální koncentraci 10 nM.
Další pokusy prokázaly, že Capl#139-147 specifický T-lymfocytární klon rozpoznává buňky infikované C. trachomatis. Pro potvrzení toho, že Capli3g_i47 je přítomen na povrchu buněk infikovaných Chlamydiemi byly Balb-3T3 (Η-2^) buňky infikovány C. trachomatis serovarů L2 a byly testovány pro určení toho, zda jsou tyto buňky rozpoznávány CD8+ T-lymfocytárním klonem specifickým pro Capl#139-147 epitop (SEQ ID NO: 145). T-lymfocytární klon specifický pro Capl#139-147 epitop byl získán limitním ředěním T-lymfocytární linie 69. T-lymfocytární klon specificky rozpoznává buňky infikované Chlamydiemi. V těchto pokusech byly cílovými buňkami buňky infikované Chlamydiemi (pozitivní kontrola) nebo neinfikované Balb/3T3 buňky, vykazující 45%, 36% a 30% specifickou lýzu při poměrech efektorových a cílových buněk 30:1, 10:1 a 3:1, v příslušném pořadí; nebo buňky P815 potažené Capl#139-147 epitopem (SEQ ID NO: 145) nebo neošetřené P815 buňky, vykazující
83%, 75% a 58% specifickou lýzu při poměrech efektorových a cílových buněk 30:1, 10:1 a 3:1, v příslušném pořadí (negativní kontroly vykazovaly menší než 5% lýzu ve všech případech). Tato data naznačují, že epitop je přítomen během infekce.
Pokusy in vivo prokázaly, že T-lymfocyty specifické pro Capl#139-147 epitop jsou aktivovány během infekce myši C. tachomatis. Pro stanovení toho, zda C. tachomatis aktivuje odpověď T-lymfocytů specifických pro Capl#139-147 epitop, byly myši infikovány i.p. 10s IFU C. tachomatis serovaru L2 . 2 týdny po i nfekci byly myši utraceny a buňky sleziny byly stimulovány na ozářených syngenních buňkách sleziny pulsovaných Capl#139-147 peptidovým epitopem. Po 5 dnech inkubace byly kultury použity ve standardním testu uvolňování slCr pro určení toho, zda byly v kultuře přítomny T-lymfocyty specifické pro Capl#139-147 epitop. Konkrétně, buňky sleziny od myši imunizované C. trachomatis serovaru L2 nebo od kontrolní myši, které byl injekčně podán PBS, po 5 dnech kultivace se syngenními buňkami sleziny potaženými Capl#139-147 peptidem a CD8+ T-lymfocyty schopnými specificky rozpoznávat Capl#139-147 epitop, dávaly 73%, 60% a 32% specifickou lýzu při poměru efektorových a cílových buněk 30:1, 10:1 a 3:1, v příslušném pořadí. Kontrolní myši měly procento lýzy přibližně 10% při poměru cílových a efektorových buněk přibližně 30:1 a tato lýza se rovnoměrně snižovala při snižování poměru efektorových a cílových buněk. Cílové buňky byly P815 buňky potažené Capl#139-147 peptidem nebo nepotažené P815 buňky. Tato data naznačují, že T-lymfocyty specifické pro Capl#139-147 peptid jsou aktivovány během infekcemyši C. trachomatis.
Lokalizace Ct529
Byly provedeny pokusy demonstrující to, že Ct529 (zde označovaný jako Cap-1) se lokalizuje do inklusní membrány buněk
126 infikovaných C. trachomatis a není asociován s elementárními tělísky nebo retikulačními tělísky. Jak bylo popsáno výše, byl Cap-1 identifikován jako produkt Chlamydií, které stimulují CD8+ CTI. Tyto CTL jsou protektivní v myším modelu infekce, což činí z Cap-1 dobrý kandidát na vakcínu. Dále, protože jsou tyto CTL MHC restrihované, musí mít Cap-1 gen přístup do cytosolu infikovaných buněk, což může být jedinečnou charakteristikou specifických chlamydiových genových produktů. Proto může být určení buněčné lokalizace genových produktů užitečné pro charakterizaci Cap-1 jako kandidáta pro vakcinaci. Pro detekci intracelulární lokalizace Cap-1 se králičí polyklonální protilátky namířené proti rekombinantnímu polypeptidu obsahujícímu N-koncových 125 aminokyselin Cap-1 (SEQ ID NO: 305, s aminokyselinovou sekvencí zahrnující N-koncovou 6-His koncovku uvedenou v SEQ ID NO: 304) použity pro barvení McCoy buněk infikovaných Chlamyidií.
Králičí anti-Cap-1 polyklonální protilátky byly získány hyperimunizací králíků rekombinantním polypeptidem, rCt529cl-125 (SEQ ID NO: 305) obsahujícím N-koncovou část Cap-1. Rekombinantní rCt529el-125 protein byl získán z E. coli transformované pET expresním plasmidem (jak je popsáno výše) kódujícím nukleotidy 1-375 kódující N-koncové aminokyseliny 1-125 Cap-1. Rekombinantní protein byl přečištěn Ni-NTA za použití technik dobře známých v oboru. Jako pozitivní kontrolní antisérum se použilo polyklonální antisérum namířené proti elementárním tělískům připravené imunizací králíků přečištěnými elementárními tělísky C. trachomatis (Biodesign, Sacco, Maine). Pre-imunní sérum získané od králíků před imunizací Cap-1 polypeptidem se použilo jako negativní kontrola.
Imunocytochemické vyšetření se provedlo na monovrstvách McCoy buněk kultivovaných na skleněných krycích sklíčkách inokulovaných buď C. trachomatis serovarem L2, nebo C. psitacci kmenem 6BC, v
127 koncentraci 106 IFU (jednotek vytvářejících inkluse) na ml. Po 2 hodinách se medium aspirovalo a nahradilo se čerstvím RP-10 ediem doplněným cykloheximidem (1.0 ug/ml) . Infikované buňky se inkubovaly v 7% CO2 po dobu 24 hodin a fixovaly se aspirací media, vypláchnutím buněk jednou PBS a fixací v methanolu po dobu 5 minut. Pro barvení na antigen se fixovaná monovrstva buněk promyla PBS a provedla se inkubace při 37 °C po dobu 2 hodin s 1:100 ředěními specifického nebo kontrolního antiséra. Buňky se propláchly PBS a inkubovaly se po dobu 1 hodiny s fluoresceinem isothiokyanatanem (FITC)-značeným anti-králičím IgG (KPL, Gaithersburg) a barvily se Evansovou modří (0,05%) v PBS. Fluorescence se pozorovala za použití 100X objektivu (Zeiss epifluorescenční mikroskop) a vyfotografovala se (Nikon UFX-11A kamera).
Výsledky tohoto pokusu ukazují, že Cap-1 se lokalizuje do inklusní membrány buněk infikovaných C. trachomatis. Protilátka specifická pro Cap-1 značkovala inklusní membrány buněk infikovaných C. trachomatis, ale ne chlamydiové elementární tělíska obsažaná v těchto inklusích nebo uvolněná během procesu fixace. Naopak, protilátka proti elementárním tělískům jasně značila bakteriální tělíska, nejen v inklusích, ale i ta, která byla uvolněna během procesu fixace. Specificita anti-Cap-1 protilátky je demonstrována skutečností, že nebarví buňky infikovaná C. psittaci. Specificita Cap-1 značení je také prokázána nepřítomností reaktivity v preimuním séru. Tyto výsledky naznačují, že Cap-1 je uvolňována z bakterií a asociuje se s chlamydiovou inklusní membránou. Proto je Cap-1 genový produkt, který může být užitečný pro stimulaci CD8+ T-lymfocyt při vývoji vakcíny proti infekcím způsobeným chlamydiemi.
Význam Cap-1 genu jako potenciálního CTL antigenu ve vakcíně proti chlamydiovým infekcím je dále ilustrován dvěma dalšími
128
sériemi pokusů. Nejprve bylo prokázáno, že CTL specifické pro MHC-I epitop Cap-1 CT529#138-147 peptid C. trachomatis (SEQ ID NO: 144) jsou indukovány na vysokou frekvenci během přirozené infekce. Konkrétně, Balb/C myši byly naočkovány 10® IFU C. trachomatis, serovaru L2. Po 2 týdnech se odebraly sleziny a provedla se kvantifikace pomocí Elispot analýzy na počet buněk secernujících IFn-gamma v reakci na buňky prezentující antigen pulsované Cap-l#138-147 peptidem. Ve dvou pokusech byl počet buněk secernujících IFN-gama v 10s splenocytů přibližně 1% všech CD8+ T-lymfocytů. Tato vysoká frekvence CD8+ CTL odpovídajících na MHC-1 epitop (Cap-1 CT529#138-147 peptid) naznačuje, že Cap-1 je při infekci vysoce imunogenní.
Výsledky z druhé série pokusů ukazují, že Cap-1 protein je po infekci téměř okamžitě detekovatelný v cytosolu hostitelské buňky. Toto je ukázáno na časovém průběhu prezentace Cap-1 CT529#138-147 peptidu. Stručně, 3T3 buňky se infikovaly C. trachomatis serovaru L2 po různou dobu a potom se testovaly na rozpoznávání CTL specifickými pro Cap-1 CT529#138-147 peptid. Výsledky ukazují, že 3T3 buňky infikované C. trachomatis jsou cílem rozpoznávání CTL specifickými pro antigen již za 2 hodiny po infekci. Tyto výsledky ukazují, že Cap-1 je časný protein syntetizovaný při -vývoji elementárních tělísek C. trachomatis na retikulární tělíska. CD8+ CTL imunitní reakce namířená proti genovému produktu exprimovanému časně při infekci může být účinná ve vakcíně proti chlamydiovým infekcím.
Příklad 5: Vyvolání protilátkové a T-lymfocytámí odpovědi u myší imunizovaných chlamydiovými antigeny
Testy imunogenicity byly provedeny pro stanovení protilátkové a CD4+ T-lymfocytární odpovědi u myší imunizovaných bud' přečištěným SWIB, nebo S13 proteinem připravenými s Montanide adjuvans, nebo
DNA imunizací pcDNA-3 expresními vektory obsahujícími DNA sekvence pro SWIB nebo S13 . SWIB je také označován jako klon 1-B1-66 (SEQ ID NO: 1, s odpovídající aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 5), a S13 ribosomální protein je také označován jako klon 10-C10-31 (SEQ ID NO: 4, s odpovídající aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 12) . V prvním pokusu byly skupiny tří C57BL/6 myší imunizovány dvakrát a byla sledována protilátková a CD4+ T-lymfocytární odpověď. DNA imunizace byla provedena intradermálně na bázi ocasu a polypeptidové imunizace byly provedeny podkožně. Výsledky standardního testu inkorporace H v buňkách sleziny od imunizovaných myší ukázaly silnou proliferativní odpověď ve skupině imunizované přečištěným rekombinantním SWIB polypeptidem (SEQ ID NO: 5). Další analýzy v testech na indukci cytokinů, jak byly popsány výše, prokázaly, že skupina imunizovaná SWB polypeptidem produkovala měřitelné IFN-gamma a IL-4 odpovědi. Potom byly provedeny ELISA testy pro určení převládajícího izotypu v protilátkové odpovědi ve skupině imunizované SWIB polypeptidem. Obr. 4 ilustruje to, že skupina imunizovaná SWIB měla protilátkovou odpověď především IgGl.
Ve druhém pokusu byly C3H myši imunizované třikrát 10 ug přečištěného SWIB proteinu (který je označován také jako klon 1-B1-66, SEQ ID NO: 5), který byl připraven buď v PBS nebo Montanide, ve 3 týdenních intervalech, a odběry byly provedeny dva týdny po třetí imunizaci. Titry protilátek proti SWIB proteinu byly určeny standardním ELISA testem známým v oboru a bylo zjištěno, že SWIB protein připravený s Montanide adjuvans indukoval silnou protilátkovou odpověď. Proliferační reakce T-lymfocytů byla určena pomocí XTT testu (Scudiero et al., Cancer Research, 1988, 48: 4827). Jak je uvedeno na obr. 5, splenocyty od myší imunizovaných SWIB polypeptidem plus Montanide indukovaly proliferační odpověď specifickou pro antigen. Dále, kapacita splenocytů od imunizovaných myší secernovat IFN-gamma v reakci na
130 rozpustný rekombinantní SWIB polypeptid byla určena za použití testu indukce cytokinů, jak byl popsán dříve. Splenocyty od všech zvířa ve skupině imunizované SWIB polypeptidem připraveným s Montanide adjuvans secernovaly IFN-gamma v reakci na expozici SWIB antigenu od Chlamydie, což dokazuje imunitní reakci specifickou pro Chlamydie.
V dalším pokusu byly C3H myši imunizované ve třech dobách na bázi ocasu 10 ug SWIB nebo S13 proteinu (C. trachomatis, SWIB protein, klon 1-B1-66, SEQ ID NO: 5; a S13 protein, klon 10-C10-31, SEQ ID NO: 4), který byl připraven s SBAS2 adjuvans (SmithKline Beecham, London, England). Titry protilátek specifických pro antigen byly měřeny ELISA a ukázalo se, že oba polypeptidy indukovaly silnou IgG odpověď, v rozmezí titrů IxlO”4 do IxlO-5. IgGl a IgG2a složky této odpovědi byly přítomné v téměř stejných množstvích, proliferační odpovědi T-lymfocytů specifické pro antigen, které byly určeny standardními testy inkorporace 3H na buňkách sleziny izolovaných od imunizovaných myší, byly dosti silné pro SWIB (o 50000 cpm vyšší než pro negativní kontrolu) a ještě silnější pro S13 (o 100000 cpm než pro negativní kontrolu). Produkce IFN-gamma byla testována standardním ELISA testem ze supernatantu proliferující kultury. In vitro restimulace kultury S13 proteinem indukovala vysokou produkci IFN-gamma, přibližně 25 ng/ml versus 2 ng/ml pro negativní kontrolu. Restimulace SWIB proteinem také indukovala produkci IFN-gamma, i když v menším rozsahu.
V podobném pokusu byly C3H myši imunizované ve teřch dobách na bázi ocasu 10 ug SWIB nebo S13 proteinu (C. trachomatis, SWIB protein, klon 1-B1-66, SEQ ID NO: 5; a S13 protein, klon 10-C10-31, SEQ ID NO: 4), který byl připraven s 10 ug cholera-toxinu. Slizniční imunizace byla provedena intranasální inokulací. Antigen-specifická protilátková odpověď byla měřena standardní ELISA technikou. Antigen-specifické IgG protilátky byly přítomny v krvi myší imunizovaných SWIB, s titry v rozmezí IxlO-3 až lxlO-4, ale žádné nebyly detekovatelné u zvířat imunizovaných S13 . T-lymfocytární reakce specifické pro antigen, jak jsou měřeny podle produkce IFN-gamma, dávaly podobné výsledky, jako jsou výsledky popsané výše pro systémovou imunizaci.
Pokus na zvířatech byl proveden pro určení imunogenicity CT52 9 serovaru LGV II CTL epitopů, který je definován CT529 10-merovým konvenčním peptidem (CSFIGGITYL - SEQ ID NO: 31) , o kterém bylo zjištěno, že je restrihovaným H2-Kd CTL epitopem. BALB/c myši (3 myši na skupinu) byly imunizované třikrát 25 ug peptidu spoleu s různými adjuvans. Peptid byl podáván systémově na bázi ocasu buď v SKB aduvantním systému SBAS-21', SBAS-7 (SmithKline Beecham, London, England) nebo v Montanide. Peptid byl také podáván intranasálně v kombinaci s 10 ug cholera-toxinu (CT). Naivní myši byly použity jako kontroly. 4 týdny po 3. imunizaci byly buňky sleziny restimulovány LPS-blasty pulsovanými 10 ug/ml CT529 10-měrového konvenčního peptidu při třech různých poměrech efektorových buněk ku LPS-blastům: 6, 1,5 a 0,4 při 1x10s buňkách/ml. Po 2 restimulacích byly efektorové buňky testovány na svou schopnost lyžovat peptidem pulsované P815 buňky pomocí standardního testu uvolňování chrómu. Nepříbuzný peptid z kuřecího vaječného ovalbuminu byl použit jako negativní kontrola. Výsledky dokazují, že signifikantní imunitní odpověď byla vyvolána proti CT529 10-měrovému konvenčnímu peptidu a že T-lymfocyty specifické pro antigen schopné lyžovat peptidem pulsované cíle byly indukovány imunizací peptidem. Přesněji, lytické aktivity specifické pro antigen byly zjištěny u skupin s SBAS-7 a CT adjuvans, zatímco SBAS-21' a Montanide selhaly v indukci imunizace CTL epitopem.
Příklad 6: Exprese a charakterizace genů Chlamydia pneumoniae
Lidská T-lymfocytární linie, TCL-8, popsaná v příkladu 1, rozpoznává dendritické buňky odvozené od monocytů infikované Chlamydia trachomatis, stejně jako Chlamydia pneumoniae, což naznačuje, že Chlamydia pneumoniae a Chlamydia trachomatis mohou obsahovat zkříženě reaktivní T-lymfocytární epitopy. Pro izolování genů Chlamydia pneumoniae homologních s geny Chlamydia trachomatis LGV II klony 1-B1-66, které jsou také označovány jako SWIB (SEQ ID NO: 1) a klonem 10-C10-31, který je též označován jako S13 ribosomální protein (SEQ ID NO: 4) , byly HeLa 229 buňky infikovány C. pneumoniae kmene TWAR (CDC/CWL-029). Po třech dnech inkubace byly HeLa buňky infikované C. pneumoniae sklízeny, promyty a resuspendovány ve 200 ul vody a zahřívaly se ve vroucí vodní lázni po dobu 20 minut. 10 ul suspenze rozrušených buněk se použilo jako templát pro PCR.
Primery specifické pro C. pneumoniae byly navrženy pro klony 1-B1-66 a 10-CIO-31 tak, že 5' konec obsahoval 6x-histidinovou koncovku a Ndel místo a 3' konec obsahoval stop kodon a BamHI místo (obr. 6). PCR produkty byly amplifikovány a sekvencovány za použití standardních technik dobře známých v oboru. Produkty PCR specifické pro C. pneumoniae byly klonovány do expresního vektoru pET17B (Novagen, Madison, WI) a byly transfektovány do E. coli BL21 pLysS pro expresi a následné přečištění za použití histidin-niklové chromatografické metody od Novagen. Takto byly připraveny dva proteiny C. pneumoniae, 10-11 kDa protein označený jako CpSWIB (SEQ ID NO: 27 a SEQ ID NO: 78 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 28), a 15 kDa protein označený jako CpS13 (SEQ ID NO: 29 a SEQ ID NO: 77 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 30 a 91, v příslušném pořadí).
Příklad 7: Indukce proliferace T-lymfocytů a produkce interferonu-gamma antigeny Chlamydia pneumoniae
Schopnost rekombinantních antigenů Chlamydia pneumoniae indukovat proliferaci T-lymfocytů a produkci interferonu gamma byla určena následujícím způsobem.
Proteiny se indukovaly IPTG a přečistily se afinitní chromatografií na Ni-NTA agarose (Webb et al., J. Immunology 157: 5034-5041, 1996). Přečištěné polypeptidy se potom vyšetřovaly na schopnost indukovat proliferaci T-lymfocytů v přípravcích PBMC. PBMC od pacientů s C. pneumoniae, stejně jako od normálních dárců, o kterých je známo, že jejich T-lymfocyty proliferují v reakci na chlamydiové antigeny, se kultivovaly v mediu bsahujícím RPMI 1640 doplněné 10% lidským sérem a 50 ug/ml gentamycinu. Přečištěné polypeptidy se přidaly dvojmo v koncentracích 0,5 až 10 ug/ml. Po 6 dnech kultivace v 96-jamkových plotnách s oblým dnem v objemu 200 ul se z každé jamky odebralo 50 ul media za účelem stanovení koncentrace IFN-gamma, jak je popsáno dále. Plotny se potom pulsovaly 1 uCi/jamku tritiovaného thymidinu po dalších 18 hodin a potom se vyhodnocovalo vychytávání thymidinu za použití plynového scintilačního detektoru. Frakce, které vedly k proliferaci - v obou provedeních - vyšší než trojnásobné než je proliferace pozorovaná u buněk kultivovaných v samotném mediu, se považovaly za pozitivní.
Interferon gamma se měřil pomocí ELISA. ELISA plotny se potáhly myší monoklonální protilátkou namířenou proti lidskému IFN-gamma (PharMingen, San Diego, CA) v PBS během 4 hodin při teplotě místnosti. Jamky se potom blokovaly PBS obsahujícím 5% (hmot./obj.) odtučněného sušeného mléka během 1 hodiny při teplotě místnosti. Plotny se potom šestkrát promyly v PBS/0,2% Tween 20 a vzorky se naředily 1:2 v kultivačním mediu a v ELISA plotně se inkubovaly přes noc při teplotě místnosti. Plotny se znovu promyly a do každé jamky se přidalo polyklonální králičí sérum proti lidskému IFN-gamma naředěné 1:3000 v PBS/10% normálním kozím séru. Plotny se potom inkubovaly po dobu 2 hodin při teplotě místnosti, promyly se a přidal se anti-králičí IgG konjugovaný na křenovou peroxidasu (Sigma Chemical Co, St. Louis, MO) v ředění 1:2000 v PBS/5% odtučněném sušeném mléku. Po dalších 2 hodinách inkubace při teplotě místnosti se plotny promyly a přidal se TMB substrát. Reakce se ukončila za 20 minut přidáním 1N kyseliny sírové. Optická densita se určila při 450 nm za použití 570 nm jako referenční vlnové délky. Frakce, které v obou provedeních dávaly OD dvakrát vyšší než je průměrná OD pro buňky kultivované pouze v mediu, plus 3 standardní odchylky, byly považovány za pozitivní.
Lidská anti-chlamydiová T-lymfocytární linie (TCL-8) zkříženě reagující s C. trachomatis a C. pneumoniae byla použita pro stanovení toho, zda exprimované proteiny popsané v předešlém příkladu (CpSWIB, SEQ ID NO: 27 a SEQ ID NO: 78 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 28, a 15 kDa protein označený jako CpS13, SEQ ID NO: 29 a SEQ ID NO: 77 obsahující 6xHis koncovku, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 30 a 91, v příslušném pořadí) obsahují T-lymfocytární epitopy společné C. trachomatis a C. pneumoniae. Stručně, E. coli exprimující chlamydiové proteiny se titrovaly na IxlO4 dendritických buněk odvozených od monocytů. Po dvou hodinách se kultury dendritických buněk promyly a přidalo se 2,5 x 104 T-lymfocytů (TCL-8) a inkubace pokračovala po dobu dalších 72 hodin. Množství IFN-gamma v supernatantu kultury se určilo ELISA. Jak je uvedeno na obr. 7A a 7B, TCL-8 T-lymfocytární linie specificky rozpoznávala S13 ribosomální protein od C. trachomatis i od C. pneumoniae, jak je dokázáno antigenněspecifickou indukcí IFN-gamma, zatímco tyto T-lymfocyty rozpoznávaly pouze SWIB protein od C. trachomatis. Pro ověření těchto výsledků byl T-lymfocytární epitop C. trachomatis SWIB identifikován epitopovým mapováním za použití cílových buněk pulsovaných sérií překrývajících se peptidů a T-lymfocytární linie TCL-8. Testy inkorporace 3H-thymidinu prokázaly, že peptid, označený jako C.t.SWIB 52-67, SEQ ID NO: 39, vyvolává nejsilnější proliferaci TCL-8 linie. Homologní peptidy odpovídající sekvenci SWIB C. pneumoniae (SEQ ID NO: 40), fúzi topoizomerasa-SWIB C. pneumoniae (SEQ ID NO: 43) a C. trachomatis (SEQ ID NO: 42), stejně jako lidská SWI doména (SEQ ID NO: 41) byly syntetizovány a byly testovány v tomto testu. T-lymfocytární linie TCL-8 rozpoznávala pouze C. trachomatis peptid SEQ ID NO: 39 a nikoliv příslušný peptid C. pneumoniae (SEQ ID NO: 40) ani jiné příslušné peptidy uvedené výše (SEQ ID NO: 41-43).
T-lymfocytární linie specifické pro chlamydie byly připraveny od dárce CP-21 s pozitivním titrem séra proti C. pneumoniae stimulací PBMC od dárce dendritickými buňkami odvozenými od monocytů infikovanými buď C. trachomatis, nebo C. pneumoniae, v příslušném pořadí. T-lymfocyty připravené proti C. pneumoniae odpovídaly na rekombinantní C. pneumoniae-SWIB, ale ne na C. trachomatis-SWIB, zatímco T-lymfocyty připravené proti C. trachomatis neodpovídaly na C. trachomatis ani na C. pneumoniae-SWIB (viz obr. 9) . Imunitní odpověď dárce CP-21 specifická pro C. pneumoniae-SWIB potvrdila infekci C. pneumoniae a naznačila indukci T-lymfocytů specifických pro C. pneumoniae-SWIB behem infekce C. pneumoniae in vivo.
Epitopové mapování T-lymfocytární reakce na C. pneumoniae-SWIB ukázalo, že Cp-SWIB-specifické T-lymfocyty odpovídají na překrývající se peptidy Cp-SWIB 32-51 (SEQ ID NO: 101) a Cp-SWIB 37-56 (SEQ ID NO: 102), což ukazuje na C. pneumoniae-SWIB specifický T-lymfocytární epitop Cp-SWIB 37-51 (SEQ ID NO: 100) .
• · · · · · ·
136
V dalších pokusech byly T-lymfocytární linie připraveny od dárce CPI, též C. pneumoniae seropozitivního dárce, stimulací PBMC neinfekčními elementáními tělísky od C. trachomatis a C. pneumoniae, v příslušném pořadí. Konkrétně, proliferační reakce byly určeny stimulací 2,5 x 104 T-lymfocytů za přítomnosti 1 x 10 dendritických buněk odvozených od makrofágů a neinfekčních elementárních tělísek odvozených od C. trachomatis a C. pneumoniae, nebo jedním z rekombinantních C. trachomatis nebo C. pneumoniae SWIB proteinů. T-lymfocytární reakce na SWIB napodobovala data získaná pro T-lymfocytární linii od CP-21 v tom, že C. pneumoniae-SWIB, ale nikoliv C. trachomatis-SWIB, vyvolávaly odpověď u C. pneumoniae T-lymfocytární linie. Dále, C- trachomatis T-lymfocytární linie neproliferovala v reakci ani na C. trachomatis, ani na C. pneumoniae SWIB, ačkoliv proliferovala v reakci na CT i na CP elementární tělíska. Jak je popsáno v příkladu 1, klon 11-C12-91 (SEQ ID NO: 63), identifikovaný za použití TCP-21 buněčné linie, obsahuje 269 bp insert, který je součástí OMP2 genu (CT443) a vykazuje homologii s 60 kDa proteinem zevním membrány bohatým na cystein od C. pneumoniae, který se označuje jako OMCB. Pro další definování reaktivních epitopů se provedlo epitopové mapování za použití série překrývajících se peptidů a imunotestu popsaného výše. Stručně, proliferační odpovědi byly stanoveny stimulací 2,5 x 104 TCP-21 T-lymfocytů za přítomnosti 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů s buď neinfekčními elementárními tělísky od C. trachomatis a C. pneumoniae, nebo peptidy odvozené od proteinové sekvence C. trachomatis nebo C. pneumoniae OMCB peptidů (0,1 ug/ml). TCP-21 T-lymfocyty odpovídají na epitopy CT-OMCB#167-186, CT-OMCB#171-190, CT-OMCB#171-186 a v menším rozsahu na CT-OMCB#175-186 (SEQ ID NO: 249-252, v příslušném pořadí). Významné je, že TCP-21 T-lymfocytární linie také proliferuje v reakci na homologní peptid C. pneumoniae CP-OMCB#171-186 (SEQ ID NO: 253), kde tato proliferace je stejná nebo lepší než
proliferace v reakci ha peptidy C. trachomatis. Aminokyselinová substituce v pozici 2, t.j. Asp za Glu, a v pozici 4, t.j. Cys za
Ser, nemění proliferativní reakce T-lymfocytů a tak dokazuje, že tento epitop je zkříženě reaktivní epitop mezi C. trachomatis a C.
pneumoniae.
Příklad 8: Imunitní reakce lidských PBMC a T-lymfocytárních linií na chlamydiové antigeny
Uvedené příklady naznačují, že v populaci existuje podskupina zdravých dárců, kteří byly infikováni C. trachomatis a vyvinula se u nich protektivní imunita kontrolující infekci C. trachomatis. Tito dárci zůstávají klinicky asymptomatiční a seronegativní pro C.. trachomatis. Pro charakterizování imunitních reakcí normálních dárců na chlamydiové antigeny, které byly identifikovány CD4 expresním klonováním, byly PBMC získané od 12 zdravých dárců testovány proti panelu rekombinantních chlamydiových antigenu včetně C. trachomatis-, C. pneumoniae-SWIB a C. trachomatis-, C. pneumoniae-S13. Data jsou shrnuta v následující tabulce 1. Všichni dárci byly seronegativní na C. trachomatis, zatímco 6/12 mělo pozitivní titr pro C. pneumoniae. Za použití stimulačního indexu >4 jako pozitivní reakce odpovídalo 11/12 jedinců na elementární tělíska C. trachomatis a 12/12 na elementární tělíska C. pneumoniae. Jeden jedinec, AD104, reagoval na rekombinantní S13 protein C. pneumoniae, ale ne na rekombinantní protein S13 C. trachomatis, což ukazuje na reakci specifickou pro C. pneumoniae. Tři z 12 dárců vykazovaly odpověď specifickou pro C. trachomatis-SWIB, ale ne C. pneumoniae-SWIB, což potvrzuje infekci C. trachomatis. C. trachomatis- a C. pneumoniae-S13 vyvolal odpověď u 8/12 jedinců, což ukazuje na chlamydiovou infekci. Tato data dokazují schopnost SWIB a S13 vyvolat T-lymfocytární reakci v PBMC u normálních pokusných jedinců.
138
Tabulka 1: Imunitní reakce normální pokusných jedinců na Chlamydie
Donor Pohlaví Titr Chlam.IgG CT EB CP EB CT Swib CP Swib CT S13 CP S13 CT IpdZ CP L TSA
AD100 muž negativní + + + + + + - + + + + - nt
AD104 žena negativní + + + + + - - - + + - nt
AD108 muž CP 1:256 + + + + + + + + nt
AD112 žena negativní + + + + + - + - nt
AD120 muž negativní - + - - - - - nt
AD124 žena CP 1:128 + + + + - - - - - nt
AD128 muž CP 1:512 + + + - - + + + + + -
AD132 žena negativní + + + + - - + + - -
ÁD136 žena CP 1:128 + + + - - - - -
AD140 muž CP 1:256 + + + + - - + + - -
AD142 žena CP 1:512 + + ++ - - + + + -
AD146 žena negativní + + + + - - + + + +
CT = Chlamydia trachomatis; CP = Chlamydia pneumoniae; EB = chlamydiová elementární tělíska; SWIB = rekombinantní chlamydiový SWIB protein; S13 = rekombinantní chlamydiový S13 protein; IpdA = rekombinantní chlamydiový IpdA protein; TSA = rekombinantní chlamydiový TSA protein. Hodnoty představují výsledky ze standardních proliferačních testů. Proliferační odpovědi byly určeny stimulací 3 x 105 PBMC 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů, které byly preinkubovány s příslušnými rekombinantními antigeny nebo elementárními tělísky (EB) . Testy byly hodnoceny po 6 dnech s alespoň 18 hodinovým pulsem 3H-thymidinem. SI: Stimulační index : SI přibl. 4; +: SI > 4; ++: SI = 10-30; +++: SI > 30.
V první sérii pokusů byla T-lymfocytární linie připravena od zdravé ženy (CT-10) s anamnesou genitální infekce C. trachomatis pomocí stimulace T-lymfocytů elementárními tělisky C. trachomatis LGV II, jak bylo popsáno výše. Ačkoliv měl jedinec anamnesu infekce C. trachomatis, neserokonvertoval a neměl klinické příznaky, což naznačuje, že měl protektivní imunitu proti C. trachomatis. Jak je uvedeno na obr. 10, primární T-lymfocytární linie specifická pro chlamydie získaná od CT10 reagovala na C. trachomatis-SWIB, ale ne na C. pneumoniae-SWIB rekombinantní proteiny, což potvrzuje infekci CT-10 C. trachomatis. Epitopové mapování T-lymfocytární odpovědi na C. trachomatis-SWIB ukázalo, že tento jedinec odpovídal na stejný epitop Ct-SWIB 52-67 (SEQ ID NO: 39) jako T-lymfocytární linie TCL-8, jak je uvedeno na obr. 11.
Další T-lymfocytární linie byly připraveny způsobem popsaným výše pro různé pacienty s infekcí C. trachomatis. Souhrn klinického profilu pacientů a proliferačních reakcí na různá elementární tělíska C. trachomatis a C. pneumoniae a na rekombinantní proteiny je uveden v tabulce 2.
< · · ·
140
Tabu!ka 2: Proliferativní odpověď pacientů s infekcí C. trachomatis
Pacient Klinický proj ev Titr igG CT EB CP EB CT Swib CP Swib CT S13 CP S13 CT IpdA CT TSA
CT-1 NGU negat. + + - - + + + + ++ +
CT-2 NGU negat. + + ++ - - + - -
CT-3 asymptomat. měl Eb Dx byl HPV Cti:512 Cpi:1024 Cpsl:256 + + + +
CT-4 asymptomat. měl Eb Cti:1024 + + — — — — - -
CT-5 BV Ctl:256 Cti:256 + + + + - - + — — —
CT-6 perineální exantem Cpi :1024 + + - - - — - —
CT-7 BV vřed na genitálu Cti:512 Cpi :1024 + + + + +
CT-8 neznámo netest. + + + + - - - - - -
CT-9 asymptomat. Cti:128 Cpi:128 ++ + + + — — + + + —
CT-10 Svědění v obl. pochvy negat. ++ ++ — — — — — —
CT-11 BV abnormální PAP Ctl:512 +++ ++ + +++ ++ +
CTI 2 asymptomat. Cti:512 + + ++ - - + + + + -
NGU = negonokoková urethritis; BV = bakteriální vaginitis; CT = Chlamydia trachomatis; CP = Chlamydia pneumoniae; EB = chlamydiová elementární tělíska; SWIB = rekombinantní chlamydiový SWIB protein; S13 = rekombinantní chlamydiový S13 protein; IpdA = rekombinantní chlamydiový IpdA protein; TSA = rekombinantní chlamydiový TSA protein. Hodnoty představují výsledky ze standardních proliferačních testů. Proliferační odpovědi byly určeny stimulací 3 x 105 PBMC 1 x 104 dendritických buněk odvozených od monocytů, které byly preinkubovány s příslušnými rekombinantními antigeny nebo elementárními tělísky (EB). Testy byly hodnocceny po 6 drnech s alespoň 18 hodinovým pulsem 3H-thymidinem.
SI: Stimulační index : SI přibl. 4; +: SI > 4; ++: SI = 10-30; +++: SI > 30.
Za použití panelu asymptomatických (jak byly definováni výše) pokusných jedinců a pacientů s infekcí C. trachomatis, jak jsou shrnuti v tabulkách 1 a 2, byl proveden pokus pro určení imunitních odpovědí PBMC získaných od těchto dvou skupin jedinců. Stručně, PBMC od pacentů s infekcí C. pneumoniae, stejně jako od normálních jedinců, se kultivovaly v mediu obsahujícím RPMI 1640 doplněné 10% lidským sérem a 50 ug/ml gentamycinu. Přečištěné polypeptidy, panel rekombinantních chlamydiových antigenů včetně C. trachomatis-, C. pneumoniae-SWIB a S13, stejně jako C. trachomatis IpdA a TSA, se přidaly dvojmo v koncentracích 0,5 až 10 ug/ml. Po 6 dnech kultivace v 96-jamkových plotnách s oblým dnem v objemu 200 ul se z každé jamky odebralo 50 ul media za účelem stanovení koncentrace IFN-gamma, jak je popsáno dále. Plotny se potom pulsovaly 1 uCi/jamku tritiovaného thymidinu po dalších 18 hodin a potom se vyhodnocovalo vychytávání thymidinu za použití plynového scintilačního detektoru. Frakce, které vedly k proliferaci - v obou provedeních - vyšší než trojnásobné, než je proliferace pozorovaná u buněk kultivovaných v samotném mediu, se považovaly za pozitivní.
Proliferační odpovědi na rekombinantní chlamydiové antigeny prokázaly, že většina asymptomatických jedinců a jedinců s infekcí C. trachomatis rozpoznává S13 antigen C. trachomatis (8/12) a
většina pacientů s infekcí C. trachomatis rozpoznává S13 antigen C. pneumoniae (8/12), a 4/12 asymptomatických jedinců také rozpoznávaly S13 antigen C. pneumoniae. 6/12 pacientů s infekcí C. trachomatis a 4/12 asymptomatických jedinců měly proliferační reakci na IpdA antigen C. trachomatis. Tyto výsledky prokazují, že S13 antigen C. trachomatis a C. pneumoniae, Swib antigen C. trachomatis a IpdA antigen C. trachomatis jsou rozpoznávány u asymptomattických jedinců, což naznačuje, že tyto antigeny byly rozpoznány během infekce chlamydiemi a že byla proti nim indukována imunitní reakce. Toto naznačuje, že tyto antigeny mohou mít úlohu v indukci protektivní imunity u člověka. Dále, S13 antigen C. trachomatis a C. pneumoniae je rozpoznáván stejně dobře u pacientů s infekcí C. trachomatis, což naznačuje, že v S13 proteinu mohou existovat společné epitopy u C. trachomatis a C. pneumoniae. Tabulka 3 shrnuje výsledky těchto pokusů.
Tabulka 3
Antigen Normální jedinci C.t. pacienti
C.t.-Swib 3/12 0/12
C.p.-Swib 0/12 0/12
C.t.-S13 8/12 8/12
C.p.-S13 4/12 8/12
IpdA 4/12 6/12
TSA 0/12 2/12
Byla zahájena série pokusů pro určení buněčné imunitní reakce na krátkodobé T-lymfocytární linie připravené od asymptomatických dárců a od pacientů s infekcí C. trachomatis. Buněčné imunitní odpovědi byly měřeny standardními testy proliferace a produkce IFN-gamma, jak byly popsány v příklad 7. Přesněji, většina antigenů byla ve formě jednotlivých E. coli klonů exprimujících
143 chlamydiové antigeny, ačkoliv byly v testu použity také některé rekombinantní proteiny. Jednotlivé E. coli klony byly titrovány na IxlO4 dendritických buňkách odvozených od monocytů a po dvou hodinách byla kultura promyta a přidalo se 2,5 x 104 T-lymfocytů. Test za použití rekombinantních proteinů se provedl způsobem popsaným dříve. Proliferace byla určena po 4 dnech se standardním pulsem 3h thymidinem po dobu alespoň 18 hodin. Indukce IFN-gamma byla určena ze supernatantů kultur získaných po 4 dnech za použití ELISA testu, jak je popsáno výše. Výsledky ukazují, že všechny testované antigeny C. trachomatis, s výjimkou C.t. Swib, vyvolávaly proliferativní reakci u jedné nebo více různých T-lymfocytárních linií připravených od pacientů s infekcí C. trachomatis. Proliferativní reakce byly indukovány pro pacienty s infekcí C. trachomatis i pro asymptomatické jedince pro následující chlamydiové geny, CT622, groEL, pmpD, CT610 a rS13.
Klon 12-G3-83 také obsahuje kromě sekvence CT622 také sekvence CT734 a CT764 a proto mohou obsahovat tyto sekvence také imunoreaktivní epitopy. Obdobně, klon 21-G12-60 obsahuje sekvence ke egnům pro hypotetické proteiny CT229 a CT228, kromě CT875; a 15-H2-76 také obsahuje sekvence z CT812 a CT088, a také vykazuje homologii se sycE genem. Klon 11-H3-61 také obsahuje sekvence vykazující homologii s PGP6-D proteinem virulence.
• · · · · · ·
144
Tabulka 4
Klon C.t. Antigen (domnělý*) TCL od asympt. dárců TCL Od pacientů s C. SEQ ID NO:
1B1-66 (E. coli) Swib 2/2 0/4 5
1B1-66 (protein) Swib 2/2 0/4 5
12G3-83 (E. coli) CT622* 2/2 4/4 57
22B3-53 (E. coli) groEL 1/2 4/4 111
22B3-53 (protein) groEL 1/2 4/4 111
15H2-76 (E. coli) PmpD* 1/2 3/4 87
11H3-61 (E. coli) rLl* 0/2 3/4 60
14H1-4 (E. coli) TSA 0/2 3/4 56
14H1-4 (protein) TSA 0/2 3/4 56
11G10-46 (E. coli) CT610 1/2 1/4 62
10010-17 (E. coli) rS13 1/2 1/4 62
10C10-17 (protein) rS13 1/2 1/4 62
12G12-60 (E. coli) CT875* 0/2 2/4 110
Γ1Η4-32 (E. coli) dnaK 0/2 2/4 59
21C7-8 (E. coli) dnaK 0/2 2/4 115
17C10-31 (E. coli) CT858 0/2 2/4 114
Příklad 9: Protektivní pokusy za použití chlamydiových antigenů
1. SWIB
Protektivní studie byly provedeny na myši za účelem stanovení toho, zda může mít imunizace chlamydiovými antigeny vliv na onemocnění genitálu způsobené chlamydiovou infekcí. Byly použity dva modely; model intravaginální infekce, který využívá
lidský izolát obsahující kmen Chlamydia psittaci (MTW 447), a model intrauterinní infekce, který využívá lidský izolát identifikovaný jako Chlamydia trachomatis, serovar F (kmen Nil). Oba kmeny indukují zánět horního genitálu, který napodobuje endometritis a salpingitis způsobenou Chlamydia trachomatis u žen. V prvním pokusu byly C3H myši (4 myši na skupinu) imunizovány třikrát 100 ug pcDNA-3 expresního vektoru osbahujícího C. trachomatis SWIB DNA (SEQ ID NO: 1, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 5). Inokulace byly provedeny na bázi ocasu systémově. Dva týdny po poslední imunizaci byla zvířata ošetřena progesteronem a infikována, buď vagínou nebo injekcí inokula do dělohy. Dva týdny po infikování byly myši utraceny a genitální trakty byly vyjmuty, barveny a histopatologicky vyšetřeny. Byla vyhodnocena úroveň zánětu (+ pro slabý až +++++ pro velmi těžký). Skóre přidělená každému vejcovodu/vaječníku byla sečtena a dělena počtem vyšetřených orgánů za zisku průměrného skóre zánětu pro skupinu. V modelu uterinní inokulace byl u negativních kontrolních imunizovaných zvířat, kterým byl podán prázdný vektor, pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 6,12, oproti 2,62 pro skupinu imunizovanou DNA. V modelu vaginální inokulace a následné ascendentní infekce byl u negativních kontrolních imunizovaných zvířat, kterým byl podán prázdný vektor, pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 8,37, oproti 5,00 pro skupinu imunizovanou DNA. Také v tomto posledním uvedeném modelu avkcinované myši nevykazovaly známky okluse vejcovodu, zatímco ve skupině vakcinované negativní kontrolou byly přítomny zánětlivé buňky v lumen vej covodu.
Ve druhém pokusu byly C3H myši (4 myši na skupinu) imunizovány třikrát 50 ug pcDNA-3 expresního vektoru osbahujícího C. trachomatis SWIB DNA (SEQ ID NO: 1, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 5), který byl enkapsulován
146 v Polylaktid-ko-glykolidových mikrosférách (PLG); inokulace byly provedeny intraperitoneálně. Dva týdny po poslední imunizaci byla zvířata ošetřena progesteronem.a infikována inokulací C. psittaci do vaginy. Dva týdny po infikování byly myši utraceny a genitální trakty byly vyjmuty, barveny a histopatologicky vyšetřeny. Byla vyhodnocena úroveň zánětu za použití skóre uvedeného výše. Skóre přidělená každému vejcovodu/vaječníku byla sečtena a dělena počtem vyšetřených orgánů za zisku průměrného skóre zánětu pro skupinu. Negativní kontrolou imunizovaná zvířata, kterým byl podán prázdný vektor enkapsulovaný v PLG, měla zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 7,28, oproti 5,71 pro skupinu imunizovanou DNA enkapsulovanou v PLG. Zánět v peritoneu byl 1,75 pro vakcinovanou skupinu a 3,75 pro kontrolní skupinu.
Ve třetím pokusu byly C3H myši (4 myši na skupinu) imunizovány třikrát 10 ug přečištěného rekombinantního proteinu, buď SWIB (SEQ ID NO: 1, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 5), nebo S13 (SEQ ID NO: 4, s příslušnou aminokyselinovou sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 12) ve směsi s cholera-toxinem (CT); přípravek byl podán intranasálně za anestesie v objemu 20 ul. Dva týdny po poslední imunizaci byla zvířata ošetřena progesteronem a infikována, buď vaginální inokulací C. psittaci, nebo injekcí C. trachomatis serovaru F do dělohy. Dva týdny po infikování byly myši utraceny a genitální trakty byly vyjmuty, barveny a histopatologicky vyšetřeny. Úroveň zánětu byla hodnocena způsobem uvedeným výše. Skóre přidělená každému vejcovodu/vaječníku byla sečtena a dělena počtem vyšetřených orgánů za zisku průměrného skóre zánětu pro skupinu. V modelu uterinní inokulace byl u negativní kontrolou imunizovaných zvířat, kterým byl podán samotný cholera-toxin, pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 4,25 (analyzovány byly pouze 2 myši, zbylé 2 uhynuly) oproti 5,00 pro skupinu imunizovanou s!3 + cholera-toxinem, a 1,00 pro SWIB +
cholera-toxin. Neléčená infikovaná zvířata měla průměrné zánětlivé skóre pro vejcovod/vaječník 7. V modelu vaginální inokulace a následné ascendentní infekce byl u negativní kontrolou imunizovaných zvířat pozorován zánět s průměrným zánětlivým skóre pro vaječník/vejcovod 7,37, oproti 6,75 pro skupinu imunizovanou S13 + cholera-toxinem a 5,37 pro skupinu imunizovanou SWIB + cholera-toxinem. Neléčená infikovaná zvířata měla průměrné zánětlivé skóre pro vejcovod/vaječník 8.
Tři pokusy uvedené výše naznačují, že je možno dosáhnout ochrany specifické pro SWIB. Tento ochranný účinek je více vyznačen v modelu homologní infekce, ale je stále ještě přítomen při heterologní infekci C. psittaci.
2. CT529/Capl
CT529/Capl byl dříve identifikován jako chlamydiový produkt, který stimuluje CD8+ CTL. V tomto příkladu jsme chtěli potvrdit to, že imunizace Čapl může být protektivní ve zvířecím modelu chlamydiové infekce.
Pro generování rekombinantního vakciniového viru pro podání Čapl imunogenního fragmentu se DNA fragment obsahující modifikovanou Kozákovu sekvenci a páry baží 319-530 čapl genu (CT529) amplifikoval z C. trachomatis L2 genomové DNA za použití PCR™ a ligoval se do pSCllss (Earl, PL, Koenig S, Moss B (1991) Biological and immunological properties of human immunodeficienci virus type 1 envelope glycoprotein: analysis of proteins with truncations and deletions expressed by recombinant vaccinia viruses, J. virol 65: 31-41). DNA se trávila Sall a Stul. Část čapl genu ligovaná do pSCllss kódovala aminokyseliny 107-176 Čapl proteinu, obsahující dříve identifikovaný CTL epitop aminokyselin 139-147. Získaný plasmid se použil pro transfekci CV-1 buněk (ATCC
CCL-70; Jensen et al., (1964) Infection of human and simian tissue cultures with Rous Sarcoma Virus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 52: 53-59), které se potom infikovaly přirozeným virem vakcinie, Homologní rekombinace mezi přirozeným virem a plasmidovou DNA vedlo k vzniku rekombinantních virů vakcinie, které se selektovaly podle exprese beta-galaktosidasy a podle inaktivace thymidinkinasy, jak bylo popsáno dříve (Chakrabarti et al., Mol Cell Biol. 1985, 5(12): 3409-9). Rekombinantní virus se třikrát přečistil na plakách a titroval se po kultivaci na lidských TK-143B buňkách. Přípravky viru se ošetřily stejným objemem 0,25 mg/ml trypsinu během 30 minut při 37 °C a naředil se před imunizací myší v PBS. Pro všechny pokusné a kontrolní skupiny se použilo po 5 myších. Data uvedená dále jsou data pro tři nezávislé pokusy.
Skupina myší se imunizovala 10® rekombinantních virů vakcinie i.p. a nechala se zotavit po dobu 3 týdnů. Negativní kontrolní skupiny se imunizovaly buď pufrem, nebo přirozeným virem vakcinie. Jako pozitivní kontrola se skupina myší infikovala i.v. 10® ifu C. trachomatis. Počet organismů podaný pozitivní kontrolní skupině byl v předešlém pokusu eliminován během 2 týdnů. Po 3 týdnech se zvířata v každé skupině infikovala i.v. 10® ifu C. trachomatis. Tři dny po infekci se myši utratily a určil se počet ifu na slezinu.
Průměrný počet organismů zjištěných ve slezinách zvířat imunizovaných virem vakcinie exprimující Čapl (7.1 x 104) byl 2.6-krát nižší (p < 0.01; Wilcoxon Rank Sum analýza) než u zvířat v kontrolních skupinách imunizovaných buď pufrem (1.8 x 105) nebo přirozeným virem vakcinie (1.9 x 105). Zvířata v pozitivní skupině měla 77-krát méně organismů (2.4 x 103) na slezinu než zvířata v negativních kontrolních skupinách (p < 0.01; Wilcoxon Rank Sum analýza). Tato data dokazují, že imunizace immunogenním fragmentem Čapl může vést k statisticky signifikantní obraně před infekcí C.
149 trachomatis.
Příklad 10: PMP/Ral2 fúzní proteiny
Různé PMP/Ral2 fúzní konstrukty se připravily nejprve syntetizováním PCR fragmentů Pmp genu za použití primerů obsahujících Notl restrikční místo. Každý PCR fragment byl potom ligován do Notl restrikčního místa pCRXl. pCRXl vektor obsahuje 6HisRal2 část fúze. Ral2 část fúzního konstruktu kóduje polypeptid odpovídající aminokyselinovým zbytkům 192-323 Mycobacterium tuberculosis MTB32A, jak je popsán v US patentové přihlášce 60/158585, která je zde uvedena jako odkaz. Správná orientace každého insertu byla určena podle charakteru restrikčního trávení a jeho sekvence byla verifikována. Byly připraveny fúzní konstrukty pro PmpA, PmpB, PrnpC, PmpF a PrnpH, jak jsou popsány dále:
PmpA fúzní proteiny
PmpA je 107 kD protein obsahující 982 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E. PmpA protein byl rozdělen na 2 překrývající se fragmenty, PmpA (N-koncovou) a (C-koncovou) část.
PmpA (N-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGnTATAACAAAGGAACTTATG (SEQ ID NO: 306)
GAGAGCGGCCGCTTACTTAGGTGAGAAGAAGGGAGTTTC (SEQ ID NO: 307) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 308, kódující 66 kD protein (619 aa) exprimující segment 1-473 aa PmpA. Aminokyselinová sekvence
150 fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 309.
PmpA (C-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCCATTCTATTCATTTCTTTGATCCTG (SEQ ID NO: 310) GAGAGCGGCCGCTTAGAAGCCAACATAGCCTCC (SEQ ID NO: 311) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 312, kódující 74 kD protein (691 aa) exprimující segment 438-982 aa PmpA. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 313.
PmpF fúzní proteiny
PmpF je 112 kD protein obsahující 1034 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E. PmpF protein byl rozdělen na 2 překrývající se fragmenty, PmpF (N-koncovou) a (C-koncovou) část.
PmpF (N-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGATTAAAAGAACTTCTCTATCC (SEQ ID NO: 314)
GAGAGCGGCCGCTTATAATTCTGCATCATCTTCTATGGC (SEQ ID NO: 315) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 316, kódující 69 kD protein (646 aa) exprimující segment 1-499 aa PmpF. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 317.
PmpF (C-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
151
GAGAGCGGCCGCTCGACATACGAACTCTGATGGG (SEQ ID NO: 318)
GAGAGCGGCCGCTTAAAAGACCAGAGCTCCTCC (SEQ ID NO: 319) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 320, kódující 77 kD protein (715 aa) exprimující segment 466-1034 aa PmpF. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 321.
PmpH fúzní proteiny
PrnpH je 108 kD protein obsahující 1016 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E. PmpH protein byl rozdělen na 2 překrývající se fragmenty, PmpH (N-koncovou) a (C-koncovou) část.
PmpH (N-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGCCTTTTTCTTTGAGATCTAC (SEQ ID NO: 322) GAGAGCGGCCGCTTACACAGATCCATTACCGGACTG (SEQ ID NO: 323) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 324, kódující 64 kD protein (631 aa) exprimující segment 1-484 aa PmpH. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 325. Bylo zjištěno, že linie od dárce CHH037 je reaktivní s tímto proteinem.
PmpH (C-konec) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGATCCTGTAGTACAAAATAATTCAGC (SEQ ID NO: 326) GAGAGCGGCCGCTTAAAAGATTCTATTCAAGCC (SEQ ID NO: 327)
v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 328, kódující 77 kD protein (715 aa) exprimující segment 449-1016 aa PmpH. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 329. Linie od pacienta CT12 byla reaktivní s tímto proteinem.
PmpB fúzní proteiny
PmpB je 183 kD protein obsahující 1750 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E. PmpB protein byl rozdělen na 4 překrývající se fragmenty, PmpB(l), (2), (3) a (4).
PmpB(l) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGAAATGGCTGTCAGCTACTGCG (SEQ ID NO: 330)
GAGAGCGGCCGCTTACTTAATGCGAATTTCTTCAAG (SEQ ID NO: 331) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 332, a kodoval 53 kD protein (518 aa) exprimující segment 1-372 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 333.
PmpB(2) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGGTGACCTCTCAATTCAATCTTC (SEQ ID NO: 334)
GAGAGCGGCCGCTTAGTTCTCTGTTACAGATAAGGAGAC (SEQ ID NO: 335)
v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 336, a kodoval 60 kD protein (585 aa) exprimující segment 330-767 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 337. Buněčné linie od paceintů CTI, CT3 a CT4 reagovaly na tento rekombinantní pmpB protein.
PmpB(3) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGACCAACTGAATATCTCTGAGAAC (SEQ ID NO: 338)
GAGCGGCCGCTTAAGAGACTACGTGGAGTTCTG (SEQ ID NO: 339) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 340, a kodoval 67 kD protein (654 aa) exprimující segment 732-1236 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 341.
PmpB(4) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGGAACTATTGTGTTCTCTTCTG (SEQ ID NO: 342) GAGAGCGGCCGCTTAGAAGATCATGCGAGCACCGC (SEQ ID NO: 343) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 344, a kodoval 76 kD protein (700 aa) exprimující segment 1160-1750 aa PmpB. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 345.
PmpC fúzní proteiny
PmpC je 187 kD protein obsahující 1774 aminokyselin a byl klonován ze serovaru E/L2. PmpC protein byl rozdělen na 3 překrývající se fragmenty, PmpC(l), (2) a (3) .
154
PmpC(l) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCATGAAATTTATGTCAGCTACTGC (SEQ ID NO: 346)
GAGAGCGGCCGCTTACCCTGTAATTCCAGTGATGGTC (SEQ ID NO: 347) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 348, a kodoval 51 kD protein (487 aa) exprimující segment 1-340 aa PmpC. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 349.
PmpC(2) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGATACACAAGTATCAGAATCACC (SEQ ID NO: 350)
GAGAGCGGCCGCTTAAGAGGACGATGAGACACTCTCG (SEQ ID NO: 351) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 352, a kodoval 60 kD protein (583 aa) exprimující segment 305-741 aa PmpC. Aminokyselinová sekvence fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 353.
PmpC(3) byl amplifikován za použití kódujících a protismyslných primerů:
GAGAGCGGCCGCTCGATCAATCTAACGAAAACACAGACG (SEQ ID NO: 354)
GAGAGCGGCCGCTTAGACCAAAGCTCCATCAGCAAC (SEQ ID NO: 355) v příslušném pořadí. Výsledný fúzní konstrukt měl DNA sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 356, a kodoval 70 kD protein (683 aa) exprimující segment 714-1250 aa PmpC. Aminokyselinová sekvence
fúzního proteinu je uvedena v SEQ ID NO: 357.
Příklad 11: Imunogenicita CT622
T-lymfocytární buněčné linie specifické pro chlamydie se připravily od dvou pacientů s chlamydiovou infekcí a linie se označily CTI a CT13. T-lymfocytární linie se generovaly bud' proti dendritickým buňkám odvozeným od monocytů infikovaných C. tarchomatis serovarem E po dobu 72 hodin (CTI-ERB), nebo proti elementárním tělískům z mrtvého serovaru Ε (EB) (CT12-EEB). Po generování se linie testovaly proti rekombinantnímu proteinu specifickému pro chlamydie, CT622, v proliferačním testu. Proliferační testy se provedly stimulací 2,5xl04 T-lymfocytů za přítomnosti IxlO4 dendritických buněk odvozených od monocytů za použití buď rekombinantních CT antigenů (2 ug/ml) nebo chlamydiových EB (1 ug/ml). Testy se provedly za použití inkubace po dobu 4 dnů s 3H thymidinovým pulsem po dobu posledních 18 hodin.
Buněčná linie CT1-ERB vykazovala proliferativní odpověď významně vyšší než kontrolní medium při stimulaci CT622, CT875 a CT EB. Buněčná linie CT1-EEB vykazovala proliferativní odpověď významně vyšší než kontrolní medium při stimulaci CT622, CT875 a CT EB (viz obr. 12).
Příklad 12: Klonování a exprese kompletních genů CT611, 0RF3 a OppAl Chlamydia trachomatis
Exprese rekombinantního proteinu kompletních čtecích rámců se provedla pro klony obsahující geny CT611, ORF-3 a oppAl. Klony obsahující požadované geny byly CtL2-8 (SEQ ID NO: 285) kódující 4 ORF (CT474, CT473, CT060 a CT139), CtL2-10 (SEQ ID NO: 284) kódující ORF CT610 a CT611, a klony 16CtL2-16 (SEQ ID NO: 47), 16-D4-22 (SEQ ID N0:119) a 19-A5-54 (SEQ ID NO: 84), které všechny ♦·«· *··9
156 obsahují sekvence příbuzné k ORF-3. Sekvence v CtL2-10 (Ct-610) a CtL2-16 (ORF-3) byly také nezávisle identifikovány postupem T-lymfocytárního expresního klonování. Klon CtL2-8 byl zkoumán dále, protože tento klon stimuloval proliferativní reakce a produkci IFN-gamma ve dvou T-lymfocytárních liniích generovaných proti serovaru E.
Klonování a exprese sekvencí klonu
Bylo zjištěno, že CtL2-10 kóduje dva otevřené čtecí rámce (ORF), CT610 a CT611, a tyto jsou v genomovém klonu ve vzájemném sousedství. Kompletní ORF CT610 (obsahující doménu PQQ syntasy) se exprimovala dříve a bylo zjištěno, že stimuluje proliferativní odpověď T-lymfocytárních linií proti chlamydiím. Pro určení toho, zda druhý ORF, CT611, je také rozpoznáván T-lymfocyty se kompletní sekvence CT611 amplifikovala PCR a upravila se pro proteinovou expresi. Nukleotidové sekvence je popsána v SEQ ID NO: 361 a příslušná aminokyselinová sekvence je popsána v SEQ ID NO: 365.
Druhý serologický klon, CtL>2-8, obsahuje 4 ORF (CT474, CT473, CT060 a CT139). Překrývající se peptidy ke třem nejmenším předpokládaným ORF (CT474, CT473 a CT060) nestimulují proliferativní odpověď T-lymfocytárních buněčných linií. Toto naznačuje, že imunostimulační antigen je lokalizován ve čtvrtém ORF, CT139. ORF pro CT139 má délku přibližně 450 nukleotidů. Kompletní nukleotidové sekvence je popsána v SEQ ID NO: 359 a kompletní aminokyselinová sekvence je popsána v SEQ ID NO: 363. Srovnání aminokyselinové sekvence se sekvencemi v GenBank ukázalo, že se jedná o oligo-peptidový vazebný protein (oppA)> který náleží do rodiny ABC transportérů. Tento protein má délku 462 aminokyselin a předpokládanou velikost 48,3 kDa a zřejmě obsahuje 2 transmembránové domény.
Pro expresi kompletní sekvence oppAl se navrhly oligonukleotidy, které specificky amplifikují sekvence od aminokyselinového zbytku 22 (bez první transmembránové domény), kde tato nukleotidová sekvence je popsána v SEQ ID NO: 358 a aminokyselinová sekvence je popsána v SEQ ID NO: 362. Takto byl protein exprimován v E. coli.
Také se provedlo kompletní klonováni a exprese rekombinantmho proteinu pro ORF-3. Nukleotidová a aminokyselinová sekvence jsou popsány v SEQ ID NO: 360 a 364, v příslušném pořadí.
Příklad 13: Rekombinantní chlamydiové antigeny rozpoznávané T-lymfocytárními liniemi
T-lymfocytární linie od pacientů se připravily od následujících pacentů: CTI, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9, CT10, CT11, CT12, CT13, CT14, CT15 a CT16, z nichž někteří jsou uvedeni výše. Podrobnosti jsou uvedeny v tabulce V.
Tabulka 5: Pacienti s infekcí C. trachomatis
Pacient Pohlaví Věk Klinické příznaky Serovar Titr Více IgG infekcí
CTI M 27 NGU LCR negat. ne
CT2 M 24 NGU D negat. E
CT3 M 43 Asympt. zároveň Eb Dx byl HPV J Ct 1:512 Cp 1:1024 Cps 1:256 ne
CT4 Z 25 Asympt. zároveň Eb J Cp 1:1024 ano
CT5 Z 27 BV LCR Ct 1:256 Cp 1:256 F/F
• · · · · · · · · · · ·
158 : · : :: : ·: :. :
···· ··· ·· ·· ·· ··
CT6 M 26 perineální G Cp 1:1024 N
CT7 F 29 svědění, nepříjemné pocity, dysurie BV E Ct 1:512 N
CT8 F 24 genit. vřed neznámé LCR Cp 1:1024 netestován NA N
CT9 M 24 Asympt. LCR Ct 1:128 N
CT10 F 20 svědění vulvy negat. Cp 1:128 negat. 12/1/
CT11 F 21 BV J Ct 1:512 98 F/F/J/E/E
CTI 2 M 20 Abnorm. PAP stěr Asympt. LCR PID 6/96 Cp 1:512 N
CTI 3 F 18 BV, gonorrhea, G Ct 1:1024 N
CT14 M 24 ct vagin., nepříjemný pocit dysurie NGU LCR Ct 1:256 N
CTI 5 F 21 muko-purulentní kultura Cp 1:256 Ct 1:256 N
CT16 M 26 cervicitis, bolesti pochvy Asympt./kontakt LCR CtlgM 1:320 Cp 1:64 NA N
Cl 8 M 38 Bez klinické anam. negativní negat. N
onemocnění
NGU = negonokoková uretritida; BV = bakteriální vaginosa; CT Chlamydia trachomatis; Cp = Chlamydia pneumoniae; Eb = Chlamydiové elementární tělíska; HPV = lidský papiloma virus; Dx = diagnosa; PID = zánět! ~i vé onemocnění pánve; LCR = ligasová řetězová reakce • · · · · ···· · · ·
159 : · : :: :·: :. :
• ·· ·· · · ··
PBMC se získaly od druhé série dárců a T-lymfocytární linie se získaly z podskupiny těchto PBMC. Podrobnosti pro tyto tři T-lymfocytární linie jsou uvedeny v následující tabulce.
Tabulka VI - normální dárci
Dárce Pohlaví Věk Titr CT IgG Titr CP IgG
CHH011 Z 49 1:64 1:16
CHH037 Z 22 0 0
CHH042 Z 25 0 1:16
Dárce CHH001 je zdravá 49 létá žena seronegativní na C.
trachomatis. PBMC produkovaly vysoké kvantity IFN-gamma v reakci na elementární tělíska C. trachomatis ve srovnání s elementárními tělísky C. pneumoniae, což ukazuje na reakci specifickou pro C. trachomatis. Dárce CHH037 je 22-letá zdravá žena seronegativní na C. trachomatis. PBMC produkovaly vysoké kvantity IFN-gamma v reakci na elementární tělíska C. trachomatis ve srovnání s elementárními tělísky C. pneumoniae, což ukazuje na reakci specifickou pro C. trachomatis. Dárce CHH042 je 25-letá zdravá žena s titrem IgG k C. pneumoniae 1:16. PBMC produkovaly vysoké kvantity IFN-gamma v reakci na elementární tělíska C. trachomatis ve srovnání s elementárními tělísky C. pneumoniae, což ukazuje na reakci specifickou pro C. trachomatis.
Rekombinantní proteiny pro několik genů C. trachomatis se generovaly způsobem popsaným výše. Sekvence pro MOMP se získala ze serovarů P. Geny CT875, CT622, pmpB2, pmpA a CT529 se získaly ze serovarů E a sekvence pro geny gro-EL, Swib, pmpD, pmpG, TSA, CT610, pmpC, pmpE, S13, IpdA, pmpl a pmpH-C se získaly ze Lil.
Několik linií od pacientů a dárců popsaných -výše se testovalo proti rekombinantním Chlamydiovým proteinům. Tabulka IV shrnuje výsledky reakce T lymfocytů na tyto rekombinantní Chlamydiové ΐ6Ό ·: : ·: :. *:
proteiny.
Tabulka VII: Rekombinantní Chlamidiové antigeny rozpoznávané T-lymfocytárními liniemi
Astigea Serovar #of 1 bltS υ 3 2 CT 1 10 E CTI E CT3 e CT4 L2 ČT5 E CT 11 E CT 12 CT 13 E CH H- 011 E CH H037 E
(CTI 10) ! L2 10 - 4- 4· + + 4- 4* 4- +
MompF (CT681) F 10 - + -i- 4- + 4- 4- T 4- 4-
ČT875 E 8 - + .Λ. - ψ 4- + 4- - 4-
SWIB \ (CT460) L2 8 + + - - + 4- +
pmpD : (CT812) L2 5 - + 4* - 4- — __—
pmpG (CT871) L2 6 - 4- + - 4- + nt - 4 4- -
TSA (CT603) L2 6 - - + 4- 4- + - - 4- - +
CT622 E 3 - - 4- - 4- - - - 4- - - -
CT610 L2 3 - + - 4- - - - 4- - - -
pmpB-2 (CT413) E 3 - - 4- 4- 4- - - - —
···· · · ··· · · ·
161 : : :: : ·: :. :
······· ·· ·· ·· ··
pmpC (CT414) L2 4 - - - + - + - + - - +
pmpE (CT869) L2 3 - + + - - - - - - + - -
S13 (CT509) L2 2 + - - - + - - - - - -
IpdA (CT557) L2 3 - - + 4- - - - - - + -
pmp! (CT874) L2 2 - - + - - - - - + -
pmpH-C (CT872) L2 1 - - - - - - - - - -
pmpA (CT412) E 0 -
CT529 E 0 -
Ačkoliv byl předkládaný vynález popsán podrobně v popisu a příkladech, existují modifikace a změny, které se neodchylují od rozsahu předkládaného vynálezu, jehož rozsah je omezen pouze připojenými patentovými nároky.
·ι£3; . : :
Seznam sekvencí < 110> Corixa Corporation
Fling, Steve
Skeiky, Yasir
Probst, Peter
Bhatia, Ajay < 120> Sloučeniny a způsoby pro léčbu a diagnostiku infekcí způsobených Chlamydiemi < 130> 210121.46902PC <140> PCT <141> 2001-07-20 <160> 599 < 170> FastSEQ pro Windows verze 3.0/4.0 < 210> i <211> 481 < 212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 1 ctgaagactt ggctatgttt gcgaaggaag agccctcaac .caaaataaga actctgcttt gttggtgcag gacctatgcc gagaatagtc ttcaagatcc aaagtttttg gaactgaaaa cacatcatta aataaaatág agttcattct ttttgttcgt g <210> 2 <211> 183 <212> DNA <213> Chlamydia tttattttga cgataaacct ttttcttatc.accttcttta catgcagcct gtgaacgtat tcgcacagag atcattaaga tacaaacaaa cgtaatatca acctatcgat atgttccaaa aaattgactc acgtgttcct ttttgtgggt attactgtat trachomatis agttaaggca taaaagágtt actaggagtc atccatgagt ccgctgattt agctgccatc aaatgtggga ttacattaag atcccgatga taaattggct tgacaaaaat ggtttctcaa cgtctttaag atgaggaact ctttaacaac tatcttagca
120
180
240
300
360
420
480
481 <400> 2 atcgttggtg caggacctat aaggagaata gtcttcaaga gctaaagttt ttggaactga caa <210> 3 <211> 110 <212> DNA <213> Chlamydia gcctcgcaca gagatcatta tcctacaaac aaacgtaata aaaacctatc gatatgttcc agaaaatgtg ggattacatt tcaatcccga tgataaattg aaatgacaaa aatggtttct
120
180
183 trachomatis <400> 3 gctgcgacat catgcgagct tgcaaaccaa cgctctttgg aactaatgct gctaccgagt <210> 4 catggacatc tccaatttcc ccttctaact caatcacaat cacatcgacc
110 <211> 555
164
Γ------<212> DNA <213> Chlamydia <400> 4 cggcacgagc ctaagatgct ttggaataga tattcctgcg tagggccagc tctttctaaa ctgcagagtt gactgaggaa ttgttgaagg ggatttgcgc atgcttatcg tggacaaaga caaattctcg cacgcgtaag ttttaggaga gagtgttttg aagtaaaaaa cattccttcg taaccataac agacc trachomatis tatactactt taagggaggc aaaaagaaat taaaaataag gagattattg ctagattgca gaggttggtc gactaaacgc cgtcgtgtgc aatctgatat catagacttt ctttgcctgt ggtaaacgta aaactattgc gttaaaaatc aagcgcaaaa ggcgttgtcc atgttaaggc ccttcgtatg ccgcgcatca tcttacatat atttatggaa gttgaatccc gaagctagag tcttttacag tcggattacg caaacgtctg attactatcc tcgtggtcag agaacaaaaa aggtaagaag aaataataat aagaggcgta aaaagaaaac tacttttaat aatacaattg
120
180
240
300
360
420
480
540
555 <210> 5 <211> 86 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 5
Met Ser Gin Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met Gin Pro Val Asn Vai Ser 1 5 1015
Ala Asp Leu Ala Ala lie Vai Gly Ala Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu 20 2530 lie lie Lys Lys Met Trp Asp Tyr Ile Lys Glu Asn Ser Leu Gin Asp ' 35 4045
Pro Thr Asn Lys Arg Asn lie Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Vai 50 5560
Phe Gly Thr Glu Lys Pro lie Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Met Vai 65 70 7580
Ser Gin His lie lie Lys 85 <210> 6 <211> 61 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis . <400> 6
Ile Vai Gly Ala Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu lie lie Lys Lys Met 1 5 1015
Trp Asp Tyr lie Lys Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr Asn Lys Arg 20 2530
Asn lie Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Vai Phe Gly Thr Glu Lys 35 4045
Pro lie Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Met Vai Ser Gin
5560 <210> 7 <211> 36 <212> PRT <213> Chlamyida trachomatis <400> 7
Ala Ala Thr Ser Cys Glu Leu Ala Asn Gin His Gly His Leu Gin Phe 1 5 1015
Pro Leu Leu Thr Arg Ser Leu Glu Leu Met Leu Leu Pro Ser Gin Ser 20 2530
Gin Ser His Arg
35.
smu iť uw GROUP PLLC @003
165
Leu 1
Pro <210>
<211>
<212>
<213>
<400>
Arg His
Phe
B 18 PRT Chlamydia trachomatis Gln rhr ř^n he ser Asi Phe <210> 9 <211> 5 <212>
<213> Chl*^ trachomas <400> g leu Ala Leu Trp Asn <210> io <211> li <212> prt <2U> Chlapa trachomatis <400> cys Cys Tyr
Arg Val Asn. Hi
S <210> <311> <212^ <213> Ch.lamvdi·' t-»- u jaia trachomatis <40σ> Val Asp Val
Clu Leu Glu Met Met Ser 35 <210> <2U> <212> <213>
<4 00> ; Met Pro Arg j
Ile Ser Leu i 2 xie lie Ala a
Thr Glu Giu G 50
Val Val Glu GI
Leu He Thr r] '“-y ser Leu
Ile s Asn His Ile A 10
Val Ile Asp ser Val cly Glu Iie Gíy Asp
Ala Ala Leu vai
Pro tys Sar
Gin
122 PRT
2S a trachomatis
Tle Gly S Ile Asp
Tyr Ile Tyr Gly
Leu Gin Leu Asn
Val Gly Arg 40 Leu
Asp
Ile 25 Pro
He
Asn
His Val Gly ieu
Pro 10 Gly
Glu
Ala
Ala Lys Lys
Pro Ala
Ala
Leu
Leu
Arg
His 05
Leu 70 Ala
Arg Arg
Tyr Arg
Arg
Gly
Val
Gin 75
Leu
Ala 45 Gin
Ser Asp
Gin
Lys
Ser 30 Ala
Ser
Ile
Ala A;?g
Leu 15 Lys
Glu
Glu
Leu
Asp
Tyr
Lys
Are
80'
166
Pro Val Arg -Gly Gin Arg Thr Lys Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly 100 105 110
Lys Arg' Lys Thr lie Ala Gly Lys Lys Lys 115 120 <210> 13 <211> 20 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 13
Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn lie Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys
5 10 15
Val Phe Gly Thr k
< 210> 14 < 211> 20 < 212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 14
Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr Glu Lys Pro He Asp Met 15 10 15
Phe Gin Met Thr 20 <210> 15 <211> 161 . <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 15 atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc atcggaggaa60 ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg120 cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg a161 <210> 16 <211> 897 < 212> DNA < 213> Chlymidia trachomatis < 400> 16 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt60 acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact120 attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac480 aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc660 gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa897 <210> 17 <211> 298
167 < 212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 17
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
5 1015
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 20 2530
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala 35 4045
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp AlaArg
70 7580
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro GlyThr
9095
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin 100 105110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile 130 135140
Thr Tyr . Leu Ala Thr · Phe Gly Ala lie Arg Pro Ile Leu Phe ValAsn
145 150 155160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala AsnMet
165 170175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr lie Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val 180 185190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala
195 200205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly 210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala LysThr
225 230 235240
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys PheLeu
245 250255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro lie Thr Met 260 265270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile 275 280285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290'295 <210> 18<211> 18 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 18
Arg Ala Ala Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr 1 5 10 15
Tyr Leu <210> 19 <211> 18 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 19
Cys Ser Phe lie Gly Gly lie Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala ile
168
5 10 15
Arg Pro <210> 20 <211> 216 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 20
Met Arg Gly Ser Gin Gin He Phe Vai Cys Leu He Ser Ala Glu Arg
1 5 10 15
Leu Arg Leu Ser Vai Ala Ser Ser Glu Glu Leu Pro Thr Ser Arg His
20 25 30
Ser Glu Leu Ser Vai Arg Phe Cys Leu Ser Thr Lys Cys Trp Gin Asn
35 40 45
Arg Phe Phe Leu Pro Lys Leu Lys Gin lie Trp Asp Leu Leu Leu Ala
50 55 60
He Leu Trp Arg Leu Thr Met Gin Arg Leu Trp Trp Vai Leu Asp Ser
65 70 75 80
Leu Ser Vai Arg Lys Glu Gin He Ala Lys Pro Ala Ala Leu Vai Leu
85 90 95
Arg Glu Lys Ser Arg Tyr Ser Lys Cys Arg Glu Arg Lys Met Leu Ala
100 105 110
Arg Arg Lys Ser Leu Glu Arg Lys Pro Arg Arg Ser Arg Ala Ser Ser
115 120 125
Met His Ser Ser Leu Cys Ser Arg Ser Phe Trp Asn Ala Leu Pro Thr
130 135 140
Phe Ser- Asn Trp Cys Arg Cys Leu Leu Gin Trp Vai Phe Vai Arg LeU
14 5 150 155 160
Trp Leu Leu Asp Vai Arg Ser Leu Leu Gin Leu Leu Asp Cys Ala Leu
165 170 175
Ser (Ala Pro Glu His Lys Gly Phe Phe Lys Phe Leu Lys Lys Lys Ala
.180 185 190
Vai Ser Lys Lys Lys Gin Pro Phe Leu Ser Thr Lys Cys Leu Ala Phe
195 200 205
Leu He Vai Lys He Vai Phe Leu
210 215
<210> 21 <211> 1256 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 21 ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc tcggttgcga attcgcttcc ttattccata 'cgttaggctc caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt gagatcgcgt tcggttaact. atcaatggga atgtcgaaga ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc atctccttct tcgcttactt tttctgaaaa atttgataca cttgcgagga ggagggcgtc tggaagacca gttgaattta tgattctttg cgagaattat ccgctaagct tggttacgat tttcttcaac gaggagtacg acgacgaaga agaggaaatc acgtggacgt aagaagagcc gttcataagc cttgctttta tctaaaatcc aaatggttgc tgtgccaaaa agtagtttgc
cattattggc ggtggtgtga 60
cgaagtttct gtgatcgaag 120
aaaaaccatg ttcgataaat 180
atcaaatatt gaggatatag 240
atacgattac gttctcgťat 300
taaagctggt gttatttgtg 360
aaacgtacct aacatttatg 420
agcttctcat caaggaatca 480
ttactctgct gtcccttctg 540
cccaacagca gctcaacaac 600
gaagaagaat tcctcgcaca 660
gctaagtttt ctgagcgttt 720
agcgatggag agactgggga 780
aaaccgaaga aaactacgaa 840
aggtttggta gttttacttc 900
gtttccggat agggcgtaaa 960
169 tgcgctgcat gaaagattgc ttcgagagcg gcatcgcgtg ggagatcccg gatactttct ttcagatacg aataagcata gctgttccca gaataaaaac ggccgacgct aggaacaaca agatttagat agagcttgtg tagcaggtaa actgggttat atgttgctgg gcgtgttagt tctagaatac ccaagtgtcc tccaggttgt aatactcgat acacttccct aagagcctct aatggatagg ataagttccg taatccatag gccatagaag ctaaacgaaa cgtatt <210> 22 <211> 601 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 22 ctcgtgccgg cacgagcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc ggtggtgtga tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct gtgatcgaag caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg ttcgataaat tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt gaggatatag gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac gttctcgtat ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt gttatttgtg atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct aacatttatg ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat caaggaatca ttgcagcacg gaatataggt ggccataaag aggaaatcga ttactctgct gtCccttctg tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctctc cccaacagca gctcaacaac a <210> 23 <211> 270 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 23 acatctcctt cttcgcttac tttttctgaa aaatttgata cagaagaaga attcctcgca cacttgcgag gaggagggcg tctggaagac cagttgaatt tagctaagtt ttctgagcgt tttgattctt tgcgagaatt atccgctaag cttggttacg atagcgatgg agagactggg gatttcttca acgaggagta cgacgacgaa gaagaggaaa tcaaaccgaa gaaaactacg aaacgtggac gtaagaagag ccgttcataa <210> 24 <211> 363 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 24 ttacttctct aaaatccaaa tggttgctgt gccaaaaagt agtttgcgtt tccggatagg gcgtaaatgc gctgcatgaa agattgcttc gagagcggca tcgcgtggga gatcccggat actttctttc agatacgaat aagcatagct gttcccagaa taaaaacggc cgacgctagg aacaacaaga tttagataga gcttgtgtag caggtaaact gggttatatg ttgctgggcg tgttagttct agaataccca agtgtcctcc aggttgtaat actcgataca cttccctaag agcctctaat ggataggata agttccgtaa tccataggcc atagaagcta aacgaaacgt att
1020
1080
1140
1200
1256
120
180
240
300
360
420
480
540
600
601.
120
180
240
270
120
180
240
300
360
363 <210> 25 <211> 696 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 25 gctcgtgccg gcacgagcaa atcggttgcg aattcgcttc gcaagctctc aaatccttgc ttcacccgac aaggactccg ggagatcgcg ttcggttaac trachomatis agaaatccct caaaaaatgg cttattccat acgttaggct tttgaataat ccagatattt tttcgtacta gaagcctctg tatcaatggg aatgtcgaag ccattattgg cggtggtgtg ccgaagtttc tgťgatcgaa caaaaaccat gttcgataaa tatcaaatat tgaggatata aatacgatta cgttctcgta
120
180
240
300
tctataggac gccgtttgaa tacagaaaat attggcttgg ataaagctgg tgttatttgt 360
gatgaacgcg gagtcatccc taccgatgcc acaatgcgca caaacgtacc taacatttat 420
gctattggag atatcacagg aaaatggcaa cttgcccatg tagcttctca tcaaggaatc 480
attgcagcac ggaatatagg tggccataaa gaggaaatcg attactctgc tgtcccttct 540
gtgatcttta ccttccctga agtcgcttca gtaggcctct ccccaacagc agctcaacaa 600
catctccttc ttcgcttact ttttctgaaa aatttgatac agaagaagaa ttcctcgcac 660
acttgcgagg aggagggcgt ctggaagacc agttga 696
<210> 26 <211> 231 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 26
Ala Arg Ala Gly Thr Ser Lys Glu lie Pro Gin Lys Met Ala Ile Ile
1 5 10 15
Gly Gly Gly Val 20 Tle Gly Cys Glu Phe 25 Ala Ser Leu Phe His 30 Thr Leu
Gly Ser Glu 35 Val Ser Val Ile Glu 40 Ala Ser Ser Gin Ile 45 Leu Ala Leu
Asn Asn 50 Pro Asp Ile Ser Lys 55 Thr Met Phe Asp Lys 60 Phe Thr Arg Gin
Gly 65 Leu Arg Phe Val Leu 70 Glu Ala Ser Val Ser 75 Asn Ile Glu Asp Ile 80
Gly Asp Arg Val Arg 85 Leu Thr Ile Asn Gly 90 Asn Val Glu Glu Tyr 95 Asp
Tyr Val Leu Val 100 Ser Ile Gly Arg Arg 105 Leu Asn Thr Glu Asn 110 Ile Gly
Leu Asp Lys 115 Ala Gly Val Ile Cys 120 Asp Glu Arg Gly Val 125 Ile Pro Thr
Asp Ala 130 Thr Met Arg Thr Asn 135 Val Pro Asn Ile Tyr 140 Ala Ile Gly Asp
Ile 145 Thr Gly Lys Trp Gin 150 Leu Ala His Val Ala 155 Ser His Gin Gly Ile 160
Ile Ala Ala Arg Asn 165 Ile Gly Gly His Lys 170 Glu Glu Ile Asp Tyr 175 Ser
Ala Val Pro Ser 180 Val Ile Phe Thr Phe 185 Pro Glu Val Ala Ser 190 Val Gly
Leu Ser Pro 195 Thr Ala Ala Gin Gin 200 His Leu Leu Leu Arg 205 Leu Leu Phe
Leu Lys 210 Asn Leu Ile Gin Lys 215 Lys Asn Ser Ser His 220 Thr Cys Glu Glu
Glu Gly Val Trp Lys Thr Ser 225 230 <210> 27 <211> 264 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 27 atgagtcaaa aaaataaaaa ctctgctttt gcagttatag ttggcaaggg acctatgccc tacattaaaa aacacaactg tcaggatcaa aatcttgcca aagtctttgg ctctagtgat ctttccaaac atattgtaaa ataa atgcatcccg tgaatatttc cacagattta agaaccgaaa ttgtaaagaa agtttgggaa aaaaataaac gtaatatcct tcccgatgcg cctatcgaca tgttccaaat gaccaaagcc
120
180
240
264 <210> 28 <211> 87 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae
171 <400> 28
Met Ser Gin Lys Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn lie 1 5 1015
Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr 20 2530
Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin 35 4045
Asp Gin Lys Asn Lys Arg Asn lie Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys 50 5560
Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro lie Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Ala 65 70 7580
Leu Ser Lys His Ile Val Lys <210> 29 <211> 369 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 29 atgccacgca tcattggaat tatatttatg gáataggatc cctgaggcaa gagcctctga caatcagaat ataccgtaga ttgatcgcca tccattctta caacgtacaa aaactaattc aagaaataa tgatattcct gcaaagaaaa agctcgttct gatgaaatca attaactgaa gaagaagtag aggggatttg cgacgtcgtg tcgaggtcag agacatagac tcgtactcga aaaggtaaaa agttaaaaat aagtctgaca ttaaaaagtt gaagttagat gacgactgaa ctctctgcta ttcaatcgga tatcaaaaga tttctttacc agtaagagga gaaaaacagt cgcaggtaag
120
180
240
300
360
369
<210> <211> <212> <213> 30 122 PRT Chlamydia pneumoniae
Met <400> Pro Arg 30 He lie Gly lie Asp lie Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys
1 Ile Ser Leu 5 10 15 Thr Tyr lie Tyr Gly He Gly Ser Ala Arg Ser Asp Glu
Ile Ile Lys 20 25 30 Lys Leu Lys Leu Asp Pro Glu Ala Arg Ala Ser Glu Leu
Thr 35 Glu Glu 40 45 Glu Vai Gly Arg Leu Asn Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr
Thr 50 Val Glu 55 60 Gly Asp Leu Arg Arg Arg Vai Gin Ser Asp lie Lys Arg
65 Leu Ile Ala 70 75 80 lie His Ser Tyr Arg Gly Gin Arg His Arg Leu Ser Leu
Pro Val Arg 85 90 95 Gly Gin Arg Thr Lys Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly
Lys Arg Lys 100 -105 110 Thr Vai Ala Gly Lys Lys Lys
115 120 <210> 31 <211> 10 <212> PRT < 213 > Artificiální sekvence<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 31
172
Cys Ser Phe lie Gly Gly lie Thr Tyr Leu
5 10 <210> 32 <211> 53 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 32
Leu Cys Vai Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Vai Cys Ser Phe
5 1015 lie Gly Gly lie Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro lie
2530
Leu Phe Vai Asn Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr 35 4045
Lys Ala Asn Met Gly <210> 33 <211> 161 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 33 atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa60 ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg120 daaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg a161 <210> 34
<211> 53 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis
<400> 34
Leu Cys Vai Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Vai Cys Ser lie
15 10 15
lie Gly Gly lie Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro lie
20 25 30
Leu Phe Vai Asn Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr
35 40 45
Lys Ala Asn Met Gly
50
<210> 35 <211> 55· <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 35 gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgagtcaaa aaaaataaaa actct55 <210> 36 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 36 ctcgaggaat tcttatttta caatatgttt gga 33 <210> 37 <211> 53
173 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 37 gatatacata tgcatcacca tcaccatcac atgccacgca tcattggaat gat <210> 38 <211> 30 <212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 38 ctcgaggaat tcttatttct tcttacctgc <210> 39 < 211> 16 <212> PRT < 213> Artificiální sekvence :e <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 39
Lys Arg Asn lie Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly Thr 15 10 15 <210> 40 <211> 16 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence oe <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 40
Lys Arg Asn lie Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser 1 5 10 15 <210> 41 <211> 15 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ce < 220> v. · < 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 41
Lys Glu Tyr lie Asn Gly Asp Lys Tyr Phe Gin Gin lie Phe Asp
10 15 <210> 42 <211> 16 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence e < 220> .
< 223> Vyrobeno v laboratoři < 400> 42
Lys Lys lie lie lie Pro Asp Ser Lys Leu Gin Gly Val lie Gly Ala
174
1 5 10 15 <210> 43 <211> 15 <212> PRT < 213> Artificiální sekvencece <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 43
Lys Lys Leu Leu Val Pro Asp Asn Asn Leu Ala Thr Ile Ile Gly 15 10 15 <210> 44 <211> 509 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 44 ggagctcgaa ttcggcacga gagtgcctat tgttttgcag gctttgtctg atgatagcga 60 .taccgtacgt gagattgctg tacaagtagc tgttatgtat ggttctagtt gcttactgcg 120 cgccgtgggc gatttagcga aaaatgattc ttctattcaa gtacgcatca ctgcttatcg 180 tgctgcagcc gtgttggaga tacaagatct tgtgcctcat ttacgagttg tagtccaaaa' 240 tacacaatta gatggaacgg aaagaagaga agcttggaga tctttatgtg ttcttactcg .300 gcctcatagt ggtgtattaa ctggcataga tcaagcttta atgacctgtg agatgttaaa 360 ggaatatcct gaaaagtgta cggaagaaca gattcgtaca ttattggctg cagatcatcc 420 agaagtgcag gtagctactt tacagatcat tctgagagga ggtagagtat tccggtcatc 480 ttctataatg gaatcggttc tcgtgccgg 5Q9 <210> 45 <211> 481 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 221> různé vlastnosti <222> 23 <223> n=A,T,C or G <400> 45 gatccgaatt cggcacgagg cantatttac tcccaacatt acggttccaa ataagcgata60 aggtcttcta ataaggaagt taatgtaaga ggctttttta ttgcttttcg taaggtagta120 ttgcaaccgc acgcgattga atgatacgca agccatttcc atcatggaaa agaacccttg180 gacaaaaata caaaggaggt tcactcctaa ccagaaaaag ggagagttag tttccatggg240 ttttccttat atacacccgt ttcacacaat taggagccgc gtctagtatt tggaatacaa300 attgtcccca agcgaatttt gttcctgttt cagggatttc tcctaattgt tctgtcagcc360 atccgcctat ggtaacgcaa ttagctgtag taggaagatc aactccaaac aggtcataga420 aatcagaaag ctcataggtg cctgcagcaa taacaacatt cttgtctgag tgagcgaatt480
9481 <210> 46 <211> 427 <212> DNA <213> Chlamydia <220>
<221> různé vlastnosti <222> 20 <223> n=A,T,C or G
175 <400> 46 gatccgaatt cggcacgagn tttttcctgt tttttcttag tttttagtgt tcccggagca60 ataacacaga tcaaagaacg gccattcagt ttaggctctg actcaacaaa acctatgtcc120 tctaagccct gacacattct ttgaacaacc ttatgcccgt gttcgggata agccaactct180 cgcccccgaa acaťacaaga aacctttact ttatttcctt tctcaataaa ggctctagct240 tgctttgctt tcgtaagaaa gtcgťtatca tcgatattag gcttaagctt aacctctttg300 atacgcactt ggtgctgtgc tttcttacta tctttttctt ttttagttat gtcgtaacga360 tacttcccgt agtccatgat tttgcacaca ggaggctctg agtttgaagc aacctcgtgc420 cgaattc427 <210> 47 <211> 600 < 212> DNA < 213> Chlamydia < 220> „ < 221> nižné vlastnosti < 222> 522 <223> n=A,T,c nebo G <400> 47 gatccgaatt cggcacgaga tgcttctatt acaattggtt tggatgcgga aaaagcttac 60 cagcttattc tagaaaagtt gggagatcaa attcttggtg gaattgctga tactattgtt 120 gatagtacag tccaagatat tttagacaaa atcacaacag acccttctct aggtttgttg 180 aaagctttta acaactttcc aatcactaat aaaattcaat gcaacgggtt attcactccc 240 aggaacattg aaactttatt aggaggaact gaaataggaa aattcacagt cacacccaaa 300 agctctggga .gcatgttctt agtctcagca gatattattg catcaagaat ggaaggcggc 360 gttgttctag ctttggtacg agaaggtgat tctaagccct acgcgattag ttatggatac 420 tcatcaggcg ttcctaattt atgtagtcta agaaccagaa ttattaatac aggattgact 480 ccgacaacgt attcattacg tgtaggcggt ttagaaagcg gngtggtatg ggttaatgcc 540 ctttctaatg gcaatgatat tttaggaata acaaatcttc taatgtatct tttttggagg 600 <210> 48 <211> 600 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 48 ggagctcgaa ttcggcacga gctctatgaa tatccaattc tctaaactgt tcggataaaa60 atgatgcagg aattaggtcc acactatctt tttttgtttc gcaaatgatt gattttaaat120 cgtttgatgt gtatactatg tcgtgtaagc ctttttggtt acttctgaca ctagccccca180 atccagaaga taaattggat tgcgggtcta ggtcagcaag taacactttt ttccctaaaa240 attgggccaa gttgcatccc acgtttagag aaagtgttgt ttttccagtt cctcccttaa300 aagagcaaaa aactaaggtg tgcaaatcaa ctccaacgtt agagtaagtt atctattcag360 ccttggaaaa catgtctttt ctagacaaga taagcataat caaagccttt tttagcttta420 aactgttatc ctctaatttt tcaagaacag gagagtctgg gaataatcct aaagagtttt480 ctatttgttg aagcagtcct agaattagtg agacactttt atggtagagt tctaagggag540 aatttaagaa agttactttt tccttgttta ctcgtatttt taggtctaat tcggggaaat600 <210> 49 <211> 600 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 49 gatccgaatt cggcacgaga tgcttctatt acaattggtt tggatgcgga aaaagcttac 60 cagcttattc tagaaaagtt gggagatcaa attcttggtg gaattgctga tactattgtt 120 gatagtacag tccaagatat tttagacaaa atcacaacag acccttctct aggtttgttg 180 aaagctttta acaactttcc aatcactaat aaaattcaat gcaacgggtt attcactccc 240 aggaacattg aaactttatt aggaggaact gaaataggaa aattcacagt cacacccaaa 300 agctctggga gcatgttctt agtctcagca gatattattg catcaagaat ggaaggcggc 360
176 gttgttctag ctttggtacg agaaggtgat tctaagccct acgcgattag ttatggatac 420 tcatcaggcg ttcctaattt atgtagtcta agaaccagaa ttattaatac aggattgact 480 ccgacaacgt attcattacg tgtaggcggt ttagaaagcg gtgtggtatg ggttaatgcc 540 ctttctaatg gcaatgatat tttaggaata acaaatactt ctaatgtatc ttttttggag 600 <210> 50 <211> 406' < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 50.
gatccgaatt cggcacgagt tcttagcttg cttaattacg taattaacca aactaaaggg60 gctatcaaat agcttattca gtctttcatt agttaaacga tcttttctag ccatgactca120 tcctatgttc ttcagctata aaaatacttc ttaaaacttg atatgctgta atcaaatcat180 cattaaccac aacataatca aattcgctag cggcagcaat ttcgacagcg ctatgctcta240 atctttcttt cttctggaaa tctttctctg aatcccgagc attcaaacgg cgctcaagtt300 cttcttgaga gggagcttga ataaaaatgt gactgccggc atttgcttct tcagagccaa360 agctccttgt acatcaatca cggctatgca gtctcgtgcc gaattc406 <210> 51 <211> 602 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 51 gatccgaatt cggcacgaga tattttagac aaaatcacaa cagacccttc tctaggtttg60 ttgaaagctt ttaacaactt tccaatcact aataaaattc aatgcaacgg gttattcact120 cccaggaaca ttgaaacttt attaggagga actgaaatag gaaaattcac agtcacaccc180 aaaagctctg ggagcatgtt čttagtctca gcagatatta ttgcatcaag aatggaaggc240 ggcgttgttc tagctttggt acgagaaggt gattctaagc cctacgcgat tagttatgga300 tactcatcag gcgttcctaa tttatgtagt ctaagaacca gaattattaa tacaggattg360 actccgacaa cgtattcatt acgtgtaggc ggtttagaaa gcggtgtggt átgggttaat420 gccctttcta atggcaatga tattttagga ataacaaata cttctaatgt atcttttttg480 gaggtaatac ctcaaacaaa cgcttaaaca atttttattg gatttttctt ataggtttta540 tatttagaga aaaaagttcg aattacgggg tttgttatgc aaaataaact cgtgccgaat600 tc602 <210> 52 <211> 145 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 52 gatccgaatt cggcacgagc tcgtgccgat caaatatact ccaagtaatt ctttttctct aacattttca gctcgtgccg aattc <210> 53 <211> 450 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 53 gatccgaatt cggcacgagg taatcggcac gatcaaaccc acacttggga caagtaccta cttcctcaga atacagctgt tcggtcacct ttcgatagaa atcttgcaca atagcaggat ctacagaaat tcccaatttc ttgaaggtat attcttgata ccccatgcct gccaactctg cagaaccaca aatatacaaa acctctttgc ctgcaggcaa ataagcctcg tgccgaattc gtgttcaaca gcatccatag gatgggcagt 60 tttcaacaac tccttaggag agcgttggat 120
145 cgcactgctg acactcatct cctcgagctc 60 caacataacg gtccgctaaa aacttccctt 120 gattctctac cagtccgcgt tcctgcaagt 180 gataagcgtt cgtagttctg gaaaagaaat 240 ctttatgaag cttatgatac atgtcgacat 300 cattaagggt aattgcgatt ccgtattcat 360 cttgtagtct ctgaaaacgc gcataaacat 42Ó 450
177 <210> 54 <211> 716 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 54 gatcgaaatt cggcacgagc ggcacgagtt ttctgatagc gatttacaat cctttattca60 acttttgcct agagaggcac actatactaa gaagtttctt gggtgtgtgg cacagtcctg120 tcgtcagggg attctgctag aggggtaggg gaaaaaaccc ttattactat gaccatgcgc180 atgtggaatt acattccata gactttcgca tcattcccaa catttacaca gctctacacc240 tcttaagaag aggtgacgtg gattgggtgg ggcagccttg gcaccaaggg attccttttg300 agcttcggac tacctctgct ctctacaccc attaccctgt agatggcaca ttctggctta360 ttcttaatcc caaagatcct gtactttcct ctctatctaa tcgtcagcga ttgattgctg420 ccatccaaaa ggaaaaactg gtgaagcaag ctttaggaac acaatatcga gtagctgaaa480 gctctccatc tccagaggga atcatagctc atcaagaagc ttctactcct tttcctggga540 aaattacttt gatatatccc aataatatta cgcgctgtca gcgtttggcc gaggtatcca600 aaaaatgatc gacaaggagc acgctaaatt tgtacatacc ccaaaatcaa tcagccatct660 aggcaaatgg aatatcaaag taaacagtat acaactgggg atctcgtgcc gaattc716 <210> 55 <211> 463 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 55 tctcaaatcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa ccatgttcga taaattcacc60 cgacaaggac tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa atattgagga tataggagat120 cgcgttcggt taactatcaa tgggaatgtc gaagaatacg attacgttct cgtatctata180 ggacgccgtt tgaatacaga aaatattggc ttggataaag ctggtgttat ttgtgatgaa240 cgcggagtca tccctaccga tgccacaatg cgcacaaacg tacctaacat ttatgctatt300 ggagatatca caggaaaatg gcaacttgcc catgtagctt ctcatcaagg aatcattgca360 gcacggaata taggtggcca taaagaggaa atcgattact ctgctgtccc ttctgtgatc420 tttaccttcc ctgaagtcgc ttcagtaggc ctctccccaa cag463 < 210> 56 < 211> 829 < 212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 56 gtactatggg atcattagtt ggaagacagg ctccggattt ttctggtaaa gccgttgttt 60 gtggagaaga gaaagaaatc tctctagcag actttcgtgg taagtatgta gtgctcttct 120 tttatcctaa agattttacc tatgtttgtc ctacagaatt acatgctttt caagatagat 180 tggtagattt tgaagagcat ggtgcagtcg tccttggttg ctccgttgac gacattgaga 240 cacattctcg ttggctcact gtagcgagag atgcaggagg gatagaggga acagaatatc 300 ctctgttagc agacccctct tttaaaatat cagaagcttt tggtgttttg aatcctgaag 360 gatcgctcgc tttaagagct actttcctta tcgataaaca tggggttatt cgtcatgcgg 420 ttatcaatga tcttccttta gggcgttcca ttgacgagga attgcgtatt ttagattcat 480 tgatcttctt tgagaaccac ggaatggttt gtccagctaa ctggcgttct ggagagcgtg 540 gaatggtgcc ttctgaagag ggattaaaag aatacttcca gacgatggat taagcatctt 600 tgaaagtaag aaagtcgtac agatcttgat ctgaaaagag aágaaggctt tttaattttc 660 tgcagagagc cagcgaggct tcaataatgt tgaagtctcc gacaccaggc aatgctaagg 720 cgacgatatt agttagtgaa gtctgagtat taaggaaatg aaggccaaag aaatagctat 780 caataaagaa gccttcttcc ttgactctaa agaatagtat gtcgtatcc 829 <210> 57 <211> 1537 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis
178 <400> 57 acatcaagaa atagcggact cgcctttagt gaaaaaagct gaggagcaga ttaatcaagc60 acaacaagat attcaaacga tcacacctag tggtttggat attcctatcg ttggtccgag120 tgggtcagct gcttccgcag gaagtgcggc aggagcgttg aaatcctcta acaattcagg180 aagaatttcc ttgttgcttg atgatgtaga caatgaaatg gcagcgattg caatgcaagg240 ttttcgatct atgatcgaac aatttaatgt aaacaatcct gcaacagcta aagagctaca300 agctatggag gctcagctga ctgcgatgtc agatcaactg gttggtgcgg atggcgagct360 cccagccgaa atacaagcaa tcaaagatgc tcttgcgcaa gctttgaaac aaccatcagc420 agatggttta gctacagcta tgggacaagt ggcttttgca gctgccaagg ttggaggagg480 ctccgcagga acagctggča ctgtccagat gaatgtaaaa cagctttaca agacagcgtt540 ttcttcgact tcttccagct cttatgcagc agcactttcc gatggatatt ctgcttacaa600 aacactgaac tctttatatt ccgaaagcag aagcggcgtg cagtcagcta ttagtcaaac660 tgcaaatccc gcgctttcca gaagcgtttc tcgttctggc atagaaagtc aaggacgcag720 tgcagatgct agccaaagag cagcagaaac tattgtcaga gatagccaaa cgttaggtga780 tgtatatagc cgcttacagg ttctggattc tttgatgtct acgattgtga gcaatccgca840 agcaaatcaa gaagagatta tgcagaagct cacggcatct attagcaaag ctccacaatt900 tgggtatcct gctgttcaga attctgtgga tagcttgcag aagtttgctg cacaattgga.960 aagagagttt gttgatgggg aacgtagtct cgcagaatct caagagaatg cgtttagaaa1020 acagcccgct ttcattcaac aggtgttggt aaacattgct tctctattct ctggttatct1080 ttcttaacgt gtgattgaag tttgtgaatt gagggggagc caaaaaagaa tttctttttt1140 ggctcttttt tcttttcaaa ggaatctcgt gtčtacagaa gtcttttcaa taataagttc1200 ttagttccaa aagaagaaaa tatataaaag aaaaaactcc taattcattt aaaaagtgct1260 cggcagactt cgtggaaaat gtctgtaaag ctggagggga atcagcagaa agatgcaaga1320 tatccgagaa aaaaggctca ggctcgtgcc gaattcggca cgagactacg aaagaaaggt1380 cttttctttc ggaatctgtc attggatctg cgtaagactt aaagttcggc aacacaggct1440 ctgtcttctc tttaggtttc ttgcgcgaga aaaattttct caagtaacaa gaagatttct1500 ttttacagcc ggcatccggc ttctcgcgaa gtataac1537 <210> 58 <211> 463 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 58 tctcaaatcc ttgctttgaa taatccagat atttcaaaaa ccatgttcga taaattcacc 60 cgacaaggac tccgtttcgt actagaagcc tctgtatcaa atattgagga tataggagat 120 cgcgttcggt taactatcaa tgggaatgtc gaagaatacg attacgttct cgtatctata 180 ggacgccgtt tgaatacaga aaatattggc ťtggataaag ctggtgttat ttgtgatgaa 240 cgcggagtca tccctaccga tgccacaatg cgcacaaacg tacctaacat ttatgctatt 300 ggagatatca caggaaaatg gcaacttgcc catgtagctt ctcatcaagg aatcattgca 360 gcacggaata taggtggcca taaagaggaa atcgattact ctgctgtccc ttctgtgatc 420 tttaccttcc ctgaagtcgc ttcagtaggc ctctccccaa cag 463 <210> 59 <211> 552 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 59 acattcctcc tgctcctcgc ggccatccac aaattgaggt aaccttcgat attgatgcca60 acggaatttt acacgtttct gctaaagatg ctgctagtgg acgcgaacaa aaaatccgta120 ttgaagcaag ctctggatta aaagaagatg aaattcaaca aatgatccgc gatgcagagc180 ttcataaaga ggaagacaaa caacgaaaag aagcttctga tgtgaaaaat gaagccgatg240 gaatgatctt tagagccgaa aaagctgtga aagattacca cgacaaaatt cctgcagaac300 ttgttaaaga aattgaagag catattgaga aagtacgcca agcaatcaaa gaagatgctt360 ccacaacagc tatcaaagca gcttctgatg agttgagtac tcgtatgcaa aaaatcggag420 aagctatgca ggctcaatcc gcatccgcag cagcatcttc tgcagcgaat gctcaaggag480 ggccaaacat taactccgaa gatctgaaaa aacatagttt cagcacacga cctccagcag 540 gaggaagcgc ct552 <210> 60
179 <211> 1180 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 60 atcctagcgg taaaactgct tactggtcag ataaaatcca tacagaagca acacgtactt60 cttttaggag aaaaaatcta taatgctaga aaaatcctga gtaaggatca cttctcctca120 acaacttttt catcttggat agagttagtt tttagaacta agtcttctgc ttacaatgct180 cttgcatatt acgagctttt tataaacctc cccaaccaaá ctctacaaaa agagtttcaa240 tcgatcccct ataaatccgc atatattttg gccgctagaa aaggcgattt aaaaaccaag300 gtcgatgtga tagggaaagt atgtggaatc tcgtgccgaa ttcggcacga gcggcacgag360 gatgtagagt aattagttaa agagctgcat aattatgaca aagcatggaa aacgcattcg420 tggtatccaa gagacttacg atttagctaa gtcgtattct ttgggtgaag cgatagatat480 tttaaaacag tgtcctactg tgcgtttcga tcaaacggtt gatgtgtctg ttaaattagg540 gatcgatcca agaaagagtg atcagcaaat tcgtggttcg gtttctttac ctcacggtac600 aggtaaagtt ttgcgaattt tagtttttgc tgctggagat aaggctgcag aggctattga660 agcaggagcg gactttgttg gtagcgacga cttggtagaa aaaatcaaag gtggatgggt720 tgacttcgat gttgcggttg ccactcccga tatgatgaga gaggtcggaa agctaggaaa780 agttttaggt ccáagaaacc ttatgcctac gcctaaagcc ggaactgtaa caacagatgt840 ggttaaaact attgcggaac tgcgaaaagg taaaattgaa tttaaagctg atcgagctgg900 tgtatgcaac gtcggagttg cgaagctttc tttcgatagt gcgcaaatca aagaaaatgt960 'tgaagcgttg tgtgcagcct tagttaaagc taagcccgca actgctaaag gacaatattt1020 agttaatttc actatttcct cgaccatggg gccaggggtt accgtggata ctagggagtt1080 gattgcgtta taattctaag tttaaagagg aaaaatgaaa gaagagaaaa agttgctgct1140 tcgcgaggtt gaagaaaaga taaccgcttc tcggcacgag1180 <210> 61 <211> 1215 < 212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 61 attacagcgt gtgcaggtaa cgacatcatt gcatgatgct tttgatggca ttgatgcggc60 attccttata gggtcagttc ctagaggccc aggaatggag agaagagatc ttctaaagaa120 aaatggggag attgttgcta cgcaaggaaa agctttgaac acaacagcca agcgggatgc180 aaagattttt gttgttggga accctgtgaa taccaattgc tggatagcaa tgaatcatgc240 tcccagatta ttgagaaaga actttcatgc gatgctacga ttggaccaga atcgtatgca300 tagcatgtta tcgcatagag cagaagtacc tttatcggct gtatcacaag ttgtggtttg360 gggaaatcac tccgccaaac aagtgcctga ttttacgcaa gctctgatta atgaccgtcc420 tatcgcagag acgatagcgg atcgtgattg gttagagaat attatggtgc cttctgtaca480 gagtcgtggt agtgcagtaa ttgaagcacg agggaagtct tcggcagctt ctgcagcacg540 agctttagca gaggctgctc gatcaatata tcagccaaaa gaaggactcg tgccgaattc600 ggcacgagta tcgaaattgc aggcatttct agtgaatggt cgtatgctta taaactacgt660 ggtacagact tgagctctca aaagtttgct acagattctt acatcgcaga cccttattct720 aagaatatct actcccctca actatttgga tcccctaaac aagaaaagga ttacgcattt780 agttacctga aatatgagga ttttgactgg gaaggcgaca ctcctttgca ccttccaaaa840 gaaaattact tcatttatga aatgcatgtt cggtcattca cccgagatcc gtcttcccag900 gtttcccatc ctggaacttt ccttggtatc atcgaaaaaa tagaccacct caaacaacta960 ggcgttcatg cagttgaact ccttcctatt ttcgaattcg atgaaaccgt ccatccattt1020 aaaaatcagg acttccccca cctgtgtaac tattgggggt attcttcggt gaattttttc1080 tgcccctctc gccgttatac ttatggggca gacccttgcg ctccggcccg agagttcaag1140 actcttgtca aagcgttaca ccgtgcggga atcgaagtca ttctcgatgt cgttttcaat1200 catacaggct ttgaa1215 <210> 62 <211> 688 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 62 .gtggatccaa aaaagaatct aaaaagccat acaaagattg cgttacttct tgcgatgcct 60
180 ctaacacttt atcagcgtca tctttgagaa gcatctcaat gagcgctttt tcttctctag 120 catgccgcac atccgcttct tcatgttctg tgaaatatgc atagtcttca ggattggaaa 180 atccaaagta ctcagtcaat ccacgaattt tctctctagc gatacgtgga atttgactct 240 cataagaata caaagcagcc actcctgcag ctaaagaatc tcctgtacac caccgcatga 300 aagtagctac tttcgctttt gctgcttcac taggctcatg agcctctaac tcttctggag 360 taactcctag agcaaacaca aactgcttcc acaaatcaat atgattaggg taaccgttct 420 cttcatccat caagttatct aacaataact tacgcgcctc taaatcatcg caacgactat 480 gaatcgcaga taaatattta ggaaaggctt tgatatgtaa ataatagtct ttggcacgag 540 cctgtaattg ctctttagta agctccccct tcgaccattt cacataaaac gtgtgttcta 600 gcatatgctt attttgaata attaaatcta actgatctaa aaaattcata aacacctcca 660 tcatttcttt tcttgactcc acgtaacc 688 <210> 63 <211> 269 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 63 atgttgaaat cacacaagct gttcctaaat atgctacggt aggatctccc tatcctgttg 60 aaattactgc tacaggtaaa agggattgtg ttgatgttat cattactcag caattaccat 120 gtgaagcaga gttcgtacgc agtgatccag cgacaactcc tactgctgat ggtaagctag 180 tttggaaaat tgaccgctta ggacaaggcg aaaagagtaa aattactgta tgggtaaaac 240 ctcttaaaga aggttgctgc tttacagct . 269 <210> 64 <211> 1339 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis <400> 64 cttttattat ggcttctggg gatgatgtca acgatatcga cctgctatct cgaggagatt60 ttaaaattgt tatacagacg gctccagagg agatgcatgg attagcggac tttttggctc120 ccccggcgaa ggatcttggt attctctccg cctgggaagc tggtgagctg cgttacaaac180 agctagttaa tccttaggaa acatttctgg acctatgccc atcacattgg ctccgtgatc240 cacatagaga gtttctcccg taattgcgct agctagggga gagactaaga aggctgctgc300 tgcgcctact tgctcagctt ccattggaga aggtagtgga gcccagtctt ggtagtaatc360 caccattctc tcaataaatc caatagcttt tcctgcacgg ctagctaatg gccctgccga420 gatagtattc actcggactc cccaacgtcg gccggcttcc caagccagta cttttgtatc480 actttctaaa gcagcttttg ctgcgttcat tcctccgcca taccctggaa cagcacgcat540 ggaagcaaga taagttagag agatggtgct agctcctgca ttcataattg ggccaaaatg600 agagagaagg ctgataaagg agtagctgga tgtacttaag gcggcaagat agcctttacg660 agaggtatca agtaatggtt tagcaatttc cggactgttt gctaaagagt gaacaagaat720 atcaatgtgt ccaaaatctt ttttcacctg ttctacaact tcggatacag tgtacccaga780 aagatctttg taacgtttat tttccaaaat ttcctgagga atatcttctg gggtgtcgaa840 actggcatcc atgggataga ttttagcgaa agttagcaat tctccattgg agagttcacg900 agatgcattg aattttccta actcccaaga ttgagagaaa attttataga taggaaccca960 ggtccccaca agtatggttg cgcctgcttc tgctaacatt ttggcaatgc cccagccata1020 cccgttatca tcgcctatgc cggctatgaa agcaattttt cctgttaaat caattttcaa1080 catgagctaa ccccattttg tcttcttgag agaggagagt agcagattct ttattattga1140 gaaacgggcc tcataataca taaggagtag attcactggc tggatccagg tttctagagt1200 aaagagtttc cttgtcaaat tcttatatgg gtagagttaa tcaactgttt tcaagtgatt1260 tatgtttatt ttaaaataat ttgttttaac aactgtttaa tagttttaat ttttaaagtg 1320 tgaaaaacag gttttatat1339 <210> 65 <211> 195 < 212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 65
Met Gly Ser Leu Val Gly Arg Gin Ala Pro Asp. Phe Ser Gly Lys Ala
181
Val Val Cys Gly Glu Glu Lys Glu lie Ser Leu Ala Asp Phe Arg Gly ' 20 2530
Lys Tyr Val Val Leu Phe Phe Tyr Pro Lys Asp Phe Thr Tyr Val Cys 35 4045
Pro Thr Glu Leu His Ala Phe Gin Asp Arg Leu Val Asp Phe Glu Glu 50' 5560
His Gly Ala Val Val Leu Gly Cys Ser Val Asp Asp lie Glu Thr His 65 70 7580
Ser Arg Trp Leu Thr Val Ala Arg Asp Ala Gly Gly lie Glu Gly Thr 85 9095
Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys lie Ser Glu Ala Phe
100
105
110
Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu
115
120
125 lie Asp Lys His Gly Val Tle Arg His Ala Val lie Asn Asp Leu Pro 130 135140
Leu Gly Arg Ser Tle Asp Glu Glu Leu Arg lie Leu Asp Ser Leulie 145 150 155160
Phe Phe Glu Asn His Gly Met Val Cys Pro Ala Asn Trp Arg SerGly
165 170175
Glu Arg Gly Met Val Pro Ser Glu Glu Gly Leu Lys Glu Tyr Phe Gin 180 185190
Thr Met Asp
195 <210> 66 <211> 520 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 66 gatccgaatt cggcacgagg aggaatggaa gggccctccg attttaaatc tgctaccatg60 ccattcacta gaaactccat aacagcggtt ttctctgatg gcgagtaaga agcaagcatt120 tgatgtaaat tagcgcaatt agagggggat gaggttactt ggaaatataa ggagcgaagc180 gatgaaggag atgtatttgc tctggaagca aaggtttctg aagctaacag aacattgcgt240 cctccaacaa tcgcctgagg attctggctc atcagttgat gctttgcctg aatgagagcg300 gacttaagtt tcccatcaga gggagctatt tgaattagat aatcaagagc tagatccttt360 attgtgggat cagaaaattt acttgtgagc gcatcgagaa tttcgtcaga agaagaatca420 tcatcgaacg aatttttcaa tcctcgaaaa tcttctccag agacttcgga aagatcttct480 gtgaaacgat cttcaagagg agtatcgcct ttttcctctg
520 <210> 67 <211> 276 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 67
182 gatccgaatt cggcacgagg tattgaagga gaaggatctg actcgatcta tgaaatcatg 60 atgcctatct atgaagttat gaatatggat ctagaaacac gaagatcttt tgcggtacag 120 caagggcact atcaggaccc aagagcttca gattatgacc tcccacgtgc tagcgactat 180 gatttgccta gaagcccata tcctactcca cctttgcctt ctagatatca gctacagaat 240 atggatgtag aagcagggtt ccgtgaggca gtttat 276 <210> 68 <211> 248 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 68 gatccgaatt cggcacgagg tgttcaagaa tatgtccttc aagaatgggt taaattgaaa 60 gatctaccgg tagaagagtt gctagaaaaa cgatatcaga aattccgaac gataggtcta 120 tatgaaactt cttctgaaag cgattctgag gcataagaag catttagttt tattcggttt 180 ttctctttta tccata-ttag ggctaacgat aacgtctcaa gcagaaattt tttctctaqa 240 tcttattg 248 <210> 69 <211> 715 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 2 21 > různé vlastnosti < 222> 34 <223> n=A,t,c nebo G <400> 69 gatccgaatt cggcacgaga aggtagatcc gatntcagca aaagtgctcc taaaggaaga60 ttccttcggt atcctgcagc aaataaggtg gcacactcca tctcggacag tttgagcttt120 attttcatat agttttcgac ggaactcttt attaaactcc caaaaccgaa tgttagtcgt180 gtgggtgatg cctatatggt aagggaggtt tttggcttcg agaatattgg tgatcatttt240 ttgtacgaca aaattagcta atgcagggac ctctgggggg aagtatgcat ctgatgttcc300 atcttttcgg atgctagcaa cagggacaaa ataatctcct atttggtagt gggatcttaa360 gcctccgcac atgcccaaca tgatcgctgc tgtagcattg ggaaggaaag aacacagatc420 tacggtaaga gctgctcctg gagagcctaa tttaaaatcg atgattgagg tgtgaatttg480 aggcgcatgc gctgccgaaa acatggatcc tcgagaaaca gggacctgat agatttcagc540 gaaaacatcc acggtaatac ccmaaattag taagaaggag atagggctgg aactcttgaa600 tggtagagcc ggtatagcgc tctagcatgt cacaggcgat tgtttcttcg ctgatttttt660 tatgttgatg ggtcataaat cacagatatt ataatggtta gagaatcttt ttttc715 <210> 70 <211> 323 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 70 gatccgaatt cggcacgagc agaacgtaaa cagcacactt aaaccgtgta tgaggtttaa 60 cactgtttgg caagcaaaca accattcctc tttccacatc gttcttacca atacctctga 120 ggagcaatcc aacattctct cctgcacgac cttctgggag ttcttttctg aacatttcaa 180 ccccagtaac aatcgtttct ttagtatctc taagaccgac caactgaact ttatcggaaa 240 ctttaacaat tccacgctca atacgtccag ttactacagt tcctcgtccg gagatagaga 300 acacgtcctc aatgggcatt aag 323 <210> 71 <211> 715 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 71
183 gatccgaatt cggcacgagg aaaaaaagat tctctaacca ttataatatc tgtgatttat60 gacccatcaa cataaaaaaa tcagcgaaga aacaatcgcc tgtgacatgc tagagcggct120 ataccggctc taccattcaa gagttccagc cctatctcct tcttactaat tttgggtatt180 acgtggatgt tttcgctgaa atctatcagg tccctgtttc tcgaggatcc atgttttcgg240 gcagcgcatg cgcctcaaat tcacacctca atcatcgatt ttaaattagg ctctccagga300 gcagctctta ccgtagatct gtgttctttc cttcccaatg ctacagcagc gatcatgttg360 ggcatgtgcg gaggcttaag atcccactac caaataggag attattttgt ccctgttgct420 agcatccgaa aagatggaac atcagatgca tacttccccc cagaggtccc tgcattagct480 aattttgtcg tacaaaaaat gatcaccaat attctcgaag ccaaaaacct cccttaccat540 ataggcatca cccacacgac taacattcgg ttttgggagt ttaataaaga gttccgtcga600 aaactatatg aaaataaagc tcaaactgtc gagatggagt gtgccacctt atttgctgca660 ggataccgaa ggaatcttcc tttaggagca cttttgctga tatcggatct acctt715 <210> 72 <211> 641 < 212> DNA < 213> Chlamydia < 220> o < 22i> nižné vlastnosti < 222> 550,559,575,583,634,638 < 223> n=A, T,C nebo G < 400> 72 · gatccgaatt cggcacgaga tctcctcgag ctcgatcaaa cccacacttg ggacaagtac 60 ctacaacata acggtccgct aaaaacttcc cttcttcctc agaatacagc tgttcggtca 120 cctgattctc taccagtccg cgttcctgca agtttcgata gaaatcttgc acaatagcag 180 gatgataagc gttcgtagtt ctggaaaaga aatctacaga aattcccaat ttcttgaagg 24Ó tatctttatg aagcttatga tacatgtcga catattcttg ataccccatg cctgccaact 300 ctgcattaag ggtáattgcg attccgtatt catcagaacc acaaatatac aaaacctctt 360 tgccttgtag tctctgaaaa cgcgcataaa catctgcagg caaataagca ccggtaatat 420 gtccaaaatg caaaggacca tttgcgtaag gcaacgcaga agtaataaga atacgggaag 480 attccactat ttcacgtcgc tccagttgta cagagaagga tcttttcttc tggatgttcc 540 gaaaccttgn tctcttcgnc tctctcctgt agcanacaaa tgnctctctc gacatctctt 600 tcagcgtatt cggactgatg ccctaaagat cccnggangt t 641 <210> 73 <211> 584 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 221> různé vlastnosti < 222> 460,523,541,546 <223> n=A,T,C neboG <400> 73 gaattcggca cgagacattt ctagaatgga accggcaaca aacaaaaact ttgtatctga60 agatgacttt aagcaatctt tagataggga agattttttg gaatgggtct ttttatttgg120 gacttattac ggaacgagta aggcggagat ttctagagtt ctgcaaaagg gtaagcactg180 catagccgtg attgatgtac aaggagcttt ggctctgaag aagcaaatgc cggcagtcac240 tatttttatt caagctccct ctcaagaaga acttgagcgc cgtttgaatg ctcgggattc300 agagaaagat ttccagaaga aagaaagatt agagcatagc gctgtcgaaa ttgctgccgc360 tagcgaattt gattatgttg tggttaatga tgatttgatt acagcatatc aagttttaag420 aagtattttt atagctgaag aacataggat gagtcatggn tagaaaagat cgtttaacta480 atgaaagact gaataagcta tttgatagcc cctttagttt ggntaattac gtaattaagc540 nagctnagaa caaaattgct agaggagatg ttcgttcttc taac584 <210> 74 <211> 465 <212> DNA
<213> Chlamydia <400> 74 gatccgaatt cggcacgagc tcgtgccgtt tgggatcgtg taatcgcatc ggagaatggt60 taagaaatta ttttcgagtg aaagagctag gcgtaatcat tacagatagc catactactc120 caatgcggcg tggagtactg ggtatcgggc tgtgttggta tggattttct ccattacaca180 actatatagg atcgctagat tgtttcggtc gtcccttaca gatgacgcaa agtaatcttg240 tagatgcctt agcagttgcg gctgttgttt gtatgggaga ggggaatgag caaacaccgt300 tagcggtgat agagcaggca cctaatatgg tctaccattc atatcctact tctcgagaag360 agtattgttc tttgcgcata gatgaaacag aggacttata cggacctttt ttgcaagcgg420' ttaccgtgga gtcaagaaaa gaaatgatgg aggtgttťat gaatt465 <210> 75 <211> 545 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 75 gaattcggca cgagatgaaa agttagcgtc acaggggatt ctcctaccaa agaattccga60 aaagttttct tccaaaaacc tcttcctctc ttgattagtg atccctctgc aactacttta120 ctatatgttc tgtgaaatat gcatagtctt caggattgga aaatccaaag tactcagtca180 atccacgaat tttctctcta gcgatacgtg gaatttgact ctcataagaa tacaaagcag240 ccactcctgc agctaaagaa tctcctgtac accaccgcat gaaagtagct actttcgctt300 ttgctgcttc actaggctca tgagcctcta actcttctgg agtaactcct agagcaaaca360 caaactgctt ccacaaatca atatgattag ggtaaccgtt ctcttcatcc atcaagttat420 ctaacaataa cttacgcgcc tctaaatcat cgcaacgačt atgaatcgca gataaatatt480 taggaaaggc tttgatatgt aaataatagt ctttggcata cgcctgtaat tgctctttag540 haagc <210> 76 <211> 797 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 221> různé vlastnosti < 222> 788,789 <223> n=A,T,c nebo G <400> 76 gatccgaatt cggcacgaga tacgctagat gcgataaatg cggataatga ggattatcct60 aaaccaggtg acttcccacg atcttccttc tctagtacgc ctcctcatgc tccagtacct120 caatctgaga ttccaacgtc acctacctca acacagcctc catcacccta acttgtaaaa180 actgtaataa aaagagcgcg cttcctttat gcaaaatcaa tttgaacaac tccttactga240 attagggact caaatcaaca gccctcttac tcctgattcc aataatgcct gtatagttcg300 ctttggatac aacaatgttg ctgtacaaat tgaagaggat ggtaattcag gatttttagt360 tgctggagtc atgcttggaa aacttccaga gaataccttt agacaaaaaa ttttcaaagc420 tgctttgtct atcaatggat ctccgcaatc taatattaaa ggcactctag gatacggtga480 aatctctaac caactctatc tctgtgatcg gcttaacatg acctatctaa atggagaaaa540 gctcgcccgt tacttagttc ttttttcgca gcatgccaat atctggatgc aatctatctc600 aaaaggagaa cttccagatt tacatgctct aggtatgtat cacctgtaaa ttatgccgtc660 attatcccaa tcccgacgta tcatccagca atcttccatt cgaaagattt ggaatcagat720 agatacttct cctaagcatg ggggtatgcg taccggttat ttttctcttc atactcaaaa780 aaagttgnng gggaata <210> 77 <211> 399 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 77
185 catatgcatc accatcacca tcacatgcca cgcatcattg gaattgatat tcctgcaaag60 aaaaagttaa aaataagtct gacatatatt tatggaatag gatcagctcg ttctgatgaa1'20 atcattaaaa agttgaagtt agatcctgag gcaagagcct ctgaattaac tgaagaagaa180 gtaggacgac tgaactctct gctacaatca gaatataccg tagaagggga tttgcgacgt240 cgtgttcaat cggatatcaa aagattgatc gccatccatt cttatcgagg tcagagacat300 agactttctt taccagtaag aggacaacgt acaaaaacta attctcgtac tcgaaaaggt360 aaaagaaaaa cagtcgcagg taagaagaaa taagaattc399 <210> 78 <211> 285 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 78 atgcatcacc atcaccatca catgagtcaa aaaaataaaa actctgcttt tatgcatccc60 gtgaatattt ccacagattt agcagttata gttggcaagg gacctatgcc cagaaccgaa120 attgtaaaga aagtttggga atacattaaa aaacacaact gtcaggatca aaaaaataaa180 cgtaatatcc ttcccgatgc gaatcttgcc aaagtctttg gctctagtga tcctatcgac240 atgttccaaa tgaccaaagc cctttccaaa catattgtaa aataa285 <210> 79 <211> 950 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 79 aaattaactc gagcacaaat tacggcaatt gctgagcaaa agatgaagga catggatgtc60 gttcttttag agtccgccga gagaatggtt gaagggactg cccgaagcat gggtgtagat120 gtagagtaat tagttaaaga gctgcataat tatgacaaag catggaaaac gcattcgtgg180 tatccaagag acttacgatt tagctaagtc gtattctttg ggtgaagcga tagatatttt240 aaaacagtgt cctactgtgc gtttcgatca aacggttgat gtgtctgtta aattagggat300 cgatccaaga aagagtgatc agcaaattcg tggttcggtt tctttacctc acggtacagg360 taaagttttg cgaattttag tttttgctgc tggagataag gctgcagagg ctattgaagc'420 aggagcggač tttgttggta gcgacgactt ggtagaaaaa atcaaaggtg gatgggttga480 cttcgatgtt gcggttgcca ctcccgatat gatgagagag gtcggaaagc taggaaaagt540 tttaggtcca agaaacctta tgcctacgcc táaagccgga actgtaacaa cagatgtggt600 taaaactatt gcggaactgc gaáaaggtaa aattgaattt aaagctgatc gagctggtgt660 atgcaacgtc ggagttgcga agctttcttt cgatagtgcg caaatcaaag aaaatgttga720 agcgttgtgt gcagccttag ttaaagctaa gcccgcaact gctaaaggac aatatttagt780 taatttcact atttcctcga ccatggggcc aggggttacc gtggatacta gggagttgat840 tgcgttataa ttctaagttt aaagaggaaa aatgaaagaa gagaaaaagt tgctgcttcg900 cgaggttgaa gaaaagataa čcgcttctca aggttttatt ttgttgagat950 <210> 80 <211> 395 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 80 tttcaaggat tttgttttcc cgatcatctt actaaatgca gctccaacaa tcacatcatg60 ggctggttta gcatctaagg caacagaagc tcctctgctg taataagtga attcttcaga120 agtaggtgtt cctacttgcg atagcatcgt tcctagtcct gatatccaca ggttgttata180 gctaacttca tcaaagcgag ctagattcat tttatcgttg agcaagcctt gtttgactgt240 gaccattgac atttgagatc ccagaatcga gttcgcatag aaatgattgt ctctaggtac300 ataagcccat tgtctataag agtcaaattt ccagagcgct gagatcgttc cattttgtag360 ttgatcagga tccagagtga gtgttcctgt atatc -395 <210> 81 <211> 2085 <212> DNA <213> Chlamydia
186 <400> 81 atttggcgaa ggagtttggg ctacggctat taataaatca ttcgtgttcg ctgcctccaa 60 gaccagattg tgtactttct tatgaagaat ctcctattga gcaaatgttg cgttggggag 120 agtctcagtt agaacaattt gctcaagtag gtttagatac aagttggcaa gttgttttcg 180 atccaggaat aggatttggg aagactcccg ttcagtcgat gttattgatg gatggagtaa 240 agcagtttaa acgtgtttta gagtgtcctg tattaatagg ccattctaga aaatcgtgtt 300 tgagtatgtt gggccgattt aatagtgacg atcgtgattg ggaaacgatc ggctgttctg 360 tatctcttca tgatcgagga gttgattatc tacgtgtgca tcaggttgaa ggtaacagac 420 gtgccttagc cgctgctgct tgggctggta tgtttgtatg atccaagcaa caggtatcgt 480 tgctattgat cccagaggag tgatgggagc tttaggcaag ctcccttgga gttatcccga 540 agatctacgt ttttttgcag aaaccattcg aaatcatccc atcáttatgg gacgaaagac 600 ttgggagtct cttccagaca agtataagca tgggcgggat atcgttgtct tttctcgcag 660 gatgcatcca ccacaatgca taggagtttc ttcctttgca gagtatggga cactatcttt 720 gaatcatccg tttttaattg ggggagcgga gctctttgaa agttttttcc aacaaaacct 780 tctgaaagct tgťtttgtca cacatatcaa aaagaaatat tggggcgata ctttcttccc 840 tatcacgcga ttatcaggat ggaagaagga atgtatttgt aatacagagg atttcagtat 900 ttattattat gaaaataact ccgatcaaaa cacgtaaagt atttgcacat gattcgcttc 960 aagagatctt gcaagaggct ttgccgcctc tgcaagaacg gagtgtggta gttgtctctt 1020 caaagattgt gagtttatgt gaaggcgctg tcgctgatgc aagaatgtgc aaagcagagt .1080 tgataaaaaa agaagcggat gcttatttgt tttgtgagaa aagcgggata tatctaacga 1140 aaaaagaagg tattttgatt ccttctgcag ggattgatga atcgaatacg gaccagcctt 1200 ttgttttata tcctaaagat attttgggat cgtgtaatcg catcggagaa tggttaagaa 1260 attattttcg agtgaaagag ctaggcgtaa tcattacaga tagccatact actccaatgc 1320 ggcgtggagt actgggtatc gggctgtgtt ggtatggatt ttctccatta cacaactata 1380 taggatcgct agattgtttc ggtcgtccct tacagatgac gcaaagtaat cttgtagatg 1440 cčttagcagt tgcggctgtt gtttgtatgg gagaggggaa tgagcaaaca ccgttagcgg 1500 tgatagagca ggcacctaat atggtctacc attcatatcc tacttctcga gaagagtatt 1560 gttctttgcg catagatgaa acagaggact tatacggacc ttttttgcaa gcggttacgt 1620 ggagtcaaga aaagaaatga tggaggtgtt tatgaatttt ttagatcagt tagatttaat 1680 tattcaaaat aagcatatgc tagaacacac gttttatgtg aaatggtcga agggggagct 1740 tactaaagag caattacagg cgtatgccaa agactattat ttacatatca aagcctttcc 1800 taaatattta tctgcgattc atagtcgttg cgatgattta gaggcgcgta agttattgtt 1860 agataacttg atggatgaag agaacggtta ccctaatcat attgatttgt ggaagcagtt 1920 tgtgtttgct ctaggagtta ctccagaaga gttagaggct catgagccta gtgaagcagc 1980 aaaagcgaaa gtagctactt tcatgcggtg gtgtacagga gattctttag ctgcaggagt 2040 ggctgctttg tattcttatg agagtcaaat tccacgtatc gcctc 2085 <210> 82 <211> 405 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 82 ttcatcggtc tagttcgcta ttctactctc caatggttcc gcatttttgg gcagagcttc60 gcaatcatta tgcaacgagt ggtttgaaaa gcgggtacaa tattgggagt accgatgggt120 ttctccctgt cattgggcct gttatatggg agtcggaggg tcttttccgc gcttatattt180 cttcggtgac tgatggggat ggtaagagcc ataaagtagg atttctaaga attcctacat240 atagttggca ggacatggaa gattttgatc cttcaggacc gcctccttgg gaagaattgt300 attggctcca taaagggagg agaaaacttc gatataggga atcgtatcaa ggtgaaagta360 gcaaaaaata aattagctcc tccattccga actgcagaat ttgat405 <210> 83 <211> 379 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 83 tataccattc gtttgaaagt gcctttgacg ggagaaagtg tttttgaaga tcaatgcaaa 60. ggtcgtgtcg ttttcccttg ggcagatgtt gacgatcaag ttttggttaa atcagacggg 120 ttccctacgt atcactttgc taatgtagtt gatgatcatf tgatggggat tacccatgtg 180
187 ttgcgagggg aagagtggtt aagttctaca cctaaacacc ttcttcttta caaagctttt240 gggtgggagc ctccgcagtt tttccatatg ccgcttcttc taaatcctga tggaagtaag300 ctttccaaga gaaagaatcc tacttctatt ttttactatc gggatgctgg atacaaaaaa360 gaagcgttca tgaatttcc3-79 <210> 84 <211> 715 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 84 tcaatcctgt attaataatt ctggttctta gactacataa attaggaacg cctgatgagt60 atccataact aatcgcgtag ggcttagaat caccttctcg taccaaagct agaacaacgc120 cgccttccat tcttgatgca ataatatctg ctgagactaa gaacatgctc ccagagcttt180 tgggtgtgac tgtgaatttt cčtatttcag ttcctcctaa taaagtttca atgttcctgg240 gagtgaataa cccgttgcat tgaattttat tagtgattgg aaagttgtta aaagctttca300 acaaacctag agaagggtct gttgtgattt tgtctaaaat atcttggact gtactatcaa360 caatagtatc agcaattcca ccaagaattt gatctcccaa cttttctaga ataagctggt420 aagctttttc cgcatccaaa ccaattgtaa tagaagcatt ggttgatgga ttattggaga480 ctgttaaaga tattccatca gaagctgtca ttttggctgc gacaggtgtt gatgttgtcc540 caaggattat ttgCtggtcc ttgagcggct ctgtcatttg cccaactttg atattatcag600 caaagacgca gttttgagtg ttatacaaat aaaaaccaga atttcccatt ttaaaactct660 tttttatttt gagctttaaa taaattaggt ttttagtttc aagtttgcta ttaat715 <210> 85.
<211> 476 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 85 ctcgtgccgc tcgtgccgct cgtgccggtc ttttagaaga gcgtgaagct ttaaataatt60 cgattacgtt tatcatggat aagcgtaatt ggatagaaac cgagtctgaa caggtacaag120 tggttttcag agatagtaca gcttgcttag gaggaggcgc tattgcagct caagaaattg180 tttctattca gaacaatcag gctgggattt ccttcgaggg aggtaaggct agtttcggag240 gaggtattgc gtgtggatct ttttcttccg caggcggtgc ttctgtttta gggactattg300 atatttcgaa gaatttaggc gcgatttcgt tctctcgtac tttatgtacg acctcagatt360 taggacaaat ggagtaccag ggaggaggag ctctatttgg tgaaaatatt ťctctttctg420 agaatgctgg tgtgctcacc tttaaagaca acattgtgaa gacttttgct tcgaat476 <210> 86 <211> 1551 <212> DNA <213> Chlamydia .
<400> 86 gcgtatcgat atttcttctg ttacattctt tatagggatt ctgttggctg ttaatgcgct 60 aacctactct catgtattac gggatttatc tgtgagtatg gatgcgctgt tttctcgtaa 120 cacgcttgct gttcttttag gtttagtctc tagcgtttta gataatgtgc cattagtcgc 180 tgcaacaata ggtatgtatg acttacctat gaacgatcct ctttggaaac tcattgccta 240 tacagcaggc acagggggaa gtattctcat cattggatcc gctgcaggtg ttgcctacat 300 gggaatggaa aaagtgagtt tcggctggta tgtcaaacac gcttcttgga ttgctttagc 360 cagttatttt ggaggtctag cagtctattt tctaatggaa aattgtgtga atttgttcgt 420 ttgaggtagt cagtatggca gagtttcttt aaaaattctt ttaataaaag ggttctctgc 480 ctattctagg cccctttttg aatggaaaaa tgggtttttg gagaácatcg attatgaaaa 540 tgaataggat ttggctatta ctgcttacct tttcttctgc catacattct cctgtacgag 600 gagaaagctt ggtttgcaag aatgctcttc aagatttgag ttttttagag catttattac 660 aggttaaata tgctcctaaa acatggaaag agcaatactt aggatgggat cttgttcaaa 720 gctccgtttc tgcacagcag aagcttcgta cacaagaaaa tccatcaaca agtttttgcc 780 agcaggtcct tgctgatttt atcggaggat taaatgactt tcacgctgga gtaactttct 840 ttgcgataga aagtgcťtac cttccttata ccgtacaaaa aagtagtgac ggccgtttct 900 actttgtaga tatcatgact ttttcttcag agatccgtgt' tggagatgag ttgctagagg 960
188 tggatggggc gcctgtccaa gatgtgctcg ctactctata tggaagcaat cacaaaggga1020 ctgcagctga agagtcggct gctttaagaa cactattttc tcgcatggcc tctttagggc1080 acaaagtacc ttctgggcgc actactttaa agattcgtcg tccttttggt actacgagag1140 aagttcgtgt gaaatggcgt tatgttcctg aaggtgtagg agatttggct accatagctc1200 cttctatcag ggctccacag ttacagaaat cgatgagaag ctttttccct aagaaagatg1260 atgcgtttca tcggtctagt tcgctattct actctccaat ggttccgcat ttttgggcag1320 agcttcgcaa tcattatgca acgagtggtt tgaaaagcgg gtacaatatt gggagtaccg1380 atgggtttct ccctgtcatt gggcctgtta tatgggagtc ggagggtctt ttccgcgctt1440 atatttcttc ggtgactgat ggggatggta agagccataa agtaggattt ctaagaattc1500:
ctacatatag ttggcaggac atggaagatt ttgatccttc aggaccgcct c1551' <210> 87 <211> 3031 < 212> DNA < 213> Chlamydia < 400> 87‘ atgtaggccc tcaagcggtt ttattgttag accaaattcg agatctattc gttgggtcta60 aagatagtca ggctgaagga cagtataggt taattgtagg agatccaagt tctttccaag120 agaaagatgc agatactctt cccgggaagg tagagcaaag tactttgttc tcagtaacca180 atcccgtggt tttccaaggt gtggaccaac aggatcaagt ctcttcccaa gggttaattt240 gtagttttac gagcagcaac cttgattctc cccgtgacgg agaatctttt ttaggtattg300 cttttgttgg ggatagtagt aaggctggaa tcacattaac tgacgtgaaa gcttctttgt360 ctggagcggc tttatattct acagaagatc ttatctttga aaagattaag ggtggattgg420 aatttgcatc atgttcttct ctagaacagg ggggagcttg tgcagctcaa agtattttga480 ttcatgattg tcaaggattg caggttaaac actgtactac agccgtgaat gctgaggggt540 ctagtgcgaa tgatcatctt ggatttggag gaggcgcttt ctttgttacg ggttctcttt600 ctggagagaa aagtctctat atgcctgcag gagatatggt agttgcgaat tgtgatgggg660 ctatatcttt tgaaggaaac agcgcgaact ttgctaatgg aggagcgatt gctgcctctg720 ggaaagtgct ttttgtcgct aatgataaaa agacttcttt tatagagaac cgagctttgt780 ctggaggagc gattgcagcc tcttctgata ttgcctttca aaactgcgca gaactagttt840 tcaaaggcaa ttgtgcaatt ggaacagagg ataaaggttc tttaggtgga ggggctatat900 cttctctagg caccgttctt ttgcaaggga atcacgggat aacttgtgat aataatgagt960 ctgcttcgca aggaggcgcc atttttggca aaaattgtca gatttctgac aacgaggggc1020 cagtggtttt cagagatagt acagcttgct taggaggagg cgctattgca gctcaagaaa1080 ttgtttctat tcagaacaat caggctggga tttccttcga gggaggtaag gctagtttcg1140 gaggaggtat tgcgtgtgga tctttttctt ccgcaggcgg tgcttctgtt ttagggacta1200 ttgatatttc gaagaattta ggcgcgattt cgttctctcg tactttatgt acgacctcag1260 atttaggaca aatggagtac cagggaggag gagctctatt tggtgaaaat atttctcttt1320 ctgagaatgc tggtgtgctc acctttaaag acaacattgt gaagactttt gcttcgaatg1380 ggaaaattct gggaggagga gcgattttag ctactggtaa ggtggaaatt accaataatt1440 ccggaggaat ttcttttaca ggaaatgcga gagctccaca agctcttcca actcaagagg1500 agtttccttt attcagcaaa aaagaagggc gaccactctc ttcaggatat tctgggggag1560 gagcgatttt aggaagagaa gtagctattc tccacaacgc tgcagtagta tttgagcaaa1620 atcgtttgca gtgcagcgaa gaagaagcga cattattagg ttgttgtgga ggaggcgctg1680 ttcatgggat ggatagcact tcgattgttg gcaactcttc agtaagattt ggtaataatt1740 acgcaatggg acaaggagtc tcaggaggag ctcttttatc taaaacagtg cagttagctg1800 gaaatggaag cgtcgatttt tctcgaaata ttgctagttt gggaggacgc aatgttctgt1860 tagcttcaga aacctttgct tccagagcaa atacatctcc ttcatcgctt cgctccttat1920 atttccaagt aacctcatcc ccctctaatt gcgctaattt acatcaaatg cttgcttctt1980 actcgccatc agagaaaacc gctgttatgg agtttctagť gaatggcatg gtagcagatt2040 taaaatcgga gggcccttcc attcctcctg caaaattgca agtatatatg acggaactaa2100 gcaatctcca agccttacac tctgtagata gcttttttga tagaaatatt gggaacttgg2160 aaaatagctt aaagcatgaa ggacatgccc ctattccatc cttaacgacaggaaatttaa 2220 ctaaaacctt cttacaatta gtagaagata aattcccttc ctcttccaaa gctcaaaagg2280 cattaaatga actggtaggc ccagatactg gtcctcaaac tgaagtttta aacttattct2340 tccgcgctct taatggctgt tcgcctagaa tattctctgg agctgaaaaa aaacagcagc2400 tggcatcggt tatcacaaat acgctagatg cgataaatgc ggataatgag gattatccta2460 aaccaggtga cttcccacga tcttccttct ctagtacgcc tcctcatgct ccagtácctc2520 aatctgagat tccaacgtca cctacctcaa cacagcctcc atcaccctaa cttgtaaaaa2580 ctgtaataaa aagagcgcgc ttcctttatg caaaatcaat ttgaacaact ccttactgaa2640
189 tt^ggactc aaatcaacag tttggataca acaatgttge gettK^f3 Ťscttímaa tca3tggatc tctctaaac aactetatet aa?«CCCgtt aattagttct aaaggagaae ttecagattt ccctcttact tgtaaaaatt acttccagag tccgcaatct acatgetcta cctgattcca gaagaggatg aataccttta aatattaaag cttaacatga catgccaata 9 ataatgcctg gtaattcagg gaaaaaaaat gaactctagg cvtatctaaa tdtagttcgc atttttagtt tttcaaagct ataaggtgaa f Stfagraasag atctatctca <210>
<21J>
<212>
<213>
976 DNA Chlamydia
2700 2760
2820 2880
2940 3000
3031 <4 00>
gscgactgtc j-ggcacaaagt Sagaagttcg ctccttctat atgatgcgtt cagagcttcg Ccgatqaett cťtatatttc ttcctacata aagaatttge aaacgaacaa accgtcettt ctttagattg tgqgagaeaa ttggacgtea ctetttttgg tc9^aetct aUteSS tgtgaaatgg C^ttatgttc t®aagattCg cagggetcea ^gaaggtgt tcatcggtct caatcattafc cagttacaga agttcgctat
Met
Phe
Lys
Ile
Pro
Met tteggtgact tagttggeag taagattatt cccaggtggt agaacttect gttaaccctg catgg^agga agtattgaat ttttga
Vcaaegagtg sttgggcetg gatggggatg gácatggaag caagtatttt agtgtccttt aaacatagag htggaaaacg tatactgtgg tgttggagta aatcgatgag tctactctcc Htttgaaaag ttatatggga gtaagagcca attttgafccc ettetaatac atctttatgc tgattctgac tagacacaaa atetacaggt aaggggatat atatggaagc sa-;cacaaa ttctcgeatg gcctctttag tcgrcetttt ggtactacgj 9ct<accatag aagctttttc cCtaaaa g
Batggttccg Cgggtacaat gtcggagggt taaagtagga tteaggaceg agaagctttg aatgctttec tcaggatgaa c9tggagtct tgccgagtat egagttatea cetaagaaag Catrtthggg attgggagta cttttccgcg tttctaagaa cetcctt ggg attatcgacc atgttgacag gtgcttgatg cgccttgcta ttaaaaagct aaacctattc
120 180
240 300 360 420
480 <210> 89 <212>
<213>
<400> His His
Met
His
Gly.
Lys 50
Asp
Phe
Pro
Lys
Ala
Glu
PRT
Chlamydia
His
Pro
Met
His
Asn
Met
His
S
His
His Met Ser Gin iys 10
Lys Asn
Val
Asn
Ile
Se.r
Pro
Arg
Thr
Asn
Leu
Thr 05
Ser
Glu 40
Cys
Gin
Asp
Ala
Lys <210> 90 <211> 474 <212> PRT <'213> Chlamydia
Lys
Ala
Val
Leu
Thr ’ 25
Ile
Gin
Phe
Ser
Asp Leu
Val Lys
Lys
Gly
Lys
Ala
Val
Ile
Val
Gly
Lys
Val
Trp
Tyr
Asn.
Ser 75
His
Lys 60
Ser
Ile
Arg
Asp
Val
Asn
Pro
Lys
Ile
Leu
LSp 80
540 600
660 720 760
840
900 960
976
190 <400> 90
Met Ala Ser His His His His His His Met Asn Glu Ala Phe Asp Cys 5 1015
Val Val lie Gly Ala Gly Pro Gly Gly Tyr Val Ala Ala lie Thr Ala 20 2530
Ala Gin Ala Gly Leu Lys Thr Ala Leu lie Glu Lys Arg Glu Ala Gly 35 4045
Gly Thr Cys Leu Asn Arg Gly Cys lie Pro Ser Lys Ala Leu Leu Ala 50 5560
Gly Ala Glu Val Val Thr Gin Tle Arg His Ala Asp Gin Phe GlyTle 65 70 7580
His Val Glu Gly Phe Ser Tle Asn Tyr Pro Ala Met Val Gin ArgLys
9095
Asp Ser Val Val Arg Ser lie Arg Asp Gly Leu Asn Gly Leu Tle Arg 100 105110
Ser Asn Lys lie . Thr Val Phe Ser Gly Arg Gly Ser Leu lie Ser Ser 115 120125
Thr Glu Val Lys Tle Leu Gly Glu Asn Pro Ser Val lie Lys Ala His 130 135140
Ser lie Ue Leu Ala Thr Gly Ser Glu Pro Arg Ala Phe Pro Glylie
145 150 155160
Pro Phe Ser Ala Glu Ser Pro Arg lie Leu Cys Ser Thr Gly ValLeu
165 170175
Asn Leu Lys Glu lie Pro Gin Lys Met Ala lie Tle Gly Gly Gly Val 180 185190
Tle Gly Cys Glu Phe Ala Ser Leu Phe His Thr Leu Gly Ser Glu Val 195 200205
Ser Val lie Glu Ala Ser Ser Gin lie Leu Tkla Leu Asn Asn Pro Asp 210 215220 lie Ser Lys Thr Met Phe Asp Lys Phe Thr Arg Gin Gly Leu ArgPhe
225 230 235240
Val Leu Glu Ala Ser Val Ser Asn lie Glu Asp lie Gly Asp ArgVal
245 250255
Arg Leu Thr lie Asn Gly Asn Val Glu Glu Tyr Asp Tyr Val Leu Val 260 265270
Ser Tle Gly Arg Arg Leu Asn Thr Glu Asn lie Gly Leu Asp Lys Ala 275 280285
Gly Val lie Cys Asp Glu Arg Gly Val lie Pro Thr Asp Ala Thr Met 290 295300
Arg Thr Asn Val Pro Asn He Tyr Ala He Gly Asp Ile Thr Gly Lys
305
310
315
320
191
Trp Gin Leu Ala His Val 325
Asn.Ile Gly Gly His Lys 340
Val lie Phe Thr Phe Pro 355
Ala Ala Gin Gin Gin Lys 370
Arg Ala Ile Gly Lys Ala 385 390
Ala Ile Ile Ser His Glu 405 lie Gly Pro His Ala Ser 420
Arg Asn Glu Leu Thr Leu 435
Pro Thr Leu Ala Glu Val 450
Thr Pro Leu His Met Pro 465 470
Ala Ser His Gin Gly 330
Glu Glu Ile Asp Tyr 345
Glu Val Ala Ser Val 360 lie Pro Val Lys Val 375
Val Ala Met Gly Glu 395
Thr Thr Gin Gin Ile 410
Ser Leu Ile Ser Glu 425
Pro Cys Ile Tyr Glu 440
Trp Ala Glu Ser Ala 455
Pro Ala Lys Lys
Ile Ile Ala Ala Arg 335
Ser Ala Val Pro Ser 350
Gly Leu Ser Pro Thr 365
Thr Lys Phe Pro Phe 380
Ala Asp Gly Phe Ala 400
Leu Gly Ala Tyr Val 415
Ile Thr Leu Ala Val 430
Thr Ile His Ala His 445
Leu Leu Ala Val Asp 460 <210> 91 <211> 129 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 91
Met His His His His His His 5
Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys 20
Gly Ser Ala Arg Ser Asp Glu 35
Glu Ala Arg Ala Ser Glu Leu 50 55
Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr 65 70
Val Gin Ser Asp Ile Lys Arg 85
Gin Arg His Arg Leu Ser Leu 100
Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly 115
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile 1015
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile 2530 lie lie Lys Lys Leu Lys Leu Asp Pro 4045
Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn 60
Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg 75.80
Leu Ile Ala Ile His Ser Tyr Arg Gly 9095
Pro Val Arg Gly Gin Arg Thr Lys Thr 105110
Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys Lys 120125
192
Lys <210> 92 <211> 202 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 92
Met His His His His His His Met Gly Ser Leu Vai Gly Arg Gin Ala
Pro Asp Phe Ser Gly Lys Ala Val Vai Cys Gly Glu Glu Lys Glu lie 20 2530
Ser Leu Ala Asp Phe Arg Gly Lys Tyr Val Vai Leu Phe Phe Tyr Pro 35 40 ·45
Lys Asp Phe Thr Tyr Vai Cys Pro Thr Glu Leu His Ala Phe Gin Asp 50 5560
Arg Leu Val Asp Phe Glu Glu His Gly Ala Val Vai Leu Glv Cys Ser 65 70 7580
Vai Asp Asp lie Glu Thr His Ser Arg Trp Leu Thr Vai Ala Arg Asp 85 9095
Ala Gly Gly lie Glu Gly Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser 100 105110
Phe Lys lie Ser Glu Ala Phe Gly Vai Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu 115 120125
Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu He Asp Lys His Gly Vai lie Arg His 130 135140
Ala Vai He Asn Asp Leu Pro Leu Gly Arg Ser He Asp Glu GluLeu
I45 150 155160
Arg lie Leu Asp Ser Leu lie Phe Phe Glu Asn His Gly Met VaiCys
165 170175
Pro Ala Asn Trp Arg Ser Gly Glu Arg Gly Met Vai Pro Ser Glu Glu 180 185190
Gly Leu Lys Glu Tyr Phe Gin Thr Met Asp
195
200 <210> 93 <211> 19
-Ί?> PRT icial Sequence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 93
193
Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr Asn Lys Ara Asn 1 5 10
Asp Lys Leu lie Asn Pro Asp 15 .
<210> 94 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence =e <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři < 400> 94 '
Asp Pro Thr Asn Lys Arg Asn lie Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys 1 5 10 15
Vai Phe Gly Thr 20 < 210> 95 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ce <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři < 400> 95
Lys Arg Asn lie Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Vai Phe Gly Thr 1 5 10 15
Glu Lys Pro lie 20 < 210> 96 / < 211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence:® <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 96
Asp Asp Lys Leu Ala Lys Vai Phe Gly Thr Glu Lys Pro lie Asp Met 1 5 10 15
Phe Gin Met Thr 20 <210> 97 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence ;e <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 97
Lys Vai Phe Gly Thr Glu Lys Pro lie Asp Met Phe Gin Met Thr Lvs 1 5 10 15
Met Vai Ser Gin
194
<210> 98 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 98
Asn Lys Arg Asn lie Asn Pro Asp Asp Lys Leu Ala Lys Val Phe Gly 1 5 10 15
Thr Glu Lys Pro 20 <210> 99 <211> 16 <212> PRT <213> Artificiální sekvence3 <220>
<22 3> Vyrobeno v laboratoři <400> 99
Asn Lys Arg Asn lie Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly 1 5 10 15 <210> 100 <211> 15 <212> PRT < 213 51 Artificiální sekvence5 <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 100
Lys Met Trp Asp Tyr lie Lys Glu Asn Ser Leu Gin Asp Pro Thr
5 10 15 <210> 101 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvencece <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 101
Thr Glu lie Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr lie Lys Lys His Asn Cys 1 5 10 15
Gin Asp Gin Lys 20 <210> 102 <211> 20 < 212> PRT.
< 213> Artificiální sekvencej <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 102
195
Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn , 5 10 15
Lys Arg Asn Ile 20 <210> 103 <211> 15 <212> PRT <213> Artificiální sekvence; <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 103
Lys Val Trp Glu Tyr Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys 1 5 io is <210> 104 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence-e <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 104
Ala Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gin 1 5 10 15
Ser Asp Tyr Val 20 <210> 105 <2H> 21 <212> PRT <213> Artificiální sekvence 5 <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 105
Leu Gin Ser Asp Tyr Val Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gin 1 5 10· 15
Ser Asp Ile Lys Arg 20 <210> 106 <211> 20 <212> PRT < 213> Artificiální sekvence ce <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 106
Met Pro Arg lie lie Gly lie Asp lie Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys J 5 10 15
Ile Ser Leu Thr 20 <210> 107 < 211> 20 ·' <212> PRT <213> Artificiální sekvence s' <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 107
Ala Glu Leu Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ala Leu Leu Gin 1 5 10 15
Ser Asp Tyr Val 20 <210> 108 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence©© <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 108
Leu Asn Ala Leu Leu Gin Ser Asp Tyr Val Val Glu Gly Asp Leu Arg 1 5 10 15
Arg Arg Val Gin 20 <210> 109 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence©© <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 109
Leu Asn Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg 15 10 15
Arg Arg Val Gin 20 <210> 110 <211> 1461 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 110 ctatctatga ggcactatca tgcctagaag atgtagaágc atgtagtgac gtgatatgct aagtcgatag aagaagaaat attatctcgt attgccaaga gctccattga ggttgcaaca ctgagaataa taaagactcc gttctgcatg agttatgaat ggacccaaga cccatatcct agggttccgt acagccgcaa taccaacggg ggaataaact tctctttggt gccgctcgtg gttggaagaa ggaggatgct aaatcagaac ggcattatcg tcagatattg ttgcggattt atggatctag gcttcagatt actccacctt gaggcagttt gagcgtattc 'tcacagacat ggtatctacc gggcttcttt ccgaattcgg aaaatattag aaacaagaaa acttgcagtc gagcggctgc catctgagag atagtgattt aaacacgaag atgacctccc tgccttctag atgcttcttt ccaatagtca ttagcaacct ataggtttgt ttttattcaa cacgagcggc atttgtgtaa ttcgtcatca aattaacagc aggtgcaggc ttaggggttc gcgagtaaag atcttttgcg gtacagcaag 60 acgtgctagc gactatgatt 120 atatcagcta cagaatatgg 180 tgtagcagga atgtacaatt 240 gcaggtggaa gggattctgc 300 gatgcagcgt tgggatagag 360 atcaaaaaac taagcccacc 420 aaaagaaagc cctcttcaag 480 acgaggagct gtaagtaagt 540 gcgtcatgcc gcaacaattt 600 gacagaaagg tttaaacagc 660 agagttgtgt aaattgagat 720 atcccgtcgt aaaaaataat 780 cttttgctta cggcgcttta 840 cgccgttctg atacagtttt 900
197
tccgctttaa aaataaaaag gtggaaaaat gagtactact attagcggag acgcttcttc960 tttaccgttg ccaacagctt cctgcgtaga gacaaaatct acttcgtctt caacaaaagg1020 gaatacttgt tccaaaattt tggatatagc tttagctatc gtaggcgctt tagttgttgt1080 cgctggggta ttagctttgg ttttgtgcgc tagcaatgtc atatttactg taataggtat1140 tcctgcatta attattggat ctgcttgtgt gggtgcggga atatctcgtc ttatgtatcg1200 atcctcttat gctagcttag aagcaaaaaa tgttttggct gagcaacgtt tgcgtaatct1260 ttcagaagag aaggacgctt tggcctccgt ctctttcatt aataagatgt ttctgcgagg1320 tcttacggac gatctccaag ctttggaagc taaggtaatg gaatttgaga ttgattgttt1380 ggacagatta gagaaaaatg agcaagcttt attgtccgat gtgcgcttag ttttatctag1440 ctacacaaga tggttggata g1461 <210> 111 <211> 267 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 111 gtcctcttct tattatagca gaagacattg aaggcgaagc tttagctact ttggtcgtga 60 acagaattcg tggaggattc cgggtttgcg cagttaaagc tccaggcttt ggagatagaa 120 gaaaagctat gttggaagac atcgctatct taactggcgg tcaactcatt agcgaagagt 180 tgggcatgaa attagaaaac gctaacttag ctatgttagg taaagctaaa aaagttatcg 240 tttctaaaga agacacgacc atcgtcg 267 <210> 112 <211> 698 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 112 tgataagcaa gcaaccgctc aactagcagc tctaačtatt aaaaaaatcc tctgttttga 60 tgaaaattcc tacgagaagg agctggcatg cttagaaaag aaacgcagta gcgtacaaaa 120 agatctgagc caactgaaaa aatacacagt tctctacatc aagaagctgc tcgaaaccta 180 cagacaactc gggcatcgaa agacaaaaat tgcaaaattt gatgacctac ctaccgagag 240 agtctccgct cataagaaag caaaagaact-cgctgcgctc gatcaagaag agaacttcta 300 aaacgtgact cggcccttga gatccttaaa ctctcgggcc aaaaagacta cagtcttctc 360 gagaagaaaa acggtgttag aaaatacgcg cgctaagact ttctctaaca atgactcaaa 420 aagctgtaaa cgtatacgtt taccgctctt ccataatttc taggctgact ttcacattat 480 ctcgacttgc tacggaaacc aataaagtac ggatagcctt aatagtgcgt ccttctttac 540 cgataatttt accgatatct cccttagcaa cagtcaattc gtagataatc gtattggttc 600 cctgcacctc tttcagatgc acttcctctg gcttatcaac aagatttttt acaatgtacg 660 čtaaaaactc tttcatgcga agcaaatcct acacaagc 698 <210> 113 <211> 1142 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 113 ctcttcaaag attgtgagtt tatgtgaagg cgctgtcgct gatgcaagaa tgtgcaaagc 60 agagttgata aaaaaagaag cggatgctta tttgttttgt gagaaaagcg ggatatatct 120 aacgaaaaaa gaaggtattt tgattccttc tgcagggatt gatgaatcga atacggacca 180 gccttttgtt ttatatccta aagatatttt gggatcgtgt aatcgcatcg gagaatggtt 240 aagaaattat tttcgagtga aagagctagg cgtaatcatt acagatagcc atactactcc 300 aatgcggcgt ggagtactgg gtatcgggct gtgttggtat ggattttctc cattacacaa 360 ctatatagga tcgctagatt gtttcggtcg tcccttacag atgacgcaaa gtaatcttgt 420 agatgcctta gcagttgcgg ctgttgtttg tatgggagag gggaatgagc aaacaccgtt 480 agcggtgata gagcaggcac ctaatatggt ctaccattca tatcctactt ctcgagaaga 540 gtattgttct ttgcgcatag atgaaacaga ggacttatac ggaccttttt tgcaagcggt 600 tacgtggagt caagaaaaga aatgatggag gtgtttatga attttttaga tcagttagat 660 ttaattattc aaaataagca tatgctagaa cacacgtttt atgtgaaatg gtcgaagggg 720 gagcttacta aagagcaatt acaggcgtat gccaaagact attatttaca tatcaaagcc 780
198 .
···« tttcctaaat atttatctgc gattcatagt cgttgcgatg atttagaggc gcgtaagtta840 ttgttagata acttgatgga tgaagagaac ggttacccta atcatattga tttgtggaag900 cagtttgtgt ttgctctagg agttactcca gaagagttag aggctcatga gcctagtgaa960 gcagcaaaag cgaaagtagc tactttcatg cggtggtgta caggagattc tttagctgca1020 ggagtggctg ctttgtattc ttatgagagt caaattccac gtatcgctag agagaaaatt1080 cgtggattga ctgagtactt tggattttcc aatcctgaag actatgcata tttcacagaa1140 ca1142 <210> 114 <211> 976 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 114 aggtggatgg ggcgcctgtc caágatgtgc tcgctactct atatggaagc aatcacaaag60 ggactgcagc tgaagagtcg gctgctttaa gaacactatt ttctcgcatg gcctctttag120 ggcacaaagt accttctggg cgcactactt taaagattcg tcgtcctttt ggtactacga180 gagaagttcg tgtgaaatgg cgttatgttc ctgaaggtgt aggagatttg gctaccatag240 ctccttctat cagggctcca cagttacaga aatcgatgag aagctttttc cctaagaaag300 atgatgcgtt tcatcggtct agttcgctat tctactctcc aatggttccg catttttggg360 cagágcttcg caatcattat gcaacgagtg gtttgaaaag cgggtacaat attgggagta420 ccgatgggtt tctccctgtc attgggcctg ttatatggga gtcggagggt cttttccgcg480 cttatatttc ttcggtgact gatggggatg gtaagagcca taaagtagga tttctaagaa540 ttcctacata tagttggcag gacatggaag attttgatcc ttcaggaccg cctccttggg600 aagaatttgc taagattatt caagtatttt cttctaatac agaagctttg attatcgacc660 aaacgaacaa cccaggtggt agtgtccttt atctttatgc actgctttcc atgttgacag720 accgtccttt agaacttcct aaacatagaa tgattctgac tcággatgaa gtggttgatg780 ctttagattg gttaaccctg ttggaaaacg tagacacaaa cgtggagtct cgccttgctc840 tgggagacaa catggaagga tatactgtgg atctacaggt tgccgagtat ttaaaaagct900 ttggacgtca agtattgaat tgttggagta aaggggatat cgagttatca acacctáttc 960 ctctttttgg ttttga976 <210> 115 <211> 995 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 115 ttatcctaga aatttggtgt tcaatatgag cgaaaaaaga aagtctaaca aaattattgg60 tatcgaccta gggacgacca actcttgcgt ctctgttatg gaaggtggcc aacctaaagt120 tattgcctct tctgaaggaa ctcgtactac tccttctatc gttgctttta aaggtggcga180 aactcttgtt ggaattcctg caaaacgtca ggcagtaacc aatcctgaaa aaacattggc240 ttctactaag cgattcatcg gtagaaaatt ctctgaagtc gaatctgaaa ttaaaacagt300 cccctacaaa gttgctccta actcgaaagg agatgcggtc tttgatgtgg aacaaaaact360 gtacactcca gaagaaatcg gcgctcagat cctcatgaag atgaaggaaa ctgctgaggc420 ttatctcgga gaaacagtaa cggaagcagt cattaccgta ccagcttact ttaacgattc480 tcaaagagct tctacaaaag atgctggacg tatcgcagga ttagatgtta aacgcattat540 tcctgaacca acagcggccg ctcttgctta tggtattgat aaggaaggag ataaaaaaat600 cgccgtcttc gacttaggag gaggaacttt cgatatttct atcttggaaa tcggtgacgg660 agtttttgaa gttctctcaa ccaacgggga tactcacttg ggaggagacg acttcgacgg720 agtcatcatc aactggatgc ttgatgaatt caaaaaacaa gaaggcattg atctaagcaa780 agataacatg gctttgcaaa gattgaaaga tgctgctgaa aaagcaaaaa tagaattgtc840 tggtgtatcg tctactgaaa tcaatcagcc attcatcact atcgacgcta atggacctaa900 acatttggct ttaactctaa ctcgcgctca attcgaacac ctagcttcct ctctcattga960 gcgaaccaaa caaccttgtg ctcaggcttt aaaag995.
<210> 116 <211> 437 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 116 gtcacagcta aaggcggtgg gctttatact gataagaatc tttcgattac taacatcaca 60 ggaattatcg aaattgcaaa taacaaagcg acagatgttg gaggtggtgc ttacgtaaaa 120 ggaaccctta cttgtaaaaa ctctcaccgt ctacaatttt tgaaaaactc ttccgataaa 180 caaggtggag gaatctacgg agaagacaac atcaccctat ctaatttgac agggaagact 240 ctattccaag agaatactgc caaaaaagag ggcggtggac tcttcataaa aggtacagat 300 aaagctctta caatgacagg actggatagt ttctgtttaa ttaataacac atcagaaaaa 360 catggtggtg gagcctttgt taccaaagaa atctctcaga cttacacctc tgatgtggaa 420 acaattccag gaatcac 437 <210> 117 <211> 446 < 212> DNA <213> Chlamydia <400> 117 aagtttacct agaccaaact gaagatgacg aaggaaaagt tgttttatcc agagaaaaag60 caacaagaca acgacaatgg gaatacattc ttgctcactg cgaggaaggt tctattgtta120 agggacaaat tacccgaaaa gttaagggtg gtttgatcgt agatattggt atggaagcct180 tccttccagg atcccaaata gacaataaga agatcaagaa cttagatgat tacgtaggca240 aggtttgtga gttcaaaatt ctcaaaatca acgtggatcg tcggaacgtt gttgtatcta300 gaagagaact tctcgaagct gaacgcattt ctaagaaagc agagttgatc gagcaaatca360 ctatcggtga acgtcgcaaa ggtatcgtta agaatatcac agatttcgga gtattcttgg420 atcttgatgg cattgacggc ctactc446 <210> 118 <211> 951 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 118 agtattgcga aatattactg tgagaagcaa tgctgagagc ggttctagta aaagtgaggg60 gagagctgtc agaagggatc gctcaggaag cgagacaacg tgtggctgat ttattaggaa120 gattccctct ttatcctgaa atcgatctgg aaacgctagt ttagtgggag actctatgcc180 tgaaggggaa atgatgcata agttgcaaga tgtcatagat agaaagttgt tggattctcg240 tcgtattttc ttctccgaac ctgtáacgga gaaaagtgct gcagaagcca tcaaaaagct300 ttggtatttg gaactcacca atcctgggca gccaattgta tttgtcatta atagccctgg360 agggtctgtt gatgctgggt ttgctgtttg ggaccaaatt aaaatgatct cttctccttt420 gactacagtt gttacaggtt tagcagcatc tatgggatct gtattgagtt tgtgtgctgt480 tccaggaaga cgttttgcta cgcctcatgc gcgcattatg attcaccagc cttctattgg540 aggaaccatt actggtcaag ccacggactt ggatattcat gctcgtgaaa ttttaaaaac600 aaaagcacgc attattgatg tgtatgtcga ggcaactgga caatctccag aggtgataga660 gaaagctatc gatcgagata tgtggatgag tgcaaatgaa gcaaťggagt ttggactgtt720 agatgggatt ctcttctctt ttaacgactt gtagatatct tttatattct ggagcaggaa780 acagtttcat tttgggagaa tcgatgcctt ctcttgagga tgttctgttt ttatgccagg840 aagagatggt tgatgggttt ttatgtgtag agtcttctga aatagcagat gctaaactca900 ctgtttttaa tagtgatgga tctatcgcgt ctatgtgcgg gaatgggttg c951 <210> 119 <211> 953 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 119 atatcaaagt tgggcaaatg acagagccgc tcaaggacca gcaaataatc cttgggacaa 60 catcaacacc tgtcgcagcc aaaatgacag cttctgatgg aatatcttta acagtctcca 120 ataatccatc aaccaatgct tctattacaa ttggtttgga tgcggaaaaa gcttaccagc 180 ttattctaga aaagttggga gatcaaattc ttggtggaat tgctgatact attgttgata 240 gtacagtcca agatatttta gacaaaatca caacagaccc ťtctctaggt ttgttgaaag 300 cttttaacaa ctttccaatc actaataaaa ttcaatgcaa cgggttattc actcccagga 360 acattgaaac tttattagga ggaactgaaa taggaaaatt· cacagtcaca cccaaaagct 420
200 ctgggagcat gttcttagtc tcagcagata ttattgcatc aagaatggaa ggcggcgttg 480 ttctagcttt ggtacgagaa ggtgattcta agccctacgc gattagttat ggatactcat 540 caggcgttcc taatttatgt agtctaagaa ccagaattat taatacagga ttgactccga 600 caacgtattc attacgtgta ggcggtttag aaagcggtgt ggtatgggtt aatgcccttt 660 ctaatggcaa tgatatttta ggaataacaa atacttctaa tgtatctttt ttggaggtaa 720 tacctcaaac aaacgcttaa acaattttta ttggattttt cttataggtt ttatatttag 780 agaaaaaagt tcgaattacg gggtttgtta tgcaaaataa aagcaaagtg agggacgatt 840 ttattaaaat tgttaaagat tcctggtatc ggtctgcgat tccgactcgt ccaacatcaa 900 tacaacctat taatttcccc tcgtcaaaaa taaggttatc aagtgagaaa tea 953 <210> 120 <211> 897 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 221> různé vlastnosti <222> 395 <223> n =a,t,c nebo G <400> 120 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga240 actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg300 caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg360 ctcgtagcag atctttgtgt gtctcataag cgcanagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac480 aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaattaaag caaatatggg atcttctgtt540 agetatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact egetateagt600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg egagagaaga gtcgtcactc660 gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aggagagtcg ctggagagaa agccaagacg720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgetegaga agtttttgga atgcgttgcc780 gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg840 ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcgccag ageataa897 <210> 121 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 121
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu
5 1015
Lys Ala Phe Phe Thr Glh Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn ' 2530
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala 35 4045
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp AlaArg
70 7580
Thr Val Leu Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro GlyThr
9095
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser Tyr Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105110
Lys Pro Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Val Ala Asp Leu Cys Val Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile
201
130
135
140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro lie Leu Phe Vai Asn
145 150 155160
Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin lie Lys Ala AsnMet
165 170175
Gly Ser Ser Vai Ser Tyr lie Met Ma Ala Asn His Ala Ala Phe Vai 180 185190
Vai Gly Ser Gly Leu Ala lie Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala 195 200205
Arg Cys Ala Arg lie Ala Arg Glu Glu Ser Ser Leu Glu Leu Ser Gly 210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Arg Arg Vai Ala Gly Glu Lys Ala LysThr
225 230 235240
Phe Thr Arg lie Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys PheLeu
245 250255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Vai Pro Leu Pro lie Thr Met 260 265270
Gly lie Arg Ala lie Vai Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Vai 275 280285 lie Gly Leu Trp Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290295 <210> 122 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 122 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt60 acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact120 gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatacgaga240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtggcttc420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagttatcc gtccgattct gtttgtcaac480 áaaatgctgg tgaacccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc660 gaagtgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagagagtcg ctggagagaa agccaagacg720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa
840
897 <210> 123 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 123
Met Ala Ser lie Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 1015
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Vai Asn 20 2530
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Vai Ala Lys Ser Ala Ala 35 4045
Glu Leu Thr Ala Asn lie Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Vai Ser Lys Gly Leu Gly.Asp ThrArq
70 7580
Thr Val Vai Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr
202 85
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe 100
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly 115120
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala 130135
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Val
145150
Lys Met Leu Val Asn Pro Phe Leu 165
Gly Ser Ser Val Ser Tyr He Met 180
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser 195200
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu 210215
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Arg
225230
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu 245
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys 260
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala 275280
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala 290295
9095
Ser His Met Lys Ala Ala Sér Gin 105110
Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser 125
Val Cys Gly Phe Ile Gly Gly Ile 140
He Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn 155160
Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met 170175
Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val
185190
Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala 205
Glu Ser Leu Leu Glu Val Ser Gly 220
Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr 235240
Leu Thr Met Leu Glu Lys Phe Leu 250255
Leu Val Pro Leu Pro He Thr Met
265270
Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile 285
Arg Ala <210> 124 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 124 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct ggatgtacgt tcacttctgo aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897 <210> 125 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 125
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu 1 5
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn 20
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr
Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 10 15
Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 25 30
Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
203
Glu Leu Thr Ala Asn lie Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His lie Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp AlaArg
70 7580
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro GlyThr
9095
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin 100 105110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser lie lie Gly Gly Ile 130 135140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro Ile Leu Phe ValAsn
145 150 155160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala AsnMet
165 170175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr lie Met Ala Tkla Asn His Ala Ala Ser Val 180 185190
Val Gly Ala Gly Leu Ala lie Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala 195 200205
Arg Cys Ala Arg Tle Ala Arg Glu Glu.Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly 210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala LysThr
225 230 235240
Phe Thr Arg lie Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys PheLeu
245 250255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro lie Thr Met 260 265270
Gly lie Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Ile 275 280285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala: 290295 <210> 126 <211> 897 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 126 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt60 acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact120 attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac480 aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc660 gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa897 <210> 127 <211> 298 < 212> PRT <213> Chlamydia
20½ <400> 127
Met Ala Ser lie Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 10 15.
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Vai Asn 20 2530
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr lie Lys Vai Ala Lys Ser Ala Ala 35 40'45
Glu Leu Thr Ala Asn He Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His He Thr Ala Ser Gin Vai Ser Lys Gly Leu Gly Asp AlaArg
70 7580
Thr Val Vai Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro GlyThr
9095
Vai Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin 100 105110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Vai Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Tkla Ala Ala Tkla Val Cys Ser He He Gly Gly He 130 135140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro lie Leu Phe VaiAsn
145 150 155160
Lys Met Leu Tkla Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala AsnMet
165 170175
Gly Ser Ser Vai Ser Tyr lie Met Tkla Ala Asn His Ala Tkla Ser Vai 180 185190
Vai Gly Ala Gly Leu Ala lie Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala 195 200205
Arg Cys Ala Arg He Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Vai Pro Gly 210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Vai Ala Gly Glu Lys Ala LysThr
225 230 235240
Phe Thr Arg lie Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys PheLeu
245 250255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Vai Pro Leu Pro lie Thr Met 260 265270
Gly He Arg Ala He Vai Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Tie 275 280 .285 lie Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290295 <210> 128 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400: atggcttcta acacagccca gttaaggtcg gcgggctctt actgttgtcg caaagcttct ctcacagcag atcggaggaa aaaatgctgg agctatatta gcggaaagag gaagtgtcgg ttcacgcgca gacgttttca ggatgtacgt
128 tatgtggacg gcaataaaat ccaagtctgc ccgcacacat ctttagggaa tctctcacat atctttgtgt ttacctacct tgaacccgtt tggcggctaa cagattgcga gagaggaaaa tcaagtatgc aattggtgcc tcacttctgc tttagggtct ggcaagggta tgccgaattg tacagcttcc tgcctttaac gaaagctgct gtctcataag cgčgacattc tctttcttcc ccatgcagcg agcccgctgc tgcttgcgag actcctcact gctgcctatt aattattgga ggtacaggga gtaaataaga accgcaaata caagtgtcca ggagcgttgc agtcagaaaa cgcagagcgg ggagttatcc caaactaaag tctgtggtgg gctcgtattg aagagagtcg atgctcgaga acaatgggta ttgtgcactt atgctctaaa cgaagggaat ttttggaaca aaggattagg caggaacagt cgcaagaagg ctgcggctgt gtccgattct caaatatggg gtgctggact cgagagaaga ctggagagaa agtttttgga ttcgtgcgat tctgcgccag agcttttttt ggataagact agctggaggc ggatacgaga tcaaagtgcg ggatgagggg ctgtggcttc gtttgtcaac atcttctgtt cgctatcagt gtcgttactc agccaagacg atgcgttgcc tgtggctgct agcataa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
897
205 <210> 129 <211> 298 < 212> PRT < 213> Chlamydia < 400> 129
Met Ala Ser lie Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 1015
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Vai Asn 20 2530
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Vai Ala Lys Ser Ala Ala 35 4045
Glu Leu Thr Ala Asn lie Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 59 5560
Ala His lie Thr Ála Ser Gin Vai Ser Lys Gly Leu Gly Asp ThrAra 65 70 7580
Thr Val Vai Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro GlyThr
9095
Vai Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin 100 · 105110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Vai Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Vai Cys Gly Phe lie Gly Glv lie 130 135
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Vai lie Arg Pro lie Leu Phe Vai Asn I45 150155
Lys Met Leu Vai Asn Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170175
Gly Ser Ser Vai Ser Tyr lie Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Vai 180 185190
Vai Gly Ala Gly Leu Ala lie Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala 195 200205
Arg Cys Ala Arg lie Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Vai Ser Glv 210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Arg Vai Ala Gly Glu Lys Ala LysThr 225 230 235240
Phe Thr Arg lie Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys PheLeu
245 250255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Vai Pro Leu Pro lie Thr Met 260 265270
Gly lie Arg Ala Ile Vai Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala lie 275 _ 280285 lie Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290295 <210> 130 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 130 atggctgcta tatgtggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca gcaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact gttaaggtcg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg ctcgtagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt
120
180
240
300
360
420
480
540
206
600
660
720
780
840
897 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact cgctatcagt gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgtcactc gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgcgag aggggagtcg ctggagagaa ágccaagacg ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcaacag agtataa <210> 131 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 131
Met Ala Ala Ile Cys Gly Arg Leu 15
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr 354 0
Glu Leu Thr Ala Asn Ile'Leu Glu
5055
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val
6570
Thr Val Leu Ala Leu Gly Asn Ala
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe
100
Lys Pro Gin Glu Gly Asp Glu Gly 115120
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala
130135
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala
145150
Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu
165
Gly Ser Ser Val Ser Tyr lie Met
180
Val Gly Ser Gly Leu Ala Ile Ser
195200
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu 210215
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Arg Gly
225230
Phe Thr Arg Ile Lys Tyr Ala Leu
245
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys 260
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala
275 280
Ile Gly Leu Trp Thr Phe Cys Asn
290 295 <210> 132 <211> 897 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 132 atggctgcta tatgcggacg tttagggtct acacagccca gcaaťaaaat ggcaagggta gttaaggtcg.ccaagtctgc tgccgaattg
Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 10 15
Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 25 30
Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala
Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 60
Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg 75 '80
Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr 9095
Ser Tyr Met Lys Ala Ala Ser Gin 105no
Leu Val Ala Asp Leu Cys Val Ser 125
Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile 140 lie Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn
155160
Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
170175
Ala Ala Asn His Ala Ala Phe Val
185190
Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala 205
Glu Ser Ser Leu Glu Leu Ser Gly 220
Val Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr 235240
Leu Ťhr Met Leu Glu Lys Phe Leu
250255
Leu Val Pro Leu Pro lie Thr Met
265270
Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Val
285
Arg Val ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt gtaaataaga cgaagggaat ggataagact accgcaaatá ttttggaaca agctggaggc
120
180
207 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 240 actgttctcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300 caaagcttct tctcttacat gaaagctgct agtcagaaac cgcaagaagg ggatgagggg 360 ctcgtagcag atctttgtgt gtctcatáag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcttc 420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacáttc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480 aaaatgctgg cgcaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tttgtggtgg gttctggact cgctatcagt600 gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgtcactc660 gaattgtcgg gagaggaaaa tgcttgtgag aggagagtcg ctggagagaa agccaagacg720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc780 gacgttttca aattggtgcc gttgcctatt acaatgggta ttcgtgcaat tgtggctgcg840 ggatgtacgt tcacttctgc agttattgga ttgtggactt tctgcaacag agtataa897 <210> 133 <211> 298 < 212> PRT < 213> Chlamydia < 400> 133
Met Ala Ala Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 1015
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 20 2530
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr Val Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala 35 4045
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp Ala Arg 65 70 75 -80
Thr Val Leu Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr 85 9095
Vál Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser Tyr Met Lys Ala Ala Ser Gin
100 105no
Lys Pro Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Val Ala Asp Leu Cys Val Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe Ile Gly Gly Ile 130 135140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro Ile Leu Phe Val Asn 145 150 155160
Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala Asn Met
165 170175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr lie Met Ala Ala Asn His Ala Ala Phe Val
180 185190
Val Gly Ser Gly Leu Ala Ile Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Ala 195 200205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Ser Leu Glu Leu Ser Glv
210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Arg Arg Val Ala Gly Glu Lys Ala LysThr
225 230 235240
Phe Thr Arg lie Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys PheLeu
245 250255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro lie Thr Met 260 265270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Ala Val
275 280285
Ile Gly Leu Trp Thr Phe Cys Asn Arg Val 290295 <210> 134 <211> 897 <212> DNA,
208 <213> Chlamydia <400> 134
atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt 60
acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact 120
attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc 180
gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga 24 Ó
actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg 300
caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg 360
ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc 420
atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac 480
aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt 540
agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt 600
gcggaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc 660
gaaatgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg . 720
ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc 780
gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 84 0
ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa 897
<210> <211> <212> <213> 135 298 PRT Chlamydia
Met <400> Ala Ser 135 lie Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu.
1 Lys Ala Phe Phe 5 Thr Gin Pro Asn Asn 10 Lys Met Ala Arg Val 15 Val Asn
Lys Thr Lys 20 Gly Met Asp Lys Thr 25 Tle Lys Val Ala Lys 30 Ser Ala Ala
Glu Leu 35 Thr Ala Asn Tle Leu 40 Glu Gin Ala Gly Gly 45 Ala Gly Ser Ser
Ala 50 His lie Thr Ala Ser 55 Gin Val Ser Lys Gly 60 Leu Gly Asp Ala Arg
65 Thr Val Val Ala Leu 70 Gly Asn Ala Phe Asn 75 Gly Ala Leu Pro Gly 80 Thr
Val Gin Ser Ala 85 Gin Ser Phe Phe Ser 90 His Met Lys Ala Ala 95 Ser Gin
Lys Thr Gin 100 Glu Gly Asp Glu Gly 105 Leu Thr Ala Asp Leu 110 Cys Val Ser
His Lys 115 Arg Arg Ala Ala Ala 120 Ala Val Cys Ser lie 125 lie Gly Gly lie
Thr 130 Tyr Leu Ala Thr Phe 135 Gly Ala lie Arg Pro 140 lie Leu Phe Val Asn '
145 Lys Met Leu Ala Lys 150 Pro Phe Léu Ser Ser 155 Gin Thr Lys Ala Asn 160 Met
Gly Ser Ser Val 165 Ser Tyr Tle Met Ala 170 Ala Asn His Ala Ala 175 Ser Val
Val Gly Ala 180 Gly Leu Ala lie Ser 185 Ala Glu Arg Ala Asp 190 Cys Glu Ala
Arg Cys 195 Ala Arg lie Ala Arg 200 Glu Glu Ser Leu Leu 205 Glu Met Pro Gly
Glu 210 Glu Asn Ala Cys Glu 215 Lys Lys Val Ala Gly 220 Glu Lys Ala Lys Thr
225 Phe Thr Arg lie Lys 230 Tyr Ala Leu Leu Thr 235 Met Leu Glu Lys Phe 240 Leu
Glu Cys Val Ala 245 Asp Val Phe Lys Leu 250 Val Pro Leu Pro lie 255 Thr Met
Gly lie Arg 260 Ala lie Val Ala Ala 265 Gly Cys Thr Phe Thr 270 Ser Ala lie
275 280 - 285
209
He Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290 295 <210> 136 <211> 882 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 136 atggcttctg tatgtgggcg attaagtgct ggggtgggga acgcgtcccg gtaacaagct atcacggttt gtaaatagcg ataaaggttg ggaagtctgc tgctgaatta acggcgagta gcagggactg atgcacatgt tacggcggcc aaggtgtcta acagtaatgg ctctagggaa tgtcttcaat gggtctgtgc cgaagctgtc tcgcccattt acgagcggcc ggcaaagaag aaagatctct gtgtttctca tagacgaaga gctgcggctg ggagcaactt atattacaac tttcggagcg attcgtccga cttgccaaac cattcctttc ctcccaagcc aaagaagggt atcatggcag cgaaccatgc ggcatctgtg cttgggtctg agagcagact gtgaagagcg gtgtgatcgc attcgatgta gaaggcaata aattaacagc tatttcggaa gagaaggcta tacagattcc ttactatgat agaaaaacta tttgagatgg attcctttgc caatttcgca tggaattcgt gctattgttg tctgcagtta ttggcttagg tactttttgg tctagagcat
acagatttaa cgcatttttc 60
caaaaggatt agacagatca 120
ttttagagca aactgggggg 180
aagcacttgg ggacgcgcga 240
cagcaaccat tcaaagtgcg 300
aagaaacatg ctccaaggtg 360
aggcttgtaa tgttattgga 420
cattactcgt taacaagctt 480
tgggagcttc tgttggttat 540
ctttaagtat tagcgcagaa 600
gtgaggatgg tgaaatttgc 660
gatcatggac tctcattaag 720
tggcggatat cttcaagtta 780
ctgcgggatg tacgttgact 840
aa 882
<210> 137 <211> 293 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 137
Met Ala 1 Ser Vai Cys 5 Gly Arg Leu Ser Ala 10 Gly Vai Gly Asn Arg 15 Phe
Asn Ala Phe Phe Thr Arg Pro Gly Asn Lys Leu Ser Arg Phe Vai Asn
20 25 30
Ser Ala Lys Gly Leu Asp Arg Ser He Lys Vai Gly Lys Ser Ala Ala
35 40 45
Glu Leu 50 Thr Ala Ser He Leu 55 Glu Gin Thr Gly Gly 60 Ala Gly Thr Asp
Ala 65 His Vai Thr Ala Ala 70 Lys Vai Ser Lys Ala 75 Leu Gly Asp Ala Arg 80
Thr Vai Met Ala Leu Gly Asn Vai Phe Asn Gly Ser Vai Pro Ala Thr
85 90 95
He Gin Ser Ala Arg Ser Cys Leu Ala His Leu Arg Ala Ala Gly Lys
100 105 110
Glu Glu Glu Thr Cys Ser Lys Vai Lys Asp Leu Cys Vai Ser His Arg
115 120 125
Arg Arg Ala Ala Ala Glu Ala Cys Asn Vai He Gly Gly Ala Thr Tyr
130 135 140
He Thr Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro Thr Leu Leu Vai Asn Lys Leu
145 150 155 160
Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Ala Lys Glu Gly Leu Gly Ala
165 170 175
Ser Vai Gly Tyr lie Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Vai Leu Gly
180 185 190
Ser Ala Leu Ser He Ser Ala Glu Arg Ala Asp Cys Glu Glu Arg Cys
195 200 205
Asp Arg 210 lie Arg Cys Ser Glu 215 Asp Gly Glu Tie Cys 220 Glu Gly Asn Lys
Leu Thr Ala He Ser Glu Glu Lys Ala Arg Ser Trp Thr Leu He Lys
225 230 235 24 0
210
Tyr Arg Phe Leu Thr Met lie Glu 245
He Phe Lys Leu He Pro Leu Pro 260
Vai Ala Ala Gly Cys Thr Leu Thr
275 . 280
Phe Trp Ser Arg Ala
290 <210> 138 <211> 16 <212> PRT < 213 > Art ificiální sekvence5 <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 138
Asp Leu Cys Vai Ser His Lys Arg 1 5 <210> 139 <211> 16 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ce <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 139
Arg Ala Ala Ala Ala Vai Cys Ser 1 5 <210> 140 <211> 18 < 212> PDT < 213> AArtificiální sekvence e <220>
< 223> iVyrobeno v laboratoři <400> 140
Cys Ser Phe lie Gly Gly lie Thr 1 5
Arg Pro
Lys Leu Phe Glu Met Vai Ala Asp
250 255
He Ser His Gly He Arg Ala lie
265 270
Ser Ala Vai lie Gly Leu Gly Thr •285
Arg Ala Ala Ala Ala Vai Cys Ser . 15
Phe He Gly Gly He Thr Tyr Leu
15
Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie
15 <210> 141 <2H> 18 <212> PRT <2!3> /Artificiální sekvence : <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 141
Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala He 1 5
Met Leu
Arg Pro lie Leu Phe Vai Asn Lys
15
<210> 142 <211> 18
<212> <213> <220> <223> <400> Arg Pro Ile 1 PRT Artificiální sekvence e Vyrobeno v laboratoři 142 Leu Phe Val Asn Lys 5 Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser
10 15
Ser Gin
<210> <211> <212> <213> 143 17 PRT Artificiální sekvence e
<220> <223> Vyrobeno v laboratoři
Met 1 Ser <400> Leu Ala 143 Gin Pro Phe Leu Ser 5 Ser Gin Thr 10 Lys Ala Asn Met 15 Gly
<210> <211> <212>· <213> 14 4 10 ' PRT Artificiální sekvence ice
<220> <223> Vyrobeno v laboratoři
Cys 1 <400> Ser Phe 144 Ile Gly Gly Ile Thr 5 Tyr Leu 10
<210> <211> <212> <213> 145 9 PRT Artificiální sekvence ce
<220> <223> Vyrobeno v laboratoři
Ser 1 <400> Phe Ile 145 Gly Gly Ile Thr Tyr 5 Leu
<210> <211> <212> <213> 146 8 PRT Artificiální sekvence e
<220> <223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 146
Phe Ue Gly Gly lie Thr Tyr Leu
1 .5
<210> 147
<211> 9
<212> PRT
<213> Artificiální sekvenceice
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 147
Cys Ser Phe He Gly Gly Ile Thr Tyr
1 5
<210> 148
<211> 8
<212> PRT
<213> Artificiální sekvenceice
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 148
Cys Ser Phe He Gly Gly Tle Thr
1 5
<210> 149
<211> 10
<212> PRT
<213> Artificiální sekvence e
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 149
Cys Ser lie Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu
1 5 10
<210> 150
<211> 10
<212> PRT
<213> - a _m. r i ě
cu Luicitum sckvence
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 150
Cys Gly Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu
1 5 10
<210> 151
<211> 9
<212> PRT
<213> Artificiální sekvence ce
<220>
<223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 151
Gly Phe He Gly Gly Ile Thr Tyr Leu
213
5 <210> 152 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 152
Gin Ile Phe Val Cys Leu Ile Ser Ala Glu Arg Leu Arg Leu Arg Leu
1 . 5 10 Ser Val Ala Ser 20 <210> 153 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence· <220> <223> Vyrobeno v laboratoři <400> 153 15
Glu Arg Leu Arg Leu Arg Leu Ser Val Ala Ser Ser Glu 1 5 10 Thr Ser Arg His 20 <210> 154 <211> 20 <212> PRT <413> Artificiální sekvence - <220> <223> Vyrobeno v laboratoři <400> 154 Glu Leu 15 Pro
Ala Ser Ser Glu Glu Leu Pro Thr Ser Arg His Ser Glu 1 5 10 Arg Phe Cys Leu 20 <210> 155 <211> 20 <212> PRT <2!3> Artificiální sekvence1, <220> <223> Vyrobeno v laboratoři <400> 155 Leu Ser 15 Val
Arg His Ser Glu Leu Ser Val Arg Phe Cys Leu Ser Thr 1 5 10 Lys Cys 15 Trp
Arg Asn Arg Phe 20 <210> 156 <211> 20 <212> PRT
214 < 213> Artificiální sekvence:
<220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 156
Leu. Ser Thr Lys Cys Trp Arg Asn Arg Phe Phe Leu Pro Lys Leu Lys 1 5 10 15
Gin Ile Trp Asp 20 <210> 157 <211> 53 <212> PRT < 213> Artificiální sekvence1 <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 157 '
Ile 1 Phe Val Cys Leu Ile Ser Ala Glu Arg Leu Arg Leu Ser Val Ala 5 10 15
Ser Ser Glu Glu Leu Pro Thr Ser Arg His Ser Glu Leu Ser Val Arg 20 25 30
Phe Leu Cys Leu 35 Lys Gin 50 <210> <211> <212> <213> <220> <223> <400> Ser Thr Lys Cys Trp Arg Asn Arg Phe Phe Leu Pro Lys 4.0 4 5 Ile Trp 158 52 PRT Artificiální sekvence Vyrobeno v laboratoři 158
Leu 1 Cys Val Ser His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Phe 5 10 15
Ile Gly Gly lie Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro Ile 20 25 30
Leu Lys Phe Val 35 Ala Asn 50 Asn Lys Met Leu Ala Gin Pro Phe Leu Ser Ser Gin Ile 4 0 4 5 Met
<210> 159 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 159 ttttgaagca ggtaggtgaa tatg 24 <210> 160 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia <4 00> 160
215
ttaagaaatt taaaaaatcc ctta 24
<210> 161 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia
<400> 161 ggtataatat ctctctaaat tttg 24
<210> 162 <211> 19 <212> DNA <213> Chlamydia
<400> 162 agataaaaaa ggctgtttc 19
<210> 163 <211> 24 <212> DNA <213> Chlamydia
<400> 163 ttttgaagca ggtaggtgaa tatg 24
<210> 164 <211> 29 <212> DNA <213> Chlamydia •
<400> 164 tttacaataa gaaaagctaa gcactttgt 29
<210> 165 <211> 20 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 165 ccttacacag tcctgctgac ,20 <210> 166 <211> 20 <212> DNA < 213> Chlamydia.
<400> 166 gtttccgggc cctcacattg20 <210> 167 <211> 9 <212> PRT < 213> lArtificiální sekvence^ <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 167
Ser Phe Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5
216 <210> 168 <211> 9 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 168
Ser Ile Ile Gly Gly Ile Thr Tyr Leu 1 5 <210> 169 <211> 2643 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 169 gcaatcatgc gacctgatca tatgaacttc tgttgtctat gtgctgctat tttgtcatcc60 acagcggtcc tctttggcca ggatccctta ggtgaaaccg ccctcctcac taaaaatcct120 aatcatgtcg tctgtacatt ttttgaggac tgtaccatgg agagcctctt tcctgctctt180 tgtgctcatg catcacaaga cgatcctttg tatgtacttg gaaattccta ctgttggttc240 gtatctaaac tccatatcac ggaccccaaa gaggctcttt ttaaagaaaa aggagatctt300 tccattcaaa actttcgctt cctttccttc acagattgct cttccaagga aagctctcct360 tctattattc atcaaaagaa tggtcagtta tccttgcgca ataatggtag catgagtttc420 tgtcgaaatc atgctgaagg ctctggagga gccatctctg cggatgcctt ttctctacag480 cacaactatc ttttcacagc ttttgaagag aattcttcta aaggaaatgg cggagccatt540 caggctcaaa ccttctcttt atctagaaat gtgtcgccta tttctttcgc ccgtaatcgt600 gcggatttaa atggcggcgc tatttgctgt agtaatctta tttgttcagg gaatgtaaac660 cctctctttt tcactggaaa ctccgccacg aatggaggcg ctatttgttg tatcagcgat720 ctaaacacct čagaaaaagg ctctctctct cttgcttgta accaagaaac gctatttgca780 agcaattctg ctaaagaaaa aggcggggct atttatgcca agcacatggt attgcgttat840 aacggtcctg tttccttcat taacaacagc gctaaaatag gtggagctat cgccatccag900 tccggaggga gtctctctat ccttgcaggt gaaggatctgttctgttcca gaataactcc 960 caacgcacct ccgaccaagg tctagtaaga aacgccatct acttaragaa agatgcgatt1020 ctttcttcct tagaagctcg caacggagat attcttttct ttgatcctat tgtacaagaa1080 agtagcagca aagaatcgcc tcttccctcc tctttgcaag ccagcgtgac ttctcccacc1140 ccagccaccg catctccttt agttattcag acaagtgcaa accgttcagt gattttctcg1200 agcgaacgtc tttctgaaga agaaaaaact cctgataacc tcacttccca actacagcag1260 cctatcgaac tgaaatccgg acgcttagtt ttaaaagatc gcgctgtcct ttccgcgcct1320 tctctctctc aggatcctca agčt-ctcctc attatggaag cgggaacttc tttaaaaact1380 tcctctgatt tgaagttagc tacgctaagt attccccttc attccttaga tactgaaaaa1440 agcgtaacta tccacgcccc taatctttct atccaaaaga tcttcctctc taactctgga1500 gatgagaatt tttatgaaaa tgtagagctt ctcagtaaag agcaaaacaa tattcctctc1560 cttactctcc ctaaagagca atctcattta catcttcctg atgggaacct ctcttctcac1620 tttggatatc aaggagattg gactttttct tggaaagatt ctgatgaagg gcattctctg1680 attgctaatt ggacgcctaa aaactatgtg cctcatccag aacgtcaatc tacactcgtt1740 gcgaacactc tttggaacac ctattccgat atgcaagctg tgcagtcgat gattaataca1800 acagcgcacg gaggagccta tctatttgga acgtggggat ctgctgtttc taatttattc1860 tatgttcacg acagctctgg gaaacctatc gataattggc atčatagaag ccttggctac1920 ctattcggta tcagtactca cagtttagat gaccattctt tctgcttggc tgcaggacaa1980 ttactcggga aatcgtccga ttcctttatt acgtctacag aaacgacctc ctatatagct.2040 actgtacaag cgcaactcgc tacctctcta atgaaaatct ctgcacaggc atgctacaat2100 gaaagtatcc atgagctaaa aacaaaatat cgctccttct ctaaagaagg attcggatcc2160 tggcatagcg ttgcagtatc cggagaagtg tgcgcatcga ttcctattgt atccaatggt2220 tccggactgt tcagctcctt ctctattttc tctaaactgc aaggattttc aggaacacag2280 gacggttttg aggagagttc gggagagatt cggtcctttt ctgccagctc tttcagaaat2340 atttcacttc ctataggaat aacatttgaa aaaaaatccc aaaaaacacg aacctactat2400 tactttctag gagcctacat ccaagacctg aaacgtgatg tggaatcggg acctgtagtg2460 ttactcaaaa atgccgtctc ctgggatgct cctatggcga acttggattc acgagcctac2520
217 atgttccggc ttacgaatca aagagctcta cacagacttc agacgctgtt aaatgtgtct tgtgtgctgc gtgggcaaag ccatagttac tccctggatc tggggaccac ttacaggttc tag <210> 170 <211> 2949 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 170 atgattcctc aaggaattta cgatggggag acgttaacťg tatcatttcc ctatactgtt ataggagatc cgagtgggac tactgttttt tctgcaggag agttaacatt aaaaaatctt gacaattcta ttgcagcttt gcctttaagt tgttttggga acttattagg gagttttact gttttaggga gaggacactc gttgactttc gagaacatac ggacttctac aaatggggca gctctaagta atagcgctgc tgatggactg tttactattg agggttttaa agaattatcc ttttccaatt gcaattcatt acttgccgta ctgcctgctg caacgactaa taagggtagc cagactccga cgacaacatc tacaccgtct aatggtacta tttattctaa aacagatctt ttgttactca ataatgagaa gttctcattc tatagtaatt tagtctctgg agatggggga gctatagatg ctaagagctt aacggttcaa ggaattagca agctttgtgt cttccaagaa aatactgctc aagctgatgg gggagcttgt caagtagtca ccagtttctc tgctatggct aacgaggctc ctattgcctt tgtagcgaat gttgcaggag taagaggggg agggattgct gctgttcagg atgggcagca gggagtgtca tcatctactt caacagaaga tccagtagta agtttttcca gaaatactgc ggtagagttt gatgggaacg tagcccgagt aggaggaggg atttactcct acgggaacgt tgctttcctg aataatggaa aaaccttgtt tctcaacaat gttgcttctc ctgtttacat tgctgctaag caaccaacaa gtggacaggc ttctaatacg agtaataatt acggagatgg aggagctatc ttctgtaaga atggtgcgca agcaggatcc aataactctg gatcágtttc ctttgatgga gagggagtag ttttctttag tagcaatgta gctgctggga aagggggagc tatttatgcc aaaaagctct cggttgctaa ctgtggccct gtacaatttt taaggaatat cgctaatgat ggtggagcga tttatttagg agaatctgga gagctcagtt tatctgctga ttatggagat attattttcg atgggaatct taaaagaaca gccaaagaga atgctgccga tgttaatggc gtaactgtgt cctcacaagc catttcgatg ggatcgggag ggaaaataac gacattaaga gctaaagcag ggcatcagat tctctttaat gatcccatcg agatggcaaa cggaaataac cagccagcgc agtcttccaa acttctaaaa attaacgatg gtgaaggata cacaggggat attgtttttg ctaatggaag cagtactttg taccaaaatg ttacgataga gcaaggaagg attgttcttc gtgaaaaggc aaaattatca gtgaattctc taagtcagac aggtgggagt ctgtatatgg aagctgggag tacattggat tttgtaactc cacaaccacc acaacagcct cctgccgcta atcagttgat cacgctttcc aatctgcatt tgtctctttc ttctttgtta gcaaacaatg cagttacgaa tcctcctacc aatcctccag cgcaagattc tcatcctgca gtcattggta gcacaactgc tggttctgtt acaattagtg ggcctatctt ttttgaggat ttggatgata cagcttatga taggtatgat tggctaggtt ctaatcaaaa aatcaatgtc ctgaaattac agttagggac taagccccca gctaatgccc catcagattt gactctaggg aatgagatgc ctaagtatgg ctatcaagga agctggaagc ttgcgtggga tcctaataca gcaaataatg gtccttatac tctgaaagct acatggacta aaactgggta taatcctggg cctgagcgag tagcttcttt ggttccaaat a9tttatggg gatccatttt agatatacga tctgcgcatt cagcaattca agcaagtgtg gatgggcgct cttattgtcg aggattatgg gtttctggag tttcgaattt cttctatcat gaccgcgatg ctttaggtca gggatatcgg tatattagtg ggggttattc cttaggagca aactcctact ttggatcatc gatgtttggt ctagcattta ccgaagtatt tggtagatct aaagattatg tagtgtgtcg ttccaatcat catgcttgca taggatccgt ttatctatct acccaacaag ctttatgtgg atcctatttg ttcggagatg cgtttatccg tgctagctac gggtttggga atcagcatat gaaaacctca tatacatttg cagaggagag cgatgttcgt tgggataata actgtctggc tggagagatt ggagcgggat taccgattgt gattactcca tctaagctct atttgaatga gttgcgtcct ttcgtgcaag ctgagttttc ttatgccgat catgaatctt ttacagagga aggcgatcaa gctcgggcat tcaagagcgg acatctccta aatctatcag ttcctgttgg agtgaagttt gatcgatgtt ctagtacaca tcctaataaa tatagcttta tggcggctta tatctgtgat gcttatcgca ccatctctgg tactgagaca acgctcctat cccatcaaga gacatggaca acagatgcct ttcatttagc aagacatgga gttgtggtta gaggatctat gtatgcttct ctaacaagta atatagaagt atatggccat ggaagatatg agtatcgaga tgcttctcga ggctatggtt tgagtgcagg magtaaagtc yggttctaa
2580
2640
2643
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720:
780
840.
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
00
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
2949
218 <210> 171 <211> 2395 < 212> DNA < 213> Chlamydia < 400> 171 atgaaaaaag cgtttttctt tttccttatc ggaaactccc tatcaggact agctagagag60 gttccttcta gaatctttct tatgcccaac tcagttccag atcctacgaa agagtcgcta120 tcaaataaaa ttagtttgac aggagacact cacaatctca ctaactgcta tctcgataac180 ctacgctaca tactggctat tctacaaaaa actcccaatg aaggagctgc tgtcacaáta240 acagattacc taagcttttt tgatacacaa aaagaaggta tttattttgc aaaaaatctc300 acccctgaaa gtggtggtgc gattggttat gcgagtccca attctcctac cgtggagatt360 cgtgatacaa taggtcctgt aatctttgaa aataatactt gttgcagact atttacatgg420 agaaatcctt atgctgctga taaaataaga gaaggcggag ccattcatgc tcaaaatctt480 tacataaatc ataatcatga tgtggtcgga tttatgaaga acttttctta tgtccaagga540 ggagccatta gtaccgctaa tacctttgtt gtgagcgaga atcagtcttg ttttctcttt600 atggacaaca tctgtattca aactaataca gcaggaaaag gtggcgctat ctatgctgga660 acgagcaatt cttttgagag taataactgc gatctcttct tcatcaataa cgcctgttgt720 gcaggaggag cgatcttctc ccctatctgt tctctaacag gaaatcgtgg taacatcgtt780 ttctataaca atcgctgctt taaaaatgta gaaacagctt cttcagaagc ttctgatgga840 ggagcaatta aagtaactac tcgcctagat gttacaggca atcgtggtag gatctttttt900 agtgacaata tcacaaaaaa ttatggcgga gctatttacg ctcctgtagt taccctagtg960 gataatggcc ctacctactt tataaacaat atcgccaata ataaggggqg cgctatctat1020 atagacggaa ccagtaactc caaaatttct gccgaccgcc atgctattat ttttaatgaa1080 aatattgtga ctaatgtaac taatgcaaat ggtaccagta cgtcagctaa tcctcctaga1140 agaaatgcaa taacagtagc aagctcctct ggtgaaattc tattaggagc agggagtagc1200 caaaatttaa ttttttatga tcctattgaa gttagcaatg caggggtctc tgtgtccttc1260 aataaggaag ctgatcaaac aggctctgta gtattttcag gagctactgt taattctgca1320 gattttcatc aacgcaattt acaaacaaaa acacctgcac cccttactct cagtaatggt1380 tttctatgta tcgaagatca tgctcagctt acagtgaatc gattcacaca aactgggggt1440 gttgtttctc ttgggaatgg agcagttctg agttgctata aaaatggtac aggagattct1500 gctagcaatg cctctataac actgaagcat attggattga atctttcttc cattctgaaa1560 agtggtgctg agattccttt attgtgggta gagcctacaa ataacagcaa taactataca'1620 gcagatactg cagctacctt ttcattaagt gatgtaaaac tctcactcat tgatgactac1680 gggaactctc cttatgaatc cacagatctg acccatgctc tgtcatcaca gcctatgcta1740 tctatttctg aagctagcga taaccagcta caatcagaaa atatagattt ttcgggacta1800 aatgtccctc attatggatg gcaaggactt tggacttggg gctgggcaaa aactcaagat1860 ccagaaccag catcttcagc aacaatcact gatccacaaa aagccaatag atttcataga1920 accttactac taacatggct tcctgccggg tatgttccta gcccaaaaca cagaagtccc1980 ctcatagcta acaccttatg ggggaatatg ctgcttgcaa cagaaagctt aaaaaatagt2040 gcagagctga cacctagtgg tcatcctttc tggggaatta caggaggagg actaggcatg2100 atggtttacc aagatcctcg agaaaatcat cctggattcc atatgcgctc ttccggatac2160 tctgcgggga tgatagcagg gcagacacac accttctcat tgaaattcag tcagacctac2220 accaaactca atgagcgtta cgcaaaaaac aacgtatctt ctaaaaatta ctcatgccaa2280 ggagaaatgc tcttctcatt gcaagaaggt ttcttgctga ctaaattagt tgggctttac2340 agctatggag accataactg tcaccatttc tatactcaag gagaaaatct aacatctcaa2400 gggacgttcc gcagtcaaac gatgggaggt gctgtctttt ttgatctccc tatgaaaccc2460 tttggatcaa cgcatatact gacagctccc tttttaggtg ctcttggtat ttattctagc2520 ctgtctcact ttactgaggt gggagcctat ccgcgaagct tttctacaaa gactcctttg2580 atcaatgtcc tagtccctat tggagttaaa ggtagcttta tgaatgctac ccacagacct2640 caagcctgga ctgtagaatt ggcataccaa cccgttctgt atagacaaga accagggatc2700 gcgacccagc tcctagccag taaaggtatt tggtttggta gtggaagccc ctcatcgcgt2760 catgccatgt cctataaaat ctcačagcaa acacaacctt tgagttggtt aactctccat2820 ttccagtatc atggattcta ctcctcttca accttctgta attatctcaa tggggaaatt2880 gctctgcgat tctag2895 < 210> 172 .- <211> 4593 < 212> DNA < 213> Chlamydia
219 <400> 172 atgagttccg agaaagatat aaaaagcacc tgttctaagt tttctttgtc tgtagtagca60 gc atccttg cctctgttag cgggttagct agttgcgtag atcttcatgc tggaggacag120 tctgtaaatg agctggtata tgtaggccct caagcggttt tattgttaga ccaaattcga180 gatctattcg ttgggtctaa agatagtcag gctgaaggac agtataggtt aattgtagga240 gatccaagtt ctttccaaga gaaagatgca gatactcttc ccgggaaggt agagcaaagt300 sctttgttct cagtaaccaa tcccgtggtt ttccaaggtg tggaccaaca ggatcaagtc360 cttcccaag ggttaatttg tagttttacg agcagcaacc ttgattctcc ccgtgacgga420 gaatcttttt taggtattgc ttttgttggg gatagtagta aggctggaat cacattaact480 gacgtgaaag cttctttgtc tggagcggct ttatattcta cagaagatct tatctttgaa540 aagattaagg gtggattgga atttgcatca tgttcttctc tagaacaggg gggagcttgt600 gcagctcaaa gtattttgat tcatgattgt caaggattgc aggttaaaca ctgtactaca660 gccgtgaatg ctgaggggtc tagtgcgaat gatcatcttg gatttggagg aggcgctttc720 tgttacgg gttctctttc tggagagaaa agtctctata tgcctgcagg agatatggta780 gttgcgaatt gtgatggggc tatatctttt gaaggaaaca gcgcgaactt tgctaatgga840 ggagcgattg ctgcctctgg gaaagtgctt tttgtcgcta atgataaaaa gacttctttt900 atagagaacc gagctttgtc tggaggagcg attgcagcct cttctgatat tgcctttcaa960 aactgcgcag aactagtttt caaaggcaat tgtgcaattg gaacagagga taaaggttct1020 ttaggtggag gggctatatc ttctctaggc accgttcttt tgcaagggaa tcacgggata1080 acttgtgata agaatgagtc tgcttcgcaa ggaggcgcca tttttggcaa aaattgtcag1140 atttctgaca acgaggggcc agtggttttc agagatagta cagcttgctt aggaggaggc1200 gctattgcag ctcaagaaat tgtttctatt cagaacaatc aggctgggat ttccttcgag1260 ggaggtaagg ctagtttcgg aggaggtatt gcgtgtggat ctttttcttc cgcaggcggt1320 gcttctgttt tagggactat tgatatttcg aagaatttag gcgcgatttc gttctctcgt1380 actttatgta cgacctcaga tttaggacaa atggagtacc agggaggagg agctctattt1440 ggtgaaaata tttctctttc tgagaatgct ggtgtgctca cctttaaaga caacattgtg1500 aagacttttg cttcgaatgg gaaaattctg ggaggaggag cgattttagc tactggtaag1560 gtggaaatta ccaataattc cggaggaatt tcttttacag gaaatgcgag agctccacaa1620 gctcttccaa ctcaagagga gtttccttta ttcagcaaaa aagaagggcg accactctct1680 tcaggatatt ctgggggagg agcgatttta ggaagagaag tagctattct ccacaacgct1740 gcagtagtat ttgagcaaaa tcgtttgcag tgcagcgaag aagaagcgac attattaggt1800 tgttgtggag gaggcgctgt tcatgggatg gatagcactt cgattgttgg caactcttca1860 gtaagatttg gtaataatta cgcaatggga caaggagtct caggaggagc tcttttatct1920 aaaacagtgc agttagctgg aaatggaagc gtcgattttt ctcgaaatat tgctagtttg1980 ggaggaggag ctcttcaagc ttctgaagga aattgtgagc tagttgataa cggctatgtg2040 ctattcagag ataatcgagg gagggtttat gggggtgcta tttcttgctt'acgtggagat 2100 gtagtcattt ctggaaacaa gggtagagtt gaatttaaag acaacatagc aacacgtctt2160 tatgtggaag aaactgtaga aaaggttgaa gaggtagagc cagctcctga gcaaaaagac2220 aataatgagc tttctttctt agggagtgta gaacagagtt ttattactgc agctaatcaa2280 gctcttttcg catctgaaga tggggattta tcacctgagt catccatttc ttctgaagaa2340 cttgcgaaaa gaagagagtg tgctggagga gctatttttg caaaacgggt tcgtattgta2400 gataaccaag aggccgttgt attctcgaat aacttctctg atatttatgg cggcgccatt2460 tttacaggtt ctcttcgaga agaggataag ttagatgggc aaatccctga agtcttgatc2520 tcaggcaatg caggggatyt tgttttttcc ggaaattcct cgaagcgtga tgagcatctt2580 cctcatacag gtgggggagc catttgtact caaaatttga cgatttctca gaatacaggg2640 aatgttctgt tttataacaa cgtggcctgt tcgggaggag ctgttcgtat agaggatcat2700 ggtaatgttc ttttagaagc ttttggagga gatattgttt ttaaaggaaa ttcttctttc2760 agagcacaag gatccgatgc tatctatttt gcaggtaaag aatcgcatat tacagccctg2820 aatgctacgg aaggacatgc tattgttttc cacgacgcat tagtttttga aaatctaaaa2880 gaaaggaaat ctgctgaagt attgttaatc aatagtcgag aaaatccagg ttacactgga2940 tctattcgat ttttagaagc agaaagtaaa gttcctcaat gtattcatgt acaacaagga3000 agccttgagt tgctaaatgg agctacatta tgtagttatg gttttaaaca agatgctgga3060 gctaagttgg tattggctgc tggatctaaa ctgaagattt tagattcagg aactcctgta3120 caagggcatg ctatcagtaa acctgaagca gaaatcgagt catcttctga accagagggt3180 gcacattctc tttggattgc gaagaatgct caaacaacag ttcctatggt tgatatccat3240 actatttctg tagatttagc ctccttctct tctagtcaac aggaggggac agtagaagct3300 cctcaggtta ttgttcctgg aggaagttat gttcgatctg gagagcttaa tttggagtta3360 gttaacacaa caggtactgg ttatgaaaat catgctttgt tgaagaatga ggctaaagtt3420 ccattgatgt ctttcgttgc ttctagtgat gaagcttcag ccgaaatcag taacttgtcg3480 gtttctgatt tacagattca tgtagcaact ccagagattg aagaagacac atacggccat3540 atgggagatt ggtctgaggc taaaattcaa gatggaactc.ttgtcattaa ttggaatcct 3600
220
actggatatc gattagatcc tcaaaaagca ggggctttag tatttaatgc attatgggaa 3660
gaaggggctg tcttgtctgc tctgaaaaat gcacgctttg ctcataatct cactgctcag 3720
cgtatggaat tcgattattc tacaaatgtg tggggattcg cctttggtgg tttccgaact 3780
ctatctgcag agaatctggt tgctattgat ggatacaaag gagcttatgg tggtgcttct 3840
gctggagtcg atatt.caatt gatggaagat tttgttctag gagttagtgg agctgctttc 3900
ctaggtaaaa tggatagtca gaagtttgat gcggaggttt ctcggaaggg agttgttggt 3960
tctgtatata caggattttt agctggatcc tggttcttca aaggacaata tagccttgga 4020
gaaacacaga acgatatgaa aacgcgttat ggagtactag gagagtcgag tgcttcttgg 4080
acatctcgag gagtactggc agatgcttta gttgaatacc gaagtttagt tggtcctgtg 4140
agacctactt tttatgcttt gcatttcaat ccttatgtcg aagtatctta tgcttctatg 4200
aaattccctg gctttacaga acaaggaaga gaagcgcgtt cttttgaaga cgcttccctt 4260
accaatatca ccattccttt agggatgaag tttgaattgg cgttcataaa aggacagttt 4320
tcagaggtga actctttggg aataagttat gcatgggaag cttatcgaaa agtagaagga 4380
ggcgcggtgc agcttttaga agctgggttt gattgggagg gagctccaat ggatcttcct 4440
agacaggagc tgcgtgtcgc tctggaaaat aatacggaat ggagttctta cttcagcaca 4500
gtcttaggat taacagcttt ttgtggagga tttacttcta cagatagtaa actaggatat 4560
gaggcgaata ctggattgcg attgatcttt taa 4593
<210> 173 <211> 5331 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 173 gcaatcatga aatttatgtc agctactgct gtatttgctg cagtactctc ctccgttact60 gaggcgagct cgatccaaga tcaaataaag aataccgact gcaatgttag caaagtagga120 tattcaactt ctcaagcatt tactgatatg atgctagcag acaacacaga gtatcgagct180 gctgatagtg tttcattcta tgacttttcg acatcttccg gattacctag aaaacatctt - 240 agtagtagta gtgaagcttc tccaacgaca gaaggagtgt cttcatcttc atctggagaa300 aatactgaga attcacaaga ttcagctccc tcttctggag aaactgataa gaaaacagaa360 gaagaactag acaatggcgg aatcatttat gctagagaga aactaactat ctcagaatct420 caggactctc tctctaatcc aagcatagaa ctccatgaca atagtttttt cttcggagaa480 ggtgaagtta tctttgatca cagagttgcc ctcaaaaacg gaggagctat ttatggagag540 aaagaggtag tctttgaaaa cataaaatct ctactagtag aagtaaatat ctcggtcgag600 aaagggggta gcgtctatgc aaaagaacga gtatctttag aaaatgttac cgaagcaacc660 ttctcctcca atggtgggga acaaggtggt ggtggaatct attcagaaca agatatgtta720 atcagtgatt gcaacaatgt acatttccaa gggaatgctg caggagcaac agcagtaaaa780 caatgtctgg atgaagaaat gatcgtattg ctcacagaat gcgttgatag cttatccgaa840 gatacactgg atagcactcc agaaacggaa cagactaagt caaatggaaa tcaagatggt900 tcgtctgaaa caaaagatac acaagtatca gaatcaccag. aatcaactcč tagccccgac960 gatgttttag gtaaaggtgg tggtatctat acagaaaaat ctttgaccat cactggaatt1020 acagggacta tagattttgt cagtaacata gctaccgatt ctggagcagg tgtattcact1080 aaagaaaact tgtcttgcac caacacgaat agcctacagt ttttgaaaaa ctcggcaggt1140 caacatggag gaggagccta cgttactcaa accatgtctg ttactaatac aactagtgaa1200 agtataacta ctccccctct cgtaggagaa gtgattttct ctgaaaatac agctaaaggg1260 cacggtggtg gtatctgcac taacaaactt tctttatcta atttaáaaac ggtgactctc1320 actaaaaact ctgcaaagga gtctggagga gctattttta cagatctagc gtctatacca1380 acaacagata ccccagagtc ttctaccccc tcttcctcct cgcctgcaag cactcccgaa1440 gtagttgctt ctgctaaaat aaatcgattc tttgcctcta cggcagaacc ggcagcccct1500 tctctaacag aggctgagtc tgatcaaacg gatcaaacag aaacttctga tactaatagc1560 gatatagacg tgtcgattga gaacattttg aatgtcgcta tcaatcaaaa cacttctgcg1620 aaaaaaggag gggctattta cgggaaaaaa gctaaacttt cccgtattaa caatcttgaa1680 ctttcaggga attcatccca ggatgtagga ggaggtctct gtttaactga aagcgtagaa1740 tttgatgcaa ttggatcgct cttatcccac tataactctg ctgctaaaga aggtggggtt1800 attcattcta aaacggttac tctatctaac ctcaagtcta ccttcacttt tgcagataaci860 actgttaaag caatagtaga aagcactcct gaagctccag aagagattcc tccagtagaa1920 ggagaagagt ctacagcaac agaaaatccg aattctaata cagaaggaag ttcggctaac1980 actaaccttg aaggatctca aggggatact gctgatacag ggactggtgt tgttaacaat2040 gagtctcaag .acacatcaga tactggaaac gctgaatctg gagaacaact acaagattct2100 acacaatcta atgaagaaaa tacccttccc aatagtagta ttgatcaatc taacgaaaac2160 acagacgaat catctgatag ccacactgag gaaataactg acgagagtgt ctcatcgtcc2220
221 c aaaagtg gatcatctac tcctcaagat ggaggagcag cttcttcagg ggctccctca2280 ggagatcaat ctatctctgc aaacgcttgt ttagctaaaa gctatgctgc gagtactgat2340 agctcccctg tatctaattc ttcaggttca gacgttactg catcttctga taatccagac2400 c tcctcat ctggagatag cgctggagac tctgaaggac cgactgagcc agaagctggt2460 tctacaacag aaactcctac tttaatagga. ggaggtgcta tctatggaga aactgttaag2520 a gagaact tctctggcca aggaatattt tctggaaaca aagctatcga taacaccaca2580 gaaggctcct cttccaaatc taacgtcctc ggaggtgcgg tctatgctaa aacattgttt2640 aatctcgata gcgggagctc tagacgaact gtcaccttct ccgggaatac tgtctcttct2700 eaatctacaa caggtcaggt tgctggagga gctatctact ctcctactgt aaccattgct2760 actcctgtag tattttctaa aaactctgca acaaacaatg ctaataacgc tacagatact2820 cagagaaaag acacctttgg aggagctatc ggagctactt ctgctgtttc tctatcagga2880 ggggctcatt tcttagaaaa cgttgctgac ctcggatctg ctattgggtt ggtgccagac2940 acacaaaata cagaaacagt gaaattagag tctggctcct actactttga aaaaaataaa3000 gctttaaaac gagctactat ttacgcacct gtcgtttcca ttaaagccta tactgcgaca3060 tttaaccaaa acagatctct agaagaagga agcgcgattt actttacaaa agaagcatct3120 attgagtctt taggctctgt tctcttcaca ggaaacttag taaccccaac gctaagcaca3180 actacagaag gcacaccagc cacaacctca ggagatgtaa caaaatatgg tgctgctatc3240 tttggacaaa tagcaagctc aaacggatct cagacggata accttcccct gaaactcatt3300 gcttcaggag gaaatatttg tttccgaaac aatgaatacc gtcctacttc ttctgatacc3360 ggaacctcta ctttctgtag tattgcggga gatgttaaat taaccatgca agctgcaaaa3420 gggaaaacga tcagtttctt tgatgcaatc cggacctcta ctaagaaaac aggtacacag3480 gcaactgcct acgatactct cgatattaat aaatctgagg attcagaaac tgtaaactct3540 gcgtttacag gaacgattct gttctcctct gaatťacatg aaaataaatc ctatattcca3600 caaaacgtag ttctacacag tggatctctt gtattgaagc caaataccga gcttcatgtc3660 atttcttttg agcagaaaga aggctcttct ctcgttatga cacctggatc tgttctttcg3720 aaccdgactg ttgctgatgg agctttggtc ataaataaca tgaccattga tttatccagc3780 g agagaaaa atggtattgc tgaaggaaat atctttactc ctccagaatt gagaatcata3840 gacactacta caagtggaag cggtggaacc ccatctacag atagtgaaag taaccagaat3900 agtgatgata ccaaggagca aaataataat gacgcctcga atcaaggaga aagcgcgaat3960 ggatcgtctt ctcctgcagt agctgctgca cacacatctc gtacaagaaa ctttgccgct4020 gcagctacag ccacacctac gacaacacca acggctacaa ctacaacaag caaccaagta4080 atcctaggag gagaaatcaa actcatcgat cctaatggga ccttcttcca gaaccctgca4140 ttaagatccg accaacaaat ctccttgtta gtgctcccta cagactcatc aaáaatgcaa4200 gctcagaaaa tagtactgac gggtgatatt gctcctcaga aaggatatac aggaacactc4260 actctggatc ctgatcaact acaaaatgga acgatctcag cgctctggaa atttgactct4320 tatagacaat gggcttatgt acctagagac aatcatttct atgcgaactc gattctggga4380 tctcaaatgt caatggtcac agtcaaacaa ggcttgctca acgataaaat gaatctagct4440 cgctttgatg aagttagcta taacaacctg tggatatcag gactaggaác gatgctatcg4500 caagtaggaa cacctacttc tgaagaattc acttattaca gcagaggagc ttctgttgcc4560 ttagatgcta aaccagccca tgatgtgatt gttggagctg catttagtaa gatgatcggg4620 aaaacaaaat ccttgaaaag agagaataac tacactcaca aaggatccga atattcttac4680 caagcatcgg tatacggagg caaaccattc cactttgtaa tcaataaaaa aacggaaaaa4740 tcgctaccgc tattgttaca aggagtcatc tcttacggat atatcaaaca tgatacagtg4800 actcactatc caacgatccg tgaacgaaac caaggagaat gggaagactt aggatggctg4860 acagctctcc gtgtctcctc tgtcttaaga actcctgcac aaggggatac taaacgtatc4920 actgtttacg gagaattgga atactccagt atccgtcaga aacaattcac agaaacagaa4980 tacgatcctc gttacttcga caactgcacc taťagaaact tagcaattcc tatggggtta5040 gcattcgaag gagagctctc tggtaacgat attttgatgt acaacagatt ctctgtagca5100 tacatgccat caatctatcg aaattctcca acatgcaaat accaagtgct ctcttcagga5160 gaaggcggag aaattatttg tggagtaccg acaagaaact cagctcgcgg agaatacagc5220 acgcagctgt acccgggacc tttgtggact ctgtatggat cctacacgat agaagcagac5280 gcacatacac tagctcatat gatgaactgc ggtgctcgta tgacattcta a5331 <210> 174 <211> 5265 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 174
222 gcaatcatqa aatggctgtc agctactgcg gtgtttgctg ctgttctccc ctcagtttca60
99g tttgct tcccagaacc taaagaatta aatttctctc gcgtagaaac ttcttcctct120 accactttta ctgaaacaat tggagaagct ggggcagaat atatcgtctc tggtaacgca180 c tcacaa aatttaccaa cattcctact accgatacaa caactcccac gaactcaaac240 tcctctagct ctagcggaga aactgcttcc gtttctgagg atagtgactc tacaacaacg300 actcctgatc ctaaaggtgg cggcgccttt tataacgcgc actccggagt tttgtccttt360 atgacacgat caggaacaga aggttcctta actctgtctg agataaaaat gactggtgaa420 ggcggtgcta tcttctctca aggagagctg ctatttacag atctgacaag tctaaccatc480 caaaataact tatcccagct atccggagga gcgatttttg gaggatctac aatctcccta540 tcagggatta ctaaagcgac tttctcctgc aactctgcag aagttcctgc tcctgttaag600 aaacctacag aacctaaagc tcaaacagca agcgaaacgt cgggttctag tagttctagc660 ggaaatgatt cggtgtcttc ccccagttcc agtagagctg aacccgcagc agctaatctt720 caaagtcact ttatttgtgc tacagctact cctgctgctc aaaccgatac agaaacatca780 actccctctc ataagccagg atctggggga gctatctatg ctaaaggcga ccttactatc840 gcagactetG aagaggtact attctcaata aataaagcta ctaaagatgg aggagcgatc900 tttgctgaga aagatgtttc tttcgagaat attacatcat taaaagtaca aactaacggt960 gctgaagaaa agggaggagc tatctatgct aaaggtgacc tctcaattca atcttctáaa1020 cagagtcttt ttaattctaa ctacagtaaa caaggtgggg gggctctata tgttgaagga1080 ggtataaact tccaagatct tgaagaaatt cgcattaagt acaataaagc tggaacgttc1140 gaaacaaaaa aaatcacttt accttcttta aaagctcaag catctgcagg aaatgcagat1200 gcttgggcct cttcctctcc tcaatctggt tctggagcaa ctacagtctc cgactcagga1260 gactctagct ctggctcaga ctcggatacc tcagaaacag ttccagtcac agctaaaggc1320 ggtgggcttt atactgataa gaatctttcg attactaaca tcacaggaat tatcgaaatt1380 gcaaataaca aagcgacaga tgttggaggt ggtgcttacg taaaaggaac ccttacttgt1440 gaaaactctc accgtctaca atttttgaaa aactcttccg ataaacaagg tggaggaatc'1500 tacggagaag acaacatcac cctatctaat ttgacaggga agactctatt ccaagagaat1560 actgccaaag aagagggcgg tggactcttc ataaaaggta cagataaagc tcttacaatg1620 acaggactgg atagtttctg tttaattaat aacacatcag aaaaacatgg tggtggagcc1680 tttgttacca aagaaatctc tcagacttac acctctgatg tggaaacaat tccaggaatc1740 acgcctgtac atggtgaaac agtcattact ggcaataaat ctacaggagg taatggtgga1800 ggcgtgtgta caaaacgtct tgccttatct aaccttcaaa gcatttctat atccgggaat1860 tctgcagcag aaaatggtgg tggagcccac acatgcccag atagcttccc aacggcggat1920 actgcagaac agcccgcagc agcttctgcc gcgacgtcta ctcccaaatc tgccccggtc1980 tcaactgctc taagcacacc ttcatcttct accgtctctt cattaacctt actagcagcc2040 tcttcacaag cctctcctgc aacctctaat aaggaaactc aagatcctaa tgctgataca2100 gacttattga tčgattatgt agttgatacg actatcagca aaaacactgc taagaaaggc2160 ggtggaatct atgctaaaaa agccaagatg tcccgcatag accaactgaa tatctctgag2220 aactccgcta cagagatagg tggaggtatc tgctgtaaag aatctttaga actagatgct2280 ctagtctcct tatctgtaac agagaacctt gttgggaaag aaggtggagg cttacatgct2340 aaaactgtaa atatttctaa tctgaaatca ggcttctctt tctcgaacaa caaagcaaac2400 tcctcatcca caggagtcgc aacaacagct tcagcacctg ctgcagctgc tgcttcccta2460 caagcagccg cagcagccgc accatcatct ccagcaacac caacttattc aggtgtagta2520
99aggagcta tctatggaga aaaggttaca ttctctcaat gtagcgggac ttgtcagttc2580 tctyggaauc aagctatcga taacaatccc tcccaatcat cgttgaacgt acaaggagga2640 gccatctatg ccaaaacctc tttgtctatt ggatcttccg atgctggaac ctcctatatt2700 ttctcgggga acagtgtctc cactgggaaa tctcaaacaa cagggcaaat agcgggagga2760 gcgatctact cccctactgt tacattgaat tgtcctgcga cattctctaa caatacagcc2820 tctatagcta caccgaagac ttcttctgaa gatggatcct caggaaattc tattaaagat2880 accattggag gagccattgc agggacagcc attaccctat ctggagtctc tcgattttca2940 gggaatacgg ctgatttagg agctgcaata ggaactctag ctaatgcaaa tacacccagt3000 gcaactagcg gatctcaaaa tagcattaca gaaaaaatta ctttagaaaa cggttctttt3060 atttttgaaa gaaaccaagc taataaacgt ggagcgattt actctcctag cgtttccatt3120 aaagggaata atattacctt caatcaaaat acatccactc atgatggaag cgctatctac3180 tttacaaaag atgctacgat tgagtcttta ggatctgttc tttttacagg aaataacgtt3240 acagctacac aagctagttc tgcaacatct ggacaaaata caaatactgc caactatggg3300 gcagccatct ttggagatcc aggaaccact caatcgtctc aaacagatgc cattttaacc3360 cttcttgGtt cttctggaaa cattactttt agcaacaaca gtttacagaa taaccaaggt3420 gátactcccg ctagcaagtt ttgtagtatt gcaggatacg tcaaactctc tctacaagcc3480 gctaaaggga agactattag ctttttcgat tgtgtgcaca cctctaccaa aaaaacaggt3540 tcaacacaaa acgtttatga aactttagat attaataaag aagagaacag taatccatat3600 acaggaacta ttgtgttctc ttctgaatta catgaaaaca' aatcttacat cccacagaat3660 . 223
gcaatccttc acaacggaac tttagttctt aaagagaaaa cagaactcca cgtagtctct 3720 tttgagcaga aagaagggtc taaattaatt atggaacccg gagctgtgtt atctaaccaa 3780 aacatagcta acggagctct agctatcaat gggttaacga ttgatctttc cagtatgggg 3840 actcctcaag caggggaaat cttctctcct ccagaattac gtatcgttgc cacgacctct 3900 agtgcatccg gaggaagcgg ggtcagcagt agtataccaa caaatcctaa aaggatttct 3960 gcageagtgc cttcaggttc tgccgcaact actccaacta tgagcgagaa caaagttttc 4020 ctaacaggag accttacttt aatagatcct aatggaaact tttaccaaaa ccctatgtta 4080 ggaagcgatc tagatgtacc actaattaag cttccgacta acacaagtga cgtccaagtc 4140 tatgatttaa ctttatctgg ggatcttttc cctcagaaag ggtacatggg aacctggaca 4200 ttagattcta atccacaaac agggaaactt caagccagat ggacattcga tacctatcgt 4260 cgctgggtat acatacctag ggataatcat ttttatgcga actctatctt aggctcccaa 4320 aactcaatga ttgttgtgaa gcaagggctt atcaacaaca tgttgaataa tgcccgcttc 4380 gatgatatcg cttacaataa cttctgggtt tcaggagtag gaactttctt agctcaacaa 4440 ggaactcctc tttccgaaga attcagttac tacagccgcg gaacttcagt tgccatcgat 4500 gccaaaccta gacaagattt tatcctagga gctgcattta gtaagatagt ggggaaaacc 4560 aaagccatca aaaaaatgca taattacttc cataagggct ctgagtactc ttaccaagct 4620 tctgtctatg gaggtaaatt cctgtatttc ttgctcaata agcaacatgg ttgggcactt 4680 cctttcctaa tacaaggagt cgtgtcctat ggacatatta aacatgatac aacaacactt 4740 tacccttcta tccatgaaag aaataaagga gattgggaag atttaggatg gttagcggat 4800 cttcgtatct ctatggatct taaagaacct tctaaagatt cttctaaacg gatcactgtc 4860 tatggggaac tcgagtattc cagcattcgc cagaaacagt tcacagaaat cgattacgat 4920 ccaagacact tcgatgattg tgcttacaga aatctgtcgc ttcctgtggg atgcgctgtc 4980 gaaggagcta tcatgaactg taatattctt atgtataata agcttgcatt agcctacatg 5040 ccttctatct acagaaataa tcctgtctgt aaatatcggg tattgtcttc gaatgaagct 5100 ggtcaagtta tctgcggagt gccaactaga acctctgcta gagcagaata cagtactcaa 5160 ctatatcttg gtcccttctg gactctctac ggaaactata ctatcgatgt aggcatgtat 5220 acgctatcgc aaatgactag ctgcggtgct cgcatgatct tctaa 5265 <210> 175 <211> 880 < 212> PRT < 213> Chlamydia <220>
< 221> VARIANT <222> 336 < 223> Xaa = jakákoliv aminokyselina < 400> 175
Ala lie Met Arg Pro Asp His Met 15
He Leu Ser Ser Thr Ala Vai Leu 20
Thr Ala Leu Leu Thr Lys Asn Pro 3540
Glu Asp Cys Thr Met Glu Ser Leu 5055
Ser Gin Asp Asp Pro Leu Tyr Vai 65 » 70. ·
Vai Ser Lys Leu His lie Thr Asp 85
Lys Gly Asp Leu Ser lie Gin Asn 100
Cys Ser Ser Lys Glu Ser Ser Pro
115120
Gin Leu Ser Leu Arg Asn Asn Gly 130135
Ala Glu Gly Ser Gly Gly Ala lie 145150
Asn Phe Cys Cys Leu Cys Ala Ala 1015
Phe Gly Gin Asp Pro Leu Gly Glu 2530
Asn His Val Vai Cys Thr Phe Phe 45
Phe Pro Ala Leu Cys Ala His Ala 60
Leu Gly Asn Ser Tyr Cys Trp Phe 7580
Pro Lys Glu Ala Leu Phe Lys Glu 9095
Phe Arg Phe Leu Ser Phe Thr Asp 105no
Ser lie lie His Gin Lys Asn Gly 125
Ser Met Ser Phe Cys Arg Asn His 140
Ser Ala Asp Ala Phe Ser Leu Gin
155. Igo
224
His Asn Tyr Leu Phe Thr Ala Phe Glu 165
Gly Gly Ala Ile Gin Ala Gin Thr. Phe 180185
Pro Ile Ser Phe Ala Arg Asn Arg Ala 195200
Cys Cys Ser Asn Leu Ile Cys Ser Gly 210215
Thr Gly Asn Ser Ala Thr Asn Gly Gly 225230
Leu Asn Thr Ser Glu Lys Gly Ser Leu 245
Thr Leu Phe Tkla Ser Asn Ser Ala Lys 260265
Ala Lys His Met Val Leu Arg Tyr Asn 275280
Asn Ser Ala Lys Ile Gly Gly Ala Ile 290295
Leu Ser Ile Leu Ala Gly Glu Gly Ser 305310
Gin Arg Thr Ser Asp Gin Gly. Leu Val 325
Lys Asp Ala Ile Leu Ser Ser Leu Glu 340345
Phe Phe Asp Pro Ile Val Gin Glu Ser 355 .360
Pro Ser Ser Leu Gin Ala Ser Val Thr 370375
Ser Pro Leu Val Ile Gin Thr Ser Ala
385390
Ser Glu Arg Leu Ser Glu Glu Glu Lys 405
Gin Leu Gin Gin Pro Ile Glu Leu Lys 420425
Asp Arg Ala Val Leu Ser Ala Pro Ser 435440
Leu Leu lie Met Glu Ala Gly Thr Ser 450455
Lys Leu Ala Thr Leu Ser lie Pro Leu 465470
Ser Val Thr He His Ala Pro Asn Leu 485
Ser Asn Ser Gly Asp Glu Asn Phe Tyr 500505
Lys Glu Gin Asn Asn lie Pro Leu Leu 515520
His Leu His Leu Pro Asp Gly Asn Leu 530535
Gly Asp Trp Thr Phe Ser Trp Lys Asp 545550
He Ala Asn Trp Thr Pro Lys Asn Tyr 565
Ser Thr Leu Val Ala Asn Thr Leu Trp 580585
Ala Val Gin Ser Met Ile Asn Thr Thr 595600
Phe Gly Thr Trp Gly Ser Ala Val Ser 610615
Ser Ser Gly Lys Pro Ile Asp Asn Trp 625630
Leu Phe Gly Ile Ser Thr His Ser Leu
Glu Asn Ser Ser Lys Gly Asn 170 175
Ser Leu Ser Arg Asn Val Ser 190
Asp Leu Asn Gly Gly Ala Ile 205
Asn Val Asn Pro Leu Phe Phe 220
Ala Ile Cys Cys Ile Ser Asp 235 240
Ser Leu Ala Cys Asn Gin Glu 250 255
Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr 270
Gly Pro Val Ser Phe Ile Asn 285
Ala Ile Gin Ser Gly Gly Ser 300
Val Leu Phe Gin Asn Asn Ser 315 320
Arg Asn Ala Ile Tyr Leu Xaa 330 335
Ala Arg Asn Gly Asp Ile Leu 350
Ser Ser Lys Glu Ser Pro Leu 365
Ser Pro Thr Pro Ala Thr Ala 380
Asn Arg Ser Val Ile Phe Ser
395 400
Thr Pro Asp Asn Leu Thr Ser 410 415
Ser Gly Arg Leu Val Leu Lys 430
Leu Ser Gin Asp Pro Gin Ala 445
Leu Lys Thr Ser Ser Asp Leu 460
His Ser Leu Asp Thr Glu Lys 475 480
Ser Ile Gin Lys Ile Phe Leu 490 495
Glu Asn Val Glu Leu Leu Ser 510
Thr Leu Pro Lys Glu Gin Ser 525
Ser Ser His Phe Gly Tyr Gin 540
Ser Asp Glu Gly His Ser Leu
555 560
Val Pro His Pro Glu Arg Gin 570 575
Asn Thr Tyr Ser Asp Met Gin 590
Ala His Gly Gly Ala Tyr Leu 605
Asn Leu Phe Tyr Val His Asp 620
His His Arg Ser Leu Gly Tyr 635 640
Asp Asp. His Ser Phe Cys Leu
225
645 650 655
Ala Ala Gly Gin 660 Leu Leu Gly Lys Ser 665 Ser Asp Ser Phe He 670 Thr Ser
Thr Glu Thr 675 Thr Ser Tyr He Ala 680 Thr Vai Gin Ala Gin 685 Leu Ala Thr
Ser Leu 690 Met Lys He Ser Ala 695 Gin Ala Cys Tyr Asn 700 Glu Ser He His
Glu 705 Leu Lys Thr Lys Tyr 710 Arg Ser Phe Ser Lys 715 Glu Gly Phe Gly Ser 720
Trp His Ser Vai Ala 725 Vai Ser Gly Glu Vai 730 Cys Ala Ser He Pro 735 He
Vai Ser Asn Gly 740 Ser Gly Leu Phe Ser 745 Ser Phe Ser He Phe 750 Ser Lys
Leu Gin Gly 755 Phe Ser Gly Thr Gin 760 Asp Gly Phe Glu Glu 765 Ser Ser Gly
Glu He 770 Arg Ser Phe Ser Ala 775 Ser Ser Phe Arg Asn 780 He Ser Leu Pro
He 785 Gly He Thr Phe Glu 790 Lys Lys Ser Gin Lys 795 Thr Arg Thr Tyr Tyr 800
Tyr Phe Leu Gly Ala 805 Tyr He Gin Asp Leu 810 Lys Arg Asp Vai Glu 815 Ser
Gly Pro Vai Vai 820 Leu Leu Lys Asn Ala 825 Vai Ser Trp Asp Ala 830 Pro Met
Ala Asn Leu 835 Asp Ser Arg Ala Tyr 840 Met Phe Arg Leu Thr 845 Asn Gin Arg
Ala Leu 850 His Arg Leu Gin Thr 855 Leu Leu Asn Vai Ser 860 Cys Vai Leu Arg
.Gly Gin Ser His Ser Tyr Ser Leu 865 870 <210> 176 <2H> 982 <212> PRT <213> Chlamydia <220> <221> VARIANT <222> 981 x O Q \ ‘ _ · , Xaa — jakákoliv aminokyselina <400> 176 Asp Leu Gly 875 Thr Thr Tyr Arg Phe 880
Met 1 He Pro Gin Gly 5 lie Tyr Asp Gly Glu 10 Thr Leu Thr Vai Ser 15 Phe
Pro Vai , T ] Λ ri ,, 7\ Th — f*' Λ - IT· - T T Π - —
20 25 oxy v αχ rue 30 oer Mia
Gly Glu Leu 35 Thr Leu Lys Asn Leu 40 Asp Asn Ser He Ala 45 Ala Leu Pro
Leu Ser 50 Cys Phe Gly Asn Leu 55 Leu Gly Ser Phe Thr Vai 60 Leu Gly Arg
Gly 65 His Ser Leu Thr Phe 70 Glu Asn lie Arg Thr 75 Ser Thr Asn Gly Ala 80
Ala Leu Ser Asn Ser 85 Ale Ala Asp Gly Leu 90 Phe Thr He Glu Gly 95 Phe
Lys Glu Leu Ser 100 Phe Ser Asn Cys Asn 105 Ser Leu Leu Ala ValHO Leu Pro
Ala Ala Thr 115 Thr Asn Lys Gly Ser 120 Gin Thr Pro Thr Thr 125 Thr Ser Thr
Pro Ser 130 Asn Gly Thr lie Tyr 135 Ser Lys Thr Asp Leu 140 Leu Leu Leu Asn
Asn 145 Glu Lys Phe Ser Phe 150 Tyr Ser Asn Leu Vai 155 Ser Gly Asp Giy Gly 160
226
Ala Ile Asp Ala Lys Ser Leu Thr Val Gin Gly Ile Ser Lys Leu Cys
165 170 175
Val Phe Gin Glu Asn Thr Ala Gin Ala Asp Gly Gly Ala Cys Gin Val
180 185 190
Val Thr Ser Phe Ser Ala Met Ala Asn Glu Ala Pro Ile Ala Phe Val
195 200 205
Ala Asn Val Ala Gly Val Arg Gly Gly Gly Ile Ala Ala Val Gin Asp
Gly 210 215 220
Gin Gin Gly Val Ser Ser Ser Thr Ser Thr Glu Asp Pro Val Val
225 230 235 240
Ser Phe Ser Arg Asn Thr Ala Val Glu Phe Asp Gly Asn Val Ala Arg
Gly 245 250 255
Val Gly Gly Ile Tyr Ser Tyr Gly Asn Val Ala Phe Leu Asn Asn
Gly 260 265 270
Lys Thr Leu Phe Leu Asn Asn Val Ala Ser Pro Val Tyr Ile Ala
275 280 285
Ala Lys Gin Pro Thr Ser Gly Gin Ala Ser Asn Thr Ser Asn Asn Tyr
290 295 300
Gly Asp Gly Gly Ala Ile Phe Cys Lys Asn Gly Ala Gin Ala Gly Ser
305 310 315 320
Asn Asn Ser Gly Ser Val Ser Phe Asp Gly Glu Gly Val Val Phe Phe
325 330 335
Ser Ser Asn Val Ala Ala Gly Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Lys
340 345 350
Leu Ser Val Ala Asn Cys Gly Pro Val Gin Phe Leu Arg Asn Ile Ala
355 360 365
Asn Asp Gly Gly Ala Ile Tyr Leu Gly Glu Ser Gly Glu Leu Ser Leu
370 375 380
Ser Ala Asp Tyr Gly Asp Ile Ile Phe Asp Gly Asn Leu Lys Arq Thr
385 390 395 400
Ala Lys Glu Asn Tkla Ala Asp Val Asn Gly Val Thr Val Ser Ser Gin
Ala 405 410 415
Ile Ser Met Gly Ser Gly Gly Lys Ile Thr Thr Leu Arg Ala Lys
Ala 420 425 430
Gly His Gin Ile Leu Phe Asn Asp Pro Ile Glu Met Ala Asn Gly
435 440 445
Asn Asn Gin Pro Ala Gin Ser Ser Lys Leu Leu Lys Ile Asn Asp Gly
450 455 460
Glu Gly Tyr Thr Gly Asp Ile Val Phe Ala Asn Gly Ser Ser Thr Leu
465 470 475 480
Tyr Gin Asn Val Thr Ile Glu Gin Gly Arg Ile Val Leu Arg Glu Lys
485 490 495
Ala Lys Leu Ser Val Asn Ser Leu Ser Gin Thr Gly Gly Ser Leu Tyr
505 510
Met Glu Ala Gly Ser Thr Leu Asp Phe Val Thr Pro Gin Pro Pro Gin
515 520 525
Gin Pro Pro Ala Ala Asn Gin Leu Ile Thr Leu Ser Asn Leu His Leu
530 535 540
Ser Leu Ser Ser Leu Leu Ala Asn Asn Ala Val Thr Asn Pro Pro Thr
545 Pro 550 555 560
Asn Pro Ala Gin Asp Ser His Pro Ala Val Ile Gly Ser Thr Thr
565 570 575
Ala Gly Ser Val Thr Ile Ser Gly Pro Ile Phe Phe Glu Asp Leu Asp
580 585 590
Asp Thr Ala Tyr Asp Arg Tyr Asp Trp Leu Gly Ser Asn Gin Lys Ile
595 600 605
Asn Val Leu Lys Leu Gin Leu Gly Thr Lys Pro Pro Ala Asn Ala Pro
610 615 620
Ser 625 Asp Leu Thr Leu Gly 630 Asn Glu Met Pro Lys 635 Tyr Gly Tyr Gin Gly 640
Ser Trp Lys Leu Ala Trp Asp Pro Asn Thr Ala Asn Asn Gly Pro Tyr
22Ί
645 650 655
Thr Leu Lys Ala 660 Thr Trp Thr Lys Thr 665 Gly Tyr Asn Pro Gly 670 Pro Glu
Arg Vai Ala 675 Ser Leu Vai Pro Asn 680 Ser Leu Trp Gly Ser 685 lie Leu Asp
lie Arg 690 Ser. Ala His Ser Ala 695 lie Gin Ala Ser Vai 700 Asp Gly Arg Ser
Tyr 705 Cys Arg Gly Leu Trp 710 Vai Ser Gly Vai Ser 715 Asn Phe Phe Tyr His 720
Asp Arg Asp AJ.a Leu 725 Gly Gin Gly Tyr Arg 730 Tyr lie Ser Gly Gly 735 Tyr
Ser Leu Gly Ala 740 Asn Ser Tyr Phe Gly 745 Ser Ser Met Phe Gly 750 Leu Ala
Phe Thr Glu 755 Vai Phe Gly Arg Ser 760 Lys Asp Tyr Vai Vai 765 Cys Arg Ser
Asn His 770 His Ala Cys lie Gly 775 Ser Vai Tyr Leu Ser 780 Thr Gin Gin Ala
Leu 785 Cys Gly Ser Tyr Leu 790 Phe Gly Asp Ala Phe 795 lie Arg Ala Ser Tyr 800
Gly Phe Gly Asn Gin 805 His Met Lys Thr Ser 810 Tyr Thr Phe Ala Glu 815 Glu
Ser Asp Vai Arg 820 Trp Asp Asn Asn Cys 825 Leu Ala Gly Glu Ile 830 Gly Ala
Gly Leu Pro 835 lie Vai lie Thr Pro 840 Ser Lys Leu Tyr Leu 845 Asn Glu Leu
Arg Pro 850 Phe Vai Gin Ala Glu 855 Phe Ser Tyr Ala Asp 860 His Glu Ser Phe
Thr 865 Glu Glu Gly Asp Gin 870 Ala Arg Ala Phe Lys 875 Ser Gly His Leu Leu 880
Asn Leu Ser Vai Pro 885 Vai Gly Vai Lys Phe 890 Asp Arg Cys Ser Ser 895 Thr
His Pro Asn Lys 900 Tyr Ser Phe Met Ala 905 Tkla Tyr lie Cys Asp 910 Ala Tyr
Arg Thr lie 915 Ser Gly Thr Glu Thr 920 Thr Leu Leu Ser His 925 Gin Glu Thr
Trp Thr 930 Thr Asp Ala Phe His 935 Leu Ala Arg His Gly 940 Vai Vai Vai Arg
Gly 945 Ser Met Tyr Ala Ser 950 Leu Thr Ser Asn lie 955 Glu Vai Tyr Gly His 960
Gly Arg Tyr Glu Gly Ser Lys .Vai 980 <210> 177 <211> 964 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 177 Tyr 965 Xaa Arg Phe Asp Ala Ser Arg 970 Gly Tyr Gly 1 Leu Ser 975 Ala
Met 1 Lys Lys Ala Phe 5 Phe Phe Phe Leu lie 10 Gly Asn Ser Leu Ser 15 Gly
Leu Ala Arg Glu 20 Vai Pro Ser Arg lie 25 Phe Leu Met Pro Asn 30 Ser Vai
Pro Asp Pro 35 Thr Lys Glu Ser Leu 40 Ser Asn Lys •lie Ser 45 Leu Thr Gly
Asp Thr 50 His Asn Leu Thr Asn 55 Cys Tyr Leu Asp Asn 60 Leu Arg Tyr lie
Leu 65 Ala lie Leu Gin Lys 70 Thr Pro Asn Glu Gly 75 Ala Ala Vai Thr lie 80
Thr Asp Tyr Leu Ser Phe Phe Asp Thr Gin Lys Glu Gly lie Tyr Phe
228
Ala 85 90 95
Lys Asn Leu Thr Pro Glu 100 Ser Gly Gly Ala 105 lie Gly Tyr Ala Ser 110
Pro Asn Ser Pro Thr Vai Glu 115 lie Arg Asp Thr 120 lie Gly Pro Val lie 125
Phe Glu Asn Asn Thr Cys Cys 130 135 Arg Leu Phe Thr Trp Arg Asn Pro Tyr 140.
Ala 145 Ala Asp Lys lie Arg Glu 150 Gly Gly Ala lie 155 His Ala Gin Asn Leu 160
Tyr lie Asn His Asn His Asp 165 Val Val Gly Phe ‘ 170 Met Lys Asn Phe Ser 175
Tyr Vai Gin Gly Gly Ala lie 180 Ser Thr Ala Asn 185 Thr Phe Val Val Ser 190
Glu Asn Gin Ser Cys Phe Leu 195 Phe Met Asp Asn 200 lie Cys lie Gin Thr 205
Asn Thr Ala Gly Lys Gly Gly 210 215 Ala lie Tyr Ala Gly Thr Ser Asn Ser 220
Phe 225 Glu Ser Asn Asn Cys Asp 230 Leu Phe Phe lie 235 Asn Asn Ala Cys Cys 240
Ala Gly Gly Ala lie Phe Ser 245 Pro lie Cys Ser 250 Leu Thr Gly Asn Arg 255
Gly Asn lie Vai Phe Tyr Asn 260 Asn Arg Cys Phe 265 Lys Asn Val Glu Thr 270
Ala Ser Ser Glu Ala Ser Asp 275 Gly Gly Ala Ile 280 Lys Val Thr Thr Arg 285
Leu Asp Vai Thr Gly Asn Arg 290 295 Gly Arg lie Phe Phe Ser Asp Asn lie 300
Thr 305 Lys Asn Tyr Gly Gly Ala 310 Ile Tyr Ala Pro 315 Val Val Thr Leu Val 320
Asp Asn Gly Pro Thr Tyr Phe 325 lie Asn Asn lie 330 Ala Asn Asn Lys Gly 335
Gly Ala Ile Tyr Ile Asp Gly 340 Thr Ser Asn Ser 345 Lys lie Ser Ala Asp 350
Arg His Ala Ile lie Phe Asn 355 Glu Asn lie Val 360 Thr Asn Val Thr Asn 365
Ala Asn Gly Thr Ser Thr Ser 370 375 Ala Asn Pro Pro Arg Arg Asn Ala He 380
Thr 385 Vai Ala Ser Ser Ser Gly 390 Glu lie Leu Leu 395 Gly Ala Gly Ser Ser 400
Gin Asn Leu lie Phe Tyr Asp 405 Pro lie Glu Val 410 Ser Asn Ala Gly Val 415
Ser Vai Ser Phe Asn Lys Glu 420 Ala Asp Gin Thr 425 Gly Ser Val Val Phe 430
Ser Gly Ala Thr val Asn Ser 435 Ala Asp Phe His 440 Gin Arg Asn Leu Gin 445
Thr Lys Thr Pro Ala Pro Leu 450 455 Thr Leu Ser Asn Gly Phe Leu Cys He 4 60
Glu 465 Asp His Ala Gin Leu Thr 470 Val Asn Arg Phe 475 Thr Gin Thr Gly Gly 480
Vai Val Ser Leu Gly Asn Gly 485 Ala Val Leu Ser 490 Cys Tyr Lys Asn Gly 495
Thr Gly Asp Ser Ala Ser Asn 500 Ala Ser He Thr 505 Leu Lys His lie Gly 510
Leu Asn Leu Ser Ser lie Leu 515 Lys Ser Gly Ala 520 Glu He Pro Leu Leu 525
Trp Val Glu Pro Thr Asn Asn 530 535 Ser Asn Asn Tyr Thr Ala Asp Thr Ala 540
Ala 545 Thr Phe Ser Leu Ser Asp 550 Val Lys Leu Ser 555 Leu lie Asp Asp Tyr 560
Gly Asn Ser Pro Tyr Glu Ser 565 Thr Asp Leu Thr 570 His Ala Leu Ser Ser 575
229
Gin Pro Met Leu Ser Ile 580 Ser Glu Ala Ser 585 Asp Asn Gin Leu 590 Gin Ser
Glu Asn Ile 595 Asp Phe Ser Gly Leu 600 Asn Val Pro His Tyr 605 Gly Trp Gin
Gly Leu 610 Trp Thr Trp Gly Trp 615 Ala Lys Thr Gin Asp 620 Pro Glu Pro Ala
Ser 625 Ser Ala Thr Ile Thr 630 Asp Pro Gin Lys Ala 635 Asn Arg Phe His Arg 640
Thr Leu Leu Leu Thr 645 Trp Leu Pro Ala Gly 650 Tyr Val Pro Ser Pro 655 Lys
His Arg Ser Pro 660 Leu Ile Ala Asn Thr 665 Leu Trp Gly Asn Met 670 Leu Leu,
Ala Thr Glu 675 Ser Leu Lys Asn Ser 680 Ala Glu Leu Thr Pro 685 Ser Gly His
Pro Phe 690 Trp Gly Ile Thr Gly 695 Gly Gly Leu Gly Met 700 Met Val -Tyr Gin
Asp 705 Pro Arg Glu Asn His 710 Pro Gly Phe His Met 715 Arg Ser Ser Gly Tyr 720
Ser Ala Gly Met Ile 725 Ala Gly Gin Thr His 730 Thr Phe Ser Leu Lys 735 Phe
Ser Gin Thr Tyr 740 Thr Lys Leu Asn Glu 745 Arg Tyr Ala Lys Asn 750 Asn Val
Ser Ser Lys 755 Asn Tyr Ser Cys Gin 760 Gly Glu Met Leu Phe 765 Ser Leu Gin
Glu Gly 770 Phe Leu Leu Thr Lys 775 Leu Val Gly Leu Tyr 780 Ser Tyr Gly Asp
His 785 Asn Cys His His Phe 7 90 Tyr Thr Gin Gly Glu 795 Asn Leu Thr Ser Gin 800
Gly Thr Phe Arg Ser 805 Gin Thr Met Gly Gly 810 Ala Val Phe Phe Asp 815 Leu
Pro Met Lys Pro 820 Phe Gly Ser Thr His 825 Ile Leu Thr Ala Pro 830 Phe Leu
Gly Ala Leu 835 Gly Ile Tyr Ser Ser 840 Leu Ser His Phe Thr 845 Glu Val Gly
Ala Tyr 850 Pro Arg Ser Phe Ser 855 Thr Lys Thr Pro Leu 860 Ile Asn Val Leu
Val 865 Pro Ile Gly Val Lys 870 Gly Ser Phe Met Asn 875 Ala Thr His Arg Pro 880
Gin Ala Trp Thr Val 885 Glu Leu Ala Tyr Gin 890 Pro Val Leu Tyr Arg 895 Gin'
Glu Pro Gly Ile 900 Ala Thr Gin Leu Leu 905 Ala Ser Lys Gly Ile 910 Trp Phe
Gly Ser Gly 915 Ser Pro Ser Ser Arg 920 His Ala Met Ser Tyr 925 Lys Ile Ser
Gin Gin 930 Thr Gin Pro Leu Ser 935 Trp Leu Thr Leu His 940 Phe Gin Tyr His
Gly 945 Ala Phe Leu Tyr Arg Ser Phe Ser Ser 950 Thr Phe Cys Asn Tyr 955 Leu Asn Gly Glu Ile 960
<210> 178 <211> 1530 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 178
Met Ser Ser Glu Lys Asp Ile Lys Ser Thr Cys Ser Lys Phe Ser Leu
1 5 10 15
Ser Val Val Ala Ala Ile Leu Ala Ser Val Ser Gly Leu Ala Ser Cys
20 25 30
230
Val Asp Leu 35 His Ala Gly Gly Gin 40 Ser Val Asn Glu Leu 45 Val Tyr Val
Gly Pro 50 Gin Ala Val Leu Leu 55 Leu Asp Gin Ile Arg 60 Asp Leu Phe Val
Gly 65 Ser Lys Asp Ser Gin 70 Ala Glu Gly Gin Tyr 75 Arg Leu Ile Val Gly 80
Asp Pro Ser Ser Phe 85 Gin Glu Lys Asp Ala 90 Asp Thr Leu Pro Gly 95 Lys
Val Glu Gin Ser 100 Thr Leu Phe Ser Val 105 Thr Asn Pro Val Val 110 Phe Gin
Gly Val Asp 115 Gin Gin Asp Gin Val 120 Ser Ser Gin Gly Leu 125 Ile Cys Ser
Phe Thr 130 Ser Ser Asn Leu Asp 135 Ser Pro Arg Asp Gly 140 Glu Ser Phe Leu
Gly 145 Ile Ala Phe Val Gly 150 Asp Ser Ser Lys Ala 155 Gly Ile Thr Leu Thr 160
Asp Val Lys Ala Ser 165 Leu Ser Gly Ala Ala 170 Leu Tyr Ser Thr Glu 175 Asp
Leu Ile Phe Glu 180 Lys Ile Lys Gly Gly 185 Leu Glu Phe Ala Ser 190 Cys Ser
Ser Leu Glu 195 Gin Gly Gly Ala Cys 200 Ala Ala Gin Ser Ile 205 Leu Ile His
Asp Cys 210 Gin Gly Leu Gin Val 215 Lys His Cys Thr Thr 220 Ala Val Asn Tkla
Glu 225 Gly Ser Ser Ala Asn 230 Asp His Leu Gly Phe 235 Gly Gly Gly Ala Phe 2'4 0
Phe Val Thr Gly Ser 245 Leu Ser Gly Glu Lys 250 Ser Leu Tyr Met Pro 255 Ala
Gly Asp Met Val 260 Val Ala Asn Cys Asp 265 Gly Ala Ile Ser Phe 270 Glu Gly
Asn Ser Ala 275 Asn Phe Ala Asn Gly 280 Gly Ala Ile Ala Ala 285 Ser Gly Lys
Val Leu 290 Phe Val Ala Asn Asp 295 Lys Lys Thr Ser Phe 300 Ile Glu Asn Arg
Ala 305 Leu Ser Gly Gly Ala 310 Ile Ala Ala Ser Ser 315 Asp Ile Ala Phe Gin 320
Asn Cys Ala Glu Leu 325 Val Phe Lys Gly Asn 330 Cys Ala Ile Gly Thr 335 Glu
Asp Lys Gly Ser 340 Leu Gly Gly Gly Ala 345 Ile Ser Ser Leu Gly 350 Thr Val
Leu Leu Gin 355 Gly Asn His Gly Ile 360 Thr Cys Asp Lys Asn 365 Glu Ser Ala
Ser Gin 370 Gly Gly Tkla Ile Phe 375 Gly Lys Asn Cys Gin 380 Ile Ser Asp Asn
Glu 385 Gly Pro Val Val Phe 390 Arg Asp Ser Thr Ala 395- Cys Leu Gly Gly Gly 400
Ala Ile Ala Ala Gin 405 Glu Ile Val Ser Ile 410 Gin Asn Asn Gin Ala 415 Gly
Ile Ser Phe Glu 420 Gly Gly Lys Ala Ser 425 Phe Gly Gly Gly Ile 430 Ala Cys
Gly Ser Phe 435 Ser Ser Ala Gly Gly 440 Ala Ser Val Leu Gly 445 Thr Ile Asp
Ile Ser 450 Lys Asn Leu Gly Ala 455 Ile Ser Phe Ser Arg 4 60 Thr Leu Cys Thr
Thr 4 65 Ser Asp Leu Gly Gin 470 Met Glu Tyr Gin Gly 475 Gly Gly Ala Leu Phe 480
Gly Glu Asn Ile Ser 485 Leu Ser Glu Asn Ala 4 90 Gly Val Leu Thr Phe 495 Lys
Asp Asn Ile Val 500 Lys Thr Phe Ala Ser 505 Asn Gly Lys Ile Leu 510 Gly Gly
Gly Ala Ile Leu Ala Thr Gly Lys Val Glu Ile- Thr Asn Asn Ser Gly
231
515 520 525
Gly He 530 Ser Phe Thr Gly Asn Ala Arg Ala Pro Gin 535 540 Ala Leu Pro Thr
Gin Glu 545 Glu Phe Pro Leu Phe Ser Lys Lys Glu Gly 550 555 Arg Pro Leu Ser 560
Ser Gly Tyr Ser Gly Gly Gly Ala lie Leu Gly Arg 565 570 Glu Vai Ala lie 575
Leu His Asn Ala Ala Val Vai Phe Glu Gin Asn Arg 580 585 Leu Gin Cys Ser 590
Glu Glu Glu 595 Ala Thr Leu Leu Gly Cys Cys Gly Gly 600 Gly Ala Vai His 605
Gly Met 610 Asp Ser Thr Ser lie Vál Gly Asn Ser Ser 615 620 Vai Arg Phe Gly
Asn Asn 625 Tyr Ala Met Gly Gin Gly Vai Ser Gly Gly 630. 635 Ala Leu Leu Ser 640
Lys Thr Vai Gin Leu Ala Gly Asn Gly Ser Vai Asp 645 650 Phe Ser Arg Asn 655
lie Ala Ser Leu Gly Gly Gly Ala Leu Gin Ala Ser 660 665 Glu Gly Asn Cys 670
Glu Leu Vai 675 Asp Asn Gly Tyr Vai Leu Phe Arg Asp 680 Asn Arg Gly Arg 685
Vai Tyr 690 Gly Gly Ala lie Ser Cys Leu Arg Gly Asp 695 700 Val Vai lie Ser
Gly Asn 705 Lys Gly Arg Vai Glu Phe Lys Asp Asn lie 710 715 Ala Thr Arg Leu 720
Tyr Vai Glu Glu Thr Val Glu Lys Val Glu Glu Vai 725 730 Glu Pro Ala Pro 735
Glu Gin Lys Asp Asn Asn Glu Leu Ser Phe Leu Gly 740 745 Ser Vai Glu Gin 750
Ser Phé lie 755 Thr Ala Ala Asn Gin Ala Leu Phe Ala 760 Ser Glu Asp Gly 765
Asp Leu 770 Ser Pro Glu Ser Ser lie Ser Ser Glu Glu 775 780 Leu Ala Lys Arg
Arg Glu 785 Cys Ala Gly Gly Ala lie Phe Ala Lys Arg 790 795 Vai Arg lie Vai 800
Asp Asn Gin Glu Ala Val Vai Phe Ser Asn Asn Phe 805 810 Ser Asp lie Tyr 815
Gly Gly Ala lie Phe Thr Gly Ser Leu Arg Glu Glu 820 825 Asp Lys Leu Asp 830
Gly Gin lie 835 Pro Glu Vai Leu lie Ser Gly Asn Ala 840 Gly Asp Val Vai 845
Phe Ser 850 Gly Asn Ser Ser Lys Arg Asp Glu His Leu 855 860 Pro His Thr Gly
Gly Gly 865 Ala lie Cys Thr Gin Asn Leu Thr lie Ser 870 875 Gin Asn Thr Gly 880
Asn Vai Leu Phe Tyr Asn Asn Vai Ala Cys Ser Gly 885 890 Gly Ala Vai Arg 895
lie Glu Asp His Gly Asn Vai Leu Leu Glu Ala Phe 900 905 Gly Gly Asp Ile 910
Vai Phe Lys 915 Gly Asn Ser Ser Phe Arg Ala Gin Gly 920 Ser Asp Ala lie 925
Tyr Phe 930 Ala Gly Lys Glu Ser His lie Thr Ala Leu 935 940 Asn Ala Thr Glu
Gly His 945 Ala Ile Vai Phe His Asp Ala Leu Vai Phe 950 955 Glu Asn Leu Lys 960
Glu Arg Lys Ser Ala Glu Vai Leu Leu Ile Asn Ser 965 970 Arg Glu Asn Pro 975
Gly Tyr Thr Gly Ser lie Arg Phe Leu Glu Ala Glu 980 985 Ser Lys Vai Pro 990
Gin Cys lie 995 His Vai Gin Gin Gly Ser Leu Glu Leu 1000 Leu Asn Gly Ala 1005
232
Thr Leu Cys Ser Tyr Gly Phe Lys 1015 Gin Asp Ala Gly Ala 1020 Lys Leu Vai
1010
Leu Ala Ala Gly Ser Lys Leu Lys lie Leu Asp Ser Gly Thr Pro Vai
1025 1030 1035 1040
Gin Gly His Ala lie Ser Lys Pro Glu Ala Glu lie Glu Ser Ser Ser
1045 1050 1055
Glu Pro Glu Gly Ala His Ser Leu Trp lie Ala Lys Asn Ala Gin Thr
1060 1065 1070
Thr Vai Pro Met Vai Asp Ile His Thr Ile Ser Vai Asp Leu Ala Ser
1075 1080 1085
Phe Ser Ser Ser Gin Gin Glu Gly Thr Vai Glu Ala Pro Gin Vai lie
1090. 1095 1100
Vai Pro Gly Gly Ser Tyr Vai Arg Ser Gly Glu Leu Asn Leu Glu Leu
1105 me I 1115 1120
Vai Asn Thr Thr Gly Thr Gly Tyr. Glu Asn His Ala Leu Leu Lys Asn
1125 113C ) 1135
Glu Ala Lys Vai Pro Leu Met Ser Phe Vai Ala Ser Ser Asp Glu Ala
1140 1145 115C )
Ser Ala Glu lie Ser Asn Leu Ser Vai Ser Asp Leu Gin lie His Vai
1155 116C 1 1165
Ala Thr Pro Glu lie Glu Glu Asp Thr Tyr Gly His Met Gly Asp Trp
1170 1175 1180
Ser Glu Ala Lys lie Gin Asp Gly Thr Leu Vai lie Asn Trp Asn Pro
1185 1190 1195 1200
Thr Gly Tyr Arg Leu Asp Pro Gin Lys Ala Gly Ala Leu Vai Phe Asn
1205 121C ) 1215
Ala Leu Trp Glu Glu Gly Ala Vai Leu Ser Ala Leu Lys Asn Ala Arg
1220 1225 123C )
Phe Ala His Asn Leu Thr Ala Gin Arg Met Glu Phe Asp Tyr Ser Thr
1235 1240 1245
Asn Vai Trp Gly Phe Ala Phe Gly Gly Phe Arg Thr Leu Ser Ala Glu
1250 1255 1260
Asn Leu Vai Ala lie Asp Gly Tyr Lys Gly Ala Tyr Gly Gly Ala Ser
1265 127C ) 1275 1280
Ala Gly Vai Asp Ile Gin Leu Met Glu Asp Phe Vai Leu Gly Vai Ser
1285 129C ) 1295
Gly Ala Ala Phe Leu Gly Lys'Met Asp Ser Gin Lys Phe Asp Ala Glu
1300 1305 131C )
Vai Ser Arg Lys Gly Vai Vai Gly Ser Vai Tyr Thr Gly Phe Leu Ala
1315 1320 1325
Gly Ser Trp Phe Phe Lys Gly Gin Tyr Ser Leu Gly Glu Thr Gin Asn
1330 1335 1340
Asp Met Lys Thr Arg Tyr Gly Vai Leu Gly Glu Ser Ser Ala Ser Trp
1343 135C ) 1355 1360
Thr Ser Arg Gly Vai Leu Ala Asp Ala Leu Vai Glu Tyr Arg Ser Leu
1365 137C 1 1375
Vai Gly Pro Vai Arg Pro Thr Phe Tyr Ala Leu His Phe Asn Pro Tyr
1380 1385 1390
Vai Glu Vai Ser Tyr Ala Ser Met Lys Phe Pro Gly Phe Thr Glu Gin
1395 1400 1405
Gly Arg Glu Ala Arg Ser Phe Glu Asp Ala Ser Leu Thr Asn lie Thr
1410 1415 . 1420
He Pro Leu Gly Met Lys Phe Glu Leu Ala Phe lie Lys Gly Gin Phe
1425 143C ) 1435 1440
Ser Glu Vai Asn Ser Leu Gly lie Ser Tyr Ala Trp Glu Ala Tyr Arg
1445 1450 1455
Lys Vai Glu Gly Gly Ala Vai Gin Leu Leu Glu Ala Gly Phe Asp Trp
1460 1465 ' 147C )
Glu Gly Ala Pro Met Asp Leu Pro Arg Gin Glu Leu Arg Vai Ala Leu
1475 1480 1485
Glu Asn Asn Thr Glu Trp Ser Ser Tyr Phe Ser· Thr Vai Leu Gly Leu
233
1490 14951500
Thr Ala Phe Cys Gly Gly Phe Thr Ser Thr Asp Ser Lys 1505 15101515
Glu Ala Asn Thr Gly Leu Arg Leu He Phe 15251530
Leu Gly Tyr
1520 <210> 179 <211> 1776 ‘ <212> PRT <213> Chlamydia <400> 179
Ala 1 He Met Lys Phe 5 Met Ser Ala Thr Ala 10 Vai Phe Ala Ala Vai 15 Leu
Ser Ser Vai Thr 20 Glu Ala Ser Ser lie 25 Gin Asp Gin He Lys 30 Asn Thr
Asp Cys Asn' 35 Vai Ser Lys Vai Gly 40 Tyr Ser Thr Ser Gin 45 Ala Phe Thr
Asp Met 50 Met Leu Tkla Asp Asn 55 Thr Glu Tyr Arg Ala 60 Ala Asp Ser Vai
Ser 65 Phe Tyr Asp Phe Ser 70 Thr Ser Ser Gly Leu 75 Pro Arg Lys His Leu 80
Ser Ser Ser Ser Glu 85 Ala Ser Pro Thr Thr 90 Glu Gly Vai Ser Ser 95 Ser
Ser Ser Gly Glu 100 Asn Thr Glu Asn Ser 105 Gin Asp Ser Ala Pro 110 Ser Ser
Gly Glu Thr 115 Asp Lys Lys Thr Glu 120 Glu Glu Leu Asp Asn 125 Gly Gly He
He Tyr 130 Ala Arg Glu Lys Leu 135 Thr He Ser Glu Ser 140 Gin Asp Ser Leu
Ser 145 Asn Pro Ser He Glu 150 Leu His Asp Asn Ser 155 Phe Phe Phe Gly Glu 160
Gly Glu Vai He Phe 165 Asp His Arg Vai Ala 170 Leu Lys Asn Gly Gly 175 Ala
He Tyr Gly Glu 180 Lys Glu Vai Vai Phe 185 Glu Asn He Lys Ser 190 Leu Leu
Vai Glu Vai 195 Asn He Ser Vai Glu 200 Lys Gly Gly Ser Vai 205 Tyr Ala Lys'
Glu Arg 210 Vai Ser Leu Glu Asn 215 Vai Thr Glu Ala Thr 220 Phe Ser Ser Asn
Gly 225 Gly Glu Gin Gly Gly 230 Gly Gly He Tyr Ser 235 Glu Gin Asp Met Leu 240
lie Ser Asp Cys Asn 245 Asn Vai His Phe Gin 250 Gly Asn Ala Ala Glv .255 Ala
Thr Ala Vai Lys 260 Gin Cys Leu Asp Glu 265 Glu Met He Vai Leu 270 Leu Thr
Glu Cys Vai 275 Asp Ser Leu Ser Glu 280 Asp Thr Leu Asp Ser 285 Thr Pro Glu
Thr Glu 290 Gin Thr Lys Ser Asn 295 Gly Asn Gin Asp Gly 300 Ser Ser Glu Thr
Lys 305 Asp Thr Gin Vai Ser 310 Glu Ser Pro Glu Ser 315 Thr Pro Ser Pro Asp 320
Asp Vai Leu Gly Lys 325 Gly Gly Gly He Tyr 330 Thr Glu Lys Ser Leu 335 Thr
He Thr Gly lie 340 Thr Gly Thr He Asp 345 Phe Vai Ser Asn lie 350 Ala Thr
Asp Ser Gly 355 Ala Gly Vai Phe Thr 360 Lys Glu Asn Leu Ser 365 Cys Thr Asn
Thr Asn 370 Ser Leu Gin Phe Leu 375 Lys Asn Ser Ala Gly 380 Gin His Gly Gly
Gly Ala Tyr Vai Thr Gin Thr Met Ser Vai Thr- Asn Thr Thr Ser Glu
234 3θ5 390 395400
Ser lie Thr Thr Pro Pro Leu Val Gly Glu Vai lie Phe Ser Glu Asn 405 410415
Thr Ala Lys Gly His Gly Gly Gly Ile Cys Thr Asn Lys Leu Ser Leu 420 425430
Ser Asn Leu Lys Thr Vai Thr Leu Thr Lys Asn Ser Ala Lys Glu Ser 435 440445
Gly Gly Ala lie Phe Thr Asp Leu Ala Ser lie Pro Thr Thr Asp Thr 450 455460
Pro Glu Ser Ser Thr Pro Ser Ser Ser Ser Pro Ala Ser Thr ProGlu
465 470 475480
Val Vai Ala Ser Ala Lys lie Asn Arg Phe Phe Ala Ser Thr AlaGlu
485 490495
Pro Ala Ala Pro Ser Leu Thr Glu Ala Glu Ser Asp Gin Thr Asp Gin 500 505510
Thr Glu Thr Ser Asp Thr Asn Ser Asp He Asp Vai Ser He Glu Asn 515 520525
He Leu Asn Vai Ala lie Asn Gin Asn Thr Ser Ala Lys Lys Glv Glv 530 535540
Ala lie Tyr Gly Lys Lys Tkla Lys Leu Ser Arg lie Asn Asn LeuGlu
545 550 555560
Leu Ser Gly Asn Ser Ser Gin Asp Vai Gly Gly Gly Leu Cys LeuThr
565 570575
Glu Ser Vai Glu Phe Asp Ala He Gly Ser Leu Leu Ser His Tyr Asn 580 585590
Ser Ala Ala Lys Glu Gly Gly Vai lie His Ser Lys Thr Vai Thr Leu 595 600605
Ser Asn Leu Lys Ser Thr Phe Thr Phe Ala Asp Asn Thr Vai Lys Ala 610 615620
Ile Vai Glu Ser Thr Pro Glu Ala Pro Glu Glu He Pro Pro VaiGlu
625 630 635640
Gly Glu Glu Ser Thr Ala Thr Glu Asn Pro Asn Ser Asn Thr GluGly
645 650655
Ser Ser Ala Asn Thr Asn Leu Glu Gly Ser Gin Gly Aáp Thr Ala Asp 660 665670
Thr Gly Thr Gly Val Vai Asn Asn Glu Ser Gin Asp Thr Ser Asp Thr 675 680 .685
Gly Asn Ala Glu Ser Gly Glu Gin Leu Gin Asp Ser Thr Gin Ser Asn 690 695700
Glu Glu Asn Thr Leu Pro Asn Ser Ser He Asp Gin Ser Asn GluAsn
705 710 715720
Thr Asp Glu Ser Ser Asp Ser His Thr Glu Glu lie Thr Asp GluSer
725 730735
Vel Ser Ser Ser Ser Lys Ser bly ser Ser Thr Pro Gin Asp Gly Gly 740 745750
Ala Ala Ser Ser Gly Ala Pro Ser Gly Asp Gin Ser lie Ser Ala Asn 755 760765
Ala Cys Leu Ala Lys Ser Tyr Ala Ala Ser Thr Asp Ser Ser Pro Vai 770 775780
Ser Asn Ser Ser Gly Ser Asp Vai Thr Ala Ser Ser Asp Asn ProAsp
785 790 795800
Ser Ser Ser Ser Gly Asp Ser Tkla Gly Asp Ser Glu Gly Pro ThrGlu
805 810815
Pro Glu Ala Gly Ser Thr Thr Glu Thr Pro Thr Leu He Gly Gly Gly 820 825830
Ala lie Tyr Gly Glu Thr Vai Lys He Glu Asn Phe Ser Gly Gin Gly 835 840845 lie Phe Ser Gly Asn Lys Ala He Asp Asn Thr Thr Glu Gly Ser Ser 850 855860
Ser Lys Ser Asn Val Leu Gly Gly Ala Vai Tyr Ala Lys Thr Leu Phe 865 870 875880
235
Asn Leu Asp Ser Gly Ser Ser Arg Arg Thr Val Thr Phe Ser Gly Asn 885 890895
Thr Val Ser Ser Gin Ser Thr Thr Gly Gin Val Ala Gly Gly Ala Ile 900 905910·
Tyr Ser Pro Thr Val Thr lie Ala Thr Pro Val Val Phe Ser LysAsn
915 920 '925
Ser Ala Thr Asn Asn Ala Asn Asn Ala Thr Asp Thr Gin Arg LysAsp
930 935940
Thr Phe Gly Gly Ala Ile Gly Ala Thr Ser Ala Val Ser Leu SerGly
945 950 955960
Gly Ala His Phe Leu Glu Asn Val Ala Asp Leu Gly Ser Ala IleGly
965 970975
Leu Val Pro Asp Thr Gin Asn Thr Glu Thr Val Lys Leu Glu Ser Gly 980 985990
Ser Tyr Tyr Phe Glu Lys Asn Lys Ala Leu Lys Arg Ala Thr Ile Tyr 995 10001005
Ala Pro Val Val Ser Ile Lys Ala Tyr Thr Ala Thr Phe Asn Gin Asn 1010 10151020
Arg Ser Leu Glu Glu Gly Ser Ala Ile Tyr Phe Thr Lys Glu AlaSer
1025 1030 10351040
Ile Glu Ser Leu Gly Ser Val Leu Phe Thr Gly Asn Leu Val ThrPro
1045 10501055 • Thr Leu Ser Thr Thr Thr Glu Gly Thr Pro Ala Thr Thr Ser Gly Asp 1060 10651070
Val Thr Lys Tyr Gly Ala Ala Ile Phe Gly Gin Ile Ala Ser Ser Asn 1075 10801085
Gly Ser Gin Thr Asp Asn Leu Pro Leu Lys Leu Ile Ala Ser Gly Gly 1090 10951100
Asn He Cys Phe Arg Asn Asn Glu Tyr Arg Pro Thr Ser Ser AspThr
1105 mo 11151120
Gly Thr Ser Thr Phe Cys Ser Ile Ala Gly Asp Val Lys Leu ThrMet
1125 11301135
Gin Ala Ala Lys Gly Lys Thr Ile Ser Phe Phe Asp Ala Ile Arg Thr 1140 1145' H50
Ser Thr Lys Lys Thr Gly Thr Gin Ala Thr Ala Tyr Asp Thr Leu Asp 1155 11601165
Ile Asn Lys Ser Glu Asp Ser Glu Thr Val Asn Ser Ala Phe Thr Gly 1170 H751180
Thr He Leu Phe Ser Ser Glu Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr liePro
1185 1190 11951200
Gin Asn Val Val Leu His Ser Gly Ser Leu Val Leu Lys Pro AsnThr
1205 12101215
Glu Leu His Val Ile Ser Phe Glu Gin Lys Glu Gly Ser Ser Leu Val 1220 12251230
Met Thr Pro Gly Ser Val Leu Ser Asn Gin Thr Val Ala Asp Gly Ala 1235 12401245
Leu Val He Asn Asn Met Thr Ile Asp Leu Ser Ser Val Glu Lys Asn 1250 12551260
Gly He Ala Glu Gly Asn He Phe Thr Pro Pro Glu Leu Arg IleIle
1265 1270 12751280
Asp Thr Thr Thr Ser Gly Ser Gly Gly Thr Pro Ser Thr Asp SerGlu
1285 12901295
Ser Asn Gin Asn Ser Asp Asp Thr Lys Glu Gin Asn Asn Asn Asp Ala 1300 13051310
Ser Asn Gin Gly Glu Ser Ala Asn Gly Ser Ser Ser Pro Ala Val Ala 1315 13201325
Ala Ala His Thr Ser Arg Thr Arg Asn Phe Ala Ala Ala Ala Thr Ala 1330 13351340
Thr Pro Thr Thr Thr Pro Thr Ala Thr Thr Thr Thr Ser Asn GinVal
1345 1350 13551360
He Leu Gly Gly Glu He Lys Leu He Asp Pro Asn Gly Thr Phe Phe
236
1365 13701375
Gin Asn Pro Ala Leu Arg Ser Asp Gin Gin lie Ser Leu Leu Vai Leu 1380 13851390
Pro Thr Asp Ser Ser Lys Met Gin Ala Gin Lys lie Vai Leu Thr Gly 1395 14001405
Asp He Ala Pro Gin Lys Gly Tyr Thr Gly Thr Leu Thr Leu Asp Pro 1410 14151420
Asp Gin Leu Gin Asn Gly Thr lie Ser Ala Leu Trp Lys Phe AspSer 1425 1430 14351440
Tyr Arg Gin Trp Ala Tyr Vai Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr AlaAsn
1445 14501455
Ser lie Leu Gly Ser Gin Met Ser Met Val Thr Vai Lys Gin Gly Leu 1460 14651470
Leu Asn Asp Lys Met Asn Leu Ala Arg Phe Asp Glu Vai Ser Tyr Asn 1475 14801485
Asn Leu Trp lie Ser Gly Leu Gly Thr Met Leu Ser Gin Vai Gly Thr 1490 14951500 . Pro Thr Ser Glu Glu Phe Thr Tyr Tyr Ser Arg Gly Ala Ser VaiAla
1505 1510 15151520
Leu Asp Ala Lys Pro Ala His Asp Val lie Vai Gly Ala Ala PheSer
1525 15301535
Lys Met lie Gly Lys Thr Lys Ser Leu Lys Arg Glu Asn Asn TyrThr . ' 1540 15451550
His Lys Gly Ser Glu Tyr Ser Tyr Gin Ala Ser Vai Tyr Gly GlvLvs
1555 15601565
Pro Phe His Phe Vai lie Asn Lys Lys Thr Glu Lys Ser Leu Pro Leu 1570 15751580
Leu Leu Gin Gly Val lie Ser Tyr Gly Tyr lie Lys His Asp ThrVai
I585 1590 15951600
Thr His Tyr Pro Thr lie Arg Glu Arg Asn Gin Gly Glu Trp GluAsp
1605 16101615
Leu Gly Trp Leu Thr Ala Leu Arg Val Ser Ser Vai Leu Arg Thr Pro 1620 16251630
Ala Gin Gly Asp Thr Lys Arg lie Thr Vai Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr 1635 16401645
Ser Ser Ile Arg Gin Lys Gin Phe Thr Glu Thr Glu Tyr Asp Pro Arg 1650 1655 .1660
Tyr Phe Asp Asn Cys Thr Tyr Arg Asn Leu Ala lie Pro Met GlyLeu
1665 1670 16751680
Ala Phe Glu Gly Glu Leu Ser Gly Asn Asp lie Leu Met Tyr AsnArg
1685 16901695
Phe Ser Vai Ala Tyr Met Pro Ser lie Tyr Arg Asn Ser Pro Thr Cys 1700 17051710
Lys Tyr Gin Vai Leu Ser Ser Gly Glu Gly Gly Glu lie lie Cys Gly 1715 17201725
Vai Pro Thr Arg Asn Ser Ala Arg Gly Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr 1730 1735 .1740
Pro Gly Pro Leu Trp Thr Leu Tyr Gly Ser Tyr Thr lie Glu AlaAsp
1745 1750 17551760
Ala His Thr Leu Ala His Met Met Asn Cys Gly Ala Arg Met ThrPhe
1765 17701775 <210> 180 <211> 1752 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 180
Met Lys Trp Leu Ser Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Vai Leu Pro Ser 5 10 15
Vai Ser Gly Phe Cys Phe Pro Glu Pro Lys Glu. Leu Asn Phe Ser Arg
237
2530
Val Glu Thr Ser Ser Ser Thr Thr Phe Thr Glu Thr Ile Gly Glu Ala 35 4045
Gly Ala Glu Tyr Ile Val Ser Gly Asn Ala Ser Phe Thr Lys Phe Thr 50 5560
Asn lie Pro Thr Thr Asp Thr Thr Thr Pro Thr Asn Ser Asn SerSer 65 70 7580
Ser Ser Ser Gly Glu Thr Ala Ser Val Ser Glu Asp Ser Asp SerThr
9095
Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala Phe Tyr Asn Ala His 100 105110
Ser Gly Val Leu Ser Phe Met Thr Arg Ser Gly Thr Glu Gly Ser Leu 115 120125
Thr Leu Ser Glu lie Lys Met Thr Gly Glu Gly Gly Ala Ile Phe Ser 130 135140
Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp Leu Thr Ser Leu Thr Ile GinAsn 145 150 155160
Asn Leu Ser Gin Leu Ser Gly Gly Ala Ile Phe Gly Gly Ser ThrIle
165 170175
Ser Leu Ser Gly Ile Thr Lys Ala Thr Phe Ser Cys Asn Ser Ala Glu 180 185190
Val Pro Ala Pro Val Lys Lys Pro Thr Glu Pro Lys Ala Gin Thr Ala 195 200205
Ser Glu Thr Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Asn Asp Ser Val Ser 210 215220
Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu Pro Ala Ala Ala Asn Leu GinSer
225 230 235240
His Phe lie Cys Ala Thr Ala Thr Pro Ala Ala Gin Thr Asp ThrGlu
245 250255
Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro Gly Ser Gly Gly Ala Ile Tyr Ala 260 265270
Lys Gly Asp Leu Thr Ile Ala Asp Ser Gin Glu Val Leu Phe Ser Ile 275 280285
Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly Ala Ile Phe Ala Glu Lys Asp Val 290 295300
Ser Phe Glu Asn Ile Thr Ser Leu Lys Val Gin Thr Asn Gly AlaGlu 305 310 315320
Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Ser Ile GinSer
325 330335
Ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Asn Tyr Ser Lys Gin Gly Gly Gly 340 345350
Ala Leu Tyr Val Glu Gly Gly Ile Asn Phe Gin Asp Leu Glu Glu Ile 355 360365
Arg Ile Lys Tyr Asn Lys Ala Gly Thr Phe Glu Thr Lys Lys Ile Thr 370 375380
Leu Pro Ser Leu Lys Ala Gin Ala Ser Ala Gly Asn Ala Asp AlaTrp
385 390 395400
Ala Ser Ser Ser Pro Gin Ser Gly Ser Gly Ala Thr Thr Val SerAsp
405 410415
Ser Gly Asp Ser Ser Ser Gly Ser Asp Ser Asp Thr Ser Glu Thr Val 420 425430
Pro Val Thr Ala Lys Gly Gly Gly Leu Tyr Thr Asp Lys Asn Leu Ser 435 440445
Ile Thr Asn Ile Thr Gly Ile Ile Glu Ile Ala Asn Asn Lys Ala Thr 450 455460
Asp Val Gly Gly Gly Ala Tyr Val Lys Gly Thr Leu Thr Cys Glu Asn 465 . 470 475480
Ser His Arg Leu Gin Phe Leu Lyš Asn Ser Ser Asp Lys Gin Gly Gly 485 490495
Gly Ile Tyr Gly Glu Asp Asn Ile Thr Leu Ser Asn Leu Thr Gly Lvs 500 505510
238
Thr Leu Phe Gin Glu Asn Thr Ala
515520 lie Lys Gly Thr Asp Lys Ala Leu 530535
Cys Leu lie Asn Asn Thr Ser Glu
545550
Thr Lys Glu lie Ser Gin Thr Tyr 565
Gly lie Thr Pro Vai His Gly Glu 580
Thr Gly Gly Asn Gly Gly Gly Vai
595600
Asn Leu Gin Ser Ile Ser lie Ser 610615
Gly Gly Ala His Thr Cys Pro Asp 625630
Glu Gin Pro Ala Ala Ala Ser Ala 645
Pro Vai Ser Thr Ala Leu Ser Thr 660
Leu Thr Leu Leu Ala Ala Ser Ser
675680
Lys Glu Thr Gin Asp Pro Asn Ala 690695
Val Vai Asp Thr Thr lie Ser Lys
705710
Ile Tyr Ala Lys Lys Tkla Lys Met 725
Ser Glu Asn Ser Ala Thr Glu lie 740
Ser Leu Glu Leu Asp Ala Leu Vai
755760
Vai Gly Lys Glu Gly Gly Gly Leu 770775
Asn Leu Lys Ser Gly Phe Ser Phe
785790
Ser Thr Gly Vai Ala Thr Thr Ala 805
Ser Leu Gin Ala Ala Ala Ala Ala 820
Thr Tyr Ser Gly Val Vai Gly Gly
835 .840
Phe Ser Gin Cys Ser Gly Thr Cys 850855
Asp Asn Asn Pro Ser Gin Ser Ser
865870
Tyr Ala Lys Thr Ser Leu Ser Ile 885
Tyr lie Phe Ser Gly Asn Ser Vai 900
Gly Gin lie Ala Gly Gly Ala lie
915920
Cys Pro Ala Thr Phe Ser Asn Asn 930935
Thr Ser Ser Glu Asp Gly Ser Ser
945950
Gly Gly Ala lie Ala Gly Thr Ala 965
Phe Ser Gly Asn Thr Ala Asp Leu 980
Asn Ala Asn Thr Pro Ser Ala Thr
Lys Glu Glu Gly Gly Gly Leu Phe 525
Thr Met Thr Gly Leu Asp Ser Phe 540
Lys His Gly Gly Gly Ala Phe Vál
555 .560
Thr Ser Asp Vai Glu Thr Ile Pro 570575
Thr Vai lie Thr Gly Asn Lys Ser 585590
Cys Thr Lys Arg Leu Ala Leu Ser 605
Gly Asn Ser Ala Ala Glu Asn Gly 620
Ser Phe Pro Thr Ala Asp Thr Ala 635640
Ala Thr Ser Thr Pro Lys Ser Ala 650655
Pro Ser Ser Ser Thr Vai Ser Ser
665670
Gin Ala Ser Pro Ala Thr Sér Asn 685
Asp Thr Asp Leu Leu lie Asp Tyr 700
Asn Thr Ala Lys Lys Gly Gly Gly 715720
Ser Arg lie Asp Gin Leu Asn lie 730735
Gly Gly Gly lie Cys Cys Lys Glu 745750
Ser Leu Ser Vai Thr Glu Asn Leu 765
His Ala Lys Thr Vai Asn lie Ser 780
Ser Asn Asn Lys Ala Asn Ser Ser 795800
Ser Ala Pro Ala Ala Ala Ala Ala 810815
Ala Pro Ser Ser Pro Ala Thr Pro 825830
Ala Ile Tyr Gly Glu Lys Vai Thr 845
Gin Phe Ser Gly Asn Gin Ala Ile 860
Leu Asn Vai Gin Gly Gly Ala Ile 875880
Gly Ser Ser Asp Ala Gly Thr Ser 890895
Ser Thr Gly Lys Ser Gin Thr Thr 905910
Tyr Ser Pro Thr Vai Thr Leu Asn 925
Thr Ala Ser lie Ala Thr Pro Lys 940
Gly Asn Ser lie Lys Asp Thr Ile 955960 lie Thr Leu Ser Gly Vai Ser Arg 970975
Gly Ala Ala lie Gly Thr Leu Ala 985990
Ser Gly Ser- Gin Asn Ser lie Thr
239
995 10001005
Glu Lys lie Thr Leu Glu Asn Gly Ser Phe lie Phe Glu Arq Asn Gin 1010 10151020
Ala Asn Lys Arg Gly Ala lie Tyr Ser Pro Ser Vai Ser lie LysGlv 1025 1030 1035104C
Asn Asn lie Thr Phe Asn Gin Asn Thr Ser Thr His Asp Gly SerAla 1045 10501055 lie Tyr Phe Thr Lys Asp Ala Thr lie Glu Ser Leu Gly Ser Vai Leu 1060 10651070
Phe Thr Gly Asn Asn Vai Thr Ala Thr Gin Ala Ser Ser Ala Thr Ser 1075 10801085
Gly Gin Asn Thr Asn Thr Ala Asn Tyr Gly Ala Ala lie Phe Glv Asp 1090 10951100
Pro Gly Thr Thr Gin Ser Ser Gin Thr Asp Ala lie Leu Thr LeuLeu 1105 1110 11151120
Ala Ser Ser Gly Asn lie Thr Phe Ser Asn Asn Ser Leu Gin AsnAsn
1125 11301135
Gin Gly Asp Thr Pro Ala Ser Lys Phe Cys Ser Ile Ala Gly Tyr Vai 1140 11451150
Lys Leu Ser Leu Gin Ala Ala Lys Gly Lys Thr Ile Ser Phe Phe Asp 1155 11601165
Cys Val His Thr Ser Thr Lys Lys Thr Gly Ser Thr Gin Asn Vai Tyr H70 11751180
Glu Thr Leu Asp lie Asn Lys Glu Glu Asn Ser Asn Pro Tyr ThrGly
1185 1190 11951200
Thr lie Vai Phe Ser Ser Glu Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr liePro
1205 12101215
Gin Asn Ala Ile Leu His Asn Gly Thr Leu Vai Leu Lys Glu Lys Thr I220 12251230
Glu Leu His Val Vai Ser Phe Glu Gin Lys Glu Gly Ser Lys Leu lie 1235 12401245
Met Glu Pro Gly Ala Vai Leu Ser Asn Gin Asn lie Ala Asn Gly Ala 1250 12551260
Leu Ala lie Asn Gly Leu Thr lie Asp Leu Ser Ser Met Gly ThrPro 1265 ‘ 1270 12751280
Gin Ala Gly ,Glu lie Phe Ser Pro Pro Glu Leu Arg lie Vai AlaThr
1285 12901295
Thr Ser Ser Ala Ser Gly Gly Ser Gly Vai Ser Ser Ser lie Pro Thr 1300 13051310
Asn Pro Lys Arg lie Ser Ala Ala Vai Pro Ser Gly Ser Ala Ala Thr 1315 13201325
Thr Pro Thr Met Ser Glu Asn Lys Vai Phe Leu Thr Gly Asp Leu Thr 1330 13351340
Leu lie Asp Pro Asn Gly Asn Phe Tyr Gin Asn Pro Met Leu GlySer
1345 1350 13551360
Asp Leu Asp Vai Pro Leu lie Lys Leu Pro Thr Asn Thr Ser AspVai
1365 13701375
Gin Vai Tyr Asp Leu Thr Leu Ser Gly Asp Leu Phe Pro Gin Lys Gly 1380 13851390
Tyr Met Gly Thr Trp Thr Leu Asp Ser Asn Pro Gin Thr Gly Lys Leu 1395 14001405
Gin Ala Arg Trp Thr Phe Asp Thr Tyr Arg Arg Trp Vai Tyr lie Pro 1410 14151420
Arg Asp Asn His Phe Tyr Ala Asn Ser lie Leu Gly Ser Gin AsnSer
1425 1430 1435
Met lie Val Vai Lys Gin Gly Leu lie Asn Asn Met Leu Asn AsnAla
1445 14501455
Arg Phe Asp Asp lie Ala Tyr Asn Asn Phe Trp Val Ser Gly Vai Gly 1460 14 651470
Thr Phe Leu Ala Gin Gin Gly Thr Pro Leu Ser Glu Glu Phe Ser Tyr 1475 14801485
240
Tyr Ser Arg Gly Thr Ser Vai Ala lie Asp Ala Lys Pro Arg Gin Asp 1490 14951500
Phe lie Leu Gly Ala Ala Phe Ser Lys lie Vai Gly Lys Thr LysAla 1505 1510 15151520
Ile Lys Lys Met His Asn Tyr Phe His Lys Gly Ser Glu Tyr SerTyr
1525 15301535
Gin Ala Ser Vai Tyr Gly Gly Lys Phe Leu Tyr Phe Leu Leu Asn Lys 1540 15451550
Gin His Gly Trp Ala Leu Pro Phe Leu lie Gin Gly Val Vai Ser Tyr 1555 15601565
Gly His lie Lys His Asp Thr Thr Thr Leu Tyr Pro Ser lie His Glu 1570 15751580
Arg Asn Lys Gly Asp Trp Glu Asp Leu Gly Trp Leu Ala Asp LeuArg
I585 1590 15951600 lie Ser Met Asp Leu Lys Glu Pro Ser Lys Asp Ser Ser Lys ArgIle
1605 16101615
Thr Vai Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr Ser Ser lie Arg Gin Lys Gin Phe 1620 16251630
Thr Glu Ile Asp Tyr Asp Pro Arg His Phe Asp Asp Cys Ala Tyr Arg 1635 16401645
Asn Leu Ser Leu Pro Val Gly Cys Ala Vai Glu Gly Ala lie Met Asn 1650 16551660
Cys Asn lie Leu Met Tyr Asn Lys Leu Ala Leu Ala Tyr Met ProSer
1665 1670 16751680
Ile Tyr Arg Asn Asn Pro Vai Cys Lys Tyr Arg Vai Leu Ser SerAsn
1685 16901695
Glu Ala Gly Gin Val Ile Cys Gly Vai Pro Thr Arg Thr Ser Ala Arg 1700 17051710
Ala Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Phe Trp Thr Leu Tyr 1715 17201725
Gly Asn Tyr Thr Ile Asp Vai Gly Met Tyr Thr Leu Ser Gin Met Thr 1730 17351740
Ser Cys Gly Ala Arg Met lie Phe
17451750 <210> 181 <211> 2601 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 181 atggctagcc atcaccatca ccatcacctc tttggccagg atcccttagg tgaaaccgcc ctcctcacta aaaatcctaa tcatgtcgtc tgtacatttt ttgaggactg taccatggag agcctctttc ctgctctttg tgctcatgca tcacaagacg atcctttgta tgtacttgga aattcctact gttggttcgt atctaaactc catatcacgg accccaaaga ggctcttttt aaagaaaaag gagatctttc cattcaaaac tttcgcttcc tttccttcac agattgctct tccaaggaaa gctctccttc tattattcat caaaagaatg gtcagttatc cttgcgcaat aatggtagca tgagtttctg tcgaaatcat gctgaaggct ctggaggagc catctctgcg gatgcctttt ctctacagca caactatctt ttcacagctt ttgaagagaa ttcttctaaa ggaaatggcg gagccattca ggctcaaacc ttctctttat ctagaaatgt gtcgcctatt tctttcgccc gtaatcgtgc ggatttaaat ggcggcgcta tttgctgtag taatcttatt tgttcaggga atgtaaaccc tctctttttc actggaaact ccgccacraa tggaggcsct atttgttgta tcagcgatct aaacacctca gaaaaaggct ctctctctct tgcttgtaac caaraaacgc tatttgcaag caattctgct aaagaaaaag gcggggctat ttatgccaag cacatggtat tgcgttataa cggtcctgtt tccttcatta acaacagcgc taaaataggt ggagctatcg ccatccagtc cggagggagt ctctctatcc ttgcaggtga aggatctgtt ctgttccaga ataactccca acgcacctcc gaccaaggtc tagtaagaaa cgccatctac ttagagaaag atgcgattct ttcttcctta gaagctcgca acggagatat tcttttcttt gatcctattg tacaagaaag tagcagcaaa gaatcgcctc ttccctcctc tttgcaagcc agcgtgactt ctcccacccc agccaccgca tctcctttag ttattcagac aagtgcaaac cgttcagtga ttttctcgag cgaacgtctt tctgaagaag aaaaaactcc tgataacctc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780 840
900
960
1020
1080
1140
1200
241 acttcccaac tacagcagcc tatcgaactg aaatccggac gcttagtttt aaaagatcgc gctgtccttt ccgsgccttc tctctctcag gatcctcaag ctctcctcat tatggaagcg ggaacttctt taaaaacttc ctytgatttg aagttagsta cgstaagtat tccccttcat tccttagata ctgaaaaaag cgtaactatc cacgccccta atctttctat ccaaaagatc ttcctctcta actctggaga tgagaatttt tatgaaaatg tagagcttct cagtaaagag caaaacaata ttcctctcct tactctccct aaagagcaat ctcatttaca tcttcctgat gggaacctct cttctcactt tggatatcaa ggagattgga ctttttcttg gaaagattct gatgaagggc attctctgat tgctaattgg acgcctaaaa actatgtgcc tcatccagaa cgtcaatcta cactcgttgc gaacactctt tggaacacct attccgatat gcaagctgtg cagtcgatga ttaatacaac agcgcacgga ggagcctatc tatttggaac gtggggatct gctgtttcta atttattcta tgttcacgac agctctggga aacctatcga taattggcat catagaagcc ttggctacct attcggtatc agtactcaca gtttagatga ccattctttc tgcttggctg caggacaatt actcgggaaa tcgtccgatt cctttattac gtctacagaa acgacctcct atatagctác tgtacaagcg caactcgcta cctctctaat gaaaatctct gcacaggcat gctacaatga aagtatccat gagctaaaaa caaaatatcg ctccttctct aaagaaggat tcggatcctg gcatagcgtt gcagtatccg gagaagtgtg cgcatcgatt cctattgtat ccaatggttc cggactgttc agctccttct ctattttctc taaactgcaa ggattttcag gaacacágga cggttttgag gagagttcgg gagagattcg gtccttttct gccagctctt tcagaaatat ttcacttcct ataggaataa catttgaaaa aaaatcccaa aaaacacgaa cctactatta ctttctagga gcctacatcc aagacctgaa acgtgatgtg gaatcgggac ctgtagtgtt actcaaaaat gccgtctcct gggatgctcc tatggcgaac -ttggattcac gagcctacat gttccggctt acgaatcaaa gagctctaca cagacttcag acgctgttaa atgtgtcttg tgtgctgcgt gggcaaagcc atagttactc cctggatctg gggaccactt acaggttcta g <210> 182 <211> 3021 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 182 atggctagca tgactggtgg acagcaaatg ggtcgggatt caagcttggt accgcatcac catcaccatc acatgattcc tcaaggaatt tacgatgggg agacgttaac tgtatcattt ccctatactg ttataggaga tccgagtggg actactgttt tttctgcagg agagttaaca ttaaaaaatc ttgacaattc tattgcagct ttgcctttaa gttgttttgg gaacttatta gggagtttta ctgttttagg gagaggacac tcgttgactt tcgagaacat acggacttct acaaatgggg cagctctaag taatagcgct gctgatggac tgtttactat tgagggtttt aaagaattat ccttttccaa ttgcaattca ttacttgccg tactgcctgc tgcaacgact aataagggta gccagactcc gacgacaaca tctacaccgt ctaatggtac tatttattct aaaacagatc ttttgttact caataatgag aagttctcat tctatagtaa tttagtctct ggagatgggg gagctataga tgctaagagc ttaacggttc aaggaattag caagctttgt gtcttccaag aaaatactgc tcaagctgat gggggagctt gtcaagtagt caccagtttc tctgctatgg ctaacgaggc tcctattgcc tttgtagcga atgttgcagg agtaagaggg ggagggattg ctgctgttca ggatgggcag cagggagtgt catcatctac ttcaacagaa gatccagtag taagtttttc cagaaatact gcggtagagt ttgatgggaa cgtagcccga gtaggaggag ggatttactc ctacgggaac gttgctttcc tgaataatgg aaaaaccttg tttctcaaca atgttgcttc tcctgtttac attgctgcta agcaaccaac aagtggacag gcttctaata cgagtaataa ttacggagat ggaggagcta tcttctgtaa gaatggtgcg caagcaggat ccaataactc tggatcagtt tcctttgatg gagagggagt agttttcttt agtagcaatg tagctgctgg gaaaggggga gctatttatg ccaaaaagct ctcggttgct aactgtggcc ctgtacaatt tttaaggaat atcgctaatg atggtggagc gatttattta ggagaatctg gagagctcag tttatctgct gattatggag atattatttt cgatgggaat cttaaaagaa cagccaaaga gaatgctgcc gatgttaatg gcgtaactgt gtcctcacaa gccatttcga tgggatcggg agggaaaata acgacattaa gagctaaagc agggcatcag attctcttta atgatcccat cgagatggca aacggaaata accagccagc gcagtcttcc aaacttctaa aaattaacga tggtgaagga tacacagggg atattgtttt tgctaatgga agcagtactt tgtaccaaaa tgttacgata gagcaaggaa ggattgttct tcgtgaaaag gcaaaattat cagtgaattc tctaagtcag acaggtggga gtctgtatat ggaagctggg agtacattgg attttgtaac tccacaacca ccacaacagc ctcctgccgc taatcagttg atcacgcttt ccaatctgca tttgtctctt tcttctttgt tagcaaacaa tgcagttacg aatcctccta ccaatcctcc agcgcaagat tctcatcctg cagtcattgg tagcacaact
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680 1740
1800 18 60
1920
1980
2040
2100
2160
2220 2280 2340 2400
2460
2520
2580
2601
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
242
gctggttctg ttacaattag tgggcctatc ttttttgagg atttggatga tacagcttat 1860
gataggtatg attggctagg ttctaatcaa aaaatcaatg tcctgaaatt acagttaggg 1920
actaagcccc cagctaatgc cccatcagat ttgactctag ggaatgagat gcctaagtat 1980
ggctatcaag gaagctggaa gcttgcgtgg gatcctaata cagcaaataa tggtccttat 2040
actctgaaag ctacatggac taaaactggg tataatcctg ggcctgagcg agtagcttct 2100
ttggttccaa atagtttatg gggatccatt ttagatatac gatctgcgca ttcagcaatt 2160
caagcaagtg tggatgggcg ctcttattgt cgaggattat gggtttctgg agtttcgaat 2220
ttcttctatc atgaccgcga tgctttaggt cagggatatc ggtatattag tgggggttat 2280
tccttaggag caaactccta ctttggatca tcgatgtttg gtctagcatt taccgaagta 2340
tttggtagat ctaaagatta tgtagtgtgt cgttccaatc atcatgcttg cataggatcc 2400
gtttatctat ctacccaaca agctttatgt ggatcctatt tgttcggaga tgcgtttatc 24 60
cgtgctagct acgggtttgg gaatcagcat atgaaaacct catatacatt tgcagaggag 2520
agcgatgttc gttgggataa. taactgtctg gctggagaga ttggagcggg attaccgatt 2580
gtgattačtc catctaagct ctatttgaat gagttgcgtc ctttcgtgca agctgagttt 2640
tcttatgccg atcatgaatc ttttacagag gaaggcgatc aagctcgggc attcaagagc 2700
ggacatctcc taaatctatc agttcctgtt ggagtgaagt ttgatcgatg ttctagtaca 2760
catcctaata aatatagctt tatggcggct tatatctgtg atgcttatcg caccatctct 2820
ggtactgaga caacgctcct atcccatcaa gagacatgga caacagatgc ctttcattta 2880
gcaagacatg gagttgtggt tagaggatct atgtatgctt ctctaacaag taatatagaa 2940
gtatatggcc ggaagtaaag atggaagata tccggttcta tgagtatcga gatgcttctc a gaggctatgg tttgagtgca 3000 3021
<210> 183 <211> 2934 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 183
atggctagca tgactggtgg acagcaaatg ggtcgggatt caagcttggt accgagctcg 60
gatccacatc accatcacca tcacggacta gctagagagg ttccttctag aatctttctt 120
atgcccaact cagttccaga tcctacgaaa gagtcgctat caaataaaat tagtttgaca 180
ggagacactc acaatctcac taactgctat ctcgataacc tacgctacat actggctatt 240
ctacaaaaaa ctcccaatga aggagctgct gtcacaataa cagattacct aagctttttt 300
gatacacaaa aagaaggtat ttattttgca aaaaatctca cccctgaaag tggtggtgcg 360
attggttatg cgagtcccaa ttctcctacc gtggagattc gtgatacaat aggtcctgta 4 20
atctttgaaa ataatacttg ttgcagacta tttacatgga gaaatcctta tgctgctgat 480
aaaataagag aaggcggagc cattcatgct caaaatcttt acataaatca taatcatgat 540
gtggtcggat ttatgaagaa cttttcttat gtccaaggag gagccattag taccgctaat 600
acctttgttg tgagcgagaa tcagtcttgt tttctcttta tggacaacat ctgtattcaa 660
actaatacag caggaaaagg tggcgctatc tatgctggaa cgagcaattc ttttgagagt 720
aataactgcg atctcttctt catcaataac gcctgttgtg caggaggagc gatcttctcc 780
cctatctgtt ctctaacagg aaatcgtggt aacatcgttt tctataacaa tcgctgcttt 840
aaaaatgtag aaačagcttc ttcagaagct tctgatggag gagcaattaa agtaactact 900
cgcctagatg ttacaggcaa tcgtggtagg atctťtttta gtgacaatat cacaaaaaat 960
tatggcggag ctatttacgc tcctgtagtt accctagtgg ataatggccc tacctacttt 1020
ataaacaata tcgccaataa taaggggggc gctatctata tagacggaac cagtaactcc 1080
aaaatttctg ccgaccgcca tgctattatt tttaatgaaa atattgtgac taatgtaact 1140
aatgcaaatg gtaccagtac gtcagctaat cctcctagaa gaaatgcaat aacagtagca 1200
agctcctctg gtgaaattct attaggagca gggagtagcc aaaatttaat tttttatgat 1260
cctattgaag ttagcaatgc aggggtctct gtgtccttca ataaggaagc tgatcaaaca 1320
ggctctgtag tattttcagg agctactgtt aattctgcag attttcatca acgcaattta 1380
caaacaaaaa cacctgcacc ccttactctc agtaatggtt ttctatgtat cgaagatcat 1440
gctcagctta cagtgaatcg attcacacaa actgggggtg ttgtttctct tgggaatgga 1500
gcagttctga gttgctataa aaatggtaca ggagattctg ctagcaatgc ctctataaca 1560
ctgaagcata ttggattgaa tctttcttcc attctgaaaa gtggtgctga gattccttta 1620
ttgtgggtag agcctacaáa taacagcaat aactatacag cagatactgc agctaccttt 1680
tcattaagtg atgtaaaact ctcactcatt gatgactacg ggaactctcc ttatgaatcc 1740
acagatctga cccatgctct gtcatcacag cctatgctat ctatttctga agctagcgat 1800
aaccagctac aatcagaaaa tatágatttt tcgggactaa atgtccctca ttatggatgg 18 60
caaggacttt ggacttgggg ctgggcaaaa actcaagatc cagaaccagc atcttcagca 1920
acaatcactg atccacaaaa agccaataga tttcatagaa ccttactact aacatggctt 1980
243
cctgccgggt atgttcctag cccaaaacac agaagtcccc tcatagctaa caccttatgg 2040
gggaatatgc tgcttgcaac agaaagctta aaaaatagtg cagagctgac acctagtggt 2100
catcctttct ggggaattac aggaggagga ctaggcatga tggtttacca agatcctcga 2160
gaaaatcatc ctggattcca tatgcgctct tccggatact ctgcggggat gatagcaggg 2220
cagacacaca ccttctcatt gaaattcagt cagacctaca ccaaactcaa tgagcgttac 2280
gcaaaaaaca acgtatcttc taaaaattac tcatgccaag gagaaatgct cttctcattg 2340
caagaaggtt tcttgctgac taaattagtt gggctttaca gctatggaga ccataactgt 2400
caccatttct atactcaagg agaaaatcta acatctcaag ggacgttccg cagtcaaacg 24 60
atgggaggtg ctgtcttttt tgatctccct atgaaaccct ttggatcaac gcatatactg 2520
acagctccct ttttaggtgc tcttggtatt tattctagcc tgtctcactt tactgaggtg 2580
ggagcctatc cgcgaagctt ttctacaaag actcctttga tcaatgtcct agtccctatt 2640
ggagttaaag gtagctttat gaatgctacc cacagacctc aagcctggac tgtagaattg 2700
gcataccaac ccgttctgta tagacaagaa ccagggatcg cgacccagct cctagccagt 2760
aaaggtattt ggtttggtag tggaagcccc tcatcgcgtc atgccatgtc ctataaaatc 2820
tcacagcaaa cacaaccttt gagttggtta actctccatt tccagtatca tggattctac 2880
tcctcttcaa ccttctgtaa ttatctcaat ggggaaattg ctctgcgatt ctag 2934
<210> 184 <211> 2547 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 184
atggctagcc atcaccatca ccatcacggt gctatttctt gcttacgtgg agatgtagtc 60
atttctggaa acaagggtag agttgaattt aaagacaaca tagcaacacg tctťtatgtg ' 120
gaagaaactg tagaaaaggt tgaagaggta gagccagctc ctgagcaaaa agacaataat 180
gagctttctt tcttagggag tgtagaacag agttttatta ctgcagctaa tcaagctctt 240
ttcgcatctg aagatgggga tttatcacct gagtcatcca tttcttctga agaacttgcg 300
aaaagaagag agtgtgctgg aggagctatt tttgcaaaac gggttcgtat tgtagataac 360
caagaggccg ttgtattctc gaataacttc tctgatattt atggcggcgc catttttaca 420
ggttctcttc gagaagagga taagttagat gggcaaatčc ctgaagtctt gatctcaggc 480
aatgcagggg atgttgtttt ttccggaaat tcctcgaagc gtgatgagca tcttcctcat 540
acaggtgggg gagccatttg tactcaaaat ttgacgattt ctcagaatac agggaatgtt 600
ctgttttata acaacgtggc ctgttcggga ggagctgttc gtatagagga tcatggtaat 660
gttcttttag aagcttttgg aggagatatt gtttttaaag gaaattcttc tttcagagca 720
caaggatccg atgctatcta ttttgcaggt aaagaatcgc atattacagc cctgaatgct 780
acggaaggac atgctattgt tttccacgac gcattagttt ttgaaaatct aaaagaaagg 840
aaatctgctg aagtattgtt aatcaatagt cgagaaaatc caggttacac tggatcťatt 900
cgatttttag aagcagaaag taaagttcct · caatgtattc atgtacaaca aggaagcctt 960
gagttgctaa atggagctac attatgtagt tatggtttta aacaagatgc tggagctaag 1020
ttggtattgg ctgctggatc taaactgaag attttagatt caggaactcc tgtacaaggg 1080
catgctatca gtaaacctga agcagaaatc gagtcatctt ctgaaccaga gggtgcacat 1140
tctctttgga ttgcgaagaa tgctcaaaca acagttccta tggttgatat ccatactatt 1200
rt 0 rt li} rt OJ i£) OJ rt rt rt OJ ď) Ó 0 rt 0 a rt rt ctcttctagt caacaggagg ggacagtaga agctcctcag 1260
gttattgttc ctggaggaag ttatgttcga tctggagagc ttaatttgga gttagttaac 1320
acaacaggta ctggttatga aaatcatgct ttgttgaaga atgaggctaa agttccattg 1380
atgtctttcg ttgcttctag tgatgaagct tcagccgaaa tcagtaactt gtcggtttct 1440
gatttacaga ttcatgtagc aactccagag attgaagaag acacatacgg ccatatggga 1500
gattggtctg aggctaaaat tcaagatgga actcttgtca ttaattggaa tcctactgga 1560
tatcgattag atcctcaaaa agcaggggct ttagtattta atgcattatg ggaagaaggg 1620
gctgtcttgt ctgctctgaa aaatgcacgc tttgctcata atctcactgc tcagcgtatg 1680
gaattcgatt attctacaaa tgtgtgggga ttcgcctttg gtggtttccg aactctatct 1740
gcagagaatc tggttgctat tgatggatac aaaggagctt atggtggtgc ttctgctgga 1800
gtcgatattc aattgatgga agattttgtt ctaggagtta gtggagctgc tttcctaggt 1860
aaaatggata gtcagaagtt tgatgcggag gtttctcgga agggagttgt tggttctgta 1920
tatacaggat ttttagctgg atcctggttc ttcaaaggac aatatagcct tggagaaaca 1980
cagaacgata tgaaaacgcg ttatggagta ctaggagagt cgagtgcttc ttggacatct 2040
cgaggagtac tggcagatgc tttagttgaa taccgaagtt tagttggtcc tgtgagacct 2100
actttttatg ctttgcattt caatccttat gtcgaagtat cttatgcttc tatgaaattc 2160
cctggcttta cagaacaagg aagagaagcg cgttgttttg aagacgcttc ccttaccaat 2220
atcaccattc ctttagggat gaagtttgaa ttggcgttca taaaaggaca gttttcágag 2280
244 gtgaactctt tgggaataag ttatgcatgg gaagcttatc gaaaagtaga aggaggcgcg gtgcagcttt tagaagctgg gtttgattgg gagggagctc caatggatct tcctagacag gagctgcgtg tcgctctgga aaataatacg gaatggagtt cttacttcag cacagtctta ggattaacag ctttttgtgg aggatttact tctacagata gtaaactagg atatgaggcg aatactggat tgcgattgat cttttaa <210> 185 <211> 2337 < 212> DNA < 213> Chlamydia < 400> 185 atgcatcacc atcaccatca cgggttagct agttgcgtag atcttcatgc tggaggacag tctgtaaatg agcťggtata tgtaggccct caagcggttt tattgttaga ccaaattcga gatctattcg ttgggtctaa agatagtcag gctgaaggac agtataggtt aattgtagga gatccaagtt ctttccaaga gaaagatgca gatactcttc ccgggaaggt agagcaaagt actttgttct cagtaaccaa tcccgtggtt ttccaaggtg tggaccaaca ggatcaagtc tcttcccaag ggttaatttg tagttttacg agcagcaacc ttgattctcc ccgtgacgga gaatcttttt taggtattgc ttttgttggg gatagtagta aggctggaat cacattaact gacgtgaaag cttctttgtc tggagcggct ttatattcta cagaagatct tatctttgaa aagattaagg gtggattgga atttgcatca tgttcttctc tagaacaggg gggagcttgt gcagctcaaa gtattttgat tcatgattgt caaggattgc aggttaaaca ctgtactaca gccgtgaatg ctgaggggtc tagtgcgaat gatcatcttg gatttggagg aggcgctttc tttgttacgg gttctctttc tggagagaaa agtctctata tgcctgcagg agatatggta gttgcgaatt gtgatggggc tatatctttt gaaggaaaca gcgcgaactt tgctaatgga ggagcgattg ctgcctctgg gaaagtgctt tttgtcgcta atgataaaaa gacttctttt atagagaacc gagctttgtc tggaggagcg attgcagcct cttctgatat tgcctttcaa aactgcgcag aactagtttt caaaggcaat tgtgcaattg gaacagagga taaaggttct ttaggtggag gggctatatc ttctctaggc accgttcttt tgcaagggaa tcacgggata acttgtgata agaatgagtc tgcttcgcaa ggaggcgcca tttttggcaa aaattgtcag atttctgaca acgaggggcc agtggttttc agagatagta cagcttgctt aggaggaggc gctattgcag ctcaagaaat tgtttctatt cagaacaatc aggctgggat ttccttcgag ggaggtaagg ctagtttcgg aggaggtatt gcgtgtggat ctttttcttc cgcaggcggt gcttctgttt tagggactat tgatatttcg aagaatttag gcgcgatttc gtťctctcgt actttatgta cgacctcaga tttaggacaa atggagtacc agggaggagg agctctattt ggtgaaaata tttctctttc tgagaatgct ggtgtgctca cctttaaaga caacattgtg aagacttttg cttcgaatgg gaaaattctg ggaggaggag cgattttagc tactggtaag gtggaaatta ccaataattc cggaggaatt tcttttacag gaaatgcgag agctccacaa gctcttccaa ctcaagagga gtttčcttta ttcagcaaaa aagaagggcg accactctct tcaggatatt ctgggggagg agcgatttta ggaagagaag tagctattct ccacaacgct gcagtagtat ttgagcaaaa tcgtttgcag tgcagcgaag aagaagcgac attattaggt tgttgtggag gaggcgctgt tcatgggatg gatagcactt cgattgttgg caactcttca gtaagatttg gtaataatta cgcaatggga caaggagtct caggaggagc tcttttatct aaaacagtgc agttagctgg aaatggaagc gtcgattttt ctcgaaatat tgctagtttg ggaggaggag ctcttcaagc ttctgaagga aattgtgagc tagttgataa cggctatgtg ctattcagag ataatcgagg gagggtttat gggggtgcta tttcttgctt acgtggagat gtagtcattt ctggaaacaa gggtagagtt gaatttaaag acaacatagc aacacgtctt tatgtggaag aaactgtaga aaaggttgaa gaggtagagc cagctcctga gcaaaaagac aataatgagc tttctttctt agggagtgta gaacagagtt ttattactgc agctaatcaa gctcttttcg catctgaaga tggggattta tcacctgagt catccatttc ttctgaagaa cttgcgaaaa gaagagagtg tgctggagga gctgactcga gcagatccgg ctgctaa <210> 186 <211> 2847 <212> DNA , <213> Chlamydia <400> 186 atggctagca tgcatcacca tcaccatcac gttaagattg agaacttctc tggccaagga atattttctg gaaacaaagc tatcgataac.accacagaag gctcctcttc caaatctaac gtcctcggag gtgcggtcta tgctaaaaca ttgtttaatc tcgatagcgg gagctctaga
2340
2400
2460
2520
2547
120
180
240
300
360
420
80
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2337
120
180
245 . cgaactgtca ccttctccgg gaatactgtc tcttctcaat ctacaacagg tcaggttgct240 ggaggagcta tctactctcc tactgtaacc attgctactc ctgtagtatt ttctaaaaac300 tctgcaacaa acaatgctaa taacgctaca gatactcaga gaaaagacac ctttggagga360 gctatcggag ctacttctgc tgtttctcta tcaggagggg ctcatttctt agaaaacgtt420 gctgacctcg gatctgctat tgggttggtg ccagacacac aaaatacaga aacagtgaaa480 ttagagtctg gctcctacta ctttgaaaaa aataaagctt taaaacgagc tactatttac540 gcacctgtcg tttccattaa agcctatact gcgacattt-a accaaaacag atctctagaa600 gaaggaagcg cgatttactt tacaaaagaa gcatctattg agtctttagg ctctgttctc660 ttcacaggaa acttagtaac cccaacgcta agcacaacta cagaaggcac accagccaca720 acctcaggag atgtaacaaa atatggtgct gctatctttg gacaaatagc aagctcaaac780 ggatctcaga cggataacct tcccctgaaa ctcattgctt caggaggaaa tatttgtttc840 . cgaaacaatg aataccgtcc tacttcttct gataccggaa cctctacttt ctgtagtatt900 gcgggagatg ttaaattaac catgcaagct gcaaaaggga aaacgatcag tttctttgat960 gcaatccgga cctctactaa gaaaacaggt acacaggcaa ctgcctacga tactctcgat1020 attaataaat ctgaggattc agaaactgta aactctgcgt ttacaggaac gattctgttc1080 tcctctgaat tacatgaaaa taaatcctat attccacaaa acgtagttct acacagtgga1140 tctcttgtat tgaagccaaa taccgagctt catgtcattt cttttgagca gaaagaaggc1200 tcttctctcg ttatgacacc tggatctgtt ctttcgaacc agactgttgc tgatggagct1260 ttggtcataa ataacatgac cattgattta tccagcgtag agaaaaatgg tattgctgaa1320 ggaaatatct ttactcctcc ágaattgaga atcatagaca ctactacaag tggaagcggt1380 ggaaccccat ctacagatag tgaaagtaac cagaatagtg atgataccaa ggagcaaaat1440 aataatgacg cctcgaatca aggagaaagc gcgaatggat cgtcttctcc tgcagtagct1500 gctgcacaca catctcgtac aagaaacttt gccgctgcag ctacagccac acctacgaca1560 acaccaacgg ctacaactac aacaagcaac caagtaatcc taggaggaga aatcaaactc1620 atcgatccta atgggacctt cttccagaac cctgcattaa gatccgacca acaaatctcc1680 ttgttagtgc tccctacaga ctcatcaaaa atgcaagctc agaaaatagt actgacgggt1740 gatattgctc ctcagaaagg atatacagga acactcactc tggatcctga tcaactacaa1800 aatggaacga tctcagcgct ctggaaattt gactcttata gacaatgggc ttatgtacct1860 agagacaatc atttctatgc gaactcgatt ctgggatctc aaatgtcaat ggtcacagtc1920 aaacaaggct tgctcaacga taaaatgaat ctagctcgct ttgatgaagt tagctataac1980 aacctgtgga tatcaggact aggaacgatg ctatcgcaag taggaacacc tacttctgaa2040 gaattcactt attacagcag aggagcttct gttgccttag atgctaaacc agcccatgat .2100 gtgattgttg gagctgcatt tagtaagatg atcgggaaaa caaaatcctt gaaaagagag2160 aataactaca ctcacaaagg atccgaatat tcttaccaag catcggtata cggaggcaaa2220 ccattccact ttgtaatcaa taaaaaaacg gaaaaatcgc taccgctatt gttacaagga2280 gtcatctctt acggatatat caaacatgat acagtgactc actatccaac gatccgtgaa2340 cgaaaccaag gagaatggga agacttagga tggctgacag ctctccgtgt ctcctctgtc '2400 ttaagaactc ctgcacaagg ggatactaaa cgtatcactg tttacggaga attggaatac2460 tccagtatcc gtcagaaaca attcacagaa acagaatacg atcctcgtta cttcgacaac2520 tgcacctata gaaacttagc aattcctatg gggttagcat tcgaaggaga gctctctggt2580 aacgatattt tgatgtacaa cagattctct gtagcataca tgccatcaat ctatcgaaat2640 tctccaacat gcaaatacca agtgctctct tcaggagaag gcqqagaaat tatttgtgga2700 gtaccgacaa gaaactcagc tcgcggagaa tacagcacgc agctgtaccc gggacctttg2760 tggactctgt atggatccta cacgatagaa gcagacgcac atacactagč tcatatgatg 2820 aactgcggtg ctcgtatgac attctaa2847 <210> 187 <211> 2466 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 187 atgcatcacc atcaccatca cgaggcgagc tcgatccaag atcaaataaa gaataccgac60 tgcaatgtta gcaaagtagg atattcaact tctcaagcat ttactgatat gatgctagca120 gacaacacag agtatcgagc tgctgatagt gtttcattct atgacttttc gacatcttcc180 ggattaccta gaaaacatct tagtagtagt agtgaagctt ctccaacgac agaaggagtg240 tcttcatctt catctggaga aaatactgag aattcacaag attcagctcc ctcttctgga300 gaaactgata agaaaacaga agaagaacta gacaatggcg gaatcattta tgctagagag360 aaactaacta tctcagaatc tcaggactct ctctctaatc caagcataga actccatgac420 aatagttttt tcttcggaga aggtgaagtt atctttgatc acagagttgc cctcaaaaac480 ggaggagcta tttatggaga gaaagaggta gtctttgaaa· acataaaatc tctactagta540
246 gaagtaaata tctcggtcga gaaaatgtta ccgaagcaac tattcagaac aagatatgtt gcaggagcaa cagcagtaaa tgcgttgata gcttatccga tcaaatggaa atcaagatgg gaatcaactc ctagccccga tctttgacca tcactggaat tctggagcag gtgtattcac tttttgaaaa actcggcagg gttactaata caactagtga tctgaaaata cagctaaagg aatttaaaaa cggtgactct acagatctag cgtctatacc tcgcctgcaa gcactcccga acggcagaac cggcagcccc gaaacttctg atactaatag atcaatcaaa acacttctgc tcccgtatta acaatcttga tgtttaactg aaagcgtaga gctgctaaag aaggtggggt accttcactt ttgcagataa gaagagattc Ctccagtaga acagaaggaa gttcggctaa gggactggtg ttgttaacaa ggagaacaac tacaagattc attgatcaat ctaacgaaaa gacgagagtg tctcatcgtc gcttcttcag gggctccctc agctatgctg cgagtactga gcatcttctg ataatccaga ccgactgagc cagaagctgg atctga <210> 188 <211> 1578 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 188 atgcatcacc atcaccatca cagggattcg ccattccgat accgttcata tcgggcctac ggcgcacgag tccaacgcgt ggcgacgtga tcaccgcggt gcgcttaacg ggcatcatcc ggcacgcgta cagggaacgt cctagaggtt caccgctgcc actatgtggg aaggtgcttc attagcatcc gcgcaggata gtgaataaaa cttttagcgg aatactaatc agccagaagc gatgcagagt ggttttcaaa attttctgca ccttaggggc ttggttgggt taatagggtt cttcctaacg taggcattác tggagcgtag gtgcacgtgg ttccaatacg ctcaatctaa caatttgtga ttcacaaacc ataacggctg gaacaacaga tggcaagtag gcctcgccct
gaaagggggt agcgtctatg caaaagaacg agtatcttta 600
cttctcctcc aatggtgggg aacaaggtgg tggtggaatc 660
aatcagtgat tgcaacaatg tacatttcca agggaatgct 720
acaatgtctg gatgaagaaa tgatcgtatt gctcacagaa 780
agatacactg gatagcactc cagaaacgga acagactaag 84 0
ttcgtctgaa acaaaagata cacaagtatc agaatcacca 900
cgatgtttta ggtaaaggtg gtggtatcta tacagaaaaa 960
tacagggact atagattttg tcagtaacat agctaccgat 1020
taaagaaaac ttgtcttgca ccaacacgaa tagcctacag 1080
tcaacatgga ggaggagcct acgttactca aaccatgtct 1140
aagtataact actccccctc tcgtaggaga agtgattttc 1200
gcacggtggt ggtatctgca ctaacaaact ttctttatct 1260
cactaaaaac tctgcaaagg agtctggagg agctattttt 1320
aacaacagat accccagagt cttctaccce ctcttcctcc 1380
agtagttgct tctgctaaaa taaatcgatt ctttgcctct 1440
ttctctaaca gaggctgagt ctgatcaaac ggatcaaaca 1500
cgatatagac gtgtcgattg agaacatttt gaatgtcgct 1560
ggggctattt acgggaaaaa agctaaactt 1620
actttcaggg aattcatccc aggatgtagg aggaggtctc 1680
atttgatgca attggatcgc tcttatccca ctataactct 1740
tattcattct aaaacggtta ctctatctaa cctcaagtct 1800
cactgttaaa gcaatagtag aaagcactcc tgaagctcca 1860
aggagaagag tctacagcaa cagaaaatcc gaattctaat 1920
cactaacctt gaaggatctc aaggggatac tgctgataca 1980
tgagtctcaa gacacatcag atactggaaa cgctgaatct 2040
tacacaatct aatgaagaaa atacccttcc caatagtagt 2100
cacagacgaa tcatctgata gccacactga ggaaataact 2160
ctctaaaagt ggatcatcta ctcctcaaga tggaggagca 2220
aggagatcaa tctatctctg caaacgcttg tttagctaaa 2280
tagctcccct gtatctaatt cttcaggttc agacg'ttact 2340
ctcttcctca tctggagata gcgctggaga ctctgaagga 2400
ttctacaaca gaaactccta ctttaatagg aggaggtgct 2460 2466
cacggccgcg teegataset tccagctgtc ccagggtggg 60
egg g ca g g c g atggegateg η ci π rx d r· a o a o ω ώ ώ 0 (+ rt Ο ο 0 120
cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180
ggtegggage gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240
cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300
eggtgaegte ateteggtga cctggcaaac caagtcgggc 360
gacattggcc gagggacccc eggeegaatt cccgctagta 420
tgtggggaat ccagctgaac caagtttatt aatcgatggc 480
aggagatcct tgcgatcctt gegetaettg gtgtgacgcc 540
etaeggagat tatgttttcg ategtgtatt aaaagttgat 600
catggctgca actcctacgc aggetatagg taacgcaagt 660
aaatggcaga ccgaacatcg ettaeggaag gcatatgcaa 720
tgcagccttc etageettaa acatttggga tcgcttcgac 780
atccaatgga tacttcaaag caagttcggc tgcattcaac 840
ttcagctgca agctcaatct ctaccgatct tccaatgcaa 900
ccaaggtgtt gtggaatttt atacagacac atcattttct 960
agctttatgg gaatgtggtt gtgcaacttt aggagetgag 1020
tcctaagatt gagatgetea acgtcacttc aagcccagca 1080
aagaggetat aaaggageta getegaattt tcctttacct 1140
agctacagac accaaatcag ctacaattaa ataccatgaa 1200
gtettacaga ttgaatatgc ttgttccata tattggcgta 1260
247
1320
1380
1440
1500
1560
1578 aactggtcaa gagcaacttt tgatgctgat actatccgca ttgctcaacc taaattaaaa tcggagattc ttaacattac tacatggaac ccaagcctta taggatcaac cactgctttg cccaataata gtggtaagga tgttctatct gatgtcttgc aaattgcttc gattcagatc aacaaaatga agtctagaaa agcttgtggt gtagctgttg gtgcaacgtt aatcgacgct gacaaatggt caatcactgg tgaagcacgc ttaatcaatg aaagagctgc tcacatgaat gcacaattcc gcttctaa <210> 189 <211> 866 < 212> PRT < 213> Chlamydia <220>
< 221> VARIANT < 222> 220, 242, 425, 448, 453, 455 < 2 2 3 >*
Xaa = jakákoliv aminokyselina < 400> 189
Met Ala Ser His His His His His His Leu Phe Gly Gin Asp Pro Leu 1 5 1015
Gly Glu Thr Ala Leu Leu Thr Lys Asn Pro Asn His Val Val Cys Thr 20 2530
Phe Phe Glu Asp Cys Thr Met Glu Ser Leu Phe Pro Ala Leu Cys Ala 35 4045
His Ala Ser Gin Asp Asp Pro Leu Tyr Val Leu Gly Asn Ser Tyr Cys 50 5560
Trp Phe Val Ser Lys Leu His lie Thr Asp Pro Lys Glu Ala LeuPhe
70 7580
Lys Glu Lys Gly Asp Leu Ser Ile Gin Asn Phe Arg Phe Leu SerPhe
9095
Thr Asp Cys Ser Ser Lys Glu Ser Ser Pro Ser Ile Ile His Gin Lys 100 105110
Asn Gly Gin Leu Ser Leu Arg Asn Asn Gly Ser Met Ser Phe Cys Arq 115 120125
Asn His Ala Glu Gly Ser Gly Gly Ala Ile Ser Ala Asp Ala Phe Ser 130 135140
Leu Gin His Asn Tyr Leu Phe Thr Ala Phe Glu Glu Asn Ser SerLys
145 150 155160
Gly Asn Gly Gly Ala Ile Gin Ala Gin Thr Phe Ser Leu Ser ArgAsn
165 170175
Val Ser Pro Ile Ser Phe Ala Arg Asn Arg Ala Asp Leu Asn Gly Gly inn Točη —X O
Ala Ile Cys Cys Ser Asn Leu Ile Cys Ser Gly Asn Val Asn Pro Leu 195 200205
Phe Phe Thr Gly Asn Ser Ala Thr Asn Gly Gly Xaa Ile Cys Cys Ile 210 215220
Ser Asp Leu Asn Thr Ser Glu Lys Gly Ser Leu Ser Leu Ala CysAsn
225 230 235240
Gin Xaa Thr Leu Phe Ala Ser Asn Šer Ala Lys Glu Lys Gly GlyAla
245 250255 lie Tyr Ala Lys His Met Val Leu Arg Tyr Asn Gly Pro Val Ser Phe 260 265270
Ile Asn Asn Ser Ala Lys Ile Gly Gly Ala Ile Ala Ile Gin Ser Gly 275 280285
Gly Ser Leu Ser Ile Leu Ala Gly Glu Gly Ser Val Leu Phe Gin Asn 290 295300
Asn Ser Gin Arg Thr Ser Asp Gin Gly Leu Val Arg Asn Ala IleTyr
305 310 315320
Leu Glu Lys Asp Ala Ile Leu Ser Ser Leu Glu Ala Arg Asn GlyAsp
325 330335 lie Leu Phe Phe Asp Pro Ile Val Gin Glu Ser · Ser Ser Lys Glu Ser
248
340345
Pro Leu Pro Ser Ser Leu Gin Ala Ser Val Thr Ser Pro 355 360365
Thr Ala Ser Pro Leu Val Ile Gin Thr Ser Ala Asn Arq 370 375380
Phe Ser Ser Glu Arg Leu Ser Glu Glu Glu Lys Thr Pro 385 390395
Thr Ser Gin Leu Gin Gin Pro Ile Glu Leu Lys Ser Gly 405410
Leu Lys Asp Arg Tkla Val Leu Ser Xaa Pro Ser Leu Ser 420425
Gin Ala Leu Leu lie Met Glu Ala Gly Thr Ser Leu Lys
435 440445
Asp Leu Lys Leu Xaa Thr Xaa Ser lie Pro Leu His Ser 450 455460
Glu Lys Ser Val Thr He His Ala Pro Asn Leu Ser Ile
65 470475
Phe Leu Ser Asn Ser Gly Asp Glu Asn Phe Tyr Glu Asn 485490
Leu Ser Lys Glu Gin Asn Asn lie Pro Leu Leu Thr Leu 500505
Gin Ser His Leu His Leu Pro Asp Gly Asn Leu Ser Ser 515 520525
Tyr Gin Gly Asp Trp Thr Phe Ser Trp Lys Asp Ser Asp 530 535540
Ser Leu Ile Ala Asn Trp Thr Pro Lys Asn Tyr Val Pro 545 550555
Arg Gin Ser Thr Leu Val Ala Asn Thr Leu Trp Asn Thr 565570
Met Gin Ala Val Gin Ser Met Ile Asn Thr Thr Ala His 580585
Tyr Leu Phe Gly Thr Trp Gly Ser Ala Val Ser Asn Leu
595 600605
His Asp Ser Ser Gly Lys Pro Ile Asp Asn Trp His His
610 615620
Gly Tyr Leu Phe Gly Ile Ser Thr His Ser Leu Asp Asp 625 630635
Cys Leu Ala Ala Gly Gin Leu Leu Gly Lys Ser Ser Asp 64'5650
Thr Ser Thr Glu Thr Thr Ser Tyr Ile Ala Thr Val Gin 660665
Ala Thr Ser Leu Met Lys Ile Ser Ala Gin Ala Cys T”r 675 680
Ile His Glu Leu Lys Thr Lys Tyr Arg Ser Phe Ser Lys 69° 695700
Gly Ser Trp His Ser Val Ala Val Ser Gly Glu Val Cys
705 710715
Pro Ile Val Ser Asn Gly Ser Gly Leu Phe Ser Ser Phe 725730
Ser Lys Leu Gin Gly Phe Ser Gly Thr Gin Asp Gly Phe 740745
Ser Gly Glu Ile Arg Ser Phe Ser Ala Ser Ser Phe Arg 755 760765
Leu Pro Ile Gly Ile Thr Phe Glu Lys Lys Ser Gin Lys 770 775780
Tyr Tyr Tyr Phe Leu Gly Ala Tyr Ile Gin Asp Leu Lys
785 790795
Glu Ser Gly Pro Val Val Leu Leu Lys Asn Ala Val Ser 805810
Pro Met Ala Asn Leu Asp Ser Arg Ala Tyr Met Phe Arq 820825
350
Thr Pro Ala
Ser Val Ile
Asp Asn Leu 400
Arg Leu Val 415
Gin Asp Pro 430
Thr Ser Xaa
Leu Asp Thr
Gin Lys Ile 480
Val Glu Leu 495
Pro Lys Glu 510
His Phe Gly
Glu Gly His
His Pro Glu
560
Tyr Ser Asp 575
Gly Gly Ala 590
Phe Tyr Val
Arg Ser Leu
His Ser Phe
640
Ser Phe Ile 655
Ala Gin Leu 670
Asn Glu Ser
Glu Gly Phe
Ala Ser Ile
720
Ser Ile Phe 735
Glu Glu Ser 750
Asn Ile Ser
Thr Arg Thr
Arg Asp Val 800
Trp Asp Ala 815
Leu Thr Asn 830
249
Gin Arg Ala Leu His Arg Leu Gin 840 Thr Leu Leu Asn Val 845 Ser Cys Val
835
Leu Arg 865 Arg 850 Phe Gly Gin Ser His Ser 855 Tyr Ser Leu Asp Leu 860 Gly Thr Thr Tyr
<210> 190 <211> 1006 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 190
Met Ala Ser Met Thr Gly 1 5
Val Pro His His His His 20
Gly Glu Thr Leu Thr Val 35
Ser Gly Thr Thr Val Phe 50
Asp Asn Ser lie Ala Ala 65 70
Gly Ser Phe Thr Val Leu 85
Ile Arg Thr Ser Thr Asn 100
Gly Leu Phe Thr Ile Glu 115
Asn Ser Leu Leu Ala Val 130
Gin Thr Pro Thr Thr Thr 145 150
Lys Thr Asp Leu Leu Leu 165
Asn Leu Val Ser Gly Asp 180
Val Gin Gly Ile Ser Lys 195
Ala Asp Gly Gly Ala Cys 210
A«n Cln ala Prn TIΩ 11= 225 230
Gly Gly Ile Ala Ala Val 245
Thr Ser Thr Glu Asp Pro 260
Glu Phe Asp Gly Asn Val 275
Gly Asn Val Ala Phe Leu 290
Val Ala Ser Pro Val Tyr 305 310
Ala Ser Asn Thr Ser Asn 325
Lys Asn Gly Ala Gin Ala 340
Asp Gly Glu Gly Val Val 355
Gly Gly Ala Ile Tyr Ala 370
Gly Gin Gin Met Gly Arg Asp Ser Ser Leu 1015
His His Met He Pro Gin Gly Ile Tyr Asp 2530
Ser Phe Pro Tyr Thr Val He Gly Asp Pro 4045
Ser Ala Gly Glu Leu Thr Leu Lys Asn Leu 5560
Leu Pro Leu Ser Cys Phe Gly Asn Leu Leu 7580
Gly Arg Gly His Ser Leu Thr Phe Glu Asn 9095
Gly Ala Ala Leu Ser Asn Ser Ala Ala Asp 105HO
Gly Phe Lys Glu Leu Ser Phe Ser Asn Cys 120125
Leu Pro Ala Ala Thr Thr Asn Lys Gly Ser 135140
Ser Thr Pro Ser Asn Gly Thr Ile Tyr Ser 155160
Leu Asn Asn Glu Lys Phe Ser Phe Tyr Ser 170175
Gly Gly Ala Ile Asp Ala Lys Ser Leu Thr 185190
Leu Cys Val Phe Gin Glu Asn Thr Ala Gin 200205
Gin Val Val Thr Ser Phe Ser Ala Met Ala 215220
DL· λ Ί — 7\ tt- 1 z-»*i ... tt_ » -λ kuc ναχ nxa non v αχ ηχα Vcix Hig ijxy
235240
Gin Asp Gly Gin Gin Gly Val Ser Ser Ser 250255
Val Val Ser Phe Ser Arg Asn Thr Ala Val 265270
Ala Arg Val Gly Gly Gly Ile Tyr Ser Tyr 280285
Asn Asn Gly Lys Thr Leu Phe Leu Asn Asn 295300
He Ala Ala Lys Gin Pro Thr Ser Gly Gin 315320
Asn Tyr Gly Asp Gly Gly Ala Ile Phe Cys 330335
Gly Ser Asn Asn Ser Gly Ser Val Ser Phe 345350
Phe Phe Ser Ser Asn Val Ala Ala Gly Lys 360365
Lys Lys Leu Ser Val Ala Asn Cys Gly Pro 375380
250
Val Gin Phe Leu Arg Asn Ile Ala Asn Asp Gly Gly Ala Ile Tyr Leu
585 Gly Glu Ser Gly Glu 390 Leu Ser Leu Ser Ala 395 Asp Tyr Gly Asp Ile 400 Ile
Phe Asp Gly Asn 405 Leu Lys Arg Thr Ala 410 Lys Glu Asn Ala Ala 415 Asp Val
Asn Gly Val 420 Thr Val Ser Ser Gin 425 Ala Ile Ser Met Gly 430 Ser Gly Gly
Lys Ile 435 Thr Thr Leu Arg Ala 440 Lys Ala Gly His Gin 445 Ile Leu Phe Asn
Asp 450 Pro Ile Glu Met Ala 455 Asn Gly Asn Asn Gin 460 Pro Ala Gin Ser Ser
465 Lys Leu Leu Lys Ile 470 Asn Asp Gly Glu Gly 475 Tyr Thr Gly Asp Ile 480 Val
Phe Ala Asn Gly 485 Ser Ser Thr Leu Tyr 4 90 Gin Asn Val Thr Ile 495 Glu Gin
Gly Arg Ile 500 Val Leu Arg Glu Lys 505 Ala Lys Leu Ser Val 510 Asn Ser Leu
Ser Gin 515 Thr Gly Gly Ser Leu 520 Tyr Met Glu Ala Gly 525 Ser Thr Leu Asp
Phe 530 Val Thr Pro Gin Pro 535 Pro Gin Gin Pro Pro 540 Ala Ala Asn Gin Leu
545 Ile Thr Leu Ser Asn 550 Leu His Leu Ser Leu 555 Ser Ser Leu Leu Ala 560 Asn
Asn Ala Val Thr 565 Asn Pro Pro Thr Asn 570 Pro Pro Ala Gin Asp 575 Ser His
Pro Ala Val 580 Ile Gly Ser Thr Thr 585 Ala Gly Ser Val Thr 590 Ile Ser Gly
Pro Ile 595 Phe -Phe Glu Asp Leu 600 Asp Asp Thr Ala Tyr 605 Asp Arg Tyr Asp
Trp 610 Leu Gly Ser Asn Gin 615 Lys Ile Asn Val Leu 620 Lys Leu Gin Leu Gly
625 Thr Lys Pro Pro Ala 630 Asn Ala Pro Ser Asp 635 Leu Thr Leu Gly Asn 640 Glu
Met Pro Lys Tyr 645 Gly Tyr Gin Gly Ser 650 Trp Lys Leu Ala Trp 655 Asp Pro
Asn Thr Ala 660 Asn Asn Gly Pro Tyr 665 Thr Leu Lys Ala Thr 67 0 Trp Thr Lys
Thr Gly 675 Tyr Asn Pro Gly Pro 680 Glu Arg Val Ala Ser 685 Leu Val Pro Asn
Ser 690 Leu Trp Gly Ser Ile 695 Leu Asp Ile Arg Ser 700 Ala His Ser Ala ile
7Ó5 Gin Ala Ser Val Asp 710 Gly Arg Ser Tyr Cys 715 Arg Gly Leu Trp Val 720 Ser
Gly Val Ser Asn 725 Phe Phe Tyr His Asp 730 Arg Asp Ala Leu Gly 735 Gin Gly
Tyr Arg Tyr 740 Ile Ser Gly Gly Tyr 745 Ser Leu Gly Ala Asn 750 Ser Tyr Phe
Gly Ser 755 Ser Met Phe Gly Leu 760 Ala Phe Thr Glu Val 765 Phe Gly Arg Ser
Lys 770 Asp Tyr Val Val Cys 775 Arg Ser Asn His His 780 Tkla Cys Ile Gly Ser
785 Val Tyr Leu Ser Thr 790 Gin Gin Ala Leu Cys 795 Gly Ser Tyr Leu Phe 800 Gly
Asp Ala Phe Ile 805 Arg Ala Ser Tyr Gly 810 Phe Gly Asn Gin His 815 Met Lys
Thr Ser Tyr 820 Thr Phe Ala Glu Glu 825 Ser Asp Val Arg .Trp 830 Asp Asn Asn
Cys Leu 835 Ala Gly Glu Ile Gly 840 Ala Gly Leu Pro Ile 845 Val Ile Thr Pro
Ser 850 Lys Leu Tyr Leu Asn 855 Glu Leu Arg Pro Phe. 860 Val Gin Ala Glu Phe
251
865 870
Ser Tyr Ala Asp His Glu 885
Ala Phe Lys Ser Gly His 900
Lys Phe Asp Arg Cys Ser 915
Ala Ala Tyr Ile Cys Asp 930
Thr Leu Leu Ser His Gin
945 950
Ala Arg His Gly Val Val 965
Ser Asn Ile Glu Val Tyr 980
Ser Arg Gly Tyr Gly Leu 995 <210> 191 <211> 977 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 191
Met Ala Ser Met Thr Gly 1 5
Val Pro Ser Ser Asp Pro 20
Glu Val Pro Ser Arg Ile 35
Thr Lys Glu Ser Leu Ser 50
Asn Leu Thr Asn Cys Tyr 65 70
Leu Gin Lys Thr Pro Asn 85
Leu Ser Phe Phe Asp Thr 100
Leu Thr Pro Glu Ser Gly 115
Pro Thr Val Glu Ile Arg 130
Asn Thr Cys Cys Arg Leu
145 150
Lys Ile Arg Glu Gly Gly 165
His Asn His Asp Val Val 180
Gly Gly Ala Ile Ser Thr 195
Ser Cys Phe Leu Phe Met 210
Gly Lys Gly Gly Ala Ile 225 230
Asn Asn Cys Asp Leu Phe 245
Ala lie Phe Ser Pro Ile 260
Val Phe Tyr Asn Asn Arg 275
Glu Ala Ser Asp Gly Gly
875
Ser Phe Thr Glu Glu 890
Leu Leu Asn Leu Ser 905
Ser Thr His Pro Asn 920
Ala Tyr Arg Thr Ile 935
Glu Thr Trp Thr Thr 955
Val Arg Gly Ser Met 970
Gly His Gly Arg Tyr 985
Ser Ala Gly Ser Lys 1000
Gly Gin Gin Met Gly 10
His His His His His
Phe Leu Met Pro Asn 40
Asn Lys Ile Ser Leu 55
Leu Asp Asn Leu Arg 75
Glu Gly Ala Ala Val 90
Gin Lys Glu Gly Ile 105
Gly Ala Ile Gly Tyr 120
Asp Thr lie Gly Pro 135
Phe Thr Trp Arg Asn 155
Ala Ile His Ala Gin 170
Gly Phe Met Lys Asn 185
Ala Asn Thr Phe Val
200
Asp Asn Tle Cys Ile 215
Tyr Ala Gly Thr Ser 235
Phe Ile Asn Asn Ala 250
Cys Ser Leu Thr Gly 265
Cys Phe Lys Asn Val
280
Ala Ile Lys Val Thr880
Gly Asp Gin Ala Arg 895
Val Pro Val Gly Val 910
Lys Tyr Ser Phe Met 925
Ser Gly Thr Glu Thr 940
Asp Ala Phe His Leu 960
Tyr Ala Ser Leu Thr 975
Glu Tyr Arg Asp Ala 990
Val Arg Phe
1005
Arg Asp Ser Ser Leu 15
His Gly Leu Ala Arg 30
Ser Val Pro Asp Pro 45
Thr Gly Asp Thr His 60
Tyr Ile Leu Ala Ile 80
Thr Ile Thr Asp Tyr 95
Tyr Phe Ala Lys Asn 110
Ala Ser Pro Asn Ser
125
Val Ile Phe Glu Asn 140
Pro Tyr Ala Ala Asp 160
Asn Leu Tyr Ile Asn 175
Phe Ser Tyr Val Gin 190
Val Ser Glu Asn Gin
205
Gin Thr Asn Thr Ala 220
Asn Ser Phe Glu Ser
240
Cys Cys Ala Gly Gly 255
Asn Arg Gly Asn Ilé 270
Glu Thr Ala Ser Ser
285
Thr Arg Leu Asp Val
252
290 295300
Thr Gly Asn Arg Gly Arg He Phe Phe Ser Asp Asn He Thr LysAsn 305 310 315320
Tyr Gly Gly Ala lie Tyr Ala Pro Val Vai Thr Leu Vai Asp AsnGly
325 330335
Pro Thr Tyr Phe lie Asn Asn lie Ala Asn Asn Lys Gly Gly Ala He 340 345350
Tyr lie Asp Gly Thr Ser Asn Ser Lys lie Ser Ala Asp Arg His Ala 355 360365
He He Phe Asn Glu Asn He Val Thr Asn Vai Thr Asn Ala Asn Gly 370 375380
Thr Ser Thr Ser Ala Asn Pro Pro Arg Arg Asn Ala lie Thr VaiAla 385 390 395400
Ser Ser Ser Gly Glu lie Leu Leu Gly Ala Gly Ser Ser Gin AsnLeu
405 410415
He Phe Tyr Asp Pro He Glu Val Ser Asn Ala Gly Val Ser Vai Ser 420 425430
Phe Asn Lys Glu Ala Asp Gin Thr Gly Ser Val Vai Phe Ser Gly Ala 435 440445
Thr Vai Asn Ser Ala Asp Phe His Gin Arg Asn Leu Gin Thr Lys Thr 450 455460
Pro Ala Pro Leu Thr Leu Ser Asn Gly Phe Leu Cys lie Glu AspHis
465 470 475480
Ala Gin Leu Thr Val Asn Arg Phe Thr Gin Thr Gly Gly Val VaiSer
485 490495
Leu Gly Asn Gly Ala Vai Leu Ser Cys Tyr Lys Asn Gly Thr Gly Asp 500 505510
Ser Ala Ser Asn Ala Ser He Thr Leu Lys His He Gly Leu Asn Leu 515 520525
Ser Ser lie Leu Lys Ser Gly Ala Glu lie Pro Leu Leu Trp Vai Glu 530 535540
Pro Thr Asn Asn Ser Asn Asn Tyr Thr Ala Asp Thr Ala Ala ThrPhe
545 . 550 555560
Ser Leu Ser Asp Vai Lys Leu Ser Leu He Asp Asp Tyr Gly AsnSer
565 570575
Pro Tyr Glu Ser Thr Asp Leu Thr His Ala Leu Ser Ser Gin Pro Met 580 585590
Leu Ser He Ser Glu Ala Ser Asp Asn Gin Leu Gin Ser Glu Asn He 595 600605
Asp Phe Ser Gly Leu Asn Vai Pro His Tyr Gly Trp Gin Gly Leu Trp 610 615620
Thr Tm GT v Tm si^ T.ve ts»- Λο-, ci», p— <-> r, »
--X- u c-----—J.„ Ό4.Ι, MOy Oj-u ΓΧυ ΛΧ d OKI PCX Hid
525 630 635640
Thr He Thr Asp Pro Gin Lys Ala Asn Arg Phe His Arg Thr Leu Leu 645 : 650655
Leu Thr Trp Leu Pro Ala Gly Tyr Vai Pro Ser Pro Lys His Arg Ser 660 665670
Pro Leu lie Ala Asn Thr Leu Trp Gly Asn Met Leu Leu Ala Thr Glu 675 680685
Sér Leu Lys Asn Ser Ala Glu Leu Thr Pro Ser Gly His Pro Phe Trp 690 695700
Gly He Thr Gly Gly Gly Leu Gly Met Met Vai Tyr Gin Asp ProArg
705 710 715720
Glu Asn His Pro Gly Phe His Met Arg Ser Ser Gly Tyr Ser AlaGly
725 730735
Met He Ala Gly Gin Thr His Thr Phe Ser Leu Lys Phe Ser Gin Thr 740 . 745750
Tyr Thr Lys Leu Asn Glu Arg Tyr Ala Lys Asn Asn Vai Ser Ser Lys 755 760765
Asn Tyr Ser Cys Gin Gly Glu. Met Leu Phe Ser Leu Gin Glu Gly Phe 770 775780
253
Leu Leu Thr Lys Leu Val Gly Leu 785 790
His His Phe Tyr Thr Gin Gly Glu 805
Arg Ser Gin Thr Met Gly Gly Ala 820
Pro Phe Gly Ser Thr His Ile Leu
835840
Gly Ile Tyr Ser Ser Leu Ser His 850855
Arg Ser Phe Ser Thr Lys Thr Pro 865870
Gly Val Lys Gly Ser Phe Met Asn 885
Thr Val Glu Leu Ala Tyr Gin Pro 900
Ile Ala Thr Gin Leu Leu Ala Ser
915920
Ser Pro Ser Ser Arg His Ala Met 930935
Gin Pro Leu Ser Trp Leu Thr Leu 94 5950
Ser Ser Ser Thr Phe Cys Asn Tyr 965
Phe
Tyr Ser Tyr Gly Asp His Asn Cys 795800
Asn Leu Thr Ser Gin Gly Thr Phe 810815
Val Phe Phe Asp Leu Pro Met Lys 825830
Thr Ala Pro Phe Leu Gly Ala Leu 845
Phe Thr Glu Val Gly Ala Tyr Pro 8 60
Leu Ile Asn Val Leu Val Pro Ile 875880
Ala Thr His Arg Pro Gin Ala Trp 890895
Val Leu Tyr Arg Gin Glu Pro Gly 905910
Lys Gly Ile Trp Phe Gly Ser Gly 925
Ser Tyr Lys Ile Ser Gin Gin Thr 940
His Phe Gin Tyr His Gly Phe Tyr . 955 960
Leu Asn Gly Glu Ile Ala Leu Arg 970 975 <210> 192 <211> 848 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 192
Met Ala Ser
Gly Asp Val
Asn Ile Ala 35
Glu Val Glu 50
Leu Glv Ser 65
Phe Ala Ser
Glu Glu Leu
Lys Arg Val
115
Asn Phe Ser 130
Glu Glu Asp 145
Asn Ala Gly
His Leu Pro
Ile Ser Gin
195
Ser Gly Gly 210
His His His His His His Gly Ala Ile Ser Cys Leu Ara 5 1015
Val Ile Ser Gly Asn Lys Gly Arg Val Glu Phe Lys Asp 20 2530
Thr Arg Leu Tyr Val Glu Glu Thr Val Glu Lys Val Glu 4045
Pro Ala Pro Glu Gin Lys Asp Asn Asn Glu Leu Ser Phe 5560
Val Clu ÍZlrk Qor DHo TlQ Tk>- m _ ά Ί«
---—/-XJ.Q Λχα Λώΐΐ όΙΠ HJ_a
7580
Glu Asp Gly Asp Leu Ser Pro Glu Ser Ser Ile Ser Ser 85 9095
Ala Lys Arg Arg Glu Cys Ala Gly Gly Ala Ile Phe Ala 100 105no
Arg Ile Val Asp Asn Gin Glu Ala Val Val Phe Ser Asn 120125
Asp Ile Tyr Gly Gly Ala Ile Phe Thr Gly Ser Leu Arg 135140
Lys Leu Asp Gly Gin lie Pro Glu Val Leu Ile Ser Gly 150 155160
Asp Val Val Phe Ser Gly Asn Ser Ser Lys Arq Asp Glu 165 170175
His Thr Gly Gly Gly Ala Ile Cys Thr Gin Asn Leu Thr 180 185190
Asn Thr Gly Asn Val Leu Phe Tyr Asn Asn Val Ala Cys 200205
Ala Val Arg.Ile Glu Asp His Gly Asn Val Leu Leu Glu 215220
254
Ala Phe Gly Gly Asp lie Vai Phe Lys Gly Asn Ser Ser Phe 225 230235
Gin Gly Ser Asp Ala lie Tyr Phe Ala Gly Lys Glu Ser His 245250
Ala Leu Asn Ala Thr Glu Gly His Ala lie Vai Phe His Asp 260 265270
Val Phe Glu Asn Leu Lys Glu Arg Lys Ser Ala Glu Vai Leu 275 280285
Asn Ser Arg Glu Asn Pro Gly Tyr Thr Gly Ser lie Arg Phe 290 295300
Ala Glu Ser Lys Vai Pro Gin Cys Ile His Vai Gin Gin Gly 305 310315
Glu Leu Leu Asn Gly Ala Thr Leu Cys Ser Tyr’ Gly Phe Lys 325330
Ala Gly Ala Lys Leu Vai Leu Ala Ala Gly Ser Lys Leu Lys 340 345350
Asp Ser Gly Thr Pro Vai Gin Gly His Ala Ile Ser Lys Pro 355 360365
Glu lie Glu Ser Ser Ser Glu Pro Glu Gly Ala His Ser Leu 330 375380
Ala Lys Asn Ala Gin Thr Thr Vai Pro Met Vai Asp lie His
385 390395
Ser Vai Asp Leu Ala Ser Phe Ser Ser Ser Gin Gin Glu Gly 405410
Glu Ala Pro Gin Val lie Vai Pro Gly Gly Ser Tyr Vai Arg 420 425430
Glu Leu Asn Leu Glu Leu Vai Asn Thr Thr Gly Thr Gly Tyr 435 440445
His Ala Leu Leu Lys Asn Glu Ala Lys Vai Pro Leu Met Ser 430 455460
Ala Ser Ser Asp Glu Ala Ser Ala Glu lie Ser Asn Leu Ser 465 470475
Asp Leu Gin lie His Vai Ala Thr Pro Glu lie Glu Glu Asp 485490
Gly His Met Gly Asp Trp Ser Glu Ala Lys lie Gin Asp Gly 500 505510
Vai lie Asn Trp Asn Pro Thr Gly Tyr Arg Leu Asp Pro Gin 515 520525
Gly Ala Leu Val Phe Asn Ala Leu Trp Glu Glu Gly Ala Vai 530 535540
Ala Leu Lys Asn Ala Arg Phe Ala His Asn Leu Thr Ala Gin
545 550555
Glu Phe Asp Tyr Ser Thr Asn Vai Trp Gly Phe Ala Phe Gly 565570
Arg Thr Leu Ser Ala Glu Asn Leu Vai Ala lie Asp Gly Tyr 580 585590
Ala Tyr Gly Gly Ala Ser Ala Gly Vai Asp lie Gin Leu Met 595 600605
Phe Val Leu Gly Vai Ser Gly Ala Ala Phe Leu Gly Lys Met 610 615620
Gin Lys Phe Asp Ala Glu Val Ser Arg Lys Gly Val Vai Gly 625 630635
Tyr Thr Gly Phe Leu Ala Gly Ser Trp Phe Phe Lys Gly Gin 645650
Leu Gly Glu Thr Gin Asn Asp Met Lys Thr Arg Tyr Gly Vai 660 665670
Glu Ser Ser Ala Ser Trp Thr Ser Arg Gly Vai Leu Ala Asp 675 680685
Vai Glu Tyr Arg Ser Leu Vai Gly Pro Vai Arg Pro Thr Phe 690 695700
Leu His Phe Asn Pro Tyr Val Glu Vai Ser Tyr.Ala Ser Met
Arg Ala
240 lie Thr 255 Ala Leu
Leu lie
Leu Glu
Ser Leu 320
Gin Asp 335 lie Leu
Glu Ala
Trp lie
Thr lie 400
Thr Vai 415
Ser Gly
Glu Asn
Phe Vai
Vai Ser 480
Thr Tyr 4 95 Thr Leu
Lys Ala
Leu Ser
Arg Met
560 Gly Phe 575 Lys Gly
Glu Asp
Asp Ser
Ser Vai
640 Tyr Ser 655 Leu Gly
Ala Leu
Tyr Ala
Lys Phe
255
705 710
Pro Gly Phe Thr Glu Gin Gly Arg Glu 725
Ser Leu Thr Asn 740 lie Thr lie Pro Leu 745
Phe lie Lys Gly 755 Gin Phe Ser Glu Vai 760
Ala Trp Glu Ala 770 Tyr Arg Lys Vai Glu 775
Glu Ala Gly Phe 785 Asp Trp Glu Gly Ala 790
Glu Leu Arg Vai Ala Leu Glu Asn Asn 805
Ser Thr Vai Leu 820 Gly Leu Thr Ala Phe 825
Asp Ser Lys Leu 8-35 Gly Tyr Glu Ala Asn 840
715 720
Ala Arg Ser Phe Glu Asp Ala 730 735
Gly Met Lys Phe Glu Leu Ala 750
Asn Ser Leu Gly lie Ser Tyr 765
Gly Gly Ala Vai Gin Leu Leu 780
Pro Met Asp Leu Pro Arg Gin 795 800
Thr Glu Trp Ser Ser Tyr Phe 810 815
Cys Gly Gly Phe Thr Ser Thr 830
Thr Gly Leu Arg Leu lie Phe 845 <210> 193 <211> 778 <212> PRT <213> Chlamydia <4 00> 193
Met His His His His His His Gly 15
Ala Gly Gly Gin Ser Vai Asn Glu 20
Vai Leu Leu Leu Asp Gin lie Arg 3540
Ser Gin Ala Glu Gly Gin Tyr Arg 5055
Phe Gin Glu Lys Asp Ala Asp Thr 6570
Thr Leu Phe Ser Vai Thr Asn Pro 85
Gin Asp Gin Vai Ser Ser Gin Gly 100
Ash Leu Asp Ser Pro Arg Asp Gly 115120
Vai Gly Asp Ser Ser Lys Ala Gly 130135
Ser Leu Ser Gly Ala Ala Leu Tyr 145150
Lys lie Lys Gly Gly Leu Glu Phe 165
Gly Gly Ala Cys Ala Ala Gin Ser • 180
Leu Gin Vai Lys His Cys Thr Thr 195200
Ala Asn Asp His Leu Gly Phe Gly 210215
Ser Leu Ser Gly Glu Lys Ser Leu
225230
Vai Ala Asn Cys Asp Gly Ala lie 245
Phe Ala Asn Gly Gly Ala lie Ala 260
Ala Asn Asp Lys Lys Thr Ser Phe
275280
Gly Ala lie Ala Ala Ser Ser Asp
Leu Ala Ser Cys Vai Asp Leu His 1015
Leu Val Tyr Vai Gly Pro Gin Ala 2530
Asp Leu Phe Vai Gly Ser Lys Asp 45
Leu lie Vai Gly Asp Pro Ser Ser 60
Leu Pro Gly Lys Vai Glu Gin Ser 7580
Val Val Phe Gin Gly Vai Asp Gin 9095
Leu lie Cys Ser Phe Thr Ser Ser
105110
Glu Ser Phe Leu Gly Ile Ala Phe 125 lie Thr Leu Thr Asp Vai Lys Ala 140
Ser Thr Glu Asp Leu lie Phe Glu 155160
Ala Ser Cys Ser Ser Leu Glu Gin 170175 lie Leu Ile His Asp Cys Gin Gly
185190
Ala Vai Asn Ala Glu Gly Ser Ser 205
Gly Gly Ala Phe Phe Vai Thr Gly 220
Tyr Met Pro Ala Gly Asp Met Vai 235240
Ser Phe Glu Gly Asn Ser Ala Asn 250255
Ala Ser Gly Lys Val Leu Phe Vai
265270 lie Glu Asn Arg /Ila Leu Ser Gly 285
Ile Ala Phe Gin Asn Cys Ala Glu
256
290 295 300
Leu 305 Val Phe Lys Gly Asn Cys Ala Ile Gly Thr 310 315 Glu Asp Lys Gly Ser 320
Leu Gly Gly Gly Ala Ile Ser Ser Leu Gly Thr 325 330 Val Leu Leu Gin Gly 335
Asn His Gly Ile Thr Cys Asp Lys Asn Glu Ser 340 345 Ala Ser’Gin Gly Gly 350
Ala Ile Phe Gly Lys Asn Cys Gin Ile Ser Asp 355 360 Asn Glu Gly Pro Val 365
Val Phe 370. Arg Asp Ser Thr Ala Cys Leu Gly Gly 375 Gly Ala Ile Ala Ala 380
Gin 385 Glu Ile Val Ser Ile Gin Asn Asn Gin Ala 390 395 Gly Ile Ser Phe Glu 400
Gly Gly Lys Ala Ser Phe Gly Gly Gly Ile Ala 405 410 Cys Gly Ser Phe Ser 415
Ser Ala Gly Gly Ala Ser Val Leu Gly Thr Tle 420 425 Asp Ile Ser Lys Asn 430
Leu Gly Ala Ile Ser Phe Ser Arg Thr Leu Cys 435 440 Thr Thr Ser Asp Leu 445
Gly Gin 450 Met Glu Tyr Gin Gly Gly Gly Ala Leu 455 Phe Gly Glu Asn Ile 4 60
Ser 465 Leu Ser Glu Asn Ala Gly Val Leu Thr Phe 470 475 Lys Asp Asn Ile Val 480
Lys Thr Phe Ala Ser Asn Gly Lys Ile Leu Gly 485 490 Gly Gly Ala Ile Leu 4 95
Ala Thr Gly Lys Val Glu Ile Thr Asn Asn Ser 500 505 Gly Gly Ile Ser Phe 510
Thr Gly Asn Ala Arg Ala Pro Gin Ala Leu Pro 515 520 Thr Gin Glu Glu Phe 525
Pro Leu 530 Phe Ser Lys Lys Glu Gly Arg Pro Leu 535 Ser Ser Gly Tyr Ser 540
Gly 545 Gly Gly Ala Ile Leu Gly Arg Glu Val Ala 550 555 Ile Leu His Asn Ala 560
Ala Val Val Phe Glu Gin Asn Arg Leu Gin Cys 565 570 Ser Glu Glu Glu Ala 575
Thr Leu Leu Gly Cys Cys Gly Gly Gly Ala Val 580 585 His Gly Met Asp Ser 590
Thr Ser Ile Val Gly Asn Ser Ser Val Arg Phe 595 600 Gly Asn Asn Tyr Ala 605
Met Gly 610 Gin Gly Val Ser Gly Gly Ala Leu Leu 615 Ser Lys Thr Val Gin 620
Leu 625 Ala Gly Asn Gly Ser Val Asp Phe Ser Arg 630 635 Asn Ile Ala Ser Leu 640
Gly Gly Gly Ala Leu Gin Ala Ser Glu Gly Asn 645 650 Cys Glu Leu Val Asp 655
Asn Gly Tyr Val Leu Phe Arg Asp Asn Arg Gly 660 665 Arg Val Tyr Gly Gly 670
Ala Ile Ser Cys Leu Arg Gly Asp Val Val Ile 675 680 Ser Gly Asn Lys Gly 685
Arg Val 690 Glu Phe Lys Asp Asn Ile Ala Thr Arg 695 Leu Tyr Val Glu Glu 700
Thr 705 Val Glu Lys Val Glu Glu Val Glu Pro Ala 710 715 Pro Glu Gin Lys Asp 720
Asn Asn Glu Leu Ser Phe Leu Gly Ser Val Glu 725 730 Gin Ser Phe Ile Thr 735
Ala Ala Asn Gin Ala Leu Phe Ala Ser Glu Asp 740 745 Gly Asp Leu Ser Pro 750
Glu Gly Ser Gly 770 Ser Ile Ser Ser Glu Glu Leu Ala Lys 755 760 Ala Asp Ser Ser Arg Ser Gly Cys 775 Arg Arg Glu Cys Ala 765
<210> 194 <211> 948 <212> PRT <213> Chlamydia <400>
194
Met Ala Ser Met His His His His His His Val Lys Ile Glu Asn Phe
1 5 10 15
Ser Gly Gin Gly 20 Ile Phe Ser Gly Asn 25 Lys Ala Ile Asp Asn 30 Thr Thr
Glu Gly Ser 35 Ser Ser Lys Ser Asn 40 Val Leu Gly Gly Ala 4'5 Val Tyr Ala
Lys Thr 50 Leu Phe Asn Leu Asp 55 Ser Gly Ser Ser Arg 60 Arg Thr Val Thr
Phe 65 Ser Gly Asn Thr Val 70 Ser Ser Gin Ser Thr 75 Thr Gly Gin Val Ala 80
Gly Gly Ala Ile Tyr 85 Ser Pro Thr Val Thr Ile 90 Ala Thr Pro Val 95 Val
Phe Ser Lys Asn 100 Ser Ala Thr Asn Asn 105 Ala Asn Asn Ala Thr 110 Asp Thr
Gin Arg Lys 115 Asp Thr Phe Gly Gly 120 Ala Ile Gly Ala Thr 125 Ser Ala Val
Ser Leu 130 Ser Gly Gly Ala His 135 Phe Leu Glu Asn Val 140 Ala Asp Leu Gly
Ser 14 5 Ala Ile Gly Leu Val 150 Pro Asp Thr Gin Asn 155 Thr Glu Thr Val Lys 160
Leu Glu Ser Gly Ser 165 Tyr Tyr Phe Glu Lys Asn 170 Lys Ala Leu Lys 175 Arg
Ala Thr Ile Tyr 180 Ala Pro Val Val Ser 185 Ile Lys Ala Tyr Thr 190 Ala Thr
Phe Asn Gin 195 Asn Arg Ser Leu Glu 200 Glu Gly Ser Ala Ile 205 Tyr Phe Thr
Lys Glu 210 Ala Ser Ile Glu Ser 215 Leu Gly Ser Val Leu 220 Phe Thr Gly Asn
Leu 225 Val Thr Pro Thr Leu 230 Ser Thr Thr Thr Glu 235 Gly Thr Pro Ala Thr 240
Thr Ser Gly Asp Val 24 5 Thr Lys Tyr Gly Ala Ala 250 Ile Phe Gly Gin 255 Ile
Ala Ser Ser Asn 260 Gly Ser Gin Thr Asp 265 Asn Leu Pro Leu Lys 270 Leu Ile
Ala Ser Gly 275 Gly Asn Ile Cys Phe 280 Arg Asn Asn Glu Tvr 285 Arg Pro Thr
Ser Ser 290 Asp Thr Gly Thr Ser 295 Thr Phe Cys Ser Ile 300 Ala Gly Asp Val
Lys, 305 Leu Thr Met Gin Ala 310 Ala Lys Gly Lys Thr 315 Ile Ser Phe Phe Asp 320
Ala Ile Arg Thr Ser 325 Thr Lys Lys Thr Gly Thr 330 Gin Ala Thr Ala 335 Tyr
Asp Thr Leu Asp 340 Ile Asn Lys Ser Glu 345 Asp Ser Glu Thr Val 350 Asn Ser
Ala Phe Thr 355 Gly Thr Ile Leu Phe 360 Ser Ser Glu Leu His 365 Glu Asn Lys
Ser Tyr 370 Ile Pro Gin Asn Val 375 Val Leu His Ser Gly 380 Ser Leu Val Leu
Lys 385 Pro Asn Thr Glu Leu 390 His Val Ile Ser Phe 395 Glu Gin Lys Glu Gly 400
Ser Ser Leu Val Met 405 Thr Pro Gly Ser Val Leu 410 Ser Asn Gin Thr 415 Val
Ala Asp Gly Ala 420 Leu Val Ile Asn Asn 425 Met Thr Ile Asp Leu 430 Ser Ser
9 9 ·99
258
Val Glu Lys Asn 435 Gly Ile Ala Glu 440 Gly Asn Ile Phe Thr Pro 445 Pro Glu
Leu Arg 450 Ile Ile Asp Thr Thr 4 55 Thr Ser Gly Ser Gly 460 Gly Thr Pro Ser
Thr 465 Asp Ser Glu Ser Asn 470 Gin Asn Ser Asp Asp 475 Thr Lys Glu Gin Asn 480
Asn Asn Asp Ala Ser 485 Asn Gin Gly Glu Ser 490 Ala Asn Gly Ser Ser 495 Ser
Pro Ala Val Ala 500 Ala Ala His Thr Ser 505 Arg Thr Arg Asn Phe 510 Ala Ala
Ala Ala Thr 515 Ala Thr Pro Thr Thr 520 Thr Pro Thr Ala Thr 525 Thr Thr Thr
Ser Asn 530 Gin Val Ile Leu Gly 535 Gly Glu Ile Lys Leu 540 Ile Asp Pro Asn
Gly 545 Thr Phe Phe Gin Asn 550 Pro Ala Leu Arg Sér 555 Asp Gin Gin Ile Ser 560
Leu Leu Val Leu Pro 565 Thr Asp Ser Ser Lys 570 Met Gin Tkla Gin Lys 575 Ile
Val Leu Thr Gly 580 Asp Ile Ala Pro Gin 585 Lys Gly Tyr Thr Gly 590 Thr Leu
Thr Leu Asp 595 Pro Asp Gin Leu Gin 600 Asn Gly Thr Ile Ser 605 Ala Leu Trp
Lys Phe 610 Asp Ser Tyr Arg Gin 615 Trp Ala Tyr Val Pro 620 Arg Asp Asn His
Phe 625 Tyr Ala Asn Ser Ile 630 Leu Gly Ser Gin Met 635 Ser Met Val Thr Val 640
L_ys Gin Gly Leu Leu 645 Asn Asp Lys Met Asn 650 Leu Ala Arg Phe Asp 655 Glu
Val Ser Tyr Asn 660 Asn Leu Trp Ile Ser 665 Gly Leu Gly Thr Met 670 Leu Ser
Gin Val Gly 675 Thr Pro Thr Ser Glu 680 Glu Phe Thr Tyr Tyr 685 Ser Arg Gly
Ala Ser 690 Val Ala Leu Asp Ala 695 Lys Pro Ala His Asp 700 Val Ile Val Gly
Ala 705 Ala Phe Ser Lys Met 710 Ile Gly Lys Thr Lys 715 Ser Leu Lys Arg Glu 720
Asn Asn Tyr Thr His 725 Lys Gly Ser Glu Tyr 730 Ser Tyr Gin Ala Ser 735 Val
Tyr Gly Gly Lys 740 Pro Phe His Phe Val 745 Ile Asn Lys Lys Thr 750 Glu Lys
Ser Leu Pro 755 Leu Leu Leu Gin Gly 7 60 Val Ile Ser Tyr Gly 765 Tyr Ile Lys
His Asp 770 Thr Val Thr His Tyr 775 Pro Thr Ile Arg Glu 780 Arg Asn Gin Gly
Glu 785 Trp Glu Asp Leu Gly 790 Trp Leu Thr Ala Leu 795 Arg Val Ser Ser Val 800
Leu Arg Thr Pro Ala 805 Gin Gly Asp Thr Lys 810 Arg Ile Thr Val Tyr 815 Gly
Glu Leu Glu Tyr 820 Ser Ser Ile Arg Gin 825 Lys Gin Phe Thr Glu 830 Thr Glu
Tyr Asp Pro 835 Arg Tyr Phe Asp Asn 840 Cys Thr Tyr Arg Asn 845 Leu Ala Ile
Pro Met 850 Gly Leu Ala Phe Glu 855 Gly Glu Leu Ser Gly 860 Asn Asp Ile Leu
Met 865 Tyr Asn Arg Phe Ser 870 Val Ala Tyr Met Pro 875 Ser Ile Tyr Arg Asn 880
Ser Pro Thr Cys Lys 885 Tyr Gin Val Leu Ser 890 Ser Gly Glu Gly Gly 895 Glu
Ile Ile Cys Gly 900 Val Pro Thr Arg Asn 905 Ser Ala Arg Gly Glu 910 Tyr Ser
Thr Gin Leu Tyr Pro Gly Pro Leu Trp Thr Leu Tyr Gly Ser Tyr Thr
259
915 920 925 lie Glu Ala Asp Ala His Thr Leu Ala His Met Met Asn Cys Gly Ala 930 935 940
Arg Met Thr Phe 945 <210> 195 <211> 821 <212> PRT <213> Chlamydia <4 00> 195
Met 1 His His His His 5 His His Glu Ala Ser 10 Ser lie Gin Asp Gin 15 Tie
Lys Asn Thr Asp 20 Cys Asn Vai Ser Lys 25 Vai Gly Tyr Ser Thr 30 Ser Gin
Ala Phe Thr 35 Asp Met Met Leu Ala 40 Asp Asn Thr Glu Tyr 45 Arg Ala Ala
Asp Ser 50 Vai Ser Phe Tyr Asp 55 Phe Ser Thr Ser Ser 60 Gly Leu Pro Arg.
Lys 65 His Leu Ser Ser Ser 70 Ser Glu Ala Ser Pro 75 Thr Thr Glu Gly Vai 80
Ser Ser Ser Ser Ser 85 Gly Glu Asn Thr Glu 90 Asn Ser Gin Asp Ser 95 Ala
Pro Ser Ser Gly 100 Glu Thr Asp Lys Lys 105 Thr Glu Glu Glu Leu 110 Asp Asn
Gly Gly lie 115 lie Tyr Ala Arg Glu 120 Lys Leu Thr lie Ser 125 Glu Ser Gin
Asp Ser 130 Leu Ser Asn Pro Ser 135 lie Glu Leu His Asp 140 Asn Ser Phe Phe
Phe 145 Gly Glu Gly Glu Vai 150 lie Phe Asp His Arg 155 Vai Ala Leu Lys Asn 160
Gly Gly Ala lie Tyr 165 Gly Glu Lys Glu Vai 170 Vai Phe Glu Asn Tie 175 Lys
Ser Leu Leu Vai 180 Glu Vai Asn lie Ser 185 Vai Glu Lys Gly Gly 190 Ser Vai
Tyr Ala Lys 195 Glu Arg Vai Ser Leu 200 Glu Asn Vai Thr Glu 205 Ala Thr Phe
Ser Ser 210 Asn Gly Gly Glu Gin 215 Gly Gly Gly Gly lie 220 Tyr Ser Glu Gin
Asp 225 Met Leu lie Ser Asp 230 Cys As ri Asn Vai His 235 Phe Gin Gly Asn Ala 240
Ala Gly Ala Thr Ala 245 Vai Lys Gin Cys Leu 250 Asp Glu Glu Met lie 255 Vai
Leu Leu Thr Glu 260 Cys Vai Asp Ser Leu 265 Ser Glu Asp Thr Leu 270 Asp Ser
Thr Pro Glu 275 Thr Glu Gin Thr Lys 280 Ser Asn Gly Asn Gin 285 Asp Gly Ser
Ser Glu 290 Thr Lys Asp Thr Gin 295 Vai Ser Glu Ser Pro 300 Glu Ser Thr Pro
Ser 305 Pro Asp Asp Vai Leu 310 Gly Lys Gly Gly Gly 315 lie Tyr Thr Glu Lys 320
Ser Leu Thr lie Thr 325 Gly lie Thr Gly Thr 330 lie Asp Phe Vai Ser 335 Asn
lie Ala Thr Asp 340 Ser Gly Ala Gly Vai 345 Phe Thr Lys Glu Asn 350 Leu Ser
Cys Thr Asn 355 Thr Asn Ser Leu Gin 360 Phe Leu Lys Asn Ser 365 Ala Gly Gin
His Gly. 370 Gly Gly Ala Tyr Vai 375 Thr Gin Thr Met l Ser 380 Vai Thr Asn Thr
Thr Ser Glu Ser lie Thr Thr Pro Pro Leu Vai Gly Glu Vai lie Phe
260
385 390 395 400
Ser Glu Asn Thr Ala. Lys 405 Gly His Gly Gly Gly 410 Ile Cys Thr Asn Lys 415
Leu Ser Leu Ser 4 20 Asn Leu Lys Thr Val Thr Leu 425 Thr Lys Asn Ser Ala 430
Lys Glu Ser Gly 435 Gly Ala Ile Phe Thr Asp Leu 440 Ala Ser lie Pro Thr 445
Thr Asp Thr Pro 450 Glu Ser Ser Thr Pro Ser Ser 455 Ser Ser Pro Ala Ser 460
Thr Pro Glu Val 465 Val Ala 470 Ser Ala Lys Ile Asn 475 Arg Phe Phe Ala Ser 480
Thr Ala Glu Pro Tkla Ala 485 Pro Ser Leu Thr Glu 490 Ala Glu Ser Asp Gin 4 95
Thr Asp Gin Thr 500 Glu Thr Ser Asp Thr Asn Ser 505 Asp Ile Asp Val Ser 510
Ile Glu Asn Ile 515 Leu Asn Val Tkla Ile Asn Gin 520 Asn Thr Ser Ala Lys 525
Lys Gly Gly Ala 530 Ile Tyr Gly Lys Lys Tkla Lys 535 Leu Ser Arg Ile Asn 540
Asn Leu Glu Leu 545 Ser Gly 550 Asn Ser Ser Gin Asp 555 Val Gly Gly Gly Leu 560
Cys Leu Thr Glu Ser Val 565 Glu Phe Asp Ala Ile 570 Gly Ser Leu Leu Ser 575
His Tyr Asn Ser 580 Ala Ala Lys Glu Gly Gly Val 585 Ile His Ser Lys Thr 590
Val Thr Leu Ser 595 Asn Leu Lys Ser Thr Phe Thr 600 Phe Ala Asp Asn Thr 605
Val Lys Ala Ile 610 Val Glu Ser Thr Pro Glu Ala 615 Pro Glu Glu lie Pro 620
Pro Val Glu Gly 625 Glu Glu 630 Ser Thr Ala Thr Glu 635 Asň Pro Asn Ser Asn 640
Thr Glu Gly Ser Ser Ala 645 Asn Thr Asn Leu Glu 650 Gly Ser Gin Gly Asp 655
Thr Ala Asp Thr 660 Gly Thr Gly Val Val Asn Asn 665 Glu Ser Gin Asp Thr 670
Ser Asp Thr Gly 675 Asn Ala Glu Ser Gly Glu Gin 680 Leu Gin Asp Ser Thr 685
Gin Ser Asn Glu 690 Glu Asn Thr Leu Pro Asn Ser 695 Ser Ile Asp Gin Ser 700
Asri Glu Asn Thr 705 Asp Glu 710 Ser Ser Asp Ser His 715 Thr Glu Glu Ile Thr 720
Asp Glu Ser Val Ser Ser 725 Ser Ser Lys Ser Gly 730 Ser Ser Thr Pro Gin 735
Asp Gly Gly Ala 740 Ala Ser Ser Gly Ala Pro Ser 745 Gly Asp Gin Ser Ile 750
Ser Tkla Asn Ala 755 Cys Leu Ala Lys Ser Tyr Ala 760 Ala Ser Thr Asp Ser 765
Ser Pro Val Ser 770 Asn Ser Ser Gly Ser Asp Val 775 Thr Ala Ser Ser Asp 780
Asn Pro Asp Ser 785 Ser Ser 790 Ser Gly Asp Ser Ala 795 Gly Asp Ser Glu Gly 800
Pro Thr Glu Pro Gly Gly Gly Tkla Glu Ala 805 Ile Gly Ser Thr Thr Glu 810 Thr Pro Thr Leu Ile 815
820 <210> 196 <211> 525 <212> PRT <213> Chlamydia
261 <400> 196
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
1 5 10 15
Ser Gin Gly Gly 20 Gin Gly Phe Ala Ile 25 Pro Ile Gly Gin Ala 30 Met- Ala
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu Pro 40 Thr Val His Ile Gly 45 Pro Thr Ala
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Val Val 55 Asp Asn Asn Gly Asn 60 Gly Ala Arg Val
Gin 65 Arg Val Val Gly Ser 70 Ala Pro Ala Ala Ser 75 Leu Gly Ile Ser Thr 80
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val Asp Gly Ala 90 Pro Ile Asn Ser Ala 95 Thr
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn Gly His 105 His Pro Gly Asp Val 110 Ile Ser
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser Gly 120 Gly Thr Arg Thr Gly 125 Asn Val Thr
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Pro Leu Val 140 Pro Arg Gly Ser
Pro 145 Leu Pro Val Gly Asn 150 Pro Ala Glu Pro Ser 155 Leu Leu Ile Asp Gly 160
Thr Met Trp Glu Gly 165 Ala Ser Gly Asp Pro 170 Cys Asp Pro Cys Ala 175 Thr
Trp Cys Asp Ala 180 Ile Ser Ile Arg Ala 185 Gly Tyr Tyr Gly Asp 190 Tyr Val
Phe Asp Arg 195 Val Leu Lys Val Asp 200 Val Asn Lys Thr Phe 205 Ser Gly Met
Ala Ala 210 Thr Pro Thr Gin Ala 215 Ile Gly Asn Ala Ser 220 Asn Thr Asn Gin
Pro 225 Glu Ala Asn Gly Arg 230 Pro Asn Ile Ala Tyr 235 Gly Arg His Met Gin 240
Asp Ala Glu Trp Phe 245 Ser Asn Ala Ala Phe 250 Leu Ala Leu Asn Ile 255 Trp
Asp Arg Phe Asp 260 Ile Phe Cys Thr Leu 265 Gly Ala Ser Asn Gly 270 Tyr Phe
Lys Ala Ser 27 5 Ser Ala Ala Phe Asn 280 Leu Val Gly Leu Ile 285 Gly Phe Ser
Ala Ala 290 Ser Ser Ile Ser Thr 295 Asp Leu Pro Met Gin 300 Leu Pro Asn Val
Gly 305 Ile Thr Gin Gly Val 310 Val Glu Phe Tyr Thr 315 Asp Thr Ser Phe Ser 320
Trp Ser Val Gly Ala 325 Arg Gly Ala Leu Trp 330 Glu Cys Gly Cys Ala 335 Thr
Leu Gly Ala Glu 340 Phe Gin Tyr Ala Gin 345 Ser Asn Pro Lys Ile 350 Glu Met
Leu Asn Val 355 Thr Ser Ser Pro Ala 360 Gin Phe Val Ile His 365 Lys Pro Arg
Gly Tyr 370 Lys Gly Ala Ser Ser 375 Asn Phe Pro Leu Pro 380 Ile Thr Ala Gly
Thr 385 Thr Glu Ala Thr Asp 390 Thr Lys Ser Ala Thr 395 Ile Lys Tyr His Glu 400
Trp Gin Val Gly Leu 405 Ala Leu Ser Tyr Arg 410 Leu Asn Met Leu Val 415 Pro
Tyr Ile Gly Val 420 Asn Trp Ser Arg Ala 425 Thr Phe Asp Ala Asp 430 Thr Ile.
Arg Ile Ala 435 Gin Pro Lys Leu Lys 440 Ser Glu Ile Leu Asn 445 Ile Thr Thr
Trp Asn 450 Pro Ser Leu Ile Gly 455 Ser Thr Thr Ala Leu 4 60 Pro Asn Asn Ser
Gly 465 Lys Asp Val Leu Ser 470 Asp Val Leu Gin Ile 475- Ala Ser Ile Gin Ile 480
262
Asn Lys Met Lys Ser Arg Lys Ala Cys Gly Val Ala Val Gly Ala Thr
485 490 495
Leu Ile Asp Ala Asp Lys Trp Ser Ile Thr Gly Glu Ala Arg Leu Ile
500 505 510
Asn Glu Arg Ala Ala His Met Asn Ala Gin Phe Arg Phe
515 520 525
<210> 197 <211> 43 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 197 gataggcgcg ccgcaatcat gaaatttatg tcagctactg ctg 43 <210> 198 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 198.
cagaacgcgt ttagaatgtc atacgagcac cgca34 <210> 199 <211> 6 <212> DNA <213> Chlamydia· <400> 199 gcaatc6 <210> 200 <211> 34 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 200 tgcaatcatg agttcgcaga aagatataaa aagc 34 <210> 201 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 201 .
cagagctagc ttaaaagatc aatcgcaatc cagtattc 38 <210> 202 <211> 5 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 202 caatc 5 <210> 203 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 203
263 tgcaatcatg aaaaaagcgt ttttcttttt c <210> 204 <211> 31 · <212> DNA <213> Chlamydia <400> 204 cagaacgcgt ctagaatcgc agagcaattt c 31 <210> 205 <211> 30 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 205 gtgcaatcat gattcctcaa ggaatttacg 30 <210> 206 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 206 cagaacgcgt ttagaaccgg actttacttc c <210> 207 <211> 50 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 207 cagacatatg catcaccatc accatcacga ggcgagctcg atccaagatc 50 <210> 208 <211> 40 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 208 cagaggtacc tcagatagca ctctctccta ttaaagtagg < 210> 209 <211> 55 < 212> DNA <213> Chlamydia <400> 209 cagagctagc atgcatcacc atcaccatca cgttaagatt gagaacttct ctggc 55 <210> 210 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia <40Ό> 210 cagaggtacc ttagaatgtc atacgagcac cgcag 35 <210> 211 <211> 36 <212> DNA
264
<213> Chlamydia
<400> 211 cagacatatg catcaccatc accatcacgg gttagc 36
<210> 212 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 212 cagaggtacc tcagctcctc cagcacactc tcttc 35
<210> 213 <211> 51 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 213 cagagctagc catcaccatc accatcacgg tgctatttct tgcttacgtg g 51 <210> 214 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 214 scagaggtact taaaagatca atcgcaatcc agtattcg33 <210> 215 <211> 48 <212> DNA.
<213> Chlamydia <400> 21.5 cagaggatcc acatcaccat caccatcacg gactagctag agaggttc4g <210> 216 <211> 31 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 216 cagagaattc ctagaatcgc agagcaattt c ’ -31 <210> 217 <211> 7 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 217 tgcaatc η <210> 218 <211> 22 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 218
Met Ala Ser Met Thr Gly Gly Gin Gin Met Gly Arg Asp Ser Ser Leu
5 10 - 15 ·
265
Val Pro Ser Ser Asp Pro 20 <210> 219 <211> 51 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 219 cagaggtacc gcatcaccat caccatcaca tgattcctca aggaatttac g <210> 220 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 220 cagagcggcc gcttagaacc ggactttact tcc <210> 221 <211> 24 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 221 Met Ala Ser 1 Val Pro His <210> 222 <211> 46 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 222 cagagctagc catcaccatc accatcacct ctttggccag gatccc <210> 223 <211> 30 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 223 cagaactagt ctagaacctg taagtggtcc <210> 224 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence-6 <220>
< 2 2 3> Vyrobeno v laboratoři <400> 224
Met Ser Gin Lys Asn Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile 1 5 10 15
Ser Thr Asp Leu 20 <210> 225
Met Thr Gly Gly Gin Gin Asn Gly Arg Asp Ser Ser Leu 5 · 10 15
Hxs His His His His 20.
266 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ice <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři
<400> 225
Lys Asn Ser Ala Phe Met His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala
1 5 10 15
Val Ile Val Gly
20
< 210> 226 < 211> 20 < 212> PRT < 213> Artifici ...ce <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři < 400> 226
His Pro Val Asn Ile Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly 15 10 15
Pro Met Pro Arg 20 <210> 227 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvenceice <220>
<223> Vyrobeno v laboratoři <400> 227
Ser Thr Asp Leu Ala Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr 1 5 10 15
Glu Ile Val Lys 20 <210> 228 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ”e <220>
< 223> Vyrobeno v laboratoři <400> 228
Val Ile Val Gly Lys Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys
5 10 15
Val Trp Glu Tyr 20 <210> 229 < 211> 2,0 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence nce <220>
267 <223> vyrobeno v laboratoři <400> 229
Gly Pro Met Pro Arg Thr Glu Ile Val Lys Lys Val Trp Glu Tyr Ile
1 Lys 5 Lys His Asn 20 10 15
<210> 230 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artifíciální sekvence >e <220>
< 223> vyrobeno v laboratoři <4 00> 230
Ile Lys Lys His Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn Lys Arg Asn Ile; Leu 1 5 10 15
Pro Asp Ala Asn 20 <210> 231 <211> 20 <212> PRT <213> Artificia e <220>
<2 2 3> vyrobeno v laboratoři <4 00> 231
Asn Cys Gin Asp Gin Lys Asn Lys Arg Asn lie Leu Pro Asp Ala Asn 1 5 10 15
Leu Ala Lys Val 20 <210> 232 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence3Ce <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 232
Lys Asn Lys Arg Asn lie Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe 15 10 15
Gly Ser Ser Asp <210> 233 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence ce <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 233 lie Leu Pro Asp Ala Asn Leu Ala Lys Val Phe Gly Ser Ser Asp Pro 1 5 10 15
268
He Asp Met Phe 20 <210> 234 <2H> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence ice <223> vyrobeno v laboratoři <400> 234
Asn Leu Ala Lys Vai Phe Gly Ser Ser Asp Pro He Asp Met Phe Gin 1 5 10 15
Met Thr Lys Ala 20 <210> 235 <2H> 22 <212> PRT <213> Artificiální sekvence’® <220>
<223> Made in a lab <400> 235
Phe Gly Ser Ser Asp Pro lie Asp Met Phe Gin Met Thr Lys Ala Leu 1 5 10 15
Ser Lys His He Vai Lys 20 <210> 236 <2H> 20 <212> PRT <213> 7 Artificiální sekvencece <220>
<223> ^vyrobeno v laboratoři <400> 236
Vai Glu He Thr Gin Ala Vai Pro Lys Tyr Ala Thr Vai Gly Ser Pro 1 5 10 15
Tyr Pro Vai Glu 20 <210> 237 <2H> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvencelCe <220>
<223> i vyrobeno v laboratoři <400> 237
Ala Vai Pro Lys Tyr Ala Thr Vai Gly Ser Pro Tyr Pro Vai Glu lie 1 5 . 10 15
Thr Ala Thr Gly <210> 238 <2H> 20
269 <212> PRT < 213> Artificiální sekvence ce <220>
< 2 2 3 > vyrobeno v laboratoři
<400> 238
Ala Thr Val Gly Ser Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala Thr Gly Lys
1 5 10 15
Arg Asp Cys Val
20
<210> 239 <211> 20 < 212> PRT < 213> 2Artificiální sekvence e <220>
< 223> vyrobeno v laboratoři
<400> 239
Pro Tyr Pro Val Glu Ile Thr Ala Thr Gly Lys Arg Asp Cys Val Asp
A 5 10 15
Val Ile Ile Thr
20
<210> 240 <211> 21 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ·θ <220>
< 223> ivyrobeno v laboratoři
<400> 240
Ile Thr Ala Thr Gly Lys Arg Asp Cys Val Asp Val Ile Ile Thr Gin
* 5 10 15
Gin. Leu Pro Cys Glu
20
<210> 241 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvencelce <220>
< 2 23> vyrobeno v laboratoři
<400> 241
Lys Arg Asp Cys Val Asp Val He He Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu
1 5 10 15
Ala Glu Phe Val
20
<210> 242 <211> 20 < 212> PRT < 213> : Artificiální sekvence:e < 220> .
<2 2 3> i vyrobeno v laboratoři
270 <400> 242
Asp Val lie lie Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Vai Arq 1 5 10 15
Ser Asp Pro Ala 20 <210> 243 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvencece <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 243
Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Vai Arg Ser Asp Pro Ala 1 5 10 15
Thr Thr Pro Thr 20 <210> 244 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence ce <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 244
Cys Glu Ala Glu Phe Vai Arg Ser Asp Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala 1 5 10 15
Asp Gly Lys Leu 20 <210> 245 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvencece <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 245
Vai Arg Ser Asp Pro Ala Thr Thr Pro Thr Ala Asp Gly Lys Leu Vai 1 5 10 15
Trp Lys lie Asp 20 <210> 246 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvencece <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 246
Ala Thr Thr Pro Thr Ala Asp Gly Lys Leu Vai Trp Lys lie Asp Arg 1 . 5 10 . is
Leu Gly Gin Gly
271 <210> 247 <211> 20 <212> PRT <213> /Artificiální sekvence3© <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 247
Ala Asp Gly Lys Leu Val Trp Lys Ile Asp Arg Leu Gly Gin Gly Glu 1.5 10 15
Lys Ser Lys Ile 20 <210> 248 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence =e <220>
< 223> vyrobeno v laboratoři <400> 248
Val Trp Lys Ile Asp Arg Leu Gly Gin Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr 1 5 10 15
Val Trp Val Lys 20 <210> 249 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 249
Arg Leu Gly Gin Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro 1 5 10 15
Leu L^'S Glu Glv 2°J <210> 250 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ce <220>
< 223> vyrobeno v laboratoři . <400> 250
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys Glu Gly 1 5 10 15
Cys Cys Phe Thr <210> 251 <211> 16 <212> PRT
272 <213> Artificiální sekvenceice <220>
< 2 2 3 > vyrobeno v laboratoři <400> 251
Gly Glu Lys Ser Lys Ile Thr Val Trp Val Lys 1 5 10
Pro Leu Lys Glu Gly <210> 252 <211> 12 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvenceice < 220> 1 v.
< 223> i vyrobeno v laboratoři < 400> 252
Lys Ile Thr Val Trp Val Lys Pro Leu Lys 15 10
Glu Gly <210> 253 <211> 16 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence ce <220>
< 223> vyrobeno v laboratoři <400> 253
Gly Asp Lys Cys Lys Ile Thr Val Trp Val Lys 15 10
Pro Leu Lys Glu Gly <210> 254 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial S <220>
<223> f vyrobeno v laboratoři <400> 254
Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile Ser Glu Ala 1 5 10 15
Phe Gly Val Leu <210> 255 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence“e <220>
< 223> ivyrobeno v laboratoři <400> 255
Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys Ile 1 5
Pro Glu Gly Ser
Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn
15
273
<210> 256 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence ;e <220>
<223> ι vyrobeno v laboratoři <400> 256
Phe Lys lie Ser Glu Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu 1 5 10 15
Ala Leu Arg Ala 20 <210> 257 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence ce <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 257
Ala Phe Gly Val Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arq Ala Thr 1 5 10 15
Phe Leu Ile Asp 20 <210> 258 <211> 20 <212> PRT <213> Artificiální sekvence^ce <220>
<223> vyrobeno v laboratoří <400> 258
Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys 1 5 10 15
His Gly Val Ile 20 <210> 259 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artificiální sekvence:e <220>
v<223> vyrobeno v laboratoři < 400> 259
Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe Leu Ile Asp Lys His Gly Val Ile Arg 1 5 10 15
His Ala Val Ile 20 <213> Artificial Sequence <210> 260 <211> 20 <212> PRT
274 <220>
<223> Made in a lab <400> 260
Thr Phe Leu lie Asp Lys His Gly Vai He Arg His Ala Vai lie Asn 1 5 10 is
Asp Leu Pro Leu 20 <210> 261 <211> 20 < 212> PRT < 213> Artifíciální sekvence:e <220>
< 223> vyrobeno v laboratoři <400> 261
Lys His Gly Vai Ile Arg His Ala Vai lie Asn Asp Leu Pro Leu Gly 1 5 10 15
Arg Ser lie Asp 20 <210> 262 < 211> 20 · < 212> PRT < 213> Artifíciální sekvence· ce <220>
<223> vyrobeno v laboratoři <400> 262
Arg His Ala Vai lie Asn Asp Leu Pro Leu Gly Arg Ser lie Asp Glu 15 10 15
Glu Leu Arg lie <210> 263 <211> 897 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 221> různé vlastnosti < 222> 604 < 223> n = A,T,C nebo G ce.
<400> 263 atggcttcta acacagccca attaaggttg gcgggctctt actgttgtcg caaagcttct ctcacagcag atcggaggaa aaaatgctgg agctatatta gcgnaaagag gaagtgccgg ttcacgcgcá tatgcggacg acaataaaat ccaagtctgc ccgcacacat ctttagggaa tctctcacat atctttgtgt ttacctacct caaaaccgtt tggcggctaa cagattgcga gagaggaaaa tcaagtatgc tttagggtct ggcaagggta tgccgaattg tacagcttcc tgcctttaac gaaagctgct gtctcataag cgcgacattc tctttcttcc ccatgcagcg agcccgctgc tgcttgcgag actcctcact ggtacaggga gtaaataaga accgcaaata caagtgtcca ggagcgttgc agtcagaaaa cgcagagcgg ggagctatcc caaactaaag tctgtggtgg gctcgtattg aagaaagtcg atgctcgagaatgctctaaa cgaagggagt ttttggaaca aaggattagg caggaacagt cgcaagaagg ctgcggctgt gtccgattct caaatatggg gtgctggact cgagagaaga ctggagagaa agtttttgga agcttttttt ggataagact agctggaggc ggatgcgaga tcaaagtgcg ggatgagggg ctgtagcatc gtttgtcaac atcttctgtt cgctatcagt gtcgttactc agccaagacg atgcgttgcc
120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780
275 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct 840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa
897 < 210> 264 < 211> 298 < 212> PRT < 213> Chlamydia <220>
< 221> VARIANT < 222> 202 < 223> .,
Xaa — jakákoliv aminokyselina < 400> 264
Met Ala Ser Ile Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 1015
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Val Asn 20 > 2530
Lys Thr Lys Gly Val Asp Lys Thr Ile Lys Val Ala Lys Ser Ala Ala 35 4045
Glu Leu Thr Ala Asn Ile Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His Ile Thr Ala Ser Gin Val Ser Lys Gly Leu Gly Asp AlaArg
70 7580
Thr Val Val Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro GlyThr
9095
Val Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin 100 105110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Val Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Val Cys Ser Ile Ile Gly Gly Ile 130 135140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala lie Arg Pro Ile Leu Phe ValAsn
145 150 155160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala AsnMet
165 170175
Gly Ser Ser Val Ser Tyr lie Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Val 180 185190
Val Gly Ala Gly Leu Ala Ile Ser Ala Xaa Arg Ala Asp Cys Glu Ala 195 200205
Arg Cys Ala Arg Ile Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Val Pro Gly 210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Val Ala Gly Glu Lys Ala LysThr
225 230 235240
Phe Thr Arg lie Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met Leu Glu Lys PheLeu
245 250255
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Val Pro Leu Pro lie Thr Met 260 265270
Gly Ile Arg Ala Ile Val Ala Ala Gly Cys Thr Phe Thr Ser Tkla Ile 275 280285
Ile Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala
290295 <210> 265 <211> 897 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 221> různé vlastnosti
276 <222> 604 <223> n = A,T,C nebo G <4OO> 265 atggcttcta tatgcggacg tttagggtct ggtacaggga atgctctaaa agcttttttt acacagccca acaataaaat ggcaagggta gtaaataaga cgaagggaat ggataagact attaaggttg ccaagtctgc tgccgaattg accgcaaata ttttggaaca agctggaggc
120
180 gcgggctctt ccgcacacat tacagcttcc caagtgtcca aaggattagg ggatgcgaga240 actgttgtcg ctttagggaa tgcctttaac ggagcgttgc caggaacagt tcaaagtgcg300 caaagcttct tctctcacat gaaagctgct agtcagaaaa cgcaagaagg ggatgagggg360 ctcacagcag atctttgtgt gtctcataag cgcagagcgg ctgcggctgt ctgtagcatc420 atcggaggaa ttacctacct cgcgacattc ggagctatcc gtccgattct gtttgtcaac480 aaaatgctgg caaaaccgtt tctttcttcc caaactaaag caaatatggg atcttctgtt540 agctatatta tggcggctaa ccatgcagcg tctgtggtgg gtgctggact cgctatcagt600 gcgnaaagag cagattgcga agcccgctgc gctcgtattg cgagagaaga gtcgttactc660 gaagtgccgg gagaggaaaa tgcttgcgag aagaaagtcg ctggagagaa agccaagacg720 ttcacgcgca tcaagtatgc actcctcact atgctcgaga agtttttgga atgcgttgcc780 gacgttttca aattggtgcc gctgcctatt acaatgggta ttcgtgcgat tgtggctgct840 ggatgtacgt tcacttctgc aattattgga ttgtgcactt tctgcgccag agcataa897 <210> 266 < 211> 298 < 212> PRT < 213> Chlamydia <220>
< 221> VARIANT < 222> 202 < 223> Xaa = jakákoliv aminokyselina < 400> 266
Met Ala Ser lie Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu 1 5 1015
Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Asn Asn Lys Met Ala Arg Val Vai Asn 20 2530
Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr lie Lys Vai Ala Lys Ser Ala Ala 35 4045
Glu Leu Thr Ala Asn lie Leu Glu Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser 50 5560
Ala His He Thr Ala Ser Gin Vai Ser Lys Gly Leu Gly Asp AlaArg 65 70 7580
Thr Val Vai Ala Leu Gly Asn Ala Phe Asn Gly Ala Leu Pro GlyThr
9095
Vai Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin Ιθθ 105110
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly Leu Thr Ala Asp Leu Cys Vai Ser 115 120125
His Lys Arg Arg Ala Ala Ala Ala Vai Cys Ser He He Gly Gly He 130 135140
Thr Tyr Leu Ala Thr Phe Gly Ala He Arg Pro He Leu Phe VaiAsn
145 150 155160
Lys Met Leu Ala Lys Pro Phe Leu Ser Ser Gin Thr Lys Ala AsnMet
165 no175
Gly Ser Ser Vai Ser Tyr He Met Ala Ala Asn His Ala Ala Ser Vai 180 185190
Vai Gly Ala Gly Leu Ala lie Ser Ala Xaa Arg Ala Asp Cys Glu Ala 195 200205
Arg Cys Ala Arg He Ala Arg Glu Glu Ser Leu Leu Glu Vai Pro Glv
210 215220
Glu Glu Asn Ala Cys Glu Lys Lys Vai Ala Gly Glu Lys Ala Lys Thr
225
235.
230
240
277
Phe Thr Arg lie Lys Tyr Ala Leu Leu Thr Met 245250
Glu Cys Val Ala Asp Val Phe Lys Leu Vai Pro 260265
Gly He Arg Ala lie Vai Ala Ala Gly Cys Thr 275280
He Gly Leu Cys Thr Phe Cys Ala Arg Ala 290295
Leu Glu Lys Phe Leu 255
Leu Pro He Thr Met 270
Phe Thr Ser Ala lie 285 <210> 267 <211> 680 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 267 tctatatcca tattgatagg aaaaaacgtc gcagaaagat tttagctatg acgtttatcc60 gagctttagg atattcaaca gatgcagata ttattgaaga gttcttttct gtagaggagc120 gttccttacg ttcagagaag gattttgtcg cgttagttgg taaagtttta gctgataacg180 tagttgatgc ggattcttca ttagtttacg ggaaagctgg agagaagcta agtactgcta240 tgctaaaacg catcttagat acgggagtcc aatctttgaa gattgctgtt ggcgcagatg300 aaaatcaccc aattattaag atgctcgcaa aagatcctac ggattcttac gaagctgctc360 ttaaagattt ttatcgcaga ttacgaccag gagagcctgc aactttagct aatgctcgat420 ccacaattat gcgtttattc ttcgatgcta aacgttataa tttaggccgc gttggacgtt480 ataaattaaa taaaaaatta ggcttcccat tagacgacga aacattatct caagtgactt540 tgagaaaaga agatgttatc ggcgcgttga aatatttgat tcgtttgcga atgggcgatg600 agaagacatc tatcgatgat attgaccatt tggcaaaccg acgagttcgc tctgttggag 660 aactaattca gaatc'actgt680 <210> 268 <211> 359 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 268
cttatgttct ggagaatgtt gcaacaacat attaatcgaa ccagctcctc aaaaaacctg tacttcgcat cctttagcca ctagtaacat tttgttgaat ctgtggactc gattaggtat ccgtccctcc gggaaatac 60 120 180 240 300 359
agaaaccaag cccttttgag
agctcctaac aaagagctaa ttttttcctc ttccttgttt atcaacaatc tttcaaagta ccatcgagca ttctgaggcg gcttgtccta atatcccctt gaaatgtatg
taaatatagc aagtgctctt ggaacacctc ttaaatggag ctatctgatt
agagactgtc tctccatcaa
atcacaagac tctatgaaag
<210> 269 <212> DNA <213> Chlamydia
<400> 269
gatcgaatca attgagggag ctcattaaca agaatagctg cagtttcttt gcgttcttct 60
ggaataacaa gaaataggta ggtt <210> 270 <211> 219 <212> DNA <213> Chlamydia atcggtacca ttgatagaac gaacacgaca aatcgcagaa 120 124
<400> 270
gatcctgttg ggcctagtaa taatacgttg gatttcccat aactcacttg tttatcctgc 60
ataagagcac ggatacgctt atagtggtta tagacggcaa ccgaaatcgt ttttttcgcg 120
cgctcttgtc caatgacata ctcagacttg ttggagagct agagtcgatg tgtggaagat tggcgtttga gttgcgatc. tttctttagg ggttaacact 180 219
278 <210> 271 <211> 511 < 212> DNA < 213> Chlamydia < 220> o < 221> různé vlastnosti < 222> 447 - < 223> n = A,T,C neboG <400> 271 ggatccgaat tcggcacgag gagaaaatat aggaggttcc akcatcggaa gatctaatag acaaagaggt tttggcatag atggctcctc cttgtacgtt caacgatgat tgggagggat tgttatcgat agcttggttc ccagagaact gacaagtccc gctacattga gagaatgtaa cctgttctcc atagatagct cctcctacta cacctgaata agttggtgtt gctggagatg atggtgcggc tgctgcggct gcttgtaggg aagcagcagc tgcagcaggt gctgaagctg ttgttgcgac tcctgtggat gaggagtttg ctttgttgtt cgagaaagag aagcctgatt tcagattaga aatatttaca gttttagcat gtaagcctcc accttctttc ccaacaaggt tctctgttac agataaggag actagangca tctagtttta aagatttttt acagcagata cctccaccta tctctgtagc ggagt.tctca g <210> 272 <211> 598 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 272 ctcttcctct cctcaatcta gttctggagc aactacagtc tccgactcag gagactctag ctctggctca aactcggata cctcaaaaac agttccagtc acagctaaag gcggtgggct ttatactgat aagaatcttt cgattactaa catcacagga attatcgaaa ttgcaaataa caaagcgaca gatgttggag gtggtgctta cgtaaaagga acccttactt gtaaaaactc tcaccgtcta caatttttga aaaactcttc cgataaacaa ggtggaggaa tctacggaga agacaacatc accctatcta atttgacagg gaagactcta ttccaagaga atactgccaa aaaagagggc ggtggactct tcataaaagg tacagataaa gctcttacaa tgacaggact ggatagtttc tgtttaatta ataacacatc agaaaaacat ggtggtggga gcctttgtta ccaaagaaat ctctcagact tacacctctt gatgtggaaa caattccagg aatcacgcct gtacatggtg aaacagtcat tactggcaat aaatctacag gaggtaatgg tggagggc <210> 273 <211> 126 <212> DNA <400> 273 ggatccgaat tcggcacgag atgagcctta tagtttaaca aaagcttctc acattccttc gatagctttt tattagccgt ttttagcatc ctaatgagat ctcctcgttc gtaacaaata cgagag <210> 274 <211> 264 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 274 ggatccgaat tcggcacgag ctcttttaaa tcttaattac aaaaagacaa attaattcaa tttttcaaaa aagaatttaa acattaattg ttgtaaaaaa acaatattta ttctaaaata ataaccatag ttacggggga atctctttca tggtttattt tagagctcat caacctaggc atacgcctaa aacatttcct ttgaaagttc accattcgtt ctccgataag catcctcaaa ttgctaaagc tatgtggatt acgg
120 180 240 300 360 420 480 511
120
180
240
300
360
420
480
540
598
120
126
120
180
240
264
279
<210> 275 <211> 359 <212> DNA <213> Chlamydia
<400> 275
ggatccgaat tcggcacgag ataaaacctg aaccacaaca aagatctaaa acttcttgat 60
tttcagctgc aaattctttt agataaatat caaccatttc ttcagtttca tatcttggaa 120
ttaaaacttg ttctcttaaa ttaattctag tatttaagta ttcaacatag cccattatta 180
attgaattgg ataattttgc cttaataatt cacattcttt ttcagtaatt ttaggttcta 240
aaccgtaccg ctttttttct aaaattaatg tttcttcatt attcatttta taagccactt 300
tcctttattt tttgattttg <210> 276 <211> 357 <212> DNA <213> Chlamydia ttcttctgtt agtaatgctt caataatagt taataattt 359
<400> 276
aaaacaattg atataatttt ttttttcata acttccagac tcctttctag aaaagtcttt 60
atgggtagta gtgactctaa cgttttttat tattaagacg atccccggag atccttttaa 120
tgatgaaaac ggaaacatcc tttcgccaga aactttagca ctattaaaga atcgttacgg 180
gttagataag cctttattca cccagtatct tatctatttg aaatgtctgc taacactaga 240
tttcggggaa tctcttatct acaaagatcg aaatctcagc attattgctg ccgctcttcc 300
atcttccgct attcttggac <210> 277 <211> 505 <212> DNA <213> Chlamydia ttgaaagctt gtgtttactc gtgccgaatt cggatcc 357
<400> 277
ggatccgaat tcggcacgag ctcgtgccga ttgcttgctt cagtcacccc atcggtatag 60
agcactaaaa gagactcctc ttcaagaacg agagtgtaag cagggtgagg aggaacttca 120
ggtaaaaatc ctaaggccat accaggatgc gacaggaaag agatatctcc attaggagct 180
cggagacacg ctgggttgtg gccacaagaa tagtattcta gttctcgtgt tgcgtaatga 240
taacaataaa tgcatagtgt tacáaacatc ccagattcag ctgtctgttg atagaagaga 300
gcagctgttt gttgaacggc ttcttgaata gaggagagct cactcaaaaa ggtatgtaac 360
atgtttttca ggaataagga gtaggcgcac gcattgactc ctttcccgga agcatcagca 420
acgattagaa cctcctaccg agagtttagc taactgcagg ttggggacct aatat tcgcctataa caaagatatc aaagaaatct 480 505
<210> 278 <211> 407 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 278 ggatccgaat tcggcacgag aactactgag caaattgggt atccaacttc ctctttacga60 aagaaaaaca gaaggcattc tccataccaa gatttgttgc atcgacaata aaactccaat120 ctttggctct gctaactgga gcggtgctgg tatgattaaa aactttgaag acctattcat180 ccttcgccca attacagaga cacagcttca ggcctttatg gacgtctggt ctcttctaga240 aacaaatagc tcctatctgt ccccagagag cgtgcttacg gcccctactc cttcaagtag300 acctactcaa caagatacag attctgatga cgaacaaccg agtaccagcc agcaagctat360 ccgtatgaga aaataggatt agggaaacaa aacgacagca aaccaca407 <210> 279 <211> 351 <212> DNA <213> Chlamydia
280 <400> 279 ctcgtgccgc ttacaggagg cttgtatcct ttaaaataga gtttttctta tgaccccatg tggcgatagg ccgggtctag cgccgatagt agaaatatcg gttggttttt gtccttgagg ggatcgtata ctttttcaaa gtatggtccc cgtatcgatt atctggaggc tcttatgtct ttttttcata ctagaaaata taagcttatc ctcagaggac tcttgtgttt agcaggctgt ttcttaatga acagctgttc ctctagtcga ggaaatcaac ccgctgatga gagcatctat gtcttgtcta tgaatcgcat gatttgtgat tctcgtgccg aattcggatc c <210> 280 <211> 522 <212> DNA <213> Chlamydia <4OO> 280 ggatccgaat tcggcacgag cagaggaaaa aggcgatact cctcttgaag atcgtttcac agaagatctt tccgaagtct ctggagaaga ttttcgagga ttgaaaaatt cgttcgatga tgattcttct tctgacgaaa ttctcgatgc gctcacaagt aaattttctg atcccacaat aaaggatcta gctcttgatt atctaattca aatagctccc tctgatggga aacttaagtc cgctctcatt caggcaaagc atcaactgat gagccagaat cctcaggcga ttgttggagg acgcaatgtt ctgttagctt cagaaacctt tgcttccaga gcaaatacat ctccttcatc gcttcgctcc ttatatttcc aagtaacctc atccccctct aattgcgcta atttacatca aatgcttgct tcttactcgc catcagagaa aaccgctgtt atggagtttc tagtgaatgg catggtagca gatttaaaat cggagggccc ttccattcct cc <210> 281 <211> 577 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 281 ggatccgaat tcggcacgag atgcttctat tacaattggt ttggatgcgg aaaaagctta ccagcttatt ctagaaaagt tgggagatca aattcttggt ggaattgctg atactattgt tgatagtaca gtccaagata ttttagacaa aatcacaaca gacccttctc taggtttgtt gaaagctttt aacaactttc caatcactaa taaaattcaa tgcaacgggt tattcactcc' caggaacatt gaaactttat taggaggaac tgaaatagga aaattcacag tcacacccaa aagctctggg agcatgttct tagtctcagc agatattatt gcatcaagaa tggaaggcgg cgttgttcta gctttggtac gagaaggtga ttctaagccc tacgcgatta gttatggata Ctcatcaggc gttcctaatt tatgtagtct aagaaccaga attattaata caggattgac tccgacaacg tattcattac gtgtaggcgg tttagaaagc ggtgtggtat gggttaatgc cctttctaat ggcaatgata ttttaggaat aacaaat <210> 282 <211> 607 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 282 actmatcttc cccgggctcg agtgcggccg caagcttgtc gacggagctc gatacaaaaa tgtgtgcgtg tgaaccgctt cttcaaaagc ttgtcttaaa agatattgtc tcgcttccgg attagttaca tgtttaaaaa ttgctagaac aatattattc ccaaccaagc tctctgcggt gctgaaaaaa cctaaattca aaagaatgac tcgccgctca tcttcagaaa gacgatccga cttccataat tcgatgtctt tccccatggg gatctctgta gggagccagt tatttgcgca gccattcaaa taatgttccc aagcccattt gtacttaata ggaacaagtt ggttgacatc gacctggttg cagttcacta gacgcttgct atttagatta acgcgtttct gttttccatc taaaatatct gcttgcataa gaaccgttaa ttttattgtt aatttatatg attaattact gacaťgcttc acacccttct tccaaagaac agacaggtgc tttcttcgct ctttcaacaa taattcctgc cgaagcagac ttattcttca tccaacgagg ctgaattcct ctcttattaa tatctac
120
180
240
300
351
120
180
240
300
360
420
480
522
120 180 240 300 360 420 480 540 577
120
180
240
300
360
420
480
540
600
607 <210> 283 ‘ <211> 1077
281 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 283
ggatccgaat tcggcacgag aagttaacga tgacgatttg ttcctttggt agagaaggag 60
caatcgaaac taaatgtgcg agagcatgtg aagactccaa tgcaggaata atcccctcat 120
ttctagtaag caggaaaaaa gctcgtaacg cctcttcatc ggtggctaat gtataaaagg 180
ctcgtcctga ctcatgcatt tcggcatgat ctggcccaac tgaaggataa tctaatccag 240
cggaaatgga gtgagtttgt aatacttgtc catcgtcatc ttgaagaaga tacgaataaa 300
atccgtggaa tactccaggt cgccctgttg caaaacgtgc tgcatgtttt cctgaagaaa 360
tgcccagtcc tcccccttcc actccaatta attggacttt tggattcggg ataaaatgat 420
ggaaaaatcc aatagcgttg gagccacctc cgatacatgc aatcagaata tcaggatctc 480
ttcctgcaac tgcatggatt tgctctttca cttcagcgct tataacagac tgaaaaaatc 540
gaacgatatc gggataaggt aaaggtccta aggccgatcc taagcaatag tgagtaaatg - 600
agtgtgttgt tgcccaatct tgtagagctt gattaačtgc atctttgagt ccacaagatc 660
cttttgttac agaaacgact tcagcaccta aaaagcgcat tttctctaca tttggtttct 720
gtcgttccac atcttttgct cccatgtata ctacacaatc taatcctaga taagcacacg 780
ctgttgctgt tgctactcca tgttgtcccg cacctgtttc agctacaaca cgtgttttcc 840
caagatattt agcaagcaaa cactgaccaa gagcattatt cagtttatgt gctcctgtat 900
gcaaaagatc ttcgcgttta agaaatactc tagggccatc aatagctcga gcaaaattct 960
taacttcagt cagaggagtt tgtctccccg catagttttt caaaatacaa tctagttcag 1020
ataaaaaact ttgctgagtt ttgagaatct cccattccgc ttttagattc tgtatag 1077
<210> 284 <211> 407 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 284
ggatccgaat tcggcacgag aactactgag caaattgggt atccaacttc ctctttacga 60
aagaaaaaca gaaggcattc tccátaccaa gatttgttgc atcgacaata aaactccaat 120
ctttggctct gctaactgga gcggtgctgg tatgattaaa aactttgaag acctattcat 180
ccttcgccca attacagaga cacagcttca ggcctttatg gacgtctggt ctcttctaga 240
aacaaatagc tcctatctgt ccccagagag cgtgcttacg gcccctactc cttcaagtag 300
acctactcaa caagatacag attctgatga cgaacaaccg agtaccagcc agcaagctat 360
ccgtatgaga aaataggatt agggaaacaa aacgacagca aaccaca 4 07
<210> 285 <211> 802 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 285 ggatccgaat tcggcacgag ttagcttaat gtctttgtca tctctaccta catttgcagc 60 taattctaca ggcacaattg gaatcgttaa tttacgtcgc tgcctagaag agtctgctct 120 tgggaaaaaa gaatctgctg aattcgaaaa gatgaaaaac caattctcta acagcatggg 180 gaagatggag gaagaactgt cttctatcta ttccaagctc caagacgacg attacatgga 240 aggtctatcc.gagaccgcag ctgccgaatt aagaaaaaaa ttcgaagatc tatctgcaga 300 atacaacaca gctcaagggc agtattacca aatattaaac caaagtaatc tcaagcgcat 360 gcaaaagatt atggaagaag.tgaaaaaagc ttctgaaact gtgcgtattc aagaaggctt 420 gtcagtcctt cttaacgaag atattgtctt atctatcgat agttcggcag ataaaaccga 480 tgctgttatt aaagttcttg atgattcttt tcaaaataat taacatgcga agctagccga 540 ggagtgccgt atgtctcaat ccacttattc tcttgaacaa ttagctgatt ttttgaaagt 600 cgagtttcaa ggaaatggag ctactcttct ttccggagtt gaagagatcg aggaagcaaa 660 aacggcacac atcacattct tagataatga aaaatatgct aaacatttaa aatcatcgga 720 agctggcgct atcatcatat ctcgaacaca gtttcaaaaa tatcgagact tgaataaaaa 780 ctttcttatc acttctgagt ct 802 <210> 286 <211> 588 <212> DNA
282 <213> Chlamydia <400> 286 ggatccgaat tcggcacgag gcaatattta ctcccaacat tacggttcca aataagcgat 60 aaggtcttct aataaggaag ttaatgtaag aggctttttt attgcttttc gtaaggtagt 120 attgcaaccg cacgcgattg aatgatacgc aagccatttc catcatggaa aagaaccctt 180 ggacaaaaat acaaaggagg ttcactccta accagaaaaa gggagagtta gtttccatgg 240 gttttcctta tatacacccg tttcacacaa ttaggagccg cgtctagtat ttggaataca 300 aattgtcccc aagcgaattt tgttcctgtt tcagggattt ctcctaattg ttctgtcagc 360 catccgccta tggtaacgca attagctgta gtaggaagat caactccaaa caggtcatag 420 aaatcagaaa gctcataggt gcctgcagca ataacaacat tcttgtctga gtgagcgaat 480 tgtttaaaag atgggcgatt atgagctacc tcatcagaga ctattttaaa tagatcattt 540 tgggtaatca atccttctat agacCcatat tcatcaatga taatctcg 588 <210> 287 <211> 489 < 212> DNA < 213> Chlamydia <220>
< 221> různé vlastnosti < 222> 488 - < 223> n = A,T,cneboG <400> 287 agtgcctatt gttttgcagg ctttgtctga tgatagcgat accgtacgtg agattgctgt 60 acaagtagct gttatgtatg gttctagttg cttactgcgc gccgtgggcg atttagcgaa 120 aaatgattct tctattcaag tacgcatcac tgcttatcgt gctgcagccg tgttggagat 180 acaagatctt gtgcctcatt tacgagttgt agtccaaaat acacaattag atggaacgga 240 aagaagagaa gcttggagat ctttatgtgt tcttactcgg cctcatagtg gtgtattaac 300 tggcatagat caagctttaa tgacctgtga gatgttaaag gaatatcctg aaaagtgtac 360 ggaagaacag attcgtacat tattggctgc agatcatcca gaagtgcagg tagctacttt 420 acagatcatt ctgagaggag gtagagtatt ccggtcatct tctataatgg aatcggttct 480 cgtgccgnt 489
<210> 288 <211> 191 <212> DNA <213> Chlamydia
<400> 288 ggatccgaat tcaggatatg ctgttgggtt atcaataaaa agggttttgc cattttttaa 60
gacgactttg tagataacgc taggagctgt agcaataata tcgagatcaa attctctaga 120
gattctctca aagatgattt ctaagtgcag cagtcctaaa aatccacagc ggaacccaaa 180
tccgagagag t 191
<210> 289 <211> 515 <212> DNA
<213> Chlamydia
<400> 289 ggatccgaat tcggcacgag gagcgacgtg aaatagtgga atcttcccgt attcttatta 60
cttctgcgtt gccttacgca aatggtcctt tgcattttgg acatattacc ggtgcttatt 120
tgcctgcaga tgtttatgcg cgttttcaga gactacaagg caaagaggtt ttgtatattt 180
gtggttctga tgaatácgga atcgcáatta cccttaatgc agagttggca ggcatggggt 240
atcaagaata tgtcgacatg tatcataagc ttcataaaga taccttcaag aaattgggaa 300
tttctgtaga tttcttttcc agaactacga acgcttatca tcctgctatt gtgcaagatt 360
tctatcgaaa cttgcaggaa cgcggactgg tagagaatca ggtgaccgaa cagctgtatt 420
ctgaggaaga agggaagttt ttagcggacc gttatgttgt aggtacttgt cccaagtgtg 480
ggtttgatcg agctcgagga gatgagtgtc. agcag 515
. . v Ví./VOiV /
283 < 210> 290 < 211> 522 < 212> DNA <213> Chlamydia <4 00> 290 ggatccgaat tcggcacgag ggaggaatgg aagggccctc cgattktama tctgctacca60 tgccattcac tagaaactcc ataacagcgg ttttctctga tggcgagtaa gaagcaagca120 tttgatgtaa attagcgcaa ttagaggggg atgaggttac ttggaaatat aaggagcgaa180 gcgatgaagg agatgtattt gctctggaag caaaggtttc tgaagctaac agaacattgc240 gtcctccaac aatcgcctga ggattctggc tcatcagttg atgctttgcc tgaatgagag300 cggacttaag tttcccatca gagggagcta tttgaattag ataatcaaga gctagatcct360 ttattgtggg atcagaaaat ttacttgtga gcgcatcgag aatttcgtca gaagaagaat420 catcatcgaa cgaatttttc aatcctcgaa aatcttctcc agagacttcg gaaagatctt480 ctgtgaaacg atcttcaaga ggagtatcgc ctttttccyc tg522 <210> 291 <211> 1002 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 291 atggcgacta acgcaattag atcggcagga agtgcagcaa gtaagatgct gctgccagtt60 gccaaagaac cagcggctgt cagctccttt gctcagaaag ggatttattg tattcaacaa120 ttttttacaa accctgggaa taagttagca aagtttgtag gggcaacaaa aagtttagat180 aaatgcttta agctaagtaa ggcggtttct gactgtgtcg taggatcgct ggaagaggcg240 ggátgcacag gggacgcatt gacctccgcg agaaacgccc agggtatgtt aaaaacaact300 cgagaagttg ttgccttagc taatgtgctc aatggagctg ttccatctat cgttaactcg360 actcagaggt gttaccaata cacacgtcaa gccttcgagt taggaagcaa gacaaaagaa420 agaaaaacgc ctggggagta tagtaaaatg ctattaactc gaggtgatta cctattggca480 gcttccaggg aagcttgtac ggcagtcggt gcaacgactt actcagcgac attcggtgtt540 ttacgtccgt taatgttaat caataaactc acagcaaaac cattcttaga caaagcgact600 gtaggcaatt ttggcacggc tgttgctgga attatgacca ttaatcatat ggcaggagtt660 gctggtgctg ttggcggaat cgcattagaa caaaagctgt tcaaacgtgc gaaggáatcc720 ctatacaatg agagatgtgc cttagaaaac caacaatctc agttgagtggggacgtgatt780 ctaagcgcgg aaagjggcatt acgtaaagaa cacgttgcta ctctaaaaag aaatgtttta840 actcttcttg aaaáagcttt agagttggta gtggatggag tcaaactcat tcctttaccg900 attacagtgg cttgctccgc tgcaatttct ggagccttga cggcagcatc cgcaggaatt960 ggcttatata gcatatggca gaaaacaaag tctggcaaat aa1002 <210> 292 < 211> 333.
< 212> PRT < 213> Chlamydia <400> 292
Met Ala Thr Asn Ala lie Arg Ser Ala Gly Ser Ala Ala Ser Lys Met .5 1015
Leu Leu Pro Val Ala Lys Glu Pro Ala Ala Val Ser Ser Phe Ala Gin 20 2530
Lys Gly He Tyr Cys lie Gin Gin Phe Phe Thr Asn Pro Gly Asn Lys 35 4045
Leu Ala Lys Phe Val Gly Ala Thr Lys Ser Leu Asp Lys Cys Phe Lys 50 5560
Leu Ser Lys Ala Val Ser Asp Cys Val Val Gly Ser Leu Glu GluAla
70 7580
Gly Cys Thr Gly Asp Ala Leu Thr Ser Ala Arg Asn Ala Gin GlyMet
9095
Leu Lys Thr Thr Arg Glu Val Val Ala Leu Ala Asn Val Leu Asn Gly
284
Ala Val Pro Ser lie 115
Arg Gin Ala Phe Glu • 130
Gly Glu Tyr Ser Lys 145
Ala Ser Arg Glu Ala 165
Thr Phe Gly Vai Leu 180
Lys Pro Phe Leu Asp 195
Ala Gly lie Met Thr 210
Gly Gly lie Ala Leu 225
Leu Tyr Asn Glu Arg 245
Gly Asp Vai lie Leu 260
Ala Thr Leu Lys Arg 275
Leu Val Vai Asp Gly 290
Cys Ser Ala Ala lie 305
Gly Leu Tyr Ser Ile
325
Vai Asn Ser Thr 120
Leu Gly Ser Lys 135
Met Leu Leu Thr 150
Cys Thr Ala Vai
Arg Pro Leu Met 185
Lys Ala Thr Vai 200 lie Asn His Met 215
Glu Gin Lys Leu 230
Cys Ala Leu Glu
Ser Ala Glu Arg 265
Asn Vai Leu Thr 280
Vai Lys Leu lie 295
Ser Gly Ala Leu 310
Trp Gin Lys Thr
Gin Arg Cys
Thr Lys Glu
140
Arg Gly Asp 155
Gly Ala Thr 170
Leu lie Asn
Gly Asn Phe
Ala Gly Vai 220
Phe Lys Arg 235
Asn Gin Gin 250
Ala Leu Arg
Leu Leu Glu
Pro Leu Pro
300
Thr Ala Ala 315
Lys Ser Gly 330
Tyr Gin Tyr Thr 125
Arg Lys Thr Pro
Tyr Leu Leu Ala
160
Thr Tyr Ser Ala 175
Lys Leu Thr Ala 190
Gly Thr Ala Vai 205
Ala Gly Ala Vai
Ala Lys Glu Ser
240
Ser Gin Leu Ser 255
Lys Glu His Vai 27 0
Lys Ala Leu Glu 285 lie Thr Vai Ala
Ser Ala Gly lie
320
Lys <210> 293 <211> 7 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 293 tgcaatc <210> 294 <211> 196 <212> PRT <213> Chlamydia <4 00> 294
Thr Met Gly
Ala Val Vai
Gly Lys Tyr
Ser Leu Vai Gly Arg 5
Cys Gly Glu Glu Lys 20
Val Vai Leu Phe Phe
Gin Ala Pro Asp Phe Ser Gly Lys 10 15
Glu lie Ser Leu Ala Asp Phe Arg 25 30
Tyr Pro Lys Asp Phe Thr Tyr Vai 45
Cys Pro Thr Glu Leu 50
Glu His Gly Ala Vai 65
His Ser Arg Trp Leu
His Ala Phe Gin Asp Arg 55
Val Leu Gly Cys Ser Vai 70 75
Thr Vai Ala Arg Asp Ala 90
Leu Vai Asp Phe Glu 60
Asp Asp lie Glu Thr 80
Gly Gly lie Glu-Gly 95
285
Thr Glu Tyr Pro Leu Leu Ala Asp Pro Ser Phe Lys lie Ser Glu Ala 100 105110
Phe Gly Vai Leu Asn Pro Glu Gly Ser Leu Ala Leu Arg Ala Thr Phe 115 120125
Leu lie Asp Lys His Gly Vai lie Arg His Ala Vai lie Asn Asp Leu 130 135140
Pro Leu Gly Arg Ser lie Asp Glu Glu Leu Arg lie Leu Asp SerLeu
145 150 155160 lie Phe Phe Glu Asn His Gly Met Vai Cys Pro Ala Asn Trp ArgSer
165 170175
Gly Glu Arg Gly Met Vai Pro Ser Glu Glu Gly Leu Lys Glu Tyr Phe 180 185190
Gin Thr Met Asp
195 <210> 295 <211> 181 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 295
Lys Gly Gly Lys Met Ser Thr Thr lie Ser Gly Asp Ala Ser Ser Leu 5 1015
Pro Leu Pro Thr Ala Ser Cys Vai Glu Thr Lys Ser Thr Ser Ser Ser 20 2530
Thr Lys Gly Asn Thr Cys Ser Lys lie Leu Asp lie Ala Leu Ala lie 35 4045
Val Gly Ala Leu Val Val Val Ala Gly Val Leu Ala Leu Vai Leu Cys 50 5560
Ala Ser Asn Vai lie Phe Thr Vai lie Gly lie Pro Ala Leu lie lie 65 70 7580
Gly Ser Ala Cys ·.Vai Gly Ala Gly lie Ser Arg Leu Met Tyr Arg Ser 85 9095
Ser Tyr Ala Ser Leu Glu Ala Lys Asn Vai Leu Ala Glu Gin Arg Leu 100 105110
Arg Asn Leu Ser Glu Glu Lys Asp Ala Leu Ala Ser Vai Ser Phe lie 115 120125
Asn Lys Met Phe Leu Arg Gly Leu Thr Asp Asp Leu Gin Ala Leu Glu 130 135 .140
Ala Lys Vai Met Glu Phe Glu. lie Asp Cys Leu Asp Arg Leu GluLys
145 150 155160
Asn Glu Gin Ala Leu Leu Ser Asp Vai Arg Leu Vai Leu Ser SerTyr
165 170175
Thr Arg Trp Leu Asp
180 <210> 296 <211> 124 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 296 lie Tyr Glu Vai Met Asn Met Asp Leu Glu Thr Arg Arg Ser Phe Ala 5 1015
Vai Gin Gin Gly His Tyr Gin Asp Pro Arg Ala Ser Asp Tyr Asp Leu 20 2530
Pro Arg Ala Ser Asp Tyr Asp Leu Pro Arg Ser Pro Tyr Pro Thr Pro 35 4045
Pro Leu Pro Ser Arg Tyr Gin Leu Gin Asn Met Asp Vai Glu Ala Gly 50 5560
Rhe Arg Glu Ala Val Tyr Ala Ser Phe Vai Ala Gly Met Tyr Asn Tyr 65 70 7580
Val Vai Thr Gin Pro Gin Glu Arg He Pro Asn Ser Gin Gin Vai Glu 85 SO95
Gly lie Leu Arg Asp Met Leu Thr Asn Gly Ser Gin Thr Phe Ser Asn 100 105110
Leu Met Gin Arg Trp Asp Arg Glu Vai Asp Arg Glu 115120 <210> 297 <211> 488 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 297
Lys Gly Ser Leu Pro lie Leu Gly Pro Phe Leu Asn Gly Lys Met Gly 5 1015
Phe Trp Arg Thr Ser lie Met Lys Met Asn Arg lie Trp Leu LeuLeu
2530
Leu Thr Phe Ser Ser Ala lie His Ser Pro Vai Arg Gly Glu SerLeu
40 -45
Vai Cys Lys Asn Ala Leu Gin Asp Leu Ser Phe Leu Glu His LeuLeu
5560
Gin Vai Lys Tyr Ala Pro Lys Thr Trp Lys Glu Gin Tyr Leu Gly Trp 65 70 7580
Asp Leu Val Gin Ser Ser Vai Ser Ala Gin Gin Lys Leu Arg Thr Gin 85 9095
Glu Asn Pro Ser Thr Ser Phe Cys Gin Gin Vai Leu Ala Asp Phe Ile 100 105HO
287 :
Gly Gly Leu Asn Asp Phe 115
Ser Ala Tyr Leu Pro Tyr 130
Tyr Phe Vai Asp lie Met
145 150
Glu Leu Leu Glu Vai Asp 1.65
Leu Tyr Gly Ser Asn His 180
Leu Arg Thr Leu Phe Ser 195
Ser Gly Arg Thr Thr Leu 210
Glu Vai Arg Vai Lys Trp 225 230
Ala Thr lie Ala Pro Ser 245
Arg Ser Phe Phe Pro Lys 260
Leu Phe Tyr Ser Pro Met 275 .
His Tyr Ala Thr Ser Gly 290
Asp Gly Phe Leu Pro Vai 305 310
Leu Phe Arg Ala Tyr lie 325
His Lys Vai Gly Phe Leu 340
Glu Asp Phe Asp Pro Ser 355
Ile lie Gin Vai Phe Ser 370
Thr Asn Asn Pro Gly Gly
385 390
Met Leu Thr Asp Arg Pro 405
Thr Gin Asp Glu Val Vai 420
His Ala Gly Vai Thr 120
Thr Vai Gin Lys Ser 135
Thr Phe Ser Ser Glu
155
Gly Ala Pro Vai Gin 170
Lys Gly Thr Ala Ala 185
Arg Met Ala Ser Leu 200
Lys .lie Arg Arg Pro 215
Arg Tyr Vai Pro Glu 235 lie Arg Ala Pro Gin 250
Lys Asp Asp Ala Phe 265
Vai Pro His Phe Trp 280
Leu Lys Ser Gly Tyr 295 lie Gly Pro Vai lie
315
Ser Ser Vai Thr Asp 330
Arg lie Pro Thr Tyr 345
Gly Pro Pro Pro Trp 360
Ser Asn Thr Glu Ala 375
Ser Vai Leu Tyr Leu 395
Leu Glu Leu Pro Lys 410
Asp Ala Leu Asp Trp 425
Phe Phe Ala lie Glu 125
Ser Asp Gly Arg Phe 140 lie Arg Vai Gly Asp 160
Asp Vai Leu Ala Thr 175
Glu Glu Ser Ala Ala 190
Gly His Lys Vai Pro 205
Phe Gly Thr Thr Arg 220
Gly Vai Gly Asp Leu 240
Leu Gin Lys Ser Met 255
His Arg Ser Ser Ser 270
Ala Glu Leu Arg Asn 285
Asn Ile Gly Ser Thr 300
Trp Glu Ser Glu Gly 320
Gly Asp Gly Lys Ser 335
Ser Trp Gin Asp Met 350
Glu Glu Phe Ala Lys 365
Leu Ile lie Asp Gin 380
Tyr Ala Leu Leu Ser
400
His Arg Met lie Leu 415
Leu Thr Leu Leu Glu 430
288
Asn Val
Glu Gly
450
Gly Arg 465
Asp Thr 435
Tyr Thr
Gin Vai
Asn Vai
Vai Asp
Leu Asn
470
Glu Ser 440
Leu Gin 455
Cys Trp
Arg Leu
Vai Ala
Ser Lys
Ala Leu
Glu Tyr 460
Gly Asp 475
Gly Asp 445
Leu Lys lie Glu
Asn Met
Ser Phe
Leu Ser
480
Thr Pro lie Pro Leu Phe Gly Phe
485 <210> 298 <211> 140 < 212> PRT < 213> Chlamydia < 400> 298
Arg lie Asp lie Ser Ser Vai Thr Phe Phe lie Gly He Leu Leu Ala 5 1015
Val Asn Ala Leu Thr Tyr Ser His Vai Leu Arg Asp Leu Ser Vai Ser 20 2530
Met Asp Ala Leu Phe Ser Arg Asn Thr Leu Ala Vai Leu Leu Gly Leu 35 40. 45
Val Ser Ser Vai Leu Asp Asn Vai Pro Leu Vai Ala Ala Thr lie Gly 50 5560
Met Tyr Asp Leu Pro Met Asn Asp Pro Leu Trp Lys Leu lie Ala Tyr 65 70 7580
Thr Ala Gly Thr Gly Gly Ser Ile Leu lie lie Gly Ser Ala Ala Gly 85 9095
Vai Ala Tyr Met Gly Met Glu Lys Val Ser Phe Gly Trp Tyr Vai Lys 100 105HO
His Ala Ser Trp lie Ala Leu Ala Ser Tyr Phe Gly Gly Leu Ala. Vai 115 120125
Tyr Phe Leu Met Glu Asn Cys Val Asn Leu Phe Vai
130 135140 < 210> 299 < 2H> 361 < 212> PRT- < 213> Chlamydia < 400> 299
His Gin Glu lie Ala Asp Ser- Pro Leu Vai Lys Lys Ala Glu Glu Gin 5 1015
He Asn Gin Ala Gin Gin Asp He Gin Thr lie Thr Pro Ser Gly Leu 20 2530
Asp lie Pro lie Vai Gly Pro Ser Gly Ser Ala Ala Ser Ala Gly Ser 35 4045
289
Ala Ala 50 Gly Ala Leu Lys Ser 55 Ser Asn Asn Ser Gly. Arg 60 lie Ser Leu
Leu 65 Leu Asp Asp Vai Asp 70 Asn Glu Met Ala Ala 75 lie Ala Met Gin Gly 80
Phe Arg Ser Met lie 85 . Glu Gin Phe Asn Vai 90 Asn Asn Pro Ala Thr 95 Ala
Lys Glu Leu Gin 100 Ala Met Glu Ala Gin 105 Leu Thr Ala Met Ser 110 Asp Gin
Leu Vai Gly 115 Ala Asp Gly Glu Leu 120 Pro Ala Glu lie Gin 125 Ala lie Lys
Asp Ala 130 Leu Ala Gin Ala Leu 135 Lys Gin Pro Ser Ala 140 Asp Gly Leu Ala
Thr 145 Ala Met Gly Gin Vai 150 Ala Phe Ala Ala Ala 155 Lys Vai Gly Gly Gly 160
Ser Ala Gly Thr Ala 165 Gly Thr Vai Gin Met 170 Asn Vai Lys Gin Leu 175 Tyr
Lys Thr Ala Phe 180 Ser Ser Thr Ser Ser 185 Ser Ser Tyr Ala Ala 190 Ala Leu
Ser Asp Gly 195 Tyr Ser Ala Tyr Lys 200 Thr Leu Asn Ser Leu 205 Tyr Ser Glu
Ser Arg 210 Ser Gly Vai Gin Ser 215 Ala lie Ser Gin Thr 220 Ala Asn Pro Ala
Leu 225 Ser Arg Ser Vai Ser 230 Arg Ser Gly lie Glu 235 Ser Gin Gly Arg Ser 240
Ala Asp Ala Ser Gin 245 Arg Ala Ala Glu Thr 250 lie Vai Arg Asp Ser 255 Gin
Thr Leu Gly Asp 260 Vai Tyr Ser Arg Leu 265 Gin Vai Leu Asp Ser 270 Leu Met
Ser Thr lie 275 Vai Ser Asn Pro Gin 280 Ala Asn Gin Glu Glu 285 lie Met Gin
Lys . Leu 290 Thr Ala Ser lie Ser 295 Lys Ala Pro Gin Phe 300 Gly Tyr Pro Ala
Vai 305 Gin Asn Ser Vai Asp 310 Ser Leu Gin Lys Phe 315 Ala Ala Gin Leu Glu 320
Arg Glu Phe Vai Asp 325 Gly Glu Arg Ser Leu 330 Ala Glu Ser Gin Glu 335 Asn
Ala Phe Arg Lys 340 Gin Pro Ala Phe lie 345 Gin Gin Vai Leu Vai 350 Asn lie
Ala Ser Leu 355 Phe Ser Gly Tyr Leu 360 Ser
290 <210> 300 <211> 207 < 212> PRT < 213> Chlamydia < 4 00> 300
Ser Ser Lys lie Val Ser Leu Cys Glu Gly Ala Val Ala Asp Ala Arg 5 1015
Met Cys Lys Ala Glu Leu Ile Lys Lys Glu Ala Asp Ala Tyr Leu Phe 20 2530
Cys Glu Lys Ser Gly Ile Tyr Leu Thr· Lys Lys Glu Gly Ile Leu Ile 35 4045
Pro Ser Ala Gly lie Asp Glu Ser Asn Thr Asp Gin Pro Phe Val Leu 50 5560
Tyr Pro Lys Asp Ile Leu Gly Ser Cys Asn Arg Ile Gly Glu Trp Leu 65 70 ' 7580
Arq Asn Tyr Phe Arg Val Lys Glu Leu Gly Val Ile Ile Thr Asp Ser 85 9095
His Thr Thr Pro Met Arg Arg Gly Val Leu Gly Ile Gly Leu Cys Trp 100 105110
Tyr Gly Phe Ser Pro Leu His Asn Tyr Ile Gly Ser Leu Asp Cys Phe 115 120125
Gly Arg Pro Leu Gin Met Thr Gin Ser Asn Leu Vál Asp Ala Leu Ala 130 135140
Val Ala Ala Val Val Cys Met Gly Glu Gly Asn Glu Gin Thr ProLeu
145 150 155160
Ala Val He Glu Gin Ala Pro Asn Met Val Tyr His Ser Tyr ProThr
165 170175
Ser Arg Glu Glu Tyr Cys Ser Leu Arg Ile Asp Glu Thr Glu Asp Leu 180 185190
Tyr Gly Pro Phe Leu Gin Ala Val Thr Trp Ser Gin Glu Lys Lys 195 200205 <210> 301 <2U> 183 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 301
He Pro Pro Ala Pro Arg Gly His Pro 5
Ile Asp Ala Asn Gly Ile Leu His Val 20 25
Gly Arg Glu Gin Lys Ile Arg Ile Glu 35 40
Gin Ile Glu Val 10
Ser Ala Lys Asp
Ala Ser Ser Gly
Thr Phe Asp 15
Tkla Ala Ser 30
Leu Lys Glu
291
Asp Glu He Gin Gin Met lie Arg Asp Ala Glu Leu His Lys Glu Glu 50 5560
Asp Lys Gin Arg Lys Glu Ala Ser Asp Vai Lys Asn Glu Ala AspGly 65' 70 7580
Met lie Phe Arg Ala Glu Lys Ala Vai Lys Asp Tyr His Asp Lyslie
9095
Pro Tkla Glu Leu Vai Lys Glu He Glu Glu His He Glu Lys Vai Arq 100 105no
Gin Ala lie Lys Glu Asp Ala Ser Thr Thr Ala He Lys Ala Ala Ser 115 120125
Asp Glu Leu Ser Thr Arg Met Gin Lys He Gly Glu Ala Met Gin Ala 130 135140
Gin Ser Ala Ser Ala Ala Ala Ser Ser Ala Ala Asn Ala Gin GlyGlv 145 150 155160
Pro Asn He Asn Ser Glu Asp Leu Lys Lys His Ser Phe Ser ThrArg
165 170175
Pro Pro Ala Gly Gly Ser Ala
180 <210> 302 <211> 232 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 302
Met Thr Lys His Gly Lys Arg He Arg Gly He Gin Glu Thr Tyr 15 Asp
5 10
Leu Ala Lys Ser 20 Tyr Ser Leu Gly Glu Ala 25 He Asp lie Leu 30 Lys Gin
Cys Pro Thr 35 Vai Arg Phe Asp Gin Thr Vai 40 Asp Vai Ser 45 Vai. Lys Leu
Gly lie Asp 50 Pro Arg Lys Ser Asp Gin Gin 55 He Arg Gly 60 Ser Vai Ser
Leu 65 Pro His Gly Thr Gly 70 Lys Vai Leu Arg lie Leu Vai 75 Phe Ala Ala 80
Gly Asp Lys Ala Ala Glu 85 Ala lie Glu Ala 90 Gly Ala Asp Phe Vai 95 Gly
Ser Asp Asp Leu 100 Vai Glu Lys He Lys Gly 105 Gly Trp Vai Asp 110 Phe Asp
Vai Ala Vai 115 Ala Thr Pro Asp Met Met Arg 120 Glu Vai Gly 125 Lys Leu Gly
Lys Vai Leu 130 Gly Pro Arg Asn Leu Met Pro 135 Thr Pro Lys - 140 Ala Gly Thr
)2 92
Val Thr Thr Asp Val Val Lys Thr Ile Ala Glu Leu Arg Lys GlyLys
145 150 155160
Ile Glu Phe Lys Ala Asp Arg Ala Gly Val Cys Asn Val Gly ValAla
165 170175
Lys Leu Ser Phe Asp Ser Ala Gin Ile Lys Glu Asn Val Glu Ala Leu 180 185190
Cys Ala Ala Leu Val Lys Tkla Lys Pro Ala Thr Ala Lys Gly Gin Tyr 195 200205
Leu Val Asn Phe Thr lie Ser Ser Thr Met Gly Pro Gly Val Thr Val 210 215220
Asp Thr Arg Glu Leu Ile Ala Leu
225230 <210> 303 <211> 238 <212> PRT <213> chlamydia <400> 303
II® Asn Ser Lys Leu Glu Thr Lys Asn Leu Ile Tyr Leu Lys Leu Lys 5 1015 lie Lys Lys Ser Phe Lys Met Gly Asn Ser Gly Phe Tyr Leu Tyr Asn 20 2530
Thr Gin Asn Cys Val Phe Ala Asp Asn Ile Lys Val Gly Gin Met Thr 35 4045
Glu Pro Leu Lys Asp Gin Gin lie lie Leu Gly Thr Thr Ser Thr Pro 50 5560
Val Ala Ala Lys Met Thr Ala Ser Asp Gly Ile Ser Leu Thr Val Ser 65 70 7580
Asn Asn Pro Ser Thr Asn Ala Ser Ile Thr Ile Gly Leu Asp AlaGlu
90 “95
Lys Ala Tyr Gin Leu Ile Leu Glu Lys Leu Gly Asp Gin Ile LeuGly
100 105110
Gly Ile Ala Asp Thr Ile Val Ašp Ser Thr Val Gin Asp Ile Leu Asp 115 120125
Lys lie Thr Thr Asp Pro Ser Leu Gly Leu Leu Lys Ala Phe Asn Asn 130 135140
Phe Pro lie Thr Asn Lys lie Gin Cys Asn Gly Leu Phe Thr ProArg
145 150 155160
Asn Ile Glu Thr Leu Leu Gly Gly Thr Glu Ile Gly Lys Phe ThrVal
165 170175
Thr Pro Lys Ser Ser Gly Ser Met Phe Leu Val Ser Ala Asp Ile Ile
180
185
190
293
Ala Ser Arg Met Glu Gly Gly Val Val Leu Ala Leu Vai Arg Glu Gly 195 200205
Asp Ser Lys Pro Tyr Ala lie Ser Tyr Gly Tyr Ser Ser Gly Vai Pro 210 215220
Asn Leu Cys Ser Leu Arg Thr Arg lie lie Asn Thr Glv Leu
225 230 '235 <210> 304 <211> 133 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 304
His Met His His His His His His Met Ala Ser lie Cys Gly Arg Leu 5 1015
Gly Ser Gly Thr Gly Asn Ala Leu Lys Ala Phe Phe Thr Gin Pro Ser 20 2530
Asn Lys Met Ala Arg Val Vai Asn Lys Thr Lys Gly Met Asp Lys Thr 35 4045
Val Lys Vai Ala Lys Ser Ala Ala Glu Leu Thr Ala Asn lie Leu Glu 50 5560
Gin Ala Gly Gly Ala Gly Ser Ser Ala His lie Thr Ala Ser Gin Vai 65 70 7580
Ser Lys Gly Leu Gly Asp Thr Arg Thr Val Vai Ala Leu Gly Asn Ala
9095
Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr Vai Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe 100 105110
Ser His Met Lys Ala Tkla Ser Gin Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly 115 120125
Leu Thr Ala Asp Leu
130 <210> 305 <211> 125 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 305
Met Ala Ser lie Cys Gly Arg Leu Gly Ser Gly Thr Gly 10 Asn Ala 15 Leu.
5
Lys Ala Phe Phe Thr 20 Gin Pro Ser Asn 25 Lys Met Ala Arg Vai 30 Vai Asn
Lys Thr Lys 35 Gly Met Asp Lys Thr 40 Vai Lys Vai Ala Lys 45 Ser Ala Ala
Glu Leu Thr 50 Ala Asn lie Leu 55 Glu Gin Ala Gly Gly Ala . 60 Gly Ser Ser
294
Ala His lie Thr Ala Ser Gin Vai 65 70
Thr Val Vai Ala Leu Gly Asn Ala 85
Vai Gin Ser Ala Gin Ser Phe Phe 100
Lys Thr Gin Glu Gly Asp Glu Gly 115120
Ser Lys Gly Leu Gly Asp Thr Arg 7580
Phe Asn Gly Ala Leu Pro Gly Thr 9095
Ser His Met Lys Ala Ala Ser Gin
105HO
Leu Thr Ala Asp Leu 125 <210> 306 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 306 gagagcggcc gctcatgttt ataacaaagg aacttatg <210> 307 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 307 gagagcggcc gcttacttag gtgagaagaa gggagttťc <210> 308 <211> 1860 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 308 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc __r-nar-rrnnnr-t- nr.aatcaact cqqccaccqc qatqqcqqac y -a — ----* - -- — gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat ccatcacact ggcggccgct catgtttata acaaaggaac ttatgaatcg agttatagaa atccatgctc actacgatca aagacaactt tctcaatctc caaatacaaa cttcttagta catcatcctt atcttactct tattcccaag tttctactag gagctctaat cgtctatgct ccttattcgt ttgcagaaat ggaattagct atttctggac ataaacaagg taaagatcga gataccttta ccatgatctc ttcctgtcct gaaggcacta attacatcat caatcgcaaa ctcatactca gtgatttctc gttactaaat aaagtttcat cagggggagc ctttcggaat ctagcaggga aaatttcctt cttaggaaaa aattcttctg cgtccattca ttttaaacac attaatatca atggůtttgg agccggagtc ttttctgaat cctctattga atttactgat ttacgaaaac ttgttgcttt tggatctgaa ágcacaggag gaatttttac tgcgaaagag gacatctctt ttaaaaacaa ccaccacatt gccttccgca ataatatcac caaagggaat ggtggcgtta tccagctcca aggagatatg aaaggaagcg tatcctttgt agatcaacgt ggagctatca tctttaccaa taaccaagct gtaacttctt catcaatgaa acatagtggt cgtggaggag caattagcgg tgacttcgca ggatccagaa ttctttttct taataaccaá caaattactt tcgaaggcaa tagcgctgtg catggaggtg ctatctacaa taagaatggc cttgtcgagt tcttaggaaa tgcaggacct cttgccttta aagagaacac aacaatagct aacgggggag ctatatacac aagtaatttc aaagcgaatc aacaaacatc ccccattcta ttctctcaaa atcatgcgaa taagaaaggc ggagcgattt acgcgcaata tgtgaactta
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320 1380 1440
295 gaacagaatc aagatactat tcgctttgaa aaaaataccg ctaaagaagg cggtggagcc 1500 atcacctctt ctcaatgctc aattactgct cataatacca tcactttttc cgataatgct 1560 gccggagatc ttggaggagg agcaattctt ctagaaggga aaaaaccttc tctaaccttg 1620 attgctcata gtggtaatat tgcatttagc ggcaatacca tgcttcátat caccaaaaaa 1680 gcttccctag atcgacacaa ttctatctta atcaaagaag ctccctataa aatccaactt 1740 gcagcgaaca aaaaccattc tattcatttc tttgatcctg tcatggcatt gtcagcatca 1800 tcttccccta tacaáatcaa tgctcctgag tatgaaactc ccttcttctc acctaagtaa 1860 <210> 309 <211> 619 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 309
Met His His His? His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu 1 5 1015
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro lie Gly Gin Ala Met Ala
2530 lie Ala Gly Gin lie Lys Leu Pro Thr Vai His lie Gly Pro Thr Ala 35 4045 ;-Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arq Vai 50 5560
Gin Arg Val Vai Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly lie SerThr 65 70 7580
Gly Asp Val lie Thr Ala Val Ásp Gly Ala Pro Ile Asn Ser AlaThr
9095
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Vai lie Ser
100 105HO
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Vai Thr 115 120125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Tro 130 135140
Arg Pro Leu Met Phe Tie Thr Lys Glu Leu Met Asn Arg Vai HeGlu
I45 150 155160 lie His Ala His Tyr Asp Gin Arg Gin Leu Ser Gin Ser Pro AsnThr . 165 170175
Asn Phe Leu Vai His His Pro Tyr Leu Thr Leu He Pro Lys Phe Leu
180 185190
Leu Gly Ala Leu lie Vai Tyr Ala Pro Tyr Ser Phe Ala Glu Met Glu
195 200205
Leu Ala He Ser Gly His Lys Gin Gly Lys Asp Arg Asp Thr Phe Thr 210 215220
Met He Ser Ser Cys Pro Glu Gly Thr Asn Tyr He He Asn ArgLys
225 230 235240
Leu lie Leu Ser Asp Phe Ser Leu Leu Asn Lys Vai Ser Ser GlyGly
245 250255
Ala Phe Arg Asn Leu Ala Gly Lys lie Ser Phe Leu Gly Lys Asn Ser 260 265270
Ser Ala Ser lie His Phe Lys His He Asn lie Asn Gly Phe Gly Ala 275 280285
Gly Vai Phe Ser Glu Ser Ser He Glu Phe Thr Asp Leu Arg Lys Leu 290 295300
Vai Ala Phe Gly Ser Glu Ser Thr Gly Gly lie Phe Thr Ala LysGlu
305 310 315320
Asp He Ser Phe Lys Asn Asn His His lie Ala Phe Arg Asn AsnHe
325 330335
Thr Lys Gly Asn Gly Gly Vai lie Gin Leu Gin Gly Asp Met Lys Gly 340 345
Ser Val Ser Phe Vai Asp Gin Arg Gly Ala lie He Phe Thr Asn Asn
355 360365
Gin Ala Vai Thr Ser Ser Ser Met Lys His Ser Gly Arg Gly Gly Ala
296
380
Arg lie Leu Phe Leu Asn Asn Gin 395400
Ala Vai His Gly Gly Ala lie Tyr 410415
Leu Gly Asn Ala Gly Pro Leu Ala 425430
Asn Gly Gly Ala lie Tyr Thr Ser 445
Ser Pro lie Leu Phe Ser Gin Asn 4 60 lie Tyr Ala Gin Tyr Vai Asn Leu 475480
Phe Glu Lys Asn Thr Ala Lys Glu 490495
Gin Cys Ser lie Thr Ala His Asn
505510
Ala Gly Asp Leu Gly Gly Gly Ala 525
Ser Leu Thr Leu lie Ala His Ser 540
Thr Met Leu His lie Thr Lys Lys
555560 lie Leu lie Lys Glu Ala Pro Tyr 570575
Asn His Ser lie His Phe Phe Asp
585590
Ser Ser Pro lie Gin lie Asn Ala
605 Ser Pro Lys
370 375 lie Ser Gly Asp Phe Ala Gly Ser
385 390
Gin lie Thr Phe Glu Gly Asn Ser 405
Asn Lys Asn Gly Leu Vai Glu Phe 420
Phe Lys Glu Asn Thr Thr lie Ala 435440
Asn Phe Lys Ala Asn Gin Gin Thr 450455
His Ala Asn Lys Lys Gly Gly Ala
465470
Glu Gin Asn Gin Asp Thr lie Arg 485
Gly Gly Gly Ala lie Thr Ser Ser 500
Thr lie Thr Phe Ser Asp Asn Ala 515520 lie Leu Leu Glu Gly Lys Lys Pro 530535
Gly Asn lie Ala Phe Ser Gly Asn
545550
Ala Ser Leu Asp Arg His Asn Ser 565
Lys Ile Gin Leu Ala Ala Asn Lys 580
Pro Vai Met Ala Leu Ser Ala Ser
595 600
Pro Glu Tyr Glu Thr Pro Phe Phe 610 615 <210> 310 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 310 gagagcggcc gctccattct attcatttct ttgatcctg <210> 311 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 311 gagagcggcc gcttagaagc caacatagcc tcc <210> 312 <211> 2076 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 312 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat
120
180
240
300
360
420
297 ccatcacact ggcggccgct ccattctatt catttctttg atcctgtcat ggcattgtca gcatcatctt cccctataca aatcaatgct cctgagtatg aaactccctt cttctcacct aagggtatga tcgttttctc gggtgcgaat cttttagatg atgctaggga agatgttgca aatagaacat cgatttttaa ccaacccgtt catctatata atggcaccct atctatcgaa aatggagccc atctgattgt ccaaagcttc aaacagaccg gaggacgtat cagtttatct ccaggatcct ccttggctct atacacgatg aactcgttct tccatggcaa catatccagc aaagaacccc tagaaattaa tggtttaagc tttggagtag atatctctcc ttctaatctt caagcagaga tccgtgccgg caacgctcct ttacgattat ccggatcccc atctatccat gatcctgaag gattattcta cgaaaatcgc gatactgcag catcaccata ccaaatggaa atcttgctca cctctgataa aactgtagat atctccaaat ttactactga ttctctagtt acgaacaaac aatcaggatt ccaaggagcc tggcatttta gctggcagcc aaatactata aacaatacta aacaaaaaat attaagagct tcttggctcc caacaggaga atatgtcctt gaatccaatc gagtggggcg tgccgttcct aattccttat ggagcacatt tttactttta cagacagcct ctcataactt aggcgatcat ctatgtaata atcgatctct tattcctact tcatacttcg gagttttaat tggaggaact ggagcagaaa tgtctaccca ctcctcagaa gaagaaagct ttatatctcg ttťaggagct acaggaacct ctatcatacg cttaactccc tccctgacac tctctggagg aggctcacat atgttcggag attcgttcgt tgcagactta ccagaacaca tcacttcaga aggaattgtt cagaatgtcg gtttaaccca tgtctgggga ccccttactg tcaattctac attatgtgca gccttagatc acaacgcgat ggtccgcata tgctccaaaa aagatcacac ctatgggaaa tgggatacat tcggtatgcg aggaacatta ggagcctctt atacattcct agaatatgat caaactatgc gcgtattctc attcgccaac atcgaagcca caaatatctt gcaaagagct tttactgaaa caggctataa cccaagaagt ttttčcaaga caaaacttct aaacatcgcc atccccatag ggattggtta tgaattctgc ttagggaata gctcttttgc tctactaggt aagggatcca tcggttactc tcgagatatt aaacgagaaa acccatccac tcttgctcac ctggctatga atgattttgc ttggactacc aatggctgtt cagttccaac ctccgcacac acattggcaa atcaattgat tcttcgctat aaagcatgtt ccttatacat cacggcatat actatcaacc gtgaagggaa gaacctctcc aatagcttat cctgcggagg ctatgttggc ttctaa <210> 313 <211> 691 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 313
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
5 1015
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro lie Gly Gin Ala Met Ala 20 2530
Ile Ala Gly Gin Ile Lys Leu Pro Thr Vai His Ile Gly Pro Thr Ala 35 4045
Phe Leu Gl” Leu Gl” Val Vai As Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Vai 50 5560
Gin Arg Val Vai Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly lie SerThr
70 7580
Gly Asp Vai lie Thr Ala Vai Asp Gly Ala Pro lie Asn Ser AlaThr
9095
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Vai lie Ser 100 105110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Vai Thr 115 120125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp 130 135140
Arg Pro Leu His Ser lie His Phe Phe Asp Pro Vai Met Ala LeuSer
145 150 155160
Ala Ser Ser Ser Pro lie Gin lie Asn Ala Pro Glu Tyr Glu ThrPro
165 170175
Phe Phe Ser Pro Lys Gly Met lie Vai Phe Ser Gly Ala Asn Leu Leu 180 185190
Asp Asp Ala Arg Glu Asp Vai Ala Asn Arg.Thr Ser lie Phe Asn Gin 195 200205
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560 1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2076
298
Pro Vai 210 His Leu Tyr Asn Gly 215 Thr Leu Ser lie Glu 220 Asn Gly Ala His
Leu 225 lie Vai Gin Ser Phe 230 Lys Gin Thr Gly Gly 235 Arg He Ser Leu Ser 240
Pro Gly Ser Ser Leu 245 Ala Leu Tyr Thr Met 250 Asn Ser Phe Phe His 255 Gly
Asn lie Ser Ser 260 Lys Glu Pro Leu Glu 265 He Asn Gly Leu Ser 270 Phe Gly
Val Asp lie 275 Ser Pro Ser Asn Leu 280 Gin Ala Glu lie Arg 285 Ala Gly Asn
Ala Pro 290 Leu Arg Leu Ser Gly 295 Ser Pro Ser He His 300 Asp Pro Glu Gly
Leu 305 Phe Tyr Glu Asn Arg 310 Asp Thr Ala Ala Ser 315 Pro Tyr Gin Met Glu 320
lie Leu Leu Thr Ser 325 Asp Lys Thr Vai Asp 330 lie Ser Lys Phe Thr 335 Thr
Asp Ser Leu Vai 340 Thr Asn Lys Gin Ser 345 Gly Phe Gin Gly Ala 350 Trp His
Phe Ser Trp 355 Gin Pro Asn Thr lie 360 Asn Asn Thr Lys Gin 365 Lys Ile Leu
Arg Ala 370 Ser Trp Leu Pro Thr 375 Gly Glu Tyr Vai Leu 380 Glu Ser Asn Arg
Vai 385 Gly Arg Ala Vai Pro 390 Asn Ser Leu Trp Ser 395 Thr Phe Leu Leu Leu 400
Gin Thr Ala Ser His 405 Asn Leu Gly Asp His 410 Leu Cys Asn Asn Arg 415 Ser
Leu lie Pro Thr 420 Ser Tyr Phe Gly Vai 425 Leu lie Gly Gly Thr 430 Gly Ala
Glu Met Ser 435 Thr His Ser Ser Glu 440 Glu Glu Ser Phe lie 445 Ser Arg Leu
Gly Ala 450 Thr Gly Thr Ser He 455 He Arg Leu Thr Pro 4 60 Ser Leu Thr Leu
Ser 4 65 Gly Gly Gly Ser His 470 Met Phe Gly Asp Ser 475 Phe Vai Ala Asp Leu 480
Pro Glu His lie Thr 485 Ser Glu Gly He Vai 490 Gin Asn Vai Gly Leu 4 95 Thr
His Vai Trp Gly 500 Pro Leu Thr Vai Asn 505 Ser Thr Leu Cys Ala 510 Ala Leu
Asp His Asn 515 Ala Met Vai Arg lie 520 Cys Ser Lys Lys Asp 525 His Thr Tyr
Gly Lys 530 Trp Asp Thr Phe Gly 535 Met Arg Gly Thr Leu 540 Gly Ala Ser Tyr
Thr 545 Phe Leu Glu Tyr Asp 550 Gin Thr Met Arg Vai 555 Phe Ser Phe Ala Asn 560
lie Glu Ala Thr Asn 565 lie Leu Gin Arg Ala 570 Phe Thr Glu Thr Gly 575 Tyr
Asn Pro Arg Ser 580 Phe Ser Lys Thr Lys 585 Leu Leu Asn lie Ala 590 lie Pro
lie Gly lie 595 Gly Tyr Glu Phe Cys 600 Leu Gly Asn Ser Ser 605 Phe Ala Leu
Leu Gly 610 Lys Gly Ser lie Gly 615 Tyr Ser Arg Asp lie 620 Lys Arg Glu Asn
Pro 625 Ser Thr Leu Ala His 630 Leu Ala Met Asn Asp 635 Phe Ala Trp Thr Thr 640
Asn Gly Cys Ser Vai 645 Pro Thr Ser Ala His 650 Thr Leu Ala Asn Gin 655 Leu
lie Leu Arg Tyr 660 Lys Ala Cys Ser Leu 665 Tyr lie Thr Ala Tyr 670 Thr lie
Asn Vai Arg Gly Glu 675 Phe Gly Lys Asn Leu Ser 680 Asn Ser Leu Ser Cys 685 Gly Gly Tyr
299
690 <210> 314 <211> 38 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis <400> 314 gagagcggcc gctcatgatt aaaagaactt ctctatcc 38 <210> 315 <211> 36 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis <400> 315 agcggccgct tataattctg catcatcttc tatggc 36 <210> 316 <211> 1941 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 316 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300 gcgcttaacg ggcatcatcc čggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420 ccatcacact ggcggccgct catgattaaa agaacttctc tatcctttgc ttgcctcagt 480 tttttttatc tttcaactat atccattttg caagctaatg aaacggatac gctacagttc 540 cggcgattta ctttttcgga tagagagatt cagttcgtcc tagatcccgc ctctttaatt 600 accgcccaaa acatcgtttt atctaattta cagtcaaacg gaaccggagc ctgtaccatt 660 tcaggcaata cgcaaactca aatcttttct aattccgtta acaccaccgc agattctggt 720 ggagcctttg atatggttac tacctcattc acggcctctg ataatgctaa tctactcttc 780 tgcaacaact actgcacaca taataaággc ggaggagcta ttcgttccgg aggacctatt 840 cgattcttaa ataatcaaga cgtgcttttt tataataaca tatcggcagg ggctaaatat 900 gttggaacag gagatcacaa cgaaaaaaat aggggcggtg cgctttatgc aactactatc 960 actttgacag ggaatcgaac tcttgccttt attaacaata tgtctggaga ctgcggtgga 1020 gccatctctg ctgacactca aatatcaata actgataccg ttaaaggaat ťttatttgaa 1080 aacaatcaca cgctcaatca tataccgtac acgcaagctg aaaatatggc acgaggagga 1140 gcaatctgta gtagaagaga cttgtgctca atcagcaata attctggtcc catagttttt 1200 aactataacc aaggcgggaa aggťggagct attagcgcta cccgatgtgt tattgacaat 1260 aacaaagaaa gaatcatctt ttcaaacaat agttccctgg gatggagcca atcttcttct 1320 gcaagtaacg gaggagccat'tcaaacgaca caaggattta ctttacgaaa taataaaggc 1380 tctatctact tcgacagcaa cactgctaca cacgccgggg gagccattaa ctgtggttac 1440 attgacatcc gagataacgg acccgtctat tttctaaata actctgctgc ctggggagcg 1500 gcctttaatt tatcgaaacc acgttcagcg acaaattata tccatacagg gacaggcgat 1560 attgttttta ataataacgt tgtctttact cttgacggta atttattagg gaaacggaaa 1620 ctttttcata ttaataataa tgagataaca ccatatacat tgtctctcgg cgctaaaaaa 1680 gatactcgta tctattttta tgatcttttc caatgggagc gtgttaaaga aaatactagc 1740 aataacccac catctcctac cagtagaaac accattaccg ttaacccgga aacagagttt 1800 tctggagctg ttgtgttctc ctacaatcaa atgtctagtg acatacgaac tctgatgggt 1860 aaagaacaca attacattaa agaagcccca actactttaa aattcggaac gctagccata 1920 gaagatgatg cagaattata a 1941 <210> 317 <211> 646 <212> PRT
300
<213> Chlamydia trachomatis <400> 317
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu 1 5 1015
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro lie Gly Gin Ala Met Ala 20 2530 lie Ala Gly Gin lie Lys Leu Pro Thr Vai His lie Gly Pro Thr Ala 35 4045
Phe Leu Gly Leu Gly Vai Vai Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Vai 50 5560
Gin Arg Val Vai Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly lie SerThr
70 7580
Gly Asp Vai lie Thr Ala Vai Asp Gly Ala Pro lie Asn Ser AlaThr
9095
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Vai He Ser 100 105110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Vai Thr 115 120125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp 130 135140
Arg Pro Leu Met lie Lys Arg Thr Ser Leu Ser Phe Ala Cys LeuSer
145 150 155160
Phe Phe Tyr Leu Ser Thr lie Ser lie Leu Gin Ala Asn Glu ThrAsp
165 170175
Thr Leu Gin Phe Arg Arg Phe Thr Phe Ser Asp Arg Glu He Gin Phe 180 185190
Vai Leu Asp Pro Ala Ser Leu Ile Thr Ala Gin Asn Ile Vai Leu Ser 195 200205
Asn Leu Gin Ser Asn Gly Thr Gly Ala Cys Thr lie Ser Gly Asn Thr 210 215220
Gin Thr Gin lie Phe Ser Asn Ser Vai Asn Thr Thr Ala Asp SerGly
225 230 235240
Gly Ala Phe Asp Met Vai Thr Thr Ser Phe Thr Ala Ser Asp AsnAla
245 250255
Asn Leu Leu Phe Cys Asn Asn Tyr Cys Thr His Asn Lys Gly Gly Gly 260 265270
Ala lie Arg Ser Gly Gly Pro lie Arg Phe Leu Asn Asn Gin Asp Vai 275 280285
Leu Phe Tyr Asn Asn lie Ser Ala Gly Ala Lys Tyr Vai Gly Thr Gly 290 295300
Asp His Asn Glu Lys Asn Arg Gly Gly Ala Leu Tyr Ala Thr Thrlie
305 310 315320
Thr Leu Thr Gly Asn Arg Thr Leu Ala Phe lie Asn Asn Met SerGly
325 · 330335
Asp Cys Gly Gly Ala lie Ser Ala Asp Thr Gin lie Ser lie Thr Asp 340 345 · .350
Thr Vai Lys Gly He Leu Phe Glu Asn Asn His Thr Leu Asn His lie 355 360365
Pro Tyr Thr Gin Ala Glu Asn Met Ala Arg Gly Gly Ala lie Cys Ser 370 375380
Arg Arg Asp Leu Cys Ser He Ser Asn Asn Ser Gly Pro lie VaiPhe
385 390 395400
Asn Tyr Asn Gin Gly Gly Lys Gly Gly Ala lie Ser Ala Thr ArgCys
405 410415
Vai He Asp Asn Asn Lys Glu Arg lie He Phe Ser Asn Asn Ser Ser 420 425430
Leu Gly Trp Ser Gin Ser Ser Ser Ala Ser Asn Gly Gly Ala lie Gin 435 440445
Thr Thr Gin Gly Phe Thr Leu Arg Asn Asn Lys Gly Ser lie Tyr Phe 450 455· 460
301
Asp 465 Ser Asn Thr Ala Thr His Ala 470 Gly Gly Ala 475 Ile Asn Cys Gly Tyr 4 80
Ile Asp Ile Arg Asp Asn Gly Pro Val Tyr Phe Leu Asn Asn Ser Ala
485 490 495
Ala Trp Gly Ala Ala Phe Asn Leu Ser Lys Pro Arg Ser Ala Thr Asn
500 505 510
Tyr Ile His Thr Gly Thr Gly Asp Ile Val Phe Asn Asn Ash Val Val
515 520 525
Phe Thr Leu Asp. Gly Asn Leu Leu Gly Lys Arg Lys Leu Phe His Ile
530 535 540
Asn 545 Asn Asn Glu Ile Thr 550 Pro Tyr Thr Leu Ser 555 Leu Gly Ala Lys Lys 560
Asp Thr Arg Ile Tyr Phe Tyr Asp Leu Phe Gin Trp Glu Arg Val Lys
565 570 575
Glu Asn Thr Ser Asn Asn Pro Pro Ser Pro Thr Ser Arg Asn Thr Ilé
'580 585 590
Thr Val Asn Pro Glu Thr Glu Phe Ser Gly Ala Val Val Phe Ser Tyr
595 600 605
Asn Gin Met Ser Ser Asp Ile Arg Thr Leu Met Gly Lys Glu His Asn
610 615 620
Tyr Ile Lys Glu Ala Pro Thr Thr Leu Lys Phe Gly Thr Leu Ala Ile
625 630 635 640
Glu Asp Asp Ala Glu Leu
645 <210> 318 <211> 34 , <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 318 gagagcggcc gctcgacata cgaactctga tggg 34 <210> 319 <211> 33 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 319 gagagcggcc gcttaaaaga ccagagctcc tcc 33 <210> 320 <211> 2148 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 320 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcťtccc120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac180 ggčgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac300 gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat420 ccatcacact ggcggccgct cgacatacga actctgatgg gtaaagaaca caattacatt480 aaagaagccc caactacttt aaaattcgga acgctagcca tagaagatga tgcagaatta540 gaaatcttca atatcccgtt tacccaaaat ccgactagcc ttcttgcttt aggaagcggc600 gctacgctga ctgttggaaa gcacggtaag ctcaatatta caaatcttgg tgttatttta660 cccattattc tcaaagaggg gaagagtccg ccttgtattc gcgtcaaccc acaagatatg720 acccaaaata ctggtaccgg ccaaactcca tcaagcacaa gtagtataag cactccaatg780 attatcttta atgggcgcct ctcaattgta gacgaaaatt atgaatcagt -ctacgacagt840
302 atggacctct ccagagggaa agcagaacaa ctaattctat ccatagaaac cactaatgat 900 gggcaattag actccaattg gcaaagttct ctgaatactt ctctactctc tcctccacac 960 tatggctatc aaggtctatg gactcctaat tggataacaa caacctatac catcacgctt 1020 aataataatt cttcagctcc aacatctgct acctccatcg cťgagcagaa aaaaactagt 1080 gaaactttta ctcctagtaa cacaactaca gctagtatcc ctaatattaa agcttccgca 1140 ggatcaggct ctggatcggc ttccaattca ggagaagtta cgattaccaa acataccctt1200 gttgtaaact gggcaccagt cggctacata gtagatccta ttcgtagagg agatctgata1260 gccaatagct tagtacattc aggaagaaac atgaccatgg gcttacgatc attactcccg1320 gataactctt ggtttgcttt gcaaggagct gcaacaacat tatttacaaa acaacaaaaa1380 cgtttgagtt atcatggcta ctcttctgca tcaaaggggt ataccgtctc ttctcaagca1440 tcaggagctc atggtcataa gtttcttctt tccttctccc agtcatctga taagatgaaa1500 gaaaaagaaa caaataaccg cctttcttct cgttactatc tttctgcttt atgtttcgaa1560 catcctatgt ttgatcgcat tgctcttatc ggagcagcag cttgcaatta tggaacacat1620 aacatgcgga gtttctatgg aactaaaaaa tcttctaaag ggaaatttca ctctacaacc1680 ttaggagctt ctcttcgctg tgaactacgc gatagtatgc ctttacgatc aataatgctc1740 accccatttg ctcaggcttt attctctčga acagaaccag cttctatccg agaaagcggt1800 gatctagcta gattatttac attagagcaa gcccatactg ccgttgtctc tccaatagga1860 atcaaaggag cttattcttc tgatacatgg ccaacactct cttgggaaat ggaactagct1920 taccaaccca ccctctactg gaaacgtcct ctactcaaca cactattaat ccaaaataac1980 ggttcttggg tcaccacaaa taccccatta gctaaacatt ccttttatgg gagaggttct2040 cactccctca aattttctca tctgaaacta tttgctaact atcaagcaga agtggctact2100 tccactgtct cacactacat caatgcagga ggagctctgg tcttttaa2148 <210> 321 <211> 715 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 321
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
5 1015
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro lie Gly Gin Ala Met Ala 20 2530 lie Ala Gly Gin lie Lys Leu Pro Thr Val His lie Gly Pro Thr Ala 35 4045
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val 50 5560
Gin Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile SerThr
70 7580
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser AlaThr
9095
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser 100 105110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr 115 120125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp 130 135140
Arg Pro Leu Asp lie Arg Thr Leu Met Gly Lys Glu His. Asn TyrIle
145 150 155160
Lys Glu Ala Pro Thr Thr Leu Lys Phe Gly Thr Leu Ala Ile GluAsp
165 170175
Asp Ala Glu Leu Glu lie Phe Asn lie Pro Phe Thr Gin Asn Pro Thr 180 185190
Ser Leu Leu Ala Leu Gly Ser Gly Ala Thr Leu Thr Val Gly Lys His 195 200205
Gly Lys Leu Asn Ile Thr Asn Leu Gly Val lie Leu Pro Ile Ile Leu 210 215220
Lys Glu Gly Lys Ser Pro Pro Cys Ile Arg Val Asn Pro Gin AspMet
225 230 235240
Thr Gin Asn Thr Gly Thr Gly Gin Thr Pro Ser Ser Thr Ser SerIle
303
Ser Thr Pro Met Ile Ile Phe Asn Gly Arg Leu Ser Ile Val Asp Glu 260 '265270
Asn Tyr Glu Ser Val Tyr Asp Ser Met Asp Leu Ser Arg Gly Lys Ala 275 280285
Glu Gin Leu Ile Leu Ser Ile' Glu Thr Thr Asn Asp Gly Gin Leu Asp 290 295300
Ser Asn Trp Gin Ser Ser Leu Asn Thr Ser Leu Leu Ser Pro ProHis
305 310 315320
Tyr Gly Tyr Gin Gly Leu Trp Thr Pro Asn Trp Ile Thr Thr ThrTyr
325 330335
Thr lie Thr Leu Asn Asn Asn Ser Ser Ala Pro Thr Ser Ala Thr Ser 340 345350 lie Ala Glu Gin Lys Lys Thr Ser Glu Thr Phe Thr Pro Ser Asn Thr 355 360365
Thr Thr Ala Ser lie Pro Asn Ile Lys Ala Ser Ala Gly Ser Gly Ser 370 375380
Gly Ser Ala Ser Asn Ser Gly Glu Val Thr Ile Thr Lys His ThrLeu
385 390 395400
Val Val Asn Trp Ala Pro Val Gly Tyr Ile Val Asp Pro Ile ArgArg
405 410415
Gly Asp Leu Ile Ala Asn Ser Leu Val His Ser Gly Arg Asn Met Thr 420 425430
Met Gly Leu Arg Ser Leu Leu Pro Asp Asn Ser Trp Phe Ala Leu Gin 435 440445
Gly Ala Ala Thr Thr Leu Phe Thr Lys Gin Gin Lys Arg Leu Ser Tyr 450 455460
His Gly Tyr Ser Ser Ala Ser Lys Gly Tyr Thr Val Ser Ser GinAla
465 470 475480
Ser Gly 'Ala His Gly His Lys Phe Leu Leu Ser Phe Ser Gin SerSer
485 490495
Asp Lys Met Lys Glu Lys Glu Thr Asn Asn Arg Leu Ser Ser Arg Tyr 500 505510
Tyr Leu Ser Ala Leu Cys Phe Glu His Pro Met Phe Asp Arg Ile Ala 515 520525
Leu lie Gly Ala Ala Ala Cys Asn Tyr Gly Thr His Asn Met Arg Ser 530 535540
Phe Tyr Gly Thr Lys Lys Ser Ser Lys Gly Lys Phe His Ser ThrThr
545 550 555560
Leu Gly Ala Ser Leu Arg Cys Glu Leu Arg Asp Ser Met Pro LeuArg
565 570575
Ser lie Met Leu Thr Pro Phe Ala Gin Tkla Leu Phe Ser Arg Thr Glu ξ on
OUU303
Pro Ala Ser Ile Arg Glu Ser Gly Asp Leu Ala Arg Leu Phe Thr Leu 595 600605
Glu Gin Ala His Thr Ala Val Val Ser Pro Ile Gly Ile Lys Gly Ala 610 · 615620
Tvr Ser Ser Asp Thr Trp Pro Thr Leu Ser Trp Glu Met Glu LeuAla
625 630 635640
Tyr Gin Pro Thr Leu Tyr Trp Lys Arg Pro Leu Leu Asn Thr LeuLeu
645 650655
Ile Gin Asn Asn Gly Ser Trp Val Thr Thr Asn Thr Pro Leu Ala Lys 660 665670
His Ser Phe Tyr Gly Arg Gly Ser His Ser Leu Lys Phe Ser His Leu 675 680685
Lys Leu Phe Ala Asn Tyr Gin Ala Glu Val Ala Thr Ser Thr Val Ser 690 695700
His Tyr Ile Asn Ala Gly Gly Ala Leu Val Phe 705 710715 <210> 322 <211> 37
304 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 322 gagagcggcc gctcatgcct ttttctttga gatctac <210> 323 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 323 gagagcggcc gcttacacag atccattacc ggactg <210> 324 <211> 1896 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 324 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg·cgggccagat caagcttccc accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catcťccacc ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat ccatcacact ggcggccgct catgcctttt tctttgagat ctacatcatt ttgtttttta gcttgtttgt gttcctattc gtatggattc gcgagctctc ctcaagtgtt aacacctaat gtaaccactc.cttttaaggg ggacgatgtt tacttgaatg gagactgcgc ttttgtcaat gtctatgcag gggcagagaa cggctcaatt atctcagcta atggcgacaa tttaacgatt accggacaaa accatacatt atcatttaca gattctcaag ggccagttct tcaaaattat gccttcattt cagcaggaga gacacttact ctgaaagatt tttcgagttt gatgttctcg aaaaatgttt cttgcggaga aaagggaatg atctcaggga aaaccgtgag tatttccgga gcaggcgaag tgattttttg ggataactct gtggggtatt ctcctttgtc tattgtgcca gcatcgactc caactcctcc agcáccagca ccagctcctg ctgcttcaag ctctttatct ccaacagtta gtgatgctcg gaaagggtct attttttctg tagagactag tttggagatc tcaggcgtca aaaaaggggt catgttcgat aataatgccg ggaattttgg aacagttttt cgaggtaata gtaataataa tgctggtagt gggggtagtg ggtctgčtac aacaccaagt tttacagtta aaaactgtaa agggaaagtt tctttcacag ataacgtagc ctcctgtgga ggcggagtag tctacaaagg aactgtgctt ttcaaagaca atgaaggagg catattcttc caaaaaaaca caacatacaa taatttaaaa attcttacta ctactaatca aaatcaaaat acggagacag gaggcggtgg aggagttatt tgctctccag atgattctgt aaagtttgaa ggcaataaag gttctattgt ttttgattac aactttgcaa aaggcagagg cggaagcatc ctaacgaaag aattctctct tgtagcagat gattčggttg tctttagtaa caatacagca gaaaaaggcg gtggagctat ttatgctcct actatcgata taagcacgaa tggaggatcg attctgtttg aaagaaaccg agctgcagaa ggaggcgcca tctgcgtgag tgaagcaagc tctggttcaa ctggaaatct tactttaagc gcttctgatg gggatattgt tttttctggg aatatgacga gtgatcgtcc tggagagcgc agcgcagcaa gaatcttaag tgatggaacg actgtttctt taaatgcttc cggactatcg aagctgatct tttatgatcc tgtagtacaa aataattcag cagcgggtgc atcgacacca tcaccatctt cttcttctat gcctggtgct gtcacgatta atcagtccgg taatggatct gtgtaa <210> 325 <211> 631 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 325
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
5 10 - 15
120
180
240
300
360
420
480
540
600 660
720
780
840
900
960
1020 1080
1140 1200
1260 1320
1380 1440
1500 1560
1620 1680 1740
1800 1860
1896
305
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala Ile 25 Pro Ile Gly Gin Ala 30 Met Ala
20
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu Pro 4 0 Thr Val His Ile Gly 45 Pro Thr Ala
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Val Val 55 Asp Asn Asn Gly Asn 60 Gly Ala Arg Val
Gin 65 Arg Val Val Gly Ser 70 Ala Pro Ala Ala Ser 75 Leu Gly Ile Ser Thr 80
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val Asp Gly Ala 90 Pro Ile Asn Ser Ala 95 Thr
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn Gly His 105 His Pro Gly Asp Val 110 He Ser
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser Gly 120 Gly Thr Arg Thr Gly 125 Asn Val Thr
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Cys Arg Tyr 140 Pro Ser His Trp
Arg 145 Pro Leu Met Pro Phe 150 Ser Leu Arg Ser Thr 155 Ser Phe Cys Phe Leu 160
Ala Cys Leu Cys Ser 165 Tyr Ser Tyr Gly Phe 170 Ala Ser Ser Pro Gin 175 Val
Leu Thr Pro Asn 180 Val Thr Thr Pro Phe 185 Lys Gly Asp Asp Val 190 Tyr Leu
Asn Gly Asp 195 Cys Ala Phe Val Asn 200 Val Tyr Ala Gly Ala 205 Glu Asn Gly
Ser Ile 210 Ile Ser Ala Asn Gly 215 Asp Asn Leu Thr Tle 220 Thr Gly Gin Asn
His 225 Thr Leu Ser Phe Thr 230 Asp Ser Gin Gly Pro 235 Val Leu Gin Asn Tyr 240
Ala Phe Ile Ser Ala 245 Gly Glu Thr Leu Thr 250 Leu Lys Asp Phe Ser 255 Ser
Leu Met Phe Ser 260 Lys Asn Val Ser Cys 265 Gly Glu Lys Gly Met 270 Ile Ser
Gly Lys Thr 275 Val Ser Ile Ser Gly 280 Ala Gly Glu Val Ile 285 Phe Trp Asp
Asn Ser 290 Val Gly Tyr Ser Pro 295 Leu Ser Ile Val Pro 300 Ala Ser Thr Pro
Thr 305 Pro Pro Ala Pro Ala 310 Pro Ala Pro Ala Ala 315 Ser Ser Ser Leu Ser 320
Pro Thr Val Ser Asp 325 Ala Arg Lys Gly Ser 330 Ile Phe Ser Val Glu 335 Thr
Ser Leu Glu Ile 340 Ser Gly Val Lys Lys 345 Gly Val Met Phe Asp 350 Asn Asn
Ala Gly Asn 355 Phe Gly Thr Val Phe 360 Arg Gly Asn Ser Asn 365 Asn Asn Ala
Gly Ser 370 Gly Gly Ser Gly Ser 375 Ala Thr Thr Pro Ser 380 Phe Thr Val Lys
Asn 385 Cys Lys Gly Lys Val 390 Ser Phe Thr Asp Asn 395 Val Ala Ser Cys Gly 400
Gly Gly Val Val Tyr 405 Lys Gly Thr Val Leu 410 Phe Lys Asp Asn Glu 415 Gly
Gly Ile Phe Phe 420 Arg Gly Asn Thr Ala 425 Tyr Asp Asp Leu Gly 430 Ile Leu
Ala Ala Thr 4 35 Ser Arg Asp Gin Asn 440 Thr Glu Thr Gly Gly 445 Gly Gly Gly
Val lie 450 Cys Ser Pro Asp Asp 455 Ser Val Lys Phe Glu 4 60 Gly Asn Lys Gly
Ser 4 65 lie Val Phe Asp Tyr 470 Asn Phe Ala Lys Gly 475 Arg Gly Gly Ser Ile 480
Leu Thr Lys Glu Phe 485 Ser Leu Val Ala Asp 490 Asp Ser Val Val Phe 495 Ser
Asn Asn Thr Ala Glu Lys Gly Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Pro Thr Ilě
306
500 505510
Asp He Ser Thr Asn Gly Gly Ser He Leu Phe Glu Arg Asn Arg Ala 515 520525
Ala Glu Gly Gly Ala He Cys Vai Ser Glu Ala Ser Ser Gly Ser Thr 530 535540
Gly Asn Leu Thr Leu Ser Ala Ser Asp Gly Asp He Vai Phe SerGly
545 550 555560
Asn Met Thr Ser Asp Arg Pro Gly Glu Arg Ser Ala Ala Arg HeLeu
565 570575
Ser Asp Gly Thr Thr Vai Ser Leu Asn Ala Ser Gly Leu Ser Lys Leu 580 585590 lie Phe Tyr Asp Pro Val Vai Gin Asn Asn Ser Ala Ala Gly Ala Ser 595 600605
Thr Pro Ser Pro Ser Ser Ser Ser Met Pro Gly Ala Vai Thr He Asn 610 615620
Gin Ser Gly Asn Gly Ser Vai
625630 <210> 326 <211> 40 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 326 gagagcggcc gctcgatcct gtagtacaaa ataattcagc <210> 327 <2H> 33 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 327 gagagcggcc gcttaaaaga ttctattcaa gcc <210> 328 <211> 2148 <212> DNA < 213> Chlymadia trachomatis <400> 328 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg ťccgataact tccagctgtc ccagggtggg cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat ccatcacact ggcggccgct cgatcctgta gtacaaaata attcagcagc gggtgcatcg acaccatcac catcttcttc ttctatgcct ggtgctgtca cgattaatca gtccggtaat ggatctgtga tttttaccgc cgagtcattg actccttcag aaaaacttca agttcttaac tctacttcta acttcccagg agctctgact gtgtcaggag gggagttggt tgtgacggaa ggagctacct taactactgg gacdattaca gccacctctg gacgagtgac tttaggatcc ggagcttcgt tgtctgccgt tgcaggtgct gcaaataata attatacttg tacagtatct aagttgggga ttgatttaga atccttttta actcctaact ataagacggc catactgggt gcggatggaa cagttactgt taacagcggc tctactttag acctagtgat ggagaatgag gcagaggtct atgataatcc gctttttgtg ggatcgctga caattccttt tgttactcta tcttctagta gtgctagtaa cggagttaca aaaaattctg tcactattaa tgatgcagac gctgcgcact atgggtatca aggctcttgg tctgcagatt ggacgaaacc gcctctggct cctgatgcta aggggatggt acctcctaat accaataaca ctctgtatct gacatggaga cctgcttcga attacggtga atatcgactg gatcctcaga gaaagggaga actagtaccc aactctcttt gggtagcggg atctgcatta agaaccttta ctaatggttt gaaagaacac t
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660 720
780
840
900
960 1020 1080 1140 1200 1260
307
tatgtttcta gagatgttgg atttgtagca tctctgcatg ctctcgggga ttatattctg 1320
aattatacgc aagatgatcg ggatggcttt ttagctagat atgggggatt ccaggcgacc 1380
gcagcctccc attatgaaaa tgggtcaata tttggagtgg cttttggaca actctatggt 1440
cagacaaaga gcagaatgta ttactctaaa gatgctggga acatgacgat gttgtcctgt 1500
ttcggaagaa gttacgtaga tattaaagga acagaaactg ttatgtattg ggagacggct 1560
tatggctatt ctgtgcacag aatgcatacg cagtatttta atgacaaaac gcagaagttc 1620
gatcattcga aatgtcattg gcacaacaat aactattatg cgtttgtagg tgccgagcat 1680
aatttcttag agtactgcat tcctactcgt cagttagcta gagattatga gcttacaggg 1740
tttatgcgtt ttgaaatggc cggaggatgg tccagttcta cacgagaaac tggctcccta 1800
actagatatt tcgctcgcgg gtcagggcat aatatgtcgc ttccaatagg aattgtagct 1860
catgcagttt ctcatgtgcg aagatctcct ccttctaaac tgacactaaa tatgggatat 1920
agaccagaca tttggcgtgt cactccacat tgcaatatgg aaattattgc taacggagtg 1980
aagacaccta tacaaggatc cccgctggca cggcatgcct tcttcttaga agtgcatgat 2040
actttgtata ttcatcattt tggaagagcc tatatgaact attcattaga tgctcgtcgt 2100
cgacaaaccg cacattttgt atctatgggc ttgaatagaa tcttttaa 2148
<210> 329 <211> 715 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis <400> 329
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
1 Gin 5 10 15
Ser Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro lie Gly Gin Ala Met Ala
lie Ala 20 25 30
Gly 35 Gin lie Lys Leu Pro 40 Thr Vai His Ile Gly 45 Pro Thr Ala
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Vai Vai 55 Asp Asn Asn Gly Asn 60 Gly Ala Arg Vai
Gin 65 Arg Vai Vai Gly Ser 70 Ala Pro Ala Ala Ser 75 Leu Gly lie Ser Thr 30
Gly Asp Vai lie Thr Ala Vai Asp Gly Ala Pro lie Asn Ser Ala Thr
Ala 85 90 95
Met Ala Asp' Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Vai lie Ser
Vai 100 105 110
Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Vai Thr
115 120 125
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Cys Arg Tyr 140 Pro Ser His Trp
Arg 145 Pro Leu Asp Pro Vai 150 Vai Gin Asn Asn Ser 155 Ala Ala Gly Ala Ser
Thr Pro Ser Pro Ser Ser Ser Ser Met Pro Gly Ala Vai Thr lie 160 Asn
165 170 175
Gin Ser Gly Asn Gly Ser Vai lie Phe Thr Ala Glu Ser Leu Thr Pro
180 185 190
Ser Glu Lys Leu Gin Vai Leu Asn Ser Thr Ser Asn Phe Pro Gly Ala
195 200 205
Leu Thr Vai Ser Gly Gly Glu Leu Vai Vai Thr Glu Gly Ala Thr Leu
Thr 225 210 215 220
Thr Gly Thr lie Thr 230 Ala Thr Ser Gly Arg 235 Vai Thr Leu Gly Ser 240
Gly Ala Ser Leu Ser Ala Vai Ala Gly Ala Ala Asn Asn Asn Tyr Thr
245 250 255
Cys Thr Vai Ser Lys Leu Gly lie Asp Leu Glu Ser Phe Leu Thr Pro
260 265 270
Asn Tyr Lys Thr Ala lie Leu Gly Ala Asp Gly Thr Vai Thr Vai Asn
275 280 285
Ser Gly 290 Ser Thr Leu Asp Leu 295 Vai Met Glu Asn Glu 300 Ala Glu Vai Tyr
Asp Asn Pro Leu Phe Vai Gly Ser Leu Thr lie- Pro Phe Vai Thr Leu
308
305 310 315 320
Ser Ser Ser Ser Ala Ser Asn Gly Val Thr Lys Asn Ser Val Thr Ile
325 330 335
Asn Asp Ala Asp Ala Ala His Tyr Gly Tyr Gin Gly Ser Trp Ser Ala
Asp 340 345 350
Trp Thr Lys Pro Pro Leu Ala Pro Asp Ala Lys Gly Met Val Pro
355 360 365
Pro Asn Thr Asn Asn Thr Leu Tyr Leu Thr Trp Arg Pro Ala Ser Asn
370 375 380
Tyr Gly Glu Tyr Arg Leu Asp Pro Gin Arg Lys Gly Glu Leu Val Pro
385 390 395 400
Asn Ser Leu Trp Val Ala Gly Ser Ala Leu Arg Thr Phe Thr Asn Gly
405 410 415
Leu Lys Glu His Tyr Val Ser Arg Asp Val Gly Phe Val Ala Ser Leu
His 420 425 430
Ala Leu Gly Asp Tyr Ile . Leu Asn Tyr Thr Gin Asp Asp Arg Asp
4 35 440 445
Gly Phe Leu Ala Arg Tyr Gly Gly Phe Gin Ala Thr Ala Ala Ser His
450 455 460
Tyr Glu Asn Gly Ser Ile Phe Gly Val Ala Phe Gly Gin Leu Tyr Gly
4 65 470 475 480
Gin Thr Lys Ser Arg Met Tyr Tyr Ser Lys Asp Ala Gly Asn Met Thr
Met 485 490 495
Leu Ser Cys Phe Gly Arg Ser Tyr Val Asp Ile Lys Gly Thr Glu
500 505 510
Thr Val Met Tyr Trp Glu Thr Ala Tyr Gly Tyr Ser Val His Arg Met
His 515 520 525
Thr Gin Tyr Phe Asn Asp Lys Thr Gin Lys Phe Asp His Ser Lys
530 535 540
Cys His Trp His Asn Asn Asn Tyr Tyr Ala Phe Val Gly Ala Glu His
545 550 555 560
Asn Phe Leu Glu Tyr Cys Ile Pro Thr Arg Gin Leu Ala Arg Asp Tyr
Glu 565 570 57 5
Leu Thr Gly Phe Met Arg Phe Glu Met Ala Gly Gly Trp Ser Ser
580 585 590
Ser Thr Arg Glu Thr Gly Ser Leu Thr Arg Tyr Phe Ala Arg Gly Ser
595 600 605
Gly His Asn Met Ser Leu Pro Ile Gly Ile Val Ala His Ala Val Ser
610 615 620
His Val Arg Arg Ser Pro Pro Ser Lys Leu Thr Leu Asn Met Gly Tyr
625 630 635 640
Arg Pro Asp Ile Trp Arg Val Thr Pro His Cys Asn Met G 1_ u Ile Ile
645 650 655
Ala Asn Gly Val Lys Thr Pro Ile Gin Gly Ser Pro Leu Ala Arg His
660 665 670
Ala Phe Phe Leu Glu Val His Asp Thr Leu Tyr Ile His His Phe Gly
675 680 685
Arg Ala Tyr Met Asn Tyr Ser Leu Asp Ala Arg Arg Arg Gin Thr Ala
690 695 700
His Phe Val Ser Met Gly Leu Asn Arg Ile Phe
705 710 715
<210> 330 <211> 38 <212> DNA < 213> Chlymadia trachomatis <400> 330 gagagcggcc gctcatgaaa tggctgtcag ctactgcg <210> 331
309 < 211> 34 < 212> DNA < 213> Chlymadia trachomatis < 4 00> 331 gagcggccgc ttacttaatg cgaatttctt caag 34 < 210> 332 < 211> 1557 < 212> DNA < 213> Chlymadia trachomatis <400> 332· atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcáac180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac300 gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat420 ccatcacact ggcggccgct catgaaatgg ctgtcagcta ctgcggtgtt tgctgctgtt480 ctcccctcag tttcagggtt ttgcttccca gaacctaaag aattaaattt ctctcgcgta540 gaaacttctt cctctaccac ttttactgáa acaattggag aagctggggc agaatatatc600 gtctctggta acgcatcttt cacaaaattt accaacattc ctactaccga tacaacaact660 cccacgaact caaactcctc tagctctagc ggagaaactg cttccgtttc tgaggatagt720 gactctacaa caacgactcc tgatcctaaa ggtggcggcg ccttttataa cgcgcactcc780 ggagttttgt cctttatgac acgatcagga acagaaggtt ccttaactct gtctgagata840 aaaatgactg gtgaaggcgg tgctatcttc tctcaaggag agctgctatt tacagatctg900 acaagtctaa ccatccaaaa taacttatcc cagctatccg gaggagcgat ttttggagga960 tctacaatct ccctatcagg gattactaaa gcgactttct cctgcaactc tgcagaagtt1020 cctgctcctg ttaagaaacc tacagaacct aaagctcaaa cagcaagcga aacgtcgggt1080 tctagtagtt ctagcggaaa tgattcggtg tcttccccca gttccagtag agctgaaccc1140 gcagcagcta atcttcaaag tcactttatt tgtgctacag ctactcctgc tgctcaaacc1200 gatacagaaa catcaactcc ctctcataag ccaggatctg ggggagctat ctatgctaaa1260 ggcgacctta ctatcgcaga ctctcaagag gtactattct caataaataa agctactaaa1320 gatggaggag cgatctttgc tgagaaagat gtttctttcg agaatattac atcattaaaa1380 gtacaaacta acggtgctga agaaaaggga ggagctatct atgctaaagg tgacctctca1440 attcaatctt ctaaacagag tctttttaat tctaactaca gtaaacaagg tgggggggct1500 ctatatgttg aaggaggtat aaacttccaa gatcttgaag aaattcgcat taagtaa1557 <210> 333 <211> 518 <212> PRT <213> Chlymadia trachomatis <400> 333
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
5 10 .15
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro Ile Gly Gin Tkla Met Ala 20 2530
He Ala Gly Gin He Lys Leu Pro Thr Val His He Gly Pro Thr Ala 35 4045
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Tkla Arg Val 50 5560
Gin Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile SerThr
70 7580
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser AlaThr
9095
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser 100 105110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg- Thr Gly Asn Val Thr
310
115 120125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp 130 135140
Arg Pro Leu Met Lys Trp Leu Ser Ala Thr Ala Val Phe Ala AlaVal
145 150 155160
Leu Pro Ser Val Ser Gly Phe Cys Phe Pro Glu Pro Lýs Glu LeuAsn
165 170175
Phe Ser Arg Val Glu Thr Ser Ser Ser Thr Thr Phe Thr Glu Thr Ile 180 185190
Gly Glu Ala Gly Ala Glu Tyr Ile Val Ser Gly Asn Ala Ser Phe Thr 195 200205
Lys Phe Thr Asn He Pro Thr Thr Asp Thr Thr Thr Pro Thr Asn Ser 210 215220
Asn Ser Ser Ser Ser Ser Gly Glu Thr Ala Ser Val Ser Glu AspSer
225 230 235240
Asp Ser Thr Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala PheTyr
245 250255
Asn Ala His Ser Gly Val Leu Ser Phe Met Thr Arg Ser Gly Thr Glu 260 265270
Gly Ser Leu Thr Leu Ser Glu He Lys Met Thr Gly Glu Gly Gly Ala 275 280285
Ile Phe Ser Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp Leu Thr Ser Leu Thr 290 295300
Ile Gin Asn Asn Leu Ser Gin Leu Ser Gly Gly Ala Ile Phe GlyGly
305 310 315320
Ser Thr Ile Ser Leu Ser Gly Ile Thr Lys Ala Thr Phe Ser CysAsn
325 330335
Ser Ala Glu Val Pro Ala Pro Val Lys Lys Pro Thr Glu Pro Lys Ala 340 345350
Gin Thr Ala Ser Glu Thr Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Asn Asp 355 360365
Ser Val Ser Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu Pro Ala Ala Ala Asn 370 375380
Leu Gin Ser His Phe He Cys Ala Thr Ala Thr Pro Ala Ala GinThr
385 390 395400
Asp Thr Glu Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro Gly Ser Gly GlyAla
405 410415
Ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Thr Ile Ala Asp Ser Gin Glu Val Leu 420 425430
Phe Ser Ile Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly Ala Ile Phe Ala Glu 435 440445
Lys Asp Vsi Ssi? Plis Glu Asn Tis Ttix? Ssn Lsu Lys V3I Gin Thm Asn, 450 455460
Gly Ala Glu Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Gly Asp LeuSer
465 470 475480
Ile Gin Ser Ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Asn Tyr Ser LysGin
485 490495
Gly Gly Gly Ala Leu Tyr Val Glu Gly Gly Ile Asn Phe Gin Asp Leu 500 505510
Glu Glu Ile Arg Ile Lys 515 <210> 334 <211> 37 <212> DNA <213> Chlymadia trachomatis <400> 334 gagagcggcc gctcggtgac ctctcaattc aatcttc <210> 335
311 < 211> 39 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 335 gagagcggcc gcttagttct ctgttacagá taaggagac 39 <210> 336 <211> 1758 < 212> DNA < 213> Chlymadia trachomatis <400> 336
atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60
cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120
accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180
ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg Caagtctcgg catctccacc 240
ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300
gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360
ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420
ccatcacact ggcggccgct cggtgacctc tcaattcaat cttctaaaca gagtcttttt 480
aattctaact acagtaaaca aggtgggggg gctctatatg ttgaaggagg tataaacttc 540
caagatcttg aagaaattcg cattaagtac aataaagctg gaacgttcga aacaaaaáaa 600
atcactttac cttctttaaa agctcaagca tctgcaggaa atgcagatgc ttgggcctct 660
tcctctcctc aatctggttc tggagcaact acagtctccg actcaggaga ctctagctct 720
ggctcagact cggatacctc agaaacagtt ccagtcacag ctaaaggcgg tgggctttat 780
actgataaga atctttcgat tactaacatc acaggaatta tcgaaattgc aaataacaaa 840
gcgacagatg ttggaggtgg tgcttacgta aaaggaaccc ttacttgtga aaactctcac 900
cgtctacaat ttttgaaaaa ctcttccgat aaacaaggtg gaggaatcta cggagaagac 960
aacatcaccc tatctaattt gacagggaag actctattcc aagagaatac tgccaaagaa 1020
gagggcggtg gactcttcat aaaaggtaca gataaagctc ttacaatgac aggactggat 1080
agtttctgtt taattaataa cacatcagaa aaacatggtg gtggagcctt tgttaccaaa 114 0
gaaatctctc agactťacac ctctgatgtg gaaacaattc caggaatcac gcctgtacat 1200
ggtgaaacag tcattactgg caataaatct acaggaggta atggtggagg cgtgtgtaca 1260
aaacgtcttg ccttatctaa ccttcaaagc atttctatat ccgggaattc tgcagcagaa 1320
aatggtggtg gagcccacac atgcccagat agcttcccaa cggcggatac tgcagaacag 1380
cccgcagcag cttctgccgc gacgtctact cccaaatctg ccccggtctc aactgctcta 1440
agcacacctt catcttctac cgtctcttca ttaaccttac tagcagcctc ttcačaagcc 1500
tctcctgcaa cctctaataa ggaaactcaa gatcctaatg ctgatacaga ettattgate 1560
gattatgtag ttgatacgac tatcagcaaa aacactgcta agaaaggcgg tggaatctat 1620
gctaaaaaag ccaagatgtc ccgcatagac caactgaata tctctgagaa ctccgctaca 1680
g a g a t a g g t g rr Λ γτγτ+- a 1- γτ ctgtaaagaa tctttagaac t agat get ct agtctcctta i 7 4 0
tctgtaacag agaactaa 1758
<210> 337 <211> 585 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 337
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu 1 5 1015
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro lie Gly Gin Ala Met Ala 20 2530 lie Ala Gly Gin lie Lys Leu Pro Thr Val His lie Gly Pro Thr Ala 35 4045
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val 50 5560
Gin Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile Ser Thr 65 70 . 75 .80
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser Ala Thr
312
85 90 95
Ala Met Ala Asp Ala Leu 100 Asn Gly His His Pro Gly Asp Val 105 HO Ile Ser
Val Thr Trp Gin Thr Lys 115 Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn 120 125 Val Thr
Leu Ala Glu Gly Pro Pro 130 Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser 135 140 His Trp
Arg 145 Pro Leu Gly Asp Leu 150 Ser Ile Gin Ser Ser Lys Gin Ser 155 Leu Phe 160
Asn Ser Asn Tyr Ser Lys 165 Gin Gly Gly Gly Ala Leu Tyr Val 170 Glu Gly 175
Gly Ile Asn Phe Gin Asp 180 Leu Glu Glu Ile Arg Ile Lys Tyr 185 190 Asn Lys
Ala Gly Thr Phe Glu Thr 195 Lys Lys lie Thr Leu Pro Ser Leu 200 205 Lys Ala
Gin Ala Ser Ala Gly Asn 210 Ala Asp Ala Třp Ala Ser Ser Ser 215 220 Pro Gin
Ser 225 Gly Ser Gly Ala Thr 230 Thr Val Ser Asp Ser Gly Asp Ser 235 Ser Ser 240
Gly Ser Asp Ser Asp Thr 245 Ser Glu Thr Val Pro Val Thr Ala 250 Lys Gly 255
Gly Gly Leu Tyr Thr Asp 260 Lys Asn Leu Ser Ile Thr Asn Ile 265 270 Thr Gly
Ile Ile Glu Ile Ala Asn 275 Asn Lys Ala Thr Asp Val Gly Gly 280 285 Gly Ala
Tyr Val Lys Gly Thr Leu 290 Thr Cys Glu Asn Ser His Arg Leu 295 300 Gin Phe
Leu 305 Lys Asn Ser Ser Asp 310 Lys Gin Gly Gly Gly Ile Tyr Gly 315 Glu Asp 320
Asn Ile Thr Leu Ser Asn 325 Leu Thr Gly Lys Thr Leu Phe Gin 330 Glu Asn 335
Thr Ala Lys Glu Glu Gly 340- Gly Gly Leu Phe Ile Lys Gly Thr 345 350 Asp Lys
Ala Leu Thr Met Thr Gly 355 Leu Asp Ser Phe Cys Leu Ile Asn 360 365 Asn Thr
Ser Glu Lys His Gly Gly 370 Gly Ala Phe Val Thr Lys Glu Ile 375 380 Ser Gin
Thr 385 Tyr Thr Ser Asp Val 390 Glu Thr lie Pro Gly lie Thr Pro 395 Val His 400
Gly Glu Thr Val Ile Thr 405 Gly Asn Lys Ser Thr Gly Gly Asn 410 Gly Gly 415
Gly Val Cys Thr Lys Arg . 420 Leu Ala Leu Ser Asn Leu Gin Ser 425 430 Ile Ser
Ile Ser Gly Asn Ser Ala 435 Ala Glu Asn Gly Gly Gly Ala His 440 445 Thr Cys
Pro Asp Ser Phe Pro Thr 450 Ala Asp Thr Ala Glu Gin Pro Ala 455 460 Ala Ala
Ser 465 Ala Ala Thr Ser Thr 470 Pro Lys Ser Ala Pro Val Ser Thr 475 Ala Leu 480
Ser Thr Pro Ser Ser Ser 485 Thr Val Ser Ser Leu Thr Leu Leu 4 90 Ala Ala 4 95
Ser Ser Gin Ala Ser Pro 500 Ala Thr Ser Asn Lys Glu Thr Gin 505 510 Asp Pro
Asn Ala Asp Thr Asp Leu 515 Leu Ile Asp Tyr Val Val Asp Thr 520 525 Thr Ile
Ser Lys Asn Thr Ala Lys 530 Lys Gly Gly Gly Ile Tyr Ala Lys 535 540 Lys Ala
Lys 545 Met Ser Arg Ile Asp 550 Gin Leu Asn Ile Ser Glu Asn Ser 555 Ala Thr 560
Glu Ile Gly Gly Gly Ile 565 Cys Cys Lys Glu Ser Leu Glu Leu 570 Asp Ala 575
Leu Val Ser Leu Ser Val Thr Glu Asn
580
585 <210> 338 <211> 38 <212> DNA <213> Chlamydai trachomatis <400> 338 gagagcggcc gctcgaccaa ctgaatatct ctgagaac <210> 339 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 339 gagagcggcc gcttaagaga ctacgtggag ttctg <210> 340 <211> 1965 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 340 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc cagggattcg ccattccgat. cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ccatcacact ggcggccgct cgaccaactg aatatctctg agaactccgc ggtggaggta tctgctgtaa agaatcttta gaactagatg ctctagtctc acagagaacc ttgttgggaa agaaggtgga ggcttacatg ctaaaactgt aatctgaaat caggcttctc tttctcgaac aacaaagcaa actcctcatc gcaacaacag cttcagcacc tgctgcagct gctgcttccc tacaagcagc gcaccatcat ctccagcaac accaacttat tcaggtgtag taggaggagc gaaaaggtta cattctctca atgtagcggg acttgtcagt tctctgggaa gataacaatc cctcccaatc atcgttgaac gtacaaggag gagccatcta tctttgtcta ttggatcttc cgatgctgga acctcctata ttttctcggg tccactggga aatctcaaac aacagggcaa atagcgggag gagcgatcta gttacattga attgtcctgc gacattctct aacaatacag cctctatagc acttcttctg aagatggatc ctcaggaaat tctattaaag ataccattgg gcagggacag ccattaccct atctggagtc tctcgatttt cagggaatac ggagctgcaa taggaactct agctaatgca aatacaccca gtgcaaCtag aatagcatta cagaaaaaat tactttagaa aacggttctt ttatttttga gctaataaac gtggagcgat ttactctcct agcgtttcca ttaaagggaa ttcaatcaaa atacatccac tcatgatgga agcgctatct actttacaaa attgagtctt taggatctgt tctttttaca ggaaataacg ttacagctac tctgcaacat ctggacaaaa tacaaatact gccaactatg gggcagccat ccaggaacca ctcaatcgtc tcaaacagat gccattttaa cccttcttgc aacattactt ttagcaacaa cagtttacag aataaccaag gtgatactcc ttttgtagta ttgcaggata cgtcaaactc tctctacaag ccgctaaagg agctttttcg attgtgtgca cacctctacc aaaaaaacag gttcaacaca gaaactttag atattaataa agaagagaac agtaatccat atacaggaac tcttctgaat tacatgaaaa caaatčttac atcccacaga atgcaatcct actttagttc ttaaagagaa aacagaactc cacgtagtct cttaa ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat tacagagata cttatctgta aaatatttct caCaggagtc cgcagcagcc tatctatgga ccaagctatc tgccaaaacc gaacagtgtc ctcccctact tacaccgaag aggagccatt ggctgattta cggatctcaa aagaaaccaa taatattacc agatgctacg acaagctagt ctttggagat ttcttctgga cgctagcaag gaagactatt aaacgtttat tattgtgttc tcacaacgga
120 180 240
300 360
420 480 540 600
660 720 780 840
900
960 1020 1080 1140
1200 1260
1320 1380 1440
1500 1560
1620 1680
1740 1800 1860
1920 1965 <210> 341 <211> 654
314 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 341
Met 1 His His His His 5 His His Thr Ala Ala 10 Ser Asp Asn Phe Gin 15 Leu
Ser Gin Gly Gly 20 Gin Gly Phe Ala Ile 25 Pro Ile Gly Gin Ala 30 Met Ala
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu Pro 40 Thr Val His Ile Gly 45 Pro Thr Ala
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Val Val 55 Asp Asn Asn Gly Asn 60 Gly Ala Arg Val
Gin 65 Arg Val Val Gly Ser 70 Ala Pro Ala Ala Ser 75 Leu Gly Ile Ser Thr 80
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val Asp Gly Ala 90 Pro Ile Asn Ser Ala 95 Thr
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn Gly His 105 His Pro Gly Asp Val 110 Ile Ser
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser Gly 120 Gly Thr Arg Thr Gly 125 Asn Val Thr
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Cys Arg Tyr 140 Pro Ser His Trp
Arg 145 Pro Leu Asp Gin Leu 150 Asn Ile Ser Glu Asn 155 Ser Ala Thr Glu Ile 160
Gly Gly Gly Ile Cys 165 Cys Lys Glu Ser Leu 170 Glu Leu Asp Ala Leu 175 Val
Ser Leu Ser Val 180 Thr Glu Asn Leu Val 185 Gly Lys Glu Gly Gly 190 Gly Leu
His Ala Lys 195 Thr Val Ásn Ile Ser 200 Asn Leu Lys Ser Gly 205 Phe Ser Phe
Ser Asn 210 Asn Lys Ala Asn Ser 215 Ser Ser Thr Gly Val 220 Ala Thr Thr Ala
Ser 225 Ala Pro Ala Ala Ala 230 Ala Ala Ser Leu Gin 235 Ala Ala Ala Ala Ala 240
Ala Pro Ser Ser Pro 24 5 Ala Thr Pro Thr Tyr 250 Ser Gly Val Val Gly 255 Gly
Ala Ile Tyr Gly 260 Glu Lys Val Thr Phe 265 Ser Gin Cys Ser Gly 270 Thr Cys
Gin Phe Ser 275 Gly Asn Gin Ala Ile 280 Asp Asn Asn Pro Ser 285 Gin Ser Ser
Leu Asn 290 Val Gin Gly Gly Ala 295 Ile Tyr Ala Lys Thr 300 Ser Leu Ser Ile
Gly 305 Ser Ser Asp Ala Gly 310 Thr Ser Tyr Ile Phe 315 Ser Gly Asn Ser Val 320
Ser Thr Gly Lys Ser 325 Gin Thr Thr Gly Gin 330 Ile Ala Gly Gly Ala 335 Ile
Tyr Ser Pro Thr 340 Val Thr Leu Asn Cys 345 Pro Ala Thr Phe Ser 350 Asn Asn
Thr Ala Ser 355 Ile Ala Thr Pro Lys 360 Thr Ser Ser Glu Asp 365 Gly Ser Ser
Gly Asn 370 Ser Ile Lys Asp Thr 375 Ile Gly Gly Ala Ile 380 Ala Gly Thr Ala
Ile 385 Thr Leu Ser Gly Val 390 Ser Arg Phe Ser Gly 395 Asn Thr Ala Asp Leu 400
Gly Ala Ala Ile Gly 405 Thr Leu Ala Asn Ala 410 Asn Thr Pro Ser Ala 415 Thr
Ser Gly Ser Gin 420 Asn Ser Ile Thr Glu 425 Lys Ile Thr Leu Glu 430 Asn Gly
Ser Phe Ile 435 Phe Glu Arg Asn Gin 440 Ala Asn Lys Arg Gly 445 Ala Ile Tyr
Ser Pro Ser Val Ser Ile Lys Gly Asn Asn Ile Thr Phe Asn Gin Asn
315
450 455460
Thr Ser Thr His Asp Gly Ser Ala lie Tyr Phe Thr Lys Asp AlaThr
465 470 475480
He Glu Sér Leu Gly Ser Val Leu Phe Thr Gly Asn Asn Vai ThrAla
485 490495
Thr Gin Ala Ser Ser Ala Thr Ser Gly Gin Asn Thr Asn Thr Ala Asn 500 505510
Tyr Gly Ala Ala lie Phe Gly Asp Pro Gly Thr Thr Gin Ser Ser Gin 515 520525
Thr Asp Ala He Leu Thr Leu Leu Ala Ser Ser Gly Asn He Thr Phe 530 535540
Ser Asn Asn Ser Leu Gin Asn Asn Gin Gly Asp Thr Pro Ala SerLys
545 550 555560
Phe Cys Ser lie Ala Gly Tyr Vai Lys Leu Ser Leu Gin Ala AlaLys
565 570575
Gly Lys Thr He Ser Phe Phe Asp Cys Vai His Thr Ser Thr Lys Lys 580 585590
Thr Gly Ser Thr Gin Asn Vai Tyr Glu Thr Leu Asp lie Asn Lys Glu 595 600605
Glu Asn Ser Asn Pro Tyr Thr Gly Thr He Vai Phe Ser Ser Glu Leu 610 615620
His Glu Asn Lys Ser Tyr lie Pro Gin Asn Ala lie Leu His Asn Gly 625 630 635640
Thr Leu Val Leu Lys Glu Lys Thr Glu Leu His Val Vai Ser 645650 <210> 342 <211> 36 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> -342 gagagcggcc gctcggaact attgtgttct cttctg <210> 343 <211> 35 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 343 gagagcggcc gcttagaaga tcatgcgagc accgc <210> 344 <211> 2103 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 344
atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg 60
cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc 120
accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac 180
ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc 240
ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac 300
gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc 360
ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat 420
ccatcacact ggcggccgct cggaactatt gtgttctctt ctgaattaca tgaaaacaaa 480
tcttacatcc cacagaatgc aatccttcac aacggaactt tagttcttaa agagaaaaca 540
gaactccacg tagtctcttt tgagcagaaa gaagggtcta aattaattat ggaacccgga 600
gctgtgttat ctaaccaaaa catagctaac ggagctctag ctatcaatgg gttaacgatt 660
gatctttcca gtatggggac tcctcaagca ggggaaatct tctctcctcc agaattacgt 720
atcgttgcca cgacctctag tgcatccgga ggaagcgggg tcagcagtag tataccaaca 780
316 aatcctaaaa ggatttctgc agcagtgcct tcaggttctg ccgcaactac tccaactatg840 agcgagaaca aagttttcct aacaggagac cttactttaa tagatcctaa tggaaacttt900 taccaaaacc ctatgttagg aagcgatcta gatgtaccac taattaagct tccgactaac960 acaagtgacg tccaagtcta tgatttaact ttatctgggg atcttttccc tcagaaaggg1020 tacatgggaa cctggacatt agattctaat ccacaaacag ggaaacttca agccagatgg1080 acattcgata cctatcgtcg ctgggtatac atacctaggg ataatcattt ttatgcgaac1140 tctatcttag gcťcccaaaa ctcaatgatt gttgtgaagc aagggcttat caacaacatg1200 ttgaataatg cccgcttcga tgatatcgct tacaataact tctgggtttc aggagtagga1260 actttcttag ctcaacaagg aactcctctt tccgaagaat tcagttacta cagccgcgga1320 acttcagttg ccatcgatgc caaacctaga caagatttta tcctaggagc tgcatttagt1380 aagatagtgg ggaaaaccaa agccatcaaa aaaatgcata attacttcca taagggctct1440 gagtactctt accaagcttc tgtctatg.ga ggtaaattcc tgtatttctt gctcaataag1500 caacatggtt gggcacttcc tttcctaata caaggagtcg tgtcctatgg acatattaaa1560 catgatacaa caacacttta cccttctatc catgaaagaa ataaaggaga ttgggaagat1620 ttaggatggt tagcggatct tcgtatctct atggatctta aagaaccttc taaagattct1680 tctaaacgga tcactgtcta tggggaactc gagtattcca gcattcgcca gaaacagttc1740 acagaaatcg attacgatcc aagacacttc gatgattgtg cttacagaaa tctgtcgctt1800 cctgtgggat gcgctgtcga aggagctatc atgaactgta atattcttat gtataataag1860 cttgcattag cctacatgcc ttctatctac agaaataatc ctgtctgtaa atatcgggta1920 ttgtcttcga atgaagctgg tcaagttatc tgcggagtgc caactagaac ctctgctaga1980 gcagaataca gtactcaact atatcttggt cccttctgga ctctctacgg aaactatact2040 atcgatgtag gcatgtatac gctatcgcaa atgactagct gcggtgctcg catgatcttc2100 taa2103 <210> 345 <211> 700 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 345
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu 15 1015
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro lie Gly Gin Ala Met Ala 20 2530 lie Ala Gly Gin lie Lys Leu Pro Thr Val His lie Gly Pro Thr Ala .35 404 5
Phe Leu Gly Leu Gly Val Val Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Val 50 5560
Gin Arg Val Val Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly Ile SerThr
70 7580.
Gly Asp Val Ile Thr Ala Val Asp Gly Ala Pro Ile Asn Ser AlaThr
9095
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Val Ile Ser 100 105110
Val Thr Trp Gin Thr Lys Ser Gly Gly Thr Arg Thr Gly Asn Val Thr 115 120125
Leu Ala Glu Gly Pro Pro Ala Glu Phe Cys Arg Tyr Pro Ser His Trp 130 135140
Arg Pro Leu Gly Thr Ile Val Phe Ser Ser Glu Leu His Glu AsnLys
145 150 155160
Ser Tyr lie Pro Gin Asn Ala Ile Leu His Asn Gly Thr Leu ValLeu
165 170175
Lys Glu Lys Thr Glu Leu His Val Val Ser Phe Glu Gin Lys Glu Gly 180 185190
Ser Lys Leu lie Met Glu Pro Gly Ala Val Leu Ser Asn Gin Asn Ile 195 200205
Ala Asn Gly Ala Leu Ala Ile Asn Gly Leu Thr Ile Asp Leu Ser Ser 210 215220
Met Gly Thr Pro Gin Ala Gly Glu lie Phe Ser Pro Pro Glu LeuArg
225 230 235240
Ile Val Ala Thr Thr Ser Ser Ala Ser Gly Gly Ser Gly Val Ser Ser .317
245 250 255
Ser lie Pro Thr 260 Asn Pro Lys Arg Ile 265 Ser Ala Ala Val Pro 270 Ser Gly
Ser Ala Ala Thr 275 Thr Pro Thr Met Ser 280 Glu Asn Lys Val Phe 285 Leu Thr
Gly Asp Leu Thr 290 Leu lie Asp Pro Asn 295 Gly Asn Phe Tyr Gin 300 Asn Pro
M.et Leu Gly Ser 305 Asp Leu Asp Val Pro 310 Leu lie Lys Leu Pro 315 Thr Asn 320
Thr Ser Asp Val Gin Val Tyr Asp Leu 325 Thr Leu Ser Gly Asp 330 Leu Phe 335
Pro Gin Lys Gly 340 Tyr Met Gly Thr Trp 345 Thr Leu Asp Ser Asn 350 Pro Gin
Thr Gly Lys Leu 355 Gin Ala Arg Trp Thr 360 Phe Asp-Thr Tyr Arg 365 Arg Trp
Val Tyr lie Pro 370 Arg Asp Asn His Phe 375 Tyr Ala Asn Ser Ile 380 Leu Gly
Ser Gin Asn Ser 385 Met Ile Val Val Lys 390 Gin Gly Leu Ile Asn 395 Asn Met 400
Leu Asn Asn Ala Arg Phe Asp Asp Ile 405 Ala Tyr Asn Asn Phe 410 Trp Val 415
Ser Gly Val Gly 420 Thr Phe Leu Ala Gin 425 Gin Gly Thr Pro Leu 430 Ser Glu
Glu Phe Ser Tyr 435 Tyr Ser Arg Gly Thr 4 40 Ser Val Ala Ile Asp 44 5 Ala Lys
Pro Arg Gin Asp 450 Phe Ile Leu Gly Ala 4 55 Ala Phe Ser Lys Ile 460 Val Gly
Lys Thr Lys Ala 465 lie Lys Lys Met His 470 Asn Tyr Phe His Lys 475 Gly Ser 480
Glu Tyr Ser Tyr Gin Ala Ser Val Tyr 485 Gly Gly Lys Phe Leu 490 Tyr Phe 495
Leu Leu Asn Lys 500 Gin His Gly Trp Ala 505 Leu Pro Phe Leu Ile 510 Gin Gly
Val Val Ser Tyr 515 Gly His Ile Lys His 520 Asp Thr Thr Thr Leu 525 Tyr Pro
Ser Ile His Glu 530 Arg Asn Lys Gly Asp 535 Trp Glu Asp Leu Gly 540 Trp Leu
Ala Asp Leu Arg 545 lie Ser Met Asp Leu 550 Lys Glu Pro Ser Lys 555 Asp Ser 560
Ser Lys Arg Ile Thr Val Tyr Gly Glu 565 Leu Glu Tyr Ser Ser 570 Ile Arg 575
Gin Lvs Gin Phe 580 Thr Glu Ile Asp Tyr 585 Asp Pro Arg His Phe 590 Asp Asp
Cys Ala Tyr Arg 595 Asn Leu Ser Leu Pro 600 Val Gly Cys Ala Val 605 Glu Gly
Ala lie Met Asn 610 Cys Asn lie Leu Met 615 Tyr Asn Lys Leu Ala 620 Leu Ala
Tyr Met Pro Ser 625 Ile Tyr Arg Asn Asn 630 Pro Val Cys Lys Tyr 635 Arg Val 640
Leu Ser Ser Asn Glu Ala Gly Gin Val 645 Ile Cys Gly Val Pro 650 Thr Arg 655 ·
Thr Ser Ala Arg 660 Ala Glu Tyr Ser Thr 665 Gin Leu Tyr Leu Gly 670 Pro Phe
Trp Thr Leu Tyr 675 Ser Gin Met Thr 690 Gly Asn Tyr Thr Ile 680 Ser Cys Gly Ala Arg 695 Asp Val Gly Met Tyr 685 Met Ile Phe 700 Thr Leu
<210> 346 <211> 37 <212> DNA
318 <213> Chlamydia trachomatis <400> 346 gagagcggcc gctcatgaaa tttatgtcag ctactgc 37 <210> 347 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 347 gagagcggcc gcttaccctg taattccagt gatggtc 37 <210> 348 <211> 1464 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 348 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg60 cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc120 accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac180 ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctccggcgg caagtctcgg catctccacc240 ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac300 gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc360 ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat420 ccatcacact ggcggccgct catgaaattt atgtcagcta ctgctgtatt tgctgcagta480 ctctcctccg ttactgaggc gagctcgatc caagatcaaa taaagaatac cgactgcaat540 gttagcaaag taggatattc aacttctcaa gcatttactg atatgatgct agcagacaac600 acagagtatc gagctgctga tagtgtttca ttctatgact tttcgacatc ttccggatta660 cctagaaaac atcttagtag tagtagtgaa gcttctccaa cgacagaagg agtgtcttca720 tcttcatctg gagaaaatac tgagaattca caagattcag ctcdctcttc tggagaaact780 gataagaaaa cagaagaaga actagacaat ggcggaatca tttatgctag agagaaacta840 actatctcag aatctcagga ctctctctct aatccaagca tagaactcca tgacaatagt900 tttttcttcg gagaaggtga agttatcttt gatcacagag ttgccctcaa aaacggagga960 gctatttatg gagagaaaga ggtagtcttt gaaaacataa aatctctact agtagaagta1020 aatatctcgg tcgagaaagg gggtagcgtc tatgcaaaag aacgagtatc tttagaaaat1080 gttaccgaag caaccttctq ctccaatggt ggggaacaag gtggtggtgg aatctattca1140 gaacaagata tgttaatcag tgattgcaac aatgtacatt tccaagggaa tgctgcagga1200 gcaacagcag taaaacaatg tctggatgaa gaaatgatcg tattgctcac agaatgcgtt1260 gatagcttat ccgaágatac actggatagc actccagaaa cggaacagac taagtcaaat1320 ggaaatcaag atggttcgtc tgaaacaaaa gatacacaag tatcagaatc accagaatca1380 actcctagcc ccgacgatgt tttaggtaaa ggtggtggta tctatacaga aaaatctttg ’ 1440 accatcactg gaattacagg gtaa1464 <210> 349 <211> 487 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 349
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
5 1015
Ser Gin Gly Gly Gin Gly Phe Ala lie Pro He Gly Gin Ala Met Ala 20 2530 lie Ala Gly Gin lie Lys Leu Pro Thr Vai His lie Gly Pro Thr Ala 35 4045
Phe Leu Gly Leu Gly Val Vai Asp Asn Asn Gly Asn Gly Ala Arg Vai 50 5560
Gin Arg Val Vai Gly Ser Ala Pro Ala Ala Ser Leu Gly lie Ser Thr 65 70 7580
319
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val Asp Gly Ala 90 Pro Ile Asn Ser Ala 95 Thr
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn Gly His 105 His Pro Gly Asp Val 110 Ile Ser
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser Gly 120 Gly Thr Arg Thr Gly 125 Asn Val Thr
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Cys Arg Tyr 140 Pro Ser His Trp
Arg 145 Pro Leu Met Lys Phe 150 Met Ser Ala Thr Ala 155 Val Phe Ala Ala Val 160
Leu Ser Ser Val Thr 165 Glu Ala Ser Ser Ile 170 Gin Asp Gin Ile Lys 175 Asn
Thr Asp Cys Asn 180 Val Ser Lys Val Gly 185 Tyr Ser Thr Ser Gin 190 Ala Phe
Thr Asp Met 195 Met Leu Ala Asp Asn 200 Thr Glu Tyr Arg Ala 205 Ala Asp Ser
Val Ser 210 Phe Tyr Asp Phe Ser 215 Thr Ser Ser Gly Leu 220 Pro Arg Lys His
Leu 225 Ser Ser Ser Ser Glu 230 Ala Ser Pro Thr Thr 235 Glu Gly Val Ser Ser 240
Ser Ser Ser Gly Glu 245 Asn Thr Glu Asn Ser 250 Gin Asp Ser Ala Pro 255 Ser
Ser Gly Glu Thr 260 Asp Lys Lys Thr Glu 265 Glu Glu Leu Asp Asn 270 Gly Gly
Ile Ile Tyr 275 Ala Arg Glu Lys Leu 280 Thr Ile Ser Glu Ser 285 Gin Asp Ser
Leu Ser 290 Asn Pro Ser Ile Glu 295 Leu His Asp Asn Ser 300 Phe Phe Phe Gly
Glu 305 Gly Glu Val Ile Phe 310 Asp His Arg Val Ala 315 Leu Lys Asn Gly Gly 320
Ala Ile Tyr Gly Glu 325 Lys Glu Val Val Phe 330 Glu Asn Ile Lys Ser 335 Leu
Leu Val Glu Val 340 Asn Ile Ser Val Glu 345 Lys Gly Gly Ser Val 350 Tyr Ala
Lys Glu Arg 355 Val Ser Leu Glu Asn 360 Val Thr Glu Ala Thr 365 Phe Ser Ser
Asn Gly 370 Gly Glu Gin Gly Gly 375 Gly Gly Ile Tyr Ser 380 Glu Gin Asp Met
Leu 385 Ile Ser Asp Cys Asn 390 Asn Val His Phe Gin 395 Gly Asn Ala Ala Gly 400
Ala Thr Ala Val Lys 4 05 Gin Cys Leu Asp Glu 410 Glu Met Ile Val Leu 415 Leu
Thr Glu Cys Val 420 Asp Ser Leu Ser Glu 425 Asp Thr Leu Asp Ser 430 Thr Pro
Glu Thr Glu 435 Gin Thr Lys Ser Asn 440 Gly Asn Gin Asp Gly 445 Ser Ser Glu
Thr Lys 450 Asp Thr Gin Val Ser 455 Glu Ser Pro Glu Ser 4 60 Thr Pro Ser Pro
Asp 4 65 Thr Asp Ile Val Thr Leu Gly Gly Ile 485 Lys 470 Thr Gly Gly Gly Gly Ile Tyr 475 Thr Glu Lys Ser Leu 480
<210> 350 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 350 gagagcggcc gctcgataca caagtatcag aatcacc
320 <210> 351 <211> 37 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 351 gagagcggcc gcttaagagg acgatgagac actctcg <210> 352 <211> 1752 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 352 atgcatcacc cagggattcg accgttcata ggcgcacgag ggcgacgtga gcgcttaacg ggcacgcgta ccatcacact cccgacgatg ggaattacag ttcactaaag gcaggtcaac agtgaaagta aaagggcacg actctcacta ataccaacaa cccgaagtág gccccttctc aatagcgata tctgcgaaaa cttgaacttt gtagaatttg ggggttattc gataacactg gtagaaggag gctaacacta aacaatgagt gattctacac gaaaacacag tcgtcctctt atcaccatca ccattccgat tcgggcctac tccaacgcgt tcaccgcggt ggcatcatcc cagggaacgt ggcggccgct ttttaggtaa ggactataga aaaacttgtc atggaggagg taactactcc gtggtggtat aaaactctgc cagatacccc ttgcttctgc taacagaggc tagacgtgtc aaggaggggc cagggaattc atgcaattgg attctaaaac ttaaagcaat aagagtctac accttgaagg ctcaagacac aatctaatga acgaatcatc aa cacggccgcg cgggcaggcg cgccttcctc ggtcgggagc cgacggcgct cggtgacgtc gacattggcc cgatacacaa aggtggtggt ttttgtcagt ttgcaccaac agcctacgtt ccctctcgta ctgcactaac aaaggagtct agagtcttct taaaataaat tgagtctgat gattgagaac tatttacggg atcccaggat atcgctctta ggttactcta agtagaaagc agcaacagaa atctcaaggg atcagatact agaaaatacc tgatagccac tccgataact atggcgatcg ggcttgggtg gctccggcgg ccgatcaact atctcggtga gagggacccc gtatcagaat atctatacag aacatagcta acgaatagcc actcaaacca ggagaagtga aaactttctt ggaggagcta accccctctt cgattctttg caaacggatc attttgaatg aaaaaagcta gtaggaggag tcccactata tctaacctca actcctgaag aatccgaatt gatactgctg ggaaacgctg cttcccaata actgaggaaa tccagctgtc cgggccagat ttgtcgacaa caagtctcgg cggccaccgc cctggcaaac cggccgaatt caccagaatc aaaaatcttt ccgattctgg tacagttttt tgtctgttac ttttctctga tatctaattt tttttacaga cctcctcgcc cctctacggc aaacagaaac tcgctatcaa aactttcccg gtctctgttt actctgctgc agtctacctt ctccagaaga ctaatacaga atacagggac aatctggaga gtagtattga taactgacga ccagggtggg caagcttccc caacggcaac catctccacc gatggcggac caagtcgggc ctgcagatat aactcctagc gaccatcact agcaggtgta gaaaaactcg taatacaact aaatacagct aaaaacggtg tctagcgtct tgcaagcact agaaccggca ttctgatact tcaaaacact ťattaacaat aactgaaagc taaagaaggt cacttttgca gattcctcca aggaagttcg tggtgttgtt acaactacaa tcaatctaac gagtgtctca
120
180 240
300 360
420 480
540 600
660 720
780 840
900
960
1020 1080
1140 1200
1260 1320
1380 1440 1500
1560 1620 1680
1740
1752 <210> 353 <211> 583 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 353
Met His His His His
5
Ser Gin Gly Gly Gin 20
He Ala Gly Gin lie 35 phe Leu Gly Leu Gly 50
Gin Arg Val Val Gly 65
His His Thr Ala Ala 10
Gly Phe Ala He Pro 25
Lys Leu Pro Thr Val 40
Val Val Asp Asn Asn 55
Ser Ala Pro Ala Ala 70
Ser Asp Asn Phe Gin Leu 15
He Gly Gin Ala Met Ala 30
His He Gly Pro Thr Ala 45
Gly Asn Gly Ala Arg Val 60
Ser Leu Gly Ile Ser Thr 75 80
321
Gly Asp Vai He Thr 85 Tkla Val Asp Gly Ala 90 Pro He Asn Ser Ala 95 Thr
Ala Met Ala Asp Ala Leu Asn Gly His His Pro Gly Asp Vai He Ser
Val Thr Trp 100 Gin Thr Lys Ser Gly 105 Gly Thr Arg Thr Gly 110 Asn Vai Thr
Leu Ala 115 Glu Gly Pro Pro Ala 120 Glu Phe Cys Arg Tyr 125 Pro Ser His Trp
Arg 130 Pro Leu Asp Thr Gin 135 Vai Ser Glu Ser Pro 140 Glu Ser Thr Pro Ser
145 Pro Asp Asp Vai Leu 150 Gly Lys Gly Gly Gly 155 He Tyr Thr Glu Lys 160 Ser
Leu Thr lie Thr 165 Gly lie Thr Gly Thr 170 He Asp Phe Vai Ser 175 Asn He
Ala Thr Asp 180 Ser Gly Ala Gly Vai 185 Phe Thr Lys Glu Asn 190 Leu Ser Cys
Thr Asn 195 Thr Asn Ser Leu Gin 200 Phe Leu Lys Asn Ser 205 Ala Gly Gin His
Gly 210 Gly Gly Ala Tyr Vai 215 Thr Gin Thr Met Ser 220 Vai Thr Asn Thr Thr
225 Ser Glu Ser He Thr 230 Thr Pro Pro Leu Vai 235 Gly Glu Vai He Phe 240 Ser
Glu Asn Thr Ala 24 5 Lys Gly His Gly Gly 250 Gly He Cys Thr Asn 255 Lys Leu
Ser Leu Ser 260 Asn Leu Lys Thr Vai 265 Thr Leu Thr Lys Asn 270 Ser Ala Lys
Glu Ser 275 Gly Gly Ala He Phe 280 Thr Asp Leu Ala Ser 285 He Pro Thr Thr
Asp 2 90 Thr Pro Glu Ser Ser 295 Thr Pro Ser Ser Ser 300 Ser Pro Ala Ser Thr
305 Pro Glu Vai Vai Ala 310 Ser Ala Lys He Asn 315 Arg Phe Phe Ala Ser 320 Thr
Ala Glu Pro Ala 325 Ala Pro Ser Leu Thr 330 Glu Ala Glu Ser Asp 335 Gin Thr
ASp Gin Thr 340 Glu Thr Ser Asp Thr 345 Asn Ser Asp He Asp 350 Vai Ser lie
Glu Asn 355 lie Leu Asn Vai Ala 360 He Asn Gin Asn Thr 365 Ser Ala Lys Lys
Gly 370 Gly Ala He Tyr Gly 375 Lys Lys Ala Lys Leu 380 Ser Arg He Asn Asn
385 Leu Glu Leu Ser Gly 390 Asn Ser Ser Gin Asp 395 Vai Gly Gly Gly Leu 400 Cys
Leu Thr Glu Ser 4 05 Vai Glu Phe Asp Ala 410 He Gly Ser Leu Leu 415 Ser His
Tyr Asn Ser 420 Ala Ala Lys Glu Gly 425 Gly Vai He His Ser 430 Lys Thr Vai
Thr Leu 435 Ser Asn Leu Lys Ser 440 Thr Phe Thr Phe Ala 445 Asp Asn Thr Vai
Lys 450 Ala lie Vai Glu Ser 455 Thr Pro Glu Ala Pro 4 60 Glu Glu lie Pro Pro
4 65 Vai Glu Gly Glu Glu 470 Ser Thr Ala Thr Glu 475 Asn Pro Asn Ser Asn 480 Thr
Glu Gly Ser Ser 485 Ala Asn Thr Asn Leu 4 90 Glu Gly Ser Gin Gly 495 Asp Thr
Ala Asp Thr 500 Gly Thr Gly Vai Vai 505 Asn Asn Glu Ser Gin 510 Asp Thr Ser
Asp Thr 515 Gly Asn Ala Glu Ser 520 Gly Glu Gin Leu Gin 525 Asp Ser Thr Gin
Ser 530 Asn Glu Glu Asn Thr 535 Leu Pro Asn Ser Ser 540 He Asp Gin Ser Asn
545 Glu Asn Thr Asp Glu 550 Ser Ser Asp Ser His 555 Thr Glu Glu He Thr 560 Asp
322
565 570 575
Glu Ser Val Ser Ser Ser Ser 580 <210> 354 <211> 39 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis <400> 354 gagagcggcc gctcgatcaa tctaacgaaa acacagacg <210> 355 <211> 36 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis < 400> 355 :
gagagcggcc gcttagacca aagctccatc agcaac <210> 356 <211> 2052 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis <400> 356 atgcatcacc atcaccatca cacggccgcg tccgataact tccagctgtc ccagggtggg cagggattcg ccattccgat cgggcaggcg atggcgatcg cgggccagat caagcttccc accgttcata tcgggcctac cgccttcctc ggcttgggtg ttgtcgacaa caacggcaac ggcgcacgag tccaacgcgt ggtcgggagc gctecggcgg caagtctcgg catctccacc ggcgacgtga tcaccgcggt cgacggcgct ccgatcaact cggccaccgc gatggcggac gcgcttaacg ggcatcatcc cggtgacgtc atctcggtga cctggcaaac caagtcgggc ggcacgcgta cagggaacgt gacattggcc gagggacccc cggccgaatt ctgcagatat ccatcacact ggcggccgct cgatcaatct aacgaaaaca cagacgaatc atctgatagc cacactgagg aaataactga cgagagtgtc tcatcgtcct ctaaaagtgg atcatctact cctcaagatg gaggagcagc ttcttcaggg gctccctcag gagatcaatc tatctctgca aacgcttgtt tagctaaaag ctatgctgcg agtactgata gctcccctgt atctaattct tcaggttcag acgttactgc atcttctgat aatccagact cttcctcatc tggagatagc gctggagact ctgaaggacc gactgagcca gaagctggtt ctacaacaga aactcctact ttaataggag gaggwgctat ctatggagaa actgttaaga ttgagaactt ctctggccaa ggaatatttt ctggaaacaa agctatcgat aacaccacag aaggctcctc ttccaaatct a ργήΊ rri· rn π^γτγττ· ποπιίϊ 3/^ = + + /1+ + + = = +arr = x^X^x-.^ x~ x^— _ — x;, '-'-A x-XX-X^Cx;, Χ,Χ- X-XA VA Sjj x^ S. V- V agacgaactg tcaccttctc cgggaatact gtctcttctc aatctacaac aggtcaggtt gctggaggag ctatctactc tcctactgta accattgcta ctcctgtagt attttctaaa aactctgcaa caaacaatgc taataacgct acagatactc agagaaaaga cacctttgga ggagctatcg gagctacttc tgctgtttct ctatcaggag gggctcattt cttagaaaac gttgctgacc tcggatctgc tattgggttg gtgccagaca cacaaaatac agaaacagtg aaattagagt ctggctccta ctactttgaa aaaaataaag ctttaaaacg agctactatt tacgcacctg tcgtttccat taaagcctat actgcgacat ttaaccaaaa cagatctcta gaagaaggaa gcgcgattta ctttacaaaa gaagcatcta ttgagtcttt aggctctgtt ctcttcacag gaaacttagt aaccccaacg ctaagcacaa ctacagaagg cacaccagcc acaacctcag gagatgtaac aaaatatggt gctgctatct ttggacaaat agcaagctca aacggatctc agacggataa ccttcccctg aaactcattg cttcaggagg aaatatttgt ttccgaaaca atgaataccg tcctacttct tctgataccg gaacctctac tttctgtagt attgcgggag atgttaaatt aaccatgcaa gctgcaaaag ggaaaacgat cagtttcttt gatgcaatcc ggacctctac taagaaaaca ggtacacagg caactgccta cgatactctc gatattaata aatctgagga ttcagaaact gtaaactctg cgtttacagg aacgattctg ttctcctctg aattacatga aaataaatcc tatattccac aaaacgtagt tctacacagt ggatctcttg tattgaagcc aaataccgag cttcatgtca tttcttttga gcagaaagaa ggctcttctc tcgttatgac acctggatct gttctttcga accagactgt tgctgatgga gctttggtct aa
120
180
240
300
360
420
480 540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2052
323 <210> 357 < 211> 683 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis <400> 357
Met His His His His His His Thr Ala Ala Ser Asp Asn Phe Gin Leu
1 5 10 15
Ser Gin Gly Gly 20 Gin Gly Phe Ala Ile 25 Pro Ile Gly Gin Ala 30 Met Ala
Ile Ala Gly 35 Gin Ile Lys Leu Pro 40 Thr Val His Ile Gly 45 Pro Thr Ala
Phe Leu 50 Gly Leu Gly Val Val 55 Asp Asn Asn Gly Asn 60 Gly Ala Arg Val
Gin 65 Arg Val Val Gly Ser 70 Ala Pro Ala Ala Ser 75 Leu Gly Ile Ser Thr 80
Gly Asp Val Ile Thr 85 Ala Val Asp Gly Ala 90 Pro Ile Asn Ser Ala 95 Thr
Ala Met Ala Asp 100 Ala Leu Asn Gly His 105 His Pro Gly Asp Val 110 Ile Ser
Val Thr Trp 115 Gin Thr Lys Ser Gly 120 Gly Thr Arg Thr Gly 125 Asn Val Thr
Leu Ala 130 Glu Gly Pro Pro Ala 135 Glu Phe Cys Arg Tyr 140 Pro Ser His Trp
Arg 145 Pro Leu Asp Gin Ser 150 Asn Glu Asn Thr Asp 155 Glu Ser Ser Asp Ser 160
His Thr Glu Glu Ile 165 Thr Asp Glu Ser Val 170 Ser Ser Ser Ser Lys 175 Ser
Gly Ser Ser Thr 180 Pro Gin Asp Gly Gly 185 Ala Ala Ser Ser Gly Ala 190 Pro
Ser Gly Asp 195 Gin Ser Ile Ser Ala 200 Asn Ala Cys Leu Ala 205 Lys Ser Tyr
Ala Ala 210 Ser Thr Asp Ser Ser 215 Pro Val Ser Asn Ser 220 Ser Gly Ser Asp
Val 225 Thr Ala Ser Ser Asp 230 Asn Pro Asp Ser Ser 235 Ser Ser Gly Asp Ser 240
Ala Gly Asp Ser Glu 245 Gly Pro Thr Glu Pro 250 Glu Ala Gly Ser Thr 255 Thr
Glu Thr Pro Thr .260 Leu Ile Gly Gly Gly 265 Ala Ile Tyr Gly Glu 270 Ťhr Val
Lys Ile Glu 275 Asn Phe Ser Gly Gin 280 Gly Ile Phe Ser Gly 285 Asn Lys Ala
Ile Asp Asn 290 Thr Thr Glu Gly 295 Ser Ser Ser Lys Ser 300 Asn Val Leu Gly
Gly 305 Ala Val Tyr Ala Lys 310 Thr Leu Phe Asn Leu 315 Asp Ser Gly Ser Ser •320
Arg Arg Thr Val Thr 325 Phe Ser Gly Asn Thr 330 Val Ser Ser Glh Ser 335 Thr
Thr Gly Gin Val 340 Ala Gly Gly Ala Ile 345 Tyr Ser Pro Thr Val 350 Thr Ile
Ala Thr Pro 355 Val Val Phe Ser Lys 360 Asn Ser Ala Thr Asn 365 Asn Ala Asn
Asn Ala 370 Thr Asp Thr Gin Arg 375 Lys Asp Thr Phe Gly 380 Gly Ala Ile Gly
Ala 385 Thr Ser Ala Val Ser 390 Leu Ser Gly Gly Ala 395 His Phe Leu Glu Asn 400
Val Ala Asp Leu Gly 405 Ser Ala Ile Gly Leu 410 Val Pro Asp Thr Gin 415 Asn
Thr Glu Thr Val 420 Lys Leu Glu Ser Gly 425 Ser Tyr Tyr Phe Glu 430 Lys Asn
324
Lys Ala Leu Lys Arg Ala Thr Ile
435440
Ala Tyr Thr Ala Thr Phe Asn Gin
450455
Ala lie Tyr Phe Thr Lys Glu Ala
465470
Leu Phe Thr Gly Asn Leu Vai Thr
485
Gly Thr Pro Ala Thr Thr Ser 500 lie Phe Gly Gin lie Ala Ser 515
Pro Leu Lys Leu lie Ala Ser
530 535
Glu Tyr Arg Pro Thr Ser Ser 545 550
Ile Ala Gly Asp Vai Lys Leu 565 lie Ser Phe Phe Asp Ala lie 580
Gin Ala Thr Ala Tyr Asp Thr 595
Glu Thr Vai Asn Ser Ala Phe 610 615
Leu His Glu Asn Lys Ser Tyr 625 630
Gly Ser Leu Vai Leu Lys Pro 645
Glu Gin Lys Glu Gly Ser Ser 660
Ser Asn Gin Thr Vai Ala Asp 675
Tyr Ala Pro Val Vai Ser lie Lys 445
Asn Arg Ser Leu Glu Glu Gly Ser 4 60
Ser lie Glu Ser Leu Gly Ser Vai 475 480
Pro Thr Leu Ser Thr Thr Thr Glu
495
Gly Ala Ala 510
Asp Asn Leu
Arg Asn Asn
Phe Cys Ser 560
Gly Lys Thr 575
Thr Gly Thr 590
Glu Asp Ser
Ser Ser Glu
Leu His Ser. 640 lie Ser Phe
655 Ser Vai Leu 670
490
Gly Asp Vai Thr Lys Tyr 505
Ser Asn Gly Ser Gin Thr 520 525
Gly Gly Asn lie Cys Phe 540
Asp Thr Gly Thr Ser Thr 555
Thr Met Gin Ala Ala Lys 570
Arg Thr Ser Thr Lys Lys 585
Leu Asp lie Asn Lys Ser 600 605
Thr Gly Thr Ile Leu Phe 620 lie Pro Gin Asn Val Vai 635
Asn Thr Glu Leu His Vai 650
Leu Vai Met Thr Pro Gly 665
Gly Ala Leu Vai 680 <210> 358 <211> 1248 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 358 catatgcatc accatcacca tcaccctcca gaatcgggct gatcctcgct ctctttctcc agaaaaagga gaaaatgctt gctttatttg ctactctctt cagagaagag ctctctggat tcctatcaag tttcggaaga cgggcggttt tatcgttttt tggagtgacg gctctctttt acttgcagaa gatgtaatag caagctgggc gatattccct actttttgaa aagctatctt gaaatcctta ttgaactcaa agaacccgag cctcaactat ttttttgctg tgtatcgtcc agaaaatcct tttctttctt acctatgtgc aagggcaaac gctcgttcta caaaaaaacc catgtggaat tacattccat agactttcgc atcattccca ctcttaagaa gaggtgacgt ggattgggtg gggcagcctt gagcttcgga ctacctctgc tctctacacc cattaccctg attcttaatc ccaaagatcc tgtactttcc tctctatcta gccatccaaa aggaaaaact ggtgaagcaa gctttaggaa agctctccat ctccagaggg aatcatagct catcaagaag aaaattactt tgatatatcc caataatatt acgcgctgtc caagaacaat gccgagacgc aggtatccag ctgactcttg tttgttcaaa aacgagccac tcaagatttc tctgtctcca catccccttg ctaaatctaa gttcgatcaa acggctctag ttgtaccaca tagaatatga ttatattttg agcagaccgc ccttcaggta gtgttgattt gacctatgca cactttcact taatcatagc cattcacgat 60 tccatttttc tttgtccaag 120 taacccctgc tctggtctcc 180 qtattcgtaa agatgctaag 240 ctgcttggga acacactaaa 300 ttcgagcctc ttcttcttcg 360 tggcgatatt agcctctccg 420 ctggaccttt tatgccaaaa 480 cttattacta tgaccatgcg 540 acatttacac agctctacac 600 ggcaccaagg gattcctttt 660 tagatggcac attctggctt 720 · atcgtcagcg attgattgct 780 cacaatatcg agtagctgaa 840 cttctactcc ttttcctggg 900 agcgtttggc cgaggtattg 960 aaggactcga ataccatgtá 1020 cagcaacttc tatagctttc 1080 acaatttcac ttgtctgccc 1140 tagatcaaat tgttcactat 1200 aggaattc 1248
325 <210> 359 <211> 1311 <212> DNA <213> Chlamydia <400> 359 catatgcatc ttcctaacgg gatgatcctc aaggctttat tcctcctatc aagtggagtg aaacaagctg tcggaaatcc ccgttttttg aaaacctatg gcgcatgtgg cacctcttaa tttgagcttc cttattctta gctgccatcc gaaagctctc gggaaaatta ttgcaagaac gtatttgttc ttccatcccc cccttgtacc tatccttcag accatcacca tcggatgctc gctctctttc ttgctactct aagtttcgga acggctctct ggcgatattc ttattgaact ctgtgtatcg tgcaagggca aattacattc gaagaggtga ggactacctc atcccaaaga aaaaggaaaa catctccaga ctttgatata aatgccgaga aaaaacgagc ttgctaaatc acatagaata gtagtgttga tcacatgtat cttttctcct tccagaaaaa cttcagagaa agacgggcgg tttacttgca cctacttttt caaagaaccc tccagaaaat aacgctcgtt catagacttt cgtggattgg tgctctctac tcctgtactt actggtgaag gggaatcata tcccaataat cgcaggtatc cactcaagat taagttcgat tgattatatt tttgacctat gttcgctcta tcttttttag tattatcgcc 60 ccagaatcgg gcttaatcat agccattcac 120 ggagaaaatg ctttccattt ttctttgtcc 180 gagctctctg gattaacccc tgctctggtc 240 ttttatcgtt tttgtattcg taaagatgct 300 gaagatgtaa tagctgcttg ggaacacact 360 gaaaagctat cttttcgagc ctcttcttct 420 gagcctcaac tattggcgat attagcctct 480 ccttttcttt cttctggacc ttttatgcča 540 ctacaaaaaa acccttatta ctatgaccat 600 cgcatcattc ccaacattta cacagctcta 660 gtggggcagc cttggcacca agggattcct 720 acccattacc ctgtagatgg cacattctgg 780 tcctctctat ctaatcgtca gcgattgatt 840 caagctttag gaacacaata tcgagtagct 900 gctcatcaag aagcttctac tccttttcct 960 attacgcgct gťcagcgttt ggccgaggta 1020 cagctgactc ttgaaggact cgaataccat 1080 ttctctgtct ccacagcaac ttctatagct 1140 caaacggctc tagacaattt cacttgtctg 1200 ttgagcagac cgctagatca aattgttcac 1260 gcacactttc actaggaatt c 1311 <210> 360 <211> 813 <212>'DNA <213> Chlamydia <400> 360 atgcatcacc gtctttgctg atccttggga ttaacagtct aaagcttacc actatťgttg ggtttgttga ttcactccca acacccaaaa gaaggcggcg tatggatact ggattgactc gttaatgccc tttttggagg atcaccatca ataatatcaa caacatcaac ccaataatcc agcttattct atagtacagt aagcttttaa ggaacattga gctctgggag ttgttctagc catcaggcgt cgacaacgta tttctaatgg taatacctca cggaaattct agttgggcaa acctgtcgca atcaaccaat agaaaagttg c C3agata11 caactttcca aactttatta catgttctta tttggtacga tcctaattta ttcattacgt caatgatatt aacaaacgct ggtttttatt atgacagagc gccaaaatga gcttctatta ggagatcaaa ttagacaaáa atcactaata ggaggaactg gtctcagcag gaaggtgatt tgtagtctaa gtaggcggtt ttaggaataa taa tgtataacac tčaaaactgc 60 cgctcaagga ccagcaaata 120 cagcttctga tggaatatct 180 caattggttt ggatgcggaa 240 ttcttggtgg aattgctgat 300 tcacaacaga cccttctcta 360 aaattcaatg caacgggtta 420 aaataggaaa attcacagtc 480 atattattgc atcaagaatg 540 ctaagcccta cgcgattagt 600 gaaccagaat tattaataca 6601 tagaaagcgg tgtggtatgg 720 caaatacttc taatgtatct 780
813 <21O> 361 < 211> 750 < 212> DNA < 213> Chlamydia <400> 361 atgcatcacc atcaccatca caaaataact gattcgcttc aagagatctt gcaagaggct gttgtctctt caaagattgt gagtttatgt aaagcagagt tgataaaaaa agaagcggat ccgatcaaaa cacgtaaagt atttgcacat 60 ttgccgcctc tgcaagaacg gagtgtggta 120 gaaggcgctg tcgctgatgc aagaatgtgc 180 gcttatttgt tttgťgagaa aagcgggata 240
6 tatctaacga aaaaagaagg tattttgatt ccttctgcag ggattgatga atcgaatacg300 gaccagcctt ttgttttata tcctaaagat attttgggat cgtgtaatcg catcggagaa360 tggttaagaa attattttcg agtgaaagag ctaggcgtaa tcattacaga tagccatact420 actccaatgc ggcgtggagt actgggtatc gggctgtgtt ggtatggatt ttctccatta480 cacaactata taggatcgct agattgtttc ggtcgtccct tacagatgac gcaaagtaat540 cttgtagatg ccttagcagt tgcggctgtt gtttgtatgg gagaggggaa tgagcaaaca600 ccgttagcgg tgatagagca ggcacctaat atggtctacc attcatatcc tacttctcga660 gaagagtatt gttctttgcg catagatgaa acagaggact tatacggacc ttttttgcaa720 gcggttacgt ggagtcaaga aaagaaatag750 <210> 362 <211> 412 < 212> PRT < 213> Chlamydia < 400> 362
Met His His His His His His Pro Pro Glu Ser Gly Leu Ile Ile Ala 5 1015
He His Asp Asp Pro Arg Ser Leu Ser Pro Glu Lys Gly Glu Asn Ala 20 2530
Phe His Phe Ser Leu Ser Lys Ala Leu Phe Ala Thr Leu Phe Arg Glu 35 4045
Glu: Leu Ser Gly Leu Thr Pro Ala Leu Val Ser Ser Tyr Gin Val Ser 50 5560
Glu Asp Gly Arg Phe Tyr Arg Phe Cys Ile Arg Lys Asp Ala LysTrp
70 7580
Ser Asp Gly Ser Leu Leu Leu Ala Glu Asp Val Ile Ala Ala TrpGlu
9095
His Thr Lys Gin Ala Gly Arg Tyr Ser Leu Leu Phe Glu Lys Leu Ser 100 105110
Phe Arg Ala Ser Ser Ser Ser Glu lie Leu lie Glu Leu Lys GluPro
115 ' 120125
Glu Prd Gin Leu Leu Ala Ile Leu Tkla Ser Pro Phe Phe Ala ValTyr
130 135140
Arg Pro Glu Asn Pro Phe Leu Ser Ser Gly Pro Phe Met Pro LysThr
145 150 155160
Tyr Val Gin Gly Gin Thr Leu Val Leu Gin Lys Asn Pro Tyr TyrTyr
165 170175
Asp His Ala His Val Glu Leu His Ser lie Asp Phe Arg lie lie Pro 180 185190
Asn Ile Tyr Thr Ala Leu His Leu Leu Arg Arg Gly Asp Val Asp Trp 1 OR nnnc^r· + Z.W4UO
Val Gly Gin Pro Trp His Gin Gly lie Pro Phe Glu Leu Arg Thr Thr 210 215220
Ser Ala Leu Tyr Thr His Tyr Pro Val Asp Gly Thr Phe Trp LeuIle
225 230 235240
Leu Asn Pro Lys Asp Pro Val Leu Ser Ser Leu Ser Asn Arg GinArg
245 250255
Leu Ile Ala Ala Ile Gin Lys Glu Lys Leu Val Lys Gin Ala Leu Gly 260 265270
Thr Gin Tyr Arg Val Ala Glu Ser Ser Pro Ser Pro Glu Gly Ile Ile 275 280285
Ala His Gin Glu Ala Ser Thr Pro Phe Pro Gly Lys Ile Thr Leu Ile 290 295300
Tyr Pro Asn Asn Ile Thr Arg Cys Gin Arg Leu Ala Glu Val LeuGin
305 310 315320
Glu Gin Cys Arg Asp Ala Gly Ile Gin Leu Thr Leu Glu Gly LeuGlu
325 330335
Tyr His Val Phe Val Gin Lys Arg Ala Thr Gin Asp Phe Ser Val Ser 340 345350
Thr Ala Thr Ser lie Ala Phe His Pro Leu Ala Lys Ser Lys Phe Asp
327
355 360 365
Gin Thr Ala Leu Asp Asn Phe Thr Cys Leu Pro Leu Tyr His Ile Glu
370 375 380
Tyr Asp Tyr Ile Leu Ser Arg Pro Leu Asp Gin Ile Val His Tyr Pro
385 390 395 400
Ser Gly Ser Val Asp Leu Thr Tyr Ala His Phe His
405 410
<210>
<212>
<213>
363
433
PRT
Chlamydia <400>
363
Met His His His His 5 His His Met Tyr Val 10 Arg Ser Ile Phe Phe 15 Ser
Ile Ile Ala Phe 20 Leu Thr Val Gly Cys 25 Ser Phe Ser Pro Pro 30 Glu Ser
Gly Leu Ile 35 Ile Ala Ile His Asp 40 Asp Pro Arg Ser Leu 45 Ser Pro Glu
Lys Gly 50 Glu Asn Ala Phe His 55 Phe Ser Leu Ser Lys 60 Ala Leu Phe Ala
Thr 65 Leu Phe Arg Glu Glu 70 Leu Ser Gly Leu Thr 75 Pro Ala Leu Val Ser 80
Ser Tyr Gin Val Ser 85 Glu Asp Gly Arg Phe 90 Tyr Arg Phe Cys Ile 95 Arg
Lys Asp Ala Lys 100 Trp Ser Asp Gly Ser 105 Leu Leu Leu Ala Glu 110 Asp Val
Ile Ala Ala 115 Trp Glu His Thr Lys 120 Gin Ala Gly Arg Tyr 125 Ser Leu Leu
Phe Glu 130 Lys Leu Ser Phe Arg 135 Ala Ser Ser Ser Ser 140 Glu Ile Leu Ile
Glu 145 Leu Lys Glu Pro Glu 150 Pro Gin Leu Leu Ala 155 Ile Leu Ala Ser Pro 160
Phe Phe Ala Val Tyr 165 Arg Pro Glu Asn Pro 170 Phe Leu Ser Ser Gly 175 Pro
Phe Met Pro Lys 180 Thr Tyr Val Gin Gly 185 Gin Thr Leu Val Leu 190 Gin Lys
Asn Pro Tyr 195 Tyr Tyr Asp His Ala 200 His Val Glu Leu His 205 Ser Ile Asp
Phe Arg 210 Ile Ile Pro Asn Ile 215 Tyr Thr Ala Leu His 220 Leu Arg
Gly 225 Asp Val Asp Trp Val 230 Gly Gin Pro Trp His 235 Gin Gly Ile Pro Phe 240
Glu Leu Arg Thr Thr 245 Ser Ala Leu Tyr Thr 250 His Tyr Pro Val Asp 255 Gly
Thr Phe Trp Leu 2 60 Ile Leu Asn Pro Lys 265 Asp Pro Val Leu Ser 270 Ser Leu
Ser Asn Arg 275 Gin Arg Leu Ile Ala 280 Ala Ile Gin Lys Glu 285 Lys Leu Val
Lys Gin 290 Ala Leu Gly Thr Gin 295 Tyr Arg Val Ala Glu 300 Ser Ser Pro Ser
Pro 305 Glu Gly Ile Ile Ala 310 His Gin Glu Ala Ser 315 Thr Pro Phe Pro Gly 320
Lys Ile Thr Leu Ile 325 Tyr Pro Asn Asn Ile 330 Thr Arg Cys Gin Arg 335 Leu
Ala Glu Val Leu 340 Gin Glu Gin Cys Arg 345 Asp Ala Gly Ile Gin 350 Leu Thr
Leu Glu Gly Leu 355 Glu Tyr His Val 360 Phe Val Gin Lys Arg 365 Ala Thr Gin
328
Asp Phe Ser 370
Lys Ser Lys 385
Leu Tyr His
Ile Val His
Val Ser Thr Ala Thr 375
Phe Asp Gin Thr Ala ‘390 lie Glu Tyr Asp Tyr 405
Tyr Pro Ser Gly Ser 4 20
His
Ser lie Ala Phe His Pro Leu Ala 380
Leu Asp Asn Phe Thr Cys Leu Pro 395400 lie Leu Ser Arg Pro Leu Asp Gin 410415
Val Asp Leu Thr Tyr Ala His Phe 425430 <210> 364 <211> 264 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 364
Met Gly Asn Ser Gly Phe Tyr Leu Tyr Asn Thr Gin Asn Cys Val Phe 5 1015
Ala Asp Asn Ile Lys Val Gly Gin Met Thr Glu Pro Leu Lys Asp Gin 20 2530
Gin lie lie Leu Gly Thr Thr Ser Thr Pro Val Ala Ala Lys Met Thr 35 4045
Ala Ser Asp Gly Ile Ser Leu Thr Val Ser Asn Asn Pro Ser Thr Asn 50 5560
Ala Ser Ile Thr Ile Gly Leu Asp Ala Glu Lys Ala Tyr Gin Leu Ile 69 70 7580
Leu Glu Lys Leu Gly Asp Gin Ile Leu Gly Gly Ile Ala Asp Thr Ile 85 9095
Val Asp Ser Thr Val Gin Asp lie Leu Asp Lys lie Thr Thr Asp Pro 100 105110
Ser Leu Gly Leu Leu Lys Ala Phe Asn Asn Phe Pro Ile Thr Asn Lys 115 120125 lie Gin Cys Asn Gly Leu Phe Thr Pro Arg Asn Ile Glu Thr Leu Leu 130 135140
Gly Gly Thr Glu Ile Gly Lys Phe Thr Val Thr Pro Lys Ser SerGly
145 150 155160
Ser Met Phe Leu Val Ser Ala Asp lie lie Ala Ser Arg Met GluGly
I65 170175
Gly Val Val Leu Ala Leu Val Arg Glu Gly Asp Ser Lys Pro TyrAla
180 185190
Τ'] o Pe>T ΦχΛΎ* d Λ7 Tur Cnr Q .. XT X T~> — Ή __ T _ z-» _r rjj. ucx ναχ Γϊυ ΛδΜ οβί Χιβπ-Hrg
195 200205
Thr Arg lie lie Asn Thr Gly Leu Thr Pro Thr Thr Tyr Ser Leu Arg 210 215220
Val Gly Gly Leu Glu Ser Gly Val Val Trp Val Asn Ala Leu SerAsn
225 230 235240
Gly Asn Asp Ile Leu Gly Ile Thr Asn Thr Ser Asn Val Ser PheLeu
245 250255
Glu Val lie Pro Gin Thr Asn Ala
260 <210> 365 <211> 249 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 365
Met His His His His His His Lys lie Thr Pro Ile Lys Thr Arg Lys
15
329
Val Phe Ala His Asp 20
Pro Leu Gin Glu Arg 35
Leu Cys Glu Gly Ala 50 lie Lys Lys Glu Ala 65
Tyr Leu Thr Lys Lys 85
Glu Ser Asn Thr Asp 100
Gly Ser Cys Asn Arg 115
Lys Glu Leu Gly Vai 130
Arg Gly Vai Leu Gly 145
His Asn Tyr lie Gly 165
Thr Gin Ser Asn Leu 180
Met Gly Glu Gly Asn 195
Pro Asn Met Vai Tyr 210
Ser Leu Arg lie Asp 225
Ala Vai Thr Trp Ser
245
Ser Leu Gin Glu lie 25
Ser Val Val Val Vai 40
Vai Ala Asp Ala Arg 55
Asp Ala Tyr Leu Phe 70
Glu Gly lie Leu Ile 90
Gin Pro Phe Vai Leu 105 lie Gly Glu Trp Leu 120 lie lie Thr Asp Ser 135 lie Gly Leu Cys Trp 150
Ser Leu Asp Cys Phe 170
Vai Asp Ala Leu Ala 185 .
Glu Gin Thr Pro Leu 200
His Ser Tyr Pro Thr 215
Glu Thr Glu Asp Leu 230
Gin Glu Lys Lys
Leu Gin Glu Ala Leu Pro
Ser Ser Lys lie Vai Ser 45
Met Cys Lys Ala Glu Leu 60
Cys Glu Lys Ser Gly lie
80
Pro Ser Ala Gly lie Asp 95
Tyr Pro Lys Asp lie Leu 110
Arg Asn Tyr Phe Arg Vai 125
His Thr Thr Pro Met Arg 140
Tyr Gly Phe Ser Pro Leu
155 160
Gly Arg Pro Leu Gin Met 175
Val Ala Ala Val Vai Cys 190
Ala Vai lie Glu Gin Ala 205
Ser Arg Glu Glu Tyr Cys 220
Tyr Gly Pro Phe Leu Gin
235 240 <210> 366 <211> 2418 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 366 atggacccaa gctgttcgtg ctagtctatg attyttC cctatagaag gtggttttaa ggaggcttgc acggtcttta ccattgcagt cctaaaatat cttgctttct gacaaggtta aataaagaaa ggagaaatcg tcctatgcca gcgcttacta cttgcattaa ccaaatccac gtggctcaac gctaggatga gctcgagaat attgattgtt gctggaggat aagaaaaaaa agcgccccgg aggttgtaga gcattttaga ttcacgaaag cagtccttca acggagttgg aagataagaa atgtaagtgt tttcgacttg taaatcgtgg ccttctttta gccttttctc agtttgaagc ataatattcc gggtaatcaa ccggagaaga aatttgaagg aggttgtagg ttgttgataa tgactttaag tagaaaaaga ctgcgaaaca ttacgatgca gatgtacatt caacagcatt ggacgggggt agagtctgca tgctggagga ggtttcttgc gtgttatcaa tagtgatcgg tacttttgat gatcacaata tgagggaggg tgaaccgatt agccttacaa tacacgccaa tacgtatatt tattcgagaa gC333C3383 ggaagctctg ggtttttgtt gaaaagtgct tcccgaaaag aggtagagat tccgctatta ctgttttaga agggctacaa 60 ggagatacgg gaatcacggg tcttcatcat 120 gacgaagcca tggcaggtta ttgctctagg 180 attgtcatcg tagataatgg ccgaggaatc 240 aaacaaggta gagaggtctc tgctttagaa 300 aaattcgata aggatagcta taaagtatcc 360 gttaatgctc tttcggagaa attagttgcc 420 atggagttct ctaggggaat tcctgtaact 480 cagggaacag aaatcgtttt ctaccctgat 540 cgctctattt taatgaaacg cttgcgagag 600 gtctttgaag atgatcgaga tgttagcttt 660 attcaatctt ttgtaagtta cctgaatcaa 720 tatatttgtg gaactcgagt aggagatgat 780 tggaattcag ggtattctga acttgtttat 840 ggaggaacgc atcttacagg gttttctacc 900 aaagctcata accttgcgaa gaataataag 960 ggtctgacag ctgtgatttc tgtaaaggtc 1020 cagaaattag gaaacagtga tgttagctca 1080 acaatctttt ttgaagagaa tcctcaaatt 1140 gcagcgcaag ctagagaagc tgcaaaaaaa 1200 ttagatagcg cacgcttacc tggaaáacta 1260 tgtgagatgt acattgtgga gggggattct 1320 cgaagatttc aagcaattct gcctattcga 1380
330
..λ67 ggtaaaattc tgaacgtaga aaaagctcgt ctacagaaaa ttttccaaaa ccaagagata ggaaccatca tagcagcttt aggctgtggc ataggtgctg ataattttaa tctcagtaaa ttacgctata gacgtatcat tatcatgaca gatgctgacg tggacggttc tcatattcgt accctacttc tcacattctt ctatcgtcat atgacagcgc ttattgaaaa tgaatgtgtt tatattgctc aacctccttt atacaaggtg agtaagaaaa aagacttccg ttatattctt tcagagaaag aaatggacag ctatttgctc atgttaggca cgaatgagag ctccattctc tttaaatcta cggaaagaga attacgtgga gaggctttag agagttttat caacgtcatt ttagatgtag agagctttat aaacactctt gagaaaaaag cgattccctt ctctgaattt ttagagatgt ataaagaggg gataggctat cctttgtact atcttgctcc ggcaactgga atgcagggag ggcgctatct ttattctgat gaggaaaaag aagaagcttt agctcaagaa gaaactcata agtttaaaat catagagctt tataaagttg ctgtgttcgt agatattcaa aatcaactca aagaatatgg tttagatatt tctagctatc ttatccctca gaaaaacgag attgtgattg gaaatgaaga ttccccaagc tgtaactata gctgctatac cttggaagaa gtcattaact atcttaaaaa tcttggaaga aaaggcatag aaattcagag gtataaaggt cttggagaga tgaatgccga ccagctttgg gatactacta tgaatcctga gcagagaaca ctcattcatg tgtcattgaa ggatgccgta gaagcagacc atattttcac tatgttgatg ggggaagaag tccctccaag aagagaattc atagaaagtc atgctttgtc cattaggata aataatttag atatttag
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2418 <210> 367 <211> 888 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 367 atggaaaagt gataaaaagg ttgacgggaa ttattaggat tctaaaagtt gctctttttt actcctatag gaaagagaga gctgcagcaa cgccaagaag cgctatgcca gttgtcaata aatgatctcg gagatgcacg gcttgggaag tactagtgac tgtatgagcg ggtattataa gccaaaacgg taccctcaga ccgtggaatc ctcaagattt tcctatttga aagtctttgg cactgacttc tcttgttttt tactttatga atcttattga 11C 3. t g C y Cj 3 ctggtgtccg tgatattgac gctctatgcg atatgctgca cgcttctgta tttattatgt aggagctcct acacgaatat aacgcgctct actgcgagat agtcgcgacg aacagataaa tggaaagaaa gagaggagat ctttctagct ctattatgac ggtacaatta ctgcaccaag cgcttgtttt tggtcttcaa attttacaag tacggggatc gtagatccta ttaaaagacg gaggtcatca atgacgttaa agcgtctcta ccctttgtca tttaaaattg cccccagcag gaccttatga cccatcaatc ctggttggaa ctgattttga catcatcaaa attgtatgga actactatcg ggtactttcc actatgcttt gaattcaaaa tgcgctggcc aaggcaaagc tggcttcagg tgatgagttc ataagaatgg gtctttag tcatcattta gttgtttttc tgctccatat tcttctctat gggggcaacg cttttcaccg taatgctaag tcctagtttt ggagctggaa ctttgacttt cttagatcgt agatgatgct cgcacctgaa cattctttca
120
180
240
300
360
20
480
540
600
660
720
780
840
888 <210> 368 <211> 237 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 368 atgaaagaat ttttagccta tatcattaag attaaagaag ttcaggggac tcacacgatt atcgggaaga tcattggcaa agaaggccgt tctgtagcaa gcaggaacaa tgtaagggtc aatctagtgg atttatgaac acgatcaaag agtttagaaa accgccctga taagtgtagc cgattcgtac ttatggaaga agaagtccgt taaacctgat tcttctggtt aaagtag
120
180
237 <210> 369 <211> 1437 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 369 atgcgtgacg ttagagagag tggactttat actatggctc aataaaggct cacgctgctg aataccgact ttaectgcaa accacgaaaa aatgataaaa gagtatcaag aaaacgcttg atagagaacg gatgtccctc ttgttattcg gagaataagc caggggtatc cataaaacct ctagccataa gagccctggc tcactaacga gccatagaaa gtcaagtacc atcacaaact tttcagagct cgattcctca tccttatgga tccatcccca acctcatcga cccgttatat tgatagcttt agctccccgt ttttccctca aattcactgt atggattggg tagtgaaaca cagcaaaacg acattgaaat agcatactga ctgtagaatg ttgaaaaaga tagaatacat acaagaaaat ttcatgagct ttaagaaaat áaaaacaagc tcaaaggact ttaagacggc ttttcgaaca tattcttgat cgacgggaaa tggcgatgcc cacgcaagga agaagcacga tcatgactct gcttttactt caattttgca gtttcctgac atcgattaca aatttgtcct tggcacaatt taagctgcca atgccaggtg ttcgatatcc acttttgttg ctttattaaa ttctgctgat tgcaactccc cctttgcttt agcgatacaa tttagaacgc aaagacatct cattttatgc attacgcgtc ttacgtaatt 60 ggcttaaaac cggtgcagcg tcgacttcta 120 atgcataaag ttgccaatat tgcaggaaga 180 cctattgttg aagctcttgt tgtcttagca 240 aacttcggaa atccccttac gggagatcct 300 ctcagtcctt tagctcgaga aacgctcttt 360 tatgatggaa gagaaaaaga acctgatatt 420 catggtgtgg acgggattgc tgtggggatg 480 gaacttttga aagcgcaaat tgcaatttta 540 tttccttcgg gaggattgat ggatccctcg 600 ctgcgtgcat ctatagacat tattaatgat 660 caatctacga ctgagacttt gatccgttct 720 aaaatcgata ccatccaaga cttctctaca 780 aaaggctctc gagccaaaga gatgcttccc 840 attctctatt ctaagcccac agtcatttac 900 gagattctca aactgcatac tacagctcta 960 ctccaagaac aacttacttt ggaccattat 1020 cataagctct atgattctgt ccgagaagtc 1080 gacctacatc aagcagtgct ccatgctctg 1140 gttacaaaac aagacacctc tcaacttgct 1200 aatgaagagg catgcactaa ggaactgcta 1260 aaagatcttg gaagaataaa agaagtcacc 1320 catggacact taggagagag aaaaacacag 1380 atcttgaaac aacaaacctt aatttaa 1437 <210> 370 <211> 774 < 212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 370 atggcatttt cgtttccttc acgagggttg atttttaatt gctcacttag tattcaggat agagcttctg atccatacgg tctatcttag aattttgttc gaaggggaaa tcctatggat agtcaaaata attctccttc ttggtgaaac atggtttttt ccgatggatc cttctcagaa atttttattc ttcatcgatt gagtgcctca gtccttttct agatactggg ctgcagcttg ggaaggagtc ggggacgggt aacgatctct acttcctgag atatttaaag acgtccaacg gggaaaatcg ttgggatcgt ggagtcgcgt tgctgtcgta tcgctatcat acattgccag tggaacaggg gatccaaatc atatcttcag aaatatttta gttgaagatg ccctcttctt atgtgtggta gacatctctg gtgcttgtag cctgatcctc attcttcctg cagaccttct ttgcgcgttc gctctagctt catacttggg ggctctgtaa tctattctgg ttcggttctt gtgctgatgc acggcttgcg tatctacgga atatgactct ttcccaaaga agatttctac ctccagatgg gtacttacga ctgctcttgt gtggagagct ctagagattt agcaggaaat atgccaagag gcaactcatt ttgtgcgatt tagtggtcta cgcagattgg ggtcgtttgt tttagatctt ggtgaatgtc acgtggagtc tgtgtcaaac tatgactgtg ataa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
774 <210> 371 <211> 576 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 371
atggcagacg gggaagttca taaattacgt gatattatag aaaaagagtt attggaagcg 60
cgcagagtat ttttctcaga gcctgtaaca gagaaaagtg cttccgatgc aattaaaaag 120
ctttggtatt tggaattaaa agatcctgga aagcctatag tttttgtgat caatagtcct 180
gggggatctg tggacgcagg ttttgctgtt tgggatcaaa ttaaaatgtt aacctcaccc 240
gtcactactg ttgtgacagg gttggcagct tctatgggct cggtattgag tttatgtgca 300
gctcctggaa ggagatttgc aactcctcat tctagaatta tgattcatca accttcaata 360
ggtggaccga ttaccggtca ggcaaccgat ttagacattc atgcgagaga gattttaaaa 420
acaaaagctc gcattataga tgtctatgta gaggcgacaa atcaacctcg agatatcata 480
gaaaaggcta ttggatggca tcgatagaga ttttattctc tatgtggatg cttcaacgat acagccaacg ctctaa aagctaagga ttttggttta 540 576
332 <210> 372 <211> 699 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 372 atgacaaaac atggaaaacg tatacgaggc atcttaaaga actatgattt ctcaaaatca 60 tattctttgc gggaggctat agatatttta aaacaatgtc ctccagtacg cttcgatcaa 120 actgtagatg tatctatcaa gttagggata gatcctaaaa agagcgacca acaaattcgt 180 ggagccgttt ttttacctaa tggtacagga aaaactttaa gaattttggt ttttgcttca 240 gggaacaaag tcaaagaagc tgttgaagcg ggcgcagact ttatgggaag cgacgatctt 300 gttgaaaaaa ttaaatccgg gtggctggaa ttcgatgttg ctgtcgctac cccagatatg 360 atgcgtgaag taggaaaatt aggaaaagtc ttaggaccta gaaatctaat gcctacacct 420 aaaacaggaa cggtaaccac agacgttgct aaagcaatct ccgaattgcg taaaggaaaa 480 attgaattta aagcagaccg cgcaggcgta tgtaatgtag gcgtaggtaa gttgtctttt 540 gaaagcagtc aaatcaaaga aaatattgaa gctctaagtt ctgctttaat taaggccaaa 600 cctcctgcag ctaaaggtca atatttagtc tcattcacta tttcttccac tatggggcct 660 ggtatttcta tagatactag agaattaatg-gcatcttaa 699 <210> 373 <211> 369 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 373 atgccacgca tcattggaat tgatattcct gcaaagaaaa agttaaaaat aagtctgaca60 tatatttatg gaataggatc agctcgttct gatgaaatca ttaaaaagtt gaagttagat120 cctgaggcaa gagcctctga attaactgaa gaagaagtag gacgactgaa ctctctgcta180 caatcagaat ataccgtaga aggggatttg cgacgtcgtg ttcaatcgga tatcaaaaga240 ttgatcgcca tccattctta tcgaggtcag agacatagac tttctttacc agtaagagga300 caacgtacaa aaactaattc tcgtactcga aaaggtaaaa gaaaaacagt cgcaggtaag360 aagaaataa369 <210> 374 < 211> 5172 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 374 atgaagtggc taccagctac agctgttttt gctgccgtac tccccgcact aacagccttc60 ggagatcccg cgtctgttga aataagtacc agccatacag gatccgggga tcctacaagc120 gacgctgcct taacaggatt tacacaaagt tccacagaaa ctgacggtac tacctatacc180 attgtcggtg atatcacctt ctctactttt acgaatattc ctgttcccgt agtaactcca240 gacgccaacg atagttccag caatagctct aaaggaggaa gtagcagtag tggagctaca300 tctctaatcc gatcctcaaa cctacactcc gattttgatt ttacaaaaga tagcgtgtta360 gacctctatc accttttctt tccttcagct tcaaatactc tcaatcctgc actcctttct420 tccagtagca gcggtggatc ctcgagcagc agtagctcct catcatctgg aagtgcatct480 gctgttgttg ctgcggaccc aaaaggaggc gctgcctttt atagtaacga ggctaacgga540 actttaacct tcactacaga ctctggaaat cccggctccc tgactcttca gaatcttaaa600 atgaccggag atggagccgc catctactcg aagggtcctc tagtatttac tggtttaaaa660 aatctaacct ttacaggaaa tgaatctcag aaatctggag gtgctgccta tactgaaggc720 gcactcacaa cacaagcaat cgttgaagcc gtaactttta ctggcaacac ctcggcaggg780 caaggaggcg ctatctatgt taaagaagct accctattca atgctctaga cagcctcaaa840 tttgaaaaaa acacttctgg gcaagctggt ggtggaatct atacagagtc tacgctcaca900 atctcgaaca tcacaaaatc tattgaattt atctctaata aagcttctgt ccctgccccc960 gctcctgagc ccacctctcc ggctccaagt agcttaataa attctacaac gatcgatacc1020 tcgactctcc aaacccgagc agcatccgca actccagcag tggctcctgt tgctgccgta1080 actccaacac caatctctac tcaagagacc gcaggaaatg gaggcgctat ctatgctaaa1140 caaggtattt cgatatccac gtttaaagat ctgaccttca agtctaactc tgcatcggta1200
333 gatgccaccc ttactgtcga ttctagcact attggagaat ctggaggtgc tatctttgca 1260 gcagactcta tacaaatcca acagtgcacg ggaaccacct tattcagtgg caatactgcc 1320 aataagtctg gtgggggtat ttacgctgta ggacaagtca ccctagaaga tatagcgaat 1380 ctgaagatga ccaacaacac ctgtaaaggt gaaggtggag ccatctacac taaaaaggct 1440 ttaactatca acaacggtgc cattctcact acattttctg gaaatacatc gacagataat 1500 ggtggggcta tttttgctgt aggtggcatc actctctctg atcttgtaga agtccgcttt 1560 agtaaaaata agaccggaaa ttattccgct cctattacca aagcggctag caacacagct 1620 cctgtagttt ctagctctac aactgctgca tctcctgcgg tccctgctgc cgctgcagca 1680 cctgttacaa acgcagcaaa aggaggggct ttatatagta cagaaggact gactgtatct 1740 ggaatcacat cgatattgtc gtttgaaaac aacgaatgcc agaatcaagg aggtggggct 1800 tacgttacta aaaccttcca gtgttccgat tctcatcgcc tccagtttac tagtaataaa 1860 gcagcagatg aaggcggggg cctgtattgt ggtgacgatg tcacgctaac gaacctgaca 1920 gggaaaacac tatttcaaga gaatagcagt gagaaacatg gaggtgggct ctctctcgcc 1980 tcaggaaaat ctctgactat gacatcgtta gagagcttct gcttaaatgc aaatacagca 2040 aaggaaaacg gaggcggtgc gaatgtccct gaaaatattg tactcacctt cacctatact 2100 cccactccaa atgaacctgc gcctgtgcag cagcccgtgt atggagaagc tcttgttact 2160 ggaaatacag ccacaaaaag tggtgggggc atttacacga aaaatgcggc cttctcaaat 2220 ttatcttctg taacttttga tcaaaatacc tctťcagaaa atggtggtgc cttacttacc 2280 caaaaagctg cagataaaac ggactgttct ttcacctata ttacaaatgt caatatcacc 2340 aacaatacag ctacaggaaa tggtgggggc attgctgggg gaaaagcaca tttcgatcgc 2400 attgataatc ttacagtcca aagcaaccaa gcaaagaaag gtggtggggt ttatcttgaa 2460 gatgccctca tcctggaaaa ggttattaca ggttctgtct cacaaaatac agctacagaa 2520 agtggtgggg gtatctacgc taaggatatt caactacaag ctctacctgg. aagcttcaca 2580 attaccgata ataaagtcga aactagtctt actactagca ctaatttata tggtgggggc 2640 atctattcca gtggagctgt cacgctaacc aatatatctg gaacctttgg cattacagga 2700 aactctgtta tcaatacagc gacatcccag gatgcagata tacaaggtgg gggcatttat 2760 gcaaccacgt ctctctcaat aaatcaatgt aatacaccca ttctatťtag caacaactct 2820 gctgccacta aaaaaacatc aacaacaaag caaattgctg gtggggctat cttctccgct 2880 gcagtaacta tcgagaataa ctctcagccc attattttct taaataattc cgcaaagtcg 2940 gaagcaacta cagcagcaac tgcaggaaat aaagatagct gtggaggagc cattgcagct 3000 aactctgtta ctttaacaaa taaccctgaa ataaccttta aaggaaatta tgcagaaact 3060 ggaggagcga ttggctgtat tgatcttact aatggctcac ctccccgtaa agtctctatt 3120 gcagacaacg gttctgtcct ttttcaagac aactctgcgt taaatcgcgg aggcgctatc 3180 tatggagaga ctatcgatat ctccaggaca ggtgcgactt tcatcggtaa ctcttcaaaa 3240 catgatggaa gtgcaatttg ctgttcaaca gccctaactc ttgcgccaaa ctcccaactt 3300 atctttgaaa acaataaggt tacggaaacc acagccacta caaaagcttc cataaataat 3360 ttaggagctg caatttatgg aaataatgag actagtgacg tcactatctc tttatcagct 3420 gágaatggaa gtattttctt taaaaacaat ctatgcacag caacaaacaa atactgcagt 3480 attgctggaa acgtaaaatt tacagcaata gaagcttcag cagggaaagc tatatctttc 3540 tatgatgcag ttaacgtttc caccaaagaa acaaatgctc aagagctaaa attaaatgaa 3600 aaagcgacaa gtacaggaac gattctattt tctggggaac ttcacgaaaa taaatcctat 3660 attccacaga aagtcacttt cgcacatggg aatctcattc taggtaaaaa tgcagaactt 3720 agcgtagttt cctttaccca atctccaggc accacaatca ctatgggccc aggatcggtt 3780 ctttccaacc atagcaaaga agcaggagga atcgctataa acaatgtcat cattgatttt 3840 agtgaaatcg ttcctactaa agataatgca acagtagctc cacccactct taaattagta 3900 tcgagaacta atgcagatag taaagataag attgatatta caggaactgt gactcttcta 3960 gatcctaatg gcaacttata tcaaaattct tatcttggtg aagaccgcga tatcactctt 4020 ttcaatatag acaattctgc aagtggggca gttacagcca cgaatgtcac ccttcaaggg 4080 aatttaggag ctaaaaaagg atatttagga acctggaatt tggatccaaa ttcctcgggt 4140 tcaaaaatta.±tctaaaatg,gacctttgac aaatacctgc gctggcccta catccctaga 4200 gacaaccact tctacatcaa ctctatttgg ggagcacaaa actctttagt gactgtgaaa 4260 caagggatct tagggaacat gttgaacaat gcaaggtttg aagatcctgc tttcaacaac 4320 ttctgggctt cggctatagg atctttcctt aggaaagaag tatctcgaaa ttctgactca 4380 ttcacctatc atggcagagg ctataccgct gctgtggatg ccaaacctcg ccaagaattt 4440 attttaggag ctgccttcag tcaggttttt ggtcacgccg agtctgaata tcaccttgac 4500 aactataagc ataaaggctc aggtcactct acacaagcat ctctttatgc tggcaatatc 4560 ttctattttc ctgcgatacg gtctcggcct attctattcc aaggtgtggc gacctatggt 4620 tatatgcaac atgacaccac aacctactat ccttctattg aagaaaaaaa tatggcaaac 4680 tgggatagca ttgcttggtt atttgatctg cgtttcagtg tggatcttaa agaacctcaa 4740 cctcactcta cagcaaggct taccttctat acagaagctg agtataccag aattcgccag 4800 gagaaattca cagagctaga ctatgatcct agatctttct ctgcatgctc ttatggaaac 4860
334 ttagcaattc ctactggatt ctctgtagac ggagcattag cttggcgtga gattattcta 4920 tataataaag tatcagctgc gtacctccct gtgattctca ggaataatcc aaaagcgacc 4980 tatgaagttc tctctacaaa agaaaagggc aacgtagtca acgttctccc tacaagaaac 5040 gcagctcgtg cagaggtgag ctctcaaatt tatcttggaa gttactggac actctacggc 5100 acgtatacta ttgatgcttc aatgaatact ttagtgcaaa tggccaacgg agggatccgg 5160 tttgtattct ag 5172 <210> 375 <211> 5172 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 375 atgaagtggc taccagctac agctgttttt gctgccgtac tccccgcact aaca'gccttc60 ggagatcccg cgtctgttga aataagtacc agccatacag gatccgggga tcctacaagc120 gacgctgcct taacaggatt tacacaaagt tccacagaaa ctgacggtac tacctatacc180 attgtcggtg atatcacctt ctctactttt acgaatattc ctgttcccgt agtaactcca240 gacgccaacg atagttccag caatagctct aaaggaggaa gtagcagtag tggagctaca300 tctctaatcc gatcctcaaa cctacactcc gattttgatt ttacaaaaga tagcgtgtta360 gacctctatc accttttctt tccttcagct tcaaatactc tcaatcctgc actcctttct420 tccagtagca gcggtggatc ctcgagcagc agtagctcct catcatctgg aagtgcatct480 gctgttgttg ctgcggaccc aaaaggaggc gctgcctttt atagtaacga ggctaacgga540 actttaacct tcactacaga ctctggaaat cccggctccc tgactcttca gaatcttaaa600 atgaccggag atggagccgc catctactcg aagggtcctc tagtatttac tggtttaaaa660 aatctaacct ttacaggaaa tgaatctcag aaatctggag gtgctgccta tactgaaggc720 gcactcacaa cacaagcaat cgttgaagcc gtaactttta ctggcaacac ctcggcaggg780 caaggaggcg ctatctatgt taaagaagct accctattca atgctctaga cagcctcaaa840 tttgaaaaaa acacttctgg gcaagctggt ggtggaatct atacagagtc tacgctcaca900 atctcgaaca tcacaaaatc tattgaattt atctctaata aagcttctgt ccctgccccc960 gctcctgagc ccacctctcc ggctccaagt agcttaataa attctacaac gatcgatacc1020 tcgactctcc aaacccgagc agcatccgca actccagcag tggctcctgt tgctgccgta1080 actccaacac caatctctac tcaagagacc gcaggaaatg gaggcgctat ctatgctaaa1140 caaggtattt cgatatccac gtttaaagat ctgaccttca agtctaactc tgcatcggta1200 gatgccaccc ttactgtcga ttctagcact attggagaat ctggaggtgc tatctttgca1260 gcagactcta tacaaatcca acagtgcacg ggaaccacct tattcagtgg caatactgcc1320 aataagtctg gtgggggtat ttacgctgta ggacaagtca ccctagaaga tatagcgaat1380 ctgaagatga ccaacaacac ctgtaaaggt gaaggtggag ccatctacac taaaaaggct1440 ttaactatca acaacggtgc cattctcact acattttctg gaaatacatc gacagataat1500 ggtggggcta tttttgctgt aggtggcatc actcťctctg atcttgtaga agtccgcttt1560 agťaaaaata agaccggaaa ttattccgct cctattacca aagcggctag caacacagct1620 cctgtagttt ctagctctac aactgctgcá tctcctgcgg tccctgctgc cgctgcagca1680 cctgttacaa acgcagcaaa aggaggggct ttatatagta cagaaggact gactgtatct1740 ggaatcacat cgatattgtc gtttgaaaac aacgaatgcc agaatcaagg aggtggggct1800 tacgttacta aaaccttcca gtgttccgat tctcatcgcc tccagtttac tagtaataaa1860 gcagcagatg aaggcggggg cctgtattgt ggtgacgatg tcacgctaac gaacctgaca1920 gggaaaacac tatttcaaga gaatagcagt gagaaacatg gaggtgggct ctctctcgcc1980 tcaggaaaat ctctgactat gacatcgtta gagagcttct gcttaaatgc aaatacagca2040 aaggaaaacg gaggcggtgc gaatgtccct gaaaatattg tactcacctt cacctatact2100 cccactccaa atgaacctgc gcctgtgcag cagcccgtgt atggagaagc tcttgttact2160 ggaaatacag ccacaaaaag tggtgggggc atttacacga aaaatgcggc cttctcaaat2220 ttatcttctg taacttttga tcaaaatacc tcttcagaaa atggtggtgc cttacttacc2280 caaaaagctg cagataaaac ggactgttct ttcacctata ttacaaatgt caatatcacc2340 aacaatacag ctacaggaaa tggtgggggc attgctgggg gaaaagcaca ttttgatcgc2400 attgataatc ttacagtcca aagcaaccaa gcaaagaaag gtggtggggt ttatcttgaa2460 gatgccctca tcctggaaaa ggttattaca ggttctgtct cacaaaatac agctacagaa2520 agtggtgggg gtatctacgc taaggatatt caactacaag ctctacctgg aagcttcaca2580 attaccgata ataaagtcga aactagtctt actactagca ctaatttata tggtgggggc2640 atctattcca gtggagctgt cacgctaacc aatatatctg gaacctttgg cattacagga2700 aactctgtta tcaatacagc gacatcccag gatgcagata tacaaggtgg gggcatttat2760 gcaaccacgt ctctctcaat aaatcaatgt aatacaccca ttctatttag caacaactct2820 gctgccacta aaaaaacatc aacaacaaag caaattgctg gtggggctat cttctccgct2880
335 gcagtaacta tcgagaataa ctctcagccc attattttct taaataattc cgcaaagtcg 2940 gaagcaacta cagcagcaac tgcaggaaat aaagatagct gtggaggagc cattgcagct 3000 aactctgtta ctttaacaaa taaccctgaa ataaccttta aaggaaatta tgcagaaact 3060 ggaggagcga ttggctgtat tgatcttact aatggctcac ctccccgtaa agtctctatt 3120 gcagacaacg gttctgtcct ttttcaagac aactctgcgt taaatcgcgg aggcgctatc 3180 tatggagaga ctatcgatat ctccaggaca ggtgcgactt tcaťcggtaa ctcttcaaaa 3240 catgatggaa gtgcaatttg ctgttcaaca gccctaactc ttgcgccaaa ctcccaactt 3300 atctttgaaa acaataaggt tacggaaacc acagccacta caaaagcttc cataaataat 3360 ttaggagctg caatttatgg aaataatgag actagtgaca tcactatctc tttatcagct 3420 gagaatggaa gtattttctt taaaaacaat ctatgcacag caacaaacaa atactgcagt 3480 attgctggaa acgtaaaatt tacagcaata gaagcttcag cagggaaagc tatatctttc 3540 tatgatgcag ttaacgtttc caccaaagaa acaaatgctc aagagctaaa attaaatgaa 3600 aaagcgacaa gtacaggaac gattctattt tctggggaac ttcacgaaaa taaatcctat 3660 attccacaga aagtcacttt cgcacatggg aatctcattc taggtaaaaa tgcagaactt 3720 agcgtagttt cctttaccca atctccaggc accacaatca ctatgggccc aggatcggtt 3780 ctttccaacc atagcaaaga agcaggagga atcgctataa acaatgtcat cattgatttt 3840 agtgaaatcg ttcctactaa agataatgca acagtagctc cacccactct taaattagta 3900 tcgagaacta atgcagatag taaagataag attgatatta caggaactgt gactcttcta 3960 gatcctaatg gcaacttata tcaaaattct tatcttggtg aagaccgcga tatcactctt 4020 ttcaatatag acaattctgc aagtggggca gttacagcca cgaatgtcac ccttcaaggg 4080 aatttaggag ctaaaaaagg atatttagga acctggaatt tggatccaaa ttcctcgggt 4140 tcaaaaatta ttctaaaatg gacctttgac aaatacctgc gctggcccta catccctága 4200 gacaaccact tctacatcaa ctctatttgg ggagcacaaa actctttagt gactgtgaaa 4260 caagggatct tagggaacat gttgaacaat gcaaggtttg aagatcctgc tttcaacaac 4320 ttctgggctt cggctatagg atctttcctt aggaaagaag tatctcgaaa ttctgactca 4380 ttcacctatc atggcagagg ctataccgct gctgtggatg ccaaacctcg ccaagaattt 4440 attttaggag ctgccttcag tcaggttttt ggtcacgccg agtctgaata tcaccttgac 4500 aactataagc ataaaggctc aggtcactct acacaagcat ctctttatgc tggcaatatc 4560 ttctattttc ctgcgatacg gtctcggcct attctattcc aaggtgtggc gacctatggt 4620 tatatgcaac atgacaccac aacctactat ccttctattg aagaaaaaaa tatggcaaac 4680 tgggatagca ttgcttggtt atttgatctg cgtttcagtg tggatcttaa agaacctcaa 4740 cctcactcta cagcaaggct taccttctat acagaagctg agtataccag aattcgccag 4800 gagaaattca cagagctaga ctatgatcct agatctttct ctgcatgctc ttatggaaac 4860 ttagcaattc ctactggatt ctctgtagac ggagcattag cttggcgtga gattattcta 4920 tataataaag tatcagctgc gtacctccct gtgattctca ggaataatcc aaaagcgacc 4980 tatgaagťtc tctctacaaa agaaaagggc aacgtagtca acgttctccc tacaagaaac 5040 gcagctcgtg cagaggtgag ctctcaaatt tatcttggaa gttactggac actctacggc 5100 acgtatacta ttgatgcttc aatgaatact ttagtgcaaa tggccaacgg agggatccgg 5160 tttgtattct ag 5172 <210> 376 <211> 3759 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 376 atgttgaagt gccctgaacg ggtcagtgtt aatcttatcg aaatccaaat taagtcttat gaagaaagag aaaatatcgg tttagaagag tataacgaag ctaccgttct tgagtacctt ccagaagaat gtatccgtag aggaattacc ttaaccgatg aaacgggaat caaagaagaa actgataaag ggacatttat cattaatgga cgttctccag gaattaactt tgaacaagaa ttcagaatca ttccttatcg tggaagttgg atttatatcc atattgatag aaaaaaacgt cgagctcttg gatactcttc agatgcagat agttctctta gaagtgagaa agactttgct attattgatg aagcctcctc tctagtttat aaaaaaaagg aagatatccc agaccttcca 60 aagcagtttc ttcaaattgg aaaattagca 120 gttttcaggg aaatttttcc cattaaatcc 180 tcatataatt tgggtgtgcc aaaatattct 240 tatagcgtca ctttgaaagt ccgttttcgt 300 gaagtctata tgggaacgat ccctctaatg 360 gctgaaagag tcgttgtttc ccaagttcat 420 aaacattcca aaggtaatat tttattctcc 480 ctcgaagcta ttttcgatat taatgactta 540 agaagaaaaa ttctagcaat cacctttatc 600 atcatcgaag aattcttcac aataggagaa 660 ctťcttgttg gaaggatttt agcagacaat 720 ggaaaagccg- gagaaaagtt aagtacagca 780
336 atgttaaaac ggatgctcga tgctggaatc gcttctgtta agattgctgt agatgctgat840 gaaaatcatc ctattatcaa aatgctcgct aaggatccta cagattcata cgaagccgct900 ttaaaagatt tttatcgtag actacgtcca ggagaacctg caactctagc taatgcacgt960 tctactatca tgaggctctt ctttgacccc aaacgttata atctaggacg tgtagggcgt1020 tataagctca atcgcaaact aggcttctct atagatgatg aagctctgtc tcaagttact1080 ttgagaaaag aagatgtgat cggagcctta aagtatctga ttcgtttgaa aatgggagat1140 gaaaaagctt gtgtagacga tattgatcat cttgctaatc gacgtgtccg ctctgtcgga1200 gaactcattc aaaatcaatg tcgttcagga cttgctagaa tggagaaaat tgttagagag1260 agaatgaatt tattcgattt ctcctcagat acgttgactc caggaaaagt tgtctctgct1320 aaaggtctcg ctagcgtgtt aaaagatttc tttggccgct cccagctttc gcagtttatg1380 gaccaaacca accctgtagc tgagttaact cacaaacgac gtctttctgc attaggtcca1440 ggaggactaa atagagaacg cgcaggattt gaagttcgtg acgtgcacgc aagtcattat1500 ggacgtattt gtcctattga aactcctgaa ggtccaaata ttggtctgat cacctctctt1560 tcctcttttg ctaaaattaa cgaatttgga ttcattgaaa ctccttatag aattgtaaga1620 gatggaatcg taacagatga aatcgaatac atgacagccg atgttgaaga agaatgtgtg1680 attgcacagg cttcagcaag cctagatgag tacaatatgt ttacggaacc cgtctgttgg1740 gtacgttatg ctggagaagc tttcgaagca gatacaagca ccgtaaccca tatggatgtt1800 tctccgaaac agctcgtttc tattgttaca ggattgattc ctttcttaga gcacgacgať1860 gcgaaccgcg ccttgatggg ctccaatatg caacgtcaag cggttccctt acttaaaacc1920 gaagctcctg ttgttggcac tggattagaa tgtcgtgctg ctaaagattc tggagctatt1980 gttgttgcag aagaagatgg tgttgttgat tttgttgatg gttacaaagt agttgttgct2040 gcaaaacata atcctacaat taaacgtacc tatcatctga aaaagttcct tagatctaat2100 tcaggaactt gcattaacca acagcccttg tgtgcagtcg gtgatgtcat aactaagggt2160 gatgtgattg ctgatggacc cgcaactgat cgtggagaac ttgctttagg taaaaatgta2220 ctcgttgcct ttatgccttg gtatggatac aactttgagg atgcgatcat tatctctgaa2280 aaattgatca gagaagatgc ctatacctct atttatattg aggaattcga actaacagcc2340 cgagatacaa aattaggaaa agaagagatc actcgtgaca ttcctaacgt atctgatgaa2400 gtattggcca atctcggtga ggatgggatc attcgtatcg gtgctgaggt taaacctggg2460 gatattcttg ttggtaagat cacaccaaaa tcagaaacag aattagctcc agaagagcgt2520 ctgctccgtg ctatttttgg tgaaaaagct gctgacgtta aagatgcatc tttaacagtg2580 cctccaggaa ctgaaggcgt cgttatggat gttaaagtct tcagtagaaa ggatagattg2640 tcaaagagtg atgacgaact tgtagaagaa gctgttcatc ttaaagattt gcaaaaagga2700 tataaaaacc aagttgcaac tttaaáaaca gaatatcgtg agaaattagg agctctctta2760 ttaaatgaga aagcacctgc agccattatt caccgtcgta cagcagaaat cgttgttcat2820 gaaggcctac tctttgatca agagacaata gaacggatag aacaagaaga tttagtggat2880 cttttaatgc ctaactgtga aatgtatgaa gtgttgaaag gacttctatc agattacgaa2940 acggcattac aacggctaga aatcaattat aagactgaag ttgagcatat tcgtgaggga3000 gatgcagatt tagatcatgg tgtcattcgc caagttaaag tctacgttgc ctctaagaga3060 aaacttcaag ttggagataa aatggctgga cgacacggaa ataaaggtgt tgtttccaaa3120 atcgttcccg aagcggatat gccatatctc tctaacggag aaactgtaca aatgatcctg3180 aaccccctcg gggtgccttc aaggatgaac cttggacagg tattagaaac acacctaggt3240 tatgcagcaa aaactgcagg caťttacgtg aaaacccctg tttttgaagg attccctgaa3300 caacgtatct gggatatgat gatagaacag ggattaccag aagatgggaa gtccttctta3360 tatgatggga agacaggtga acgctttgat aacaaggtag tgataggcta tatctatatg3420 ctaaagctca gtcacttgat cgctgataag attcacgcaa gatctatagg gccatattct3480 ttagtcacgc aacaacctct cggtggtaaa gctcagatgg gaggacaaag attcggggaa3540 atggaagttt gggctctaga agcatatggg gttgctcata tgctccaaga aattctaacc3600 gtgaaatctg atgatgtctc aggaagaaca aggatttacg aatctatcgt taagggggaa3660 aacctcttgc gatcaggaac gcctgagtcg ttcaatgtgc taattaaaga gatgcagggt3720 ctaggacttg atgttcgtcc tatggtcgta gacgcttaa3759 <210> 377 <211> 675 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 377 atgacatcct ggatagaatt acttgataag caaattgaag atcaacatat gttaaagcac 60 gaattttatc agcgttggtc tgaaggaaag ttagaaaaac aacaacttca agcttátgcc 120 aaagattact atttacatat taaagcattt ccttgttacc tttcagcgct gcatgctcgc 180 tgtgatgact tgcagattcg tagacaaatt cttgagaatc tcatggatga agaagctgga 240
337 aatcctaatc acatagattt atggagacag tttgctttat ctcttggagt ttctgaagag300 gagcttgcca atcatgaatt cagtcaggct gctcaagata tggtagcgac atttcgccgc360 ttatgcgaca tgccacaact tgccgtgggt ttaggcgctc tctatactta tgagattcag420 attcctcaag tctgtgtaga gaaaatccgt ggtttgaaag aatattttgg agtttctgct480 cgaggctatg catactttac tgtacatcaa gaagctgata ttaaacatgc cagcgaagag540 aaagaaatgc tacaaacttt ggtaggcaga gagaatcctg atgctgtttt gcaaggatca600 caagaagttt tagatactct atggaacttt ttgagctctt ttattaattc aacggagcct660 tgttcttgta agtag675 <210> 378 <211> 1671 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 378 atgtccaaac tcatcagacg agtagttacg gtccttgcgc taacgagtat ggcgagttgc60 tttgccagcg ggggtataga ggccgctgta gcagagtctc tgatta.ctaa gatcgtcgct120 agtgcggaaa caaagccagc acctgttcct atgacagcga agaaggttag acttgtccgt180 agaaataaac aaccagttga acaaaaaagc cgtggtgctt tttgtgataa agaattttat240 ccctgtgaag agggacgatg tcaacctgta gaggctcagc aagagtcttg ctacggaaga300 ttgtattctg taaaagtaaa cgatgattgc aacgtagaaa tttgccagtc cgttccagaa360 tacgctactg taggatctcc ttaccctatt gaaatccttg ctataggcaa aaaagattgt420 gttgatgttg tgattacaca acagctacct tgcgaagctg aattcgtaag cagtgatcca480 gaaacaactc ctacaagtga tgggaaatta gtctggaaaa tcgatcgcct gggtgcagga540 gataaatgca aaattactgt atgggtaaaa cctcttaaag aaggttgctg cttcacagct600 gctactgtat gtgcttgccc agagctccgt tcttatacta aatgcggtca accagccatt660 tgtattaagc aagaaggacc tgactgtgct tgcctaagat gccctgtatg ctacaaaatc720 gaagtagtga acacaggatc tgctattgcc cgtaacgtaa ctgtagataa tcctgttccc780 gatggctatt ctcatgcatc tggtcaaaga gttctctctt ttaacttagg agacatgaga840 cctggcgata aaaaggtatt ťacagttgag ttctgccctc aaagaagagg tcaaatcact900 aacgttgcta ctgtaačtta ctgcggtgga cacaaatgtt ctgcaaatgt aactacagtt960 gttaatgagc cttgtgtaca agtaaatatc tctggtgctg attggtctta cgtatgtaaa1020 cctgtggagt actctatctc agtatcgaat cctggagact tggttcttca tgatgtcgtg1080 atccaagata cactcccttc tggtgttaca gtactcgaag ctcctggtgg agagatctgc1140 tgtaataaag ttgtttggcg tattaaagaa atgtgcccag gagaaaccct ccagtttaaa1200 cttgtagtga aagctcaagt tcctggaaga ttcacaaatc aagttgcagt aactagtgag1260 tctaactgcg gaacatgtac atcttgcgca gaaacaacaa cacattggaa aggtcttgca1320 gctacccata tgtgcgtatt agacacaaat gatcctatct gtgtaggaga aaatactgtc1380 tatcgtatct gtgtaactaa ccgtggttct gctgaagata ctaacgtatc tttaatcttg1440 aagttctcaa aagaacttca gccaatagct tcttcaggtc caactaaagg aacgatttca1500 ggtaataccg ttgttttcga cgctttacct aaactcggtt ctaaggaatc tgtagagttt1560 t ntattaccŤ· fqaaannl-at tartrrrrma naťnetnnna nr.na Anrt A t tctttcttet162Π gatacactga cttcaccagt atcagacaca gaaaataccc acgtgtatta a1671 <210> 379 <211> 1386 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 379 atgacccaag aatttgattg tgttgttatt ggtgcgggac ctagtggcta tgttgccgca60 atcactgctg cgcaatcaaa attacggacc gctcttattg aagaagacca ggctgggggg120 acctgcttaa accgcggatg catcccttca aaagccctca ttgctggagc caatgttgta180 tctcacatta agcatgcgga gcagttcggc atccatgttg atggttatac aatcgattac240 cctgcgatgg caaaaagaaa aaatacagtc gtccagggga tccgtcaagg attagaagga300 ttgatccgca gcaacaagat tactgtctta aaaggaaccg gatctctagt atcttctaca360 gaagttaaag ttattggcca agacacgact ataatcaaag ccaatcatat tatcctagct420 acaggatccg agcctcgtcc tttcccaggg gttcccttct cctctagaat tttgagttcc480 acagggatct tagaacttga agtcctccct aaaaagctcg ctattattgg tggcggcgtt540 attggctgtg aatttgcgtc tctatttcac actttaggcg ttgagattac cgttatagaa600 gctttggatc atattcttgc ggttaacaat aaagaagttt' ctcaaaccgt aacgaataaa660
338 tttacgaaac aaggaattcg aattcttacc aaagcctcga tctctgcaat cgaagaatcc 720 caaaaccaag ttcgcattac tgtgaacgat caagtggaag agtttgatta tgtcttggtg 780 gctattggtc gccaatttaa tacagcaagt atagggctag ataatgctgg agtgatccgg 840 gacgatcgtg gcgtgattcc tgttgacgaa accatgcgca ctaatgttcc aaatatctat 900 gcgattggag acatcactgg aaagtggcta cttgctcatg tggcttcgca ccaaggcgtt 960 attgccgcga aaaatatttc gggacatcac gaagttatgg attattctgc cataccttct1020 gtgatcttta cccacccaga aattgctatg gtaggtctat ctctacaaga agcagaacaa1080 caaaatcttc ctgcaaagct caccaaattt ccttttaaag cgattggaaa agctgttgct1140 ttgggagcat ctgatggttt tgctgctatt gtgagtcatg aaattaccca gcaaatactc1200 ggagcttatg tcataggacc tcacgcctca tcattaattg gagagatgac cttagcgatc1260 cgcaatgagc tgaccctacc ttgcatatat gaaaccgtgc atgctcatcc cacactctct1320 gaagtttggg ctgaaggtgc tttacttgct acaaatcacc ctttacactt ccctcctaag1380 tcatga1386 <210> 380 <211> 1635 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 380 atggcagcga aaaatattaa atataatgaa gaagccagaa aaaaaataca taaaggggta60 aaaactčttg cagaagcagt aaaagttact ctaggtccta aaggacgtca cgtagttata120 gataagagct ttggctctcc ccaagtgact aaagatggtg ttactgtagc taaagaaatc180 gagctcgaag acaaacatga aaacatgggc gctcagatgg taaaagaagt cgccagcaaa240 actgctgaca aagcaggcga cggaactaca acagcaactg ttcttgcaga agcaatctat300 agcgaaggtc taagaaatgt cactgccggt gccaatccta tggacctaaa aagaggtatc360 gacaaagccg taaaagttgt tgttgatgaa ctcaaaaaaa ttagtaaacc tgtacaacat420 cacaaagaaa tcgctcaagt agctactatc tcagcaaata atgattccga aatcggaaat480 cttattgcag aagctatgga aaaagttggt aaaaacggat ccattactgt tgaagaagct540 aaaggcttcg aaactgttct cgacgttgta gaaggaatga acttcaaccg tggatacctc600 tccagctact tctccacaaa tccagaaact caagaatgcg ttttagaaga cgctctgatt660 ctaatctacg ataaaaaaat ctctggaatt aaagacttcc ttccagtttt acaacaagta720 gcagaatctg gacgccctct tttaatcatt gcagaagaaa ttgaaggaga agctttagca780 actctagtag tcaatagact ccgtgcagga ttcagagtct gtgcagtgaa agctcctggt840 ttcggtgaca gaagaaaagc tatgttagaa gacatcgcta tccttactgg tggccaacta900 gttagcgaag aacttggcat gaaactagag aatacaactc tagcaatgtt aggaaaagct960 aagaaagtta tcgtaactaa agaagatacc acaatcgtcg aaggcttagg aaacaaacct1020 gatatccaag ctcgatgcga caatattaaa aaacaaatcg aagatagcac ttcagattac1080 gacaaagaaa aactccaaga gcgtttagct aaactctccg gtggtgtcgc cgtaatccgc1140 gtaggagctg ctaccgaaat agagatgaaa gagaaaaaag acagagtaga tgatgcacaa1200 cacgcaacca ttgcagctgt cgaagaagga atcctccctg gtggtggaac tgccttagtt1260 cgctgtatcc ctacactaga agctttcctt cctatgctag caaacgaaga cgaagctatt1320 ggtactcgta ttattctaaa agcattaaca gctccattaa agcaaattgc aagtaacgca1380 ggtaaagaag gcgctatcat ttgtcagcaa gttctagcaa gatctgcaaa tgaaggctat1440 gatgctttac gtgacgctta tacagatatg attgacgcag gaattttaga tccaactaaa1500 gtgactcgct cagctctaga aagcgcagct tctatcgcag gattactcct cacaacagaa1560 gccttaatcg ctgatatccc agaagagaaa tcttcttcag ctccagcgat gccaagcgca 1620 ggaatggact actág1635 <210> 381 <211> 1995 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 381 atggaaaaag tttcttctta tccctcagtt ccaaaccgct atcgatttgc tttatatgct cctttacctc ttggggcttc taaaatttcc 60 tcacaagcta· ccgaagtcat ccttgcttta 120
339 acagacgaaa attcagaagt catagaagtc cctctttacc ccgatacaca ccgcacgggt 180 gcgatttggc atatagagat cgagggtatt tctgatcaat cgtcttatgc atttcgtgtt 240 catgggccta aaaagcatgg aatgcaatac tcttttaaag aatatcttgc agatccctat 300 gcgaagaata ttcattcccc acagagtttt ggttcgcgaa agaaácaggg ggattatgca 360 ttttgttatt taaaggaaga accatttcct tgggatggtg atcagcctct gcatttgccg 420 aaagaagaga tgatcatcta tgagatgcat gtacgttcct tcacgcaatc ttcttcatct 480 agggttcatg ctccgggaac cttcctagga atcattgaaa agatcgacca tctgcataag 540 ctgggaatca acgctgttga actcttacct atctttgagt tcgatgagac tgcgcatcct 600 tttagaaatt cgaaattccc ttatctgtgc aattattggg gttatgctcc cctaaatttc 660 ttttctcctt gccgacgtta tgcttatgcc tctgatcctt gcgctccaag tagagagttt 720 aaaactttag taaagacctt gcatcaagaa ggtattgagg tcattcttga tgttgttttt 780 aatcatacgg gcttgcaagg gacgacctgc tctttgcctt ggatagacac tccgagctat 840 tatattttag atgcacaagg tcactttaca aattattcag gctgtggaaa cactctcaat 900 acaaaccgcg cccccacgač ccaatggatt ctcgacatct tacgttattg ggtagaagaa 960 atgcatgtcg atgggttccg atttgatctt gcttctgtct tttctcgtgg tccttcggga 1020 tctcccctac aattcgctcc tgttttagag gcgatttctt ttgatccttt acttgcgagc 1080 acaaagatta tagctgagcc ttgggatgct ggcggtttgt atcaggtggg ctatttcccc 1140 acactgtctc caagatggag tgaatggaac ggcccgtatc gtgataacgt gaaagcattt 1200 cttaatgggg atcaaaatct cataggaacc tttgcttcta gaatttcagg atctcaagac 1260 atctatcctc acggctcgcc tacaaattcg attaactatg tcagttgcca tgatggtttt 1320 acgttatgtg acactgtgac ttataaccac aaacataatg aggctaacgg agaggataat 1380 cgtgacggca cagatgcgaa ctacagctac aatttcggaa cggaagggaa aacagaagac 1440 cctggcattc ttgaagttcg tgaaagacag ttacgaaatt ttttccttac tttgatggtc 1500 tcgcaaggca ttccgatgat tcaatcagga gatgagtatg cccataccgc ggaaggcaat 1560 aacaaccgtt gggctttgga ttcgaatgcg aattacttcc tttgggatca gcttaccgca 1620 aagcctacac tgatgcactt tctctgtgat ctcattgcgt ttcgaaaaaa atataaaaca 1680 ctttttaatc gaggctttct ttccaataag gaaatcagtt gggtagatgq tatgggaaat 1740 cccatgacat ggcgccctgg aaatttctta gcatttaaaa taaaatcgcc aaaagcgcat 1800 gtatatgttg cttttcacgt gggagctcaa gaccaacttg cgaccttacc taaagcctčc 1860 agcaactttc ttccttatca aatagttgcc gagagtcagc aagggtttgt ccctcaaaat 1920 gtagcaacgc cgacagtgtc gctacagccc cataccacgc taattgcgat cagccatgcg 1980 aaagaggtta cctga 1995 <210> 382 <211> 987 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 382 atggcattca aagaggtcgt tcgtgttgct gtcacaggag gcaaagggca gattgcgtat60 aattttttat. ttgcattagc ccatggagat gtttttggag tggatcgtgg tgtagattta120 cggatctatg atgtgccggg tacagagaga gctctctcag gggtgcgtat ggagctcgat180 gacggtgcat atcctctttt acatcgtctg cgtgtgacga catcgttaaa cgacgctttt240 gatggtatcg atgcggcgtt tctgataggt gctgtgcctc gtggacccgg tatggagcga300 ggagatcttt taaagcaaaa tggtcagatc ttttcgttac agggggccgc tttaaataca360 gcagcaaaaa gagatgctaa gatttttgtt gtagggaacc ctgtcaatac gaattgctgg420 attgctatga aacatgctcc cagattgcat cggaaaaatt tccatgcgat gttacgcttg480 gatcagaatc gcatgcatag catgctcgct catcgtgctg aggttcctct agaggaggtc540 tcccgtgttg tcatctgggg aaatcattct gcaaagcagg ttcctgactt cacacaagca600 cgtatctcag ggaaacccgc agccgaggtt atcggagatc gagattggtt ggaaaacatt660 ttagtacact ccgtgcagaa tcgtggaagc gctgtaattg aagcaagagg gaaatcttcg720 gcagcatccg catctcgagc acttgccgag gccgcgcgat ctattttttg tcctaaaagt780 gacgagtggt tttcttctgg agtgtgttcg gatcataatc cttatggtat tcctgaagac840 ttgatttttg gttttccatg tcgtatgttg ccttctggag attatgaaat cattcctgga900 ttgccttggg agccttttat cagaaataag attcaaattt ccctggatga aattgctcag960 gaaaaagcta gcgtgtcttc gttataa987 <210> 383 <211> 654 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae
340 <400> 383 atgaaaagag agttgttccc caagagtctg cgtcgttctc caagctaact ttcgttgtct attaaggatg gctgaaaacc aatcttttct tctgaagaag tccattgtcc tcatttataa tggatcctaa ttatactgaa gaagactctt ttaagaccta cgtctgctgc ctttgtaccg ctgccttgat taacacaatt atatcgccgc aaggggaaag aaccatattt aggatataac ggaaaaccgt cgctcgacgt cgcagaaaag agaaaagtct tatccgagaa agaagggatg aagtgaagťa atttgcctcc gtggcccgag tgcgggttaa ctagagacaa gaaacacctt gatcaaactc atttcagagc tcaatttcgt gtccaccctc aaaaagatgc ttttctcaag accttaggtt cttgtggata ctttacttac aagtttgagt 60 aaaactcgag ggacttaaat 120 ctcttgttaa gagactctct 180 agaaggatac gctgcaagtg 240 aggacgaaag agacctttct 300 tagctttgtc tcagggtgaa 360 tagctttaat agaagctctt 420' aaggccgtga ttggátttgg 480 cttggtctca aggggttatc 540 tggactccgg gaccgttgcg 600 tagtgataac ttaa 654 <210> 384 <211> 813 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 384 atgatcataa ccgggtcctc tgtgttccta tctcccatta attgcagaac aaagaagctg tctcctgata gggaaccgat ttcccctctc ctccctaaag ccgaaaatca tcttcaggca aagcacatga tttccaaatt taaaaaacaa aatactcttt cattttgttg ggaacctatt atttacgtct agtcgagctt ataagggcat ctaatacgtt tgaatctccc aaaaaatgct ttgatttatc gtctgttaag aaaaaagtcc tcttattatt tgagctcatg atgttatgct gttatttctc tttagtttcc ttctgcggat gcatgctctt tacaattttc atgcaatctc tcagattttt ttttaccaag tttatctgat acttccaatt tgtaatcgag aaaagctcta ataagacgtt tcgatcctga cctgaactgt tccactctat gcacctacat gggatttttt tataccttac gaggggagct ttctctcaag attcttctta gcataccctg aagaccttag agcgaaaaac tga ttttcaaaac tcgttttgag ctttatctaa ccaaagtccc atctccatga cctctttagt aaacacctat gctttcttgg aagatttaaa aggagcttgc gagaaattat atcgtgcctt aatatgtcta gcttttccct ttcccttgtt attcaatcct tcctactgcg attctctatt tatagaaaaa tgcttatgtt tcaaccgtac aatgcaaaaa tatggagtct agtgacgctc agacctgtat tgatttgcgt
120 180 240 300 360
420 480
0 600 660 720 780
813 <210> 385 <211> 1956 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 385
A- ---— A- _ ctttctgctc gcaggtgcgg ttgcgttctg aacagctcgt acgcctcctc atctttacct gtcactaata gaaactaaga gcttcggata caggctgctc atgcaagata cagacagatg tttgcaggac aacatagatt aaáaagttcc aaagatctta gttggaggct gatgatgctg atgttcaata ctattggtcc aaggattgga aagctaagcc cagtgaatgc cttctactag cacccacgtt caacatcact taaaggatac atgccgatgc accaagcgat .ttctccaatc acccagtagt ctacagcgac agaacgctag cagctaaagc ccgactctcc aaaatatcaa ccaagcaaca aaaatgagac cggaaaatcc
3-^^t CCt 313 ggcgagtgca taaagaatct tctcatgagt cagatctgca tgatgattat agctgacata agcggctact agttaaagtt tcttgactct tgtagcaaac cccagggaaa acagatagag tggagctgta agcaatcgct aattcttcaa acctgcagat aggaagtagt cgcttccatt tgattctcaa ^3C^333035 gcaaataaga aagaccgatt ctggcagata gacgtggact aagactcaag caggctgctt gatgaggaaa •ggcgcgcaaa ttaggtaaac aataacaaag acgcctgcaa aaagatggaa gaaaatgcta actgctaaga gaagcggaac ggttctgatg attggtagta ttgatgtctg gctgcccaac'
3 C yC3 C3CC t G C C y C3y31 6Ό gtgcggaagc tcaaagaata 120 ctgtagagcg atggagcatc 180 agctgggtat tgcttctagt 240 caacgacagc gaccgcacct 300 cgcaaacagc ttacgatact 360 tggtgagcct ccaggatgct 420 ccgcaatcgc tgcggagtgg 480 ttacagaatt agcgaaatat 540 tgacttcctt cgacctctta 600 cagctgagct tcttaaagag 660 ttgctcaatc tttagttgat 720 atgcgattag ggatgcatat 780 aatctaataa cagtataagc 840 cacaaatagc tgaagctcag 900 aaatggtaat acaggctgag 960 ttccaaatcc aggaactaca 1020 ttcgtgtttc catgctgtta 1080 ggtttcgtca gatgattcac 1140 aggagctcgc agcacaagct 1200
341 agagcagcga aagccgctgg agatgacagt gctgctgcag cgctggcaga tgctcagaaa 1260 gctttagaag cggctctagg taaagctggg caacaacagg gcatactcaa tgctttagga 1320 cagatcgctt ctgctgctgt tgtgagcgca ggagttcctc ccgctgcagc aagttctata 1380 gggtcatctg taaaacagct ttacaagacc tcaaaatcta caggttctga ttataaaaca 1440 cagatatcag caggttatga tgcttacaaa tccatcaatg atgcctátgg tagggcacga 1500 aatgatgcga ctcgtgatgt gataaacaat gtaagtaccc ccgctctcac acgatccgtt 1560 cctagagcac gaacagaagc tcgaggacca gaaaaaacag atcaagccct cgctagggtg 1620 atttctggca atagcagaac tcttggagat gtctatagtc aagtttcggc actacaatct 1680 gtaatgcaga tcatccagtc gaatcctcaa gcgaataatg aggagatcag acaaaagctt 1740 acatcggcag tgacaaagcc tccacagttt ggctatcctt atgtgcaact ttctaatgac 1800 tctacacaga agttcatagc ťaaattagaa agtttgtttg ctgaaggatc taggacagca 1860 gctgaaataa aagcactttc ctttgaaacg aactccttgt ttattcagca ggtgctggtc 1920 aatatcggct ctctatattc tggttatctc caataa 1956 <210> 386 <211> 805 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 386
Met Asp Pro Lys Glu Lys Asn 5 Tyr Asp Ala 10 Ser Ala Ile Thr Val 15 Leu
Glu Gly Leu Gin 20 Ala Val Arg Glu Arg 25 Pro Gly Met Tyr Ile 30 Gly Asp
Thr Gly Ile Thr 35 Gly Leu His His Leu 40 Val Tyr Glu Val Val 45 Asp Asn
Ser Ile Asp Glu 50 Ala Met Ala 55 Gly Tyr Cys Ser Arg 60 Ile Asp Val Arg
Ile 65 Leu Glu Asp Gly Gly Ile 70 Val Ile Val Asp Asn 75 Gly Arg Gly Ile 80
Pro Ile Glu Val His Glu Arg 85 Glu Ser Ala 90 Lys Gin Gly Arg Glu 95 Val
Ser Ala Leu Glu 100 Val Val Leu Thr Val 105 Leu His Ala Gly Gly 110 Lys Phe
Asp Lys Asp Ser 115 Tyr Lys Val Ser Gly 120 Gly Leu His Gly Val 125 Gly Val
Ser Cys Val Asn 130 Ala Leu Ser 135 Glu Lys Leu Val Ala 140 Thr Val Phe Lys
Asp 145 Lys Lys Cys Tyr Gin Met 150 Glu Phe Ser Arg Gly 155 lie Pro Val Thr 160
Pro Leu Gin Tyr Val Ser Val 165 Ser Asp Arg 170 Gin Gly Thr Glu Ile 175 Val
Phe Tyr Pro Asp 180 Pro Lys Ile Phe Ser 185 Thr Cys Thr Phe Asp 190 Arg Ser
Ile Leu Met Lys 195 Arg Leu Arg Glu Leu 200 Ala Phe Leu Asn Arg 205 Gly Ile
Thr Ile Val Phe Glu Asp Asp Arg Asp Val Ser Phe Asp Lys Val Thr
342
210 215 220
Phe 225 Phe Tyr Glu Gly Gly Ile Gin Ser Phe 230 Val Ser Tyr Leu Asn Gin 235 240
Asn Lys Glu Ser Leu Phe Ser Glu Pro Ile 245 250 Tyr lie Cys Gly Thr Arg 255
Val Gly Asp Asp Gly Glu Ile Glu Phe Glu 260 265 Ala Ala Leu Gin Trp Asn 270
Ser Gly Tyr 275 Ser Glu Leu Val Tyr Ser Tyr 280 Ala Asn Asn lie Pro Thr 285
Arg Gin Gly 290 Gly Thr His Leu Thr Gly Phe 295 Ser Thr Ala Leu Thr Arg 300
Val 305 Ile Asn Thr Tyr Ile Lys Ala His Asn 310 Leu Ala Lys Asn Asn Lys 315 320
Leu Ala Leu Thr Gly Glu Asp Ile Arg Glu 325 330 Gly Leu Thr Ala Val Ile 335
Ser Val Lys Val Pro Asn Pro Gin Phe Glu 340 345 Gly Gin Thr Lys Gin Lys 350
Leu Gly Asn 355 Ser Asp Val Ser Ser Val Ala 360 Gin Gin Val Val Gly Glu 365
Ala Leu Thr 370 He Phe Phe Glu Glu Asn Pro 375 Gin He Ala Arg Met Ile 380
Val 385 Asp Lys Val Phe Val Ala Tkla Gin Ala 390 Arg Glu Ala Ala Lys Lys 395 -400
Ala Arg Glu Leu Thr Leu Arg Lys Ser Ala 405 410 Leu Asp Ser Ala Arg Leu 415
Pro Gly Lys Leu Ile Asp Cys Leu Glu Lys 420 425 Asp Pro Glu Lys Cys Glu 4 30
m, τΊ
435 Val Glu Gly Asp Sex* Ala Gly 440 Gly Ser Ala Lys Gin Gly 445
Arg Asp Arg 450 Arg Phe Gin Ala Ile Leu Pxo 455 Ile Arg Gly Lys Ile Leu 460
Asn 465 Val Glu Lys Ala Arg Leu Gin Lys Ile 470 Phe Gin Asn Gin Glu Ile 475 480
Gly Thr Ile Ile Ala Ala Leu Gly Cys Gly 485 490 Ile Gly Ala Asp Asn Phe 495
Asn Leu Ser Lys Leu Axg Tyx Arg Arg Ile 500 505 He lie Met Thr Asp Ala 510
Asp Val Asp 515 Gly Ser His Ile Arg Thr Leu 520 Leu Leu Thr Phe Phe Tyr 525
Arg His Met 530 Thr Ala Leu Ile Glu Asn Glu 535 Cys Val Tyr Ile Ala Gin 540
343
Pro Pro 545 Leu Tyr Lys Val 550 Ser Lys Lys Lys Asp 555 Phe Arg Tyr Ile Leu 560
Ser Glu Lys Glu Met Asp 565 Ser Tyr Leu Leu Met 570 Leu Gly Thr Asn 575 Glu
Ser Ser Ile Leu 580 Phe Lys Ser Thr Glu 585 Arg Glu Leu Arg Gly 590 Glu Ala
Leu Glu Ser 595 Phe Ile Asn Val Ile 600 Leu Asp Val Glu Ser 605 Phe Ile Asn
Thr Leu 610 Glu Lys Lys Ala lie Pro 615 Phe Ser Glu Phe 620 Leu Glu Met Tyr
Lys Glu 625 Gly Ile Gly Tyr 630 Pro Leu Tyr Tyr Leu 635 Ala Pro Ala Thr Gly 64 0
Met Gin Gly Gly Arg Tyr 645 Leu Tyr Ser Asp Glu 650 Glu Lys Glu Glu 655 Ala
Leu Ala Gin Glu 660 Glu Thr His Lys Phe 665 Lys Ile Ile Glu Leu 670 Tyr Lys
Val Ala Val 675 Phe Val Asp Ile Gin 680 Asn Gin Leu Lys Glu 685 Tyr Gly Leu
Asp Ile 690 Ser Ser Tyr Leu lie Pro 695 Gin Lys Asn Glu 700 Ile Val Ile Gly
Asn Glu 705 Asp Ser Pro Ser 710 Cys Asn Tyr Ser Cys 715 Tyr Thr Leu Glu Glu 720
Val Ile Asn Tyr Leu Lys 725 Asn Leu Gly Arg Lys 730 Gly Ile Glu Ile 735 Gin
Arg Tyr Lys Gly 740 Leu Gly Glu Met Asn 745 Ala Asp Gin Leu Trp 750 Asp Thr
Thr Met Asn 755 Pro Glu Gin Arg Thr 760 Leu Ile His Val Ser 765 Leu Lys Asp
Ala Val 770 Glu Ala Asp His Ile Phe 775 Thr Met Leu Met 780 Gly Glu Glu Val
Pro Pro 785 Asn Asn Arg Leu Arg Asp Glu Phe 790 Ile 805 Ile Glu Ser His Ala 795 Leu Ser Ile Arg Ile 800
<210> 387 <211> 295 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 387
Met Glu Lys Leu Leu Val Thr Asp Ile Asp Gly Thr Ile Thr His Gin 5 10 · 15
344
Ser His His Leu Asp Lys Lys Val Tyr Glu Arg Leu Tyr Ala Leu His 20 2530
Gin Ala Gly Trp Lys Leu Phe Phe Leu Thr Gly Arg Tyr Tyr Lys Tyr 35 4045
Ala Ala Arg Leu Phe Ser Asp Phe Asp Ala Pro Tyr Leu Leu Gly Cys 50 5560
Gin Asn Gly Ala Ser Val Trp Ser Ser Thr Ser Ser Asn Leu LeuTyr
70 7580
Ser Lys Ser Leu Pro Ser Asp Leu Leu Cys lie Leu Gin Asp CysMet
9095
Glu Gly Ala Thr Ala Leu Phe Ser Val Glu Ser Gly Ala Pro Tyr Gly 100 105110
Asp His Tyr Tyr Arg Phe Ser Pro Thr Pro Ile Ala Gin Asp Leu His 115 120125
Glu Tyr Val Asp Pro Arg Tyr Phe Pro Asn Ala Lys Glu Arg G1U Ile 130 135 '140
Leu Phe Glu Thr Arg Ser Leu Lys Asp Asp Tyr Ala Phe Pro SerPhe
145 150 155160
Ala Ala Ala Lys Val Phe Gly Leu Arg Asp Glu Val Ile Arg IleGin
165 170175
Lys Glu Leu Glu Arg Gin Glu Ala Leu Thr Ser Val Ala Thr Met Thr 180 185190
Leu Met Arg Trp Pro Phe Asp Phe Arg Tyr Ala Ile Leu Phe Leu Thr 195 200205
Asp Lys Ser Val Ser Lys Gly Lys Ala Leu Asp Arg Val Val AsnIle
210 215 ’220
Leu Tyr Asp Gly Lys Lys Pro Phe Val Met Ala Ser Gly Asp AspAla
225 230 235240
Asn Asp Leu Asp Leu Ile Glu Arg Gly Asp Phe Lys Ile Val Met Ser 245 250255
Ser Ala Pro Glu Glu Met His Val His Ala Asp Phe Leu Ala Pro Pro 260 265270
Ala Asp Lys Asn Gly Ile Leu Ser Ala Trp Glu Ala Gly Val Arg Tyr 275 280285
Tyr Asp Asp Leu Met Ser Leu
290295 <210> 388 <211> 78 <212> PRT .
<213> Chlamydia pneumoniae
345
<400> 388 Met Lys Glu Phe Leu 5 Ala Tyr Ile Ile Lys 10 Asn Leu Val Asp Arg 15 Pro
Glu Glu Val Arg 20 Ile Lys Glu Val Gin 25 Gly Thr His Thr Ile 30 Ile Tyr
Glu Leu Ser 35 Val Ala Lys Pro Asp 40 Ile Gly Lys Ile Ile 45 Gly Lys Glu
Gly Arg 50 Thr Ile Lys Ala Ile 55 Arg Thr Leu Leu Val 60 Ser Val Ala Ser
Arg 65 Asn Asn Val Arg Val 70 Ser Leu Glu Ile Met 75 Glu Glu Lys
<21Ό> 389 <211> 478 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 389
Met Arg Asp Val Ser Glu Leu Phe Arg Thr His Phe Met His Tyr Ala 5 1015
Ser Tyr Val lie Leu Glu Arg Ala lie Pro His Ile Leu Asp Gly Leu 20 2530
Lys Pro Val Gin Arg Arg Leu Leu Trp Thr Leu Phe Leu Met Asp Asp 35 4045
Gly Lys Met His Lys Val Ala Asn Ile Ala Gly Arg Thr Met Ala Leu 50 5560
His Pro His Gly Asp Ala Pro Ile Val Glu Ala Leu Val Val LeuAla
70 7580
Asn Lys Gly Tyr Leu lie Asp Thr Gin Gly Asn Phe Gly Asn ProLeu
9095
Thr Gly Asp Pro His Ala Ala Ala Arg Tyr Ile Glu Ala Arg Leu Ser 100 105110
Pro Leu Ala Arg Glu Thr Leu Phe Asn Thr Asp Leu Ile Ala Phe His 115 120125
Asp Ser Tyr Asp Gly Arg Glu Lys Glu Pro Asp lie Leu Pro Ala Lys 130 135140
Leu Pro Val Leu Leu Leu His Gly Val Asp Gly Ile Ala Val GlyMet
145 150 155160
Thr Thr Lys lie Phe Pro His Asn Phe Ala Glu Leu Leu Lys AlaGin
165 170175
Ile Ala Ile Leu Asn Asp Lys Lys Phe Thr Val Phe Pro Asp Phe Pro 180 185190
Ser Gly Gly Leu Met Asp Pro Ser Glu Tyr Gin Asp Gly Leu Gly Ser 195 200205
346
Ile Thr 210 Leu Arg Ala Ser Ile Asp 215 Ile Ile Asn Asp 220 Lys Thr Leu Val
Val 225 Lys Gin Ile Cys Pro 230 Gin Ser Thr Thr Glu 235 Thr Leu Ile Arg Ser 240
Ile Glu Asn Ala Ala 245 Lys Arg Gly Thr Ile 250 Lys Ile Asp Thr Ile 255 Gin
Asp Phe Ser Thr 260 Asp Val Pro His Ile 265 Glu Ile Lys Leu Pro 270 Lys Gly
Ser Arg Ala 275 Lys Glu Met Leu Pro 280 Leu Leu Phe Glu His 285 Thr Glu Cys
Gin Val 290 Ile Leu Tyr Ser Lys 295 Pro Thr Val Ile Tyr 300 Glu Asn Lys Pro
Val 305 Glu Cys Ser Ile Ser 310 Glu Ile Leu Lys Leu 315 His Thr Thr Ala Leu 320
Gin Gly Tyr Leu Glu 325 Lys Glu Leu Leu Leu 330 Leu Gin Glu Gin Leu 335 Thr
Leu Asp His Tyr 340 His Lys Thr Leu Glu 345 Tyr Ile Phe Ile Lys 350 His Lys
Leu Tyr Asp 355 Ser Val Arg Glu Val 360 Leu Ala Ile Asn Lys 365 Lys Ile Ser
Ala Asp 370 Asp Leu His Gin Ala 375 Val Leu His Ala Leu 380 Glu Pro Trp Leu
His 385 Glu Leu Ala Thr Pro 390 Val Thr Lys Gin Asp 395 Thr Ser Gin Leu Ala. 400
Ser Leu .Thr Ile Lys 405 Lys Ile Leu Cys Phe 410 Asn Glu Glu Ala Cys 415 Thr
Lys Glu Leu Leu 420 Ala Ile Glu Lys Lys 425 Gin Ala Ala Ile Gin 430 Lys Asp
Leu Gly Arg 435 Ile Lys Glu Val Thr 440 Val Lys Tyr Leu Lys 445 Gly Leu Leu
Glu Arg 450 His Gly His Leu Gly 455 Glu Arg Lys Thr Gin 460 Ile Thr Asn Phe
Lys 465 Thr Ala Lys Thr Ser 470 Ile Leu Lys Gin Gin 475 Thr Leu Ile
<210> 390 <211> 257 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 390
Met Ala Phe Tyr Ser Pro Ser Thr Ile Ser Lys Tyr Phe Ile Tyr Ser 5 10 15
I
347
Gly Ala Gly Asn Arg 20 Phe Leu Leu Gly 25 Glu Thr Leu Pro Glu 30 Vai Glu
Asp Vai Arg Phe Leu 35 Cys Gin Glu Thr 40 Arg Vai Asp Gly 45 Phe Leu Tyr
Leu Lys 50 Pro Ser Ser Cys Ala 55 Asp Ala Gin Leu lie 60 Ile Phe Asn Ser
Asp Gly 65 Ser Arg Pro Thr 70 Met Cys Gly Asn Gly Leu 75 Arg Cys Ala lie 80
Ala His Leu Ala Ser 85 Gin Lys Gly Lys Ser 90 Asp lie Ser Vai Ser 95 Thr
Asp Ser Gly Leu Tyr 100 Ser Gly Tyr Phe 105 Tyr Ser Trp Asp Arg 110 Vai Leu
Vai Asp Met Thr Leu 115 Ala Asp Trp Arg 120 Ala Ser Vai His 125 Arg Leu Glu
Ser Arg 130 Pro Asp Pro Leu Pro 135 Lys Glu Vai Vai Cys 140 He His Thr Gly
Vai Pro 145 His Ala Vai Vai 150 lie Leu Pro Glu lie Ser 155 Thr Leu Asp Leu 160
Ser lie Leu Gly Pro 165 Phe Leu Arg Tyr His .170 Gin Thr Phe Ser Pro 175 Asp
Gly Vai Asn Vai Asn 180 Phe Vai Gin lie 185 Leu Gly His Cys Gin 190 Leu Arg
Vai Arg Thr Tyr Glu 195 Arg Gly Vai Glu 200 Gly Glu Thr Ala 205 Ala Cys Gly
Thr Gly 210 Ala Leu Ala Ser Ala 215 Leu Vai Vai Ser Ash 220 Ser Tyr Gly Trp
Lys Glu 225 Ser Ile Gin lie 230 His Thr Trp Gly Gly Glu 235 Leu Met Thr Vai 240
Ser Gin Asn Arg Gly 245 Arg Vai Tyr Leu Gin 250 Gly Ser Vai Thr Arg 255 Asp
Leu <210>
<211>
<212>
<213>
391
191 PRT Chlamydia pneumoniae <4 00>
391
Met Ala Asp
Gly
Glu Vai His
Lys
Leu
Arg Asp lie lie
Glu
Lys
Glu
Leu Leu Glu
Ala
Arg Arg Vai
Phe
Phe
Ser Glu
Pro
Vai
Thr
Glu
Lys
...j··· .··. A··
348
Ser Tkla Ser Asp Ala Ile Lys Lys 3540
Pro Gly Lys Pro Ile Val Phe Val 5055
Asp Ala Gly Phe Ala Val Trp Asp 6570
Val Thr Thr Val Val Thr Gly Leu 85
Ser Leu Cys Ala Ala Pro Gly Arg 100
He Met He His Gin Pro Ser Ile 115120
Thr Asp Leu Asp Ile His Ala Arg 130135
Ile Ile Asp Val Tyr Val Glu Ála
145150
Glu Lys Ala He Asp Arg Asp Met 165
Asp Phe Gly Leu Leu Asp Gly Ile 180
Leu Trp Tyr Leu Glu Leu Lys Asp 45
He Asn Ser Pro Gly Gly Ser Val 60
Gin He Lys Met Leu Thr Ser Pro 7580
Ala Ala Ser Met Gly Ser Val Leu 9095
Arg Phe Ala Thr Pro His Ser Arg 105110
Gly Gly Pro Ile Thr Gly Gin Ala 125
Glu Ile Leu Lys Thr Lys Tkla Arg 140
Thr Asn Gin Pro Arg Asp Ile Ile 155160
Trp Met Thr Ala Asn Glu Ala Lys 170175
Leu Phe Ser Phe Asn Asp Leu
185,190 <210> 392 <211> 232 <212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae <4 00> 392
Met Thr Lys His Gly Lys Arg Ile 5
Phs Sez1 L'7s Sqz Tve Sex Leu Ai?^ 20
Cys Pro Pro Val Arg Phe Asp Gin 3540
Gly He Asp Pro Lys Lys Ser Asp 5055
Leu Pro Asn Gly Thr Gly Lys Thr 6570
Gly Asn Lys Val Lys Glu Ala Val 85
Ser Asp Asp Leu Val Glu Lys Ile 100
Val Ala Val Ala Thr Pro Asp Met 115120
Arg Gly Ile Leu Lys Asn Tyr Asp 1015
Glu Ais Ile As1^ Ile Leu Lvs Gin 2530
Thr Val Asp Val Ser Ile Lys Leu 45
Gin Gin Ile Arg Gly Ala Val Phe 60
Leu Arg Ile Leu Val Phe Ala Ser 7580
Glu Ala Gly Ala Asp Phe Met Gly 9095
Lys Ser Gly Trp Leu Glu Phe Asp 105110
Met Arg Glu Val Gly Lys Leu Gly 125
349
Lys Val 130 Leu Gly Pro Arg Asn 135 Leu Met Pro Thr Prd 140 Lys Thr Gly Thr
Val 145 Thr Thr Asp Val Ala 150 Lys Ala Ile Ser Glu 155 Leu Arg Lys Gly Lys 160
Ile Glu Phe Lys Ala 165 Asp Arg Ala Gly Val 170 Cys Asn Val Gly Val 175 Gly
Lys Leu Ser Phe 180 Glu Ser Ser Gin Ile 185 Lys Glu Asn Ile Glu 190 Ala Leu
Ser Ser Ala 195 Leu Ile Lys Ala Lys 200 Pro Pro Ala Ala Lys 205 Gly Gin Tyr
Leu Val 210 Ser Phe Thr Ile Ser 215 Ser Thr Met Gly Pro 220 Gly He Ser Ile
Asp 225 Thr Arg Glu Leu Met 230 Ala Ser
<210> 393 <2H> 122 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 393
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp Ile Pro Ala Lys Lys Lys LeuLys ’ 1015
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly Ile Gly Ser Ala Arg Ser AspGlu
2530
He He Lys Lys Leu Lys Leu Asp Pro Glu Ala Arg Ala Ser Glu Leu 35 4045
Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu Asn Ser Leu Leu Gin Ser Glu Tyr 50 5560
Thr Val Glu Gly Asp Leu Arg Arg Arg Val Gin Ser Asp Ile LysArg
70 7580
Leu Ile Ala Ile His Ser Tyr Arg Gly Gin Arg His Arg Leu SerLeu
9095
Pro Val Arg Gly Gin Arg Thr Lys Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly 100 105110
Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys Lys Lys
115120 < 210> 394 < 211> 1723.
< 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 394
Met Lys Trp Leu Pro Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Val Leu Pro Ala i
350
Leu Thr Ala Phe Gly Asp Pro Ala 20
Thr Gly Ser Gly Asp Pro Thr Ser 3540
Gin Ser Ser Thr Glu Thr Asp Gly 5055
Ile Thr Phe Ser Thr Phe Thr Asn 6570
Asp Ala Asn Asp Ser Ser Ser Asn 85
Ser Gly Ala Thr Ser Leu Ile Arg 100
Asp Phe Thr Lys Asp Ser Val Leu 115120
Ser Ala Ser Asn Thr Leu Asn Pro 130135
Gly Gly Ser Ser Ser Ser Ser Ser 145150
Ala Val Val Ala Ala Asp Pro Lys 165
Glu Ala Asn Gly Thr Leu Thr Phe 180
Ser Leu Thr Leu Gin Asn Leu Lys 195200
Tyr Ser Lys Gly Pro Leu Val Phe 210215
Thr Gly Asn Glu Ser Gin Lvs Ser 225230
Ala Leu Thr Thr Gin Ala Ile Val 245
Thr Ser Ala Gly Gin Gly Gly Ala 260
Phe Asn Ala Leu Asp Sér Leu Lys 275280
Ala Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Glu 290295
Thr Lys ser Ile Glu Phe Ile Ser
305310
Ala Pro Glu Pro Thr Ser Pro Ala 325
10 15
Val Glu Ile Ser Thr Ser His 30
Ala Ala Leu Thr Gly Phe Thr 45
Thr Tyr Thr Ile Val Gly Asp 60
Pro Val 75 Pro Val Val Thr Pro θ°
Ser Lys 90 Gly Gly Ser Ser Ser 95
Ser Asn Leu His Ser Asp Phe 110
Leu Tyr His Leu Phe Phe Pro 125
Leu Leu Ser Ser Ser Ser Ser 140
Ser Ser 155 Ser Gly Ser Ala Ser 160
Gly Ala 170 Ala Phe Tyr Ser Asn 175
Thr Asp Ser Gly Asn Pro Gly . 190
Thr Gly Asp Gly Ala Ala Ile 205
Gly Leu Lys Asn Leu Thr Phe'' 220
Gly Ala 235 Ala Tyr Thr Glu Gly 240
Ala Val 250 Thr Phe Thr Gly Asn 255'
Tyr Val Lys Glu Ala Thr Leu 270
Glu Lys Asn Thr Ser Gly Gin 285
Thr Leu Thr Ile Ser Asn Ile 300
Lys Ala 315 Ser Val Pro Ala Pro 320
Ser Ser 330 Leu Ile Asn Ser Thr 335
Thr Ile Asp Thr 340 Ser Thr Leu Gin Thr 345 Arg Ala Ala Ser Ala ' 350 Thr Pro
Ala Val Ala 355 Pro Val Ala Ala Val 360 Thr Pro Thr Pro Ile 365 Ser. Thr Gin
Glu Thr 370 Ala Gly Asn Gly Gly 375 Ala Ile Tyr Ala Lys 380 Gin Gly Ile Ser
Ile 385 Ser Thr Phe Lys Asp 390 Leu Thr Phe Lys Ser 395 Asn Ser. Ala Ser Val 4 00
Asp Ala Thr Leu Thr 405 Val Asp Ser Ser .Thr 410 Ile Gly Glu Ser Gly 415 Gly
Ala Ile Phe Ala 420 Ala Asp Ser Ile Gin 425 Ile Gin Gin Cys Thr 430 Gly Thr
Thr Leu Phe 435 Ser Gly Asn Thr Ala 440 Asn Lys Ser Gly Gly 445 Gly Ile Tyr
Ala Val 450 Gly Gin Val Thr Leu 455 Glu Asp Ile Ala Asn 460 Leu Lys Met Thr
Asn 4 65 Asn Thr Cys Lys Gly 470 Glu Gly Gly Ala Ile 475 Tyr Thr Lys Lys Ala 480
Leu Thr Ile Asn Asn 485 Gly Ala Ile Leu Thr 4 90 Thr Phe Ser Gly Asn 495 Thr
Ser Thr Asp Asn 500 Gly Gly Ala Ile Phe 505 Ala Val Gly Gly Ile 510 Thr Leu
Ser Asp Leu 515 Val Glu Val Arg Phe 520 Ser Lys Asn Lys Thr 525 Gly Asn Tyr
Ser Ala 530 Pro Ile Thr Lys Ala 535 Ala Ser Asn Thr Ala 540 Pro Val Val Ser
Ser Ser Thr Thr Ala Ala Ser Pro Ala. Val Pro Ala Ala Ala Ala Ala
545 550 555560
Pro Val Thr Asn Ala Ala Lys Gly Gly Ala Leu Tyr Ser Thr GluGly
565 570575
Leu Thr Val Ser Gly Ile Thr Ser Ile Leu Ser Phe Glu Asn Asn Glu 580 585590
Cys Gin Asn Gin Gly Gly Gly Ala Tyr Val Thr Lys Thr Phe Gin Cys 595 600605
Ser Asp Ser His Arg Leu Gin Phe Thr Ser Asn Lys Ala Ala Asp Glu 610 615620
Gly Gly Gly Leu Tyr Cys Gly Asp Asp Val Thr Leu Thr Asn LeuThr
625 630 . 635640
G1V Lys Thr Leu Phe Gin Glu Asn Ser Ser Glu Lys His Gly GlyGly
645 650655
352
Leu Ser Leu Ala 660 Ser Gly Lys Ser Leu 665 Thr Met Thr Ser Leu 670 Glu Ser
Phe Cys Leu Asn Ala Asn Thr Ala Lys Glu Asn Gly Gly Gly Ala Asn
675 680 685
Val Pro Glu Asn Ile Val Leu Thr Phe Thr Tyr Thr Pro Thr Pro Asn
690 695 700
Glu Pro Ala Pro Val Gin Gin Pro Val Tyr Gly Glu Ala Leu Val Thr
705 710 715 720
Gly Asn Thr Ala Thr Lys Ser Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Lys Asn Ala
725 730 735
Ala Phe Ser Asn Leu Ser Ser Val Thr Phe Asp Gin Asn Thr Ser Ser
740 745 750
Glu Asn Gly Gly Ala Leu Leu Thr Gin Lys Ala Ala Asp Lys Thr Asp
755 760 765
Cys Ser Phe Thr Tyr Ile Thr Asn Val Asn Ile Thr Asn Asn Thr Ala
770 775 780
Thr Gly Asn Gly Gly Gly Ile Ala Gly Gly Lys Ala His Phe Asp Arg
785 790 795 800
Ile Asp Asn Leu Thr Val Gin Ser Asn Gin Ala Lys Lys Gly Gly Gly
805 810 815
Val Tyr Leu Glu Asp Ala Leu Ile Leu Glu Lys Val Ile Thr Gly Ser
820 825 830
Val Ser Gin Asn Thr Ala Thr Glu Ser Gly Gly Gly Ile Tyr Ala Lys
835 840 845
Asp Ile Gin Leu Gin Ala Leu Pro Gly Ser Phe Thr Ile Thr Asp Asn
850 855 860
Lys Val Glu Thr Ser Leu Thr Thr Ser Thr Asn Leu Tyr Gly Gly Gly
865 870 875 880
Ile Tyr Ser Ser Gly Ala Val Thr Leu Thr Asn Ile Ser Gly Thr Phe
885 890 895
Gly Ile Thr Gly Asn Ser Val Ile Asn Thr Ala Thr Ser Gin Asp Ala
900 905 910
Asp Ile Gin Gly Gly Gly Ile Tyr Ala Thr Thr. Ser Leu Ser Ile Asn
915 920 925
Gin Cys Asn Thr Pro Ile Leu Phe Ser Asn Asn Ser Ala Ala Thr Lys
930 935 940
Lys Thr Ser Thr Thr Lys Gin Ile Ala Gly Gly Ala He Phe Ser Ala
945 950 955 960
Ala Val Thr Ile Glu Asn Asn Ser Gin Pro Ile Ile Phe Leu Asn Asn
965 970 975
Ser Ala Lys Ser Glu Ala Thr Thr Ala Ala Thr Ala Gly Asn Lys Asp
353
980 985990
Ser Cvs Glv Glv Ala Ile Ala Ala Asn Ser Val Thr Leu Thr Asn Asn 995 10001005
Pro Glu Ile Thr Phe Lys Gly Asn Tyr Ala Glu Thr Gly Gly Ala Ile 1010 10151020
Glv Cvs lie Asp Leu Thr Asn Gly Ser Pro Pro Arg Lys Val SerIle
1025 1030 10351040
Ala Asp Asn Gly Ser Val Leu Phe Gin Asp Asn Ser Ala Leu AsnArg
1045 10501055
Glv Gly Ala Ile Tyr Gly Glu Thr Ile Asp Ile Ser Arg Thr Gly Ala 1060 10651070
Thr Phe Ile Gly Asn Ser Ser Lys His Asp Gly Ser Ala Ile Cys Cys 1075 10801085
Ser Thr Ala Leu Thr Leu Ala Pro Asn Ser Gin Leu Ile Phe Glu Asn 1090 1095HOD
Asn Lys Val Thr Glu Thr Thr Ala Thr Thr Lys Ala Ser Ile AsnAsn
1105 1110 1115H20
Leu Gly Ala Ala Ile Tyr Gly Asn Asn Glu Thr Ser Asp Val ThrIle
1125 11301135
Ser Leu Ser Ala Glu Asn Gly Ser Ile Phe Phe Lys Asn Asn Leu Cys 1140 11451150
Thr Ala Thr Asn Lys Tyr Cys Seř Ile Ala Gly Asn Val Lys Phe Thr 1155 11601165
Ala Ile Glu Ala Ser Ala Gly Lys Ala Ile Ser Phe Tyr Asp Ala Val 1170 11751180
Asn Val Ser Thr Lys Glu Thr Asn Ala Gin Glu Leu Lys Leu Asn Glu 1185 1190 11951200
Lvs Ala Thr Ser Thr Gly Thr Ile Leu Phe Ser Gly Glu Leu His Glu J ' 1205 12101215
Asn Lys Ser Tyr lie Pro Gin Lys Val Thr Phe Ala His Gly Asn Leu
1220 12251230
Ile Leu Gly Lys Asn Ala Glu Leu Ser Val Val Ser Phe Thr Gin Ser 1235 12401245
Pro Gly Thr Thr He Thr Met Gly Pro Gly Ser Val Leu Ser Asn His 1250 12551260
Ser Lvs Glu Ala Gly Gly Ile Ala.Ile Asn Asn Val Ile Ile AspPhe
1265 1270 12751280
Ser Glu Ile Val Pro Thr Lys Asp Asn Ala Thr Val Ala Pro ProThr
1285 12901295
Leu Lys Leu Val Ser Arg Thr Asn Ala Asp Ser Lys Asp Lys Ile Asp 1300 13051310
354
lie Thr Gly 1315 Thr Vai Thr Leu Leu Asp Pro Asn Gly Asn Leu Tyr CSln
1320 1325
·- Asn Ser 133C Tyr< 1 Leu Gly Glu Asp Arg 1335 Asp He Thr Leu 1340 Phe Asn He . ?\sp
Asn 1345 Ser 1 Ala Ser Gly Ala Vai 1350 Thr Ala Thr Asn 1355 Vai Thr Leu Gin Gly 1360
Asn Leu Gly Ala Lys 1365 Lys Gly Tyr Leu Gly Thr 1370 Trp Asn Leu Asp 1375 Pro
Asn Ser Ser Gly 138( Ser ) Lys He He Leu Lys 1385 Trp Thr Phe Asp Lys 1390 . Tyr
Leu Arg Trp Pro 1395 Tyr He Pro Arg Asp 1400 Asn His Phe Tyr He 1405 Asn Ser
He Trp Gly 1410 Ala Gin Asn Ser Leu 1415 Vai Thr Vai Lys 142( Gin ) Gly lie Leu
Gly 142! Asn Met Leu Asn Asn Ala 1430 Arg Phe Glu Asp Pro 1435 Ala Phe Asn Asn 14 40
Phe Trp Ala Ser Ala He 1445 Gly Ser Phe Leu Arg 1450 Lys Glu Vai Ser Arg 1455
Asn Ser Asp Ser Phe 1460 Thr Tyr His Gly Arg 14 65 Gly Tyr Thr Ala Ala 1470 Vai
Asp Ala Lys Pro 1475 Arg Gin Glu Phe lie 1480 Leu Gly Ala Ala Phe 1485 Ser Gin
Vai Phe Gly 1490 His Ala Glu Ser Glu 1495 Tyr His Leu Asp Asn 1500 Tyr Lys His
Lys Gly Ser Gly His Ser Thr Gin Ala Ser Leu Tyr Ala Gly Asn He
1505 1510 15151520
Phe Tyr Phe Pro Ala lie Arg Ser Arg Pro He Leu Phe Gin GlyVai
1525 15301535
Ala Thr Tyr Gly Tyr Met Gin His Asp Thr Thr Thr Tyr Tyr Pro Ser 1540 15451550
He Glu Glu Lys Asn Met Ala Asn Trp Asp Ser lie Ala Trp Leu Phe 1555 15601565
Asp Leu Arg Phe Ser Vai Asp Leu Lys Glu Pro Gin Pro His Ser Thr 1570 15751580
Ala Arg Leu Thr Phe Tyr Thr > , 1585 1590 > Glu Lys Phe Thr Glu Leu Asp ř- 1605 ger Tyr Gly Asn Leu Ala He J 1620 L Glu Ala Glu Tyr Thr Arg He Arg Gin 1595 1600 Tyr Asp Pro Arg Ser Phe Ser Ala Cys 1610 1615 Pro Thr Gly Phe Ser Vai Asp Gly &ia 1625 1630
355
Leu Ala Trp Arg 1635 Glu He Ile Leu 1640 Tyr 1 Asn Lys Val Ser 1645 Ala 1 Ala Tyr
Leu Pro Val 1650 Ile Leu Arg Asn Asn 1655 Pro Lys Ala Thr Tyr 1660 Glu Val Leu
Ser Thr 1665 Lys Glu Lys Gly 167( Asn ) Val Val Asn Val Leu 1675 Pro Thr Arg Asn 1680
Ala Ala Arg Ala Glu 168! Val Ser Ser Gin Ile Tyr 1690 Leu Gly Ser Tyr 169! Trp
Thr Leu Tyr Gly 170( Thr 3 Tyr Thr Ile Asp Ala 1705 Ser Met Asn Thr 1711 Leu 3 Val
Gin Met Ala Asn 1715 Gly Gly Ile Arg 172C Phe ) Val Phe
<210> <211> <212> <213> 395 1723 PRT Chlamydia pneumoniae
<400> 395
Met 1 Lys Trp Leu Pro 5 Ala Thr Ala Val Phe Ala Ala Val Leu Pro Ala
10 15
Leu Thr Ala Phe 20 Gly Asp Pro Ala Ser 25 Val Glu Ile Ser Thr 30 Ser His
Thr Gly Ser 35 Gly Asp Pro Thr Ser 40 Asp Ala Ala Leu Thr 45 Gly Phe Thr
Gin Ser 50 Ser Thr Glu Thr Asp 55 Gly Thr Thr Tyr Thr 60 Ile Val Gly Asp
He 65 Thr Phe Ser Thr Phe 70 Thr Asn Ile Pro Val 75 Pro Val Val Thr Pro 80
Asp Ala Asn Asp Ser 85 Ser Ser Asn Ser Ser 90 Lys Gly Gly Ser Ser 95 Ser
Ser Gly Ala Thr 100 Ser Leu Ile Arg Ser 105 Ser Asn Leu His Ser 110 Asp Phe
Asp Phe Thr 115 Lys Asp Ser Val Leu 120 Asp Leu Tyr His Leu 125 Phe Phe Pro
Ser Ala 130 Ser Asn Thr Leu Asn 135 Pro Ala Leu Leu Ser 140 Ser Ser Ser Ser
Gly 145 Gly Ser Ser Ser Ser 150 Ser Ser Ser Ser Ser 155 Ser Gly Ser Ala Ser 160
Ala Val Val Ala Ala 165 Asp Pro Lys Gly Gly 170 Ala Ala Phe Tyr Ser 175 Asn
Glu Tkla Asn Gly 180 Thr Leu Thr Phe Thr 185 Thr Asp Ser Gly Asn 190 Pro Gly
Ser Leu Thr 195 Leu Gin Asn Leu Lys 200 Met Thr Gly Asp Gly 205 Ala Ala Ile
Tyr Ser 210 Lys. Gly Pro Leu Val 215 Phe Thr Gly Leu Lys 220 Asn Leu Thr Phe
Thr 225 Gly Asn Glu Ser Gin 230 Lys Ser Gly Gly Ala 235 Ala Tyr Thr Glu Gly 240
Ala Leu Thr Thr Gin 245 Ala Ile Val Glu Tkla 250 Val Thr Phe Thr Gly 255 Asn
Thr Ser Ala Gly 260 Gin Gly Gly Ala Ile 265 Tyr Val Lys Glu Ala 270 Thr Leu
Phe Asn Ala 275 Leu Asp Ser Leu Lys 280 Phe Glu Lys Asn Thr 285 Ser Gly Gin
356
Ser Thr Leu Thr lie Ser Asn lie 300
Asn Lys Ala Ser Vai Pro Ala Pro 315320
Pro Ser Ser Leu lie Asn Ser Thr 330335
Thr Arg Ala Ala Ser Ala Thr Pro
345350
Thr Pro Thr Pro lie Ser Thr Gin 365 lie Tyr Ala Lys Gin Gly lie Ser 380
Phe Lys Ser Asn Ser Ala Ser Vai 395400
Ser Thr lie Gly Glu Ser Gly Gly 410415
Gin lie Gin Gin Cys Thr Gly Thr
425430
Asn Lys Ser Gly Gly Gly lie Tyr 445
Asp lie Ala Asn Leu Lys Met Thr -4 60
Gly Ala lie Tyr Thr Lys Lys Ala 475480
Leu Thr Thr Phe Ser Gly Asn Thr 490495
Phe Ala Vai Gly Gly He Thr Leu
505510
Ser Lys Asn Lys Thr Gly Asn Tyr 525
Ser Asn Thr Ala Pro Val Vai Ser 540
Ala Vai Pro Ala Ala Ala Ala Ala
555560
Gly Ala Leu Tyr Ser Thr Glu Gly 570575 lie Leu Ser Phe Glu Asn Asn Glu
585590
Tyr Vai Thr Lys Thr Phe Gin Cys 605
Thr Ser Asn Lys Ala Ala Asp Glu 620
Asp Vai Thr Leu Thr Asn Leu Thr 635640
Ser Ser Glu Lys His Gly Gly Gly 650655
Leu Thr Met Thr Ser Leu Glu Ser
665670
Lys Glu Asn.Gly Gly Gly Ala Asn 685
Phe Thr Tyr Thr Pro Thr Pro Asn 700
Val Tyr Gly Glu Ala Leu Vai Thr 715720
Gly Gly lie Tyr Thr Lys Asn Ala 730735
Thr Phe Asp Gin Asn Thr Ser Ser
745750
Gin Lys Ala Ala Asp Lys Thr Asp 765
Vai Asn lie Thr Asn Asn Thr Ala
Ala Gly Gly Gly Ile Tyr Thr Glu 290 295
Thr Lys Ser lie Glu Phe lie Ser 305 310
Ala Pro Glu Pro Thr Ser Pro Ala 325
Thr lie Asp Thr Ser Thr Leu Gin 340
Ala Vai Ala Pro Val Ala Ala Vai 355360
Glu Thr Ala Gly Asn Gly Gly Ala 370375
He Ser Thr Phe Lys Asp Leu Thr
385390
Asp Ala Thr Leu Thr Vai Asp Ser 405
Ala lie Phe Ala Ala Asp Ser lie 420
Thr Leu Phe Ser Gly Asn Thr Ala 435440
Ala Val Gly Gin Vai Thr Leu Glu 450455
Asn Asn Thr Cys Lys Gly Glu Gly
465470
Leu Thr Ile Asn Asn Gly Ala lie 485
Ser Thr Asp Asn Gly Gly Ala lie 500
Ser Asp Leu Val Glu Vai Arg Phe 515520
Ser Ala Pro lie Thr Lys Ala Ala 530535
Ser Ser Thr Thr Ala Ala Ser Pro
545550
Pro Vai Thr Asn Ala Ala Lys Gly
565
Leu Thr Vai Ser Gly lie Thr Ser 580
Cys Gin Asn Gin Gly Gly Gly Ala 595600
Ser Asp Ser His Arg Leu Gin Phe 610615
Gly Gly Gly Leu Tyr Cys Gly Asp
625630
Gly Lys Thr Leu Phe Gin Glu Asn 645
Leu Ser Leu Ala Ser Gly Lys Ser
660
Phe Cys Leu Asn Ala Asn Thr Ala 675680
Vai Pro Glu Asn Ile Vai Leu Thr
690695
Glu Pro Ala Pro Vai Gin Gin Pro
705710
Gly Asn Thr Ala Thr Lys Ser Gly 725
Ala Phe Ser Asn Leu Ser Ser Vai 740
Glu Asn Gly Gly Ala Leu Leu Thr
755 760
Cys Ser Phe Thr Tyr lie Thr Asn no . 775780
Thr Gly Asn Gly Gly Gly lie Ala Gly Gly Lys Ala His Phe AspArg
785 790 795800 lie Asp Asn Leu Thr Vai Gin Ser Asn Gin Ala Lys Lys Gly GlyGly
805 810815
Val Tyr Leu Glu Asp Ala Leu lie Leu Glu Lys' Vai lie Thr Gly Ser 820 825830
Vai Ser Gin Asn Thr Ala Thr Glu Ser Gly Gly Gly lie Tyr Ala Lys 835 840845
Asp lie Gin Leu Gin Ala Leu Pro Gly Ser Phe Thr lie Thr Asp Asn 850 855860
Lys Vai Glu Thr Ser Leu Thr Thr Ser Thr Asn Leu Tyr Gly GlyGly
865 870 875880 lie Tyr Ser Ser Gly Ala Vai Thr Leu Thr Asn lie Ser Gly ThrPhe
885 890895
Gly lie Thr Gly Asn Ser Vai Ile Asn Thr Ala Thr Ser Gin Asp Ala 900 905910
Asp Ile Gin Gly Gly Gly Ile Tyr Ala Thr Thr Ser Leu Ser lie Asn 915 920925
Gin Cys Asn Thr Pro lie Leu Phe Ser Asn Asn Ser Ala Ala Thr Lys 930 935940
Lys Thr Ser Thr Thr Lys Gin lie Ala Gly Gly Ala Ile Phe SerAla
945 950 955960
Ala Vai Thr He Glu Asn Asn Ser Gin Pro lie He Phe Leu Asn Asn965 970975
Ser Ala Lys Ser Glu Ala Thr Thr Ala Ala Thr Ala Gly Asn Lys Asp 980 985990
Ser Cys Gly Gly Ala He Ala Ala Asn Ser Vai Thr Leu Thr Asn Asn 995 10001005
Pro Glu He Thr Phe Lys Gly Asn Tyr Ala Glu Thr Gly Gly Ala He 1010 10151020
Gly Cys He Asp Leu Thr Asn Gly Ser Pro Pro Arg Lys Vai Serlie
1025 1030 10351040
Ala Asp Asn Gly Ser Vai Leu Phe Gin Asp Asn Ser Ala Leu AsnArg
1045 10501055
Gly Gly Ala He Tyr Gly Glu Thr He Asp He Ser Arg Thr Gly Ala 1060 10651070
Thr Phe lie Gly Asn Ser Ser Lys His Asp Gly Ser Ala lie Cys Cys 1075 10801085
Ser Thr Ala Leu Thr Leu Ala Pro Asn Ser Gin Leu lie Phe Glu Asn 1090 10951100
Asn Lys Vai Thr Glu Thr Thr Ala Thr Thr Lys Ala Ser lie AsnAsn
1105 1H0 11151120
Leu Gly Ala Ala lie Tyr Gly Asn Asn Glu Thr Ser Asp He Thrlie
1125 1130 1135 .
Ser Leu Ser Ala Glu Asn Gly Ser lie Phe Phe Lys Asn Asn Leu Cys 1140 11451150
Thr Ala Thr Asn Lys Tyr Cys Ser Ile Ala Gly Asn Vai Lys Phe Thr 1155 11601165
Ala lie. Glu Ala Ser Ala Gly Lys Ala lie Ser Phe Tyr Asp Ala Vai 1170 11751180
Asn Vai Ser Thr Lys Glu Thr Asn Ala Gin Glu Leu Lys Leu AsnGlu
1185 H90 11951200
Lys Ala Thr Ser Thr Gly Thr Ile Leu Phe Ser Gly Glu Leu HisGlu
1205 12101215
Asn Lys Ser Tyr He Pro Gin Lys Vai Thr Phe Ala His Gly Asn Leu 1220 12251230
Ile Leu Gly Lys Asn Ala Glu Leu Ser Val Vai Ser Phe Thr Gin Ser 1235 12401245
Pro Gly Thr Thr He Thr Met Gly Pro Gly Ser Vai Leu Ser Asn His 1250 12551260
358
Ser Lys Glu Ala Gly Gly Ile Ala Ile Asn Asn Val Ile Ile Asp Phe
1265 1270 12751280
Ser Glu Ile Val Pro Thr Lys Asp Asn Ala Thr Val Ala Pro ProThr
1285 12901295Leu Lys Leu Val Ser Arg Thr Asn Ala Asp Ser Lys Asp Lys Ile Asp 1300 13051310
Ile Thr Gly Thr Val Thr Leu Leu Asp Pro Asn Gly Asn Leu Tyr Gin 1315 13201325
Asn Ser Tyr Leu Gly Glu Asp Arg Asp Ile Thr Leu Phe Asn Ile Asp 1330 13351340
Asn Ser Ala Ser Gly Ala Val Thr Ala Thr Asn Val Thr Leu GinGly
1345 1350 13551360
Asn Leu Gly Ala Lys Lys Gly Tyr Leu Gly Thr Trp Asn Leu AspPro
1365 13701375
Asn Ser Ser Gly Ser Lys Ile Ile Leu Lys Trp Thr Phe Asp Lys Tyr 1380 13851390
Leu Arg Trp Pro Tyr lie Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr Ile Asn Ser 1395 14001405
Ile Trp Gly Ala Gin Asn Ser Leu Val Thr Val Lys Gin Gly Ile Leu 1410 14151420
Gly Asn Met Leu Asn Asn Ala Arg Phe Glu Asp Pro Ala Phe AsnAsn
1425 1430 14351440
Phe Trp Ala Ser Ala Ile Gly Ser Phe Leu Arg Lys Glu Val SerArg
1445 1450 ' 1455
Asn Ser Asp Ser Phe Thr Tyr His Gly Arg Gly Tyr Thr Ala Ala Val 1460 14651470
Asp Ala Lys Pro Arg Gin Glu Phe Ile Leu Gly Ala Ala Phe Ser Gin 1475 14801485
Val Phe Gly His Ala Glu Ser Glu Tyr His Leu Asp Asn Tyr Lys His 1490 14951500
Lys Gly Ser Gly His Ser Thr Gin Ala Ser Leu Tyr Ala Gly AsnIle
1505 1510 15151520
Phe Tyr Phe Pro Ala lie Arg Ser Arg Pro Ile Leu Phe Gin GlyVal
1525 15301535
Ala Thr Tyr Gly Tyr Met Gin His Asp Thr Thr Thr Tyr Tyr Pro Ser 1540 15451550 lie Glu Glu Lys Asn Met Ala Asn Trp Asp Ser Ile Ala Trp Leu Phe 1555 15601565
Asp Leu Arg Phe Ser Val Asp Leu Lys Glu Pro Gin Pro His Ser Thr 1570 15751580
Ala Arg Leu Thr Phe Tyr Thr Glu Ala Glu Tyr Thr Arg Ile ArgGin
1585 1590 15951600
Glu Lys Phe Thr Glu Leu Asp Tyr Asp Pro Arg Ser Phe Ser TklaCys
1605 16101615
Ser Tyr Gly Asn Leu Ala lie Pro Thr Gly Phe Ser Val Asp Gly Ala 1620 16251630
Leu Ala Trp Arg Glu Ile Ile Leu Tyr Asn Lys Val Ser Ala Ala Tyr 1635 16401645
Leu Pro Val lie Leu Arg Asn Asn Pro Lys Ala Thr Tyr Glu Val Leu 1650 1655'1660
Ser Thr Lys Glu Lys Gly Asn Val Val Asn Val Leu Pro Thr ArgAsn
1665 1670 16751680
Ala Ala Arg Ala Glu Val Ser Ser Gin Ile Tyr Leu Gly Ser TyrTrp
1685 16901695
Thr Leu Tyr Gly Thr Tyr Thr lie Asp Ala Ser Met Asn Thr Leu Val 1700 17051710
Gin Met Ala Asn Gly Gly Ile Arg Phe Val Phe
17151720 <210> 396
359 <211> 1252 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 396
Met Leu Lys Cys Pro 5 Glu Arg Val Ser Val Lys 10 Lys Lys Glu Asp 15 Ile
Pro Asp Leu Pro 20 Asn Leu Ile Glu Ile Gin Ile 25 Lys Ser Tyr Lys 30 Gin
Phe Leu Gin 35 Ile Gly Lys Leu Ala 40 Glu Glu Arg Glu Asn 45 Ile Gly Leu
Glu Glu Val 50 Phe Arg Glu Ile Phe 55 Pro Ile Lys Ser 60 Tyr Asn Glu Ala
Thr 65 Val Leu Glu Tyr Leu 70 Ser Tyr Asn Leu Gly 75 Val Pro Lys Tyr Ser θ°
'Pro Glu Glu Cys Ile 85 Arg Arg Gly Ile Thr Tyr 90 Ser Val Thr Leu 95 Lys
Val Arg Phe Arg 100 Leu Thr Asp Glu Thr Gly Ile 105 Lys Glu Glu HO Glu Val
Tyr Met Gly 115 Thr Ile Pro Leu Met 120 Thr Asp Lys Gly Thr 125 Phe Ile Ile
Asn Gly Ala 130 Glu Arg Val Val Val 135 Ser Gin Val His 140 Arg Ser Pro Gly
Ile 145 Asn Phe Glu Gin Glu 150 Lys His Ser Lys Gly 155 Asn Ile Leu Phe Ser 160
Phe Arg Ile Ile Pro 165 Tyr Arg Gly Ser Trp Leu 170 Glu Ala Ile Phe 175 Asp
Ile Asn Asp Leu 180 Ile Tyr Ile His Ile Asp Arg 185 Lys Lys Arg 190 Arg Arg
Lys Ile Leu. 195 Ala Ile Thr Phe Ile 200 Arg Ala Leu Gly Tyr 205 Ser Ser Asp
Ala Asp Ile 210 Ile Glu Glu Phe Phe 215 Thr Ile Gly Glu 220 Ser Ser Leu Arg
Ser 225 Glu Lys Asp Phe Ala 230 Leu Leu Val Gly Arg 235 Ile Leu Ala Asp Asn 240
Ile Ile Asp Glu Ala 245 Ser Ser Leu Val Tyr Gly 250 Lys Ala Gly Glu 255 Lys
Leu Ser Thr Ala 260 Met Leu Lys Arg Met Leu Asp 265 Ala Gly Ile 270 Ala Ser
Val Lys Ile 275 Ala Val Asp Ala Asp 280 Glu Asn His Pro Ile 285 Ile Lys Met
Leu Ala Lys 290 Asp Pro Thr Asp Ser 295 Tyr Glu Ala Ala 300 Leu Lys Asp Phe
360
Tyr Arg 305 Arg Leu Arg Pro Gly 310 Glu Pro Ala Thr 315 Leu Ala Asn Ala Arg 320
Ser Thr Ile Met Arg 325 Leu Phe Phe Asp Pro 330 Lys Arg Tyr Asn Leu 335 Gly
Arg Val Gly Arg 340 Tyr Lys Leu Asn Arg Lys 345 Leu Gly Phe Ser Ile 350 Asp
Asp Glu Ala 355 Leu Ser Gin Val Thr 360 Leu Arg Lys Glu Asp 365 Val Ile Gly
Ala Leu 370 Lys Tyr Leu Ile Arg 375 Leu Lys Met Gly Asp 380 Glu Lys Ala Cys
Val Asp 385 Asp Ile Asp His Leu 390 Ala Asn Arg Arg 395 Val Arg Ser Val Gly 4 00
Glu Leu Ile Gin Asn 405 Gin Cys Arg Ser Gly 410 Leu Ala Arg Met Glu 415 Lys
Ile Val Arg Glu 420 Arg Met Asn Leu Phe Asp 425 Phe Ser Ser Asp Thr 430 Leu
Thr Pro Gly 435 Lys Val Val Ser Ala 440 Lys Gly Leu Ala Ser 445 Val Leu Lys
Asp Phe 450 Phe Gly Arg Ser Gin 455 Leu Ser Gin Phe Met 4 60 Asp Gin Thr Asn
Pro Val 465 Ala Glu Leu Thr His 470 Lys Arg Arg Leu 475 Ser Ala Leu Gly Pro 480
Gly Gly Leu Asn Arg 485 Glu Arg Ala Gly Phe 490 Glu Val Arg Asp Val 495 His
Ala Ser His Tyr 500 Gly Arg Ile Cys Pro Ile 505 Glu Thr Pro Glu Gly 510 Pro
Asn Ile Gly 515 Leu Ile Thr Ser Leu 520 Ser Ser Phe Ala Lys 525 Ile Asn Glu
Phe Gly 530 Phe Ile Glu Thr Pro 535 Tyr Arg Ile Val Arg 540 Asp Gly Ile Val
Thr Asp 545 Glu Ile Glu Tyr Met 550 Thr Ala Asp Val 555 Glu Glu Glu Cys Val 560
Ile Ala Gin Ala Ser 565 Ala Ser Leu Asp Glu 570 Tyr Asn Met Phe Thr 575 Glu
Pro Val Cys Trp 580 Val Arg Tyr Ala Gly Glu 585 Ala Phe Glu Ala Asp 590 Thr
Ser Thr Val Thr His Met Asp Val Ser Pro Lys Gin Leu Val Ser Ile
595 600 605
Val Thr Gly Leu lie Pro Phe Leu Glu His Asp Asp Ala Asn Arg Ala
610 615 620
361
Leu Met 625 Gly Ser Asn Met 630 Gin Arg Gin Ala Val Pro 635 Leu Leu Lys Thr 640
Glu Ala Pro Val Val Gly 645 Thr Gly Leu Glu 650 Cys Arg Ala Ala Lys 655 Asp
Ser Gly Tkla Ile Val Val 660 Ala Glu Glu Asp 665 Gly Val Val Asp 670 Phe Val
Asp Gly Tyr 675 Lys Val Val Val Ala 680 Ala Lys His Asn Pro 685 Thr Ile Lys
Arg Thr 690 Tyr His Leu Lys Lys 695 Phe Leu Arg Ser Asn 700 Ser Gly Thr Cys
Ile Asn 705 Gin Gin Pro Leu 710 Cys Ala Val Gly Asp Val 715 Ile Thr Lys Gly 720
Asp Val Ile -Ala Asp Gly 725 Pro Ala Thr Asp 730 Arg Gly Glu Leu Ala 735 Leu
Gly Lys Asn Val Leu Val 740 Ala Phe Met Pro 745 Trp Tyr Gly Tyr 750 Asn Phe
Glu Asp Ala 755 Ile Ile Ile Ser Glu 760 Lys Leu Ile Arg Glu 765 Asp Ala Tyr
Thr Ser 770 Ile Tyr Ile Glu Glu 775 Phe Glu Leu Thr Ala 7 80 Arg Asp Thr Lys
Leu Gly 785 Lys Glu Glu Ile 7 90 Thr Arg Asp Ile Pro Asn 7 95 Val Ser Asp Glu 800
Val Leu Ala Asn Leu Gly 805 Glu Asp Gly Ile 810 Ile Arg Ile Gly Ala 815 Glu
Val Lys Pro Gly Asp Ile 820 Leu Val Gly Lys 825 Ile Thr Pro Lys 830 Ser Glu
Thr Glu Leu 835 7\la Pro Glu Glu Arg 840 Leu Leu Arg Ala Ile 845 Phe Gly Glu
Lys 711a 850 Ala Asp Val Lys Asp 855 Ala Ser Leu Thr Val 8 60 Pro Pro Gly Thr
Glu Gly 865 Val Val Met Asp 870 Val Lys Val Phe Ser Arg 875 Lys Asp Arg Leu 880
Ser Lys Ser Asp Asp Glu 885 Leu Val Glu Glu 890 Ala Val His Leu Lys 895 Asp
Leu Gin Lys Gly Tyr Lys 900 Asn Gin Val Ala 905 Thr Leu- Lys Thr 910 Glu Tyr
Arg Glu Lys 915 Leu Gly Ala Leu Leu 920 Leu Asn Glu Lys Ala 925 Pro Ala Ala
Ile Ile 930 His Arg Arg Thr Ala 935 Glu Ile Val Val His 940 Glu Gly Leu Leu
Phe Asp Gin Glu Thr Ile Glu Arg Ile Glu Gin. Glu Asp Leu Val Asp
362
945 950 955 960
Leu Leu Met Pro Asn Cys Glu Met Tyr Glu Val Leu Lys Gly Leu Leu
965 970 975
Ser Asp Tyr Glu Thr Ala Leu Gin Arg Leu Glu Ile Asn Tyr Lys Thr
980 985 990
Glu Val Glu His Ile Arg Glu Gly Asp Ala Asp Leu Asp His Gly Val
995 1000 1005
Ile Arg Gin Val Lys Val Tyr Val Ala Ser Lys Arg Lys Leu Gin Val
1010 1015 1020
Gly Asp Lys Met Ala Gly Arg His Gly Asn Lys Gly Val Val Ser Lys
1025 1030 1035 i 1040
Ile Val Pro Glu Ala Asp Met Pro Tyr Leu Ser Asn Gly Glu Thr Val
1045 1050 1055
Gin Met Ile Leu Asn Pro Leu Gly Val Pro Ser Arg Met Asn Leu Gly
1060 1065 1070
Gin Val Leu Glu Thr His Leu Gly Tyr Ala Ala Lys Thr Ala Gly Ile
1075 1080 1085
Tyr Val Lys Thr Pro Val Phe Glu Gly Phe Pro Glu Gin Arg Ile Trp
1090 1095 1100
Asp Met Met Ile Glu Gin Gly Leu Pro Glu Asp Gly Lys Ser Phe Leu
1105 1110 1115 i 1120
Tyr Asp Gly Lys Thr Gly Glu Arg Phe Asp Asn Lys Val Val Ile Gly
1125 1130 1135
Tyr Ile Tyr Met Leu Lys Leu Ser His Leu Ile Ala Asp Lys Ile His
1140 1145 1150
Ala Arg Ser lie Gly Pro Tyr Ser Leu Val Thr Gin Gin Pro Leu Gly
1155 1160 1165
Gly Lys Ala Gin Met Gly Gly Gin Arg Phe Gly Glu Met Glu Val Trp
1170 1175 1180
Ala Leu Glu Ala Tyr Gly Val Ala His Met Leu Gin Glu Ile Leu Thr
1185 1190 1195 i 1200
Val Lys Ser Asp Asp Val Ser Gly Arg Thr Arg Ile Tyr Glu Ser Ile
1205 1210 1215
Val Lys Gly Glu Asn Leu Leu Arg Ser Gly Thr Pro Glu Ser Phe Asn
1220 1225 1230
Val Leu Ile Lys Glu Met Gin Gly Leu Gly Leu Asp Val Arg Pro Met
1235 1240 1245
Val Val Asp Ala
1250 <210> 397
363
<211> 224 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 397
Met Thr Ser Trp Ile 5 Glu Leu Leu
Met Leu Lys His ' 20 Glu Phe Tyr Gin
Lys Gin Gin 35 Leu Gin Ala Tyr Ala 40
Ala Phe 50 Pro Cys Tyr Leu Ser 55 Ala
Gin 65 Ile Arg Arg Gin Ile 70 Leu Glu
Asn Pro Asn His Ile 85 Asp Leu Trp
Val Ser Glu Glu 100 Glu Leu Ala Asn
Asp Met Val 115 Ala Thr Phe Arg Arg 120
Val Gly 130 Leu Gly Ala Leu Tyr 135 Thr
Cys 145 Val Glu Lys Ile Arg 150 Gly Leu
Arg Gly Tyr Ala Tyr 165 Phe Thr Val
Tkla Ser Glu Glu 180 Lys Glu Met Leu
Pro Asp Tkla 195 Val Leu Gin Gly Ser 200
Asn Phe 210 Leu Ser Ser Phe Ile 215 Asn
Lys Gin Ile Glu Asp Gin His 10 15
Trp Ser Glu Gly Lys Leu Glu 30
Asp Tyr Tyr Leu His Ile Lys 45
His Ala Arg Cys Asp Asp Leu 60
Leu Met Asp Glu Glu Ala Gly 75 80
Gin Phe Ala Leu Ser Leu Gly : 90 95
Glu Phe Ser Gin Ala Ala Gin 110
Cys Asp Met Pro Gin Leu Ala 125
Glu He Gin lie Pro Gin Val 140
Glu Tyr Phe Gly Val Ser Ala 155 160
Gin Glu Ala Asp Ile Lys His 170 175
Thr Leu Val Gly Arg Glu Asn 190
Glu Val Leu Asp Thr Leu Trp 205
Thr Glu Pro Cys Ser Cys Lys 220 <210> 398 <211> 556 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 398
Met Ser Lys Leu Ile Arg Arg Val 5
Met Ala Ser Cys Phe Tkla Ser Gly 20
Ser Leu Ile Thr Lys Ile Val Ala
Thr Val Leu Ala Leu Thr Ser 10 15
Ile Glu Ala Ala Val Ala Glu 30
Ala Glu· Thr Lys Pro Ala Pro
364
4045
Val Pro Met Thr Ala Lys Lys Vai Arg Leu Vai Arg Arg Asn Lys Gin 50 5560
Pro Vai Glu Gin Lys Ser Arg Gly Ala Phe Cys Asp Lys Glu Phe Tyr 65 70 7580
Pro Cys Glu Glu Gly Arg Cys Gin Pro Vai Glu Ala Gin Gin Glu Ser 85 9095
Cys Tyr Gly Arg Leu Tyr Ser Val Lys Val Asn Asp Asp Cys Asn Vai 100 105110
Glu lie Cys Gin Ser Vai Pro Glu Tyr Ala Thr Vai Gly Ser Pro Tyr 115 120125 ?ro II® Glu lie Leu Ala Ile Gly Lys Lys Asp Cys Val Asp Val Vai 130 135140 lie Thr Gin Gin Leu Pro Cys Glu Ala Glu Phe Vai t Ser Ser AspPro
145 150 155160
Glu Thr Thr Pro Thr Ser Asp Gly Lys Leu Vai Trp Lys lie AspArg
165 170175
Leu Gly Ala Gly Asp Lys Cys Lys lie Thr Val Trp Vai Lys Pro Leu 180 185190
Lys Glu Gly Cys Cys Phe Thr Ala Tkla Thr Vai Cys Ala Cys Pro Glu 195 200205
Leu Arg Ser Tyr Thr Lys Cys Gly Gin Pro Ala lie Cys lie Lys Gin 210 215220
Glu Gly Pro Asp Cys Ala Cys Leu Arg Cys Pro Vai Cys Tyr Lyslie
225 230 235240
Glu Val Val Asn Thr Gly Ser Ala lie Ala Arg Asn Val Thr VaiAsp
245 250255
Asn Pth Val Dm Sox-» t1”·»- ui o m- e — -- r’-j — d ~ -η—~τ
----- _ — ,., . 'J-i-J 4. J 4- wk-x iixo rx_LCl Dei oiý ΟΧΙΑ Ml. y VOX L)CU
260 265270
Ser Phe Asn Leu Gly Asp Met Arg Pro Gly Asp Lys Lys Vai Phe Thr 275 280285
Vai Glu Phe Cys Pro Gin Arg Arg Gly Gin lie Thr Asn Vai Ala Thr 290 295300
Vai Thr Tyr Cys Gly Gly Hi’s Lys Cys Ser Ala Asn Val Thr ThrVai
305 310 315320
Vai Asn Glu Pro Cys Val Gin Vai Asn lie Ser Gly Ala Asp TrpSer
325 330335
Tyr Vai Cys Lys Pro Val Glu Tyr Ser lie Ser Vai Ser Asn Pro Gly 340 345350
Asp Leu Val Leu His Asp Val Vai lie Gin Asp Thr Leu Pro Ser Gly 355 360365
365
Val Thr 370 Val Leu Glu Ala Pro 375 Gly Gly Glu Ile Cys 380 Cys Asn Lys Val
1 Val 385 Trp Arg Ile Lys Glu 390 Met Cys Pro Gly Glu 395 Thr Leu Gin Phe Lys 400
Leu Val Val Lys Ala 4 05 Gin Val Pro Gly Arg 410 Phe Thr Asn Gin Val 415. Ala
Val Thr Ser Glu 420 Ser Asn Cys Gly Thr 425 Cys Thr Ser Cys Ala 430 Glu Thr
Thr Thr His 435 Trp Lys Gly Leu Ala 4 40 Ala Thr His Met Cys 445 Val Leu Asp
Thr Asn 450 Asp Pro Ile Cys Val 455 Gly Glu Asn Thr Val 460 Tyr Arg Ile Cys
..Val 4 65 Thr Asn Arg Gly Ser 470 Ala Glu Asp Thr Asn 475 Val Ser Leu Ile Leu 480
'Lys Phe Ser Lys Glu 485 Leu Gin Pro Ile Ala 490 Ser Ser Gly Pro Thr 495 Lys
Gly Thr Ile Ser 500 Gly Asn Thr Val Val 505 Phe Asp Ala Leu Pro 510 Lys Leu
/-Gly Ser Lys 515 Glu Ser Val Glu Phe 520 Ser Val Thr Leu Lys 525 Gly Ile Ala
Pro Gly 530 Asp Ala Arg Gly Glu 535 Ala Ile Leu Ser Ser 540 Asp Thr Leu Thr
Ser 545 Pro Val Ser Asp Thr 550 Glu Asn Thr His Val 555 Tyr
<210> 399 <211> 461 <212> PRT <213> Chlamydia ρΠβ Ui uO Π X 3 Θ
<400> 399 Met Thr Gin Glu Phe 5 Asp Cys Val Val Ile 10 Gly Ala Gly Pro Ser 15 Gly
Tyr Val Ala Ala 20 Ile Thr Ala Ala Gin 25 Ser Lys Leu Arg Thr 30 Ala Leu
- Tle Glu Glu 35 Asp Gin Ala Gly Gly 40 Thr Cys Leu Asn Arg 45 Gly Cys Ile
Pro Ser 50 Lys Ala Leu Ile Ala 55 Gly Ala Asn Val Val 60 Ser His Ile Lys
His 65 Ala Glu Gin Phe Gly 70 Ile His Val Asp Gly 75 Tyr Thr Ile Asp Tyr 80
Pro Ala Met Ala Lys 85 Arg Lys Asn Thr Val 90 Val Gin Gly Ile Arg 95 Gin
366
Gly Leu Glu Gly Leu 100 lie Arg Ser Asn 105 Lys lie Thr Vai Leu 110 Lys Gly
Thr Gly Ser 115 Leu Vai Ser Ser Thr 120 Glu Vai Lys Vai lie 125 Gly Gin Asp
Thr Thr 130 lie lie Lys Ala Asn His 135 lie lie Leu Ala Thr 140 Gly Ser Glu
Pro Arg 145 Pro Phe Pro Gly Vai Pro 150 Phe Ser Ser 155 Arg lie Leu Ser Ser 160
Thr Gly lie Leu Glu 165 Leu Glu Vai Leu Pro 170 Lys Lys Leu Ala lie 175 lie
Gly Gly Gly Vai lie 180 Gly Cys Glu Phe 185 Ala Ser Leu Phě His 190 Thr Leu
Gly Vai Glu 195 lie Thr Vai lie Glu 200 Ala Leu Asp His lie 205 Leu Ala Vai
Asn Asn 210 Lys Glu Vai Ser Gin Thr 215 Vai Thr Asn Lys Phe 220 Thr . Lys Gin
Gly lie 225 Arg lie Leu Thr Lys Ala 230 Ser lie Ser 235 Ala lie Glu Glu Ser 240
‘>Gln Asn Gin Vai Arg 245 lie Thr Vai Asn Asp 250 Gin Vai Glu Glu Phe 255 Asp
'Tyr Vai Leu Vai Ala 260 lie Gly Arg Gin 265 Phe Asn Thr Ala Ser 270 lie Gly
Leu Asp Asn 275 Ala Gly Vai lie Arg 280 Asp Asp Arg Gly Vai 285 lie Pro Vai
Asp Glu 290 Thr Met Arg Thr Asn Vai 295 Pro Asn lie Tyr Ala 300 lie Gly Asp
lie Thr 305 Gly Lys Trp Leu Leu Ala 310 His Vai Ala 315 Ser His Gin Gly Vai 320
lie Ala Ala Lys Asn 325 lie Ser Gly His His 330 Glu Vai Met Asp Tyr 335 Ser
Ala lie Pro Ser Vai 340 lie Phe Thr His 345 Pro Glu lie Ala Met 350 Vai Gly
Leu Ser Leu 355 Gin Glu Ala Glu Gin 360 Gin Asn Leu Pro Ala 365 Lys Leu Thr
Lys Phe 370 Pro Phe Lys Ala lie Gly 375 Lys Ala Vai Ala Leu 380 Gly Ala Ser
Asp Gly 385 Phe Ala Ala lie Vai Ser 390 His Glu lie 395 Thr Gin Gin lie Leu 400
Gly Ala Tyr Vai lie 405 Gly Pro His Ala Ser 410 Ser Leu lie Gly Glu 415 Met
367
Thr
Leu
Ala lie
420
Arg
Asn
Glu
Leu Thr
425
Leu
Pro
Cys lie Tyr
430
Glu
Thr
Vai
His
Ala
435
His
Pro
Thr
Leu
Ser Glu 440
Vai
Trp
Ala
Glu Gly 445
Ala
Leu
Leu
Ala
450
Thr
Asn
His
Pro
Leu
455
His
Phe
Pro
Pro
Lys
460
Ser <210>
<211>
<212>
<213>
400
544
PRT
Chlamydia pneumoniae <400>
400
Met Ala Ala Lys Asn lie 5 Lys Tyr Asn Glu 10 Glu Ala Arg Lys Lys 15 Ile
His Lys Gly Vai 20 Lys Thr Leu Ala Glu 25 Ala Vai Lys Vai Thr 30 Leu Gly
Pro Lys Gly Arg 35 His Vai Vai lie Asp 40 Lys Ser Phe Gly Ser 45 Pro Gin
Vai Thr 50 Lys Asp Gly Vai Thr 55 Vai Ala Lys Glu lie 60 Glu Leu Glu Asp
Lys His 65 Glu Asn Met Gly 70 Ala Gin Met Vai Lys Glu 75 Vai Ala Ser Lys 80
Thr Ala Asp Lys Ala Gly 85 Asp Gly Thr Thr 90 Thr Ala Thr Vai Leu 95 Ala
Glu Ala Ile Tyr 100 Ser Glu Gly Leu Arg 105 Asn Vai Thr Ala Gly 110 Ala Asn
Pro Met Asp Leu 115 Lys Arg Gly Ile Asp 120 Lys Ala Vai Lys 125 Vai Vai Vai
Asp Glu 130 Leu Lys Lys lie Ser Lys Pro Vai Gin His 14 0 His Lys Glu lie
Ala Gin 145 Vai Ala Thr lie 150 Ser Ala Asn Asn Asp Ser 155 Glu lie Gly Asn 160
Leu lie Ala Glu Ala Met 165 Glu Lys Vai Gly 170 Lys Asn Gly Ser lie 175 Thr
Vai Glu Glu Ala 180 Lys Gly Phe· Glu Thr 185 Vai Leu Asp Vai Vai 190 Glu Gly
Met Asn Phe Asn 195 Arg Gly Tyr Leu Ser 200 Ser Tyr Phe Ser 205 Thr Asn Pro
Glu Thr 210 Gin Glu Cys Vai Leu 215 Glu Asp Ala Leu lie 220 Leu lie Tyr Asp
Lys Lys 225 lie Ser Gly lie 230 Lys Asp Phe Leu Pro Vai 235 Leu Gin Gin Vai 240
v
368
Ala Glu Ser Gly Arg 245 Pro Leu Leu Ile Ile 250 Ala Glu Glu Ile Glu 255 Gly
Glu Ala Leu Ala Thr 260 Leu Val Val Asn 265 Arg Leu Arg Ala Gly 270 Phe Arg
Val Cys Ala Val Lys 275 Ala Pro Gly 280 Phe Gly Asp Arg Arg 285 Lys Ala Met
Leu Glu 290 Asp Ile Ala Ile Leu Thr 295 Gly Gly Gin Leu Val 300 Ser Glu Glu
Leu 305 Gly Met Lys Leu Glu 310 Asn Thr Thr Leu Ala Met Leu 315 Gly Lys Ala 320
Lys Lys Val Ile Val 325 Thr Lys Glu Asp Thr 330 Thr Ile.Val Glu Gly 335 Leu
Gly Asn Lys Pro Asp 340 Ile Gin Ala Arg 345 Cys Asp Asn Ile Lys 350 Lys Gin
.Ile Glu Asp Ser Thr 355 Ser Asp Tyr 360 Asp Lys Glu Lys Leu 365 Gin Glu Arg
Leu Ala 370 Lys Leu Ser Gly Gly Val 375 Ala Val Ile Arg Val 380 Gly Ala Ala
Thr 385 Glu lie Glu Met Lys 390 Glu Lys Lys Asp Arg Val Asp 395 ’ Asp Ala Gin 400
His Ala Thr Ile Ala 405 Ala Val Glu Glu Gly 410 lie Leu Pro Gly Gly 415 Gly
Thr Ala Leu Val Arg 420 Cys lie Pro Thr 425 Leu Glu Ala Phe Leu 430 Pro Met
Leu Ala Asn Glu Asp 435 Glu Ala Ile 440 Gly Thr Arg Ile Ile 445 Leu Lys Ala
Leu Thr 450 Ala Pro Leu Lys Gin Ile 455 Ala Ser Asn Ala Gly 460 Lys Glu Gly
Ala 465 Ile Ile Cys Gin Gin 470 Val Leu Ala Arg Ser Ala Asn 475 Glu Gly Tyr 480
Asp Ala Leu Arg Asp 485 Ala Tyr Thr Asp Met 4 90 Ile Asp Ala Gly Ile 495 Leu
Asp Pro Thr Lys Val 500 Thr Arg Ser Ala 505 Leu Glu Ser Ala Ala 510 Ser Ile
Ala Gly Leu Leu Leu 515 Thr Thr Glu 520 Ala Leu Ile Ala Asp 525 Ile Pro Glu
Glu Lys 530 Ser Ser Ser Ala Pro Ala 535 Met Pro Ser Ala Gly 540 Met Asp Tyr
<210> 401 <211> 664 <212> PRT
i.
369
<213> Chlamydia pneumoniae <400> 401
Met Glu Lys Vai Ser Ser Tyr Pro Ser Vai Pro Leu Pro Leu Gly Ala 5 1015
Ser Lys lie Ser Pro Asn Arg Tyr Arg Phe Ala Leu Tyr Ala Ser Gin 20 2530
Ala Thr Glu Val lie Leu Ala Leu Thr Asp Glu Asn Ser Glu Vai lie 35 4045
Glú Vai Pro Leu Tyr Pro Asp Thr His Arg Thr Gly Ala lie Trp His 50 5560 lie Glu lie Glu Gly lie Ser Asp Gin Ser Ser Tyr Ala Phe Arg Vai 65 70 7580
His Gly Pro Lys Lys His Gly Met Gin Tyr Ser Phe Lys Glu Tyr Leu 85 9095
Ala Asp Pro Tyr Ala Lys Asn lie His Ser Pro Gin Ser Phe Gly Ser 100 105110
Arg Lys Lys Gin Gly Asp Tyr Ala Phe Cys Tyr Leu Lys Glu Glu Pro 115 120125
Phe Pro Trp -Asp Gly Asp Gin Pro Leu His Leu Pro Lys Glu Glu Met 130 135140 lie lie Tyr Glu Met His Vai Arg Ser Phe Thr Gin Ser Ser SerSer
145 150 155160
Arg Vai His Ala ..Pro Gly Thr Phe Leu Gly Ile Ile Glu Lys IleAsp
165 170175
His Leu His Lys Leu Gly lie Asn Tkla Vai Glu Leu Leu Pro lie Phe 180 185190
Glu Phe Asp Glu Thr Ala His Pro Phe Arg Asn Ser Lys Phe Pro Tyr 195 200205
Leu Cys Asn Tyr Trp Gly Tyr Ala Pro Leu Asn Phe Phe Ser Pro Cys 210 215220
Arg Arg Tyr Ala Tyr Ala Ser Asp Pro Cys Ala' Pro Ser Arg GluPhe
225 230 235240
Lys Thr Leu Val Lys Thr Leu His Gin Glu Gly lie Glu Vai lieLeu
245 250255
Asp Val Vai Phe Asn His Thr Gly Leu Gin Gly Thr Thr Cys Ser Leu 260 265270
Pro Trp lie Asp Thr Pro Ser Tyr Tyr lie Leu Asp Ala Gin Gly His 275 280285
Phe Thr Asn Tyr Ser Gly Cys Gly Asn Thr Leu Asn Thr Asn Arg Ala 290 295300
Pro Thr Thr Gin Trp lie Leu Asp lie Leu Arg. Tyr Trp Vai Glu Glu
370
305 310 315 320
Met His Val Asp Gly 325 Phe Arg Phe Asp Leu Ala 330 Ser Val Phe Ser Arg 335
Gly Pro Ser Gly Ser 340 Pro Leu Gin Phe Ala Pro 345 Val Leu Glu Ala Ile 350
Ser Phe Asp Pro Leu 355 Leu Ala Ser 360 Thr Lys Ile lie Ala Glu Pro Trp 365
Asp Ala Gly Gly Leu 370 Tyr Gin Val 375 Gly Tyr Phe Pro Thr Leu Ser Pro 380
Arg Trp Ser Glu Trp 385 Asn Gly Pro 390 Tyr Arg Asp 395 Asn Val Lys Ala Phe 400
Leu Asn Gly Asp Gin 405 Asn Leu Ile Gly Thr Phe 410 Ala Ser Arg Ile Ser 415
Gly Ser Gin Asp Ile 420 Tyr Pro His Gly Ser Pro 425 Thr Asn Ser Ile Asn 430
Tyr Val Ser Cys His 435 Asp Gly Phe 440 Thr Leu Cys Asp Thr Val Thr Tyr 445
Asn His Lys His Asn 450 Glu Ala Asn 455 Gly Glu Asp Asn Arg Asp Gly Thr 460
Asp Ala Asn Tyr Ser .4 65 Tyr Asn Phe 470 Gly Thr Glu 475 Gly Lys Thr Glu Asp 480
Pro Gly Ile Leu Glu 485 Val Arg Glu Arg Gin Leu 4 90 Arg Asn Phe Phe Leu 495
Thř Leu Met Val Ser 500 Gin Gly Ile Pro Met Ile 505 Gin Ser Gly Asp Glu 510
Tyr Ala His Thr Ala 515 Glu Gly Asn 520 Asn Asn Arg Trp Ala Leu Asp Ser 525
Asn Ala Asn Tyr Phe 530 Leu Tm Aso 535 Gin Leu Thr Ala Lvs pro Thr Leu 540
Met His Phe Leu Cys 545 Ašp Leu Ile 550 Ala Phe Arg 555 Lys Lys Tyr Lys Thr 560
Leu Phe Asn Arg Gly 565 Phe Leu Ser Asn Lys Glu 570 Ile Ser Trp Val Asp 575
Ala Met Gly Asn Pro 580 Meť Thr Trp Arg Pro Gly 585 Asn Phe Leu Ala Phe 590
Lys lie Lys Ser Pro 595 Lys Tkla His 600 Val Tyr Val Ala Phe His Val Gly 605
Ala Gin Asp Gin Leu 610 Ala Thr Leu 615 Přo Lys Ala Ser Ser Asn Phe Leu 620
Pro Tyr Gin Ile Val 625 Ala Glu Ser 630 Gin Gin Gly 635. Phe Val Pro Gin Asn 640
371
Val Ala Thr Pro Thr Val Ser Leu Gin
645
Pro His Thr Thr Leu Ile Ala
650 655
Ile Ser His Ala Lys Glu Val Thr
660 <210> 402 < 211> 328 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae
<400> 402 Glu Val Val 5 Arg Val Ala 10 Val Thr Gly Gly Lys 15 Gly
Met Ala Phe Lys
Gin Ile Ala Tyr 20 Asn Phe Leu Phe Ala 25 Leu Ala His Gly Asp 30 Val Phe
Gly Val Asp 35 Arg Gly Val Asp Leu 40 Arg Ile Tyr Asp Val Pro 45 Gly Thr
Glu Arg 50 Tkla Leu Ser Gly Val 55 Arg Met Glu Leu Asp 60 Asp Gly Ala Tyr
Pro Leu 65 Leu His Arg Leu Arg 70 Val Thr Thr Ser 75 Leu Asn Asp Ala Phe 80
Asp Gly Ile Asp Ala Ala Phe 85 Leu Ile Gly 90 Ala Val Pro Arg Gly 95 Pro
Gly Met Glu Arg 100 Gly Asp Leu Leu Lys 105 Gin Asn Gly Gin Ile 110 Phe Ser
Leu Gin Gly 115 Ala Ala Leu Asn Thr 120 Ala Ala Lys Arg Asp Ala 125 Lys Ile
Phe Val 130 Val Gly Asn Pro Val 135 Asn Thr Asn Cys Trp 140 Ile Ala Met Lys
His Ala 145 Pro Arg Leu His Arg 150 Lys Asn Phe His 155 Ala Met Leu A.rg Leu 160
Asp Gin Asn Arg Met His Ser 165 Met Leu Ala 170 His Arg Ala Glu Val 175 Pro
Leu Glu Glu Val 180 Ser Arg Val Val Ile 185 Trp Gly Asn His Ser 190 Ala Lys
Gin Val Pro 195 Asp Phe Thr Gin Ala 200 Arg Ile Ser Gly Lys Pro 205 .Ala Ala
Glu Val 210 Ile Gly Asp Arg Asp 215 Trp Leu Glu Asn Ile 220 Leu Val His Ser
Val Gin 225 Asn Arg Gly Ser Ala 230 Val Ile Glu Ala 235 Arg Gly Lys Ser Ser 240
Ala Ala Ser Ala Ser Arg Ala 245 Leu Ala Glu 250 Ala Ala Arg Ser Ile 255 Phe
372
Cys Pro Lys Ser Asp Glu Trp Phe 260
Asn Pro Tyr Gly lie Pro Glu Asp 275280
Met Leu Pro Ser Gly Asp Tyr Glu 290295
Pro Phe He Arg Asn Lys lie Gin 305310
Glu Lys Ala Ser Vai Ser Ser Leu 325
Ser Gly Vai Cys Ser Asp His 270
He Phe Gly Phe Pro Cys Arg 285
He Pro Gly Leu Pro Trp Glu 300
Ser Leu Asp Glu He Ala Gin 315 320 <210> 403 <211> 217 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae .
< 400> 403
Met Lys Arg Vai lie Tyr Lys Thr 5
Thr Ser Leu Ser Ser Cys Ser Leu 20
Thr Lys Asn Ser Arg Asp Leu Asn 3540
Asn Arg Glu Thr Pro Ser Leu Vai 5055
Arg Leu Phe Ala Arg Arg Asp Gin 6570
Gin Ala Asn Phe Lys Thr Tyr Ala 85
Arg Asp Leu Ser Phe Val Vai Ser 100
Ser Leu Ala Leu Ser Gin Gly Glu 115120
Arg Glu Vai His Pro Leu Ala Leu 130135
Ala Leu lie Glu Gly Met Lys Lys 145150
Asn Leu Phe Leu Thr Gin Leu Ser 165
Gin Gly Vai lie Ser Glu Glu Asp 180
Gly Leu Asp Ser Gly Thr Vai Ala 195 200
Phe Cys Gly Leu Thr Leu Leu 10 15
Pro Lys Gly Tyr Asn Leu Glu 30
Glu Ser Vai lie Leu Lys Glu 45
Arg Leu Ser Arg Arg Ser Arg 60
Gin Lys Asp Thr Leu Gin Vai 7580
Lys lie Ser Glu Gin Asp Glu 9095
Ala Cl n Cc-T 1 „
J—’-L-LC
110
Lys Asp Ala Leu Tyr Arg He 125
Glu Ala Leu Ala Glu Asn Pro 140
Gin Gly Arg Asp Trp He Trp 155 160
Vai Phe Ser Gin Ala Trp Ser 170 175
Ala Ala Phe Tkla Ser Thr Leu 190
He Vai Gin Gly Glu Arg Trp 205
373
Pro Glu Leu Val Asp lie Vai lie Thr
210
215 <210> 404 < 211> 270 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 404
Met Ile lie lie Lys Asn Asn Glu Leu Met lie Arg Arg Phe Phe Lys 5 1015
Thr Leu Phe Pro Pro Gly Pro Gin Tyr Ser Leu Cys Tyr Ala Ser Ile 20 2530
Leu He Val Leu Ser Ser Leu Val Cys Vai Pro Thr Phe Cys Trp Leu 35 4045
Phe Leu Pro Glu Leu Ser Leu Ser Lys Phe Asn Pro Ser Pro lie Arq 50 5560
Asn Leu Phe Leu Vai Ser Ser Thr Leu Ser Lys Vai Pro Pro ThrAla 65 70 7580 lie Ala Glu His Leu Arg Leu Ser Ala Asp Ala Pro Thr Tyr LeuHis
9095
Glu Phe Ser lie Lys Glu Ala Glu Ser Ser Leu His Ala Leu Gly lie 100 105HO
Phe Ser Ser Leu Vai Ile Glu Lys Ser Pro Asp Asn Lys Gly He Thr 115 120125 lie Phe Tyr Thr Leu Gin Thr Pro He Ala Tyr Vai Gly Asn Arq Ser 130 135140
Asn Thr Leu Cys Asn Leu Glu Gly Ser Cys Phe Leu Gly Gin ProTyr 145 150 155160
Phe Pro Ser Léu Asn Leu Pro Gin He Phe Phe Ser Gin Glu AspLeu
165 170175
Lys Met Gin Lys Leu Pro Lys Glu Lys Met Leu Phe Thr Lys He Leu 180 185190
Leu Lys Glu Leu Ala Met Glu Ser Pro Lys He He Asp Leu Ser Leu 195 200205
Ser Asp Ala Tyr Pro Gly Glu He He Vai Thr Leu Ser Ser Gly Ser 21° 215 '220
Leu Leu Arg Leu Pro lie Lys Thr Leu Asp Arg Ala Leu Asp LeuTyr
225 23Ó 235240
Lys His Met Lys Lys Ser Pro Val He Glu Ser Glu Lys Gin TyrVai
245 250255
Tyr Asp Leu Arg Phe Pro Asn Phe Leu Leu Leu Lys Ala Leu
260
270
265 <210> 405 <211> 651 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae
<400> 405 Gly Pro Gly Pro Ile Asp 10 Glu Thr Glu Arg 15 Thr
Met Val Asn Pro Ile 5
Pro Pro Ala Asp 20 Leu Ser Ala Gin Gly 25 Leu Glu Ala Ser Ala 30 Ala Asn
Lys Ser Ala 35 Glu Ala Gin Arg Ile 40 Ala Gly Ala Glu Ala 45 Lys Pro Lys
Glu Ser Lys 50 Thr Asp Ser Val Glu 55 Arg Trp Ser Ile 60 Leu Arg Ser Ala
Val 65 Asn Ala Leu Met Ser Leu Ala 70 Asp Lys Leu 75 Gly Ile Ala Ser Ser 80
Asn Ser Ser Ser Ser 85 Thr Ser Arg Ser Ala Asp 90 Val Asp Ser Thr 95 Thr
Ala Thr Ala Pro 100 Thr Pro Pro Pro Pro 105 Thr Phe Asp Asp Tyr 110 Lys Thr
Gin Ala Gin 115 Thr Ala Tyr Asp Thr 120 Ile Phe Thr Ser Thr 125 Ser Leu Ala
Asp Tle Gin 130 Ala Ala Leu Val Ser 135 Leu Gin Asp Ala 140 Val Thr Asn Ile
Lys 145 Asp Thr Ala Ala Thr Asp Glu 150 Glu Thr Ala 155 Ile Ala Ala Glu Trp 160
Glu Thr Lys Asn Ala 165 Asp Ala Val Lys Val Gly 170 Ala Gin Ile Thr 175 Glu
Leu Ala Lys Tyr 180 Ala Ser Asp Asn Gin 185 Ala Ile Leu Asp Ser 190 Leu Gly
Lys Leu Thr 195 Ser Phe Asp Leu Leu 200 Gin Ala Ala Leu Leu 205 Gin Ser Val
Ala Asn Asn 210 Asn Lys Ala Ala Glu 215 Leu Leu Lys Glu 220 Met Gin Asp Asn
Pro 225 Val Val Pro Gly Lys Thr Pro 230 Ala Ile Ala 235 Gin Ser Leu Val Asp 240
Gin Thr Asp Ala Thr 245 Ala Thr Gin Ile Glu Lys 250 Asp Gly Asn Ala 255 Ile
Arg Asp Ala Tyr 260 Phe Ala Gly Gin Asn 265 Ala Ser Gly Ala Val 270 Glu Asn
Ala Lys Ser 275 Asn Asn Ser Ile Ser 280 Asn Ile Asp Ser Ala 285 Lys Ala Ala
375
He Ala 290 Thr Ala Lys Thr Gin 295 lie Ala Glu Ala Gin 300 Lys
Asp 305 Ser Pro lie Leu Gin 310 Glu Ala Glu Gin Met 315 Vai lie
Lys Asp Leu Lys Asn 325 lie Lys Pro Ala Asp 330 Gly Ser Asp
Pro Gly Thr Thr 340 Vai Gly Gly Ser Lys 345 Gin Gin Gly Ser
Ser lie Arg 355 Vai Ser Met Leu Leu 360 Asp Asp Ala Glu Asn 365
Ser lie 370 Leu Met Ser Gly Phe 375 Arg Gin Met lie His 380 Met
Glu 385 Asn Pro Asp Ser Gin 390 Ala Ala Gin Gin Glu 395 Leu Ala
Arg Ala Ala Lys Ala 405 Ala Gly Asp Asp Ser 410 Ala Ala Ala
Asp Ala Gin Lys 420 Ala Leu Glu Ala Ala 425 Leu Gly Lys Ala
Gin Gly lie 435 Leu Asn Ala Leu Gly 440 Gin lie Ala Ser Ala 445
Ser Ala 450 Gly Vai Pro Pro Ala 455 Ala Ala Ser Ser lie 4 60 Gly
Lys 465 Gin Leu Tyr Lys Thr 470 Ser Lys Ser Thr Gly 475 Ser Asp
Gin lie Ser Ala Gly 485 Tyr Asp Ala Tyr Lys 490 Ser lie Asn
Gly Arg Ala Arg 500 Asn Asp Ala Thr Arg 505 Asp Vai lie Asn
Thr Pro Ala 515 Leu Thr Arg Ser Vai 520 Pro Arg Ala Arg Thr 525
Gly Pro 530 Glu Lys Thr Asp Gin 535 Ala Leu Ala Arg Vai 540 lie
Ser 545 Arg Thr Leu Gly Asp 550 Vai Tyr Ser Gin Vai 555 Ser Ala
Vai Met Gin lie lie 565 Gin Ser Asn Pro Gin 570 Ala Asn Asn
Arg Gin Lys Leu 580 Thr Ser Ala Vai Thr 585 Lys Pro Pro Gin
Pro Tyr Vai 595 Gin Leu Ser Asn Asp 600 Ser Thr Gin Lys Phe 605
Lys
Gin
Vai
Glu
Phe
Ala
Ala
Ala
Ser
Tyr
Asp
Asn
Glu
Ser
Leu
Glu
Gly
430
Ser
350
Phe
590
Phe
Pro
Ala
Glu
320
Pro
335 lie
Thr
Asn
Gin
Leu
415
Gin
Vai
Ser
Lys
Ala 4 95
Vai
Ala
Gly
Gin
Glu
575
Asn
Gly
Thr
Ala
400
Ala
Gin
Vai
Vai
Thr
480
Tyr
Ser
Arg
Asn
Ser
560 lie
Gly Tyr
Ala Lyš
376 • ··· · · ··· · · · .· : · i :: : : :. :
··· ··· ·· ·· ·· ··
Leu Glu Ser Leu Phe Ala Glu Gly Ser Arg Thr Ala Ala Glu Ile Lys 610 615620
Ala Leu Ser Phe Glu Thr Asn Ser Leu Phe Ile Gin Gin Val Leu Val 625 630 635640
Asn Ile Gly Ser Leu Tyr Ser Gly Tyr Leu Gin
645650 <210> 406 <211> 1074 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 406 gtgcgtaaaa tgctatgtct ggaggagtgg attcctcggt tgttgcttat 60 ctcttaaaga agcaagggga gtataatgtt gttgggctct tcatgaaaaa ttggggagag120 caggacgaga atggtgagtg tactgcaacc aaagattttc gcgatgtaga gcggatcgca180 gaacaattgt ccattccata ttacacagtt tccttttcta aggaatataa agagcgagtg240 ttttctagat ttctaagaga atatgcgaac ggctacactc ccaatcctga tgtgttatgc300 aatcgagaaa tcaaatttga tttattacag aagaaggtac gtgagctaaa aggtgatttt360 ttagccacgg gacattattg tcgaggaggg gctgatggaa ctggtttgtc cagaggaata420 gaccccaata aagaccaaag ttatttctta tgtggcactc ctaaggatgc tttatccaat480 9 ccctgggagg tatgtataaa acggaggtac gtcgaattgc tcaagaagct540 ggtttagcta ccgccacaaa aaaagatagc acagggattt gcttcattgg taaacggcct600 tttaagagtt tccttgagca gtttgtagca gactctcctg gagacattat tgattttgat660 acacaacagg tagťcggccg acatgaagga gcccattatt atacgattgg acagcgtcga720 gggttaaaca taggaggaat ggaaaagcct tgttatgttc ttagcaagaa tatggaaaag780 aatattgttt acattgtaag gggtgaagat catcctttac tttatcgaca agagctttta840 gctaaggaac ttaattggtt tgttcccttg caggagccta tgatctgtag tgctaaagtt900 cggtacagat cccctgacga gaaatgttct gtatatcctt tggaagatgg aacggtaaaa960 gtgattttcg atgtccctgt gaaagctgtc acccctggac agactgtagc tttctaccag1020 ggggacattt gtttaggagg aggagtgatt gaagtgccta tgattcatca gctg1074 <210> 407 <211> 1827 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 407 atgggttttt ttttcttctg Caagatttga gagcaatact acacaagaaa ttaaatgact accgtacaaa gagatccgtg gctactctat acactatttt aagattcgtc gaaggtgtag tcgatgagaa tactctccaa ttgaaaagcg atatgggagt aagagccata tttgatcctt. tctaatacag ggagaacatc ccatacattc gttttttaga taggatggga atccatcaac ttcacgctgg aaagtagtga ttggagatga atggaagcaa ctcgcatggc gtccttttgg gagatttggc gctttttccc tggttccgca ggtacaatat cggagggtct aagtaggatt caggaccgcc aagctttgat gattatgaaa tcctgtacaa gcatttatta tcttgttcaa aagtttttgc agtaactttc cggccgtttc gttgctagag tcacaaaggg ctctttaggg tactacgaga taccatagct taagaaagat tttttgggca tgggagtacc tttccgcgct tctaagaatt tccttgggaa tatcgaccaa atgaatagga ggagaaagct caggttaaat agctccgttt cagcaggtcc tttgcgatag tactttgtag gtggatgggg actgcagctg cacaaagtac gaagttcgtg ccttctatca gatgcgtttc gagcttcgca gatgggtttc tatatttctt cctacatata gaatttgcta acgaacaacc· tttggctatt actgcttacc 60 tggtttgcaa gaatgctctt 120 atgctcctaa aacatggaaa 180 ctgcacagca gaagcttcgt 240 ttgctgattt tatcggagga 300 aaagtgctta ccttccttat 360 atatcatgac tttttcttca 420 cgcctgtcca agatgtactc 480 aagagtcggc tgctttaaga 540 cttctgggcg cactacttta 600 tgaaatggcg ttatgttcct 660 gggctccaca gttacagaaa 720 atcggtctag ttcgctattc 780 atcattatgc aacgagtggt 840 tccctgtcat tgggcctgtt 900 cggtgacťga tggggatggt 960 gttggcagga catggaagat 1020 agattattca agtattttct 1080 caggtggtag tgtcctttat 1140
377 ctttatgcac tgctttccat gttgacagac cgtcctttag aacttcctaa acatagaatg 1200 attctgactc aggatgaagt ggttgatgct ttagattggt taaccctgtt ggaaaacgta 1260 gacacaaacg tggagtctcg ccttgctctg ggagacaaca tggaaggata tactgtggat 1320 ctacaggttg ccgagtattt aaaaagcttt ggacgtcaag tattgaattg ttggagtaaa 1380 ggggatatcg agttatcaac gcctattcct ctttttggtt ttgagaagat tcatccacat 1440 cctcgagttc aatactctaa accgatttgt gttttgatca atgagcaaga cttttcttgt1500 gctgacttct tccctgtagt tttgaaagac aatgatcgag ctcttattgt tggtactcga1560 acagctggag ctggaggatt tgtctttaat gtgcagttcc caaatagaac tggaataaaa1620 acttgttctt taacaggatc attagctgtt agagagcatg gtgccttcat tgagaacatc1680 ggagtcgaac cgcatatcga tctgcctttt acagcgaatg atattcgcta taaaggctat1740 tccgagtatc ttgataaggt caaaaaattg gtttgtcagc tgatcaataa cgacggtacc 1800 attattcttg cggaagatgg tagtttt1827 <210> 408 <211> 804 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 408 ttgccccccc gctccccctc ttttttagta catatatggc gtcttttttt tgctaaaggg 60: ccgaattatt ctcttcccta cgctttcctg tgtatcttcg ttagcgttct cgtcttttta 120 cccatcggct tatggctgac tctgcctagt tttttaaatt tcaagcactc cctaacgcct 18Ό attaagacat tgtttcttac ctgtacggag cctccttgcc ttcctgagcc ttttttctcg 240 gatatcttgc atctttctgc tgattcccct ccagctttac agacattttc cacgaagtct 300 gccgagcact tťttaaatga attaggagtt ttttctttta tttctattga gaaggttcct 360 gatcataaag gcttagctat ttcctatgct ttgcatactc cgttagcttt tttaggaaat 420 caaactcata cattcatagg ttatgaagga caaaccttcc cagctttgcc cttttttcaa 480 tccttagaac ta.cctacagt cttcttttcg caacaagctc tttcccaaac acgcattcca 54 0 caťcaaacac tgtctattgt cacgagccta atagatcaac tacagatgga tcctcctagc 600 atcattgact tatctcaaat cgatcattat ccgggagaat ttgtggtatc cttatcttct 660 ggaacactct tacgttttcg taaagactct ttccttcctg gaatccaaca ctatcaacaa 720 gcactctctc taggagcctt ctctcctcaa caagctgtca tttgcgacct tcgttgcgaa 780 gactatcttt tacttaaacg taaa 804 <210> 409 <211> 663 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 409 ' atgaaaaagt ttatctataa gtatagcttt ggagctctct tgttgctctc cgggctctcc 60 ggattgagca gctgttgcgc caactcttat ggatcgactc ttgcaaaaaa tacagccgag 120 ataaaagaag aatctgttac acttcgcgag aagccggatg ccggctgtaa aaagaaatct 180 tcttgttact tgagaaaatt tttctcgcgc aagaaaccta aagagaagac agagcctgtg 240 ttgccgaact ttaagtctta cgcagatcca atgacagatt ccgaaagaaa agacctttct 300 ttcgtagtat ctgctgctgc tgataagtct tctattgctt tggctatggc tcagggggaa 360 attaaaggcg cattatcgcg tattagagag atccatcctc ttgcattgtt acaagctctt 420 gcagaagatc ctgctttaat tgctggaatg aaaaagatgc aaggacggga ttgggtctgg 480 aatatcttta tcacagaatt aagcaaagtt ttttctcaag cagcatcttt aggggctttc 540 agcgttgcag acgttgccgc gttcgcgtcg accttaggat tagactcggg gaccgttacc 600 tcaattgttg atggggaaag gtgggctgag ctgatcgatg tcgtgattca gaaccctgct 660 ata 663 <210> 410 <211> 1470 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 410 atgagcgacc tctcggacct atttaaaact catttcacac agtatgcgtc ttacgtcatt 60 ttggaacgtg caatccctca tgttttagat ggcctcaagc·ctgttcaaag aaggcttctt 120
378 : · i ::
···· ··· ·· ·· *· *· tggaccttat acgatggcgc aataaagggt catgcagcgg aatacggatc ttagctgcaa a ct a c a a a a a aatgaccaac gactaccaag aaaaccttgc atcgaaaacg gacctccctc cctctatata cagggaaaac caaaattacc cacaaaactt ctttctaaaa ctgactccat gctctaacta tgcttagaaa gttctctaca attgcaaaat ctcgctgcgc tccgtatgga tgcacccgca tcctgataga ctcgttatat tcatgacctt agattcctct ttttccctca cgttttctct atggcttagg taatcaaaga cagcaaaacg atatcgagat cacatacaga cttgggaaac taaaaaaaga tagaatatct gaaagacgtc ttcttgacac ttaaaaaaat agaaacgcag ttaagaagct ttgatgacct tcgatcaaga tgatggtaaa tggtgatgcg gacacaaggg agaagcgcgg ccatgattct actactcctt caacttttgt ccttcccgac atccattgtt aatctgtcct aggaatcatt caaactccct atgtcaggtt aacgatcagc attactcata attcattaaa tcčttcatca gctcccggct cctctgtttt tagcgtacag gctcgaaacc acctaccgag agagaacttc atgcataagg cctatcgtgg aactttggta ctaagccctt tacgatggaa catggcgtgg gatctactag ttccctccag ctgcgcgcaa tccacaacta aaaatcgatt aaaggtatct atcttaacct gaaatcctac ctagaagatt cataagcttt agtaccattc cctgataagc gatgaaaatt aaagatctga tacagacaac agagtctccg tggctaatat aagctcttgt accctctcac tagctaaaga gagagcaaga atggcatcgc aagcacaaat gaggcacgat caattgatat cagagactct cgattcaaga acgctaaaga ctcggccaac gcttacaaac ccttaagccg acgataccgt acaacgctgt aagcaaccgc cctacgagaa gccaactgaa tcgggcatcg ctcataagaa cgcaggacgt cgttttggca aggagatcct ggtacttttt acccgatatc agtagggatg agctatactg ggatgcttcc tattaatgac aattcgttct tttctctacg tctgttacgc agctatttac caagactctc cgagctgtac gcgctccatg tttggaagct tcaactagca ggagctggca aaaatacaca aaagacaaaa agcaaaagaa
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
70 <210> 411 < 211> 234 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 4H atgaaagagt ttttagcgta cattgtaaaa ctgaaagagg tgcagggaac caatacgatt atcggtaaáa ttatcggtaa agaaggacgc tccgtagcaa gtcgagataa tgtgaaagtc aatcttgttg ataagccaga ggaagtgcat 60 atctacgaat tgactgttgc taagggagat 120 actattaagg ctatccgtac ttťattggtt 180 agcctagaaa ttatggaaga gcgg 234 <210> 412 < 211> 1941 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 412 atggaatcag gggcaaatcg tcagcatcgt tctcttcgtg gaggcctcta aaatcgaatt gagacgaaaa aaggctgaag ctcaatcagt acagactctg gcagatcaaa aacgcaggag cagtctattg aatagcccag aacgagttaa gagcagatta cctatcgttg tcctctaaca gcgattgcaa acagctaaag gaccagaatc cttctaattc cctctgtaag atgccatctt cttctacctc ttgatacggc tggctgattt tťacaagaat tagttaaact cagatcagat ttatcaaaga aggttatcaa tggatgctgg ataatatcgc aacaagagca gtcaagcaca gtccgagtgg attcaggaag tgcaaggttt agctacaagc agtttcttct ggagaccaaa cagctggagt gaataaaaat tacggttaca gaaaagtgga aatggcagct taaagaagct tgaaaaacag tccagcgatt tctggaagga agcttcttct ggatcaaagc agccacgaag tacagggcta aaaagatatt gtcagctgct aatttccttg tcgatctaťg tatggaggct aatcagagct cgatgaatcc aattattaat 60 gagtccacga aggagtcaga agcgagtcct 120 tttttatcct cagcaaagca tgcattaatc 180 tctagtccaa cagactctct ctctcaatta 240 cgtgtagctg cgcgagatta taatgaggct 300 ttagagaacg ctacgacact tgctgaatac 360 ctccaagata tggagcgttt ggctaaacag 420 cttcaagaga aacaagaggt tattgataag 480 aatcagactt taaaggaaac tttaacaacc 540 aatagtcagt tagagatcaa caaaaattct 600 caaaacataa gttatgaagc tgttctcact 660 gaagcgggaa ttaagttagg acaagctttg 720 caggctgcag ttcttcaagc acagcaaaat 780 aaattaattg atgctgctga aacgaaggta 840 acggactcgc ctttagtgaa aaaagctgag 900 caagagatca aacctagtgg ttcggatatt 960 tccgcaggaa gtgcggtagg agcgttgaaa 1020 ttgcttgatg atgtagacaa tgaaatggca 1080 atcgaacaat ttaatgtaaa caatcctgca 1140 cagctgactg. cgatgtcaga tcaactggtt 1200
379 ggtgcggatg gcgagctccc agccgaaata caagcaatca aagatgctct tgcgcaagct 1260 ttgaaacaac catcaacaga tggtttagct acagctatgg gacaagtggc ttttgcagct 1320 gccaaggttg gaggaggctc cgcaggaaca gctggcactg tccagatgaa tgtaaaacag 1380 ctttacaaga cagcgttttc ttcgacttct tccagctctt atgcagcagc actttccgat 1440 ggatattctg cttacaaaac actgaactct ttatattccg aaagcagaag cggcgtgcag 1500 tcagctatta gtcaaactgc aaatcccgcg ctttccagaa gcgtttctcg ttctggcata 1560 gaaagtcaag gacgcagtgc agatgctagc caaagagcag cagaaactat tgtcagagat 1620 agccaaacgt taggtgatgt atatagccgc ttacaggttc tggattcttt gatgtctacg 1680 ©ttgtgagca atccgcaagt aaatcaagaa gagattatgc agaagctcac ggcatctatt 1740 agcaaagctc cacaatttgg gtatcctgct gttcagaatt ctgcggatag cttgcagaag 1800 tttgctgcgc aattggaaag agagtttgtt gatggggaac gtagtctcgc agaatctcga 1860 gagaatgcgt ttagaaaaca gcccgctttc attcaacagg tgttggtaaa cattgcttct 1920 ctattctctg gttatctttc t 1941 <210> 413 <211> 693 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 413 atgatggagg tgtttatgaa ttttttagat cagttagatt taattatťca aaataagcat 60 atgctagaac acacatttta tgtgaaatgg tcgaaggggg agcttactaa agagcaatta 120 caggcgtatg ccaaagacta ttatttacat atcaaagcct ttcctaaata tttatctgcg 180 attcatagtc gttgcgatga tttagaggcg cgtaagttat tgttagataa cttgatggat 240 gaagagaacg gttaccctaa tcatattgat ttgtggaagc agtttgtgtt tgctctagga 300 gttactccag aagagttaga ggctcatgag cctagtgaag cagcaaaagc gaaagtagct 360 aCtttcatgc ggtggtgtac aggagattct ttagctgcag gagtggctgc tttgtattct 420 tatgagagtc aaattccacg tatcgctaga gagaaaattc gtggattgac tgagtacttt 480 ggattttcca atcctgaaga ctatgcatat ttcacagaac atgaagaagc ggatgtgcgg 540 catgctagag aagaaaaagc gctcattgag atgcttctca aagatgacgc tgataaagtg 600 ttagaggcat cgcaagaagt aacgcaatct ttgtatggct ttttagattc ttttttggat 660 ccaggaactt gttgtagttg tcatcaatct tat 693 <210> 414 <2U> 1599 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 414 ttgtctaata gttttcgaga ccaagaacaa ggtttacagg cagtctttcg cgccgcgcgt 60 gtaatatctc atatgttttc tcagacaatc ggtccttatg ggtttagcac gattgttcat 120 aatgtčcagg atacgcggac aacgcaagat agtcagagta tgctgaagga tattctgttt 180 ccagatgtct ttgaaaatat aggtatgaaa ctcatccgag atactgcctt gcgaactcgt 240 atgcgattcg gagatggggc aaaaaccaca gctttactaa tagaagcgtt attagcggag 300 ggcatgacag gtatccagaa aggtttggat cctcatgaaa tccatcgagg aatgcttcťt 360 gcggaaaaga aaatccaaga ggttttttat agagaaacat ttcctctaag cgatctggaa 420 catacagtgt atgtatccag tatcgcgcga cgttgtaata gcgaaatcgc gtctgtttta 480 tctagcgcag tgggttatgg agggaagaac ggttactata tcgtagaaga acatgaagag 540 catgaaacat actggcatgc cgaagagcat gctgtgtggg attttggata tgcttctcct 600 tactttatta cgcatgcgga aacaggaacg gtagaatata gccaggttta tattttagtt 660 agtgaacagc cgctgcatta ttcgaaccca tcttttttaa catttcttca atcagttgtt 720 caggcaggga aaacaccgct tgtgatttta gcagaagctt ttgataaaga attattagct 780 atgctggaaa tgaatcaaat agagagggtt ttccctgtct gtgctgtgaa agtatctggg 840 aagcacgccc gggaatcttt agaggacatt gcggtattaa ccggagctac attgctctca 900 gaaatggatt tcgaagacag cgaggaagag agaatcacaa atcgattagg ctttgtagca 960 ggaatttgtg tttcttctac cagtctttgt gtccctagag aaacagacaa taagcagaga 1020 atggcagaac actgtgcttt tttacaggat aaattgagtt tctcacagga agaagaggct 1080 agcgctaggt tgagaaggag attggcaagg ctttčttcag gcgaagtatg tattcatatt 1140 gctgcagact gtattcctca ggaggagata ggttatatca cctcttctat acgagccatg 1200 acagaatctt tacgatcagg atgcttgcct ggaggtgggt gcgcattcat tcgagcggca 1260 agagaaattt ctgttccgct tgctctttct cctagtgagc gttttggttt tcttgctgtg 1320
380 cttagtgccg cagagaagcc ttttcgtgcc attgttactc gcagcagaag agtggaggag1380 gaggtgttct ctgaagtctt ctctcaagcg gactggcgag taggatttaa cggagtttct1440 ggatttgtgg aagatattgt ttcgcaaggg atttgtgatg gagcctcttg tattcagtat1500 gctttaagtc atgcagtggg gacgactggt ctgttgttaa catctgcgct ctttatagct1560 tcgcaggagc cgatgttgag agaggaaaat tctgaagaa1599 <210> 415 <211> 1395 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 415 atgaatgaag ctttcgactg tgtagttatc ggagcggggc cagggggcta tgttgcagca60 atcactgccg ctcaagcagg actcaaaact gcgctaatcg aaaagcgaga ggctggcgga120 acctgtttaa accgagggtg tattccttct aaagccctct tagcaggagc tgaagtcgtt180 acccaaatac gccatgctga ccagtttggg attcatgtag aaggattcag catcaactat240 cccgctatgg tacaaaggaa ggattccgta gtccgtagca tccgcgatgg acttaatggt300 ctcattcgca gcaataagat cactgtcttc tctggaagag gctctttgat ctcttcaaca360 gaagtaaaaa tcttaggaga aaacccttct gtaatcaaag cgcactccat tatcctagcc420 accggctctg aaccacgagc tttccccggg attccttttt ccgcagaatc tcctcggatt480 ttatgctcaa caggcgtgct aaacctcaaa gaaatccctc aaaaaatggc cattattggc540 ggtggtgtga tcggttgcga attcgcttcc ttattccata cgttaggctc cgaagtttct600 gtgatcgaag caagctctca aatccttgct ttgaataatc cagatatttc aaaaaccatg660 ttcgataaat tcacccgaca aggactccgt ttcgtactag aagcctctgt atcaaatatt720 gaggatatag gagatcgcgt tcggttaact atcaatggga atgtcgaaga atacgattac780 gttctcgtat ctataggacg ccgtttgaat acagaaaata ttggcttgga taaagctggt840 gttatttgtg atgaacgcgg agtcatccct accgatgcca caatgcgcac aaacgtacct900 aacatttatg ctattggaga tatcacagga aaatggcaac ttgcccatgt agcttctcat960 caaggaatca ttgcagcacg gaatatagct ggccataaag aggaaatcga ttactctgcc1020 gtcccttctg tgatctttac cttccctgaa gtcgcttcag taggcctatc cccaacagca1080 gctcaacaac áaaaaatccc cgtcaaagta acaaaattcc catttcgagc tattggaaaa1140 gcggtcgcaa tgggcgaggc cgatggattt gcagccatta tcagccatga gactactcag1200 cagatcctag gagcttatgt gattggccct catgcctcat cactgatttc cgaaattacc1260 ctagcagttc gtaatgaact gactcttcct tgtatttacg aaactatcca cgcacatcca1320 accttagcag aagtttgggc tgaaagtgcg ttgttagctg ttgatacccc attacatatg1380 ccccctgcta aaaaa1395 <210> 416 <211> 366 <212> DNA, <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 416 atgccacgca tcattggaat agatattcct gcgaaaaaga aattaaaaat aagtcttaca 60 tatatttatg gaatagggcc agctctttct aaagagatca ttgctagatt gcagttgaat 120 cccgaagcta gagctgcaga gttgactgag gaagaggttg gtcgactaaa cgctctttta 180 cagtcggatt acgttgttga aggggatttg cgccgtcgtg tgcaatctga tatcaaacgt 240 ctgattacta tccatgctta tcgtggacaa agacatagac tttctttgcc tgttcgtggt 300 cagagaacaa aaacaaattc tcgcacgcgt aagggtaaac gtaaaactgt tgcaggtaag 360 aagaaa 366 <210> 417 <211> 1659 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <4 00> 417
atgcgaatag gagatcctat gaacaaactc atcagacgag cagtgacgat cttcgcggtg 60
actagtgtgg cgagtttatt tgctagcggg gtgttagaga cctctatggc agagtctctc 120
tctacaaacg ttattagctt agctgacacc aaagcgaaag acaacacttc tcataaaagc 180
aaaaaagcaa gaaaaaacca cagcaaagag actcccgtag accgtaaaga ggttgctccg 240
Λ···..: s :··..: : ·.
• · · · · ♦ · ♦ ·
381 gttcatgagt ctaaagctac aggacctaaa caggattctt gctttggcag aatgtataca 300 gtcaaagtta atgatgatcg caatgttgaa atcacacaag ctgttcctga atatgctacg 360 gtaggatctc cctatcctat tgaaattact gctacaggta aaagggattg tgttgatgtt 420 atcattactc agcaattacc atgtgaagca gagttcgtac gcagtgatcc agcgacaact 480 cctactgctg atggtaagct agtttggaaa attgaccgct taggacaagg cgaaaagagt 540 aaaattactg tatgggtaaa acctcttaaa gaaggttgct gctttacagc tgcaacagta600 tgcgcttgtc cagagatccg ttcggttaca aaatgtggac aacctgctat ctgtgttaaa660 caagaaggcc cagagaatgc ttgtttgcgt tgcccagtag tttacaaaat taatatagtg720 aaccaaggaa cagcaacagc tcgtaacgtt gttgttgaaa atcctgttcc agatggttac780 gctcattctt ctggacagcg tgtactgacg tttactcttg gagatatgca acctggagag840 cacagaacaa ttactgtaga gttttgtccg cttaaacgtg gtcgtgctac caatatagca900 acggtttctt actgtggagg acataaaaat acagcaagcg taacaactgt gatcaacgag960 ccttgcgtac aagtaagtat tgcaggagca gattggtctt atgtttgtaa gcctgtagaa1020 tatgtgatct ccgtttccaa tcctggagat cttgtgttgc gagatgtcgt cgttgaagac1080 actctttctc ccggagtcac agttcttgaa gctgcaggag ctcaaatttc ttgtaataaa1140 gtagtttgga ctgtgaaaga actgaatcct ggagagtctc tacagtataa agttctagta1200 agagcacaaa ctcctggaca attcacaaat aatgttgttg tgaagagctg ctctgactgt1260 ggtacttgta cttcttgcgc agaagcgaca acttactgga aaggagttgc tgctactcat1320 atgtgcgtag tagatacttg tgaccctgtt tgtgtaggag aaaatactgt ttaccgtatt1380 tgtgtcacca acagaggttc tgcagaagat acaaatgttt ctttaatgct taaattctct1440 aaagaactgc aacctgtatc cttctctgga ccaactaaag gaacgattac aggcaataca1500 gtagtattcg attcgttacc tagattaggt tctaaagaaa ctgtagagtt ttctgtaaca1560 ttgaaagcag tatcagctgg agatgctcgt ggggaagcga ttctttcttc cgatacattg1620 actgttccag tttctgatac agagaataca cacatctat1659 <210> 418 <211> 576 < 212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 418 atgcctgaag gggaaatgat gcataagttg caagatgtca tagatagaaa gttgttggat60 tctcgtcgta ttttcttctc cgaacctgta acggagaaaa gtgctacaga agccatcaaa120 aagctttggt atttggaact caccaatcct gggcagccaa ttgtatttgt cattaatagc180 cctggagggt ctgttgatgc tgggtttgct gtttgggacc aaattaaaat gatctcttct240 cctttgacta cagttgttac aggtttagca gcatctatgg gatctgtatt gagtttgtgt300 gctgttccag gaagacgttt tgctacgcct catgcgcgca ttatgattca ccagccttct360 attggaggaa ccattactgg tcaagccacg gacttggata ttcatgctcg tgaaatttta420 aaaacaaaag cacgcattat tgatgtgtat gtcgaggcaa ctggacaatc tcgagaggtg480 atagagaaag ctatcgatcg agatatgtgg atgagtgcaa atgaagcaat ggagtttgga540 ctgttagatg ggattctctt ctcttttaac gacttg576 <210> 419 <211> 825 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 419 atgggattct cttctctttt aacgacttgt agatatcttt tatattctgg agcaggaaac 60 agtttcattt tgggagaatc gatgccttct cttgaggatg ttctgttttt atgccaggaa 120 gagatggttg atgggttttt atgtgtagag tcttctgaaa tagcagatgc taaactcact 180 gtttttaata gtgatggatc tatcgcgtct atgtgcggga atgggttgcg gtgcgcaatg 240 gcgcacgtag cccagtgctt tggacttgaa gatgtttcta ttgaaacaga acgtggtgtt 300 taccaaggta agttcttttc tatgaatcgg gtattggttg atatgacatt acctgattgg 360 aaaaaagctg agcggaaatt aacgcatgtg ttgcctggta tgccggaaca agtatttttt 420 attgatacag. gggttccgca tgtcgtggtt ttcgtttctg atttaagtaa ggtt'cccgta 480 caagaatggg ggtctttctt gcgttatcat gaagattttg ctcctgaagg tgtaaatgta 540 gattttgttc agcggaagaa ggatgatcta ctgcttgtct atacttatga gcgaggttgt 600 gagcgagaaa ccttatcttg tgggacaggg atgttggcaa gtgctttggt tgcagcggat 660 atcttttctc taggacaaga tttctctata gcggtgtgtt ctcgtagtag aaatctgatt 720 aagatttttt ctgagaaagg caaggtattt ttagagggtc ctgtgagcct attgaatcgt 780
382
agtgagaact ttgggtggtt agagcctaaa tcaagacgtt ttgga 825 <210> 420 <211> 5310 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 420 atgaaattta tgtcagctac tgctgtattt gctgcagcac tctcctccgt tactgaggcg60 agctcgatcc aagatcaaat aaagaatacc gactgcaatg ttagcaaatt aggatattca120 acttctcaag catttactga tatgatgcta gcagacaaca cagagtatcg agctgctgat180 agtgtttcat tctatgactt ttcgacatct tccagattac ctagaaaaca tcttagtagt240 agtagtgaag cttctccaac gacagaagga gtgtcttcat cttcatctgg agaaactgat300 gagaaaacag aagaagaact agacaatggc ggaatcattt atgctagaga gaaactaact360 atctcagaat ctcaggactc tctctctaat caaagcatag aactccatga caatagtatt420 ttcttcggag aaggtgaagt tatctttgat cacagagttg ccctcaaaaa cggaggagct480 atttat99ag agaaagaggt agtctttgaa aacataaaat ctctactagt agaagtaaat540 atcgcggtcg agaaaggggg tagcgtctat gcaaaagaac gagtatcttt agaaaatgtt600 accgaagcaa ccttctccte caatggtggg gaacaaggtg gtggtggaat ctattcagaa660 caggatatgt taatcagtga ttgcaacaat gtacatttcc aagggaatgc tgcaggagca720 acagcagtaa aacaatgtct ggatgaagaa atgatcgtat tgctcgcaga atgcgttgat780 agcttatccg aagatacact ggatagcact ccagaaacgg aacagactga gtcaaatgga840 aatcaagacg gttcgtctga aacagaagat acacáagtat cagaatcacc agaatcaact900 cctagccccg acgatgtttt aggtaaaggt ggtggtatct atacagaaaa atctttgacc960 atcactggaa ttacagggac tatagatttt gtcagtaaca tagctaccga ttctggagca1020 ggtgtattca ctaaagaaaa cttgtcttgc accaacacga atagcctaca gtttttgaaa1080 aactcggcag gtcaacatgg aggaggagcc tacgttactc aaaccatgtc tgttactaat1140 acaactagtg aaagtataac tactccccct ctcataggag aagtgatttt ctctgaaaat1200 acagctaaag ggcacggtgg tggtatctgc actaacaaac tttctttatc taatttaaaa1260 acggtgactc tcactaaaaa ctctgcaaag gagtctggag gagctatttt tacagatctg1320 gcgtctatac caataacaga taccccagaa tcttctaccc cctcttcctc ctcgcctgca1380 agcactcctg aagtagttgc ttctgctaaa ataaatcgat tctttgcctc tacggcaaaa1440 ccggcagccc cttctctaac agaggctgag tctgatcaaa cggatcaaac agaaacttct1500 gatactaata gcgatataga cgtgtcgatt gagaacattt tgaatgtcgc tatcaatcaa1560 aacacttctg cgaaaaaagg aggggctatt tacgggaaaa aagctaaact ttcccgtatt1620 aacaatcttg aactttcagg gaattcatcc caggatgtag gaggaggtct ctgtttaact1680 gaaagcgtag aatttgatgc aattggatcg ctcttatccc actataactc tgctgctaaa1740 gaaggtgggg ctattcattc taaaacggtt actctatcta acctcaagtc taccttcact1800 tttgcagata acactgttaa agcaatagta gaaagcactc ctgaagctcc agaagagatt1860 cctccagtag aaggagaaga gtctacagca acagaagatc caaattctaa tacagaagga1920 agttcggcta acactaacct tgaaggatct caaggggata ctgctgatac agggactggt1980 gatgttaaca atgagtctca agacacatca gatactggaa ácgctgaatc tgaagaacaa2040 ctacaagatt ctacacaatc taatgaagaa aatacccttc ccaatagtaa tattgatcaa2100 tctaacgaaa acacagacga atcatctgat agccacactg aggaaataac tgacgagagt2160 gtctcatcgt cctctgaaag tggatcatct actcctcaag atggaggagc agcttcttca2220 ggggctccct caggagatca atctatctct gcaaacgctt gtttagctaa aagctatgct2280 gcgagtactg atagctcccc cgtatctaat tcttcaggtt cagaagagcc tgtcacttct2340 tcttcagatt cagacgttac tgcatcttct gataatccag actcttcctc atctggagat2400 agcgctggag actctgaaga accgactgag ccagaagctg gttctacaac agaaactctt2460 actttaatag gaggaggtgc tatctatgga gaaactgtta agattgagaa cttctctggc2520 caaggaatat tttctggaaa caaagctatc gataacacca cagaaggctc ctcttccaaa2580 tctgacgtcc tcggaggtgc ggtctatgct aaaacattgt ttaatctcga tagcgggagc2640 tctagacgaa ctgtcacctt ctccgggaat actgtctctt ctcaatctac aacaggtcag2700 gttgctggag gagctatcta ctctcctact gtaaccattg ctactcctgt agtattttct2760 aaaaactctg caacaaacaa tgctaataac actacagata ctcagagaaa agacaccttt2820 ggaggagcta tcggagctac ttctgctgtt tctctatcag gaggggctca tttcttagaa2880 aacgttgctg acctcggatc tgctattggg ttggtgccag gcacacaaaa tacagaaaca2940 gtgaaattag agtctggctc ctactacttt gaaaaaaata aagctttaaa acgágctact3000 atttacgcac ctgtcgtttc cattaaagcc tatactgcga catttaacca aaacagatct3060 ctagaagaag gaagcgcgat ttactttaca aaagaagcat ctattgagtc tttagqctct3120 gttctcttca caggaaactt agtaacccta acgctaagca. caactacaga aggcacacca3180
383 gccacaacct caggagatgt aacaáaatat ggtgctgcta' tctttggaca aatagcaagc3240 tcaaacggat ctcagacgga taaccttccc ctgaaactca ttgcttcagg aggaaatatt3300 tgtttccgaa acaatgaata ccgtcctact tcttctgata ccggaacctc tactttctgt3360 agtattgcgg gagatgttaa attaaccatg caagctgcaa aagggaaaac gatcagtttc3420 tttgatgcaa tccggacctc tactaagaaa acaggtacac aggcaactgc ctacgatact3480 ctcgatatta ataaatctga ggattcagaa actgtaaact ctgcgtttac aggaacgatt3540 ctgttctcct ctgaattaca tgaaaataaa tcctatattc cacaaaacgt agttctacac3600 agtggatctc ttgtattgaa gccaaatacc gagcttcatg ttatttcttt tgagcagaaa3660 gaaggctctt ctctcgttat gacacctgga tctgttcttt cgaaccagac tgttgctgat3720 ggagctttgg tcataaataa catgaccatt gatttatcca gcgtagagaa aaatggtatt3780 gctgaaggaa atatctttac tcctccagaa ttgagaatca tagacactac tacaggtgga3840 agcggtggaa ccccatctac agatagtgaa agtaaccaga atagtgatga taccgaggag3900 caaaataata atgacgcctc gaatcaagga gaaagcgcga atggatcgtc ttctcctgca3960 gtagctgctg cacacacatc tcgtacaaga aactttgccg ctgcagctac agccacacct4020 acgacaacac caacggctac aactacaaca agcaaccaag taatcctagg aggagaaatt4080 aaactcatcg atcctaatgg gaccttcttc cagaaccctg cattaagatc cgaccaacaa4140 atctccttgt tagtgctccc tacagactca tcaaaaatgc aagctcagaa aatagtactg4200 acgggtgata ttgctcctca gaaaggatat acaggaacac tcactctgga tcctgatcaa4260 ctacaaaatg gaacgatctc agtgctctgg aaatttgact cttatagaca atgggcttat4320 gtacctagag acaatcattt ctatgcgaac tcgattctgg gatctcaaat gttaatggtc4380 acagtcaaac aaggcttgct caacgataaa atgaatctag ctcgctttga ggaagttagc4440 tataacaacc tgtggatatc aggactagga acgatgctat cgcaagtagg aacacctact4500 tctgaagaat tcacttatta cagcagagga gCttctgttg ccttagatgc taaaccagcc4560 catgatgtga ttgttggagc tgcatttagt aagatgatcg ggaaaacaaa atccttgaaa4620 agágagaata actacactca caaaggatcc gaatattctt accaagcatc ggtatacgga4680 ggcaaaccat tccactttgt aatcaataaa aaaacggaaa aatcgctacc gctattgtta4740 caaggagtca tctcttacgg atatatcaaa catgatacag tgactcacta tccaacgatc4800 cgtgaacgaa acaaaggaga atgggaagac ttaggatggc tgacagctct ccgtgtctcc4860 tctgtcttaa gaactccťgc acaaggggat actaaacgta tcactgttta cggagaattg4920 gaatactcca gtatccgtca gaaacaattc acagaaacag aatacgatcc tcgttacttc4980 gacaactgca cctatagaaa cttagcaatt cctatggggt tagcattcga aggagagctc5040 tctggtaacg atattttgat gtacaacaga ttctctgtag catacatgct atcaatctat5100 cgaaattctc caacatgcaa ataccaagtg ctctcttcag gagaaggcgg agaaattatt5160 tgtggagtac cgacaagaaa ctcagctcgc ggagaataca gcacgcagct gtacctggga5220 cctttgtgga ctctgtatgg atcctacacg atagaagcag acgcacatac actagctcat5280 atgatgaact gcggtgctcg tatgacattc5310 <210> 421 <211> 5253 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 421 atgaaatggc tgtcagctac tgcggtgttt gctgctgttc tcccctcagt ttcagggttt 60 tgcttcccag aacctaaaga attaaatttc tctcgcgtag gaacttcttc ctctaccact 120 tttactgaaa.cagttggaga agctggggca gaatatatcg tctctggtaa cgcatctttc 180 acaaaattta ccaacattcc tactaccgat acaacaactc ccacgaactc aaactcctct 240 agctctaacg gagagactgc ttccgtttct gaggatagtg actctacaac aacgactcct300 gatcctaaag gtggcggcgc cttttataac gcgcactccg gagttttatc ctttatgaca360 cgatcaggaa.cagaaggttc cttaactctg tctgagataa aaataactgg tgaaggcggt 420 gctatcttct ctcaaggaga gctgctattt acagatctga caggtctaac catccaaaat480 aacttatccc agctatccgg aggagcgatt tttggagaat ctacaatctc cctatcaggg540 attactaaag cgactttctc ctccaactct gcagaagttc ctgctcctgt taagaaacct600 acagaaccta aagctcaaac agcaagcgaa acgtcgggtt ctagtagttc tagcggaaat660 gattcggtgt cttcccccag ttccagtaga gctgaacccg cagcagctaa tcttcaaagt720 cactttattt gtgctacagc tactcctgct gctcaaaccg atacagaaac atcaactccc780 tctcataagc' caggatctgg gggagctatc tatgctaaag gcgaccttac tatcgcagac840 tctcaagagg tactattctc aataaataaa gctactaaag atggaggagc gatctttgct900 gagaaagatg tttctttcga gaatattaca tcattaaaag tacaaactaa cggtgctgaa960 gaaaagggag gagctatcta tgctaaaggt gacctctcaa ttcaatcttc taaacagagt1020 ctttttaatt ctaactacag taaacaaggt ggtggggctc tatatgttga aggagatata1080
384 aacttccaag atcttgaaga aattcgcatt aagtacaata aagctggaac gttcgaaaca 1140 aaaaaaatca ctttaccaaa agctcaagca tctgcaggaa atgcagatgc ttgggcctct 1200 tcctctcctc aatctggttc tggagcaact acagtctcca actcaggaga ctctagctct 1260 ggctcagact cggatacctc agaaacagtt ccagccacag ctaaaggcgg tgggctttat 1320 actgataaga atctttcgat tactaacatc acaggaatta tcgaaattgc aaataacaaa 1380 gcgacagatg ttggaggtgg tgcttacgta aaaggaaccc ttacttgtga aaactctcac 1440 cgtctacaat ttttgaaaaa ctcttccgat aaacaaggtg gaggaatcta cggagaagac 1500 aacatcaccc tatctaattt gacagggaag actctattcc aagagaatac tgccaaagaa 1560 gagggcggtg gactcttcat aaaaggtaca gataaagctc ttacaatgac aggactggat 1620 agtttctgtt taattaataa cacatcagaa aaacatggtg gtggagcctt tgttaccaaa 1680 gaaatctctc agacttacac ctctgatgtg gaaacaattc caggaatcac gcctgtacat 1740 ggtgaaacag tcattactgg caataaatct acaggaggta atggtggagg cgtgtgtaca 1800 aaacgtcttg ccttatctaa ccttcaaagc atttctatat ccgggaattc tgcagctgaa 1860 aatggtggtg gagcccacac atgcccagat agcttcccaa cggcggatac tgcagaacag 1920 cccgcagcag cttctgccgc gacgtctact cccgagtctg ccccagtggt ctcaactgct 1980 ctaagcacac cttcatcttc taccgtctct tcattaacct tactagcagc ctcttcacaa 2040 gcctctcctg caacctctaa taaggaaact caagatccta atgctgatac agacttattg 2100 atcgattatg tagttgatac gactatcagc aaaaacactg ctaagaaagg cggtggaatc 2160 tatgctaaaa aagccaagat gtcccgcata gaccaactga atatctctga gaactccgct 2220 acagagatag gtggaggtat ctgctgtaaa gaatctttag aactagatgc cctagtctcc 2280 ttatctgtaa cagagaacct tgttgggaaa gaaggtggag gcttacatgc taaaactgta 2340 aatatttcta atctgaaatc aggčttctct ttctcgaaca acaaagcaaa ctcctcatcc 2400 acaggagtcg caacaacagc ttcagcacct gctgcagctg ctgcttccct acaagcagcc 2460 gcagcag.ccg taccatcatc tccagcaaca ccaacttatt caggtgtagt aggaggagct 2520 atctatggag aaaaggttac attctctcaa tgtagcggga cttgtcagtt ctctgggaac 2580 caagctatcg ataacaatcc ctcccaatca tcgttgaacg tacaaggagg agccatctat 2640 gccaaaacct ctttgtctat tggatcttcc gatgctggaa cctcctatat tttctcgggg 2700 aacagtgtct ccactgggaa atctcaaaca acagggcaaa tagcgggagg agcgatctac 2760 tcccctactg ttacattgaa ttgtcctgcg acattctcta acaatacagc ctctatggct 2820 acaccaaaga· cttcttctga agatggatcc tcaggaaatt ctattaaaga taccattgga 2880 ggagccattg cagggacagc cattacccta tctggagtct ctcgattttc agggaatacg 2940 gctgatttag gagctgcaat aggaactcta gctaatgcaa atacacccag tgcaactagc 3000 ggatctcaaa atagcattac agaaaaaatt actttagaaa acggttcttt tatttttgaa 3060 agaaaccaag ctaataaacg tggagcgatt tactctccta gcgtttccat taaagggaat 3120 aatattacct tcaatcaaaa tacatccact catgatggaa gtgctatcta ctttacaaaa 3180 gatgctacga ttgagtcttt aggatctgtt ctttttacag gaaataacgt tacagctaca 3240 caagctagtt ctgcaacatc tggacaaaat acaaatactg ccaactatgg ggcagccatc 3300 tttggagatc caggaaccac tcaatcgtct caaacagatg ccattttaac ccttcttgct 3360 tcttctggaa acattacttt tagcaacaac agtttacaga ataaccaagg tgatactccc 3420 gctagcaagt tttgtagtat tgcaggatac gtcaaactct ctctacaagc cgctaaaggg 3480 aagactatta gctttttcga ttgtgtgcac acctctacca aaaaaatagg ttcaacacaa 3540 aacgtttatg aaactttaga tattaataaa gaagagaaca gtaatccata tacaggaact 3600 attgtgttct cttctgaatt acatgaaaac aaatcttaca tcccacagaa tgcaatcctt 3660 cacaacggaa ctttagttct taaagagaaa acagaactcc acgtagtctc ttttgagcag 3720 aaagaagggt ctaaattaat tatgaaaccc ggagctgtgt tatctaacca aaacatagct 3780 aacggagctc tagttatcaa tgggttaacg attgatcttt ccagtatggg gactcctcaa 3840 gcaggggaaa ťcttctctcc tccagaatta cgtatcgttg ccacgacctc tagtgcatcc 3900 ggaggaagcg gggtcagcag tagtatacca acaaatccta aaaggatttc tgcagcagcg 3960 ccttcaggtt ctgccgcaac tactccaact atgagcgaga acaaagtttt cctaacagga 4020 gaccttactt taatagatcc taatggaaac ttttaccaaa accctatgtt aggaagcgat 4080 ctagatgtac cactaattaa gcttccgact aacacaagtg acgtccaagt ctatgattta 4140 actttatctg gggatctttt ccctcagaaa gggtacatgg gaacctggac attagattct 4200 aatccacaaa cagggaaact tcaagccaga tggacattcg atacctatcg tcgctgggta 4260 tacataccta gggataatca tttttatgcg aactctatct taggctccca aaactcaatg 4320 attgttgtga agcaagggct tatcaacaac atgttgaata atgcccgctt cgatgatatc 4380 gcttacaata acttctgggt ttcaggagta ggaactttct tagctcaaca aggaactcct 4440 ctttccgaag aattcagtta ctacagccgc ggaacttcag ttgccatcga tgccaaacct 4500 agacaagatt ttatcctagg agctgcattt agtaagatgg tggggaaaac caaagccatc 4560 aaaaaaatgc ataattactt ccataagggc tctgagtact cttaccaagc ttctgtctat 4620 ggaggtaaat tcctgtattt cttgctcaat aagcaacatg gttgggcact tcctttccta 4680 atacaaggag tcgtgtccta tggacatatt aaacatgata. caacaacact ttacccttct 4740
385
atccatgaaa gaaataaagg agattgggaa gatttaggat ggttagcgga tcttcgtatc 4800 tctatggatc ttaaagaacc ttctaaagat tcttctaaac ggatcactgt ctatggggaa 4860 cttgagtatt ccagcattcg ccagaaacag ttcacagaaa tcgattacga tccaagacac 4920 ttcgatgatt gtgcttacag aaatctgtcg cttcctgtgg gatgcgctgt cgaaggagct 4980 atcatgaact gtaatattct tatgtataat aagcttgcat tagcctacat gccttctatc 5040 tacagaaata atcctgtctg taaatatcgg gtattgtctt cgaatgaagc tggtcaagtt 5100 atctgcggag tgccaactag aacctctgct agagcagaat acagtactca actatatctt 5160 ggtcccttct ggactctcta cggaaactat actatcgatg taggcatgta tacgctatcg 5220 caaatgacta gctgcggtgc tcgcatgatc ttc 5253 <210> 422 <211> 1980 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 422 atgagcgaaa aaagaaagtc taacaaaatt attggtatcg acctagggac gaccaactct60 tgcgtctctg ttatggaagg tggccaacct aaagttattg cctcttctga aggaactcgt120 actactcctt ctatcgttgc ttttaaaggt ggcgaaactc ttgttggaat tcctgcaaaa180 cgtcaggcag taaccaatcc tgaaaaaaca ttggcttcta ctaagcgatt catcggtaga240 aaattctctg aagtcgaatc tgaaattaaa acagtcccct acaaagttgc tcctaactcg300' aaaggagatg cggtctttga tgtggaacaa aaactgtaca ctccagaaga aatcggcgct360' cagatcctca tgaagatgaa ggaaactgct gaggcttatc tcggagaaac agtaacggaa420.
gcagtcatta ccgtaccagc ttactttaac gattctcaaa gagcttctac aaaagatgct480 ggacgtatcg caggattaga tgttaaacgc attattcctg aaccaacagc ggccgctctt540 gcttatggta ttgataagga aggagataaa aaaatcgccg tcttcgactt aggaggagga600 actttcgata tttctatctt ggaaatcggt gacggagttt ttgaagttct ctcaaccaac660 ggggatactc acttgggagg agacgacttc gatggagtca tcatcaactg gatgcttgat720 gaattcaaaa aacaagaagg cattgatcta agcaaagata acatggcttt gcaaagattg780 aaagatgctg ctgaaaaagc aaaaatagaa ttgtctggtg tatcgtctac tgaaatcaat840 cagccattca tcactatcga cgctaatgga cctaaacatt tggctttaac tctaactcgc900 gctcaattcg aacacctagc ttcctctctc attgagcgaa ccaaacaacc ttgtgctcag960 gctttaaaag atgctaaatt gtccgcttct gacattgatg atgttcttct agttggcgga1020 atgtccagaa tgcctgcggt acaagcagtt gtaaaagaga tctttggtaa agagcctaat1080 aaaggcgtca atccagatga agttgtagcg attggagctg ctattcaggg tggtgtcctc1140 ggcggagaag tgaaagacgt tctgttgttg gatgtgattc ccctctcttt aggaattgag1200 actctaggtg gggtcatgac tcctttggta gagagaaaca ctacaatccc tactcagaag1260 aagcaaatct tctctacagc cgctgacaat cagccagcag tgactatcgt cgttcttcaa1320 ggtgaacggc ctatggcgaa agacaataag gaaattggaa gatttgatct aacagacatt1380 cctcctgctc ctcgcggcca tccacaaatt gaggtaacct tcgatattga tgccaacgga1440 attttacacg tttctgctaa agatgctgct agtggacgcg aacaaaaaat ccgtattgaa1500 gcaagctctg gattaaaaga agatgaaatt caacaaatga tccgcgatgc agagcttcat1560 aaagaggaag acaaacaacg aaaagaagct tctgatgtga aaaatgaagc cgatggaatg1620 atctttagag ccgaaaaagc tgtgaaagat taccacgaca aaattcctgc agaacttgtt1680 aaagaaattg aagagcatat tgagaaagta cgccaagcaa tcaaagaaga tgcttccaca1740 acagctatca aagcagcttc tgatgagttg agtactcata tgcaaaaaat cggagaagct1800 atgcaggctc aatccgcatc cgcagcagca tcttctgcag cgaatgctca aggagggcca1860 aacattaact ccgaagatct gaaaaaacat agtttcagca cacgacctcc agcaggagga1920 agcgcctctt ctacagacaa cattgaagat gctgatgttg aaattgttga taaacctgag1980 <210> 423 <211> 978 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 423 atggtttctc aaacagtgag tgtagcagta acaggaggaa cagggcaaat agcctatagc 60 tttctatttt ctctggctca tggagatgtt tttggccttg attgtggcat cgatctgcgt 120 atctacgata ttcctggaac agaaagggct ttatctggtg tgcgcatgga gctagatgat 180 ggtgctttcc ctttattaca gcgtgtgcag gtaacgacat cattgcatga tgcttttgat 240 ggcattgatg cggcattcct tatagggtca gttcctagag· gcccaggaat ggagagaaga 300
386
gatcttctaa agaaaaatgg ggagattttt gctacgcaag gaaaagcttt gaacacaaca360 gccaagcggg atgcaaagat ttttgttgtt gggaaccctg tgaataccaa ttgctggata420 gcaatgaatc atgctcccag attattgaga aagaactttc atgcgatgct acgattggac480 cagaatcgta tgcatagcat gttatcgcat agagcagaag tacctttatc ggctgtatca540 caagttgtgg tttggggaaa tcactccgcc aaacaagtgc ctgattttac gcaagctctg600 attaatgacc gtcctatcgc agagacgata gcggatcgtg attggttaga gaatattatg660 gtgccttctg tacagagtcg tggtagtgca gtaatcgaag cacgagggaa gtcttcggca720 gcttctgcag cacgagcttt agcagaggct gctcgatcaa tatatcagcc aaaagaagga780 gaatggtttt cttccggagt gtgttcggac cacaatccct atggattacc ggaagattta840 atctttggtt tcccttgtcg aatgctagca acgggagaat atgaagtgat tccaaggctt900 ccttgggatg cctttatccg tgggaaaatg caaatatctc ttgatgagat tcttcaggaa960 aaagctagcg tatctttg978 <210> 424 <211> 696 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 424 atgacaaagc atggaaaacg cattcgtggt atccaagaga cttacgattt agctaagtcg60 tattctttgg gťgaagcgat agatatttta aaacagtgtc ctactgtgcg tttcgatcaa120 acggttgatg tgtctgttaa attagggatc gatccaagaa agagtgatca gcaaattcgt180 ggttcggttt ctttacctca cggtacaggt aaagttttgc gaattttagt ttttgctgct240 ggagataagg ctgCagaggc tattgaagca ggagcggact ttgttggtag cgacgactta300 gtagagaaaa tcaaaggtgg atgggttgac ttcgatgttg cggttgccac tcccgatatg360 atgagagagg tcggaaagct aggaaaagtt ttgggtccaa gaaaccttat gcctacgcct420 aaagccggaa ctgtaacaac agatgtggtt aaaactgttg cggaactgcg aaaaggtaaa480 attgaattta aagctgatcg agctggtgta tgcaacgtcg gagttgcgaa gctttctttc540 gatagtgcgc aaatcaaaga aaatgtcgaa gcgttgtgtg cagccttagt taaagctaaa600 cccgcaactg ctaaaggaca atatttagtt aatttcacta tttcctcgac catggggcca660 ggggttaccg tggatactag ggagttgatt gcgtta696 <210> 425 <211> 3756 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 425 atgttcaagt gcccggagcg ggtcagcatc aaaaagaaag aagatatttt agatcttcct60 aatcttgtcg aagttcaaat caagtcgtat aagcagtttc ttcaaatcgg gaagcttgct120 gaagagcgag aaaacattgg tttagaagaa gtcttcagag aaattttccc tatcaagtct180 tataatgaag ctacgatttt agagtacctc tcttataact taggagtgcc caaatactcc240 ccagaagagt gtattcgtcg gggaatcacc tatagtgtta ctttaaaggt tcgtttccgt300 ttaactgatg aaacggggat taaagaagaa gaagtctata tgggaaccat ccccatcatg360 actgataagg gaacctttat tattaatggg gcagagagag tcgttgtttc tcaagtccac420 cgttctccag gaatcaattt tgaacaagaa aaacattcta aaggaaatgt tttattttct480 tttagaatta ttccttatcg aggaagttgg ttagaagctg tcttcgacat taatgacctt540 atctatatcc atattgatag gaaaaaacgt cgcagaaaga ttttagctat gacgtttatc600 cgagctttag gatattcaac agatgcagat attattgaag agttcttttc tgtagaggag660 cgttccttac gtttagagaa ggattttgtc gcgttagttg gtaaagtttt agctgataac720 gtagttgatg cggattcttc attagtttac gggaaagctg gagagaagct aagtactgct780 atgctaaaac gcatcttaga tgcgggagtc caatctttga agattgctgt tggcgcagat840 gaaaatcacc caattattaa gatgctcgca aaagatccta cggattctta cgaagctgct900 cttaaagatt tttatcgcag attacgacca ggagagcctg caactttagt taatgctcga960 tccacaatta tgcgcttatt cttcgatgct aaacgctata atttaggccg cgttggacgt1020 tataaattaa ataaaaaatt aggattccca ttagacgacg aaacattatc tcaagtgact1080 ttgagaaaag aagatgttat cggcgcgttg aaatatttga ttcgtttgcg aatgggcgat1140 gagaagacat ctatcgatga tattgaccat ttggcaaacc gacgagttcg ctctgttgga1200 gaactaattc agaatcactg tcgttctgga ttggctagaa tggaaaagat cgttcgagaa1260 agaatgaatc tctttgattt ctcttctgat accctaactc caggaaagat tatttctgct1320 aaagggttag tcagtgtcct gaaagatttc ttcagccgtt ctcaattatc tcagtttatg1380
387
gatcagacaa accctgtcgc agaattgacg cacaagcgtc gtctgtcagc attaggacct1440 gggggattga atagagaaag agctgggttt gaagttcgag acgttcacgc aagccactat1500 ggtagaattt gtccaattga gactcctgaa ggaccaaaca ttgggttgat tacttcactg1560 tcttcctttg ctaagatcaa tgaatttgga ttcatagaga ctccttatcg tgtcgtgcgc1620 gatggcatcg tgacagatga aattgagtat atgacagcag atgttgaaga agagtgtgtc1680 attgctcagg cttctgcgga gctcgatgag tatgatatgt ttaaaactcc cgtatgctgg1740 gctagataca aaggagaggc ttttgaagcc gacacaagta cggttacgca tatggacgtt1800 tctccaaaac agctggtatc tgtggttacg gggctgattc ctttcttgga acacgacgat1860 gctaaccgag ctcttatggg atcgaacatg caacggcagg ctgtaccatt attgaaaacg1920 gaagctgcta ttgttggaac tggattagaa gggcgtgctg ccaaagattc tggagctatt1980 attgtggctc aggaagatgg ggtagtcgaa tacgtagata gctatgagat tgtcgtagcg2040 aagaagaata atccaacgct taaggatcgt tatcagctta aaaaattctt aagatccaac2100 tccggaacat gcatcaacca aactcctttg tgttctgtgg gagatgtggt tacgcatgga2160 gatgttttag cggatggccc agcaaccgat aaaggggaat tggctcttgg taaaaacgta2220 ttagtagcct tcatgccttg gtacgggtat aacttcgaag atgcgattat catctccgag2280 aggttgatta aacaagatgc gtacacttct atttacatag aagaatttga gttaacagct2340 cgagatacaa aactcggtaa agaágaaatt actagagata ttcctaacgt ttctgaagag2400 gttttggcaa atctcggaga ggatggtgtc gtccgtattg gggctgaagt caagccggga2460 gatattcttg tcggtaaaat cactccgaaa tctgagacgg aactagctcc tgaagagcgt2520 ttgttgcgag ctatttttgg agagaaggcg gcggacgtaa aagatgcctc tctaacggtt2580 cctcctggta cagaaggagt cgtaatggat gtcaaagtat tcagcagaaa ggatcgcttg2640 tccaagagcg atgatgaact ggttgaagaa gctgtgcatc ttaaggatct acagaaagaa2700 tataagagtc agttagctca attgaaagta gaacatagag agaaactggg ggctctattg2760 ctcaatgaaa aagctcctgc agcgattata caccgtcgtt cggcagatat tttggttcaa2820 gaaggtgcta tttttgatca agagactatc gaactcttag aaagagagtc gctagttgat2880 ttgctgatgg ctccttgtga catgtatgat gttttgaaag atattctttc tagctatgaa2940 acagctgttc agcgtttgga agtcaattat aaaaccgaag ctgagcacat aaaagaaggt3000 gatgctgact tagatcatgg agttatccga caagttaaag tttacgtggc ttccaagcga3060 aaacttcaag ttggggataa aatggctgga cgtcacggaa acaagggagt ggtttccaag3120 attgttccag aagcagacat gcctttctta gctaacggtg aaacagtaca gatgattttg3180 aacccgttag gggtgccttc tcgaatgaac cttggacagg ttttagagac acatttagga3240 tatgctgcaa aaactgcagg tatctatgtg aaaactccgg tctttgaagg gttcccagag3300 tctcgtattt gggatatgat gatagagcag ggattgcccg aagatggtaa gtcttaccta3360 tttgatggta aaáccggaga gcgtttcgat agcaaagtgg tcgttggata catctacatg3420 ttgaaattga gtcacttaat tgctgataag atccacgctc gttctatagg accttactct3480 ctcgttacgc agcaacctct tggaggtaaa gcgcagatgg gaggacagag attcggggaa3540 atggaggtat gggctttaga ggcgtatggg gtagctcata tgttacaaga gattctgact3600 gttaagtccg acgatgtttc gggaagaact cgtatctacg aatcaatcgt gaaaggagaa3660 aacttacttc gttctggaac gcctgagtcg ttcaácgttt tgattaaaga aatgcaaggt3720 ctagggcttg atgttcgccc tatggtagta gatgct3756 <210> 426 <211> 894 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 426 atgttgaaaa ttgatttaac aggaaaaatt gctttcatag ccggcatagg cgatgataac60 gggtatggct ggggcattgc caaaatgtta gcagaagcag gcgcaaccat acttgtgggg120 acctgggttc ctatctataa aattttctct caatctttgg agttaggaaa attcaatgca180 tctcgtgaac tctccaatgg agaattgcta actttcgcta aaatctatcc catggatgcc240 agtttcgaca ccccagaaga tattcctcag gaaattttgg aaaataaacg, ttacaaagat300 ctttctgggt acactgtatc cgaagttgta gaacaggtga aaaaacattt tggacacatt360 gatattcttg ttcactcttt agcaaacagt ccggaaattg ctaaaccatt acttgatacc420 tctcgtaaag gctatcttgc cgccttaagt acatccagct actcctttat cagccttctc480 tctcattttg gcccaattat gaatgcagga gctagcacca tctctctaac ttatcttgct540 tccatgcgtg ctgttccagg gtatggcgga ggaatgaacg cagcaaaagc tgctttagaa600 agtgatacaa aagtactggc ttgggaagcc ggccgacgtt ggggagtccg agtgaatact660 atctcggcag ggccattagc tagccgtgca ggaaaagcta ttggatttat tgagagaatg720 gtggattact accaagactg ggctccacta ccttctccaa tggaagctga gcaagtaggc780 gcagcagcag ccttcttagt ctctccccta gctagcgcaa ttacgggaga aactctctat840
388
gtggatcacg gagccaatgt gatgggcata ggtccagaaa tgtttcctaa ggat 894 <210> 427 <211> 894 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 427~ atgagtttac agaagttatt agttacagac attgacggga caattacaca tcaatcccac60 ctacttcatg atcgtgttgt aaaggctttg catcaatact atgattctgg ttggcagtta120 ttttttctaa ctggcagata tttttcttat gcatatcctc tttttcaaaa cttttcggtt180 ccttttctat taggtagcca gaatggttct tccgtgtggt cctccacgga taaagagttt240 atttattttc gtagcttgtc tcgagatttt ctatatgttt tagagaaata ttttgaagat300 ttagatctca ttgcctgtat agaatctgga gcctctaatc gtgatgtata ctttcgaaag360 ggattaggga aaacatctca ggaactcaaa gcgattcttg atgctgtgta ttttcctaca420 ccagaagctg cgcgactgct ggtggatgtt cagggacatt tatcagaaga attttcttat480 gaagattttg ccattgccaa atttttcggt gagagagagg aagtgaagaa aattatggat540 agatttattc aatctccaga agtttcttca caggtaacca tgaattacat gcgttggcct600 tttgatttca aatacgcagt gcttttactt actttaaaag atgtttcaaa aggttttgct660 gtagatcaag ttgttcagac cttctataaa gagaataagc cttttattat ggcttctggg720 gatgatgcta acgatatcga cctgctatct cgaggagatt ttaaaattgt tatacagacg780 gctccagagg agatgcatgg attagcggac tttttggctc ccccggcgaa ggattttggt840 attctctccg cctgggaagc tggtgagctg cgttacaaac agctagttaa tcct894 <210> 428 · <211> 459 <212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 428 atgttgcgct tgtttcaaca tatattgtgt tttttagaag aagacccttc gtttgtagac 60 gtccctcaag agctttcttt tgtcaatgaa gctttctctg gttctatgcg ttgggaagta 120 ggtaggatgc taggctcttt acttctcctg ttagggatat ttggaggggg gtgtttgcta 180 tttcgacgtt ttttgcgttc ccgcggacat cttcctagcg gcaattcgtc cattaagatt 240 ttggatcaac gggttttggc ttcaaaaacc tccatctatg tgattaaagt agcgaacaag 300 actttagttg ttgctgagag aggagagcga gtgaccttat tatctgaatt tcctccgaat 360 acagatctta atgagctaat acagaaggat caaaaaaaac cttcgactcc tcgaggggag 420 atgctttcag gtttcttaaa gcaatttaaa gaaaagaaa 459 <210> 429 <211> 1707 < 212> DNA < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 429 atgccaaaac aagctgatta tacttgggga gcaaaaaaga atctcgatac gatagcttgc 60 ttaccagaag acgttaaaca atttaaagac cttctctacg cgatgtatgg cttcaccgcg 120 acagaagaag aacccactag cgaagtacat cctggtgcga tcctaaaagg tacagttgtt 180 gacataagca aagactttgt tgttgtagat gtcggcttaa aatctgaggg agttattcct 240 atgtctgagt ttatcgactc ttcagaaggt ttaactgtcg gagccgaagt cgaagtttac 300 ctagaccaaa ctgaggatga cgaaggaaaa gttgttttat ccagagaaaa agcaacaaga 360 caacgacaat gggaatacat tcttgctcac tgcgaggaag gttctattgt taagggacaa 420 attacccgaa aagttaaggg tggtttgatc gtagatattg gtatggaagc cttccttcca 480 ggatcccaaa tagacaataa gaagatcaag aacttagatg attacgtagg caaggtttgt 540 gagttcaaaa ttctcaaaat caacgtagat cgtcggaacg ttgttgtatc tagaagagaa 600 cttctcgaag ctgaacgcat ttctaagaaa.gcagagttga tcgagcaaat cactatcggt 660 gagcgtcgca aaggtatcgt taagaatatc acagatttcg gagtattctt ggatcttgat 720 ggcattgacg gcctactcca cattacágac atgacatgga aacgcattcg tcacccatcc 780 gaaatggttg aactcaacca agaattggaa gtcatcatcc ttagcgttga taaagáaaaa 840 ggtcgcgtag ctcttggcct caaacaaaaa gagcataatc cttgggaaga tattgagaag 900 aaatatcctc caggaaaacg tgttcgcgga aaaattgttaaactccttcc ttatggagca 960
389
tttattgaaa tcgaagaagg aattgaaggc cttattcacg tttcagagat gtcttgggtt1020 aagaacattg tagatcctaa tgaagtggtc aacaaaggtg atgaagtcga agtagttgtt1080 ctttctatcc aaaaagatga aggaaaaatc tctctcggtc tcaaacaaac aaaacacaat1140 ccttgggata acattgaaga aaaatatcct atcggcctcc gcgtaacagc agaaattaaa1200 aatctgacaa actacggagc tttcgttgag ttggagccag gaatcgaagg tttgatccat1260 atctctgaca tgagttggat taaaaaagtt tcccatcctt cagagctctt caaaaaaggt1320 aataccgtcg aagcagttat tctgtctgta gacaaagaaa gcaaaaaaat cactttgggc1380 gtgaaacaat taactcctaa tccatgggat gagattgaag ttatgttccc tgtcggaagt1440 gatatctctg gcgtagtaac taaaattacg gctttcggag ctttcgttga gttgcaaaat1500 ggtatcgaag gactgatcca tgtatccgag ctttcagaga aaccttttgc taaaattgaa1560 gatgttctct ctattggaga caaagtttct gctaaagtta tcaagctaga cccagatcac1620 aagaaagttt ctctttctat taaagagttc cttgttcatg ggggagatgc tggtcacgat 1680 gcggaagaag aatcttctga cagagac1707 <210> 430 <211> 1998 < 212> DNA <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 430 atggaatctt tgtctgttcg ttccactatc cctttacctc taggagccaa aaagctctcc60 gctgatcgct accgtttttc tctattttct tcacaagccc agcaggttac tcttgtacta120 ttagaccctc tttctgaaat tcatgaaatt cctctatctt ctaccgacca caggactgga180 gccatctggc atatcgaaat tgcaggcatt tctagtgaat ggtcgtatgc ttataaacta240 cgtggtacag acttgagctc tcaaaagttt gctacagatt cttacatcgc agacccttat300 tctaagaata tctactcccc tcaactattt ggatccccta aacaagaaaa ggattacgca360 tttagttacc tgaaacatga ggattttgac tgggaaggcg acactccttt gcaccttcca420 aaagaaaatt acttcattta tgaaatgcat gttcggtcat tcacccgaga tccgtcttcc480 caggtttccc atcctggaac tttccttggt attatcgaaa aaatagacca cctcaaacaa540 ctaggcgttc atgcagttga actccttcct attttcgaat tcgatgaaac cgtccatcca600 tttaaaaatc aggacttccc ccacctgtgt aactattggg ggtattcttc ggtgaatttt660 ttctgcccct ctcgccgtta tacttatggg gcagaccctt gcgctccggc ccgagagttc720 aagactcttg tcaaagcatt acaccgtgcg ggaatcgaag tcattctcga tgtcgttttc780 aatcatacag gctttgaagg cacaagctgc cctcttccct ggatagatct agaatcctat840 tatatggtca atgatcatgg ggatctcatg aatttctccg ggtgtggtaa tacagtcaat900 accaacaccc ccactactct gaaatggatt cttgatgctt tgcggtactg ggtacaggaa960 atgcacgtag atggatttcg ttttgattta gcctcagtct tctctagaga tccacaagga1020 gtccctctcc ctttaacccc cattttgcaa gctatatcct ctgattccat tttatcagaa1080 actaaactga tcgctgaacc ttgggacgct ggaggtttgt atcagcttgg acacttcccc1140 tctatatcaa cccgatggag cgagtggaat ggatgctacc gtgaccatgt aaaagccttc1200 ctgaatggag atgctcatca agtaagttcc tttgcttcac gaatatctgg atctcatgac1260 atctatccca atgggaaacc tacgaactcg attaactata tctgctctca tgatggcttc1320 acactctacg atactgttgc ctataacgat aagcacaatg aagagaatgg tgaatacaat1380 cgtgatggga cttcagcaaa ctatagctat aactttggct gcgaaggaga aacgacagat1440 cccaccattt gcgctctacg tgaacgccaa atgaaaaact tctttcttgc tctcttttta1500 tctcaaggaa ttcccatgat acaatccgga gatgaatatg ggcacacagc ttatggaaat1560 aataatcact ggtgcttaga cacaaagatc aattactttc tttgggatcg attagctgaa1620 aggaaagaac tgttttcttt cttatgccaa gtcattgctc tgcgcaaagc ttataccgaa1680 ttattcaata cctctttctt atcagaagat acgattacct ggctaaatac aaaaggttct·1740 cccagagagt ggggagccga tcattatcta gcttttgagt tgaaacacct gaactacagt1800 ttattcgtag cgttttatag tgggaatgaa cgtattgaga tctctttacc taaacctaga1860 aaagaacatt tggcctatga aaaaattgta gatagcacaa caggattctt ttctcagata1920 ttatctccca aactctctct tgaaccttat agctctttgg tagccatcag cagaagaaaa 1980 acctccttgg aatctaga1998 <210> 431 <211> 609 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 431
390
Met Gly Phe Trp Arg Thr Ser lie Met Lys Met Asn Arg lie Trp Leu 5 1015
Leu Leu Leu Thr Phe Ser Ser Ala lie His Ser Pro Vai Gin Gly Glu 20 2530
Ser Leu Vai Cys Lys Asn Ala Leu Gin Asp Leu Ser Phe Leu Glu His 35 4045
Leu Leu Gin Vai Lys Tyr Ala Pro Lys Thr Trp Lys Glu Gin Tyr Leu 50 5560
Gly Trp Asp Leu Val Gin Ser Ser Vai Ser Ala Gin Gin Lys LeuArg
70 7580
Thr Gin Glu Asn Pro Ser Thr Ser Phe Cys Gin Gin Vai Leu AlaAsp
9095
Phe lie Gly Gly Leu Asn Asp Phe His Ala Gly Vai Thr Phe Phe Ala 100 105110 lie Glu Ser Ala Tyr Leu Pro Tyr Thr Vai Gin Lys Ser Ser Asp Gly 115 120125
Arg Phe Tyr Phe Vai Asp lie Met Thr Phe Ser Ser Glu lie Arg Vai 130 135140
Gly Asp Glu Leu Leu Glu Vai Asp Gly Ala Pro Vai Gin Asp VaiLeu
145 150 155160
Ala Thr Leu Tyr Gly Ser Asn His Lys Gly Thr Ala Ma Glu GluSer
165 170175
Ala Ala Leu Arg Thr Leu Phe Ser Arg Met Ala Ser Leu Gly His Lys 180 185190
Vai Pro Ser Gly Arg Thr Thr Leu Lys lie Arg Arg Pro Phe Gly Thr 195 200205
Thr Arg Glu Val Arg Val Lys Trp Arg Tyr Vai Pro Glu Gly Vai Gly 210 215220
Asp Leu Ala Thr lie Ala Pro Ser lie Arg Ala Pro Gin Leu GinLys
225 230 235240
Ser Met Arg Ser Phe Phe Pro Lys Lys Asp Asp Ala Phe His ArgSer
245 250255
Ser Ser Leu Phe Tyr Ser Pro Met Vai Pro His Phe Trp Ala Glu Leu 260 265270
Arg Asn His Tyr Ala Thr Ser Gly Leu Lys Ser Gly Tyr Asn lie Gly 275 280285
Ser Thr Asp Gly Phe Leu Pro Vai lie Gly Pro Vai lie Trp Glu Ser 290 295300
Glu Gly Leu Phe Arg Ala Tyr lie Ser Ser Vai Thr Asp Gly AspGly
305 310 315320
Lys Ser His Lys Vai Gly Phe Leu Arg lie Pro' Thr Tyr Ser Trp Gin
391
325 330 335
Asp Met Glu Asp Phe Asp Pro Ser Gly 340 345 Pro Pro Pro Trp Glu Glu Phe 350
Ala Lys lie lie Gin Vai Phe Ser Ser 355 360 Asn Thr Glu Ala Leu He lie 365
Asp Gin Thr Asn Asn Pro Gly Gly Ser 370 375 Vai Leu Tyr Leu Tyr Ala Leu 380
Leu 385 Ser Met Leu Thr Asp Arg Pro Leu 390 Glu Leu 395 Pro Lys His Arg Met 400
lie Leu Thr Gin Asp Glu Val Vai Asp 405 Ala Leu 410 Asp Trp Leu Thr Leu 415
Leu Glu Asn Val Asp Thr Asn Vai Glu 420 425 Ser Arg Leu Ala Leu Gly Asp 430
Asn Met Glu Gly Tyr Thr Vai Asp Leu 435 440 Gin Vai Ala Glu Tyr Leu Lys 445
Ser Phe Gly Arg Gin Vai Leu Asn Cys 450 455 Trp Ser Lys Gly Asp lie Glu 460
Leu 465 Ser Thr Pro lie Pro Leu Phe Gly 470 Phe Glu 475 Lys lie His Pro His 480
Pro Arg Vai Gin Tyr Ser Lys Pro lie 485 Cys Vai 490 Leu lie Asn Glu Gin 495
Asp Phe Ser Cys Ala Asp Phe Phe Pro 500 505 Val Vai Leu Lys Asp Asn ASp 510
Arg Ala Leu lie Vai Gly Thr Arg Thr 515 520 Ala Gly Ala Gly Gly Phe Vai 525
Phe Asn Vai Gin Phe Pro Asn Arg Thr 530 535 Gly He Lys Thr Cys Ser Leu 540
Thr 545 Gly Ser Leu Ala Vai Arg Glu His 550 Gly Ala 555 Phe lie Glu Asn lie 560
Gly Vai Glu Pro His lie Asp Leu Pro 565 Phe Thr 570 Ala Asn Asp lie Arg 575
Tyr Lys Gly Tyr Ser. Glu Tyr Leu Asp 580 585 Lys Vai Lys Lys Leu Vai Cys 590
Giri Leu lie Asn Asn Asp Gly Thr lie 595 600 He Leu Tkla Glu Asp Gly Ser 605
Phe <210> 432 <211> 268 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D
392
<400> 432 Met Pro Pro . Arg 1 Ser 1 5 Pro ; Ser . Phe ' Leu Vai I 10 His : lie ' Trp . Arg : Leu : 15 Phe
Phe . Ala ' Lys Gly 20 Pro Asn 1 Tyr Ser Leu 25 Pro ' Tyr . Ala Phe Leu 30 Cys Ile
Phe Vai Ser 35 Vai Leu Vai Phe Leu 40 Pro lie Gly Leu Trp 45 Leu Thr Leu
Pro Ser 50 Phe Leu Asn Phe Lys 55 His Ser Leu Thr Pro 60 lie Lys Thr Leu
Phe 65 Leu Thr Cys Thr Glu 70 Pro Pro Cys Leu Pro 75 Glu Pro Phe Phe Ser 80
Asp lie Leu His Leu 85 Ser Ala Asp Ser Pro 90 Pro Ala Leu Gin Thr 95 Phe
Ser Thr Lys Ser 100 Ala Glu His Phe Leu 105 Asn Glu Leu Gly Vai 110 Phe Ser
Phe lie Ser 115 lie Glu Lys Vai Pro 120 Asp His Lys Gly Leu 125 Ala lie Ser
Tyr Ala 130 Leu His Thr Pro Leu 135 Ala Phe Leu Gly Asn 140 Gin Thr His Thr
Phe 145 Ile Gly Tyr Glu Gly 150 Gin Thr Phe Pro Ala 155 Leu Pro Phe Phe Gin 160
Ser Leu Glu Leu Pro 165 Thr Vai Phe Phe Ser 170 Gin Gin Ala Leu Ser 175 Gin
Thr Arg lie Pro 180 His Gin Thr Leu Ser 185 lie Vai Thr Ser Leu 190 lie Asp
Gin Leu Gin 195 Met Asp Pro Pro Ser 200 lie Ile Asp Leu Ser 205 Gin lie Asp
His Tyr 210 Pro Gly Glu Phe Vai 215 Vai Ser Leu Ser Ser 220 Gly Thr Leu Leu
Arg 225 Phe Arg Lys Asp Ser 230 Phe Leu Pro Gly lie 235 Gin His Tyr Gin Gin 240
Ala Leu Ser Leu Gly 245 Ala Phe Ser Pro Gin 250 Gin Ala Vai lie Cys 255 Asp
Leu Arg Cys Glu 260 Asp Tyr Leu i Leu Leu 265 Lys Arg Lys
<210> 433 <211> 221 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 433
Met Lys Lys Phe lie Tyr Lys Tyr Ser Phe Gly Ala Leu Leu Leu Leu
393
5 10 15
Ser Gly : Leu J Ser < 20 Gly Leu Ser i Ser 1 Cys < 25 Cys . Ala . Asn Ser ' Tyr 30 Gly : Ser
Thr Leu J Ala : 35 Lys ) Asn ' Thr . Ala । Glu 40 Ile ' Lys Glu Glu Ser ' 45 Val Thr : Leu
Arg Glu 50 Lys Pro . Asp . Ala Gly 55 Cys Lys Lys Lys Ser 60 Ser Cys Tyr Leu
Arg 65 Lys Phe Phe Ser . Arg 70 Lys Lys Pro Lys Glu 75 Lys Thr Glu Pro Val 80
Leu Pro Asn Phe Lys 85 Ser Tyr Ala Asp Pro 90 Met Thr Asp Ser Glu 95 Arg
Lys Asp Leu Ser 100 Phe Val Val Ser Ala 105 Ala Ala Asp Lys Ser 110 Ser Ile
Ala Leu Ala 115 Met Ala Gin Gly Glu 120 Ile Lys Gly Ala Leu 125 Ser Arg Ile
Arg Glu 130 Ile His Pro Leu Ala 135 Leu Leu Gin Ala Leu 140 Tkla Glu Asp Pro
Ala 145 Leu Ile Ala Gly Met 150 Lys Lys Met Gin Gly 155 Arg Asp Trp Val Trp 160
Asn He Phe Ile Thr 165 Glu Leu Ser Lys Val 170 Phe Ser Gin Ala Ala 175 Ser
Leu Gly Ala Phe 180 Ser. Val Ala Asp Val 185 Ala Ala Phe Ala Ser 190 Thr Leu
Gly Leu Asp 195 Ser Gly Thr Val Thr 200 Ser Ile Val Asp Gly 205 Glu Arg Trp
Ala Glu 210 Leu Ile Asp Val Val 215 Ile Gin Asn Pro Ala 220 Ile
<210> 434 <211> 490 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 434 Met Ser Asp Leu Ser 5 Asp Leu Phe Lys Thr 10 His Phe Thr Gin l Tyr 15 Tkla
Ser Tyr Val Ile 20 Leu Glu Arg Ala Ile 25 Pro His Val . Leu Asp Gly 30 Leu
Lys Pro Val 35 Gin Arg Arg i Leu Leu 40 Trp Thr Leu i Phe ! Arg 45 Met : Asp Asp
Gly ’ Lys 50 Met His Lys Val . Ala 55 Asn Ile Ala . Gli ’ Arg Thr 60 Met : Ala Leu
His ; Pro > His : Gly ' Asp । Ais i Pre • Ile : Val Glu i Ala Lev i Val Val L Leu Ala
394
65 70 75 80
Asn Lys Gly Phe Leu 85 lie Glu Thr Gin Gly Asn Phe Gly Asn 90 Pro Leu 95
Thr Gly Asp Pro His 100 Ala Ala Ala Arg Tyr Ile Glu Ala Arg 105 110 Leu Ser
Pro Leu Ala Lys Glu 115 Vai Leu Phe Asn Thr Asp Leu Met Thr 120 125 Phe His
Asp Ser Tyr Asp Gly 130 Arg Glu 135 Gin Glu Pro Asp lie Leu Ala 140 Ala Lys
lie Pro Leu Leu Leu 145 Leu His 150 Gly Val Asp Gly lie Ala Vai 155 Gly Met 160
Thr Thr Lys lie Phe 165 Pro His Asn Phe Cys Asp Leu Leu Glu 170 Ala Gin 175
Ile Ala lie Leu· Asn 180 Asp Gin Pro Phe Ser Leu Leu Pro Asp 185 190 Phe Pro
Pro Gly Gly Thr Met 195 Asp Ala Ser Asp Tyr Gin Asp Gly Leu 200 205 Gly Ser
lie Vai Leu Arg Ala 210 Thr lie 215 Asp lie lie Asn Asp Lys Thr 220 Leu Leu
lie Lys Glu lie Cys 225 Pro Ser 230 Thr Thr Thr Glu Thr Leu lie 235 Arg Ser 240
Ile Glu Asn Ala Ala 245 Lys Arg Gly lie lie Lys lie Asp Ser 250 lie Gin 255
Asp Phe Ser Thr Asp 260 Leu Pro His lie Glu lie Lys Leu Pro 265 270 Lys Gly
lie Tyr Ala Lys Asp 275 Leu Leu Arg Pro Leu Tyr Thr His Thr 280 285 Glu Cys
Gin Vai lie Leu Thr 290 Ser Arg 295 Pro Thr Ala lie Tyr Gin Gly 300 Lys Pro
Trp Glu Thr Thr lie 305 Ser Glu 310 lie Leu Arg Leu Gin Thr Lys 315 Thr Leu 320
Gin Asn Tyr Leu Lys 325 Lys Glu Leu Leu lie Leu Glu Asp Ser 330 Leu Ser 335
Arg Glu Leu Tyr His 340 Lys Thr Leu Glu Tyr Leu Phe lie Lys 345 . 350 His Lys
Leu Tyr Asp Thr Vai 355 Arg Ser Met Leu Ser Lys Arg Lys Thr 360 365 Ser Pro
Ser Ser Ser Thr lie 370 His Asn 375 Ala Vai Leu Glu Ala Leu Thr 380 Pro Phe
Leu Asp Thr Leu Pro 385 Ala Pro 390 Asp Lys Gin Ala Thr Ala Gin 395 Leu Ala 400
395
Ala Leu Thr Ile Lys 405
Lys Glu Leu Ala Cys 420
Leu Ser Gin Leu Lys 435
Glu Thr Tyr Arg Gin 450
Asp Asp Leu Pro Thr 4 65
Leu Ala Ala Leu Asp 485
Lys Ile Leu Cys Phe 410
Leu Glu Lys Lys Arg 425
Lys Tyr Thr Vai Leu 440
Leu Gly His Arg Lys 455
Glu Arg Vai Ser Ala 470
Gin Glu Glu Asn Phe 490
Asp Glu Asn Ser Tyr Glu 415
Ser Ser Vai Gin Lys Asp 430
Tyr lie Lys Lys Leu Leu 445
Thr Lys lie Ala Lys Phe 4 60
His Lys Lys Ala Lys Glu 475 480 •<210> 435 < 211> 78.
< 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 435
Met Lys Glu Phe Leu Ala Tyr lie Val Lys Asn Leu Vai Asp Lys Pro 5 1015
Glu Glu Val His Leu Lys Glu Vai Gin Gly Thr Asn Thr Ile lie Tyr 20 2530
Glu Leu Thr Vai Ala Lys Gly Asp lie Gly Lys lie lie Gly Lys Glu 35 4045
Gly Arg Thr lie Lys Ala Ile Arg Thr Leu Leu Val Ser Vai Ala Ser 50 5560
Arg Asp Asn Val Lys Vai Ser Leu Glu lie Met Glu Glu Arg 65 7075 <210> 436 <211> 647 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis <400> 436
Met Glu Ser Gly Pro Glu Ser 5
Pro lie lie Asn Gly Gin lie 20
Thr Lys Glu Ser Glu Ala Ser 35
Trp Ser Phe Leu Ser Ser Ala 50 55
Ala lie Leu Asn Lys Asn Ser serovar D
Vai Ser Ser Asn Gin Ser Ser Met Asn 1015
Ala Ser Asn Ser Glu Thr Lys Glu Ser 2530
Pro Ser Ala Ser Ser Ser Vai Ser Ser 4045
Lys His Ala Leu lie Ser Leu Arg Asp 60
Ser Pro Thr Asp Ser Leu Ser Gin Leu
396
65 70 75 80
Glu Ala Ser Thr Ser 85 Thr Ser Thr Vai Thr 90 Arg Vai Ala . Ala Arg 95 Asp
Tyr Asn Glu Ala 100 Lys Ser Asn Phe Asp 105 Thr Ala Lys Ser Gly 110 Leu Glu
Asn Ala Thr 115 Thr Leu Ala Glu Tyr 120 Glu Thr Lys Met Ala 125 Asp Leu Met
Ala Tkla 130 Leu Gin Asp Met Glu 135 Arg Leu Ala Lys Gin 140 Lys Ala Glu Vai
Thr 145 Arg He Lys Glu Ala 150 Leu Gin Glu Lys Gin 155 Glu Vai He Asp Lys 160
Leu Asn Gin Leu Vai 165 Lys Leu Glu Lys Gin 170 Asn Gin Thr Leu Lys 175 Glu
Thr Leu Thr Thr 180 Thr Asp Ser Ala Asp 185 Gin He Pro Ala He 190 Asn Ser
Gin Leu Glu 195 lie Asn Lys Asn Ser 200 Ala Asp Gin He lie 205 Lys Asp Leu
Glu Gly 210 Gin Asn He Ser Tyr 215 Glu Ala Vai Leu Thr 220 Asn Ala Gly Glu
Vai 225 He Lys Ala Ser Ser 230 Glu Ala Gly He Lys 235 Leu Gly Gin Ala Leu 24 0
Gin Ser He Vai Asp' Ala 245 Gly Asp Gin Ser 250 Gin Ala Ala Vai Leu 255 Gin
Ala Gin Gin Asn 260 Asn Ser Pro Asp Asn 265 He Ala Ala Thr Lys 270 Lys Leu
lie Asp Ala 275 Ala Glu Thr Lys Vai 280 Asn Glu Leu Lys Gin 285 Glu His Thr
Gly Leu 290 Thr Asp Ser Pro Leu 295 Vai Lys Lys Ala Glu 300 Glu Gin He Ser
Gin 305 Ala Gin Lys Asp He 310 Gin Glu lie Lys Pro 315 Ser Gly Ser Asp He 320
Pro He Vai Gly Pro 325 Ser Gly Ser Ala Ala 330 Ser Ala Gly Ser Ala 335 Vai
Gly Ala Leu Lys 340 Ser Ser Asn Asn Ser 345 Gly Arg lie Ser Leu 350 Leu Leu
Asp Asp Vai 355 Asp Asn Glu Met Ala 360 Ala lie Ala Met Gin 365 Gly Phe Arg
Ser Met 370 He Glu Gin Phe Asn 375 Vai Asn Asn Pro Ala 380 Thr Ala Lys Glu
Leu 385 Gin Ala Met Glu Ala 390 Gin Leu Thr Ala Met 395 Ser Asp Gin Leu Vai 400
97
Gly Ala Asp Gly Glu Leu Pro Ala Glu Ile Gin Ala Ile Lys Asp Ala 405 410415
Leu Ala Gin Ala Leu Lys Gin Pro Ser Thr Asp Gly Leu Ala Thr Ala 420 425430
Met Gly Gin Val Ala Phe Ala Ala Ala Lys Val Gly Gly Gly Ser Ala 435 440445
Gly Thr Ala Gly Thr Val Gin Met Asn Val Lys Gin Leu Tyr Lys Thr 450 455460
Ala Phe Ser Ser Thr Ser Ser Ser Ser Tyr Ala Ala Ala Leu Ser Asp 465 - 470 475480
Gly Tyr Ser Ala Tyr Lys Thr Leu Asn Ser Leu Tyr Ser Glu Ser Arg 485 490495
Ser Gly Val Gin Ser Ala lie Ser Gin Thr Ala Asn Pro Ala Leu Ser 500 505510
Arg Ser Val Ser Arg Ser Gly Ile Glu Ser Gin Gly Arg Ser Ala Asp 515 520525
Ala Ser Gin Arg Ala Ala Glu Thr Ile Val Arg Asp Ser Gin Thr Leu 530 535540
Gly Asp Val Tyr Ser Arg Leu Gin Val Leu Asp Ser Leu Met Ser Thr 545 ' 550 555560
Ile Val Ser Asn Pro Gin Val Asn Gin Glu Glu lie Met Gin Lys Leu 565 570575
Thr Ala Ser lie Ser Lys Ala Pro Gin Phe Gly Tyr Pro Ala Val Gin 580 585590
Asn Ser Ala Asp Ser Leu Gin Lys Phe Ala Ala Gin Leu Glu Arg Glu 595 600605
Phe Val Asp Gly Glu Arg Ser Leu Ala Glu Ser Arg Glu Asn Ala Phe 610 615620
Arg Lys Gin Pro Ala Phe Ile Gin Gin Val Leu Val Asn Ile Ala Ser 625 630 635640
Leu Phe Ser Gly Tyr Leu Ser 645 <210> 437 <211> 231 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 437
Met Met Glu Val Phe Met Asn Phe Leu Asp Gin Leu Asp Leu Ile Ile 5 10 15
Gin Asn Lys His Met Leu Glu His Thr Phe Tyr Val Lys Trp Ser Lys 20 25 30
398
Gly Glu Leu Thr 35
Leu His lie Lys 50
Cys Asp Asp Leu 65
Glu Glu Asn Gly
Phe Ala Leu Gly 100
Glu Ala Ala Lys 115
Asp Ser Leu Ala 130 lie Pro Arg lie 145
Gly Phe Ser Asn
Ala Asp Vai Arg 180
Leu Lys Asp Asp 195
Gin Ser Leu Tyr 210
Cys Ser Cys His 225 <210> 438 <211> 533 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 438
Met Ser Asn Ser
Arg Ala Ala Arg 20
Tyr Gly Phe Ser 35
Gin Asp Ser Gin 50
Glu Asn lie Gly 65
Lys Glu Gin Leu Gin Ala Tyr Ala Lys Asp Tyr Tyr 404 5
Ala Phe Pro Lys Tyr Leu Ser Ala lie His Ser Arg 5560
Glu Ala Arg Lys Leu Leu Leu Asp Asn Leu Met Asp 70 7580
Tyr Pro Asn His lie Asp Leu Trp Lys Gin Phe Vai 85 9095
Vai Thr Pro Glu Glu Leu Glu Ala His Glu Pro Ser 105110
Ala Lys Vai Ala Thr Phe Met Arg Trp Cys Thr Gly 120125
Ala Gly Vai Ala Ala Leu Tyr Ser Tyr Glu Ser Gin 135140
Ala Arg Glu Lys lie Arg Gly Leu Thr Glu Tyr Phe 150 155160
Pro Glu Asp Tyr Ala Tyr Phe Thr Glu His Glu Glu
165 170175
His Ala Arg Glu Glu Lys Ala Leu lie Glu Met Leu 185190
Ala Asp Lys Val Leu Glu Ala Ser Gin Glu Vai Thr 200205
Gly Phe Leu Asp Set Phe Leu Asp Pro Gly Thr Čys 215220
Gin Ser Tyr
230 trachomatis serovar D
Phe Arg Asp Gin Glu Gin Gly Leu Gin Ala Vai Phe 5 1015
Vai lie Ser His Met Phe Ser Gin Thr lie Gly Pro 2530
Thr lie Vai His Asn Vai Gin Asp Thr Arg.Thr Thr 40 .45
Ser Met Leu Lys Asp lie Leu Phe Pro Asp Vai Phe 5560
Met Lys Leu Ile Arg Asp Thr Ala Leu Arg Thr Arg 70 75-80
399
Met Arg Phe Gly Asp Gly 85 Ala Lys Thr Thr 90 Ala Leu Leu lie Glu 95 Ala
Leu Leu Ala Glu 100 Gly Met Thr Gly Ile 105 Gin Lys Gly Leu Asp 110 Pro His
Glu lie His 115 Arg Gly Met Leu Leu 120 Ala Glu Lys Lys Ile 125 Gin Glu Vai
Phe Tyr 130 Arg Glu Thr Phe Pro 135 Leu Ser Asp Leu Glu 140 His Thr Vai Tyr
Vai 145 Ser Ser lie Ala Arg 150 Arg Cys Asn Ser Glu 155 Ile Ala Ser Vai Leu 160
Ser Ser Ala Vai Gly 165 Tyr Gly Gly Lys Asn 170 Gly Tyr Tyr lie Vai 175 Glu
Glu His Glu Glu 180 His Glu Thr Tyr Trp 185 His Ala Glu Glu His 190 Ala Vai
Trp Asp Phe 195 Gly Tyr Ala Ser Pro 200 Tyr Phe lie Thr His 205 Ala Glu Thr
Gly Thr 210 Vai Glu Tyr Ser Gin 215 Vai Tyr lie Leu Vai 220 Ser Glu Gin Pro
Leu 225 His Tyr Ser Asn Pro 230 Ser Phe Leu Thr Phe 235 Leu Gin Ser Vai Vai 240
Gin Ala Gly Lys Thr 245 Pro Leu Vai lie Leu 250 Ala Glu Ala Phe Asp 255 Lys
Glu Leu Leu Ala' 260 Met Leu Glu Met Asn 265 Gin lie Glu Arg Vai 270 Phe Pro
Vai Cys Ala 275 Vai Lys Vai Ser Gly 280 Lys His Ala Arg Glu 285 Ser Leu Glu
Asp lie Ala Vai Leu Thr Gly Ala Thr Leu Leu Ser Glu Met Asp Phe
290 295 300
Glu Asp Ser Glu Glu Glu Arg lie Thr Asn Arg Leu 315 Gly Phe Vai Ala 320
305 310
Gly lie Cys Vai Ser Ser Thr Ser Leu Cys Vai Pro Arg Glu Thr Asp
325 330 335
Asn Lys Gin Arg Met Ala Glu His Cys Ala Phe Leu Gin Asp Lys Leu
340 345 350
Ser Phe Ser 355 Gin Glu Glu Glu Ala 360 Ser Ala Arg Leu Arg 365 Arg Arg Leu
Ala Arg 370 Leu Ser Ser Gly Glu 375 Vai Cys lie His lie 380 Ala Tkla Asp Cys
lie 385 Pro Gin Glu Glu lie Gly 390 Tyr lie Thr Ser 395 Ser lie Arg Ala Met 400
400
Thr Glu Ser Leu Arg 405 Ser Gly Cys Leu Pro Gly 410 Gly Gly Cys Ala 415 Phe
Ile Arg Ala Ala 420 Arg Glu Ile Ser Val 425 Pro Leu Ala Leu Ser 430 Pro Ser
Glu Arg Phe 435 Gly Phe Leu Ala Val 440 Leu Ser Ala Ala Glu 445 Lys Pro Phe
Arg Ala 450 Ile Val Thr Arg Ser 455 Arg Arg Val Glu Glu 460 Glu Val Phe Ser
Glu 465 Val Phe Ser Gin Ala 470 Asp Trp Arg Val Gly 475 Phe Asn Gly Val Ser 480
Gly Phe Val Glu Asp 485 Ile Val Ser Gin Gly 490 Ile Cys Asp Gly Ala 4 95 Ser
Cys Ile Gin Tyr 500 Ala Leu Ser His Ala 505 Val Gly Thr Thr Gly 510 Leu Leu
Leu Thr Ser 515 Ala Leu Phe Ile Ala 520 Ser Gin Glu Pro Met 525 Leu Arg Glu
Glu Asn Ser Glu Glu
530 <210> 439 <211> 465 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 439 Met Asn Glu Ala Phe 5 Asp Cys Val Val Ile 10 Gly Ala Gly Pro Gly 15 Gly
Tyr Val Ala Ala 20 Ile Thr Ala Ala Gin 25 Ala Gly Leu Lys Thr 30 Ala Leu
Ile Glu Lys 35 Arg Glu Ala Gly Gly 40 Thr Cys Leu Asn Arg 45 Gly Cys Ile
Pro Ser 50 Lys Ala Leu Leu Ala 55 Gly Ala Glu Val Val 60 Thr Gin Ile Arg
His 65 Ala Asp Gin Phe Gly 70 Ile His Val Glu Gly 75 Phe Ser Ile Asn Tyr 80
Pro Tkla Met Val Gin 85 Arg Lys Asp Ser Val 90 Val Arg Ser Ile Arg Asp 95
Gly Leu Asn Gly 100 Leu Ile Arg Ser Asn 105 Lys Ile Thr Val Phe 110 Ser Gly
Arg Gly Ser 115 Leu Ile Ser Ser Thr 120 Glu Val Lys Ile Leu 125 Gly Glu Asn
Pro Ser 130 Val Ile Lys Ala His 135 Ser Ile Ile Leu Ala 140 Thr Gly Ser Glu
401
OlM
Pro Arg Ala Phe Pro Gly He Pro Phe Ser Ala Glu Ser Pro ArgIle
145 150 155160
Leu Cys Ser Thr Gly Val Leu Asn Leu Lys Glu He Pro Gin LysMet
165 170175
Ala Ile Ile Gly Gly Gly Val Ile Gly Cys Glu Phe Ala Ser Leu Phe 180 185190
His Thr Leu Gly Ser Glu Val Ser Val Ile Glu Ala Ser Ser Gin Ile 195’ 200205
Leu Ala Leu Asn Asn Pro Asp He Ser Lys Thr Met Phe Asp Lys Phe 210 215220
Thr Arg Gin Gly Leu Arg Phe Val Leu Glu Ala Ser Val Ser AsnIle
225 230 235240
Glu Asp Ile Gly Asp Arg Val Arg Leu Thr Ile Asn Gly Asn ValGlu
245 250255
Glu Tyr Asp Tyr Val Leu Val Ser Ile Gly Arg Arg Leu Asn Thr Glu 260 265270
Asn Ile Gly Leu Asp Lys Ala Gly Val Ile Cys Asp Glu Arg Gly Val 275 280285 lie Pro Thr Asp Ala Thr Met Arg Thr Asn Val Pro Asn Ile Tyr Ala 290 295300
Ile Gly Asp Ile Thr Gly Lys Trp Gin Leu Ala His Val Ala SerHis
305 310 315320
Gin Gly Ile Ile Ala Ala Arg Asn Ile Ala Gly His Lys Glu GluIle
325 330335
Asp Tyr Ser Ala Val Pro Ser Val He Phe Thr Phe Pro Glu Val Ala 340 345350
Ser Val Gly Leu Ser Pro Thr Ala Ala Gin Gin Gin Lys lie Pro Val 355 360365
Lys Val Thr Lys Phe Pro Phe Arg Ala Ile Gly Lys Ala Val Ala Met 370 375380
Gly Glu Ala Asp Gly Phe Ala Ala Ile Ile Ser His Glu Thr ThrGin
385 390 395400
Gin Ile Leu Gly Ala Tyr Val He Gly Pro His Ala Ser Ser LeuIle
405 410415
Ser Glu Ile Thr Leu Ala Val Arg Asn Glu Leu Thr Leu Pro Cys Ile 420 425430
Tyr Glu Thr He His Ala His' Pro Thr Leu Ala Glu Val Trp Ala Glu 435 440445
Ser Ala Leu Leu Ala Val Asp Thr Pro Leu His Met Pro Pro Ala Lys
450 455460
Lys
402
465 <210> 440 < 211> 122 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 440
Met Pro Arg Ile Ile Gly Ile Asp 5
Ile Ser Leu Thr Tyr Ile Tyr Gly 20
Ile Ile Ala Arg Leu Gin Leu Asn 3540
Thr Glu Glu Glu Val Gly Arg Leu 5055
Val Val Glu Gly Ašp Leu Arg Arg 6570
Leu Ile Thr Ile His Ala Tyr Árg 85
Pro Val Arg Gly Gin Arg Thr Lys 100
Lys Arg Lys Thr Val Ala Gly Lys 115120 lie Pro Ala Lys Lys Lys Leu Lys 1015 lie Gly Pro Ala Leu Ser Lys Glu 2530
Pro Glu Ala Arg Ala Ala Glu Leu
Asn Ala Leu Leu Gin Ser Asp Tyr 60
Arg Val Gin Ser Asp Ile Lys Arg 7580
Gly Gin Arg His Arg Leu Ser Leu 9095
Thr Asn Ser Arg Thr Arg Lys Gly
105110
Lys Lys <210> 441 < 211> 553 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 441
Met Arg Ile Gly Asp 5
Ile Phe Ala Val Thr 20
Glu Thr Ser Met Ala 35
Asp Thr Lys Ala Lys 50
Lys Asn His Ser Lys 65
Val His Glu Ser Lys 85
Arg Met Tyr Thr Val 100
Pro Met Asn Lys Leu 10
Ser Val Ala Ser Leu 25
Glu Ser Leu Ser Thr 40
Asp Asn Thr Ser His 55
Glu Thr Pro Val Asp 70
Tkla Thr Gly Pro Lys 90
Lys Val Asn Asp Asp 105
Ile Arg Arg A.la Val Thr 15
Phe Ala Ser Gly Val Leu 30
Asn Val Ile Ser Leu Ala 45
Lys Ser Lys Lys Ala Arg 60
Arg Lys Glu Val Ala Pro 75 80
Gin Asp Ser Cys Phe Gly 95
Arg Asn Val Glu Ile Thr 110
Gin Ala Val Pro Glu Tyr 115
He Thr Ala Thr Gly Lys 130
Gin Leu Pro Cys Glu Ala
145 150
Pro Thr Alá Asp Gly Lys 165
Gly Glu Lys Ser Lys lie 180
Cys Cys Phe Thr Ala Ala 195
Vai Thr Lys Cys Gly Gin 210
Glu Asn Ala Cys Leu Arg
225 230
Asn Gin Gly Thr Ala Thr 245
Pro Asp Gly Tyr Ala His 260
Leu Gly Asp Met Gin Pro 275
Cys Pro Leu Lys Arg Gly 290
Cys Gly Gly His Lys Asn
305 310
Pro Cys Val Gin Vai Ser 325
Lys Pro Val Glu Tyr Vai 340
Leu Arg Asp Val Val Vai 355
Leu Glu Ala Ala Gly Ala 370
Vai Lys Glu Leu Asn Pro
385 · 390
Arg Ala Gin Thr Pro Gly
405
Cys Ser Asp Cys Gly Thr 420
Trp Lys Gly Vai Ala Ala
Ala Thr Vai Gly 120
Arg Asp Cys Vai 135
Glu Phe Vai Arg Ser
155
Leu Vai Trp Lys Ile 170
Thr Val Trp Vai Lys 185
Thr Vai Cys Ala Cys 200
Pro Ala lie Cys Vai 215
Cys Pro Val Vai Tyr
235
Ala Arg Asn Val Vai 250
Ser Ser Gly Gin Arg
265
Gly Glu His Arg Thr 280
Arg Ala Thr Asn lie 295
Thr Ala Ser Vai Thr
315 lie Ala Gly Ala Asp 330
He Ser Vai Ser Asn
345
Glu Asp Thr Leu Ser 360
Gin Ile Ser Cys Asn 375
Gly Glu Ser Leu Gin
395
Gin Phe Thr Asn Asn
410
Cys Thr Ser Cys Ala 425
Thr His Met Cys Vai
Ser Pro Tyr Pro He Glu
125
Vai He He Thr Gin 140
Asp Pro Ala Thr Thr 160
Asp Arg Leu Gly Gin 175
Pro Leu Lys Glu Gly 190
Pro Glu He Arg Ser 205
Lys Gin Glu Gly Pro 220
Lys He Asn He Vai 240
Vai Glu Asn Pro Vai 255
Vai Leu Thr Phe Thr 270
He Thr Vai Glu Phe 285
Ala Thr Vai Ser- Tyr 300
Thr Vai lie Asn Glu
320
Trp Ser Tyr Vai Cys 335
Pro Gly Asp Leu Vai 350
Pro Gly Val Thr Vai 365
Lys Val Vai Trp Thr 380
Tyr Lys Val Leu Vai
400
Val Val Vai Lys Ser 415
Glu Ala Thr Thr Tyr 430 • Vai Asp Thr Cys Asp
404
435 440 445
Pro Val 450 Cys Val Gly Glu Asn 455 Thr Val Tyr Arg Ile 460 Cys. Val Thr Asn
Arg 465 Gly Ser Ala Glu Asp 470 Thr Asn Val Ser Leu 475 Met Leu Lys Phe Ser 480
Lys Glu Leu Gin Pro 485 Val Ser Phe Ser Gly 490 Pro Thr Lys Gly Thr 4 95 Ile
Thr Gly Asn Thr 500 Val Val Phe Asp Ser 505 Leu Pro Arg Leu Gly 510 Ser Lys
Glu Thr Val 515 Glu Phe Ser Val Thr 520 Leu Lys Ala Val Ser 525 Ala Gly Asp
Ala Arg 530 Gly Glu Ala Ile Leu 535 Ser Ser Asp Thr Leu 540 Thr Val Pro Val
Ser 545 Asp Thr Glu Asn Thr 550 His Ile Tyr
<210> 442 <211> 192 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 442
Met Pro Glu Gly Glu Met Met His Lys Leu Gin Asp Val Ile Asp 15 Arg
5 10
Lys Leu -Leu Asp 20 Ser Arg Arg Ile Phe 25 Phe Ser Glu Pro Val 30 Thr Glu
Lys Ser Ala 35 Thr Glu Ala Ile Lys 40 Lys Leu Trp Tyr Leu 45 Glu Leu Thr
Asn Pro 50 Gly Gin Pro Ile Val 55 Phe Val Ile Asn Ser 60' Pro Gly Gly Ser
Val 65 Asp Ala Gly Phe Ala 70 Val Trp Asp Gin Ile 75 Lys Met Ile Ser Ser 80
Pro Leu Thr Thr Val 85 Val Thr Gly Leu .Ala 90 Ala Ser Met Gly Ser 95 Val
Leu Ser Leu Cys 100 Ala Val Pro Gly Arg 105 Arg Phe Ala Thr Pro 110 His Ala
Arg Ile Met 115 Ile His Gin Pro Ser 120 Ile Gly Gly Thr Ile 125 Thr Gly Gin
Ala Thr 130 Asp Leu Asp Ile His 135 Ala Arg Glu Ile Leu 140 Lys Thr Lys Ala
Arg 145 Ile Ile Asp Val Tyr 150 Val Glu Ala Thr Gly Gin 155 Ser Arg Glu Val 160
Ile Glu Lys Ala Ile Asp Arg Asp Met Trp Met· Ser Tkla Asn Glu Ala
405
165 170 175
Met Glu Phe Gly Leu Leu Asp
180
Gly lie Leu Phe Ser Phe Asn Asp Leu
185 190 <210> 443 <211> 275 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D
<400> 443 Ser Leu 5 Leu Thr Thr Cys Arg 10 Tyr Leu Leu Tyr 15 Ser
Met Gly Phe Ser
Gly Ala Gly Asn 20 Ser Phe lie Leu Gly 25 Glu Ser Met Pro Ser 30 Leu Glu
Asp Vai Leu 35 Phe Leu Cys Gin Glu 40 Glu Met Vai Asp Gly 45 Phe Leu Cys
Vai Glu 50 Ser Ser Glu lie Ala 55 Asp Ala Lys Leu Thr Vai 60 Phe Asn Ser
Asp 65 Gly Ser lie Ala Ser 70 Met Cys Gly Asn Gly 75 Leu Arg Cys Ala Met 80
Ala His Vai Ala Gin Cys 85 Phe Gly Leu Glu Asp 90 Vai Ser lie Glu 95 Thr
Glu Arg Gly Vai 100 Tyr Gin Gly Lys Phe 105 Phe Ser Met Asn Arg 110 Vai Leu
Vai Asp Met 115 Thr Leu Pro Asp Trp 120 Lys Lys Ala Glu Arg 125 Lys Leu Thr
His Vai 130 Leu Pro Gly Met Pro 135 Glu Gin Vai Phe Phe Ile 140 Asp Thr Gly
Vai 145 Pro His Vai Val Vai 150 Phe Vai Ser Asp Leu 155 Ser Lys Vai Pro Vai 160
Gin Glu Trp Gly Ser Phe 165 Leu Arg Tyr His Glu 170 Asp Phe Ala Pro 175 Glu
Gly Vai Asn Vai 180 Asp Phe Vai Gin Arg 185 Lys Lys Asp Asp Leu 190 Leu Leu
Vai Tyr Thr 195 Tyr Glu Arg Gly Cys 200 Glu Arg Glu Thr Leu 205 Ser Cys Gly
Thr Gly 210 Met Leu Ala Ser Ala 215 Leu Vai Ala Ala Asp lie 220 Phe Ser Leu
Gly 225 Gin Asp Phe Ser lie 230 Ala Vai Cys Ser Arg 235 Ser Arg Asn Leu lie 240
Lys lie Phe Ser Glu Lys 245 Gly Lys Vai Phe Leu 250 Glu Gly Pro Vai 255 Ser
Leu Leu Asn Arg Ser Glu Asn Phe Gly Trp Leu Glu Pro Lys Ser Arg
406
260 265 270
Arg Phe Gly
275 <210> 444 <211> 1770 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 444
Met Lys Phe Met Ser 5 Ala Thr Ala Vai Phe 10 Ala Ala Ala Leu Ser 15 Ser
Vai Thr Glu Ala 20 Ser Ser lie Gin Asp 25 Gin lie Lys Asn Thr Asp 30 Cys
Asn Vai Ser 35 Lys Leu Gly Tyr Ser 40 Thr Ser Gin Ala Phe Thr Asp 45 Met
Met Leu 50 Ala Asp Asn Thr Glu Tyr 55 Arg Ala Ala Asp Ser Vai Ser 60 Phe
Tyr 65 Asp Phe Ser Thr Ser Ser Arg 70 Leu Pro Arg Lys His Leu Ser .75 Ser 80
Ser Ser Glu Ala Ser 85 Pro Thr Thr Glu Gly 90 Vai Ser Ser Ser Ser 95 Ser
Gly Glu Thr Asp 100 Glu Lys Thr Glu Glu 105 Glu Leu Asp Asn Gly Gly 110 lie
lie Tyr Ala 115 Arg Glu Lys Leu Thr 120 lie Ser Glu Ser Gin Asp Ser 125 Leu
Ser Asn 130 Gin Ser lie Glu Leu His 135 Asp Asn Ser lie Phe Phe Gly 140 Glu
Gly 145 Glu Vai lie Phe Asp His Arg 150 Vai Ala Leu Lys Asn Gly Gly 155 Ala 160
lie Tyr Gly Glu Lys 165 Glu Val Vai Phe Glu 170 Asn lie Lys Ser Leu 175 Leu
Vai Glu Vai Asn 180 lie Ala Vai Glu Lys 185 Gly Gly Ser Vai Tyr Ala 190 Lys
Glu Arg Vai 195 Ser Leu Glu Asn Vai 200 Thr Glu Ala Thr Phe Ser Ser 205 Asn
Gly Gly Glu 210 Gin Gly Gly Gly Gly 215 lie Tyr Ser Glu Gin Asp Met 220 Leu
lie 225 Ser Asp Cys Asn Asn Vai His 230 Phe Gin Gly Asn Ala Ala Gly 235 Ala 240
Thr Ala Vai Lys Gin 245 Cys Leu Asp Glu Glu 250 Met lie Vai Leu Leu 255 Ala
Glu Cys Vai Asp Ser Leu Ser Glu Asp Thr Leu.Asp Ser Thr Pro Glu
407
260 2 65 270
Thr Glu Gin Thr Glu 275 Ser Asn Gly Asn Gin Asp Gly 280 Ser Ser Glu Thr 285
Glu Asp Thr Gin Vai 290 Ser Glu Ser Pro Glu Ser Thr 295 300 Pro Ser Pro Asp
Asp 305 Vai Leu Gly Lys Gly Gly Gly He Tyr Thr Glu 310 315 Lys Ser Leu Thr 320
lie Thr Gly He Thr 325 Gly Thr lie Asp Phe Vai Ser 330 Asn lie Ala Thr 335
Asp Ser Gly Ala Gly 340 Vai Phe Thr Lys Glu Asn Leu 345 Ser Cys Thr Asn 350
Thr Asn Ser Leu Gin 355 Phe Leu Lys Asn Ser Ma Gly 360 Gin His Gly Gly 365
Gly Ala Tyr Vai Thr 370 Gin Thr Met Ser Vai Thr Asn 375 380 Thr Thr Ser Glu
Ser 385 He Thr Thr Pro Pro Leu Ile Gly Glu Vai lie 390 395 Phe Ser Glu Asn 400
Thr Ala Lys Gly His 4 05 Gly Gly Gly lie Cys Thr Asn 410 Lys Leu Ser Leu 415
Ser Asn Leu Lys Thr 420 Vai Thr Leu Thr Lys Asn Ser 425 Ala Lys Glu Ser 430
Gly Gly Ala He Phe 435 Thr Asp Leu Ala Ser lie Pro 440 He Thr Asp Thr 445
Pro Glu Ser Ser Thr 450 Pro Ser Ser Ser Ser Pro Ala 455 460 Ser Thr Pro Glu
Vai 465 Vai Ala Ser Ala Lys He Asn Arg Phe Phe Ala 470 475 Ser Thr Ala Lys 480
Pro Ala Ala Pro Ser 485 Leu Thr Glu Ala Glu Ser Asp 490 Gin Thr Asp Gin 4 95
Thr Glu Thr Ser Asp 500 Thr Asn Ser Asp lie Asp Vai 505 Ser lie Glu Asn 510
He Leu Asn Vai Ala 515 lie Asn Gin Asn Thr Ser Ala 520 Lys Lys Gly Gly 525
Ala Ile Tyr Gly Lys 530 Lys Ala Lys Leu Ser Arg lie 535 540 Asn Asn Leu Glu
Leu 545 Ser Gly Asn Ser Ser Gin Asp Vai Gly Gly Gly 550 555 Leu Cys Leu Thr 560
Glu Ser Vai Glu Phe 565 Asp Ala lie Gly Ser Leu Leu 570 Ser His Tyr Asn 575
Ser Ala Ala Lys Glu 580 Gly Gly Ala lie His Ser Lys 585 Thr Vai Thr Leu 590
• · · i· · ·'♦ · · · .· · • · • ·· • · '·· • ·
- 408
Ser Asn Leu Lys Ser Thr Phe 595 Thr Phe Tkla Asp Asn 600 Thr 605 Val Lys Ala
Ile Val Glu Ser Thr Pro Glu 610 615 Ala Pro Glu Glu Ile 620 Pro Pro Val Glu
Gly Glu Glu Ser Thr Ala Thr 625 630 Glu Asp Pro Asn Ser 635 Asn Thr Glu Gly 640
Ser Ser Ala Asn Thr Asn Leu . 64 5 Glu Gly Ser Gin Gly 650 Asp Thr Ala 655 Asp
Thr Gly Thr Gly Asp Val Asn 660 Asn Glu Ser Gin Asp 665 Thr Ser 670 Asp Thr
Gly Asn Ala Glu Ser Glu Glu 675 Gin Leu Gin Asp Ser 680 Thr 685 Gin Ser Asn
Glu Glu Asn Thr Leu Pro Asn 690 695 Ser Asn Ile Asp Gin 700 Ser Asn Glu Asn
Thr Asp Glu Ser Ser Asp Ser 705 7io His Thr Glu Glu Ile 715 Thr Asp Glu Ser 720
Val Ser Ser Ser Ser Glu Ser 725 Gly Ser Ser Thr Pro 730 Gin Asp Gly 735 Gly
Ala Ala Ser Ser Gly Ala Pro 74 0 Ser Gly Asp Gin Ser 745 Ile Ser 750 Ala Asn
Ala Cys Leu Ala Lys Ser Tyr 755 Ala Ala Ser Thr Asp 760 Ser 765 Ser Pro Val
Ser Asn Ser Ser Gly Ser Glu 770 775 Glu Pro Val Thr Ser 780 Ser Ser Asp Ser
Asp Val Thr Ala Ser Sér Asp 785 790 Asn Pro Asp Ser Ser 795 Ser Ser Gly Asp 800
Ser Ala Gly Asp Ser Glu Glu 805 Pro Thr Glu Pro Glu 810 Ala Gly Ser 815 Thr
Thr Glu Thr Leu Thr Leu Ile 820 Gly Gly Gly Ala Ile 825 Tyr Gly Glu 830 Thr
Val Lys Ile Glu Asn Phe Ser 835 Gly Gin Gly Ile Phe 840 Ser 845 Gly Asn Lys
Ala Ile Asp Asn Thr Thr Glu 850 855 Gly Ser Ser Ser Lys 860 Ser Asp Val Leu
Gly Gly Ala Val Tyr Ala Lys 865 870 Thr Leu Phe Asn Leu 875 Asp Ser Gly Ser 880
Ser Arg Arg Thr Val Thr Phe 885 ' Ser Gly Asn Thr Val 890 Ser Ser Gin 895 Ser
Thr Thr Gly Gin Val Ala Gly 900 Gly Ala Ile Tyr Ser 905 Pro Thr 910 Val Thr
409
lie Ala Thr 915 Pro Vai Vai Phe Ser Lys 920 Asn Ser Ala Thr Asn Asn Ala
925
Asn Asn 930 Thr Thr Asp Thr Gin 935 Arg Lys Asp Thr Phe Gly 940 Gly Ala lie
Gly Ala 945 Thr Ser Ala Vai 950 Ser Leu Ser Gly Gly Ala His 955 Phe Leu Glu 960
Asn Vai Ala Asp Leu 965 Gly Ser Ala lie Gly 970 Leu Vai Pro Gly Thr Gin 975
Asn Thr Glu Thr 980 Vai Lys Leu Glu Ser 985 Gly Ser Tyr Tyr Phe Glu Lys 990
Asn Lys Ala 995 Leu Lys Arg Ala Thr Ile 1000 Tyr Ala Pro Val Vai Ser lie 1005
Lys Ala Tyr 1010 Thr Ala Thr Phe 1015 Asn Gin Asn Arg Ser Leu 1020 Glu Glu Gly
Ser Ala 1025 lie Tyr Phe Thr Lys 1030 Glu Ala Ser lie Glu Ser 1035 Leu Gly Ser 1040
Vai Leu Phe Thr- Gly Asn 1045 Leu Vai Thr Leu Thr Leu Ser 1050 Thr Thr Thr 1055
Glu Gly Thr Pro Ala 1060 Thr Thr Ser Gly Asp 1065 Vai Thr Lys Tyr Gly Ala 1070
Ala lie Phe 107( Gly Gin lie Ala Ser Ser 1080 Asn Gly Ser Gin Thr Asp Asn 1085
Leu Pro Leu 1090 Lys Leu lie Ala Ser Gly 1095 Gly Asn lie Cys 1100 Phe Arg Asn
Asn Glu 1105 Tyr Arg Pro Thr Ser 1110 Ser Asp Thr Gly Thr Ser 1115 Thr Phe Cys 1120
Ser lie Ala Gly Asp 1125 Vai Lys Leu Thr Met 113C Gin Ala Ala ) Lys Gly Lys 1135
Thr lie Ser Phe 114C Phe ) Asp Ala lie Arg Thr 114 5 Ser Thr Lys Lys Thr Gly 1150
Thr Gin Ala 1155 Thr Ala Tyr Asp Thr Leu 1160 Asp lie Asn Lys Ser Glu Asp 1165
Ser Glu 117( Thr ) Vai Asn Ser Ala 1175 Phe Thr Gly Thr lie Leu 1180 Phe Ser Ser
Glu Leu 1185 His Glu Asn Lys 119Í Ser ) Tyr lie Pro Gin Asn Vai 1195 Vai Leu His 1200
Ser Gly Ser Leu Vai 1205 Leu Lys Pro Asn Thr 121C Glu Leu His 1 Vai lie Ser ’ 1215
Phe Glu Gin Lys 122C Glu ) Gly Ser Ser Leu 1225 Vai Met Thr Pro Gly Ser Vai 1230
Leu Ser Asn Gin Thr Vai Ala Asp Gly Ala Leú Vai lie Asn Asn Met
410
1235 12401245
Thr lie Asp Leu Ser Ser Vai Glu Lys Asn Gly lie Ala Glu Gly Asn 1250 12551260 lie Phe Thr Pro Pro Glu Leu Arg lie lie Asp Thr Thr Thr GlyGlv 1265 1270 12751280
Ser Gly Gly Thr Pro Ser Thr Asp Ser Glu Ser Asn Gin Asn SerAsp
1285 12901295
Asp Thr Glu Glu Gin Asn Asn Asn Asp Ala Ser Asn Gin Gly Glu Ser 1300 13051310
Ala Asn Gly Ser Ser Ser Pro Ala Vai Ala Ala Ala His Thr Ser Arg 1315 13201325
Thr Arg Asn Phe Ala Ala Ala Ala Thr Ala Thr Pro Thr Thr Thr Pro 1330 13351340
Thr Ala Thr Thr Thr Thr Ser Asn Gin Vai lie Leu Gly Gly Glulie 1345 1350 13551360
Lys Leu lie Asp Pro Asn Gly Thr Phe Phe Gin Asn Pro Ala LeuArg
1365 13701375
Ser Asp Gin Gin lie Ser Leu Leu Vai Leu Pro Thr Asp Ser Ser Lys 1380 13851390
Met Gin Ala Gin Lys lie Vai Leu Thr Gly Asp lie Ala Pro Gin Lys 1395 14001405
Gly Tyr Thr Gly Thr Leu Thr Leu Asp Pro Asp Gin Leu Gin Asn Gly 1410 14151420
Thr lie Ser Vai Leu Trp Lys Phe Asp Ser Tyr Arq Gin Trp AlaTyr
1425 1430 . 14351440
Vai Pro Arg Asp Asn His Phe Tyr Ala Asn Ser Ile Leu Gly SerGin
1445 14501455
Met Leu Met Val Thr Vai Lys Gin Gly Leu Leu Asn Asp Lys Met Asn 1460 14651470
Leu Ala Arg Phe Glu Glu Vai Ser Tyr Asn Asn Leu Trp lie Ser Gly 1475 14801485
Leu Gly Thr Met Leu Ser Gin Vai Gly Thr Pro Thr Ser Glu Glu Phe 1490 14951500
Thr Tyr Tyr Ser Arg Gly Ala Ser Vai Ala Leu Asp Ala Lys ProAla 1505 1510 15151520
His Asp Val lie Vai Gly Ala Ala Phe Ser Lys Met Ile Gly LysThr
1525 15301535
Lys Ser Leu Lys Arg Glu Asn Asn Tyr Thr His Lys Gly Ser Glu Tyr 1540 15451550
Ser Tyr Gin Ala Ser Vai Tyr Gly Gly Lys Pro Phe His Phe Vai lie 1555 15601565
411
Asn Lys Lys Thr Glu Lys Ser Leu Pro Leu Leu Leu Gin Gly Vai lie 1570 15751580
Ser Tyr Gly Tyr lie Lys His Asp Thr Vai Thr His Tyr Pro ThrHe 1585 1590 15951600
Arg Glu Arg Asn Lys Gly Glu Trp Glu Asp Leu Gly Trp Leu ThrAla
1605 16101615
Leu Arg Val Ser Ser Vai Leu Arg Thr Pro Ala Gin Gly Asp Thr Lys 1620 16251630
Arg He Thr Vai Tyr Gly Glu Leu Glu Tyr Ser Ser lie Arg Gin Lys 1635 16401645
Gin Phe Thr Glu Thr Glu Tyr Asp Pro Arg Tyr Phe Asp Asn Cys Thr 1650 16551660
Tyr Arg Asn Leu Ala He Pro Met Gly Leu Ala Phe Glu Gly GluLeu
1’665 1670 16751680
Ser Gly Asn Asp He Leu Met Tyr Asn Arg Phe Ser Vai Ala TyrMet
1685 16901695
Leu Ser He Tyr Arg Asn Ser Pro Thr Cys Lys Tyr Gin Vai Leu Ser 1700 17051710
Ser Gly Glu Gly Gly Glu He lie Cys Gly Vai Pro Thr Arg Asn Ser 1715 17201725
Ala Arg Gly Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Leu Trp Thr 1730 17351740
Leu Tyr Gly Ser Tyr Thr lie Glu Ala Asp Ala His Thr Leu Ala His 1745 1750 17551760
Met Met Asn Cys Gly Ala Arg Met Thr Phe
17651770 <210> 445 <211> 1751 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 445
Met Lys Trp Leu Ser 5 Ala Thr Ala Vai Phe 10 Ala Ala Vai Leu Pro 15 Ser
Vai Ser Gly Phe 20 Cys Phe Pro Glu Pro 25 Lys Glu Leu Asn Phe 30 Ser Arg
Vai Gly Thr 35 Ser Ser Ser Thr Thr Phe 40 Thr Glu Thr Vai 45 Gly Glu Ala
Gly Ala 50 Glu Tyr He Vai Ser Gly Asn 55 Ala Ser Phe 60 Thr Lys Phe Thr
Asn 65 lie Pro Thr Thr Asp 70 Thr Thr Thr Pro Thr Asn 75' Ser Asn Ser Ser 80
412
Ser Ser Asn Gly Glu Thr Ala Ser Val Ser Glu Asp Ser Asp Ser Thr 85 9095
Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly Gly Gly Ala Phe Tyr Asn Ala His 100 105HO
Ser Gly Val Leu Ser Phe Met Thr Arg Ser Gly Thr Glu Gly Ser Leu 115 120125
Thr Leu Ser Glu Ile.Lys Ile Thr Gly Glu Gly Gly Ala Ile Phe Ser 130 135140
Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp Leu Thr Gly Leu Thr Ile GinAsn 145 150 155160
Asn Leu Ser Gin Leu Ser Gly Gly Ala Ile Phe Gly Glu Ser ThrIle
165 170175
Ser Leu Ser Gly Ile Thr Lys Ala Thr Phe Ser Ser Asn Ser Ala Glu 180 185190
Val Pro Ala Pro Val Lys Lys Pro Thr Glu Pro Lys Ala Gin Thr Ala 195 200205
Ser Glu Thr Ser Gly Ser Ser Ser Ser Ser Gly Asn Asp Ser Val Ser 210 215220
Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu Pro Ala Ala Ala Asn Leu GinSer 225 230 235240
His Phe Ile Cys Ala Thr Ala Thr Pro Ala Ala Gin Thr Asp ThrGlu
245 250255
Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro Gly Ser Gly Gly Ala Ile Tyr Ala 260 265270
Lys Gly Asp Leu Thr Ile Ala Asp Ser Gin Glu Val Leu Phe Ser Ile 275 280285
Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly Ala Ile Phe Ala Glu Lys Asp Val 290 295300
Ser Phe Glu Asn Ile Thr Ser Leu Lys Val Gin Thr Asn Gly AlaGlu 305 310 315320
Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Ser Ile GinSer
325 330335
Ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Asn Tyr Ser Lys Gin Gly Gly Gly 340 345350
Ala Leu Tyr Val Glu Gly Asp Ile Asn Phe Gin Asp Leu Glu Glu Ile 355 360365
Arg Ile Lys Tyr Asn Lys Ala Gly Thr Phe Glu Thr Lys Lys Ile Thr 370 375380
Leu Pro Lys Ala Gin Ala Ser Ala Gly Asn Ala Asp Ala Trp Ala Ser
385
390
395
400
413
Ser Ser Pro Gin Ser 405
Asp Ser Ser Ser Gly 420
Thr Ala Lys Gly Gly 435
Asn Ile Thr Gly Ile 450
Gly Gly Gly Ala Tyr 465
Arg Leu Gin Phe Leu 485
Tyr Gly Glu Asp Asn 500
Phe Gin Glu Asn Thr 515
Gly Thr Asp Lys Ala 530
Ile Asn Asn Thr Ser 545
Glu Ile Ser Gin Thr 565
Thr Pro Val His Gly 580
Gly Asn Gly Gly Gly 595
Gin Ser Ile Ser Ile 610
Ala His Thr Cys Pro 625
Pro Ala Ala Ala Ser 645
Val Ser Thr Ala Leu 660
Thr Leu Leu Ala Ala 675
Glu Thr Gin Asp Pro 690
Val Asp Thr Thr Ile 705
Tyr Ala Lys Lys Ala
Gly Ser Gly Ala Thr Thr 410
Ser Asp Ser Asp Thr Ser 425
Gly Leu Tyr Thr Asp Lys 440
Ile Glu Ile Ala Asn Asn 455
Val Lys Gly Thr Leu Thr 470 475
Lys Asn Ser Ser Asp Lys 4 90
Ile Thr Leu Ser Asn Leu 505
Ala Lys Glu Glu Gly Gly 520
Leu Thr Met Thr Gly Leu 535 .
Glu Lys His Gly Gly Gly 550 555
Tyr Thr Ser Asp Val Glu 570
Glu Thr Val Ile Thr Gly 585
Val Cys Thr Lys Arg Leu 600
Ser Gly Asn Ser Ala Ala 615
Asp Ser Phe Pro Thr Ala 630 635
Ala Ala Thr Ser Thr Pro 650
Ser Thr Pro Ser Ser Ser 665
Ser Ser Gin Ala Ser Pro 680
Asn Ala Asp Thr Asp Leu 695
Ser Lys Asn Thr Ala Lys 710 715
Lys Met Ser Arg Ile Asp
Val Ser Asn Ser Gly 415
Glu Thr Val Pro Ala 430
Asn Leu Ser Ile Thr 445
Lys Ala Thr Asp Val 460
Cys Glu Asn Ser His 480
Gin Gly Gly Gly Ile 495
Thr Gly Lys Thr Leu 510
Gly Leu Phe Ile Lys 525
Asp Ser Phe Cys Leu 540
Ala Phe Val Thr Lys 560
Thr lie Pro Gly Ile 575
Asn Lys Ser Thr Gly 590
Ala Leu Ser Asn Leu 605
Glu Asn Gly Gly Gly 620
Asp Thr Ala Glu Gin 640
Glu Ser Tkla Pro Val 655
Thr Val Ser Ser Leu 670
Ala Thr Ser Asn Lys 685
Leu Ile Asp’Tyr Val 700
Lys Gly Gly Gly Ile 720
Gin Leu Asn Ile Ser
414
725 730 735
Glu Asn Ser Ala 740 Thr Glu lie Gly Gly Gly 745 Ile Cys Cys Lys Glu Ser '750
Leu Glu Leu Asp 755 Ala Leu Vai Ser Leu Ser 760 Val Thr Glu Asn Leu Vai 765
Gly Lys Glu Gly 770' Gly Gly Leu His Ala Lys 775 Thr Vai Asn lie Ser Asn 780
Leu Lys Ser Gly 785 Phe Ser Phe Ser Asn Asn 7 90 Lys Ala Asn Ser Ser Ser 795 800
Thr Gly Vai Ala Thr 805 Thr Ala Ser Ala Pro 810 Ala Ala Ala Ala Ala Ser 815
Leu Gin Ala Ala 820 Ala Ala Ala Vai Pro Ser 825 Ser Pro Ala Thr Pro Thr 830
Tyr Ser Gly Vai 835 Vai Gly Gly Ala lie Tyr 840 Gly Glu Lys Vai Thr Phe 845
Ser Gin Cys Ser 850 Gly Thr Cys Gin Phe Ser 855 Gly Asn Gin Ala Ile Asp 860
Asn Asn Pro Ser 865 Gin Ser Ser Leu Asn Vai 870 Gin Gly Gly Ala He Tyr 875 880
Ala Lys Thr Ser Leu 885 Ser lie Gly Ser Ser 890 Asp Ala Gly Thr Ser Tyr 895
lie Phe Ser Gly 900 Asn Ser Vai Ser Thr Gly 905 Lys Ser Gin Thr Thr Gly 910
Gin lie Ala Gly 915 Gly Ala lie Tyr Ser Pro 920 Thr Vai Thr Leu Asn Cys 925
Pro Ala Thr Phe 930 Ser Asn Asn Thr Ala Ser 935 Met Ala Thr Pro Lys Thr 940
Ser Ser Glu Asp 945 Gly Ser Ser Gly Asn Ser 950 lie Lys Asp Thr He Gly 955 . 960
Gly Ala lie Ala Gly 965 Thr Ala lie Thr Leu 970 Ser Gly Vai Ser Arg Phe 975
Ser Gly Asn Thr 980 Ala Asp Leu Gly Ala Ala 985 Ile Gly Thr Leu Ala Asn 990
Ala Asn Thr Pro 995 Ser Ala Thr Ser Gly Ser 1000 Gin Asn Ser lie Thr Glu 1005
Lys lie Thr Leu 1010 Glu Asn Gly Ser Phe Ile 1015 Phe Glu Arg Asn Gin Ala 1020
Asn Lys Arg Gly 1025 Ala lie Tyr Ser Pro Ser 1030 Vai Ser He Lys Gly Asn 1035 1040
Asn lie Thr Phe Asn 1045 Gin Asn Thr Ser Thr > 105C His Asp Gly Ser Ala He 1 1055
415
Tyr Phe Thr Lys Asp 1060 Ala Thr Ile Glu Ser 1065 Leu Gly Ser Vai Leu 1070 Phe
Thr Gly Asn 1075 Asn Vai Thr Ala Thr Gin 1080 Ala Ser Ser Ala Thr 1085 Ser Gly
Gin Asn Thr 1090 Asn Thr Ala Asn Tyr 1095 Gly Ala Ala lie Phe 1100 Gly Asp Pro
Gly 1105 Thr Thr Gin Ser Ser Gin 1110 Thr Asp Ala lie Leu 1115 Thr Leu Leu Ala 1120
Ser Ser Gly Asn lie 1125 Thr Phe Ser Asn Asn Ser 1130 Leu Gin Asn Asn 1135 Gin
Gly Asp Thr Pro Ala 1140 Ser Lys Phe Cys Ser 1145 lie Ala Gly Tyr 115( Vai ) Lys
Leu Ser Leu Gin 1155 Ala Ala Lys Gly Lys 1160 Thr lie Ser Phe Phe 1165 Asp Cys
Vai His Thr 1170 Ser Thr Lys Lys lie 1175 Gly Ser Thr Gin Asn 1180 Vai Tyr Glu
Thr 1185 Leu Asp lie Asn Lys Glu 1190 Glu Asn Ser Asn 1195 Pro Tyr Thr Gly Thr 1200
lie Vai Phe Ser Ser 1205 Glu Leu His Glu Asn 121( Lys ) Ser Tyr lie Pro Gin 1215
Asn TQa lie Leu His 1220 Asn Gly Thr Leu Vai 1225 Leu Lys Glu Lys Thr 1230 Glu
Leu His Vai 1235 Vai ► Ser Phe Glu Gin Lys 1240 Glu Gly Ser Lys 1245 Leu lie Met
Lys Pro Gly 1250 Ala Vai Leu Ser 1255 Asn Gin Asn Ile Ala Asn 1260 Gly Ala Leu
Vai 1265 lie Asn Gly Leu Thr lie 1270 Asp Leu Ser Ser 1275 Met Gly Thr Pro Gin 1280
Ala Gly Glu lie Phe 1285 Ser Pro Pro Glu Leu 129C Arg ) lie Vai Ala Thr 1295 Thr
Ser Ser Ala Sér 130C Gly Gly ) Ser Gly Vai 1305 Ser Ser Ser lie Pro 131( Thr ) Asn
Pro Lys Arg 1315 lie 1 Ser Ala Ala Ala 1320 Pro 1 Ser Gly Ser Ala 1325 Ala Thr Thr
Pro Thr 133( Met ) Ser Glu Asn Lys Vai 1335 Phe Leu Thr Gly 134( Asp ) Leu Thr Leu
lie 1345 Asp Pro Asn Gly Asn 1350 Phe I Tyr Gin Asn Pro 1355 Met ► Leu Gly Ser Asp 1360
Leu Asp Vai Pro Leu 1365 Ue Lys Leu Pro Thr Asn 1370 Thr Ser Asp Vai 1375 Gin
416
Val Tyr Asp Leu Thr 1380 Leu Ser Gly Asp Leu 1385 Phe Pro Gin Lys Gly 1390 Tyr
Met Gly Thr Trp 1395 Thr Leu Asp Ser Asn 1400 Pro Gin Thr Gly Lys 1405 Leu Gin
Ala Arg 141( Trp 9 Thr Phe Asp Thr 141! Tyr 5 Arg Arg Trp Vai Tyr 1420 He Pro Arg
Asp 14 2! Asn His Phe Tyr Ala 143( Asn 9 Ser lie Leu Gly Ser 1435 Gin Asn Ser Met 1440
lie Vai Vai Lys Gin Gly 1445 Leu He Asn Asn 145( Met 9 Leu Asn Asn Ala 145! Arg
Phe Asp Asp lie Ala 1460 Tyr Asn Asn Phe Trp 1465 Vai Ser Gly Vai Gly 1470 Thr
Phe Leu Ala Gin 1475 Gin Gly Thr Pro Leu 1480 Ser Glu Glu Phe 148! Ser Tyr Tyr
Ser Arg Gly 1490 Ťhr Ser Vai Ala He 1495 Asp Ala Lys Pro Arg 1500 Gin Asp Phe
He Leu 1505 Gly Ala Ala Phe 151( Ser ) Lys Met Vai Gly 151! Lys Thr Lys Ala He 1520
Lys Lys Met His Asn Tyr 1525 phe His Lys Gly 153( Ser 9 Glu Tyr Ser Tyr Gin 1535
Ala Ser Vai Tyr Gly 1540 Gly Lys Phe Leu Tyr 1545 Phe Leu Leu Asn 155( Lys 9 Gin
His Gly Trp Ala 1555 Leu Pro Phe Leu lie 1560 Gin Gly Vai Vai Ser 1565 Tyr Gly
His lie 157( Lys ) His Asp Thr Thr 1571 Thr Leu Tyr Pro Ser lie 1580 His Glu Arg
Asn 1585 Lys Gly Asp Trp Glu Asp 1590 Leu Gly Trp Leu Ala 1595 Asp Leu Arg He 1600
Ser Met Asp Leu Lys Glu 1605 Pro Ser Lys Asp Ser 1610 Ser Lys Arg He 1615 Thr
Vai Tyr Gly Glu Leu 1620 Glu Tyr Ser Ser 1625 He Arg Gin Lys Gin 163( Phe ) Thr
Glu He Asp 1635 Tyr Asp Pro Arg His 164C Phe 1 Asp Asp Cys Ala 1645 Tyr Arg Asn
Leu Ser Leu 1650 Pro Vai Gly Cys 1655 Tkla Vai Glu Gly Ala He 1660 Met Asn Cys
Asn 1665 lie Leu Met Tyr Asn 167C Lys 1 Leu Ala Leu Ala 1675 Tyr Met Pro Ser He 1680
Tyr Arg Asn Asn Pro 1685 Vai Cys Lys Tyr Arg Vai 1690 Leu Ser Ser Asn 1695 Glu
Ala Gly Gin Vai He Cys Gly Vai ' Pro Thr Arg· Thr Ser Ala Arg ’Ala
ΑΥί
1700 17051710
Glu Tyr Ser Thr Gin Leu Tyr Leu Gly Pro Phe Trp Thr Leu Tyr Gly 1715 17201725
Asn Tyr Thr lie Asp Vai Gly Met Tyr Thr Leu Ser Gin Met Thr Ser 1730 17351740
Cys Gly Ala Arg Met lie Phe
17451750 <210> 446 <211> 660 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis serovar D < 400> 446
Met Ser Glu Lys Arg Lys Ser Asn Lys lie lie Gly lie Asp Leu Gly 5 1015
Thr Thr Asn Ser Cys Val Ser Vai Met Glu Gly Gly Gin Pro Lys Vai 20 2530 lie Ala Ser Ser Glu Gly Thr Arg Thr Thr Pro Ser lie Vai Ala Phe 35 4045
Lys Gly Gly Glu Thr Leu Vai Gly lie Pro Ala Lys Arg Gin Ala Vai 50 5560
Thr Asn Pro Glu Lys Thr Leu Ala Ser Thr Lys Arg Phe lie GlyArg
70 7580
Lys Phe Ser Glu Val Glu Ser Glu lie Lys Thr Vai Pro Tyr LysVai
9095
Ala Pro Asn Ser Lys 100 Gly Asp Ala Vai 105 Phe Asp Vai Glu Gin 110 Lys Leu
Tyr Thr Pro 115 Glu Glu lie Gly Ala Gin 120 lie Leu Met Lys 125 Met Lys Glu
Thr Ala Glu 130 Ala Tyr Leu Gly 135 Glu Thr Vai Thr Glu Tkla 140 Vai He Thr
Vai 145 Pro Ala Tyr Phe Asn 150 Asp Ser Gin Arg Ala 155 Ser Thr Lys Asp Ala 160
Gly Arg He Ala Gly 165 Leu Asp Vai Lys Arg lie 170 He Pro Glu Pro 175 Thr
Ala Ala Ala Leu Ala 180 Tyr Gly lie Asp 185 Lys Glu Gly Asp Lys 190 Lys He
Ala Vai Phe 195 Asp Leu Gly Gly Gly Thr 200 Phe Asp He Ser 205 lie Leu Glu
lie Gly Asp 210 Gly Vai Phe Glu 215 Vai Leu Ser Thr Asn Gly 220 Asp Thr His
Leu Gly Gly Asp Asp Phe Asp Gly Vai He lie Asn Trp Met Leu Asp
418
225 230
Glu Phe Lys Lys Gin Glu 245
Leu Gin Arg Leu Lys Asp 260
Gly Vai Ser Ser Thr Glu 275
Asn Gly Pro Lys His Leu 290
His Leu Ala Ser Ser Leu
305 310
Ala Leu Lys Asp Ala Lys 325
Leu Vai Gly Gly Met Ser 340
Glu lie Phe Gly Lys Glu 355
Vai Ala lie Gly Ala Ala 370
Lys Asp Vai Leu Leu Leu
385 390
Thr Leu Gly Gly Vai Met 405
Pro Thr Gin Lys Lys Gin 420
Ala Val Thr lie Val Vai 435
Asn Lys Glu lie Gly Arg 450
Arg Gly His Pro Gin lie 465 470
He Leu His Vai Ser Ala 485 lie Arg lie Glu Ala Ser 500
Met lie Arg Asp Ala Glu 515
Glu Ala Ser Asp Vai Lys 530
Glu Lys Ala Vai Lys Asp
545 550
Thr Pro Leu Vai 410 lie Phe Ser Thr 425
Leu Gin Gly Glu 440
Phe Asp Leu Thr 455
Glu Vai Thr Phe
Lys Asp Ala Ala 4 90
Ser Gly Leu Lys 505
Leu His Lys Glu 520
Asn Glu Ala Asp 535
Tyr His Asp Lys
Gly lie Asp Leu 250
Ala Ala Glu Lys 265 lie Asn Gin Pro 280
Ala Leu Thr Leu 295 lie Glu Arg Thr
Leu Ser Ala Ser 330
Arg Met Pro Ala 345
Pro Asn Lys Gly 360 lie Gin Gly Gly 375
Asp Vai lie Pro
235 240
Ser Lys Asp Asn Met Ala 255
Ala Lys lie Glu Leu Ser 270
Phe lie Thr lie Asp Ala 285
Thr Arg Ala Gin Phe Glu 300
Lys Gin Pro Cys Ala Gin
315 320
Asp lie Asp Asp Vai Leu 335
Val Gin Ala Val Vai Lys 350
Vai Asn Pro Asp Glu Vai 365.
Val Leu Gly Gly Glu Vai 380
Leu Ser Leu Gly lie Glu
395 400
Glu Arg Asn Thr Thr lie 415
Ala Ala Asp Asn Gin Pro 430
Arg. Pro Met Ala Lys Asp 445
Asp lie Pro Pro Ala Pro 460
Asp lie Asp Ala Asn Gly 475 480
Ser Gly Arg Glu Gin Lys 4 95
Glu Asp Glu lie Gin Gin 510
Glu Asp Lys Gin Arg Lys 525
Gly Met lie Phe Arg Ala 540 lie Pro Ala Glu Leu Vai
555’ 560
419
Lys Glu lie Glu
Asp Ala Ser Thr 580
-His Met Gin Lys 595
Ala Ala Ser Ser 610
Glu Asp Leu Lys 625
Ser Ala Ser Ser
Glu 565 His lie Glu Lys Vai 570 Arg Gin Ala lie Lys 575 Glu
Thr Ala lie Lys Ala 585 Ala Ser Asp Glu Leu 590 Ser Thr
Ile Gly Glu Ala 600 Met Gin Ala Gin Ser 605 Ala Ser Ala
Ala Ala Asn 615 Ala Gin Gly Gly Pro 620 Asn lie Asn Ser
Lys His 630 Ser Phe Ser Thr Arg Pro 635 Pro Ala Gly Gly 64.0
Thr 645 Asp Asn Ile Glu Asp 650 Ala Asp Vai Glu He 655 Vai
Asp Lys Pro Glu
660 <210> 447 <211> 326 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 447
Met Val Ser Gin Thr Vai Ser 5
He Ala Tyr Ser Phe Leu Phe 20
Leu Asp Cys Gly lie Asp Leu 35
Arg Ala Leu Ser Gly Vai Arg 50 55
Leu Leu Gin Arg Val Gin Vai 65 70
Gly lie Asp Tkla Ala Phe Leu 85
Met Glu Arg Arg Asp Leu Leu 100
Gin Gly Lys Ala Leu Asn Thr 115
Val Vai Gly Asn Pro Vai Asn
130 135
Ala Pro Arg Leu Leu Arg Lys
I45 150
Gin Asn Arg Met His Ser Met 165
Val Ala Vai Thr Gly Gly Thr Gly Gin 1015
Ser Leu Tkla His Gly Asp Vai Phe Gly 2530
Arg He Tyr Asp lie Pro Gly Thr Glu 4045
Met Glu Leu Asp Asp Gly Ala Phe Pro 60
Thr Thr Ser Leu His Asp Ala Phe Asp 7580 lie Gly Ser Vai Pro Arg Gly Pro Gly 9095
Lys Lys Asn Gly Glu lie Phe Ala Thr 105no
Thr Ala Lys Arg Asp Ala Lys lie Phe 120125
Thr Asn Cys Trp lie Ala Met Asn His 140
Asn Phe His Ala Met Leu Arg Leu Asp 155160
Leu Ser His Arg Tkla Glu Vai Pro Leu 170175
420
Ser Ala Val Ser Gin Val 18 0
Val Pro Asp Phe Thr Gin 195
Thr Ile Ala Asp Arg Asp 210
Gin Ser Arg Gly Ser Ala 225 230
Ala Ser Ala Ala Arg Ala 245
Pro Lys Glu Gly Glu Trp 260
Pro Tyr Gly Leu Pro Glu 275
Leu Ala Thr Gly Glu Tyr 290
Phe He Arg Gly Lys Met 305 310
Lys Ala Ser Val Ser Leu 325
Val Val Trp Gly Asn His Ser 185
Ala Leu He Asn Asp Arg Pro 200 205
Trp Leu Glu Asn He Met Val 215 220
Val Ile Glu Ala Arg Gly Lys 235
Leu Ala Glu Ala Ala Arg Ser 250
Phe Ser Ser Gly Val Cys Ser 265
Asp Leu He Phe Gly Phe Pro 280 285
Glu Val He Pro Arg Leu Pro 295 300
Gin Ile Ser Leu Asp Glu Ile 315
Ala Lys Gin 190
Ile Ala Glu
Pro Ser Val
Ser Ser Ala 240
Ile Tyr Gin 255
Asp His Asn 270
Cys Arg Met
Trp Asp Ala
Leu Gin Glu
320 <210> 448 <211> 232 < 212> PRT < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <4 00> 448
Met Thr Lys His Gly Lys Arg Ile Arg Gly Ile Gin Glu Thr Tyr Asp 5 1015
Leu Ala Lys Ser Tyr Ser Leu Gly Glu Ala Ile Asp Ile Leu Lys Gin 20 2530
Cys Pro Thr Val Arg Phe Asp Gin Thr Val Asp Val Ser Val Lys Leu 35 4045
Gly He Asp Pro Arg Lys Ser Asp Gin Gin Ile Arg Gly Ser Val Ser 50 5560
Leu Pro His Gly Thr Gly Lys Val Leú Arg Ile Leu Val Phe Ala Ala 65 70 75
Gly Asp Lys Ala Ala Glu Ala Ile Glu Ala Gly Ala Asp Phe Val Gly 85 3095
Ser Asp Asp Leu Val Glu Lys Ile Lys Gly Gly Trp Val Asp Phe Asp 100 105HO
Val Ala Val Ala Thr Pro Asp Met Met Arg Glu Val Gly Lys Leu Gly 115 120125
421
Lys Ala Gly Thr
Lys Vai 130 Leu Gly Pro Arg Asn 135 Leu Met Pro Thr Pro 140
Vai 145 Thr Thr Asp Vai Vai 150 Lys Thr Vai Ala Glu 155 Leu
He Glu Phe Lys Ala 165 Asp Arg Ala Gly Vai 170 Cys Asn
Lys Leu Ser Phe 180 Asp Ser Ala Gin lie 185 Lys Glu Asn
Cys Ala Ala 195 Leu Vai Lys Ala Lys 200 Pro Ala Thr Ala
Leu Vai 210 Asn Phe Thr lie Ser 215 Ser Thr Met Gly Pro 220
Asp Thr Arg Glu Leu lie Ala Leu
225 230
Arg Lys Gly Lys 160
Val Gly Vai Ala 175
Vai Glu Ala Leu
190
Lys Gly Gin Tyr 205
Gly Val Thr Vai <210> 449 <211> 1252 < 212> PRT· < 213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 449
Met.Phe Lys Cys Pro Glu Arg Vai Ser lie Lys Lys Lys Glu Asplie
10 -15
Leu Asp Leu Pro Asn Leu Val Glu Vai Gin lie Lys Ser Tyr LysGin
2530
Phe Leu Gin lie Gly Lys Leu Ala Glu Glu Arg Glu Asn lie Gly Leu 35 4045
Glu Glu Vai Phe Arg Glu lie Phe Pro lie Lys Ser Tyr Asn Glu Ala 50 5560
Thr lie Leu Glu Tyr Leu Ser Tyr Asn Leu Gly Vai Pro Lys TyrSer
70 7580
Pro Glu Glu Cys lie Arg Arg Gly lie Thr Tyr Ser Vai Thr LeuLys
9095
Vai Arg Phe Arg Leu Thr Asp Glu Thr Gly lie Lys Glu Glu Glu Vai 100 105110
Tyr Met Gly Thr lie Pro lie Met Thr Asp Lys Gly Thr Phe lie Ile 115 120125
Asn Gly Ala Glu Arg Val Val Val Ser Gin Vai His Arg Ser Pro Gly 130 135140
Ile Asn Phe Glu Gin Glu Lys His Ser Lys Gly Asn Vai Leu PheSer i45 150 155
Phe Arg lie lie Pro Tyr Arg Gly Ser Trp Leu Glu Ala Vai PheAsp
I65 170175
422 lie Asn Asp Leu lie Tyr lie His Ile Asp Arg Lys Lys Arg Arg Arg 180 185190
Lys lie Leu Ala Met Thr Phe lie Arg Ala Leu Gly Tyr Ser Thr Asp 195 200205
Ala Asp lie Ile Glu Glu Phe Phe Ser Vai Glu Glu Arg Ser Leu Arg 210 215220
Leu Glu Lys Asp Phé Val Ala Leu Val Gly Lys Vai Leu Ala AspAsn
225 230 235240
Val Vai Asp Ala Asp Ser Ser Leu Vai Tyr Gly Lys Ala Gly GluLys
245 250255
Leu Ser Thr Ala Met Leu Lys Arg lie Leu Asp Ala Gly Vai Gin Ser 260 265270
Leu Lys lie Ala Vai Gly Ala Asp Glu Asn His Pro lie lie Lys Met 275 280285
Leu Ala Lys Asp Pro Thr Asp Ser Tyr Glu Ala Tkla Leu Lys Asp Phe 290 295300
Tyr Arg Arg.Leu Arg Pro Gly Glu Pro Ala Thr Leu Vai Asn AlaArg
305 310 315 ·320
Ser Thr lie Met Arg Leu Phe Phe Asp Ala Lys Arg Tyr Asn LeuGly
325 330335
Arg Vai Gly Arg Tyr Lys Leu Asn Lys Lys Leu Gly Phe Pro Leu Asp 340 345350
Asp Glu Thr Leu Ser Gin Val Thr Leu Arg Lys Glu Asp Vai lie Gly 355 360365
Ala Leu Lys Tyr Leu Ile Arg Leu Arg Met Gly Asp Glu Lys Thr Ser 370 375380
lie 38 5 Asp Asp lie Asp His 390 Leu Ala Asn Arg Arg 395 Vai Arg Ser Vai Gly 400
Glu Leu lie Gin Asn His 4 05 Cys Arg Ser Gly 410 Leu Ala Arg Met Glu 415 Lys
lie Vai Arg Glu 420 Arg Met Asn Leu Phe 425 Asp Phe Ser Ser Asp 430 Thr Leu
Thr Pro Gly 435 Lys lie lie Ser Ala Lys 440 Gly Leu Vai Ser 445 Vai Leu Lys
Asp Phe Phe 450 Ser Arg Ser Gin 455 Leu Ser Gin Phe Met 4 60 Asp Gin Thr Asn
Pro 465 Vai Ala Glu Leu Thr 470 His Lys Arg Arg Leu 475 Ser Ala Leu Gly Pro 480
Gly Gly Leu Asn Arg Glu 485 Arg Ala Gly Phe 4 90 Glu Vai Arg Asp Vai 495 His
423
Ala Ser His Tyr 500 Gly Arg lie Cys Pro 505 He Glu Thr Pro Glu 510 Gly Pro
Asn He Gly 515 Leu He Thr Ser Leu 520 Ser Ser Phe Ala Lys 525 lie Asn Glu
Phe Gly 530 Phe He Glu Thr Pro 535 Tyr Arg Vai Vai Arg 540 Asp Gly He Vai
Thr 545 Asp Glu lie Glu Tyr 550 Met Thr Ala Asp Vai 555 Glu Glu Glu Cys Vai 560
He Ala Gin Ala Ser 565 Ala Glu Leu Asp Glu 570 Tyr Asp Met Phe Lys 575 Thr
Pro Vai Cys Trp 580 Ala Arg Tyr Lys Gly 585 Glu Ala Phe Glu Ala 590 Asp Thr
Ser Thr Vai 595 Thr His Met Asp Vai 600 Ser Pro Lys Gin Leu 605 Vai Ser Vai
Vai Thr 610 Gly Leu He Pro Phe 615 Leu Glu His Asp Asp 620 Ala Asn Arg Ala
Leu 625 Met Gly Ser Asn Met 630 Gin Arg Gin Ala Vai 635 Pro Leu Leu Lys Thr 640
Glu Ala Ala lie Vai 645 Gly Thr Gly Leu Glu 650 Gly Arg Ala Ala Lys 655 Asp
Ser Gly Ala lie 660 He Vai Ala Gin Glu 665 Asp Gly Vai Vai Glu 670 Tyr Vai
Asp Ser Tyr 675 Glu He Vai Vai Ala 680 Lys Lys Asn Asn Pro 685 Thr Leu Lys
Asp Arg 690 Tyr Gin Leu Lys Lys 695 Phe Leu Arg Ser Asn 700 Ser Gly Thr Cys
He 705 Asn Gin Thr Pro Leu 710 Cys Ser Vai Gly Asp 715 Vai Vai Thr His Gly 720
Asp Vai Leu Ala Asp Gly Pro Ala Thr Asp Lys Gly Glu Leu Ala Leu
725 730 735
Gly Lys Asn Val Leu Vai Ala Phe Met Pro Trp Tyr Gly Tyr Asn Phe 740 745750
Glu Asp Ala lie lie lie Ser Glu Arg Leu Ile Lys Gin Asp Ala Tyr 755 760765
Thr Ser lie Tyr lie Glu Glu Phe Glu Leu Thr Ala Arg Asp Thr Lys 770 775780
Leu Gly Lys Glu Glu lie Thr Arg Asp lie Pro Asn Vai Ser GluGlu
785 790 795800
Val Leu Ala Asn Leu Gly Glu Asp Gly Val Vai Arg lie Gly AlaGlu
805 810815
Vai Lys Pro Gly Asp lie Leu Vai Gly Lys lie. Thr Pro Lys Ser Glu
820 825
830
Thr Glu Leu Ala Pro Glu Glu Arg Leu Leu Arg Ala lie Phe Gly Glu 835 840 .845
Lys Ala Ala Asp Val Lys Asp Ala Ser Leu Thr Vai Pro Pro Gly Thr 850 855860
Glu Gly Val Vai Met Asp Val Lys Vai Phe Ser Arg Lys Asp ArgLeu
865 870 875880
Ser Lys Ser Asp Asp Glu Leu Val Glu Glu Ala Vai His Leu LysAsp
885 890895
Leu Gin Lys Glu 900 Tyr Lys Ser Gin Leu 905 Ala Gin Leu Lys Vai 910 Glu His
Arg Glu Lys 915 Leu Gly Ala Leu Leu Leu 920 Asn Glu Lys Ala 925 Pro Tkla Ala
lie Ile 930 His Arg Arg Ser Ala Asp He 935 Leu Vai Gin Glu 940 Gly Ala He
Phe 945 Asp Gin Glu Thr lie 950 Glu Leu Leu Glu Arg Glu Ser 955 Leu Vai Asp 960
Leu Leu Met Ala Pro Cys 965 Asp Met Tyr Asp 970 Vai Leu Lys Asp He 975 Leu
Ser Ser Tyr Glu 980 Thr Ala Vai Gin Arg 985 Leu Glu Vai Asn Tyr 990 Lys Thr
Glu Ala Glu 995 His lie Lys Glu Gly Asp 1000 Ala Asp Leu Asp His 1005 Gly Vai
lie Arg 101( Gin ) Vai Lys Vai Tyr Vai Ala 1015 Ser Lys Arg Lys 1020 Leu Gin Vai
Gly 102! Asp Lys Met Ala Gly Arg His Gly 1030 Asn Lys Gly Vai 1035 Vai Ser Lys 1040
Ile Vai Pro Glu Ala Asp 1045 Met Pro Phe Leu Ala Asn Glv 1050 Glu Thr Vai 1055
Gin Met lie Leu Asn Pro 1060 Leu Gly Vai 106! Pro Ser Arg Met Asn Leu 1070 Gly
Gin Vai Leu 107! Glu Thr His Leu Gly Tyr 1080 Ala Ala Lys Thr Ala 1085 Gly He
Tyr Vai Lys 1090 Thr Pro Vai Phe Glu Gly 1095 Phe Pro Glu Ser 1100 Arg Ile Trp
Asp 110! Met Met lie Glu Gin Gly Leu Pro 1110 Glu Asp Gly Lys 1115 Ser Tyr Leu 1120
Phe Asp Gly Lys Thr Gly 1125 Glu Arg Phe Asp 113( Ser Lys Vai ) Vai Vai Gly 1135
Tyr Ile Tyr Met Leu Lys 1140 Leu Ser His Leu 1145 He Ala Asp Lys lie 1150 His.
425
Ala Arg Ser lie Gly Pro Tyr Ser Leu Vai Thr Gin Gin Pro Leu Gly 1155 11601165
Gly Lys Ala Gin Met Gly Gly Gin Arg Phe Gly Glu Met Glu Vai Trp 1170 11751180
Ala Leu Glu Ala Tyr Gly Vai Ala His Met Leu Gin Glu lie LeuThr
1185 1190 11951200
Val Lys Ser Asp Asp Vai Ser Gly Arg Thr Arg lie Tyr Glu SerHe
1205 12101215
Vai Lys Gly Glu Asn Leu Leu Arg Ser Gly Thr Pro Glu Ser Phe Asn 1220 12251230
Vai Leu Ile Lys Glu Met Gin Gly Leu Gly Leu Asp Vai Arg Pro Met 1235 12401245
Val Vai Asp Ala
1250 <210> 450 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 450
Met Leu Lys lie Asp Leu Thr Gly 5
Gly Asp Asp Asn Gly Tyr Gly Trp 20
Ala Gly Ala Thr lie Leu Vai Gly 354 0
Phe Ser Gin Ser Leu Glu Leu Gly 5055
Sox' Asti Gly Glu Lsu τ άμ Hix' Ph© 6570
Ser Phe Asp Thr Pro Glu Asp lie 85
Arg Tyr Lys Asp Leu Ser Gly Tyr 100
Vai Lys Lys His Phe Gly His lie 115120
Lys lie Ala Phe lie Ala Gly Ile 1015
Gly lie Ala Lys Met Leu Ala Glu 25 30
Thr Trp Vai Pro lie Tyr Lys lie 45
Lys Phe Asn Ala Ser Arg Glu Leu 60
Ala Lys lie Tyr Pro Met Asp Ala 7580
Pro Gin Glu lie Leu Glu Asn Lys 9095
Thr Val Ser Glu Val Vai Glu Gin 105HO
Asp Ile Leu Vai His Ser Leu Ala 125
Asn Ser Pro Glu lie Ala Lys 135 Pro Leu Leu Asp Thr 140 Ser Arg Lys Gly
130
Tyr 145 Leu Ala Ala Leu Ser 150 Thr Ser Ser Tyr Ser Phe 155 Ile Ser Leu Leu 160
Ser His Phe Gly Pro 165 He Met Asn Ala Gly Ma Ser 170 Thr lie Ser 175 Leu
Of
426
Thr Tyr Leu Ala Ser Met Arg Ala Vai Pro Gly Tyr Gly Gly 190 Gly Met
180 185
Asn Ala Ala 195 Lys Ala Ala Leu Glu 200 Ser Asp Thr Lys Vai 205 Leu Ala Trp
Glu Ala 210 Gly Arg Arg Trp Gly 215 Vai Arg Vai Asn Thr 220 Ile Ser Ala Gly
Pro 225 Leu Ala Ser Arg Ala 230 Gly Lys Ala lie Gly 235 Phe lie Glu Arg Met 240
Vai Asp Tyr Tyr Gin 245 Asp Trp Ala Pro Leu 250 Pro Ser Pro Met Glu 255 Ala
Glu Gin Vai Gly 260 Ala Ala Ala Ala Phe 265 Leu Vai Ser Pro Leu 270 Ala Ser
Ala lie Thr Gly 275 Gly lie Gly Pro 290 <210> 451 <211> 298 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 451 Glu Thr Leu Glu Met Phe 295 trachomatis Tyr Vai 280 Pro Lys serovar Asp Asp D His Gly Ala 285 Asn Vai Met
Met Ser Leu Gin Lys 5 Leu Leu Vai Thr Asp 10 lie Asp Gly Thr lie 15 Thr
His Gin Ser His 20 Leu Leu His Asp Arg 25 Vai Vai Lys Ala Leu 30 His Gin
Tyr Tyr Asp 35 Ser Gly Trp Gin Leu 40 Phe Phe Leu Thr Gly 45 Arg Tyr Phe
Ser Tyr 50 Ala Tyr Pro Leu Phe 55 Gin Asn Phe Ser Vai 60 Pro Phe Leu Leu
Gly 65 Ser Gin Asn Gly Ser 70 Ser Vai Trp Ser Ser 75 Thr Asp Lys Glu Phe 80
lie Tyr Phe Arg Ser 85 Leu Ser Arg Asp Phe 90 Leu Tyr Vai Leu Glu 95 Lys
Tyr Phe Glu Asp 100 Leu Asp Leu lie Ala 105 Cys lie Glu Ser Gly 110 Ala Ser
Asn Arg Asp 115 Vai Tyr Phe Arg Lys 120 Gly Leu Gly Lys Thr 125 Ser Gin Glu
Leu Lys 130 Ala lie Leu Asp Ala 135 Vai Tyr Phe Pro Thr 140 Pro Glu Ala Ala
Arg 14 5 Leu Leu Vai Asp Vai 150 Gin Gly His Leu Ser 155 Glu Glu Phe Ser Tyr 160
421
Glu Asp Phe Ala lie Tkla Lys Phe 165
Lys lie Met Asp Arg Phe lie Gin 180
Thr Met Asn Tyr Met Arg Trp Pro 195200
Leu Leu Thr Leu Lys Asp Vai Ser 210215
Vai Gin Thr Phe Tyr Lys Glu Asn 225230
Asp Asp Ala Asn Asp lie Asp Leu 245
Vai lie Gin Thr Ala Pro Glu Glu 260
Ala Pro Pro Ala Lys Asp Phe Gly 275280
Glu Leu Arg Tyr Lys Gin Leu Vai 290295
Phe Gly Glu Arg Glu Glu Vai Lys 170175
Ser Pro Glu Val Ser Ser Gin Vai 185190
Phe Asp Phe Lys Tyr Ala Vai Leu 205
Lys Gly Phe Ala Val Asp Gin Vai 220
Lys Pro Phe lie Met Ala Ser Gly 235240
Leu Ser Arg Gly Asp Phe Lys lie 250255
Met His Gly Leu Ala Asp Phe Leu 265270
He Leu Ser Ala Trp Glu Ala Gly 285
Asn Pro <210> 452 <211> 153 <212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 452
Met Leu Arg Leu Phe Gin His lie 5
Ser Phe Vai Asp Vai Pro Gin Glu 20
Ser Gly Ser Met Arg Trp Glu Vai 3540
Leu Leu Leu Gly lie Phe Gly Gly 5055
Leu Arg Ser Arg Gly His Leu Pro 6570
Leu Asp Gin Arg Vai Leu Ala Ser 85
Val Ala Asn Lys Thr Leu Val Vai 100
Leu Leu Ser Glu Phe Pro Pro Asn 115120
Lys Asp Gin Lys Lys Pro Ser Thr 130135
Leu Cys Phe Leu Glu Glu Asp Pro 1015
Leu Ser Phe Vai Asn Glu Ala Phe 2530
Gly Arg Met Leu Gly Ser Leu Leu 45
Gly Cys Leu Leu Phe Arg Arg Phe 60
Ser Gly Asn Ser Ser lie Lys Ile 7580
Lys Thr Ser lie Tyr Vai lie Lys 9095
Ala Glu Arg Gly Glu Arg Vai Thr 105110
Thr Asp Leu Asn Glu Leu He Gin 125
Pro Arg Gly Glu Met Leu Ser Gly . 140
428
Phe Leu Lys Gin 145
Phe Lys Glu Lys Lys
150 <210> 453 <211> 569 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 453
Met Pro Lys Gin trachomatis serovar D
Thr lie Ala Cys 20
Tyr Ala Met Tyr 35
Vai His Pro Gly 50
Asp Phe Val Vai 65
Met Ser Glu Phe
Val Glu Vai Tyr 100
Leu Ser Arg Glu 115
Ala His Cys Glu 130
Vai Lys Gly Gly 145
Gly Ser Gin lie
Gly Lys Vai Cys 180
Asn Val Val Vai 195
Lys Lys Ala Glu 210
Gly Ile Vai Lys 225
Gly lie Asp Gly
Arg His Pro Ser
260
Ala Asp Tyr Thr Trp Gly Tkla Lys Lys Asn Leu Asp 5 1015
Leu Pro Glu Asp Vai Lys Gin Phe Lys Asp Leu Leu 2530
Gly Phe Thr Ala Thr Glu Glu Glu Pro Thr Ser Glu 4 045
Ala Ile Leu Lys Gly Thr Val Vai Asp lie Ser Lys 5560
Val Asp Val Gly Leu Lys Ser Glu Gly Vai lie Pro 70 7580
Ile Asp Ser Ser Glu Gly Leu Thr Vai Gly Ala Glu 85 9095
Leu Asp Gin Thr Glu Asp Asp Glu Gly Lys Val Vai 105110
Lys Ala Thr Arg Gin Arg Gin Trp Glu Tyr lie Leu 120125
Glu Gly Ser lie Vai Lys Gly Gin lie Thr Arg Lys 135140
Leu lie Vai Asp lie Gly Met Glu Ala Phe Leu Pro 150 155160
Asp Asn Lys Lys lie Lys Asn Leu Asp Asp TyrVai
165 170 * *175
Glu Phe Lys lie Leu Lys Ile Asn Vai Asp ArgArg
185190
Ser Arg Arg Glu Leu Leu Glu Ala Glu Arg lie Ser 200205
Leu lie Glu Gin lie Thr Ile Gly Glu Arg Arg Lys 215220
Asn lie Thr Asp Phe Gly Vai Phe Leu Asp Leu Asp 230 235240
Leu Leu His Ile Thr Asp Met Thr Trp Lys Arg lie 245 250255
Glu Met Val Glu Leu Asn Gin Glu Leu Glu Vai lie 265270
429
lie Leu Ser 275 Val Asp Lys Glu Lys Gly Arg Val Ala Leu Gly Leu Lys
280' 285
Gin Lys 290 Glu His Asn Pro Trp 295 Glu Asp Ile Glu Lys Lys 300 Tyr Pro Pro
Gly 305 Lys Arg Val Arg Gly 310 Lys Ile Val Lys Leu Leu Pro 315 Tyr Gly Ala 320
Phe Ile Glu Ile Glu Glu 325 Gly Ile Glu Gly Leu Ile His 330 Val Ser 335 Glu
Met Ser Trp Val Lys Asn 340 Ile Val Asp Pro Asn Glu Val 34 5 Val 350 Asn Lys
Gly Asp Glu 355 Val Glu Val Val Val 360 Leu Ser Ile Gin Lys 365 Asp Glu Gly
Lys Ile 370 Ser Leu Gly Leu Lys 375 Gin Thr Lys His Asn Pro 380 Trp Asp Asn
Ile 385 Glu Glu Lys Tyr Pro 390 Ile Gly Leu Arg Val Thr Ala 395 Glu Ile Lys 400
Asn Leu Thr Asn Tyr Gly 4 05 Ala Phe Val Glu Leu Glu Pro 410 Gly Ile 415 Glu
Gly Leu Ile His Ile Ser 420 Asp Met Ser Trp Ile Lys Lys 425 Val 430 Ser His
Pro Ser Glu 4 35 Leu Phe Lys Lys Gly 4 40 Asn Thr Val Glu Ala 445 Val Ile Leu
Ser Val 450 Asp Lys Glu Ser Lys 455 Lys Ile Thr Leu Gly Val 4 60 Lys Gin Leu
Thr 465 Pro Asn Pro Trp Asp 470 Glu Ile Glu Val Met Phe Pro 475 Val Gly Ser 480
Asp Ile Ser Gly Val Val 485 Thr Lys Ile Thr Ala Phe Gly 490 Ala Phe 495 Val
Glu Leu Gin Asn Gly Ile 500 Glu Gly Leu Ile His Val Ser 505 Glu 510 Leu Ser
Glu Lys Pro 515 Phe Ala Lys Ile Glu 520 Asp Val Leu Ser Ile 525 Gly Asp Lys
Val Ser 530 Ala Lys Val Ile Lys 535 Leu Asp Pro Asp His Lys 540 Lys Val Ser
Leu 545 Ala Ser Glu Ile Glu Lys Glu Phe 550 Glu Ser Ser 565 Leu Asp Val Arg His Gly Gly Asp Ala 555 Asp Gly.His Asp 560
<210> 454 <211> 666
430 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 454
Met Glu Ser Leu trachomatis serovar D
Lys Lys Leu Ser 20
Ala Gin Gin Val 35
Glu lie Pro Leu 50
Ile Glu Ile Ala 65
Arg Gly Thr Asp
Ala Asp Pro Tyr 100
Pro Lys Gin Glu 115
Phe Asp Trp Glu 130
Phe Ile Tyr Glu 145
Gin Val Ser His
His Leu Lys Gin 180
Glu Phe Asp Glu 195
Leu Cys Asn Tyr 210
Arg Arg Tyr Thr 225
Lys Thr Leu Val
Asp Val Val Phe 260
Pro Trp Ile Asp 275
Leu Met Asn Phe 290
Ser 5 Val Arg Ser Thr Ile 10 Pro Leu Pro Leu Gly 15 Ala
Ala Asp Arg Tyr Arg 25 Phe Ser Leu Phe Ser 30 Ser Gin
Thr Leu Val Leu 40 Leu Asp Pro Leu Ser 45 Glu Ile His
Ser Ser Thr 55 Asp His Arg Thr Gly 60 Ala Ile Trp His
Gly Ile 70 Ser Ser Glu Trp Ser 75 Tyr Ala Tyr Lys Leu 80
Leu 85 Ser Ser Gin Lys Phe 90 Ala Thr Asp Ser Tyr 95 Ile
Ser Lys Asn Ile Tyr 105 Ser Pro Gin Leu Phe 110 Gly Ser
Lys Asp Tyr Ala 120 Phe Ser Tyr Leu Lys 125 His Glu Asp
Gly Asp Thr 135 Pro Leu His Leu Pro 140 Lys Glu Asn Tyr
Met His '150 Val Arg Ser Phe Thr 155 Arg Asp Pro Ser Ser 160
Pro 165 Gly Thr Phe Leu Gly 170 Ile Ile Glu Lys Ile 175 Asp
Leu Gly Val His Ala 185 Val Glu Leu Leu Pro 190 Ile Phe
Thr Val His Pro 200 Phe Lys Asn Gin Asp 205 Phe Pro His
Trp Gly Tyr 215 Ser Ser Val Asn Phe 220 Phe Cys Pro Ser
Tyr Gly 230 Ala Asp Pro Cys Ala 235 Pro Ala Arg Glu Phe 240
Lys 245 Ala Leu His Arg Ala 250 Gly Ile Glu Val Ile 255 Leu
Asn His Thr Gly Phe 265 Glu Gly Thr Ser Cys 270 Pro Leu
Leu Glu Ser Tyr 280 Tyr Met Val Asn Asp 285 His Gly Asp
Ser Gly Cys 295 Gly Asn Thr Val Asn 300 Thr Asn Thr Pro
431
Thr 305 Thr Leu Lys Trp lie 310 Leu Asp Ala Leu Arg Tyr 315 Trp Vai Gin Glu 320
Met His Vai Asp Gly Phe 325 Arg Phe Asp Leu Ala Ser 330 Vai Phe Ser 335 Arg
Asp Pro Gin Gly 340 Vai Pro Leu Pro Leu Thr Pro lie 345 Leu Gin 350 Ala lie
Ser Ser Asp 355 Ser lie Leu Ser Glu 360 Thr Lys Leu lie Ala 365 Glu Pro Trp
Asp Ala 370 Gly Gly Leu Tyr Gin Leu 375 Gly His Phe Pro 380 Ser lie Ser Thr
Arg 385 Trp Ser Glu Trp Asn 390 Gly Cys Tyr Arg Asp His 395 Vai Lys Ala Phe 400
Leu Asn Gly Asp Ala His 405 Gin Vai Ser Ser Phe Ala 410 Ser Arg lie 415 Ser
Gly Ser His Asp 420 lie Tyr Pro Asn Gly Lys Pro Thr 425 Asn Ser 430 lie Asn
Tyr lie Cys 435 Ser His Asp Gly Phe 440 Thr Leu Tyr Asp Thr 445 Vai Ala Tyr
Asn Asp 450 Lys His Asn Glu Glu Asn 4 55 Gly Glu Tyr Asn 460 Arg Asp Gly Thr
Ser 465 Ala Asn Tyr. Ser Tyr 470 Asn Phe Gly Cys Glu Gly 475 Glu Thr Thr Asp 480
Pro Thr lie Cys Ala Leu 485 Arg Glu Arg Gin Met Lys 4 90 Asn Phe Phe 495 Leu
Ala Leu Phe Leu 500 Ser Gin Gly Ile Pro Met lie Gin 505 Ser Gly 510 Asp Glu
Tyr Gly His 515 Thr Ala Tyr Gly Asn 520 Asn Asn His Trp Cys 525 Leu Asp· Thr
Lys lie 530 Asn Tyr Phe Leu Trp Asp 535 Arg Leu Ala Glu 540 Arg Lys Glu Leu
Phe 545 Ser Phe Leu Cys Gin 550 Vai Ile Ala Leu Arg Lys 555 Ala Tyr Thr Glu 560
Leu Phe Asn Thr Ser Phe 565 Leu Ser Glu Asp Thr Ile 570 Thr Trp Leu 575 Asn
Thr Lys Gly Ser 580 Pro Arg Glu Trp Gly Ala Asp His 585 Tyr Leu 590 Ala Phe
Glu Leu Lys 595 His Leu Asn Tyr Ser 600 Leu Phe Vai Ala Phe 605 Tyr Ser Gly
Asn Glu 610 Arg Ile Glu lie Ser Leu 615 Pro Lys Pro Arg 620 Lys Glu His Leu
Ala Tyr Glu Lys lie Vai Asp Ser Thr Thr Gly Phe Phe Ser Gin lie
432
625 630
Leu Ser Pro Lys Leu Ser Leu Glu 645
Ser Arg Arg Lys Thr Ser Leu Glu 660
635 640
Pro Tyr Ser Ser Leu Val Ala Ile
650 655
Ser Arg
665 <210> 455 <211> 882 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 455 gtgtccaaac atacttctga atccaggatt tctagcgtaa agcaattttg tccttatčtc acctttgcaa aacttcatgg ggtgcccgtc gctcctcatc ttaaaacttc aattttagat actatagact tatgttcatt tcttcctgat gggggcttac gctctcatta tcaggttgga ggagagggta cttcagacgc ctatttccct gtacagaaag caacaactga agttttagaa acccacacga ccaacattcg cttttgggaa gaaaccaaag ctcaatccgc tgaaatqgag agaaacctgc ccattggagc gttattattg atcaaaacgá agtccagtgg gaacttcatc acaggacaag aagtcataga gaaccttgaa Cataagaagg atcaacagta tcgaggatta actatggcta gcggctctga aacttccgac <210> 456 <211> 1185 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 456 atgtcaaaag aaacttttca acgtaataag gttgaccatg gtaaaactac gctaacagcg ttggcctctt tccgtgacta tagttcaatt attactatca acgcttctca cgttgaatac gactgccctg gtcacgctga ctatgttaaa ggagctatcc tagtcgtttc agctacagac ttgctagctc gccaggttgg agttccttat atctctcaag aagatgctga acttattgac gaagaaaaag gctacaaagg atgccctatt ggtgatgcaa attatatcga aaaagttcga cctacaccag aaagagaaat tgataagcct atctctggtc gtggtactgt ggttacagga gataaagttc agctcgtggg attaggagag atgttcagga aagaacttcc tgaaggtcgt ggtattggaa agaacgatgt tgaaagaggt cctcatacga aatttaagtc agctgtttac aagcctttct tcagcggata cagacctcag gtcgtaactc ttcctgaagg aactgaaatg gttgagctca ttggaacagt tgctcttgaa ggtcgtacta tcggcgctgg aacgatttca gctcaagata ttactcacga ttťgagggtt tttaaactag ctcaaagcag gattactttg cctgaagttc gataagaagg tttaacaaaa tgtgcgacac atttcagatc tttaatactt aaagtcatgc cctcatatgg agtgactatt tgttagaacg acttctctta ctatgttttc ggtctccagg cgcttatgtt tccccgtagc cggctcttgc caaactacca aatttagaaa tttttgctgc ttcccttaag atacggaaga taaaacgagc aagttggaga ga ttattctggc ctatatccaa ťgctgcccat agctgcatta aggaatgtgt tagcatacgt aaáttttgtt tattggcatt aaaactgtac cggataccgt gaaggaggga ccacatctta agcttctgac agccgatgac
120
180
240
300
360
420
80
540
600
660
720
780
840
882 <210> 457 <211> 1656 <212> DNA ccccatatca gcaattacac gacaatactc gaaaccccaa satatgatta ggagctatgc atcgttgttt cttgttgaga atccgtggtt gaacttatgc ttcttaatgc agaatcgagc actaaagaaa gcaggagaaa atggtggttt gttcttcaga ttcttcttcc gtaatgcctg gaaggaatga aagatcaatg atattgggac gcgcgctatc cagaagaaaa atcgtcacta caggcgccgc cacaaactaa tcttgaataa tggaacttag ctgctttgaa aagctgtgga ctatcgaaga gtggaatcgt caatcgttac acgttggttt gtcagcctaa aagaagaagg gtactacaga gagataacgt gatttgcaat cttaa gatcgggcac aggggatgga ggctcgtgga cgctcacgta tcaaatyyaC agaacatatc agtagatatg tgagcttctt agctcttgaa tgacaacatc cgtattctca taaagtttct tggagtcgaa actcctcaga cagcgtgaag cggacgtcat cgtgacagga tgagcttgat tcgtgaaggt
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1185
433 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 457 atgccacaaa aagtcctgat tacttcagct ttaccctatg ctaatggtcc gctacatttt ggacatattg caggagtcta tcttcctgca gatgtgtatg caagattccg tagattgtta ggagacgatg tcctttatat ttgtggttcc gatgaatttg gcatagcgat caccttaaat gcggatcgtg aggggttggg gtatcaagag tacgtggata tgtaccataa gttacataaa gatacttttg agaagttagg gtttgctttg gatttctttt ctaggacgac gaaccctttt catgctgagc ttgtccaaga tttttattcc caacttaaag cgtctggatt gattgaaaat cgcatatctg aacaactgta ttcag'aacaa gaacaacgtt ttcttgcgga tcgttatgta gaagggacgt gtcctcggtg cggttttgat catgctcgag gagacgagtg tcagagctgt ggtgcggatt atgaggctat agatttaatc ggccctaagt ctaagatttc tggggttgag ttagtaaaaa aagagactga gcactcatat tttcttttgg accgtatgaa agacgctcta ctttctttta ttcagggatg ctatttacct gatcatgtcc gtaaatttgt tgttgattac atagaacatg tcaggtctcg agccattact cgagatttat cttgggggat tcctgttcca gactttcctg gaaaggtgtt ttatgtatgg tttgacgctc ctataggata tatcagtgga actatggaat gggcagcttc tcaaggaaac cctgacgaat ggaagcgttt ctggcttgaa gacggtgtag agtatgtcca gtttataggt aaagataatc ttcctttcca ttctgtagtt ttcccagcta tggaattggg tcagaaactt gactataaaa aagttgatgc cctcgtagtt tcagagtttt atcttttaga aggacggcaa ttcagtaaat ccgagggcaa ttatgtggat atggacaagt ttttgagttc ctattcctta gacaaattgc gctatgtatt ggcggctaca gctcctgaaa cttcggatag tgagtttact ttccttgatt ttaagactcg ttgtaattct gagttggtag gaaagtttgg gaattttata aaccgagttc ttgcttttgc agaaaagaat cactatgaca agctttctta tcattctgtg gttttagaag atagtgacag ggcatttctt gaagaagcgc gtcaacttgt tcgagatgct gagaagtgct acagagagta tagtttacgt aaggctacga gtgtgattat gtcactggca gctttaggga atgtctattt taaccaacaa gcaccttgga agctattgaa agaagggact cgtgagcgtg ttgaggccat tttattctgc gcatgttatt gtcagaagtt gttagcttta atttcttatc ctattattcc cgaaagcgct gtagctattt gggagatgat ctcaccaaaa tctttagaaa attgcaattt ggatacgatg tatgctaggg atctatggaa agaagaaatt cttgatgtta taaacgaaga atttcatttg aagtccccca ggttattatt tactactgta gagtag <210> 458 <211> 294 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 458 atgattaaaa aagatcgttt cactaatgaa aagttaaata agcttttcga tagtcctttt agcctagtga actacgcgat taaacaagca aagatcaaaa ttgccaaagg cgatgttcgc tcctctaatg ttgcgatcga aacactcgtc ttgttagata gagaagggat acagcctgag tttactgaag agattgtagt aactgctagc cctactgtgg aaagaaagag atcagaacat acaaattcta gaaaaaaaga tccctcagca tatacttgga gtgatgtaaa gtaa <210> 459 <211> 618 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 459 atgaataaga tcctagttga ctctcctttt tctccagatc accagaagtg ctgtcctaag ctttttacaa ttagtgctcc tgctggagtt ggaaagacaa cacttgtccg tatgttagag caagagtttt cttctgcttt tgctgagact atatcggtaa caacaaggaa acctcgagag ggtgaagtcc caggtaaaga ttatcatttt gtttcccacg aagaatttca aagacttttg gatcgtcagg ctctcttaga atgggtgttc ttattcggag agtgttacgg aacaagtatg ttagagattg aaagaatttg gagcctaggg aagcacgctg ttgctgttat tgatatccaa ggagccttgt ttattcgctc tcggatgcct agtgtatcta tttttattgc tccaccttca caggaggagt tagaaagaag gttagcttca cggggatctg aagagggctc tcaaagaaaa gaacggctgg agcacagtct tattgagcta gcagctgcaa atcagtttga ttatgtcatt attaacgacg acttaaatca agcgtacagg gttttaaaaa gcatttttat agctgaagaa cataggaaca tattatga
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1656
120
180
240
294
120
180
240
300
360
420
480
540
600
618
4,34 <210> 460 <211> 1809 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 460 ttgaaagaat ataagataga gaacattcgc aatttttcaa tcatagcgca tattgatcac gggaagtcta caattgctga tcgcctttta gaaagtacga gcacagtaga agaacgggag atgcgtgagc agctcttaga ttccatggat cttgaaagag agcgtggcat tacaattaaa gctcatcctg tcaccatgac gtatctatat gaaggagagg tgtatcaact gaacctgatt gatacccctg gtcacgtgga cttttcgtat gaagtctctc gatctctatc tgcatgtgag ggcgccttac ttattgtaga tgccgcccag ggggtgcagg cacaaagtct tg.ctaatgtc tacctggccc ttgaaagaga tttagagatc attcctgtat taaacaagat tgatctacct gccgctgatc ccgtgagaat tgctcaacag attgaagatt atataggcct agacactacg aacattattg cctgttctgc aaaaacaggť caggggatcc ctgcaatcct gaaagcaatt atcgatcttg ttcctcctcc aaaagcacct gcagaaacag agcttaaagc tttagtcttt gattctcatt atgaccctta cgttggcatt atggtctacg tacgcattat tagcggggaa ttaaaaaaag gagaccgcat tacttttatg. gcggctaaag gctcctcgtt tgaagtctta ggtatagggg cctttctccc taaagcaaca tttatagaag gttccttacg ccctggtcag gtgggttttt ttattgccaa tctcaaaaaa gtgaaggatg tgaagatcgg cgatacagtc acgaaaacaa aacatcctgc aaaaactcct ttggaaggct tcaaagagat caatccggta gtttttgctg gaatttatcc tatagattct tctgattttg atactttgaa agatgcttta ggaagactac agctcaatga ttctgcttta actatagaac aagaaagcag tcactcttta ggctttggtt ttcgttgtgg cttcttagga cttcttcatc ttgagattat ctttgaaaga atcattcgag aatttgactt agatattatt gcaacggctc caagtgtcat ctataaagtc gtcttaaaaa acgggaaagt tctagatatt gataacccct caggatatcc ggatcctgcg atcatcgagc atgtggaaga gccttgggtt catgtgaata ttatcacccc tcaagaatat ctgagcaaca ttatgaacct ctgtttagat aaacgtggga tctgcgtaaa aacagaaatg ctagatcagc accgtctagt tcttgcttac gaactccctt taaatgagat tgtctcggat ttcaatgaca agctgaagtc agtaactaaa ggttatggat cctttgacta ccgtcttggg gattaccgta agggatcgat catcaaatta gaggttctta ttaacgagga gcccatagat gctttttctt gtttagtcca tagagataaa gcagaatctc gtggaagaag tatctgcgaa aagcttgtgg acgtgattcc acaacaactc ttcaagattc ccatccaagc tgccattaac aaaaaagtca ttgccagaga aacgattcgt gcgctttcta agaacgtgac cgcaaagtgt tatggcggag atattactag gaaacgcaag ctgtgggaaa agcaaaagaa aggaaaaaaa cgtatgaagg aatttggaaa agtttccatt cccaatacag ctttcattga agttctaaaa ttagattaa <210> 461 <211> 975 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 461 atggaacttc ttccacacga aaaacaagta gttgaatatg aaaaggctat agccgaattt aaagaaaaaa ataagaaaaa ttctctctta tcttcttcag agattcagaa attggaaaag cgtttagata aattaaaaga aaagatctat tcggatttga ctccttggga gcgtgtacaa atatgtcgcc acccttcgcg tccccgtact gtcaactata ttgaagggat gtgtgaggag tttgtcgagc tttgtggaga tcgcaccttc cgagatgatc ccgcagttgt tggtggcttt. gtaaaaatcc agggtcagcg ttttgtcctt attggccaag aaaagggatg cgatacagcg tcacgccttc ataggaactt cggtatgtta tgtcccgagg gtttcagaaa agcccttcgc ttaggaaaac tcgctgaaaa gtttggcttg cctgtggtct ttcttgtcga taccccagga gcatatcctg gattgactgc tgaagagaga ggacaaggat gggcaattgc caaaaatctt tttgagctct caagacttgc cactcccgtg attattgtcg ttatcggtga gggatgttca ggtggagctt tgggcatggc tgtaggtgat tctgtagcta tgttagagca ttcctattat tctgtaattt ccccagaagg atgcgcctcc attctttgga aagatcctaa gaaaaatagč gaagcagctt ccatgttgaa aatgcatgga gaaaacttaa aacaatttgg cattatcgat actgttatca aagagcccat tgggggagct caccacgatc ctgcattggt atatagcaat gttcgagagt ttatcatcca agagtggtta cgattaaaag atctagctat agaagagctg ttggagaaac ggtacgaaaa atttcgctct ataggtcttt. atgaaactac ttctgaaagc
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1809
120
180
240
300
360
420
480
0 600
660
720
780
840
900
960
435 ggtcctgagg cataa 975 <210> 462 <211> 1980 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 462 atgaaactac ttctgaaagc ggtcctgagg cataaaaatc atctcgttat attaggctgt60 tctctactcg caattttagg acttaccttt tcatctcaga tggagatttt ttctttaggg120 atgattgcta aaacaggccc cgacgccttt ttactttttg gacgtaagga atctggaaaa180 cttgtaaagg tttcagaact aagtcagaaa gatattttag agaattggca ggcaattagt240 aaggattcag agacacttac agtctctgat gccacgacat acatcgccga acatgggaaa300 agcacagcct ctctgacgag caagctctct aagtttgtcc gtaactacat cgatgtgagc360 cgctttcgag gactggcaat cttcttaatc tgcgttgcta tttttaaagc agtcacctta420 tttttccaac gtttccttgg gcaagtcgtt gctatacggg taagccgaga cttacgtcag480 gactacttta aggccctaca acáactcccc atgaccttct tccatgatca tgatatcggt540 aatttaagta atcgtgtcat gacagattct gcaagcattg ccttagcagt aaactcttta600 atgattaact acattcaagc cccaattacc- ttcatattga cattgggagt ctgtctgtcg660 atttcatgga agttttcaat tcttatttgt gttgcctttc ctatctttat ccttcccatt720 gtcgtgatcg ctagaaagat caaaaattta gcaaaacgta ttcaaaagag tcaggattca780 ttttcctccg ttctttatga ttttcttgct ggggttatga cagtaaaagt ctttcgtaca840 gaaaaatttg ccttcacaaa atattgtgag cataacaata agatttctgc tttagaggag900 aaaagtgctg cttacggttt gcttccacga cccctcctgc ataccatagc ttctttattt960 tttgcttttg tcgtcgttat cggaatttat aaatttgcta ttcctcccga agaacttatc1020 gtattttgtg gtttgctcta cctaatctac gaccctatta agaagttcgg ggatgaaaat1080 acctccatca tgaggggatg tgctgctgcg gagagatttt atgaagtctt gaatcacccc1140 gatcttcata gtcaaaaaga aagagaaatc gagttccttg gactttctaa tacaatcaca1200 ttcgagaatg tttccttcgg ctatcaggaa gataagcaca tcctcaaaaa tctaagcttt1260 accttacata aaggcgaagc tctaggcatt gtaggaccta caggatctgg aaaaacaaca1320 cttgttaaat tacttcctag gctctacgaa gtctcccaag gaaagattct tatcgactct1380 cttcctatta cggaatataa caaagggtcc ttaaggaatc acatcgcctg tgtattacag1440 aatcctttct tattctatga tactgtatgg aataacctta cctgtggtaa ggatatggag1500 gaggaggctg ttttagaagc tctaaaacgt gcctacgctg atgagtttat tttaaagctc1560 cctaaaggag tccatagcgt gctcgaagaa tctgggaaga atctctcagg aggacagcag1620 caacgtttgg caatagcacg tgctctgttg aaaaacgcct ccatcttaat tttagatgag1680 gcaacgtcag ctctagatgc cattagtgaa aattacatta agaatatcat tggagagctt1740 aaaggacagt gcacacaaat cattattgcc cacaagctga ccactcttga acatgtagat1800 cgcgtgctct acatagaaaa tggtcaaaaa attgccgaag gcacaaaaga agaactctta1860 cagacgtgtc ctgaattttt aaaaatgtgg gagctctcag ggactaaaga atataacagg1920 gtctttgttc ctgatcacaa attagtcgca aatcctacgg acatggcaat aacaacttag1980 <210> 463 <211> 1236 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 463 atgattccta ccatgttaat gttcttcatt atctgtttta ctttatgctc gggattcatt60 tcgttatctc aaattgcttt gttttctttg cctacgagtt tgatctcgca ctataagcgc120 tctaaatcta agaaacagca gcgagtagct acccttcttc tacatcccca ccacctgctc180 atcaccttaa ttttttgtga tatcggactg aatattgcta ttcaaaactg ttttgccatt240 ctatttggag atgcagcttc gtggtggttt actgtaggtc ttcctttagc aattactttg300 atcttaggtg agattctccc taaagcagta gctcttcctt ttaatacaca gattgctagt360 tccgtagccc ctcttattct ttgtgttact aaaatcttca aacccctact ccactggggt420 atcgtaggaa ttaattatgt ggtccaatgg attttatcga agcaacagat tgatatcatc480 caaccccaag. agctgaagga agtattgcaa agttgtaagg atttcggcgt agtcaatcaa540 gaagaaagcc gtttactcta tggttatctt tctcttagtg attgtagtgt taaagagcgt600 atgcagccac gccaggatat tttattttat gatatccaaa cccctttaga gaacctctat660 cttttatttt ctaaacagca ttgctcacga gttcctatať gtaacgataa cctccaaaac720 cttctgggca tttgcacagc gcgctctctt cttttacatg acaagccact gcaatcttcg780
436 gatgatctcc tccccttgct gaaaaaaccg tattatatgc cagaaaccat ctctgcaaaa atggctttat gtcagatggc agctgaagac gaaaccctag ggatgatcat tgatgaatac ggatctattg aaggattgat cactcaagaa gacctctttg aaattgttgc tggagaaatt gtagaccaga gagataataa aatactctat accacctcag gagctgatgt tattattgcc tcaggaactt tagaactccg tgagtttagt gagatcttcg atatcaacct accgacgaac aataatattg cgactatagg aggctggtta atagagcaaa tcggaacgat tccgacaaca ggaatgaaac tctcttggaa taacttgctt ttccaggtat tagacgctgc tccgaatcgc attcgccgtg tgtatataag gaaattgtat gactaa <210> 464 <211> 1215 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 464 atgactaatt ctgctctctt ttggatagga gtcaacatta tctgtattgt cttacaagga ttctattcga tgatggaaat ggcctgcgtg tcatttaacc gtgtacgatt gcaatactat ctgactaaag atcataagaa agctcgctac attaatttcc tgattcgccg cccctatcgt ttatttggaa cggtgatgtt aggagtgaat atcgctctac aagtcgggtc tgagtcctca agaaattgct atcgagcttt aggaatcact ccagattacg ctcctttcac tcaaattttt atagttgtga tttttgcaga acttctacct ctaacaatat cacggaagat tcctgaaaaa ttagcacttt ggggagcacc gattctctat tattcccact atattttcta tcctctgatt cagctcatag gaagtctcac tgagggtctt tactatcttc taaatattag gaaagaaaaa ttgaactcta cattaagtag agacgagttc caaaaagctt tagagactca ccatgaagaa caagatttca atacaattgc tacaaatatt ttctctttaa gtgcgacttg tgcagatcag gtatgccaac ctttagaaca ggttaccatg cttccttctt ctgcaaatgt taaagatttt tgccggacta taaaaaatac agatatcaac tttattcctg·tctatcacaa ggcccgaaaa aacgttattg ggattgccca tcctaaagac tttgtcaata aagctcttga tgaaccccta atcaataatc tacactcgcc ttggtttatc actgcaaaat caaaacttat tcgtatcctc aaagagtttc gagacaaccg ttcgagtgtt gctgttgtcc tcaatgcttc tggtgaacct ataggtattc ttagtttaaa tgcaattttc aaaatcttat tcaacactac aaacattgct catttaaaac ccaagaccat ctctgttatt gaaagaacgt ttcctggcaa ctctcgcata aaagatctgc aaaaagaact cgatattcaa tttccgcaat atcctgtaga aaccctagcc caattggtat tgcaactgct agacagtcct gcagaagtag gaacttctgt aattatcaac aacttgcttt tagaagttaa agagatgtct ttatctggga taaaaaccgt atcgattaaa aacttactct catag <210> 465 <211> 1632 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 465 ttgttcggct cggagtccct ccgttatcaa ttgttgatcc aagattttgc aaaagtttca gaagagggca taggcctttt ggagtctaaa gagtattctt tacttcaggc taagctagtt ttaagggctc tggctcaaaa ttcttctttt gatgattggt ttagaagttt taagaagtgt cagatttcct atccagagtt agctcatgat cgcgatgtct tagaagaatt tgggattcaa gttctgcgtg agggaatcga aaatccttcc gtgaccgttc gtgctgtgag tgtccttgct attgggcttg ctagagattt tcgcttggtc cctctcctgc tccaaagttg taatgatgac agtgctattg ttcgatcttt ggctcttcag gttgctgtga actatggctc tgaaagttta aaaaaggcca ttgtagagct tgcccgtaat gatgattcta ttcatgttcg gattacagca tatcaggtgg tcgctctttt acagatagag gagctattgc catttttaag agagcgtgct gagaacaaac ttgtagatag tgtagaacgt cgagaggcgt ggaaggcttg cttggaactc tcttctcaat ttctagagac gggtgtagct aaggacgata ttgatcaagc gttgttcact tgtgaagtgt tgcgtaacgg tatgttgcca gagactactg agatttttac agaactctta tctgtagagc atcctgaagt gcaggagtct ctcttacttt ctgctttagc ttggagtcat cagctacaga atcacaaaga gtttcttagt aaagtgcgcc atgtgatgtg cacttctcca tttgcaaaag tacgttttca agctgctgca cttctccatc tgcatggaga ccctttgggc agagactctc tggttgaggg cttgcgctct cctcaacctc ttgtgtgtga ggcagcttcg gcggctctct gctctttagg aatccatgga gtccctttgg caaaggagca tttggagagc ctttcttctc gaaaggctgc tgcgaacctc tccattttgc. ttcttgtgag ccgtgaa^at
840
900
960
1020
1080
114 0
1200
1236
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1215
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
437
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1632 attgaaagag atagagtatt tcggatatga tatagccaag agcttttttt acagatgctt gatcaagctt ttagcaatct gactgctgcc attttcaaat ctggagatgt tcttatggga ttaaacgtga ccaaggctgt ctggaatgtt gctttgcagc ccctacagag tagagagcgt atcacgaagc aa gattgctcgc tgcacaatgg gattggtagg aacagcaacg ctgggaagag aaagttggaa ggtctctcaa tgctttttct tccttcgctg tacctctcca aatttacgtg aagctcattc ttcctttcag ggagatgtga ggagcgttag ctttataatg gagaatcttg cgaagtgcag atcctgaaat gtgatacctt gccttttggc gacagcaagc aaacttctga cctcgctatg acagccgttg atgctgtgcc cagcgggtgc gtgctgggct ccctctatat agtagctcgc tcagggatgg ggatttggtt tcagaaaaaa gcaagataaa ttttcttcta tcttttctct <210> 466 <211> 312 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 466 atgtcattta aacgtttctt gcaacagatc cctgtacgta tctgtctact tattatctat ctctaccaat ggcttatctc ccctctctta ggctcgtgct gtagattttt tccttcctgt tcgcactatg cagaacaagc cttaaaatct cacggcttcc tgatgggctg ctggctttct ataaagagaa tcggaaagtg tggcccctgg catcctggag gcattgacat ggtccctaag actgctttgc aggaagtttt agaaccttac caggaaatag acggtggtga ttcaagccat ttttctgaat ga <210> 467 <211> 1089 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 467 atggctttca aaagaaaaac tagatggctg tggcaagtct tgatcctgag tgtgggattg aatatgcttt ttttgctctt attttactct gccatatttc gtaaagacat ctataagctg catttatttt ccggacctt't gattgcgaaa agtagtcgta aggtctacct ttctgaagat tttttaaacg agatatctca agcatctttg gacgacttga tttcgttgtt caaagatgag cgctatatgt atggťcggcc gataaaactt tgggcgttga gtgtagcgat agcttcccac cacatagaca tcactcctgt gctttcgaag cctttgacct atacagagtt gaaaggatct tcagtgcggt ggcttttgcc gaatattgat cttaaagact ttcctgtgat tttggactat ttgcgttgcc acaagtatcc ctatacttct aagggcttgt ttttgctgat agaaaagatg gtacaagaag gctgggtaga tgaagattgc ctgtatcatt tctgctcgac tccagaattt ctttacttgc gtacgttact tgtaggtgca gacgtgcagg cctcttcagt agcctcatta gctcgtatgg tgattcgttg cggatccgaa cgtttctttc atttttgcaa tgaagagagc cgcacttcca tgatttcagc tacacaacgt cagaaagtct taaaatctta tttagattgt gaagaatctc tggcagcctt gcttttgctt gtccatgata gtgatgttgt tttgcatgaa ttttgtgatg aagatcttga gaaggtcatc cgcctgatgc ctcaagagtc tccctatagt cagaatttct tctctcgatt acagcattct ccgcgtagag agttggcctg catgtcgact cagagggtag aggctcctcg tgttcaagaa gatcaggatg aagagtatgt ggtacaggac ggggattctt tatggttgat agctaagagg tttggdattc ctatggataa gatcattcag aaaaatggct tgaatcacca ccgtctattt cctggtaagg ttctaaaact tcctgcaaag cag’tcttag <210> 468 <211> 1308 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 468 atgttttcac gatggatcac cctcttttta ttattcatta gccttactgg atgctcctcc tactcttcaa aacataaaca atctttaatt attcccatac atgacgaccc tgtagctttt tctcctgaac aagcaaaacg ggccatggac ctttctattg cccaacttct ttttgatggt ctgactagag aaactcatcg cgaatccaat gatttggaat tagcgattgc cagtcgctat acagtctctg aagacttttg ctcttatacg ttctttatca aagacagcgc tttatggagc
120 180 240 300 312
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1089
120
180
240
300
438 gacggaacac tctccccaca acgattcatc gctatcttta ttcccagggc tccatcaact aacagaggca cataaacaat ctaaatacaa attgataaac ctgtcccgag gaaaaactcg ttaaaggaac ctgtttgtta tattacccag atcccgatct tataatgctt caatcacctc tacagatctt tcgactcgcc aaccagaaaa ataacattca ccatcaaact aggtggactg cgcaatatca aatccccaca gttctatcat gagctccaca tgcttaccta aatggaaagc acaaacgaaa gagcaaatct actatctgag ctggagctgt cgaagatatc ccaaggactt caaccccgat cccgaagctc tttaaagaaa gctcattatt ggtaggacaa ctactacacc cttaaatgat tgaagaagct accaaatcaa tccctcagat tgctggaata agtccaagac aatttctgaa ctatgactat agatctcaaa cgtaacgctt aacttctcaa tttcctaagc tttágcggtc aaccctaact cctgatatat ccctggcatc tatcctgtag cttcaaaaca cttcaaggaa tataaaaaac attctaagat gatttaatcc tacgccatag gaagacaagc ctcactcaag tatacctatt gggagtatgc ctccttcatc ttcttgcctt cgtatactct attacgacta atacagccat aagggattcc aaggtgcctt gacatagact cccaacaacc aaaagcctct gccaacgcat ttgaaggact caacacagac tcctgcaaaa attttataga tcccctag acaggagaac aaatgcaatt tcctgcattt tgtagagtat ccactgcgtc ccacctccta ttgggagctc ctggctttgt cgctacttgt agcggaaaca aactccacaa agcagaaatc cgaataccat tggagttgct ctttgagatt gggagtaatc
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1308 <210> 469 <211> 1749 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 469 gtgtctggga agaaagatgg tgtaagggga atgatctttg tccctcttag catcctagta ctaatctttt tacctcttcc tcagatcctt cttgattttg gattgtgtat tagttttgca ttgtctttac taacggtctg ttgggtcttt accttaaatt caagcaattc agcgaagctt tttcctccat ttttcttata tctttgccta ttgcggttgg gattgaatct tgcatcaaca cgatggattg tctcttcagg aaccgcctct tctctgattg tttctttagg cagtttcttc tctttaggaa gtctatgggc agcaacgttt gcgtgcctcc ttcttttctt tgtgaacttt ttgatggttt caaagggttc ggaaagaatc gcagaggtcc gttcgcggtt tttcttagag gctcttccag caaaacagat ggctttagat tctgatcttg tttctggaag agcttcttat aaggctgtca aaaaacaaaa aaatgccctt atagaagaag gggatttctt ctctgccatg gagggggtct ttcgttttgt taaaggggat gcaattatta gttgtatcct tttactcgtg aacgtagttt ctgtaacttg tctttattat acttcgggtt atgctcttga gcagatgtgg tttacagttt taggagatgc tttagtgagt caagtacctg ctttacttac ttcgtgtgct gcagccactc ttattagtaa aatcgataag gaagagagcc ttttaaatta cctgttcgaa tactacaaac agttgcgtca gcatttcagg gtggtgtcgt tattgatctt ttctttgtgc tgcattccca gttctccaaa attccctatc gttttgctcg cgagtctttt atggttggcg tatcgaaaag aagagcctgc atcagaagat tcttgtatag aacgtgcgtt ctcttatgtt gagggggcct gccctaagga acaagaatca cagttctatc aagtatatcg tgcagcatcc gaagaagtat ttgaagattt aggagttaga ttgcctgtgc ttacttctct acgtattgaa gagcgtcctt ggctccgagt atttggccag aatgtatact tagatgaaat gactccagag gctgtgcttc ctttccttag aaacatcgct catgaggctc tcaatgccga ggtagttcaa aagtaccttg aggaatcaga gagagtgttt ggcatcgctg ttgaagacat cgttcctaag aaaatctctt taagctctct tgtagttctt tctcgcctcc ttgttagaga aagggtatcg cttaagcttt tcccaaagat tctagaggcc gttgcggtat accaaaattc tggagacagc ttggagatcc ttgcggaaaa agtgcgaaag tctctcggat attggattgg gagaagtctc tgggatcaga aacaaaccct tgaggtaatt accatagatt ttcatgttga agaattgata aacagctcat actcaaagtc taatcctgta atgcaagaga atgtgatccg tcgagtagac agtcttttag aacggtcggt atttaaagat tttcgagcca tagttacgag ctgtgaaaca cgatttgaga tgaaaaaaat gctcgaccca catttccctg atcttttggt tttatctcat gatgagcttc ctaaagaaat ccctatttcc ttcttaggga tcgtttcaga tgaggtttta gttccttaa
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1749 <210> 470 <211> 516 <212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae <400> 470
439
120
180
240
300
360
420
480
516 atgaaaaaat tattattttc tacatttctt cttgttttag gatcaacaag cgcagctcat gcaaatttag gctatgttaa tttaaagcga tgtcttgaag aatccgatct aggtaaaaag gaaactgaag aattggaagc tatgaaacag cagtttgtaa aaaatgctga gaaaatagaa gaagaactca cttctattta taataagttg caagatgaag attacatgga aagcctatcg gattctgcct ctgaagagtt gcgaaagaaa ttcgaagatc tttcaggaga gtacaatgcg taccagtctc agtactatca atctatcaat caaagtaatg taaaacgcat tcaaaaactc attcaagaag taaaaatagc tgcagaatca gtgcggtcca aagaaaaact agaagctatc cttaatgaag aagctgtctt agcaatagca cctgggactg ataaaacaac cgaaattatt gctattctta acgaatcttt caaaaaacaa aactag <210> 471 <211> 1083 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 471 atgtccgaag caccagtcta cactcttaaa cagttagctg agctactaca agtcgaagtt caaggaaata tagaaactcc tatttcaggt gttgaagata ttagtcaggc gcaacctcac catattgctt ttttagataa tgagaaatac tctagctttc taaaaaacac caaagctggt gctattattt tatctagatc tcaggcaatg caacatgccc acctaaagaa aaactttčtt attaccaatg aatccccttc tctaacattt caaaagtgca tagagttgtt tattgaaccc gtaacatcag ggtttcctgg tattcatcct actgcagtga ttcatcctac tgcacgtatt gagaaaaatg taaccataga accttacgtt gtcattagtc aacatgccca tatcggctct gacacataca tcggagctgg aagtgtcatt ggagctcaca gcgttctagg tgctaactgt ctgattcacc ctaaggtggt gattcgagaa agagtcctca tgggaaaccg tgtagttgtt caacctggag ctgttttagg atcctgtggt tttggttata ttacaaatgc ttttggtcat cacaaacctt taaagcatct aggctatgtg attgtaggtg atgatgtaga aatcggagcc aacactacga tagatcgtgg tcgattcaag aacaccgtga tccatgaagg aactaaaata gataaccaag tacaagtagc tcatcacgta gaaattggaa agcatagtat tattgttgcc caagcaggca ttgcaggttc tacaaaaatt ggtgaacatg tcatcattgg agggcaaacc ggaattactg ggcatatttc tattgcagac catgtgatca tgattgctca aactggagtc acaaaatcta tcacctctcc aggcatttat ggaggcgctc cagcacgacc ttatcaagaa acacatcggt tgattgctaa aattcggaac cttcctaaaa ctgaagaaag actaagtaag ttagaaaaac aagtaagaga tctatcgact cccagcčttg ctgagattcc ttcagagatc taa <210> 472 <211> 1200 <212> DNA - <213> Chlamydia pneumoniae <4 00> 472 atggcagcat caggaggcac aggtggttta ggaggcactc agggtgtcaa ccttgcagct gtagaagctg cagctgcaaa agcagatgca gcagaagttg tagccagcca agaaggttct gagatgaaca tgattcaaca atctcaggac ctgacaaatc ccgcagcagc aacacgcacg aaaaaaaagg aagagaagtt tcaaactcta gaatctcgga aaaaaggaga agctggaaag gctgagaaaa aatctgaatc tacagaagag aagcctgaca cagatcttgc tgataagtat gcttctggga attctgaaat ctctggtcaa gaacttcgcg gcctgcgtga tgcaatagga gacgatgctt ctccagaaga cattcttgct cttgtacaag agaaaattaa agacccagct ctgcaatcca cagctttgga ctacctggtt caaacgactc caccctccca aggtaaatta aaagaagcgc ttatccaagc aaggáatact catacggagc aattcggacg aactgctatt ggtgcgaaaa acatcttatt tgcctctcaa gaatatgcag accaactgaa tgtttctcct tcagggcttc gctctttgta cttagaagtg actggagaca cacatacctg tgatcagcta ctttctatgc ttcaagaccg ctatacctac caagatatgg ctattgtcag ctcctttcta atgaaaggaa tggcaacaga attaaaaagg cagggtccct ačgtacccag tgcgcaacta caagttctca tgacagaaac tcgtaacctg caagcagttc ttacctcgta cgattacttt gaaagtcgcg ttcctatttt actcgatagc ttaaaagctg agggaatcca aactccttct gatctaaact ttgtgaaggt agctgagtcc taccataaaa tcattaacga taagttccca adagcatcta aagtagaacg agaagtccgc aatctcatag gagacgatgt tgattctgtg accggtgtct tgaacttatt cttttctgct ttacgtcaaa cgtcgtcacg ccttttctct tcagcagaca aacgtcagca attaggagct atgattgcta atgctttaga tgctgtaaat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1083
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
440 ataaacaatg aagattatcc caaagcatca gacttcccta aaccctatcc ttggtcatga
1200 <210> 473 <2U> 675 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 473 atgacatcct ggatagaatt acttgataag caaattgaag atcaacatat gttaaagcac 60 gaattttatc agcgttggtc tgaaggaaag ttagaaaaac aacaacttca agcttatgcc 120 aaagattact atttacatat taaagcattt ccttgttacc tttcagcgct gcatgctcgc 180 tgtgatgact tgcagattcg tagacaaatt cttgagaatc tcatggatga agaagctgga 240 aatcctaatc acatagattt atggagacag tttgctttat ctcttggagt ttctgaagag 300 gagcttgcca atcatgaatt cagtcaggct gctcaagata tggtagcgac atttcgccgc 360 ttatgcgaca tgccacaact tgccgtgggt ttaggcgctc tctatactta tgagattcag 420 attcctcaág tctgtgtaga gaaaatccgt ggtttgaaag aatattttgg agtttctgct 480 cgaggctatg catactttac tgtacatcaa gaagctgata ttaaacatgc cagcgaagag 540 aaagaaatgc tacaaacttt ggtaggcaga gagaatcctg atgctgtttt gcaaggatca 600 caagaagttt tagatactct atggaacttt ttgagctctt ttattaattc aacggagcct 660 tgttcttgta agtag 675 <210> 474 <211> 741 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 474 atgaaaatca ccacagtcaa aacaccaaaa atatatcctt atgatgacct atattctatt60 ctagagtctt cattgcctaa gttaaacgaa cgctctattg ttgtgattac gtctaagata120 gtctctttat gtgaaggtgc tgttgtagaa cttgagaagg tttctaaaga tgaattaata180 aagcaagaag cagatgccta tgtttttgta gagaaatacg gcatatatct aactaagaag240 tgggggatac tcattccttc agcggggatt gacgagtcca atgttgaagg ttattttgtg300 ttgtatccta gggatttttt gctttccgtg aatactctag gggattggtt aaggaatttc360 tatcatctcg agcattgcgg aatcattata tcggatagtc atacgactcc gttgcgtcgg420 ggaactatgg gtttaggctt atgttggaat ggttttttcc ctttatataa ttatgtagga480 aaaccagatt gttttggtcg tgctttgaag atgacttata gcaatttatt agatggttta540 tcggcagctg cggttctttg tatgggagag ggagacgagc agactcccat tgctattata600 gaggaagctc ccaagattac cttccattct tctccaacta cattacaaga tatgagcact660 ttagcaatcg ctgaggatga agatttatat ggtcctctgc tacaatctat ggcatgggaa720 actcccgcac caacctcctg a741 <210> 475 <211> 1062 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 475 atgaataaaa gacaaaaaga taaattaaaa atctgtgtta ttattagcac gttgatttta 60 gtaggaattt ttgcaagagc tcctcgtggt gacactttta agactttttt aaagtctgaa 120 gaagctatca tctactcaaa tcaatgcaat gaggacatgc gtaaaattct atgcgatgct 180 atagaacacg ctgatgaaga gatcttccta cgtatttata acctctcaga acccaagatc 240 caacagagtt taactcgaca agctcaagca aaaaacaaag ttacgatcta ctatcaaaaa 300 tttaaaattc cccaaatctt aaagcaagcc agcaatgtaa ctttagtcga gcaacctcca 360 gcagggcgta aactgatgca tcaaaaagct ctttccatag ataagaaaga tgcttggcta 420 ggatctgcga actacaccaa tctttctcta cgtttagata ataatctcat tctaggaatg 480 catagctcgg agctctgtga tctcattatc acaaatacct ctggagactt ttctataaag 540 gatcaaácag gaaagtattt tgttcttcct caagatcgta aaattgcaat acaagctgta 600 ctcgaaaaaa tccagacagc tcagaaaacc atccaagttg ctatgtttgc tctgacccac 660 tcggagatta ttcaagcctt acatcaagca aaacaacgag gaatccatgt agatattatc 720 attgatagaa gtcatagcaa acttactttt aagcaattac gacaattaaa tatcaataaa 780 gactttgttt ctataaatac cgcaccctgt actcttcacc ataagtttgc agttatagat 840
441 aataaaactc gaaagcttga tggaaagatc atagaaaaaa tacttgcagg tcatactgga tagctaagca gtcttccagt atctataáat aaacctgacc ttcagaacat agaagagcaa tggtctaaag aaacaacaaa cctacagtag gaagcagcgt gaagattctc atcagaaact acgatgaaga ga cttaaatgat tcgaatgatt aaaagaaatt
900
960
1020
1062 <210> 476 <211> 561 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 476 gtggcattaa attttaagat taacaggcaa ataagagctc ctaaagttcg tctcattggt tcagccggag aacagttagg aatacttgct atcaaagatg ctttggattt agcccgagag gcaggtcttg atttagttga agttgcttca aatagcgagc ctcctgtatg taagatcatg gactacggta aataccgtta tggtctgaca aaaaaggaaa aagatagtaa aaaagctcaa catcaggtgc gcataaaaga agttaagctt aagcctaaca tagacgaaaa tgatttttcg actaagttaa agcaagcgcg tacgttcgtt gaaaaaggaa ataaagtcaa aattacatgc atgttccgtg gtagagaatt agcttatcca gaacatggtt ttaaagttgt tcaaaaaatg agtcagggtt tagaggatat tggtttcgtt gaagctgaac ccaaactagc aggtcgttcc ttgatttgtg ttgtggctcc aggaacagta aaaacaaaga aaaaacagga aaagtctcat gcccaagatg aaaaccaata a
120
180
240
300
360
420
480
540
561 <210> 477 <211> 3135 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 477 atggtcgaag tttaatcaag gaaactagtt gtcgtgaagg caggatcttg attgtttaca atacgtagag aaagcattca attaatgacc attaatctgg gatgtggcca gatcaagatg gacggcacca aaacgctttc tattcaggaa atcgagagag gaagagacct tttaaagaat gatctcgatg ggagtccaaa gcgcagatct aatttttggg cctacattgt gtaaaagatg tgggcagggg ggaaccaatg attgcagtga cacttggatt actcacgata aaaggcatgt ttagagtttg ctttataaaa acagggcatc ttgaagaaaa atcggatttt ctccactacc aagtcctcgc tagaaagtca gggaccaacg acgggggaag gagcgacgct ttacccttag aagagatcca agaattatat gacaagaaga cctaccttct ctaaaactac tcáaagaaga aacctgatta taggatgcag acatcctcaa ctcttagtga atctctacga tttggatgcg caatcacttt ttaactccgg acctaagtca gaattggaaa gaaagagtca atcagggggg acgaagactt tcaatacagc ggacactctt aaaagcttta aagtagaagc cttggattac gcattacacc ccaggctttg taaagactta taaaatttca gctctatatt caaggcagag cgctaaattt ccaaattaat gatcgttgaa agatattgtt tttatataga gtttgtcccc gagaaaaaca agattctcaa cgaggtcacc cgcttttatc ctctcaagac tggagaagag agtcctagac tcgctatttt ggtttctatg ctataatctg aatgcgtcat catttataag tgattggaca aggcgtcatt caaacgtaaa tttagaattg aagctggatt tagccccgat tgaagaatat cgaagtgctg atttaaagat atcgtcaaac gaggcagctt gaagaatcta gaaggtcagg agcgggttgc cgcggtaact aatcctatga gggatgactc gatgtcctaa gaaaagcaac gaagctcgtg caagaggaaa gatttagaaa ctgcttgcag acagcatgca gcagcagaac cccaatttat tatcgcttga ctctctagag aatctgcatg ggcttagcct ttatccacat tcccaactca gtgatttctg gatgtccgtg cccttcatta ggtgctatgt cggaagaata cctgatctct gatgtcccag gaacgtaagg tggcgtaaaa ccttcgaata gtaatggaat ttcgagatac ttgcgcaaat tagtcactgt aggatgtggc cttcgtccat agatctctgc ctcctgcaac gccttcatgg ttatggttgc cačgagcccg cgtacgttgt agaggttttc atatggcatt tcatggcggc tcctcacgag cagaaataca atcctcaatt accaacagtt aaggacgacg taaatgaagg tcégctatac gttcatgcta ataatgcttt ctacaggagc aggttgccaa gcgtatattt caggagatga tctttaagag gtttacacga ttgaatctgg tgttaagcat t1 cgctcaa a gtttgtccca gcgtagctta tactcataaa agagagaatc tcgcgattat aattgccatc agctctcgaa actatccgaa tgaagaagct cggctattat tgctaataaa tcaaaaagaa ttgggcatgc tatgaatttg acgtgccaat ttccttgtat taaaaaacat aaaggattat ttcctatatg tttagagact agaacaaaag cccagcaact tctttccaca gctttctaaa tgtaattaag tgatactgca agaaaactgg gcgtcgtaga actagaaaaa agcctatggg ggaaatccgt gctttacgaa ccaagatcat
120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960
1020 1080 1140 1200
1260 1320 1380 1440 1500 1560 1620 1680 1740
1800 1860 1920 1980
442 gttggcgtcg gagactgcag ttagatgaag attgacctga gtggggttgg tcacaagaag ctagcctcga tgggatcgtg cataatgttc cagaaatacg aatatcatag aacctttccg ggactttggg attgaaagga gagtggatta aatctgtatc aaaaaaggat tcatttatag tccacaagta gaatcttgtc tacgctgttc tttgtaattt aaaaattaaa acttctaccc gggttatggg ctgtcgaatt gcttactcgc ggtatctacc ttgtagacac gaatgagaaa gggtcaccca gagagtttac atgcagaaat tccctaatca tagagtgtac ttgctgagcc taaagactac atatcaataa ttgtggtcga aataa taatctatgt aggttccata agaaactatc tacaccagag attccaggat ttctgacgag gaaagaacga cttagatact atcaagtaaa tagccaggtc atctatagag gatccccaac gttagatgat cttgaaaaag cťctagaaga agatggtaaa ctafctattta acgcggcatt aagaaaaaca acagagattt aacttggtag tcaatagcca gctaaacaag gttctttacg tgctcggaga ggtacatatg atcgagcttc aaagattgga atggcaattg cccatgtata acctacctga ctaaaatatt cttttcctta cagaaatgga aaactctcca agatctcaag cagcctcgtt acccccgttt tattgaactg aacatatccg tccgtatttt ccaacctaac agttgaacat tcatcgcata cttcttattc tcaaagaaac ctccagttcg ctcctacagc aacatctctt ttaaaaaact ttgacggatc cggcatttga ttgatatggg atatgtatct ctgcaacatc ggatgaaaaa gttcaatgga ttcggaatca taatgacaag ggataacgtt tcacagagct tagctatgcc ctacgctatt aggatctaag tcgcggagag tgatactatc aacgatctcg tgtaaagtcc taaggaatta tctattggaa aatcgaaccc agtttctcta cacggcttgg agtagagaaa taaatcagcg agaaggttgc
2040
2100
2160
2220
2280 2340
2400 2460
2520
2580
2640 2700 2760
2820 2880
2940
3000
3060 3120
3135 <210> 478 <211> 1041 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 478 atggaagcag atatttťaga tggaaagctc gtgaattgta atcaagtaga tgtcaatcag gaacattacc tcaatggatg tgcaaacaac gatatcgagt tgtggaaatc agatgaactg aacctaggat ttttcagtac cgcggaaagc ttcaaacata tcacaaaccc tgaagcaaga gccgtacata cacatacatt tctctatatt gtattcaatg cctataatga aagagcctca ttaacagtcg atgtccttga tcctaatttt ttcattaaaa acttagtagg atactatatc tttgtaatga ttctctcttt cóatagacaa caatacatcc tcagagatga aaccatacat attaaagaag aaaaccccga agtttggact attgaaaaag ctgtagagct tgaaattgag ttgggattaa gatcttcgat gtttatagat gagagaattg ggttgaagcc tatctatcac accatggatc tgaataaaga aaagaatttc gctggtaatt taagttggta a <210> 479 <211> 984 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 479 atggatgcga aaatgggata tatatttaaa tgtggtataa cttttggatg taccaattct atactatcca tgaatcgcat gattcatgat gctaccgctg ttttgatcaa aggatcctta gataaggaca agattgctgg aagtgccgta acattaagtt tgcggaagca tttagaaaat ttgatagcgc gtggggcctt tgttcctcta tggatggatc tttctatttg gaaggaagct aagttccctg aatggtctgc tgaatttaaa aaacgggttg ctagtcccta tggcttccta tctgaagacg ctagtcggaa cagtatttac tgcgaatctt attagggcta tctgtacagt attatggaag aataaaatga ttaaattttg acggaactac tacgctaaag tacgttcgtc tccagaaatc tttgaaaccc aggtaagtaa tcaagtataa ctgaagttcc aacgcagggt ataacatcgt tgcgtcaagc taggacttga aagatgattt cttcagaagg gaatcttctt caggaattgg gaatcgatct aagaagaaat attgcttacc atattgcaga ctttcccttg gggttaccga aaaaggattg atgggcttgg tatggcaaga cattttgtta tcttgctatc ttttgaggaa tgaaggcgaa tcaaatgaca ccttgggcag ctatagtggt agaacagtac tatcaatgga cgtcgctctt tcgaggaatc tcgtcgttta gatgagcgaa ataccaaacc
120
180
240
300
360
420
480
0
600
660
720
780
840
900
960
1020
1041 gtgatgcgtt ggattttctg tttcgtggca gggtttcaga atgcaaattc acgtccttgt tgtgttgaaa gagtcgtggg gaataggctt gaccctcatg cgtatgagat ggttaaaggg attttttgta acggcctggg tcttgagcat aatcccaata gtgtcaagtt aggggagcgg gaagaagacg gtatttgcga tcctcatatc gtcatagaaa ttacagaagt tctcattgaa gcaaatagtg aggaacttgt ttgtgaaatg
120
180
240
300
360
420
480
540
443
600
660
720
780
840
900
960
984 tctattttag cttgtctcag gaagtggctt gctcaaatca agtgtggttt ctgaagaaaa gacaattatt gtggctcttg attcttgggc gtcataatgc ccggagcatg gtgttcgtga tccctgagga gtcatttagt ttagcacctt aatgtcaaag gaaacaatgc gttcagttac gaggtctcgt tattatggcg tactctgaac tcgtctagct taaacataat atga ttgagcacaa tttacacgtc tgtatttctc gttgtagatt caagatgcgt caaaaaccat gtctgcctta ttcctgaaaa gctatttagc ctgagggtct atattaatga tgaaaaaaat tgtatagtga tcacagaaga tttacggtat tactcctgaa atctccagaa gcatgatgtc tgtttcttct taatgtggac attaggaggg <210> 480 <211> 444 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 480 atgcaaaacc aatacgagca attactagaa tccttagcac gctccagata aaaataactc ttgtttaatc cgtttcagcg atagaagaag atggaaattc cggagatctt gcagtatcga gaaaacgtat ttcgcgagcg tattttcaaa gctgctctct tccagcatca agggaattct aggctacggt gaggtcactc atcctgagta tgaactacct aaatggagaa aagttattcg ttgcatgcta agatttggat ggaatcccta agaacaggga ttgggaatct actacgtcgc gtga ccctattaaa atacccatgt cactactagg ctgtaaatgg aacagctcta agtatctcaa atcttcctga tacgacactt ccctgtgcaa tactcttcct ctcgttccaa tctttcagat gctcttttct ccttcatgtt
120
180
240
300
360
20
444 <210> 481 <211> 1581 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 481 gtgaatgttt taaaatacac aaaacactca ccctcagcac acctctccta aacacgggat ttatctccca ctattttcaa ggaatcggtg aatttttaga tctcattcct ctgatctctt agčgttattc agcttctccc tttaaatgat actggtgaag atctcttccg tagccctgaa tcccctattc ctttccctat accatccctg aagttgccaa gaaacttcaa gatatgcatg gtcagctata ctcaagttaa agaaaaaaaa tgggcattct tgttgcaagt cttccctcga aggaaactca aatttttctg tattggcttt atccctatgg gacctttcgt gcaatcaaac attaataact ggccgaagtc gctcacagat caggagaatt ttccatgatg aagtcctctt tttttcctat ctacagtttc gaagtgaaag cctatgcaga tcaacaccac gtcctgctta attagcaagg atagctgtga tgtttggtat ttccgagact gtaggagctc ctcctgacct ctacaattct gaaggacaaa aatttttcac aacttgccaa agacgactac atttggtgga caaaacttct attccgtcta tcgcttagat catattatag tgggattctt caggaagagg aaggttcatt ccagacaatc ggcacggaga tcctttctac tatgctcgga gcctcttcta ttagggatta taccccaaga cgtcaaaacg acattaacac cggattccac gatgggaacg caactgggaa agcgacagtg tataatccac tttctgtgac cactctctct acccacgact tggctcaatt cacctaagga agctaagcaa tttgctaaat aaaaccctga ctacagaaac tcaaatagac atcttaaaac atctttcata tcaacctctt taacgattat ctcgccctct aatctacaaa gagaacgcat taatacacct gggacaattt cgagttcggc cttccttaga agaactcgct attcataaaa aagatcctta caggactgta a atgcttggaa tacacacaaa ggtgccaaaa atacgagtcc cctctcttcc agttatgctc taagagagta agtttctaga atcatatgca ttccggactt tctgttacca aaggagacct acttttcttc actggcatct aagagcgtct gatttttccg ctaaagacta tgttacctat acttaggaat ccttcattcc ctgatacgtt ttctacatct tttctcatga gccctgattt ctaaaaagaa aatttaatgg acttatagga aaatagctgt acagggcttc ctataacagc aaatatcgat gactccatca ctaccaaaaa aagčgagcgc cggagaacct aactaaaaaa acagctctgc ccctattctt atcaaggtct gcctatttat gcgatatgct tttgtggatt tataaagcag cggagaagat ctgtggaacc cctaaaagat tgcccaatgg tccttttcaa atcagcatct agtatcaaaa ttggtcgtat ttacattgag
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1581 <210> 482 <211> 1908 <212> DNA v
444 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 482 atgatccctt ttactaaaac aatagggttc cgtttgtggt tggcttgcgc cgttgctatc attgcacctc tagggatcaa catcgtatgg ttaaacctag atcaataccg caccatagtc tctgctattt ctactgcact gaaagaaaac gctgctttca aagccaatac tctcactcag attgtccctt tgaatgtcga tgttctatct ctattttctg atgtcttaga tttagatgct ggtattccag agactccgaa cgttctcctt agcaatgaaa tgcagaaagt attccaaggg atctataatg aaatctcttt aatcaaggta ttcccaaatg gagataaaat tgttgttgct tctagcattc ctgaacactt aggggaaaac tataatcaca aaatagacat ccctaagaac actccatttt tagcagccct aaaacaatct cctaaaaatc aggaagtctt ttctgtaatg caagctaatg tttttgatgc aaaaactcaa gaactccaag ggatcttata caccacgttc agtgctgaga gcttactcaa agatctcctg ataaacaagc aatcctatct cactgtaaaa actgcgatcc tttccaaata cggcgttatc ttaaaagctt ctgatcctgc tctccatctc catactgtct accctgacat gacgaaagaa aaattctgcc aagtttttct caatgatgat ccttgcccta tagactcaga attaggtcct ttaactctct cccctctgga tattggagaa aatttctatt cttttaaaat caaagatact gagatttggg gctgtattga aaatgttccc agtatagata ttgcagtcct ttcctatgct aaaaaagaag agagctttgc gcctttatgg cgcagagctc gcatgtacac tgcctatttc ttttgcattc tcttagggag cctcatagcc tttattgtag caagacgatt gtcgttacct atcagaaaac ttgccactgc gatgatagaa tctaggaaaa acaaaaactg cctctatact gacgactcct tagggtttga gatcaacaga cttggccata tttttaatgc tatggtggag aatctccaca aacagcaaca cctcgctaag acgaactttg agatgaaaga aaatgcacag aacgctctac atttaggaga gcaggctcag cagcgacttc ttcctaatac tctccccagc tatcctcata tagaactcgc aaaagcctat atccctgcca ttactgtagg tggtgatttc tttgatgttt ttgttgtagg agagggttcg aaggctcgcc tattcctgat tgttgctgac gcctcaggga aaggtgttaa tgcttgtggg tattcgctat ttctaaaaaa tatgctcaga acattccttt ctcgctcttc gtctcttcaa caggcaatcc aagaaacctc acgcttattt tataacaata caaaaaactc agggatgttt gtcactctat gtgtgtactg ttatcatcaa acttccaaca ccatggaata ťtattcttgt ggacatcctc ctgcctgcta cctagatcct gatggcgaga cttcttggct attccatcct ggaatggctt taggcttcct tcccgaagtt gcgaacatca cttcaaagct atttcatcct aagccagggt ctctctttgt cttgtattct gatggtatta cagaagccca taataacaat aacgacatgt ttggagaaga gcgcctacaa gctgcaattc aaggattgac agggaaaagt gctgctgatg ccgtccacag gttgatgtta agtgtaaaaa cctttgtcgg gaactcccat caacatgacg acatcacctt attaatatta aaggtattag aatcatga <210> 483 <211> 945 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 483 gtgttctcat acataaaaaa ccgaattctt tttaatttgc tttctctatg gattgttttg acactcacgt tcctagttat gaaaaccatc ccaggagatc ctttcaatga cgaaggctgc aatgttcttt ccgaagaggt cttacaaacc ctaaagtctc gatacggttt agataaacct ctctatcaac aatacacaca atacctccac tccatcgcaa aactagattt tgggaactcg ttagt-ttata aagatcgcaa agtaacgaac atcatttcga ctgcctttcc tatatcagca atcctaggat tgcaaagtct ttttctctcc ataggagggg ggatcgctct cggcaccata gcagcattaa aaaaaaagaa acaaagacgc tatattctag gcgcctctat actccaaatc tcgattcctg cttttatatt cgcaacactc ttacaatatg tctttgctgt aaaaattcct cttcttccta tcgcctgttg gggaagcttt.actcatacta tactcccgac tctcgcactt gctgtaactc ccatggcctt catcatacag cttacctact cttcagtatc cgcagcatta aacaaagact atgtcctact agcctatgca aaaggactct ccccacttaa agtcgttata aaacatattt taccctacgc catattccca accatttctt attccgcatt cctaactact acagtgatta caggaacctt tgctatcgaa aatatcttct gtattcctgg attaggtaaa tggtttattt gtagtatcaa acaacgagac tacccagtag cccttggctt atccgtattt tatggaacct tatttatgct ctcttcttta ctttctgacc tgattcaatc cattatagat ccgcaaatcc gttatgcgca cggaaaggaa aaaaaaagaa aataa <210> 484 <2H> 3723
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1908
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
945 λ 1
445 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae < 4 00> 4 84 ttgacctgga taccccttca ctgtcattct caatactctg ttcttgatgc aatgagctcc60 atcaaagatt tcgttgcgaa aggtcaggaa tttggaattc ccgctctggc tctáacagac120 catgggaatc tttatggagc tgttgatttc tataaagaat gcactcaaaa agggatccaa180 cccatcattg gttgcgagtg ttatattgct ccaggatcac gtttcgataa gaaaaaagag240 aagcgtagtc gtgcagcaca ccatctcatt ttattatgta aaaatgaaca agggtaccgc300 aacctttgta ttttaacctc cctagcattt actgagggtt tctattactt tcctcggata360 gacaaggatc ttttgagaca gtactctgaa ggcttaatct gtttatctgg ttgtttatct420 agttctgttt cagatgctgc cttaaaatct ccggaagctc tgcttcttga attgcaatgg480 tttcaagacc tattcaaaga tgattatttc acagaagtac aactacacaa gatgtccgaa540 gagagcattg caggctttaa agaggaatgg ttaaagcaag aatattactc tctcattgaa600 aaacagatca aagtcaatac tgcagtgtta gaagcaagta agcgcttagg cattcctact660 gtagctacga atgacatcca ttacatcaat gcaaacgatt ggcaagctca tgaaatcctg720 ttgaatgtcc aatctgggga gactgtgcgg attgcgaaac agaatactca tatccccaat780 cctaaacgaa aggtctatcg cagtcgcgag tactatttta aatcccctgc gcaaatggca840 gagttattta aagatattcc tgaggtcatt tccaacacat tagaagttgc caaacggtgt900 gattttactt ttgatttttc caagaaacac taccctatct atgtccctga atctttaaaa960 accttaaaca gctacacgga ggaagaccgt tatcaagctt ctgcagtctt cttaaaacag1020 ctagctgaag aagctttgcc taagaaatac tcttctgaag ttcttgctca tattgctaag1080 aaatttccac atcgggaccc tatcgatatt gtcaaagaaa ggatggacat ggagatggcc1140 atcatcattc ctaaaggaat gtg.tgactat cttttgattg tttgggacat tattcattgg1200 gccaaagcaa atggcattcc tgtaggccct ggaagaggtt caggagctgg atccgtatta1260 ctatttttgt tagggatcac agaaatcgag cccatacgat ttgatttatt ctttgagaga1320 tttatcaatc ctgagcgttt gtcttaccca gatattgaca tcgatatttg catggcagga1380 cgtgaacgtg tcattaatta tgcaattgag cgtcatggca aagataatgt agctcaaatc1440 attacttttg gaactatgaa agccaaaatg gctgtcaaag atgtgggaag aactttagac1500 atggccttat ctaaagtgaa ccacattgcg aaacatattc cagatttaaa tactacgttg1560 tctaaagctt tagaaacaga tcctgaccta catcagctct atattaacga tgccgaatct1620 gcacaagtga ttgatatggc gctttgctta gaaggctcca tacggaatac aggggttcat1680 gctgctggtg tgattatctg tggagaccag ctgaccaatc acattccgat ttgtatttct1740 aaagactcca caatgattac aacacaatac tctatgaaac ccgtggagag tgttggaatg1800 cttaaagtcg acttattagg gctcaagact ttaaccagta tcaatattgc aatgtctgca1860 attgaaaaga aaacaggáca atcgctagct atggcgacac tgcctttgga tgatgccacc1920 acattttctc ttttacatca gggaaagact atggggatat ttcaaatgga atccaagggg1980 atgcaagaat tagcaaaaaa cctacgccct gacctctttg aggaaatcat tgctatgggt2040 gctttatacc gcccaggccc tatggatatg attccttctt ttattaaccg caagcatggc2100 aaagaaatta tagaatacga ccatcccctt atggaatcca ttcttaagga aacctatgga2160 attatggtct accaagagca agtcatgcag attgctggtg cattagctag ttattctctt2220 ggagaaggtg atgtattacg acgtgccatg gggaagaaag acttccaaca gatggagcag2280 gagcgcgaaa agttctgtaa acgcgcctgc aataacggca tagatcctga gttagcgact2340 gtcatctttg ataagatgga aaaatttgct gcctacggct ttaacaaatc tcatgctgct2400 gcctatggct tgattactta tacaacggcg tatctcaaag caaattatcc taaagagtgg2460 cttgcggcct tacttacctg tgattctgac gatattgaga agataggaaa actgattcga2520 gaagctcaga gtatgggcat tccgattctt cctcctcata tcaatgtctc tagcaatcac2580 tttgtagcta ctgatgaagg catacgcttt gcgatgggag ctattaaagg gattgggcgt2640 ggtttaattg agagcattgt agaagagaga gatcatcatg gtccttatga gagcatccgc2700 gactttatcc agaggtctga tttaaaaaaa gtttcgaaaa aaagtataga aagtttaatc2760 gatgcgggtt gttttgattg ctttgattct aaccgagatt tgctgttagc ctctgtagag2820 cccctctatg aagctattgc caaagacaag aaagaggctg catctggtgt gatgacgttc2880 tttactttag gagctatgga tcgaaaaaat gaagtcccca tttgtcttcc taaagacatt2940 ccgactcgct ctaagaaaga acttttaaaa aaagaaaaag agctcttagg gatttacctt3000 acagagcacc ctatggatac cgtgcgagat catctttctc gtctttctgt agttcttgct3060 ggagaatttg aaaatctccc gcatggttct gtagtccgca ccgtgtttat tattgataaa3120 gtaacgacta aaatttcatc aaaagcgcaa aagaagtttg ctgtccttcg tgttagtgat3180 ggcatcgatt cttatgaact gccgatctgg ccagatatgt atgaagaaca acaagaactt3240 ctagaagaag atcgtcttat ctatgctatt cttgttttag ataagcgcag tgattctcta3300 cgtatttctt gtcgctggat gaaagatctt tctattgtta atgaaaacat catttatgag3360 tgtgatcaag cttttgatag aataaaaaat caggtgcaaa aaatgtcatt tacaatgtca3420
446
3480
3540
3600
3660
3720
3723 acctctggca aagaaactaa agctaaaggg aataagccta atgagaatgg gcatacacaa gctttagctc ctgtgactct atctttagat ctcaatgaac tccgtcatag tcatctatgt atcttaaaga agattgtgca aaagcaccct ggctcacgga cattagtttt agtttttact caagataacg aaagagttgc ctcgatgtct cctgacgacg cgtatttcgt ttgtgaagat attgaagaac tccgtcaaga acttgtgact gcagaccttc ctgtgcgtgt aattactgtt tga <210> 485 <211> 1731 < 212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 485 atgacagatt ttcctactca cttcaaagga cccaaactta accccattaa agtaaatcca aacttttttg agaggaatcc taaagtcgca agggtactgc aaattacagc cgtagtctta ggaatcattg ccctcttatc cggtatagta ctcattatag gcacccctct cggagctcct ataagtatga tcctcggcgg atgtctttta gcttctggag gcgccttatt tgttggtggt acgattgcta cgatattgca agctagaaat agttataaga aggccgtgaa ccaaaagaaa ctctcagagc ctttgatgga acgccccgaa ttgaaagcct tagaťtattc cctagatctg aaagaggtat gggacctaca tcattctgtt gtcaaacatc ttaaaaaatt agacctgaat ctttccaaaa cccaaaggga agttctaaat caaatcaaaa ttgatgatga gggaccctcc ctaggggaat gcgccgctat gattťcagaa aactacgacg catgcttaaa gatgctcgcg tatcgtgagg agctcctgaa agaacaaacc caataccaag agacacgatt caatcagaac ctcactcata gaaataaagt tttgctctcc atcctctcaa ggatcacgga caatatttct aaagcgggcg gggtcttttc tttgaaattt tccacgctaa gctcgcggat gtcacgaatt cataccacca ccactgtgat tctggcttta agtgccgttg tttctgtcat ggtcgtagca gctctaattc caggtggcat tttagcacta cctatacttt tggctgttgc tatttctgca ggagtgattg tcaccggact ttcctatcta gttcgtcaga ttttaagtaa caccaagcgt aatcgtcagg atttttataa agattttgta aaaaatgtag atatagagct tcttaaccaa acggtaactt tacagcgatt cctctttgaa atgctcaaag gtgttctgaa agaagaagaa gaagtctcct tagaaggtca agattggtat acacaataca taaccaatgc acccatagaa aaaagattga tcgaagagat cagagttacc tacaaagaga tcgatgctca gaccaaaaaa atgaagacag acttggagtt cttagaaaat gaggtgcgtt ccgggagact gtctgtagcg tccccgtcgg aagatccaag tgaaactcct atttttactc aaggtaagga gtttgcaaag ttacgtcgcc aaacctctca gaatatatcc acgatttatg gtccggacaa tgaaaatatt gatcccgaat tttccttacc ctggatgcct aaaaaagaag aagaaataga ccatagctta gaacctgtta caaagttgga acccggttca agagaagagt tgttgttggt agagggggtc aacccaacct taagagaact caatatgaga attgcacttc tacaacaaca actatcaagt gtccgaaaat ggagacaccc tcgaggggaa cattacggga atgttatcta ttcagataca gaactcgatc gtattcagat gctagaaggc gcattttata atcacctcag ggaagctcaa gaggaaatca cccagtctct cggagacctt gttgacattc aaaaccgtat tttagggatc atagttgaag gggactcaga ttcaagaaca gaagaagagc ctcaggaata g <210> 486 <211> 4224 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 486 atgaaatatt ctttaccttg gctacttacc tcttcggctt tagttttctc cctacatcca ctaatggctg ctaacacgga tctctcatca tccgataact atgaaaatgg tagtagtggt agcgcagcat tcactgccaa ggaaacttcg gatgcttcag gaactaccta cactctcact agcgatgttt ctattacgaa tgtatctgca aťtactcctg cagataaaag čtgttttaca aacacaggag gagcattgag ttttgttgga gctgatcact cattggttct gcaaaccata gcgcttacgc atgatggtgc tgcaattaac aataccaaca cagctctttc tttčtcagga ttctcgtcac ťcttaatcga ctcagctcca gcaacaggaa cttcgggcgg caagggtgct atttgtgtga caaatacaga gggaggtact gcgactttta ctgacaatgc cagtgtcacc ctccaaaaaa atacťtcaga aaaagatgga gctgcagttt ctgcctacag catcgatctt gctaagacta cgacagcagc tctcttagat caaaatacta gcacaaaaaa tggcggggcc ctctgtagta cagcaaacac tacagtccaa ggaaactcag gaacggtgac cttctcctca aatactgcta cagataaagg tggggggatc tactcaaaag aaaaggatag cacgctagat
120
180
240
300
360
20 480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620 1680
1731
120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 gccaatacag gagtcgttac cttcaaatct aatactgcaa agacgggggg tgcttggagc780 tctgatgaca atcttgctct taccggcaac actcaagtac tttttcagga aaataaaaca840 accggctcag cagcacaggc aaataacccg gaaggttgtg gtggggcaat ctgttgttat900 cttgctacag caacagacaa aactggatta gccatttctc agaatcaaga aatgagcttc960 actagtaata caacaactgc gaatggtgga gcgatctacg ctactaaatg tactctggat1020 ggaaacacaa ctcttacctt cgatcagaat actgcgacag caggatgtgg cggagctatc1080 tatacagaaa ctgaagattt ttctcttaag ggaagtacgg gaaccgtgac cttcagcaca1140 aatacagcaa agacaggcgg cgccttatat tctaaaggaa acagctcgct gactggaaat1200 accaacctgc tcttttcagg gaacaaagct acgggcccga gtaattcttc agcaaatcaa1260 gagggttgcg gtggggcaat cctagccttt attgattcag gatccgtaag cgataaaaca1320 ggactatcga ttgcaaacaa ccaagaagtc agcctcacta gtaatgctgc aacagtaagt1380 ggtggtgcga tctatgctac caaatgtact ctaactggaa acggctccct gacctttgac1440 ggcaatactg ctggaacttc aggaggggcg atctatacag aaactgaaga ttttactctt1500 acaggaagta caggaaccgt gaccttcagc acaaatacag caaagacagg cggcgcctta1560 tattctaaag gcaacaactc tctgtctggt aataccaacc tgctcttttc agggaacaaa1620 gctacgggcc cgagtaattc ttcagcaaat caagagggtt gcggtggggc aatcctatcg1680 tttcttgagt cagcatctgt aagtactaaa aaaggactct ggattgaaga taacgaaaac1740 gtgagtctct ctggtaatac tgcaacagta agtggcggtg cgatctatgc gaccaagtgt1800 gctctgcatg gaaacacgac tcttaccttt gatggcaata ctgccgaaac tgcaggagga1860 gcgatctata cagaaaccga agattttact cttacgggaa gtacgggaac cgtgaccttc1920 agcacaaata cagcaaagac agcaggggct ctacatacta aaggaaatac ttcctttacc1980 aaaaataagg ctcttgtatt ttctggaaat tcagcaacag caacagcaac aacaactaca2040 gatcaagaag gttgtggtgg agcgatcctc tgtaatatct cagagtctga catagctaca2100 aaaagcttaa ctcttactga aaatgagagt ttaagtttca ttaacaatac ggcaaaaaga2160 agtggtggtg gtatttatgc tcctaagtgt gtaatctcag gcagtgaatc cataaacttt2220 gatggcaata ctgctgaaac ttcgggagga gcgatttatt cgaaaaacct ttcgattaca2280 gctaacggtc ctgtctcctt taccaataat tctggaggca agggaggcgc catttatata2340 gccgatagcg gagaactttc cttagaggct attgatgggg atattacttt ctcagggaac2400 cgagcgactg agggaacttc aactcccaac tcgatccatt taggtgcagg ggctaagatc2460 actaagcttg cagcagctcc tggtcatacg atttattttt atgatcctat tacgatggaa2520 gctcctgcat ctggaggaac aatagaggag ttagtcatca atcctgttgt caaagctatt2580 gttcctcctc cccaaccaaa aaatggtcct atagcttcag tgcctgtagt ccctgtagca2640 cctgcaaacc caaacacggg aactatagta ttttcttctg gaaaactccc cagtcaagat2700 gcctcgattc ctgcaaatac taccaccata ctgaaccaga agatcaactt agcaggagga2760 aatgtcgttt taaaagaagg agccacccta caagtatatt ccttcacaca gcagcctgat2820 tctacagtat tcatggatgc aggaacgacc ttagagacca cgacaactaa caatacagat2880 ggcagcatcg atctaaagaa tctctctgta aatctggatg ctttagatgg caagcgtatg2940 ataacgattg ccgtaaacag cacaagtggg ggattaaaaa tctcagggga tctgaaattc3000 cataacaatg aaggaagttt ctatgacaat cctgggttga aagcaaactt aaatcttcct3060 ttcttagatc tttcttctac ttcaggaact gtaaatttag acgacttcaa tccgattcct3120 tctagcatgg ctgctccgga ttatgggtat caagggagtt ggactctggt tcctaaagta3180 ggagctggag ggaaggtgac tttggtcgcg gaatggcaag cgttaggata cactcctaaa3240 ccagagcttc gtgcgacttt agttcctaat agcctttgga atgcttatgt aaacatccat3300 tctatacagc aggagatcgc cactgcgatg tcggacgctc cctcacatcc agggatttgg3360 attggaggta ttggcaacgc cttccatcaa gacaagcaaa aggaaaatgc aggattccgt3420 ttgatttcca gaggttatat tgttggtggc agcatgacca cccctcaaga atataccttt3480 gctgttgcat tcagccaact ctttggcaaa tctaaggatt acgtagtctc ggatattaaa3540 tctcaagtct atgcaggatc tctctgtgct cagagctctt atgtcattcc cctgcatagc3600 tcattacgtc gccacgtcct ctctaaggtc cttccagagc tcccaggaga aactcccctt3660 gttctccatg gtcaagtttc ctatggaaga aaccaccata atatgacgac aaagcttgcg3720 aacaacacac aagggaaatc agactgggac agccatagct tcgctgttga agtcggtggt3780 tctcttcctg tagatctaaa ctacagatac cttaccagct actctcccta tgtgaaactc3840 caagttgtga gtgtaaatca aaaaggattc caagaggttg ctgctgatcc acgtatcttt3900 gacgctagcc atctggtcaa cgtgtctatc cctatgggac tcaccttcaa acacgaatca3960 gcaaagcccc ccagtgcttt gcttcttact ttaggttacg ctgtagatgc ttaccgggat4020 caccctcact gcctgacctc cttaacaaat ggcacctcgt ggtctacgtt tgctacaaac4080 ttatcacgac aagctttctt tgctgaggct tctggacatc tgaagttact tcatggtctt4140 gactgcttcg cttctggaag ttgtgaactg cgcagctcct caagaagcta taatgcaaac 4200 tgtggaactc gttattcttt ctaa4224 <210> 487
448 <211> 804 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae
<400> 487 atgggcaatt caggtttcta tttacaagat actcaaaaca ctattttcgc agataacatt 60
cgtcttggtc aaatgaccac agttcttaaa aaagacgagg ttattatagg cacagataca 120
actccaacag taacaaaatt tagtggcgat aagggaattg taattactac agactcaacc 180
ataacaccat ctagcactac tttttctttg gatatggaag ctgtaatcaa agaagtaaca 240
gataaaatct taactcaaat tgaagatgag ttagtcaaag acattataaa aaacataact 300
caaagtctaa tagaagaagt aattaagaaa atacacattg atccttcttt ctcatattct 360
agagcattta aagatgttaa tataactaat aaaattcagt gcaatggtct atttacaaaa 420
gaaaatatag ggaatttaga cggaggaaca gaaatagctt cgtcttcagt aacacctgat 480
aatgctaata gtatgttctt aatttgtgcg gatattatag ccacacgcat ggaaggaaca 540
gtggccttgg cgttagttaa agaaggagat ttatctcctt gctctattag ttatggatac • 600
tccgctggat atccgaatat aatttcacta agagcaaccg tcggaaacaa aacaactgct 660
ccagttaaat tctctttgag agcaggaggg atggatagtg gtgttgtgtg ggtaaatgct 720
atgccaaatg gtaaaaccac gagaaaaaat aaacaaatgg tttaggagtt ttaa gacgcagttt. cgaagattac tatcttagaa 780 804
<210> 488 <211> 306 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 488 atgaataaca gacaaaacac taatgacttt atcagaattg tgaaggatgt tgaaaaggcg60 tttccagaac tagatatcaa agtaaaaata gataaagaaa aagttacttt tttgacttct120 ccaacagagc ttťatcacaa aagtatatct gtcatactca atttactaáa cagcattgaa180 tcatctctag accttttccc agactctcca gtagttgaag aattagaaaa aaataatctt240 aagctcaaaa aagctctgat catgctaatt ctatcaagaa aagacatgtt ctcaaaaaca300 gaataa306 <210> 489 <211> 806 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 489
gtgaaaacaa tagcattttg ctcatttaaa ggagggactg gtaaaactac cttgtctctc 60
aatgttggtt gtaatttagc ccaatatagc aacaaaaagg ttttgcttgt ggatttagat 120
ccacaagcaa 3 C C113 C tí 3 C aggtcttggt gtacaatctt gttatgaatc taatttgaac 180
gacattttta gaagttcagg aaacgtaagg gatatcattc aagatacgaa gatagaaaac 240
ttacacatag taccttctag tattctcata gaggagtttc gagaatttaa tagaaatagt 300
gtactggata caagtcattt gcgttcatct ttacaactta ttgaatccaa ttatgatctg 360
tgtattttag acactccacc aagtctgggg acgctcaccg aagaagcctt tattgcatca 420
gatcatttga ttgtttgtct tactcctgaa ccattttcca tattaggatt acagaaaatc 480
aaagagtttt gttcagtgtt acctaaaaag aaagacttat cagtgttagg aatagttttt 540
tctttttggg acggaaggaa ttcaacaaat tcaacctact tgaacattat agaatctatc 600
tacgaaggga aagtgttatc tagtaaagta cgaagagaca taacattaag cagatctctt 660
ttaaaagaaa catccatagc taacgcatac cctaattcta gagcaagtca tgacatactg 720
cgtctaacaa aggagataga agataaacta ttcaataaag aaatgtctgc ccaggaagtg 780
ttgtgagtaa gttagtcaaa gaagca 806
<210> 490 <211> 293 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 490
Met Ser Lys His Thr Ser Glu Ser Arg He Ala Gin Asp Met Leu Glu
449
1 5 10 15
Arg Tyr Ser Gly 20 Ser Ser Val Lys Gin 25 Phe Cys Pro Tyr Leu 30 Leu Leu
Thr Asn Phe 35 Ser Tyr Tyr Ile Gin 40 Thr Phe Ala Lys Leu 45 His Gly Val
Pro Val 50 Phe Glu Gly Ser Met 55 Phe Ser Ala Ala His 60 Ala Pro His Leu
Lys 65 Thr Ser Ile Leu Asp 70 Phe Lys Leu Gly Ser 75 Pro Gly Ala Ala Leu 80
Thr Ile Asp Leu Cys 85 Ser Phe Leu Pro Asp 90 Leu Lys Ala Ala Leu 95 Met
Leu Gly Met Cys 100 Gly Gly Leu Arg Ser 105 His Tyr Gin Val Gly Asp 110 Tyr
Phe Val Pro 115 Val Ala Ser Ile Arg 120 Gly Glu Gly Thr Ser 125 Asp Ala Tyr
Phe Pro 130 Pro Glu Val Pro Ala 135 Leu Ala Asn Phe Val 140 Val Gin Lys Ala
Thr 14 5 Thr Glu Val Leu Glu 150 Asp Lys Lys Ala Asn 155 Tyr His Ile Gly Ile 160
Thr His Thr Thr Asn 165 Ile Arg Phe Trp Glu 170 Phe Asn Lys Lys Phe 175 Arg
Lys Lys Leu Tyr 180 Glu Thr Lys Ala Gin 185 Ser Ala Glu Met Glu 190 Cys Ala
Thr Leu Phe 195 Ala Ala Gly Tyr Arg 200 Arg Asn Leu Pro Ile 205 Gly Ala Leu
Leu Leu .210 Ile Ser Asp Leu Pro 215 Leu Arg Lys Glu Gly 220 Ile Lys Thr Lys
Ser 225 Ser Gly Asn Phe Ile 230 Phe Asn Thr Tyr Thr 235 Glu Asp His Ile Leu 240
Thr Gly Gin Glu Val 245 Ile Glu Asn Leu Glu 250 Lys Val Met Leu Lys 255 Arg
Ala Ala Ser Asp 260 His Lys Lys Asp Gin 265 Gin Tyr Arg Gly Leu 270 Pro His
Met Ser Glu Asp 290 Val 275 Ser Gly Asp Glu Tyr Ala Asp Asp 280 Thr Met Ala Ser Gly 285 Ser Glu Thr
<210> 491 <211> 394 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <4 00> 491
Met Ser Lys Glu Thr Phe Gin Arg Asn Lys Pro His Ile Asn Ile Gly
1 Thr Ile Gly His 5 Val Asp His Gly Lys 10 Thr Thr Leu Thr Ala 15 Ala Ile
Thr Arg Ala 20 Leu Ser Gly Asp Gly 25 Leu Ala Ser Phe Arg 30 Asp Tyr Ser
Ser Ile 35 Asp Asn Thr Pro Glu 40 Glu Lys Ala Arg Gly 4 5 Ile Thr He Asn
Ala 50 Ser His Val Glu Tyr 55 Glu Thr Pro Asn Arg 60 His Tyr Ala His Val
65 Asp Cys Pro Gly His 70 Ala Asp Tyr Val Lys 75 Asn Met Ile Thr Gly 80 Ala
Ala Gin Met Asp 85 Gly Ala Ile Leu Val 90 Val Ser Ala Thr Asp 95 Gly Ala
Met Pro Gin 100 Thr Lys Glu His Ile 105 Leu Leu Ala Arg Gin 110 Val Gly Val
Pro Tyr 115 Ile Val Val Phe Leu 120 Asn Lys Val Asp Met 125 Ile Ser Gin Glu
450
130 135 140
Asp 145 Ala Glu Leu Ile Asp 150 Leu Val Glu Met Glu 155 Leu Ser Glu Leu Leu 160
Glu Glu Lys Gly Tyr 165 Lys Gly Cys Pro Ile 170 Ile Arg Gly Ser Ala 175 Leu
Lys Ala Leu Glu 180 Gly Asp Ala Asn Tyr 185 Ile Glu Lys Val Arg 190 Glu Leu
Met Gin Ala 195 Val Asp Asp Asn Ile 200 Pro Thr Pro Glu Arg 205 Glu Ile Asp
Lys Pro 210 Phe Leu Met Pro Ile 215 Glu Asp Val Phe Ser 220 Ile Ser Gly Arg
Gly 225 Thr Val Val Thr Gly 230 Arg Ile Glu Arg Gly 235 Ile Val Lys Val Ser 240
Asp Lys Val Gin Leu 245 Val Gly Leu Gly Glu 250 Thr Lys Glu Thr Ile 255 Val
Thr Gly Val Glu 260 Met Phe Arg Lys Glu 265 Leu Pro Glu Gly Arg 270 Ala Gly
Glu Asn Val 275 Gly Leu Leu Leu Arg 280 Gly Ile Gly Lys Asn 285 Asp Val Glu
Arg Gly 290 Met Val Val Cys Gin 295 Pro Asn Ser Val Lys 300 Pro His Thr Lys
Phe 305 Lys Ser Ala Val Tyr 310 Val Leu Gin Lys Glu 315 Glu Gly Gly Arg His 320
Lys Pro Phe Phe Ser 325 Gly Tyr Arg Pro Gin 330 Phe Phe Phe Arg Thr 335 Thr
Asp Val Thr Gly 340 Val Val Thr Leu Pro 345 Glu Gly Thr Glu Met 350 Val Met
Pro Gly Asp 355 Asn Val Glu Leu Asp 360 Val Glu Leu Ile Gly 365 Thr Val Ala
Leu Gly 385 Glu 370 Ala Glu Gly Gly Thr Met Ile Arg Ser 390 Phe 375 Lys Ala Ile Ilě Asn Arg Ala Glu Gly 380 Gly Arg Thr Ile
<210> 492 <211> 560 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae <220>
< 221> VARIANT <222> 553,554,555,556,558,559,560 <223> Xaa = jakákoliv aminokyselina <400> 492
Met Pro Gin Lys Val Leu lie Thr Ser Ala Leu Pro Tyr Ala Asn Gly 1 5 1015
Pro Leu His Phe Gly His Ile Ala Gly Val Tyr Leu Pro Ala Asp Val 20 2530
Tyr Ala Arg Phe Arg Arg Leu Leu Gly Asp Asp Val Leu Tyr Ile Cys 35 40 .45
Gly Ser Asp Glu Phe Gly Ile Ala Ile Thr Leu Asn Ala Asp Arg Glu 50 5560
Gly Leu Gly Tyr Gin Glu Tyr Val Asp Met Tyr His Lys Leu HisLys
70 7580
Asp Thr Phe Glu Lys Leu Gly Phe Ala Leu Asp Phe Phe Ser ArgThr
9095
Thr Asn Pro Phe His Ala Glu Leu Val Gin Asp Phe Tyr Ser Gin Leu 100 105110
Lys Ala Ser Gly Leu Ile Glu Asn Arg Ile Ser Glu'Gin Leu Tyr Ser 115 120 125·
451
Glu Gin 130 Glu Gin Arg Phe Leu 135 Ala Asp Arg Tyr Val 140 Glu Gly Thr Cys
Pro 145 Arg Cys Gly Phe Asp 150 His Ala Arg Gly Asp 155 Glu Cys ’ Gin Ser Cys 160
Gly Ala Asp Tyr . Glu 165 Ala Ile Asp Leu Ile 170 Gly Pro Lys Ser Lys 175 Ile
Ser Gly Val Glu 180 Leu Val Lys Lys Glu 185 Thr Glu His Ser Tyr 190 Phe Leu
Leu Asp Arg 195 Met Lys Asp Ala Leu 200 Leu Ser Phe Ile Gin 205 Gly Cys Tyr
.Leu Pro 210 Asp His Val Arg Lys 215 Phe Val Val Asp Tyr 220 Ile Glu His Val
Arg 225 Ser Arg Ala Ile Thr 230 Arg Asp Leu Ser Trp 235 Gly Ile Pro Val Pro 240
Asp Phe Pro Gly Lys 24 5 Val Phe Tyr Val Trp 250 Phe Asp Ala Pro Ile 255 Gly
Tyr Ile Ser Gly 260 Thr Met Glu Trp Ala 265 Ala Ser Gin Gly Asn 270 Pro Asp
Glu Trp Lys 275 Arg Phe Trp Leu Glu 280 Asp Gly Val Glu Tyr 285 Val Gin Phe
Ile Gly 290 Lys Asp Asn Leu Pro 295 Phe His Ser Val Val 300 Phe Pro Ala Met
Glu 305 Leu Gly Gin Lys Leu 310 Asp Tyr Lys Lys Val 315 Asp Ala Leu Val Val 320
Ser Glu Phe Tyr Leu 325 Leu Glu Gly Arg Gin 330 Phe Ser Lys Ser Glu 335 Gly
Asn Tyr Val Asp 340 Met Asp Lys Phe Leu 345 Ser Ser Tyr Ser Leu 350 Asp Lys
Leu Arg Tyr 355 Val Leu Ala Tkla Thr 360 Ala Pro Glu Thr Ser 365 Asp Ser Glu
Phe Thr 370 Phe Leu Asp Phe Lys 375 Thr Arg Cys Asn Ser 380 Glu Leu Val Gly
Lys 385 Phe Gly Asn Phe Ile 390 Asn Arg Val Leu Ala 395 Phe Ala Glu Lys Asn 400
His Tyr Asp Lys Leu 405 Ser Tyr His Ser Val 410 Val Leu Glu Asp Ser 415 Asp
Arg Ala Phe Leu 420 Glu Glu Ala Arg Gin 425 Leu Val Arg Asp Ala 430 Glu Lys
Cys Tyr Arg 435 Glu Tyr Ser. Leu Arg 440 Lys Ala Thr Ser Val 445 Ile Met Ser
Leu Ala 450 Ala Leu Gly Asn Val 455 Tyr Phe Asn Gin Gin 460 Ala Pro Trp Lys
Leu 4 65 Leu Lys Glu Gly Thr 470 Arg Glu Arg Val Glu 475 Ala Ile Leu Phe Cys 480
Ala Cys Tyr Cys Gin 4 85 Lys Leu Leu Ala Leu 4 90 Ile Ser Tyr Pro Ile 495 Ile
Pro Glu Ser Ala 500 Val Ala Ile Trp Glu 505 Met Ile Ser Pro Lys 510 Ser Leu
Glu Asn Cys 515 Asn Leu Asp Thr Met 520 Tyr Ala Arg Asp Leu 525 Trp Lys Glu
Glu Ile 530 Leu Asp Val Ile Asn 535 Glu Glu Phe His Leu 540 Lys Ser Pro Arg
Leu 545 Leu Phe Thr Thr Val 550 Glu Thr Xaa Xaa Xaa 555 Xaa Phe Xaa Xaa Xaa 560
<210> 493 <211> 97 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 493
452
WO 02/08267
PCT/US01/23121
Met lie Lys Lys Asp Arg Phe Thr Asn Glu Lys Leu Asn Lys Leu
1 5 10 15
Asp Ser Pro Phe 20 Ser Leu Vai Asn Tyr 25 Ala lie Lys Gin Ala 30 Lys
Lys lie Ala 35 Lys Gly Asp Vai Arg 40 Ser Ser Asn Vai Ala 45 He Glu
Leu Vai 50 Leu Leu Asp Arg Glu 55 Gly lie Gin Pro Glu 60 Phe Thr Glu
He 65 Vai Vai Thr Ala Ser 70 Pro Thr Vai Glu Arg 75 Lys Arg Ser Glu
Thr Lys Asn Ser Arg Lys 85 Lys Asp Pro Ser Ala 90 Tyr Thr Trp Ser Asp 95
Phe lie
Thr
Glu
His 80
Vai <210> 494 <211> 205 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 494
Met Asn Lys lie Leu Vai Asp Ser Pro Phe Ser Pro .Asp His Gin Lys 1 5 1015
Cys Cys Pro Lys Leu Phe Thr He Ser Ala Pro Ala Gly Vai Gly Lys 20 2530
Thr Thr Leu Vai Arg Met Leu Glu Gin Glu Phe Ser Ser Ala Phe Ala 35 4045
Glu Thr lie Ser Vai Thr Thr Arg Lys Pro Arg Glu Gly Glu Vai Pro 50 5560
Gly Lys Asp Tyr His Phe Vai Ser His Glu Glu Phe Gin Arg LeuLeu
70 7580
Asp Arg Gin Ala Leu Leu Glu Trp Vai Phe Leu Phe Gly Glu CysTyr
9095
Gly Thr Ser Met Leu Glu lie Glu Arg He Trp Ser Leu Gly Lys His 100 105110
Ala Val Ala Vai Ile Asp lie Gin Gly Ala Leu Phe He Arg Ser Arg 115 120125
Met Pro Ser Vai Ser He Phe lie Ala Pro Pro Ser Gin Glu Glu Leu 130 135140
Glu Arg Arg Leu Ala Ser Arg Gly Ser Glu Glu Gly Ser Gin ArgLys
145 150 155160
Glu Arg Leu Glu His Ser Leu He Glu Leu Ala Ala Ala Asn GinPhe
165 170175
Asp Tyr Vai Ile He Asn Asp Asp Leu Asn Gin Ala Tyr Arg Vai Leu 180 185190
Lys Ser lie Phe lie Ala Glu Glu His Arg Asn lie Leu 195 200205 <210> 495 <211> 602 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 495
Met Lys Glu Tyr Lys He Glu Asn lie Arg Asn Phe Ser lie lie Ala 15 1015
His lie Asp His Gly Lys Ser Thr lie Ala Asp Arg Leu Leu Glu Ser 20 2530
Thr Ser Thr Vai Glu Glu Arg Glu Met Arg Glu Gin Leu Leu Asp Ser 35 4045
Met Asp Leu Glu Arg Glu Arg Gly lie Thr lie Lys Ala His Pro Vai
453
50 55 60
Thr Met Thr Tyr Leu Tyr Glu Gly 65 70 Glu Vai Tyr 75 Gin Leu . Asn Leu lie8°
Asp Thr Pro Gly His Vai Asp Phe 85 Ser Tyr Glu 90 Vai Ser . Arg Ser Leu 95
Ser Ala Cys Glu Gly Ala Leu Leu 100 lie Vai Asp 105 Ala Ala Gin Gly Vai 110
Gin Ala Gin Ser Leu Ala Asn Vai 115 120 Tyr Leu Ala Leu Glu 125 Arg Asp Leu
Glu lie lie Pro Vai Leu Asn Lys 130 135 Ile Asp Leu Pro Ala 140 Ala Asp Pro
Vai Arg lie Ala Gin Gin lie Glu 145 .150 Asp Tyr lie 155 Gly Leu Asp Thr Thr 160
Asn lie Ile Ala Cys Ser Ala Lys 165 Thr Gly Gin 170 Gly lie Pro Ala lie 175
Leu Lys Ala lie lie Asp Leu Vai 180 Pro Pro Pro 185 Lys Ala Pro Ala Glu 190
Thr Glu Leu Lys Ala Leu Vai Phe 195 200 Asp Ser His Tyr Asp 205 Pro Tyr Vai
Gly lie Met Val Tyr Vai Arg Ile 210 215 lie Ser Gly Glu Leu 220 Lys Lys Gly
Asp Arg lie Thr Phe Met Ala Ala 225 230 Lys Gly Ser 235 Ser. Phe Glu Vai Leu 240
Gly lie Gly Ala Phe Leu Pro Lys 245 Ala Thr Phe 250 lie Glu Gly Ser Leu 255
Arg Pro Gly Gin Vai Gly Phe Phe 260 Ile Ala Asn 265 Leu Lys Lys Vai Lys 270
Asp Val Lys lie Gly Asp Thr Vai 275 280 Thr Lys Thr Lys His 285 Pro Ala Lys
Thr Pro Leu Glu Gly Phe Lys Glu 290 295 lie Asn Pro Val Vai 300 Phe Ala Gly
Ile Tyr Pro Ile Asp Ser Ser Asp 305 310 Phe Asp Thr 315 Leu Lys Asp Ala Leu 320
Gly Arg Leu Gin Leu Asn Asp Ser 325 Ala Leu Thr 330 lie Glu Gin Glu Ser 335
Ser His Ser Leu Gly Phe Gly Phe 340 Arg Cys Gly 345 Phe Leu Gly Leu Leu 350
His Leu Glu lie lie Phe Glu Arg 355 360 lie lie Arg Glu Phe 365 Asp Leu Asp
lie Ile Ala Thr Ala Pro Ser Vai 370 375 lie Tyr Lys Val Vai 380 Leu Lys Asn
Gly Lys Vai Leu Asp lie Asp Asn 385 390 Pro Ser Gly 395 Tyr Pro Asp Pro Ala 400
lie lie Glu His Vai Glu Glu Pro 405 Trp Vai His 410 Vai Asn lie lie Thr 415
Pro Gin Glu Tyr Leu Ser Asn lie 420 Met Asn Leu 425 Cys Leu Asp Lys Arg 4 30
Gly He Cys Vai Lys Thr Glu Met 435 440 Leu Asp Gin His Arg 445 Leu Vai Leu
Ala Tyr Glu Leu Pro Leu Asn Glu 450 455 lie Vai Ser Asp Phe 4 60 Asn Asp Lys
Leu Lys Ser Vai Thr Lys Gly Tyr 465 470 Gly Ser Phe 475 Asp Tyr Arg Leu Gly 480
Asp Tyr Arg Lys Gly Ser lie lie 485 Lys Leu Glu 490 Vai Leu Ile Asn Glu 495
Glu Pro lie Asp Ala Phe Ser Cys 500 Leu Vai His 505 Arg Asp Lys Ala Glu 510
Ser Arg Gly Arg Ser lie Cys Glu 515 520 i Lys Leu Vai Asp Vai 525 Ile Pro Gin
Gin Leu Phe Lys lie Pro lie Glr 530 535- i Ala Ala lie : Asn Lys . 540 Lys Vai lie
454
Ala Arg Glu Thr Ile Arg Ala Leu Ser Lys Asn Val Thr Ala Lys Cys
545 550 555 560
Tyr Gly Gly Asp Ile Thr Arg Lys Arg Lys Leu Trp Glu Lys Gin Lys
565 570 57 5
Lys Gly Lys Lys Arg Met Lys Glu Phe Gly Lys Val Ser Ile Pro Asn
580 585 590
Thr Ala Phe Ile Glu Val Leu Lys Leu Asp
595 600
<210> 496 <211> 324 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 496
Met Glu Leu Leu Pro His Glu Lys Gin Val Val Glu Tyr Glu Lys Ala 1 5 1015
Ile Ala Glu Phe Lys Glu Lys Asn Lys Lys Asn Ser Leu Leu Ser Ser 20 2530
Ser Glu Ile Gin Lys Leu Glu Lys Arg Leu Asp Lys Leu Lys Glu Lys 35 4045 .He Tyr Ser Asp Leu Thr Pro Trp Glu Arg Val Gin I.le Cys Arg His 50 5560
Pro Ser Arg Pro Arg Thr Val Asn Tyr He Glu Gly Met Cys GluGlu
70 7580
Phe Val Glu Leu Cys Gly Asp Arg Thr Phe Arg Asp Asp Pro AlaVal
9095
Val Gly Gly Phe Val Lys Ile Gin Gly Gin Arg Phe Val Leu Ile Gly 100 105110
Gin Glu Lys Gly Cys Asp Thr Ala Ser Arg Leu His Arg Asn Phe Gly 115 120125
Met Leu Cys Pro Glu Gly Phe Arg Lys Ala Leu Arg Leu Gly Lys Leu 130 135140
Ala Glu Lys Phe Gly Leu Pro Val Val Phe Leu Val Asp Thr ProGly
145 150 155160
Ala Tyr Pro Gly Leu Thr Ala Glu Glu. Arg Gly Gin Gly Trp AlaIle
165 170175
Ala Lys Asn Leu Phe Glu Leu Ser Arg Leu Ala Thr Pro Val Ile Ile 180 185190
Val Val He Gly Glu Gly Cys Ser Gly Gly Ala Leu Gly Met Ala Val 195 200205
Gly Asp Ser Val Ala Met Leu Glu His Ser Tyr Tyr Ser Val Ile Ser 210 215220
Pro Glu Gly Cys Ala Ser He Leu Trp Lys Asp Pro Lys Lys AsnSer
225 230 235240
Glu Tkla Ala Ser Met Leu Lys Met His Gly Glu Asn Leu Lys GinPhe
245 250255
Gly Ilě Ile Asp Thr Val He Lys Glu Pro Ile Gly Gly Ala His His 260 265270
Asp Pro Ala Leu Val Tyr Ser Asn Val Arg Glu Phe Ile Ile Gin Glu 275 280285
Trp Leu Arg Leu Lys Asp Leu Ala Ile Glu Glu Leu Leu Glu Lys Arg 290 295300
Tyr Glu Lys Phe Arg Ser Ile Gly Leu Tyr Glu Thr Thr Ser Glu Ser 305 310 315320
Gly Pro Glu Ala <210> 497 <211> 659 <212> PRT
455 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 497
Met Lys Leu Leu Leu Lys Ala Vai Leu Arg His Lys Asn His Leu Vai 1 5 1015
Ile Leu Gly Cys Ser Leu Leu Ala lie Leu Gly Leu Thr Phe Ser Ser 20 2530
Gin Met Glu lie Phe Ser Leu Gly Met lie Ala Lys Thr Gly Pro Asp 35 4045
Ala Phe Leu Leu Phe Gly Arg Lys Glu Ser Gly Lys Leu Val Lys Vai 50 5560
Ser Glu Leu Ser Gin Lys Asp lie Leu Glu Asn Trp Gin Ala lieSer
70 7580
Lys Asp Ser Glu Thr Leu Thr Vai Ser Asp Ala Thr Thr Tyr lieAla
9095
Glu His Gly Lys Ser Thr Ala Ser Leu Thr Ser Lys Leu Ser Lys Phe 100 105110
Val Arg Asn Tyr lie Asp Vai Ser Arg Phe Arg Gly Leu Ala lie Phe 115 120125
Leu lie Cys Vai Ala lie Phe Lys Ala Vai Thr Leu Phe Phe Gin Arg 130 135140
Phe Leu Gly Gin Val Vai Ala lie Arg Vai Ser Arg Asp Leu ArgGin
145 150 155160
Asp Tyr Phe Lys Ala Leu Gin Gin Leu Pro Met Thr Phe Phe HisAsp
165 170175
His Asp lie Gly Asn Leu Ser Asn Arg Vai Met Thr Asp Ser Ala Ser 180 185190 lie Ala Leu Ala Vai Asn Ser Leu Met lie Asn Tyr Ile Gin Ala Pro 195 200205 ’ lie Thr Phe lie Leu Thr Leu Gly Vai Cys Leu Ser lie Ser Trp Lys 210 215 220
Phe Ser Ue Leu lie Cys Vai Ala Phe Pro lie Phe lie Leu Prolie
225 230 235240
Val Vai Ue Ala Arg Lys lie Lys Asn Leu Ala Lys Arg lie GinLys
245 250255
Ser Gin Asp Ser Phe Ser Ser Val Leu Tyr Asp Phe Leu Ala Gly Vai 260 265270
Met Thr Val Lys Vai Phe Arg Thr Glu Lys Phe Ala Phe Thr Lys Tyr 275 280285
Cys Glu His Asn Asn Lys lie Ser Ala Leu Glu Glu Lys Ser Ala Ala 290 295300
Tyr Gly Leu Leu Pro Arg Pro Leu Leu His Thr lie Tkla Ser LeuPhe
305 310 315320
Phe Ala Phe Val Val Vai lie Gly lie Tyr Lys Phe Ala lie ProPro
325 330335
Glu Glu Leu lie Vai Phe Cys Gly Leu Leu Tyr Leu lie Tyr Asp Pro 340 345350 lie Lys Lys Phe Gly Asp Glu Asn Thr Ser lie Met Arg Gly Cys Ala 355 360365
Ala Ala Glu Arg Phe Tyr Glu Vai Leu Asn His Pro Asp Leu His Ser 370 375380
Gin Lys Glu Arg Glu lie Glu Phe Leu Gly Leu Ser Asn Thr lieThr
385 390 395400
Phe Glu Asn Vai Ser Phe Gly Tyr Gin Glu Asp Lys His lie LeuLys
405 410415
Asn Leu Ser Phe Thr Leu His Lys Gly Glu Ala Leu Gly lie Vai Gly 420 425430
Pro Thr Gly Ser Gly Lys Thr Thr Leu Vai Lys Leu Leu Pro Arg Leu 435 440445
Tyr Glu Vai Ser Gin Gly Lys Ue Leu lie Asp Ser Leu Pro lie Thr 450 455- 460
456
Glu Tyr Asn Lys Gly Ser Leu Arg Asn His Ile Ala Cys Val Leu Gin
465 470 475 480
Asn Pro Phe Leu Phe Tyr Asp Thr Val Trp Asn Asn Leu Thr Cys Gly
485 4 90 4 95
Lys Asp Met Glu Glu Glu Ala Val Leu Glu Ala Leu Lys Arg Ala Tyr
500 505 510
Ala Asp Glu Phe Ile Leu Lys Leu Pro Lys Gly Val His Ser Val Leu
515 520 525
Glu Glu Ser Gly Lys Asn Leu Ser Gly Gly Gin Gin Gin Arg Leu Ala
530 535 540
Ile Ala Arg Ala Leu Leu Lys Asn Ala Ser Ile Leu Ile Leu Asp Glu
545 550 555 560
Ala Thr Ser Ala Leu Asp Ala Ile Ser Glu Asn Tyr Ile Lys Asn Ile
565 570 575
Ile Gly Glu Leu Lys Gly Gin Cys Thr Gin Ile Ile Ile Ala His Lys
580 585 590
Leu Thr Thr Leu Glu His Val Asp Arg Val Leu Tyr Ile Glu Asn Gly
595 600 605
Gin Lys Ile Ala Glu Gly Thr Lys Glu Glu Leu Leu Gin Thr Cys Pro
610 615 620
Glu Phe Leu Lys Met Trp Glu Leu Ser Gly Thr Lys Glu Tyr Asn Arg
. 625 630 635 640
Val Phe Val Pro Asp His Lys Leu Val Ala Asn Pro Thr Asp Met Ala
645 650 655
Ile Thr Thr
<210> 498 <211> 411 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 498
Met He Pro Thr Met Leu Met Phe Phe Ile Ile Cys Phe Thr Leu Cys 1 5 1015
Ser Gly Phe He Ser Leu Ser Gin He Ala Leu Phe Ser Leu Pro Thr 20 25 ·30
Ser Leu Ile Ser His Tyr Lys Arg Ser Lys Ser Lys Lys Gin Gin Arg 35 4045
Val Ala Thr Leu Leu Leu His Pro His His Leu Leu Ile Thr Leu Ile 50 5560
Phe Cys Asp Ile Gly Leu Asn Ile Ala Ile Gin Asn Cys Phe AlaIle
70 7580
Leu Phe Gly Asp Ala Ala Ser Trp Trp Phe Thr Val Gly Leu ProLeu
9095
Ala He Thr Leu He Leu Gly Glu He Leu Pro Lys Ala Val Ala Leu 100 105HO
Pro Phe Asn Thr Gin Ile Ala Ser Ser Val Ala Pro Leu Ile Leu Cys 115 120125
Val Thr Lys He Phe Lys Pro Leu Leu His Trp Gly Ile Val Gly Ile 130 135140
Asn Tyr Val Val Gin Trp Ile Leu Ser Lys Gin Gin Ile Asp IleIle
145 150 155160
Gin Pro Gin Glu Leu Lys Glu Val Leu Gin Ser Cys Lys Asp PheGly
165 170175
Val Val Asn Gin Glu Glu Ser Arg Leu Leu Tyr Gly Tyr Leu Ser Leu 180 185190
Ser Asp Cys Ser Val Lys Glu Arg Met Gin Pro Arg Gin Asp Ile Leu 195 200205
Phe Tyr Asp He Gin Thr Pro Leu Glu Asn Leu Tyr Leu Leu Phe Ser 210 215220
57
Lys Gin His Cys Ser Arg Val Pro Ile Cys Asn Asp Asn Leu Gin Asn
225 230 235 240
Leu Leu Gly Ile Cys Thr Ala Arg Ser Leu Leu Leu His Asp Lys Pro
245 250 255
Leu Gin Ser Ser Asp Asp Leu Leu Pro Leu Leu Lys Lys Pro Tyr Tyr
260 265 270
Met Pro Glu Thr Ile Ser Ala Lys Met Ala Leu Cys Gin Met Ala Ala
275 280 285
Glu Asp Glu Thr Leu Gly Met Ile Ile Asp Glu Tyr Gly Ser Ile Glu
290 295 300
Gly Leu Ile Thr Gin Glu Asp Leu Phe Glu Ile Val Ala Gly Glu Ile
305 310 315 320
Val Asp Gin Arg Asp Asn Lys Ile Leu Tyr Thr Thr Ser Gly Ala Asp
325 330 335
Val Ile Ile Ala Ser Gly Thr Leu Glu Leu Arg Glu Phe Ser Glu Ile
340 345 350
Phe Asp Ile Asn Leu Pro Thr Asn Asn Asn Ile Ala Thr Ile Gly Gly
355 360 365
Trp Leu Ile Glu Gin Ile Gly Thr Ile Pro Thr Thr Gly Met Lys Leu
370 375 380
Ser Trp Asn Asn Leu Leu Phe Gin Val Leu Asp Ala Ala Pro Asn Arg
385 390 395 400
Ile Arg Arg Val Tyr Ile Arg Lys Leu Tyr Asp
405 410
<210> 499 <211> 404 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 499
Met Thr Asn Ser Ala Leu Phe Trp 15
Val Leu Gin Gly Phe Tyr Ser Met 20
Asn Arg Val Arg Leu Gin Tyr Tyr 3540
Arg Tyr Ile Asn Phe Leu Ile Arg 5055
Val Met Leu Gly Val Asn Ile Ala 6570.
Arg Asn Cys Tyr Arg Ala Leu Gly 85
Thr Gin ile Phe Ile Val Val Ile 100 lie Ser Arg Lys lie Pro Glu Lys . 115120
Leu Tyr Tyr Ser His Tyr Ile Phe 130135
Ser Leu Thr Glu Gly Leu Tyr Tyr 145150
Leu Asn Ser Thr Leu Ser Arg Asp 165
His His Glu Glu Gin Asp Phe Asn 180
Leu Ser Ala Thr Cys Ala Asp Gin 195200
Thr Met Leu Pro Ser Ser Ala Asn 210215
Lys Asn Thr Asp Ile Asn Phe Ile 225230
Ile Gly Val Asn Ile Ile Cys Ile 1015
Met Glu Met Ala Cys Val Ser Phe 2530
Leu Thr Lys Asp His Lys Lys Ala 45
Arg Pro Tyr Arg Leu Phe Gly Thr 60
Leu Gin Val Gly Ser Glu Ser Ser 7580 lie Thr Pro Asp Tyr Ala Pro Phe 9095
Phe Ala Glu Leu Leu Pro Leu Thr 105110
Leu Ala Leu Trp Gly Ala Pro Ile 125
Tyr Pro Leu Ile Gin Leu Ile Gly 140
Leu Leu Asn Ile Arg Lys Glu Lys 155160
Glu Phe Gin Lys Ala Leu Glu Thr 170175
Thr Ile Ala Thr Asn Ile Phe Ser 185190
Val Cys Gin Pro Leu Glu Gin Val 205
Val Lys Asp Phe Cyš Arg Thr Ile 220
Pro Val Tyr His Lys Ala Arg Lys 235 240
458
Asn Val Ile Gly Ile Tkla 245 His Pro Lys Asp 250 Phe Val Asn Lys Ala 255 Leu
Asp Glu Pro Leu 260 Ile Asn Asn Leu His 265 Ser Pro Trp Phe Ile 270 Thr Ala
Lys Ser Lys 275 Leu Ile Arg Ile Leu 280 Lys Glu Phe Arg Asp 285 Asn Arg Ser
Ser Val 290 Ala Val Val Leu Asn 295 Ala Ser Gly Glu Pro 300 Ile Gly Ile Leu
Ser 305 Leu Tksn Ala Ile Phe 310 Lys Ile Leu Phe Asn 315 Thr Thr Asn Ile Tkla 320
His Leu Lys Pro Lys 325 Thr Ile Ser Val Ile 330 Glu Arg Thr Phe Pro 335 Gly
Asn Ser Arg Ile 340 Lys Asp Leu Gin Lys 345 Glu Leu Asp Ile Gin 350 Phe Pro
Gin Tyr Pro 355 Val Glu Thr Leu Ala 360 Gin Leu Val Leu Gin 365 Leu Leu Asp
Ser Pro 370 Ala Glu Val Gly Thr 375 Ser Val Ile Ile Asn 380 Asn Leu Leu Leu
Glu 385 .Asn Val Leu Lys Leu Glu Ser Met Ser 390 Leu Ser Gly Ile Lys 395 Thr Val Ser Ile Lys 400
<210> 500 <211> 543 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 500
Met Phe Gly Ser Glu Ser Leu Arg Tyr 15
Ala Lys Val Ser Glu Glu Gly Ile Gly 2025
Ser Leu Leu Gin Ala Lys Leu Val Leu 3540
Ser Phe Asp Asp Trp Phe Arg Ser Phe 5055
Pro Glu Leu Ala His Asp Arg Asp Val 6570
Val Leu Arg Glu Gly He Glu Asn Pro 85
Ser Val Leu Ala Ile Gly Leu Ala Arg 100105
Leu Leu Gin Ser Cys Asn Asp Asp Ser 115120
Leu Gin Val Ala Val Asn Tyr Gly Ser 130135
Val Glu Leu Ala Arg Asn Asp Asp Ser
145150
Tyr Gin Val Val Ala Leu Leu Gin Ile 165
Arg Glu Arg Ala Glu Asn Lys Leu Val 180185
Ala Trp Lys Ala Cys Leu Glu Leu Ser 195200
Val Ala Lys Asp Asp Ile Asp Gin Ala 210215
Arg Asn Gly Met Leu Pro Glu Thr Thr
225230
Ser Val Glu His Pro Glu Val Gin Glu
245
Gin 10 Leu Leu Ile Gin Asp 15 Phe
Leu Leu Glu Ser Lys 30 Glu Tyr
Arg Ala Leu Ala 45 Gin Asn Ser
Lys Lys Cys 60 Gin Ile Ser Tyr
Leu Glu 75 Glu Phe Gly Ile Gin 80
Ser 90 Val Thr Val Arg Ala 95 Val
Asp Phe Arg Leu Val 110 Pro Leu
Ala Ile Val Arg 125 Ser Leu Ala
Glu Ser Leu 140 Lys Lys Ala Ile
Ile His 155 Val Arg Ile Thr Ala 160
Glu 170 Glu Leu Leu Pro Phe 175 Leu
Asp Ser Val Glu Arg 190 Arg Glu
Ser Gin Phe Leu 205 Glu Thr Gly
Leu Phe Thr 220 Cys Glu Val Leu
Glu Ile 235 Phe Thr Glu Leu Leu 240
Ser 250 Leu Leu Leu Ser Ala 255 Leu
459
Ala Trp Ser His Gin Leu Gin Asn 260
Arg His Val Met Cys Thr Ser Pro 275280
Ala Ala Leu Leu His Leu His Gly 290295
Val Glu Gly Leu Arg Ser Pro Gin
305310
Ala Ala Leu Cys Ser Leu Gly Ile 325
His Leu Glu Ser Leu Ser Ser Arg 340
Leu Leu Leu Val Ser Arg Glu Asp 355360
Ala Arg Tyr Leu Ser Asn Pro Glu 370375
Leu Trp Asp Ala Gin Trp Asn Leu
385390
Ser Asp Met Tle Lys Arg Glu Ile 405
Ala Val Ala Arg Tyr Ser Gin Ala 420
Ser Gly Gin Gin Ala Gin Gly Trp 435440
Glu Glu Gly Asp Val Lys Thr Ser 450455
Phe Ala Ala Lys Leu Glu Gly Ala
465470
Asp Gin Ala Ser Leu Gin Arg Val 485
Trp Gin Asp Lys Leu Ala Ile Leu 500
Leu Asp Ala Val Pro Phe Leu Leu 515 520
Ser Leu Arg Ser Ala Ala Ala Gly 530 535 <210> 501 <211> 103 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 501
Met Ser Phe Lys Arg Phe Leu Gin 15
Leu Ile Ile Tyr Leu Tyr Gin Trp 20
Cys Cys Arg Phe Phe Pro Ser Cys 3540
Lys Ser His Gly Phe Leu Met Gly 5055
Gly Lys Cys Gly Pro Trp His Pro
6570
Thr Ala Leu Gin Glu Val Leu Glu 85
Asp Ser Ser His Phe Ser Glu 100 <210> 502 <211> 362 <212> PRT
His Lys Glu Phe Leu Ser Lys Val
265 270
Phe Ala Lys Val Arg Phe Gin Ala 285
Asp Pro Leu Gly Arg Asp Ser Leu 300
Pro Leu Val Cys Glu Ala Ala Ser 315320
His Gly Val Pro Leu Ala Lys Glu 330335
Lys Ala Ala Ala Asn Leu Ser Ile
345350
Ile Glu Arg Ala Gly Asp Val Tle 365
Met Cys Trp Ala Ile Glu Tyr Phe 380
Arg Gly Asp Thr Phe Pro Leu Tyr 395400
Gly Arg Lys Leu Ile Arg Leu Leu 410415
Lys Ala Val Thr Ala Thr Phe Leu
425430
Ser Phe Phe Ser Gly Met Phe Trp 445
Glu Asp Leu Val Thr Asp Ala Cys 4 60
Leu Ala Ser Leu Cys Gin Lys Lys 475480
Ser Gin Leu Tyr Asn Asp Ser Arg 490495
Glu Ser Val Ala Phe Ser Glu Asn
505510
Asp Cys Cys His His Glu Ala Pro 525
Ala Leu Phe Ser Ile Phe Lys 540
Gin lie Pro Val Arg Ile Cys Leu 10 15
Leu He Ser Pro Leu Leu Gly Ser 25 30
Ser His Tyr Ala Glu Gin Ala Leu .45
Cys Trp Leu Ser Ile Lys Arg Ile 60
Gly Gly He Asp Met Val Pro Lys 75 80
Pro Tyr Gin Glu Ile Asp Gly Gly 90 95
460 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 502
Met Ala Phe Lys Arg Lys Thr Arg 15
Ser Vai Gly Leu Asn Met Leu Phe 20
Phe Arg Lys Asp Ile Tyr Lys Leu 3540
Ala Lys Ser Ser Arg Lys Vai Tyr '55 lie Ser Gin Ala Ser Leu Asp Asp
6570
Arg Tyř Met Tyr Gly Arg Pro lie 85 lie Ala Ser His His lie Asp Ile 100
Thr Tyr Thr Glu Leu Lys Gly Ser 115120 lie Asp Leu Lys Asp Phe Pro Vai 130135
Lys Tyr Pro Tyr Thr Ser Lys Gly 145150
Val Gin Glu Gly Trp Vai Asp Glu
165
Thr Pro Glu Phe Leu Tyr Leu Arg 180
Gin Ala Ser Ser Vai Ala Ser L.eu
195200
Ser Glu Arg Phe Phe His Phe Cys 210215 lie Ser Ala Thr Gin Arg Gin Lys 225230
Glu Glu Ser Leu Ala Ala Leu Leu
245
Vai Leu His Glu Phe Cys Asp Glu 260
Met Pro Gin Glu Ser Pro Tyr Ser 275280
His Ser Pro Arg Arg Glu Leu Ala
290295
Ala Pro Arg Vai Gin Glu Asp Gin
305310
Gly Asp Ser Leu Trp Leu lie Ala
325
Lys He lie Gin Lys Asn Gly Leu 340
Lys Vai Leu Lys Leu Pro Ala Lys
355360
Trp Leu Trp Gin Vai Leu lie Leu 1015
Leu Leu Leu Phe Tyr Ser Ala lie 2530
His Leu Phe Ser Gly Pro Leu He 45
Leu Ser Glu Asp Phe Leu Asn Glu 60
Leu lie Ser Leu Phe Lys Asp Glu 7580
Lys Leu Trp Ala Leu Ser Vai Ala 9095
Thr Pro Vai Leu Ser Lys Pro Leu 105HO
Ser Vai Arg Trp Leu Leu Pro Asn 125 lie Leu Asp Tyr Leu Arg Cys His 140
Leu Phe Leu Leu lie Glu Lys Met 155160
Asp Cys Leu Tyr His Phe Cys Ser 170175
Thr Leu Leu Vai Gly Ala Asp Vai 185190
Ala Arg Met Vai lie Arg Cys Gly 205
Asn Glu Glu Ser Arg Thr Ser Met 220
Vai Leu Lys Ser Tyr Leu Asp Cys 235240
Leu Leu Val His Asp Ser Asp Vai 250255
Asp Leu Glu Lys Vai lie Arg Leu 265270
Gin Asn Phe Phe Ser Arg Leu Gin 285
Cys Met Ser Thr Gin Arg Vai Glu 300
Asp Glu Glu Tyr Vai Vai Gin Asp 315320
Lys Arg Phe Gly lie Pro Met Asp 330335
Asn His His Arg Leu Phe Pro Gly 345350
Gin Ser <210> 503 <211> 582 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 503
Met Ser Gly Lys Lys Asp Gly Vai Arg Gly Met He Phe Vai Pro Leu
1 5 10 15
Ser He Leu Vai Leu lie Phe Leu Pro Leu Pro Gin lie Leu Leu Asp
20 25 30
Phe Gly Leu Cys He Ser Phe Ala Leu Ser Leu Leu Thr Vai Cys Trp
461
35 40 45
Val Phe Thr Leu Asn Ser 50 Ser Asn Ser Ala Lys Leu 55 60 Phe Pro Pro Phe
Phe 65 Leu Tyr Leu Cys Leu 70 Leu Arg Leu Gly Leu Asn 75 Leu Ala Ser Thr 80
Arg Trp Ile Val Ser Ser 85 Gly Thr Ala Ser Ser Leu 90 Ile Val Ser Leu 95
Gly Ser Phe Phe Ser Leu 100 Gly Ser Leu Trp Ala Ala 105 Thr Phe Ala Cys 110
Leu Leu Leu Phe Phe Val 115 Asn Phe Leu Met Val Ser 120 Lys Gly Ser Glu 125
Arg Ile Ala Glu Val Arg 130 Ser Arg Phe Phe Leu Glu 135 140 Ala Leu Pro Ala
Lys 145 Gin Met Ala Leu Asp 150 Ser Asp Leu Val Ser Gly 155 Arg Ala Ser Tyr 160
Lys Ala Val Lys Lys Gin 165 Lys Asn Ala Leu Ile Glu 170 Glu Gly Asp Phe 175
Phe Sér Ala Met Glu Gly 180 Val Phe Arg Phe Val Lys 185 Gly Asp Ala Ile 190
Ile Ser Cys Ile Leu Leu 195 Leu Val Asn Val Val Ser 200 Val Thr Cys Leu 205
Tyr Tyr Thr Ser Gly Tyr 210 Ala Leu Glu Gin Met Trp 215 220 Phe Thr Val Leu
Gly 225 Asp Ala Leu Val Ser 230 Gin Val Pro Ala Leu Leu 235 Thr Ser Cys Ala 240
Ala Ala Thr Leu Ile Ser 245 Lys Ile Asp Lys Glu Glu 250 Ser Leu Leu Asn 255
Tyr Leu Phe Glu Tyr Tyr 260 Lys Gin Leu Arg Gin His 265 Phe Arg Val Val 270
Ser Leu Leu Ile Phe Ser 275 Leu Cys Cys lie Pro Ser 280 Ser Pro Lys Phe 285
Pro Ile Val Leu Leu Ala 290 Ser Leu Leu Trp Leu Ala 295 300 Tyr Arg Lys Glu
Glu 305 Pro Ala Ser Glu Asp 310 Ser Cys Ile Glu Arg Ala 315 Phe Ser Tyr Val 320
Glu Gly Ala Cys Pro Lys 325 Glu Gin Glu Ser Gin Phe 330 Tyr Gin Val Tyr 335
Arg Ala Ala Ser Glu Glu 340 Val Phe Glu Asp Leu Gly 345 Val Arg Leu Pro 350
Val Leu Thr Ser Leu Arg 355 lie Glu Glu Arg Pro Trp 360 Leu Arg Val Phe 365
Gly Gin Asn Val Tyr Leu 370 Asp Glu Met Thr Pro Glu 375 380 Ala Val Leu Pro
Phe 385 Leu Arg Asn Ile Ala 390 His Glu Ala Leu Asn Ala 395 Glu Val Val Gin 400
Lys Tyr Leu Glu Glu Ser 4 05 Glu Arg Val Phe Gly Ile 410 Ala Val Glu Asp 415
Ile Val Pro Lys Lys Ile 420 Ser Leu Ser Ser Leu Val 425 Val Leu Ser Arg 430
Leu Leu Val Arg Glu Arg 435 Val Ser Leu Lys Leu Phe 440 . Pro Lys Ile Leu 445
Glu Ala Val Ala Val Tyr 450 Gin Asn Ser Gly Asp Ser 455. 460 Leu Glu Ile Leu
Ala 465 Glu Lys Val Arg Lys 470 Ser Leu Gly Tyr Trp Ile 475 Gly Arg Ser Leu 480
Trp Asp Gin Lys Gin Thr 485 Leu Glu Val Ile Thr Ile 490 Asp Phe His Val 495
Glu Glu Leu Ile Asn Ser 500 Ser Tyr Ser Lys Ser Asn 505 Pro Val Met Gin 510
Glu Asn Val.Ile Arg Arg 515 Val Asp Ser Leu Leu Glu 520 Arg Ser Val Phe 525’
62
Lys Asp Phe Arg Ala lie Vai Thr Ser Cys Glu Thr Arg Phe Glu Met
530 535' 540
Lys Lys Met Leu Asp Pro His Phe Pro Asp Leu Leu Vai Leu SerHis 545 550 555seo
Asp Glu Leu Pro Lys Glu lie Pro Tle Ser Phe Leu Gly lie VaiSer
565 570575
Asp Glu Val Leu Vai Pro
580 <210> 504 < 211> 435 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 504
Met Phe Ser Arg Trp lie Thr Leu Phe Leu Leu Phe lie Ser Leu Thr 1 5 1015
Gly Cys Ser Ser Tyr Ser Ser Lys His Lys Gin Ser Leu lie lie Pro 20 2530 lie His Asp Asp Pro Vai Ala Phe Ser Pro Glu Gin Ala Lys Arg Ala 35 4045
Met Asp Leu Ser lie Ala Gin Leu Leu -Phe Asp Gly Leu Thr Ara Glu 50 5560
Thr His Arg Glu Ser Asn Asp Leu Glu Leu Ala lie Ala Ser ArgTyr
70 7580
Thr Vai Ser Glu Asp Phe Cys Ser Tyr Thr Phe Phe Ile Lys AspSer
9095
Ala Leu Trp Ser Asp Gly Thr Pro lie Thr Ser Glu Asp lie Arg Asn 100 105iio
Ala Trp Glu Tyr Ala Gin Glu Asn Ser Pro His lie Gin lie Phe Gin 115 120125
Gly Leu Asn Phe Ser Thr Pro Ser Ser Asn Ala lie Thr lie His Leu 130 13514Q
Asp Ser Pro Asn Pro Asp Phe Pro Lys Leu Leu Ala Phe Pro AlaPhe i45 150 155160
Ala Ile Phe Lys Pro Glu Asn Pro Lys Leu Phe Ser Gly Pro TyrThr
165 170175
Leu Vai Glu Tyr Phe Pro Gly His Asn lie His Leu Lys Lys Asn Pro 180 185190
Asn Tyr Tyr Asp Tyr His Cys Vai Ser lie Asn Ser lie Lys Leu Leu 195 200205 lie lie Pro Asp lie Tyr Thr Ala lie His Leu Leu Asn Arq Gly Lys 210 215220
Vai Asp TrplVai Gly Gin Pro Trp His Gin Gly lie Pro Trp Glu Leu 225 230 235240
His Lys Gin Ser Gin Tyr His Tyr Tyr Thr Tyr Pro Vai Glu GlyAla
245 . 250255
Phe Trp Leu Cys Leu Asn Thr Lys Ser Pro His Leu Asn Asp LeuGin
260 265270
Asn Arg His Arg Leu Ala Thr Cys lie Asp Lys Arg Ser lie lie Glu 275 280285
Glu Ala Leu Gin Gly Thr Gin Gin Pro Ala Glu Thr Leu Ser Arg Gly 290 295300
Ala Pro Gin Pro Asn Gin Tyr Lys Lys Gin Lys Pro Leu Thr ProGin 305 310 315320
Glu Lys Leu Vai Leu Thr Tyr Pro Ser Asp lie Leu Arg Cys GinArg
325 330335 lie Ala Glu lie Leu Lys Glu Gin Trp Lys Ala Ala Gly lie Asp Leu 340 345350 lie Leu Glu Gly Leu Glu Tyr His Leu Phe Val Asn Lys Arg Lys Vai
355
360
365
463
Gin Asp Tyr Ala lie Ala Thr Gin 370 375
Ala Asn Leu lie Ser Glu Glu Asp 385 390
He Pro He Tyr Tyr Leu Ser Tyr 405
Glu Gly Vai lie Tyr Asn Ala Ser 420
Tyr Phe Pro
435 <210> 505 <211> 171 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 505
Met Lys Lys Leu Leu Phe Ser Thr 15
Ser Ala Ala His Ala Asn Leu Gly 20
Glu Glu Ser Asp Leu Gly Lys Lys 3540
Lys Gin Gin Phe Vai Lys Asn Ala 5055
Ser lie Tyr Asn Lys Leu Gin Asp 6570
Asp Ser Ala Ser Glu Glu Leu Arg 85
Glu Tyr Asn Ala Tyr Gin Ser Gin 100
Asn Vai Lys Arg He Gin Lys Leu H5120
Glu Ser Vai Arg Ser Lys Glu Lys 130135
Ala Vai Leu Ala He Ala Pro Gly
145150
Ala He Leu Asn Glu Ser Phe Lys 165 <210> 506 <211> 360 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae
Gly Vai Ala Tyr Tyr Pro Gly 380
Leu Leu Gin Asn Phe Glu lie
395 400
Tyr Leu Thr Gin Asp Phe lie
410 ’ 415
Ala Vai Asp Leu Lys Tyr Thr
430
Leu Leu Vai Leu Gly Ser Thr 10 15
Vai Asn Leu Lys Arg Cys Leu 30
Thr Glu Glu Leu Glu Ala Met 45
Lys He Glu Glu Glu Leu Thr 60
Asp Tyr Met Glu Ser Leu Ser . 80
Lys Phe Glu Asp Leu Ser Gly 90 95
Tyr Gin Ser He Asn Gin Ser 110
Gin Glu Vai Lys He Ala Ala 125
Glu Ala He Leu Asn Glu Glu 140
Asp Lys Thr Thr Glu lie He
155 160
Gin Asn
170 <400> 506
Met 1 Ser Glu Ala Pro 5 Vai Tyr Thr
Gin Vai Glu Vai 20 Gin Gly Asn lie
Asp lie Ser 35 Gin Ala Gin Pro His 40
Lys Tyr 50 Ser Ser Phe Leu Lys 55 Asn
Ser 65 Arg Ser Gin Ala Met 70 Gin His
He Thr Asn Glu Ser 85 Pro Ser Leu
Phe He Glu Pro 100 Vai Thr Ser Gly
Vai lie His Pro Thr Ala Arg He
Lys Gin Leu Ala Glu Leu Leu
15
Thr Pro He Ser Gly Vai Glu
He Ala Phe Leu Asp Asn Glu 45
Lys Ala Gly Ala He He Leu 60
His Leu Lys Lys Asn Phe Leu 75 80
Phe Gin Lys Cys lie Glu Leu 90 95
Pro Gly lie His Pro Thr Ala HO
Lys Asn Vai Thr lie Glu Pro '1
464
125
115
120
Tyr Val Val lie Ser Gin His Ala His Ile Gly Ser Asp Thr Tyr Ile 130 135i4o
Gly Ala Gly Ser Val Ile Gly Ala His Ser Val Leu Gly Ala AsnCys 145 150 155160
Leu He His Pro Lys Val Val Ile Arg Glu Arg Val Leu Met GlyAsn
165 170175
Arg Val Val Val Gin Pro Gly Ala Val Leu Gly Ser Cys Gly Phe Gly 180 185190
Tyr He Thr Asn Ala Phe Gly His His Lys Pro Leu Lys His Leu Gly 195 200205
Tyr Val Ile Val Gly Asp Asp Val Glu Ile Gly Ala Asn Thr Thr Ile 210 215220
Asp Arg Gly Arg Phe Lys Asn Thr Val Ile His Glu Gly Thr LysIle
225 230 235240
Asp Asn Gin Val Gin Val Ala His His Val Glu Ile Gly Lys HisSer
245 250255
Ile Ile Val Ala Gin Ala Gly Ile Ala Gly Ser Thr Lys Ile Gly Glu 260 265270
His Val Ile Ile Gly Gly Gin Thr Gly Ile Thr Gly His Ile Ser Ile 275 280285
Ala Asp His Val lie Met Ile Ala Gin Thr Gly Val Thr Lys Ser Ile 290 295300
Thr Ser Pro Gly He Tyr Gly Gly Ala Pro Ala Arg Pro Tyr GinGlu 305 310 315320
Thr His Arg Leu He Ala Lys He Arg Asn Leu Pro Lys Thr GluGlu
325 330335
Arg Leu Ser Lys Leu Glu Lys Gin Val Arg Asp Leu Ser Thr Pro Ser 340 345350
Leu Ala Glu'lie Pro Ser Glu Ile
355
360 <210> 507 <211> 399 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 507
Met Ala Ala Ser Gly Gly Thr Gly Gly Leu Gly Gly Thr Gin Gly Val 1 5 1015
Asn Leu Ala Ala Val Glu Ala Ala Ala Ala Lys Ala Asp Ala Ala Glu 20 2530
Val Val Ala Ser Gin Glu Gly Ser Glu Met Asn Met Ile Gin Gin Ser 35 4 045
Gin Asp Leu Thr Asn Pro Ala Ala Ala Thr Arg Thr Lys Lys Lys Glu 50 5560
Glu Lys Phe Gin Thr Leu Glu Ser Arg Lys Lys Gly Glu Ala GlyLys
70 7580
Ala Glu Lys Lys Ser Glu Ser Thr Glu Glu Lys Pro Asp Thr AspLeu
9095
Ala Asp Lys Tyr Ala Ser Gly Asn Ser Glu Ile Ser Gly Gin Glu Leu 100 105HO
Arg Gly Leu Arg Asp Ala He Gly Asp Asp Ala Ser Pro Glu Asp Ile 115 120125
Leu Tkla Leu Val Gin Glu Lys He Lys Asp Pro Ala Leu Gin Ser Thr 130 135140
Ala Leu Asp Tyr Leu Val Gin Thr Thr Pro Pro Ser Gin Gly LysLeu 145 150 155160
Lys Glu Ala Leu Ile Gin Ala Arg Asn Thr His Thr Glu Gin PheGly
165 170175
Arg Thr Ala Ile Gly Ala Lys Asn Ile Leu Phe Ala Ser Gin Glu Tyr
465
180 185 190
Ala Asp Gin 195 Leu Asn Vai Ser Pro 200 Ser Gly Leu Arg' Ser 205 Leu Tyr Leu
Glu Vai 210 Thr Gly Asp Thr His 215 Thr Cys Asp Gin Leu 220 Leu Ser Met Leu
Gin 225 Asp Arg Tyr Thr Tyr 230 Gin Asp Met Ala He 235 Vai Ser Ser Phe Leu 240
Met Lys Gly Met Ala 245 Thr Glu Leu Lys Arg 250 Gin Gly Pro Tyr Vai 255 Pro
Ser Ala Gin Leu 260 Gin Vai Leu Met Thr 265 Glu Thr Arg Asn Leu 270 Gin Ala
Vai Leu Thr 275 Ser Tyr Asp Tyr Phe 280 Glu Ser Arg Vai Pro 285 lie Leu Leu
Asp Ser 290 Leu Lys Ala Glu Gly 295 lie Gin Thr Pro Ser 300 Asp Leu Asn Phe
Vai 305 Lys Vai Ala Glu Ser 310 Tyr His Lys He He 315 Asn Asp Lys Phe Pro 320
Thr Ala Ser Lys Vai 325 Glu Rig Glu Vai Arg 330 Asn Leu lie Gly Asp 335 Asp
Vai. Asp Ser Vai 340 Thr Gly Vai Leu Asn 345 Leu Phe Phe Ser Ala 350 Leu Arg
Gin Thr Ser 355 Ser Arg Leu Phe Ser 360 Ser Ala Asp Lys Arg 365 Gin Gin Leu
Gly Ala 370 Met lie Ala Asn Ala 375 Leu Asp Ala Vai Asn 380 He Asn Asn Glu
Asp Tyr Pro Lys 385 <210> 508 <211> 224 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 508 Ala Ser Asp 390 pneumoniae Phe Pro Lys Pro 395 Tyr Pro Trp Ser
Met 1 Thr Ser Trp He 5 Glu Leu Leu Asp Lys 10 Gin He Glu Asp Gin 15 His
Met Leu Lys His 20 Glu Phe Tyr Gin Arg 25 Trp Ser Glu Gly Lys 30 Leu Glu
Lys Gin Gin 35 Leu Gin Ala Tyr Ala 40 Lys Asp Tyr Tyr Leu 45 His He Lys
Ala Phe 50 Pro Cys Tyr Leu Ser 55 Ala Leu His Ala Arg 60 Cys Asp Asp Leu
Gin 65 lie Arg Arg Gin He 70 Leu Glu Asn Leu Met 75 Asp Glu Glu Ala Gly 80
Asn Pro Asn His He 85 Asp Leu Trp Arg Gin 90 Phe Ala Leu Ser Leu 95 Gly
Vai Ser Glu Glu 100 Glu Leu Ala Asn His 105 Glu Phe Ser Gin Ala- 110 Ala Gin
Asp Met Vai 115 Ala Thr Phe Arg Arg 120 Leu Cys Asp Met Pro 125 Gin Leu Ala
Vai Gly' 130 Leu Gly Ala Leu Tyr 135 Thr Tyr Glu He Gin 140 He Pro Gin Vai
Cys 145 Vai Glu Lys He Arg 150 Gly Leu Lys Glu Tyr 155 Phe Gly Vai Ser Ala 1.60
Arg Gly Tyr Ala Tyr 165 Phe Thr Vai His Gin 170 Glu Ala Asp' He Lys 175 His
Ala Ser Glu Glu 180 Lys Glu Met Leu Gin 185 Thr Leu Vai Gly Arg 190 Glu Asn
Pro Asp Ala 195 Vai Leu Gin Gly Ser 200 Gin Glu Vai Leu Asp 205 Thr Leu Trp
Asn Phe Leu Ser Ser Phe He Asn Ser Thr Glu Pro Cys Ser Cys Lys
466
210 215 220 <210> 509 <211> 246 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 509
Met Lys Ile Thr Thr Val Lys Thr Pro Lys He Tyr Pro Tyr Asp Asp 1 5 10'15
Leu Tyr Ser He Leu Glu Ser Ser Leu Pro Lys Leu Asn Glu Arg Ser 20 2530
Ile Val Val Ile Thr Ser Lys Ile Val Set Leu Cys Glu Gly Ala Val 35 4045
Val Glu Leu Glu Lys Val Ser Lys Asp Glu Leu Ile Lys Gin Glu Ala 50 5560
Asp Ala Tyr Val Phe Val Glu Lys Tyr Gly Ile Tyr Leu Thr LysLys
70 7580
Trp Gly lie Leu lie Pro Ser Ala Gly Ile Asp Glu Ser Asn ValGlu
9095
Gly Tyr Phe Val Leu Tyr Pro Arg Asp Phe Leu Leu Ser Val Asn Thr 100 105 .110
Leu Gly Asp Trp Leu Arg Asn Phe Tyr His Leu Glu His Cys Gly Ile 115 120125
He He Ser Asp Ser His Thr Thr Pro Leu Arg Arg Gly Thr Met Gly 130 135140
Leu Gly Leu Cys Trp Asn Gly Phe Phe Pro Leu Tyr Asn Tyr ValGly
145 150 155160
Lys Pro Asp Cys Phe Gly Arg Ala Leu Lys Met Thr Tyr Ser AsnLeu
165 170175
Leu Asp Gly Leu Ser Ala Ala Ala Val Leu Cys Met Gly Glu Gly Asp 180 185190
Glu Gin Thr Pro He Ala He He Glu Glu Ala Pro Lys Ile Thr Phe 195 200205
His' Ser Ser Pro Thr Thr Leu Gin Asp Met Ser Thr Leu Ala Ile Ala 210 215220
Glu Asp Glu Asp Leu Tyr Gly Pro Leu Leu Gin Ser Met Ala Trp Glu 225 230 235240
Thr Pro Ala Pro Thr Ser 245 <210> 510 <211> 353 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 510
Met Asn Lys Arg Gin Lys Asp Lys Leu Lys Ile Cys Val Ile Ile Ser 1 5 1015
Thr Leu Ile Leu Val Gly He Phe Ala Arg Ala Pro Arg Gly Asp Thr 20 2530
Phe Lys Thr Phe Leu Lys Ser Glu Glu Ala Ile Ile Tyr Ser Asn Gin 35 4045
Cys Asn Glu Asp Met Arg Lys Ile Leu Cys Asp Ala Ile Glu His Ala 50 5560
Asp Glu Glu He Phe Leu Arg He Tyr Asn Leu Ser Glu Pro LysIle
70 7580
Gin Gin Ser Leu Thr Arg Gin Ala Gin Ala Lys Asn Lys Val ThrIle
9095
Tyr Tyr Gin Lys Phe Lys lie Pro Gin Ile Leu Lys Gin Ala Ser Asn 100 105no
467
Vai Thr Leu 115 Vai Glu Gin Pro Pro Ala 120 Gly Arg Lys Leu 125 Met His Gin
Lys Ala 130 Leu Ser lie Asp Lys 135 Lys Asp Ala Trp Leu 140 Gly Ser Ala Asn
Tyr 145 Thr Asn Leu Ser Leu 150 Arg Leu Asp Asn Asn 155 Leu lie Leu Gly Met 160
His Ser Ser Glu Leu 165 Cys Asp Leu lie lie 170 Thr Asn Thr . Ser Gly 175 Asp
Phe Ser lie Lys 180 Asp Gin Thr Gly Lys 185 Tyr Phe Vai Leu Pro 190 Gin Asp
Arg Lys lie 195 Ala lie Gin Ala Vai 200 Leu Glu Lyš lie Gin 205 Thr Ala Gin
Lys Thr 210 lie Gin Vai Ala Met 215 Phe Ala Leu Thr His 220 Ser Glu lie lie
Gin 225 Ala Leu His Gin Ala 230 Lys Gin Arg Gly lie 235 His Vai Asp lie lie 240
lie Asp Arg Ser His 245 Ser Lys Leu Thr Phe 250 Lys Gin Leu Arg Gin 255 Leu
Asn Ile Asn Lys 260 Asp Phe Vai Ser lie 2 65 Asn Thr Ala Pro Cys 270 Thr Leu
His His Lys 275 Phe Ala Vai Ue Asp 280 Asn Lys Thr Leu Leu 285 Ala Gly Ser
lie Asn 290 Trp Ser Lys Gly Arg 295 Phe Ser Leu Asn Asp 300 Glu Ser Leu lie
lie 305 Leu Glu Asn Leu Thr 310 Lys Gin Gin Asn Gin 315 Lys Leu Arg Met lie 320
Trp Lys Asp Leu Ala 325 Lys His Ser Glu His 330 Pro' Thr Vai Asp Asp 335 Glu
Glu Lys Glu Ile 34 0 lie Glu Lys Ser Leu 345 Pro Vai Glu Glu Gin 350 Glu Ala
511
186
PRT <210>
<211>
<212>
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 511
Met 1 Ala Leu Asn Phe 5 Lys lie Asn Arg Gin 10 lie Arg Ala Pro Lys 15 Vai
Arg Leu lie Gly 20 Ser Ala Gly Glu Gin 25 Leu Gly lie Leu Ala 30 lie Lys
Asp Ala Leu 35 Asp Leu Ala Arg Glu 40 Ala Gly Leu Asp Leu 45 Vai Glu Vai
Ala Ser 50 Asn Ser Glu Pro Pro 55 Vai Cys Lys lie Met 60 Asp Tyr Gly Lys
Tyr 65 Arg Tyr Gly Leu Thr 70 Lys Lys Glu Lys Asp 75 Ser Lys Lys Ala Gin 80
His Gin Vai Arg lie 85 Lys Glu Vai Lys Leu 90 Lys Pro Asn Ile Asp 95 Glu
Asn Asp Phe Ser 100 Thr Lys Leu Lys Gin 105 Ala Arg Thr Phe. Vai 110 Glu Lys
Gly Asn Lys 115 Vai Lys lie Thr Cys 120 Met Phe Arg Gly Arg 125 Glu Leu Ala
Tyr Pro 130 Glu His Gly Phe Lys 135 Vai Vai Gin Lys Met 140 Ser Gin Gly Leu
Glu 145 Asp lie Gly Phe Vai 150 Glu Ala Glu Pro Lys 155 Leu Ala Gly Arg Ser 160
Leu lie Cys Vai Vai 165 Ala Pro Gly Thr Vai 170 Lys Thr Lys Lys Lys 175 Gin
468
Glu Lys Ser His Ala Gin Asp Glu Asn Gin 180 185 <210> 512 < 211> 276 ’ < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae <220>
< 221> VARIANT < 222> 269,270,271,272,274,275,276 < 223> Xaa = jakákoliv aminokyselina < 400> 512
Met Gly Asn Ser Gly Phe Tyr Leu Gin Asp Thr Gin Asn Thr lie Phe 1 5 1015
Ala Asp Asn lie Arg Leu Gly Gin Met Thr Thr Vai Leu Lys Lys Asp 20 2530
Glu Vai lie lie Gly Thr Asp Thr Thr. Pro Thr Vai Thr Lys Phe Ser 35 4045
Gly Asp Lys Gly lie Vai Ile Thr Thr Asp Ser Thr lie Thr Pro Ser 50 5560
Ser Thr Thr Phe Ser Leu Asp Met Glu Ala Val lie Lys Glu VaiThr
70 7580
Asp Lys lie Leu Thr Gin Ile Glu Asp Glu Leu Vai Lys Asp lielie
9095
Lys Asn lie Thr Gin Ser Leu lie Glu Glu Vai lie Lys Lys lie His 100 105HO
Ile Asp Pro Ser Phe Ser Tyr Ser Arg Ala Phe Lys Asp Vai Asn lie 115 120125
Thr Asn Lys lie Gin Cys Asn Gly Leu Phe Thr Lys Glu Asn lie Gly 130 135140
Asn Leu Asp Gly Gly Thr Glu lie Ala Ser Ser Ser' Vai Thr ProAsp
145 150 155160
Asn Ala Asn Ser Met Phe Leu lie Cys Ala Asp lie lie Ala ThrArg
165 170175
Met Glu Gly Thr Val Ala Leu Ala Leu Vai Lys Glu Gly Asp Leu Ser 180 185190
Pro Cys Ser Ile Ser Tyr Gly Tyr Ser Ala Gly Tyr Pro Asn Ile lie 195 200205
Ser Leu Arg Ala Thr Vai Gly Asn Lys Thr Thr Ala Pro Vai Lys Phe 210 215220
Ser Leu Arg Ala Gly Gly Met Asp Ser Gly Val Val Trp Vai AsnAla
225 230 235240
Met Pro Asn Gly Glu Lys lie Leu Gly Val Asp Ala Vai Ser Lyslie
245 250255
Thr lie Leu Glu Vai Lys Pro Gin Thr Asn Gly Thr Xaa Xaa Xaa Xaa 260 265 .270
Phe Xaa Xaa Xaa 275 <210> 513 <211> 1044 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 513
Met Val Glu Val Glu Glu Lys His Tyr Thr He Vai Lys Arg Asn Gly 1 5 10 15
Met Phe Vai Pro Phe Asn Gin Asp Arg He Phe Gin Ala Leu Glu Ala 20 25 30 ♦ ·« '4 69
Ala Phe Arg Asp 35 Thr Arg Ser Leu 40 Glu Thr Ser Ser Pro 45 Leu Pro Lys
Asp Leu 50 Glu Glu Ser lie Ala 55 Gin He Thr His Lys 60 Vai Vai Lys Glu
Val 65 Leu Ala Lys lie Ser 70 Glu Gly Gin Vai Vai 75 Thr Vai Glu Arg lie 80
Gin Asp Leu Vai Glu 85 Ser Gin Leu Tyr He 90 Ser Gly Leu Gin Asp 95 Vai
Ala Arg Asp Tyr 100 lie Vai Tyr Arg Asp 105 Gin Arg Lys Ala Glu 110 Arg Gly
Asn Ser Ser 115 Ser Ile lie Ala lie 120 He Arg Arg Asp Gly 125 Gly Ser Ala
Lys Phe 130 Asn Pro Met Lys lie 135 Ser Ala Ala Leu Glu 140 Lys Ala Phe Arg
Ala 145 Thr Leu Gin lie Asn 150 Gly Met Thr Pro Pro 155 Ala Thr Leu Ser Glu 160
lie Asn Asp Leu Thr 165 Leu Arg lie Vai Glu 170 Asp Vai Leu -Ser Leu 175 His
Gly Glu Glu Ala 180 lie Asn Leu Glu Glu 185 lie Gin Asp He Vai 190 Glu Lys
Gin Leu Met 195 Vai Ala Gly Tyr Tyr 200 Asp Vai Ala Lys Asn 205 Tyr He Leu
Tyr Arg 210 Glu Ala Arg Ala Arg 215 Ala Arg Ala . Asn Lys 220 Asp Gin Asp Gly
Gin 225 Glu Glu Phe Vai Pro 230 Gin Glu Glu Thr Tyr 235 Vai Vai Gin Lys Glu 240
Asp Gly Thr Thr Tyr 245 Leu Leu Arg Lys Thr 250 Asp Leu Glu Lys Arg 255 Phe
Ser Trp Ala Cys 260 Lys Arg Phe Pro Lys 265 Thr Thr Asp Ser Gin 270 Leu Leu
Ala Asp Met 275 Ala Phe Met Asn Leu 280 Tyr Ser Gly lie Lys 285 Glu Asp Glu
Vai Thr 290 Thr Ala Cys lie Met 295 Ala Ala Arg Ala Asn 300 He Glu Arg Glu
Pro 305 Asp Tyr Ala Phe lie 310 Ala Ala Glu Leu Leu 315 Thr Ser Ser Leu Tyr 320
Glu Glu Thr Leu Gly 325 Cys Ser Ser Gin Asp 330 Pro Asn Leu Ser Glu 335 He
His Lys Lys His 340 Phe Lys Glu Tyr He 345 Leu Asn Gly Glu Glu 350 Tyr Arg
Leu Asn Pro 355 Gin Leu Lys Asp Tyr 360 Asp Leu Asp Ala Leu 365 Ser Glu Vai
Leu Asp 370 Leu Ser Arg Asp Gin 375 Gin Phe Ser Tyr Met 380 Gly Vai Gin Asn
Leu 385 Tyr Asp Arg Tyr Phe 390 Asn Leu His Glu Gly Arg 395 Arg Leu Glu Thr 400
Ala Gin lie Phe Trp 405 Met Arg Vai Ser Met 410 Gly Leu Ala Leu Asn 415 Glu
Gly Glu Gin Lys 420 Asn Phe Trp Ala lie 425 Thr Phe Tyr Asn Leu 430 Leu Ser
Thr Phe Arg 435 Tyr Thr Pro Ala Thr 440 Pro Thr Leu Phe Asn 445 Ser Gly Met
Arg His 450 Ser Gin Leu Ser Ser 455 Cys Tyr Leu Ser Thr 4 60 Vai Lys Asp Asp
Leu 4 65 Ser His lie Tyr Lys 470 Vai He Ser Asp Asn 475 Ala Leu Leu Ser Lys 480
Trp Ala Gly Gly Ile 485 Gly Asn Asp Trp Thr 490 Asp Vai Arg Ala Thr 4 95 Gly
Ala Vai lie Lys 500 Gly Thr Asn Gly Lys 505 Ser Gin Gly Vai He 510 Pro Phe
lie Lys Vai Ala Asn Asp Thr Ala He Ala Vai Asn Gin Gly Gly Lys
470
515 520 525
Arg Lys Gly Ala Met 530 Cys Val Tyr 535 Leu Glu Asn Trp His Leu Asp Tyr 540
Glu 545 Asp Phe Leu Glu Leu Arg Lys 550 Asn Thr Gly Asp Glu Arg Arg Arg 555 560
Thr His Asp Ile Asn 565 Thr Ala Ser Trp He Pro Asp Leu Phe Phe Lys 570 575
Arg Leu Glu Lys Lys 580 Gly Met Trp Thr Leu Phe Ser Pro Asp Asp Val 585 590
Pro Gly Leu His Glu 595 Ala Tyr Gly 600 Leu Glu Phe Glu Lys Leu Tyr Glu 605
Glu Tyr Glu Arg Lys 610 Val Glu Ser 615 Gly Glu He Arg Leu Tyr Lys Lys 620
Val 625 Glu Ala Glu Val Leu Trp Arg 630 Lys Met Leu Ser Met Leu Tyr Glu 635 640
Thr Gly His Pro Trp 645 lie Thr Phe Lys Asp Pro Ser Asn lie Arg Ser 650 655
Asn Gin Asp His Val 660 Gly Val Val Arg Cys Ser Asn Leu Cys Thr Glu 665 670
He Leu Leu Asn Cys 675 Ser Glu Ser 680 Glu Thr Ala Val Cys Asn Leu Gly 685
Ser lie Asn Leu Val 690 Glu His lie 695 Arg Asn Asp Lys Leu Asp Glu Glu 700
Lys 705 Leu Lys Glu Thr He Ser Ile 710 Ala He Arg lie Leu Asp Asn Val 715 720
lie Asp Leu Asn Phe 725 Tyr Pro Thr Pro Glu Ala Lys Gin Ala Asn Leu 730 . 735
Thr His Arg Ala Val 740 Gly Leu Gly Val Met Gly Phe Gin Asp Val Leu 745 750
Tyr Glu Leu Asn He 755 Ser Tyr Ala 760 Ser Gin Glu Ala Val Glu Phe Ser 7 65
Asp Glu Cys Ser Glu 770 lie lie Ala 775 Tyr Tyr Ala Ile Leu Ala Ser Ser 780
Leu 785 Leu Ala Lys Glu Arg Gly Thr 790 Tyr Ala Ser Tyr Ser Gly Ser Lys 795 800
Trp Asp Arg Gly Tyr 805 Leu Pro Leu Asp Thr He Glu Leu Leu Lys Glu 810 815
Thr Arg Gly Glu His 820 Asn Val Leu Val Asp Thr Ser Ser Lys Lys Asp 825 830
Trp Thr Pro Val Arg 835 Asp Thr lie 840 Gin Lys Tyr Gly Met Arg Asn Ser 845
Gin Val Met Ala He 850 Ala Pro Thr 855 Ala Thr lie Ser Asn lie He Gly 860
Val 865 Thr Gin Ser He Glu Pro Met 870 Tyr Lys His Leu Phe Val Lys Ser 875 880
Asn Leu Ser Gly Glu 885 Phe Thr He Pro Asn Thr Tyr Leu lie Lys Lys 890 895
Leu Lys Glu Leu Gly 900 Leu Trp Asp Ala Glu Met Leu Asp Asp Leu Lys 905 910
Tyr Phe Asp Gly Ser 915 Leu Leu Glu 920 He Glu Arg Ile Pro Asn His Leu 925
Lys Lys Leu Phe Leu 930 Thr Ala Phe 935 Glu He Glu Pro Glu Trp He lie 940
Glu 945 Cys Thr Ser Arg Arg Gin Lys 950 Trp He Asp Met Gly Val Ser Leu 955 960
Asn Leu Tyr Leu Ala 965 Glu Pro Asp Gly Lys Lys Leu Ser Asn Met Tyr 970 975
Leu Thr Ala Trp Lys 980 Lys Gly Leu Lys Thr Thr Tyr Tyr Leu Arg Ser 985 990
Gin Ala Ala Thr Ser 995 Val Glu Lys Ser Phe He Asp He Asn Lys Ara 1000 1005 9
471
Gly Ue Gin Pro Arg Trp Met Lys Asn 1010 1015
Val Vai Glu Arg Lys Thr Thr Pro Vai 1025 1030
Glu Ser Cys Gin
Lys Ser Ala Ser Thr Ser lie 1020
Cys Ser Met Glu Glu Gly Cys 1035 1040 <210> 514 < 211> 346 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 514
Met Glu Ala Asp lie Leu Asp Gly Lys Leu Lys Arg Vai Glu Vai Ser 1 5 1015
Lys Lys Gly Leu Val Asn Cys Asn Gin Val Asp Val Asn Gin Leu Vai 20 2530
Pro lie Lys Tyr Lys Trp Ala Trp Glu His Tyr Leu Asn Gly Cys Ala 35 4045
Asn Asn Trp Leu Pro Thr Glu Vai Pro Met Ala Arg Asp Ile Glu Leu 50 5560
Trp Lys Ser Asp Glu Leu Ser Glu Asp Glu Arg Arg Vai lie LeuLeu 65 70 7580
Asn Leu Gly Phe Phe Ser Thr Ala Glu Ser Leu Vai Gly Asn Asnlie
9095
Vai Leu Ala lie Phe Lys His lie Thr Asn Pro Glu Ala Arg Gin Tyr 100 105110
Leu Leu Arg Gin Ala Phe Glu Glu Ala Vai His Thr His Thr Phe Leu 115 120125
Tyr lie Cys ,Glu Ser Leu Gly Leu Asp Glu Gly Glu Vai Phe Asn Ala 130 135140
Tyr Asn Glu Arg Ala Ser lie Arg Ala Lys Asp Asp Phe Gin MetThr 145 150 155160
Leu Thr Val Asp Vai Leu Asp Pro Asn Phe Ser Vai Gin Ser SerGlu
165 170175
Gly Leu Gly Gin Phe lie Lys Asn Leu Vai Gly Tyr Tyr lie Ile Met 180 185190
Glu Gly lie Phe Phe Tyr Ser Gly Phe Vai Met lie Leu Ser Phe His 195 200205
Arg Gin Asn Lys Met Thr Gly lie Gly Glu Gin Tyr Gin Tyr lie Leu 210 215220
Arg Asp Glu Thr lie His Leu Asn Phe Gly Ue Asp Leu Ue Asn Gly 225 . 230 235240 lie Lys Glu Glu Asn Pro Glu Vai Trp Thr Thr Glu Leu Gin Glu Glu 245 250255.
lie Val Ala Leu lie Glu Lys Ala Vai Glu Leu Glu Ue Glu Tyr Ala 260 265270
Lys Asp Cys Leu Pro Arg Gly lie Leu Gly Leu Arg Ser Ser Met Phe 275 280285 lie Asp Tyr Vai Arg His lie Ala Asp Arg Arg Leu Glu Arg Ue Gly 290 295300
Leu Lys Pro lie. Tyr His Ser Arg Asn Pro Phe Pro Trp Met SerGlu 305 310 315320
Thr Met Asp Leu Asn Lys Glu Lys Asn Phe Phe Glu Thr Arg VaiThr
325 330335
Glu Tyr Gin Thr Ala Gly Asn Leu Ser Trp 340345 <210> 515 <211> 327 <212> PRT » ·«··
472 <213> Chlamydia pneumoniae <400> 515
Met Asp Ala Lys Met Gly Tyr He Phe Lys Vai Met Arg Trp He Phe
1 Cys Phe Vai Ala 5 Cys Gly lie Thr Phe 10 Gly Cys Thr Asn Ser 15 Gly Phe
Gin Asn Ala 20 Asn Ser Arg Pro Cys 25 lie Leu Ser Met Asn 30 Arg Met He
His Asp 35 Cys Vai Glu Arg Vai 40 Vai Gly Asn Arg Leu 45 Ala Thr Ala Vai
Leu 50 Ile Lys Gly Ser Leu 55 Asp Pro His Ala Tyr 60 Glu Met Vai Lys Gly
65 Asp Lys Asp Lys He 70 Ala Gly Ser Ala Vai 75 He Phe Cys Asn Gly 80 Leu
Gly Leu Glu His 85 Thr Leu Ser Leu Arg 90 Lys His Leu Glu Asn 95 Asn Pro
Asn Ser Vai 100 Lys Leu Gly Glu Arg 105 Leu He Ala Arg Gly 110 Ala Phe Vai
Pro Leu 115 Glu Glu Asp Gly lie 120 Cys Asp Pro His He 125 Trp Met Asp Leu
Ser 130 lie Trp Lys Glu Ala 135 Vai He Glu lie Thr 140 Glu Vai Leu Ile Glu
145 Lys Phe Pro Glu Trp 150 Ser Ala Glu Phe Lys 155 Ala Asn Ser Glu Glu 160 Leu
Vai Cys G1U Met 165 Ser lie Leu Asp Ser 170 Trp Ala Lys Gin Cys 175 Leu Ser
Thr He Pro 180 Glu Asn Leu Arg Tyr 185 Leu Vai Ser Gly His 190 Asn Ala Phe
Ser Tyr 195 Phe Thr Arg Arg Tyr 200 Leu Ala Thr Pro Glu 205 Glu Vai Ala Ser
Gly 210 Ala Trp Arg Ser Arg 215 Cys He Ser Pro Glu 220 Gly Leu Ser Pro Glu
225 Ala Gin lie Ser Vai 230 Arg Asp He Met Ala 235 Vai Vai Asp Tyr He 240 Asn
Glu His Asp Vai 245 Ser Vai Vai Phe Pro 250 Glu Asp Thr Leu Asn 255 Gin Asp
Ala Leu Lys 260 Lys He Vai Ser Ser 265 Leu Lys Lys Ser His 270 Leu Vai Arg
Leu Ala 275 Gin Lys Pro Leu Tyr 280 Ser Asp Asn Vai Asp 285 Asp Asn Tyr Phe
Ser 290 Thr Phe Lys His Asn 295 Vai Cys Leu He Thr 300 Glu Glu Leu Gly Gly
305 Vai Ala Leu Glu Cys 310 Gin Árg 315 320
325 <210> 516 <212>
101 PRT Chlamydia pneumoniae
400>
516
Met Asn Asn Arg Gin Asn Thr Asn Asp Phe He Arg He Vai Lys Asp
1 5 10 15
Vai Glu Lys Ala Phe Pro Glu Leu Asp He Lys Vai Lys He Asp Lys
20 25 30
Glu Lys Vai Thr Phe Leu Thr Ser Pro Thr Glu Leu Tyr His Lys Ser
35 40 45
He Ser Vai lie Leu Asn Leu Leu Asn Ser lie Glu Ser Ser Leu Asp
50 55 60
Leu Phe Pro Asp Ser Pro Vai Vai Glu Glu Leú Glu Lys Asn Asn Leu
473
65 Lys Phe Leu Lys Lys Ala 85 70 Leu lie Met Leu lie 90 75 Leu Ser Arg Lys Asp 95 80 Met
Ser Lys Thr 100 Glu
<210> 517 <211> 261 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 517 pneumoniae
Met 1 Lys Thr lie Ala 5 Phe Cys Ser Phe Lys 10 Gly Gly Thr Gly Lys 15 Thr
Thr Leu Ser Leu 20 Asn Vai Gly Cys Asn 25 Leu Ala Gin Tyr Ser 30 Asn Lys
Lys Vai Leu 35 Leu Vai Asp Leu Asp 40 Pro Gin Ala Asn Leu 45 Thr Thr Gly
Leu Gly 50 Vai Gin Ser Cys Tyr 55 Glu Ser Asn Leu Asn 60 Asp lie Phe Arg
Ser 65 Ser Gly Asn Vai Arg 70 Asp Ile lie Gin Asp 75 Thr Lys Ile Glu Asn 80
Leu His lie Vai Pro 85 Ser Ser lie Leu lie 90 Glu Glu Phe Arg Glu 95 Phe
Asn Arg Asn Ser 100 Vai Leu Asp Thr Ser 105 His Leu Arg Ser Ser 110 Leu Gin
Leu lie Glu 115 Ser Asn Tyr Asp Leu 120 Cys lie Leu Asp Thr 125 Pro Pro Ser
Leu Gly 130 Thr Leu Thr Glu Glu 135 Ala Phe Ile Ala Ser 140 Asp His Leu Ile
Vai 145 Cys Leu Thr Pro Glu 150 Pro Phe Ser lie Leu 155 Gly Leu Gin Lys Ile 160
Lys Glu Phe Cys Ser 165 Vai Leu Pro Lys Lys 170 Lys Asp Leu Ser Vai 175 Leu
Gly lie Vai Phe 180 Ser Phe Trp Asp Gly 185 Arg Asn Ser Thr Asn 190 Ser Thr
Tyr Leu Asn 195 lie Ile Glu Ser lie 200 Tyr Glu Gly Lys Vai 205 Leu Ser Ser
Lys Vai 210 Arg Arg Asp lie Thr 215 Leu Ser Arg Ser Leu 220 Leu Lys Glu Thr
Ser 225 lie Ala Asn Ala Tyr 230 Pro Asn Ser Arg Ala 235 Ser His Asp lie Leu 240
Arg Leu Thr Lys Ala Gin Glu Vai 260 <210> 518 <211> 526 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 518 Glu lie Glu 245 Leu pneumoniae Asp Lys Leu 250 Phe Asn Lys Glu Met 255 Ser
Met 1 Asn Vai Leu Lys 5 Tyr Thr Lys His Ser 10 Pro Ser Ala His Tkla 15 Trp
Lys Leu lie Gly 20 Thr Ser Pro Lys His 25 Gly lie Tyr Leu Pro 30 Leu Phe
Ser lie His 35 Thr Lys Asn Ser Cys 40 Gly lie Gly Glu Phe 45 Leu Asp Leu
lie Pro 50 Leu Ile Ser Trp CyS 55 Gin Lys Gin Gly Phe 60 Ser Vai lie Gin
>1
474
Leu Leu Pro Leu Asn Asp Thr Gly Glu Asp Thr Ser Pro Tyr Asn Ser 65 70 75.80
Ile Ser Ser Val Ala Leu Asn Pro Leu Phe Leu Ser Leu Ser Ser Leu
9095
PtO Asn He Asp Thr lie Pro Glu Val Ala Lys Lys Leu .Gin Asp Met 100 105110
His Glu Leu Cys Ser Thr Pro Ser Val Ser Tyr Thr Gin Val Lys Glu 115 120125
Lys Lys Trp Ala Phe Leu Arg Glu Tyr Tyr Gin Lys Cys Cys Lys Ser 130 135140
Ser Leu Glu Gly Asn Ser Asn Phe Ser Glu Phe Leu Glu Ser GluArg 145 150 155160
Tyr Trp Leu Tyr Pro Tyr Gly Thr Phe Arg Ala He Lys His HisMet
165 170175
His Gly Glu Pro lie Asn-Asn Trp Pro Lys Ser Leu Thr Asp Gin Glu 180 - 185190
Asn Phe Pro Asp Leu Thr Lys Lys Phe His Asp Glu Val Leu Phe Phe 195 200205
Ser Tyr Leu Gin Phe Leu Cys Tyr Gin Gin Leu Cys Glu Val Lys Ala . 210 215220
Tyr Ala Asp Gin His His Val Leu Leu Lys Gly Asp Leu Pro Ile Leu 225 230 '235240
Ile Ser Lys Asp Ser Cys Asp Val Trp Tyr Phe Arg Asp Tyr Phe Ser 245 , 250255
Ser Ser Arg Ser Val Gly Ala Pro Pro Asp Leu Tyr Asn Ser Glu Gly 260 265270
Gin Asn Trp His Leu Pro Ile Tyr Asn Phe Ser Gin Leu Ala Lys Asp 275 280285
Asp Tyr Ile Trp Trp Lys Glu Arg Leu Arg Tyr Ala Gin Asn Phe Tyr 290 295300
Ser Val Tyr Arg Leu Asp His Ile Ile Gly Phe Phe Arg Leu TrpIle 305 310 315320
Trp Asp Ser Ser Gly Arg Gly Arg Phe He Pro Asp Asn Pro LysAsp
325 330335
Tyr He Lys Gin Gly Thr Glu He Leu Ser Thr Met Leu Gly Ala Ser 340 345350
Ser Met Leu Pro He Gly Glu Asp Leu Gly He Ile Pro Gin Asp Val 355 360365
Lys Thr Thr Leu Thr His Leu Gly He Cys Gly Thr Arg He Pro Arg 370 375380
Trp Glu Arg Asn Trp Glu Ser Asp Ser Ala Phe He Pro Leu LysAsp
385 390 395400
Tyr Asn Pro Leu Ser Val Thr Thr Leu Ser Thr His Asp Ser AspThr
405 410415
Phe Ala Gin Trp Trp Leu Asn Ser Pro Lys Glu Ala Lys Gin Phe Ala 420 425430
Lys Phe Leu His Leu Pro Phe Gin Lys Thr Leu Thr Thr Glu Thr Gin 435 440445
He Asp He Leu Lys Leu Ser His Glu Ser Ala Ser Ile Phe His Ile 450 455460
Asn Leu Phe Asn Asp Tyr Leu Ala Leu Cys Pro Asp Leu Val SerLys
465 470 475480
Asn Leu Gin Arg Glu Arg He Asn Thr Pro Gly Thr Ile Ser LysLys
485 490495
Asn Trp Ser Tyr Arg Val Arg Pro Ser Leu Glu Glu Leu Ala Ile His 500 505510
Lys Lys Phe Asn Gly Tyr Ile Glu Lys Ile Leu Thr Gly Leu 515 520525 <210> 519 <211> 147 i
475 <212> PRT
<213> Chlamydia pneumoniae
<400> 519 Met Gin Asn Gin Tyr Glu Gin Leu Leu Glu Ser Leu . Ala Pro Leu Leu
1 Asn Thr Thr Leu 5' Ala Pro Asp Lys Asn 10 Asn Ser Cys Leu Ile 15 Arg Phe
Ser Asp Thr 20 His Val Pro Val Gin 25 Ile Glu Glu Asp Gly 30 Asn Ser Gly
Asp Leu 35 Ala Val Ser Thr Leu 40 Leu Gly Thr Leu Pro 45 Glu Asn Val Phe
Arg 50 Glu Arg Ile Phe Lys 55 Ala Ala Leu Ser Val 60 Asn Gly Ser Phe Gin
65 Ser Ser Ile Lys Gly 70 Ile Leu Gly Tyr Gly 75 Glu Val Thr Gin Gin 80 Leu
Tyr Leu Ser Asp 85 Ile Leu Ser Met Asn 90 Tyr Leu Asn Gly Glu 95 Lys Leu
Phe Glu Tyr 100 Leu Lys Leu Phe Ser 105 Leu His Ala Lys Ile 110 Trp Met Glu
Ser Leu 115 Arg Thr Gly Asn Leu 120 Pro Asp Leu His Val 125 Leu Gly Ile Tyr
130 Tyr Val Ala 145 <210> 520 <211> 635 <212> PRT <213> Chlamydia <400> 520 Met lie Pro Phe 135 pneumoniae Thr Lys Thr Ile Gly Phe Arg 140 Leu Trp Leu Ala Cys
1 Ala Val Ala Ile 5 Ile Ala Pro Leu Gly 10 Ile Asn Ile Val Trp 15 Leu Asn
Leu Asp Gin 20 Tyr Arg Thr Ile Val 25 Ser Ala Ile Ser Thr 30 Ala Leu Lys
Glu Asn 35 Ala Tkla Phe Lys Ala, 40 Asn Thr Leu Thr Gin 4'5 Ile Val Pro Leu
Asn 50 Val Asp Val Leu Ser 55 Leu Phe Ser Asp Val 60 Leu Asp Leu Asp Ala
65 Gly Ile Pro Glu Thr 70 Pro Asn Val Leu Leu 75 Ser Asn Glu Met Gin 80 Lys
Val Phe Gin Gly 85 Ile Tyr Asn Glu Ile 90 Ser Leu Ile Lys Val 95 Phe Pro
Asn Gly Asp 100 Lys Ile Val Val Ala 105 Ser Ser Ile Pro Glu 110 His Leu Gly
Glu Asn 115 Tyr Asn His Lys Ile 120 Asp Ile Pro Lys Asn 125 Thr Pro Phe Leu
Ala 130 Ala Leu Lys Gin Ser 135 Pro Lys Asn Gin Glu 140 Val Phe Ser Val Met
145 Gin Ala Asn Val Phe 150 Asp Ala Lys Thr Gin 155 Glu Leu Gin Gly Ile 160 Leu
Tyr Thr Thr Phe 165 Ser Ala Glu Ser Leu 170 Leu Lys Asp Leu Leu 175 Ile Asn
Lys Gin Ser 180 Tyr Leu Thr Val Lys 185 Thr Ala Ile Leu Ser 190 Lys Tyr Gly
Val Ile 195 Leu Lys Ala Ser Asp 200 Pro Ala Leu His Leu 205 His Thr Val Tyr
Pro 210 Asp Met Thr Lys Glu 215 Lys Phe Cys Gin Val 220 Phe Leu Asn Asp Asp
225 230 235 '240
SEED IP lAU δβδΙϊΡ PLL€··· .~. ’J • ··· · ···· · · · • · ···· ···· ···· ··♦ ·· ·· <· @005 .476
Pro Cys
Pro
He
Asp
Gly
Trp
Gly
Tyr
Met
305
Phe
2S0
Tyr
Cys 275 Lys
Glu 260 He
Lys
Thr
Ala
Vai
Met 385 Gin
Ala
Vai
Ala
Leu 465 Gin
Set
Asn
Asp
Gly 545 Lys
His
He
Met
625
He
Met
Leu
Glu 370 Lys
ArgLys
Phe
Asp 450 Lys
Gly
Thr
Pro 530 Phe
Pro
Asn
Gin
Leu 610 Thr <210>
<211i <212>
<213>
<400>
Vai lie
355
Asn
Glu
Leu
Ala
Val 435 Ala
Asn lie
Met 515 Asp
Leu
Gly
Asn
Gly 595 Ser
Leu
Ala
Glu 340 Phe
Leu
Asn
Leu
Tyr 420 Val
Ser
Met
Gin
Phe Soo Glu
Gly
Pro
Ser
Asn 580 Leu
Val
Leu
314 PRT Chlamydia
521
Met Phe Ser Tyr
Trp He val
Leu 20
Asp 245
Glu
Glu
Tyr
Arg
325 Ser
Glu
His
Ala
Ρ1Ό 405 lie
Gly
Gly
Glu 4Θ3 Val
Tyr
Glu
Glu
Leu 565 Asn
Thr lie
Ser Glu leu
Gly
Phe
Tyr
Ser
Asn
Vai
Glu
Phe 310 Arg
Ser 29S Phe
Leu
Arg
Lys
Ila
Lys
Gin 390 Asn
Pro
Glu
Lys
Arg 470 Thr
Thr yr
Thr
Val 550 Phe
Asp
Gly
Thr
Leu 630
Asn
Gin 375 Asn
Thr
Gly
Gly 435 Thr
SeiLeu
Ser
Ser 535 Ala
Val
Met
Lys
Phe 615 Lys pneumoniae
He Lys
Thr Leu
Asn
Thr
.. Λ 1
Pro 280 Phe
Phe 265 Ser
Ala
Cys
Ser
Asn
Arg 360 Gin
Ala
Leu lie
Ser 440 Val
Phe
Arg
Cys
Cys 520 Trp
Asn
Leu
Phe
Ser 600 Val
Vai lie
Lys 345 Leu
His
Leu
Pro
Thr 425
Lys
Asn
Leu
Leu
Val 505 Gly
Leu lie
Tyr
Gly 585 Ala
Gly
Leu
Pro 250 Lys
Pro
Leu
Pro 330 Asn
Gly
Leu
His
Ser 410 Val
Ala
Ala
Ser
Phe 4 90 Tyr
Mis
Phe
Thr
570 Glu
Ala
Asn
Glu
Arg lie Leu 10 Phe Leq Val 25
Leu lie
Asp
Leu
Leu 315 lie
Cys
His
Ala
Leu 395 Tyr
Gly
Arg
Cys
Arg 4 75 Tyr
Cys
Pro
Sis
Ser 555 Asp
Glu
Asp
Ser
Ser
635
Thr Leu
Ser
Lys lie
Trp 300 Gly
Arg
Let, lie lys 3SC Gly
Pro
Leu
Gly 460 Ser
Asn
Tyr
Pro
Pro 540 Lys
Gly
Arg
Ala
His 520
Phe Asn
Met Lya
Asp
Ala 285 Arg
Thr 270 Val
Arg
Ser
Lys
Tyr
Phe 3 65 Thr
Glu
His
Asp
Phe 445 Tyr
Ser
Asn
HÍS
Ala 525 Gly
Leu
He
Val 605 Gin
Leu
Thr
Leu
Leu
Thr 350 Asn
Asn
Gin lie
Phe 430 Lsu
Ser
Ser
Thr
Gin 510 Cys
Met
Phe
Thr
Gin 590 His
His
Leu lie 30
Pro 255 Glu
Leu lie
Leu
Ser
Ala lie
Ala 335 Asp
Ala
Phe
Ala
Glu 413 Phe lie
Leu
Leu
Lys 4 95 Thr
Tyr
Ala
His
Glu 575 Ala
Arg
Arg
Ala 320 Thr
Asp
Met
00
Leu
Asp
Vai
Phe
Gin *80 Asn er leu
Leu
Pro 5 50 •Ala
A La
Leu
Asp
Ser Leu 15
Pro Gly
477
Asp Pro Phe 35 Asn Asp Glu Gly Cys 40 Asn Vai Leu Ser Glu Glu 45 Vai LeU
Gin Thr 50 Leu Lys Ser Arg Tyr 55 Gly Leu Asp Lys Pro 60 Leu Tyr Gin Gin
Tyr 65 Thr Gin Tyr Leu His 70 Ser lie Ala Lys Leu 75 Asp Phe Gly Asn Ser 80
Leu Vai Tyr Lys Asp 85 Arg Lys Vai Thr Asn 90 lie lie Ser Thr Ala 95 Phe
Pro lie Ser Ala 100 lie Leu Gly Leu Gin 105 Ser Leu Phe Leu Ser 110 lie Gly
Gly Gly lie 115 Ala Leu Gly Thr Ile 120 Ala Ala Leu Lys Lys 125 Lys Lys Gin
Arg Arg Tyr 130 lie Leu Gly Ala 135 Ser lie Leu Gin lie 140 Ser lie Pro Ala
Phe 145 lie Phe Ala Thr Leu 150 Leu Gin Tyr Vai Phe 155 Ala Vai Lys lie Pro 160
Leu Leu Pro lie Ala 165 Cys Trp Gly Ser Phe 170 Thr His Thr He Leu 175 Pro
Thr Leu Ala Leu 180 Ala Vai Thr Pro Met 185 Ala Phe He He Gin 190 Leu Thr
Tyr Ser Ser 195 Vai Ser Ala Ala Leu 200 Asn Lys Asp Tyr Vai 205 Leu Leu Ala
Tyr Tkla 210 Lys Gly Leu Ser Pro 215 Leu Lys Vai Vai He 220 Lys His He Leu
Pro 225 Tyr Ala lie Phe Pro 230 Thr Ile Ser Tyr Ser 235 Ala Phe Leu Thr Thr 240
Thr Vai lie Thr Gly 245 Thr Phe Ala He Glu 250 Asn lie Phe Cys He 255 Pro
Gly Leu Gly Lys 260 Trp Phe lie Cys Ser 265 He Lys Gin Arg Asp 270 Tyr Pro
Vai Ala Leu 275 Gly Leu Ser Vai Phe 280 Tyr Gly Thr Leu Phe 285 Met Leu Ser
Ser Tyr 305 Leu 290 Ala Leu His Ser Gly Asp Lys Leu Glu 310 lie 295 Lys Gin Lys Ser Arg lie Lys lie Asp 300 Pro Gin lie Arg
<210> 522 <211> 1240 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 522
Met Thr Trp He Pro Leu His Cys His Ser Gin Tyr Ser Vai Leu Asp
1 5 10 15
Ala Met Ser Ser He Lys Asp Phe Vai Ala Lys Gly Gin Glu Phe Gly
20 25 30
lie Pro Ala Leu Ala Leu Thr Asp His Gly Asn Leu Tyr Gly Ala Vai
35 40 45
Asp Phe Tyr Lys Glu Cys Thr Gin Lys Gly He Gin Pro lie He Gly
50 55 60
Cys Glu Cys Tyr He Ala Pro Gly Ser Arg Phe Asp Lys Lys Lys Glu
65 70 75 80
Lys Arg Ser Arg Ala Ala His His Leu lie Leu Leu Cys Lys Asn Glu
85 90 95
Gin Gly Tyr Arg Asn Leu Cys lie Leu Thr Ser Leu Ala Phe Thr Glu
100 105 110
Gly Phe Tyr Tyr Phe Pro Arg lie Asp Lys Asp Leu Leu Arg Gin Tyr
115 120 125
Ser Glu Gly Leu He Cys Leu Ser Gly Cys Leu Ser Ser Ser Vai Ser
130 135 140
478
Asp Ala Ala Leu 145 Lys Ser Pro Glu Ala 150 Leu Leu 155 Leu Glu Leu Gin Trp 160
Phe Gin Asp Leu Phe 165 Lys Asp Asp Tyr Phe 170 Thr Glu Vai Gin Leu 175 His
Lys Met Ser Glu 180 Glu Ser lie Ala Gly 185 Phe Lys Glu Glu Trp 190 Leu Lys
Gin Glu Tyr 195 Tyr Ser Leu He Glu Lys 200 Gin He Lys Vai 205 Asn Thr Ala
Vai Leu 210 Glu Ala Ser Lys Arg 215 Leu Gly lie Pro Thr 220 Vai Ala Thr Asn
Asp 225 Lie His Tyr lie Asn 230 Ala Asn Asp Trp Gin 235 Ala His Glu He Leu 240
Leu Asn Vai Gin Ser 245 Gly Glu Thr Vai Arg 250 He Ala Lys Gin Asn 255 Thr
His lie Pro' Asn 260 Pro Lys Arg Lys Vai 265 Tyr Arg Ser Arg Glu 270 Tyr Tyr
Phe Lys Ser 275 Pro Ala Gin Met Ala 280 Glu Leu Phe Lys Asp 285 He Pro Glu
Vai lie 290 Ser Asn Thr Leu Glu 295 Vai Ala Lys Arg Cys 300 Asp Phe Thr Phe
Asp 305 Phe Ser Lys Lys His 310 Tyr Pro He Tyr Vai .315 Pro Glu Ser Leu Lys 320
Thr Leu Asn Ser Tyr 325 Thr Glu Glu Asp Arg 330 Tyr Gin Ala Ser Ala 335 Vai
Phe Leu Lys Gin 340 Leu Ala Glu Glu Ala 345 Leu Pro Lys Lys Tyr 350 Ser Ser
Glu Vai Leu 355 Ala His He Ala Lys 360 Lys Phe Pro His Arg 365 Asp Pro He
Asp Ile 370 Vai Lys Glu Arg Met 375 Asp Met Glu Met Ala 380 lie lie He Pro
Lys 385 Gly Met Cys Asp Tyr 390 Leu Leu lie Vai Trp 395 Asp He He His Trp 4 00
Ala Lys Ala Asn Gly 405 lie Pro Vai Gly Pro 410 Gly Arg Gly Ser Gly 415 Ala
Gly Ser Vai Leu 420 Leu Phe Leu Leu Gly 425 lie Thr Glu lie Glu 430 Pro He
Arg Phe Asp 435 Leu Phe Phe Glu Arg 440 Phe lie Asn Pro Glu 445 Arg Leu Ser
Tyr Pro 450 Asp lie Asp lie Asp 455 He Cys Met Ala Gly 4 60 Arg Glu Arg Vai
lie 465 Asn Tyr Ala He Glu 470 Arg His Gly Lys Asp 475 Asn Vai Ala Gin He 480
lie Thr Phe Gly Thr 485 Met Lys Tkla' Lys Met 490 Ala Vai Lys Asp Vai 495 Gly
Arg Thr Leu Asp 500 Met Ala Leu Ser Lys 505 Vai Asn His lie Ala 510 Lys His
He Pro Asp 515 Leu Asn Thr Thr Leu 520 Ser Lys Ala Leu Glu 525 Thr Asp Pro
Asp Leu 530 His Gin Leu Tyr lie 535 Asn Asp Ala Glu Ser 540 Ala Gin Vai He
Asp 545 Met Ala Leu Cys Leu 550 Glu Gly Ser lie Arg 555 Asn Thr Gly Vai His 560
Ala Ala Gly Vai lie 565 lie Cys Gly Asp Gin 570 Leu Thr Asn His He 575 Pro
lie Cys lie Ser 580 Lys Asp Ser Thr Met 585 lie Thr Thr Gin Tyr 590 Ser Met
Lys Pro Vai 595 Glu Ser Vai Gly Met 600 Leu Lys Vai Asp Leu 605 Leu Gly Leu
Lys Thr 610 Leu Thr Ser lie Asn 615 He Ala Met Ser Ala 620 lie Glu Lys Lys
Thr Gly Gin Ser Leu Ala Met Ala Thr Leu Pro Leu Asp Asp Ala Thr
7 9
625 630 635 640
Thr Phe Ser Leu Leu His Gin Gly Lys Thr Met Gly lie Phe Gin Met
645 650 655
Glu Ser Lys Gly Met Gin Glu Leu Ala Lys Asn Leu Arg Pro Asp Leu
660 665 670
Phe Glu Glu lie lie Ala Met Gly Ala Leu Tyr Arg Pro Gly Pro Met 675 680685
Asp Met lie Pro Ser Phe lie Asn Arg Lys His Gly Lys Glu lie lie 690 695700
Glu Tyr Asp His Pro Leu Met Glu Ser lie Leu Lys Glu Thr Tyr Gly 705 710 715720 lie Met Val Tyr Gin Glu Gin Vai Met Gin lie Ala Gly Ala LeuAla
725 730 -735
Ser Tyr Ser Leu Gly Glu Gly Asp Vai Leu Arg Arg Ala Met GlyLys
740 745750
Lys Asp Phe Gin Gin Met Glu Gin Glu Arg Glu Lys Phe Cys Lys Arg 755 760765
Ala Cys Asn Asn Gly lie Asp Pro Glu Leu Ala Thr Vai lie Phe Asp 770 775780
Lys Met Glu Lys Phe Ala Ala Tyr Gly Phe Asn Lys Ser His AlaAla
785 790 795800
Ala Tyr Gly Leu lie Thr Tyr Thr Thr Ala Tyr Leu Lys Ala AsnTyr
805 810815
Pro Lys Glu Trp Leu Ala Ala Leu Leu Thr Cys Asp Ser Asp Asp lie 820 825830
Glu Lys lie Gly Lys Leu lie Arg Glu Ala Gin Ser Met Gly lie Pro 835 840845
Ile Leu Pro Pro His lie Asn Val Ser Ser Asn His Phe Vai Ala Thr 850 855860
Asp Glu Gly lie Arg Phe Ala Met Gly Ala lie Lys Gly lie GlyArg
865 870 875880
Gly Leu lie Glu Ser lie Vai Glu Glu Arg Asp His His Gly ProTyr
885 ' 890895
Glu Ser lie Arg Asp Phe lie Gin Arg Ser Asp Leu Lys Lys Vai Ser 900 905910
Lys Lys Ser lie Glu Ser Leu lie Asp Ala Gly Cys Phe Asp Cys Phe 915 920925
Asp Ser Asn Arg Asp Leu Leu Leu Ala Ser Vai Glu Pro Leu Tyr Glu 930 . 935940
Ala He Ala Lys Asp Lys Lys Glu Ala Ala Ser Gly Vai Met ThrPhe
945 950 955960
Phe Thr Leu Gly Ala Met Asp Arg Lys Asn Glu Vai Pro He CysLeu
965 970975
Pro Lys Asp lie Pro Thr Arg Ser Lys Lys Glu Leu Leu Lys Lys Glu 980 985990
Lys Glu Leu Leu Gly lie Tyr Leu Thr Glu His Pro Met Asp Thr Vai 995 10001005
Arg Asp His Leu Ser Arg Leu Ser Val Vai Leu Ala Gly Glu Phe Glu 1010 10151020
Asn Leu Pro His Gly Ser Val Val Arg Thr Vai Phe lie lie AspLys
1025 1030 10351040
Val Thr Thr Lys lie Ser Ser Lys Ala Gin Lys Lys Phe Ala VaiLeu
1045 10501055
Arg Vai Ser Asp Gly He Asp Ser Tyr Glu Leu Pro He Trp Pro Asp 1060 10651070
Met Tyr Glu Glu Gin Gin Glu Leu Leu Glu Glu Asp Arg Leu lie Tyr 1075 10801085
Ala lie Leu Vai Leu Asp .Lys Arg Ser Asp Ser Leu Arg He Ser Cys 1090 10951100
Arg Trp Met Lys Asp Leu Ser He Vai Asn Glu Asn lie He Tyr Glu 1105 1110 11151120
480
Cys Asp Gin Ala Phe Asp Arg lie Lys Asn Gin Vai Gin Lys Met Ser
1125 1130 1135
Phe Thr Met Ser Thr Ser Gly Lys Glu Thr Lys Ala Lys Gly Asn Lys
1140' 1145 1150
Pro Asn Glu Asn Gly His Thr Gin Ala Leu Ala Pro Vai Thr Leu Ser 1155 11601165
Leu Asp Leu Asn Glu Leu Arg His Ser His Leu Cys He Leu Lys Lys H70 11751180
He Vai Gin Lys His Pro Gly Ser Arg Thr Leu Val Leu Vai PheThr
H85 1190 11951200
Gin Asp Asn Glu Arg Vai Ala Ser Met Ser Pro Asp Asp Ala TyrPhe
1205 12101215
Vai Cys Glu Asp He Glu Glu Leu Arg Gin Glu Leu Vai Thr Ala Asp 1220 . 12251230
Leu Pro Vai Arg Vai lie Thr Vai 12351240 <210> 523 <211> 576 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 523
Met Thr Asp Phe Pro Thr His Phe Lys Gly Pro Lys Leu Asn Pro lie 1 5 1015
Lys Vai Asn Pro Asn Phe Phe Glu Arg Asn Pro Lys Vai Ala Arg Vai 20 2530
Leu Gin He Thr Ala Val Vai Leu Gly He Ile Ala Leu Leu Ser Gly 35 4045
He Vai Leu He He Gly Thr Pro Leu Gly Ala Pro lie Ser Met lie 50 5560
Leu Gly Gly Cys Leu Leu Ala Ser Gly Gly Ala Leu Phe Vai GlyGly
70 7580
Thr He Ala Thr He Leu Gin Ala Arg Asn Ser Tyr Lys Lys TklaVal
9095
Asn Gin Lys Lys Leu Ser Glu Pro Leu Met Glu Arg Pro Glu Leu Lys 100 105110
Ala Leu Asp Tyr Ser Leu Asp Leu Lys Glu Vai Trp Asp Leu His His 115 120125
Ser Val Vai Lys His Leu Lys Lys Leu Asp Leu Asn Leu Ser Lys Thr 130 135140
Gin Arg Glu Vai Leu Asn Gin He Lys lie Asp Asp Glu Gly ProSer
145 150 155160
Leu Gly Glu Cys Ala Ala Met lie Ser Glu Asn Tyr Asp Ala CysLeu
165 170175
Lys Met Leu Ala Tyr Arg Glu Glu Leu Leu Lys Glu Gin Thr Gin Tyr . 180 185190
Gin Glu Thr Arg Phe Asn Gin Asn Leu Thr His Arg Asn Lys Vai Leu 195 200205
Leu Ser lie Leu Ser Arg lie Thr Asp Asn He Ser Lys Ala Gly Gly 210 215220
Vai Phe Ser Leu Lys Phe Ser Thr Leu Ser Ser Arg Met Ser ArgHe
225 230 235240
His Thr Thr Thr Thr Val lie Leu Tkla Leu Ser Ala Val Val SerVai
245 250255
Met Val Val Ala Ala Leu He Pro Gly Gly lie Leu Ala Leu Pro lie 260 265270
Leu Leu Ala Val Ala lie Ser Ala Gly Val lie Vai Thr Gly Leu Ser 275 280285
Tyr Leu Vai Arg Gin lie Leu Ser Asn Thr Lys Arg Asn Arg Gin Asp 290 295300
481
Phe Tyr Lys Asp Phe Vai Lys Asn Vai Asp He Glu Leu Leu Asn Gin
305 Thr Vai Thr Leu Gin 310 Arg Phe Leu Phe Glu 315 Met Leu Lys Gly Vai 320 Leu
Lys Glu Glu Glu 325 Glu Vai Ser Leu Glu 330 Gly Gin Asp Trp Tyr 335 Thr Gin
Tyr lie Thr 340 Asn Ala Pro lie Glu 345 Lys Arg Leu lie Glu 350 Glu He Arg
Vai Thr 355 Tyr Lys Glu lie Asp 360 Ala Gin Thr Lys Lys 365 Met Lys Thr Asp
Leu 370 Glu Phe Leu Glu Asn 375 Glu Vai Arg Ser Gly 380 Arg Leu Ser Vai Ala
385 Ser Pro Ser Glu Asp 390 Pro Ser Glu Thr Pro 395 He Phe Thr Gin Gly 400 Lys
Glu Phe Ala Lys 405 Leu Arg Arg Gin Thr 410 Ser Gin Asn He Ser 415 Thr He
Tyr Gly Pro 420 Asp Asn Glu Asn lie 4 25 Asp Pro Glu Phe Ser 430 Leu Pro Trp
Met Pro 435 Lys Lys Glu Glu Glu 440 lie Asp His Ser Leu 445 Glu Pro Vai Thr
Lys 450 Leu Glu Pro Gly Ser 455 Arg Glu Glu Leu Leu 4 60 Leu Vai Glu Gly Vai
465 Asn Pro Thr Leu Arg 470 Glu Leu Asn Met Arg 475 lie Ala Leu Leu Gin 480 Gin
Gin Leu Ser Ser 485 Vai Arg Lys Trp Arg 490 His Pro Arg Gly Glu 4 95 His Tyr
Gly Asn Vai 500 lie Tyr Ser Asp Thr 505 Glu Leu Asp Arg He 510 Gin Met Leu
Glu Gly 515 Ala Phe Tyr Asn His 520 Leu Arg Glu Ala Gin 525 Glu Glu lie Thr
Gin 530 Ser Leu Gly Asp Leu 535 Vai Asp He Gin Asn 540 Arg He Leu Gly He
545 lie Vai Glu Gly Asp 550 Ser Asp Ser Arg Thr 555 Glu Glu Glu Pro Gin 560 Glu
565 570 <210> 524 <211> 439 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <220> <221> VARIANT <222> 428,429, 430, 4 31, 4 32,433,4 34,435, 4 37,4 38,439 <223> Xaa = jakákoliv aminokyselina <400> 524 lie Thr lie Ala Vai Asn Ser Thr Ser Gly Gly Leu Lys He 57 5 Ser Gly
1 Asp Leu Lys Phe 5 His Asn Asn Glu Gly 10 Ser Phe Tyr Asp Asn 15 Pro Gly
Leu Lys Tkla 20 Asn Leu Asn Leu Pro 25 Phe Leu Asp Leu Ser 30 Ser Thr Ser
Gly Thr 35 Val Asn Leu Asp Asp 40 Phe Asn Pro He Pro 45 Ser Ser Met Ala
Ala 50 Pro Asp Tyr Gly Tyr 55 Gin Gly Ser Trp Thr 60 Leu Vai Pro Lys Vai
65 Gly Ala Gly Gly Lys 70 Vai Thr Leu Vai Ala 75 Glu Trp Gin Ala Leu 80 Gly
Tyr Thr Pro Lys 85 Pro Glu Leu Arg Ala 90 Thr Leu Vai Pro Asn 95 Ser Leu
Trp Asn Ala 100 Tyr Vai Asn lie His 105 Ser lie Gin Gin Glu 110 He Ala Thr
482
115 120
Ala Met 130 Ser Asp Ala Pro Ser His Pro 135
Gly Asn 145 Ala Phe His Gin Asp Lys Gin 150
Leu Ile Ser Arg Gly 165 Tyr Ile Val Gly
Glu Tyr Thr Phe Ala 180 Val Ala Phe Ser 185
Asp Tyr Val Val Ser 195 Asp Ile Lys Ser 200
Cys Ala 210 Gin Ser Ser Tyr Val lie Pro 215
His Val 225 Leu Ser Lys Val Leu Pro Glu 230
Val Leu His Gly Gin ’ 245 Val Ser Tyr Gly
Thr Lys Leu Ala Asn 260 Asn Thr Gin Gly 265
Ser Phe Ala Val Glu 275 Val Gly Gly Ser 280
Arg Tyr 290 Leu Thr Ser Tyr Ser Pro Tyr 295
Val Asn 305 Gin Lys Gly Phe Gin Glu Val 310
Asp Ala Ser His Leu 325 Val Asn Val Ser
Lys His Glu Ser Ala 340 Lys Pro Pro Ser 345
Tyr Ala Val Asp Ala 355 Tyr Arg Asp His 360
Thr Asn 370 Gly Thr Ser Trp Ser Thr Phe 375
Ala Phe 385 Phe Ala Glu Ala Ser Gly His 390
Asp Cys Phe Ala Ser 405 Gly Ser Cys Glu
Tyr Asn Xaa Xaa Ala Asn Cys 420 Xaa Phe Xaa 435 Gly Thr Arg Tyr 425 Xaa Xaa
- 125
Gly Ile Trp Ile Gly Gly Ile 140
Lys Glu Asn Ala Gly Phe Arg 155 160
Gly 170 Ser Met Thr Thr Pro Gin 175
Gin Leu Phe Gly Lys Ser Lys 190
Gin Val Tyr Ala Gly Ser Leu 205
Leu His Ser Ser Leu Arg Arg 220
Leu Pro Gly Glu Thr Pro Leu 235 240
Arg 250 Asn His His Asn Met Thr 255
Lys Ser Asp Trp Asp Ser His 270
Leu Pro Val Asp Leu Asn Tyr 285
Val Lys Leu Gin Val Val Ser .300
Ala Ala Asp Pro Arg Ile Phe 315 320
Ile 330 Pro Met Gly Leu Thr Phe 335
Ala Leu Leu Leu Thr Leu Gly 350
Pro His Cys Leu Thr Ser Leu 365
Ala Thr Asn Leu Ser Arg Gin 380
Leu Lys Leu Leu His Gly Leu 395 400
Leu 410 Arg Ser Ser Ser Arg Ser 415
Ser Phe Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa 430
<210> 525 <211> 867 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 525 atgacccatč agcataaaaa aatcagcgaa gaaacaatcg cctgtgacat gctagagcgc60 tataccggct ctaccgttca agagttccag ccctatctcc ttcttactaa ttttgcgtat120 tacgtggatg ttttcgctga aatctatcag gtccctgttt ctcgaggatc catgttttcg180 gcagcgcatg cgcctcaaat tcacacctca atcatcgatt ttaaattagg ctctccagga240 gcagctctta ccgtagatct gtgttctttc cttcccaatg ctacagcagc gatcatgttg300 ggcatgtgtg gaggcttaag atcccactac caaataggag attattttgt ccctgttgct360 agcatccgaa aagatggaac atcagatgca tacttccccc cagaggtccc tgcattagct420 aattttgtcg tacaaaaaat gatcaccaat attctcgaag ccaaaaacct cccttaccat480 ataggcatca cccacacgac taacattcgg ttttgggagt ttaataaaga gttccgtcga540 aaactatatg aaaataaagc tcaaactgtc gagatggagt gtgccacctt atttgctgca600 ggataccgaa ggaatcttcc tttaggagca cttttgctga tatcggatct acctttgcga660 aaagatggaa ttaaaactaa ggaaagcagt tcggcagtcc taaactctca caccaaagag720 catatactaa caggcgttga ggtgtttgcc tctctacaag' agaaatcagg cccaggaatc780
483 aagaaaacaa aaggcttgcc gcacatggag tttgggcaag ccgatgattc tctttctgaa 840 caaactgaag tttctggcgg ggatttc 367 <210> 526 <211> 1182 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 526 atgtcaaaag aaacttttca acgtaataag cctcatatca acatagggac cattggccac60 gttgaccatg gtaagactac gttgacagct gctattacgc gtgcgttgtc tggagatggg120 ttggctgatt ttcgtgatta tagctctatt gacaacactc ctgaagaaaa agctcgcggt180 attacaatta acgcttccca cgttgagtac gaaacagcta atcgtcacta cgctcacgtg240 gactgccctg gtcacgctga ctatgttaaa aacatgatca ccggtgcagc tcaaatggac300 ggggctattc tagtagtttc tgcaacagac ggagctatgc ctcaaactaa agagcatatt360 cttttggcaa gacaagttgg ggttccttac atcgttgttt ttctcáataa aattgacatg420 atttccgaag aagacgctga attggtcgac ttagttgaga tggagttggt tgagcttctt480 gaagagaaag gatacaaagg gtgtccaatc atcagaggtt ctgctctgaa agctttggaa540 ggggatgctg catacataga gaaagttcga gagctaatgc aagccgtcga tgataacatc600 cctactccag aaagagaaat tgacaagcct ttcttaatgc ctattgagga cgtattctct660 atctccggac gaggaactgt agtaactgga cgtattgagc gtggaattgt taaagtttcc720 gataaagttc agttggtcgg tcttagagat actaaagaaa cgattgttac tggggttgaa780 atgttcagaa aagaactccc agaaggtcgt gcaggagaga acgttggatt gctcctcaga840 ggtattggta agaacgatgt ggaaagagga atggttgttt gcttgccaaa cagtgttaaa900 cctcatacac agttcaagtg tgctgtttac gttttgcaaa aagaagaagg tggacgacat960 aagcctttct tcacaggata tagacctcaa ttcttcttcc gtacaacaga cgtcacaggt1020 gtggtaactc tgcctgaggg aattgagatg gtcatgcctg gggataacgt tgagtttgaa1080 gtgcaattga ttagccctgt ggctttagaa gaaggtatga gatttgcgat tcgtgaaggt1140
99^-cgtacaa tcggtgctgg aactatttct aagatcattg ca1182 <210> 527 <211> 1650 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 527 gtggaatctt cccgtattct tattácttct gcgttgcctt acgcaaatgg tcctttgcat60 tttggacata ttaccggtgc ttatttgcct gcagatgttt atgcgcgttt tcagagácta120 caaggcaaag aggtcttgta tatttgtggt tctgatgaat acggaatcgc aattaccctt180 aatgcagagt tggcaggcat ggggtatcaa gaatatgtcg acatgtatca taagcttcat240 aaagatacct tcaagaaatt gggaatttct gtagatttct tttccagaac tacgaacact300 tatcatcctg ctattgtgca agatttctat cgaaacttgc aggaacgcgg actggtagag360 aatcaggtga ccgaacagct gtattctgag gaagaaggga agtttctagc ggaccgttat420 gttgtaggta cttgtcccaa gtgtgggttc gatcgagctc gaggagatga gtgtcagcag480 tgcggtgccg attacgaagc tagagatctg aaagagcctc gttctaaatt aacgqgggca540 gctttatctt tacgtgatac ggaacatgct tacttgcatt tggagcgcat gaaagaagat600 ttgcttgctt tcgtgcaagg tatttatcta cgtcctcata tgcgtaattt cgttacggat660 tacatcgagc atttacgtcc tcgagcagtg actcgagatt tgtcttgggg aatacccgtt720 cctgatttgg aaaataaggt attctatgta tggttcgatg ctccaattgg ttacataagt780 ggaactatgg attgggcagc atcgattgga gaccctgaag cttggaagaa gttttggttg840 gacgatactg tgacctacgc acagtttata ggtaaagata atacttcttt ccatgcggct900 attttcčctg ctatggaaat aggacaatct cttccctata agaaagtgga tgctcttgta960 acatcagaat ttttattgtt agaaggtttc cagttcagta aatcggatgg gaattttata1020 gacatggatg cgtttttaga aacgtattcc ttggataaac tgcgttatgt gttggcagcg1080 attgctccag agacttcgga tagcgaattc tctttccaag agttcaagac gcgatgcaat1140 tctgagcttg tagggaagta tggaaatttt gtgaatcgag ttctagcttt tgctgttaag1200.
aatggatgca cagagctttc ttctcctcaa ttagagcaaa aggatttgga ttttatctca1260 aaatctcaaa aacttgctaa ggatgcagcc gaacattacg cacaatacag tttgcgtaag1320 gcgtgttcca cgattatgga attagctgct ttagggaatg gctatttcaa tgatgaagct1380 ccatggaaat tggctaaaga gggtaactgg aatcgggtac gcgctattct attctgtgct1440 tgttactgcc agaagttgct agctctcatt tcctatccta ttatgcctga aacagcattg1500
484
aagattttgg aaatgatagc tccacattcc ttacaatctc tttggacaga ttcctttttt gagcctgaat tattgttcac aatggtagag <210> 528 <211> 300 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar ttagatctag gttcccaaga tccagataga gattactcgg aagagaaatt ttctctgaaa
1560
1620
1650 <400> 528 atggctagaa aagatcgttt aactaatgaa agactgaata agtttggtta attacgtaat taagcaagct aagaacaaaa tcttctaatg tcgcgattga ggcgctgaac ttcctggatc tacgctgaaa gagatgatcg agagagacat ttgtctgcta caaggtttcg gaacatccag aagaaaagat ccttctctgt <210> 529 <211> 615 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 529 atgtcagtaa aggttatttc ccccttttct caagacgggg tttatcatta gcgctcctgc tggagcaggg aagacaacac gagtttcctg atgcatttga gaagacggtg tcgtcaacga gaagtgcatg gcgtggatta tttgtttgta tctgaagatg agggaagatt ttttggaatg ggtcttttta tttgggactt gagatttcta gagttctgca aaagggtaag cactgtatag gctttggctc tgaagaagca aatgccggca gtcactattt gaagaacttg agcgccgttt gaatgctcgg gattcagaga agattagagc atagcgctgt cgaaattgct gccgctagcg aatgatgatt tgattacagc atatcaagtt ttaagaagta aggatgagtc atggc agctatttga ttgctagagg tttatggcat caggagagag acaactggag tagccccttt agatgttcgt tcagtccgaa acgaagagaa cgacgtgaaa
120
180
240
300 ttcaatgctt tcacccatat cacgttcggc actttaágca attacggaac ccgtgattga ttattcaagc aagatttcca aatttgatta tttttatagč tcccaagctt gctacaaaga tcgtccaggc atctttagat gagtaaggcg tgtacaagga tccctctcaa gaagaaagaa tgttgtggtt tgaagaacat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
615 <210> 530 <211> 1806 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 530 ttgaaaccgt ataaaattga gaacattcgt aatttttcta gggaaatcta cgatcgcaga tcgtttgtta gaaagtacta atgcgcgaac aacttttaga ttctatggat ctagaaagag gcgcatccgg tcactatgac ctatgaatac gaaggggaga gatactcctg gacacgtaga tttctcttat gaagtatccc ggagcgctgc ttatagtaga tgctgcccaa ggtgttcaag tatctggctc tagaacgaga tttagaaatc attcctgttt gctgctcaac cagaagctat aaaaaaacaa atcgaagagt aacaccattg cttgctcagc gaaaacaggt cagggtatcc atacgactcg ttcccccacc aaaacctcca caggaaacag gattctcact acgatcctta tgtaggaatc atggtttatg atcaaaaagg gagatcgcat taccttcatg gcaaccaaag ggaataggag ctttcttacc ggaagctact ctcatggaag gtgggatact tcattgccaa cctaaaaaaa gtaaaggatg actactgtta aacatcctgc taaagagcct ttagaaggct gtgtttgctg gtatctatcc tatagattct tctgactttg ggccggttgc agctaaacga ctcagctctt acgattgaac ggatttgggt tccgctgtgg atttttagga ctgctgcact atctctagag aatttgatct cgatattatt gctacagctc gtcttaaaaa atggtaaaac cctttttatt gataacccaa cttattgaac acatggagga gccttgggtc catgttaata tcattgctca gtactatcga aacgcgggat cttacgaact gatcactagc ctcaaagctt taaataaaat tcatcggatt ctgaaatttt aacttaaagc tacgcgtgat gctcctcttt gatccttacg taaaaattgg ttaaagaaat ataccctgaa aagagaacag tagaaatcat ctagcgttat cagcatatcc tcattacgcc tatcgaccac acaaagagag taccatcaaa caatctaata agcttgtgaa agctaatgta agacttacct agatacttca agagtctatt tttgatcttt cagtggagaa tgaggtctta agccggacaa cgatacagtc caaacctgta agatgctcta tcattctctc ctttgagaga ctacaaagtc tgacccagct tcaagagtat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
485
ctcagcaata ttatgagcct ttgtatggat aagcgtggga tctgtctaaa aacagatatg 1320
cttgaccaac acagactggt gctttcatat gagctgcctc tcaatgagat tgtttctgat 1380
ttcaatgata aactcaaatc tgtgacgaaa ggatacggct cctttgatta ccggttagga 1440
gattataaaa agggtgctat cattaagctg gaaattctaa ttaatgatga ggctgttgat 1500
gccttttcct gccttgtaca cagagacaaa gcagaatcaa aaggcagaag catctgcgag 1560
aaactcgtag atgttatccc tcctcagctc tttaaaatcc ctattcaggc ggccatcaat 1620
aaaaagatta ttgccagaga gacgattcga gctttagcga aaaatgtaac tgctaagtgc 1680
tatggtggag atatcacaag aaaacgcaag ttgtgggaca aacagaaaaa agggaagaaa 1740
cgaatgaaag aattcggaaa agtatccatt ccgaacacgg cgtttgttga agtccttaaa 1800
atggag 1806
<210> 531 <211> 972 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 531 Α gtggáactac ttcctcatga aaaacaggtt aaagaaaaaa ataaagaaaa cagcctgctt cgtttagata gattaaaaga aaaaatttat atttgtcgac atccttcgag acctagaaca tttgtagaac tttgtggaga tcgaacgttc gcaaagattc aagggcagcg tttcatgctt tctcgcatgc atcgtaactt cgggatgctt ttagctaaaa tggcagagaa attcggtttg gctttccctg gattaacagc cgaagaaaga tttgagttag ctagattagc taccccaatc ggaggcgctc taggaatggc tataggagat tctgtaattt ctcctgaagg gtgtgcttct gatgctgctg ccatgttaaa aatgcatgga gcagtgatca aagaacccat aggtggggct gttcaagaat atgtccttca agaatggctt ctagaaaaac gatatcagaa attccgaacg gattctgagg ca <210> 532 <211> 1938 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 4 00> 532 atgaaacttc ttctgaaagc gattctgagg tctcttttat ccatattagg gctaacaata cttattgcta agacaggtcc tgatacgttt ttagtcaaaa ggaaagagct gtccaaagat ggtgagggag acacgctatc tttgcctcaa ggctctcagt caataacaaa aaggctttcc cgtttgcaat gcctcgcgct ttttctagta ttttttcaga ggtttttagc acaattaatt gattacttct tagctttaca aacgctcccg aatctaagta gtcgtgtgat agcagattca atggtgaatt acattcaggc tcctatcact atttcttgga aattttgtgc ttgtgtttgt gttatcattg caaagaaagt taaagcattg tctgccgctg cgttattgga ttttctttta gagcagtttt cttttagtaa gtattgtcag cgcagtgctg cgtatagttt aattccaaga tttgctttgg tcattatgat cggtttgtat gtcttttgtg ggcttttgta tctcatttat gcgaatatca tgtggggatg cgctgctgca aagcagcagt ccaatgtttc tgaaaagtta gtcgaatacg tcttcttcag tccgatctca gtgaattata cgagatgatc atagggcaag tgtcccgaag ccaattatct ggtcaaggtt attgtaattg gttgtagcga attttatgga gaggatctta catcacaatc aaattgaaag ataggtctat aaaaaacgat agattcaaaa ccccttggga tcgaaggaat ctgcagttgt aaaagggttg gctttagaaa ttctcgttga gggctattgc tgattggtga tgctagaaca aagatcctaa agggatttgc ctgcggccac atttaccggt atgaaacttc cgccgagttt attggataag aagagtacaa gtgcgaagag cggagggttc cgacacaaaa ggctctacgc tacccctgga gacaaactta aggatgttca ctcgtattat aaagaacagc tattgtggac atatcgtagt agaagagttg ttctgaaagc
120
180
240
300
360
20 480
540
600
660
720
780
840
900
960
972 cataagaagc atttagtttt attcggtttt 60 acgtctcaag cagaaatttt ttctctaggt 120 cttctttttg ggaagcagga gggagcttcc 180 caacttcttg aacagtggga taatattgtt 240 gcgaatgctt atattgcgaa acattcagga 300 gcctatctct ctggttgttt tgacttttct 360 gttgttgcta ttttgaaatc aacaacgcta 420 gctattcgtg tgagctgctc tttacgtaaa 480 atgacattct ttcatgcaca cgatatgggg 540 tctatgattg cattagctat taatgccctt 600 atgactttag ccttagtagt gtgcttgtct 660 ttagcgttcc ctatttttat tttgccaatt 720 gctaaacgaa ttcaaaagag tcaagatcat 780 ggtattctta cagtaaaagt atttagaact 840 aaaaatgatg agattgctcg attggaagag 900 cctcttctgc acactattgc ctcgttgttc 960 cattttcata tcccacctga ggagcttgtg 1020 gatccgatta aaaagtttgc tgatgaaaat 1080 gaacggtttt atgaagtatt ggatctagca 1140 aatgaattcc agggattaca acatagtatt 1200
486 cagttttgca atgtatcctt tggatatgta gaggatagtc ccgtattatc ggatttcaac ttagtattaa aaaaagggga ggctatcggt attgttggtc caacaggatc tgggaaatct accatagcaa agttattgcc aaggctttat gaagtctctc atggcgaact gttaattgat tcacttccga tacgaagcta ctgcaaaaat tctttaagga aacatattgg ttgtgtgctg cagcatccat ttttattcta tgatacggtg tggaataacc tgacttgtgg cagaaccttt tcagaagaag aagtatttca tgctttaaag caagctcatg cctacgaatt tgtttctaaa atgcctcaag gcgtgcacag cttattagag gaatccagta aaaatttatc tggaggtcag cagcaacgtt tgacaatagc tagagcattg ctgcataaca cctccattct gttgctagat gaggcaacat cagcattgga tgccattagc gaaaattatg ttaaagagat agtcgggcag ttaaaaggcc gttgtacaca aattatcatt gcccacaagc tctccactct cgaatacgta gatcggattg tttacttgga acaagggaag aaaatagcag aaggaaccaa agaagagtta agactctt gcccagcttt tcaaagaatg tgggtcttat cgggtgctaa ggactgggaa ctcaatgctg tcgtaaaa
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1938 <210> 533 <211> 1242 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 533 atgttttctt cagcaattgt tattctaact gcaatttttg tcttgtgctc ggggtttgtt60 tctttatcgc atatagcttt attctcgctc ccttcttccc ttattgctca ttacagtcac120 tcaaaaaata ggcagctccg acaaattgcc aatcttatgg cctaccccaa tcatttgctc180 atgaccctag tcttcttcga catagggatt aatattggag tgcaaaactg catagcaacc240 agtaggcg attcggcatc tctattgctt accgtaggag ttcccctcgc tttgacacta300 gttttgggag aaattgtccc taaggttatc gcaatccctt acaatgcacg aattgcaaag360 attgtaaccc caatcatctt tgcctcaact aaaagcttcc gccctatatt tgattgggct420 atctcgggta tcaattttat cgttcagaaa atgttggccc gtcaagaaag tgattttatt480 caaccccaag aattaaaaga agtcctccga agctgtaaag atttcggagt tgtaaatcat540 gaggaaagtc gtcttctatt tggctatcta tccatggaag aaggtagcat taaagaacgc600 atgacgccca aacaagaaat cattttttat gatgtcctta ctccgaťtga aaatttatat660 aaactcttct ctggacctaa acaaagctat tccaaagttc tagtttgtaa aggtggtcta720 caaaatctct taggagtttg ttctgcaaaa ttgcttcttc tctacaaaga aaaattacaa780 tctgccgaag aactcttgcc tctccttcgt aaacctcact acattcctga aacagtatca840 gctaagacag ctttgtatca tctagcagga gaagactgtg gtttaggtat tatcattgat900 gaatatgggt ctatagaagg attgatcacc caaaatgatc tatttaaaat agtctctgat960 ggggtagctc ataatcgccc atcttttaaa caattcgctc actcagacaa gaatgttgtt1020 attgctgcag gcacctatga gctttctgat ttctatgacc tgtttggagt tgatcttcct1080 actacagcta attgcgttac cataggcgga tggctgacag aacaattagg agaaatccct1140 gaaacaggaa caaaattcgc ttggggacaa tttgtattcc aaatactaga cgcggctcct1200 aattgtgtga aacgggtgta tataaggaaa acccatggaa ac1242 <210> 534 <211> 1212 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 534 atggaaacta actctccctt tttctggtta ggagtgaacc tcctttgtat ttttgtccaa60 gggttctttt ccatgatgga aatggcttgc atatcattca atcgcgtgcg gttgcaatat120 taccttacga aaagcaataa aaaagcctct tacattaact tccttgttag aagaccttat180 cgcttatttg gaaccgtaat gttgggagta aatattgctt tgcaaatagg gtcťgagtca240 tcacgaactt gttacaaact cctagggatt tctcctgaat atgctcctgc aacgcaaatt300 attttagtcg tcatttttgc tgaattaatt cctttagcta tctctcgtaa aattccagaa360 aaaatcgcct taaaaggagc ccctatcctc tatttcgctc actatctttt ctatccgctc420 atccaatgtg tcggtggcat taccaatatg atctacttta ttctgaatat taaggaagag480 acgctccact caacgcttag ccgagatgaa ttgcaaaaga cattagaaac tcatcatgaa540 gagcatgatt tcaatgtgat agctacaaat attttctctt taagcgcaac ttctgtagag600 caagtatgtc aatatttgga ccaaatcccg atactttcag ctaccgcttc cgtacgagat660 gtttgccagc tcgttcgtcg ccatcgttta gattttgtcc ctgtttacca taaagttaaa720 aagaatgtag tgggaatagc ttttccaaaa aacctcatta.atcgaaatcc cagtgaccct 780
487 gttgtccctt acctaagctc tccctggttc ataacagcta aatctaagct cattcatgcg840 atccaagaat tccgcaagaa tagttctaac gtcgccattg ttttaaataa taatggcgag900 cctatgggag ttttaggctt acatacggtg tttaaaacgt tattcaacac aagaaatatc960 gcccaattaa aácccaaacc aacttcttta attgaacgaa ctttctctgg gaacacacct1020 ttgtctgaaa tagaaaatga gctcgatatt atttttatgg ataatgattg tacaacaatt1080 gagcaactca tgttaaaact tctggatact cctccagaag taggcgcctc tatcattatc1140 aacgacctac tgttagaggt aaaagagatt tccttgtacg gcatcaaaac tgttgctatc 1200 aaagatactc tg1212 <210> 535 <211> 1617 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 4 00> 535 atgtgttgtg tggatggatc taattccatc caacaacgaa tgcgtttttg tgagtatcgt60 accgcagcgc aagaggctaa gacctcatta tcttccgatt gttccttact agaagctcgc· 120 ttggctttac gagccttagc caaacatcat gaatattctg cttggagaga ggccttcctc180 cgttctcaag aacgctttcc ttcattggaa gcagatcgtg atattcatga ggatcttgca240 gcttctcttc tacaaaaaaa tattagacat tcttcactta ccgttcgagt aattactatt300 ttagctgtag ggatggcgag agactatcgg ttagtgccta ttgttttgca ggctttgtct360 gatgatagcg ataccgtacg tgagattgct gtacaagtag ctgttatgta tggttctagt420 tgcttactgc gcgccgtggg cgatttagcg aaaaatgatt cttctattca agtacgcatc480 actgcttatc gtgctgcagc cgtgttggag atacaagatc ttgtgcctca tttacgagtt540 gtagtccaaa atacacaatt agatggaacg gaaagaagag aagcttggag atctttatgt600 gttcttactc ggcctcatag tggtgtatta actggcatag atcaagcttt aatgacctgt660 gagatgttaa aggaatatcc tgaaaagtgt acggaagaac agattcgtac attattggct720 gcagatcatc cagaagtgca ggtagctact ttacagatca ttctgagagg aggtagagta780 'ttccggtcat cttctataat ggaatcggtt caaaagttag cttgtaattc actttctgct840 cgtgttcaga tgcaagctgc agccattctc tatttagaag gagatccttt cggagaagat900 aagcttacag aaggtttatc agctacttcc agcatccttt gtgaagctgc ctcagaagcg960 •gtctgctcat tagggattca tggagttcat ttagctggac gttttttatc aaaagtacaa1020 ggaatgcgtt ctcgagtgaa tcttgctttc gcgcttttgg taagtcgaga gaaggtagaa1080 gaagctggag atgttgttgc ttcttttatt catagaatag agccctgtcg agctattgaa1140 cagtttttat gtgaagatca gaagattttt gtagcttcat ctcctctgca ggtagaaatc1200 atgaaaaggg atttggcgaa gaagatcatt cgtttattag ttgcagctca gtacagcaaa1260 gcaaaaatgg ttgtcgctca gtatttagca gggcagcagg tgggatggag tttctgťtct1320 gaagtctttt gggaagaagg ggatagcgag gattttgttg aaccattaca agaagagagt1380 tttgcgtttg ccttagagaa agctctttct tttttgcaac gcgaaggagg agaagctggg1440 ttgcatgcag tgatcagttt atatccacat agtcgctggc aagacaagtt gactatcttg1500 gaagcaattg cttattcaga aaatagaatc gctacatgtt ttttaagaga gcgttgtctg1560 caggaagcgg cctctttáca atcggcagct gcaggagctg tattcgcctt attcaaa1617 <210> 536 <211> 312 <212> DNA <213> C. Trachomatis Ď serovar <400> 536 atgcaaactt cccggatcag ctcttttttc cgagggcttg ttcacctgta ccgttgggcg60 atttctcctt ttctcggggc tccttgtcgc tttttcccta catgctctga gtacgctctt120 gttgcactaa agaaacatcc gctcagaaaa agcctttttc tcatcgccaa gcgcttactc180 áaatgcggcc cttggtgcat aggaggtatc gatctcgtcc ctagaacttc tgttgaagaa240 tatctcagtt cccctacccc tctagcagaa tccccagacg acaggactgt gccacacacc 300 caagaaactt ct2i2 <210> 537 <211> 1008 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar
488 <400> 537 atgcagcttt tttttggtag attttacgaa gtggcgtgta tagtagcaag tattttgagg60 gagagggatg taggagtttt tatggggata gaaggaagag gatcaggagc tatgcaaagt120 aaaaaaacga ttaaatggct gaagcaagct ctcgttctta gttctattgt gaatatccta180 ttactgcttt tgatttattc gaccgtattt agaaaagata tttataaatt acgggttttt240 ccagggaatc tcatcgctaa aagttcacga atagggaaga ttcctgaaga cattttggaa300 agactagaaa atgcttcgtt tgccgattta ttagccttgt tgcaggaaga gagaatggtt360 ttcggccatc cattaaaatc ttgggctcta ggggtgagca tccaaaaata ttttgtagat420 atcgctccta tgctgacgca tcctttaact tttattagac tcaaaagtcc tgaacgtact480 tggttacttc cggatattaa tgatcaggag tttacacgga tttgtcagta tttgcttaca540 gagaggttcc cattctcttc acgaggtttt tttcgtatta tggtgcg.tga ttgtgaagca600 gggatggtgg atgaagatgt tctgtatcgg ttttgtcatc ttcctgagtt tctctatgtg660 cgttctctcc tttttggtgc ggaaatcgaa gctgcttcgg tcgcttctct ggcaagaatg720 attatccaag gaggggagga cttattcttt tccctgtgtt gtttagaaaa tcgtcaaacg780 gcgatttctg atcatcagag gcgctgtttt ctgaaagctt atgtggatag acaggáacct840 ttagcagctc ttctcttgtt agtacatgac gcggactggg tgttgcatga gttttctgat900 agcgatttac aatcctttat tcaacttttg cctagagagg cacactatac taagaagttt960 cttgggtgtg tggcacagtc ctgtcgtctg gggattctgc tagagggg1008 <210> 538 <211> 1278 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar <400> 538 atgtatgttc gctctatctt ttttagtatt atcgccttcc taacggtcgg atgctccttt60 tctcctccag aatcgggctt aatcatagcc attcacgatg atcctcgctc tctttctcca120 gaaaaaggag aaaatgcttt ccatttttct ttgtccaagg ctttatttgc tactctcttc180 agagaagagc tctctggatt aacccctgct ctggtctcct cctatcaagt ttcggaagac240 gggcggtttt atcgtttttg tattcgtaaa gatgctaagt ggagtgacgg ctctctttta300 cttgcagaag atgtaatagc tgcttgggaa cacactaaac aagctgggcg atattcccta360 ctttttgaaa agctatcttt tcgagcctct tcttcttcag aaatccttat tgaactcaaa420 gaacccgagc ctcaactatt ggcgatatta gcctctccgt tttttgctgt gtatcgtcca480 gaaaatcctt ttctttcttc tggacctttt atgccaaaaa cctatgtgca agggcaaacg540 ctcgttctac aaaaaaaccc ttattactat gaccatgcgc atgtggaatt acattccata600 gactttcgca tcattcccaa catttacaca gctctacacc tcttaagaag aggtgacgtg660 gattgggtgg ggcagccttg gcaccaaggg attccttttg agcttcggac tacctctgct720 ctctacaccc attactctgt agatggcaca ttctggctta ttcttaatcc caaagatcct780 gtactttcct ctctatctaa tcgtcagcga ttgattgctg ccgtccaaaa ggaaaaactg840 gtgaagcaag ctttaggaac acaatatcga gtagctgaaa.gctctccatc tccagaggga 900 atcatagctc atcaagaagc ttctactcct tttcctggga aaattacttt gatatatccc960 aataatatta cgcgctgtca gcgtttggcc gaggtattgc aagaacaatg ccgagacgca1020 ggtatccagc tgactcttga aggactcgaa taccatgtat ttgttcaaaa acgagccact1080 caagatttct ctgtctccac agcaacttct atagctttcc atccccttgc taaatctaag1140 ttcgatcaaa cggctctaga caatttcact tgtctgccct tgtaccacat agaatatgat1200 tatattttga gcagaccgct agatcaaatt gttcactatc cttcaggtag tgttgatttg1260 acctatgcac actttcac1278 < 210> 539· < 211> 1815 < 212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 539 atgcaaaata ttcttcgaac ttcttcttgc agatatatgt ttttgctggg tattcgttcg60 gtgtggaatc gggtggctgt tgtgaataac tttagaggaa gttcatggaa aattgtagca120 atccccagtt gtatactgtt tactttgata ttccatttac ctagatggct gattgatttt180 ggggtatgta caaatttagc gtgctccttg tcgatcattt tttgggtgtt ttctctacgc240 tcttcagctt cggctcgtat tttcccttct ctccttttgt atctttgtct attgcgactt300 ggcctgaatt tagcctccac ccgatggatt ttatcttctg gatgggcttc tcctttaatt360 tttgcgttag ggaatttctt ttcccttggg agcatcccgg ttgctcttac ggtatgttta420
489 ctcctgtttt tagtgaattt tctcgtcata actaaaggag cagagcgtat tgcggaagtg cgagctcgtt tttcattaga agcgctccca ggtaaacaaa tgtctttaga tgctgatatt gctgctggaa ggatcgggta tagcagagcg tctgttaaaa aaagctctct tttagaagag agtgattact tctccgccat ggagggcgta ttccgctttg taaaaggcga tgcgataatg agttgggtgt tgttaggagt gaatatccta gctgctctgt ttttaggacg agctactcat gttggcgatt tgtggttaac tgtattaggc gatgctttag tgagtcaaat tccagcattg cttacatcgt gtgcagcagc aacgcttata gctaaagttg gggaaaaaga aagtctagcg cagcatctgc tagattatta tgagcagagt cgccagagtt ttctttttat cgctttgatc ctatgtggga tggcttgtat tccaggagct cctaaagctc tgatcctagg tttttcagtt ttattattct tagggtataa gaatccttct tcaggagaga ctcttctctt ccagaaagaa cgggtagagt ttgtattgcc tgatgaggga gtgggaaatc ctgctaattt gtacaaggac gcccgcaatc agatttatca agagttaggc gtagttttcc cggaagctat tgttgtacgt catgtaacag gatcttctcc acgtttaatc ttttctgggc aagaggtcgc tttgagagag ctgtcttgcc cagctatact agaatcgatt aggcagctag ctccagaaac gatcagtgaa cgcttcgtta ctcgcttagt tgatgagttt cgagagcatg cattcttatc gatagaagag atccttccgt taaaaatatc agagaattct ttgattttct tattgagagc tcttgttaga gaacgagtgt ctttgcattt attccctaag attctcgaag ctatagatgt atatggctct caaccaaaga attctcagga attggtagag tgtgtacgaa aatatcttgg gaagcaaatt ggtttatcct tatggaatcg ccaagatgtc ttagaggtaa ttacgataga ctctctggtt gagcagtttg tgagagattc acaagaaaag gttgtgttgg atttaaatga aaaagtagtt gctcaggtga agcatttatt gcgggtaggg gaggggaatt ttcgagctat cgtaacggga tccgaaacaa gaaaagaact gaaacgcata gtggatcctt atttcccaga tttattggtt ttagcacata gcgaacttcc agaagagatc cctaťaactt tqttaggagc ggtgtctgat gaggttttat tatca <210> 540 <211> 519 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 540 atgaaaaagt tcttattact tagcttaatg tctttgtcat ctctacctac atttgcagct aattctacag gcacaattgg aatcgttaat ttacgtcgct gcctagaaga gtctgctctt gggaaaaaag aatctgctga attcgaaaag atgaaaaacc aattctctaa cagcatgggg aagatggagg aagaactgtc ttctatctat tccaagctcc aagacgacga ttacatggaa ggtctatccg agaccgcagc tgccgaatta agaaaaaaat tcgaagatct atctgcagaa tacaacacag ctcaagggca gtattaccaa atattaaacc aaagtaatct caagcgcatg caaaagatta tggaagaagt gaaaaaagct tctgaaactg tgcgtattca agaaggcttg tcagtccttc ttaacgaaga tattgtctta tctatcgata gttcggcaga taaaaccgat gctgttatta aagttcttga tgattctttt caaaataat <210> 541 <211> 1062 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 541 atgtctcaat ccacttattc tcttgaacaa ttagctgatt ttttgaaagt cgagtttcaa ggaaatggag ctactcttct ttccggagtt gaagagatcg aggaagcaaa aacggcacac atcacattct tagataatga aaagtatgct aaacatttaa aatcatcgga agctggcgct atcatcatat ctcgaacaca gtttcaaaaa tatcgagact tgaataaaaa ctttcttatc acttctgagt ctccttccct agtttttcaa'aagtgtttag aattattcat tactcctgtt gactcaggat tcccaggtat tcatccgaca gccgttatcc atccaactgc gattattgaa gatcatgttt gtattgagcc ctatgctgta gtttgtcagc atgctcatgt tggatctgct tgccatattg ggtcaggtag cgtcattgga gcttattcaa ccgttggaga acactcttat atccatcctc gagtagttat tagagaacga gtctctattg ggaaacgagt aattattcaa ccaggagctg ttataggctc ttgtgggttc gggtatgtta ctagtgcttt tggacagcac aaacatttaa aacacctcgg gaaagtcatt attgaagacg acgtagagat cggcgcaaat acaactatcg acagaggccg gtttaaacac agtgttgtgc gtgaaggttc gaaaattgat aatcttgtgc aaattgccca tcaggtggag gtcggtcaac acagcatgat tgtagctcaa gctggaattg caggttctac aaagattggc aatcatgtaa ttatcggtgg acaagccggc
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020 1080
1140
1200
1260 1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740 1800 1815
120
180
240
300
360
420
480
519
120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 '490 ataaccggac atatttgcat tgcagatcat gtcattatga tggctcagac tggcgtcact aaatctatta cttctccagg gatctatggc ggagcgcctg ctcgtccata tcaagaaatt catcgccaag tagccaaagt acgcaacctt ccacgactcg aagaacgtat cgcagcactt gagaaactag tccagaaatt agaagctctc tcagaacaac at <210> 542 <211> 1263 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar <400> 542 atgactgcat caggaggagc tggagggcta ggcagcaccc aaacagtaga cgttgcgcga gcacaagctg ctgcagctac tcaagatgca caagaggtta tcggctctca ggaagcttct gaggcaagta tgctcaaagg atgtgaggat ctcataaatc ctgcagctgc aacccgaatc aaaaaaaaag gagagaagtt tgaatcaťta gaagctcgtc gcaaaccaac agcggataaa gcagaaaaga aatccgagag cacagaggaa aaággcgata ctcctcttga agatcgtttc acagaagatc tttccgaagt ctccggagaa gattttcgag gattgaaaaa ttcgttcgat gatgattctt ctcctgacga aattctcgat gcgctcacaa gtaaattttc tgatcccaca ataaaggatc tagctcttga ttatctaatt caaacagctc cctctgatgg gaaacttaag tccactctca ttcaggcaaa gcatcaactg atgagccaga atcctcaggc gattgttgga >ggacgcaatg ttctgttagc ttcagaaacc tttgcttcca gagcaaatac atctccttca tcgcttcgct ccttatattt ccaagtaacc tcatccccct ctaattgcgc taatttacat scaaatgcttg cttcttactt gccatcagag aaaaccgctg ttatggagtt tctagtaaat. ggcatggtag cagatttaaa atcggagggc ccttccattc ctcctgcaaa attgcaagta tatatgacgg aactaagcaa tctccaagcc ttacactctg taaatagctt ttttgataga aatattggga acttggaaaa tagcttaaag catgaaggac atgcccctat tccatcctta acgacaggaa atttaactaa aaccttctta caattagtag aagataaatt cccttcctct tccaaagctc aaaaggcatt aaatgaactg gtaggcccag atactggtcc tcaaactgaa gttttaaact tattcttccg cgctcttaat ggctgttcgc ctagaatatt ctctggagct gaaaaaaaac agcagctggc atcggttatc acaaatacgc tagatgcgat aaatgcggat aatgaggatt atcctaaacc aggtgacttc ccaCgatctt ccttctctag tacgcctcct catgctccag tacctcaatc tgagattcca acgtcaccta cctcaacaca gcctccatca ccc
900
960
1020
1062
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1263 <210> 543 <211> 693 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar
Mí <400> 543 atgatggagg atgctagaac caggcgtatg attcatagtc gaagagaacg gttactccag actttcatgc tatgagagtc ggattttcca catgctagag ttagaggcat ccaggaactt tgtttatgaa acacatttta ccaaagacta gttgcgatga gttaccctaa aagagttaga ggtggtgtac aaattccacg atcctgaaga aagaaaaagc cgcaagaagt gttgtagttg ttttttagat tgtgaaatgg ttatttacat tttagaggcg tcatattgat ggctcatgag aggagattct tatcgctaga ctatgcatat gctcattgag aacgcaatct tcatcaatct cagttagatt tcgaaggggg atcaaagcct cgtaagttat ttgtggaagc cctagtgaag ttagctgcag gagaaaattc ttcac.agaac atgcttctca ttgtatggct tat taattaťtca agcttactaa ttcctaaata tgttagataa agtttgtgtt cagcaaaagc gagtggctgc gtggattgac atgaagaagc aagatgacgc ttttagattc aaataagcat agagcaatta tttatctgcg cttgatggat tgctctagga gaaagtagct tttgtattct tgagtacttt ggatgtgcgg tgataaagtg ttttttggat
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
693 <210> 544 <211> 729 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 544 atgaaaataa ctccgatcaa aacacgtaaa ttgcaagagg ctttgccgcc tctgcaagaa gtatttgcac atgattcgct tcaagagatc cggagtgtgg tagttgtctc ttcaaagatt
120
-491
gtgagtttat gtgaaggcgc tgtcgctgat gcaagaatgt gcaaagcaga gctgataaaa aaagaagcgg atgcttattt gttttgtgag aaaagcggga tatatctaac gaaaaaagaa ggtattttga ttccttctgc agggattgat gaatcgaata cggaccagcc ttttgtttta tatcctaaag atattttggg atcgtgtaat cgcatcggag aatggttaag aaattatttt cgagtgaaag agctaggcgt aatcattaca gatagccata ctactccaat gcggcgtgga gtactgggta tcgggctgtg ttggtatgga ttttctccat tacacaacta tataggatcg ctagattgtt tcggtcgtcc cttacagatg acgcaaagta atcttgtaga tgccttagca gttgcggctg ttgtttgtat gggagagggg aatgagcaaa caccgttagc ggtgatagag caggcaccta atatggtcta ccattcacat cctacttctc gagaagagta ttgttctttg cgcatagatg aaacagagga cttatacgga ccttttttgc aagcggttac gtggagtcaa gaaaagaaa < 210> 545 ' < 211> 1149 < 212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 545 atgcttccac atcagcagaa cagcagttct gaacgtgccc gtcatcacga atctcgctca catcggcatt cctcatcatc aagacatcat gttacgcgat ctcaatcaag cgcactccct caattgcaag agcgtcctgt gcctcatcca cttgcagaaa gagaattgat tatattccat tccgtacatc agcagcagaa taataatcct ctaagaatga tttgcgatac cattcgccaa gctcaaagag ggatatttat gcgcatttac accaťatcat ctgatgacat tatccaatct ctaattcaga cttcgcacca tgttcctgta gaagtcaaat accattgcgg agaaagctta cctgtagcat gtcaaaactc gagagtcgtc ttgcgtctga ctaacggaag aaccctccaa cataaaaaaa ctatgttggc tgatttccaa acagtagtta caggatcagc caactacacg gacttgtctc tcaatcacga tgccaacgtg acggcatgta tagaaagttc agaattacat gacgcagtct tttctgaaag accccaactg gttcatgtcg gacctcagct gctcaattac attcctatcc agcgtttgat tcctaatgca gcatcaaaaa tgattttgaa tgcaattaac caagcaacgg acagtatttt tgtcttgatg tatatcttct taagcccaga attcttctta gctcttgccc aagctatgcg aagaggagtt cgagtaaaag taatcatcga caaccattcc aaacaagata catgcaaact actgagcaaa ttgggtatcc aacttcctat ttacgaaaga aaaacggaag gcgttctcca tactaagatt tgttgcatcg acaataaaac tctaatcttt ggctctgcta actggagcgg tgctggtatg attaaaaact ttgaagacct attcatcctt cgcccaatta cagagacaca gcttcaggcc tttatggacg tctggtctct tctagaaaca aatagctcct atctgtcccc agagagcgtg cttacggctc ctactccttc aagtagacct actcaacaag atacagattc tgatgacgaa caaccgagta ccagccagca agatatccgt atgagaaaa <210> 546 <211> 579 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
729
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
114 9 <400> 546
ttgtggtttt ttttaggctc tccgtcagcg attactaatt ttagcagggt agatgtggct 60
ttaaacctaá gaataaatag gcagatacga gctcctaggg tacgtgtaat aggttccgca 120
ggagagcagc taggcatatt gagtataaaa gaggccctag atttagccaa ggaagctaat 180
ttagaccttg ttgaggttgc ttcaaactca gagcctcccg tgtgcaaaat catggactat 240
gggaagtatc gttacgacgt aactaaaaaa gaaaaagata gtaagaaagc acagcaccaa 300
gtacgtatca aagaggttaa gcttaagcct aatatcgatg ataacgactt tcttacgaaa 360
gcaaagcaag ctagagcctt tattgagaaa ggaaataaag taaaggtttc ttgtatgttt 420
cgggggcgag agttggctta tcccgaacac gggtataagg ttattcaaag aatgtgtcag 480
ggcttagagg acataggttt tgttgagtca gagcctaaac tgaatggccg ttctttgatc 540
tgtgttattg ctccgggaac actaaaaact aagaaaaaa 579
<210> 547 <211> 3159 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar •492 <400> 547 atgtttacaa aatggaatgt cgagacactc cgctcgataa gttactgtag gatgttgctc tggcaaagcc atttccgccg agttctgtgc tgttgtcctc caactaatgg cgcgctcgtg gaagctgttg ttggctcatt accgatatgg tgtattatgg gagctcttac ttagaacaag ctgaatgctg tctcgagatc caccacgaag ttggcattga acattccgat ttaagctctt gctgataacg cgtgcaacag attaaggtga gtatgcgtct aatacagggg cttttcttca ccgggattac aaggttgata aaaatgctca aacatccgtt attttgttaa gttcaacata gcagtccgta gaggcgaact tataagctag gagttgattt tacagctctt ttgttagcga tgggaaccta atagctccga tacaaacatt ttaattgaga tattttgatg ttgacagctt tggattgata tcgaatatgt tcatcagcaa cgttggatga cctgtctgtt ggatagttat ttgttccttt gcagaattga cgcatcaggt agcgtatcca gcgattatat tatccgttgt ctttggaaaa gagaggaaat aacaggatag ttgttgggca ttcgtgataa aggtgctcag tagcgcgcgc ctttcgcaaa cggctcgtgc ttgacgttgt cacatcgcga aactgaaaca tacagttttc gttgccgttt atgagcaaga atacaccagc gctatctttc ctatgctatc gggctttaat caaatgatac atttagaagt atgagcgtcg aacgtttaca acgatgctta ccggagagat gcatgctttt cggctcaaga actgctcgga tcgtagggga tgttggataa ttgctcaccg atataagcta cttactatgc ataaaggatc actatcgagg tccgtagttt cagcgacgat tgtttgtgaa agttgaagaa ggtctttatt ttgagattga tggggcaatc atttaacggc cgaccgttga agaataagtc ctttggaaga ggtcgatcta cgatcggaac tgatcatatg agttaaagaa agatatggtt tgtctatcgc tcgtcgttgt agctttccga caatgctttg acgcattgat ttatgctgtt cagagaagag taaagacggt ttgtagtcgt tttctattcc caatattgaa atataaggaa tcatttcaaa tctttttgat ttacatgggt agaaactccc caagacttct tacgccaacc cactgtacaa taagtgggca taaaggaacc agcagtcgca ttggcacctc acgggctcat gcaaaaaggg tggggaagaa tcggttattc tgaaacggga tcataaaggc gacagaaact tgggttagat cgtgattgat cgctattgga tgcttcgcaa gattcaagct gaaatgggat agaagcaaat ggttaaagag ctccaacatt gtctaatttg attaggtatč ggaaatcgag accagaatgg cctcaacctt ttggaaaaaa aaaatctttt tgcttcggca agggtgtgaa caagaaaagc cgtatttttc cctttgcctg gttgtgcaaa gaaagccaac gatgaccgta gggactgttg gctaccgata acgcaaaaca atcgagaaga gcaaagaact gacgggagta tctacctata tttccagaaa ggtatcaaag aaggagcctg gcgttaggga cgctacatcg ttagacgcgt attcaaaatc caaatttttt tgggctatta ttgttcaatt gataatttgg ggagggatag aatggaagaa gtgaatcaag gactacgaag gatgtcaata acatggactc tttgagcgtt aagaaggtag cacccatgga gtggtgcgtt gctgtttgta gaggaaaaac attaactttt ttaggggtga gaagctgtag tcttgtctgc agaggtttgc ctccagatgg catggtatgc ataggagtaa tccggagaat tgggatgctg cgtataccag attatcgaat tatcttgccc ggtttgaaaa gtagatatta ggaattattg gcatgtcag aatgcacaat aggctttaga aagatctgga agattacaga tatatgtgaa aagcgcatcg tacactttaa agactgaggg ttgtcgcgga ttcaagatat atattcttta cagaaaagac caatgacgca cgacagatgc agtctgaagt attatgcctt aatcgaaata cagaagggga tagccgatgc tgtatgatcg ggatgcgcgt ctttttataa caggtatgcg tcaatatcta gtaatgattg gtcagggagt gtggtaaacg atttccttga tagctagctg tattcagccc tgtacgaaga aagctgaaga tgacttttaa gttccaatct atttaggatc tctctgagac atccaacaaa tgggattcca aatttgctga tcgctaaaga tccctattga atacgtcatc gacattgtca ctcaatctat tcacgattcc atatgttaga atcacttaaa gcgcgtctcg agccagacgg ctacgtatta ataagagagg ttgaaagagc tgttaagcgc agcagctttt aagttccata tggacaagtg tggtttgcaa gaaaaaatct tcctatgaaa gatgactccá aatagaagaa tgttgaacag tcgagaagct tatagcagaa ttcgcagttg ggcgctgctt agtactggcc tgttgctgca tgctgaggat tacctatcgt tatggatcta ttattttaat tgctatgggg tttgctttcg gcattctcag taaggtcatt gacggcgatt aattcctttt caagggagct attgagaaag gattccagat; agatgatgtt atatgagcgg tctgtggaga agatccatcc gtgtacggag gattaactta gatctctata ggaagctaaa agatgccttg ctacagttca acgaggcact tacgattcag aagaaaagat gcttatggct tgagccaacg aaatgtgtat tgacctgaaa acatattttc aagacaaaaa gaaaaaactg tctgagatct aattcagcct gaagaaagca
120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960
1020 1080 1140 .1200
1260 1320 1380 J.440 1500 1560 1620 1680 1740 1800 1860 1920 1980 2040 2100 2160 2220 2280 2340 2400 2460 2520 2580 2640 2700 2760 2820 2880 2940 3000 3060 3120 3159 <210> 548 <211> 1038 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <4 00>· 54 8
493
atgcaagcag atattttaga tggaaaacag aaacgcgtta atctaaatag caagcgtcta gtgaactgca accaggtcga tgtcaaccaa cttgttccta ttaagtacaa atgggcttgg gaacattatt tgaatggctg cgcaaataac tggctcccta cagagatccc catggggaaa gacatcgaat tatggaagtc ggatcgtctt tctgaagatg agcggcgagt cattcttttg aatttaggtt ttttcagcac cgcagagagc ttggttggga ataatattgt tctagcaatt tttaaacatg taactaatcc ggaagcgaga caatatcttt taagacaagc ttttgaagaa gcggttcaca cgcacacatt tttgtatatt tgtgagtcac teggattaga cgagaaagaa attttcaatg cctataacga gcgtgctgcg attaaggcca aagatgattt ccagatggaa atcactggca aggtattaga tcctaatttt cgcacggact ctgttgaggg tctacaggag tttgttaaaa acttagtagg atactacatc attatggaag ggattttctt ctatagtggg tttgtgatga tcctttcctt ccacagacaa aataagatga ttggtattgg agaacaatat caatacatct taagagatga gacaatccac ttgaactttg gtattgattt gatcaacggg ataaaagaag agaacccgga gatttggact ccagagttac agcaagaaat tgtcgaatta attaagcgag ctgtcgattt agaaattgag tatgcgcaag actgtctccc tagagggatt ttgggattga gagcttcgat gttcatcgat tatgtgcagc atattgcaga ccgtcgtttg gaaagaatcg gattaaaacc .tatttatcat acgaaaaacc cattcccttg gatgagcgaa acaatagacc ttaataaaga gaaaaacttc tttgaaacaa gggttataga atatcaacat gcagcaagct taacttgg <210> 549 <211> 978 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar ' <400> 549 atgtcttttt ttcatactag aaaatataag cttatcctca gaggactctt gtgtttagca ggctgtttct taatgaacag ctgttcctct agtcgaggaa atcaacccgc tgatgaaagc atctatgtct tgtctatgaa tcgcatgatt tgtgattgcg tgtctcgcat aactggggat cgagtcaaga atattgttct gattgatgga gcgattgatc ctcattcatá tgagatggtg aagggggatg aagaccgaat ggctatgagc cagctgattt tttgcaatgg tttaggttta gagcattcag ctagtttacg taaacattta gagggtaacc caaaagtcgt tgatttaggt caacgtttgc ttaacaaaaa ctgttttgat cttctgagtg aagaaggatt ccctgaccca catatttgga cggatatgag agtatggggt gctgctgtaa aagagatggc tgcqgcatta attcaacaat ttcctcaata tgaagaagat tttcaaaaga atgcggatca gatcttatca gagatggagg aacttgatcg ttgggcagcg cgttctctct ctacgattcc tgaaaaaaat cgctatttag tcacaggcca caatgcgttc agttacttta ctcgtcggta tctatcctct gatgcggaga gagtgtctgg ggagtggaga tcgcgttgca tttctccaga agggttgtct cctgaggctc agattagtat ccgagatatt atgcgtgtag tggagtatat ctctgcaaac gatgtagaag ttgtcttttt agaggatacc ttaaatcaag atgctttgag aaagattgtt tcttgctcta agagcggaca aaagattcgt ctcgctaagt ctcctttata tagcgataat gtctgtgata actattttag cacgttccag cacaatgttc gcacaattac agaagaattq ggagggactg ttcttgaa <210> 550 <211> 438 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 550 atgcaaaatc aatttgaaca actccttact gaattaggga ctcaaatcaa cagccctctt actcctgatt ccaataatgc ctgtatagtt cgctttggat acaacaatgt tgctgtacaa attgaagagg atggtaattc aggattttta gttgctggag tcatgcttgg aaaacttcca gagaatacct ttagacaaaa aattttcaaa gctgctttgt ctatcaatgg atctccgcaa tctaatatta aaggcactct aggatacggt gaaatctcta accaactcta tctctgtgat cggcttaaca tgacctatct aaatggagaa aagctcgccc gttacttagt tcttttttcg cagcatgcca atatctggat gcaatctatc tcaaaaggag cacttccaga tttacatgct ctaggtatgt atcacctg < 210> 551 < 211> 1581 <212>DNA
120
180
240
300
360 420
480 54 0
600
660 720
780
840
900
960
1020
1038
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
978
120
180
240
300
360
420
438
494 <213> C. Trachomatis D serovar <400> 551 atgccgtcat tatcccaatc ccgacgtatc atccagcaat cttccattcg aaagatttgg aatcagatag atacttctcc taagcatggc gtatgcgtac cgttattttc tctctatact caagaaagtt gtgggatagg tgaatttctt gacctgattc ctatgatcga ttggtgtatc tcgtgtggtt ttcaaatcct tcaaattctt ccgattaacg atacagggtc ctgttcgagt ccttacaata gcatttcttc gatagcactc aatcctcttc acctttctat ctctgcgctc ccctataaag aagaagtgcc agctgcggaa acacgcatac gagaaatgca gcaactctct caacttcctc aagtacatta tgaaaaagtt cgctctatga agagagattt ttttcaagag tactaccgcg tgtgtaaaca gaaaaaactc actgatcatc ctgattttta tgccttctgt gaacaggaaa aatattggtt acatccctac gctctctttc gctctatccg agaacatttg gataaccttc ctattaatca ttggccaacc acctacacag atctctccca gattaccgag catgaacgta cttttgcgga agatatacaa tttcactctt atctacagta tttgtgcttc caacagatga cacaagtgcg ggagcatgcc aattgcaaaa gctgtctcat caaaggggat atccctattc taatcagtaa agatagctgc gatgtctggt tttataggca ttacttttcc tcttcagaat ctgtaggtgc tcctcctgac ctgtaťaatg cggaaggtca gaactggcat ctccccattt gtaatatgaa aactttgcaa caagataacť acctctggtg gaaggagcgc ttacgttatg cggagaattt ttactcttta taccgtcttg atcatgtcgt cggtctcttt cgattttggg tatgggatga gtctggatgc ggacgctttg aacctcatga tccgaaaaac tatctagctc aagggcaaga tatcttatct cacctcttga ccagttcatc tatgctacct ataggagaag atctgggaac gatcccttcc gatgtgaaac gtatgctcga gtcttttgcc gtatgcggca ctagaattcc tcgttgggaa cgaaáctggg aggggaatgg agcctatacc cctttcgatc aatacgaccc tctatccgtc acaagcctct ctactcatga ttcctctaca ttagcctcat ggtggaaaga atctcctcag gaatccaaac tatttgctca gtttttagga ctcccctatt cttccaccct atctcttcac aatcataccg aaatcctgaa actctctcac aaaacctctt ctatttttcg catcaatctt attaatgact atctggctct gttcccggat ttgatatcaa aaactcctcg ctacgaaaga atcaatctgc caggaactat ttcaaaaaat aattgggtgt atcgagttaa gccttctatt gaagatttat cctctcattc taagctaaat tctttacttg aggctctatt t <210> 552 <211> 1950 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 552 atgaccatcc ctattcatga gaataaatat tccatgatct ccttcacacg cacgataggt tttcgtttat ggcttatctg tgtggccgct attatgttcc ccttagggat caatatcttg caattgaacc ttcagcaata caagaaaaca ctctcctcta tcacttccga tctgcgagaa aatgctttat ttaaagctca cactttacaa caaactattc ctttaaatat tgatatcctg gctctctttt cagaaatttt tgatctagac agaggagtcc ctgctgaacc ggatcttgct ctaagtaaag aaatggagaa gatctttcac tccacttata aagagatttc tctagtaaaa aaagaggctg atgggaactt tagagtcgtt gcttctagcc gcatcgaaca acttggtaaa aactataacc aagagatttt cctatcagat tctcaaccat ttctcgctac tttgcgacat tccggttccg attctcaggt tctggctgtc ttacaaacga atatttttga tatcagctct caagaagtcc ttggcgtact ctataccctt tcggatacca actatttatt aaatggatta cttgcagcta aagatcctct ctccgtaaaa actgcaattc tctctaaaaa tggcatcatt cttcaagcaa cagattcctc tttagatctt gtatcgatac acaaaacggt ttctaaagag caattttgtg atgttttcct tcgcgatgat atctgccccc' ctcatctctt actacgcccc cctttaaatc tcgatcctct tccttatggc gagaatttcg tttcattttg cattgggaac acagaaatgt ggggatatat ccactctcta cctgagatgg atttccgtat attgacttat gaagaaaaat ctataatttt tgcttcttta tggcgacgaa ccttactgta ctttgcttat ttttgttgcg tacttttagg aagcattaca gcttttttag ttgcaaaacg cctatccaag cctatccgga agctggctac ggccatgatg gaaactcgtc gcaatcaaca ccatccatat gaacccgatt ctctgggctt tgaaattaat catctaggág aaatctttaa ctccatggtg caaagccttt tgcaacagca atctttagca gaaaaaaatt tcgagatcaa acagcatgca caaaatgcat tacgactagg agaagaagct caacaatgcc tgcttcctaa ccagctgcct gattccccaa ctacagaaat cgctaaagcc tatattcctg caattacggt aggaggagat ttctttgata tctttgttat aggcgaaggt ccccaagcta aactctttct aatcgttgct gatgcttccg ggaaaggagt caatgcgtgc gcctactcct tattcctgaa aaacatgtta
120
180
240
300
360 '420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1581
120 180 240
300 360
420 480
540 600 660
720 780
840 900
960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1440
495
Mí catacctttt ttctatcaac tacgcaacac cctaatggag gttcctcctc accgatgggg aaagcattag ttctctatta ttgaaaatac tgagtgagct agacagctga gagaactaga atatctcttt accctgctta tgactgaagc tggcttcgtt agtcttttgt ctaaggaacc ctcctctatt atctgggatg atactattct cctgtcgcat cactctcgtt aagcaataag gacgaaacaa gaaagattgc ttccgcttat caagaagccg ttcaacaaac agctgctctc tttgtaacac tatgcattta ttgttatcat tgtggccaca acccagcgtg tctccgagct cctggtatgg ccttaggatt tttacctgaa cttgaagagg agtctctttt agtgctctat catggagaga tgtttggaga agaacgctta agtgccgaag aagccatcca atctatcatg ccacaacatg acgatatcac tttactcgtt
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1950 < 210> 553 <211> 939 < 212> DNA < 213> Č. Trachomatis D serovar <400> 553 atgctcagct actctaacgt aacatccttt ttattcaccc cttatctaca attcťtggac gcagctttct tcagtacccg tgtctaccca gcaattactc aaaaaagatt aaacacattt actttaatga tggttcattt tacggggcct ccacaaattc acataaagag tttttattat cgtcagaaac agtatcttat aagatcgtac ttgaaagctt ataaaaaaag cctttgttat tagcttgctg ctatggcatt acgtcttatt tgccctacgc ctggaacctt gcagtattaa ttttcatgct gttattctta gcggctgttg taagacgatc tttagcacta ctatttgaaa tgtgatcagt gtgtttatcc ctgcggccga aggagccttt gggaaatttc cattactcag agcttacgct tttattccct ctctatagaa acaaagagac aacttcactt tgggaaagaa tttaatttgc cccggagatc ttaaagaatc tgtctgctaa attattgctg ctcttcggag actattttct ttacaatatg tctcacacct ctaacctgtg aaaggacttt gtgatttcgt aaccttttct taccctatca tgttgcgacc cgttcťaaa tttctttatg cttttaatga gttacgggtt cactagattt ccgctcttcc gcattactct tttcttctgt tttttgctat tattgčcctc cctctgtttc ctccttttaa actcagcttt gcatccccgg ccttaggact ttctgcaagc ggtagtagtg tgaaaacgga agataagcct cggggaatct atcttccgct tggaattctg gattcagata aaaatattct aatagcttta cgccaattta ggtgttaata tcttataaca tcttgggaaa ttctgtgttt gtggatagat
120 180
240
300
360
420
480
540
600
660 7 20 780 840
900
939 <210>
<211>
<212>
<213>
554
3711
DNA
C. Trachomatis D serovar <400> 554 ttgacctgga atcaagaagt cacgggaatt cctatcatcg cgaaaaagcc aacctttgtt gatagagatc ggatcggttg tatcaagatc gaaaaagttg aaacaactca gttgctacaa ctcaatgttc cctaaacgca gagctatttg cacctagagc aaaaaaggat ctttgcgagc aaattccctg attattatct gcaaaagatc cttttccttc ttccattaca ttgttgccaa tgtttggcgc ggtgtgagct gagttgccaa tgctctcctc ttttgagcca ctcaagctgc tgtttcaaga ctctatttga aagtaaatga atgatattca agtctagaga aaacctatcc cagcacatcc ttgattttga cctacacaga aaggattaac gggaagaccc ccaaagggat atgggattcc tggggattac ttgccactct agcagtggaa ggtcgaattt atacgtcgca ccatctcatc tcttgcttac acactccaaa attggaatct agactttttc agaaacttgg agctgtttta ctatttgaat gcctattcgg tagtagggaa agagactatt aaccaaacac agaggagcgc cagcaaatac tcttacgctg gtgcgattac tgttggcccc tgaaatagaa cagtattcca tatcaaattc tataagacct ccctcttctc cttctttgta acagaaggtt ggacttatct gaagaagatt agtgaagtac ttaaaacaaa gctacttcta ccggacgatt acagctaaac ttttatttta accaatacgt tatcctatct tacaaagcat acacccgagc gttaaagaac ttgctcattg ggtcgaggct ccgattcgct tcttggatgc ccgcgctcgc gtaaacaaaa gtttcgataa aagatgaaga tttactatgt gcttatcagc tagaaaaaga aactccacaa actactatca aacgccttgg ggctcgctca aaaatactta aatcccctca gtatcgttgc acgtcccaga cctcagcctt ttctaggaca gtctcaaatt tctgggatat ctggagcggg tcgacctttt aacatgctca tcttaccgat cgcgattaaa aaaaaaagaa agggtatcgc gcctcgcata ctgtttatcc tcttttatgg atcctcagaa attcattgag tattccttca tgaaatttta cattcccaat agagatcgca cgagcgctgc agctttacaa. cttagaagaa cattgcaaag ggaatcctct tattaactgg ctctgtcatg cttcgaacgt
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020 1080
1140 1200
1260
1320
496 .
ttcatcaacc cggaacggat atcgtatccc gatatcgata tcgatatctg tatgattggc1380 agagagcgcg ttattaacta tgctatagaa cgtcatggta aagataatgt agcccaaatt1440 attacatttg gcaccatgaa agccaaaatg gctattaagg atgtgggtag aactttagat1500 acccccttag ctaaagtgaa cttcatcgcg aaacatattc ccgatcttaa tgctaccatt1560 acttcggcat tagaggctga tccagaatta aggcaactgt atgtagatga cgctgaagct1620 gcagaagtta ttgatatggc taaaaaacta gagggatcta tccgcaatac tggagtgcat1680 gctgcgggag tgattatctg tggagatcct ctcactaacc atatcccgat ttgtgtccct1740 aaagactcat ccatgatttc tactcagtac tcaatgaagc cagtagaaag cgttggcatg1800 cttaaagtgg attttttggg tctaaaaacc ttaaccggca ttcacatcgc cacacaggcg1860 atctataaaa aaacaggcat tctactccgg gctgccacga ttcctctaga tgaccagaat1920 actttctctc ttcttcatca aggtaaaacc atggggatct tccaaatgga atctcgtggc1980atgcaagacc ttgctaaaaa cttacgccca gatgcgtttg aagaaattat agcgatcgga2040 gccctctatc gccctggccc tatggatatg atcccatcat ttatcaatag gaagcatggt2100 aaagagaata ttgaatacga ccatcctctc atggaaccta ttctaaaaga aacttttgga2160 attatggttt accaagaaca agtcatgcag attgccggtt cattagcaaa atactctttg -2220 ggagaagggg atgttttacg ccgcgctatg gggaaaaaag accatgaaca gatggtcaag2280 gaacgagaga aattttgttc aagagccgca gcgaatggca tcgacccttc catagcaacg2340 actatcttcg ataagatgga aaagtttgct tcctatggat ttaataagtc ccatgccgca2400 gcttacggtc ttataaccta cacaacagca tatcttaaag ccaactaccc caaagaatgg2460 cttgccgccc ttctcacttg cgattatgac gatattgaga aagttgggaa gctaattcaa2520 gaagctcaca gtatgaacat tctcgttctg cctcctgata ttaatgagtc tggacaagat2580 tttgaagcca ctcagaaagg gattcgcttt tctctaggag ctgtcaaagg cgttggaatg2640 agcattgtgg atagtattgt tgaagagaga gaaaaaaacg gcccctataa aagtctgcag2700 gatttcgttc aacgcgcaga ttttaaaaaa gtcactaaga aacagcttga aaatttggtg2760 gatgcaggaa cctttgactg cttcgaacct aataaagatc ttgcgctggc aatccttaat '2820.
gacctttacg acacgttctc tagagaaaaa aaagaagctg ctacaggagt cctaaccttt2880 ttttcactag atagcatggc tagagatcct gttaaaatta ctgtctctcc tgaaaatgtt2940 atccaacgct ctcctaagga gttgttgaaa agagaaaaag aattacttgg agtatatttg3000 actgcccatc ctatggatgc tgttgaacac atgctccctt tcttatctgt agtcccagct3060 cgagattttg aaggactccc tcatggaacc attattcgta cagtctttct aatcgataaa3120 gtcactacta aaatttcctc tgcagagcag aaaaaatttg cacttttaca agtcagcgat3180 gaagtcgatt catatgaact tccaatctgg gccgatatgt acgccgaata ccgtgatcta3240 ttggaagaag atcgtcttat ttatgccatt ttggctatag atcgacgtag tgattccttg3300 cgtctatctt gtcggtggat gcgagactta tctaccgtta atgattcagt aattgcggaa3360 tgcgacgaag tctatgatcg actgaaaagt cagaaagtat actcttcaac gaaaaaatca3420 accggagccc agtcctcagc aatgataaag aaagtagaga ctagagagat ctctcccgta3480 accatctctt tagatttaaa taaattacgc catagccact tatttattct caaagggctg3540 atacgcaaat attctggatc tcaagcactc tctcttgtat tcacaaaaga taatcagcgg3600 ttcgcctcta tctctccaga tgcagatttt ttcgtaacag atgatatctc ttctcttctt3660 caagaaattg aagcaaccaa tatccctgct cgcgttctag ccactacagt a3711 <210> 555 <211> 1689 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 555 .
atggtttatt ttagagctca tcaacctagg catacgccta aaacatttcc tttggaagtt60 caccattcgt tctccgataa gcatcctcaa attgctaaag ctatgcggat tacggggata120 gccctcgcag ctctatctct gctcgctgta gtcgcctgcg ttattgccgt ctctgcggga180 ggagctgcca ttcctcttgc tgtcattagt ggaattgctg taatgtctgg cctcttatcc240 gctgccacca ttatctgttc tgcaaaaaag gctttggctc aacgaaaaca aaaacaacta300 gaagagtcgc ttccgttaga taatgcgacc gagcatgtga gttacctgac ctcagacacc360 tcttatttta atcaatggga atccttaggt gctctaaata agcagttgtc tcagattgac420 ttaactattc aagctcccga aaaaaaacta ttaaaagaag ttcttggttc cagatacgat480 tccattaatc actccatcga agagatctcc gatcgcttta cgaaaatgct ctctcttctt540 cgattaagag aacattttta tcgaggagaa gagcgttatg ccccctattt aagccctcct600 ctacttaaca agaatcgttt gctgacccaa atcacatcca atatgattag gatgctacca660 aaatccggtg gtgttttttc cctcaaagcc aatacactaa gtcatgccag ccgcacacta720 tatacagtat taaaagtcgc tttatcctta ggagttctcg ctggagtcgc tgctcttatc780 atctttcttc cccctagcct gccttttatc gctgttatag· gagtatcttc cttagcattg840
497
gggatggcat ctttccttat gattcggggc attaagtatt tgctcgaaca ttctcctctg 900
aatagaaagc aactagctaa agatattcaa aaaaccattg gcccagatgt cttggcctct 960
atggttcatt accagcatca attactatca catctacatg aaactctatt agatgaagcc 1020
atcacagcta gatggagcga gcccttcttt attgaacacg ctaatcttaa ggcaaaaatt 1080
gaagatttga caaaacaata tgatatattg aacgcagcct ttaataaatc tttacaacaa 1140
gatgaggcgc tccgttctca attagagaaa cgagcttact tattcccaat tcctaataac 1200
gacgaaaatg ctaaaactaa agaatcgcag cttctagact cagaaaatga ttcaaattct 1260
gaatttcagg agattataaa taaaggacta gaagctgcca ataaacgacg agctgacgct 1320
aagtcaaaat tctatacgga agacgaaacc tctgacaaaa tattctctat atggaaaccc 1380
acaaagaact tggcattaga agatttgtgg agagtgcatg aagcttgcaa tgaagagcaa 1440
caagctctcc tcttagaaga ttatatgagt tataaaacct cagaatgtca agctgcactc 1500
caaaaagtga gtcaagaact gaaggcggca caaaaatcat tcgcagtcct agaaaagcat 1560
gctctagaca gatcttatga atccagtgta gccacgatgg atttagctag agcgaatcaa 1620
gaaacacacc gataatcac ggcttctgaa catcctctct gaattacaac aactagcaca atacctgtta 1680 1689
<210> 556 <2H> 5253 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 556 atgaaatggc tgtcagctac tgcggtgttt gctgctgttc tcccctcagt ttcagggttt60 gcttcccag aacctaaaga attaaatttc tctcgcgtag gaacttcttc ctctaccact120 tttactgaaa cagttggaga agctggggca gaatatatcg tctctggtaa cgcatctttc180 acaaaattta ccaacattcc tactaccgat acaacaactc Ccacgaactc aaactcctct240 agctctaacg gagagactgc ttccgtttct gaggatagtg actctacaac aacgactcct300 gatcctaaag gtggcggcgc cttttataac gcgcactccg gagttttatc ctttatgaca360 cgatcaggaa cagaaggttc cttaactctg tctgagataa aaataactgg tgaaggcggt420 gctatcttct ctcaaggaga gctgctattt acagatctga caggtctaac catccaaaat480 aacttatccc agctatccgg aggagcgatt tttggagaat ctacaatctc cctatcaggg540 a actaaag cgactttctc ctccaactct gcagaagttc ctgctcctgt taagaaacct600 acagaaccta aagctcaaac agcaagcgaa acgtcgggtt ctagtagttc tagcggaaat660 ga tcggtgt cttcccccag ttccagtaga gctgaacccg cagcagctaa tcttcaaagt720 cactttattt gtgctacagc tactcctgct gctcaaaccg atacagaaac atcaactccc780 tctcataagc caggatctgg gggagctatc tatgctaaag gcgaccttac tatcgcagac840 ctcaagagg tactattctc aataaataaa gctactaaag atggaggagc gatctttgct900 gagaaagatg tttctttcga gaatattaca tcattaaaag tacaaactaa cggtgctgaa960 gaaaagggag gagctatcta tgctaaaggt gacctctcaa ttcaatcttc taaacagagt1020 ctttttaatt ctaactacag taaacaaggt ggtggggctc tatatgttga aggagatata1080 aacttccaag atcttgaaga aattcgcatt aagtacaata aagctggaac gttcgaaaca1140 aaaaaaatca ctttaccaaa agctcaagca tctgcaggaa atgcagatgc ttgggcctct1200 tcctctcctc aatctggttc tggagcaact acagtctcca actcaggaga ctctagctct1260 ggctcagact cggatacctc agaaacagtt ccagccacag ctaaaggcgg tgggctttat1320 actgataaga atctttcgat tactaacatc acaggaatta tcgaaattgc aaataacaaa1380 gcgacagatg ttggaggtgg tgcttacgta aaaggaaccc ttacttgtga aaactctcac1440 cgtctacaat ttttgaaaaa ctcttccgat aaacaaggtg gaggaatcta cggagaagac1500 aacatcaccc tatctaattt gacagggaag actctattcc aagagaatac tgccaaagaa1560 gagggcggtg gactcttcat aaaaggtaca gataaagctc ttacaatgac aggactggat1620 agtttctgtt taattaataa cacatcagaa aaacatggtg gtggagcctt tgttaccaaa1680 gaaa ctctc agacttacac ctctgatgtg gaaacaattc caggaatcac gcctgtacat1740 ggtgaaacag tcattactgg caataaatct acaggaggta atggtggagg cgtgtgtaca1800 aaacgtcttg ccttatctaa ccttcaaagc atttctatat ccgggaattc tgcagctgaa1860 aatggtggtg gagcccacac atgcccagat agcttcccaa cggcggatac tgcagaacag1920 cccgcagcag cttctgccgc gacgtctact cccgagtctg ccccagtggt ctcaactgct1980 ctaagcacac cttcatcttc taccgtctct tcattaacct tactagcagc ctcttcacaa2040 gcctctcctg caacctctaa taaggaaact caagatccta atgctgatac agacttattg2100 atcgattatg tagttgatac gactatcagc aaaaacactg ctaagaaagg cggtggaatc2160 tatgctaaaa aagccaagat gtcccgcata gaccaactga atatctctga gaactccgct2220 acagagatag gtggaggtat ctgctgtaaa gaatctttag aactagatgc cctagtctcc2280 ttatctgtaa cagagaacct tgttgggaaa gaaggtggag- gcttacatgc taaaactgta2340
498 aatatttcta acaggagtcg gcagcagccg atctatggag caagctatcg gccaaaacct aacagtgtct tcccctactg acaccaaaga ggagccattg gctgatttag ggatctcaaa agaaaccaag aatattacct gatgctacga caagctagtt tttggagatc tcttctggaa gctagcaagt aagactatta aacgtttatg attgtgttct cacaacggaa aaagaagggt aacggagctc gcaggggaaa ggaggaagcg ccttcaggtt gaccttactt ctagatgtac actttatctg aatccacaaa tacataccta attgttgtga gcttacaata ctttccgaag agacaagatt aaaaaaatgc ggaggtaaat atacaaggag atccatgaaa tctatggaté cttgagtatt ttcgatgatt atcatgaact tacagaaata atctgcggag ggtcccttct caaatgacta atctgaaatc caacaacagc taccatcatc aaaaggttac ataacaatcc ctttgtctat ccactgggaa ttacattgaa cttcttctga cagggacagc gagctgcaat atagcattac ctaataaacg tcaatcaaaa ttgagtcttt ctgcaacatc caggaaccac acattacttt tttgtagtat gctttttcga aaactttaga cttctgaatt ctttagttct ctaaattaat tagttatcaa tcttctctcc gggtcagcag ctgccgcaac taatagatcc cactaattaa gggatctttt cagggaaact gggataatca agcaagggct acttctgggt aattcagtta ttatcctagg ataattactt tcctgtattt tcgtgtccta gaaataaagg ttaaagaacc ccagcattcg gtgcttacag gtaatattct atcctgtctg tgccaactag ggactctcta gctgcggtgc aggcttctct ttcagcacct tccagcaaca attctctcaa ctcccaatca tggatcttcc atctcaaaca ttgtcctgcg agatggatcc cattacccta aggaactcta agaaaaaatt tggagcgatt tacatccact aggatctgtt tggacaaaat tcaatcgtct tagcaacaac tgcaggatac ttgtgtgcac tattaataaa acatgaaaac taaagagaaa tatgaaaccc tgggttaacg tccagaatta tagtatacca tactccaact taatggaaac gcttccgact ccctcagaaa tcaagccaga tttttatgcg tatcaacaac ttcaggagta ctacagccgc agctgcattt ccataagggc cttgctcaat tggacatatt agattgggaa ttctaaagat ccagaaacag aaatctgtcg tatgtataat taaatatcgg aacctctgct cggaaactat tcgcatgatc ttctcgaaca gctgcagctg ccaacttatt tgtagcggga tcgttgaacg gatgctggaa acagggcaaa acattctcta tcaggaaatt tctggagtct gcta.atgcaa actttagaaa tactctccta catgatggaa ctttttacag acaaatactg caaacagatg agtttacaga gtcaaactct acctctacca gaagagaaca aaatcttaca acagaactcc ggagctgtgt attgatcttt cgtatcgttg acaaatccta atgagcgaga ttttaccaaa aacacaagtg gggtacatgg tggacattcg aactctatct atgttgaata ggaactttct ggaacttcag agtaagatgg tctgagtact aagcaacatg aaacatgata gatttaggat tcttctaaac ttcacagaaa cttcctgtgg aagcttgcat gtattgtctt agagcagaat actatcgatg ttc acaaagcaaa ctgcttccct caggtgtagt cttgtcagtt tacaaggagg cctcctatat tagcgggagg acaatacagc ctattaaaga ctcgattttc atacacccag acggttcttt gcgtttccat gtgctatcta gaaataacgt ccaactatgg ccattttaac ataaccaagg ctctacaagc aaaaaatagg gtaatccata tcccacagaa acgtagtctc tatctaacca ccagtatggg ccacgacctc aaaggatttc acaaagtttt accctatgtt acgtccaagt gaacctggac atacctatcg taggctccca atgcccgctt tagctcaaca ttgccatcga tggggaaaac cttaccaagc gttgggcact caacaacact ggttagcgga ggatcactgt tcgattacga gatgcgctgt tagcctacat cgaatgaagc acagtactca taggcatgta ctcctcatcc acaagcagcc aggaggagct ctctgggaac agccatctat tttctcgggg agcgatctac ctctatggct taccattgga agggaatacg tgcaactagc tatttttgaa taaagggaat ctttacaaaa tacagctaca ggcagccatc ccttcttgct tgatactccc cgctaaaggg ttcaacacaa tacaggaact tgcaatcctt ttttgagcag aaacatagct gactcctcaa tagtgcatcc tgcagcagcg cctaacagga aggaagcgat ctatgattta attagattct tcgctgggta aaactcaatg cgatgatatc aggaactcct tgccaaacct caaagccatc ttctgtctat tcctttccta ttacccttct tcttcgtatc ctatggggaa tccaagacac cgaaggagct gccttctatc tggtcaagtt actatatctt tacgctatcg
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3720
3780
3840
3900
3960
4020
4080
4140
4200
4260
4320
4380
4440
4500
4560
620
4680
4740
4800
4860
4920
4980
5040
5100
5160
5220
5253 <210> 557 <211> 792 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 557 atgggaaatt ctggttttta tttgtataac aaagttgggc aaatgacaga gccgctcaag acacctgtcg cagccaaaat gacagcttct actgaaaact gcgtctttgc tgataatatc gaccagcaaa taatccttgg gacaaaatca gatggaatat ctttaacagt ctccaataat
120
180 .4 99 tcatcaacca ctagaaaagt gtccaagata aacaactttc gaaactttat agcatgttct gctttggtac gttcctaatt tattcattac ggcaatgata caaacaaacg atgcttctat tgggaaatca ttttagacaa caatcactaa taggaggaac tagtctcagc gagaaggtga tatgtagtct gtgtaggcgg ttttaggaat ct tacaattggt aattcttgat aatcacaaca taaaattcaa tgaaatagga agatattatt ttctaagccc aagaaccagc tttagaaagc aacaaatact ttggatgcgg aaaaagctta ccagcttatt ggaattgctg atactattgt tgatagtaca gacccttctc taggtttgtt gaaagctttt tgcaacgggt tattcactcc cagtaacatt aaattcacag tcacačccaa aagctctggg gcatcaagaa tggaaggcgg cgttgttcta tgcgcgatta gttatggata ctcatcaggc attactaata caggattgac accaacaacg ggtgtggtat gggttaatgc cctttctaat tctaatgtat cttttttgga agtaatacct
240 300
360
420
480
540 600 660
720
780
792 <210> 558 <211> 306 <212> DNA <213> C. Trachomatis D serovar <400> 558 atgcaaaata aaagaaaagt gatttccccg aattagacct tctcccttag aactctacca gaaaactctt taggattatt ttaaagctaa aaaaggcttt gctgaa gagggacgat tttattaaaa aaaaatacga gtaaacaagg taaaagtgtc tcactaattc cccagactct cctgttcttg gattatgctt atcttgtcta ttgttaaaga tgtgaaaaaa aaaaagtaac tttcttaaat taggactgct tcaacaaata aaaaattaga ggataacagt gaaaagacat gttttccaag
120
180
240
300
306 <210> 559 <211> 729 < 212> DNA < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 559 gtgggatgca acttggccca atttttaggg caatccaatt tatcttctgg attgggggct gacatagtat acaaatcaaa cgatttaaaa gtggacctaa ttcctgcatc atttttatcc ggacctagta acaacttaaa gttatttctg tgcataatag acactccacc tagcctagga gacaaattáa ttgcttgttt aactccagaa cgtgaattct taagttcggt cggaaaacct tctttttggg atgatcgtaa ctcgactaac tacaaaaaca agcttttttc aacaaaaatt cttaaagaag attctgtagc taatgtctat aagttaacgc atgaaatagc aaatattttg aggacaacg
aaaaaagtgt tacttgctga cctagacccg
agtgtcagaa ataaccaaaa aggcttgcac
tcaatcattt gegaaacaaa aaaagatagt
gaacagttta gagaattgga tattcataga
aatgagtact gcgctccttt ttatgacatc
gggttaacga aagaagcttt tgttgcagga
cctttttcta ttctagggtt acaaaagata
gaagaagaac acattcttgg aatagctttg
caaatgtata tagacattat cgagtctatt
cgtcgagata tttctctcag ccgttctctt
ccaaattcta gggccgcaga agatattctg catatcgaat atgaacgaga ttactctcag
120 180
240 300 360
420 480
540 600
660 720 729 <210> 560 <211> 289 <212> PRT <213> c. Trachomatis D serovar <400> 560
Met Thr His Gin His Lys Lys lie 15
Met Leu Glu Arg Tyr Thr Gly Ser 20
Leu Leu Leu Thr Asn Phe Ala Tyr 3540
Tyr Gin Vai Pro Vai Ser Arg Gly 50
Pro Gin He His Thr Ser lie lie .65go
Ser Glu Glu Thr lie Ala Cys Asp 1015
Thr Vai Gin Glu Phe Gin Pro Tyr 2530
Tyr Val Asp Vai Phe Ala Glu lie 45
Ser Met Phe Ser Ala Ala His Ala 60
Asp Phe Lys Leu Gly Ser Pro Gly 75 - 80
500
Ala Ala Leu Thr Vai 85
Ala lie Met Leu Gly 100
Gly Asp Tyr Phe Vai 115
Asp Ala Tyr Phe Pro 130
Gin Lys Met lie Thr 145
He Gly lie Thr His 165
Glu Phe Arg Arg Lys 180
Glu Cys Ala Thr Leu 195
Gly Ala Leu Leu Leu 210
Lys Thr Lys Glu Ser 225
His He .Leu Thr Gly 245
Gly Pro Gly He Lys 260
Gin Ala Asp Asp Ser 275
Phe
Asp Leu Cys Ser Phe Leu 90
Met Cys Gly Gly Leu Arg 105
Pro Vai Ala Ser lie Arg 120
Pro Glu Vai Pro Ala Leu 135
Asn He Leu Glu Ala Lys 150 155
Thr Thr Asn lie Arg Phe 170
Leu Tyr Glu Asn Lys Ala 185
Phe Ala Ala Gly Tyr Arg 200 lie Ser Asp Leu Pro Leu 215
Ser Ser Ala Vai Leu Asn 230 235
Val Glu Vai Phe Ala Ser 250
Lys Thr Lys Gly Leu Pro 265
Leu Ser Glu Gin Thr Glu 280
Pro Asn Ala Thr Ala 95
Ser His Tyr Gin lie 110
Lys Asp Gly Thr Ser
125
Ala Asn Phe Val Vai 140
Asn Leu Pro Tyr His 160
Trp Glu Phe Asn Lys 175
Gin Thr Vai Glu Met 190
Arg Asn Leu Pro Leu 205
Arg Lys Asp Gly He 220
Ser His Thr Lys Glu 24 0
Leu Gin Glu Lys Ser 255
His Met Glu Phe Gly 270
Vai Ser Gly Gly Asp 285 <210> 561 <211> 394 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 561
Met Ser Lys Glu Thr Phe Gin Arg 15
Thr lie Gly His Vai Asp His Gly 20
Thr Arg Ala Leu Ser Gly Asp Gly 3540
Ser lie Asp Asn Thr Pro Glu Glu
5055
Ala Ser His Vai Glu Tyr Glu Thr 6570
Asp Cys Pro Gly His Ala Asp Tyr
Ala Gin Met Asp Gly Ala He Leu 100
Met Pro Gin Thr Lys Glu His He
H5120
Pro Tyr He Val Vai Phe Leu Asn 130135
Asp Ala Glu Leu Val Asp Leu Vai
145iso
Glu Glu Lys Gly Tyr Lys Gly Cys
165
Lys Ala Leu Glu Gly Asp Ala Ala 180
Met Gin Ala Vai Asp Asp Asn lie
195200
Asn Lys Pro His lie Asn He Gly 1015
Lys Thr Thr Leu Thr Ala Ala lie 2530
Leu Ala Asp Phe Arg Asp Tyr Ser 45
Lys Ala Arg Gly He Thr He Asn 60
Ala Asn Arg His Tyr Tkla His Vai 7580
Vai Lys Asn Met He Thr Gly Ala 9095
Val Vai Ser Ala Thr Asp Gly Ala
105HO
Leu Leu Ala Arg Gin Val Gly Vai 125
Lys He Asp Met He Ser Glu Glu 140
Glu Met Glu Leu Vai Glu Leu Leu
155160
Pro He He Arg Gly Ser Ala Leu 170175
Tyr He Glu Lys Vai Arg Glu Leu
185190
Pro Thr Pro Glu Arg Glu He Asp 205 ···· · «4
501
Lys Pro Phe Leu Met Pro He Glu 210 215
Gly Thr Val Vai Thr Gly Arg He 225 230
Asp Lys Val Gin Leu Vai Gly Leu 245
Thr Gly Vai Glu Met Phe Arg Lys 260
Glu Asn Vai Gly Leu Leu Leu Arg 275280
Arg Gly Met Val Vai Cys Leu Pro
290295
Phe Lys Cys Ala Val Tyr Vai Leu 303310
Lys Pro Phe Phe Thr Gly Tyr Arg 325
Asp Val Thr Gly Val Vai Thr Leu 340
Pro Gly Asp Asn Vai Glu Phe Glu 355360
Leu Glu Glu Gly Met Arg Phe Ala
37037
Gly Ala Gly Thr He Ser Lys He
385390 <210> 562 <211> 550 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 562
Met Glu Ser Ser Arg He Leu He 15
Gly Pro Leu His Phe Gly His He 20
Vai Tyr Ala Arg Phe Gin Arg Leu 354o
Cys Gly Ser Asp Glu Tyr Gly He
5055
Ala Gly Met Gly Tyr Gin Glu Tyr 6570
Lys Asp Thr Phe Lys Lys Leu Gly 85
Thr Thr Asn Thr Tyr His Pro Ala 100
Leu Gin Glu Arg Gly Leu Vai Glu
H5120
Ser Glu Glu Glu Gly Lys Phe Leu 130135
Cys Pro Lys Cys .Gly Phe Asp Arq
145150
Cys Gly Tkla Asp Tyr Glu Ala Arg 165
Leu Thr Gly Ala Ala Leu Ser Leu 180
His Leu Glu Arg Met Lys Glu Asp 195200
Tyr Leu Arg Pro His Met Arg Asn 210215
Leu Arg Pro Arg Ala Vai Thr Arq
225. 230
Asp Vai Phe Ser lie Ser Gly Arg 220
Glu Arg Gly lie Val Lys Vai Ser
235240
Arg Asp Thr Lys Glu Thr lie Vai
250255
Glu Leu Pro Glu Gly Arg Ala Gly 265270
Gly He Gly Lys Asn Asp Vai Glu 285
Asn Ser Vai Lys Pro His Thr Gin 300
Gin Lys Glu Glu Gly Gly Arg His
315320
Pro Gin Phe Phe Phe Arg Thr Thr 33θ335
Pro Glu Gly He Glu Met Vai Met 345350
Vai Gin Leu lie Ser Pro Vai Ala 365
Ile Arg Glu Gly Gly Arg Thr He 380 lie Ala
Thr Ser Ala Leu Pro Tyr Ala Asn 10 15
Thr Gly Ala Tyr Leu Pro Ala Asp 25 30
Gin Gly Lys Glu Vai Leu Tyr He 45
Ala He Thr Leu Asn Ala Glu Leu 60
Vai Asp Met Tyr His Lys Leu His 7380 lie Ser Vai Asp Phe Phe Ser Arq 9095
He Vai Gin Asp Phe Tyr Arq Asn 105no
Asn Gin Vai Thr Glu Gin Leu Tyr 125
Ala Asp Arg Tyr Val Vai Gly Thr 140
Ala Arg Gly Asp Glu Cys Gin Gin 155160
Asp Leu Lys Glu Pro Arg Ser Lys 110175
Arg Asp Thr Glu His Ala Tyr Leu
185190
Leu Leu Ala Phe Vai Gin Gly He 205
Phe Vai Thr Asp Tyr He Glu His 220
Asp Leu Ser Trp Gly lie Pro Vai 23S 240
502
Pro Asp Leu Glu Asn Lys Vai Phe 245
Gly Tyr lie Ser Gly Thr Met Asp 260
Glu Ala Trp Lys Lys Phe Trp Leu 275280
Phe Ile Gly Lys Asp Asn Thr Ser 290295
Met Glu lie Gly Gin Ser Leu Pro
305310
Thr Ser Glu Phe Leu Leu Leu Glu
325
Gly Asn Phe lie Asp Met Asp Ala 340
Lys Leu Arg Tyr Vai Leu Ala Ala
355360
Glu Phe Ser Phe Gin Glu Phe Lys 370375
Gly Lys Tyr Gly Asn Phe Vai Asn
385390
Asn Gly Cys Thr Glu Leu Ser Ser 405
Asp Phe He Ser Lys Ser Gin Lys 420
Tyr Ala Gin Tyr Ser Leu Arg Lys 435440
Ala Ala Leu Gly Asn Gly Tyr Phe 450455
Ala Lys Glu Gly Asn Trp Asn Arg 465470
Cys Tyr Cys Gin Lys Leu Leu Ala 4 85
Glu Thr Ala Leu Lys lie Leu Glu 500
Leu Gly Ser Gin Asp Pro Asp Arg 515520
Phe Phe Asp Tyr Ser Glu Glu Lys 530535
Leu Phe Thr Met Vai Glu
545550 <210> 563 <211> 100 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar
Tyr Vai Trp Phe Asp Ala Pro lie 250 255
Trp Ala Ala Ser lie Gly Asp Pro 265 270
Asp Asp Thr Vai Thr Tyr Ala Gin 285
Phe His Ala Ala lie Phe Pro Ala
300
Tyr Lys Lys Vai Asp Ala Leu Vai 315320
Gly Phe Gin Phe Ser Lys Ser Asp 330335
Phe Leu Glu Thr Tyr Ser Leu Asp 345350 lie Ala Pro Glu Thr Ser Asp Ser 365
Thr Arg Cys Asn Ser Glu Leu Vai 380
Arg Vai Leu Ala Phe Ala Vai Lys 395400
Pro Gin Leu Glu Gin Lys Asp Leu 410415
Leu Ala Lys Asp Ala Ala Glu His 425430
Ala Cys Ser Thr lie Met Glu Leu
445
Asn Asp Glu Ala Pro Trp Lys Leu 4 60
Vai Arg Ala lie Leu Phe Cys Ala 475480
Leu He Ser Tyr Pro lie Met Pro 490495
Met lie Ala Pro His Ser Leu Asp 505510
Leu Gin Ser Leu Trp Thr Asp Ser 525
Phe Ser Leu Lys Glu Pro Glu Leu 540 <400> 563
Met Ala Arg Lys 1
Asp Ser Pro Phe
Lys lie Ala Arg 35 •Leu Asn Phe
Asp Asp Arg 65
Gin Gly Phe
Leu Asp
Glu Arg
Gly Thr 85
Asp Arg Leu Thr 5
Ser Leu Vai Asn
Gly Asp Vai Arg 40
Leu Tyr Gly 55
His Leu Ser 70
Ser Arg Arg
Ser
Asp Vai Lys
100
Asn Glu Arg Leu 10
Tyr Vai lie Lys 25
Ser Ser Asn Vai
He Gin Ser Glu 60
Ala Thr Gly Glu 75 .
Lys Asp Pro Ser 90
Asn Lys Leu Phe 15
Gin Ala Lys Asn 30
Ala lie Glu Ala 45
Tyr Ala Glu Arg
Arg Arg Arg Glu 80
Leu Tyr Asn Trp 95
503 <210> 564 <211> 205 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 564
Met Ser Val Lys Val He Ser Pro 15
Phe Pro Lys Leu Phe Ile Ile Ser 20
Thr Leu Thr His Met Leu Gin Arg 3540
Thr Val Ser Ser Thr Thr Arg Ser 5055
Val Asp Tyr Leu Phe Val Ser Glu
6570
Arg Glu Asp Phe Leu Glu Trp Val 85
Thr Ser Lys Ala Glu Ile Ser Arg 100
Ile Ala Val Ile Asp Val Gin Gly 115120
Pro Ala Val Thr Ile Phe Ile Gin 130135
Arg Arg Leu Asn Ala Arg Asp Ser 145150
Arg Leu Glu His Ser Ala Val Glu 165
Tyr Val Val Val Asn Asp Asp Leu 18 0
Ser Ile Phe Ile Ala Glu Glu His
195 200 <210> 565 < 211> 602 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 565
Met Lys Pro Tyr Lys Ile Glu Asn 15
His Ile Asp His Gly Lys Ser Thr 20
Thr Ser Thr Ile Glu Gin Arg Glu 3540
Met Asp Leu Glu Arg Glu Arg Gly 5055
Thr Met Thr Tyr Glu Tyr Glu Gly 6570
Asp Thr Pro Gly His Val Asp Phe 85
Ala Ala Cys Glu Gly Ala Leu Leu 100
Gin Ala Gin Ser Leu Ala Asn Val
115120
Glu He lie Pro Val Leu Asn Lys 130135
Glu Ala Ile Lys Lys Gin Ile Glu
145150
Asn Thr Ile Ala Cys Ser Ala Lys
Phe Ser Gin Asp Gly Val Gin Cys 1015
Ala Pro Ala Gly Ala Gly Lys Thr 2530
Glu Phe Pro Asp Ala Phe Glu Lys 45
Ala Arg Pro Gly Glu Val His Gly . 60
Asp Asp Phe Lys Gin Ser Leu Asp 7580
Phe Leu Phe Gly Thr Tyr Tyr Gly 9095
Val Leu Gin Lys Gly Lys His Cys 105no
Ala Leu Ala Leu Lys Lys Gin Met 125
Ala Pro Ser Gin Glu Glu Leu Glu 140
Glu Lys Asp Phe Gin Lys Lys Glu 155160
Ile Ala Ala Ala Ser Glu Phe Asp 170175
Ile Thr Ala Tyr Gin Val Leu Arg 185190
Arg Met Ser His Gly
205
Ile Arg Asn Phe Ser Ile Ile Ala 1015
Ile Ala Asp Arg Leu Leu Glu Ser
2530
Met Arg Glu Gin Leu Leu Asp Ser 45
He Thr He Lys Ala His Pro Val 60
Glu Thr Tyr Glu Leu Asn Leu Ile 7580
Ser Tyr Glu Val Ser Arg Ser Leu 9095
Ile Val Asp Ala Ala Gin Gly Val
105no
Tyr Leu Ala Leu Glu Arg Asp Leu 125
He Asp Leu Pro Ala Ala Gin Pro 140
Glu Phe Ile Gly Leu Asp Thr Ser
155 160
Thr Gly Gin. Gly lie Pro Glu Ile
504
Leu 165 170 175
Glu Ser Ile Ile Arg Leu Val Pro Pro Pro Lys Pro Pro Gin Glu
180 185 190
Thr Glu Leu Lys Ala Leu Ile Phe Asp Ser His Tyr Asp Pro Tyr Val
195 200 205
Gly Ile 210 Met Val Tyr Val Arg 215 Val Ile Ser Gly Glu 220 Ile Lys Lys Gly
Asp Arg Ile Thr Phe Met Ala Thr Lys Gly Ser Ser Phe Glu Val Leu
225 Ile 230 235 240
Gly Gly Ala Phe Leu Pro Glu Ala Thr Leu Met Glu Gly Ser Leu
245 250 255
Arg Ala Gly Gin Val Gly Tyr Phe Ile Ala Asn Leu Lys Lys Val Lys
Asp 260 265 270
Val Lys Ile Gly Asp Thr Val Thr Thr Val Lys His Pro Ala Lys
275 280 285
Glu Pro Leu Glu Gly Phe Lys Glu Ile Lys Pro Val Val Phe Ala Gly
Ile 290 295 300
Tyr Pro Ile Asp Ser Ser Asp Phe Asp Thr Leu Lys Asp Ala Leu
305 Arg 310 315 320
Gly Leu Gin Leu Asn Asp Ser Ala Leu Thr Ile Glu Gin Glu Asn
325 330 335
Ser His Ser Leu Gly Phe Gly Phe Arg Cys Gly Phe Leu Gly Leu Leu
His 340 345 350
Leu Glu Ile Ile Phe Glu Arg Ile Ser Arg Glu Phe Asp Leu Asp
Ile 355 360 365
Ile Ala Thr Ala Pro Ser Val Ile Tyr Lys Val Val Leu Lys Asn
370 375 380
Gly Lys Thr Leu Phe Ile Asp Asn Pro Thr Ala Tyr Pro Asp Pro Ala
385 Ile 390 395 400
Leu Glu His Met Glu Glu Pro Trp Val His Val Asn Ile Ile Thr
405 410 415
Pro Gin Glu Tyr Leu Ser Asn Ile Met Ser Leu Cys Met Asp Lys Arg
420 425 430
Gly Ile Cys Leu Lys Thr Asp Met Leu Asp Gin His Arg Leu Val Leu
435 440 445
Ser Tyr Glu Leu Pro Leu Asn Glu Ile Val Ser Asp Phe Asn Asp Lys
450 455 4 60
Leu 4 65 Lys Ser Val Thr Lys 470 Gly Tyr Gly Ser Phe 475 Asp Tyr Arg Leu Gly 480
Asp Tyr Lys Lys Gly Ala Ile Ile Lys Leu Glu Ile Leu Ile Asn Asp
485 490 495
Glu Ala Val Asp Ala Phe Ser Cys Leu Val His Arg Asp Lys Ala Glu
500 505 510
Ser Lys Gly Arg Ser Ile Cys Glu Lys Leu Val Asp Val Ile Pro Pro
515 520 525
Gin Leu Phe Lys Ile Pro Ile Gin Ala Ala Ile Asn Lys Lys Ile Ile
Ala 545 530 535 540
Arg Glu Thr Ile Arg 550 Ala Leu Ala Lys Asn 555 Val Thr Ala Lys Cys 560
Tyr Gly Gly Asp Ile Thr Arg Lys Arg Lys Leu Trp Asp Lys Gin Lys
565 570 575
Lys Gly Lys Lys Arg Met Lys Glu' Phe Gly Lys Val Ser Ile Pro Asn
580 585 590
Thr Ala Phe Val Glu Val Leu Lys Met Glu
595 600
<210> 566 <211> 324 <212> PRT
<213> C. Trachomatis ; D serovar
505 <400> 566
Met Glu Leu Leu Pro His Glu Lys Gin Vál Val Glu Tyr Glu Lys Thr 1 5 1015
Ile Ala Glu Phe Lys Glu Lys Asn Lys Glu Asn Ser Leu Leu Ser Ser 20 2530
Ser Glu Ile Gin Lys Leu Asp Lys Arg Leu Asp Arg Leu Lys Glu Lys 35 4045 lie Tyr Ser Asp Leu Thr Pro Trp Glu Arg Val Gin Ile Cys Arq His 50 5560
Pro Ser Arg Pro Arg Thr Val Asn Tyr lie Glu Gly Met Cys GluGlu 65 70 7580
Phe Val Glu Leu Cys Gly Asp Arg Thr Phe Arg Asp Asp Pro AlaVal 85 9095
Val Gly Gly Phe Ala Lys lie Gin Gly Gin Arg Phe Met Leu Ile Gly Ιθθ 105110
Gin Glu Lys Gly Cys Asp Thr Lys Šer Arg Met His Arg Asn Phe Glv 115 120125
Met Leu Cys Pro Glu Gly Phe Arg Lys Ala Leu Arg Leu Ala Lys Met 130 135140
Ala Glu Lys Phe Gly Leu Pro Ile Ile Phe Leu Val Asp Thr ProGly 145 150 155160
Ala Phe Pro Gly Leu Thr Ala Glu Glu Arg Gly Gin Gly Trp AlaIle
165 170175
Ala Thr Asn Leu Phe Glu Leu Ala Arg Leu Ala Thr Pro Ile Ile Val 180 185190
Ile Val lie Gly Glu Gly Cys Ser Gly Gly Ala Leu Gly Met Ala Ile 195 200205
Gly Asp Val Val Ala Met Leu Glu His Ser Tyr Tyr Ser Val Ile Ser 210 215220
Pro Glu Gly Cys Ala Ser lie Leu Trp Lys Asp Pro Lys Lys AsnSer
225 230 235240
Asp Ala Ala Ala Met Leu Lys Met His Gly Glu Asp Leu Lys GlyPhe
245 250255
Ala Ile Val Asp Ala Val lie Lys Glu Pro Ile Gly Gly Ala His His 260 265270
Asn Pro Ala Ala Thr Tyr Arg Ser Val Gin Glu Tyr Val Leu Gin Glu 275 280285
Trp Leu Lys Leu Lys Asp Leu Pro Val Glu Glu Leu Leu Glu Lys Arq 290 295300
Tyr Gin Lys Phe Arg Thr Ile Gly Leu Tyr Glu Thr Ser Ser Glu Ser 305 310 315320
Asp Ser Glu Ala <210> 567 <211> 646 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 567
Met Lys Leu Leu Leu Lys Ala Ile .15
Leu Phe Gly Phe Ser Leu Leu Ser
Gin Ala Glu Ile Phe Ser Leu Gly 3540
Thr Phe Leu Leu Phe Gly Lys Gin 5055
Lys Glu Leu Ser Lys Asp Gin Leu 6570
Gly Glu Gly Asp Thr Leu Ser Leu
Leu Arg His Lys Lys His Leu Val 1015
Ile Leu Gly Leu Thr Ile Thr Ser 2530
Leu lie Ala Lys Thr Gly Pro Asp
Glu Gly Ala Ser Leu Val Lys Arg 60'
Leu Glu Gin Trp Asp Asn Ile Val
80
Pro Gin Ala Asn Ala Tyr Ile Ala .506
Lys His Ser 85 90 95
Gly Gly Ser Gin Ser Ile 100 105 Thr Lys Arg Leu Ser 110 Ala Tyr
Leu Ser Gly 115 Cys Phe Asp Phe Ser Arg 120 Leu Gin Cys Leu Ala 125 Leu Phe
Leu Val Val 130 Val Ala Ile Leu Lys Ser 135 Thr Thr Leu Phe Phe 140 Gin Arg
Phe Leu Ala 145 Gin Leu Ile Ala Ile Arg 150 Val Ser Cys Ser Leu 155 Arg Lys 160
Asp Tyr Phe Leu Ala Leu Gin Thr Leu 165 Pro Met Thr Phe Phe 170 His Ala 175
His Asp Met Gly Asn Leu Ser Šer Arg 180 185 Val Ile Ala Asp Ser 190 Ser Met
Ile Ala Leu 195 Ala Ile Asn Ála Leu Met 200 Val Asn Tyr Ile Gin 205 Ala Pro
lie Thr Met 210 Thr Leu Ala Leu Val Val 215 Cys Leu Ser Ile Ser 220 Trp Lys
Phe Cys Ala 225 Cys Val Cys Leu Ala Phe 230 Pro Ile Phe Ile Leu 235 Pro Ile 240
Val Ile Ile Ala Lys Lys Val Lys Ala 245 Leu Ala Lys Arg Ile 250 Gin Lys 255
'Ser Gin Asp His Ser Ala Ala Ala Leu 260 265 Leu Asp Phe Leu Leu 270 Gly Ile
Leu Thr Val 275 Lys Val Phe Arg Thr Glu 280 Gin Phe Ser Phe Ser 285 Lys Tyr .
Cys Gin Lys 290 Asn Asp Glu Ile Ala Arg 295 Leu Glu Glu Arg Ser 300 Ala Ala
Tyr Ser Leu 1305 He Pro Arg Pro Leu Leu 310 His Thr Ile Ala Ser 315 Leu Phe 320
Phe Ala Leu Val lie Met Ile Gly Leu 325 Tyr His Phe His Ile 330 Pro Pro 335
Glu Glu Leu Val Val Phe Cys Gly Leu 340 345 Leu Tyr Leu Ile Tyr 350 Asp Pro
Ile Lys Lys 355 Phe Ala Asp Glu Asn Ala 360 Asn lie Met Trp Gly 365 Cys Ala
Ala Ala Glu 370 Arg Phe Tyr Glu Val Leu 375 Asp Leu Ala Lys Gin 380 Gin Ser
Asn Val Ser 385 Glu Lys Leu Asn Glu Phe 390 Gin Gly Leu Gin His 395 Ser Ile 400
Gin Phe Cys Asn Val Ser Phe Gly Tyr 405 Val Glu Asp Ser Pro 410 Val Leu 415
Ser Asp Phe Asn Leu Val Leu Lys Lys 420 425 Gly Glu Ala Ile Gly 430 Ile Val
Gly Pro Thr 435 Gly Ser Gly Lys Ser Thr 440 Ile Ala Lys Leu Leu 445 Pro Arg
Leu Tyr Glu 450 Val Ser His Gly Glu Leu 455 Leu Ile Asp Ser Leu 4 60 Pro Ile
Arg Ser Tyr 4 65 Cys Lys Asn Ser Leu Arg 470 Lys His Ile Gly Cys 475 Val Leu 480
Gin His Pro Phe Leu Phe Tyr Asp Thr 485 Val Trp Asn Asn Leu 490 Thr Cys 495
Gly Arg Thr Phe Ser Glu Glu Glu Val 500 505 Phe His Ala Leu Lys 510 Gin Ala
His Ala Tyr , 515 Glu Phe Val Ser Lys Met 520 Pro Gin Gly Val His 525 Ser Leu
Leu Glu Glu 530 Ser Ser Lys Asn Leu Ser 535 Gly Gly Gin Gin Gin 540 Arg Leu
Thr Ile Ala 545 Arg Ala Leu Leu His Asn 550 . Thr Ser Ile Leu Leu 555 Leu Asp 560
Glu Ala Thr Ser Ala Leu Asp Ala Ile 565 Ser Glu Asn Tyr Val 570 Lys Glu 575
507 lie Val Gly Gin Leu Lys Gly Arg 580
Lys Leu Ser Thr Leu Glu Tyr Vai 595600
Gly Lys Lys lie Ala Glu Gly Thr 610615
Pro Ala Phe Gin Arg Met Trp Vai 625630
Leu Asn Ala Val Vai Lys 645 <210> 568 <211> 414 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 568
Met Phe Ser Ser Ala lie Vai lie 15
Ser Gly Phe Vai Ser Leu Ser His 20
Ser Leu lie Ala His Tyr Ser His 3540 lie 'Ala Asn Leu Met Ala Tyr Pro 5055
Phe Phe Asp lie Gly He Asn lie 6570
Leu Vai Gly Asp Ser Ala Ser Leu 85
Ala Leu Thr Leu Vai Leu Gly Glu 100 .'Pro Tyr Asn Ala Arg lie Ala Lys 115120
Ser Thr Lys Ser Phe Arg Pro lie 130135
Asn Phe lie Vai Gin Lys Met Leu 145150
Gin Pro Gin Glu Leu Lys Glu Vai 165
Val Vai Asn His Glu Glu Ser Arg 180
Glu Glu Gly Ser lie Lys Glu Arg 195200
Phe Tyr Asp Vai Leu Thr Pro lie 210215
Gly Pro Lys Gin Ser Tyr Ser Lys 225230
Gin Asn Leu Leu Gly Vai Cys Ser 245
Glu Lys Leu Gin Ser Ala Glu Glu 260
His Tyr lie Pro Glu Thr Vai Ser 275280
Ala Gly Glu Asp Cys Gly Leu Gly 290295 lie Glu Gly Leu lie Thr Gin Asn
305310
Gly Vai Ala His Asn Arg Pro Ser 325
Lys Asn Val Vai Ile Ala Ala Gly 340
Cys Thr Gin lie lie lie Ala His 585 590
Asp Arg lie Vai Tyr Leu Glu Gin 605
Lys Glu Glu Leu Leu Asp Ser Cys 620
Leu Ser Gly Ala Lys Asp Trp Glu 635640
Leu Thr Ala lie Phe Vai Leu Cys 1015 lie Ala Leu Phe Ser Leu Pro Ser
2530
Ser Lys Asn Arg Gin Leu Arg Gin 45
Asn His Leu Leu Met Thr Leu Vai 60
Gly Vai Gin Asn Cys lie Ala Thr . 7580
Leu Leu Thr Val Gly Vai Pro Leu 9095
Ile Vai Pro Lys Vai He Ala He
105HO
He Vai Thr Pro He lie Phe Ala
125
Phe Asp Trp Ala lie Ser Gly He 140
Ala Arg Gin Glu Ser Asp Phe lie 155160
Leu Arg Ser Cys Lys Asp Phe Gly 170175
Leu Leu Phe Gly Tyr Leu Ser Met 185190
Met Thr Pro Lys Gin Glu lie lie 205
Glu Asn Leu Tyr Lys Leu Phe Ser 220
Val Leu Vai Cys Lys Gly Gly Leu 235240
Ala Lys Leu Leu Leu Leu Tyr Lys 250255
Leu Leu Pro Leu Leu Arg Lys Pro 265270
Ala Lys Thr Tkla Leu Tyr His Leu 285
He lie lie Asp Glu Tyr Gly Ser 300
Asp Leu Phe Lys He Vai Ser Asp 315320
Phe Lys Gin Phe Ala His Ser Asp 330335
Thr Tyr Glu Leu Ser Asp Phe Tyr 345350
508
Asp Leu Phe Gly Val Asp Leu Pro 355360
Gly Gly Trp Leu Thr Glu Gin Leu 370375
Lys Phe Ala Trp Gly Gin Phe Vai 385390
Asn Cys Vai Lys Arg Vai Tyr lie 405 <210> 569 <2U> 404 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 569
Met Glu Thr Asn Ser Pro Phe Phe 15
Ue Phe Vai Gin Gly Phe Phe Ser 20
Phe Asn Arg Vai Arg Leu Gin Tyr 35. 40
Ala Ser Tyr lie Asn Phe Leu Vai 5055
Thr Vai Met Leu Gly Vai Asn lie 6570
Ser Arg Thr Cys Tyr Lys Leu Leu 85
Ala Thr Gin lie lie Leu Val Vai 100
Ala lie Ser Arg Lys Tie Pro Glu 115120
Tie Leu Tyr Phe Ala His Tyr Leu 130135
Gly Gly lie Thr Asn Met lie Tyr 145150
Thr Leu His Ser Thr Leu Ser Arg 165
Thr His His Glu Glu His Asp Phe 180
Ser Leu Ser Ala Thr Ser Vai Glu
195200 lie Pro lie Leu Ser Ala Thr Ala 210215
Vai Arg Arg His Arg Leu Asp Phe’ 225230
Lys Asn Val Vai- Gly lie Ala Phe 245
Pro Ser Asp Pro Val Vai Pro Tyr 260
Tkla Lys Ser Lys Leu lie His Ala 275280
Ser Asn Val Ala Ue Vai Leu Asn 290295
Leu Gly Leu His Thr Vai Phe Lys 305310
Ala Gin Leu Lys Pro Lys Pro Thr 325
Gly Asn Thr Pro Leu Ser Glu Ile 340
Met Asp Asn Asp Cys Thr Thr lie 355 360
Thr Thr Ala Asn Cys Vai.Thr lie 365
Gly Glu lie Pro Glu Thr Gly Thr 380
Phe Gin lie Leu Asp Ala Ala Pro 395400
Arg Lys Thr His Gly Asn
410
Trp Leu Gly Vai Asn Leu Leu Cys 1015
Met Met Glu Met Ala Cys Ue Ser 2530
Tyr Leu Thr Lys Ser Asn Lys Lys 45
Arg Arg Pro Tyr Arg Leu Phe Gly 60
Ala Leu Gin lie Gly Ser Glu Ser 7580
Gly lie Ser Pro Glu Tyr Ala Pro 9095 lie Phe Ala Glu Leu Ue Pro Leu
105HO
Lys lie Ala Leu Lys Gly Ala Pro 125
Phe Tyr Pro Leu lie Gin Cys Vai 140
Phe lie Leu Asn lie Lys Glu Glu 155160
Asp Glu Leu Gin Lys Thr Leu Glu 170175
Asn Vai lie Ala Thr Asn lie Phe 185190
Gin Vai Cys Gin Tyr Leu Asp Gin 205
Ser Vai Arg Asp Vai Cys Gin Leu 220
Vai Pro Val Tyr His Lys Vai Lys 235240
Pro Lys Asn Leu lie Asn Arg Asn 250255
Leu Ser Ser Pro Trp Phe lie Thr 265270 lie Gin Glu Phe Arg Lys Asn Ser 285
Asn Asn Gly Glu Pro Met Gly Vai 300
Thr Leu Phe Asn Thr Arg Asn Ue 315320
Ser Leu lie Glu Arg Thr Phe Ser 330335
Glu Asn Glu Leu Asp Ue lie Phe 345350
Glu Gin Leu Met Leu Lys Leu Leu 365
509
Asp Thr Pro Pro Glu Vai Gly Ala
370 375
Leu Glu Vai Lys Glu lie Ser Leu
385 390
Lys Asp Thr Leu
Ser lie lie He Asn Asp Leu Leu 380
Tyr Gly Ile Lys Thr Vai Ala He
395 400 <210> 570 < 211> 539 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar <400> 570
Met Cys Cys Vai Asp Gly Ser Asn 1 5
Cys Glu Tyr Arg Thr Ala Ala Gin 20
Asp Cys Ser Leu Leu Glu Ala Arg 35 40
His His Glu Tyr Ser Ala Trp Arg 50 55 .
Arg Phe Pro Ser Leu Glu Ala Asp .65 70
Ala Ser Leu Leu Gin Lys Asn lie 85
Vai He Thr lie Leu Ala Vai Gly 100
Pro lie Vai Leu Gin Ala Leu Ser
115120
He Ala Val Gin Val Ala Vai Met
130135
Ala Vai Gly Asp Leu Ala Lys Asn 145150
Thr Ala Tyr Arg Ala Ala Ala Vai
165
His Leu Arg Val Val Vai Gin Asn
180
Arg Glu Ala Trp Arg Ser Leu Cys 195200
Vai Leu Thr Gly He Asp Gin Ala 210215
Glu Tyr Pro Glu Lys Cys Thr Glu
225230
Ala Asp His Pro Glu Val Gin Vai
245
Gly Gly Arg Vai Phe Arg Ser Ser 260
Leu Ala Cys Asn Ser Leu Ser Ala
275280 lie Leu Tyr Leu Glu Gly Asp Pro
290295
Gly Leu Ser Ala Thr Ser Ser lie
305310
Vai Cys Ser Leu Gly He His Gly 325
Ser Lys Vai Gin Gly Met Arg Ser 340
Leu Val Ser Arg Glu Lys Vai Glu 355 360
Phe lie His Arg lie Glu Pro Cys
370 375
Ser lie Gin Gin Arg Met Arg Phe 10 15
Glu Ala Lys Thr Ser Leu Ser Ser
30.
Leu Ala Leu Arg Ala Leu Ala Lys 45
Glu Ala Phe Leu Arg Ser Gin Glu 60
Arg Asp He His Glu Asp Leu Ala 7 580
Arg His Ser Ser Leu Thr Vai Arg 9095
Met Ala Arg Asp Tyr Arg Leu Vai
105110
Asp Asp Ser Asp Thr Vai Arg Glu 125
Tyr Gly Ser Ser Cys Leu Leu Arg 140
Asp Ser Ser He Gin Vai Arg He 155160
Leu Glu lie Gin Asp Leu Vai Pro 170175
Thr Gin Leu Asp Gly Thr Glu Arg 185190
Vai Leu Thr Arg Pro His Ser Gly 205
Leu Met Thr Cys Glu Met Leu Lys 220
Glu Gin lie Arg Thr Leu Leu Ala
235240
Ala Thr Leu Gin He He Leu Arg 250255
Ser lie Met Glu Ser Vai Gin Lys 265270
Arg Vai Gin Met Gin Ala Ala Ala
285
Phe Gly Glu Asp Lys Leu Thr Glu 300
Leu Cys Glu Ala Ala Ser Glu Ala
315320
Vai His Leu Ala Gly Arg Phe Leu 330335
Arg Vai Asn Leu Ala Phe Ala Leu
345350
Glu Ala Gly Asp Val Vai Ala Ser 365
Arg Ala He Glu Gin Phe Leu Cys • 380
510
Glu Asp Gin Lys Ile Phe Vai Ala Ser Ser Pro Leu Gin Vai Glu He
385 Met Lys Arg Asp Leu 390 Ala Lys Lys He lie 395 Arg Leu Leu Vai Ala 400 Ala
Gin Tyr Ser Lys 405 Ala Lys Met Vai Vai 410 Ala Gin Tyr Leu Ala 415 Gly Gin
Gin Vai Gly 420 Trp Ser Phe Cys Ser 425 Glu Vai Phe Trp Glu 430 Glu Gly Asp
Ser Glu 4 35 Asp Phe Vai Glu Pro 440 Leu Gin Glu Glu Ser 445 Phe Ala Phe Ala
Leu 450 Glu Lys Ala Leu Ser 455 Phe Leu Gin Arg Glu 4 60 Gly Gly Glu Ala Gly
4 65 Leu His Ala Vai He 470 Ser Leu Tyr Pro His 475 Ser Arg Trp Gin Asp 480 Lys
Leu Thr lie Leu 485 Glu Ala He Ala Tyr 490 Ser Glu Asn Arg lie 495 Ala Thr
Cys Phe Leu 500 Arg Glu Arg Cys Leu 505 Gin Glu Ala Ala Ser 510 Leu Gin Ser
515. Ala Ala Ala Gly Ala Vai 530 <210> 571 <211> 104 <212> PRT <213> C. Trachomatis D ; <400> 571 Met Gin Thr Ser Arg lie 520 Phe Ala 535 serovar Ser Ser Leu Phe Phe Phe Lys Arg Gly 525 Leu Vai His Leu
J. Tyr Arg Trp Ala 5 He Ser Pro Phe Leu 10 Gly Ala Pro Cys Arg 15 Phe Phe
Pro Thr Cys 20 Ser Glu Tyr Ala Leu 25 Vai Ala Leu Lys Lys 30 His Pro Leu
Arg Lys 35 Ser Leu Phe Leu He 40 Ala Lys Arg Leu Leu 45 Lys Cys Gly Pro
Trp 50 Cys lie Gly Gly He 55 Asp Leu Vai Pro Arg 60 Thr Ser Vai Glu Glu
65 Tyr Leu Ser Ser Pro 70 Thr Pro Leu Ala Glu 75 Ser Pro Asp Asp Arg 80 Thr
85 Vai Pro His Thr Gin Glu Thr Ser 100 <210> 572 <211> 336 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <4 00> 572 Met Gin Leu Phe Phe Gly Arg Phe Tyr 90 Glu Vai Ala Cys lie 95 Vai Tkla
1 Ser lie Leu Arg 5 Glu Arg Asp Vai Gly 10 Vai Phe Met Gly He. 15 Glu Gly
Arg Gly Ser 20- Gly Ala Met Gin Ser 25 Lys Lys Thr He Lys 30 Trp Leu Lys
Gin Ala 35 Leu Vai Leu Ser Ser 40 He Vai Asn He Leu 45 Leu Leu Leu Leu
lie 50 Tyr Ser Thr Vai Phe 55 Arg Lys Asp He Tyr 60 Lys Leu Arg Vai Phe
65 Pro Gly Asn Leu He 70 Ala Lys Ser Ser Arg 75 lie Gly Lys He Pro 80 Glu
Asp lie Leu Glu 85 Arg Leu Glu Asn Ala 90 Ser Phe Ala Asp Leu 95 Leu Ala
511
100
Leu Leu Gin Glu Glu Arg Met Val 115120
Ala Leu Gly Val Ser Ile Gin Lys 130135
Leu Thr His Pro Leu Thr Phe Ile
145150
Trp Leu Leu Pro Asp Ile Asn Asp 165
Tyr Leu Leu Thr Glu Arg Phe Pro 180 lie Met Val Arg Asp Cys Glu Ala
195200
Tyr Arg Phe Cys His Leu Pro Glu 210215
Phe Gly Ala Glu Ile Glu Ala Ala
225230
Ile Ile Gin Gly Gly Glu Asp Leu 245
Asn Arg Gin Thr Ala Ile Ser Asp 260
Ala Tyr Val Asp Arg Gin Glu Pro· 275280
His Asp Ala Asp Trp Val Leu His 290295
Ser Phe lie Gin Leu Leu Pro Arg
3053io
Leu Gly Cys Val Ala Gin Ser Cys 325 <210> 573 <211> 426 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 573
Met Tyr Val Arg Sér Ile Phe Phe 15
Gly Cys Ser Phe Ser Pro Pro Glu 20
Asp Asp Pro Arg Ser Leu Ser Pro 3540
Phe Ser Leu Ser Lys Ala Leu Phe 5055
Ser Gly Leu Thr Pro Ala Leu Val
6570
Gly Arg Phe Tyr Arg Phe Cys Ile 85
Gly Ser Leu Leu Leu Ala Glu Asp 100
Lys Gin Ala Gly Arg Tyr Ser Leu 115120
Ala Ser Ser Ser Ser Glu Ile Leu 130135
Gin Leu Leu. Ala Ile Leu Ala Ser
145150
Glu Asn Pro Phe Leu Ser Ser Gly 165
Gin Gly Gin Thr Leu Val Leu Gin 180
Ala His Val Glu Leu His Ser Ile
105 no
Phe Gly His Pro Leu Lys Ser Trp 125
Tyr Phe Val Asp He Ala Pro Met 140
Arg Leu Lys Ser Pro Glu Arg Thr 155160
Gin Glu Phe Thr Arg Ile Cys Gin 170175
Phe Ser Ser Arg Gly Phe Phe Arg
185190
Gly Met Val Asp Glu Asp Val Leu 205
Phe Leu Tyr Val Arg Ser Leu Leu 220
Ser Val Ala Ser Leu Ala Arg Met 235240
Phe Phe Ser Leu Cys Cys Leu Glu 250255
His Gin Arg Arg Cys Phe Leu Lys
265270
Leu Ala Ala Leu Leu Leu Leu Val 285
Glu Phe Ser Asp Ser Asp Leu Gin 300
Glu Ala His Tyr Thr Lys Lys Phe
315 320
Arg Leu Gly Ile. Leu Leu Glu Gly 330 335
Ser Ile Ile Ala Phe Leu Thr Val 10 15
Ser Gly Leu Ile Ile Ala Ile His
30
Glu Lys Gly Glu Asn Ala Phe His 45
Ala Thr Leu Phe Arg Glu Glu Leu 60
Ser Ser Tyr Gin Val Ser Glu Asp 7580
Arg Lys Asp Ala Lys Trp Ser Asp 9095
Val Ile Ala Ala Trp Glu His Thr
105HO
Leu Phe Glu Lys Leu Ser Phe Arg 125
He Glu Leu Lys Glu Pro Glu Pro 140
Pro Phe Phe Ala Val Tyr Arg Pro 155160
Pro Phe Met Pro Lys Thr Tyr Val 170175
Lys Asn Pro Tyr Tyr Tyr Asp His 185190
Asp Phe Arg- He lie Pro Asn Ile
WO 02/08267
PCT/US01/23121 .512
200
205
195
Tyr Thr Ala Leu His Leu Leu Arg Arg Gly Asp Val Asp Trp Vai Glv 210 215220
Gin Pro Trp His Gin Gly He Pro Phe Glu Leu Arg Thr Thr SerAla 225 230 235240
Leu Tyr Thr His Tyr Ser Vai Asp Gly Thr Phe Trp Leu He LeuAsn
245 250255
Pro Lys Asp Pro Vai Leu Ser Ser Leu Ser Asn Arg Gin Arg Leu He 260 265270
Ala Ala Val Gin Lys Glu Lys Leu Vai Lys Gin Ala Leu Gly Thr Gin 275 280285
Tyr Arg Vai Ala Glu Ser Ser Pro Ser Pro Glu Gly He He Ala His 290 295300
Gin Glu Ala Ser Thr Pro Phe Pro Gly Lys lie Thr Leu He TyrPro
305 310 325320
Asn Asn He Thr Arg Cys Gin Arg Leu Ala Glu Vai Leu Gin GluGin 325 330335
Cys Arg Asp Ala Gly lie Gin Leu Thr Leu Glu Gly Leu Glu Tyr His 340 345350
Val Phe Vai Gin Lys Arg Ala Thr Gin Asp Phe Ser Vai Ser Thr Ala 355 360365
Thr Ser He Ala Phe His Pro Leu Ala Lys Ser Lys Phe Asp Gin Thr 370 375380
Ala Leu Asp Asn Phe Thr Cys Leu Pro Leu Tyr His lie Glu TyrAso 385 390 395
Tyr lie Leu Ser Arg Pro Leu Asp Gin He Vai His Tyr Pro SerGly
405 410415
Ser Vai Asp Leu Thr Tyr Ala His Phe His
420
425 <210> 574 <211> 605 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 574
Met Gin Asn He Leu Arg Thr Ser Ser Cys Arg Tyr Met Phe Leu Leu 1 5 1015
Gly He Arg Ser Val Trp Asn Arg Val Ala Val Vai Asn Asn Phe Arg 20 2530
Gly Ser Ser Trp Lys He Vai Ala lie Pro Ser Cys He Leu Phe Thr 35 4045
Leu lie Phe His Leu Pro Arg Trp Leu lie Asp Phe Gly Vai Cys Thr 50 5560
Asn Leu Ala Cys Ser Leu Ser lie He Phe Trp Vai Phe Ser LeuArg 65 70 7580
Ser Ser Ala Ser Ala Arg He Phe Pro Ser Leu Leu Leu Tyr LeuCys
90 95.
Leu Leu Arg Leu Gly Leu Asn Leu Ala Ser Thr Arg Trp He Leu Ser 1Q0 105HO
Ser Gly Trp Ala Ser Pro Leu lie Phe Ala Leu Gly Asn Phe Phe Ser 115 120125
Leu Gly Ser He Pro Val Ala Leu Thr Vai Cys Leu Leu Leu Phe Leu 130 135140
Val Asn Phe. Leu Vai lie Thr Lys Gly Ala Glu Arg lie Ala GluVai 145 I50 155160
Arg Ala Arg Phe Ser Leu Glu Ala Leu Pro.Gly Lys Gin Met SerLeu
165 170175
Asp Ala Asp He Ala Ala Gly Arg lie Gly Tyr Ser Arg Ala Ser Vai 180 185190
Lys Lys Ser Ser Leu Leu Glu Glu Ser Asp Tyr Phe Ser Ala Met Glu
513
195 200 205
Gly Val 210 Phe Arg Phe Val Lys 215 Gly Asp Ala Ile Met 220 Ser Trp Val Leu
Leu 225 Gly Val Asn Ile Leu 230 Ala Ala Leu Phe Leu 235 Gly Arg Ala Thr His 240
Val Gly Asp Leu Trp Leu Thr Val Leu Gly Asp Ala Leu Val Ser Gin
245 250 255
Ile Pro Ala Leu 260 Leu Thr Ser Cys Ala 265 Ala Ala Thr Leu Ile 270 Ala Lys
Val Gly Glu 275 Lys Glu Ser Leu Ala 280 Gin His Leu Leu Asp 285 Tyr Tyr Glu
Gin Ser 290 Arg Gin Ser Phe Leu 295 Phe Ile Ala Leu Ile 300 Leu Cys Gly Met
Tkla 305 Cys Ile Pro Gly Ala 310 Pro Lys Ala Leu Ile 315 Leu Gly Phe Ser Val 320
Leu Leu Phe Leu Gly Tyr Lys Asn Pro Ser Ser Gly Glu Thr Leu Leu
Phe 325 330 335
Gin Lys Glu Arg Val Glu Phe Val Leu Pro Asp Glu Gly Val Gly
34 0 345 350
Asn Pro Ala Asn Leu Tyr Lys Asp Ala Arg Asn Gin Ile Tyr Gin Glu
355 360 365
Leu Gly 370 Val Val Phe Pro Glu 375 Ala Ile Val Val Arg 380 His Val Thr Gly
Ser 385 Ser Pro Arg Leu Ile 390 Phe Ser Gly Gin Glu 395 Val Ala Leu Arg Glu 400
Leu Ser Cys Pro Ala Ile Leu Glu Ser Ile Arg Gin Leu Ala Pro Glu
Ile 4 05 410 415
Thr Ser Glu Arg Phe Val Thr Arg Leu Val Asp Glu Phe Arg Glu
His 420 425 430
Ala Phe Leu Ser Ile Glu Glu Ile Leu Pro Leu Lys Ile Ser Glu
435 440 445
Asn Ser Leu Ile Phe Leu Leu Arg Ala Leu Val Arg Glu Arg Val Ser
Leu 465 450 455 460
His Leu Phe Pro Lys 470 Ile Leu Glu Ala Ile 475 Asp Val Tyr Gly Ser 480
Gin Pro Lys Asn Ser Gin Glu Leu Val Glu Cys Val Arg Lys Tyr Leu
Gly 485 490 495
Lys Gin Ile Gly Leu Ser Leu Trp Asn Arg Gin Asp Val Leu Glu
500 505 510
Val Ile Thr Ile Asp Ser Leu Val Glu Gin Phe Val Arg Asp Ser Gin
515 520 525
Glu Lys 530 Val Val Leu Asp Leu 535 Asn Glu Lys Val Val 540 Ala Gin Val Lys
His 545 Leu Leu Arg Val Gly 550 Glu Gly Asn Phe Arg 555 Ala Ile Val Thr Gly 560
Ser Glu Thr Arg Lys Glu Leu Lys Arg Ile Val Asp Pro Tyr Phe Pro
565 570 575
Asp Leu Leu Val Leu Ala His Ser Glu Leu Pro Glu Glu Ile Pro Ile
Thr 580 585 590
Leu Leu Gly Ala Val Ser Asp Glu Val Leu Leu Ser
595 600 605
<210> 575 <211> 173 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 575
Met Lys Lys Phe Leu Leu Leu Ser Leu 1 5
Thr Phe Ala Ala Asn Ser Thr Gly Thr
Met Ser Leu Ser Ser Leu Pro 10 15
Tle Gly Ile Val Asn Leu Arg
514
20 25 30
Arg Cys Leu Glu Glu Ser Ala Leu Gly Lys Lys Glu Ser Ala Glu Phe
35 40 45
Glu Lys Met Lys Asn Gin Phe Ser Asn Ser Met Gly Lys Met Glu Glu
50 55 60
Glu Leu Ser Ser lie Tyr Ser Lys Leu Gin Asp Asp Asp Tyr Met Glu
65 70 75 80
Gly Leu Ser Glu Thr Ala Ala Ala Glu Leu Arg Lys Lys Phe Glu Asp
85 90 95
Leu Ser Ala Glu Tyr Asn Thr Ala Gin Gly Gin Tyr Tyr Gin lie Leu
Asn 100 105 110
Gin Ser Asn Leu Lys Arg Met Gin Lys lie Met Glu Glu Val Lys
Lys 115 120 125
Ala Ser Glu Thr Val Arg lie Gin Glu Gly Leu Ser Val Leu Leu
130 135 140
Asn 145 Glu Asp He Val Leu 150 Ser lie Asp Ser Ser 155 Ala Asp Lys Thr Asp 160
Ala Val lie Lys Val Leu Asp Asp Ser Phe Gin Asn Asn
165 170
<210> 576 <211> 354 <212> PRT
<213> C . Trachomatis D ; serovar
<400> 576
Met Ser Gin Ser Thr Tyr Ser Leu Glu Gin Leu Ala Asp Phe Leu Lys
1 5 10 15
Val Glu Phe Gin Gly Asn Gly Ala Thr Leu Leu Ser Gly Val Glu Glu
20 25 30
•He Glu Glu Ala Lys Thr Ala His lie Thr Phe Leu Asp Asn Glu Lys
Tyr 35 40 45
Ala Lys His Leu Lys Ser Ser Glu Ala Gly Ala lie Ile lie Ser
50 55 60
Arg Thr Gin Phe Gin Lys Tyr Arg Asp Leu Asn Lys Asn Phe Leu lie
65 70 75 80
Thr Ser Glu Ser Pro Ser Leu Val Phe Gin Lys Cys Leu Glu Leu Phe
85 90 95
lie Thr Pro Val Asp Ser Gly Phe Pro Gly lie His Pro Thr Ala Val
His 100 105 110
lie Pro Thr Ala lie lie Glu Asp His Val Cys lie Glu Pro Tyr
115 120 125
Ala Val Val Cys Gin His Ala His Val Gly Ser Ala Cys His He Gly
130 135 140
Ser Gly Ser Val Ile Gly Ala Tyr Ser Thr Val Gly Glu His Ser Tyr
145 His 150 155 160
lie Pro Arg Val Val Ile Arg Glu Arg Val Ser lie Gly Lys Arg
165 170 175
Val lie lie Gin Pro Gly Ala Val lie Gly Ser Cys Gly Phe Gly Tyr
180 185 190
Val Thr Ser Ala Phe Gly Gin His Lys His Leu Lys His Leu Gly Lys
195 200 205
Val lie lie Glu Asp Asp Val Glu He Gly Ala Asn Thr Thr lie Asp
210 215 220
Arg 225 Gly Arg Phe Lys His 230 Ser Val Val Arg Glu 235 Gly Ser Lys Ile Asp 240
Asn Leu Val Gin lie Ala His Girt Val Glu Val Gly Gin His Ser Met
245 250 255
lie Val Ala Gin Ala Gly lie Ala Gly Ser Thr Lys lie Gly Asn His
260 265 270
Val lie lie Gly Gly Gin Ala Gly lie Thr Gly His lie Cys lie Ala
515
275280
Asp His Val lie Met Met Ala Gin Thr 290295
Ser Pro Gly lie Tyr Gly Gly Ala Pro 305310
His Arg Gin Val Ala Lys Vai Arg Asn 325 lie Ala Ala Leu Glu Lys Leu Vai Gin
340345
Gin His
285
Gly Vai Thr Lys Ser He Thr 300
Ala Arg Pro Tyr Gin Glu He
315 320
Leu Pro Arg Leu Glu Glu Arg 330 335
Lys Leu Glu Ala Leu Ser Glu
350 <210> 577 < 2H> 421 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 577
Met Thr Ala Ser Gly Gly Ala Gly 15
Asp Vai Ala Arg Ala Gin Ala Ala
Vai lie Gly Ser Gin Glu Ala Ser
3540
Glu Asp Leu He Asn Pro Ala Ala
5055
Glu Lys Phe Glu Ser Leu Glu Ala
6570
Ala Glu Lys Lys Ser Glu Ser Thr
Glu Asp. Arg Phe Thr Glu Asp Leu
100
Arg Gly Leu Lys Asn Ser Phe Asp 115120
Leu Asp Ala Leu Thr Ser Lys Phe
130135
Ala Leu Asp Tyr Leu lie Gin Thr
145150
Ser Thr Leu He Gin Ala Lys His
165
Ala lie Vai Gly Gly Arg Asn Vai
180
Ser Arg Ala Asn Thr Ser Pro Ser
195200
Vai Thr Ser Ser Pro Ser Asn Cys
210215
Ser Tyr Leu Pro Ser Glu Lys Thr
225230
Gly Met Vai Ala Asp Leu Lys Ser
245
Lys Leu Gin Vai Tyr Met Thr Glu 260
Ser Vai Asn Ser Phe Phe Asp Arg
275280
Leu Lys His Glu Gly His Ala Pro
290295
Leu Thr Lys Thr Phe Leu Gin Leu
305310
Ser Lys Ala Gin Lys Ala Leu Asn
325
Pro Gin Thr Glu Vai Leu Ash Leu
Gly Leu Gly Ser Thr Gin Thr Vai 1015
Ala Ala Thr Gin Asp Ala Gin Glu 2530
Glu Ala Ser Met Leu Lys Gly Cys 45
Ala Thr Arg He Lys Lys Lys Gly 60
Arg Arg Lys Pro Thr Ala Asp Lys 7580
Glu Glu Lys Gly Asp Thr Pro Leu 9095
Ser Glu Vai Ser Gly Glu Asp Phe 105no
Asp Asp Ser Ser Pro Asp Glu lie 125
Ser Asp Pro Thr lie Lys Asp.Leu 140
Ala Pro Ser Asp Gly Lys Leu Lys 155160
Gin Leu Met Ser Gin Asn Pro Gin 170175
Leu Leu Ala Ser Glu Thr Phe Ala
185190
Ser Leu Arg Ser Leu Tyr Phe Gin 205
Ala Asn Leu His Gin Met Leu Ala 220
Ala Vai Met Glu Phe Leu Vai Asn
235240
Glu Gly Pro Ser lie Pro Pro Ala 250255
Leu Ser Asn Leu Gin Ala Leu His
265270
Asn lie Gly Asn Leu Glu Asn Ser 285
He Pro Ser Leu Thr Thr Gly Asn 300
Vai Glu Asp Lys Phe Pro Ser Ser
315 320
Glu Leu Vai Gly Pro Asp Thr Gly 330 335
Phe Phe Arg Ala Leu Asn Gly Cys
516
340
Ser Pro Arg He 355
Val He Thr Asn
370
Pro Lys Pro Gly 385
His Ala Pro Val
Gin Pro Pro Ser
420
Phe Ser Gly Ala 360
Thr Leu Asp Ala 375
Asp Phe Pro Arg 390
Pro Gin Ser Glu 405
Pro
345
Glu Lys Lys Gin
Ile Asn Ala Asp 380
Ser Ser Phe Ser ' 395
He Pro Thr Ser 410
350
Gin Leu Ala Ser 365
Asn Glu Asp Tyr
Ser Thr Pro Pro 4 00
Pro Thr Ser Thr 415 <210> 578 <211> 231 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 578
Met Met Glu Val Phe Met Asn Phe Leu Asp Gin Leu Asp Leu He lie τ’ 5 1015
Gin Asn Lys His Met Leu Glu His Thr Phe Tyr Val Lys Trp Ser Lys 20 2530
Gly Glu Leu Thr Lys Glu Gin Leu Gin Ala Tyr Ala Lys Asp Tyr Tyr35 4045
Leu His Ile Lys Ala Phe Prd Lys Tyr Leu Ser Ala Ile His Ser Arg
55 60- V ys Asp Asp Leu Glu Ala Arg Lys Leu Leu Leu Asp Asn Leu MetAsp 65 70 7580
Glu Glu Asn Gly Tyr Pro Asn His Ile Asp Leu Trp Lys Gin PheVal
9095
Phe Ala Leu Gly Val Thr Pro Glu Glu Leu Glu Ala His Glu Pro Ser 100 105no
Glu Ala Ala Lys Ala Lys Val Ala Thr Phe Met Arg Trp Cys Thr Gly 115 120125 ASP LeU Ala Ala G1V Val Ala Ala Leu TVr Tyr Glu Ser Gin
130 135140 lie Pro Arg Ile Ala Arg Glu Lys Ile Arg Gly Leu Thr Glu TyrPhe *T 150 155160
Gly Phe Ser Asn Pro Glu Asp Tyr Ala Tyr Phe Thr Glu His GluGlu
165 170175
A_a Asp Val Arg His Ala Arg Glu Glu Lys Ala Leu He Glu Met Leu 180 185190
Leu Lys Asp Asp Ala Asp Lys Val Leu Glu Ala Ser Gin Glu Val Thr 195 200205
Gin Ser Leu Tyr Gly Phe Leu Asp Ser Phe Leu Asp Pro Gly Thr Cvs 210 215220
Cys Ser Cys His Gin Ser Tyr
225230 <210> 579 <211> 243 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 579
Met Lys lie Thr Pro Ile Lys Thr Arg Lys Val Phe Ala His Asp Ser 1 5 1015
Leu Gin Glu He Leu Gin Glu Ala Leu Pro Pro Leu Gin Glu Arg Ser 20 2530
Val Val Val Val Ser Ser Lys Ile Val Ser Leu Cys Glu Gly Ala Val 35 4045
517
Ala Asp Ala Arg Met Cys Lys Ala Glu Leu He Lys Lys Glu Ala Asp
50 55 60
Ala Tyr Leu Phe Cys Glu Lys Ser Gly He Tyr Leu Thr Lys Lys Glu
65 70 75 80
Gly lie Leu lie Pro Ser Ala Gly lie Asp Glu Ser Asn Thr Asp Gin
85 90 95
Pro Phe Val Leu Tyr Pro Lys Asp lie Leu Gly Ser Cys Asn Arg lie
100 105 110
Gly Glu Trp Leu Arg Asn Tyr Phe Arg Val Lys Glu Leu Gly Val He
115 120 125
Ile Thr Asp Ser His Thr Thr Pro Met Arg Arg Gly Val Leu Gly lie
130 135 140
Gly Leu Cys Trp Tyr Gly Phe Ser Pro Leu His Asn Tyr He Gly Ser
145 150 155 160
Leu Asp Cys Phe Gly Arg Pro Leu Gin Met Thr Gin Ser Asn Leu Val
165 170 175
Asp Ala Leu Ala Val Ala Ala Val Val Cys Met Gly Glu Gly Asn Glu
180 185 190
Gin Thr Pro Leu Ala Val lie Glu Gin Ala Pro Asn Met Val Tyr His
195 200 205
Ser His Pro Thr Ser Arg Glu Glu Tyr Cys Ser Leu Arg He Asp Glu
210 215 220
Thr Glu Asp Leu Tyr Gly Pro Phe Leu Gin Ala Val Thr Trp Ser Gin
225 230 235 240
Glu Lys Lys
<210> 580 <211> 383' <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 580
Met Leu Pro His Gin Gin Asn Ser Ser Ser Glu Arg Ala Arg His His 1 3 1015
Glu Ser Arg Ser His Arg His Ser Ser Ser Ser Arg His His Val Thr 20 2530
Arg Ser Gin Ser Ser Ala Leu Pro Gin Leu Gin Glu Arg Pro Val Pro 35 4045
His Pro Leu Ala Glu Arg Glu Leu lie lie Phe His Ser Val His Gin 50 5560
Gin Gin Asn Asn Asn Pro Leu Arg Met lie Cys Asp Thr lie ArgGin
70 755Q
Ala Gin Arg Gly lie Phe Met Arg lie Tyr Thr lie Ser Ser AspAsp
90 -95 lie lie Gin Ser Leu lie Gin Thr Ser His His Val Pro Val Glu Val 100 105HO
Lys Tyr His Cys Gly Glu Ser Leu Pro Val Ala Cys Gin Asn Ser Arq 115 120125
Val Val Leu Arg Leu Thr Asn Gly Arg Thr Leu Gin His Lys Lys Thr 130 135140
Met Leu Ala Asp Phe Gin Thr Val Val Thr Gly Ser Ala Asn TyrThr
I45 150 155160
Asp Leu Ser Leu Asn His Asp Ala Asn Val Thr Ala Cys lie GluSer
165 170175
Ser Glu Leu His Asp Ala Val Phe Ser Glu Arg Pro Gin Leu Val His 180 185190
Val Gly Pro Gin Leu Leu Asn Tyr lie Pro lie Gin Arg Leu lie Pro 195 200205
Asn Ala Ala Ser Lys Met lie Leu Asn Ala lie Asn Gin Ala Thr Asn 210 215. 220
518
Ser Ile Phe Val Leu Met Tyr Ile Phe Leu Ser Pro Glu Phe Phe Leu
225 230 235 240
Ala Leu Ala Gin Ala Met Arg Arg Gly Val Arg Val Lys Val Ile Ile
Asp 24 5 250 255
Asn His Ser 260 Lys Gin Asp Thr Cys 265 Lys Leu Leu Ser Lys 270 Leu Gly
Ile Gin Leu Pro Ile Tyr Glu Arg Lys Thr Glu Gly Val Leu His Thr
275 280 285
Lys Ile 290 Cys Cys Ile Asp Asn 295 Lys Thr Leu Ile Phe 300 Gly Ser Ala Asn
Trp Ser Gly Ala Gly Met Ile Lys Asn Phe Glu Asp Leu Phe Ile Leu
305 Pro 310 315 320
Arg Ile' Thr Glu Thr Gin Leu Gin Ala Phe Met Asp Val Trp Ser
Leu 325 330 335
Leu Glu Thr Asn Sér Ser Tyr Leu Ser Pro Glu Ser Val Leu Thr
Ala 340 345 350
Pro Thr 355 Pro Ser Ser Arg Pro 360 Thr Gin Gin Asp Thr 365 Asp Ser Asp
Asp Glu 370 Gin Pro Ser Thr Ser 375 Gin Gin Asp Ile Arg 380 Met Arg Lys
<210> 581 <211> 193 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 581
Met Trp Phe Phe Leu Gly Ser Pro Ser Ala Ile Thr Asn Phe Ser Arg 1 5 1015
Val Asp Val Ala Leu Asn Leu Arg He Asn Arg Gin He Arg Ala Pro 20 2530
Arg Val Arg Val Ile Gly Ser Ala Gly Glu Gin Leu Gly Ile Leu Ser 35 40
Ile Lys Glu Ala Leu Asp Leu Ala Lys Glu Ala Asn Leu Asp Leu Val 50 5560
Glu Val Ala Ser Asn Ser Glu Pro Pro Val Cys Lys lie Met AspTvr 65 70 75go
Gly Lys Tyr Arg Tyr Asp Val Thr Lys Lys Glu Lys Asp Ser LysLys
9095
Ala Gin His Gin Val Arg Ile Lys Glu Val Lys Leu Lys Pro Asn Ile 100 105110
Asp Asp Asn Asp Phe Leu Thr Lys Ala Lys Gin Ala Arg Ala Phe Ile 115 120125
Glu Lys Gly Asn Lys Val Lys Val Ser Cys Met Phe Arg Gly Arq Glu 130 135
Leu Ala Tyr Pro Glu His Gly Tyr Lys Val lie Gin Arg Met CysGin
145 150 155J6Q
Gly Leu Glu Asp Ile Gly Phe Val Glu Ser Glu Pro Lys Leu AsnGly
165 no175
Arg Ser Leu Ile Cys Val He Ala Pro Gly Thr Leu Lys Thr Lys Lvs 180 185190
Lys <210> 582 <211> 264 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 582
Met Gly Asn Ser Gly Phe Tyr Leu
Tyr Asn Thr Glu Asn Cys Val Phe
519
1 5 10 15
Ala Asp Asn lie 20 Lys Vai Gly Gin Met 25 Thr Glu Pro Leu Lys 30 Asp Gin
Gin lie lie 35 Leu Gly Thr Lys Ser 40 Thr Pro Vai Ala Ala 45 Lys Met Thr
Ala Ser 50 Asp Gly lie Ser. Leu 55 Thr Vai Ser Asn Asn 60 Ser Ser Thr Asn
Ala 65 Ser He Thr lie Gly 70 Leu Asp Ala Glu Lys 75 Ala Tyr Gin Leu He 80
Leu Glu Lys Leu Gly 85 Asn Gin lie Leu Asp 90 Gly He Ala Asp Thr 95 He
Vai Asp Ser Thr 100 Vai Gin Asp He Leu 105 Asp Lys lie Thr Thr HO Asp Pro
Ser Leu Gly 115 Leu Leu Lys Ala Phe 120 Asn Asn Phe Pro He 125 Thr Asn Lys
lie Gin 130 Cys Asn Gly Leu Phe 135 Thr Pro Ser Asn He 14 0 Glu Thr Leu Leu
Gly 145 Gly Thr Glu lie Gly 150 Lys Phe Thr Vai Thr 155 Pro Lys Ser Ser Gly 160
Ser Met Phe Leu Vai 165 Ser Ala Asp He He 170 Ala Ser Arg Met Glu 175 Gly
Gly Vai Vai Leu 180 Ala Leu Vai Arg Glu 185 Gly Asp Ser Lys Pro 190 Cys Ala
lie Ser Tyr 195 Gly Tyr Ser Ser Gly 200 Vai Pro Asn Leu Cys 205 Ser Leu Arg
Thr Ser 210 lie Thr Asn Thr Gly 215 Leu Thr Pro Thr Thr 220 Tyr Ser Leu Arg
Vai 225 Gly Gly Leu Glu Ser 230 Gly Vai Vai Trp Vai 235 Asn Ala Leu Ser Asn 240
Gly Asn Asp lie Leu Gly 245 Glu Vai lie Pro Gin Thr 260 <210> 583 <211> 1053 <212> PRT <213> C. Trachomatis D £ <400> 583 He Thr Asn Ala serovar Asn Thr 250 Ser Asn Vai Ser Phe 255 Leu
Met 1 Phe Thr Arg Ile 5 Vai Met Vai Asp Leu 10 Gin Glu Lys Gin Cys 15 Thr
lie Vai Lys Arg 20 Asn Gly Met Phe Vai 25 Pro Phe Asp Arg Asn 30 Arg He
Phe Gin Ala 35 Leu Glu Ala Ala Phe 40 Arg Asp Thr Arg Arg 45 He Asp Asp
His Met 50 Pro Leu Pro Glu Asp 55 Leu Glu Ser Ser lie 60 Arg Ser He Thr
His 65 Gin Vai Vai Lys Glu 70 Vai Vai Gin Lys lie 75 Thr Asp Gly Gin Vai 80
Vai Thr Vai Glu Arg 85 lie Gin Asp Met Vai 90 Glu Ser Gin Leu Tyr 95 Vai
Asn Gly Leu Gin 100 Asp Vai Ala Arg Asp 105 Tyr He Vai Tyr Arg 110 Asp Asp
Arg Lys Ala 115 His Arg Lys Lys Ser 120 Trp Gin Ser Leu Ser 125 Vai Vai Arg
Arg Cys 130 Gly Thr Vai Vai His 135 Phe Asn Pro Met Lys 140 lie Ser Ala Ala
Leu 145 Glu Lys Ala Phe Arg 150 Ala Thr Asp Lys Thr 155 Glu Gly Met Thr Pro 160
Ser Ser Vai Arg Glu Glu He Asn Ala Leu Thr. Gin Asn lie Vai Ala
165 170 175
Glu lie Glu Glu Cys Cys Pro 180 Gin Gin Asp Arg Arg lie Asp 185 190 lie Glu
Lys lie Gin Asp lie Vai Glu 195 Gin Gin Leu Met Val Vai Gly 200 205 His Tyr
Ala Vai Ala Lys Asn Tyr lie 210 215 Leu Tyr Arg Glu Ala Arg Ala 220 Arg Vai
Arg 225 Asp Asn Arg Glu Glu Asp 230 Gly Ser Thr Glu Lys Thr lie 235 Ala Glu 240
Glu Ala Val Glu Vai Leu Ser 245 Lys Asp Gly Ser Thr Tyr Thr 250 Met Thr 255
His Ser Gin Leu Leu Ala His 260 Leu Ala Arg Ala Cys Ser Arg 265 270 Phe Pro
Glu Thr Thr Asp Ala Ala Leu 275 Leu Thr Asp Met Ala Phe Ala 280 285 Asn Phe
Tyr Ser Gly lie Lys Glu Ser 290 295 Glu Val Vai Leu Ala Cys lie ' 300 Met Ala
Ala 305 Arg Ala Asn lie Glu Lys 310 Glu Pro Asp Tyr Ala Phe Vai 315 Ala Ala 320
Glu Leu Leu Leu Asp Val Vai 325 Tyr Lys Glu Ala Leu Gly Lys 330 Ser Lys 335
Tyr Ala Glu Asp Leu Glu Gin 340 Ala His Arg Asp His Phe Lys 345 350 Arg Tyr
lie Ala Glu Gly Asp Thr Tyr 355 Arg Leu Asn Ala Glu Leu Lys 360 365 His Leu
Phe Asp Leu Asp Ala Leu Ala 370 375 Asp Ala Met Asp Leu Ser Arg 380 Asp Leu
Gin 385 Phe Ser Tyr Met Gly lie 390 Gin Asn Leu Tyr Asp Arq Tyr 395 Phe Asn 4 00
His His Glu Gly Cys Arg Leu 405 Glu Thr Pro Gin lie Phe Trp 410 Met Arg 415
Vai Ala Met Gly Leu Ala Leu 420 Asn Glu Gin Asp Lys Thr Ser 425 430 Trp Ala
lie Thr Phe Tyr Asn Leu Leu 435 Ser Thr Phe Arg Tyr Thr Pro 440 445 Ala Thr
Pro Thr Leu Phe Asn Ser Gly 450 455 Met Arg His Ser Gin Leu Ser 4 60 Ser Cys
Tyr.Leu Ser Thr Vai Gin Asp 465 ' 470 Asn Leu Vai Asn lie Tyr Lys 475 Vai lie 480
Ala Asp Asn Ala Met Leu Ser 485 Lys Trp Ala Gly Gly lie Gly 490 Asn Asp 495
Trp Thr Ala Ile Arg Ala Thr 500 Gly Ala Leu lie Lys Gly Thr 505 510 Asn Gly
Arg Ser Gin Gly Vai lie Pro 515 Phe lie Lys Vai Thr Asn Asp 520 525 Thr Ala
Vai Ala Vai Asn Gin Gly Gly 530 535 Lys Arg Lys Gly Ala Vai Cys 540 Vai Tyr
Leu 545 Glu Vai Trp His Leu Asp 550 Tyr Glu Asp Phe Leu Glu Leu 555 Arg Lys 560
Asn Thr Gly Asp Glu Arg Arg 565 Arg Ala His Asp Vai Asn lie 570 Ala Ser 575
Trp lie Pro Asp Leu Phe Phe 580 Lys Arg Leu Gin Gin Lys Gly 585 590 Thr Trp
Thr Leu Phe Ser Pro Asp Asp 595 Vai Pro Gly Leu His Asp Ala 600 605 Tyr Gly
Glu Glu Phe Glu Arg Leu Tyr 610 615 Glu Glu Tyr Glu Arg Lys Vai 620 Asp Thr
Gly 625 Glu lie Arg Leu Phe Lys 630 Lys Vai Glu Ala Glu Asp Leu 635 Trp Arg 640
Lys Met Leu Ser Met Leu Phe 645 Glu Thr Gly His Pro Trp Met 650 Thr Phe 655
'521
Lys Asp Pro Ser Asn 660 Ile Arg Ser Ala Gin Asp 665 His Lys Gly 670 Val Val
Arg Cys Ser Asn Leu Cys Thr Glu Ile Leu Leu Asn Cys Ser Glu Thr
675 680 685
Glu Thr Ala Val Cys Asn Leu Gly Ser Ile Asn Leu Val Gin His Ile
690 695 700
Val Gly Asp Gly Leu Asp Glu Glu Lys Leu Ser Glu Thr He Ser Ile
705 710 715 720
Ala Val Arg Met Leu Asp Asn Val Ile Asp Ile Asn Phe Tyr Pro Thr
725 730 735
Lys Glu Ala Lys Glu Ala Asn Phe Ala His Arg Ala Ile Gly Leu Gly
740 745 750
Val Met Gly Phe Gin Asp Ala Leu Tyr Lys Leu Asp Ile Ser Tyr Ala
755 760 765
Ser Gin Glu Ala Val Glu Phe Ala Asp Tyr Ser Ser Glu Leu Ile Ser
770 775 780
Tyr Tyr Ala Ile Gin Ala Ser Cys Leu Leu Ala Lys Glu Arg Gly Thr
785 790 795 800
Tyr Ser Ser Tyr Lys Gly Ser Lys Trp Asp Arg Gly Leu Leu Pro Ile
805 810 815
•Asp Thr Ile Gin Leu Leu Ala Asn Tyr Arg Gly Glu Ala Asn Leu Gin
820 825 830
Met Asp Thr Ser Ser Arg Lys Asp Trp' Glu Pro Ile Arg Ser Leu Val
835 840 845
Lys Glu His Gly Met Arg His Cys Gin Leu Met Ala Ile Ala Pro Thr
850 855 860
Ala Thr Ile Ser Asn Ile Ile Gly Val Thr Gin Ser Ile Glu Pro Thr
865 870 875 880
Tyr Lys His Leu Phe Val Lys Ser Asn Leu Ser Gly Glu Phe Thr Ile
885 890 895
Pro Asn Val Tyr Leu Ile Glu Lys Leu Lys Lys Leu Gly Ile Trp Asp
900 905 910
Ala Asp Met Leu Asp Asp Leu Lys Tyr Phe Asp Gly Ser Leu Leu Glu
915 920 925
Ile Glu Arg Ile Pro Asp His Leu Lys His He Phe Leu Thr Ala Phe
930 935 940
Glu Ile Glu Pro Glu Trp Ile Ile Glu Cys Ala Ser Arg Arg Gin Lys
945 950 955 •960
Trp Ile Asp Met Gly Gin Ser Leu Asn Leu Tyr Leu Ala Gin Pro Asp
965 970 975
Gly Lys Lys Leu Ser Asn' Met Tyr Leu Thr Ala Trp Lys Lys Gly Leu
980 985 990
Lys Thr Thr Tyr Tyr Leu Arg Ser Ser Ser Ala Thr Thr Val Glu Lys
995 1000 1005
Ser Phe Val Asp Ile Asn Lys Arg Gly Ile Gin Pro Arg Trp Met Lys
101C ) 1015 1020
Asn Lys Ser Ala Ser Ala Gly Ile Ile Val Glu Arg Ala Lys Lys Ala
1025 1030 1035 1040
Pro Val Cys Ser Leu Glu Glu Gly Cys Glu Ala Cys Gin
1045 1050
<210> 584 <211> 346 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 584
Met Gin Ala Asp Ile Leu Asp Gly 15
Ser Lys Arg Leu Val Asn Cys Asn 20
Lys Gin Lys Arg Val Asn Leu Asn
1015
Gin Val Asp Val Asn Gin Leu Val
2530
522
Pro lie Lys Tyr Lys Trp Ala 35
Asn Asn Trp Leu Pro Thr Glu 50 55
Trp Lys Ser Asp Arg Leu Ser 65 70
Asn Leu Gly Phe Phe Ser Thr 85
Vai Leu Ala lie Phe Lys His 100 '
Leu Leu Arg Gin Ala Phe Glu 115
Tyr lie Cys Glu Ser Leu Gly 130135
Tyr Asn Glu Arg Ala Ala lie 145150 lie Thr Gly Lys Vai Leu Asp 165·
Gly Leu Gin Glu Phe Vai Lys 180
Glu Gly lie Phe Phe Tyr Ser 195
Arg Gin Asn Lys Met lie Gly 210 215
Arg Asp Glu Thr lie His Leu 225 230 lie Lys Glu Glu Asn Pro Glu 245 lie Vai Glu Leu lie Lys Arg 260
Gin Asp Cys Leu Pro Arg Gly 275
Ile Asp Tyr Vai Gin His He 290 295
Leu Lys Pro lie Tyr His Thr 305 310
Thr lie Asp Leu Asn Lys Glu 325
Glu Tyr Gin His Ala Ala Ser 340
Trp Glu His Tyr Leu Asn Gly Cys Ala 4045 lie Pro Met Gly Lys Asp lie Glu Leu 60
Glu Asp Glu Arg Arg Vai He Leu Leu 7580
Ala Glu Ser Leu Vai Gly Asn Asn He 9095
Vai Thr Asn Pro Glu Ala Arg Gin Tyr 105110
Glu Ala Vai His Thr His Thr Phe Leu
120125
Leu Asp Glu Lys Glu He Phe Asn Ala 140
Lys Ala Lys Asp Asp Phe Gin Met Glu 155160
Pro Asn Phe Arg Thr Asp Ser Vai Glu 170175
Asn Leu Vai Gly Tyr Tyr He He Met 185190
Gly Phe Vai Met lie Leu Ser Phe His
200205 lie Gly Glu Gin Tyr Gin Tyr lie Leu 220
Asn Phe Gly He Asp Leu He Asn Gly 235240
He Trp Thr Pro Glu Leu Gin Gin Glu 250 '255
Ala Vai Asp Leu Glu lie Glu Tyr Ala 265270
He Leu Gly Leu Arg Ala Ser Met Phe
280285
Ala Asp Arg Arg Leu Glu Arg Ile Gly 300
Lys Asn Pro Phe Pro Trp Met Ser Glu
315320
Lys Asn Phe Phe Glu Thr Arg Vai lie 330335
Leu Thr Trp
345 <210> 585 <211> 326 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 585
Met Ser Phe Phe His Thr Arg Lys Tyr Lys Leu lie Leu Arg Gly Leu 1 5 1015
Leu Cys Leu Ala Gly Cys Phe Leu Met Asn Ser Cys Ser Ser Ser Arg 20 2530
Gly Asn Gin Pro Ala Asp Glu Ser lie Tyr Vai Leu Ser Met Asn Arg 35 4045
Met lie Cys Asp Cys Vai Ser Arg lie Thr Gly Asp Arg Vai Lys Asn 50 5560 lie Vai Leu lie Asp Gly Ala lie Asp Pro His Ser Tyr Glu MetVai
70 7580
Lys Gly Asp Glu Asp Arg Met Ala Met Ser Gin Leu He Phe CysAsn .9095
Gly Leu Gly Leu Glu His Ser Ala Ser Leu Arg Lys His Leu Glu Gly 100 105 -110
523
Asn Pro Lys Val Vai Asp Leu Gly Gin Arg Leu Leu Asn 125 Lys Asn Cys
115 120
Phe Asp 130 Leu Leu Ser Glu Glu 135 Gly Phe Pro Asp Pro 140 His He Trp Thr
Asp 145 Met Arg Vai Trp Gly 150 Ala Ala Vai Lys Glu 155 Met Ala Ala Ala Leu 160
lie Gin Gin Phe Pro 165 Gin Tyr Glu Glu Asp 170 Phe Gin Lys Asn Ala 175 Asp
Gin He Leu Ser 180 Glu Met Glu Glu Leu 185 Asp Arg Trp Ala Ala 190 Arg Ser
Leu Ser Thr 195 He Pro Glu Lys Asn 200 Arg Tyr Leu Vai Thr 205 Gly His Asn
Ala Phe 210 Ser Tyr Phe Thr Arg 215 Arg Tyr Leu Ser Ser 220 Asp Ala Glu Arg
Vai 225 Ser Gly Glu Trp Arg 230 Ser Arg Cys He Ser 235 Pro Glu Gly Leu Ser 240
Pro Glu Ala Gin lie 245 Ser He Arg Asp He 250 Met Arg Vai Vai Glu 255 Tyr
lie Ser Ala Asn 260 Asp Vai Glu Vai Vai 265 Phe Leu Glu Asp Thr 270 Leu Asn
Gin Asp Ala 275 Leu Arg Lys He Vai 280 Ser Cys Ser Lys Ser 285 Gly Gin Lys
He Arg 290 Leu Ala Lys Ser Pro 295 Leu Tyr Ser Asp Asn 300 Vai Cys Asp Asn
Tyr Phe Ser Thr Phe Gin His Asn 305 310 Gly Gly Thr Vai Leu Glu 325 <210> 586 <211> 102 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 586 Vai Arg Thr 315 He Thr Glu Glu Leu 320
Met 1 Gin Asn Lys Arg 5 Lys Vai Arg Asp Asp 10 Phe He Lys He Vai 15 Lys
Asp Vai Lys Lys 20 Asp Phe Pro Glu Leu 25 Asp Leu Lys lie Arg 30 Vai Asn
Lys Glu Lys 35 Vai Thr Phe Leu Asn 40 Ser Pro Leu Glu Leu 45 Tyr His Lys
Ser Vai 50 Ser Leu He Leu Gly 55 Leu Leu Gin Gin He 60 Glu Asn Ser Leu
Gly 65 Leu Phe Pro Asp Ser 70 Pro Vai Leu Glu Lys 75 Leu Glu Asp Asn Ser 80
Leu Lys Leu Lys Lys Ala 85 Met Phe Ser Lys Ala Glu 100 <210> 587 <211> 243 <212> PRT <213> C. Trachomatis D : <400> 587 Leu lie serovar Met Leu 90 lie Leu Ser Arg Lys 95 Asp
Vai 1 Gly Cys Asn Leu 5 Ala Gin Phe Leu Gly 10 Lys Lys Vai Leu Leu 15 Ala
Asp Leu Asp Pro 20 Gin Ser Asn Leu Ser 25 Ser Gly Leu Gly Ala 30 Ser Vai
Arg Asn Asn Gin Lys Gly Leu His Asp lie Vai Tyr Lys Ser Asn Asp
'524
35 - 40 45
Leu Lys Ser Ile Ile Cys Glu Thr Lys Lys Asp Ser Val Asp Leu Ile
50 55 60
Pro Ala Ser Phe Leu Ser Glu Gin Phe Arg Glu Leu Asp Ile His Arg
65 70 75 80
Gly Pro Ser Asn Asn Leu Lys Leu Phe Leu Asn Glu Tyr Cys Ala Pro
85 90 95
Phe Tyr Asp Ile Cys Ile Ile Asp Thr Pro Pro Ser Leu Gly Gly Leu
100 105 110
Thr Lys Glu Ala Phe Val Ala Gly Asp Lys Leu Ile Ala Cys Leu Thr
115 120 125
Pro Glu Pro Phe Ser Ile Leu Gly Leu Gin Lys Ile Arg Glu Phe Leu
130 135 140
Ser Ser Val Gly Lys Pro Glu Glu Glu His Ile Leu Gly Ile Ala Leu
145 150 155 160
Ser Phe Trp Asp Asp Arg Asn Ser Thr Asn Gin Met Tyr Ile Asp Ile
165 170 175
Ile Glu Ser Ile Tyr Lys Asn Lys Leu Phe Ser Thr Lys Ile Arg Arg
180 185 190
Asp Ile Ser Leu Ser Arg Ser Leu Leu Lys Glu Asp Ser Val Ala Asn
195 200 205
Val Tyr Pro Asn Ser Arg Ala Ala Glu Asp Ile Leu Lys Leu Thr His
210 215 220
Elu Ile Ala Asn Ile Leu His Ile Glu Tyr Glu Arg Asp Tyr Ser Gin
225 230 235 240
Arg Thr Thr
<210> 588 <211> 527 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar <400> 588
Met Pro Ser Leu Ser Gin Ser Arg 15
Arg Lys Ile Trp Asn Gin Ile Asp 20
Val Pro Leu Phe Ser Leu Tyr Thr 3540
Phe Leu Asp Leu lie Pro Met Ile 5055
Gin lie Leu Gin lie Leu Pro Ile
6570
Pro Tyr Asn Ser Ile Ser Ser Ile
Ile Ser Ala Leu Pro Tyr Lys Glu 100 lie Arg Glu Met Gin Gin Leu Ser
115120
Lys Val Arg Ser Met.Lys Arg Asp 130135
Cys Lys Gin Lys Lys Leu Thr Asp 145150
Glu Gin Glu Lys Tyr Trp Leu His
165
Arg Glu His Leu Asp Asn Leu Pro 180
Thr Asp Leu Ser Gin Ile Thr Glu
195200
Ile Gin Phe His Ser Tyr Leu Gin
Arg Ile Ile Gin Gin Ser Ser Ile 1015
Thr Ser Pro Lys His Gly Val Cys 2530
Gin Glu Ser Cys Gly Ile Gly Glu
Asp Trp Cys Ile Ser Cys Gly Phe 60
Asn Asp Thr Gly Ser Cys Ser Ser 7580
Ala Leu Asn Pro Leu His Leu Ser 9095
Glu Val Pro Ala Ala Glu Thr Arg 105HO
Gin Leu Pro Gin Val His Tyr Glu 125
Phe Phe Gin Glu Tyr Tyr Arg Val 140
His Pro Asp Phe Tyr Ala Phe Cys
155160
Pro Tyr Ala Leu Phe Arg Ser Ile 170175 lie Asn His Trp Pro Thr Thr Tyr
185190
His Glu Arg Thr Phe Ala Glu Asp 205
Tyr Leu Cys. Phe Gin Gin Met Thr
525
210
Gin Val Arg Glu His 225 lie Pro lie Leu lie
245
His Tyr Phe Ser Ser
260
Asn Ala Glu Gly Gin 275
Leu Gin Gin Asp Asn 290
Glu Asn Phe Tyr Ser 305
Arg Phe Trp Vai Trp
325
Asp Pro Lys Asn Tyr 340
Leu Thr Ser Ser Ser
355
Pro Ser Asp Vai Lys 370
- Arg lie Pro Arg Trp 385 :Pro Phe Asp Gin Tyr 405
Asp Ser Ser Thr Leu
420
Lys Leu Phe Ala Gin 435
Leu His Asn His Thr 450
Tie Phe Arg lie Asn 4 65
Leu lie Ser Lys Thr
485
He Ser Lys Asn Asn 500
Leu Ser Ser His Ser
515 <210> 589 <211> 146 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis < 400> 589
Met Gin Asn Gin Phe
5
Asn Ser Pro Leu Thr
Gly Tyr Asn Asn Vai 35
Phe Leu Vai Ala Gly 50
Arg Gin Lys He Phe 65
Ser Asn lie Lys Gly 85
Tyr Leu Cys Asp Arg
100
Ala Arg Tyr Leu Vai
215
Ala Asn Cys Lys Ser 230
Ser Lys Asp Ser Cys
250
Ser Glu Ser Vai Gly 265
Asn Trp His Leu Pro 280
Tyr Leu Trp Trp Lys 295
Leu Tyr Arg Leu Asp 310
Asp Glu Ser Gly Cys 330
Leu Ala Gin Gly Gin 345 .
Met Leu Pro He Gly 360
Arg Met Leu Glu Ser 375
Glu Arg Asn Trp Glu 390:
Asp Pro Leu Ser Vai
410
Ala Ser Trp Trp Lys 425
Phe Leu Gly Leu Pro 440
Glu lie Leu Lys Leu 455
Leu He Asn Asp Tyr 470
Pro Arg Tyr Glu Arg 490
Trp Vai Tyr Arg Vai 505
Lys Leu Asn Ser Leu 520
Glu Gin Leu Leu Thr 10
Pro Asp Ser Asn Asn 25
Ala Vai Gin lie Glu 40
Vai Met Leu Gly. Lys 55
Lys Ala Ala Leu Ser 70
Thr Leu Gly Tyr Gly 90
Leu Asn Met Thr Tyr 105
Leu Phe Ser Gin His
220
Cys Leu lie Lys Gly Asp 235 240
Asp Vai Trp Phe Tyr Arg 255
Ala Pro Pro Asp Leu Tyr 270 lie Cys Asn Met Lys Thr 285
Glu Arg Leu Arg Tyr Ala 300
His Val Vai Gly Leu Phe 315 320
Gly Arg Phe Glu Pro His 335
Asp He Leu Ser His Leu 350
Glu Asp Leu Gly Thr lie 365
Phe Ala Vai Cys Gly Thr 380
Gly Asn Gly Ala Tyr Thr 395 400
Thr Ser Leu Ser Thr His 415
Glu Ser Pro Gin Glu· Ser 430
Tyr Ser Ser Thr Leu Ser 445
Ser His Lys Thr Ser Ser 460
Leu Ala Leu Phe Pro Asp 475 480 lie Asn Leu Pro Gly Thr 4 95
Lys Pro Ser lie Glu Asp 510
Leu Glu Ala Leu Phe 525
D serovar
Glu Leu Gly Thr Gin He 15
Ala Cys He Vai Arg,Phe 30
Glu Asp Gly Asn Ser Gly 45
Leu Pro Glu Asn Thr Phe 60 lie Asn Gly Ser Pro Gin
80
Glu lie Ser Asn Gin Leu 95 .
Leu Asn Gly Glu Lys Leu 110
Ala' Asn He Trp Met Gin
526
115 120
Ser lie Ser Lys Gly Ala Leu Pro Asp Leu His Ala
130 135 140
His Leu
145
125
Leu Gly Met
Tyr <210> 590 <211> 650 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar
<400> 590
Met 1 Thr Ile Pro Ile 5 His Glu Asn Lys Tyr 10 Ser Met Ile Ser Phe 15 Thr
Arg Thr Ile Gly 20 Phe Arg Leu Trp Leu 25 Ile Cys Val. Ala Ala 30 Ile Met
Phe Pro Leu 35 Gly Ile Asn. Ile Leu 4 0 Gin Leu Asn Leu Gin 45 Gin Tyr Lys
Lys Thr 50 Leu Ser Ser Ile Thr 55 Ser Asp Leu Arg Glu 60 A.sn Ala Leu Phe
Lys 65 Ala His Thr Leu Gin 70 Gin Thr Ile Pro Leu 75 Asn Ile Asp He Leu 80
Ala Leu Phe Ser Glu 85 Ile Phe Asp Leu Asp 90 Arg Gly Val Pro Ala 95 Glu
Pro Asp Leu Ala 100 Leu Ser Lys Glu Met 105 Glu Lys Ile Phe His 110 Ser Thr
Tyr Lys Glu 115 Ile Ser Leu Val Lys 120 Lys Glu Ala Asp Gly 125 Asn Phe Arg
Val Val 130 Ala Ser Ser Arg Ile 135 Glu Gin Leu Gly Lys 140 Asn Tyr Asn Gin
Glu 145 Ile Phe Leu Ser Asp 150 Ser Gin Pro Phe Leu 155 Ala Thr Leu Arg His 160
Ser Gly Ser Asp Ser 165 Gin Val Leu Ala Val 170 Leu Gin Thr Asn Ile 175 Phe
Asp Ile Ser Ser 180 Gin Glu Val Leu Gly 185 Val Leu Tyr Thr Leu 190 Ser Asp
Thr Asn Tyr 195 Leu Leu Asn Gly Leu 200 Leu Ala Ala Lys Asp 205 Pro Leu Ser
Val Lys 210 Thr Ala Ile Leu Ser 215 Lys Asn Gly Ile Ile 220 Leu Gin Ala Thr
Asp 225 Ser Ser Leu Asp Leu 230 Val Ser Ile His Lys 235 Thr Val Ser Lys Glu 240
Gin Phe Cys Asp Val 245 Phe Leu Arg Asp Asp 250 Ile Cys Pro Pro His 255 Leu
Leu Leu Arg Pro 260 Pro Leu Asn Leu Asp 265 Pro Leu Pro Tyr Gly 270 Glu Asn
Phe Val Ser 275 Phe Cys Ile Gly Asn 280 Thr Glu Met Trp Gly 285 Tyr Ile His
Ser Leu 290 Pro Glu Met Asp Phe 295 Arg Ile Leu Thr Tyr 300 Glu Glu Lys Ser
Ile 305 Ile Phe Ala Ser Leu 310 Trp Arg Arg Thr Leu 315 Leu Tyr Phe Ala Tyr 320
Phe Cys Cys Val Leu 325 Leu Gly Ser Ile Thr 330 Ala Phe Leu Val Tkla 335 Lys
Arg Leu Ser Lys 340 Pro Ile Arg Lys Leu 345 Ala Thr Ala Met Met 350 Glu Thr
Arg Arg Asn 355 Gin His His Pro Tyr 360 Glu Pro Asp Ser Leu 365 Gly Phe Glu
Ile Asn 370 His Leu Gly Glu Ile 375 Phe Asn Ser Met Val 380 Gin Ser Leu Leu
Gin Gin Gin Ser Leu Ala Glu Lys Asn Phe Glu Ile Lys Gin His Ala
527
385 390 395 400
Gin Asn Ala Leu Arg Leu Gly Glu Glu Ala Gin Gin Cys Leu Leu Pro
405 410 415
Asn Gin Leu Pro Asp Ser Pro Thr Thr Glu lie Ala Lys Ala Tyr lie
420 425 430
Pro Ala Ile Thr Vai Gly Gly Asp Phe Phe Asp He Phe Vai lie Gly 435 440445
Glu Gly Pro Gin Ala Lys Leu Phe Leu He Vai Ala Asp Ala Ser Gly 450 455460
Lys Gly Vai Asn Ala Cys Ala Tyr Ser Leu Phe Leu Lys Asn MetLeu
465 470 475480
His Thr Phe Leu Ser Glu Leu Ser Ser lie Gin Glu Ala Vai GinGin
485 490495
Thr Ala Ala Leu Phe Tyr Gin Gin Thr Ala Glu Ser Gly Met Phe Vai 500 505510
Thr Leu Cys He Tyr Cys Tyr His Tyr Ala Thr Arg Glu Leu Glu Tyr 515 520525
Tyr Ser Cys Gly His Asn Pro Ala Cys Leu Arg Ala Pro Asn Gly Asp 530 535540 lie Ser Phe Leu Ser His Pro Gly Met Ala Leu Gly Phe Leu ProGlu
5 550 555560
Vai Pro Pro His Pro Ala Tyr Thr Leu Vai Leu Glu Glu Glu SerLeu
565 570575
Leu Val Leu Tyr Thr Asp Gly Vai Thr Glu Ala Ser Asn Lys His Gly 580 585590
Glu Met Phe Gly Glu Glu Arg Leu Lys Ala Leu Vai Ala Ser Leu Thr 595 600605
Lys Gin Ser Ala Glu Glu Ala He Gin Ser lie Met Phe Ser He Lys 610 615620
Ser Phe Vai Lys Asp Cys Pro Gin His Asp Asp lie Thr Leu Leu Vai 625 630 635640
Leu Lys lie Pro Lys Glu Pro Ser Ala Tyr 645650 <210> 591 <211> 313 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 591
Met Leu Ser Tyr lie Lys Arg Arg Leu Leu Phe Asn Leu Leu Ser Leu 1 5 1015
Trp Val Val Vai Thr Leu Thr Phe Phe lie lie Lys Thr He Pro Gly 20 2530
Asp Pro Phe Asn Asp Glu Asn Gly Asn lie Leu Ser Ser Glu Thr Leu 35 4045
Ala Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Gly Leu Asp Lys Pro Leu Phe Thr Gin 50 5560
Tyr Leu lie Tyr Leu Lys Cys Leu Leu Thr Leu Asp Phe Gly GluSer
70 7580
Leu lie Tyr Lys Asp Arg Thr Vai lie Ser lie lie Ma Ala AlaLeu
9095
Pro Ser Ser Ala lie Leu Gly Leu Glu Ser Leu Cys Leu Ser Leu Phe 100 105110
Gly Gly lie Thr Leu Gly He Leu Ala Ma Phe Tyr Lys Lys Ser Cys 115 120125
Gly Arg Thr He Phe Phe Ser Ser Val lie Gin lie Ser Vai Pro Ala 130 135140
Phe Val lie Gly Ala Phe Leu Gin Tyr Vai Phe Ala He Lys TyrSer
145 150 155160
Cys Leu Pro lie Ala Cys Trp Gly Asn Phe Ser His Thr Leu Leu Pro
528
165
Ser He Ala Leu Ala He Thr Pro 180
Cys Ala Ser Val Ser Ala Asn Leu
195200
Tyr Ala Lys Gly Leu Ser Pro Phe 210215
Pro Tyr Ala Leu Phe Pro Val Ile
225230
Thr Leu Met Thr Gly Thr Phe Ser 245
Gly Leu Gly Lys Trp Phe Ile Cys 260
Ile Thr Leu Gly Leu Ser Val Phe
275280
Ser Leu Cys Cys Asp Leu Leu Gin 290295
Tyr Ser Tyr Gly Lys Glu Arg Ser
305310 <210> 592 <2H> 1237 <212> PRT <213> C. Trachomatis D serovar <400> 592
Met Thr Trp lie Pro Leu His Cys 1 5
Ala Thr Cys Ser Ile Lys Lys Phe 20
He Pro Ala Leu Ala Leu Thr Asp 3540
Glu Phe Tyr Lys Thr Cys Lys Gin 5055
Cys Glu Leu Tyr Val Ala Pro Ser
6570
Arg Lys Ser Arg Val Ala Asn His 85
Glu Gly Tyr Arg Asn Leu Cys Leu 100
Gly Phe Tyr Tyr Val Pro Arg Ile 115120
Ser Lys Gly Leu Ile Cys Leu Ser 130135
Gin Ala Ala Leu Glu Ser Glu Glu
145150
Tyr Gin Asp Leu Phe Gin Glu Asp 165
Lys Ser Ser Glu Glu Lys Val Ala 180
Gin Asn Tyr Tyr Gin Phe Ile Glu
195200
Val Leu Ala Thr Ser Lys Arg Leu 210215
Asp He His Tyr Leu Asn Pro Asp 225230
Leu Asn Val Gin Ser Arg Glu Pro 245
Tyr He Pro Asn Pro Lys Arg Lys 260
Phe Lys Ser Pro Gin Glu Ile Ala
170 175
Met Ala Phe Ile Thr Gin Leu Thr
185 190
Lys Lys Asp Tyr Val Leu Leu Ala 205
Lys Val Leu Ile Lys His Ile Leu 220
Ser Tyr Ser Ala Phe Leu Ile Thr
235240 lie Glu Asn Leu Phe Cys He Pro 250255
Ser He Lys Gin Arg Asp Tyr Pro 265270
Tyr Gly Ala Phe Phe Met Leu Thr 285
Ala Trp He Asp Pro Gin He Arg 300
Lys
His Ser Gin Tyr Ser Ile Leu Asp 10 15
Val Ala Lys Ala Val Glu Tyr Gin 25 30
His Gly Asn Leu Phe Gly Ala Val 45
Asn Ala He Lys Pro lie He Gly 60
Ser Arg Phe Asp Lys Lys Lys Glu 7580
Leu Ile Leu Leu Cys Lys Asp Glu 9095
Leu Ser Ser Leu Ala Tyr Thr Glu 105HO
Asp Arg Asp Leu Leu Ser Gin His 125
Ala Cys Leu Ser Gly Ser Val Ala 140
Asp Leu Glu Lys Asp Leu Leu Trp 155160
Phe Phe Ser Glu Val Gin Leu His 170175
Leu Phe Glu Glu Thr Trp Leu Lys 185190
Lys Gin Leu Lys Val Asn Glu Ala 205
Gly lie Pro Ser Val Ala Thr Asn 220
Asp Trp Leu Ma His Glu He Leu 235240
Ile Arg Thr Ala Lys Gin Asn Thr 250255
Thr Tyr Pro Ser Arg Glu Phe Tyr 265270
Glu Leu Phe Ala Tkla His Pro Glu
-529
275 280 285
Thr lie Thr Asn Thr 290 Cys lie Vai Ala Glu 295 Arg Cys His Leu Glu Leu 300
Asp 305 Phe Glu Thr Lys His Tyr Pro lie Tyr 310 Vai Pro Glu Ala Leu Gin 315 320
Lys Lys Gly Ser Tyr 325 Thr Glu Glu Glu Arg 330 Tyr Lys Ala Ser Ser Ala 335
Phe Leu Glu Glu Leu 340 Cys Glu GJ_n Gly Leu 345 Thr Ser Lys Tyr Thr Pro 350
Glu Leu Leu Gly His 355 He Ala Lys Lys Phe 360 Pro Gly Glu Asp Pro Leu 365
Thr Leu Vai Lys Glu 370 Arg Leu Lys Leu Glu 375 Ser Ser lie lie He Ser 380
Lys 385 Gly Met Cys Asp Tyr Leu Leu lie Vai 390 Trp Asp lie lie Asn Trp 395 400
Ala Lys Asp-His Gly 405 He Pro Vai Gly Pro 410 Gly Arg Gly Ser Gly Ala 415
Gly Ser Vai Met Leu 420 Phe Leu Leu Gly lie 425 Thr Glu He Glu Pro He 430
Arg Phe Asp Leu Phe 435 Phe Glu Arg Phe He 440 Asn Pro Glu Arg lie Ser 445
Tyr Pro Asp lie. Asp 450 lie Asp lie Cys Met 455 He Gly Arg Glu Arg Vai 4 60
lie 4 65 Asn Tyr Ala lie Glu Arg His Gly Lys 4 70 Asp Asn Vai Ala Gin lie 475 480
lie Thr Phe Gly Thr 485 Met Lys Ala Lys Met 490 Ala lie Lys Asp Vai Gly 495
Arg Thr Leu Asp Thr 500 Pro Leu Ala Lys Vai 505 Asn Phe lie Ala Lys His 510
lie Pro Asp Leu Asn 515 Ala Thr lie Thr Ser 520 Ala Leu Glu Ala Asp Pro 525
Glu Leu Arg Gin Leu 530 Tyr Vai Asp Asp Ala 535 Glu Ala Ala Glu Vai lie 54 0
Asp 545 Met Ala Lys Lys Leu Glu Gly Ser lie 550 Arg Asn Thr Gly Vai His 555 560
Ala Ala Gly Vai lie 565 He Cys Gly Asp Pro 570 Leu Thr Asn His lie Pro 575
lie Cys Vai Pro Lys 580 Asp Ser Ser Met lie 585 Ser Thr Gin Tyr Ser Met 590
Lys Pro Vai Glu Ser 595 Vai Gly Met Leu Lys 600 Vai Asp Phe Leu Gly Leu 605
Lys Thr Leu Thr Gly 610 lie His lie Ala Thr 615 Gin Ala lie Tyr Lys Lys 620
Thr 625 Gly Ile Leu Leu Arg Ala Ala Thr lie 630 Pro Leu Asp Asp Gin Asn 635 · 640
Thr Phe Ser Leu Leu 645 His Gin Gly Lys Thr 650 Met Gly lie Phe Gin Met 655
Glu Ser Arg Gly Met 660 Gin Asp Leu Ala Lys 665 Asn Leu Arg Pro Asp Ala 670
Phe Glu Glu lie He 675 Ala lie Gly Ala Leu 680 Tyr Arg Pro Gly Pro Met 685
Asp Met lie Pro Ser 690 Phe lie Asn Arg Lys 695 His Gly Lys Glu Asn lie 700
Glu 705 Tyr Asp His Pro Leu Met Glu Pro lie 710 Leu Lys Glu Thr Phe Gly 715 720
lie Met Vai Tyr Gin 725 Glu Gin Vai Met Gin 730 lie Ala Gly Ser Leu Ala 735
Lys Tyr Ser Leu Gly 740 Glu Gly Asp> Vai Leu 745 Arg Arg Ala Met Gly Lys 750
Lys Asp His Glu Gin 755 Met Vai Lys Glu Arg 760 Glu Lys Phe Cys Ser Arg 765
530
Ala Ala Ala Asn Gly Ile Asp Pro Ser Ile Ala Thr 780 Thr Ile Phe Asp
770 775
Lys 785 Met Glu Lys Phe Ala Ser 790 Tyr Gly Phe Asn 795 Lys Ser His Ala Ala 800
Ala Tyr Gly Leu Ile 805 Thr Tyr Thr Thr Ala 810 Tyr Leu Lys Ala Áoh 815 Tyr
Pro Lys Glu Trp 820 Leu Ala Ala Leu Leu 825 Thr Cys Asp Tyr Asp 830 Asp Ile
Glu Lys Val 835 Gly Lys Leu Ile Gin 84 0 Glu Ala His Ser Met 845 Asn Ile Leu
Val Leu 850 Pro Pro Asp Ile Asn 855 Glu Ser Gly Gin Asp 8 60 Phe Glu Ala Thr
Gin 865 Lys Gly Ile Arg Phe Ser 870 Leu Gly Ala Val 875 Lys Gly Val Gly Met 880
Ser Ile Val Asp Ser 885 Ile Val Glu Glu Arg 890 Glu Lys Asn Gly Pro 895 Tyr
Lys Ser Leu Gin 900 Asp Phe Val Gin Arg 905 Ala Asp- -Phe Lys Lys 910 Val Thr
Lys Lys Gin 915 Leu Glu Asn Leu Val 920 Asp Ala Gly Thr Phe 925 Asp Cys Phe
Glu Pro 930 Asn Lys Asp Leu Ala 935 Leu Ala He Leu Asn 940 Asp Leu Tyr Asp
Thr 945 Phe Ser Arg Glu Lys Lys 950 Glu Ala Ala Thr 955 Gly Val Leu Thr Phe 960
Phe Ser Leu Asp Ser 965 Met Ala Arg Asp Pro 970 Val Lys Ile Thr Val 975 Ser
Pro Glu Asn Val 980 Ile Gin Arg Ser Pro 985 Lys Glu Leu Leu Lys 990 Arg Glu
Lys Glu Leu 995 Leu Gly Val Tyr Leu Thr 1000 Ala His Pro Met Asp 1005 Ala Val
Glu His Met 1010 Leu Pro Phe Leu 101Í Ser Val Val Pro Ala Arg 1020 Asp Phe Glu
Gly 102! Leu Pro His Gly Thr Ile 1030 Ile Arg Thr Val 103; Phe Leu Ile Asp Lys 1040
Val Thr Thr Lys Ile Ser Ser 104 5 Ala Glu Gin Lys 1050 Lys Phe Ala Leu 105í Leu
Gin Val Ser Asp Glu 1060 Val Asp Ser Tyr Glu 1065 Leu Pro He Trp 107( Ala 3 Asp
Met Tyr Ala 107! Glu Tyr Arg Asp Leu Leu 1080 Glu Glu Asp Arg Leu 1085 Ile Tyr
Ala Ile Leu 1090 Ala Ile Asp Arg Arg 1095 Ser Asp Ser Leu 110( Arg 3 Leu Ser Cys
Arg 110! Trp Met Arg Asp Leu Ser 1110 Thr Val Asn Asp Ser 1115 Val Ile Ala Glu 1120
Cys Asp Glu Val Tyr 112! Asp Arg Leu Lys Ser Gin 1130 Lys Val Tyr Ser Ser 1135
Thr Lys Lys Ser 114( Thr 3 Gly Ala Gin Ser Ser 1145 Ala Met Ile Lys 115( Lys 3 Val
Glu Thr Arg 115! Glu Ile Ser Pro Val 116( Thr 3 Ile Ser Leu Asp ne; Leu Asn Lys
Leu Arg His 1170 ' Ser His Leu Phe 117; Ile Leu Lys Gly Leu Ile 1180 Arg Lys Tyr
Ser 118! Gly Ser Gin Ala Leu Ser 1190 Leu Val Phe Thr 119; Lys Asp Asn Gin Arg 1200
Phe Ala Ser Ile Ser 120! Pro Asp Ala Asp Phe 12K Phe 3 Val Thr Asp Asp 121; Ile
Ser Ser Leu Leu Gin Glu Ile Glu Ala Thr Asn Ile Pro Ala Arg Val
1220 1225 1230
Leu Ala Thr Thr Val 1235
531 <210> 593 <211> 563 <212> PRT <213> C. 1
Trachomatis D serovar
<400> 593
Met 1 Vai Tyr Phe Arg 5 Ala His Gin Pro Arg 10 His Thr Pro Lys Thr 15 Phe
Pro Leu Glu Vai 20 His His Ser Phe Ser 25 Asp Lys His Pro Gin 30 He Ala
Lys Ala Met 35 Arg He Thr Gly He 40 Ala Leu Ala Ala Leu 45 Ser Leu Leu
Ala Vai 50 Vai Ala Cys Vai He 55 Ala Vai Ser Ala Gly 60 Gly Ala Ala lie
Pro 65 Leu Ala Vai lie Ser 70 Gly He Ala Vai Met 75 Ser Gly Leu Leu Ser 80
Ala Ala Thr He He 85 Cys Ser Ala Lys Lys 90 Ala Leu Ala Gin Arg 95 Lys
Gin Lys Gin Leu 100 Glu Glu Ser Leu Pro 105 Leu Asp Asn Ala Thr 110 Glu His
Vai Ser Tyr 115 Leu Thr Ser Asp Thr 120 Ser Tyr Phe Asn Gin 125 Trp Glu Ser
Leu Gly 130 Ala Leu Asn Lys Gin 135 Leu Ser Gin He Asp 14 0 Leu Thr He Gin
Ala 145. Pro Glu Lys Lys Leu 150 Leu Lys Glu Vai Leu 155 Gly Ser Arg Tyr Asp 160
Ser He Asn His Ser 165 lie Glu Glu He Ser 170 Asp Arg Phe Thr Lys 175 Met
Leu Ser Leu Leu 180 Arg Leu Arg Glu His 185 Phe Tyr Arg Gly Glu 190 Glu Arg
Tyr Ala Pro 195 Tyr Leu Ser Pro Pro 200 Leu Leu Asn Lys Asn 205 Arg Leu Leu
Thr Gin 210 lie Thr Ser Asn Met 215 lie Arg Met Leu Pro 220 Lys Ser Gly Gly
Vai 225 Phe Ser Leu Lys Ala 230 Asn Thr Leu Ser His 235 Ala Ser Arg Thr Leu 240
Tyr Thr Vai Leu Lys 245 Vai Ala Leu Ser Leu 250 Gly Vai Leu Ala Gly 255 Vai
Ala Ala Leu He 260 He Phe Leu Pro Pro 265 Ser Leu Pro Phe He 270 Ala Vai
He Gly Vai 275 Ser Ser Leu Ala Leu 280 Gly Met Ala Ser Phe 285 Leu Met lie
Arg Gly 290 He Lys Tyr Leu Leu 295 Glu His Ser Pro Leu 300 Asn Arg Lys Gin
Leu 305 Ala Lys Asp He Gin 310 Lys Thr He Gly Pro 315 Asp Vai Leu Ala Ser 320
Met Vai His Tyr Gin 325 His Gin Leu Leu Ser 330 His Leu His Glu Thr 335 Leu
Leu Asp Glu Ala 340 He Thr Ala Arg Trp 345 Ser Glu Pro Phe Phe 350 He Glu
His Ala Asn 355 Leu Lys Ala Lys Tie 360 Glu Asp Leu Thr Lys 365 Gin Tyr Asp
He Leu 370 Asn Ala Ala Phe Asn 375 Lys Ser Leu Gin Gin 380 Asp Glu Ala Leu
Arg 385 Ser Gin Leu Glu Lys 390 Arg Ala Tyr Leu Phe 395 Pro He Pro Asn Asn 400
Asp Glu Asn Ala Lys 405 Thr Lys Glu Ser Gin 410 Leu Leu Asp Ser Glu 415 Asn
Asp Ser Asn Ser 420 Glu Phe Gin Glu lie 425 lie Asn Lys Gly Leu 430 Glu Tkla
Ala Asn Lys Arg Arg Ala Asp Ala· Lys. Ser Lys Phe Tyr Thr Glu Asp
¢/9
532
435
Glu Thr Ser Asp Lys 450
Ala Leu Glu Asp Leu 4 65
Gin Ala Leu Leu Leu
485
Gin Ala Ala Leu Gin
500
Ser Phe Ala Vai Leu
515
Ser Vai Ala Thr Met 530
Leu Leu Asn lie Leu 545
Asp Asn His
440
Ile Phe Ser He Trp Lys 455
Trp Arg Vai His Glu Ala 470 475
Glu Asp Tyr Met Ser Tyr 4 90
Lys Vai Ser Gin Glu Leu 505
Glu Lys His Ala Leu Asp 520
Asp Leu Ala Arg Ala Asn 535
Ser Glu Leu Gin Gin Leu
550 555
445
Pro Thr Lys Asn Leu 460
Cys Asn Glu Glu Gin
480
Lys Thr Ser Glu Cys 495
Lys Ala Ala Gin Lys 510
Arg Ser Tyr Glu Ser 525
Gin Glu Thr His Arg 540
Ala Gin Tyr Leu Leu
560 <210> 594 <211> 1751 < 212> PRT < 213> C. Trachomatis D serovar < 400> 594
Met Lys Trp Leu Ser Ala Thr Ala 15
Vai Ser Gly Phe Cys Phe Pro Glu 20
Vai Gly Thr Ser Ser Ser Thr Thr
3540
Gly Ala Glu Tyr He Vai Ser Gly 5055
Asn He Pro Thr Thr Asp Thr Thr 6570
Ser Ser Asn Gly Glu Thr Ala Ser 85
Thr Thr Thr Pro Asp Pro Lys Gly 100
Ser Gly Vai Leu Ser Phe Met Thr
H5120
Thr Leu Ser Glu He Lys lie Thr 130135
Gin Gly Glu Leu Leu Phe Thr Asp 145150
Asn Leu Ser Gin Leu Ser Gly Gly 165
Ser Leu Ser Gly He Thr Lys Ala 180
Vai Pro Ala Pro Vai Lys Lys Pro. 195200
Ser Glu Thr Ser Gly Ser Ser Ser 210215
Ser Pro Ser Ser Ser Arg Ala Glu
225230
His Phe lie Cys Ala Thr Ala Thr 245
Thr Ser Thr Pro Ser His Lys Pro 260
Lys Gly Asp Leu Thr lie Ala Asp
275 280
Asn Lys Ala Thr Lys Asp Gly Gly
Val Phe Ala Tkla Val Leu Pro Ser 10 15
Pro Lys Glu Leu Asn Phe Ser Arg 25 30
Phe Thr Glu Thr Vai Gly Glu Ala 45
Asn Ala Ser Phe Thr Lys Phe Thr 60
Thr Pro Thr Asn Ser Asn Ser Ser 7580
Vai Ser Glu Asp Ser Asp Ser Thr 9095
Gly Gly Tkla Phe Tyr Asn Ala His 105no
Arg Ser Gly Thr Glu Gly Ser Leu 125
Gly Glu Gly Gly Ala lie Phe Sér 140
Leu Thr Gly Leu Thr He Gin Asn 155160
Ala lie Phe Gly Glu Ser Thr He 170175
Thr Phe Ser Ser Asn Ser Ala Glu
185190
Thr Glu Pro Lys Ala Gin Thr Ala 205
Ser Ser Gly Asn Asp Ser Vai Ser 220
Pro Ala Ala Ala Asn Leu Gin Ser
235240
Pro Ala Ala Gin Thr Asp Thr Glu 250255
Gly Ser Gly Gly Ala lie Tyr Ala
265270
Ser Gin Glu Vai Leu Phe Ser lie
285
Ala lie Phe Ala Glu Lys Asp Vai
533
290 295 300
Ser Phe Glu Asn Ile Thr Ser Leu Lys Val Gin Thr Asn Gly Ala Glu
305 310 315 320
Glu Lys Gly Gly Ala Ile Tyr Ala Lys Gly Asp Leu Ser Ile Gin Ser
325 330 335
Ser Lys Gin Ser Leu Phe Asn Ser Asn Tyr Ser Lys Gin Gly Gly Gly
340 345 350
Ala Leu Tyr Val Glu Gly Asp Ile Asn Phe Gin Asp Leu Glu Glu Ile
355 360 365
Arg Ile Lys Tyr Asn Lys Ala Gly Thr Phe Glu Thr Lys Lys Ile Thr
370 375 380
Leu Pro Lys Ala Gin Ala Ser Ala Gly Asn Ala Asp Ala Trp Tkla Ser
385 390 395 400
Ser Ser Pro Gin Ser Gly Ser Gly Ala Thr Thr Val Ser Asn Ser Gly
405 410 415
Asp Ser Ser Ser Gly Ser Asp Ser Asp Thr Ser Glu Thr Val Pro Ala
420 425 430
Thr Ala Lys Gly Gly Gly Leu Tyr Thr Asp Lys Asn Leu Ser Ile Thr
4 35 440 445
Asn Ile Thr Gly Ile Ile Glu Ile Ala Asn Asn Lys Ala Thr Asp Val
450 4 55 460
Gly Gly Gly Ala Tyr Val Lys Gly Thr Leu Thr Cys Glu Asn Ser His
465 470 475 480
Arg Leu Gin Phe Leu Lys Asn Ser Ser Asp Lys Gin Gly Gly Gly Ile
485 490 495
Tyr Gly Glu Asp Asn Ile Thr Leu Ser Asn Leu Thr Gly Lys Thr Leu
500 505 510
Phe Gin Glu Asn Thr Ala Lys Glu Glu Gly Gly Gly Leu Phe Ile Lys
515 520 525
Gly Thr Asp Lys Ala Leu Thr Met Thr Gly Leu Asp Ser Phe Cys Leu
530 535 540
Ile Asn Asn Thr Ser Glu Lys His Gly Gly Gly Tkla Phe' Val Thr Lys
54 5 550 555 560
Glu Ile Ser Gin Thr Tyr Thr Ser Asp Val Glu Thr Ile Pro Gly Ile
565 570 575
Thr Pro Val His Gly Glu Thr Val Ile Thr Gly Asn L.ys Ser Thr Gly
580 585 590
Gly_ Asn Gly Gly Gly. _Val_ Cys„ _Thr_ .Lys Arg., -Leu. Ala. -Leu- -Ser- .Asn..
600 605’
Gin Ser 610 Ile Ser Ile Ser Gly 615 Asn Ser Ala Ala Glu 620 Asn Gly Gly Gly
Ala His Thr Cys Pro Asp Ser Phe Pro Thr Ala Ásp Thr Ala Glu Gin
625 630 635- 640
Pro Ala Ala Tkla Ser Ala Ala Thr Ser Thr Pro Glu Ser Ala Pro Val
645 650 655
Val Ser Thr Ala Leu Ser Thr Pro Ser Ser Ser Thr Val Ser Ser Leu
660 665 670
Thr Leu Leu Tkla Ala Ser Ser Gin Ala Ser Pro Ala Thr Ser Asn Lys
6/5 680 685
Glu Thr Gin Asp Pro Asn Ala Asp Thr Asp Leu Leu Ile Asp Tyr Val
690 695 700
Val Asp Thr Thr Ile Ser Lys Asn Thr Ala Lys Lys Gly Gly Gly Ile
/05 710 715 720
Tyr Ala Lys Lys Ala Lys Met Ser Arg Ile Asp Gin Leu Asn Ile Ser
725 730 735
Glu Asn Ser Ala Thr Glu Ile Gly Gly Gly Ile Cys Cys Lys Glu Ser
740 745 750
Leu Glu Leu Asp Ala Leu Val Ser Leu Ser Val Thr Glu Asn Leu Val
7 55 7 60 765
Gly Lys Glu Gly Gly Gly Leu His Ala Lys Thr Val Asn Ile Ser Asn
770 775 - 78.0
534
Leu Lys 785 Thr Gly Ser Val Gly Phe Ala Thr 805 Ser Phe Ser Asn 790 Thr Ala Ser Ala Asn Lys 795 Pro Ala 810 Ala Asn Ser Ser Ser 800 Ala Ala Ala Ala Ser
Leu Gin Ala Ala Ala Ala Ala Val Pro Ser Ser Pro Ala Thr Pro Thr
Ser 820 825 830
Tyr Gly Val Val Gly Gly Ala Ile Tyr Gly Glu Lys Val Thr Phe
835 840 845
Ser Gin 850 Cys Ser Gly Thr Cys 855 Gin Phe Ser Gly Asn 860 Gin Ala Ile Asp
Asn 865 Ala Asn Lys Pro Thr Ser Ser Gin Leu 885 Ser 870 Ser Ser Ile Leu Gly Asn Ser Val Ser 890 Gin 875 Asp Gly Ala Gly Gly Ala Thr Ile Ser 895 Tyr 880 Tyr
Ile Phe Ser Gly 900 Asn Ser Val Ser Thr 905 Gly Lys Ser Gin Thr 910 Thr Gly
Gin Ile Ala 915 Gly Gly Ala Ile Tyr 920 Ser Pro Thr Val Thr 925 Leu Asn Cys
Pro Ala 930 Thr Phe Ser Asn Asn 935 Thr Ala Ser Met Ala 940 Thr Pro Lys Thr
Ser 945 Gly Ser Ser Ala Gly Glu Ile Asn Asp Ala Thr Gly Gly 965 Ala Ser 950 Thr Asp Ser Ala Leu Gly He Gly Asn Thr Ala Ser Leu 970 Ala Ile 955 Ser Ile Lys Gly Gly Asp Val Thr Thr Ser Leu Ile Arg 975 Ala Gly 960 Phe Asn
Ala 980 985 990
Asn Thr Pro Ser Ala Thr Ser Gly Ser Gin Asn Ser Ile Thr Glu
Lys 995 1000 1005
Ile Thr 1010 Leu Glu Asn Gly 101! Ser Phe Ile Phe Glu Arg 1020 Asn Gin Ala
Asn Lys 1025 Asn Ile Arg Thr Gly Phe Ala Asn Ile Tyr 1030 Gin Asn Ser Thr Pro Ser Ser Thr Val Ser 1035 His Asp He Gly Lys Ser Gly Ala Asn 1040 Ile
Tyr Phe Thr Lys 1U45 Asp Ala Thr Ile Glu 1050 Ser Leu Gly Ser Val 1055 Leu Phe
1060 1065 1
Thr Gly Asn 1075 Asn Val Thr Ala Thr Gin 1080 Ala Ser Ser Ala Thr 1 085 Ser Gly
Gin Asn Thr 1090 Asn Thr Ala Asn Tyr 1095 Gly Ala Ala Ile HOC Phe 1 Gly Asp Pro
Gly 1105 Ser Thr Ser Thr Gly Gin Asn Ser Ile Ser 111C Thr Gin ) Phe Thr Ser Asp Asn Ala Asn He 1115 Ser Leu 1 Leu Thr Gin Leu Asn Leu Asn Ala 1120 Gin
1125 113C 1 1 1 35
Gly Asp Thr Pro 1140 Ala Ser Lys Phe Cys 1145 Ser Ile Ala Gly Tyr Val .11 50 Lys
Leu Ser Leu 1155 Gin Ala Ala Lys Gly 1160 Lys Thr Ile Ser Phe 1165 Phe Asp Cys
Val His 1170 Thr Ser Thr Lys Lys 1175 Ile Gly Ser Thr Gin 1180 Asn Val Tyr Glu
Thr 1185 Ile Leu Val Asp Phe Ile Ser Asn Ser Lys 1190 Glu Glu Leu Glu His Asn Glu Ser Asn Asn 1195 Lys Pro Ser Tyr Tyr Thr Ile Gly Pro Thr 1200 Gin
1205 1210 1215
Asn . Ala Ile Leu His Asn Gly Thr Leu Val Leu Lys Glu Lys Thr Glu
His 1220 1225 1230
Leu Val 1235 Val Ser Phe Glu Gin 1240 Lys Glu Gly Ser Lys 1245 Leu Ile i Met
Lys Pro 1250 Gly Ala Val Leu Ser 1255 Asn Gin . Asn Ile . Ala . 1260 Asn Gly . Ala : Leu
Val Ile . Asn Gly : Leu Thr Ile . Asp : Leu Ser Ser· 1 Met Gly Thr Pro । Gin
535
1265
Ala Gly
Glu
Ser
Ser
Ala
1270 He Phe Ser 1285
Pro
Pro
Pro
Ser Gly 1300
Gly
Ser
Gly
Lys
Pro
Thr 1330
Arg 1315 Met lie
Ser
Ser
Glu
Asn
Ala
1275 Glu Leu Arg 1290
Vai Ser 1305
Ser lie.Vai
Ser lie
1280 Ala Thr Thr 1295
Pro Thr
Asn
He Asp 1345 Leu Asp
Pro
Asn
Gly
Vai
Pro
Vai Tyr
Asp
Met Gly
Ala Arg 1410
Asp Asn : 1425 He Vai ’
Thr 1395 Trp
Leu 1380 Trp
Leu 1365
Thr :
Asn 1350 He
Lys 1335 Phe '
Lys
Thr
Leu
Leu
Thr
Phe
Asp
Ser
Asp
Phe
Asp
Phe
Leu
Ser lie : 1505 Lys :
Ala
His
His
His
Vai
Asp
Arg i 14 90 Leu <
Lys
Ser
Gly
Asn : 1585 Ser 1
Vai
Glu
Leu
Phe
Lys
Ala 1475
Gly :
Gly
Met
Vai
He 1570 Lys i
Met
Tyr
He
Asn 1665
Tyr ,
Ala
Glu
Asn
Tyr
He . 1460 Gin i
Gin 1445 Ala
Gin
Thr
Ser
Ala
His
Trp 1555
Lys
Tyr ' 1540
His
Gly
Asp
Gly
Ser ' 1650 He :
Arg
Gly
Tyr
Asp
Leu
Asp 1635 Leu
Leu
Asn
Gin
Ala Pro 1320
Vai Phe
Tyr Gin
Leu
Gly
Thr 1415
Asn .
30
Gly :
Tyr
Gly
Vai
Phe
Ser
Leu
Asn
Pro
Ser . 1400 Tyr .
Asp 1385
Asn
Arg
Ser lie
Leu lie
Asn
Gly
Thr
Thr . 1370 Leu
Pro
Arg
Leu
Ser
Pro : 1355 Asn
Gly . 1340 Met :
Thr
Phe
Gin
Trp
Pro
Thr
Asn
Asn
Thr
Pro 1480 He .
Phe 1465
Leu
Asn I 1450 Trp '
Gly 1435 Met :
Vai
1510
95
Ser :
Asp
Ser
Glu
Lys
Lys
Met
Vai
1310 Ala '
1325 Asp
Leu
Thr
Thr
Leu
Ser
Gin
Vai 1420
Ser i
Leu
Ser
Glu
Gly
Asp
Gly ' 1405 Tyr
Gin
Asn
Gly
Thr
Ser
Leu
Vai 1375
Lys 1390
Lys :
Gly
Leu lie
Pro
Asn
Asn
Ser
Asn 1525 Gly
Tyr
Gly
Leu
Pro
Asp
Trp
Glu : 1620 Tyr :
Pro
Met
Asn
Ser 1715
Tyr ' 1730
Cys 1 1745
Phe
His
Lys
Lys
Phe
Phe
Leu 1545
Gly 1530 Tyr
Gly 1515 Ser
Pro . 1500 Lys '
Phe 1485
Arg 1
Vai 1470
Ser
Gin
Phe
Thr
Lys
Thr
Lys 1605
Leu *
Glu . 1590 Glu
Thr 1575
Asp I
Leu 1560
Thr '
Leu
Asp
Vai
Tyr
Vai 1700
Thr i
Thr He
Gly Ala Arg
Pro
Ser
Glu
Pro
Gly
Pro 1685
He
Gin
Asp
Met
Glu
Leu
Tyr
Ser
Leu
He Gin
Leu
Gly
Lys
Gly
Vai
Tyr
Trp
Pro
Tyr
Ser
Arg
Asn 1670
Val '
Cys . 1655 Lys
His 1640 Ala
Ser 1625
Phe .
Asp , 1610 He .
Leu . 1595 Ser
Ser 1580
Ala .
Vai 1565
He .
Asp
Cys
Leu
Vai
Cys
Gly
Tyr
He 1750
Leu
Lys
Vai
Asp
Ser
Lys
Vai
Ala
Tyr
Leu 1720
Gly 1 1735 Phe
Arg
Asp
Glu
Leu
Gly
Arg ' 1690
Pro 1705
Gin
Cys
1675
Vai :
Thr Arg
Gly Pro
Met Tyr Thr
Phe
Leu
Lys
Ala 1660
Tyr 1
Leu
Thr
Trp
Asp 1360 Gin
Tyr
Gin
Arg
Ala . 1455 Gly
Met 1440 Arg
Thr
Tyr
Tyr
Asp
Ala
Asn 1550
Ser '
His
Leu
Arg
Ala 1645
He i
Met
Ser
Ser
Phe
Tyr 1535
Lys
He 1520 Gin
Gin
Tyr
Glu
Arg
Gin 1630
Tyr .
Met
Pro
Ser
Thr 1725
Ser i 1740
Gly
Arg lie 1615 Phe
1600 Thr
Thr
Arg
Asn
Asn
Cys
Ser
Asn 1695
Arg .
He 1680
Glu
Ala
1710
Leu Tyr
Gin Met Thr
Gly
Ser
536
<210> 595 <211> 900 <212> DNA <213> Chlamydia pneumoniae <400> 595 atgctaaaga ttgatctaac aggaaaggta gcatttgttg cgggcattgg tgatgaccaa60 ggatatggct ggggtattgc taaacttctt gcagaagcag gagctacgat tattgtagga120 acatgggtac cgatttacaa aattttctct cagtcttggg aattaggaaa attcaatgaa180 tctagaaaat tatcgaatgg cactctctta gagattgcta agatctatcc catggacgca240 agttttgata gccctgaaga tgttcctgaa gatattgctg aaaataaacg ttacaagggc300 attacgggat tcacgatatc agaagtcgca gaacaggtaa aaaaagattt tggtcatatt360 gacattcttg tccactcgct ggcaaatagt cctgaaattt ctaagtctct attagaaaca420 tcaagaaaag gttacttagc ggctctcagt gcctctagtt attcttttgt tagccttctc480 tctcactttg gaagtatcat gaaccgtggt ggatcgacaa tatcgctcac ctatttggct540 tctatgcgcg ctgttcctgg atacggaggg ggcatgagtt cggcaaaagc agctttggaa600 agtgacacca aaactcttgc ttgggaagcg ggacgccgtt ggggcatacg tgtcaatacc660 atctctgcag gacctttagc aagccgagct ggaaaagcaa ttggttttat tgaaagaatg720 gtagactatt accaagagtg ggcgcctatt cccgaggcta tgaatgccga gcaggtgggt780 gccgttgcag ctttcttagc atcacctcta gcttcagcaa ttactggtga gaccttatac840 gtagatcacg gagccaatgt gatgggaatt ggtcctgaga tgttccctaa agactcataa900 <210> 596 <211> 1743 < 212> DNA < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 596 .
atgccaaaac aagctgaata tacttgggga tctaaaaaaa ttctggacaa tatagaatgc 60 ctcacagaag acgttgccga atttaaagat ttgctttata cggcacacag aattacttcg 120 agcgaagaag aatctgataa cgaaatacag cctggcgcca tcctaaaagg taccgtagtt 180 gatattaata aagactttgt cgtagttgat gttggtctga agtctgaggg agtgatccct 240 atgtcagagt tcatagactc ttcagaaggt ttagtgcttg gagctgaagt agaagtctat 300 ctcgaccaag ccgaagacga agagggcaaa gttgtccttt ctagagaaaa agccacacga 360 caacgtcaat gggaatacat cttagctcat tgtgaagaag gttctattgt taaaggtcaa 420 attacacgta aagtcaaagg cggccttatt gtagatattg gaatggaagc cttcctacct 480 ggatcacaaa ttgacaacaa gaaaatcaaa aatttagatg attatgtcgg aaaagtttgt 540 gaattcaaaa ttttaaaaat taacgttgaa cgtpgcaata ttgttgtctc aagaagagaa 600 ctcttagaag ctgagagaat ctctaagaaa gccgaactta ttgaacaaat ttctatcgga 660 gaataccgca aaggagttgt taaaaacatt actgactttg gtgtattctt agatctcgat 720 ggtattgacg gtcttctcca cattaccgat atgacctgga agcgcatacg acatccttcc 780 gaaatggtcg aattgaatca agagttggaa gtaattattt taagcgtaga taaagaaaaa 840 ggacgagttg ctctaggtct caaacaaaaa gagcataatc cttgggaaga tattgagaag 900 aaataccctc ctggaaaacg agttcttggt aaaattgtga agcttctccc ctacggagct 960 ttcattgaaa ttgaagaggg cattgaaggt ctaattcaca tttctgaaat gtcttgggtg 1020 aaaaatattg tagatcctag tgaagtcgta aataaaggcg atgaagttga agccattgtt 1080 ctatctattc agaaggacga aggaaaaatt tctctaggat taaagcaaac agaacgtaat 1140 ccttgggaca atatcgaaga aaaatatcct ataggtctcc atgtcaatgc tgaaatcaag 1200 aacttaacca attacggtgc tttcgttgaa ttagaaccag gaattgaggg tctgattcat 1260 atttctgaca tgagttggat taaaaaagtc tčtcaccctt cagaactatt caaaaaagga 1320 aattctgtag aggctgttat tttatcagta gacaaagaaa gtaaaaaaat tactttagga 1380 gttaagcaat taagttctaa tccttggaat gaaattgaag ctatgttccc tgctggcaca 1440 gtaatttcag gagttgtgac taaaatcact gcatttggag cctttgttga gctacaaaac 1500 gggattgaag gattgattca cgtttcagaa ctttctgaca agccctttgc aaaaattgaa 1560 gatattatct ccattggaga aaatgtttct gcaaaagtaa ttaagctaga tccagatcat 1620 aaaaaagttt ctctttctgt aaaagaatac ttagctgaca atgcttatga tcaagactct 1680 aggactgaat tagatttcaa ggattctcaa ggccctaáag agagaaagaa aaaaggaaaa 1740
537 <210> 597 <211> 299 <212> PRT <213> Chlamydia pneumoniae <400> 597
Met Leu Lys lie Asp 5 Leu Thr Gly Lys Vai 10 Ala Phe Vai Ala Gly 15 lie
Gly Asp Asp Gin 20 Gly Tyr Gly Trp Gly 25 lie Ala Lys Leu Leu 30 Ala Glu
Ala Gly Ala 35 Thr lie lie Vai Gly 40 Thr Trp Vai Pro lie 45 Tyr Lys lie
Phe Ser 50 Gin Ser Trp Glu Leu 55 Gly Lys Phe Asn Glu 60 Ser Arg Lys Leu
Ser 65 Asn Gly Thr Leu Leu 70 Glu· lie Ala Lys lie 75 Tyr Pro Met Asp Ala 80
Ser Phe Asp Ser Pro 85 Glu Asp Vai Pro Glu 90 Asp lie Ala Glu Asn 95 Lys
Arg Tyr Lys Gly 100 lie Thr Gly Phe Thr 105 lie Ser Glu Vai Ala 110 Glu Gin
Vai Lys Lys 115 Asp Phe Gly His lie 120 Asp lie Leu Vai His 125 Ser Leu Ala
Asn Ser 130 Pro Glu lie Ser Lys 135 Ser Leu Leu Glu Thr 140 Ser Arg Lys Gly
Tyr 145 Leu Ala Ala Leu Ser 150 Ala Ser Ser Tyr Ser 155 Phe Vai Ser Leu Leu 160
Ser His Phe: Gly Ser 165 lie Met Asn Arg Gly 170 Gly Ser Thr Ile Ser 175 Leu
Thr Tyr Leu Ala 180 Ser Met Arg Ala Vai 185 Pro Gly Tyr Gly Gly 190 Gly Met
Ser Ser Ala 195 Lys Ala Ala Leu Glu 200 Ser Asp Thr Lys Thr 205 Leu Ala Trp
Glu Ala 210 Gly Arg Arg Trp Gly 215 lie Arg Vai Asn Thr 220 lie Ser Ala Gly
Pro 225 Leu Ala Ser Arg Ala 230 Gly Lys Ala lie Gly 235 Phe lie Glu Arg Met 240
Vai Asp Tyr Tyr Gin 245 Glu Trp Ala Pro lie 250 Pro Glu Ala Met Asn 255 Ala
Glu Gin Vai Gly 260 Ala Vai Ala Ala Phe 265 Leu Ala Ser Pro Leu 270 Ala Ser
_Ala lie Thr 275 Gly Glu Thr Leu Tyr 280 Vai Asp His Gly Ala 285 Asn Vai Met
Gly lie Gly Pro Glu Met Phe Pro Lys Asp Ser-
538
290 295 <210> 598 <211> 580 < 212> PRT < 213> Chlamydia pneumoniae < 400> 598
Met Pro Lys Gin Ala Glu Tyr Thr Trp Gly Ser Lys Lys Ile Leu Asp 5 1015
Asn Ile Glu Cys Leu Thr Glu Asp Val Ala Glu Phe Lys Asp Leu Leu 20 2530
Tyr Thr Ala His Arg Ile Thr Ser Ser Glu Glu Glu Ser Asp Asn Glu 35 4045 lie Gin Pro Gly Ala Ile Leu Lys Gly Thr Val Val Asp Ile Asn Lys 50 5560
Asp Phe Val Val Val Asp Val Gly Leu Lys Ser Glu Gly Val liePro 65 70 7580
Met Ser Glu Phe Ile Asp Ser Ser Glu Gly Leu Val Leu Gly AlaGlu
9095
Val Glu Val Tyr Leu Asp Gin Ala Glu Asp Glu Glu Gly Lys Val Val 100 105no
Leu Ser Arg Glu Lys Ala Thr Arg Gin Arg Gin Trp Glu Tyr Ile Leu 115 120125
Ala His Cys Glu Glu Gly Ser Ile Val Lys Gly Gin Ile Thr Arg Lys 130 135140
Val Lys Gly Gly Leu Ile Val Asp lie Gly Met Glu Ala Phe LeuPro 145 150 155160
Gly Ser Gin Ile Asp Asn Lys Lys Ile Lys Asn Leu Asp Asp TyrVal
165 170175
Gly Lys Val Cys Glu Phe Lys Ile Leu Lys Ile Asn Val Glu Arg Arg 180 185190
Asn Ile Val Val Ser Arg Arg Glu Leu Leu Glu Ala Glu Arg Ile Ser 195 200205
Lys Lys Ala Glu Leu Ile Glu Gin Ile Ser Ile Gly Glu Tyr Arg Lys 210 215220
Gly Val Val Lys Asn Ile Thr Asp Phe Gly Val Phe Leu Asp LeuAsp 225 230 235240
Gly lie Asp Gly Leu Leu His lie Thr Asp Met Thr Trp Lys ArgIle
245 250255
Arg His Pro Ser Glu Met Val Glu Leu Asn Gin Glu Leu Glu Val Ile 260 265270
Ue Leu Ser Val Asp Lys Glu Lys Gly Arg Val Ala Leu Gly Leu Lvs 275- 280285 ‘539
Gin Lys Glu His Asn Pro Trp 295 Glu Asp lie Glu Lys 300 Lys Tyr Pro Pro
290
Gly 305 Lys Arg Vai Leu Gly Lys 310 He Vai Lys Leu Leu 315 Pro Tyr Gly Aia 320
Phe lie Glu lie Glu Glu Gly 325 He Glu Gly 330 Leu He His He Ser 335 Glu
Met Ser Trp Vai 340 Lys Asn lie Vai Asp 345 Pro Ser Glu Vai Vai 350 Asn Lys
Gly Asp Glu Vai 355 Glu Ala lie Vai Leu 360 Ser He Gin Lys 365 Asp Glu Gly
Lys lie 370 Ser Leu Gly Leu Lys 375 Gin Thr Glu Arg Asn 380 Pro Trp Asp Asn
lie 385 Glu Glu Lys Tyr Pro lie 390 Gly Leu His Vai Asn 395 Ala Glu He Lys 400
Asn Leu Thr Asn Tyr Gly Ala 405 Phe Vai Glu 410 Leu Glu Pro Gly He 415 Glu
Gly Leu He His 420 He Ser Asp Met Ser 425 Trp lie Lys Lys Vai 4 30 Ser His
Pro Ser Glu Leu 4 35 Phe Lys Lys Gly Asn 440 Ser Vai Glu Ala 445 Vai lie Leu
Ser Vai 450 Asp Lys Glu Ser Lys 455 Lys lie Thr Leu Gly 4 60 Vai Lys Gin Leu
Ser 4 65 Ser Asn Pro Trp Asn Glu 470 lie Glu Ala Met Phe 475 Pro Ala Gly Thr 480
Vai lie Ser Gly Val Vai Thr 485 Lys Tie Thr 4 90 Ala Phe Gly Ala Phe 4 95 Vai
Glu Leu Gin Asn 500 Gly Ile Glu Gly Leu 505 He His Vai Ser Glu 510 Leu Ser
Asp Lys Pro Phe 515 Ala Lys lie Glu Asp 520 He lie Ser He 525 Gly Glu Asn
Vai Ser 530 Ala Lys Vai He Lys 535 Leu Asp Pro Asp His 540 Lys Lys Vai Ser
Leu 545 Ser Vai Lys Glu Tyr Leu 550 Ala Asp Asn Ala Tyr 555 Asp Gin Asp Ser 560
Arg Thr Glu Leu Asp Phe Lys 565 Asp Ser Gin 570 Gly Pro Lys Glu Arg 575 Lys
Lys Lys Gly Lys 580 * <210> 599 <211> 358 w>
540
<212> PRT <213> Chlamydia trachomatis serovar D <400> 599
Met Arg Lys Thr Val Ile Val Ala Met Ser Gly Gly Val Asp Ser Ser 5 1015
Val Val Ala Tyr Leu Leu Lys Lys Gin Gly Glu Tyr Asn Val Val Glv 20 2530
Leu Phe Met Lys Asn Trp Gly Glu Gin Asp Glu Asn Gly Glu Cys Thr 35 4045
Ala Thr Lys Asp Phe Arg Asp Val Glu Arg Ile Ala Glu Gin Leu Ser 50 5560
He Pro Tyr Tyr Thr Val Ser Phe Ser Lys Glu Tyr Lys Glu Arg Val 65 70 7580
Phe Ser Arg Phe Leu Arg Glu Tyr Ala Asn Gly Tyr Thr Pro Asn Pro 85 90'95
Asp Val Leu Cys Asn Arg Glu Ile Lys Phe Asp Leu Leu Gin Lys Lys 100 105no
Val Arg Glu Leu Lys Gly Asp Phe Leu Ala Thr Gly His Tyr Cys Arg 115 120125
Gly Gly Ala Asp Gly Thr Gly Leu Ser Arg Gly He Asp Pro Asn Lys 130 .135 .140
Asp Gin Ser Tyr Phe Leu Cys Gly Thr Pro Lys Asp Ala Leu SerAsn 145 150 155
Val Leu Phe Pro Leu Gly Gly Met Tyr Lys Thr Glu Val Arg ArgIle
165 170175
Ala Gin Glu Ala Gly Leu Ala Thr Ala Thr Lys Lys Asp Ser Thr Gly 180 185190
He Cys Phe He Gly Lys Arg Pro Phe Lys Ser Phe Leu Glu Gin Phe 195 200205
Val Ala Asp Ser Pro Gly Asp Ile Ile Asp Phe Asp Thr Gin Gin Val 210 215220
Val Gly Arg His Glu Gly Ala His Tyr Tyr Thr Ile Gly Gin ArgArg 22$ 230 235240
Gly Leu Asn He Gly Gly Met Glu Lys Pro Cys Tyr Val Leu SerLys
245 250255
Asn Met Glu Lys Asn Ile Val Tyr Ile Val Arg Gly Glu Asp His Pro 260 265270
Leu Leu Tyr Arg Gin Glu Leu Leu Ala Lys Glu Leu Asn Trp Phe Val 275 280285
Pro Leu Gin Glu Pro Met Ile Cys Ser Ala Lys Val Arg Tyr Arq Ser 290 295300
541
Pro Asp Glu Lys Cys Ser Vai Tyr 305 310
Val lie Phe Asp Vai Pro Vai Lys 325
Ala Phe Tyr Gin Gly Asp lie Cys 34 0
Pro Met lie His Gin Leu
355
Pro Leu Glu Asp Gly Thr Vai Lys
315320
Ala Vai Thr Pro Gly Gin Thr Vai 330 .335
Leu Gly Gly Gly Val lie Glu Vai
345350
JUDr. Petr Kalensky advokát
. „ f 6« ADVOKÁTNÍ KANCELAR ^..„«lENVSVORCÍK KALENSKY A PARTNER!

Claims (39)

1. Prostředek pro vyvolání imunitní reakce vyznačuj ící setím, že obsahuje Chlamydiový Čapl protein nebo jeho imunogenní fragment a imunostimulační činidlo.
η Á ar o 3c y
2. Prostředek podle nároku Ivyznačující se tím, že imunogenní fragment obsahuje alespoň CTL epitop skládající se v podstatě z aminokyselin 139-147 Čapl proteinu.
3. Prostředek podle nároku Ivyznačující se tím, že Čapl protein obsahuje aminokyselinovou sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 121 nebo sekvenci mající alespoň přibližně 90% identitu se sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 121.
4. Prostředek podle nároku Ivyznačující se tím, že Čapl protein nebo jeho imunogenní fragment obsahuje sekvenci uvedenou v kterékoliv ze SEQ ID NO: 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137 a 139.
5. Prostředek podle nároku ivyznačující se tím, že imunogenní fragment obsahuje aminokyseliny 107-176 Čapl proteinu.
6. Prostředek podle nároku Svyznačující setím, že imunogenní fragment obsahuje aminokyseliny 107-176 Čapl proteinu a má aminokyselinovou sekvenci uvedenou v jakékoliv ze SEQ ID NO: 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137 a 139.
7. Prostředek podle nároku Ivyznačující se tím, že imunogenní fragment je imunologicky reaktivní s CD8+ T-lymfocyty zvířete infikovaného Chlamydiemi.
8. Způsob pro stimulování T-lymfocytární reakce specifické pro
543
Chlamydie vyznačující se tím, že zahrnuje podání účinného množství prostředku podle nároku 1 živočichovi.
9. Způsob pro inhibici Chlamydiové infekce u živočicha vyznačující se tím, že zahrnuje podání účinného množství prostředku podle nároku 1 živočichovi.
10. Prostředek pro vyvolání imunitní reakce vyznačuj ící setím, že obsahuje izolovaný polynukleotid kódující Chlamydiový Čapl protein nebo jeho imunogenní fragment a imunostimulační činidlo.
11. Prostředek podle nároku 10 vyznačující se tím, že imunogenní fragment obsahuje alespoň sekvenci CTL epitopu skládající se v podstatě z aminokyselin 139-147 Čapl proteinu.
12. Prostředek podle nároku 10 vyznačující se tím, že Čapl protein obsahuje aminokyselinovou sekvenci uvedenou v SEQ ID NO: 121 nebo sekvenci mající alespoň přibližně 90% identitu se sekvencí uvedenou v SEQ ID NO: 121.
13. Prostředek podle nároku 10 vyznačující se tím, že Čapl protein nebo jeho imunogenní fragment obsahuje sekvenci uvedenou v kterékoliv ze SEQ ID NO: 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137 a 139.
14. Prostředek podle nároku 10 vyznačující se tím, že imunogenní fragment obsahuje aminokyseliny 107-176 Čapl proteinu.
15. Prostředek podle nároku 14 vyznačuj ící se tím, že imunogenní fragment obsahuje aminokyseliny 107-176 Čapl proteinu a má aminokyselinovou sekvenci uvedenou v jakékoliv ze
544
SEQ ID NO: 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137 a 139.
16. Prostředek podle nároku 10 vyznačující se tím, že imunogenní fragment je imunologicky reaktivní s CD8+ T-lymfocyty zvířete infikovaného Chlamydiemi.
17. Prostředek podle nároku 10 vyznačující se tím, že izolovaný polynukleotid je operativně navázán do virového transportního vektoru.
18. Prostředek podle nároku 17 vyznačující se tím, že virový transportní vektor je vektor z viru vakcinie.
19. . Způsob pro stimulování T-lymfocytární reakce specifické pro Chlamydie vyznačující se tím, že zahrnuje podání účinného množství prostředku podle nároku 10 živočichovi.
20. Způsob pro inhibici Chlamydiové infekce u živočicha vyznačující se tím, že zahrnuje podání účinného množství prostředku podle nároku 10 živočichovi.
21. Způsob pro inhibici Chlamydiové infekce u živočicha vyznačující se t í m, že zahrnuje podání účinného množství prostředku podle nároku 18 živočichovi.
22. Izolovaný polynukleotid vyznačující se tím, že obsahuje sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující:
(a) sekvence uvedené v SEQ ID NO: 358-361;
(b) sekvence komplementární k sekvencím uvedeným v SEQ ID NO: 358-361;
(c) sekvence skládající se z alespoň 20 kontinuálních zbytků sekvence uvedené v SEQ ID NO: 358-361;
(d) sekvence, které hybridizují na sekvence uvedené v SEQ ID NO:
545
358-361 za středně přísných podmínek;
(e) sekvence mající alespoň 95% identitu se sekvencemi SEQ ID
NO: 358-361;
(f) sekvence mající alespoň 99% identitu se sekvencemi SEQ ID
NO: 358-361; a (g) degenerované varianty sekvencí uvedených v SEQ ID NO: 358-361.
23. Izolovaný polypeptid vyznačující se tím, že obsahuje aminokyselinovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnuj í cí:
(a) sekvence kódované polynukleotidem podle nároku 22;
(b) sekvence mající alespoň 95% identitu se sekvencemi kódovanými polynukelotidem podle nároku 22; a (c) sekvence mající alespoň 99% identitu se sekvencemi kódovanými polynukelotidem podle nároku 22.
24. Izolovaný polypeptid vyznačující se tím, že obsahuje alespoň imunogenní fragment polypeptidové sekvence , vybrané ze skupiny zahrnuj ící:
(a) polypeptidové sekvence uvedené v SEQ ID NO: 362-365;
(b) polypeptidové sekvence mající alespoň 95% identitu se sekvencemi uvedenými v SEQ ID NO: 362-365; a (c) polypeptidové sekvence mající alespoň 99% identitu se sekvencemi uvedenými v SEQ ID NO: 362-365.
25. Expresní vektor vyznačující se tím, že obsahuje polynukleotid podle nároku 22 operativně navázaný na sekvence řídící expresi.
26. Hostitelská buňka vyznačující se tím, že je transformovaná nebo transfektovaná expresním vektorem podle nároku 25.
546
27. Izolovaná protilátka nebo její vazebný fragment pro antigen vyznačující se tím, že se specificky váže na polypeptid podle jakéhokoliv z nároků 23 a 24.
28. Způsob pro detekci přítomnosti Chlamydie u pacienta vyznačující se tím, že zahrnuje kroky:
(a) získání biologického vzorku od pacienta;
(b) kontaktování biologického vzorku s vazebným činidlem, které se váže na polypeptid podle jakéhokoliv z nároků 23 a 24;
(c) detekování množství polypeptidu ve vzorku, které se váže na vazebné činidlo;
(d) srovnání množství polypeptidu s předem určenou hraniční hodnotou a z toho určení přítomnosti Chlamydie u pacienta.
29. Fúzní protein vyznačující se tím, že obsahuje alespoň jeden polypeptid podle nároků 23 nebo 24.
30. Oligonukleotid vyznačující se tím, že hybridizuje na sekvence uvedené v SEQ ID NO: 358-361 za přísných hybridizačních podmínek.
31. Způsob pro stimulaci a/nebo expanzi T-lymfocytů specifických pro Chlaymdiový protein vyznačující se tím, že zahrnuje kontaktování T-lymfocytů s alespoň jednou sloučeninou vybranou ze skupiny zahrnuj ící:
(a) polypeptid podle nároků 23 nebo 24;
(b) polynukleotid podle nároku 22; a (c) buňku prezentující antigen exprimující polynukleotid podle nároku 22;
za podmínek a po dobu dostatečnou pro umožnění stimulace a/nebo expanze T-lymfocytů.
547
32. Izolovaná populace T-lymfocytů vyznačující se tím, že obsahuje T-lymfocyty připravené způsobem podle nároku
31.
33. Prostředek vyznačující se tím, že obsahuje první složku vybranou ze skupiny zahrnující fyziologicky přijatelné nosiče a imunostimulační činidla a druhou složku vybranou ze skupiny zahrnující:
(a) polypeptid podle nároků 23 nebo 24;
(b) polynukleotid podle nároku 22;
(c) protilátku podle nároku 27;
(d) fúzní protein podle nároku 29;
(e) populaci T-lymfocytů podle nároku 32; a (f) buňku prezentující antigen, která exprimuje polypeptid podle nároků 23 nebo 24.
34. Způsob pro stimulaci imunitní reakce u pacienta vyznačující se tím, že pacientovi je podán prostředek vynraný ze skupiny zahrnující:
(a) prostředek podle nároku 33;
(b) polynukleotidovou sekvenci podle jakékoliv ze SEQ ID NO: 407-430, 525-559 a 582-598; a (c) polypeptidové sekvence podle jakékoliv ze SEQ ID NO: 431-454 a 560-581.
35. Způsob pro léčbu Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se tím, že pacientovi je podán prostředek vybraný ze skupiny zahrnuj ící:
(a) prostředek podle nároku 33;
(b) polynukleotidovou sekvenci podle jakékoliv ze SEQ ID NO: 407-430, 525-559 a 582-598; a (c) polypeptidové sekvence podle jakékoliv ze SEQ ID NO: 431-454 a 560-581.
548
36. Způsob pro určení přítomnosti Chlamydie u pacienta vyznačující se tím, že zahrnuje kroky:
(a) získání biologického vzorku od pacienta;
(b) kontaktování biologického vzorku s oligonukleotidem podle nároku 30;
(c) detekování množství polynukleotidu ve vzorku, které hybridizuje na oligonukleotid; a (d) srovnání množství polynukleotidu, který hybridizuje na oligonukleotid, s předem určenou hraniční hodnotou a z toho určení přítomnosti Chlamydie u pacienta.
37. Diagnostický kit vyznačující se tím, že obsahuje alespoň jeden oligonukleotid podle nároku 30.
38. Diagnostický kit vyznačující setím, že obsahuje alespoň jednu protilátku podle nároku 27 a detekční činidlo, kde detekční činidlo obsahuje reportérovou skupinu.
39. Způsob pro léčbu Chlamydiové infekce u pacienta vyznačující se tím, že zahrnuje kroky:
(a) inkubování CD4+ a/nebo CD8+ T-lymfocytů izolovaných od pacienta s alespoň jednou složkou vybranou ze skupiny zahrnující:
(i) polypeptid podle jakéhokoliv z nároků 23 a 24;
(ii) polypeptidovou sekvenci podle jakékoliv ze SEQ ID NO: 431-454 a 560-581;
(iii) polynukleotid podle nároku 22;
(iv) polynukleotidovou sekvenci podle jakékoliv ze SEQ ID NO: 407-430, 525-559 a 582-598;
(v) buňku prezentující antigen, která exprimuje. polypeptidovou sekvenci uvedenou v jakémkoliv z nároků 23 a 24;
(vi) buňku prezentující antigen, která exprimuje
549 polypeptidovou sekvenci podle jakékoliv ze SEQ ID NO: 431-454 a 560-581;
(b) podání účinného množství proliferovaných T-lymfocytů pacientovi.
CZ2003480A 2000-07-20 2001-07-20 Sloučeniny a způsoby léčení a diagnózy chlamydiální infekce CZ2003480A3 (cs)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US09/620,412 US6448234B1 (en) 1998-12-08 2000-07-20 Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US09/841,132 US20020061848A1 (en) 2000-07-20 2001-04-23 Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CZ2003480A3 true CZ2003480A3 (cs) 2003-09-17

Family

ID=27088713

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ2003480A CZ2003480A3 (cs) 2000-07-20 2001-07-20 Sloučeniny a způsoby léčení a diagnózy chlamydiální infekce

Country Status (24)

Country Link
US (9) US20020061848A1 (cs)
EP (1) EP1307564B1 (cs)
JP (1) JP2004513622A (cs)
KR (1) KR20030016423A (cs)
CN (1) CN100467600C (cs)
AT (1) ATE373092T1 (cs)
AU (2) AU2001280702B8 (cs)
BR (1) BR0112602A (cs)
CA (1) CA2418282A1 (cs)
CY (1) CY1107796T1 (cs)
CZ (1) CZ2003480A3 (cs)
DE (1) DE60130468T2 (cs)
DK (1) DK1307564T3 (cs)
ES (1) ES2294018T3 (cs)
HU (1) HUP0400477A3 (cs)
IL (2) IL153904A0 (cs)
MX (1) MXPA03000564A (cs)
NO (1) NO20030252L (cs)
NZ (3) NZ549873A (cs)
PL (1) PL209107B1 (cs)
PT (1) PT1307564E (cs)
RU (2) RU2003104976A (cs)
WO (1) WO2002008267A2 (cs)
ZA (1) ZA200300719B (cs)

Families Citing this family (50)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5629167A (en) * 1994-04-19 1997-05-13 Biocine S.P.A. Detection of antibodies against Chlamydia trachomatis pgp3 antigen in patient sera by enzyme-linked immunosorbent assay
US7459524B1 (en) 1997-10-02 2008-12-02 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, sequence and uses thereof
AU5366099A (en) 1998-08-20 2000-03-14 Connaught Laboratories Limited Nucleic acid molecules encoding inclusion membrane protein of (chlamydia)
EP1105489A1 (en) 1998-08-20 2001-06-13 Aventis Pasteur Limited Nucleic acid molecules encoding pomp91a protein of chlamydia
US6686339B1 (en) 1998-08-20 2004-02-03 Aventis Pasteur Limited Nucleic acid molecules encoding inclusion membrane protein C of Chlamydia
US6649370B1 (en) 1998-10-28 2003-11-18 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
US6607730B1 (en) 1998-11-02 2003-08-19 Aventis Pasteur Limited/Aventis Pasteur Limitee Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
AU3790900A (en) 1998-12-01 2000-06-19 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
CN100365120C (zh) 1998-12-08 2008-01-30 科里克萨有限公司 用于治疗及诊断衣原体感染的化合物和方法
US20080213264A1 (en) * 1998-12-08 2008-09-04 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6555115B1 (en) * 1998-12-08 2003-04-29 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US20020061848A1 (en) * 2000-07-20 2002-05-23 Ajay Bhatia Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
GB9828000D0 (en) 1998-12-18 1999-02-10 Chiron Spa Antigens
US7297341B1 (en) 1998-12-23 2007-11-20 Sanofi Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
JP2002541766A (ja) 1998-12-28 2002-12-10 アベンティス、パストゥール、リミテッド クラミジア抗原および対応するｄｎａ断片ならびにその使用
US6808713B1 (en) 1998-12-28 2004-10-26 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
GB9902555D0 (en) 1999-02-05 1999-03-24 Neutec Pharma Plc Medicament
EP2172214A3 (en) 1999-03-12 2011-03-16 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
WO2000066739A2 (en) 1999-05-03 2000-11-09 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
CA2385325C (en) 1999-09-20 2012-04-10 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
US6632663B1 (en) 1999-09-22 2003-10-14 Aventis Pasteur Limited DNA immunization against chlamydia infection
EP1240331B1 (en) 1999-12-22 2010-04-07 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
AU2001255596A1 (en) 2000-04-21 2001-11-07 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6919187B2 (en) * 2000-04-21 2005-07-19 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1282718B1 (en) 2000-05-08 2006-12-20 Sanofi Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
ATE440861T1 (de) 2000-07-03 2009-09-15 Novartis Vaccines & Diagnostic Immunisierung gegen chlamydia pneumoniae
US7537772B1 (en) * 2000-10-02 2009-05-26 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, gene sequence and the uses thereof
US7731980B2 (en) * 2000-10-02 2010-06-08 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia PMP proteins, gene sequences and uses thereof
US20030059896A1 (en) * 2000-12-21 2003-03-27 Shire Biochem Inc. Novel chlamydia antigens and corresponding DNA fragments
GB2370838A (en) * 2001-01-06 2002-07-10 Benedikt Timmerman Immunogenic complex
ES2386386T3 (es) 2001-12-12 2012-08-20 Novartis Vaccines And Diagnostics S.R.L. Inmunización contra Chlamydia trachomatis
GB0203403D0 (en) 2002-02-13 2002-04-03 Chiron Spa Chlamydia cytotoxic-T cell epitopes
WO2005002619A2 (en) * 2003-06-26 2005-01-13 Chiron Corporation Immunogenic compositions for chlamydia trachomatis
WO2005049837A1 (en) * 2003-11-20 2005-06-02 Aventis Pasteur Limited Immunization against chlamydia infection
US8541007B2 (en) 2005-03-31 2013-09-24 Glaxosmithkline Biologicals S.A. Vaccines against chlamydial infection
CN101184504A (zh) 2005-03-31 2008-05-21 葛兰素史密丝克莱恩生物有限公司 针对衣原体感染的疫苗
AU2006259858A1 (en) * 2005-05-12 2006-12-28 Novartis Vaccines And Diagnostics S.R.L. Immunogenic compositions for Chlamydia trachomatis
WO2007030879A1 (en) * 2005-09-13 2007-03-22 Diatech Pty Ltd Diagnostic markers and uses therefor
US9259463B2 (en) * 2006-01-16 2016-02-16 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Chlamydia vaccine
EP1970708A1 (de) * 2007-03-07 2008-09-17 Mikrogen Molekularbiologische Entwicklungs-GmbH Biochip und Verfahren zum selektiven Nachweis von Chlamydia trachomatis-Infektionen
EP2162460A4 (en) * 2007-06-14 2012-06-06 Emergent Product Dev Gaithersburg Inc VACCINES AGAINST CHLAMYDIA INFECTIONS
AU2008284352A1 (en) * 2007-08-03 2009-02-12 President And Fellows Of Harvard College Chlamydia antigens
AU2008331800A1 (en) * 2007-12-03 2009-06-11 President And Fellows Of Harvard College Chlamydia antigens
WO2010100632A2 (en) 2009-03-06 2010-09-10 Novartis Ag Chlamydia antigens
WO2011118496A1 (ja) 2010-03-23 2011-09-29 和光純薬工業株式会社 クラミジア・トラコマティス検出用プライマー及びプローブ、並びにこれを用いたクラミジア・トラコマティスの検出方法
CA2849391A1 (en) * 2010-10-20 2012-04-26 Genocea Biosciences, Inc. Chlamydia antigens and uses thereof
US20130095487A1 (en) * 2011-10-18 2013-04-18 University Of South Florida Interferon-Gamma Response as a Diagnostic Test for Persistent Chlamydial Infections
CN109608550B (zh) * 2012-12-05 2020-09-11 生控基因疫苗股份有限公司 用作诱发抗原特异性t细胞反应的免疫原性增强剂的融合蛋白
CN113801191B (zh) * 2021-08-18 2022-05-17 南京大学 一种检测衣原体的多肽探针及其应用
AR132053A1 (es) 2023-03-02 2025-05-21 Sanofi Pasteur Composiciones para su uso en el tratamiento de clamidia

Family Cites Families (85)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4118469A (en) * 1976-04-27 1978-10-03 Research Corporation Antigen for trachoma lymphogranuloma venereum (LGV) and non-gonococcal urethritis (NGU)
US4497899A (en) * 1982-04-12 1985-02-05 Abbott Laboratories Immunoassay for Chlamydia trachomatis antigens
US4497900A (en) 1982-04-12 1985-02-05 Abbott Laboratories Immunoassay for Neisseria gonorrhoeae antigens
US4497863A (en) * 1984-03-07 1985-02-05 Milliken Research Corporation Laminated weft insertion fabric
DE3650571T2 (de) 1985-01-14 1997-02-27 Chiron Corp Hauptprotein der Aussenmembran von Chlamydia
US5785973A (en) 1988-02-01 1998-07-28 Praxis Biologics, Inc. Synthetic peptides representing a T-cell epitope as a carrier molecule for conjugate vaccines
EP0348725A3 (en) 1988-06-29 1990-10-24 Miles Inc. Species-specific epitode of chlamydia trachomatis and antibodies that recognize the same
DE69020143T2 (de) 1989-02-17 1996-01-25 Chiron Mimotopes Pty Ltd Verfahren zur verwendung und herstellung von peptiden.
US5869608A (en) * 1989-03-17 1999-02-09 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Nucleotide and amino acid sequences of the four variable domains of the major outer membrane proteins of Chlamydia trachomatis
US5166053A (en) * 1990-02-23 1992-11-24 Miles Inc. Specimen adequacy control for chlamydia assays
JP3018553B2 (ja) * 1990-05-08 2000-03-13 日立化成工業株式会社 クラミジア・トラコマティス抗体測定方法及びクラミジア・トラコマティス感染症診断用製剤
US5725863A (en) 1991-09-06 1998-03-10 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture Polypeptides useful in prevention of chlamydia infection
DE69313134T2 (de) 1992-06-25 1998-02-26 Smithkline Beecham Biolog Adjuvantien enthaltende impfstoffzusammensetzung
AU669000B2 (en) 1992-09-18 1996-05-23 Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, The Synthetic peptide vaccine for chlamydia trachomatis
US5549978A (en) * 1992-10-30 1996-08-27 Kabushiki Kaisha Toshiba Magnetoresistance effect element
US5629167A (en) * 1994-04-19 1997-05-13 Biocine S.P.A. Detection of antibodies against Chlamydia trachomatis pgp3 antigen in patient sera by enzyme-linked immunosorbent assay
CN100365017C (zh) 1994-09-20 2008-01-30 日立化成工业株式会社 肺炎衣原体抗原多肽
GB9506863D0 (en) * 1995-04-03 1995-05-24 Smithkline Beecham Biolog Vaccines
GB9626864D0 (en) 1996-12-24 1997-02-12 Smithkline Beecham Biolog Vaccine
GB9516293D0 (en) 1995-08-09 1995-10-11 Immunova Ltee Novel peptides and their use as vaccines
CN1223589A (zh) * 1996-05-06 1999-07-21 美国拜尔公司 包含鹦鹉热衣原体的猫疫苗及其制备方法
WO1998002546A2 (en) 1996-07-12 1998-01-22 University Of Manitoba Dna immunization against chlamydia infection
US6464979B1 (en) 1996-09-12 2002-10-15 Aventis Pasteur Limited Chlamydial vaccines and methods of preparation thereof
US7459524B1 (en) * 1997-10-02 2008-12-02 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, sequence and uses thereof
JP4249279B2 (ja) 1997-10-22 2009-04-02 デンカ生研株式会社 クラミジア・トラコマティス主要外膜蛋白質及びその製造方法、並びにクラミジア・トラコマティスの抗体測定方法及び抗体測定試薬
ATE480625T1 (de) * 1997-11-21 2010-09-15 Merck Serono Biodevelopment Äusseres membranpolypeptid von chlamydia pneumoniae sowie fragmente davon und deren verwendung, insbesondere zur diagnose, prävention und behandlung einer infektion
KR20010032336A (ko) 1997-11-21 2001-04-16 브랑디 빠스깔 클라미디아 뉴모니아 게놈 서열과 폴리펩티드, 이의 단편및 이의 용도, 특히, 감염의 진단, 예방 및 치료 용도
US7041490B1 (en) * 1997-11-28 2006-05-09 Serono Genetics Institute, S.A. Chlamydia trachomatis polynucleotides and vectors, recombinant host cells, DNA chips or kits containing the same
KR100760221B1 (ko) * 1997-11-28 2007-10-30 세로노 제네틱스 인스티튜트 에스.에이. 클라미디아 트라코마티스 게놈 서열과 폴리펩티드, 이의단편 및 이의 용도, 특히, 감염의 진단, 예방 및 치료 용도
BR9909472A (pt) 1998-04-07 2001-09-11 Corixa Corp Polipeptìdeo purificado, processo para prevenir tuberculose, e, composição farmacêutica
ES2284287T3 (es) * 1998-10-16 2007-11-01 Glaxosmithkline Biologicals S.A. Sistemas adyuvantes y vacunas.
US6607730B1 (en) * 1998-11-02 2003-08-19 Aventis Pasteur Limited/Aventis Pasteur Limitee Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
EP1133572A4 (en) 1998-11-12 2005-06-15 Univ California GENOME SEQUENCE OF CHLAMYDIA PNEUMONIAE
US20020061848A1 (en) * 2000-07-20 2002-05-23 Ajay Bhatia Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6166177A (en) * 1998-12-08 2000-12-26 Corixa Corporation Compounds and methods for the treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6555115B1 (en) * 1998-12-08 2003-04-29 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6565856B1 (en) * 1998-12-08 2003-05-20 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6448234B1 (en) * 1998-12-08 2002-09-10 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US20080213264A1 (en) * 1998-12-08 2008-09-04 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US6432916B1 (en) * 1998-12-08 2002-08-13 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
CN100365120C (zh) * 1998-12-08 2008-01-30 科里克萨有限公司 用于治疗及诊断衣原体感染的化合物和方法
US6447779B1 (en) * 1998-12-08 2002-09-10 Corixa Corporation Compounds for the diagnosis of Chlamydial infection
GB9828000D0 (en) 1998-12-18 1999-02-10 Chiron Spa Antigens
GB9902555D0 (en) 1999-02-05 1999-03-24 Neutec Pharma Plc Medicament
EP2172214A3 (en) 1999-03-12 2011-03-16 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding DNA fragments and uses thereof
WO2000066739A2 (en) 1999-05-03 2000-11-09 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
US6811783B1 (en) 1999-09-07 2004-11-02 Aventis Pasteur Limited Immunogenic compositions for protection against chlamydial infection
CA2385325C (en) 1999-09-20 2012-04-10 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
US6632663B1 (en) 1999-09-22 2003-10-14 Aventis Pasteur Limited DNA immunization against chlamydia infection
CA2937907C (en) 1999-09-28 2017-08-22 Geneohm Sciences Canada Inc. Nucleic acids, methods and kits for the detection of campylobacter
AU4503201A (en) * 1999-10-14 2001-06-12 University Of Utah Research Foundation Resonant optical cavities for high-sensitivity, high-throughput biological sensors and methods
WO2001035992A1 (en) * 1999-11-19 2001-05-25 Michigan State University Recombinant chlamydia vaccine
EP1240331B1 (en) 1999-12-22 2010-04-07 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
US20010048927A1 (en) * 2000-02-01 2001-12-06 Richard Stephens Porin B (PorB) as a therapeutic target for prevention and treatment of infection by chlamydia
US6919187B2 (en) 2000-04-21 2005-07-19 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
AU2001255596A1 (en) * 2000-04-21 2001-11-07 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US20020146776A1 (en) 2000-04-21 2002-10-10 Corixa Corporation Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
EP1282718B1 (en) 2000-05-08 2006-12-20 Sanofi Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
JP2003536270A (ja) * 2000-06-16 2003-12-02 アプライド マテリアルズ インコーポレイテッド 単一基板ウェット−ドライ一体型クラスター洗浄機
ATE440861T1 (de) 2000-07-03 2009-09-15 Novartis Vaccines & Diagnostic Immunisierung gegen chlamydia pneumoniae
WO2002008627A1 (de) * 2000-07-20 2002-01-31 Zf Friedrichshafen Ag Elektromagnetisch betätigbare, schleifringlose einflächen-reibungskupplung
US7537772B1 (en) * 2000-10-02 2009-05-26 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia protein, gene sequence and the uses thereof
US7731980B2 (en) 2000-10-02 2010-06-08 Emergent Product Development Gaithersburg Inc. Chlamydia PMP proteins, gene sequences and uses thereof
GB0103169D0 (en) * 2001-02-08 2001-03-28 Smithkline Beecham Biolog Vaccine composition
AU2002306849A1 (en) * 2001-03-21 2002-10-08 Elitra Pharmaceuticals, Inc. Identification of essential genes in microorganisms
WO2002079244A2 (en) * 2001-03-30 2002-10-10 University Of Manitoba Chlamydial protease-like activity factor responsible for degradation of host transcription factor
US20030199438A1 (en) * 2001-04-09 2003-10-23 Shaw Allan Christian Method for identification of proteins from intracellular bacteria
US20040029129A1 (en) * 2001-10-25 2004-02-12 Liangsu Wang Identification of essential genes in microorganisms
ES2386386T3 (es) * 2001-12-12 2012-08-20 Novartis Vaccines And Diagnostics S.R.L. Inmunización contra Chlamydia trachomatis
US7105171B2 (en) * 2002-03-07 2006-09-12 The Regents Of The University Of California Porin B (PorB) as a therapeutic target for prevention and treatment of infection by Chlamydia
WO2005002619A2 (en) * 2003-06-26 2005-01-13 Chiron Corporation Immunogenic compositions for chlamydia trachomatis
FR2869057B1 (fr) * 2004-04-16 2006-06-02 Piscines Desjoyaux Sa Sa Dispositif pour la realisation d'un haut de chainage d'un escalier
JP5024830B2 (ja) 2004-10-25 2012-09-12 ステーテンズ セーラム インスティテュート クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）抗原のワクチンおよび診断への使用
CN101184504A (zh) 2005-03-31 2008-05-21 葛兰素史密丝克莱恩生物有限公司 针对衣原体感染的疫苗
US8541007B2 (en) * 2005-03-31 2013-09-24 Glaxosmithkline Biologicals S.A. Vaccines against chlamydial infection
AU2006259858A1 (en) * 2005-05-12 2006-12-28 Novartis Vaccines And Diagnostics S.R.L. Immunogenic compositions for Chlamydia trachomatis
WO2007110700A2 (en) * 2005-12-22 2007-10-04 Novartis Vaccines And Diagnostics, Srl. Chlamydial antigens
US9259463B2 (en) * 2006-01-16 2016-02-16 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Chlamydia vaccine
US20080124338A1 (en) * 2006-09-22 2008-05-29 The Scripps Research Institute Methods for treatment of inflammatory disease and chlamydia infectious disease
CA2664236A1 (en) * 2006-10-04 2008-04-10 Glaxosmithkline Biologicals S.A. Vaccines against chlamydial infection
US7892567B2 (en) * 2007-10-01 2011-02-22 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods and compositions for immunization against chlamydial infection and disease
US9068007B2 (en) * 2008-10-09 2015-06-30 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods and compositions for chlamydial antigens for diagnosis and treatment of chlamydial infection and disease
CA2781805A1 (en) * 2008-12-17 2010-07-08 Genocea Biosciences, Inc. Chlamydia antigens and uses thereof
WO2010100632A2 (en) * 2009-03-06 2010-09-10 Novartis Ag Chlamydia antigens
EP2544715A2 (en) * 2010-03-09 2013-01-16 Board Of Regents, University Of Texas System Methods and compositions for chlamydial antigens for diagnosis and treatment of chlamydial infection and disease

Also Published As

Publication number Publication date
US20080299142A1 (en) 2008-12-04
NO20030252D0 (no) 2003-01-17
IL153904A (en) 2010-04-29
RU2410394C2 (ru) 2011-01-27
NZ541013A (en) 2007-05-31
NZ523628A (en) 2005-08-26
ZA200300719B (en) 2004-10-27
CY1107796T1 (el) 2013-06-19
EP1307564B1 (en) 2007-09-12
US8263089B2 (en) 2012-09-11
EP1307564A2 (en) 2003-05-07
CA2418282A1 (en) 2002-01-31
US20090028887A1 (en) 2009-01-29
CN100467600C (zh) 2009-03-11
HUP0400477A3 (en) 2010-01-28
US8052975B2 (en) 2011-11-08
US20020061848A1 (en) 2002-05-23
US20090035296A1 (en) 2009-02-05
ATE373092T1 (de) 2007-09-15
BR0112602A (pt) 2004-02-17
RU2003104976A (ru) 2004-07-10
AU2001280702B9 (en) 2002-02-05
AU8070201A (en) 2002-02-05
RU2006120003A (ru) 2007-12-27
MXPA03000564A (es) 2004-12-13
IL153904A0 (en) 2003-07-31
WO2002008267A2 (en) 2002-01-31
AU2001280702B8 (en) 2008-02-28
US20040234536A1 (en) 2004-11-25
AU2001280702B2 (en) 2008-01-24
NZ549873A (en) 2008-06-30
KR20030016423A (ko) 2003-02-26
NO20030252L (no) 2003-03-14
WO2002008267A3 (en) 2003-02-27
CN1489628A (zh) 2004-04-14
PL209107B1 (pl) 2011-07-29
PT1307564E (pt) 2007-11-21
JP2004513622A (ja) 2004-05-13
PL365951A1 (pl) 2005-01-24
US20120114684A1 (en) 2012-05-10
HUP0400477A2 (hu) 2004-05-28
WO2002008267A9 (en) 2006-09-28
ES2294018T3 (es) 2008-04-01
US20080317772A1 (en) 2008-12-25
US20080181918A1 (en) 2008-07-31
DE60130468D1 (de) 2007-10-25
US7462357B2 (en) 2008-12-09
HK1067381A1 (zh) 2005-04-08
DK1307564T3 (da) 2007-12-27
DE60130468T2 (de) 2008-04-03
US20110142872A1 (en) 2011-06-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US6565856B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
KR100829407B1 (ko) 클라미디아 감염을 치료 및 진단하기 위한 조성물 및 이를 포함하는 약제학적 조성물 및 진단 키트
PL209107B1 (pl) Kompozycje do zastosowania w leczeniu i diagnozowaniu infekcji Chlamydia
US6448234B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
CZ2001200A3 (en) Herbicidal agents containing substituted phenylsulfonyl ureas compounds for controlling weed in rice, process of their preparation and use
US6432916B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
CN101219215A (zh) 用于治疗及诊断衣原体感染的化合物和方法
US6555115B1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
US20080213264A1 (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection
HK1067381B (en) Compounds and methods for treatment and diagnosis of chlamydial infection