DE4000247C2 - - Google Patents
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- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
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Description
Die Erfindung betrifft ein Enzymreaktionsverfahren mit einer
die Enzymaktivität verbessernden Zusatzkomponente, wobei das
betreffende Enzym nukleotidhaltige Moleküle, insbesondere
Polynukleinsäuren als Substrat hat.
Reaktionslösungen für die obengenannten Enzymreaktionen ent
halten neben den obligatorischen Pufferkomponenten: pH-ein
gestellten Good-Puffer, NaCl, MgCl2, etc. (siehe: Maniatis, T.,
Fritsch, E.F., Sambrook, J. (1982) "Molecular Cloning", S. 104ff,
453ff), oft auch Zusätze, die zwar kein Cofaktor oder Co
substrat sind, aber die Enzymreaktion beschleunigen oder das
Enzym in der Reaktionslösung stabilisieren (Davies,L.G., Dib
ner, M.D., Battey, J.F. (1986) "Basic Methods in Molecular Bio
logy" (Elsevier Science Publishing Co., Inc., New York) S. 52-53;
McCelland, M., Hanish, J., Nelson, M., Patel, Y. (1988) Nucl.
Acids Res., 18 (1), 364ff; Dillely, A.G., Woo, S.L.C. (1985)
Focus (Bethesda Research Laboratories, USA) 7 (2), 1ff). Be
kannte Zusätze sind bspw.: bovines Serumalbumin, Spermidin,
Polyethylenglykol, Dithioerythrit, Mercaptoethanol, Inhibito
ren, wie placentaler RNAse-Inhibitor, Proteaseinhibitoren,
wie Phenylmethylsulfonylfluorid (PMSF), DNAse-Inhibitoren,
etc.
Ferner können auch einzelne Komponenten der Pufferlösung, wie
z. B. Natriumchlorid, durch physiologisch verwandte Substanzen
ersetzt werden; anstelle von Natriumchlorid wird bspw. Kali
umglutamat empfohlen. Solche Sonderzusätze sind aber nur bei
bestimmten einzelnen Enzymreaktionen förderlich. Bei anderen
Reaktionstypen besitzen sie hingegen zumeist eine schädliche,
d. h. inhibierende Wirkung und können auch eine Reaktion voll
ständig verhindern. So fördert bspw. dibasisches Spermidin
die Ligation von Oligonukleotiden; es inhibiert aber die Re
striktion von hochmolekularer DNA, weil damit die DNA-Stränge
zu einem unlöslichen Präzipitat vernetzt werden. Manche der
Zusätze, wie z. B. Kaliumglutamat oder PMSF, beeinflussen auch
bei der gelelektrophoretischen Auftrennung das Laufverhalten
der Reaktionsprodukte, z. B. DNA-Fragmente, so daß sie wegen
der damit verbundenen Probleme zum allgemeinen Gebrauch unge
eignet sind.
Kommerzielle Enzymhersteller vermeiden daher möglichst Son
derzusätze in den Reaktionslösungen - bzw. den Vorschriften
und Empfehlungen dazu -, weil stets Risiken und Nachteile
damit verbunden sind: Unwissenheit der Anwender über die Be
sonderheiten der einzelnen Enzyme; Verwechslungsgefahr; Kon
taminationsgefahr; zusätzlicher Aufwand bei der Herstellung
der Reaktionspuffer; ungenügender Reinheitsgrad der Sonder
komponenten; Lagerinstabilitäten, etc. Außerdem sind einige
der Sonderzusätze schwer herzustellen und sehr teuer.
Bei forensischen und klinischen Untersuchungen müssen aber
oft große Mengen genomischer DNA mit verschiedenen DNA-Re
striktionsendonukleasen gespalten werden. Da aber die meisten
Restriktionsenzyme sehr teuer sind, ist es aus Kostengründen
erwünscht, die Enzymaktivität mittels eines Sonderzusatzes zu
stabilisieren oder ggf. zu erhöhen, wobei die Zusatzkomponen
te vergleichsweise preiswert sein sollte. Da derartige Enzym
reaktionen oft sehr schwer und nur bei großen Enzymmengen ab
laufen, bestand deshalb ein Bedürfnis nach einem allgemein
besseren und kostengünstigen Enzymreaktionsverfahren.
Diese Aufgabe wird durch das Enzymreaktionsverfahren nach Patentanspruch
1 gelöst. Weitere Ausführungsformen des erfindungsgemäßen
Verfahrens ergeben sich aus den Unteransprüchen.
Die Zusatzkomponente bei dem erfindungsgemäßen Reaktionsverfahren
besteht aus Milch oder deren
Bestandteilen (vgl. Anspruch 1). Unter wirtschaftlichen
Gesichtspunkten dürfte dabei Kuhmilch bevorzugt sein.
Die Zusatzkomponente bei dem erfindungsgemäßen Reaktionsverfahren
bewirkt nicht nur eine Erhöhung der Enzymaktivität,
insbesondere bei Restriktionsendonukleasen, sondern auch, daß
die Reaktion mit dem Substrat vollständiger abläuft. So
erfolgt bspw. in vielen Fällen der Restriktionsverdau von
menschlicher genomischer DNA nur unvollständig - die Gründe
hierfür sind nicht ganz verstanden -, was dann zu falschen
Ergebnissen bei der Untersuchung der Restriktionsfragmentlängenpolymorphismen
(RFLP′s) in der genomischen DNA führt.
Die erfindungsgemäß eingesetzte Sonderkomponente im Restriktionspuffer
bewirkt hingegen eine Stabilisierung und Erhöhung der eingesetzten
Enzymaktivität, so daß die genomische DNA vollständig
gespalten wird.
Die Zusatzkomponente für das erfindungsgemäße Verfahren ist
preiswert zu gewinnen, problemlos in der Anwendung, und sie
bewirkt eine erhebliche Reduzierung der Enzymkosten bei
wissenschaftlichen, klinischen, forensischen oder anderen
DNA/RNA-Untersuchungen, da die Aktivität der relativ teuren
Enzyme besser genutzt werden kann.
Enzyme, bzw. Reaktionen, die durch die Zusatzkomponente im
Reaktionspuffer begünstigt werden, sind DNA-Restriktionsendonukleasen,
insbesondere Typ-II-Restriktionsendonukleasen,
aber auch Typ-I-Restriktionsendonukleasen, die komplexe DNA-
Muster erkennen, oder auch Typ-III-Restriktionsendonukleasen,
die außerhalb der Erkennungssequenz schneiden. Also bspw.
folgende Restriktionsendonukleasen:
Aac I, Aae I, Aat I, Aat II, Aca I, Acc I, Acc II, Acc III, Acy I, Afl I, Afl II, Afl III, Aha I, Aha II, Aha III, Aim I, Alu I, Ama I, Aor I, Aos I, Aos II, Apa I; Apy I, Aqu I, Asp AI, Ast AI, Asu I, Asu II, Asu III, Atu II, Atu AI, Atu BI, Atu BVI, Atu CI, Atu HAMI, Ava I, Ava II, Ava III, Avr I, Avr II, Bac I, Bal I, Bam FI, Bam HI, Bam KI, Bam NI, Bam Nx, Ban I, Ban II, Bam III, Bbe I, Bbe II, Bbe AI, Bbe AII, Bbi I, Bbi II, Bbi III, Bbi IV, Bbr I, Bbv SI, Bbv I, Bce 170, Bce 1229, Bce14579, Bce FI, Bce R, Bcl I, Bcn I, Bgl I, Bgl II, Bin I, Bin SI, Bin SII, Blo I, Blu I, Blu II, Bme I, Bme 205, Bme 899, Bpe I, Bpr I, Bpu I, Bsa PI, Bse I, Bse II, Bse PI, Bsm I, Bso PI, Bsp 1286, Bsp RI, Bsr HI, Bsr PI, Bsr PII, Bss CI, Bss GI, Bss GII, Bss HI, Bss HII, Bss PI, Bst I, Bst AI, Bsr CI, Bst EI, Bst EII, Bst EIII, Bst GI, Bst GII, Bst HI, Bst NI, Bst PI, Bst TI, Bst XI, Bst XII, Bsu 1076, Bsu 1114, Bsu 1145, Bsu 1192I, Bsu 1192II, Bsu 1193, Bsu 1247, Bsu A259, Bsu 6633, Bsu EII, Bsu FI, Bsu M, Bsu RI, Bth I, Bth II, Bvu I, Cal I, Cau I, Cau II, Cau III, Ccr I, Ccr II, Cfo I, Cfr I, Cfr 4I, Cfr 5I, Cfr 6I, Cfr 7I, Cfr 8I, Cfr 9I, Cfr 10I, Cfr 11I, Cfr 13I, Cfr 14I, Cfu I, Chi I, Chu I, Chu II, Cla I, Clm I, Clm II, Clt I, Clu I, Cpa I, Cpe I, Cpf I, Csc I, Cve I, Cvi I, Cvn I, Dde I, Dde II, Dds I, Dpn I, Dpn II, Dra I, Dra II, Dra III, Eae I, Eae PI, Eca I, Eca II, Ecc I, Ecl I, Ecl II, Eco A, Eco B, Eco DXI, Eco ICRI, Eco K, Eco PI, Eco P15, Eco RI, EcoRI(i), Eco RII, Eco RV, Eco 24I, Eco 25I, Eco 26I, Eco 27I, Eco 32I, Eco 35I, Eco 36I, Eco 38I, Eco 39I, Eco 40I, Eco 41I, Eco 47I, Eco 47II, Eco 47III, Eco 48I, Eco 49I, Eco 50I, Fdi I, Fdi II, Fnu 48I, Fnu 4HI, Fnu AI, Fnu AII, Fnu CI, Fnu DI, Fnu DII, Fnu DIII, Fnu EI, Fok I, Gdi I, Gdi II, Gdo I, Ggl I, Gin I, Gox I, Gsb I, Gsu I, Hae I, Hae II, Hae III, Hag I, Hap I, Hap II, Hga I, Hgi AI, Hgi BI, Hgi CI, Hgi CII, Hgi CIII, Hgi DI, Hgi DII, Hgi EI, Hgi EII, Hgi FI, Hgi GI, Hgi HI, Hgi HII, Hgi HIII, Hgi JI, Hgi JII, Hgi KI, Hha I, Hha II, Hhg I, Hin 173, Hin 1056I, Hin 1056II, Hin bIII, Hin cII, Hin dI, Hin dII, Hin dIII, Hin dIV, Hin eI, Hin fI, Hin fII, Hin fIII, Hin GUI, Hin GUII, Hin HI, Hin JCI, Hin JCII, Hin P₁I, Hin S₁I, Hin S₂, Hpa I, Hpa II, Hph I, Hsu I, Kpn I, Mae I, Mae II, Mae III, Mau I, Mbo I, Mbo II, Mbv I, Mgl I, Mgl II, Mki I, Mla I, Mlu I, Mni I, Mni II, Mnl I, Mnn I, Mnn II, Mnn III, Mnn IV, Mno I, Mno II, Mno III, Mos I, Mph I, Mra I, Msi I, Msi II, Msp I, Mst I, Mst II, Mth I, Mva I, Mvi I, Mvi II, Nae I, Nam I, Nar I, Nba I, Nbl I, Nbr I, Nca I, Nci I, Nco I, Ncu I, Nda I, Nde I, Nde II, Nfl I, Nfl II, Nfl III, Ngi III, Ngo I, Ngo II, Nla I, Nla II, Nla III, Nla IV, Nla SI, Nla SII, Nmi I, Nmu I, Nmu DI, Nmu EI, Nmu EII, Nmu FI, Nmu SI, Noc I, Nop I, Nop II, Not I, Nov I, Nov II, Nru I, Nsi I, Nsi AI, Nsi HI, Nsp (7524)I, Nsp (7524)II, Nsp (7524)III, Nsp (7524)IV, Nsp (7524)V, Nsp BI, Nsp BII, Nsp HI, Nsp HII, Nsu I, Nsu DI, Nun I, Nun II, Oxa I, Oxa II, Pae R7, Pai I, Pal I, Pan I, Pfa I, Pfl I, Pgl I, Pgl II, Pma I, Ppu I, Psp I, Pst I, Pvu I, Pvu II, Rhe I, Rhp I, Rhp II, Rhs I, Rle I, Rlu I, Rme I, Rrb I, Rrh I, Rrh II, Rro I, Rsa I, Rsh I, Rsp I, Rsr I, Sac I, Sac II, Sac III, Sal I, Sal II, Sal PI, Sau I, Sau 3AI, Sau 96I, Sbo I, Sca I, Sci NI, Scr FI, Scu I, Sdu I, Sdy I, Sex I, Sex II, Sfa I, Sfa GUI, Sfa NI, Sfi I, Sfl I, Sfr I, Sga I, Sgo I, Sgr I, Shy I, Shy TI, Sin I, Sin MI, Sin MII, Ska I, Ska II, Sla I, Slu I, Sma I, Sna I, Sna BI, Sod I, Sod II, Spa I (Xho I), Spa I (Sph I), Sph I, Ssa I, Ssp I, Sst I, Sst II, Sst III, Sst IV, Stu I, Taq I, Taq II, Taq XI, Tfl I, Tgi I, Tha I, Tte I, Tth 111I, Tth 111II, Tth 111III, Tth HB8I, Ttn I, Ttr I, Vha I, Xam I, Xba I, Xho I, Xho II, Xma I, Xma II, Xma III, Xmn I, Xni I, Xor I, Xor II, Xpa I und analoge sowie isoschizomere Enzyme.
Aac I, Aae I, Aat I, Aat II, Aca I, Acc I, Acc II, Acc III, Acy I, Afl I, Afl II, Afl III, Aha I, Aha II, Aha III, Aim I, Alu I, Ama I, Aor I, Aos I, Aos II, Apa I; Apy I, Aqu I, Asp AI, Ast AI, Asu I, Asu II, Asu III, Atu II, Atu AI, Atu BI, Atu BVI, Atu CI, Atu HAMI, Ava I, Ava II, Ava III, Avr I, Avr II, Bac I, Bal I, Bam FI, Bam HI, Bam KI, Bam NI, Bam Nx, Ban I, Ban II, Bam III, Bbe I, Bbe II, Bbe AI, Bbe AII, Bbi I, Bbi II, Bbi III, Bbi IV, Bbr I, Bbv SI, Bbv I, Bce 170, Bce 1229, Bce14579, Bce FI, Bce R, Bcl I, Bcn I, Bgl I, Bgl II, Bin I, Bin SI, Bin SII, Blo I, Blu I, Blu II, Bme I, Bme 205, Bme 899, Bpe I, Bpr I, Bpu I, Bsa PI, Bse I, Bse II, Bse PI, Bsm I, Bso PI, Bsp 1286, Bsp RI, Bsr HI, Bsr PI, Bsr PII, Bss CI, Bss GI, Bss GII, Bss HI, Bss HII, Bss PI, Bst I, Bst AI, Bsr CI, Bst EI, Bst EII, Bst EIII, Bst GI, Bst GII, Bst HI, Bst NI, Bst PI, Bst TI, Bst XI, Bst XII, Bsu 1076, Bsu 1114, Bsu 1145, Bsu 1192I, Bsu 1192II, Bsu 1193, Bsu 1247, Bsu A259, Bsu 6633, Bsu EII, Bsu FI, Bsu M, Bsu RI, Bth I, Bth II, Bvu I, Cal I, Cau I, Cau II, Cau III, Ccr I, Ccr II, Cfo I, Cfr I, Cfr 4I, Cfr 5I, Cfr 6I, Cfr 7I, Cfr 8I, Cfr 9I, Cfr 10I, Cfr 11I, Cfr 13I, Cfr 14I, Cfu I, Chi I, Chu I, Chu II, Cla I, Clm I, Clm II, Clt I, Clu I, Cpa I, Cpe I, Cpf I, Csc I, Cve I, Cvi I, Cvn I, Dde I, Dde II, Dds I, Dpn I, Dpn II, Dra I, Dra II, Dra III, Eae I, Eae PI, Eca I, Eca II, Ecc I, Ecl I, Ecl II, Eco A, Eco B, Eco DXI, Eco ICRI, Eco K, Eco PI, Eco P15, Eco RI, EcoRI(i), Eco RII, Eco RV, Eco 24I, Eco 25I, Eco 26I, Eco 27I, Eco 32I, Eco 35I, Eco 36I, Eco 38I, Eco 39I, Eco 40I, Eco 41I, Eco 47I, Eco 47II, Eco 47III, Eco 48I, Eco 49I, Eco 50I, Fdi I, Fdi II, Fnu 48I, Fnu 4HI, Fnu AI, Fnu AII, Fnu CI, Fnu DI, Fnu DII, Fnu DIII, Fnu EI, Fok I, Gdi I, Gdi II, Gdo I, Ggl I, Gin I, Gox I, Gsb I, Gsu I, Hae I, Hae II, Hae III, Hag I, Hap I, Hap II, Hga I, Hgi AI, Hgi BI, Hgi CI, Hgi CII, Hgi CIII, Hgi DI, Hgi DII, Hgi EI, Hgi EII, Hgi FI, Hgi GI, Hgi HI, Hgi HII, Hgi HIII, Hgi JI, Hgi JII, Hgi KI, Hha I, Hha II, Hhg I, Hin 173, Hin 1056I, Hin 1056II, Hin bIII, Hin cII, Hin dI, Hin dII, Hin dIII, Hin dIV, Hin eI, Hin fI, Hin fII, Hin fIII, Hin GUI, Hin GUII, Hin HI, Hin JCI, Hin JCII, Hin P₁I, Hin S₁I, Hin S₂, Hpa I, Hpa II, Hph I, Hsu I, Kpn I, Mae I, Mae II, Mae III, Mau I, Mbo I, Mbo II, Mbv I, Mgl I, Mgl II, Mki I, Mla I, Mlu I, Mni I, Mni II, Mnl I, Mnn I, Mnn II, Mnn III, Mnn IV, Mno I, Mno II, Mno III, Mos I, Mph I, Mra I, Msi I, Msi II, Msp I, Mst I, Mst II, Mth I, Mva I, Mvi I, Mvi II, Nae I, Nam I, Nar I, Nba I, Nbl I, Nbr I, Nca I, Nci I, Nco I, Ncu I, Nda I, Nde I, Nde II, Nfl I, Nfl II, Nfl III, Ngi III, Ngo I, Ngo II, Nla I, Nla II, Nla III, Nla IV, Nla SI, Nla SII, Nmi I, Nmu I, Nmu DI, Nmu EI, Nmu EII, Nmu FI, Nmu SI, Noc I, Nop I, Nop II, Not I, Nov I, Nov II, Nru I, Nsi I, Nsi AI, Nsi HI, Nsp (7524)I, Nsp (7524)II, Nsp (7524)III, Nsp (7524)IV, Nsp (7524)V, Nsp BI, Nsp BII, Nsp HI, Nsp HII, Nsu I, Nsu DI, Nun I, Nun II, Oxa I, Oxa II, Pae R7, Pai I, Pal I, Pan I, Pfa I, Pfl I, Pgl I, Pgl II, Pma I, Ppu I, Psp I, Pst I, Pvu I, Pvu II, Rhe I, Rhp I, Rhp II, Rhs I, Rle I, Rlu I, Rme I, Rrb I, Rrh I, Rrh II, Rro I, Rsa I, Rsh I, Rsp I, Rsr I, Sac I, Sac II, Sac III, Sal I, Sal II, Sal PI, Sau I, Sau 3AI, Sau 96I, Sbo I, Sca I, Sci NI, Scr FI, Scu I, Sdu I, Sdy I, Sex I, Sex II, Sfa I, Sfa GUI, Sfa NI, Sfi I, Sfl I, Sfr I, Sga I, Sgo I, Sgr I, Shy I, Shy TI, Sin I, Sin MI, Sin MII, Ska I, Ska II, Sla I, Slu I, Sma I, Sna I, Sna BI, Sod I, Sod II, Spa I (Xho I), Spa I (Sph I), Sph I, Ssa I, Ssp I, Sst I, Sst II, Sst III, Sst IV, Stu I, Taq I, Taq II, Taq XI, Tfl I, Tgi I, Tha I, Tte I, Tth 111I, Tth 111II, Tth 111III, Tth HB8I, Ttn I, Ttr I, Vha I, Xam I, Xba I, Xho I, Xho II, Xma I, Xma II, Xma III, Xmn I, Xni I, Xor I, Xor II, Xpa I und analoge sowie isoschizomere Enzyme.
Bei allen bislang untersuchten Restriktionsendonukleasen wird
beim erfindungsgemäßen Verfahren eine Steigerung der üblichen
Enzymaktivität festgestellt. Eine Inhibierung der Reaktion
durch die Zusatzkomponente war nie zu beobachten. Das Ausmaß
der Aktivitätssteigerung ist vom jeweiligen Enzym abhängig,
wobei auch der Hersteller eine Rolle spielt; gleiche Enzyme
unterschiedlicher Hersteller werden durch die erfindungsgemäße
Zusatzkomponente unterschiedlich aktiviert bzw. stabilisiert.
Dies deutet darauf hin, daß die Zusatzkomponente
vermutlich in der Lage ist, Verunreinigungen in der Enzym-
und/oder DNA-Präparation zu binden und zu komplexieren.
Weitere für das erfindungsgemäße Verfahren geeignete Enzyme
sind bspw.: Ligasen, wie die T4-DNA-Ligase, E.coli. DNA-
Ligase, etc.; RNAsen, wie RNAse A, RNAse P, RNAse H; Kinasen,
wie die DNA-Polynukleotidkinase I, RNA-Polynukleotidkinase,
T4 Polynukleotidkinase, DNA- und RNA-Polymerasen, insbesondere
Template abhängige Polymerasen, wie die DNA-Polymerase
I, Klenow-Fragment der DNA-Polymerase I, Taq-DNA-Polymerase,
gentechnisch modifizierte DNA-Polymerasen, wie Sequenase
(Warenzeichen),
etc.; aber auch Template unabhängige Polymerasen, wie terminale
Transferasen; Exonukleasen, wie Bal 31 Nuklease,
DNAsen aus Pankreas; oder auch Topoisomerasen, wie die DNA-
Topoisomerase I, etc.
Für das erfindungsgemäße Verfahren sind auch Zusatzkomponenten
geeignet, die aus Trockenmilchpulver, also getrockneter
und entfetteter Milch bestehen. Geeignete Trockenmilchpräparate
sind bspw. alle handelsüblichen Milchpulver.
Besonders geeignet sind auch Zusatzkomponenten
aus Milcheiweiß. Dabei sind für das Enzymreaktionsverfahren
proteasen-, DNAsen- und
RNAsen-freie Milcheiweißfraktionen bevorzugt.
Die gezielte Suche nach wirksamen Zusätzen aus der Milch of
fenbarte, daß insbesondere die Caseine - α- und β-Casein -
der Milcheiweißfraktion hochwirksam und aktivitätssteigernd
sind, während Lysozym und Lactalbumin nur geringe Wirkung
besitzen.
Die Enzymaktivität in der Reaktionslösung wird verbessert,
indem die erfindungsgemäße Zusatzkomponente zu einer wäß
rigen Pufferlösung mit Enzym und Nukleotidsubstrat zugesetzt
wird. Für die Steigerung und Stabilisierung der Enzymaktivi
tät ist es dabei unerheblich, ob die erfindungsgemäße Zusatz
komponente nachträglich oder gleichzeitig mit dem Enzym in
die Reaktionsansätze gegeben wird oder ob die Zusatzkomponen
te von Anfang an im Reaktionsansatz bzw. im Reaktionspuffer
vorliegt.
Nichtsdestoweniger sind Reaktionsansätze bevorzugt, in denen
die erfindungsgemäße Zusatzkomponente in einer Menge von 1
bis 10 000 mg/L, vorzugsweise von 30 bis 3000 mg/L, und be
sonders bevorzugt von 50 bis 300 mg/L, vorliegt. Die Menge
der Zusatzkomponente kann dabei sowohl vom Enzym als vom Sub
strat abhängen. Generell sind aber physiologisch ähnliche Be
reiche bevorzugt, da bei diesen Bedingungen zumeist auch das
Aktivitätsmaximum der Enzyme liegt. Bevorzugte Konzentratio
nen der Zusatzkomponente in der Reaktionslösung bei der DNA-
Restriktion: 1-1000 mg Casein/L, wobei 10-100 mg Casein
/L besonders bevorzugt sind.
Die obengenannte Zusatzkomponente wird erfindungsgemäß ver
wendet, um die Aktivität der Enzyme in der Reaktionslösung zu
verbessern und zu stabilisieren. Der aktivitätsverbessernde
Zusatz ist dabei insbesondere vorteilhaft bei der enzymati
schen Behandlung von Plasmid-DNA, Phagen-DNA sowie von geno
mischer DNA aus Prokaryoten und Eukaryoten. Dabei ist der
Reinigungsgrad der DNA unerheblich, d. h., die Zusatzkomponen
te ist sowohl für im Handel erhältliche DNA als auch für
selbst isolierte DNA geeignet.
Die erfindungsgemäß eingesetzte Zusatzkomponente wird zur Reaktions
lösung vorteilhafterweise in Form einer gebrauchsfertigen
oder mehrfach konzentrierten Pufferlösung gegeben. Die Mehr
fachkonzentration der Pufferlösung liegt dabei vorteilhafter
weise zwischen 2fach und 25fach, wobei 3fach, 5fach und
10fach besonders bevorzugt sind. Aus Löslichkeitsgründen kann
es bevorzugt sein, wenn die Zusatzkomponente und die Puffer/
Salz-Lösung in separaten Behältern gelagert und versandt wer
den. Generell sind aber gebrauchsfertige bzw. mehrfachkonzen
trierte Lösungen aus Puffer, Salz und Zusatzkomponente bevor
zugt. Es versteht sich dabei von selbst, daß alle Lösungen
sterilisiert bzw. sterilfiltriert sind und RNAse-frei herge
stellt werden.
Bei der Zubereitung der gebrauchsfertigen oder mehrfachkon
zentrierten Puffer/Reaktionslösung kann es vorteilhaft sein,
noch schwache, die Enzymreaktion nicht störende Detergentien
zuzusetzen, damit die erfindungsgemäße Zusatzkomponente
bzw. die Milchproteine beim mehrfachen Einfrieren und Auf
tauen der mehrfach konzentrierten Reaktionslösung nicht aus
fallen. Aus gleichem Grund kann es auch vorteilhaft sein, der
gebrauchsfertigen oder mehrfachkonzentrierten Puffer/Reak
tionslösung Antigefriermittel, wie Glycerin, Glykol, etc.
zuzusetzen.
Die vorteilhaften Wirkungen der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkom
ponente werden nun nachstehend anhand der Beispiele unter
Bezugnahme auf die Abbildungen näher beschrieben. Es zeigen:
Fig. 1 die mit Ethidiumbromid angefärbten Restriktions
fragmente der Lambda-DNA nach Hin dIII-Verdau in An- und
Abwesenheit der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente und
nach gelelektrophoretischer Auftrennung auf einem
0,6%igen Agarosegel;
Fig. 2 die mit Ethidiumbromid angefärbten Restriktions
fragmente der Lambda-DNA nach Eco RI-Verdau in An- und
Abwesenheit der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente und
nach gelelektrophoretischer Auftrennung auf einem
0,6%igen Agarosegel.
Fig. 3 die Aktivitäten von Hin dIII beim Verdau von Lamb
da-DNA in Gegenwart und Abwesenheit der erfindungsgemäß eingesetzten
Zusatzkomponente;
Fig. 4 die Aktivitäten von Eco RI beim Verdau von Lambda-
DNA in Gegenwart und Abwesenheit der erfindungsgemäß eingesetzten
Zusatzkomponente;
Fig. 5 die Aktivitäten von Pst I beim Verdau von Lambda-
DNA in Gegenwart und Abwesenheit der erfindungsgemäß eingesetzten
Zusatzkomponente;
Fig. 6 die Aktivitäten von Bam HI beim Verdau von Lambda-
DNA in Gegenwart und Abwesenheit der erfindungsgemäß eingesetzten
Zusatzkomponente.
5 × 1 µg Lambda-DNA wurden in jeweils 50
µl 1 × Reaktionspuffer 100 mM NaCl;
10 mM Tris-HCl, pH 8,0 (37°C); 5 mM MgCl2, 1 mM β-Mercapto
ethanol) mit 100 µg/ml Casein bei 37°C eine Stunde mit fol
genden Mengen Restriktionsenzym Hin dIII:
0,125 U, 0,25 U, 0,5 U, 1,0 U und 2 U, verdaut. Danach
wurde die Reaktion durch Zugabe von EDTA (Ethylendiamintetra
acetat-Dinatriumsalz) gestoppt - die Endkonzentration in der
Reaktionslösung betrug 25 mM EDTA - und die Reaktion bis zur
Analyse bei 0°C auf Eis aufbewahrt. Die Reaktionslösung wurde
dann mit Bromphenolblau gefärbter 30%iger Saccharose-Lösung
versetzt, und ein 20 µl Aliquot der angefärbten Lösung auf
ein 0,6%iges Ethididumbromid-Agarosegel mit TAE-Laufpuffer:
40 mM Tris-Acetat, pH 8,2; 1 mM EDTA; aufgeladen und elek
trophoretisch (100 V; 2-3 h) aufgetrennt. Die DNA-Banden im
Agarosegel wurden während der Auftrennung durch das anwesende
Ethididumbromid (1 µg/ml) angefärbt und das Gel unter
UV-Licht (254 nm) mit einem entsprechenden UV-Filter foto
grafiert.
Siehe Fig. 1: Die Spuren 7-11 zeigen Hin dIII-Restriktionen
der Lambda-DNA, die in Gegenwart der erfindungsgemäß eingesetzten Zu
satzkomponente erfolgt waren:
| Spur | |
| Einheiten (U) Hin dIII/µg Lambda-DNA | |
| 7|2,0 U | |
| 8 | 1,0 U |
| 9 | 0,5 U |
| 10 | 0,25 U |
Der Versuch zeigt, daß in Gegenwart der erfindungsgemäß eingesetzten Zu
satzkomponente bereits 0,5 Einheiten Hin dIII ausreichen, um
1 µg Lambda-DNA vollständig innerhalb einer Stunde zu spal
ten; die Aktivität von Hin dIII ist also gegenüber Standard
bedingungen - gemäß der Definition der Enzymeinheit - etwa
verdoppelt.
5 × 1 µg Lambda-DNA wurden analog Beispiel 1 in je
weils 50 µl 1 × Reaktionspuffer 100 mM
NaCl; 10 mM Tris-HCl, pH 8,0 (37°C); 5 mM MgCl2, 1 mM β-
Mercaptoethanol) ohne Zusatzkomponente eine Stunde bei 37°C
mit Restriktionsenzym Hin dIII verdaut
und wie oben analysiert.
Siehe Fig. 1: Die Spuren 1-5 zeigen verschiedene Hin dIII-
Restriktionen der Lambda-DNA, bei denen keine Zusatzkompo
nente in der Reaktionslösung vorlag.
| Spur | |
| Einheiten (U) Hin dIII/µg Lambda-DNA | |
| 1|2,0 U | |
| 2 | 1,0 U |
| 3 | 0,5 U |
| 4 | 0,25 U |
| 5 | 0,125 U |
Es wurde eine übliche Enzymaktivität festgestellt.
5×1µg Lambda-DNA wurden analog Beispiel 1 in je
weils 50 µl 1 × Reaktionspuffer 100 mM
NaCl; 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 (37°C); 10 mM MgCl2, 1 mM β-
Dithioerythritol) mit 100 µg/ml Casein bei 37°C eine Stunde
mit verschiedenen Mengen Restriktionsenzym Eco RI
verdaut und wie oben (siehe Fig. 2) analy
siert. Die Spuren 7-12 zeigen die entsprechenden Eco RI-Re
striktionen der Lambda-DNA mit der Zusatzkomponente in der
Reaktionslösung:
| Spur | |
| Einheiten (U) Eco RI/µg Lambda-DNA | |
| 7|2,0 U | |
| 8 | 1,0 U |
| 9 | 0,5 U |
| 10 | 0,25 U |
| 11 | 0,125 U |
| 12 | 0,0625 U |
Der Versuch zeigt, daß in Gegenwart der erfindungsgemäß eingesetzten Zu
satzkomponente bereits 0,25 Einheiten Eco RI ausreichen, um 1 µg
Lambda-DNA vollständig innerhalb einer Stunde zu spalten;
die Aktivität von Eco RI ist also gegenüber Standardbedingun
gen - gemäß der Definition der Enzymeinheit - etwa vervier
facht.
5×1 µg Lambda-DNA wurden analog Beispiel 2 in je
weils 50 µ1 × Reaktionspuffer 100 mM
NaCl; 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 (37°C); 10 mM MgCl2, 1 mM β-
Dithioerythritol) ohne erfindungsgemäß eingesetzte Zusatzkomponente bei
37°C eine Stunde mit verschiedenen Mengen Restriktionsenzym
Eco RI verdaut und wie oben (siehe Fig. 2)
analysiert. Die Spuren 1-6 zeigen die entsprechenden
Eco RI-Restriktionen der Lambda-DNA ohne Zusatzkomponente in
der Reaktionslösung:
| Spur | |
| Einheiten (U) Eco RI/µg Lambda-DNA | |
| 1|2,0 U | |
| 2 | 1,0 U |
| 3 | 0,5 U |
| 4 | 0,25 U |
| 5 | 0,125 U |
| 6 | 0,0625 U |
5×1 µg Lambda-DNA wurden analog Beispiel 1 in je
weils 50 µl 1 × Reaktionspuffer 100 mM
NaCl; 10 mM Tris-HCl, pH 8,0 (37°C); 5 mM MgCl2, 1 mM β-
Mercaptoethanol) mit 100 µg/ml Casein bei 37°C eine Stunde
mit verschiedenen Mengen Restriktionsenzym Bam HI:
0,125 U; 0,25 U; 0,5 U; 1,0 U und 2,0 U;
verdaut und wie oben analysiert (siehe Abb. 5).
Der Versuch zeigt, daß in Gegenwart der erfindungsgemäß eingesetzten Zu
satzkomponente bereits 0,5 Einheiten Bam HI ausreichen, um 1 µg
Lambda-DNA vollständig innerhalb einer Stunde zu spalten;
die Aktivität von Bam HI wurde durch die Zusatzkomponente
also in etwa verdoppelt (siehe Abb. 5).
5 × 1 µg Lambda-DNA wurden analog dem Beispiel 3 in
jeweils 50 µl 1 × Reaktionspuffer
100 mM NaCl; 10 mM Tris-HCl, pH 8,0 (37°C); 5 mM MgCl2, 1 mM
β-Mercaptoethanol) ohne erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente bei
37°C eine Stunde mit verschiedenen Mengen Restriktionsenzym
Bam HI: 0,125 U; 0,25 U; 0,5 U; 1,0 U und
2,0 U; verdaut und wie oben analysiert. Es wurde eine übliche
Enzymaktivität festgestellt (siehe Abb. 5).
5 × 1 µg Lambda-DNA wurden analog Beispiel 1 in je
weils 50 µl 1 × Reaktionspuffer 100 mM
NaCl; 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 (37°C); 10 mM MgCl2, 1 mM β-
Dithioerythritol) mit 100 µg/ml Casein; bei 37°C eine Stunde
mit verschiedenen Mengen Restriktionsenzym Pst I:
0,125 U; 0,25 U; 0,5 U; 1,0 U und 2,0 U;
verdaut und wie oben analysiert (siehe Abb. 6).
Der Versuch zeigt, daß in Gegenwart der erfindungsgemäß eingesetzten Zu
satzkomponente bereits 0,5 Einheiten Pst I ausreichen, um 1 µg
Lambda-DNA vollständig innerhalb einer Stunde zu spalten;
die Aktivität von Pst I wurde durch die Zusatzkomponente also
in etwa verdoppelt (siehe Abb. 6).
5 × 1 µg Lambda-DNA wurden analog Beispiel 4 in je
weils 50 µl 1 × Reaktionspuffer 100 mM
NaCl; 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 (37°C); 10 mM MgCl2, 1 mM β-
Dithioerythritol) ohne erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente bei
37°C eine Stunde mit verschiedenen Mengen Restriktionsenzym
Pst I: 0,125 U; 0,25 U; 0,5 U; 1,0 U
und 2,0 U; verdaut und wie oben analysiert. Es wurde eine
übliche Enzymaktivität festgestellt (Abb. 6).
Aus den jeweiligen Fotografien der verschiedenen DNA-Re
striktionen in Gegenwart und Abwesenheit der erfindungsge
mäß eingesetzten Zusatzkomponenten (siehe Beispiele und Vergleichsbei
spiele 1-4) wurde die Stärke der Lambda-DNA-Fragmente ermit
telt und daraus jeweils der Anteil verdauter und unverdauter
Lambda-DNA bei den verschiedenen Restriktionsversuchen be
stimmt.
Die Ergebnisse sind in den Abbildungen 3 bis 6 dargestellt.
Auf der Abszisse sind die Enzymeinheiten aufgetragen und auf
der Ordinate der Prozentsatz der nach einer Stunde verdauten
Lambda-DNA. Die unterbrochene Linie steht für Restriktionen
in Gegenwart der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente (100 µg/ml
Casein); die durchgezogene Linie für die zugehörigen
Vergleichsbeispiele ohne die Zusatzkomponente.
Das Diagramm in Fig. 3 vergleicht die Aktivitäten von
Hin dIII in Gegenwart (Beispiel 1) und Abwesenheit (Ver
gleichsbeispiel 1) der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente.
Das Diagramm in Fig. 4 vergleicht die Aktivitäten von Eco RI
in Gegenwart (Beispiel 2) und Abwesenheit (Vergleichsbeispiel
2) der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente.
Das Diagramm in Fig. 5 vergleicht die Aktivitäten von Pst I
in Gegenwart (Beispiel 3) und Abwesenheit (Vergleichsbeispiel
3) der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente (das zugehörige
Photo ist nicht gezeigt).
Das Diagramm in Fig. 6 vergleicht die Aktivitäten von Bam HI
in Gegenwart (Beispiel 4) und Abwesenheit (Vergleichsbeispiel
4) der erfindungsgemäß eingesetzten Zusatzkomponente (das zugehörige
Photo ist nicht gezeigt).
Die quantitative Bestimmung der DNA-Fragmente zeigt, daß ins
besondere bei niederen Enzymkonzentrationen (siehe: Diagramme
3-4) eine besonders hohe Aktivierung und/oder Stabilisierung
der Enzyme auftritt. Aus den Diagrammen ist auch ersichtlich,
daß bei allen Konzentrationen eine - meist proportional - er
höhte Enzymaktivität auftritt, so daß die vorteilhafte Wir
kung der Zusatzkomponente vermutlich nicht allein auf einer
Stabilisierung der Enzyme beruht, sondern zumindest teilweise
auch auf einer positiven allosterischen Wirkung auf Enzym
und/oder Substrat.
Claims (8)
1. Enzymreaktionsverfahren mit einer die Enzymaktivität
verbessernden Zusatzkomponente, wobei das Enzym
nukleotidhaltige Moleküle, insbesondere
Polynukleinsäuren, als Substrat hat, dadurch
gekennzeichnet, daß einer wäßrigen Reaktionslösung mit
Enzym und Substrat als Zusatzkomponente Milch,
Trockenmilchpulver, Milcheiweiß oder proteasen- und
DNAsen- und RNAsen-freie Milcheiweißfraktion zugesetzt
wird.
2. Enzymreaktionsverfahren nach Anspruch 1, dadurch
gekennzeichnet, daß als Zusatzkomponente Casein
zugesetzt wird.
3. Enzymreaktionsverfahren nach Anspruch 1 oder 2,
dadurch gekennzeichnet, daß die Zusatzkomponente in
einer Menge von 1 bis 10 000 mg/L zugesetzt wird.
4. Enzymreaktionsverfahren nach Anspruch 1 oder 2,
dadurch gekennzeichnet, daß die Zusatzkomponente in
einer Menge von 30 bis 3000 mg/L zugesetzt wird.
5. Enzymreaktionsverfahren nach Anspruch 1 oder 2,
dadurch gekennzeichnet, daß die Zusatzkomponente in
einer Menge von 50 bis 300 mg/L zugesetzt wird.
6. Enzymreaktionsverfahren nach einem der Ansprüche 1 bis
5, dadurch gekennzeichnet, daß die Zusatzkomponente
als Lösung in einem gebrauchsfertigen oder mehrfach
konzentrierten Enzympuffer zugesetzt wird.
7. Enzymreaktionsverfahren nach einem der Ansprüche 1 bis
6, dadurch gekennzeichnet, daß die Zusatzkomponente
zusammen mit schwachen, die Reaktion nicht störenden
Detergentien zugesetzt wird.
8. Enzymreaktionsverfahren nach einem der Ansprüche 1 bis
6, dadurch gekennzeichnet, daß die Zusatzkomponente
zusammen mit Antigefriermitteln zugesetzt wird.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE19904000247 DE4000247A1 (de) | 1990-01-06 | 1990-01-06 | Zusatz fuer enzymreaktionen |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE19904000247 DE4000247A1 (de) | 1990-01-06 | 1990-01-06 | Zusatz fuer enzymreaktionen |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| DE4000247A1 DE4000247A1 (de) | 1991-07-11 |
| DE4000247C2 true DE4000247C2 (de) | 1992-09-03 |
Family
ID=6397682
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| DE19904000247 Granted DE4000247A1 (de) | 1990-01-06 | 1990-01-06 | Zusatz fuer enzymreaktionen |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| DE (1) | DE4000247A1 (de) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5792612A (en) * | 1994-06-22 | 1998-08-11 | Helsinki University Licensing, Ltd. | Use of lipids to improve the polymerse chain reaction |
| US5879950A (en) * | 1994-06-22 | 1999-03-09 | Kinnunen; Paavo Kai Johannes | Materials and methods for digestion of DNA or RNA using restriction endonucleases |
-
1990
- 1990-01-06 DE DE19904000247 patent/DE4000247A1/de active Granted
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| DE4000247A1 (de) | 1991-07-11 |
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