DK200800005A - Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker - Google Patents
Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker Download PDFInfo
- Publication number
- DK200800005A DK200800005A DK200800005A DKPA200800005A DK200800005A DK 200800005 A DK200800005 A DK 200800005A DK 200800005 A DK200800005 A DK 200800005A DK PA200800005 A DKPA200800005 A DK PA200800005A DK 200800005 A DK200800005 A DK 200800005A
- Authority
- DK
- Denmark
- Prior art keywords
- group
- oligonucleotide
- compounds
- library
- functional unit
- Prior art date
Links
- 0 C*(*)(*)CC(C*=CC)*NC Chemical compound C*(*)(*)CC(C*=CC)*NC 0.000 description 3
- RARKSQQMZDVUMU-UHFFFAOYSA-O CNCCCCC(COP([OH2+])(OCCOCCOCCO)=O)COP(OC)(OCCOC/C=[O]/CCOP(OC)(OC)=O)=O Chemical compound CNCCCCC(COP([OH2+])(OCCOCCOCCO)=O)COP(OC)(OCCOC/C=[O]/CCOP(OC)(OC)=O)=O RARKSQQMZDVUMU-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
- C07B61/00—Other general methods
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1068—Template (nucleic acid) mediated chemical library synthesis, e.g. chemical and enzymatical DNA-templated organic molecule synthesis, libraries prepared by non ribosomal polypeptide synthesis [NRPS], DNA/RNA-polymerase mediated polypeptide synthesis
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Steroid Compounds (AREA)
- Nitrogen Condensed Heterocyclic Rings (AREA)
- Polyurethanes Or Polyureas (AREA)
- Addition Polymer Or Copolymer, Post-Treatments, Or Chemical Modifications (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Compounds Of Unknown Constitution (AREA)
- Low-Molecular Organic Synthesis Reactions Using Catalysts (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Claims (54)
1, Fremgangsmåde til syntetisering af et molekyle omfattende en funktionel enhed, der er operativt bundet til et kodende oligonukleotid, kendetegnet ved, at fremgangsmåden omfatter trinnene med: (a) tilvejebringelse af en initiatorforbindelse bestående af en initial funktionel enhed, der omfatter n byggesten, hvor n er et helt tal på 1 eller større, hvor den initiale funktionelle enhed omfatter mindst én reaktiv gruppe og er operativt bundet til et initialt oligonukleotid: (b) omsætning af initiatorforbindelsen med en byggesten omfattende mindst én komplementær reaktiv gruppe, hvor den mindst ene komplementære reaktive gruppe er komplementær til den reaktive gruppe i trin (a), under betingelser, der er egnede til omsætning af den komplementære reaktive gruppe til dannelse af en kovalent binding; (c) omsætning af det initiale oligonukleotid med et indkommende oligonukleotid, som identificerer byggestenen i trin (b), i nærvær af et enzym, der katalyserer ligering af det initiale oligonukleotid og det indkommende oligonukleotid, under betingelser, der er egnede til ligering af det indkommende oligonukleotid og det initiale oligonukleotid til dannelse af et kodende oligonukleotid; hvorved der produceres et molekyle, der omfatter en funktionel enhed omfattende n+1 byggesten, som er operativt bundet til et kodende oligonukleotid.
2. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at den funktionelle enhed i trin (c) omfatter en reaktiv gruppe, og trin (a) til (c) gentages én eller flere gange, hvorved der dannes cykluser 1 til i, hvor i er et helt tal på 2 eller større, hvor produktet fra trin (c) i en cyklus s, hvor s er et helt tal på i-1 eller mindre, er initiatorforbindelsen i cyklus s+1.
3. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at trin (c) går forud for trin (b), eller trin (b) går forud for trin (c).
4. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at mindst én af byggestenene er en aminosyre eller en aktiveret aminosyre.
5. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe er valgt fra gruppen bestående af (i) en aminogruppe; en carboxylgruppe; en sulfonylgruppe; en phosphonylgruppe; en epoxidgruppe; en aziridingruppe; og en isocyanat-gruppe; eller (ii) en hydroxylgruppe; en carboxylgruppe; en sulfonylgruppe; en phosphonylgruppe; en epoxidgruppe; en aziridingruppe; og en isocyanat-gruppe; eller (iii) en aminogruppe og en aldehyd- eller ketongruppe; fakultativt hvor omsætningen mellem den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe udføres under reducerende betingelser; eller (iv) en phosphorylidgruppe og en aldehyd- eller ketongruppe.
6. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe reagerer via cycloaddition til dannelse afen cyklisk struktur; fakultativt hvor den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe er valgt fra gruppen bestående af (i) en alkyn og et azid; eller (ii) en halogeneret heteroaromatisk gruppe og en nukleofil; fakultativt hvor(a) den halogenerede heteroaromatiske gruppe er valgt fra gruppen bestående af chlorerede pyrimidiner, chlorerede triaziner og chlorerede puriner; eller (b) at nukleofilen er en aminogaippe.
7. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at enzymet er valgt fra gruppen bestående af en DNA-ligase, en RNA-ligase, en DNA-polymerase, en RNA polymerase og en topoisomerase.
8. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at det initiale oligonukleotid er dobbeltstrenget eller enkeltstrenget; fakultativt hvor det initiale oligonukleotid (i) omfatter en PCR-primersekvens, eller (ii) er enkeltstrenget, og det indkommende oligonukleotid er enkeltstrenget; eller det initiale oligonukleotid er dobbeltstrenget, og det indkommende oligonukleotid er dobbeltstrenget; fakultativt hvor den initiale funktionelle enhed og det initiale oligonukleotid bindes af en bindingsenhed; fakultativt hvor det initiale oligonukleotid er dobbeltstrenget, og bindingsenheden er kovalent koblet til den initiale funktionelle enhed og til begge strenge i det initiale oligonukleotid.
9. Fremgangsmåde ifølge krav 1,kendetegnet ved, at det indkommende oligonukleotid har en længde på fra 3 til 10 nukleotider.
10. Fremgangsmåde ifølge krav 2, kendetegnet ved, at det indkommende oligonukleotid i cyklus i omfatter en PCR-lukker-primer.
11. Fremgangsmåde ifølge krav 2, kendetegnet ved, at den yderligere i cyklus i omfatter trinnet med (d) ligering af et oligonukleotid omfattende en PCR-lukker-primersekvens til det kodende oligonukleotid; fakultativt hvor oligonukleotidet omfattende en PCR-lukker-primersekvens ligeres til det kodende oligonukleotid i nærvær af et enzym, der katalyserer ligeringen.
12. Fremgangsmåde ifølge krav 2, kendetegnet ved, at den yderligere efter cyklus i omfatter trinnet med (e) cyklisering af den funktionelle enhed; fakultativt hvor den funktionelle enhed omfatter en alkynylgruppe og en azidogruppe og, at forbindelsen underkastes betingelser, der er egnede til cycloaddition af alkynylgruppen og azidogruppen til dannelse afen triazolgruppe, hvorved den funktionelle enhed cykliseres.
13. Fremgangsmåde ti! syntetisering af et bibliotek af forbindelser, kendetegnet ved, at forbindelserne omfatter en funktionel enhed omfattende to eller flere byggesten, der er operativt bundet til et initialt oligonukleotid, som identificerer den funktionelle enheds struktur, hvilken fremgangsmåde omfatter trinnene med: (a) tilvejebringelse af en opløsning omfattende m initiatorforbindelser, hvor m er et helt tal på 1 eller større, hvor initiatorforbindelserne består af en funktionel enhed omfattende n byggesten, hvor n er et hel tal på 1 eller større, der er operativt bundet til et initialt oligonukleotid, som identificerer de n byggesten; (b) deling af opløsningen fra trin (a) i r reaktionsbeholdere, hvor r er et helt tal på 2 eller større, hvorved der produceres r alikvotter af opløsningen; (c) omsætning af initiatorforbindelserne i hver reaktionsbeholder med én af r byggesten, hvorved der produceres r alikvotter omfattende forbindelser bestående af en funktionel enhed omfattende n+1 byggesten, der er operativt bundet ti! det initiale oligonukleotid; og (d) omsætning af det initiale oligonukleotid i hver alikvot med én af et sæt på r distinkte indkommende oligonukleotider i nærvær af et enzym, der katalyserer ligering af det indkommende oligonukleotid og det initiale oligonukleotid under betingelser, der er egnede til enzymatisk ligering af det indkommende oligonukleotid og det initiale oligonukleotid; hvorved der produceres r alikvotter, der omfatter molekyler bestående af en funktionel enhed omfattende n+1 byggesten operativt bundet til et forlænget oligonukleotid, som koder for de n+1 byggesten; fakultativt yderligere omfattende trinnet med (e) kombinering af to eller flere af de r alikvotter, hvorved der produceres en opløsning, der omfatter molekyler bestående af en funktionel enhed omfattende n+1 byggesten, der er operativt bundet til et forlænget oligo-nukleotid, som koder for de n+1 byggesten; fakultativt hvor (i) r alikvotter kombineres; eller (ii) hvor trin (a) til (e) udføres én eller flere gange til tilvejebringelse af cykluser 1 til i, hvor i er et helt tal på 2 eller større, hvor i cyklus s+1, hvor s er et helt tal på i-1 eller mindre, opløsningen omfattende m initiatorforbindelserfra trin (a) er opløsningen i trin (e) i cyklus s.
14. Fremgangsmåde ifølge krav 13, kendetegnet ved, at mindst én af cykluserne 1 til i i trin (d) går forud fortrin (c).
15. Fremgangsmåde ifølge krav 13, k e n d e t e g n e t ved, at mindst én af byggestenene er en aminosyre.
16. Fremgangsmåde ifølge krav 13, kendetegnet ved, at enzymet er DNA-ligase, RNA-ligase, DNA-polymerase, RNA-polymerase eller topo-isomerase.
17. Fremgangsmåde ifølge krav 13, k e n d e t e g n e t ved, at det initiale oligonukleotid er et dobbeltstrenget oligonukfeotid; fakultativt hvor det indkommende oligonukleotid er et dobbeltstrenget oligonukleotid.
18. Fremgangsmåde ifølge krav 13, k e n d e t e g n e t ved, at initiator-forbindelseme omfatter en linkerenhed omfattende en første funktionel gruppe, der er tilpasset til binding med en byggesten, en anden funktionel gruppe, der er tilpasset til binding til et oligonukleotids 5'-ende, og en tredje funktionel gruppe, der er tilpasset til binding til et oligonukleotids 3'-ende; fakultativt hvor linkerenheden har strukturen
hvor A er en funktionel gruppe, der er tilpasset til binding til en byggesten; B er en funktionel gruppe, der er tilpasset til binding til et oligonukleotids 5-ende; C er en funktionel gruppe, der er tilpasset til binding til et oligoukleotids 3-ende S er et atom eller et stillads; D er en kemisk struktur, der forbinder A med S; E er en kemisk struktur, der forbinder B med S; og F er en kemisk struktur, der forbinder C med S; fakultativt hvor (i): A er en aminogruppe; B er en phosphatgruppe; og C er en phosphatgruppe; eller (ii) hvor D, E og F hver især uafhængigt er en alkylengruppe eller en oligo(ethylenglycol)gruppe; eller (iii) hvor S er et kulstofatom, et nitrogen-atom, et phosphoratom, et boratom, en phosphatgruppe, en cyklisk gruppe eller en polycyklisk gruppe; fakultativt hvor linkerenheden har strukturen
hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 1 til ca. 20; fakultativt hvor (a) n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 2 til otte; fakultativt hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 3 til 6; eller (b) hvor linkerenheden har strukturen:
19. Fremgangsmåde ifølge krav 13, kendetegnet ved, at hver af initiatorforbindelserne omfatter en reaktiv gruppe, og hvor hver af de r byggesten omfatter en komplementær reaktiv gruppe, som er komplementær til den reaktive gruppe; fakultativt hvor den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe er valgt fra gruppen bestående af (i) en aminogruppe; en carboxylgruppe; en sulfonylgruppe; en phosphonylgruppe; en epoxidgruppe; en aziridingruppe; og en isocyanatgruppe; eller (ii) en hydroxylgruppe; en carboxylgruppe; en sulfonylgruppe; en phosphonylgruppe; en epoxidgruppe; en aziridingruppe; og en isocyanatgruppe; eller (iii) en aminogruppe og en aldehyd- eller ketongruppe; fakultativt hvor omsætningen mellem den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe udføres under reducerende betingelser; eller (iv) en phosphorylidgruppe og en aldehydeller ketongruppe.
20. Fremgangsmåde ifølge krav 19, kendetegnet ved, at den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe reagerer via cycloaddition til dannelse af en cyklisk struktur; fakultativt hvor den reaktive gruppe og den komplementære reaktive gruppe er valgt fra gruppen bestående af (i) en alkyn og et azid; eller (ii) en halogeneret heteroaromatisk gruppe og en nukleofil; fakultativt hvor (a) den halogenerede heteroaromatiske gruppe er valgt fra gruppen bestående af chlorerede pyrimidiner, chlorerede triazinerog chlorerede puriner; eller (b) nukleofllen er en aminogruppe.
21. Fremgangsmåde ifølge krav 13, kendetegnet ved, at den efter cyklus i yderligere omfatter trinnet med: (f) cyklisering af én eller flere af de funktionelle enheder; fakultativt hvor en funktionel enhed i trin (f) omfatter en azidogruppe og en alkynyl-gruppe; fakultativt hvor den funktionelle enhed holdes under betingelser, der er egnede til cycloaddition af azidogruppen og alkynylgruppen til dannelse af en triazolgruppe, hvorved der dannes en cyklisk funktionel enhed; fakultativt hvor cycloadditonsreaktionen udføres i nærvær af en kobberkatalysator; fakultativt hvor mindst én af den ene eller flere funktionelle enheder i trin (f) omfatter mindst to sulfhydrylgrupper, og den funktionelle enhed holdes under betingelser, der er egnede til omsætning af de to sulfhydrylgrupper til dannelse af en disulfidgruppe, hvorved den funktionelle enhed cykliseres.
22. Fremgangsmåde ifølge krav 13, kendetegnet ved, at det initiale oligonukleotid omfatter en PCR-primersekvens.
23. Fremgangsmåde ifølge krav 13, kendetegnet ved, at det indkommende oligonukleotid i cyklus i omfatter en PCR-lukker-primer.
24. Fremgangsmåde ifølge krav 13, kendetegnet ved, at den efter cyklus i yderligere omfatter trinnet med (d) ligering af et oligonukleotid omfattende en PCR-lukker-primersekvens til det kodende oligonukleotid; fakultativt hvor oligonukleotidet omfattende en PCR-lukker-primersekvens ligeres til det kodende oligonukleotid i nærvær af et enzym, der katalyserer ligeringen.
25. Forbindelse med formlen
hvor: X er en funktionel enhed omfattende én eller flere byggesten; Z er et oligonukleotid, der ved dets 3'-terminus er fastknyttet til B; Y er et oligonukleotid, der ved dets 5'-terminus er fastknyttet til C; A er en funktionel gruppe, der danner en kovalent binding med X; B er en funktionel gruppe, der danner en binding med 3'-enden af Z; C er en funktionel gruppe, der danner en binding med 5-enden af Y; D, F og E hver især uafhængigt er en bifunktionel bindingsgruppe; og S er et atom eller et molekylært stillads, hvor Y og Z er kovalent sammenføjede.
26. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at D, E og F hver især uafhængigt er en alkylenkæde eller en oligo(ethylenglycol)kæde.
27. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at Y og Z er i hovedsagen komplementære og orienteret således i forbindelsen, at Watson-Crick baseparring og duplexdannelse muliggøres under egnede betingelser.
28. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at Y og Z har samme længde eller forskellig længde; fakultativt hvor Y og Z har samme længde.
29. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at Y og Z hver især har en længde på 10 eller flere baser og har komplementære områder på ti eller flere basepar,
30. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at S (i) er et kulstofatom, et boratom, et nitrogenatom, et phosphoratom, eller et polyatomsti I lad s; eller (ii) er en phosphatgruppe eller en cyklisk gruppe; eller (iii) er en cycloalkyl-, cycloalkenyl-, heterocycloalkyl-, hererocycloalkenyl-, aryl- eller heteroaryl-gruppe.
31. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at linkerenheden har strukturen
hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 1 til ca. 20; fakultativt hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 2 til otte; fakultativt hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 3 til 6.
32. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at linkerenheden har strukturen
33. Forbindelse ifølge krav 25, kendetegnet ved, at X og Y omfatter en PCR-primersekvens.
34. Forbindelsesbibliotek omfattende mindst ca. 102 distinkte forbindelser, kendetegnet ved, at forbindelserne omfatter en funktionel enhed omfattende to eller flere byggesten, der er operativt bundet til et oligonukleotid, som identificerer den funktionelle enheds struktur.
35. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 34, kendetegnet ved, at biblioteket omfatter mindst ca. 105 kopier af hver af de distinkte forbindelser eller mindst ca. 106 kopier af hver af de distinkte forbindelser.
36. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 34, kendetegnet ved, at det omfatter mindst ca. 104 distinkte forbindelser eller mindst ca. 106 distinkte forbindelser eller mindst ca. 1Q8 distinkte forbindelser eller mindst ca. 1010 distinkte forbindelser eller mindst ca. 1012 distinkte forbindelser.
37. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 34, kendetegnet ved, at biblioteket omfatter en flerhed af forbindelser, der hver især har Formel I:
/ (i) hvor: X er en funktionel enhed omfattende én eller flere byggesten; Z er et oligonukleotid, der ved dets 3'-terminus er fastknyttet til B; Y er et oligonukleotid, der ved dets 5'-terminus er fastknyttet til C; A er en funktionel gruppe, der danner en kovalent binding med X; B er en funktionel gruppe, der danner en binding med 3'-enden af Z; C er en funktionel gruppe, der danner en binding med 5'-enden af Y; D, F og E hver især uafhængigt er en bifunktionel bindingsgruppe; og S er et atom eller et molekylært stillads, hvor Y og Z er kovalent sammenføjede.
38. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at A, B, C, D, E, F og S hver især har samme identitet for hver forbindelse med Formel I.
39. Forbindelsesbi bliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at biblioteket i hovedsagen består af en flerhed af forbindelser med Formel I.
40. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at D, E og F hver især uafhængigt er en alkylenkæde eller en oligo(ethylenglycol)kæde.
41. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at Y og Z er i hovedsagen komplementære og orienteret således i forbindelsen, at Watson-Crick baseparring og duplexdannelse muliggøres under egnede betingelser.
42. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at Y og Z har samme længde eller forskellig længde; fakultativt hvor Y og Z har samme længde.
43. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at Y og Z hver især har en længde på 10 eller flere baser og har komplementære områder på ti eller flere basepar.
44. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at S (i) er et kulstofatom, et boratom, et nitrogenatom, et phosphoratom elleret polyatomstillads; eller (ii) er en phosphatgruppe eller en cyklisk gruppe; eller (iii) er en cycloalkyl-, cycloalkenyl-, heterocycloalkyl-, hererocycloalkenyl-, aryl- eller heteroarylgruppe.
45. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at linker-enheden har strukturen
hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 1 tii ca. 20; fakultativt hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 2 til otte; fakultativt hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 3 til 6.
46. Forbindelse ifølge krav 37, kendetegnet ved, at linkerenheden har strukturen
47. Forbindelsesbibliotek ifølge krav 37, kendetegnet ved, at X og Z omfatter en PCR-primersekvens.
48. Forbindelse, kendetegnet ved, at den er fremstillet ved fremgangsmåden ifølge krav 1.
49. Forbindelsesbibliotek, kendetegnet ved, at det er fremstillet ved fremgangsmåden ifølge krav 13.
50. Fremgangsmåde til at identificere én eller flere forbindelser, der binder til et biologisk target, kendetegnet ved, at fremgangsmåden omfatter trinnene med: (a) at bringe det biologiske target i forbindelse med et forbindelsesbibliotek fremstillet ved fremgangsmåden ifølge krav 13 under betingelser, der er egnede til, at mindst ét medlem af forbindelsesbiblioteket binder til targetet; (b) at fjerne biblioteksmedlemmer, som ikke binder til targetet; (c) at amplificere de kodende nukleotider i det mindst ene medlem af forbindelsesbiblioteket, som binder til targetet; (d) at sekventere de kodende oligonukleotider i trin (c); og (e) at anvende de i trin (d) bestemte sekvenser til at bestemme strukturen af de funktionelle enheder i de medlemmer af forbindelsesbiblioteket, som binder til det biologiske target; hvorved der identificeres én eller flere forbindelser, som binder til det biologiske target.
51. Fremgangsmåde til at identificere en forbindelse, der binder til et biologisk target, ken.detegnet ved, at fremgangsmåden omfatter trinnene med: (a) at bringe det biologiske target i forbindelse med et forbindelsesbibliotek omfattende mindst ca. 102 distinkte forbindelser, hvilke forbindelser omfatter en funktionel enhed, der omfatter to eller flere byggesten, der er operativt bundet til et oligonukleotid, som identificerer den funktionelle enheds struktur under betingelser, der er egnede til, at mindst ét medlem af forbindelsesbiblioteket binder til targetet; (b) at Ijerne biblioteksmedlemmer, som ikke binder til targetet; (c) at amplificere de kodende nukleotider i det mindst ene medlem af forbindelsesbiblioteket, som binder til targetet; (d) at sekventere de kodende oligonukleotider i trin (c); og (e) at anvende de i trin (d) bestemte sekvenser tii at bestemme strukturen af de funktionelle enheder i de medlemmer af forbindelsesbiblioteket som binder til det biologiske target; hvorved der identificeres én eller flere forbindelser, som binder til det biologiske target.
52. Fremgangsmåde ifølge krav 51 .kendetegnet ved, at biblioteket omfatter mindst ca. 105 kopier af hver af de distinkte forbindelser eller mindst ca. 106 kopier af hver af de distinkte forbindelser.
53. Fremgangsmåde ifølge krav 51,kendetegnet ved, at biblioteket omfatter mindst ca. 104 distinkte forbindelser eller mindst ca. 106 distinkte forbindelser eller mindst ca. 108 distinkte forbindelser eller mindst ca. 1010 distinkte forbindelser eller mindst ca. 1012 distinkte forbindelser.
54. Fremgangsmåde ifølge krav 51, kendetegnet ved, at forbindelsesbiblioteket omfatter en flerhed af forbindelser, der hver især uafhængigt har Formel I:
(i) hvor: X er en funktionel enhed omfattende én eller flere byggesten; Z er et oligonukleotid, der ved dets 3'-terminus er fastknyttet til B; Y er et oligonukleotid, der ved dets 5'-terminus er fastknyttet til C; A er en funktionel gruppe, der danner en kovalent binding med X; B er en funktionel gruppe, der danner en binding med 3-enden afZ; C er en funktionel gruppe, der danner en binding med 5-enden af Y; D, F og E hver især uafhængigt er en bifunktionel bindingsgruppe; og S er et atom eller et molekylært stillads; fakultativt hvor (i) A, B, C, D, E, F og S hver især har samme identitet for hver forbindelse med Formel I; eller (ii) forbindelsesbiblioteket i hovedsagen består af en flerhed af forbindelser med Formel I; eller (iii) D, E og F hver især uafhængigt er en alkylenkæde eller en oligo(ethylenglycol)kæde; eller (iv) Y og Z er i hovedsagen komplementære og orienteret således i forbindelsen, at Watson-Crick baseparring og duplexdannelse muliggøres under egnede betingelser; eller (v) Y og Z har samme længde eller forskellig længde; fakultativt hvor Y og Z har samme længde; eller (vi) Y og Z hver især har en længde på 10 eller flere baser og har komplementære områder på ti eller flere basepar; eller (vii) hvor S er (a) et kulstofatom, et boratom, et nitrogenatom, et phosphoratom eller et polyatomstillads; eller (b) er en phosphatgruppe eller en cyklisk gruppe; eller (c) er en cycloalkyl-, cycloalkenyl-, heterocycloalkyl-, herenocycloalkenyl-, aryl-eller heteroarylgruppe; eller (viii) linkerenheden har strukturen
hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 1 til ca. 20; fakultativt hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 2 til otte; fakultativt hvor n, m og p hver især uafhængigt er et helt tal fra 3 til 6, hvor linkerenheden har strukturen
eller (ix) X og Z omfatter en PCR-primersekvens.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DKPA201170734A DK179064B1 (da) | 2005-06-09 | 2011-12-20 | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker |
Applications Claiming Priority (6)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US68946605P | 2005-06-09 | 2005-06-09 | |
| US68946605 | 2005-06-09 | ||
| US73104105P | 2005-10-28 | 2005-10-28 | |
| US73104105 | 2005-10-28 | ||
| PCT/US2006/022555 WO2006135786A2 (en) | 2005-06-09 | 2006-06-09 | Methods for synthesis of encoded libraries |
| US2006022555 | 2006-06-09 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| DK200800005A true DK200800005A (da) | 2008-03-04 |
| DK177345B1 DK177345B1 (da) | 2013-01-28 |
Family
ID=36930432
Family Applications (4)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| DK06784718.6T DK1910538T3 (da) | 2005-06-09 | 2006-06-09 | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker |
| DK10075295.5T DK2258870T3 (da) | 2005-06-09 | 2006-06-09 | Fremgangsmåde til at identificere forbindelser der binder til et biologisk target-molekyle |
| DKPA200800005A DK177345B1 (da) | 2005-06-09 | 2008-01-03 | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker |
| DKPA201170734A DK179064B1 (da) | 2005-06-09 | 2011-12-20 | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker |
Family Applications Before (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| DK06784718.6T DK1910538T3 (da) | 2005-06-09 | 2006-06-09 | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker |
| DK10075295.5T DK2258870T3 (da) | 2005-06-09 | 2006-06-09 | Fremgangsmåde til at identificere forbindelser der binder til et biologisk target-molekyle |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| DKPA201170734A DK179064B1 (da) | 2005-06-09 | 2011-12-20 | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker |
Country Status (23)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (4) | EP2338990A3 (da) |
| JP (2) | JP5508711B2 (da) |
| KR (1) | KR101346432B1 (da) |
| CN (2) | CN102392014A (da) |
| AT (1) | ATE507292T1 (da) |
| AU (1) | AU2006257915B2 (da) |
| BR (1) | BRPI0613566B1 (da) |
| CA (1) | CA2611512C (da) |
| CY (1) | CY1112036T1 (da) |
| DE (1) | DE602006021580D1 (da) |
| DK (4) | DK1910538T3 (da) |
| ES (2) | ES2401485T3 (da) |
| HR (1) | HRP20110528T1 (da) |
| IL (1) | IL187977A (da) |
| NO (1) | NO343698B1 (da) |
| NZ (1) | NZ564545A (da) |
| PL (2) | PL2258870T3 (da) |
| PT (2) | PT1910538E (da) |
| RS (1) | RS51868B (da) |
| RU (2) | RU2459869C2 (da) |
| SI (1) | SI1910538T1 (da) |
| WO (1) | WO2006135786A2 (da) |
| ZA (2) | ZA200800190B (da) |
Families Citing this family (22)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP1401850A1 (en) | 2001-06-20 | 2004-03-31 | Nuevolution A/S | Nucleoside derivatives for library preparation |
| EP1487978B1 (en) | 2002-03-15 | 2008-11-19 | Nuevolution A/S | An improved method for synthesising templated molecules |
| WO2004013070A2 (en) | 2002-08-01 | 2004-02-12 | Nuevolution A/S | Multi-step synthesis of templated molecules |
| PT2348125T (pt) | 2002-10-30 | 2017-08-29 | Nuevolution As | Método para a síntese de um complexo bifuncional |
| AU2003291964A1 (en) | 2002-12-19 | 2004-07-14 | Nuevolution A/S | Quasirandom structure and function guided synthesis methods |
| US20070026397A1 (en) | 2003-02-21 | 2007-02-01 | Nuevolution A/S | Method for producing second-generation library |
| EP1670939B1 (en) | 2003-09-18 | 2009-11-04 | Nuevolution A/S | A method for obtaining structural information concerning an encoded molecule and method for selecting compounds |
| CA2611512C (en) | 2005-06-09 | 2018-05-22 | Praecis Pharmaceuticals, Inc. | Methods for synthesis of encoded libraries |
| HUE056836T2 (hu) * | 2005-12-01 | 2022-03-28 | Nuevolution As | Enzimatikus kódolási eljárások nagy könyvtárak hatékony szintéziséhez |
| DK2396459T3 (da) | 2009-02-13 | 2017-08-28 | X-Chem Inc | Fremgangsmåde til fremstilling og screening af DNA-kodede biblioteker |
| WO2011127933A1 (en) | 2010-04-16 | 2011-10-20 | Nuevolution A/S | Bi-functional complexes and methods for making and using such complexes |
| DK2748357T3 (da) * | 2011-09-07 | 2018-07-16 | X Chem Inc | Fremgangsmåder til mærkning af DNA-kodede biblioteker |
| EA201992285A1 (ru) | 2012-07-13 | 2020-05-31 | Икс-Чем, Инк. | Днк-кодированные библиотеки, содержащие связи кодирующих олигонуклеотидов, не доступные для считывания полимеразами |
| JP6911248B2 (ja) | 2017-03-17 | 2021-07-28 | 成都先導薬物開発股▲フン▼有限公司Ｈｉｔｇｅｎ Ｉｎｃ． | エンコードライブラリの合成方法及び組成物 |
| WO2019149198A1 (zh) * | 2018-01-31 | 2019-08-08 | 成都先导药物开发股份有限公司 | 一种dna编码化合物库及化合物筛选方法 |
| GB201821109D0 (en) * | 2018-12-21 | 2019-02-06 | Philochem Ag | Nucleic acid encoded chemical libraries |
| CN110041390B (zh) * | 2019-04-26 | 2022-05-27 | 上海药明康德新药开发有限公司 | DNA编码化合物库中On-DNA的1,2,3-三氮唑化合物的合成方法 |
| CN112779606A (zh) * | 2019-11-06 | 2021-05-11 | 成都先导药物开发股份有限公司 | 一种On-DNA曼尼希反应的方法 |
| CN113089104B (zh) * | 2019-12-23 | 2023-03-28 | 成都先导药物开发股份有限公司 | 一种On-DNA二胺化合物关环反应的合成方法 |
| CN115506036B (zh) * | 2021-06-22 | 2024-07-02 | 中国科学院上海药物研究所 | Dna编码化合物文库起始片段及其制备和应用 |
| DK4201951T3 (da) * | 2021-12-21 | 2024-01-15 | Bachem Holding Ag | Fremgangsmåde til syntese af et peptid |
| CN114920791B (zh) * | 2022-04-28 | 2024-06-18 | 康龙化成(宁波)科技发展有限公司 | 一种寡聚核酸-琥珀酰亚胺化合物的合成方法 |
Family Cites Families (29)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US1545804A (en) | 1924-12-26 | 1925-07-14 | Warmerdam Nicholas | Sash fastener |
| US4356270A (en) | 1977-11-08 | 1982-10-26 | Genentech, Inc. | Recombinant DNA cloning vehicle |
| US4293652A (en) | 1979-05-25 | 1981-10-06 | Cetus Corporation | Method for synthesizing DNA sequentially |
| US4458066A (en) | 1980-02-29 | 1984-07-03 | University Patents, Inc. | Process for preparing polynucleotides |
| US4416988A (en) | 1980-12-23 | 1983-11-22 | Harvey Rubin | Detection and isolation of enkephalin mRNA using a synthetic oligodeoxynucleotide |
| JPS60222842A (ja) | 1984-04-19 | 1985-11-07 | Fuji Photo Film Co Ltd | ハロゲン化銀写真乳剤およびその製造方法 |
| US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US4800159A (en) | 1986-02-07 | 1989-01-24 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences |
| US5360928A (en) | 1989-10-23 | 1994-11-01 | Research Corporation Technologies, Inc. | Synthesis and use of amino acid fluorides as peptide coupling reagents |
| JP2001524926A (ja) * | 1991-09-18 | 2001-12-04 | アフィマックス テクノロジーズ ナームロゼ フェンノートシャップ | オリゴマーの雑多ライブラリーの集合体を合成する方法 |
| US5573905A (en) | 1992-03-30 | 1996-11-12 | The Scripps Research Institute | Encoded combinatorial chemical libraries |
| US5565324A (en) * | 1992-10-01 | 1996-10-15 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags |
| CA2151473A1 (en) | 1992-12-11 | 1994-06-23 | Ronald N . Zuckermann | Synthesis of encoded polymers |
| US6537776B1 (en) * | 1999-06-14 | 2003-03-25 | Diversa Corporation | Synthetic ligation reassembly in directed evolution |
| EP1123305A1 (en) | 1998-10-19 | 2001-08-16 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Dna-templated combinatorial library chemistry |
| EP1423400B2 (en) | 2001-03-19 | 2013-05-22 | President and Fellows of Harvard College | Evolving new molecular function |
| ATE371026T1 (de) | 2001-06-20 | 2007-09-15 | Nuevolution As | Eine methode zur synthese von matrizenabhängigen molekülen |
| AU2003240482B2 (en) | 2002-05-30 | 2009-03-12 | The Scripps Research Institute | Copper-catalysed ligation of azides and acetylenes |
| AU2003263937B2 (en) * | 2002-08-19 | 2010-04-01 | The President And Fellows Of Harvard College | Evolving new molecular function |
| PT2348125T (pt) * | 2002-10-30 | 2017-08-29 | Nuevolution As | Método para a síntese de um complexo bifuncional |
| WO2005003375A2 (en) | 2003-01-29 | 2005-01-13 | 454 Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
| GB0304433D0 (en) * | 2003-02-27 | 2003-04-02 | Xceleron Ltd | Improvements relating to chemical libraries |
| DE602004019764D1 (de) * | 2003-03-20 | 2009-04-16 | Nuevolution As | Ligationsvermittelnde codierung von kleinen molekülen |
| EP1670939B1 (en) * | 2003-09-18 | 2009-11-04 | Nuevolution A/S | A method for obtaining structural information concerning an encoded molecule and method for selecting compounds |
| CN1898257B (zh) * | 2003-12-17 | 2010-06-23 | 普雷西斯药品公司 | 合成编码文库的方法 |
| US7116036B2 (en) | 2004-08-02 | 2006-10-03 | General Electric Company | Energy harvesting system, apparatus and method |
| EP1828381B1 (en) * | 2004-11-22 | 2009-01-07 | Peter Birk Rasmussen | Template directed split and mix systhesis of small molecule libraries |
| CA2611512C (en) | 2005-06-09 | 2018-05-22 | Praecis Pharmaceuticals, Inc. | Methods for synthesis of encoded libraries |
-
2006
- 2006-06-09 CA CA2611512A patent/CA2611512C/en active Active
- 2006-06-09 RS RS20110327A patent/RS51868B/sr unknown
- 2006-06-09 KR KR1020087000511A patent/KR101346432B1/ko active Active
- 2006-06-09 AU AU2006257915A patent/AU2006257915B2/en not_active Ceased
- 2006-06-09 CN CN2011102198704A patent/CN102392014A/zh active Pending
- 2006-06-09 AT AT06784718T patent/ATE507292T1/de active
- 2006-06-09 EP EP10012326A patent/EP2338990A3/en not_active Withdrawn
- 2006-06-09 NZ NZ564545A patent/NZ564545A/en not_active IP Right Cessation
- 2006-06-09 CN CN2006800276157A patent/CN101233235B/zh active Active
- 2006-06-09 JP JP2008515983A patent/JP5508711B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2006-06-09 ES ES10075295T patent/ES2401485T3/es active Active
- 2006-06-09 ES ES06784718T patent/ES2365534T3/es active Active
- 2006-06-09 PL PL10075295T patent/PL2258870T3/pl unknown
- 2006-06-09 PT PT06784718T patent/PT1910538E/pt unknown
- 2006-06-09 SI SI200631057T patent/SI1910538T1/sl unknown
- 2006-06-09 BR BRPI0613566-8A patent/BRPI0613566B1/pt not_active IP Right Cessation
- 2006-06-09 DK DK06784718.6T patent/DK1910538T3/da active
- 2006-06-09 EP EP10075295A patent/EP2258870B1/en active Active
- 2006-06-09 DK DK10075295.5T patent/DK2258870T3/da active
- 2006-06-09 PL PL06784718T patent/PL1910538T3/pl unknown
- 2006-06-09 EP EP06784718A patent/EP1910538B1/en active Active
- 2006-06-09 DE DE602006021580T patent/DE602006021580D1/de active Active
- 2006-06-09 HR HR20110528T patent/HRP20110528T1/hr unknown
- 2006-06-09 EP EP10075296.3A patent/EP2311786A3/en not_active Withdrawn
- 2006-06-09 WO PCT/US2006/022555 patent/WO2006135786A2/en not_active Ceased
- 2006-06-09 RU RU2008100035/10A patent/RU2459869C2/ru active
- 2006-06-09 PT PT100752955T patent/PT2258870E/pt unknown
-
2007
- 2007-12-06 IL IL187977A patent/IL187977A/en active IP Right Grant
- 2007-12-12 NO NO20076362A patent/NO343698B1/no unknown
-
2008
- 2008-01-03 DK DKPA200800005A patent/DK177345B1/da not_active IP Right Cessation
- 2008-01-08 ZA ZA2008/00190A patent/ZA200800190B/en unknown
-
2010
- 2010-07-07 ZA ZA2010/04791A patent/ZA201004791B/en unknown
-
2011
- 2011-01-19 RU RU2011101778/10A patent/RU2011101778A/ru not_active Application Discontinuation
- 2011-07-14 CY CY20111100688T patent/CY1112036T1/el unknown
- 2011-12-20 DK DKPA201170734A patent/DK179064B1/da not_active IP Right Cessation
-
2013
- 2013-09-19 JP JP2013194319A patent/JP2014039550A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| DK200800005A (da) | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker | |
| DK200600841A (da) | Fremgangsmåder til syntese af kodede biblioteker | |
| KR102124613B1 (ko) | Dna-코딩된 라이브러리에 태그부착하는 방법 | |
| KR20150030260A (ko) | 폴리머라제에 의해 판독가능하지 않은 코딩 올리고뉴클레오티드 연결을 갖는 dna-코딩된 라이브러리 | |
| US11926871B2 (en) | Synthesizing barcoding sequences utilizing phase-shift blocks and uses thereof | |
| AU2023228709A1 (en) | Double-stranded splint adaptors and methods of use | |
| JP2019520046A5 (da) | ||
| JP6864621B2 (ja) | Ｄｎａコード化ライブラリーをタグ付けするための方法 | |
| DK1730277T3 (da) | Kodning ved ligering under anvendelse af byggebloksoligonukleotider | |
| EP1608748A2 (en) | Ligational encoding of small molecules | |
| CN105579592B (zh) | 用于制备dna文库的dna接头分子以及生产它们的方法和用途 | |
| JPWO2021006353A5 (da) | ||
| US11299775B2 (en) | Method for designing primer, primer, primer set, DNA amplification method, and analysis method | |
| CN115094057A (zh) | 一种引物组合物及其核酸扩增检测方法与应用 | |
| Speed | Engineering compositionally complex DNA-based materials with topology-dependent functions | |
| WO2026058704A1 (ja) | Ｄｎａバーコード配列を含む一本鎖 ｄｎａの合成方法（ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｉｎｇ ｓｉｎｇｌｅ－ｓｔｒａｎｄｅｄ ｄｎａ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｄｎａ ｂａｒｃｏｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ） | |
| CN121627902A (zh) | 含丙烯酰基结构的on-DNA多肽化合物的制备方法及产品 | |
| HK40014478A (en) | Dna-encoded libraries having encoding oligonucleotide linkages not readable by polymerases |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PBP | Patent lapsed |
Effective date: 20250609 |