ES2269788T3 - Procedimiento para la produccion de l-aminoacidos utilizando escherichia. - Google Patents

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Abstract

Procedimiento para la producción de un L-aminoácido seleccionado de entre el grupo constituido por L-treonina y L-fenilalanina, que comprende cultivar una bacteria que pertenece al género Escherichia en un medio de cultivo y recuperar del medio de cultivo el L- aminoácido que va a producirse y acumularse en el medio, en el que dicha bacteria se potencia potenciando la actividad de una proteína tal como se define en (A) o (B) siguientes en una célula de dicha bacteria: (A) una proteína que comprende la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en el listado de secuencias; (B) una proteína que comprende una secuencia aminoácida que incluye deleción, sustitución, inserción o adición de uno a cinco aminoácidos en la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en el listado de Secuencias, y que presenta una actividad de conferir, a una bacteria que pertenece al género Escherichia, resistencia a un L-aminoácido, seleccionado de entre el grupo constituido por L-fenilalanina, L-treonina, L-homoserina y L- cisteína y/o un análogo de aminoácido seleccionado de entre el grupo constituido por p-fluoro- fenilalanina, 5-fluoro-DL-triptófano, S-(2-aminoetil)cisteína y 4-aza-DL-leucina, en el que dicha actividad de la proteína tal como se define en (A) o (B) se potencia transformando dicha bacteria con un ADN que codifica la proteína tal como se define en (A) o (B), utilizando un vector multicopia que contiene dicho ADN, o alterando la secuencia de regulación de la expresión de dicho ADN en el cromosoma de dicha bacteria.

Description

Procedimiento para la producción de L-aminoácidos utilizando Escherichia.
Campo técnico
La presente invención se refiere a la biotecnología, específicamente a un procedimiento para la producción de L-aminoácidos mediante fermentación y más específicamente, a un gen derivado de la bacteria Escherichia coli. El gen es útil para mejorar la productividad de los L-aminoácidos, por ejemplo, L-fenilalanina y L-treonina.
Antecedentes de la técnica
Convencionalmente, los L-aminoácidos se han producido industrialmente mediante el procedimiento de fermentación, utilizando cepas de microorganismos obtenidos a partir de fuentes naturales o mutantes de las mismas, modificados especialmente para potenciar la productividad de los L-aminoácidos.
Se han dado a conocer muchas técnicas para potenciar la productividad de los L-aminoácidos, por ejemplo, mediante transformación del microorganismo mediante ADN recombinante (véase, por ejemplo, la patente US nº 4.278.765). Estas técnicas se basan en aumentar las actividades de las enzimas implicadas en la biosíntesis de los aminoácidos y/o en la desensibilización de las enzimas diana a partir de la inhibición mediante retroalimentación por el L-aminoácido producido (véase, por ejemplo, la solicitud japonesa sometida a inspección pública No56-18596 (1981), WO 95/16042 o la patente US nº 5.661.012 y nº 6.040.160).
Por otra parte, la potenciación de la actividad excretora de los aminoácidos puede mejorar la productividad de la cepa productora del L-aminoácido. Se da a conocer la cepa productora de Lisina de una bacteria que pertenece al género Corynebacterium que presente un aumento de la expresión del gen de la excreción de la L-lisina (gen lysE) (WO 9723597A2). Además, se dan asimismo a conocer genes que codifican proteínas de salida apropiadas para la secreción de la L-cisteína, L-cistina, N-acetilserina o derivados de tiazolidina (patente US nº 5.972.663).
En la actualidad, se dan a conocer varios genes de Escherichia coli que codifican proteínas putativas de membrana que potencian la producción de L-aminoácidos. Copias adicionales del gen rhtB hacen a una bacteria más resistente a la L-homoserina y potencian la producción de L-homoserina, L-treonina, L-alanina, L-valina y L-isoleucina (solicitud de patente europea EP994190A2). Copias adicionales del gen rhtC hacen a una bacteria más resistente a la L-homoserina y a la L-treonina, y potencian la producción de L-homoserina, L-treonina y L-leucina (solicitud de patente europea EP1013765A1). Copias adicionales de los genes yahN, yeaS, yfiK e yggA potencian la producción del ácido L-glutámico, L-lisina, L-treonina, L-alanina-L-histidina, L-prolina, L-arginina, L-valina y L-isoleucina (solicitud de patente europea EP1016710A2).
Anteriormente, los presentes inventores obtuvieron, con respecto a la E. coli K-12, un mutante que presenta una mutación, thrR (a la que en la presente memoria se la alude como rhtA23) que está relacionada en la resistencia a altas concentraciones de treonina o homoserina en un medio mínimo (Astaurova, O.B. et al., Appl. Biochem. Microbiol., 21, 611-616-1985). La mutación mejoró la producción de L-treonina (patente US nº 974817), homoserina y glutamato (Astaurova, O.B. et al,.
\hbox{Appl. Biochem. Microbiol., 27, 556-561,
1991) por las respectivas cepas  productoras de  E.
coli .}
Además, los presente inventores han revelado que el gen rhtA existe a 18 min en el cromosoma de E. coli cerca del operón glnHPQ que codifica los componentes del sistema de transporte de la glutamina, y que el gen rthA es idéntico a ybiF ORF entre los genes pexB y ompX. La unidad que expresa una proteína codificada por el ORF se ha denominado como rhtA (rht:resistencia al gen de la homoserina y de la treonina).
Además, los presentes inventores han encontrado que la amplificación del gen rhtA confería asimismo resistencia a la homoserina y la treonina. La mutación rthA23 es una sustitución A por G en posición -1 con respecto al codón ATG de iniciación (RESUMEN del 17^{th} International Congress of Biochemistry and Molecular Biology en combinación con 1997 Annual Meeting of the American Society for Biochemistry and Molecular Biology, San Francisco, California, 24-29 agosto, 1997, resumen nº 457). Es sabido que una composición nucleótida del espaciador entre la secuencia SD y el codón de iniciación y especialmente las secuencias inmediatamente por encima del codón de iniciación afectan profundamente a la capacidad traductora del ARNm. Se encontró un registro de 20 veces en los niveles de expresión, dependiendo de la naturaleza de los tres nucleótidos que preceden al codón de inicio (Gold et al., Annu. Rev. Microbiol., 35, 365-403, 1981; Hui et al., EMBO J., 3, 623-629, 1984). Por tanto, puede sugerirse que la mutación rhtA23 aumenta la expresión del gen rhtA.
El gen rhtA codifica una proteína que está formada por 295 residuos aminoácidos y es una proteína altamente hidrofóbica que contiene 10 segmentos transmembranales predichos. Una búsqueda PSIBLAST de la secuencia nucleótida de la cepa K-12 de A. coli perteneciente al género Escherichia coli (Science, 277, 1453-1474 (1977) reveló por lo menos 10 proteínas homólogas a la RhtA. Entre ellas, hay proteínas codificadas por los genes ydeD y yedA. Anteriormente, se mostró que el gen ydeD está implicado en la salida de los metabolitos de la vía de la cisteína (Dassler et al., Mol. Microbiol., 36, 1101-1112, 2000; US nº 5.972.663). El gen yedA ha sido conocido como subunidad transmembranosa putativa, que puede codificar una proteína funcionalmente desconocida (números 8037 a 8957 en la secuencia del registro GenBank AE000287 U00096).
El documento WO 01/70955 A da a conocer proteínas de proliferación de las células de E. coli y el ADN que codifica a estas proteínas, pudiendo sobreexpresarse dicho ADN para alcanzar la sobre producción proteica.
El documento EP-A-1 013 765 da a conocer una bacteria que pertenece al género Escherichia que posee la capacidad para la producción de un aminoácido, y en la que el gen rhtC codifica una proteína que presenta la actividad de hacer que una bacteria que tenga la proteína resistente a la L-treonina, se potencie.
Aleshin V.V. et al.: "A new family of amino-acid-efflux proteins" TIBS Trend in Biochemical Sciences, Elsevier Publication, Cambridge, EN, vol 24, nº 4, 1 abril 1999 (1999-04-01), páginas 133-135, XP004214249 ISSN; 0968-0004 da a conocer la identificación de una nueva familia de proteínas de salida de aminoácidos que pueden utilizarse para la producción de aminoácidos.
Exposición de la invención
Un objetivo de la presente invención consiste en potenciar la producción de cepas que produzcan L-aminoácidos y proporcionar un procedimiento para la producción de L-aminoácidos, por ejemplo, L-fenilalanina y L-treonina utilizando estas cepas.
El objetivo se alcanzó identificando que el gen yedA que codifica una proteína de membrana, homólogo al RhtA, que no está implicado en la vía biosintética de un L-aminoácido diana, confería una resistencia a microorganismos a varios aminoácidos y análogos de aminoácidos, cuando el alelo de tipo salvaje del gen se amplificó en un vector multicopia en el microorganismo. Además, el gen yedA puede potenciar la producción de aminoácidos cuando sus copias adicionales se introducen en las células de la cepa productora respectiva.
La presente invención es como sigue:
(1) Procedimiento para la producción de un L-aminoácido seleccionado de entre el grupo constituido por L-treonina y L-fenilalanina, que comprende cultivar una bacteria que pertenece al género Escherichia en un medio de cultivo y recuperar del medio de cultivo el L-aminoácido que va a producirse y acumularse en el medio, en el que dicha bacteria se potencia potenciando la actividad de una proteína tal como se define en los siguientes apartados (A) o (B) en una célula de dicha bacteria:
(A) una proteína que comprende la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en la lista de Secuencias;
(B) una proteína que comprende una secuencia aminoácida que incluye deleción, sustitución, inserción o adición de uno a cinco aminoácidos en la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº:2 en la lista de Secuencias, y que posee la actividad de conferir, a una bacteria que pertenece al género Escherichia, resistencia a un L-aminoácido, seleccionado de entre el grupo constituido por L-fenilalanina, L-treonina, L-homoserina y L-cisteína y/o un análogo de aminoácido seleccionado de entre el grupo constituido por p-fluoro-fenilalanina, 5-fluoro-DL-triptófano, S-(2-aminoetil)cisteína y 4-aza-DL-leucina, en la que dicha actividad de la proteína según se define en (A) o (B) se potencia transformando dicha bacteria con un ADN que codifica la proteína tal como se define en (A) o (B), utilizando un vector multicopia que contiene dicho ADN, o alterando la secuencia de regulación de la expresión de dicho ADN en el cromosoma de dicha bacteria.
(De ahora en adelante, se hará referencia a las proteínas definidas en los apartados anteriores (A) o (B) como "proteínas de la presente invención")
(2) Procedimiento según el procedimiento anterior, en el que el L-aminoácido que va a producirse es la L-fenilalanina.
(3) Procedimiento según el procedimiento anterior, en el que el L-aminoácido que va a producirse es la L-treonina.
(4) Procedimiento para la producción de un éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina, que comprende
cultivar la bacteria tal como se ha descrito anteriormente en un medio de cultivo para producir y acumular L-fenilalanina en el medio, presentando dicha bacteria productividad de la L-fenilalanina, y
sintetizando el éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina a partir del ácido aspártico o su derivado y la L-fenilalanina obtenida.
(5) Procedimiento según el procedimiento anterior, que comprende además
esterificar la L-fenilalanina para generar un éster alquílico inferior de la L-fenilalanina,
condensar el éster alquílico inferior de la L-fenilalanina con el derivado del ácido aspártico, en el que el derivado es anhídrido N-acil-L-aspártico,
separar el éster alquílico inferior de la N-acil-\alpha-L-aspartil-L-fenilalanina de la mezcla reactiva, e
hidrogenar el éster alquílico inferior de la N-acil-\alpha-L-aspartil-L-fenilalanina para generar el éster alquílico inferior de la \alpha-aspartil-L-fenilalanina.
En la presente invención, un aminoácido es de configuración L-si no se indica lo contrario.
El procedimiento para la producción de el L-aminoácido incluye la producción de la L-fenilalanina utilizando la bacteria que produce la L-fenilalanina, en la que las actividades de las proteínas de la presente invención, tal como las que comprenden la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2, se potencian. Asimismo, el procedimiento para la producción de el L-aminoácido incluye la producción de L-treonina utilizando una bacteria que produce la L-treonina, en la que las actividades de las proteínas de la presente invención tal como las que comprenden la secuencia aminoácida que se muestra en la SEC ID nº: 2, se potencian.
La presente invención se explicará en detalle a continuación.
La bacteria de la presente invención es una bacteria productora de un L-aminoácido que pertenece al género Escherichia, en la que la producción del L-aminoácido por la bacteria es potenciada potenciando la actividad de las proteínas de la presente invención en una célula de la bacteria.
En la presente invención, "bacteria productora de L-aminoácido" significa una bacteria que presenta la capacidad para producir y acumular el L-aminoácido en un medio, cuando la bacteria se cultiva en éste. La bacteria puede presentar la capacidad para producir dicho L-aminoácido como una propiedad de una cepa salvaje de la bacteria, o puede potenciarse o conferirse mediante la cría (o producción).
Una bacteria de la presente invención es la bacteria que produce L-aminoácidos que pertenece al género Escherichia que muestra una potenciación de las proteínas, que potencia la productividad del L-aminoácido diana. Concretamente, la bacteria de la presente invención es una bacteria productora de L-aminoácidos que pertenece al género Escherichia que posee actividades potenciadas de las proteínas de la presente invención. Más concretamente, la bacteria de la presente invención aloja al ADN que posee el gen yedA sobreexpresado en el cromosoma o en un plásmido en la bacteria y que posee capacidad potenciada para producir el L-aminoácido, por ejemplo, L-fenilalanina y L-treonina, utilizando estas cepas.
Las proteínas con actividad potenciada incluyen las definidas en los siguientes apartados, (A) o (B):
(A) una proteína que comprende la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en la lista de Secuencias;
(B) una proteína que comprende una secuencia aminoácida que incluye deleción, sustitución, inserción o adición de uno a cinco aminoácidos en la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº:2 en la lista de Secuencias, y que posee la actividad de hacer que una bacteria presente una potenciación de la resistencia a un aminoácido como fenilalanina, treonina, homoserina o cisteína y/o análogos de aminoácidos tales como la p-fluoro-fenilalanina, 5-fluoro-DL-triptófano, S-(2-aminoetil)cisteína y 4-aza-DL-leucina.
"Resistencia a un L-aminoácido y/o un análogo de aminoácido" significa la capacidad para la bacteria de desarrollarse en un medio mínimo que contenga el L-aminoácido o su análogo a una concentración bajo la cual la bacteria de tipo salvaje, o la cepa parental de la bacteria, no puede desarrollarse, o la capacidad para la bacteria de crecer más deprisa en un medio que contenga L-aminoácido o un análogo de aminoácido, más deprisa que el tipo no modificado o el tipo salvaje, o la cepa parental de la bacteria. Como ejemplos de análogos L-aminoácidos están la p-fluoro-fenilalanina, 5-fluoro-DL-triptófano, S-(2-aminoetil) cisteína, 4-aza-DL-leucina o similares. La concentración mencionada anteriormente de L-aminoácidos o del análogo de L-aminoácido está comprendida generalmente entre 1.000 y 10.000 \mug/ml, preferentemente entre 3000 y 5000 \mug/ml en el caso de la L-homoserina, preferentemente entre 5.000 y 7.000 \mug/ml en el caso de la serina y cisteína, generalmente entre 0,1 y 1,0 \mug/ml, preferentemente entre 0,2 y 0,5 \mug/ml en el caso del 5-fluoro-DL-triptófano, generalmente entre 0,1 y 2,0 mg/ml, preferentemente entre 0,5 y 1,0 mg/ml en el caso de la p-fluoro-fenilalanina; generalmente entre 0,1 y 2,0 mg/ml, preferentemente entre 0,5 y 1,0 mg/ml en el caso de la 4-aza-DL-leucina y S-(2-aminoetil) cisteína.
En la bacteria utilizada en el procedimiento de la presente invención, la actividad de las proteínas de la presente invención es potenciada por la transformación de dicha bacteria con ADN que codifica la proteína, tal como se define en (A) o (B), o alterando la secuencia de regulación de la expresión de dicho ADN en cromosoma de la bacteria.
El ADN, que se utiliza para la modificación de la bacteria puede codificar una proteína que presenta actividad excretora del L-aminoácido. Más concretamente, el ADN está representado por el gen yedA. El gen yedA puede obtenerse, por ejemplo, mediante PCR, utilizando cebadores basados en la secuencia nucleótida que se muestra en SEC.ID nº:1.
El ADN incluye un ADN que codifica la proteína que incluye deleción, sustitución, inserción o adición de uno a cinco aminoácidos en una o más posiciones sobre la proteína (A), siempre que no se pierda la actividad de la proteína. El ADN que codifica sustancialmente la misma proteína que la proteína definida en (A) puede obtenerse, por ejemplo, mediante modificación de la secuencia nucleótida que codifica la proteína definida en (A), utilizando mutagénesis dirigida, de forma que uno o más residuos de aminoácidos sea suprimido, sustituido, insertado o añadido. Dicho ADN modificado puede obtenerse mediante procedimientos convencionales, utilizando tratamiento con reactivos y condiciones que generen mutaciones. Dicho tratamiento incluye el tratamiento del ADN que codifica las proteínas que se utilizan en el procedimiento de la presente invención, con hidroxilamina o el tratamiento de la bacteria que alberga el ADN con irradiación UV o un reactivo tal como N-mtil-N'-nitro-N-nitrosoguanidina o ácido nitroso.
El ADN incluye variantes que pueden encontrarse en las distintas cepas y variantes de las bacterias que pertenecen al género Escherichia según la diversidad natural. El ADN que codifica dichas variantes puede obtenerse aislando el ADN, que se hibridiza con el gen yedA o parte del gen, bajo condiciones rigurosas, y que codifica la proteína que potencia la producción del L-aminoácido. El término "condiciones rigurosas" al que se hace referencia en la presente memoria, se refiere a una condición bajo la que el denominado híbrido específico, se forma, y el híbrido no específico, no se forma. Por ejemplo, las condiciones rigurosas incluyen una condición bajo la que los ADN que presentan una alta homología, por ejemplo, ADN que tienen una homología no menor que el 70% entre ellos, se hibridizan. Alternativamente, las condiciones rigurosas se ejemplifican por condiciones que comprenden la condición habitual de lavado en hibridización Southern, por ejemplo, 60ºC, 1 x SSC, SDS al 0,1%, preferentemente 0,1 x SSC, SDS al 0,1%. Como sonda para el ADN que codifica variantes y se hibridiza con el gen y yedA, puede utilizarse asimismo una secuencia parcial de la secuencia nucleótida de SEC.ID nº: 1. Dicha sonda puede prepararse mediante PCR utilizando oligonucleótidos producidos basados en l la secuencia nucleótida de SEC ID nº: 1 como cebadores, y un fragmento de ADN que contenga la secuencia nucleótida de SEC ID:nº: 1 como una matriz. Cuando un fragmento de ADN de una longitud de 300 pares de bases aproximadamente se utiliza como la sonda, las condiciones de lavado para la hibridación consisten en, por ejemplo, 50ºC, 2 x SSC, y SDS al 0,1%.
La transformación de la bacteria con un ADN que codifica una proteína, significa la introducción del ADN en la célula bacteriana, por ejemplo, mediante procedimientos convencionales para aumentar la expresión del gen que codifica la proteína de la presente invención, y potenciar la actividad de la proteína en la célula bacteriana.
Los procedimientos para la potenciación de la expresión del gen incluyen un aumento del número de copias del gen. La introducción del gen en un vector que puede funcionar en una bacteria que pertenece al género Escherichia, aumenta el número de copias del gen. Con dicho propósito, pueden utilizarse preferentemente vectores multi-copia. El vector multi-copia se ejemplifica por pBR322, pUC19, pBluescript KS^{+}, pACYC177, pACYC184, pAYC32, pMW119, pET22b o similares.
Además, la potenciación de la expresión del gen puede obtenerse introduciendo copias múltiples del gen en el cromosoma bacteriano mediante por ejemplo, el procedimiento de recombinación homóloga, o similares.
En el caso de que la expresión de dos o más genes sea potenciada, los genes pueden ser alojados juntos en el mismo plásmido o por separado en plásmidos distintos. Asimismo, puede aceptarse que uno de los genes se aloje en un cromosoma, y el otro gen se aloje en un plásmido.
Por otra parte, la potenciación de la expresión del gen puede alcanzarse situando el ADN bajo control de un potente promotor en vez del promotor original. La fuerza del promotor se define por la frecuencia de actos de la iniciación de la síntesis del ARN. Deuschle, U., Kammerer, W., Gentz, R., Bujard, H. (Promoters in Escherichia coli: a hierarchy of in vivo strength indicates alternate structures. EMBO J. 1986, 5, 2987-2994). Por ejemplo, el promotor P_{L} del fago lambda es conocido como un promotor constitutivo potente._{ }Otros promotores potentes conocidos son el promotor lac, promotor trp, promotor trc y similares. La utilización del promotor potente puede combinarse con la multiplicación de las copias génicas.
Los procedimientos para la preparación del ADN cromosómico, hibridización, PCR, preparación del ADN plasmídico, digestión y unión del ADN, transformación, selección de un oligonucleótido como cebador y similares, puede ser ordinariamente procedimientos bien conocidos por los expertos en la materia. Estos procedimientos se describen en Sambrook, J., Fritsch, E.F., y Maniatis, T., "Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Third Edition", Cold Spring Harbor Laboratory Press (2001) y similares.
La bacteria que se utiliza en el procedimiento de la presente invención puede obtenerse introduciendo los ADN mencionados anteriormente en una bacteria que pertenece al género Escherichia coli que tiene la capacidad, inherentemente, de producir L-aminoácidos. Alternativamente, la bacteria puede obtenerse confiriendo capacidad para producir L-aminoácidos a la bacteria que pertenece al género Escherichia coli que ya alberga los ADN.
Una bacteria que pertenece al género Escherichia no está particularmente limitada, siempre que tenga una capacidad para producir el L-aminoácido o pueda conferir la capacidad, Los ejemplos de la bacteria que pertenece al género Escherichia incluye Escherichia coli.
Ejemplos de bacterias que producen aminoácidos, que pertenecen al género Escherichia se describen a continuación.
Bacterias que producen fenilalanina
Como una cepa parental que va a ser potenciada en la actividad de la proteína de la presente invención, pueden utilizarse las cepas de bacterias productoras de fenilalanina que pertenecen al género Escherichia tales como la cepa AJ12739 (tyra:: Tn10, tyrR) (VKPM B-8197); cepa HW1089 (Nº de registro de ATCC 55371) que aloja el gen pheA34) (US nº 5.354.672); cepa mutante MWEC101-b (KR8903681): cepas NRRL B-12141, NRRL B- 12145, NRR B-12146 y NRRL B-12147 (US nº 4.407.952) y análogas. Asimismo, como una cepa parental que va a ser potenciada en la actividad de la proteína de la presente invención, pueden utilizarse la bacteria productora de fenilalanina que pertenece al género Escherichia, la cepa K-12 [W3110 (tyrA)/pPHAB (FERM BP-3566) de E. coli, la cepa K-12 [W3110 (tyrA)/pPHAD (FERM BP-12659) de E. coli, la cepa K-12 [W3110 (tyrA)/pPHATerm (FERM BP-12662), de E. coli, y la cepa K-12 [W3110 (tyrA)/pBR-aroG4,pACMAB], denominada como AH12604 (FERM BP-3579) (patente europea EP488424B1).
Bacterias productoras de treonina
Como una cepa parental que va a ser potenciada en la actividad de la proteína de la presente invención, pueden utilizarse las cepas de bacterias productoras de treonina que pertenecen al género Escherichia tales como la cepa MG442 (VKPM B-1628) (Gusyatiner, et al,. Genetika (en ruso), 14, 947-956, 1978, US nº 4.278.765); VKPM B-3996 (US nº 6.165.756); VKPM B-5318 (US nº 6.132.999); BP-3756 y BP-4072 (US nº 5.414.918); FERM BP-3519 y FERM BP-3520 (US nº 5.376.538) y similares.
El procedimiento de la presente invención incluye el procedimiento para la producción de L-fenilalanina, que comprende las etapas de cultivar la bacteria de la presente invención en un medio de cultivo, para dejar que la L-fenilalanina pueda producirse y acumularse en el medio de cultivo, y recuperar la L-fenilalanina a partir del medio de cultivo. Asimismo, el procedimiento de la presente invención incluye el procedimiento para la producción de L-treonina, que comprende las etapas de cultivar la bacteria de la presente invención en un medio de cultivo, para dejar que la L-treonina pueda producirse y acumularse en el medio de cultivo, y recuperar la L-treonina partir del medio de cultivo.
En la presente invención, el cultivo, recuperación y purificación del L-aminoácido a partir del medio y similares, puede llevarse a cabo de una forma similar al procedimiento convencional de fermentación, en el que un amino es producido utilizando un microorganismo. Un medio que se utilice para el cultivo puede ser un medio sintético o un medio natural, siempre que el medio incluya una fuente de carbono y una fuente de nitrógeno y minerales y, si es necesario, cantidades apropiadas de nutrientes que el microorganismo necesita para crecer. La fuente de carbono puede incluir varios hidratos de carbono tales como glucosa y sacarosa, y varios ácidos orgánicos. Dependiendo del modo de asimilación del microorganismo que se utilice, puede emplearse alcohol, incluyendo etanol y glicerol. Como fuente de nitrógeno, se utilizan varias sales amónicas tales como el sulfato amónico y el amoníaco, otros compuestos de ninitrógeno tales como aminas, una fuente natural de nitrógeno como la peptona, hidrolizado de soja y microorganismos fermentativos digeridos. Como minerales se utilizan monofosfato de potasio, sulfato de magnesio, cloruro sódico, sulfato ferroso, sulfato de manganeso, cloruro cálcico, y similares. Puede añadirse algún nutriente adicional al medio, si es necesario. Por ejemplo, si el microorganismo requiere tirosina para el desarrollo (auxotrofía de tirosina), puede añadirse la cantidad suficiente de tirosina al medio para
cultivo.
El cultivo se lleva a cabo preferentemente bajo condiciones aeróbicas tales como un cultivo con agitación, agitando (dicho) cultivo con aireación, a una temperatura entre 20 y 40ºC, preferentemente de entre 30 y 38ºC. El pH del cultivo está habitualmente entre 5 y 9, preferentemente entre 6,5 y 7,2. El pH del cultivo puede ajustarse con amoníaco, carbonato cálcico, varios ácidos, varias bases, y tampones. Habitualmente, un cultivo de 1 a 5 días conduce a la acumulación del L-aminoácido diana en el medio líquido.
Después del cultivo, los sólidos tales como células pueden eliminarse del medio líquido mediante centrifugación o filtración por membrana, y entonces, el L-aminoácido diana puede recuperarse y purificarse mediante un procedimiento convencional tal como el intercambio iónico, o los procedimientos de concentración y cristaliza-
ción.
La fenilalanina producida mediante el procedimiento de la presente invención puede utilizarse para, por ejemplo, producir el éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina (al que se alude asimismo como "aspartano") Es decir, el procedimiento de la presente invención incluye el procedimiento para la producción del éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilanalina, utilizando la L-fenilalanina como material en bruto. El procedimiento comprende sintetizar el éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina a partir de la L-fenilalanina producida por el procedimiento de la presente invención tal como se ha descrito anteriormente, y el ácido aspártico o su derivado. Pueden hacerse referencia al éster alquílico inferior, al éster metílico, al éster etílico y al éster propílico, o
similares.
En el procedimiento de la presente invención, un procedimiento para sintetizar el éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina a partir de la L-fenilalanina y del ácido aspártico o su derivado, no está particularmente limitado y puede aplicarse cualquier procedimiento convencional, con tal de que la L-fenilalanina o su derivado pueda utilizarse para la síntesis del éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina. Concretamente, por ejemplo, el éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina puede producirse mediante el procedimiento siguiente (patente US nº 3.786.039). La L-fenilalanina es esterificada para obtener el éster alquílico inferior de la L-fenilalanina. El éster alquílico de la L-fenilalanina se hace reaccionar con el derivado del ácido L-aspártico del cual el grupo amino y el grupo \beta-carboxilo están protegidos, esterificándose el grupo \alpha-carboxilo para activar. El derivado incluye el anhídrido N-acil-L-aspártico tal como el anhídrido N-formil-, N-carbobenzoxi-, o N-p-metoxicarbobenzoxi-L-aspártico. Mediante la reacción de condensación, se obtiene la mezcla de N-acil-\alpha-L-aspartil-L-fenilalanina y N-acil-\beta-L-aspartil-L-fenilalanina. Si la reacción de condensación se lleva a cabo bajo la existencia de un ácido orgánico cuya constante de disociación ácida a 37ºC es de 10^{-4} o menos, la proporción de la forma \alpha a la \beta en la mezcla aumenta (publicación abierta al público de la patente japonesa nº 51-113841). Entonces, la N-acil-\alpha-L-aspartil-L-fenilalanina es separada de la mezcla, seguido por la hidrogenación para obtener la \alpha-L-aspartil-L-
fenilalanina.
Modo de poner en práctica la invención
La presente invención se explicará con mayor detalle a continuación haciendo referencia a los Ejemplos.
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Ejemplo 1
Clonación del gen yedA de E.coli
La secuencia nucleótida completa de la cepa K-12 de E. coli se ha determinado ya (Science, 277, 1453-1474, 1977). Una búsqueda PSI-BLAST reveló que por lo menos 10 rhtA parálogos que incluían el gen yedA, se encuentran en el genoma de E. coli K-12. El gen yedA codifica la subunidad transmembranosa putativa, cuya FU función es desconocida.
Basándose en la secuencia nucleótida de la que se ha informado, se sintetizaron los cebadores que se muestran en SEC ID nº 3 (cebador 1) y nº4 (cebador 2). El cebador 1 es una secuencia complementaria a una secuencia de 179 a 153 nucleótidos por encima del codón de iniciación con un sitio de reconocimiento de la enzima de restricción BamHI introducido en su extremo 5'. El cebador 2 es una secuencia complementaria a una secuencia de 53 a 77 nucleótidos por debajo del codón de finalización con un sitio de reconocimiento de la enzima de restricción SalI introducido en su extremo 5'.
El ADN cromosómico de la cepa TG1 de E. coli se preparó mediante un procedimiento ordinario. Se llevó a cabo la PCR en un "Perkin Elmer GeneAmp PCR System 2400", bajo las condiciones siguientes: 40 seg a 95ºC, 40 seg a 47ºC, 40 seg a 72ºC, 30 ciclos mediante la Taq polimerasa (Fermentas). El fragmento PCR obtenido que contenía el gen yedA con su propio promotor se trató con las restrictasas BamHI y Sa1I y se insertó en los vectores multicopia pUC19 o pAYCTER3 tratados previamente con las mismas enzimas. De este modo, se obtuvieron, respectivamente, los plásmidos pYEDA1 y pYEDA2. El vector pAYCTER3 es un derivado de pAYC32, un vector muy estable y con un número moderado de copias construido sobre la base de plásmido RSF1010 (Christoserdov A. YY., Tsygankov Y. D, Broad-host range vectors derived from a RSF1010 Tnl plasmid, Plasmid, 1986, v. 16, págs 161-167). El vector pAYCTER3 se obtuvo mediante introducción del poliengarce del plásmido pUC19 y del finalizador potente rrnB en el plásmido pAYC32 en vez de su promotor, de la forma siguiente. En primer lugar, el poliengarce del plásmido pUC19 se obtuvo mediante PCR, utilizando los cebadores que se muestran en SEC ID nº 5 y nº 6. El producto PCR obtenido se trató con las restrictasas EcoRI y BclI. El terminador rruB se obtuvo asimismo por PCR utilizando los cebadores representados en SEC ID nº 7 y nº 8. El producto PCR obtenido se trató con las restrictasas BglII y BclI. Entonces, estos dos fragmentos de ADN se unieron en el plásmido pAYC32 tratado previamente con las restrictasas EcoRI y Bc1I. De este modo se obtuvo el plásmido pAYCTER3.
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Ejemplo 2
El efecto de la amplificación del gen yedA sobre la resistencia de la cepa TG1 de E. coli para los aminoácidos y los análogos de aminoácidos
Los plásmidos pYEDA1 y pYEDA2 y los vectores pUC19 y pAYCTER3 se introdujeron en la cepa TG1 de E. coli. Así, se obtuvieron las cepas TG1 (pYEDA1), TG1 (pYEDA2), TG1 (pUC19) y TG1 (pAYCTER3).
Entonces, la capacidad de estas cepas para crecer en presencia de aminoácidos y de análogos de aminoácidos para cada cepa, se determinó en placas mínimas M9 de agar glucosa que contenían concentraciones graduadas del inhibidor. Las placas se rociaron con 10^{6} a 10^{7} células de un cultivo nocturno desarrollado en un medio mínimo (suplementado con 100 \mug/ml de ampicilina para las cepas plasmídicas). El crecimiento se estimó después de 44 horas de incubación a 37ºC. Los resultados se muestran en la Tabla 1.
TABLA 1
1
* Los mismos resultados se obtuvieron para la cepa TG1 que aloja el vector pAYCTER3.
+: crecimiento bueno; -: no hay crecimiento; n.d.: no determinado
Ejemplo 3 Efecto de la amplificación del gen yedA sobre la producción de fenilalanina
La cepa AJ12739 de E. coli que produce fenilalanina se utilizó como una cepa parental para la transformación con plásmidos que albergaban el gen yedA. La cepa AJ12739 se ha depositado en el Russian National Collection of Industrial Microorganisms (VKPM) (Rusia, 113545 Moscow, 1^{st} Dorozhny proezd, 1) en el 6 de noviembre, 2001, con el número de registro VKPM B-8197.
La cepa AJ12739 productora de fenilalanina se transformó con el plásmido pYEDA2 o con el vector pAYCTER3, para obtener las cepas AJ12739/pYEDA2 y AJ12739/pAYCTER3. Estas cepas se cultivaron cada una a 37ºC durante 18 horas en un caldo (de cultivo) nutritivo con 100 mg/l de ampicilina, y 0,3 ml del cultivo obtenido se inocularon en 3 ml de un medio de fermentación que contenía 100 mg/ml de ampicilina, en un tubo de ensayo de 20 x 200 mm, cultivándose a 37º durante 48 horas con un agitador rotatorio. Después del cultivo, se determinó mediante TLC una cantidad acumulada de fenilalanina en el medio. Se utilizaron placas TLC de 10 x 15 cm revestidas con capas de 0,11 mm de gel silíceo Sorbfil sin indicador fluorescente (Stock Company Sorbpolymer, Krasnodar, Rusia). Las placas Sorbfil se desarrollaron con una fase móvil: propan-2-ol: etilacetato: 25% de amoníaco acuoso: agua=40:40:7: 16 (vol/vol). Una solución (2%) de ninhidrina en acetona se utilizó como un reactivo de visualización. Los resultados se presentan en la Tabla 2.
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Glucosa 40,0
(NH_{4)}2SO_{4} 16,0
K_{2}HPO_{4} 1,0
MgSO_{4 }. 7H_{2}O 1,0
FeSO_{4} . 7H_{2}O 0,01
MnSO_{4} .5H_{2}O 0,01
Tiamina-HCl 0,0002
Extracto de levadura 2,0
Tirosina 0,1
CaCo_{3} 30,0
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El sulfato de magnesio y la glucosa se esterilizan por separado. El CaCO_{3} caliente y seco se esterilizan a 180º durante 2 horas. El pH se ajusta a 7,0. El antibiótico se introduce en el medio después de esterilización.
TABLA 2
Cepa de E. coli OD_{600} Fenilalanina, g/l
AJ12739 (pAYCTER3) 7,0 1,5
AJ12739 (pAYCTER-YEDA2) 7,5 1,8
A partir de la tabla 2 puede apreciarse que la amplificación del gen yedA mejoró la productividad de la fenilalamina de la cepa AJ12739.
Ejemplo 4 Efecto de la amplificación del gen yedA sobre la producción de treonina
La conocida cepa de E. coli que produce treonina, VNIIGnetika MG442 (Gusyatiner, et al,. 1978, Genetika (en ruso), 14, pág 947-956) (depositada en el Russian National Collection of Industrial Microorganisms (VKPM) según el Tratado de Budapest, con el nº de registro VKPM B-1628), se transformó con el plásmido pYEDA1 o con el vector pUC19, dando lugar a las cepas MG442/pYEDA1 y G442/pUC19.
Estas cepas se cultivaron cada una a 37ºC durante 18 horas en un caldo (de cultivo) nutritivo con 100 mg/l de ampicilina, y 0,3 ml del cultivo obtenido se inocularon en 3 ml de un medio de fermentación que contenía 100 mg/ml de ampicilina, en un tubo de ensayo de 20 x 200 mm, cultivándose a 37º durante 48 horas con un agitador rotatorio. Después del cultivo, se determinó mediante TLC una cantidad acumulada de treonina en el medio. Las placas Sorbfil se desarrollaron en una fase móvil: propan-2-ol: acetona:agua:amoníaco acuoso al 25%=25:25:7:6 (vol/vol). Se utilizó una solución (2%) de ninhidrina en acetona como un reactivo de visualización. Los resultados se presentan en la Tabla 3.
La composición del medio de fermentación (g/l):
Glucosa 50,0
(NH_{4})2SO_{4} 10,0
K_{2}HPO_{4} 1,0
MgSO_{4} . 7H_{2}O 0,4
FeSO_{4} . 7H_{2}O 0,02
MnSO_{4} . 5H_{2}O 0,02
Tiamina-HCl 0,0002
Extracto de levadura 1,0
CaCo_{3} 20,0
El sulfato de magnesio y la glucosa se esterilizan por separado. El CaCO_{3} caliente y seco se esterilizan a 180º durante 2 horas. El pH se ajusta a 7,0. El antibiótico se introduce en el medio después de esterilización.
TABLA 3
Cepa de E. coli Treonina, g/l Rendimiento (%)
MG441 (pUC19) 2,9 5,8
MG442 (pYEDA1) 4,0 8,0
A partir de la tabla 2 puede apreciarse que la amplificación del gen yedA mejoró la productividad de la treonina de la cepa MG442.
Aplicabilidad industrial
Según la presente invención, se proporciona un procedimiento para la producción de L-aminoácidos utilizando una bacteria que pertenece al género Escherichia que presenta un aumento en la productividad de los aminoácidos, por ejemplo, L-fenilalanina y L-treonina.
<110> Ajinomoto Co., Inc.
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\vskip0.400000\baselineskip
<120> Procedimiento para la producción de L-aminoácidos utilizando Escherichia.
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<130> EPA-63468
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<140>
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<141> 2002-11-21
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<150> RU 2001131570
\vskip0.400000\baselineskip
<151> 2001-11-23
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\vskip0.400000\baselineskip
<160> 8
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\vskip0.400000\baselineskip
<170> PatentIn Ver. 2.1.
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
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<211> 921
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<212> ADN
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<213> Escherichia coli
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
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2
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
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\vskip0.400000\baselineskip
<211> 306
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<212> PRT
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<213> Escherichia coli
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<400> 2
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3
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
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<211> 25
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<212> DNA
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<213> Secuencia artificial
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\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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<223> Descripción de la secuencia artificial: cebador
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<400> 3
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\hskip-.1em\dddseqskip
aagggatccc tctcattttt attgt
\hfill
25
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
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<211> 23
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<212> DNA
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<213> Secuencia artificial
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\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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<223> Descripción de la secuencia artificial: cebador
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<400> 4
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aagcgtcgac cgagcgtctg gaa
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23
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<210> 5
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<211> 29
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<212> DNA
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Descripción de la secuencia artificial: cebador
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<400> 5
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\hskip-.1em\dddseqskip
gaccatagat ctgaattcga gctcggtac
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29
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<210> 6
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<211> 29
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<212> DNA
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Descripción de la secuencia artificial: cebador
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<400> 6
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acggccagat ctaagcttgc atgcctgca
\hfill
29
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
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<211> 34
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<212> DNA
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Descripción de la secuencia artificial: cebador
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<400> 7
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aacagtgatc atttgcctgg cggcagtagc gcgg
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34
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<210> 8
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<211> 41
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<212> DNA
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<213> Secuencia artificial
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<220>
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<223> Descripción de la secuencia artificial: cebador
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<400> 8
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ataaaaagct tagatctcaa aaagagtttg tagaaacgca a
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41

Claims (5)

1. Procedimiento para la producción de un L-aminoácido seleccionado de entre el grupo constituido por L-treonina y L-fenilalanina, que comprende cultivar una bacteria que pertenece al género Escherichia en un medio de cultivo y recuperar del medio de cultivo el L-aminoácido que va a producirse y acumularse en el medio, en el que dicha bacteria se potencia potenciando la actividad de una proteína tal como se define en (A) o (B) siguientes en una célula de dicha bacteria:
(A) una proteína que comprende la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en el listado de secuencias;
(B) una proteína que comprende una secuencia aminoácida que incluye deleción, sustitución, inserción o adición de uno a cinco aminoácidos en la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en el listado de Secuencias, y que presenta una actividad de conferir, a una bacteria que pertenece al género Escherichia, resistencia a un L-aminoácido, seleccionado de entre el grupo constituido por L-fenilalanina, L-treonina, L-homoserina y L-cisteína y/o un análogo de aminoácido seleccionado de entre el grupo constituido por p-fluoro-fenilalanina, 5-fluoro-DL-triptófano, S-(2-aminoetil)cisteína y 4-aza-DL-leucina,
en el que dicha actividad de la proteína tal como se define en (A) o (B) se potencia transformando dicha bacteria con un ADN que codifica la proteína tal como se define en (A) o (B), utilizando un vector multicopia que contiene dicho ADN, o alterando la secuencia de regulación de la expresión de dicho ADN en el cromosoma de dicha bacteria.
2. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el L-aminoácido que va a producirse es la L-fenilalanina.
3. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el L-aminoácido que va a producirse es la L-treonina.
4. Procedimiento para la producción de un éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina, que comprende
cultivar una bacteria en un medio de cultivo para producir y acumular L-fenilalanina en el medio, presentando dicha bacteria productividad de la L-fenilalanina, y
sintetizar el éster alquílico inferior de la \alpha-L-aspartil-L-fenilalanina a partir del ácido aspártico o su derivado y la L-fenilalanina obtenida,
en el que dicha bacteria es potenciada potenciando la actividad de una proteína, tal como se define en (A) o (B) siguientes en una célula de dicha bacteria:
(A) una proteína que comprende la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en el listado de secuencias;
(B) una proteína que comprende una secuencia aminoácida que incluye deleción, sustitución, inserción o adición de uno a cinco aminoácidos en la secuencia aminoácida que se muestra en SEC ID nº: 2 en el listado de Secuencias, y que presenta una actividad de conferir, a una bacteria que pertenece al género Escherichia, resistencia a un L-aminoácido, seleccionado de entre el grupo constituido por L-fenilalanina, L-treonina, L-homoserina y L-cisteína y/o un análogo de aminoácido seleccionado de entre el grupo constituido por p-fluoro-fenilalanina, 5-fluoro-DL-triptófano, S-(2-aminoetil)cisteína y 4-aza-DL-leucina,
en la que dicha actividad de la proteína tal como se define en (A) o (B) se potencia transformando dicha bacteria con un ADN que codifica la proteína tal como se define en (A) o (B), utilizando un vector multicopia que contiene dicho ADN, o alterando la secuencia de regulación de la expresión de dicho ADN en el cromosoma de dicha bacteria.
5. Procedimiento según la reivindicación 4, que comprende además esterificar la L-fenilalanina para generar un éster alquílico inferior de la L-fenilalanina,
condensar el éster alquílico inferior de la L-fenilalanina con el derivado del ácido aspártico, en el que el derivado es el anhídrido N-acil-L-aspártico,
separar el éster alquílico inferior de la N-acil-\alpha-L-aspartil-L-fenilalanina de la mezcla reactiva, e
hidrogenar el éster alquílico inferior de la N-acil-\alpha-L-aspartil-L-fenilalanina para generar el éster alquílico inferior de la \alpha-aspartil-L-fenilalanina.
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