ES2305767T3 - Glucosa deshidrogenasa y su preparacion. - Google Patents

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Irina Bachmatova
Liucija Marcinkeviciene
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Rasa Semenaite
Vida Casaite
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Abstract

Pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble de secuencia como se representa en la figura 1, caracterizada porque están intercambiados los siguientes aminoácidos frente a LMD 79.41 de Acinetobacter de tipo natural: la posición 21 tiene como aminoácido una N y 41 una S y 47 una L y 121 una V o una A y 149 una A y 213 una S y 244 una I y 320 una G y 391 una S y 452 una S y 474 una R y 480 una Q.

Description

Glucosa deshidrogenasa y su preparación.
La invención se refiere a nuevas glucosa deshidrogenasas solubles dependientes de pirroloquinolinquinona (PQQ) (sPQQGDH) de Acinetobacter así como a un procedimiento para su preparación mediante sobreexpresión en sistemas de expresión microbianos adecuados.
A los pacientes que sufren de diabetes se les debe medir regularmente su azúcar en sangre. Así mismo la medida de glucosa juega un importante papel en procesos de fermentación. Muchas veces se realiza la determinación de glucosa enzimáticamente. Para ello se usan glucosa oxidasas o en raros casos también glucosa-6-fosfato deshidrogenasa. Los procedimientos que se basan en glucosa oxidasa tienen la desventaja de que el enzima transfiere los electrones también al oxígeno presente y no exclusivamente a los mediadores añadidos. Por tanto el resultado de la media depende de la presión parcial del oxígeno. Desde hace mucho tiempo se hacen esfuerzos por reemplazar enzimas presentes por glucosa deshidrogenasas dependientes del sPQQ. PQQ representa pirroloquinolinquinona. PQQ es el grupo prostético de la glucosa deshidrogenasa (GDH). Este porta equivalentes redox. La ventaja de estos enzimas se basa en que el valor de medida de la presión parcial del oxígeno es independiente y es posible una medida más exacta. Además es posible con el uso de estos enzimas realizar la medida en volúmenes de muestra más
pequeños.
En la bibliografía se encuentran dos PQQGDH distintas. La que es una forma unida a la membrana (mPQQGDH) y que es inadecuada para el uso en sensores de glucosa. La forma que es soluble (sPQQGDH) y que se ha encontrado de forma diferenciada en cepas del género Acinetobacter (Biosci. Biotech. Biochem. 59 (8), páginas 1548 a 1555, 1995). El enzima es un homodímero y posee un peso molecular de 50 kDa. Las PQQGDH soluble y la unida a la membrana no poseen homología de secuencia y son diferentes inmunológicamente y en lo que respecta a su cinética (Cleton-Jansen y col., 172 (11), páginas 6308 a 6315, J. Bacteriol. 1990) (Matsushita y col., Biochemistry 28 (15), páginas 6276 a 6280, 1989).
La sPQQGDH de Acinetobacter es conocida desde hace tiempo. Todos los autores trabajan con las cepas LMD 79.41 (Kojima y col., Biotechnology Letters, 22, páginas 1343 a 1347, 2000), NCIMB 11517 o JCM 6841 (ambos: documento US 2001021523).
Las secuencias de ADN de sPQQGDH de esta cepa están registradas en el banco de genes con los números de entrada X15871 (LMD 79.41), E28183 (JCM 6841) y E28182 (NCIMB 11517).
Se ha experimentado mucho para cambiar las propiedades de esta sPQQGDH mediante modificación de las secuencias génicas (documentos EP 1167519 A1, EP 1176202 A1, Sode y Kojima, Biotechn. Letters, volumen 19, (11) páginas 1073 a 1077, 1997). A este respecto el fin era mejorar la especificidad por el sustrato y la estabilidad térmica del enzima. El documento EP 1167519 A1 describe el intercambio de determinados aminoácidos de la sPQQGDH de LMD 79.41 de Acinetobacter, para obtener una estabilidad térmica elevada. Se efectuaron cambios en los aminoácidos 209, 210, 231, 420 y 421. El documento WO 02/072839 A1 describe otros cambios en la secuencia de aminoácidos para conseguir elevadas estabilidades térmicas y mejoras en la solubilidad en agua. Se intercambiaron las posiciones 167, 231, 340, 415 y 418. La forma de proceder se basa en ambos casos en las usadas en el documento EP 1167519. En comparaciones del enzima de LMD 79.41 de Acinetobacter con las sPQQGDH nuevas de acuerdo con la invención así como de la JCM 6841 de Acinetobacter se debe tener en cuenta que los dos enzimas recién citados son dos aminoácidos más largos que el de LMD 79.41. Se considera a este respecto el enzima maduro y el péptido
señal.
El documento WO 02/34919 A1 describe el intercambio de aminoácidos discretos con el fin de reducir la afinidad del enzima por la maltosa. La estabilidad térmica del enzima no se ve influenciada.
Para la preparación de enzimas se expresan estos heterólogamente normalmente en E. coli. En la expresión de sPQQGDH aparece el problema de que E. coli puede sintetizar en concreto el enzima pero no el cofactor PQQ. Concretamente según Sode y col. (J. Biotechnology, 49, 239 a 243, 1996) en el caso de glucosa deshidrogenasa unida a membrana da buen resultado la expresión del apoenzima mPQQGDH, sin embargo este no es estable y se descompone de nuevo durante el cultivo celular. Matsushita y col. (Biosci. Biotechnol. Biochem. 59, 1548 a 1555, 1995) postulan un cambio de conformación del enzima que tiene lugar en la unión del cofactor y protege el holoenzima frente a la digestión tríptica.
Por tanto todos los grupos de trabajo y fabricantes se han preocupado de preparar enzima activo y estable, de modo que bien se añade PQQ durante el cultivo celular o bien realiza la expresión en cepas que puede formar por sí mismos PQQ. Sode y col. (J. Biotechnology, 49, 239 a 243, 1996) consiguieron la coexpresión de mPQQGDH junto con los genes para la síntesis de PQQ en E. coli y alcanzaron con una OD de 4 aproximadamente 1.500 U/l. Si se añade la PQQ durante el cultivo celular se consigue 1.100 U/l. Sin embargo el sistema tiene el problema de que las células no alcanzan densidades ópticas elevadas y fallecen durante la producción de enzima (Kojima y col., Biotechnology Letters, 22, 1343 a 1347, 2000). Los autores describen en la publicación citada previamente la síntesis de sPQQGDH activa en Klebsiella pneumoniae. Este organismo se puede obtener genéticamente y posee la capacidad de sintetizar PQQ. Por tanto se consiguen a este respecto actividades de aproximadamente 14.000 U/l, sin embargo tiene que incorporar PQQ adicional. Yoshida y col. (Enzym. Microb. Technol. 30, páginas 312 a 318, 2002) han expresado heterólogamente el sPQQGDH soluble en Pichia pastoris y consiguieron con ello rendimientos de enzima útil de hasta 200.000 U/l. No obstante se deben alcanzar para ello densidades celulares muy elevadas. Al mismo tiempo el enzima está glicosilado y además se debe purificar mediante una precipitación y dos intercambiadores de iones. De forma particular la purificación costosa y la glicosilación dificultan una preparación
económica.
La compañía Toyobo Co. Ltd., Japón describe en el documento JP 09140378 la preparación de sPQQGDH con Acinetobacter calcoaceticus. Después de tres etapas de purificación se consiguen 60 U/l. Para aumentar la productividad del sistema se expresó el enzima a continuación heterólogamente en Pseudomonas putida, ya que esta cepa puede sintetizar PQQ.
Olsthoorn y Duine (Arch. Biochem. Biophys. 336 (1), 42 a 48, 1996) describen el cultivo en lotes de un clon de E. coli, que expresa una sPQQGDH, en el fermento 100-1. Después del cultivo se purifica el enzima mediante tres etapas en columna. El clon no forma PQQ alguna, el cofactor se añade ya en el ensayo del enzima. Los rendimientos son de 10 mg de proteína pura por 1 cultivo en desarrollo. Sin embargo la baja densidad celular del cultivo, el procedimiento de purificación costoso y el rendimiento hacen que el procedimiento se muestre no económico.
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Descripción de la invención
En el marco de una selección se encontraron 12 cepas del tipo Acinetobacter calcoaceticus que forman una sPQQGDH. Una tipificación de las nuevas cepas con la Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares (DMSZ) dio un 99,8% de homología de la secuencia de ADNr 16S parcial con la cepa tipo Acinetobacter calcoaceticus. Sin embargo no es habitual el uso observado de L-malato y la incapacidad para descomponer L-fenilacetato para la cepa tipo. La totalidad de las 12 cepas encontradas muestran esta propiedad.
Las sPQQGDH formadas por estas cepas se diferencian de los enzimas conocidos hasta ahora en propiedades esenciales. Por una parte poseen una estabilidad térmica mejorada frente al enzima de la cepa tipo (véase el ejemplo 3). Se diferencian igualmente las secuencias de nucleótidos y la secuencia de aminoácidos.
Las secuencias de nucleótidos de los 12 genes que codifican para la sPQQGDH nueva, dio los siguientes resultados (véase la figura 1):
Las secuencias de nucleótido de la totalidad de las sPQQGDH recién encontradas se diferencian claramente de las de enzimas de LMD 79.41 de Acinetobacter y JCM 6841 así como de NCIMB 11517 de Acinetobacter.
Las secuencias de aminoácidos, que se pueden derivar de las secuencias de nucleótidos respectivas, se diferencian igualmente de las secuencias conocidas hasta ahora. La sPQQGDH de LMD 79.41 de Acinetobacter tiene, incluyendo el péptido señal, 478 aminoácidos, las de las otras dos cepas conocidas JCM 6841 de Acinetobacter y NCIMB 11517 de Acinetobacter así como los de las secuencias encontradas aquí tienen cada una, incluyendo el péptido señal, 480 aminoácidos.
Las secuencias de aminoácidos de la sPQQGDH recién encontrada se diferencian en múltiples posiciones de las conocidas hasta ahora. De forma sorprendente se encontró en 12 posiciones en la totalidad de nuevos genes descritos aquí un aminoácido diferente que en todos los enzimas descritos previamente. Adicionalmente al menos el 75% de los nuevos genes descritos aquí portan en cuatro posiciones un aminoácido diferente que en genes descritos previamente. Adicionalmente hay en los enzimas nuevos descritos aquí otros intercambios que provienen únicamente o en parte del enzima.
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De forma particular están intercambiados los siguientes aminoácidos de la nueva sPQQGDH encontrada de acuerdo con la invención. El recuento de aminoácidos se orienta al recuento en el enzima de la cepa JCM 6841 de Acinetobacter, que comprende, además del péptido señal, 480 aminoácidos (véase la figura 1):
Son acordes con la invención todas las pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa solubles (sPQQGDH), que tienen como aminoácido en las posiciones 21 una N y 41 una S y 47 una L y 121 una V o una A y 149 una A y 213 una S y 244 una I y 320 una G y 391 una S y 452 una S y 474 una R y 480 una Q.
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Además son sPQQGDH acordes con la invención todas aquellas en las que adicionalmente a los intercambios descritos anteriormente se pueden realizar los siguientes intercambios:
En las posiciones 16 puede estar una H, en 18 una L, en 20 una F, en 40 una G, en 48 una I, en 61 una A, en 111 una T, en 154 una D, en 190 una D, en 293 una A, en 311 una S, en 314 una A, en 324 una L, en 333 una M, en 339 una S, en, 355 una G, en 366 una D, en 417 una N y en 418 una A.
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Se ha encontrado ahora de forma sorprendente que los nuevos enzimas encontrados son todos más estables térmicamente que el enzima de tipo natural. La estabilidad térmica es un criterio esencial para el uso con éxito de sPQQGDH como sensor de glucosa. De este modo se encontraron en una incubación de una hora a 60ºC y 70ºC por lo general mayores reactividades que en el enzima de LMD 79.41 de Acinetobacter. A 60ºC se encontraron en las sPQQGDH de acuerdo con la invención reactividad entre 51,1% y 12,5%. El tipo natural mostró en un uso idéntico sólo 1,8% de su actividad original. A 70ºC se observaron entre 26,7% y 8,8% de la actividad de partida, el enzima del tipo natural poseía por el contrario sólo 6,4% de la actividad original.
En el pasado se ha experimentado de diversa forma aumentar la estabilidad térmica de sPQQGDH mediante intercambio intencionado y aleatorio de aminoácidos.
El documento EP 1167519 A1 reivindica sin embargo el intercambio de aminoácidos en posiciones que se diferencian claramente de aquellas en las sPQQGDH de acuerdo con la invención. Esto es igualmente válido para los intercambios que se dan a conocer en el documento WO 02/072839. Igualmente esto es cierto para los intercambios que se describen en el documento WO 02/34919 A1. La elevada estabilidad térmica de sPQQGDH de acuerdo con la invención se correlaciona por tanto con el intercambio de un grupo completo de aminoácidos, cuya influencia sobre esta propiedad no se conocía hasta ahora.
Para la preparación de enzimas de acuerdo con la invención se puede cultivar la cepa en cuestión en un medio adecuado. A tal fin se pueden usar los medios descritos en la bibliografía como caldo nutriente (Difco 0003). Después del lavado de las células estas se cosechan y se rompen. La purificación del enzima se realiza como se describe anteriormente.
Se prefieren clonar las sPQQGDH de tipo natural en un huésped adecuado. Estos pueden ser los procariontes que se puede obtener fácilmente genéticamente habituales como los pertenecientes al género Bacillus, Klebsiella, Pseudomonas así como E. coli. Además se pueden expresar los enzimas también en eucariontes como los pertenecientes a los géneros Pichia, Saccharomyces, Hansenula, Aspergillus o Kluyveromyces. Los enzimas se pueden expresar también en plantas o líneas celulares animales.
Para la clonación se pueden usar procedimientos convencionales como PCR (reacción en cadena de la polimerasa) con cebadores degenerados o hibridación de bibliotecas genómicas con sondas adecuadas. Se prefiere llevar a cabo la expresión en E. coli. La expresión se lleva a cabo normalmente en las cepas BL21, DH5, HB101, JM101, RV308, TOPP, TOP10, XL-1 así como sus derivados. Se prefieren usar las cepas W3110 y DH5. A tal fin se pueden usar los vectores de expresión comunes. Los vectores contienen de forma típica un origen de replicación, una resistencia contra un antibiótico y una secuencia promotora. Se pueden usar los siguientes vectores, por ejemplo, pUC18/19, pBluescript, pTZ, pGEX, pPROEx, pcDNA3.1, YEp24, pBAC, pPICZ. Se prefieren los vectores de las series pMAL, pET, pTrx, pCAL, pQE y pPROTet. Se prefieren usar especialmente los vectores de expresión de la serie pASK-IBA 2 a pASK-IBA 7. Antibióticos habituales, seleccionados por su resistencia, son por ejemplo ampicilina, canamicina, tetraciclina y cloroanfenicol.
Se pueden usar también sistemas de expresión que conducen a que se elimine la proteína al medio.
Los vectores se pueden transferir con los procedimientos habituales a las células huésped. A tal fin se usan, por ejemplo: electroporación, fusión de protoplastos, transformación química.
La síntesis de sPQQGDH clonada se induce mediante adición de un inductor. Para ello se usan los inductores adecuados para el sistema de expresión elegido como, por ejemplo, IPTG, triptófano, glucosa y lactosa. Se prefiere usar especialmente el inductor anhidrotetraciclina.
Las líneas celulares recombinantes se recogen en medios adecuados para ellas. Para tal fin son adecuados los procedimientos comunes para el cultivo de pro- y eucariontes. El cultivo se puede llevar a cabo en fermentadores adecuados. Se prefiere cultivar los organismos de modo que se alcancen densidades celulares muy altas. A tal fin se requiere que se realice con una estrategia regulada adecuada la alimentación de una fuente de C y de una fuente de N de modo que no se generen productos de metabolismo tóxicos (para la revisión: Schügerl y col. (autores) en: Bioreaction Engineering, páginas 374 a 390, editorial Springer, Berlín, 2000; Yee y Blanch, Bio/Technology, 10 (2), páginas 1550 a 1556, 1992).
Un procedimiento adecuado en el sentido de esta invención es, por ejemplo, el descrito por Riesenberg y col., Appl. Microbiol. Biotechnol, 34, páginas 77 a 82, 1990.
Mientras que el cultivo de las células se realiza de forma ideal de 28 a 37ºC, para la expresión de proteínas se reduce a 10-28ºC. Preferiblemente esta se encuentra de 15 a 25ºC y con especial preferencia de 20 a 22ºC.
De forma sorprendente se ha encontrado que con uso del procedimiento de acuerdo con la invención se consiguen rendimientos claramente mayores en enzima activo que como se describe hasta ahora en la bibliografía. Con un cultivo de un clon de E. coli en cultivo en lotes se pueden obtener hasta 48 mg de proteína pura a partir de un litro de sobrenadante de cultivo (véanse ejemplos 5 y 6). Yoshida y col. (Enzym. Microbiol. Technol., 30, páginas 312 a 318, 2002) consiguen 43 mg/l. Sin embargo se debe purificar el enzima de forma costosa y se glicosila. Olsthoorne y Duine (Arch. Biochem. Biophys. 336 (1), páginas 42 a 48, 1996 informaron de un rendimiento de
10 mg/l.
Si se recogen las células con los enzimas de acuerdo con la invención en una fermentación de alta densidad celular se pueden conseguir incluso más de 220 mg de enzima pura por l de líquido de cultivo (ejemplo 8).
Después del cultivo de las células estas se cosechan y se rompen con procedimientos adecuados como, por ejemplo, prensa francesa, adición de detergentes o ultrasonidos. La solución de proteína se tampona y se lleva a un valor de pH ligeramente alcalino. Se ajusta el tampón a un valor del pH entre 7 y 9, preferiblemente este se encuentra entre 7,8 y 8,2.
Como sustancias tampón se pueden usar tampones habituales en bioquímica como tampón Tris, MOPS o PIPES, tampón de fosfato de potasio, debiendo encontrarse la concentración en 5 a 100 mM, preferiblemente se encuentra en un intervalo de 20 a 70 mM y con especial preferencia en 50 mM.
Se puede purificar la sPQQGDH muy fácilmente en la solución de proteína. Para ello se purifica la solución de proteína bien mediante una cromatografía de intercambio de iones convencional o bien se añade directamente el material de intercambio de iones a la solución de proteína y a continuación se separa mediante un embudo del resto de líquido. Como intercambiador de iones se tienen en cuenta intercambiadores de cationes como, por ejemplo, resinas Lewatit, CM-, S-, SM-Sepharose, CM-, SP-Sephadex, Amberlyst 15, Amberlite CG-50, Amberlite IR-120, carboximetil-, sulfoxietil-, oxicelulosa, fosfato de celulosa y CM-Toyopearl. Se prefiere usar CM-
Toyopearl.
La proteína se eluye a continuación con los procedimientos habituales del material de intercambio de iones. Para ello se usa un gradiente de NaCl creciente, se usa el tampón que se usó también previamente en la unión de la proteína al material de intercambio de iones. Normalmente se eluye el enzima a una concentración de aproximadamente 200 mM de NaCl.
El enzima se puede purificar luego adicionalmente, así mismo se puede reducir el contenido en sal mediante los procedimientos habituales como diálisis y ultracentrifugación.
La preparación y purificación de la sPQQGDH de acuerdo con la invención se realiza preferiblemente como apoenzima, el cofactor PQQ se añade ya cuando el enzima se haya purificado por completo. De forma ideal se realiza la adición del PQQ de acuerdo con el cambio de tampón del enzima tras la purificación con el intercambiador de
iones.
Se puede añadir el PQQ antes del cambio de tampón o después. Se prefiere añadir antes del mismo. La cantidad se rige por el contenido de la solución de proteína. Por mol de enzima activo se puede añadir de 0,1 a 5 mol de PQQ. De forma ideal se añaden de 0,5 a 2 moles, con especial preferencia 2 moles de PQQ por mol de proteína activa. Pero también es posible preparar y purificar el enzima como holoenzima. A tal fin se puede añadir PQQ durante el cultivo celular, en la ruptura de las células o antes de la purificación. Además se pueden preparar las sPQQGDH de acuerdo con la invención también como holoenzimas, expresándolas heterólogamente en organismos que pueden sintetizar PQQ. Estos pueden ser, por ejemplo, organismos del género Kiebsiella o Pseudomonas.
Se usan las sPQQGDH nuevas de acuerdo con la invención para la medida de glucosa. Se usan con especial preferencia en equipos con los que se puede medir la glucosa en sangre. Además de esto es también posible usar los enzimas para la medida de glucosa, por ejemplo, en procesos de fermentación.
Si se usan las sPQQGDH de acuerdo con la invención para fines de diagnóstico, un kit de ensayo de este tipo comprende de forma típica un tampón, un mediador y algunas unidades de actividad enzimática. De forma típica se usan de 0,5 a 10 U y preferiblemente de 1 a 5 U. El enzima se puede formular de forma diferenciada para tal fin. Se puede formular, por ejemplo, secado por congelación o secado por pulverización así como solución. Pueden ser electrodos adecuados electrodos de carbón, oro o platino. Normalmente se inmoviliza el enzima sobre el electrodo. Normalmente se usan a tal fin agentes reticulantes, pero el enzima puede estar también encapsulado. Además se pueden inmovilizar mediante una membrana de diálisis, con polímeros foto-reticulantes, conductores eléctricos o redox. También son posibles combinaciones de los procedimientos anteriormente citados.
Se prefiere aplicar los enzimas como holoenzimas, pero estos se pueden usar también como apoenzimas en donde se alimenta el PQQ requerido mediante una segunda capa. Se inmovilizan preferiblemente las sPQQGDH nuevas sobre un electrodo de carbono con glutaraldehído y a continuación se trata con un reactivo que contiene una amina, con ello reacciona el glutaraldehído en exceso.
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Ejemplos
Ejemplo 1
Búsqueda de nuevas cepas que forman sPQQGDH
Se suspendieron muestras de suelo en solución salina (NaCl al 0,9%) y se extendieron alícuotas sobre placas de agar, que contenían un fondo nutritivo con gluconato como fuente de carbono única. El medio estaba compuesto como sigue:
100
Se incubaron las placas a 30ºC durante 24 a 48 horas.
De forma alternativa se usaron también Pseudomonas-agar de Oxoid. Las condiciones de incubación fueron idénticas.
Se aislaron colonias cultivadas seleccionadas sobre glucosa-eosina-azul de metileno-agar. Este estaba compuesto como sigue:
101
Se incubaron las placas a 30ºC durante 24 horas. Se puede reconocer ahí clones positivos que son rojo oscuro y/o poseen un brillo verde. Estas colonias se extendieron de nuevo sobre nutriente agar (Oxoid) para comprobar la pureza. Este estaba compuesto como sigue:
102
Se incubaron las placas durante 48 horas a 30ºC y se aislaron de nuevo. Se recogieron a continuación las cepas purificadas durante 20 horas a 30ºC en 100 ml de caldo nutriente líquido (Oxoid), el medio tenía la siguiente composición:
103
Después del cultivo se cosecharon los cultivos (4.500 x g, 40 minutos, 4ºC) y se lavaron con solución salina (NaCl al 0,9%). Se resuspendieron los agregados en 5 ml de tampón KP 50 mM pH 7,2, y se rompieron con ultrasonidos. Se centrifugó de nuevo el extracto durante 30 minutos a 4ºC a 10.000 x g, se midió en el sobrenadante libre de células la actividad de GDH. Sobre el medio de selección se pudieron aislar con gluconato como fuente de carbono única 26 cepas con actividad de GDH. Se pudieron aislar cuatro cepas tras cultivo sobre el medio Pseudomonas.
Ejemplo 2
Purificación de los enzimas
Se recogieron las cepas, cuya sPQQGDH se debería investigar, en 8 l de medio NB (oxoide), que contenía 0,1% de glucosa durante 20 horas a 30ºC. Se lavaron las células de nuevo (4500 x g, 40 minutos, 4ºC) con 0,9% de solución salina y se recogieron con 150 a 200 ml de MOPS 10 mM pH 8,0. La ruptura de las células se realizó con ultrasonidos. Se recogió el extracto libre de células sobre 300 ml de TSKgel CM-Toyopearl 650M (Tosoh Corp.) y se lavó con 3 a 4 volúmenes de columna de MOPS 10 mM pH 8,0. Se realizó la elución con un gradiente de 0 a 0,3 M de NaCl con un volumen de la columna de 3 a 4 veces. Se reunieron las fracciones activas, se transfirieron a un tubo de diálisis y se concentraron mediante adición de carboximetilcelulosa de alta viscosidad como absorbedor de agua. Se resuspendió la muestra concentrada con 3,5 volúmenes de K-MOPS 10 mM pH 6,8 y se purificó de nuevo sobre columna de CM-Toyopearl. Se realizó el equilibrado de la columna y el lavado con K-MOPS 10 mM pH 6,8, se llevó a cabo la elución con un gradiente de NaCl de 0 a 0,3 M. Se reunió las fracciones activas y se concentraron como se describe anteriormente. Estas sirvieron como material de partida para la determinación de la estabilidad térmica.
Ejemplo 3
Ensayo de estabilidad térmica
Se incubaron los enzimas purificados para la determinación de la estabilidad térmica durante 60 minutos a 50, 60 y 70ºC. La incubación se realizó en Pipes 50 mM a pH 6,5 en presencia de CaCl_{2} 1 mM, 0,1% de Triton X-100, 0,1% de BSA y 5 \muM de PQQ. Después de la incubación se enfriaron las muestras sobre hielo y se determinó la reactividad. Esta se expresó en porcentaje de la actividad original.
TABLA 1 Estabilidad térmica de sPQQGDH nueva de distintos aislados nuevos
1
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Ejemplo 4
Clonación y análisis de genes de sPQQGDH nuevos
Para la clonación de los genes de sPQQGDH de las cepas nuevas aquí descritas se experimentó amplificar en primer lugar la secuencia de codificación completa en una PCR sobre ADN genómico con oligonucleótidos sintéticos. El cebador usado a tal fin derivado de la secuencia de sPQQGDH publicada (X15871; LMD 79.41) no condujo sin embargo a productos de PCR, ya que las secuencias de las sPQQGDH de acuerdo con la invención se diferencian en el intervalo del péptido señal y especialmente del tipo natural cerca del codón de parada. Por tanto se usaron distintos cebadores de ambas hebras de la secuencia de tipo natural que debieron conducir con uso en una PCR a la amplificación de segmentos de la secuencia de codificación. Con algunas de estas combinaciones de cebador se pudieron aislar tales segmentos en las cepas descritas en el ejemplo 3. Para reacciones de PCR se usaron por lo general kits comerciales, normalmente el kit PCR-Master de la compañía Roche, según las indicaciones del fabricante. Con los cebadores GDH-fwd P1 (5'-CCA GAT AAT CAA ATT TGG TTA AC-3') y GDH-rev P7 (5'-CAT CAC GAT AAC GGT TYT TGC-3') se pudieron aislar fragmentos de aproximadamente 1200 bp de tamaño. A continuación se secuenciaron los segmentos de ADN obtenidos. Para obtener la secuencia completa de los genes individuales, se llevó a cabo una PCR inversa (Sambrook y Russell: Molecluar Cloning - A Laboratory Manual. CSHL Press (2001), página 8.81). En el presente caso se usaron a tal fin cebadores que estaban posicionados respectivamente en el borde del segmento de modo que se sintetiza en una PCR adicional de la parte no conocida del gen de GDH. Se realizó una reacción PCR de este tipo sobre ADN genómico de la respectiva cepa, que se recorta con las endonucleasas de restricción EcoR1 o BgIII y luego se recircularizó con T4-ligasa. Como cebadores se usaron GDH-3Mid (5'-GGGATATGACCTACATTTGCTGGC-3') y GDH-5Mid (5'-TGTCCATCAGCRTCATTTACAAYCTCAG-3'), que inicia la síntesis de ADN dirigida en dirección al extremo 3' (GDH-3Mid) o extremo 5' (GDH-5Mid) del gen de GDH. Los amplificados así obtenidos contenían también las proporciones error de la secuencia de codificación, como se desprendió mediante clonación en el vector pCR2.1 y a continuación secuenciación. Con las secuencias de ADN presentes por completo finalmente se desarrollaron de nuevo cebadores, que hacen posible una clonación directa de la secuencia de codificación desde el codón de inicio hasta el codón de parada. Los cebadores se seleccionaron a este respecto de modo que es posible una clonación en el vector pASK-IBA3 según las indicaciones de la compañía IBA. A tal fin se posiciona un punto de corte Bsal inmediatamente antes de la secuencia de codificación (en el cebador que se une a 5') y uno inmediatamente después (en el cebador que se une a 3'), de modo que es posible una ligadura dirigida del producto de PCR recortado con Basl en el vector pASK-IBA3 abierto con Bsal. Como cebador 5' se usó GDH-U3 (5'-TGGTAGGTCTCAAATGAATAAACATTTATTGGCTAAAATTAC-3'), como cebadores 3' se usaron GDH-L3 (5'-ATGGTAGGTCTCAGCGCTCTGAGCTTTATATGTAAACCTAATCAAAG-3'; para la GDH del clon PT15) y GDH-L4 (5'-ATGGTAGGTCTCAGCGCTCTGAGCTTTATATGTAAATCTAATCAGAG-3'; para todos los clones habituales). Los plásmidos que se generan se designaron pAI3-X. En lugar de "X" se usa la designación de cepa del clon del cual se aisló el ADN genómico. Para fines comparativos se clonó de igual forma el gen de sPQQGDH a partir de la cepa de tipo natural LMD79.41. A tal fin se usaron sin embargo cebadores que se habían derivado de la secuencia publicada. Este plásmido se designó pAI3-wt.
Los plásmidos descritos se transfirieron mediante transformación química a la cepa DH5\alpha de E. coli (compañía Invitrogen). Las cepas de bacterias así obtenidas se designaron DH5\alpha::pAI3-X. De forma similar se transfirieron los plásmidos a una cepa de E. coli adicional, W3110 (ATCC 27325). Estas cepas se designaron luego W3110::pAI3-X.
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Ejemplo 5
Fabricación recombinante de sPQQGDH con E. coli
Se preparó como sigue el pre-cultivo. Se adicionaron a 2 ml de medio LB (50 \mug/ml de ampicilina) 0,1 ml de una solución madre de glicerina de células DH5\alpha::pAI3-KOZ65 y se agitaron durante la noche a 37º C y 225 rpm. Para el cultivo principal se inocularon 1 l de medio TB (50 \mug/ml de ampicilina) en el pre-cultivo. Se agitó el cultivo a 37ºC y 225 rpm, hasta que se obtuvo una OD de aproximadamente 1. Luego se realizó la incubación del cultivo principal con una solución madre de anhidrotetraciclina (AHT). A tal fin se disolvió el inductor en DMF. La concentración final del AHT en el cultivo fue de 0,2 \mug/ml, la incubación se realizó durante 24 horas a 27ºC y 225 rpm. La OD del cultivo principal fue de 4,2.
La cosecha de las células se realizó mediante centrifugación del cultivo principal a 3220 x g durante 15 minutos a 4ºC. Se resuspendieron los agregados celulares en 40 ml (= 1/25 del volumen total) en Tris-HCl 75 mM pH 8,0 y se rompieron mediante prensa francesa. A tal fin se trata la suspensión de células completa dos veces con la prensa francesa. El lisado eventualmente enturbiado con inclusión de cuerpos y detritus celulares se centrifugó a 48.745 x g durante 10 minutos a 4ºC. Se ensayaron el contenido en proteínas y la actividad del sobrenadante. El contenido en proteínas fue de 9,25 mg/ml, la actividad fue de 1,4 kU/ml. Referido al cultivo original se obtuvieron 56 kU por l de cultivo.
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Ejemplo 6
Purificación de sPQQGDH recombinante
Se separó cromatográficamente 11,2 ml del sobrenadante del ejemplo 5 mediante un intercambiador de cationes (Toyopearl CM-650M, compañía TOSOH BIOSEP GmbH) a 4ºC. Para ello se usa una columna XK 50/20 (compañía Amersham Pharmacia Biotech) con aproximadamente 130 ml de lecho de columna; el caudal fue de 8 ml/min. Se equilibró la columna con 10 volúmenes de columna de K-MOPS 10 mM pH 8,0 + CaCl_{2} 1 mM, luego se realizó la aplicación de la muestra. Se lavó la columna con 4 volúmenes de columna de K-MOPS 10 mM pH 8,0 + CaCl_{2} 1 mM, se eluyó a continuación mediante un gradiente de sal lineal de NaCl de 0 a 0,4 N en K-MOPS 10 mM pH 8,0 (incluyendo respectivamente CaCl_{2} 1 mM), el eluído se recogió en fracciones. La regeneración de la columna se realiza con 3 volúmenes de columna de NaCl 1 N + CaCl_{2} 1 mM.
Se ensayó la actividad de las fracciones de eluído en placas de microtítulos de 96 pocillos de fondo plano para encontrar las fracciones activas. La solución colorante estaba compuesta como sigue:
PMS 0,2 mM (metosulfato de fenazina en H_{2}O)
+ NTB 0,22 mM (azul de nitrotetrazolio en H_{2}O)
+ 3 \mum de sal de PQQ-Na (en DMSO)
en Tris/HCl 20 mM pH 7,5, con glucosa al 2%
Se llevó a cabo el ensayo como sigue: se dispusieron 90 \mul de muestra cada vez en una placa de microtítulos y se añadieron a cada una 110 \mul de solución colorante, ya se puede observar la reacción de color en la mayoría de los casos después de un minuto. En base a los resultados en el cromatograma de UV en línea y en el ensayo de actividad se reúnen las fracciones activas y dado el caso se concentra el reunido mediante ultrafiltración (30.000 MWCO). Se realiza una determinación de proteína así como un ensayo de actividad cuantitativa (véase ejemplo 9).
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TABLA 2 Purificación de sPQQGDH de DH5\alpha::pAI3-KOZ65 de E. coli
2
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En el gel SDS y en el gel nativo se detectó sólo una banda activa. La proteína estaba también más limpia. Referido al cultivo original se obtuvieron 48,2 mg de proteína pura por l de cultivo.
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Ejemplo 7
Preparación de sPQQGDH recombinante en cepas W3110 y ensayo de la estabilidad térmica
Para una comparación de la estabilidad térmica de sPQQGDH recombinante de LMD79.41 (plásmido pAI3-wt) y de sPQQGDH de KOZ65 (plásmido pAI3-KOZ65) se recogieron las cepas W3110::pAl3-wt y W3110::pAl3-KOZ65 en 200 ml de medio TB con 100 \mug/ml de ampicilina. Una vez hubiesen alcanzado los cultivos una OD_{600} de 3, se centrifugaron las bacterias a 4.600 rpm durante 10' y se recogieron los agregados en 25 ml cada uno de medio TB fresco con 100 \mug/ml de ampicilina. Para la inducción se añadió AHT hasta 2 \mug/ml y se agitaron las células a 22ºC durante 6 horas. Luego se agregaron de nuevo las células y se conservaron los agregados hasta el posterior procesamiento a -80ºC. Se resuspendieron las células congeladas en 25 ml de tampón MOPS cada vez (MOPS 10 mM pH 8, CaCl_{2} 2,5 mM, 0,05% de Triton X-100) y se rompieron mediante tratamiento con ultrasonidos, hasta que la suspensión se volvió más clara. Se separaron los restos celulares a 20.000 rpm durante 30 minutos a 4ºC y se purificó el sobrenadante mediante una columna Toyopearl CM-650M (volumen del lecho 20 ml). Para ello se lavó la columna tras la aplicación de muestra con 50 ml de tampón MOPS (véase anteriormente) y a continuación se eluyó proteína unida con un gradiente de NaCl de 0 a 0,6 mM en tampón MOPS. Se reunieron las fracciones con actividad de GDH y se determinó la actividad de los reunidos (véase ejemplo 9).
Para la determinación de la estabilidad térmica de ambas preparaciones de enzima se ajustó mediante dilución con Pipes 50 mM, pH 6,5 con CaCl_{2} 1 mM, 0,1% de Triton X-100, 0,1% de BSA y PQQ 5 \muM una solución de 20 U/ml. Se incubaron de esta solución alícuotas paralelamente durante 60 minutos a 4ºC, 50ºC, 57ºC y 64ºC. Luego se determinaron las siguientes actividades residuales, relativas al valor 100% a 4ºC (por triplicado; véase el
ejemplo 9):
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3
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Ejemplo 8
Preparación mediante fermentación en alta densidad celular
Se llevó a cabo la fermentación en un fermentador de radiación de 10 litros (BIOSTAT C) de la compañía Braun.
Se usaron para ello 5 litros de medio Riesenberg (modificado).
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Solución de oligoelementos:
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Se ajustó el pH a 6,80 tras adición de todos los componentes del medio con NaOH 5 N.
La solución nutritiva se inoculó con 100 ml de un pre-cultivo lavado durante la noche a 37ºC (medio LB con 100 mg/l de ampicilina).
La OD tras la inoculación fue de 0,066. La tasa de ventilación fue de 2 l/min, el número de revoluciones del agitador de 500 rpm y la temperatura de 37ºC. Se ajustó el valor del pH con NH_{3} 5 N a pH 7,25 y se mantuvo constante durante toda la fermentación.
El valor de pO_{2} se redujo después de 12 horas de crecimiento por debajo del 10% y se consumió la glucosa en su mayor parte. Después de 15 segundos de crecimiento la OD_{600} fue de 14,2 y la masa seca de 6,2 g/l. En este momento se inició la alimentación. La solución de alimentación se componía de:
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Se filtró la solución en condiciones de esterilidad. Esta se alimentó mediante una bomba de manguera al fermentador. El rendimiento de la bomba se reguló mediante el valor teórico de pO_{2}, que se ajustó a 20%. Se realizó la regulación de modo que se conectó la bomba a un valor de pO_{2} > 20% y se alimentó glucosa fresca. El consumo de oxígeno empleado puede reducir aún más el pO_{2}. Si se reduce el valor de pO_{2} por debajo del 20% se desconecta la bomba. No se modificaron el número de revoluciones ni la tasa de ventilación. Después de 64 horas de crecimiento la OD_{600} alcanzó 50,2. Finalmente se alimentaron al fermentador 5 l de medio TB doblemente concentrado, se redujo la temperatura hasta 22ºC y se reguló la tasa de ventilación a 4 l/min.
Se aumentó el número de revoluciones del agitador hasta 700 rpm. Luego se indujo el cultivo con 10 ml de solución de anhidrotetraciclina (2 mg/ml en DMF) durante 6 horas. A continuación se extrajo una muestra para la determinación de la actividad. El ensayo de actividad dio un valor de 223 U/ml de líquido de cultivo. Se obtuvieron sobre 220 mg de enzima puro por ml de cultivo.
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Ejemplo 9
Realización del ensayo de actividad
Se llevaron a cabo las medidas en un fotómetro "Ultraspec 2000". Para ello se usaron las siguientes soluciones:
107
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El reactivo de trabajo se compone de los siguientes componentes:
25,5 ml de PIPES incluyendo 2,2% de Triton X-100
0,9 ml de glucosa
2,0 ml de PMS
1,0 ml de NTB
El EDB y el reactivo de trabajo se deberían añadir lo más frescos posible.
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Realización de la determinación de la actividad:
Se disponen 20 \mul de la dilución de muestra elegida en microcubetas (como valor nulo se añaden 20 \mul de EDB en lugar de la solución de muestra),
se añaden 600 \mul de reactivo de trabajo y se inicia inmediatamente la medida a 570 nm durante 3 minutos.
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Cálculo de la actividad:
Se determina el cambio de absorción como cambio de extinción/minuto; una unidad de GDH produce 0,5 \mumol de formazan por minuto. Es válida la siguiente fórmula:
U/ml = cambio de extinción/min x 1,54 x factor de dilución \varepsilon = 40.200 M^{-1}cm^{-1}
<110> Bayer AG
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<120> Glucosa deshidrogenasa nueva y su preparación
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<130> LeA36627
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<160> 28
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<170> PatentIn Version 3.1
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<210> 1
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<211> 1437
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 1
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4
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<210> 2
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<211> 478
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 2
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5
6
7
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<210> 3
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 3
8
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<210> 4
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 4
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9
10
11
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<210> 5
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 5
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12
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<210> 6
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 6
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13
14
15
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<210> 7
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 7
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16
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<210> 8
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 8
17
19
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<210> 9
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 9
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20
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<210> 10
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 10
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21
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<210> 11
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 11
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23
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<210> 12
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 12
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25
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<210> 13
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 13
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27
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<210> 14
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 14
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29
30
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<210> 15
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 15
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32
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<210> 16
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 16
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<210> 17
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 17
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37
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<210> 18
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 18
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39
40
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<210> 19
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<211> 1443
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<212> ADN
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<213> Acinetobacter sp.
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<400> 19
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43
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<210> 20
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<211> 480
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<212> PRT
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<213> Acinetobacter sp.
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<213> Acinetobacter sp.
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<213> Acinetobacter sp.
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<213> Acinetobacter sp.
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Claims (8)

1. Pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble de secuencia como se representa en la figura 1, caracterizada porque están intercambiados los siguientes aminoácidos frente a LMD 79.41 de Acinetobacter de tipo natural:
la posición 21 tiene como aminoácido una N y 41 una S y 47 una L y 121 una V o una A y 149 una A y 213 una S y 244 una I y 320 una G y 391 una S y 452 una S y 474 una R y 480 una Q.
2. Pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble de secuencias de la reivindicación 1, caracterizada porque pueden estar intercambiadas adicionalmente los siguientes aminoácidos frente a LMD 79.41 de Acinetobacter de tipo natural (numeración según figura 1):
en las posiciones 16 puede estar una H, en 18 una L, en 20 una F, en 40 una G, en 48 una I, en 61 una A, en 111 una T, en 154 una D, en 190 una D, en 293 una A, en 311 una S, en 314 una A, en 324 una L, en 333 una M, en 339 una S, en, 355 una G, en 366 una D, en 417 una N y en 418 una A.
3. Pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble de secuencias correspondientes a la ID SEC 5 hasta la ID SEC 28.
4. Pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble de secuencias según la reivindicación 1 a 3, caracterizada porque están clonadas en el vector pASK-IBA3 y se expresan heterólogamente en una cepa del género Escherichia.
5. Procedimiento para la preparación de la pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble de Acinetobacter según las reivindicaciones 1 a 3, caracterizado porque se cultiva un microorganismo que expresa la pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble y a continuación se aísla la pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble.
6. Reactivo para la detección de glucosa que contiene uno o varios enzimas pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble según las reivindicaciones 1 a 3.
7. Sensor para la detección de glucosa que contiene uno o varios enzimas pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble según las reivindicaciones 1 a 3.
8. Uso de varios enzimas pirroloquinolinquinona glucosa deshidrogenasa soluble según las reivindicaciones 1 a 3 para la detección de glucosa.
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