ES2313776T3 - Alergenos recombinantes mutantes. - Google Patents

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Michael Dho Spangfort
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Abstract

Un alérgeno mutante recombinante artificial derivado de un alérgeno natural, comprendiendo dicho alérgeno natural, al menos una zona de restos de aminoácidos, que están conectados coherentemente a lo largo de al menos 400 ºA 2 de la superficie de la estructura tridimensional de la molécula de alérgeno, que tienen una accesibilidad al disolvente de al menos 20% y que están conservados como se define por ser idénticos en más del 70% de las secuencias de secuencias homólogas dentro del mismo orden taxonómico del cual dicho alérgeno de origen natural es originario, comprendiendo dicha zona al menos un epitopo de célula B, donde 1) dicho mutante comprende al menos una sustitución de un resto de aminoácido conservado localizado en al menos una de las citadas zonas, teniendo dicho resto de aminoácido conservado una accesibilidad al disolvente de al menos un 20%, por un resto de aminoácido, que no se encuentra en la misma posición en la secuencia de aminoácidos de ninguna proteína homóloga conocida en el orden taxonómico del cual el alérgeno de origen natural es originario, 2) dicho alérgeno mutante tiene esencialmente la misma estructura terciaria de la cadena principal de carbonos alfa que dicho alérgeno natural, y 3) la unión de IgE especifica al alérgeno mutante está disminuida en comparación con la unión a dicho alérgeno natural.

Description

Alérgenos recombinantes mutantes.
Campo de la invención
La presente invención se refiere a nuevos alérgenos recombinantes, que son mutantes artificiales derivados de alérgenos naturales. Además, la invención se refiere a un método para preparar tales alérgenos recombinantes así como composiciones farmacéuticas, incluyendo vacunas, que comprenden los alérgenos recombinantes. En otras realizaciones, la presente invención se refiere a métodos para generar respuestas inmunes en un sujeto, a la vacunación o al tratamiento de un sujeto así como a los procesos para preparar las composiciones de la invención.
Antecedentes de la invención
Los individuos con predisposición genética se sensibilizan (alérgicos) a los antígenos procedentes de diversas fuentes ambientales, a cuyos alérgenos están expuestos. La reacción alérgica ocurre cuando un individuo sensibilizado previamente se expone nuevamente al mismo alérgeno o a un homólogo. Las respuestas alérgicas van desde la fiebre del heno, la rinoconductivitis, la rinitis y el asma, hasta la anafilaxis sistémica y la muerte como respuesta a p. ej., la picadura de una abeja o un avispón u otros insectos. La reacción es inmediata y puede ser causada por diversos alérgenos atópicos como los compuestos procedentes de hierbas, árboles, malas hierbas, insectos, alimentos, fármacos, productos químicos y perfumes.
Sin embargo, estas respuestas no ocurren cuando un individuo se expone a un alérgeno por primera vez. La respuesta adaptativa inicial requiere tiempo y normalmente no causa ningún síntoma. Pero cuando se han producido los anticuerpos y las células T capaces de reaccionar con el alérgeno, cualquier exposición posterior puede provocar los síntomas. Así, las respuestas alérgicas demuestran que la propia respuesta inmune puede causar estados patológicos importantes, que pueden poner en riesgo la vida.
Los anticuerpos involucrados en la alergia atópica pertenecen principalmente a las inmunoglobulinas de la clase IgE. La IgE se une a los receptores de superficie específicos de las células cebadas y basófilos. Después de la formación del complejo entre el alérgeno especifico con la IgE unida a las células cebadas, la unión del receptor a la superficie de la célula tiene como resultado la señalización mediante los receptores y la respuesta fisiológica de la células diana. La desgranulación tiene como resultado la liberación entre otros de la histamina, la heparina, un factor quimiotáctico para los leucocitos eosinófilos, los leucotrienos C4, D4 y E4, que causan la constricción prolongada de las células del músculo liso de los bronquios. Los efectos resultantes pueden ser de naturaleza local o sistémica.
Las reacciones de hipersensibilidad mediadas por anticuerpos pueden dividirse en cuatro clases denominadas de tipo I, tipo II, tipo III y tipo IV. La reacción alérgica de tipo I es la reacción de hipersensibilidad inmediata clásica que ocurre en los segundos o minutos posteriores a la exposición a un antígeno. Estos síntomas están mediados por la IgE específica para un alérgeno.
Comúnmente las reacciones alérgicas se observan como una respuesta a los alérgenos proteicos presentes en p. ej. los pólenes, los ácaros del polvo domestico, el pelo y la caspa animal, los venenos y los productos alimenticios.
Para reducir o eliminar las reacciones alérgicas, se utilizan habitualmente las vacunas para la alergia controladas cuidadosamente y de administración repetida. La vacunación contra la alergia se realiza tradicionalmente por administración parenteral, intranasal o sublingual, en dosis que se van incrementando durante un periodo de tiempo bastante largo, y que tiene como resultado la desensibilización del paciente. No se conoce el mecanismo inmunológico exacto, pero se piensa que pueden ser especialmente importantes las diferencias inducidas en el fenotipo de las células T específicas para un alérgeno.
Epitopos de unión al anticuerpo
Los análisis cristalográficos con rayos X de los complejos Fab-antígeno han incrementado la comprensión de los epitopos de unión a anticuerpos. Según este tipo de análisis los epitopos de unión a anticuerpos pueden definirse como una sección de la superficie del antígeno que comprende átomos de entre 15-25 restos de aminoácidos, que se encuentran a una distancia tal de los átomos del anticuerpo que permite la interacción directa. La afinidad de la interacción antígeno anticuerpo no se puede predecir solamente de la entalpía debida a las interacciones de van de Waals, los enlaces del hidrógeno o los enlaces iónicos. La entropía asociada a la expulsión casi completa de las moléculas de agua del punto de contacto representa una contribución energética similar en magnitud. Esto significa que el acoplamiento perfecto entre los contornos de las moléculas que interaccionan es un factor principal subyacente en las interacciones de gran afinidad antígeno anticuerpo.
Vacunación contra la alergia
El concepto de vacunación se basa en dos características fundamentales del sistema inmune, especificidad y memoria. La vacunación sensibilizará el sistema inmune del receptor, y tras exposiciones repetidas a proteínas similares, el sistema inmune estará en situación de responder más rigurosamente a la provocación, por ejemplo, de una infección microbiana. Las vacunas son mezclas de proteínas destinadas a ser utilizadas en la vacunación con el propósito de generar en el receptor una respuesta inmune protectora. La protección comprenderá solo los componentes presentes en la vacuna y los antígenos homólogos.
Comparado con otros tipos de vacunaciones, la vacunación contra la alergia se complica por la existencia de una respuesta inmune progresiva en los pacientes alérgicos. Esta respuesta inmune se caracteriza por la presencia de la IgE específica para alérgeno, mediadora en la producción de los síntomas alérgicos tras la exposición a los alérgenos. Por eso, la vacunación contra la alergia usando alérgenos de origen natural tiene un riesgo inherente de efectos secundarios siendo la mayor consecuencia el riesgo de la vida del paciente.
Los enfoques para evitar este problema pueden dividirse en tres categorías. En la práctica se combinan a menudo medidas de más de una categoría. La primera categoría de medidas incluye la administración de varias dosis pequeñas durante un tiempo prolongado, para alcanzar una dosis acumulada sustancial. La segunda categoría de medidas incluye la modificación física de los alérgenos mediante la incorporación de los alérgenos en sustancias gelificantes tales como el hidróxido de aluminio. La formulación del hidróxido de aluminio tiene un efecto potenciador y un efecto depósito de liberación ralentizada del alérgeno que reduce la concentración en el tejido de los componentes alérgenos activos. La tercera categoría de medidas incluye la modificación química de los alérgenos con el fin de reducir la alergenicidad, p. ej., la unión a IgE.
El mecanismo detallado que hay detrás de la vacunación eficaz contra la alergia sigue siendo discutible. Sin embargo, si hay acuerdo en que las células T juegan un papel clave en la regulación total de la respuesta inmune. Según el consenso admitido, la relación entre los dos fenotipos extremos de las células T, Th1 y Th2, determina el estado alérgico de un individuo. Frente a la estimulación con un alérgeno las células Th1 secretan interleuquinas predominando el interferón-\gamma que conducen a una inmunidad protectora y a un individuo sano. Por otro lado las células Th2 secretan predominantemente interleuquinas 4 y 5 que conducen a la síntesis de IgE y a la eosinofilia y a un individuo alérgico. Los estudios in vitro han indicado la posibilidad de alterar las respuestas de las células T especificas para un alérgeno, mediante el estímulo con péptidos derivados de un alérgeno que contienen los epitopos relevantes de las células T. Los enfoques actuales de las nuevas vacunas contra la alergia se dirigen en gran parte hacia las células T, siendo el objetivo silenciar las células T (inducción de anergia) o modificar la respuesta, del fenotipo Th2 al fenotipo Th1.
En el documento WO 97/30150 (ref. 1), se reivindica una población de moléculas proteicas que tienen una distribución de mutaciones específicas en la secuencia de aminoácidos con respecto a una proteína original. Según la descripción parece que la invención se refiere a la producción de análogos modificados con respecto a la proteína original, pero que son absorbidos, digeridos y presentados a las células T de la misma manera que las proteínas originales (alérgenos de origen natural). De este modo se obtiene una respuesta modificada de la célula T. Se preparan bibliotecas de proteínas modificadas utilizando la técnica denominada PM (Parsimonious Mutagenesis).
En el documento WO 92/02621 (ref. 2), se describen moléculas de ADN recombinantes que comprenden un ADN que codifica un polipéptido que tiene al menos un epitopo de un alérgeno de los árboles del orden Fagales, el alérgeno se selecciona entre Alg g 1, Cor a 1, y Bet v 1. Las moléculas recombinantes que se describen en esta invención tienen todas una secuencia de aminoácidos o parte de una secuencia de aminoácidos que corresponde a la secuencia del alérgeno de origen natural.
El documento WO 90/11293 (ref. 3) se refiere entre otros a péptidos alergénicos aislados del polen de la ambrosía común y a péptidos modificados del polen de la ambrosía común. Los péptidos allí descritos tienen una secuencia de aminoácidos correspondiente bien a la secuencia de los alérgenos de origen natural o bien a sus isoformas naturales.
Modificación química de los alérgenos
Ha habido varios enfoques en cuanto a la modificación química de los alérgenos. Entre los enfoques de principios de los años setenta se incluyen el acoplamiento químico de los alérgenos a polímeros, y la reticulación química de los alérgenos usando formaldehído, etc., produciendo los denominados "alergoides". El principio fundamental de estos enfoques era la destrucción aleatoria de los epitopos de unión a IgE por el acoplamiento del ligando químico, reduciendo por ello la unión con IgE aunque manteniendo la inmunogenicidad por el peso molecular aumentado de los complejos. Las desventajas inherentes a la producción de "alergoides" están relacionadas con las dificultades de control del proceso de reticulación química y las dificultades de análisis y producción en serie de los complejos de alto peso molecular resultantes. Los "alergoides" se usan en clínica actualmente y debido a la destrucción aleatoria de los epitopos de unión a IgE, se pueden administrar en dosis más altas que con las vacunas convencionales, pero no se han mejorado los parámetros de seguridad y eficacia de las vacunas convencionales.
Los enfoques mas recientes de la modificación química de los alérgenos tienen como objetivo la ruptura total de la estructura terciaria del alérgeno, eliminado así la unión con la IgE, asumiendo que la diana terapéutica fundamental es la célula T específica para un alérgeno. Estas vacunas contienen péptidos sintéticos derivados de la secuencia del alérgeno que representan los epitopos mínimos de las células T, los péptidos más largos que representan los epitopos ligados de células T, secuencias de alérgenos más largas derivadas de péptidos sintéticos que representan regiones de epitopos inmunodominantes las células T, o moléculas de alérgeno escindidas en dos mitades por la técnica de recombinación. Otro enfoque basado en este principio fundamental ha sido la propuesta de la utilización de isoformas recombinantes con la unión a IgE reducida. En los últimos años ha quedado claro que los alérgenos naturales son heterogéneos, conteniendo isoalérgenos y variantes que tienen hasta el 25% aproximadamente de los aminoácidos sustituidos. Se ha encontrado que algunos de los alérgenos recombinantes son menos eficaces en su unión a IgE debido posiblemente a una desnaturalización irreversible y por lo tanto a una ruptura total de la estructura terciaria.
Mutagénesis in vitro y vacunación contra la alergia
Se han llevado a cabo algunos intentos de reducir la alergenicidad por mutagénesis in vitro utilizando varios alérgenos que incluyen Der f 2 (Takai et al, ref. 4), Der p 2 (Smith et al, ref. 5), un alérgeno de 39 kDa de Dermatophagoides farinae (Aki et al, ref. 6), fosfolipasa A2 de veneno de abeja (Förster et al, ref. 7), Ara h 1 (Burks et al, ref. 8), Ara h 2 (Stanley et al, ref.9), Bet v 1 (Ferreira et al, ref. 10 y 11), profilina de abedul (Wiedemann et al, ref.12), y Ory s 1 (Álvarez et al, ref.13).
El principio fundamental de estos enfoques se dirige de nuevo hacia las células T específicas para un alérgeno mientras que al mismo tiempo se reduce el riesgo de los efectos secundarios mediados por IgE, al reducir o eliminar la unión a IgE por la ruptura de la estructura terciaria de los alérgenos mutantes recombinantes. El principio fundamental de estos enfoques no incluye el concepto de epitopos de unión a IgE dominantes y no incluye el concepto del inicio de una nueva respuesta inmune protectora que implique también a las células B y a la producción de anticuerpos.
El artículo de Ferreira et al (ref. 11) describe la utilización de una mutagénesis con el propósito de reducir la unión a IgE. Aunque en este artículo se menciona la estructura tridimensional de Bet v 1, los autores no utilizan la estructura para predecir los restos de aminoácidos expuestos en la superficie para la mutación, la mitad de los cuales tiene un nivel bajo de exposición al disolvente. Utilizan más bien un método desarrollado para predecir los restos funcionales de las proteínas, que es diferente del concepto de la identificación basado en la estructura de las áreas de superficie conservadas, aquí descrito. Aunque los autores discuten la conservación de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha, este concepto no es una parte de la estrategia terapéutica sino que se incluye simplemente para valorar la unión a IgE in vitro. Además la evidencia presentada no es adecuada, puesto que la normalización del espectro CD impide la evaluación de la desnaturalización de una parte de la muestra, lo que es un problema habitual. La estrategia terapéutica descrita pretende inducir tolerancia en las células T específicas para un alérgeno y no menciona el inicio de una nueva respuesta inmune.
El artículo de Wiedemann et al. (re.12) describe el uso de una mutagénesis y de una síntesis de péptidos con el propósito de la caracterización del epitopo de un anticuerpo monoclonal. Los autores tienen conocimiento de la estructura terciaria del antígeno y utilizan este conocimiento para seleccionar un aminoácido expuesto en la superficie para la mutación. Se puede decir que el algoritmo utilizado es opuesto al descrito por los inventores de la presente invención, ya que se selecciona un aminoácido que difiere de las secuencias homólogas. El estudio demuestra que la sustitución un aminoácido expuesto en la superficie, tiene la capacidad de modificar las características de la unión a un anticuerpo monoclonal, lo cual no es sorprendente teniendo en cuenta que es del dominio público. Los experimentos descritos no están diseñados para valorar la modulación en la unión a anticuerpos policlonales como puede ser el suero con IgE de pacientes alérgicos. En uno de los experimentos se aplica suero con IgE y aunque este experimento no es adecuado para hacer una valoración cuantitativa, la unión a IgE no parece verse afectada por las mutaciones efectuadas.
El artículo de Smith et al. (ref. 5) describe el uso de la mutagénesis para el mapeo de un epitopo de un anticuerpo monoclonal y la reducción de la unión a IgE. Los autores no conocen la estructura terciaria y no intentan valorar la conservación de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha. El algoritmo utilizado no asegura que los aminoácidos seleccionados para la mutación se encuentren realmente expuestos en la superficie molecular. Solamente uno de los mutantes descritos lleva una reducción substancial de la unión a IgE. Este mutante es deficiente en su unión a todos los anticuerpos ensayados lo que indica que la estructura terciaria esta alterada. Los autores no definen una estrategia terapéutica y no se menciona el inicio de una nueva respuesta inmune.
El artículo de Colombo et al. (ref. 14) describe el estudio de un epitopo de unión a IgE utilizando una mutagénesis y una síntesis de péptidos. Los autores utilizan una estructura modelo tridimensional diseñada por ordenador que se basa en la estructura cristalina de una proteína homologa para ilustrar la presencia del epitopo en la superficie molecular. La presencia adicional de un epitopo en un alérgeno diferente que muestra una estructura primaria homologa está dirigida a utilizar péptidos sintéticos que representan el epitopo. La estrategia terapéutica se basa en un tratamiento que utiliza este péptido sintético que representa un epitopo de unión a IgE monovalente. No se mencionan ni las áreas de superficie conservadas entre alérgenos homólogos ni el concepto terapéutico del inicio de una nueva respuesta inmune protectora.
El artículo de Spangfort et al. (ref. 15) describe la estructura tridimensional y las zonas conservadas de superficie expuestas del alérgeno mayoritario del abedul. El artículo no menciona los principales epitopos de unión a IgE ni la mutagénesis, ni las aplicaciones terapéuticas a las que está dirigido.
En ninguno de los estudios descritos anteriormente la unión a IgE disminuye por la sustitución de los aminoácidos expuestos en la superficie que conservan la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha. El principio fundamental de los enfoques mencionados anteriormente no incluye el concepto de epitopos de unión a IgE dominantes y no incluye el concepto del inicio de una nueva respuesta inmune protectora.
Breve descripción de la figuras
La Figura 1 muestra los oligonucleótidos cebadores específicos para el mutante numero 1, Bet v 1. Los oligonucleótidos mutados están subrayados.
La Figura 2 muestra dos cebadores de aplicación general (denominados "all- sense" y "all non-sense") (denominados "todo sentido" y "todo antisentido"), que fueron sintetizados y utilizados para todos los mutantes.
La Figura 3 muestra el conjunto de todas las mutaciones de Bet v 1.
La Figura 4 muestra la inhibición de la unión del alérgeno recombinante Bet v 1 biotilinado al suero con IgE procedente de un grupo de pacientes alérgicos por el alérgeno Bet v 1 no biotilinado y por el mutante de Bet v 1 Glu45Ser.
La figura 5 muestra la inhibición de la unión del alérgeno recombinante Bet v 1 biotilinado al suero con IgE procedente de un grupo de pacientes alérgicos por el gen Bet v 1 no biotilinado y por el mutante de Bet v 1 Asn28Thr+
Lys32Gln.
La Figura 6 muestra la inhibición de la unión del alérgeno recombinante Bet v 1 biotilinado al suero con IgE procedente de un grupo de pacientes alérgicos por el gen Bet v 1 no biotilinado y por el mutante de Bet v 1 Pro108Gly.
La Figura 7 muestra la inhibición de la unión del alérgeno recombinante Bet v 1 biotilinado al suero con IgE procedente de un grupo de pacientes alérgicos por el gen Bet v 1 no biotilinado y por el mutante de Bet v 1 Glu60Ser.
La Figura 8 muestra el espectro CD del alérgeno recombinante y de un mutante triple (mutaciones en las tres zonas), registrados a concentraciones casi iguales.
La Figura 9 muestra la inhibición de la unión del alérgeno recombinante Bet v 1 biotilinado al suero con IgE procedente de un grupo de pacientes alérgicos por el gen Bet v 1 no biotilinado y por el mutante triple de Bet v 1.
La Figura 10 muestra la accesibilidad al disolvente de los restos del antígeno 5 alineados individualmente y el alineamiento de las secuencias de antígeno 5 de Vespula (panel izquierdo). En el panel derecho de la Figura 10 se muestra la superficie molecular del antígeno 5 con las áreas conservadas entre el antígeno 5:s de Vespula.
La Figura 11 muestra la secuencia del cebador correspondiente al extremo amino terminal de Ves v 5 derivada de la hebra sentido. La secuencia del cebador curso arriba (upstream) se deriva de la hebra antisentido.
La Figura 12 muestra dos cebadores de aplicación general (denominados "all- sense" y "all non-sense") (denominados "todo sentido" y "todo antisentido"), que fueron sintetizados y utilizados para todos los mutantes.
La Figura 13 muestra el conjunto de todas las mutaciones de Ves v 5.
La Figura 14 muestra la inhibición de la unión del recombinante Ves v 5 biotilinado al suero con IgE procedente de un grupo de pacientes alérgicos por el gen Ves v 5 no biotilinado y por el mutante de Ves v 5 Lys72Ala.
Objeto de la invención Principio fundamental de la presente invención
La presente invención se basa en un principio fundamental único. Según este enfoque el mecanismo de una vacunación eficaz contra la alergia no es una alteración de la respuesta inmune de tipo Th2 en curso, sino más bien un inicio paralelo de una nueva respuesta inmune de tipo Th1 que implica el reconocimiento de la estructura terciaria de un epitopo por las células B y la formación de un anticuerpo. Este modelo se apoya en la observación de que los niveles específicos de IgE no se ven afectados por un tratamiento de vacunación eficaz, y en que un tratamiento eficaz va a menudo acompañado de un aumento substancial de IgG4 específica para un alérgeno. Además, los estudios de biopsias nasales previas y posteriores a la estimulación con el alérgeno no muestran una disminución de las células T con fenotipo del tipo Th2, sino que se observa más bien un incremento de las células T del tipo Th1. Cuando la vacuna (o las composiciones farmacéuticas) se administra a través de otra ruta distinta del medio aéreo, se plantea la hipótesis de que se desarrolle una nueva respuesta inmune del tipo Th1 en un ubicación separada físicamente de la respuesta Th2 en curso, permitiendo por lo tanto que existan las dos respuestas inmunes en paralelo.
Otro aspecto importante del principio fundamental de la presente invención es la afirmación de la existencia de epitopos de unión a IgE dominantes. Se propone que estos epitopos de unión a IgE dominantes están constituidos por zonas de la superficie coherentes dependientes de la estructura terciaria, suficientemente grandes como para acomodar la unión de un anticuerpo y conservadas entre los isoalérgenos, las variantes, y/o los alérgenos homólogos de las especies relacionadas. La existencia de una reacción cruzada de IgE capaz de unirse a epitopos similares de alérgenos homólogos está sustentada en la observación clínica de que los pacientes alérgicos reaccionan a menudo ante varias especies estrechamente relacionadas, p. ej., aliso, abedul y avellano, especies de hierba múltiples, o varias especies de ácaros del polvo doméstico del género Dermatophagoides. Está sustentada además en los experimentos de laboratorio que demuestran la reacción cruzada entre los alérgenos homólogos de las especies relacionadas y la capacidad de un alérgeno de inhibir la unión de IgE con alérgenos homólogos. (Ipsen et al. 1992, ref. 16). Es bien conocida que la exposición y las respuestas inmunes están relacionadas de una manera proporcional a la dosis. Basándose en la combinación de estas observaciones, se propone que las áreas de superficie conservadas están expuestas al sistema inmune en mayor dosis que las zonas de superficie no conservadas dando como resultado la generación de anticuerpos de mayores afinidades, de ahí el término "epitopos de unión a IgE dominantes".
Según este principio fundamental es esencial que el alérgeno tenga una estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha que sea esencialmente la misma que la del alérgeno de origen natural, asegurando así la conservación de la topología de superficie de las áreas que rodean las zonas conservadas que representan las dianas para la mutagénesis destinada a disminuir la unión a IgE. Al cumplir estos criterios el alérgeno tiene el potencial de ser administrado en dosis relativamente altas, mejorando su eficacia al generar una respuesta inmune sin comprometer la seguridad.
Compendio de la invención
La presente invención se refiere a la introducción de sustituciones de aminoácidos artificiales en posiciones definidas críticas que mantienen la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha del alérgeno.
La invención proporciona un alérgeno recombinante, que es un mutante artificial derivado de un alérgeno de origen natural, en el cual al menos un resto de un aminoácido conservado, expuesto en la superficie de un epitopo de una célula B, se sustituye por otro resto que no se encuentra en la misma posición en la secuencia de aminoácidos de ninguna proteína homóloga conocida en el orden taxonómico del que se origina el alérgeno de origen natural, teniendo dicho alérgeno mutante esencialmente la misma estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha que dicho alérgeno de origen natural, y habiéndose reducido la unión especifica a IgE del alérgeno mutante si se compara con la unión a dicho alérgeno de origen natural.
La invención proporciona un alérgeno mutante recombinante artificial derivado de un alérgeno de origen natural, dicho alérgeno de origen natural comprende al menos una zona de restos de aminoácidos que están conectados coherentemente en al menos 400 \ring{A}^{2} de la superficie de la estructura tridimensional de la molécula del alérgeno, que tienen una accesibilidad al disolvente de al menos un 20% y que están conservados, como se define, por ser idénticos en mas del 70% de las secuencias en secuencias homólogas dentro del mismo orden taxonómico del que se origina el alérgeno de origen natural, dicha zona comprende al menos un epitopo de una célula T, donde
1) dicho mutante comprende al menos una sustitución de un resto de un aminoácido conservado localizado en al menos una de dichas zonas y teniendo dicho resto de aminoácido conservado una accesibilidad al disolvente de al menos un 20%, por un resto de aminoácido, que no se encuentra en la misma posición en la secuencia de aminoácidos de ninguna de las proteínas homólogas del orden taxonómico del que se origina el alérgeno de origen natural,
2) dicho alérgeno mutante tiene esencialmente la misma estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha que el alérgeno de origen natural, y
3) la unión de IgE especifica al alérgeno mutante esta disminuida si se compara con la unión del alérgeno de origen natural.
Dicho alérgeno recombinante se puede conseguir:
a) identificando el resto de aminoácido en el alérgeno de origen natural que está conservado con una identidad superior al 70% en todas las proteínas homólogas conocidas dentro del orden taxonómico del que se origina el alérgeno de origen natural;
b) definiendo al menos una zona de restos de aminoácidos conservados que estén conectados coherentemente en mas de 400 \ring{A}^{2} de la superficie de la estructura tridimensional de la molécula de alérgeno, definida por tener una accesibilidad al disolvente de al menos un 20%, y comprendiendo al menos una de dichas zonas un epitopo de una célula B, y
c) sustituyendo al menos un resto de aminoácido en al menos una de dichas zonas, por otro aminoácido no conservado en la posición concreta, mientras que se conserva esencialmente la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha de la molécula del alérgeno.
La unión especifica de IgE al alérgeno mutante se reduce hasta por lo menos en un 5%, preferiblemente en al menos un 10%, en comparación con los isoalérgenos de origen natural o las proteínas recombinantes similares, según un inmunoensayo con sueros de pacientes alérgicos sensibles a la IgE de un origen especifico o mezclas de los
mismos.
Los alérgenos recombinantes según la invención pueden derivarse adecuadamente a partir de los alérgenos por inhalación procedentes p. ej. de arboles, césped, hierbas, hongos, ácaros del polvo doméstico, cucarachas, y pelo animal y caspa. Los alérgenos mas importantes procedentes de polen de árboles, césped, hierbas son aquellos originarios de los siguientes ordenes taxonómicos, de Fagales, Oleales, y Pinales que incluyen p. ej., abedul (Betula), aliso (Alnus), avellano (Corylus), carpe (Carpinus), y olivo (Olea), del orden de los Poales que incluyen p. ej., los céspedes del género, Lolium, Phelum, Poa, Cynodon, Dactilys, y Secale, del orden de los Asterales y Urticales que incluyen p. ej., las hierbas del género Ambrosia y Artemisia. Los alérgenos por inhalación de hongos importantes son p. ej., aquellos que proceden del género Alternaria y Cladosporium. Otros alérgenos por inhalación importantes son aquellos que proceden de los ácaros del polvo domestico del género Dermatophagoides, aquellos que proceden de las cucarachas y aquellos que proceden de mamíferos como el gato, perro y caballo. Además, los alérgenos recombinantes según la invención pueden derivarse de alérgenos del veneno incluyendo los procedentes de insectos que pican o muerden como aquellos que proceden del orden taxonómico de los Hymenoptera que incluyen las abejas (superfamilia Apidae), las avispas (superfamilia Vespides) y las hormigas (superfamilia Formicoidae).
Los componentes específicos del alérgeno incluyen p. ej. Bet v 1 (B. verrucosa, abedul), Aln g 1 (Alnus glutinosa, aliso), Cor a 1 (Corylus avelana, avellano) y Car b 1 (Carpinus betulus, carpe) del orden Fagales. Otros son Cry j 1 (Pinales), Amb a 1 y 2, Art v 1 (Asterales), Par j 1 (Urticales), Ole e 1 (Oleales), Ave e 1, Cyn d 1, Dac g 1, Fes p 1, Hol l 1, Lol p 1 y 5, Pas n 1, Phl p 1 y 5, Poa p 1, 2 y 5, Sec c 1 y 5, y Sor h 1 (distintos pólenes de césped), Alt a 1 y Cla h 1 (hongos), Der f 1 y 2, Der p 1 y 2 (ácaros del polvo doméstico, D. farinae y D. pteronyssinus, respectivamente), Bla g 1 y 2, Per a 1 (cucarachas, Blatella germanica y Periplaneta americana, respectivamente), Fel d 1 (gato), Can f 1 (perro), Eq c 1 2 y 3 caballo), Apis m 1 y 2 (abeja de la miel), Ves g 1, 2, 3 y 4 (hormiga roja).
En una realización, el alérgeno recombinante deriva de Bet v 1. Algunos ejemplos de las sustituciones son Thr10Pro, Asp25Gly, (Asn28Thr + Lys32Gln), Glu45Ser, Asn47Ser, Lys55Asn, Thr77Ala, Pro108Gly y (Asn28Thr, Lys32Gln, Glu45Ser, Pro108Gly). Como se puede ver, los alérgenos recombinantes pueden tener una o más sustituciones.
En otra realización, los alérgenos recombinantes se derivan de un alérgeno del veneno procedente del orden taxonómico de Vespidae, Apidae y Formicoidae.
En otra realización adicional, el alérgeno recombinante se deriva de Ves v 5. Algunos ejemplos de sustituciones son Lys72Ala y Tyr96ala. Como se puede ver los alérgenos recombinantes pueden tener una o más sustituciones.
La presente invención también proporciona un método de preparación de un alérgeno recombinante como se define en la presente memoria, que comprende
a) identificar los restos de aminoácidos en un alérgeno de origen natural que se conservan con una identidad superior al 70% en todas las proteínas homólogas conocidas dentro del orden taxonómico del que procede el alérgeno de origen natural.
b) definir al menos una zona de restos de aminoácidos conectados coherentemente en al menos 400 \ring{A}^{2} de la superficie de la estructura tridimensional de la molécula de alérgeno caracterizada por tener una accesibilidad al disolvente de al menos un 20%, comprendiendo al menos una de dichas zonas un epitopo de una célula B, y
c) sustituir al menos un resto de aminoácido en al menos una de dichas zonas, por otro aminoácido no conservado en la posición concreta mientras que se conserva esencialmente la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha de la molécula del alérgeno.
Con este método se obtienen los mejores resultados clasificando los restos de aminoácidos de al menos una de dichas zonas con respecto a la accesibilidad al disolvente y sustituyendo uno o más aminoácidos de entre los de mayor accesibilidad al disolvente.
Generalmente, según el método de la invención, la sustitución de uno a mas restos de aminoácidos en dicho epitopo de la célula B o en al menos una de dichas zonas se lleva a cabo por mutagénesis dirigida.
La conservación de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha se determina mejor obteniendo estructuras idénticas por cristalografía de rayos X o NMR previa o posterior a la mutagénesis. En ausencia de datos estructurales que describan el espectro CD indistinguible del mutante o de datos inmunoquímicos, p. ej., la reactividad frente un anticuerpo, se puede interpretar la conservación de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha probable, si se compara con los datos obtenidos por el análisis de una molécula determinada estructuralmente.
Además, la presente invención proporciona una composición farmacéutica que comprende un alérgeno recombinante como se define en la presente invención con un vehículo y/o un excipiente farmacéuticamente aceptable, y opcionalmente un aditivo.
Tales composiciones farmacéuticas pueden estar en forma de una vacuna contra las reacciones alérgicas provocadas por un alérgeno de origen natural en pacientes que padecen alergia.
En otro aspecto, la presente invención se refiere a un método para generar una respuesta inmune en un sujeto, cuyo método comprende administrar al sujeto al menos un alérgeno recombinante tal y como se define en la presente memoria, o una composición farmacéutica que comprenda por lo menos un alérgeno recombinante como se define en la presente memoria.
La composición farmacéutica de la invención puede prepararse por un proceso que comprende mezclar por lo menos un alérgeno recombinante como se define en la presente memoria, con substancias farmacéuticamente aceptables y/o excipientes.
En otra aplicación particular, la presente invención se refiere a la vacunación o al tratamiento de un sujeto, cuyo tratamiento de vacunación comprende administrar al sujeto al menos un alérgeno recombinante como se define en la presente memoria o una composición farmacéutica como se define en la presente memoria.
Las composiciones farmacéuticas de la invención se obtienen por el procedimiento definido anteriormente.
En otra aplicación, los alérgenos recombinantes de la invención son aptos para su uso en un método para el tratamiento, la prevención o el alivio de las reacciones alérgicas, comprendiendo dicho método la administración a un sujeto de un alérgeno recombinante o una composición farmacéutica como se define en la presente memoria.
Descripción detallada de la invención Criterios de sustitución
Las moléculas para las que la estructura terciaria ha sido determinada (p. ej. por cristalografía de rayos x, o por microscopía electrónica de NMR), el mutante que lleva el o los aminoácidos sustituidos deberá cumplir preferiblemente con los siguientes criterios:
1. La estructura terciaria total de la cadena principal de carbonos \alpha deberá ser conservada. Conservada se define como una desviación cuadrática media de las coordenadas atómicas al comparar estructuras inferiores a 2A.
Esto es importante por dos razones: a) Se sabe que la superficie total del alérgeno natural constituye un solapamiento continuo de potenciales epitopos de unión a anticuerpos. La mayoría de la superficie de la molécula no se ve afectada por la sustitución o sustituciones, y por lo tanto mantiene sus propiedades de unión a anticuerpos, lo cual es importante para la generación de las nuevas especificidades a anticuerpos protectoras que se dirigen a epitopos presentes también en el alérgeno natural. b) La estabilidad, referida tanto a la vida en almacenamiento como al inyectarse en fluidos corporales.
2. El/los aminoácido(s) que van a ser sustituidos deberían estar localizados en la superficie, y ser por lo tanto accesibles para la unión con el anticuerpo. Los aminoácidos localizados en la superficie se definen como aminoácidos de la estructura tridimensional teniendo una accesibilidad al disolvente (agua) de al menos un 20%, preferiblemente entre un 20-80%, mas preferiblemente entre un 30-80%. La accesibilidad al disolvente se define como el área de la molécula accesible para una esfera con un radio comparable al de una molécula de disolvente (agua, r = 1,4 \ring{A}).
3. El/los aminoácido(s) conservados deberían estar localizados en las zonas conservadas mayores de 400 \ring{A}^{2}. Las zonas conservadas se definen como áreas de superficie conectadas coherentemente con restos de aminoácidos conservados expuestos a la superficie y la cadena principal. Los restos de aminoácidos conservados se definen por el alineamiento de la secuencia de todas las secuencias de aminoácidos conocidas (deducidas) de las proteínas homólogas dentro del orden taxonómico. Se consideran conservadas las posiciones de aminoácidos que tienen restos aminoácidos idénticos en más del 90% de las secuencias. Se espera que las zonas conservadas contengan los epitopos a los que se dirige la IgE de la mayoría de los pacientes.
4. Dentro de las zonas conservadas los aminoácidos para la mutagénesis deberían ser seleccionados preferentemente entre los más accesibles al disolvente (agua) localizados preferiblemente cerca del centro de la zona conservada.
Preferentemente, un resto de un aminoácido polar se sustituye por otro resto polar, y un resto de aminoácido no polar se sustituye por otro resto no polar.
La preparación de vacunas es generalmente bien conocida en la técnica. Las vacunas se preparan típicamente como inyectables bien como soluciones líquidas o en suspensiones. Tales vacunas pueden estar también emulsionadas o formuladas de manera que permitan su administración nasal. El componente inmunogénico en cuestión (el alérgeno recombinante definido en la presente memoria) puede mezclarse adecuadamente con excipientes aceptables farmacéuticamente y compatibles además con el ingrediente activo. Algunos ejemplos de excipientes adecuados son el agua, la solución salina, la dextrosa, el glicerol, el etanol y similares así como sus combinaciones. La vacuna puede contener además otras substancias como agentes humectantes, agentes emulsionantes, agentes tamponadores o aditivos que potencien la eficacia de la vacuna.
Las vacunas se administran frecuentemente en su mayoría mediante inyecciones parenterales, subcutáneas o intramusculares. Entre las formulaciones adecuadas para la administración por otras vías se incluyen las formulaciones para uso oral y los supositorios. Las vacunas para la administración oral pueden formularse adecuadamente con los excipientes utilizados normalmente para tales formulaciones, p. ej., grados farmacéuticos de maltitol, de lactosa, de celulosa, de estearato de magnesio, de sacarina sódica, de celulosa, de carbonato magnésico y similares. La composición se puede formular como soluciones, emulsiones, tabletas, píldoras, cápsulas, formulaciones de liberación retardada, aerosoles, polvos o granulados.
Las vacunas se administran de modo que sean compatibles con las formulaciones de dosificación y en cantidades tales que sean efectivas terapéuticamente e inmunogénicas. La cantidad de componente activo contenido en la vacuna depende del sujeto que se va a tratar, p. ej., de la capacidad del sistema inmune de un sujeto para responder al tratamiento, de la ruta de administración y de la edad y del peso del sujeto. Los intervalos adecuados de dosificación pueden variar en un rango comprendido entre 0,0001 \mug a 1000 \mug.
Como se mencionó anteriormente, se puede obtener un mayor efecto añadiendo aditivos a la formulación. Ejemplos de tales aditivos son el hidróxido de aluminio y fosfato (alúmina) en una solución salina en tampón fosfato de de entre un 0,05 a un 0,1 por ciento, polímeros sintéticos de azucares utilizados en una solución al 0,24. Una mezcla de células bacterianas como C. Parvum, endotoxinas o componentes lipopolisacáridos de bacterias gram negativas, una emulsión en vehículos oleosos fisiológicamente aceptables tales como el monooleato de manida (Arlacel A) o también puede emplearse una emulsión con una solución al 20 por ciento de perfluoro carbono (p. ej. Fluosol-DA) utilizada como un sustituto de bloque. También pueden usarse otros aditivos como los aditivos de Freund completos o incompletos así como los aditivos Qui1A y RIBI.
A menudo serán necesarias administraciones múltiples de vacunas para asegurar el efecto. Frecuentemente, la vacuna se administra como una administración inicial seguida de inoculaciones consecutivas u otras administraciones. El número de vacunaciones se encontrará típicamente en el rango comprendido entre 1 a 50, normalmente sin exceder de las 35 vacunaciones. Normalmente la vacunación se efectuará desde quincenalmente hasta bimensualmente durante un periodo de 3 meses a 5 años. Esto esta contemplado para proporcionar el nivel deseado de profilaxis o efecto terapéutico.
El alérgeno recombinante puede ser utilizado como una preparación farmacéutica, que es adecuada para proporcionar una cierta protección contra las respuestas alérgicas durante el periodo del año en que tienen lugar los síntomas (profilaxis). Normalmente, el tratamiento tendrá que repetirse cada año para mantener el efecto protector. Las preparaciones formuladas para aplicaciones nasales son especialmente adecuadas con este fin.
La presente invención se describe con mayor detalle en los siguientes ejemplos no limitantes.
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Ejemplos
Ejemplo 1
Identificación de los epitopos comunes dentro de los alérgenos del polen de los Fagales
El alérgeno mayoritario del aliso Bet v 1 muestra una identidad del 90% aproximadamente en la secuencia de aminoácidos con los alérgenos mayoritarios de los pólenes de los árboles taxonómicamente relacionados., p. ej. Fagales (por ejemplo avellano y carpe) y los pacientes alérgicos al polen del aliso muestran a menudo síntomas clínicos de reacción alérgica cruzada hacia estas proteínas homólogas del Bet v 1.
El Bet v 1 muestra también una identidad de entre un 50-60% en la secuencia con las proteínas alérgicas presentes en ciertas frutas (por ejemplo la manzana y la cereza) y verduras (por ejemplo el apio y la zanahoria) y hay evidencia clínica de la reacción alérgica cruzada entre el Bet v 1 y estas proteínas relacionadas con la alimentación.
Además, el Bet v 1 comparte una identidad en la secuencia significativa (20-40%) con un grupo de proteínas vegetales denominadas proteínas relacionadas con la patogénesis (PR-10), sin embargo no se han descrito reacciones alérgicas cruzadas hacia estas proteínas PR-10.
Los modelos moleculares sugieren que las estructuras de los Fagales y de los alérgenos alimentarios y de las proteínas PR-10 son prácticamente idénticas a la estructura del Bet v 1.
La base estructural de la reacción alérgica cruzada del Bet v 1 se ha descrito en (Gajhede et al 1996, ref. 17) en donde tres zonas de la superficie molecular de Bet v 1 pudieron ser identificadas siendo comunes a los alérgenos mayoritarios conocidos del polen de los árboles. Por lo tanto, cualquier IgE que reconozca estas zonas en el Bet v 1 podría tener una reacción cruzada y unirse a otros alérgenos mayoritarios del polen de los Fagales y dar origen a los síntomas alérgicos. La identificación de estas zonas comunes se llevo a cabo después del alineamiento de todas las secuencias de aminoácidos conocidas de los alérgenos mayoritarios del polen de los árboles, en combinación con un análisis de la superficie molecular del Bet v 1 revelada por la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha descrito en la ref. 17. Además, las zonas fueron definidas para que tuvieran un tamaño mínimo determinado (>400 \ring{A}^{2}) basado en el área cubierta por un anticuerpo al unirse.
Selección de los restos de aminoácidos para la mutagénesis dirigida
Los restos de aminoácidos para la mutagénesis dirigida se seleccionaron entre los restos presentes en las áreas especificas del Bet v 1 y en las zonas comunes ya que se espera que las modificaciones de éstos se espera que afecten a la unión del suero con IgE de la mayoría de los pacientes que muestran una reacción alérgica clínica cruzada hacia el polen de los arboles.
La orientación relativa y el porcentaje de exposición al disolvente de cada resto de aminoácido dentro de cada zona respectiva se calculó basándose en sus coordenadas atómicas. Los restos que tienen un grado de exposición al solvente bajo (>20%) no se consideraron relevantes para la mutagénesis debido a la posible ruptura de la estructura o a la falta de interacción del anticuerpo. El resto de los restos se clasificaron según el grado de exposición al disolvente.
Alineamiento de secuencias
Las secuencias homólogas a la secuencia problema (Bet v 1 Nª 2801, WHO IUIS Subcomité de Nomenclatura de Alérgenos) se obtuvieron de las bases de datos de secuencias GenBank y EMBL por una búsqueda BLAST (Altschul et al., ref.18). Se tuvieron en consideración todas las secuencias de BLAST que mostraron probabilidades inferiores a 0,1 y se construyó un listado conteniendo una lista de secuencias homólogas no redundantes. Estas fueron alineadas por CLUSTAL W (HIggins et. Al., ref. 19) y se calculó el porcentaje de identidad para cada posición en la secuencia considerando la lista completa o solamente las especies relacionadas taxonómicamente. Un total de 122 secuencias fueron homólogas a Bet v 1 Nº 2801 de las cuales 57 secuencias eran originarias de especies relacionadas taxonómicamente.
Clonación del gen que codifica Bet v 1
Se preparó ARN de polen de Betula verrucosa (Allergon, Suecia) por extracción con fenol y precipitación con LiCl. Se realizó una cromatografía de afinidad en columnas de celulosa con oligo-(dT) en proceso discontinuo (batch-wise) en tubos Eppendorph, y se sintetizó el cADN de doble hebra utilizando un Kit comercial (Amersham). El ADN que codifica el Bet v 1 se amplificó por PCR y se clonó. En resumen, se realizó una PCR utilizando cADN como molde y cebadores diseñados para hibridar con la secuencia del cADN en las posiciones correspondientes al extremo amino terminal del Bet v 1 y a la región 3' no traducida respectivamente. Los cebadores se extendieron en los extremos 5' para acomodarse a los sitios de restricción (NcoI y Hind III) para la clonación direccional en pkk233-2.
Subclonación en pMAL-c
El gen que codifica el Bet v 1fue posteriormente subclonado en el vector de fusión pMALc de la proteína de unión a la maltosa. (New England Biolabs). El gen fue amplificado por PCR y subclonado en un marco de lectura con malE para generar los operones de fusión de la proteína de Bet v 1- proteína de unión a la maltosa (MBP), en los cuales MBP y Bet v 1 fueron separados por una proteasa del factor Xa posicionada en el sitio de escisión para restablecer la secuencia del extremo amino terminal auténtica del Bet v 1 en el clonado, como se describe en la ref. 15. En resumen, la PCR se llevo a cabo utilizando pKK233-3 con el Bet v 1 insertado como molde y los cebadores correspondientes al amino y al carbono teminales de la proteína, respectivamente. El cebador proximal del promotor se extendió en el extremo 5' para acomodar 4 codones que codifican un sitio de escisión de la proteasa del factor Xa en el marco de lectura. Ambos cebadores fueron además extendidos en los extremos 5' para acomodar los sitios de restricción (KpnI) para el clonado. Los genes que codifican el Bet v 1 fueron subclonados utilizando 20 ciclos de PCR para reducir la frecuencia de los artefactos de la PCR.
Mutagénesis in vitro
La mutagénesis in vitro se llevo a cabo por PCR utilizando el pMAL-c recombinante con el Bet v 1 insertado como molde. Cada gen Bet v 1 mutante fue generado por 3 reacciones de PCR utilizando 4 cebadores.
Se sintetizaron dos cebadores oligonucleótidos específicos para la mutación acomodando cada mutación, una para cada hebra de ADN, ver las Figs. 1 y 2. Utilizando el/los nucleótido/s mutados como punto de inicio, ambos cebadores fueron extendidos 7 nucleótidos en el extremo 5' y 15 nucleótidos en el extremo 3'. Los nucleótidos extendidos eran idénticos en la secuencia a los del gen de Bet v 1 en la misma región.
Además se sintetizaron dos cebadores de aplicación general (denominados "all- sense" y "all non-sense" en la Figura 2) (denominados "todo sentido" y "todo antisentido" en la Figura 2) y se utilizaron para todos los mutantes. Estos cebadores tenían una longitud de 15 nucleótidos y se corresponden en secuencia con las regiones del vector pMAL-c aproximadamente 1 kilobase curso arriba (upstream) y curso abajo (downstream) del Bet v 1. La secuencia del cebador curso arriba (upstream) deriva de la hebra sentido y la secuencia del cebador curso abajo (downstream) deriva de la hebra antisentido, ver Fig. 2.
Se llevaron a cabo dos reacciones de PCR independientes, básicamente según los procedimientos estándar (Saiki et al 1988, ref. 20) con la excepción de que se realizaron solo 20 ciclos de temperatura para reducir la frecuencia de los artefactos de la PCR. Cada reacción de PCR utilizó pMAL-c con el Bet v 1 insertado como molde y una mutación específica y un cebador de aplicación general en combinaciones significativas.
La introducción de las sustituciones de los cuatro aminoácidos (Asn28Thr, Lys32Gln, Glu45Ser, Pro108Gly) en el Mutante Triple se efectuó como se describe anteriormente en un proceso en varias etapas. Se introdujo en primer lugar la mutación Glu45Ser, después la mutación Pro108Gly y por último las mutaciones Asn23Thr y Lys32Gln utilizando pMAL-c con el Bet v 1 No.2801, el Bet v 1 (Glu45Ser), el Bet v 1 (Glu45Ser, Pro108Gly) insertados como moldes, respectivamente.
Los productos de la PCR fueron purificados por electroforesis en gel de agarosa y electro-elución seguida de precipitación con etanol. Se efectuó una tercera reacción de PCR utilizando los productos combinados de PCR de las primeras dos reacciones de PCR como molde y ambos cebadores de aplicación general. Se utilizaron de nuevo 20 ciclos de PCR estándar. El producto de PCR fue purificado por electroforesis en gel de agarosa y electro-elución seguida de precipitación con etanol, escindido con las enzimas de restricción (BsiWI/EcoRI), y ligado direccionalmente en pMAL-c con el Bet v 1 insertado restringido con las mismas enzimas.
La Figura 3 muestra una visión general de todas las 9 mutaciones del Bet v 1 que son las siguientes.
Thr10Pro, Asp25Gly, Asn28Thr + Lys32Gln, Glu45Ser, Asn47Ser, Lys55Asn, Glu60Ser (non-patch)(fuera de la zona), Thr77Ala y Pro108Gly. Se preparo un mutante adicional con cuatro mutaciones (Asn28Thr, Lys32Gln, GLu45Ser, Pro108Gly). De estos, se seleccionaron cinco para otros ensayos: Asn28Thr + Lys32Gln, Glu45Ser, Glu60Ser, Pro108Gly y el Mutante Triple Asn28Thr, Lys32Gln, Glu45Ser, Pro108Gly.
Secuenciación de nucleótidos
La determinación de la secuencia de nucleótidos del gen que codifica el Bet v 1 se efectúo antes y después de la subclonación y después de la mutagénesis in vitro, respectivamente.
Los plásmidos de los ADN de un cultivo bacteriano de 10 ml cultivado hasta la saturación durante la noche en un medio LB complementado con 0,1 g/l de ampicilina fueron purificados en columnas de Qiagen-tip y secuenciados utilizando el kit de secuenciación de ADN Sequenase versión 2.0 (USB) siguiendo las recomendaciones de los proveedores.
Expresión y purificación de Bet v 1 recombinante y mutantes
El Bet v 1 recombinante (Bet v 1 No 2801 y mutantes) se sobre-expresó en Escherichia coli DH 5a fusionada con la proteína de unión a la maltosa y purificada como se describe en la ref. 15. Brevemente, las células de E. coli recombinantes se cultivaron a 37ºC a una densidad óptica de 1,0 a 436 nm, después de lo cual se indujo la expresión de la proteína de fusión Bet v 1 por adición de IPTG. Las células se cosecharon por centrifugación tres horas después de la inducción, fueron suspendidas de nuevo en un tampón de lisis y se rompieron por sonicación. Después de la sonicación y una centrifugación adicional, la proteína de fusión recombinante fue aislada por cromatografía de afinidad en amilosa y escindida mas tarde por incubación con el Factor Xa (ref. 15). Después de la escisión con F Xa, el Bet v 1 recombinante se aisló por filtración en gel y si se consideró necesario, se sometió a otra rutina de cromatografía de afinidad en amilosa para eliminar las trazas de proteína de unión a la maltosa.
El Bet v 1 purificado se concentró por ultrafiltración a aproximadamente 5 mg/ml y se conservo a 4ºC. La producción final del Bet v 1 recombinante purificado fue de entre 2-5 mg por litro de cultivo de células de E. coli.
Las preparaciones del Bet v 1 recombinante purificado aparecían como bandas sencillas después de una electroforesis en gel de poliacrilamida SDS con tinción de plata, con un peso molecular aparente de 17,5 kDa. La secuenciación del extremo N terminal mostraba las secuencias esperadas derivadas de las secuencias de nucleótidos de cADN y el análisis cuantitativo de los aminoácidos mostraba las composiciones de aminoácidos esperadas.
Hemos mostrado previamente (ref.15) que el Bet v 1 recombinante No 2801 es indistinguible inmunológicamente del Bet v 1 de origen natural.
Inmunoelectroforesis utilizando anticuerpos policlonales de conejo
Los siete mutantes Bet v 1 se produjeron como proteínas recombinantes del Bet v 1 y se purificaron como se ha descrito anteriormente y se determino su reactividad frente a los anticuerpos policlonales de conejo producidos contra el Bet v 1 aislado a partir de polen de abedul. Cuando se analizaron por inmunoelectroforesis (inmunoelectroforesis en cono) en condiciones nativas, los anticuerpos de conejo pudieron precipitar todos los mutantes, indicando que los mutantes habían conservado la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha.
Estos resultados sugirieron que las sustituciones artificiales introducidas en la superficie molecular del Bet v 1 pueden disminuir una respuesta frente a un anticuerpo policlonal, producido contra el Bet v 1 de origen natural sin distorsión de la estructura terciaria general de la cadena principal de carbonos \alpha del alérgeno. Para analizar el efecto en la respuesta a IgE policlonal humana, fueron seleccionados para posteriores análisis los siguientes mutantes Glu45Ser, Pro108Gly, Asn28Thr+Lys32Gln y Glu60Ser.
Mutante Bet v 1 Glu45Ser
El ácido glutámico en posición 45 muestra un alto grado de exposición al disolvente (40%) y se localiza en una zona de la superficie molecular común para los alérgenos de Fagales (zona I). Se encontró un resto de serina que ocupa la posición 45 en algunas de las proteínas PR-10 homólogas del Bet v 1 abogando por que el ácido glutámico pueda ser reemplazado por una serina sin distorsión de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha. Además como ninguna de las secuencias de alérgenos de Fagales conocidas tiene una serina en la posición 45, la sustitución de ácido glutámico con serina da lugar a una molécula de Bet v 1 artificial.
Ensayo de la proliferación de las células T utilizando el mutante recombinante Bet v1 Glu45Ser
El análisis se llevo a cabo como se describe en Spangfort et al 1966a. Se encontró que el mutante Bet v 1 Glu45Ser recombinante era capaz de inducir la proliferación en las líneas de células T de tres pacientes diferentes alérgicos al polen del abedul con índices de estimulación similares para los recombinantes y para los de origen natural.
Cristalización y determinación estructural del Bet v 1 Glu45Ser recombinante
Se cultivaron cristales del Bet v 1 Glu45Ser recombinante por difusión de vapor a 25ºC, básicamente como se describe en (Spangfort et al 1996b, ref. 21). Se mezcló el Bet v 1 Glu45Ser a una concentración de 5 mg/ml con un volumen igual de sulfato de amonio 2,0 M, citrato de sodio 0,1 M, 1% de dioxano (v/v), a un pH 6,0 y se equilibró contra un volumen100x de sulfato de amonio 2,0 M, citrato de sodio 0,1 M, 1% de dioxano (v/v), a un pH 6,0. Después de 24 horas de equilibrio, se indujo el crecimiento del cristal por aplicación de la técnica de de siembra de cristales descrita en la ref. 21, utilizando cristales de la cepa salvaje del Bet v 1 recombinante como origen de las semillas. Después de 2 meses aproximadamente se recolectaron los cristales y se analizaron usando rayos X generados por un ánodo rotatorio Rigaku como se describe en la ref. 21 y la estructura se resolvió por sustitución molecular.
Estructura del mutante Bet v 1 Glu45Ser
El efecto estructural de la mutación se afrontó por crecimiento tridimensional de cristales de proteína del Bet v 1 Glu45Ser difractando a una resolución de 3,0 \ring{A} cuando se analizan por rayos X generados por un ánodo rotatorio. La sustitución de ácido glutámico por serina en la posición 45 se verificó mediante la estructura del mapa de densidad electrónica que mostró también que la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha está conservada.
Propiedades de la unión a IgE del mutante Bet v 1 Glu45Ser
Las propiedades de unión del mutante Bet v 1 Glu45Ser se compararon con las del Bet v 1 recombinante en un ensayo de inhibición en fase fluida utilizando un conjunto de sueros con IgE derivados de pacientes alérgicos al abedul.
El Bet v 1 nº 2801 fue biotilinado en una proporción molar de 1:5 (Bet v 1 nº 2801:biotina). El ensayo de inhibición se efectúo de la siguiente forma: una muestra de suero (25 \mul) se incubó con una fase sólida anti IgE, se lavó, se suspendió de nuevo y se incubó con una mezcla del Bet v 1 nº 2801 biotilinado (2,4 nM) y un mutante dado (0-28,6 nM). Se estimó la cantidad de Bet v 1 biotilinado unido a la fase sólida a partir del RLU medido después de la incubación con éster de acridina marcado con estreptavidina. El grado de inhibición se calculó como la proporción entre la/s RLU obtenidas utilizando un tampón y el mutante como inhibidor.
La figura 4 muestra la inhibición de la unión del Bet v 1 recombinante biotilinado a los sueros con IgE de un grupo de pacientes alérgicos, por el Bet v 1 no biotilinado y por el mutante Bet v 1 Glu45Ser.
Hay una clara diferencia entre la cantidad de proteínas recombinantes respectivas necesarias para alcanzar el 50% de inhibición de la unión a suero con IgE presente en el conjunto de sueros. El Bet v 1 recombinante alcanza el 50% de inhibición a 6,5 ng aproximadamente mientras que la concentración correspondiente para el mutante Bet v 1 Glu45Ser es de 12 ng aproximadamente. Esto muestra que la mutación puntual introducida en el mutante Bet v 1 Glu45Ser disminuye la afinidad para el suero con IgE específico en un factor de 2 aproximadamente. El nivel máximo de inhibición alcanzado por el mutante Bet v 1 Glu45Ser es claramente inferior en comparación con el de Bet v 1 recombinante. Esto puede indicar que después de la sustitución con Glu45Ser, algunos de los IgE específicos presentes en el conjunto de los sueros son incapaces de reconocer al mutante Bet v 1 Glu45Ser.
Mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln
El aspartato (ácido aspártico) y la lisina en las posiciones 28 y 32 respectivamente, muestran un alto grado de exposición al disolvente (35% y 50% respectivamente) y están localizados en una zona común de la superficie molecular de los alérgenos de Fagales (zona II). En la estructura, el aspartato 28 y la lisina 32 están localizados cerca el uno de otro en la superficie molecular y muy probablemente interaccionan mediante enlaces de hidrógeno. Se encontraron restos de treonina y glutamato (ácido glutámico) ocupando las posiciones 28 y 32 respectivamente en algunas de las proteínas PR-10 homólogas del Bet v 1 abogando porque el aspartato (ácido aspártico) y la lisina puedan se reemplazadas con treonina y glutamato (ácido glutámico), respectivamente sin distorsión de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha. Además como ninguna de las secuencias de isoalérgenos de origen natural tiene treonina ni glutamato en las posiciones 28 y 32, respectivamente, las sustituciones dan lugar a una molécula de Bet v 1
artificial.
Propiedades de la unión a IgE del mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln
Las propiedades de la unión a IgE del mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln se compararon con las del Bet v 1 recombinante en un ensayo de inhibición en fase fluida utilizando un conjunto de sueros con IgE derivados de pacientes alérgicos al abedul.
La figura 5 muestra la inhibición de la unión de Bet v 1 recombinante biotilinado a sueros con IgE de un grupo de pacientes alérgicos, por el Bet v 1 no biotilinado y por el mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln.
Hay una clara diferencia entre la cantidad de proteínas recombinantes respectivas necesarias para alcanzar el 50% de inhibición de la unión a los sueros con IgE presentes en el conjunto de sueros. El Bet v 1 recombinante alcanza el 50% de inhibición a 6,5 ng aproximadamente mientras que la concentración correspondiente para el mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln es de 12 ng aproximadamente. Esto muestra que las mutaciones puntuales introducidas en el mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln disminuyen la afinidad para IgE de sueros específicos en un factor de 2 aproximadamente.
El nivel máximo de inhibición alcanzado por el mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln es claramente inferior comparando con el de Bet v 1 recombinante. Esto puede indicar que después de la sustitución con Asn28Thr+Lys32Gln, algunos de los IgE específicos presentes en el conjunto de sueros son incapaces de reconocer al mutante Bet v 1 Asn28Thr+Lys32Gln.
Mutante Bet v 1 Pro108Gly
La prolina en posición 108 muestra un grado alto de exposición al solvente (60%) y está localizada en una zona común de la superficie molecular de los alérgenos de Fagales (zona III). Se encontró un resto de glicina que ocupa la posición 108 en algunas de las proteínas PR-10 homólogas de Bet v 1 abogando por que la prolina pueda ser reemplazada por una glicina sin distorsión de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha. Además, como ninguna de las secuencias de isoalérgenos de origen natural conocidas tiene una glicina en la posición 108, la sustitución de prolina con glicina da lugar a una molécula de Bet v 1 artificial.
Propiedades de la unión a IgE del mutante Bet v 1 Pro108Gly
Las propiedades de la unión del mutante Bet v 1 Pro108Gly se compararon con las de Bet v 1 recombinante en un ensayo de inhibición en fase fluida utilizando el conjunto de sueros con IgE derivados de pacientes alérgicos al abedul descrito anteriormente.
La figura 6 muestra la inhibición de la unión del Bet v 1 recombinante biotilinado a sueros con IgE de un grupo de pacientes alérgicos, por Bet v 1 no biotilinado y por el mutante Bet v 1 Pro108Gly.
Hay una clara diferencia entre la cantidad de proteínas recombinantes respectivas necesarias para alcanzar el 50% de inhibición de la unión a sueros con IgE presente en el conjunto de sueros. El Bet v 1 recombinante alcanza el 50% de inhibición a 6,5 ng aproximadamente mientras que la concentración correspondiente para el mutante Bet v 1 Pro108Gly es de 15 ng. Esto muestra que la mutación puntual única introducida en el mutante Bet v 1 Pro108Gly disminuye la afinidad para IgE de sueros específicos en un factor de 2 aproximadamente.
El nivel máximo de inhibición alcanzado por el mutante Bet v 1 Pro108Gly es algo inferior en comparación con el de Bet v 1 recombinante. Esto puede indicar que después de la sustitución con Pro108Gly, algunos de los IgE específicos presentes en el conjunto de sueros son incapaces de reconocer al mutante Bet v 1 Pro108Gly.
Mutante Bet v 1 Glu60Ser (mutante no localizado una zona común)
El ácido glutámico en la posición 60 muestra un alto grado de exposición al disolvente (60%) sin embargo, no está localizado en la superficie molecular de la zona común para los alérgenos de Fagales. Se encontró un resto de serina que ocupa la posición 60 en algunas de las proteínas PR-10 homólogas de Bet v 1 abogando porque la serina pueda ser reemplazada por una glicina sin distorsión de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha. Además como ninguna de las secuencias de isoalérgenos de origen natural conocidas tiene una serina en la posición 60, la sustitución de ácido glutámico con serina da lugar a una molécula de Bet v 1 artificial.
Propiedades de la unión a IgE del mutante Bet v 1 Glu60Ser
Las propiedades de la unión del mutante Bet v 1 Glu60Ser se compararon con las del Bet v 1 recombinante en un ensayo de inhibición en fase fluida utilizando un conjunto de sueros con IgE derivado de pacientes alérgicos al abedul.
La figura 7 muestra la inhibición de la unión de Bet v 1 recombinante biotilinado a sueros con IgE de un grupo de pacientes alérgicos, por Bet v 1 no biotilinado y por el mutante Bet v 1 Glu60Ser. En contraste con los mutantes Glu45Ser, Pro108Gly y Asn28Thr+Lys32Gln, las sustitución de el ácido glutámico 60 por la serina, no muestra ningún efecto significativo en las propiedades de unión a IgE. Esto indica que las sustituciones fuera de las zonas comunes de Fagales definidas, tienen solo un efecto marginal en la unión a un suero con IgE específico apoyando este concepto el que las áreas de superficie molecular conservadas de los alérgenos albergan los epitopos de IgE dominantes.
Mutante Triple Bet v 1
En el Mutante Triple, las mutaciones puntuales (Glu45Ser, Asn28Thr+Lys32Gln y Pro108Gly) introducidas en las tres zonas diferentes comunes a los Fagales, descritas anteriormente, son introducidas simultáneamente creando un mutante artificial que lleva cuatro sustituciones de aminoácidos.
Análisis estructural del Mutante Triple Bet v 1
La integridad estructural del Mutante Triple purificado se analizó por espectrometría de dicroísmo circular (CD). La figura 8 muestra el espectro CD del recombinante y del Mutante Triple, registrado a concentraciones cercanas a la igualdad. El solapamiento en las amplitudes máximas y las posiciones en el espectro CD de las dos proteínas recombinantes muestra que las dos preparaciones contienen cantidades iguales de estructuras secundarias sugiriendo firmemente que la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha no está afectada por las sustituciones de aminoácidos introducidas.
Propiedades de la unión a IgE del Mutante Triple Bet v 1
Las propiedades de la unión del Mutante Triple Bet v 1 se compararon con las de Bet v 1 recombinante en un ensayo de inhibición en fase fluida utilizando un conjunto de sueros con IgE derivado de pacientes alérgicos al abedul descrito anteriormente.
La figura 9 muestra la inhibición de la unión del Bet v 1 recombinante biotilinado a sueros con IgE de un grupo de pacientes alérgicos, por Bet v 1 no biotilinado y por el Mutante Triple Bet v 1. En contraste con los mutantes sencillos descritos anteriormente, la curva de inhibición del Mutante Triple ya no es paralela en relación con el recombinante. Esto muestra que las sustituciones introducidas en el Mutante Triple han cambiado las propiedades de unión a IgE y el perfil del epitopo comparado con el recombinante. La falta de paralelismo hace difícil cuantificar la disminución de la afinidad del mutante triple por el suero con IgE específico.
El recombinante Bet v 1 alcanza el 50% de inhibición a aproximadamente 6 ng mientras que la concentración correspondiente para el Mutante Triple Bet v 1 es de 30 ng, es decir una disminución en la afinidad en un factor de 5. Sin embargo, para alcanzar el 80% de inhibición los valores correspondientes son de 20 ng y 400 ng respectivamente, es decir una disminución por 5.
Ensayo de proliferación de las células T utilizando Bet v 1 recombinante y el Mutante Triple
El análisis se llevó a cabo como se describe en la ref. 5. Se encontró que el Mutante Triple Bet v 1 podía inducir la proliferación de las líneas celulares T de tres pacientes diferentes alérgicos al polen de abedul con índices de estimulación similares hacia los recombinantes y los de origen natural. Esto sugiere que el Mutante Triple puede iniciar la respuesta inmune necesaria para la producción de anticuerpos.
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Ejemplo 2
Identificación de los epitopos comunes al antígeno 5 del alérgeno principal del veneno de Vespula vulgaris
El antígeno 5 es una de las tres proteínas venenosas de los véspidos, que son alérgenos conocidos en el hombre. Los véspidos incluyen los avispones, véspulas (yellow jackets) y avispas (wasps). Los otros dos alérgenos de los véspidos conocidos son la fosfolipasa A_{1} y la hialuronidasa. El antígeno 5 de Vespula vulgaris (Ves v 5) ha sido clonado y expresado como proteína recombinante en el sistema de levaduras (Montsalve et al. 1999, ref.22). La estructura de cristal tridimensional del Ves v 5 recombinante ha sido determinada recientemente a una resolución de 1,8 \ring{A} (en preparación). Las principales características de la estructura consisten en cuatro hebras \beta y cuatro hélices \alpha dispuestas en tres capas superpuestas que dan lugar a un "sándwich \alpha-\beta-\alpha". La identidad de la secuencia entre los alérgenos homólogos del Antígeno 5 de las diferentes especies de Vespula es aproximadamente del 90%, sugiriendo la presencia de áreas de superficie molecular conservadas y epitopos de células B.
La presencia e identificación de zonas comunes se efectúo después del alineamiento de todas las secuencias de aminoácidos conocidas del antígeno 5 de Vespula, como se describió previamente para los alérgenos de polen de arboles, en combinación con un análisis de la superficie molecular del Antígeno 5, revelada por la estructura tridimensional de Ves v 5. La Figura 10 muestra la accesibilidad al disolvente de los restos del antígeno 5 y el alineamiento de las 5 secuencias del antígeno de Vespula (panel izquierdo). En el panel de la derecha de la figura 10 se muestra la superficie molecular del antígeno 5 con las áreas conservadas entre el antígeno 5:s de Vespula en color.
Selección de los restos de aminoácidos para la mutagénesis dirigida
Los restos de aminoácidos para la mutagénesis dirigida se seleccionaron entre los restos presentes en las zonas comunes de Vespula ya que se espera que las modificaciones de los mismos afecten a la unión del suero con IgE de la mayoría de los pacientes que muestran una reacción alérgica clínica cruzada al polen de Vespula.
La orientación relativa y el porcentaje de exposición al disolvente de cada resto de aminoácido dentro de cada zona respectiva, se calculó en base a sus coordenadas atómicas. Los restos que tienen un grado de exposición al solvente bajo no se consideraron adecuados para la mutagénesis debido a la posible ruptura de la estructura o la falta de interacción el anticuerpo. El resto de los restos se clasificaron según su grado de exposición al disolvente.
Clonación de el gen que codifica Ves v 5
El RNA total fue aislado de las glándulas ácidas del veneno de Vespula vulgaris como se describe en (Fang et al. 1988, ref. 23).
La síntesis de la primera hebra de cADN, la amplificación por PCR y la clonación del gen Ves v 5 se efectuó como se describe en (Lu et al. 1993, ref.24)
Subclonación en pPICZ\alphaA
El gen que codifica Ves v 5 fue posteriormente subclonado en el vector pPICZ\alphaA (Invitrogen) para la expresión de Ves v 5 secretada en Pichia pastoris. El gen fue amplificado por PCR y subclonado en un marco de lectura con la secuencia que codifica la señal de secreción del factor-\alpha de Saccharomyces cervisiae. En esta construcción el factor-\alpha fue escindido, in vivo, por el sistema de la proteasa Kex2 de Pichia pastoris durante la secreción de la proteína.
En resumen, la PCR se llevo a cabo utilizando Ves v 5 como molde y los cebadores correspondientes a los extremos amino y carbono terminal de la proteína, respectivamente. Los cebadores se extendieron en el extremo 5' para acomodar los sitios de restricción para la clonación, EcoRI y XbaI, respectivamente. Los nucleótidos que codifican el sitio de escisión Kex2 en esta construcción se posicionaron 18 nucleótidos curso arriba (upstream) del extremo amino terminal de la proteína, dando como resultado la expresión de Ves v 5 con seis aminoácidos adicionales, Glu-Ala-Glu-Ala-Glu-Phe, en el extremo amino terminal.
Inserción de pPICZ\alphaA-Ves v 5 en P. pastoris
Los vectores pPICZ\alphaA con el gen Ves v 5 insertado fueron linealizados por restricción con Sac I e insertados dentro del sitio AOX1 del genoma de Pichia pastoris. La inserción se efectúo por recombinación homologa en las células KM71 de Pichia pastoris siguiendo las recomendaciones de Invitrogen.
Mutagénesis in vitro
La mutagénesis in vitro se efectúo por PCR utilizando pPICZ\alphaA recombinante con Ves v 5 insertada como molde. Cada gen Ves v 5 mutante fue generado por 3 reacciones PCR utilizando 4 cebadores.
Se sintetizaron dos cebadores oligonucleótidos específicos para la mutación acomodando cada mutación, una para cada hebra de ADN, ver las Figs. 11 y 12. Utilizando el/los nucleótido/s mutados como punto de inicio ambos cebadores fueron extendidos 6-7 nucleótidos en el extremo 5' y 12-13 nucleótidos en el extremo 3'. Los nucleótidos extendidos eran idénticos en su secuencia a los del gen de Ves v 5 en la misma región.
Además se sintetizaron dos cebadores de aplicación general (denominados "all- sense" y "all non-sense" en la Figura 2) (denominados "todo sentido" y " todo antisentido" en la Figura 2) utilizados para todos los mutantes. Para asegurar la expresión de los mutantes del Ves v 5 con el extremo amino terminal autentico, un cebador correspondiente al extremo amino terminal de la proteína fue extendido en el extremo 5' terminal con un sitio Xho I. Mediante la inserción de los genes mutantes de Ves v 5 en el vector pPICZ\alphaA, el sitio de escisión de la proteasa Kex2 fue regenerado directamente curso arriba (upstream) hasta el extremo amino terminal de Ves v 5. El segundo cebador se correspondía en su secuencia con una región del vector pPICZ\alpha posicionado aproximadamente 300 pb curso abajo (downstream) del gen Ves v 5. La secuencia del cebador correspondiente al extremo amino terminal de Ves v 5 se deriva de la hebra sentido y la secuencia del cebador curso abajo (downstream) se deriva de la hebra antisentido, ver
Figura 11.
Se llevaron a cabo dos reacciones de PCR independientes, básicamente según los procedimientos estándar (Saiki et al 1988, ref. 20) con la excepción de que se realizaron solo 20 ciclos de temperatura para reducir la frecuencia de los artefactos de la PCR. Cada reacción de PCR utilizó pPICZ\alpha con Ves v 5 insertado como molde y un cebador específico para la mutación y un cebador de aplicación general en combinaciones significativas.
Los productos de la PCR fueron purificados utilizando "Concert, Rapid, PCR Purification System" (Life Technologies). Se efectuó una tercera reacción de PCR utilizando los productos combinados de PCR de las dos primeras reacciones de PCR como moldes, y ambos cebadores de aplicación general. Se utilizaron de nuevo 20 ciclos de PCR estándar. El producto de PCR fue purificado con el "Concert, Rapid, PCR Puridication System" (Life Technologies), fue escindido con las enzimas de restricción (XhoI/XbaI), y ligado direccionalmente en el vector pPICZ\alpha restringido con las mismas enzimas. La figura 13 muestra una visión general de todas las mutaciones de Ves v 5.
Inserción de los mutantes pPICZ\alpha-Ves v 5 en P. Pastoris
Los vectores pPICZ\alpha con los genes mutantes Ves v 5 insertados fueron linealizados por restricción con Sac I e insertados en el sitio AOXI en el genoma de Pichia Pastoris. Las inserciones se efectuaron por recombinación homologa en las células KM71 de Pichia Pastoris siguiendo las recomendaciones de Invitrogen.
Secuenciación de nucleótidos
La determinación de la secuencia de nucleótidos del gen que codifica Ves v 5 se efectúo antes y después de la subclonación y después de la mutagénesis in vitro, respectivamente.
Los plásmidos de los ADN de un cultivo bacteriano de 10 ml cultivado hasta la saturación durante la noche en un medio LB complementado con 0,1 g/l de ampicilina fueron purificados en 20 columnas de Qiagen-tip y secuenciados utilizando el kit de secuenciación de ADN Sequenase versión 2.0 (USB) siguiendo las recomendaciones de los proveedores.
Expresión y purificación de Ves v 5 recombinante
Se cultivaron células de levaduras recombinantes de la cepa KM71 Pichia pastoris en botellas de 500 ml conteniendo 100 ml de tampón fosfato a ph 6,0 conteniendo una base de nitrógeno para levaduras, biotina, glicerol e histidina a 30ºC con agitación orbital a 225 rpm hasta A_{600} nm de 4-6. Las células se recolectaron por centrifugación y se suspendieron otra vez en 10 ml de un medio tamponado similar conteniendo metanol en lugar de glicerol. Se continuó la incubación a 30ºC durante 7 días con una adición diaria de 0,05 ml de metanol.
Las células se recolectaron por centrifugación y el cultivo fluido recogido se concentró por ultrafiltración. Después de una diálisis contra 50 mM de un tampón de acetato de amonio, ph4,6, se aplicó la muestra a una columna de intercambio catiónico SE-53 FPLC (Pharmacia) equilibrada en el mismo tampón. La columna se eluyó con 0-1,0 M NaCL, 50 mM de gradiente lineal de acetato de amonio. El máximo del Ves v 5 recombinante que eluye aproximadamente a 0,4 M de NaCl se recogió y se dializó contra ácido acético 0,02 N. Después de la concentración a 10 mg/ml aproximadamente, el Ves v 5 purificado se almacenó a 4ºC.
Cristalización de Ves v 5 recombinante
Se cultivaron cristales de Ves v 5 recombinante según la técnica de difusión de vapor a 25ºC. Para la cristalización se mezclaron 5 \mul de Ves v 5 de 5 mg/ml con 5 \mum de 18% de PEG 6000, 0,1 M de citrato de sodio, a ph 6,0 y equilibrado frente a 1 ml de 18% de PEG 6000, 0,1 M de citrato de sodio, a ph 6,0.
Se recogió el dato de difracción de rayos X a 100K de los cristales de Ves v 5 nativa después de la incorporación de derivados de átomos pesados y se utilizó para resolver la estructura tridimensional de Ves v 5, ver la Figura 10 (manuscrito en preparación)
Inmunoelectroforesis utilizando anticuerpos policlonales de conejo
Los dos mutantes Ves v 5 se produjeron como proteínas recombinantes de Ves v 5 y se determinó su reactividad frente a los anticuerpos policlonales de conejo producidos por su reactividad contra Ves v 5. Cuando se analizaron por inmunoelectroforesis (inmunoelectroforesis en cono, o Rocket Line) en condiciones nativas, los anticuerpos de conejo pudieron precipitar todos los Ves p 5 recombinantes así como ambos mutantes, indicando que los mutantes habían conservado la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha.
Inhibición del suero con IgE especifico
Las propiedades de la unión a IgE de los mutantes Ves v 5 se compararon con el Ves v 5 recombinante en un ensayo de inhibición de IgE en fase fluida utilizando suero con IgE derivado de un grupo de pacientes alérgicos al veneno de véspidos.
El ensayo de inhibición se efectuó como se ha descrito anteriormente utilizando Ves v 5 recombinante biotilinado, en lugar de Bet v 1.
Mutante Ves v 5 Lys72Ala
La lisina en posición 72 muestra un alto grado de exposición al disolvente (70%) y está localizada en una zona de la superficie molecular común para el antígeno 5 de Vespula. La orientación relativa y el alto grado de exposición al disolvente abogó porque la lisina 72 pueda ser reemplazada por un resto de alanina sin distorsión de la estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha. Además, como ninguna de las secuencias de isoalérgenos de origen natural conocidas tiene una alanina en la posición 72, la sustitución de la lisina con alanina da lugar a una molécula de Ves v 5 artificial.
Propiedades de unión a IgE del mutante Ves v 5 Lys72Ala
Las propiedades de la unión a IgE del mutante Ves v 5 Lys72Ala se compararon con las de Ves v 5 recombinante en un ensayo de inhibición en fase fluida utilizando un conjunto de sueros con IgE derivado de pacientes alérgicos al abedul.
La figura 14 muestra la inhibición de la unión del Ves v 5 recombinante biotilinado a sueros con IgE de un grupo de pacientes alérgicos, por el Ves v 5 no biotilinado y por el mutante Ves v 5 Lys72Ala.
Hay una clara diferencia en la cantidad de proteínas recombinantes respectivas necesarias para alcanzar el 50% de inhibición de la unión a los sueros con IgE presente en el conjunto de sueros. El Ves v 5 recombinante alcanza el 50% de inhibición a 6 ng aproximadamente, mientras que la concentración correspondiente para el mutante Ves v 5 Lys72Ala es de 40 ng. Esto muestra que la mutación puntual única introducida en el mutante Ves v 5 Lys72Ala disminuye la afinidad para IgE de sueros específicos en un factor de 6 aproximadamente.
El nivel máximo de inhibición alcanzado por el mutante Ves v 5 Lys72Ala es significativamente inferior comparado con el del Ves v 5 recombinante. Esto puede indicar que después de la sustitución Lys72Ala, algunos de los IgE específicos presentes en el conjunto de sueros, son incapaces de reconocer al mutante Ves v 5 Lys72Ala.
Mutante Try96Ala de Ves v 5
La tirosina en posición 96 muestra un alto grado de exposición al disolvente (65%) y esta localizada en una zona de la superficie molecular común para el antígeno 5 de Vespula. La orientación relativa y el alto grado de exposición al disolvente abogan porque la tirosina 96 pueda ser reemplazada por un resto de alanina sin distorsión de la estructura tridimensional. Además, como ninguna de las secuencias de isoalérgenos de origen natural conocidas tiene una alanina en la posición 96, la sustitución de la tirosina con alanina da lugar a una molécula de Ves v 5
artificial.
Propiedades de unión a IgE del mutante Ves v 5 Tyr96Ala
Las propiedades de la unión a IgE del mutante Ves v 5 Tyr96Ala se compararon con las del Ves v 5 recombinante, en un ensayo de inhibición en fase fluida utilizando un conjunto de sueros con IgE derivado de pacientes alérgicos al abedul descrito anteriormente.
La figura 14 muestra la inhibición de la unión del Ves v 5 recombinante biotilinado a sueros con IgE de un grupo de pacientes alérgicos, por Ves v 5 no biotilinado y por el mutante Ves v 5 Tyr96Ala.
Hay una clara diferencia entre la cantidad de proteínas recombinantes respectivas necesarias para alcanzar el 50% de inhibición de la unión a sueros con IgE presente en el conjunto de sueros. El Ves v 5 recombinante alcanza el 50% de inhibición a 6 ng aproximadamente, mientras que la concentración correspondiente para el mutante Ves v 5 Tyr96Ala es de 40 ng.
Esto muestra que la mutación puntual única introducida en el mutante Ves v 5 Tyr96Ala disminuye la afinidad para sueros con IgE específicos en un factor de 6 aproximadamente.
El nivel máximo de inhibición alcanzado por el mutante Ves v 5 Tyr96Ala es significativamente inferior comparado con el del Ves v 5 recombinante. Esto puede indicar que después de la sustitución Tyr96Ala, algunos de los IgE específicos presentes en el conjunto de sueros son incapaces de reconocer al mutante Ves v 5 Tyr96Ala.
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<210> 1
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Thr10Pro
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<400> 1
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1
2
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<210> 2
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Asn28Thr + Lys32Gln
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<400> 2
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3
4
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<210> 3
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Glu45Ser
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<400> 3
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5
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<210> 4
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Lys55Asn
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<400> 4
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6
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Thr77Ala
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<400> 5
7
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Glu60Ser
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<400> 6
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8
9
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<211> 159
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<212> BRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Asp25Gly
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<400> 7
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10
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<210> 8
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Asn47Ser
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<400> 8
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<210> 9
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Pro108Gly
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<400> 9
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14
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<211> 159
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<212> PRT
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Bet v 1 Modificada, Modificación Asn28Thr, Lys32Gln, Glu45Ser, Pro108Gly
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<400> 10
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<211> 204
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<213> Secuencia Artificial
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<220>
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Ves v 5 Modificada, Modificación Lys72Ala
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<400> 11
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<213> Secuencia Artificial
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<223> Descripción de la Secuencia Artificial: Secuencia Ves v 5 Modificada, Modificación Tyr96Ala
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<400> 12
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Claims (34)

1. Un alérgeno mutante recombinante artificial derivado de un alérgeno natural, comprendiendo dicho alérgeno natural, al menos una zona de restos de aminoácidos, que están conectados coherentemente a lo largo de al menos 400 \ring{A}^{2} de la superficie de la estructura tridimensional de la molécula de alérgeno, que tienen una accesibilidad al disolvente de al menos 20% y que están conservados como se define por ser idénticos en más del 70% de las secuencias de secuencias homólogas dentro del mismo orden taxonómico del cual dicho alérgeno de origen natural es originario, comprendiendo dicha zona al menos un epitopo de célula B, donde
1) dicho mutante comprende al menos una sustitución de un resto de aminoácido conservado localizado en al menos una de las citadas zonas, teniendo dicho resto de aminoácido conservado una accesibilidad al disolvente de al menos un 20%, por un resto de aminoácido, que no se encuentra en la misma posición en la secuencia de aminoácidos de ninguna proteína homologa conocida en el orden taxonómico del cual el alérgeno de origen natural es originario,
2) dicho alérgeno mutante tiene esencialmente la misma estructura terciaria de la cadena principal de carbonos \alpha que dicho alérgeno natural, y
3) la unión de IgE especifica al alérgeno mutante está disminuida en comparación con la unión a dicho alérgeno natural.
2. Alérgeno recombinante según la reivindicación 1, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno por inhalación.
3. Alérgeno recombinante según la recombinación 2, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno del polen.
4. Alérgeno recombinante según la reivindicación 3, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno del polen originario del orden taxonómico de los Fagales, Oleales o Pinales.
5. Alérgeno recombinante según la reivindicación 4, donde el alérgeno natural es Bet v 1.
6. Alérgeno recombinante según la reivindicación 5, donde la/las sustituciones son Asp25Gly, (Asn28Thr +
Lys32Gln), Glu45Ser, Asn47Ser, Lys55Asn, Thr77Ala, Pro108Gly, o (Asn28Thr, Lys32Gln, Glu45Ser, Pro108Gly).
7. Alérgeno recombinante según la reivindicación 3, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno del polen originario del orden taxonómico de los Poales.
8. Alérgeno recombinante según la reivindicación 3, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno originario del orden taxonómico de los Asterales o Urticales.
9. Alérgeno recombinante según la reivindicaciones 1 o 2, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno de los ácaros del polvo domestico.
10. Alérgeno recombinante según la reivindicación 9, donde el alérgeno de origen natural es originario del género taxonómico de los Dermatophagoides.
11. Alérgeno recombinante según las reivindicaciones 1 o 2, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno de la cucaracha.
12. Alérgeno recombinante según las reivindicaciones 1 o 2, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno animal.
13. Alérgeno recombinante según la reivindicación 12, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno del gato, perro o caballo.
14. Alérgeno recombinante según la reivindicación 1, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno de un veneno.
15. Alérgeno recombinante según la reivindicación 14, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno de un veneno originario del orden taxonómico de los Hymenoptera.
16. Alérgeno recombinante según la reivindicación 15, donde el alérgeno de origen natural es un alérgeno de un veneno originario del orden taxonómico de los Vespidae, Apidae o Formicoidae.
17. Alérgeno recombinante según la reivindicación 16, donde dicho alérgeno de origen natural es Ves v 5.
18. Alérgeno recombinante según la reivindicación 17, donde la sustitución es Lys72Ala o Tyr96Ala.
19. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-18, donde la unión de IgE específica al alérgeno mutante está disminuida en al menos un 5%, preferiblemente en al menos un 10%.
20. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-19, donde al comparar las estructuras terciarias de la cadena principal de carbonos \alpha del mutante y de las moléculas del alérgeno de origen natural, la desviación cuadrática media de las coordenadas atómicas es inferior a 2 \ring{A}.
21. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-20, donde al menos una de las citadas zonas comprende átomos de 15-25 restos de aminoácidos.
22. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-21, donde los restos de aminoácidos de al menos una de las citadas zonas están ordenados según la accesibilidad al disolvente, y están sustituidos uno o más de los aminoácidos de entre los que tienen mayor accesibilidad al disolvente.
23. Alérgeno recombinante según la reivindicación 22, donde están sustituidos uno o más restos de aminoácidos de al menos una de las citadas zonas que tienen una accesibilidad al disolvente de 20-80%.
24. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-23, donde están sustituidos 1-5 restos de aminoácidos por cada 400 \ring{A}^{2} en al menos una de las citadas zonas.
25. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-24 donde al menos está sustituido un resto de aminoácido en dicho epitopo de célula B.
26. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-25, donde la sustitución de uno o más restos de aminoácidos en dicho epitopo de célula B o en al menos una de las citadas zonas se lleva a cabo por mutagénesis dirigida.
27. Un método para preparar un alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-26 que comprende las etapas de;
a) identificar los restos de aminoácidos de un alérgeno de origen natural que están conservados con una identidad superior al 70% en todas las proteínas homólogas conocidas dentro del orden taxonómico del que dicho alérgeno de origen natural es originario;
b) definir al menos una zona de restos de aminoácidos conservados que estén coherentemente conectados en al menos 400 \ring{A}^{2} de la superficie de la estructura tridimensional de la molécula de alérgeno, comprendiendo al menos una de las citadas zonas por lo menos un epitopo de célula B; y
c) sustituir al menos un resto de aminoácido expuesto en la superficie, definido por tener una accesibilidad al disolvente de al menos un 20%, en al menos una de las citadas zonas por otro aminoácido, que no se encuentra en la misma posición en la secuencia de aminoácidos de ninguna de las proteínas homólogas conocidas dentro del orden taxonómico del cual es originario el alérgeno de origen natural, mientras que se conserva esencialmente la estructura terciaria general de la cadena principal de carbonos \alpha de la molécula de alérgeno para obtener un alérgeno mutante, donde la unión de IgE especifica al alérgeno mutante está disminuida en comparación con la unión a dicho alérgeno de origen natural.
28. Un método según la reivindicación 27, donde los restos de aminoácidos de al menos una de las citadas zonas están ordenados según la accesibilidad al disolvente, y están sustituidos uno o más aminoácidos de entre aquellos que tienen mayor accesibilidad al disolvente.
29. Un método según las reivindicaciones 27 o 28, donde la sustitución de uno o más restos de aminoácidos en dicho epitopo de célula B o en al menos una de las citadas zonas se lleva a cabo por mutagénesis dirigida.
30. Alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-26 para su utilización como producto farmacéutico.
31. Composición farmacéutica que comprende un alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-26, que se combina opcionalmente con un vehículo y/o un excipiente aceptable farmacéuticamente y opcionalmente con un coadyuvante.
32. Una composición farmacéutica según la reivindicación 31, en forma de una vacuna para el tratamiento o la prevención de reacciones alérgicas producidas por un alérgeno de origen natural.
33. Proceso para la preparación de una composición farmacéutica según cualquiera de las reivindicaciones 31-32, que comprende mezclar al menos un alérgeno recombinante según cualquiera de las reivindicaciones 1-26 con substancias farmacéuticamente aceptables y/o con excipientes.
34. Uso de un alérgeno recombinante como se define en cualquiera de las reivindicaciones 1-26 para la preparación de un medicamento para el tratamiento o la prevención de las reacciones alérgicas.
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