ES2550761T3 - Método para producción de polipéptidos - Google Patents

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Abstract

Método para producción de un polipéptido amidado C-terminal en el cual el método comprende los pasos siguientes a) cultivo de una cepa de levadura que tiene un gen KEX1 no-funcional y que comprende una secuencia de DNA que codifica un polipéptido con un Gly C-terminal en condiciones para expresión del polipéptido en la cepa de levadura, b) α-amidación in vitro del polipéptido expresado del paso a) o directamente en la célula de producción si la célula tiene la maquinaria necesaria para α-amidación in vivo y c) aislamiento y purificación del péptido amidado en el terminal C.

Description

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El fragmento trp1-ΔFA se compone de un fragmento de 476 pares de bases de la región 5' UTR de KEX1, fusionado directamente a un fragmento de 525 pares de bases de la región 3' UTR de KEX1, evitando así el solapamiento de la secuencia homóloga de DNA a la casete TRP1-FA utilizada como marcador seleccionable en el plásmido pFA6a-TRP1 (Longtine, M.S., McKenzie, A., Demarini, D., Shah, N.G., Wach, A., Brachat, A., Philippsen, P. and Pringle,
5 J.R. (1998). Additional modules for versatile and economical PCR-based gene deletion and modification in Saccharomyces cerevisiae. Yeast: 14., (953-961)). El fragmento PCR de trp1-ΔFA se clonó al vector TOPO-CR2.1 como se describe por el fabricante (Invitrogen), dando como resultado el plásmido pFI379.
Se obtuvo una cepa de levadura de deleción de trp1-ΔFA como sigue:
10 El método utilizado para seleccionar la interrupción del gen TRP1 implica un procedimiento de contraselección. Se cultivóen medios que contenían ácido 5-fluoroantranílico da como resultado anti-metabolismo por las enzimas en el camino biosintético del triptófano. Las células de levadura, que carecen de las enzimas requeridas para la conversión de ácido antranílico en triptófano son resistentes al ácido 5-fluoroantranílico (Toyn, J.H., Gunyuzlu, P.L.,
15 White, H., Thompson, L.A. and G.F. Hollis (2000). A counterselection for the tryptophan pathway in yeast: 5fluoroanthranilic acid resistance. Yeast: 16 (553-560)).
La cepa hospedadora de levadura NNY574 (MATα ura3-D0 leu2-D0 his3-D0 tpi1::URA3 yps1::HIS3 pep4::LEU2) se transformó con el plásmido pSA281, un vector de expresión de levadura para expresión secretora de un precursor
20 análogo de amilina EEAEK(SEQ ID NO:1)-amilina (1-37)-K1 E, S28P, S29P, G38 para crear yFI754. La cadena principal plasmídica de pSA281 está basada en el vector de tipo cPOT que facilita el crecimiento en medios ricos que contienen glucosa como única fuente de carbono por complementación de la mutación delta-tpi1 de la cepa hospedadora.
25 Un fragmento trp1-ΔFA se amplificó por PCR utilizando pFI379 como molde y oligonucleótidos sintéticos y métodos estándar. El fragmento PCR trp1-ΔFA se utilizó directamente para transformación de yFI754 por el método LiAc (Gietz y Wood, 2002). Después de la transformación, las células de levadura se extendieron sobre agar YEPD y se incubaron durante una noche a 30ºC seguido por replicación en placa en un medio mínimo que contenía ácido 5fluoroantranílico. La selección para las células de levadura que contenían el alelo de deleción trp1-ΔFA integrado en
30 el genoma se realizó por contraselección respecto a la presencia del gen TRP1 utilizando ácido 5-fluoroantranílico (Toyn et al, 2000) dando como resultado la cepa de levadura trp1-ΔFA yFI810.
El alelo de interrupción del gen Δkex1::TRP1-FA se construyó como sigue:
35 Un fragmento de DNA sintético del alelo Δkex1-D0 compuesto de 518 pares de bases de la secuencia de DNA 5'UTR de KEX1 seguido por un sitio de la endonucleasa de restricción SphI, seguido por un sitio de la endonucleasa de restricción Sbf1, seguido por 304 pares de bases de la secuencia de DNA 3'UTR de KEX1 se construyó por síntesis de DNA in vitro a partir de una fuente comercial y se obtuvo clonado en un vector pMA (Geneart AG, BioPark, Josef-Engert-Str. 11, D-93053 Regensburg, Alemania). Este plásmido se designó pFI472. Un fragmento de
40 DNA sintético que contenía la casete TRP1-FA flanqueada por los sitios de las endonucleasas de restricción SphI y Sbf1 se construyó por síntesis de DNA in vitro a partir de una fuente comercial y se obtuvo clonado en un vector pMA-RQ (GeneArt ag). Este plásmido se designó pFI468. Un plásmido, pFI473, que contenía el alelo de interrupción del gen Δkex1::TRP1-FA se construyó por ligación de dos fragmentos de DNA: un fragmento de 3163 pares de bases obtenido después de digestión de pFI472 con SphI y Sbf1 y un fragmento de 872 pares de bases obtenido
45 después de digestión de pFI468 con SphI y Sbf1. Finalmente, se digirió pFI473 con XhoI e HincII y se aisló un fragmento de DNA de 1707 pares de bases que contenía el alelo Δkex1::TRP1-FA y se utilizó para transformación de yFI810 por el procedimiento de LiAc (Gietz, R.D. and Wood, R. (2002). Transformation of yeast by lithium acetate / single-stranded carrier DNA / polyethylene glycol method. Methods in Enzymology: 350, (87 -96)). Después de la transformación, las células de levadura se extendieron sobre placas mínimas sin triptófano a fin de seleccionar
50 mutantes con la deleción Δkex1::TRP1-FA. Se caracterizaron transformantes TRP+ por PCR para confirmar la integración correcta del alelo Δkex1::TRP1-FA en el locus KEX1. Se aisló la cepa de levadura yFI815 como un mutante de deleción Δkex1::TRP1-FA (MATα ura3-D0 leu2-D0 his3-D0 trp1-delta-FA tpi1::URA3 yps1::HIS3 pep4::LEU2 kex1::TRP1-FA, pSA281).
55 Ejemplo 2
Interrupción del gen Δkex1::KanMX4
Una cepa de levadura con el gen KEX1 delecionado y el genotipo Matα his3D1 leu2D0 lys2D0 ura3D0
60 kex1D0::kanMX4 se adquirió de la colección de cepas de deleción Euroscarf (número de acceso Y14570). En esta cepa de levadura, el fragmento de DNA que codifica el marco de lectura abierto de KEX1 ha sido reemplazado con el marcador seleccionable dominante KanMX4, que confiere resistencia al antibiótico G418/geneticina (Wach A., Brachat, A., Pöelmann R. y Philippsen, P. (1994). New heterologous modules for classical or PCR-based gene disruptions in Saccharomyces cerevisiae. Yeast: 10 (1793-808).
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gaagaa-gctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactattggt (SEQ ID NO:24); gaagaa-gctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactatgggt (SEQ ID NO:25);
5 gaagaagctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatacttctggt (SEQ ID NO:26); gaagaagctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactcctggt (SEQ ID NO:27); gaagaa-gctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaatttttt
10 ggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactactggt (SEQ ID NO:28); gaagaa-gctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatacttggggt (SEQ ID NO:29); gaagaagctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactagaggt (SEQ ID NO:30);
15 gaagaagctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactcttggt (SEQ ID NO:31); gaagaagctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaattttttggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactcaaggt (SEQ ID NO:32) y gaagaagctgaaaaagaatgtaatactgctacttgtgctactcaaagattggctaatttttt
20 ggttcattcttctaataattttggtccaattttgccaccaactaatgttggttctaatactaatggt (SEQ ID NO:33).
Se verificó la identidad del vector de expresión, se transformó el plásmido en S.cerevisiae, se cultivó la cepa de levadura, y la proteína secretada se recogió y se analizó como se ha descrito arriba en los ejemplos 3 y 4. Las abundancias de las especies de longitud total y delecionada de glicina se obtuvieron a partir de los espectros
25 simplificados y se utilizaron para estimación del porcentaje de péptido de longitud total frente al conjunto de péptido de longitud total y delecionado de glicina. Los resultados aparecen en la Tabla 2. En la Tabla 2 se ve que el Gly Cterminal en la molécula de amilina se escinde cuando el residuo de aminoácido unido al Gly es uno de Tyr, Phe, Met, Leu, Trp, Ala, Ile y Arg.
30 Tabla 2
Aminoácido siguiente a Gly (X37)
% de Longitud total
Tyr
45,5
Phe
47,6
Met
60,6
Leu
74,4
Trp
85,3
Ala
85,6
Ile
87,6
Arg
94,1
Gly
100
Ser
100
Pro
100
Asn
100
Thr
100
Gln
100
13

Claims (1)

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