ES2595433T3 - Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular - Google Patents

Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular Download PDF

Info

Publication number
ES2595433T3
ES2595433T3 ES13164430.4T ES13164430T ES2595433T3 ES 2595433 T3 ES2595433 T3 ES 2595433T3 ES 13164430 T ES13164430 T ES 13164430T ES 2595433 T3 ES2595433 T3 ES 2595433T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
dbr
sample
polynucleotide
sequencing
polynucleotides
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES13164430.4T
Other languages
English (en)
Inventor
James Casbon
Sydney Brenner
Robert Osborne
Conrad Lichtenstein
Andreas Claas
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Population Genetics Technologies Ltd
Original Assignee
Population Genetics Technologies Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=45498036&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=ES2595433(T3) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Population Genetics Technologies Ltd filed Critical Population Genetics Technologies Ltd
Application granted granted Critical
Publication of ES2595433T3 publication Critical patent/ES2595433T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C12Q1/6855—Ligating adaptors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/10—Ploidy or copy number detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Un método para determinar el número mínimo de moléculas de polinucleótidos individuales que se originan a partir de la misma región genómica de la misma muestra original que han sido secuenciadas en una configuración o procedimiento de análisis de secuencia particular, que incluye: unir una región de bases degeneradas (DBR) a moléculas de polinucleótidos de partida; amplificar las moléculas de polinucleótidos de partida unidos a DBR; secuenciar las moléculas de polinucleótidos amplificadas, en donde se obtiene la secuencia de la DBR así como una porción del polinucleótido; determinar el número de DBR diferentes unidas a un polinucleótido de interés; usar el número de secuencias de DBR diferentes presentes en la etapa de secuenciación para determinar el número mínimo de moléculas de polinucleótidos individuales que se originan a partir de la misma región genómica de la misma muestra original que han sido secuenciadas en la configuración o el procedimiento de análisis de secuencias particular; y determinar un valor estadístico para una identificación de alelos en un ensayo de genotipado que no se puede derivar del número de lecturas en solitario.

Description

imagen1
imagen2
imagen3
imagen4
imagen5
imagen6
imagen7
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
ambos límites, los intervalos que excluyen cualquiera o ambos de dichos límites incluidos, están incluidos también en la invención.
A menos que se defina otra cosa, todos los términos técnicos y científicos usados en este documento tienen el mismo significado que es entendido comúnmente por los expertos en la técnica a la que pertenece esta invención. Aunque en la práctica o ensayo de la presente invención se pueden utilizar cualquier método y materiales similares o equivalentes a los descritos aquí, se describen ahora algunos métodos y materiales potenciales y preferidos. Todas las publicaciones mencionadas en el presente documento se citan como referencia para dar a conocer y describir los métodos y/o los materiales en relación a los cuales se citan las publicaciones. Se entiende que la presente descripción reemplaza cualquier descripción de una publicación citada como referencia en la medida en que haya una contradicción.
Se debe observar que, como se usa aquí y en las reivindicaciones adjuntas, las formas singulares "un", "uno", “una” y "el", “la” incluyen los plurales referentes a menos que el contexto dicte claramente otra cosa. Así, por ejemplo, la referencia a "un ácido nucleico" incluye una pluralidad de dichos ácidos nucleicos y la referencia a "el compuesto" incluye la referencia a uno o más compuestos y equivalentes de los mismos conocidos por los expertos en la técnica, y así sucesivamente.
La práctica de la presente invención puede emplear, a menos que se indique otra cosa, técnicas y descripciones convencionales de la química orgánica, tecnología de polímeros, biología molecular (incluyendo técnicas recombinantes), biología celular, bioquímica e inmunología, que están dentro de la experiencia de la técnica. Tales técnicas convencionales incluyen la síntesis de matrices de polímeros, hibridación, ligamiento, y detección de la hibridación utilizando una etiqueta. Ilustraciones específicas de técnicas adecuadas se pueden haber tomado como referencia para el ejemplo que sigue. Sin embargo, también se pueden utilizar por supuesto, otros procedimientos convencionales equivalentes. Tales técnicas y descripciones convencionales se pueden encontrar en manuales de laboratorio estándar, tales como Genome Analysis: A Laboratory Manual Series (Vols I-IV.), Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cells: A Laboratory Manual, PCR Primer: A Laboratory Manual, and Molecular Cloning: A Laboratory Manual (todos de Cold Spring Harbor Laboratory Press), Stryer, L. (1995) Biochemistry (4th Ed.) Freeman, New York, Gait, "Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach" 1984, IRL Press, London, Nelson and Cox (2000), Lehninger, A., Principles of Biochemistry 3rd Ed., W. H. Freeman Pub., New York, N.Y. y Berg et al. (2002) Biochemistry, 5th Ed., W.H. Freeman Pub., New York, N. Y.
Las publicaciones expuestas en el presente documento se proporcionan únicamente para su descripción antes de la fecha de presentación de la presente solicitud. Nada en este documento se debe interpretar como una admisión de que la presente invención no tiene derecho a anteceder a dicha publicación en virtud de una invención anterior. Además, las fechas de publicación proporcionadas pueden ser diferentes de las fechas de publicación reales que puede ser necesario que sean confirmadas de forma independiente.
Como se ha resumido antes, algunos aspectos de la presente invención se dirigen al uso de bases de nucleótidos degeneradas (p. ej., en una región de bases degeneradas, o DBR) añadidas a los polinucleótidos sometidos a análisis de secuencias que se utilizan en el establecimiento del número de moléculas de polinucleótidos individuales procedentes de la misma región genómica de la misma muestra original que han sido secuenciadas en una configuración o proceso particular de análisis de secuencias. La inclusión de una DBR en los polinucleótidos sometidos a análisis de secuenciación se utiliza en una variedad de análisis genéticos, incluyendo el aumento de la confianza en la identificación de alelos al proporcionar un mecanismo para determinar un valor estadístico para una identificación de alelos, un valor que no se puede derivar del número de lecturas solo. La DBR se puede añadir a un polinucleótido de cualquier manera conveniente, incluyéndola como parte de un adaptador (o conjunto de adaptadores) unido a los polinucleótidos a secuenciar, p. ej., la DBR puede estar en un adaptador que incluye también un sitio del cebador de secuenciación, o la DBR puede estar presente en un cebador de síntesis de ácido nucleico, p. ej., un cebador de PCR, de tal manera que la DBR se añade a un polinucleótido diana cuando se utiliza el cebador en una reacción de polimerización.
Las DBR también encuentran utilidad en la realización de análisis genéticos en muestras agrupadas de polinucleótidos en las que cada polinucleótido de la muestra conjunta incluye un MID específico para su muestra de origen (descrito en detalle más adelante). Esto permite al usuario determinar la cobertura de secuencia de una especie específica de polinucleótidos (o múltiples especies) de cada una de las muestras de origen que se reunieron para generar la muestra conjunta. Por lo tanto, las realizaciones de la presente invención incluyen análisis de secuencia de polinucleótidos en una muestra conjunta, donde cada polinucleótido contiene un MID y una DBR.
Ácidos nucleicos
La presente invención (como se describe en detalle más adelante) se puede emplear para la manipulación y análisis de secuencias de ácido nucleico de interés (o polinucleótidos) procedentes de prácticamente cualquier fuente de ácido nucleico, que incluyen pero no se limitan a ADN genómico, ADN complementario (ADNc), ARN (p. ej., ARN mensajero, ARN ribosomial, ARN interferente corto, microARN, etc.), ADN plasmídico, ADN mitocondrial, ADN sintético, etc. Además, cualquier organismo, material orgánico o sustancia que contiene ácido nucleico se puede utilizar como una fuente de ácidos nucleicos para ser procesada de acuerdo con la presente invención, que incluyen,
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
pero no se limitan a, plantas, animales (p. ej., reptiles, mamíferos, insectos, gusanos, peces, etc.), muestras de tejidos, bacterias, hongos (p. ej., levaduras), fagos, virus, tejido cadavérico, muestras arqueológicas/antiguas, etc. En ciertas realizaciones, los ácidos nucleicos en la muestra de ácido nucleico se derivan de un mamífero, y en determinadas realizaciones, el mamífero es un ser humano.
En ciertas realizaciones, las secuencias de ácidos nucleicos están enriquecidas. Por enriquecido se entiende que los ácidos nucleicos (p. ej., en una muestra de polinucleótidos) se someten a un proceso que reduce la complejidad de los ácidos nucleicos, generalmente aumentando la concentración relativa de una especie particular de ácido nucleico en la muestra (p. ej., que tiene un locus específico de interés, que incluye una secuencia específica de ácido nucleico, que carece de un locus o secuencia, que está dentro de un intervalo de tamaño específico, etc.). Hay una amplia variedad de formas de enriquecer los ácidos nucleicos que tienen una característica o características de secuencia específicas, y por tanto se puede emplear cualquier método conveniente para conseguir esto. El enriquecimiento (o reducción de la complejidad) puede tener lugar en cualquiera de una serie de etapas del proceso, y será determinado por deseo del usuario. Por ejemplo, el enriquecimiento puede tener lugar en muestras parentales individuales (p. ej., ácidos nucleicos sin marcar antes del ligamiento al adaptador) o en muestras multiplexadas (p. ej., ácidos nucleicos marcados con secuencias de adaptadores que codifican MID; los MID se describen con más detalle más adelante).
En ciertas realizaciones, los ácidos nucleicos de la muestra de ácido nucleico se amplifican antes del análisis. En algunas de estas realizaciones, la reacción de amplificación sirve también para enriquecer una muestra de ácido nucleico de partida en una secuencia o locus de interés. Por ejemplo, una muestra de ácido nucleico de partida se puede someter a una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que amplifica una o más regiones de interés. En ciertas realizaciones, la reacción de amplificación es una reacción de amplificación exponencial, mientras que en otras realizaciones particulares, la reacción de amplificación es una reacción de amplificación lineal. En la práctica de la presente invención, se puede utilizar cualquier método conveniente para llevar a cabo las reacciones de amplificación en una muestra de ácido nucleico de partida. En ciertas realizaciones, la polimerasa de ácido nucleico empleada en la reacción de amplificación es una polimerasa que tiene la capacidad de corrección de pruebas (p. ej., ADN polimerasa phi29, ADN polimerasa de Thermococcus litoralis, ADN polimerasa de Pyrococcus furiosus, etc.).
En ciertas realizaciones, la muestra de ácido nucleico a analizar se deriva de una única fuente (p. ej., un único organismo, virus, tejido, célula, sujeto, etc.), mientras que en otras realizaciones, la muestra de ácido nucleico es un conjunto de ácidos nucleicos extraídos de una pluralidad de fuentes (p. ej., un conjunto de ácidos nucleicos procedentes de una pluralidad de organismos, tejidos, células, sujetos, etc.), donde por "pluralidad" se entiende dos
o más. Como tal, en ciertas realizaciones, una muestra de ácido nucleico puede contener ácidos nucleicos procedentes de 2 o más fuentes, 3 o más fuentes, 5 o más fuentes, 10 o más fuentes, 50 o más fuentes, 100 o más fuentes, 500 o más fuentes, 1000 o más fuentes, 5000 o más fuentes, 10.000 o más fuentes, 25.000 o más fuentes, etc.
En ciertas realizaciones, los fragmentos de ácido nucleico se van a reunir con fragmentos de ácido nucleico se derivan de una pluralidad de fuentes (p. ej., una pluralidad de organismos, tejidos, células, sujetos, etc.), donde por "pluralidad" se entiende dos o más. En tales realizaciones, los ácidos nucleicos derivados de cada fuente incluyen un identificador multiplex (MID) de tal modo que se puede determinar la fuente de la que se deriva cada fragmento de ácido nucleico marcado. En tales realizaciones, cada fuente de la muestra de ácido nucleico se correlaciona con un MID único, donde por MID único se entiende que cada MID diferente empleado se puede diferenciar de cualquier otro MID empleado en virtud de al menos una característica, p. ej., la secuencia de ácido nucleico del MID. Se puede utilizar cualquier tipo de MID, incluyendo pero sin limitarse a los descritos en la solicitud de patente de EE.UU. número de serie 11/656,746, también en tramitación, presentada el 22 de enero de 2007, y titulada "Nucleic Acid Analysis Using Sequence Tokens", así como en la patente de Estados Unidos 7,393,665, expedida el 1 de julio de 2008, y titulada "Methods and Compositions for Tagging and Identifying Polynucleotides” que se citan como referencia por su descripción de etiquetas de ácidos nucleicos y su uso en la identificación de polinucleótidos. En ciertas realizaciones, un conjunto de MIDs empleados para marcar una pluralidad de muestras no necesita tener ninguna propiedad particular común (p. ej., Tm, longitud, composición de bases, etc.), ya que los métodos de marcado asimétrico (y muchos métodos de lectura de la marca, que incluyen pero no se limitan a la secuenciación de la marca o la medida de la longitud de la marca) pueden contener una amplia variedad de conjuntos de MID únicos.
Región de bases degeneradas (DBR)
Algunos aspectos de la presente invención incluyen métodos y composiciones para determinar o estimar el número de moléculas de polinucleótidos individuales procedentes de la misma región genómica de la misma muestra original que han sido secuenciadas en una configuración o proceso particular de análisis de secuencias. En estos aspectos de la invención, una región de bases degeneradas (DBR) se une a las moléculas de polinucleótidos de partida que se secuencian posteriormente (p. ej., después de que se realicen ciertas etapas del proceso, p. ej., la amplificación y/o el enriquecimiento, p. ej., la PCR). Como se detalla a continuación, la evaluación del número (y en algunos casos, la combinación) de diferentes secuencias de DBR presentes en una ronda de secuenciación permite el establecimiento del número (o número mínimo) de diferentes polinucleótidos de partida que han sido secuenciados para un polinucleótido particular (o región de interés; ROI). Este número se puede utilizar, por ejemplo, para dar una
10
15
20
25
30
35
40
medida estadística de la confianza en las identificaciones de alelos, aumentando de este modo la confianza en la realización de tales determinaciones de alelos (p. ej., cuando se identifican alelos homocigóticos). Las DBR permiten también la identificación de errores potenciales de secuenciación o amplificación que impactan negativamente en el análisis genético si no son detectados.
La secuenciación del ADN incluye típicamente un etapa de unión de un adaptador a los polinucleótidos en una muestra a secuenciar, donde el adaptador contiene un sitio del cebador de la secuenciación (p. ej., mediante ligamiento). Como se usa en el presente documento, un "sitio del cebador de secuenciación" es una región de un polinucleótido que es o bien idéntica o bien complementaria a la secuencia de un cebador de secuenciación (cuando está en la forma de cadena simple) o una región de cadena doble formada entre una secuencia del cebador de secuenciación y su complemento. La orientación específica de un sitio del cebador de secuenciación puede ser deducida por los expertos en la técnica a partir de las características estructurales del polinucleótido específico que contiene el sitio del cebador de secuenciación.
En adición al sitio del cebador de secuenciación, también está unida a los polinucleótidos una región de bases degeneradas (DBR), ya sea como parte del adaptador que contiene el sitio del cebador de secuenciación o de forma independiente (p. ej., en un segundo adaptador unido al polinucleótido). Se puede emplear cualquier método conveniente para la unión o adición de una DBR a los polinucleótidos. Una DBR es una región que puede tener una composición o secuencia de bases variable (que se puede considerar como "aleatoria") en comparación con otros polinucleótidos marcados de la muestra. El número de DBR diferentes en una población de polinucleótidos de una muestra dependerá del número de bases en la DBR, así como del número potencial de diferentes bases que pueden estar presentes en cada posición. Por lo tanto, una población de polinucleótidos que tiene unidas DBR con dos posiciones de bases, donde cada posición puede ser una cualquiera de A, C, G y T, tendrá potencialmente 16 DBR diferentes (AA, AC, AG, etc.). Las DBR pueden incluir por lo tanto 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más bases, incluyendo 15 o más, 20 o más, etc. En ciertas realizaciones, la DBR tiene de 3 a 10 bases de longitud. Además, cada posición en una DBR puede tener una composición de bases diferente. Por ejemplo, una DBR de 4 bases puede tener cualquiera de las siguientes composiciones: NNNN; NRSN; SWSW; BDHV (véase la Tabla 1 a continuación para el código de nucleótidos según la IUPAC). Se observa además que en ciertas realizaciones, una base en una DBR puede variar en virtud de tener una modificación detectable u otro resto unido a la misma. Por ejemplo, se pueden utilizar ciertas plataformas de secuenciación de nueva generación (p. ej., Pacific Biosciences™) para detectar diferencias de metilación en las bases durante el proceso de secuenciación. Como tal, una base no metilada en una DBR se podría distinguir de una base metilada en una DBR. Por lo tanto, no se pretende ninguna limitación con respecto a la longitud o composición de las bases de una DBR.
Código de nucleótidos según IUPAC
Base
A
Adenina
C
Citosina
G
Guanina
T (o U)
Timina (o uracilo)
R
A o G
Y
C o T
S
G o C
W
A o T
K
G o T
M
A o C
B
C o G o T
D
A o G o T
H
A o C o T
V
A o C o G
N
cualquier base
Se observa aquí que una DBR puede ser una única región (es decir, que tiene todas las bases de nucleótidos adyacentes entre sí) o puede estar presente en diferentes localizaciones en un polinucleótido (es decir, las bases de la DBR están separadas por secuencias no DBR, llamada también una DBR dividida). Por ejemplo, una DBR puede tener una o más bases en un primer adaptador en una primera localización en un polinucleótido y una o más bases en un segundo adaptador en una segunda localización en el mismo polinucleótido (p. ej., la DBR puede tener bases presentes en ambos extremos de un polinucleótido marcado asimétricamente, es decir, un polinucleótido que tiene adaptadores asimétricos). No se pretende ninguna limitación a este respecto.
Las DBR se pueden diseñar para facilitar la detección de los errores que se producen en las DBR durante los procesos de amplificación que se llevan a cabo antes del análisis de secuencia y/o los errores que se producen en la propia reacción de secuenciación. En tales realizaciones, las secuencias de DBR empleadas se diseñan de tal manera que un error en una secuencia de DBR no lleva necesariamente a la generación de otra posible secuencia de DBR (produciendo de ese modo la identificación incorrecta de replicones derivados del mismo molde como si
imagen8
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
El uso de una DBR como se describe aquí aumentará la confianza en la realización de identificaciones de alelos procedentes de muestras que tienen cantidades limitadas de ADN. Por ejemplo, si 16 lecturas de secuenciación de un alelo de un locus genético contienen todas la secuencia GA de DBR, entonces es probable que todas estas lecturas procedan de la misma molécula de polinucleótido parental (y por lo tanto no está justificada una identificación de un alelo homocigótico). Sin embargo, si las 16 lecturas de secuenciación tienen cada una, una secuencia de DBR diferente, se puede realizar una identificación homocigótica con más confianza, ya que cada lectura proviene de una molécula de polinucleótido parental diferente.
Se observa aquí que en muchas realizaciones, no es posible llegar a la conclusión de que los polinucleótidos que tienen secuencias de DBR idénticas se derivan de la misma molécula de polinucleótido parental, ya que múltiples DBR idénticas pueden estar presentes en los polinucleótidos unidos a la DBR. Por ejemplo, si una población de adaptadores que contiene una DBR de dos bases N se utiliza para marcar una muestra que contiene más de 16 polinucleótidos, un subconjunto de los polinucleótidos marcados tendrá idénticas DBR, y por lo tanto no será posible determinar que sus secuencias fueron derivadas de diferentes moléculas del polinucleótido parental.
Una manera a modo de ejemplo para determinar más exactamente el número real de moléculas de partida o moléculas parentales debería ser aumentar la degeneración de las DBR (es decir, aumentar el número de secuencias únicas en la DBR utilizadas para marcar la muestra particular de interés) de modo que es probable que cada molécula única tenga una DBR diferente. En cualquier caso, en métodos a modo de ejemplo, se puede utilizar el número de DBR observadas o también la distribución de probabilidad del número esperado de lecturas para producir muy probablemente el número observado de las DBR.
Cuando se calculan estimaciones de si una identificación de alelo particular es un heterocigoto o un homocigoto, se puede crear/emplear una función apropiada L(r,v) que restituye la probabilidad de un genotipo con las lecturas de referencia r y variante v. Cuando se emplean las DBR como se describe aquí, se puede utilizar una función modificada para el cálculo de los estimados L(r',v'), donde r' es el número de DBR únicas para la lectura de referencia y v' es el número de DBR únicas para la lectura variante. Se puede emplear cualquier función conveniente para realizar identificaciones de alelos y se puede modificar para emplear los datos relativos a las lecturas de DBR como se describe aquí.
Se observa aquí, que se pueden utilizar aspectos de la invención para aumentar la confianza en la identificación de las variaciones del número de copias en una muestra de polinucleótidos, p. ej., una muestra genómica. Las variaciones del número de copias pueden incluir reordenamientos genómicos tales como deleciones, duplicaciones, inversiones y translocaciones o aneuploidías cromosómicas enteras tales como monosomías, disomías, trisomías, tetrasomías y pentasomías. Considérese, por ejemplo, un suceso de duplicación donde los padres tienen genotipos CA y CC en un SNP dado, y el probando tiene genotipo ACC. En el padre con el genotipo AC, con suficiente profundidad de cobertura de secuenciación (es decir, suficientes lecturas de secuenciación), se espera que el número de las DBR asociadas con el alelo C y con el alelo A sea similar. En el probando, con suficiente profundidad de cobertura de secuenciación, se espera que el número de las DBR asociadas con el alelo C sea 2 veces el número de las DBR asociadas con el alelo A, lo que proporciona la prueba de un caso de duplicación que engloba el alelo C. El uso de las DBR, más que el número de lecturas de secuenciación, proporciona más confianza en la identificación de una variación del número de copias ya que la DBR se puede utilizar para identificar lecturas que se derivan de diferentes moléculas de polinucleótidos.
Ejemplos de aplicaciones de las DBR
Como se ha detallado antes, las DBR permiten la validación estadística de las variantes de secuencia en una muestra heterogénea, incluyendo genomas o conjuntos de genomas complejos. Por ejemplo, las DBR encuentran uso en el análisis de genomas complejos en muestras de tumores, muestras microbianas, muestras ambientales, etc.
A continuación se proporcionan ejemplos de métodos estadísticos y ejemplos de aplicaciones de las DBR. Las descripciones que siguen se indican sólo a modo de ejemplos y no pretenden limitar el alcance del empleo de las DBR en los análisis de polinucleótidos.
Métodos Estadísticos
Como se ha descrito antes, en aspectos de la presente invención, las rondas de bases degeneradas (las DBR) se utilizan para estimar, o para obtener una medida cuantitativa del número real de moléculas molde secuenciadas o analizadas en un proceso dado. Dos lecturas pueden tener la misma DBR ya sea porque las lecturas proceden de la misma molécula molde o porque las moléculas han recibido la misma DBR por casualidad. El número potencial de distintas moléculas molde secuenciadas varía del número de las DBR al número de lecturas. La distribución de las DBR desde un número de moléculas de partida viene dada por la distribución de ocupación [véase C.A. Charalambides and C.A. Charalambides. Combinatorial methods in discrete distributions. John Wiley and Sons, 2005]. Dado un número observado de DBR, el número probable de moléculas de partida se puede calcular utilizando la estimación de máxima probabilidad, u otras técnicas adecuadas. Alternativamente, para cada DBR, la molécula molde más probable se puede estimar utilizando la secuencia de consenso de todas las lecturas con esa particular
imagen9
Tabla I. Marcado de DBR en los ciclos 0 a 3 de una reacción de PCR para un único molde de doble cadena (A y B).
Ciclo
Cadena DBR 5' nº DBR 3' nº Cadena molde Sobreescritura de DBR
Ciclo 0
A - - -
B
- - -
Ciclo 1
A - - -
B
- - -
C
1 - A
D
2 - B
Ciclo 2
A - - -
B
- - -
C
1 - A
D
2 - B
E
3 - A
F
4 1 C
G
5 2 D
H
6 - B
Ciclo 3
A - - -
B
- - -
C
1 - A
D
2 - B
E
3 - A
F
4 1 C
G
5 2 D
H
6 - B
I
7 - A
J
8 3 E
K
9 4 F sobreescritura de DBR 1 con DBR 9
L
10 1 C
M
11 2 D
N
12 5 G sobreescritura de DBR 2 con DBR 12
O
13 6 H
P
14 - B
La Tabla I anterior y la Figura 3 muestran las cadenas que se han acumulado durante todo el proceso de la PCR. (Debe observarse el arrastre de las cadenas A y B del ciclo 0 a los ciclos 1, 2, y 3; el arrastre de las cadenas C y D 5 del ciclo 1 a los ciclos 2 y 3; etc.).
Dada la suficiente profundidad de secuenciación, las DBR se pueden utilizar para rastrear la molécula de origen, incluso si se ha producido una sobreescritura de la DBR. Por ejemplo, la cadena K tiene DBR 5' nº 9 y DBR 3' nº 4. La DBR nº 4 se comparte con la cadena F, que tiene DBR 5' nº 4 y DBR 3' nº 1. La DBR nº 1 se comparte con la cadena C. Por lo tanto las cadenas K y F se derivan originalmente de la cadena C. Del mismo modo, la cadena N
10 tiene DBR 5' nº 12 y DBR 3' nº 5. La DBR nº 5 se comparte con la cadena G, que tiene DBR 5' nº 5 y DBR 3' nº 2. La DBR nº 2 se comparte con la cadena D. Por lo tanto las cadenas N y G se derivan originalmente de la cadena D.
Como se ha expuesto anteriormente, los cebadores de la PCR que contienen DBR se eliminan después de los primeros ciclos (p. ej., después de la finalización del ciclo 3 como se muestra en la Tabla I).
La Figura 3 muestra un esquema para los 2 primeros ciclos de PCR para un único molde de cadena doble como se
15 muestra en la Tabla I. En el ciclo 0, sólo las cadenas molde de doble cadena están presentes, es decir, la cadena A de la parte superior y la cadena B de la parte inferior. Obsérvese que la dirección de las flechas sobre cada cadena en la Figura 3 indica la dirección 5' a 3'. En el primer ciclo de la PCR (ciclo 1), se producen 2 productos mediante el par de cebadores de la PCR (ambos miembros del par de cebadores incluyen una secuencia de DBR), la primera cadena (C) que tiene DBR nº 1 ("1" como se muestra en la figura) y la segunda (D) que tiene DBR2 ("2" como se
20 muestra en la figura). En el segundo ciclo de la PCR (ciclo 2), los cuatro moldes (A, B, C y D) producen 4 productos (E, F, G y H), que tiene cada uno, una subsiguiente DBR unida (DBR nº 3, nº 4, nº 5 y nº 6, respectivamente). Se debe observar que los productos generados a partir de los moldes C y D (F y G) tienen ahora las DBR en ambos extremos. El ciclo 3 (que no se muestra en la Figura 3) utiliza entonces los 8 moldes del ciclo 2 para producir 8
imagen10
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
número de polinucleótidos parentales en una muestra, se pueden evaluar la cantidad relativa o cuantitativa de las especies de polinucleótidos específicos y la confianza en la determinación de dichas especies. Por ejemplo, el análisis de una muestra de ADNc utilizando las DBR se puede emplear para evaluar los niveles relativos o cuantitativos de diferentes especies de ADNc en la muestra, proporcionando así una manera de determinar sus niveles relativos de expresión génica.
Las DBR en el análisis de muestras conjuntas
Otra aplicación de las DBR es en la realización de análisis genéticos sobre muestras reunidas de polinucleótidos en las que cada polinucleótido de la muestra conjunta incluye un MID específico para su muestra de origen (descrito en detalle anteriormente). Esto permite al usuario determinar la cobertura de secuencia de una especie de polinucleótidos específicos (o múltiples especies) de cada una de las muestras de origen que se reúnen para generar la muestra conjunta. Esto proporciona un mecanismo para asegurar que los polinucleótidos de cada muestra de partida en la muestra conjunta están representados adecuadamente. Por lo tanto, las realizaciones de la presente invención incluyen análisis de secuencias de polinucleótidos en una muestra conjunta, donde cada polinucleótido contiene un MID y una DBR. Se observa que en estas realizaciones, se puede usar el mismo diseño de DBR en conjunción con todas las muestras parentales/MIDs, ya que esta es la combinación de MID/DBR que se utiliza en el análisis de secuencias de la muestra específica.
Los análisis de la muestra conjunta utilizando los MID y DBR se utilizan en numerosos análisis genéticos, incluyendo la realización de identificaciones de alelos, la corrección de errores de secuencias, los análisis relativos y cuantitativos de la expresión génica, y similares. Se observa que al analizar polinucleótidos en una muestra conjunta de acuerdo con aspectos de la presente invención, es importante mantener tanto los dominios de MID como los dominios de DBR en cada etapa del flujo de trabajo que se emplea, ya que la pérdida de uno u otro dominio tendrá un impacto negativo sobre la confianza en los resultados obtenidos.
Se observa, además, que el uso de los dominios de MID y DBR en el análisis genético es especialmente potente cuando se combina con plataformas de secuenciación de nueva generación (NGS), muchas de las cuales proporcionan datos de secuencias para cada polinucleótido individual presente en la muestra a ser secuenciada. En contraste con los métodos convencionales de secuenciación en los que los clones individuales de los polinucleótidos se secuencian de forma independiente, las plataformas de secuenciación de nueva generación proporcionan secuencias de múltiples polinucleótidos diferentes en una muestra de forma simultánea. Esta diferencia permite que se hagan análisis estadísticos específicos de la muestra que no están limitados por tener que clonar y secuenciar de forma independiente cada polinucleótido. Por lo tanto, los análisis del dominio MID/DBR descritos en la presente memoria son sinérgicos con las plataformas de secuenciación de nueva generación, proporcionando mejores métodos estadísticos para analizar las cantidades muy grandes de datos de las secuencias de las muestras conjuntas.
Kits y sistemas
Se describen también kits y sistemas para la práctica de los métodos propuestos, es decir, para el uso de las DBR para determinar el número (o mínimo número), de diferentes polinucleótidos de partida que han sido secuenciados para un polinucleótido particular. Como tales, los sistemas y kits pueden incluir polinucleótidos que contienen las DBR (p. ej., adaptadores), así como cualquier otro dominio funcional de interés como se describe en el presente documento (p. ej., sitios de los cebadores de secuenciación, MID, secuencias reflejas, etc.). Los sistemas y kits pueden incluir también reactivos para llevar a cabo todas las etapas para unir los adaptadores a los polinucleótidos de una muestra parental, preparar una muestra parental para la unión adaptador/DBR, y/o reactivos para llevar a cabo las reacciones de secuenciación (p. ej., ligasas, enzimas de restricción, nucleótidos, polimerasas, cebadores, cebadores de secuenciación, dNTPs, ddNTPs, exonucleasas, etc.). Los diversos componentes de los sistemas y kits pueden estar presentes en recipientes separados o ciertos componentes compatibles pueden ser pre-reunidos en un único recipiente, según se desee.
Los sistemas y kits pueden incluir también uno o más de otros reactivos para preparar o procesar una muestra de ácido nucleico de acuerdo con los métodos propuestos. Los reactivos pueden incluir una o más matrices, disolventes, reactivos de preparación de muestras, tampones, reactivos de desalación, reactivos enzimáticos, reactivos desnaturalizantes, donde los estándares de calibración, tales como los controles positivos y negativos se pueden proporcionar también. Así pues, los kits pueden incluir uno o más recipientes tales como viales o frascos, conteniendo cada recipiente un componente separado para llevar a cabo una etapa de procesamiento o preparación de una muestra según la presente invención.
Además de los componentes mencionados antes, los kits incluyen típicamente además instrucciones para utilizar los componentes del kit para practicar los métodos propuestos, p. ej., para emplear las DBR como se ha descrito anteriormente. Las instrucciones para la práctica de los métodos de la invención generalmente se registran en un medio de registro adecuado. Por ejemplo, las instrucciones se pueden imprimir sobre un sustrato, tal como papel o plástico, etc. Como tales, las instrucciones pueden estar presentes en los kits como un prospecto, en el etiquetado del recipiente del kit o de sus componentes (es decir, asociado con el empaquetado o sub-empaquetado), etc. En otros kits, las instrucciones están presentes como un archivo electrónico de almacenamiento de datos presente en
10
15
20
25
30
35
40
45
un medio de almacenamiento legible por un ordenador adecuado, por ejemplo, CD-ROM, disquete, etc. Todavía en otros kits, las instrucciones reales no están presentes en el kit, pero se proporcionan medios para obtener las instrucciones de una fuente remota, p. ej., a través de Internet. Un ejemplo es un kit que incluye una dirección web en la que se pueden ver las instrucciones y/o de la que se pueden descargar las instrucciones. Al igual que con las instrucciones, este medio para obtener las instrucciones se registra en un sustrato adecuado.
Además de la base de datos, programación e instrucciones, los kits pueden incluir también una o más muestras control y reactivos, p. ej., dos o más muestras control para utilizar en el ensayo del kit.
Ejemplos
Métodos
Dos muestras idénticas de ADN genómico de ratón se marcaron con adaptadores. Una de las muestras utilizó un adaptador que tiene una región sintetizada de forma redundante que consiste en 7 bases (RYBDHVB), cada una de las cuales podría ser una de dos bases (para las posiciones R e Y) o de tres bases (para las posiciones B, D, H o V) (o un total de 972 secuencias diferentes), seguida por las bases ACA; la segunda muestra utilizó un adaptador que tiene una región sintetizada de forma redundante que consiste en 7 bases (RYBDHVB), cada una de las cuales podría ser una de dos bases (para las posiciones R e Y) o de tres bases (para las posiciones B, D, H o V) (o un total de 972 secuencias diferentes) seguida por las bases ACG. Nótese que las bases en negrita y subrayadas corresponden a un sitio polimórfico sintético. En estos adaptadores, la secuencia RYB sirve como la región DBR y la DHVB sirve como el MID. Por lo tanto, había presentes 12 posibles códigos de DBR (2 × 2 × 3) y 81 diferentes MID (3 × 3 × 3 × 3).
Se mezclaron después las dos muestras juntas en cantidades iguales para crear, en efecto, un perfecto heterocigoto 50/50 de tres bases A y G aguas abajo del MID (es decir, la secuencia DHVB). Diferentes cantidades de la mezcla (100 ng, 300 ng, 600 ng, 2500 ng, 5000 ng, y 10.000 ng) se sometieron a reacciones de interacción (pull-down) de hibridación seguidas por la amplificación a través de 10 ciclos de PCR con cebadores TiA y TiB. Las sondas de captura empleadas fueron oligonucleótidos purificados en cartucho en fase inversa de 60 meros 5'-biotinilados (Biosearch). Después de la amplificación con TiA y TiB, se utilizó una reacción secundaria de PCR con TiA y un cebador específico de la secuencia con cola de TiB (5'-CCTATCCCCTGTGTGCCTTGGCAGTCTCAGGGACACCCAGCCAAGACAGC-3') (SEQ ID NO: 1) para amplificar un fragmento específico. El fragmento de PCR generado a partir de cada muestra en la hibridación pulldown/PCR fue enviado para secuenciación con Shot 454 Ti para determinar la DBR, el MID y los alelos A/G.
La secuencia del amplicón procedente de la hibridación pull down/PCR se muestra a continuación (SEQ ID NO: 2). La región DBR está subrayada, el MID está en negrita, y el alelo (R, que corresponde a A o G) está en negrita y subrayado.
imagen11
Resultados
La Figura 1 muestra la relación de alelos para cada MID en la muestra. Los números en la parte superior de cada uno de los 6 paneles muestran la masa de entrada de ADN genómico utilizada (en nanogramos). El eje de abscisas muestra, para cualquier MID particular, la fracción de las lecturas de secuenciación de A, o calls (en inglés), (es decir, el número de lecturas de una de las bases polimórficas en la posición del SNP sintético) frente al número total de lecturas, por ejemplo, la relación de (lecturas de A)/(lecturas de A + lecturas de G). Esto se denomina la relación de alelos. El eje de ordenadas es el número de los MID observados con una relación particular de alelos (el número total de los MID, como se señaló anteriormente, es 81). Debido a que era sabido que el ADN de entrada tenía una relación de A/G 50/50, la relación de alelos para cada muestra debería ser 0,5.
Para una masa de entrada baja, la relación de alelos se distorsiona -demasiado alta o demasiado baja -debido a que las moléculas de entrada a la primera etapa de la PCR eran limitantes y por lo tanto se observó preferentemente uno de los dos alelos. Como la masa aumenta en la primera etapa, se observan ambos alelos y están cada vez más próximos a la relación esperada de 0,5. Este análisis demuestra que hubo una considerable caída de los alelos a 100 ng, 300 ng y 600 ng, mientras que hubo una pequeña o ninguna caída de los alelos en los niveles de entrada más altos.
imagen12

Claims (1)

  1. imagen1
ES13164430.4T 2010-09-21 2011-09-20 Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular Active ES2595433T3 (es)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US38500110P 2010-09-21 2010-09-21
US385001P 2010-09-21
US201161432119P 2011-01-12 2011-01-12
US201161432119P 2011-01-12

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2595433T3 true ES2595433T3 (es) 2016-12-30

Family

ID=45498036

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES11810645.9T Active ES2523140T3 (es) 2010-09-21 2011-09-20 Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular
ES16170857.3T Active ES2690753T3 (es) 2010-09-21 2011-09-20 Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular
ES13164430.4T Active ES2595433T3 (es) 2010-09-21 2011-09-20 Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular

Family Applications Before (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES11810645.9T Active ES2523140T3 (es) 2010-09-21 2011-09-20 Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular
ES16170857.3T Active ES2690753T3 (es) 2010-09-21 2011-09-20 Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular

Country Status (9)

Country Link
US (7) US8481292B2 (es)
EP (3) EP2619327B1 (es)
JP (2) JP5992911B2 (es)
CN (2) CN110878345A (es)
CA (1) CA2811185C (es)
DK (1) DK2623613T3 (es)
ES (3) ES2523140T3 (es)
PT (1) PT2623613T (es)
WO (1) WO2012038839A2 (es)

Families Citing this family (392)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7622296B2 (en) 2004-05-28 2009-11-24 Wafergen, Inc. Apparatus and method for multiplex analysis
ES2313143T3 (es) 2005-04-06 2009-03-01 Maurice Stroun Metodo para el diagnostico de cancer mediante la deteccion de adn y arn circulantes.
US20100130369A1 (en) * 2007-04-23 2010-05-27 Advanced Liquid Logic, Inc. Bead-Based Multiplexed Analytical Methods and Instrumentation
US9365901B2 (en) 2008-11-07 2016-06-14 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia
US8748103B2 (en) 2008-11-07 2014-06-10 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9394567B2 (en) 2008-11-07 2016-07-19 Adaptive Biotechnologies Corporation Detection and quantification of sample contamination in immune repertoire analysis
US9528160B2 (en) 2008-11-07 2016-12-27 Adaptive Biotechnolgies Corp. Rare clonotypes and uses thereof
EP2364368B1 (en) 2008-11-07 2014-01-15 Sequenta, Inc. Methods of monitoring conditions by sequence analysis
US9506119B2 (en) 2008-11-07 2016-11-29 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of sequence determination using sequence tags
US8628927B2 (en) 2008-11-07 2014-01-14 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
DK3059337T3 (da) 2009-01-15 2019-07-22 Adaptive Biotechnologies Corp Adaptive immunity profiling og metoder til frembringelse af monoklonale antibodier
WO2010127186A1 (en) 2009-04-30 2010-11-04 Prognosys Biosciences, Inc. Nucleic acid constructs and methods of use
RU2014144463A (ru) 2009-06-25 2015-06-20 Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер Способ измерения адаптивного иммунитета
US9315857B2 (en) 2009-12-15 2016-04-19 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
AU2011237729B2 (en) 2010-04-05 2014-04-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
EP2619327B1 (en) * 2010-09-21 2014-10-22 Population Genetics Technologies LTD. Increasing confidence of allele calls with molecular counting
WO2012054873A2 (en) * 2010-10-22 2012-04-26 Cold Spring Harbor Laboratory Varietal counting of nucleic acids for obtaining genomic copy number information
WO2012129363A2 (en) 2011-03-24 2012-09-27 President And Fellows Of Harvard College Single cell nucleic acid detection and analysis
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
AU2012242847B2 (en) 2011-04-15 2017-01-19 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
WO2012149042A2 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
US10385475B2 (en) 2011-09-12 2019-08-20 Adaptive Biotechnologies Corp. Random array sequencing of low-complexity libraries
SG10201510189WA (en) 2011-10-19 2016-01-28 Nugen Technologies Inc Compositions And Methods For Directional Nucleic Acid Amplification And Sequencing
US9279159B2 (en) 2011-10-21 2016-03-08 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
EP3388535B1 (en) 2011-12-09 2021-03-24 Adaptive Biotechnologies Corporation Diagnosis of lymphoid malignancies and minimal residual disease detection
US9499865B2 (en) 2011-12-13 2016-11-22 Adaptive Biotechnologies Corp. Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes
SG11201404243WA (en) 2012-01-26 2014-08-28 Nugen Technologies Inc Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation
HUE053360T2 (hu) 2012-02-17 2021-06-28 Hutchinson Fred Cancer Res Kompozíciók és eljárások mutációk pontos azonosítására
CA2865575C (en) 2012-02-27 2024-01-16 Cellular Research, Inc. Compositions and kits for molecular counting
US11177020B2 (en) 2012-02-27 2021-11-16 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and uses for molecular tags
EP2820155B1 (en) * 2012-02-28 2017-07-26 Population Genetics Technologies Ltd. Method for attaching a counter sequence to a nucleic acid sample
DK2823060T3 (en) 2012-03-05 2018-05-28 Adaptive Biotechnologies Corp Determination of associated immune receptor chains from frequency-matched subunits
EP2825675B1 (en) 2012-03-13 2017-12-27 Patel, Abhijit Ajit Measurement of nucleic acid variants using highly-multiplexed error-suppressed deep sequencing
ES2828661T3 (es) 2012-03-20 2021-05-27 Univ Washington Through Its Center For Commercialization Métodos para reducir la tasa de error de la secuenciación de ADN masiva en paralelo mediante el uso de la secuenciación de secuencia consenso bicatenaria
EP3091089B1 (en) 2012-05-08 2019-01-23 Adaptive Biotechnologies Corporation Method for measuring and calibrating amplification bias in multiplexed pcr reactions
JP6181751B2 (ja) 2012-06-18 2017-08-16 ニューゲン テクノロジーズ， インコーポレイテッド 望まれない核酸配列のネガティブ選択のための組成物および方法
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
US9701998B2 (en) 2012-12-14 2017-07-11 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10323279B2 (en) 2012-08-14 2019-06-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10584381B2 (en) 2012-08-14 2020-03-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US11591637B2 (en) 2012-08-14 2023-02-28 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US9951386B2 (en) 2014-06-26 2018-04-24 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10221442B2 (en) 2012-08-14 2019-03-05 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for sample processing
US10273541B2 (en) 2012-08-14 2019-04-30 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10752949B2 (en) 2012-08-14 2020-08-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
JP6367196B2 (ja) 2012-08-14 2018-08-01 テンエックス・ジェノミクス・インコーポレイテッド マイクロカプセル組成物および方法
US11913065B2 (en) 2012-09-04 2024-02-27 Guardent Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US20160040229A1 (en) 2013-08-16 2016-02-11 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
DE202013012824U1 (de) 2012-09-04 2020-03-10 Guardant Health, Inc. Systeme zum Erfassen von seltenen Mutationen und einer Kopienzahlvariation
US20160002731A1 (en) 2012-10-01 2016-01-07 Adaptive Biotechnologies Corporation Immunocompetence assessment by adaptive immune receptor diversity and clonality characterization
US9593365B2 (en) 2012-10-17 2017-03-14 Spatial Transcriptions Ab Methods and product for optimising localised or spatial detection of gene expression in a tissue sample
US10150996B2 (en) 2012-10-19 2018-12-11 Adaptive Biotechnologies Corp. Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
ES2701742T3 (es) 2012-10-29 2019-02-25 Univ Johns Hopkins Prueba de Papanicolaou para cánceres de ovario y de endometrio
CN104903466B (zh) 2012-11-05 2016-11-23 鲁比康基因组学公司 条形编码核酸
US10533221B2 (en) 2012-12-14 2020-01-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
EP3567116A1 (en) 2012-12-14 2019-11-13 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
WO2014110528A1 (en) 2013-01-13 2014-07-17 Unitaq Bio Methods and compositions for pcr using blocked and universal primers
KR102190198B1 (ko) 2013-02-08 2020-12-14 10엑스 제노믹스, 인크. 폴리뉴클레오티드 바코드 생성
EP2774998A1 (en) 2013-03-08 2014-09-10 Roche Diagniostics GmbH Improved sequence tags
CN114574581A (zh) 2013-03-15 2022-06-03 夸登特健康公司 检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法
WO2014144495A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Abvitro, Inc. Single cell bar-coding for antibody discovery
WO2014144092A1 (en) * 2013-03-15 2014-09-18 Nugen Technologies, Inc. Sequential sequencing
DK3013983T3 (da) 2013-06-25 2023-03-06 Prognosys Biosciences Inc Spatialt kodede biologiske assays ved brug af en mikrofluidisk anordning
US9708657B2 (en) 2013-07-01 2017-07-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Method for generating clonotype profiles using sequence tags
TWI707038B (zh) 2013-08-05 2020-10-11 美商扭轉生物科技有限公司 重新合成之基因庫
US9567645B2 (en) 2013-08-28 2017-02-14 Cellular Research, Inc. Massively parallel single cell analysis
US10395758B2 (en) 2013-08-30 2019-08-27 10X Genomics, Inc. Sequencing methods
JP2017504307A (ja) 2013-10-07 2017-02-09 セルラー リサーチ， インコーポレイテッド アレイ上のフィーチャーをデジタルカウントするための方法およびシステム
EP3066114B1 (en) 2013-11-07 2019-11-13 Agilent Technologies, Inc. Plurality of transposase adapters for dna manipulations
CA2929596C (en) * 2013-11-13 2022-07-05 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
DK3077539T3 (en) 2013-12-02 2018-11-19 Personal Genome Diagnostics Inc Procedure for evaluating minority variations in a sample
US9824068B2 (en) 2013-12-16 2017-11-21 10X Genomics, Inc. Methods and apparatus for sorting data
ES2660989T3 (es) 2013-12-28 2018-03-27 Guardant Health, Inc. Métodos y sistemas para detectar variantes genéticas
JP7016215B2 (ja) 2014-01-27 2022-02-04 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション 配列決定のために核酸を調製する方法
CN104834833B (zh) * 2014-02-12 2017-12-05 深圳华大基因科技有限公司 单核苷酸多态性的检测方法及装置
US9745614B2 (en) 2014-02-28 2017-08-29 Nugen Technologies, Inc. Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors
WO2015134787A2 (en) 2014-03-05 2015-09-11 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods using randomer-containing synthetic molecules
US10066265B2 (en) 2014-04-01 2018-09-04 Adaptive Biotechnologies Corp. Determining antigen-specific t-cells
CA2943624A1 (en) 2014-04-10 2015-10-15 10X Genomics, Inc. Fluidic devices, systems, and methods for encapsulating and partitioning reagents, and applications of same
US9757707B2 (en) 2014-06-12 2017-09-12 Takara Bio Usa, Inc. Single cell capture with capture chips
EP3155396A4 (en) 2014-06-12 2017-12-27 Wafergen, Inc. Single cell capture with polymer capture films
JP2017526046A (ja) 2014-06-26 2017-09-07 １０エックス ゲノミクス，インコーポレイテッド 核酸配列アセンブルのプロセス及びシステム
US12312640B2 (en) 2014-06-26 2025-05-27 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
EP4574974A3 (en) 2014-06-26 2025-10-08 10x Genomics, Inc. Methods of analyzing nucleic acids from individual cells or cell populations
WO2015200869A1 (en) 2014-06-26 2015-12-30 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
WO2016002875A1 (ja) * 2014-07-02 2016-01-07 株式会社Ｄｎａチップ研究所 核酸分子数計測法
CN107075581B (zh) 2014-08-06 2022-03-18 纽亘技术公司 由靶向测序进行数字测量
US20160053301A1 (en) 2014-08-22 2016-02-25 Clearfork Bioscience, Inc. Methods for quantitative genetic analysis of cell free dna
KR102541849B1 (ko) 2014-09-15 2023-06-09 에이비비트로, 엘엘씨 고-처리량 뉴클레오티드 라이브러리 서열결정
CA2966201A1 (en) 2014-10-29 2016-05-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from many samples
WO2016069939A1 (en) 2014-10-29 2016-05-06 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
US9975122B2 (en) 2014-11-05 2018-05-22 10X Genomics, Inc. Instrument systems for integrated sample processing
US10246701B2 (en) 2014-11-14 2019-04-02 Adaptive Biotechnologies Corp. Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture
EP3224384A4 (en) 2014-11-25 2018-04-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Characterization of adaptive immune response to vaccination or infection using immune repertoire sequencing
CN107427808B (zh) 2015-01-12 2020-10-23 10X基因组学有限公司 用于制备核酸测序文库的方法和系统以及用其制备的文库
WO2016115273A1 (en) 2015-01-13 2016-07-21 10X Genomics, Inc. Systems and methods for visualizing structural variation and phasing information
WO2016115550A1 (en) * 2015-01-16 2016-07-21 Seqwell, Inc. Normalized iterative barcoding and sequencing of dna collections
EP3247804B1 (en) * 2015-01-23 2020-08-05 Qiagen Sciences, LLC High multiplex pcr with molecular barcoding
CA3012122A1 (en) * 2015-01-23 2016-07-28 Washington University Detection of rare sequence variants, methods and compositions therefor
WO2016126882A1 (en) 2015-02-04 2016-08-11 Twist Bioscience Corporation Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly
CN107208156B (zh) 2015-02-09 2021-10-08 10X基因组学有限公司 用于使用变异识别数据来确定结构变异和定相的系统和方法
US10421993B2 (en) 2015-02-11 2019-09-24 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing non-specific amplification products
EP3259371B1 (en) 2015-02-19 2020-09-02 Becton, Dickinson and Company High-throughput single-cell analysis combining proteomic and genomic information
WO2016134342A1 (en) 2015-02-20 2016-08-25 Wafergen, Inc. Method for rapid accurate dispensing, visualization and analysis of single cells
US11047008B2 (en) 2015-02-24 2021-06-29 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods for diagnosing infectious disease and determining HLA status using immune repertoire sequencing
CN107532202A (zh) 2015-02-24 2018-01-02 10X 基因组学有限公司 用于靶向核酸序列覆盖的方法
EP3262407B1 (en) 2015-02-24 2023-08-30 10X Genomics, Inc. Partition processing methods and systems
WO2016138080A1 (en) 2015-02-24 2016-09-01 Trustees Of Boston University Protection of barcodes during dna amplification using molecular hairpins
CN107208158B (zh) 2015-02-27 2022-01-28 贝克顿迪金森公司 空间上可寻址的分子条形编码
EP3835431B1 (en) 2015-03-30 2022-11-02 Becton, Dickinson and Company Methods for combinatorial barcoding
WO2016161273A1 (en) 2015-04-01 2016-10-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of identifying human compatible t cell receptors specific for an antigenic target
CN120425026A (zh) 2015-04-10 2025-08-05 十程基因技术瑞典公司 生物样本的空间区别、多重核酸分析
KR20250005546A (ko) 2015-04-13 2025-01-09 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 안지오포이에틴-유사 3(angptl3) irna 조성물 및 이의 이용 방법
US9981239B2 (en) 2015-04-21 2018-05-29 Twist Bioscience Corporation Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis
US11390914B2 (en) 2015-04-23 2022-07-19 Becton, Dickinson And Company Methods and compositions for whole transcriptome amplification
US10844428B2 (en) 2015-04-28 2020-11-24 Illumina, Inc. Error suppression in sequenced DNA fragments using redundant reads with unique molecular indices (UMIS)
WO2016181128A1 (en) 2015-05-11 2016-11-17 Genefirst Ltd Methods, compositions, and kits for preparing sequencing library
WO2016196229A1 (en) 2015-06-01 2016-12-08 Cellular Research, Inc. Methods for rna quantification
JP6698708B2 (ja) 2015-06-09 2020-05-27 ライフ テクノロジーズ コーポレーション 分子タグ付けのための方法、システム、組成物、キット、装置、及びコンピュータ可読媒体
GB2539675B (en) 2015-06-23 2017-11-22 Cs Genetics Ltd Libraries of multimeric barcoding reagents and kits thereof for labelling nucleic acids for sequencing
WO2017027653A1 (en) 2015-08-11 2017-02-16 The Johns Hopkins University Assaying ovarian cyst fluid
US12540351B2 (en) 2015-09-02 2026-02-03 Guardant Health, Inc. Identification of somatic mutations versus germline variants for cell-free DNA variant calling applications
US11302416B2 (en) 2015-09-02 2022-04-12 Guardant Health Machine learning for somatic single nucleotide variant detection in cell-free tumor nucleic acid sequencing applications
EP3347466B9 (en) 2015-09-08 2024-06-26 Cold Spring Harbor Laboratory Genetic copy number determination using high throughput multiplex sequencing of smashed nucleotides
JP6940484B2 (ja) 2015-09-11 2021-09-29 セルラー リサーチ， インコーポレイテッド ライブラリー正規化のための方法および組成物
KR20180050411A (ko) 2015-09-18 2018-05-14 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 올리고핵산 변이체 라이브러리 및 그의 합성
CN108698012A (zh) 2015-09-22 2018-10-23 特韦斯特生物科学公司 用于核酸合成的柔性基底
US10465232B1 (en) 2015-10-08 2019-11-05 Trace Genomics, Inc. Methods for quantifying efficiency of nucleic acid extraction and detection
CN108449933A (zh) * 2015-11-18 2018-08-24 宝生物工程（美国)有限公司 用于汇集来自多孔装置的样品的系统和方法
US11371094B2 (en) 2015-11-19 2022-06-28 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides
WO2017095958A1 (en) 2015-12-01 2017-06-08 Twist Bioscience Corporation Functionalized surfaces and preparation thereof
SG10202108763UA (en) 2015-12-04 2021-09-29 10X Genomics Inc Methods and compositions for nucleic acid analysis
PL3387152T3 (pl) 2015-12-08 2022-05-09 Twinstrand Biosciences, Inc. Ulepszone adaptory, sposoby i kompozycje do sekwencjonowania dupleksowego
CN117174167A (zh) 2015-12-17 2023-12-05 夸登特健康公司 通过分析无细胞dna确定肿瘤基因拷贝数的方法
SG11201806757XA (en) 2016-02-11 2018-09-27 10X Genomics Inc Systems, methods, and media for de novo assembly of whole genome sequence data
EP3433382B1 (en) 2016-03-25 2021-09-01 Karius, Inc. Synthetic nucleic acid spike-ins
PL3440205T3 (pl) 2016-04-07 2021-11-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Nieinwazyjna diagnostyka poprzez sekwencjonowanie 5-hydroksymetylowanego dna bezkomórkowego
WO2017181146A1 (en) 2016-04-14 2017-10-19 Guardant Health, Inc. Methods for early detection of cancer
US11384382B2 (en) 2016-04-14 2022-07-12 Guardant Health, Inc. Methods of attaching adapters to sample nucleic acids
EP3452614B1 (en) 2016-05-02 2023-06-28 Becton, Dickinson and Company Accurate molecular barcoding
EP3452618A4 (en) 2016-05-06 2019-12-11 Regents of the University of Minnesota ANALYTICAL STANDARDS AND METHOD FOR USE THEREOF
WO2017197343A2 (en) 2016-05-12 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic on-chip filters
WO2017197338A1 (en) 2016-05-13 2017-11-16 10X Genomics, Inc. Microfluidic systems and methods of use
US10301677B2 (en) 2016-05-25 2019-05-28 Cellular Research, Inc. Normalization of nucleic acid libraries
CN109074430B (zh) 2016-05-26 2022-03-29 贝克顿迪金森公司 分子标记计数调整方法
US10202641B2 (en) 2016-05-31 2019-02-12 Cellular Research, Inc. Error correction in amplification of samples
US10640763B2 (en) 2016-05-31 2020-05-05 Cellular Research, Inc. Molecular indexing of internal sequences
ES2898088T3 (es) 2016-06-01 2022-03-03 Hoffmann La Roche Inmuno-PETE
US11066704B2 (en) 2016-06-10 2021-07-20 Seegene, Inc. Methods for preparing tagging oligonucleotides
EP4257701A3 (en) 2016-06-30 2023-12-20 Grail, LLC Differential tagging of rna for preparation of a cell-free dna/rna sequencing library
WO2018013710A1 (en) 2016-07-12 2018-01-18 F. Hoffman-La Roche Ag Primer extension target enrichment
US11460405B2 (en) 2016-07-21 2022-10-04 Takara Bio Usa, Inc. Multi-Z imaging and dispensing with multi-well devices
KR102212257B1 (ko) 2016-08-22 2021-02-04 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 드 노보 합성된 핵산 라이브러리
JP7217224B2 (ja) 2016-08-25 2023-02-02 レゾリューション バイオサイエンス， インコーポレイテッド Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法
US10428325B1 (en) 2016-09-21 2019-10-01 Adaptive Biotechnologies Corporation Identification of antigen-specific B cell receptors
WO2018057526A2 (en) 2016-09-21 2018-03-29 Twist Bioscience Corporation Nucleic acid based data storage
AU2017331459B2 (en) 2016-09-26 2023-04-13 Becton, Dickinson And Company Measurement of protein expression using reagents with barcoded oligonucleotide sequences
US9850523B1 (en) 2016-09-30 2017-12-26 Guardant Health, Inc. Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids
KR20240155386A (ko) 2016-09-30 2024-10-28 가던트 헬쓰, 인크. 무세포 핵산의 다중-해상도 분석 방법
US10190155B2 (en) 2016-10-14 2019-01-29 Nugen Technologies, Inc. Molecular tag attachment and transfer
MX2018013686A (es) * 2016-10-24 2019-05-02 Two Pore Guys Inc Abundancia fraccional de secuencias de polinucleotidos en una muestra.
JP6941680B2 (ja) 2016-10-24 2021-09-29 ジェネインフォセック、インコーポレイテッド 核酸内に存在する情報の秘匿化
CN109844137B (zh) 2016-10-31 2022-04-26 豪夫迈·罗氏有限公司 用于鉴定嵌合产物的条形码化环状文库构建
AU2017359048B2 (en) 2016-11-08 2022-07-21 Becton, Dickinson And Company Methods for expression profile classification
KR102790039B1 (ko) 2016-11-08 2025-04-04 벡톤 디킨슨 앤드 컴퍼니 세포 표지 분류 방법
EP3554514A4 (en) 2016-12-16 2020-08-05 Twist Bioscience Corporation BANKS OF VARIANTS OF IMMUNOLOGICAL SYNAPSE AND THEIR SYNTHESIS
US10550429B2 (en) 2016-12-22 2020-02-04 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10011872B1 (en) 2016-12-22 2018-07-03 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US10815525B2 (en) 2016-12-22 2020-10-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
GB201622219D0 (en) 2016-12-23 2017-02-08 Cs Genetics Ltd Methods and reagents for molecular barcoding
GB201622222D0 (en) 2016-12-23 2017-02-08 Cs Genetics Ltd Reagents and methods for molecular barcoding of nucleic acids of single cells
WO2018132459A1 (en) 2017-01-10 2018-07-19 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing redundant molecular barcodes created in primer extension reactions
ES2961580T3 (es) 2017-01-13 2024-03-12 Cellular Res Inc Revestimiento hidrófilo de canales de fluidos
US10844429B2 (en) * 2017-01-18 2020-11-24 Illumina, Inc. Methods and systems for generation and error-correction of unique molecular index sets with heterogeneous molecular lengths
EP4310183B1 (en) 2017-01-30 2025-07-09 10X Genomics, Inc. Methods and systems for droplet-based single cell barcoding
US12264411B2 (en) 2017-01-30 2025-04-01 10X Genomics, Inc. Methods and systems for analysis
CN110382708A (zh) 2017-02-01 2019-10-25 赛卢拉研究公司 使用阻断性寡核苷酸进行选择性扩增
US10995333B2 (en) 2017-02-06 2021-05-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation
CN110892485B (zh) 2017-02-22 2024-03-22 特韦斯特生物科学公司 基于核酸的数据存储
US12297491B2 (en) 2017-03-08 2025-05-13 Roche Sequencing Solutions, Inc. Primer extension target enrichment and improvements thereto including simultaneous enrichment of DNA and RNA
CN110352251A (zh) 2017-03-08 2019-10-18 豪夫迈·罗氏有限公司 引物延伸靶标富集及对其的包括同时富集dna和rna的改进
AU2018234629A1 (en) 2017-03-15 2019-10-17 Twist Bioscience Corporation Variant libraries of the immunological synapse and synthesis thereof
US11584958B2 (en) 2017-03-31 2023-02-21 Grail, Llc Library preparation and use thereof for sequencing based error correction and/or variant identification
US12492430B2 (en) 2017-04-11 2025-12-09 Tecan Genomics, Inc. Library quantitation and qualification
CN120796437A (zh) 2017-04-17 2025-10-17 吉复生物科技有限公司 用于制备核酸文库的方法、组合物和试剂盒
CN110870018B (zh) 2017-05-19 2024-11-22 10X基因组学有限公司 用于分析数据集的系统和方法
US10844372B2 (en) 2017-05-26 2020-11-24 10X Genomics, Inc. Single cell analysis of transposase accessible chromatin
CN109526228B (zh) 2017-05-26 2022-11-25 10X基因组学有限公司 转座酶可接近性染色质的单细胞分析
WO2018226293A1 (en) 2017-06-05 2018-12-13 Becton, Dickinson And Company Sample indexing for single cells
WO2018231864A1 (en) 2017-06-12 2018-12-20 Twist Bioscience Corporation Methods for seamless nucleic acid assembly
JP7169999B2 (ja) 2017-06-12 2022-11-11 ツイスト バイオサイエンス コーポレーション シームレス核酸アセンブリのための方法
US11542540B2 (en) 2017-06-16 2023-01-03 Life Technologies Corporation Control nucleic acids, and compositions, kits, and uses thereof
US11505826B2 (en) 2017-07-12 2022-11-22 Agilent Technologies, Inc. Sequencing method for genomic rearrangement detection
CN120400338A (zh) 2017-08-07 2025-08-01 约翰斯霍普金斯大学 用于评估和治疗癌症的方法和材料
AU2018328847A1 (en) 2017-09-11 2020-04-23 Twist Bioscience Corporation GPCR binding proteins and synthesis thereof
CN111315895A (zh) 2017-09-14 2020-06-19 豪夫迈·罗氏有限公司 用于产生环状单链dna文库的新型方法
US11447818B2 (en) 2017-09-15 2022-09-20 Illumina, Inc. Universal short adapters with variable length non-random unique molecular identifiers
EP3682027B1 (en) 2017-09-15 2025-02-26 F. Hoffmann-La Roche AG Hybridization-extension-ligation strategy for generating circular single-stranded dna libraries
US10837047B2 (en) 2017-10-04 2020-11-17 10X Genomics, Inc. Compositions, methods, and systems for bead formation using improved polymers
EP3692166A1 (en) 2017-10-06 2020-08-12 H. Hoffnabb-La Roche Ag Circularization methods for single molecule sequencing sample preparation
US11099202B2 (en) 2017-10-20 2021-08-24 Tecan Genomics, Inc. Reagent delivery system
WO2019079769A1 (en) 2017-10-20 2019-04-25 Twist Bioscience Corporation HEATED NANOWELLS FOR THE SYNTHESIS OF POLYNUCLEOTIDES
WO2019084043A1 (en) 2017-10-26 2019-05-02 10X Genomics, Inc. METHODS AND SYSTEMS FOR NUCLEIC ACID PREPARATION AND CHROMATIN ANALYSIS
CN111479631B (zh) 2017-10-27 2022-02-22 10X基因组学有限公司 用于样品制备和分析的方法和系统
WO2019086531A1 (en) 2017-11-03 2019-05-09 F. Hoffmann-La Roche Ag Linear consensus sequencing
WO2019090147A1 (en) 2017-11-03 2019-05-09 Guardant Health, Inc. Correcting for deamination-induced sequence errors
ES2977793T3 (es) 2017-11-08 2024-08-30 Twinstrand Biosciences Inc Reactivos y adaptadores para la secuenciación de ácidos nucleicos y métodos para fabricar dichos reactivos y adaptadores
CN111051523B (zh) 2017-11-15 2024-03-19 10X基因组学有限公司 功能化凝胶珠
US10829815B2 (en) 2017-11-17 2020-11-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles
US11254980B1 (en) 2017-11-29 2022-02-22 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods of profiling targeted polynucleotides while mitigating sequencing depth requirements
WO2019108851A1 (en) 2017-11-30 2019-06-06 10X Genomics, Inc. Systems and methods for nucleic acid preparation and analysis
CN111699388B (zh) 2017-12-12 2024-08-02 10X基因组学有限公司 用于单细胞处理的系统和方法
WO2019126209A1 (en) 2017-12-19 2019-06-27 Cellular Research, Inc. Particles associated with oligonucleotides
EP3728586B1 (en) 2017-12-21 2023-06-07 F. Hoffmann-La Roche AG Target enrichment by unidirectional dual probe primer extension
CN111712579B (zh) 2017-12-22 2024-10-15 10X基因组学有限公司 用于处理来自一个或多个细胞的核酸分子的系统和方法
US11701656B2 (en) 2018-01-02 2023-07-18 The Regents Of The University Of Michigan Multi-droplet capture
EP4715681A2 (en) 2018-01-04 2026-03-25 Atlas Data Storage, Inc. Dna-based digital information storage
EP3749782B1 (en) 2018-02-05 2022-11-02 F. Hoffmann-La Roche AG Generation of single-stranded circular dna templates for single molecule sequencing
SG11202007686VA (en) 2018-02-12 2020-09-29 10X Genomics Inc Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations
CN112105626A (zh) 2018-02-14 2020-12-18 蓝星基因组股份有限公司 用于dna、特别是细胞游离dna的表观遗传学分析的方法
US11639928B2 (en) 2018-02-22 2023-05-02 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing analytes from individual cells or cell populations
WO2019169028A1 (en) 2018-02-28 2019-09-06 10X Genomics, Inc. Transcriptome sequencing through random ligation
WO2019166530A1 (en) 2018-03-02 2019-09-06 F. Hoffmann-La Roche Ag Generation of single-stranded circular dna templates for single molecule sequencing
GB201804641D0 (en) 2018-03-22 2018-05-09 Inivata Ltd Methods of sequencing nucleic acids and error correction of sequence reads
AU2019249422B2 (en) 2018-04-02 2025-09-25 Grail, Inc. Methylation markers and targeted methylation probe panels
WO2019191900A1 (en) 2018-04-03 2019-10-10 Burning Rock Biotech Compositions and methods for preparing nucleic acid libraries
WO2019195166A1 (en) 2018-04-06 2019-10-10 10X Genomics, Inc. Systems and methods for quality control in single cell processing
EP3788171B1 (en) 2018-05-03 2023-04-05 Becton, Dickinson and Company High throughput multiomics sample analysis
EP3788170B1 (en) 2018-05-03 2025-01-01 Becton, Dickinson and Company Molecular barcoding on opposite transcript ends
US20210222251A1 (en) 2018-05-08 2021-07-22 Roche Sequencing Solutions, Inc. Method of cancer prognosis by assessing tumor variant diversity
WO2019217758A1 (en) 2018-05-10 2019-11-14 10X Genomics, Inc. Methods and systems for molecular library generation
IL278771B2 (en) 2018-05-18 2025-09-01 Twist Bioscience Corp Polynucleotides, reagents and methods for nucleic acid hybridization
US11932899B2 (en) 2018-06-07 2024-03-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for characterizing nucleic acid molecules
US11603565B2 (en) 2018-06-15 2023-03-14 Roche Sequencing Solutions, Inc. System for identification of antigens recognized by T cell receptors expressed on tumor infiltrating lymphocytes
US11703427B2 (en) 2018-06-25 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods and systems for cell and bead processing
WO2020014693A1 (en) 2018-07-12 2020-01-16 Twinstrand Biosciences, Inc. Methods and reagents for characterizing genomic editing, clonal expansion, and associated applications
US12188014B1 (en) 2018-07-25 2025-01-07 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for nucleic acid processing using blocking agents
WO2020021119A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 F. Hoffmann-La Roche Ag Method of monitoring effectiveness of immunotherapy of cancer patients
US20200032335A1 (en) 2018-07-27 2020-01-30 10X Genomics, Inc. Systems and methods for metabolome analysis
SG11202101164TA (en) 2018-08-03 2021-03-30 10X Genomics Inc Methods and systems to minimize barcode exchange
US12065688B2 (en) 2018-08-20 2024-08-20 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for cellular processing
WO2020041148A1 (en) 2018-08-20 2020-02-27 10X Genomics, Inc. Methods and systems for detection of protein-dna interactions using proximity ligation
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
WO2020047553A1 (en) 2018-08-31 2020-03-05 Guardant Health, Inc. Genetic variant detection based on merged and unmerged reads
JP7152599B2 (ja) 2018-09-21 2022-10-12 エフ．ホフマン－ラ ロシュ アーゲー 塩基配列決定のためのモジュール式およびコンビナトリアル核酸試料調製のためのシステムおよび方法
IL281741B2 (en) 2018-09-27 2026-04-01 Grail Inc Methylation markers and a targeted methylation detection panel
WO2020072380A1 (en) 2018-10-01 2020-04-09 Cellular Research, Inc. Determining 5' transcript sequences
EP3877520B1 (en) 2018-11-08 2025-03-19 Becton, Dickson And Company Whole transcriptome analysis of single cells using random priming
EP4428234B1 (en) 2018-11-21 2025-12-24 Karius, Inc. Direct-to-library methods, systems, and compositions
US12529094B2 (en) 2018-12-10 2026-01-20 10X Genomics, Inc. Imaging system hardware
US11459607B1 (en) 2018-12-10 2022-10-04 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes
US20220290217A1 (en) 2018-12-10 2022-09-15 10X Genomics, Inc. Resolving spatial arrays using deconvolution
EP4745247A2 (en) 2018-12-13 2026-05-20 Becton Dickinson Co SELECTIVE EXTENSION IN A SINGLE-CELL WHOLE-TRANSCRIPTOME ANALYSIS
WO2020139871A1 (en) 2018-12-26 2020-07-02 Twist Bioscience Corporation Highly accurate de novo polynucleotide synthesis
US20220081714A1 (en) 2019-01-04 2022-03-17 Northwestern University Storing temporal data into dna
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US12169198B2 (en) 2019-01-08 2024-12-17 10X Genomics, Inc. Systems and methods for sample analysis
US11845983B1 (en) 2019-01-09 2023-12-19 10X Genomics, Inc. Methods and systems for multiplexing of droplet based assays
WO2020150356A1 (en) 2019-01-16 2020-07-23 Becton, Dickinson And Company Polymerase chain reaction normalization through primer titration
CN113574178B (zh) 2019-01-23 2024-10-29 贝克顿迪金森公司 与抗体关联的寡核苷酸
CA3126428A1 (en) 2019-01-31 2020-08-06 Guardant Health, Inc. Compositions and methods for isolating cell-free dna
EP3924505B1 (en) 2019-02-12 2025-12-17 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
WO2020167862A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for transfer of reagents between droplets
US12275993B2 (en) 2019-02-12 2025-04-15 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
US12305239B2 (en) 2019-02-12 2025-05-20 10X Genomics, Inc. Analysis of nucleic acid sequences
US11467153B2 (en) 2019-02-12 2022-10-11 10X Genomics, Inc. Methods for processing nucleic acid molecules
WO2020167866A1 (en) 2019-02-12 2020-08-20 10X Genomics, Inc. Systems and methods for transposon loading
US11851683B1 (en) 2019-02-12 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods and systems for selective analysis of cellular samples
CN120099139A (zh) 2019-02-14 2025-06-06 贝克顿迪金森公司 杂合体靶向和全转录物组扩增
US11655499B1 (en) 2019-02-25 2023-05-23 10X Genomics, Inc. Detection of sequence elements in nucleic acid molecules
AU2020227802A1 (en) 2019-02-26 2021-10-14 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for antibody optimization
WO2020176678A1 (en) 2019-02-26 2020-09-03 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for glp1 receptor
US11920183B2 (en) 2019-03-11 2024-03-05 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing optically tagged beads
EP3947722A1 (en) 2019-03-27 2022-02-09 10X Genomics, Inc. Systems and methods for processing rna from cells
US11965208B2 (en) 2019-04-19 2024-04-23 Becton, Dickinson And Company Methods of associating phenotypical data and single cell sequencing data
EP3976820A1 (en) 2019-05-30 2022-04-06 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
CA3144644A1 (en) 2019-06-21 2020-12-24 Twist Bioscience Corporation Barcode-based nucleic acid sequence assembly
CN120099137A (zh) 2019-07-22 2025-06-06 贝克顿迪金森公司 单细胞染色质免疫沉淀测序测定
WO2021032660A1 (en) 2019-08-19 2021-02-25 F. Hoffmann-La Roche Ag Single tube preparation of dna and rna for sequencing
US12235262B1 (en) 2019-09-09 2025-02-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for single cell protein analysis
US20220372566A1 (en) 2019-09-20 2022-11-24 Roche Sequencing Solutions, Inc. Immune repertoire profiling by primer extension target enrichment
US12091777B2 (en) 2019-09-23 2024-09-17 Twist Bioscience Corporation Variant nucleic acid libraries for CRTH2
EP4034564A4 (en) 2019-09-23 2023-12-13 Twist Bioscience Corporation VARIANT NUCLEIC ACID LIBRARIES FOR SINGLE-DOMAIN ANTIBODIES
GB2623904B (en) 2019-11-06 2024-07-24 Univ Leland Stanford Junior Methods and systems for analyzing nucleic acid molecules
WO2021092433A2 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
EP4055160B1 (en) 2019-11-08 2024-04-10 Becton Dickinson and Company Using random priming to obtain full-length v(d)j information for immune repertoire sequencing
BR112022011235A2 (pt) 2019-12-09 2022-12-13 Twist Bioscience Corp Bibliotecas de variantes de ácido nucleico para receptores de adenosina
EP4081656A1 (en) 2019-12-23 2022-11-02 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for using fixed biological samples in partition-based assays
EP4081777B1 (en) 2019-12-23 2026-02-18 10X Genomics, Inc. Reversible fixing reagents and methods of use thereof
CN121022991A (zh) 2019-12-23 2025-11-28 10X基因组学有限公司 使用rna模板化连接进行空间分析的方法
EP4090763B1 (en) 2020-01-13 2024-12-04 Becton Dickinson and Company Methods and compositions for quantitation of proteins and rna
WO2021146219A1 (en) 2020-01-13 2021-07-22 Becton, Dickinson And Company Cell capture using du-containing oligonucleotides
US12365942B2 (en) 2020-01-13 2025-07-22 10X Genomics, Inc. Methods of decreasing background on a spatial array
US12405264B2 (en) 2020-01-17 2025-09-02 10X Genomics, Inc. Electrophoretic system and method for analyte capture
EP3851542A1 (en) 2020-01-20 2021-07-21 Tecan Genomics, Inc. Depletion of abundant uninformative sequences
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US20210230681A1 (en) 2020-01-24 2021-07-29 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using proximity ligation
ES2993319T3 (en) 2020-01-29 2024-12-27 Becton Dickinson Co Barcoded wells for spatial mapping of single cells through sequencing
US12076701B2 (en) 2020-01-31 2024-09-03 10X Genomics, Inc. Capturing oligonucleotides in spatial transcriptomics
US12110541B2 (en) 2020-02-03 2024-10-08 10X Genomics, Inc. Methods for preparing high-resolution spatial arrays
CN113275053A (zh) 2020-02-03 2021-08-20 帝肯基因组学公司 试剂存储系统
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
WO2021158925A1 (en) 2020-02-07 2021-08-12 10X Genomics, Inc. Quantitative and automated permeabilization performance evaluation for spatial transcriptomics
US12449419B1 (en) 2020-02-12 2025-10-21 10X Genomics, Inc. Methods for detecting binding of peptide-MHC monomers to T cells
US12421558B2 (en) 2020-02-13 2025-09-23 10X Genomics, Inc. Systems and methods for joint interactive visualization of gene expression and DNA chromatin accessibility
US12281357B1 (en) 2020-02-14 2025-04-22 10X Genomics, Inc. In situ spatial barcoding
IL295297A (en) 2020-02-14 2022-10-01 Univ Johns Hopkins Methods and materials for assessing nucleic acids
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
CN115151810A (zh) 2020-02-25 2022-10-04 贝克顿迪金森公司 实现使用单细胞样品作为单色补偿对照的双特异性探针
EP4118231A1 (en) 2020-03-11 2023-01-18 F. Hoffmann-La Roche AG Novel nucleic acid template structure for sequencing
JP2023519979A (ja) 2020-04-03 2023-05-15 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー ゲノム内の構造再編成の検出方法
WO2021216708A1 (en) 2020-04-22 2021-10-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using targeted rna depletion
US11851700B1 (en) 2020-05-13 2023-12-26 10X Genomics, Inc. Methods, kits, and compositions for processing extracellular molecules
US11661625B2 (en) 2020-05-14 2023-05-30 Becton, Dickinson And Company Primers for immune repertoire profiling
US10941453B1 (en) 2020-05-20 2021-03-09 Paragon Genomics, Inc. High throughput detection of pathogen RNA in clinical specimens
EP4414459B1 (en) 2020-05-22 2025-09-03 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
WO2021237087A1 (en) 2020-05-22 2021-11-25 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
CN115803445A (zh) 2020-06-02 2023-03-14 贝克顿迪金森公司 用于5撇基因表达测定的寡核苷酸和珠
US12031177B1 (en) 2020-06-04 2024-07-09 10X Genomics, Inc. Methods of enhancing spatial resolution of transcripts
WO2021249825A1 (en) 2020-06-08 2021-12-16 F. Hoffmann-La Roche Ag Methods and compositions for detecting structural rearrangements in a genome
WO2021252499A1 (en) 2020-06-08 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
EP4446430A3 (en) 2020-06-10 2024-12-18 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
WO2021263111A1 (en) 2020-06-25 2021-12-30 10X Genomics, Inc. Spatial analysis of dna methylation
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
US12209280B1 (en) 2020-07-06 2025-01-28 10X Genomics, Inc. Methods of identifying abundance and location of an analyte in a biological sample using second strand synthesis
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US12590328B2 (en) 2020-07-08 2026-03-31 Roche Sequencing Solutions, Inc. Targeted depletion of non-target library molecules using poison primers during target capture of next-generation sequencing libraries
WO2022008649A1 (en) 2020-07-08 2022-01-13 F. Hoffmann-La Roche Ag Spatial analysis of multiple targets in tissue samples
US11932901B2 (en) 2020-07-13 2024-03-19 Becton, Dickinson And Company Target enrichment using nucleic acid probes for scRNAseq
WO2022026909A1 (en) 2020-07-31 2022-02-03 Becton, Dickinson And Company Single cell assay for transposase-accessible chromatin
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
US12480158B1 (en) 2020-11-05 2025-11-25 10X Genomics, Inc. Methods and systems for processing polynucleotides
US12084715B1 (en) 2020-11-05 2024-09-10 10X Genomics, Inc. Methods and systems for reducing artifactual antisense products
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
US11739443B2 (en) 2020-11-20 2023-08-29 Becton, Dickinson And Company Profiling of highly expressed and lowly expressed proteins
US12378596B2 (en) 2020-12-03 2025-08-05 Roche Sequencing Solutions, Inc. Whole transcriptome analysis in single cells
US12392771B2 (en) 2020-12-15 2025-08-19 Becton, Dickinson And Company Single cell secretome analysis
EP4121555B1 (en) 2020-12-21 2026-02-25 10X Genomics, Inc. Methods for capturing probes and/or barcodes
CN112466405B (zh) * 2020-12-23 2021-06-22 阅尔基因技术（苏州）有限公司 一种制备测序用分子标签库的方法
US12037640B2 (en) 2021-01-08 2024-07-16 Agilent Technologies, Inc. Sequencing an insert and an identifier without denaturation
US12398262B1 (en) 2021-01-22 2025-08-26 10X Genomics, Inc. Triblock copolymer-based cell stabilization and fixation system and methods of use thereof
JP7646850B2 (ja) 2021-02-09 2025-03-17 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー 核酸中のメチル化の塩基レベル検出のための方法
EP4294941B1 (en) 2021-02-18 2025-03-26 F. Hoffmann-La Roche AG Structure to prevent threading of nucleic acid templates through a nanopore during sequencing
CN120158497A (zh) 2021-02-23 2025-06-17 10X基因组学有限公司 基于探针的核酸和蛋白质分析
US11280028B1 (en) * 2021-02-24 2022-03-22 Agency For Science, Technology And Research (A*Star) Unbiased and simultaneous amplification method for preparing a double-stranded DNA library from a sample of more than one type of nucleic acid
CN117062902A (zh) 2021-03-03 2023-11-14 豪夫迈·罗氏有限公司 用于从生物学样品中电泳提取核酸的装置和方法
WO2022194764A1 (en) 2021-03-15 2022-09-22 F. Hoffmann-La Roche Ag Targeted next-generation sequencing via anchored primer extension
EP4314337A1 (en) 2021-04-01 2024-02-07 F. Hoffmann-La Roche AG Immune cell counting of sars-cov-2 patients based on immune repertoire sequencing
EP4428246B1 (en) 2021-04-14 2025-12-24 10X Genomics, Inc. Methods of measuring mislocalization of an analyte
US11783912B2 (en) 2021-05-05 2023-10-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and systems for analyzing nucleic acid molecules
EP4320271B1 (en) 2021-05-06 2025-03-19 10X Genomics, Inc. Methods for increasing resolution of spatial analysis
CN117730155A (zh) 2021-05-24 2024-03-19 豪夫迈·罗氏有限公司 用于核酸杂交的增强子寡核苷酸
WO2022256503A1 (en) 2021-06-03 2022-12-08 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, kits, and systems for enhancing analyte capture for spatial analysis
GB202108427D0 (en) 2021-06-14 2021-07-28 Fu Guoliang Methods, compositions, and kits for preparing sequencing library
WO2022263846A1 (en) 2021-06-18 2022-12-22 Cs Genetics Limited Reagents and methods for molecular barcoding
EP4196605B1 (en) 2021-09-01 2024-12-04 10X Genomics, Inc. Methods for blocking a capture probe on a spatial array
CN118266034A (zh) 2021-10-04 2024-06-28 F·霍夫曼-罗氏股份公司 在线碱基识别压缩
WO2023086880A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for determining the location of an analyte in a biological sample
WO2023102118A2 (en) 2021-12-01 2023-06-08 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for improved in situ detection of analytes and spatial analysis
KR20240099447A (ko) 2021-12-07 2024-06-28 카리부 바이오사이언시스 인코포레이티드 Crispr 엔도뉴클레아제 절단 생성물을 포획하는 방법
CN114561453A (zh) * 2022-01-28 2022-05-31 赛纳生物科技(北京)有限公司 一种通过简并测序对目标样品定性分析或定量分析的方法
US12091715B2 (en) 2022-04-21 2024-09-17 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing base errors of massive parallel sequencing using triseq sequencing
US11680293B1 (en) 2022-04-21 2023-06-20 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for amplifying DNA and generating DNA sequencing results from target-enriched DNA molecules
CN119403937A (zh) 2022-06-14 2025-02-07 豪夫迈·罗氏有限公司 表观遗传胞嘧啶修饰的检测
EP4555101A1 (en) 2022-07-14 2025-05-21 F. Hoffmann-La Roche AG Variant allele enrichment by unidirectional dual probe primer extension
EP4573207A1 (en) 2022-08-18 2025-06-25 F. Hoffmann-La Roche AG Detection of epigenetic modifications
CN119895049A (zh) 2022-09-02 2025-04-25 豪夫迈·罗氏有限公司 对下一代靶标富集性能的改进
WO2024102809A1 (en) 2022-11-09 2024-05-16 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for determining the location of multiple analytes in a biological sample
GB202308392D0 (en) 2023-06-06 2023-07-19 Fu Guoliang Methods, compositions, and kits for preparing library and targeted sequencing
WO2024256358A2 (en) 2023-06-14 2024-12-19 F. Hoffmann-La Roche Ag Accelerated marking of 5-formyl cytosine and use in nucleic acid methylation sequencing
WO2025024676A1 (en) 2023-07-26 2025-01-30 Caribou Biosciences, Inc. In vitro validation methods for cd19-targeting cell therapies
CN122003507A (zh) 2023-10-13 2026-05-08 罗氏测序解决方案公司 用于直接检测核酸修饰的无扩增靶标富集工作流程
WO2025193609A1 (en) 2024-03-11 2025-09-18 Caribou Biosciences, Inc. Methods and compositions for cost-effective assessment of nucleic acid transcripts and isoforms in cells
WO2025212586A1 (en) 2024-04-02 2025-10-09 Roche Sequencing Solutions, Inc. High throughput inramolecular consensus reads
WO2025210056A1 (en) 2024-04-03 2025-10-09 Roche Sequencing Solutions, Inc. In vitro amplification of dna methylation patterns
WO2025231432A1 (en) 2024-05-03 2025-11-06 Caribou Biosciences, Inc. In vivo gene editing with crispr systems
WO2025240460A2 (en) 2024-05-14 2025-11-20 Roche Molecular Systems, Inc. Assay for detection of mutations conferring resistance to treatment with an immunotherapeutic agent
WO2026082489A1 (en) 2024-10-18 2026-04-23 F. Hoffmann-La Roche Ag Universal pcr to boost molecule recovery in cell free dna library preparation and target enrichment workflows
WO2026087220A1 (en) 2024-10-22 2026-04-30 F. Hoffmann-La Roche Ag Preparation of dna libraries for next generation sequencing using y-adapters modified with phosphorothioate bonds
WO2026093331A1 (en) 2024-10-28 2026-05-07 F. Hoffmann-La Roche Ag Hairpin adapter constructs and primers to generate next-generation sequencing library molecules

Family Cites Families (122)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4883750A (en) 1984-12-13 1989-11-28 Applied Biosystems, Inc. Detection of specific sequences in nucleic acids
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4965188A (en) 1986-08-22 1990-10-23 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4725536A (en) 1985-09-19 1988-02-16 Genetics Institute, Inc. Reagent polynucleotide complex with multiple target binding regions, and kit and methods
US4800159A (en) 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
US6150517A (en) 1986-11-24 2000-11-21 Gen-Probe Methods for making oligonucleotide probes for the detection and/or quantitation of non-viral organisms
US5149625A (en) 1987-08-11 1992-09-22 President And Fellows Of Harvard College Multiplex analysis of DNA
US5656731A (en) 1987-10-15 1997-08-12 Chiron Corporation Nucleic acid-amplified immunoassay probes
US5124246A (en) 1987-10-15 1992-06-23 Chiron Corporation Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same
US5168038A (en) 1988-06-17 1992-12-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University In situ transcription in cells and tissues
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
US6551784B2 (en) 1989-06-07 2003-04-22 Affymetrix Inc Method of comparing nucleic acid sequences
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US6309822B1 (en) 1989-06-07 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Method for comparing copy number of nucleic acid sequences
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5871928A (en) 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US6040138A (en) 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5925525A (en) 1989-06-07 1999-07-20 Affymetrix, Inc. Method of identifying nucleotide differences
CA2020958C (en) 1989-07-11 2005-01-11 Daniel L. Kacian Nucleic acid sequence amplification methods
US5200314A (en) 1990-03-23 1993-04-06 Chiron Corporation Polynucleotide capture assay employing in vitro amplification
US5210015A (en) 1990-08-06 1993-05-11 Hoffman-La Roche Inc. Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase
WO1992010588A1 (en) 1990-12-06 1992-06-25 Affymax Technologies N.V. Sequencing by hybridization of a target nucleic acid to a matrix of defined oligonucleotides
JP3080178B2 (ja) 1991-02-18 2000-08-21 東洋紡績株式会社 核酸配列の増幅方法およびそのための試薬キット
US5426180A (en) 1991-03-27 1995-06-20 Research Corporation Technologies, Inc. Methods of making single-stranded circular oligonucleotides
US5539082A (en) 1993-04-26 1996-07-23 Nielsen; Peter E. Peptide nucleic acids
US5981179A (en) 1991-11-14 1999-11-09 Digene Diagnostics, Inc. Continuous amplification reaction
US5424413A (en) 1992-01-22 1995-06-13 Gen-Probe Incorporated Branched nucleic acid probes
US5573905A (en) 1992-03-30 1996-11-12 The Scripps Research Institute Encoded combinatorial chemical libraries
US5981176A (en) 1992-06-17 1999-11-09 City Of Hope Method of detecting and discriminating between nucleic acid sequences
US5593826A (en) 1993-03-22 1997-01-14 Perkin-Elmer Corporation, Applied Biosystems, Inc. Enzymatic ligation of 3'amino-substituted oligonucleotides
WO1994024143A1 (en) 1993-04-12 1994-10-27 Northwestern University Method of forming oligonucleotides
DE69431719T2 (de) 1993-06-25 2003-09-18 Affymetrix, Inc. (N.D.Ges.D.Staates Delaware) Hybridisierung und sequenzierung von nukleinsäuren
US5500356A (en) 1993-08-10 1996-03-19 Life Technologies, Inc. Method of nucleic acid sequence selection
US6309823B1 (en) 1993-10-26 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes for analyzing biotransformation genes and methods of using the same
US5925517A (en) 1993-11-12 1999-07-20 The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits
US5681697A (en) 1993-12-08 1997-10-28 Chiron Corporation Solution phase nucleic acid sandwich assays having reduced background noise and kits therefor
SE9400522D0 (sv) 1994-02-16 1994-02-16 Ulf Landegren Method and reagent for detecting specific nucleotide sequences
US5714330A (en) 1994-04-04 1998-02-03 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
US6013445A (en) 1996-06-06 2000-01-11 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
US5695934A (en) 1994-10-13 1997-12-09 Lynx Therapeutics, Inc. Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides
US5604097A (en) 1994-10-13 1997-02-18 Spectragen, Inc. Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags
US6600996B2 (en) 1994-10-21 2003-07-29 Affymetrix, Inc. Computer-aided techniques for analyzing biological sequences
DE69535240T2 (de) 1994-10-28 2007-06-06 Gen-Probe Inc., San Diego Zusammensetzungen und Verfahren für die gleichzeitige Detektion und Quantifizierung von einer Mehrheit spezifischer Nuklein Säure Sequenzen
US5968740A (en) 1995-07-24 1999-10-19 Affymetrix, Inc. Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid
US5712126A (en) 1995-08-01 1998-01-27 Yale University Analysis of gene expression by display of 3-end restriction fragments of CDNA
US5763175A (en) 1995-11-17 1998-06-09 Lynx Therapeutics, Inc. Simultaneous sequencing of tagged polynucleotides
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
US6458530B1 (en) 1996-04-04 2002-10-01 Affymetrix Inc. Selecting tag nucleic acids
ATE428801T1 (de) 1996-06-04 2009-05-15 Univ Utah Res Found Überwachung der hybridisierung während pcr
WO1998015644A2 (en) 1996-09-27 1998-04-16 The Chinese University Of Hong Kong Parallel polynucleotide sequencing method
US6124092A (en) 1996-10-04 2000-09-26 The Perkin-Elmer Corporation Multiplex polynucleotide capture methods and compositions
US6117631A (en) 1996-10-29 2000-09-12 Polyprobe, Inc. Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates
US6046005A (en) 1997-01-15 2000-04-04 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators comprising a cleavable linking group
EP0985142A4 (en) 1997-05-23 2006-09-13 Lynx Therapeutics Inc SYSTEM AND APPARATUS FOR THE SEQUENTIAL TREATMENT OF ANALYTES
US6794499B2 (en) 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
WO1999028505A1 (en) 1997-12-03 1999-06-10 Curagen Corporation Methods and devices for measuring differential gene expression
US6653077B1 (en) 1998-09-04 2003-11-25 Lynx Therapeutics, Inc. Method of screening for genetic polymorphism
US6287825B1 (en) 1998-09-18 2001-09-11 Molecular Staging Inc. Methods for reducing the complexity of DNA sequences
US6629040B1 (en) 1999-03-19 2003-09-30 University Of Washington Isotope distribution encoded tags for protein identification
DE60045059D1 (de) * 1999-04-20 2010-11-18 Nat Inst Of Advanced Ind Scien Verfahren und Sonden zur Bestimmung der Konzentration von Nukleinsäure-Molekülen und Verfahren zur Analyse der gewonnenen Daten
US6355431B1 (en) 1999-04-20 2002-03-12 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays
US6326148B1 (en) 1999-07-12 2001-12-04 The Regents Of The University Of California Detection of copy number changes in colon cancer
US6440706B1 (en) 1999-08-02 2002-08-27 Johns Hopkins University Digital amplification
US6489114B2 (en) 1999-12-17 2002-12-03 Bio Merieux Process for labeling a ribonucleic acid, and labeled RNA fragments which are obtained thereby
AU2001238068A1 (en) 2000-02-07 2001-08-14 Illumina, Inc. Nucleic acid detection methods using universal priming
GB2364054B (en) 2000-03-24 2002-05-29 Smithkline Beecham Corp Method of amplifying quinolone-resistance-determining-regions and identifying polymorphic variants thereof
US20030207300A1 (en) 2000-04-28 2003-11-06 Matray Tracy J. Multiplex analytical platform using molecular tags
EP1366192B8 (en) 2000-10-24 2008-10-29 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Direct multiplex characterization of genomic dna
US20020142345A1 (en) 2000-12-22 2002-10-03 Nelsen Anita J. Methods for encoding and decoding complex mixtures in arrayed assays
US20030049616A1 (en) 2001-01-08 2003-03-13 Sydney Brenner Enzymatic synthesis of oligonucleotide tags
US6849404B2 (en) 2001-05-07 2005-02-01 Bioneer Corporation Polymerase chain reaction of DNA of which base sequence is completely unidentified
US20030186251A1 (en) 2002-04-01 2003-10-02 Brookhaven Science Associates, Llc Genome sequence tags
JP2006500959A (ja) 2002-09-30 2006-01-12 パラレル バイオサイエンス， インコーポレイテッド 動的サンプリング結合によるポリヌクレオチド合成および標識化
US7822555B2 (en) 2002-11-11 2010-10-26 Affymetrix, Inc. Methods for identifying DNA copy number changes
AU2003291481A1 (en) 2002-11-11 2004-06-03 Affymetrix, Inc. Methods for identifying dna copy number changes
US7704687B2 (en) 2002-11-15 2010-04-27 The Johns Hopkins University Digital karyotyping
JP2004177290A (ja) * 2002-11-27 2004-06-24 Sangaku Renkei Kiko Kyushu:Kk 遺伝子解析データの処理方法
WO2006102264A1 (en) 2005-03-18 2006-09-28 Fluidigm Corporation Thermal reaction device and method for using the same
US20040259118A1 (en) 2003-06-23 2004-12-23 Macevicz Stephen C. Methods and compositions for nucleic acid sequence analysis
CA2531105C (en) 2003-07-05 2015-03-17 The Johns Hopkins University Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations
CA2552858A1 (en) 2004-01-23 2005-08-04 Lingvitae As Improving polynucleotide ligation reactions
AU2005214329A1 (en) 2004-02-12 2005-09-01 Population Genetics Technologies Ltd Genetic analysis by sequence-specific sorting
US20100216153A1 (en) 2004-02-27 2010-08-26 Helicos Biosciences Corporation Methods for detecting fetal nucleic acids and diagnosing fetal abnormalities
WO2005111242A2 (en) 2004-05-10 2005-11-24 Parallele Bioscience, Inc. Digital profiling of polynucleotide populations
US20060019304A1 (en) * 2004-07-26 2006-01-26 Paul Hardenbol Simultaneous analysis of multiple genomes
US20060035258A1 (en) 2004-08-06 2006-02-16 Affymetrix, Inc. Methods for identifying DNA copy number changes
US20060073506A1 (en) 2004-09-17 2006-04-06 Affymetrix, Inc. Methods for identifying biological samples
US7393665B2 (en) 2005-02-10 2008-07-01 Population Genetics Technologies Ltd Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides
WO2006099604A2 (en) 2005-03-16 2006-09-21 Compass Genetics, Llc Methods and compositions for assay readouts on multiple analytical platforms
US20060263789A1 (en) 2005-05-19 2006-11-23 Robert Kincaid Unique identifiers for indicating properties associated with entities to which they are attached, and methods for using
US20070020640A1 (en) 2005-07-21 2007-01-25 Mccloskey Megan L Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
WO2007087312A2 (en) 2006-01-23 2007-08-02 Population Genetics Technologies Ltd. Molecular counting
US7544473B2 (en) 2006-01-23 2009-06-09 Population Genetics Technologies Ltd. Nucleic acid analysis using sequence tokens
US20070172839A1 (en) 2006-01-24 2007-07-26 Smith Douglas R Asymmetrical adapters and methods of use thereof
US20080194414A1 (en) 2006-04-24 2008-08-14 Albert Thomas J Enrichment and sequence analysis of genomic regions
EP2518162B1 (en) 2006-11-15 2018-03-07 Biospherex LLC Multitag sequencing and ecogenomics analysis
WO2008150432A1 (en) 2007-06-01 2008-12-11 454 Life Sciences Corporation System and meth0d for identification of individual samples from a multiplex mixture
US20090093378A1 (en) 2007-08-29 2009-04-09 Helen Bignell Method for sequencing a polynucleotide template
US20110003701A1 (en) * 2008-02-27 2011-01-06 454 Life Sciences Corporation System and method for improved processing of nucleic acids for production of sequencable libraries
DE102008025656B4 (de) 2008-05-28 2016-07-28 Genxpro Gmbh Verfahren zur quantitativen Analyse von Nukleinsäuren, Marker dafür und deren Verwendung
US20090298709A1 (en) 2008-05-28 2009-12-03 Affymetrix, Inc. Assays for determining telomere length and repeated sequence copy number
WO2010021936A1 (en) 2008-08-16 2010-02-25 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Digital pcr calibration for high throughput sequencing
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
US20100323348A1 (en) 2009-01-31 2010-12-23 The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process
WO2010127186A1 (en) 2009-04-30 2010-11-04 Prognosys Biosciences, Inc. Nucleic acid constructs and methods of use
EP3029141A1 (en) 2009-08-20 2016-06-08 Population Genetics Technologies Ltd. Compositions and methods for intramolecular nucleic acid rearrangement
US9315857B2 (en) 2009-12-15 2016-04-19 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags
US8835358B2 (en) * 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
WO2011091046A1 (en) 2010-01-19 2011-07-28 Verinata Health, Inc. Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic dna by whole genome sequencing
AU2010343277B2 (en) 2010-01-19 2015-05-28 Verinata Health, Inc. Method for determining copy number variations
EP2619327B1 (en) 2010-09-21 2014-10-22 Population Genetics Technologies LTD. Increasing confidence of allele calls with molecular counting
WO2012042374A2 (en) 2010-10-01 2012-04-05 Anssi Jussi Nikolai Taipale Method of determining number or concentration of molecules
EP2625320B1 (en) 2010-10-08 2019-03-27 President and Fellows of Harvard College High-throughput single cell barcoding
WO2012129363A2 (en) 2011-03-24 2012-09-27 President And Fellows Of Harvard College Single cell nucleic acid detection and analysis
AU2012242847B2 (en) 2011-04-15 2017-01-19 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
WO2012149042A2 (en) 2011-04-25 2012-11-01 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for nucleic acid analysis
US9074204B2 (en) 2011-05-20 2015-07-07 Fluidigm Corporation Nucleic acid encoding reactions
WO2013019075A2 (ko) 2011-08-01 2013-02-07 연세대학교산학협력단 핵산분자의 제조방법

Also Published As

Publication number Publication date
US8741606B2 (en) 2014-06-03
WO2012038839A2 (en) 2012-03-29
US20130224743A1 (en) 2013-08-29
JP2013539970A (ja) 2013-10-31
EP2619327B1 (en) 2014-10-22
EP2623613B1 (en) 2016-07-06
US20130203047A1 (en) 2013-08-08
JP6327652B2 (ja) 2018-05-23
US20130237458A1 (en) 2013-09-12
DK2623613T3 (en) 2016-10-03
US8722368B2 (en) 2014-05-13
US20120071331A1 (en) 2012-03-22
US20150031559A1 (en) 2015-01-29
JP5992911B2 (ja) 2016-09-14
EP2623613A1 (en) 2013-08-07
WO2012038839A3 (en) 2012-06-21
CA2811185C (en) 2020-09-22
CN110878345A (zh) 2020-03-13
EP2619327A2 (en) 2013-07-31
US8481292B2 (en) 2013-07-09
US8715967B2 (en) 2014-05-06
CN103154273A (zh) 2013-06-12
EP3115468A1 (en) 2017-01-11
US20130267424A1 (en) 2013-10-10
US20130210643A1 (en) 2013-08-15
PT2623613T (pt) 2016-10-11
EP2623613B8 (en) 2016-09-07
ES2523140T3 (es) 2014-11-21
JP2017012185A (ja) 2017-01-19
EP3115468B1 (en) 2018-07-25
US9670536B2 (en) 2017-06-06
ES2690753T3 (es) 2018-11-22
US8685678B2 (en) 2014-04-01
US8728766B2 (en) 2014-05-20
CA2811185A1 (en) 2012-03-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
ES2523140T3 (es) Aumento de la confianza en las identificaciones de alelos con el recuento molecular
ES2990227T3 (es) Composiciones y procedimientos de análisis de ácido nucleico de secuencia única
JP7332733B2 (ja) 次世代シークエンシングのための高分子量ｄｎａサンプル追跡タグ
US20160265046A1 (en) Spatial and cellular mapping of biomolecules in situ by high-throughput sequencing
WO2018195217A1 (en) Compositions and methods for library construction and sequence analysis
ES2874143T3 (es) Métodos y composiciones para reducir códigos de barras, moleculares redundantes creados en reacciones de prolongación de cebadores
CA2875542A1 (en) Method of sequence determination using sequence tags
JP7539770B2 (ja) ゲノム再編成検出のための配列決定方法
JP2017508471A (ja) 次世代シークエンシングにおける稀な遺伝子変異の正確な検出
US20220098642A1 (en) Quantitative amplicon sequencing for multiplexed copy number variation detection and allele ratio quantitation
JP7362054B2 (ja) Ｈｉｇｈ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ Ｍｅｌｔｉｎｇ（ＨＲＭ）解析によるマグロ類の遺伝的性判別方法
CA3053875A1 (en) Rhd gene allele associated with a weak d phenotype and its uses