ES2643478T3 - Predicción de la resistencia a enfermedad - Google Patents

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Description

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DESCRIPCION
Prediccion de la resistencia a enfermedad
La presente invencion se refiere a metodos para predecir resistencia a necrosis pancreatica infecciosa en el salmon del Atlantico, mas espedficamente la invencion se refiere a predecir dicha resistencia mediante el analisis de polimorfismos de ADN.
La necrosis pancreatica infecciosa (IPN) es una de las principales amenazas para la industria del salmon en todo el mundo. La enfermedad es causada por un birnavirus acuatico, que provoca necrosis de las celulas pancreaticas y celulas hepaticas, lo que resulta en letargo y mortalidad subita. El virus esta ampliamente difundido en la naturaleza, pero no parece afectar a los salmones de vida libre en alguna gran medida. En los entornos de acuicultura, la enfermedad provoca la mortalidad tanto en la etapa de alevines, cuando los peces siguen viviendo en agua dulce, y en la etapa de post-smolt, poco despues de transferencia al agua de mar. Las amplias perdidas en la industria debido a IPN se han estimado en un 8% durante la fase de agua dulce y un 5% durante la fase de mar. Se conocen unos lugares de rasgos cuantitativos (QTL) vinculados a la resistencia a IPN (vease capftulo 8 de “Breeding for disease resistance in farm animals”, ED. Moan and Bishop, CABI Publ., Wallingford, paginas 166-179, 2010). Se han descritos los marcadores microsatelites sugeridos para ser vinculados a la resistencia a IPN (vease “Segregacion de infectious pancreatic necrosis resistance QTL in the early life cycle of Atlantic Salmon (Salmo salar)”, Gheyas et al. Animal Genetics, vol 41, No. 5, paginas 531-536,2010).
La industria del salmon, en general, se divide en diversos estratos que corresponden a las diferentes etapas de vida de los peces: los productores de huevos venden huevos fertilizados a los productores de alevines, quienes proporcionan pescado (smolt) listos para sal agua los productores de engorde. Para cada uno de los estratos es ventajoso seleccionar huevos o peces que esten por encima del promedio resistente a enfermedades. Las empresas de cna de salmon ejecutan programas de seleccion de pescado continuos dirigidos a mejorar los abastecimientos de acuicultura con respecto a la resistencia a enfermedades, y se han desarrollado protocolos para la prueba de resistencia de peces a varias enfermedades espedficas. Se han utilizado estas pruebas de inoculacion con el fin de seleccionar los peces como reproductores que posean resistencia por encima del promedio a las enfermedades en cuestion. Las pruebas convencionales implican prueba de inoculacion controlada de los hermanos de los candidatos de cna. Sin embargo, esta metodologfa es, obstaculizada por el hecho de que no se pueden utilizar los peces infectados como reproductores. Por lo tanto, se tiene que recurrir a seleccion de animales al azar (no probado) de las familias de los peces probados que se realiza mejor en pruebas de inoculacion (denominadas de seleccion de familia).
Por lo tanto, subsiste la necesidad de metodologfas alternativas para ensayar la resistencia de los animales a necrosis pancreatica infecciosa; en particular metodologfas que permitan el ensayo directo de la resistencia del individuo a necrosis pancreatica infecciosa, conservando al mismo tiempo la posibilidad de utilizar el animal probado como reproductor.
El inventor de la presente invencion, despues de una amplia experimentacion, ha identificado que se puede predecir la resistencia a necrosis pancreatica infecciosa del salmon mediante el analisis de uno o mas polimorfismos de ADN (satisfaciendo de este modo la necesidad mencionada anteriormente)
De acuerdo con lo anterior, en un primer aspecto de la presente invencion, se proporciona un metodo para predecir resistencia a necrosis pancreatica infecciosa en el salmon del Atlantico, el metodo comprende determinar los alelos presentes en un polimorfismo de ADN en el salmon y predecir si o no el salmon es resistente a necrosis pancreatica infecciosa con base en la determinacion de los alelos, en el que el polimorfismo de ADN se selecciona de el grupo proporcionado en la Tabla 1.
El inventor ha encontrado que los polimorfismos de ADN de la presente invencion pueden estar presentes en cualquiera de dos formas, es decir, los polimorfismos tienen dos alelos. Un alelo puede ser caracterizado como predictivo de la resistencia a la necrosis pancreatica infecciosa (es decir, el alelo de resistencia); el otro es predictivo de no resistencia a necrosis pancreatica infecciosa (es decir, alelo de no resistencia). Los salmones son organismos diploides, y asf poseen dos copias de los polimorfismos de la presente invencion (una copia se encuentra en cada grupo de cromosomas). La etapa de determinar los alelos en el metodo del primer aspecto de la presente invencion por lo tanto incluye la etapa de analizar el polimorfismo de ADN proporcionado en cada grupo de cromosomas con el fin de determinar si cada copia del polimorfismo de ADN presente es un alelo de resistencia o es un alelo de no resistencia. Cuando se determina que un salmon sometido al metodo de la presente invencion tiene dos copias del alelo de resistencia para el polimorfismo de ADN (es decir, el salmon es homocigoto para el alelo de resistencia), se predice que el salmon tiene resistencia a necrosis pancreatica infecciosa. Por el contrario, cuando se determina que un salmon sometido al metodo de la presente invencion tiene dos copias del alelo de no resistencia para el polimorfismo de ADN (es decir, es homocigoto para el alelo de no resistencia), se predice que el salmon no tiene resistencia a necrosis pancreatica infecciosa. Mediante el metodo de la presente invencion se puede concluir que cuando se predice que un salmon tiene resistencia a necrosis pancreatica infecciosa tiene una mayor probabilidad que la normal de tener resistencia a necrosis pancreatica infecciosa. Por el contrario, se puede concluir que cuando
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se predice que un salmon no tiene resistencia necrosis pancreatica infecciosa tiene un riesgo mas bajo que el normal de desarrollar resistencia necrosis pancreatica infecciosa. Cuando se determina que un salmon sometido al metodo de la presente invencion tiene una copia del alelo de resistencia para el polimorfismo de ADN y una copia del alelo de no resistencia para el polimorfismo de ADN (es decir, es heterocigoto), de acuerdo con la presente invencion no se puede predecir que el salmon tiene resistencia a necrosis pancreatica infecciosa. Sin embargo, se predice que ese salmon tiene una mayor probabilidad de ser resistente a necrosis pancreatica infecciosa que un salmon con dos copias del alelo de no resistencia. De aqrn en adelante, se mencionara que dicho salmon tiene semi-resistencia a necrosis pancreatica infecciosa.
El polimorfismo de ADN en cuestion puede ser cualquiera de diversos polimorfismos de ADN encontrados por el inventor que tenga esta capacidad predictiva. Todos estos polimorfismos de ADN se ubican sobre el cromosoma 26. Los polimorfismos de ADN se vinculan por su rasgo comun para predecir resistencia a IPN resistente. La capacidad de los polimorfismos de ADN para predecir la resistencia a IPN se puede cuantificar utilizando la estadfstica r2, que se explicara adelante. Todos los polimorfismos de ADN comparten la caractenstica de que esta estadfstica r2 es mas grande de 0.3. El polimorfismo de ADN puede ser m polimorfismos de nucleotido multiple (es decir polimorfismos sin SNP) un polimorfismo de nucleotido sencillo, una mutacion adicional, o una mutacion de supresion. Cada tipo de polimorfismo de ADN proporcionado anteriormente se contempla de forma individual como parte de la presente invencion para la etapa de determinar en los metodos de la presente invencion.
El polimorfismo de ADN se selecciona de cualquiera de los polimorfismos de ADN proporcionados en la Tabla 1. Cada uno de los polimorfismos de ADN proporcionados en la Tabla 1 se contemplan individualmente como parte de la presente invencion.
Los polimorfismos de ADN descritos en toda esta solicitud se definen con referencia a toda la secuencia del genoma de Salmo salar publicado en el banco de genes con el numero de AGKD00000000 (version AGKD00000000.1 GI: 354459050). Mas particularmente, cada polimorfismo de ADN en la presente solicitud deriva su nombre como se describe aqrn a partir de lo siguiente: numero de acceso de Genbank, seguido de subrayado ('_') seguido por la posicion del polimorfismo de ADN dentro de la secuencia de GenBank, seguido de corchetes que encierran el alelo de referencia (que aparece primero) y el alelo alternativo (que aparece segundo). El alelo de referencia es el alelo que aparece en la secuencia de referencia.
Por ejemplo, el polimorfismo de ADN puede ser:
AGKD01281000.1_4157 [T/TA];
AGKD01281000.1_5527 [T/TAT];
AGKD01021775.1_19790 [G/A];
AGKD01281000.1_5251 [A/G], o;
AGKD01281000.1_4338 [A/T].
Cada uno de los polimorfismos de ADN anteriores se contempla de forma individual como parte de la presente invencion.
El metodo puede emplear dos polimorfismos de ADN. Cuando se emplea el metodo con dos polimorfismos de ADN, los dos polimorfismos de ADN constituyen una unidad, en lo sucesivo como un haplotipo. Cada haplotipo puede tener cuatro alelos diferentes, correspondientes a las cuatro combinaciones diferentes de alelos de polimorfismo de ADN en los polimorfismos de ADN individuales (por ejemplo, si el haplotipo se compone de un polimorfismo de ADN con los alelos A y T, y uno polimorfismos de ADN con alelos T y G, los cuatro posibles alelos de haplotipos son A-T, A-G, T-T, y T-G). Cada uno de estos cuatro alelos sena ya sea un alelo de resistencia o un alelo de no resistencia, de una manera analoga al metodo de polimorfismo de ADN unico establecido anteriormente. Por lo tanto, en el caso hipotetico de que un haplotipo tenga los cuatro alelos en, A-T, A-G, T-T, y T-G, podna ser que todos A-T, A-G, y T-T fueran alelos de resistencia, mientras que T-G fuera un alelo de no resistencia. En ese caso, un animal que tiene una copia del alelo A-T y una copia del alelo A-G sena resistente a IPN, un animal que tiene una copia de A-T y una copia de T-G sena semirresistente, mientras que un animal que tiene dos copias de T-G sena no resistente.
El inventor ha descubierto un gran numero de dichos haplotipos, es decir, combinaciones de dos polimorfismos de ADN, que son potentes predictores de la resistencia a IPN, mas potentes que los polimorfismos de ADN individuales. Para cada uno de estos haplotipos, el inventor ha identificado que los alelos son alelos de resistencia y que los alelos son alelos de no resistencia. Los pares de polimorfismos de ADN que componen haplotipos predictivos son o bien cualquier combinacion de los polimorfismos de ADN enumerados en la Tabla 1, o son cualquier combinacion de un polimorfismo de ADN de la Tabla 1 con el polimorfismo de un ADN de la Tabla 2. Todos los haplotipos predictivos se enumeran en la Tabla 3, donde los polimorfismos de ADN se designan con numeros relativos a las Tablas 1 y Tabla 2. Cada uno de los pares de los polimorfismos de ADN se contempla para uso individual como parte de la presente invencion. Todos los pares de polimorfismos de ADN comparten la caractenstica de que su valor de r2 (que se describira mas adelante) es mayor de 0.6.
Por consiguiente, la presente invencion por lo tanto se puede relacionar con un metodo que adicionalmente comprende la etapa de determinacion de el alelo presente en un polimorfismo de ADN adicional, y una prediccion de
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si o no el salmon es resistente a necrosis pancreatica infecciosa es con base en la determinacion de los alelos en ambos polimorfismos de ADN.
Por ejemplo, el metodo de la presente invencion puede incluir la determinacion de alelos presentes en el polimorfismo de ADN AGKD01458345.1 _5634[G/T], y en el polimorfismo de ADN adicional AGKD01021775.1_19790[G/A], y una prediccion de si o no el salmon es resistente a necrosis pancreatica infecciosa es con base en la determinacion de los alelos en ambos polimorfismos de ADN.
Cuando se utilizan los haplotipos de dos polimorfismos de ADN en lugar de polimorfismos de ADN individuales para predecir la resistencia, primero se deben probar los alelos de haplotipos en el pescado probado, en otras palabras, se debe determinar que alelos en el polimorfismo de ADN individuales se encuentran en los mismos cromosomas. Esto se puede hacer utilizando programas de ordenador tales como PHASE (
http://stephenslab.uchicago.edu/software.html#phase), aunque para la mayona de los animales los alelos de haplotipos seran evidentes (por ejemplo, si un animal tiene dos copias del alelo A en un polimorfismo de ADN, y una copia de T y una copia de G en el otro polimorfismo de ADN, solo son posibles dos configuraciones de alelos en el haplotipo, es decir, A-G + A-T).
Cuando un haplotipo de dos polimorfismos de ADN se utiliza en lugar de un polimorfismo de ADN, la prueba se vuelve mas predictiva en comparacion a cuando solo se utiliza un polimorfismo de ADN.
El metodo puede implicar el analisis de mas de dos polimorfismos de ADN. Por ejemplo, el metodo de la presente invencion puede implicar la determinacion de mas de dos polimorfismos, en los que por lo menos uno de los polimorfismos se proporciona en la Tabla 1 y/o por lo menos dos de los polimorfismos se proporcionan como un par en la tabla 3.
El metodo se aplica para el salmon del Atlantico (es decir, Salmo salar).
La etapa de determinar la presencia o ausencia en un salmon se puede practicar sobre una muestra tomada del salmon. La muestra puede ser cualquier muestra en la que es posible el analisis del material de acido nucleico, como se entendera facilmente por el experto en la tecnica. Para evitar dudas, la muestra puede ser una muestra de tejido muscular, muestra de sangre, muestra de hngado y/o una pinza de aleta.
El experto sena consciente de todos los metodos disponibles capaces de comprobar la presencia o ausencia de un polimorfismo de ADN. Por ejemplo, el metodo puede implicar el analisis de secuencia de los salmones que se van a probar. Alternativamente, el metodo puede implicar la extension de una sola base de fragmentos de ADN que termina en el sitio polimorfico (por ejemplo, ensayos de Iplex de Sequenom y ensayos Infinium de Illumina), el PCR espedfico a alelo (por ejemplo, ensayos de SNPtype de Fluidigm o ensayos Kaspar de KBiosciences), o hibridacion competitiva de sondas complementarias a los diferentes alelos (por ejemplo, el ensayo TaqMan de Applied Biosystems).
En consecuencia, se contempla una sonda de hibridacion que es espedfica para uno o mas de los polimorfismos de ADN mencionados anteriormente.
El ADN en y alrededor de los polimorfismos de ADN se pueden extrapolar a partir de los nombres dados a los polimorfismos de ADN en la Tabla 1 y Tabla 2. Ademas, las secuencias de ADN en y alrededor de los polimorfismos de ADN se pueden encontrar en la Tabla 4. Se contemplan las sondas de hibridacion que son selectivas para estas secuencias de ADN.
Un salmon que se predice tiene resistencia a necrosis pancreatica infecciosa de acuerdo con el primer aspecto de la presente invencion es mas probable que produzca mas descendencia que el normal ya que tiene una mayor oportunidad que el normal de tener resistencia a necrosis pancreatica infecciosa. Por consiguiente, en un aspecto adicional de las presentes invenciones, se proporciona un metodo para seleccionar un salmon del Atlantico para uso como reproductor, en el que el salmon se selecciona, con base en la prediccion por el metodo como se reivindica en el primer aspecto de la presente invencion, por tener resistencia a necrosis pancreatica infecciosa.
Por el contrario, un salmon predicho por el metodo del primer aspecto de la presente invencion como que no tiene resistencia a necrosis pancreatica infecciosa no sena seleccionado como reproductor.
Se contempla un polinucleotido aislado que comprende uno o mas de los polimorfismos de ADN individuales seleccionados del grupo proporcionado en la Tabla 1 ubicado dentro de una porcion de el genoma del salmon. Las secuencias de ejemplo para dichos polinucleotido aislados se pueden encontrar en la Tabla 4.
Los terminos “alelo de haplotipo” y “alelo de polimorfismo de ADN” toman su significado normal como sena bien entendido por el experto en la tecnica. Sin embargo, para evitar dudas el “alelo de polimorfismo de ADN” puede significar una de dos secuencias de nucleotidos diferentes en el sitio de un polimorfismo de ADN de la presente invencion (un alelo es el “alelo de resistencia”, el otro es el “alelo de no resistencia “). Sin embargo, para evitar
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dudas, el “alelo de haplotipo” puede significar uno de los cuatro posibles pares de alelos de polimorfismo de ADN de la presente invencion.
o:
“alelo de haplotipo” puede significar cualquier posible combinacion unica de alelos para ese haplotipo, es decir, cualquier combinacion unica de un alelo de cada uno de los polimorfismos de ADN que constituyen el haplotipo (en el contexto de los haplotipos constituido por dos polimorfismos de ADN bi-alelicos, cuatro de dichas combinaciones son posibles) La presente invencion se describira ahora a modo de ejemplo con referencia a las figuras adjuntas, en las que:
La Figura 1 muestra un grafico que ilustra las tasas de supervivencia de salmon en una necrosis pancreatica infecciosa - prueba de inoculacion.
La Figura 2 muestra un grafico que ilustra la mortalidad acumulada en una exposicion en bano de salmon con virus aislado C-1244 estandar.
La Figura 3 muestra un grafico que ilustra la mortalidad acumulada en una exposicion en bano de salmon con una cepa de campo noruego de virus de IPN.
1. Seleccion de animales de prueba
Cuarenta y cinco salmones del Atlantico del nucleo de reproduccion Aqua Gen en Noruega (seleccionados de entre los progenitores de las clases de los anos 2005 y 2008) se seleccionaron para la secuenciacion masiva en paralelo (Illumina Hi Seq 2000). Todos los salmones en el nucleo de reproduccion se derivan del salmon tomado de los nos noruegos.
Se ha vinculado un Lote de Rasgos Cuantitativos (QTL) con resistencia a IPN en el salmon del Atlantico (Moen et al. 2009). Tres polimorfismos de ADN individuales se reportaron recientemente como asociados con el QTL (Houston et al. 2012), pero no se ha presentado una prueba para deducir si los animales individuales son resistentes o no resistentes. El QTL se encuentra en el cromosoma 26.
Se supone aqu que el QTL mencionado anteriormente para resistencia a IPN es provocado por una mutacion subyacente pero desconocido dentro de un gen o de otro elemento de ADN funcional. Esta mutacion desconocida se denominara en adelante coma el nucleotido de rasgos cuantitativos (QTN). Se supone ademas que el QTN tiene dos alelos; un alelo que da una mayor resistencia (alelo de resistencia, Q) y un alelo que da disminucion de resistencia (alelo de no resistencia, q).
Cuatrocientos cincuenta y cuatro grupos de hermanos completos de alevines de salmon del Atlantico fueron inoculados en depositos individuales poco despues del inicio de la alimentacion (los protocolos para una prueba de inoculacion estandar se pueden encontrar en Moen et al. 2009. Cada grupo de hermanos completos consistieron en 103 peces (en promedio), y muestras de tejido se recolectaron de los 10 primeros en morir dentro de grupo, asf como 10 sobrevivientes (o 10 ultimos en morir), despues de lo cual se extrajo el ADN utilizando el kit de DNAeasy de QIAGEN ( QIAGEN, Venlo, Pafses Bajos). De los 206 grupos de hermanos completos seleccionados, la descendencia afectada y superviviente se genotiparon con tres marcadores de microsatelites localizados dentro de la region del QTL para resistencia a IPN;. Alu333, Ssa0384BSFU/II y Ssa0285BSFU, despues de lo cual se identifico la fase de ligamiento entre los alelos de los tres microsatelites en cada progenitor de mapeo utilizando la cosegregacion observada de alelos de los progenitores a la descendencia (el genotipado de marcadores microsatelites se discute en mas detalle en Moen et al. 2009). Este genotipado se realizo de forma iterativa para que, en ultima instancia, se genotiparan casi todos los grupos de hermanos completos que eran propensos a tener por lo menos un pariente QTN heterocigoto (vease mas adelante). Se aplico una prueba de chi cuadrado con el fin de probar la coherencia del haplotipo de tres microsatelites y el fenotipo afectado/resistente, identificando de este modo 110 progenitores de QTN heterocigotos. Utilizando datos de estos progenitores de QTN heterocigotos, se ha creado una tabla que vincula los alelos en el haplotipo de tres microsatelites a los alelos QTN. (Si se encontro que un alelo de tres microsatelites esta vinculado a ambos Q y q, solo la fase de ligamiento mas frecuente se introduce en la tabla.) Esta tabla se utiliza luego para extrapolar los genotipos en el QTN para los progenitores de mapeo que se encuentran son QTN homocigotos, asf como para otros animales desde el nucleo de reproduccion de Aqua Gen. Veintidos animales de Aqua Gen deducidos de esta forma tienen el genotipo QQ de QTN (es decir, se espera que proporcionen buena resistencia a IPN), asf como 23 animales de Aqua Gen encontrados igualmente que tienen el genotipo qq (es decir, se espera que proporcione una pobre resistencia IPN), fueron seleccionados para posterior secuenciacion de todo el genoma. Estos grupos de 22 y 23 animales fueron puestos juntos de tal manera como para minimizar la relacion de los animales dentro del grupo, al maximizar la diversidad de alelos de tres microsatelites dentro de cada grupo. 2
2. Elaboracion de un ensamble de secuencias de ADN de referencia para la region QTL
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La region QTL se definio como la region entre los SNPs ESTNV_31602_808 y GCR_cBin30387_Ctg1_91 sobre el mapa de vinculacion SNP de salmon del Atlantico (Lien et al. 2011). Los clones de cromosoma artificial bacteriano (BAC) que coinciden con estos SNPs se aislaron de una biblioteca BAC existente (Thorsen et al. 2004). Sobre la base de un mapa ffsico elaborado a partir de esta biblioteca (
www.asalbase.org), se elaboro una ruta de embaldosado mmimo de 31 BAC (Tabla 5). Se extrajo el ADN genomico del salmon del Atlantico (es decir, de insercion) de cada BAC. Una biblioteca de extremo emparejado etiquetado individualmente (con tamano de inserto promedio de 350 pb) se elaboro para cada muestra de ADN de BAC, con lo cual las muestras fueron secuenciadas en multiplex en un HiSeq2000 (Illumina Inc., San Diego, EE.UU.) a una profundidad promedio de aproximadamente 800 veces la cobertura del genoma haploide. Despues de la eliminacion de secuencias adaptadoras residuales, descartando las lecturas demasiado cortas, el recorte de los extremos de lecturas de mala calidad, y la lectura de congruencia de extremo emparejado, un grupo de novo se elaboro dentro de cada BAC utilizando el programa 'clc_novo_assemble' de la suite de Celula de Ensamble CLC (CLC Bio, Aarhus, Dinamarca). Se utilizo a continuacion Phrap version 1.090518 (
http://phrap.org.) para ensamblar secuencias de contiguo de BAC individuales en un grupo de contiguos que abarcan todos los BAC. Finalmente, los contiguos de esta referencia se combinaron en un andamio genomico contiguo alineandolo con andamios de una version preliminar de la secuencia del genoma del salmon del Atlantico (que habfa sido elaborado en casa, utilizando el software Ensamblador de Celera, en base a los datos de los primeros 27 lotes de secuencias presentados por el proyecto de secuenciacion en el Archivo de Traza NCBI).
Tabla 5: Cromosomas Artificiales Bacterianos (BAC) que constituye una ruta de embaldosado mmimo encontrado para abarcar la region QTL. 3
S0042J22
S0004K18 S0161O04 S0243D12
S0076E15
S0021H01 S0162F10 S0258L08
S0119L01
S0026N22 S0162J03 S0259M06
S0120O19
S0048P16 S0170B06 S0262M03
S0126K07
S0063G22 S0201A04 S0282P22
S0457C13
S0066E05 S0215J07 S0344A15
S0001F22
S0115B04 S0227H08 S0449E20
S0001N03
S0160J02 S0236E20
3. Descubrimiento de polimorfismos de ADN predictivos de IPN
Los 23 animales QQ mencionados anteriormente y 22 animales qq ADN polimorfismos se secuenciaron utilizando tecnologfa HiSeq2000 de Illumina. Se elaboraron bibliotecas de extremo emparejado etiquetado individualmente a partir de cada muestra, antes de que las muestras se agruparon para secuenciacion. Se produjo un total de 264 x 109 lecturas, que corresponde a un rendimiento por animal de dos veces el genoma haploide. Las lecturas se ensamblaron sobre la secuencia de referencia de la region QTL mencionada anteriormente utilizando los programas clc_ref_assemble_long 'y 'clc_ref_assemble' de la suite de Celula de Ensamble CLC, produciendo dos ensambles correspondientes a los dos grupos de genotipo QTN. Una fraccion de longitud coincidente de 0.9 y una similitud
minima de 0.98 se estipularon en un intento de minimizar el mapeo de lecturas de cromosomas homologos. La
deteccion de SNP se realizo en estos grupos separados utilizando el programa 'find_variations' de la suite de Celula de Ensamble CLC, lo que permite un mmimo de una diferencia de nucleotidos a la base de referencia. Se utilizo la prueba exacta de Fisher con el fin de probar la independencia entre el genotipo QTN (es decir, el montaje) y los alelos SNP/indel. Los SNP con las estadfsticas mas significativas de este exacto se genotiparon en los 110 animales con QTN heterocigoto mencionados anteriormente, asf como en la descendencia probada con inoculacion de esos animales, y se realizo una prueba exacta de Fisher con el fin de probar la herencia independiente de alelos de SNP y alelos de QTN. El coeficiente de correlacion (r2) entre alelos en SNP y en QTN, una medida del grado de desequilibrio de ligamiento (LD) entre los lugares, tambien se calculo para cada SNP, utilizando la funcion de 'LD' de modulo de 'genetica' de la suite del programa estadfstico R. Un SNP se define como util para predecir la resistencia a IPN si tema un valor de r2 por encima de 0.3 (esto es una suposicion comun entre los genetistas, vease, por ejemplo Shifman et al., Human Molecular Genetics 2003). En el presente contexto, el valor r2 es la fraccion de variacion alelica de QTL explicada por el polimorfismo de ADN predictivo. Por ejemplo, si r2 = 0.5, el doble que los
animales deben ser genotipos para el polimorfismo de ADN predictivo con respecto a un caso hipotetico de que los
polimorfismos de ADN de prediccion es el propia QTN.
Los SNP identificados que se correlacionan mas fuertemente con la resistencia a IPN se proporcionan en la Tabla 1.
Tabla 1. Polimorfismos de ADN fuertemente asociados con resistencia a IPN. r2 = la fraccion de la variacion alelica en el QTN explicado por el polimorfismo de ADN
5
10
15
20
25
# de polimorfismo de
Nombre de de polimorfismo de ADN Alelo de resistencia/alelo r2
ADN
de no resistencia
1
AGKD01281000.1_4157[T/TA] T/TA 0.57
2
AGKD01281000.1_5527[T/TAT] T/TAT 0.57
3
AGKD01021775.1_19790[G/A] G/A 0.57
4
AGKD01281000.1_5251[A/G] A/G 0.54
5
AGKD01281000.1_4338[A/T] A/T 0.54
6
AGKD01317469.1_245[T/A] T/A 0.54
7
AGKD01281000.1_5457[A/G] A/G 0.54
8
AGKD01028155.1_12812[A/G] A/G 0.5
9
AGKD01452978.1_5956[A/G] A/G 0.41
10
AGKD01039267.1_12921[T/A] T/A 0.41
11
AGKD01059002.1_4664[T/C] T/C 0.4
12
AGKD01451885.1_830[T/G] T/G 0.4
13
AGKD01003456.1_35321[A/G] A/G 0.37
14
AGKD01059002.1_16264[G/A] G/A 0.36
15
AGKD01452978.1_6935[A/G] A/G 0.35
16
AGKD01003456.1_36664[G/T] G/T 0.35
17
AGKD01340746.1_282[C/T] C/T 0.35
18
AGKD01062103.1_13615[T/G] T/G 0.32
19
AGKD01062103.1_13695[T/C] T/C 0.32
20
AGKD01007787.1_13666[G/A] G/A 0.31
21
AGKD01059002.1_3603[T/G] T/G 0.31
4. Descubrimiento de dos haplotipos de polimorfismo de ADN de prediccion de resistencia a IPN
Los genotipos de los polimorfismos del ADN en los progenitores QTN heterocigotos y su descendencia probada con inoculacion, descritos anteriormente, tambien se utilizaron con el fin de encontrar combinaciones de 2 polimorfismos de ADN que eran mas predictivos de la resistencia a IPN que los polimorfismos de ADN individuales mas predictivos. Los polimorfismos de ADN se combinaron en todas las posibles combinaciones bidireccionales, y para cada haplotipo que consiste en dos polimorfismos de ADN, se identificaron alelos de haplotipos para cada progenitor de QTN heterozigoto, y se utilizo una prueba exacta de Fisher para probar la independencia entre alelo de haplotipo y alelos de QTN. El coeficiente de correlacion (r2) entre los estados alelico en el haplotipo de dos SNP y en QTN se calculo al primero mapear el haplotipo de dos SNP bajo un sistema de dos alelos al reemplazar cada nombre de alelo con el nombre del alelo QTN ya que alelo haplotipo de dos SNP en cuestion fue predominantemente vinculado a (vease la Tabla 3), seguido por el calculo de r2 utilizando la funcion de 'LD' del modulo “ genetica de la suite de programa estadfstico R.
Los haplotipos predictivos de la resistencia a IPN, identificados de esta manera, eran combinaciones de dos polimorfismos de ADN de la Tabla 1, o eran combinaciones de polimorfismo de un ADN de la Tabla 1 y el polimorfismo de un ADN de la Tabla 2. La Tabla 3 contiene todas las combinaciones de polimorfismos de ADN encontradas que tienen un valor de r2 mayor de 0.60. La Tabla 3 tambien contiene la identidad de los alelos de haplotipos encontrados para los respectivos haplotipos predictivos, asf como la clasificacion (resistente frente a no resistente) de estos alelos de haplotipos.
La Tabla 4 contiene las secuencias de ADN de los polimorfismos de ADN. Estas secuencias tambien se pueden deducir a partir de los nombres de polimorfismo de ADN, como se senalo anteriormente.
Tabla 2. Polimorfismos de ADN auxiliares, que forman pares de diagnostico de polimorfismos de ADN en combinacion con los polimorfismos de ADN de la Tabla 1.
# de polimorfismo de ADN Nombre de de polimorfismo de ADN Alelo de resistencia/alelo de no resistencia

22 AGKD01000927.1_15806[C/G] C/G
23 AGKD01458345.1_5634[G/T] T/G

24 AGKD01083029.1_8368[A/C] C/A
25 AGKD01062103.1_13615[T/G] T/G

26 AGKD01062103.1_13695[T/C] T/C

27 AGKD01032349.1_7232[A/C] A/C
28
AGKD01032349.1_ 1 4^ O -M 00 £ G) G/A
29
AGKD01051656.1_ _1495[T/A] A/T
30
(J) CM O CO CO O O Q CD < _5084[G/C] C/G
31
AGKD01455926.1_ _1814[G/A] A/G
32
AGKD01003456.1_ _1873[G/C] G/C
33
AGKD01037589.1_ 572[C/T] C/T
34
AGKD01037589.1_ _1369[C/A] C/A
35
o CO LO O CM O Q CD < _11559[A/G] A/G
36
AGKD01106761.1_ _1717[T/C] T/C
Tabla 3
Combinaciones predictivas de dos polimorfismos de ADN (haplotipos). r2 = la fraccion de variacion alelica
en el QTN se explica por el haplotipo; alelos de haplotipo
= los alelos validos del haplotipo, T-G(R) = un
haplotipo que tiene el alelo T en el polimorfismo de ADN #1,
G en el polimorfismo de ADN #2, es un alelo de
resistencia, TA-G(N)
= un haplotipo que tiene el alelo TA en el polimorfismo de ADN #1, G en el
polimorfismo de ADN #2, es un alelo de no resistencia, etc.
La numeracion de los polimorfismos de ADN es
relativa a las Tablas 1 y 2.
Polimorfismo de Polimorfismo de r2
Alelos de haplotipo
ADN #1
ADN #2
1
23 0.84 T-T(R), T-G(R), TA-T(R), TA-G(N)
1
28 0.84 T-G(R), T-A(R), TA-G(R), TA-A(N)
2
23 0.84 T-T(R), T-G(R), TAT-T(R), TAT-G(N)
2
28 0.84 T-G(R), T-A(R), TAT-G(R), TAT-A(N)
3
23 0.84 G-T(R), G-G(R), A-T(R), A-G(N)
3
28 0.84 G-G(R), G-A(R), A-G(R), A-A(N)
4
23 0.81 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
4
28 0.81 A-G(R), A-A(R), G-G(R), G-A(N)
5
23 0.81 A-T(R), A-G(R), T-T(R), T-G(N)
5
28 0.81 A-G(R), A-A(R), T-G(R), T-A(N)
6
23 0.81 T-T(R), T-G(R), A-T(R), A-G(N)
6
28 0.81 T-G(R), T-A(R), A-G(R), A-A(N)
7
23 0.81 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
7
28 0.81 A-G(R), A-A(R), G-G(R), G-A(N)
1
11 0.79 T-T(R), T-C(R), TA-T(R), TA-C(N)
1
12 0.79 T-T(R), T-G(R), TA-T(R), TA-G(N)
2
11 0.79 T-T(R), T-C(R), TAT-T(R), TAT-C(N)
2
12 0.79 T-T(R), T-G(R), TAT-T(R), TAT-G(N)
3
11 0.79 G-T(R), G-C(R), A-T(R), A-C(N)
3
12 0.79 G-T(R), G-G(R), A-T(R), A-G(N)
4
11 0.78 A-T(R), A-C(R), G-T(R), G-C(N)
4
12 0.78 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
5
11 0.78 A-T(R), A-C(R), T-T(R), T-C(N)
5
12 0.78 A-T(R), A-G(R), T-T(R), T-G(N)
6
11 0.78 T-T(R), T-C(R), A-T(R), A-C(N)
6
12 0.78 T-T(R), T-G(R), A-T(R), A-G(N)
7
11 0.78 A-T(R), A-C(R), G-T(R), G-C(N)
7
12 0.78 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
1
31 0.76 T-A(R), T-G(R), TA-A(R), TA-G(N)
2
31 0.76 T-A(R), T-G(R), TAT-A(R), TAT-G(N)
3
31 0.76 G-A(R), G-G(R), A-A(R), A-G(N)
1
10 0.75 T-T(R), T-A(R), TA-T(R), TA-A(N)
2
10 0.75 T-T(R), T-A(R), TAT-T(R), TAT-A(N)
3
10 0.75 G-T(R), G-A(R), A-T(R), A-A(N)
4
31 0.74 A-A(R), A-G(R), G-A(R), G-G(N)
5
31 0.74 A-A(R), A-G(R), T-A(R), T-G(N)
6
31 0.74 T-A(R), T-G(R), A-A(R), A-G(N)
7
31 0.73 A-A(R), A-G(R), G-A(R), G-G(N)
8
14 0.73 A-G(R), A-A(R), G-G(R), G-A(N)
1
22 0.72 T-C(R), T-G(R), TA-C(R), TA-G(N)
2
22 0.72 T-C(R), T-G(R), TAT-C(R), TAT-G(N)
3
22 0.72 G-C(R), G-G(R), A-C(R), A-G(N)
4
10 0.72 A-T(R), A-A(R), G-T(R), G-A(N)
Combinaciones predictivas de dos polimorfismos de ADN (haplotipos). r2 = la fraccion de variacion alelica en el QTN se explica por el haplotipo; alelos de haplotipo = los alelos validos del haplotipo, T-G(R) = un haplotipo que tiene el alelo T en el polimorfismo de ADN #1, G en el polimorfismo de ADN #2, es un alelo de resistencia, TA-G(N) = un haplotipo que tiene el alelo TA en el polimorfismo de ADN #1, G en el polimorfismo de ADN #2, es un alelo de no resistencia, etc. La numeracion de los polimorfismos de ADN es relativa a las Tablas 1 y 2.
Polimorfismo de Polimorfismo de r2 Alelos de haplotipo
ADN #1 ADN #2
5
10 0.72 A-T(R), A-A(R), T-T(R), T-A(N)
6
10 0.72 T-T(R), T-A(R), A-T(R), A-A(N)
7
10 0.72 A-T(R), A-A(R), G-T(R), G-A(N)
11
32 0.7 T-G(R), T-C(R), C-G(R), C-C(N)
11
33 0.7 T-C(R), T-T(R), C-C(R), C-T(N)
11
35 0.7 T-A(R), T-G(R), C-A(R), C-G(N)
12
24 0.7 T-C(R), T-A(R), G-C(R), G-A(N)
12
30 0.7 T-C(R), T-G(R), G-C(R), G-G(N)
12
32 0.7 T-G(R), T-C(R), G-G(R), G-C(N)
12
33 0.7 T-C(R), T-T(R), G-C(R), G-T(N)
12
35 0.7 T-A(R), T-G(R), G-A(R), G-G(N)
1
21 0.69 T-T(R), T-G(R), TA-T(R), TA-G(N)
2
21 0.69 T-T(R), T-G(R), TAT-T(R), TAT-G(N)
3
21 0.69 G-T(R), G-G(R), A-T(R), A-G(N)
4
22 0.69 A-C(R), A-G(R), G-C(R), G-G(N)
5
22 0.69 A-C(R), A-G(R), T-C(R), T-G(N)
6
22 0.69 T-C(R), T-G(R), A-C(R), A-G(N)
7
22 0.69 A-C(R), A-G(R), G-C(R), G-G(N)
1
18 0.68 T-T(R), T-G(R), TA-T(R), TA-G(N)
1
19 0.68 T-T(R), T-C(R), TA-T(R), TA-C(N)
1
25 0.68 T-T(R), T-G(R), TA-T(R), TA-G(N)
1
26 0.68 T-T(R), T-C(R), TA-T(R), TA-C(N)
1
27 0.68 T-A(R), T-C(R), TA-A(R), TA-C(N)
2
18 0.68 T-T(R), T-G(R), TAT-T(R), TAT-G(N)
2
19 0.68 T-T(R), T-C(R), TAT-T(R), TAT-C(N)
2
25 0.68 T-T(R), T-G(R), TAT-T(R), TAT-G(N)
2
26 0.68 T-T(R), T-C(R), TAT-T(R), TAT-C(N)
2
27 0.68 T-A(R), T-C(R), TAT-A(R), TAT-C(N)
3
18 0.68 G-T(R), G-G(R), A-T(R), A-G(N)
3
19 0.68 G-T(R), G-C(R), A-T(R), A-C(N)
3
25 0.68 G-T(R), G-G(R), A-T(R), A-G(N)
3
26 0.68 G-T(R), G-C(R), A-T(R), A-C(N)
3
27 0.68 G-A(R), G-C(R), A-A(R), A-C(N)
4
21 0.68 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
5
21 0.68 A-T(R), A-G(R), T-T(R), T-G(N)
6
21 0.68 T-T(R), T-G(R), A-T(R), A-G(N)
7
21 0.68 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
11
24 0.67 T-C(R), T-A(R), C-C(R), C-A(N)
11
30 0.67 T-C(R), T-G(R), C-C(R), C-G(N)
4
18 0.65 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
4
19 0.65 A-T(R), A-C(R), G-T(R), G-C(N)
4
25 0.65 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
4
26 0.65 A-T(R), A-C(R), G-T(R), G-C(N)
4
27 0.65 A-A(R), A-C(R), G-A(R), G-C(N)
5
18 0.65 A-T(R), A-G(R), T-T(R), T-G(N)
5
19 0.65 A-T(R), A-C(R), T-T(R), T-C(N)
5
25 0.65 A-T(R), A-G(R), T-T(R), T-G(N)
5
26 0.65 A-T(R), A-C(R), T-T(R), T-C(N)
5
27 0.65 A-A(R), A-C(R), T-A(R), T-C(N)
6
18 0.65 T-T(R), T-G(R), A-T(R), A-G(N)
6
19 0.65 T-T(R), T-C(R), A-T(R), A-C(N)
6
25 0.65 T-T(R), T-G(R), A-T(R), A-G(N)
6
26 0.65 T-T(R), T-C(R), A-T(R), A-C(N)
6
27 0.65 T-A(R), T-C(R), A-A(R), A-C(N)
7
18 0.65 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
7
19 0.65 A-T(R), A-C(R), G-T(R), G-C(N)
7
25 0.65 A-T(R), A-G(R), G-T(R), G-G(N)
Combinaciones predictivas de dos polimorfismos de ADN (haplotipos). r2 = la fraccion de variacion alelica en el QTN se explica por el haplotipo; alelos de haplotipo = los alelos validos del haplotipo, T-G(R) = un haplotipo que tiene el alelo T en el polimorfismo de ADN #1, G en el polimorfismo de ADN #2, es un alelo de resistencia, TA-G(N) = un haplotipo que tiene el alelo TA en el polimorfismo de ADN #1, G en el polimorfismo de ADN #2, es un alelo de no resistencia, etc. La numeracion de los polimorfismos de ADN es relativa a las Tablas 1 y 2.
Polimorfismo de Polimorfismo de r2 Alelos de haplotipo
ADN #1 ADN #2
7
26 0.65 A-T(R), A-C(R), G-T(R), G-C(N)
7
27 0.65 A-A(R), A-C(R), G-A(R), G-C(N)
1
29 0.63 T-A(R), T-T(R), TA-A(R), TA-T(N)
2
29 0.63 T-A(R), T-T(R), TAT-A(R), TAT-T(N)
3
29 0.63 G-A(R), G-T(R), A-A(R), A-T(N)
10
36 0.62 T-T(R), T-C(R), A-T(R), A-C(N)
11
34 0.62 T-C(R), T-A(R), C-C(R), C-A(N)
12
34 0.62 T-C(R), T-A(R), G-C(R), G-A(N)
14
20 0.62 G-G(R), G-A(R), A-G(R), A-A(N)
1
8 0.61 T-A(R), T-G(R), TA-A(R), TA-G(N)
2
8 0.61 T-A(R), T-G(R), TAT-A(R), TAT-G(N)
3
8 0.61 G-A(R), G-G(R), A-A(R), A-G(N)
4
29 0.61 A-A(R), A-T(R), G-A(R), G-T(N)
5
29 0.61 A-A(R), A-T(R), T-A(R), T-T(N)
6
29 0.61 T-A(R), T-T(R), A-A(R), A-T(N)
7
29 0.61 A-A(R), A-T(R), G-A(R), G-T(N)
21
32 0.6 T-G(R), T-C(R), G-G(R), G-C(N)
21
33 0.6 T-C(R), T-T(R), G-C(R), G-T(N)
21
35 0.6 T-A(R), T-G(R), G-A(R), G-G(N)
Tabla 4. Secuencias de los polimorfismos de ADN enumerados en la Tabla 1 y Tabla 2. La numeracion es la misma que la numeracion en la Tabla 1 y Tabla 2.
# de polimorfismo de ADN 1 2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
13
14
15
16
17
18
19
20 21 22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
Nombre del polimorfismo de ADN
AGKD01281000.1_4157[T/TA]
AGKD01281000.1_5527[T/TAT]
AGKD01021775.1_19790[G/A]
AGKD01281000.1_5251[A/G]
AGKD01281000.1_4338[A/T]
AGKD01317469.1_245[T/A]
AGKD01281000.1_5457[A/G]
AGKD01028155.1_12812[A/G]
AGKD01452978.1_5956[A/G]
AGKD01039267.1_12921[T/A]
AGKD01059002.1_4664[T/C]
AGKD01451885.1_830[T/G]
AGKD01003456.1_35321[A/G]
AGKD01059002.1_16264[G/A]
AGKD01452978.1_6935[A/G]
AGKD01003456.1_36664[G/T]
AGKD01340746.1_282[C/T]
AGKD01062103.1_13615[T/G]
AGKD01062103.1_13695[T/C]
AGKD01007787.1_13666[G/A]
AGKD01059002.1_3603[T/G]
AGKD01000927.1_15806[C/G]
AGKD01458345.1_5634[G/T]
AGKD01083029.1_8368[A/C]
AGKD01062103.1_13615[T/G]
AGKD01062103.1_13695[T/C]
AGKD01032349.1_7232[A/C]
AGKD01032349.1_14078[A/G]
AGKD01051656.1_1495[T/A]
AGKD01083029.1_5084[G/C]
AGKD01455926.1_1814[G/A]
AGKD01003456.1_1873[G/C]
Secuencias de ADN
AAGTTCTTTTTTTTT[-/A]TATATGACTATCCTT
TTGAGCACGTGTTTT[-/AT]GACGGTGTAGGAAGT
ACGTACGCAGGCGCA[C/T]CCCTGCGATTTAGTG
GGGAGGTCAGTGGGG[C/T]AGACAACTTAAAGCA
TCTTCAGGAAAAAAA[A/T]ATATAATTAGTGATT
CTACAAACTTTCTCA[A/T]GGTATAGCAAAAAAT
GAATGAAAGCACTTT[C/T]TTGGTATCCTATGCT
GTCCTAACATTGAGC[C/T]GTGTTTGTTTGGCAG
ACTATTTTATCTGGC[C/T]CTTTCAATCAGTCCT
GATGATGGCCCCTAG[A/T]GAGTTACTGTAATGA
ACATTATAAAAACAG[C/T]ATGAAGTGTACGTGT
CAGACAGACACCTAC[A/C]AGTAGGCTATGTGTT
ACAAAGTAAGGTGGG[C/T]GGTGCAGAGTTAGGC
AGTTTCAAATGAAAT[A/G]TGAATCCTTCAGGAT
GGTGAAATCATCGTG[C/T]ATAGGCTATCACAGT
GAGTACAGTGCACTC[A/C]GACAGACAGGCACAC
TTTTTGAGGAGGAGG[A/G]AAATACATTGTGTTC
TCTTTCACACATGAC[G/T]CCGTAATCCCGTTAC
GCAGGCAGCGCTTGA[C/T]GGCGAATTGTTTTGA
CATTTTATGCATTAT[A/G]TATCAGTGATGTTAC
AGACATAGGCTCAAA[G/T]AATTCCTCACTGAGG
AGTGTGTTGCACATC[C/G]TGTCATGCAGACAAT
CACACTTTGTCAACA[A/C]ACACATATTATGTTA
CTGCTAATGTCCTTT[G/T]GTGGGTTTCTTTTGG
GTAACGGGATTACGG[A/C]GTCATGTGTGAAAGA
TCAAAACAATTCGCC[A/G]TCAAGCGCTGCCTGC
ACTCCCAGTGCTAAG[G/T]GAAGTCTCCAACATT
CCTCCTCTCCCTCCC[A/G]GAGTCTGATGCAATT
ATTCATTAATCCAGC[A/T]ATAGTTACTGGCACC
TGCCAGAGACCCCCA[C/G]TGGAGCGTTCAGGGT
AGTCAACCGCAGTAC[C/T]GAAGCAAGACTGTAG
CGGACCAGGAGACAG[C/G]GACCCATCATTTCAT
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# de polimorfismci Nombre del polimorfismo de ADN
33 AGKD01037589.1_572[C/T]
34 AGKD01037589.1_1369[C/A]
35 AGKD01205804.1_11559[A/G]
36 AGKD01106761.1_1717[T/C]
Secuencias de ADN
GCAATGTTCATCCTG[C/T]TTAATTCACCAAATG
CGCTACAGAAATGAC[A/C]GAAAATACACACTTC
AGATTTAGGAGGGTT[C/T]GCTCAAAATAAGAAA
TTATTCGGTGGTACC[C/T]ACTCTCAGAAATCTT
5. Proporcionar el efecto de la seleccion asistida por SNP
Inoculacion 1: Un experimento se establecio con el fin de probar el efecto de la aplicacion de la prueba de ADN con base en haplotipo sNp descrita anteriormente (1-4): Utilizando la prueba de ADN a base de haplotipo (con par 3 + 23 marcador, vease Tabla 3), 4 machos no resistentes, 6 machos resistentes, 6 hembras no resistentes, y 4 hembras resistentes se seleccionaron de la poblacion reproductora de Aqua Gen. Todos los machos se cruzaron con todas las hembras, la produccion de los cuatro grupos de RxR, RxN, NxR, y NxN; RxR consiste de la descendencia de machos resistentes y hembras resistentes, RxN consiste de la descendencia de machos resistentes y hembras no resistentes, NxR consiste de la descendencia de machos no resistentes y hembras resistentes, y NxN consiste de la descendencia de machos no resistentes y hembras no resistentes. Los grupos se transportaron a las instalaciones de prueba de inoculacion (VESO Vikan, Namsos, Noruega) en el tamano promedio de 0.2 g (alevines pre-arrancados), arrancados en 1 dfa de llegada, se aclimataron de acuerdo con el Procedimiento de Operacion Estandar (SOP) S-2023, se tendieron y monitorizaron diariamente de acuerdo a S-2002 y S-2004. Los peces muertos se recogieron cada dfa de acuerdo con S-2000, y se registraron las mortalidades. Los parametros ambientales se registraron diariamente. Cada uno de los grupos RxR, RxN, NxR, y NxN se probaron en dos tanques siguiendo un modelo de inoculacion en bano (S-1079). Cada tanque tema 100 alevines del grupo correspondiente. Se utilizo virus de necrosis pancreatica infecciosa fresco (es decir, no congelado), procedente de un aislado de serotipo SP 1, pasaje j.no. V-1244 (aislado de campo noruego desde el 2001), el crecimiento y titulacion del virus se realiza en la Escuela Noruega de Ciencias Veterinarias (Oslo, Noruega). Dos tanques adicionales se incluyeron como controles, que conteman peces con inoculacion simulada de los cuatro grupos. Los resultados se proporcionan en la Figura 1.
Figura 1: Mortalidades en una prueba de inoculacion de IPN realizada en cuatro diferentes grupos de peces producidos utilizando el metodo descrito en esta solicitud. De acuerdo con la prueba, todos los peces del grupo NxN eran no resistentes, todos los peces en los grupos NxR y RxN eran semirresistentes, mientras que todos los peces en el grupo RxR fueron resistentes. Los peces en el grupo de control tuvieron inoculacion simulada, de modo que las mortalidades en este grupo representan las mortalidades esperadas en ausencia de virus.
Inoculacion 2: Este experimento se establecio con el fin de comparar la mortalidad debido al aislado de virus estandar V-1244 aislado en 2001 con la mortalidad debida a una cepa de campo noruega aislada en 2012 de un criadero que experimenta la mortalidad relacionada con el IPN. Utilizando la prueba de ADN con base en el haplotipo (con par marcador 3+23, vease Tabla 3), 6 machos no resistentes, 5 machos resistentes, 6 hembras no resistentes, y 6 hembras resistentes se seleccionaron de la poblacion reproductora de Aqua Gen. Todos los machos se cruzaron con todas las hembras, la produccion de los cuatro grupos de RxR RxN, y NxN; RxR consisten de la descendencia de machos resistentes y hembras resistentes, RxN consiste de la descendencia de machos resistentes y hembras no resistentes, asf como la descendencia de machos no resistentes y hembras resistentes, y NxN consiste de la descendencia de machos no resistentes y hembras no resistentes. Los grupos fueron transportados a las instalaciones de prueba de inoculacion (VESO Vikan, Namsos, Noruega) en tamano promedio de 0.2 g (alevines pre-arrancados), arrancados en 1 dfa de llegada, se aclimataron de acuerdo con el Procedimiento de Operacion Estandar (SOP) S-2023, se tendieron y monitorizaron diariamente de acuerdo con S-2002 y S-2004. Los peces muertos se recogieron cada dfa de acuerdo con S-2000, y se registraron las mortalidades. Los parametros ambientales se registraron diariamente. Cada uno de los grupos RxR, RxN y NxN se probaron en dos tanques paralelos para cada cepa de virus (V-1244 y cepa de campo) siguiendo un modelo de inoculacion en bano (S-1079). Cada tanque tema 100 alevines del grupo correspondiente. La cepa V-1244 aislada en 2001 se preparo por la Escuela Noruega de Ciencias Veterinarias (Oslo, Noruega), mientras que la cepa de campo se propago y se valoro por Vaxxinova Noruega. Ambos aislamientos de virus se mantuvieron en refrigeracion hasta su inoculacion. Un tanque se incluyo como un control negativo, que contema peces con inoculacion simulada de los tres genotipos. La inoculacion se termino 45 dfas despues de inoculacion, y los resultados se proporcionan en las figuras 2 y 3. Los resultados demuestran que los peces RxR (como se determina por los metodos de la presente invencion) son completamente resistentes a ambas cepas de IPNV.
Figura 2.
Mortalidad acumulativa en una inoculacion en bano de alevines de salmon del Atlantico de diferentes genotipos IPN QTL inoculados con un aislado de prueba bien conocido de IPNV, V-1244 (Figura 2) o con una cepa de campo aislada de un criadero en 2012 (Figura 3).
6. Comparacion de SNP conocidos con aquellos de la presente invencion
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Houston et al. (2012 identificaron polimorfismos de nucleotido unico (SNPs) que fueron presuntamente asociados con la resistencia a IPN. En su papel revelan dos SNP (llamados Ssa0139ECIG y RAD_HT01) que se reportan tienen una particularmente fuerte asociacion con resistencia a IPN. Se reporto el SNP Ssa0139ECIG por primera vez en un artfculo de Moen et al., pero ese estudio no reporto ninguna forma de asociacion a resistencia a IPN. Se reporto el RAD_HT01 por primera vez por Houston et al. (2012).
El SNP RAD_HT01 se identifico independientemente por el solicitante como parte de la deteccion con base en secuenciacion de los polimorfismos de ADN asociados a resistencia a IPN discutidos anteriormente Sin embargo, se encontro que la asociacion estimada a resistencia IPN era demasiado debil como para justificar mas pruebas por genotipo; el valor de p (el nivel de significacion de el SNP fue 0.0199, mientras que todos los SNP seleccionados para la prueba por el genotipado del presente solicitante teman valores de p por debajo de 0.005).
El SNP Ssa0139ECIG no fue identificado independientemente por el solicitante, ya que este SNP no estaba cubierto por la secuencia de ADN de referencia utilizada en la busqueda de la solicitante de SNP asociados a IPN. En su lugar, la asociacion entre este SNP y resistencia a IPN fue probada por el solicitante mediante el genotipado de los progenitores de peces inoculados con IPN, seguido por la prueba estadfstica del efecto de los genotipos de SNP en estos progenitores sobre las tasas de mortalidad en su descendencia (de la misma manera discutida anteriormente para la presente invencion). El grupo de datos consta de 285 grupos de hermanos completos con tasas de mortalidad registradas y progenitores genotipados. El SNP AGKD01021775.1_19790 [G/A] proporcionado en la Tabla 1 se incluyo en el analisis, como un control positivo.
La asociacion entre la resistencia a SNP y IPN fue probada utilizando este modelo lineal (un SNP a la vez):
imagen1
donde y es un vector de las tasas de mortalidad para todos los grupos de hermanos completos, p es la media global, u es un vector de efectos geneticos aleatorios aditivos de los progenitores, Zs y Zd son matrices de incidencia padre y madre, p es un vector de copias de alelos de SNP en los progenitores (0-4) para cada grupo de hermanos completo, b es el coeficiente de regresion aleatorio asociado con el numero de alelos de SNP parentales, y e es un
AcJ*) t?~;V(£}r
vector de residuos aleatorios. Adicionalmente,
y
|,f- ! donde A es la
matriz de relaciones de numerador para los progenitores,
es la varianza genetica (poligenica)
Q? ij*
aditivo total, es la varianza del coeficiente de regresion aleatorio y 1 es la varianza residual de las tasas de
mortalidad del grupo de hermanos completo.
Los componentes de varianza se estimaron para todos los efectos aleatorios (padre y madre genetico aditivo, regresion aleatoria del efecto de SNP y residual), utilizando la metodologfa REML con el software DMU (Madsen y Jensen 2008). Para probar la importancia de un SNP, el modelo completo se comparo con un modelo reducido sin la regresion aleatoria en el numero de alelos de SNP parentales, utilizando una prueba de razon de verosimilitud.
Se encontro que el SNP Ssa0139ECIG no tema efecto significativo sobre la mortalidad de IPN (valor de p = 0.64), mientras que el SNP AGKD01021775.1_19790 [G/A] era extremadamente significativo (valor de p = 2.86E-18).
En el documento de Houston et al. (2012), los SNPs Ssa0139ECIG y RAD_HT01 se presentan por tener efectos fuertes (y aproximadamente iguales) sobre resistencia a IPN. Los resultados descritos anteriormente indican que los polimorfismos de ADN descritos por Houston et al. (2012) tienen poco o ningun efecto sobre la resistencia a IPN en la poblacion probada, mientras que los polimorfismos de ADN descritos en la presente solicitud tienen efectos fuertes y muy significativos.
Referencias
Houston RD, Haley CS, Hamilton A, Guy DR, Tinch AE, Taggart JB, McAndrew BJ, Bishop SC (2008) Major quantitative trait loci affect resistance to infectious pancreatic necrosis in Atlantic salmon (Salmo salar). Genetics 178: 1109-15.
Houston RD, Davey JW, Bishop SC, Lowe, NR, Mota-Velasco JC et al. (2012) Characterisation of QTL-linked and genome-wide restriction site-associated DNA (RAD) markers in farmed Atlantic salmon. BMC Genomics 13: 244,
Lien S, Gidskehaug L, Moen T, Hayes BJ, Berg PR, Davidson WS, Omholt SW, Kent MP (2011) A dense SNPbased linkage map for Atlantic salmon (Salmo salar) reveals extended chromosome homeologies and striking differences in sex-specific recombination patterns. BMC Genomics 12: 615.
Madsen and Jensen (2008) DMU: a user's guide. A package for analysing multivariate mixed models, version 6, release 5.0. University of Aarhus, Tjele, Dinamarca.
Moen T, Hayes B, Baranski M, Berg PR, Kj0glum S, Koop BF, Davidson WS, Omholt SW, Lien S (2008) A linkage 5 map of the Atlantic salmon (Salmo salar) based on EST-derived SNP markers. BMC Genomics 9: 223.
Moen T, Baranski M, Sonesson AK, Kj0glum S (2009) Confirmation and fine-mapping of a major QTL for resistance to infectious pancreatic necrosis in Atlantic salmon (Salmo salar): population-level associations between markers and trait. BMC Genomics 10: 368.
10
Shifman S, Kuypers J, Kokoris M, Yakir B, Darvasi A (2003) Linkage diseuilibrium patterns of the human genome across populations. Human Molecular Genetics 12: 771-776.
Thorsen J, Zhu B, Frengen E, Osoegawa K, de Jong, PJ, Koop BF, Davidson WS, H0yheim B (2005) A highly 15 redundant BAC library of Atlantic salmon (Salmo salar): an important tool for salmon projects. BMC Genomics 6: 50.

Claims (8)

  1. 5
    10
    15
    20
    25
    30
    REIVINDICACIONES
    1. Un metodo para predecir resistencia a necrosis pancreatica infecciosa en el salmon del Atlantico, el metodo comprende determinar los alelos presentes en un polimorfismo de ADN en el salmon y predecir si o no el salmon es resistente a necrosis pancreatica infecciosa con base en la determinacion de los alelos, en el que el polimorfismo de ADN se selecciona de el grupo proporcionado en la Tabla 1.
  2. 2. Un metodo como se reivindica en la reivindicacion 1, en el que la capacidad de los polimorfismos de ADN para predecir la resistencia a IPN se puede cuantificar como que tiene una estadfstica r2 que es mas grande de 0.3.
  3. 3. Un metodo como se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que el polimorfismo de ADN se selecciona de cualquiera de los siguientes:-
    AGKD01281000.1_4157[T/TA]; AGKD01281000.1_5527[T/TAT]; AGKD01021775.1_19790[G/A];
    AGKD01281000.1_5251[A/G], y; AGKD01281000.1_4338[A/T].
  4. 4. Un metodo como se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que se determinan los alelos presentes en un polimorfismo de ADN adicional, y una prediccion de sf o no el salmon es resistente a necrosis pancreatica infecciosa es con base en la determinacion de los alelos en ambos polimorfismos de ADN.
  5. 5. Un metodo como se reivindica en la reivindicacion 4, en el que el polimorfismo de ADN y polimorfismo de ADN adicional se seleccionan de uno cualquiera de los pares proporcionados en la Tabla 3.
  6. 6. Un metodo como se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que el polimorfismo de ADN(s) se ubica sobre el cromosoma 26.
  7. 7. Un metodo como se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones precedentes, en el que la etapa de determinar los alelos presentes en un polimorfismo de ADN en el salmon se practica sobre una muestra de tejido muscular, muestra de sangre, muestra de hngado y/o una pinza de aleta.
  8. 8. Un metodo para seleccionar un salmon del Atlantico que es adecuado para uso como reproductor, en el que el salmon se selecciona con base en la prediccion por el metodo como se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 en la que el salmon tendra resistencia a necrosis pancreatica infecciosa.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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GB201522230D0 (en) * 2015-12-16 2016-01-27 Aquagen As Characteristic test
GB201701480D0 (en) * 2017-01-30 2017-03-15 Aquagen As Disease resistance
NO344938B1 (en) * 2018-12-13 2020-07-20 Patogen As Pancreas Disease Virus Markers

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2003263693A1 (en) * 2002-09-10 2004-04-30 Unni Grimholt Disease resistance in salmon
RU2310848C1 (ru) * 2006-04-11 2007-11-20 ГОУ ВПО "Красноярская государственная медицинская академия Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию" Способ прогнозирования риска возникновения, клинического течения и исхода острого идиопатического панкреатита
GB201212069D0 (en) 2012-07-06 2012-08-22 Aqua Gen As Predicting resistance to disease
USD1021775S1 (en) * 2022-11-13 2024-04-09 AUO Display Plus Corporation Charging station

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