JPH06284888A - アガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする遺伝子 - Google Patents
アガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする遺伝子Info
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Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/52—Improvements relating to the production of bulk chemicals using catalysts, e.g. selective catalysts
Landscapes
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【構成】 アガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする
遺伝子であり、アミノ酸配列中、特定のアミノ酸配列を
有する。 【効果】 本発明によれば、多量のネオアガロオリゴ糖
を工業的に生産することに利用できるアガラーゼを得る
ことができ、該アガラーゼによって、寒天由来のオリゴ
糖、例えば、ネオアガロヘキサオース、ネオアガロテト
ラオース、ネオアガロビオース等のネオアガロオリゴ糖
を生産し、実際に、ネオアガロオリゴ糖を、うどん、餅
等の澱粉を用いた食品へ添加することによって、それら
の食品の劣化を防ぐと共に、細菌の増殖を抑制すること
が可能となる。
遺伝子であり、アミノ酸配列中、特定のアミノ酸配列を
有する。 【効果】 本発明によれば、多量のネオアガロオリゴ糖
を工業的に生産することに利用できるアガラーゼを得る
ことができ、該アガラーゼによって、寒天由来のオリゴ
糖、例えば、ネオアガロヘキサオース、ネオアガロテト
ラオース、ネオアガロビオース等のネオアガロオリゴ糖
を生産し、実際に、ネオアガロオリゴ糖を、うどん、餅
等の澱粉を用いた食品へ添加することによって、それら
の食品の劣化を防ぐと共に、細菌の増殖を抑制すること
が可能となる。
Description
【0001】
【0002】本発明は、アガラーゼ活性を有する蛋白質
をコードする遺伝子に関し、詳細には、例えば、ビブリ
オ sp.JT0107(以下JT0107と略す)の生産するア
ガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする遺伝子に関す
る。
をコードする遺伝子に関し、詳細には、例えば、ビブリ
オ sp.JT0107(以下JT0107と略す)の生産するア
ガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする遺伝子に関す
る。
【0003】
【0004】海藻多糖の一種である寒天は、主に食品用
のゲル化剤、増粘剤として幅広く使われ、その他にも、
培地用試薬、核酸電気泳動用、実験用担体等の用途があ
る。
のゲル化剤、増粘剤として幅広く使われ、その他にも、
培地用試薬、核酸電気泳動用、実験用担体等の用途があ
る。
【0005】この寒天の主成分はアガロースであり、そ
の構造は、3,6−アンヒドロ−L−ガラクトースと、
D−ガラクトースが交互に、α−1,3結合、β−1,
4結合を繰り返す多糖である。
の構造は、3,6−アンヒドロ−L−ガラクトースと、
D−ガラクトースが交互に、α−1,3結合、β−1,
4結合を繰り返す多糖である。
【0006】このアガロースが分解されてできるオリゴ
糖であるところのネオアガロオリゴ糖は、澱粉老化抑制
作用、一般細菌に対する静菌作用、非カロリー性など
の、高機能性食品、及び食品添加物としての優れた長所
を有していることが知られている(実践バイオリアクタ
ー、食品化学新聞社発行、1990、102-105)。
糖であるところのネオアガロオリゴ糖は、澱粉老化抑制
作用、一般細菌に対する静菌作用、非カロリー性など
の、高機能性食品、及び食品添加物としての優れた長所
を有していることが知られている(実践バイオリアクタ
ー、食品化学新聞社発行、1990、102-105)。
【0007】上記のネオアガロオリゴ糖は、通常のアガ
ロースの加水分解では得ることができず、アガロース分
解酵素であるアガラーゼの利用によって得ることができ
る。
ロースの加水分解では得ることができず、アガロース分
解酵素であるアガラーゼの利用によって得ることができ
る。
【0008】該アガラーゼは、アガロースを分解し、ネ
オアガロオリゴ糖、例えば、ネオアガロヘキサオース、
ネオアガロテトラオース、ネオアガロビオースを生産す
る酵素であり、現在数種類の物が知られている。
オアガロオリゴ糖、例えば、ネオアガロヘキサオース、
ネオアガロテトラオース、ネオアガロビオースを生産す
る酵素であり、現在数種類の物が知られている。
【0009】シグマ社(セントルイス、アメリカ合衆
国)、及びカルバイオケム社(サンジエゴ、アメリカ合
衆国)から市販されているアガラーゼは、グラム陰性細
菌のシュウドモナス アトランティカが生産する酵素で
ある。
国)、及びカルバイオケム社(サンジエゴ、アメリカ合
衆国)から市販されているアガラーゼは、グラム陰性細
菌のシュウドモナス アトランティカが生産する酵素で
ある。
【0010】
【0011】しかしながら、従来の市販アガラーゼは、
酵素の生産性が低いのでネオアガロオリゴ糖の供給量が
少なく、また、酵素の精製法が繁雑であるため高価であ
り、主に生化学用の試薬等として用いられているだけで
あり、多量のネオアガロオリゴ糖を工業的に生産するこ
とには利用できなかった。
酵素の生産性が低いのでネオアガロオリゴ糖の供給量が
少なく、また、酵素の精製法が繁雑であるため高価であ
り、主に生化学用の試薬等として用いられているだけで
あり、多量のネオアガロオリゴ糖を工業的に生産するこ
とには利用できなかった。
【0012】そのため、ネオアガロオリゴ糖を、うど
ん、餅等の澱粉を用いた食品へ添加することに使うこと
ができず、それらの食品の劣化を防ぐと共に、細菌の増
殖を抑制することができなかった。
ん、餅等の澱粉を用いた食品へ添加することに使うこと
ができず、それらの食品の劣化を防ぐと共に、細菌の増
殖を抑制することができなかった。
【0013】従って、多量のネオアガロオリゴ糖を工業
的に生産することに利用できるアガラーゼを得ること
で、該アガラーゼによってネオアガロオリゴ糖を工業的
に生産し、実際に、ネオアガロオリゴ糖を、うどん、餅
等の澱粉を用いた食品へ添加することによって、それら
の食品の劣化を防ぐと共に、細菌の増殖を抑制すること
を可能にすることが望まれていた。
的に生産することに利用できるアガラーゼを得ること
で、該アガラーゼによってネオアガロオリゴ糖を工業的
に生産し、実際に、ネオアガロオリゴ糖を、うどん、餅
等の澱粉を用いた食品へ添加することによって、それら
の食品の劣化を防ぐと共に、細菌の増殖を抑制すること
を可能にすることが望まれていた。
【0014】
【0015】本発明者らは、アガロースをネオアガロオ
リゴ糖に分解するβ−アガラーゼ活性を有する海洋細
菌、ビブリオSP.JT0107から新規のアガラー
ゼ、すなわち agarase0107をコードする遺伝子を単
離し、大腸菌で遺伝子の発現を試みる研究を鋭意進めた
結果、JT0107のDNAを抽出し、これを鋳型とし
てagarase0107の部分アミノ酸配列を元に作成した
合成プライマーを用いてポリメレースチェインリアクシ
ョン(以下、PCRと略す)により、 agarase0107
をコードする遺伝子の一部を増幅し、これをプローブと
してJT0107のDNAライブラリーより目的蛋白質
をコードする領域とそれに付随する領域を単離し、塩基
配列、及び全アミノ酸配列を決定することで本発明を完
成した。
リゴ糖に分解するβ−アガラーゼ活性を有する海洋細
菌、ビブリオSP.JT0107から新規のアガラー
ゼ、すなわち agarase0107をコードする遺伝子を単
離し、大腸菌で遺伝子の発現を試みる研究を鋭意進めた
結果、JT0107のDNAを抽出し、これを鋳型とし
てagarase0107の部分アミノ酸配列を元に作成した
合成プライマーを用いてポリメレースチェインリアクシ
ョン(以下、PCRと略す)により、 agarase0107
をコードする遺伝子の一部を増幅し、これをプローブと
してJT0107のDNAライブラリーより目的蛋白質
をコードする領域とそれに付随する領域を単離し、塩基
配列、及び全アミノ酸配列を決定することで本発明を完
成した。
【0016】即ち、本発明の課題を解決するための手段
は、下記のとおりである。
は、下記のとおりである。
【0017】第1に、配列表の配列番号1のアミノ酸配
列中、1〜975で示されるアミノ酸配列をコードする
遺伝子である。
列中、1〜975で示されるアミノ酸配列をコードする
遺伝子である。
【0018】第2に、配列表の配列番号1の塩基配列
中、1〜3205の塩基配列で示される遺伝子である。
中、1〜3205の塩基配列で示される遺伝子である。
【0019】以下、本発明を詳細に説明する。
【0020】agarase0107DNAは、JT0107
の細胞から得られる。
の細胞から得られる。
【0021】なお、該JT0107は、工業技術院微生
物工業技術研究所に、平成3年3月6日付で、Flavobac
terium-Cytophaga complex JT0107-L4,微工研菌寄第1
2092号(FERM P-12092)として寄託され、入手可能
なものである。
物工業技術研究所に、平成3年3月6日付で、Flavobac
terium-Cytophaga complex JT0107-L4,微工研菌寄第1
2092号(FERM P-12092)として寄託され、入手可能
なものである。
【0022】全DNAの抽出は、常法によればよく、フ
ェノール抽出、エタノール沈澱などの操作を併用すれば
よい。
ェノール抽出、エタノール沈澱などの操作を併用すれば
よい。
【0023】本発明において、一般的には、JT010
7の細胞壁を破壊し、フェノール抽出、エタノール沈澱
によりDNAを抽出する。
7の細胞壁を破壊し、フェノール抽出、エタノール沈澱
によりDNAを抽出する。
【0024】このDNAを制限酵素切断し、シュークロ
ースグラジエントを用いた超遠心分離により、均一の長
さのDNA断片を選択する。
ースグラジエントを用いた超遠心分離により、均一の長
さのDNA断片を選択する。
【0025】本DNA断片をクローニングベクターに組
み込む。
み込む。
【0026】得られた本DNA断片を含むクローニング
ベクターを試験管内でパッケージングした後、これを宿
主大腸菌に感染させる。
ベクターを試験管内でパッケージングした後、これを宿
主大腸菌に感染させる。
【0027】この組み換えファージをソフトアガロース
に混和した後、寒天培地にまき一夜培養することによ
り、多数の組み換えファージ(DNAライブラリー)を
得る。
に混和した後、寒天培地にまき一夜培養することによ
り、多数の組み換えファージ(DNAライブラリー)を
得る。
【0028】このDNAライブラリーのPCRによって
得られた部分agarase0107遺伝子をプローブとし
て、常法によりプラークハイブリダイゼーションを行
い、プローブとハイブリダイズする複数個の独立した組
換えファージを得る。
得られた部分agarase0107遺伝子をプローブとし
て、常法によりプラークハイブリダイゼーションを行
い、プローブとハイブリダイズする複数個の独立した組
換えファージを得る。
【0029】これらファージをプラークハイブリダイゼ
ーションを繰り返すことにより単一のファージに精製す
る。
ーションを繰り返すことにより単一のファージに精製す
る。
【0030】これらファージを、大腸菌に感染後、プレ
ートライセート法によりファージを増殖させ、常法によ
り組換えファージDNAを抽出する。
ートライセート法によりファージを増殖させ、常法によ
り組換えファージDNAを抽出する。
【0031】本組換えファージDNAを種々の制限酵素
で切断し、このうち、KpnIまたはEcoRIで切断
した断片をプラスミドベクターのKpnIまたはEco
RIサイトにクローニングし、ジデオキシ法で塩基配列
を決定する。
で切断し、このうち、KpnIまたはEcoRIで切断
した断片をプラスミドベクターのKpnIまたはEco
RIサイトにクローニングし、ジデオキシ法で塩基配列
を決定する。
【0032】決定された塩基配列を元に、開始コドンと
終止コドンを含むDNA断片を適当な制限酵素で切り出
し、これを発現可能なプラスミドベクター、例えば、l
acプロモーター、tacプロモーターなど大腸菌のプ
ロモーターを有するプラスミドベクターに接続し、これ
を用いて、任意の宿主大腸菌、好ましくは、JM83、
MV1184、JM109を形質転換し、LB培地等の
通常の培地で、菌が十分増殖する条件、例えば、23℃
〜37℃、12時間〜24時間振とう培養した後、菌体
を遠心分離等の方法で集菌し、この菌体をフレンチプレ
ス、超音波破砕等の手法で破壊し、これを可溶成分と不
溶成分に分離した後、可溶成分から、硫酸アンモニウム
沈澱、透析、カラムクロマトグラフィーを施して、 aga
rase0107を得る。
終止コドンを含むDNA断片を適当な制限酵素で切り出
し、これを発現可能なプラスミドベクター、例えば、l
acプロモーター、tacプロモーターなど大腸菌のプ
ロモーターを有するプラスミドベクターに接続し、これ
を用いて、任意の宿主大腸菌、好ましくは、JM83、
MV1184、JM109を形質転換し、LB培地等の
通常の培地で、菌が十分増殖する条件、例えば、23℃
〜37℃、12時間〜24時間振とう培養した後、菌体
を遠心分離等の方法で集菌し、この菌体をフレンチプレ
ス、超音波破砕等の手法で破壊し、これを可溶成分と不
溶成分に分離した後、可溶成分から、硫酸アンモニウム
沈澱、透析、カラムクロマトグラフィーを施して、 aga
rase0107を得る。
【0033】
【0034】以下に、実施例により、本発明を詳細に説
明する。
明する。
【0035】まず、実施例で使用する agarase0107
の調製例を説明する。
の調製例を説明する。
【0036】天然海水100ml、寒天3g、リン酸水
素二カリウム0.3g、および酵母エキス1gを混合
し、1N水酸化ナトリウム水溶液でpH8.0に調整し
た培地をオートクレーブで滅菌した。
素二カリウム0.3g、および酵母エキス1gを混合
し、1N水酸化ナトリウム水溶液でpH8.0に調整し
た培地をオートクレーブで滅菌した。
【0037】この培地にJT0107を植菌し、20
℃、150rpmで6日間振とう培養した。
℃、150rpmで6日間振とう培養した。
【0038】その後、培養液を1ml分取し、1mlの
グリセリン溶液を含む小型バイアル瓶に入れ、−86℃
で凍結保存し、残りの培養液は以下の実験に供した。
グリセリン溶液を含む小型バイアル瓶に入れ、−86℃
で凍結保存し、残りの培養液は以下の実験に供した。
【0039】JT0107の培養液1000mlを遠心
分離し、約900mlの培養上清と固形物とに分離し
た。
分離し、約900mlの培養上清と固形物とに分離し
た。
【0040】蛋白質を塩析するために、この培養上清
に、硫酸アンモニウムを90%飽和になるように攪拌し
ながら徐々に添加し、5℃で一晩放置した。
に、硫酸アンモニウムを90%飽和になるように攪拌し
ながら徐々に添加し、5℃で一晩放置した。
【0041】生じた塩析物を遠心分離により回収し、セ
ロハンチューブを透析膜として、20mMトリス塩酸緩
衝液(pH8.0)3000mlに対して透析した。
ロハンチューブを透析膜として、20mMトリス塩酸緩
衝液(pH8.0)3000mlに対して透析した。
【0042】透析は、5℃で18時間行ない、その間透
析外液を2回交換した。
析外液を2回交換した。
【0043】得られたサンプルを、予め20mMトリス
塩酸緩衝液(pH8.0)で平衡化したQAEトヨパー
ル(東ソー社製の強陰イオン交換樹脂)を担体としたカ
ラム(1cm×2.5cm)に吸着させた。
塩酸緩衝液(pH8.0)で平衡化したQAEトヨパー
ル(東ソー社製の強陰イオン交換樹脂)を担体としたカ
ラム(1cm×2.5cm)に吸着させた。
【0044】このサンプルを、20mMトリス塩酸緩衝
液(pH8.0)から0.5塩化ナトリウムを含有する
20mMトリス塩酸緩衝液(pH8.0)への直線濃度
勾配法(総溶出量4ml)により溶出させ、塩化ナトリ
ウム濃度が0.5M以降に溶出してくる画分6mlを回
収した。
液(pH8.0)から0.5塩化ナトリウムを含有する
20mMトリス塩酸緩衝液(pH8.0)への直線濃度
勾配法(総溶出量4ml)により溶出させ、塩化ナトリ
ウム濃度が0.5M以降に溶出してくる画分6mlを回
収した。
【0045】得られた画分に20mMトリス塩酸緩衝液
を加えて24mlとし、前述の緩衝液で予め平衡化した
MONO−Q(ファルマシア社製の強陰イオン交換樹
脂)を担体としたカラム(0.5cm×5cm)に吸着
させて前述の直線濃度勾配法(総溶出量15ml)によ
り溶出させ、 agarase0107を調製した。
を加えて24mlとし、前述の緩衝液で予め平衡化した
MONO−Q(ファルマシア社製の強陰イオン交換樹
脂)を担体としたカラム(0.5cm×5cm)に吸着
させて前述の直線濃度勾配法(総溶出量15ml)によ
り溶出させ、 agarase0107を調製した。
【0046】該 agarase0107の酵素活性を測定した
結果、酵素1mg当り約6.3ユニットの力価を示し
た。
結果、酵素1mg当り約6.3ユニットの力価を示し
た。
【0047】ここで、ガラクトース量に換算して、1分
間当り1マイクロモルのガラクトース量に相当する還元
糖を得る酵素活性を、1ユニットとした。
間当り1マイクロモルのガラクトース量に相当する還元
糖を得る酵素活性を、1ユニットとした。
【0048】
【実施例1】 *JT0107のDNAの精製
【0049】JT0107をあらかじめ平板に画線培養
し、この1白金耳を2リットルの天然海水中に0.3%
寒天、0.02%リン酸水素2カリウム、0.1%酵母
エキスを含む培地に植菌し、初発pHを8で、3リット
ルのこぶ付きフラスコを用いて回転式振とう培養器で2
0℃、150回転で6日間培養した。
し、この1白金耳を2リットルの天然海水中に0.3%
寒天、0.02%リン酸水素2カリウム、0.1%酵母
エキスを含む培地に植菌し、初発pHを8で、3リット
ルのこぶ付きフラスコを用いて回転式振とう培養器で2
0℃、150回転で6日間培養した。
【0050】培養液から、遠心分離器(トミー製)を用
いて6000回転30分間の遠心分離により培養上清を
除去し、湿重量6.4gの菌体を得た。
いて6000回転30分間の遠心分離により培養上清を
除去し、湿重量6.4gの菌体を得た。
【0051】これを、50ml容のファルコンチュウブ
に取り、6mlのサリン−EDTA溶液(0.15M塩
化ナトリウム、0.1Mエチレンジアミン四酢酸、pH
8.0)に懸濁し、12mgのリゾチームを加え、37
℃で15分間インキュベイトした。
に取り、6mlのサリン−EDTA溶液(0.15M塩
化ナトリウム、0.1Mエチレンジアミン四酢酸、pH
8.0)に懸濁し、12mgのリゾチームを加え、37
℃で15分間インキュベイトした。
【0052】得られた菌液を−20℃で60分間凍結
し、さらに、50mlのトリス−SDS緩衝液を加え、
60℃で60分間融解した。
し、さらに、50mlのトリス−SDS緩衝液を加え、
60℃で60分間融解した。
【0053】これに、トリス−SDS緩衝液で飽和した
フェノール50mlを加え、15分間撹はんした。
フェノール50mlを加え、15分間撹はんした。
【0054】これを50mlのファルコンチュウブ2本
に分注し、7000回転で10分間遠心分離し、上清を
得た。
に分注し、7000回転で10分間遠心分離し、上清を
得た。
【0055】この上清から、さらに蛋白質を除去するた
めに、10000回転10分間の遠心分離を行ない、4
0mlの水層を得た。
めに、10000回転10分間の遠心分離を行ない、4
0mlの水層を得た。
【0056】水層には、粗抽出DNAが含まれており、
これに3M酢酸ナトリウム4ml、90mlのエタノー
ルを加え、生じたDNAの沈澱を10000回転15分
間の遠心分離により回収した。
これに3M酢酸ナトリウム4ml、90mlのエタノー
ルを加え、生じたDNAの沈澱を10000回転15分
間の遠心分離により回収した。
【0057】この粗抽出DNAは、トリス−EDTA緩
衝液(以下TEと略すこともある)35mlに溶解し、
1.75mgのRNaseA、及び1.05mgのRN
aseT1 を加え、37℃、40分間インキュベイト
し、3.5mlのクエン酸ナトリウム、及び80mlの
冷エタノールを加え、精製DNAを沈澱として回収し、
これを2mlのTEに溶解した。
衝液(以下TEと略すこともある)35mlに溶解し、
1.75mgのRNaseA、及び1.05mgのRN
aseT1 を加え、37℃、40分間インキュベイト
し、3.5mlのクエン酸ナトリウム、及び80mlの
冷エタノールを加え、精製DNAを沈澱として回収し、
これを2mlのTEに溶解した。
【0058】
【実施例2】 *agarase0107の部分分解
【0059】10ml容のキャップ付き試験管中でJT
0107より精製した380μlのagarase0107
(トリス−塩酸緩衝液中550μg/μl)に10μl
のトリプシン溶液(0.1mM塩酸1mlに0.4mg
トリプシン含有)を加え、37℃で15時間インキュベ
イトした。
0107より精製した380μlのagarase0107
(トリス−塩酸緩衝液中550μg/μl)に10μl
のトリプシン溶液(0.1mM塩酸1mlに0.4mg
トリプシン含有)を加え、37℃で15時間インキュベ
イトした。
【0060】反応溶液から、減圧乾燥により溶媒を除去
し、70μlの0.1%トリフルオロ酢酸に溶解した。
し、70μlの0.1%トリフルオロ酢酸に溶解した。
【0061】このサンプルを、カプセルパックC−8カ
ラム(資生堂製)を用いて、高速液体クロマトグラフィ
ーにより、流量1ml/min.で65分間に渡りアセ
トニトリル濃度を水に対して0−56%の割合で直線的
に濃度勾配をかけ、オリゴペプチド約350μlずつ
1.5ml容のマイクロチュウブに分離回収した。
ラム(資生堂製)を用いて、高速液体クロマトグラフィ
ーにより、流量1ml/min.で65分間に渡りアセ
トニトリル濃度を水に対して0−56%の割合で直線的
に濃度勾配をかけ、オリゴペプチド約350μlずつ
1.5ml容のマイクロチュウブに分離回収した。
【0062】
【実施例3】 *オリゴペプチドのアミノ酸配列の決定
【0063】実施例2で得られたオリゴペプチドは、1
00μlずつアプライドバイオシステムズ社製のペプチ
ドシークエンサーモデル477A及びモデル120Aに
より、アミノ末端側から順次決定していった。
00μlずつアプライドバイオシステムズ社製のペプチ
ドシークエンサーモデル477A及びモデル120Aに
より、アミノ末端側から順次決定していった。
【0064】この結果得られた配列を配列番号2から配
列番号10に記した。
列番号10に記した。
【0065】
【実施例4】 *PCRによる部分agarase0107DNAの合成
【0066】実施例3で得られたオリゴペプチドの配列
のうち、配列番号8及び配列番号9で示す配列をもと
に、対応するアミノ酸の全ての可能なコドンの組合せ
を、アプライドバイオシステムズ社製のDNA合成機を
用いてオリゴヌクレオチドを合成した。
のうち、配列番号8及び配列番号9で示す配列をもと
に、対応するアミノ酸の全ての可能なコドンの組合せ
を、アプライドバイオシステムズ社製のDNA合成機を
用いてオリゴヌクレオチドを合成した。
【0067】合成したプライマー100pmol、鋳型
DNAとして、実施例1で得られたDNA5μlを用い
て、DNA増幅試薬キットにより、キットに添付されて
きた説明書に従い、指定の容器を用いデオキシATP、
デオキシTTP、デオキシGTP、デオキシCTP各2
μl(20pmol相当)、反応緩衝液10μl、アン
プリタック0.5μlを混合し、水で総量100μlに
調製した。
DNAとして、実施例1で得られたDNA5μlを用い
て、DNA増幅試薬キットにより、キットに添付されて
きた説明書に従い、指定の容器を用いデオキシATP、
デオキシTTP、デオキシGTP、デオキシCTP各2
μl(20pmol相当)、反応緩衝液10μl、アン
プリタック0.5μlを混合し、水で総量100μlに
調製した。
【0068】反応の条件は、1サイクルを94℃で2分
間加熱後、94℃、1.5分間熱変性させ、42℃で
3.5分間インキュベイトし、70℃で2分間反応させ
るものとし、DNAサーマルサイクラー(宝酒造製)で
25回この反応を繰り返した。
間加熱後、94℃、1.5分間熱変性させ、42℃で
3.5分間インキュベイトし、70℃で2分間反応させ
るものとし、DNAサーマルサイクラー(宝酒造製)で
25回この反応を繰り返した。
【0069】この反応物10μlを、0.8%アガロー
スゲルにて電気泳動したところ、約1400塩基対のD
NAが認められた。
スゲルにて電気泳動したところ、約1400塩基対のD
NAが認められた。
【0070】残りの反応液90μlにクロロホルム60
μlを加え、撹はん後、15000回転で2分間遠心分
離し、上層の水層を分取した。
μlを加え、撹はん後、15000回転で2分間遠心分
離し、上層の水層を分取した。
【0071】これを再度繰り返し、得られた約90μl
の水層に10μlの3M酢酸ナトリウム溶液を加え、さ
らに、200μlの冷エタノールを加え、−20℃で1
時間静置した後、15000回転で15分間遠心分離
し、上清を除去しDNA沈澱を得た。
の水層に10μlの3M酢酸ナトリウム溶液を加え、さ
らに、200μlの冷エタノールを加え、−20℃で1
時間静置した後、15000回転で15分間遠心分離
し、上清を除去しDNA沈澱を得た。
【0072】これに、70%エタノール200μlを加
え、さらに、15000回転で5分間遠心分離し、上清
を除去した後、真空乾燥装置(タイテック製)で5分間
乾燥し、これに、TE20μlを加え再溶解した。
え、さらに、15000回転で5分間遠心分離し、上清
を除去した後、真空乾燥装置(タイテック製)で5分間
乾燥し、これに、TE20μlを加え再溶解した。
【0073】これにT4DNAポリメラーゼ10ユニッ
ト、デオキシATP、デオキシTTP、デオキシGT
P、デオキシCTP各8μl(各25mM)を加え、1
2℃で15分間インキュベイトした後、75℃で10分
間加熱し、反応を停止することにより、末端が平滑化さ
れたDNAを得た。
ト、デオキシATP、デオキシTTP、デオキシGT
P、デオキシCTP各8μl(各25mM)を加え、1
2℃で15分間インキュベイトした後、75℃で10分
間加熱し、反応を停止することにより、末端が平滑化さ
れたDNAを得た。
【0074】
【実施例5】 *PCRで得られたDNAの塩基配列解析
【0075】実施例4で得られたDNA10μlを、さ
らに制限酵素PstIで約900塩基対と約500塩基
対の二断片に切断し、前述の方法でエタノール沈澱によ
りDNAを回収し、トリス−EDTA緩衝液10μlに
再溶解した。
らに制限酵素PstIで約900塩基対と約500塩基
対の二断片に切断し、前述の方法でエタノール沈澱によ
りDNAを回収し、トリス−EDTA緩衝液10μlに
再溶解した。
【0076】これら、20ng相当を、PstI、Sm
aIでダブルダイジェスションしたプラスミドベクター
pUC19(宝酒造製)20ngに、宝酒造製のライゲ
ーションキットを用いて、説明書に従い結合させ、これ
を用いて100μlのコンピテントセルJM83(ニュ
ーイングランドバイオラボ社)を形質転換し、1ppm
のアンピシリンを含むLB平板培地に、均一に塗沫し
た。
aIでダブルダイジェスションしたプラスミドベクター
pUC19(宝酒造製)20ngに、宝酒造製のライゲ
ーションキットを用いて、説明書に従い結合させ、これ
を用いて100μlのコンピテントセルJM83(ニュ
ーイングランドバイオラボ社)を形質転換し、1ppm
のアンピシリンを含むLB平板培地に、均一に塗沫し
た。
【0077】これを37℃で15時間インキュベイト
し、生じた青色のコロニーと白色のコロニーのうち、白
色のコロニーのみを滅菌した楊子で釣菌し、これを1p
pmのアンピシリンを含む5mlのLB液体培地で、3
7℃15時間、125回転で振とう培養し、培養液か
ら、15000回転10秒間の遠心分離により上清を除
去し、得られた菌体を400μlのTEに懸濁し、次い
で800μlのアルカリ変性液を加え、60秒後に中和
溶液600μlを加え、氷水中に1時間静置し、その後
15000回転、15分間の遠心分離を行ない不溶分を
除去し、可溶成分約1800μlに、1080μlのイ
ソプロピルアルコールを加え、−20℃で1時間静置し
た。
し、生じた青色のコロニーと白色のコロニーのうち、白
色のコロニーのみを滅菌した楊子で釣菌し、これを1p
pmのアンピシリンを含む5mlのLB液体培地で、3
7℃15時間、125回転で振とう培養し、培養液か
ら、15000回転10秒間の遠心分離により上清を除
去し、得られた菌体を400μlのTEに懸濁し、次い
で800μlのアルカリ変性液を加え、60秒後に中和
溶液600μlを加え、氷水中に1時間静置し、その後
15000回転、15分間の遠心分離を行ない不溶分を
除去し、可溶成分約1800μlに、1080μlのイ
ソプロピルアルコールを加え、−20℃で1時間静置し
た。
【0078】その後15000回転15分間の遠心分離
を行ない上清を除去し、沈澱に70%エタノール500
μlを加え、15000回転で5分間遠心分離し、上清
を除去し、真空乾燥装置で5分間沈澱を乾燥し、これを
TE200μlに再溶解し、200μlの5M酢酸アン
モニウム溶液200μlを加え、氷水中に1時間静置
し、その後15000回転で15分間遠心分離し、上清
を回収し、これに1000μlのエタノールを加え−2
0℃で1時間静置し、その後15000回転、15分間
の遠心分離を行ない、上清を除去し、沈澱に70%エタ
ノール500μlを加え、15000回転で5分間遠心
分離し、上清を除去し、真空乾燥装置で5分間沈澱を乾
燥し、これをTE20μlに再溶解し、精製プラスミド
DNAを得た。
を行ない上清を除去し、沈澱に70%エタノール500
μlを加え、15000回転で5分間遠心分離し、上清
を除去し、真空乾燥装置で5分間沈澱を乾燥し、これを
TE200μlに再溶解し、200μlの5M酢酸アン
モニウム溶液200μlを加え、氷水中に1時間静置
し、その後15000回転で15分間遠心分離し、上清
を回収し、これに1000μlのエタノールを加え−2
0℃で1時間静置し、その後15000回転、15分間
の遠心分離を行ない、上清を除去し、沈澱に70%エタ
ノール500μlを加え、15000回転で5分間遠心
分離し、上清を除去し、真空乾燥装置で5分間沈澱を乾
燥し、これをTE20μlに再溶解し、精製プラスミド
DNAを得た。
【0079】このうち、2μlに水16μl、2N水酸
化ナトリウム2μlを加えたDNA溶液を2本作製し、
それぞれ37℃で10分間インキュベイトした後、2M
酢酸アンモニウム3μl、及び水7μlを加え、さら
に、冷エタノール75μlを加え、−20℃、90分間
静置し、その後15000回転15分間の遠心分離を行
ない、上清を除去し、沈澱に70%エタノール500μ
lを加え、15000回転で5分間遠心分離し、上清を
除去し、真空乾燥装置で5分間沈澱を乾燥し、これをお
のおの水10μlに再溶解し、2μlのファルマシア製
のユニバーサルプライマー、一方に、2μlのファルマ
シア製のリバースプライマーを加え、さらにそれぞれ
に、ファルマシア製のアニールバッファー2μlを加
え、37℃、20分間インキュベイトした後、室温で2
時間静置した。
化ナトリウム2μlを加えたDNA溶液を2本作製し、
それぞれ37℃で10分間インキュベイトした後、2M
酢酸アンモニウム3μl、及び水7μlを加え、さら
に、冷エタノール75μlを加え、−20℃、90分間
静置し、その後15000回転15分間の遠心分離を行
ない、上清を除去し、沈澱に70%エタノール500μ
lを加え、15000回転で5分間遠心分離し、上清を
除去し、真空乾燥装置で5分間沈澱を乾燥し、これをお
のおの水10μlに再溶解し、2μlのファルマシア製
のユニバーサルプライマー、一方に、2μlのファルマ
シア製のリバースプライマーを加え、さらにそれぞれ
に、ファルマシア製のアニールバッファー2μlを加
え、37℃、20分間インキュベイトした後、室温で2
時間静置した。
【0080】これを、T7シークエンシングキット(フ
ァルマシア製)と、アルファー32P−デオキシCTP
(ニューイングランドニュークリアーデュポン製)を用
いて、ジデオキシ塩基配列決定法に従って配列を決定し
た。
ァルマシア製)と、アルファー32P−デオキシCTP
(ニューイングランドニュークリアーデュポン製)を用
いて、ジデオキシ塩基配列決定法に従って配列を決定し
た。
【0081】この中に、配列番号4に示す配列と、配列
番号9に示す配列の一部が含まれていたため、このDN
Aが、agarase0107をコードする遺伝子の一部であ
ることが明らかになった。
番号9に示す配列の一部が含まれていたため、このDN
Aが、agarase0107をコードする遺伝子の一部であ
ることが明らかになった。
【0082】
【実施例6】 *JT0107のDNAライブラリーの作製
【0083】実施例1で得られたDNA400μl(1
90μg相当)を制限酵素Sau3AI600ユニット
(60μl)、反応緩衝液50μlを加え、37℃でイ
ンキュベイトを開始し、1、2、3、5、7、10分後
に、85μlずつ分取し、これに、0.5M−EDTA
溶液9.5μlを添加し、反応を停止した。
90μg相当)を制限酵素Sau3AI600ユニット
(60μl)、反応緩衝液50μlを加え、37℃でイ
ンキュベイトを開始し、1、2、3、5、7、10分後
に、85μlずつ分取し、これに、0.5M−EDTA
溶液9.5μlを添加し、反応を停止した。
【0084】これら、各反応液を5μlずつ、0.8%
アガロースゲル電気泳動に供し、DNAの長さが、10
000塩基対から20000塩基対であるものを最も多
く含む画分である反応時間5、7、10分のサンプルを
集め、さらに、超遠心分離により10000塩基対か
ら、20000塩基対の画分のみを集めるために、20
mMトリス−塩酸(pH8.0)、1M塩化ナトリウ
ム、5mM−EDTAによる緩衝液を含む10、20、
30、40%のシュクロース溶液を作製した。
アガロースゲル電気泳動に供し、DNAの長さが、10
000塩基対から20000塩基対であるものを最も多
く含む画分である反応時間5、7、10分のサンプルを
集め、さらに、超遠心分離により10000塩基対か
ら、20000塩基対の画分のみを集めるために、20
mMトリス−塩酸(pH8.0)、1M塩化ナトリウ
ム、5mM−EDTAによる緩衝液を含む10、20、
30、40%のシュクロース溶液を作製した。
【0085】2本の13ml容量のスイング用遠心チュ
ーブの底から順番に40%、30%、20%、10%の
シュクロース溶液を2.5mlずつ静かに重層し、最後
に、前述のDNA画分240μlをそれぞれに120μ
lずつ重層し、超遠心分離装置(日立製作所製)を用
い、26000回転、20℃で18時間超遠心分離を行
なった。
ーブの底から順番に40%、30%、20%、10%の
シュクロース溶液を2.5mlずつ静かに重層し、最後
に、前述のDNA画分240μlをそれぞれに120μ
lずつ重層し、超遠心分離装置(日立製作所製)を用
い、26000回転、20℃で18時間超遠心分離を行
なった。
【0086】超遠心分離終了後、キャピラリー管を静か
にチューブの底まで差込み、ペリスターポンプを使用し
て、約350μlずつマイクロチューブに順次分画し、
各分画成分の10μlを0.6%アガロースゲル電気泳
動に供し、目的の10000塩基対から、20000塩
基対のDNAが含まれている画分5本を特定した。
にチューブの底まで差込み、ペリスターポンプを使用し
て、約350μlずつマイクロチューブに順次分画し、
各分画成分の10μlを0.6%アガロースゲル電気泳
動に供し、目的の10000塩基対から、20000塩
基対のDNAが含まれている画分5本を特定した。
【0087】これらの画分を1.5ml容の超遠心用マ
イクロチュウブ5本に移しかえ、700μlの冷エタノ
ールを加え、−20℃で、1時間静置した後、卓上超遠
心装置(ベックマン社製)で、50000回転20分間
超遠心分離し、上清を静かに除去し、得られたDNAの
沈澱に70%エタノールを加え50000回転20分間
超遠心分離し、上清を静かに除去しDNAの沈澱を真空
乾燥装置で5分間乾燥したのち、TE12μlに溶解し
た。
イクロチュウブ5本に移しかえ、700μlの冷エタノ
ールを加え、−20℃で、1時間静置した後、卓上超遠
心装置(ベックマン社製)で、50000回転20分間
超遠心分離し、上清を静かに除去し、得られたDNAの
沈澱に70%エタノールを加え50000回転20分間
超遠心分離し、上清を静かに除去しDNAの沈澱を真空
乾燥装置で5分間乾燥したのち、TE12μlに溶解し
た。
【0088】このDNA溶液1μlを、BamHIで切
断し、クローニングベクターEMBL3(ストラタジー
ン社製)1μlと混合し、0.4μl(4ユニット)の
T4DNAリガーゼと反応緩衝液0.4μl(宝酒造
製)を加え、10mMのATP0.4μlを加え、水で
全量を4μlとし、4℃で15時間静置した。
断し、クローニングベクターEMBL3(ストラタジー
ン社製)1μlと混合し、0.4μl(4ユニット)の
T4DNAリガーゼと反応緩衝液0.4μl(宝酒造
製)を加え、10mMのATP0.4μlを加え、水で
全量を4μlとし、4℃で15時間静置した。
【0089】本反応液3μlを、ギガパックゴールド
(ストラタジーン社製)を使用し、添付されてきた手順
書に従って、インビトロパッケイジングを行ない、室温
で2時間インキュベイトし、組換えファージを作製し
た。
(ストラタジーン社製)を使用し、添付されてきた手順
書に従って、インビトロパッケイジングを行ない、室温
で2時間インキュベイトし、組換えファージを作製し
た。
【0090】本組換えファージに500μlのファージ
希釈液(ギガパックゴールドに添付されてきた手順書に
記載されているもの)と、20μlのクロロホルムを加
え、混合後、7000回転で10秒間遠心し、ファージ
懸濁液を得た。
希釈液(ギガパックゴールドに添付されてきた手順書に
記載されているもの)と、20μlのクロロホルムを加
え、混合後、7000回転で10秒間遠心し、ファージ
懸濁液を得た。
【0091】この懸濁液をさらに、ファージ希釈液で1
00倍に希釈した。
00倍に希釈した。
【0092】この組換えファージの宿主大腸菌であるP
2392(ストラタジーン社)を、0.2%マルトース
と10mM硫酸マグネシウムを含むLB培地5mlで3
0℃15時間振とう培養した。
2392(ストラタジーン社)を、0.2%マルトース
と10mM硫酸マグネシウムを含むLB培地5mlで3
0℃15時間振とう培養した。
【0093】本培養液から5000回転10分間の遠心
分離により上清を除去し、菌体を回収し、これを10m
Mの硫酸マグネシウム5mlに再懸濁した。
分離により上清を除去し、菌体を回収し、これを10m
Mの硫酸マグネシウム5mlに再懸濁した。
【0094】本大腸菌懸濁液100μlと前述のファー
ジ希釈液10μlを混合し、37℃で15分間インキュ
ベイトした。
ジ希釈液10μlを混合し、37℃で15分間インキュ
ベイトした。
【0095】42℃にあらかじめ保温していた3mlの
0.7%LBアガロース溶液に、本混合液を懸濁し、直
ちに、1.5%寒天を含むLB平板培地に均一に塗沫
し、37℃で15時間培養し、DNAライブラリーを作
製した。
0.7%LBアガロース溶液に、本混合液を懸濁し、直
ちに、1.5%寒天を含むLB平板培地に均一に塗沫
し、37℃で15時間培養し、DNAライブラリーを作
製した。
【0096】
【実施例7】 *プラークハイブリダイゼーションによる遺伝子の単離
【0097】実施例6で作製した寒天培地上のDNAラ
イブラリー上に、ナイロン膜のバイオダインA(日本ポ
ール製)をのせ、2分間放置することにより、寒天培地
上の各ファージの一部をナイロン膜に移した。
イブラリー上に、ナイロン膜のバイオダインA(日本ポ
ール製)をのせ、2分間放置することにより、寒天培地
上の各ファージの一部をナイロン膜に移した。
【0098】ファージが吸着したナイロン膜の面を上に
して、1.5M塩化ナトリウム、0.5M水酸化ナトリ
ウムによる変性液で湿らせた濾紙3MM(住友化学製)
上に、5分間放置することにより、ファージ粒子とその
中に含まれる組換えDNAを変性させた。
して、1.5M塩化ナトリウム、0.5M水酸化ナトリ
ウムによる変性液で湿らせた濾紙3MM(住友化学製)
上に、5分間放置することにより、ファージ粒子とその
中に含まれる組換えDNAを変性させた。
【0099】次に、本ナイロン膜を、3M酢酸ナトリウ
ムによる中和液に浸した、前述の濾紙の上に5分間の
せ、中和した。
ムによる中和液に浸した、前述の濾紙の上に5分間の
せ、中和した。
【0100】本ナイロン膜を室温で30分間風乾後、乾
燥器中で、80℃1時間焼付けをおこなった。
燥器中で、80℃1時間焼付けをおこなった。
【0101】実施例4のPCRで得られたDNA断片か
ら、実施例5の手法に従って、約500塩基対のDNA
を得た。
ら、実施例5の手法に従って、約500塩基対のDNA
を得た。
【0102】この、20ng相当を、PstI、Sma
Iでダブルダイジェスションした20ngのpUC19
に、宝酒造製のライゲーションキットを用いて、説明書
に従い結合させ、これを100μlのコンピテントセル
JM83に形質導入し、10ppmのアンピシリンを含
むLB培地5mlで、37℃15時間振とう培養した。
Iでダブルダイジェスションした20ngのpUC19
に、宝酒造製のライゲーションキットを用いて、説明書
に従い結合させ、これを100μlのコンピテントセル
JM83に形質導入し、10ppmのアンピシリンを含
むLB培地5mlで、37℃15時間振とう培養した。
【0103】この培養液から、実施例5の手法に従い、
プラスミドを抽出し、TE緩衝液20μlに再溶解し、
この2μlをHindIII3μl(3000ユニッ
ト)で、反応緩衝液中37℃30分間インキュベイト
し、さらに、EcoRI1μl(1000ユニット)
で、37℃30分間インキュベイトした。
プラスミドを抽出し、TE緩衝液20μlに再溶解し、
この2μlをHindIII3μl(3000ユニッ
ト)で、反応緩衝液中37℃30分間インキュベイト
し、さらに、EcoRI1μl(1000ユニット)
で、37℃30分間インキュベイトした。
【0104】このうち10μlを0.8%アガロースゲ
ルで電気泳動し、約500塩基対の断片を含むゲル20
0mgを切り出し、これに、0.1ユニットの agarase
0107を加え、37℃で2時間インキュベイトし、1
5000回転15分間の遠心分離により、可溶成分と不
溶成分に分離し、可溶成分200μlから、前述したエ
タノール沈澱により、約500塩基対のDNAを沈澱さ
せ、これを10μlのTE緩衝液に再溶解し、ランダム
プライマー(宝酒造製)2μlを加え、95℃3分間加
熱後、氷水中で5分間急速冷却し、ランダムプライマー
に添付されてきた使用説明書にしたがい、アルファー32
P−デオキシCTP(ニューイングランドニュークリア
ーデュポン製)を使用して、放射性同位元素で標識され
た核酸プローブ28μlを作製した。
ルで電気泳動し、約500塩基対の断片を含むゲル20
0mgを切り出し、これに、0.1ユニットの agarase
0107を加え、37℃で2時間インキュベイトし、1
5000回転15分間の遠心分離により、可溶成分と不
溶成分に分離し、可溶成分200μlから、前述したエ
タノール沈澱により、約500塩基対のDNAを沈澱さ
せ、これを10μlのTE緩衝液に再溶解し、ランダム
プライマー(宝酒造製)2μlを加え、95℃3分間加
熱後、氷水中で5分間急速冷却し、ランダムプライマー
に添付されてきた使用説明書にしたがい、アルファー32
P−デオキシCTP(ニューイングランドニュークリア
ーデュポン製)を使用して、放射性同位元素で標識され
た核酸プローブ28μlを作製した。
【0105】焼付けの終了したナイロン膜を5枚ずつハ
イブリバッグに入れ、6xSSPE(モレキュラークロ
ーニング参照)、0.05xBLOTTO(モレキュラ
ークローニング参照)、0.1%SDSによる50ml
のハイブリダイゼーション液を加え、前述のプローブ1
4μlを加え、熱により、本バッグを密封した後、緩や
かに振とうしながら、65℃15時間ハイブリダイゼー
ションをおこなった後、ナイロン膜を本バッグより取り
出し、ポール社のナイロン膜洗浄手順書にしたがい、ナ
イロン膜を洗浄し、非特異的に吸着したプローブを取り
除き、膜を風乾後、バイオイメージアナライザー及び、
X線フィルム(富士フィルム製)を用いたオートラジオ
グラフィーにより、プローブと特異的にハイブリダイズ
した組換えDNAを持つファージの存在する位置をプレ
ート上に同定した。
イブリバッグに入れ、6xSSPE(モレキュラークロ
ーニング参照)、0.05xBLOTTO(モレキュラ
ークローニング参照)、0.1%SDSによる50ml
のハイブリダイゼーション液を加え、前述のプローブ1
4μlを加え、熱により、本バッグを密封した後、緩や
かに振とうしながら、65℃15時間ハイブリダイゼー
ションをおこなった後、ナイロン膜を本バッグより取り
出し、ポール社のナイロン膜洗浄手順書にしたがい、ナ
イロン膜を洗浄し、非特異的に吸着したプローブを取り
除き、膜を風乾後、バイオイメージアナライザー及び、
X線フィルム(富士フィルム製)を用いたオートラジオ
グラフィーにより、プローブと特異的にハイブリダイズ
した組換えDNAを持つファージの存在する位置をプレ
ート上に同定した。
【0106】目的ファージをソフトアガーごと寒天培地
よりかきとり、1mlの前述のファージ希釈液に懸濁し
た。
よりかきとり、1mlの前述のファージ希釈液に懸濁し
た。
【0107】本ファージ懸濁液を10000倍に希釈
し、前述の方法で宿主大腸菌P2392に感染させ、プ
レート上に塗沫し、全面溶菌させ、このプレートを4℃
で、2時間冷却し、その後、プレート上に5mlの希釈
液を加え、37℃で、緩やかに振とうしながら1時間イ
ンキュベイトし、上清約4.5mlを回収し、5000
回転で15分間遠心分離し、その上清に、DNaseI
(宝酒造製)、RNaseA(ファルマシア製)をそれ
ぞれ10ユニットずつ加え、37℃で30分間保温し
た。
し、前述の方法で宿主大腸菌P2392に感染させ、プ
レート上に塗沫し、全面溶菌させ、このプレートを4℃
で、2時間冷却し、その後、プレート上に5mlの希釈
液を加え、37℃で、緩やかに振とうしながら1時間イ
ンキュベイトし、上清約4.5mlを回収し、5000
回転で15分間遠心分離し、その上清に、DNaseI
(宝酒造製)、RNaseA(ファルマシア製)をそれ
ぞれ10ユニットずつ加え、37℃で30分間保温し
た。
【0108】次いで、42%ポリエチレングリコール8
000及び2M塩化ナトリウムによるファージ濃縮液を
加え撹はん後、氷水中で3時間放置した。
000及び2M塩化ナトリウムによるファージ濃縮液を
加え撹はん後、氷水中で3時間放置した。
【0109】これを15000回転で15分間遠心分離
し、ファージを沈澱させた。
し、ファージを沈澱させた。
【0110】本ファージを1mlのファージ希釈液に懸
濁し、これを15000回転で15分間遠心分離し、フ
ァージを沈澱させた。
濁し、これを15000回転で15分間遠心分離し、フ
ァージを沈澱させた。
【0111】上清を除去した後、本ファージを0.5m
lのファージ希釈液に懸濁し、5μlの10%SDSを
加え、68℃で5分間インキュベイトし、10μlの5
M塩化ナトリウムを加え、フェノール及びクロロホルム
を等量ずつ加え、水層を分取した。
lのファージ希釈液に懸濁し、5μlの10%SDSを
加え、68℃で5分間インキュベイトし、10μlの5
M塩化ナトリウムを加え、フェノール及びクロロホルム
を等量ずつ加え、水層を分取した。
【0112】これに、等量のイソプロピルアルコールを
加え、−20℃で30分間静置し、15000回転で1
5分間の遠心分離によりファージを沈澱させ、70%の
エタノールでこの沈澱を洗い、真空乾燥装置で5分間乾
燥後、50μlのTEに溶解し、4℃で保存した。
加え、−20℃で30分間静置し、15000回転で1
5分間の遠心分離によりファージを沈澱させ、70%の
エタノールでこの沈澱を洗い、真空乾燥装置で5分間乾
燥後、50μlのTEに溶解し、4℃で保存した。
【0113】
【実施例8】 *サザンハイブリダイゼーションによる遺伝子の同定
【0114】実施例7で得られた6種類の組換えファー
ジDNAについて、常法により、HindIII、Ba
mHI、SalI、EcoRI、KpnIで切断後、ア
ガロースゲル電気泳動を行ない、これを、常法によりナ
イロン膜(日本ポール製)に転写後、実施例7の方法で
作製した放射標識されたプローブを用いて、ハイブリダ
イゼーションを行なった。
ジDNAについて、常法により、HindIII、Ba
mHI、SalI、EcoRI、KpnIで切断後、ア
ガロースゲル電気泳動を行ない、これを、常法によりナ
イロン膜(日本ポール製)に転写後、実施例7の方法で
作製した放射標識されたプローブを用いて、ハイブリダ
イゼーションを行なった。
【0115】この結果、ひとつの組換えファージのEc
oRI、またはKpnIで切断された断片に少なくとも
遺伝子の一部が含まれていることが明らかとなり、これ
らの塩基配列を解析することとした。
oRI、またはKpnIで切断された断片に少なくとも
遺伝子の一部が含まれていることが明らかとなり、これ
らの塩基配列を解析することとした。
【0116】
【実施例9】 *遺伝子の全塩基配列の解析
【0117】実施例8で得られた遺伝子の一部を含むE
coRI、またはKpnIで切断された断片を、実施例
5に従いpUC19に接続し、既に明らかとなっている
配列をもとに、プライマーを作製し、遺伝子歩行によ
り、その塩基配列を解析した。
coRI、またはKpnIで切断された断片を、実施例
5に従いpUC19に接続し、既に明らかとなっている
配列をもとに、プライマーを作製し、遺伝子歩行によ
り、その塩基配列を解析した。
【0118】その結果、配列番号1の配列に示される遺
伝子の全塩基配列が明らかになった。
伝子の全塩基配列が明らかになった。
【0119】
【実施例10】 *agarase0107の一次構造
【0120】実施例9で得られた全塩基配列をもとに、
コドンの可能な組合せをすべて検討し、さらに、実施例
3で得られた agarase0107の部分アミノ酸配列を含
み、さらに、SDS−ポリアクリルアミドゲル電気泳動
によって見積られた分子量が、 agarase0107の分子
量と著しく矛盾しないフレームを解析し、これにより配
列番号1に示される agarase0107の一次構造を明ら
かにした。
コドンの可能な組合せをすべて検討し、さらに、実施例
3で得られた agarase0107の部分アミノ酸配列を含
み、さらに、SDS−ポリアクリルアミドゲル電気泳動
によって見積られた分子量が、 agarase0107の分子
量と著しく矛盾しないフレームを解析し、これにより配
列番号1に示される agarase0107の一次構造を明ら
かにした。
【0121】
【実施例11】 *大腸菌でのagarase0107の新規製造方法
【0122】実施例10で決定したagarase0107の
アミノ酸配列に対応する塩基配列からさらに上流の配列
番号1の配列の塩基番号156から始まる塩基配列AA
GCTTを制限酵素HindIIIで該遺伝子を切断
し、実施例5の手法に従い、これをプラスミドベクター
pUC19に接続した。
アミノ酸配列に対応する塩基配列からさらに上流の配列
番号1の配列の塩基番号156から始まる塩基配列AA
GCTTを制限酵素HindIIIで該遺伝子を切断
し、実施例5の手法に従い、これをプラスミドベクター
pUC19に接続した。
【0123】この組換えプラスミドを用いて、大腸菌J
M83を形質転換した。
M83を形質転換した。
【0124】この形質転換菌1白金耳をLB培地100
0mlに植菌し、37℃で17時間回転振とう培養し
た。
0mlに植菌し、37℃で17時間回転振とう培養し
た。
【0125】培養後、培養液を6000回転15分間の
遠心分離に供し、菌体を16mlの50mMトリス−E
DTA緩衝液(pH7.5)に懸濁し、これをフレンチ
プレスに供し、菌体が破砕された菌液を得た。
遠心分離に供し、菌体を16mlの50mMトリス−E
DTA緩衝液(pH7.5)に懸濁し、これをフレンチ
プレスに供し、菌体が破砕された菌液を得た。
【0126】この菌液を7000回転15分間の遠心分
離に供し、上清を回収し、これに、硫酸アンモニウムを
40%飽和となるように加え、4℃で1時間撹拌した
後、7000回転15分間の遠心分離に供し、上清を回
収し、これに、硫酸アンモニウムを90%飽和となるよ
うに加え、4℃で3時間撹拌し、7000回転15分間
の遠心分離により沈澱を回収した。
離に供し、上清を回収し、これに、硫酸アンモニウムを
40%飽和となるように加え、4℃で1時間撹拌した
後、7000回転15分間の遠心分離に供し、上清を回
収し、これに、硫酸アンモニウムを90%飽和となるよ
うに加え、4℃で3時間撹拌し、7000回転15分間
の遠心分離により沈澱を回収した。
【0127】この沈澱を10mlの20mMトリス−塩
酸緩衝液(pH8.0)に再溶解し、この緩衝液100
0mlを外液として、3回透析を行なった後、モノキュ
ー(ファルマシア製)強陰イオン交換樹脂のカラムクロ
マトグラフィーにより該酵素を精製した。
酸緩衝液(pH8.0)に再溶解し、この緩衝液100
0mlを外液として、3回透析を行なった後、モノキュ
ー(ファルマシア製)強陰イオン交換樹脂のカラムクロ
マトグラフィーにより該酵素を精製した。
【0128】
【実施例12】 *ネオアガロオリゴ糖の生産
【0129】実施例11で得られた酵素20μlと0.
2%アガロース80μlをマイクロチュウブ中で混合
し、30℃の水浴中で一晩反応させ、その反応生成物の
うち、8μlをブタノール:酢酸:水の混合比が、2:
1:1の展開溶媒で、薄層クロマトグラフィーによって
分離同定したところ、表1に示すように、ネオアガロオ
クタオース、ネオアガロヘキサオース、ネオアガロテト
ラオース、ネオアガロビオースなる、それぞれ8糖、6
糖、4糖、2糖のオリゴ糖が得られた。
2%アガロース80μlをマイクロチュウブ中で混合
し、30℃の水浴中で一晩反応させ、その反応生成物の
うち、8μlをブタノール:酢酸:水の混合比が、2:
1:1の展開溶媒で、薄層クロマトグラフィーによって
分離同定したところ、表1に示すように、ネオアガロオ
クタオース、ネオアガロヘキサオース、ネオアガロテト
ラオース、ネオアガロビオースなる、それぞれ8糖、6
糖、4糖、2糖のオリゴ糖が得られた。
【0130】
【表1】
【0131】
【0132】本発明によるアガラーゼは、従来の市販ア
ガラーゼよりも取り扱いが容易であり、さらに酵素精製
工程についても市販アガラーゼよりも簡便であり、低コ
ストで、多量のネオアガロオリゴ糖を工業的に生産する
ことに利用できる。
ガラーゼよりも取り扱いが容易であり、さらに酵素精製
工程についても市販アガラーゼよりも簡便であり、低コ
ストで、多量のネオアガロオリゴ糖を工業的に生産する
ことに利用できる。
【0133】従って、本発明によれば、多量のネオアガ
ロオリゴ糖を工業的に生産することに利用できるアガラ
ーゼを得ることができ、該アガラーゼによって、寒天由
来のオリゴ糖、例えば、ネオアガロヘキサオース、ネオ
アガロテトラオース、ネオアガロビオース等のネオアガ
ロオリゴ糖を工業的に生産し、実際に、ネオアガロオリ
ゴ糖を、うどん、餅等の澱粉を用いた食品へ添加するこ
とによって、それらの食品の劣化を防ぐと共に、細菌の
増殖を抑制することが可能となる。
ロオリゴ糖を工業的に生産することに利用できるアガラ
ーゼを得ることができ、該アガラーゼによって、寒天由
来のオリゴ糖、例えば、ネオアガロヘキサオース、ネオ
アガロテトラオース、ネオアガロビオース等のネオアガ
ロオリゴ糖を工業的に生産し、実際に、ネオアガロオリ
ゴ糖を、うどん、餅等の澱粉を用いた食品へ添加するこ
とによって、それらの食品の劣化を防ぐと共に、細菌の
増殖を抑制することが可能となる。
【0134】
【0135】配列番号:1 配列の長さ:3205 配列の型:核酸 鎖の数:二本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:Genomic DNA ハイポセティカル配列:No アンチセンス:No 起源 生物名:ビブリオ スピーシーズ(Vibrio species) 株名:JT0107 配列の特徴 特徴を表す記号:-35 signal 存在位置:21..26 特徴を決定した方法:S 特徴を表す記号:-10 signal 存在位置:42..47 特徴を決定した方法:S 特徴を表す記号:sig peptide 存在位置:121..180 特徴を決定した方法:S 特徴を表す記号:mat peptide 存在位置:181..3105 特徴を決定した方法:S 特徴を表す記号:stem loop 存在位置:3116..3150 特徴を決定した方法:S
【0136】 配列 TAAGAAATTC AACCAAGACG TTTACATGCT TCGTTACAAA AAATAATCGC AACAACGATT 60 TAGCACTCCT CAGTTAGGTG GGGAGTGCAA TCTGCTAGGT ACAAGGAATG GGCAGGAAAT 120 ATG AAG ATT AAA TTT TTA TCT GCA GCA ATT GCT GCA AGC TTA GCA TTG 168 Met Lys Ile Lys Phe Leu Ser Ala Ala Ile Ala Ala Ser Leu Ala Leu -20 -15 -10 -5 CCA TTA AGT GCT GCT ACT TTA GTC ACC TCT TTT GAG GAA GCC GAC TAC 216 Pro Leu Ser Ala Ala Thr Leu Val Thr Ser Phe Glu Glu Ala Asp Tyr 1 5 10 AGC AGC TCT GAA AAC AAT GCT GAA TTC TTG GAA GTG TCT GGA GAT GCC 264 Ser Ser Ser Glu Asn Asn Ala Glu Phe Leu Glu Val Ser Gly Asp Ala 15 20 25 ACT TCT GAA GTT TCA ACA GAA CAA GCC ACT GAT GGT AAT CAA TCG ATT 312 Thr Ser Glu Val Ser Thr Glu Gln Ala Thr Asp Gly Asn Gln Ser Ile 30 35 40 AAA GCG TCT TTT GAC GCG GCT TTC AAA CCA ATG GTT GTT TGG AAC TGG 360 Lys Ala Ser Phe Asp Ala Ala Phe Lys Pro Met Val Val Trp Asn Trp 45 50 55 60 GCA AGT TGG AAC TGG GGT GCT GAA GAT GTT ATG TCA GTA GAT GTT GTT 408 Ala Ser Trp Asn Trp Gly Ala Glu Asp Val Met Ser Val Asp Val Val 65 70 75 AAC CCT AAC GAC ACT GAC GTT ACC TTT GCT ATT AAG CTA ATC GAT AGT 456 Asn Pro Asn Asp Thr Asp Val Thr Phe Ala Ile Lys Leu Ile Asp Ser 80 85 90 GAT ATT CTT CCT GAT TGG GTA GAT GAG TCT CAA ACC TCA TTG GAC TAC 504 Asp Ile Leu Pro Asp Trp Val Asp Glu Ser Gln Thr Ser Leu Asp Tyr 95 100 105 TTT ACG GTT TCA GCT AAT ACC ACG CAG ACC TTT AGC TTT AAC TTA AAT 552 Phe Thr Val Ser Ala Asn Thr Thr Gln Thr Phe Ser Phe Asn Leu Asn 110 115 120 GGC GGC AAC GAG TTC CAA ACT CAT GGC GAA AAC TTT AGT AAA GAT AAA 600 Gly Gly Asn Glu Phe Gln Thr His Gly Glu Asn Phe Ser Lys Asp Lys 125 130 135 140 GTT ATC GGT GTG CAG TTC ATG CTC TCT GAA AAC GAT CCT CAA GTG TTG 648 Val Ile Gly Val Gln Phe Met Leu Ser Glu Asn Asp Pro Gln Val Leu 145 150 155 TAC TTT GAC AAC ATT ATG GTT GAT GGC GAA ACA GTC ACT CCG CCA CCA 696 Tyr Phe Asp Asn Ile Met Val Asp Gly Glu Thr Val Thr Pro Pro Pro 160 165 170 AGT GAT GGT GCA GTG AAT ACA CAA ACC GCG CCT GTA GCC ACC TTA GCG 744 Ser Asp Gly Ala Val Asn Thr Gln Thr Ala Pro Val Ala Thr Leu Ala 175 180 185 CAA ATC GAA GAC TTT GAA ACC ATT CCA GAT TAC TTA CGA CCT GAT GGT 792 Gln Ile Glu Asp Phe Glu Thr Ile Pro Asp Tyr Leu Arg Pro Asp Gly 190 195 200 GGG GTA AAC GTT TCA ACT ACT ACT GAG ATT GTG ACT AAA GGC GCT GCA 840 Gly Val Asn Val Ser Thr Thr Thr Glu Ile Val Thr Lys Gly Ala Ala 205 210 215 220 GCA ATG GCT GCC GAG TTT ACT GCA GGT TGG AAC GGT TTA GTG TTT GCA 888 Ala Met Ala Ala Glu Phe Thr Ala Gly Trp Asn Gly Leu Val Phe Ala 225 230 235 GGT ACT TGG AAT TGG GCT GAA CTA GGT GAA CAC ACC GCA GTT GCC GTT 936 Gly Thr Trp Asn Trp Ala Glu Leu Gly Glu His Thr Ala Val Ala Val 240 245 250 GAC GTT TCA AAT AAT AGC GAT AGC AAT ATC TGG TTG TAC TCA CGT ATC 984 Asp Val Ser Asn Asn Ser Asp Ser Asn Ile Trp Leu Tyr Ser Arg Ile 255 260 265 GAA GAT GTA AAT AGC CAA GGC GAA ACA GCG ACT CGC GGC GTA TTG GTT 1032 Glu Asp Val Asn Ser Gln Gly Glu Thr Ala Thr Arg Gly Val Leu Val 270 275 280 AAA GCT GGC GAA TCG AAA ACC ATC TAC ACC AGC TTA AAT GAC AAC CCT 1080 Lys Ala Gly Glu Ser Lys Thr Ile Tyr Thr Ser Leu Asn Asp Asn Pro 285 290 295 300 TCA TTG CTT ACT CAA GAT GAG CGT GTG TCA GCT TTA GGT TTG CGT GAT 1128 Ser Leu Leu Thr Gln Asp Glu Arg Val Ser Ala Leu Gly Leu Arg Asp 305 310 315 ATT CCG GCA GAC CCA ATG AGC GCC CAA AAC GGC TGG GGT GAT TTT GTT 1176 Ile Pro Ala Asp Pro Met Ser Ala Gln Asn Gly Trp Gly Asp Phe Val 320 325 330 GCT TTA GAC AAA TCT CAA ATT ACC GCT ATT CGT TAC TTC ATT GGC GAA 1224 Ala Leu Asp Lys Ser Gln Ile Thr Ala Ile Arg Tyr Phe Ile Gly Glu 335 340 345 TTA GCC AGC GGT GAG ACT AGC CAA ACA CTT GTG TTT GAT AAC ATG CGT 1272 Leu Ala Ser Gly Glu Thr Ser Gln Thr Leu Val Phe Asp Asn Met Arg 350 355 360 GTG ATT AAA GAC CTT AAC CAC GAA TCA GCC TAT GCA GAA ATG ACT GAT 1320 Val Ile Lys Asp Leu Asn His Glu Ser Ala Tyr Ala Glu Met Thr Asp 365 370 375 380 GCT ATG GGG CAA AAC AAC TTA GTC ACT TAT GCA GGT AAA GTT GCC AGC 1368 Ala Met Gly Gln Asn Asn Leu Val Thr Tyr Ala Gly Lys Val Ala Ser 385 390 395 AAA GAA GAG TTA GCT AAG TTA AGT GAT CCG GAA ATG GCT GCT TTG GGT 1416 Lys Glu Glu Leu Ala Lys Leu Ser Asp Pro Glu Met Ala Ala Leu Gly 400 405 410 GAG TTA ACC AAC CGC AAT ATG TAC GGT GGT AAC CCA GAT TCG TCA CCA 1464 Glu Leu Thr Asn Arg Asn Met Tyr Gly Gly Asn Pro Asp Ser Ser Pro 415 420 425 GCT ACA GAC TGT GTG CTA GCT ACG CCT GCC TCG TTT AAC GCT TGT AAA 1512 Ala Thr Asp Cys Val Leu Ala Thr Pro Ala Ser Phe Asn Ala Cys Lys 430 435 440 GAC GCT GAT GGT AAC TGG CAA TTG GTA GAC CCA GCA GGT AAT GCG TTC 1560 Asp Ala Asp Gly Asn Trp Gln Leu Val Asp Pro Ala Gly Asn Ala Phe 445 450 455 460 TTC TCA ACC GGT GTT GAT AAC ATT CGT TTG CAA GAT ACT TAC ACC ATG 1608 Phe Ser Thr Gly Val Asp Asn Ile Arg Leu Gln Asp Thr Tyr Thr Met 465 470 475 ACC GGC GTG TCG AGT GAC GCC GAA TCT GAG TCT GCA CTT CGC CAG TCA 1656 Thr Gly Val Ser Ser Asp Ala Glu Ser Glu Ser Ala Leu Arg Gln Ser 480 485 490 ATG TTT ACA GAA ATT CCA AGT GAT TAT GTA AAT GAA AAC TAT GGC CCT 1704 Met Phe Thr Glu Ile Pro Ser Asp Tyr Val Asn Glu Asn Tyr Gly Pro 495 500 505 GTG CAT AGT GGA CCT GTT TCT CAA GGC CAA GCT GTA AGT TTT TAC GCT 1752 Val His Ser Gly Pro Val Ser Gln Gly Gln Ala Val Ser Phe Tyr Ala 510 515 520 AAT AAC TTA ATT ACC CGC CAC GCT AGC GAA GAC GTA TGG CGA GAC ATT 1800 Asn Asn Leu Ile Thr Arg His Ala Ser Glu Asp Val Trp Arg Asp Ile 525 530 535 540 ACT GTT AAG CGC ATG AAA GAC TGG GGC TTT AAC ACC TTA GGT AAC TGG 1848 Thr Val Lys Arg Met Lys Asp Trp Gly Phe Asn Thr Leu Gly Asn Trp 545 550 555 ACC GAT CCT GCG TTG TAT GCA AAC GGT GAC GTT CCT TAC GTG GCA AAT 1896 Thr Asp Pro Ala Leu Tyr Ala Asn Gly Asp Val Pro Tyr Val Ala Asn 560 565 570 GGT TGG TCA ACC TCT GGT GCC GAT CGT CTT CCA GTT AAA CAA ATT GGC 1944 Gly Trp Ser Thr Ser Gly Ala Asp Arg Leu Pro Val Lys Gln Ile Gly 575 580 585 AGC GGC TAC TGG GGA CCA CTT CCT GAT CCG TGG GAT GCT AAC TTT GCT 1992 Ser Gly Tyr Trp Gly Pro Leu Pro Asp Pro Trp Asp Ala Asn Phe Ala 590 595 600 ACC AAT GCC GCC ACA ATG GCT GCA GAG ATC AAA GCT CAG GTT GAA GGC 2040 Thr Asn Ala Ala Thr Met Ala Ala Glu Ile Lys Ala Gln Val Glu Gly 605 610 615 620 AAC GAA GAG TAC TTA GTG GGT ATT TTT GTT GAT AAC GAA ATG AGC TGG 2088 Asn Glu Glu Tyr Leu Val Gly Ile Phe Val Asp Asn Glu Met Ser Trp 625 630 635 GGC AAT GTC ACT GAT GTT GAA GGC TCT CGT TAT GCG CAA ACG CTA GCG 2136 Gly Asn Val Thr Asp Val Glu Gly Ser Arg Tyr Ala Gln Thr Leu Ala 640 645 650 GTG TTC AAT ACC GAC GGT ACT GAT GCA ACA ACT AGC CCT GCT AAA AAT 2184 Val Phe Asn Thr Asp Gly Thr Asp Ala Thr Thr Ser Pro Ala Lys Asn 655 660 665 AGC TTT ATT TGG TTC TTA GAA AAC CAG CGT TAT ACC GGT GGC ATT GCT 2232 Ser Phe Ile Trp Phe Leu Glu Asn Gln Arg Tyr Thr Gly Gly Ile Ala 670 675 680 GAC CTA AAC GCA GCC TGG GGA ACC GAT TAT GCG TCT TGG GAT GCG ACG 2280 Asp Leu Asn Ala Ala Trp Gly Thr Asp Tyr Ala Ser Trp Asp Ala Thr 685 690 695 700 TCG CCA GCG CAA GAG TTA GCT TAT GTG GCT GGC ATG GAA GCT GAT ATG 2328 Ser Pro Ala Gln Glu Leu Ala Tyr Val Ala Gly Met Glu Ala Asp Met 705 710 715 CAG TTC CTT GCT TGG CAG TTT GCT TTC CAG TAC TTC AAC ACC GTA AAC 2376 Gln Phe Leu Ala Trp Gln Phe Ala Phe Gln Tyr Phe Asn Thr Val Asn 720 725 730 ACA GCA TTA AAA GCT GAG TTA CCA AAC CAC TTG TAC TTG GGC TCT CGC 2424 Thr Ala Leu Lys Ala Glu Leu Pro Asn His Leu Tyr Leu Gly Ser Arg 735 740 745 TTT GCA GAT TGG GGA CGT ACT CCT GAT GTA GTA AGT GCT GCT GCG GCT 2472 Phe Ala Asp Trp Gly Arg Thr Pro Asp Val Val Ser Ala Ala Ala Ala 750 755 760 GTT GTT GAT GTA ATG AGC TAC AAC ATC TAC AAA GAC AGC ATT GCA GCT 2520 Val Val Asp Val Met Ser Tyr Asn Ile Tyr Lys Asp Ser Ile Ala Ala 765 770 775 780 GCC GAT TGG GAT GCT GAT GCC TTA AGT CAA ATC GAA GCC ATT GAT AAG 2568 Ala Asp Trp Asp Ala Asp Ala Leu Ser Gln Ile Glu Ala Ile Asp Lys 785 790 795 CCG GTA ATT ATT GGC GAG TTC CAC TTC GGT GCG CTT GAT AGT GGT TCG 2616 Pro Val Ile Ile Gly Glu Phe His Phe Gly Ala Leu Asp Ser Gly Ser 800 805 810 TTT GCA GAA GGT GTA GTA AAT GCC ACT TCG CAA CAA GAT CGT GCA GAC 2664 Phe Ala Glu Gly Val Val Asn Ala Thr Ser Gln Gln Asp Arg Ala Asp 815 820 825 AAA ATG GTT AGC TTT TAC GAA TCA GTA AAT GCC CAT AAA AAC TTT GTA 2712 Lys Met Val Ser Phe Tyr Glu Ser Val Asn Ala His Lys Asn Phe Val 830 835 840 GGT GCG CAT TGG TTC CAA TAC ATC GAT TCA CCA TTA ACG GGT CGT GCA 2760 Gly Ala His Trp Phe Gln Tyr Ile Asp Ser Pro Leu Thr Gly Arg Ala 845 850 855 860 TGG GAT GGC GAA AAC TAC AAC GTT GGT TTT GTT AGC AAT ACT GAC ACG 2808 Trp Asp Gly Glu Asn Tyr Asn Val Gly Phe Val Ser Asn Thr Asp Thr 865 870 875 CCA TAT ACA TTG ATG ACA GAT GCT GCG CGT GAG TTT AAC TGT GGC ATG 2856 Pro Tyr Thr Leu Met Thr Asp Ala Ala Arg Glu Phe Asn Cys Gly Met 880 885 890 TAC GGC ACT GAC TGC TCT AGC TTA AGC AAT GCT ACT GAA GCT GCT TCG 2904 Tyr Gly Thr Asp Cys Ser Ser Leu Ser Asn Ala Thr Glu Ala Ala Ser 895 900 905 AGA GCG GGT GAG TTG TAT ACC GGT ACC AAT ATT GGT GTT AGC CAC TCT 2952 Arg Ala Gly Glu Leu Tyr Thr Gly Thr Asn Ile Gly Val Ser His Ser 910 915 920 GGC CCA GAA GCG CCA GAT CCA GGT GAG CCA GTA GAT CCA CCA ATT GAT 3000 Gly Pro Glu Ala Pro Asp Pro Gly Glu Pro Val Asp Pro Pro Ile Asp 925 930 935 940 CCG CCA ACA CCA CCA ACG GGT GGC GTA ACT GGC GGT GGC GGT AGC GCA 3048 Pro Pro Thr Pro Pro Thr Gly Gly Val Thr Gly Gly Gly Gly Ser Ala 945 950 955 GGT TGG TTA TCG CTA CTA GGT TTG GCC GGC GTA TTT TTA CTA AGA CGT 3096 Gly Trp Leu Ser Leu Leu Gly Leu Ala Gly Val Phe Leu Leu Arg Arg 960 965 970 CGT AAA GTG TAAGGACTGT GCCGCCTCGT AAATTAAGTT GTATTGCGAG 3145 Arg Lys Val 975 GCGGCCTTTT TATTTTCAGG AAGAAATATG AAGTATCTAT ATATTGTCCG CGGGCCATTT 3205
【0137】配列番号:2 配列の長さ:4 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント
【0138】配列番号:3 配列の長さ:9 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント
【0139】配列番号:4 配列の長さ:13 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント 配列 Ile Glu Asp Val Asn Ser Xaa Gly Glu Thr Ala Thr Arg 1 5 10
【0140】配列番号:5 配列の長さ:12 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント
【0141】配列番号:6 配列の長さ:9 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント
【0142】配列番号:7 配列の長さ:16 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント 配列 Ser Leu Asn Asp Asn Pro Ser Leu Leu Thr Gln Asp Glu Arg Val Ser 1 5 10 15
【0143】配列番号:8 配列の長さ:12 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント
【0144】配列番号:9 配列の長さ:12 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント
【0145】配列番号:10 配列の長さ:13 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ペプチド フラグメント型:中間部フラグメント 配列 Asn Met Tyr Gly Gly Asn Pro Asp Ser Ser Pro Ala Thr 1 5 10
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.5 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 C12R 1:20) (C12N 9/24 C12R 1:19)
Claims (2)
- 【請求項1】 配列表の配列番号1のアミノ酸配列中、
1〜975で示されるアミノ酸配列をコードする遺伝
子。 - 【請求項2】 配列表の配列番号1の塩基配列中、1〜
3205の塩基配列で示される遺伝子。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP5096549A JPH06284888A (ja) | 1993-04-01 | 1993-04-01 | アガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする遺伝子 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP5096549A JPH06284888A (ja) | 1993-04-01 | 1993-04-01 | アガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする遺伝子 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH06284888A true JPH06284888A (ja) | 1994-10-11 |
Family
ID=14168174
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP5096549A Pending JPH06284888A (ja) | 1993-04-01 | 1993-04-01 | アガラーゼ活性を有する蛋白質をコードする遺伝子 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JPH06284888A (ja) |
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0743363A3 (en) * | 1995-04-27 | 1998-09-02 | Kabushiki Kaisha Yakult Honsha | Novel beta-agarase and microorganism generating the same |
| US5834257A (en) * | 1995-11-06 | 1998-11-10 | Japan Tobacco Inc. | α-agarase and production process of oligosaccharides and monosaccharides |
| JP2010220498A (ja) * | 2009-03-19 | 2010-10-07 | Ritsumeikan | バイオオーグメンテーションにおける環境影響の評価方法 |
| JP2012121910A (ja) * | 2012-03-05 | 2012-06-28 | Kose Corp | インターロイキン6産生抑制剤 |
| CN114214302A (zh) * | 2021-12-28 | 2022-03-22 | 蓝脑科技(厦门)有限公司 | 琼胶酶、编码基因、重组载体和宿主细胞及其应用以及新琼寡糖及其制备方法 |
-
1993
- 1993-04-01 JP JP5096549A patent/JPH06284888A/ja active Pending
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP0743363A3 (en) * | 1995-04-27 | 1998-09-02 | Kabushiki Kaisha Yakult Honsha | Novel beta-agarase and microorganism generating the same |
| US5834257A (en) * | 1995-11-06 | 1998-11-10 | Japan Tobacco Inc. | α-agarase and production process of oligosaccharides and monosaccharides |
| JP2010220498A (ja) * | 2009-03-19 | 2010-10-07 | Ritsumeikan | バイオオーグメンテーションにおける環境影響の評価方法 |
| JP2012121910A (ja) * | 2012-03-05 | 2012-06-28 | Kose Corp | インターロイキン6産生抑制剤 |
| CN114214302A (zh) * | 2021-12-28 | 2022-03-22 | 蓝脑科技(厦门)有限公司 | 琼胶酶、编码基因、重组载体和宿主细胞及其应用以及新琼寡糖及其制备方法 |
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