JPH06500704A - グラム―陽性好アルカリ性微生物 - Google Patents

グラム―陽性好アルカリ性微生物

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JPH06500704A JP5501426A JP50142693A JPH06500704A JP H06500704 A JPH06500704 A JP H06500704A JP 5501426 A JP5501426 A JP 5501426A JP 50142693 A JP50142693 A JP 50142693A JP H06500704 A JPH06500704 A JP H06500704A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】
グラム−陽性好アルカリ性微生物 本発明は微生物の分野に関連し、より詳細には好アルカリ性微生物の分野に関す るものである。 発明の背景 好アルカリ性細菌は、アルカリ性pH環境、特にpH8以上、および一般にはp H9〜lOの範囲内の環境で最適の成育性を示す生物体として定義される。好ア ルカリ性細菌は、また12程度のpHをもつ環境で生存し得ることも分かつてい る。偏性好アルカリ性細菌は中性pHでは成育し得ない。 好アルカリ性細菌は幾つかのありふれた環境、例えば庭の土壌に見出すことがで きるが、これは多分アンモニア生産、硫酸塩還元または光合成を包含する生物活 性により生じた一過性のアルカリ条件によるものと思われる。より多様な好アル カリ生物体の豊富な源は天然の安定なアルカリ環境、例えばソーダ湖である。 ソーダ湖および好アルカリ生物体のより詳細な研究は、一般にグランド(Gra nt)、 W、D、、ムワサ(Mwatha)、 W、E、およびジョーンズ( Jones)、 B、B、のFEMS Mtcr。 biologY Reviews、 1990.75. I)p、 255−2 70に与えられている(その内容を本発明の参考文献とする)。ソーダ湖の例示 はグランド(Grant)、 W、D、およびチンダル(Tindall)、  B、J、、 Microbes in Extrerne Environme nts、 R,九/1−パート(H■窒b■ rt)およびG、 A、 :I ラド(Codd )編、アカデミツクブレス刊 、ロンドン、1986.111)。 22−54およびチンダル(Tindall)、 Bj、、 Halophil ic bcteria、 Vol、 1. F、oドリゲツーバレラ(Rodr iguex−Valera)編、CRCプレス刊、ポカロトン、FL、 198 8゜1)p、 31−70等の刊行物に見出すことができる。これら刊行物を本 発明の参考文献とする。 大多数がバチルス(bcillus)種である好アルカリ性細菌は非−塩水環境 から単離され、またホリコシ(Horikoshi)、 K、およびアキバ(A kiba)、 T−によりAlkalophilic Microorgnis +++s、スブリンガー−7エアラーグ(Springer−Verlag)  、ベルリン、ハイデルベルグ、N、Y、、 1982において論じられている。 しかし、塩水およびアルカリ性環境、例えば湖からの好アルカリ性細菌はそこで は議論されていない。 アルカリ性、バイパーサリン環境からの偏性嫌気性細菌は、最近シバ(Shib a)、 It、 Superbugs、 K、ホリコシ(Horikoshi  )およびlD、グランド(Grant)編、ジャパンサイエンティフィックソサ イエティープレス、東京、スプリンガ一−7エアラーグ、ベルリン、ハイデルベ ルグ、N、Y、、 1991. pp、 191−211において、およびナカ ツガワ(Nahtsugawa)、 N、、 1bid、 pp、 212−2 20に記載された。 世界中の様々な場所に見出すことのできるソーダ湖は、地学的、地理学的および 気候的条件の組み合わせにより生じる。これらは、蒸発を通して形成された大量 の炭酸ナトリウム(またはその錯体)の存在並びにこれに対応する、不溶性塩と して炭酸イオンを除去するであろうCa”+および一24′に乏しいことにより 特徴ずけられる。他の塩、例えIfNaC1等も濃縮されている可能性があり、 これはアルカリ性、かつ塩水の環境をもたらす。 保つ可能性がある。この生物体は好アルカリ性シアノバクテリアから好710ア ルカリ性古細菌に及ぶ。更に、世界中の、例えば東アフリカリフトバレー(Ri ft Valley) 、米国西部、チベット、中国およびハンガリー等の様々 な広範囲の地域に散在するソーダ湖に生息する好アルカリ性生物体の共通の型を 見出すことは稀である。例えば、ナトロノバクテリア(natronobact eria)が中国のソーダ湖(ワン(Wang)、 [1,およびタン(Tan g)、 Q、 、中国のソーダ湖からのナトロノバクテリア(Natronob acterium from 5oda Lakes of China)、リ ーセントアドバンスズインマイクロバイアルエコロジー(Recent Adv ances in Microbial Ecology) (プロシーデイン グスオブザフイフスインターナショナルシンポジウムオンマイクロノくイアルエ コロジー(Proceedings of the 5th Internat ional Symposium on Microbia戟@Ec。 1ogy))、 T、ハラトリ(lBjtori)等編、ジャパンサイエンティ フィックソサイエティーブレス、東京、1989. p9.68−72および米 国西部(モース(Morth)、 S、およびチンダル(Tindall)、  Bj、、 App+、 Microbiol、、 1985.6. pp、 2 47−250)で単離され同定された。ナトロノバクテリアは、またチベット( W、 D、グランド(Grant)。 未公開の観察)およびインド(ウパサニ(Upasa口i)、 V、およびプサ イ(Desai)、 S。 いる。 好アルカリ性細菌は、既に消費材の製造のためのバイオテクノロジーの応用に強 い影響を与えている。好アルカリ性微生物により生産されたアルカリ耐性酵素は すでに工業的用途が見出されており、カリかなりの経済的な潜在性を有している 。例えば、これらの酵素は洗浄剤組成物および皮革なめしにおいて一般的に使用 され、カリ食品、廃物処理および繊維工業における用途が予想されている。更に 、好アルカリ性細菌およびその生産する酵素は生物変換のために、特に純粋なエ ナンショマーの合成において高い有用性をもつ。また、ここに記載する微生物の 多くは鮮やかに着色されており、天然色素産生に関して高い有用性をもつ。 発明の概要 本発明は新規な好気性、グラム−陽性好アルカリ性バクテリアに関する。これら バクテリアは土壌、水、沈殿物および幾つかの他の源にれらは全てアルカリ性ソ ーダ湖内およびその近傍で採取したものである)の試料から単離したものである 。これらの好アルカリ細菌を、その新規性を確認するために、相互に関連して、 かつ公知のバクテリアの収集群に対して数値的分類法の原理に従って分析した。 更に、化学分類学的マーカーとして機能する脂質成分を分析して、これらノくク チリアの分類群を更に分類した。 本発明は、また微生物を含む試料を得たーの組成に関するデータ並びにその効率 的な単離および培養に必要な培地を与える。かくして、かかる環境を容易に特定 し、かつ本明細書に記載する手順に従って本発明の生物体を単離できる。 アルカリ耐性酵素を生産する微生物を提供することも本発明の目的である。これ らの酵素は、高いpHの下でその機能を果たすことができ、これはかかる極端な 条件を必要とする用途に特に適している。例えば、アルカリ耐性酵素は洗浄剤組 成物、皮革なめし、食品、廃物処理および繊維工業で使用でき、また生物変換、 例えば純粋なエナンシコマーの製造および天然色素の製造にに利用できる。 これらのアルカリ耐性酵素をコードする遺伝子を単離し、クローニングし、かつ 適合性のある発現宿主内で発現させて、大量の該酵素製品を製造し、必要ならば より簡単に精製することができ、野性型の菌株が十分な量の所定の酵素を生成で きずあるいは通常の工業的醗酵条件下では十分に達成できない種々の工業的用途 での利用を可能とする。 図面の簡単な説明 第1図は、ゴワー(Gower)の係数86および重みを付さない平均連結法に より得たクラスター(フェノン)を示す単純化したデンドログラムであり、第2 図はシャツカード(Jaceard)の係数S、および重みを付さない平均連結 法により得たクラスター(フェノン)を示す単純化したデンドログラムであり、 第3図は単純共有度係数Sswと重みを付さない平均連結法により得たクラスタ ー(フェノン)を示す単純化したデンドログラムであり、第4図は誘導された最 小判別テストを使用して、単純共有度係数Sswと重みを付さない平均連結法に より得た単純化したデンドログラムである。 発明の詳細な説明 から数百種のバクテリア菌株を単離した。これら試料は3年間に及ぶ研究の一部 として得た。該単離バクテリアは非−光合成真性バクテリアである。現在までの ところ、このようなバクテリアは十分に特徴ずけされていない。 これら試料は滅菌プラスチックバッグに収集した。サンプリングはエルメンテイ タ(Blmentei ta)、ナクル(Nakuru)、ボゴリア(Bogo rfa) 、クレータ(ソナチ)[Crater(Sonacht月、リトルナ イバシ+(Little Na1vasha)[オロイジエン(Oloidie n)]およびマガジ(Magadi)の各湖で実施し、これらの湖は全て東アフ リカのケニアに位置する。同様な環境をもつアルカリソーダ湖はチベット、中国 、ハンガリーおよび米国西部にも見出すことができる。各サンプリング場所にお いて、その場所および試料の物理的外観を記載し、かつ物理的パラメータ、例え ばpH1導電性および温度を測定した。該試料の幾つかはそのサンプリングの3 6時間以内に採取場所で処理したが、大部分はサンプリングの数週間後に採取場 所から離れた位置で調べられた。 表1に、単離した種々の菌株を掲載する。該菌株は該試料を採取した場所および 該試料自体の物理的外観に従って掲載した。 表2は、多くの試料を抽出した時点における該採取場所の湖水の典型的な化学分 析の例を与えた。これらデータは以前の分析結果(グランドおよびチンダルの上 記文献)と一致している。 表3は、数値的分類学的分析の結果に従って配列した単離菌株のリストである( 第1図)。更に、表3には元の試料の物性、特に温度、導電性およびアルカリp H並びにこれら新規なバクテリアの純粋培養物を得るのに必要な種々の単離培地 を与えた。これらの培地はアペンディックスAに関連して文字コード化されてい る。 表1.2および3にはサンプリング場所の環境を特定できるデータが与えられて いる。該試料の化学的および物理的分析は、アルカリDHの存在並びに低濃度の Ca”および−1と関連する異常に高い―、CO8濃度の存在を明らかにしてい る。ソーダ湖の基本的な環境がそのpHおよびイオン組成に関して安定であるこ とか知られている。その上、これらの場所で見出された微生物密度は著しい安定 性を保っている。従って、本発明のバクテリアを得ることのできる該環境が表1 −3に示されたデータから特定できるものと予想される。 新鮮なソーダ湖水試料を、採取後即座にアルカリ栄養培地(培地M上に層状に添 加した。このソーダ湖試料の顕微鏡観察はバクテリア型の驚くほどに高い多様性 を示した。この環境の極端に高いアルカリ特性を考慮すると、生菌数は1ml当 たりio’−to’の範囲内のコロニー形成単位という予想外に高い有機栄養バ クテリア数を示した。これら試料は冷却してまたは周囲温度で保存した。数週間 の保存後に、該試料中で成育したバクテリアの総数は増大し、一方でバクテリア 型の多様性は低下した。 3E、 i ニルメンテイタ湖(東湾曲部) 干上がった温床からの泥wE1.  wE2. 同上 湖岸領域の沈殿物および水E4 808、4 同上 湖岸領域の泥 mlO,wN12.ナクル湖北岸、ヒッポ点とニョ 湖岸領域の泥および水wN 16 四点(Hippo Po1nt and Njor。 Pa1nt)との間 d3 ボゴリア湖の北部干潟 湖岸領域の泥および水66B、 4 ボゴリア湖 (西岸)、ロボル ソーダクラストおよび泥(温泉Loboru)デルタ領域  近傍) 69B、 4 ボゴリア湖(南岸) 湖岸領域の水柱および沈殿物13C,1, 7IC,4クレータ−湖(北部地点) 湖岸領域の泥および水72C,4 14LN、 1.15LN、 2リトルレークナイバシヤ 水柱および沈殿物7 9LN、4 (南岸) 80LN、4.81LN、4 同上 水底領域の黒色性23pLl マガジ湖( 土手道、上西部 泥および氷期 Na” K” Ca” Mg” 5ift P Oa”−CI−(mM) (mM) (mM) (mM) (am) (mM)  (dl)工hJンティ9 196 3.58 0.07 b、1.d、 2. 91 0.03 65.1f−’yh 326 5.63 0.15 b、1. d、3.25 0.15 57.5ボゴリy 796 6.7g (+、19  0.Ot 1.98 0.17 115.5クレータ−1408,950,06 0,012,130,0412,4リトル 8.7 179 0.2& 0.6 5 1.02 0.003 4.、!ナイバシャ マガジ 2826 26.1 0.03 0.01 7.1 0.23 112 4表2(続き) 湖 SO,”−C0−−TON ” TA台(dl) (m) (mM> (m M)エルメンテイタ 2.0 68.0 0.8 119ナクル 0.5 19 8.3 1.9 259ボゴリア 1.1 516.7 0.5 669クレー タ−0,890,81,1133リトル ナイバシャ 0.5 <10.0 < 0.07 18マガジ 12.8 1816 5.4 180b、1.d、:検 出限界以下。 *: 全有機窒素。 fi:meq/Iで表した全アルカリ度。 +: 1988年10月。 クラ 菌株 採取場所 pH温度 導電率 単離スタ (’C) (ms/am ) 培地1 38.1” エルiン+イ9 9.5 35 2 AI ?IC, 4クレータ−102610,2B1 81LN、4 リトル ナイバシャ 8. 5−9 30 1.2 DI 60B、4 エルメンテイタ 10 32 12 .7 B1wE4エルメンテイタ n、t、n、t、 n、t、 A2 69B 、4 ボゴリア 10.533 44 C2RSII” 零 2 R314零 28xig、ネ 2 R313本 3IvBIエルメンテイタ n、t、n、t、 n、t、 A3 wNlo ナ クル n、t、n、t、 n、t、 A3 wN12 ナクル n、t、n、t 、 n、t、 A3 wNI6” ナクル n、t、n、t、 n、t、 A4  13c、l クレー9− 9.0 30 1OA4 23M、1 ?ガジ 1 1 36 100 A4 14LN、l リトル ナイバシャ 8.5261A 4 15LN、lCT リトル ナイバシャ 8.5261A−wE2エルメン テイタ n−t、n、t、 n、t、 A−wB3 ボゴリア n、t、n、t −n、t、 A−BGl14 本 5 66B、4 ポゴリア n−t、n、t、 n、t−F5AB30 ネ 5 R3l0cT* 5 R517書 5AB49 本 5AB42 本 6 RS7 本 6 RS8 c? 参 6R315零 6RS16 本 −79LN、4 1Jトtk ナイハシ+ 8.5−9 30 1.2 F−R 312* −72C,4クレータ−102610,2B−80LN、4 リトルf−イt< シャ8.5−9 30 1.2 G−8r、If 本 −Micro 零 n、t、コテストせず。 単離培地に与えられた文字コードについてはアペンディックスAを参照。 星印(ネ)は基準菌株を表し、その同定を以下の表4に与える。 該試料の処理:好アルカリ性バクテリアの富化および単離多岐に渡る富化および 単離法を利用した。該方法の幾つかは、アルカリpHにおいて特定の型の酵素活 性を示す好アルカリ性バクテリアの富化および単離のために特別に工夫されたも のであった。より一般的な特徴をもつ他の方法を、好アルカリ性バクテリアの多 様な種の単離のために利用した。幾つかの場合には、バクテリアの単離実験を実 施する場合に、湖において優勢な特定の条件(表2)を考慮した。 これらの新規な好アルカリ性バクテリアの単離のために使用した種々の栄養培地 は培地A〜培地Gで示した。使用したこれら種々の培地の組成をアペンディック スAに示す。 非特異的な好アルカリ性有機栄養バクテリアの単離のために、ソーダ湖水試料ま たはその希釈物をpH1O−1o、 5 (培地A)のアルカリ性栄養寒天培地 上で画線培養した。より固いコンシスチンシーの、泥、沈殿物等の試料はアルカ リ性栄養寒天培地(培地A)上に展開する前に、先ずアルカリ性栄養ブロス(培 地A)中に懸濁した。該バクテリアを加熱インキュベータ中で、好ましくは37 ℃にて培養した。幾つかの場合には、該試料をアルカリ性栄養ブロス(培地A) 中に懸濁し、バクテリアコロニーの単離のためにアルカリ性栄養寒天培地(培地 A)上に該ブロスを展開する前に、好ましくは37℃にて2〜3日間振盪培養し た。 特定の型の酵素活性を呈する好アルカリ性バクテリアを単離するために、特定の 物質、例えばラクトアルブミン、カゼインまたはオリーブオイルを含むアルカリ 性栄養寒天培地上に試料を展開した。幾つかの例においては、該試料中のバクテ リアは、非特異的アルカリ性栄養ブロス、例えば培地A中で1日〜数週間富化し た後、酵素活性、例えば脂肪分解またはタンパク分解活性等を呈するバクテリア の検出のために特異的なアルカリ性栄養寒天培地上に該ブロスを展開した。 分類学的分析 アルカリ湖内およびその近傍から単離したバクテリアの20種の菌株を、(1) グラム染色反応のドゥソールト(Dussaul t )の改良(ドゥソールト (Dussault)、 )LP、。 Journal or Bacteriology、 1955.ユO,l)り 、 484−485); (2) KOH感受性テスト(グ1ツガ−セン(Gr egersen)、 T、、 European Journal of Ap plied Mierobio[ogy@and 反応(セル=−(Cerny)、 G1. European Journal  of Applied Microbiology、 1X7 6、3. pp、 223−225; 1bid、 1978.5. pp、  113−122)に基いてグラム−陽性バクテリアとして知られる型の範嗜に振 り分けられ、また多(の場合においては、更に(4)コリンズ(Collins )、 ILD、によりバクテリア分類における化学的方法(Chemical  Methods in Bacterial SystematicsXグツド フェロ−(Goodfellow)、 Lおよびミニキン(Minnikin) 、 D、編)、 1985. pp、 267−288アカデミツクプレス、ロ ンドンに記載された方法を利用したキノン分析(コリンズ(Collins)、 !tD、およびジョーンズ(Jones)、D、、 Microbiologi cal Reviews、 1981.45. pp、 316−354)に基 ■ た確認も行った。 これら20種の菌株を200の特徴についてテストした。その結果を数値的分類 学の原理(スニース(Sneath)、 P、Lんおよびソカル(Sohl)、  R,R,、数値的分類学(Nualerical Taxonomy)、 W 、I(。フリーマン&コ社、サンフランシスコ、1973)を使用して解析した 。これらのテストした特徴およびそのテスト法をアペンディックスBにまとめた 。また、アペンディックスCは各特徴を分類学的解析のためにどのようにコード 化したかを記載した。 コントロールとして、17種の既知のグラム−陽性バクテリアを、適当と考えら れる場合には同一の条件下で、同一の分析にかけた。これらの基準のバクテリア は通性または偏性好アルカリ性種を含むことが知られている属を含んでいた。こ れら17種の既知のバクテリアを表4に記載したが、これから入手可能な場合に は該公知の種の「基準菌株」を使用したことが理解できる。該菌株の13種は公 知の表4ニゲラムー陽性基準菌株 (R37) (好アルカリ性)バチルス種DSM 2514(RS8) (好ア ルカリ性)バチルス種DSM 2515(RSIO) (好アルカリ性)バチル ス種DSM 2517(R3II) (好アルカリ性)バチルス種DSM 25 18(RS12) (好アルカリ性)バチルス種DSM 2519(RS13)  (好アルカリ性)バチルス種DSM 2521(RS14) (好アルカリ性 )バチルス種DSM 2523(R315) (好アルカリ性)バチルス種DS M 2525(RS16) バチルスアルカロフイルス(Bacillus a lealophilus” )DSM 485(R317) バチルスアルカロ フイルス亜種ノ10デユランス(ha Iodurans )DSM 497 (AB30) (好アルカリ性)バチルス種ATCC21596(AB42)  (好アルカリ性)バチルス種ATCC21833(AB49) (好アルカリ性 )バチルス種ATCC21591(lizig) エクシコバクテリウムオーラ ンチアカム(Exiquobacteriumaurantiacum ” )  NCll1!B11798(BG114) アルスロバクタールテウス(Ar throbacter 1uteus) ATCC21596(Br、li)  プレビバクテリウムリネンス(Brevibacterium linensT )MCI!i[B 9904 (Micro) ミクロコッカスルテウス(Micrococcus 1ute us T) NCTC2665零:第1図、第2図および第3図で使用した略号 。 T:「基準菌株(Type 5train) Jを意味する。 200単位の特徴からなるフェノンデータをアペンディックスCに示した如(計 算し、rnXtJマトリックスの形に記載する。ここで、を列は類似性を基に組 分けすべきt種のバクテリア菌株を表し、またn行は単位性状である。該バクテ リア菌株の分類学的類似性は相似度係数により評価された(スニース(Snea th)。 P、 H,A、およびソカル(Sokal)、 R,え、 Numerical  Taxonoa+y、上記のもの、pp、 114−187)。生物学的分類 のために多(の異なる係数が使用されているが、微生物学ではその内の僅かのも のが通常使用されている。我々は3種の係数の組み合わせ、即ちゴワー、ジャブ カードおよび単純共有度係数の適用(スニース(Sneath)、 P。 庄んおよびソカル(Sohl)、 R,R,、1bid、 l)、 129およ びそれ以降)を選択した。 これらはしばしば微生物学的データの解析に応泪されており、これらが厳密な分 類を与えることから当業者には広く受入れられている。 これらのコード化したデータを、英国レイチヱスタ大学のDBCWAXコンピュ ータにより、TAXPAKプログラムパッケージを使用して解析した(サラキン (Sackin)。 KJ、、分類並びに同定のためのプログラム(Prograanes for  classification andidentification)、 M ethods in Microbiology、 1987.19. pp、  459−494 iR,R,コ ルウェル(Colwell)およびえグリゴロバ(Grigorova)編)。 TAXPAK内のRTBNSIMプログラムを利用して、オプションとしての許 容ネガティブマツチをもつゴワー係数(Sc )を用いて、全ての菌株対に対し て相似度マトリックスを作成した。解析の主な手段およびここに提示する議論の 多(の元となる手段として、相似度マトリックスを得るための他の係数よりも上 位のものとして該ゴワー係数を選択した。というのは、これが全ての型の特徴ま たはデータ、即ち二値性状、多値性状(順序ずけられたおよび定性的)並びに定 量的データに適用可能であるからである。 相似度マトリックスのクラスタ解析は、重みを付さない平均結合法(Unwei ghted Average Linkage procedure)としても 知られる、算術平均を使用した重みを付さないペアーグループ法(Unweig hted hir Group Method with Ar1tlunet ic Averages: UPGMA)アルゴリズムを使用して、TAXPA KのSMATCLSTサブルーチンを実行することにより達成された。 このクラスタ解析の結果がデンドログラムであり、その簡略化されたバージョン を第1図に与える。このデンドログラムはバクテリア菌株間の相似度のレベルを 示している。該デンドログラムはTAXPAKのDBNDGRプログラムを使用 して得られ多値性状(性状1〜5、I2.13:アペンディックスC)を省略し 、従って193単位の性状からなり、かつ二値標記(正−1、負==0)で計算 したこれらのフェノンデータを、シャツカード係数(SJ Xスネース(Sne ath)、 P、Lんおよびソカル(Sokal)、 R,R,、上記文献、  9.131)および単純共有度係数(SsM)(スネース(Sneath)、  P、lLんおよびソカル(Sokal)、 R,R,、上記文献、 p、 13 2)を利用し、TAXPAK内のRTBNSIMプログラムを実行することによ り再解析した。更に2つのデンドログラムがTAXPAにのオプションとしての UPGMAを有するSMATCLSTおよnENDGRサブルーチンを使用して 得られた。これらデンドログラムの簡略化されたlく−ジョンをそれぞれ第2図 および第3図に与える。 アルカリ性バクテリアの、ゴワー係数およびW法に基くクラスタ解析の結果を、 14種の好アルカリ性種を含む17種の公知のグラム−陽性l(クチリアと共に 示したものである。 好アルカリ性バクテリアの6種の天然クラスタまたはフェノンが79%の相似度 レベルにある。これら6種のクラスタはアルカリ湖から単離した20種の好アル カリバクテリアの内の15種を含む。描写(delineation)のレベル に対する79%の選択は任意的であると思われるかもしれないが、数値的分類学 における通常の実務と一致している(オースチン(Austin)、 B、およ びブリースト(Priest)、 F、、 Modern Bacterial  Taxonomy、 1986. p、 37. ファンノストランドレイン ホルド、英国、ウォーキンガム)。描写を低比率に置くことは、定義がデータに より支持されない明らかに関連性の無い生物体の群をも包含することになろう。 79%のレベルにおいて、該クラスタの内の3個は、新たに単離された菌株の1 3種を代表する新規な好アルカリ性バクテリアを包含し、これらは新たな分類群 を表す可能性がある。 予想されるように、このクラスタ解析は該コントロールl(チルス種を3種の別 々のクラスタに紙分けし、数組は本発明の新規な好アルカリ性)(クチリアとは 区別される。これらの結果は、フリッツエ(Fritze)、 D、等(Int ernational Journalof Systematic Bact eriology、 1990.40. pp、 92−97)により報告され た好アルカリ性バチルス菌株の分類学的解析と略一致する。公知の生物体の何れ も、新規なグラム−陽性好アルカリ性バクテリアの3つのクラスタの何れに対し ても有意には関連していない。これらクラスタ間の明らかな識別が、最小判別テ スト(以下を参照のこと)の概念および化学分類情報(以下を参照のこと)を使 用することにより可能である。 このレベルでのクラスタ化の有意性は、TESTDENプログラムの結果により 支持される。このプログラムは、二乗ユークリッド距離、あるいはその測度とし ての補足物(compleaient )により、UPGMAにより得られたデ ンドログラムにおけるクラスタのあらゆる二叉状対(dichotomous  pairs)の有意性をテストするものであるが、ここでは該クラスタは超球で あると仮定している。臨界的重なりは0.25%に設定した。表5から理解され るであろうように、該クラスタの分離性は高度に有意である。 1 2 P=0.99 2 3 0、99<Pro、 95 3 4÷畦2 P=0.99 5 6 P=0.99 コ7エネテイツク相関は0.804であり、これは該デンドログラムが真の分類 上の構造を表していることに関する高い信頼性を表す(スネース(Sneath )、 P、Lんおよびソカル(Sokal)、 R,R,、上記文献、 pp、  277−280.304)、更に、シャツコード係数(第2図および以下の記 載)および単純共有度係数(第3図および以下の記載)を使用して得たクラスタ パターンはここで誘導した結論を支持する。 る。しかし、新規な好アルカリ性菌株の5種は該主クラスタの範囲外にある。そ の2種、d2およびwE3は新規好アルカリ性バクテリアの主な群を表すクラス タ群の周辺部で関連している。菌株79LN、 4およびその関連対72C,4 および80LN、 4も非クラスタ性(non−clustering)である 。これらの相関関係の定義は更に一層難しいが、恐らく現時点では記載されてい ない新たなフェノンを表す。 SJ/UPGMAおよびS、1刈に鵬法S、係数はS。係数におけるフェノンを 検出するのに使用できるので該Sc係数に対する有用な補佐役である。これは有 力で本質的な定性的データに不当な重みを付したためのネガティブマツチまたは 歪に基いている。結局、該SJ係数は初めにSc係数の使用により規定したクラ スタの妥当性を確認するのに有用である。該シャツコード係数は、特に生化学的 に非反応性の生物体を比較するのに有用である(オースチン(Austin)、  B、およびブリースト(Priest)、 F、G、上記文献。 p、 37)。ネガティブ性状状態の適合の許容性に関連する疑問があるかもし れない(スネース(Sneath)、 P、H,んおよびソカル(Sokal) 、 LL、上記文献、 p、 131)。 この場合には、代わりに単純共有度係数が広く利用されている。 概して、該S、/UPGMA法により得られるクラスタの全て(特に、該新規な バクテリアのクラスタ)はSJ/UPGMA法(コフエネティック相関+ 0. 795;第2図)およびSSM/UPGMA法(コフェネティック相関: 0. 814;第3図)により作成されたデンドログラム中に再度見出される。これら 変換の主な効果は、単一の大きなりう化するのに役立つ。 DNA、リポソームRNA、タンパク、細胞壁および膜の分析は、例えば分類学 的関係に有益な識見を与えることができ、分類のためのあるいは微生物の該分類 の立証のための別の手段として利用できる(グツドフェロ−(Goodfell ow)、 l+Lおよびミニキン(Minnikin)、 D、E、、 Che a+1cal Methods in Bacterial 5ysteasa tiモ刀A 198 5、1)+7.1−15.グツドフェロ−およびミニキン編、アカデミツクプレ ス、ロンドンおよびオーランド、PL)。しかし、与えられた分類に対してどの 型の化学的情報が最も有益かを先験的に決定することが常に可能であるわけでは ない。両極性脂質、主な呼吸系キノン類、バクテリア膜中に局在する脂肪酸類お よnNA塩基組成全ては、種々のバクテリアの分類のための分類学的有意性を有 する(レチェバリア(Lechevalier)、 H,およびレチェバリア、  M、P、、 Microbial Lipids、 1988゜Vol、 1 . pp、 869−902.ラドレッジ(Ratledge)、 C,および ウィルキンソン(Wilkinson)、 S、G、編、アカデミツクプレス、 ロンドンおよびサンジエゴ、CA)。 極性脂質類 バクテリアからの極性脂質の抽出およびその二次元薄層クロマトグラフィー(2 D一孔C)による分析は特性決定値のパターンを与える可能性がある。静止剤に ある細胞をl:l(v/v) CHCl5:CHsOHで抽出し、ロス(Ros s)、 H,NJL、グランド(Grant)。 W、 D、およびハリス(Harris)、 J、B、、 Chemical  Methods in Bacterial System■ ics、グツドフェロ−およびミニキン編、アカデミツクプレス、ロンドンおよ びオーランド、PL、 1985. pp、 289−300により記載された ようにして2D−TLCにより調べた。クロマトグラム上に存在する脂質の型を 種々の識別染色を利用して可視化した(ロス(Ross)、 )LNJL等の上 記文献、 9.291およびトリンコン(Trincone)。 ん等、 Journal of General Microbiology、  1990.136. pp、 2327−2331)。 グラム−陽性好アルカリ性細菌の代表的な菌株に関するこの分析の結果を表6に 示す。該結果は任意の1種のクラスタを識別する極性脂質パターンを全(示さな かったが、ホスファチジルエタノールアミンが多くのバチルス種に特徴的なリン 脂質であることを立証した(オレアリー(0’ Leary )、 W、PLお よびウィルキンソンff1lkinson)、 S、G、、 Microbia l Lipids、上記のもの、 Vol、 l、 I)、 157)、しかし 、驚くべきことに我々は該バクテリアの多くのものが1種または数種の糖脂質を 含むことを見出した。従来、糖脂質が好アルカリ性バクテリア中に存在すること は立証されていなかった(クルルビッヒ(Krulwich)、 T、ん等、  CRCCr1tical Rロマトグラフィーによって判定したところ、全ての 糖脂質−含有菌株は、ソーダ湖から単離したグラム−陰性好アルカリ細菌中にも 見出された1!I脂質をも含有していた。他の糖脂質の幾つかは、グラム−陽性 好アルカリ性細菌の幾つかのクラスタに共通であるように思われる。従って、該 糖脂質の化学的構造が、一般的に多(の偏性好アルカリ性細菌に対する、および 特に特異的群に対する化学分類マーカーである可能性がある。 2 69B、 4 + 3+ INIQ + + + + + 2311 4++ + 3+ 5 66B、4 + + + + + +80LN、4 + + + 4 3+ (PG):ホスファチジルグリセロール(DPG)ニジホスファチジルグリセロ ール(PGP):ホスファチジルグリセロホスフェート(PI):ホスファチジ ルイノシトール(PE):ホスファチジルエタノールアミンにンヒドリン反応正 のアミノ脂質)(GL):未確認糖脂質、α−ナフトール反応正(カラム中の数 カcr1.cプレート上の正のスポットの数を与える)。 イソプレノイドキノン類 イソプレノイドまたは呼吸系キノン類は、好気性バクテリアの形質膜の特徴的な 成分である。ノナキノン類およびユビキノン類の2種が存在する。分類学上の基 準としてのイソプレノイドキノン類の値はそのポリプレニル側鎖の長さおよび飽 和度の変動にある(コリンズ(Coffins)、 LD、およびジョーンズ( Jones)、 D。 上記文献、 1981)。 乾燥された。静止剤にあるバクテリア細胞を、コリンズ(Collins)、  LD、にょる改良法(上記文献、 Chemjcal Methods in  heterial Systemtics、 pp、 267−284)を利用 して、l:l (v/v) CHCb:CHsOH”t’50℃ニr16時間抽 出した。これらキノンをコリンズ(Collins)、 ILD、により記載さ れた(上記文献)逆相薄層クロマトグラフィーにより調べた。 グラム−陽性好アルカリ性細菌の代表的な菌株のキノン分析の結果を表7に示す 。しかし、該クラスタの区分に該キノン組成が有益であることを示唆する証拠は 何等見られなかった。但し、該データはこれら菌株がグラム−陽性であることの 確認のためには役立っている。更に、好アルカリ性菌株を包含するバチルス種の 主なイソプレノイドグ(isoprenologue)としてのMK−7も確認 された(レシエバリz(Lechevalter)、 H,およびレシェバリエ (Leehevalier)、jtP、の上記文献、p、881)。本発明の多 くの新規なグラム−陽性好アルカリ性バクテリアは、明確なパターンを示さない が、短い分子、特にMK−4およx−6を含む。 表7二グラムー陽性好アルカリ性バクテリアのメナキノン成分1 3B、1cT 34 71G、4 4 5 5Hx 6 81LN、 + 4 7 608.4 3 4 g 宵E4 4 5 2 69B、4 4 67 9 wN10 6 wNl2 6 7 23M、1 4 14LN、l 4 6 7 88H!95 66B、4 4 67 6RS7 45 78 脂肪酸 脂肪酸プロフィールの分析は、バクテリアの分類、特にグラム−陽性バクテリア およびアクチノマイセーテス(actinomycetes)との間の属および 種の振り分けにおいて多大な影響を与えた(クロッペンシュチット0[ropl )enstedt)、 R,IiL、 Ch団山21 Methods in  Bacterial Systemtics、 M、グツドフェロ−(Good feJ Joy)および1E、ミニキン(Minninkin)編、アカデミツ クプレス、ロンドンおよびオルランド、FL、 1985. pp、 173− 199ルシエバリ!(Lechevalier)、 Lおよびレシェバリエ(L echeval 1er)、NL P、の上記文献)。 凍結乾燥した静止剤の細胞(200−300■)を75℃にて16時間トルエン /メタノール/濃硫酸(2,5ml/2.5m110.2ml )で抽出し、冷 却した後肢脂質をヘキサン中に分配させた(1mlで2回)。残留酸をNH,H CO3で除去した。脂質抽出物を0.を含まないN、雰囲気下で濃縮し、300 μlのへキサン中に溶解し、分取シリカゲルプレート(メルク(Merck)  F254. タイプ(Type) T)に適用した。このプレートをヘキサン/ ジエチルエーテル(85:15 (v/v))中で展開させ、脂肪酸メチルエス テルを掻き取り、ヘキサンで抽出し、0.を含まないN、気流下で濃縮した。 該脂肪酸メチルエステルをヘプタンに溶解し、火炎イオン化検出器を備えたパラ カード(Packard)モデル439クロマトグラフを使用したガスクロマト グラフィーにより分析した。これら試料をサンプル分配器により分割し2本のカ ラム、即ちCP−5rL−88(クロムパック(Ct+rogyackX長さ5 −:内径0.22mn))およびウルトラ(Ultra)−2(ヒユーレットパ ラカード(Hewlett PackardX長さ50m;内径0.2211! l))で同時に分析した。キャリヤガスは窒素であり、注入温度は120℃であ り、温度勾配2.5℃/分で240℃まで昇温し、240℃にて30分間等温状 態においた。脂肪酸メチルエステルを、既知の標準混合物に照らして割当てた。 幾つかのピークの同一性が、CP−3IL−88カラム(長さ50m;内径0. 22ffl)を備えたカルoエルバ(Carlo Erba) [GC5160 メガ(Mega)シリーズガスクロマトグラフを使用したガスクロマトグラフィ ー/マススペクトル分析により確認された。該分析において、キャリヤガスとし てはヘリウムを使用し、試料をAMD 403マススペクトル分析機に直接注入 した。 各グラムー陽性好アルカリ性バクテリアの脂肪酸組成を表8に示す。表9は個々 のクラスタの固有の脂肪酸プロフィールを示す。クラスタ5および6は、分枝C 15:0およびC17:0脂肪酸優越性をもつバチルス種に典型的なものである 。数値的分類により示されたクラスタ4の均一性にもかかわらず、脂肪酸プロフ ィールは明らかにバクテリアの2種の亜属(4Aおよび4Bという)がこのクラ スタ内に存在することが立証された。これらのプロフィールは、アクチノマイセ ーテスのコリネ型−マイコバクテリウムーノカルディオ型(Corynefon o−Mycobacterium−Noeardioform: CMN)群の 幾つかに対して典型的であり(ペナン(Bennan)、 P、J、、 Mic robial Lipids、上記のもの、 pp、 203−298)、これ は該微生物の特徴的な細胞挙動およびジヒドロノナキノン類の出現により支持さ れる。更に、多(のアクチノマイセーテスの鮮明な黄色は、しばしば光により誘 発されるカロチノイド色素の蓄積により生ずる。これらカロチノイドの多くは固 有のものであり、分類学的に重要である。これら群の更なる化学分類学的マーカ ーは分岐C19:0脂肪酸を含み、これは!0−メチルオクタデカン酸(ラベル クロステアリン酸)であり、バクテリアの師群の分類における重要な基準となる 。分岐、不飽和脂肪酸もこれらのバクテリア中に見出された。クラスタ3および 4中に見出された分岐C20:0脂肪酸は幾つかのグラム−陽性球菌の成分であ る。コリネ型群のコントロールバクテリも厳密には関連しない。しかし、バクテ リアのCMNの組の公知の偏性好アルカリ性細菌はあまり特徴ずけされていない が、本発明の新規なグラム−陽性アルカリ性細菌とは明らかに異なっている。 CI2:0 0.4 0.4 1.0 0.9 0.5 t O,20,2CI 4:0 3.4 3.2 5.9 6.0 4.3 1.55.3 1.8C1 4:0イソ 0.7 − − − 0.7 0.2 − 0.5C15:Oo、 s O,20,40,50,41,10,40,2CI5:0イソ 3.2 0 .8 0.3 0.3 1.9 7.6 0.2 1.4C15:0アンチイソ 27.6 15.2 0.6 0.1 8.2 1?、5 0.1 11.2C 16:0 17.6 21.2 28.1 30.626.222.930.8  9.8C16:0イソ5.1 0.5 0.1 − 0.7 1.1 −13 .0C16:l −−−−−+ −− C16:lbr −−−−−−−1,8C17:0 0.4 0.4 0.7  0.7 0.6 1.0 G、6 3.8C17:0イ’/ 1.4 0.6  − − 0.3 0.7 − 1.6C17:07ンテイソ14.2 13.4  − − 1.2 4.7 −40.9CI7:l −−”−”−−−− C18:0 12.9 22.2 31.1 31.2 28.0 28.53 0.5 6.7C18:1cis/1rans 6.6 4.4 13.9 6 .3 4.9 5.2 6.6 2.7C18:2 1.5 0.9 6.0  2.8 1.5° 2.3” 3.2” 1.1”未知 0.5 C19:Obr −−−−−−−− C20:0 3.1 9.8 7.7 1N、9 12.1 0.8 12.7  1.7C22:Ot、s 6.2 4.2 &2 8.2 5.1 8.8  0.9C23:0 − − − −−−−0.2C24:Ot O,4t O, 60,5−0,6tt・痕跡; 零: C18:2および/またはまたはb「b r二分技;+:全脂肪酸の%として CI2:OO,40,70,5t O,30,51,21,0CI4:0 3. 5 5.1 3.1 2.9 3.9 3.6 7.4 6.9C14:0イソ  − −1,30,90,30,20,1−C15:0 0.9 0.4 0. 6 θ、6 0.5 0.3 0.5 0.4C15:0イソ −0,213, 113,21,!1.9 3.I Q、5 0.4C15:0アンチイソ −0 ,122,413,16,710,13,51,8CI6・0 29.4 28 .4 15.13 22.3 25.5 23.0 30.6 30.7C16 :0イソ −−6,46、l 1.4 0.4 1.0 0.7C17:0 3 .3 0.8 0.7 0.6 0.4 0.5 0.6 0.6C17:0イ ソ − −3,48,16,31,1−−C17:0アンチイソ − −10, 412,34、l 5.4 3.1 1.4C17:1 2.6 − −0.2  − − − −C18コ018.730.11N、310.716.828. 525.028.4C18:1cis/1rans 19.9 7.6 5.5  1.9 4.1 4.7 9.3 11.7C18:2 0.9° 4.1”  1.4 0.3 0.5 0.9 5.9° 5.0゜未知 0・2 C19:Obr 3.2 0.4 − − − − − −C20:0 1?、 1 12.5 2.7 4.1 5J 10.8 7.4 9.IC22:0  5.7 9.0 1.6 2.7 3.8 6.8 3.9 5.5G23:0  − − −−0.3− − −C24:0 0.3 0.6 t O,20, 20,3−−t=痕跡; ネ: C18:2および/またはC20:Obrb「 :分枝;+:全脂肪酸の%として 支配的脂肪酸 C15:0アンチイソ C16:OCI6:OC15:0アンチ イソ(〉10%) C16:OC18:OC18:OC16:0C17二〇アン チイソ C20:OC17:0アンチイソC18:0 叶飽和 40−65% +1O−90X 6O−9n ”=、25Kn−不飽和  < 10% 10−20% <10% #5%イソ l−10!% < 1%  < 10% #I5%アンチイソ30−40% 〈1% 0−20% #50 %余分技 30−50% 〈1% 0−30% #70%偶数C原子数 5O− 7(1% > 95% 70−99% #40%奇数C原子数 30−50%  〈5% 1−30% #60%付FIv−カー C20:Obr C16:1  brbr:分枝 C20:Obr 支配的脂Ha C16:OCI5:Oイア CI5:Obr(〉10%) C1 8:OC15:07ンテイソC16:0C16:OC18:0 C17:0アンチイソ C18:O n−飽和 70−90% 35−45% 55−75%n−不飽和 10−30 !% < 10!% = 5%イソ < 1% 20−30!% 5−30%ア ンチイソ< 1% 25−35% 10−15%全分技 〈5% 50−603  20−40%偶数C原子数 >90% =so% 60−80%奇数C原子数  < 10yi’=;50% 20−40%付随マーカー C19:Obr C20:Obr br:分技 DNA塩基組、成 組成は生物体の成長条件により影響されず、また適当な解析により該生物体の分 類学的位置を確認し、かつその誤りを明らかにすることができる。染色体DNA は個々の菌株の塩基組成(G+Cmole%)の決定により解析できる。グアニ ン+シトシン(G+Cmole%)組成は任意の与えられた生物体について一定 である。密接に関連した生物体は類似のG+C組成を有する。しかし、G+Cの 結果は独立の分類学的データの内容の範囲内で解釈されねばならない。というの は、異なる生物体由来のDNA試料の同様なG+Clllole%それ自体は生 物学的な関連性を意味しないからである。 培彫−中で指数増殖期まで成長させた細胞から、クロロホルム:フェノール法に より抽出し、エタノールで沈殿させた。塩基組成を熱変性法により(マーマー( Marmar)、 J、およびトーチイー(Doty)、 P、、 J、 Ma t、 Biol、、 1962.3. pp、 585−595)、プログラム 化した温度で、フィリップス(Phillips)%デルPv8764分光光度 計で測定した。第二の方法は、該DNAをヌクレアー−tFPlおよびアルカリ ホスファターゼで処理した後、ベブクマンウルトラスフエア(Beckman  ultrasphere) 00Sカラムおよび溶離液として0.04Mリン酸 二水素カリウム+アセトニトリル(9+l。 v/v )を使用したベブクマンシステムゴールド(Beckman syst em gold)上でのHPLC分析を含んでいた。 これら分析の結果を表IOに示した。これらの結果は、数値的分類法による分析 により定義されたバクテリアの組分けと一致した。新規な好アルカリ性バクテリ ア(クラスタ1.3および4)に対するG+Cmole%の値は、29%(34 ,1−63,5mole%)の範囲をカバーする。しかし、これらのクラスタ内 において、変動は15mole%以下であり、このことはあるクラスタ内の菌株 が該クラスタ外の菌株に対するよりも一層密接に相互に関連していることを確証 している。更に、高44+C含有率(52,3−63,5mole%)をもつク ラスタ!および4内の新規菌株は、クラスタ2(35゜0−39.6a:lke % )、5 (36,1−42,8eole%)および6 (36,5−43, 6mole%)内の公知の/<%/戟^ %)の新規菌株は、明らかに池の化学分類学的データによればバチルスとは区別 される。 1 3B、1cT52.3 wB4 63.1 2 R3IIcT35.0 35.2 R31439,6 R31337,2 3wBl 49.3 wN10 34.1 wNl2 40.1 36.6 w1ll16eT46.0 40.2 4 23隨1 63.0 15LN、 l” 63.5 5 66B、4 42.1 R3IOc?39.5 RS17 42.5 AB49 42.1 42.8 A842 36.1 6 R3743,2 RS8 cT39.9 43.6 R5I5 43.5 RS16 36.5 1)フリッツエ(Fritxe)、 D、、フロスドルフ(Flossdorf )、 D、およびクラウス(C1aus)、 D、、 rr+t、 J、 Sy stemtic Bacteriology、 199(1,40,pp、 9 2−97゜代表的菌株の決定 Sc/IJPGMA法により得られた各個々のクラスタのセントロイドをTAX PAX中のRGROUPSプログラムを使用して計算した。起上間に投影された 実際の生物体を表す点のクラスタのセントロイドは仮想的平均生物体を表す。こ のセントロイドはたとえあったにせよ、真の生物体を表すことは稀である。従っ て、該クラスタのセントロイドからの該クラスタの各構成員のユークリッド距離 を、どの生物体がこの仮想的平均生物体に最も近接するかを設定するために計算 した。このセントロイドに最も近接する生物体を「セントロタイプ生物体(ce ntrotype organism)」と呼ぶ(肩付き符号℃rで示した)。 このセントロタイプ生物体は、各特定のクラスタの本質的かつ識別性の特徴を最 も厳密に表す「基準菌株」であると考えることができる。このセントロタイプ菌 株を表11に記載した。 表11=セントロタイプ菌株 クラ クラス セントロイドから 標準 セントロイプスタ タ中の の菌株の 平均ユ 菌 セントロイドからの番号 菌株数 −クリッド距離 偏差 株 ユ ークリッド距離1 5 6.24 0.65 3B、1 4.452 5 6. 02 0.23 R3II 4.533 4 6.81 0.96 胃N16  4.264 4 6.40 0.57 15LN、1 4.405 6 6.4 4 0.27 R5l0 5.016 4 6.50 0.72 RS8 4. 0にれらの生物体を、以前に公知かつ記載された全ての他のバクテリアから区別 し得るように、新規なバクテリアを包含するクラスタからのセントロタイプ生物 体の各々を説明する。更に、各クラスタを定義するための識別テストの最小数を 算出したが、その結果として、これらの新規なバクテリアを包含するクラスタが 相互に、かつ全ての他の公知のバクテリアから容易に区別し得ることが理解でき よう。 好気性、グラム−陽性球菌状バクテリアである。その細胞は殆ど球状で、寸法0 、5−1.5μmで、通常は対として、場合によっては4個組となり、細胞6個 分までの短い鎖を形成し、もしくは不規則なりラスタ状態にある。 運動性は観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、pH約lOにおいて最適に成長する。 アルカリ性寒天(培地M上で、不透明な、マット状の橙色のコロニーを形成する 。この発色は光により影響され、クリーム色から始まって、黄色を介して橙色を 発現する。該コロニーは円形で、凸状の金縁型で、径は1〜2Iである。 アルカリブロス(培地A)中で成育は緩慢(37℃)であり、均一に混濁し、沈 殿物の形成を伴うが、表面皮膜の形成はない。 最適成育温度は約30℃である。15℃および40℃にて緩慢に成育する。45 ℃では成育しない。 KOHテスト: 負 アミノペプチダーゼテスト: 負 オキシダーゼ反応性: 負 カタラーゼ反応性: 正 NaC1耐性: 0−12%; 15%において成育せずゼラチン加水分解:  正 澱粉の加水分解: 弱いが止 車な極性脂質 成分:ホスファチジルグリセロール、ジホスファチジルグリセロール、ホスファ チジルグリセロールホスフェート。3種の糖脂質(α−ナフトール 正)成分が 存在する。 主なメナキノンli : MK−3,MK−4主な脂肪酸類: C15:0アン チイソ、 C16:0. C17:0アンチイソ、 C1g:0G+C: 52 .31lole%(HPLC)化学有機栄養菌。複合基質、例えば酵母抽出液お よびペプトン類上で成育。単純な糖および有機酸上での成育は極めて制限される 。グルコース、アセテート、幾つかのアミノ酸およびピリミジンヌクレオチド類 により成長が刺激される。 な桿状で、1.5−2.5 u!lX0.75−1.0μm+で、単独でまたは 対として、t、ift、If細胞4([分までの短い鎖状態で存在する。 胞子は観測されなかった。運動性は観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、pH8以下において成育しない。 アルカリ性寒天(培地I上で滑らかなりリーム−黄色のコロニーを形成する。 該コロニーは1約tonの小さな円形で、全線型で凸状である。 アルカリブロス(培地A)中で成育は緩慢(37℃)であり、均一に混濁し、沈 殿物を形成するが、表面皮膜の形成はない。 20−40℃でよく成育する。10℃にて緩慢に成育し、45℃では成育しなL loKOI(テスト 負 アミノペプチダーゼテスト: 負 オキシダーゼ反応性: 負 カタラーゼ反応性: 負 NaC1耐性: 0−10% ゼラチン加水分解: 正 澱粉の加水分解: 正 主な極性脂質 成分:ホスファチジルグリセロール、ジホスファチジルグリセロール、ホスファ チジルグリセロールホスフェート、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジ ルエタノールアミン。 主なノナキノン類:MK−4,MK−6,MK−11主な脂肪酸類:C16:O ,C18:0. C20:0 (偶数炭素原子数の脂肪酸含有率〉95%、分岐 脂肪酸含有率く1%) G+C: 4(1,2mole!%(Ty )−46,0ALES (HPLC )化学有機栄養菌。複合基質、例えば酵母抽出液、ある範囲の糖、アミノ酸およ び有機酸上で成育。 菌株15LN、 ICT(クラスタ4)好気性、グラム−陽性バクテリアである 。その細胞は初め不規則な球状または細長型で、しばしばウェッジ型で、1.5 −2.0μm Xo、75−1μIであるが、成長して短く、厚く僅かに湾曲し た桿状(l−3μm Xo、5−1μm)となる。細胞はしばしば対として出現 する。この特徴的な細胞分割の折れ曲がった形状のために、この細胞はしはしI fv−字型を形成するある角で見出され、あるいはパリセード(pallisa de)の外観をもつ細胞のクラスタとして見出される。 胞子は観測されなかった。運動性は観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、p)17.5以下において成育せず、最適pH範 囲は約9〜lOである。 アルカリ性寒天(培地M上で滑らかなりリーム−鮮明に着色した滑らかな輝きの あるコロニーを形成する。該コロニーは初めの橙色から赤色となる。色の発現は 光により影響される。該コロニーは円形で、凸状全線型で、不透明で、径1〜2 膿を有する。 アルカリブロス(培地A)中で成育は緩慢乃至僅か(37℃)であり、凝集性で あり、沈殿物および表面リングまたは皮膜を形成する。 20−40℃でよく成育する。10℃および45℃にて緩慢に成育し、50℃で は成育しない。 にOHテスト: 負 アミノペプチダーゼテスト: 負 オキシダーゼ反応性: 負 カタラーゼ反応性: 正 NaCl耐性:O−8% ゼラチン加水分解: 負 澱粉の加水分解: 正 主な極性脂質 成分:ホスファチジルグリセロール、ジホスファチジルグリセロール、ホスファ チジルグリセロールホスフェート、ホスファチジルイノシトール。4種の糖脂質 (α−ナフトール 正)成分が存在。 主なノナキノン類:MK−5,MK−6,MK−7,MK−8(H,)主な脂肪 酸類・C16:0. C18:0. C20:0 (偶数炭素原子数の脂肪酸含 有率〉95%、分岐脂肪酸含有率〈1%) G+C: 63.5 IDole!% (HPLC)化学有機栄養菌。複合基質 、例えば酵母抽出液およびペプトン上で成育。単純な機上での成育は極めて制限 される。アミノ酸および脂肪酸により成育が刺激される。 非−クラスタ菌株 ここに定義したクラスタに含まれない菌株も、以前に知られておらず、かつ文献 未載の新規なバクテリアである。これらの菌株、即ちd2、wB3.72C,4 ,79LN、 4および80LN、 4とコード化した菌株は好アルカリ性バク テリアの稀な変種を表す可能性がある。これら菌株の幾つか、例えばvIB2お よびwB3は、ここで定義した密接に関連する(かつ起上閣内で近接して配置さ れた)クラスタ同志の間に入る中間的形態を表す可能性がある。他の菌株、72 C,4,79LN、4および80LN、 4は現時点では定義されていない新規 な属または種を表すバクテリアのクラスタの構成員であろう。これらの生物体を 以前に公知カリ記載された全ての他のバクテリアから区別し得るように、これら の「非−クラスタ」菌株を説明する。 菌−E2 好気性、グラム−陽性バクテリアである。その細胞は不規則な、主として卵形の 球状細胞で、l−2μa+X0.5−1μ麿で、あるいは極短い桿状で場合によ り対として、あるいは僅かに湾曲した短い桿状の細胞である。細胞分割のこの特 徴的な折れ曲がった形状のために、該細胞はしばしくa−字型を形成する角度を もつ状態で見出される。 胞子は観測されなかった。運動性も観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、pH8以下において成育しない。 アルカリ性寒天(培地υ上で、不透明な、橙色の点状のもしくは円形のコロニー を形成し、これは凸状またはドーム状の盛り上がり部および金縁を有し、径は1 ffllまでである。 アルカリブロス(培地A)中で成育は遅く、僅か乃至中程度(37℃)であり、 凝集物による濁りがあり、沈殿物および表面リングの形成を伴う。 温度=30℃以上で最適成長し、10℃にて緩慢に成育し、40℃で成育しない 。 KOHテスト: 負 アミノペプチダーゼテスト: 負 オキシダーゼ反応性: 負 カタラーゼ反応性: 正 NaCl耐性: 0−10%; 12Xj、:おいて成育せずゼラチン加水分解 : 負 澱粉の加水分解: 負 主な極性脂質 成分:ホスファチジルグリセロール、ジホスファチジルグリセロール、ホスファ チジルグリセロールホスフェート、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジ ルエタノールアミン。2種の糖脂質(α−ナフトール 正)成分が存在する。 主なノナキノン類: MK−7 化学有機栄養菌。複合基質、例えば酵母抽出液、ペプトン類および炭水化物(デ キストリン)上で成育。種々の糖、有機−1脂肪−およびアミノ−酸により成長 が刺激される。 WNfhtE2はクラスタ4に関連する中間体形状であると思われる。 かに湾曲した桿状で、l−2,5μmX0.5μmで、しばしば対で存在する。 細胞分割のこの特徴的な折れ曲がった形状のために、該細胞はしばし1fV−字 型を形成する角度をもつ状態で見出される。 運動性は観測されなかった。胞子も観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、pH8以下において成育しない。 アルカリ性寒天(培心)上で、不透明な、黄色/オークル色で、円形の、凸状の 金縁コロニーを形成し、その径は2画である。 アルカリブロス(培地A)中で成育は僅か乃至中程度(37℃)であり、均一な 濁りを有し、沈殿物の形成を伴うが、表面皮膜は形成しない。 成長温度範囲: 10−40℃。45℃で成育しない。 KOHテスト: 負 アミノペプチダーゼテスト: 負 オキシダーゼ反応性: 負 カタラーゼ反応性: 正 NaCl耐性: 0−12℃%、 15%において成育せずゼラチン加水分解:  正 澱粉の加水分解: 負 主なメナキノン: MK−4,MK−5主な脂肪酸類:C16:0. C18: 0 (偶数炭素原子数の脂肪酸含有率>90%、分校脂肪酸含有率〈10%) 化学有機栄養菌。複合基質、例えIf#母抽出液上で成育。簡単な基質(糖等) 上での成長は極制限される。アセテートおよびグルコースにより成長が刺激され る。菌awB3はクラスタlに関連する中間体形状であると思われる。 菌株79LN、 4 好気性で、運動性のグラム−陽性バクテリアである。その細胞は直線状のまたは 僅かに湾曲した桿状で、寸法は1.5−5μmX015−1μmで、しばしば対 で存在し、2〜4個の細胞の短い鎖を形成することがある。 胞子は観測されなかった。運動性も観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、pH7,5以下において成育しない。 アルカリ性寒天(培地M上で、不透明な、クリーム色のコロニーを形成し、その 径は2閣である。このコロニーは円形で、正面に突起を有し、成長に伴って波形 (undulate)となる全朦を有する。 アルカリブロス(培地A)中での成育は中程度乃至激しく(37℃)、均一な濁 りを有し、沈殿物の形成を伴い、場合によっては表面リングを形成する。 温度範囲: 20−40℃で良好に成育。10℃および45℃で緩慢に成育し、 50℃では成育しない。 KOHテスト: 負 アミノペプチダーゼテスト: 負 オキシダーゼ反応性コ 弱い正 カタラーゼ反応性: 正 NaC1耐性: 0−15% ゼラチン加水分解二 正 澱粉の加水分解: 正 化学有機栄養菌。複合基質、簡単な糖、有機−、アミノ−および脂肪−酸、並び にピリミジンヌクレオチド上で良好に成育する。 菌株72C,4 好気性の、グラム−陽性バクテリアである。その細胞は明らかな球状−桿状の発 育サイクルをもつように見える。初め、該細胞は球状または不規則な球桿菌状の 形状にあり、これは成長して短い桿状の、寸法1−2.5μerr xo、 5 −0.75μmとなる。場合により、より長い3−4μmX1μmのものも見ら れる。しばしば対で存在する。細胞分割のこの特徴的な折れ曲がった形状のため に、該細胞はしばし1fV−字型を形成する角度をもつ状態で見出される。 運動性は観測されなかった。胞子も観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、DH8以下において成育しない。 アルカリ性寒天(培地M上で、円形で、凸状の金縁型のコロニーを形成し、その 径は1−2ooである。このコロニーの色は、初めの橙色が成長に伴ってかつ光 の影響により濃いサーモンピンクとなる。 アルカリブロス(培地A)中での成育は中程度であり(37℃)、均一な濁りを 有し、沈殿物の形成を伴うが、表面皮膜を形成しない。 温度範囲+ 20−37℃で良好に成育する。10℃で緩慢に成育し、40℃で は成育しない。 KOHテスト: 負 アミノペプチダーゼテスト= 正 オキシダーゼ反応性: 負 カタラーゼ反応性: 正 NaCl耐性、 0−12% ゼラチン加水分解: 正 澱粉の加水分解: 負 主な極性脂質 成分:ホスファチジルグリセロール、ジホスファチジルグリセロール、ホスファ チジルグリセロールホスフェート、ホスファチジルイノシトール。3種の糖脂質 (α−ナフトール 正)成分が存在。 主な脂肪酸類: C16:0. C18:0 (偶数炭素原子数の脂肪酸含有率 〉95%、分校脂肪酸含有率〈5%) 化学有機栄養菌。複合基質(例えば、酵母抽出物)および種々の糖、有機酸およ びアミノ酸上で良好に成育する。 状の形状にあり、これは成長して短い桿状の、寸法1−2μm X O,5−0 ,75μmとなる。場合により、より長いものも見られる。この細胞はしばしば 対として存在する。 運動性は観測されなかった。胞子も観測されなかった。 偏性好アルカリ性細菌であり、pHl1iにおいて成育しない。 アルカリ性寒天(培地M上で、円形で、凸状乃至突起を有する金縁型の不透明な コロニーを形成し、その径は1−2m++である。このコロニーの色は、初めの 橙色が成長に伴ってかつ光の影響により濃いサーモンピンクとなる。 アルカリブロス(培地A)中での成育は中程度であり(37℃)、均一な濁りを 有し、沈殿物および表面皮膜の形成を伴う。 温度範囲: 20−37℃で良好に成育する。10℃で緩慢に成育し、40℃で は成育しない。 KOHテスト: 負 アミノペプチダーゼテスト: 正 オキシダーゼ反応性、 負 カタラーゼ反応性: 正 NaC1耐性: 0−f2X; 15%において僅かに成育する。 ゼラチン加水分解: 正 澱粉の加水分解: 負 主な極性脂質 成分:ホスファチジルグリセロール、ジホスファチジルグリセロール、ホスファ チジルグリセロールホスフェート、ホスファチジルイノシトール。3種の糖脂質 (α−ナフトール 正)成分が存在。 化学有機栄養菌。複合基質(例えば、酵母抽出物)および種々の糖、有機酸およ びアミノ酸上で良好に成育する。 識別テストのf・小数の計算によるクラスタの定義およびグラム−陽性好アルカ リ数値的分類研究の目的の−一つは、選択された相似度レベルにおけるクラスタ を規定する該フェノンデータを、未知の菌株の指定または同定のために利用する ことにある。この分類テストデータは、79%(Sc)相似度レベルにおける該 クラスタを規定し、かつ個々のクラスタに対して最も診断性(予測性)の高いこ れらの性状を同定するのに必要とされる最小の組のテスト数を決定するために使 用できる。即ち、未知の生物体を高い予想可能性で、予め定めたクラスタに割当 るのに必要とされるテストの最小数を決定するために使用できる。 この最小識別テストから、確率マトリックスを、未知の菌株の同定のために作成 できる。この分析はMCI(DISRプログラム(TAXPAKにはないが、英 国のレイチェスター大学からデータメイルにより入手できる)を補充し、TAX PA、に中のCHAR3EPプログラムとDIAC)!ARプログラムとの組み 合わせを使用することにより達成される。この同定マトリックスの評価はmsm P、o■RMATおよnTIDBNプログラムを使用することにより与えられる 。バクテリアの確率的同定用のこれらプログラムを使用した実際の例はウィリア ムス(Williu+s)、 S、T、等、 Journal of Gene rat Mierobiology、 1983゜129. pp、 1815 −1830;およびプリース)(Prif!st)、 F、GB およびアレクサンダー(Alexander)、 B、、 Journal o f General Microbiology、 1988、 134. p p、 3011−3018; 1bid、 1990.1並、 I]p、 36 7−376により公開されている。 テストデータから、二値性状を使用して“nXt”表を作成した。即ち、二値標 記(正=l:負・0)で計算した性状6〜11および14〜200(アペンディ ックスC)を使用した。 このデータマトリックスを、先ず分離インデックスを計算する該CHAR3EP プログラムを使用して調べ、かくしてクラスタ間の識別のための個々の性状の診 断値を調べる。25%より大きなりSPインデックス〔(4×分散)X菌株の潜 在性〕をもつ性状−状態(テスト)(スネース(Sneath)、 P、 H, ん、 Computers and GeosciBnces、 1979.5 . pp、 349−357)を受理し、低診断値(VSP (25N)を有す る性状をはねる。最大のvSPインデックスを有する性状を採択する。但し、I HACHARプロダラムおよびにHO[SEプログラムにおける基準も満たす必 要がある。この例において、63種のテストがvSPインデックス〉25%を有 し、最終的に選択された32性状中の16の性状がVSPインデックス〉50% を有する(表12)。 このデータマトリックスは、次いで該クラスタ各々の最も診断性の高い性状状態 を決定するDIACHARプログラムにより再変調べられる。性状状態の数は1 2に設定した。この結果は該クラスタ間の相互の排他的性状状態の選択を可能と する。 出来る限り多(のこれらテストが、最小謳5リテストの最終同定マトリックスに 残され、この場合にはクラスタ当たり4〜IO診断性状の範囲内である。残りの 使用されなかったテストも記録し、同定の確認の目的で、付随的なテストとして 使用できる(表13)。 MCHOISEプログラムは、MDENDサブルーチンを使用してデンドログラ ムとして表示できる群に、該テスト群をランクずけする。抜群は同様な識別値を 有するテストを同定し、かくして有意なallをなし得ないテストの排除を可能 とし、また等価なもしくは極類似する診断値を有するテスト間の選択を可能とす る。 表14は、該クラスタを規定するのに必要とされる最小のテスト数であり、また 未知の菌株の指定のために使用できる32テストの組を示す。更に、表14は、 該32の最小識別テストを基に該クラスタを規定する正の性状の百分率からなる 同定マトリックスを示す。これはIDMATプログラムにより計算された。 [10〕 ゼラチン 30.6 [14] フマレート 35.4 [151フルクトース 35.2 [19) ガラクトース 34.8 [24I N−アセチルグルコースアミン 58.1[27] D−サブ力ロー ス 74.1[28] マルトース 70.7 [32] アセテート56.8 [36] D−グルコース 63.1 〔37] サリシン 5I73 [38] D−メリビオース 45.0[421プロピオネート72.4 [44] バレレート 31,7 [48] グリコーゲン 85.3 [501L−セリン 38.l [631キモトリプシン 44.4 170] β−グルコシダーゼ 67、l[74] セリン 58.6 [77] アルギニン 65.3 [80] メチオニン 5460 [90J ペニシリン(355,9 [94J メチシリン 56.5 [96] ストレプトマイシン 28.5[97] テトラサイクリン 51. 8[105]バシトラシン 32.8 [112] N−アセチル−D−グルコースアミン 32.8[116]セロビ オース 45,0 [137]ツラノース 55.5 [1391メチルピルベート 41.1[1401モノ−メチルサクシネート  39.1[192]チミジン 34.9 [197]グリセロール 34.0 〔101ゼラチン加水分解 [24] N−アセチルグルコースアミン[901 ペニシリンG [27] D−サブ力ロース[941メチシリン [37j サ リシン[105]バシトラシン [38] D−メリビオース[421プロピオ ネート [48] グリコーゲン [52] 3−ヒドロキシブチレート [80J メチオニン [83] バリン [1161セロビオース [101ゼラチン加水分解 [24] N−アセチルグルコースアミン[151 フルクトース [42] プロピオネート[281マルトース [441バレレ ート[37] サ’Jシン[501L−セリン〔70] β−グルコシダーゼ  [891トリメトプリム(Trimethoprim)[74] セリン [1 23] l1l−イノシトール[80] メチオニン [197)グリセロール [861アンピシリン [94] メチシリン [96] ストレプトマイシン [1051バシトラシン [10] ゼラチン加水分解 〔281マルトース[19] ガラクトース [ 321アセテート[70j β−グルコシダーゼ [36] D−グルコース[ 771アルギニン [38] D−メリビオース[105]バシトラシン [4 2〕 プロピオネート[112] N−アセチル−D−グルコース [44]  バレレートアミン [48] グリコーゲン [116]セロビオース [741セリン[1901イノシン [86] アン ピシリン[1911ウリジン [90] ペニシリンG[94J メチシリン [97j テトラサイクリン [139]メチルピルベート [1401モノメチルサクシネート [155]α−ケト酪酸 [77j アルギニン [1(II ゼラチン加水分解[80] メチオニン  [141フマレート[82〕 グリシン []5〕 フルクトース[83] バ リン [19] ガラクトース[941メチシリン [27] D−サッカロー ス[97] テトラサイクリン [38] D−メリビオース[105]バシト ラシン [481グリコーゲン[106]α−シクロデキストリン [50]  L−セリン[109]ツイーン40 [701β−グルコシダーゼ[139]メ チルピルベート[1121N−アセチル−D−グルコースアミン[1401モノ メチルサクシネー1− [116]セロビオース[1511β−ヒドロキシ酪酸  [134] D−ソルビトール[1651ブロモ−コハク酸 [136] D −トレハロース[137]ツラノース クラスタ5 ベージュまたはくすんだクリーム色のコロニー:線状桿菌型細胞[ lO] ゼラチン加水分解 [140]モノメチルザクシネート[241N−ア セチルグルコースアミン [157]α−ケトバレリン酸[27] D−サッカ ロース [28] マルトース [32] アセテート [36] D−グルコース [481グリコーゲン [63] キモトリプシン [86] アンピシリン [94] メチシリン [97] テトラサイクリン [lO] ゼラチン加水分解 [19] ガラクトース[■5] フルクトース  [63] キモトリプシン[241N−アセチルグルコースアミン [74]  セリン[27] D−サッカロース [75] プロリン[28] マルトー ス [77] アルギニン[32] アセテート [96] ストレプトマイシ ン[36] D−グルコース [991オレアンドマイシン[37] サリシン  [105]バシトラシン[38] D−メリビオース [116]セロビオー ス[42] プロピオネート[1401モノメチルサクシネート[45] シト レート [192]チミジン[48] グリコーゲン [5(lコ L−セリン [66] α−ガラクトンダーセ [671β−ガラクトシダーゼ [681β−グルクロニダーセ 〔701β−グルコシダーゼ [+231クーイノシトール [137]ツラノース [197]グリセロール 注:性状状態に先行する角括弧内の数値は、アペンディックスBおよびCにおけ る性状状態および単位テストを表す。 表14 同定マトリックスニア9%(SC)レベルにおけるグラム−陽性好アルカリ性バ クテリアのクラスタを定義する正のtijlJ性状の百分率[101セラチン  100 100 100 0 100 100[14] フマレート 20 2 5 75 0 83 50[15] フルクトース 60 100 75 0  83 100[I9] ガラクトース 20 25 100 0 17 0[2 4] N−アセチルグルコ−005025100100スアミン [27] D−サッカロース 0 75 25 0 1(10100[281マ ルトース 20 100 0 25 100 100[32j アセテート 2 0 25 0 75 100 100[36] D−グルコース 20 75  0 25 100 100[37J サリシン 0 100 50 25 67  100[38] D−メリビオース o so o o 5oio。 [42] プロピオネート 0 0 0 75 83100[44] バレレー ト 20 0 0 50 83 50[481グリコーゲン O7500100 100[50] L−セリン 40 0 25 0 17 100[631キモ トリプシン 40 25 75 25 100 0[701β−グルコシダーゼ  20 100 100 0 33 100[74] セリン 0 100 0  75 50 0[771アルギニン 0 50 100 100 33 0〔 80J メチオニン0 1flOnc If)0 33 25[901ペニシリ ンG 100 75 0 50 g3 0C941メチシリン 100 100  0 100 100 25[96] ストレプトマイシン 40 100 5 0 75 67 0[97〕 テトラサイクリン 80 75 0 100 1 00 25[105]バシトラシン ioo ioo ioo 100 83  0[112] N−アセチル−トグル 40 25 100 0 50 50コ ースアミン [116]セロビオース 0 50 100 0 50 0[137]ツラノー ス 40 100 25 0 100 100[139]メチルピルベート 6 0 75 0 100 33 75[1401モノーメチルサク 40 25  0 100 0 Gシネート [192]チミジン 8(] 25 50 50 83 0[197]グリセロ ール 80 0 50 25 33 100nc=計算せず。 該識別テストの評価および同定の信頼性の査定該識別テストの評価は2つの局面 をもつ。先ず、該テストの妥当性は実際の例を使用して分析でき、これを更に統 計的理論を使用して評価することができ、あるいは該テストを直接統計的方法を 利用した理論的査定にかけることも可能である。 例1:該1四11テストの実際の評価 多(の研究者は、選択されたクラスタの代表の性状状態を再測定することによっ てのみ該識別テストの精度を査定している。本発明では、この方法をセントロタ イプの菌株に対して利用した(以下の記載参照)。殆ど適用されないより一層厳 密な方法は、元の数値的分類法的分析で使用した全ての菌株を検討することであ る。最小識別テストの誘導された組から得られたデータのみを使用してクラスタ 解析した場合、再度作成されたデンドログラムは元のものと比較することができ る。前に記載した32個の識別テスト(表14)のみを使用した場合、新規なグ ラム−陽性好アルカリバクテリアの20種全ておよび13種の日本の研究者によ り単離された公知の好アルカリバチルス種に対するデータ(二値−状態、二値形 式)をS、/IJPGMA法(この場合にはS3.、MIGMA法と等価である )によるクラスタ解析に付した。再構築されたデンドログラムを第4図に再掲し た。この再構築されたデンドログラムは元のデンドログラム(第1図および第2 図参照)と首尾よく匹敵する。 クラスタの位置の幾分かの再配置があったが、その構成は大幅には変更されず、 本発明の新規な好アルカリバクテリアのクラスタと好アルカリバチルス種との間 の明確な分離が見られた。 この証拠は、該数値的分類学的解析および化学分類学的データにより与えられた 統計的データと共に、新規なグラム−陽性好アルカリバクテリアの3つの主群を 同定するしっかりした分類を示す。 例2:該1しリテストの理論的評価 例1 (上記の)で得られた見掛は上明確なりラスタ分離の有意性を、同定マト リックス中の分類群間のクラスタの重なりを査定するOVEHMATプログラム を使用して評価できる。このプログラムは、選択された性状状態に対する正の百 分率値から作成された該マトリックスを、臨界的重なり値に対して検証する。こ の検証はセントロイドとクラスタ径(該クラスタの菌株の該セントロイドからの 距離の自乗平均の平方根)の座標により規定されるクラスタを考察することによ り行われる。これらクラスタ間に有意の重なりがあった場合、未知の菌株はその 任意のものに対して十分な確証をもって同定することはできない(スネース(S neath)。 P、)Lんおよびソカル(Sokal)、 [Lえの上記文献、 pp。394 −400)。2.5%という選択された臨界的重なりにれは殆どの研究者により 使用されているものよりも一層厳密な条件であり、これについては例えばプリー スト(Priest) F、G、およびアレクサンダー(Alexander) 、 B、の上記文献、 1988;およびウィリアムス(William)。 S、T、等の上記文献を参照のこと)において、殆どのクラスタ間に有意の重な り(99xの信頼度で)は見られなかった(表15)。1%の臨界的重なり値に おいてさえ、クラスタ2とクラスタ5との間を除き有意のクラスタの重なりは見 られなかった(表16)。これら2種のクラスタは何れもバチルス菌株を表し、 このことは本発明の新規なグラム−陽性好アルカリ細菌の正確な同定に対しては 実際的な意味をもたないと考えられる。 595<90 99 99 例3:同定の信頼度の理論的査定 仮想的メジアン生物体(HMD)は、クラスタ中の「平均的」生物体のもう一つ の推定値である(スネース(Sneath)、 P、H,んおよびソカル(So kal)、 R,R−の上記文献、pp、 195以降)。鷲は真の菌株ではな いが、各性状の最も共通した状態を有する仮想的生物体である。上記![5Tr YPプログラムは該同定マトリックス中の各クラスタに対する閣を算出し、次い でこれらを同定する。換言すれば、MOSTnTは、該クラスタに対する最も典 型的な菌株の同定スコアを算出することにより同定マトリックスを評価するため のプログラムである。良好な同定マトリ・ンクスは亀〔を再度それ自体のクラス タに割り当てる高い確率を与えるはずである。 この解析の結果は極めて満足なものであった。各HMOは、ウィルコックス確率 (Willcox probabilities)(ウィルコックス(Will cox)、 W、R,等、 Journal of General Mier obiology、 1973.77、 pp、 317−330)1.000 でその元のクラスタに再度割り当てられた。これらの分類学的距離は全て低く、 カリ該分類学的距離の標準誤差は全て負であり、このことは抜出0が、クラスタ に対する平均よりも該クラスタのセントロイドにより近接していたことを意味す る(表17)。 1 1.000 0.229 −3.0862 1.000 0.221 −3 .2003 1.000 0.242 −2.2881、000 0.207  −3.0905 1.000 0.251 −2.7016 1.000 0. 177 −2.690を使用して達成される。このプログラムは、%正の性状の 同定マトリックス内で順次各クラスタに対して、未知の菌株に対する存在−不在 データを比較する。同定係数を算出し、即ちウィルコックス確率、分類学的距離 およびその標準誤差を算出する。この結果を表示し、該表示は得られた同定スコ アを最良のクラスタおよび次に最良の2つの別のクラスタに対して示す。更に、 非定型の結果(「逆の性状」)を記録する。真の菌株のデータを使用した解析に おいて、該セントロタイプはウィルコックス確率1.000でその元のクラスタ に再度割り当てられた(表18)。該分類学的距離は低く、一般的には閣と同一 の範囲内にあワた。その標準誤差は全て負であり、このことは、該セントロタイ プがクラスタの平均よりも該クラスタのセントロイドにより近接していたことを 意味する。例外はバチルス基準菌株R3l0であったが、これは+3.0という 十分に許容できる限界内にあった(スネース(Sneath)、 P、)Lんの 上記文献、 1979. pp−195−213)。 クラスタ 菌株 クラスタ ウィルコツ 分類学的 Dの標準への割当 クス確 率 距離(D) 誤差1 3E、l” 1 1.000 0.289 −1.0 882 R3II” 2 1.000 0.273 −0.5843 wN16 ” 3 1.000 0.229 −1.7674 15LN、1cT4 1. 000 0.217 −0.5195 R3l0” 5 1.000 0.42 1 +1.6786 R38eT6 1.000 0.221 −2.468例 5:未知の単離体の同定 この同定マトリックスを、ここで定義した該クラスタに未知のグラム−陽性好ア ルカリ細菌を割当る能力について査定した。上首尾の同定のための基準は以下の 通りであった。 (a)東アフリカソーダ湖と同様な生息地であるが、地理的には別々の生息地か ら単離したバクテリア: (b)分類学的距離に関して0.95よりも大きなおよび小さなウィルコックス 確率およびその標準誤差(<3) ; (C)最良のクラスタに対する同定スコアが次に最良の2つの別のクラスタに対 するスコアよりも有意に大きい; (d)該最良のクラスタの「逆の性状」は0または小さな数であるべきである。 未知の微生物を表14に掲載した最小テストを使用して調べることができる。そ の性状状態を決定し、MATIDIENプログラムを使用して同定スコアを得た 2、−のプログラムは該未知の微生物の性状状態と、予め定めたクラスタの全て に対して決定された同定マトリックスと比較し7、最良の適合を計算し、該未知 の微生物をその最も適したクラスタに割り当てる。 ウィルコックス確率を同定の許容性を決定するために計算した。0.85および 0゜95なるウィルコックス確率が上首尾の同定のための基準として受け入れら れている(ウィリアムス(Williams)、 S、T、等の上記文献、 1 983;ブリースト(Priest)<F、G、およびオースチン(Austi n)、 B、の上記文献、 1988)。該未知の微生物の該クラスタセントロ イドからの分類学的距離を算出し、該クラスタの半径と比較することができる。 この分類学的距離の標準誤差はスネース(Sneath)、 P、 H,A、  (1979゜PP、 195−213)により示唆された上限値(3,0よりも 小さいはずである。更に、物理学的特徴、付随的生化学データおよび化学分類学 マーカーを使用して、特定のクラスタ中の該未知の微生物の同一性を更に確認で きる。 アルカリ耐性酵素の産生並びに用途 本発明の好アルカリ性微生物は種々の酵素を生産する。これらの酵素は、その機 能を極端に高いpHにおいて果たすことができ、従って高いpH3!境または反 応条件における使用に特に適したものとなる。 アルカリ耐性酵素の種々の用途の例は洗浄剤組成物、皮革なめし、食品処理、廃 物処理および繊維工業等である。これらの酵素は、また生物転換、特に純エナン シ3マーの調製においても有用である。 該好アルカリ性細菌は、アペンディックスBに記載の方法を利用して、脂肪分解 、タンパク分解および/または澱粉分解活性を有するアルカリ耐性酵素の産生に つき容易にスクリーニングできる。 好アルカリ性バクテリアを培養するブロスは、典型的には1種以上の型の酵素活 性を有する。lまたは複数の酵素を含む該ブロスは、そこから例えば遠心分離ま たは濾過等の手段によりバクテリアを分離した後、直接所定の工程で使用できる 。 必要ならば、該培養濾液を、透析の前またはその後に凍結乾燥することによりあ るいは限外濾過により濃縮できる。これらの酵素は、また沈殿および濾過により 回収できる。更に、該ブロス中に含まれるlまたは複数の酵素は、所定の工程で 使用する前に、例えばクロマトグラフィ一手段またはゲル電気泳動法により単離 かつ精製することができる。 興味あるアルカリ耐性酵素をコードする遺伝子をクローニングし、かつ該所定の 酵素を純粋なまたは容易に回収できる形状で発現することのできる生物体中で発 現させることが可能である。 一態様においては、該酵素処方物を洗浄テストで使用して、その酵素活性の有効 性を測定することができる。 該好アルカリ性バクテリアからの酵素処方物は、例えばプロティン−1脂質−お よび/または澱粉含有成分で汚れたコツトン小片を使用した、特別に開発された ミニ−ウォッシュテストmini−wash test)でテストできる。この 洗浄テストに先立って、この小片をアニオン性界面活性剤、過硼酸ナトリウムお よび漂白活性剤(TAED)を含有する溶液で前処理することができる。この処 理の後、該テスト用小片を流動する脱イオン水で濯ぎ、風乾する。この処理は該 汚れを固定し、その除去を更に困難なものとする。 この洗浄テストは、該テスト用小片の存在下で、特定の洗浄剤組成物+特定量の 酵素活性成分とを使用して実施できる。洗浄後、該小片を流動する脱イオン水で 濯ぎ、風乾する。このテスト用小片の反射率を光度計で測定する。 以下の実施例は、本発明を更に説明するために与えられるものであり、本発明を 何等制限するものではない。 実施例1:未知単離体の同定 菌株ML207aは、米国力リホルニア州に存在する/\イノく−サIJン、ア ルカ1ノ湖であるモルレーク(Mono Lake)から、1990年5月に採 取した泥および水試料を培地A(アペンディックスA)に塗布することにより単 離したグラム−陽性好アルカリ性バクテIJ7である(シェーバ−(Javer )、 B、、 Hypersaline Envirotueents、 19 89、 pp、 303−305. スブリンガーーフエアラーグ、ベル1ノン およびノ\イデルベルグ)。菌株1a207aは球菌であり、アルカリ栄養寒天 培地(培地A)上で明るG)黄色−橙色の、円形、金縁の凸状コロニーを形成す る。 この菌株ML207aを表14に掲載した22の最小テストを使用して調べた。 性状状態を決定し、同定スコアをMAT IDBNプロティンを使用して得た。 結果を表19iこまとめた。これらの結果は、該最小識別テストからの32の性 状状態の内の22のみを指定したにも拘らず、菌株ML207aの極めて満足な りラスタlへの同定を示した。 0、9997なるウィルコックス確率が算出され、これは設定した限界0.95 よりも(iるかに有意に高い。上首尾の同定のための基準として1よ、0.85 および0.95なるウィルコックス確率が受入れられている(ウィリアムスS、  T、等の上記文献、 1983゜プリーストF、 G、およびオースチンB、 の上記文献、 1988)。0.423と0う該クラスタのセントロイドからの 分類学的距離は許容できるものであり、0.539(99%レベル)に規定した 該クラスタ半径内にある。2.076の該分類学的距離の標準誤差Itスネース P、!Lん(上記文献、1979. pp、 195−213)をこより示唆さ れた上限値+3.0よりも小さい。更に、菌株ML207aの球菌状の細胞およ び黄色−橙のコロニー色(よ、同様にクラスタ1の諸特徴(表13)と一致する 。 [lO] ゼラチン n、t、 99 1[14] フマレート 20 1 [15] フルクトース 60 1 [19] ガラクトース + 20 1[241N−アセチルグルコ−125 スアミン [271D−サッカロース l 1 [281マルトース 2025 [32] アセテート 2075 [36] D−グルコース 2025 [371サリシン l 25 [38] D−メリビオース 1 1 [42] プロピオネート 1 75 [44] バレレート 2050 [48] グリコーゲン 1 1 [50] L−セリン + 40 1 [63] キモトリプシン + 4025[70] β−グルコシダーゼ 20  1[74] セリン ÷ 1 75 [7月 アルギニン n、 t、 1 99[80] メチオニン L t、  1 99[90] ペニシリンG+ 99 50[941メチシリン + 99 99 [96] ストレプトマイシン + 4075[97] テトラサイクリン 8 099[105]バシトラシン + 9999[112] N−アセチル−D− グル n、t、 40 1コースアミン [116]セロビオース n、t、1 1[137]ツラノース n、t、 4 0 1[139]メチルピルベートn、 t、 60 99[1401モノーメ チルサク n、t、 40 99シネート [192]チミジン n、t、 80 50[197]グリセロール +u、  80 25n、t、=テストせず。 表19:(続き) ・単、IIML207aの最良同定はクラスタ10・係数のスコア:l (ウィ ルコックス確率)、2(分類学的距離)、3扮類学的距離の標準誤差) クラスタl O,99970,4232,076クラスタ2 0.261 Xl 0−sQ、500 5.55クラスタ3 0.40 xlO−’ 0.540  6.60逆性状 クラスタ1 分類群中の% 未知菌株中の値 [19] ガラクトース 20+ [741セリン l + [97] テトラサイクリン 80− クラスタ4からクラスタ1を分離するのに役立つ付随的性状クラスタ1−>クラ スタ4 % % [lO] ゼラチン 99 1 [801メチオニン 199 カリpHにて平衡させた培地中でタンパク分解酵素の産生につきテストした。こ れらの実験はバッフルを備えた21の振盪フラスコ内で実施した。各フラスコは 400m1の培地Sを含んでいた。この培地Sはg/l単位で表した以下の如き 組成を有する:新鮮な酵母8.25.グルー1−Xl、32; KtHX 1. 6; CaC1t O,05; Mg5Oa −70t00.05; FeSO 40,005; MnSO40,0066; NaC140,0,この培地を1 21 ’Cにて20分間滅菌し、無菌40%Na tCox溶液〕Hを1O15 に調節した。これらのフラスコを28Orpm+で回転するオービタル(orb ital)インキュベータ内で、37℃の一定温度に維持した。培養培地の試料 を0〜5.7日の間隔で該フラスコから取り出して、酵素含有率を測定し、これ を米国特許第4.002.572号に記載された如(アルカリデルフト単位(A lkaltne Delft Units: ADU)で表示した。 表20は、酵素レベルの測定を実施した時点における該培養培地中の酵素収率お よび該培地のpHを示す。 採取 ADOADU ADOADU ADO旦−/ml pH々l l)H々L 且 渾−1)H匠」Lo 010.5 Q 10.5 0 10.5 0 10 .5 0 10.51 137 9.5 2 10 16 10 0 !0.5  2 102 2 9.51810 010 9 5810.5 5 10 14 10 5 10 3 10このテストの結 果は、アペンディックスEに示した結果と共に、明らかに本発明の好アルカリ性 バクテリアにより培養ブロス中で生成されたタンパク分解酵素の存在を示してい る。 実施例3:タンパク分解酵素を使用した洗浄能力テスト該好アルカリ性バクテリ アからの酵素処方物をミルク、血液およびインキで汚染させた小片(スイス、セ ントガレンのEMPAから入手)を使用して、特別に開発したミニ−ウォッシュ テストによりテストした。2種の型の織物、即ち100%綿(EMPA 116 と命名されたもの)およびポリエステル(35%)/綿(64℃%XEMPA  117と命名)をテストした。これらのテスト小片を前処理(「予備酸化」)と 共にまたは該前処理なしに該ミニ−ウォッシュテストにかけた。この前処理は、 アニオン性界面活性剤、過硼酸ナトリウムおよび漂白活性化剤(TABD)を含 む溶液内に該小片を入れ、周囲温度にて15分間攪拌することからなる。この処 理の後、該テスト小片を流動する脱イオン水で濯ぎ、風乾した。この処理は残留 する汚れの固定化をもたらす。 この洗浄テストは、特定の洗浄剤組成物30m1+テストすべきプロテアーゼ3 00ADO(米国特許第4.002.572号で使用されたアルカリンデルフト 単位)を含む、ノくッフルを備えた100 i+1の三角フラスコ中で実施した 。各フラスコには2個のF31PAテスト小片を入れた。これらのフラスコを往 復動振盪水浴(2cmストローク)中に入れ、200rpmにて攪拌した。この テストは40℃にて30分間行った。洗浄後、該小片を流動する脱イオン水で1 0分間濯ぎ、風乾した。該テスト小片の両側の反射率を、緑色フィルタを備えた 光電池光度計(モデル577)で、波長680rLmにて測定した。 欧州型粉末洗剤中での、数種の好アルカリ性バクテリア培養物の上澄画分の洗浄 性能を上で特定した方法に従って測定した。該上澄画分は限外濾過により濃縮し くミリポアCXアジテータ(Millipore CX Ag1tator)ま たはアミコン(Amicon) R^2000スパイラル限外濾過器)、少な( とも300 ADU/mlで酵素を含む処方物を製造した。 100 ml三角フラスコを、15°ドイツ硬度の標準的な水道水に溶解した粉 末洗剤IECで満たして、標準的水道水中の最終濃度4g/IまたはIEC(3 ,2g/l )十過硼酸ナトリウム(0,74g/I)およrJTAED(0, 6g/l )とした。 該粉末洗剤IECの組成は以下の通りである。 成分 量(wt%) 線状ナトリウムアルキルベンゼンスルホネート6.4エトキシル化タローアルコ ール 2・3ナトリウム石鹸 2.8 トリポリリン酸ナトリウム 35.0 珪酸ナトリウム 6.0 珪酸マグネシウム 1.5 カルボキシメチルセルロース 1.O 硫酸ナトリウム 16.8 その他の成分十水 100まで 標準的水道水は脱イオン水中に0.291 g/lのCaC1g −2H1O, 0,140g/lのMgC1−6H,Oおよび0.210gハのNaHCOsを 含む。 各フラスコに、2個のテストEMPA小片を添加し、かつ最終活性を300AD Uとするのに十分な量の酵素−含有処方物を添加した。この石鹸水の最終的な体 積は30m1であった。比較のために、1つのフラスコは酵素処方物を含まず、 これを滅菌バクテリア培養培地で置換した。結果を以下の表21および22に示 す。 対 酵素処 改善性 対 酵素処 改善性小片 照 刀物 (x) 照 刀物  (%)EMPA 116 22.7 34.3 51.0HMPA 116 ( 酸化) 12.5 12.9 3.2 12.0 12.7 5.8HMPA1 17 20.2 411 138.2鵬ツ^117(酸化) 12.8 14. 5 13.3 13.0 13.1 1.0轟荏:応用:洗浄試験:好アルカリ バクテリア81LN、4からのタンパク分解酵素対 酵素処 改善性 対 酵素 処 改善性小片 照 万物 (%) 照 万物 (%)EMPA 116 20 .3 25.9 27.9gMPA 116 (酸化) 11.4 13.7  19.7蒼^117 18.8 31.1 65.22BMPA 117 (酸 化) 12゜4 13、o5,3これらの試験の結果は、本発明の菌株により生 産されたタンパク分解酵素の洗浄剤組成物中での有効性を立証しており、改善さ れl;洗浄性能が得られた。 実施例4:澱粉分解酵素の産生 3種の好アルカリ菌株(60B、 4、d12およびwN16)を、アルカリp Hにて平衡化させた澱粉を含む培地上で、澱粉分解酵素の産主につきテストした 。 これらの実験は10m1のアルカリ培地Yを充填した沸騰管(2g20cm)中 で実施した。培地Yは脱イオン水ll当たりのg数で表した以下の組成を有して いた。即ち、酵母抽出物(ディフ:y(Dirco)) 1.0; KNOs  10.0; DtPO< 1.0: Mg5O,−7H,00,2; NayC Os 10.0; NaC140,0;可溶性澱粉(メルク(Merck))  20.0.鉄管に、37℃にて培地A(アペンディックスA参照)上T−24時 間成長させた細胞を接種(5%)した。対照として、同様な澱粉を含まないアル カリ培地を充填した管にも接種した。 これら管を28Orpmで回転させたオービタル(orbital)振盪インキ ュベータ中に、37℃の一定温度にて72時間入れた。該酵素を含有する流体を 、4000 rInにて10分間遠心処理することにより該細胞から分離した。 上澄画分の酵素活性を、ワックス状のトウモロコシ澱粉からグルコースとして遊 離される還元糖を測定し、レーバー(Lever)、 t (Biochem、  Med、、 1973. 7゜1)I)、 274−281)の方法に基く方 法を利用して、p−ヒドロキシ安息香酸ヒドラジドにより定量することによりア ッセイした。この反応混合物(1,0m1)は、pntoのO,1M炭酸ナトリ ウムバッファーおよび酵素−含有上澄(0,1m+1)中に懸濁した0、25% (W/V)のワックス状のトウモロコシ澱粉を含んでいた。これらのアッセイは 25℃にて30分間実施し、該反応を3mlのp−ヒドロキシ安息香酸ヒドラジ ド試薬を添加することにより停止させた。5分間の沸騰後、分光光度計で410 nmにおける吸収率を測定した。該還元糖は標準カーブからグルコース等個物と して測定した。 111位の澱粉分解酵素活性を、I)HIOおよび25℃において1分当たりか つ1ml当たり遊離されるグルコースとして測定された還元糖lugと定義する 。 得られた澱粉分解酵素単位数を表23に示す。 表23:澱粉分解酵素の産生 酵素単位/l 培地Y Mll&60B、 4 a株−1271M株−16+澱粉 33,33 3 9.088 6.158澱粉添加なし 404 140 246アペンデイ ツクスEに示した結果と共に、該テストの結果は明らかに本発明の好アルカリ性 バクテリアにより生産された澱粉分解酵素の存在を示している。 実施例5:洗浄剤中での澱粉分解酵素の安定性菌株60E4およびwN12から の澱粉分解酵素の洗浄剤に対する抵抗能(これは織物の糊抜きでの応用について 本質的なものである)を立証する。 バッフルを備えた100m1の三角フラスコを、各々0.12gのドデシル硫酸 ナトリウム(4g/lに等しい)を含twH10,1の0. IM kxωa/ NaHQ)sバー) 77−30m1で満たした。これらフラスコの半分に0. 3gのジャガイモ澱粉(1%に等しい)を添加した。 各フラスコをテスト菌株からの酵素−含有上澄を0.5.1.0または2.0m l添加することにより該酵素投与した(表24参照)。対照として、該上澄液を 1.On+1の水で置換した。該酵素の添加直後に、0.1mlの試料を取り出 しく時間0)、p−ヒドロキシ安息香酸ヒドラジド法を使用して酵素活性を測定 した。 これらのフラスコを振盪しつつ、25℃にて2.5時間インキュベートし、この 時点において第二の試料0.1mlを取り出し、酵素活性を測定した。 験を繰り返した。 酵素活性は還元糖法を利用して測定し、上記のp−ヒドロキシ安息香酸ヒドラジ ド法により定量した。 結果を以下の表24に示す。 SOS+澱粉 00 じ 60B4 0.5 SDS十澱粉 〈1321、OSDS+澱粉 1377 SDS+澱粉 36 132 2.0 66B4 0.5 SDS十澱粉 3331.0 SOS+澱粉 665 2、OSDS十澱粉 13 119 標準9) SDS 27 27 標準9) SDS+澱粉 2948 零: 1mlの水で置換。 9 ) 250 TAUマキサミルアミラーゼ(l TAU、即ちサーモフィル アミラーゼ単位は、pH6,6および30℃にて、1分当たり1■の澱粉を生成 物に転化する酵素の量として定義され、該生成物はヨウ素と反応させた場合に、 100 mlの脱イオン水中に25gのGoCI ・6)1gO,3,84gの KtCrtOtおよび1mlのHCIを含有する溶液と等しい620uにおける 吸収率をもつものである。 このテストの結果は、洗浄剤の存在下で、本発明の好アルカリ性酵素により生産 された澱粉分解酵素の安定性を明らかに示している。 グルコース 10.0 gl −’ ペプトン(ディフコ:米国、Ml州、デトロイト) 5.0g1−’酵母抽出液 (ディフコ) 5.0gピ1KtHPO41,Ogl −’ MgSO4自THt0 0.2 gl −’NaC140,0gl −’ NatCOs io、o gl −’ * 寒天 20.0 gl −’ *:(固体培地が必要とされる場合) 培地B グルコース 10.0 gl −’ ペプトン(ディフコ) 5.0 gl −’酵母抽出液(ディフコ) 5.0g 1−’に2)lP041.0 gl −’ bso、・yHto 0.2 gl −’FJaC140,0gl −’ Hat(XJs 10.Ogl −’ ラクトアルブミン io、o gt −’寒天 20.0 gl −’ グルコース 10.0 gl −’ ペプトン(ディフコ) 5.0gl” 酵母抽出液(ディフコ) 5.0gl”KJ類 1.0 gl ” Mg5Oa ’ 7Ht0 0.2 gl −’NaC140,Ogl −’ Na、Co、 10.0 gl −’ カゼイン 20.0g1−寡 寒天 20.0 gl ” 培地り 可溶性澱粉 10.0 gl ” ペプトン(ディフコ) 5.0g1−’酵母抽出液(ディフコ) 5.0g1− ’KIHPO41,Ogl −’ Mg5Oa −7HtOo、2 gl −’NaCl 40.Ogl −’ NatcOs io、 Ogl −’ ラクトアルブミン 10.0 gl −’寒天 20、Ogl −’ 培地E 可溶性澱粉 10.0 gl −’ ペプトン(ディフコ) 5.0g1−’酵母抽出液(ディフコ) 5.0gl” KtIfPO41,0gl −’ MgSO4・7Ht0 0・2 gl −’NaCl 40.Ogl ” NatCOs IQ、Ogl −’ カゼイン 20.0 gl −’ 寒天 20、o gl −を 培地F オクスビル(Oxbile:オキソイド(Oxoid) 、英国、ベーシン 1 0.0 gl −’ゲストーク (NH*)zsO45,Ogl −’ Mg5o4・7H*0 0.2 gl −’酵母抽出液(ディフコ) 0.5g l”ラクトアルブミン 1θ、Ogl −’寒天 20.0 gl −’ 50%NatCOs溶液によりpHs、 sニ調製。 培地G オクスビル(Oxbile) 10.0 gl −’(NH4)tsO45,0 gl ” MgSO4’ 7Hz0 0.2 gl −’酵母抽出液(ディフコ) 0.5 g1−’カゼイン 20.0 gl −’ 寒天 20.0 gl −’ so% PaatCOs溶液によりpH8,5に調製。 バクテリアの懸濁液をアルカリ栄養寒天培地(培地A)上に展開し、37℃で培 養した。コロニーを48時間後に調べた。 23 性状局、6および7:細胞形態、グラム菌株反応アルカリ栄養ブロス培地 (培地A、寒天を含まず)中で24時間成長させたlくクチリア細胞を遠心分離 機内で沈降させ、少量のアルカリ栄養ブロス中に再懸濁させ、顕微鏡スライド上 で風乾した。あるいは、バクテリアをアルカリ栄養寒天培地(培地A)上で24 −48時間培養してコロニーを形成させた。該ノくクチリアコロニーを生理塩水 中に懸濁し、その数滴を顕微鏡スライド上で風乾した。対比染色としてサフラニ ンを使用し、ドユソールト(Dussaul t )の改良法(ドユソールト( Dで実施した。 3、性状No、8ニオキシダ一ゼ反応性N、 N、 N’ 、 N’−テトラメ チル−p−フェニレンジアミンの1%水性溶液で湿潤させた濾紙またはオキシダ ーゼ同定ディスク(バイオメリュ−(bioMerieux);フランス国シャ ルポニエールーレーパン)に、アルカリ栄養寒天培地からの未成熟のノくクチリ アを塗り付けた。正反応としては、1分以内に紫色が記録された。対照としてこ のテストは診断テストストリップバクチデント(Baetident;商標)ア ミノペプチダーゼ(13,メルク(Merck)、ドイツ、ダルムシュタート) を使用して実施した。正反応としては、30分以内に黄色が記録された。 5、性抛o、10:ゼラチン加水分解 チャーコール−ゼラチンディスク(バイオメリュー(bioMerfeux)) または「チャーゲル(chargels);オキソイド(Oxoid))をアル カリ栄養ブロス培地(培地A)中でバクテリアと共に37℃にてインキュベート した。正反応では、黒色の沈殿物の形成を示した。 6、性no、 11 ニスキンミルクテスト以下の成分(蒸留水1i!中のg数 で表示):酵母抽出液1.0; KNls 10.0; KtHPO41、Q;  MgSO4−7H100,2; hcl 40.0; NatCOs to、 o;寒天20.0を含有する最小培地に、オートクレーブ処理により滅菌したス キンミルク粉末5.0g/lを補充し、ベトリ皿に注入した。バクテリアを接種 し、37℃にてインキュベートした。バクテリアコロニーの回りの透明な寒天領 域(それ以外は不透明)の存在を正反応として記録した。 非好アルカリ性の参考菌株を、同一の組成をもつが、pHを6.8−7.0とす るためにNa2COsを含まない培地を使用して、同様な方法でテストした。 7、性淵o、 12 : NaC1耐性2つの方法を適用した。 (a)0%、4%、8%、12%または15%(胃/V)のNaClを含むアル カリ栄養寒天培地(培地A)上で37℃にてバクテリア菌株を培養した。これら の寒天プレートを48時間後にバクテリアの成育につき調べた。 (b) 0%、4x、8%、12% 、 15% t、り1f25%(w/v) ノNaclヲ含ムフルカ+)栄養1aス培地(培地A)中で、37℃にてバクテ リア菌株を培養した。0.12.24.48.72および144時間に、クレッ トメーター(Klett meter:緑色フィルタ装備)を使用して光学密度 測定によりバクテリア成長を監視した。 8、性秋漬o、13:最低成育1)H pH6,8−7,0の栄養寒天培地(培地A、 NatcOsを含まない)を方 形のペトリ皿に注いだ。固化した寒天のストリップ←端から取り出し、3.6X (w/v)のNatCOsおよび0.8%(W/V)のNaOHを含む4%(W /V)溶融寒天で置換した。該プレートを横切るpH1O,5からpH7までの pH勾配を一夜に渡り適用した。バクテリアを該pH勾配に沿って画線接種法に より接種し、37℃にて48時間培養した。バクテリアの成長が停止した点にお けるpHを、フラットヘッド電極および「アルカライト(Alkalite)J pHストリップ(メルク(!Aerck):ドイツダルムシュタット)で測定し た。 9、 性no、 14〜22:炭水化物の利用以下の成分(蒸留水11中のg数 で表示):酵母抽出液1.0; KNos to、o; Kt)[POa 1. 0: Mg5(L・7Ht00.2; NaCl 40.0; NatCOs  lO,Q;寒天20.0を含有する最小培地に、テストすべき炭水化物2.0g /lを補充し、方形のペトリ皿に注いだ。アルカリ栄養ブロス培地(培地A)中 で48時間培養したバクテリア懸濁液1.Omlから25ポイントのマルチポイ ント接種装置を使用してバクテリアを接種した。該寒天プレートを37℃にて4 8時間インキュベートした。結果を、テストすべき炭水化物を含まない最小培地 上での成長と、炭水化物を補充した最小栄養培地上での成長とを比較することに より記録した。 非好アルカリ性の参考菌株を、同一の組成をもつが、pHを6.8−7.0とす るためにNa、CD、を含まない培地を使用して、同様な方法でテストした。 10、性aNo、 23〜54 :炭素基質上での成長市販品として入手できる テストストリップATB 32 GN(API−/<イオメリx (bi。 Merieux):フランス国、ラバルムレグロット)を使用した。該ストリッ プは製造業者の指示に従って使用したが、与えられた基本培地のバイアルに、4 %のNaC1および1%のNa x COsを含む溶液1mlを添加した。該ス トリップを37℃にて48時間イン非好アルカリ性の参考菌株を該標準的な基本 培地中でインキュベートした。 11、性ao、ss〜73:酵素活性 市販品として入手できるテストストリップAPIZYM(API−バイオメリュ ー(biOMerieux))を使用した。該ストリップは製造業者の指示に従 って使用したが、好アルカリ性バクテリア細胞をアルカリ栄養ブロス培地(培地 A)中に懸濁した。該ストリップを37℃にて24時間インキュベートした。 12、性tAIo、 74〜83 :炭素および窒素源としてのアミノ酸テスト 14−21と同様の技術を利用した。但し、最小栄養培地か6曙0.を除去した 。 (培地A)の表面に展開し、乾燥させた。市販品として入手できる抗生物質感受 性テストディスク(オキソイド(Oxoid)またはマストラボラトリーズ(M ast Lab。 ratories):英国、マーセイダイド)を該寒天表面上に適用した。バク テリアを37℃にて48時間培養した。該抗生物質ディスクの回りの透明な領域 で感受性が示される。 14、性撚o、 106〜200:バイオロッグ(Biolog) GN装置市 販品として入手できるバクテリア同定装置、GNマイクロプレート(Micro platesX商標)(バイオロッグ社、米国、カリホルニア州、ヘイワード) を使用したがこれは95種の炭素源の利用反応の実施を可能とする。該プレート を製造業者の指示に従って使用した。但し、好アルカリ性バクテリアを、NaC 140,0およびKNo。 10(g/l単位)を含み、40%(w/v)+7)NatCOs溶液″c′p Hを8.5〜!01:調製し、濾過により滅菌した流体中に懸濁した。これらの バクテリア細胞懸濁液を、モデル900−3クレツトーサマージン(Klett −3ummerson)光電比色計(緑色フィルタ装備)上で光学密度5o−t oo単位(マツクファーランド(MacFarland)スケールでほぼ2に等 しい)に調節した。これらのプレートにバクテリアを接種し、かつ湿潤チャンバ ー内で37℃にてインキュベートした。該プレートを6および24時間において 読み取り、結果を肉眼観察およびマイクロプレートリーダー(アンソス(Ant hos)モデル2001(620tugで)またはダイナチック(Dynate ch)モデルMR600(570nm))により記録した。 て培養しまた他の全ての菌株は37℃にて培養した。 アペンディックスC:数値的分類法による解析のための単位テストI、コロニー の色 白 =1 使用せず黄色 ・4 橙色 ・5 ピンク ;6 褐色 =7 赤 =8 2、コロニー形状 円形 :l 使用せず不夫費J1リ =2 点状 ・3 3、コロニー隆起 凸状 =1 使用せず隆起 =2 突起状 :3 平坦 ;4 4、コロニー縁部 金縁 =1 使用せず波状 =2 裂片状 =3 6、細胞形態 棒状 ;l=0 球状桿菌 =1;0 球菌 ・2 =1 7、グラム−染色性 正 ・l =0 負 =2=1 8、オキシダーゼ反応性 正 =1=0負 =2=1 9、アミノペプチダーゼ反応性 正 =1 =0負 =2=1 10、ゼラチン加水分解 正 =1=0負 =2 =1 11、 スキンミルクテスト 正 =l:0負 =2=1 12、NaC1耐性 0−4%で成育 =1 使用せず0−8xで成育 =2 0−12%で成育 =3 0−15%で成育 =4 0xでのみ成育 =5 4−15%でのみ成育 +6 13、栄養寒天上での最低 pH7,0=7 使用せず成育pHpH7,5=  7.5 pH8,0=8 pFl s、s = 8.5 pH9,0=9 pH9,5= 9.5 pH10、o=i。 14.7マレート 増強された成長 =2=115、フルクトース 成長に変化 なし =1=O16、サクシネート 阻害された成長 =0 =017、 ホル メート 18、ラクトース 19、ガラクトース 20、キシロース 21、ピルベート 二犯!見−一一−−一−−−一一−−一−−□−24、N−アセチルグルコース アミン 25、D−リポース 26、イノシトール 27、D−サッカロース 正 81 2028、マルトース 負 =2=1 29、イタコネート 33、 DL−ラクテート 36、D−グルコース 37、サリシン 38、D−メリビオース 39、L−フコース 40、D−ソルビトール 41、 L−アラビノース 42、プロピオネート 46、ヒスチジン 47.5−ケトグルコネート 48、グリコーゲン 49.3〜ヒドロキシベンゾネート 50、L−リジン 51.2〜ケトグルコネート 52.3−ヒドロキシブチレート 53.4−ヒドロキシベンゾエート 55、アルカリホスファターゼ 56、エステラーゼ(C4) 57、エステラーゼ:リパーゼ(C8)58、リパーゼ(C14) 59、ロイシンアリールアミダーゼ 60、バリンアリールアミダーゼ 61、 シスチンアリールアミダーゼ 62、トリプシン 正 =1 =0 63、キモトリプシン 負 =2 ・164、アシッドホスファターゼ 65、ナフトール−AS−Bl−ホスホヒドロラーゼ66、α−ガラクトシダー ゼ 67、β−ガラクトシダーゼ 68、β−グルクロニダーゼ 69、α−グルコシダーゼ 70、β−グルコシダーゼ 71、N−アセチル−β−グルコサミニダーゼ72、α−マンノシダーゼ 73、α−フコシダーゼ 74−83炭素源および窒素源としてのアミノ酸74、セリン 75、プロリン 76、アスパラギン 77、フルギニン 増強された成長 ;2=178、アラニン 成長に変化なし  =1=079、リジン 阻害された成長 =0 ・084−105 抗生物質 感受性 84、ゲンタマイシン 108g 85、ニトロフラントイン 50μg 86、アンピシリン 25μg 87、ナリジキシン酸 30μg 88、サルファメトキサゾール 50μg89、トリメトプリム 2.5μg 90、ペニシリンに i tu 91、クロラムフェニコール 25μg92、エリスロマイシン 5μg 抗生 物質感受性93、フシジン酸 toB 成長阻害 ・2 ・194、メチシリン  10μg 抗生物質感受性95、ノボビオシン 5μg 成長阻害なし=1; 096、ストレプトマイシン lOμg 97、テトラサイクリン 25μg 98、サルファフラジール 100μg99゜オレアンドマイシン 5μg 100、ポリミキシン 3001U 101、リファンピシン 2μg 102、ネオマイシン 30μg 103、パイコマイシン 30μg 104、カンマイシン 30μg I05.バシトラシン +010 106−200バイオログ(Biolog) GN系106、α−シクロデキス トリン 107、デキストリン +08.グリコーゲン 109、ツイーン(Tween) 40110、 ツイーン80 Ill、 N−アセチル−D−ガラクトースアミン112、 N−アセチル−D −グルコサミン113、アドニトール 114、 L〜アラビノース 115、0−アラビトール 116、セロビオース 117、t−エリスリトール 118、0−フルクトース 119、 L−フコース 120、0−ガラクトース 121、ゲンチオビオース 負 =l:0122、α−D−グルコース 正 = 2;1123、 m−イノシトール 弱い正 ;3=l124、α−ラクトース 125、ラクツロース 126、マルトース 127、D−マニトール 128、0−マンノース 129、0−メリビオース 130、β−メチルグルコシド 131、ブシコース 132、0−ラフィノース 133. L−ラムノース 134、 D−ソルビトール 135、スクロース 136、 D−トレハロース 137、ツラノース 138、キシリトール 139、メチルピルベート 140、七ノーメチルサクシネート 141、酢酸 142、 cis−アコニツト酸 143、クエン酸 144、蟻酸 145、 D−ガラクトン酸ラクトン 146、0−ガラクツロン酸 147、 D−グルコン酸 148、0−グルコサミン酸 149、0−グルクロン酸 150、α−ヒドロキシ酪酸 151、β−ヒドロキシ酪酸 152、γ−ヒドロキシ酪酸 153、 p−ヒドロキシフェニル酢酸154、イタコン酸 155、α−ケト酪酸 156、α−ケトグルタル酸 157、α−ケトバレリン酸 15g、 DL−乳酸 159、マロン酸 160、プロピオン酸 161、キナ酸 162、0−糖酸 163、セバシン酸 164、コハク酸 165、プロモーコハク酸 166、サクシンアミド酸 167、グルクロンアミド 168、アラニンアミド 169、 D−アラニン 170、 L−アラニン 171、 L−アラニルグリシン 172、 L−アスパラギン 173、 L−アスパラギン酸 174、 L−グルタミン酸 175、グリシル−し−アスパラギン酸176、グリシル−し−グルタミン酸 17?、 L−ヒスチジン 178、ヒドロキシし一プロリン 179、 L−ロイシン 180、 L−オルニチン ist、 t−フェニルアラニン 182、 L−プロリン 183、 L−ピログルタミン酸 184、0−セリン 185、 L−セリン 186、 L−スレオニン 187、 DL−カルニチン 188、γ−アミノ酪酸 189、ウロカニン酸 190、イノシン 191、ウリジン 192、チミジン 193、フェニルエチルアミン 194、プトレッシン 195、2−アミノエタノール 196、2.3−ブタンジオール 197、グリセロール 198、 DL−α−グリセロールホスフェート199、グルコース−1−ホス フェート200、グルコース−6−ホスフェート[61細胞形態 60 0 0  0 0 0[7]グラム−染色 100 100 100 100 100  100[81才キシダーゼ反応 20 60 0 25 83 75
〔9〕アミ ノペプチダーゼ 40 0 0 25 0 0[lO]ゼラチン 100 10 0 100 0 100 100川]スキンミルク 20 60 50 0 4 0 25[14]フマレート 20 20 75 0 83 50[151フル クトース 60 80 75 0 83 100【16]サクシネート 60  20 100 50 50 75[171ホルメート 00250025[1g ]ラクトース 0 20 0 0 17 0[191ガラクトース 20 20 100 0 17 0[20]キシロース 0 40 0 0 17 25[2 1〕 ピルベート 40 40 75 0 50 50[22]澱粉 80 1 00 75 75 100 100[23]ラムノース 20 20 0 Q  17 75[24] N−アセチルグルコース 0 20 50 25 100  100アミン [25] D−リボース 0 20 25 0 67 75[261イノシトー ル 20 40 25 0 33 75[27] D−サッカロース 0 80  25 0 100 100[28]マルトース 20 100 0 25 1 00 100[29]イタコネート 0 20 0 0 0 0[30]スベレ ート40 20 0 0 50 50[31]マロネート 60 20 0 2 5 67 25[32]アセテート20 40 0 75 100 100[3 3] DL−ラクテート60 40 25 25 83 100[34] L− アラニン 20 20 0 25 83 50[351マニトール 20 60  25 Q 83 100[36] D−グルコース 20 80 0 25  100 100[37]サリシン 0 100 50 25 67 100[3 8] D−メリビオース 0 40 0 0 50 100[39] L−フコ ース 0 20 0 0 0 25[40] D−ソルビトール 20 20  25 0 1? 75[411L−アラビノース 0 20 0 0 5θ 7 5[42]プロピオネート 0 0 0 75 83 100[43]カプレー ト o o o o so s。 [44]バレレー) 20 0 0 50 83 50[45] シトレート  20 20 0 25 83 100[461ヒスチジン 0 0 0 25  50 0[4715−ケトグルコネート 0 0 0 0 17 50[48] グリコーゲン 0 80 0 0 100 100[49] 3−ヒドロキシベ ンゾエート 20 0 0 0 0 0[501L−リジン 40 0 25  0 17 100[5112−ケトグルコネート 20 20 0 0 67  75[52] 3−ヒドロキシブチレート 0 40 0 50 67 75[ 53] 4−ヒドロキシベンゾエート 20 20 0 0 0 0[54]  L−プロリン 40 40 Q 25 83 100[551アルカリホスフア ターゼ 80 100 100 100 83 100[56Jエステラーゼ( C4) 100 100 100 100 100 100[57]エステラー ゼ;リパーゼ(C8) 100 100 100 100 100 100[5 8]リパーゼ(C14) 0 20 0 50 0 0[59Jロイシンアリー ルアミダーゼ 40 80 100 100 33 100[60]バリンアリ ールアミダーゼ 20 20 50 75 0 0[617シスチンアリールア ミダーゼ θ 0 25 50 17 0〔62〕トリプシン 20 0 50  25 0 75L63〕キモトリプシン 40 20 75 25 100  0[64]アシツドホスフアターゼ 100 60 100 100 100  100[65]ナフトール−AS−BI−ホスホ 20 60 50 50 5 0 100ヒドロラーゼ [66]α−ガラクトシダーゼ 20 60 25 0 17 100[671 β−ガラクトシダーゼ 40 20 25 0 50 100[68Jβ−グル クロニダーゼ 20 20 0 0 17 100[69]α−グルコシダーゼ  100 80 75 100 83 100[70〕β−グルコシダーゼ 2 0 100 100 0 33 100[711N−アセチル−β−ゲルコサ  20 20 0 0 0 75ミニダーゼ C721α−マンノシダーゼ Q 40 25 θ 0 75[73]α−フコ シダーゼ o oo o o 。 C74〕セリン 0 100 0 75 50 0[75]プロリン 80 8 0 100 100 83 0[761アスパラギン 60 40 100 1 00 50 0[77]アルギニン 0 40 100 100 33 0[7 8]アラニン 40 40 25 75 33 50〔79]リジン 20 6 0 50 75 50 25[80]メチオニン 0 100 nc 100  33 25[81]フエニルアラニン 80 60 100 100 50 2 5[82]グリシン 20 60 0100 33 0[83]バリン 0 6 0 25100 17 0[84Jゲンタマイシン 60 0 50 50 5 0 25[85]ニトロフラントイン 50 20 0 50 0 0[861 アンピシリン 80 100 0 100 100 25[87]ナリジキシン 酸 0 20 0 0 0 0〔88コサルフアメトキサゾール o o oo  o 。 [89]トリメトプリム 25 0 25 50 83 50[90]ペニシリ ンG 100 60 0 50 83 0[91]クロラムフエニコール go  so too too 100 75〔92〕エリスロマイシン 100 1 00 100 100 100 25[93]フシジン酸 ioo too s o too 100 75[941メチシリン 100 100 0 100  ioo 25(95]ノボビオシン 0 25 0 0 0 25[96]スト レプトマイシン 40 80 50 75 67 0[97Jテトラサイクリン  80 60 0 100 100 25[98]サルフア7ラゾール 25  25 nc 100 33 25F99]オレアンドマイシン 100 100  100 100 83 0[1001ポリミキシン 40 20 0 0 0  0[1011リフアンピシン ioo ioo ioo too too t o。 [1021ネオマイシン 00050170[103]バイコマイシン 100  80 100 100 100 50[104]カンマイシン 0 0 0  0 17 0[105]バシトラシン 100 100 100 100 83  0[1061α−シクロデキストリン 0 20 25 100 17 25 [107]デキストリン 100 60 75 75 100 75[1(18 ]グリコーゲン 60 11i(+ 50 75 83 75[109]ツイー ン(Tween)40 0 0 0100 0 0[1101ツイーン80 0 007500[1111N−アセチル−D−ガラクト−o o oo o 。 スアミン [112] N−アセチル−D−グルコサミン 40 40 100 0 50  50[113]アドニトール 0 20 50 0 0 0[114] L− アラビノース 0 20 50 0 17 0[115] D−アラビトール  o o oo o 。 [116]セロビオース 0 40 100 0 50 0[117] i−エ リスリトール 00255000[118] D−フルクトース 100 10 0 100 100 100 100[119] L−フコース Q 60 5 0 25 33 75[1201D−ガラクトース 20 Q 50 0 17  25[121]ゲンチオビオース 40 60 100 25 67 100 E1221α−D−グルコース 100 100 100 100 83 10 0[123] m−イノシトール 0 0 50 0 33 100[124] α−ラクトース 0 0 0 0 17 0[125]ラクツロ〜ス o o  oo o 。 [126]マルトース 100 100 100 50 100 100[12 7] D−マニトール 0 40 50 0 33 50[128] D−マン ノース 100 100 100 25 100 100[129] D−メリ ビオース o o oo o 。 [1301β−メチルグルコシド 0 40 75 0 33 0[131]プ シコース 80 80 50 50 83 100[132] D−ラフィノー ス o o oo o 。 [133] L−ラムノース o o so o o 。 C134] D−ソルビトール 60. 5(175083100[135]ス クロース 100 80 100 25 83 50[1381D−)レバロー ス 100 100 100 0 100 100[137]ツラノース 40  80 25 0 100 100[138]キシリトール 0 20 0 0  0 0[139]メチルピルベート60 80 0100 33 75[14 0]モノ−メチルサクシネート 40 20 0100 0 0[141]酢酸  100 60 25 75 50 75[142] cis−アコニット酸  0 0 0 0 0 0[143]クエン酸 o o oo o 。 [144]蟻酸 o o oo o 。 [145] D−ガラクトン酸ラクトン 0 0 25 0 0 0[146]  D−ガラクツロン酸 o o oo o 。 [147] D−グルコン酸 0 0 50 0 0 0[148] D−グル コサミン酸 o o so o o 。 [149] D−グルクロン酸 o o oo o 。 [1501α−ヒドロキシ酪酸 0005000[151]β−ヒドロキシ酪酸  0 0 25100 17 0[152] γ−ヒドロキシ酪酸 0 40  50 75 IT 25[153] 1)−ヒドロキシフェニル酢酸 0 0  00 0 0[154]イタコン酸 o o oo o 。 [155]α−ケト酪酸 100 60 0 100 83 75[156]α −ケトグルタル酸 0002500[157] α−ケトバレリン酸 80 2 0 0 75 0 0[158] DL−乳酸 60 20 0 50 17  G[159]マロン酸 0002500 [160]プロピオン酸 100 60 50 75 67 75[161]キ ナ酸 0 0 0 0 0 25[1621D−糖酸 o O(10o 。 [163]セバシン酸 0002500[164] コハク酸 0 0 25  75 17 0[165]プロモーコハク酸 o o 0100 17 Q[1 66]サクシンアミド酸 40 0 25 75 17 25[167]グルク ロンアミド o o oo o 。 [168]アラニンアミド 80 0 0 0 33 0[169] D−アラ ニン o o oo o 。 [1701L−アラニン o o oo o 。 [171]L−アラニルグリシン 0 0 25 0 0 0[172] L− アスパラギン 0 0 25 0 17 25[173] L−アスパラギン酸  0 0 25 0 17 0[174] L−グルタミン酸 0 0 0 0  17 0[175]グリシル−し−アスパラギン酸 o o oo o 。 [176]グリシル−し−グルタミン酸 o o oo o 。 [177] L−ヒスチジン o o oo o 。 [178] ヒドロキシし一プロリン o o oo o 。 [179] L−ロイシン 20 0 0 0 0 0[1801L−オルニチ ン o o oo o 。 [1811L−フェニルアラニン o o oo o 。 [182] L−プロリン 0 0 0 0 0 25[183] L−ピログ ルタミン酸 o o oo o 。 [184] D−セリン o o oo o 。 [185] L−セリン 0 0 00 0 0[186] L−スレオニン  o o oo o 。 [187] DL−カルニチン o o oo o 。 [188]γ−アミノ酪酸 002500G[189]ウロカニン酸 o o  oo o 。 [1901イノシン 40 20 100 0 33 0[1911ウリジン  60 40 100 Q 50 0[192]チミジン 80 20 50 5 0 83 0[193]フエニルエチルアミン o o oo o 。 [194)プトレッシン o o oo 。 [195] 2−アミノエタノール o o oo o 。 [19612,3−ブタンジオール 0 0 25 0 0 0[197]グリ セロール 80 20 50 25 33 100[198] DL−α−グリ セロールホス o o oo o 。 フェート [199]グルコース−1−ホスフェート 0 0 00 0 0[200]グ ルコース−6−ホスフェート o o oo o 。 71G、 4 n、 t、 +++ 81LN、4 + n、t、 + 608、4 + n、 t、 + + 69B、4 n、t、 + + + +R3II” n、t、 n、t、 +  +R514n、t、 n、t、 + + R513n、t、 n、t、 + + ÷wNlO+ + wN12 + + 66B、4 + n、t、 + + AB30 n、t、 n、t、 n、t、 n−t、 n、t。 R5l0c?n、t、 n、t、 + +R5l7n、t、n、t、++ AB49 n、t、 n、t、 n、t、 n、t、 n、t。 R37n、t、 n、t、 + + RS8” n、t、 n、t、 ÷ +R315n、t、 n、t、 + + R316n、t、 n、t、 + − 79LN、4 + n、t、 + + R512n、t、 n、t、 + + 72C,4n、t、 + + + 80LN、4 n、t、 + + − n、t、:テストせず。 国際調査報告 −PCT/ML 92100109 、 、、 PCT/IIL 92100109フロントページの続き (51) Int、C1,5識別記号 庁内整理番号Cl2R1:01) (C12N 1/20 C12R1:07) (C12N 9/20 C12R1:01) (C12N 9/24 C12R1:01) (、C12N 9152 C12R1:01) (72)発明者 グランド ウィリアム ダンカンイギリス レスター エルイ ー55テイーキユー セント フィリップス ロード(72)発明者 コリンズ  ナディーン フレアイギリス サリー アールエイチ4 3キユーダブリユー  トーキング ウェストコツト ワトソン ロード 25

Claims (21)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.アルカリ耐性酵素の製造のために有用な純バクテリア培養物であって、該バ クテリアが以下の諸特性を有する好気性で、グラムー陽性の、球状偏性好アルカ リ性バクテリアであることを特徴とする上記培養物:a)橙色の円形コロニーを 形成し、 b)pH約10において最適成長し、 c)以下のテストに関して正の応答を与え、1)ゼラチン加水分解 2)ペニシリンG 3)メチシリン 4)バシトラシン d)以下のテストに関して負の応答を与える1)N−ルアセチルグルコースアミ ン 2)D−サッカロース 3)サリシン 4)D−メリビオース 5)プロピオネート 6)グリコーゲン 7)3−ヒドロキシ酪酸 8)セリン 9)アルギニン 10)メチオニン 11)バリン 12)セロビオース。
  2. 2.アルカリ耐性酵素の製造のために有用な純バクテリア培養物であって、該バ クテリアが以下の諸特性を有する好気性で、グラムー陽性の、短い、不規則な桿 状の偏性好アルカリ性バクテリアであることを特徴とする上記培養物:a)タリ ームー黄色の、小さな円形のコロニーを形成し、b)pH8以上において最適成 長し、 c)以下のテストに関して正の応答を与え、1)ゼラチン加水分解 2)ガラクトース 3)β−グルコシダーゼ 4)アルギニン 5)バシトラシン 6)N−アセチル−D−グルコースアミン7)セロビオース 8)イノシン 9)ウリジン d)以下のテストに関して負の応答を与える1)マルトース 2)アセテート 3)D−グルコース 4)D−メリビオース 5)プロピオネート 6)バレレート 7)グリコーゲン 8)セリン 9)アンピシリン 10)ペニシリンG 11)メチシリン 12)テトラサイクリン 13)メチルピルベート 14)モノ−メチルサクシネート 15)α−ケト酪酸。
  3. 3.アルカリ耐性酵素の製造のために有用な純バクテリア培養物であって、該バ クテリアが以下の諸特性を有する好気性で、グラムー陽性の、コリネ型の偏性好 アルカリ性バクテリアであることを特徴とする上記培養物:a)成熟コロニーは 輝いた鮮明な橙/赤色であり、b)pH約9〜10の範囲内において最適成長し 、c)以下のテストに関して正の応答を与え、1)アルギニン 2)メチオニン 3)グリシン 4)バリン 5)メチシリン 6)テトラサイクリン 7)バシトラシン 8)α−シクロデキストリン 9)ツイーン40 10)メチルピルベート 11)モノ−メチルサクシネート 12)β−ヒドロキシ酪酸 13)ブロモ−コハク酸 d)以下のテストに関して負の応答を与える1)ゼラチン加水分解 2)フマレート 3)フルクトース 4)ガラクトース 5)D−サッカロース 6)D−メリビオース 7)グリコーゲン 8)L−セリン 9)β−グルコシダーゼ 10)N−アセチル−D−グルコースアミン11)セロビオース 12)D−ソルビトール 13)D−トレハロース 14)ツラノース。
  4. 4.アルカリ耐性酵素の製造のために有用な純バクテリア培養物であって、該バ クテリアが本質的に以下の諸特性を有する好気性の、グラムー陽性の、球菌また は短い桿歯状の偏性好アルカリ性バクテリアからなることを特徴とする上記培養 物: a)細胞はしばしば対として見出され、V−字型の配列を与える細胞分割の特徴 的な折れ曲がった形状を呈し、 b)pH8以下において成長せず、 c)アルカリー寒天培地上で、不透明な、笹色の点状または円形のコロニーを形 成し、 d)アルカリーブロス中で、成育(37℃)は凝集性で、沈殿物および表面リン グの形成を伴い、 e)約30℃以上で最適に成育し、40℃以上で成育せず、f)0−10%の範 囲内のNaC1濃度の下で成育し、12%NaC1濃度において成育せず、 g)酵母抽出物、ペプトンおよび炭水化物上で成育し、h)カタラーゼ反応テス トに関して正の応答を与え、i)以下のテストに関して負の応答を与える:1) KOH 2)アミノペプチダーゼ 3)オキシダーゼ 4)ゼラチン加水分解 5)澱粉加水分解。
  5. 5.アルカリ耐性酵素の製造のために有用な純バクテリア培養物であって、該バ クテリアが本質的に以下の諸特任を有する好気性の、グラムー陽性の、直線状ま たは僅かに湾曲した桿状の偏性好アルカリ性バクテリアからなることを特徴とす る上記培養物: a)細胞はしばしば対として見出され、V−字型の配列を与える細胞分前の特徴 的な折れ曲がった形状を呈し、 b)pH8以下において成長せず、 c)アルカリー寒天培地上で、不透明な、黄色/オークル色の円形のコロニーを 形成し、 d)10〜40℃の範囲内で成育し、45℃にて成育せず、e)0−12%の範 囲内のNaC1濃度の下で成育し、15%NaC1濃度において成育せず、 f)酵母抽出物上で成育し、 g)以下のテストに関して正の応答を与え、1)カタラーゼ反応 2)ゼラチン加水分解 h)以下のテストに関して負の応答を与える:1)KOH 2)アミノペプチダーゼ 3)オキシダーゼ 4)澱粉加水分解
  6. 6.アルカリ耐性酵素の製造のために有用な純バクテリア培養物であって、該バ クテリアが本質的に以下の諸特性を有する好気性の、グラムー陽性の、直線状ま たは僅かに湾曲した桿状の偏性好アルカリ性バクテリアからなることを特徴とす る上記培養物: a)細胞はしばしは対として、時には2〜4個の細胞の短い鎖として見出され、 b)pH7.5以下において成長せず、c)アルカリー寒天培地上で、円形の、 クリーム色のコロニーを形成し、d)10〜45℃の範囲内で成育し、50℃に て成育せず、e)0−15%の範囲内のNaC1濃度の下で成育し、f)以下の テストに関して正の応答を与え、1)カタラーゼ反応 2)オキシダーゼ反応 3)ゼラチン加水分解 4)澱粉加水分解。 d)以下のテストに関して負の応答を与える:1)KOH 2)アミノペプチダーゼ。
  7. 7.アルカリ耐性酵素の製造のために有用な純バクテリア培養物であって、該バ クテリアが本質的に以下の諸特性を有する好気性の、グラムー陽性の、偏性好ア ルカリ性バクテリアからなることを特徴とする上記培養物:a)細胞は初め球状 で、発育して短い桿状となり、V−字型の配列を与える細胞分割の特徴的な折れ 曲がった形状を呈し、b)pH8以下において成長せず、 c)アルカリー寒天培地上で、円形、凸状、全縁型の不透明な、橙乃至濃いサー モンピンク色のコロニーを形成し、d)10〜37℃の範囲内で成育し、40℃ にて成育せず、e)酵母抽出物上で成育し、 f)0−12%の範囲内のNaC1濃度の下で成育し、g)以下のテストに関し て正の応答を与え、1)カタラーゼ反応 2)アミノペプチダーゼ 3)ゼラチン加水分解 h)以下のテストに関して負の応答を与える:1)KOH 2)オキシダーゼ 3)澱粉加水分解。
  8. 8.請求の範囲第1項に記載のバクテリアを適当な培養培地中で培養し、該バク テリアを該培地から分離し、 該培養培地から酵素活性を回収する、 工程を含むことを特徴とするアルカリ耐性酵素の調製方法。
  9. 9.請求の範囲第2項に記載のバクテリアを適当な培養培地中で培養し、該バク テリアを該培地から分離し、 該培養培地から酵素活性を回収する、 工程を含むことを特徴とするアルカリ耐性酵素の調製方法。
  10. 10.請求の範囲第3項に記載のバクテリアを適当な培養培地中で培養し、該バ クテリアを該培地から分離し、 該培養培地から酵素活性を回収する、 工程を含むことを特徴とするアルカリ耐性酵素の調製方法。
  11. 11.請求の範囲第4項に記載のバクテリアを適当な培養培地中で培養し、該バ クテリアを該培地から分離し、 該培養培地から酵素活性を回収する、 工程を含むことを特徴とするアルカリ耐性酵素の調製方法。
  12. 12.請求の範囲第5項に記載のバクテリアを適当な培養培地中で培養し、該バ クテリアを該培地から分離し、 該培養培地から酵素活性を回収する、 工程を含むことを特徴とするアルカリ耐性酵素の調製方法。
  13. 13.請求の範囲第6項に記載のバクテリアを適当な培養培地中で培養し、該バ クテリアを該培地から分離し、 該培養培地から酵素活性を回収する、 工程を含むことを特徴とするアルカリ耐性酵素の調製方法。
  14. 14.請求の範囲第7項に記載のバクテリアを適当な培養培地中で培養し、該バ クテリアを該培地から分離し、 該培養培地から酵素活性を回収する、 工程を含むことを特徴とするアルカリ耐性酵素の調製方法。
  15. 15.請求の範囲第8項に記載の酵素の実質的に純粋な処方物であって、該酵素 かタンパク分解、脂質分解および澱粉分解活性からなる群から選はれる活性を有 することを特徴とする上記処方物。
  16. 16.請求の範囲第9項に記載の酸素の実質的に純粋な処方物であって、該酵素 がタンパク分解、脂質分解および澱粉分解活性からなる群から選ばれる活性を有 することを特徴とする上記処方物。
  17. 17.請求の範囲第10項に記載の酵素の実質的に純粋な処方物であって、該酵 素が脂質分解および澱粉分解活性からなる群から選ばれる活性を有することを特 徴とする上記処方物。
  18. 18.請求の範囲第11項に記載の酸素の実質的に純粋な処方物であって、該酵 素が脂質分解活性を有することを特徴とする上記処方物。
  19. 19.請求の範囲第12項に記載の酵素の実質的に純粋な処方物であって、該酵 素がタンパク分解および脂質分解活性からなる群から選ばれる活性を有すること を特徴とする上記処方物。
  20. 20.請求の範囲第13項に記載の酵素の実質的に純粋な処方物であって、該酵 素がタンパク分解、脂質分解および澱粉分解活性からなる群から選ばれる活性を 有することを特徴とする上記処方物。
  21. 21.請求の範囲第14項に記載の酵素の実質的に純粋な処方物であって、該酵 素がタンパク分解、脂質分解および澱粉分解活性からなる群から選ばれる活性を 有することを特徴とする上記処方物。
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