JPH06509701A - ヒト結腸直腸癌において突然変異を起こしている遺伝子 - Google Patents

ヒト結腸直腸癌において突然変異を起こしている遺伝子

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 ヒト結腸直腸癌において突然変異を起こしている遺伝子技術分野 本発明は癌の診断学および治療学に関する。さらに具体的には、本発明は腫瘍組 織中の野生型MCC遺伝子の変更の検出に関する。さらに、MCC遺伝子産物の 機能を回復させるための治療方法に関する。
背景技術 クヌーソン(Knudson )の腫瘍形成モデル(Cancer Re5ea rch、vol、45.p、1482゜1985)によれば、全ての正常な細胞 には癌抑制遺伝子が存在し、これらの遺伝子が突然変異により機能しなくなると 新生物発生が起こる。網膜芽腫および結腸直腸癌のケースにおいてこのモデルに 関する証拠が見出だされている。こうした腫瘍に関与する抑制遺伝子、RBおよ びp53およびDCCは、研究された腫瘍の多くのケースで欠失あるいは変更さ れていることが見出たされた(ハンセン(Hansen)とカベ= −(Cav enee) 、Cancer Re5earch、vol、47.pp、551 8−5527(1987)@; ベーカー(Baker)ら、5cience、vol、244.p、217(1 989) ;フィアソン(Fearson) ゛ら、5cience、vol、 247.p、49(1990))。
腫瘍の原因を完全に理解するためには、腫瘍形成過程に機能する他の抑制遺伝子 の同定が必要であろう。これらの抑制遺伝子のうちで顕著なものは5q21に位 置すると予想される遺伝子(群)である。細胞遺伝学的研究(ヘレラ(Herr era)ら、Am J、Med、Genet、、vol、25.pg、473( 1986))および遺伝子連鎖の研究(レッパート(Leppert)ら、5c ience、vol、238.pg、 1411(1987) ;ボド7− ( Bodmer)ら、Nature、vol、328.pg、614(1987) )によって、この染色体領域には家族性腺腫ポリポシス(FAP)の原因となる 遺伝子が存在することが示されている。FAPは常染色体優性遺伝病で、この病 気に冒された個体には数百から数千もの腺腫ポリープができ、そのうちいくつか は悪性に進行する。さらに、FAPを有しない患者の腺腫(フォーゲルシュタイ ン(Vogelstein)ら、N、Engl、J、Med、 、vol、31 9.pg。
525(1988))および癌腫(フォーゲルシュタインら、N、Engl、J 、Med、 、vol、319.pg、525(1988) :ソロモン(So lomon)ら、Nature、vol、328.pg、616(1987)  ;ササキ(Sasaki)ら、Cancer Re5earch、vol、49 .pg、4402(1989):デラッター(Delattre)ら几ance t、vo1.2.pg、353(1989);およびアシュトノーリカルド(A shton−Rickardt)ら、Oncogene、vol、4.pg、1 169(+989))からも、この染色体領域がしばしば欠失している。よって 、染色体5q21上の予想される抑制遺伝子は、散発性および家族性の双方の腫 瘍の結腸直腸腫瘍形成の初期段階に機能していると考えられる。しかしながら、 抑制遺伝子の候補となるものは5q21上には同定されていない。従ってこの染 色体領域を研究してこのような遺伝子を同定し、そのような遺伝子のいづれか腫 瘍形成過程に関わっているかを決定することは、当該技術分野において必要であ る。
発明の概要 本発明の目的は、ヒトの新生物組織を診断し予知する方法を提供することである 。
本発明の別の目的は、野生型MCC遺伝子機能を失っている細胞に該機能を付! フする方法を提供することである。
本発明のまた別の目的は、ポリメラーゼ連鎖反応(P CR)によってMCC対 立遺伝子のヌクレオチド配列を決定するキットを提供することである。
本発明のさらに別の目的は、ヒトMCC遺伝子の突然変異を検出するための核酸 プローブを提供することである。
本発明の別の目的は、癌になりやすい遺伝的素因を検出する方法を提供すること である。
本発明のさらに別の目的は、MCC遺伝子産物をコードするcDNA分子を提供 することである。
本発明のまた別の目的は、ヒトMCC蛋白質の調製品を提供することである。
本発明のこれらおよび他の目的は、下記に記載される1つまたは複数の態様によ って達成される。本発明の一つの態様では、ヒトから組織を単離し、そして該組 織の野生型kicc遺伝子またはその発現産物の変更を検出し、その変更をその 組織の新生物化の指標とする1二とから成る、ヒト新生物組織を診断または予知 するノコ法か提(J(される。
本発明の別の態様では、野生型MCC遺伝子機能を失っている細胞に該遺伝子を 導入してその細胞内で該野生型遺伝子を発現させる:ことから成る、MCC遺伝 子の突然変異により野生型MCC遺伝子機能を失っている細胞に該遺伝子機能を 付与する方法が提供される。
別の態様では、野生型MCC遺伝子機能を失っている細胞に、該遺伝子のうち、 該細胞の非新生物性増殖に必要なMCC蛋白質部分をコードする部分を導入して その細胞内で該部分を発現させる:ことから成る、細胞に野生型MCC遺伝子機 能を付与する方法が提供される。合成ペプチド又は薬剤を用いてMCC発現が変 更した細胞内でMCCの機能を模倣することもできる。
また別の態様では、ポリメラーゼ連鎖反応によりMCC遺伝子のヌクレオチド配 列を決定するための、一対の一本鎖プライマーが提供される。該一対の一本鎖D NAプライマーの配列は染色体5qのバンド21に由来し、該一対のプライマー はMCC遺伝子のコート配列の合成を可能とするものである。
本発明のさらに別の態様では、ヒト野生型MCC遺伝子のコード配列に相補的な 核酸プローブか提供される。このプローブは突然変異MCC遺伝子とミスマツチ を形成することができ、該ミスマツチは酵素的若しくは化学的切断または電気泳 動移動度の変化によって検出することができる。
本発明の別の態様では、ヒト新生物組織の存在を検出する方法が提供される。
本方法は、ヒトから体の組織サンプルを単離し;該サンプルの野生型MCC遺伝 子配列または野生型MCC発現産物の変更を検出し、該変更をヒト新生物組織の 存在の(旨標とすることから成る。
本発明のまた別の態様では、血液および胎児組織から成るグループから選択され るヒトサンプルを単離し、そのサンプルの野生型MCC遺伝子のコード配列また はその発現産物の変更を検出し、該変更を癌になりやすい遺伝的素因の指標とす る。ことから成る、ヒトの癌になりやすい遺伝的素因を検出する方法が提供され る。
さらに別の態様では、MCC遺伝子のコート配列を含むcDNA分子が提供され る。
さらにまた別の態様では、他のヒト蛋白質を実質的に含まないヒトMCC蛋白質 の調製品か提供される。その蛋白質のアミノ酸配列はSEQ ID NO:2に 示されている。
本発明は、今まで未知の遺伝子であったMCC遺伝子が、実際に、染色体5q2 1−Lの突然変異による変更の標的であること、およびこれらの変更が腫瘍形成 過程に関与しているという情報を当該分野に提供する。この情報によって、特定 の組織の新生物状態、または個体中の癌になりゃすい素因を評価するために行わ れる非常に特異的な分析が可能となる。
図面の簡単な説明 図1は、体細胞変化を示す腫瘍T14のサザンブロソト分析を示す。レーン1お よび2は患者T14の正常組織から単離されたDNA5μgを含む;レーン3お よび4はT14結腸癌から単離されたDNA5μgを含む。レーンlおよび3は EcoRIで切断し;レーン2および4はPstTで切断した。パネルAのサザ ンプロットはコスミド5.71のサブクローン(5,7l−3)にハイブリダイ ズさせた。パネルB(3時間感光)およびパネルC(20時間感光)は、T14 腫瘍からクローン化した異常な1lkb断片でハイブリダイズした同しサザンプ ロットを示す。短剣符はT14の新規の変更を示す。右側に示されたサイズマー カーは、HindllTで切断されたラムダファージDNAおよびHaelll で切断されたファイXファージDNAを表す。
図2は、5.71コスミトから予想されるエクソンの配列を示す。パネルAは、 5.71−5エクソンおよびそれに対応するラットのエクソンを示す。パネルB は5.71−3エクソンおよびそれに対応するラットのエクソンを示す。ラット の配列は、ヒトの配列と異なる部分のみ記しである。小文字はエクソンを挟むイ ントロンを意味する。PCRに用いるプライマーは矢印によって表されている。
プライマーP2およびP4は、反対向きで、示した配列とは相補的配列を有する 。
図3は、MCCcDNAの塩基配列および予想されるアミノ酸配列を示す。
示された配列は7つのオーバーラツプしたクローンがらの合成配列を表す。
図4は、PCR−RNaseプロテクション分析を示す。この分析法はPCR産 物に対して行われ、生じた切断産物を変性ゲル電気泳動によって分離した。パネ ルAは、ヌクレオチド2305−2405をコードするエクソンの分析結果を示 す。レーン1.2および3は、いがなる変化も示さない3つの異なる腫瘍がら単 離されたDNAについて得られた結果を示す。レーンTおよびNは、それぞれ、 患者91の腫瘍または正常細胞から単離されたDNAについて得られた結果を示 す。パネルBは、ヌクレオチド1679−1862をコードするエクソンの分析 結果を示す。レーンTおよびNは、それぞれ、患者35の腫瘍または正常細胞か ら単離されたDNAについて得られた結果を示す。
図5は、MCCと、ヒトm3ムス力リン性アセチルコリン受容体(mAChR) のG蛋白質活性化領域との比較を示す。配列を結ぶ実線は同一アミノ酸を示し; 破線は類似アミノ酸を示す。ドメインAは、欠失するとG蛋白質の反応性を変え る10アミノ酸領域を表す。ドメインBは、mAChR−G蛋白質共役の持具性 を媒介できる9アミノ酸を表す。
発明の詳細な説明 本発明で、染色体5q上の今まで未知の遺伝子(本明細書中ではMCC(Mut ated in Co1orectal Cancer)遺伝子と命名)におい て、腫瘍形成に関連する変異が生しることか発見された。あるタイプの癌で染色 体5q上の対立遺伝子の欠失がよく見られることは以前から知られていたが、こ うした欠失の標的遺伝子がMCC遺伝子であることは知られていなかった。さら に、MCC遺伝子における別のタイプの突然変異か癌と関連していることも知ら れてぃながった。MCC遺伝子の突然変異は、挿入や欠失などの大きな再編成を 含むことがある。点突然変異も観察されている。
本発明の診断学的および予防学的方法によれば、野生型遺伝子の変更が検出され る。本発明の”野生型遺伝子の変更”とは、欠失を含めたあらゆる形の突然変異 を含んでいる。変更は、挿入、逆位および欠失などの再編成、または点突然変異 によるものでもよい。欠失は遺伝子全体または遺伝子の一部分のみであってもよ い。一方の対立遺伝子のみが変異していても、新生物化状態の初期であるとされ る。しかし、対立遺伝子の両方か変異した場合、新生物化状態の後期であるとさ れる。従ってMCC突然変異を見出だすことは、診断学的情報および予防学的情 報の両方を提供する。MCC対立遺伝子が欠失していないもの(例えば、姉妹染 色体」二のMCC遺伝子が、MCC欠損を持つ染色体上に転座したもの)は、挿 入、小さな欠失および点突然変異などの他の突然変異に対してスクリーニングす ることができる。腫瘍組織にみつかる突然変異の多くが、MCC遺伝子産物の発 現を減少させるものであろうと考えられている。しかし、機能を失った遺伝子産 物を生じる変異もやはり癌状態を引き起こすであろう。点突然変異は、遺伝子の プロモーターなどの制御領域に生じることもあり、これによりmRNAの発現が 消失するか、または減少する。点突然変異はまた、適切なRNAプロセッシング を阻害してMCC遺伝子産物の発現を損なわせることもある。
組織中の野生型MCC遺伝子の変更を検出するためには、周囲の正常な組織を含 まない組織を単離することが有効である。組織調製品の腫瘍細胞を濃縮する方法 は当該技術分野において知られている。例えば、組織はパラフィンまたはクリオ スラット切片から単離でできる。癌細胞はフローサイトメトリーによっても正常 細胞から分離できる。腫瘍を他の細胞から分離する他の技術同様、これらの技術 は当該技術分野でよく知られている。腫瘍組織に正常細胞が多く混入していると 、それたけ突然変異の検出か困難となる。
点突然変異の検出は、腫瘍組織に存在する(両)対立遺伝子を分子クローン化し 、当該分野でよく知られた技術を用いてその塩基配列を決定することによって達 成できる。また、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を用いて、腫瘍組織のゲソム DNAg製品から直接、遺伝子配列を増幅することもてきる。それから、増幅さ れた配列のDNA配列を決定できる。ポリメラーゼ連鎖反応自体は、当該分野に おいてよく知られている。例えば、サイキ(Saiki)ら、5cience、 vol、239.p487、+988.米国特許第4.683,203号;およ び米国特許第4,683.195号を参照していたたきたい。遺伝子を増幅させ るために使われる具体的なプライマーについては、後でより詳しく論する。当該 分野で知られているりガーセ連鎖反応を用いても、MCC配列を増幅することか できる。ウー(Wu)ら、 Genomics、vol、4.pp、560−5 69(1989)を参照していたたきたい。さらに、対立遺伝子に特異的なPC Rとして知られている技術を利用することができる。(ルアノ(Ruano)と キッド(Kidd)、Nucleic Ac1ds Re5earch、vol 、l?、p、8392.+989.)この方法によると、3′末端で特定のNI CC,突然変異にハイブリダイズするプライマーが用いられる。この特定のMC C突然変異が存在しなければ、増幅産物は観察されない。遺伝子の挿入および欠 失も、クローン化、塩基配列決定および増幅によって検出できる。さらに、遺伝 子およびその周囲のマーカー遺伝子に対する制限断片長条型(RFLP)プロー ブを用いて、対立遺伝子の変更または多裂断片中の挿入を調べることができる。
当該分野で知られている挿入および欠失を検出する他の技術を用いることもてき る。
野生型遺伝子の変更は、その遺伝子の野生型発現産物の変更に基づいて検出する こともできる。そのような発現産物には、蛋白質産物そのものだけでなくmRN Aも含まれる。これらの産物の配列をSEQ ID NO:1および2に示す。
点突然変異は、mRNAを増幅し塩基配列を決定するが、またはmRNAがら作 られるcDNAの分子クローン化によって検出することができる。クローン化し たcDNAの配列は、当該分野で知られるDNAシークエンス技術を用いて決定 することができる。cDNAはポリメラーゼ連鎖反応によっても配列決定できる が、これについては後により詳しく述べる。
本発明においてミスマツチとは、100%相同ではないもののハイブリダイズし た核酸二重鎖のことである。そのような不完全な相同性は、欠失、挿入、逆位、 置換またはフレームシフト突然変異による。ミスマツチの検出は、遺伝子または そのmRNA産物中の点突然変異の検出に用いることができる。これらの技術は 塩基配列決定に比べると感度が低いが、多くの腫瘍サンプルに対してより簡単に 行える。ミスマツチ切断技術の例として、RNaseプロテクション法があるが 、これについては、ウィンター(Winter)ら、Proc、Natl、Ac ad、Sci、1ISAJo1.82.p7575.1985およびメイヤーズ (Meyers)ら、5cience、Vol、230.p、1242,198 5に詳しく記載されている。本発明においてこの方法を実際に行う場合には、ヒ ト野生型遺伝子のコード配列に相補的なラベルしたりボブローブを用いる。リボ プローブと腫瘍組織から単離されたmRNAまたはDNAとを共にアニール(ハ イブリダイズ)させ、次いて、RNA二重鎖構造中のミスマツチを検出できる酵 素RNaseAを用いて消化する。RNase Aによってミスマツチが検出さ れると、ミスマツチ部位か切断される。従って、アニールさせたRNA1製品を 電気泳動ゲルマトリクス−1−て分離すると、リボプローブとmRNAまたはD NAとの二重lRNAの全長よりも小さいRNA産物が観察される。リボプロー ブはMCCmRNAまたは遺伝子の全長である必要はなく、これらの一部であっ てもよい。
リボプローブがMCCmRNAまたは遺伝子の一部しか含んでいない場合は、こ うしたプローブを多数用いて、ミスマツチに関してmRNA全体の配列を検索す ることが望ましいであろう。
同様に、酵素的または化学的切断によってミスマツチを検出するのに、DNAプ ローブを用いてもよい。例えば、コツトン(Cotton)ら、Proc、Na tl、Acad、Sci、USA、vol、85.4397,1988;および シエンク(Shenk)ら、Proc、Natl、Acad、Sci、USA、 vo172、p、989.1975を参照していたたきたい。また、マツチした 二重鎖とミスマツチした二重鎖の電気泳動度の違いによってミスマツチを検出す ることもできる。例えば、カリニa (Cariel lo) 、)Iuman  Genetics 、vol 、 42 、 p、 726 、1988を参 ■■■■■ だきたい。リボプローブの場合でもDNAプローブの場合でも、突然変異を含ん でいるかもしれない細胞性のmRNAまたはDNAをPCR(下記参照)を用い てハイブリダイゼーションの前に増幅させることができる。MCC遺伝子のDN Aの変化は、特に欠失や挿入のような大きな再編成の場合には、サザンハイプリ ダイゼーションを用いて検出することもできる。
ポリメラーゼ連鎖反応を用いて既に増幅した腫瘍組織由来のMCC遺伝子のDN A配列は、対立遺伝子特異的なプローブを用いてスクリーニングすることもでき る。これらのプローブは核酸オリゴマーで、各々既知の突然変異をもつMCC遺 伝子の配列の領域を含んでいる。例えば、一つのオリゴマーは長さが30ヌクレ オチドで、MCC遺伝子配列の一部に相当している。このような一群の対立遺伝 子特異的なプローブを用いて、PCR増幅産物をスクリーニングし、MCC遺伝 子において既に同定されている突然変異の存在を同定できる。対立遺伝子特異的 なプローブと増幅したMCC配列のハイブリダイゼーションは、例えば、ナイロ ンフィルター上で行うことかできる。強いハイブリダイゼーション条件下で特定 のプローブとハイブリダイズすることは、その腫瘍組織に、用いた対立遺伝子特 異的なプローブと同し突然変異が存在することを示している。
MCCmRNAの発現の変更は、当該分野で知られているとのような技術によっ ても検出することかできる。これらには、ノザンブロソト分析、PCR増幅およ びRNaseプロテクション法が含まれる。】ηRNA発現の減少は野生型MC C遺伝子の変更を示している。
野生型MCC遺伝子の変更は、野生型MCC蛋白質の変更に関してスクリーニン グすることによっても検出することができる。例えば、MCCと免疫反応するモ ノクローナル抗体を用いて組織のスクリーニングをすることができる。用いた抗 体と反応する抗原がないことは、MCCの突然変異を示していると考えられる。
突然変異対立遺伝子の産物に特異的な抗体を用いて変異MCC遺伝子産物を検出 することもできるだろう。このような免疫学的分析は、当該技術分野で知られて いる適当な方法で行うことができよう。これらには、ウェスタンプロット、免疫 組織化学的分析およびEiSA分析が含まれる。変更したMCC蛋白質を検出す るいかなる方法も、野生型MCC遺伝子の変更の検出に利用することができる。
蛋白質結合決定法などの機能的な分析法を用いることもできる。例えば、MCC 蛋白質はG蛋白質に結合すると考えられている。よって、そのG蛋白質に結合す る相手に関する分析法を適用することもできる。さらに、MCCの生化学的機能 を検出する分析法を用いることもできる。MCCはリン脂質代謝に関与している と考えられている。よって、リン脂質代謝経路に関与する酵素的産物の分析法を 用いてMCC活性を決定することができる。変異MCC遺伝子産物の発見は、野 生型MCC遺伝子の変更を示す。
突然変異遺伝子またはその遺伝子産物は、血清、大便、尿および唾液などの他の 人体サンプルからも検出することができる。上記の組織中の変異MCC遺伝子ま たは遺伝子産物の検出に用いたのと同じ技術を他の人体サンプルに適用すること ができる。癌細胞は腫瘍から剥かれ落ち、このような人体サンプル中に現れる。
さらに、MCC遺伝子産物そのものが細胞外空間に分泌され、癌細胞がなくても これらの人体サンプル中に見出たされるかもしれない。そのような人体サンプル をスクリーニングすることによって、多くの種類の癌に対して簡単な初期診断を 行うことが可能となる。さらに、こうした人体サンプルを変異MCC遺伝子また は遺伝子産物に関して試験することによって、化学療法または放射線治療の経過 をより簡単にモニターすることかできる。
本発明の診断方法は、MCCが腫瘍形成に関与しているあらゆる腫瘍に対して応 用することかできる。染色体アーム5qの欠失は、白血病およびリンパ腫の他に 肺癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、膀胱癌、肝臓癌、肉腫、胃癌および前立腺癌にお いても観察されている。よって、これらの癌にはMCCが関与していると考えら れる。本発明の診断方法は、臨床医が適切な治療方法を決定するのに有用である 。例えば、MCC対立遺伝子の両方か変更している腫瘍に対しては、MCC対立 遺伝子の片方のみが変更している腫瘍に対するよりも厳しい治療法を施す必要か ある。
本発明のプライマーの対は、ポリメラーゼ連鎖反応を用いたMCC遺伝子の塩基 配列決定に有用である。一対の一本鎖DNAプライマーは、染色体5q上のMC C遺伝子内もしくはその周囲の配列にアニールし、MCC遺伝子そのもののDN A合成の増幅を引き起こすことかできる。これらのプライマーの完全なセットに よって、MCC遺伝子のコート配列、即ち、エクソンのヌクレオチドの全てを合 成することかできる。プライマーのセットは、イントロンとエクソンの両方を合 成できるものか望ましい。対立遺伝子特異的なプライマーを用いることもできる 。このようなプライマーは特定のMCC突然変異対立遺伝子にのみアニールし、 従って、その突然変異対立遺伝子か存在するもののみを鋳型として増幅する。
増幅された配列の以降のクローン化を容易にするために、プライマーの5′末端 に制限酵素部位の配列を持たせてもよい。よって、プライマーの全てのヌクレオ チドは、制限酵素部位の形成に必要な数ヌクレオチドを除き、MCCの配列また はMCCに隣接する配列に由来する。このような酵素および部位は当該分野でよ く知られている、プライマー自身は、当該技術分野でよく知られた技術を用いて 合成することかできる。一般的には、市販されている合成機を用いてプライマー を合成することができる。図3に示すMCCオープンリーディングフレームの配 列に基ついて特定のプライマーを設計することは、当業者にとって十分できるこ とである。
本発明によりLlj、(11される核酸プローブは様々な用途かある。これらの プローブは、既に記載した点突然変異を検出するための、ゲノムDNAに対する サザンハイ7リダイセー/ヨンおよびR\aseプロテクション法に用いること かできる。これらのプローブはPCR増幅産物の検出に用いることができる。こ れらはまた、他の技術を用いたMCC遺伝子またはmRNAに関するミスマツチ の検出にも用いることができる。ミスマツチの検出には、酵素(例えばS1ヌク レアーゼ)、化学物質(例えば、ヒドロキシルアミン、四酸化オスミウムおよび ピペリジン)、または全体にマツチしたハイブリッドに対するミスマツチハイブ リッドの電気泳動度の変化のいづれを用いてもよい。これらの技術は当該分野に おいて知られている。コツトン、上記、シエンク、上記、メイヤーズ、上記、ウ ィンター、上記、およびツバツク(Novack)ら、Proc、Natl、A cad、Sci、1JSA、vol、83.p、586.1986を参照してい ただきたい。イントロンに対するプローブも企図されているが、一般的に、プロ ーブはMCC遺伝子のコード配列に相補的である。核酸プローブの完全なセット を用いて、野生型MCC遺伝子の変更を検出するキットを構成することができる 。このキットによってMCC遺伝子全体にハイブリダイズさせることができる。
プローブは互いにオーバーラツプまたは隣接していてもよい。
mRNAのミスマツチの検出にリボプローブを用いる場合、そのリボプローブは ヒト野生型MCC遺伝子のmRNAに相補的である。よってリボプローブは、セ ンス鎖と反対方向なのでMCC蛋白質をコードしていないアンチセンスプローブ である。リボプローブは一般的に、当該分野で知られている方法によって、放射 活性物質、発色物質、または蛍光物質でラベルされる。DNAのミスマツチの検 出にリボプローブを用いる場合、それはセンス、アンチセンスいづれの方向でも よい。同様に、DNAプローブを用いてもミスマツチを検出することができる核 酸プローブはMCC遺伝子の突然変異対立遺伝子に相補的であってもよい。
これらのプローブは、ミスマツチよりもハイブリダイゼーションに基づいて、他 の患者に同様の突然変異が生じているかを検出するのに有用である。これらにつ いては先に論じており、対立遺伝子特異的プローブと命名しである。上述のよう に、MCCプローブを、ゲノムDNAに対するサザンハイブリダイゼーションに 用いて、欠失および挿入などの大きな染色体変化を検出することもできる。この プローブは、腫瘍および正常組織からMCC遺伝子のcDNΔDNAプローブす るのにも用いることができる。さらに、このプローブを用いて、組織中のMCC mRNAを検出し、野生型MCC遺伝子の変更によって発現が低下しているがを 判断することもできる。図3に示すMCCコード配列(SEQ ID No:1 )に基づいて特定のプローブを設計することは、当業者にとって十分できること である。
本発明によれば、突然変異MCC対立遺伝子を持つ細胞に野生型MCCの機能を 与える方法も提供される。このような機能を付与することによって、受容細胞の 新生物増殖が抑圧される。野生型MCC遺伝子または遺伝子の一部をベクターに 繋いで染色体外に止まる形で細胞に導入することができる。そのような状態では 、この遺伝子は染色体外の位置から細胞によって発現されるであろう。突然変異 MCC対立遺伝子を持つ細胞に遺伝子の一部を導入し発現させる場合、遺伝子の この部分はMCC蛋白質のうち細胞の非新生物的増殖に必要な部分をコードして いるべきである。野生型MCC遺伝子またはその一部が、細胞内に存在する内在 性の突然変異MCC遺伝子と組み換えを起こすような形で、突然変異細胞に導入 されるほうかより好適である。そのような組み換えには、MCC遺伝子の突然変 異を修正する二重組み換え事象が必要とされる。組み換え用の遺伝子導入ベクタ ーも染色体外に維持される遺伝子導入ベクターも当該分野において知られており 、適当なベクターを用いることができる。例えば、電気穿孔法、リン酸カルシウ ム共沈法およびウィルスによる形質導入などは当該分野において知られており、 どの方法を選択するかは日常的作業の範囲である。野生型MCC遺伝子で形質る ためのモデル系として利用することができる。
MCC活性を持つポリペプチドを、MCC遺伝子か突然変異を起こしたか、また は失われてしまった細胞に適用することかできる。MCC蛋白質の配列は図3( SEQ ID NO:2)に開示されている。例えば、既知の発現ベクターを用 いて、cDNA配列を細菌内で発現させることによって、蛋白質を生産すること ができる。また、脳なとのMCCを生産している哺乳動物細胞からMCCを抽出 することかできる。さらに、合成化学の技術を適用してMCC蛋白質を合成する ことも可能である。このような技術のいづれによっても、本発明の図3に示す配 列(SEQ I[NO:2)を有するMCC遺伝子産物を含む調製品を提供する ことができる。この調製品は他のヒト蛋白質を実質的に含まない。これは、微生 物中で、若しくはin vitroで合成することによって最も容易に達成され る。
活性MCC分子は、例えば、マイクロインジェクションまたはリポソームの利用 によって細胞に導入することかできる。また、このような活性分子を能動的にま たは拡散によって細胞に取り込ませることができる。MCC遺伝子産物を細胞外 に適用するたけで、腫瘍の増殖に影響を与えるのに十分である場合もある。MC C活性を有する分子を付与すると、新生物状態が部分的に改善される。MCC活 性を有する他の分子、例えば、ペプチド、薬剤または有機化合物などもそのよう な改善効果を与えるのに用いることができる。
ヒトMCC蛋白質と免疫反応性の抗体の調製品も本発明により提供される。この 抗体は、ポリクローナルでもモノクローナル抗体でもよく、天然MCC蛋白質、 MCC融合蛋白質または突然変異MCC蛋白質に対して作製することができる。
抗体は、MCCエピトープ、好適には他のヒト蛋白質に存在しないエピトープに 免疫反応するべきである。本発明の好適な態様においては、抗体は、ポリアクリ ルアミドゲルのウェスタンまたはイムノプロットのMCC蛋白質と反応するほか に、溶液からMCC蛋白質を免疫沈降させる。別の好適な態様においては、抗体 は、免疫組織化学的技術を用いて、パラフィンまたは冷凍組織切片中のMCC蛋 白質を検出する。抗体の作製および精製に関する技術は当該技術分野においてよ く知られており、本発明の調製品を得るには、そのような技術のいづれを用い癌 になりやすい素因の確認は、ヒトの正常組織をMCC遺伝子の突然変異に関して 試験することによって行うことができる。例えば、生殖細胞にMCC突然変異を 受け継いだ人は癌になりやすいと考えられる。これはその人の体のどの組織のD NAを試験しても判断することができる。最も簡単には、採血をして血液細胞か らDNAを抽出することができる。さらに、胎児の細胞、または羊水をMCC遺 伝子の突然変異に関して試験することによって、胎児診断を行うことができる。
野生型MCC対立遺伝子の変更は、例えば、点突然変異によるものでも欠失によ るものでも、上記のいづれの方法によっても検出することができる。
本発明のcDNΔ分子はイントロンを含まない、MCC遺伝子のコード分子であ る。これらの分子は、MCCmRNAを鋳型として用い、逆転写酵素によって作 製することかできる。これらの分子は、当該分野において知られているベクター および細胞系列において増殖させることができる。このような分子は5EQID  NO:1に示す配列を有する。このcDNAは、本明細書に開示された配列に 基づいて、合成化学の技術を用いて作製することもできる。
MCCとヒトm3ムス力リン性アセチルコリン受容体(mAChR)との間に短 い相同領域が同定された。この相同性は19残基に大まかに規定され、そのうち カルボキシル末端の6アミノ酸(KELAGL)が一致していた(図5およびS EQ ID No。11参照)。他にも多くの蛋白質が広い領域にわたるもっと 高い相同性を有している(但し、6アミノ酸が連続して一致するものはほとんと 無い)ので、当初、この相同性か有意であるか分からなかった。しかし、突然変 異を検索していくうちに、mAChRのサブタイプによるG蛋白質の活性化を制 御する配列要素に関する研究が公表された(レヒライター(Lechleite r)ら、EMBOJ、、p、4381(+990)) 。m3 mAChRの2 1アミノ酸残基の領域をm2mAChRの対応する領域の21アミノ酸と置換す ると、G蛋白質特異性が完全に媒介されることか示された。これらの21残基は 、MCCとm3 mAChRの相同性を示す19アミノ酸とオーバーラツプして いた(図5)。K E L A G Lモチーフのアミノ末端の2アミノ酸を含 む10残基(図5、ドメインA)を欠失させると、G蛋白質を介する反応のキネ ティクスおよび大きさが完全に変更した。
さらに、K E L A G L、モチーフのカルボキシル末端の4アミノ酸を 含む9残基サブドメイン(図5、ドメインB)は、m2 mAChRに転移させ ると、m3G蛋白質経路の活性化を規定するのに十分であった。
このMCCとmAChRのG蛋白質活性化領域との結び付きは、従来のG蛋白質 の癌との関係についての研究の観点から興味深い。例えば、結腸直腸癌において しばしば突然変異を起こしているRAS癌遺伝子(フォーゲルンユタインら、N  Engl J Med、、vol、319.pg 525(1988):ボス (Bos)ら、Nature vol、327.pg、2X3( +987’))は、G蛋白質ファミリー(ブルネ(Bourne)ら、Natu re、vol、348.pg、 125(1990))ノメンハーてあり、則■ tro形質転換抑制因子であり(ノダ(Noda)ら、Proc Natl、A cad、Sci USA、vol 86.pg、]62(1989)) 、ホル モンにより形成される腫瘍で突然変異の生じている遺伝子である(カンジス(C andis)ら、Nature、vol、340、pg、692(1989)  ;リョンズ(Lyons)ら、5cience、vol、249.pg、655 (1990)) oさらに、神経繊維芽細胞腫に関与する遺伝子(おそらく癌抑 制遺伝子)は、RASのGTP a s e活性を活性化することが示されてい る(スー(Xu)ら、Ce1l、vol、63゜pg、835(1990);マ ーチン(Martin)ら、Ce11.vol、63.pg、843(1990 ) :パレスター(Ba11ester)ら、Ce11.vol、63.pg、 851(1990)) 、 G蛋白質と直腸癌の別の興味深い結び付きは、薬剤 スリンダクに関するものである。この薬剤はFAP患者の良性結腸癌の増殖を阻 害することが示されており、これは、そのシクロオキシゲナーゼ阻害剤としての 活性によるものと思われる(ワッブル(Waddell)ら、J、Surg、O ncology 24(1)、83(1983):ワッブルら、Am、J 、S urg、 、 157(1) 、175(1989) ;シャ泣m −(Charneau)ら、Gastroenterologie C11ni que at Biologique 14(2)、153i1990) )。シクロオキシゲナーセは、アラキドン酸をプロスタグランジンおよび他の生 理活性物質に変換するのに必要とされる。G蛋白質はホスホリパーゼA2活性を 制御することか知られており、ホスホリパーゼA2はリン脂質がらアラキドン酸 を生成する(ロール(Rol、e)ら、Proc 、Natl 、Acad、S ci 、 USA 、 vol 、 84 、pg、 36Q3 (1987)  : クラチ(Kurachi)ら、Nature、vol、337.pg、555( 1989)) 。それ故、我々は、野生型MCC蛋白質かG蛋白質と相互作用す ることによって機能し、リン脂質代謝に関与していると考えている。
以下に示す実施例は、単なる例示であって、上記に広く記載された本発明の範囲 を制限するものではない。
実施例1 本実施例は、結腸直腸癌において染色体5q21に生じる体細胞遺伝子再編成の 検出を示す。
我々は、制限断片の長さにおける吊型性(RFLP)マーカーを用いて散発性病 の30%以上に起こる対立遺伝子の損失をマツピングした。我々は、よく見られ る損失領域かコスミト571によって検出されるR F L Pに集中している らしいということを見いたした。
コスミト5.71の部分をサブクローン化し、150の結腸直腸癌から成るパネ ルをサザンブロノト分析によってスクリーニングする際のプローブとして使用し た。我々は、正常個体由来のDNAで見られる20kbのEcoRI断片に加え て、1lkbのEcoRI断片を含む腫瘍を1つ(T14)発見した。この11 kb断片は同し患者の正常細胞から単離したDNAには存在しながった(図IN パネルA)。
(T14腫瘍のE c o RI断片をラムダD A S Hベクター腕(St ratagene)に連結し、連結したものをパッケージングしC600大腸菌 株に感染させた後、5.71配列からのプローブを用いてハイブリダイズするク ローンを同定することにより)、新たなEcoRI断片をクローン化し、腫瘍T 14からの1) N Aについてのサザンブロントのプローブに用いた。この1 ikbクローンは、予想通り、腫瘍中の異常な1lkb EcoRI断片及び正 常な20kb EcoRI断片にハイブリダイズした(図1、パネルB)。さら に、1lkbクローンは、他の制限エンドヌクレアーゼ(Pstl[図1、パネ ルC];HindIIIとEcoRVを含む)で消化しても、腫瘍T14の新た な断片を検出した11kbクローンの制限酵素地図および部分的な塩基配列の決 定がら、その左端が5.71の配列を含む20kbのEcoRI断片に由来する ことが示された。1lkb断片の右端は、正常なゲノムDNAではその左端とつ ながっていない配列に由来していた。1lkb断片の右端の400bpプローブ を用いたところ、つながっていない配列もまた、染色体5に由来するものの、1 lkbの左端から少なくとも100kbは離れた場所からのものであることが示 された。従って、この腫瘍では再編成か起こっており、正常では遠く離れたとこ ろにある配列の並置が生している。
実施例2 本実施例は、結腸直腸癌T14で見いだされた再編成により影響を受ける遺伝子 の位置づけに関(、で、我々が行なった試みを記す。
発現しているヒトの遺伝子は哺乳動物種の間で保存されているという仮説に基づ き、我々は、571コスミドと相同性をもつ配列をラットのゲノムがら検索した 。5.71コスミトのいくつかのサブクローンを、げっ歯頚DNAのサザンブロ ソト分析に使用した。フォーゲルシュタインら、Cancer Re5earc h、vol、47゜pg、4806(1987)に記載されているように55度 で異種間ハイブリダイゼーションを行い、45mM 塩化ナトリウム、2mM  クエン酸ナトリウム、0.3mMトリス−塩酸 pH7,5,01% ドデシル 硫酸ナトリウム中で55度で45分、洗浄した。低ストリンジェントな条件下で クロスハイブリダイズした2つのサブクローン(5,71−5および5.711 )を同定した。しがし、これらの保存された配列を用いて、ノザンブロツティン グ、および3X10’個以上の直腸または脳のcDNAクローンのスクリーニン グによるヒトの発現遺伝子を検出しようという試みは成功しなかった。
実施例3 本実施例は、コメミド5.フ1RFLPマーカー近傍の発現しているヒト遺伝子 の同定を示す。
我々は、異種間ハイブリダイズしたヒトのサブクローンを部分的にシーフェンス したが、この配列情報だけてはエクソンを予想することは不可能であることがわ かった。そこで、我々は異種間ハイブリダイズしたラットの断片をクローン化し 、同様にその塩基配列を決定した。ラムダD A S Hベクター(Strat agene)のラットゲノムライブラリーを32pラヘルした5、71−3およ び5.71−5配列をプローブにスクリーニングした。これらのファージクロー ンのクロスハイブリダイズする制限断片をプラスミドベクターにサブクローン化 し、シーフェンスして、図2に示す相同性を導きだした。塩基配列決定は、G  デルサル(G、Del 5al)、G、 7ンフイオレツテイ(G、Manfi oletti)およびC,シュナイダ−(C,5chneider)、Biot echniques 7:514.1989に記載されているように、非修飾T 7ポリメラーゼを用いて行なった。
ラットとヒトの対応する領域の配列を比較したところ、サブクローン5.71− 3から一つ、サブクローン5.71−5から一つの推定エクソンが同定された( 図2)。これらは、それぞれオーブンリーディングクレーム(ORF)を含んで おり、それぞれ種を超えて保存されたスプライスアクセプタ一部位とドナ一部位 に挟まれていた。ラットおよびヒトのエクソンから予想されるORFは、アミノ 酸レベルで96%、ヌクレオチドレヘルで89%同一で、ヌクレオチドの違いの 大半はコドンの3文字目によるものであった。2つの推定エクソンはゲノムDN A上で2kb以」二、離れている。
プライマーはこの2つの推定エクソンに由来する。これらのプライマーを用いて cDNAを鋳型としてPCRを行うと、エクソンが細胞内でRNAスプライシン グによってつながっている場合、推定エクソンが検出される。RNA調製品にゲ ノムDNAが混入しても、この分析法には影響しない。なぜなら、介在イントロ ンによって、ゲノムDNAからのPCR産物はスプライシングを受けたRNAか らの産物よりもずっと長くなるからである。
当初、我々は推定エクソンが互いにとのような向きになっているのか、わからな かった。それ故、このエクソン連結(exon−connection)計画の ために2セツトのプライマーを設計した。一つのセット(プライマーP1および P4;図2)では、5.71−5のエクソンか5. 71.−3のエクソンの上 流にある場合に、PCR産物が生じるようにした。もう一方のセット(プライマ ーP2およびP3:図2)では、2つのエクソンがその逆の方向にある場合に、 PCR産物が検出されるようにした。
へ−カ−(Baker)ら、Cancer Re5earch、vol、50. pg、7717(+990)に記載されているように、95℃ 0. 5分、5 5°02分、および700C2分を35サイクル用いてI) CRを行った。正 常なヒトの直腸からのmRNAに由来するc DNAを鋳型として用いたところ 、最初の組合せ(プライマーP1とP4)によってのみ、P CR産物か生(、 ることかわかった。I) CR産物は、ヒトおよびラットのゲノl、 D N  A配列で同定されたスプライス部位で2つの推定エクソンが直接スプライシング を受けた場合に予想されるサイズ(226bp)とぴったり一致した。
r−) CR産物のクローン化及び塩基配列の決定から、これか5.71−5エ クソンと5.71.−3エクソンの間で直接スプライシングを受けて生じたもの であることか確認された。このスプライシングを受けた産物は、各エクソンから のORFをイン−フレー1. (in−frame)で融合させたものを産生じ ていた。我々は、これらの配列かまさに発現している遺伝子を表わしているもの と結論し、以降、本明細書中では結腸直腸癌において変異しているものというこ とがら、M CC(mutated in colorectal cance r)遺伝子と呼ぶこととした。エクソン連結法を用いて、我々は、MCCがラッ トの正常組織の大半(例えば、直腸、脳、胃、肺、肝臓、腎臓、膀胱、心臓)で 発現していることを見いだした。
実施例4 本実施例は、ヒトMCCcDNAの脳からの単離および塩基配列の決定を示す。
ヒトcDNAを鋳型に用いて増幅したPCR産物を、次に、ラベルし、これをプ ローブとして正常なヒトの脳からのcDNAライブラリーをスクリーニングした 。脳を選んだのは、エクソン連結分析によって脳においてMCCが高レベルで発 現していることが示唆されたからである。U、ガブラー(U、Gubler)お よびB。
J、ホフマン(B、J、Hoffman)、Gene 25,263 (198 3)に記載されたヒト脳m RN AおよびラムダZapヘクター(Strat agene)からcDNAライブラリーを構築した。
5.71−3と5.71−5のエクソンを連結させたPCR産物(図2参照)を 用いて1.5X10’個のプラークをスクリーニングした。
−次スクリーニングで1.5X10’個のプラークから3つのクローンが同定さ れた。次に、これら3つのクローンの両端を用いてライブラリーを再スクリーニ ングし、最終的に7つのオーバーラツプcDNAクローンのシリーズを単離し、 順序を決定した。これらのクローンの配列解析から、これらが4,180bpの MCCmRNAを持ち、2,511bpのORFが含まれることが示された(図 3)。ORFの最初のメチオニン(ヌクレオチド220)の上流にはイン−フレ ームで終止コドンが存在し、コザソク(Kozak)(Nucleic Ac1 ds Re5earch、vo115、pg、8125(1987))によって 定義されたコンセンサスな開始部位に非常によく一致している。このメチオニン から翻訳が開始されていれば、ヌクレオチド220から2707によってコート される829アミノ酸からなる産物(93k d)が配列から予想される。OR Fは最低200bpの5゛非翻訳配列と1450bpの3′非翻訳配列に挟まれ ている。いっれのクローンの3゛末端にもポリアデニル化による延長の証拠は見 られなかった。cDNAプローブはノザンプロットにおいていくつかのサイスの RNA (3−10kb)を検出したが;これら他の転写産物が、MCC遺伝子 の別のスプライシングの形によるものなのが、あるいは他の遺伝子座からの類似 遺伝子によるものなのかは不明である。
ヌクレオチドデータベース(EMBLバージョン25、Genbankバージョ ン66)の検索から、この配列か以前に報告されたものではないことが示された 。アミノ酸データベース(P、1. R,バージョン25.5WISS−Pr。
teinバージョン16)を予想MCC蛋白質(829アミノ酸)で検索しても 、顕著な相同蛋白質は見られなかった。しかし、我々は、G蛋白質と共役してい るヒトおよびブタのムスカリン性アセチルコリン受容体とMCCとの間に19ア ミノ酸にわたる相同性があることに気づいた。
実施例5 本実施例は、結腸直腸癌組織のMCC遺伝子中で体細胞突然変異が生じることを 示す。
MCCの配列を腫瘍T14のゲノムクローンの配列と比較したところ、この腫瘍 の再編成の境界がMCC遺伝子の内側、ヌクレオチド534がら676を含むエ クソンのすぐ先のイントロンにあることが判明した。さきに述べたように、新た な1lkbの制限断片は、通常では100kb以上も離れている第5染色体上の 配列かつながったために生じた。この100kbの間にはMCC遺伝子のエクソ ンかいくつか含まれていた。従って、MCC遺伝子は、この腫瘍では遺伝子変更 によって破壊され、再編成したMCC遺伝子からはいくっがのエクソンが取り除 かれた。
他のより微妙なMCCの遺伝子変更を検索するために、我々はポリメラーゼ連鎖 反応を用いて結腸直腸癌のMCC遺伝子のエクソンを増幅した。つぎに、多くの サンプルを迅速に試験できるよう改変されたRNaseプロテクションアッセイ によって、これらの配列に突然変異が含まれていないか分析した。簡単に述べる と、エクソンおよび周囲のイントロンの配列を決定し、それを用いてエクソンお よびそれを挟むスプライス部位を増幅するためのプライマーを設計する。ついで 、P CRを用いて腫瘍からエクソンを増幅した。
MCCcDNAプローブでヒトゲノムDNAライブラリーをスクリーニングした 後、エクソンの境界部分の配列を導きだした。ポジティブにハイブリダイズした クローンを単離し、小さな断片(0,1−3kb)にサブクローン化して塩基配 列を決定した。エクソンを増幅するプライマーは、スプライス部位の外側で選択 され、その配列は以下の通りである:ヌクレオナト391−533を含むエクソ ンに対する、5°−GAATTCATCAGCACTTCT−3°(SEQ I D NO:3) オヨび5°−CAGCTCCAAGATGGAGGG−3°( SEQ ID NO:4) 、ヌクレオチド1575−1678を含むエクソン に対する、5’−GGCCCCATGTGCTTTGTT−3°(SEQ ID  NO:5)および5°−AGAGGGACTCTGGAGACA−3f (S EQ ID NO:6)、ヌクレオチド1679−1862を含むエクソンに対 する、5−ATGTTGATTAATCCGTTGGC−3°(SEQ ID  NOニア)および5°−ACCCCAGAGCAGAAGGCT−3°(SEQ  ID NO 8)、ヌクレオチド2305−2405を含むエクソンニ対する、5−GGCC TAACTGGAATGTGT−3’ (SEQ ID NO:9)オヨヒ5− GCCCAGATAAACACCAGC−3’ (SEQ ID NO:10) 。PCRは上記の通りに行った。
生じたPCR産物を、正常なMCC配列を持つ釦→+1troで作製したRNA プローブにハイブリダイズさせた。このハイブリットをRNase Aで消化す ることで、DNA−RNAハイブリッド中の一塩基対ミスマッチの部分を切断し 、これらの切断産物を変性ゲル電気泳動後に視覚化した。各エクソンに対しRN aseプロテクション分析を独立に2回(一方はセンス鎖を、もう一方はアンチ センス鎖をラヘルした転写物に用いた)行った。こうした条件下では、全ての点 突然変異の内、約50%が検出可能である。R,M、メイヤーズとT、マニアテ ィス(Maniatis)、Co1d Spring Harbor Symp osia on Quantitative BiologyA51.275( ウィンターら、Proc 、 Natl 、Acad 、Sci 、USA、  vol 、 82 、pg、 7575 (1985)によ驪L載に 以下に示す改変を加えて、RNaseプロテクションアッセイを行った:ハイブ リダイゼーションを、I It lの適当なPCR反応液と32pラベルした転 写物(200,000dpm)を含むハイブリダイゼーション溶液9μm中で、 50’Cで2時間行った。
901、tlのRNase溶液(0,2M NaC1,0,1M LiC1,2 0mM Tris−HCl、pH7,5,1mMEDTA、25ug/ml R Nase A)を加えることでRNase処理を開始し、37℃で1時間インキ ュベートした。プロテネースに溶液(5mg/mlプロテネースKを含む10% SDS溶液)を加えてRNase処理を停止させ、37°Cで1時間インキュベ ートした。
次に、溶液をPC9(フェノールとクロロホルムの3:4の混合液に、0.5M  Tris−HCI、pH9,0,10mM EDTA、10mM NaC1を 2の割合だけ加えて平衡化したもの)で−回抽出し、20μmの水層を回収し、 20μIのローディングバッファー(03%W/Vキシレンシアツール、03% W/Vブロモフェノールブルーのホルムアミド溶液)と混合した。次にこの試料 を94℃で4分間加熱し、変性ポリアクリルアミドゲルに乗せた。各エクソンに つき、6鎖を標識転写物として用いて2回のアッセイを独立に行った。
試験した4つのエクソンの内、最初のエクソン(ヌクレオチド391−533を 含む)に関しては、試験した100の結腸直腸癌の中には変異が見られなかった 。ヌクレオチl’ 1575−1678を含むエクソンの解析から、RNase プロテクションパターンに関して同一の変異を持つ腫瘍が5つ同定された。この 5つの腫瘍のうちの2つの変異PCR産物をクローン化し塩基配列を決定したと ころ、プロリンからロイシンへのコート変化をもたらすCからTへの変異かヌク レオチド1676で起きていることが、この変異の原因であることが示された。
この変異か5つの個体で見られたこと、この変異を示す腫瘍を持つ5人の患者の 2人から!11離した正常組織のDNAにもこの変異が存在した(他の3人につ いては試験していない)ことから、この変異はおそらく冬型によるものと考えら れる。
3つめのエクソン(ヌクレオチド2305−2405)の解析から、独特なRN aseプロテクションパターンを示す腫瘍か1つ(T91)同定された。この異 常なRNaseブロテクンヨンパターンは、同じ個体の正常組織から単離された DNAには見られたかった(図4)。このことは、変更したRNaseブロテク ンヨンパターンが体細胞性突然変異によって生じたものであることを示している 。T91腫瘍のP CR産物をクローン化し塩基配列を決定したところ、アラニ ンからバリンへのコート変化をもたらすCからTへの変異がヌクレオチド231 2で起きていることか示された。これは比較的保存性の高いアミノ酸置換である が、回しアミノ酸変化かp53癌抑制遺伝子を不活化することか示されている。
S、J、ベーカーら、5cience、vol、244.pg、217(198 9);S、J、ベーカーら、5cience、vol、249.pg、912( 1990) 。
4つめのエクソン(ヌクレオチド1679−1862)の解析から、独特なRN aseプロテクションパターンを示す腫瘍が1つ(Ta2)同定された。同じ個 体の正常組織から単離されたDNAの検定から、この変更したRNaseプロテ クションパターンも体細胞性突然変異によって生じたものであることが示された (図4)。Ta2のPCR産物をクローン化し塩基配列を決定したところ、アル ギニンからグルタミンへのコード変化をもたらすGからAへの変異がヌクレオチ ド1736で起きていることが示された。
配列表 (2)SEQ ID NO:1(7)情報(i) 配列の特定: (A)配列の長さ: 4181塩基対 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数、二本鎖 (D)トポロン−・直線状 (ii) 配列の種類:cDNA (iii)ハイポセティカル No (iv) アンチセンス、N0 (vl)起源・ (A)生物名・ホモサピエンス (viii)ゲノム中の位置 (A)染色体/セグメント 5q21 (xi) 配列: SEQ II) NO:1:CCTCCTGCAG CAA TGGCTCG TCCGTGAAACGCGAGCCACG GCTGCTC TTT TTAAGAGTGb60 CTGCATCCTCCGTTTGCGCT TCGCAACTGT CCTG GGTGAA AATGGCTGTCTAGACTAAAA@120 TGTGGCAGAA GGGACCAAGCAGTGGATATT GAGC CTGTGA AGTCCAACTCTTAAGCTCCG@180 AGACCTGGGG GACTGAGAGCCCAGCTCTGA AAAG TGCATCATGAATTCCG GAGTTGCCAT@240 GAAATATGGA AACGACTCCT CGGCCGAGCT GAG TGAGCTCCATTCAGCAG CCCTGGCATb300 ACTAAAGGGA GATATAGTGG AACTTAATAA ACG TCTCCAG CAAACAGAGA GGGAACGGfA 360 CCTTCTGGAA AAGAAATTGG CCAAGGCACA GTG CGAGCAG TCCCACCTCA TGAGAGAGbA 420 TGAGGATGTCCAGGAGCGAA CGACGCTTCG CTAT GAGGAA CGCATCACAG AGCTCCACAf 480 CGTCATTGCG GAGCTCAACA AGAAGATAGA CCG TCTGCAA GGCACCACCA TCAGGGAGfA 540 AGATGAGTACTCAGAACTGCGATCAGAACT CAGCC AGAGCCAACACGAGG TCAACGAGGA U00 CTCTCGAAGCATGGACCAAG ACCAGACCTCTGTCT CTATCCCCGAAAACCAGTCTACCAT 6U0 GGTTACTGCT GACATGGACA ACTGCAGTGA CCT GAACTCA GAACTGCAGA GGGTGCTG`C720 AGGGCTGGAG AATGTTGTCT GCGGCAGGAA GAA GAGCAGCTGCAGCCTCT CCGTGGCCG` 780 GGTGGACAGG CACATTGAGCAGCTCACCACAGCCA GCGAG CACTGTGACCTGGCTATTAA W40 CATGCTGTGCAGCAAAGAGG AAGAACTGAA CCGG ACTAAG GCCACCATGA ATGCCATCCf 1020 GGGCTCAGAA ATCAGTAGCA TAGGGGTATCCAGC AGTGTG GCTGAACACCTGGCCCACTCP320 ACTTCAGGACTGCTCCAATA TCCAAGAGAT TTTC CAAACA CTCTACTCACACGGATCTGCP380 CATCTCAGAA AGCAAGATTA GAGAGTTTGA GGT GGAAACA GAACGGCTGA ATAGCCGG`T 1440 TGAGCACCTCAAATCCCAAA ATGACCTCCT GACC ATAACCTTGGAGGAAT GTAAAAGCAA@1500 TGCTGAGAGG ATGAGCATGCTGGTGGGAAA ATAC GAATCCAATGCCACAG CGCTGAGGCT@1560 GGCCTTGCAG TACAGCGAGCAGTGCATCGA AGCC TACGAA CTCCTCCTGG CGCTGGCAG` 1620 GAGTGAGCAG AGCCTCATCCTGGGGCAGTT CCGA GCGGCG GGCGTGGGGT CCTCCCCTGf 1680 AGACCAGTCG GGGGATGAAA ACATCACTCA GAT GCTCAAG CGAGCTCATG ACTGCCGG`A 1740 GACAGCTGAG AACGCTGCCA AGGCCCTGCT CAT GAAGCTG GACGGCAGCT GTGGGGGAfC1800 CTTTGCCGTG GCCGGCTGCA GCGTGCAGCCCTGG GAGAGCCTTTCCTCCA ACAGCCACACP860 CAGCACAACCAGCTCCACAG CCAGTAGTTG CGAC AC(GAG TTCACTAAAG AAGACGAGC` 1920 GAGGCTGAAG GATTATATCCAGCAGCTCAA GAAT GACAGG GCTGCGGTCA AGCTGACCAs 1980 GCTGGAGCTG GAAAGCATCCACATCGATCCTCTCA GCTAT GACGTCAAGCCTCGGGGAGA Q040 CAGCCAGAGG CTGGATCTGG AAAACGCAGT GCT TATGCAG GAGCTCATGG CCATGAAGfA 2100 GGAGATGGCCGAGTTGAAGG CCCAGCTCTA CCTA CTGGAG AAAGAGAAGA AGGCCCTGG` 2160 GCTGAAGCTG AGCACGCGGG AGGCCCAGGA GCA GGCCTACCTGGTGCACA TTGAGCACCs 2220 GAAGTCCGAG GTGGAGGAGCAGAAGGAGCA GCGG ATGCGA TCCCTCAGCT CCACCAGCAf 2280 CGGCAGCAAA GATAAACCTG GCAAGGAGTG TGC TGATGCT GCCTCCCCAG CTCTGTCCbT 2340 AGCTGAACTCAGGACAACGT GCAGCGAGAA TGAG CTGGCT GCGGAGTTCA CCAACGCCAs 2400 TCGTCGAGAA AAGAAGTTGA AGGCCAGAGT TCA AGAGCTG GTGAGTGCCT TGGAGAGAbT 2460 CACCAAGAGCAGTGAAATCCGACATCAGCA ATCTG CAGAG TTCGTGAATG ATCTAAAGCG@2520 GGCCAACAGCAACCTGGTGG CTGCCTATGA GAAA GCAAAG AAAAAGCATCAAAACAAACT@2580 GAAGAAGTTA GAGTCGCAGA TGATGGCCAT GGT GGAGAGA CATGAGACCCAAGTGAGGAs 2640 GCTCAAGCAA AGAATAGCTCTGCTAGAGGA GGAG AACTCCAGGCCACACA CCAATGAAACQ700 TTCGCTTTAA TCAGCACTCA CGCACCGGAG TTC TGCCCAT GGGAAGTAAA CTGCAGCAfG 2760 CCACTGGGGA CAGAAGGGCCCATGTACTTG TTGG GAGGAG GAGGAAAGGG AAGGCTGGC` 2820 GGTAGGTCGG CACTTGGACA ATGGAGTGCCCCAA CTCAACCCTTGGGGTG ACTGGCCATG@2880 GTGACATTGT GGACTGTATCCAGAGGTGCCCGCTC TTCCCTCCTGGGCCCACAACAGCGT 2X40 GTAAACACAT GTTCTGTGCCTGCTCAGCAG AGCC TCGTTT CTGCTTTCAG CACTCACTCs 3000 CCCCCTCCTCTTCTGGTCTG GCGGCTGTGCATCAG TGGGA TCCCAGACAT TTGTTTCTGT@3060 AAGATTTTCCATTGTATCCT CTTTTTGGTA GATG CTGGGCTCATCTTCTA GAATCTCGTT@3120 TCTCCTCTTT CCTCCTGCTT CATGGGAAAA CAG ACCTGTG TGTGCCTCCA GCATTTAA`A 3180 GGACTGCTGA TTTGTTTACT ACAGCAAGGCTTTG GTTTCCAAGTC(CGGG TCTCAACTTT@3240 AAGATAGAGG CGGCCATAAG AGGTGATCTCTGGG AGTTAT AGGTCATGGG AAGAGCGTAf 3300 ACAGGTGTTA CTTACAGTCCCAGATACACT AAAG TTACAA ACAGACCACCACCAGGACTG@3360 TGCCTGAACA ATTTTGTATT GAGAGAATAA AAA CTTCCTT CAATCTTCAT TTTGGAGGbA 3420 GGGCTGGGAA GGGAGCGCTCTCTTGATTCT GGGA TTTCTCCCTCTCAGTG GAGCCTTATT@3480 AATATCCAAG ACTTAGAGCT GGGAATCTTT TTG ATACCTG TAGTGGAACT AAAATTCTfT 3540 CAGGGGTTTCTTCAAGAGCT GAGAAACATT ATTA GCACTT CCCGCCCCAG GGCACTACAs 3600 AATTGCTGTT CTGCTGAATCAAATCTCTTCCACAT GGGTG CATTTGTAGCTCTGGACCTG R660 TCTCTACCTA AGGACAAGACACTGAGGAGA TACT GAACAT TTTGCAAAACTTATCACGCCR720 TACTTAAGAG TGCTGTGTAA CCCCCAGTTCAAGA CTTAGCTCCTGTTGTCATGACGGGGA R780 CAGAGTGAGG GAATGGTAGT TAAGGCTTCT TTT TTGCCCCCAGATACATG GTGATGGTT` 3840 GCATATGGTG CTTAAAAGGT TAAATTTCAA GCA AAATGCT TACAGGGCTA GGCAGTACbA 3900 AAGTAACTGA ATTATTTCAG GAAGGTCTTCAATC TTAAAA CAAATTCATT ATTCTTTTTb3960 AGTTTTACCT CTTCTCTCTCAGTTCTACACTGATA CACTT GAAGGACCAT TTACTGTTTT@4020 TTTCTGTAGCACCAGAGAAT CCATCCAAAG TTCC CTATGA AAAATGTGTT CCATTGCCAs 4080 AGCTGACTACAAATTAAAGT TGAGGAGGTT TCTG CATAGA GTCTTTATGT CCATAAGCT` 4140 CGGGTAGGTCTATTTTCAGA GCATGATACA AATT CCACAG G 4181(2)SEQ ID NO:2のii報(i) 配 列の特定: (A)配列の長さ、829アミノ酸 (B)配列の型・アミノ酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー:直線状 (ii) 配列の種類:タンパク質 (111) ハイポセティヵル:YES(iv) アンチセンス、N。
(vi) 起源・ (Δ)生物名:ホモサピエンス (xi) 配列: SEQ ID NO:2:Met Asn Ser Gly  Val Ala Met Lys Tyr Gly Asn Asp Ser  Ser Ala Glul 5 10 15 Leu Ser Glu Leu His Ser Ala Ala Leu  Ala Ser Leu Lys Gly Asp 1ieval Glu L eu Asn Lys Arg Leu Gln Gin Thr Glu A rg Glu Arg Asp LeuLeu Glu Lys Lys Le u Ala Lys Ala Gin Cys Glu Gin Ser Hi s Leu MetArg Glu His Glu Asp Val Gin  Glu Arg Thr Thr Leu Arg Tyr Glu Glu Arg lie Thr Glu Leu His Ser Vat lie  Ala Glu Leu Asn Lys Lys 1ieAsp Arg L eu Gin Gly Thr Thr lie Arg Glu Glu A sp Glu Tyr Ser Gluloo 105 110 Leu Arg Ser Glu Leu Ser Gin Ser Gin  His Glu Val Asn Glu Asp 5erArg Ser M et Asp Gin Asp Gin Thr Ser Val Ser l ie Pro Glu Asn G1nSer Thr Met、 Val T hr Ala Asp Met Asp Asn Cys Ser Asp L eu Asn 5e■ Glu Leu Gin Arg Val Leu Thr Gly Leu  Glu Asn Val Val Cys Gly ArgLys Lys S er Ser Cys Ser Leu Ser Val Ala Glu V al Asp Arg His 1ieGlu Gin Leu Thr Th r Ala Ser Glu His Cys Asp Leu Ala li e Lys ThrVal Glu Glu rle Glu Gly Val  Leu Gly Arg Asp Leu Tyr Pro Asn Leu Ala Glu Glu Arg Ser Arg Trp Glu Lys  Glu Leu Ala Gly Leu Arg GluGlu Asn G lu Ser Leu Thr Ala Met Leu Cys Ser L ys Glu Glu Glu LeuAsn Arg Thr Lys Al a Thr Met Asn Ala lie Arg Glu Glu Ar g Asp ArgLeu Arg Arg Arg Val Arg Glu  Leu Gin Thr Arg Leu Gin Ser Val G1n Ala Thr Gly Pro Ser Ser Pro Gly Arg  Leu Thr Ser Thr Asn Arg Pr。
1ie Asn Pro Ser Thr Gly Glu Leu Ser  Thr Ser Ser Ser Ser Asn Asn1ie Pro I le Ala Lys lie Ala Glu Arg Val Lys L eu Ser Lys Thr ArgSer Glu Ser Ser Se r Ser Asp Arg Pro Val Leu Gly Ser Gl u lie 5erSer lie Gly Val Ser Ser Ser  Val Ala Glu His Leu Ala His Ser Leu Gin Asp Cys Ser Asn lie Gin Glu lie  Phe Gin Thr Leu Tyr Ser HisGly Ser A la lie Ser Glu Ser Lys lie Arg Glu P he Glu Val Glu ThrGlu Arg Leu Asn Se r Arg lie Glu His Leu Lys Ser Gin As n Asp LeuLeu Thr lie Thr Leu Glu Glu  Cys Lys Ser Asn Ala Glu Arg Met 5er Met Leu Val Gly Lys Tyr Glu Ser Asn  Ala Thr Ala Leu Arg Leu AlaLeu Gin T yr Ser Glu Gin Cys lie Glu Ala Tyr G lu Leu Leu Leu AlaLeu Ala Glu Ser Gl u Gin Ser Leu Ile Leu Gly Gin Phe Ar g Ala AlaGly Val Gly Ser Ser Pro Gly  Asp Gin Ser Gly Asp Glu Asn lie Thr Gin Met Leu Lys Arg Ala His Asp Cys  Arg Lys Thr Ala Glu Asn AlaAla Lys A la Leu Leu Met Lys Leu Asp Gly Ser C ys Gly Gly Ala PheAla Val Ala Gly Cy s Ser Val Gin Pro Trp Glu Ser Leu Se r Ser Asn530 535、 540 Ser His Thr Ser Thr Thr Ser Ser Thr  Ala Ser Ser Cys Asp Thr GluPhe Thr L ys Glu Asp Glu Gin Arg Leu Lys Asp T yr lie Gin Gin LeuLys Asn Asp Arg Al a Ala Val Lys Leu Thr Met Leu Glu Le u Glu 5er11e t(is lie Asp Pro Leu Se r Tyr Asp Val Lys Pro Arg Gly Asp 5e ■ Gin Arg Leu Asp Leu Glu Asn Ala Val  Leu Met Gin Glu Leu Met AlaMet Lys G lu Glu Met Ala Glu Leu Lys Ala Gin L eu Tyr Leu Leu GluLys Glu Lys Lys Al a Leu Glu Leu Lys Leu Ser Thr Arg Gl u Ala G1nGlu Gin Ala Tyr Leu Val His  lie Glu His Leu Lys Ser Glu Val Glu Glu Gin Lys Glu Gin Arg Met Arg Ser  Leu Ser Ser Thr Ser Ser GlySer Lys A sp Lys Pro Gly Lys Glu Cys Ala Asp A la Ala Ser Pro AlaLeu Ser Leu Ala Gl u Leu Arg Thr Thr Cys Ser Glu Asn Gl u Leu AlaAla Glu Phe Thr Asn Ala lie  Arg Arg Glu Lys Lys Leu Lys Ala Arg Val Gin Glu Leu Val Ser Ala Leu Glu  Arg Leu Thr Lys Ser Ser Glu1ie Arg H is Gin Gin Ser Ala Glu Phe Val Asn A sp Leu Lys Arg AlaAsn Ser Asn Leu Va l Ala Ala Tyr Glu Lys Ala Lys Lys Ly s His G1nAsn Lys Leu Lys 1.ys Leu Gl u Ser Gin Met Met Ala Met Val Glu Ar ■ His Glu Thr Gin Val Arg Met Leu Lys  Gin Arg Ile Ala Leu Leu GluGlu Glu A sn Ser Arg Pro His Thr Asn Glu Thr S er Leu(2)SEQ ID NO:3(7)情報(i) 配列の特定: (A)配列の長さ:18塩基対 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数ニー木鎖 (D)トポロン−・直線状 (ii) 配列の種類:DNA(ゲノミック)(iff)ハイボセティヵル二N 。
(iv) アンチセンス二N。
(vi) 起源: (A)生物名:ホモサピエンス (viii)ゲノム中の位置 (A)染色体/セグメント:5q21 (xi) 配列: SEQ ID NO:3:GAJTTCATCA GCAC TTC丁 18(2)SEQ ID NO:4の情報 (i) 配列の特定: (A)配列の長さ:18塩基対 (B)配列の型 核酸 CC)Mの数・−木鎖 (D)トポロジー・直線状 (ii) 配列の種類:DNA’(ゲノミック)(fit)ハイボセティヵル: N。
(iv) アンチセンス二N0 (vi) 起源 (Δ)生物名 ホモサピエンス (viii)ゲノム中の位置 (A)染色体/セグメント:5q21 (xi) 配列: SEQ ID NO:4:CAGCTCCAAG ATGG AGGG(2)SEQ ID No・5の情報 (i) 配列の特定: (A)配列の長さ・18塩基対 CB)配列の型:核酸 (C)鎖の数、−木鎖 (D)トポロン−・直線状 (ii) 配列の種類・DNA (ゲノミック)(iii)ハイポセティカル二 N0 (iv) アンチセンス・No (vl)起源 (A)生物名:ホモサピエンス (viii)ゲノム中の位置 (A)染色体/セグメント:5q21 (xi) 配列: SEQ ID NO:5:GGCCCCATGT GCTT TGTT(2)SEQ ID NO:6の情報 (1) 配列の特定: (A)配列の長さ 18塩基対 (B)配列の型・核酸 (C)鎖の数 一本鎖 (D)トポロジー二直線状 (ii) 配列の種類 DNA(ゲノミック)(iii)ハイポセティカル、N 0 (iv) アンチセンス・No (vi) 起源: (A)生物名:ホモサピエンス 18 (viii)ゲノム中の位置 (A)染色体/セグメント: 5q21(xi) 配列: SEQ ID NO :6:AGAGGGACTCTGGAGACA(2)SEQ ID NOニアの 情報 (i) 配列の特定: (A)配列の長さ:20塩基対 (B)配列の型:核酸 (C)鎖の数ニ一本鎖 (D)トポロジー二直線状 (ii) 配列の種類:DNA(ゲノミック)(iii)ハイポセティカル・N 。
(iv) アンチセンス:No (vi) 起源: (A)生物名:ホモサピエンス 18 (viii)ゲノム中の位置 (A)染色体/セグメント:5q21 (xi) 配列: SEQ ID NOニア:ATGTTGATTA ATCC GTTGGC(2)SEQ ID NO:8の情報 (i) 配列の特定。
(xi) 配列: SEQ ID NO:11:Leu Tyr Trp Ar g lie Tyr Lys Glu Thr Glu Lys Arg Th r Lys Glu Leul 5 10 15 Ala Gly Leu Gin Ala Ser Gly Thr(2)SE Q II) NO:12の情報(i) 配列の特定・ (Δ)配列の長さ:206塩基対 (B)配列の型 核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー二直線状 (ii) 配列の種類 DNA(ゲノミック)(iii)ハイポセティカル二N 0 (jv) アンチセンス・N。
(vi) 起源・ (A)生物名、ホモサピエンス (ix) 配列の特徴・ (A)特徴を表す記号 CD5 (B)存在位置 32..172 (ix) 配列の特徴: (A)特徴を表す記号・ exon (B)存在位置:32..174 (xi) 配列: SEQ ID NO:12:CAGCACTTCT GTC CTTTTCCCTTATTCCCA G TGCGAG CAG TCCCA CCTCATG 52Cys Glu Gin Ser His Leu Me tAGA GAG CAT GAG GAT GTCCAG GAG CGA  ACG ACG CTT CGCTAT GAG GAA 1P0 0Ar Glu His Glu Asp Val Gin Glu Arg  Thr Thr Leu Arg Tyr Glu Glulo 15 20 CGCATCACA GAG CTCCACAGCGTCATT GCG GA G CTCAACAAG AAG ATA 148Arg lie Thr G lu Leu His Ser Val lie Ala Glu Leu A sn Lys Lys 1ieGACCGT CTG CAA GGCACCA CCATCAGGTACGCGG CTCCATTCGG CTTTTACTC T 202Asp Arg Leu Gin Gly Thr Thr 1ie (2)SEQ ID NO:13の情報(i) 配列の特定: (A)配列の長さ:47アミノ酸 (B)配列の型二アミノ酸 (D)トポロジー・直線状 (ii) 配列の種類:タンパク質 (xi) 配列: SEQ ID NO:13:Cys Glu Gin Se r His Leu Met Arg Glu His Glu Asp Va l Gin Glu Argl 5 10 15 Thr Thr Leu Arg Tyr Glu Glu Arg lie  Thr Glu Leu His Ser Val 1ieAla Glu L eu Asn Lys Lys Ile Asp Arg Leu Gin G ly Thr Thr l1e(2)SEQ ID No・14の情報(i)  配列の特定; (A)配列の長さ:206塩基対 (B)配列の型・核酸 (C)鎖の数二二本鎖 (D)トポロジー二直線状 (ii) 配列の種類:DNA(ゲノミック)(iii)ハイポセティカル:N 0 (iv) アンチセンス:No (vi) 起源: (A)生物名:Rattus rattus(ix) 配列の特徴。
(A)特徴を表す記号:exon (B)存在位置・32..174 (ix) 配列の特徴・ (A)特徴を表す記号: CD5 (B)存在位置、328.172 (xi) 配列: SEQ ID No・14:TCCGTCTTCT CCT CTTTGTT CTTGGCCCTA G TGT GAG CAG TCA  CACCTCATG 52Cys Glu Gin Ser His Leu  MetAGA GAG CAT GAA GAT GTT CAG GAA  CGCACG ACA CTCCGCTAT GAG GAG 11O 0Ar Glu His Glu Asp Val Gin Glu Arg  Thr Thr Leu Arg Tyr Glu Glulo 15 20 CGCATCACA GAG CTCCACAGCATCATT GCA GA A CTCAACAAG AAG ATA 148Arg lie Thr G lu Leu His Ser lie lie Ala Glu Leu A sn Lys Lys 1ieGACCGCTTG CAA GGT ACCA CCATCAGGTATGGCT GCTATTTAACCTGTGCTGGT  202Asp ArgLeu Gin Gly Thr Thr 1ie(2 )SEQ ID NO:15の情報(i) 配列の特定 (A)配列の長さ 47アミノ酸 (B)配列の型 アミノ酸 (D)トポロジー二直線状 (ii) 配列の種類:タンパク質 (xi) 配列: SEQ ID NO:15:Cys Glu Gin Se r His Leu Met Arg Glu His Glu Asp Va l Gin Glu Argl 5 10 15 Thr Thr Leu Arg Tyr Glu Glu Arg Ile  Thr Glu Leu His Ser lie l1eAla Glu L eu Asn Lys Lys lie Asp Arg Leu Gin G ly Thr Thr l1e(2)SEQ [D NO:16の情報(i)  配列の特定: (A)配列の長さ:208塩基対 “(B)配列の型:核酸 (C)鎖の数:二本鎖 (D)トポロジー二直線状 (ii) 配列の種類:DNA(ゲノミック)(in)ハイポセティカル、N0 (iv) アンチセンス二N0 (vi) 起源: (A)生物名:ホモサピエンス (viii)ゲノ11中の位置 (A)染色体/セグメント: 5q21(ix) 配列の特徴: (Δ)特徴を表す記号 CD5 (B)存在位置・35..175 (ix) 配列の特徴。
(A)特徴を表す記号: exon (B)存在位置・34..176 (xi) 配列: SEQ ID NO:16:TGTTAGTGGT TGC CAATTCT CCTTTTTTCT CAGG GAG GAA GAT  GAG TACTCAGlu Glu Asp Glu Tyr SerGAA  CTG CGA TCA GAA CTCAGCCAG AGCCAA CA CGAG GTCAACGAG GACGlu Leu Arg Ser Gl u Leu Ser Gin Ser Gin His Glu Val As n Glu Asplo 15 20 TCT CGA AGCATG GACCAA GACCAG ACCTCT  GTCTCT ATCCCCGAA AAC3er Arg Ser Met  Asp Gin Asp Gin Thr Ser Val Ser lie  Pro Glu AsnCAG TCT ACCATG GTT ACT GC T GACATG GGTGAGTCTG CCTGCCCTTGGin Se r Thr Met Val Thr Ala Asp Met(2)SEQ  [D NO:17の情報(i) 配列の特定・ (A)配列の長さ:47アミノ酸 (B)配列の型二アミノ酸 (D)l−ボロジー・直線状 (ii) 配列の種類:タンパク質 (xi) 配列: SEQ ID NO:17:Glu Glu Asp G] 、u Tyr Ser Glu Leu Arg Ser Glu Leu S er Gin Ser G1■ His Glu Val Asn Glu Asp Ser Arg Ser  Met Asp Gin Asp Gln Thr 5erVal Ser l ie Pro Glu Asn Gin Ser Thr Met Val T hr Ala Asp MetCAG TCT ACT ATG GTCACT  GCT GACATG GGTGAGTCTT CCCAGGCCTC(2) SEQ ID NO:18の情報52 〜 (i) 配列の特定: (A)配列の長さ=208塩基対 (B)配列の型:核酸 100 (C)鎖の数二本鎖 (D)トポロジー:直線状 (ii) 配列の種類:DNA(ゲノミック)148(iii)ハイホセティカ ル:N。
(iv) アンチセンス二N0 (vi) 起源: 195 (A)生物名:Rattus rattus(Lx) 配列の特徴: (A)特徴を表す記号:exon 20B (B )存在位置:34..176(ix) 配列の特徴: (A)特徴を表す記号: CD5 (B)存在位置:35..175 (xi) 配列: SEQ ID NO:18:CACTCAATGG TGA GTGGCTCTCTTTTTTTG CAGG GAG GAA GAT G AG TACTCAGlu Glu Asp Glu Tyr SerGAA  CTT CGG TCA GAG CTCAGCCAG AGT CAA CA A GAG GTCAAT GAA GACGlu Leu Arg Ser  Glu Leu Ser Gin Ser Gin Gin Glu Val  Asn Glu Asplo 、 15 20 TCCAGA AGT GTG GACCAA GACCAG ACCTCT  GTG TCCATCCCT GAG AAC3er Arg Ser Val  Asp Gin Asp Gin Thr Ser Val Ser lie  Pro Glu AsnGin Ser Thr Met Val Thr  Ala Asp MetCjl−ロコ し J:l ++ Φt く ← リ←− + 1− 1J u l:LLJ φQ ひOコQ コく α(J 01(4J lj −←−く ロ 0 I/+(>< 1−ロ Φ−−く い(LL) ■− 勺←+ (<((Φ −((IJ −(J Φ0 くロ (Q Σく 〉ΦLJ  w w L) s−LLI >< czJ mlj (hLJ eRh−L4  czws−< lj )−tJ ■IJ −L) φく Φ← mlj L− 1j Φυ φべU く ■ U ← L/1← ロLj (Illj Σ(t tu <IJ φト くΦCAL) Ll−コQ にLJ r< COLLI  αLJ IALI >Ll コL) Ll−一く ■t+Ia11− 二LJ  )(−(ΦCいく −Φ −o −(υQ口LI L/’lI+−−cJ ←< −り ΦU ψく くΦ uト ロQ QQ ψくL(J QLJ m(J ( 1−フロ 1−4J v+Q コLI C:lj eL) LLJ LLJΦQ  I/I< +LJ −く Φ← 島く 島ロ Φ← −く μロ QOΦ01 /’l憾 くロ くQ くく −← +I−IJI−−Ll 1j(J (LJ  ψく ψく+、nP−+x〜cox O〜 t’JcD rffil’ffi  u’l(D P+−Q)(f) C1l”l 〜CD マmLIJ :50ζ (t 01(j l−1−1,5h CJ (<口<ト<QaJcp a++  −< L、(り (J tp )−((j CJ u ((J 1− Cり ( いく −00(J ((+−I+l−IJ < −〇 −−← く Q+−(<  LJ−υくく口((1−1−((1−Φ(J Cj u u < 1− (1 −1−Cj (lj (J l−LJ e L)υロー(U (←Qくくくロー 1jlJ←く(j +−(J + ((u tJ CJ (Jりくり+−tり  (+J口l−S+−リド−←IJ 1− j−←(+−1−((−t(J l− LJ CD←Φ←(J l−(+−1−) (5ΦくCJ I+W 1− (0 1−IJ i−+ ((+−L? 1− (CJくく口く←LI Cj ((口 0口(+ L) (Llj−Cjローく一ロQトロくQくく←←くり)+Φ(( +j←Q口く←((J Cj (←←(1−(< (Ll < ()−ロI−← く−Q(Φ(J < (←< LJ (J !口←0 CJ < u LJ ( 口〈I−ロI−+−LJ (+−1−01l口く〈←く■I−Φ(j < LJ  l−(J (J (J (1−Cj (u ((J u(+−L) l−(h −Ll (口Φく口←<<<<L) l−1−1−(tJ l−(J 1− ( (j (+−+ lj + +(1−LI CJ■く←く口CJ l−CJ ( J Q< CJ LJQl−ローロ(J(J口((! (1−一ロくφu (l j L) 1−■←(Cj (j cj +−< w <口く(J (Cj ( Ll (CJ ((口←←くΦリドくI−(J (L) (1−1−CJ (C j (LJ u < (J (J +C!+ (CJ ロ)−1−< < 1− ロucj←U (! <= 手 続 補 正 書(方式) %式% 1、事件の表示 PCT/USQ2100377 平成 4年特許願第504757号 β3発明の名称 ヒ1〜結腸的腸癌において突然変異を起こ[、ている遺伝r−゛3.補11をす る者 1(件との関係 特8′l出願人 住所 名 称 サ・ンヨーンス・ホブキンス・ユニバーシティ (外2名)4代理人 住 所 東京都千−代[II区大手町二J十12番1号新大手町ビル 206区 電話327(1−6641〜6646 氏名(2770)弁理士湯浅恭王 5、捕II−命令の11付 ・1′成 6年 4月1211 (定速11)6  補iIlの対象 (1)出願人の名称、代表者名を+rE確に記載した国内書面(2)委fT’状 及び翻訳史 PCT/IIS 92/[+0377 国際調査報告 フロントページの続き (51) Int、 C1,5識別記号 庁内整理番号GOIN 33153  D 8310−2J331574 A 8310−2J (81)指定国 EP(AT、BE、CH,DE。
DK、ES、FR,GB、GR,IT、LU、MC,NL、SE)、0A(BP 、BJ、CF、CG、CI、CM、GA、GN、ML、MR,SN、TD、TG )、AT、 AU、 BB、 BG、 BR,CA、 CH,C3,DE。
DK、 ES、FI、 GB、 HU、JP、 KP、 KR,LK、 LU、  MG、〜iN、MW、NL、No、’PL、RO、RU、SD、5E (72)発明者 ヴオーゲルスタイン、パートアメリカ合衆国メリーランド州2 1208.ポルティモア、ブレトン・ウェイ 3700I (72)発明者 キンズラー、ケネス・ダブり二−アメリカ合衆国メリーランド 州21234.ポルティモア、ハルステイード・ロード (72)発明者 ホワイト、レイモンド・エルアメリカ合衆国ユタ州84103 .ソルト・レイク・シティ、エイティーンス・アベニュ(72)発明者 中村  祐輔 東京都清瀬市松山1−43−3

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.ヒトから単離された腫瘍組織において、野生型MCC遺伝子をコードする配 列またはその発現産物の変更を検出し、該変更をその組織の新生物化の指標とす る; ことから成る、ヒトの新生物性組織の診断または予後診断方法。 2.発現産物がmRNA分子である請求項1に記載の方法。 3.野生型MCCmRNAの変更が、組織由来のmRNAとMCC遺伝子プロー ブとのハイブリダイゼーションによって検出される請求項2に記載の方法。 4.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更が、MCC遺伝子のコード配列プロ ーブと組織から単離されたゲノムDNAとのハイブリダイゼーションによって検 出される請求項1に記載の方法。 5.ヒトの非新生物組織から単離されたゲノムDNAに対して、MCC遺伝子の コード配列プローブを用いてサザンハイブリダイゼーションを行い;そしてMC C遺伝子プローブの該腫瘍組織と非新生物組織に対するハイブリダイゼーション を比較する; ことをさらに含む請求項4に記載の方法。 6.MCC遺伝子プローブが制限断片の長さにおける多型性(restrict ion fragment length polymorphism)を検出 する請求項4に記載の方法。 7.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更が、ポリメラーゼ連鎖反応(pol ymerase chain reaction)を用いて組織中のMCC遺伝 子の全体若しくは一部の配列を決定することによって検出され、決定されたMC C配列がSEQ IDNO:1に示された配列から変異していることを新生物化 の指標とする請求項1に記載の方法。 8.分子(1)組織から単離されたMCC遺伝子またはMCC mRNAと、分 子(2)ヒト野生型MCC遺伝子のコード配列に相補的な核酸プローブとを互い にハイブリダイズさせて二本鎖を形成させたときの分子間ミスマッチを同定する ことによって、野生型MCC遺伝子のコード配列の変更を検出する請求項1に記 載の方法。 9.MCC遺伝子プローブが、(1)ヌクレオチド2305−2405;および (2)ヌクレオチド1679−1862から成るグループから選択されるエクソ ンとハイブリダイズする請求項4に記載の方法。 10.組織中のMCC遺伝子配列を増幅し、増幅されたMCC配列をMCC配列 を含む核酸プローブに対してハイブリダイズさせることによって、野生型MCC 遺伝子のコード配列の変更を検出する請求項1に記載の方法。 11.組織中のMCC遺伝子の分子クローン化を行い、クローン化したMCC遺 伝子の全体または一部の塩基配列を決定することによって、野生型MCC遺伝子 のコード配列の変更を検出する請求項1に記載の方法。 12.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更の検出が、欠失突然変異のスクリ ーニングを含む請求項1に記載の方法。 13.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更の検出が、点突然変異のスクリー ニングを含む請求項1に記載の方法。 14.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更の検出が、挿入突然変異のスクリ ーニングを含む請求項1に記載の方法。 15.ヒトから単離される組織が結腸粘膜に由来する請求項1に記載の方法。 16.発現産物が蛋白質分子である請求項1に記載の方法。 17.野生型MCC蛋白質の変更がイムノプロッティングによって検出される請 求項16に記載の方法。 18.野生型MCC蛋白質の変更が免疫細胞化学によって検出される請求項16 に記載の方法。 19.野生型MCC蛋白質の変更が、該MCC蛋白質と第二の細胞蛋白質との結 合相互作用の分析によって検出される請求項16に記載の方法。 20.第二の細胞蛋白質がG蛋白質である請求項19に記載の方法。 21.野生型MCC蛋白質の変更が、リン脂質代謝物の分析によって検出される 請求項16に記載の方法。 22.野生型MCC遺伝子の機能を失っている細胞に野也型MCC遺伝子を導入 して、該野生型MCC遺伝子を細胞内で発現させる;ことから成る、MCC遺伝 子の突然変異によって野生型MCC遺伝子の機能を失っている細胞に、該機能を 付与する方法。 23.MCC遺伝子突然変異を修復するための二重組み換え事象によって、導入 された野生型MCC遺伝子が細胞内に存在する内在性突然変異MCC遺伝子と組 み換えを起こす請求項22に記載の方法。 24.野生型MCC遺伝子の機能を失っている細胞に、野生型MCC遺伝子のう ち該細胞の非新生物性増殖に必要なMCC蛋白質の部分をコードする部分を導入 して、該部分を細胞内で発現させる;ことから成る、MCC遺伝子の突然変異に よって野生型MCC遺伝子の機能が変更されている細胞に、該機能を付与する方 法。 25.野生型MCCの機能を模倣する分子を細胞に導入する;ことから成る、M CC遺伝子の突然変異によって野生型MCC遺伝子の機能が変更されている細胞 に、該機能を付与する方法。 26.ポリメラーゼ連鎖反応によってMCC遺伝子のヌクレオチド配列の決定に 用いるための、染色体5qのバンド21に由来する配列を有する一対の一本鎖D NAプライマーであって、該プライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応によりS EQ ID NO:1に示される配列を有するDNAが合成される上記プライマ ー。 27.各5′末端に制限酵素部位を有する請求項26に記載のプライマー。 28.MCCイントロンに対応する配列を有する請求項26に記載の一対のプラ イマー。 29.ヒト野生型MCC遺伝子のコード配列に相補的な核酸プローブ。 30.SEQ ID NO:1に示される(1)ヌクレオチド2305−240 5;および(2)ヌクレオチド1679−1862から成るグループから選択さ れるエクソンにハイブリダイズする核酸プローブ。 31.MCC遺伝子のコード配列の全てのヌクレオチドと全体としてハイブリダ イズする一群の核酸プローブから構成される、野生型MCC遺伝子の変更を検出 するためのキット。 32.ヒトの体からのサンプルにおける、野生型MCC遺伝子のコード配列また は野生型MCC発現産物の変更を検出し、該変更をそのヒトの新生物組織の存在 の指標とする; ことから成る、ヒトにおける新生物組織の存在を検出する方法。 33.ヒトの体からのサンプルが、血清、大便、尿および唾液から成るグループ から選択される請求項32に記載の方法。 34.血液および胎児組織から成るグループから選択されるヒトのサンプル中の 野生型MCC遺伝子のコード配列またはその発現産物の変更で、癌に成りやすい 素因を示唆するような変更を検出する;ことから成る、ヒトの癌に対する遺伝的 素因を検出する方法。 35.発現産物がmRNA分子である請求項34に記載の方法。 36.野生型MCC mRNAの変更が、組織由来のmRNAとMCC遺伝子プ ローブとのハイブリダイゼーションによって検出される請求項35に記載の方法 。 37.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更が、MCC遺伝子のコード配列プ ローブと組織から単離されたゲノムDNAとのハイブリダイゼーションによって 検出される請求項34に記載の方法。 38.MCC遺伝子のコード配列プローブが制限断片の長さにおける多型性を検 出する請求項37に記載の方法。 39.ポリメラーゼ連鎖反応によって組織中のMCC遺伝子の全体または一部の 塩基配列を決定して野生型MCC遺伝子のコード配列の変更を検出し、決定され たMCC配列がSEQ ID NO:1から変異していることを癌になりやすい 素因の指標とする請求項34に記載の方法。 40.分子(1)該組織から単離されたMCC遺伝子またはMCC mRNAと 分子(2)ヒト野生型MCC遺伝子のコード配列に相補的な核酸プローブとを互 いにハイブリダイズさせ二本鎖を形成させたときの分子間ミスマッチを同定する ことによって、野生型MCC遺伝子のコード配列の変更を検出する請求項34に 記載の方法。 41.MCC遺伝子プローブが、(1)ヌクレオチド2305−2405;およ び(2)ヌクレオチド1679−1862から成るグループから選択されるエク ソンにハイブリダイズする請求項37に記載の方法。 42.組織中のMCC遺伝子配列を増幅し、増幅したMCC配列とMCC遺伝子 のコード配列から成る核酸プローブとをハイブリダイズさせることによって、野 生型MCC遺伝子のコード配列の変更を検出する請求項34に記載の方法。 43.組織中のMCC遺伝子の分子クローン化を行い、クローン化したMCC遺 伝子の全体または一部の塩基配列を決定することによって、野生型MCC遺伝子 のコード配列の変更を検出する請求項34に記載の方法。 44.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更の検出が、欠失突然変異のスクリ ーニングを含む請求項34に記載の方法。 45.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更の検出が、点突然変異のスクリー ニングを含む請求項34に記載の方法。 46.野生型MCC遺伝子のコード配列の変更の検出が、挿入突然変異のスクリ ーニングを含む請求項34に記載の方法。 47.発現産物が蛋白質分子である請求項34に記載の方法。 48.野生型MCC蛋白質の変更がイムノプロッティングによって検出される請 求項47に記載の方法。 49.野生型MCC蛋白質の変更が免疫細胞化学によって検出される請求項47 に記載の方法。 50.野生型MCC蛋白質の変更が、該MCC蛋白質と第二の細胞蛋白質との結 合相互作用の分析によって検出される請求項47に記載の方法。 51.第二の細胞蛋白質がG蛋白質である請求項50に記載の方法。 52.MCC遺伝子のコード配列を含むcDNA分子。 53.アミノ酸配列がSEQ ID NO:2に示すものに対応する、他のヒト 蛋白質を実質的に含まないヒトMCC蛋白質の調製品。 54.ヒトMCC蛋白質に対して免疫反応性だが、他のヒト蛋白質には実質的に 免疫反応性でない抗体の調製品。
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