JPH06510671A - キメラ抗体の製造−組合せアプローチ - Google Patents

キメラ抗体の製造−組合せアプローチ

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 キメラ抗体の製造−組合せアプローチ 本発明は抗体の製造に関する。より詳しくは、本発明は、同一抗原に特異的な親 の抗体よりも増加されたヒトの特性を有する抗体の製造に関する。
ハイブリドーマ技術を使−っで多数の舊歯類モノクローナル抗体力)単離されて おり、ヒトにaいて生体内での治療目的や診断目的(こ使われている。例えば、 それらのマウスモノクローナル抗体の初期の適用は腫瘍を抹殺するためまたは画 像診断するための標的剤としててあッf二(F、H,Delandおよびり、M 、 Goldenberg、 1982.−Radio−nuclide 1m aging−D、ε、 Kuh1編、 289−297頁、 Pergamon 、 Paris IR,LevyおよびR,A、 Miller、 Ann、  Rev、 Med、’、1983.34. 107−116頁)。しかしながら 、そのような抗体の生体内使用は問題を引き起こし得る。外来の免疫グロブリン は抗グロブリン応答を管起せしめ(ヒト抗マウス抗体(HAMA)応答として知 られる)、該応答(よ療法を妨害しくR,A、 Millerら、 1983.  Blood、 62.988−995)またにアレルギー性過敏症もしくは免 疫複合体過敏症を引き起こし得る(B、Ratner、1943. 八ller gy、Anaphylaxis and Immunotherapy。
Williams and Wilkins、 Baltimore) 6それ らの問題を解決するために、Winterと同業者(GB 2188638B) は、そのような抗体をヒト化する、即ち「再構築する(reshaping)  」方法を開発した。抗原結合部位を含んで成るマウス抗体の相補性決定領域(C DR)をヒトのフレームワーク領域中に挿入し、それ(=よってCDR配列のみ か元のマウス抗体に由来する抗体を作製する。
これは、rCDR移植jまたはrCDR刷り込みJとして知られる技術である。
そのような1つの再構築された抗体CAMPATH−1(L。
Riechmannら、 +988. Nature 322.323−327 頁)かB細胞リンパ腫(G、 Haleら、 1988. Lancer 2. 1394−1399頁)、脈管炎(P、 W。
!1iathiesonら、 New、 Engl、 J、 Med、、 19 90.323.250−254頁)および慢性関節リウマチ(V、 Kyleら 、1991. J、 Rheumatol、18. 1737−1738頁)の 治療において好結果に使われている。これは癌マーカー、例えばインターロイキ ン−2レセプター(C0Queenら、 1989゜Proc、 Natl、  Acad、 Sci、 USA、 86.10029−10033頁):表皮増 殖因子レセプター(C,A、Kettleboroughら、+991. Pr otein Eng、4. 773−783頁; P、 Carterら、19 92. Proc、 Natl、Acad、Sci、USA 89゜4285− 4289頁)および癌胎児抗原(K、 Bossletら、 1992. Br 1t。
J、 Cancer 65.234−238頁)に対して向けられた治療目的の 多数の抗体のヒト化を促した。感染性ウィルスに対して向けられた多数の抗体、 例えばRSウィルス(P、R,Tempestら、’ 1991. Bio/T echnology9、266−271頁):単純ヘルペスウィルス(M、S、  Coら、 1991. Proc。
Natl、 Acad、 Sci、 USA 88.2869−2873頁)お よびヒト免疫不全ウィルス(H9Maedaら、 1991. Human A ntibodies and Hybridomas 2゜124−134頁) に対して向けられた抗体もヒト化されている。ヒト化された抗体は、放射性同位 体で標識後、腫瘍の画像診断にも使われている(V、 Hirdら、 1991 . Br1t、 J、 Cancer 64.911−914頁)。
好結果の再構築は、各ドメインのβ−ソートの方向および重鎮と軽鎖の一緒の詰 め込みの両方か構造的に保持されている翼歯頚とヒトのフレームワーク領域に依 存する。超可変性ループが抗原との接触の大部分を行っており、該ループは基礎 をなすβ−シートフレームワークにより同様な方法で保持される。それらの条件 は幾つかの抗体には正しいらしいか、成る抗体ではループとフレームワークとの 鍵状接触の回復か必要なことかわかり、これは分子モデル作製(Riechem anら、 1988.前掲、Tempestら、 1991.前掲)や−次配列 の相違を最少にするような署歯類とヒトのフレームワーク領域の組織的合致(Q ueenら、 1989.前掲; Gormanら、 1991.前掲: Ma edaら、前掲)により支持された。重鎮および軽鎖可変ドメインの両方のCD Rの基礎をなす“Vernier“帯に多数の残基があり、この“Vernie r”帯かCDR構造を調整しそして抗原と合うように微調整し、よって親和性と 特異性に強力な効果を及ぼし得ることか研究により示されている(J、 Foo teおよびG、 Winter、 1992. J、 Mo1. Biol。
224、487−499)。このアプローチの変形は、埋没するアミノ酸残基は マウス抗体に由来しそして露出するアミノ酸は相同のヒトフレームワークに由来 するというヒト/マウスキメラフレームワーク上にマウスCDRを転移せしめる ことである(E、A、 Padlanら、1991゜Mo1. 1mmuno1 .28.485−498 )。
CDR移植の過程は、非ヒト(動物)抗体からヒト抗体への抗原結合部位の転移 を含む。はとんどの場合、重鎮と軽鎖の両方からの3つのCDR全でが動物抗体 から1つのヒトフレームワークに移植されている。幾つかのCDRは抗原への結 合に関与しないことかあり、また異なる配列を有するCDRか同じ折りたたみを 有することができる(従って異なる配列にもかかわらず抗原から主鎖への接触か 保持され得る)ため、常に全てのCDRを移植する必要はないと予想される。実 際、単一のドメイン(Wardら、 1989. Nature 341゜54 4−546頁)または単一のCDRでさえも(R,Taubら、 1989.  J。
Biol、 Chem、 264.259−265頁)それだけで抗原結合活性 を有することかできる。しかしながら、CDRの全部を移植するにせよ幾つかだ けを移植するにせよ、CDR移植の意図は、同じまたはほとんど同じ抗原部位を 動物抗体からヒト抗体に移植することである。
構造的には、最も単純な抗体(IgG)は4本のポリペプチド鎖、即ちジスルフ ィド結合によって相互に連結された2本の重(H)鎖と2本の軽(L)1を含ん で成る(図1参照)。軽鎖はカッパ(に)およびラムダ(λ)と呼ばれる2つの 異なる形態で存在する。各鎖は定常領域(C)と可変領域(V)を有する。各鎖 は一連のドメインに編成される。軽鎖は2つのドメインを有し、一方がC領域で 他方かV領域に相当する。重鎮は4つのドメインを有し、1つはV領域に相当し 、3つのドメイン(1,2,3)はC領域にある。抗体は2本のアーム(各アー ムはFab領域である)を有し、その各々は互いに結合されたvL領領域v8領 域を育する。■領域のこのペア(V LとVM)は抗体ごとに異なっており(ア ミノ酸配列変化のため)、−緒になって抗原を認識しそして抗原結合部位(AB S)を提供する原因となる。更により詳しくは、各V領域は、4つのフレームワ ーク領域(PR)により隔てられた3つの相補性決定領域(CDR)から構成さ れている。CDRは可変領域の最も可変的な部分てあり、それらは重要な抗原結 合機能を果たす。CDR領域は、組換え、突然変異および選択を含む複雑な過程 を経て多数の潜在的生殖細胞系列配列から誘導される。
抗原を結合する機能が完全抗体の断片により果たされ得ることは証明されている 。例えば結合性断片は、(1)VL、vH,CLおよびC,1ドメインから成る Fab断片; (ii)VHドメインとC,l ドメインとから成るFd断片;  (iii)抗体の一本のアームのV、ドメインとV。ドメインとから成るFv 断片+(tv)Vo ドメインから成るdAb断片(Ward、 E、 S、ら 、 Nature 341.544−546.1989 ) ; (v)単離さ れたCDR領域、並びに(vi)ヒンジ領域のところでジスルフィド結合によっ て連結された2つのFab断片を含んで成る二価断片であるF (ab’ )2 断片である。
Fv断片の2つのドメインは別の遺伝子によってコードされるけnとも、それら を単一タンパク質鎖〔一本jJFv (scFv)として知して生産できるよう にする合成リンカ−を組換え法により作製することか可能であると判明した。
モノクローナル抗体のヒト化を使った経験により、それらの分子か治療と診断に 非常に有益なものとなり得ることか示されている。
しかしながら、マウスモノクローナル抗体の元の特性を保持または改善するもの を得るために多数のヒト化された抗体誘導体をモニタリングすることかできるた めの必要条件がある。更に、迅速且つ簡便な方法によってそのような分子を作製 するための必要条件かある。
用語法 この章で説明する用語のほとんどは適宜明細書中に言及されているものである。
複製可能な遺伝表示パッケージ(Rgdp)これは、複製能力をもった粒子を提 供する遺伝情報を育する生物学的粒子を言う。該粒子はその表面上にポリペプチ ドの少なくとも部分を表示することかできる。該ポリペプチドは、該粒子にとっ て生来である遺伝情報および/または該粒子中もしくはその祖先中に人工的に置 かれた遺伝情報によりコードされ得る。表示されるポリペプチドは、特異的結合 ペアのいずれかのメンバー、例えば免疫グロブリン分子を基にした重鎮もしくは 軽鎖ドメイン、酵素またはレセプター等であることかできる。
該粒子はウィルス、例えばfdまたはM13といったノ1クテリオファこれは、 前記粒子か特異的結合ペアのメンバーをその表面上に表示している複製可能な遺 伝表示パッケージを言う。該パッケージはその表面上に抗原結合性ドメインを表 示するバタテリオファージであることかできる。この盟のパッケージはファージ 抗体(pAb)と呼これは、天然に産生されるにせよ部分的または完全に合成に より製造されるにせよ免疫グロブリンを言う。この用語は免疫グロブリン結合性 ドメインに相同である結合性ドメインを有する任意のタンパク質をも包含する。
それらのタンパク質は天然源から誘導されるか、または部分的にもしくは完全に 合成により製造されてもよい。
例となる抗体は免疫グロブリンイソタイプおよびFab、 F(ab’ )2゜ 5cFv、 Fv、 dAb、 Fd断片である。
抗体ポリペプチドニ量体 抗体ポリペプチドニ量体は、抗原を結合することができる、抗体の2本のポリペ プチド鎖の会合体である。それは重鎮と軽鎖とから成る抗体の一本のアームであ ってもよく、VL 、V12.CLおよびCHI抗体ドメインから成るFab断 片、vL ドメインと■。ドメインとから成るFv断片、または合成リンカ−に よってV。ドメインに連結された■、ドメインから成る5cFv(r一本@Fv  J )断片てあってもよい。5cFv断片は、合成リンカ−によって結合され た抗体の2つのポリペプチド鎖成分から成り、抗原を結合することかできるため 、「抗体ポリペプチドニ量体」の定義の中に含まれる単一ポリペプチド鎖である 。
免疫グロブリンスーパーファミリー これは、ポリペプチドのファミリーであって、そのメンバーか免疫グロブリン分 子の可変または定常領域の構造に関連した構造を育する少なくとも1つのドメイ ンを有するものを言う。該ドメインは、2つのβ−ソートと通常は1つの保存さ れたジスルフィド結合を含む(A、F、 Williams26よびA、N、  Barclay、 1988. Ann、 Rev、Immuno16、381 −405を参照のこと)。
免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーの例は、CD4、血小板由来増殖 因子レセプター(PDGFR)、細胞間接着分子(IcAM)である。異なって 指図されない限り、本明細書中ての免疫グロブリンおよび免疫グロブリン同族体 への言及は、免疫グロブリンス−パルファミリーとその同族体のメンバーを包含 する。
同族体 この用語は、それらの−次、二次または三次構造において対応位置に同一のまた は保存された残基を有するポリペプチドを指摘する。
この用語は同族のポリペプチドをコードする2以上のヌクレオチド配列にも及ぶ 。
同族のポリペプチドの例は免疫グロブリンイソタイプである。
遺伝学上多様な集団 抗体またはそれのポリペプチド成分との関連において、この用語は細胞または生 物体の自然集団中に存在し得る多様性だけてなく、試験管内または生体内での人 工的突然変異によって生じ得る多様性も指している。
試験管内突然変異誘発は、例えば、変えたいと思う配列のランダム変異を有する オリゴヌクレオチドを使ったランダム突然変異誘発を含むことかできる。生体内 突然変異誘発は、例えば、DNAを導入するのに宿主微生物の変異株を使うこと かできる(例えば鶴92101047の実施例38を参照のこと)。「ユニーク 集団」という用語は、遺伝学上多様でない、即ち全て同一である、複数の例えば ポリペプチド鎖を表示するのに使う。限定集団は、多様であるか動物の全レパー トリ−よりもずっと少ない集団である。多様性は例えば抗原結合特異性を使った 予備選別により減少させておくことができる。
ドメイン ドメインは、それ自体の中で且つ同一タンパク質の他の部分とは無関係に且つ相 補的結合メンバーとは無関係に折りたたまれるタンパク質の部分である。
折りたたみ単位 これは、α−へリックスおよび/またはβ−ストランドおよび/またはβ−ター ン構造の特定の組合せである。ドメインおよび折りたたみ単位は、−次構造では 近位てないアミノ酸を一緒にする構造を含有する。
遊離形 これは複製可能な遺伝表示パッケージによって表示されないポリペプチドの状態 を言う。
条件的に欠損のある これは、成る設定条件下では特定のポリペプチドを発現しないが、別の設定条件 下では該ポリペプチドを発現する遺伝子を言う。−例は、それぞれ非抑制性また は抑制性宿主において発現されるアンバー変異を含む遺伝子である。
あるいは、遺伝子は、成る設定条件下では欠損かあるが別の設定条件下では欠損 かないタンパク質を発現することがある。その例は温度感受性変異を有する遺伝 子である。
抑制性翻訳終結コドン これは、成る設定条件下では該コドンの下流のヌクレオチド配列の翻訳を許容す るが、別の設定条件下では該コドンのところで翻訳か終結するコドンを言う。抑 制性翻訳終結コドンの例は、アンバー、オーカーおよびオパールコドンである。
変異誘発株 これは、該株内で複製さnたDNAを親のDNAに関して突然変異させる遺伝的 欠損を有する宿主細胞である。変異誘発株の例はNR9046mutD5および NR9046mutT1である(WP 92101047の実施例38を参照の こと)。
ヘルパーファージ これは、欠損性ファージゲノムを含む細胞を感染せしめるのに使われ該欠損を補 完する機能を持つファージである。欠損性ファージゲノムは、遺伝子配列をコー ドする成る種の機能か除去されているファージまたはファジミドであることがで きる。ヘルパーファージの例はM13KO7、M13KO7遺伝子n[No、3  、およびキャプシドタンパク質と融合した結合性分子を表示またはコードする ファージである。
ベクター こnは、宿主生物体内で複製することかできるDNA分子であって、組換えDN A分子を作製するためにその中に遺伝子か挿入されるDNA分子である。
ファージベクター これは、バクテリオファージの複製開始点を含むかプラスミドの複製開始点は含 まない、ファージゲノムの変更によって誘導されたこれは、バクテリオファージ の複製開始点とプラスミドの複製開始点とを含む、プラスミドゲノムの変更によ って誘導されたベクタこれは、rgdpまたはrgdp上に表示されたポリペプ チドと会合する分子を言い、ここで該ポリペプチドおよび/または該分子は細胞 のザイトゾルの外部て折りたたまれ且つバラケーンか構築される。
再配列された免疫グロブリン遺伝子のレパートリ−動物中で発現される免疫グロ ブリン遺伝子をコードする天然に存在するヌクレオチド、例えばDNA配列の収 集物。それらの配列は、H鎖については例えばV、 DおよびJセグメント、L 鎖については例えばVおよびJセグメントの生体内再配列によって作製される。
あるいは、該配列は、試験管内で免疫処置した細胞系からおよび免疫処置に応答 した再配列が細胞内で生じるような細胞系から作製してもよい。「レパートリ− 」という語は遺伝学的多様性を示すために使われる。
ライブラリー クローン内部のヌクレオチド(例えばDNA)配列の収集物:ポリペプチドまた は特異的結合ペアメンバーの遺伝学的に多様な収集物:あるいは、個々のポリペ プチドもしくはsbpメンバーまたはポリペプチドもしくはsbpメンバーの混 合集団を提供するために選択もしくはスクリーニングすることのできるrgdp 上に表示されたポリペプチドもしくはsbpメンバーの遺伝学的に多様な収集物 。
人工的に再配列された免疫グロブリン遺伝子のレパートリ−動物由来の再配列さ れた免疫グロブリン配列以外の源から全体的にまたは部分的に誘導されたヌクレ オチド(例えばDNA)配列の収集物。例として、再配列されていないVセグメ ントをDおよびJセグメントと組合せることによるv8 ドメインをコードする DNA配列、並びにVセグメントとJセグメントを組み合わせることによるvL  ドメインをコードするDNA配列を挙げることができる。
該DNA配列の部分または全部をオリゴヌクレオチド合成によって誘導すること ができる。
分泌リーダーペプチド これは、ポリペプチドのN末端に結合しておりサイI・ゾルの外側−2の該ポリ ペプチドの移動を指令するアミノ酸配列である。
溶離剤 これは、2分子間の結合を破壊するのに使われる溶液である。結合は非共有結合 または共有結合であることかできる。前記2分子はsbpのメンバーであること かできる。
誘導体 これは、選択したrgdpの中のDNAによりコードされるポリペプチドから誘 導した物質である。誘導体ポリペプチドは、アミノ酸の付加、欠失、置換もしく は挿入により、またはコードされるポリペプチドへの他の分子の結合により、コ ードされるポリペプチドとは異なることができる。それらの変更はヌクレオチド レベルまたはタンパク質レベルで行われ得る。例えばコードされるタンパク質が Fab断片であり、次いでそれが別の源からのFcテールと結合されてもよい。
あるいは、酵素、フルオレセイン等といった標識物質を例えばFab断片、5c Fv断片に結合してもよい。
本発明の一観点によれば、着目の抗原に特異的な抗体ポリベブチドニ量体の製造 方法であって、該方法は次の段階を有する・(i) 複製可能な遺伝表示パッケ ージ(rgdp)の成分を使ってパッケージングすることのできる核酸発現ベク ターを提供し:(ii)(a)各々ヒト抗体の第一の抗原結合部位構成部分をコ ードする核酸配列の遺伝学上多様なレパートリ−を(b)前記着目の抗原を結合 することが知られている非ヒト抗体の第二の抗原結合部位構成部分のユニーク集 団または遺伝学上多様な集団をコードする核酸と組合せ、抗体ポリベブチドニ量 体をコードする前記発現ベクター上の核酸配列のライブラリーを形成せしめ、こ こで前記二量体は各々第一のポリペプチド鎖成分と第二のポリペプチド鎖成分と から成り、前記第一の抗原結合部位構成部分と前記第二の抗原結合部位構成部分 とは組み合わせると抗原ポリペプチドニ量体の抗原結合部位を形成し: (iii)組換え宿主生物細胞において前記ベクターから前記ライブラリーを発 現せしめ、ここで前記第一のポリペプチド鎖成分の各々は、前記第一のポリペプ チド鎖成分をrdgpの表面に表示するrgdpの成分との融合体として発現さ れ、: (1v)前記発現されたライブラリーから、前記着目の抗原に対する結合特異性 を有する前記抗体ポリベブチトニ量体のユニーク集団または限定集団を抗原への 結合により選択し、ここで各選択された抗体ポリペプチドニ量体がその各々のr gdpの中てそれの前記第一の抗原結合部位構成部分をコードする核酸と関連づ けられる。
抗体ポリベブチドニ量体は本明細書中のいずれかの箇所に定義される。該用語は 抗体のFab、Fvおよび5cFv断片並びに抗体の完全なアームを包含するほ ど広い意味である。
「抗体−抗体結合部位の構成部分」は、ポリペプチド鎖成分、例えばV。または vL ドメインであるかまたはそれに相当する。しかシナカラ、そiはcDR, VL配列+V)I (”CDR,V、配列+vLのCDR,V、+CDRのみを 欠くvL配列、等であってもよい。
前提条件は、抗体の抗原結合部位の第一および第二の構成部分が組み合わせると (−緒になって)抗原結合部位を形成しなげればならないことである。よって、 もし着目の抗原に特異的な非ヒト抗体の第二の抗原結合部位構成部分かCDRで あるならば、ヒト抗体の第一の抗原結合部位構成部分は、抗原結合部位を形成す るのに必要とされるVl、lおよびV、領域の残部〔会合した抗体定常領域を有 するかまたは育さない(Fab型)、あるいはリンカ−ペプチド配列を有するか または有さない(Fv型)〕を含んで成るだろう。(scFvYでは、リンカ− ペプチドか軽鎖ドメインと重鎮ドメインとを連結する。)非ヒト抗体の第二の抗 原結合部位構成部分は、vL ドメイン+V1.l ドメインの一部分を含んで 成り、該部分は1または複数のCDR,例えばおそら<CDR3であろう。その ような場合、ヒト抗体の第一の抗原結合部位構成部分は、第二の抗原結合部位構 成部分と組み合わせると抗原結合部位を形成するV。配列の残部を含んで成るだ ろう。もちろん逆の状況も適用でき、当業者は一緒になって抗原結合部位を形成 する第一の構成部分と第二の構成部分の他の組合せを想像することかできるだろ う。
段階(1v)において選択された抗体ポリペプチドニ量体を変更して非ヒト特性 を除去または削減するという追加の段階(V)か存在してもよい。この変更は二 量体またはその成分を遺伝子的に変更することによるものであることかできる。
この遺伝子変更は、突然変異、点変異、挿入または欠失、例えば特に非ヒト残基 、特に非ヒト/ヒトハイブリット抗体ポリペプチドニ量体をヒトに投与する時に 抗イデイオタイプ免疫応答を引き起こし得るそれらの残基を除去または隠蔽(マ スキング)するためのものであることができる。
段階(v)の変形は、 +a+ 段階(1v)において選択された前記第一の抗原結合部位構成部分をコ ートする核酸のユニーク集団または限定集団を、各々ヒト抗体の第二の抗原結合 部位構成部分をコードする核酸配列の遺伝学上多様なレパートl)−と組合ぜ、 抗体ポリペプチドニ量体をコートする核酸配列の第二のライブラリーを形成せし めることを含んで成り、ここで各抗体ポリベブチトニ量体は、rgdpの一部分 を使ってパッケージングすることかできる核酸配列から発現される第二の抗体ポ リペプチド鎖成分を含んで成り、前記第二の鎖成分は、それによってrgdpの 表面に前記第二の鎖成分を表示するrgdpの成分との融合体として発現され、 その結果、前記着目の抗原との結合によって前記第二のライブラリーから前記着 目の抗原に特異的な抗体ポリペプチト二量体を選択することが可能である。ここ で各抗体ポリペプチドニ量体は、そのrgdpにおいてそれの第二のポリペプチ ド成分をコートする核酸と関連づけられる。
選択された抗体ポリベブチドニ量体は、可溶性ポリペプチドとしてまたは遊離形 において発現させることができる。
説明したように、前記非ヒト抗体の第二の抗原結合部位構成部分は、抗原と接触 する抗体領域であることができ、該領域はおそらく相補性決定領域(CDR)で あろう。
前記非ヒト抗体の第二の構成部分は、抗体の第二のポリペプチド鎖成分であるこ とかできる。
各々前記非ヒト抗体の第二の抗原接合部位構成部分をコートする配列は、拳法の 段階(ii)における前記組合せの前に遺伝子的に変更してヒト抗体の第二の構 成部分との相同性を増加させることができる。
抗体ポリベブチドニ量体の前記ライブラリーのいずれかの各抗体ポリペプチドニ 量体は、単一ポリペプチド鎖として(これは好ましくは5cFv断片であること かてきる)発現せしめることかできる。
5cFv断片は抗体ポリペプチドニ量体の定義の必要条件を満たしている。
他方、抗体ポリベブチトニ量体の前記ライブラリーのいずれかの各抗体ポリベブ チドニ量体は、2本のポリペプチド鎖として、好ましくはFvまたはFab断片 として発現せしめることかできるだけでなく、おそらく抗原結合部位の形成を許 容するフンホメーションにおいて共有結合的または非共有結合的のいずれかで可 変ドメインと相互作用してそちを固定するだろう追加の非抗体ドメインを育する ポリペプチドとしても発現せしめることかできる。
本発明の別の観慨によれば、着目の抗原に特異的なヒ)・抗体ポリペブチトニ量 体の製造方法が提供され、該方法は、次の段階を含んで成る (i)各々ヒト抗体の第一のポリペプチドfflの可変ドメインを含んで成るポ リペプチドの多様性集団(集団A)を、各々前記抗原に特異的な非ヒト抗体の第 二のポリペプチド鎖の可変ドメインを含んて成るポリペプチドのユニーク集団ま たは限定集団(集団B)と組合+士、それによって各々ヒト抗体の第一のポリペ プチド鎖の可変ドメインを含んで成るポリペプチドと非ヒト抗体の第二のポリペ プチド鎖の可変ドメインを含んで成るポリペプチドとから成る抗体ポリベブチト ニ量体のライブラリーを形成せしめ:(目) jiir記ライグライブラリ−前 記抗原に対する結合特異性を有する前記抗体ポリペプチドニ量体のユニーク集団 または限定集団(集団C)を選択し。
(iii)各々ヒトの第一のポリペプチド鎖を含んで成る段階(ii)において 選択されたポリペプチトニ量体から誘導したポリペプチドのユニーク集団または 限定集団(集団D)を、各々ヒト抗体の第二のポリペプチド鎖の可変ドメインを 含んで成るポリペプチドの多様性集団(集団E)と組合せ、それによってヒト抗 体ポリペプチド鎖二量体のライブラリーを形成せしめ、そのライブラリーから、 前記抗原に特異的なヒト抗体のポリペプチドニ量体のユニーク集団または限定集 団(集団F)か選択可能である。
この観点の好ましい態様では (a) R記集団Aのポリペプチドか、組換え宿主生物細胞において、rgdp の第一集団においてrgdpの表面上に前記ポリペプチドを表示する複製可能な 遺伝表示パッケージ(rgdp)の成分との融合体としてベクター(X)から発 現され、。
(b) 前記rgdp成分を使って前記ベクター(X)の核酸をパッケージング することかでき、それによって前記rgdpの遺伝物質か前記集団Aのポリペプ チドをコードし、その結果、集団Cの抗体ポリベブチドニ量体かそれら各々のr gdp中でヒト抗体の第一のポリペプチド鎖の可変領域を含んで成るポリペプチ ドをコードする核酸と関連づけられ: (C) 前記集団Eのポリペプチドの各々か、組換え宿主生物細胞において、r gdpの第二集団においてrgdpの表面上に前記ポリペプチドを表示するrg dpの成分との融合体としてベクター(Y)から発現され。
fd) 前記rgdp成分を使って前記ベクター(Y)の核酸をパッケージング することかでき、それによって、rgdpの第二集団中の前記rgdpの遺伝物 質か前記集団Eのポリペプチドをコードする。
前記集団Aが前記集団Eと同じベクターから発現されてもよく、またはそれらの 集団か同じベクターから発現されなくてもよい。前記集団りと前記集団Eとが同 じベクターから発現されてもよく、またはそれらの集団りとEか同じベクターか ら発現されなくてもよい。
言い換えれば、この方法は二元的組合せ方式であるかもしれないしそうでないか もしれないか、明細書中のとこかに記載されるように、他の可能性かある中でも 特に、恐らくは階層方式であろう。
前記抗体ポリペプチドニ量体ライブラリーのいずれかの各抗体ポリベブチドニ量 体は単一ポリペプチド鎖として発現されてもよく、5cFv断片であってもよい 。
前記抗体ポリペプチドニ量体ライブラリーのいずれかの各抗体ポリペブチトニ量 体は、本発明の別の観点に関連して上記に既に述べたように、2本のポリペプチ ド鎖、好ましくはFveたはFab断片として発現されてもよい。
前記集団Bのポリペプチドは、各々か(非ヒト、例えば径歯類の可変ドメインと 一緒に)ヒト抗体定常ドメインを含んて成るキメラであることかてきる。
前記集団Eのポリペプチドは、各々か前記抗原に特異的な非ヒト抗体からの領域 を含んで成ることかでき、前記領域は抗原と接触するもの、例えば相補性決定領 域(CDR) 、特にCDR3である。
前記第一のポリペプチド鎖は抗体軽鎖であることかてき、前記第二のポリペプチ ド鎖は抗体重鎮であることができ、またはその逆も可能である。
前記抗原に特異的なヒト抗体ポリベブチトニ量体の前記集団Fを選択する追加の 段階か存在してもよい。
前記集団CとFのいずれか一方を前記抗原との結合によって選択してもよい。
本発明はまた、末法のいずれかにおいて使用されるベクターと試薬を含んで成る キットも包含する。本発明は更に、末法のいずれかによって製造されるライブラ リーと抗体または抗体断片にも及ぶ。
抗体ポリペブチトニ量体のいずれかの選択されたポリペプチド成分をコートする 核酸、または選択された抗体ポリペブチトニ量体をコードする核酸を使って、組 換え宿主生物体中で前記ポリペプチド成分もしくはポリペプチドニ量体またはそ の誘導体を発現せしめる方法も本発明に包まれる。本発明の方法を使って製造さ れたライブラリーからのいずれのポリペプチドまたは二量体でも、改変してその 誘導体を製造することができ、または治療用もしくは予防用薬品または診断用製 品の調製に用いることかできる。
着目の抗原に対して向けられた抗体または抗体の集団の抗原結合部位からの配列 を使うことによって抗体を製造する新規方法かここに提案される。
これは、定義された抗原結合活性を有する動物抗体をヒト化する別の手段を提供 する。例えば単一の翼歯類抗体については、該抗体の抗原結合部位の一部分を含 んで成る配列を、組み合わせると完全な抗原結合部位を形成することかできるヒ ト抗体の配列の多様性レパートリ−と組合せることかできる。元の舊歯類(およ びヒト)配列は完全な鎖または鎖の一部分を含んで成ることかできる。例えば、 薩歯類抗体の軽鎖をヒト重鎮可変ドメインのレパートリ−と組み合わせることが でき、または薩歯類抗体の重鎮の第三CDRを、重鎮可変ドメインの残部をコー トするヒト重鎮のレパートリ−とヒト軽鎖可変ドメインのレパートリ−と組み合 わせることかできる。次いでそれらの配列を含んで成る抗原結合部位を抗原への 結合について選択する。
抗原結合部位の一構成部分を含んで成る配列は、抗原結合に関与すると一般に思 われる一次配列の部分、例えば1もしくは複数のCDR1またはCDRのループ の先端の残基であることができる。
あるいは、該配列は、例えばX線結晶学もしくはNMRによって解析された抗原 −抗体複合体の構造から決定されたように、または抗体の部位特異的突然変異誘 発から決定されたように、抗原と接触することが知られている抗体の配列である ことができる。
この方法によって作製された抗原結合部位は、元の醤歯類抗体の配列の部分のみ か同様な方法で抗原と接触するらしいという点で、CDR移植により作製された ものとは異なっている。選択されたヒト配列は配列が異なるらしく、元の結合部 位のものに代わる方法で抗原と接触するらしい。しかしなから、抗原への元の配 列の部分の結合により課せられる束縛並びに抗原およびそれの抗原結合部位の形 状は、抗原の同一領域またはエピトープに対するヒト配列の新たな接触を指令す るらし2い。従って本発明者らはこの方法を「エピトープ刷り込み選択(EIC )J と名付けた。
動物抗体から出発して、1つの方法は部分的にヒト抗体である抗体の選択をもた らした。そのような抗体は、そのまま直接にまたは幾つかの重要な残基の変更後 に療法利用することかできるはと十分に、配列がヒト抗体に類似しているだろう 。例えば、門歯類抗体からのV、−CDR3領域も含んで成るヒト重鎮および軽 鎖可変ドメインを使って作製された抗体は、ヒト抗体と門歯類抗体の両CDR3 領域か高度に可変的であるため、真のヒト抗体に非常に似ているだろう。同様に 、幾つかの門歯類抗体の軽鎖はヒト抗体の軽鎖と配列が非常に類似し得る。よっ て、ヒト重鎮のレパートリ−と組み合わせてそれらの門歯類軽鎖から作製した抗 体は、ヒト抗体に密接に類似するだろう。選択した抗体の門歯類成分とヒト配列 との配列の相違は、ヒト配列の残基と異なるそれらの残基を、例えば個々の残基 の部位特異的突然変異誘発によってまたはループ全体のCDR移植によって置換 することにより、最少にすることができる。動物抗体から出発する代わりに、動 物抗体由来の遺伝子操作された抗体を使って出発することも可能であるだろう。
操作された出発抗体は、例えばヒトフレームワーク領域とマウス相補性決定領域 とを育するCDR移植抗体(例えばGB2188638Bに記載されたようなも の)かもしれない。あるいは、操作された出発抗体は、ヒト抗体との配列相同性 を最大にするために残基か変更されている重鎮または軽鎖を含んで成ることもて きる。
しかしながら、本発明は、完全にヒトの配列を存する抗体を作製することも可能 である。例えば、ヒト重鎮と非ヒト(例えばマウス)軽鎖を有する部分的にヒト の抗体から出発して、非ヒト軽鎖をヒト軽鎖のレパートリ−により置き換えるこ とができる。こうし、で、選択された抗体の配列は完全にヒトであり、しかもま だ抗原結合部位は抗原の同一エピトープに向けられるだろう。従って11.Is は、それぞれ動物の抗体または部分的にヒトの抗体と同じエピトープに結合する 部分的にヒトのまたは完全にヒトの抗体を作製する方法を提供する。
CDR移植では抗原結合部位全体が移植されるため、通常は抗原への結合につい て1個だけまたは数個の抗体を試験することが必要である。しかし、EISは、 非常に多数の抗体のスクリーニングの必要がある場合に、ヒト配列の恐らくは非 常に多数のレパートリ−と組み合わせて抗原結合部位の一部のみを使うことかで きる。実際に好ましい態様では、抗体断片のレパートリ−が糸状ファージの表面 上に表示され、そして抗原への該ファージの結合によって抗原結合活性を有する 断片をコードする遺伝子が選択される。抗体断片をファージ上に表示できること 、それらが抗原を結合するだろうこと、そしてそれらを選択できることは、特許 出願WO92101047に開示されている。Wo 92101047に記載さ れたようなファージ上への表示の使用により提供される抗体選択能力は、制限部 位におけるCDRの挿入を使ってまたは試験管内突然変異誘発技術(Riech mannら。
1.988.前掲、ドイツ国特許第2188638B号)においてまたはPCR 技術(B、L、 Daughertyら、1991. Nucl、 Ac1ds  Res、19.2471−2476頁)を使って作製することができる多数の ヒト化された抗体誘導体の迅速スクリーニングを可能にする。Wo 92101 047では、1つの抗体重鎮または軽鎖可変ドメインか一定に保持され、そして 抗原に結合する相手の選択のため相補鎖の可変ドメインのライブラリーを有する ファージ上に表示されるという、分類体系的(heierarchical)ラ イブラリーの作製か記載されている。そのようなアプローチは重鎮と軽鎖の可変 ドメイン組合せの高多様性プールをもたらし、そこから抗体特異性を選択するこ とかできる。例えば、更にハブテン結合性抗体の相補鎖の軽鎖および重鎮結合相 手を得るため(C1acksonら。
1991、 Nature 352.624−628)または高親和性ヒト抗体 を作製するために(J、D、 Marksら、+992. Bio/Techn ologY 10.779−783) 、鎖入替えか適用された。それらの場合 、新たな結合相手鎖は、元の組合せにおいて見つかるものと配列か非常に関連し ていた。
それらの実施例では、異なる種の鎖は組み合わされなかった。しかしなから、ハ プテンに対して向けられたマウス抗体の重鎮をヒト軽鎖のレパートリ−(マウス 軽鎖のレパートリ−とも同様に)と組合せ、そして二口トセルロースフィルター を使って抗原への各クローンの結合についてスクリーニングする試みについての 報告はある。
ただ、結合体は検出されなかったし、マウス抗体を「ヒト化する」手段としての 方法は提案されなかった(A、S、 ’Kangら、 Proc、 Natl。
Acad、 Sci、 USA、 1991.88.11120−11123  ) 、この著者らは、「体細胞変異された鎖と生来の結合相手との組換えによる 抗体の再設計は難しい方法であるかもしれない」と結論づけた。従って、EIS の使用(異なる種からの鎖を使った鎖入替えにより例示されるような)は新規の 概念であると思われる。更に、Kangら、 1991.前掲からの例を考慮す ると、マウス抗体からの鎖を免疫処置されていないヒト起源の鎖のレパートリ− と組み合わせることによって抗原結合性組合せ体を製造できることは驚くべきこ とである(下記実施例1に記載)。
本発明の方法の利用形態は広範囲にわたる。例えば、(1) 細菌中ての発現ま たは糸状ファージ上での表示には、Fv、−重鎖FvおよびFab断片の使用が 好ましい(Fab断片については実施例1と2を参照のこと:5cFvについて は実施例3と4を参照のこと)。最も好ましくは、抗体断片は糸状ファージ上に 表示され、そして該ファージか抗原結合について直接選択される。それらの手順 によって選択さnた抗体はそのまま利用することかでき、または追加のコード配 列、例えばヒト定常領域と融合せしめ、ヒトエフェクター機能を有する抗体分子 を作製することができる。可変ドメインを酵素または毒素分子をフードする配列 と融合せしめ、特定の細胞型に薬剤まTこは毒素を標的指向させることに向けら れる抗体とすることかできる。
(2) ヒト鎖のレパートリ−は、■鎖の幾つかの可能なレパートリ−から、例 えば免疫処置されていないヒトの再配列されたV遺伝子(Marksら、 19 91. J、 Mo1. Biol、、 222.581−597頁、および実 施例1)から、または免疫処置されたヒトから、または合成V遺伝子レパートリ −から提供することができる。例えば、ヒトJ領域と単離された抗体特異性とを 組み込んだ合成CDR3領域を使って、ヒト生殖細胞系列(germ 1ine )の重鎖および軽1v遺伝子のライブラリーを作製することができる( Hoo genboomおよびWinter、 1992. J。
Mo1. Biol、、 227.381−388頁)。更に、マウス抗体の重 鎖と配列か密接に関連している(おそらく最も相同である)ヒトV遺伝子のレパ ートリ−(例えば合成的に製造されたもの)を使うことも可能である(実施例5 を参照のこと)。
(3)元の抗体の重鎮と軽鎖は、それらがコードするV遺伝子(例えばPCRに より単離されたもの、0rlandi ら、 1989)によって提供してもよ い(実施例1.2および3を参照のこと)。しかしながら、好ましくは免疫処置 によって惹起されたマウス鎖のレパートリ−を使って開始することも可能である (実施例4)。例えば、マウス重鎮のレパートリ−をマウス軽鎖と組合せ、そし て結合について選択することかできる(C1acksonら、 +991.前掲 、のように)。次いて選択さrた対合頑のレパートリ−を相補的ヒトilのレバ ー1− IJ−て組み換えて無理やり新しい対合をっくることかできる。あるい は、免疫処置されたマウスのmRNAからのマウス鎖のレパートリ−を単純に相 補的ヒト鎖のレパートリ−と組み合わせることができる。
(4)「鎮の入替えJ法におけるように完全な重鎮および軽鎖可変ドメインを使 う二とかでき、または例えばMarksら、 !992.前掲のように、成る抗 体の軽鎖と!鎖のCDR3を保持する(そしてこの配列を、重鎮可変ドメインC DRIおよび2の残部を含んで成る鎖の1ツバ−トリーど組み合わ4士る)こと により、鎖の構成部分を使うことが可能である。実施例2と3により例示される 本発明の一態様は、トド鎖またはヒト抗体の抗原結合部位の構成部分を使って入 れ替える時に、元の親の非ヒト抗体からの少なくとも1つの領ftC(該領域は 抗原と接触する)を保持することを含む。この領域はCDRである二とかでき、 その場合、この方法はr CD R!Iノリ込み選択ノである。
実際、実施例2と3において、元のマウス重鎮のCDR3を保持し、そしてマウ スCDR3を組み込んでいるプライマーを使ったヒト重鎮可変ドメインのレパー トリ−のPCR増幅により、ヒト重鎮可変ドメインのレパートリ−と組み合わせ た。重鎮のCDR3はしはしば抗原結合にとって最も重要であるという屯で、マ ウスv、−CDR3の保持か特に有利だろう。
この理論は、再配列されたマウスV8遺伝子をヒトJ。プライマー(正プライマ ー)とヒトVHフレームワーク3プライマー(逆プライマー)を使って増幅せし めることによりマウスCDR3レパートリ−に拡張することかできる。それらの プライマーは、マウスV遺伝子とヒトV遺伝子の両方に対して相同性を育するよ うに設計しなければならない。次いてマウスCDR3の増幅DNAレパートリ− をヒト重鎮遺伝子のレパートリ−と共にPCRにより構築することかできる。
(5)鎖の入替えは、2つのレプリコンを使って、例えばHoogenboom ら、 199+、 Nucleic Ac1ds Re5earch、 19. 4133−4137頁に記載されたような二元的組合せ法を使って実施すること ができる。この場合は、実施例1に例示されるように、一定に保持すべきほうの 鎖を1つのレプリコン(例えばファージ)中でクローニングし、次いて別のレプ リコン(例えばプラスミド)中でもう1つの鎖のレパートリ−と組み合わせる。
高い効率で両方の鎖を同一レプリコン上でクローニングできるようにする別法も 発明された。それらも同じく重鎮遺伝子と軽鎖遺伝子を別々のレプリコン上でク ローニングすることに頼っているが、今度は両方の鎖が同一レプリコン上に置か れるように2つのベクター間の組換えを促進することを目指している。そのよう な系の一例はコリファージP1のlax P/Creレコンビナーゼ系(Hoe ssおよびAbremski、 1990. Nucleic acids a nd MolecularBiology”、 Eelcsteinおよび!、 1lley纏、第4巻、 99−109頁、 Spring6r−Verlag 、 Berlin、 Heidelberg)に基づく。二元的組合せ法では、 抗体はFv断片としてまたはFab断片として発現させることができる(実施例 1のように)。Fab断片の場合、重鎮のV。IC,1部分が1つのレプリコン (例えばファージ)上に発現され、モして軽鎖が別のレプリコン(例えばプラス ミド)上に発現される。入替え法において新規特異性の入手源として使う予定の Fab断片のVドメインは、所望により、クローン化されたヒトドメイン、例え ばC10およびCにドメインと融合されてもよい。(Vドメインは、ヒト抗体m RNAレパートリ−から直接増幅せしめることによってC8L CにまたはCλ ドメインと直接融合させることができる。)あるいは、鎖入替えは、C1ack sonら、 1991.前掲に記載のようなPCR構築法を使って、または元の 構成物中(例えば−末鎖Fvのリンカ−@域中)に組み込よねている適当な部位 での制限断片のライブラリーの連続クローニングにより、単一のレプリコンにお いて実施することかできる。
本発明は、2段階の入替えによる両方の鎖の置換を包含し、−態様では非ヒト抗 体、例えば冨歯類抗体と同様のまたは改善さnた特性を有するヒト抗体の開発を 包含する。この態様では、親の例えば径歯類抗体か「ファージ抗体」にされるだ ろう。ファージ抗体(pAb)は、その表面上に抗体、抗体誘導体もしくは抗体 断片、例えばF ah。
Fv、5cFv等、または免疫グロブリンドメインに相同なドメインを表示する バクテリオファージウィルス粒子として定義される W092101047を参 照のこと。一本の鎖か、ヒト免疫グロブリンレパートリ−から誘導された鎖のレ パートリ−1例えば成人リンパ球集団からまたは胎児由来の源もしくは人工的に 誘導された源から誘導された鎖のレパートリ−で置換されるだろう。このファー ジの混合集団を抗原への結合によって選択し、元の抗原に結合するか一本の例え ば薩歯類抗体鎖と一本のヒト抗体鎖とから新たに成るファージ抗体の集団を誘導 せしめることかできる。残りの謀歯類鎖は、最初の入替えの時に使ったものと同 しまたは異なる源のヒトレパートリ−により置換することかできる。また抗原を 結合する抗体の集団を選択した後、2本のヒト抗体鎖を含有する抗体から成る集 団が得られる。
こうして、元の舊歯類抗体が同一抗原を結合するヒト抗体に変換された。
本発明の方法による多数のヒト化された抗体の作製は、所望の親和性と特異性を 存する抗体の選択を可能にすること以上の利屯を有することかできる。ヒト化さ れた抗体を療法においてヒトに利用する時、抗イデイオタイプ応答を引き起こす 可能性かある。単離された抗体を生体内に投与する時の抗イデイオタイプ応答に ついて調査することかでき、そして最も低い応答を有するものを選択することか できる。あるいは、抗イデイオタイプ応答が検出されるまで1つの抗体を療法的 に投与し、検出された時点で、使用抗体を異なるイディオタイプの第二の同等に 有効な抗体にスイッチすることができる。
本発明を使って得ることかできるヒト化された抗体は、多分それらがずっと抗イ デイオタイプ応答を引き起こしにくいだろうという意味において、従来のCDR 移植によりヒト化された抗体よりも優れているようだ。
本発明の方法によって選択された抗体は、−木調FvまたはFab形態て直接使 用することかできる。あるいは、可変ドメインを追加のコード配列、例えばヒト 定常ドメインと融合せしめて、例えばヒトエフェクター機能を有する抗体分子を 作製することができる。可変ドメインを酵素または毒素分子をコードする配列と 融合せしめて、特定の細胞型に薬剤または毒素を標的投与することに向けられた 抗体にすることが可能である(それらの分子がヒト起源のものでないなら、ヒト 化することの利点の幾つかは失われている)。
抗原結合についての選択による抗体の単離は、各段階でファージ表示を使って実 施できるけれども、鎖の入替えがPCR構築または制限断片の挿入によって行わ れる場合、特に数が減少してしまった時には、フィルターアッセイ(A、 5k erraら、 1991. Anal、 Biochem。
196、 151−155 ; M、L、 Dreherら、1991. J、 Immunol、 Methods 139゜197−205 ; PCT/G B90101476)を使って抗体を抗原結合についてスクリーニングすること かできる。それらの方法は、ファージ表示を使って処理することができる数に比 へて比較的少数のクローンの場合に効果的であろう。
本発明のvlりお誹び態様を下記実施例により更に説明することにする。それら は限定を伴わずに本発明を例証する。本明細書中に記載された文献に加えて、W o 92101047に注意を向けられたい。そこには本明細書中で使用する材 料と方法の多くか記載されている。W092101047の開示は本明細書中に 参考として組み込まれる。抗体ポリベブチトニ量体を含む抗体および抗体断片の rgdp上への機能的表示の詳細と説明については、WO92101047を調 へることを本文書の読者に勧める。明細書を通じて図面への参照か行われる。こ こで、図1はエピトープ刷り込み選択(Epitope Imprinted  5election)の理論を示す。
図2はベクターpUc19−pelB−mycのポリリンカー領域(配列番号1 26)を示す。
図3はFab断片を表示しているファージのELISAの結果を示し、ここで一 方の鎖はg3p融合体としてファージ上に表示され(fd−、、。
により示されている)他方の鎖は分泌される可溶性鎖パートナ−として提供され る。
図4は、元のMab32抗体並びにマウス(scFv−Mab32)およびヒト (他の5cFv)抗体の領域の特異的ELISAを示す。
図5は、Mab32のV遺伝子のヌクレオチド配列と推定アミノ酸配列を示す。
CDR領域は大活字体である。(重鎮ヌクレオチド 配列番号2.軽鎖アミノ酸  配列番号3:軽鎖ヌクレオチド 配列番号4)。
図6は、ヒトTNFに結合する抗体断片のV I+およびvL抗体遺伝子の推定 タンパク質配列を示す。
(軽鎖: Mab32配列番号110 、 V λl−11配列番号111 ; VλAZ配列番号+12;VλC4配列番号113;VλDl配列番号114゜ 重鎖 Mab32配列番号115 ; DP−51配列番号116 ; V、P l配列番号+17 ; V、P2配列番号+33 ; Vl、lP3配列番号1 34 ; DP−46配列番号118 ; V、LM2配列番号135 ; V 、LM8配列番号141)。
図7は、FabMab32と一本鎖Fv断片との間の競合ELISAの結果を示 す。
図8は、二元的組合せ法を用いてCDR刷り込み選択を使ってマウス抗体をヒト 化するための計画の一例を示す。
図9は、単一レプリコン、一本IFv形式において組合せライブラリーを用いて CDR刷り込み選択を使ってマウス抗体をヒト化するための計画の一例を示す。
図10は、CDR刷り込み選択により選択された5cFv断片を使って得られる 相対的ELISAシグナルを元のP58−重鎮Fv断片に比較して示す。
図11は、元のF58重鎮および最も密接に関連したヒト生殖細胞系列V8遺伝 子に比較した、選択された重鎖Graft/27. Graft/2゜Graf  t/H3およびGraf t/H9の推定アミノ酸配列を示す。
(V、6 :F1a 配列番号127 ; DP−74配列番号128 ; G raft/27配列番号136 ; Graft/2 配列番号137 : G RAFT/H3配列番号138゜GRAFT/H9配列番号139゜Vl、ll :F1a 配列番号129 ; DP−2配列番号130 ; Graft/2 0 配列番号140)。
図12は、ベクターpCANTAB3−myc並ひにクローニング部位の領域中 のDNA配列とアミノ酸配列(配列番号131)を示す。
図13は、ベクターpCANTAB5−myc並びにクローニング部位の領域中 のDNA配列およびアミノ酸配列を示す(配列番号132)。
図14は、再配列されたVW遺伝子の構築を示す。
表1は本明細書中に言及されるオリゴヌクレオチドブライマーとペプチドの一覧 である。本文書の読者は、それらのオリゴヌクレオチドとペプチドに関する配列 情報については、表中に配列番号を完備した表1に注意を向げられたし)、。
表1−使用するオリゴヌクレオチド ブライマー 配列 配列番号5 MOJKLFORNX 5’ −CCG TTT GAT TTC CAG CTTCCT Gに−3゛ 配列番号9 VHIFOR−25°−TにA GGA GACGGT GACC GTGGT CCCTTG GCCCC−3゜配列番号14MVKBAAPA  5°−CACACT CCA CTCGACATTGAG CTCACCCAG  τ(T CCA−3“配列番号to” V!−119AcKAPA 5・−C 9工にACCA。、C76゜、。8゜GT’: MARCTC; CAG SA G T(WGGJ。
配列番号16 @CMLFO5°−τCCAACAGG CACにTT CTT TTCττT−3゛ 配列番号17 HUCLこ”、S 5 ’ −TCA ACA TTCTにT  AC;G C;にCCACTC;T CTT−3’ 配列番号18 阿IJCKCYS 5°−ACA CTCτCCCCT GTT  GAACCτ CTT−]。
配列番号19 北−りCR−巳ACK 5−GCCATC; GTT GTT  GTCATTにTCCCC−3゜ 配列番号20 5d−5EQL 5’−GAA TTTτCT GTA TGA  GG−3′ TCT CTCTTG AcG CAG CCGCC−コ。
C;GT CACτにT−]。
配列番号29 HuJH4FOF!5cllI 5°−CGAGGATCCAC TTにTCCACACGcTCACCAG−コ9 ヒトVイ逆プライマー ヒトIgM定常領域プライマー ヒトに定常領域プライマー 配列番号37 HuCgFOR5°−AGA CTCTCCCCT GTT G MGCT CTT−3゜ ヒトγ定常領域プライマー 配列番号38 HuC/、FOR5’−TC;A AGA TTCτにT AG G CGCCACTCT CTT−3’ APA L+部位を育するv)l逆プライマーGG−コ□ GG−3゜ GG−3’ CC−3゜ C;に−3’ SF1部位を有するλ逆プライマー CC−3゜ CC−3“ CC−]。
配列番号57 HUVL4BASFン5°−CTCCTCGCA ACT GC Cs GCCCAG CCCGCCATG GCC(AGCTT ATA C’ Tに ACT CAA CCGCCJ’ τC−3” CA−3“ SFI部位を育するに逆プライマー ATCCAG ATG ACCCAG TCTCC−3’ GTT GTCATに ACT CAG TCTCC−3’ C0−3“ CC−3゜ AcG ACA CTCACC; CAG TCTCCJ’ CC−3’ 配列番号68 HucKrops:a 5゛−Acx CTCTCCCCT T TT GAAGCT CTT−コ。
配列番号69 HUCLFOR5ER5’ −TGA AGA TTCTGT  AGG GGCCACTGT CTT−3゛ ヒトVに逆プライマー 配列番号73 HuVk2aBA(K 5 ’ −GAT CTTCTIII;  ATG ACT CAGTCT CC−3゜ [;トλ逆ブラrマー 配列番Jij 73 !(uiL:IAcK 5 ’−CAGτCT にTCT TG ACG CAGCCCCC−3□ 配列番号79 Hu入BACK 5’−CAC; TCT GCCCTCACT  CAGCCT GC−コ゛ 配列番号8Q Huん3a8ACK 5’−TCC”、AT GTC; CTC ; ACT CAGCCA CCJ。
配列番号31 HIJ入3bBACK 5゛−TCT TCT GACCTG  ACT CAGCACCC−3’ 配列番号82 1(u入4BACK 5’ −CACにTT ATA CTC;  ACT CAAccc cc−コ゛ 配列番号83 Hu入5BACK 5°−CAG CCT CTC; CTCA CT CAGCcCτC−コ。
配列番号34 Hu入6BACK 5’−AAT TTT ATG CTG A CT CAGCCCCA−3゜ APA L1部位を有するλ逆プライマーAPA L+部位を育するに逆プライ マーGG−3゜ GO〜2゛ Gに−3゜ 下記実施例は本発明の方法の実施態様を例示する。
実施例1に記載の実験では、TNFのエピトープに対して向けられたマウス抗体 をファージ上での表示のためFab断片としてクローニングし、そして重鎮をヒ ト軽鎖のレパートリ−と組み合わせることにより(または実際には軽鎖をヒトを 鎖のレパートリ−と組み合わせることにより)、1本かマウス鎖で1本かヒト鎖 であるFab断片を産生するファージを選択することが可能であった。それらの 抗体断片は元のマウス抗体と同じTNFエピトープに結合した。次いで新たなヒ トi!(重鎮または軽鎖)をヒト相手鎖のレパートリ−と組み合わせて、同−T  N Fエピトープに結合する完全にヒトの抗体Fab断片を作製した。
実施例2は、二元的組換え方式におけるCDR刷り込み選択を例示する。エピト ープ刷り込み選択により元のマウス重鎖CDR3を保持したままで抗HIV g p120抗体をヒト化した。マウス抗体のv8およびVLドメインをマウスC1 ,llおよびCに鎖との融合体としてクローニングした。得られた重1v□C, ■断片を、ファージベクターからg3p融合体として発現されたヒト軽鎖のレパ ートリ−と組み合わせてファージ上に表示せしめた。ファージ上に表示されたヒ ト軽鎖を選択し、そして選択された鎖を、元のマウス重鎮のCDR3を含むよう に増幅されg3p融合体として発現されたヒト生来の重鎖V8Cイ1断片のライ ブラリーと組み合わせてファージ上に表示せしめた。
実施例3は単一レブリコン一本tlFv形式におけるCDR刷り込み選択を例示 する。エピトープ刷り込み選択により元のマウス重鎮のCDR3を保持したまま て抗HIV gl)120抗体をヒト化した。−重鎖Fvライブラリーをファー ジ上に表示せしめ、元のマウス軽鎖と重鎖のCDR3とを含んでいるか軽鎖の残 部はヒト起源のものである断片を、ヒト生来の重鎮のライブラリーから誘導した 。次いて選択されたファージの重鎮可変ドメインをヒト軽鎖可変ドメインのレパ ートリ−と組み合わせて、ファージ上に5cFvライブラリーを作製した。この ライブラリーから選択されたファージは、マウス重鎖のCDR3の保持を除いて 可変ドメインか完全にヒト起源のものである5cFv断片を表示した。
実施例4は、免疫処置されたマウスの免疫レパートリ−から誘導したヒト抗体の 単離を例示する。TNFで免疫処置されたマウス由来のマウス重鎖および軽1v 遺伝子のレパートリ−を一本1JIFv断片としてファージ上に表示せしめ、T NFへの結合についてファージ選択した。この選択されたマウス集団由来のV。
遺伝子を、一本lFv断片としてヒト生来のライブラリーから誘導した■、遺伝 子と組み合わせ、そしてファージ選択した。選択さnた半ヒト化抗体ポリペプチ ドニ1体を、ヒトvLをヒト生来のライブラリーからのヒトV。と対合すること により、完全にヒト化した。次いて得られたライブラリーからTNFに特異的な 完全にヒト化された抗体ポリベブチトニ量体を選択する、二とかできる。
実施例5は合成ライブラリーの作製を例示する。
本発明者らは、二回の鎖入替えによるヒト化のための標的抗体として、ヒトTN Fに対して向けられたマウスモノクローナル抗体を選択した。抗体Mab32  (IgG2bクラス、/C) (D、 Rathjenら、199]。
Moi、1mmuno1. 28. 79頁; D、Rathjenら、199 2. Br1t、J、Cancer65、852−856頁、オーストラリア国 特許出願第7.576号、欧州特許第486.526号)は、TNFの細胞溶解 作用を阻害しない(おそらくそれかTNFレセプターへのTNFの結合を阻害し ないため)けれども、サイトカインの生体内抗癌作用と抗ウィルス作用を増強す る。
坑原結合部位はTNFの最初の18残基を包含するTNF−三量体の領域中に位 置している。この実施例は、ヒトTNF−α上のこの同一、1ビトーブを特異的 に認識するヒト抗体を作製するのに利用することができる。
実験と結果 使用する一般的方法はこの章の最後に与える。
1、Mab32のV遺伝子のクローニングとファージ上への表示Mab32のV 遺伝子のクローニング:本質的には記載された通り(C1,acksonら、  1991.前掲、 C1acksonら、”PCR: a practical  approach、Mr Phenox ら編、IRL Press。
0xford、 187−214頁)のPCRにより、V、遺伝子用のプライマ ーVHIBACKとVHIFOR2、V、遺伝子用のプライ7− VK2BAC KとVK4FOR1並びにポリメラーゼ連鎖反応(PCR;R,に、 5aik iら、 1985゜5cience 230.1350頁)を使って、マウスM ab32抗体の遺伝子を救済した。マウスvH遺伝子とVに遺伝子を、scFv 断片としての発現に向けてPCR構築により構築し、VHIBACKSfiおよ びVKFOR4NOTを使って増幅せしめ、5fil−Notl切断制限断片と してファジミドpHENI(H,R,Hoogenboom ら、1991.  Nucl、Ac1ds Res、19. 4133−4137頁)中に連結せし め、そしてE、コリHB2151細胞中にエレクトロポレーションした。ELI SAにより分析した96個のクローンのうち(下記参照)、9個がTNF結合性 可溶性5cFv断片を分泌した。配列決定によると、全てのクローンでファミリ ーI[BのマウスVHとファミリー■のマウスVにを示した(E、A、 Kab atら、 1991.5equences ofProteins of Im munological Interest、 US Public Heal th 5ervices)。
9つの配列を比較することによっておそら<PCRによって導入されたであろう ヌクレオチド変異を検出し、そして「共通」配列および結合活性を有するクロー ン(scFv−Mab32)を更なるクローニング実験のため選択した(図5) 。
可溶性発現のためのMab32 V遺伝子の再りローニング:マウスV遺伝子を 重83I(Fd、V、C,l)または軽鎖の可溶性発現のために、継ぎ合わせ重 複伸長(splice overlap extension)によりマウスV 遺伝子をヒトC,l (μイソタイプ)またはヒトCに遺伝子とそれぞれ連結す ることにより再クローニングした。オリゴヌクレオチドMO,]KIFOLNX  (V遺伝子のJ領域中に結合する。この実施例において使用する全オリコヌク レオチドは表1に与えられている)とVVKBASF[(5’領域中に結合し、 Sf百制限部位を付加する)を使って、scFv−Mab32 D N Aから マウス■に遺伝子を増幅せしめた。
一方で、C1acksonら、 +991に記載の通り、2断片構築法を使って 、オリゴヌク1ノ不チトへtOVK−HUCK−BACK (ヒトCにの5′に 結合し、そしてマウスJに1領域と部分的に相補的である)とHUCKNOT1 6NOMYC(ヒトCにの3′末端に位置し、末端のンステインを保持し、No tl制限部位の上に標識を付ける)を使ったマウス−ヒトキメラ軽鎖遺伝子(H oogenboomら、 1991.前掲中に記載されたNQIo、 12.5 の遺伝子)からのPCRにより、ヒトCにを得た。DNA断片の連結のため、2 つのPCR断片を混合し、MVKBASFIとHUCKNOT16NOMYCを 使って増幅せしめた。次いで、軽鎖の可溶性発現のためpelBシグナルペブチ ト配列と適当なりローニング部位とを含むI]UCI9誘導体(pUC19−p e+e−mye、図2)中に5fil−NotI断片としてキメラvにCに遺伝 子をクローニングした。同様に、重複発現PCRによる継ぎ合わせにより、マウ スv1.l遺伝子(LMB3とVHIFOR−2を使ってscFv−Mab32 から増幅したもの)をヒトμmCo1ドメインCMo−VH−Hu−CHIとH CMIFONOを使ってヒト[gM由来のcDNA (Marksら、 +99 1.前掲およびWO92101047)から増幅したもの〕と組合せ、そして標 識鎖の可溶性発現のためpUCI9−pelB−myc中に5fif−Notl 断片としてクローニングした。
ファージ上へのMab32抗体の表示 HUCKCYSNOTとλ+VKBAAPAを使ってマウス/ヒトキメラ鎖を再 増幅せしめ、そしてApaLl−〜otl断片としてfd−tet−DOGI中 にクローニングすることにより、キメラ軽鎖をファージfd上に表示せしめた。
重鎮Fd鎖遺伝子を存するプラスミドを含有する細胞を、AMP−GLIJ ( 1%)を含む2×TY中で対数期(0,5のOD、。。)まで増殖させ、そして 20倍過剰の軽鎖表示ファージにより感染せしめた。2×TY、アンピシリン( 100μg/yJ) 、グルコース1%培地中て振盪せずに37°Cにて45分 間そして振盪しなから37°Cにて45分間後、50倍容の予熱した(37°C )2XTY、アンピシリン(100μg/ml)およびテトラサイクリン(15 μg/−)中に希釈し、37°Cにて1時間、次いて30°Cにて一晩(攪拌し なから)試料を増殖せしめた。そのような培養物の上清から収集したファージ粒 子は、それらの表面上に軽鎖を通して固定されたTNF結合性Fab断片を表示 した。
同様にして逆の配置のものを作製した。まず重鎖■。C,1断片をfd−tet −DOGI中にクローニングしくVHIBACKAPAとHCMIPONOを使 ってマウス/ヒトキメラ構成物からのFd鎖遺伝子を増幅せしめた後)、そして ファージを使って可溶性軽鎖を産生ずることのできる細胞を感染せしめた。その ような細胞の上清から収集したファージ粒子は、それらの表面上に重鎖V。C, 1を通して固定されたTNF結合性Fab断片を表示した。
ファージ上に表示されたMab32断片の性質ハイプリドーマV遺伝子を増幅せ しめ、上記のごとく■。遺伝子とVに遺伝子をscFv断片としてファジミドI IHENI中にクローニングすることにより、マウス抗体Mab32のV遺伝子 をクローニングした。TNFに結合する抗体5cFv断片をELISAにより同 定した(詳細については下記を参照のこと)。マウスV。遺伝子はヒトμmCH 1に結合したマウスV8として可溶性発現させるためにpUC19−pelB− myc (図2)中で再クローニングし、一方軽鎖は −との融合体としてヒト Cにドメインを有するベクターfd−tet−DOGI中で再クローニングした 。重鎮構成物を含有する細胞を、軽鎖を育するfdソファノにより感染せしめる と、Fd重鎖と会合した軽鎖−g3pを担持しているファージ粒子か出現した。
実際、マウス−ヒトキメラFabを表示しているファージを使ったELISAに より評価すると、TNFと301ペプチドへの結合は保持された。このファージ ELISAにおいては、軽鎖のみを担持しているファージのバックグラウンドシ グナルは野生型fd−tet−DOGI ファージよりもわずかに高かったか、 Fabを表示しているファージを使って得られたシグナルよりも常に低かった。
同様にして、ファージ上に固定された重鎖V。C,1断片と可溶性断片として提 供された軽鎖とを使ってTNF結合性ファージを作製した。ゆえに、Mab32 は、両方の表示方向での二元的組合せ方法において機能的である。
本質的にはMarksら、 1991.前掲に記載された通りに、2人の健康な 提供者の末梢血リンパ球から調製したmRNAから、に、λ軽鎖およびμ特異的 cDNAを調製した。μ特異的、λおよびにライブラリーそれぞれに対してオリ ゴヌクレオチドHCMIFO,HUCLCYSおよびHLICKCYSを使って 、第−鎖cDNA合成を行った。このcDNAから、オリゴヌクレオチドHCM IFOと6つのファミリー特異的VHBACKプライマー (Marksら、  1991.前掲に記載)を使ってV、C,Iレパートリ−を増幅せしめ、Not I標識された正プライマー(HCMFONO)とApa Iff m L f:  VHBACKブライ7− (HuVHIBAAPAカラHuVH6BAAPA 4 ”7:(06つのプライマー:表1)とを使って再増幅せしめた。同様に、 Marksら、 1991.前掲およびPCT/GB91101134 (Wo  92101047)に記載されたHUCLCYSまたは間CKCYS正ブライ ツプライマーVλIBACKからHuVλ6BACKまでまたはHuVklBA CKからHuVk6BACKまての逆プライマーとを使って、軽鎖レバートリー を増幅せしめた。この項目に記載される各場合において、重鎖およびに鎖可変レ パートリ−は別々に増幅せしめた。増幅されたレパートリ−を、ApaLlおよ びNotl標識されたそれらのオリゴヌク1ノオ千ドの変形(それぞれHuVλ IBAAPAからHuVλ6BAAPAまでまたはHuVklBAAPAからH uVk6BAAPAまでの13個の逆プライマー、および2個の正ブライ7−  HuCLCYSNOTとHuCKCYS−NOT)を使って再増幅せしめた。3 つのレパートリ−全てをApaLI −Not 1断片としてfd−tet−D OGI中にクローニングし、そしてE、コリMCl061細胞中にエレクトロポ レーションし、VλCλについては1.0XIO7個のクローン、VKCににつ いては1.4 XIO’個のクローン、そしてIgM由来のV+CH1について は5 XIO”個のクローンを得た。
挿入断片の存在を確認すると、該ライブラリー中の挿入断片の頻度は3つの場合 の全てにおいて95%よりも高いことがわかった。
マウスV□ ドメインをドツキング鎖として使ったヒトvLの選択エピトープ刷 り込み選択を使って鎖を入替える時、マウス■遺伝子か第1回の選択の際に一定 に保持されることに依存して、マウスからヒト抗体への2つのルートがある(図 1参照)。抗原結合に対するマウス重鎮および軽鎖の影響並びに元のエピトープ 上へのヒト相手鎖のドツキングに対するそれらの影響は、おそらくドメインが抗 原結合性接触のほとんどを形づくることに依存して、抗体間で相当具なるだろう 。
図1は、出発にマウス抗体を使って例示されるような、エピトープ刷り込み選択 の理論を示す。白い長方形は元のマウス抗体の■8ドメインと■、ドメインを表 す。影を付けた長方形はヒトのvl、l ドメインとvL ドメインを表す。最 後の行の左側に示されるヒト抗体誘導体は、次の段階を含む手順によって作製さ れる:fa) (i)元のマウスV、を保持し、ヒトV、ドメインのライブラリ ーと組合せ、次いて抗原への結合により選択する。
fa) (i i )それらの選択されたヒトvL ドメインをヒトVHドメイ ンのライブラリーと組合せ、次いて抗原への結合により選択する。
最後の行の右側に示されるヒト抗体誘導体は、別の経路に由来する (bl (i)元のマウスVLを保持し、ヒトV。ドメインのライブラリーと組 合せ、次いて抗原への結合により選択する。
tb) (i i )それらの選択されたヒトV。ドメインをヒトV、ドメイン のライブラリーと組合せ、次いで抗原への結合により選択する。
最後の行の中央に示されるヒト抗体は、次の手順により誘導される fc) (a) (i )において誘導した選択されたヒトVL鎖を、(b)  (i )において誘導した選択されたヒトV。鎖と組合せ、次いて抗原への結合 により選択する。
(b)(ii)において誘導したV、鎖を(al (i i )において誘導し たVtHと組み合わせることかでき、またその逆も可能である。この章は手順( a)を説明し、次の章は手順(b)と(C)を説明する。この実施例は二元的レ プリコン、二元的組合せ方式を使った手順を説明するか、この方法は単一レプリ コン、一本@Fv方式にも同様に適用することか可能である。
第1回の鎖入替え実験において、pUc19−1)elB−mycから発現され たマウスV)l(ヒトCH1ドメインに結合されている)を、Fab断片として 107の異なるヒトVλCλドメインのライブラリーと対合せしめた。該抗体断 片を表示しているファージを、TNFがコーティングされた試験管上での連続選 別にかけた。溶出したファージの力価を追跡することにより選択の程度をモニタ リングすることかできる。
4回の選択後(溶出ファージの力価か100倍増加する)、28個の各クローン のうち24個か、Fab断片(全てマウスV14−ヒトCH1を育する)を発現 しているファージを使ったELISAにおいて、TNFに結合することかわかっ た。選択されたヒトVλCλドメインのみを表示しているファージは、キメラマ ウスVに一ヒトCにのみを表示しているファージと同様なバックグラウンドを与 えた。第1回の選択後に取った16個のクローンは陰性であることかわかった。
24個の結合体の中で3種類だけの異なるBs tN [フィンガープリントか 検出され、lパターンか優位を占めていた(21/24 ’)。軽鎖VAA2. VλC4およびVλD4がぞれぞれ21/24.2/24および1/24の頻度 で見つかった。配列決定により、3つの軽鎖が全て同じ生殖細胞系列遺伝子、即 ちヒトVλ1−1−1に由来することが明らかになった。クローンVλC4は1 個、クローンVλDIは2個、そしてクローンVλA2は7個の生殖細胞系列と のアミノ酸残基の相違を有した(図6)。しかしながら、クローンVλA2は、 関連するVλlの生殖細胞系列配列と一層類似しているフレームワーク−1領域 、humvll17を使用しており、従ってこれは組換えの結果であるかもしれ ない。3つのクローン間での配列中の変異が最少で且つ長さの変化が全くないと いうそれらクローンの生殖細胞系列特性は、CDR3配列中にも認められる。と うやら、非常に類似した配列を有する非常に限定された数の遺伝子のみか緊縮条 件(マウスv1.Iと適合して抗原結合ペアを形成すること)を満たすらしい。
1つの驚くへきことは、■遺伝子をコードするヒト生殖細胞系列がそれらの条件 を満たすドメインを供給できることである。しかしながら、このライブラリーの 出発材料は別の実験で非常に多様であることか証明された。例えば、同じ2人の 提供者から作製した免疫処置されてぃない5cFvライブラリーから、本発明者 らは既知の生殖細胞系列遺伝子に比較して成る程度のヌクレオチド変異を存する 多数の異なるλ鎖を誘導した(Marksら、 +99L 前掲)。その上、同 一提供者から誘導した軽鎖遺伝子を親和性成熟のため鎖入替え実験において使用 し、そして多数の変異を存する軽鎖変異体(全て■λ1)を単離した(Mark sら、 1992.前掲)、。
3つの選択されたVλ遺伝子をVλCλ鎖としての可溶性発現のためllUc1 9−pelB−myc中で再クローニングした。3つの軽鎖プラスミドを含存す るE、コリ細胞を混合し、ヒトV、C,1遺伝子のファージライブラリーにより 感染せしめ、前に記載したfd−tet−DOGIライブラリーから発現させ、 そして該ライブラリーをTNFがコーティングされた免疫試験管上での連続選別 にかけた。5ラウンド後、溶出ファージの力価が100倍に増加した時、クロー ンを採取した。DNA挿入断片のBstNlフィンガープリントにより分析した 20個のクローンのうち15個が2パターンのうちの1つを使用した(はぼ゛同 じ頻度で)。それらの重鎖V、CH1断片をVλA2軽鎖と組み合わせた時の1 5個のクローンは、Vλc4またはVλDi軽鎖と組み合わせた時よりも強いフ ァージεLJSAシグナルを与えた(図3)。重鎖V、CHI断片のみを表示し ているファージを使って得られたパックグラウンドシグナルは、マウスvH−ヒ トcH1のシグナルと同様であった。
配列決定により、この2パターンは3つのユニークヒトvlI配列(りC1−ン V、P1/2/3、りct−ンVHP Iは’;Io−ンV、P2(Dものとほ ぼ同しBs tN l フィンガープリントを有する)に帰することができるこ とが明らかになった。選択された軽鎖遺伝子と同様、選択された重鎮遺伝子は同 じ生殖細胞系列■。遺伝子(■83ファミリーの生殖細胞系列DP−51STo mlinsonら、 J、 Mo1. Biol、 227.776−798、 1992 ;図6)に由来し、最少の残基相違を有する。図6は、ヒI−TNF に結合する抗体断片のv8およびV、抗体遺伝子の推定タンパク質配列を示す。
選択されたヒト■遺伝子をそれらの最も近い生殖細胞系列同族体と整列させた。
選択された遺伝子中の同一残基はハイフン(−)により表される。V)l遺伝子 のフレームワーク4は第4残基のところで切り取られている。クローンV、P1 はおそら< DP−51と関連生殖細胞系列DP−47との間の組換え体であろ う。
3つの選択されたV、遺伝子は全て、比較的短いCDR3ループ(8,9および 10残基)を有するが、この配列の相同性はほとんどない。V、−CDR3は本 来6つの抗体可変性ループ全ての最大多様性領域であるので、その領域中に共通 配列を有するクローンを選択する機会は実際には非常に小さい。
選択されたV遺伝子対の結合の特異性 Mab32および可溶性5cFv断片を使った多数の抗原に関する特異的ELI SAは、元のMab32抗体、その5cFv誘導体および3種のヒト化されたT NF結合体(5cFv断片として)が特異的にTNFに結合することを示した( 図4)。アオガイヘモシアニン、オボアルブミン、チトクロムC、ウシ血清アル ブミン、ヒトチログロブリンまたは2−フェニルオキサゾール−5−オン−BS AかコーティングされたELISAプレートにもプラスチックだけにも全く有意 な結合が得られなかった。ヒト化された抗体が同一エピトープに結合するという 証拠は、ペプチド301がコーティングされたプレートと、元のマウス/ヒトキ メラFab断片またはヒト化されたFab断片を表示しているファージとを使っ たファージEL[SAから最初に得られた(このアッセイは可溶性5cFv断片 の検出を可能にするほど十分には感受性でない)(図3)。図3は、一方の鎖か g3p融合体としてファージ上に表示され(fd−、、、により示される)、そ して他方の鎖か分泌された可溶性相手鎖として提供された、Fab断片を表示し ているファージのELISAの結果を示す。クローンは次の鎖の組合せを表示す る。
fd−DOGI (抗体なし)、軽鎖・マウスM o V、(Mab32由来) 、ヒトVλA2およびVλC4(マウスV。を使って選択されたもの):重鎖:  7 ウスM o V H(Mab32由来)、ヒトV、 PI、2. 3 ( 1ニドvλA2.VλDI、VλC4を使って選択されたもの)、ヒトV、LM 2、VHLM8 (、マウスVLを使って選択されたもの)。
Vλ鎖はV、として示される。ペプチド301とTNFの両方に結合する完全に ヒト化されたクローンが得られた。
加えて、ヒト5cFv断片がTNFへの結合を目当てに元の抗体と競争すること を示すために、本発明者らは、Mab32のタンパク質分解的開裂により誘導さ れたFab断片を使った競合ELISAにおいて5cFv構成物の結合を分析し た。一本tl F v断片を、TNFかコーティングされた表面上で増加する量 のFab断片と共にインキュベートし、そして結合した5cFvの量をELIS Aにおいて検出した(図7)。
元の5cFV −Mab32とヒト化された5cFv断片の両方を含む5cFv 断片の各々か、TNFへの結合を目当てにFab Mab32と競争する。
かくして、ヒト化過程を通じてTNFのペプチド301に対するMab32の微 妙な特異性が保持される。
選択された■遺伝子ペアの結合親和性 マウスMab32抗体、並びに精製された単量体形の組換えマウス5cFv − Mab32並びにヒト5cFv抗体V、、、Pt−vλA2 、V、R2−■λ A2およびV、P3VλA2を、TNFに対する相対親和性の測定のため競合E LISAにかけた。TNFコーティングされた表面上で増加する量の可溶性TN Fの存在下で抗体をインキュベートした。
全てのクローンが同範囲の増加するTNF濃度に渡りほぼ同様なEL(SAシグ ナルの減少を示した(10 nM 〜100 nM範囲にIC5,を有する)。
親のMab32はより強力に結合すると報告されているけれども(ヒトTNFへ の結合親和定数8.77 XIO’ M−’) 、これは5cFv断片のm個性 に比へて完全抗体分子の二価性を反映している。
Mab32およびV、R3VλA2断片をPharmacia BIAcore を使った結合特性についても分析した。TNFを直接表面上に固定化し、抗体の 結合をモニタリングした。元のマウス抗体の特性はMab32の2つの単量体形 を分析した。TNF表面上では、タンパク質分解的開裂によるMab32のFa b断片と5cFv Mab32とが非常に類似した急速なオフ速度を示した(約 10−” s−’)。ヒトVHP3−VλA2抗体は元の5cFv −Mab3 2と同範囲にオフ速度を有する。抗体タンパク質相互作用のオン速度は、他のタ ンパク質とそのレセプターとの相互作用について検出される範囲であり、104 〜10” M−’ s−’の100倍範囲に及ぶ(Mason D、M、および Williams、 A、F、、 1986. Kinetics ofAnt ibody Reactions and the Analysis of  Ce1l 5urface Antigens。
Blackwell、 0xford ; Pecht、 1.1992.5e la、 M、 &i、 DynamicAspects of Antibod y Function、 Academic Press Inc、、 New  York。
第6巻、 1−68頁)。抗体TNF相互作用のオン速度が抗体タンパク質相互 作用に特有であると仮定すれば、BIACOre分析により誘導されるオフ速度 は競合ELISAにより示される親和性(K d= 10−”〜10−”M)と 一致する。
従って、それらの測定値は、同様な親和性を有する5cFv Mab32および ヒト化された5cFvクローンV、R3−VλA2と一致し、よってエピトープ 刷り込み選択による親和性並びに特異性の保持とも一致する。
エピトープ刷り込み選択の別経路によるヒト化された抗体の選択。
更に別経路を使ってヒト鎖を選択することができるかどうかの疑問に答えるため に、本発明者らはまず、刷り込み鎖としてマウス■。
ドメインを使ってヒトV1.Iを選択した。4回の選別後、2つのヒト■8 ド メイン(V、−LM2.!:V、−LM8)が集団の優位を占メタ。
両V、遺伝子とも、V、3フアミリーに属する生殖細胞系列(DP−46)と比 較すると最少の相違を示した。V、Pl、2および3配列と比較すると、V、− LM2とVHLM8は同 (V113)77 ミ’J−の生殖細胞系列を使用し 、CDR1およびCDR2に同一の標準的ループ構造を共有する(LM、 io mlinsonら、 1992.前掲;C,Chothiaら、1992. J 、 Mo1. Biol、 227.789−817頁)。しかしながら、クロ ーンV、 LM2とV、−LM81;!、V14P1,2および3配列ニ比べて 長いVl、l−CDR3(それぞれ8. 9.10残基に比べて18および14 アミノ酸残基)を使用し、そしてそれらの各々の生殖細胞系列が15アミノ酸残 基異なっている。(相補的性質ではなくて)相違に関して選択されたそれらの鎖 の相補性を試験するために、V、−LM2ドメインをファージ上のFabとして または5cFv配置においてのいずれかでヒトVλA2ドメインと組み合わせた 。共に結合性組合せ体を生じた(図3、結果は示してない)。加えて、マウスV LはヒトV、P3と組合せると(ファージ上のFab断片として)比較的弱い結 合体を形成した。
可溶性発現のための抗体鎖をコードするプラスミドを含有するE。
コリ細胞を、100μg/m/アンピシリンと1%グルコースを含む10m7の 2XTY中て37°Cにて0.5の0Dsooまで増殖させた。元のライブラリ ーから調製した(15μg/m/のテトラサイクリンを含む2XTY中て37゛ Cにてライブラリーを増殖させそして2回のPEG沈澱によってファージを収集 することにより) 10”形質転換単位(TU)をまたは選別実験からの溶出物 1m/(様々な力価)を、37°Cにて振盪せずに45分間そして振盪しながら 45分間インキュベートすることにより、細胞に感染せしめた。次いでアンピシ リン(100μg/−)とテトラサイクリン(15μg/−)を含む予熱した培 地500rnl中に細胞を接種し、37°Cにて1時間増殖させた後、−晩のイ ンキュベーションのため30°Cの振盪器に移した。2回のP E G−NaC 1沈澱によりファージを調製し、選択前に約10”TU/−になるように水に再 懸濁した。
結合体の選択 50mM炭酸水素塩緩衝液(pH9,6)中10μg/rnIのTNF溶液2− を使って免疫試験管(Nunc)を−晩コーティングした。ファージとのインキ ュベーション、洗浄および溶出条件はMarksら、 1991により記載され た通りであった。可溶性相補鎖を発現しているE、コリ細胞に溶出ファージを感 染せしめ、そして選択されたファージ集団の増幅(上述)に向けてテトラサイク リンを含む2XTY培地中で増殖−重鎖ファージ原株を調製し、そしてこのファ ージを使って相手鎖をコードする遺伝子(クローンを選択するのに使ったもの) を含む細胞を感染せしめることにより、個々のクローンを結合についてファージ ELISAにおいて分析した。上述のような一晩培養物(21nIりから調製し たFab断片を表示しているファージを、PEG沈澱により10倍濃縮し、50 μlをELISAてアッセイした。組換えヒトTNF−α(酵母産物、比活性3 .2X10単位/■、Peptide Technology)を、50 mM 炭酸水素塩緩衝液(pH9,6)もしくはPBS中10μg/−において50μ l/ウエルで、室温で一晩プラスチック製平底マイクロタイタープレー) (F alcon 3912 )上にコーティングした。PBSで洗浄し、2%乾燥脱 脂粉乳(Marvel)で2時間ブロックした後、ウェルあたり50μlのファ ージを50μlの4%Marvelに添加し、その後で記載された通り(Mar ks ら、 1991及びPCT/GB91101134)抗フアージ抗血清を 使ってELISAを続けた。Mab32エピトープへの結合の検出のため、PB S中10μg/rrd!のペプチドを100μl/ウェル使って室温で一晩イン キユベートすることにより、301−ペプチド(Peptide Techno logyから提供、配列H−VRSSSRTPSDKPVAHVVA−OH配列 番号119)をコーティングした。3%BSAによりウェルを2時間ブロックし 、上記と同様に(Marvelとのインキュベーションを使って)ELISAを 続けた。
あるいは、選択した鎖を1つのプラスミド中で再クローニングしく 5cFv断 片として)、適当な株中で発現を誘導し、そしてE コリ培養上溝中の結合した 抗体断片を抗myc−tag抗体によって検出することにより、可溶性抗体断片 を調製した。精製された単量体5cFv断片(精製については下記参照)を競合 ELISA実験と結合特異性を調べるためとに使った。特異的ELISAのため に、記載の様々なタンパク質(Marksら、 1991.前掲およびWo 9 2101047)でプレートをコーティングした。
競合EL[SAには、Mab32 (Peptide Technologyか ら提供)のタンパク質分解的開裂により誘導されたFab断片と、9E10−プ ロティンA精製済マウス5cFv −Mab32かプロティンA精製済ヒト5c Fv断片(V、P 1/2/3− V λ2) (7)とちらかを使ツタ。TN Fかコーティングされたプレーh (PBS中3%BSAでプロ・ンクしたもの )に、4つの5cFv断片の各1つと増加する量のマウスFab断片(総量10 0μlで、1■/艷溶液を1.2μf、4μlおよび10μl)との混合物を添 加した。2時間のインキュベーション後、プレートを洗浄し、そして抗体9E1 0 (これは5cFv断片のC末端のmyc−tagを認識する; Munro およびPelham、 1986. Ce1l 46.291−300 )とペ ルオキシダーゼ標識ヤギ抗マウス抗体(Fc特異的)とを使って、結合した5c Fvを検出した。負の対照として、同じ抗体を使って増加する量のFab断片の みを検出した〔抗マウス(Fc特異的)抗体はマウスFabと弱く交差反応する 〕。ある範囲の濃度の5cFv断片(250μg/−まで)を使って実験を行い 、競合が目に見える5cFvの最少検出可能量を確立した(過剰量の5cFvを 使った時、競合は全く目に見TNF−ELISAにおいて陽性のファージクロー ンのV遺伝子DNAをDNAフィンガープリント法(C1acksonら、 1 991.前掲)により分析した。簡単に言えば、fd−PCR−BACKと重鎮 にはfd−SEQIまたは軽鎖にはH[JLAMBDASEQとを用いて該遺伝 子を25サイクル増幅せしめ(94°Cで1分:50°Cで1分そして72°C で2分)、次いでDNAをBstNIで切断した。アガロースゲル電気泳動によ る消化物の分析は、陽性クローン間の主な相違の同定を可能にした。シークエナ ーゼキット(USB)と適当な配列決定用プライマーを使って、ジデオキシチェ ーンターミネーション法(F、 Sangerら、 1977、 Proc、  Natl。
Acad、 Sci、 USA 74.5463−5467頁)により、選択さ れたV領域の核酸配列を決定した。pHENI中でクローニングされたマウスV 遺伝子はpHEN−SEQとL+NKSEQを使って配列決定し、ヒトvH遺伝 子はヒトC,1(μ)領域中に位置するプライマー(Hu−MCHIFORSE Q2)を使つて配列決定し、一方ヒト■λ遺伝子にはHULAMBDASEQを 使った。
可溶性発現に向けての選択された鎖の再クローニング11UC19−pelB− myc中へのクローニングのため、選択された軽鎖をSfi[ff識逆プライマ ーとNotl標識正標識イプライマーて増幅せしめた。ヒh軽MVλA2.Va DiおよびVλC4をHuVLIBACKSF[とHuCLIFORAMBNO Tを使ってfdから増幅せしめ、無標識軽鎖としての可溶性発現(非抑制株中で の)に向けてI)UCl3−pelB−myc中でクローニングした。
あるいは、選択されたV遺伝子を、本質的には記載された通りに(C1acks onら、 1991.前掲; Marksら、 +991.前掲およびWO92 101047) 、Marksら(1991,前掲およびWO92101047 ) +::記載のオリゴヌクレオチドを使って5cFv遺伝子として構築し、そ してC末端myc−tagを有する可溶性5cFv断片としてのE、コリHB2 151細胞中での発現に向けてpHENl (Hoogenboomら、 19 91.前掲)中でクロー〇末端myc−tagを有する元のマウスscFv−M ab32−c14断片は、9E10−プロティンAアフィニティーカラム(C1 aeksonら、 1991.前掲に記載)を使ってE、コリ上清から精製した 。ヒト5cFv断片(全てVイ3遺伝子を有する)はプロティンA−セファロー スカラム(H,R。
HoogenboomおよびG、 Winter、 J、 Mo1. Biol 、 227.381−388頁。
1992)上で精製した。どのタンパク質もゲル濾過(5uperdex−75 ゜Pharmacia)を使って更に精製し、B[ACOre分析用に単量体画 分を取った。
標準的ポリメラーゼ連鎖反応 ポリメラーゼ連鎖反応用の標準的反応混合物は、5μlの鋳型DNA:20ピコ モルの逆プライマー:2oピコモルの正プライマー:10mM KCI ; l Od (NH4)2SO,; 20mM Tris−HCI (pH8,8)  ; 2mMMgC1z : 100 μgのBSA/−および1単位のTaq  DNAポリメラーゼ(Perkin Elmer Cetus)であった。この 反応混合物の上に鉱油を重層させ、Techne熱循環器(Duxforld、  England )を使って30サイクルの増幅にかけた。1サイクルは94 °Cで1分(変性)、55°Cで1分(アニーリング)および72°Cで1.5 分(伸長)であった。その他のPCR条件は本明細書中または参考文献中に与え られている。
DNA生成物の精製 生成物は、アガロースゲル電気泳動後にGeneclean (Biolol) を使って、または電気溶出とエタノール沈澱(J、 Sambrookら、 1 989゜Mo1ecular Cloning: A Laboratory  Manual、 Co1d Spring HarborLaboratory  Press、 Co1d Spring Harbor、 NY、 )により 精製した。
制限酵素消化 制限酵素消化は製造業者(New England Biolabs、 CP  Labs。
B15hops 5tortford )の指示に従って実施した。連結はSa mbrookら(1989,前掲)に従って実施した。
結論 本発明者らは、エピトープ刷り込み選択(EIS)方法によりマウス抗体を同じ 特異性を持つヒト抗体に再構築できることを証明した。
ヒト軽鎖のライブラリーをマウスV。ドメインと組合せ、結合性の組合せを選択 し、次いでヒトvH遺伝子のライブラリー用の「ドツキングドメイン」として2 回目の入替えに使った。そのような「真の」ヒトライブラリーから完全にヒトの 抗体を単離した。該抗体は結合特異性を保持していることが示された。あるいは 、マウスV、をヒトvH相手鎖を選択するためのドツキング鎖として使った。
そのようなりHドメインはヒトV、遺伝子を見つけるのに使うことかてき、ある いはまた、マウスV。ドメインを使って選択されたヒト■、ドメインと組み合わ せることができる。実際、独立的に選択された2つのV遺伝子を組み合わせるこ とによって結合活性が得られた。これはEIS法の潜在的付加能力を示している 。
CDR移植(Riechmannら、 1988.前掲)方法はしばしば抗体の 三次元構造の詳しい知識を必要とするため、ETSアプローチの方かCDR移植 よりも迅速に抗体をヒト化するのに役立つことかできる。しかしながら、EIS 法は、例えば免疫処置した冨歯類からのファージ選択により得られた抗体レパー トリ−に拡張することができる。抗原での免疫処置後、高い親和性と特異性を有 するV遺伝子のレパートリ−を選択し、次いでエピトープ刷り込み選択(実施例 4参照)に使用し、高い親和性を有し且つ所望の特異性が富化された成る範囲の ヒト抗体を産生ずることができる。
多組合せ抗体ライブラリーとCDR刷り込みを使った誓言類抗体のヒト化 重鎮のCDR3は、全CDRのうち長さと配列に関して最も可変的であることか 通常認められ、そして抗原との重要な接触を行うことかできる(Winter、  G、およびMilstein、 C,、“Man−made Antibod −ies”、1991. Naure 349.293−299頁)。これは、 CDR移植(ドイツ国特許明細畜GB2188638B)によるにせよ鎖入替え を使って本明細書に記載の通りにしてにせよ、ヒト化する時に重要な事柄である 。
署歯頚抗体のV、CDR3配列がヒトV8セグメント上に刷り込まれる鎖入替え 法によるヒト化に多組合せアプローチを適用することか有利かもしれない。多組 合せアプローチでは、l断片例えばV、C。
lかファージベクターからの融合体としてファージ上に表示され、そして他方の 断片例えば軽鎖が例えばプラスミドから可溶性断片として発現される。Fab断 片としてファージ上に両断片を表示せしめるためにファージによる重感染か用い られる。
この実験では、マウス抗HIV gp120モノクローナル抗体をヒト化した。
このマウス抗体のvHドメインをヒトCγドメインと融合せしめ、そしてpUc 19sfi/Not/polymyc中にクローニングした。
fd−DOG−1(Wo 92101047のfd−CAT−2としても知られ る)中にg3融合体としてクローニングした生来のヒト軽鎖のレパートリ−を、 キメラ重鎖を担持する細胞中に感染せしめ、抗原に関してファージ選択した。フ ァージゲノムは軽鎖だけをコードするが、それらのファージはその表面上に重鎮 と軽鎖の両方を育する。重鎮だけが提供されたものであるためこれは問題ではな い。
こうして選択された軽鎖を、次いでヒト抗体のCDR3が元のマウス重鎮のもの で置換されるようなやり方でPCR増幅させた生来のヒトvHドメインのライブ ラリーと対合させる。
項目(a)は、マウスF58のVHおよびV、ドメインがヒトC,1およびCに 配列に融合されたキメラFab断片の作製を扱う。このクローンを抗体の早期特 徴付けに使い、その後の重鎮のPCR増幅のための鋳型として働いた。これを次 いでPstl−Notl断片としてpUc195fi−Not polymyc 中にり0−ニングした(項目(b))、項目(C+はfdDOG中でのヒト軽鎖 レパートリ−の作製を記載しており、このヒト軽鎖レパートリ−を次いでpUc 19上にキメラ重鎖を含む細胞に感染せしめた(項目(d))。生じたファージ をペプチドに対して選択しく項目(e))、選択された軽鎖をPCR増幅せしめ 、モしてキメラ重鎖と並んでAsc[−NotI断片としてクローニングしく項 目げ)) 、ELrSAにより抗原への結合能力についてアッセイした(項目( g))。選択された軽鎖をpUC中で再クローニングしく項目−)、生来のヒト vMドメイン上にF1a CDR3配列を刷り込む変異原性プライマーを使って 該ヒトV1.l ドメインを増幅せしめ、そして得られた断片をファージ中でク ローニングした(項目(i))。次いでこの刷り込まれた重鎮ファージのレパー トリ−を使って、pUC上に選択された軽鎖を担持している細胞を感染せしめ、 得られたファージを抗原に関して選別した。最後に、選択された重鎮と軽鎖を同 一レプリフン上で一緒にクローニングし、そして抗原への結合についてアッセイ した(項目(j))。
5mlの培讐ハイブリドーマ細胞(約2XlO’細胞)をPBS中で洗浄し、ペ レット化し、200μlの0.1%ジエチルピロカーボネート/水に再懸濁し、 すぐに5分間煮沸した。遠心分離後、「煮沸物」の上清68ulを反応混合物2 8111に添加し、140mM KCI、 50mM Tris−HCI (4 2°CでpH8,1) 、 8mM MgC1,、10mM DTT、 500 μMデオキシチミジン三リン酸、500μMデオキシシチジン三リン酸、5oO μMデオキシアデニン三リン酸および500μMデオキシグアニン三リン酸ヌク レオチド三リン酸(500μM dNTPs) 、 160単位のヒト胎盤RN アーゼ阻害剤並びに10ピコモルの正プライマーを含有する反応混合物96μl を得た。4μl (100単位)の鳥類骨髄芽球症ウィルス(AMV)逆転写酵 素を添加し、反応液を42“Cにて1時間インキュベートし、100°Cに3分 間加熱し、氷上で急冷し、5分間遠心した。次いで、上清をすぐにPCRに使っ た。
重鎮と軽鎖には別々のPCR増幅を実施した。cDNA合成からの上清5 u  l 、 250μM dNTPs、 50mM KCI、 10mM Tris −HCI(pH8,3)。
1、5mM Mgc12. 175μg/mlB S A、各20ピコモルの適 当な正および逆プライマーの混合物(C1aekson、 T、ら、 1991 .前掲)並びに1μl(5単位)のテルムス・アクアチフス(Taq) DNA ポリメラーゼ(Cetus、 Emeryville、CA)を含有する50μ mの反応混合物を調製した。この反応混合物の上にパラフィン油を重層させ、T echne PHC−2熱循環器を使って30サイクルの増幅にかけた。lサイ クルは94°Cで1分(変性)、55°Cで1分(アニーリング)そして72° Cで1分(伸長)であった。5μlを2%アガロースゲル上で展開することによ り生成物を分析した。残りはエーテルで2回、フェノール/クロロホルムで1回 抽出し、エタ、ノール沈澱せしめ、そして50μmの水に再懸濁した。
(ii) 増幅させたvHおよび■にDNAのクローニングと配列決定増幅させ たV。DNAをPst[とBstEIIで消化し、2%低融点アガロースケル上 テ精製し、そしrPstlとBstErlt’消化したM13VHPCR1(O rlandi、 R,、D、H,Gussow、 P、T、 Jonesおよび G、 Winter (1989)C1oning immunoglobul in variable domains for expression b ythe polymerase chain reaetion”、 Pro c、 Natl、 Acad、 Sci、 USA。
86(10)、 3833−7)中に連結せしめた。増幅させたVにDNAをP vu■とBglI[で消化し、そしてPvuMとBcl Iで消化したM13V KPCR1中に連結せしめた。連結混合物を使ってコンビプントTGI細胞を形 質転換せしめた。別々の増幅からの2つのクローニンを、デオキシヌクレオチド チェーンターミネーション法を使って各々のV。鎖と■に鎖について配列決定し た。
(iii) E、 コリ中での発現用のFab構成物の作製定常ドメインを含む ベクター中にF1aのVドメインを連結せしめることにより、F58可変ドメイ ンとヒト+gGICイ1およびCにドメインとを含有するキメラFabを作製し た。F1aのvHを含有するM13VHPCR1をPstIとBstEI[で消 化した。生じたF58VH断片を次いで1.5%アガロースゲル上で精製し、G enecleanを使ってゲルから単離し、そしてPst[とBstEIIで消 化したpJM−IFabDl、3 (PCT/GB91101134)中に連結 せしめた。二の連結混合物を用いてコンピテントEコリN4830−1細胞(G ottesman、 M、E、、 Adhya、 S、およびDas、 A。
(1980) J、 Mo1. Biol、 140.57−75頁〕を形質転 換せしめ、RF DNAの制限分析によりF58V1.lを含むクローンを同定 した。プライマーVk2BACKとVk3FOR2(C1ackson、 T、 ら、 1991.前掲)を使い、鋳型としてF58Vにを含むM13VkPCR を使って、PCRによりF58Vにを増幅せしめた。PCR生成物を5aclと Xholで消化し、1.5%アガロースゲル上で精製し、Genecleanを 使ってゲルから単離し、モしてF58V、を含有する5acIとXho [で消 化したpJM−I Fabベクタ中に連結せしめた。この連結混合物を用いてコ ンピテントE、コリN4830−1細胞を形質転換せしめ、RF DNAの制限 分析によりF58Vにを含むクローンを同定した。
(bl F58キメラ重鎖のPCRとクローニング上述の通り誘導したF58キ メラ重鎖を、プライマーVHIBACKSF115とHUCHIFORASCN OT (表1)を使ってF1aのFabクローンDNAから増幅させた。得られ た約700 bllの断片をPstIとNotIで消化し、そして標準法(Sa mbrook、 J、ら、 1989.前掲および実施例1)を使ってPstI とNotIて切断されたI)UC19Sf i/Not/Polymycプラス ミド適当なファミリーに基づく逆プライマーと正プライマー(表1)の等モル混 合物を使って、に鎖遺伝子とλ鎖遺伝子を別々に増幅せしめた。に鎖遺伝子は、 HUCKFORプライマーを使ったcDNA合成物から、HUCKFOR3ER プライマーと共に6つのHUVKBACK 1a−6aプライマーの等モル混合 物を使って増幅させた。λ鎖遺伝子は、HUCLFORプライマーを使ってcD NA合成物から増幅させ、そしてHUCLFORSERプライマーと共に7つの HULBACK 1−6プライマーの等モル混合物を使って増幅させた。各場合 とも、適当なcDNΔDNA合成上清5μ!、20ピコモルの合計濃度の逆(B ACK)プライマー、20ピコモルの合計濃度の正(FOWARD)プライマー 、250μM dNTPs、 10mM KCI、 10mM(NH,)2SO ,、20mM Tris−HCI (pH8,8)、 2.0mM MgC1, 、100mg/mJ BSAおよび1μI!(1単位)のVent DNAポリ メラーゼ(NewEng 1andBiolabs)を含有する反応混合物50 μlを調製した。この反応混合物の上に鉱油(パラフィン油)を重層し、Tec hne熱循環器を使って30サイクルの増幅にかけた。1サイクルは94゛Cで 1分(変性)、57°Cで1分(アニーリング)そして72°Cで2.5分(伸 長)であった。生成物を2%アガロースゲル上で精製し、Geneclean  (Bio−101)によりゲルから単離し、そして25μlのHJに再懸濁した 。
2つの軽鎖調製物の各々において2つの異なる危機脱出(pullthroug h)反応を実施した。に鎖遺伝子は、HUCKFORSERNOTと一緒に6つ のHUVKBAAPAプライマーの等モル混合物を使って2反応において増幅さ せた。λ鎖遺伝子もHUCLFOR3ERNOTと一緒に7つのHUVLBAA PAプライマーの等モル混合物を使って2反応において増幅させた。危機脱出条 件は、25サイクルの増幅を使うこと以外は最初の軽鎖PCRについてと同様で あった。
標準法を使ってPCR生成物をApaLIとNotlで消化し、そして実施例1 に記載の通りApaLIとNottで切断されたfd−DOG中にクローニング した。実施例1に記載の如くライブラリークローンからファージを調製し、重鎮 を含む細胞を感染せしめるのに使った(下記参照)。
(d) 入替えられたFabファージの生産Fabキメラ重鎖を含有する細胞を 2YTAG中で37°Cにて一晩増殖させ、500μlを37°Cに予熱された 三角フラスコ中の新鮮な2YTAmp培地50m1に添加した。振盪させながら 細胞を約0.5のOD、。。まで増殖させた後、軽鎖レパートリ−から合計1o 11個のファージを添加した。
培養物を振盪させながら37″Cに45分間置き、次いで37°Cで更に45分 間激しく振盪させた後、テトラサイクリンを15μg/−になるように加え、− 晩振盪させた。
上述したように(実施例1)培養上清のPEG沈澱によってファージを収集し、 選択実験に使った。
(e) 入替えられたFabファージの選別これは前に記載した通り(Mark s、 J、ら、 1991.前掲)にmaxisorbプレート上で実施した。
ただし、10μg/−に溶解させたHlv−1単離物11[Bのenv gl) 120 V3ループペプチドにより試験管をコーティングした。このペプチドは AIDS管理用プログラム(貯蔵番号口ADP737)から得られ、配列: C TRPNNNTRR3IRIQRGPGRAFVTIGKIGNMRQAHCN  (配列番号120)を有する。試験管から溶出させたファージを使って、F5 8キメラ重鎖を含む新鮮な細胞を再感染させ、そしてこの選別/再感染操作を更 に3回繰り返した。
(f) 選択された軽鎖の再クローニング選択された軽鎖を、プライマーG3L ASCGTBACKとHυCLFOR3ERNOTまたはH[、IcKFORs ERNOTとを使ってfd−DOG軽鎖DNAからPCR増幅せしめた。G3L ASCGTBACKプライマーはfd中のg■の翻訳開始シグナルの上流にアニ ールし、そしてAsc I部位とリポソーム結合部位(RBS)を提出する。そ れらの断片をAsc IとNot Iで消化し、そして可溶性Fabの生産を可 能にするシストロンを造るようにAsc IとNotIで切断されたpUc19 F58プラスミド(図8に示す)中にクローニングした。これをペプチド結合に ついてELISAで分析し、軽鎖の末端のmyc ta、gペプチドによって、 結合した抗体を検出した。
(g) ELISA ELISAは下記のように実施した。
1、 100μlの2XTY、100μg/−アンピシリン、1%グルコースを 96ウエルプレート(cell/labウェル、 Nuclon)上に接種し、 そして振盪させながら(300rl)[I]) 37°Cにて一晩増殖させる。
2.96ウエルの移動装置を使ってこのプレートから1ウエルあたり200μE の新鮮な2XTY、100μg/−アンピシリン、0.1%グルコースを含む第 二の96ウエルプレートに小接種材料を移す。37℃で振盪させなからOD、。
。、が約0.9になるまで(約3時間)増殖させる。元のプレートのウェルにl ウェルあたり25μlの60%グリセロールを加え、−70°Cで保存する。
3、25μf(7)2XTY:100 μg/mJ7:zピシリン、9mM I PTG (最終濃度 1mM (PTG)を添加する。30’Cで更に16〜2 4時間連続振盪培養する。
4、 4,000 rl)mで10分間遠心し、1ooμlノ上清をELISA  !:使う。
5、 プレート(Falcon 3912)を10μg/−のペプチド水溶液! 50al/ウェルでウェルをコーティングする。
6、PBSC’3回洗浄し、200 μi/ウーTJLの1%BSA/PBSで 37゛Cにて1時間ブロックする。
7、PBSで3回洗浄し、次いで全ウェルに25μlの6%BSA/PBSを添 加する。
8、 適当なウェルに可溶性Fabを含む培養上清looμlを添加する。
混合し、室温で1.5時間放置する。
9、試験溶液を捨て、ウェルをPBS、0.05%Tween 20で3回、次 いでPBSで3回洗浄する。2%MarveI/ P B S中の4ag/−の 精製9E10抗体100μlを各ウェルにピペットで加える。室温で1.5時間 インキュベートする。
10、9E10抗体を捨て、PBS、0.05%Tween 20で3回、次い でPBSでウェルを3回洗浄する。抗マウス抗体(ペルオキシダーゼ接合抗マウ ス免疫グロブリン、 Dakopats/[CN、またはペルオキシダーゼ接合 抗マウス[gG、 Fc特異的、 Sigma A−2554)の1500希釈 液100μlをピペットで加える。室温で1.5時間インキュベートする。
11、第二抗体を捨て、PBS、0.05%Tween 20で3回、次いでP BSてウェルを3回洗浄する。
12、 10■のABTS(2,2’−アジノビス〔3−エチルベンズチアプリ ン−6−スルホン酸、ジアゾニウム塩〕錠剤1錠を20−の50mMクエン酸緩 衝液、pH4,5に添加する。(50mMクエン酸緩衝液、pH4゜5は、同容 量の50mMクエン酸三ナトリウムと50mMクエン酸を混合することにより作 製する。) 13、分配を行う直前に30%過酸化水素2μlを上記溶液に添加する。
14、各ウェルに上記溶液100μ!を添加する。室温で20〜30分間置く。
15、3.2 rng/rrdのフッ化ナトリウム50μlを加えることにより クエンチングする。405 nmで読む。
注1 あるいは、形質転換プレートからのクローンを96ウエルプレート(“c ell well″、 Nuclon )中の100μfの2XTY、100μ g/mA’アンピシリン、0.1%グルコース中に接種し、00.。。。、か約 0.9になるまで(約6時M)37°Cで振盪しながら(300r、 p、 m 、 )増殖させる。段階3を続ける。
注2:この方法はDeBellis、 D、およびSchwartz、 1.1 990. Nucl。
Ac1ds Res、 18.13]1頁に基づいており、そして誘導物質(I PTG)を添加する時までに出発培地中に存在する低レベルのグルコースか代謝 されることに頼っている。
注3 : ”Marvel”は乾燥粉乳である。PBSは1!中5.84 g  NaC1゜4.72 g NaJPO4および2.64 g NaHzPO4・ 2+(20,pf(7,2である。
BSAはウシ血清アルブミンである。
卸 選択された軽鎖のサブクローニングHUCLFORSERASCNOTと共 に7つのHUVLBASF [プライマーの等モル混合物またハHUCKFOR SERASCNOTと共f:6 ツノH[JVKBASFrプライマーノ等モル 混合物を使って、選択されたクローンのDNAから軽鎖をPCR増殖させた。反 応条件は、25サイクルの増幅を使うこと以外は、最初のPCR反応について記 載した条件と同じであった。PCR断片を5fi(とNot[で切断し、そして 5filとNot[で切断されたpUC19Sfi/Not/pol)’myC 中にクローニングし、これを用いてTGI細胞を形質転換せしめた。
上述の選別/感染法を事実上再び繰り返したが、今度は重鎮と軽鎖の位置が逆で あった。
(i) CDR刷り込み用V。
後述のようにして調製しプールした最初のPCR材料からV、ドメインを増幅さ せた。
PCR増幅させたV□遺伝子の2つの調製物を作製した。画調製物ともHUJH FORプライマー(表1)の等モル混合物を使い、一方の調製物では、HUVH BACKプライマー(表1)の各々を個別に使って6つの別々のPCR増幅を実 施し、他方では、6つのHUVHBACKプライマー全ての等モル混合物を使っ てPCR反応を実施した。7種のPCR全てについて、HUIGMFORプライ マーを使ったcDNA合成からの上溝5μf1合計濃度20ピコモルの逆(BA CK)プライマー、合計濃度20ピコモルの正(FOWARD)プライマー、2 50 uM dNTPs、 10mMKCl、 10mM (NH4)2SO4 ,20mM Tris−HCI (pH8,8)、 2.OmM MgCIz。
100mg/−のBSAおよび1μf (1単位)のVent DNAポリメラ ーゼ(New England BioJabs)を含有する反応混合物50μ m2を調製した。この反応混合物の上に鉱油(パラフィン油)を重層し、Tec hnePHC−2熱循環器を使って30サイクルの増幅にかけた。1サイクルは 94°Cで1分(変性)、57°Cで1分(アニーリング)そして72°Cで1 分(伸長)であった。生成物を1.5%アガロースゲル上で精製し、Genee lean (Bio−101)によりゲルから単離し、そして25μ!の8.0 に再懸濁した。
変異原性F58GRAFTJH4SALプライマーとHUVHBAAPA 16 プライマーの各々を個別に使って6つの別々の刷り込み反応を実施した。
刷り込み反応はプライマーHUVHBAAPA (全部で6つのプライマーの等 モル混合物)とHUJHFORSAL (全部で4つのプライマーの等モル混合 物)を使って設定された。前の段階からのプールしたPCR生成物5μlを含有 する反応液50μ!を、25サイクルの増幅を使いアニーリング温度が45°C であること以外は最初のPCRと同じ条件下で増幅させた。
得られたVM断片プールし、標準条件下でApaLIと5ailで切断し、そし て標準的プロトコールを使ってApaL[とXholで切断されたfd−DOG −GICHI中にクローニングした(SallとXhcylは適合性CTAG突 出末端を生成する)。このライブラリーから上述の如くファージを調製し、今度 は重鎮ファージを使って、pUC19Sf i/Not/polymyc中で発 現させた選択された軽鎖を担持してる細胞を感染せしめた。
(j) 最後の重鎖−軽鎖組合せ体のスクリーニングこの方法の最終結果は、選 択された重鎮のプールと選択された軽鎖のプールである。それらをここで無作為 に組み合わせる。
H[JCHIFORASCNOTト−4fニ6 ツノt(UVHBACKSFI プライマー全mの等モル混合物を使って実施例1に記載の手順を用いて重鎮クロ ーンをPCR増幅せしめる。それらの断片を5fiIとAsc Iで切断し、標 準手順(実施例1)を使ってゲル精製し、次いで上記段階(f)から作製したA sc I −Not Iで切断された軽鎖および以前に作製した5fiI −N ot Iで切断されたpUc19sf i/Not/I)olymycベクター の等モル量と連結せしめる。あるいはそれらのSfi I −Asc I断片を 、図8(A)の最後に示した構成物中のF58重鎮と置換する。次いでそれらの 構成物を用いてTGIを形質転換せしめ、上述の如< ELISAによりペプチ ド結合活性について分析する。
最終産物は、親の醤歯類抗体と同じまたは類似した抗原特異性を有する完全にヒ トのFab断片である。
実施例3 無作為組合せファージ表示ライブラリーとCDR移植(CDR刷り込み選択)を 使った醤歯類抗体のヒト化この実施例に記載の実験では、図9に図解されるよう にしてマウス抗HIV−1gp120モノクローナル抗体F5抗体上58した。
F1aのVにドメイン、一本@Fvリンカ−およびXho I制限部位を有する ヒトvHフレームワーク4の最初の残基を含有してるベクター(pHENMBF 58VL)を作製した。このベクターは、Nco I −Sal I断片として のv8レパートリ−のクローニングを可能にし、完全な5cFvを与える。各重 鎮が元のマウスのarab F1aのCDR3とヒトフレームワーク4とを含む ような方法でヒトVHレパートリ−をPCRにより増幅せしめ、そして最後にp HENMBF58VL中にクローニングした。
5cFvライブラリーをHIV−1gp120由来のペプチドへの結合について スクリーニングした。次いで選択された5cFvからの重鎮可変ドメインをPC R構築によりヒト軽鎖可変ドメインのレパートリ−と組合せて完全にヒト化され た5cFvを与え、そして抗原結合について再び選択した。従って、ここに説明 される手順はCDR移植と組合せファージ表示ライブラリーの合成である。
1、F58可変ドメインのPCR増幅、クローニングおよび配列決定これは実施 例2に記載した。標準的PCR条件は実施例1のものと同じである。
2、F58scFvの作製 上記で特徴付けたVl、lおよび■、ドメインを、基本的にはC1ackson ら、1991.前掲に記載の通りに構築して5cFv断片を形成させた。
2.1章において言及するプライマーの配列は、Hoogenboomら(前掲 )に記載されているVHIBACKSf iを除いてC1acksonら(19 91,前掲)に与えられている。
F1aのv8を含むM13VHPCR1(Orlandi ら、 1989.前 掲)約IBおよびF1aのvにを含むM13VkPCR(Orlandi ら、  1989.前掲)Ingを、2つの別個の(循環条件の点では同一の)PCR 増幅における鋳型として使用した。上述の鋳型のいずれかlog、20ピコモル のVHIBACKと20ビニ+モルノVHIFOR−1(VLを増幅するニハ2 0ピコモルノVK2BACKと20ヒコモル+7)VK4FOR) 、250  ttM dNTPs、5.cll)t。
XVentポリメラーゼ反応緩衝液(New England Biolabs から得られる)および2単位のVentDNAポリメラーゼを含有する2つの5 0μ!反応液を調製した。25サイクルのPCRにより増幅を実施した(94° Cて1分、55℃で1分、72℃で2分)。
同様にブライ7− L [NKBACKとLINKFOR(C1acksonら 、 1991.前掲)を使って約1ngの鋳型DNA psW2scD1.3  (McCaffertyら、 Nature348、552−554.1990 )からリンカ−DNAを増幅させた。
ゲル精製後、V9とVに生成物の各々1μgを、プライマーを含まないPCR混 合物25μl中の300 ngのリンカ−と混合し、そして7回循環させ(94 °Cで2分、72°Cで4分)両断片を連結せしめ、次いで■HIBAil、に とVK4FOLRプライマー各々25ピコモルを使って20サイクル(94°C で1.5分、72°Cで2.5分)増幅させた。最後に、構築産物をゲル精製し 、プライマーVHIBACK−Sf i IとVK4FOR−No t Iを使 って再増幅させて制限部位を付加した(VK4FORとVK4FOR−Not  rは4つの異なるプライマーの等モル混合物である)。次いでF1a 5cFv を5filとNotIて消化し、そして同様に消化したベクターpUC119S fi−Notpolymyc中にクローニングした。その後、DNA配列決定に より組換え体を確認した。
3、 ベクターpHENMBF58VLの作製上記で単離されたクローンから精 製したpUC119F58scFv DNA 10ngを、プライ7− HuV HLBACK−Xho IとVK4FOR−No t Iを使った標準的PCR 増幅において鋳型として使った。PCR産物を精製し、Xho IとNotlで 消化し、そして同様に消化したベクターpHENl中にクローニングして新規ベ クターpHENMBF58VLを作製した。
手順は、MarkSら、 1991.前掲およびWO92101047により記 載されたIgM定常定常領域ラプライマーって実施例2(al(i)に記載した 通りであった。
4.2重鎮可変ドメインのPCR 重鎮可変ドメインを増幅せしめるための6つの別個の反応液は、他のものは標準 的PCR混合物中の各々2μlの上記cDNA合成物、20ピコモルの各HUV HBACKSf iプライマーと20ピコモルのF58GRAFTSALプライ マーを含んだ。プライマーF58GRAFTSALは6つのヒトvHファミリー のフレームワーク3領域にアニールしなければならないので、PCR循環のアニ ーリング温度を45°Cに下げた。
PCRを25サイクル行い(94°Cで1分、45°Cで1分、72°Cで1分 )、その後生成物をゲル精製した。次のクローニング段階用に多量の材料を得る ために、同シリーズのHuVHBACKSf iプライマーとHuJH4FOR −Sallプライマーを使って2回目のPCRを行った。その条件はアニーリン グ段階が45°Cの代わりに52°Cであること以外は上記と同じであった。
上記からのPCR生成物を各々等量プールし、Nco Iと5alIて消化した 。この材料lμgを3μgのNcoI/5alIで消化したベクタpHENMB F58VL中に連結せしめた。この連結反応物を処理し、Hoogenboom ら(前掲)とWO92101047に記載されたようなTGI細胞の形質転換に 使った。
6、抗原結合についての5cFvライブラリーの選択ヘルパーファージVC3M 13を使ったTGI中のライブラリーの感染およびその後の連続選択へ向けての ファージのプロセシングは記載の通り行った( Hoogenboomら、 1 991およびWO92101047) 、各選択のために、8ウエルのMaXi SOrりプレート(Nunc)に3μg/−のペプチド水溶液50μ!を接種し た。該ウェルを一晩完全に乾燥させ、1%BSA/PBSを使って室温で30分 間ブロックし、最後にPBSで2回洗浄した。各ウェルに50μlのファージと 150μlのTris−HCI。
pH8,3,0,5M NaC1,4%BSAを添加した。2時間後、ウェルを Tris−HCl、 pH8,3,0,1M NaC1で3回、次いでTris −HCl、 p)I 8.3.0.5MNaClで3回洗浄した。結合したファ ージの溶出とTGI細胞の感染は記載の通り行った(Wo 92101047) 。簡単に言えば、ウェルあたり50μlの100mM トリエチレンアミンを使 って10分間ファージを溶出させた。次いで溶出した材料を即座に172容のI M Tris−HCI、 pH7,4で中和し、そして対数関数的に増殖してい るTGI細胞に感染せしめるのに使った。
ペプチド抗原はI(IV−1単離物111rBのgp120 V3ループに相当 し、これはMRCのAIDS管理プログラム(貯蔵所番号ADP737)から得 られた。
配列it YCTRPNNNTRR3[RIQRGPGRAFVTIGKIGN MRQAHCY (配列番号121)である。
7、 選択された5cFvの分析 3回の選択後、溶出したファージの了りコートを使ってHB2151m胞を感染 せしめ、可溶性5cFvの発現に備えた。Fab断片よりむしろ5cFv断片を 調製したこと以外は実施例2において上述した通りに、ペプチドEL[SAによ り個々の結合性クローンの同定を行った。
分析したクローンの約15%がこの段階で陽性と記録され、同じプレート上で対 照として行った元のF58scFvに関して得られたシグナルの50%〜150 %のELISAシグナルを与えた(図10参照)。陽性5cFvはいずれもプラ スチック、ニワトリ卵白リゾチームまたはヒトチログロブリンと反応しなかった 。
ヌクレオチド配列分析は、陽性クローンがV8ファミリーlおよび6の生殖細胞 系列遺伝子に由来する体細胞変異されたヒトVH遺伝子を含むことを明らかにし た([U参照)。
ペプチドELISAにおいて活性であることが示されたプールしたクローン約1 0 ngを鋳型として50μ!の標準的PCR増幅において使用し、選択された 重鎮可変ドメインを得た。プライマーとして各々20ピコモルのLMB3とHu JH4FORASSXho [を使った。鋳型として50 ngのDNAを使っ て標準的PCR反応においてプライマーfdsEQ1とHuVHLBACKを使 ってrg G −5cFvライブラリー(WO92101047の実施例42) からヒト軽鎖可変ドメインを増幅させた。重鎮と軽鎖の両増幅産物をゲル精製し 、本質的には上述した通りに7サイクルに渡りPCR構築に使用した(各Iμg )。循環条件は94℃で1分、55℃で1分そして72゛Cで2分であった。構 築反応が完結した後、プライマーLMB3とfdsEQlを加え(各20ピコグ ラム)、更に20サイクルに渡りPCRを続けた。構築産物をゲル精製し、Ne o IとNotIで消化した。最後に、切断した5cFv 1Mgを3μgのN co I /Not I消化された吐ENI中に連結せしめた。得られたライブ ラリー5cFvを上記の通り(段階6)選択した。最後に、上述した通り(段階 7)個々のクローンをv3ループペプチドへの結合についてスクリーニングした 。
最終産物は、親のマウス抗体F58と同じまたは非常に類似した特異性を有する 完全にヒトの5cFv断片であり、即ちそれらはgp120 V3ループに結合 するが非相同タンパク質には結合しない。
実施例4 免疫処置マウスの免疫レパートリ−から誘導されたヒト抗体の、エピトープ刷り 込み選択による単離 この実施例は、免疫処置マウスから誘導されたマウス抗体の元のライブラリーか らの、連続する鎖入替えによるTNF−α特異的ヒト抗体の作製を説明し、本発 明の更なる態様を例示する。この方法は、一方の鎖かマウスでありそして他方が ヒトである場合、中間体V、/V、組合せは、元のマウスv、/vL対が向けら れる抗原性エピトープに結合するという事実に基づく。
この実施例では、マウスライブラリーを抗原への結合について予備選択すること により、マウスライブラリー中の抗原(ここではTNF−α)に対する抗体の頻 度を増加させることが好ましい。次いてマウス抗体のこの集団を鎖入替えにより ヒト化することができる。選択されたマウス集団からのV。!JIを一定に維持 し、そして生来のヒトライブラリーからの一組のヒトvL鎖を使って構築する。
次いてこのマウスV、/ヒトV、ライブラリーを着目の抗原への結合についての 連続選択にかける。それらのヒトVLを生来のヒトライブラリーから同様に誘導 したヒトVNと対合させることにより、この選択された半分ヒト化された抗体の 集団を完全にヒト化する。
生じたライブラリーを抗原に特異的な結合体について選択することができる。逆 に、最初の時点でマウスV、@を固定し、そしてヒトV、@を使って構築し、そ して抗原への結合について選択した後、単離したヒトV、@を生来のヒトライブ ラリーからのvLと対合させることにより、完全にヒト化することもできる。
TNF−αで高度免疫処置したマウスの牌臓から調製したリンパ球からRNAを 抽出する。重鎮と軽鎖の可変領域をコードするDNA配列をPCRにより増幅さ せ、そしてWO92101047に記載した通りに一本鎖Fv断片として構築し た。制限エンドヌクレアーゼApaLIとNotIのための部位を5′末端と3 ′末端に組み込む。ApaLIとNotIでの消化後、構築したDNAをApa LI/Noef消化した9CANTAB3−myc(図12)中に連結せしめ、 E、コリTGI細胞中にエレクトロポレーションし、そしてアンピシリン選択培 地上に塗抹する(下記プロトコールロを参照のこと)。
M13KO7ヘルパーフアージでの重感染によりファジミドを救援し、モして1 15容の20%ポリエチレングリコール/2.5M NaC1を使って沈澱させ る。TNF−αでコーティングした免疫吸着試験管上でファージ抗体(1m7. PBS中10μg/ml)を選別し、そして1mt’の100mM トリエチル アミンを用いて5分間溶出せしめ、次いで0.5−のTRl5 (l M、 p H7,4>で中和することにより、選択されたTNF−α結合性ファージ抗体の 集団を調製する。
溶出させた)7−ジを使って対数増殖期にある10Trd!のTGI細胞を37 °Cにて30分間感染させ、アンピシリン耐性コロニーについて平板培養する。
生じたコロニーを2YT培地中に掻き取り、M13KO7を使って救援する。上 記と同様にTNF−αによりコーティングした免疫吸着試験管上で再びファージ 抗体を選択する。溶出したファージを使ってE コリTGI細胞を感染させ、平 板培養し、アンピシリン耐性コロニーを2YT培地中に掻き取り、15%までグ リセロールを添加し、そして−70″Cて保存する。この段階で、選択された集 団中のTNF結合性クローンの頻度を実施例1に記載のようなELISAにより 調べる。
免疫処置さねていないヒトのV遺伝子に由来する5cFv断片をコートするライ ブラリーをベクターpHENl中で作製した(Wo 92101047゜実施例 42)。
DNA調製 2回目の選択のコロニー(マウスDNA)と生来のヒトライブラリー(ヒトDN A)から、アルカリ溶解によりMiniprep DNAをm製した。
グリセロール原株からの約5X107個の細胞を、 100u、g/−アンピシ リン、2%グルコースを含有する2YT培地10d中で30″Cにて一晩増殖さ せる。遠心分離(3500rpm、 15分間)により細胞をペレット化し、市 販のキット(Promega)を使ったアルカリ溶解により該細胞ペレットから DNAを調製する。
4、鎖入替えした5cFv断片をコードするDNAの調製法のプライマーを使用 する LMB3 5’ CAG GAA ACA GCT ATG AC3’ 配列番 号122FDTSEQI 5’ GTCGTCTTT CCA GACGTT  AGT 3’ 配列番号123PCRHLINK 5’ ACCGCCAGA  GCCACCTCCGCC3° 配列番号124L+NKPCRL 5’ GG CGGA GGT GGCTCT GGCGGT 3’ 配列番号125LMB 3とFDTSEQIはそれぞれ、pcA111TABシリーズのベクターの抗体 クローニング部位の5′および3′隣接配列にアニールする。
PCRHLINKとLINKPCRLは(g 1y4ser3)ペプチドリンカ −をコードする配列とアニールする。ブライ1−をLMB3/ PCR)IL  INKおよびFDTSEQI/LINKPCRLのベアでPCR増幅に使うと、 相補的3’15’末端を有し且つ51 / 31末端に制限認識部位を有する重 鎮および軽鎖断片が作製されるだろう。
この手順では、Marksら、 1991 (前掲)により記載されたヒトライ ブラリーが、重鎮および軽鎖可変ドメインをコードするDNAの源として使われ る。各々の入替えには下記の鎖入替えプロトコールを使用する。それは例えばヒ ト生来の軽鎖可変ドメインをマウス重鎮可変ドメインと一度組み合わせ、次いで ヒト生来の重鎮可変ドメインを有する選択されたヒト軽鎖可変ドメインと再び組 み合わせることに従う。この手順により製造された入替えられた5cFv断片を コートするDNAを、マウスVM遺伝子とヒトvH遺伝子のいずれかの入替えに 使われたかに応じて、それぞれpCANTAB3−mycまたは1)CANTA B5−myc (図13)中に挿入する。
(a) −次PCR 次の反応液中で最初の重鎮および軽鎖産物を調製する:重鎖 軽鎖 Miniprep DNA 2 ng Miniprep DNA 2 ng( 例えばマウス) (例えばヒト) LMB3プライマー FDTSEQIプライマー(10ピコモル/μl’l 2 .5μ! (10ピコモル/μIt)2.5μ1PCRHL INKプライマー  LINKPCRLプライマー(10ピコモル/μm)2.5μI!(10ピコ モル/μf)2.5μ110XPCR反応緩衝液+5.Oul loXPCR反 応air液’5.Ouf!5mM各dNTP 2.5ul 5mM各dNTP  2. su 1Taqポリメラーゼ Taqポリメラーゼ(5U/ul) 0. 3al (5U/μIり0.3ttl水 37μl 水 37μl 「反応緩衝液JはloXPCR反応緩衝液、0、IM TRl5 p)] 8. 3.015MKCl、 15mM Mgc12.0.1%セラチンである。
PCR条件ハ94°Cて1分、60°Cて1分、72°Ct’2分ノ25サイク ルテあり、最後の10分は72°Cである。
(bl 生成物の精製 一次PCR生成物をアガロースゲル上で精製し、5μlの「グラスミルクJ C Geneclean、 Bjo 201)を使って各’r lOa lの水の中 で2回溶出させることにより精製する。
(CIPCRによる構築 構築は次のようにして実施する 精製した重鎮 2.5μ! 精製した軽@ 2.5μ! 10×反応緩衝液 2μl 5mM 8dNTP 1.Oa 1 Taqポリメラーゼ 0.2μl 水 37 μ1 PCR条件ハ94°cで1分および65°Cで4分の25サイクルの後、72° Cで最後の10分である。−次PCRについて与えられたPCR条件も機能する だろうが、結合反応には65°Cが好ましい。
(dl 二次PCR 二次PCRは(C1からの結合材料1μ!を鋳型として使用する。反応液は次の ように設定する: 結合したPCR生成物 1μl LMB3プライマー (10ピコモル/μI!’) 2.5μ1FDTSEQIプライマー (10ピコモル/μl) 2.5μノ 10XPCR反応緩衝液 5.0μl 5mM各dNTP 2.5 u I! Taqポリメラーゼ (5U/μl) 0.3μl 水 37 μ! PCR条件は94℃で1分、60゛Cで1分および72℃で2分の25サイクル の後、72℃で最後の10分である。
(e) 二次PCR生成物(挿入断片)の消化二次PCR生成物をフェノール: クロロホルムで抽出し、そしてエタノール沈澱せしめてTaqポリメラーゼを除 去する。PCR生成物を270μmの水に溶かし、30μlの10×反応緩衝液 を加える。50単位のNotIを添加し、37°Cで3時間消化する。フェノー ル:クロロホルムで抽出し、そしてエタノール沈澱せしめる。ペレットを270 μmの水に再懸濁し、30μmのIOX反応緩衝液を加える。使用したvHかヒ トであるなら5fiI (50単位)を使用して50″Cで一晩消化し、一方■ 8がマウスであるならApaLl (50単位)を使用して37°Cて一晩消化 する。
10 X ApaLl緩衝液 0.5M酢酸カリウム、0.2M TRl5酢酸 塩、100mM酢酸マグネシウム、10mMジチオトレイトール(25℃にてp H7,9)。
10XNotr緩衝液: 1.5M NaC1,100mM TR[5−t(C 1,100mM hclt。
0.1%: Trieon X−100(25℃にてpH7,9)。
!oxsfi I 11m液: 0.5M NaCl。100mM TRl5− HCI、 100mM MgC1□。
10111Mジチオトレイトール(25°CL、テpH7,9)。
げMl!l化生成化生成製 消化物をフェノール、クロロホルムで処理し、エタノール沈澱せしめ、20μl の水に溶かす。該生成物を1.5%アガロースゲル上で展開し、約750 bl lのバンドをゲルから切り出し、Genecleanキットを使って精製する。
最終容量10〜15μlの水の中にDNAを溶出させ、クローニングの準備をす る。
5、 ベクターDNAの調製とクローニングベクターDNAの調製 アルカリ溶解法によりプラスミドDNAを調製し、塩化セシウム遠心分離によっ て精製する。精製DNAを、製造業者の指示に従っテ(Sf1工ニツイテハ50 ′c、便利+:は一晩)100μg/m#)DNA11度を使ってSfi I  (pCANTAB5−+nycの場合)または°ApaLI(pCANTAB3 −mycの場合)で消化し、次いでNotIで3時間消化する。消化生成物を直 接Chromaspin 1000カラム上に負荷して原料断片を除去し、そし て卓上遠心機中で2200 r、 l)、 01.で3分間遠心分離する。次い でフェノール:クロロホルム抽出し、使用に向けて100μg/+niに溶がす 。
連結と形質転換 連結は次のようなAmersham連結キットを使って行う。
ベクターDNAI u l (100ng)挿入断片DNA 2 u l (1 0〜50 ng )10mM MgC1t、 200mM Tris pH7, 43u l緩衝液A 24μl 緩衝液8 6μl 16°Cにて30〜60分間インキュベートする。ライブラリーの調製には、上 記に示した量の5倍を使用する。連結生成物を濃縮し、Gene−cleanを 使って精製し9.そして10〜50μlの容量の水の中に溶出させる。これをエ レクトロコンピテントTGI細胞中に導入する。この場合の典型的形質転換効率 は次のようである。
pUc119 1.6X 10’形質転換体/μg挿入断片を持つ連結ベクター  1.0X10”形質転換体/μg挿入断片なしの連結ベクター 2.0X10 ’形質転換体/μg6、鎖入替えされたクローンの選択 各々の鎖入替え操作の後、TNF−αに結合するクローンを、マウス抗体ライブ ラリーからの選択について上記2に記載した手順により選択し、モしてELIS Aにより結合アッセイする。
7、 追加の入替え 例えばヒト生来の軽鎖可変ドメインを使ったマウス重鎮可変ドメインの選択集団 の最初の入替えの後、この最初の入替えからの選択されたクローンをm1nip rel) DNAの源として使用し、例えばW092101047の実施例47 において誘導されたライブラリーのヒト生来の重鎮可変ドメインを用いて、上記 4と5に記載した鎖入替え操作とクローニング操作を繰り返す。次いでこの2回 目の入替えライブラリーにおいて選択を実施し、このレパートリ−刷り込み選択 法により誘導されるTNF−α結合性の完全にヒト化された抗体を単離する。
糸状ファージの表面上への抗体レパートリ−の表示と抗原によるファージの選択 により1、免疫選択を模倣することができ22そして免疫処置されていない提供 者の再配列されたV遺伝子からヒト抗体を製造することができる4゜本発明者ら はここで限定されたV遺伝子要素からの合成によりヒト抗体を製造した。49個 のヒト生殖細胞系列V4遺伝子セグメントのレパートリ−を、5つの無作為アミ ノ酸残基の合成「Dセグメント」とJセグメントに連結することによって試験管 内で再配列させ、8残基を有する合成第三相補性決定領域5 (CDR)を作製 した。再配列されたVイ遺伝子をヒトvλ3軽鎖と共に一本鎖Fv断片としてフ ァージ表示用にクローニングした。ウシ血清アルブミン(BSA)に接合した2 −フェニル−オキサゾール−5−オン(phOx)ハブテンを使って107フア ージのライブラリーを選別し、そしてマイクロモルレベルにおいてphOx−B SAに対する特異的結合活性を有し且つpH0x−γ−アミノ酪酸(phOx− GABA)に対する親和性を有する断片をコードするファージを単離した。ユニ ーク配列を有する21個のクローンの比較は、該ハブテンに対する試験管内「免 疫応答」が、CDR3の残基98に不変の芳香族残基(Tyr、 Phe、 T rp)を有するV、26セグメント(V14377ミリー)1に大きく制限され たことを示した。試験管内で再配列されたV遺伝子の使用は、既知構造の抗原の 結合のほうに偏らせた抗体ライブラリーの設計を可能にし、免疫原性が低下され た治療用ヒト抗体の作製を可能にするだろう。
抗体可変ドメインは、超可交配列またはCDR’の3つのループを有するβ−シ ートフレームワークから成る。このループは、平らな表面7からポケット8まで に及ぶ様々な形状の抗原結合部位を造る。ヒト重鎮については、最初の2つのC DRの配列多様性は約50の生殖細胞系列V。セグメントのレパートリ−によっ てコードされる(t、M、Tomlinsonら、前掲)。3番目のCDRは約 30のDセグメントと6つのJセグメントとの組換えから生じ1、そしてその配 列は非常に可変的であるが、しばしばループのAsplolから’7[/−ムヮ ークのArg94への塩橋を含んでいる10゜最初の2つのCDRの構造と長さ は制限されているか” ” 、CDR3のそれは大きく異なり、長さは4〜25 残基に及んている5゜ AsplOlを含む8残基のCDR3を有する再配列されたVH鎖を単一のVλ (参考文献12)軽鎖と組み合わせてライブラリーを作製した。ヒトVHレパー トリ−の大部分をコードする49の生殖細胞系列vH上セグメント Tomli nsonら、前掲)を、−緒になって8残基のCDR3ループをコードする合成 りセグメント(VW上セグメント3′末端の15塩基のランダム配列)とJセグ メントを導入するオリゴヌクレオチドブライマーを用い、ポリメラーゼ連鎖反応 +2を使って増幅せしめた(図14)。再配列されたセグメントをプールし、フ ァージ表示のためヒトVλ3軽鎖と共にクローニングし、10”のファージクロ ーンの合成ライブラリーを作製した。免疫系と同様に、107フアージクローン の合成ライブラリーは可能な多様性のうちの小部分のみを採り出すことかできる 。よって多様性は潜在的に49×32’ =1.6 XIO’種頚ノヌクレオチ ド配列、また1t49X20’ =1.6X 10”種類のアミノ酸配列である 。
該ライブラリーをphOX−ウシ血清アルブミン(BSA)がコーティングされ た試験管上での4回の増殖と選別にかけ、可溶注目一本鎖Fv断片+511 と してphOx−BSAへの結合活性についてELISA’によりクローンをスク リーニングした。3回目および4回目の後、それぞれ14/96および61/9 6のクローンかphOx−BSAへの結合活性を有すると同定され、そしてそれ らの(試験した29個の)うち1つも他のタンパク質には結合しなかった(表4 参照)。更に、phox−BSAがコーティングされたプレートへのそれらの結 合は、可溶性ハブテンと競合できなかった(表4)。
配列決定により、phOX結合体の多数(21/29)がユニークであり、8残 基CDR3を有し、そしてV。4フアミリーからのセグメントかまたはV。3フ アミリーからの3セグメントのうちの1つを使用することが明らかになった(表 4)。それらのセグメントは一緒になって、ヒトV、−1?グメントの最初の2 つの超可変ループに利用可能である7つの「規準的」折りたたみのうちの3つを 使用する(C,Chothiaら、前掲)。ユニーククローンの大部分(16/ 21) ハV、26セグメント6に由来し、そして3番目の超可変ループ中に関 連配列を斉する。このグループでは、第一残基は分岐した脂肪族側鎖を有する傾 向があり(15/16) 、第二残基はリジンまたはアルギニンである傾向があ り(11/16) 、第四残基は常に芳香族残基(最も頻繁にはチロシン)であ る。
phOx−GABAに対する2つの強力な結合体(Ox−13と0x−31,表 4)の親和性(K、)は、蛍光消光滴定17によりそれぞれ3.1±0.2μM と6.7±0.7μMと測定された。合成抗体ライブラリーは多様なV。
−CDR長さと生体内で産生される抗体の種々の軽鎖を欠いているけれとも、p hOx−GABAに対する親和性は、免疫処置されていないヒト提供者から作ら れた(ファージ)抗体の0.5μM4、またはマウス−次免疫応答からの数個の ハイブリドーマの14M”に匹敵する(表3の凡例の注を参照のこと)。
理論上、試験管内で再配列されたV遺伝子のファージ表示ライブラリーの使用は 、生体内で再配列されたものの興味ある代替物を提供する6゜第一に、該ライブ ラリーから作製した合成ヒト抗体の重鎮と軽鎖の両方のフレームワーク領域と最 初の2つの超可変ループは本質的に生殖細胞系列である。これは、体細胞変異の 程度が広範囲に異なる、生体内で再配列されたヒトv遺伝子から採った「−次」 ファージ抗体4と対照的である。多形性は別にして、VH遺伝子セグメントは異 なる個体で同一であり、合成抗体は潜在的に免疫原性が低い。重鎮と軽鎖のCD R3ループの長さと配列を変更することにより、または他のCDRループ中に最 少の変異を置くことにより、または合成「生殖細胞系列」軽鎖を使って入れ替え ることにより1920それらの生殖細胞系列の特性を保持したままでそれらの親 和性を高めることが可能であるかもしれない。
第二に、両方の種類のライブラリーは高度に偏っている。「天然の」ライブラリ ーでは、偏りは制御外であり、例えば対立遺伝子変異、欠失多形性および自己反 応性クローンの欠失によって付与される。合成ライブラリーでは、偏りを組織的 に導入することができる。
ここでは例えば、全てのV□遺伝子セグメントを選択し、それによって第一と第 二の超可変ループの折りたたみが固定され、V、−CDR3および軽鎖の長さと 多様性も固定された。多様性合成ライブラリーを作る幾つかの方法が提案されて いるけれども2、コードされる構造に設計理論を組み入れることも可能であるだ ろう。もし抗原の形状が既知であったら、限定された■遺伝子要素を使っておお よそ相補的な結合部位のエンベロープを設計・構築できるかもしれない。そのよ うな「設計者」ライブラリーの使用は、より高い親和性を有する抗体の単離に有 利であろう。
表3 ファミリー 遺伝子 vHセグメント° ライブラリーの数 サイズXl0−@ (%) V、1 14 1−5.7,8,10.1214.15.20,2]、、25  2.3 (20)V、2 1 27 1.0(9) V、3 23 29−33.35.38−4042.44−54.58,59  2.1 (19)V、4 9 63−71 2.6 (23)V)15 1 7 3 1.4(12) V、6 1 74 1.9(17) 合計 49 11.3 (100) °簡素化のためV、セグメントはToml 1nsonら、前掲のDP命名法に 従って記載した。
表3−合成ライブラリーの組成 49のヒトV8セグメント(Tomlinsonら、前掲)を使い、V、2゜V 、5およびV、6遺伝子フアミリーの各々については1つ、そしてその他の3つ のファミリーについては複数のセグメントを使い、ファミリーに従ってクローニ ングした。各ファミリーのV。セグメントからのクローン(図1の説明文を参照 のこと)を挿入断片の存在(平均85%)について検査し、そして表4のような 単一の大きなライブラリーの中にプールし、成る遺伝子ファミリーへの(制御さ れた)偏りを生ぜしめた。それによってV、2.V、5およびV、6フアミリー からのセグメントは他のファミリーからのセグメントに関Iノで「過度に代表さ れる(overpresented) 」。未選択のライフ゛う1ノーからの3 5個のクローンの配列決定は、各ファミリーからのV。セグメントが存在するこ と、およびDセグメント中には予想の比率でヌクレオチドか存在するがCへのわ ずかな偏りを有すること(各コドンの最初の位置と2番目の位置てはA 21. 3%;G 17.9%:C33,7%および7 27.1%、3番目の位置では G 42.6%およびT57.4%である)を確証した。抗体断片の発現レベル も調へると、■。
セグメントは検出可能な発現レベルでクローン中に同定された。例、tハV 、  1 (DP−7)、 V 、 2 (DP−27)、 V、 3 (DP−2 9,35,38,44,47,51,53)。
V、4 (DP−63,69)、 V、5 (DP−73) オヨびV H6( DP−77)。
方法 オリゴヌクレオチドLMB3とpHEN−SEQI (参考文献4)を使ったr PcRスクリーニング2IJにより、クローンを挿入断片の存在について調べ、 そしてオリゴヌクレオチドLINKSEQ (5−CGA TCCGCCACC GCCAGA G−3°)を使ったジデオキシチェーンターミネーション法22 により二本鎖DNAから配列決定した。(表中の数字は挿入断片について補正さ れている)。可溶性5cFv断片の発現は、E、コリHB2151 (参考文献 14)中の誘導−晩培養物の上清10μlをスロツトプロット装置(Minif oldI[、5chleicher and 5chuell)を使ってニトロ セルロースフィルター上にスポットし、そして9E10抗体23とペルオキシダ ーゼ標識抗マウス抗体(Sigma)を使って、結合したペプチド標識5cFv 断片を検出することにより調べた。
表4 クローン ファミリー 生殖細胞 規準的 rC5゜系列遺伝子° ループ構造 。
0X−31VH2DP−421−126* Tomlinsonら、前掲、 C hothiaら、前掲。
Φ phOx −GABAを使った競合ELISAに従う(μM表示)。
!5 FR3におけるV 67A変異を示す。
1 測定せず。
表4−合成ライブラリーから単離されたphox結合体VCS−M13を用いた 救援によりライブラリーからファージを単離し、そして参考文献4に記載のよう なphox−BSAコーティング試験管中ての連続選別にかけた。phOxに結 合する21個のファージの配列は、4つの生殖細胞系列v1.Iセグメント、即 ちDP〜42.45.47 (V、3フアミリー)およびDP−67(V 、  4フアミリー)を示した。DP−47はVl、26と同一であり(参考文献6、 参考文献24て修正)、一方DP−42,DP−45およびDP−47は1個ま たは2〜3@のフレームワーク残基だけがそれぞれ8−IB (参考文献25)  、 65−2 (参考文献26)またはV 、4.22(参考文献27)と異 なっている。DP−47のV。セグメントを使用しモしてCDR3の特徴的パタ ーンを欠いている未選択のライブラリーからのクローンはphOxに結合しなか った。試験した21のphOx結合体の1つも、BSA 、 NIP−BSA  、プラスチック、キモトリプシノーゲンA、チトクロムC、ウシチログロブリン 、アオガイヘモシアニンまたは七面鳥卵白リゾチームに結合しなかった。BSA に結合した( phOXには結合しなかった)4つのクローンは夾雑物であるこ とがわかった(αB5A3クローン、参考文献4から)。
方法 参考文献4の通りである。5cFv断片の相対親和性は阻害EL(SA”により 測定した。6〜400μMの範囲の濃度を有する4−γ−アミノ酪酸メチレンー 2−フェニル−オキサゾール−5−オン(phox −GABA)の系列希釈液 を4%Matvel−PBS中に調製し、そして5cFv上溝を添加した。ph Ox−BSAへの結合のシグナルの50%減少を引き起こすphOx−GABA の濃度(1−o)を記録した。phOx−GABAに対するクローン0X−13 と0x−31の親和性は、c−myc tagによって精製された5cFv断片 を使った蛍光消光滴定(参考文献4)により測定した。理想的には、phOx− BSA接合体に対するまたはphOX−カプロン酸に対する親和性が直接測定さ れているが、ここでは参考文献18のハイブリドーマデータとの比較を可能にす るためにph(lx−GABAを使用した。phox接合体またはphOx−カ プロン酸に対する抗体の親和性は、おそらくphox−GABAについて測定さ れるものよりも良いだろう。
図14−再配列されたVH遺伝子の構築(本文参照)合成オリゴヌクレオチド5 YNLIBI 5’ GCCTCCACCTCT CGA GACGGT GA CCAG GGT ACCTTG GCCCCA ATA GTCAAA ([ A/C]NN)s TcTTGCACA GTA ATA CACGGCCGT  GTC3’ (配列番号109 、表1参照)は、49のヒトVH生殖細胞系 列セグメント(Tomlinsonら、前掲)の各々の3′末端に、5残基ラン ダムアミノ酸配列を存するDセグメント、JセグメントおよびXhoI制限部位 を導入した。該プライマーを、Nco 1部位を組み込むV8ファミリーベース の逆プライマー (V)(BACK) ’ と共にポリメラーゼ連鎖反応+2に おいて使用した。
各V8セグメントクローン(M13ベクター中の一本鎖鋳型として提供)を個別 ニ94°Cで1分、5o″Cて1分そしテア2°cで1.5分を25サイクルに 渡りPHC−3熱循環器(Techne)上で増幅せしめた。各増幅をアガロー スゲル電気泳動により確認し、そして同ファミリーのV。セグメントからの同等 量のDNAをプールし、Nco IとXho Iで消化し、そしてBSAに結合 する5cFv断片4から取った再配列されたVλ3軽鎖可変ドメイン([GLV 3S1 :参考文献12)を担持しているベクター pHENl (参考文献1 4)中にクローニングした。
ランダムオリゴヌクレオチドの代わりに、例えば門歯類のCDRをコードするオ リゴヌクレオチドを使用すると、これは合成ヒトライブラリー生成物上に前記非 ヒトCDRを刷り込むだろう。
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DK、ES、PR,GB、GR,IE、IT、LU、MC,NL、SE)、0A (BF、BJ、CF、CG、CI、 CM、 GA、 GN、 ML、 MR, SN、 TD、 TG)、 AT、 AU、 BB、 BG、 BR,CA、  CH,C3゜DE、DK、ES、FI、GB、HU、JP、KP、KR,LK、  LU、 MG、 MN、 MW、 NL、 No、 PL、 RO,RU、  SD、 SE、 US(72)発明者 ホーヘンボーム、ヘントリクス レネル スヤコブス マチウス イギリス国、ケシブリッジ シービー25ジェイエイチ、リトル シェルフオー ド、ホークストン ロード 1 (72)発明者 バイエル、ミヒャエルイギリス国、ケンブリッジ シービー1 4テイーニス、プリンコ グローブ 36(72)発明者 イエスパース、ロー レント ステファンアン テレス イギリス国、ケンブリッジ シービー41ジェイディー、ハシバーストーン ロ ード 17 (72)発明者 ウィンター、グレゴリ−ポールイギリス国、ケンブリッジ シ ービー14ニーテイー、カベンディッシュ アベニュ64

Claims (23)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.着目の抗原に特異的な抗体ポリペプチド二量体の製造方法であって、次の段 階: (i)複製可能な遺伝表示パッケージ(rgdp)の成分を使ってパッケージン グすることができる核酸発現ベクターを提供し;(ii)(a)各々ヒト抗体の 第一の抗原結合部位構成部分をコードする核酸配列の遺伝学上多様なレパートリ ーを、(b)前記着目の抗原を結合することが知られている非ヒト抗体の第二の 抗原結合部位構成部分のユニーク集団または遺伝学上多様な集団をコードする核 酸と組み合わせ、前記発現ベクター上に抗体ポリペプチド二量体をコードする核 酸配列のライブラリーを形成せしめ、ここで前記二量体は各々第一のポリペプチ ド鎖成分と第二のポリペプチド鎖成分とから成り、前記第一の抗原結合部位構成 部分と前記第二の抗原結合部位構成部分は一緒になって抗原ポリペプチド二量体 の抗原結合部位を形成し; (iii)組換え宿主生物細胞において前記ベクターから前記ライブラリーを発 現せしめ、前記第一のポリペプチド鎖成分の各々が、前記第一のポリペプチド鎖 成分をrdgpの表面に表示するrgdpの成分との融合体として発現され; (iv)前記発現されたライブラリーから、前記着目の抗原に対する結合特異性 を有する前記抗体ポリペプチド二量体のユニーク集団または限定集団を抗原との 結合により選択し、各選択された抗体ポリペプチド二量体が各々のrgdp中で それの前記第一の抗原結合部位構成部分をコードする核酸と関連づけられるを含 んで成る方法。
  2. 2.前記抗体ポリペプチド二量体が段階(iv)での選択後に可溶性ポリペプチ ドとして発現される、請求項1に記載の方法。
  3. 3.前記段階(ii)での組合せの前に、各々前記非ヒト抗体の第二の構成成分 をコードする配列を遺伝子的に変更してヒト抗体の第二構成部分との相同性を増 加させる、請求項1または請求項2に記載の方法。
  4. 4.前記段階(iv)において選択された抗体ポリペプチド二量体を遺伝子的に 変更して非ヒト特性を除去または削減する追加の段階(v)を有する、請求項1 〜3のいずれか一項に記載の方法。
  5. 5.前記段階(v)が、 (a)段階(iv)において選択された前記第一の抗原結合部位構成部分をコー ドする核酸のユニーク集団または限定集団を、各々ヒト抗体の第二の抗原結合部 位構成部分をコードする核酸配列の遺伝学上多様なレパートリーと組合せ、抗体 ポリペプチド二量体をコードする核酸配列の第二のライブラリーを形成せしめ、 ここで各抗体ポリペプチドニ量体は、rgdpの一成分を使ってパッケージング することができる核酸配列から発現される第二の抗体ポリペプチド鎖成分を含ん で成り、前記第二の鎖成分は、それによってrgdpの表面に前記第二の鎖成分 を表示するrgdpの成分との融合体として発現され、その結果、前記着目の抗 原との結合によって前記第二のライブラリーから着目の前記抗原に特異的な抗体 ポリペプチド二量体を選択することが可能であり、各抗体ポリペプチドニ量体が そのrgdp中でそれの第二のポリペプチド成分をコードする核酸と関連づけら れることを含んで成る、請求項4に記載の方法。
  6. 6.前記非ヒト抗体の第二の抗原結合部位構成成分が抗原との接触を行う領域で ある、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
  7. 7.前記領域が相補性決定領域(CDR)である、請求項6に記載の方法。
  8. 8.前記非ヒト抗体の第二の抗原結合部位構成成分が一抗体の第二のポリペプチ ド鎖成分である、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
  9. 9.前記抗体ポリペプチド二量体のライブラリーのいずれかの各抗体ポリペプチ ド二量体が一本のポリペプチド鎖、好ましくはscFv断片として発現される、 請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
  10. 10.前記抗体ポリペプチド二量体のライブラリーのいずれかの各抗体ポリペプ チド二量体が二本のポリペプチド鎖、好ましくはFvまたはFab断片として発 現される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
  11. 11.着目の抗原に特異的なヒト抗体ポリペプチド二量体の製造方法であって、 (i)各々ヒト抗体の第一のポリペプチド鎖の可変ドメインを含んで成るポリペ プチドの多様性集団(集団A)を、各々前記抗原に特異的な非ヒト抗体の第二の ポリペプチド鎖の可変ドメインを含んで成るポリペプチドのユニーク集団または 限定集団(集団B)と組合せ、それによって各々ヒト抗体の第一のポリペプチド 鎖の可変ドメインを含んで成るポリペプチドと非ヒト抗体の第二のポリペプチド 鎖の可変ドメインを含んで成るポリペプチドとから成る抗体ポリペプチド二量体 のライブラリーを形成せしめ:(ii)前記ライブラリーから、前記抗原に対す る結合特異性を有する前記抗体ポリペプチド二量体のユニーク集団または限定集 団(集団C)を選択し; (iii)各々ヒトの第一のポリペプチド鎖を含んで成る段階(ii)において 選択されたポリペプチド二量体から誘導したポリペプチドのユニーク集団または 限定集団(集団D)を、各々ヒト抗体の第二のポリペプチド鎖の可変ドメインを 含んで成るポリペプチドの多様性集団(集団E)と組合せ、それによってヒト抗 体ポリペプチド鎖二量体のライブラリーを形成せしめ、そのライブラリーから、 前記抗原に特異的なヒト抗体ポリペプチド二量体のユニーク集団または限定集団 (集団F)を選択することが可能であることを含んで成る方法。
  12. 12.(a)前記集団Aのポリペプチドが、組換え宿主生物細胞において、それ によってrgdpの第一集団においてrgdpの表面上に前記ポリペプチドを表 示する複製可能な遺伝表示パッケージ(rgdp)の成分との融合体としてベク ター(X)から発現され、(b)前記rgdp成分を使って前記ベクター(X) の核酸をパッケージングすることができ、それによって前記rgdpの遺伝物質 が前記集団Aのポリペプチドをコードし、その結果、集団Cの抗体ポリペプチド 二量体がそれら各々のrgdp中でヒト抗体の第一のポリペプチド鎖の可変領域 を含んで成るポリペプチドをコードする核酸と関連づけられ; (c)前記集団Eのポリペプチドの各々が、組換え宿主生物細胞において、rg dpの第二集団においてrgdpの表面上に前記ポリペプチドを表示するrgd pの成分との融合体としてベクター(Y)から発現され;そして (d)前記rgdp成分を使って前記ベクター(Y)の核酸をパッケージングす ることができ、それによって、rgdpの第二集団の中の前記rgdpの遺伝物 質が前記集団Eのポリペプチドをコードする請求項11に記載の方法。
  13. 13.前記集団Aが前記集団Bと同じベクターから発現されず;そして前記集団 Dが前記集団Eと同じベクターから発現されない、請求項11または請求項12 に記載の方法。
  14. 14.前記集団Aが前記集団Bと同じベクターから発現され;そして前記集団D が前記集団Eと同じベクターから発現される、請求項11または請求項12に記 載の方法。
  15. 15.前記抗体ポリペプチド二量体のライブラリーのいずれかの各抗体ポリペプ チド二量体が一本のポリペプチド鎖、好ましくはscFv断片として発現される 、請求項14に記載の方法。
  16. 16.前記抗体ポリペプチド二量体のライブラリーのいずれかの各抗体ポリペプ チド二量体が二本のポリペプチド鎖、好ましくはFvまたはFab断片として発 現される、請求項11〜14のいずれか一項に記載の方法。
  17. 17.前記集団Bのポリペプチドが各々ヒト抗体定常ドメインを含んで成るキメ ラである、請求項11または請求項12に記載の方法。
  18. 18.前記集団Eのポリペプチドが、各々前記抗原に特異的な非ヒト抗体からの 領域を含んで成り、前記領域が抗原との接触を行う領域である、請求項11また は請求項12に記載の方法。
  19. 19.前記領域が相補性決定領域(CDR)である、請求項18に記載の方法。
  20. 20.前記CDRがCDR3である、請求項19に記載の方法。
  21. 21.前記第一のポリペプチド鎖が抗体軽鎖であり、前記第二のポリペプチド鎖 が抗体重鎖である、請求項11〜20のいずれか一項に記載の方法。
  22. 22.前記抗原に特異的なヒト抗体ポリペプチド二量体の前記集団Fを選択する 追加の段階を含んで成る、請求項11〜21のいずれか一項に記載の方法。
  23. 23.前記集団CとFのいずれか一方が前記抗原との結合により選択される、請 求項11〜22のいずれか一項に記載の方法。
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